(57)【要約】      （修正有）【課題】炎症性腸疾患の診断及び治療のための方法の提供。【解決手段】抗ベータ７インテグリンサブユニット抗体を含むインテグリンベータ７アンタゴニストに対する応答性を予測するバイオマーカーとそのようなバイオマーカーを使用する方法が提供される。また潰瘍性大腸炎及びクローン病を含む炎症性腸疾患などの胃腸炎症性障害を治療する方法が提供される。また提供されるのは、潰瘍性大腸炎及びクローン病を含む炎症性腸疾患の治療のためにそのような予測バイオマーカーを使用する方法である。【選択図】図５
2020062013.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に対する胃腸炎症性障害に罹患している患者の応答を予測する方法であって、
患者から生物学的試料を入手すること；
ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される、試料中の少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つの高発現予測遺伝子（「ＨＥＰＧ」）のｍＲＮＡ発現のレベルを測定すること；
試料中で検出されたｍＲＮＡ発現レベルを測定されたＨＥＰＧの各々の基準レベルに対して比較すること；及び
測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルと比較して、ＨＥＰＧのそれぞれについてのｍＲＮＡ発現のレベルが上昇していると測定された場合に、患者が治療に応答するであろうと予測すること
を含む方法。
【請求項２】
インテグリンベータ７アンタゴニスト治療に対する胃腸炎症性障害患者の応答性を予測する方法であって、患者からの生物学的試料中の、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４Ｌ１．２、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧのｍＲＮＡの発現レベルを測定することを含み、ここで測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルと比較して、測定されたＨＥＰＧのそれぞれの上昇したｍＲＮＡ発現レベルが、患者をインテグリンベータ７アンタゴニスト治療に応答する可能性が高い者と同定する方法。
【請求項３】
胃腸炎症性障害に罹患している患者をインテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いと同定する方法であって、
（ａ）患者からの生物学的試料中の、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルを測定すること；
（ｂ）（ａ）において測定された各ＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルを測定された各ＨＥＰＧのそれぞれについての基準レベルに対して比較すること；及び
（ｃ）（ａ）において測定された各ＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルが測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルよりも高い場合、患者を、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性がより高いと同定すること
を含む方法。
【請求項４】
胃腸炎症性障害を有する患者を治療する方法であって、
（ａ）患者からの生物学的試料中の、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルを測定すること；
（ｂ）（ａ）において測定された各ＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルを測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての基準レベルに対して比較すること；
（ｃ）（ａ）において測定された各ＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルが測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルよりも高い場合、患者を、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性がより高いと同定すること；及び
（ｄ）（ａ）において測定された各ＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルが測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルよりも高い場合、治療法を施し、それにより胃腸炎症性障害を治療すること
を含む方法。
【請求項５】
インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に対する胃腸炎症性障害に罹患している患者の応答を予測する方法であって、
患者から生物学的試料を入手すること；
ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される、試料中の少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つの低発現予測遺伝子（「ＬＥＰＧ」）のｍＲＮＡ発現のレベルを測定すること；
試料中で測定されたＬＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現レベルを測定されたＬＥＰＧの各々の基準レベルに対して比較すること；及び
測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルと比較して、測定されたＬＥＰＧのそれぞれについてのｍＲＮＡ発現のレベルが減少していると測定された場合に、患者が治療に応答するであろうと予測すること
を含む方法。
【請求項６】
インテグリンベータ７アンタゴニスト治療に対する胃腸炎症性障害患者の応答性を予測する方法であって、患者からの生物学的試料中の、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧのｍＲＮＡの発現レベルを測定することを含み、ここで測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルと比較して、測定されたＬＥＰＧのそれぞれの減少したｍＲＮＡ発現レベルが、患者を、インテグリンベータ７アンタゴニスト治療に応答する可能性が高い者と同定する方法。
【請求項７】
胃腸炎症性障害に罹患している患者をインテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いと同定する方法であって、
（ａ）患者からの生物学的試料中の、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルを測定すること；
（ｂ）（ａ）において測定されたＬＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルを測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての基準レベルに対して比較すること；及び
（ｃ）（ａ）において測定されたＬＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルが測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルよりも低い場合、患者を、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性がより高いと同定すること
を含む方法。
【請求項８】
胃腸炎症性障害を有する患者を治療する方法であって、
（ａ）患者からの生物学的試料中の、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルを測定すること；
（ｂ）（ａ）において測定されたＬＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルを測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての基準レベルに対して比較すること；
（ｃ）（ａ）において測定されたＬＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルが測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルよりも低い場合、患者を、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性がより高いと同定すること；及び
（ｄ）（ａ）において測定されたＬＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルが測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルよりも低い場合、治療法を施し、それにより胃腸炎症性障害を治療すること
を含む方法。
【請求項９】
インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に対する胃腸炎症性障害に罹患している患者の応答を予測する方法であって、
（ａ）患者から生物学的試料を入手すること；
（ｂ）ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される、試料中の少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルを測定し、試料中で検出されたｍＲＮＡ発現レベルを測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての基準レベル（「ＨＥＰＧ基準レベル」）に対して比較することを含み；更に
（ｃ）ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される、試料中の少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルを測定し、試料中で検出されたｍＲＮＡ発現レベルを測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての基準レベル（「ＬＥＰＧ基準レベル」）に対して比較すること；及び
（ｄ）（ｂ）で測定されたＨＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルがＨＥＰＧ基準レベルと比較して上昇していると測定された場合、及び（ｃ）で測定されたＬＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルがＬＥＰＧ基準レベルと比較して減少していると測定された場合、患者が治療に応答するであろうと予測すること
を含む方法。
【請求項１０】
インテグリンベータ７アンタゴニスト治療に対する胃腸炎症性障害患者の応答性を予測する方法であって、
（ａ）患者からの生物学的試料中の、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含み；
更に
（ｂ）患者からの生物学的試料中の、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧのｍＲＮＡ発現レベルを測定することを含み；
ここで、測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての基準レベルと比較した、（ａ）において測定されたＨＥＰＧの各々の上昇したｍＲＮＡ発現レベル、及び測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての基準レベルと比較した、（ｂ）において測定されたＬＥＰＧの各々の減少したｍＲＮＡ発現レベルが、患者を、インテグリンベータ７アンタゴニスト治療に応答する可能性が高い者と同定する方法。
【請求項１１】
胃腸炎症性障害に罹患している患者をインテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いと同定する方法であって、
（ａ）患者からの生物学的試料中の、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルを測定すること；
（ｂ）（ａ）において測定されたＨＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルを測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての基準レベル（「ＨＥＰＧ基準レベル」）に対して比較することを含み；更に
（ｃ）患者からの生物学的試料中の、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルを測定すること；
（ｄ）（ｃ）において測定されたＬＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルを測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての基準レベル（「ＬＥＰＧ基準レベル」）に対して比較すること；及び
（ｅ）（ａ）において測定されたＨＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルがＨＥＰＧ基準レベルより高く、（ｃ）において測定されたＬＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルがＬＥＰＧ基準レベルより低い場合、患者を、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性がより高いと同定すること
を含む方法。
【請求項１２】
胃腸炎症性障害を有する患者を治療する方法であって、
（ａ）患者からの生物学的試料中の、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルを測定すること；
（ｂ）（ａ）において測定されたＨＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルを測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての基準レベル（「ＨＥＰＧ基準レベル」）に対して比較することを含み；更に
（ｃ）患者からの生物学的試料中の、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルを測定すること；
（ｄ）（ｃ）において測定されたＬＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルを測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての基準レベル（「ＬＥＰＧ基準レベル」）に対して比較すること；及び
（ｅ）（ａ）において測定されたＨＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルがＨＥＰＧ基準レベルより高く、（ｃ）において測定されたＬＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルがＬＥＰＧ基準レベルより低い場合、患者を、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性がより高いと同定すること；及び
（ｆ）（ａ）において測定されたＨＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルがＨＥＰＧ基準レベルより高く、（ｃ）において測定されたＬＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルがＬＥＰＧ基準レベルより低い場合、治療法を施し、それにより胃腸炎症性障害を治療すること
を含む方法。
【請求項１３】
更なるＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現レベルを測定することを更に含み、更なるＨＥＰＧがＩＴＧＡＥである、請求項９−１２の何れか一項に記載の方法。
【請求項１４】
少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧが、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＳＬＣ８Ａ３、及びＥＣＨ１から選択される、請求項１−４の何れか一項に記載の方法。
【請求項１５】
更なるＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現レベルを測定することを更に含み、更なるＨＥＰＧがＩＴＧＡＥである、請求項１−４又は１４の何れか一項に記載の方法。
【請求項１６】
少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧがＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、及びＣＣＬ２から選択される、請求項５−８の何れか一項に記載の方法。
【請求項１７】
少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧがＳＬＣ８Ａ３、ＶＮＮ２、及びＴＮＦＳＦ１５から選択される、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧがＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＳＬＣ８Ａ３、及びＥＣＨ１から選択され、少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧがＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＶＮＮ２、及びＣＣＬ２から選択される、請求項９−１２の何れか一項に記載の方法。
【請求項１９】
更なるＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現レベルを測定することを更に含み、更なるＨＥＰＧがＩＴＧＡＥである、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧがＳＬＣ８Ａ３、ＶＮＮ２、及びＴＮＦＳＦ１５から選択される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
インテグリンベータ７アンタゴニストの１０５ｍｇが４週ごとに１回皮下投与される、請求項４、８又は１２の何れか一項に記載の方法。
【請求項２２】
インテグリンベータ７アンタゴニストの２１０ｍｇの初回用量が皮下投与され、続いて初回用量の２週間後にインテグリンベータ７アンタゴニストの２１０ｍｇの第一の後続用量が皮下投与され、初回用量の４週間後にインテグリンベータ７アンタゴニストの２１０ｍｇの第二の後続用量が皮下投与され、初回用量の８週間後にインテグリンベータ７アンタゴニストの２１０ｍｇの第三の後続用量が皮下投与され、初回用量の１２週間後にインテグリンベータ７アンタゴニストの２１０ｍｇの第四の後続用量が皮下投与される、請求項４、８、又は１２の何れか一項に記載の方法。
【請求項２３】
胃腸炎症性障害が炎症性腸疾患である、請求項１−２２の何れか一項に記載の方法。
【請求項２４】
炎症性腸疾患が潰瘍性大腸炎又はクローン病である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
炎症性腸疾患が潰瘍性大腸炎であり、応答が臨床応答、粘膜治癒及び寛解から選択される、請求項２４に記載の方法。
【請求項２６】
生物学的試料が腸組織及び末梢全血から選択される、請求項１−２５の何れか一項に記載の方法。
【請求項２７】
ｍＲＮＡ発現レベルがＲＮＡ配列決定法、マイクロアレイ又はＰＣＲ法によって測定される、請求項２６に記載の方法。
【請求項２８】
ＰＣＲ法がｑＰＣＲを含む、請求項２７に記載の方法。
【請求項２９】
測定がＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、ＳＬＣ８Ａ３のうちの一又は複数のｍＲＮＡを増幅することを含み、任意で更に、ＩＴＧＡＥを増幅すること、及び増幅されたｍＲＮＡを検出すること、それにより増幅されたｍＲＮＡのレベルを測定することを含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
測定がＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、ＶＮＮ３のうちの一又は複数のｍＲＮＡを増幅すること、及び増幅されたｍＲＮＡを検出すること、それにより増幅されたｍＲＮＡのレベルを測定することを含む、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
基準レベルの各々が中央値である、請求項１−８の何れか一項に記載の方法。
【請求項３２】
ＨＥＰＧ基準レベルが中央値であり、ＬＥＰＧ基準レベルが中央値である、請求項９−１２の何れか一項に記載の方法。
【請求項３３】
患者が以前に抗ＴＮＦ治療薬により治療されていない、請求項１−３２の何れか一項に記載の方法。
【請求項３４】
インテグリンベータ７アンタゴニストの投与が次の（１）から（３）の一つ以上をもたらす、請求項２５に記載の方法：（１）ＭＣＳがベースラインから３ポイント減少及び３０％低下と、直腸出血サブスコアが≧１ポイント減少又は絶対直腸出血スコアが０もしくは１、（２）内視鏡検査サブスコアが０又は１、（３）＞１の個々のサブスコアなしでＭＣＳ≦２。
【請求項３５】
インテグリンベータ７アンタゴニストを用いる治療的処置に対する可能性のある応答者及び非応答者に患者を層別化するために、胃腸炎症性障害に罹患している患者から得られた生物学的試料中の、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４Ｌ１．２、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのマーカーのｍＲＮＡレベルを決定するためのキットの使用。
【請求項３６】
キットがＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＳＬＣ８Ａ３、及びＥＣＨ１から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのマーカーのｍＲＮＡレベルを決定するためである、請求項３５に記載の使用。
【請求項３７】
キットがＩＴＧＡＥのｍＲＮＡレベルを更に決定するためである、請求項３５又は請求項３６に記載の使用。
【請求項３８】
インテグリンベータ７アンタゴニストを用いる治療的処置に対する可能性のある応答者及び非応答者に患者を層別化するための、胃腸炎症性障害に罹患している患者から得られた生物学的試料中の、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのマーカーのｍＲＮＡレベルを決定するためのキットの使用。
【請求項３９】
キットがＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、及びＣＣＬ２から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのマーカーのｍＲＮＡレベルを決定するためである、請求項３８に記載の使用。
【請求項４０】
キットがＩＴＧＡＥのｍＲＮＡレベルを更に決定するためである、請求項３８又は請求項３９に記載の使用。
【請求項４１】
（ａ）患者から得られた試料中の、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４Ｌ１．２、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのマーカーのｍＲＮＡレベルを測定するための試薬；及び
（ｂ）（ｉ）少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのマーカーのｍＲＮＡレベルを測定するため、（ｉｉ）少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのマーカーのレベルを基準レベルと比較するため、及び（ｉｉｉ）比較に基づいてインテグリンベータ７アンタゴニスト応答者又はインテグリンベータ７アンタゴニスト非応答者のカテゴリに患者を層別化するための説明書
を含む、胃腸炎症性障害に罹患している患者を層別化するためのキット。
【請求項４２】
患者から得られた試料中の、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＳＬＣ８Ａ３、及びＥＣＨ１から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのマーカーのｍＲＮＡレベルを測定するための試薬を含む、請求項４１に記載のキット。
【請求項４３】
患者から得られた試料中のＩＴＧＡＥのｍＲＮＡレベルを測定するための試薬を更に含む、請求項４１又は請求項４２に記載のキット。
【請求項４４】
（ａ）患者から得られた生物学的試料中の、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのマーカーのｍＲＮＡレベルを測定するための試薬；及び
（ｂ）（ｉ）少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのマーカーのｍＲＮＡレベルを測定するため、（ｉｉ）少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのマーカーのレベルを基準レベルと比較するため、及び（ｉｉｉ）比較に基づいてインテグリンベータ７アンタゴニスト応答者又はインテグリンベータ７アンタゴニスト非応答者のカテゴリに患者を層別化するための説明書
を含む、胃腸炎症性障害に罹患している患者を層別化するためのキット。
【請求項４５】
患者から得られた試料中の、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、及びＣＣＬ２から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのマーカーのｍＲＮＡレベルを測定するための試薬を含む、請求項４４に記載のキット。
【請求項４６】
患者から得られた試料中の、ＩＴＧＡＥのｍＲＮＡレベルを測定するための試薬を更に含む、請求項４４又は請求項４５に記載のキット。
【請求項４７】
インテグリンベータ７アンタゴニストがモノクローナル抗ベータ７抗体である、請求項１−３４の何れか一項に記載の方法、又は請求項３５−４０の何れか一項に記載の使用、又は請求項４１−４６の何れか一項に記載のキット。
【請求項４８】
抗ベータ７抗体がキメラ抗体、ヒト抗体、及びヒト化抗体から選択される、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
抗ベータ７抗体が抗体断片である、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
抗ベータ７抗体が６つの超可変領域（ＨＶＲ）を含み、ここで
（ｉ）ＨＶＲ−Ｌ１がアミノ酸配列Ａ１−Ａ１１を含み、Ａ１−Ａ１１がＲＡＳＥＳＶＤＴＹＬＨ（配列番号１）；ＲＡＳＥＳＶＤＳＬＬＨ（配列番号７）、ＲＡＳＥＳＶＤＴＬＬＨ（配列番号８）、又はＲＡＳＥＳＶＤＤＬＬＨ（配列番号９）又は配列番号１、７、８又は９の変異体（配列番号２６）であり、アミノ酸Ａ２がＡ、Ｇ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ａ３がＳ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、及びＴからなる群から選択され、かつ／又はＡ４がＥ、Ｖ、Ｑ、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、及びＲからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ａ５がＳ、Ｙ、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｔ、及びＶからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ａ６がＶ、Ｒ、Ｉ、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、及びＱからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ａ７がＤ、Ｖ、Ｓ、Ａ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｐ、Ｓ、及びＴからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ａ８がＤ、Ｇ、Ｎ、Ｅ、Ｔ、Ｐ及びＳからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ａ９がＬ、Ｙ、Ｉ及びＭからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ａ１０がＬ、Ａ、Ｉ、Ｍ、及びＶからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ａ１１がＨ、Ｙ、Ｆ、及びＳからなる群から選択され；
（ｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ２がアミノ酸配列Ｂ１−Ｂ８を含み、Ｂ１−Ｂ８がＫＹＡＳＱＳＩＳ（配列番号２）、ＲＹＡＳＱＳＩＳ（配列番号２０）、又はＸａａＹＡＳＱＳＩＳ（配列番号２１、Ｘａａは任意のアミノ酸を表す）又は配列番号２、２０又は２１の変異体（配列番号２７）であり、アミノ酸Ｂ１がＫ、Ｒ、Ｎ、Ｖ、Ａ、Ｆ、Ｑ、Ｈ、Ｐ、Ｉ、Ｌ、Ｙ及びＸａａ（Ｘａａは任意のアミノ酸を表す）からなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｂ４がＳ及びＤからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｂ５がＱ及びＳからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｂ６がＳ、Ｄ、Ｌ、及びＲからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｂ７がＩ、Ｖ、Ｅ、及びＫからなる群から選択され；
（ｉｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ３がアミノ酸配列Ｃ１−Ｃ９を含み、Ｃ１−Ｃ９がＱＱＧＮＳＬＰＮＴ（配列番号３）又は配列番号３の変異体（配列番号２８）であり、アミノ酸Ｃ８がＮ、Ｖ、Ｗ、Ｙ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ａ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、及びＭからなる群から選択され；
（ｉｖ）ＨＶＲ−Ｈ１がアミノ酸配列Ｄ１−Ｄ１０を含み、Ｄ１−Ｄ１０がＧＦＦＩＴＮＮＹＷＧ（配列番号４）であり；
（ｖ）ＨＶＲ−Ｈ２がアミノ酸配列Ｅ１−Ｅ１７を含み、Ｅ１−Ｅ１７がＧＹＩＳＹＳＧＳＴＳＹＮＰＳＬＫＳ（配列番号５）、又は配列番号５の変異体（配列番号２９）であり、アミノ酸Ｅ２がＹ、Ｆ、Ｖ、及びＤからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｅ６がＳ及びＧからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｅ１０がＳ及びＹからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｅ１２がＮ、Ｔ、Ａ、及びＤからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸１３がＰ、Ｈ、Ｄ、及びＡからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｅ１５がＬ及びＶからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｅ１７がＳ及びＧからなる群から選択され；かつ
（ｖｉ）ＨＶＲ−Ｈ３がアミノ酸配列Ｆ２−Ｆ１１を含み、Ｆ２−Ｆ１１がＭＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号６）又はＲＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号１９）であるか；又はアミノ酸配列Ｆ１−Ｆ１１を含み、Ｆ１−Ｆ１１がＡＭＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号１６）、ＡＲＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号１７）、又はＡＱＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号１８）、又は配列番号６、１６、１７、１８又は１９の変異体（配列番号３０）であり、アミノ酸Ｆ２がＲ、Ｍ、Ａ、Ｅ、Ｇ、Ｑ、Ｓであり、かつ／又はアミノ酸Ｆ１１がＦ及びＹからなる群から選択される、請求項４８に記載の方法。
【請求項５１】
抗ベータ７抗体が、３つの重鎖超可変領域（ＨＶＲ−Ｈ１−Ｈ３）配列と３つの軽鎖超可変領域（ＨＶＲ−Ｌ１−Ｌ３）配列を含み、ここで、
（ｉ）ＨＶＲ−Ｌ１は配列番号７、配列番号８又は配列番号９を含み；
（ｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ２は配列番号２を含み；
（ｉｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ３は配列番号３を含み；
（ｉｖ）ＨＶＲ−Ｈ１は配列番号４を含み；
（ｖ）ＨＶＲ−Ｈ２は配列番号５を含み；かつ
（ｖｉ）ＨＶＲ−Ｈ３は配列番号６、配列番号１６、配列番号１７又は配列番号１９を含む、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
抗ベータ７抗体が、配列番号３１のアミノ酸配列を含む可変軽鎖と配列番号３２のアミノ酸配列を含む可変重鎖を含む、請求項５１に記載の方法。
【請求項５３】
抗ベータ７抗体がエトロリズマブである、請求項５２に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願とのクロスリファレンス）
この出願は、２０１４年３月２７日に出願された米国仮出願第６１／９７１，３７９号の優先権を主張するものであり、それは出典明示によってその全体がここに援用される。
【０００２】
（配列表）
本出願は、ＥＦＳ−Ｗｅｂを介して提出された配列表を含んでおり、出典明示によってその全体がここに援用される。２０１５年３月５日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーはＰ５８１７Ｒ１−ＷＯ＿ＳＬ．ｔｘｔとの名前が付けられ、サイズは２０１５６バイトである。
【０００３】
（分野）
抗ベータ７インテグリンサブユニット抗体を含むインテグリンベータ７アンタゴニストに対する応答性を予測するバイオマーカーとそのようなバイオマーカーを使用する方法が提供される。また潰瘍性大腸炎及びクローン病を含む炎症性腸疾患などの胃腸炎症性障害を治療する方法が提供される。また提供されるのは、潰瘍性大腸炎及びクローン病を含む炎症性腸疾患の治療のためにそのような予測バイオマーカーを使用する方法である。
【背景技術】
【０００４】
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、胃腸（ＧＩ）管の慢性炎症性自己免疫状態であり、臨床的には潰瘍性大腸炎（ＵＣ）又はクローン病（ＣＤ）を表す。ＣＤはＧＩ管全体の如何なる部分にも影響する可能性のある慢性貫壁性炎症性疾患であり、ＵＣは結腸の粘膜炎である。双方の状態は臨床的には頻繁な腸運動、栄養障害、及び脱水症によって特徴付けられ、日常生活の活動に混乱をもたらす。ＣＤはしばしば吸収障害、狭窄、及び瘻孔の発生を合併し、度重なる手術を必要としうる。ＵＣは、頻度は低いが重症の血性下痢及び中毒性巨大結腸症を合併し得、また手術を必要としうる。双方のＩＢＤ状態は、ＧＩ管の悪性腫瘍の増加リスクを伴う。ＩＢＤの病因学は複雑であり、病変形成の多くの態様が不明なままである。
【０００５】
中程度から重症のＩＢＤの治療は治療医に重要な課題を提起し、なぜなら副腎皮質ステロイド及び免疫調節療法（例えば、アザチオプリン、６メルカプトプリン、及びメトトレキセート）による一般的な治療は副作用及び不耐性を伴い、維持療法（ステロイド）における利益が証明されていないからである。腫瘍壊死因子アルファ（ＴＮＦ−α）を標的にするモノクローナル抗体、例えばインフリキシマブ（キメラ抗体）及びアダリムマブ（完全ヒト抗体）が、ＣＤの管理において現在使用されている。またインフリキシマブは効果を示しており、ＵＣにおける使用が承認されている。しかしながら、ＣＤを伴う患者のおよそ１０％−２０％は抗ＴＮＦ治療に対する主要な非応答者であり、ＣＤ患者の更に〜２０％−３０％は経時的に応答を失う（Schnitzler等，Gut 58:492-500 (2009)）。抗ＴＮＦに伴う他の有害事象（ＡＥ）は、結核を含む細菌感染症の割合の増加、より希にはリンパ腫及び脱髄を含む（Chang等，Nat Clin Pract Gastroenterol Hepatology 3:220 (2006);Hoentjen等，World J. Gastroenterol.15(17):2067 (2009)）。現在利用可能な治療は、慢性疾患を伴うＩＢＤ患者の２０％−３０％超において持続寛解が達成されていない（Hanauer等，Lancet 359:1541-49 (2002);Sandborn等，N Engl J Med 353:1912-25 (2005)）。加えて、殆どの患者では、真の疾患改変と相関する臨床転帰である持続ステロイドフリー寛解及び粘膜治癒は達成されていない。従って、慢性使用に最適化されたＩＢＤにおけるより標的化された治療法を開発する必要性がある（抗ＴＮＦ治療薬に決して応答しないか又は時間と共に応答を失う患者（ＴＮＦに不十分な応答患者又はＴＮＦ−ＩＲ患者）を含む、患者の大部分において、持続寛解、特にステロイドフリー寛解及び長期合併症の防止を伴う改善された安全性プロファイル）。
【０００６】
インテグリンは、白血球接着、シグナル伝達、増殖及び遊走を含む多くの細胞プロセスにおいて、並びに遺伝子制御において役割を果たすアルファ／ベータヘテロ二量体細胞表面糖タンパクレセプターである（Hynes, R. O., Cell, 1992, 69:11-25；及びhemler, m. E., annu.Rev. Immunol., 1990, 8:365-368）。それらは、内皮、上皮、及び細胞外マトリックスタンパク質上の異なる細胞接着分子（ＣＡＭ）に特異的に結合する２つのヘテロ二量体で、非共有結合的に相互作用するα及びβ膜貫通サブユニットからなる。このように、インテグリンは、血液からほぼ全組織部位へ高度に制御された形で白血球の動員を援助する組織特異的細胞接着レセプターとして機能し得、正常組織及び炎症の部位への白血球のホーミングにおいて役割を果たす（von Andrian等，N Engl J Med 343:1020-34 (2000)）。免疫系では、インテグリンは、炎症性プロセス中において白血球輸送、接着及び浸潤に関与する（Nakajima, H.等，J. Exp.Med., 1994, 179:1145-1154）。インテグリンの差次的発現は細胞の接着特性を調節し、異なるインテグリンは異なる炎症性反応に関与する。（Butcher, E. C.等，Science, 1996, 272:60-66）。β７含有インテグリン（すなわち、アルファ４ベータ７及びアルファＥベータ７）は主に単球、リンパ球、好酸球、好塩基球、及びマクロファージ上に発現されるが、好中球上には発現されない（Elices, M. J.等，Cell, 1990, 60:577-584）。
【０００７】
α４β７インテグリンは、腸管粘膜及び関連リンパ組織、例えば小腸におけるパイエル板、大腸におけるリンパ濾胞、及び腸間膜リンパ節への細胞の遊走において重要である白血球−ホーミングレセプターである。腸では、白血球ローリング及び粘膜内皮への接着は、ケモカインからのシグナルによって開始され、粘膜アドレシン細胞接着分子（ＭＡｄＣＡＭ）−１関連シアリルルイスＸに媒介される。ケモカインシグナル伝達はα４β７インテグリンに、低から高ＭＡｄＣＡＭ−１結合親和性への変化を誘導する。ついで、白血球は捕らえられ、血管内皮を通る下層組織への血管外漏出プロセスを開始する。この血管外漏出プロセスは、正常免疫細胞再循環状態及び炎症状態の双方において生じると信じられている（上掲のvon Andrian等）。浸潤におけるα４β７＋細胞の数及びリガンドＭＡｄＣＡＭ−１の発現は、慢性炎症の部位、例えばＵＣ又はＣＤを有する患者の腸管において高い（Briskin等，Am J Pathol 151:97-110 (1997）；Souza等，Gut 45:856-63 (1999)）。α４β７は、ＭＡｄＣＡＭ−１及び血管細胞接着分子（ＶＣＡＭ）−１を発現する高内皮細静脈に、並びに細胞外マトリックス分子フィブロネクチン断片ＣＳ−１に優先的に結合する（Chan等，J Biol Chem 267:8366-70 (1992)；Ruegg等，J Cell Biol 17:179-89 (1992)；Berlin等，Cell 74:185-95 (1993)）。腸粘膜血管において構成的に発現されるＭＡｄＣＡＭ−１と共に、α４β７インテグリンは白血球腸向性において選択的役割を果たすが、末梢組織又はＣＮＳへの白血球のホーミングには寄与しないようである。代わりに、末梢リンパ輸送は、ＶＣＡＭ−１とのα４β１相互作用を伴う（Yednock等，Nature 356:63-6 (1992)；Rice等, Neurology 64:1336-42 (2005)）。
【０００８】
Ｔリンパ球上にもっぱら発現され粘膜組織に伴うβ７インテグリンファミリーの別のメンバーはαＥβ７インテグリンであり、ＣＤ１０３としても知られる。αＥβ７インテグリンは、上皮細胞上のＥ−カドヘリンに選択的に結合し、上皮内リンパ球区画の粘膜組織におけるＴ細胞の保持に役割を果たすことが提案されている（Cepek等，J Immunol 150:3459-70 (1993)；Karecla等 Eur J Immunol 25:852-6 (1995)）。粘膜固有層におけるαＥβ７＋細胞は、ストレスを受け又は感染した上皮細胞に対して細胞傷害性を呈することが報告されている（Hadley等，J Immunol 159:3748-56 (1997)；Buri等，J Pathol 206:178-85 (2005)）。αＥβ７の発現はＣＤにおいて増加し（Elewaut等，Acta Gastroenterol Belg 61:288-94 (1998)；Oshitani等，Int J Mol Med 12:715-9 (2003)）、抗αＥβ７抗体治療はマウスにおいて実験的大腸炎を減弱することが報告されており、ＩＢＤの実験モデルにおけるαＥβ７＋リンパ球の役割を示す（Ludviksson等，J Immunol 162:4975-82 (1999)）。
【０００９】
αＥβ７に対するモノクローナル抗体の投与は、ＩＬ−２−／−マウスにおける免疫化誘発大腸炎を防止し回復させることが報告されており、炎症性腸疾患の発症及び維持がαＥβ７を発現する粘膜固有層ＣＤ４＋リンパ球の結腸局在に依存することを示唆する（Ludviksson等，J Immunol.1999, 162(8):4975-82）。抗α４抗体（ナタリズマブ）は、ＣＤを有する患者の治療において効果的であることが報告されており（Sandborn等，N Engl J Med 2005;353:1912-25）、抗α４β７抗体（ＭＬＮ−０２，ＭＬＮ０００２，ベドリズマブ）は、ＵＣを有する患者において効果的であることが報告されている（Feagan等，N Engl J Med 2005;352:2499-507）。第二の抗アルファ４／ベータ７抗体（ＡＭＧ１８１）もまた開発中であり、臨床試験が最近始まった（ｃｌｉｎｉｃａｌｔｒｉａｌｓ（ｄｏｔ）ｇｏｖ  ｉｄｅｎｔｉｆｉｅｒ、ＮＣＴ０１１６４９０４、２０１２年９月）。これらの研究と知見は、α４β７を治療標的として立証し、α４β７及びＭＡｄＣＡＭ−１間の相互作用がＩＢＤの病変形成を媒介することを裏付ける。従って、ベータ７インテグリンのアンタゴニストは、ＩＢＤの治療における治療剤として大きな可能性を持つ。
【００１０】
β７インテグリンサブユニットを標的にするヒト化モノクローナル抗体がこれまでに記述されている。例えば国際特許公開番号ＷＯ２００６／０２６７５９を参照のこと。一つのそのような抗体であるｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）は、ラット抗マウス／ヒトモノクローナル抗体ＦＩＢ５０４から得られている（Ａｎｄｒｅｗ等１９９４）。それはヒトＩｇＧ１重鎖及びκ１軽鎖フレームワークを含むように操作された。国際特許公開番号ＷＯ２００６／０２６７５９。所定の投薬レジメンに従ってのヒト患者へのエトロリズマブの投与がこれまでに記述されている。例えば国際特許公開番号ＷＯ２０１２／１３５５８９を参照のこと。
【００１１】
ｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）はα４β７（Holzmann等，Cell 56:37-46 (1989)；Hu等，Proc Natl Acad Sci USA 89:8254-8 (1992)）及びαＥβ７（Cepek等，J Immunol 150:3459-70 (1993)）に結合し、これは腸管粘膜におけるリンパ球サブセットの輸送及び保持をそれぞれ制御する。臨床試験はＣＤの治療についての抗α４抗体（ナタリズマブ）の効果を実証し（Sandborn等，N Engl J Med 353:1912-25 (2005)）、有望な結果がＵＣ（Feagan等，N Engl J Med 352:2499-507 (2005)、Feagan等， N Engl J Med 369(8):699-710 (2013)）、またＣＤ（Sandborn等，N Engl J Med 369(8):711-721 (2013)）の治療における抗α４β７抗体（ＬＤＰ０２／ＭＬＮ０２／ＭＬＮ０００２／ベドリズマブ）について報告されている。これらの知見はα４β７を潜在的治療標的として立証し、α４β７及び粘膜アドレシン細胞接着分子１（ＭＡｄＣＡＭ１）間の相互作用が炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の病変形成に寄与するという仮説を裏付ける。
【００１２】
α４に結合し、従ってα４β１及びα４β７双方に結合するナタリズマブとは異なり、ｒｈｕＭＡｂベータ７はα４β７及びαＥβ７のβ７サブユニットに特異的に結合するが、α４又はβ１インテグリン個別サブユニットには結合しない。これは抗体が１００ｎＭほどの高濃度で血管細胞接着分子１（ＶＣＡＭ１）へのα４β１＋α４β７−Ｒａｍｏｓ細胞の接着を阻害できないことにより実証された。重要なことは、ｒｈｕＭＡｂベータ７の特性が選択性（α４β１を発現するがβ７を発現しないＴ細胞サブセットは、ｒｈｕＭＡｂベータ７に直接影響されないはずである）を示すことである。
【００１３】
白血球ホーミングに対するｒｈｕＭＡｂベータ７の腸特異性効果の裏付けは、幾つかのインビボ非臨床試験からきている。ＣＤ４５ＲＢｈｉｇｈＣＤ４＋Ｔ細胞で再構成された重症複合免疫不全（ＳＣＩＤ）マウス（大腸炎の動物モデル）では、ｒｈｕＭＡｂベータ７は炎症結腸への放射標識リンパ球ホーミングを阻止したが、末梢リンパ器官である脾臓へのホーミングは阻止しなかった。例えば国際特許公開番号ＷＯ２００６／０２６７５９を参照のこと。加えて、ラット−マウスキメラ抗マウスβ７（抗β７，ｍｕＦＩＢ５０４）は、多発性硬化症の動物モデルである実験的自己免疫性脳炎（ＥＡＥ）を有するミエリン塩基性タンパク質Ｔ細胞レセプター（ＭＢＰ−ＴＣＲ）トランスジェニックマウスにおいて、中枢神経系（ＣＮＳ）炎症の組織学的程度を低減させることができず、また疾患生存率を改善することができなかった。同文献。更に、カニクイザルにおける２つの安全性試験では、ｒｈｕＭＡｂベータ７は、ヒトにおける腸−ホーミングメモリー／エフェクターＴ細胞に表現型的に類似したサブセットであるＣＤ４５ＲＡ−β７ｈｉｇｈ末梢血Ｔ細胞の顕著な（およそ３〜６倍）増加に主に起因する末梢血リンパ球数の中程度の増加を誘導した。例えば、国際特許公開番号ＷＯ２００９／１４０６８４；Stefanich等，Br. J. Pharmacol. 162:1855-1870 (2011)を参照のこと。対照的に、ｒｈｕＭＡｂベータ７は、ヒトにおけるナイーブＴ細胞に表現型的に類似したサブセットであるＣＤ４５ＲＡ＋β７中間体末梢血Ｔ細胞の数に最低限から無の影響であり、ヒトにおける末梢ホーミングメモリー／エフェクターＴ細胞に表現型的に類似したサブセットであるＣＤ４５ＲＡ−β７ｌｏｗ末梢血Ｔ細胞の数に影響せず、腸ホーミングリンパ球亜集団に対するｒｈｕＭＡｂベータ７の特異性を確かにする。国際特許公開番号ＷＯ２００９／１４０６８４；Stefanich等，Br. J. Pharmacol. 162:1855-1870 (2011)。
【００１４】
