(57)【要約】【課題】病原菌の成長を抑制することができる改善された有益な細菌を提供する。【解決手段】本開示は、とりわけ、Ｄ２３、Ｄ２３−１００、またはＡＯＢ  Ｄ２３−１００と指定されるＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ  ｅｕｔｒｏｐｈａ（Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ）の最適化株を提供する。本出願に開示されるＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌は、望ましい特性、例えば、最適化特性、例えば、病原菌の成長を抑制する能力、ならびに一酸化窒素及び一酸化窒素前駆体を生成する増強された能力を有する。本明細書のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを使用して、例えば、低亜硝酸塩レベルに関連する疾患、皮膚疾患、及び病原菌によって引き起こされる疾患を治療することができる。【選択図】図１８
2020156510.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌であって、
ａ）ＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２１１５７で寄託された；
ｂ）配列番号１またはその相補体を有する環状ゲノムを含む；
ｃ）配列番号６６の核酸配列を含む；または
ｄ）プライマー対を用いて増幅可能な核酸配列を含み、前記プライマー対が、配列番号６４の配列を含むプライマーと配列番号６５の配列を含むプライマーとを含む、
前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
【請求項２】
対象の皮膚マイクロバイオームの組成を変化させる方法において使用するための、請求項１に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む組成物。
【請求項３】
対象の皮膚での微生物成長の阻害に使用するための、請求項１に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む組成物。
【請求項４】
治療に使用するための、請求項１に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む組成物。
【請求項５】
皮膚障害の処置もしくは予防に使用するための、請求項１に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む組成物。
【請求項６】
請求項５に記載の使用のためのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む組成物であって、前記皮膚障害が、（ｉ）座瘡；または（ｉｉ）潰瘍である、前記組成物。
【請求項７】
請求項６に記載の使用のためのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む組成物であって、前記座瘡が、尋常性座瘡、酒さ、湿疹、または乾癬である、前記組成物。
【請求項８】
請求項６に記載の使用のためのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む組成物であって、前記潰瘍が、静脈性潰瘍、下腿潰瘍、静脈性下腿潰瘍、または糖尿病性足部潰瘍における感染症である、前記組成物。
【請求項９】
ＨＩＶ皮膚炎、糖尿病性足部潰瘍における感染症、アトピー性皮膚炎、座瘡、尋常性座瘡、湿疹、接触性皮膚炎、アレルギー反応、乾癬、皮膚感染症、血管疾患、膣内イースト菌感染症、性感染疾患、心臓疾患、アテローム性動脈硬化症、禿頭症、糖尿病若しくはベッド拘束に後続する下腿潰瘍、狭心症、特に慢性安定狭心症、虚血性疾患、うっ血性心不全、心筋梗塞、虚血再灌流傷害、蹄葉炎、高血圧、肥大性臓器変性、レイノー現象、線維症、線維性臓器変性、アレルギー、自己免疫性感作、末期腎疾患、肥満、陰萎、または癌の治療に使用するための、請求項１に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む組成物。
【請求項１０】
創傷の治癒または閉鎖の促進に使用するための、請求項１に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む組成物。
【請求項１１】
体臭の治療または予防に使用するための、請求項１に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む組成物。
【請求項１２】
一酸化窒素を対象に供給するための治療に使用するための、請求項１に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む組成物。
【請求項１３】
前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌が化粧品に関連する、請求項１に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む組成物。
【請求項１４】
前記化粧品がヒトの容姿を変えるよう意図された局所塗布用の物質である、請求項１３に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む組成物であって、前記組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本出願は、２０１４年４月１５日出願のギリシャ特許出願第２０１４０１００２１７号
、２０１４年５月２２日出願の米国仮特許出願第６２／００２０８４号、２０１４年６月
１６日出願の米国仮特許出願第６２／０１２８１１号、２０１４年９月２２日出願の米国
仮特許出願第６２／０５３５８８号、及び２０１５年３月１３日出願のギリシャ特許出願
第２０１５０１００１１５号に対する優先権を主張するものであり、これらの内容は、参
照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれる。
【０００２】
配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩ書式で電子的に提出されており、参照によりその全体が本明細書
に組み込まれる配列表を含む。２０１５年４月１３日に作成された前記ＡＳＣＩＩの写し
は、Ｎ２０６０−７００１ＷＯ．ｔｘｔという名前であり、３，５９０，９８０バイトの
サイズである。
【背景技術】
【０００３】
有益な細菌を使用して、病原菌の成長を抑制することができる。細菌及び他の微生物は
、環境に偏在する。病原菌の発見及び疾患の細菌論は、健康及び疾患状態に多大な影響を
与えている。細菌は、すべての生き物の環境の通常の一部である。腸内で、これらの細菌
は、通常の条件下で非病原性であり、実際には、正常な腸内容物を、疾患を引き起こす生
物に対してより居心地の悪い状態にすることによって健康を改善する。疾患予防は、栄養
素が消費されて、病原体には栄養素をほとんど残さないこと、病原体にとって居心地の悪
いｐＨ及び酸素圧等の条件が生成されること、病原体に対して毒性の化合物が生成される
こと、病原体がこれらの微生物によって食物として消費されること、病原体が使用可能な
物理的空間をほとんど残さないこと、及び特異的結合部位が占有され、病原体が使用可能
な結合部位をわずかにしか残さないことといった、いくつかの方法で達成される。これら
の望ましい細菌の存在は、疾患状態の予防に有用なものと見なされる。
【０００４】
病原菌の成長を抑制することができる改善された有益な細菌が当該技術分野で必要とさ
れている。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本開示は、とりわけ、Ｄ２３、Ｄ２３−１００、またはＡＯＢ  Ｄ２３−１００と指定
されるＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ  ｅｕｔｒｏｐｈａ（Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ）の最適化
株を提供し、これらの用語は、本開示を通して同義に使用され得る。
【０００６】
Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ属のアンモニア酸化細菌は、アンモニアの亜硝酸塩への変換
のみからエネルギーを発生させる特有の能力を有する偏在性のグラム陰性の偏性化学合成
独立栄養細菌である。
【０００７】
本出願に開示されるＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌は、病原菌の成長を抑制する能力、なら
びに一酸化窒素（ＮＯ）及び一酸化窒素（ＮＯ２−）前駆体を生成する増強された能力等
の望ましい特性、例えば、最適化された特性を有する。本明細書のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
、例えば、最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ、例えば、精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈ
ａ調製物を使用して、例えば、疾患、例えば、低亜硝酸塩レベルに関連する疾患、皮膚障
害、及び病原菌によって引き起こされる疾患を治療することができる。本開示を通してＮ
．ｅｕｔｒｏｐｈａを参照する際、それは、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａの最適化株または精製
された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ調製物を指し得る。
【０００８】
本開示は、とりわけ、以下から選択される少なくとも１つの特性を有するＮｉｔｒｏｓ
ｏｍｏｎａｓ  ｅｕｔｒｏｐｈａ（Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ）細菌、例えば、最適化Ｎ．ｅ
ｕｔｒｏｐｈａ、例えば、精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ調製物を提供する：
最適化成長速度、
最適化ＮＨ４＋酸化速度、及び
アンモニウムイオン（ＮＨ４＋）に対する最適化耐性。
【０００９】
この細菌は、任意に純粋なものである。
【００１０】
複数の実施形態では、最適化成長速度は、約０．１５〜０．１８のＯＤ６００（光学密
度６００ｎｍ）でＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを連続培養して、約１〜２日で約０．５〜０．６
のＯＤ６００に到達することを可能にする速度である。複数の実施形態では、最適化成長
速度は、バッチ培養条件下で培養された場合、約８時間の倍加時間である。複数の実施形
態では、最適化ＮＨ４＋酸化速度は、ＮＨ４＋をＮＯ２−に酸化させる、少なくとも約１
２５マイクロモル／分の速度である。複数の実施形態では、ＮＨ４＋に対する最適化耐性
は、約２００ｍＭのＮＨ４＋を含む培地で少なくとも約４８時間成長する能力である。
【００１１】
いくつかの実施形態では、精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物（任意に
純粋なものである）は、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対す
る最適化耐性から選択される少なくとも２つの特性を有する。いくつかの実施形態では、
精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物（任意に純粋なものである）は、最適
化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性を有する。いく
つかの実施形態では、精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物（任意に純粋な
ものである）は、非常に高いストリンジェンシーで配列番号１にハイブリダイズする染色
体を含む。
【００１２】
いくつかの実施形態では、精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物（任意に
純粋なものである）は、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％
、９９．５％、及び１００％同一から選択される、配列番号６若しくは１２との同一性を
有するＡｍｏＡタンパク質、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９
９％、９９．５％、及び１００％同一から選択される、配列番号８若しくは１４との同一
性を有するＡｍｏＢタンパク質、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％
、９９％、９９．５％、及び１００％同一から選択される、配列番号４、１０、若しくは
１６との同一性を有するａｍｏＣ遺伝子、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、
９８％、９９％、９９．５％、及び１００％同一から選択される、配列番号１８、２０、
若しくは２２との同一性を有するヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼタンパク質、
少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、及び１０
０％同一から選択される、配列番号２４、２６、若しくは２８との同一性を有するシトク
ロムｃ５５４タンパク質、または少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％
、９９％、９９．５％、及び１００％同一から選択される、配列番号３０若しくは３２と
の同一性を有するシトクロムｃＭ５５２タンパク質を含む。
【００１３】
いくつかの実施形態では、精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物（任意に
純粋なものである）は、表２の配列特性のうちの１〜５、５〜１０、１０〜１５、１５〜
２０、２０〜２５、２５〜３０、またはすべてを含む。例えば、いくつかの実施形態では
、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１位、例えば、１位のＶに対
する突然変異を有するＡｍｏＡ１若しくはＡｍｏＡ２タンパク質（またはそれをコードす
る遺伝子）を含む。いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐ
ｈａ株Ｃ９１の１６０位、例えば、１６０位のＬに対する突然変異を有するＡｍｏＡ１若
しくはＡｍｏＡ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む。いくつかの実施
形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６７位、例えば、
１６７位のＡに対する突然変異を有するＡｍｏＡ１若しくはＡｍｏＡ２タンパク質（また
はそれをコードする遺伝子）を含む。いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の３３位、例えば、３３位のＶに対する突然変異を有する
ＡｍｏＢ１若しくはＡｍｏＢ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む。い
くつかの実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６５
位、例えば、１６５位のＩに対する突然変異を有するＡｍｏＢ１若しくはＡｍｏＢ２タン
パク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む。いくつかの実施形態では、本細菌また
は調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の７９位、例えば、７９位のＡに対する突然
変異を有するＡｍｏＣ３タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む。いくつか
の実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の２７１位、例
えば、２７１位のＶに対する突然変異を有するＡｍｏＣ３タンパク質（またはそれをコー
ドする遺伝子）を含む。いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒ
ｏｐｈａ株Ｃ９１の８５位、例えば、８５位のＳに対する突然変異を有するＨａｏ１、Ｈ
ａｏ２、若しくはＨａｏ３タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む。いくつ
かの実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の３１２位、
例えば、３１２位のＥに対する突然変異を有するＨａｏ１、Ｈａｏ２、若しくはＨａｏ３
タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む。いくつかの実施形態では、本細菌
または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６３位、例えば、１６３位のＡに対
する突然変異を有するＨａｏ１タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む。い
くつかの実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の６５位
、例えば、６５位のＴに対する突然変異を有するｃ５５４  ＣｙｃＡ１、ｃ５５４  Ｃｙ
ｃＡ２、若しくはｃ５５４  ＣｙｃＡ３タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を
含む。いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１
の１８６位、例えば、１８６位のＴに対する突然変異を有するｃ５５４  ＣｙｃＡ１タン
パク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む。いくつかの実施形態では、本細菌また
は調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の６３位、例えば、６３位のＶに対する突然
変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１若しくはｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２タンパク質（また
はそれをコードする遺伝子）を含む。いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１８９位、例えば、１８９位のＰに対する突然変異を有
するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１若しくはｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２タンパク質（またはそれを
コードする遺伝子）を含む。いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕ
ｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の２０６位、例えば、２０６位のｉｎｓＥに対する突然変異を有す
るｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１若しくはｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２タンパク質（またはそれをコ
ードする遺伝子）を含む。いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔ
ｒｏｐｈａ株Ｃ９１の２０７位、例えば、２０７位のｉｎｓＥに対する突然変異を有する
ｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１若しくはｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２タンパク質（またはそれをコー
ドする遺伝子）を含む。いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒ
ｏｐｈａ株Ｃ９１の１９５位、例えば、１９５位のｉｎｓＤに対する突然変異を有するｃ
Ｍ５５２  ＣｙｃＢ１タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む。いくつかの
実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１９６位、例え
ば、１９６位のｉｎｓＤに対する突然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１タンパク質（
またはそれをコードする遺伝子）を含む。いくつかの実施形態では、本細菌または調製物
は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１９７位、例えば、１９７位のｉｎｓＤに対する突
然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を
含む。
【００１４】
表２の２つ以上の配列特性の組み合わせも記載される。これらの２つ以上の配列特性は
、同じ遺伝子にあっても異なる遺伝子にあっても良い。これらの２つ以上の配列特性は、
同じタンパク質にあっても異なるタンパク質にあっても良い。例えば、いくつかの実施形
態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１位、例えば、１位の
Ｖに対する突然変異、及びＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６０位、例えば、１６０位
のＬに対する突然変異を有するＡｍｏＡ１若しくはＡｍｏＡ２タンパク質（またはそれを
コードする遺伝子）を含む。いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕ
ｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１位、例えば、１位のＶに対する突然変異、及びＮ．ｅｕｔｒｏ
ｐｈａ株Ｃ９１の１６７位、例えば、１６７位のＡに対する突然変異を有するＡｍｏＡ１
若しくはＡｍｏＡ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む。いくつかの実
施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６０位、例えば
、１６０位のＬに対する突然変異、及びＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６７位、例え
ば、１６７位のＡに対する突然変異を有するＡｍｏＡ１若しくはＡｍｏＡ２タンパク質（
またはそれをコードする遺伝子）を含む。
【００１５】
いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の３
３位、例えば、３３位のＶに対する突然変異、及びＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６
５位、例えば、１６５位のＩに対する突然変異を有するＡｍｏＢ１若しくはＡｍｏＢ２タ
ンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む。
【００１６】
いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の７
９位、例えば、７９位のＡに対する突然変異、及びＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の２７
１位、例えば、２７１位のＶに対する突然変異を有するＡｍｏＣ３タンパク質（またはそ
れをコードする遺伝子）を含む。
【００１７】
いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の８
５位、例えば、８５位のＳに対する突然変異、及びＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の３１
２位、例えば、３１２位のＥに対する突然変異を有するＨａｏ１、Ｈａｏ２、若しくはＨ
ａｏ３タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む。いくつかの実施形態では、
本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の８５位、例えば、８５位のＳに
対する突然変異、及びＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６３位、例えば、１６３位のＡ
に対する突然変異を有するＨａｏ１タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む
。いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の３
１２位、例えば、３１２位のＥに対する突然変異、及びＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の
１６３位、例えば、１６３位のＡに対する突然変異を有するＨａｏ１タンパク質（または
それをコードする遺伝子）を含む。
【００１８】
いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の６
５位、例えば、６５位のＴに対する突然変異、及びＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１８
６位、例えば、１８６位のＴに対する突然変異を有するｃ５５４  ＣｙｃＡ１タンパク質
（またはそれをコードする遺伝子）を含む。
【００１９】
いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、以下のアミノ酸位置：６３、１８９
、１９４、１９５、１９６、１９７、２０６、及び２０７のうちのいずれか２つ以上で突
然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を
含む。例えば、これらの２つ以上のアミノ酸位置は、６３及び１８９、６３及び１９４、
６３及び１９５、６３及び１９６、６３及び１９７、６３及び２０６、６３及び２０７、
１８９及び１９４、１８９及び１９５、１８９及び１９６、１８９及び１９４、１８９及
び１９５、１８９及び１９６、１８９及び１９７、１８９及び２０６、１８９及び２０７
、１９４及び１９５、１９４及び１９６、１９４及び１９７、１９４及び２０６、１９４
及び２０７、１９５及び１９６、１９５及び１９７、１９５及び２０６、１９５及び２０
７、１９６及び１９７、１９６及び２０６、１９６及び２０７、１９７及び２０６、１９
７及び２０７、または２０６及び２０７を含み得る。いくつかの実施形態では、本細菌ま
たは調製物は、Ｉ６３Ｖ、Ｓ１８９Ｐ、Ｄ１９４Ｇ、１９５ｉｎｓＤ、１９６ｉｎｓＤ、
１９７ｉｎｓＤ、２０６ｉｎｓＥ、及び２０７ｉｎｓＥからなる群から選択されるいずれ
か２つ以上の突然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１タンパク質（またはそれをコード
する遺伝子）を含む。例えば、これらの２つ以上の突然変異は、Ｉ６３Ｖ及びＳ１８９Ｐ
、Ｉ６３Ｖ及びＤ１９４Ｇ、Ｉ６３Ｖ及び１９５ｉｎｓＤ、Ｉ６３Ｖ及び１９６ｉｎｓＤ
、Ｉ６３Ｖ及び１９７ｉｎｓＤ、Ｉ６３Ｖ及び２０６ｉｎｓＥ、Ｉ６３Ｖ及び２０７ｉｎ
ｓＥ、Ｓ１８９Ｐ及びＤ１９４Ｇ、Ｓ１８９Ｐ及び１９５ｉｎｓＤ、Ｓ１８９Ｐ及び１９
６ｉｎｓＤ、Ｓ１８９Ｐ及び１９７ｉｎｓＤ、Ｓ１８９Ｐ及び２０６ｉｎｓＥ、Ｓ１８９
Ｐ及び２０７ｉｎｓＥ、Ｄ１９４Ｇ及び１９５ｉｎｓＤ、Ｄ１９４Ｇ及び１９６ｉｎｓＤ
、Ｄ１９４Ｇ及び１９７ｉｎｓＤ、Ｄ１９４Ｇ及び２０６ｉｎｓＥ、Ｄ１９４Ｇ及び２０
７ｉｎｓＥ、１９５ｉｎｓＤ及び１９６ｉｎｓＤ、１９５ｉｎｓＤ及び１９７ｉｎｓＤ、
１９５ｉｎｓＤ及び２０６ｉｎｓＥ、１９５ｉｎｓＤ及び２０７ｉｎｓＥ、１９６ｉｎｓ
Ｄ及び１９７ｉｎｓＤ、１９６ｉｎｓＤ及び２０６ｉｎｓＥ、１９６ｉｎｓＤ及び２０７
ｉｎｓＥ、１９７ｉｎｓＤ及び２０６ｉｎｓＥ、１９７ｉｎｓＤ及び２０７ｉｎｓＥ、な
らびに２０６ｉｎｓＥ及び２０７ｉｎｓＥからなる群から選択され得る。
【００２０】
いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、以下のアミノ酸位置：６３、１８９
、２０６、及び２０７のうちのいずれか２つ以上で突然変異を有するｃＭ５５２  Ｃｙｃ
Ｂ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む。例えば、これらの２つ以上の
アミノ酸位置は、６３及び１８９、６３及び２０６、６３及び２０７、１８９及び２０６
、１８９及び２０７、または２０６及び２０７を含み得る。いくつかの実施形態では、本
細菌または調製物は、Ｉ６３Ｖ、Ｓ１８９Ｐ、２０６ｉｎｓＥ、及び２０７ｉｎｓＥから
なる群から選択されるいずれか２つ以上の突然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２タン
パク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む。例えば、これらの２つ以上の突然変異
は、Ｉ６３Ｖ及びＳ１８９Ｐ、Ｉ６３Ｖ及び２０６ｉｎｓＥ、Ｉ６３Ｖ及び２０７ｉｎｓ
Ｅ、Ｓ１８９Ｐ及び２０６ｉｎｓＥ、Ｓ１８９Ｐ及び２０７ｉｎｓＥ、ならびに２０６ｉ
ｎｓＥ及び２０７ｉｎｓＥからなる群から選択され得る。
【００２１】
表２の３つ以上の配列特性の組み合わせも記載される。例えば、いくつかの実施形態で
は、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１位、例えば、１位のＶに
対する突然変異、及びＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６０位、例えば、１６０位のＬ
に対する突然変異、及びＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６７位、例えば、１６７位の
Ａに対する突然変異を有するＡｍｏＡ１若しくはＡｍｏＡ２タンパク質（またはそれをコ
ードする遺伝子）を含む。
【００２２】
いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の８
５位、例えば、８５位のＳに対する突然変異、及びＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の３１
２位、例えば、３１２位のＥに対する突然変異、及びＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１
６３位、例えば、１６３位のＡに対する突然変異を有するＨａｏ１タンパク質（またはそ
れをコードする遺伝子）を含む。
【００２３】
いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、以下のアミノ酸位置：６３、１８９
、１９４、１９５、１９６、１９７、２０６、及び２０７のうちのいずれか３つ以上（例
えば、４つ、５つ、６つ、７つ、またはすべて）で突然変異を有するｃＭ５５２  Ｃｙｃ
Ｂ１タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む。例えば、これらの３つの突然
変異は、１９５位、１９６位、及び１９７位であり得る。いくつかの実施形態では、本細
菌または調製物は、Ｉ６３Ｖ、Ｓ１８９Ｐ、Ｄ１９４Ｇ、１９５ｉｎｓＤ、１９６ｉｎｓ
Ｄ、１９７ｉｎｓＤ、２０６ｉｎｓＥ、及び２０７ｉｎｓＥからなる群から選択されるい
ずれか３つ以上（例えば、４つ、５つ、６つ、７つ、またはすべて）の突然変異を有する
ｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む。例えば、
これらの３つの突然変異は、１９５ｉｎｓＤ、１９６ｉｎｓＤ、及び１９７ｉｎｓＤであ
り得る。
【００２４】
いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、以下のアミノ酸位置：６３、１８９
、２０６、及び２０７のうちのいずれか３つ以上（例えば、すべて）で突然変異を有する
ｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む。いくつか
の実施形態では、本細菌または調製物は、Ｉ６３Ｖ、Ｓ１８９Ｐ、２０６ｉｎｓＥ、及び
２０７ｉｎｓＥからなる群から選択されるいずれか３つ以上（例えば、すべて）の突然変
異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む
。
【００２５】
いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、少なくとも２個の遺伝子、例えば、
表２に列記される少なくとも２個の遺伝子に、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１に対する突
然変異を含む。これらの２個の遺伝子は、例えば、ＡｍｏＡ１及びＡｍｏＡ２、ＡｍｏＡ
１及びＡｍｏＢ１、ＡｍｏＡ１及びＡｍｏＢ２、ＡｍｏＡ１及びＡｍｏＣ１、ＡｍｏＡ１
及びＡｍｏＣ２、ＡｍｏＡ１及びＡｍｏＣ３、ＡｍｏＡ１及びＨａｏ１、ＡｍｏＡ１及び
Ｈａｏ２、ＡｍｏＡ１及びＨａｏ３、ＡｍｏＡ１及びｃ５５４  ＣｙｃＡ１、ＡｍｏＡ１
及びｃ５５４  ＣｙｃＡ２、ＡｍｏＡ１及びｃ５５４  ＣｙｃＡ３、ＡｍｏＡ１及びｃＭ
５５２  ＣｙｃＢ１、ＡｍｏＡ１及びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２、ＡｍｏＡ２及びＡｍｏＢ
１、ＡｍｏＡ２及びＡｍｏＢ２、ＡｍｏＡ２及びＡｍｏＣ１、ＡｍｏＡ２及びＡｍｏＣ２
、ＡｍｏＡ２及びＡｍｏＣ３、ＡｍｏＡ２及びＨａｏ１、ＡｍｏＡ２及びＨａｏ２、Ａｍ
ｏＡ２及びＨａｏ３、ＡｍｏＡ２及びｃ５５４  ＣｙｃＡ１、ＡｍｏＡ２及びｃ５５４  
ＣｙｃＡ２、ＡｍｏＡ２及びｃ５５４  ＣｙｃＡ３、ＡｍｏＡ２及びｃＭ５５２  Ｃｙｃ
Ｂ１、ＡｍｏＡ２及びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２、ＡｍｏＢ１及びＡｍｏＢ２、ＡｍｏＢ１
及びＡｍｏＣ１、ＡｍｏＢ１及びＡｍｏＣ２、ＡｍｏＢ１及びＡｍｏＣ３、ＡｍｏＢ１及
びＨａｏ１、ＡｍｏＢ１及びＨａｏ２、ＡｍｏＢ１及びＨａｏ３、ＡｍｏＢ１及びｃ５５
４  ＣｙｃＡ１、ＡｍｏＢ１及びｃ５５４  ＣｙｃＡ２、ＡｍｏＢ１及びｃ５５４  Ｃｙ
ｃＡ３、ＡｍｏＢ１及びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１、ＡｍｏＢ１及びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ
２、ＡｍｏＢ２及びＡｍｏＣ１、ＡｍｏＢ２及びＡｍｏＣ２、ＡｍｏＢ２及びＡｍｏＣ３
、ＡｍｏＢ２及びＨａｏ１、ＡｍｏＢ２及びＨａｏ２、ＡｍｏＢ２及びＨａｏ３、Ａｍｏ
Ｂ２及びｃ５５４  ＣｙｃＡ１、ＡｍｏＢ２及びｃ５５４  ＣｙｃＡ２、ＡｍｏＢ２及び
ｃ５５４  ＣｙｃＡ３、ＡｍｏＢ２及びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１、ＡｍｏＢ２及びｃＭ５
５２  ＣｙｃＢ２、ＡｍｏＣ１及びＡｍｏＣ２、ＡｍｏＣ１及びＡｍｏＣ３、ＡｍｏＣ１
及びＨａｏ１、ＡｍｏＣ１及びＨａｏ２、ＡｍｏＣ１及びＨａｏ３、ＡｍｏＣ１及びｃ５
５４  ＣｙｃＡ１、ＡｍｏＣ１及びｃ５５４  ＣｙｃＡ２、ＡｍｏＣ１及びｃ５５４  Ｃ
ｙｃＡ３、ＡｍｏＣ１及びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１、ＡｍｏＣ１及びｃＭ５５２  Ｃｙｃ
Ｂ２、ＡｍｏＣ２及びＡｍｏＣ３、ＡｍｏＣ２及びＨａｏ１、ＡｍｏＣ２及びＨａｏ２、
ＡｍｏＣ２及びＨａｏ３、ＡｍｏＣ２及びｃ５５４  ＣｙｃＡ１、ＡｍｏＣ２及びｃ５５
４  ＣｙｃＡ２、ＡｍｏＣ２及びｃ５５４  ＣｙｃＡ３、ＡｍｏＣ２及びｃＭ５５２  Ｃ
ｙｃＢ１、ＡｍｏＣ２及びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２、ＡｍｏＣ３及びＨａｏ１、ＡｍｏＣ
３及びＨａｏ２、ＡｍｏＣ３及びＨａｏ３、ＡｍｏＣ３及びｃ５５４  ＣｙｃＡ１、Ａｍ
ｏＣ３及びｃ５５４  ＣｙｃＡ２、ＡｍｏＣ３及びｃ５５４  ＣｙｃＡ３、ＡｍｏＣ３及
びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１、ＡｍｏＣ３及びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２、Ｈａｏ１及びＨａ
ｏ２、Ｈａｏ１及びＨａｏ３、Ｈａｏ１及びｃ５５４  ＣｙｃＡ１、Ｈａｏ１及びｃ５５
４  ＣｙｃＡ２、Ｈａｏ１及びｃ５５４  ＣｙｃＡ３、Ｈａｏ１及びｃＭ５５２  Ｃｙｃ
Ｂ１、Ｈａｏ１及びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２、Ｈａｏ２及びＨａｏ３、Ｈａｏ２及びｃ５
５４  ＣｙｃＡ１、Ｈａｏ２及びｃ５５４  ＣｙｃＡ２、Ｈａｏ２及びｃ５５４  Ｃｙｃ
Ａ３、Ｈａｏ２及びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１、Ｈａｏ２及びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２、Ｈ
ａｏ３及びｃ５５４  ＣｙｃＡ１、Ｈａｏ３及びｃ５５４  ＣｙｃＡ２、Ｈａｏ３及びｃ
５５４  ＣｙｃＡ３、Ｈａｏ３及びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１、Ｈａｏ３及びｃＭ５５２  
ＣｙｃＢ２、ｃ５５４  ＣｙｃＡ１及びｃ５５４  ＣｙｃＡ２、ｃ５５４  ＣｙｃＡ１及
びｃ５５４  ＣｙｃＡ３、ｃ５５４  ＣｙｃＡ１及びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１、ｃ５５４
ＣｙｃＡ１及びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２、ｃ５５４  ＣｙｃＡ２及びｃ５５４  Ｃｙｃ
Ａ３、ｃ５５４  ＣｙｃＡ２及びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１、ｃ５５４  ＣｙｃＡ２及びｃ
Ｍ５５２  ＣｙｃＢ２、ｃ５５４  ＣｙｃＡ３及びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１、ｃ５５４  
ＣｙｃＡ３及びｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２、またはｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１及びｃＭ５５２
ＣｙｃＢ２であり得る。
【００２６】
いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、少なくとも３個の遺伝子、例えば、
表２に列記される少なくとも３個（例えば、４個、５個、６個、７個、８個、９個、１０
個、１１個、１２個、１３個、１４個、またはすべて）の遺伝子に、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈ
ａ株Ｃ９１に対する突然変異を含む。これらの３個の遺伝子は、例えば、ＡｍｏＡ１及び
ＡｍｏＡ２及びＡｍｏＡ３、ＡｍｏＣ１及びＡｍｏＣ２及びＡｍｏＣ３、またはＨａｏ１
及びＨａｏ２及びＨａｏ３であり得る。
【００２７】
いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１等の
野生型細菌に対する少なくとも１つの構造的差異、例えば、少なくとも１つの突然変異を
含む。いくつかの実施形態では、本細菌または調製物は、本明細書に記載の一対のプライ
マー、例えば、配列番号６４の配列を含むプライマー及び配列番号６５の配列を含むプラ
イマーを使用して増幅され得る核酸を含む。いくつかの実施形態では、本細菌または調製
物は、図６、７、若しくは８の遺伝子または図６、７、若しくは８の遺伝子によってコー
ドされるタンパク質と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９
９．５％、若しくは１００％同一の核酸またはタンパク質を含む。いくつかの実施形態で
は、本細菌または調製物は、配列番号６４〜６６のうちのいずれかの配列または配列番号
６４〜６６のうちのいずれかの配列によってコードされるタンパク質と少なくとも８０％
、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、若しくは１００％同一の核酸
またはタンパク質を含む。
【００２８】
いくつかの態様では、本開示は、とりわけ、アンモニアモノオキシゲナーゼ遺伝子、ヒ
ドロキシルアミンオキシドレダクターゼ遺伝子、シトクロムｃ５５４遺伝子、またはシト
クロムｃｍ５５２遺伝子に突然変異を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製さ
れた調製物を提供する。この突然変異は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１等の野生型細菌
に対するものであり得る。この突然変異は、ａｍｏＡ１遺伝子、ａｍｏＡ２遺伝子、ａｍ
ｏＢ１遺伝子、ａｍｏＢ２遺伝子、及びａｍｏＣ３遺伝子のうちの１つ以上においてであ
り得る。本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物は、本明細書に記載
の位置、例えば、表２に記載の位置に突然変異を有し得る。本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌
、またはその精製された調製物は、突然変異を有し得、前記突然変異は、本明細書に記載
の突然変異、例えば、表２に記載の突然変異である。
【００２９】
いくつかの実施形態では、この突然変異は、ｈａｏ１遺伝子、ｈａｏ２遺伝子、または
ｈａｏ３遺伝子のうちの１つ以上においてであり得る。本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、ま
たはその精製された調製物は、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位置に突然
変異を有し得る。本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物は、突然変
異を有し得、前記突然変異は、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載の突然変
異である。
【００３０】
いくつかの実施形態では、この突然変異は、ｃ５５４  ｃｙｃＡ１遺伝子、ｃ５５４  
ｃｙｃＡ２遺伝子、及びｃ５５４  ｃｙｃＡ３遺伝子のうちの１つ以上においてであり得
る。本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物は、本明細書に記載の位
置、例えば、表２に記載の位置に突然変異を有し得る。本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、ま
たはその精製された調製物は、突然変異を有し得、前記突然変異は、本明細書に記載の突
然変異、例えば、表２に記載の突然変異である。
【００３１】
いくつかの実施形態では、この突然変異は、ｃＭ５５２  ｃｙｃＢ１遺伝子及びｃＭ５
５２  ｃｙｃＢ２遺伝子のうちの１つ以上においてであり得る。本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
細菌、またはその精製された調製物は、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位
置に突然変異を有し得る。本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物は
、突然変異を有し得、前記突然変異は、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載
の突然変異である。
【００３２】
ある特定の態様では、前４段落に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製さ
れた調製物は、以下から選択される少なくとも１つの特性を有するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
細菌、例えば、最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ、例えば、精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏ
ｐｈａ調製物に基づき得る：
最適化成長速度、
最適化ＮＨ４＋酸化速度、及び
アンモニウムイオン（ＮＨ４＋）に対する最適化耐性。
【００３３】
ある特定の態様では、前５段落に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製さ
れた調製物は、ａｍｏＡ１遺伝子、ａｍｏＡ２遺伝子、ａｍｏＢ１遺伝子、ａｍｏＢ２遺
伝子、ａｍｏＣ３遺伝子、ｈａｏ１遺伝子、ｈａｏ２遺伝子、ｈａｏ３遺伝子、ｃ５５４
ｃｙｃＡ１遺伝子、ｃ５５４  ｃｙｃＡ２遺伝子、ｃ５５４  ｃｙｃＡ３遺伝子、ｃＭ
５５２  ｃｙｃＢ１遺伝子、及びｃ５５４  ｃｙｃＢ２遺伝子のうちの１つ以上の少なく
とも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１
７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０
、３１、３２、３３、３４、または３５個の位置に突然変異を有し得る。
【００３４】
いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌は、最適化成長速度、例えば、
本明細書に記載の最適化成長速度、及び構造的差異、例えば、突然変異（例えば、Ｎ．ｅ
ｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１等の野生型株に対する）、例えば、本明細書に記載の突然変異、
例えば、表２の突然変異を有する。いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細
菌は、最適化ＮＨ４＋酸化速度、例えば、本明細書に記載の最適化ＮＨ４＋酸化速度、及
び構造的差異、例えば、突然変異（例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１等の野生型株
に対する）、例えば、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２の突然変異を有する。い
くつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌は、ＮＨ４＋に対する最適化耐性、
例えば、本明細書に記載のＮＨ４＋に対する最適化耐性、及び構造的差異、例えば、突然
変異（例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１等の野生型株に対する）、例えば、本明細
書に記載の突然変異、例えば、表２の突然変異を有する。
【００３５】
いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌は、本明細書に記載の一対のプ
ライマー、例えば、配列番号６４の配列を含むプライマー及び配列番号６５の配列を含む
プライマーを使用して増幅され得る核酸を含む。
【００３６】
ある特定の態様では、本開示は、高ストリンジェンシーで配列番号１にハイブリダイズ
する染色体を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）を提供する。
【００３７】
複数の実施形態では、この染色体は、非常に高いストリンジェンシーで配列番号１にハ
イブリダイズする。複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なも
のである）は、図６〜８の１個以上の遺伝子（例えば、図６、７、及び８のうちのいずれ
か１つ以上の１０、２０、３０、４０、５０、１００個、またはすべての遺伝子）と少な
くとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、または１００％同
一の遺伝子を含む。
【００３８】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）は、Ｓ
ｔｅｉｎ  ｅｔ  ａｌ．Ｗｈｏｌｅ−ｇｅｎｏｍｅ  ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  ｔｈｅ  
ａｍｍｏｎｉａ−ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ  ｂａｃｔｅｒｉｕｍ，Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ
ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｃ９１：ｉｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  ｆｏｒ  ｎｉｃｈｅ  ａｄａ
ｐｔａｔｉｏｎ．Ｅｎｖｉｒｏｎｍｅｎｔａｌ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ（２００７）
９（１２），２９９３−３００７によって記載されるように、配列番号２（ｐＮｅｕｔ１
）または配列番号３（ｐＮｅｕｔ２）と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、
９７％、９８％、９９％、または１００％同一のいずれのプラスミドも欠く。複数の実施
形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（任意に純粋なものである）は、配列番号２または配
列番号３のプラスミド上に存在する１個以上の遺伝子を欠く。例えば、本Ｎ．ｅｕｔｒｏ
ｐｈａ（任意に純粋なものである）は、ｐＮｅｕｔ１及びｐＮｅｕｔ２のうちのいずれか
一方またはそれらの両方上に存在する少なくとも２、３、４、５、１０、１５、または２
０個の遺伝子を欠き得る。ｐＮｅｕｔ１が５５個のタンパク質コード配列を含む一方で、
ｐＮｅｕｔＰ２は、５２個のタンパク質コード配列を含む。複数の実施形態では、本Ｎ．
ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）は、いずれのプラスミドも欠く。
【００３９】
ある特定の態様では、本開示は、配列番号７と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏＡ
１遺伝子及び配列番号１３と少なくとも約９８．８％同一のａｍｏＡ２遺伝子のうちの１
つ以上を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）を提供する。
【００４０】
ある特定の態様では、本開示は、配列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ
１タンパク質及び配列番号１２と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質の
うちの１つ以上を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）を提供する
。
【００４１】
ある特定の態様では、本開示は、配列番号９と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ
１遺伝子及び配列番号１５と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ２遺伝子のうちの１
つ以上を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）を提供する。
【００４２】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）は、配
列番号７または１３と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏＡ１またはａｍｏＡ２遺伝子
のうちの１つ以上をさらに含む。
【００４３】
ある特定の態様では、本開示は、配列番号８と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ
１タンパク質及び配列番号１４と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質の
うちの１つ以上を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）を提供する
。
【００４４】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）は、配
列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ１タンパク質及び配列番号１２と少な
くとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質のうちの１つ以上をさらに含む。
【００４５】
ある特定の態様では、本開示は、配列番号５と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ
１遺伝子、配列番号１１と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ２遺伝子、及び配列番
号１７と少なくとも約９９．０％同一のａｍｏＣ３遺伝子のうちの１つ以上を含むＮ．ｅ
ｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）を提供する。
【００４６】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）は、配
列番号７と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏＡ１遺伝子、配列番号１３と少なくとも
約９８．９％同一のａｍｏ２遺伝子、配列番号９と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏ
Ｂ１遺伝子、及び配列番号１５と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ２遺伝子のうち
の１つ以上をさらに含む。
【００４７】
ある特定の態様では、本開示は、配列番号１６と少なくとも約９９．４％同一のＡｍｏ
Ｃ３タンパク質を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）を提供する
。
【００４８】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）は、配
列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ１タンパク質、配列番号１２と少なく
とも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質、配列番号８と少なくとも約９９．６％同
一のＡｍｏＢ１タンパク質、及び配列番号１４と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ
１タンパク質のうちの１つ以上をさらに含む。
【００４９】
ある特定の態様では、本開示は、配列番号１９と少なくとも約９９．１％同一のｈａｏ
１遺伝子、配列番号２１と少なくとも約９９．５％同一のｈａｏ２遺伝子、及び配列番号
２３と少なくとも約９９．３％同一のｈａｏ３遺伝子のうちの１つ以上を含むＮ．ｅｕｔ
ｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）を提供する。
【００５０】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）は、配
列番号７と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏＡ１遺伝子、配列番号１３と少なくとも
約９８．９％同一のａｍｏ２遺伝子、配列番号９と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏ
Ｂ１遺伝子、配列番号１５と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ２遺伝子、配列番号
５と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ１遺伝子、配列番号１１と少なくとも約９９
．９％同一のａｍｏＣ２遺伝子、及び配列番号１７と少なくとも約９９．０％同一のａｍ
ｏＣ３遺伝子のうちの１つ以上をさらに含む。
【００５１】
ある特定の態様では、本開示は、配列番号１８と少なくとも約９９．６％同一のＨａｏ
１タンパク質、配列番号２０と少なくとも約９９．７％同一のＨａｏ２タンパク質、及び
配列番号２２と少なくとも約９９．７％同一のＨａｏ３タンパク質のうちの１つ以上を含
むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）を提供する。
【００５２】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）は、配
列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ１タンパク質、配列番号１２と少なく
とも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質、配列番号８と少なくとも約９９．６％同
一のＡｍｏＢ１タンパク質、配列番号１４と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タ
ンパク質、または配列番号１６と少なくとも約９９．４％同一のＡｍｏＣ３タンパク質を
さらに含む。
【００５３】
ある特定の態様では、本開示は、配列番号２５と少なくとも約９８．１％同一のｃｙｃ
Ａ１遺伝子、配列番号２７と少なくとも約９８．８％同一のｃｙｃＡ２遺伝子、及び配列
番号２８と少なくとも約９９．４％同一のｃｙｃＡ３遺伝子のうちの１つ以上を含むＮ．
ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）を提供する。
【００５４】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）は、配
列番号７と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏＡ１遺伝子、配列番号１３と少なくとも
約９８．９％同一のａｍｏ２遺伝子、配列番号９と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏ
Ｂ１遺伝子、配列番号１５と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ２遺伝子、配列番号
５と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ１遺伝子、配列番号１１と少なくとも約９９
．９％同一のａｍｏＣ２遺伝子、配列番号１７と少なくとも約９９．０％同一のａｍｏＣ
３遺伝子、配列番号１９と少なくとも約９９．１％同一のｈａｏ１遺伝子、配列番号２１
と少なくとも約９９．５％同一のｈａｏ２遺伝子、及び配列番号２３と少なくとも約９９
．３％同一のｈａｏ３遺伝子のうちの１つ以上をさらに含む。
【００５５】
ある特定の態様では、本開示は、配列番号２４と少なくとも約９９．２％同一のＣｙｃ
Ａ１タンパク質、配列番号２６と少なくとも約９９．７％同一のＣｙｃＡ２タンパク質、
及び配列番号２８と少なくとも約９９．７％同一のＣｙｃＡ３タンパク質のうちの１つ以
上を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）を提供する。
【００５６】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）は、配
列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ１タンパク質、配列番号１２と少なく
とも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質、配列番号８と少なくとも約９９．６％同
一のＡｍｏＢ１タンパク質、配列番号１４と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タ
ンパク質、配列番号１６と少なくとも約９９．４％同一のＡｍｏＣ３タンパク質、配列番
号１８と少なくとも約９９．６％同一のＨａｏ１タンパク質、配列番号２０と少なくとも
約９９．７％同一のＨａｏ２タンパク質、及び配列番号２２と少なくとも約９９．７％同
一のＨａｏ３タンパク質のうちの１つ以上をさらに含む。
【００５７】
ある特定の態様では、本開示は、配列番号３１と少なくとも約９６．８％同一のｃｙｃ
Ｂ１遺伝子及び配列番号３３と少なくとも約９７．２％同一のｃｙｃＢ２遺伝子のうちの
１つ以上を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）を提供する。
【００５８】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）は、配
列番号７と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏＡ１遺伝子、配列番号１３と少なくとも
約９８．９％同一のａｍｏ２遺伝子、配列番号９と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏ
Ｂ１遺伝子、配列番号１５と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ２遺伝子、配列番号
５と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ１遺伝子、配列番号１１と少なくとも約９９
．９％同一のａｍｏＣ２遺伝子、配列番号１７と少なくとも約９９．０％同一のａｍｏＣ
３遺伝子、配列番号１９と少なくとも約９９．１％同一のｈａｏ１遺伝子、配列番号２１
と少なくとも約９９．５％同一のｈａｏ２遺伝子、配列番号２３と少なくとも約９９．３
％同一のｈａｏ３遺伝子、配列番号２５と少なくとも約９８．１％同一のｃｙｃＡ１遺伝
子、配列番号２７と少なくとも約９８．８％同一のｃｙｃＡ２遺伝子、及び配列番号２８
と少なくとも約９９．４％同一のｃｙｃＡ３遺伝子のうちの１つ以上をさらに含む。
【００５９】
ある特定の態様では、本開示は、配列番号３０と少なくとも約９７．２％同一のＣｙｃ
Ｂ１タンパク質または配列番号３２と少なくとも約９８．８％同一のＣｙｃＢ２タンパク
質のうちの１つ以上を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）を提供
する。
【００６０】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）は、配
列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ１タンパク質、配列番号１２と少なく
とも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質、配列番号８と少なくとも約９９．６％同
一のＡｍｏＢ１タンパク質、配列番号１４と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タ
ンパク質、配列番号１６と少なくとも約９９．４％同一のＡｍｏＣ３タンパク質、配列番
号１８と少なくとも約９９．６％同一のＨａｏ１タンパク質、配列番号２０と少なくとも
約９９．７％同一のＨａｏ２タンパク質、配列番号２２と少なくとも約９９．７％同一の
Ｈａｏ３タンパク質、配列番号２４と少なくとも約９９．２％同一のＣｙｃＡ１タンパク
質、配列番号２６と少なくとも約９９．７％同一のＣｙｃＡ２タンパク質、及び配列番号
２８と少なくとも約９９．７％同一のＣｙｃＡ３タンパク質のうちの１つ以上をさらに含
む。
【００６１】
ある特定の態様では、本開示は、配列番号５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９
、２１、２３、２５、２７、２９、３１、及び３３による１つ以上の遺伝子を含むＮ．ｅ
ｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）を提供する。
【００６２】
ある特定の態様では、本開示は、配列番号４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８
、２０、２２、２４、２６、２８、３０、及び３２による１つ以上のタンパク質を含むＮ
．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）を提供する。
【００６３】
ある特定の態様では、本開示は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の表２に列記されるア
ミノ酸位置のうちの少なくとも１、２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、３０個、
またはすべてに対する突然変異体であるタンパク質を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任
意に純粋なものである）を提供する。
【００６４】
ある特定の態様では、本開示は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の表２に列記されるア
ミノ酸位置のすべてに対する突然変異体であるタンパク質を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細
菌（任意に純粋なものである）を提供する。
【００６５】
ある特定の態様では、本開示は、株Ｄ２３のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋な
ものである）を提供し、ＡＯＢ  Ｄ２３−１００と指定される前記細菌の２５個のバイア
ルが、２０１４年４月８日にＡＴＣＣ受託番号ＰＴＡ−１２１１５７でＡＴＣＣ特許寄託
局に寄託されている。
【００６６】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）は、ト
ランスジェニックである。
【００６７】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）は、最
適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性から選択され
る少なくとも１つの特性を有する。
【００６８】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）は、最
適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性から選択され
る少なくとも２つの特性を有する。
【００６９】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（任意に純粋なものである）は、最
適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性を有する。
【００７０】
複数の実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３
）は、細菌、他のアンモニア酸化細菌、真菌、ウイルス、若しくは病原体（例えば、動物
病原体、例えば、ヒト病原体）、またはそれらの任意の組み合わせを実質的に含まない。
【００７１】
ある特定の態様では、本開示は、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば
、株Ｄ２３）を含む組成物であって、他の生物を実質的に含まない、組成物を提供する。
【００７２】
ある特定の態様では、本開示は、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば
、株Ｄ２３）を含み、第２の生物（例えば、第２の株または種）をさらに含む組成物であ
って、他の生物（例えば、株または種）を実質的に含まない、組成物を提供する。複数の
実施形態では、第２の生物は、アンモニア酸化細菌である。複数の実施形態では、第２の
生物は、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｓｐ
ｒｉａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｙｓｔｉｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｌｏｂｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｖｉ
ｂｒｉｏ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、及びＢｉｆｉｄ
ｏｂａｃｔｅｒ、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される。
【００７３】
本開示は、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３）を含み、
（例えば、他の株または種の）第２及び第３の生物をさらに含む組成物であって、他の生
物（例えば、株または種）を実質的に含まない、組成物も提供する。本開示は、本明細書
に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３）を含み、（例えば、他の株また
は種）の２、３、４、５、６、７、８、９、または１０個の他の生物をさらに含む組成物
であって、他の生物（例えば、株または種）を実質的に含まない、組成物も提供する。
【００７４】
いくつかの態様では、本開示は、少なくとも約０．１、０．１５、０．２、０．２５、
０．３、０．３５、０．４、０．４５、０．５、０．６、０．７、または０．８のＯＤ６
００を有するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌の活発に分裂する培養物の細胞懸濁液を含む組成
物であって、他の生物を実質的に含まない、組成物を提供する。
【００７５】
いくつかの態様では、本開示は、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば
、株Ｄ２３）と、局所投与に好適な薬学的または美容的に許容される賦形剤と、を含む、
局所投与用の組成物を提供する。複数の実施形態では、本組成物は、他の生物を実質的に
含まない。複数の実施形態では、本組成物は、（例えば、別の株または種の）第２の生物
をさらに含む。複数の実施形態では、本組成物は、（例えば、他の株または種の）２、３
、４、５、６、７、８、９、または１０個の他の生物をさらに含む。第２の生物は、例え
ば、アンモニア酸化細菌であり得る。複数の実施形態では、第２の生物は、Ｎｉｔｒｏｓ
ｏｍｏｎａｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｓｐｒｉａ、Ｎｉｔｒｏｓ
ｏｃｙｓｔｉｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｌｏｂｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｖｉｂｒｉｏ、Ｌａｃｔｏ
ｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、及びＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒ、なら
びにそれらの組み合わせからなる群から選択される。
【００７６】
複数の実施形態では、本組成物は、粉末、化粧品、クリーム、スティック、エアロゾル
、軟膏、ワイプ、または包帯である。複数の実施形態では、本組成物は、保湿剤、脱臭剤
、芳香剤、着色剤、防虫剤、クレンジング剤、または紫外線遮断剤をさらに含む。複数の
実施形態では、賦形剤は、抗接着剤、結合剤、被覆剤、崩壊剤、充填剤、香味料、色、滑
沢剤、滑剤、吸着剤、防腐剤、または甘味料である。複数の実施形態では、本組成物中の
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａの濃度は、約１０１１〜１０１３ＣＦＵ／Ｌである。複数の実施形
態では、本組成物中のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの濃度は、約１０９ＣＦＵ／ｍｌである。複
数の実施形態では、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａと薬学的賦形剤の質量比は、約０．１グラム／
Ｌ〜約１００グラム／Ｌであり得る。いくつかの実施形態では、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａと
薬学的賦形剤の質量比は、１グラム／Ｌである。
【００７７】
いくつかの態様では、本組成物及び／または賦形剤は、液体、固体、またはゲルのうち
の１つ以上の形態であり得る。例えば、液体懸濁液としては、水、生理食塩水、リン酸緩
衝生理食塩水、またはアンモニア酸化貯蔵緩衝液が挙げられ得るが、これらに限定されな
い。ゲル製剤としては、寒天、シリカ、ポリアクリル酸（例えば、Ｃａｒｂｏｐｏｌ（登
録商標））、カルボキシメチルセルロース、デンプン、グアーガム、アルギン酸塩、また
はキトサンが挙げられ得るが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、本製剤
には、塩化アンモニウムまたは硫酸アンモニウムを含むが、これらに限定されないアンモ
ニア源が補充されていても良い。
いくつかの態様では、本開示は、例えば、約１０１１ＣＦＵ／Ｌ、１０１２ＣＦＵ／Ｌ、
１０１３ＣＦＵ／Ｌで、少なくとも約１０、２０、５０、１００、２００、５００、１，
０００、２，０００、または１０，０００Ｌの本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細
菌（例えば、株Ｄ２３）を含む組成物を提供する。いくつかの実施形態では、本組成物は
、少なくとも約１０９ＣＦＵ／Ｌ、１０１０ＣＦＵ／Ｌ、１０１１ＣＦＵ／Ｌ、または１
０１２ＣＦＵ／Ｌの濃度である。いくつかの態様では、本開示は、例えば、粉末等の乾燥
製剤として、少なくとも約１、２、５、１０、２０、５０、１００、２００、または５０
０ｇの本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む組成物を提供する。
【００７８】
いくつかの態様では、本開示は、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株
Ｄ２３）を含む衣料品を提供する。複数の実施形態では、衣料品は、パッケージングされ
る。複数の実施形態では、衣料品は、ガス交換に対して耐性のある材料または水に対して
耐性のある材料中にパッケージングされる。衣料品は、例えば、皮膚障害の治療若しくは
予防、低亜硝酸塩レベルに関連する疾患若しくは状態の治療若しくは予防、体臭の治療若
しくは予防、一酸化窒素を対象に供給するための治療、または微生物成長を阻害するため
の治療のうちの１つ以上を提供する濃度で提供され得る。
【００７９】
いくつかの態様では、本開示は、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株
Ｄ２３）を含む布を提供する。
【００８０】
いくつかの態様では、本開示は、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株
Ｄ２３）を含む編み糸を提供する。
【００８１】
いくつかの態様では、本開示は、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株
Ｄ２３）を含む縫い糸を提供する。
【００８２】
いくつかの態様では、本開示は、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮ
Ｈ４＋に対する最適化耐性を有する（任意に純粋な）Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を得る、
例えば、製造する方法であって、
（ａ）最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性
のうちの１つ以上を選択する条件下で本細菌を培養し、それにより培養物を生成すること
と、
（ｂ）最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性
についてこの培養物由来の試料を試験することと、
（ｃ）最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性
を有する細菌が得られるまで、培養ステップ及び試験ステップを繰り返すことと、を含む
、方法を提供する。
【００８３】
複数の実施形態では、本方法は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を土壌または個体の皮膚等
の源から得るステップを含む。複数の実施形態では、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸
化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上（例えば、２つまたは３つ
）を選択する条件下で本細菌を培養することは、約２００ｍＭのＮＨ４＋を含むＮ．ｅｕ
ｒｏｐａｅａ培地で本細菌を培養することを含む。複数の実施形態では、本方法は、純粋
培養物を作製するステップを含む。複数の実施形態では、本方法は、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐ
ｈａを少なくとも１つの他の種類のアンモニア酸化細菌と一緒に共培養するステップを含
む。複数の実施形態では、ステップ（ａ）のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、最適化成長速度、
最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性を欠く。複数の実施形態では
、ステップ（ｃ）は、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する
最適化耐性のうちの少なくとも２つを有する細菌が得られるまで、培養ステップ及び試験
ステップを繰り返すことを含む。
【００８４】
いくつかの態様では、本開示は、上述の方法によって生成される本明細書に記載のＮ．
ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３）を提供する。
【００８５】
いくつかの態様では、本開示は、（任意に純粋な）Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ調製物を試験
する方法であって、
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうち
の１つ以上について本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａをアッセイすることと、
本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４
＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上を有する場合、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを許容さ
れるものとして分類することと、を含む、方法を提供する。
【００８６】
複数の実施形態では、本方法は、汚染生物について本調製物を試験するステップをさら
に含む。複数の実施形態では、本方法は、本調製物から試料を取り出すステップと、この
試料に対する試験を行うステップと、をさらに含む。複数の実施形態では、本方法は、本
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが培養される培地を試験することをさらに含む。複数の実施形態で
は、本方法は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを本調製物からパッケージにパッケージングするこ
とをさらに含む。複数の実施形態では、本方法は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを本調製物から
商業化することをさらに含む。
【００８７】
いくつかの態様では、本開示は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを生成する、例えば、製造する
方法であって、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを培養培地と接触させることと、少なくとも約０．
３、０．４、０．５、０．６、０．７、または０．８のＯＤ６００が到達されるまで、本
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを培養することと、を含む、方法を提供する。いくつかの実施形態
では、本方法は、約０．３〜０．４、０．４〜０．５、０．５〜０．６、０．６〜０．７
、または０．７〜０．８のＯＤ６００が到達されるまで、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを培養
することを含む。
【００８８】
複数の実施形態では、本方法は、汚染生物について本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ及び本培養
培地をアッセイすることをさらに含む。複数の実施形態では、本方法は、最適化成長速度
、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上（例え
ば、２つまたは３つ）について本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａをアッセイすることをさらに含む
。複数の実施形態では、本方法は、例えば、約１０１２ＣＦＵ／Ｌで、少なくとも少なく
とも約１０、２０、５０、１００、２００、５００、１，０００、２，０００、５，００
０、または１０，０００Ｌ／日のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを生成することを含む。いくつか
の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、約１０９、１０１０、１０１１、１０１２
、１０１３、または１０１４ＣＦＵ／Ｌの濃度である。いくつかの実施形態では、本Ｎ．
ｅｕｔｒｏｐｈａは、最小約１０９、１０１０、１０１１、１０１２、１０１３、または
１０１４ＣＦＵ／Ｌの濃度である。
【００８９】
いくつかの態様では、本開示は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを生成する、例えば、製造する
方法であって、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを培養培地と接触させることと、約１０１２ＣＦＵ
／Ｌで約少なくとも約１，０００ＬのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａが生成されるまで、本Ｎ．ｅ
ｕｔｒｏｐｈａを培養することと、を含む、方法を提供する。
【００９０】
複数の実施形態では、本方法は、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮ
Ｈ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上（例えば、２つまたは３つ）について本Ｎ．
ｅｕｔｒｏｐｈａをアッセイするステップをさらに含む。
【００９１】
複数の実施形態では、本方法は、汚染生物について本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａまたは本培
養培地を試験するステップをさらに含む。複数の実施形態では、本培養培地と接触するＮ
．ｅｕｔｒｏｐｈａは、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対
する最適化耐性のうちの１つ以上（例えば、２つまたは３つ）を有するＮ．ｅｕｔｒｏｐ
ｈａである。
【００９２】
いくつかの態様では、本開示は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを生成する、例えば、製造する
方法であって、
（ａ）Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを培養培地と接触させることと、
（ｂ）培養物が約０．５〜０．６のＯＤ６００に到達するまで、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈ
ａを１〜２日間培養し、それにより本培養物を作製することと、を含む、方法を提供する。
【００９３】
複数の実施形態では、本方法は、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮ
Ｈ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上について本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａをアッセイ
するステップをさらに含む。複数の実施形態では、本方法は、汚染生物、例えば、細菌、
ウイルス、真菌、若しくは病原体、またはそれらの組み合わせについて本培養物を試験す
るステップをさらに含む。複数の実施形態では、ステップ（ａ）のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
は、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のう
ちの１つ以上（例えば、２つまたは３つ）を有するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａである。複数の
実施形態では、本方法は、約１０１２ＣＦＵ／Ｌで少なくとも少なくとも約１，０００Ｌ
／日のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを生成することを含む。
【００９４】
いくつかの態様では、本開示は、上述の方法によって生成されるＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
細菌を提供する。
【００９５】
複数の実施形態では、上述の方法によって作製されるＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ調製物。い
くつかの態様では、本調製物は、約０．１ミリグラム〜約１００ミリグラム（ｍｇ）のＮ
．ｅｕｔｒｏｐｈａを含み得る。
【００９６】
いくつかの態様では、約０．５〜約０．６の光学密度のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む反
応混合物が提供され得る。いくつかの態様では、本開示は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを有す
る衣料を生成する方法であって、衣料品を本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例え
ば、株Ｄ２３）と接触させることを含む、方法を提供する。
【００９７】
複数の実施形態では、本方法は、少なくとも１０、１００、または１０００個の衣料品
を作成することを含む。複数の実施形態では、本方法は、本衣料品を少なくとも１０１０
ＣＦＵのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａと接触させることを含む。複数の実施形態では、本方法は
、本衣料をパッケージングすることをさらに含む。
【００９８】
ある特定の態様では、本開示は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａの製剤を得る方法であって、本
明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株Ｄ２３）を薬学的または美容的に許容
される賦形剤と接触させることを組み合わせる、方法を提供する。
【００９９】
複数の実施形態では、本方法は、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａと賦形剤を混合することをさ
らに含む。複数の実施形態では、本方法は、汚染生物、例えば、細菌、ウイルス、真菌、
または病原体を実質的に含まない条件下で行われる。
【０１００】
ある特定の態様では、本開示は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａをパッケージングする方法であ
って、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株Ｄ２３）をパッケージに組み
合わせることを含む、方法を提供する。
【０１０１】
複数の実施形態では、このパッケージは、ガス交換に対して耐性があるか、または水に
対して耐性がある。複数の実施形態では、このパッケージは、ガス交換、ＮＨ３、ＮＨ４
＋、またはＮＯ２−に対して透過性である。
【０１０２】
ある特定の態様では、本開示は、対象の皮膚上での微生物成長を阻害する方法であって
、それを必要とする対象に有効用量の本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例え
ば、株Ｄ２３）を局所投与することを含む、方法を提供する。
【０１０３】
複数の実施形態では、この有効用量は、およそ１×１０９ＣＦＵ、２×１０９ＣＦＵ、
５×１０９ＣＦＵ、１×１０１０ＣＦＵ、１．５×１０１０ＣＦＵ、２×１０１０ＣＦＵ
、５×１０１０ＣＦＵ、または１×１０１１ＣＦＵである。複数の実施形態では、この有
効用量は、少なくとも約１×１０９ＣＦＵ、２×１０９ＣＦＵ、５×１０９ＣＦＵ、１×
１０１０ＣＦＵ、１．５×１０１０ＣＦＵ、２×１０１０ＣＦＵ、５×１０１０ＣＦＵ、
または１×１０１１ＣＦＵである。複数の実施形態では、この有効用量は、およそ１×１
０９ＣＦＵ〜２×１０９ＣＦＵ、２×１０９ＣＦＵ〜５×１０９ＣＦＵ、５×１０９ＣＦ
Ｕ〜１×１０１０ＣＦＵ、１×１０１０ＣＦＵ〜１．５×１０１０ＣＦＵ、１×１０１０
ＣＦＵ〜２×１０１０ＣＦＵ、１．５×１０１０ＣＦＵ〜２×１０１０ＣＦＵ、２×１０
１０ＣＦＵ〜５×１０１０ＣＦＵ、または５×１０１０ＣＦＵ〜１×１０１１ＣＦＵであ
る。複数の実施形態では、本細菌は、約１×１０８、２×１０８、５×１０８、１×１０
９、２×１０９、５×１０９、または１×１０１０ＣＦＵ／ｍｌの濃度で投与される。複
数の実施形態では、本細菌は、少なくとも約１×１０８、２×１０８、５×１０８、１×
１０９、２×１０９、５×１０９、または１×１０１０ＣＦＵ／ｍｌの濃度で投与される
。複数の実施形態では、本細菌は、約１×１０８〜２×１０８、２×１０８〜５×１０８
、５×１０８〜１×１０９、１×１０９〜２×１０９、２×１０９〜５×１０９、または
５×１０９〜１×１０１０ＣＦＵ／ｍｌの濃度で投与される。複数の実施形態では、投与
は、１日２回行われる。複数の実施形態では、対象は、ヒトである。複数の実施形態では
、阻害される微生物成長は、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ若しくはＳ
ｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ若しくはＳＡ）、Ｓｔｒ
ｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ（Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ若しくはＳＰ）、また
はＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ（Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ若しくは
ＡＢ）の成長である。
【０１０４】
ある特定の態様では、本開示は、一酸化窒素を対象に供給する方法であって、有効用量
の本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３）を対象に近接近して
位置付けることを含む、方法を提供する。
【０１０５】
ある特定の態様では、本開示は、体臭を軽減する方法であって、それを必要とする対象
に有効用量の本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３）を局所投
与することを含む、方法を提供する。
【０１０６】
ある特定の態様では、本開示は、低亜硝酸塩レベルに関連する疾患を治療する方法であ
って、それを必要とする対象に治療上有効用量の本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
細菌（例えば、株Ｄ２３）を局所投与することを含む、方法を提供する。
【０１０７】
複数の実施形態では、この疾患は、ＨＩＶ皮膚炎、糖尿病性足部潰瘍における感染症、
アトピー性皮膚炎、座瘡、例えば、尋常性座瘡、湿疹、接触性皮膚炎、アレルギー反応、
乾癬、皮膚感染症、血管疾患、膣内イースト菌感染症、性感染疾患、心臓疾患、アテロー
ム性動脈硬化症、禿頭症、糖尿病若しくはベッド拘束に後続する下腿潰瘍、狭心症、特に
慢性安定狭心症、虚血性疾患、うっ血性心不全、心筋梗塞、虚血再灌流傷害、蹄葉炎、高
血圧、肥大性臓器変性、レイノー現象、線維症、線維性臓器変性、アレルギー、自己免疫
性感作、末期腎疾患、肥満、陰萎、または癌である。
【０１０８】
ある特定の態様では、本開示は、皮膚障害を治療する方法であって、それを必要とする
対象に治療上有効用量の本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３
）を局所投与することを含む、方法を提供する。関連態様では、本開示は、皮膚障害等の
障害を治療するために、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３
）を提供する。関連態様では、本開示は、薬剤、例えば、皮膚障害の治療用の薬剤を製造
するために、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３）を提供す
る。
【０１０９】
複数の実施形態では、皮膚障害は、座瘡、例えば、尋常性座瘡、酒さ、湿疹、または乾
癬である。いくつかの実施形態では、皮膚障害は、潰瘍、例えば、静脈性潰瘍、例えば、
下腿潰瘍、例えば、静脈性下腿潰瘍、例えば、糖尿病性足部潰瘍における感染症である。
いくつかの実施形態では、局所投与は、対象をＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ、例えば、本明細書
に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａで事前治療することを含む。いくつかの実施形態では、局
所投与は、皮膚障害の発症前の局所投与を含む。いくつかの実施形態では、局所投与は、
皮膚障害の発症後の局所投与を含む。
【０１１０】
ある特定の態様では、本開示は、創傷治癒または閉鎖を促進する方法であって、創傷に
有効用量の本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３）を投与する
ことを含む、方法を提供する。関連態様では、本開示は、創傷治癒を促進するために、本
明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３）を提供する。関連態様で
は、本開示は、薬剤、例えば、創傷治癒の促進用の薬剤を製造するために、本明細書に記
載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３）を提供する。
【０１１１】
複数の実施形態では、創傷は、１つ以上の望ましくない細菌、例えば、病原菌を含む。
複数の実施形態では、創傷は、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｐ．ａｅ
ｒｏｇｉｎｏｓａ、またはＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉを含む。
【０１１２】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、創傷の発症前に対象に投与される。
複数の実施形態では、創傷に投与することは、創傷の発症前に対象に投与することを含む
。複数の実施形態では、本方法は、創傷の発症後にＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、本明
細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ、例えば、株Ｄ２３）を創傷に投与することをさらに
含む。いくつかの態様では、本開示は、病原菌を死滅させるか、またはその成長を阻害す
る方法であって、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏ
ｐｈａ、例えば、株Ｄ２３）を皮膚と接触させる、例えば、それに塗布することを含む、
方法を提供する。
【０１１３】
複数の実施形態では、この病原菌は、以下の状態：ＨＩＶ皮膚炎、潰瘍、例えば、静脈
性潰瘍、例えば、下腿潰瘍、例えば、静脈性下腿潰瘍、例えば、糖尿病性足部潰瘍におけ
る感染症、アトピー性皮膚炎、座瘡、例えば、尋常性座瘡、湿疹、接触性皮膚炎、アレル
ギー反応、乾癬、蕁麻疹、酒さ、皮膚感染症、血管疾患、膣内イースト菌感染症、性感染
疾患、心臓疾患、アテローム性動脈硬化症、禿頭症、糖尿病若しくはベッド拘束に後続す
る下腿潰瘍、狭心症、特に慢性安定狭心症、虚血性疾患、うっ血性心不全、心筋梗塞、虚
血再灌流傷害、蹄葉炎、高血圧、肥大性臓器変性、レイノー現象、線維症、線維性臓器変
性、アレルギー、自己免疫性感作、末期腎疾患、肥満、陰萎、肺炎、原発性免疫不全、表
皮水疱症、または癌のうちの１つ以上に寄与する。
【０１１４】
複数の実施形態では、状態は、潰瘍、例えば、静脈性潰瘍、例えば、下腿潰瘍、例えば
、静脈性下腿潰瘍、例えば、糖尿病性足部潰瘍における感染症である。複数の実施形態で
は、状態は、静脈性下腿潰瘍である。複数の実施形態では、状態は、座瘡、例えば、尋常
性座瘡である。複数の実施形態では、状態は、尋常性座瘡である。複数の実施形態では、
この病原菌は、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎ
ａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅ
ｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、またはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍ
ａｎｎｉｉのうちの１つ以上である。複数の実施形態では、本方法は、対象が病原菌の死
滅またはその成長の阻害を必要とするかを決定すること、例えば、対象が病原菌の死滅ま
たはその成長の阻害を必要とすることを決定することをさらに含む。複数の実施形態では
、本方法は、病原菌の死滅またはその成長の阻害を必要とする対象を選択することをさら
に含む。
【０１１５】
いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、以下の反応を触媒する。
【０１１６】
中性ｐＨで、約中性のｐＨ条件下でアンモニウムから発生したアンモニアが初期反応基
質である。アンモニアの亜硝酸塩への変換が、以下の通り、それぞれ、アンモニアモノオ
キシゲナーゼ（Ａｍｏ）及びヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼ（Ｈａｏ）によっ
て触媒される２つのステップで行われる。
【化１】
2020156510.tif 000003
【０１１７】
いくつかの例では、反応Ｂは、以下の通り、低ｐＨでの亜硝酸（ＨＮＯ２）形成を示す
と報告される。
【化２】
2020156510.tif 000004
【０１１８】
ある特定の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、バッチ培養条件下で成長した場
合、４、５、６、７、８、９、または１０時間未満、例えば、約８時間、例えば、７〜９
時間または６〜１０時間の倍加時間を有する。いくつかの実施形態では、倍加時間は、バ
ッチ培養条件下で少なくとも３、４、５、または６時間である。いくつかの実施形態では
、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、ケモスタット（すなわち、連続培養）条件下で成長した場
合、１６、１８、２０、２２、２４、または２６時間未満、例えば、約２０時間、例えば
、１９〜２１時間または１８〜２２時間の倍加時間を有する。いくつかの実施形態では、
倍加時間は、ケモスタット条件下で少なくとも１０、１２、１４、１６、または１８時間
である。
【０１１９】
ある特定の実施形態では、約０．１５〜０．１８のＯＤ６００のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
の連続培養物は、約１〜２日で約０．５〜０．６のＯＤ６００に到達することができる。
例えば、いくつかの実施形態では、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａの連続培養物は、約１日にわた
って約０．１５のＯＤ６００から少なくとも０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、
または０．８のＯＤ６００に成長することができ、複数の実施形態では、この培養物は、
約１日にわたって０．４〜０．６または０．３〜０．７の範囲のＯＤに到達することがで
きる。複数の実施形態では、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａの連続培養物は、約２日にわたって約
０．１５のＯＤ６００から少なくとも０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、または
０．８のＯＤ６００まで成長することができ、複数の実施形態では、この培養物は、約２
日にわたって０．４〜０．６または０．３〜０．７の範囲のＯＤに到達することができる
。いくつかの実施形態では、連続培養条件は、約２００ｍＭのＮＨ４＋を任意に含むＮ．
ｅｕｒｏｐａｅａ培地におけるバイオリアクタ内での成長を含む。いくつかの実施形態で
は、連続培養条件は、実施例２に提示される条件である。
【０１２０】
ある特定の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、少なくとも約５０、７５、１２５
、または１５０マイクロモルＮＯ２−／分、例えば、約１００〜１５０、７５〜１７５、
７５〜１２５、１００〜１２５、１２５〜１５０、または１２５〜１７５マイクロモル／
分、例えば、約１２５マイクロモルＮＯ２−／分の速度で、ＮＨ４＋（例えば、約２００
ｍＭ）を亜硝酸塩（例えば、最大約１８０ｍＭに到達）に変換することができる。いくつ
かの実施形態では、反応速度は、２４時間にわたって約１０９ＣＦＵ／ｍｌの約１Ｌケモ
スタット培養物で測定される。
【０１２１】
ある特定の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、少なくとも５０ｍＭ、７５ｍＭ
、１００ｍＭ、１２５ｍＭ、１５０ｍＭ、１７５ｍＭ、２００ｍＭ、２２５ｍＭ、２５０
ｍＭ、２７５ｍＭ、または３００ｍＭ、例えば、約１５０〜２００、１７５〜２２５、２
００〜２５０、２２５〜２７５、２５０〜３００ｍＭ、例えば、約２００ｍＭまたは約２
５０ｍＭのＮＨ４＋（またはＮＨ３）を含む培地で成長することができる。ある特定の実
施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、これらのアンモニウム濃度で、バイオリアクタ
内で成長する。いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａがこれらのアンモニウ
ム濃度で成長する場合、硝酸塩または亜硝酸塩の濃度は、少なくとも６０、８０、１００
、１２０、１４０、１６０、または１８０ｍＭ、例えば、約１４０〜１８０、１６０〜２
００、または１４０〜２００ｍＭ、例えば、約１６０ｍＭまたは１８０ｍＭに到達するこ
とができる。
【０１２２】
ある特定の態様では、本開示は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈ
ａ株Ｄ２３の高密度培養物を提供する。例えば、高密度培養組成物は、少なくとも約０．
１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、または０．７、例えば、約０．２〜０．
６、０．３〜０．６、０．４〜０．６、０．５〜０．６、または０．４〜０．７のＯＤ６
００を有するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌の活発に分裂する培養物の細胞懸濁液を含んでも
良く、本組成物は、他の生物を実質的に含まない。
【０１２３】
いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、４℃で貯蔵された場合、少なく
とも２週間、１ヶ月間、２ヶ月間、３ヶ月間、４ヶ月間、５ヶ月間、または６ヶ月間安定
している。いくつかの実施形態では、貯蔵方法は、Ｎａ２ＨＰＯ４及びＭｇＣｌ２、例え
ば、５０ｍＭのＮａ２ＨＰＯ４及び２ｍＭのＭｇＣｌ２のうちの１つ以上を含む緩衝液、
例えば、実施例２に記載の貯蔵緩衝液中で細胞を再懸濁することを含む。例えば、貯蔵条
件は、実施例２に特定される条件であり得る。いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒ
ｏｐｈａは、４℃で貯蔵する前に、２００ｍＭのＮＨ４＋（ｐＨ６〜８、例えば、７）で
連続して培養される。安定性には、１）生存能力の保持、２）所与のレベルの亜硝酸塩を
生成する能力等の関連特性の保持のうちの１つ以上が含まれ得る。
【０１２４】
ある特定の実施形態では、ＮＨ４＋及びＮＨ３は、本開示を通して同義に使用され得る
。
【０１２５】
本開示は、とりわけ、対象の皮膚マイクロバイオームの組成を変化させる方法を提供す
る。本方法は、アンモニア酸化細菌を含む調製物を皮膚の表面に投与する、例えば、塗布
することを含み、投与、例えば、塗布の量及び頻度は、皮膚の表面上の病原菌の割合を減
少させるのに十分である。
【０１２６】
アンモニア酸化細菌は、いくつかの実施形態では、アンモニアの亜硝酸塩への変換のみ
からエネルギーを発生させる特有の能力を有する偏在性のグラム陰性の偏性化学合成独立
栄養細菌である。
【０１２７】
いくつかの実施形態では、本方法は、皮膚の表面上の病原菌の割合の減少を必要とする
対象に基づいて対象を選択することをさらに含み得る。
【０１２８】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌を含む本調製物は、アンモニア、アンモ
ニウム塩、及び尿素のうちの少なくとも１つを含む。
【０１２９】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌を含む本調製物は、放出制御材料、例え
ば、徐放性材料を含む。
【０１３０】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌調製物は、賦形剤、例えば、薬学的に許
容される賦形剤または美容的に許容される賦形剤のうちの１つを含む。賦形剤、例えば、
薬学的に許容される賦形剤及び美容的に許容される賦形剤のうちの１つは、局所投与、経
鼻投与、肺投与、及び胃腸投与のうちの１つに好適であり得る。賦形剤、例えば、薬学的
に許容される賦形剤及び美容的に許容される賦形剤のうちの１つは、界面活性剤であり得
る。界面活性剤は、コカミドプロピルベタイン（ＣｏｌａＴｅｒｉｃ  ＣＯＡＢ）、ポリ
エチレンソルビトールエステル（例えば、Ｔｗｅｅｎ  ８０）、エトキシ化ラウリルアル
コール（ＲｈｏｄａＳｕｒｆ  ６  ＮＡＴ）、ラウレス硫酸ナトリウム／ラウリルグルコ
シド／コカミドプロピルベタイン（Ｐｌａｎｔａｐｏｎ  ６１１  Ｌ  ＵＰ）、ラウレス
硫酸ナトリウム（例えば、ＲｈｏｄａＰｅｘ  ＥＳＢ  ７０  ＮＡＴ）、アルキルポリグ
ルコシド（例えば、Ｐｌａｎｔａｒｅｎ  ２０００  Ｎ  ＵＰ）、ラウレス硫酸ナトリウ
ム（Ｐｌａｎｔａｒｅｎ  ２００）、Ｄｒ．Ｂｒｏｎｎｅｒのキャスティール石鹸、ラウ
ラミンオキシド（ＣｏｌａＬｕｘ  Ｌｏ）、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、ポリス
ルホン酸アルキルポリグルコシド（ＰｏｌｙＳｕｆａｎａｔｅ  １６０  Ｐ）、ラウリル
硫酸ナトリウム（Ｓｔｅｐａｎｏｌ−ＷＡ  Ｅｘｔｒａ  Ｋ）、及びそれらの任意の組み
合わせからなる群から選択され得る。Ｄｒ．Ｂｒｏｎｎｅｒのキャスティール石鹸は、水
、有機ココナツ油、水酸化カリウム、有機オリーブ油、公正取引有機大麻油、有機ホホバ
油、クエン酸、及びトコフェロールを含む。いくつかの実施形態では、賦形剤は、水、有
機ココナツ油、水酸化カリウム、有機オリーブ油、公正取引有機大麻油、有機ホホバ油、
クエン酸、及びトコフェロールのうちの１つ以上、例えば、すべてを含む。
【０１３１】
いくつかの実施形態では、本調製物は、他の生物を実質的に含まなくても良い。
【０１３２】
いくつかの実施形態では、本調製物は、粉末、化粧品、クリーム、スティック、エアロ
ゾル、軟膏、ワイプ、または包帯中に配置される。本調製物は、粉末、化粧品、クリーム
、スティック、エアロゾル、軟膏、ワイプ、または包帯として提供され得る。
【０１３３】
いくつかの実施形態では、本調製物は、保湿剤、脱臭剤、芳香剤、着色剤、防虫剤、ク
レンジング剤、または紫外線遮断剤を含み得る。
【０１３４】
いくつかの実施形態では、賦形剤、例えば、薬学的に許容される賦形剤または美容的に
許容される賦形剤は、抗接着剤、結合剤、被覆剤、崩壊剤、充填剤、香味料、色、滑沢剤
、滑剤、吸着剤、防腐剤、または甘味料を含み得る。
【０１３５】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌を含む本調製物は、約１０８〜約１０１
４ＣＦＵ／Ｌを含み得る。ある特定の態様では、本調製物は、約１×１０９ＣＦＵ／Ｌ〜
約１０×１０９ＣＦＵ／Ｌを含み得る。
【０１３６】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌を含む本調製物は、約５０ミリグラム（
ｍｇ）〜約１０００ｍｇのアンモニア酸化細菌を含み得る。
【０１３７】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌と賦形剤、例えば、薬学的に許容される
賦形剤または美容的に許容される賦形剤の質量比は、約０．１グラム／Ｌ〜約１グラム／
Ｌの範囲である。
【０１３８】
いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌調製物は、低亜硝酸塩レベルに関連す
る疾患若しくは状態の治療若しくは予防、体臭の治療若しくは予防、一酸化窒素を対象に
供給するための治療、または微生物成長、例えば、病原菌成長を阻害するための治療に有
用である。
【０１３９】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌は、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｎｉｔ
ｒｏｓｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｓｐｒｉａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｙｓｔｉｓ、Ｎｉ
ｔｒｏｓｏｌｏｂｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｖｉｂｒｉｏ、及びそれらの組み合わせからなる
群から選択される。本調製物は、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃ
ｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される生
物をさらに含み得る。ある特定の態様では、本調製物は、アンモニア酸化細菌以外の生物
を実質的に含まない。
【０１４０】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌を含む本調製物は、成長状態のアンモニ
ア酸化細菌を含み得る。いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌を含む本調製物は
、貯蔵状態のアンモニア酸化細菌を含み得る。
【０１４１】
いくつかの実施形態では、本開示の方法を使用して、化粧品製品を提供することができ
る。いくつかの実施形態では、本開示の方法を使用して、治療薬製品を提供することがで
きる。本調製物は、ＨＩＶ皮膚炎、糖尿病性足部潰瘍における感染症、アトピー性皮膚炎
、座瘡、例えば、尋常性座瘡、湿疹、接触性皮膚炎、アレルギー反応、乾癬、蕁麻疹、酒
さ、皮膚感染症、血管疾患、膣内イースト菌感染症、性感染疾患、心臓疾患、アテローム
性動脈硬化症、禿頭症、糖尿病若しくはベッド拘束に後続する下腿潰瘍、狭心症、特に慢
性安定狭心症、虚血性疾患、うっ血性心不全、心筋梗塞、虚血再灌流傷害、蹄葉炎、高血
圧、肥大性臓器変性、レイノー現象、線維症、線維性臓器変性、アレルギー、自己免疫性
感作、末期腎疾患、肥満、陰萎、肺炎、原発性免疫不全、表皮水疱症、または癌のうちの
少なくとも１つの治療に有用であり得る。
【０１４２】
ある特定の態様では、本調製物は、座瘡、例えば、尋常性座瘡、湿疹、乾癬、蕁麻疹、
酒さ、及び皮膚感染症のうちの少なくとも１つの治療に有用であり得る。
【０１４３】
いくつかの実施形態では、本調製物は、容器内に提供され得、本調製物及び本容器は、
約５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、
１０００、１５００、または２０００グラム未満の重量を有する。
【０１４４】
いくつかの実施形態では、本調製物は、約０．１％〜約１０％未満の界面活性剤を有す
る。ある特定の態様では、本調製物は、界面活性剤を実質的に含まなくても良い。
【０１４５】
いくつかの実施形態では、本調製物は、キレート剤を含み得る。いくつかの実施形態で
は、本調製物は、キレート剤を実質的に含まなくても良い。
【０１４６】
いくつかの実施形態では、本方法は、調製物を１日約１、２、３、４、５、６、７、８
、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２
２、２３、または２４回塗布することを含み得る。ある特定の態様では、本調製物は、１
日１回塗布され得る。ある特定の他の態様では、本調製物は、１日２回塗布され得る。
【０１４７】
いくつかの実施形態では、本調製物は、約１〜３、３〜５、５〜７、７〜９、５〜１０
、１０〜１４、１２〜１８、１２〜２１、２１〜２８、２８〜３５、３５〜４２、４２〜
４９、４９〜５６、４６〜６３、６３〜７０、７０〜７７、７７〜８４、または８４〜９
１日間塗布され得る。ある特定の態様では、本調製物は、約１６日間塗布され得る。
【０１４８】
いくつかの実施形態では、本方法は、皮膚の表面から試料を得ることをさらに含み得る
。ある特定の態様では、本方法は、試料中の細菌のＤＮＡを単離することをさらに含み得
る。ある特定の態様では、本方法は、試料中の細菌のＤＮＡを配列決定することをさらに
含み得る。
【０１４９】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌の投与は、表面上の非病原菌の割合の増
加を提供する。ある特定の態様では、非病原菌は、共生非病原菌であり得る。ある特定の
態様では、非病原菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属の共生非病原菌である。ある特
定の態様では、非病原菌は、共生非病原菌Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒ
ｍｉｄｉｓであり得る。
【０１５０】
いくつかの実施形態では、非病原菌Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓの割合は、約１、２
、３、４、５、６、７、８、９、若しくは１０週間後に増加するか、または増加すると特
定される。ある特定の態様では、非病原菌Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒ
ｍｉｄｉｓ  Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓの割合は、約１、２、３、４、５、６、７、
８、９、若しくは１０週間後に増加するか、または増加すると特定される。
【０１５１】
いくつかの実施形態では、潜在的病原性Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａまたは疾患
に関連したＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａは、約１、２、３、４、５、６、７、８、
９、若しくは１０週間後に減少するか、または減少すると特定される。
【０１５２】
いくつかの実施形態では、潜在的病原性Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓまたは疾患
に関連したＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓは、約１、２、３、４、５、６、７、８、
９、若しくは１０週間後に減少するか、または減少すると特定される。
【０１５３】
いくつかの実施形態では、皮膚の表面は、創傷を含む。
【０１５４】
いくつかの実施形態では、座瘡、例えば、尋常性座瘡を治療する方法は、本開示の１つ
以上の方法によって提供され得る。いくつかの実施形態では、湿疹を治療する方法は、本
開示の１つ以上の方法によって提供され得る。いくつかの実施形態では、乾癬を治療する
方法は、本開示の１つ以上の方法によって提供され得る。いくつかの実施形態では、蕁麻
疹を治療する方法は、本開示の１つ以上の方法によって提供され得る。いくつかの実施形
態では、酒さを治療する方法は、本開示の１つ以上の方法によって提供され得る。いくつ
かの実施形態では、皮膚感染症を治療する方法は、本開示の１つ以上の方法によって提供
され得る。いくつかの実施形態では、対象の表面上の望ましくない細菌の量を減少させる
方法が提供される。
【０１５５】
いくつかの実施形態では、本明細書の本方法（例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、例
えば、株Ｄ２３の細菌を、それを必要とする対象に投与する方法）は、対象を抗生物質で
治療することをさらに含む。複数の実施形態では、抗生物質は、テトラサイクリン、リン
コサミド（クリンダマイシン等）、マクロライド（エリスロマイシン等）、アミノグリコ
シド（ゲンタマイシン等）、β−ラクタム（ピペラシリン等）、β−ラクタマーゼ阻害剤
（タゾバクタム等）、またはそれらの任意の組み合わせ（β−ラクタム（ピペラシリン等
）とβ−ラクタマーゼ阻害剤（タゾバクタム等）の組み合わせ等）である。いくつかの実
施形態では、抗生物質は、細菌が感受性を示す抗生物質である。複数の実施形態では、抗
生物質は、細菌が所望の治療効果を達成した後に投与される。複数の実施形態では、抗生
物質は、細菌が耐性を示す抗生物質である。複数の実施形態では、抗生物質は、細菌がそ
の治療効果をもたらす前に、またはもたらしている間に投与される。
【０１５６】
細菌を伴う本明細書の組成物及び方法が複数の細菌も伴い得ることが理解される。例え
ば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を投与する方法は、複数のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を投
与することも伴い得る。
【０１５７】
本開示は、ある特定の態様では、Ｄ２３ゲノム、例えば、本明細書に提供される遺伝子
、例えば、表１、図６〜８、若しくは補足表１に記載の遺伝子の配列、または配列番号６
６、または上述のうちのいずれかの逆相補体からの連続したヌクレオチド（例えば、１５
〜１００個のヌクレオチド）の配列を含む核酸も提供する。関連態様では、本開示は、配
列番号１またはその逆相補体からの連続したヌクレオチド（例えば、１５〜１００個のヌ
クレオチド）の配列を含む核酸を提供する。関連態様では、本開示は、表１の遺伝子（例
えば、配列番号５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、
２９、３１、若しくは３３の配列）、またはその逆相補体からの連続したヌクレオチド（
例えば、１５〜１００個のヌクレオチド）の配列を含む核酸を提供する。
【０１５８】
いくつかの実施形態では、本核酸は、天然には存在しない配列若しくは標識等の別の修
飾、またはそれらの両方を有する。いくつかの実施形態では、連続したヌクレオチドの配
列は、Ｎ．Ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１に見られる配列ではない。いくつかの実施形態では
、本核酸は、１５〜１００個の連続したヌクレオチドの配列に対して５’側の異種配列、
若しくは１５〜１００個の連続したヌクレオチドの配列に対して３’側の異種配列、また
はそれらの両方を含む。いくつかの実施形態では、本核酸は、１０〜１５、１５〜２０、
２０〜２５、２５〜３０、３０〜２４、３５〜４０のヌクレオチド長を有する。いくつか
の実施形態では、本核酸は、検出可能な標識、例えば、蛍光標識に結合している、例えば
、共有結合している。いくつかの実施形態では、本核酸は、Ｄ２３ゲノムからの１０〜１
５、１５〜２０、２０〜２５、２５〜３０、３０〜２４、３５〜４０、４０〜５０、５０
〜６０、６０〜７０、７０〜８０、８０〜９０、または９０〜１００個の連続したヌクレ
オチドを含む。いくつかの実施形態では、本核酸は、Ｄ２３ゲノムからの少なくとも約１
０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１
５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６００、７００、８
００、９００、または１０００個の連続したヌクレオチドを含む。いくつかの実施形態で
は、本核酸は、ＤＮＡである。
【０１５９】
いくつかの態様では、本開示は、第１の核酸及び第２の核酸を含む組成物またはキット
を提供する。いくつかの実施形態では、第１の核酸は、配列番号１、配列番号６６、図６
〜８の遺伝子、若しくは表１の遺伝子、またはその逆相補体からの連続したヌクレオチド
（例えば、１５〜１００個のヌクレオチド）を含む。いくつかの実施形態では、第２の核
酸は、配列番号１、配列番号６６、図６〜８の遺伝子、若しくは表１の遺伝子、またはそ
の逆相補体からの連続したヌクレオチド（例えば、１５〜１００個のヌクレオチド）を含
む。いくつかの実施形態では、本核酸は、天然には存在しない配列、例えば、Ｎ．ｅｕｔ
ｒｏｐｈａ株Ｃ９１には見られない配列を有する。いくつかの実施形態では、第１の核酸
及び第２の核酸は、表１の遺伝子、例えば、配列番号５、７、９、１１、１３、１５、１
７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、若しくは３３の配列）、またはその逆
相補体のアンプリコンを規定する。
【０１６０】
いくつかの実施形態では、第１の核酸は、配列番号１の第１の領域に対応する配列を有
し、第２の核酸の逆相補体は、配列番号１の第２の領域に対応する配列を有し、第１の領
域及び第２の領域は、ＰＣＲに好適な距離だけ離されている。いくつかの実施形態では、
第１の核酸の逆相補体は、配列番号１の第１の領域に対応する配列を有し、第２の核酸は
、配列番号１の第２の領域に対応する配列を有し、第１の領域及び第２の領域は、ＰＣＲ
に好適な距離だけ離されている。一実施形態では、ＰＣＲに好適な距離は、配列番号１の
５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００、６
００、７００、８００、９００、または１０００個以下のヌクレオチドである。いくつか
の実施形態では、第１の核酸及び第２の核酸は、配列番号１のアンプリコンを描写する。
いくつかの実施形態では、第１の核酸及び第２の核酸は各々、ＰＣＲに好適な融解温度（
Ｔｍ）、例えば、約５５〜６５℃または約６０〜６５℃のＴｍを有する。いくつかの実施
形態では、第１の核酸のＴｍは、第２の核酸のＴｍの１０、９、８、７、６、５、４、３
、２、または１℃以内である。
【０１６１】
いくつかの実施形態では、第１の核酸、第２の核酸、または第１の核酸及び第２の核酸
の各々は、連続したヌクレオチドの配列の５’側の異種配列をさらに含む。あるいは、ま
たは組み合わせで、いくつかの実施形態では、第１の核酸、第２の核酸、または第１の核
酸及び第２の核酸の各々は、配列番号１または配列番号６６からの連続したヌクレオチド
の配列の３’側の異種配列をさらに含む。いくつかの実施形態では、第１の核酸、第２の
核酸、または第１の核酸及び第２の核酸の各々は、１５〜２０、２０〜２５、２５〜３０
、３０〜２４、または３５〜４０のヌクレオチド長を有する。いくつかの実施形態では、
第１の核酸、第２の核酸、または第１の核酸及び第２の核酸の各々は、検出可能な標識、
例えば、蛍光標識に結合している、例えば、共有結合している。いくつかの実施形態では
、第１の核酸は、配列番号６４の配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形
態では、第２の核酸は、配列番号６５の配列を含むか、またはそれからなる。いくつかの
実施形態では、第１の核酸、第２の核酸、またはそれらの両方は、ＤＮＡである。
【０１６２】
いくつかの実施形態では、本組成物またはキットは、少なくとも２対（例えば、３、４
、５、６、７、８、９、または１０対）のプライマーを含み、各対は、表１の遺伝子（例
えば、配列番号５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、
２９、３１、若しくは３３の配列）、またはその逆相補体のアンプリコンを認識する。い
くつかの実施形態では、第１の対のプライマーは、Ａｍｏ遺伝子（例えば、ＡｍｏＡ１、
ＡｍｏＡ２、ＡｍｏＢ１、ＡｍｏＢ２、ＡｍｏＣ１、ＡｍｏＣ２、またはＡｍｏＣ３）の
アンプリコンを認識し、第２の対のプライマーは、Ａｍｏ遺伝子（例えば、ＡｍｏＡ１、
ＡｍｏＡ２、ＡｍｏＢ１、ＡｍｏＢ２、ＡｍｏＣ１、ＡｍｏＣ２、またはＡｍｏＣ３）の
アンプリコンを認識する。いくつかの実施形態では、第１の対のプライマーは、ＡｍｏＡ
遺伝子（例えば、ＡｍｏＡ１またはＡｍｏＡ２）のアンプリコンを認識する。いくつかの
実施形態では、第２の対のプライマーは、ＡｍｏＢ遺伝子（例えば、ＡｍｏＢ１またはＡ
ｍｏＢ２）のアンプリコンを認識する。いくつかの実施形態では、第３の対のプライマー
は、ＡｍｏＣ遺伝子（例えば、ＡｍｏＣ１、ＡｍｏＣ２、またはＡｍｏＣ３）のアンプリ
コンを認識する。
【０１６３】
いくつかの実施形態では、キットは、第１の核酸が配置された第１の容器及び第２の核
酸が配置された第２の容器を含む。このキットは、例えば、第３、第４、第５、または第
６の核酸用のさらなる容器を含み得る。いくつかの実施形態では、アンプリコンを認識す
る一対のプライマーは、単一の容器内に貯蔵される。
【０１６４】
本開示は、いくつかの態様では、配列番号６４の配列を含むか、またはそれからなる核
酸も提供する。本開示は、いくつかの態様では、配列番号６５の配列を含むか、またはそ
れからなる核酸も提供する。本開示は、いくつかの態様では、も提供し、本開示は、本明
細書に記載の核酸と、検出可能な標識、例えば、蛍光標識と、を含む分子を提供する。本
核酸は、例えば、配列番号６４または配列番号６５の配列からなり得る。
【０１６５】
本開示は、いくつかの態様では、第１の分子及び第２の分子を含む組成物を提供する。
いくつかの実施形態では、第１の分子は、本明細書に記載の核酸、例えば、配列番号６４
の配列からなる核酸を含み、検出可能な標識、例えば、蛍光標識を任意に含む。いくつか
の実施形態では、第２の分子は、本明細書に記載の核酸、例えば、配列番号６５の配列か
らなる核酸を含み、検出可能な標識、例えば、蛍光標識を任意に含む。
【０１６６】
いくつかの実施形態では、キットは、第１の分子が配置された第１の容器及び第２の分
子が配置された第２の容器を含む。
【０１６７】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のキットは、緩衝液、酵素（例えば、ポリメ
ラーゼ、例えば、Ｔａｑ等の熱安定性ポリメラーゼ）、ヌクレオチド（例えば、ｄＮＴＰ
）、及び任意に色素標識される鎖終止ヌクレオチド（例えば、ジデオキシヌクレオチド）
のうちの１つ以上をさらに含み、これらの成分は、別々に、または単一の組成物の一部と
して提供され得る。
【０１６８】
ある特定の態様では、本開示は、Ｄ２３  Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ核酸が試料中に存在す
るかを検出する方法であって、Ｄ２３  Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａに特異的なプライマーを使
用して試料に対するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を行うことと、ＰＣＲ産物が生成さ
れたかを決定することと、を含み、ＰＣＲ産物の存在が、Ｄ２３  Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
核酸が試料中に存在したことを示す、方法を提供する。複数の実施形態では、少なくとも
２つのＰＣＲ反応、例えば、３、４、５、６、７、８、９、または１０のＰＣＲ反応が行
われる。複数の実施形態では、ＰＣＲ反応は、別個の反応体積で行われる。複数の実施形
態では、２つ以上のＰＣＲ反応が多重に行われる。
【０１６９】
いくつかの実施形態では、Ｄ２３  Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａに特異的なプライマーは、本
明細書に記載の第１の核酸及び第２の核酸、例えば、本明細書に記載の組成物またはキッ
ト由来の第１の核酸及び第２の核酸である。いくつかの実施形態では、第１のプライマー
は、配列番号６５の配列を含むか、またはそれからなり、第２のプライマーは、配列番号
６６の配列を含むか、またはそれからなる。
【０１７０】
いくつかの実施形態では、ＰＣＲ反応は、定量ＰＣＲ反応またはリアルタイムＰＣＲ反
応である。いくつかの実施形態では、ＰＣＲ反応は、ＴａｑＭａｎ反応を含む。いくつか
の実施形態では、ＰＣＲ反応は、検出可能なＰＣＲ産物を生成するのに十分なサイクル回
数、例えば、約１０、１５、２０、２５、または３０サイクル、変性温度（例えば、約９
５℃）と、アニーリング温度（例えば、４５〜６８、５５〜６５、または６０〜６５℃）
と、延伸温度（例えば、約６８℃）との間で、反応混合物の温度をサイクルさせることを
含む。いくつかの実施形態では、ＰＣＲ産物の検出は、ＰＣＲ産物から蛍光を検出するこ
とを含む。いくつかの実施形態では、陽性対照は、例えば、既知のＤ２３  Ｎ．ｅｕｔｒ
ｏｐｈａ核酸を鋳型として使用して行われる。いくつかの実施形態では、陰性対照は、例
えば、鋳型を使用することなく、または別の細菌核酸を鋳型として使用して使用される。
【０１７１】
ある特定の態様では、本開示は、Ｄ２３  Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ核酸が試料中に存在す
るかを検出する方法であって、本明細書に記載の核酸の試料への結合を検出することを含
み、結合の存在が、Ｄ２３  Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ核酸が試料中に存在したことを示す、
方法を提供する。いくつかの実施形態では、結合は、プライマー伸長またはＲＮａｓｅ保
護によって検出される。
【０１７２】
本明細書の方法のいくつかの実施形態では、試料は、少なくとも２、３、４、５、６、
７、８、９、または１０個の細菌株を含む。いくつかの実施形態では、試料は、対象、例
えば、ヒト対象の皮膚由来である。いくつかの実施形態では、本明細書の方法は、試料中
の１つ以上のさらなる種類の細菌、例えば、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏ
ｓａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐ
ｙｏｇｅｎｅｓ、またはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉを検出するこ
とを含む。
本発明は、例えば以下の項目を提供する。
（項目１）
最適化成長速度、
最適化ＮＨ４＋酸化速度、及び
ＮＨ４＋に対する最適化耐性から選択される少なくとも１つの特性を有する、精製された最適化Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ  ｅｕｔｒｏｐｈａ（Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ）細菌調製物。
（項目２）
前記最適化成長速度が、約０．１５〜０．１８のＯＤ６００（光学密度６００ｎｍ）でＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを連続培養して、約１〜２日で約０．５〜０．６のＯＤ６００に到達することを可能にする速度である、項目１に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目３）
前記最適化成長速度が、バッチ培養条件下で培養された場合、約８時間の倍加時間である、項目１または２に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目４）
前記最適化ＮＨ４＋酸化速度が、ＮＨ４＋をＮＯ２−に酸化させる、少なくとも約１２５マイクロモル／分の速度である、項目１〜３のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目５）
前記ＮＨ４＋に対する最適化耐性が、約２００ｍＭのＮＨ４＋を含む培地で少なくとも約４８時間成長する能力である、項目１〜４のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性から選択される少なくとも２つの特性を有する、項目１〜５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性を有する、項目１〜６に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目８）
非常に高いストリンジェンシーで配列番号１にハイブリダイズする染色体を含む、項目１〜７のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目９）
少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、及び１００％同一から選択される、配列番号６若しくは１２との同一性を有するＡｍｏＡタンパク質、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、及び１００％同一から選択される、配列番号８若しくは１４との同一性を有するＡｍｏＢタンパク質、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、及び１００％同一から選択される、配列番号４、１０、若しくは１６との同一性を有するａｍｏＣ遺伝子、少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、及び１００％同一から選択される、配列番号１８、２０、若しくは２２との同一性を有するヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼタンパク質、少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、及び１００％同一から選択される、配列番号２４、２６、若しくは２８との同一性を有するシトクロムｃ５５４タンパク質、または少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、及び１００％同一から選択される、配列番号３０若しくは３２との同一性を有するシトクロムｃＭ５５２タンパク質を含む、項目１〜８のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１０）