臨床試験ではＣＤの治療について抗α４抗体（ナタリズマブ）の効果が実証され（Sandborn等，N Engl J Med 353:1912-25 (2005)）、有望な結果がＵＣの治療において抗α４β７抗体（ＬＤＰ０２／ＭＬＮ０２／ＭＬＮ０００２／ベドリズマブ）について報告されたが、これらの障害の治療における更なる改善に対する必要性が残る。例えば、ナタリズマブ治療は、ナタリズマブ及び免疫抑制剤で併用療法を受けたクローン病（また別には多発性硬化症）を有する患者における進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）の確認された症例と関連していた。ＰＭＬは脳におけるポリオーマウイルス（ＪＣウイルス）及び活動性ウイルス複製の再活性化に関連した潜在的に致死的な神経学的状態である。生じたとしても、ＰＭＬを確かに防止するか又はＰＭＬを十分に治療できる知られた介入治療はない。ベドリズマブ治療の一つの制限は静脈内に投与されることであり、これは患者にとって不都合な場合があり、また所望されないか又は有害な事象、例えば注入部位反応を付随しうる。従って、ＩＢＤなどの胃腸炎症性障害、例えば潰瘍性大腸炎及びクローン病の治療への改善された治療アプローチ、並びに望ましい投与レジメンに対する必要性がある。
【００１５】
患者が特定の治療剤又は治療剤クラスに応答するかどうかは、治療前には知られていないことがしばしばである。従って、一般にＩＢＤ患者、特にＵＣ及びＣＤ患者が治療法を探す場合、特定の患者に対して効果的な治療剤を探すのにかなりの試行錯誤がなされる。最も効果的な治療法を見つけるために、このような試行錯誤はしばしば患者にとってかなりのリスクと不快感を伴う。よって、どの患者がどの治療に応答するかを決定し、そのような決定をＩＢＤ患者に対するより効果的な治療レジメン中に導入するためのより効果的な手段が必要である。
【００１６】
従って、抗ベータ７インテグリンサブユニット抗体を含む様々なＩＢＤ治療剤での治療に応答する最も可能性のある患者を客観的に同定するために使用できる、予測診断法を含む更なる診断法があることは非常に有利であろう。よって、潰瘍性大腸炎、クローン病並びに他の炎症性腸疾患に関連し、抗ベータ７インテグリンサブユニット抗体による治療に対する応答を予測できる新規バイオマーカーを同定する絶えない必要性がある。また、そのような関連性に関する統計的かつ生物学的に有意で再現可能な情報は、ＴＮＦ−ＩＲ患者のような、ＵＣ又はＣＤ患者の特定のサブセットを同定する試みにおける不可欠な構成要素として利用することができ、かかる患者では、例えば治療剤が特定のＵＣ又はＣＤ患者亜集団において治療的恩恵があるか又は臨床試験において治療的恩恵があることが示される場合、抗ベータ７インテグリンサブユニット抗体での治療からの有意な恩恵が期待されるであろう。
【００１７】
ここに記載の発明は、所定の上述の必要性を満たし、また他の利益をもたらす。
【００１８】
特許出願及び刊行物を含む、ここに引用される全ての文献は、如何なる目的についてもその全体が出典明示によって援用される。
【発明の概要】
【００１９】
本発明の方法は、少なくとも部分的には、患者、例えば、腸生検又は血液から得られた生物学的試料中の所定の遺伝子のｍＲＮＡ発現レベルが、インテグリンベータ７アンタゴニストでの治療に対する胃腸炎症性障害に罹患している患者の応答性を予測するとの発見に基づいている。
【００２０】
従って、一態様では、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に対する胃腸炎症性障害に罹患している患者の応答を予測する方法、又は胃腸炎症性障害患者の応答性を予測する方法が提供される。所定の実施態様では、生物学的試料は患者から得られ、ｍＲＮＡ発現レベルが測定される。幾つかの実施態様において、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される、試料中の少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つの高発現予測遺伝子（Ｈｉｇｈ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ  Ｐｒｅｄｉｃｔｉｖｅ  Ｇｅｎｅｓ）（「ＨＥＰＧ」）の発現が測定される。幾つかの実施態様において、少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧは、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＳＬＣ８Ａ３、及びＥＣＨ１から選択される。幾つかの実施態様において、上記で同定されたものに加えて、更なるＨＥＰＧが測定され、その更なるＨＥＰＧはＩＴＧＡＥである。一実施態様において、生物学的試料は組織生検試料である。一実施態様において、生検は腸組織から得られる。組織生検試料又は腸組織を含む特定のそのような実施態様において、ＨＥＰＧはＳＬＣ８Ａ３を含まない。一実施態様において、生物学的試料は末梢全血である。末梢血を含む特定のそのような実施態様において、ＨＥＰＧはＳＬＣ８Ａ３を含む。一実施態様では、末梢全血はＰＡＸｇｅｎｅ管に採取される。所定の実施態様では、ｍＲＮＡ発現レベルは、ＲＮＡ配列決定法、マイクロアレイ又はＰＣＲ法によって測定される。一実施態様では、ＰＣＲ法はｑＰＣＲである。所定の実施態様において、測定はＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４Ｌ１．２、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３のうちの一又は複数のｍＲＮＡを増幅することを含み、任意で更に、ＩＴＧＡＥのｍＲＮＡを増幅すること及び増幅されたｍＲＮＡを検出すること、それにより増幅されたｍＲＮＡのレベルを測定することを含む。所定の実施態様において、ｍＲＮＡ発現レベルは基準レベルと比較される。幾つかの実施態様において、ｍＲＮＡ発現レベルは測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての基準レベルと比較される。所定の実施態様において、基準レベルの各々は中央値である。幾つかの実施態様において、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される、試料中の少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧのｍＲＮＡの発現レベルが測定されたＨＥＰＧのそれぞれの基準値（これは特定の実施態様では各基準値の中央値である）と比較して上昇する場合、患者は、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法に応答すると予測される。一実施態様では、応答は臨床的寛解である。一実施態様では、応答は粘膜治癒である。一実施態様では、応答は臨床応答である。所定の実施態様では、患者における寛解は、絶対メイヨークリニックスコア（ａｂｓｏｌｕｔｅ  Ｍａｙｏ  Ｃｌｉｎｉｃ  Ｓｃｏｒｅ）≦２で、＞１の個々のサブスコアがない場合、誘導されていると決定され、これはまた臨床的寛解と称される。所定の実施態様では、患者が軟性Ｓ状結腸鏡検査によって評価して０又は１の内視鏡検査サブスコアを有すると決定される場合に粘膜治癒が生じたと決定される。そのような所定の実施態様では、粘膜治癒を経験する患者は０の内視鏡検査サブスコアを有していると決定される。所定の実施態様では、患者がＭＣＳにおいてベースラインから３ポイント減少及び３０％低下と、直腸出血サブスコアが≧１ポイント減少又は絶対直腸出血スコアが０もしくは１を経験する場合、臨床応答が発生したと決定される。
【００２１】
別の態様では、胃腸炎症性障害に罹患している患者をインテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いと同定する方法が提供される。所定の実施態様では、該方法は、（ａ）患者からの生物学的試料中の、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧのｍＲＮＡの発現レベルを測定することと、（ｂ）（ａ）において測定されたｍＲＮＡ発現レベルを測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての基準レベルと比較することと；（ｃ）（ａ）において測定された各ＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現レベルが測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルよりも高い場合に、患者を、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性がより高いと同定することとを含む。幾つかの実施態様において、少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧは、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＳＬＣ８Ａ３、及びＥＣＨ１から選択される。幾つかの実施態様において、上記で同定されたものに加えて、更なるＨＥＰＧが測定され、その更なるＨＥＰＧはＩＴＧＡＥである。一実施態様では、患者はヒトである。一実施態様では、患者は以前に抗ＴＮＦ治療薬により治療されていない。一実施態様では、胃腸炎症性障害は炎症性腸疾患である。一実施態様では、炎症性腸疾患は潰瘍性大腸炎又はクローン病である。一実施態様では、炎症性腸疾患は潰瘍性大腸炎であり、応答は臨床応答、粘膜治癒及び寛解から選択される。所定の実施態様では、患者における寛解は、絶対メイヨークリニックスコア（ａｂｓｏｌｕｔｅ  Ｍａｙｏ  Ｃｌｉｎｉｃ  Ｓｃｏｒｅ）≦２で、＞１の個々のサブスコアがない場合、誘導されていると決定され、これはまた臨床的寛解と称される。所定の実施態様では、患者が軟性Ｓ状結腸鏡検査によって評価して０又は１の内視鏡検査サブスコアを有すると決定される場合に粘膜治癒が生じたと決定される。そのような所定の実施態様では、粘膜治癒を経験する患者は０の内視鏡検査サブスコアを有していると決定される。所定の実施態様では、患者がＭＣＳにおいてベースラインから３ポイント減少及び３０％低下と、直腸出血サブスコアが≧１ポイント減少又は絶対直腸出血スコアが０もしくは１を経験する場合、臨床応答が発生したと決定される。
【００２２】
更なる態様では、胃腸炎症性障害を有する患者を治療する方法が提供される。所定の実施態様では、該方法は、（ａ）患者からの生物学的試料中の、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧのｍＲＮＡの発現レベルを測定することと、（ｂ）（ａ）において測定された各ＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現レベルを測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての基準レベルと比較することと；（ｃ）（ａ）において測定された各ＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現レベルが測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルよりも高い場合に、患者を、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性がより高いと同定することと；（ｄ）（ａ）において測定された各ＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現レベルが測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルよりも高い場合に、治療法を施し、それにより胃腸炎症性障害を治療することとを含む。幾つかの実施態様において、少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧは、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＳＬＣ８Ａ３、及びＥＣＨ１から選択される。幾つかの実施態様において、上記で同定されたものに加えて、更なるＨＥＰＧが測定され、その更なるＨＥＰＧはＩＴＧＡＥである。一実施態様において、インテグリンベータ７アンタゴニストの１０５ｍｇが４週ごとに１回皮下投与される。一実施態様において、インテグリンベータ７アンタゴニストの２１０ｍｇの初回用量が皮下投与され、初回用量後の２週、４週、８週及び１２週の各々で投与される、インテグリンベータ７アンタゴニストの２１０ｍｇのその後の各用量が皮下投与される、その後の投与が続いた。一実施態様では、患者はヒトである。一実施態様では、患者は以前に抗ＴＮＦ治療薬により治療されていない。一実施態様では、胃腸炎症性障害は炎症性腸疾患である。一実施態様では、炎症性腸疾患は潰瘍性大腸炎又はクローン病である。一実施態様では、炎症性腸疾患は潰瘍性大腸炎であり、応答は臨床応答、粘膜治癒及び寛解から選択される。所定の実施態様では、患者における寛解は、絶対メイヨークリニックスコア（ａｂｓｏｌｕｔｅ  Ｍａｙｏ  Ｃｌｉｎｉｃ  Ｓｃｏｒｅ）≦２で、＞１の個々のサブスコアがない場合、誘導されていると決定され、これはまた臨床的寛解と称される。所定の実施態様では、患者が軟性Ｓ状結腸鏡検査によって評価して０又は１の内視鏡検査サブスコアを有すると決定される場合に粘膜治癒が生じたと決定される。そのような所定の実施態様では、粘膜治癒を経験する患者は０の内視鏡検査サブスコアを有していると決定される。所定の実施態様では、患者がＭＣＳにおいてベースラインから３ポイント減少及び３０％低下と、直腸出血サブスコアが≧１ポイント減少又は絶対直腸出血スコアが０もしくは１を経験する場合、臨床応答が発生したと決定される。
【００２３】
更に別の態様では、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に対する胃腸炎症性障害に罹患している患者の応答を予測する方法、又は胃腸炎症性障害患者の応答性を予測する方法が提供され、ここではＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される、試料中の少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つの低発現予測遺伝子（「ＬＥＰＧ」）の発現が測定される。幾つかの実施態様において、少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧは、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＶＮＮ２、及びＣＣＬ２から選択される。幾つかの実施態様において、少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧは、ＳＬＣ８Ａ３、ＶＮＮ２、及びＴＮＦＳＦ１５から選択される。一実施態様において、生物学的試料は組織生検試料である。一実施態様において、生検は腸組織から得られる。組織生検試料又は腸組織を含む特定のそのような実施態様において、ＬＥＰＧはＳＬＣ８Ａ３を含む。一実施態様において、生物学的試料は末梢全血である。末梢血を含む特定のそのような実施態様において、ＬＥＰＧはＳＬＣ８Ａ３を含まない。一実施態様では、末梢全血はＰＡＸｇｅｎｅ管に採取される。所定の実施態様では、ｍＲＮＡ発現レベルは、ＲＮＡ配列決定法、マイクロアレイ又はＰＣＲ法によって測定される。一実施態様では、ＰＣＲ法はｑＰＣＲである。所定の実施態様において、測定はＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、ＶＮＮ３のうちの一又は複数のｍＲＮＡを増幅すること、及び増幅されたｍＲＮＡを検出すること、それにより増幅されたｍＲＮＡのレベルを測定することを含む。所定の実施態様において、ｍＲＮＡ発現レベルは基準レベルと比較される。幾つかの実施態様において、ｍＲＮＡ発現レベルは測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての基準レベルと比較される。所定の実施態様において、測定された各ＬＥＰＧの基準レベルは中央値である。幾つかの実施態様において、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される、試料中の少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧのｍＲＮＡの発現レベルが測定されたＬＥＰＧのそれぞれの基準値（これは特定の実施態様では各基準値の中央値である）と比較して減少する場合、患者は、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む療法に応答すると予測される。一実施態様では、応答は臨床的寛解である。一実施態様では、応答は粘膜治癒である。一実施態様では、応答は臨床応答である。所定の実施態様では、患者における寛解は、絶対メイヨークリニックスコア（ａｂｓｏｌｕｔｅ  Ｍａｙｏ  Ｃｌｉｎｉｃ  Ｓｃｏｒｅ）≦２で、＞１の個々のサブスコアがない場合、誘導されていると決定され、これはまた臨床的寛解と称される。所定の実施態様では、患者が軟性Ｓ状結腸鏡検査によって評価して０又は１の内視鏡検査サブスコアを有すると決定される場合に粘膜治癒が生じたと決定される。そのような所定の実施態様では、粘膜治癒を経験する患者は０の内視鏡検査サブスコアを有していると決定される。所定の実施態様では、患者がＭＣＳにおいてベースラインから３ポイント減少及び３０％低下と、直腸出血サブスコアが≧１ポイント減少又は絶対直腸出血スコアが０もしくは１を経験する場合、臨床応答が発生したと決定される。
【００２４】
更に別の態様では、胃腸炎症性障害に罹患している患者をインテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いと同定する方法が提供される。所定の実施態様では、該方法は、（ａ）患者からの生物学的試料中の、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧのｍＲＮＡの発現レベルを測定することと、（ｂ）（ａ）において測定されたｍＲＮＡ発現レベルを測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての基準レベルと比較することと；（ｃ）（ａ）において測定された各ＬＥＰＧのｍＲＮＡ発現レベルが測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルよりも低い場合に、患者を、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性がより高いと同定することとを含む。幾つかの実施態様において、少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧは、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＶＮＮ２、及びＣＣＬ２から選択される。幾つかの実施態様において、少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧは、ＳＬＣ８Ａ３、ＶＮＮ２、及びＴＮＦＳＦ１５から選択される。一実施態様では、患者はヒトである。一実施態様では、患者は以前に抗ＴＮＦ治療薬により治療されていない。一実施態様では、胃腸炎症性障害は炎症性腸疾患である。一実施態様では、炎症性腸疾患は潰瘍性大腸炎又はクローン病である。一実施態様では、炎症性腸疾患は潰瘍性大腸炎であり、応答は臨床応答、粘膜治癒及び寛解から選択される。所定の実施態様では、患者における寛解は、絶対メイヨークリニックスコア（ａｂｓｏｌｕｔｅ  Ｍａｙｏ  Ｃｌｉｎｉｃ  Ｓｃｏｒｅ）≦２で、＞１の個々のサブスコアがない場合、誘導されていると決定され、これはまた臨床的寛解と称される。所定の実施態様では、患者が軟性Ｓ状結腸鏡検査によって評価して０又は１の内視鏡検査サブスコアを有すると決定される場合に粘膜治癒が生じたと決定される。そのような所定の実施態様では、粘膜治癒を経験する患者は０の内視鏡検査サブスコアを有していると決定される。所定の実施態様では、患者がＭＣＳにおいてベースラインから３ポイント減少及び３０％低下と、直腸出血サブスコアが≧１ポイント減少又は絶対直腸出血スコアが０もしくは１を経験する場合、臨床応答が発生したと決定される。
【００２５】
更なる態様では、胃腸炎症性障害を有する患者を治療する方法が提供される。所定の実施態様では、該方法は、（ａ）患者からの生物学的試料中の、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧのｍＲＮＡの発現レベルを測定することと、（ｂ）（ａ）において測定された各ＬＥＰＧのｍＲＮＡ発現レベルを測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての基準レベルと比較することと；（ｃ）（ａ）において測定された各ＬＥＰＧのｍＲＮＡ発現レベルが測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルよりも低い場合に、患者を、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性がより高いと同定することと；（ｄ）（ａ）において測定された各ＬＥＰＧのｍＲＮＡ発現レベルが測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルよりも低い場合に、治療法を施し、それにより胃腸炎症性障害を治療することとを含む。幾つかの実施態様において、少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧは、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＶＮＮ２、及びＣＣＬ２から選択される。幾つかの実施態様において、少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧは、ＳＬＣ８Ａ３、ＶＮＮ２、及びＴＮＦＳＦ１５から選択される。一実施態様において、インテグリンベータ７アンタゴニストの１０５ｍｇが４週ごとに１回皮下投与される。一実施態様において、インテグリンベータ７アンタゴニストの２１０ｍｇの初回用量が皮下投与され、初回用量後の２週、４週、８週及び１２週の各々で投与される、インテグリンベータ７アンタゴニストの２１０ｍｇのその後の各用量が皮下投与される、その後の投与が続いた。一実施態様では、患者はヒトである。一実施態様では、患者は以前に抗ＴＮＦ治療薬により治療されていない。一実施態様では、胃腸炎症性障害は炎症性腸疾患である。一実施態様では、炎症性腸疾患は潰瘍性大腸炎又はクローン病である。一実施態様では、炎症性腸疾患は潰瘍性大腸炎であり、応答は臨床応答、粘膜治癒及び寛解から選択される。所定の実施態様では、患者における寛解は、絶対メイヨークリニックスコア（ａｂｓｏｌｕｔｅ  Ｍａｙｏ  Ｃｌｉｎｉｃ  Ｓｃｏｒｅ）≦２で、＞１の個々のサブスコアがない場合、誘導されていると決定され、これはまた臨床的寛解と称される。所定の実施態様では、患者が軟性Ｓ状結腸鏡検査によって評価して０又は１の内視鏡検査サブスコアを有すると決定される場合に粘膜治癒が生じたと決定される。そのような所定の実施態様では、粘膜治癒を経験する患者は０の内視鏡検査サブスコアを有していると決定される。所定の実施態様では、患者がＭＣＳにおいてベースラインから３ポイント減少及び３０％低下と、直腸出血サブスコアが≧１ポイント減少又は絶対直腸出血スコアが０もしくは１を経験する場合、臨床応答が発生したと決定される。
【００２６】
更に他の態様では、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に対する胃腸炎症性障害に罹患している患者の応答を予測する方法、又は胃腸炎症性障害患者の応答性を予測する方法が提供され、ここではＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される、生物学的試料中の少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧの発現が測定され、かつＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される、試料中の少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧの発現が測定される。幾つかの実施態様において、少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧはＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＳＬＣ８Ａ３、及びＥＣＨ１から選択され、かつ少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧはＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＶＮＮ２、及びＣＣＬ２から選択される。幾つかの実施態様において、少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧは、ＳＬＣ８Ａ３、ＶＮＮ２、及びＴＮＦＳＦ１５から選択される。幾つかの実施態様において、各ＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルは測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての基準レベルと比較され、かつ各ＬＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルは測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての基準レベルと比較される。幾つかの実施態様において、測定されたＨＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルが測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルと比較して上昇する場合、かつ測定されたＬＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルが測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルと比較して減少する場合に、患者は治療法に応答すると予測される。一実施態様において、生物学的試料は組織生検試料である。一実施態様において、生検は腸組織から得られる。組織生検試料又は腸組織を含む特定のそのような実施態様において、ＨＥＰＧはＳＬＣ８Ａ３を含まず、かつＬＥＰＧはＳＬＣ８Ａ３を含む。一実施態様において、生物学的試料は末梢全血である。末梢血を含む特定のそのような実施態様において、ＨＥＰＧはＳＬＣ８Ａ３を含み、かつＬＥＰＧはＳＬＣ８Ａ３を含まない。一実施態様では、末梢全血はＰＡＸｇｅｎｅ管に採取される。所定の実施態様では、ｍＲＮＡ発現レベルは、ＲＮＡ配列決定法、マイクロアレイ又はＰＣＲ法によって測定される。一実施態様では、ＰＣＲ法はｑＰＣＲである。所定の実施態様において、測定は、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４Ｌ１．２、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３のうちの一又は複数のｍＲＮＡを増幅し、任意で更にＩＴＧＡＥのｍＲＮＡを増幅すること、及びＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、ＶＮＮ３のうちの一又は複数のｍＲＮＡを増幅すること、及び増幅されたｍＲＮＡを検出すること、それにより増幅されたｍＲＮＡのレベルを測定することを含む。所定の実施態様において、測定された各遺伝子のｍＲＮＡ発現レベルは測定された遺伝子の基準レベル（これは幾つかの実施態様において中央値レベルである）と比較される。一実施態様では、応答は臨床的寛解である。一実施態様では、応答は粘膜治癒である。一実施態様では、応答は臨床応答である。所定の実施態様では、患者における寛解は、絶対メイヨークリニックスコア（ａｂｓｏｌｕｔｅ  Ｍａｙｏ  Ｃｌｉｎｉｃ  Ｓｃｏｒｅ）≦２で、＞１の個々のサブスコアがない場合、誘導されていると決定され、これはまた臨床的寛解と称される。所定の実施態様では、患者が軟性Ｓ状結腸鏡検査によって評価して０又は１の内視鏡検査サブスコアを有すると決定される場合に粘膜治癒が生じたと決定される。そのような所定の実施態様では、粘膜治癒を経験する患者は０の内視鏡検査サブスコアを有していると決定される。所定の実施態様では、患者がＭＣＳにおいてベースラインから３ポイント減少及び３０％低下と、直腸出血サブスコアが≧１ポイント減少又は絶対直腸出血スコアが０もしくは１を経験する場合、臨床応答が発生したと決定される。
【００２７】
別の態様では、胃腸炎症性障害に罹患している患者をインテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性が高いと同定する方法が提供され、該方法は、
（ａ）患者からの生物学的試料中の、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧのｍＲＮＡの発現レベルを測定することと；（ｂ）（ａ）において測定されたｍＲＮＡ発現のレベルを測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての基準レベルと比較することとを含み；該方法は更に、（ｃ）患者からの生物学的試料中の、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルを測定することと；（ｄ）（ｃ）において測定されたｍＲＮＡ発現のレベルを測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての基準レベルと比較すること及び（ｅ）（ａ）において測定された各ＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルが測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルよりも高い場合、かつ（ｃ）において測定された各ＬＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルが測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての各基準レベルよりも低い場合に、患者を、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性がより高いと同定することとを含む。幾つかの実施態様において、少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧはＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＳＬＣ８Ａ３、及びＥＣＨ１から選択され、かつ少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧはＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＶＮＮ２、及びＣＣＬ２から選択される。幾つかの実施態様において、少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧは、ＳＬＣ８Ａ３、ＶＮＮ２、及びＴＮＦＳＦ１５から選択される。幾つかの実施態様において、上記で同定されたものに加えて、更なるＨＥＰＧが測定され、その更なるＨＥＰＧはＩＴＧＡＥである。一実施態様では、患者はヒトである。一実施態様では、患者は以前に抗ＴＮＦ治療薬により治療されていない。一実施態様では、胃腸炎症性障害は炎症性腸疾患である。一実施態様では、炎症性腸疾患は潰瘍性大腸炎又はクローン病である。一実施態様では、炎症性腸疾患は潰瘍性大腸炎であり、応答は臨床応答、粘膜治癒及び寛解から選択される。所定の実施態様では、患者における寛解は、絶対メイヨークリニックスコア（ａｂｓｏｌｕｔｅ  Ｍａｙｏ  Ｃｌｉｎｉｃ  Ｓｃｏｒｅ）≦２で、＞１の個々のサブスコアがない場合、誘導されていると決定され、これはまた臨床的寛解と称される。所定の実施態様では、患者が軟性Ｓ状結腸鏡検査によって評価して０又は１の内視鏡検査サブスコアを有すると決定される場合に粘膜治癒が生じたと決定される。そのような所定の実施態様では、粘膜治癒を経験する患者は０の内視鏡検査サブスコアを有していると決定される。所定の実施態様では、患者がＭＣＳにおいてベースラインから３ポイント減少及び３０％低下と、直腸出血サブスコアが≧１ポイント減少又は絶対直腸出血スコアが０もしくは１を経験する場合、臨床応答が発生したと決定される。
【００２８】
更に他の態様では、胃腸炎症性障害を有する患者を治療する方法が提供され、該方法は、（ａ）患者からの生物学的試料中の、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧのｍＲＮＡの発現レベルを測定することと；（ｂ）（ａ）において測定された各ＨＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルを測定されたＨＥＰＧのそれぞれについての基準レベル（「ＨＥＰＧ基準レベル」）と比較することとを含み；該方法は更に、（ｃ）患者からの生物学的試料中の、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルを測定することと；（ｄ）（ｃ）において測定された各ＬＥＰＧのｍＲＮＡ発現のレベルを測定されたＬＥＰＧのそれぞれについての基準レベル（「ＬＥＰＧ基準レベル」）と比較することと；（ｅ）（ａ）において測定されたＨＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルがＨＥＰＧ基準レベルよりも高く、かつ（ｃ）において測定されたＬＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルがＬＥＰＧ基準レベルよりも低い場合に、患者を、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に応答する可能性がより高いと同定すること；及び（ｆ）（ａ）において測定されたＨＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルがＨＥＰＧ基準レベルよりも高く、かつ（ｃ）において測定されたＬＥＰＧの各々のｍＲＮＡ発現のレベルがＬＥＰＧ基準レベルよりも低い場合に、治療法を施し、それにより胃腸炎症性障害を治療することとを含む。幾つかの実施態様において、少なくとも一つ、少なくとも二つ、少なくとも三つ、又は少なくとも四つのＨＥＰＧはＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＳＬＣ８Ａ３、及びＥＣＨ１から選択され、かつ少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧはＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＶＮＮ２、及びＣＣＬ２から選択される。幾つかの実施態様において、少なくとも一つ、少なくとも二つ、又は少なくとも三つのＬＥＰＧは、ＳＬＣ８Ａ３、ＶＮＮ２、及びＴＮＦＳＦ１５から選択される。幾つかの実施態様において、上記で同定されたものに加えて、更なるＨＥＰＧが測定され、その更なるＨＥＰＧはＩＴＧＡＥである。一実施態様において、インテグリンベータ７アンタゴニストの１０５ｍｇが４週ごとに１回皮下投与される。一実施態様において、インテグリンベータ７アンタゴニストの２１０ｍｇの初回用量が皮下投与され、その後の投与が続き、インテグリンベータ７アンタゴニストの２１０ｍｇの各々が皮下投与され、初回投与後の２週、４週、８週及び１２週の各々で投与される。一実施態様では、患者はヒトである。一実施態様では、患者は以前に抗ＴＮＦ治療薬により治療されていない。一実施態様では、胃腸炎症性障害は炎症性腸疾患である。一実施態様では、炎症性腸疾患は潰瘍性大腸炎又はクローン病である。一実施態様では、炎症性腸疾患は潰瘍性大腸炎であり、応答は臨床応答、粘膜治癒及び寛解から選択される。所定の実施態様では、患者における寛解は、絶対メイヨークリニックスコア（ａｂｓｏｌｕｔｅ  Ｍａｙｏ  Ｃｌｉｎｉｃ  Ｓｃｏｒｅ）≦２で、＞１の個々のサブスコアがない場合、誘導されていると決定され、これはまた臨床的寛解と称される。所定の実施態様では、患者が軟性Ｓ状結腸鏡検査によって評価して０又は１の内視鏡検査サブスコアを有すると決定される場合に粘膜治癒が生じたと決定される。そのような所定の実施態様では、粘膜治癒を経験する患者は０の内視鏡検査サブスコアを有していると決定される。所定の実施態様では、患者がＭＣＳにおいてベースラインから３ポイント減少及び３０％低下と、直腸出血サブスコアが≧１ポイント減少又は絶対直腸出血スコアが０もしくは１を経験する場合、臨床応答が発生したと決定される。
【００２９】
更に別の態様において、胃腸炎症性障害を有する患者を治療することに使用のためのインテグリンベータ７アンタゴニストが提供される。所定の実施態様において、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４Ｌ１．２、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択される少なくとも一の遺伝子のｍＲＮＡ発現のレベルが基準レベルより高い場合、患者は治療され又は治療のために選択される。一実施態様において、上記で同定されたものに加えて、更なる遺伝子が測定され、その更なる遺伝子はＩＴＧＡＥである。所定の実施態様において、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択される少なくとも一の遺伝子のｍＲＮＡ発現のレベルが基準レベルより低い場合、患者は治療され又は治療のために選択される。一実施態様において、測定された各遺伝子の基準レベルは中央値である。一実施態様において、インテグリンベータ７アンタゴニストは、患者を治療することに使用のためのものであり、ここでは１０５ｍｇが４週ごとに１回皮下投与される。一実施態様において、インテグリンベータ７アンタゴニストの２１０ｍｇの初回用量が皮下投与され、その後の投与が続き、インテグリンベータ７アンタゴニストの２１０ｍｇの各々が皮下投与され、初回投与後の２週、４週、８週及び１２週の各々で投与される。
【００３０】
更なる態様において、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４Ｌ１．２、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３から選択されるバイオマーカーに特異的に結合する少なくとも一の薬剤のインビトロでの使用が提供される。一実施態様において、上記で同定されたものに加えて、更なるバイオマーカーに結合する薬剤が測定され、その更なるバイオマーカーはＩＴＧＡＥである。所定の実施態様において、少なくとも一の薬剤は、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療法に応答する可能性が高いとして胃の炎症性障害を有する患者を同定又は選択するために使用され、ここで基準レベル以上のｍＲＮＡ発現のレベルは治療法に応答する可能性が高い患者を同定又は選択する。一実施態様において、基準レベルは中央値である。所定の実施態様において、インビトロでの使用はキットを含む。
【００３１】
更に別の態様において、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３から選択されるバイオマーカーに結合する少なくとも一の薬剤のインビトロでの使用が提供される。所定の実施態様において、少なくとも一の薬剤は、インテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療法に応答する可能性が高いとして胃の炎症性障害を有する患者を同定又は選択するために使用され、ここで基準レベル未満のｍＲＮＡ発現のレベルは治療法に応答する可能性が高い患者を同定又は選択する。一実施態様において、基準レベルは中央値である。所定の実施態様において、インビトロでの使用はキットを含む。
【００３２】
更に別の態様において、患者において胃腸炎症性障害を治療する方法が提供される。所定の実施態様において、患者から得られた生物学的試料は、一以上の特定の遺伝子の上昇したｍＲＮＡ発現レベルを発現することが決定された場合、インテグリンベータ７アンタゴニストの治療的有効量が患者に投与される。幾つかの実施態様において、試料は、中央値と比較して、上昇したＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４Ｌ１．２、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、又はＳＬＣ８Ａ３を発現することが決定されている。幾つかの実施態様において、試料は、同じｍＲＮＡの中央値と比較して、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４Ｌ１．２、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３の二つ、又は三つ又は四つの上昇したｍＲＮＡレベルを発現することが決定されている。幾つかの実施態様において、上記で同定されたものに加えて、更なる遺伝子の上昇したｍＲＮＡレベルを発現することが決定されており、その更なる遺伝子はＩＴＧＡＥである。所定の実施態様において、患者は、同じ遺伝子又は遺伝子（複数）の中央値と比較して、生物学的試料中の特定の遺伝子の上昇したｍＲＮＡ発現レベルに基づいて、治療のために選択されている。一実施態様において、生物学的試料は組織生検試料である。組織生検を含む特定のそのような実施態様において、ＳＬＣ８Ａ３の発現は決定されていない。一実施態様において、生物学的試料は末梢全血である。末梢血を含む特定のそのような実施態様において、ＳＬＣ８Ａ３の上昇した発現が決定されている。一実施態様では、末梢全血はＰＡＸｇｅｎｅ管に採取される。所定の実施態様では、ｍＲＮＡ発現レベルは、ＲＮＡ配列決定法、マイクロアレイ又はＰＣＲ法によって測定される。一実施態様では、ＰＣＲ法はｑＰＣＲである。所定の実施態様において、測定はＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４Ｌ１．２、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、及びＳＬＣ８Ａ３のうちの一又は複数のｍＲＮＡを増幅することを含み、任意で更に、ＩＴＧＡＥのｍＲＮＡを増幅すること及び増幅されたｍＲＮＡを検出すること、それにより増幅されたｍＲＮＡのレベルを測定することを含む。所定の実施態様において、インテグリンベータ７アンタゴニストの投与は以下の一つ以上をもたらす：（１）ＭＣＳがベースラインから３ポイント減少及び３０％低下と、直腸出血サブスコアが≧１ポイント減少又は絶対直腸出血スコアが０もしくは１、（２）内視鏡検査サブスコアが０又は１、（３）＞１の個々のサブスコアなしでＭＣＳ≦２。一実施態様において、インテグリンベータ７アンタゴニストの１０５ｍｇが４週ごとに１回皮下投与される。一実施態様において、インテグリンベータ７アンタゴニストの２１０ｍｇの初回用量が皮下投与され、その後の投与が続き、インテグリンベータ７アンタゴニストの２１０ｍｇの各々が皮下投与され、初回投与後の２週、４週、８週及び１２週の各々で投与される。
【００３３】
更に別の態様において、患者において胃腸炎症性障害を治療する方法が提供される。所定の実施態様において、患者から得られた生物学的試料は、一以上の特定の遺伝子の減少したｍＲＮＡ発現レベルを発現することが決定された場合、インテグリンベータ７アンタゴニストの治療的有効量が患者に投与される。幾つかの実施態様において、試料は、中央値と比較して、減少したＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、又はＶＮＮ３を発現することが決定されている。幾つかの実施態様において、試料は、同じｍＲＮＡの中央値と比較して、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３の二つ又は三つの減少したｍＲＮＡレベルを発現することが決定されている。所定の実施態様において、患者は、同じ遺伝子又は遺伝子（複数）の中央値と比較して、生物学的試料中の特定の遺伝子の減少したｍＲＮＡ発現レベルに基づいて、治療のために選択されている。幾つかの実施態様において、患者は、中央値と比較して、減少した
ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、又はＶＮＮ３の発現に基づいて治療のために選択されている。幾つかの実施態様において、患者は、同じｍＲＮＡについての中央値と比較して、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３の二つ又は三つの減少したｍＲＮＡの発現に基づいて治療のために選択されている。一実施態様において、生物学的試料は組織生検試料である。組織生検試料を含む特定のそのような実施態様において、該方法は、基準値又は中央値に比較して減少したＳＬＣ８Ａ３の発現を含む。一実施態様において、生物学的試料は末梢全血である。末梢血を含む特定のそのような実施態様において、ＳＬＣ８Ａ３の発現は基準値又は中央値に比較して減少していない。一実施態様では、末梢全血はＰＡＸｇｅｎｅ管に採取される。所定の実施態様では、ｍＲＮＡ発現レベルは、ＲＮＡ配列決定法、マイクロアレイ又はＰＣＲ法によって測定される。一実施態様では、ＰＣＲ法はｑＰＣＲである。所定の実施態様において、測定はＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、及びＶＮＮ３のうちの一又は複数のｍＲＮＡを増幅すること、及び増幅されたｍＲＮＡを検出すること、それにより増幅されたｍＲＮＡのレベルを測定することを含む。所定の実施態様において、インテグリンベータ７アンタゴニストの投与は以下の一つ以上をもたらす：（１）ＭＣＳがベースラインから３ポイント減少及び３０％低下と、直腸出血サブスコアが≧１ポイント減少又は絶対直腸出血スコアが０もしくは１、（２）内視鏡検査サブスコアが０又は１、（３）＞１の個々のサブスコアなしでＭＣＳ≦２。一実施態様において、インテグリンベータ７アンタゴニストの１０５ｍｇが４週ごとに１回皮下投与される。一実施態様において、インテグリンベータ７アンタゴニストの２１０ｍｇの初回用量が皮下投与され、その後の投与が続き、インテグリンベータ７アンタゴニストの２１０ｍｇの各々が皮下投与され、初回投与後の２週、４週、８週及び１２週の各々で投与される。
【００３４】
上記実施態様の所定のものでは、胃腸炎症性障害は炎症性腸疾患であり、所定のそのような実施態様では、炎症性腸疾患は潰瘍性大腸炎（ＵＣ）又はクローン病（ＣＤ）であり、所定のそのような実施態様では、インテグリンベータ７アンタゴニストはモノクローナル抗ベータ７抗体である。所定のそのような実施態様では、抗ベータ７抗体はキメラ抗体、ヒト抗体、及びヒト化抗体から選択される。所定の実施態様では、抗ベータ７抗体は抗体断片である。所定の実施態様では、抗ベータ７抗体は６つの超可変領域（ＨＶＲ）を含み、ここで、
（ｉ）ＨＶＲ−Ｌ１がアミノ酸配列Ａ１−Ａ１１を含み、Ａ１−Ａ１１がＲＡＳＥＳＶＤＴＹＬＨ（配列番号１）；ＲＡＳＥＳＶＤＳＬＬＨ（配列番号７）、ＲＡＳＥＳＶＤＴＬＬＨ（配列番号８）、又はＲＡＳＥＳＶＤＤＬＬＨ（配列番号９）又は配列番号１、７、８又は９の変異体（配列番号２６）であり、アミノ酸Ａ２がＡ、Ｇ、Ｓ、Ｔ、及びＶからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ａ３がＳ、Ｇ、Ｉ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｑ、Ｒ、及びＴからなる群から選択され、かつ／又はＡ４がＥ、Ｖ、Ｑ、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、及びＲからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ａ５がＳ、Ｙ、Ａ、Ｄ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｎ、Ｐ、Ｒ、Ｔ、及びＶからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ａ６がＶ、Ｒ、Ｉ、Ａ、Ｇ、Ｋ、Ｌ、Ｍ、及びＱからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ａ７がＤ、Ｖ、Ｓ、Ａ、Ｅ、Ｇ、Ｈ、Ｉ、Ｋ、Ｌ、Ｎ、Ｐ、Ｓ、及びＴからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ａ８がＤ、Ｇ、Ｎ、Ｅ、Ｔ、Ｐ及びＳからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ａ９がＬ、Ｙ、Ｉ及びＭからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ａ１０がＬ、Ａ、Ｉ、Ｍ、及びＶからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ａ１１がＨ、Ｙ、Ｆ、及びＳからなる群から選択され；
（ｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ２がアミノ酸配列Ｂ１−Ｂ８を含み、Ｂ１−Ｂ８がＫＹＡＳＱＳＩＳ（配列番号２）、ＲＹＡＳＱＳＩＳ（配列番号２０）、又はＸａａＹＡＳＱＳＩＳ（配列番号２１、Ｘａａは任意のアミノ酸を表す）又は配列番号２、２０又は２１の変異体（配列番号２７）であり、アミノ酸Ｂ１がＫ、Ｒ、Ｎ、Ｖ、Ａ、Ｆ、Ｑ、Ｈ、Ｐ、Ｉ、Ｌ、Ｙ及びＸａａ（Ｘａａは任意のアミノ酸を表す）からなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｂ４がＳ及びＤからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｂ５がＱ及びＳからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｂ６がＳ、Ｄ、Ｌ、及びＲからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｂ７がＩ、Ｖ、Ｅ、及びＫからなる群から選択され；
（ｉｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ３がアミノ酸配列Ｃ１−Ｃ９を含み、Ｃ１−Ｃ９がＱＱＧＮＳＬＰＮＴ（配列番号３）又は配列番号３の変異体（配列番号２８）であり、アミノ酸Ｃ８がＮ、Ｖ、Ｗ、Ｙ、Ｒ、Ｓ、Ｔ、Ａ、Ｆ、Ｈ、Ｉ、Ｌ、及びＭからなる群から選択され；
（ｉｖ）ＨＶＲ−Ｈ１がアミノ酸配列Ｄ１−Ｄ１０を含み、Ｄ１−Ｄ１０がＧＦＦＩＴＮＮＹＷＧ（配列番号４）であり；
（ｖ）ＨＶＲ−Ｈ２がアミノ酸配列Ｅ１−Ｅ１７を含み、Ｅ１−Ｅ１７がＧＹＩＳＹＳＧＳＴＳＹＮＰＳＬＫＳ（配列番号５）、又は配列番号５の変異体（配列番号２９）であり、アミノ酸Ｅ２がＹ、Ｆ、Ｖ、及びＤからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｅ６がＳ及びＧからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｅ１０がＳ及びＹからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｅ１２がＮ、Ｔ、Ａ、及びＤからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸１３がＰ、Ｈ、Ｄ、及びＡからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｅ１５がＬ及びＶからなる群から選択され、かつ／又はアミノ酸Ｅ１７がＳ及びＧからなる群から選択され；かつ
（ｖｉ）ＨＶＲ−Ｈ３がアミノ酸配列Ｆ２−Ｆ１１を含み、Ｆ２−Ｆ１１がＭＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号６）又はＲＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号１９）であるか；又はアミノ酸配列Ｆ１−Ｆ１１を含み、Ｆ１−Ｆ１１がＡＭＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号１６）、ＡＲＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号１７）、又はＡＱＴＧＳＳＧＹＦＤＦ（配列番号１８）、又は配列番号６、１６、１７、１８又は１９の変異体（配列番号３０）であり、アミノ酸Ｆ２がＲ、Ｍ、Ａ、Ｅ、Ｇ、Ｑ、Ｓであり、かつ／又はアミノ酸Ｆ１１がＦ及びＹからなる群から選択される。
【００３５】
所定の実施態様では、抗ベータ７抗体は、３つの重鎖超可変領域（ＨＶＲ−Ｈ１−Ｈ３）配列と３つの軽鎖超可変領域（ＨＶＲ−Ｌ１−Ｌ３）配列を含み、ここで、
（ｉ）ＨＶＲ−Ｌ１は配列番号７、配列番号８又は配列番号９を含み；
（ｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ２は配列番号２を含み；
（ｉｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ３は配列番号３を含み；
（ｉｖ）ＨＶＲ−Ｈ１は配列番号４を含み；
（ｖ）ＨＶＲ−Ｈ２は配列番号５を含み；かつ
（ｖｉ）ＨＶＲ−Ｈ３は配列番号６又は配列番号１６又は配列番号１７又は配列番号１９を含む。
【００３６】
所定の実施態様では、抗ベータ７抗体は、３つの重鎖超可変領域（ＨＶＲ−Ｈ１−Ｈ３）配列と３つの軽鎖超可変領域（ＨＶＲ−Ｌ１−Ｌ３）配列を含み、ここで、
（ｉ）ＨＶＲ−Ｌ１は配列番号９を含み；
（ｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ２は配列番号２を含み；
（ｉｉｉ）ＨＶＲ−Ｌ３は配列番号３を含み；
（ｉｖ）ＨＶＲ−Ｈ１は配列番号４を含み；
（ｖ）ＨＶＲ−Ｈ２は配列番号５を含み；かつ
（ｖｉ）ＨＶＲ−Ｈ３は配列番号１９を含む。所定の実施態様において、抗ベータ７抗体は、配列番号３１のアミノ酸配列を含む可変軽鎖と配列番号３２のアミノ酸配列を含む可変重鎖を含む。
【００３７】
所定の実施態様において、抗ベータ７抗体は、ｒｈｕＭＡｂベータ７とも呼ばれる、エトロリズマブである。
【図面の簡単な説明】
【００３８】
【図１Ａ−１Ｂ】図１Ａ及び図１Ｂは、以下のコンセンサス配列及び抗ベータ７サブユニット抗体配列の可変軽鎖及び重鎖の配列のアラインメントを示す：軽鎖ヒトサブグループカッパＩコンセンサス配列（図１Ａ、配列番号１２）、重鎖ヒトサブグループＩＩＩコンセンサス配列（図１Ｂ、配列番号１３）、ラット抗マウスベータ７抗体（Ｆｉｂ５０４）可変軽鎖（図１Ａ、配列番号１０）、ラット抗マウスベータ７抗体（Ｆｉｂ５０４）可変重鎖（図１Ｂ、配列番号１１）、及びヒト化抗体変異体：ヒト化ｈｕ５０４Ｋ移植片可変軽鎖（図１Ａ、配列番号１４）、ヒト化ｈｕ５０４Ｋ移植片可変重鎖（図１Ｂ、配列番号１５）、変異体ｈｕ５０４−５、ｈｕ５０４−１６、及びｈｕ５０４−３２（ヒト化ｈｕ５０４Ｋ移植片からのアミノ酸変異は図１Ａに示される）（軽鎖）（出現順にそれぞれ配列番号２２〜２４）及び変異体ｈｕ５０４−５、ｈｕ５０４−１６、及びｈｕ５０４−３２（配列番号２５）について図１Ｂ（重鎖）。
【図２】図２は、エトロリズマブの可変軽鎖領域を示している（図２Ａ）（配列番号３１）及び可変重鎖領域（図２Ｂ）（配列番号３２）を示す。
【図３】図３は、実施例１に記載されるように第ＩＩ相臨床試験のための研究スキーマを示す。
【図４】図４は、実施例１に記載されるように第ＩＩ相非盲検継続投与試験のための研究スキーマを示す。
【図５】図５は、実施例２に記載されるように全患者における併用薬及び以前の抗ＴＮＦ曝露に基づいて治療効果の差を推定するための調整されたｑＰＣＲにより測定される指定された差次的に発現された遺伝子のオッズ比を示す。示されるのは寛解を増加させた遺伝子の差次的発現である。
【図６】図６は、実施例２に記載されるように抗ＴＮＦナイーブ患者における併用薬及び以前の抗ＴＮＦ曝露に基づいて治療効果の差を推定するための調整されたｑＰＣＲにより測定される指定された差次的遺伝子のオッズ比を示す。示されるのは寛解を増加させた遺伝子の差次的発現である。
【図７】図７は、実施例２に記載されるように、選択された遺伝子の双方向クラスタリング（図７Ａ）及びの相関（図７Ｂ）を示すヒートマップである。
【図８】図８は、実施例２に記載されるように、腸生検におけるベースライン遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ＋負荷用量（ＬＤ）（縞模様棒）で治療された患者の割合（パーセンテージ）を示している。（図８Ａ）グランザイムＡ（ＧＺＭＡ）遺伝子発現によって層別化された患者の割合；（図８Ｂ）ＫＬＲＢ１遺伝子発現によって層別化された患者の割合（図８Ｃ）ＦＯＸＭ１遺伝子発現によって層別化された患者の割合；（図８Ｄ）インテグリンアルファＥ（ＩＴＧＡＥ）遺伝子発現によって層別化された患者の割合。パネルの左側、全患者；パネルの右側、以前に腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）活性（抗ＴＮＦナイーブ）の任意のアンタゴニストにより治療されていない患者。
【図９】図９は、実施例２に記載されるように、グランザイムＡ（ＧＺＭＡ）のベースライン発現の中央値より高いレベルはエトロリズマブ治療に対する応答を高めたことを示す。（図９Ａ）腸生検におけるベースラインＧＺＭＡ遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示した。（図９Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、腸生検におけるベースラインＧＺＭＡ遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ活性のアンタゴニスト（ＴＮＦ−ＩＲ）を用いた治療に対して以前に不合格であったか又は不十分な応答を示した患者の割合。（図９Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者から得られたベースライン生検組織におけるＧＡＰＤＨ発現に対するＧＺＭＡ遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図９Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、ＧＺＭＡ可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図１０】図１０は、実施例２に記載されるように、ＫＬＲＢ１のベースライン発現の中央値より高いレベルはエトロリズマブ治療に対する応答を高めたことを示す。（図１０Ａ）腸生検におけるベースラインＫＬＲＢ１遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示した。（図１０Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、腸生検におけるベースラインＫＬＲＢ１遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ−ＩＲ患者の割合。（図１０Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者から得られたベースライン生検組織におけるＧＡＰＤＨ発現に対するＫＬＲＢ１遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図１０Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、ＫＬＲＢ１可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図１１】図１１は、実施例２に記載されるように、ＦＯＸＭ１のベースライン発現の中央値より高いレベルはエトロリズマブ治療に対する応答を高めたことを示す。（図１１Ａ）腸生検におけるベースラインＦＯＸＭ１遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示した。（図１１Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、腸生検におけるベースラインＦＯＸＭ１遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ−ＩＲ患者の割合。（図１１Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者から得られたベースライン生検組織におけるＧＡＰＤＨ発現に対するＦＯＸＭ１遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図１１Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、ＦＯＸＭ１可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図１２】図１２は、実施例２に記載されるように、ＩＴＧＡＥのベースライン発現の中央値より高いレベルはエトロリズマブ治療に対する応答を高めたことを示す。（図１２Ａ）腸生検におけるベースラインＩＴＧＡＥ遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示した。（図１２Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、腸生検におけるベースラインＩＴＧＡＥ遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ−ＩＲ患者の割合。（図１２Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者から得られたベースライン生検組織におけるＧＡＰＤＨ発現に対するＩＴＧＡＥ遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図１２Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、ＩＴＧＡＥ可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図１３】図１３は、実施例２に記載されるように、腸生検におけるベースライン遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ＋ＬＤ（縞模様棒）で治療された患者の割合（パーセンテージ）を示している。（図１３Ａ）ＳＬＣ８Ａ３遺伝子発現によって層別化された患者の割合；（図１３Ｂ）ＴＮＦＳＦ１５遺伝子発現によって層別化された患者の割合（図１３Ｃ）ＣＣＬ２遺伝子発現によって層別化された患者の割合；（図１３Ｄ）ＢＥＳＴ２遺伝子発現によって層別化された患者の割合。
【図１４】図１４は、実施例２に記載されるように、スクリーニング生検組織におけるＳＬＣ８Ａ３のベースライン発現の中央値より低いレベルはエトロリズマブ治療に対する応答を高めたことを示す。（図１４Ａ）腸生検におけるベースラインＳＬＣ８Ａ３遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示した。（図１４Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、腸生検におけるベースラインＳＬＣ８Ａ３遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ−ＩＲ患者の割合。（図１４Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者から得られたベースライン生検組織におけるＧＡＰＤＨ発現に対するＳＬＣ８Ａ３遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図１４Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、ＳＬＣ８Ａ３可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図１５】図１５は、実施例２に記載されるように、ＴＮＦＳＦ１５のベースライン発現の中央値より低いレベルはエトロリズマブ治療に対する応答を高めたことを示す。（図１５Ａ）腸生検におけるベースラインＴＮＦＳＦ１５遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示した。（図１５Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、腸生検におけるベースラインＴＮＦＳＦ１５遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ−ＩＲ患者の割合。（図１５Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者から得られたベースライン生検組織におけるＧＡＰＤＨ発現に対するＴＮＦＳＦ１５遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図１５Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、ＴＮＦＳＦ１５可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図１６】図１６は、実施例２に記載されるように、ＣＣＬ２のベースライン発現の中央値より低いレベルはエトロリズマブ治療に対する応答を高めたことを示す。（図１６Ａ）腸生検におけるベースラインＣＣＬ２遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示した。（図１６Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、腸生検におけるベースラインＣＣＬ２遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ−ＩＲ患者の割合。（図１６Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者から得られたベースライン生検組織におけるＧＡＰＤＨ発現に対するＣＣＬ２遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図１６Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、ＣＣＬ２可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図１７】図１７は、実施例２に記載されるように、ＢＥＳＴ２のベースライン発現の中央値より低いレベルはエトロリズマブ治療に対する応答を高めたことを示す。（図１７Ａ）腸生検におけるベースラインＢＥＳＴ２遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示した。（図１７Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、腸生検におけるベースラインＢＥＳＴ２遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ−ＩＲ患者の割合。（図１７Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者から得られたベースライン生検組織におけるＧＡＰＤＨ発現に対するＢＥＳＴ２遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図１７Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、ＢＥＳＴ２可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図１８】図１８は、（図１８Ａ）実施例２に記載されるように、腸生検におけるベースラインＥＣＨ１遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示したことを示す。（図１８Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、腸生検におけるベースラインＥＣＨ１遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ−ＩＲ患者の割合。（図１８Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者から得られたベースライン生検組織におけるＧＡＰＤＨ発現に対するＥＣＨ１遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図１８Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、ＥＣＨ１可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図１９】図１９は、（図１９Ａ）実施例２に記載されるように、腸生検におけるベースラインＶＮＮ２遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示したことを示す。（図１９Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、腸生検におけるベースラインＶＮＮ２遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ−ＩＲ患者の割合。（図１９Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者から得られたベースライン生検組織におけるＧＡＰＤＨ発現に対するＶＮＮ２遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図１９Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、ＶＮＮ２可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図２０】図２０は、実施例２に記載されるように、ＩＴＧＡＥのベースライン末梢血の遺伝子発現の中央値より高いレベル（この文脈でのベースラインは、スクリーニング時での値と１日目の値の平均値を意味する）はエトロリズマブ治療に対する応答を高めたことを示す。（図２０Ａ）ベースラインの末梢血ＩＴＧＡＥ遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示した。（図２０Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、ベースラインの末梢血ＩＴＧＡＥ遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ−ＩＲ患者の割合。（図２０Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者からの末梢血におけるＧＡＰＤＨ発現に対するＩＴＧＡＥ遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図２０Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、末梢血におけるＩＴＧＡＥ遺伝子発現の可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図２１】図２１は、実施例２に記載されるように、ＥＣＨ１のベースライン末梢血遺伝子発現の中央値より高いレベルはエトロリズマブ治療に対する応答を高めたことを示す。（図２１Ａ）ベースラインの末梢血ＥＣＨ１遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示した。（図２１Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、ベースラインのＥＣＨ１末梢血遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ−ＩＲ患者の割合。（図２１Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者から得られたベースライン生検組織におけるＧＡＰＤＨ発現に対するＥＣＨ１遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図２１Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、末梢血におけるＥＣＨ１遺伝子発現の可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図２２】図２２は、（図２２Ａ）実施例２に記載されるように、ベースラインの末梢血ＦＯＸＭ１遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示したことを示す。（図２２Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、末梢血におけるベースラインＦＯＸＭ１遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ−ＩＲ患者の割合。（図２２Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者から得られたベースラインの末梢血におけるＧＡＰＤＨ発現に対するＦＯＸＭ１遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図２２Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、末梢血におけるＦＯＸＭ１遺伝子発現の可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図２３】図２３は、（図２３Ａ）実施例２に記載されるように、ベースラインの末梢血ＧＺＭＡ遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示したことを示す。（図２３Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、末梢血におけるベースラインＧＺＭＡ遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ−ＩＲ患者の割合。（図２３Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者から得られたベースラインの末梢血試料におけるＧＡＰＤＨ発現に対するＧＺＭＡ遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図２３Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、末梢血におけるＧＺＭＡ遺伝子発現の可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図２４】図２４は、（図２４Ａ）実施例２に記載されるように、ベースラインの末梢血ＫＬＲＢ１遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示したことを示す。（図２４Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、末梢血試料におけるベースラインＫＬＲＢ１遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ−ＩＲ患者の割合。（図２４Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者から得られたベースラインの末梢血試料におけるＧＡＰＤＨ発現に対するＫＬＲＢ１遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図２４Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、末梢血におけるＫＬＲＢ１遺伝子発現の可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図２５】図２５は、実施例２に記載されるように、ＳＬＣ８Ａ３の末梢血遺伝子発現の中央値より高いレベルはエトロリズマブ治療に対する応答を高めたことを示す。（図２５Ａ）末梢血におけるベースラインＳＬＣ８Ａ３遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示した。（図２５Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、末梢血におけるベースラインＳＬＣ８Ａ３遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ−ＩＲ患者の割合。（図２５Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者におけるＧＡＰＤＨ発現に対するＳＬＣ８Ａ３末梢血遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図２５Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、末梢血におけるＳＬＣ８Ａ３遺伝子発現の可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図２６】図２６は、実施例２に記載されるように、ＴＮＦＳＦ１５のベースラインの末梢血発現の中央値より低いレベルはエトロリズマブ治療に対する応答を高めたことを示す。（図２６Ａ）末梢血におけるベースラインＴＮＦＳＦ１５遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示した。（図２６Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、ベースラインの末梢血ＴＮＦＳＦ１５遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ−ＩＲ患者の割合。（図２６Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者におけるＧＡＰＤＨ発現に対するＴＮＦＳＦ１５末梢血遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図２６Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、末梢血におけるＴＮＦＳＦ１５遺伝子発現の可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図２７】図２７は、実施例２に記載されるように、ＶＮＮ２のベースラインの末梢血遺伝子発現の中央値より低いレベルはエトロリズマブ治療に対する応答を高めることを示す。（図２７Ａ）末梢血におけるベースラインＶＮＮ２遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化され、プラセボ（黒棒）、１００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（点描棒）又は３００ｍｇ／用量のエトロリズマブ（縞模様棒）で治療され、１０週目に寛解しているＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者の割合（パーセンテージ）は、１０週目で粘膜治癒を示し又は１０週目で臨床応答を示した。（図２７Ｂ）臨床的寛解（左側）にあったか又はエトロリズマブによる継続的な治療後４〜６週間で臨床応答（右側）を示した、ベースラインの末梢血ＶＮＮ２遺伝子発現（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化された非盲検継続投与試験からのＴＮＦ−ＩＲ患者の割合。（図２７Ｃ）第ＩＩ相エトロリズマブ試験に登録され、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ（抗ＴＮＦナイーブ）又はＴＮＦ−ＩＲ（抗ＴＮＦ不合格）として同定された患者におけるＧＡＰＤＨ発現に対する末梢血ＶＮＮ２遺伝子発現、黒丸：１０週目で非寛解者、白丸：１０週目で寛解者、点線は中央値を示す。（図２７Ｄ）ベースライン、４３日目及び７１日目で、プラセボ群において、末梢血におけるＶＮＮ２遺伝子発現の可変性がＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者（左パネル）及びＴＮＦ−ＩＲ患者（右パネル）において示される。各行は、試験した各時点で一人の患者を表す。
【図２８】図２８は、実施例２に記載されるように、健常対照（ＨＣ）（ｎ＝１４）、潰瘍性大腸炎患者（ＵＣ）（ｎ＝３０）及びクローン病患者（ＣＤ）（ｎ＝６０）からなる、未治療患者試料、コホート１からの生検試料における遺伝子発現レベルを示す。この観察コホートでは、非炎症生検試料は、健常対照及びＵＣ患者からのＳ状結腸、健常対照及びＣＤ患者の上行結腸又は下行結腸から収集した。活動性病変疾患及び隣接する非炎症性領域を有するＵＣ及びＣＤ患者では、炎症性及び非炎症性の対の生検を採取した。ＩＴＧＡＥ（図２８Ａ）、ＧＺＭＡ（図２８Ｂ）、ＶＮＮ２（図２８Ｃ）、ＥＣＨ１（図２８Ｄ）、ＫＬＲＢ１（図２８Ｅ）、ＳＬＣ８Ａ３（図２８Ｆ）、ＴＮＦＳＦ１５（図２８Ｇ）及びＦＯＸＭ１（図２８Ｈ）についてのＧＡＰＤＨに対する相対的な遺伝子発現が示される。統計的な差は、これらの図には示されていない。
【図２９】図２９は、実施例２に記載されるように、健常対照（ｎ＝１０）、及び潰瘍性大腸炎（ＵＣ）（ｎ＝３２）又はクローン病（ＣＤ）（ｎ＝３２）のために切除術を受けた患者からなる、未治療患者試料、コホート２からの末梢血における遺伝子発現レベルを示す。ＧＡＰＤＨに対する相対的な遺伝子発現が、ＩＴＧＡＥ（図２９Ａ）、ＧＺＭＡ（図２９Ｂ）、ＶＮＮ２（図２９Ｃ）、ＥＣＨ１（図２９Ｄ）、ＫＬＲＢ１（図２９Ｅ）、ＳＬＣ８Ａ３（図２９Ｆ）、ＴＮＦＳＦ１５（図２９Ｇ）及びＦＯＸＭ１（図２９Ｈ）について測定された。マンホイットニーを用いて、＊＝ｐ＜０．０５、＊＊＝ｐ＜０．０１、＊＊＊＊＝ｐ＜０．０００１。
【図３０】図３０は、実施例２に記載されるように、エトロリズマブ第ＩＩ相試験中のバイオマーカー層別化による腸腺窩上皮におけるインテグリンアルファＥ−陽性（αＥ＋）細胞に対するエトロリズマブの効果を示している。エトロリズマブ第ＩＩ相試験に登録した患者においてエトロリズマブ又はプラセボによる処置の前後で腸腺窩上皮に関連したαＥ＋細胞が計数された。ベースライン結腸生検のｑＰＣＲ中央値が、グランザイムＡｈｉｇｈ（ＧＺＭＡ）若しくはαＥｈｉｇｈとして（それぞれの場合において、高、中央値以上で）又はグランザイムＡｌｏｗ（ＧＺＭＡ）若しくはαＥｌｏｗとして（それぞれの場合において、低、中央値未満）患者を分類するためのカットオフとして使用された。ベースライン結腸生検グランザイムＡ（図３０Ａ）及びαＥ（図３０Ｂ）の遺伝子発現状態による腸腺窩上皮のαＥ＋細胞のベースライン分布。ベースライン生検グランザイムＡ（図３０Ｃ）及びαＥ遺伝子（図３０Ｄ）の発現レベルによるエトロリズマブ（白丸）又はプラセボ（黒三角）による処置の前後の腸腺窩上皮におけるαＥ＋細胞の変化。＊＊ｐ＜０．０１．Ｓｃｒ＝スクリーニング。
【図３１】図３１は、実施例２に記載されるように、ＵＣ患者のαＥ＋ Ｔ細胞における増加したグランザイムＡ（ＧＺＭＡ）遺伝子発現を示す。（図３１Ａ）Ｔ細胞は、未治療患者試料からの結腸バイオプシー、コホート３から単離され、ＣＤ４、ＣＤ８及びインテグリンαＥの表面発現により選別精製された。ＵＣ患者からのＣＤ４＋αＥ＋ Ｔ細胞は、選別精製されたＵＣ患者からのＣＤ４＋αＥ− Ｔ細胞及び非ＩＢＤ対照被験体からのＣＤ４＋αＥ＋ Ｔ細胞と比較して増加したグランザイムＡ遺伝子発現を有していた。（図３１Ｂ）グランザイムＡ及びインテグリンαＥの遺伝子発現は、ＵＣ患者からの選別精製されたＣＤ４＋αＥ＋ Ｔ細胞と有意に相関していたが、選別精製されたＣＤ８＋αＥ＋ Ｔ細胞とは相関していなかった。（図３１Ｃ）グランザイムＡ及びαＥのベースライン大腸組織遺伝子発現は有意にエトロリズマブ第ＩＩ相試験において相関していた。点線はｑＰＣＲの中央値カットオフを示している。（図３１Ｄ）グランザイムＡの遺伝子発現は、エトロリズマブ第ＩＩ相試験からのベースライン結腸生検における上皮及び固有層におけるαＥ＋細胞の数と有意に相関していた。（図３１Ｅ）未治療患者試料、コホート３におけるＵＣ患者からの結腸生検試料中のグランザイムＡ及びαＥの共免疫蛍光染色を示す代表的な画像。＊Ｐ＜０．０５．＊＊＊＊Ｐ＜０．０００１．
【発明を実施するための形態】
【００３９】
別段の定めがある場合を除き、ここで使用される技術的及び科学的用語は、この発明が属する分野の通常の技術者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。Singleton等，Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 2版，J. Wiley & Sons (New York, N.Y. 1994）、及びMarch, Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanisms and Structure 4版，John Wiley & Sons (New York, N.Y. 1992）は、当業者に本出願において使用されている多くの用語に対する一般的なガイドを提供する。
【００４０】
所定の定義
この明細書を解釈する目的には、次の定義が適用され、適切な場合には、単数で使用される用語は複数をまた含み、その逆もある。以下に記載される何れかの定義が、出典明示によりここに援用される何れかの文献と矛盾している場合には、以下に記載の定義が優先する。
【００４１】
この明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」及び「ｔｈｅ」は、文脈が明らかに他の定義を示していない限り、複数形を含む。よって、例えば「ａ  ｐｒｏｔｅｉｎ」との記載は複数のタンパク質を含み；「ａ  ｃｅｌｌ」との記載は細胞の混合物を含む等々である。
【００４２】
明細書及び添付の特許請求の範囲において与えられる範囲は、端点及び端点間の全ての点の双方を含む。従って、例えば２．０〜３．０の範囲は、２．０、３．０、及び２．０及び３．０の間の全ての点を含む。
【００４３】
「治療」、「治療する」及びその文法的変形語は、治療される個体又は細胞の自然の経過を変化させる試みにおける臨床的介入を意味し、予防のため、又は臨床病理経過中に実施することができる。治療の所望する効果には、疾患の発症又は再発の予防、症状の緩和、疾病の任意の直接的又は間接的な病理学的結果の減少、疾病の進行速度の低減、病状の回復又は緩和、及び寛解又は予後の改善が含まれる。
【００４４】
「治療法（治療レジメン）」は、第２の薬物療法の追加を伴うか又は伴わない、投与量、投与頻度、又は治療期間の組み合わせを意味する。
【００４５】
「有効な治療法（治療レジメン）」は、治療を受ける患者に恩恵のある応答を提供する治療法を意味する。
【００４６】
「治療の変更」とは、投与量、投与頻度、又は治療期間を変更すること、及び／又は第２の薬物療法の追加を含む治療レジメンを変更することを意味する。
【００４７】
「患者応答」は、限定するものではないが以下のものを含む患者に利益を示す任意のエンドポイントを使用して評価できる。（１）緩徐化及び完全な停止を含む、ある程度の疾患進行の阻害；（２）疾患エピソード及び／又は症状の数の減少；（３）病変サイズの減少；（４）近接する末梢器官及び／又は組織への疾患細胞浸潤の阻害（すなわち減少、緩徐化又は完全な停止）；（５）疾患の拡がりの阻害（すなわち減少、緩徐化又は完全な停止）；（６）必ずではないが疾患病変の退縮又は除去が生じ得る自己免疫、免疫、又は炎症反応の減少；（７）障害と関連する一又は複数の症状のある程度の軽減；（８）治療後の無症候期間の増加；及び／又は（９）治療後の特定の時点での死亡率の減少。「応答性」なる用語は完全寛解（ＣＲ）及び一部寛解（ＰＲ）を含む、測定可能な応答を意味する。
【００４８】
「完全寛解」又は「ＣＲ」は、炎症の全兆候の消失又は治療への応答による寛解を意味する。これは必ずしも疾患が治癒したことを意味しない。
【００４９】
「一部寛解」又は「ＰＲ」は、治療に応答して、炎症の重症度の少なくとも５０％の減少を意味する。
【００５０】
患者のインテグリンベータ７アンタゴニストを用いた治療に対する「有益な応答」及び類似の表現は、抗ベータ７インテグリン抗体のようなアンタゴニストを用いた治療の結果から又は結果としての胃腸炎症性障害に罹患するリスクがあるか又は罹患している患者に与えられる臨床的又は治療的恩恵を意味する。そのような恩恵は、アンタゴニストによる治療から又は治療の結果として、患者の細胞性又は生物学的応答、完全奏功、部分奏功、安定疾患（進行又は再発がない）、又は患者の後での再発を伴う応答を含む。
【００５１】
患者の応答性が治療の過程で時間とともに減少しない場合、「患者は治療に対する応答性を維持する」。
【００５２】
ここで使用される場合、「非応答」又は「応答の欠如」又は類似の用語は、インテグリンベータ７アンタゴニストでの治療に対して完全寛解、一部寛解、又は有益な応答がないことを意味する。
【００５３】
ここで使用される「試料」又は「試験試料」なる用語は、例えば物理的、生化学的、化学的及び／又は生理学的特徴に基づいて、特徴付けられ及び／又は同定される、細胞性及び／又は他の分子実体を含んでいる対象とする被験体から得られるか又は被験体由来の組成物を指す。例えば、「疾患試料」なる句及びその変形は、特徴付けられるべきである細胞性及び／又は分子性実体を含むことが予想されるか又は知られている、対象の被験体から得られた任意の試料を指す。試料は対象の被験体の組織から又は被験体の末梢血から得ることができる。例えば、試料は血液及び生物学的起源の他の液体試料及び生検標本などの組織試料、又は組織培養物又はそこから得られた細胞から得ることができる。組織試料の供給源は、新鮮な、凍結された及び／又は保存されていた臓器や組織試料又は生検もしくは吸引による固形組織；血液又は任意の血液構成成分；体液；及び被験体の妊娠期又は発生期の任意の時期の細胞ないし血漿であってもよい。「試料」又は「試験試料」なる用語には、試薬による処理、可溶化又は特定成分、例えばタンパク質又はポリヌクレオチドの増加、又は切断のための半固形又は固形マトリックスへの包埋といった、調達後に何れかの方法で操作されている生物学的試料が含まれる。ここでの目的では、組織試料の「切片」は、組織試料の一部又は断片、例えば、組織の薄切り又は組織から切り取られた細胞を意味する。試料は、限定されるものではないが、全血、血液誘導細胞、血清、血漿、リンパ液、滑液、細胞抽出物、及びそれらの組み合わせを含む。
【００５４】
ここで使用される「基準試料」は比較目的に使用される任意の試料、標準、又はレベルを意味する。一実施態様では、基準試料は同じ被験体又は患者の体（例えば組織又は細胞）の健常な及び／又は非罹患部分から得られる。他の実施態様では、基準試料は同じ被験体又は患者の体の未治療組織及び／又は細胞から得られる。更に他の実施態様では、基準試料は被験体又は患者ではない個体の体（例えば組織又は細胞）の健常な及び／又は非罹患部分から得られる。更に他の実施態様では、基準試料は被験体又は患者ではない個体の体の未治療組織及び／又は細胞部分から得られる。
【００５５】
「ベータ７インテグリンアンタゴニスト」又は「ベータ７アンタゴニスト」は一又は複数の生物学的活性を阻害する任意の分子又はベータ７インテグリンのその関連する一又は複数の分子との結合を遮断するものを意味する。本発明のアンタゴニストは、限定されるものではないが、アルファ４インテグリンサブユニットとの会合、アルファＥインテグリンサブユニットとの会合、アルファ４ベータ７インテグリンのＭＡｄＣＡＭ、ＶＣＡＭ−１又はフィブロネクチンへの結合、及びアルファＥベータ７インテグリンのＥ−カドヘリンへの結合を含む、ベータ７関連効果の一又は複数の態様を調節するために使用することができる。これらの効果は、ベータ７サブユニット又はアルファ４ベータ７又はアルファＥベータ二量体インテグリンへのリガンド結合の破壊を含む任意の生物学的に関連する機構によるか、及び／又は二量体インテグリンの形成が阻害されるようにアルファ及びベータインテグリンサブユニット間の結合を破壊することによって調節され得る。本発明の一実施態様では、ベータ７アンタゴニストは抗ベータ７インテグリン抗体（又は抗ベータ７抗体）である。一実施態様では、抗ベータ７インテグリン抗体は、ヒト化抗ベータ７インテグリン抗体、より具体的には組換えヒト化モノクローナル抗ベータ７抗体、例えばエトロリズマブとも称されるｒｈｕＭＡｂベータ７である。幾つかの実施態様では、本発明の抗ベータ７抗体は、アルファＥインテグリンサブユニットとのベータ７サブユニットの結合、アルファ４インテグリンサブユニットとの会合、アルファ４ベータ７インテグリンのＭＡｄＣＡＭ、ＶＣＡＭ−１又はフィブロネクチンへの結合及びアルファＥベータ７インテグリンのＥ−カドヘリンへの結合を阻害又は阻止する抗インテグリンベータ７アンタゴニスト抗体である。
【００５６】
「ベータ７サブユニット」又は「β７サブユニット」とはヒトβ７インテグリンサブユニットを意味する（Erle et al., (1991) J. Biol. Chem. 266:11009-11016）。ベータ７サブユニットはアルファ４インテグリンサブユニット、例えばヒトα４サブユニットと結合する（Kilger及びHolzmann (1995) J. Mol. Biol. 73:347-354）。アルファ４ベータ７インテグリンは成熟リンパ球の大部分、並びに胸腺細胞、骨髄細胞及び肥満細胞の一部集団において発現されることが報告されている。（Kilshaw and Murant (1991) Eur. J. Immunol. 21:2591-2597; Gurish et al., (1992) 149: 1964-1972；及びShaw, S. K. and Brenner, M. B. (1995) Semin. Immunol. 7:335）。ベータ７サブユニットはまたアルファＥサブユニット、例えばヒトアルファＥインテグリンサブユニットとも結合する（Cepek, K. L, et al. (1993) J. Immunol. 150:3459）。アルファＥベータ７インテグリンは腸上皮内リンパ球（ｉＩＥＬ）上に発現される（上掲のCepek, K. L. (1993)）。
【００５７】
「アルファＥサブユニット」又は「アルファＥインテグリンサブユニット」又は「αＥサブユニット」又は「αＥインテグリンサブユニット」又は「ＣＤ１０３」とは上皮内リンパ球上のベータ７インテグリンに結合することが見出されたインテグリンサブユニットを意味し、このアルファＥベータ７インテグリンはＥ−カドヘリンを発現する腸上皮へのｉＥＬの結合を媒介する（Cepek, K. L. et al. (1993) J. Immunol. 150:3459; Shaw, S. K. and Brenner, M. B. (1995) Semin. Immunol. 7:335）。
【００５８】
「ＭＡｄＣＡＭ」又は「ＭＡｄＣＡＭ−１」は本発明の文脈においては互換的に使用され、タンパク質粘膜アドレシン細胞接着分子−１を意味し、これは短い細胞質テール部、膜貫通領域及び３つの免疫グロブリン様ドメインよりなる細胞外配列を含む一本鎖ポリペプチドである。マウス、ヒト及びマカクのＭＡｄＣＡＭ−１のｃＤＮＡがクローニングされている（Briskin, et al., (1993) Nature, 363:461-464; Shyjan et al., (1996) J. Immunol. 156:2851-2857)。 
【００５９】
「ＶＣＡＭ−１」又は「血管細胞接着分子−１」、「ＣＤ１０６」とは、活性化された内皮上に発現されるアルファ４ベータ７及びアルファ４ベータ１のリガンドを意味し、炎症中の白血球の結合及び遊出のような内皮白血球相互作用において重要である。
【００６０】
「ＣＤ４５」はプロテインチロシンホスファターゼ（ＰＴＰ）ファミリーのタンパク質を意味する。ＰＴＰは細胞増殖、分化、分裂周期、及び癌化を含む種々の細胞過程を制御するシグナル伝達分子であることが知られている。このＰＴＰは細胞外ドメイン、１つの膜貫通セグメント及び２つのタンデムな細胞室内触媒ドメインを含み、よってレセプタータイプのＰＴＰに属する。この遺伝子は造血細胞において特異的に発現される。このＰＴＰはＴ細胞及びＢ細胞抗原レセプターシグナル伝達の必須の調節因子であることが示されている。それは抗原レセプター複合体の構成要素との直接相互作用によるか又は抗原レセプターシグナル伝達に必要な種々のＳｒｃファミリーキナーゼを活性化することによって機能する。このＰＴＰはまたＪＡＫキナーゼを抑制し、よってサイトカインレセプターシグナル伝達の調節因子として機能する。別のアイソフォームをコードする、この遺伝子の４つの選択的スプライシング転写変異体が報告されている。(Tchilian EZ, Beverley PC (2002). ”CD45 in memory and disease.” Arch. Immunol. Ther. Exp. (Warsz.) 50 (2): 85-93. Ishikawa H, Tsuyama N, Abroun S, et al. (2004). ”Interleukin-6, CD45 and the src-kinases in myeloma cell proliferation.” Leuk. Lymphoma 44 (9):1477-81.
【００６１】
ＣＤ４５の様々なアイソフォームが存在している：ＣＤ４５ＲＡ、ＣＤ４５ＲＢ、ＣＤ４５ＲＣ、ＣＤ４５ＲＡＢ、ＣＤ４５ＲＡＣ、ＣＤ４５ＲＢＣ、ＣＤ４５ＲＯ、ＣＤ４５Ｒ（ＡＢＣ）。ＣＤ４５はまた高度に糖化されている。ＣＤ４５Ｒは最長のタンパク質であり、Ｔ細胞から単離された場合、２００ｋＤａで移動する。Ｂ細胞はまたより重い糖鎖付加を伴うＣＤ４５Ｒを発現し、分子量が２２０ｋＤａになり、よってＢ２２０；２２０ｋＤａのＢ細胞アイソフォームと名付けられている。Ｂ２２０発現はＢ細胞に限らず、活性化Ｔ細胞上、樹状細胞のサブセット上及び他の抗原提示細胞でもまた発現され得る。Stanton T, Boxall S, Bennett A, et al. (2004). ”CD45 variant alleles: possibly increased frequency of a novel exon 4 CD45 polymorphism in HIV seropositive Ugandans.” Immunogenetics 56 (2): 107-10.