表２の配列特性のうちの１〜５、５〜１０、１０〜１５、１５〜２０、２０〜２５、２５〜３０、またはすべてを含む、項目１〜９のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１１）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１位、例えば、１位のＶに対する突然変異を有するＡｍｏＡ１若しくはＡｍｏＡ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１２）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６０位、例えば、１６０位のＬに対する突然変異を有するＡｍｏＡ１若しくはＡｍｏＡ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１１のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１３）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６７位、例えば、１６７位のＡに対する突然変異を有するＡｍｏＡ１若しくはＡｍｏＡ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１２のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１４）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の３３位、例えば、３３位のＶに対する突然変異を有するＡｍｏＢ１若しくはＡｍｏＢ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１３のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１５）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６５位、例えば、１６５位のＩに対する突然変異を有するＡｍｏＢ１若しくはＡｍｏＢ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１４のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１６）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の７９位、例えば、７９位のＡに対する突然変異を有するＡｍｏＣ３タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１７）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の２７１位、例えば、２７１位のＶに対する突然変異を有するＡｍｏＣ３タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１６のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１８）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の８５位、例えば、８５位のＳに対する突然変異を有するＨａｏ１、Ｈａｏ２、若しくはＨａｏ３タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１７のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目１９）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の３１２位、例えば、３１２位のＥに対する突然変異を有するＨａｏ１、Ｈａｏ２、若しくはＨａｏ３タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１８のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２０）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１６３位、例えば、１６３位のＡに対する突然変異を有するＨａｏ１タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜１９のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２１）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の６５位、例えば、６５位のＴに対する突然変異を有するｃ５５４  ＣｙｃＡ１、ｃ５５４  ＣｙｃＡ２、若しくはｃ５５４  ＣｙｃＡ３タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２０のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２２）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１８６位、例えば、１８６位のＴに対する突然変異を有するｃ５５４  ＣｙｃＡ１タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２１のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２３）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の６３位、例えば、６３位のＶに対する突然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１若しくはｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２２のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２４）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１８９位、例えば、１８９位のＰに対する突然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１若しくはｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２３のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２５）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の２０６位、例えば、２０６位のｉｎｓＥに対する突然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１若しくはｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２４のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２６）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の２０７位、例えば、２０７位のｉｎｓＥに対する突然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１若しくはｃＭ５５２  ＣｙｃＢ２タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２７）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１９５位、例えば、１９５位のｉｎｓＤに対する突然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２６のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２８）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１９６位、例えば、１９６位のｉｎｓＤに対する突然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２７のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目２９）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の１９７位、例えば、１９７位のｉｎｓＤに対する突然変異を有するｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１タンパク質（またはそれをコードする遺伝子）を含む、項目１０〜２８のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目３０）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１等の野生型細菌に対する少なくとも１つの構造的差異、例えば、少なくとも１つの突然変異を含む、先行項目のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目３１）
本明細書に記載の一対のプライマー、例えば、配列番号６４の配列を含むプライマー及び配列番号６５の配列を含むプライマーを使用して増幅され得る核酸を含む、先行項目のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目３２）
図６の遺伝子または図６の遺伝子によってコードされるタンパク質と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、若しくは１００％同一の核酸またはタンパク質を含む、先行項目のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目３３）
配列番号６４〜６６のうちのいずれかの配列または配列番号６４〜６６のうちのいずれかの配列によってコードされるタンパク質と少なくとも８０％、８５％、９０％、９５％、９８％、９９％、９９．５％、若しくは１００％同一の核酸またはタンパク質を含む、先行項目のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目３４）
アンモニアモノオキシゲナーゼ遺伝子、ヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼ遺伝子、シトクロムｃ５５４遺伝子、またはシトクロムｃｍ５５２遺伝子にＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１等の野生型細菌に対する突然変異を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目３５）
前記突然変異がａｍｏＡ１遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目３６）
前記突然変異がａｍｏＡ２遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目３７）
前記突然変異がａｍｏＢ１遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目３８）
前記突然変異がａｍｏＢ２遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目３９）
前記突然変異がａｍｏＣ３遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４０）
前記突然変異が、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位置においてである、項目３４〜３９のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４１）
前記突然変異が、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載の突然変異である、項目３４〜３９のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４２）
前記突然変異がｈａｏ１遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４３）
前記突然変異がｈａｏ２遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４４）
前記突然変異がｈａｏ３遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４５）
前記突然変異が、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位置においてである、項目４２〜４４のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４６）
前記突然変異が、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載の突然変異である、項目４２〜４４のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４７）
前記突然変異がｃ５５４  ｃｙｃＡ１遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４８）
前記突然変異がｃ５５４  ｃｙｃＡ２遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目４９）
前記突然変異がｃ５５４  ｃｙｃＡ３遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目５０）
前記突然変異が、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位置においてである、項目４７〜４９のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目５１）
前記突然変異が、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載の突然変異である、項目４７〜４９のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目５２）
前記突然変異がｃＭ５５２  ｃｙｃＢ１遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目５３）
前記突然変異がｃ５５４  ｃｙｃＢ２遺伝子においてである、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目５４）
前記突然変異が、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位置においてである、項目５２〜５３のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目５５）
前記突然変異が、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載の突然変異である、項目５２〜５３のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目５６）
アンモニアモノオキシゲナーゼ遺伝子、ヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼ遺伝子、シトクロムｃ５５４遺伝子、またはシトクロムｃｍ５５２遺伝子に突然変異を含む、項目１に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目５７）
前記突然変異がａｍｏＡ１遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目５８）
前記突然変異がａｍｏＡ２遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目５９）
前記突然変異がａｍｏＢ１遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６０）
前記突然変異がａｍｏＢ２遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６１）
前記突然変異がａｍｏＣ３遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６２）
前記突然変異が、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位置においてである、項目５７〜６１のいずれかに記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６３）
前記突然変異が、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載の突然変異である、項目５７〜６１のいずれかに記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６４）
前記突然変異がｈａｏ１遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６５）
前記突然変異がｈａｏ２遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６６）
前記突然変異がｈａｏ３遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６７）
前記突然変異が、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位置においてである、項目６４〜６６のいずれかに記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６８）
前記突然変異が、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載の突然変異である、項目６４〜６６のいずれかに記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目６９）
前記突然変異がｃ５５４  ｃｙｃＡ１遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７０）
前記突然変異がｃ５５４  ｃｙｃＡ２遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７１）
前記突然変異がｃ５５４  ｃｙｃＡ３遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７２）
前記突然変異が、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位置においてである、項目６９〜７１のいずれかに記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７３）
前記突然変異が、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載の突然変異である、項目６９〜７１のいずれかに記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７４）
前記突然変異がｃＭ５５２  ｃｙｃＢ１遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７５）
前記突然変異がｃＭ５５２  ｃｙｃＢ２遺伝子においてである、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７６）
前記突然変異が、本明細書に記載の位置、例えば、表２に記載の位置においてである、項目５６、７４、及び７５のいずれかに記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７７）
前記突然変異が、本明細書に記載の突然変異、例えば、表２に記載の突然変異である、項目５６、７４、及び７５のいずれかに記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目７８）
ａｍｏＡ１遺伝子、ａｍｏＡ２遺伝子、ａｍｏＢ１遺伝子、ａｍｏＢ２遺伝子、ａｍｏＣ３遺伝子、ｈａｏ１遺伝子、ｈａｏ２遺伝子、ｈａｏ３遺伝子、ｃ５５４  ｃｙｃＡ１遺伝子、ｃ５５４  ｃｙｃＡ２遺伝子、ｃ５５４  ｃｙｃＡ３遺伝子、ｃＭ５５２  ｃｙｃＢ１遺伝子、及びｃ５５４  ｃｙｃＢ２遺伝子のうちの１つ以上の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、または３５個の位置に突然変異を有する、項目３４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、またはその精製された調製物。
（項目７９）
ａｍｏＡ１遺伝子、ａｍｏＡ２遺伝子、ａｍｏＢ１遺伝子、ａｍｏＢ２遺伝子、ａｍｏＣ３遺伝子、ｈａｏ１遺伝子、ｈａｏ２遺伝子、ｈａｏ３遺伝子、ｃ５５４  ｃｙｃＡ１遺伝子、ｃ５５４  ｃｙｃＡ２遺伝子、ｃ５５４  ｃｙｃＡ３遺伝子、ｃＭ５５２  ｃｙｃＢ１遺伝子、及びｃ５５４  ｃｙｃＢ２遺伝子のうちの１つ以上の少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、または３５個の位置に突然変異を有する、項目５６に記載の精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌調製物。
（項目８０）
高ストリンジェンシーで配列番号１にハイブリダイズする染色体を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８１）
前記染色体が、非常に高いストリンジェンシーで配列番号１にハイブリダイズする、項目８０に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８２）
図６〜８の遺伝子のうちの少なくとも１つ、またはそれと少なくとも８０％の同一性を有する遺伝子を含む、項目８０または８１に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８３）
図６〜８の遺伝子のうちの少なくとも１つを含む、項目８０または８１に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８４）
配列番号２または配列番号３と少なくとも約８０％同一のいずれのプラスミドも欠く、項目８０〜８２のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８５）
いずれのプラスミドも欠く、項目８０〜８４のいずれか項目に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８６）
配列番号７と少なくとも約９８．９％同一のＡｍｏＡ１遺伝子及び配列番号１３と少なくとも約９８．８％同一のａｍｏＡ２遺伝子のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８７）
配列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ１タンパク質及び配列番号１２と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８８）
配列番号９と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ１遺伝子及び配列番号１５と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ２遺伝子のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目８９）
配列番号７若しくは１３と少なくとも約９８．９％同一のＡｍｏＡ１遺伝子またはａｍｏＡ２遺伝子のうちの１つ以上をさらに含む、項目８８に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９０）
配列番号８と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質または配列番号１４と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９１）
配列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ１タンパク質及び配列番号１２と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質のうちの１つ以上をさらに含む、項目９０に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９２）
配列番号５と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ１遺伝子、配列番号１１と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ２遺伝子、及び配列番号１７と少なくとも約９９．０％同一のａｍｏＣ３遺伝子のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９３）
配列番号７と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏＡ１遺伝子、配列番号１３と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏ２遺伝子、配列番号９と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ１遺伝子、及び配列番号１５と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ２遺伝子のうちの１つ以上をさらに含む、項目９２に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９４）
配列番号１６と少なくとも約９９．４％同一のＡｍｏＣ３タンパク質を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９５）
配列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ１タンパク質、配列番号１２と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質、配列番号８と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質、及び配列番号１４と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質のうちの１つ以上をさらに含む、項目９４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９６）
配列番号１９と少なくとも約９９．１％同一のｈａｏ１遺伝子、配列番号２１と少なくとも約９９．５％同一のｈａｏ２遺伝子、及び配列番号２３と少なくとも約９９．３％同一のｈａｏ３遺伝子のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９７）
配列番号７と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏＡ１遺伝子、配列番号１３と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏ２遺伝子、配列番号９と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ１遺伝子、配列番号１５と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ２遺伝子、配列番号５と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ１遺伝子、配列番号１１と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ２遺伝子、及び配列番号１７と少なくとも約９９．０％同一のａｍｏＣ３遺伝子のうちの１つ以上をさらに含む、項目９６に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９８）
配列番号１８と少なくとも約９９．６％同一のＨａｏ１タンパク質、配列番号２０と少なくとも約９９．７％同一のＨａｏ２タンパク質、及び配列番号２２と少なくとも約９９．７％同一のＨａｏ３タンパク質のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目９９）
配列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ１タンパク質、配列番号１２と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質、配列番号８と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質、配列番号１４と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質、または配列番号１６と少なくとも約９９．４％同一のＡｍｏＣ３タンパク質をさらに含む、項目９８に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１００）
配列番号２５と少なくとも約９８．１％同一のｃｙｃＡ１遺伝子、配列番号２７と少なくとも約９８．８％同一のｃｙｃＡ２遺伝子、及び配列番号２８と少なくとも約９９．４％同一のｃｙｃＡ３遺伝子のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０１）
配列番号７と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏＡ１遺伝子、配列番号１３と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏ２遺伝子、配列番号９と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ１遺伝子、配列番号１５と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ２遺伝子、配列番号５と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ１遺伝子、配列番号１１と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ２遺伝子、配列番号１７と少なくとも約９９．０％同一のａｍｏＣ３遺伝子、配列番号１９と少なくとも約９９．１％同一のｈａｏ１遺伝子、配列番号２１と少なくとも約９９．５％同一のｈａｏ２遺伝子、及び配列番号２３と少なくとも約９９．３％同一のｈａｏ３遺伝子のうちの１つ以上をさらに含む、項目１００に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０２）
配列番号２４と少なくとも約９９．２％同一のＣｙｃＡ１タンパク質、配列番号２６と少なくとも約９９．７％同一のＣｙｃＡ２タンパク質、及び配列番号２８と少なくとも約９９．７％同一のＣｙｃＡ３タンパク質のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０３）
配列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ１タンパク質、配列番号１２と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質、配列番号８と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質、配列番号１４と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質、配列番号１６と少なくとも約９９．４％同一のＡｍｏＣ３タンパク質、配列番号１８と少なくとも約９９．６％同一のＨａｏ１タンパク質、配列番号２０と少なくとも約９９．７％同一のＨａｏ２タンパク質、及び配列番号２２と少なくとも約９９．７％同一のＨａｏ３タンパク質のうちの１つ以上をさらに含む、項目１０２に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０４）
配列番号３１と少なくとも約９６．８％同一のｃｙｃＢ１遺伝子及び配列番号３３と少なくとも約９７．２％同一のｃｙｃＢ２遺伝子のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０５）
配列番号７と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏＡ１遺伝子、配列番号１３と少なくとも約９８．９％同一のａｍｏ２遺伝子、配列番号９と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ１遺伝子、配列番号１５と少なくとも約９９．２％同一のａｍｏＢ２遺伝子、配列番号５と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ１遺伝子、配列番号１１と少なくとも約９９．９％同一のａｍｏＣ２遺伝子、配列番号１７と少なくとも約９９．０％同一のａｍｏＣ３遺伝子、配列番号１９と少なくとも約９９．１％同一のｈａｏ１遺伝子、配列番号２１と少なくとも約９９．５％同一のｈａｏ２遺伝子、配列番号２３と少なくとも約９９．３％同一のｈａｏ３遺伝子、配列番号２５と少なくとも約９８．１％同一のｃｙｃＡ１遺伝子、配列番号２７と少なくとも約９８．８％同一のｃｙｃＡ２遺伝子、及び配列番号２８と少なくとも約９９．４％同一のｃｙｃＡ３遺伝子のうちの１つ以上をさらに含む、項目１０４に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０６）
配列番号３０と少なくとも約９７．２％同一のＣｙｃＢ１タンパク質または配列番号３２と少なくとも約９８．８％同一のＣｙｃＢ２タンパク質のうちの１つ以上を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０７）
配列番号６と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ１タンパク質、配列番号１２と少なくとも約９９．０％同一のＡｍｏＡ２タンパク質、配列番号８と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質、配列番号１４と少なくとも約９９．６％同一のＡｍｏＢ１タンパク質、配列番号１６と少なくとも約９９．４％同一のＡｍｏＣ３タンパク質、配列番号１８と少なくとも約９９．６％同一のＨａｏ１タンパク質、配列番号２０と少なくとも約９９．７％同一のＨａｏ２タンパク質、配列番号２２と少なくとも約９９．７％同一のＨａｏ３タンパク質、配列番号２４と少なくとも約９９．２％同一のＣｙｃＡ１タンパク質、配列番号２６と少なくとも約９９．７％同一のＣｙｃＡ２タンパク質、及び配列番号２８と少なくとも約９９．７％同一のＣｙｃＡ３タンパク質のうちの１つ以上をさらに含む、項目１０６に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０８）
配列番号５、７、９、１１、１３、１５、１７、１９、２１、２３、２５、２７、２９、３１、及び３３による１つ以上の遺伝子を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１０９）
配列番号４、６、８、１０、１２、１４、１６、１８、２０、２２、２４、２６、２８、３０、及び３２による１つ以上のタンパク質を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１１０）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の表２に列記されるアミノ酸位置のうちの少なくとも１、２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、３０個の位置、またはすべてに対する突然変異体であるタンパク質を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１１１）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１の表２に列記されるアミノ酸位置のすべてに対する突然変異体であるタンパク質を含む、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１１２）
トランスジェニックである、項目１〜１１１のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１１３）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性から選択される少なくとも１つの特性を有する、項目８０〜１１２のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１１４）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性から選択される少なくとも２つの特性を有する、項目１１３に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１１５）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性を有する、項目１１３に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１１６）
項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む組成物であって、他の生物を実質的に含まない、前記組成物。
（項目１１７）
項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含み、第２の生物をさらに含む組成物であって、他の生物を実質的に含まない、前記組成物。
（項目１１８）
前記第２の生物がアンモニア酸化細菌である、項目１１７に記載の組成物。
（項目１１９）
前記第２の生物が、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｓｐｒｉａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｙｓｔｉｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｌｏｂｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｖｉｂｒｉｏ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、及びＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒ、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される、項目１１７に記載の組成物。
（項目１２０）
少なくとも約０．２のＯＤ６００を有するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌の活発に分裂する培養物の細胞懸濁液を含む組成物であって、他の生物を実質的に含まない、前記組成物。
（項目１２１）
項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌と、局所投与に好適な薬学的または美容的に許容される賦形剤と、を含む、局所投与用の組成物。
（項目１２２）
他の生物を実質的に含まない、項目１２１に記載の組成物。
（項目１２３）
第２の生物をさらに含む、項目１２１に記載の組成物。
（項目１２４）
前記第２の生物がアンモニア酸化細菌である、項目１２３に記載の組成物。
（項目１２５）
前記第２の生物が、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｓｐｒｉａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｙｓｔｉｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｌｏｂｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｖｉｂｒｉｏ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、及びＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒ、ならびにそれらの組み合わせからなる群から選択される、項目１２３に記載の組成物。
（項目１２６）
粉末、化粧品、クリーム、スティック、エアロゾル、軟膏、ワイプ、若しくは包帯として提供されるか、またはその中に配置される、項目１２１〜１２５のいずれかに記載の組成物。
（項目１２７）
保湿剤、脱臭剤、芳香剤、着色剤、防虫剤、クレンジング剤、または紫外線遮断剤をさらに含む、項目１２１〜１２６のいずれかに記載の組成物。
（項目１２８）
前記賦形剤が、抗接着剤、結合剤、被覆剤、崩壊剤、充填剤、香味料、色、滑沢剤、滑剤、吸着剤、防腐剤、または甘味料を含む、項目１２１〜１２７のいずれかに記載の組成物。
（項目１２９）
前記組成物中のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの濃度が約１０１１〜１０１２ＣＦＵ／Ｌである、項目１２１〜１２８のいずれかに記載の組成物。
（項目１３０）
前記組成物中のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの濃度が約１０９ＣＦＵ／ｍｌである、項目１２１〜１２９のいずれかに記載の組成物。
（項目１３１）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａと薬学的賦形剤の質量比が約０．１グラム／Ｌ〜約１グラム／Ｌの範囲である、項目１２１〜１３０のいずれかに記載の組成物。
（項目１３２）
約１０１２ＣＦＵ／Ｌで少なくとも約１，０００Ｌの項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む、組成物。
（項目１３３）
例えば、粉末等の乾燥製剤として、少なくとも約１、２、５、１０、２０、５０、１００、２００、または５００ｇの項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を含む、組成物。
（項目１３４）
例えば、皮膚障害の治療若しくは予防、低亜硝酸塩レベルに関連する疾患若しくは状態の治療若しくは予防、体臭の治療若しくは予防、一酸化窒素を対象に供給するための治療、または微生物成長を阻害するための治療のうちの１つ以上を提供する濃度で、項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む、衣料品。
（項目１３５）
パッケージングされる、項目１３４に記載の衣料品。
（項目１３６）
ガス交換に対して耐性のある材料または水に対して耐性のある材料中にパッケージングされる、項目１３４〜１３５に記載の衣料品。
（項目１３７）
項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む、布。
（項目１３８）
項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む、編み糸。
（項目１３９）
項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む、縫い糸。
（項目１４０）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性を有するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を得る、例えば、製造する方法であって、
（ａ）最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上を選択する条件下で前記細菌を培養し、それにより培養物を生成することと、
（ｂ）最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性について前記培養物由来の試料を試験することと、
（ｃ）最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性を有する細菌が得られるまで、前記培養ステップ及び前記試験ステップを繰り返すことと、を含む、前記方法。
（項目１４１）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を源から得るステップをさらに含む、項目１４０に記載の方法。
（項目１４２）
前記源が土壌または個体の皮膚である、項目１４１に記載の方法。
（項目１４３）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上を選択する条件下で前記細菌を培養することが、約２００ｍＭのＮＨ４＋を含むＮ．ｅｕｒｏｐａｅ培地で前記細菌を培養することを含む、項目１４２に記載の方法。
（項目１４４）
純粋培養物を作製するステップを含む、項目１４３に記載の方法。
（項目１４５）
前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを少なくとも１つの他の種類のアンモニア酸化細菌と一緒に共培養するステップを含む、項目１４３または１４４に記載の方法。
（項目１４６）
ステップ（ａ）の前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性を欠く、項目１４０〜１４５のいずれかに記載の方法。
（項目１４７）
ステップ（ｃ）が、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの少なくとも２つを有する細菌が得られるまで、前記培養ステップ及び前記試験ステップを繰り返すことを含む、項目１４０〜１４６のいずれかに記載の方法。
（項目１４８）
項目１４０〜１４７のいずれかに記載の方法によって生成される、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１４９）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ調製物を試験する方法であって、
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上について前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａをアッセイすることと、
前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上を有する場合、前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを許容されるものとして分類することと、を含む、前記方法。
（項目１５０）
汚染生物について前記調製物を試験するステップをさらに含む、項目１４９に記載の方法。
（項目１５１）
前記調製物から試料を取り出すステップと、前記試料に対する試験を行うステップと、をさらに含む、項目１４９〜１５０のいずれかに記載の方法。
（項目１５２）
前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが培養される培地を試験することをさらに含む、項目１４９〜１５１のいずれかに記載の方法。
（項目１５３）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを前記調製物からパッケージにパッケージングすることをさらに含む、項目１４９〜１５２のいずれかに記載の方法。
（項目１５４）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを前記調製物から商業化することをさらに含む、項目１４９〜１５３のいずれかに記載の方法。
（項目１５５）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを生成する、例えば、製造する方法であって、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを培養培地と接触させることと、少なくとも約０．５のＯＤ６００が到達されるまで、前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを培養することと、を含む、前記方法。
（項目１５６）
汚染生物について前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ及び前記培養培地をアッセイすることをさらに含む、項目１５５に記載の方法。
（項目１５７）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上について前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａをアッセイすることをさらに含む、項目１５５〜１５６のいずれかに記載の方法。
（項目１５８）
約１０１２ＣＦＵ／Ｌで少なくとも少なくとも約１，０００Ｌ／日のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを生成することを含む、項目１５５〜１５７のいずれかに記載の方法。
（項目１５９）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを生成する、例えば、製造する方法であって、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを培養培地と接触させることと、約１０１２ＣＦＵ／Ｌで約少なくとも約１，０００ＬのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａが生成されるまで、前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを培養することと、を含む、前記方法。
（項目１６０）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上について前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａをアッセイするステップをさらに含む、項目１５９に記載の方法。
（項目１６１）
汚染生物について前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａまたは前記培養培地を試験するステップをさらに含む、項目１５９〜１６０のいずれかに記載の方法。
（項目１６２）
前記培養培地と接触する前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上を有するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａである、項目１５９〜１６１のいずれかに記載の方法。
（項目１６３）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを生成する、例えば、製造する方法であって、
（ａ）Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを培養培地と接触させることと、
（ｂ）培養物が約０．５〜０．６のＯＤ６００に到達するまで、前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを１〜２日間培養し、それにより前記培養物を作製することと、を含む、前記方法。
（項目１６４）
最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上について前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａをアッセイするステップをさらに含む、項目１６３に記載の方法。
（項目１６５）
汚染生物について前記培養物を試験するステップをさらに含む、項目１６３〜１６４のいずれかに記載の方法。
（項目１６６）
ステップ（ａ）の前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、またはＮＨ４＋に対する最適化耐性のうちの１つ以上を有するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａである、項目１６３〜１６５のいずれかに記載の方法。
（項目１６７）
約１０１２ＣＦＵ／Ｌで少なくとも少なくとも約１，０００Ｌ／日のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを生成することを含む、項目１６３〜１６６のいずれかに記載の方法。
（項目１６８）
項目１５５〜１６７のいずれかに記載の方法によって生成される、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌。
（項目１６９）
項目１５５〜１６７のいずれかに記載の方法によって作製される、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ調製物。
（項目１７０）
前記調製物が少なくとも約０．１〜約１００ミリグラム（ｍｇ）のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む、項目１６９に記載の調製物。
（項目１７１）
約０．５〜約０．６の光学密度のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む、反応混合物。
（項目１７２）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを有する衣料を生成する方法であって、衣料品を項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａと接触させることを含む、前記方法。
（項目１７３）
少なくとも１０、１００、または１０００個の衣料品を作成することを含む、項目１７２に記載の方法。
（項目１７４）
前記衣料品を少なくとも１０１０ＣＦＵのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａと接触させることを含む、項目１７２に記載の方法。
（項目１７５）
前記衣料をパッケージングすることをさらに含む、項目１７２に記載の方法。
（項目１７６）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａの製剤を得る方法であって、項目１〜１１５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを薬学的または美容的に許容される賦形剤と接触させることを組み合わせる、前記方法。
（項目１７７）
前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａと前記賦形剤を混合することをさらに含む、項目１７６に記載の方法。
（項目１７８）
汚染生物を実質的に含まない条件下で行われる、項目１７６に記載の方法。
（項目１７９）
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａをパッケージングする方法であって、項目１〜１１５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａをパッケージに組み合わせることを含む、前記方法。
（項目１８０）
前記パッケージが、ガス交換に対して耐性があるか、または水に対して耐性がある、項目１７９に記載の方法。
（項目１８１）
前記パッケージが、ガス交換、ＮＨ３、ＮＨ４＋、またはＮＯ２−に対して透過性である、項目１７９に記載の方法。
（項目１８２）
対象の皮膚での微生物成長を阻害する方法であって、それを必要とする対象に有効用量の項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を局所投与することを含む、前記方法。
（項目１８３）
前記有効用量がおよそ１．５×１０１０ＣＦＵである、項目１８２に記載の方法。
（項目１８４）
前記投与が１日２回行われる、項目１８２〜１８３のいずれかに記載の方法。
（項目１８５）
前記対象がヒトである、項目１８２〜１８４のいずれかに記載の方法。
（項目１８６）
阻害される前記微生物成長が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、またはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉの成長である、項目１８２〜１８５のいずれかに記載の方法。
（項目１８７）
一酸化窒素を対象に供給する方法であって、有効用量の項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を前記対象に近接近して位置付けることを含む、前記方法。
（項目１８８）
体臭を軽減する方法であって、それを必要とする対象に有効用量の項目１〜１１５のいずれか一項に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を局所投与することを含む、前記方法。
（項目１８９）
低亜硝酸塩レベルに関連する疾患を治療する方法であって、それを必要とする対象に治療上有効用量の項目１〜１１５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を局所投与することを含む、前記方法。
（項目１９０）
前記疾患が、ＨＩＶ皮膚炎、糖尿病性足部潰瘍における感染症、アトピー性皮膚炎、座瘡、例えば、尋常性座瘡、湿疹、接触性皮膚炎、アレルギー反応、乾癬、皮膚感染症、血管疾患、膣内イースト菌感染症、性感染疾患、心臓疾患、アテローム性動脈硬化症、禿頭症、糖尿病若しくはベッド拘束に後続する下腿潰瘍、狭心症、特に慢性安定狭心症、虚血性疾患、うっ血性心不全、心筋梗塞、虚血再灌流傷害、蹄葉炎、高血圧、肥大性臓器変性、レイノー現象、線維症、線維性臓器変性、アレルギー、自己免疫性感作、末期腎疾患、肥満、陰萎、または癌である、項目１８９に記載の方法。
（項目１９１）
皮膚障害を治療する方法であって、それを必要とする対象に治療上有効用量の項目１〜１１５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を局所投与することを含む、前記方法。
（項目１９２）
前記皮膚障害が、座瘡、例えば、尋常性座瘡、酒さ、湿疹、または乾癬である、項目１９１に記載の方法。
（項目１９３）
前記皮膚障害が、潰瘍、例えば、静脈性潰瘍、例えば、下腿潰瘍、例えば、静脈性下腿潰瘍、例えば、糖尿病性足部潰瘍における感染症である、項目１９１に記載の方法。
（項目１９４）
局所投与が、前記対象をＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ、例えば、項目１〜１１５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａで事前治療することを含む、項目１９１〜１９３のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９５）
局所投与が、前記皮膚障害の発症前の局所投与を含む、項目１９１〜１９４のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９６）
局所投与が、前記皮膚障害の発症後の局所投与を含む、項目１９１〜１９５のいずれか一項に記載の方法。
（項目１９７）
創傷治癒または閉鎖を促進する方法であって、創傷に有効用量の項目１〜１１５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を投与することを含む、前記方法。
（項目１９８）
前記創傷が、１つ以上の望ましくない細菌、例えば、病原菌を含む、項目１９７に記載の方法。
（項目１９９）
前記創傷が、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、またはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉを含む、項目１９７に記載の方法。
（項目２００）
前記Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが、前記創傷の発症前に前記対象に投与される、項目１９７に記載の方法。
（項目２０１）
前記創傷に投与することが、前記創傷の発症前に前記対象に投与することを含む、項目１９７に記載の方法。
（項目２０２）
前記創傷の発症後に前記創傷にＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを投与することをさらに含む、項目１９７〜２０１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２０３）
病原菌を死滅させるか、またはその成長を阻害する方法であって、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌、例えば、項目１〜１１５のいずれかに記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌を皮膚と接触させる、例えば、それに塗布することを含む、前記方法。
（項目２０４）
前記病原菌が、以下の状態：ＨＩＶ皮膚炎、潰瘍、例えば、静脈性潰瘍、例えば、下腿潰瘍、例えば、静脈性下腿潰瘍、例えば、糖尿病性足部潰瘍における感染症、アトピー性皮膚炎、座瘡、例えば、尋常性座瘡、湿疹、接触性皮膚炎、アレルギー反応、乾癬、蕁麻疹、酒さ、皮膚感染症、血管疾患、膣内イースト菌感染症、性感染疾患、心臓疾患、アテローム性動脈硬化症、禿頭症、糖尿病若しくはベッド拘束に後続する下腿潰瘍、狭心症、特に慢性安定狭心症、虚血性疾患、うっ血性心不全、心筋梗塞、虚血再灌流傷害、蹄葉炎、高血圧、肥大性臓器変性、レイノー現象、線維症、線維性臓器変性、アレルギー、自己免疫性感作、末期腎疾患、肥満、陰萎、肺炎、原発性免疫不全、表皮水疱症、または癌のうちの１つ以上に寄与する、項目２０３に記載の方法。
（項目２０５）
前記状態が、潰瘍、例えば、静脈性潰瘍、例えば、下腿潰瘍、例えば、静脈性下腿潰瘍、例えば、糖尿病性足部潰瘍における感染症である、項目２０４に記載の方法。
（項目２０６）
前記状態が、静脈性下腿潰瘍である、項目２０４に記載の方法。
（項目２０７）
前記状態が、座瘡、例えば、尋常性座瘡である、項目２０４に記載の方法。
（項目２０８）
前記状態が、尋常性座瘡である、項目２０４に記載の方法。
（項目２０９）
前記病原菌が、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、またはＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉのうちの１つ以上である、項目２０３〜２０８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１０）
前記対象が病原菌の死滅またはその成長の阻害を必要とするかを決定すること、例えば、前記対象が病原菌の死滅またはその成長の阻害を必要とすると決定することをさらに含む、項目２０３〜２０９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１１）
病原菌の死滅またはその成長の阻害を必要とする前記対象を選択することをさらに含む、項目２０３〜２１０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１２）
対象の皮膚マイクロバイオームの組成を変化させる方法であって、
アンモニア酸化細菌を含む調製物を皮膚の表面に投与する、例えば、塗布することを含み、
投与、例えば、塗布の量及び頻度が、皮膚の前記表面上の病原菌の割合を減少させるのに十分である、前記方法。
（項目２１３）
皮膚の前記表面上の病原菌の割合の減少を必要とする前記対象に基づいて前記対象を選択することをさらに含む、項目２１２に記載の方法。
（項目２１４）
前記調製物が、アンモニア、アンモニウム塩、及び尿素のうちの少なくとも１つを含む、項目２１２〜２１３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１５）
前記調製物が、放出制御材料、例えば、徐放性材料を含む、項目２１２〜２１４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１６）
前記アンモニア酸化細菌調製物が、賦形剤、例えば、薬学的に許容される賦形剤または美容的に許容される賦形剤のうちの１つをさらに含む、項目２１２〜２１５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１７）
前記賦形剤、例えば、前記薬学的に許容される賦形剤及び前記美容的に許容される賦形剤のうちの１つが、局所投与、経鼻投与、肺投与、及び胃腸投与のうちの１つに好適である、項目２１６に記載の方法。
（項目２１８）
前記賦形剤、例えば、前記薬学的に許容される賦形剤及び前記美容的に許容される賦形剤のうちの１つが、界面活性剤である、項目２１６〜２１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２１９）
前記界面活性剤が、コカミドプロピルベタイン（ＣｏｌａＴｅｒｉｃ  ＣＯＡＢ）、ポリエチレンソルビトールエステル（例えば、Ｔｗｅｅｎ  ８０）、エトキシ化ラウリルアルコール（ＲｈｏｄａＳｕｒｆ  ６  ＮＡＴ）、ラウレス硫酸ナトリウム／ラウリルグルコシド／コカミドプロピルベタイン（Ｐｌａｎｔａｐｏｎ  ６１１  Ｌ  ＵＰ）、ラウレス硫酸ナトリウム（例えば、ＲｈｏｄａＰｅｘ  ＥＳＢ  ７０  ＮＡＴ）、アルキルポリグルコシド（例えば、Ｐｌａｎｔａｒｅｎ  ２０００  Ｎ  ＵＰ）、ラウレス硫酸ナトリウム（Ｐｌａｎｔａｒｅｎ  ２００）、Ｄｒ．Ｂｒｏｎｎｅｒのキャスティール石鹸、ラウラミンオキシド（ＣｏｌａＬｕｘ  Ｌｏ）、ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）、ポリスルホン酸アルキルポリグルコシド（ＰｏｌｙＳｕｆａｎａｔｅ  １６０  Ｐ）、ラウリル硫酸ナトリウム（Ｓｔｅｐａｎｏｌ−ＷＡ  Ｅｘｔｒａ  Ｋ）、及びそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、項目２１８に記載の方法。
（項目２２０）
前記調製物が他の生物を実質的に含まない、項目２１２〜２１９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２１）
前記調製物が、粉末、化粧品、クリーム、スティック、エアロゾル、軟膏、ワイプ、または包帯中に配置される、項目２１２〜２２０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２２）
前記調製物が、粉末、化粧品、クリーム、スティック、エアロゾル、軟膏、ワイプ、または包帯として提供される、項目２１２〜２２１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２３）
前記調製物が、保湿剤、脱臭剤、芳香剤、着色剤、防虫剤、クレンジング剤、または紫外線遮断剤を含む、項目２１２〜２２２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２４）
前記賦形剤、例えば、前記薬学的に許容される賦形剤または前記美容的に許容される賦形剤が、抗接着剤、結合剤、被覆剤、崩壊剤、充填剤、香味料、色、滑沢剤、滑剤、吸着剤、防腐剤、または甘味料を含む、項目２１６〜２１７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２５）
前記アンモニア酸化細菌を含む調製物が、約１０８〜約１０１４ＣＦＵ／Ｌを含む、項目２１２〜２２４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２６）
前記調製物が、約１×１０９ＣＦＵ／Ｌ〜約１０×１０９ＣＦＵ／Ｌを含む、項目２２５に記載の方法。
（項目２２７）
前記アンモニア酸化細菌を含む調製物が、約５０ミリグラム（ｍｇ）〜約１０００ｍｇのアンモニア酸化細菌を含む、項目２１２〜２２６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２８）
アンモニア酸化細菌と前記賦形剤、例えば、前記薬学的に許容される賦形剤または前記美容的に許容される賦形剤の質量比が、約０．１グラム／Ｌ〜約１グラム／Ｌの範囲である、項目２１６〜２２７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２２９）
前記アンモニア酸化細菌調製物が、皮膚障害の治療若しくは予防、低亜硝酸塩レベルに関連する疾患若しくは状態の治療若しくは予防、体臭の治療若しくは予防、一酸化窒素を対象に供給するための治療、または微生物成長、例えば、病原菌成長を阻害するための治療に有用である、項目２１２〜２２８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３０）
前記アンモニア酸化細菌が、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｓｐｒｉａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｙｓｔｉｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｌｏｂｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｖｉｂｒｉｏ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される、項目２１２〜２２９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３１）
前記調製物が、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される生物を含む、項目２１２〜２３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３２）
前記調製物がアンモニア酸化細菌以外の生物を実質的に含まない、項目２１２〜２３０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３３）
前記アンモニア酸化細菌調製物が成長状態のアンモニア酸化細菌を含む、項目２１２〜２３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３４）
前記アンモニア酸化細菌調製物が貯蔵状態のアンモニア酸化細菌を含む、項目２１２〜２３２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３５）
化粧品製品を提供するための項目２１２〜２３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３６）
治療薬製品を提供するための項目２１２〜２３４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３７）
前記調製物が、ＨＩＶ皮膚炎、糖尿病性足部潰瘍における感染症、アトピー性皮膚炎、座瘡、例えば、尋常性座瘡、湿疹、接触性皮膚炎、アレルギー反応、乾癬、蕁麻疹、酒さ、皮膚感染症、血管疾患、膣内イースト菌感染症、性感染疾患、心臓疾患、アテローム性動脈硬化症、禿頭症、糖尿病若しくはベッド拘束に後続する下腿潰瘍、狭心症、特に慢性安定狭心症、虚血性疾患、うっ血性心不全、心筋梗塞、虚血再灌流傷害、蹄葉炎、高血圧、肥大性臓器変性、レイノー現象、線維症、線維性臓器変性、アレルギー、自己免疫性感作、末期腎疾患、肥満、陰萎、肺炎、原発性免疫不全、表皮水疱症、または癌のうちの少なくとも１つの治療に有用である、項目２１２〜２３６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２３８）
前記調製物が、座瘡、例えば、尋常性座瘡、湿疹、乾癬、蕁麻疹、酒さ、及び皮膚感染症のうちの少なくとも１つの治療に有用である、項目２３７に記載の方法。
（項目２３９）
前記調製物が容器内に提供され、前記調製物及び前記容器が、約５０、１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１５００、または２０００グラム未満の重量を有する、項目２１２〜２３８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４０）
前記調製物が約０．１％〜約１０％未満の界面活性剤を有する、項目２１２〜２３９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４１）
前記調製物が界面活性剤を実質的に含まない、項目２１２〜２４０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４２）