【００６２】
「腸ホーミングリンパ球」は、腸リンパ節及び組織に選択的にホーミングするが、末梢リンパ節及び組織にホーミングしないことを特徴とするリンパ球のサブグループを意味する。このリンパ球のサブグループは、限定されるものではないが、ＣＤ４、ＣＤ４５ＲＡ及びベータ７の組み合わせを含む複数の細胞表面分子の組み合わせのユニークな発現パターンによって特徴付けられる。典型的には、末梢血ＣＤ４＋リンパ球の少なくとも２つのサブセットはＣＤ４５Ｒ及びベータ７、ＣＤ４５ＲＡ−β７ｈｉｇｈ、及びＣＤ４５ＲＡ−β７ｌｏｗＣＤ４＋細胞のマーカーに基づいて再分割されうる。ＣＤ４５ＲＡ−β７ｈｉｇｈＣＤ４＋細胞は腸リンパ節及び組織に優先的にホーミングするが、ＣＤ４５ＲＡ−β７ｌｏｗＣＤ４＋細胞は末梢リンパ節及び組織に優先的にホーミングする（Rott et al. 1996; Rott et al. 1997; Williams et al. 1998; Rose et al. 1998; Williams and Butcher 1997; Butcher et al. 1999）。腸ホーミングリンパ球は従ってフローサイトメトリーアッセイにおいてＣＤ４５ＲＡ−β７ｈｉｇｈＣＤ４＋として同定されるリンパ球の特徴的なサブグループである。このリンパ球の群を同定する方法は当該分野でよく知られている。
【００６３】
表面マーカーに関してここで使用される場合、記号「＋」は細胞表面マーカーのポジティブな発現を示す。例えば、ＣＤ４＋リンパ球はその細胞の表面上に発現するＣＤ４を有するリンパ球のグループである。
【００６４】
表面マーカーに関してここで使用される場合、記号「−」は細胞表面マーカーのネガティブな発現を示す。例えば、ＣＤ４５ＲＡ−リンパ球はその細胞の表面上に発現するＣＤ４５ＲＡを有さないリンパ球のグループである。
【００６５】
バイオマーカーの「量」又は「レベル」は、当該分野で知られ、本明細書に開示される方法、例えばフローサイトメトリー分析又はｑＰＣＲを用いて決定することができる。
【００６６】
「バイオマーカーの量又はレベルの変化」は、バイオマーカーの基準／比較量と比較してある。所定の実施態様において、変化は、基準又は比較量の値に応じて、約１０％より大きい、又は約３０％より大きい、又は約５０％より大きい、又は約１００％より大きい、又は約３００％より大きい。例えば、基準又は比較量は治療前のバイオマーカーの量とすることができ、より具体的には、ベースライン又は投与前の量とすることができる。
【００６７】
本明細書で使用する語句「と本質的に同じ」とは、前記値（例えば、薬物標的レセプターを飽和させるのに必要とされる薬物の血清レベル）により測定された生物学的特性の脈絡中で当業者はその変化を統計的有意性があるか又は生物学的に意味があるとは考えていないであろうような有意でない程度の変化を表している。例えば、お互いに約２倍未満異なる、又は約３倍未満異なる、又は約４倍未満異なるレセプターを飽和させるのに必要な血清薬物濃度は、本質的に同じと考えられている。
【００６８】
「消化管炎症性障害」は粘膜における炎症及び／又は潰瘍を引き起こす慢性疾患群である。これらの障害は、例えば、炎症性腸疾患（例：クローン病、潰瘍性大腸炎、不確定性大腸炎）、粘膜炎（例：口腔粘膜炎、胃腸粘膜炎、鼻粘膜炎及び直腸炎）、壊死性腸炎及び食道炎を含む。
【００６９】
「炎症性腸疾患」又は「ＩＢＤ」は、本明細書では互換的に使用され、炎症及び／又は潰瘍を引き起こす腸の疾患を指し、クローン病及び潰瘍性大腸炎を含むがこれらに限定されない。
【００７０】
「クローン病（ＣＤ）」及び「潰瘍性大腸炎（ＵＣ）」は、原因不明の慢性炎症性腸疾患である。クローン病は、潰瘍性大腸炎と違い、腸の如何なる部分にも影響し得る。クローン病の最も顕著な特徴は、腸壁の粒状で赤紫色の浮腫性肥厚である。炎症の進行に伴い、こうした肉芽腫は、多くの場合、外接境界を失い、周囲の組織と一体化する。下痢や腸の閉塞が主な臨床的特徴である。潰瘍性大腸炎と同様に、クローン病の経過は持続性又は再発性であり得、軽度又は重度であり得るが、潰瘍性大腸炎とは異なり、クローン病は腸の患部の切除によって治癒可能ではない。クローン病患者の大半は、ある時点で手術を必要とするが、その後の再発は一般的であり、継続的な治療が通常である。
【００７１】
クローン病は、一般的には、回結腸、小腸、結腸、肛門直腸の領域に現れるが、口から肛門までの消化管の任意の部分に影響し得る。病理組織学的に、この疾患は非連続性の肉芽腫症、陰窩膿瘍、裂溝及びアフタ性潰瘍により顕在化する。炎症性浸潤物は、リンパ球（Ｔ細胞とＢ細胞の両方）、形質細胞、マクロファージ及び好中球からなる混合物である。ＩｇＭ分泌形質細胞及びＩｇＧ分泌形質細胞、マクロファージ並びに好中球における不均衡な増加がある。
【００７２】
抗炎症薬のスルファサラジン及び５−アミノサリチル酸（５−ＡＳＡ）は、穏やかに活性な結腸クローン病を治療するために使用され、一般に、疾患の寛解を維持するために処方される。メトロニダゾール及びシプロフロキサシンはスルファサラジンと有効性が類似しており、特に肛門周囲の疾患を治療するために処方される。より重症なケースでは、副腎皮質ステロイドは、激しい増悪を治療するために処方され、時には寛解を維持し得る。また、アザチオプリン及び６−メルカプトプリンも、副腎皮質ステロイドの慢性投与を必要とする患者において用いられている。これらの薬物は、長期の予防において役割を果たし得ることが示唆されている。残念ながら、一部の患者において、作用の発現までに非常に長い遅延（最大６ヶ月）が生じ得る。また、止瀉薬も一部の患者において症状緩和を提供し得る。栄養療法又は成分栄養法は、患者の栄養状態を改善し、急性疾患の症状改善を誘導するものの、持続的な臨床的寛解は誘導しない。抗生物質は、二次小腸細菌の異常増殖の治療及び化膿性合併症の治療に使用される。
【００７３】
「潰瘍性大腸炎（ＵＣ）」は大腸に影響を与える。疾患の経過は、持続性又は再発性であり得、軽度又は重度であり得る。最初期の病変は、リーベルキューンの陰窩の基部に膿瘍形成を伴う炎症性浸潤である。こうした膨張性且つ破裂性の陰窩の癒着は、覆っている粘膜をその血液供給から切り離す傾向にあり、潰瘍形成をもたらす。疾患の症状は痙攣、下腹部痛、直腸出血、並びに主として血液、膿及びわずかな糞便粒子を伴う粘液からなる、頻発する緩い排出物を含む。急性、重度又は慢性、非寛解性の潰瘍性大腸炎では結腸全摘除術が必要となる場合がある。
【００７４】
ＵＣの臨床的特徴は極めて変動的であり、発症は潜行性又は突発性であってもよく、下痢、しぶり腹及び再発性直腸出血を含み得る。全結腸に急激な発症があれば、中毒性巨大結腸、致命的な緊急事態が起こり得る。腸外の徴候は関節炎、壊疽性膿皮症、ブドウ膜炎及び結節性紅斑を含む。
【００７５】
ＵＣの治療は軽度の症例ではスルファラジン及び関連のサリシレート含有薬、また、重度の症例では副腎皮質ステロイド薬を含む。サリシレート又は副腎皮質ステロイドの局所投与は場合によっては、特に疾患が遠位の腸に限局されている場合は有効であり、全身使用と比較して低減された副作用を伴う。鉄及び抗下痢剤の投与のような補助的処置が場合により適応される。また、アザチオプリン、６−メルカプトプリン及びメトトレキサートは場合により、難治性の副腎皮質ステロイド依存症例における使用のために処方される場合がある。
【００７６】
「有効量」とは、所望の治療的又は予防的結果を達成するのに必要な用量及び期間での有効量を指す。
【００７７】
本明細書で使用される場合、用語「患者」は治療が望まれる任意の単独の被験体を指す。特定の実施態様では、本明細書中の患者はヒトである。
【００７８】
本明細書中の「被験体」は典型的にはヒトである。特定の実施態様では、被験体は非ヒト哺乳動物である。例示的非ヒト哺乳動物は、実験動物、家畜、ペット、競技用動物及び畜産動物、例えば、マウス、ネコ、イヌ、ウマ及びウシを含む。一般的に、被験体は治療、例えば、胃腸炎症性障害の治療の対象である。
【００７９】
用語「抗体」及び「イムノグロブリン」は互換性をもって広義の意味で用いられ、モノクローナル抗体（例えば、完全長抗体又はインタクトなモノクローナル抗体）、ポリクローナル抗体、単価抗体、多価抗体、多重特異性抗体（例えば、所望の生物活性を示す限り、二重特異性、三重特異性抗体等）を含み、また（本明細書で更に詳述される）特定の抗体断片も含み得る。抗体はヒト、ヒト化及び／又は親和性成熟したものであり得る。
【００８０】
「抗体断片」はインタクトな抗体の一部のみを含んでなるものであり、その一部は、インタクトな抗体に存在する場合にその一部に通常伴う機能の少なくとも一、典型的にはその殆ど又は全てを保持するのが好ましい。一実施態様では、抗体断片はインタクトな抗体の抗原結合部位を含み、よって抗原結合能を保持する。他の実施態様では、抗体断片は、例えばＦｃ領域を含んでなるものは、インタクトな抗体に存在する場合のＦｃ領域に通常伴う生物学的な機能、例えばＦｃＲｎ結合、抗体半減期の調節、ＡＤＣＣ機能及び補体結合性の少なくとも一を保持する。一実施態様では、抗体断片は、インタクトな抗体に実質的に類似したインビボ半減期を有する一価抗体である。例えば、このような抗体断片は、インビボ安定性を断片に与えることができるＦｃ配列に結合した抗原結合アームを含みうる。
【００８１】
本明細書で使用される用語「モノクローナル抗体」なる用語は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を指し、すなわち、集団に含まれる個々の抗体は、少量で存在しうる自然に生じる可能性がある突然変異を除いて同一である。モノクローナル抗体は高度に特異的であり、単一の抗原に対するものである。更に、異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を通常含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対するものである。
【００８２】
本発明のモノクローナル抗体は、特に、重鎖及び／又は軽鎖の一部が特定の種由来又は特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列に一致するか又は類似し、鎖の残りが他の種由来又は他の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応する配列に一致するか又は類似する「キメラ」抗体、並びに所望の生物学的活性を示す限り、そのような抗体の断片を含む（米国特許第４８１６５６７号；及びMorrison等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855(1984)）。
【００８３】
非ヒト（例えばマウス）抗体の「ヒト化」形とは、非ヒト免疫グロブリンから得られた最小配列を含むキメラ抗体である。多くの場合、ヒト化抗体は、レシピエントの超可変領域の残基が、マウス、ラット、ウサギ又は非ヒト霊長類のような所望の特異性、親和性及び能力を有する非ヒト種（ドナー抗体）の超可変領域の残基によって置換されたヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。ある場合には、ヒト免疫グロブリンのフレームワーク領域（ＦＲ）残基は、対応する非ヒト残基によって置換される。更に、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にもドナー抗体にも見出されない残基を含んでいてもよい。これらの修飾は抗体の特性を更に洗練するために行われる。一般的に、ヒト化抗体は、全て又は殆ど全ての高頻度可変ループが非ヒト免疫グロブリンのものに一致し、全て又は殆ど全てのＦＲがヒト免疫グロブリン配列である、少なくとも１つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含む。また、ヒト化抗体は、場合によっては、免疫グロブリンの定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部、典型的にはヒト免疫グロブリンの定常領域の少なくとも一部を含む。更なる詳細については、Jones et al., Nature 321:522-525 (1986); Riechmann et al., Nature 332:323-329 (1988); and Presta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596 (1992)を参照。また、以下の概説文献及びそこに挙げられた文献も参照のこと：Vaswani及びHamilton, Ann. Allergy, Asthma & Immunol. 1:105-115 (1998);Harris, Biochem. Soc. Transactions 23:1035-1038 (1995)；Hurle及びGross, Curr. Op. Biotech. 5:428-433 (1994)。
【００８４】
「ヒト抗体」は、ヒトによって生産される抗体のアミノ酸配列に相当するアミノ酸配列を含むもの、及び／又はここに開示されたヒト抗体を作製する任意の技術を使用して製造されたものである。そのような技術には、ファージディスプレイのようなヒト由来コンビナトリアルライブラリーのスクリーニング（例えば、Marks et al., J. Mol. Biol., 222: 581-597 (1991)及びHoogenboom et al., Nucl. Acids Res., 19: 4133-4137 (1991)を参照）；ヒトモノクローナル抗体産生のためのヒトミエローマ及びマウス−ヒトヘテロミエローマ細胞株の使用（例えば、Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984); Brodeur et al., Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, pp.55-93 (Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)；及びBoerner et al., J. Immunol., 147: 86 (1991)を参照）；及び内因性の免疫グロブリン産生の不在下でヒト抗体の完全なレパートリーを産生可能なトランスジェニック動物（例えばマウス）におけるモノクローナル抗体の生産（例えば、Jakobovits et al., Proc. Natl. Acad. Sci USA, 90: 2551 (1993); Jakobovits et al., Nature, 362: 255 (1993); Bruggermann et al.,Year in Immunol., 7: 33 (1993)を参照）が含まれる。ヒト抗体のこの定義は、特に非ヒト動物由来の抗原結合残基を含むヒト化抗体を除く。
【００８５】
「単離された」抗体とは、その自然環境の成分から同定され分離され及び／又は回収されたものである。その自然環境の汚染成分とは、その抗体の診断又は治療への使用を妨害する物質であり、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質様又は非タンパク質様溶質を含み得る。所定の実施態様では、抗体は、（１）ローリー（Ｌｏｗｒｙ）法によって決定した場合９５重量％より多く、最も好ましくは９９重量％より多い抗体まで、（２）スピニングカップシークエネーターを使用することにより、少なくとも１５残基のＮ末端あるいは内部アミノ酸配列の残基を得るのに充分な程度まで、あるいは（３）クーマシーブルーあるいは銀染色を用いた還元又は非還元条件下でのＳＤＳ−ＰＡＧＥによる均一性まで精製されるであろう。単離された抗体には、組換え細胞内のインサイツの抗体が含まれるが、これは抗体の自然環境の少なくとも一の成分が存在しないからである。しかしながら、通常は、単離された抗体は少なくとも一の精製工程により調製されるであろう。
【００８６】
本明細書で使用される場合、用語「超可変領域」、「ＨＶＲ」又は「ＨＶ」なる用語は、配列中の高頻度に可変している及び／又は構造的に定まったループを形成する抗体可変ドメインの領域を指す。通常、抗体は、ＶＨ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）の３つと、ＶＬ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）の３つの計６つの超可変領域を含んでなる。多数の超可変領域の描写が使用され、本明細書に包含される。Ｋａｂａｔ相補性決定領域（ＣＤＲ）は、配列多様性に基づいており、最も一般的に用いられるものである（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)）。Ｃｈｏｔｈｉａは、代わりに構造的ループの位置を指す（Chothia and Lesk J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)）。ＡｂＭ高頻度可変領域は、ＫａｂａｔＣＤＲとＣｈｏｔｈｉａ構造ループとが組み合わさったものであり、Ｏｘｆｏｒｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ’ｓ  ＡｂＭ抗体モデリングソフトウェアにより使用される。「接触」超可変領域は、利用できる複雑な結晶構造の分析に基づくものである。これらの各ＨＶＲからの残基を以下に記す。
2020062013.tif 000003
【００８７】
超可変領域は、次のような「拡大高頻度可変領域」を含むことができる、即ち、ＶＬの２４−３６又は２４−３４（Ｌ１）、４６−５６又は４９−５６又は５０−５６又は５２−５６（Ｌ２）及び８９−９７（Ｌ３）と、ＶＨの２６−３５（Ｈ１）、５０−６５又は４９−６５（Ｈ２）及び９３−１０２、９４−１０２、又は９５−１０２（Ｈ３）である。可変ドメイン残基には、これら各々を規定するために、上掲のＫａｂａｔ等に従って番号が付される。
【００８８】
「フレームワーク」又は「ＦＲ」残基はここで定義される超可変領域残基以外の可変ドメイン残基である。
【００８９】
「ヒトコンセンサスフレームワーク」は、ヒト免疫グロブリンＶＬ又はＶＨフレームワーク配列の選別において、最も共通して生じるアミノ酸残基を表すフレームワークである。通常、ヒト免疫グロブリンＶＬ又はＶＨ配列は、可変ドメイン配列のサブグループから選別する。通常、配列のサブグループはＫａｂａｔ等によるサブグループである。一実施態様では、ＶＬについて、サブグループはＫａｂａｔ等によるサブグループκＩである。一実施態様では、ＶＨについて、サブグループはＫａｂａｔ等によるサブグループＩＩＩである。
【００９０】
「親和性成熟」抗体は、その１つ以上のＣＤＲに１つ以上の改変を有する抗体であって、そのような改変を有しない親抗体と比較して、抗原に対する抗体の親和性が向上している。所定の実施態様では、親和性成熟抗体は、標的抗原に対して、ナノモル又は更にはピコモル単位の親和性を有する。親和成熟抗体は、当技術分野において既知の方法により生産される。Ｍａｒｋｓらは、Bio/Technology 10:779-783 (1992)において、ＶＨドメインとＶＬドメインのシャフリングによる親和成熟を開示している。ＣＤＲ及び／又はフレームワーク残基のランダムな突然変異誘発が、Barbas et al. Proc Nat. Acad. Sci, USA 91:3809-3813 (1994); Schier et al. Gene 169:147-155 (1996); Yelton et al. J. Immunol. 155:1994-2004 (1995); Jackson et al., J. Immunol. 154(7):3310-9 (1995)；及びHawkins et al. J. Mol. Biol. 226:889-896 (1992)に記載されている。
【００９１】
本明細書で使用される「実質的に類似」又は「実質的に同じ」なる句は、当業者が２つの数値（一般的には、本発明の抗体に関連するものと参照／比較抗体に関連する他のもの）の差異に、該値によって測定される生物学的性質上僅かに又は全く生物学的及び／又は統計学的有意差がないと認められるほど、２つの数値が十分に高く類似していることを意味する。
【００９２】
一般的に「結合親和性」は、分子（例えば抗体）の単一結合部位とその結合パートナー（例えば抗原）との間の非共有結合的な相互作用の合計強度を意味する。本明細書で使用する場合、特に断らない限り、「結合親和性」は、結合対のメンバー（例えば抗体と抗原）間の１：１相互作用を反映する固有の結合親和性を意味する。一般的に、分子ＸのそのパートナーＹに対する親和性は、解離定数（Ｋｄ）として表される。親和性は、本明細書に記載される方法を含む、当技術分野で公知の一般的方法により測定することができる。低親和性抗体は一般的に抗原にゆっくり結合してすぐに解離する傾向があるのに対し、高親和性抗体は一般的に抗原により速く結合し、より長く結合を維持する傾向がある。結合親和性の種々の測定方法は当技術分野において周知であり、それらの何れも本発明の目的ために用いることができる。
【００９３】
抗体又は免疫グロブリンに関連した用語「可変」は、可変ドメインの特定の部分が抗体間で配列が広範囲に異なり、その特定の抗原に対する各特定の抗体の結合及び特異性に使用されているという事実を指す。しかしながら、可変性は、抗体の可変ドメインにわたって均一に分布しているのではない。それは、軽鎖及び重鎖可変ドメイン双方の超可変領域と称される三つのセグメントに集中している。可変ドメインのより高度に保存されている部分は、フレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる。天然の重鎖及び軽鎖の可変ドメインは、βシート構造を結合し、ある場合にはその一部を形成するループ結合を形成する、３つの超可変領域により連結されたβシート配置を主にとる４つのＦＲをそれぞれ含んでいる。各鎖の高頻度可変領域は、ＦＲによって近接して保持され、他の鎖の超可変領域と共に、抗体の抗原結合部位の形成に寄与している（Kabat et al., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991)を参照）。定常ドメインは、抗体の抗原への結合に直接には関連していないが、様々なエフェクター機能、例えば抗体依存性細胞傷害活性（ＡＤＣＣ）における抗体の関与を示す。
【００９４】
抗体のパパイン消化は、「Ｆａｂ」断片と呼ばれる２つの同一の抗体結合断片を生成し、その各々は単一の抗原結合部位を持ち、残りは容易に結晶化する能力を反映して「Ｆｃ」断片と命名される。ペプシン処理はＦ（ａｂ’）２断片を生じ、これは２つの抗原結合部位を持ち、抗原をなお架橋することができる。
【００９５】
「Ｆｖ」は、完全な抗原認識及び抗原結合部位を含む最小抗体断片である。この領域は、堅固な非共有結合をなした、一つの重鎖と一つの軽鎖可変ドメインとの二量体からなる。この配置において、各可変ドメインの３つの高頻度可変領域が相互に作用してＶＨ−ＶＬ二量体表面に抗原結合部位を形成する。集合的に、６つの超可変領域が抗体に抗原結合特異性を付与する。しかし、単一の可変ドメイン（又は抗原に対して特異的な３つの高頻度可変領域のみを含むＦｖの半分）でさえ、全結合部位よりも親和性が低くなるが、抗原を認識して結合する能力を有している。
【００９６】
Ｆａｂ断片はまた軽鎖の定常ドメインと重鎖の第一定常領域（ＣＨ１）を有する。Ｆａｂ’断片は、抗体ヒンジ領域からの一又は複数のシステインを含む重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端に数個の残基が付加されている点でＦａｂ断片とは異なる。Ｆａｂ’−ＳＨは、定常ドメインのシステイン残基が少なくとも一つの遊離チオール基を有しているＦａｂ’に対するここでの命名である。Ｆ（ａｂ’）２抗体断片は、間にヒンジシステインを有するＦａｂ’断片の対として生産された。抗体断片の他の化学結合も知られている。
【００９７】
任意の脊椎動物種からの抗体の「軽鎖」には、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）及びラムダ（λ）と呼ばれる２つの明確に区別される型の一つが割り当てられる。
【００９８】
その重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、抗体（免疫グロブリン）は異なるクラスが割り当てられることができる。免疫グロブリンには５つの主なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭがあり、更にこれらの幾つかは、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２等のサブクラス（アイソタイプ）に分かれる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。免疫グロブリンの異なるクラスのサブユニット構造及び三次元立体配位はよく知られており、一般に、例えばAbbas et al. Cellular and Mol. Immunology, 4th ed. (W. B. Saunders, Co., 2000)に記載されている。抗体は、抗体と一又は複数の他のタンパク質若しくはペプチドとの共有的又は非共有的結合により形成される大きな融合分子の一部であってもよい。
【００９９】
「全長抗体」、「インタクトな抗体」及び「全抗体」なる用語は、以下に定義する抗体断片ではなく、その実質的にインタクトな形態の抗体を意味するためにここでは交換可能に使用される。この用語は、特にＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
【０１００】
本明細書における目的のための「ネイキッド抗体」は、細胞傷害性部分又は放射標識にコンジュゲートされない抗体である。
【０１０１】
本明細書において用語「Ｆｃ領域」は、天然配列Ｆｃ領域及び異変Ｆｃ領域を含む、免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するために使用される。免疫グロブリン重鎖のＦｃ領域の境界は変化するかも知れないが、通常、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域はＣｙｓ２２６の位置又はＰｒｏ２３０からの位置のアミノ酸残基からＦｃ領域のカルボキシル末端まで伸長すると定義される。Ｆｃ領域のＣ末端リジン（ＥＵ番号付けシステムによれば残基４４７）は、例えば、抗体の産生又は精製中に、又は抗体の重鎖をコードする核酸を組換え遺伝子操作することによって取り除かれてもよい。従って、インタクトな抗体の組成物は、全てのＫ４４７残基が除去された抗体集団、Ｋ４４７残基が除去されていない抗体集団、及びＫ４４７残基を有する抗体と有さない抗体の混合物を含む抗体集団を含みうる。
【０１０２】
特に明記しない限り、本明細書における免疫グロブリン重鎖の残基の番号付けは、出典明示によってここに明示的に援用されるKabat等，Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5版 Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)のＥＵインデックスのものである。「ＫａｂａｔのＥＵインデックス」はヒトＩｇＧ１  ＥＵ抗体の残基番号付けを指す。
【０１０３】
「機能的Ｆｃ領域」は、天然配列Ｆｃ領域の「エフェクター機能」を有する。例示的な「エフェクター機能」には、Ｃ１ｑ結合、補体依存性細胞障害作用（ＣＤＣ）、Ｆｃレセプター結合、抗体依存性細胞媒介性細胞障害作用（ＡＤＣＣ）、食作用、細胞表面レセプター（例えばＢ細胞レセプター；ＢＣＲ）の下方制御などが含まれる。そのようなエフェクター機能は、通常、Ｆｃ領域が結合ドメイン（例えば、抗体可変ドメイン）と組み合わさることを必要とし、例えばここに開示される様々なアッセイを使用して評価される。
【０１０４】
「天然配列のＦｃ領域」は、天然に見出されるＦｃ領域のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を包含する。天然配列のヒトＦｃ領域は、天然配列のヒトＩｇＧ１Ｆｃ領域（非Ａ及びＡアロタイプ）；天然配列のヒトＩｇＧ２Ｆｃ領域；天然配列のヒトＩｇＧ３Ｆｃ領域；及び天然配列のヒトＩｇＧ４Ｆｃ領域；並びにこれらの自然に生じる変異体が含まれる。
【０１０５】
「変異体Ｆｃ領域」は、少なくとも１つのアミノ酸修飾により、天然配列のＦｃ領域とは異なるアミノ酸配列を含む。所定の実施態様では、変異体Ｆｃ領域は、天然配列のＦｃ領域もしくは親ポリペプチドのＦｃ領域と比較した場合、少なくとも１つのアミノ酸置換、例えば、天然配列のＦｃ領域又は親のポリペプチドのＦＣ領域におよそ１からおよそ１０のアミノ酸置換、好ましくはおよそ１からおよそ５のアミノ酸置換を有する。所定の実施態様では、ここでの変異体Ｆｃ領域は、天然配列のＦｃ領域及び／又は親ポリペプチドのＦｃ領域と、少なくともおよそ８０％の相同性、又は少なくともおよそ９０％の相同性、又は少なくともおよそ９５％の相同性を有するであろう。
【０１０６】
それらの重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、インタクトな抗体に様々な「クラス」をあてがうことができる。インタクトな抗体の５種の主要なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、及びＩｇＭがあり、これらの幾つかは更に「サブクラス」（アイソタイプ）、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ、及びＩｇＡ２に分けることができる。種々のクラスの抗体に対応する重鎖定常ドメインは、それぞれ、α、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。免疫グロブリンの異なるクラスのサブユニット構造及び三次元立体配位はよく知られている。
【０１０７】
「抗体依存性細胞媒介細胞障害活性」及び「ＡＤＣＣ」は、Ｆｃレセプター（ＦｃＲ）（例えば、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、好中球、及びマクロファージ）を発現する非特異性細胞障害性細胞が標的細胞上の結合した抗体を認識し、続いて標的細胞の溶解を引き起こす、細胞媒介反応を意味する。ＡＤＣＣを媒介する一次細胞であるＮＫ細胞は、ＦｃγＲＩＩＩのみを発現する一方、単球はＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩを発現する。造血性細胞でのＦｃＲの発現は、Ravetch and Kinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991)の４６４頁の表３に要約されている。対象とする分子のＡＤＣＣ活性を評価するために、例えば米国特許第５５００３６２号又は５８２１３３７号に記載されているようなインビトロＡＤＣＣアッセイが実施されうる。このようなアッセイに有用なエフェクター細胞は、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）及びナチュラルキラー（ＮＫ）細胞を含む。他に、又は更に対象とする分子のＡＤＣＣ活性は、例えばClynes et al. PNAS (USA) 95:652-656 (1998)に記載されている様な哺乳動物のモデルでインビボの評価がされうる。
【０１０８】
「ヒトエフェクター細胞」は、一つ以上のＦｃＲを発現する白血球であり、エフェクター機能を果たす。所定の実施態様では、細胞は、少なくともＦＣγＲＩＩＩを発現し、ＡＤＣＣエフェクター機能を果たす。ＡＤＣＣを媒介するヒト白血球の例は、末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）、ナチュラルキラー（ＮＫ）細胞、単球、細胞傷害性Ｔ細胞及び好中球を含む。。エフェクター細胞は、その天然の供給源、例えば本明細書に記載の血液又はＰＢＭＣから単離されてもよい。
【０１０９】
「Ｆｃレセプター」又は「ＦｃＲ」という用語は、抗体のＦｃ領域に結合するレセプターを記述するために使用される。所定の実施態様では、ＦｃＲは、天然配列ヒトＦｃＲである。更に、ＦｃＲは、ＩｇＧ抗体（γレセプター）に結合するものであり、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩサブクラスのレセプターを含み、これらのレセプターの対立遺伝子変異体及び選択的スプライシング型を含む。ＦｃγＲＩＩレセプターは、ＦｃγＲＩＩＡ（「活性化レセプター」）及びＦｃγＲＩＩＢ（「阻害レセプター」）を含み、それらは、主としてその細胞質ドメインにおいて異なる類似のアミノ酸配列を有する。活性化ＦｃγＲＩＩＡは、その細胞質ドメインに、免疫レセプターチロシン−ベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）を有する。阻害レセプターＦｃγＲＩＩＢは、その細胞質ドメインに、免疫レセプターチロシン−ベース活性化モチーフ（ＩＴＩＭ）を有する（概説Daeron, Annu. Rev. Immunol., 15:203-234(1997)を参照）。ＦｃＲはRavetch及びKinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991)；Capel等，Immunomethods 4:25-34 (1994)；及びde Has等，J. Lab. Clin. Med. 126:330-41 (1995)において概説されている。将来同定されるものも含む他のＦｃＲが、ここにおける「ＦｃＲ」なる用語によって包含される。また、この用語は胎児への母性ＩｇＧｓの移動の原因であり（Guyer等，J. Immumol. 117:587 (1976)及びKim等，J. Immunol. 24:249 (1994)）、また免疫グロブリンのホメオスタシスを調節する新生児レセプターであるＦｃＲｎも含む。新生児のＦｃレセプター（ＦｃＲｎ）への結合が向上し、半減期が増加している抗体は、国際公開第００／４２０７２号（Ｐｒｅｓｔａ、Ｌ．）及び米国公開特許第２００５／００１４９３４号Ａ１（Ｈｉｎｔｏｎ等）に記述される。これらの抗体は、その中にＦｃＲｎへのＦｃ領域の結合を向上させる一又は複数の置換を有するＦｃ領域を含んでなる。例えば、Ｆｃ領域は、一又は複数の位置２３８、２５０、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１４、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４、４２８又は４３４（残基のＥｕ番号付け）に置換を有してもよい。所定の実施態様では、向上したＦｃＲｎ結合を有するＦｃ領域含有抗体変異体は、そのＦｃ領域の位置３０７、３８０及び４３４（残基のＥｕ番号付け）のうちの１、２又は３にアミノ酸置換を含んでなる。
【０１１０】
「単鎖Ｆｖ」又は「ｓｃＦｖ」抗体断片は抗体のＶＨ及びＶＬドメインを含み、これらのドメインは単一のポリペプチド鎖に存在する。所定の実施態様では、ＦｖポリペプチドはＶＨ及びＶＬドメインの間にポリペプチドリンカーを更に含み、このリンカーはｓｃＦｖが抗原結合にとって望ましい構造を形成するのを可能にする。ｓｃＦｖの概説に関しては、Ｐluckthun, The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, Vol.113、Rosenburg及びMoore編，Springer-Verlag, New York, 269-315頁(1994)を参照。ＨＥＲ２抗体ｓｃＦｖ断片は、国際公開第９３／１６１８５号；米国特許第５５７１８９４号；及び米国特許第５５８７４５８号に記載されている。
【０１１１】
「ダイアボディ（ｄｉａｂｏｄｙ）」なる用語は、抗原結合部位を２つ備える小さな抗体断片を指し、その抗体断片は同じポリペプチド鎖（ＶＨ−ＶＬ）内で軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に連結した重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を含む。同じ鎖の上の２つのドメインの間で対合させるにはあまりに短いリンカーを用いて、このドメインを他の鎖の相補性ドメインと強制的に対合させ、２つの抗原結合部位をつくる。ダイアボディについては、例えば欧州特許第４０４０９７号；国際公開第９３／１１１６１号；及びHollinger他，Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 90:6444-6448(1993)で更に詳しく記載されている。
【０１１２】
「親和性成熟」抗体は、その１つ以上のＣＤＲに１つ以上の改変を有する抗体であって、そのような改変を有しない親抗体と比較して、抗原に対する抗体の親和性が向上している。所定の実施態様では、親和性成熟抗体は、標的抗原に対して、ナノモル又は更にはピコモル単位の親和性を有する。親和成熟抗体は、当技術分野において既知の方法により生産される。Ｍａｒｋｓらは、Bio/Technology 10:779-783 (1992)において、ＶＨドメインとＶＬドメインのシャフリングによる親和成熟を開示している。ＣＤＲ及び／又はフレームワーク残基のランダムな突然変異誘発が、Barbas et al. Proc Nat. Acad. Sci, USA 91:3809-3813 (1994); Schier et al. Gene 169:147-155 (1995); Yelton et al. J. Immunol. 155:1994-2004 (1995); Jackson et al., J. Immunol. 154(7):3310-9 (1995)；及びHawkins et al. J. Mol. Biol. 226:889-896 (1992)に記載されている。
【０１１３】
ここでの「アミノ酸配列変異形」抗体は、主要種の抗体と異なるアミノ酸配列を有する抗体である。所定の実施態様では、アミノ酸配列変異体は、主要種の抗体と少なくともおよそ７０％の相同性を有し、又は、それらは主要種の抗体と少なくともおよそ８０％、又は少なくともおよそ９０％の相同性である。アミノ酸配列変異体は、主要種の抗体のアミノ酸配列内の、又は主な種類の抗体のアミノ酸配列に隣接した、特定の位置で置換、欠失及び／又は付加を有する。ここでのアミノ酸配列変異体の例には、酸性の変異体（例えば脱アミド化された抗体変異体）、塩基性変異体、抗体の１又は２つの軽鎖上にアミノ末端リーダー伸展（例えばＶＨＳ−）を有する抗体、抗体の１又は２つの重鎖上にＣ末端リジン残基を有する抗体などが含まれ、重鎖及び／又は軽鎖のアミノ酸配列に対する変異体の組合せが含まれる。ここで特に関心のある抗体変異体はその一又は二の軽鎖上にアミノ末端リーダー伸展を含み、更に主要な種の抗体に関連する他のアミノ酸配列及び／又はグリコシル化の差異を含んでもよい抗体である。
【０１１４】
ここでの「グリコシル化変異形」抗体は、主要種の抗体に付着した一又は複数の炭水化物部分と異なる一又は複数の接着した炭水化物部分を有する抗体である。ここでのグリコシル化変異体の例には、抗体のＦｃ領域に付着した、Ｇ０オリゴ糖構造の代わりに、Ｇ１又はＧ２オリゴ糖構造を有する抗体、抗体の１又は２つの軽鎖に接着した１又は２の炭水化物部分を有する抗体、抗体の１又は２つの重鎖に接着する炭水化物のない抗体など、及びグリコシル化変更の組合せを有する抗体が含まれる。抗体がＦｃ領域を有する場合、オリゴ糖構造は、例えば、残基２９９において（２９８、残基のＥｕ番号付け）抗体の一又は二の重鎖に結合してもよい。
【０１１５】
ここで使用される「細胞障害剤」なる用語は、細胞の機能を阻害又は阻止し、及び／又は細胞破壊をもたらす物質を意味する。この用語は、放射性同位体（例えばＡｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２及びＬｕの放射性同位体）、化学療法剤、及び小分子毒素又は細菌、真菌、植物、又は動物起源の酵素活性毒素などの毒素で、それらの断片及び／又は変異体を含むものを含むことを意図する。
【０１１６】
「サイトカイン」という用語は、一つの細胞集団から放出されるタンパク質であって、他の細胞に対して細胞間メディエータとして作用するものの包括的な用語である。このようなサイトカインの例としては、リンフォカイン、モノカイン、及び伝統的なポリペプチドホルモンを挙げることができる。サイトカインには、成長ホルモン、例えばヒト成長ホルモン、Ｎ−メチオニルヒト成長ホルモン、及びウシ成長ホルモン；副甲状腺ホルモン；チロキシン；インスリン；プロインスリン；リラクシン；プロリラクシン；卵胞刺激ホルモン（ＦＳＨ）のような糖タンパク質ホルモン、副甲状腺刺激ホルモン（ＴＳＨ）、及び黄体形成ホルモン（ＬＨ）；肝臓成長因子；繊維芽細胞増殖因子；プロラクチン；胎盤ラクトゲン；腫瘍壊死因子−α及び−β；ミュラー阻害物質；マウス性腺刺激ホルモン関連ペプチド；インヒビン；アクチビン；血管内皮成長因子；インテグリン；トロンボポエチン（ＴＰＯ）；ＮＧＦ−β等の神経成長因子；血小板成長因子；ＴＧＦ−αあるいはＴＧＦ−βのようなトランスフォーミング成長因子（ＴＧＦ）；インスリン様成長因子Ｉ及びＩＩ；エリスロポイエチン（ＥＰＯ）；オステオインダクティブ因子；インターフェロンα、β、γのようなインターフェロン；マクロファージＣＳＦ（Ｍ−ＣＳＦ）のようなコロニー刺激因子（ＣＳＦ）；顆粒球マクロファージＣＳＦ（ＧＭ−ＣＳＦ）及び顆粒球ＣＳＦ（Ｇ−ＣＳＦ）；ＩＬ−１、ＩＬ−１α、ＩＬ−２、ＩＬ−３、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−６、ＩＬ−７、ＩＬ−８、ＩＬ−９、ＩＬ−１０、ＩＬ−１１、ＩＬ−１２等のインターロイキン（ＩＬ）；腫瘍壊死因子、例えばＴＮＦ−α又はＴＮＦ−β；及びＬＩＦ及びキットリガンド（ＫＬ）を含む他のポリペプチド因子が含まれる。ここで使用される場合、サイトカインなる用語は天然源由来あるいは組換え細胞培養由来のタンパク質及び天然配列サイトカインの生物的に活性な等価物を含む。
【０１１７】
ここで補助治療に対して使用される「免疫抑制剤」なる用語は、ここで治療される被験体の免疫系を抑制する又は遮断するように働く物質を表す。これは、サイトカイン産生を抑制する、自己抗原の発現を下方制御又は抑制する、あるいはＭＨＣ抗原を遮断する物質を含む。そのような薬剤の例として、２−アミノ−６−アリル−５−置換ピリミジン（米国特許第４６６５０７７号参照）；非ステロイド性抗炎症剤（ＮＳＡＩＤ）；ガンシクロビル、タクロリムス、糖質ステロイド、例としてコルチゾール又はアルドステロン、抗炎症剤、例としてシクロオキシゲナーゼ阻害剤、５−リポキシゲナーゼ阻害剤；又はロイコトリエンレセプターアンタゴニスト；プリンアンタゴニスト、例えばアザチオプリン又はミコフェノール酸モフェチル（ＭＭＦ）；アルキル化剤、例えばシクロホスファミド；ブロモクリプチン；ダナゾール；ダプソン；グルタルアルデヒド（米国特許第４１２０６４９号に記載のように、ＭＨＣ抗原を遮断する）；ＭＨＣ抗原及びＭＨＣフラグメントに対する抗イデオタイプ抗体；シクロスポリン；６メルカプトプリン；副腎皮質ステロイド又は糖質副腎皮質ステロイド又は糖質ステロイド類似体などのステロイド、例としてプレドニゾン、メチルプレドニゾロン、例えばＳＯＬＵ−ＭＥＤＲＯＬ（登録商標）メチルプレドニゾロンコハク酸ナトリウム、及びデキサメタゾン；ジヒドロ葉酸レダクターゼ阻害剤、例としてメトトレキサート（経口又は皮下）；クロロキン及びヒドロキシクロロキンなどの抗マラリア剤；スルファサラジン；レフルノミド；サイトカイン又はサイトカインレセプター抗体又はアンタゴニスト、例として抗インターフェロン−γ、−β、又は−α抗体、抗腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）−α抗体（インフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））又はアダリムマブ）、抗ＴＮＦαイムノアドヘシン（エタネルセプト）、抗ＴＮＦ−β抗体、抗インターロイキン２（ＩＬ−２）抗体及び抗ＩＬ−２レセプター抗体、及び抗インターロイキン６（ＩＬ−６）レセプター抗体及びアンタゴニスト；抗ＣＤ１１ａ及び抗ＣＤ１８抗体を含む抗ＬＦＡ−１抗体；抗Ｌ３Ｔ４抗体；異種性抗リンパ球グロブリン；ｐａｎ−Ｔ抗体、抗ＣＤ３又は抗ＣＤ４／ＣＤ４ａ抗体；ＬＦＡ−３結合ドメインを含む可溶性ペプチド（１９９０年７月２６日公開の国際公開第９０／０８１８７号）；ストレプトキナーゼ；トランスフォーミング成長因子−β（ＴＧＦ−β）；ストレプトドルナーゼ（ｓｔｒｅｐｔｏｄｏｒｎａｓｅ）；宿主由来のＲＮＡ又はＤＮＡ；ＦＫ５０６；ＲＳ−６１４４３；クロランブシル；デオキシスペルグアニン（ｄｅｏｘｙｓｐｅｒｇｕａｌｉｎ）；ラパマイシン；Ｔ細胞レセプター（Cohen等，米国特許第５１１４７２１号）；Ｔ細胞レセプターフラグメント（Offner等，Science 251:430-432 (1991）；国際公開第９０／１１２９４号；Ianeway, Nature, 341: 482 (1989)；及び国際公開第９１／０１１３３号）；ＢＡＦＦないしＢＲ３抗体ないしイムノアドヘシンなどのＢＡＦＦアンタゴニスト及びｚＴＮＦ４アンタゴニスト（概説にはMackay及びMackay, Trends Immunol., 23:113-5 (2002)と以下の定義を参照のこと）；Ｔ細胞ヘルパーシグナルを阻害する生物学的な薬剤、例として抗ＣＤ４０レセプター又は抗ＣＤ４０リ��ンド（ＣＤ１５４）、例えばＣＤ４０−ＣＤ４０リガンドに対する阻止抗体（例えば、Durie等，Science, 261: 1328-30 (1993)；Mohan等，J. Immunol., 154: 1470-80 (1995))及びＣＴＬＡ４−Ｉｇ（Finck等，Science, 265: 1225-7 (1994)）；及びＴ１０Ｂ９などのＴ細胞レセプター抗体（欧州特許出願公開第３４０１０９号）を含む。
【０１１８】
ここで使用される「寛解させる」又は「寛解」なる用語は、異常又は症状を含む状態、疾患、障害、又は表現型の低下、低減又は除去を指す。
【０１１９】
疾患又は障害（例えば炎症性腸疾患、例えば潰瘍性大腸炎又はクローン病）の「症状」は、何れかの病的兆候又は被験体が経験する構造、機能、又は感覚における正常からの逸脱及び疾患の兆候である。
【０１２０】
「治療的に有効な量」なる発現は、疾患又は障害（例えば炎症性腸疾患、例えば潰瘍性大腸炎又はクローン病）を予防、寛解、又は治療するのに有効な量を指す。例えば、抗体の「治療的に有効な量」は、特定の疾患又は障害を予防、寛解、又は治療するのに有効な抗体の量を指す。同様に、抗体と第二化合物の組合せの「治療的に有効な量」は、組合せにおいて特定の疾患又は障害を予防、寛解、又は治療するのに有効な抗体の量及び第二化合物の量を指す。
【０１２１】
２つの化合物「の組合せ」なる用語は、必ずしも化合物が互いに混合されて投与されることを意味しないと理解されるべきである。従って、このような組合せによる治療又はその使用は、化合物の混合又は化合物の別々の投与を包含し、同じ日又は異なる日の投与を含む。従って、「組合せ」なる用語は、２以上の化合物が治療のために、個別に又は互いに混合されて使用されることを意味する。抗体及び第二化合物が例えば組合せにおいて被験体に投与される場合、抗体及び第二化合物が被験体に個別に又は混合されて投与されるかに関わらず、抗体は、第二化合物も被験体に存在する時に、被験体に存在する。所定の実施態様では、抗体以外の化合物は抗体より前に投与される。所定の実施態様では、抗体以外の化合物は抗体の後に投与される。
【０１２２】
ここでの目的では、「腫瘍壊死因子−アルファ（ＴＮＦ−アルファ）」は、Pennica等，Nature, 312:721 (1984)又はAggarwal等，JBC, 260:2345 (1985)に記載されるアミノ酸配列を含んでなるヒトＴＮＦ−アルファ分子を指す。
【０１２３】
用語「ＴＮＦ−アルファ阻害剤」はここでは「抗ＴＮＦ治療剤」と交換可能に使用され、一般的にはＴＮＦ−アルファに結合し、その活性を中和することを通してＴＮＦ−アルファの生物学的機能をある程度阻害する薬剤である。ここにおいて特に考えられるＴＮＦ阻害剤の例は、エタネルセプト（ＥＮＢＲＥＬＲ（登録商標））、インフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥＲ（登録商標））、アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡＲ（登録商標））、ゴリムマブ（ＳＩＭＰＯＮＩＴＭ（登録商標））、及びセルトリズマブペゴル（ＣＩＭＺＩＡＲ（登録商標））である。
【０１２４】
「副腎皮質ステロイド」は、天然に生じる副腎皮質ステロイドの効果を模倣するかあるいは増大するステロイドの一般的な化学構造を有する幾つかの合成又は天然に生じる物質の何れか一つを指す。合成副腎皮質ステロイドの例として、プレドニゾン、プレドニゾロン（メチルプレドニゾロンを含む）、デキサメサゾン、トリアムシノロン及びベタメサゾンが含まれる。
【０１２５】
「アンタゴニスト」は、特定の又は特定されたタンパク質の活性、例えばリガンドの場合は一又は複数のレセプターへのその結合、又はレセプターの場合は一又は複数のリガンドへの結合を中和、遮断、阻害、抑制、低減又は干渉することが可能な分子を指す。アンタゴニストは、抗体及びその抗原結合断片、タンパク質、ペプチド、糖タンパク質、糖ペプチド、糖脂質、多糖、オリゴ糖、核酸、生体有機分子、ペプチド模倣物、薬物及びその代謝物、転写及び翻訳コントロール配列などを含む。アンタゴニストはまた、小分子阻害剤であるタンパク質、及び融合タンパク質、タンパク質に特異的に結合しその標的へのその結合を隔絶するレセプター分子及び誘導体、タンパク質のアンタゴニスト変異体、タンパク質に対するアンチセンス分子、ＲＮＡアプタマー、及びタンパク質に対するリボザイムを含む。
【０１２６】
「自己注射装置」は、例えば患者又は在宅介護人による、治療剤の自己投与のための医療装置を指す。自己注射装置は、自動注射装置及び自己投与のための他の装置を含む。
【０１２７】
ここで使用される「オリゴヌクレオチド」とは、少なくとも約７以上のヌクレオチド長で、約２５０未満のヌクレオチド長である短い一本鎖ポリヌクレオチドを意味する。オリゴヌクレオチドは合成であってもよい。「オリゴヌクレオチド」及び「ポリヌクレオチド」なる用語は、相互に排他的なものではない。ポリヌクレオチドについての上の説明はオリゴヌクレオチドに等しく完全に適用可能である。
【０１２８】
「プライマー」なる用語は、核酸にハイブリダイズすることができ、一般的に遊離３’−ＯＨ基を提供することによって、相補的核酸のハイブリダイゼーションを可能にする一本鎖ポリヌクレオチドを意味する。
【０１２９】
「増幅」なる用語は、参照核酸配列又はその相補鎖の一又は複数のコピーを生産するプロセスのことである。増幅は、線形的又は指数関数的（例えばＰＣＲ）でありうる。「コピー」は、鋳型配列に対する完全な配列相補性又は同一性を必ずしも意味するものではない。例えば、コピーは、ヌクレオチドアナログ、例えばデオキシイノシン、意図的な配列変化（例えば鋳型に完全には相補的ではないがハイブリダイズすることができる配列を含んでなるプライマーにより導入される配列変化）及び／又は増幅中に起こる配列エラーを含みうる。
【０１３０】
「検出」なる用語は、直接的及び間接的な検出を含む検出する任意の手段を含む。
【０１３１】
「上昇した発現」又は「上昇したレベル」は、自己免疫疾患、例えばＩＢＤなどに罹患していない個体（単数又は複数）などの対照又は基準レベルに対して、又は事前に確立された閾値又はカットオフ値に対して、又は患者及び／又は被験体の集団の中央値に対しての、患者におけるｍＲＮＡ又はタンパク質の増加した発現を指す。
【０１３２】
「低い発現」又は「低い発現レベル」又は「減少した発現」は、自己免疫疾患、例えばＩＢＤなどに罹患していない個体（単数又は複数）などの対照に対して、又は事前に確立された閾値又はカットオフ値に対して、又は患者及び／又は被験体の集団の中央値に対しての、患者におけるｍＲＮＡ又はタンパク質の減少した発現を指す。
【０１３３】
「マルチプレックスＰＣＲ」なる用語は、単一反応で二以上のＤＮＡ配列を増幅する目的のため、一を越えるプライマーセットを使用して単一供給源（例えば患者）から得られた核酸について実施される単一ＰＣＲ反応を指す。
【０１３４】
ここで使用される「バイオマーカー」なる用語は、患者の表現型の指標、例えば、病理学的状態又は治療薬に対する可能な応答性を指し、それらは患者の生物学的試料中において検出されうる。バイオマーカーは、限定されないが、ＤＮＡ、ＲＮＡ、タンパク質、炭水化物、又は糖脂質ベースの分子マーカーを含む。
【０１３５】
「診断」なる用語は、ここでは、分子又は病理学的状態、疾患又は症状の同定又は分類を意味するために使用される。例えば、「診断」は、組織／臓器病変（例えば、炎症性腸疾患）による、又は他の特徴（例えば、治療、インテグリンベータ７アンタゴニストを用いた治療に対する応答性により特徴づけられる患者亜集団）による、又は分子的特徴（例えば、特定の遺伝子の一つ又は組み合わせあるいは該遺伝子によってコードされるタンパク質の発現によって特徴付けられるサブタイプ）による、胃腸炎症性障害の特定の種類の同定又は胃腸炎症性障害の特定のサブタイプの分類を指しうる。
【０１３６】
「診断幇助」なる用語は、ここでは、特定のタイプの症状又は状態の存在、又は性質に関する臨床的決定を行う際に支援する方法を指す。例えば、ＩＢＤの診断を支援する方法は、個体からの生物学的試料中における特定の遺伝子の発現を測定することを含みうる。
【０１３７】
「予後」なる用語は、ここでは、例えば胃腸炎症性障害の再発、フレアリング、及び薬物耐性を含む疾患徴候の可能性の予測を意味するために使用される。
【０１３８】
「予測」なる用語は、ここでは、患者が薬剤（治療剤）又は一連の薬剤に対して有利又は不利に応答するかどうかの見込みを意味する。一実施態様では、予測はその応答の程度に関する。一実施態様では、予測は、例えば特定の治療的薬剤による治療のような治療後に、又は疾患再発がなく一定期間の間、患者が生存しているか又は改善しているかどうか、及び／又はその可能性に関する。本発明の予測方法を用いて任意の特定の患者のために最も好適な治療様式を選択することによって、治療決定を臨床的に行うことができる。本発明の予測方法は、患者が、治療投薬計画、例えば特定の治療剤や組み合わせの投与、外科的介入、ステロイド治療などを含む特定の治療投薬計画に有利に応答するかどうか、又は治療投薬計画の後に患者が長期に生存しているかどうかを予測する際の有益なツールである。
【０１３９】
「対照被験体」は、特定の疾患、例えばＩＢＤなどを有していると診断されておらず、その疾患に関連した如何なる徴候又は症状も被っていない健常な被験体を指す。
【０１４０】
「相関」又は「相関する」は、任意の方法で、第一の分析又はプロトコルの成績及び／又は結果を、第二の分析又はプロトコルの成績及び／又は結果と比較することを意味する。例えば、第二のプロトコルを行う際に第一の分析又はプロトコルの結果を用いてもよいし、及び／又は第一の分析又はプロトコルの結果を用いて、第二の分析又はプロトコルを行うべきかどうかを決定してもよい。遺伝子発現分析又はプロトコルの実施態様に関し、遺伝子発現分析又はプロトコルの結果を用いて、特定の治療投薬計画を実行するべきかどうかを決定してもよい。
【０１４１】
ここで使用される「比較する」なる用語は、個体又は患者からの試料中のバイオマーカーのレベルを、この開示の他の場所で特定されたバイオマーカーの基準レベルと比較することを意味する。ここで使用される比較するとは、対応するパラメータ又は値の比較を通常は意味するものと理解されるべきであり、例えば絶対量が絶対基準量と比較される一方、濃度が基準濃度と比較され、又は試料中のバイオマーカーから得られた強度シグナルが基準試料から得られた強度シグナルと比較される。比較は手作業で又はコンピュータ支援下で実施されうる。よって、比較は（例えばここに開示されたシステムの）計算装置によって実施されうる。個体又は患者からの試料中のバイオマーカーの測定又は検出レベルの値と基準レベルを、例えば互いに比較することができ、該比較は、比較のためのアルゴリズムを実行するコンピュータプログラムによって自動的に実施されうる。上記評価を実施するコンピュータプログラムは適切な出力形式で所望の評価をもたらす。コンピュータ支援比較では、決定された量の値が、コンピュータプログラムによってデータベースに保存されている適切な基準に対応する値と比較されうる。コンピュータプログラムは更に比較の結果を評価し、つまり、適切な出力形式で所望の評価を自動的に提供しうる。コンピュータ支援比較では、決定された量の値が、コンピュータプログラムによってデータベースに保存されている適切な基準に対応する値と比較されうる。コンピュータプログラムは更に比較の結果を評価し、つまり、適切な出力形式で所望の評価を自動的に提供する。
【０１４２】
ここで使用される「治療を推奨する」なる語句は、患者が治療で適切に治療されるか又は適切には治療されないかを特定するために患者の試料中のＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４Ｌ１．２、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、ＶＮＮ３のｍＲＮＡの一以上の存在に関連して、及び任意でＩＴＧＡＥのｍＲＮＡのレベル又は存在に更に関連して生成された情報又はデータを使用することを指す。幾つかの実施態様では、治療は、抗インテグリンベータ７抗体、例えばエトロリズマブを含むインテグリンベータ７アンタゴニストを含む。幾つかの実施態様では、「治療／治療法を推奨する」なる語句は、投与されるインテグリンベータ７アンタゴニストの有効量の適合化を必要とする患者の特定を含む。幾つかの実施態様では、治療を推奨することは、投与されるインテグリンベータ７アンタゴニストの量を適合させることを推奨することを含む。ここで使用される「治療を推奨する」なる語句はまたインテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療に多かれ少なかれ応答する可能性があると特定され又は選択された患者に対してインテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療を提案し又は選択するために生成された情報又はデータを使用することを意味しうる。使用され又は生成される情報又はデータは、文書でも口頭でも又は電子的でも任意の形式でよい。幾つかの実施態様では、生成された情報又はデータを使用することは、伝えること、提示すること、報告すること、保存すること、送ること、移すこと、供給すること、送信すること、分配すること、又はその組み合わせを含む。幾つかの実施態様では、伝えること、提示すること、報告すること、保存すること、送ること、移すこと、供給すること、送信すること、分配すること、又はその組み合わせは、計算装置、アナライザー装置又はその組み合わせによって実施される。幾つかの更なる実施態様では、伝えること、提示すること、報告すること、保存すること、送ること、移すこと、供給すること、送信すること、分配すること、又はその組み合わせは、研究室又は医療専門家によって実施される。幾つかの実施態様では、情報又はデータは、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＣＣＤＣ９０Ａ、ＣＣＬ４Ｌ１．２、ＣＰＡ２、ＣＸＣＲ６、ＤＤＯ、ＥＣＨ１、ＦＡＭ１２５Ｂ、ＦＡＳＬＧ、ＦＧＦ９、ＧＰＲ１５、ＧＺＭＢ、ＫＣＮＭＡ１、ＰＨＦ１４、ＴＩＦＡＢ、ＴＭＥＭ２００Ａ、ＴＭＩＧＤ２、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＢＥＳＴ２、ＣＣＬ２、ＣＣＬ３、ＣＣＬ３Ｌ１／３、ＣＰＡ３、ＦＧＦ７、ＨＡＭＰ、ＩＬ１Ａ、ＩＬ１８ＲＡＰ、ＩＮＨＢＡ、ＬＩＦ、ＬＭＯ４、ＬＲＲＣ４、ＭＬＫ７．ＡＳ１、ＭＴ１Ｍ、ＭＵＣＬ１、ＭＸ１、ＰＭＣＨ、ＲＥＭ２、ＳＳＴＲ２、ＴＭ４ＳＦ４、ＴＭＥＭ１５４、ＵＲＯＳ、ＶＮＮ２、ＶＮＮ３のｍＲＮＡ、及び任意でＩＴＧＡＥのｍＲＮＡを更に含むうちの一以上のレベルの基準レベルとの比較を含む。幾つかの実施態様では、情報又はデータは、同定されたｍＲＮＡの一以上が試料中において上昇したレベル又は減少したレベルで存在することを示すことを含む。幾つかの実施態様では、情報又はデータは、エトロリズマブのような抗インテグリンベータ７抗体を含むインテグリンベータ７アンタゴニストを含む治療で患者が適切に治療されるか又は適切には治療されないかを示すことを含む。
【０１４３】
「添付文書」は、効能、用途、服用量、投与、配合禁忌、パッケージされている製品と併用される他の治療薬、及び／又はそのような治療薬の使用に関する警告等についての情報を含む、治療製品又は医薬の商業的包装に慣習的に含められる指示書を指すために使用される。
【０１４４】
「キット」は、少なくとも一の試薬、例えばＵＣ又はクローン病のようなＩＢＤの治療のための医薬、又は本発明のバイオマーカー遺伝子又はタンパク質を特異的に検出するためのプローブを含む任意の製造品（例えば、パッケージ又は容器）である。所定の実施態様では、製造品は、本発明の方法を実施するためのユニットとして宣伝され、流通され、又は市販される。
【０１４５】
「標的視聴者」は、特に特定の使用、治療又は症状について、マーケティングするか又は宣伝することによって、特定の医薬が販売促進され、又は販売促進が意図される人々の集団又は施設であり、例えば、個々の患者、患者集団、新聞、医学文献及び雑誌の読者、テレビ又はインターネットの閲覧者、ラジオ又はインターネット視聴者、医師、製薬会社などである。
【０１４６】
「血清試料」なる用語は、個体から得られる任意の血清試料を意味する。哺乳動物から血清を得るための方法は、当該技術分野でよく知られている。
【０１４７】
「全血」なる用語は、個体から得られる任意の全血試料を指す。典型的には、全血は、例えば細胞成分と血漿などの血液成分の全てを含む。哺乳動物由来の全血を得るための方法は当該技術分野でよく知られている。
【０１４８】
「〜に応答しない」、「非応答」なる表現及びその文法的変形は、以前に投与された一又は複数の医薬（治療薬）に対する、被験体又は患者の反応に関する場合、そのような医薬の投与で、治療される疾患の治療の任意の又は十分な徴候を示さなかった、又は医薬に対して臨床的に許容できないほど高い毒性を示した、又は最初にそのような医薬を投与された後で治療の徴候を維持しなかった被験体又は患者を、本明細書で定義される本文脈において使用される治療なる単語により記述する。「非応答性」なる句は、以前に投与された医薬に対して耐性及び／又は難治性である被験体の記述を含み、被験体又は患者が、彼ないし彼女に与えられている医薬を受けながら進行した状況、及び被験体又は患者が、彼ないし彼女がもはや応答性でなくなるまでの医薬を含むレジメンを完結した後で、１２ヶ月以内（例えば６ヶ月以内）に進行した状況を含む。従って、一又は複数の医薬に対する非応答性とは、以前又は現在の治療後に活動性疾患を持ち続ける被験体を含む。例えば、患者は、非応答性である医薬による治療の、およそ１ヶ月から３ヶ月後に、又は３ヶ月から６ヶ月後に、又は６ヶ月から１２ヶ月後に活動性疾患の活性を有する場合がある。そのような応答性は問題となっている疾患の治療に熟練した臨床医により評価され得る。
【０１４９】
医薬に対する非応答の目的では、一又は複数の医薬による過去又は現在の治療からの「臨床的に許容できない高レベルの毒性」を経験する被験体は、経験のある臨床医により重大であると考えられ、それに関連する一以上の負の副作用又は有害事象、例えば、重症感染症、うっ血性心不全、脱髄（多発性硬化症につながる）、重大な過敏症、神経病理学的事象、高度の自己免疫、がん、例えば子宮内膜がん、非ホジキンリンパ腫、乳がん、前立腺がん、肺がん、卵巣がん、メラノーマなど、及び結核（ＴＢ）などを経験する。
【０１５０】
所定の疾患又は障害に罹患している患者に対する臨床的利益の増大に関連した、又は特定の治療薬又は治療レジメンに対する応答を予測するバイオマーカーの「量」又は「レベル」とは生物学的試料中での検出可能なレベルである。これらは、当業者に知られており、またここに開示された方法により測定することができる。評価されるバイオマーカーの発現レベル又は量は、治療又は治療薬に対する反応又は予測される反応を決定するために使用することができる。
【０１５１】
「発現のレベル」又は「発現レベル」なる用語は、通常互換的に使用され、一般に、生体試料中のポリヌクレオチド又はアミノ酸産物又はタンパク質の量を指す。「発現」は、一般に、遺伝子コード情報が、細胞中に存在し作動する構造に変換されるプロセスを意味する。従って、ここで使用される場合、遺伝子の「発現」は、ポリヌクレオチドへの転写、タンパク質への翻訳、又はタンパク質の翻訳後修飾さえも意味しうる。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたタンパク質、又は翻訳後修飾されたタンパク質の断片はまた、選択的スプライシングにより生成された転写物、又は分解された転写物に由来するか、又は例えばタンパク質分解によるタンパク質の翻訳後プロセシングに由来しようが、発現したとみなされる。「発現した遺伝子」には、ｍＲＮＡとしてポリヌクレオチドに転写され、ついでタンパク質に翻訳されたもの、及びＲＮＡに転写はされたが、タンパク質には翻訳されていないもの（例えば、転移及びリボソームＲＮＡ）が含まれる。
【０１５２】
様々な更なる用語が、ここに定義されるか又は特徴づけられる。
【０１５３】
組成物及び方法
Ａ．ベータ７インテグリンアンタゴニスト
ベータ７インテグリンアンタゴニストを投与することによって、被験体、例えばヒトにおける胃腸炎症性障害を治療する方法が提供される。潜在的なアンタゴニストの例には、ベータ７インテグリンとの免疫グロブリンの融合体に結合するオリゴヌクレオチド、及び特に、限定されるものではないが、ポリ及びモノクローナル抗体とその抗体断片、単鎖抗体、抗イディオタイプ抗体、及びそのような抗体又は断片のキメラ又はヒト化型並びにヒト抗体及び抗体断片を含む抗体が含まれる。あるいは、潜在的なアンタゴニストは密接に関連するタンパク質、例えば、リガンドを認識するが、影響は与えず、従ってベータ７インテグリンの作用を競合的に阻害するベータ７インテグリンの変異形態であってもよい。
【０１５４】
別のベータ７インテグリンアンタゴニストとなり得るものは、アンチセンス技術を使用して調製されたアンチセンスＲＮＡ又はＤＮＡコンストラクトであり、ここで、例えば、アンチセンスＲＮＡ又はＤＮＡ分子は、標的ｍＲＮＡにハイブリダイズし、タンパク質の翻訳を阻害することにより直接ｍＲＮＡの翻訳を妨げるように働く。アンチセンス技術は、三重らせん形成又はアンチセンスＤＮＡ又はＲＮＡによって遺伝子発現を制御するために使用することができ、どちらの方法も、ＤＮＡ又はＲＮＡへのポリヌクレオチドの結合に基づく。例えば、ここでのベータ７インテグリンをコードするポリヌクレオチド配列の５’コード部分は、長さが約１０〜４０塩基対のアンチセンスＲＮＡオリゴヌクレオチドを設計するのに用いられる。ＤＮＡオリゴヌクレオチドは、転写に関与する遺伝子の領域に相補的に設計され（三重らせん体−Lee et al., Nucl. Acids Res., 6:3073 (1979); Cooney et al., Science, 241: 456 (1988); Dervan et al., Science, 251:1360 (1991)参照）、それによりベータ７インテグリンの転写及び産生を阻害する。アンチセンスＲＮＡオリゴヌクレオチドはインビボでｍＲＮＡにハイブリダイズし、ｍＲＮＡ分子のベータ７インテグリンへの翻訳を妨げる（アンチセンス−Okano, Neurochem., 56:560(1991);Oligodeoxynulcleotide as Antisense Inhibitors of Gene Expression(CRC Press:Boca Raton, FL, 1988)）。また、上記オリゴヌクレオチドは、アンチセンスＲＮＡ又はＤＮＡがインビボでＰＲＯポリペプチドの産生を阻害するように発現されうるように、細胞へ送達され得る。アンチセンスＤＮＡが用いられる場合、例えば、標的遺伝子ヌクレオチド配列の約−１０及び＋１０位の間である翻訳開始部位由来のオリゴデオキシリボヌクレオチドが典型的である。
【０１５５】
他のアンタゴニストとなり得るものには、活性部位、リガンド又は結合分子結合部位に結合する小分子が含まれ、それによりベータ７インテグリンの正常な生物学的活性を阻害する。小分子の例には、これらに限定されるわけではないが、小型のペプチド又はペプチド様分子、典型的には可溶性ペプチド、及び合成非ペプチド有機もしくは無機化合物が含まれる。
【０１５６】
リボザイムは、ＲＮＡの特異的開裂を触媒することができる酵素的ＲＮＡ分子である。リボザイムは、相補的標的ＲＮＡへの配列特異的ハイブリダイゼーションと続くヌクレオチド鎖分解性開裂により作用する。潜在的なＲＮＡ標的内の特異的リボザイム開裂部位は、既知の技術により特定され得る。詳細については、例えば、Rossi, Current Biology, 4:469-471(1994)）、及びＰＣＴ公報国際公開第９７／３３５５１号（１９９７年９月１８日公開）を参照のこと。
【０１５７】
転写を阻害するのに用いられる三重らせん体形成における核酸分子は、一本鎖で、デオキシヌクレオチドにより構成されているべきである。これらのオリゴヌクレオチドの基本組成は、一般的に二本鎖のうちの一本鎖の上に相当な長さのプリン又はピリミジンを必要とするフーグスティーン型塩基対則により三重らせん体形成を促進するように設計される。更なる詳細については、例えばＰＣＴ公報国際公開第９７／３３５５１号参照。これらの小分子は、上述のスクリーニングアッセイの一又は複数により、及び／又は当業者に知られたその他の任意のスクリーニング技術により、同定され得る。
【０１５８】
アンタゴニストのスクリーニングアッセイは、ここで同定される遺伝子によってコードされるベータ７インテグリンと結合するか又はそれと複合体化するか、又はそうでなければ、他の細胞性タンパク質とコードされたポリペプチドの相互作用を妨害等する化合物を同定するために設計される。このようなスクリーニングアッセイは、化学ライブラリーのハイスループットスクリーニングに適したアッセイを含み、それらを小分子薬剤候補の同定に特に適したものとしている。
【０１５９】
アッセイは多様な形式で行うことができ、当該分野で良く特徴付けられているタンパク質−タンパク質結合アッセイ、生化学的スクリーニングアッセイ、イムノアッセイ、及び細胞ベースのアッセイを含む。
【０１６０】
Ｂ．抗ベータ７インテグリン抗体
一実施態様では、ベータ７インテグリンアンタゴニストは抗ベータ７抗体である。抗体の例としては、以下に記載の通り、ポリクローナル、モノクローナル、ヒト化、二重特異性、及びヘテロコンジュゲート抗体等が含まれる。
【０１６１】
１．ポリクローナル抗体
ポリクローナル抗体は、関連する抗原とアジュバントを複数回の皮下（ｓｃ）又は腹腔内（ｉｐ）注射することにより、動物に産生させることができる。免疫化される種において免疫原性であるタンパク質、例えばキーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシサイログロブリン、又は大豆トリプシン阻害剤に、関連抗原を、二官能性又は誘導体形成剤、例えばマレイミドベンゾイルスルホスクシンイミドエステル（システイン残基を介するコンジュゲーション）、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド（リジン残基を介する）、グルタルアルデヒド、無水コハク酸、ＳＯＣｌ２、又はＲとＲ１が異なったアルキル基であるＲ１Ｎ＝Ｃ＝ＮＲによりコンジュゲートさせることが有用でありうる。
【０１６２】
動物を、例えばタンパク質又はコンジュゲート１００μｇ又は５μｇ（それぞれウサギ又はマウスの場合）を完全フロイントアジュバント３体積と併せ、この溶液を複数部位に皮内注射することによって、抗原、免疫原性コンジュゲート、又は誘導体に対して免疫化する。１ヶ月後、動物を、完全フロイントアジュバントに入れた元の量の１／５ないし１／１０のペプチド又はコンジュゲートを用いて複数部位に皮下注射することにより、追加免疫する。７ないし１４日後に動物を採血し、抗体価について血清を検定する。動物は、力価が水平状態に達するまで追加免疫される。幾つかの実施態様では、動物は、同じ抗原のコンジュゲートであるが、異なったタンパク質にコンジュゲートさせた、及び／又は異なった架橋剤を介してコンジュゲートさせたコンジュゲートで追加免疫する。また、コンジュゲートは、タンパク質融合として組換え細胞培養物内で作製することができる。また、ミョウバンのような凝集剤が、免疫応答を亢進するために適切に使用される。
【０１６３】
２．モノクローナル抗体
モノクローナル抗体は、Kohler等，Nature, 256:495 (1975)により最初に記載されたハイブリドーマ法を用いて作製でき、又は組換えＤＮＡ法（例えば米国特許第４８１６５６７号参照）によって作製することができる。
【０１６４】
ハイブリドーマ法においては、マウス又はその他の適当な宿主動物、例えばハムスターを上記のように免疫し、免疫化に用いられたタンパク質と特異的に結合する抗体を産生するか又は産生することのできるリンパ球を導き出す。別法として、リンパ球をインビトロで免疫することもできる。免疫化後、リンパ球を、ポリエチレングリコールのような適当な融合剤を用いてミエローマ細胞と融合させ、ハイブリドーマ細胞を形成させる（Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, 59-103頁(Academic Press, 1986)）。
【０１６５】
このようにして調製されたハイブリドーマ細胞を、融合していない親の骨髄腫細胞（融合のパートナーとも呼ばれる）の増殖又は生存を阻害する一又は複数の物質を含みうる適当な培地に蒔き、増殖させる。例えば、親の骨髄腫細胞が酵素ヒポキサンチングアニンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴ又はＨＰＲＴ）を欠失するならば、ハイブリドーマのための選択的培地は、典型的には、ＨＧＰＲＴ−欠失細胞の増殖を妨げる物質であるヒポキサンチン、アミノプテリン、及びチミジンを含有するであろう（ＨＡＴ培地）。
【０１６６】
所定の実施態様では、融合のパートナーである骨髄腫細胞は、効率的に融合し、選択された抗体産生細胞による抗体の安定な高レベルの発現を支援し、融合しない親細胞に対して選択する選択培地に対して感受性である細胞である。所定の実施態様では、骨髄腫株化細胞は、マウス骨髄腫ライン、例えば、ソーク・インスティテュート・セル・ディストリビューション・センター、サンディエゴ、カリフォルニア、ＵＳＡより入手し得るＭＯＰＣ−２１及びＭＰＣ−１１マウス腫瘍、及びアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション、マナッサス、バージニア、ＵＳＡより入手し得るＳＰ−２及び誘導体、例えばＸ６３−Ａｇ８−６５３細胞である。ヒト骨髄腫及びマウス−ヒトヘテロ骨髄腫株化細胞もまたヒトモノクローナル抗体の産生のために開示されている（Kozbor, J.Immunol., 133:3001 (1984)；Brodeur等，Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications,51-63(Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)）。
【０１６７】
ハイブリドーマ細胞が生育している培地を、抗原に対するモノクローナル抗体の産生について検定する。所定の実施態様では、ハイブリドーマ細胞により産生されるモノクローナル抗体の結合特異性は、免疫沈降又はインビトロ結合アッセイ、例えばラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）又は酵素結合免疫吸着検定（ＥＬＩＳＡ）によって決定される。
【０１６８】
例えば、モノクローナル抗体の結合親和性は、Munson等，Anal. Biochem., 107:220(1980)のスキャッチャード分析によって測定することができる。所望の特異性、親和性、及び／又は活性の抗体を産生するハイブリドーマ細胞が特定された後、そのクローンを限界希釈法によりサブクローニングし、標準的な方法により増殖させることができる（Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, 59-103頁(Academic Press, 1986)）。この目的に対して好適な培地は、例えば、Ｄ−ＭＥＭ又はＲＰＭＩ−１６４０培地を包含する。また、ハイブリドーマ細胞は、動物の腹水症腫瘍として、例えばマウスへの細胞の腹腔内注射によって、インビボで増殖させることができる。サブクローンにより分泌されたモノクローナル抗体は、例えばアフィニティークロマトグラフィー（例えばプロテインＡ又はプロテインＧ−セファロースを用いる）又はイオン交換クロマトグラフィー、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析等のような常套的な抗体精製法によって、培地、腹水、又は血清から適切に分離される。
【０１６９】
モノクローナル抗体をコードするＤＮＡは、常法を用いて（例えば、マウス抗体の重鎖及び軽鎖をコードしている遺伝子に特異的に結合できるオリゴヌクレオチドプローブを用いることにより）即座に分離されて、配列決定される。ハイブリドーマ細胞は、このようなＤＮＡの供給源となる。ひとたび分離されたならば、ＤＮＡを発現ベクター中に入れ、ついでこれを、この状況以外では抗体タンパク質を産生しない大腸菌細胞、サルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、又は骨髄腫細胞のような宿主細胞中に形質移入し、組換え宿主細胞におけるモノクローナル抗体の合成を獲得することができる。抗体をコードするＤＮＡの細菌での組換え発現に関する概説論文には、Skerra等，Curr. Opinion in Immunol., 5:256-262(1993)及びPluckthun, Immunol. Revs. 130: 151-188(1992)が含まれる。
【０１７０】
更なる実施態様では、モノクローナル抗体又は抗体断片は、McCafferty等，Nature, 348:552-554 (1990)に記載された技術を使用して産生される抗体ファージライブラリーから分離することができる。Clackson等，Nature, 352:624-628 (1991)及びMarks等，J.Mol.Biol., 222:581-597 (1991)は、ファージライブラリーを使用したマウス及びヒト抗体の分離を記述している。続く刊行物は、鎖シャフリングによる高親和性（ｎＭ範囲）のヒト抗体の生成（Marks等，Bio/Technology, 10:779-783(1992)）、並びに非常に大きなファージライブラリーを構築するための方策としてコンビナトリアル感染とインビボ組換え（Waterhouse等，Nuc.Acids.Res., 21:2265-2266(1993)）を記述している。従って、これらの技術はモノクローナル抗体の分離に対する伝統的なモノクローナル抗体ハイブリドーマ法に対する実行可能な別法である。
【０１７１】
抗体をコードするＤＮＡは、例えば、ヒト重鎖及び軽鎖定常ドメイン（ＣＨ及びＣＬ）の配列を、相同的マウス配列に代えて置換することによって（米国特許第４８１６５６７号；Morrison等，Proc.Nat.Acad.Sci.,USA,81:6851(1984））、又は免疫グロブリンコード配列に非免疫グロブリンポリペプチド（異種ポリペプチド）のコード配列の全部又は一部を共有結合させることによって修飾してキメラ又は融合抗体ポリペプチドを生成することができる。非免疫グロブリンポリペプチド配列は、抗体の定常ドメインと置き代わることができるか、又は抗体の１つの抗原結合部位の可変ドメインが置換されて、抗原に対する特異性を有する１つの抗原結合部位と異なる抗原に対する特異性を有するもう一つの抗原結合部位とを含むキメラ二価抗体を作り出す。
【０１７２】
例示的な抗ベータ７抗体は、Ｆｉｂ５０４、Ｆｉｂ２１、２２、２７、３０（Tidswell, M. J Immunol. 1997 Aug 1;159(3):1497-505）又はそのヒト化誘導体である。Ｆｉｂ５０４のヒト化抗体は、米国特許出願公開第２００６００９３６０１号（米国特許第７５２８２３６号として発行）に詳細に開示されており、その内容の全体を出典明示により援用する（以下の議論もまた参照のこと）。
【０１７３】
３．ヒト及びヒト化抗体
本発明の抗ベータ７インテグリン抗体は、更にヒト化抗体又はヒト抗体を含みうる。非ヒト（例えばマウス）抗体のヒト化型とは、キメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖、又はその断片（例えばＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２あるいは抗体の他の抗原結合サブ配列）であって、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含むものである。ヒト化抗体はレシピエントのＣＤＲ由来の残基が、マウス、ラット又はウサギのような所望の特異性、親和性及び能力を有する非ヒト種（ドナー抗体）のＣＤＲ由来の残基によって置換されたヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）を含む。幾つかの例では、ヒト免疫グロブリンのＦｖフレームワーク残基は、対応する非ヒト残基によって置換されている。また、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にも、移入されたＣＤＲもしくはフレームワーク配列にも見出されない残基を含んでいてもよい。一般に、ヒト化抗体は、全てあるいは殆ど全てのＣＤＲ領域が非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、全てあるいは殆ど全てのＦＲ領域がヒト免疫グロブリンコンセンサス配列のものである少なくとも一つ、典型的には二つの可変ドメインの実質的に全てを含む。場合によっては、ヒト化抗体は、免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）、典型的にはヒトの免疫グロブリンの定常領域の少なくとも一部を含むであろう。Jones等，Nature, 321:522-525 (1986)；Riechmann等，Nature, 332:323-329 (1988)；及びPresta, Curr. Op Struct. Biol., 2:593-596 (1992)。
【０１７４】