前記調製物がキレート剤を含む、項目２１２〜２４１のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４３）
前記調製物が、１日約１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、または２４回塗布される、項目２１２〜２４２のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４４）
前記調製物が１日１回塗布される、項目２１２〜２４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４５）
前記調製物が１日２回塗布される、項目２１２〜２４３のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４６）
前記調製物が、約１〜３、３〜５、５〜７、７〜９、５〜１０、１０〜１４、１２〜１８、１２〜２１、２１〜２８、２８〜３５、３５〜４２、４２〜４９、４９〜５６、４６〜６３、６３〜７０、７０〜７７、７７〜８４、または８４〜９１日間塗布される、項目２１２〜２４５のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４７）
前記調製物が約１６日間塗布される、項目２１２〜２４６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４８）
皮膚の前記表面から試料を得ることをさらに含む、項目２１２〜２４７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２４９）
前記試料中の細菌のＤＮＡを単離することをさらに含む、項目２４８に記載の方法。
（項目２５０）
前記試料中の細菌のＤＮＡを配列決定することをさらに含む、項目２４８〜２４９のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５１）
前記アンモニア酸化細菌の投与が、前記表面上の非病原菌の割合の増加を提供する、項目２１２〜２５０のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５２）
前記非病原菌が共生非病原菌である、項目２５１に記載の方法。
（項目２５３）
前記非病原菌がＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属の共生非病原菌である、項目２５２に記載の方法。
（項目２５４）
前記非病原菌が、共生非病原菌Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓである、項目２５３に記載の方法。
（項目２５５）
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属の前記非病原菌が約２週間後に増加するか、または約２週間後に増加すると特定される、項目２５２〜２５４のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５６）
前記非病原菌Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓが、約２週間後に増加するか、または約２週間後に増加すると特定される、項目２５５に記載の方法。
（項目２５７）
潜在的病原性Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａまたは疾患に関連したＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａが、約２週間後に減少するか、または約２週間後に減少すると特定される、項目２１２〜２５６のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５８）
潜在的病原性Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓまたは疾患に関連したＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓが、約２週間後に減少するか、または約２週間後に減少すると特定される、項目２１２〜２５７のいずれか一項に記載の方法。
（項目２５９）
皮膚の前記表面が創傷を含む、項目２１２〜２５８のいずれか一項に記載の方法。
（項目２６０）
項目２１２〜２５９のいずれか一項に記載の方法により、座瘡、例えば、尋常性座瘡を治療する方法。
（項目２６１）
項目２１２〜２５９のいずれか一項に記載の方法により、湿疹を治療する方法。
（項目２６２）
項目２１２〜２５９のいずれか一項に記載の方法により、乾癬を治療する方法。
（項目２６３）
項目２１２〜２５９のいずれか一項に記載の方法により、蕁麻疹を治療する方法。
（項目２６４）
項目２１２〜２５９のいずれか一項に記載の方法により、酒さを治療する方法。
（項目２６５）
項目２１２〜２５９のいずれか一項に記載の方法により、皮膚感染症を治療する方法。
（項目２６６）
項目２１２〜２５８のいずれか一項に記載の方法により、対象の表面上の望ましくない細菌の量を減少させる方法。
（項目２６７）
配列番号６６またはその逆相補体からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドの配列を含む核酸であるが、但し、天然には存在しない配列、若しくは別の修飾、例えば、標識、またはそれらの両方を有することを条件とする、前記核酸。
（項目２６８）
１５〜１００個の連続したヌクレオチドの前記配列が、Ｎ．Ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１には見られない配列である、項目２６７に記載の核酸。
（項目２６９）
配列番号６６からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドの前記配列に対して５’側の異種配列をさらに含む、項目２６７または２６８に記載の核酸。
（項目２７０）
配列番号６６からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドの前記配列に対して３’側の異種配列をさらに含む、項目２６７または２６８に記載の核酸。
（項目２７１）
配列番号６６からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドの前記配列に対して５’側の第１の異種配列と、配列番号６６からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドの前記配列に対して３’側の第２の異種配列と、をさらに含む、項目２６７または２６８に記載の核酸。
（項目２７２）
１５〜２０、２０〜２５、２５〜３０、３０〜２４、または２５〜４０のヌクレオチド長を有する、項目２６７〜２７１のいずれかに記載の核酸。
（項目２７３）
検出可能な標識、例えば、蛍光標識に結合している、例えば、共有結合している、項目２６７〜２７２のいずれかに記載の核酸。
（項目２７４）
配列番号６６からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドを含む第１の核酸と、
配列番号６６の逆相補体からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドを含む第２の核酸と、
を含むが、但し、前記第１の核酸若しくは前記第２の核酸またはそれらの両方が、天然には存在しない配列若しくは標識等の修飾またはそれらの両方を有することを条件とする、前記組成物。
（項目２７５）
前記第１の核酸、前記第２の核酸、または前記第１の核酸及び前記第２の核酸の各々が、Ｎ．Ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｃ９１に見られる配列を含まない、項目２７４に記載の組成物。
（項目２７６）
前記第１の核酸、前記第２の核酸、または前記第１の核酸及び前記第２の核酸の各々が、配列番号６６からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドの前記配列に対して５’側の異種配列をさらに含む、項目２７４または２７５に記載の組成物。
（項目２７７）
前記第１の核酸、前記第２の核酸、または前記第１の核酸及び前記第２の核酸の各々が、配列番号６６からの１５〜１００個の連続したヌクレオチドの前記配列に対して３’側の異種配列をさらに含む、項目２７４〜２７６のいずれかに記載の組成物。
（項目２７８）
前記第１の核酸、前記第２の核酸、または前記第１の核酸及び前記第２の核酸の各々が、１５〜２０、２０〜２５、２５〜３０、３０〜２４、または２５〜４０のヌクレオチド長を有する、項目２７４〜２７７のいずれかに記載の組成物。
（項目２７９）
前記第１の核酸、前記第２の核酸、または前記第１の核酸及び前記第２の核酸の各々が、検出可能な標識、例えば、蛍光標識に結合している、例えば、共有結合している、項目２７４〜２７８のいずれかに記載の組成物。
（項目２８０）
配列ＡＡＴＣＴＧＴＣＴＣＣＡＣＡＧＧＣＡＧＣ（配列番号６４）からなる、核酸。
（項目２８１）
配列ＴＡＴＡＣＣＣＡＣＣＡＣＣＣＡＣＧＣＴＡ（配列番号６５）からなる、核酸。
（項目２８２）
項目２８０または２８１に記載の核酸と、検出可能な標識、例えば、蛍光標識と、を含む、分子。
（項目２８３）
配列ＡＡＴＣＴＧＴＣＴＣＣＡＣＡＧＧＣＡＧＣ（配列番号６４）からなる第１の核酸と、配列ＴＡＴＡＣＣＣＡＣＣＡＣＣＣＡＣＧＣＴＡ（配列番号６５）からなる第２の核酸と、を含む、組成物。
（項目２８４）
（ｉ）配列ＡＡＴＣＴＧＴＣＴＣＣＡＣＡＧＧＣＡＧＣ（配列番号６４）からなる第１の核酸を含み、（ｉｉ）検出可能な標識、例えば、蛍光標識を任意に含む、第１の分子と、
（ｉ）配列ＴＡＴＡＣＣＣＡＣＣＡＣＣＣＡＣＧＣＴＡ（配列番号６５）からなる第２の核酸を含み、（ｉｉ）検出可能な標識、例えば、蛍光標識を任意に含む、第２の分子と、を含む、組成物。
（項目２８５）
Ｄ２３  Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ核酸が試料中に存在するかを検出する方法であって、
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３に特異的なプライマーを使用して前記試料に対するポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）を行うことと、
ＰＣＲ産物が生成されたかを決定することと、を含み、ＰＣＲ産物の存在が、前記Ｄ２３  Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ核酸が前記試料中に存在したことを示す、前記方法。
【０１７３】
本開示は、前述の態様及び／または実施形態のうちのいずれか１つ以上のすべての組み
合わせ、ならびに発明を実施するための形態及び実施例に記載の実施形態のうちのいずれ
か１つ以上との組み合わせを企図する。
【図面の簡単な説明】
【０１７４】
【図１】Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３を含む細菌の混合培養の成長を示す。６００ｎｍの波長の光学密度を時間に対してプロットする。
【図２−１】図２Ａ：Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３を含む細菌の混合培養の亜硝酸塩生成を示す。亜硝酸塩濃度を時間に対してプロットする。図２Ｂ−Ｉ：バッチ培養でのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３による亜硝酸塩生成速度を示す。亜硝酸塩濃度を時間に対してプロットする。図２Ｂ−ＩＩ：生体外でのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３による亜硝酸塩生成速度を示す。亜硝酸塩濃度を時間に対してプロットする。図２Ｃ：４℃での貯蔵時のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３安定性を示す。亜硝酸塩濃度を時間に対してプロットする。
【図２−２】図２Ａ：Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３を含む細菌の混合培養の亜硝酸塩生成を示す。亜硝酸塩濃度を時間に対してプロットする。図２Ｂ−Ｉ：バッチ培養でのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３による亜硝酸塩生成速度を示す。亜硝酸塩濃度を時間に対してプロットする。図２Ｂ−ＩＩ：生体外でのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３による亜硝酸塩生成速度を示す。亜硝酸塩濃度を時間に対してプロットする。図２Ｃ：４℃での貯蔵時のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３安定性を示す。亜硝酸塩濃度を時間に対してプロットする。
【図２−３】図２Ａ：Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３を含む細菌の混合培養の亜硝酸塩生成を示す。亜硝酸塩濃度を時間に対してプロットする。図２Ｂ−Ｉ：バッチ培養でのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３による亜硝酸塩生成速度を示す。亜硝酸塩濃度を時間に対してプロットする。図２Ｂ−ＩＩ：生体外でのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３による亜硝酸塩生成速度を示す。亜硝酸塩濃度を時間に対してプロットする。図２Ｃ：４℃での貯蔵時のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３安定性を示す。亜硝酸塩濃度を時間に対してプロットする。
【図２−４】図２Ａ：Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３を含む細菌の混合培養の亜硝酸塩生成を示す。亜硝酸塩濃度を時間に対してプロットする。図２Ｂ−Ｉ：バッチ培養でのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３による亜硝酸塩生成速度を示す。亜硝酸塩濃度を時間に対してプロットする。図２Ｂ−ＩＩ：生体外でのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３による亜硝酸塩生成速度を示す。亜硝酸塩濃度を時間に対してプロットする。図２Ｃ：４℃での貯蔵時のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３安定性を示す。亜硝酸塩濃度を時間に対してプロットする。
【図３−１】図３Ａ：共培養実験でのＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（左のパネル）及びＳ．ａｕｒｅｕｓ（右のパネル）の成長を阻害するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３の能力を示す。各々の種類の望ましくない細菌（ＣＦＵ／ｍｌ単位）の量を時間に対してプロットする。この図では、「ＡＯＢ」は、株Ｄ２３を指す。図３Ｂ：共培養実験でのＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ（左のパネル）及びＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒｂａｕｍａｎｎｉｉ（右のパネル）の成長を阻害するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３の能力を示す。各々の種類の望ましくない細菌（ＣＦＵ／ｍｌ単位）の量を時間に対してプロットする。この図では、「ＡＯＢ」は、株Ｄ２３を指す。図３Ｃ：共培養実験でのＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓの成長を阻害するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３の能力を示す。各々の種類の望ましくない細菌（ＣＦＵ／ｍｌ単位）の量を時間に対してプロットする。この図では、「ＡＯＢ」は、株Ｄ２３を指す。
【図３−２】図３Ａ：共培養実験でのＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（左のパネル）及びＳ．ａｕｒｅｕｓ（右のパネル）の成長を阻害するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３の能力を示す。各々の種類の望ましくない細菌（ＣＦＵ／ｍｌ単位）の量を時間に対してプロットする。この図では、「ＡＯＢ」は、株Ｄ２３を指す。図３Ｂ：共培養実験でのＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ（左のパネル）及びＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒｂａｕｍａｎｎｉｉ（右のパネル）の成長を阻害するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３の能力を示す。各々の種類の望ましくない細菌（ＣＦＵ／ｍｌ単位）の量を時間に対してプロットする。この図では、「ＡＯＢ」は、株Ｄ２３を指す。図３Ｃ：共培養実験でのＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓの成長を阻害するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３の能力を示す。各々の種類の望ましくない細菌（ＣＦＵ／ｍｌ単位）の量を時間に対してプロットする。この図では、「ＡＯＢ」は、株Ｄ２３を指す。
【図３−３】図３Ａ：共培養実験でのＰ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（左のパネル）及びＳ．ａｕｒｅｕｓ（右のパネル）の成長を阻害するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３の能力を示す。各々の種類の望ましくない細菌（ＣＦＵ／ｍｌ単位）の量を時間に対してプロットする。この図では、「ＡＯＢ」は、株Ｄ２３を指す。図３Ｂ：共培養実験でのＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ（左のパネル）及びＡｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒｂａｕｍａｎｎｉｉ（右のパネル）の成長を阻害するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３の能力を示す。各々の種類の望ましくない細菌（ＣＦＵ／ｍｌ単位）の量を時間に対してプロットする。この図では、「ＡＯＢ」は、株Ｄ２３を指す。図３Ｃ：共培養実験でのＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓの成長を阻害するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３の能力を示す。各々の種類の望ましくない細菌（ＣＦＵ／ｍｌ単位）の量を時間に対してプロットする。この図では、「ＡＯＢ」は、株Ｄ２３を指す。
【図４−１】図４Ａ：（上のパネル）共培養実験での経時的なＮＯ２−濃度をプロットする。（下のパネル）共培養実験での経時的なｐＨをプロットする。図４Ｂ：（上のパネル）は、共培養実験での示される細菌の経時的なＣＦＵ／ｍｌをプロットする。（中央のパネル）共培養実験での経時的なＮＯ２−濃度をプロットする。（下のパネル）共培養実験での経時的なｐＨをプロットする。図４Ｃ：皮膚病原体に対するＤ２３の殺菌活性をプロットする。図４Ｄ：皮膚病原体に対するＤ２３の殺菌活性をプロットする。図４Ｅ：皮膚病原体に対するＤ２３の殺菌活性の代替プロットを示す。
【図４−２】図４Ａ：（上のパネル）共培養実験での経時的なＮＯ２−濃度をプロットする。（下のパネル）共培養実験での経時的なｐＨをプロットする。図４Ｂ：（上のパネル）は、共培養実験での示される細菌の経時的なＣＦＵ／ｍｌをプロットする。（中央のパネル）共培養実験での経時的なＮＯ２−濃度をプロットする。（下のパネル）共培養実験での経時的なｐＨをプロットする。図４Ｃ：皮膚病原体に対するＤ２３の殺菌活性をプロットする。図４Ｄ：皮膚病原体に対するＤ２３の殺菌活性をプロットする。図４Ｅ：皮膚病原体に対するＤ２３の殺菌活性の代替プロットを示す。
【図４−３】図４Ａ：（上のパネル）共培養実験での経時的なＮＯ２−濃度をプロットする。（下のパネル）共培養実験での経時的なｐＨをプロットする。図４Ｂ：（上のパネル）は、共培養実験での示される細菌の経時的なＣＦＵ／ｍｌをプロットする。（中央のパネル）共培養実験での経時的なＮＯ２−濃度をプロットする。（下のパネル）共培養実験での経時的なｐＨをプロットする。図４Ｃ：皮膚病原体に対するＤ２３の殺菌活性をプロットする。図４Ｄ：皮膚病原体に対するＤ２３の殺菌活性をプロットする。図４Ｅ：皮膚病原体に対するＤ２３の殺菌活性の代替プロットを示す。
【図４−４】図４Ａ：（上のパネル）共培養実験での経時的なＮＯ２−濃度をプロットする。（下のパネル）共培養実験での経時的なｐＨをプロットする。図４Ｂ：（上のパネル）は、共培養実験での示される細菌の経時的なＣＦＵ／ｍｌをプロットする。（中央のパネル）共培養実験での経時的なＮＯ２−濃度をプロットする。（下のパネル）共培養実験での経時的なｐＨをプロットする。図４Ｃ：皮膚病原体に対するＤ２３の殺菌活性をプロットする。図４Ｄ：皮膚病原体に対するＤ２３の殺菌活性をプロットする。図４Ｅ：皮膚病原体に対するＤ２３の殺菌活性の代替プロットを示す。
【図４−５】図４Ａ：（上のパネル）共培養実験での経時的なＮＯ２−濃度をプロットする。（下のパネル）共培養実験での経時的なｐＨをプロットする。図４Ｂ：（上のパネル）は、共培養実験での示される細菌の経時的なＣＦＵ／ｍｌをプロットする。（中央のパネル）共培養実験での経時的なＮＯ２−濃度をプロットする。（下のパネル）共培養実験での経時的なｐＨをプロットする。図４Ｃ：皮膚病原体に対するＤ２３の殺菌活性をプロットする。図４Ｄ：皮膚病原体に対するＤ２３の殺菌活性をプロットする。図４Ｅ：皮膚病原体に対するＤ２３の殺菌活性の代替プロットを示す。
【図５−１】図５Ａ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｂ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｃ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｄ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｅ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｆ：１日目、１１日目、及び１５日目の糖尿病性マウスにおけるＤ２３で増強された創傷治癒の画像を示す。図５Ｇ：様々な濃度のＤ２３の血糖測定値を示す。図５Ｈ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｉ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｊ：対象の頭皮試験のＰＣＲスコアを示す。この図では、ＡＯＢは、Ｄ２３を指す。図５Ｋ：Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ含有局所懸濁液（ＡＯＢ−００１）の評価についてのヒト志願者研究の概略図を示す。図５Ｌ：（左のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。ＡＯＢ特異的３遺伝子シグネチャ（ａｍｏＡ、ａｍｏＢ、ａｍｏＣ）の陽性試料パーセント。（右のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。２３名の志願者の各々から収集された合計６つの試料の複合ＰＣＲスコア。６つのサンプリング点の各々で収集された陽性試料に使用されたスコア化スキームを示す。図５Ｍ：ＡＯＢ−００１の局所塗布前及び局所塗布後に収集された皮膚スワブ試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって決定された属レベルの細菌多様性を示す。塗布前（０日目）、及び１週間塗布した直後（８日目）、または局所塗布を中断した１週間後（１４日目）にベースラインで収集された試料中の１２の細菌属の各々を表す、全配列読み取りのパーセンテージを示す。Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｐａｎｔｏｅａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの割合を示す。図５Ｎ−Ａ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。塗布前（０日目）、１週間塗布した直後（８日目）、または塗布を終了した１週間後（１４日目）のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓを表す、全１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列読み取りのパーセンテージを示す。図５Ｎ−Ｂ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。種の存在量の変化したパターンを、ＡＯＢ使用者から０日目に収集された試料対８日目に収集された試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって検出した。図５Ｏ：ＡＯＢ−００１の使用者評価を示す。頭皮及び顔への塗布を１週間終了した時点で２３名の志願者によって提供されたＡＯＢ−００１美髪、美顔効果の査定。複合ＰＣＴスコアが増加した順に対象をプロットした。（２＝強く賛同、０＝変化無し、−２＝全く賛同なし）。
【図５−２】図５Ａ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｂ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｃ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｄ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｅ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｆ：１日目、１１日目、及び１５日目の糖尿病性マウスにおけるＤ２３で増強された創傷治癒の画像を示す。図５Ｇ：様々な濃度のＤ２３の血糖測定値を示す。図５Ｈ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｉ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｊ：対象の頭皮試験のＰＣＲスコアを示す。この図では、ＡＯＢは、Ｄ２３を指す。図５Ｋ：Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ含有局所懸濁液（ＡＯＢ−００１）の評価についてのヒト志願者研究の概略図を示す。図５Ｌ：（左のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。ＡＯＢ特異的３遺伝子シグネチャ（ａｍｏＡ、ａｍｏＢ、ａｍｏＣ）の陽性試料パーセント。（右のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。２３名の志願者の各々から収集された合計６つの試料の複合ＰＣＲスコア。６つのサンプリング点の各々で収集された陽性試料に使用されたスコア化スキームを示す。図５Ｍ：ＡＯＢ−００１の局所塗布前及び局所塗布後に収集された皮膚スワブ試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって決定された属レベルの細菌多様性を示す。塗布前（０日目）、及び１週間塗布した直後（８日目）、または局所塗布を中断した１週間後（１４日目）にベースラインで収集された試料中の１２の細菌属の各々を表す、全配列読み取りのパーセンテージを示す。Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｐａｎｔｏｅａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの割合を示す。図５Ｎ−Ａ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。塗布前（０日目）、１週間塗布した直後（８日目）、または塗布を終了した１週間後（１４日目）のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓを表す、全１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列読み取りのパーセンテージを示す。図５Ｎ−Ｂ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。種の存在量の変化したパターンを、ＡＯＢ使用者から０日目に収集された試料対８日目に収集された試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって検出した。図５Ｏ：ＡＯＢ−００１の使用者評価を示す。頭皮及び顔への塗布を１週間終了した時点で２３名の志願者によって提供されたＡＯＢ−００１美髪、美顔効果の査定。複合ＰＣＴスコアが増加した順に対象をプロットした。（２＝強く賛同、０＝変化無し、−２＝全く賛同なし）。
【図５−３】図５Ａ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｂ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｃ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｄ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｅ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｆ：１日目、１１日目、及び１５日目の糖尿病性マウスにおけるＤ２３で増強された創傷治癒の画像を示す。図５Ｇ：様々な濃度のＤ２３の血糖測定値を示す。図５Ｈ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｉ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｊ：対象の頭皮試験のＰＣＲスコアを示す。この図では、ＡＯＢは、Ｄ２３を指す。図５Ｋ：Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ含有局所懸濁液（ＡＯＢ−００１）の評価についてのヒト志願者研究の概略図を示す。図５Ｌ：（左のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。ＡＯＢ特異的３遺伝子シグネチャ（ａｍｏＡ、ａｍｏＢ、ａｍｏＣ）の陽性試料パーセント。（右のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。２３名の志願者の各々から収集された合計６つの試料の複合ＰＣＲスコア。６つのサンプリング点の各々で収集された陽性試料に使用されたスコア化スキームを示す。図５Ｍ：ＡＯＢ−００１の局所塗布前及び局所塗布後に収集された皮膚スワブ試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって決定された属レベルの細菌多様性を示す。塗布前（０日目）、及び１週間塗布した直後（８日目）、または局所塗布を中断した１週間後（１４日目）にベースラインで収集された試料中の１２の細菌属の各々を表す、全配列読み取りのパーセンテージを示す。Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｐａｎｔｏｅａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの割合を示す。図５Ｎ−Ａ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。塗布前（０日目）、１週間塗布した直後（８日目）、または塗布を終了した１週間後（１４日目）のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓを表す、全１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列読み取りのパーセンテージを示す。図５Ｎ−Ｂ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。種の存在量の変化したパターンを、ＡＯＢ使用者から０日目に収集された試料対８日目に収集された試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって検出した。図５Ｏ：ＡＯＢ−００１の使用者評価を示す。頭皮及び顔への塗布を１週間終了した時点で２３名の志願者によって提供されたＡＯＢ−００１美髪、美顔効果の査定。複合ＰＣＴスコアが増加した順に対象をプロットした。（２＝強く賛同、０＝変化無し、−２＝全く賛同なし）。
【図５−４】図５Ａ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｂ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｃ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｄ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｅ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｆ：１日目、１１日目、及び１５日目の糖尿病性マウスにおけるＤ２３で増強された創傷治癒の画像を示す。図５Ｇ：様々な濃度のＤ２３の血糖測定値を示す。図５Ｈ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｉ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｊ：対象の頭皮試験のＰＣＲスコアを示す。この図では、ＡＯＢは、Ｄ２３を指す。図５Ｋ：Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ含有局所懸濁液（ＡＯＢ−００１）の評価についてのヒト志願者研究の概略図を示す。図５Ｌ：（左のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。ＡＯＢ特異的３遺伝子シグネチャ（ａｍｏＡ、ａｍｏＢ、ａｍｏＣ）の陽性試料パーセント。（右のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。２３名の志願者の各々から収集された合計６つの試料の複合ＰＣＲスコア。６つのサンプリング点の各々で収集された陽性試料に使用されたスコア化スキームを示す。図５Ｍ：ＡＯＢ−００１の局所塗布前及び局所塗布後に収集された皮膚スワブ試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって決定された属レベルの細菌多様性を示す。塗布前（０日目）、及び１週間塗布した直後（８日目）、または局所塗布を中断した１週間後（１４日目）にベースラインで収集された試料中の１２の細菌属の各々を表す、全配列読み取りのパーセンテージを示す。Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｐａｎｔｏｅａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの割合を示す。図５Ｎ−Ａ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。塗布前（０日目）、１週間塗布した直後（８日目）、または塗布を終了した１週間後（１４日目）のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓを表す、全１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列読み取りのパーセンテージを示す。図５Ｎ−Ｂ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。種の存在量の変化したパターンを、ＡＯＢ使用者から０日目に収集された試料対８日目に収集された試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって検出した。図５Ｏ：ＡＯＢ−００１の使用者評価を示す。頭皮及び顔への塗布を１週間終了した時点で２３名の志願者によって提供されたＡＯＢ−００１美髪、美顔効果の査定。複合ＰＣＴスコアが増加した順に対象をプロットした。（２＝強く賛同、０＝変化無し、−２＝全く賛同なし）。
【図５−５】図５Ａ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｂ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｃ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｄ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｅ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｆ：１日目、１１日目、及び１５日目の糖尿病性マウスにおけるＤ２３で増強された創傷治癒の画像を示す。図５Ｇ：様々な濃度のＤ２３の血糖測定値を示す。図５Ｈ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｉ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｊ：対象の頭皮試験のＰＣＲスコアを示す。この図では、ＡＯＢは、Ｄ２３を指す。図５Ｋ：Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ含有局所懸濁液（ＡＯＢ−００１）の評価についてのヒト志願者研究の概略図を示す。図５Ｌ：（左のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。ＡＯＢ特異的３遺伝子シグネチャ（ａｍｏＡ、ａｍｏＢ、ａｍｏＣ）の陽性試料パーセント。（右のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。２３名の志願者の各々から収集された合計６つの試料の複合ＰＣＲスコア。６つのサンプリング点の各々で収集された陽性試料に使用されたスコア化スキームを示す。図５Ｍ：ＡＯＢ−００１の局所塗布前及び局所塗布後に収集された皮膚スワブ試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって決定された属レベルの細菌多様性を示す。塗布前（０日目）、及び１週間塗布した直後（８日目）、または局所塗布を中断した１週間後（１４日目）にベースラインで収集された試料中の１２の細菌属の各々を表す、全配列読み取りのパーセンテージを示す。Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｐａｎｔｏｅａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの割合を示す。図５Ｎ−Ａ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。塗布前（０日目）、１週間塗布した直後（８日目）、または塗布を終了した１週間後（１４日目）のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓを表す、全１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列読み取りのパーセンテージを示す。図５Ｎ−Ｂ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。種の存在量の変化したパターンを、ＡＯＢ使用者から０日目に収集された試料対８日目に収集された試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって検出した。図５Ｏ：ＡＯＢ−００１の使用者評価を示す。頭皮及び顔への塗布を１週間終了した時点で２３名の志願者によって提供されたＡＯＢ−００１美髪、美顔効果の査定。複合ＰＣＴスコアが増加した順に対象をプロットした。（２＝強く賛同、０＝変化無し、−２＝全く賛同なし）。
【図５−６】図５Ａ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｂ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｃ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｄ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｅ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｆ：１日目、１１日目、及び１５日目の糖尿病性マウスにおけるＤ２３で増強された創傷治癒の画像を示す。図５Ｇ：様々な濃度のＤ２３の血糖測定値を示す。図５Ｈ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｉ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｊ：対象の頭皮試験のＰＣＲスコアを示す。この図では、ＡＯＢは、Ｄ２３を指す。図５Ｋ：Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ含有局所懸濁液（ＡＯＢ−００１）の評価についてのヒト志願者研究の概略図を示す。図５Ｌ：（左のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。ＡＯＢ特異的３遺伝子シグネチャ（ａｍｏＡ、ａｍｏＢ、ａｍｏＣ）の陽性試料パーセント。（右のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。２３名の志願者の各々から収集された合計６つの試料の複合ＰＣＲスコア。６つのサンプリング点の各々で収集された陽性試料に使用されたスコア化スキームを示す。図５Ｍ：ＡＯＢ−００１の局所塗布前及び局所塗布後に収集された皮膚スワブ試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって決定された属レベルの細菌多様性を示す。塗布前（０日目）、及び１週間塗布した直後（８日目）、または局所塗布を中断した１週間後（１４日目）にベースラインで収集された試料中の１２の細菌属の各々を表す、全配列読み取りのパーセンテージを示す。Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｐａｎｔｏｅａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの割合を示す。図５Ｎ−Ａ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。塗布前（０日目）、１週間塗布した直後（８日目）、または塗布を終了した１週間後（１４日目）のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓを表す、全１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列読み取りのパーセンテージを示す。図５Ｎ−Ｂ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。種の存在量の変化したパターンを、ＡＯＢ使用者から０日目に収集された試料対８日目に収集された試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって検出した。図５Ｏ：ＡＯＢ−００１の使用者評価を示す。頭皮及び顔への塗布を１週間終了した時点で２３名の志願者によって提供されたＡＯＢ−００１美髪、美顔効果の査定。複合ＰＣＴスコアが増加した順に対象をプロットした。（２＝強く賛同、０＝変化無し、−２＝全く賛同なし）。
【図５−７】図５Ａ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｂ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｃ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｄ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｅ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｆ：１日目、１１日目、及び１５日目の糖尿病性マウスにおけるＤ２３で増強された創傷治癒の画像を示す。図５Ｇ：様々な濃度のＤ２３の血糖測定値を示す。図５Ｈ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｉ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｊ：対象の頭皮試験のＰＣＲスコアを示す。この図では、ＡＯＢは、Ｄ２３を指す。図５Ｋ：Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ含有局所懸濁液（ＡＯＢ−００１）の評価についてのヒト志願者研究の概略図を示す。図５Ｌ：（左のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。ＡＯＢ特異的３遺伝子シグネチャ（ａｍｏＡ、ａｍｏＢ、ａｍｏＣ）の陽性試料パーセント。（右のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。２３名の志願者の各々から収集された合計６つの試料の複合ＰＣＲスコア。６つのサンプリング点の各々で収集された陽性試料に使用されたスコア化スキームを示す。図５Ｍ：ＡＯＢ−００１の局所塗布前及び局所塗布後に収集された皮膚スワブ試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって決定された属レベルの細菌多様性を示す。塗布前（０日目）、及び１週間塗布した直後（８日目）、または局所塗布を中断した１週間後（１４日目）にベースラインで収集された試料中の１２の細菌属の各々を表す、全配列読み取りのパーセンテージを示す。Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｐａｎｔｏｅａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの割合を示す。図５Ｎ−Ａ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。塗布前（０日目）、１週間塗布した直後（８日目）、または塗布を終了した１週間後（１４日目）のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓを表す、全１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列読み取りのパーセンテージを示す。図５Ｎ−Ｂ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。種の存在量の変化したパターンを、ＡＯＢ使用者から０日目に収集された試料対８日目に収集された試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって検出した。図５Ｏ：ＡＯＢ−００１の使用者評価を示す。頭皮及び顔への塗布を１週間終了した時点で２３名の志願者によって提供されたＡＯＢ−００１美髪、美顔効果の査定。複合ＰＣＴスコアが増加した順に対象をプロットした。（２＝強く賛同、０＝変化無し、−２＝全く賛同なし）。
【図５−８】図５Ａ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｂ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｃ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｄ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｅ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｆ：１日目、１１日目、及び１５日目の糖尿病性マウスにおけるＤ２３で増強された創傷治癒の画像を示す。図５Ｇ：様々な濃度のＤ２３の血糖測定値を示す。図５Ｈ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｉ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｊ：対象の頭皮試験のＰＣＲスコアを示す。この図では、ＡＯＢは、Ｄ２３を指す。図５Ｋ：Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ含有局所懸濁液（ＡＯＢ−００１）の評価についてのヒト志願者研究の概略図を示す。図５Ｌ：（左のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。ＡＯＢ特異的３遺伝子シグネチャ（ａｍｏＡ、ａｍｏＢ、ａｍｏＣ）の陽性試料パーセント。（右のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。２３名の志願者の各々から収集された合計６つの試料の複合ＰＣＲスコア。６つのサンプリング点の各々で収集された陽性試料に使用されたスコア化スキームを示す。図５Ｍ：ＡＯＢ−００１の局所塗布前及び局所塗布後に収集された皮膚スワブ試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって決定された属レベルの細菌多様性を示す。塗布前（０日目）、及び１週間塗布した直後（８日目）、または局所塗布を中断した１週間後（１４日目）にベースラインで収集された試料中の１２の細菌属の各々を表す、全配列読み取りのパーセンテージを示す。Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｐａｎｔｏｅａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの割合を示す。図５Ｎ−Ａ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。塗布前（０日目）、１週間塗布した直後（８日目）、または塗布を終了した１週間後（１４日目）のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓを表す、全１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列読み取りのパーセンテージを示す。図５Ｎ−Ｂ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。種の存在量の変化したパターンを、ＡＯＢ使用者から０日目に収集された試料対８日目に収集された試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって検出した。図５Ｏ：ＡＯＢ−００１の使用者評価を示す。頭皮及び顔への塗布を１週間終了した時点で２３名の志願者によって提供されたＡＯＢ−００１美髪、美顔効果の査定。複合ＰＣＴスコアが増加した順に対象をプロットした。（２＝強く賛同、０＝変化無し、−２＝全く賛同なし）。
【図５−９】図５Ａ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｂ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｃ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｄ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｅ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｆ：１日目、１１日目、及び１５日目の糖尿病性マウスにおけるＤ２３で増強された創傷治癒の画像を示す。図５Ｇ：様々な濃度のＤ２３の血糖測定値を示す。図５Ｈ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｉ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｊ：対象の頭皮試験のＰＣＲスコアを示す。この図では、ＡＯＢは、Ｄ２３を指す。図５Ｋ：Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ含有局所懸濁液（ＡＯＢ−００１）の評価についてのヒト志願者研究の概略図を示す。図５Ｌ：（左のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。ＡＯＢ特異的３遺伝子シグネチャ（ａｍｏＡ、ａｍｏＢ、ａｍｏＣ）の陽性試料パーセント。（右のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。２３名の志願者の各々から収集された合計６つの試料の複合ＰＣＲスコア。６つのサンプリング点の各々で収集された陽性試料に使用されたスコア化スキームを示す。図５Ｍ：ＡＯＢ−００１の局所塗布前及び局所塗布後に収集された皮膚スワブ試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって決定された属レベルの細菌多様性を示す。塗布前（０日目）、及び１週間塗布した直後（８日目）、または局所塗布を中断した１週間後（１４日目）にベースラインで収集された試料中の１２の細菌属の各々を表す、全配列読み取りのパーセンテージを示す。Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｐａｎｔｏｅａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの割合を示す。図５Ｎ−Ａ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。塗布前（０日目）、１週間塗布した直後（８日目）、または塗布を終了した１週間後（１４日目）のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓを表す、全１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列読み取りのパーセンテージを示す。図５Ｎ−Ｂ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。種の存在量の変化したパターンを、ＡＯＢ使用者から０日目に収集された試料対８日目に収集された試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって検出した。図５Ｏ：ＡＯＢ−００１の使用者評価を示す。頭皮及び顔への塗布を１週間終了した時点で２３名の志願者によって提供されたＡＯＢ−００１美髪、美顔効果の査定。複合ＰＣＴスコアが増加した順に対象をプロットした。（２＝強く賛同、０＝変化無し、−２＝全く賛同なし）。
【図５−１０】図５Ａ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｂ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｃ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｄ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｅ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｆ：１日目、１１日目、及び１５日目の糖尿病性マウスにおけるＤ２３で増強された創傷治癒の画像を示す。図５Ｇ：様々な濃度のＤ２３の血糖測定値を示す。図５Ｈ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｉ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｊ：対象の頭皮試験のＰＣＲスコアを示す。この図では、ＡＯＢは、Ｄ２３を指す。図５Ｋ：Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ含有局所懸濁液（ＡＯＢ−００１）の評価についてのヒト志願者研究の概略図を示す。図５Ｌ：（左のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。ＡＯＢ特異的３遺伝子シグネチャ（ａｍｏＡ、ａｍｏＢ、ａｍｏＣ）の陽性試料パーセント。（右のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。２３名の志願者の各々から収集された合計６つの試料の複合ＰＣＲスコア。６つのサンプリング点の各々で収集された陽性試料に使用されたスコア化スキームを示す。図５Ｍ：ＡＯＢ−００１の局所塗布前及び局所塗布後に収集された皮膚スワブ試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって決定された属レベルの細菌多様性を示す。塗布前（０日目）、及び１週間塗布した直後（８日目）、または局所塗布を中断した１週間後（１４日目）にベースラインで収集された試料中の１２の細菌属の各々を表す、全配列読み取りのパーセンテージを示す。Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｐａｎｔｏｅａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの割合を示す。図５Ｎ−Ａ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。塗布前（０日目）、１週間塗布した直後（８日目）、または塗布を終了した１週間後（１４日目）のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓを表す、全１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列読み取りのパーセンテージを示す。図５Ｎ−Ｂ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。種の存在量の変化したパターンを、ＡＯＢ使用者から０日目に収集された試料対８日目に収集された試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって検出した。図５Ｏ：ＡＯＢ−００１の使用者評価を示す。頭皮及び顔への塗布を１週間終了した時点で２３名の志願者によって提供されたＡＯＢ−００１美髪、美顔効果の査定。複合ＰＣＴスコアが増加した順に対象をプロットした。（２＝強く賛同、０＝変化無し、−２＝全く賛同なし）。
【図５−１１】図５Ａ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｂ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｃ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｄ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｅ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｆ：１日目、１１日目、及び１５日目の糖尿病性マウスにおけるＤ２３で増強された創傷治癒の画像を示す。図５Ｇ：様々な濃度のＤ２３の血糖測定値を示す。図５Ｈ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｉ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｊ：対象の頭皮試験のＰＣＲスコアを示す。この図では、ＡＯＢは、Ｄ２３を指す。図５Ｋ：Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ含有局所懸濁液（ＡＯＢ−００１）の評価についてのヒト志願者研究の概略図を示す。図５Ｌ：（左のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。ＡＯＢ特異的３遺伝子シグネチャ（ａｍｏＡ、ａｍｏＢ、ａｍｏＣ）の陽性試料パーセント。（右のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。２３名の志願者の各々から収集された合計６つの試料の複合ＰＣＲスコア。６つのサンプリング点の各々で収集された陽性試料に使用されたスコア化スキームを示す。図５Ｍ：ＡＯＢ−００１の局所塗布前及び局所塗布後に収集された皮膚スワブ試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって決定された属レベルの細菌多様性を示す。塗布前（０日目）、及び１週間塗布した直後（８日目）、または局所塗布を中断した１週間後（１４日目）にベースラインで収集された試料中の１２の細菌属の各々を表す、全配列読み取りのパーセンテージを示す。Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｐａｎｔｏｅａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの割合を示す。図５Ｎ−Ａ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。塗布前（０日目）、１週間塗布した直後（８日目）、または塗布を終了した１週間後（１４日目）のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓを表す、全１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列読み取りのパーセンテージを示す。図５Ｎ−Ｂ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。種の存在量の変化したパターンを、ＡＯＢ使用者から０日目に収集された試料対８日目に収集された試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって検出した。図５Ｏ：ＡＯＢ−００１の使用者評価を示す。頭皮及び顔への塗布を１週間終了した時点で２３名の志願者によって提供されたＡＯＢ−００１美髪、美顔効果の査定。複合ＰＣＴスコアが増加した順に対象をプロットした。（２＝強く賛同、０＝変化無し、−２＝全く賛同なし）。
【図５−１２】図５Ａ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｂ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｃ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｄ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｅ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｆ：１日目、１１日目、及び１５日目の糖尿病性マウスにおけるＤ２３で増強された創傷治癒の画像を示す。図５Ｇ：様々な濃度のＤ２３の血糖測定値を示す。図５Ｈ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｉ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｊ：対象の頭皮試験のＰＣＲスコアを示す。この図では、ＡＯＢは、Ｄ２３を指す。図５Ｋ：Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ含有局所懸濁液（ＡＯＢ−００１）の評価についてのヒト志願者研究の概略図を示す。図５Ｌ：（左のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。ＡＯＢ特異的３遺伝子シグネチャ（ａｍｏＡ、ａｍｏＢ、ａｍｏＣ）の陽性試料パーセント。（右のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。２３名の志願者の各々から収集された合計６つの試料の複合ＰＣＲスコア。６つのサンプリング点の各々で収集された陽性試料に使用されたスコア化スキームを示す。図５Ｍ：ＡＯＢ−００１の局所塗布前及び局所塗布後に収集された皮膚スワブ試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって決定された属レベルの細菌多様性を示す。塗布前（０日目）、及び１週間塗布した直後（８日目）、または局所塗布を中断した１週間後（１４日目）にベースラインで収集された試料中の１２の細菌属の各々を表す、全配列読み取りのパーセンテージを示す。Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｐａｎｔｏｅａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの割合を示す。図５Ｎ−Ａ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。塗布前（０日目）、１週間塗布した直後（８日目）、または塗布を終了した１週間後（１４日目）のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓを表す、全１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列読み取りのパーセンテージを示す。図５Ｎ−Ｂ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。種の存在量の変化したパターンを、ＡＯＢ使用者から０日目に収集された試料対８日目に収集された試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって検出した。図５Ｏ：ＡＯＢ−００１の使用者評価を示す。頭皮及び顔への塗布を１週間終了した時点で２３名の志願者によって提供されたＡＯＢ−００１美髪、美顔効果の査定。複合ＰＣＴスコアが増加した順に対象をプロットした。（２＝強く賛同、０＝変化無し、−２＝全く賛同なし）。
【図５−１３】図５Ａ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｂ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｃ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｄ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｅ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｆ：１日目、１１日目、及び１５日目の糖尿病性マウスにおけるＤ２３で増強された創傷治癒の画像を示す。図５Ｇ：様々な濃度のＤ２３の血糖測定値を示す。図５Ｈ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｉ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｊ：対象の頭皮試験のＰＣＲスコアを示す。この図では、ＡＯＢは、Ｄ２３を指す。図５Ｋ：Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ含有局所懸濁液（ＡＯＢ−００１）の評価についてのヒト志願者研究の概略図を示す。図５Ｌ：（左のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。ＡＯＢ特異的３遺伝子シグネチャ（ａｍｏＡ、ａｍｏＢ、ａｍｏＣ）の陽性試料パーセント。（右のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。２３名の志願者の各々から収集された合計６つの試料の複合ＰＣＲスコア。６つのサンプリング点の各々で収集された陽性試料に使用されたスコア化スキームを示す。図５Ｍ：ＡＯＢ−００１の局所塗布前及び局所塗布後に収集された皮膚スワブ試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって決定された属レベルの細菌多様性を示す。塗布前（０日目）、及び１週間塗布した直後（８日目）、または局所塗布を中断した１週間後（１４日目）にベースラインで収集された試料中の１２の細菌属の各々を表す、全配列読み取りのパーセンテージを示す。Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｐａｎｔｏｅａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの割合を示す。図５Ｎ−Ａ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。塗布前（０日目）、１週間塗布した直後（８日目）、または塗布を終了した１週間後（１４日目）のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓを表す、全１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列読み取りのパーセンテージを示す。図５Ｎ−Ｂ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。種の存在量の変化したパターンを、ＡＯＢ使用者から０日目に収集された試料対８日目に収集された試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって検出した。図５Ｏ：ＡＯＢ−００１の使用者評価を示す。頭皮及び顔への塗布を１週間終了した時点で２３名の志願者によって提供されたＡＯＢ−００１美髪、美顔効果の査定。複合ＰＣＴスコアが増加した順に対象をプロットした。（２＝強く賛同、０＝変化無し、−２＝全く賛同なし）。
【図５−１４】図５Ａ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｂ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｃ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｄ：創傷治癒を改善するＤ２３の能力を試験する実験での経時的な創傷閉鎖パーセントをプロットする。図５Ｅ：様々なＤ２３での治療に対するＣＴ５０をプロットする。図５Ｆ：１日目、１１日目、及び１５日目の糖尿病性マウスにおけるＤ２３で増強された創傷治癒の画像を示す。図５Ｇ：様々な濃度のＤ２３の血糖測定値を示す。図５Ｈ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｉ：試験中の被験対象の体重を示す。図５Ｊ：対象の頭皮試験のＰＣＲスコアを示す。この図では、ＡＯＢは、Ｄ２３を指す。図５Ｋ：Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ含有局所懸濁液（ＡＯＢ−００１）の評価についてのヒト志願者研究の概略図を示す。図５Ｌ：（左のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。ＡＯＢ特異的３遺伝子シグネチャ（ａｍｏＡ、ａｍｏＢ、ａｍｏＣ）の陽性試料パーセント。（右のパネル）本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。２３名の志願者の各々から収集された合計６つの試料の複合ＰＣＲスコア。６つのサンプリング点の各々で収集された陽性試料に使用されたスコア化スキームを示す。図５Ｍ：ＡＯＢ−００１の局所塗布前及び局所塗布後に収集された皮膚スワブ試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって決定された属レベルの細菌多様性を示す。塗布前（０日目）、及び１週間塗布した直後（８日目）、または局所塗布を中断した１週間後（１４日目）にベースラインで収集された試料中の１２の細菌属の各々を表す、全配列読み取りのパーセンテージを示す。Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ、Ｂｕｒｋｈｏｌｄｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ  Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ、Ｐａｎｔｏｅａ、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ、Ｓｅｒｒａｔｉａ、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの割合を示す。図５Ｎ−Ａ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。塗布前（０日目）、１週間塗布した直後（８日目）、または塗布を終了した１週間後（１４日目）のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓを表す、全１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列読み取りのパーセンテージを示す。図５Ｎ−Ｂ：ＡＯＢ−００１塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。種の存在量の変化したパターンを、ＡＯＢ使用者から０日目に収集された試料対８日目に収集された試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によって検出した。図５Ｏ：ＡＯＢ−００１の使用者評価を示す。頭皮及び顔への塗布を１週間終了した時点で２３名の志願者によって提供されたＡＯＢ−００１美髪、美顔効果の査定。複合ＰＣＴスコアが増加した順に対象をプロットした。（２＝強く賛同、０＝変化無し、−２＝全く賛同なし）。
【図６−１】配列分析に基づく割り当てられたオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の数及び機能、または２００塩基対長を超える仮定的遺伝子のいずれかを有する一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、以下の通り意味する：特徴ＩＤ＝遺伝子の一意の識別子、種類＝遺伝子の種類（ここで、ＣＤＳは、タンパク質コードＤＮＡ配列を示す）、開始＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の開始位置、停止＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の停止位置、フレーム＝リーディングフレーム、長さ＝遺伝子の長さ（塩基対の数）、機能＝配列分析に基づく遺伝子またはタンパク質の機能、サブシステム＝遺伝子機能のカテゴリー、Ｄ２３ＧｂｋＩｄ＝遺伝子の識別子。
【図６−２】配列分析に基づく割り当てられたオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の数及び機能、または２００塩基対長を超える仮定的遺伝子のいずれかを有する一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、以下の通り意味する：特徴ＩＤ＝遺伝子の一意の識別子、種類＝遺伝子の種類（ここで、ＣＤＳは、タンパク質コードＤＮＡ配列を示す）、開始＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の開始位置、停止＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の停止位置、フレーム＝リーディングフレーム、長さ＝遺伝子の長さ（塩基対の数）、機能＝配列分析に基づく遺伝子またはタンパク質の機能、サブシステム＝遺伝子機能のカテゴリー、Ｄ２３ＧｂｋＩｄ＝遺伝子の識別子。
【図６−３】配列分析に基づく割り当てられたオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の数及び機能、または２００塩基対長を超える仮定的遺伝子のいずれかを有する一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、以下の通り意味する：特徴ＩＤ＝遺伝子の一意の識別子、種類＝遺伝子の種類（ここで、ＣＤＳは、タンパク質コードＤＮＡ配列を示す）、開始＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の開始位置、停止＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の停止位置、フレーム＝リーディングフレーム、長さ＝遺伝子の長さ（塩基対の数）、機能＝配列分析に基づく遺伝子またはタンパク質の機能、サブシステム＝遺伝子機能のカテゴリー、Ｄ２３ＧｂｋＩｄ＝遺伝子の識別子。
【図６−４】配列分析に基づく割り当てられたオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の数及び機能、または２００塩基対長を超える仮定的遺伝子のいずれかを有する一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、以下の通り意味する：特徴ＩＤ＝遺伝子の一意の識別子、種類＝遺伝子の種類（ここで、ＣＤＳは、タンパク質コードＤＮＡ配列を示す）、開始＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の開始位置、停止＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の停止位置、フレーム＝リーディングフレーム、長さ＝遺伝子の長さ（塩基対の数）、機能＝配列分析に基づく遺伝子またはタンパク質の機能、サブシステム＝遺伝子機能のカテゴリー、Ｄ２３ＧｂｋＩｄ＝遺伝子の識別子。
【図６−５】配列分析に基づく割り当てられたオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の数及び機能、または２００塩基対長を超える仮定的遺伝子のいずれかを有する一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、以下の通り意味する：特徴ＩＤ＝遺伝子の一意の識別子、種類＝遺伝子の種類（ここで、ＣＤＳは、タンパク質コードＤＮＡ配列を示す）、開始＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の開始位置、停止＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の停止位置、フレーム＝リーディングフレーム、長さ＝遺伝子の長さ（塩基対の数）、機能＝配列分析に基づく遺伝子またはタンパク質の機能、サブシステム＝遺伝子機能のカテゴリー、Ｄ２３ＧｂｋＩｄ＝遺伝子の識別子。
【図６−６】配列分析に基づく割り当てられたオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の数及び機能、または２００塩基対長を超える仮定的遺伝子のいずれかを有する一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、以下の通り意味する：特徴ＩＤ＝遺伝子の一意の識別子、種類＝遺伝子の種類（ここで、ＣＤＳは、タンパク質コードＤＮＡ配列を示す）、開始＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の開始位置、停止＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の停止位置、フレーム＝リーディングフレーム、長さ＝遺伝子の長さ（塩基対の数）、機能＝配列分析に基づく遺伝子またはタンパク質の機能、サブシステム＝遺伝子機能のカテゴリー、Ｄ２３ＧｂｋＩｄ＝遺伝子の識別子。
【図６−７】配列分析に基づく割り当てられたオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の数及び機能、または２００塩基対長を超える仮定的遺伝子のいずれかを有する一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、以下の通り意味する：特徴ＩＤ＝遺伝子の一意の識別子、種類＝遺伝子の種類（ここで、ＣＤＳは、タンパク質コードＤＮＡ配列を示す）、開始＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の開始位置、停止＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の停止位置、フレーム＝リーディングフレーム、長さ＝遺伝子の長さ（塩基対の数）、機能＝配列分析に基づく遺伝子またはタンパク質の機能、サブシステム＝遺伝子機能のカテゴリー、Ｄ２３ＧｂｋＩｄ＝遺伝子の識別子。
【図６−８】配列分析に基づく割り当てられたオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の数及び機能、または２００塩基対長を超える仮定的遺伝子のいずれかを有する一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、以下の通り意味する：特徴ＩＤ＝遺伝子の一意の識別子、種類＝遺伝子の種類（ここで、ＣＤＳは、タンパク質コードＤＮＡ配列を示す）、開始＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の開始位置、停止＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の停止位置、フレーム＝リーディングフレーム、長さ＝遺伝子の長さ（塩基対の数）、機能＝配列分析に基づく遺伝子またはタンパク質の機能、サブシステム＝遺伝子機能のカテゴリー、Ｄ２３ＧｂｋＩｄ＝遺伝子の識別子。
【図６−９】配列分析に基づく割り当てられたオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の数及び機能、または２００塩基対長を超える仮定的遺伝子のいずれかを有する一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、以下の通り意味する：特徴ＩＤ＝遺伝子の一意の識別子、種類＝遺伝子の種類（ここで、ＣＤＳは、タンパク質コードＤＮＡ配列を示す）、開始＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の開始位置、停止＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の停止位置、フレーム＝リーディングフレーム、長さ＝遺伝子の長さ（塩基対の数）、機能＝配列分析に基づく遺伝子またはタンパク質の機能、サブシステム＝遺伝子機能のカテゴリー、Ｄ２３ＧｂｋＩｄ＝遺伝子の識別子。
【図６−１０】配列分析に基づく割り当てられたオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の数及び機能、または２００塩基対長を超える仮定的遺伝子のいずれかを有する一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、以下の通り意味する：特徴ＩＤ＝遺伝子の一意の識別子、種類＝遺伝子の種類（ここで、ＣＤＳは、タンパク質コードＤＮＡ配列を示す）、開始＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の開始位置、停止＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の停止位置、フレーム＝リーディングフレーム、長さ＝遺伝子の長さ（塩基対の数）、機能＝配列分析に基づく遺伝子またはタンパク質の機能、サブシステム＝遺伝子機能のカテゴリー、Ｄ２３ＧｂｋＩｄ＝遺伝子の識別子。
【図６−１１】配列分析に基づく割り当てられたオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の数及び機能、または２００塩基対長を超える仮定的遺伝子のいずれかを有する一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、以下の通り意味する：特徴ＩＤ＝遺伝子の一意の識別子、種類＝遺伝子の種類（ここで、ＣＤＳは、タンパク質コードＤＮＡ配列を示す）、開始＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の開始位置、停止＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の停止位置、フレーム＝リーディングフレーム、長さ＝遺伝子の長さ（塩基対の数）、機能＝配列分析に基づく遺伝子またはタンパク質の機能、サブシステム＝遺伝子機能のカテゴリー、Ｄ２３ＧｂｋＩｄ＝遺伝子の識別子。
【図６−１２】配列分析に基づく割り当てられたオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の数及び機能、または２００塩基対長を超える仮定的遺伝子のいずれかを有する一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、以下の通り意味する：特徴ＩＤ＝遺伝子の一意の識別子、種類＝遺伝子の種類（ここで、ＣＤＳは、タンパク質コードＤＮＡ配列を示す）、開始＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の開始位置、停止＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の停止位置、フレーム＝リーディングフレーム、長さ＝遺伝子の長さ（塩基対の数）、機能＝配列分析に基づく遺伝子またはタンパク質の機能、サブシステム＝遺伝子機能のカテゴリー、Ｄ２３ＧｂｋＩｄ＝遺伝子の識別子。
【図６−１３】配列分析に基づく割り当てられたオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の数及び機能、または２００塩基対長を超える仮定的遺伝子のいずれかを有する一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、以下の通り意味する：特徴ＩＤ＝遺伝子の一意の識別子、種類＝遺伝子の種類（ここで、ＣＤＳは、タンパク質コードＤＮＡ配列を示す）、開始＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の開始位置、停止＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の停止位置、フレーム＝リーディングフレーム、長さ＝遺伝子の長さ（塩基対の数）、機能＝配列分析に基づく遺伝子またはタンパク質の機能、サブシステム＝遺伝子機能のカテゴリー、Ｄ２３ＧｂｋＩｄ＝遺伝子の識別子。
【図６−１４】配列分析に基づく割り当てられたオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の数及び機能、または２００塩基対長を超える仮定的遺伝子のいずれかを有する一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、以下の通り意味する：特徴ＩＤ＝遺伝子の一意の識別子、種類＝遺伝子の種類（ここで、ＣＤＳは、タンパク質コードＤＮＡ配列を示す）、開始＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の開始位置、停止＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の停止位置、フレーム＝リーディングフレーム、長さ＝遺伝子の長さ（塩基対の数）、機能＝配列分析に基づく遺伝子またはタンパク質の機能、サブシステム＝遺伝子機能のカテゴリー、Ｄ２３ＧｂｋＩｄ＝遺伝子の識別子。
【図６−１５】配列分析に基づく割り当てられたオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の数及び機能、または２００塩基対長を超える仮定的遺伝子のいずれかを有する一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、以下の通り意味する：特徴ＩＤ＝遺伝子の一意の識別子、種類＝遺伝子の種類（ここで、ＣＤＳは、タンパク質コードＤＮＡ配列を示す）、開始＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の開始位置、停止＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の停止位置、フレーム＝リーディングフレーム、長さ＝遺伝子の長さ（塩基対の数）、機能＝配列分析に基づく遺伝子またはタンパク質の機能、サブシステム＝遺伝子機能のカテゴリー、Ｄ２３ＧｂｋＩｄ＝遺伝子の識別子。
【図６−１６】配列分析に基づく割り当てられたオープンリーディングフレーム（ＯＲＦ）の数及び機能、または２００塩基対長を超える仮定的遺伝子のいずれかを有する一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、以下の通り意味する：特徴ＩＤ＝遺伝子の一意の識別子、種類＝遺伝子の種類（ここで、ＣＤＳは、タンパク質コードＤＮＡ配列を示す）、開始＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の開始位置、停止＝配列番号１のゲノム配列での遺伝子の停止位置、フレーム＝リーディングフレーム、長さ＝遺伝子の長さ（塩基対の数）、機能＝配列分析に基づく遺伝子またはタンパク質の機能、サブシステム＝遺伝子機能のカテゴリー、Ｄ２３ＧｂｋＩｄ＝遺伝子の識別子。
【図７−１】割り当てられたＯＲＦの数を有する２００塩基対未満の一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図７−２】割り当てられたＯＲＦの数を有する２００塩基対未満の一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図７−３】割り当てられたＯＲＦの数を有する２００塩基対未満の一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図７−４】割り当てられたＯＲＦの数を有する２００塩基対未満の一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図７−５】割り当てられたＯＲＦの数を有する２００塩基対未満の一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図７−６】割り当てられたＯＲＦの数を有する２００塩基対未満の一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図７−７】割り当てられたＯＲＦの数を有する２００塩基対未満の一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図７−８】割り当てられたＯＲＦの数を有する２００塩基対未満の一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図７−９】割り当てられたＯＲＦの数を有する２００塩基対未満の一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図７−１０】割り当てられたＯＲＦの数を有する２００塩基対未満の一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図７−１１】割り当てられたＯＲＦの数を有する２００塩基対未満の一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図７−１２】割り当てられたＯＲＦの数を有する２００塩基対未満の一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図７−１３】割り当てられたＯＲＦの数を有する２００塩基対未満の一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図８−１】割り当てられたＯＲＦの数を有しない一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図８−２】割り当てられたＯＲＦの数を有しない一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図８−３】割り当てられたＯＲＦの数を有しない一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図８−４】割り当てられたＯＲＦの数を有しない一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図８−５】割り当てられたＯＲＦの数を有しない一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図８−６】割り当てられたＯＲＦの数を有しない一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図８−７】割り当てられたＯＲＦの数を有しない一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図８−８】割り当てられたＯＲＦの数を有しない一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図８−９】割り当てられたＯＲＦの数を有しない一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図８−１０】割り当てられたＯＲＦの数を有しない一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図８−１１】割り当てられたＯＲＦの数を有しない一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図８−１２】割り当てられたＯＲＦの数を有しない一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図８−１３】割り当てられたＯＲＦの数を有しない一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図８−１４】割り当てられたＯＲＦの数を有しない一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図８−１５】割り当てられたＯＲＦの数を有しない一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図８−１６】割り当てられたＯＲＦの数を有しない一意のＤ２３遺伝子を示す表である。欄の見出しは、図６に記載される通りである。
【図９】Ｄ２３に相同体を有しない一意のＣ９１遺伝子を列記する。
【図１０】Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３及びＣ９１のＡｍｏＡ１タンパク質とＡｍｏＡ２タンパク質との間の配列アライメントである。各タンパク質の配列番号を表１に列記する。図１０は、出現順に、それぞれ、配列番号６、１２、３６、及び４２を開示する。
【図１１】Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３及びＣ９１のＡｍｏＢ１タンパク質とＡｍｏＢ２タンパク質との間の配列アライメントである。各タンパク質の配列番号を表１に列記する。図１１は、出現順に、それぞれ、配列番号８、１４、３８、及び４４を開示する。
【図１２】Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３及びＣ９１のＡｍｏＣ１タンパク質とＡｍｏＣ２タンパク質との間の配列アライメントである。各タンパク質の配列番号を表１に列記する。図１２は、出現順に、それぞれ、配列番号３４、４０、１０、及び４を開示する。
【図１３】Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３及びＣ９１のＡｍｏＣ３タンパク質間の配列アライメントである。各タンパク質の配列番号を表１に列記する。図１３は、出現順に、それぞれ、配列番号４６及び１６を開示する。
【図１４−１】図１４Ａ及び図１４Ｂは、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３及びＣ９１のＨａｏ１タンパク質と、Ｈａｏ２タンパク質と、及びＨａｏ３タンパク質との間の配列アライメントを示す。各タンパク質の配列番号を表１に列記する。図１４は、出現順に、それぞれ、配列番号２０、２２、１８、５０、５２、及び４８を開示する。
【図１４−２】図１４Ａ及び図１４Ｂは、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３及びＣ９１のＨａｏ１タンパク質と、Ｈａｏ２タンパク質と、及びＨａｏ３タンパク質との間の配列アライメントを示す。各タンパク質の配列番号を表１に列記する。図１４は、出現順に、それぞれ、配列番号２０、２２、１８、５０、５２、及び４８を開示する。
【図１５】Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３及びＣ９１のｃｙｃＡ１遺伝子と、ｃｙｃＡ２遺伝子と、及びｃｙｃＡ３遺伝子との間の配列アライメントである。各タンパク質の配列番号を表１に列記する。図１５は、出現順に、それぞれ、配列番号２６、２８、２４、５８、５６、及び５４を開示する。
【図１６】Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３及びＣ９１のｃｙｃＢ１遺伝子とｃｙｃＢ２遺伝子との間の配列アライメントである。各タンパク質の配列番号を表１に列記する。図１６は、出現順に、それぞれ、配列番号３０、３２、６０、及び６２を開示する。
【図１７】日数に対する属毎の細菌の割合の棒グラフを示す。
【図１８】０日目、１日目、８日目、１４日目、及び１６日目の細菌属に対する属毎の細菌の割合の棒グラフを示す。
【発明を実施するための形態】
【０１７５】
補足表１は、配列分析を使用して株Ｄ２３において特定された２，７７７個の遺伝子の
ゲノム注釈を示す。欄の見出しは、図６に記載される通りである。「Ｃ９１別名」は、株
Ｃ９１における相同体を指す。補足表１は、発明を実施するための形態及び実施例の最後
に添付されている。
【０１７６】
補足表２は、株Ｄ２３において特定された選択されたタンパク質遺伝子の配列を示す。
補足表２は、発明を実施するための形態及び実施例の最後に添付されている。
【０１７７】
Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ属のアンモニア酸化細菌（ＡＯＢ）は、エネルギー源として
アンモニアのみから亜硝酸塩及び一酸化窒素を発生させる特有の能力を有するグラム陰性
の偏性独立栄養細菌である。それらは、土壌環境及び水環境の両方に広範に存在し、環境
硝化プロセスの必須成分である。血管拡張、皮膚炎症、及び創傷治癒等のいくつかの生理
学的機能の重要な成分としてのヒト皮膚上での亜硝酸塩及び一酸化窒素の役割のため、こ
れらの細菌は、健康な皮膚状態及び免疫病理学的皮膚状態の両方に有益な特性を有し得る
。これらの細菌は、成長が遅く、有機炭素源では成長することができず、石鹸及び抗生物
質に感受性であり得、かつ動物またはヒトにおけるいずれの疾患または感染症にも関連し
ていないという理由から、ヒトにおける使用に安全であり得る。
【０１７８】
１．定義
アンモニア酸化細菌は、ある速度で、例えば、実質的な速度で、例えば、所定の速度で
、例えば、少なくとも、図２Ａ、２Ｂ、２Ｃ、４Ａ、４Ｂ、若しくは５のうちのいずれか
１つに示される速度で、またはその速度の少なくとも９０％、８０％、７０％、６０％、
５０％、４０％、３０％、２０％、若しくは１０％でアンモニアまたはアンモニウムを亜
硝酸塩に酸化させることができる細菌を指す。いくつかの実施形態では、この実質的な速
度は、少なくとも５０、７５、１２５、または１５０マイクロモルＮＯ２−／分、例えば
、約１００〜１５０、７５〜１７５、７５〜１２５、１００〜１２５、１２５〜１５０、
または１２５〜１７５マイクロモル／分、例えば、約１２５マイクロモルＮＯ２−／分の
速度でのアンモニウムイオン（ＮＨ４＋）（例えば、約２００ｍＭ）の亜硝酸塩（ＮＯ２
−）への変換を指す。アンモニア酸化細菌の例としては、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３
及びＣ９１、ならびにＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ属、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｎ
ｉｔｒｏｓｏｓｐｉｒａ属、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｙｓｔｉｓ属、Ｎｉｔｒｏｓｏｌｏｂｕｓ
属、及びＮｉｔｒｏｓｏｖｉｂｒｉｏ属の他の細菌が挙げられる。Ｄ２３  Ｎｉｔｒｏｓ
ｏｍｏｎａｓ  ｅｕｔｒｏｐｈａ株は、ＡＯＢ  Ｄ２３−１００と指定され、２０１４年
４月８日にＡｍｅｒｉｃａｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（
ＡＴＣＣ）に寄託され、受託番号ＰＴＡ−１２１１５７を有する株を指す。受託番号ＰＴ
Ａ−１２１１５７のＤ２３  Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ  ｅｕｔｒｏｐｈａは、本明細書
の配列番号１に提示されるゲノム配列を有する。受託番号ＰＴＡ−１２１１５７の核酸配
列（複数可）、例えば、ゲノム配列は、参照によりそれらの全体が本明細書に組み込まれ
る。
【０１７９】
最適化Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ  ｅｕｔｒｏｐｈａ（Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ）という
用語が本明細書で使用される場合、それは、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、
またはＮＨ４＋に対する最適化耐性を有するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを指す。一実施形態で
は、これは、少なくとも１つのヌクレオチド、例えば、アンモニアモノオキシゲナーゼ、
ヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼ、シトクロムｃ５５４、及びシトクロムｃＭ５
５２から選択される遺伝子中のヌクレオチドだけ、天然に存在するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
とは異なる。この差異は、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａの自然に生じる突然変異、誘導
された突然変異、または指向された遺伝子操作の選択によって生じ得る。一実施形態では
、これは、自然界では一緒には存在しない一連の対立遺伝子を有するという点で、天然に
存在するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａとは異なる。これらの差異は、皮膚障害の治療若しくは予
防、低亜硝酸塩レベルに関連する疾患若しくは状態の治療若しくは予防、体臭の治療若し
くは予防、一酸化窒素を対象に供給するための治療、及び微生物成長を阻害するための治
療のうちの１つ以上を提供することができる。
【０１８０】
本明細書で使用される場合、「純粋」とは、ある生物を含むが、他の生物を実質的に含
まない組成物を指す。例えば、アンモニア酸化細菌の純粋培養物は、アンモニア酸化細菌
以外の生物を実質的に含まない培養物である。例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａの純粋培養
物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ以外の生物を実質的に含まない培養物である。いくつかの実
施形態では、「実質的に含まない」とは、他の生物を検出するために使用される方法（例
えば、培養物をプレーティングし、コロニー形態を調べること、または１６Ｓ  ＲＮＡ等
の保存遺伝子のＰＣＲ）でも検出不能であることを意味する。純粋組成物は、生物ではな
い要素を含み得、例えば、栄養素または賦形剤を含み得る。本明細書で論じられるアンモ
ニア酸化細菌のいずれの実施形態、調製物、組成物、または製剤も、任意に純粋なアンモ
ニア酸化細菌を含み得るか、それから本質的になり得るか、またはそれからなり得る。
【０１８１】
本開示を通して、製剤は、組成物または調製物を指しても良い。
【０１８２】
本明細書で使用される場合、「独立栄養生物」、例えば、独立栄養細菌は、栄養素源と
して無機材料を使用し、かつエネルギー源として光合成または化学合成を使用することに
より自己栄養供給することができる任意の生物である。独立栄養細菌は、有機化合物を二
酸化炭素から合成することができ、ＡＴＰは、他の源、アンモニアの亜硝酸塩への酸化、
硫化水素の酸化、及びＦｅ２＋のＦｅ３＋への酸化に由来する。本開示の独立栄養細菌は
、感染症を引き起こすことができない。
【０１８３】
本明細書で使用される場合、「併用」投与されるとは、２つ（または２つ以上）の異な
る治療薬が、対象が障害に苦しめられている間に対象に送達されることを意味し、例えば
、これらの２つ以上の治療薬は、対象がその障害と診断された後であり、その障害が治癒
または排除される前に送達される。いくつかの実施形態では、一方の治療薬の送達は、重
複するように、もう一方の治療薬の送達が始まるときに引き続き起こっている。これは、
本明細書では、「同時送達」または「同時に起こる送達」または「並行送達」と称される
こともある。他の実施形態では、一方の治療薬の送達は、もう一方の治療薬の送達が始ま
る前に終了している。これは、本明細書では、「連続送達」または「順次送達」と称され
ることもある。いずれかの場合の実施形態では、この治療薬は、併用投与されるため、よ
り有効である。例えば、第２の治療薬がより有効であり、例えば、同等の効果がより少な
い第２の治療薬で見られるか、または第２の治療薬は、第２の治療薬が第１の治療薬の不
在下で投与された場合に見られるであろう程度よりも症状を軽減するか、または類似の状
況が第１の治療薬で見られる。いくつかの実施形態では、送達は、症状の軽減、または障
害に関連した他のパラメータの低下が、一方の治療薬が他方の治療薬の不在下で送達され
たときに観察されるであろう軽減または低下を超えるようなものである。これらの２つの
治療薬の効果は、部分的に相加的であり得るか、完全に相加的であり得るか、または相加
的を超え得る（すなわち、相乗的であり得る）。この送達は、送達された第１の治療薬の
効果が、第２の治療薬が送達されるときに依然として検出可能であるようなものであり得
る。
【０１８４】
完全Ｎ．ｅｕｒｏｐａｅａ培地とは、Ｅｎｓｉｇｎ  ｅｔ  ａｌ．，“Ｉｎ  ｖｉｔｒ
ｏ  ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  ｏｆ  ａｍｍｏｎｉａ  ｍｏｎｏｏｘｙｇｅｎａｓｅ  ｆｒ
ｏｍ  Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ  ｅｕｒｏｐａｅａ  ｂｙ  ｃｏｐｐｅｒ．”Ｊ  Ｂａ
ｃｔｅｒｉｏｌ．１９９３  Ａｐｒ；１７５（７）：１９７１−８０に記載のＮ．ｅｕｒ
ｏｐａｅａ成長培地を指す。
【０１８５】
「培養する」とは、ある量の所望の細菌を、その成長を促進する、すなわち、細胞分裂
を促進する条件下に置くプロセスを指す。それらの条件は、特定された培養培地、設定さ
れた温度範囲、及び／または撹拌速度を伴い得る。細菌は、液体培養で、またはプレート
上、例えば、寒天プレート上で培養され得る。
【０１８６】
本明細書で使用される場合、「単離される」という用語は、その最初の環境または天然
環境（例えば、それが自然に存在する場合の自然環境）から取り出された物質である。例
えば、生きている動物に存在する天然に存在するポリヌクレオチドまたはポリペプチドは
単離されないが、ヒトの介入によって自然系における共存物質の一部またはすべてから分
離された同じポリヌクレオチドまたはポリペプチドは単離される。かかるポリヌクレオチ
ドは、ベクターの一部であり得、かつ／またはかかるポリヌクレオチド若しくはポリペプ
チドは、組成物の一部であり得、かかるベクターまたは組成物が、それが自然界に見られ
る環境の一部ではないという理由から、依然として単離され得る。
【０１８７】
「核酸」、「核酸配列」、「ヌクレオチド配列」、または「ポリヌクレオチド配列」、
及び「ポリヌクレオチド」は、同義に使用される。それらは、任意の長さのヌクレオチド
のポリマー形態、例えば、デオキシリボヌクレオチド若しくはリボヌクレオチド、または
それらの類似体を指す。このポリヌクレオチドは、一本鎖または二本鎖のいずれかであり
得、一本鎖の場合、コード鎖または非コード（アンチセンス）鎖であり得る。ポリヌクレ
オチドは、メチル化ヌクレオチド及びヌクレオチド類似体等の修飾ヌクレオチドを含み得
る。このヌクレオチド配列は、非ヌクレオチド成分により中断され得る。ポリヌクレオチ
ドは、標識化成分との接合等により、重合後にさらに修飾され得る。核酸は、組換えポリ
ヌクレオチド、またはゲノム起源、ｃＤＮＡ起源、半合成起源、若しくは合成起源のポリ
ヌクレオチドであり得、いずれも天然には存在しないか、または非天然配置で別のポリヌ
クレオチドに結合されている。
【０１８８】
本明細書で使用される場合、「最適化成長速度」という用語は、本明細書の実施例２に
記載されるようにバッチ条件下で培養されたときの、約４、５、６、７、８、９、若しく
は１０時間未満の倍加時間、本明細書の実施例２に記載されるようにケモスタット条件下
で成長させたときの、約１６、１８、２０、２２、２４、若しくは２６時間未満の倍加時
間、または約１日若しくは２日にわたる約０．１５のＯＤ６００から少なくとも約０．３
、０．４、０．５、０．６、０．７、若しくは０．８のＯＤ６００までの成長のうちの１
つ以上を指す。一実施形態では、最適化成長速度は、天然に存在するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈ
ａの倍加時間よりも少なくとも１０、２０、３０、４０、または５０％短い倍加時間を有
する速度である。
【０１８９】
本明細書で使用される場合、「最適化ＮＨ４＋酸化速度」とは、ＮＨ３またはＮＨ４＋
をＮＯ２−に変換する、少なくとも約５０、７５、１２５、または１５０マイクロモル／
分の速度を指す。例えば、この速度は、ＮＨ４＋（例えば、約２００ｍＭ）をＮＯ２−に
変換する、少なくとも約５０、７５、１２５、または１５０マイクロモル／分であり得る
。一実施形態では、最適化ＮＨ４＋酸化速度は、ＮＨ３またはＮＨ４＋が、天然に存在す
るＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａで見られる速度よりも少なくとも１０、２０、３０、４０、また
は５０％急速にＮＯ２−に変換される速度である。
【０１９０】
本明細書のアミノ酸配列（例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３によって発現される
タンパク質）に対するアミノ酸配列同一性パーセント（％）は、配列をアラインして必要
に応じてギャップを導入して配列同一性最大パーセントを達成した後の、いかなる保存的
置換も配列同一性の一部とは考慮しない、天然に存在するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ配列また
はＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３配列であり得る、参照配列中のアミノ酸残基と同一の候
補配列中のアミノ酸残基のパーセンテージと定義される。アミノ酸配列同一性パーセント
を決定するためのアライメントは、例えば、ＢＬＡＳＴ、ＡＬＩＧＮ、またはＭｅｇａｌ
ｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェア等の公的に入手可能なコンピュータソフトウェア
を使用して、当業者の手段の範囲内の様々な方法で達成され得る。当業者であれば、比較
される配列の全長にわたって最大アライメントを達成するのに必要な任意のアルゴリズム
を含む、アライメントの測定に適切なパラメータを決定することができる。例えば、ＷＵ
−ＢＬＡＳＴ−２ソフトウェアを使用して、アミノ酸配列同一性を決定することができる
（Ａｌｔｓｃｈｕｌ  ｅｔ  ａｌ，Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  ２６
６，４６０−４８０（１９９６）、ｈｔｔｐ：／／ｂｌａｓｔ．ｗｕｓｔｌ／ｅｄｕ／ｂ
ｌａｓｔ／ＲＥＡＤＭＥ．ｈｔｍｌ）。ＷＵ−ＢＬＡＳＴ−２は、いくつかの検索パラメ
ータを使用し、それらの多くは初期値に設定されている。これらの調整可能なパラメータ
は、以下の値：オーバーラップスパン＝ｌ、オーバーラップフラクション＝０．１２５、
全体閾値（Ｔ）＝Ｉ１で設定される。ＨＳＰスコア（Ｓ）及びＨＳＰ  Ｓ２パラメータは
、動的値であり、特定の配列の組成に応じてそのプログラム自体により確立されるが、最
小値は必要に応じて調整され得る。
【０１９１】
アミノ酸置換は、あるアミノ酸を同様の構造的特性及び／または化学的特性を有する別
のアミノ酸で置き換えた結果（例えば、ロイシンのセリンでの置換、すなわち、保存的ア
ミノ酸置換）であり得る。典型的ではあるが、非限定的な保存的置換には、脂肪族アミノ
酸Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、及びＩｌｅ間の互いの置換、ヒドロキシ残基を含有するＳｅ
ｒとＴｈｒの交換、酸性残基ＡｓｐとＧｌｕの交換、アミド含有残基ＡｓｎとＧｌｎとの
間の交換、塩基性残基ＬｙｓとＡｒｇの交換、芳香族残基ＰｈｅとＴｙｒの交換、ならび
に小型アミノ酸Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ｍｅｔ、及びＧｌｙの交換がある。さらなる保
存的置換としては、あるアミノ酸の同様の空間的配置または立体的配置を有する別のアミ
ノ酸での置換、例えば、ＡｓｎとＡｓｐの交換、またはＧｌｎとＧｌｕの交換が挙げられ
る。アミノ酸置換は、あるアミノ酸を異なる構造的特性及び／または化学的特性を有する
別のアミノ酸で置き換えた結果（すなわち、非保存的アミノ酸置換）でもあり得る。挿入
または欠失は、任意に、１〜５個の範囲のアミノ酸であり得る。許容される変形は、その
配列にアミノ酸の挿入、欠失、または置換を系統的に作製し、結果として生じる変異形を
生体内または生体外アッセイにおける活性について、例えば、尿素またはアンモニアの代
謝について試験することによって決定され得る。
【０１９２】
本明細書の核酸配列（例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３ゲノム及びその一部）に
対する配列同一性パーセント（％）は、配列をアラインして必要に応じてギャップを導入
して配列同一性最大パーセントを達成した後の、天然に存在するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ配
列またはＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３配列であり得る、参照配列中のヌクレオチドと同
一の候補配列中のヌクレオチドのパーセンテージと定義される。ヌクレオチド配列同一性
パーセントを決定するためのアライメントは、例えば、ＢＬＡＳＴ等の公的に入手可能な
コンピュータソフトウェアを使用して、当業者の手段の範囲内の様々な方法で達成され得
る。当業者であれば、比較される配列の全長にわたって最大アライメントを達成するのに
必要な任意のアルゴリズムを含む、アライメントの測定に適切なパラメータを決定するこ
とができる。
【０１９３】
「ポリペプチド」、「ペプチド」、及び「タンパク質」（一本鎖の場合）という用語は
、アミノ酸ポリマーを指すように本明細書では同義に使用される。このポリマーは、直鎖
状または分岐状であり得、修飾アミノ酸を含み得、非アミノ酸により中断され得る。これ
らの用語は、修飾されている（例えば、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質化、
アセチル化、リン酸化、または標識化成分との接合等の任意の他の操作）アミノ酸ポリマ
ーも包含する。このポリペプチドは、自然源から単離され得るか、組換え技法によって真
核または原核宿主から生成され得るか、または合成法の生成物であり得る。
【０１９４】
本明細書で使用される場合、「ＮＨ４＋に対する最適化耐性」とは、５０、７５、１００
、１２５、１５０、１７５、２００、２２５、２５０、２７５、若しくは３００ｍＭを超
えるＮＨ３またはＮＨ４＋の条件下で、少なくとも約２４時間若しくは４８時間成長する
能力を指す。一実施形態では、ＮＨ４＋に対する最適化耐性は、選択された濃度のＮＨ３
またはＮＨ４＋の存在下で、天然に存在するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａで可能であるよりも少
なくとも１０、２０、３０、４０、若しくは５０％より急速に、または少なくとも１０、
２０、３０、４０、若しくは５０％より長く成長する能力を指す。
【０１９５】
核酸またはタンパク質配列間の比較に関して本明細書で使用される場合、「同様の」と
は、相同性を有することを意味する。同様の遺伝子またはタンパク質は、例えば、置換（
保存的若しくは非保存的置換等）、挿入（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、１０
、１５、２０、２５、３０個のアミノ酸の挿入、及び例えば、最大２、３、４、５、１０
、１５、２０、２５、３０、若しくは５０個のアミノ酸の挿入、または任意のそれらの肯
定的な組み合わせ、または前記アミノ酸をコードするのに必要な数のヌクレオチドの挿入
）、あるいは欠失（例えば、少なくとも１、２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、
３０個のアミノ酸の欠失、及び例えば、最大２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、
３０、または５０個のアミノ酸の欠失、または任意のそれらの肯定的な組み合わせ、また
は前記アミノ酸をコードするのに必要な数のヌクレオチドの欠失）、あるいはそれらの任
意の組み合わせを含み得る。置換、挿入、及び欠失の各々は、タンパク質または遺伝子の
Ｎ末端、Ｃ末端、または中央領域に位置付けられ得る。複数の実施形態では、保存的置換
とは、置換された位置の電荷及び／または極性及び／またはおよそのサイズ及び／または
幾何学を変えない置換である。
【０１９６】
本明細書で使用される場合、「トランスジェニック」とは、１つ以上の外因性ＤＮＡ部
分を含むことを意味する。外因性ＤＮＡは、別の生物、例えば、別の細菌、バクテリオフ
ァージ、動物、または植物由来である。
【０１９７】
本明細書で使用される場合、疾患若しくは状態の治療とは、同様の患者であるが、治療
されていない患者と比較した、その疾患若しくは状態の少なくとも１つの症状の重症度ま
たは頻度の低下を指す。治療は、同様の患者であるが、治療されていない患者と比較した
、疾患若しくは状態の進行の停止、遅延、逆転も指し得る。治療は、疾患及び／または１
つ以上の症状の根本的原因への対処を含み得る。
【０１９８】
本明細書で使用される場合、治療上有効量とは、疾患若しくは状態の進行を予防するか
、またはその退行を引き起こすのに十分な用量、または疾患若しくは状態の症状を緩和こ
とができる用量、または所望の結果を達成することができる用量を指す。治療上有効用量
は、例えば、細菌の数または生存細菌の数（例えば、ＣＦＵ単位）、または細菌の質量（
例えば、ミリグラム、グラム、若しくはキログラム単位）、または細菌の体積（例えば、
ｍｍ３単位）として測定され得る。
【０１９９】
本明細書で使用される場合、「生存能力」という用語は、アンモニア、アンモニウム、
または尿素を所定の速度で亜硝酸塩に酸化させる独立栄養細菌、例えば、アンモニア酸化
細菌の能力を指す。いくつかの実施形態では、この速度は、少なくとも５０、７５、１２
５、または１５０マイクロモルＮＯ２−／分、例えば、約１００〜１５０、７５〜１７５
、７５〜１２５、１００〜１２５、１２５〜１５０、または１２５〜１７５マイクロモル
／分、例えば、約１２５マイクロモル  ＮＯ２−／分の速度でのアンモニウムイオン（Ｎ
Ｈ４＋）（例えば、約２００ｍＭ）の亜硝酸塩（ＮＯ２−）への変換を指す。
【０２００】
本明細書で言及される「成長培地」または「ＡＯＢ培地」は、本明細書の以下の表３ま
たは表４の成分を含む。
【０２０１】
いくつかの実施形態では、本開示に最適な状態は、少なくともｐＨ約７．６、アンモニ
ア、微量鉱物、酸素、及び二酸化炭素を特徴とする、成長状態、例えば、最大成長状態で
ある。別の状態は、ｐＨ約７．４以下を特徴とし得、二酸化炭素の不在を特徴とし得る。
低二酸化炭素条件下で、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓは、ア
ンモニアを亜硝酸塩に酸化させ続けてＡＴＰを発生させるが、二酸化炭素、例えば、タン
パク質を固定して発生させるのに十分な二酸化炭素を欠き、その代わりに、エネルギー貯
蔵媒体として使用されるポリリン酸塩を発生させる。これにより、アンモニア酸化細菌が
、ある期間、例えば、所定の期間、例えば、少なくとも１、２、３、４、５、６、７日間
、１、２、３、４週間、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２ヶ月間
、１、２、３、４、または５年間、「貯蔵状態」に留まることが可能になり得る。いくつ
かの実施形態では、アンモニア酸化細菌は、少なくとも約６ヶ月〜約１年間、貯蔵状態に
留まり得る。
【０２０２】
本明細書で使用される場合、「成長状態」とは、少なくとも約７．６のｐＨを有し得る
状態または環境、例えば、培地、例えば、培養培地、例えば、成長培地における、独立栄
養細菌、例えば、アンモニア酸化細菌を指す。アンモニア、アンモニウムイオン、及び尿
素のうちの少なくとも１つのレベルは、約１マイクロモル〜１０００ミリモルであり得る
。微量物質のレベルは、約０．０１マイクロモル鉄〜２００マイクロモル鉄である。酸素
のレベルは、（例えば、培地の）約５％〜１００％酸素飽和度である。二酸化炭素のレベ
ルは、（例えば、培地の）約２０ｐｐｍ〜１０％飽和度である。ある特定の態様では、ア
ンモニア、アンモニウムイオン、及び尿素のうちの少なくとも１つのレベルは、約１０マ
イクロモル〜１００ミリモルであり得る。微量物質のレベルは、約０．１マイクロモル鉄
〜２０マイクロモル鉄である。酸素のレベルは、約５％〜１００％酸素飽和度である。二
酸化炭素のレベルは、（例えば、培地の）約２００ｐｐｍ〜５％飽和度である。
【０２０３】
本明細書で使用される場合、「ポリリン酸塩負荷状態」とは、約７．４以下のｐＨを有
し得る状態または環境、例えば、培地、例えば、培養培地、例えば、成長培地における、
独立栄養細菌、例えば、アンモニア酸化細菌を指す。アンモニア、アンモニウムイオン、
及び尿素のうちの少なくとも１つのレベルは、約１マイクロモル〜２０００ミリモルであ
る。微量物質のレベルは、０．０１マイクロモル鉄〜２００マイクロモル鉄である。酸素
のレベルは、（例えば、培地の）約０％〜１００％Ｏ２飽和度である。二酸化炭素のレベ
ルは、０〜４００ｐｐｍ未満であり、リン酸塩のレベルは、約１マイクロモルを超える。
ある特定の態様では、アンモニア、アンモニウムイオン、及び尿素のうちの少なくとも１
つのレベルは、約１０マイクロモル〜２００ミリモルである。微量物質のレベルは、０．
１マイクロモル鉄〜２０マイクロモル鉄である。酸素のレベルは、約５％〜１００％Ｏ２
飽和度である。二酸化炭素のレベルは、約０〜２００ｐｐｍ未満であり、リン酸塩のレベ
ルは、約１０マイクロモルを超える。
【０２０４】
ポリリン酸塩負荷状態は、ある期間、例えば、所定の期間、誘発され得る。この所定の
期間は、アンモニア酸化細菌中での十分なポリリン酸塩蓄積を可能にする期間であり得る
。この所定の期間は、アンモニア酸化細菌の長期間貯蔵を可能にするために十分なポリリ
ン酸塩負荷を提供するのに好適な期間である。この所定の期間は、アンモニア酸化細菌の
倍加時間の約０．２〜１０倍、０．３〜５倍、０．５〜３倍、０．５〜１．５倍、または
０．５〜１倍の期間に少なくとも部分的に基づき得る。この所定の期間は、アンモニア酸
化細菌の約１倍加時間の期間に少なくとも部分的に基づき得る。いくつかの実施形態では
、この所定の期間は、約８時間〜１２時間である。いくつかの実施形態では、この所定の
期間は、約１０時間である。いくつかの実施形態では、この所定の期間は、約２４時間で
ある。
【０２０５】
ポリリン酸塩負荷状態の目的は、ＡＴＰが生成され得るように、ＡＯＢに十分なアンモ
ニア、アンモニウムイオン、及び／または尿素、ならびにＯ２を提供するが、それらがそ
のＡＴＰを使用してＣＯ２を固定することができず、その代わりにそのＡＴＰを使用して
、その細菌により貯蔵され得るポリリン酸塩を発生させるように、それらにＣＯ２及び炭
酸塩を与えないことであり得る。
【０２０６】
本明細書で使用される場合、「貯蔵状態」という用語は、約７．４以下のｐＨを有する
（いくつかの実施形態では、ｐＨは、７．６以下であり得る）状態または環境、例えば、
培地、例えば、培養培地、例えば、成長培地における、独立栄養細菌、例えば、アンモニ
ア酸化細菌を指す。アンモニア、アンモニウムイオン、及び尿素のうちの少なくとも１つ
のレベルは、約１〜１０００マイクロモルである。微量物質のレベルは、約０．１〜１０
０マイクロモルである。酸素のレベルは、（例えば、培地の）約０〜１００％飽和度であ
る。二酸化炭素のレベルは、約０〜８００ｐｐｍである。ある特定の態様では、アンモニ
ア、アンモニウムイオン、及び尿素のうちの少なくとも１つのレベルは、約１０〜１００
マイクロモルである。微量物質のレベルは、約１〜１０マイクロモルである。酸素のレベ
ルは、（例えば、培地の）約０〜１００％飽和度である。二酸化炭素のレベルは、約０〜
４００ｐｐｍである。
【０２０７】
ＡＯＢは、本開示のいくつかの実施形態により、成長状態中にＡＯＢバイオマスを発生
させ、その後、ＡＯＢをポリリン酸塩負荷状態に曝し、次いで、培地を除去し、ＡＯＢを
緩衝液、例えば、貯蔵緩衝液中に再懸濁することによって（すなわち、貯蔵状態で）生成
される。
【０２０８】
このアンモニア酸化細菌は、ある期間、例えば、所定の期間、例えば、少なくとも１、
２、３、４、５、６、７日間、１、２、３、４週間、１、２、３、４、５、６、７、８、
９、１０、１１、１２ヶ月間、１、２、３、４、または５年間、「貯蔵状態」に留まり得
る。いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌は、少なくとも約６ヶ月〜約１年間、
貯蔵状態に留まり得る。再生時、アンモニア酸化細菌の生存能力は、貯蔵前の、例えば、
成長状態の）アンモニア酸化細菌の生存能力の少なくとも約５０％、６０％、７０％、８
０％、９０％、または１００％である。いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌
調製物は、選択された条件下での貯蔵時にＮＨ４＋を酸化させる能力の１０％、２０％、
３０％、４０％、５０％、６０％、または７０％以下しか失われないように調製され得る
。
【０２０９】
アンモニア酸化細菌を貯蔵状態（またはポリリン酸塩負荷状態）から再生させるのにか
かる時間は、所定の期間であり得る。例えば、この所定の期間は、約７５時間未満、また
は約７２時間未満であり得る。この所定の期間は、アンモニア酸化細菌の倍加時間の約０
．２〜１０倍、０．３〜５倍、０．５〜３倍、０．５〜１．５倍、または０．５〜１倍の
期間に少なくとも部分的に基づき得る。この所定の期間は、アンモニア酸化細菌の約１倍
加時間の期間に少なくとも部分的に基づき得る。この所定の期間は、約８時間〜１２時間
であり得る。この所定の期間は、約１０時間であり得る。この所定の時間は、約７５時間
、７２時間、７０時間、６８時間、６５時間、６０時間、５５時間、５０時間、４５時間
、４０時間、３５時間、３０時間、２５時間、２０時間、１５時間、１０時間、５時間、
４時間、３，時間、２時間、または１時間未満であり得る。この所定の期間は、約５分間
〜５時間であり得る。この所定の期間は、約５〜１０分間、１０〜１５分間、１５〜２０
分間、２０〜２５分間、２５〜３０分間、３０〜４５分間、４５〜６０分間、６０分間〜
１．５時間、１．５時間〜２時間、２時間〜２．５時間、２．５時間〜３時間、３時間〜
３．５時間、３．５時間〜４時間、４時間〜４．５時間、４．５時間〜５時間であり得る
。いくつかの実施形態では、この所定の期間は、約２時間であり得る。この所定の期間は
、例えば、アンモニア酸化細菌の再生を達成するのにかかる時間、例えば、貯蔵前の（例
えば、成長状態の）細菌の生存能力と比較して、アンモニア酸化細菌の生存能力、例えば
、少なくとも約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９
０％、９５％、９７％、９８％、９９％、または１００％の生存能力を達成するのにかか
る時間であり得る。
【０２１０】
２．アンモニア酸化細菌（ＡＯＢ）、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３、及び同様の細菌
独立栄養アンモニア酸化細菌（本明細書では、複数のＡＯＢ（ＡＯＢｓ）またはＡＯＢ
と称され得る）は、Ａｌａｎ  Ｂ．Ｈｏｏｐｅｒ及びＡ．Ｋｒｕｍｍｅｌらによって言及
された偏性独立栄養細菌である。Ａｌａｎ  Ｂ．Ｈｏｏｐｅｒ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ
Ｂａｓｉｓ  ｏｆ  Ｏｂｌｉｇａｔｅ  Ａｕｔｏｔｒｏｐｈｙ  ｉｎ  Ｎｉｔｒｏｓｏ
ｍｏｎａｓ  ｅｕｒｏｐａｅａ，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ，Ｆ
ｅｂ  １９６９，ｐ．７７６−７７９。Ａｎｔｊｅ  Ｋｒｕｍｍｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅ
ｆｆｅｃｔ  ｏｆ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｍａｔｔｅｒ  ｏｎ  Ｇｒｏｗｔｈ  ａｎｄ  Ｃｅ
ｌｌ  Ｙｉｅｌｄ  ｏｆ  Ａｍｍｏｎｉａ−Ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ  Ｂａｃｔｅｒｉａ，Ａ
ｒｃｈ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（１９８２）１３３：５０−５４。これらの細菌は、中間生
成物として一酸化窒素（ＮＯ）でのアンモニアの亜硝酸塩へのそれらの呼吸鎖における酸
化のみからすべての代謝エネルギーを得て、二酸化炭素を固定することにより事実上すべ
ての炭素を得る。それらは、数個の単純分子以外の炭素源を利用することができない。
【０２１１】
アンモニア酸化細菌（ＡＯＢ）は、環境下で広範に見られ、アンモニアの存在下で、酸
素及び微量金属は、二酸化炭素を固定し、増殖する。ＡＯＢの成長は遅くなり得、アンモ
ニアの毒性レベルは、ＡＯＢが増殖し、かつアンモニアを非毒性レベルまで低下させ得る
前に、魚及び他の生物を死滅させ得る。ＡＯＢの成長が遅いことにより、皮膚に塗布され
るとＡＯＢが生成するＮＯ及び亜硝酸塩の健康上の利益も遅延する場合がある。
【０２１２】
水槽、皮膚、またはプロセスを、その目的のために成長して貯蔵される十分な生存ＡＯ
Ｂで補充することが所望される。ＡＯＢは胞子を形成しないため、高生存能力を伴う乾燥
状態での貯蔵は困難であり、湿潤状態での貯蔵は、それらを代謝的に活性な状態のままに
する。
【０２１３】
例えば、廃水処理用のＡＯＢの貯蔵中の硝化能力の衰退について研究されている（Ｍｕ
ｎｚ  Ｇ，Ｌｕｂｅｌｌｏ  Ｃ，Ｏｌｅｓｚｋｉｅｗｉｃｚ  ＪＡ．Ｍｏｄｅｌｉｎｇ  
ｔｈｅ  ｄｅｃａｙ  ｏｆ  ａｍｍｏｎｉｕｍ  ｏｘｉｄｉｚｉｎｇ  ｂａｃｔｅｒｉａ
．Ｗａｔｅｒ  Ｒｅｓ．２０１１  Ｊａｎ；４５（２）：５５７−６４．Ｏｉ：１０．１
０１６／ｊ．ｗａｔｒｅｓ．２０１０．０９．０２２）。
【０２１４】
Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓの成長、長期貯蔵、及び活性の修復が、Ｃａｓｓｉｄｙら（
米国第５，３１４，５４２号）によって論じられており、彼らは、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎ
ａｓを成長させること、毒性の廃棄物を除去すること、適切な塩分の滅菌水中に最大１年
間の期間貯蔵すること、その後、緩衝液（ＣａＣＯ３）及び２００ｐｐｍのアンモニウム
を添加することにより再生させること（この再生には７２時間かかる）を開示している。
【０２１５】
偏性独立栄養生物として、ＡＯＢは、このエネルギーを使用してＣＯ２を固定し、アン
モニアの亜硝酸塩への酸化により発生した等価物を減少させることによりタンパク質を合
成する。成長には、アンモニア、酸素、鉱物、及び二酸化炭素が必要である。
【０２１６】
Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓは、「Ｐｏｌｙｐｈｏｓｐｈａｔｅ  ａｎｄ  Ｏｒｔｈｏｐ
ｈｏｓｐｈａｔｅ  Ｃｏｎｔｅｎｔ  ｏｆ  Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ  ｅｕｒｏｐａｅ
ａ  ａｓ  ａ  Ｆｕｎｃｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｇｒｏｗｔｈ」（Ｋ．Ｒ．Ｔｅｒｒｙ  ａｎｄ
Ａ．Ｂ．Ｈｏｏｐｅｒ，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ，Ｊｕｌｙ
１９７０，ｐ．１９９−２０６，Ｖｏｌ．１０３，Ｎｏ．Ｉ）によると、いくつかの代
謝状態で存在し得る。
【０２１７】
本開示のある特定の実施形態では、本アンモニア酸化細菌は、純粋であり得る。本アン
モニア酸化細菌調製物（製剤または組成物）は、純粋アンモニア酸化細菌を含むか、それ
から本質的になるか、またはそれからなる。本アンモニア酸化細菌は、Ｎｉｔｒｏｓｏｍ
ｏｎａｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｓｐｒｉａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃ
ｙｓｔｉｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｌｏｂｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｖｉｂｒｉｏ、及びそれらの組
み合わせからなる群から選択される属由来であり得る。
【０２１８】
本開示は、とりわけ、対象、例えば、ヒト対象の表面上での一酸化窒素及び一酸化窒素
前駆体の生成を増加させることができる、アンモニア酸化細菌の一意の株、例えば、最適
化株である、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３を提供する。本開示は、この細菌を使用する
方法及びこの細菌を含む物品も提供する。
【０２１９】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、天然には存在しない。例えば、これ
は、選択期間中に望ましい突然変異を蓄積した可能性がある。他の実施形態では、望まし
い突然変異は、実験者によって導入され得る。いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒ
ｏｐｈａは、精製された調製物であり得、最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａであり得る。
【０２２０】
好ましい実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株は独立栄養性であるため、感染症を
引き起こすことができない。好ましい株は、尿素、ならびにアンモニアを利用することに
より、細菌による吸収及び利用前の汗中の尿素の加水分解が不要になる。また、低ｐＨで
成長するために、本細菌は、ＮＨ４＋イオンまたは尿素のいずれかを吸収し得る。この選
択された株は、対象、例えば、ヒトの外表皮膚上で生きる能力も有さなければならず、そ
こでの条件にも耐えなければならない。
【０２２１】
本開示がＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３を詳細に指しているが、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
の１つ以上の他の株、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓの１つ以上の他の種、及び１つ以上の他
のアンモニア酸化細菌のうちの１つ以上を有する調製物、方法、組成物、治療薬、着用可
能な物品、及び衣料品が使用され得る。独立栄養ＡＯＢは、Ａｌａｎ  Ｂ．Ｈｏｏｐｅｒ
及びＡ．Ｋｒｕｍｍｅｌらによって言及された偏性独立栄養細菌である。Ａｌａｎ  Ｂ．
Ｈｏｏｐｅｒ，Ｂｉｏｃｈｅｍｉｃａｌ  Ｂａｓｉｓ  ｏｆ  Ｏｂｌｉｇａｔｅ  Ａｕｔ
ｏｔｒｏｐｈｙ  ｉｎ  Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ  ｅｕｒｏｐａｅａ，Ｊｏｕｒｎａｌ
ｏｆ  Ｂａｃｔｅｒｉｏｌｏｇｙ，Ｆｅｂ  １９６９，ｐ．７７６−７７９。Ａｎｔｊ
ｅ  Ｋｒｕｍｍｅｌ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｆｆｅｃｔ  ｏｆ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｍａｔｔｅ
ｒ  ｏｎ  Ｇｒｏｗｔｈ  ａｎｄ  Ｃｅｌｌ  Ｙｉｅｌｄ  ｏｆ  Ａｍｍｏｎｉａ−Ｏｘ
ｉｄｉｚｉｎｇ  Ｂａｃｔｅｒｉａ，Ａｒｃｈ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ（１９８２）１３３
：５０−５４。これらの細菌は、中間生成物として一酸化窒素（ＮＯ）でのアンモニアの
亜硝酸塩へのそれらの呼吸鎖における酸化のみからすべての代謝エネルギーを得て、二酸
化炭素を固定することにより事実上すべての炭素を得る。それらは、数個の単純分子以外
の炭素源を利用することができない。
【０２２２】
ある特定の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、２０１４年４月８日にＡｍｅｒ
ｉｃａｎ  Ｔｉｓｓｕｅ  Ｃｕｌｔｕｒｅ  Ｃｏｌｌｅｃｔｉｏｎ（ＡＴＣＣ）に寄託さ
れ、ＡＯＢ  Ｄ２３−１００（２５個のバイアル）と指定される受託番号ＰＴＡ−１２１
１５７の株である。
【０２２３】
ある特定の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、配列番号１（株Ｄ２３全ゲノム
配列）と少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％
、９９％、または９９．５％同一の配列を有する染色体を含む。
【０２２４】
ある特定の実施形態では、上述の配列特性を有する細菌は、（１）倍加時間で測定され
る最適化成長速度、（２）ＯＤ６００で測定される最適化成長速度、（３）最適化ＮＨ４
＋酸化速度、（４）ＮＨ４＋に対する最適化耐性、及び（４）ＮＯ２−に対する最適化耐
性のうちの１つ以上を有する。これらの特性の特定の下位組み合わせが、以下の段落に特
定される。
【０２２５】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、（１）倍加時間
で測定される最適化成長速度、（２）ＯＤ６００で測定される最適化成長速度、（３）最
適化ＮＨ４＋酸化速度、（４）ＮＨ４＋に対する最適化耐性、及び（４）ＮＯ２−に対す
る最適化耐性のうちの１つ以上を有する。例えば、本細菌は、本段落の最初のリストの特