非ヒト抗体をヒト化する方法はこの分野でよく知られている。一般的に、ヒト化抗体は、非ヒトである供給源からそこに導入された一又は複数のアミノ酸残基が導入される。これら非ヒトアミノ酸残基は、しばしば、典型的には「移入」可変ドメインから得られる「移入」残基と称される。ヒト化は齧歯動物のＣＤＲ又はＣＤＲ配列でヒト抗体の該当する配列を置換することによりウィンター（Winter）及び共同研究者（Jones等，Nature, 321:522-525 (1986)；Riechmann等，Nature, 332:323-327 (1988)；Verhoeyen等，Science, 239:1534-1536 (1988)）の方法に従って、齧歯類ＣＤＲ又はＣＤＲ配列をヒト抗体の対応する配列に置換することにより本質的に実施することができる。従って、このような「ヒト化」抗体は、インタクトなヒト可変ドメインより実質的に少ない分が非ヒト種由来の対応する配列で置換されたキメラ抗体（米国特許第４８１６５６７号）である。実際には、ヒト化抗体は典型的には幾つかのＣＤＲ残基と場合によっては幾つかのＦＲ残基が齧歯類抗体の類似する部位からの残基によって置換されたヒト抗体である。抗体がヒトの治療用途に用いられる場合、抗原性及びＨＡＭＡ応答（ヒト抗マウス抗体）を低減するには、ヒト化抗体を生成する際に使用するヒトの軽重両方のヒト可変ドメインの選択が非常に重要である。いわゆる「ベストフィット法」では、齧歯動物抗体の可変ドメインの配列を、既知のヒト可変ドメイン配列のライブラリー全体に対してスクリーニングする。齧歯動物のものと最も近いヒトＶドメイン配列を同定し、その中のヒトフレームワーク（ＦＲ）をヒト化抗体に受け入れる（Sims等，J. Immunol., 151:2296 (1993)；Chothia等，J. Mol. Biol., 196:901(1987)）。他の方法では、軽又は重鎖の特定のサブグループのヒト抗体全てのコンセンサス配列から誘導される特定のフレームワーク領域を使用する。同じフレームワークを幾つかの異なるヒト化抗体に使用できる（Carter等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992)；Presta等，J. Immunol., 151:2623(1993)）。更に、抗体を、抗原に対する高親和性や他の好ましい生物学的性質を保持してヒト化することが重要である。この目標を達成するべく、所定の実施態様によれば、親及びヒト化配列の三次元モデルを使用して、親配列及び様々な概念的ヒト化産物の分析工程を経てヒト化抗体を調製する。三次元免疫グロブリンモデルは一般的に入手可能であり、当業者にはよく知られている。選択された候補免疫グロブリン配列の推測三次元立体配座構造を図解し、表示するコンピュータプログラムは購入可能である。これらの表示を見ることで、候補免疫グロブリン配列の機能における残基のありそうな役割の分析、すなわち候補免疫グログリンの抗原との結合能力に影響を及ぼす残基の分析が可能になる。このようにして、例えば標的抗原に対する親和性が高まるといった、望ましい抗体特性が達成されるように、ＦＲ残基をレシピエント及び移入配列から選択し、組み合わせることができる。一般的に、高頻度可変領域残基は、直接かつ最も実質的に抗原結合性に関与している。
【０１７５】
ヒト化抗ベータ７インテグリン抗体の様々な形態が考慮される。例えば、ヒト化抗体は、Ｆａｂなどの、任意で一又は複数の細胞障害性剤とコンジュゲートしてイムノコンジュゲートを生成する抗体断片とすることができる。あるいは、ヒト化抗体は、インタクトなＩｇＧ１抗体などのインタクトな抗体でもよい。
【０１７６】
例示的なヒト化抗ベータ７抗体は、限定するものではないが、インテグリンサブユニットβ７に対するヒト化モノクローナル抗体であり、ラット抗マウス／ヒトモノクローナル抗体ＦＩＢ５０４（Andrew等，1994 J Immunol 1994;153:3847-61）から誘導された、ｒｈｕＭＡｂベータ７を含む。それは、ヒトイムノグロブリン（Ｉｇ）Ｇ１重鎖及びκ１軽鎖フレームワークを含むように操作され、チャイニーズハムスター卵巣細胞によって産生される。この抗体は、消化管のリンパ球サブセットの輸送と保持を制御し、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）やクローン病（ＣＤ）のような腸管炎症性疾患（ＩＢＤ）に関連する２つのインテグリン、α４β７（Holzmann等 1989 Cell, 1989;56:37-46；Hu等，1992, Proc Natl Acad Sci USA 1992;89:8254-8）とαＥβ７（Cepek等，1993 J Immunol 1993;150:3459-70）に結合する。ｒｈｕＭＡｂベータ７はα４β７とそのリガンド（蛋白粘膜アドレシン細胞接着分子−１［ＭＡｄＣＡＭ］−１、血管細胞接着分子［ＶＣＡＭ］−１、及びフィブロネクチン）の細胞相互作用並びにαＥβ７とそのリガンド（Ｅカドヘリン）の相互作用の強力なインビトロ阻害剤である。ｒｈｕＭＡｂベータ７は可逆的に類似の高い親和性でウサギ、カニクイザル、及びヒトからのリンパ球上のβ７に結合する。それはまたマウスβ７にも高い親和性で結合する。ｒｈｕＭＡｂベータ７とその変異体のアミノ酸配列と調製及び使用については米国特許出願公開第２００６００９３６０１号（米国特許第７５２８２３６号として発行）に詳細が開示されており、その内容の全体が援用される。
【０１７７】
図１Ａ及び１Ｂは次の可変軽鎖及び重鎖の配列アラインメントを示す：軽鎖ヒトサブグループカッパＩコンセンサス配列（図１Ａ、配列番号１２）、重鎖ヒトサブグループＩＩＩコンセンサス配列（図１Ｂ、配列番号１３）、ラット抗マウスベータ７抗体（Ｆｉｂ５０４）可変軽鎖（図１Ａ、配列番号１０）、ラット抗マウスベータ７抗体（Ｆｉｂ５０４）可変重鎖（図１Ｂ、配列番号１１）、及びヒト化抗体変異体：ヒト化ｈｕ５０４Ｋ移植片可変軽鎖（図１Ａ、配列番号１４）、ヒト化ｈｕ５０４Ｋ移植片可変重鎖（図１Ｂ、配列番号１５）、変異体ｈｕ５０４−５、ｈｕ５０４−１６、及びｈｕ５０４−３２（ヒト化ｈｕ５０４Ｋ移植片からのアミノ酸変異体は、変異体ｈｕ５０４−５、ｈｕ５０４−１６、及びｈｕ５０４−３２について、図１Ａ（軽鎖）（それぞれ出現の順に配列番号２２−２４）及び図１Ｂ（重鎖）に示される（配列番号２５））。
【０１７８】
４．ヒト抗体
ヒト化の別法として、ヒト抗体を生成することができる。例えば、現在では、免疫化することで、内因性免疫グロブリンの産生がなく、ヒト抗体の全レパートリーを産生することのできるトランスジェニック動物（例えば、マウス）を作ることが可能である。例えば、キメラ及び生殖細胞系突然変異体マウスにおける抗体重鎖結合領域（ＪＨ）遺伝子のホモ接合体欠失によって、結果として内因性抗体産生の完全な阻害が起こることが説明されてきた。ヒト生殖系列免疫グロブリン遺伝子配列の、このような生殖細胞系突然変異体マウスへの転移によって、結果として抗原投与時にヒト抗体の産生が起こる。Jakobovits等，Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 90:2551 (1993)；Jakobovits等，Nature 362:255-258 (1993)；Bruggeman等，Year in Immuno., 7:33 (1993)；米国特許第５５４５８０６号、同５５６９８２５号、同５５９１６６９号（全てジェンファーム（ＧｅｎＰｈａｒｍ））；同５５４５８０７号；及び国際公開第９７／１７８５２号を参照。
【０１７９】
あるいは、ファージディスプレイ技術（McCafferty等，Nature 348:552-553 (1990)）を、非免疫化ドナーからの免疫グロブリン可変（Ｖ）ドメイン遺伝子レパートリーから、インビトロでヒト抗体及び抗体断片を産出させるために使用することができる。当該技術では、抗体Ｖドメイン配列は、繊維状バクテリオファージ、例えばＭ１３又はｆｄのメジャー又はマイナーコートタンパク質遺伝子の何れかにインフレームでクローニングされ、ファージ粒子の表面上に機能的抗体断片として示される。また、繊維状の粒子がファージゲノムの一本鎖ＤＮＡコピーを含むので、抗体の機能的性質に基づく選択はこれらの性質を示す抗体をコードする遺伝子を選択する結果となる。このように、ファージはＢ細胞の幾つかの性質を模倣する。ファージディスプレイは、例えば、Johnson, Kevin S.及びChiswell, David J., Current Opinion in Structural Biology 3:564-571 (1993)に総説されたように、多様な形式で行うことができる。Ｖ遺伝子セグメントの幾つかの供給源がファージディスプレイのために使用可能である。Clackson等，Nature, 352:624-628 (1991)は、免疫化されたマウス脾臓から得られたＶ遺伝子の小ランダム組合せライブラリからの抗オキサゾロン抗体の異なった配列を単離した。非免疫化ヒトドナーからのＶ遺伝子のレパートリーを構築し、抗原（自己抗原を含む）の異なった配列に対する抗体を、Marks等，J. Mol. Biol. 222:581-597 (1991)、又はGriffith等，EMBO J. 12:725-734(1993)に記載の技術に本質的に従って単離することができる。また、米国特許第５５６５３３２号及び同５５７３９０５号を参照のこと。
【０１８０】
上で検討した通り、ヒト抗体はインビトロで活性化されたＢ細胞によって産生されうる（米国特許第５５６７６１０号及び同第５２２９２７５号を参照のこと）。
【０１８１】
５．抗体断片
所定の場合、全抗体よりも抗体断片の利用に利点がある。より小さいサイズの断片によりクリアランスが速くなり、固形腫瘍へのアクセスが改善されうる。
【０１８２】
抗体断片を生産するために様々な技術が開発されている。伝統的には、これらの断片は、インタクトな抗体のタンパク分解性消化を介して誘導されていた（例えば、Morimoto等，Journal of Biochemical and Biophysical Methods 24:107-117 (1992)及びBrennan等，Science, 229:81(1985)を参照）。しかし、これらの断片は現在は組換え宿主細胞により直接生産することができる。例えば、抗体断片は上で検討した抗体ファージライブラリーから単離することができる。別法として、Ｆａｂ’−ＳＨ断片は大腸菌から直接回収することができ、化学的に結合させてＦ（ａｂ’）２断片を形成することができる（Carter等，Bio/Technology 10:163-167(1992)）。他のアプローチ法では、Ｆ（ａｂ’）２断片を組換え宿主細胞培養から直接単離することができる。抗体断片の生産のための他の方法は当業者には明らかであろう。他の実施態様では、選択抗体は単鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦＶ）である。国際公開第９３／１６１８５号；米国特許第５５７１８９４号；及び米国特許第５５８７４５８号を参照のこと。また、抗体断片は、例えば米国特許第５６４１８７０号に記載されているような「直鎖状抗体」であってもよい。このような直線状抗体断片は単特異的又は二重特異的であってもよい。
【０１８３】
６．二重特異性抗体
二重特異性抗体は、少なくとも二つの異なるエピトープに対して結合特異性を有する抗体である。例示的な二重特異性抗体は、ここに記載した通りベータ７インテグリンの２つの異なるエピトープに結合し得る。他のこのような抗体は、ＴＡＴ結合部位と、他のタンパク質に対する結合部位とを組み合わせることができる。あるいは、抗ベータ７インテグリンアームは、細胞防護の機序をＴＡＴ発現細胞に集中し局在化させるために、Ｔ細胞レセプター分子（例えばＣＤ３）のような白血球上のトリガー分子、又はＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）及びＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６）のような、ＩｇＧのＦｃレセプター（ＦｃγＲ）に結合するアームと結合し得る。二重特異性抗体は、ＴＡＴを発現する細胞に細胞障害性剤を局在化させるために使用することもできる。これらの抗体は、ＴＡＴ結合アームと、細胞障害性剤（例えば、サポリン、抗インターフェロンα、ビンカアルカロイド、リシンＡ鎖、メトトレキサート又は放射性同位元素ハプテン）に結合するアームとを有している。二重特異性抗体は、完全長抗体又は抗体断片（例えばＦ（ａｂ’）２二重特異性抗体）として調製することができる。
【０１８４】
二重特異性抗体を作製する方法は当該技術分野において知られている。完全長二重特異性抗体の伝統的な生産は、二つの重鎖が異なる特異性を持つ二つの免疫グロブリン重鎖−軽鎖対の同時発現に基づく（Milstein等，Nature, 305:537-539 (1983)）。免疫グロブリンの重鎖と軽鎖を無作為に取り揃えるため、これらハイブリドーマ（クアドローマ）は１０種の異なる抗体分子の潜在的混合物を生成し、その内の一種のみが正しい二重特異性構造を有する。正しい分子の精製は、アフィニティークロマトグラフィー工程によって通常なされるが、かなり面倒であり、生成物収率が低い。同様の手順が国際公開第９３／０８８２９号、及びTraunecker等，EMBO J.,10:3655-3656 (1991)に開示されている。
【０１８５】
異なったアプローチ法では、所望の結合特異性を有する抗体可変ドメイン（抗原−抗体結合部位）を免疫グロブリン定常ドメイン配列と融合させる。所定の実施態様では、該融合は、少なくともヒンジの一部、ＣＨ２及びＣＨ３領域を含む免疫グロブリン重鎖定常ドメインとの融合である。所定の実施態様では、軽鎖の結合に必要な部位を含む第一の重鎖定常領域（ＣＨ１）を、融合の少なくとも一つに存在させる。免疫グロブリン重鎖の融合、望まれるならば免疫グロブリン軽鎖をコードしているＤＮＡを、別個の発現ベクター中に挿入し、適当な宿主生物に同時トランスフェクトする。これにより、構築に使用される三つのポリペプチド鎖の等しくない比率が最適な収率をもたらす実施態様において、三つのポリペプチド断片の相互の割合の調節に大きな融通性が与えられる。しかし、少なくとも二つのポリペプチド鎖の等しい比率での発現が高収率をもたらすとき、又はその比率が特に重要性を持たないときは、２又は３個全てのポリペプチド鎖のためのコード化配列を一つの発現ベクターに挿入することが可能である。
【０１８６】
所定の実施態様では、二重特異性抗体は、第一の結合特異性を有する一方のアームのハイブリッド免疫グロブリン重鎖と他方のアームのハイブリッド免疫グロブリン重鎖−軽鎖対（第二の結合特異性を提供する）とからなる。二重特異性分子の半分にしか免疫グロブリン軽鎖がないと容易な分離法が提供されるため、この非対称的構造は、所望の二重特異性化合物を不要な免疫グロブリン鎖の組み合わせから分離することを容易にすることが分かった。このアプローチ法は、国際公開第９４／０４６９０号に開示されている。二重特異性抗体を産生する更なる詳細については、例えばSuresh等，Methods in Enzymology, 121:210 (1986)を参照のこと。
【０１８７】
米国特許第５７３１１６８号に記載された他のアプローチ法によれば、一対の抗体分子間の界面を操作して組換え細胞培養から回収されるヘテロダイマーのパーセントを最大にすることができる。所定の実施態様では、界面はＣＨ３ドメインの少なくとも一部を含む。この方法では、第１抗体分子の界面からの一又は複数の小さいアミノ酸側鎖がより大きな側鎖（例えばチロシン又はトリプトファン）と置き換えられる。大きな側鎖と同じ又は類似のサイズの相補的「キャビティ」を、大きなアミノ酸側鎖を小さいもの（例えばアラニン又はスレオニン）と置き換えることにより第２の抗体分子の界面に作り出す。これにより、ホモ二量体のような不要の他の最終産物に対してヘテロ二量体の収量を増大させるメカニズムが提供される。
【０１８８】
二重特異性抗体は架橋又は「ヘテロコンジュゲート」抗体を含む。例えば、ヘテロコンジュゲートの一方の抗体がアビジンと結合し、他方はビオチンと結合していてもよい。このような抗体は、例えば、免疫系細胞を不要な細胞に対してターゲティングさせること（米国特許第４６７６９８０号）及びＨＩＶ感染の治療（国際公報第９１／００３６０号、国際公報第９２／２００３７３号及び欧州特許出願公開第０３０８９号）等の用途が提案されている。ヘテロコンジュゲート抗体は任意の簡便な架橋法を使用して作製されうる。適切な架橋剤は当該技術分野において周知であり、多くの架橋技術と共に米国特許第４６７６９８０号に開示されている。
【０１８９】
抗体断片から二重特異性抗体を産生する技術もまた文献に記載されている。例えば、化学結合を使用して二重特異性抗体を調製することができる。Brennan等，Science, 229:81 (1985) はインタクトな抗体をタンパク分解性に切断してＦ（ａｂ’）２断片を産生する手順を記述している。これらの断片は、ジチオール錯体形成剤の亜砒酸ナトリウムの存在下で還元して近接ジチオールを安定化させ、分子間ジスルヒド形成を防止する。産生されたＦａｂ’断片はついでチオニトロベンゾアート（ＴＮＢ）誘導体に転換される。Ｆａｂ’−ＴＮＢ誘導体の一つをついでメルカプトエチルアミンでの還元によりＦａｂ’−チオールに再転換し、他のＦａｂ’−ＴＮＢ誘導体の等モル量と混合して二重特異性抗体を形成する。作られた二重特異性抗体は酵素の選択的固定化用の薬剤として使用することができる。
【０１９０】
最近の進歩により、大腸菌からＦａｂ’−ＳＨ断片を直接回収できるようになり、これを化学的にカップリングさせて二重特異性抗体を形成することができる。Shalaby等，J. Exp. Med., 175: 217-225 (1992)は完全にヒト化された二重特異性抗体Ｆ（ａｂ’）２分子を記載している。各Ｆａｂ’断片は別個に大腸菌から分泌され、インビトロでの定方向化学カップリングによって二重特異性抗体が生成された。このようにして生成された二重特異性抗体はＥｒｂＢ２レセプターを過剰発現する細胞及び正常なヒトＴ細胞に結合することができ、またヒト乳房腫瘍標的に対してヒト細胞傷害性リンパ球の溶解活性を惹起させた。組換え細胞培養から直接的に二重特異性抗体断片を作成し分離する様々な技術もまた記述されている。例えば、二重特異性抗体はロイシンジッパーを使用して生産されている。Kostelny等，J.Immunol. 148(5):1547-1553 (1992)。Ｆｏｓ及びＪｕｎタンパク質からのロイシンジッパーペプチドを遺伝子融合により二つの異なった抗体のＦａｂ’部分に結合させる。抗体ホモ二量体をヒンジ領域で還元して単量体を形成し、ついで再酸化して抗体ヘテロ二量体を形成する。この方法はまた抗体ホモ二量体の生産に対して使用することができる。Hollinger等，Proc.Natl.Acad.Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)により記述された「ダイアボディ」技術は二重特異性抗体断片を作製する別のメカニズムを提供した。断片は、同一鎖上の２つのドメイン間の対形成を可能にするのには短すぎるリンカーによりＶＬに連結されたＶＨを含む。従って、一つの断片のＶＨ及びＶＬドメインは他の断片の相補的ＶＬ及びＶＨドメインと強制的に対形成させられ、よって２つの抗原結合部位を形成する。単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）二量体の使用により二重特異性抗体断片を製造する他の方策もまた報告されている。Gruber等、 J.Immunol. 152:5368 (1994)を参照のこと。
【０１９１】
二価より多い抗体も考えられる。例えば、三重特異性抗体を調製することができる。Tutt等 J.Immunol. 147:60(1991)。
【０１９２】
７．ヘテロコンジュゲート抗体
ヘテロコンジュゲート抗体もまた本発明の範囲に入る。ヘテロコンジュゲート抗体は、２つの共有結合した抗体からなる。このような抗体は、例えば、免疫系細胞を不要な細胞に対してターゲティングさせるため［米国特許第４６７６９８０号］及びＨＩＶ感染の治療のために［国際公開第９１／００３６０；国際公開第９２／２００３７３；欧州特許出願公開第０３０８９号］提案されている。この抗体は、架橋剤に関連したものを含む合成タンパク化学における既知の方法を使用して、インビトロで調製することができると考えられる。例えば、ジスルフィド交換反応を使用するか又はチオエーテル結合を形成することによって、免疫毒素を作成することができる。この目的に対して好適な試薬の例には、イミノチオレート及びメチル−４−メルカプトブチルイミダート、及び例えば米国特許第４６７６９８０号に開示されたものが含まれる。
【０１９３】
８．多価抗体
多価抗体は、抗体が結合する抗原を発現する細胞により、二価抗体よりも早くインターナリゼーション（及び／又は異化）されうる。本発明の抗体は、３又はそれ以上の結合部位を有する多価抗体（ＩｇＭクラス以外のもの）であり得（例えば四価抗体）、抗体のポリペプチド鎖をコードする核酸の組換え発現により容易に生成することができる。多価抗体は二量化ドメインと３又はそれ以上の抗原結合部位を有する。所定の実施態様では、二量化ドメインはＦｃ領域又はヒンジ領域を有する（又はそれらからなる）。このシナリオにおいて、抗体はＦｃ領域と、Ｆｃ領域のアミノ末端に３又はそれ以上の抗原結合部位を有しているであろう。所定の実施態様では、多価抗体は３ないし約８、典型的には４の抗原結合部位を有する（又はそれらからなる）。多価抗体は少なくとも一つのポリペプチド鎖（典型的には２つのポリペプチド鎖）を有し、ポリペプチド鎖（類）は２又はそれ以上の可変ドメインを有する。例えば、ポリペプチド鎖（類）はＶＤ１−（Ｘ１）ｎ−ＶＤ２−（Ｘ２）ｎ−Ｆｃを有し、ここでＶＤ１は第１の可変ドメインであり、ＶＤ２は第２の可変ドメインであり、ＦｃはＦｃ領域のポリペプチド鎖の一つであり、Ｘ１及びＸ２はアミノ酸又はポリペプチドを表し、ｎは０又は１である。例えば、ポリペプチド鎖（類）は：ＶＨ−ＣＨ１−柔軟リンカー−ＶＨ−ＣＨ１−Ｆｃ領域鎖；又はＶＨ−ＣＨ１−ＶＨ−ＣＨ１−Ｆｃ領域鎖を有し得る。ここでの多価抗体は、少なくとも２つ（典型的には４つ）の軽鎖可変ドメインポリペプチドを更に有する。ここでの多価抗体は、例えば約２〜約８の軽鎖可変ドメインポリペプチドを有する。ここで考察される軽鎖可変ドメインポリペプチドは軽鎖可変ドメインを有し、場合によってはＣＬドメインを更に有する。
【０１９４】
９．エフェクター機能の加工
本発明の抗体をエフェクター機能について改変し、例えば抗体の抗原−依存細胞媒介細胞毒性（ＡＤＣＣ）及び／又は補体依存細胞毒性（ＣＤＣ）を向上させることは望ましい。これは、抗体のＦｃ領域で一又は複数のアミノ酸置換を誘導することによりなされうる。あるいは又は更に、システイン残基をＦｃ領域に導入し、それにより、この領域に鎖間ジスルフィド結合を形成するようにしてもよい。そのようにして生成された同種二量体抗体は、向上したインターナリゼーション能力及び／又は増加した補体媒介細胞殺傷及び抗体−依存細胞性細胞毒性（ＡＤＣＣ）を有する場合がある。Caron等，J. Exp. Med. 176: 1191-1195 (1992)及びShopes, B. J. Immunol. 148: 2918-2922 (1992)参照。また、向上した抗腫瘍活性を持つ同種二量体抗体は、Wolff等，Cancer Research 53: 2560-2565 (1993)に記載されている異種二官能性架橋を用いて調製することができる。あるいは、抗体は、２つのＦｃ領域を有するように加工して、それにより補体溶解及びＡＤＣＣ能力を向上させることもできる。Stevenson等，Anti-Cancer Drug Design 3: 219-230 (1989)参照。抗体の血清半減期を増大させるために、例えば米国特許第５７３９２７７号に記載のように、抗体（特に抗体断片）へサルベージレセプター結合エピトープを導入してもよい。ここで使用される場合の「サルベージレセプター結合エピトープ」なる用語は、ＩｇＧ分子のインビボ血清半減期を増加させる原因であるＩｇＧ分子（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３又はＩｇＧ４）のＦｃ領域のエピトープを意味する。
【０１９５】
１０．免疫複合体
ここでの方法で使用されるアンタゴニスト又は抗体は、細胞傷害性剤又はサイトカインのような別の薬剤とコンジュゲートさせてもよい。
【０１９６】
結合は、通常共有結合で達成され、その正確な性質はターゲッティング分子及びインテグリンベータ７アンタゴニスト又は抗体ポリペプチド上の結合部位により測定されるであろう。典型的には、非ペプチド性剤は、化学的な修飾によって、抗体に導入されたそのアミノ酸側鎖、糖鎖又は反応基によって、抗ベータ７インテグリン抗体へのコンジュゲートを可能にするリンカーの付加により修飾される。例えば、薬剤は、リジン残基のε−アミノ基により、遊離したα−アミノ基により、システイン残基に対するジスルフィド交換にり、又は、シッフ塩基結合により様々な求核基を含む薬剤の付着を可能にする過ヨウ素酸を有する糖鎖の１，２−ジオールの酸化により付着されてもよい。例として米国特許第４２５６８３３号を参照。タンパク質修飾剤には、アミン反応性の試薬（例えば、反応性エステル、イソチオシアネート、アルデヒド及びスルホニルハロゲン化物）、チオール反応性試薬（例えば、ハロアセチル誘導体及びマレイミド）、及びカルボン酸反応性及びアルデヒド反応性試薬が含まれる。インテグリンベータ７アンタゴニスト又は抗体ポリペプチドは、二官能性架橋試薬の使用によってペプチド薬剤に共有結合してもよい。ヘテロ二官能試薬はより一般的に用いられており、２つの異なる反応性分子（例えば、アミン反応性とチオール、ヨードアセトアミド又はマレイミド）の使用によって、２つの異なるタンパク質のカップリングの制御が可能となる。このような連結剤の使用は公知技術である。例として米国特許第４６７１９５８号を参照。ペプチドリンカーもまた使用されてよい。あるいは、抗ベータ７インテグリン抗体ポリペプチドは、融合ポリペプチドの調製によってペプチド部分に連結できる。
【０１９７】
更なる二官能性タンパク質カップリング剤の例は、Ｎ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオール）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステルの二官能性誘導体（ジメチルアジピミデートＨＣＬ等）、活性エステル（ジスクシンイミジルスベレート等）、アルデヒド（グルタルアルデヒド等）、ビス−アジド化合物（ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン等）、ビス−ジアゾニウム誘導体（ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミン等）、ジイソシアネート（トリエン２，６−ジイソシアネート等）、及びビス−活性フッ素化合物（１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン等）を含む。
【０１９８】
１１．免疫リポソーム
ここに開示されている抗ベータ７インテグリン抗体は、免疫リポソームとして製剤化することもできる。「リポソーム」は、哺乳動物への薬物輸送に有用な、種々のタイプの脂質、リン脂質及び／又は界面活性剤からなる小胞体である。リポソームの成分は、通常は生物膜の脂質配向に類似した２層構造に配列される。抗体を含むリポソームは、例えばEpstein等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82:3688(1985)；Hwang等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4030(1980)；及び米国特許第４４８５０４５号及び同４５４４５４５号；及び１９９７年１０月２３日に公開の国際公開９７／３８７３１に記載されているように、当該分野において既知の方法により調製される。循環時間が増したリポソームは米国特許第５０１３５５６号に開示されている。
【０１９９】
特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロール及びＰＥＧ誘導ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ−ＰＥ）を含む脂質組成物での逆相蒸発法によって生成されうる。リポソームは、定まったサイズのフィルターを通して押出され、所望の径を有するリポソームが生成される。
【０２００】
本発明の抗体のＦａｂ’断片は、Martin等，J. Biol. Chem. 257:286-288 (1982)に記載されているように、ジスルフィド交換反応を介してリポソームにコンジュゲートされうる。化学療法薬は、場合によってはリポソーム内に包含される。Gabizon等，J. National Cancer Inst. 81(19) 1484 (1989)参照。
【０２０１】
１２．抗体産生のためのベクター、宿主細胞及び組換え法
また提供されるものは、ここに記載の抗ベータ７抗体又はポリペプチド剤をコードする単離された核酸、核酸を含むベクター及び宿主細胞及び抗体産生のための組換え技術である。
【０２０２】
抗体の組換え生産では、抗体をコードする核酸が単離され、更なるクローニング（ＤＮＡの増幅）又は発現のために、複製可能なベクター中に挿入される。別の実施態様では、抗体は、例えば、出典明示によって特に援用される米国特許第５２０４２４４号に記載の通り、相同組換えによって産生され得る。モノクローナル抗体をコードするＤＮＡは直ぐに単離され、常套的な手法を用いて（例えば、抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合可能なオリゴヌクレオチドを使用することによって）配列決定される。多くのベクターが利用可能である。ベクター成分には、一般に、これらに制限されるものではないが、次のものの一又は複数が含まれる：シグナル配列、複製起点、一又は複数のマーカー遺伝子、エンハンサーエレメント、プロモーター、及び転写終結配列である（例えば、特に出典明示によりここに援用される１９９６年７月８日に出版された米国特許第５５３４６１５号に記載）。
【０２０３】
ここに記載のベクター中のＤＮＡをクローニングあるいは発現させるために適切な宿主細胞は、上述の原核生物、酵母、又は高等真核生物細胞である。この目的にとって適切な原核生物は、真正細菌、例えばグラム陰性又はグラム陽性生物、例えばエシェリチアのような腸内菌科、例えば大腸菌、エンテロバクター、エルウィニア（Ｅｒｗｉｎｉａ）、クレブシエラ、プロテウス、サルモネラ、例えばネズミチフス菌、セラチア属、例えばセラチア・マルセスキャンス及び赤痢菌属、並びに桿菌、例えば枯草菌及びバシリ・リチェフォルミス（ｌｉｃｈｅｎｉｆｏｒｍｉｓ）（例えば１９８９年４月１２日に公開されたＤＤ２６６７１０に開示されたバシリ・リチェニフォルミス４１Ｐ）、シュードモナス属、例えば緑膿菌及びストレプトマイセス属を含む。一つの大腸菌クローニング宿主は大腸菌２９４（ＡＴＣＣ３１４４６）であるが、他の大腸菌Ｂ、大腸菌Ｘ１７７６（ＡＴＣＣ３１５３７）及び大腸菌Ｗ３１１０（ＡＴＣＣ２７３２５）のような株も好適である。これらの例は限定するものではなく例示的なものである。
【０２０４】
原核生物に加えて、糸状菌又は酵母菌のような真核微生物は、抗ベータ７インテグリン抗体をコードするベクターのための適切なクローニング又は発現宿主である。サッカロミセス・セレヴィシア、又は一般的なパン酵母は下等真核生物宿主微生物のなかで最も一般的に用いられる。しかしながら、多数の他の属、種及び菌株も、一般的に入手可能でここで使用でき、例えば、シゾサッカロマイセスポンベ；クルイベロマイセス宿主、例えばＫ．ラクティス、Ｋ．フラギリス（ＡＴＣＣ１２４２４）、Ｋ．ブルガリカス（ＡＴＣＣ１６０４５）、Ｋ．ウィッケラミイ（ＡＴＣＣ２４１７８）、Ｋ．ワルチイ（ＡＴＣＣ５６５００）、Ｋ．ドロソフィラルム（ＡＴＣＣ３６９０６）、Ｋ．サーモトレランス、及びＫ．マルキシアナス；ヤローウィア（ＥＰ４０２２２６）；ピチアパストリス（ＥＰ１８３０７０）；カンジダ；トリコデルマ・リーシア（ＥＰ２４４２３４）；アカパンカビ；シュワニオマイセス、例えばシュワニオマイセスオクシデンタリス；及び糸状真菌、例えばパンカビ属、アオカビ属、トリポクラジウム、及びコウジカビ属宿主、例えば偽巣性コウジ菌及びクロカビが使用できる。
【０２０５】
グリコシル化抗ベータ７抗体の発現に適切な宿主細胞はまた多細胞生物から誘導される。無脊椎動物細胞の例としては植物及び昆虫細胞が含まれる。多数のバキュロウイルス株及び変異体及び対応する許容可能な昆虫宿主細胞、例えばスポドプテラ・フルギペルダ（毛虫）、アエデス・アエジプティ（蚊）、アエデス・アルボピクトゥス（蚊）、ドゥロソフィラ・メラノガスター（ショウジョウバエ）、及びボンビクス・モリが同定されている。トランスフェクションのための種々のウイルス株、例えば、オートグラファ・カリフォルニカＮＰＶのＬ−１変異体とボンビクス・モリＮＰＶのＢｍ−５株が公に利用でき、そのようなウイルスは本発明においてここに記載したウイルスとして使用でき、特にスポドプテラ・フルギペルダ細胞の形質転換に使用できる。綿、コーン、ジャガイモ、大豆、ペチュニア、トマト、及びタバコの植物細胞培養をまた宿主として利用することができる。
【０２０６】
しかしながら、脊椎動物細胞における興味が最もあり、培養（組織培養）中の脊椎細胞の増殖は常套的な手順になった。有用な哺乳動物宿主細胞の例は、ＳＶ４０（ＣＯＳ−７，ＡＴＣＣ  ＣＲＬ１６５１）で形質転換させたサル腎ＣＶ１細胞株；ヒト胚腎細胞系（２９３又は懸濁培養で増殖するようにサブクローン化された２９３細胞、Graham等，J. Gen Virol. 36:59(1977)）；ベビーハムスター腎細胞（ＢＨＫ，ＡＴＣＣ  ＣＣＬ１０）；チヤイニーズハムスター卵巣細胞／−ＤＨＦＲ（ＣＨＯ，Urlaub等，Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77: 4216(1980)）；マウスセルトリ細胞（ＴＭ４，Mather, Biol. Reprod. 23: 243-251(1980)）；サル腎細胞（ＣＶ１  ＡＴＣＣ  ＣＣＬ７０）；アフリカミドリザル腎細胞（ＶＥＲＯ−７６，ＡＴＣＣ  ＣＲＬ−１５８７）；ヒト頚管腫瘍細胞（ＨＥＬＡ，ＡＴＣＣ  ＣＣＬ２）；イヌ腎細胞（ＭＤＣＫ，ＡＴＣＣ  ＣＣＬ３４）；バッファローラット肝細胞（ＢＲＬ  ３Ａ，ＡＴＣＣ  ＣＲＬ  １４４２）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８，ＡＴＣＣ  ＣＣＬ  ７５）；ヒト肝細胞（Ｈｅｐ  Ｇ２，ＨＢ８０６５）；マウス乳房腫瘍細胞（ＭＭＴ０６０５６２，ＡＴＣＣ  ＣＣＬ５１）；ＴＲＩ細胞（Mather等，Annals N.Y. Acad. Sci. 383: 44-68(1982)）；ＭＲＣ５細胞；ＦＳ４細胞；及びヒト肝臓癌株（Ｈｅｐ  Ｇ２）である。
【０２０７】
宿主細胞は、抗ベータ７インテグリン抗体生産のために上述の発現又はクローニングベクターで形質転換され、プロモーターを誘導し、形質転換体を選択し、又は所望の配列をコードしている遺伝子を増幅するために適切に修飾された常套的栄養培地で培養される。
【０２０８】
本発明の抗ベータ７インテグリン抗体を産生するために用いられる宿主細胞は種々の培地において培養することができる。市販培地の例としては、ハムのＦ１０（Ｓｉｇｍａ）、最小必須培地（（ＭＥＭ），（Ｓｉｇｍａ）、ＲＰＭＩ−１６４０（Ｓｉｇｍａ）及びダルベッコの改良イーグル培地（（ＤＭＥＭ），Ｓｉｇｍａ）が宿主細胞の培養に好適である。また、Ham等，Meth. Enz. 58:44 (1979)、Barnes等，Anal. Biochem. 102:255 (1980)、米国特許第４７６７７０４号；同４６５７８６６号；同４９２７７６２号；同４５６０６５５号；又は同５１２２４６９号；国際公開第９０／０３４３０号；国際公開第８７／００１９５号；又は米国再発行特許第３０９８５号に記載された何れの培地も宿主細胞に対する培地として使用できる。これらの培地には何れもホルモン及び／又は他の成長因子（例えばインシュリン、トランスフェリン、又は表皮増殖因子）、塩類（例えば、塩化ナトリウム、カルシウム、マグネシウム及びリン酸塩）、バッファー（例えばＨＥＰＥＳ）、ヌクレオチド（例えばアデノシン及びチミジン）、抗生物質（例えば、ＧＥＮＴＡＭＹＣＩＮＴＭ薬）、微量元素（最終濃度がマイクロモル範囲で通常存在する無機化合物として定義される）及びグルコース又は等価なエネルギー源を必要に応じて補充することができる。任意の他の必要な補充物質もまた当業者に知られている適当な濃度で含むことができる。培養条件、例えば温度、ｐＨ等々は、発現のために選ばれた宿主細胞について過去に用いられているものであり、当業者には明らかであろう。
【０２０９】
組換え技術を使用する場合、抗体は細胞内、細胞膜周辺腔内に生成されるか、又は培地に直接分泌され得る。抗体が細胞内に生成される場合、第１工程として、粒状屑、宿主細胞又は溶菌断片を、例えば遠心分離又は限外濾過によって取り除く。Carter等，Bio/Technology 10:163-167(1992)は、大腸菌の細胞膜周辺腔に分泌される抗体を単離するための手順について記載している。簡単に述べると、細胞ペーストを酢酸ナトリウム（ｐＨ３．５）、ＥＤＴＡ、及びフェニルメチルスルホニルフロリド（ＰＭＳＦ）の存在下で、約３０分以上かけて解凍する。細胞屑は遠心分離により除去することができる。抗体が培地へ分泌される場合、そのような発現系からの上清が、一般的には、市販のタンパク質濃縮フィルター、例えばＡｍｉｃｏｎ又はＭｉｌｌｉｐｏｒｅ  Ｐｅｌｌｉｃｏｎの限外濾過ユニットを用いて最初に濃縮される。ＰＭＳＦなどのプロテアーゼ阻害剤を上記工程の何れかに含めてタンパク質分解を阻害してもよく、抗生物質を含めて外来性汚染物の増殖を防止してもよい。
【０２１０】
細胞から調製される抗体組成物は、例えば、ヒドロキシルアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、及びアフィニティークロマトグラフィーを使用して精製され得、アフィニティークロマトグラフィーが典型的な精製技術である。アフィニティリガンドとしてのプロテインＡの適合性は抗体に存在する任意の免疫グロブリンＦｃドメインの種及びアイソタイプに依存する。プロテインＡは、ヒトγ１、γ２、又はγ４重鎖に基づく抗体の精製に用いることができる（Lindmark等，J. Immunol. Meth. 62: 1-13 (1983)）。プロテインＧは、全てのマウスアイソタイプ及びヒトγ３に推奨されている（Guss等，EMBO J. 5: 15671575 (1986)）。アフィニティリガンドが結合されるマトリクスはアガロースであることが最も多いが、他の材料も使用可能である。制御孔ガラスやポリ（スチレンジビニル）ベンゼン等の機械的に安定なマトリクスは、アガロースで達成できるものより早い流速及び短い処理時間を可能にする。抗体がＣＨ３ドメインを含む場合、Ｂａｋｅｒｂｏｎｄ  ＡＢＸ（商標）樹脂（Ｊ．Ｔ．  Ｂａｋｅｒ、Ｐｈｉｌｌｉｐｓｂｕｒｇ、ＮＪ）が精製に有用である。イオン交換カラムでの分画、エタノール沈殿、逆相ＨＰＬＣ、シリカ上のクロマトグラフィー、アニオン又はカチオン交換樹脂（ポリアスパラギン酸カラム等）上でのヘパリンＳＥＰＨＡＲＯＳＥ（商品名）クロマトグラフィー、クロマトフォーカシング、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、及び硫酸アンモニウム沈殿などの他のタンパク質精製技術も、回収される抗体に応じて利用可能である。任意の予備精製工程に続いて、対象とする抗体と汚染物を含む混合物に、約２．５−４．５のｐＨでの溶離バッファーを用いて、低ｐＨ疎水性相互作用クロマトグラフィーを施してもよく、典型的には低い塩濃度（例えば、約０−０．２５Ｍ塩）で実施される。
【０２１１】
Ｃ．薬学的製剤
本発明の治療剤、アンタゴニスト又は抗体を含有する治療用製剤は、所望の純度を持つ抗体を任意の生理学的に許容可能な担体、賦形剤、又は安定化剤（Remington's Pharmaceutical Sciences, 16版, Osol, A.編, (1980)）と混合することにより、水溶液、凍結乾燥又は他の乾燥製剤の形態で調製される。許容可能な担体、賦形剤、又は安定化剤は、用いられる投与量及び濃度でレシピエントに非毒性であり、リン酸塩、クエン酸塩、ヒスチジン及び他の有機酸などのバッファー；アスコルビン酸及びメチオニンを含む酸化防止剤；保存料（オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロライド；ヘキサメトニウムクロライド；ベンザルコニウムクロライド；ベンゼトニウムクロライド；フェノール、ブチル又はベンジルアルコール；メチル又はプロピルパラベン等のアルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；及びｍ−クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン等のタンパク質；ポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、又はリシン等のアミノ酸；グルコース、マンノース、又はデキストランを含む単糖類、二糖類、及び他の炭水化物；ＥＤＴＡ等のキレート剤；スクロース、マンニトール、トレハロース又はソルビトール等の糖；ナトリウム等の塩形成対イオン；金属錯体（例えば、Ｚｎ−タンパク質錯体）；及び／又はＴＷＥＥＮＴＭ、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳＴＭ又はポリエチレングリコール（ＰＥＧ）等の非イオン性界面活性剤を含む。
【０２１２】
ここでの製剤は、治療される特定の徴候のために必要な一を越える活性化合物、典型的には互いに悪影響を与えない相補的活性を持つものも含んでいてもよい。そのような分子は、好適には、意図される目的のために有効な量で組み合わされて存在する。
【０２１３】
活性成分もまた、例えばコアセルベーション法又は界面重合により調製されたマイクロカプセル、例えばそれぞれコロイド薬剤送達系（例えば、リポソーム、アルブミンミクロスフィア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子及びナノカプセル）又はマクロエマルジョンで、ヒドリキシメチルセルロース又はゼラチン−マイクロカプセル、及びポリ（メチルメタクリレート）マイクロカプセルに封入されうる。このような技術は、例えばRemington's Pharmaceutical Sciences 16版, Osol, A. Ed. (1980)に開示されている。