性（１）及び（２）；（２）及び（３）；（３）及び（４）；または（４）及び（５）を
有し得る。別の例として、本細菌は、本段落の最初のリストの特性（１）、（２）、及び
（３）；（１）、（２）、及び（４）；（１）、（２）、及び（５）；（１）、（３）、
及び（４）；（１）、（３）、及び（５）；（１）、（４）、及び（５）；（２）、（３
）、及び（４）；（２）、（３）、及び（５）；または（３）、（４）、及び（５）を有
し得る。さらなる例として、本細菌は、本段落の最初のリストの特性（１）、（２）、（
３）、及び（４）；（１）、（２）、（３）、及び（５）；（１）、（２）、（４）、及
び（５）；（１）、（３）、（４）、及び（５）；または（２）、（３）、（４）、及び
（５）を有し得る。いくつかの実施形態では、本細菌は、本段落の最初のリストの特性（
１）、（２）、（３）、（４）、及び（５）を有する。
【０２２６】
本開示は、（１）倍加時間で測定される最適化成長速度、（２）ＯＤ６００で測定され
る最適化成長速度、（３）最適化ＮＨ４＋酸化速度、（４）ＮＨ４＋に対する最適化耐性
、及び（４）ＮＯ２−に対する最適化耐性のうちの１つ以上を有するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈ
ａの純粋組成物も提供する。例えば、本純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ組成物は、本段落の
最初のリストの特性（１）及び（２）；（２）及び（３）；（３）及び（４）；または（
４）及び（５）を有し得る。別の例として、本純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ組成物は、本
段落の最初のリストの特性（１）、（２）、及び（３）；（１）、（２）、及び（４）；
（１）、（２）、及び（５）；（１）、（３）、及び（４）；（１）、（３）、及び（５
）；（１）、（４）、及び（５）；（２）、（３）、及び（４）；（２）、（３）、及び
（５）；または（３）、（４）、及び（５）を有し得る。さらなる例として、本純粋なＮ
．ｅｕｔｒｏｐｈａ組成物は、本段落の最初のリストの特性（１）、（２）、（３）、及
び（４）；（１）、（２）、（３）、及び（５）；（１）、（２）、（４）、及び（５）
；（１）、（３）、（４）、及び（５）；または（２）、（３）、（４）、及び（５）を
有し得る。いくつかの実施形態では、本段落の最初のリストの本純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐ
ｈａ組成物は、特性（１）、（２）、（３）、（４）、及び（５）を有する。
【０２２７】
ＡＯＢ  Ｄ２３−１００と指定される２０１４年４月８日に受託番号ＰＴＡ−１２１１
５７でＡＴＣＣ特許寄託局に２５個のバイアルの形態で寄託されたＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
株Ｄ２３は、配列番号１またはその補体を有する環状ゲノムを含む。したがって、いくつ
かの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株は、配列番号１またはその
補体と同様の核酸配列、例えば、ゲノムを含む。
【０２２８】
例えば、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、配列番号１またはその補体の１，０００塩基対部
分に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、ま
たは９９．５％の同一性を有する１，０００塩基対部分を有する核酸配列を含み得る。こ
の１，０００塩基対部分は、例えば、ヌクレオチド（ｎ×１，０００）＋１〜（ｎ＋１）
×１，０００に及び得、式中、ｎ＝０、１、２、３・・・２５３８、例えば、配列番号１
の終わりまでヌクレオチド１〜１，０００、１，００１〜２，０００等である。
【０２２９】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、配列番号１またはその補体の２，０
００塩基対部分に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％
、９９％、または９９．５％の同一性を有する２，０００塩基対部分を有する核酸配列を
含む。この２，０００塩基対部分は、例えば、ヌクレオチド（ｎ×２，０００）＋１〜（
ｎ＋１）×２，０００に及び得、式中、ｎ＝０、１、２、３・・・１２６９、例えば、配
列番号１の終わりまでヌクレオチド１〜２，０００、２，００１〜４，０００等である。
【０２３０】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、配列番号１またはその補体の５，０
００塩基対部分に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％
、９９％、または９９．５％の同一性を有する５，０００塩基対部分を有する核酸配列を
含む。この５，０００塩基対部分は、例えば、ヌクレオチド（ｎ×５，０００）＋１〜（
ｎ＋１）×５，０００に及び得、式中、ｎ＝０、１、２、３・・・５０８、例えば、配列
番号１の終わりまでヌクレオチド１〜５，０００、５，００１〜１０，０００等である。
【０２３１】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、配列番号１またはその補体の１０，
０００塩基対部分に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８
％、９９％、または９９．５％の同一性を有する１０，０００塩基対部分を有する核酸配
列を含む。この１０，０００塩基対部分は、例えば、ヌクレオチド（ｎ×１０，０００）
＋１〜（ｎ＋１）×１０，０００に及び得、式中、ｎ＝０、１、２、３・・・２５４、例
えば、配列番号１の終わりまでヌクレオチド１〜１０，０００、１０，００１〜２０，０
００等である。
【０２３２】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、配列番号１またはその補体の２０，
０００塩基対部分に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８
％、９９％、または９９．５％の同一性を有する２０，０００塩基対部分を有する核酸配
列を含む。この２０，０００塩基対部分は、例えば、ヌクレオチド（ｎ×２０，０００）
＋１〜（ｎ＋１）×２０，０００に及び得、式中、ｎ＝０、１、２、３・・・１２７、例
えば、配列番号１の終わりまでヌクレオチド１〜２０，０００、２０，００１〜４０，０
００等である。
【０２３３】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、配列番号１またはその補体の５０，
０００塩基対部分に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８
％、９９％、または９９．５％の同一性を有する５０，０００塩基対部分を有する核酸配
列を含む。この５０，０００塩基対部分は、例えば、ヌクレオチド（ｎ×５０，０００）
＋１〜（ｎ＋１）×５０，０００に及び得、式中、ｎ＝０、１、２、３・・・５１、例え
ば、配列番号１の終わりまでヌクレオチド１〜５０，０００、５０，００１〜１００，０
００等である。
【０２３４】
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、配列番号１またはその補体の１００
，０００塩基対部分に対して少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９
８％、９９％、または９９．５％の同一性を有する１００，０００塩基対部分を有する核
酸配列を含む。この１００，０００塩基対部分は、例えば、ヌクレオチド（ｎ×１００，
０００）＋１〜（ｎ＋１）×１００，０００に及び得、式中、ｎ＝０、１、２、３・・・
２６、例えば、配列番号１の終わりまでヌクレオチド１〜１００，０００、１００，００
１〜２０，０００等である。
【０２３５】
いくつかの態様では、本開示は、配列番号１と少なくとも約７０％、８０％、８５％、
９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．５％同一の染色体を含
むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの組成物を提供する。いくつかの態様では、本開示は、配列番号
１と少なくとも約７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、
９９％、または９９．５％同一の染色体を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの純粋組成物を提供
する。
【０２３６】
ある特定の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株は、低ストリンジェンシー、中程
度のストリンジェンシー、高ストリンジェンシー、若しくは非常に高いストリンジェンシ
ー条件下で、または本明細書に記載の他のハイブリダイゼーション条件下で、配列番号１
に、またはＡＯＢ  Ｄ２３−１００と指定される２０１４年４月８日に受託番号ＰＴＡ−
１２１１５７でＡＴＣＣ特許寄託局に２５個のバイアルの形態で寄託されたＤ２３株のゲ
ノムに、またはそれらの補体にハイブリダイズする核酸配列、例えば、ゲノムを含む。本
明細書で使用される場合、「低ストリンジェンシー、中程度のストリンジェンシー、高ス
トリンジェンシー、若しくは非常に高いストリンジェンシー条件下でハイブリダイズする
」という用語は、ハイブリダイゼーション及び洗浄条件を説明する。ハイブリダイゼーシ
ョン反応を行うためのガイダンスは、参照により組み込まれる、Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏ
ｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ  Ｗｉｌｅｙ  ＆
Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１−６．３．６で見つけることができる。
含水法及び非水法がこの参考文献に記載されており、いずれかを使用することができる。
本明細書で言及される特定のハイブリダイゼーション条件は、以下の通りである：１）約
４５℃で６倍塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）中での低ストリンジェンシ
ーハイブリダイゼーション条件、その後、少なくとも５０℃で、０．２倍ＳＳＣ、０．１
％ＳＤＳ中での２回の洗浄（低ストリンジェンシー条件の場合、これらの洗浄の温度が５
５℃に上昇することができる）、２）約４５℃で６倍ＳＳＣ中での中程度のストリンジェ
ンシーハイブリダイゼーション条件、その後、６０℃で、０．２倍ＳＳＣ、０．１％ＳＤ
Ｓ中での１回以上の洗浄、３）約４５℃で６倍ＳＳＣ中での高ストリンジェンシーハイブ
リダイゼーション条件、その後、６５℃で、０．２倍ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中での１回
以上の洗浄、４）非常に高いストリンジェンシーハイブリダイゼーション条件が、６５℃
で、０．５Ｍリン酸ナトリウム、７％ＳＤＳであり、その後、６５℃で、０．２倍ＳＳＣ
、１％ＳＤＳ中での１回以上の洗浄。非常に高いストリンジェンシー条件（４）が好適な
条件であり、別途指定されない限り、使用されるべき条件である。
【０２３７】
株Ｄ２３のゲノム（配列番号１）を、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｃ９１のゲノムと比較し
た。Ｄ２３ゲノムの注釈が補足表１に示されており、配列分析によって特定された配列番
号１における２，７７７個の遺伝子の位置を列記するものである。ある特定の実施形態で
は、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、補足表１に列記される１つ以上の遺伝子
若しくはタンパク質、または前記遺伝子若しくは前記タンパク質のうちの１つと同様の遺
伝子若しくはタンパク質を含む。
【０２３８】
したがって、いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、補足表１の遺伝子
、または前記遺伝子によってコードされるタンパク質を含む。ある特定の実施形態では、
本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、補足表１の遺伝子と同様（例えば、少なくとも７０％、８０
％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、若しくは９９．５％同一）の遺
伝子、または前記遺伝子によってコードされるタンパク質を含む。複数の実施形態では、
本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、補足表１の遺伝子のうちの少なくとも２、３、４、５、１０
、２０、３０、４０、５０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００
、４５０、５００、１０００、１５００、２０００、２５００個、若しくはすべて、また
は前記遺伝子によってコードされるタンパク質と同一若しくは同様の遺伝子またはタンパ
ク質を含む。
【０２３９】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株Ｄ２３
）は、株Ｃ９１に不在の１つ以上の遺伝子若しくはタンパク質、または前記遺伝子若しく
は前記タンパク質のうちの１つと同様の遺伝子若しくはタンパク質を含む。これらの遺伝
子の例が図６〜８に提示されており、本明細書の実施例４により詳細に記載される。
【０２４０】
したがって、図６に関して、いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、図
６の遺伝子のうちの１、２、３、４、５、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０、
７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０個、若し
くはすべてと同一または同様（例えば、少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９
５％、９７％、９８％、９９％、若しくは９９．５％同一）の遺伝子を含む。いくつかの
実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、図６に列記される遺伝子によってコードされ
るタンパク質のうちの１、２、３、４、５、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０
、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０個、若
しくはすべてと同一または同様（例えば、少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、
９５％、９７％、９８％、９９％、若しくは９９．５％同一）のタンパク質を含む。
【０２４１】
図７に関して、いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、図７の遺伝子の
うちの１、２、３、４、５、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、
９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０個、若しくはすべてと
同一または同様（例えば、少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％
、９８％、９９％、若しくは９９．５％同一）の遺伝子を含む。いくつかの実施形態では
、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、図７に列記される遺伝子によってコードされるタンパク質
のうちの１、２、３、４、５、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０
、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０個、若しくはすべて
と同一または同様（例えば、少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７
％、９８％、９９％、若しくは９９．５％同一）のタンパク質を含む。
【０２４２】
図８に関して、いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、図８の遺伝子の
うちの１、２、３、４、５、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、
９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、２００個、若しくはすべてと
同一または同様（例えば、少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％
、９８％、９９％、若しくは９９．５％同一）の遺伝子を含む。いくつかの実施形態では
、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、図８に列記される遺伝子によってコードされるタンパク質
のうちの１、２、３、４、５、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０
、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、２００個、若しくはすべて
と同一または同様（例えば、少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７
％、９８％、９９％、または９９．５％同一）のタンパク質を含む。
【０２４３】
集合的に図６〜８に関して、いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、図
６〜８の遺伝子のうちの１、２、３、４、５、１０、２０、４０、６０、８０、１００、
１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００個、若しくはすべて
と同一または同様（例えば、少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７
％、９８％、９９％、若しくは９９．５％同一）の遺伝子を含む。いくつかの実施形態で
は、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、図６〜８に列記される遺伝子によってコードされるタン
パク質のうちの１、２、３、４、５、１０、２０、４０、６０、８０、１００、１５０、
２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００個、若しくはすべてと同一ま
たは同様（例えば、少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８
％、９９％、若しくは９９．５％同一）のタンパク質を含む。
【０２４４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株Ｄ２３
）は、株Ｃ９１に特有の１つ以上の遺伝子若しくはタンパク質、または前記遺伝子若しく
は前記タンパク質のうちの１つと同様の遺伝子若しくはタンパク質を欠く。これらの遺伝
子の例が図９に提示されており、本明細書の実施例４により詳細に記載される。したがっ
て、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、図９の遺伝子
のうちの少なくとも１、２、３、４、５、１０、２０、５０、１００、１５０、２００、
２５０個、またはすべてを欠く。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔ
ｒｏｐｈａは、図９の遺伝子のうちの最大２、３、４、５、１０、２０、５０、１００、
１５０、２００、２５０、またはすべてを欠く。複数の実施形態では、本明細書に記載の
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、図９の遺伝子のうちの約１〜５、５〜１０、１０〜２０、２０
〜５０、５０〜１００、１００〜１５０、１５０〜２００、２００〜２５０、または２５
０個〜すべてを欠く。
【０２４５】
Ｄ２３ゲノムの配列決定は、アンモニア代謝に関与する遺伝子（例えば、アンモニアモノ
オキシゲナーゼ、ヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼ、シトクロムｃ５５４、及び
シトクロムｃＭ５５２）を含む、潜在的に興味深いいくつかの遺伝子を明らかにした。こ
れらの遺伝子のうちのすべてが複数のコピー中に存在し、一般に、これらのコピーは、互
いに同一ではない。興味深い一組の遺伝子は、ａｍｏＣの第３のコピーに加えて２つのコ
ピー中に存在するアンモニアモノオキシゲナーゼ合成オペロンａｍｏＣＡＢである。これ
らのオペロンは、Ｃ９１に相同体、すなわち、Ｎｅｕｔ＿２０７８／７／６及びＮｅｕｔ
＿２３１９／８／７を有する。別の組の興味深い遺伝子は、３つのコピー中に存在するヒ
ドロキシルアミンオキシドレダクターゼ（ｈａｏ）である。Ｃ９１のこのｈａｏ相同体は
、Ｎｅｕｔ＿１６７２、１７９３、及び２３３５と指定される。第３の組の興味深い遺伝
子は、３つのコピー中に存在するｃｙｃＡによってコードされたシトクロムｃ５５４遺伝
子である。対応するＣ９１遺伝子は、Ｎｅｕｔ＿１６７０、１７９１、及び２３３３と指
定される。第４の組の興味深い遺伝子は、２つのコピー中に存在するｃｙｃＢによってコ
ードされたシトクロムｃＭ５５２遺伝子である。これらの相同Ｃ９１遺伝子は、Ｎｅｕｔ
＿１７９０及び２３３２と指定される。各遺伝子群が表１に要約されており、以下でより
詳細に論じられる。
【表１】
2020156510.tif 000005
【０２４６】
いくつかの態様では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１の遺伝子及びタ
ンパク質と同一または同様の遺伝子を含む。
【０２４７】
より具体的には、ある特定の態様では、本開示は、表１のアンモニアモノオキシゲナー
ゼ配列と少なくとも約７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８
％、９９％、または９９．５％同一の核酸配列を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの組成物、例
えば、精製されたＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ調製物を提供する。ある特定の態様では、本開示
は、表１のヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼ配列と少なくとも約７０％、８０％
、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．５％同一の
核酸配列を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの組成物を提供する。ある特定の態様では、本開示
は、表１のシトクロムｃ５５４配列と少なくとも約７０％、８０％、８５％、９０％、９
５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．５％同一の核酸配列を含むＮ．ｅ
ｕｔｒｏｐｈａの組成物を提供する。ある特定の態様では、本開示は、表１のシトクロム
ｃＭ５５２配列と少なくとも約７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７
％、９８％、９９％、または９９．５％同一の核酸配列を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの組
成物を提供する。
【０２４８】
ある特定の態様では、本開示は、表１のアンモニアモノオキシゲナーゼ配列と少なくと
も約７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９
．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、または９９．６％同一のアミノ酸配列を
含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの組成物を提供する。ある特定の態様では、本開示は、表１の
ヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼ配列と少なくとも約７０％、８０％、８５％、
９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．４％、９９．５％、９９．６
％、または９９．７％同一のアミノ酸配列を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの組成物を提供す
る。ある特定の態様では、本開示は、表１のシトクロムｃ５５４配列と少なくとも約７０
％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、
９９．２％、９９．３％、９９．５％、９９．６％、または９９．７％同一のアミノ酸配
列を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの組成物を提供する。ある特定の態様では、本開示は、表
１のシトクロムｃＭ５５２配列と少なくとも約７０％、８０％、８５％、９０％、９５％
、９６％、９７％、９７．１％、９７．２％、９７．５％、９８％、９８．５％、９８．
６％、９８．７％、９８．８％、９９％、または９９．５％同一のアミノ酸配列を含むＮ
．ｅｕｔｒｏｐｈａの組成物を提供する。
【０２４９】
いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、純粋組成物中に存在し、例えば
、精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ調製物の形態である。
【０２５０】
より具体的には、ある特定の態様では、本開示は、表１のアンモニアモノオキシゲナー
ゼ配列と少なくとも約７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８
％、９８．５％、９８．８％、９８．９％、９９％、９９．２％、９９．３％、９９．４
％、９９．５％、または９９．６％同一の核酸配列を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの純粋組
成物を提供する。ある特定の態様では、本開示は、表１のヒドロキシルアミンオキシドレ
ダクターゼ配列と少なくとも約７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７
％、９８％、９９％、または９９．５％同一の核酸配列を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの純
粋組成物を提供する。ある特定の態様では、本開示は、表１のシトクロムｃ５５４配列と
少なくとも約７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９
％、または９９．５％同一の核酸配列を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの純粋組成物を提供す
る。ある特定の態様では、本開示は、表１のシトクロムｃＭ５５２配列と少なくとも約７
０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９
．５％同一の核酸配列を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの純粋組成物を提供する。
【０２５１】
ある特定の態様では、本開示は、表１のアンモニアモノオキシゲナーゼ配列と少なくと
も約７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９８．５％、
９８．８％、９８．９％、９９％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、
または９９．６％同一のアミノ酸配列を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの純粋組成物を提供す
る。ある特定の態様では、本開示は、表１のヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼ配
列と少なくとも約７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、
９９％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、または９９．７％同一のアミノ酸配列を
含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの純粋組成物を提供する。ある特定の態様では、本開示は、表
１のシトクロムｃ５５４配列と少なくとも約７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、
９６％、９７％、９８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．５％、
９９．６％、または９９．７％同一のアミノ酸配列を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの純粋組
成物を提供する。ある特定の態様では、本開示は、表１のシトクロムｃＭ５５２配列と少
なくとも約７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９７．１％、９
７．２％、９７．５％、９８％、９８．５％、９８．６％、９８．７％、９８．８％、９
９％、または９９．５％同一のアミノ酸配列を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの純粋組成物を
提供する。
【０２５２】
いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１の株Ｄ２３配列、例えば、
配列番号４〜３３のうちのいずれかと少なくとも約７０％、８０％、８５％、９０％、９
５％、９６％、９７％、９８％、９９％、若しくは９９．５％同一の配列を含む遺伝子ま
たはタンパク質を含む。置換は、保存的または非保存的であり得、挿入及び欠失も企図さ
れる。いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１の配列、例えば、配列
番号４〜３３のうちのいずれかを含む遺伝子またはタンパク質を含む。いくつかの実施形
態では、このタンパク質は、最大約１、２、３、４、５、６、８、１０、１５、２０、２
５、５０、若しくは１００個のアミノ酸のＮ末端及び／若しくはＣ末端伸張または欠失を
有する。
【０２５３】
表１の核酸配列のアライメントは、Ｃ９１の相同体とＤ２３の相同体との間の同一性パ
ーセントを示す。以下の段落は、この同一性パーセントについて論じており、表１のＤ２
３遺伝子と相同性を有する様々な遺伝子を説明する。
【０２５４】
より具体的には、これらのａｍｏＡ１遺伝子は、約９８．８％同一（すなわち、８２１
／８３１位で）である。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅ
ｕｔｒｏｐｈａは、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なく
とも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチド
を含む。複数の実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、株Ｃ９１と株
Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１、２、３、４、５、６、７、８、
９、１０個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、本明細書
に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、Ｄ２３  ａｍｏＡ１遺伝子と少なくとも約９８．８％
、９８．９％、９９．０％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または
１００％同一の遺伝子を含む。
【０２５５】
これらのａｍｏＡ２遺伝子は、約９８．８％同一（すなわち、８２１／８３１位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは
、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、
４、５、６、７、８、９、１０個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実
施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこ
の遺伝子が異なる位置のうちの最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、また
はすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕ
ｔｒｏｐｈａは、Ｄ２３  ａｍｏＡ２遺伝子と少なくとも約９８．８％、９８．９％、９
９．０％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または１００％同一の遺
伝子を含む。
【０２５６】
これらのａｍｏＢ１遺伝子は、約９９．１％同一（すなわち、１２５５／１２６６位で
）である。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈ
ａは、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、
３、４、５、６、７、８、９、１０、１１個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む
。複数の実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、株Ｃ９１と株Ｄ２３
との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１
０、１１個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、本明細書
に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、Ｄ２３  ａｍｏＢ１遺伝子と少なくとも約９９．１％
、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または１００％同一の遺伝子を含
む。
【０２５７】
これらのａｍｏＢ２遺伝子は、約９９．１％同一（すなわち、１２５４／１２６６位で
）である。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈ
ａは、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、
３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチド
を含む。複数の実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、株Ｃ９１と株
Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１、２、３、４、５、６、７、８、
９、１０、１１、１２個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態で
は、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、Ｄ２３  ａｍｏＢ２遺伝子と少なくとも
約９９．１％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または１００％同一
の遺伝子を含む。
【０２５８】
これらのａｍｏＣ１遺伝子は、約９９．８％同一（すなわち、８１４／８１６位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは
、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２個、ま
たはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅ
ｕｔｒｏｐｈａは、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１
、２個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、本明細書に記
載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、Ｄ２３  ａｍｏＣ１遺伝子と少なくとも約９９．８％、９
９．９％、または１００％同一の遺伝子を含む。
【０２５９】
これらのａｍｏＣ２遺伝子は、約９９．８％同一（すなわち、８１４／８１６位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは
、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２個、ま
たはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅ
ｕｔｒｏｐｈａは、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１
、２個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、本明細書に記
載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、Ｄ２３  ａｍｏＣ２遺伝子と少なくとも約９９．８％、９
９．９％、または１００％同一の遺伝子を含む。
【０２６０】
これらのａｍｏＣ３遺伝子は、約９８．９％同一（すなわち、８１６／８２５位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは
、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、
４、５、６、７、８、９個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態
では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝
子が異なる位置のうちの最大１、２、３、４、５、６、７、８、９個、またはすべてにＤ
２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
は、Ｄ２３  ａｍｏＣ３遺伝子と少なくとも約９８．９％、９９．０％、９９．２％、９
９．４％、９９．６％、９９．８％、または１００％同一の遺伝子を含む。
【０２６１】
これらのｈａｏ１遺伝子は、約９９．０％同一（すなわち、１６９６／１７１３位で）
である。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
は、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３
、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７個、また
はすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕ
ｔｒｏｐｈａは、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１、
２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７個
、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、本明細書に記載のＮ
．ｅｕｔｒｏｐｈａは、Ｄ２３  ｈａｏ１遺伝子と少なくとも約９９．０％、９９．２％
、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または１００％同一の遺伝子を含む。
【０２６２】
これらのｈａｏ２遺伝子は、約９９．４％同一（すなわち、１７０２／１７１３位で）
である。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
は、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３
、４、５、６、７、８、９、１０、１１個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。
複数の実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、株Ｃ９１と株Ｄ２３と
の間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０
、１１個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、本明細書に
記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、Ｄ２３  ｈａｏ２遺伝子と少なくとも約９９．４％、９
９．６％、９９．８％、または１００％同一の遺伝子を含む。
【０２６３】
これらのｈａｏ３遺伝子は、約９９．２％同一（すなわち、１７００／１７１３位で）
である。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
は、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３
、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３個、またはすべてにＤ２３ヌクレオ
チドを含む。複数の実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、株Ｃ９１
と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１、２、３、４、５、６、７、
８、９、１０、１１、１２、１３個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の
実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、Ｄ２３  ｈａｏ３遺伝子と少
なくとも約９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または１００％同一の遺
伝子を含む。
【０２６４】
これらのｃｙｃＡ１遺伝子は、約９８．０％同一（すなわち、６９４／７０８位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは
、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、
４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４個、またはすべてにＤ２３ヌク
レオチドを含む。複数の実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、株Ｃ
９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１、２、３、４、５、６、
７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含
む。複数の実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、Ｄ２３  ｃｙｃＡ
１遺伝子と少なくとも約９８．０％、９８．２％、９８．４％、９８．６％、９８．８％
、９９．０％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または１００％同一
の遺伝子を含む。
【０２６５】
これらのｃｙｃＡ２遺伝子は、約９８．７％同一（すなわち、６９９／７０８位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは
、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、
４、５、６、７、８、９、１０、１１個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複
数の実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、株Ｃ９１と株Ｄ２３との
間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、
１１個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、本明細書に記
載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、Ｄ２３  ｃｙｃＡ２遺伝子と少なくとも約９８．７％、９
８．８％、９９．０％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または１０
０％同一の遺伝子を含む。
【０２６６】
これらのｃｙｃＡ３遺伝子は、約９９．３％同一（すなわち、７０３／７０８位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは
、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、
４、５個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、本明細書に
記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置の
うちの最大１、２、３、４、５個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実
施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、Ｄ２３  ｃｙｃＡ３遺伝子と少
なくとも約９９．３％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または１００％同一の遺
伝子を含む。
【０２６７】
これらのｃｙｃＢ１遺伝子は、約９６．７％同一（すなわち、６９６／７２０位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは
、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、
４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１
９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチド
を含む。複数の実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、株Ｃ９１と株
Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１、２、３、４、５、６、７、８、
９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２
、２３、２４、２５、２６個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形
態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、Ｄ２３  ｃｙｃＢ１遺伝子と少なく
とも約９６．７％、９６．８％、９７．０％、９７．２％、９７．４％、９７．６％、９
７．８％、９８．０％、９８．２％、９８．４％、９８．４％、９８．６％、９８．８％
、９９．０％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または１００％同一
の遺伝子を含む。
【０２６８】
これらのｃｙｃＢ２遺伝子は、約９７．１％同一（すなわち、７０２／７２３位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは
、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、
４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１
９、２０、２１個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、本
明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異な
る位置のうちの最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１
４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチド
を含む。複数の実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、Ｄ２３  ｃｙ
ｃＢ２遺伝子と少なくとも約９７．１％、９７．２％、９７．４％、９７．６％、９７．
８％、９８．０％、９８．２％、９８．４％、９８．４％、９８．６％、９８．８％、９
９．０％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または１００％同一の遺
伝子を含む。
【０２６９】
以下の４つの段落が、表１の遺伝子及びタンパク質をより詳細に説明する。
【０２７０】
アンモニアモノオキシゲナーゼは、反応
【化３】
2020156510.tif 000006
を触媒する、アンモニア酸化に関与する酵素である（Ｅｎｓｉｇｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９
９３）。Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３において、アンモニアモノオキシゲナーゼオペロ
ンは、ａｍｏＡ、ａｍｏＢ、及びａｍｏＣと指定される３つの遺伝子を含む。株Ｄ２３は
、全オペロンの２つのコピー及びａｍｏＣの第３のコピーを含む。これらの遺伝子及び対
応するタンパク質が上の表１に列記されている。ある特定の実施形態では、本明細書に記
載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１の１つ若しくは２つのアンモニアモノオキシゲナーゼ
サブユニットＡ遺伝子及び／若しくはタンパク質（例えば、表１のＤ２３配列）、または
それと同様の遺伝子及び／若しくはタンパク質を含む。いくつかの実施形態では、本明細
書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１の１つ若しくは２つのアンモニアモノオキシゲ
ナーゼサブユニットＢ遺伝子及び／若しくはタンパク質（例えば、表１のＤ２３配列）、
またはそれと同様の遺伝子及び／若しくはタンパク質を含む。ある特定の実施形態では、
本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１の１、２、若しくは３つのアンモニアモ
ノオキシゲナーゼサブユニットＣ遺伝子及び／若しくはタンパク質（例えば、表１のＤ２
３配列）、またはそれと同様の遺伝子及び／若しくはタンパク質を含む。いくつかの実施
形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、（ａ）表１のアンモニアモノオキ
シゲナーゼサブユニットＡ遺伝子及び／またはタンパク質（例えば、表１のＤ２３配列）
、（ｂ）表１のアンモニアモノオキシゲナーゼサブユニットＢ遺伝子及び／またはタンパ
ク質（例えば、表１のＤ２３配列）、ならびに（ｃ）表１のアンモニアモノオキシゲナー
ゼサブユニットＣ遺伝子及び／またはタンパク質（例えば、表１のＤ２３配列）のうちの
少なくとも１つ若しくは２つずつを含む。例えば、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１のこ
れらのアンモニアモノオキシゲナーゼ遺伝子及び／若しくはタンパク質（例えば、表１の
Ｄ２３配列）のうちのすべて、またはそれと同様の遺伝子及び／若しくはタンパク質を含
み得る。さらにより具体的には、いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、
表１のＤ２３アンモニアモノオキシゲナーゼ遺伝子のうちのすべてを含む。いくつかの実
施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１のＤ２３アンモニアモノオキシゲナーゼタ
ンパク質のうちのすべてを含む。ヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼは、以下の一
般的な反応
【化４】
2020156510.tif 000007
を触媒する。それらは、典型的には、ｈｅｍｅを補因子として使用する。Ｎ．ｅｕｔｒｏ
ｐｈａ株Ｄ２３は、ｈａｏ１、ｈａｏ２、及びｈａｏ３と指定される３つのヒドロキシル
アミンオキシドレダクターゼを含む。これらの遺伝子及び対応するタンパク質が上の表１
に列記されている。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは
、表１の１、２、または３つのヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼ遺伝子及び／若
しくはタンパク質（例えば、表１のＤ２３配列）、またはそれと同様の遺伝子及び／若し
くはタンパク質を含む。例えば、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１のヒドロキシルアミン
オキシドレダクターゼ遺伝子及び／若しくはタンパク質（例えば、表１のＤ２３配列）の
うちのすべて、またはそれと同様の遺伝子及び／若しくはタンパク質を含み得る。さらに
より具体的には、いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１のＤ２３ヒ
ドロキシルアミンオキシドレダクターゼ遺伝子のうちのすべてを含む。いくつかの実施形
態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１のＤ２３ヒドロキシルアミンオキシドレダクタ
ーゼタンパク質のうちのすべてを含む。
【０２７１】
アンモニアを唯一のエネルギー源及び還元体として好気的に異化するＤ２３の能力は、
２つの特殊化されたタンパク質複合体、Ａｍｏ及びＨａｏ、ならびに電子をキノンプール
に送るシトクロムｃ５５４及びｃｍ５５２を必要とする。低酸素濃度でのアンモニア酸化
中、ｃ５５４のＮＯレダクターゼ活性が重要である。Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３は、
ｃｙｃＡ１、ｃｙｃＡ２、及びｃｙｃＡ３と指定される３つのシトクロムｃ５５４遺伝子
を含む。これらの遺伝子及び対応するタンパク質が上の表１に列記されている。いくつか
の実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１の１、２、若しくは３
つのシトクロムｃ５５４遺伝子及び／若しくはタンパク質（例えば、表１のＤ２３配列）
、またはそれと同様の遺伝子及び／若しくはタンパク質を含む。例えば、本Ｎ．ｅｕｔｒ
ｏｐｈａは、表１のシトクロムｃ５５４遺伝子及び／若しくはタンパク質（例えば、表１
のＤ２３配列）のうちのすべて、またはそれと同様の遺伝子及び／若しくはタンパク質を
含み得る。さらにより具体的には、いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは
、表１のＤ２３シトクロムｃ５５４遺伝子のうちのすべてを含む。いくつかの実施形態で
は、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１のＤ２３シトクロムｃ５５４タンパク質のうちのす
べてを含む。
【０２７２】
アンモニアを唯一のエネルギー源及び還元体として好気的に異化するＤ２３の能力は、
２つの特殊化されたタンパク質複合体、Ａｍｏ及びＨａｏ、ならびに電子をキノンプール
に送るシトクロムｃ５５４及びｃｍ５５２を必要とする。シトクロムｃｍ５５２は、キノ
ンをＨａｏ起源の電子で還元する。Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３は、ｃｙｃＢ１及びｃ
ｙｃＢ２と指定される２つのシトクロムｃＭ５５２遺伝子を含む。これらの遺伝子及び対
応するタンパク質が上の表１に列記されている。いくつかの実施形態では、本明細書に記
載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１の１つ若しくは２つのシトクロムｃＭ５５２遺伝子及
び／若しくはタンパク質（例えば、表１のＤ２３配列）、またはそれと同様の遺伝子及び
／若しくはタンパク質を含む。例えば、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１のシトクロムｃ
Ｍ５５２遺伝子及び／若しくはタンパク質（例えば、表１のＤ２３配列）の両方、または
それと同様の遺伝子及び／若しくはタンパク質を含み得る。さらにより具体的には、いく
つかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１のＤ２３シトクロムｃＭ５５２遺
伝子の両方を含む。いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１のＤ２３
シトクロムｃＭ５５２タンパク質の両方を含む。
【０２７３】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１から選択さ
れる遺伝子及び／またはタンパク質の組み合わせを含む。この組み合わせは、例えば、前
４段落に列記される遺伝子及び／またはタンパク質を含み得る。例えば、この組み合わせ
は、表１の２つのクラスの遺伝子及び／またはタンパク質を含み得る。したがって、いく
つかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１に記載の、または前４段落に記載
の１つ以上のアンモニアモノオキシゲナーゼ遺伝子及び／またはタンパク質ならびに１つ
以上のヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼ遺伝子及び／またはタンパク質を含む。
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１に記載の、または前４段落に記載
の１つ以上のアンモニアモノオキシゲナーゼ遺伝子及び／またはタンパク質ならびに１つ
以上のシトクロムｃ５５４遺伝子及び／またはタンパク質を含む。複数の実施形態では、
本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１に記載の、または前４段落に記載の１つ以上のアンモニ
アモノオキシゲナーゼ遺伝子及び／またはタンパク質ならびに１つ以上のシトクロムｃＭ
５５２遺伝子及び／またはタンパク質を含む。複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐ
ｈａは、表１に記載の、または前４段落に記載の１つ以上のヒドロキシルアミンオキシド
レダクターゼ遺伝子及び／またはタンパク質ならびに１つ以上のシトクロムｃ５５４遺伝
子及び／またはタンパク質を含む。複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表
１に記載の、または前４段落に記載の１つ以上のヒドロキシルアミンオキシドレダクター
ゼ遺伝子及び／またはタンパク質ならびに１つ以上のシトクロムｃＭ５５２遺伝子及び／
またはタンパク質を含む。
【０２７４】
この組み合わせは、表１の３つのクラスの遺伝子及び／またはタンパク質も含み得る。
したがって、いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１に記載の、また
は前述の４段落に記載の１つ以上のアンモニアモノオキシゲナーゼ遺伝子及び／またはタ
ンパク質、ならびに１つ以上のヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼ遺伝子及び／ま
たはタンパク質、ならびに１つ以上のシトクロムｃ５５４遺伝子及び／またはタンパク質
を含む。複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１に記載の、または前述の
４段落に記載の１つ以上のアンモニアモノオキシゲナーゼ遺伝子及び／またはタンパク質
、ならびに１つ以上のヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼ遺伝子及び／またはタン
パク質、ならびに１つ以上のシトクロムｃＭ５５２遺伝子及び／またはタンパク質を含む
。複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１に記載の、または前述の４段落
に記載の１つ以上の１つ以上のアンモニアモノオキシゲナーゼ遺伝子及び／若しくはタン
パク質、ならびに１つ以上のシトクロムｃ５５４遺伝子及び／若しくはタンパク質、なら
びに／または１つ以上のシトクロムｃＭ５５２遺伝子及び／若しくはタンパク質を含む。
複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１に記載の、または前述の４段落に
記載の１つ以上の１つ以上のヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼ遺伝子及び／若し
くはタンパク質、ならびに１つ以上のシトクロムｃ５５４遺伝子及び／若しくはタンパク
質、ならびに／または１つ以上のシトクロムｃＭ５５２遺伝子及び／若しくはタンパク質
を含む。
【０２７５】
この組み合わせは、表１の４つすべてのクラスの遺伝子及び／またはタンパク質を含み
得る。したがって、いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１に記載の
、または前述の４段落に記載の１つ以上のアンモニアモノオキシゲナーゼ遺伝子及び／若
しくはタンパク質、ならびに１つ以上のヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼ遺伝子
及び／若しくはタンパク質、ならびに１つ以上のシトクロムｃ５５４遺伝子及び／若しく
はタンパク質、ならびに／または１つ以上のシトクロムｃＭ５５２遺伝子を含む。
【０２７６】
表２（以下）は、表１のＤ２３タンパク質とＣ９１タンパク質との間の配列差異を列記
する。例えば、ＡｍｏＡ１は、Ｃ９１の１位にＭを有するが、Ｄ２３の１位にＶを有し、
この差異は、表２でＭ１Ｖと略されている。別の例として、Ｄ２３  ＣｙｃＢ１は、Ｃ９
１タンパク質の残基１９４と残基１９５との間にＤＤＤの挿入を有し、付加された残基が
Ｄ２３タンパク質の残基番号１９５、１９６、及び１９７となり、この差異は、それぞれ
、表２で１９５ｉｎｓＤ、１９６ｉｎｓＤ、及び１９７ｉｎｓＤと略されている。表２の
基盤を形成する配列アライメントが図１０〜１６に示されている。
【表２】
2020156510.tif 000008
【０２７７】
したがって、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２に列記される配列特性の
うちの１つ以上を含み得る。例えば、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２の配列特性のうち
の少なくとも１、２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、３０個、またはすべてを含
み得る。いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２の配列特性のうちの
２、３、４、５、１０、１５、２０、２５、３０個以下、またはすべてを含む。複数の実
施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２の配列特性のうちの１〜５、５〜１０、１
０〜１５、１５〜２０、２０〜２５、２５〜３０個、またはすべてを含む。本Ｎ．ｅｕｔ
ｒｏｐｈａは、前記タンパク質の断片も含み得る。
【０２７８】
遺伝子またはタンパク質の個々のカテゴリーについて、いくつかの実施形態では、本Ｎ
．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２の（アンモニアモノオキシゲナーゼを説明する）第１の区分
の配列特性のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはす
べてを含む。複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２の第１の区分の配列
特性のうちの１〜５、３〜７、４〜８、または５〜１０個を含む。例えば、いくつかの実
施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２に列記されるａｍｏＡ遺伝子若しくはタン
パク質のうちの少なくとも１、２、若しくは３つの配列特性、及び／またはこれらの特性
のうちの２つ若しくは３つ以下を含む。本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２に列記されるａ
ｍｏＢ遺伝子またはタンパク質のうちの少なくとも１つまたは２つの配列特性も含み得る
。加えて、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２に列記されるａｍｏＣ３遺伝子のうちの少な
くとも１つまたは２つの配列特性を含み得る。本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、前記タンパク
質の断片も含み得る。
【０２７９】
ｈａｏ遺伝子及びタンパク質に関して、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２の（ヒドロキ
シルアミンオキシドレダクターゼを説明する）第２の区分の配列特性のうちの少なくとも
１、２、３、４、５、６、７、８個、またはすべてを含み得る。複数の実施形態では、本
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２の第２の区分の配列特性のうちの１〜４、２〜５、３〜６
、または４〜８個を含む。本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１に列記されるＨａｏ１の配列
特性のうちの少なくとも１、２、若しくは３つ、及び／またはこれらの特性のうちの２つ
若しくは３つ以下も含み得る。本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２に列記されるＨａｏ２ま
たはＨａｏ３の少なくとも１つまたは２つ配列特性も含み得る。本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
は、前記タンパク質の断片も含み得る。
【０２８０】
次にシトクロムｃ５５４を参照して、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２の（シトクロム
ｃ５５４を説明する）第３の区分の配列特性のうちの少なくとも１、２、３、４つ、また
はすべてを含み得る。複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２の第３の区
分の配列特性のうちの最大２、３、４つ、またはすべてを含む。複数の実施形態では、本
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２に列記されるシトクロムｃ５５４  ＣｙｃＡ１の少なくと
も１つまたは２つの配列特性を含む。本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２に列記されるｃ５
５４  ＣｙｃＡ２またはｃ５５４  ＣｙｃＡ３の少なくとも１つの配列特性も含み得る。
本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、前記タンパク質の断片も含み得る。
【０２８１】
ｃＭ５５２遺伝子及びタンパク質に関して、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２の（シト
クロムｃＭ５５２を説明する）第４の区分の配列特性のうちの少なくとも１、２、３、４
、５、６、７、８、９、１０個、またはすべてを含み得る。複数の実施形態では、本Ｎ．
ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２の第４の区分の配列特性のうちの最大２、３、４、５、６、７
、８、９、１０個、またはすべてを含む。例えば、複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒ
ｏｐｈａは、表２の第４の区分の１〜５、２〜７、３〜８、または５〜１０個の配列特性
を含む。複数の実施形態では、表２に列記されるｃＭ５５２  ＣｙｃＢ１の少なくとも１
、２、３、４、５、６、若しくは７つの配列特性、及び／またはこれらの特性のうちの２
、３、４、５、６、または７つ以下。本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表２に列記されるｃＭ
５５２  ＣｙｃＢ２の少なくとも１、２、若しくは３つの配列特性、及び／またはこれら
の特性のうちの２つ若しくは３つ以下も含み得る。本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、前記タン
パク質の断片も含み得る。
【０２８２】
様々なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａタンパク質の配列特性について言及する上記段落が、これ
らのタンパク質をコードする核酸の配列も説明することが理解される。
【０２８３】
本明細書に記載の配列決定分析は、株Ｄ２３がプラスミドを欠くことを明らかにした。
その結果として、いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌はプラスミドを
欠き、すなわち、そのＤＮＡのうちのすべてが染色体に含まれる。いくつかの実施形態で
は、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌は、内因性プラスミドを欠くが、１つ以上のトランスジ
ェニックプラスミドを担持する。
【０２８４】
このＤ２３株は、天然生成物であるとは考えられておらず、むしろ、研究室での長期間
の培養及び選択中にある特定の突然変異及び特性を得たものである。例えば、Ｄ２３は、
約２００ｍＭまたは２５０ｍＭを超えるＮＨ４＋の条件下で２４時間を超えて成長する能
力を有する。
【０２８５】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示されるＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、シデロフォ
アの存在の点で天然に存在する細菌とは異なる。例えば、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、Ｎ
．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｃ９１と比較して上昇したレベルまたは低下したレベルのシデロフ
ォアを有し得る。一般に、シデロフォアは、細菌がそれらの環境から鉄を取り除く助けと
なる分泌された鉄キレート化合物である。ペプチドであるシデロフォアもあれば、有機小
分子であるシデロフォアもある。
【０２８６】
これらのＡＯＢ、例えば、本開示で企図されるＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、野生型Ｎ．ｅ
ｕｔｒｏｐｈａ及び／または本明細書に開示されるＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ配列に対する突
然変異を含み得る。これらの突然変異は、例えば、自発的に生じ得るか、ランダム突然変
異誘発によって導入され得るか、または標的突然変異誘発によって導入され得る。例えば
、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、野生型Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが典型的に含む１つ以上の遺
伝子または調節ＤＮＡ配列を欠き得る。本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、配列決定された株ま
たは野生型株に対する点突然変異、置換、挿入、欠失、及び／または再配列も含み得る。
本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、精製された最適化Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ調製物であり得る。
【０２８７】
ある特定の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、トランスジェニックである。例
えば、それは、野生型Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３が欠く１つ以上の遺伝子または調節
ＤＮＡ配列を含み得る。より具体的には、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、例えば、レポータ
ー遺伝子、選択マーカー、酵素をコードする遺伝子、またはプロモーター（誘導プロモー
ター若しくは抑制プロモーターを含む）を含み得る。いくつかの実施形態では、このさら
なる遺伝子または調節ＤＮＡ配列は、細菌染色体に組み込まれ、いくつかの実施形態では
、この遺伝子または調節ＤＮＡ配列は、プラスミド、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｎ
９１に見られるプラスミドに関連したプラスミド上にある。
【０２８８】
いくつかの好ましい実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、天然に存在する細菌と
は少なくとも１つのヌクレオチドだけ異なる。例えば、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、関連
経路、例えば、アンモニア代謝経路、尿素代謝経路、または一酸化窒素若しくは一酸化窒
素前駆体を生成する経路の一部である遺伝子またはタンパク質において天然に存在する細
菌とは異なる。より具体的には、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、例えば、その経路の要素の
レベルまたは活性を上昇させることによってその経路の活性を上昇させる突然変異を含み
得る。
【０２８９】
上述の突然変異は、任意の好適な技法を使用して導入され得る。突然変異を所与の位置
に導入するための多数の方法が知られている。例えば、部位指向性突然変異誘発、オリゴ
ヌクレオチド指向性突然変異誘発、または部位特異的突然変異誘発を使用することができ
る。特定の突然変異誘発プロトコルの非限定的な例は、例えば、Ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ
，ｐｐ．１３．１−１３．１０５（Ｓａｍｂｒｏｏｋ  ａｎｄ  Ｒｕｓｓｅｌｌ，ｅｄｓ
．，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ，
Ｖｏｌ．３，３．ｓｕｐ．ｒｄ  ｅｄ．２００１）に記載されている。加えて、商業者か
ら入手可能な良く特徴付けられた突然変異誘発プロトコルの非限定的な例としては、Ａｌ
ｔｅｒｅｄ  Ｓｉｔｅｓ（登録商標）ＩＩ生体外突然変異誘発システム（Ｐｒｏｍｅｇａ
Ｃｏｒｐ．，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）、Ｅｒａｓｅ−ａ−Ｂａｓｅ（登録商標）シ
ステム（Ｐｒｏｍｅｇａ，Ｍａｄｉｓｏｎ，Ｗｉｓ．）、ＧｅｎｅＴａｉｌｏｒ（商標）
部位指向性突然変異誘発システム（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，Ｉｎｃ．，Ｃａｒｌｓｂａｄ
，Ｃａｌｉｆ．）、ＱｕｉｋＣｈａｎｇｅ（登録商標）ＩＩ部位指向性突然変異誘発キッ
ト（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ｌａ  Ｊｏｌｌａ，Ｃａｌｉｆ．）、及びＴｒａｎｓｆｏｒ
ｍｅｒ（商標）部位指向性突然変異誘発キット（ＢＤ−Ｃｌｏｎｔｅｃｈ，Ｍｏｕｎｔａ
ｉｎ  Ｖｉｅｗ，Ｃａｌｉｆ．）が挙げられるが、これらに限定されない。
【０２９０】
いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌調製物は、ある状態または疾患を少な
くとも部分的に治療するために、ある濃度または量のアンモニア酸化細菌を含み得る。本
アンモニア酸化細菌調製物は、表面、例えば、皮膚表面上の細菌または細菌属の量、濃度
、または割合を変更する、例えば、減少または増加させるために、ある濃度または量のア
ンモニア酸化細菌を含み得る。この細菌は、非病原性若しくは病原性であり得るか、また
は潜在的病原性であり得る。
【０２９１】
いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌調製物は、約１０８〜約１０１４ＣＦ
Ｕ／Ｌを含み得る。本調製物は、少なくとも１０８、１０９、１０１０、１０１１、２×
１０１１、５×１０１１、１０１２、２×１０１２、５×１０１２、１０１３、２×１０
１３、５×１０１３、若しくは１０１４、または約１０８〜１０９、１０９〜１０１０、
１０１０〜１０１１、１０１１〜１０１２、１０１２〜１０１３、若しくは１０１３〜１
０１４ＣＦＵ／Ｌを含み得る。ある特定の態様では、本調製物は、約１×１０９ＣＦＵ／
Ｌ〜約１０×１０９ＣＦＵ／Ｌを含み得る。ある特定の態様では、本調製物は、約１×１
０９ＣＦＵ〜約１０×１０９ＣＦＵを含み得る。
【０２９２】
いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌調製物は、約０．１ミリグラム（ｍｇ
）及び約１０００ｍｇのアンモニア酸化細菌を含み得る。ある特定の態様では、本調製物
は、約５０ｍｇ〜約１０００ｍｇのアンモニア酸化細菌を含み得る。本調製物は、約０．
１〜０．５ｍｇ、０．２〜０．７ｍｇ、０．５〜１．０ｍｇ、０．５〜２ｍｇ、０．５〜
５ｍｇ、２．５〜５ｍｇ、２．５〜７．０ｍｇ、５．０〜１０ｍｇ、７．５〜１５ｍｇ、
１０〜１５ｍｇ、１５〜２０ｍｇ、１５〜２５ｍｇ、２０〜３０ｍｇ、２５〜５０ｍｇ、
２５〜７５ｍｇ、５０〜７５ｍｇ、５０〜１００ｍｇ、７５〜１００ｍｇ、１００〜２０
０ｍｇ、２００〜３００ｍｇ、３００〜４００ｍｇ、４００〜５００ｍｇ、５００〜６０
０ｍｇ、６００〜７００ｍｇ、７００〜８００ｍｇ、８００〜９００ｍｇ、９００〜１０
００ｍｇ、１００〜２５０ｍｇ、２５０〜５００ｍｇ、１００〜５００ｍｇ、５００〜７
５０ｍｇ、７５０〜１０００ｍｇ、または５００〜１０００ｍｇを含み得る。
【０２９３】
いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌調製物は、約０．１グラム／Ｌ〜約１
グラム／Ｌの範囲のアンモニア酸化細菌と賦形剤、例えば、薬学的に許容される賦形剤ま
たは美容的に許容される賦形剤の質量比を含み得る。本調製物は、約０．１〜０．２、０
．２〜０．３、０．１〜０．５、０．２〜０．７、０．５〜１．０、または０．７〜１．
０グラム／Ｌの範囲のアンモニア酸化細菌と賦形剤の質量比を含み得る。
【０２９４】
いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌調製物は、成長状態にあり得る。成長
状態は、アンモニア酸化細菌を、成長を促進し得る環境に曝すことによって提供され得る
。この成長状態は、例えば、アンモニウムイオン（ＮＨ４＋）を亜硝酸塩（ＮＯ２−）に
変換するアンモニア酸化細菌の即時可用性を可能にする環境下でのアンモニア酸化細菌の
状態であり得る。この成長状態は、約７．６を超えるｐＨを有する環境下でアンモニア酸
化細菌を提供することを含み得る。この成長状態は、上の第１節に記載のアンモニア、ア
ンモニウム塩、及び／または尿素、微量鉱物、ならびに十分な酸素及び二酸化炭素を有す
る環境下でアンモニア酸化細菌を提供することも含み得る。
【０２９５】
いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌調製物は、ポリリン酸塩負荷状態にあ
り得、この状態または環境、例えば、培地、例えば、培養培地、例えば、成長培地は、約
７．４未満のｐＨを有し得る。アンモニア、アンモニウムイオン、及び尿素のうちの少な
くとも１つのレベルは、約１０マイクロモル〜２００ミリモルであり得る。微量物質のレ
ベルは、０．１マイクロモル鉄〜２０マイクロモル鉄であり得る。酸素のレベルは、約５
％〜１００％酸素飽和度であり得る。二酸化炭素のレベルは、約０〜２００ｐｐｍ未満で
あり得、リン酸塩のレベルは、約１０マイクロモルを超え得る。ポリリン酸塩負荷状態の
目的は、ＡＴＰが生成され得るように、ＡＯＢにアンモニア及び酸素を提供するが、それ
らがそのＡＴＰを使用して二酸化炭素を固定することができず、その代わりにそのＡＴＰ
を使用して、貯蔵され得るポリリン酸塩を発生させるように、それらに二酸化炭素及び炭
酸塩を与えないことである。
【０２９６】
いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌調製物は、貯蔵状態にあり得る。貯蔵
状態は、それらが貯蔵された後に再生され得る環境下でのアンモニア酸化細菌と定義され
得る。この貯蔵状態は、例えば、再生された後に、例えば、成長状態を所定の期間促進す
る環境下に置かれた後に、アンモニア酸化細菌の利用能を可能にする環境下でのアンモニ
ア酸化細菌の状態であり得る。
【０２９７】
この貯蔵状態は、約７．４未満のｐＨを有する環境下でアンモニア酸化細菌を提供する
ことを含み得る。この貯蔵状態は、上の第１節に記載のアンモニア、アンモニア塩、及び
／または尿素、微量鉱物、酸素、及び低濃度の二酸化炭素を有する環境下でアンモニア酸
化細菌を提供することも含み得る。
【０２９８】
貯蔵は、４℃で最大数ヶ月貯蔵することによって達成され得る。貯蔵緩衝液は、いくつ
かの実施形態では、５０ｍＭのＮａ２ＨＰＯ４〜２ｍＭのＭｇＣｌ２（ｐＨ７．６）を含
み得る。
【０２９９】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌は、凍結保存され得る。１．２５ｍｌの
アンモニア酸化細菌の中間対数培養物が、２ｍｌのクライオチューブ及び０．７５ｍｌの
滅菌８０％グリセロールに添加され得る。チューブは穏やかに振盪され、室温で１５分間
インキュベートして、これらの細胞による凍結保護剤の取り込みを可能にすることができ
る。これらのチューブは、−８０℃の冷凍庫内に直接貯蔵されて、冷凍及び貯蔵すること
ができる。
【０３００】
培養物を蘇生させるために、冷凍ストックが氷上で１０〜２０分間解凍され、その後、
４℃で３分間、８，０００×ｇで遠心分離され得る。ペレットを２ｍｌのＡＯＢ培地中に
懸濁することによってペレットが洗浄され、その後、４℃で３分間、８，０００×ｇでさ
らに遠心分離されて、凍結保護剤の潜在的毒性を低減することができる。このペレットが
２ｍｌのＡＯＢ培地中で再懸濁され、５０ｍＭのＮＨ４＋を含有する５０ｍｌのＡＯＢ培
地に播種され、２００ｒｐｍで振盪することにより３０℃の暗所でインキュベートされ得
る。
【０３０１】
いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌調製物は、貯蔵状態のアンモニア酸化
細菌、及び／またはポリリン酸塩負荷状態のアンモニア酸化細菌、及び／または成長状態
のアンモニア酸化細菌を含み得る。
【０３０２】
理論に束縛されることを望むものではないが、アンモニア酸化細菌を低二酸化炭素と十
分な酸素及びアンモニアを有する条件下または環境下で維持することにより、それらは、
所定の期間、例えば、約１倍加時間、例えば、約８〜１２時間、例えば、約１０時間、ポ
リリン酸塩を蓄積することができる。本アンモニア酸化細菌は、十分なポリリン酸塩を蓄
積して、それらの貯蔵生存能力、貯蔵時間を拡大し、それらの再生を加速することができ
る。これは、緩衝液及びアンモニアの添加を伴うか、または伴わずに生じ得る。
【０３０３】
十分な貯蔵されたポリリン酸塩の存在は、ＡＴＰ供給源であるアンモニア酸化細菌がア
ンモニア及び酸素の不在下でさえも代謝活性を維持し、かつさもなければ致死的であろう
侵襲を生き抜くことを可能にし得る。
【０３０４】
ＡＴＰを発生させるアンモニアの酸化プロセスは、２つのステップを有する。第１のス
テップは、アンモニアのアンモニアモノオキシゲナーゼ（Ａｍｏ）によるヒドロキシルア
ミンへの酸化、その後、ヒドロキシルアミンのヒドロキシルアミンオキシドレダクターゼ
（Ｈａｏ）による亜硝酸塩への変換である。第２のステップ（ヒドロキシルアミンの亜硝
酸塩への変換）由来の電子は、第１のステップ（アンモニアのヒドロキシルアミンへの酸
化）に動力を与えるために使用される。
【０３０５】
アンモニア酸化細菌がＡｍｏに電子を発生させるためのヒドロキシルアミンを有しない
場合、ヒドロキシルアミンは、Ｈａｏには利用不能である。例えば、アセチレンは、アン
モニアの亜硝酸塩への酸化における第１のステップ、アンモニアのヒドロキシルアミンへ
の酸化に不可欠な酵素を不可逆的に阻害する。ＡＯＢがアセチレンに曝されると、Ａｍｏ
は不可逆的に阻害され、ヒドロキシルアミンが発生し得る前に新たな酵素が合成されなけ
ればならない。正常なコンソーシアム生物膜生息地では、ＡＯＢは、ヒドロキシルアミン
を共有し、他のＡＯＢから（阻害剤に対して異なる感受性を有する異なる株からさえも）
受け取ることができ、生物膜は、個々の生物よりもアセチレン等の阻害剤に対して耐性を
示す傾向がある。ＡＯＢは、貯蔵されたポリリン酸塩を使用して、ヒドロキシルアミンの
不在下でさえも新たなＡｍｏを合成することができる。
【０３０６】
本明細書で論じられるアンモニア酸化細菌のいずれの実施形態、調製物、組成物、また
は製剤も、任意に純粋なアンモニア酸化細菌を含み得るか、それから本質的になり得るか
、またはそれからなり得る。
【０３０７】
３．Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを生成する方法
様々なＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ種を培養する方法が当該技術分野で知られている。Ｎ
．ｅｕｔｒｏｐｈａは、例えば、以下の実施例２に記載のＮ．ｅｕｒｏｐａｅａ培地を使
用して培養され得る。アンモニア酸化細菌は、例えば、上の表３または表４に記載の培地
を使用して培養され得る。
【０３０８】
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、例えば、液体培養またはプレートで成長し得る。好適なプレ
ートとしては、１．２％Ｒ２Ａ寒天、１．２％寒天、１．２％アガロース、及び０．３ｇ
／Ｌのピルビン酸塩を有する１．２％アガロースが挙げられる。
【０３０９】
いくつかの実施形態では、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ等のアンモニア酸化細菌は、有機物を
含まない培地で培養される。有機物を含まない培地を使用する利点の１つは、それが、独
立栄養細菌によって生成されたものを除いて、代謝するために従属栄養細菌の基質を欠く
ことである。そのように成長した培養物を使用する別の利点は、かなりの亜硝酸塩が培養
培地に蓄積し、この亜硝酸塩が従属栄養細菌に阻害性であるため、貯蔵中に防腐剤として
働くことである。
【０３１０】
いくつかの実施形態では、改善された特性、例えば、最適化特性を有するＮ．ｅｕｔｒ
ｏｐｈａ株等のアンモニア酸化細菌は、伝播の反復プロセス及び所望の特性の選択によっ
て生成される。いくつかの実施形態では、この選択及び伝播は同時に行われる。いくつか
の実施形態では、この選択は、５０ｍＭ、７５ｍＭ、１００ｍＭ、１２５ｍＭ、１５０ｍ
Ｍ、１７５ｍＭ、２００ｍＭ、２２５ｍＭ、２５０ｍＭ、２７５ｍＭ、または３００ｍＭ
のＮＨ４＋、例えば、少なくとも２００ｍＭのＮＨ４＋を含む反応培地（例えば、完全Ｎ
．ｅｕｒｏｐａｅａ培地）で行われる。いくつかの実施形態では、伝播及び／または選択
の期間は、少なくとも１、２、３、または６ヶ月である。複数の実施形態では、伝播及び
／または選択の期間は、少なくとも１、２、４、６、８、または１０年間である。
【０３１１】
いくつかの態様では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ等の本アンモニア酸化細菌は、商業規模
で製造される。いくつかの実施形態では、商業規模とは、少なくとも１０，０００、２０
，０００、３０，０００、５０，０００、または１００，０００リットル（Ｌ）の培養培
地体積での液体培養法を指す。いくつかの実施形態では、本細菌は、バイオリアクタ内で
生成される。このバイオリアクタは、例えば、断熱ジャケット、温度センサー、及び加熱
または冷却要素を使用して、本細菌を一定温度、例えば、約２６〜３０摂氏温度で維持し
得る。このバイオリアクタは、培養物を撹拌して、アンモニア、尿素、酸素、二酸化炭素
、及び様々な鉱物等の栄養素の分布を改善するための装置を有し得る。このバイオリアク
タは、新たな培地を添加するための入口管、及び細胞を収集するための出口管も有し得る
。このバイオリアクタは、酸素及び／または二酸化炭素を培養物に分布するための通気装
置も有し得る。このバイオリアクタは、例えば、バッチ反応器、供給バッチ反応器、また
は連続反応器であり得る。いくつかの実施形態では、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａの商業規模の
生成は、約１０１２ＣＦＵ／リットルで１，０００〜１００，０００Ｌ／日のバッチ及び
１，０００〜１００，０００を産生する。この商業規模生成は、例えば、１，０００〜５
，０００、５，０００〜１０，０００、１０，０００〜５０，０００、または５０，００
０〜１００，０００Ｌ／日のバッチを産生し得る。この商業規模生成は、例えば、１，０
００〜５，０００、５，０００〜１０，０００、１０，０００〜５０，０００、または５
０，０００〜１００，０００Ｌ／バッチのバッチを産生し得る。いくつかの実施形態では
、この産生物は、少なくとも１０１０、１０１１、２×１０１１、５×１０１１、または
１０１２、または約１０１０〜１０１１、１０１１〜１０１２、１０１２〜１０１３、ま
たは１０１３〜１０１４ＣＦＵ／Ｌの濃度である。
【０３１２】
商業規模生産を典型的に含むいくつかの実施形態では、品質管理（ＱＣ）試験ステップ
が行われる。一般的なＱＣステップは、典型的には、１）Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを培養す
ることと、２）培養物またはその分割量で試験ステップを行うことと、３）試験ステップ
から値を得ることと、任意に、４）得られた値を基準値または許容値の範囲と比較するこ
とと、５）得られた値が許容基準値または範囲を満たす場合、培養物を許容されるものと
して分類し、得られた値が許容基準値または範囲を満たさない場合、許容されないものと
して分類することとを含む。培養物が許容されるものとして分類された場合、その培養物
は、例えば、成長し続けることが許可され得、かつ／または回収され、商品に添加され得
る。培養が許容されないものとして分類された場合、その培養物は、例えば、安全に廃棄
され得るか、またはその欠陥が修復され得る。
【０３１３】
この試験ステップは、この培養物の光学密度（ＯＤ）を測定することを含み得る。ＯＤ
は、分光光度計で測定され、吸収光または散乱光と区別して試料を透過する光の量につい
ての情報を提供する。いくつかの実施形態では、ＯＤ６００（例えば、６００ｎｍの波長
を有する光の光学密度）が決定され得る。この測定値は、典型的には、培地中の細胞の濃
度を示し、そこで、より高い光学密度がより高い細胞密度に対応する。
【０３１４】
この試験ステップは、この培養物のｐＨを測定することを含み得る。Ｎ．ｅｕｔｒｏｐ
ｈａ培養物のｐＨは、窒素の酸化速度を示し、この培養物が汚染生物を含むかも示し得る
。ｐＨは、例えば、電極（水素電極、キンヒドロン電極、アンチモン電極、ガラス電極等
）を含むｐＨ検知デバイス、半導体を含むｐＨ検知デバイス、またはｐＨ紙等の変色指示
試薬を使用して測定され得る。
【０３１５】
ある特定の実施形態では、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ等の本アンモニア酸化細菌の生成は、
様々な品質管理ステップを行うことを含む。例えば、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが成長する
培地を試験して、例えば、それが適切なｐＨを有するか、それが十分に低いレベルの廃棄
物しか有しないか、かつ／またはそれが十分に高いレベルまたは栄養素を有するかを決定
することができる。汚染生物の存在についても試験することができる。汚染生物は、典型
的には、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ等のアンモニア酸化細菌以外の生物、例えば、生物選択さ
れたＭｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種、Ａｌｃａｌｉｇｅｎａｃｅａｅ細菌、Ｃａｕｌｏ
ｂａｃｔｅｒ種、Ｂｕｒｋｏｄｅｌｉａ  ｍｕｌｔｉｖｏｒａｎｓ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈ
ｉａ  ｃｏｌｉ、Ｋｌｅｂｓｉｅｌｌａ  ｐｎｅｕｍｏｎｉａｅ、及びＳｔａｐｈｙｌｏ
ｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓである。例えば、ＤＮＡを抽出し、それを増幅し、１６Ｓ  
ｒＲＮＡ等の保存遺伝子を配列決定することによって、汚染物質について試験することが
できる。培養物を寒天プレートにプレーティングし、コロニー形態を観察することによっ
て、汚染物質について試験することもできる。Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、典型的には、赤
色のコロニーを形成するため、赤色ではないコロニーは、多くの場合、汚染生物を示す。
【０３１６】
４．アンモニア酸化細菌を含む組成物、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む組成物
本開示は、とりわけ、アンモニア酸化細菌を含む組成物、例えば、アンモニア酸化細菌
調製物、または精製されたアンモニア酸化細菌調製物、例えば、天然生成物、または栄養
強化された天然生成物を提供する。アンモニア酸化細菌を含む本組成物、例えば、アンモ
ニア酸化細菌調製物、または精製されたアンモニア酸化細菌調製物は、化粧品製品または
治療薬製品に提供され得る。この調製物は、とりわけ、アンモニア、アンモニウム塩、及
び尿素のうちの少なくとも１つを含み得る。
【０３１７】
本開示は、とりわけ、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む組成物、例えば、精製された最適化
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ調製物を提供する。いくつかの実施形態では、本組成物中の本Ｎ．
ｅｕｔｒｏｐｈａは、最適化成長速度、最適化ＮＨ４＋酸化速度、及びＮＨ４＋に対する
最適化耐性から選択される少なくとも１つの特性を有する。
【０３１８】
いくつかの態様では、本開示は、定義された数の種を有する組成物を提供する。例えば
、本開示は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ及び１つの他の種類の生物を有し、他の種類の生物を
有しない組成物を提供する。他の例では、本組成物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ及び２、３
、４、５、６、７、８、９、または１０の他の種類の生物を有し、他の種類の生物を有し
ない。本組成物中のこの他の種類の生物は、例えば、アンモニア酸化細菌等の細菌であり
得る。この目的に好適なアンモニア酸化細菌としては、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ属、Ｎ
ｉｔｒｏｓｏｃｏｃｃｕｓ属、Ｎｉｔｒｏｓｏｓｐｉｒａ属、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｙｓｔｉ
ｓ属、Ｎｉｔｒｏｓｏｌｏｂｕｓ属、またはＮｉｔｒｏｓｏｖｉｂｒｉｏ属のものが挙げ
られる。
【０３１９】
いくつかの実施形態では、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む本組成物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐ
ｈａの生存能力を支持する条件を提供する。例えば、本組成物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
の成長及び代謝を促進することができるか、または生存可能なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａが回
復され得る休眠状態（例えば、凍結状態）を促進することができる。本組成物が成長また
は代謝を促進する場合、本組成物は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが消費する水及び／または栄
養素、例えば、アンモニウム、アンモニア、尿素、酸素、二酸化炭素、または微量鉱物等
を含有し得る。いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌を含む本組成物は、アンモ
ニア酸化細菌の生存能力を支持する条件を提供する。例えば、本組成物は、アンモニア酸
化細菌の成長及び代謝を促進することができるか、または生存可能なアンモニア酸化細菌
が回復され得る休眠状態（例えば、凍結状態）若しくは本明細書に記載の貯蔵状態を促進
することができる。本組成物が成長または代謝を促進する場合、本組成物は、アンモニア
酸化細菌が消費する水及び／または栄養素、例えば、アンモニウムイオン、アンモニア、
尿素、酸素、二酸化炭素、または微量鉱物等を含有し得る。
【０３２０】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌以外の１つ以上の他の生物が本アンモニ
ア酸化細菌調製物に含まれ得る。例えば、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏ
ｃｏｃｃｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒ、及びそれらの組み合わせからなる群から選択
される属の生物が本アンモニア酸化細菌調製物に提供され得る。いくつかの実施形態では
、本調製物は、他の生物を実質的に含まなくても良い。
【０３２１】
アンモニア酸化細菌調製物は、約１０８〜約１０１４ＣＦＵ／Ｌを含み得る。本調製物
は、少なくとも約１０８、１０９、１０１０、１０１１、２×１０１１、５×１０１１、
１０１２、２×１０１２、５×１０１２、１０１３、２×１０１３、５×１０１３、若し
くは１０１４、または約１０８〜１０９、１０９〜１０１０、１０１０〜１０１１、１０
１１〜１０１２、１０１２〜１０１３、若しくは１０１３〜１０１４ＣＦＵ／Ｌを含み得
る。
【０３２２】
いくつかの実施形態では、本調製物は、少なくとも１０８、１０９、１０１０、１０１
１、２×１０１１、５×１０１１、１０１２、２×１０１２、５×１０１２、１０１３、
２×１０１３、５×１０１３、若しくは１０１４、または約１０８〜１０９、１０９〜１
０１０、１０１０〜１０１１、１０１１〜１０１２、１０１２〜１０１３、若しくは１０
１３〜１０１４ＣＦＵ／ｍｌを含み得る。
【０３２３】
いくつかの実施形態では、本調製物は、約１×１０９〜約１０×１０９ＣＦＵ／Ｌを含
み得る。いくつかの実施形態では、本調製物は、約３×１０１０ＣＦＵ、例えば、３×１
０１０ＣＦＵ／日を含み得る。いくつかの実施形態では、本調製物は、約１×１０９〜約
１０×１０９ＣＦＵ、例えば、約１×１０９〜約１０×１０９ＣＦＵ／日を含み得る。
【０３２４】
いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌調製物は、約０．１ミリグラム（ｍｇ
）及び約１０００ｍｇのアンモニア酸化細菌を含み得る。ある特定の態様では、本調製物
は、約５０ｍｇ〜約１０００ｍｇのアンモニア酸化細菌を含み得る。本調製物は、約０．
１〜０．５ｍｇ、０．２〜０．７ｍｇ、０．５〜１．０ｍｇ、０．５〜２ｍｇ、０．５〜
５ｍｇ、２．５〜５ｍｇ、２．５〜７．０ｍｇ、５．０〜１０ｍｇ、７．５〜１５ｍｇ、
１０〜１５ｍｇ、１５〜２０ｍｇ、１５〜２５ｍｇ、２０〜３０ｍｇ、２５〜５０ｍｇ、
２５〜７５ｍｇ、５０〜７５ｍｇ、５０〜１００ｍｇ、７５〜１００ｍｇ、１００〜２０
０ｍｇ、２００〜３００ｍｇ、３００〜４００ｍｇ、４００〜５００ｍｇ、５００〜６０
０ｍｇ、６００〜７００ｍｇ、７００〜８００ｍｇ、８００〜９００ｍｇ、９００〜１０
００ｍｇ、１００〜２５０ｍｇ、２５０〜５００ｍｇ、１００〜５００ｍｇ、５００〜７
５０ｍｇ、７５０〜１０００ｍｇ、または５００〜１０００ｍｇを含み得る。
【０３２５】
いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌調製物は、約０．１グラム／Ｌ〜約１
グラム／Ｌの範囲のアンモニア酸化細菌と賦形剤、例えば、薬学的に許容される賦形剤ま
たは美容的に許容される賦形剤の質量比を含み得る。本調製物は、約０．１〜０．２、０
．２〜０．３、０．１〜０．５、０．２〜０．７、０．５〜１．０、または０．７〜１．
０グラム／Ｌの範囲のアンモニア酸化細菌と賦形剤の質量比を含み得る。
【０３２６】
有利に、製剤は、ＡＯＢ、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａの生存能力、例えば、代謝活
性を促進するｐＨを有し得る。尿素は、アンモニアに加水分解され、ｐＨを７〜８に上昇
させるであろう。ＡＯＢは、このｐＨ範囲で非常に活性であり、ｐＨを約６に低下させ、
そのｐＨでは、ＮＨ３がアンモニウムに変換し、それが利用不能になる。より低いｐＨレ
ベル、例えば、約ｐＨ４も許容される。本アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏ
ｐｈａは、１つ以上の薬学的または美容的に許容される賦形剤と組み合わせられ得る。い
くつかの実施形態では、「薬学的に許容される賦形剤」とは、薬学的に許容される材料、
組成物、またはビヒクル、例えば、液体若しくは固体充填剤、希釈剤、溶媒、または封入
材料を指す。いくつかの実施形態では、各賦形剤は、薬学的製剤の他の成分と相溶性があ
り、かつ妥当な利益／リスク比に見合う、過度の毒性、刺激、アレルギー反応、免疫原性
、または他の問題若しくは合併症を伴わずに、ヒト及び動物の組織または臓器との接触に
おける使用に好適であるという意味で「薬学的に許容される」。Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：Ｔ
ｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ，２１ｓｔ
ｅｄ．、Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ：Ｐｈｉｌａ
ｄｅｌｐｈｉａ，Ｐａ．，２００５、Ｈａｎｄｂｏｏｋ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉ
ｃａｌ  Ｅｘｃｉｐｉｅｎｔｓ，６ｔｈ  ｅｄ．、Ｒｏｗｅ  ｅｔ  ａｌ．，Ｅｄｓ．；
Ｔｈｅ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐｒｅｓｓ  ａｎｄ  ｔｈｅ  Ａｍｅｒｉｃａ
ｎ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ａｓｓｏｃｉａｔｉｏｎ：２００９、Ｈａｎｄｂｏ
ｏｋ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ａｄｄｉｔｉｖｅｓ，３ｒｄ  ｅｄ．；Ａ
ｓｈ  ａｎｄ  Ａｓｈ  Ｅｄｓ．；Ｇｏｗｅｒ  Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ  Ｃｏｍｐａｎｙ
：２００７、Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐｒｅｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ  ａｎｄ  
Ｆｏｒｍｕｌａｔｉｏｎ，２ｎｄ  ｅｄ．；Ｇｉｂｓｏｎ  Ｅｄ．；ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ
ＬＬＣ：Ｂｏｃａ  Ｒａｔｏｎ，Ｆｌａ．，２００９を参照されたい。
【０３２７】
いくつかの実施形態では、美容的に許容される賦形剤とは、美容的に許容される材料、
組成物、またはビヒクル、例えば、液体若しくは固体充填剤、希釈剤、溶媒、または封入
材料を指す。いくつかの実施形態では、各賦形剤は、化粧品製剤の他の成分と相溶性があ
り、かつ妥当な利益／リスク比に見合う、過度の毒性、刺激、アレルギー反応、免疫原性
、または他の問題若しくは合併症を伴わずに、ヒト及び動物の組織または臓器との接触に
おける使用に好適であるという意味で美容的に許容される。
【０３２８】
活性成分、例えば、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが単独で投与
されることが可能であるが、多くの実施形態では、これは、薬学的製剤または組成物中に
存在する。したがって、本開示は、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
、及び薬学的に許容される賦形剤を含む薬学的製剤を提供する。薬学的組成物は、以下に
記載の薬学的製剤の形態をとり得る。
【０３２９】
本明細書に記載の薬学的製剤は、経口投与、非経口投与（皮下、皮内、筋肉内、静脈内
、及び関節内を含む）、吸入投与（様々な種類の定量用量、加圧エアロゾル、噴霧器、ま
たは吸入器の手段によって生み出される微粒子粉塵または霧を含み、かつ鼻腔内または経
肺を含む）、直腸及び局所投与（皮膚、経皮、経粘膜、口腔、舌下、及び眼内を含む）に
好適なものを含むが、最も好適な経路は、例えば、レシピエントの状態及び障害に依存し
得る。
【０３３０】
本製剤は、好都合には、単位剤形で提供され得、製薬学技術分野で既知の方法のうちの
いずれかによって調製され得る。典型的には、方法は、活性成分（例えば、アンモニア酸
化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ）を、１つ以上の副成分を構成する薬学的担体と
会合させるステップを含む。一般に、本製剤は、活性成分を液体担体若しくは微粉化固体
担体またはそれらの両方と均一かつ密接に会合させ、その後、必要に応じて、生成物を所
望の製剤に成形することによって調製される。
【０３３１】
製剤は、別個の単位、例えば、カプセル、カシェ、または錠剤（各々、所定の量の、例
えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含有する）として、粉末若しくは顆粒として、水性液体若
しくは非水性液体中の溶液若しくは懸濁液として、または水中油液体エマルジョン若しく
は油中水液体エマルジョンとして提供され得る。この活性成分は、ボーラス、舐剤、また
はペーストとしても提供され得る。様々な薬学的に許容される担体及びそれらの製剤は、
標準製剤論文、例えば、Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓ  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｓｃ
ｉｅｎｃｅｓ  ｂｙ  Ｅ．Ｗ．Ｍａｒｔｉｎに記載されている。Ｗａｎｇ，Ｙ．Ｊ．ａｎ
ｄ  Ｈａｎｓｏｎ，Ｍ．Ａ．，Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｐａｒｅｎｔｅｒａｌ  Ｓｃｉｅ
ｎｃｅ  ａｎｄ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ  Ｒｅｐｏｒｔ  Ｎｏ．１
０，Ｓｕｐｐ．４２：２  Ｓ，１９８８も参照されたい。
【０３３２】
本アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ組成物は、例えば、即時放出ま
たは持続放出に好適な形態で投与され得る。持続放出系の好適な例としては、好適なポリ
マー材料、例えば、成形物品、例えば、フィルム若しくはマイクロカプセルの形態の半透
性ポリマーマトリックス、好適な疎水性材料、例えば、許容される油中のエマルジョン、
またはイオン交換樹脂が挙げられる。持続放出系は、経口、直腸、非経口、嚢内、膣内、
腹腔内、局所、例えば、粉末、軟膏、ゲル、ドロップ、若しくは経皮パッチとして、口腔
、またはスプレーとして投与され得る。
【０３３３】
投与用の調製物は、好適に製剤化されて、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒ
ｏｐｈａの放出制御をもたらすことができる。例えば、本薬学的組成物は、生分解性ポリ
マー、多糖ゼリー化及び／若しくは生体接着性ポリマー、または両親媒性ポリマーのうち
の１つ以上を含む粒子の形態であり得る。これらの組成物は、活性物質の放出制御を可能
にするある特定の生体適合性特徴を呈する。米国特許第５，７００，４８６号を参照され
たい。
【０３３４】
例示の組成物には、例えば、嵩を付与するための微結晶性セルロース、懸濁剤としての
アルギン酸若しくはアルギン酸ナトリウム、粘度増強剤としてのメチルセルロース、第二
リン酸カルシウム、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、及び／若しくはラクトースを
含有し得る懸濁液、ならびに／または他の賦形剤、結合剤、増量剤、崩壊剤、希釈剤、及
び滑沢剤、マンニトール、ラクトース、スクロース、及び／若しくはシクロデキストリン
が含まれる。かかる製剤には、セルロース（アビセル）またはポリエチレングリコール（
ＰＥＧ）等の高分子量の賦形剤も含まれ得る。かかる製剤は、粘膜接着を助けるための賦
形剤、例えば、ヒドロキシプロピルセルロース（ＨＰＣ）、ヒドロキシプロピルメチルセ
ルロース（ＨＰＭＣ）、カルボキシルメチルセルロースナトリウム（ＳＣＭＣ）、無水マ
レイン酸コポリマー（例えば、Ｇａｎｔｒｅｚ）、及びポリアクリル酸コポリマー（例え
ば、Ｃａｒｂｏｐｏｌ  ９３４）等の放出を制御するための薬剤も含み得る。製作及び使
用を容易にするために、滑沢剤、滑剤、香味料、着色剤、及び安定剤も添加され得る。界
面活性剤は、両性イオン性界面活性剤、非イオン性界面活性剤、またはアニオン性界面活
性剤であり得る。
【０３３５】
本開示の実施形態と共に使用され得る界面活性剤等の賦形剤としては、コカミドプロピ
ルベタイン（ＣｏｌａＴｅｒｉｃ  ＣＯＡＢ）、ポリエチレンソルビトールエステル（例
えば、Ｔｗｅｅｎ  ８０）、エトキシ化ラウリルアルコール（ＲｈｏｄａＳｕｒｆ  ６  
ＮＡＴ）、ラウレス硫酸ナトリウム／ラウリルグルコシド／コカミドプロピルベタイン（
Ｐｌａｎｔａｐｏｎ  ６１１  Ｌ  ＵＰ）、ラウレス硫酸ナトリウム（例えば、Ｒｈｏｄ
ａＰｅｘ  ＥＳＢ  ７０  ＮＡＴ）、アルキルポリグルコシド（例えば、Ｐｌａｎｔａｒ
ｅｎ  ２０００  Ｎ  ＵＰ）、ラウレス硫酸ナトリウム（Ｐｌａｎｔａｒｅｎ  ２００）
、Ｄｒ．Ｂｒｏｎｎｅｒのキャスティール石鹸、Ｄｒ．Ｂｒｏｎｎｅｒのキャスティール
ベビー石鹸、ラウラミンオキシド（ＣｏｌａＬｕｘ  Ｌｏ）、ドデシル硫酸ナトリウム（
ＳＤＳ）、ポリスルホン酸アルキルポリグルコシド（ＰｏｌｙＳｕｆａｎａｔｅ  １６０
Ｐ）、ラウリル硫酸ナトリウム（Ｓｔｅｐａｎｏｌ−ＷＡ  Ｅｘｔｒａ  Ｋ）、及びそ
れらの組み合わせのうちの１つ以上が挙げられ得る。Ｄｒ．Ｂｒｏｎｎｅｒのキャスティ
ール石鹸及びＤｒ．Ｂｒｏｎｎｅｒのベビー石鹸は、水、有機ココナツ油、水酸化カリウ
ム、有機オリーブ油、公正取引有機大麻油、有機ホホバ油、クエン酸、及びトコフェロー
ルを含む。
【０３３６】
いくつかの実施形態では、界面活性剤は、亜硝酸塩生成を生じさせる量のアンモニア酸
化細菌と共に使用され得る。いくつかの実施形態では、本調製物は、約０．０００１％〜
約１０％未満の界面活性剤を有し得る。いくつかの実施形態では、本調製物は、約０．１
％〜約１０％の界面活性剤を有し得る。いくつかの実施形態では、使用される界面活性剤
の濃度は、約０．０００１％〜約１０％であり得る。いくつかの実施形態では、本調製物
は、界面活性剤を実質的に含まなくても良い。
【０３３７】
いくつかの実施形態では、本製剤、例えば、本調製物は、アンモニア酸化細菌の有効性
を高めるか、または治療若しくは効能を高めることのできる他の成分を含み得る。
【０３３８】
いくつかの実施形態では、キレート剤が本調製物中に含まれ得る。キレート剤は、別の
化合物、例えば、金属と結合することができる化合物であり得る。このキレート剤は、あ
る環境からの望ましくない化合物の除去を支援することができるか、または特定の化合物
、例えば、アンモニア酸化細菌、例えば、アンモニア酸化細菌調製物、例えば、賦形剤の
ある環境との接触を低減若しくは排除するよう保護的に働くことができる。いくつかの実
施形態では、本調製物は、キレート剤を実質的に含まなくても良い。
【０３３９】
製剤は、抗酸化剤、緩衝液、望ましくない細菌の成長を阻止する静菌薬、溶質、ならび
に水性及び非水性滅菌懸濁液（懸濁化剤及び増粘剤を含み得る）も含有し得る。本製剤は
、単位用量で、または複数回用量容器、例えば、密封アンプル及びバイアル中に提供され
得、使用直前に滅菌液体担体、例えば、生理食塩水または注射用水の添加のみを必要とす
る凍結乾燥（ｆｒｅｅｚｅ−ｄｒｉｅｄ）（凍結乾燥（ｌｙｏｐｈｉｌｉｓｅｄ））条件
下で貯蔵され得る。即時溶液及び懸濁液は、前述の種類の粉末、顆粒、及び錠剤から調製
され得る。例示の組成物としては、例えば、好適な非毒性の薬学的に許容される希釈剤ま
たは溶媒、例えば、マンニトール、１，３−ブタンジオール、水、リンガー溶液、等張塩
化ナトリウム溶液、または他の好適な分散剤若しくは湿潤剤及び懸濁化剤（合成モノ若し
くはジグリセリド等）、及び脂肪酸（オレイン酸等）、またはＣｒｅｍａｐｈｏｒを含み
得る溶液または懸濁液が挙げられる。水性担体は、例えば、約３．０〜約８．０のｐＨ、
約３．５〜約７．４のｐＨ、例えば、３．５〜６．０のｐＨ、例えば、３．５〜約５．０
のｐＨの等張緩衝液であり得る。有用な緩衝液としては、クエン酸ナトリウム−クエン酸
緩衝液、及びリン酸ナトリウム−リン酸緩衝液、及び酢酸ナトリウム−酢酸緩衝液が挙げ
られる。本組成物は、いくつかの実施形態では、酸化剤を含まない。
【０３４０】
含まれ得る賦形剤は、例えば、タンパク質、例えば、ヒト血清アルブミンまたは血漿調
製物である。所望の場合、本薬学的組成物は、少量の非毒性補助物質、例えば、湿潤剤ま
たは乳化剤、防腐剤、及びｐＨ緩衝剤等、例えば、酢酸ナトリウムまたはモノラウリン酸
ソルビタンも含有し得る。いくつかの実施形態では、賦形剤、例えば、薬学的に許容され
る賦形剤または美容的に許容される賦形剤は、抗接着剤、結合剤、被覆剤、崩壊剤、充填
剤、香味料、色、滑沢剤、滑剤、吸着剤、防腐剤、または甘味料を含み得る。いくつかの
実施形態では、本調製物は、賦形剤を実質的に含まなくても良い。
【０３４１】
いくつかの実施形態では、本調製物は、本開示に列記される化合物または物質のうちの
１つ以上を実質的に含まなくても良い。
【０３４２】
エアロゾル投与用の例示の組成物としては、例えば、ベンジルアルコール若しくは他の
好適な防腐剤、生物学的利用能を高める吸収促進剤、及び／または他の可溶化剤若しくは
分散剤を含有し得る生理食塩水溶液が挙げられる。好都合には、エアロゾル投与用の組成
物中に、本アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが、好適な高圧ガス、例
えば、ジクロロジフルオロメタン、トリクロロフルオロメタン、ジクロロテトラフルオロ
エタン、二酸化炭素、または他の好適なガスを使用して、加圧パックまたは噴霧器からエ
アロゾルスプレー提示形態で送達される。加圧エアロゾルの場合、投薬量単位は、定量用
量を送達するための弁を提供することによって決定され得る。例えばゼラチンのカプセル
及びカートリッジは、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａと好適な粉末基剤、例えば、ラクトースま
たはデンプンとの粉末混合物を含有するように製剤化され得る。ある特定の実施形態では
、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、アクチュエータとしても知られているエアロゾルアダプタを
通して定量用量弁からエアロゾルとして投与される。任意に、安定剤も含まれ、かつ／ま
たは深肺送達用の多孔質粒子が含まれる（例えば、米国特許第６，４４７，７４３号を参
照のこと）。
【０３４３】
製剤は、担体、例えば、ココアバター、合成グリセリドエステル、またはポリエチレン
グリコールと共に提供され得る。かかる担体は、典型的には、常温で固体であるが、体温
で液化及び／または溶解して、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを放
出する。
【０３４４】
局所投与用の例示の組成物としては、局所担体、例えば、Ｐｌａｓｔｉｂａｓｅ（ポリ
エチレンでゲル化された鉱油）が挙げられる。いくつかの態様では、本組成物及び／また
は賦形剤は、液体、固体、またはゲルのうちの１つ以上の形態であり得る。例えば、液体
懸濁液としては、水、生理食塩水、リン酸緩衝生理食塩水、またはアンモニア酸化貯蔵緩
衝液が挙げられ得るが、これらに限定されない。ゲル製剤としては、寒天、シリカ、ポリ
アクリル酸（例えば、Ｃａｒｂｏｐｏｌ（登録商標））、カルボキシメチルセルロース、
デンプン、グアーガム、アルギン酸塩、またはキトサンが挙げられ得るが、これらに限定
されない。いくつかの実施形態では、本製剤には、塩化アンモニウムまたは硫酸アンモニ
ウムを含むが、これらに限定されないアンモニア源が補充されていても良い。
【０３４５】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ組成物
は、皮膚へのＮＯ透過を改善するように製剤化される。ＫＹゼリーまたは様々な整髪用ゲ
ル等のゲル形成材料は、周囲空気へのＮＯ損失に対する拡散障壁を提供し、それにより皮
膚のＮＯ吸収を改善するであろう。皮膚のＮＯレベルは、一般に、２０ｎＭ／Ｌを大きく
上回らず、なぜなら、そのレベルがＧＣを活性化し、かつ局所血管拡張及び過剰ＮＯの酸
化破壊を引き起こすためである。
【０３４６】
上で具体的に述べられる成分に加えて、本明細書に記載の製剤が、問題となっている製
剤の種類を考慮して、当該技術分野で慣行の他の薬剤を含んでも良いことを理解されたい
。
【０３４７】
本製剤、例えば、本調製物、例えば、本組成物は、約５０、１００、２００、３００、
４００、５００、６００、７００、８００、９００、１０００、１５００、若しくは２０
００グラム未満であり得る重量（容器の中身を含むか、または含まない）を有する容器、
送達系、または送達デバイス中に提供され得る。
【０３４８】
好適な単位投薬量製剤は、本明細書の上に列挙される有効用量、またはその適切な画分
のアンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含有するものである。
【０３４９】
治療上有効量のアンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、単一パルス用
量として、ボーラス用量として、または経時的に投与されるパルス用量として投与され得
る。したがって、パルス用量では、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
のボーラス投与が提供され、その後、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈ
ａが対象に投与される期間が続き、第２のボーラス投与が続く。具体的かつ非限定的な例
では、パルス用量は、１日にわたって、１週間にわたって、または１ヶ月にわたって投与
される。
【０３５０】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌調製物、例えば、製剤、例えば、組成物
は、所定の日数にわたって塗布され得る。これは、例えば、少なくとも部分的に、状態ま
たは疾患の重症度、治療に対する反応性、塗布される投薬量、及び投与の頻度に基づき得
る。例えば、本調製物は、約１〜３、３〜５、５〜７、７〜９、５〜１０、１０〜１４、
１２〜１８、１２〜２１、２１〜２８、２８〜３５、３５〜４２、４２〜４９、４９〜５
６、４６〜６３、６３〜７０、７０〜７７、７７〜８４、８４〜９１日間、約１ヶ月間、
約２ヶ月間、約３ヶ月間塗布され得る。いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌
は、不定期間、例えば、１年を超える期間、５年間を超える期間、１０年間を超える期間
、１５年間を超える期間、３０年間を超える期間、５０年間を超える期間、７５年間を超
える期間投与される。ある特定の態様では、本調製物は、約１６日間塗布され得る。
【０３５１】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌調製物、例えば、製剤、例えば、組成物
は、１日に所定の回数塗布され得る。これは、例えば、少なくとも部分的に、状態または
疾患の重症度、治療に対する反応性、塗布される投薬量、及び投与の頻度に基づき得る。
例えば、本調製物は、１日１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１
３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４回塗布され得
る。
【０３５２】
いくつかの実施形態では、本調製物は、１日１回塗布され得る。他の実施形態では、本
調製物は、１日２回塗布され得る。いくつかの実施形態では、本調製物は、第１の所定の
量がある特定の日数塗布され得、第２の所定の量がその後のある特定の日数塗布され得る
。いくつかの実施形態では、本調製物は、約１６日間塗布され得る。
【０３５３】
消費者製品
アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、様々な消費者製品に関連し得
、かかる製品の例が以下に示される。いくつかの実施形態では、ある製品に関連する本ア
ンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、その製品と混合され、例えば、そ
の製品にわたって均一に分散しており、いくつかの実施形態では、ある製品に関連するア
ンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、その製品上で層になる。
【０３５４】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、粉
末に関連する。粉末は、典型的には、互いに結合しておらず、かつ傾けられたときに自由
に流動することができる小粒子固体である。消費者用の例示の粉末としては、タルカムパ
ウダー及びいくつかの化粧品（例えば、粉末ファンデーション）が挙げられる。
【０３５５】
いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌は、化粧品に関連する。この化粧品は
、ヒトの容姿を変えるよう意図された局所塗布用の物質、例えば、液体ファンデーション
、粉末ファンデーション、ほお紅、またはリップスティックであり得る。この化粧品は、
食品医薬品局規則、例えば、米国連邦規則集第２１編第７２０．４条に列挙される任意の
物質であり得る。
【０３５６】
この化粧品は、ベビー用製品、例えば、ベビー用シャンプー、ベビー用ローション、ベ
ビー用オイル、ベビー用パウダー、ベビー用クリーム；浴用調製物、例えば、浴用オイル
、錠剤、塩、泡風呂、浴用カプセル；アイメイク用調製物、例えば、アイブローペンシル
、アイライナー、アイシャドウ、アイローション、アイメイク落とし、マスカラ；香料調
製物、例えば、オーデコロン、化粧水、香水、パウダー（ダスティング及びタルカム）、
匂い袋；毛髪用調製物、例えば、毛髪コンディショナー、毛髪スプレー、毛髪ストレート
剤、パーマネントウェーブ、リンス、シャンプー、トニック、整髪料、整髪助剤、ウェー
ブセット剤；毛髪着色用調製物、例えば、毛髪染剤及び着色剤、毛髪染料、染髪用リンス
、染髪用シャンプー、毛髪明色化剤、毛髪脱色剤；化粧用調製物、例えば、フェイスパウ
ダー、ファンデーション、レッグ及びボディーペイント、リップスティック、化粧下地、
口紅、化粧固定剤；マニキュア用調製物、例えば、ベースコート剤及びアンダーコート剤
、表皮軟化剤、爪用クリーム及びローション、ネイルエクステンダー、マニキュア及びエ
ナメル、マニキュア及びエナメル落とし；口腔衛生製品、例えば、歯磨き剤、洗口剤、及
び口息清涼剤；浴用石鹸及び洗剤、防臭剤、膣洗浄剤、女性用衛生防臭剤；シェービング
用調製物、例えば、アフターシェーブローション、髭軟化剤、タルカム、プレシェーブロ
ーション、シェービング用クリーム、シェービング用石鹸；スキンケア用調製物、例えば
、クレンジング剤、除毛剤、顔及び首、胴体及び手、脚用パウダー及びスプレー、保湿剤
、夜用調製物、ペーストマスク、皮膚清涼剤；ならびに日焼け用調製物、例えば、ゲル、
クリーム、及び液体、及び室内日焼け用調製物のうちの少なくとも１つであり得る。
【０３５７】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の製剤、組成物、または調製物は、ベビー用
製品、例えば、ベビー用シャンプー、ベビー用ローション、ベビー用オイル、ベビー用パ
ウダー、ベビー用クリーム；浴用調製物、例えば、浴用オイル、錠剤、塩、泡風呂、浴用
カプセル；パウダー（ダスティング及びタルカム）、匂い袋；毛髪用調製物、例えば、毛
髪コンディショナー、リンス、シャンプー、トニック、フェイスパウダー；表皮軟化剤、
爪用クリーム及びローション；口腔衛生製品、洗口剤、浴用石鹸、膣洗浄剤、女性用衛生
防臭剤；シェービング用調製物、例えば、アフィターシェーブローション；スキンケア用
調製物、例えば、クレンジング、顔及び首、胴体及び手、脚用パウダー及びスプレー、保
湿剤、夜用調製物、ペーストマスク、皮膚清涼剤；ならびに日焼け用調製物、例えば、ゲ
ル、クリーム、及び液体のうちの少なくとも１つを含み得るか、それとして提供され得る
か、またはその中に配置され得る。
【０３５８】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、化
粧品に関連する。この化粧品は、ヒトの容姿を変えるよう意図された局所塗布用の物質、
例えば、液体ファンデーション、粉末ファンデーション、ほお紅、またはリップスティッ
クであり得る。例えば、水、鉱油、着色剤、香水、アロエ、グリセリン、塩化ナトリウム
、重炭酸ナトリウム、ｐＨ緩衝液、ＵＶ遮断剤、シリコーン油、天然油、ビタミンＥ、薬
草濃縮物、乳酸、クエン酸、滑石、粘土、炭酸カルシウム、炭酸マグネシウム、酸化亜鉛
、デンプン、尿素、及びエリソルビン酸、または本明細書に開示されるものを含む当業者
に既知の任意の他の賦形剤等の他の成分が、化粧品製剤の当業者によって選択されるよう
に、これらの化粧品調製物に添加され得る。
【０３５９】
いくつかの実施形態では、本調製物は、粉末、化粧品、クリーム、スティック、エアロ
ゾル、軟膏、ワイプ、若しくは包帯中に配置され得るか、またはそれとして提供され得る
。
【０３６０】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、ク
リームに関連する。このクリームは、増粘剤を含む流体であり得、一般に、それを皮膚上
に均一に分散させることができる稠度を有する。例示のクリームとしては、保湿ローショ
ン、顔用クリーム、及びボディーローションが挙げられる。
【０３６１】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌、例えば、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、
スティックに関連する。スティックは、典型的には、表面と接触させると、スティックの
含有量の一部を表面に移動させる固体である。例示のスティックとしては、防臭剤スティ
ック、リップスティック、スティック形態のリップバーム、及び日焼け止め剤塗布スティ
ックが挙げられる。
【０３６２】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌、例えば、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、
エアロゾルに関連する。エアロゾルは、典型的には、空気等のガス中の固体微粒子または
液体微液滴のコロイドである。エアロゾルは、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（及び任意に担体
）を加圧下で容器内に置き、その後、弁を開放して内容物を解放することによって作製さ
れ得る。この容器は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａの生存能力に適合するレベルの圧力のみを加
えるように設計され得る。例えば、高い圧力が短時間のみ加えられても良く、かつ／また
はその圧力は、生存能力を低下させない程度に低くあり得る。消費者用のエアロゾルの例
としては、日焼け止め剤、防臭剤、香水、毛髪スプレー、及び防虫剤が挙げられる。
【０３６３】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌、例えば、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、
軟膏に関連する。軟膏は、皮膚を保護するか、または治癒を促進するよう意図された液体
またはクリーム様の稠度を有する局所塗布される薬剤であり得る。軟膏の例としては、熱
傷軟膏及び皮膚保湿剤が挙げられる。
【０３６４】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌、例えば、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、
ワイプに関連する。ワイプは、液体またはクリームの皮膚への局所塗布に好適な可撓性材
料であり得る。このワイプは、例えば、紙ベースまたは布ベースであり得る。例示のワイ
プとしては、ティッシュペーパー及び湿潤ワイプが挙げられる。
【０３６５】
アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む本組成物は、保湿剤、脱臭
剤、芳香剤、着色剤、防虫剤、クレンジング剤、または紫外線遮断剤のうちの１つ以上も
含み得る。
【０３６６】
例えば、保湿剤は、皮膚の乾燥を軽減または予防する薬剤であり得る。例示の保湿剤と
しては、湿潤剤（例えば、尿素、グリセリン、αヒドロキシ酸、及びジメチコーン）、な
らびに皮膚軟化剤（例えば、ラノリン、鉱油、及びワセリン）が挙げられる。保湿剤は、
例えば、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ含有クリーム、バーム、ロ
ーション、または日焼け止め剤に含まれ得る。
【０３６７】
脱臭剤は、望ましくない臭気を軽減する薬剤であり得る。脱臭剤は、臭気を直接中和す
るか、発汗を予防するか、または臭気生成細菌の成長を阻止することによって作用するこ
とができる。例示の脱臭剤としては、アルミニウム塩（例えば、塩化アルミニウムまたは
アルミニウムクロロハイドレート）、シクロメチコン、滑石、ベーキングソーダ、精油、
鉱物塩、ホップ、及びウィッチヘーゼルが挙げられる。脱臭剤は、典型的には、スプレー
またはスティック防臭剤中に存在し、いくつかの石鹸及び衣料にも見られ得る。
【０３６８】
防虫剤は、表面（例えば、皮膚）に塗布されて昆虫及び他の節足動物にその表面上で留
まることを諦めさせ得る薬剤であり得る。防虫剤としては、ＤＥＥＴ（Ｎ，Ｎ−ジエチル
−ｍ−トルアミド）、ｐ−メンタン−３，８−ジオール（ＰＭＤ）、イカリジン、ネペタ
ラクトン、シトロネラ油、ニーム油、ヤチヤナギ、ジメチルカルバート、トリシクロデセ
ニルアリルエーテル、及びＩＲ３５３５（３−［Ｎ−ブチル−Ｎ−アセチル］−アミノプ
ロピオン酸、エチルエステル）が挙げられる。
【０３６９】
クレンジング剤は、汚れまたは望ましくない細菌を皮膚等の表面から除去する薬剤であ
り得る。例示のクレンジング剤としては、固形石鹸、液体石鹸、及びシャンプーが挙げら
れる。
【０３７０】
紫外線遮断剤は、表面に塗布されてその表面が受け取る紫外線光の量を減少させること
ができる薬剤であり得る。紫外線遮断剤は、ＵＶ−Ａ線及び／またはＵＶ−Ｂ線を遮断す
ることができる。ＵＶ遮断剤は、ＵＶを吸収するか、反射するか、または散乱させること
によって機能することができる。例示の紫外線遮断剤としては、吸収剤、例えば、ホモサ
レート、オクチサレート（別名、サリチル酸オクチル）、オクチノキサート（別名、メト
キシ桂皮酸オクチルまたはＯＭＣ）、オクトクリレン、オキシベンゾン、及びアボベンゾ
ン、及び反射剤（例えば、二酸化チタン及び酸化亜鉛）が挙げられる。紫外線遮断剤は、
典型的には、日焼け止め剤中に存在し、皮膚クリーム及びいくつかの化粧品中にも見られ
得る。
【０３７１】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、コ
ンディショナーに関連する。コンディショナーとは、一般に、毛髪に塗布されてその外観
、強度、または扱い易さを改善することができるクリーム様の稠度を有する物質を指す。
【０３７２】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、布
に関連する。布とは、概して、例えば着用者の日常の動きに耐えるのに十分な材料強度を
有する衣料にされるのに好適な可撓性材料を指す。布は、線維布、織布、または編布であ
り得、天然に存在する材料または合成材料から作製され得る。例示の布材料としては、綿
、亜麻、羊毛、カラムシ、絹、デニム、革、ナイロン、ポリエステル、及びスパンデック
ス、及びそれらの混紡が挙げられる。
【０３７３】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、編
み糸に関連する。編み糸とは、一般に、編み物または織物に好適な長くて薄い紡いだ可撓
性材料を指す。編み糸は、例えば、羊毛、綿、ポリエステル、及びそれらの混紡から作製
され得る。
【０３７４】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、縫
い糸に関連する。縫い糸とは、一般に、縫い物に好適な長くて薄い紡いだ可撓性材料を指
す。縫い糸は、一般に、編み糸よりも小さい直径を有する。縫い糸は、例えば、綿、ポリ
エステル、ナイロン、絹、及びそれらの混紡から作製され得る。
【０３７５】
例えば、靴、靴の中敷き、パジャマ、スニーカー、ベルト、帽子、シャツ、下着、運動
用衣服、ヘルメット、タオル、手袋、靴下、包帯等の衣料品も、アンモニア酸化細菌、例
えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａで処理され得る。シーツ、枕、枕カバー、及び毛布等の寝具
類も、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａで処理され得る。いくつかの
実施形態では、ある期間洗浄することができない皮膚領域も、アンモニア酸化細菌、例え
ば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａと接触させられ得る。例えば、治癒プロセス中に負傷した肢を
固定化する整形外科用ギプス包帯で包まれた皮膚、及び縫合創傷等の適切に治癒するため
に乾燥した状態を保たなければならない外傷に近接した領域は、アンモニア酸化細菌、例
えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａとの接触から恩恵を受け得る。
【０３７６】
いくつかの態様では、本開示は、本明細書に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株を含む着用
可能な物品を提供する。着用可能な物品は、歩行を妨げない形で使用者の身体に密接に関
連し得る軽い物品であり得る。着用可能な物品の例としては、腕時計、リストバンド、ヘ
ッドバンド、ヘアゴム、ヘアネット、シャワーキャップ、帽子、ヘアピース、及び宝飾類
が挙げられ得る。本明細書に記載のアンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
株を含むこの着用可能な物品は、例えば、皮膚障害の治療若しくは予防、低亜硝酸塩レベ
ルに関連する疾患若しくは状態の治療若しくは予防、体臭の治療若しくは予防、一酸化窒
素を対象に供給するための治療、または微生物成長を阻害するための治療のうちの１つ以
上を提供する濃度で提供することができる。
【０３７７】
いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、
毛髪と接触するよう意図された製品、例えば、ブラシ、くし、シャンプー、コンディショ
ナー、ヘッドバンド、ヘアゴム、ヘアネット、シャワーキャプ、帽子、及びヘアピースに
関連する。皮膚表面から離れて髪上に形成される一酸化窒素は、帽子、マフラー、または
フェイスマスク内に捕捉され得、吸入空気中に誘導され得る。
【０３７８】
おむつ等のヒト対象の表面と接触する物品は、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕ
ｔｒｏｐｈａに関連し得る。おむつが失禁個体によって排出された尿及び糞便を保持及び
含有するように設計されているため、尿及び糞便中の尿素は、皮膚及び糞便性細菌によっ
て加水分解されて、刺激があり、おむつかぶれを引き起こし得る遊離アンモニアを形成し
得る。アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ等の尿素を亜硝酸塩または硝
酸塩に代謝する細菌は、遊離アンモニアの放出を回避することができ、亜硝酸塩を放出し
、最終的には、小児及び失禁成人の両方の健康的な皮膚の維持を助けることができるＮＯ
を放出し得る。一酸化窒素のおむつ内での放出は、ヒト糞便中に存在する疾患を引き起こ
す生物に対する抗菌効果ももたらし得る。この効果は、使い捨ておむつが廃棄物として廃
棄された後でさえも継続し得、汚れた使い捨ておむつとの接触による疾患の感染の発生を
低減し得る。
【０３７９】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む
本製品は、パッケージングされる。パッケージングは、本製品を小型にするか、またはそ
れを損傷、汚れ、若しくは劣化から保護するよう働き得る。パッケージングは、例えば、
プラスチック、紙、ボール紙、または木材を含み得る。いくつかの実施形態では、パッケ
ージングは、細菌に対して不透過性である。いくつかの実施形態では、パッケージングは
、酸素及び／または二酸化炭素に対して透過性である。
【０３８０】
５．Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａでの治療方法
本開示は、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを使用して疾患及び状