【０２１４】
インビボ投与に使用される製剤は滅菌されていなければならない。これは滅菌濾過膜を通して濾過することにより直ぐになされる。
【０２１５】
徐放性調製剤を調製してもよい。徐放性製剤の適切な例として、本発明の免疫グロブリンを含む固形疎水性ポリマーの半透性基質を上げることができ、この基質は、成形品、例えばフィルム、又はマイクロカプセルの形態である。徐放性基質の例には、ポリエステル、ハイドロゲル（例えば、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリレート）、又はポリ（ビニルアルコール））、ポリ乳酸（米国特許第３７７３９１９号）、Ｌグルタミン酸及びγエチル−Ｌ−グルタミンの共重合体、非分解性エチレン−ビニルアセテート、ＬＵＰＲＯＮ  ＤＥＰＯＴＴＭ（乳酸−グリコール酸共重合体及び酢酸リュープロリドからなる注射可能なミクロスフィア）のような分解性乳酸−グリコール酸共重合体、並びにポリ−Ｄ−（−）３−ヒドロキシ酪酸が含まれる。エチレン−ビニルアセテート及び乳酸−グリコール酸のようなポリマーは、１００日に亘る分子の放出を可能にする一方、所定のハイドロゲルは、それよりも短期間に亘ってタンパク質を放出する。カプセル封入された免疫グロブリンは、体内に長時間留まるとき、３７℃で水分に曝されることにより、変性又は凝集し得、その結果生物学的活性を失い、場合によっては免疫原生が変化する。関与する機序に応じて、安定化のために合理的な戦略を講じることができる。例えば、凝集の機序が、チオ−ジスルフィド交換による分子間Ｓ−Ｓ結合の形成であることが発見された場合、スルフヒドリル残基の修飾、酸性溶液からの凍結、水分含有率の制御、適切な添加剤の使用、及び特定のポリマー基質組成物の開発により、安定化させることができる。
【０２１６】
Ｄ．投与
治療を行う医師は、体重ベース投与量について個々の被験体に適切な投与を決定でき、又はフラット投与量では、ラベル上の指示に従う。インテグリンベータ７アンタゴニストと組合せて投与される市販の第二治療薬及び他の化合物の調製及び投与スケジュールは、製造者の指示に従って使用されうるか又は熟練の医師によって経験的に決定されうる。
【０２１７】
疾患の予防又は治療では、インテグリンベータ７アンタゴニストと非枯渇抗体との組合せにおいて投与される任意の第二治療薬又は他の化合物の適切な投与は、治療される胃腸炎症性障害のタイプ、例えばＩＢＤ、ＵＣ、ＣＤ、疾患の重症度及び経過、インテグリンベータ７アンタゴニスト又は組合せが予防又は治療目的のために投与されるかどうか、過去の治療、患者のインテグリンベータ７アンタゴニスト又は組合せに対する臨床歴及び応答、及び主治医の裁量に依存する。インテグリンベータ７アンタゴニスト又は組合せは、一回で、又はより典型的には一連の治療にわたって患者に好適に投与される。所定の実施態様では、インテグリンベータ７アンタゴニストは、１週間に一度、又は２週間毎に一度、又は４週間毎に一度、又は６週間毎に一度、又は８週間毎に一度、期間にして１ヶ月（４週間）、又は２ヶ月、３ヶ月、又は６ヶ月、又は１２ヶ月、又は１８ヶ月、又は２４ヶ月、又は患者の生涯にわたって慢性的に投与される。所定の実施態様では、治療は患者によって自身で投与される。
【０２１８】
疾患のタイプ及び重症度に応じて、約０．５ｍｇ／ｋｇ〜４．０ｍｇ／ｋｇの抗ベータ７抗体が、例えば一又は複数の別個の投与又は持続点滴による、患者への投与のための初回の候補投与量である。数日又はそれ以上にわたる反復投与では、状態に応じて、治療は疾患症状の所望の抑制が生じるまで持続される。しかしながら、他の投与レジメンが有用な場合もある。
【０２１９】
例えば、所定の実施態様では、フラット用量の抗ベータ７抗体が患者に投与される。フラット用量は、体重に関係なく全ての患者に投与される抗ベータ７抗体の特定の量である。疾患のタイプ及び重症度に応じて、約５０ｍｇ及び４５０ｍｇの間のフラット用量の抗ベータ７抗体が患者に投与され、これは、一又は複数の別々の注射又は注入又は投与でありうる。このようなフラット用量は、静脈内又は皮下又はここに記載される他の経路によって投与されうる。所定の実施態様では、フラット用量は５０ｍｇ、又は１００ｍｇ、又は１０５ｍｇ、又は１５０ｍｇ、又は２００ｍｇ、又は２１０ｍｇ、又は３００ｍｇ、又は３１５ｍｇ、又は４００ｍｇ、又は４２０ｍｇ、又は４５０ｍｇである。
【０２２０】
所定の実施態様では、抗ベータ７抗体の初回フラット負荷用量の後に、抗ベータ７抗体の一又は複数のフラット維持用量が続く。負荷用量は維持用量より多くの量の抗ベータ７抗体である。所定の実施態様では、負荷用量は約４００ｍｇと４５０ｍｇの間であり、維持用量は約５０ｍｇと３５０ｍｇの間である。所定の実施態様では、負荷用量は４００ｍｇ、又は４２０ｍｇ、又は４３０ｍｇ、又は４５０ｍｇである。所定の実施態様では、維持用量は５０ｍｇ、又は１００ｍｇ、又は１０５ｍｇ、又は１５０ｍｇ、又は２００ｍｇ、又は２１０ｍｇ、又は３００ｍｇ、又は３５０ｍｇである。
【０２２１】
典型的には、臨床医は、発明の抗体（単独で又は第二化合物との組合せにおいて）を、求められる生物学的効果がもたらされる投与量に達するまで投与する。発明の治療の進行は、一般的な技術及びアッセイによって容易にモニターされる。
【０２２２】
インテグリンベータ７アンタゴニストは、非経口、外用、静脈内、皮下、腹腔内、肺内、鼻腔内、及び／又は病巣内投与を含む任意の好適な手段で投与されうる。非経口注入は筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、又は皮下投与を含む。くも膜下腔内投与もまた考えられる（例えばＧｒｉｌｌｏ−Ｌｏｐｅｚの米国特許出願公開第２００２／０００９４４４号を参照）。加えて、インテグリンベータ７アンタゴニストは例えば減衰用量の抗体と共に、パルス注入で好適に投与されうる。所定の実施態様では、投与は静脈内又は皮下に与えられる。各曝露は同じ又は異なる投与手段を使用して提供されうる。一実施態様では、抗ベータ７抗体への各曝露は皮下投与による。一実施態様では、抗ベータ７抗体への第一曝露、例えば負荷用量は静脈内投与であり、それぞれの続く曝露は皮下投与による。
【０２２３】
所定の実施態様では、抗ベータ７抗体は、例えば自己注射装置、自動注入装置、又は自己投与のために設計された他の装置を使用して投与される。自動注入装置を含む様々な自己注射装置は当該技術分野で知られており、市販されている。例示的な装置は、限定するものではないが、プレ充填シリンジ（例えば、Ｂｅｃｔｏｎ  ＤｉｃｋｉｎｓｏｎのＢＤ  ＨＹＰＡＫ  ＳＣＦ（登録商標）、ＲＥＡＤＹＦＩＬＬＴＭ、及びＳＴＥＲＩＦＩＬＬ  ＳＣＦＴＭ；ＢａｘｔｅｒのＣＬＥＡＲＳＨＯＴＴＭコポリマープレ充填シリンジ；及びＷｅｓｔ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓから入手可能なＤａｉｋｙｏ  Ｓｅｉｋｏ  ＣＲＹＳＴＡＬ  ＺＥＮＩＴＨ（登録商標）プレ充填シリンジ）；ディスポーザブルペン型注射装置、例えばＢｅｃｔｏｎ  ＤｉｃｋｉｎｓｏｎのＢＤペン；ウルトラシャープ及びマイクロニードル装置（例えば、Ｂｅｃｔｏｎ  ＤｉｃｋｉｎｓｏｎのＩＮＪＥＣＴ−ＥＡＳＥＴＭ及び微量注入装置；及びＶａｌｅｒｉｔａｓから入手可能なＨ−ＰＡＴＣＨＴＭ）並びに無針注射装置（例えば、Ｂｉｏｊｅｃｔから入手可能なＢＩＯＪＥＣＴＯＲ（登録商標）及びＩＪＥＣＴ（登録商標）；及びＭｅｄｔｒｏｎｉｃから入手可能なＳＯＦ−ＳＥＲＴＥＲ（登録商標）及びパッチ装置）を含む。所定の実施態様では、ｒｈｕＭＡｂベータ７は、２ＭＬ（１５０ｍｇ）のｒｈｕＭＡｂベータ７を含むプレ充填シリンジを含んでなる製造品である。所定の実施態様では、ｒｈｕＭＡｂベータ７は、１ＭＬ（１８０ｍｇ）のｒｈｕＭＡｂベータ７を含むプレ充填シリンジを含んでなる製造品である。
【０２２４】
記載したように、インテグリンベータ７アンタゴニストは単独で又は少なくとも一つの第二治療化合物との組合せにおいて投与されうる。これらの第二治療化合物は一般的に、これまでの記載に使用したのと同じ投与量及び投与経路において、又はこれまでに用いた投与量の約１〜９９％で使用される。このような第二化合物が使用される場合、それらは、所定の実施態様では、治療によって引き起こされる副作用を排除又は低減するために、インテグリンベータ７アンタゴニストが存在しなかった場合より少ない量で使用される。
【０２２５】
また記載したように（例えば下記を参照）、ＩＢＤ、例えば潰瘍性大腸炎及びクローン病の治療のための様々な好適な第二治療化合物が当該技術分野で知られており、このような第二治療化合物の投与量及び投与方法も同様に記載されている。
【０２２６】
インテグリンベータ７アンタゴニスト及び任意の第二治療化合物の投与は、例えば単一の組成物として、又は同じ又は異なる投与経路を使用した二以上の異なる組成物として同時になされうる。あるいは又は加えて、投与は任意の順で逐次的になされうる。所定の実施態様では、分から日、週、月までの範囲の間隔が、二以上の組成物の投与間に存在しうる。例えば、インテグリンベータ７アンタゴニストが最初に、その後に第二治療化合物が投与されうる。しかしながら、同時の投与又はインテグリンベータ７アンタゴニストより前の第二治療化合物の投与も考えられうる。
【０２２７】
中等症活動期ないしは重症活動期のＵＣを有する被験体のケアの標準は、アミノサリチレート、経口コルチコステロイド、６−メリカプトプリン（６−ＭＰ）及び／又はアザチオプリンの標準用量の治療を含む。ここに開示された抗ベータ７インテグリン抗体のようなインテグリンベータ７アンタゴニストを用いた治療は、このような被験体の標準的なケアによって達成されるものより優れた、疾患の寛解（迅速な疾患コントロール及び／又は寛解延長）、及び／又は臨床応答の改善の結果となるであろう。
【０２２８】
一実施態様では、ＩＢＤを有するヒト被験体の炎症性腸疾患（ＩＢＤ）のための本発明の治療は、抗ベータ７インテグリン抗体のような治療剤の有効量の被験体への投与、更には被験体への免疫抑制剤、疼痛制御剤、止瀉薬、抗生物質、又はその組み合わせである第二の医薬の有効量の投与を含む。
【０２２９】
例示的な実施態様では、前記第二の医薬はアミノサリチレート、経口コルチコステロイド、６−メルカプトプリン（６−ＭＰ）及びアザチオプリンからなる群から選択される。別の例示的実施態様では、前記第二の医薬は別の抗ベータ７インテグリン抗体又はサイトカインに対する抗体のような別のインテグリンベータ７アンタゴニストである。
【０２３０】
これら全ての第二の医薬は、互いに組み合わせて、又は第一の医薬とそれら自体とで使用されてもよく、よって、ここで用いる「第二医薬」なる表現は、それぞれ第一医薬以外の唯一の医薬であることを意味するものではない。従って、第二の医薬は一つの医薬である必要はないが、一つより多い薬剤からなるか、一つより多い薬剤を含みうる。
【０２３１】
ここでの併用投与には、別々の製剤又は単一の薬学的製剤を用いた共投与（同時投与）、及び両方（又は全ての）活性剤がその生物学的な活性を同時に示す期間が一般的にはある、何れかの順番での連続投与が含まれる。
【０２３２】
第二の医薬の併用投与には、別々の製剤又は単一の薬学的製剤を用いた共投与（同時投与）、及び両方（全ての）活性剤（医薬）がその生物学的な活性を同時に示す期間が一般的にはある、何れかの順番での連続投与が含まれる。
【０２３３】
Ｅ．治療計画のデザイン
薬剤開発は複雑で費用が嵩むプロセスである。新薬を上市する費用は８億ドルから１０億ドルと推察される。フェーズＩの臨床試験の１０％未満が承認フェーズに行く。後期段階で医薬が失敗する２つの鍵である理由は用量濃度応答と予期しない安全性事象との関係の理解不足である。このシナリオを考慮すると、どのようにして薬剤がインビボで機能し、臨床治療の候補の成功を支援するのかについての予測を補助することを可能にするツールを持つことは重要である（Lakshmi Kamath, Drug Discovery and Development; Modeling Success in PK/PD Testing Drug Discovery & Development (2006)）。
【０２３４】
薬物動態（ＰＫ）は、薬剤の吸収、分配、代謝、及び排泄の性質を特徴付ける。薬力学（ＰＤ）は投与された薬剤に対する生理学的及び生物学的応答を定める。ＰＫ／ＰＤモデリングは、これら２つのプロセス間の数学的及び理論的関連を樹立し、薬剤作用のより良い予測を補助する。統合ＰＫ／ＰＤモデリングとシミュレーションによるコンピュータ支援治験デザインは、多くの薬剤開発プログラムに組み込まれており、影響が大きくなっている（Lakshmi Kamath, Drug Discovery and Development; Modeling Success in PK/PD Testing Drug Discovery & Development (2006)）。
【０２３５】
ＰＫ／ＰＤ試験は、典型的には薬剤開発プロセスの全ての段階で実施される。開発は益々複雑で、時間がかかり、コスト集約的になっているので、企業は、初期段階で欠陥のある候補を除き、臨床上の成功の最良の機会を持つものを同定するために、ＰＫ／ＰＤデータのより良い使用に注目している。（上掲のＬａｋｓｈｍｉ  Ｋａｍａｔｈ）。
【０２３６】
ＰＫ／ＰＤモデリングアプローチは、バイオマーカー応答、薬剤レベル、及び投与計画の関係を決定する際に有用であることが分かっている。薬剤候補のＰＫ／ＰＤプロファイルとそれに対する患者の応答を予測する能力は、臨床試験の成功のために決定的である。分子生物学的技術における近年の進歩と様々な疾患に対する標的のより良い理解は、薬剤の治療効果の良い臨床指標としてバイオマーカーを有効にした。バイオマーカーアッセイ（ここに記載のものを含む）とそのようなバイオマーカーアッセイの使用は、薬剤候補に対する生物学的応答の同定を補助する。バイオマーカーが臨床的に有効であると確認されると、治験シミュレーションが効果的にモデル化され得る。バイオマーカーは薬剤開発の臨床結果といつか置き換わりうるサロゲートステータスを達成する可能性がある（上掲のＬａｋｓｈｍｉ  Ｋａｍａｔｈ）。
【０２３７】
ここに記載されたもののような末梢血中のバイオマーカーの量は、インテグリンベータ７アンタゴニストを用いた治療に対する生物学的応答を同定する際に使用され得、従って候補治療の治療的効能に対する良好な臨床上の指標として機能し得る。
【０２３８】
薬剤開発における伝統的なＰＫ／ＰＤモデリングは、薬剤用量濃度、薬剤暴露効果、薬剤半減期、時間に対する薬剤濃度、及び時間に対する薬剤効果のようなパラメーターを定める。より広義に使用される場合、薬剤モデリング、疾患モデリング、治験モデリング、及びマーケットモデリングのような定量技術は、全開発過程を支援し得、リスクの明確な考慮と知識のよりよい使用を通してより良い決定を生じる。様々なＰＫ／ＰＤモデリングツールが薬物開発の研究者に利用可能であり、例えばＰｈａｒｓｉｇｈｔ社  Ｍｏｕｎｔａｉｎ  Ｖｉｅｗ、Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａによって開発されたＷｉｎＮｏｎｌｉｎ及びＫｎｏｗｌｅｄｇｅｂａｓｅ  Ｓｅｒｖｅｒ（ＰＫＳ）である。
【０２３９】
一般的バイオマーカー技術
本発明の実施には、特に明記しない限り、当業者の技量の範囲内である、分子生物学（組換え技術を含む）、微生物学、細胞生物学、生化学、及び免疫学の一般的技術が使用されるであろう。このような技術は、例えば”Molecular Cloning: A Laboratory Manual”, 2版（Sambrook等, 1989）；”Oligonucleotide Synthesis” (M. J. Gait編, 1984)；”Animal Cell Culture” (R. I. Freshney編, 1987);”Methods in Enzymology” (Academic Press, Inc.)；”Current Protocols in Molecular Biology” (F. M. Ausubel等編, 1987, 及び定期更新版）；”PCR: The Polymerase Chain Reaction”, (Mullis等編, 1994）のような文献に十分に説明されている。
【０２４０】
本発明において用いられるプライマー、オリゴヌクレオチド及びポリヌクレオチドは当該技術分野で知られている標準的な技術を使用して生成されうる。
【０２４１】
所定の治療剤に対する、ＵＣ又はクローン病に罹患している患者を含むＩＢＤ患者の応答性の予測に関連した遺伝子発現バイオマーカーがここに提供される。ｍＲＮＡ又は遺伝子によってコードされる個々のタンパク質のこれら発現レベルが、ＩＢＤ治療剤、ＵＣ治療剤、及び／又はクローン病治療剤に対する応答性を予測するためのバイオマーカーを構成する。従って、ここに開示された発明は、様々な設定下、例えば炎症性腸疾患の診断と治療に関連した方法及び組成物において有用である。
【０２４２】
遺伝子発現レベルの検出
ここに記載された方法の何れかに係る核酸は、ゲノムＤＮＡから転写されたＲＮＡ又はＲＮＡ又はｍＲＮＡから生成されたｃＤＮＡであり得る。核酸は、脊椎動物、例えば哺乳動物に由来し得る。核酸は、それがその供給源から直接得られた場合、又はそれがその供給源に見出される核酸のコピーである場合に、特定の供給源「に由来する」と言われる。
【０２４３】
核酸は、核酸のコピー、例えば増幅から生じるコピーを含む。増幅は、特定の場合に、例えば変異を検出するための所望の量の材料を得るために望まれ得る。アンプリコンは、その後、所定の遺伝子の発現を決定するために、以下に記載のもののような変異検出方法に供することができる。
【０２４４】
ｍＲＮＡのレベルは、市販のキットや試薬の使用を含み、当業者に周知の様々な方法により測定され、定量化されうる。そのような方法の一つは、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）である。定量的な使用のための別の方法は、リアルタイム定量的ＰＣＲ又はｑＰＣＲである。例えば、“PCR Protocols, A Guide to Methods and Applications” (M.A. Innis等編, Academic Press, Inc., 1990)；”Current Protocols in Molecular Biology” (F. M. Ausubel等編, 1987,及び定期更新版）；及び”PCR: The Polymerase Chain Reaction” (Mullis等編, 1994）を参照。
【０２４５】
マイクロアレイは、典型的には、例えば、高ストリンジェンシー条件下で、ｃＤＮＡ又はｃＲＮＡ試料とハイブリダイズするために、アレイ化した一連の数千もの核酸プローブを使用する多重化技術である。プローブ−標的ハイブリダイゼーションは、典型的には、フルオロフォア、銀、又は化学発光標識化標的の検出によって検出され、定量化され、標的内の核酸配列の相対量を決定する。典型的なマイクロアレイでは、プローブは化学的マトリックスへ共有結合により（エポキシ−シラン、アミノ−シラン、リジン、ポリアクリルアミド等を介して）、固体表面に結合される。固体表面は、例えば、ガラス、シリコンチップ、又は微視的ビーズである。様々なマイクロアレイは、例えばＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘ社とＩｌｌｕｍｉｎａ社により製造されたものを含み、市販されている。
【０２４６】
生物学的試料は、当業者に知られている所定の方法を使用して得ることができる。生物学的試料は脊椎動物から、特に、哺乳動物から得られうる。所定の場合、生物学的試料は、滑膜組織、血清又は末梢血単核細胞（ＰＢＭＣ）である。そのような体の試料をスクリーニングすることによって、単純な早期診断を、例えば、潰瘍性大腸炎及びクローン病などの疾患のために実現することができる。また、治療の進行は、標的核酸（又はコードされるポリペプチド）の発現レベルの変化に対してそのような体の試料を試験することによって、より容易にモニターすることができる。
【０２４７】
被験体又は組織又は細胞試料が、ここに開示された所定のバイオマーカーの相対量又は遺伝子発現サインを含むことを決定した後に、適切な治療薬の有効量が、被験体の特定疾患、例えばＵＣ又はクローン病などを治療するために被験体に投与されうることが考えられる。ここに記載の哺乳動物における様々な病理学的状態の臨床診断は、熟練した医師によってなされうる。例えば、哺乳動物における炎症性腸疾患、例えば潰瘍性大腸炎及びクローン病の診断又は検出を可能にする臨床診断技術は当該技術分野で利用可能である。
キット
【０２４８】
ここに記述され又は示唆される用途における使用のため、キット又は製造品もまた提供される。このようなキットは、バイアル、チューブなどのような一又は複数の容器手段を密に閉じ込めて収容するように区画化されている運搬手段を含み得、容器手段の各々は該方法で使用される別個の要素の一つを含む。例えば、容器手段の一つは、検出可能に標識されているか又は検出可能に標識されうるプローブを含みうる。そのようなプローブは、遺伝子発現サインの一又は複数の遺伝子を含むポリヌクレオチドに対して特異的なポリヌクレオチドでありうる。キットが標的核酸を検出するために核酸ハイブリダイゼーションを利用する場合、キットは、標的核酸配列の増幅のためのヌクレオチドを収容する容器、及び／又は酵素、蛍光又は放射性標識などのレポーター分子に結合した、アビジン又はストレプトアビジンなどのビオチン結合タンパク質のようなレポーター手段を含む容器を有していてもよい。
【０２４９】
キットは、典型的には、上述の容器と、商業的及び使用者の観点からみて望ましい材料、例えばバッファー、希釈剤、フィルター、針、シリンジ、及び使用のための指示書を有するパッケージ挿入物を収容する一又は複数のその他の容器を具備する。特定の治療又は非治療的用途に組成物が使用されることを示すラベルが容器上にあってもよく、またそのラベルは上述したもののようにインビボ用途又はインビトロ用途の何れかについての指示を示すものであってもよい。キット中の他の任意成分には、一又は複数のバッファー（例えばブロックバッファー、洗浄バッファー、基質バッファーなど）、酵素標識によって化学的に変化する基質などの他の試薬（例えば色素原）、エピトープ探索溶液、コントロール試料（ポジティブコントロール及び／又はネガティブコントロール）、コントロールスライドなどがある。
【０２５０】
マーケティング方法
またここでの発明には、ここに開示されるように血清バイオマーカーのレベル又は遺伝子発現サインを示す試料が得られた、特定の疾患、例えば、ＵＣ又はクローン病の患者又は患者集団を治療するための薬剤又は薬学的組成物の使用を促し、指示し、及び／又は標的の聴衆に対して特定することを含む、治療剤又はその薬学的に許容可能な組成物をマーケティングするための方法が包含される。
【０２５１】
マーケティングは、通常、スポンサーが特定されてメッセージが管理される非個人的媒体を通じての有料の通信である。ここでの目的のためのマーケティングには、公報、広告、製品の提供、後援、引受業務、及び販売促進が含まれる。この用語はまた視聴者に訴えて、ここでの発明の購入、後援、又は承認の好ましいパターンに向かって、説得、通知、促進、動機付け又はそれ以外の方法で行動させるようにデザインされた任意の活字媒体に現れるスポンサーがついた情報の告知を含む。
【０２５２】
ここでの診断方法のマーケティングは如何なる手段で達成されてもよい。これらのメッセージを伝えるために使用されるマーケティング媒体の例には、テレビ、ラジオ、映画、雑誌、新聞、インターネット及び看板が含まれ、電波媒体に登場するメッセージであるコマーシャルも含まれる。
【０２５３】
使用されるマーケティングの種類は、多くの要因、例えば、病院、保険会社、診療所、医師、看護師、及び患者等の標的とする視聴者の性質、並びにコストの考慮、及び医薬と診断の販売を規定する関連の法律及び規則に依存する。サービスのやりとり、及び／又はユーザーの人口統計及び所在地のようなその他のデータによって規定されるユーザーの特徴に基づいて、マーケティングを個別化又はカスタマイズしてもよい。
【０２５４】
前記の明細書及び以下の実施例は、当業者が発明を実施するのに十分であると考えられる。ここに示され記載されたものに加えて、発明の様々な変更が先の記述及び以下の実施例から当業者には明らかであり、また添付の特許請求の範囲内となる。
【０２５５】
具体的な問題又は状況に対する本発明の教示の応用は、ここに含まれる教示に照らし当業者の能力の範疇にあろうことが理解される。
【０２５６】
本発明の更なる詳細は、以下の非限定的実施例によって例証される。明細書中の全ての引用文献の開示は、出典明示によりここに明示的に援用される。
【実施例】
【０２５７】
実施例１
中程度から重症の潰瘍性大腸炎を有する患者におけるｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）の有効性及び安全性を評価するための第ＩＩ相無作為化二重盲検プラセボ対照試験及び非盲検継続投与試験
臨床試験の説明
【０２５８】
ｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）の説明
ｒｈｕＭＡｂベータ７（エトロリズマブ）は、ヒトＩｇＧ１サブグループＩＩＩＶＨ、κサブグループ−ＩＶＬコンセンサス配列に基づくヒト化モノクローナル抗体であり、インテグリンヘテロ二量体のβ７サブユニットに対して特異的に指向される。図１Ａ及びＢを参照。高親和性をもってα４β７（約１１６ｐＭのＫｄ）及びαＥβ７（約１８００ｐＭのＫｄ）に結合することが示されている。
【０２５９】
この組換え抗体は、ＩｇＧ１抗体に典型的である鎖間及び鎖内ジスルフィド結合によって共有連結される２つの重鎖（４４６残基）と２つの軽鎖（２１４残基）を有している。本明細書に記載の研究では、該抗体はチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞において産生された。インタクトの非グリコシル化ｒｈｕＭＡｂベータ７分子の分子量はおよそ１４４ｋＤａであった。ｒｈｕＭＡｂベータ７の各重鎖は、Ａｓｎ２９７に一つの保存されたＮ結合型糖鎖付加部位を有している。この部位に存在するオリゴ糖はＣＨＯ細胞において発現される組換え抗体に観察されるものに典型的であり、主なグリコフォームはアシアロ、二分岐Ｇ０、及びＧ１グリカンである。２つのＧ０グリカンを含み、Ｃ末端リジン残基を持たない最も一般的なｒｈｕＭＡｂベータ７型の質量はおよそ１４７ｋＤａであった。
【０２６０】
ｒｈｕＭＡｂベータ７製剤とプラセボはジェネンテックによって準備された。それらは透明から僅かに乳白色、無色から僅かに黄色の水溶液であった。両方の溶液はＩＶ及びＳＣ投与を意図した滅菌された保存料非含有の液体であった。
【０２６１】
研究計画
試験の説明
この第ＩＩ相試験は、中程度から重度のＵＣを有する患者においてプラセボと比較した２通りのｒｈｕＭＡｂベータ７用量レベルに対する有効性及び安全性を評価するための無作為化二重盲検プラセボ対照多施設試験であった。プライマリー有効性エンドポイントを１０週目（試験薬剤の最終用量の投与から２週間後）に評価し、６週目にセカンダリー有効性エンドポイントを評価した。
【０２６２】
０、４、及び８週目に１００ｍｇＳＣ（フラット用量）及び０週目に４２０ｍｇＳＣ（フラット用量）と、続く２、４、及び８週目に３００ｍｇＳＣのｒｈｕＭＡｂベータ７の用量範囲又は調和するプラセボＳＣに対して１：１：１の比で患者を無作為化した。試験スキームを図２に示す。試験は０−３５日のスクリーニング期間、１０週間の二重盲検治療期間、１８週間の安全性追跡調査期間、及び１７ヶ月の進行性多巣性白質脳症（ＰＭＬ）追跡調査期間（無作為化後２年）に分けられた。
【０２６３】
前項に規定する用量値は公称用量である。第ＩＩ相の用量投与は、１５０ｍｇ／ｍｌのバイアル濃度でバイアル及びシリンジを使用した。一貫性のある正確な用量投与を可能にするために、０．７ｍｌが皮下（ＳＣ）注射当たりの選択された体積であった。従って実際の薬物量は、公称１００ｍｇ用量群においては１０５ｍｇ（１×０．７ｍｌのＳＣ注射）で、公称３００ｍｇ用量においては３１５ｍｇ（３×０．７ｍｌのＳＣ注射）であった。４２０ｍｇの実際の負荷用量は４２０ｍｇ（４×０．７ｍｌのＳＣ注射）であった。全てのＳＣ注射は腹部に投与された。従って、「１００ｍｇ」の用量及び「１０５ｍｇ」の用量は、本明細書において互換的に使用される。更に、「３００ｍｇ」の用量及び「３１５ｍｇ」の用量は、本明細書において互換的に使用される。最終的に、本明細書の特定の場合において、「３００ｍｇプラス負荷用量（ＬＤ）」を受けた患者は簡略として及び便宜のため「３００ｍｇ用量」と言及される。従って、文脈から明らかでない限り、「３００ｍｇプラス負荷用量」は、「３００ｍｇ用量」に相当する。
【０２６４】
適格であるには、患者は米国消化器病学会（ＡＣＧ）診療ガイドラインに従って、つまり、ある症例では≧５のＭＣＳ、又はある症例では≧６のＭＣＳ（≧２の内視鏡検査サブスコアを含む）；≧１の直腸出血サブスコア（表１参照）；及び肛門縁から最短２５ｃｍに疾患活性の内視鏡検査の証拠による中程度から重度の疾患の証拠を伴う、病理組織診断報告によって実証された臨床及び内視鏡検査の証拠で、最短１２週の期間、ＵＣと診断されていなければならない。この試験のための更なる選択除外基準は国際特許公開第２０１２／１３５５８９号に提供されている。
2020062013.tif 000004
【０２６５】
無作為化の前に、患者にはＵＣのための安定用量の併用医薬が投与されていなければならなかった。経口５−アミノサリチル酸（５−ＡＳＡ）及び免疫抑制剤（アザチオプリン［ＡＺＡ］、６−メルカプトプリン［６−ＭＰ］、又はメトトレキセート）投薬が、１日目の無作為化の前、少なくとも４週間、安定に維持されていなければならなかった。外用の５−ＡＳＡ又はコルチコステロイドを受けている患者は１日目の無作為化の２週間前に中断していなければならなかった。経口コルチコステロイド用量は１日目の無作為化前の２週間、安定に維持されていなければならなかった。高用量のステロイドを受けている患者は１日目の無作為化前の２週間の間、≦２０ｍｇ／日に用量を減じなければならなかった。試験治療期間中に経口コルチコステロイドを受けている患者では、毎週５ｍｇのプレドニゾン又はプレドニゾン等価物の割合で２週間、ついで中止まで毎週２．５ｍｇのプレドニゾン又はプレドニゾン等価物の割合で、ステロイドの漸減を１０週目に開始しなければならなかった。（経口コルチコステロイド以外の）経口免疫抑制剤を受けている患者では、８週目に免疫抑制剤の漸減を開始しなければならず、患者は１０週目までには免疫抑制剤を完全に中止しなければならなかった。抗ＴＮＦ療法を過去に受けたことがある患者は１日目に試験薬剤を受けるために無作為化の最短８週間前に治療を中断しなければならなかった。試験中にいつでも患者が疾患活動持続又は増大を経験した場合は、ステロイド又は免疫抑制剤用量の増加の形態の救援治療が、研究者の臨床的判断に従って増加させられるか又は開始される場合がある。救援治療を必要とした患者は試験に残ることは許されたが、試験治療は中止され、データ解析中、治療の失敗を経験したと分類された。
【０２６６】
患者を評価して、少なくとも一の抗ＴＮＦ剤を含む一般的治療に応答しなかったかどうかを決定した。ここで使用される場合、抗ＴＮＦ剤及び免疫抑制剤に対する応答消失及び／又は不耐性とは次のことを意味する。抗ＴＮＦ剤に関しては、応答消失及び／又は不耐性とは、活動疾患の徴候が、（ａ）インフリキシマブ：５ｍｇ／ｋｇＩＶ、６週にわたって３用量、８週目に評価；（ｂ）アダリムマブ：０週目に１回の１６０ｍｇＳＣ用量、続いて２週目に１回の８０ｍｇ用量、ついで４及び６週目に４０ｍｇ、８週目に評価の一又は複数での過去の治療にもかかわらず持続する；又は過去の応答に続く規則的にスケジュール化された維持投薬中の反復する活動徴候（応答したが応答を失わなかった患者による治療の選択的中止は該当しない）；又は少なくとも一種の抗ＴＮＦ抗体に対する不耐性の経歴（排他的ではなく又は限定されないが、注入関連反応又は注射部位反応、感染、鬱血性心不全、脱随を含む）を意味する。免疫抑制剤に関しては、応答消失及び／又は不耐性とは、少なくとも８週間の間、毎週アザチオプリン（≧１．５ｍｇ／ｋｇ）又は等価用量の６−メルカプトプリンｍｇ／ｋｇ（≧０．７５ｍｇ／ｋｇ）又はメトトレキセート、２５ｍｇＳＣ／筋肉内（又は示した通り）の一又は複数での過去の治療にもかかわらず活動疾患の徴候が持続すること；又は少なくとも一種の免疫抑制剤の不耐性の症歴（排他的ではないが、膵炎、薬剤熱、発疹、吐き気／嘔吐、肝機能検査の高値、チオプリンＳ−メチルトランスフェラーゼ遺伝子変異、感染を含む）を意味する。
【０２６７】
試験治療に対する無作為化は、コルチコステロイドとの併用治療（有／無）、免疫抑制剤との併用治療（有／無）、過去の抗ＴＮＦ曝露（有／無）（合衆国において無作為化された患者は除く）、及び試験施設によって層別化された。
【０２６８】
ＵＣ疾患活動性は、スクリーニングの際（これをベースラインＭＣＳと考えた）、６週目（４週目の投与から２週間後）、及び１０週目（試験薬剤の最終用量から２週間後）にＭＣＳを使用して評価された。結腸生検がこれらと同じ時点で実施された軟性Ｓ状結腸鏡検査の間に得られた。部分的ＭＣＳもまた試験にわたって集められた。患者報告アウトカム（ＰＲＯ）がまた１日目と６週及び１０週目に患者によって記入された簡略炎症性腸疾患質問票（ＳＩＢＤＱ）及びＭＣＳを使用して評価された。また、疾患活動性、毎日の症状、及びＵＣの影響が、スクリーニング（１日目のおよそ７日前）から、６週及び１０週目の試験往診の前まで少なくとも７日間、毎日つけられる患者日誌で集められた。血清及び糞試料がまたバイオマーカー分析のために取得された。バイオマーカーの測定のために便がスクリーニング時及び６、１０及び２８週目に得られた。測定に考慮された例示的バイオマーカーは、限定しないが、リポカリン、カプロテクチン、及びラクトフェリンを含む。血清及び血漿は、探索バイオマーカーの測定のためにスクリーニング時、１日目及び４、６、１０、１６及び２８週目に得られた。
【０２６９】
この試験の主要有効性エンドポイントは、１０週目までの、１ポイントを越える個々のサブスコアがなく、≦２であるＭＣＳの絶対的減少として定義される臨床的寛解を達成した患者の割合であった。更なる副次的エンドポイントは以下に記載の試験評価項目に列挙される。
【０２７０】
評価項目
主要有効性評価項目
主要有効性評価項目は１０週目での臨床的寛解であった。臨床的寛解は１ポイントを越える個々のサブスコアがない≦２のＭＣＳによって定義される（表１参照）。
【０２７１】
副次的有効性評価項目
この試験のための副次的有効性評価項目は、（１）６週目及び１０週目の臨床応答（ここで、臨床応答は、ＭＣＳにおけるベースラインからの３ポイント減少及び３０％低下と、直腸出血サブスコアが≧１ポイント減少又は絶対直腸出血スコアが０もしくは１；（２）６週目での臨床的寛解（上に定義）；及び（３）６週目及び１０週目における０の内視鏡検査スコア指標及び直腸出血スコアであった。
【０２７２】
探索的評価項目
この試験のための探索評価項目は応答又は寛解を達成した患者におけるＵＣの紅斑までの時間であった。この評価項目では、紅斑は３日の連続的直腸出血を伴う部分的ＭＣＳにおける２ポイント増加と軟性Ｓ状結腸鏡検査での２の内視鏡検査スコアとして定義される。
【０２７３】
安全性評価項目
ｒｈｕＭＡｂベータ７の安全性及び認容性は次の評価項目を使用して評価した：（１）国立がん研究所、有害事象共通用語規準（ＮＣＩ  ＣＴＣＡＥ）ｖ４．０に従って類別された有害事象及び重篤な有害事象の発生率；（２）バイタルサイン及び安全性研究室評価項目における臨床的に有意な変化；（３）有害事象による中止；（４）注射部位反応及び過敏症の発生率及び性質；（５）感染合併症の発生率；及び（６）ＡＴＡの発生率によって測定した免疫原性。
【０２７４】
薬物動態評価項目
薬物動態評価項目は次のものを含んでいた：（１）最初の用量及び最終用量後のＣｍａｘ；（２）最初の用量及び最終用量後の最大濃度（Ｔｍａｘ）までの時間；（３）最終用量後の用量間隔内の血清濃度−時間曲線（ＡＵＣ）下の面積；（４）時間０から最後の検出可能な観察時間までのＡＵＣ（ＡＵＣｌａｓｔ）又は無限大までのＡＵＣ（ＡＵＣｉｎｆ）；（５）見かけのクリアランス（ＣＬ／Ｆ）；（６）見かけの分布容積（Ｖ／Ｆ）；及び（７）排出半減期（ｔ１／２）。
【０２７５】
実施例２  −  予測バイオマーカー試験及び分析
エトロリズマブで治療された患者における有効性の強化のための予測バイオマーカーの選択のための実験計画
エトロリズマブの治療に対する応答を予測する新規バイオマーカーを同定するために、我々は最初にエトロリズマブで治療された全患者からの結腸生検のベースライン遺伝子発現プロファイルを確立するために、ＲＮＡ配列決定法を使用した。ＴＮＦアンタゴニストナイーブのエトロリズマブで治療された患者からのベースライン生検がエトロリズマブで治療され寛解を受けた患者とエトロリズマブで治療され寛解を受けなかった患者との間での差次的遺伝子発現プロファイルを同定するために使用された。差次的に発現された遺伝子は、更に、シグナルの強さ、生物学的関連性、及び他のＩＢＤデータセット内での発現に基づいて選択され、更にエトロリズマブで治療された患者及びサブグループ解析のためのプラセボからの結腸生検における定量的ポリメラーゼ連鎖反応を使用して評価された。
【０２７６】
腸生検組織の収集と処理
腸生検をスクリーニング往診時（治療の４週間前まで）及びエトロリズマブ治療の６週目と１０週目に軟性Ｓ状結腸鏡検査／完全な結腸内視鏡検査中に試験参加者から集めた。生検は肛門縁の１０−４０ｃｍ内の結腸の最も炎症性の領域から採取した。潰瘍粘膜の壊死領域内又は前の結腸切除術を受けた患者における縫合部位での生検は回避された。生検は、組織ＲＮＡ安定化バッファー（ＲＮＡｌａｔｅｒ、Ｑｉａｇｅｎ、Ｃａｔ． Ｎｏ． ７６１０４）に入れられ、発送用に凍結され、又はそれらは貯蔵及びその後の処理のためにホルマリン中に入れられた。
【０２７７】
ＲＮＡの単離及び配列決定
受け取り次第、生検試料を解凍し、ＴｉｓｓｕｅＬｙｚｅｒ（Ｑｉａｇｅｎ、Ｃａｔ． Ｎｏ． ６９９８９）を使用して３ｍｍのスチール製ビーズを用いてホモジナイズし、ＲＮＡをＲＮｅａｓｙ  Ｍｉｎｉキット（Ｑｉａｇｅｎ、Ｃａｔ． Ｎｏ． ７４１０６）を使用して製造者の指示に従って単離した。ＲＮＡの完全性は、Ａｇｉｌｅｎｔ  ＲＮＡ  ６０００  Ｐｉｃｏ  Ｋｉｔ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｃａｔ． Ｎｏ． ５０６７−１５１３）を使用して、Ａｇｉｌｅｎｔ  ２１００バイオアナライザーで評価した。低ＲＮＡの品質（ＲＩＮ≦５）を含む試料は分析から除外した。ＲＮＡはＱｕａｎｔ−ｉＴＴＭ  ＲＮＡ  Ａｓｓａｙ  Ｋｉｔ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ、ＵＳＡ）を用いて定量した。
【０２７８】
高品質の総ＲＮＡ（２５０ｎｇ）が、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＴｒｕＳｅｑ  ＲＮＡ  Ｓａｍｐｌｅ  Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ  ｖ２プロトコルにインプットされ、Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ’ Ｂｉｏｍｅｋの液体の処理方法と組み合わせて実行された。ＲＮＡライブラリーは、Ａｇｉｌｅｎｔ  ２２００  ＴａｐｅＳｔａｔｉｏｎ  Ｈｉｇｈ  Ｓｅｎｓｉｔｉｖｉｔｙ  Ｄ１Ｋ  Ｔａｐｅ及びＩｌｌｕｍｉｎａ配列決定用のＫＡＰＡ  Ｌｉｂｒａｒｙ  Ｑｕａｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ＫｉｔによるｑＰＣＲを使用して評価された。２ｎＭのライブラリー（レーンあたり１２試料）がクラスタ生成のためにロードされ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ  ＨｉＳｅｑ２０００  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  Ｓｙｓｔｅｍ上で２×５０ｂｐの読み長＋インデックスリードで配列決定された。Ｐａｓｓｉｎｇ  ｆｉｌｔｅｒの読み取りが最適化され、ｆａｓｔｑファイルがＩｌｌｕｍｉｎａ  ＣＡＳＡＶＡ  ｖ１．８により生成された。
【０２７９】
差次的に発現される遺伝子の同定
ＲＮＡ配列決定データの処理及び解析はＢｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒプロジェクト（ｈｔｔｐ：／／ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ．ｏｒｇ）のパッケージと一緒にＲプログラミング言語（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｒ−ｐｒｏｊｅｃｔ．ｏｒｇ）を使用して実施された。生のＲＮＡ配列決定の読み取りはＨＴＳｅｑＧｅｎｉｅ  Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒパッケージを用いて処理された。簡単に述べると、読み取りはＧＳＮＡＰアルゴリズムを用いて基準ヒトゲノム配列（ＮＣＢＩ  ｂｕｉｌｄ  ３７）に整列された（Wu, T.D. et al., Bioinformatics (Oxford, England) 26, 873-881 (2010)）。エクソン内に入った一意的に整列された読み取りペアは、個々の遺伝子についての発現レベルの推定値を与えるために計数された。
【０２８０】
差次的な発現を算出するために、我々は、負の二項一般化線形モデルにフィットするＤＥＳｅｑ２  Ｂｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒパッケージ（Anders et al., Genome Biology (2010) vol. 11 (10) pp. R106）を使用し、ループ間の差のログ倍数変化及びｐ値を決定した。我々は、個体間の配列決定の深さの違いを考慮して、このパッケージからデフォルトのライブラリーサイズの推定方法を使用した。我々の最終的な分析はＴＮＦ−ナイーブ患者からの試料が含まれるだけであった。最終的な一般化モデルは、患者が１０週で寛解状態にあったかどうか、配列決定反応の技術的側面（配列決定プレートとレーン）の共変数、及びメイヨー臨床スコアの内視鏡サブスコアを含んでいた。我々の統計分析のために、我々は公称（複数試験で補正されていない）ｐ値を使用して寛解と関連する候補遺伝子をランク付けした。
【０２８１】
定量的ポリメラーゼ連鎖反応による遺伝子発現解析
上記のようにＲＮＡｌａｔｅｒ（登録商標）生検から単離されたＲＮＡは、Ｈｉｇｈ−Ｃａｐａｃｉｔｙ  ｃＤＮＡ  Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｋｉｔ  （Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ、ＵＳＡ）を用いて相補的デオキシリボ核酸に逆転写された。遺伝子発現レベルは、定量的ポリメラーゼ連鎖反応とも呼ばれるリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応によって評価された。リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応は、各遺伝子のＴａｑｍａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎアッセイ（全てはＬｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ、ＵＳＡから）を使用してＴａｑＭａｎ  ＰｒｅＡｍｐ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ、ＵＳＡ）及び試薬（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）を用いてＢｉｏＭａｒｋＴＭ ＨＤ  Ｓｙｓｔｅｍ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、ＣＡ、ＵＳＡ）上で製造業者の指示に従って実行された。標的遺伝子発現は、ΔＣｔ法を用いて、ＧＡＰＤＨの発現に対して正規化された。
【０２８２】
統計解析
統計的検定は、ウィルコクソン順位和検定又は適切なフィッシャーの直接確率検定を必要に応じて用いて実施された。多重比較のための調整は行われなかった。試料の中央値カットオフを使用するサブグループ解析が、選択された遺伝子について実施された。遺伝子発現の長期的安定性は、プラセボを受けた患者で評価され、ここではバイオマーカーが低い又はバイオマーカーが高い分類の一致率が、ベースライン、６週目及び１０週目で同じ患者から測定された試料から決定された。患者内のばらつきはまた、ベースライン、６週目及び１０週目で、同じ患者からの試料の標準偏差を計算することによって評価された。
【０２８３】
結果
上記の方法及び分析に従って、ＲＮＡ配列の読み取りは、エトロリズマブ治療後に寛解を受けなかった患者と比較してエトロリズマブ治療後に寛解を受けた患者間で差次的に発現される遺伝子を同定するために使用された。これらの結果は、以下の表２及び３にまとめられる。表２は、エトロリズマブで治療後の非寛解と関連する高いベースライン発現を有する差次的に発現される遺伝子を示す。表３は、エトロリズマブで治療後の寛解と関連する高いベースライン発現を有する差次的に発現される遺伝子を示す。上述のように、差次的に発現される遺伝子は、ＴＮＦアンタゴニストナイーブ患者から得られたベースライン結腸生検で同定された。人種／民族、性別、技術的なバッチ及びベースライン内視鏡検査のスコアからなる一般化線形モデルが、追加のベースライン変数を制御するために使用された。
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【０２８４】
ＲＮＡ配列解析による差次的に発現された候補遺伝子の同定に続いて、我々は、シグナル強度、生物学的関連性及び他のデータセットにおける発現パターンに基づいて、更なる分析のためにこれらの遺伝子（ｎ＝４６）のサブセットを選択した。これらの遺伝子について、全ての患者（ｎ＝１０６）からのベースライン生検における遺伝子発現が定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）により定量され、増加が中央値カットオフ手法を用いて評価された。実施例１に記載される２つの異なるエトロリズマブ用量群は、これらの分析のために組み合わされた。図５は、寛解に関して示された遺伝子について全員における治療効果の違いのオッズ比を示している。図５では、１（治療効果なし）のオッズ比がボックスの中央に点線で示されており；正の治療効果は中央値の左側に示され、負の治療効果は中央値の右側に示されている。従って、例えば、中央値レベルよりも高いグランザイムＡ（ＧＺＭＡ）及びＦＯＸＭ１の発現、及び中央値レベルよりも低いＴＮＦＳＦ１５及びＳＬＣ８Ａ３の組織発現はエトロリズマブ治療後の寛解と関連していた。図５とその他の定性的結果は表４及び表５に要約されている。
表４全員においてエトロリズマブ応答性と関連している中央値遺伝子発現レベルよりも高いもの（「高発現予測遺伝子」又は「ＨＥＰＧ」）。
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【０２８５】
図６は、寛解に関して示された遺伝子について抗ＴＮＦナイーブ患者における治療効果の違いのオッズ比を示している。図６では、１（治療効果なし）のオッズ比がボックスの中央に点線で示されており；正の治療効果は中央値の左側に示され、負の治療効果は中央値の右側に示されている。従って、例えば、グランザイムＡ（ＧＺＭＡ）の発現の中央値レベルよりも高く、ＳＬＣ８Ａ３の発現の中央値レベルよりも低いことはエトロリズマブ治療後の寛解と関連していた。図６とその他の定性的結果は表６及び表７に要約されている。
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【０２８６】
選択された増加遺伝子のベースライン遺伝子発現を使用する双方向クラスタリングは、我々に２つの異なる患者のクラスターを同定することを可能にした。図７Ａに示すように、Ｔ細胞関連遺伝子（インテグリンアルファＥ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１、ＧＺＭＡ、ＴＭＥＭ２００Ａ）の高発現及び骨髄性／好中球遺伝子（ＩＬ１Ａ、ＶＮＮ２、ＶＮＮ３）の低発現を有する患者は、寛解を受ける可能性が高かった。更に、図７Ｂは、寛解者においてベースラインで高くなった遺伝子は相関する傾向がある一方で、非寛解者においてベースラインで高くなった遺伝子は相関する傾向があることを示している。
【０２８７】
次に我々は、選択した特定の遺伝子について寛解、粘膜治癒及び応答を達成した患者の割合を分析した。図８は、全ての患者（各グラフの左半分）及び抗ＴＮＦナイーブ患者（グラフの右半分）において、示された遺伝子の中央値レベルよりも高い遺伝子発現は、エトロリズマブで治療された患者において寛解を増加させたことを示す。図８に示すように、その高発現が寛解を増加させた遺伝子は（Ａ）グランザイムＡ、（Ｂ）ＫＬＲＢ１、（Ｃ）ＦＯＸＯ１、及び（Ｄ）インテグリンαＥである。図８に示される結果において、我々はまた、スクリーニング時、４３日目及び７１日目で個々の患者から得られた生検において、グランザイムＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１及びアルファＥのそれぞれの遺伝子発現レベルを測定することにより、試験のプラセボ群からの試料中の遺伝子発現レベルの長期的安定性を定性的に（すなわち、中央値よりも高い、中央値の、又は中央値より低い遺伝子発現）評価した。これらの試料は一致についてペアワイズ比較され、その平均一致が計算された。グランザイムＡについてプラセボ試料の平均一致は６７％、ＫＬＲＧ１について平均一致は７１％、ＦＯＸＭ１について平均一致は７０％、及びアルファＥについて平均一致は５７％であった。理論により拘束されるものではないが、より高い平均一致を有する遺伝子は、より低い平均一致を有する遺伝子よりも基礎となる生物学のより安定した側面を反映しており、従って、このような一致した遺伝子は、最終的に抗インテグリンベータ７アンタゴニスト応答性を強化するためのバイオマーカーとして使用のためにより堅牢であり得ると考えられている。
【０２８８】
グランザイムＡ、ＫＬＲＧ１、ＦＯＸＯ１及びアルファＥの各々の追加の結果を図９〜１２にそれぞれ示す。図９〜１２の各々に示されるように、かつ上記の結果と一致して、同定された遺伝子の各々の高ベースライン発現は、寛解によって評価されるようにエトロリズマブ応答性を増加させた。更に、図９〜１２のデータは、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＦＯＸＭ１及びＩＴＧＡＥの各々の高ベースライン発現は、増加はそれほど顕著ではなかったものの、粘膜治癒及び臨床応答によって評価されるようにエトロリズマブ応答性を増加させたことを示す。生検をスクリーニングし、寛解、粘膜治癒、及び臨床応答によってエトロリズマブ応答性を評価することにおいてベースライン発現を調べている更なる遺伝子、ＥＣＨ１のデータは図１８Ａ−Ｄに示されている。
【０２８９】
我々はまた、特定の遺伝子の生検のスクリーニングにおいてベースラインの遺伝子発現の中央値レベル未満のものはエトロリズマブ治療に対する患者の応答性を増加させたことを観察した。図１３に示されるように、示された遺伝子のうち全ての患者（各グラフの左半分）及び抗ＴＮＦナイーブ患者（グラフの右半分）において遺伝子発現の中央値レベルよりも低いものはエトロリズマブで治療された患者において寛解を増加させた。図１３に示すように、その低発現が寛解を増加させた遺伝子は、ＳＬＣ８Ａ３（図１３Ａ）、ＴＮＦＳＦ１５（図１３Ｂ）、ＣＣＬ２（図１３Ｃ）、及びＢＥＳＴ２（図１３Ｄ）である。図１３に示される結果において、我々はまた、スクリーニング時、４３日目及び７１日目で個々の患者から得られた生検において、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＣＬ２、及びＢＥＳＴ２のそれぞれの遺伝子発現レベルを測定することにより、試験のプラセボ群からの試料中の遺伝子発現レベルの長期的安定性を定性的に（すなわち、中央値よりも高い、中央値の、又は中央値より低い遺伝子発現）評価した。これらの試料は一致についてペアワイズ比較され、その平均一致が計算された。ＳＬＣ８Ａ３についてプラセボ試料の平均一致は６６％、ＴＮＦＳＦ１５について平均一致は７５％、ＣＣＬ２について平均一致は７０％、及びＢＥＳＴ２について平均一致は６３％であった。上述したように、理論により拘束されるものではないが、より高い平均一致を有する遺伝子は、より低い平均一致を有する遺伝子よりも基礎となる生物学のより安定した側面を反映しており、従って、このような一致した遺伝子は、最終的に抗インテグリンベータ７アンタゴニスト応答性を強化するためのバイオマーカーとして使用のためにより堅牢であり得ると考えられている。
【０２９０】
ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＣＬ２、及びＢＥＳＴ２の各々の追加の結果を図１４〜１７にそれぞれ示す。図１４〜１７の各々に示されるように、かつ上記の結果と一致して、同定された遺伝子の各々の低ベースライン発現は、寛解によって評価されるようにエトロリズマブ応答性を増加させた。更に、図１４〜１７のデータは、ＳＬＣ８Ａ３、ＴＮＦＳＦ１５、ＣＣＬ２、及びＢＥＳＴ２の各々の低ベースライン発現は、増加はそれほど顕著ではなかったものの粘膜治癒及び臨床応答によって評価されるようにエトロリズマブ応答性を増加させたことを示す。生検をスクリーニングし、寛解、粘膜治癒、及び臨床応答によってエトロリズマブ応答性を評価することにおいてベースライン発現を調べている更なる遺伝子、ＶＮＮ２のデータは図１９Ａ−Ｄに示されている。
【０２９１】
要約すると、我々は寛解、粘膜治癒、又は臨床応答の臨床エンドポイントにより評価される薬物に対して応答しなかったエトロリズマブで治療された患者及び同じ臨床エンドポイントを使用して薬物に応答した該患者の間での差次的遺伝子発現パターンを調査することにより、エトロリズマブ応答又は非応答の何れかと関連していた中央値よりも高いレベルで発現された多数の遺伝子を同定することができたことを示している。更なる分析は、エトロリズマブ応答性を増加させた高いベースライン発現又は低いベースライン発現を有する多数の遺伝子を同定することへ我々を導いた。特に、我々は、寛解、粘膜治癒及び臨床応答によって評価されるように、グランザイムＡ、ＫＬＲＧ１、及びＦＯＸＯ１の高いベースライン発現はエトロリズマブ応答性を増加させたと判断した。これらの遺伝子の各々は、試験のプラセボ群の患者からの３つの長期的生検において約７０％の一致を実証した。本明細書で報告された結果は、ベースライン時の高いアルファＥ発現及び高いベースライン発現を有する特定の追加の遺伝子がエトロリズマブ応答性を増加させたとする我々の以前に報告された知見を確認しそして拡張する（例えば、国際公開第２０１４／０５５８２４号を参照）。
【０２９２】
本明細書で報告された試験において、我々はまた、特に、寛解、粘膜治癒及び臨床応答によって評価されるように、ＳＬ８Ａ３（組織生検中）及びＴＮＦＳＦ１５の低ベースライン発現はエトロリズマブ応答性を増加させたと判断した。これらの遺伝子の各々はまた、試験のプラセボ群の患者からの３つの長期的生検において約７０％の一致を実証した。
【０２９３】
末梢血遺伝子発現解析
未治療の患者の試料のコホート
コホート１：回腸及び結腸生検試料は、ＵＣ（ｎ＝３０）、ＣＤ（ｎ＝６７）を有する患者及び非ＩＢＤ健常対照（ｎ＝１４）からの回腸結腸内視鏡検査中に採取された。生検は、内視鏡医によって炎症性又は非炎症性であると判断された領域から採取された。ＲＮＡは、上記詳述したように生検試料から単離された。コホート２：末梢血試料は、ＵＣ（ｎ＝３１）又はＣＤ（ｎ＝３２）のために腸切除を受けている患者からＰＡＸｇｅｎｅ管に採取された。追加のをＰＡＸｇｅｎｅ試料は健常対照（ｎ＝１０）から採取された。コホート３：大腸生検は、ＵＣ患者（ｎ＝１３）及び健常対照（ｎ＝８）の両方のの結腸の炎症性及び非炎症性領域の両方から採取され、ＲＮＡｌａｔｅｒ中に入れ、次いで、上記に詳述されるＲＮＡについて単離され、ホルマリン処理され、又は以下に詳述するように細胞選別のために直ちに処理された。
【０２９４】
末梢血ＲＮＡ採取及び処理
エトロリズマブ第２相試験試料中、全ＲＮＡをＫｉｎｇＦｉｓｈｅｒＴＭ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）磁気粒子セパレーターでの自動単離によって凍結ＰＡＸｇｅｎｅ血液管から単離した。簡単に述べると、管を室温で１６時間かけて解凍させた。遠心分離と洗浄を行って白血球ペレットを集めた後、細胞をグアニジウム含有バッファーに溶解させた。ＫｉｎｇＦｉｓｈｅｒＴＭの実施の準備において結合バッファー及び磁気ビーズを添加する前に有機抽出を実施した。該手順はマイクロＲＮＡの保持のために最適化され、磁気ビーズからの溶出前にデオキシリボヌクレアーゼ処理工程及びクリーンアップを含めた。全ＲＮＡ試料の純度と量はＮａｎｏＤｒｏｐ  ＮＤ−１０００ＵＶ分光光度計を使用して２６０及び２８０ｎｍでの吸光度読み値によって決定された。全ＲＮＡの完全性は、Ｎａｎｏアッセイ及びＣａｌｉｐｅｒ  ＬａｂＣｈｉｐシステムを使用して、Ａｇｉｌｅｎｔバイオアナライザー２１００マイクロフルイディック電気泳動によって認定した。未治療の患者試料からの末梢血試料、コホート２（上記）において、ＲＮＡは、製造者の指示に従ってＰＡＸｇｅｎｅ  Ｂｌｏｏｄ  ＲＮＡ  Ｋｉｔ  ＩＶＤ（Ｑｉａｇｅｎ）を用いて単離された。ＲＮＡは、Ｎａｎｏｄｒｏｐ分光光度計を用いて定量され、ＲＮＡの完全性は、ＲＮＡ  ６０００  Ｐｉｃｏ  Ｋｉｔ（Ａｇｉｌｅｎｔ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）を使用してＡｇｉｌｅｎｔ  ２１００  Ｂｉｏａｎａｌｙｚｅｒで評価した。
【０２９５】
結腸生検からの細胞の単離
軽度から重度に活動的なＵＣ患者の未治療患者試料、コホート３（上記）から採取した結腸生検は、以前に公開された方法を用いて単一細胞懸濁液に処理された。簡単に言えば、単核細胞を、５ｍＭの１，４ジチオスレイトールとのインキュベーションによって抽出し、１．５ｍｇ／ｍｌのコラゲナーゼＶＩＩＩ及び０．０５ｍｇ／ｍｌのＤＮａｓｅ Ｉで消化した（全ての試薬はＳｉｇｍａ、Ｓｔ  Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ、ＵＳＡからである）。細胞懸濁液をＬｉｖｅ／Ｄｅａｄ（登録商標）染色（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ、ＵＳＡ）、ＣＤ４５  ＰｅＣｙ５、ＴＣＲαβ  ＰｅＣｙ７、ＣＤ８α  ＡＰＣ  Ｃｙ７、αＥインテグリン（ＣＤ１０３）ＦＩＴＣ、β７ インテグリン ＡＰＣ（全てはＢｉｏｌｅｇｅｎｄ、Ｌｏｎｄｏｎ、ＵＫから）及びＣＤ８β ＰＥ（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ、Ｂｒｅａ、ＣＡ、ＵＳＡ）で染色した。ＴＣＲαβ＋、ＣＤ４＋又はＣＤ８＋ Ｔ細胞は、βメルカプトエタノールを含有するＲＬＴバッファー（Ｑｉａｇｅｎ、Ｈｉｌｄｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）への直接的なαＥ及びβ７インテグリンのその発現に基づいて選別され、そこからＲＮＡは製造業者のプロトコル（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ、ＵＳＡ）に従ってＰｉｃｏＰｕｒｅ  ＲＮＡを単離キットを用いて単離された。試料が≧８５％の純度を有していたことを保証するために選別された集団の純度が評価された。
【０２９６】
定量的ポリメラーゼ連鎖反応による遺伝子発現解析
上記のようにＰＡＸｇｅｎｅ管及び選別された細胞から単離されたＲＮＡは、Ｈｉｇｈ−Ｃａｐａｃｉｔｙ  ｃＤＮＡ  Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｋｉｔ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ、ＵＳＡ）を用いて相補的デオキシリボ核酸に逆転写された。遺伝子発現レベルは、定量的ポリメラーゼ連鎖反応とも呼ばれるリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応によって評価された。リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応は、各遺伝子のＴａｑｍａｎ  Ｇｅｎｅ  Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎアッセイ（全てはＬｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ、ＵＳＡから）を使用してＴａｑＭａｎ  ＰｒｅＡｍｐ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ、ＵＳＡ）及び試薬（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ）を用いてＢｉｏＭａｒｋＴＭ ＨＤ Ｓｙｓｔｅｍ（Ｆｌｕｉｄｉｇｍ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｓｏｕｔｈ  Ｓａｎ  Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、ＣＡ、ＵＳＡ）上で製造業者の指示に従って実行された。標的遺伝子発現は、ΔＣｔ法を用いて、ＧＡＰＤＨの発現に対して正規化された。
【０２９７】
免疫組織化学及び細胞の定量化
エトロリズマブ第ＩＩ相試験からのホルマリン固定組織試料をパラフィンブロックに包埋し、染色のために４μｍの切片に切断した。染色は、抗インテグリンαＥ抗体（ＥＰＲ４１６６；Ａｂｃａｍ  ｐｌｃ、Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ、ＭＡ、ＵＳＡ）を用いたＢｅｎｃｈｍａｒｋ  ＸＴ（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｉｎｃ．、Ｔｕｃｓｏｎ、ＡＺ、ＵＳＡ）自動染色で実施され、３，３’−ジアミノベンジジンで染色し、ヘマトキシリンで対比染色した。スライド全体のイメージは２００倍の最終倍率でオリンパスＮａｎｏｚｏｏｍｅｒ自動スライドスキャニングプラットフォーム（Ｈａｍａｍａｔｓｕ  Ｐｈｏｔｏｎｉｃｓ  Ｋ．Ｋ．、Ｂｒｉｄｇｅｗａｔｅｒ、ＮＪ、ＵＳＡ）により取得した。スキャンされたスライドは、２４ビットのＲＧＢ画像として、ＭＡＴＬＡＢ（登録商標）ソフトウェアパッケージ（バージョンＲ２０１２ａ；Ｔｈｅ  ＭａｔｈＷｏｒｋｓ、Ｉｎｃ．、Ｎａｔｉｃｋ、ＭＡ、ＵＳＡ）で分析された。腺窩上皮に関連付けられた全細胞、αＥ＋細胞、及びαＥ＋細胞が計数された。腺窩上皮領域は、サポートベクトルマシン及び遺伝的プログラミングの組み合わせを用いて同定され、その中の個々の細胞核はセグメント化され、その後、その総面積の≧２５％が３，３’−ジアミノベンジジンにより共局在される場合、免疫組織化学陽性とスコア化された。
【０２９８】
未治療患者試料中の二重免疫蛍光試験、コホート３（上記）が、３７℃で６０分間インキュベートされた上記に詳述される抗インテグリンαＥ抗体及び抗グランザイムＡポリクローナルヤギＩｇＧ（Ｒ＆Ｄ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｍｉｎｎｅａｐｏｌｉｓ、ＭＮ、ＵＳＡ）の両方を使用してホルマリン固定パラフィン包埋組織試料中で実施された。抗ヤギＯｍｎｉｍａｐ−ＨＲＰが検出として使用され、ＤＡＰＩ及びヘマトキシリン−ＩＩが切片を対比染色するために使用された（Ｖｅｎｔａｎａ  Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｙｓｔｅｍｓ、Ｉｎｃ．、Ｔｕｃｓｏｎ、ＡＺ、ＵＳＡ）。
【０２９９】
統計解析
統計的検定は、ウィルコクソン順位和検定又は適切なフィッシャーの直接確率検定を必要に応じて用いて実施された。多重比較のための調整は行われなかった。試料の中央値カットオフを使用するサブグループ解析が、選択された遺伝子について実施された。遺伝子発現の長期間安定性試験は試験のプラセボ群に対して無作為化された患者で評価された。
【０３００】
結果
上記の方法及び分析に従って、末梢血ＲＮＡ試料におけるベースライン遺伝子発現が、エトロリズマブに対する応答の予測のために評価された。我々は、全患者（ｎ＝１０７）からベースラインと一日目の末梢血試料を分析した。遺伝子発現が定量的ポリメラーゼ連鎖反応（ｑＰＣＲ）により定量され、増加が中央値カットオフ手法を用いて評価された。実施例１に記載される２つの異なるエトロリズマブ用量群は、これらの分析のために組み合わされた。
【０３０１】
我々は、ベースライン末梢血の遺伝子発現レベル（低、中央値未満対高、中央値以上）によって層別化した患者において、寛解、粘膜治癒及び応答を達成した患者の割合を分析した。図２０Ａ−Ｄは、中央値レベル以上のＩＴＧＡＥ遺伝子発現は、エトロリズマブにより治療された患者において寛解を増加させたことを示す。図２１Ａ−Ｄに示すように、我々はまた、高い（又は中央値以上の）ベースライン末梢血のＥＣＨ１発現を有する患者における寛解の増加を観察した。末梢血の遺伝子発現はまた、ＦＯＸＭ１（図２２Ａ−Ｄ）、ＧＺＭＡ（図２３Ａ−Ｄ）及びＫＬＲＧ１（図２４Ａ−Ｄ）について評価された。図２５Ａ−Ｄに示すように、ＳＬＣ８Ａ３の末梢血遺伝子発現の高レベルを有する患者は、スクリーニング生検の遺伝子発現（図１４Ａ−Ｄ）で観察された結果とは対照的に、エトロリズマブ治療に応答して寛解を増加させた。
【０３０２】
ＳＬＣ８Ａ３遺伝子は、細胞内カルシウムの恒常性を維持するためにナトリウム及びカルシウムの双方向スイッチングのための膜輸送体として機能するナトリウム／カルシウム交換体タンパク質、ＮＣＸ３をコードする。ＮＣＸ３は、ヒトマクロファージ及び線維芽細胞上に発現される。組織細胞と単球／マクロファージ系統の循環細胞との関係は完全には理解されていないが、理論に束縛されることなく、生検組織における低い単球／マクロファージ細胞の数は、循環単球／マクロファージの高いレベルを示す可能性がある。その場合には、低いＳＬＣ８Ａ３遺伝子発現により示されるように低い組織単球／マクロファージ含量を有する患者は、高いＳＬＣ８Ａ３遺伝子発現により示されるように高い循環単球／マクロファージ含量を有する患者と大きく重複してもよい。従って、組織におけるＳＬＣ８Ａ３遺伝子発現の低いレベル及び末梢血におけるＳＬＣ８Ａ３遺伝子発現の高いレベルは関連しており、その関係は、組織における低レベルの発現（図１４Ａ−Ｄ）及び末梢血における高レベルの発現（図２５Ａ−Ｄ）が各々いかにエトロリズマブ治療に対する応答性を予測することができるかを説明している。
【０３０３】
我々はまた、特定の遺伝子のベースライン末梢血の遺伝子発現の中央値レベル未満のものはエトロリズマブ治療に対する患者の応答性を増加させたことを観察した。図２６Ａ−Ｄに示されるように、中央値レベルより低いＴＮＦＳＦ１５遺伝子発現は、エトロリズマブにより治療された患者において寛解を増加させた。我々はまた、図２７Ａ−Ｄに示すように中央値レベルより低いＶＮＮ２遺伝子発現は、エトロリズマブに応答して寛解を増加させたことを見いだした。
【０３０４】
次に、上記のように未治療の患者から得られた粘膜生検における遺伝子発現に対する炎症の効果を評価した。回腸及び結腸生検試料は、ＣＤ、ＵＣを有する患者又は非ＩＢＤ健康対照被験体から採取した。生検は、非ＩＢＤ対照及びＵＣ患者のＳ状結腸から、及び非ＩＢＤ対照及びＣＤ患者の結腸及び回腸から採取した。非炎症性生検は、内視鏡医によって判断されるような正常粘膜から採取された；炎症性疾患が明らかであった場合、追加の生検は炎症性領域から採取された。図２８Ａに示すように、非ＩＢＤ及びＩＢＤ患者の両方における結腸生検と比較して、ＩＴＧＡＥ遺伝子発現は回腸生検においてより高い。しかし、ＩＢＤを有する患者における炎症性及び非炎症性結腸生検又は炎症性及び非炎症性回腸生検の間に有意差はなかった。同様に、ＧＺＭＡ（図２８Ｂ）、ＫＬＲＢ１（図２８Ｅ）及びＴＮＦＳＦ１５（図２８Ｇ）は、結腸生検と比較して回腸生検においてより高い発現を有しており、炎症性及び非炎症性結腸生検又は回腸生検の間で差はなかった。ＶＮＮ２（図２８Ｃ）は、結腸よりも回腸において高く、また、ＣＤ患者の非炎症回腸と比較して炎症性回腸において増加していた。最後に、ＥＣＨ１（図２８Ｄ）は、ＣＤ患者からの非炎症結腸生検と比較して炎症性結腸において低かった。
【０３０５】
末梢血の遺伝子発現は、未治療患者に試料、コホート２において評価された。図２９Ａに示すように、ＩＴＧＡＥ末梢血の遺伝子発現のより低いレベルは、健康な対照被験体と比較して、ＵＣ患者において観察された。ＧＺＭＡ（図２９Ｂ）及びＥＣＨ１（図２９Ｄ）の末梢血の遺伝子発現のより高いレベルは、健常な対照被験体と比較して、ＣＤ患者において見いだされた。ＶＮＮ２（図２９Ｃ）及びＦＯＸＭ１（図２９Ｈ）の遺伝子発現レベルは、健常な対照被験体と比較して、ＵＣ及びＣＤ患者の両方において高かった。
【０３０６】
ベースラインでは、腺窩上皮におけるαＥ＋細胞の数は、グランザイムＡｌｏｗとαＥｌｏｗと比較して、グランザイムＡｈｉｇｈとαＥｈｉｇｈの両方の患者で有意に高かった（それぞれ図３０Ａ−Ｂ）。エトロリズマブ治療は、グランザイムＡｈｉｇｈとαＥｈｉｇｈの患者において１０週目で腺窩上皮においてαＥ＋細胞の数を減少させたが、一方エトロリズマブ治療後グランザイムＡｌｏｗとαＥｌｏｗの患者において、図３０Ｃ−Ｄに、それぞれ示されるように腺窩上皮におけるαＥ＋細胞の有意な減少は無かった。
【０３０７】
コホート３における未治療ＵＣ患者からの結腸生検から単離したフローサイトメトリーで選別されたＣＤ４＋αＥ＋ Ｔ細胞において、グランザイムＡ遺伝子発現はＣＤ４＋αＥ−Ｔ細胞と比較して有意に上方制御されたが；ＣＤ４＋αＥ＋細胞中のグランザイムＡのレベルは、非ＩＢＤ対照と比較して、ＵＣ患者で有意に高かった（図３１Ａ）。グランザイムＡ遺伝子発現は、ＵＣ患者からの選別されたＣＤ４＋αＥ＋細胞でαＥの発現と正に相関したが、ＣＤ８＋αＥ＋細胞では相関しなかった（図３１Ｂ）。未治療患者の試料、コホート３からのデータと一致して、エトロリズマブ第ＩＩ相試験集団からのベースライン結腸生検においてグランザイムＡとαＥの遺伝子発現は有意に正に相関していた（図３１Ｃ）。これらの観察と一致して、グランザイムＡの結腸生検遺伝子発現は、エトロリズマブ第ＩＩ相試験に登録した患者からの結腸生検における腺窩上皮及び固有層におけるαＥ＋細胞の数と有意に相関していた（図３１Ｄ）。二重免疫蛍光分析は、グランザイムＡ染色は結腸組織におけるαＥ＋細胞のサブセットに限定されていたことを示した（図３１Ｅ）。これらのデータは、αＥ＋細胞はＵＣ患者の結腸におけるグランザイムＡの供給源となり得ることを示唆している。
【０３０８】
要約すると、我々は、寛解、粘膜治癒及び臨床応答によって評価されるように、ＩＴＧＡＥ、ＥＣＨ１、及びＳＬＣ８Ａ３の高いベースライン末梢血発現はエトロリズマブ応答性を増加させたことを示した。本明細書で報告された結果は、ベースライン時の高いアルファＥ発現及び高いベースライン発現を有する特定の追加の遺伝子がエトロリズマブ応答性を増加させたとする我々の以前に報告された知見を確認しそして拡張する。我々はまた、寛解、粘膜治癒及び臨床応答によって評価されるように、ＶＮＮ２及びＴＮＦＳＦ１５の低いベースライン末梢血発現はエトロリズマブ応答性を増加させたことを示した。我々は独立したコホートにおいて、これらの遺伝子の末梢血遺伝子発現を評価し、そしてそれらが、ＩＢＤを有する患者からの試料中において幾つかの変化を伴って健常対照と重複していることを見出した。
【０３０９】
我々はまた、未治療患者のコホートにおいて、本明細書に記載の遺伝子の生検の遺伝子発現を評価し、そして遺伝子発現が、幾つかの場合では回腸において上昇しているが（ＩＴＧＡＥ、ＧＺＭＡ、ＫＬＲＢ１、ＴＮＦＳＦ１５）、ＣＤ又はＵＣの何れかを有する患者由来の炎症性試料において異なっていないことを見出した。ＶＮＮ２は回腸において遺伝子発現を上昇させたが、また、炎症性対非炎症性生検において増加した。ＥＣＨ１は、非炎症結腸と比較して炎症性結腸において低かった。ＩＴＧＡＥとＧＺＭＡの重複に関する更なる研究は、ＩＴＧＡＥとＧＺＭＡは生検において相関しており、ＧＺＭＡ発現は、αＥ−ＣＤ４＋ Ｔ細胞と比較して選別されたαＥ＋ ＣＤ４＋ Ｔ細胞においてより高く、αＥ＋細胞のサブセットは、免疫蛍光によってグランザイムＡを共発現したことを示した。
【０３１０】
要約すると、本明細書に記載される遺伝子の発現レベルは、個別に又は組み合わせて、このように、ＵＣ及びクローン病患者などのＩＢＤ患者を同定するための、エトロリズマブを含むベータ７インテグリンサブユニットを標的とする治療剤による治療から恩恵を受ける可能性が最も高い予測バイオマーカーとしての使用の可能性を示している。バイオマーカーは、多くの方法により、例えばｑＰＣＲにより測定することができ、種々の組織試料が、測定、例えば、腸生検又は末梢血のために使用することができる。
【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図８Ａ−Ｂ】
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【図８Ｃ−Ｄ】
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【図９Ａ】
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【図９Ｂ−Ｃ】
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【図９Ｄ】
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【図１０Ａ】
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【図１０Ｂ−Ｃ】
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【図１０Ｄ】
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【図１１Ａ】
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【図１１Ｂ−Ｃ】
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【図１１Ｄ】
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【図１２Ａ】
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【図１２Ｂ−Ｃ】
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【図１２Ｄ】
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【図１３Ａ−Ｂ】
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【図１３Ｃ−Ｄ】
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【図１４Ａ】
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【図１４Ｂ−Ｃ】
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【図１４Ｄ】
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【図１５Ａ】
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【図１５Ｂ−Ｃ】
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【図１５Ｄ】
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【図１６Ａ】
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【図１６Ｂ−Ｃ】
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【図１６Ｄ】
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【図１７Ａ】
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【図１７Ｂ−Ｃ】
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【図１７Ｄ】
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【図１８Ａ】
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【図１８Ｂ−Ｃ】
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【図１８Ｄ】
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【図１９Ａ】
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【図１９Ｂ−Ｃ】
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【図１９Ｄ】
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【図２０Ａ】
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【図２０Ｂ−Ｃ】
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【図２０Ｄ】
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【図２１Ａ】
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【図２１Ｂ−Ｃ】
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【図２１Ｄ】
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【図２２Ａ】
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【図２２Ｂ−Ｃ】
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【図２２Ｄ】
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【図２３Ａ】
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【図２３Ｂ−Ｃ】
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【図２３Ｄ】
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【図２４Ａ】
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【図２４Ｂ−Ｃ】
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【図２４Ｄ】
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【図２５Ａ】
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【図２５Ｂ−Ｃ】
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【図２５Ｄ】
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【図２６Ａ】
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【図２６Ｂ−Ｃ】
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【図２６Ｄ】
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【図２７Ａ】
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【図２７Ｂ−Ｃ】
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【図２７Ｄ】
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【図２８Ａ−Ｂ】
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【図２８Ｃ−Ｄ】
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【図２８Ｅ−Ｆ】
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【図２８Ｇ−Ｈ】
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【図２９Ａ−Ｄ】
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【図２９Ｅ−Ｈ】
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【図３０Ａ−Ｄ】
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【図３１Ａ−Ｂ】
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【図３１Ｃ−Ｄ】
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【図３１Ｅ】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】令和1年12月20日(2019.12.20)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
明細書に記載の発明。
【外国語明細書】
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