態を治療する様々な方法を提供する。疾患及び状態を治療するために使用され得る本アン
モニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、本明細書に記載のすべてのアンモニ
ア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ組成物、例えば、精製された最適化アンモニ
ア酸化細菌調製物、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ、例えば、上の第２節に記載のもの、
例えば、株Ｄ２３を含む。
【０３８１】
例えば、本開示は、状態または疾患を治療する（例えば、対象の皮膚上での微生物成長
を阻害する）ために、配列番号１と少なくとも約７０％、８０％、８５％、９０％、９５
％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．５％同一の核酸配列を含むＮ．ｅｕ
ｔｒｏｐｈａの任意に純粋な組成物、表１の株Ｄ２３核酸のうちのいずれか１つと少なく
とも約７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、ま
たは９９．５％同一の核酸配列を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの任意に純粋な組成物の使用
を提供する。複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１の株Ｄ２３核酸のう
ちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、
１５個、またはすべてを含む。複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、図６〜
８の１つ以上の核酸を含む。さらなる例として、本開示は、状態または疾患を治療するた
めに、表１の株Ｄ２３タンパク質配列のうちのいずれか１つと少なくとも約７０％、８０
％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または９９．５％同一
のアミノ酸配列を含むＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの任意に純粋な組成物の使用を提供する。複
数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、表１の株Ｄ２３タンパク質配列のうちの
少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５
個、またはすべてを含む。複数の実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、図６〜８の
核酸によってコードされる１つ以上のタンパク質を含む。本段落のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
を使用して、例えば、糖尿病性潰瘍、例えば、糖尿病性足部潰瘍、慢性創傷、座瘡、酒さ
、湿疹、または乾癬を治療することができる。
【０３８２】
ある特定の実施形態では、本開示は、状態または疾患を治療する（例えば、対象の皮膚
上での微生物成長を阻害する）ために、（１）最適化成長速度、（２）最適化ＮＨ４＋酸
化速度、（３）ＮＨ３に対する最適化耐性、（４）ＮＨ４＋に対する最適化耐性、及び（
５）ＮＯ２−に対する最適化耐性のうちの１つ以上を有するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの任意
に純粋な組成物の使用を提供する。例えば、本純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ組成物は、本
段落の最初のリストの特性（１）及び（２）；（２）及び（３）；（３）及び（４）；ま
たは（４）及び（５）を有し得る。別の例として、本純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ組成物
は、本段落の最初のリストの特性（１）、（２）、及び（３）；（１）、（２）、及び（
４）；（１）、（２）、及び（５）；（１）、（３）、及び（４）；（１）、（３）、及
び（５）；（１）、（４）、及び（５）；（２）、（３）、及び（４）；（２）、（３）
、及び（５）；または（３）、（４）、及び（５）を有し得る。さらなる例として、本任
意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ組成物は、本段落の最初のリストの特性（１）、（２）
、（３）、及び（４）；（１）、（２）、（３）、及び（５）；（１）、（２）、（４）
、及び（５）；（１）、（３）、（４）、及び（５）；または（２）、（３）、（４）、
及び（５）を有し得る。いくつかの実施形態では、本純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ組成物
は、本段落の最初のリストの特性（１）、（２）、（３）、（４）、及び（５）を有する
。本段落のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを使用して、例えば、糖尿病性潰瘍、例えば、糖尿病性
足部潰瘍、慢性創傷、座瘡、酒さ、湿疹、または乾癬を治療することができる。
【０３８３】
いくつかの実施形態では、任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株Ｄ２３）を
使用して、対象を治療する。対象としては、動物、哺乳動物、ヒト、非ヒト動物、家畜動
物、または伴侶動物が挙げられ得る。
【０３８４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例え
ば、本節及び上の第２節に記載のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ、例えば、株Ｄ２３）を使用して
、他の生物の成長を阻害する。例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３は、ヒト皮膚の長
期コロニー形成に良く適応しており、いくつかの実施形態では、皮膚に望ましくない他の
細菌を打ち負かす。望ましくない皮膚細菌としては、例えば、創傷に感染し得るもの、疾
患の危険性若しくは重症度を高め得るもの、または臭気を生成し得るものが挙げられる。
ある特定の望ましくない皮膚細菌としては、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓ
ａ、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ、及びＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉが挙げられる。本明細書に記載
のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、例えば、希少な栄養素を消費し、または他の生物に有害な副
産物を発生させることによって、例えば、皮膚のｐＨを望ましくない生物の成長をもたら
さないレベルに変化させることによって、他の生物を打ち負かすことができる。
【０３８５】
したがって、本開示は、とりわけ、対象の皮膚上での微生物成長を阻害する方法であっ
て、それを必要とするヒトに有効用量の本明細書に記載の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐ
ｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３）を局所投与することを含む、方法を提供する。同様に、本
開示は、対象の皮膚上での微生物成長の阻害に使用するための本明細書に記載の任意に純
粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株Ｄ２３）を提供する。同じく、本開示は、対象の
皮膚上での微生物成長の阻害用の薬剤の製造における任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
（例えば、株Ｄ２３）の使用を提供する。
【０３８６】
本開示は、一酸化窒素を対象に供給する方法であって、有効用量の本明細書に記載の任
意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３）を対象に近接近して位置付け
ることを含む、方法も提供する。同様に、本開示は、一酸化窒素の対象への供給に使用す
るための本明細書に記載の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株Ｄ２３）を提
供する。同じく、本開示は、対象に近接近した位置付けに好適な薬剤または組成物の製造
における任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株Ｄ２３）の使用を提供する。
【０３８７】
本開示は、体臭を軽減する方法であって、それを必要とする対象に有効用量の本明細書
に記載の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３）を局所投与するこ
とを含む、方法も提供する。同様に、本開示は、対象における体臭の軽減に使用するため
の本明細書に記載の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株Ｄ２３）を提供する
。同じく、本開示は、体臭の軽減用の薬剤または組成物の製造における本明細書に記載の
任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株Ｄ２３）の使用を提供する。
【０３８８】
本開示は、低亜硝酸塩レベルに関連する疾患を治療または予防する方法であって、それ
を必要とする対象に治療上有効用量の本明細書に記載の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈ
ａ細菌（例えば、株Ｄ２３）を局所投与することを含む、方法も提供する。同様に、本開
示は、低亜硝酸塩レベルに関連する疾患の治療に使用するための本明細書に記載の任意に
純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株Ｄ２３）の局所製剤を提供する。同じく、本開
示は、低亜硝酸塩レベルに関連する疾患の治療用の局所薬剤の製造における本明細書に記
載の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株Ｄ２３）の使用を提供する。
【０３８９】
本開示は、皮膚障害または皮膚感染症を治療または予防する方法であって、それを必要
とする対象に治療上有効用量の本明細書に記載の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌
（例えば、株Ｄ２３）を局所投与することを含む、方法も提供する。同様に、本開示は、
対象における皮膚障害の治療に使用するための本明細書に記載の任意に純粋なＮ．ｅｕｔ
ｒｏｐｈａ（例えば、株Ｄ２３）を提供する。同じく、本開示は、皮膚障害の治療用の薬
剤の製造における本明細書に記載の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株Ｄ２
３）の使用を提供する。複数の実施形態では、皮膚障害は、座瘡、酒さ、湿疹、乾癬、ま
たは蕁麻疹であり、皮膚感染症は、膿痂疹である。
【０３９０】
理論に束縛されることを望むものではないが、座瘡の治療上有効用量の本明細書に記載
の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３）での治療が、ＮＯ発生に
よる炎症の下方制御、ならびに／または酸性化亜硝酸塩及びＮＯ生成による尋常性座瘡に
関連するＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓの分散及び増殖の制限及び／
若しくは阻害を伴い得ることが提案される。
【０３９１】
例えば、本開示は、状態または疾患を治療する（例えば、対象の皮膚上での微生物成長
を阻害する）ために、アンモニア酸化細菌組成物の使用を提供する。複数の実施形態では
、本アンモニア酸化細菌を使用して、例えば、慢性創傷、座瘡、酒さ、湿疹、乾癬、蕁麻
疹、皮膚感染症、または糖尿病性潰瘍、例えば、糖尿病性足部潰瘍を治療することができ
る。
【０３９２】
本開示のシステム及び方法は、皮膚障害の治療若しくは予防、低亜硝酸塩レベルに関連
する疾患若しくは状態の治療若しくは予防、体臭の治療若しくは予防、一酸化窒素を対象
に供給するための治療、または微生物成長を阻害するための治療に有用な含有量を提供し
得るか、またはそれを含有し得る。
【０３９３】
本開示のシステム及び方法は、ある環境、例えば、対象の表面からの望ましくない細菌
の量の減少を提供し得る。
【０３９４】
本開示のシステム及び方法は、ＨＩＶ皮膚炎、糖尿病性足部潰瘍における感染症、アト
ピー性皮膚炎、座瘡、湿疹、接触性皮膚炎、アレルギー反応、乾癬、蕁麻疹、酒さ、皮膚
感染症、血管疾患、膣内イースト菌感染症、性感染疾患、心臓疾患、アテローム性動脈硬
化症、禿頭症、糖尿病若しくはベッド拘束に後続する下腿潰瘍、狭心症、特に慢性安定狭
心症、虚血性疾患、うっ血性心不全、心筋梗塞、虚血再灌流傷害、蹄葉炎、高血圧、肥大
性臓器変性、レイノー現象、線維症、線維性臓器変性、アレルギー、自己免疫性感作、末
期腎疾患、肥満、陰萎、肺炎、原発性免疫不全、表皮水疱症、または癌のうちの少なくと
も１つの治療に有用な含有量を提供し得るか、またはそれを含有し得る。
【０３９５】
本開示のシステム及び方法は、座瘡、湿疹、乾癬、蕁麻疹、酒さ、皮膚感染症、及び創
傷、例えば、感染創傷のうちの少なくとも１つの治療に有用な含有量を提供し得るか、ま
たはそれを含有し得る。
【０３９６】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌を使用して、対象を治療することができ
る。対象としては、動物、哺乳動物、ヒト、非ヒト動物、家畜動物、または伴侶動物が挙
げられ得る。
【０３９７】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載のアンモニア酸化細菌を使用して、他の生物
の成長を阻害する。例えば、アンモニア酸化細菌は、ヒト皮膚の長期コロニー形成に良く
適応している場合があり、いくつかの実施形態では、皮膚に望ましくない他の細菌を打ち
負かす。望ましくない皮膚細菌としては、例えば、創傷に感染し得るもの、疾患の危険性
若しくは重症度を高め得るもの、または臭気を生成し得るものが挙げられる。望ましくな
い細菌は、病原菌と称され得る。ある特定の望ましくない皮膚細菌としては、Ｓｔａｐｈ
ｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、例えば、メチシリン耐性Ｓｔ
ａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏ
ｓａ（Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ（
Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ）、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ（Ａ．ｂａ
ｕｍａｎｎｉｉ）、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍ
ｏｎａｓが挙げられる。本明細書に記載のアンモニア酸化細菌は、例えば、希少な栄養素
を消費し、または他の生物に有害な副産物を発生させることによって、例えば、皮膚のｐ
Ｈを望ましくない生物の成長をもたらさないレベルに変化させることによって、他の生物
を打ち負かすことができる。
【０３９８】
したがって、本開示は、とりわけ、対象の皮膚上での微生物成長を阻害する方法であっ
て、それを必要とするヒトに本明細書に記載の有効用量のアンモニア酸化細菌を局所投与
することを含む、方法を提供する。同様に、本開示は、対象の皮膚上での微生物成長の阻
害に使用するための本明細書に記載のアンモニア酸化細菌を提供する。同じく、本開示は
、対象の皮膚上での微生物成長の阻害用の薬剤の製造におけるアンモニア酸化細菌の使用
を提供する。
【０３９９】
本開示は、とりわけ、ある環境、例えば、ある表面、例えば、対象の表面における皮膚
マイクロバイオームの組成を変化させる方法、例えば、皮膚マイクロバイオームの組成を
調節する方法、例えば、皮膚マイクロバイオームの割合を調節するか、または変化させる
方法を提供する。本方法は、アンモニア酸化細菌を含む調製物をある環境、例えば、ある
表面、例えば、対象の表面に投与する、例えば、塗布することを含み得る。いくつかの実
施形態では、投与、例えば、塗布の量及び頻度は、皮膚の表面上の病原菌の割合を減少さ
せるのに十分であり得る。いくつかの実施形態では、この対象は、皮膚の表面上の病原菌
の割合の減少を必要とする対象に基づいて選択され得る。
【０４００】
本開示は、皮膚の表面から試料を得ることと、試料中の細菌のＤＮＡを単離することと
をさらに提供し得る。対象の試料中の細菌の量または割合を決定または監視するために、
試料中の細菌のＤＮＡの配列決定も行われ得る。
【０４０１】
本開示は、表面上の非病原菌の割合の増加も提供し得る。いくつかの実施形態では、こ
の非病原菌は、共生非病原菌であり得る。いくつかの実施形態では、この非病原菌は、Ｓ
ｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ属のものであり得る。いくつかの実施形態では、この非病原
菌は、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓであり得る。いくつかの
実施形態では、割合が増加したこの非病原菌は、少なくとも約１０％、１５％、２０％、
２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、
７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１
００％のＳｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓを含むＳｔａｐｈｙｌ
ｏｃｏｃｃｕｓ属のものであり得る。
【０４０２】
非病原菌の割合の増加は、所定の期間、例えば、１日、２日、３日、４日、５日、１週
間、２週間、３週間、若しくは４週間未満、または１〜３、３〜５、５〜７、７〜９、５
〜１０、１０〜１４、１２〜１８、１２〜２１、２１〜２８、２８〜３５、３５〜４２、
４２〜４９、４９〜５６、４６〜６３、６３〜７０、７０〜７７、７７〜８４、８４〜９
１日未満で生じ得る。
【０４０３】
Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ細菌、例えば、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉ
ｄｅｒｍｉｄｉｓの割合の増加は、約３週間未満、例えば、約１６日、例えば、約２週間
で観察され得る。
【０４０４】
本開示は、表面上の病原菌、例えば、潜在的病原菌、例えば、疾患関連細菌の割合の減
少を提供し得る。いくつかの実施形態では、この病原菌は、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅ
ｒｉａであり得る。いくつかの実施形態では、この病原菌は、Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍ
ｏｎａｓであり得る。
【０４０５】
病原菌の割合の減少は、所定の期間、例えば、１日、２日、３日、４日、５日、１週間
、２週間、３週間、若しくは４週間未満、または１〜３、３〜５、５〜７、７〜９、５〜
１０、１０〜１４、１２〜１８、１２〜２１、２１〜２８、２８〜３５、３５〜４２、４
２〜４９、４９〜５６、４６〜６３、６３〜７０、７０〜７７、７７〜８４、８４〜９１
日未満で生じ得る。
【０４０６】
Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａ細菌及び／またはＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａ
ｓの割合の減少は、約３週間未満、例えば、約１６日、例えば、約２週間で観察され得る
。
【０４０７】
本開示は、一酸化窒素を対象に供給する方法であって、有効用量の本明細書に記載のア
ンモニア酸化細菌を対象に近接近して位置付けることを含む、方法も提供する。同様に、
本開示は、一酸化窒素の対象への供給に使用するための本明細書に記載のアンモニア酸化
細菌を提供する。同じく、本開示は、対象に近接近した位置付けに好適な薬剤または組成
物の製造における使用を提供する。
【０４０８】
本開示は、体臭を軽減する方法であって、それを必要とする対象に有効用量の本明細書
に記載のアンモニア酸化細菌を局所投与することを含む、方法も提供する。同様に、本開
示は、対象における体臭の軽減に使用するための本明細書に記載のアンモニア酸化細菌を
提供する。同じく、本開示は、体臭の軽減用の薬剤または組成物の製造における本明細書
に記載のアンモニア酸化細菌の使用を提供する。
【０４０９】
本開示は、低亜硝酸塩レベルに関連する疾患を治療または予防する方法であって、それ
を必要とする対象に治療上有効用量の本明細書に記載のアンモニア酸化細菌を局所投与す
ることを含む、方法も提供する。同様に、本開示は、低亜硝酸塩レベルに関連する疾患の
治療に使用するための本明細書に記載のアンモニア酸化細菌の局所製剤を提供する。同じ
く、本開示は、低亜硝酸塩レベルに関連する疾患の治療用の局所薬剤の製造における本明
細書に記載のアンモニア酸化細菌の使用を提供する。
【０４１０】
本開示は、皮膚障害または皮膚感染症を治療または予防する方法であって、それを必要
とする対象に治療上有効用量の本明細書に記載のアンモニア酸化細菌を局所投与すること
を含む、方法も提供する。同様に、本開示は、対象における皮膚障害の治療に使用するた
めの本明細書に記載のアンモニア酸化細菌を提供する。同じく、本開示は、皮膚障害の治
療用の薬剤の製造における本明細書に記載のアンモニア酸化細菌の使用を提供する。複数
の実施形態では、皮膚障害は、座瘡、酒さ、湿疹、乾癬、または蕁麻疹であり、皮膚感染
症は、膿痂疹である。
【０４１１】
理論に束縛されることを望むものではないが、酒さの治療上有効用量の本明細書に記載
の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３）での治療がＮＯ発生によ
る下方制御を伴い得ることが提案される。これは、ヒトカテリシジンペプチドＬＬ−３７
のその前駆体プロペプチドｈＣＡＰ１８からの形成を減少させ得るＫａｚａｌ型ＫＬＫ５
／ＫＬＫ７阻害剤（複数可）の発現に起因し得る。
【０４１２】
理論に束縛されることを望むものではないが、湿疹及び／またはアトピー性皮膚炎の治
療上有効用量の本明細書に記載の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ
２３）での治療が、ＮＯ発生による炎症の下方制御、ならびに／または酸性化亜硝酸塩及
びＮＯ生成によるアトピー性皮膚炎における非常に高いコロニー形成率及び皮膚負荷に関
連することの多いＳ．ａｕｒｅｕｓ及び他の皮膚病原体の分散及び増殖の制限及び／若し
くは阻害を伴い得ることが提案される。
【０４１３】
理論に束縛されることを望むものではないが、乾癬の治療上有効用量の本明細書に記載
の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３）での治療が、ＮＯ発生に
よる炎症の下方制御及びヒトカテリシジンペプチドＬＬ−３７の形成の減少を伴い得るこ
とが提案される。
【０４１４】
理論に束縛されることを望むものではないが、乾癬の治療上有効用量の本明細書に記載
の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３）での治療が、ＮＯ発生に
よる炎症の下方制御を伴い得ることが提案される。
【０４１５】
理論に束縛されることを望むものではないが、膿痂疹または他の皮膚及び軟組織感染症
の治療上有効用量の本明細書に記載の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、
株Ｄ２３）での治療が、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ及びＳ．ｐｙｏｇｅｎｅｓの分散及び増殖の制
限及び／または阻害を伴い得ることが提案される。
【０４１６】
本開示は、創傷治癒を促進する方法であって、創傷に有効用量の本明細書に記載の任意
に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌（例えば、株Ｄ２３）を投与することを含む、方法も
提供する。同様に、本開示は、創傷の治療に使用するための本明細書に記載の任意に純粋
なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株Ｄ２３）を提供する。同じく、本開示は、創傷の治
療用の薬剤または組成物の製造における本明細書に記載の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐ
ｈａ（例えば、株Ｄ２３）の使用を提供する。
【０４１７】
本明細書に記載の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株Ｄ２３）を使用して
、低下した治癒能力を有する患者、例えば、糖尿病性患者における創傷治癒を促進するこ
とができる。
【０４１８】
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載の任意に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏｐ
ｈａ（例えば、株Ｄ２３）を使用して、疾患または障害、例えば、皮膚障害を予防する方
法を提供する。予防とは、ある特定の実施形態では、同様の治療されていない対象と比較
して、対象が疾患を発症する危険性を低下させることを意味する。この危険性は、ゼロま
で低下しなくても良い。
【０４１９】
入浴頻度の低い人、例えば、宇宙飛行士、潜水艦乗組員、軍事活動中の軍人、遠隔地の
民間労働者、難民、寝たきりの人、及び他の多くの者は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを皮膚上
に維持することにより、より健康的な皮膚を維持することができる。寝たきりの人に関し
て、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、いくつかの実施形態では、循環不全を増進させることに
よる床擦れの頻度または重症度を低下させる。
【０４２０】
多くの現代の変性疾患がＮＯ種の欠如によって引き起こされ得、外表皮膚上のＡＯＢが
それらの種を拡散によって供給することができ、ＡＯＢの皮膚への塗布が長期にわたる病
状を解消することが理解される。ある特定の実施形態では、特にアニオン性洗剤がＡＯＢ
を外表皮膚から除去する場合、ＡＯＢが対象に塗布されて、現代の入浴慣行を相殺する。
【０４２１】
十分なＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを塗布し、その後、十分な衣料を着用して発汗を誘発する
ための局所塗布の１つの好適な方法。しかしながら、多くの人々は、自身の現在の入浴習
慣を維持しながらＡＯＢの利益を得ることを望んでおり、その場合、本細菌の培養物が、
それらがＮＯを生成するのに十分な基質に加えて塗布され得る。ヒト汗の無機組成に近似
する栄養素溶液がこの目的のために使用され得る。ヒト汗に近似する培地に適応した細菌
の使用により、塗布されたときにそれらが適応するまでの時間が最小限に抑えられる。汗
が皮膚表面上に排泄されると蒸発するため、より高いイオン強度を有する培養培地が望ま
しい。ヒト汗の濃度のおよそ２倍の濃度が好適であるが、他の条件も企図される。ＡＯＢ
の栄養必要量は、典型的には、ＮＨ３または尿素、Ｏ２、ＣＯ２、及び鉱物で満たされる
。いくつかの実施形態では、この基質は、鉄、銅、亜鉛、コバルト、モリブデン、マンガ
ン、ナトリウム、カリウム、カルシウム、マグネシウム、塩化物、リン酸塩、硫酸塩、ま
たはそれらの任意の組み合わせを含む、微量鉱物を含む。
【０４２２】
いくつかの実施形態では、本開示は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む包帯を創傷に当てる
ことによって創傷を治療する方法を提供する。かかる包帯を作成する方法も提供される。
この包帯は、例えば、包帯を創傷近くの損傷していない皮膚に貼るための接着部分及びそ
の創傷を被覆または覆うための軟質可撓性部分を含み得る。いくつかの実施形態では、こ
の包帯は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ以外の他の生物を含有しない。この包帯は、包帯が創傷
に当てられると酸素及び二酸化炭素等のガスがＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａに到達することを可
能にする透過性材料から作製され得る。ある特定の実施形態では、この包帯は、アンモニ
ウム、アンモニア、尿素、または微量鉱物等のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａの栄養素を含む。あ
る特定の実施形態では、この包帯は、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａが耐性を示す抗生物質を含
む。この抗生物質耐性は、１つ以上の内因性耐性遺伝子または１つ以上のトランスジェニ
ックから生じ得る。
【０４２３】
いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、１回塗布当たり約１０８〜１０
９ＣＦＵ、１０９〜１０１０ＣＦＵ、１０１０〜１０１１ＣＦＵ、または１０１１〜１０
１２ＣＦＵの用量で投与される。いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、
約１０１０〜１０１１ＣＦＵ、例えば、約１×１０１０〜５×１０１０、１×１０１０〜
３×１０１０、または１×１０１０〜２×１０１０ＣＦＵの用量で局所投与される。
【０４２４】
いくつかの実施形態では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、１用量当たり約１〜２、２〜５
、５〜１０、１０〜１５、１２〜１８、１５〜２０、２０〜２５、または２５〜５０ｍｌ
の体積で投与される。いくつかの実施形態では、この溶液は、約１０８〜１０９、１０９
〜１０１０、または１０１０〜１０１１ＣＦＵ／ｍｌの濃度である。いくつかの実施形態
では、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、１日当たり２回の１５ｍｌ用量として投与され、各用
量は、１０９ＣＦＵ／ｍｌの濃度である。
【０４２５】
いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌、例えば、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、
１日１回、２回、３回、または４回投与される。いくつかの実施形態では、アンモニア酸
化細菌、例えば、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、週１回、２回、３回、４回、５回、または
６回投与される。いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌、例えば、本Ｎ．ｅｕｔ
ｒｏｐｈａは、入浴直後に投与される。いくつかの実施形態では、アンモニア酸化細菌、
例えば、本Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、入眠直前に投与される。
【０４２６】
ある特定の態様では、本開示は、アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
及び第２の療法を含む併用療法を提供する。例えば、本開示は、これらの２つ（または２
つ以上）の療法が物理的に混合された物理的混合物を提供する。他の実施形態では、これ
らの２つ（または２つ以上）の療法は、別個の製剤として併用投与される。第２の療法は
、例えば、関連疾患若しくは障害を治療する医薬品、外科手術、または任意の他の医療手
段であり得る。以下の段落は、糖尿病性潰瘍、慢性創傷、座瘡、酒さ、湿疹、及び乾癬を
治療することができる併用療法を説明する。
【０４２７】
例えば、糖尿病性潰瘍を治療することができる併用療法では、第２の療法は、例えば、
創傷被覆材（例えば、吸収性充填剤、ヒドロゲル被覆材、または親水コロイド）、アンジ
オテンシン、アンジオテンシン類似体、多血小板フィブリン療法、高圧酸素療法、陰圧創
傷療法、創傷清拭、排液、動脈血行再建、高圧酸素療法、低レベルレーザー療法、及び腓
腹筋後退術を含み得る。この併用療法は、上述の治療のうちの１つ以上を含み得る。
【０４２８】
慢性創傷を治療することができる併用療法では、第２の療法は、例えば、抗生物質（例
えば、局所用または全身用の殺菌性または静菌性）、例えば、ペニシリン、セファロスポ
リン、ポリミキシン、リファマイシン、リピアルマイシン、キノロン、スルホンアミド、
マクロライド、リンコサミド、テトラサイクリン、環状リポペプチド、グリシルシクリン
、オキサゾリジノン、及びリピアルマイシン；アンジオテンシン、アンジオテンシン類似
体；創傷清拭；排液；創傷洗浄；陰圧創傷療法；加熱；動脈血行再建；高圧酸素療法；抗
酸化剤、例えば、アスコルビン酸、グルタチオン、リポ酸、カロチン、α−トコフェロー
ル、若しくはユビキノール；低レベルレーザー療法；腓腹筋後退術；成長因子、例えば、
血管内皮成長因子、インスリン様成長因子１−２、血小板由来成長因子、形質転換成長因
子−β、若しくは上皮成長因子；自己血小板、例えば、１つ以上の成長因子、例えば、血
管内皮成長因子、インスリン様成長因子１−２、血小板由来成長因子、形質転換成長因子
−β、若しくは上皮成長因子を分泌するものの塗布；培養ケラチノサイト移植；同種移植
片；コラーゲン、例えば、コラーゲンを含む被覆材；またはプロテアーゼ阻害剤、例えば
、ＳＬＰＩを含み得る。この併用療法は、上述の治療のうちの１つ以上を含み得る。
【０４２９】
座瘡を治療することができる併用療法では、第２の療法は、例えば、薬物（例えば、全
身用または局所用）、例えば、過酸化ベンゾイル、抗生物質（エリスロマイシン、クリン
ダマイシン、若しくはテトラサイクリン等）、サリチル酸、ホルモン（例えば、プロゲス
チン、例えば、デソゲストレル、ノルゲスチメート、若しくはドロスピレノンを含む）、
レチノイド、例えば、トレチノイン、アダパレン、タザロテン、またはイソトレチノイン
を含み得る。第２の療法は、コメド抽出、コルチコステロイド注入、または外科的穿刺等
の処置でもあり得る。この併用療法は、上述の治療のうちの１つ以上を含み得る。
【０４３０】
酒さを治療することができる併用療法では、第２の療法は、例えば、抗生物質、例えば
、経口テトラサイクリン抗生物質、例えば、テトラサイクリン、ドキシサイクリン、若し
くはミノサイクリン、若しくは局所用抗生物質、例えば、メトロニダゾール；アゼライン
酸；αヒドロキシ酸；イソトレチノインが処方され得る；ビャクダン油；クロニジン；β
遮断薬、例えば、ナドロール及びプロプラノロール；抗ヒスタミン剤（ロラタジン等）；
ミルタザピン；メチルスルホニルメタン若しくはシリマリン（任意にそれらの併用で）；
レーザー、例えば、皮膚科的血管レーザー若しくはＣＯ２レーザー；または光療法、例え
ば、超短パルス光、低レベル光療法、若しくは光若返りを含み得る。この併用療法は、上
述の治療のうちの１つ以上を含み得る。
【０４３１】
湿疹を治療することができる併用療法では、第２の療法は、例えば、コルチコステロイ
ド、例えば、ヒドロコルチゾン若しくはプロピオン酸クロベタゾール、免疫抑制剤（局所
用若しくは全身用）、例えば、ピメクロリムス、タクロリムス、シクロスポリン、アザチ
オプリン、若しくはメトトレキサート、または光療法、例えば、紫外線光療法を含み得る
。この併用療法は、上述の治療のうちの１つ以上を含み得る。
【０４３２】
乾癬を治療することができる併用療法では、第２の療法は、例えば、コルチコステロイ
ド、例えば、デソキシメタゾン；レチノイド；コールタール；ビタミンＤ若しくはその類
似体、例えば、パリカルシトール若しくはカルシポトリオール；保湿剤及び軟化剤、例え
ば、鉱油、ワセリン、カルシポトリオール、デクバル（ｄｅｃｕｂａｌ）、若しくはココ
ナツ油；ジトラノール；またはフルオシノニドを含み得る。この併用療法は、上述の治療
のうちの１つ以上を含み得る。
【０４３３】
理論に束縛されることを望むものではないが、乾癬の治療上有効用量の本明細書に記載
のアンモニア酸化細菌での治療が、ＮＯ発生による炎症の下方制御及びヒトカテリシジン
ペプチドＬＬ−３７の形成の減少を伴い得ることが提案される。
【０４３４】
理論に束縛されることを望むものではないが、乾癬の治療上有効用量の本明細書に記載
のアンモニア酸化細菌での治療が、ＮＯ発生による炎症の下方制御を伴い得ることが提案
される。
【０４３５】
理論に束縛されることを望むものではないが、膿痂疹または他の皮膚及び軟組織感染症
の治療上有効用量の本明細書に記載のアンモニア酸化細菌での治療が、Ｓｔａｐｈｙｌｏ
ｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ（Ｓ．ａｕｒｅｕｓ）、例えば、メチシリン耐性Ｓｔａｐｈ
ｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（
Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ（Ｓ．ｐ
ｙｏｇｅｎｅｓ）、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ（Ａ．ｂａｕｍａ
ｎｎｉｉ）、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａ、及びＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａ
ｓの分散及び増殖の制限及び／または阻害を伴い得ることが提案される。
【０４３６】
本開示は、創傷治癒を促進する方法であって、創傷に有効用量の本明細書に記載のアン
モニア酸化細菌を投与することを含む、方法も提供する。同様に、本開示は、創傷の治療
に使用するための本明細書に記載のアンモニア酸化細菌を提供する。同じく、本開示は、
創傷の治療用の薬剤または組成物の製造における本明細書に記載のアンモニア酸化細菌の
使用を提供する。
【０４３７】
本明細書に記載のアンモニア酸化細菌を使用して、低下した治癒能力を有する患者、例
えば、糖尿病性患者における創傷治癒を促進することができる。
【０４３８】
いくつかの実施形態では、本開示は、本明細書に記載のアンモニア酸化細菌を使用して
、疾患または障害、例えば、皮膚障害を予防する方法を提供する。予防とは、ある特定の
実施形態では、同様の治療されていない対象と比較して、対象が疾患を発症する危険性を
低下させることを意味する。この危険性は、ゼロまで低下しなくても良い。
【０４３９】
入浴頻度の低い人、例えば、宇宙飛行士、潜水艦乗組員、軍事活動中の軍人、遠隔地の
民間労働者、難民、寝たきりの人、及び他の多くの者は、アンモニア酸化細菌を皮膚上に
維持することにより、より健康的な皮膚を維持することができる。寝たきりの人に関して
、本アンモニア酸化細菌は、いくつかの実施形態では、循環不全を増進させることによる
床擦れの頻度または重症度を低下させる。
【０４４０】
多くの現代の変性疾患がＮＯ種の欠如によって引き起こされ得、外表皮膚上のアンモニ
ア酸化細菌がそれらの種を拡散によって供給することができ、アンモニア酸化細菌の皮膚
への塗布が長期にわたる病状を解消することが理解される。ある特定の実施形態では、特
にアニオン性洗剤がアンモニア酸化細菌を外表皮膚から除去する場合、アンモニア酸化細
菌が対象に塗布されて、現代の入浴慣行を相殺する。
【０４４１】
十分なアンモニア酸化細菌を塗布し、その後、十分な衣料を着用して発汗を誘発するた
めの局所塗布の１つの好適な方法。しかしながら、多くの人々は、自身の現在の入浴習慣
を維持しながらアンモニア酸化細菌の利益を得ることを望んでおり、その場合、本細菌の
培養物が、それらがＮＯを生成するのに十分な基質に加えて塗布され得る。ヒト汗の無機
組成に近似する栄養素溶液がこの目的のために使用され得る。ヒト汗に近似する培地に適
応した細菌の使用により、塗布されたときにそれらが適応するまでの時間が最小限に抑え
られる。汗が皮膚表面上に排泄されると蒸発するため、より高いイオン強度を有する培養
培地が望ましい。ヒト汗の濃度のおよそ２倍の濃度が好適であるが、他の条件も企図され
る。アンモニア酸化細菌の栄養必要量は、典型的には、ＮＨ３または尿素、Ｏ２、ＣＯ２
、及び鉱物で満たされる。いくつかの実施形態では、この基質は、鉄、銅、亜鉛、コバル
ト、モリブデン、マンガン、ナトリウム、カリウム、カルシウム、マグネシウム、塩化物
、リン酸塩、硫酸塩、またはそれらの任意の組み合わせを含む、微量鉱物を含む。
【０４４２】
いくつかの実施形態では、本開示は、アンモニア酸化細菌を含む包帯を創傷に当てるこ
とによって創傷を治療する方法を提供する。かかる包帯を作成する方法も提供される。こ
の包帯は、例えば、包帯を創傷近くの損傷していない皮膚に貼るための接着部分及びその
創傷を被覆または覆うための軟質可撓性部分を含み得る。いくつかの実施形態では、この
包帯は、アンモニア酸化細菌以外の他の生物を含有しない。この包帯は、包帯が創傷に当
てられると酸素及び二酸化炭素等のガスがアンモニア酸化細菌に到達することを可能にす
る透過性材料から作製され得る。ある特定の実施形態では、この包帯は、アンモニウム、
アンモニア、尿素、または微量鉱物等のアンモニア酸化細菌の栄養素を含む。ある特定の
実施形態では、この包帯は、本アンモニア酸化細菌が耐性を示す抗生物質を含む。この抗
生物質耐性は、１つ以上の内因性耐性遺伝子または１つ以上の導入遺伝子から生じ得る。
【０４４３】
いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌、例えば、アンモニア酸化細菌調製物
は、１回塗布当たりまたは１日当たり約１０８〜１０９ＣＦＵ、１０９〜１０１０ＣＦＵ
、１０１０〜１０１１ＣＦＵ、または１０１１〜１０１２ＣＦＵの用量で投与される。い
くつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌は、約１０９〜１０１０ＣＦＵ、例えば、
約１×１０９〜５×１０９、１×１０９〜３×１０９、または１×１０９〜１０×１０９
ＣＦＵの用量で局所投与される。
【０４４４】
いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌は、１用量当たり約１〜２、２〜５、
５〜１０、１０〜１５、１２〜１８、１５〜２０、２０〜２５、または２５〜５０ｍｌの
体積で投与される。いくつかの実施形態では、この溶液は、約１０８〜１０９、１０９〜
１０１０、または１０１０〜１０１１ＣＦＵ／ｍｌの濃度である。いくつかの実施形態で
は、本アンモニア酸化細菌は、１日当たり２回の１５ｍｌ用量として投与され、各用量は
、１０９ＣＦＵ／ｍｌの濃度である。
【０４４５】
いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌は、１日１回、２回、３回、または４
回投与される。いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌は、週１回、２回、３回
、４回、５回、または６回投与される。いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌
は、入浴直後に投与される。いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌は、入眠直
前に投与される。
【０４４６】
いくつかの実施形態では、本アンモニア酸化細菌は、約１〜３、３〜５、５〜７、７〜
９、５〜１０、１０〜１４、１２〜１８、１２〜２１、２１〜２８、２８〜３５、３５〜
４２、４２〜４９、４９〜５６、４６〜６３、６３〜７０、７０〜７７、７７〜８４、８
４〜９１日間、例えば、約１ヶ月間、約２ヶ月間、約３ヶ月間投与される。いくつかの実
施形態では、本アンモニア酸化細菌は、不定期間、例えば、１年を超える期間、５年間を
超える期間、１０年間を超える期間、１５年間を超える期間、３０年間を超える期間、５
０年間を超える期間、７５年間を超える期間投与される。
【０４４７】
６．Ｄ２３治療薬を精製するための実験モデル
本明細書に記載のアンモニア酸化細菌を含む治療薬（任意に別の療法との併用で）は、
いくつかのモデルシステムを使用して精製され得る。これらのモデルシステムを使用して
、投与の好適な用量及びタイミングを決定することができる。
【０４４８】
例えば、慢性創傷及び糖尿病性潰瘍に関して、マウス皮膚穿刺モデルが使用され得る。
これらの障害の他のモデルとしては、モルモットモデルにおける制御された皮膚虚血、ウ
サギ耳潰瘍モデル、カルシウムの創傷への塗布、またはドキソルビシンの局所塗布が挙げ
られる。
【０４４９】
座瘡に関して、（例えば、）メキシカンヘアレスドッグモデル、ライノマウスモデル、
またはウサギ耳アッセイが使用され得る。酒さに関して、（例えば、）ＬＬ−３７のマウ
ス皮膚またはシリアンハムスターモデルへの皮内注入が使用され得る。湿疹に関して、（
例えば、）Ｄｅｒｍａｔｏｐｈａｇｏｉｄｅｓ  ｆａｒｉｎａの粗抽出物の塗布、ジニト
ロクロロベンゼンの感作モルモットまたはＮＣ／Ｎｇａマウスの耳への塗布が使用され得
る。乾癬に関して、（例えば、）病変及び非病変乾癬皮膚が免疫不全マウスに移植される
異種移植片モデル、インターロイキン１５に対して指向される抗体のＳＣＩＤマウスの皮
膚への塗布、及びＳｈａｒｐｉｎｃｐｄｍ／Ｓｈａｒｐｉｎｃｐｄｍマウスモデルが使用
され得る。
【０４５０】
本明細書に記載のアンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ（例えば、株Ｄ
２３）（任意に別の療法との併用で）を含む治療薬は、いくつかのモデルシステムを使用
して精製され得る。これらのモデルシステムを使用して、投与の好適な用量及びタイミン
グを決定することができる。
【０４５１】
例えば、慢性創傷及び糖尿病性潰瘍に関して、本明細書の実施例６に記載のマウス皮膚
穿刺モデルが使用され得る。これらの障害の他のモデルとしては、モルモットモデルにお
ける制御された皮膚虚血、ウサギ耳潰瘍モデル、カルシウムの創傷への塗布、またはドキ
ソルビシンの局所塗布が挙げられる。
【０４５２】
座瘡に関して、（例えば、）メキシカンヘアレスドッグモデル、ライノマウスモデル、
またはウサギ耳アッセイが使用され得る。酒さに関して、（例えば、）ＬＬ−３７のマウ
ス皮膚またはシリアンハムスターモデルへの皮内注入が使用され得る。湿疹に関して、（
例えば、）Ｄｅｒｍａｔｏｐｈａｇｏｉｄｅｓ  ｆａｒｉｎａの粗抽出物の塗布、ジニト
ロクロロベンゼンの感作モルモットまたはＮＣ／Ｎｇａマウスの耳への塗布が使用され得
る。乾癬に関して、（例えば、）病変及び非病変乾癬皮膚が免疫不全マウスに移植される
異種移植片モデル、インターロイキン１５に対して指向される抗体のＳＣＩＤマウスの皮
膚への塗布、及びＳｈａｒｐｉｎｃｐｄｍ／Ｓｈａｒｐｉｎｃｐｄｍマウスモデルが使用
され得る。
【０４５３】
７．治療的利益の機構
理論に束縛されることを望むものではないが、以下の機構のうちの１つ以上が、本明細
書で論じられる疾患及び状態の治療におけるアンモニア酸化細菌、例えば、Ｎ．ｅｕｔｒ
ｏｐｈａの有益な効果に寄与すると考えられる。さらなる機構詳細は、参照により全体が
本明細書に組み込まれる国際出願第ＷＯ／２００５／０３０１４７号で見つけることがで
きる。
【０４５４】
これらの細菌の有益な態様を理解するために、血管新生を理解することが有用である。
外気の数百ミクロン以内の体細胞以外のすべての体細胞は、すべての代謝酸素を血液供給
から受け取る。この酸素は、血液によって肺内に吸収され、赤血球によって酸化ヘモグロ
ビンとして周辺組織に運ばれ、そこで二酸化炭素と交換され、それが運び戻されて肺から
吐き出される。酸素は、それを消費する細胞内のミトコンドリアに到達するまで、血漿を
通り、内皮細胞を通り、様々な組織を通って赤血球から拡散されなければならない。人体
が約５リットルの血液を収容しているため、循環系の体積は人体の体積よりも小さい。酸
素は、能動的に輸送されない。それは、濃度勾配で、空気から赤血球に、赤血球から細胞
に、かつ細胞からそれが消費されるシトクロムオキシダーゼに受動的に拡散する。消費部
位の酸素濃度が体内で最も低く、Ｏ２流量は、拡散抵抗及び濃度勾配によって決定される
。すべての周辺組織への十分な酸素供給を達成するために、毛細血管の大きさ及び位置の
精巧な制御が必要である。毛細血管間の間隔が増加した場合、同じ酸素流量を達成するた
めに、より大きい濃度差、ひいてはシトクロムオキシダーゼでより低いＯ２濃度が必要で
あろう。毛細血管間により多くの細胞が存在すると、Ｏ２需要がより高くなるであろう。
毛細血管間の間隔が減少した場合、臓器の代謝機能を果たす細胞が利用可能な空間はより
小さくなるであろう。
【０４５５】
ある特定の態様では、アンモニア酸化細菌由来のＮＯが外皮によって容易に吸収され、
この外皮にはヘモグロビンが存在しないため、Ｓ−ニトロソチオールに変換されることが
理解される。Ｍ．Ｓｔｕｃｋｅｒらは、“Ｔｈｅ  ｃｕｔａｎｅｏｕｓ  ｕｐｔａｋｅ  
ｏｆ  ａｔｍｏｓｐｈｅｒｉｃ  ｏｘｙｇｅｎ  ｃｏｎｔｒｉｂｕｔｅｓ  ｓｉｇｎｉｆ
ｉｃａｎｔｌｙ  ｔｏ  ｔｈｅ  ｏｘｙｇｅｎ  ｓｕｐｐｌｙ  ｏｆ  ｈｕｍａｎ  ｄｅ
ｒｍｉｓ  ａｎｄ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｓ．（Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｐｈｙｓｉｏｌｏｇ
ｙ（２００２），５３８．３，ｐｐ．９８５−９９４）において、外表皮膚がその酸素の
すべてを外気から受け取ることを示している。これは、外表皮膚が赤血球を本質的に含ま
ないと見なすことができるため、容易に明らかである。これらの層を通る血漿循環が存在
し、それは、それらが生きており、酸素だけではなく血液中の他の栄養素を必要とするた
めである。形成されたＳ−ニトロソチオールは安定しており、体全体で拡散することがで
き、真のＮＯの体積源及びＮＯ源を構成してタンパク質チオールをトランスニトロソ化す
る。
【０４５６】
いくつかの態様では、毛細血管希薄化が、ＮＯレベルが不十分であるという最初の指標
のうちの１つであり得ることが理解される。Ｆ．Ｔ．Ｔａｒｅｋらは、希薄な毛細血管ま
たは毛細血管希薄化が本態性高血圧を有する人々に共通して見られることを示している（
Ｓｔｒｕｃｔｕｒａｌ  Ｓｋｉｎ  Ｃａｐｉｌｌａｒｙ  Ｒａｒｅｆａｃｔｉｏｎ  ｉｎ
Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ  Ｈｙｐｅｒｔｅｎｓｉｏｎ．Ｈｙｐｅｒｔｅｎｓｉｏｎ．１９９
９；３３：９９８−１００１。
【０４５７】
非常に多くの状態は、毛細血管密度の希薄化に関連する。高血圧がその１つであり、研
究者らは、希薄な毛細血管が本態性高血圧を有する小児にも見られ、糖尿病を有する人々
にも見られると報告した。深刻な糖尿病合併症は、高血圧、糖尿病性腎症、糖尿病性網膜
症、及び糖尿病性神経障害である。Ｒ．Ｃａｎｄｉｄｏらは、それらの最後の２つの状態
が、症状が観察される前に患部への血流の減少を特徴とすることを見出した（Ｈａｅｍｏ
ｄｙｎａｍｉｃｓ  ｉｎ  ｍｉｃｒｏｖａｓｃｕｌａｒ  ｃｏｍｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  
ｉｎ  ｔｙｐｅ  １  ｄｉａｂｅｔｅｓ．Ｄｉａｂｅｔｅｓ  Ｍｅｔａｂ  Ｒｅｓ  Ｒｅ
ｖ  ２００２；１８：２８６−３０４）。毛細血管密度の減少は肥満に関連し、Ａ  Ｐｈ
ｉｌｉｐらの“Ｅｆｆｅｃｔ  ｏｆ  Ｗｅｉｇｈｔ  Ｌｏｓｓ  ｏｎ  Ｍｕｓｃｌｅ  Ｆ
ｉｂｅｒ  Ｔｙｐｅ，Ｆｉｂｅｒ  Ｓｉｚｅ，Ｃａｐｉｌａｒｉｔｙ，ａｎｄ  Ｓｕｃｃ
ｉｎａｔｅ  Ｄｅｈｙｄｒｏｇｅｎａｓｅ  Ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎ  Ｈｕｍａｎｓ．Ｔ
ｈｅ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌｏｇｙ  ＆  Ｍ
ｅｔａｂｏｌｉｓｍ  Ｖｏｌ．８４，Ｎｏ．１１  ４１８５−４１９０，１９９９によっ
て示されるように、単に体重を減少させるだけで毛細血管密度が増加する。
【０４５８】
研究員らは、原発性レイノー現象（ＰＲＰ）では、爪郭毛細血管が正常対照よりも（わ
ずかに）希薄になり、全身性硬化症（ＳＳｃ）に進行した患者よりも豊富であることを示
している。Ｍ．Ｂｕｋｈａｒｉ，Ｉｎｃｒｅａｓｅｄ  Ｎａｉｌｆｏｌｄ  Ｃａｐｉｌｌ
ａｒｙ  Ｄｉｍｅｎｓｉｏｎｓ  Ｉｎ  Ｐｒｉｍａｒｙ  Ｒａｙｎａｕｄ’ｓ  Ｐｈｅｎ
ｏｍｅｎｏｎ  Ａｎｄ  Ｓｙｓｔｅｍｉｃ  Ｓｃｌｅｒｏｓｉｓ．Ｂｒｉｔｉｓｈ  Ｊｏ
ｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．２４  Ｎｏ  ３５：１１２７−
１１３１，１９９６。彼らは、毛細血管密度が３５ループ／ｍｍ２（正常対照）から、（
ＰＲＰの場合）３３まで、（ＳＳｃの場合）１７まで減少したことを見出した。対照、Ｐ
ＲＰ、及びＳＳｃの毛細血管肢間の平均距離は、それぞれ、１８μ、１８μ、及び３０μ
であった。
【０４５９】
ある特定の態様では、身体が「低酸素」を検知するために一般に使用する機構が、毛細
血管密度を制御する身体系に影響を及ぼし得ることが理解される。本発明のこの態様によ
ると、「低酸素」の有意な成分は、Ｏ２レベルの減少ではなく、むしろＮＯレベルの増加
によって検知される。基礎ＮＯレベルを低下させることにより、この「低酸素」検知が妨
害され、「低酸素」によって制御されている多くの身体機能に影響が及ぼされる。例えば
、貧血は「不十分なヘモグロビン」と一般に定義されており、不十分なヘモグロビンの結
果の１つが「低酸素」であり、これは「不十分な酸素」と定義される。いくつかの態様に
よると、これらの一般定義は、これらの両方の状態の一酸化窒素媒介態様の説明にはなら
ない。
【０４６０】
休止時、急性等容性貧血は、良好な耐容性を示す。ヘマトクリットの２／３減少は、静
脈還流ＰｖＯ２にほとんど影響を与えず、全身におけるＯ２圧または送達のいずれも減少
しないことを示す。Ｗｅｉｓｋｏｐｆ  ｅｔ  ａｌ．Ｈｕｍａｎ  ｃａｒｄｉｏｖａｓｃ
ｕｌａｒ  ａｎｄ  ｍｅｔａｂｏｌｉｃ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ａｃｕｔｅ，ｓｅｖ
ｅｒｅ  ｉｓｏｖｏｌｅｍｉｃ  ａｎｅｍｉａ．ＪＡＭＡ  １９９８，ｖｏｌ  ２７９，
Ｎｏ．３，２１７−２２１。５０％減少（１４０ｇ  Ｈｂ／Ｌから７０ｇ  Ｈｂ／Ｌ）で
、平均ＰｖＯ２（３２名を超える対象）は、約７７％から約７４％（飽和）に低下した。
血液Ｏ２容量の減少は、血管拡張及び頻拍によって補償され、心拍数が６３ｂｐｍから８
５ｂｐｍに増加する。この補償が有効であることは容易に明らかであるが、この機構は容
易に明らかではない。「低酸素」センサーが「低酸素」を検出し、血管拡張及び頻拍で補
償したことが、典型的な説明である。しかしながら、検出される「低酸素」は存在しなか
った。血中乳酸塩（嫌気性呼吸のマーカー）が０．７７ｍＭ／Ｌから０．６２ｍＭ／Ｌに
わずかに減少し、嫌気性呼吸の低下及び「低酸素」の低下を示す。静脈還流ＰｖＯ２の３
％減少は、高度３００メートル登ることによって得られるであろう「低酸素」と同じレベ
ルである（これは、典型的には、頻拍をもたらさない）。静脈還流中のＯ２濃度を同じ状
態で保ち、Ｏ２消費を同じ状態で保つことにより、Ｏ２濃度が減少する場所は体内には存
在しない。等容性貧血中の補償は、Ｏ２検知のため生じない場合がある。
【０４６１】
したがって、急性等容性貧血で観察される血管拡張は、血管壁でのＮＯ濃度の増加に起
因し得る。ＮＯは、せん断応力及び他の要因に応答して血管拡張を媒介する。ＮＯ生成速
度が変化しないままであり、かつ分解速度と等しいままであるため、ＮＯ代謝物レベルの
変化は観察されないであろう。ＨｂがＮＯと結合するようにｍｅｔＨｂもＮＯと結合する
ため、ｍｅｔＨｂ置換ではＮＯ濃度は増加しないが、Ｈｂ撤退では増加するという理由か
ら、ｍｅｔＨｂ置換による「低酸素」補償が観察されないことを理解することができる。
【０４６２】
一酸化窒素は、多くの代謝経路に関与する。ＮＯの基礎レベルが調性抑制応答（ｔｏｎ
ａｌ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒｙ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ）をもたらし、この基礎レベルの減少が
それらの経路の脱抑制の原因となることが提案されている。Ｚａｎｚｉｎｇｅｒらは、Ｎ
Ｏが基礎交感神経緊張を抑制し、興奮性反射を減弱させることが示されていると報告して
いる（Ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ  ｏｆ  ｂａｓａｌ  ａｎｄ  ｒｅｆｌｅｘ−ｍｅｄｉａｔ
ｅｄ  ｓｙｍｐａｔｈｅｔｉｃ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ｉｎ  ｔｈｅ  ＲＶＬＭ  ｂｙ  ｎ
ｉｔｒｉｃ  ｏｘｉｄｅ．Ａｍ．Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．２６８（Ｒｅｇｕｌａｔｏｒｙ  
Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ  Ｃｏｍｐ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．３７）：Ｒ９５８−Ｒ９６２，１
９９５）。
【０４６３】
いくつかの態様では、ＮＯの体積源の１つの成分が、アンモニア酸化細菌によって外表
皮膚上に生成されたＮＯ由来の赤血球を含まない皮膚で生成された低分子量のＳ−ニトロ
ソチオールであることが理解される。これらの低分子量のＳ−ニトロソチオールは、長期
間安定しており、血漿中に拡散して自由に循環することができる。様々な酵素が様々なＳ
−ニトロソチオールからＮＯを切断して酵素部位でＮＯを遊離させることができる。皮膚
上のＡＯＢ由来のＮＯのこの体積源の損失が、正常な生理機能の崩壊の原因となる。身体
がＳ−ニトロソチオールを使用して毛細血管から離れてＮＯを発生させる利点は、Ｓ−ニ
トロソチオールからのＮＯ生成にＯ２が必要ではないことである。一酸化窒素シンターゼ
（ＮＯＳ）からのＮＯの生成は、Ｏ２を必要とする。十分なＳ−ニトロソチオールバック
グラウンドで、ＮＯは、無酸素領域でも発生することができる。ＮＯが、別の分子、例え
ば、システイン残基中のチオールまたはヘム中の鉄に結合しているときにのみ効果を発揮
し、ＮＯの影響が、遊離ＮＯの不在下でさえもトランスニトロソ化反応によって媒介され
得るため、遊離ＮＯも必要ではないが、但し、Ｓ−ニトロソチオール及びトランスニトロ
ソ化酵素が存在することを条件とする。
【０４６４】
Ｆｒａｎｋらは、正常な創傷治癒を伴う血管新生が、一部には一酸化窒素の増加によっ
て誘発されるＶＥＧＦの上昇によってもたらされることを示している（Ｎｉｔｒｉｃ  ｏ
ｘｉｄｅ  ｔｒｉｇｇｅｒｓ  ｅｎｈａｎｃｅｄ  ｉｎｄｕｃｔｉｏｎ  ｏｆ  ｖａｓｃ
ｕｌａｒ  ｅｎｄｏｔｈｅｌｉａｌ  ｇｒｏｗｔｈ  ｆａｃｔｏｒ  ｅｘｐｒｅｓｓｉｏ
ｎ  ｉｎ  ｃｕｌｔｕｒｅｄ  ｋｅｒａｔｉｎｏｃｙｔｅｓ（ＨａＣａＴ）ａｎｄ  ｄｕ
ｒｉｎｇ  ｃｕｔａｎｅｏｕｓ  ｗｏｕｎｄ  ｒｅｐａｉｒ．ＦＡＳＥＢ  Ｊ．１３，２
００２−２０１４（１９９９））。
【０４６５】
ＮＯは癌の発症に関与し、本明細書に記載の細菌が癌を治療及び予防する方法で使用さ
れ得ることを示す。ある特定の態様によると、細胞がＤＮＡのコピーを誤る危険性がより
高い場合に、低酸素中のＮＯの存在が、低酸素ストレス下にある間に細胞が分裂するのを
阻止することができることが理解される。１つの関連細胞機能は、細胞周期の制御である
。これは、いつどのように細胞がＤＮＡを複製し、それを重複染色体に組み立て、分裂す
るかを制御する調節プログラムである。細胞周期の制御は、非常に複雑であり、完全には
理解されていない。しかしながら、細胞周期は停止することができ、分裂のための条件が
改善されるまで分裂を中断する多くの点が細胞周期経路に沿って存在することが知られて
いる。ｐ５３腫瘍抑制タンパク質は、細胞周期の制御において重要なタンパク質であり、
ＤＮＡ損傷を含む様々な細胞ストレスシグナルから細胞停止及びアポトーシスの両方を開
始するよう働き、ｐ５３は、Ａｓｈｃｒｏｆｔらの“Ｓｔｒｅｓｓ  Ｓｉｇｎａｌｓ  Ｕ
ｔｉｌｉｚｅ  Ｍｕｌｔｉｐｌｅ  Ｐａｔｈｗａｙｓ  Ｔｏ  Ｓｔａｂｉｌｉｚｅ  ｐ５
３．”（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ａｎｄ  Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｍａｙ  ２
０００，ｐ．３２２４−３２３３）によって報告されるように、過半数のヒト癌で変異す
る。低酸素は、ｐ５３の蓄積を開始し、低酸素が細胞周期の制御に重要である一方で、低
酸素単独では、ｐ５３  ｍＲＮＡエフェクタータンパク質の下流発現を誘導することがで
きず、故に細胞周期の停止を引き起こすことができない。Ｇｏｄａらは、細胞停止の低酸
素誘導が低酸素誘導因子−１（ＨＩＦ−１α）を必要とすると報告している（Ｈｙｐｏｘ
ｉａ−Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  Ｆａｃｔｏｒ  １α  Ｉｓ  Ｅｓｓｅｎｔｉａｌ  ｆｏｒ  
Ｃｅｌｌ  Ｃｙｃｌｅ  Ａｒｒｅｓｔ  ｄｕｒｉｎｇ  Ｈｙｐｏｘｉａ．Ｍｏｌｅｃｕｌ
ａｒ  Ａｎｄ  Ｃｅｌｌｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊａｎ．２００３，ｐ．３５９−３
６９）。Ｂｒｉｔｔａらは、ＮＯがＨＩＦ−１αの主な刺激のうちの１つであると報告し
ている（Ａｃｃｕｍｕｌａｔｉｏｎ  ｏｆ  ＨＩＦ−１ａ  ｕｎｄｅｒ  ｔｈｅ  ｉｎｆ
ｌｕｅｎｃｅ  ｏｆ  ｎｉｔｒｉｃ  ｏｘｉｄｅ．Ｂｌｏｏｄ，１５  Ｆｅｂｒｕａｒｙ
２００１，Ｖｏｌｕｍｅ  ９７，Ｎｕｍｂｅｒ  ４）。対照的に、ＮＯは、転写活性ｐ
５３の蓄積を引き起こし、細胞周期の停止を引き起こし、アポトーシスも引き起こす。Ｗ
ａｎｇ  ｅｔ  ａｌ．，Ｐ５３  Ａｃｔｉｖａｔｉｏｎ  Ｂｙ  Ｎｉｔｒｉｃ  Ｏｘｉｄ
ｅ  Ｉｎｖｏｌｖｅｓ  Ｄｏｗｎ−Ｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ  Ｏｆ  Ｍｄｍ２．ＴＨＥ  Ｊ
ＯＵＲＮＡＬ  ＯＦ  ＢＩＯＬＯＧＩＣＡＬ  ＣＨＥＭＩＳＴＲＹ  Ｖｏｌ．２７７，Ｎ
ｏ．１８，Ｉｓｓｕｅ  Ｏｆ  Ｍａｙ  ３，Ｐｐ．１５６９７−１５７０２，２００２。
【０４６６】
本発明のある特定の態様では、毛細血管の低酸素死の原因となる毛細血管の希薄化を阻
止することによって細胞壊死を阻止することにより、自己免疫障害を予防することができ
ることが理解される。細胞が慢性低酸素に曝されると、反応性酸素種（ＲＯＳ）の生成が
増加し、細胞の代謝機構への損傷が増加し、最終的には細胞のＤＮＡへの損傷が増加する
。代謝能力の低下は、ＲＯＳ及び外因性発癌物質への曝露による損傷を修復する能力を低
下させる。時間が経つにつれて損傷が蓄積し、以下の３つの事象の可能性を高める：細胞
が癌予防遺伝子の欠失を受ける、細胞が癌性になる、細胞が壊死を経て死ぬか、または細
胞がアポトーシスを経て死ぬ。細胞が壊死またはアポトーシスのいずれかを経て死ぬと、
細胞残屑がその部位から取り除かれなければならない。死細胞は、樹枝状細胞及びマクロ
ファージ等の免疫細胞によって貪食される。これらの細胞が身体を貪食すると、それは、
様々なタンパク質分解酵素によって消化されて抗原断片になり、その後、これらの抗原は
、主要組織適合複合体（ＭＨＣ１、ＭＨＣ２）に結合し、この抗原−ＭＨＣ複合体は、細
胞の表面に移動し、そこで、様々な方法でＴ細胞と相互作用してＴ細胞を活性化する。い
ずれの細胞傷害も様々な方法で免疫系を刺激するアジュバントを放出する。一般に、壊死
を受ける細胞がアポトーシスを受ける細胞よりも免疫応答をより刺激する。したがって、
免疫細胞の死細胞及び瀕死細胞への長期曝露は、自己免疫障害の原因となる可能性が高い
。
【０４６７】
ある特定の態様では、基礎ＮＯの低さが線維性肥大の原因となることが理解される。死
細胞が取り除かれると、新しい細胞は、容易に定位置につくことができず、それを支援す
るには十分なＯ２が存在しないためである。いずれのかかる新しい細胞も同じ運命に遭う
。この空間は空のままであり得、その場合、臓器が収縮し、毛細血管が互いに近づき、新
しい細胞は、今はもう失われた細胞によって以前に生成されたＶＥＧＦを奪われており、
故に毛細血管が除去され、低酸素区域が再形成される。これは、罹患組織の全般的な収縮
をもたらし得る。線維化を支援する組織では、比較的不活性のコラーゲン線維がその空間
を充填することができる。問題となっている特定の臓器に対する身体の代謝要求が低下し
ないため、この臓器は、ここでは顕著な線維含有量を伴って、より大きく成長しようと試
みる。これは、心臓及び肝臓等の線維性肥大をもたらし得る。脳等のいくつかの臓器は、
より大きくまたはより小さく成長することができない。これは、神経と血管の三次元結合
性が重要であり、非対称的に収縮する脳に連続してかつ同時に位置付けられ得ないからで
ある。この空間を何かで充填しなければならず、β−アミロイドがその（あまり不活性で
はない）空間充填体であり得る。腎臓は、腎臓カプセルのため、より大きく成長すること
ができず、故に生きている細胞の数が少なくなり、それらは線維性組織と置き換えられる
。死細胞が取り除かれると、組織が収縮し、ＮＯ／Ｏ２比が再び低下し、毛細血管が再び
より希薄になる。これにより、末期腎疾患、うっ血性心不全／心臓肥大、原発性胆汁性肝
硬変、アルツハイマー病、アテローム性動脈硬化症、炎症性腸疾患、肥厚性瘢痕形成、及
びレイノー現象で始まり、全身性硬化症で終わる多発性結合組織病、及び毛細血管希薄化
も観察される原発性シェーグレン症候群の悪循環が設立され得る。Ｆｅｒｒｉｎｉらは、
ＮＯＳのＬ−ＮＡＭＥでの長期抑制による基礎ＮＯレベルの減少が、心臓及び腎臓の全身
性線維症の原因となることを示している（Ａｎｔｉｆｉｂｒｏｔｉｃ  Ｒｏｌｅ  ｏｆ  
Ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ  Ｎｉｔｒｉｃ  Ｏｘｉｄｅ  Ｓｙｎｔｈａｓｅ．Ｎｉｔｉｒｃ  Ｏ
ｘｉｄｅ：Ｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  Ｖｏｌ．６，Ｎｏ．３，ｐｐ
．２８３−２９４（２００２））。これは、基礎ＮＯの低さが線維性肥大の原因となるた
めであり得る。
【０４６８】
ある特定の態様では、毛細血管希薄化が対象の対象自身の食欲を制御する能力に影響を
及ぼすことが理解される。毛細血管希薄化は、高齢ヒト及び動物の脳で観察される。毛細
血管希薄化は、インスリン様成長因子−１等の循環成長因子の減少に関連する。成人脳に
おける神経新生は、血管新生と協調する。脳が多くの恒常性機能を制御するため、脳の制
御要素に対する毛細血管間の拡散長さの増加は、それらの種の不適切な血中濃度と「解釈
」され得る。脳内のグルコースの流量は、正常な代謝要求に極めて近く、ここで、グルコ
ース流量がグルコース消費よりもわずか５０〜７５％大きいのみであり、血液脳関門を横
断するグルコース輸送体は飽和可能であり、立体特異的であり、エネルギーまたはイオン
勾配から独立している。食欲制御の大部分が脳によって媒介され、毛細血管希薄化は、「
栄養素」の適切な血中濃度（または「栄養素」に比例するマーカー化合物）が不十分であ
ると解釈される原因になり得る。これは、肥満の１つの原因であり得る。
【０４６９】
ある特定の態様によると、毛細血管希薄化が非インスリン依存性糖尿病の原因であり得
ることが理解される。非インスリン依存性糖尿病（ＮＩＤＤＭ）は、メタボリックシンド
ロームまたは２型糖尿病としても知られており、インスリン耐性を特徴とする。身体のイ
ンスリンに対する感受性が低下し、インスリンレベルが増加し、ＮＩＤＤＭを有し、高血
糖、高血中トリグリセリドを有する人々は、典型的には、肥満体であり、高血圧性であり
、典型的にかなりの内臓脂肪を有する。
【０４７０】
他の症状はＮＩＤＤＭを伴い、その原因として毛細血管希薄化が指摘され得る。ＮＩＤ
ＤＭを有するか有しない肥満体（ＢＭＩ２９）及び細身（ＢＭＩ２４）（各１０名）の男
性４０名の研究では、Ｋｏｎｒａｄらは、ＮＩＤＤＭを有しない細身の男性、ＮＩＤＤＭ
を有しない肥満体の男性、ＮＩＤＤＭを有する細身の男性、ＮＩＤＤＭを有する肥満体の
男性の休息時の血中乳酸塩レベルが、それぞれ、１．７８、２．２６、２．４２、及び２
．７６（ｍＭ／Ｌ）であったと報告している（Α−Ｌｉｐｏｉｃ  ａｃｉｄ  ｔｒｅａｔ
ｍｅｎｔ  ｄｅｃｒｅａｓｅｓ  ｓｅｒｕｍ  ｌａｃｔａｔｅ  ａｎｄ  ｐｙｒｕｖａｔ
ｅ  ｃｏｎｃｅｎｔｒａｔｉｏｎｓ  ａｎｄ  ｉｍｐｒｏｖｅｓ  ｇｌｕｃｏｓｅ  ｅｆ
ｆｅｃｔｉｖｅｎｅｓｓ  ｉｎ  ｌｅａｎ  ａｎｄ  ｏｂｅｓｅ  ｐａｔｉｅｎｔｓ  ｗ
ｉｔｈ  ｔｙｐｅ  ２  ｄｉａｂｅｔｅｓ．Ｄｉａｂｅｔｅｓ  Ｃａｒｅ  ２２：２８０
−２８７，１９９９）。乳酸塩は、嫌気的解糖の尺度である。Ｏ２が酸化的リン酸化によ
ってＡＴＰを発生させるには不十分である場合、細胞は、嫌気的解糖によってＡＴＰを生
成することができる。嫌気的解糖の生成物のうちの１つが乳酸塩であり、これは、その細
胞から運び出されなければならず、さもなければｐＨが低下し、機能が損なわれる。血中
乳酸塩は、一般に、運動研究で測定され、そこで、増加は、最大酸化作業が行われ得る作
業負荷を示す。休止時の乳酸塩のより高いレベルが休止時の嫌気的解糖の増加を示し、こ
れは、毛細血管希薄化と一致する。
【０４７１】
原発性胆汁性肝硬変は、レイノー現象、掻痒、乾燥症候群、骨粗しょう症、門脈高血圧
症、神経障害、及び膵臓不全に関連し、肝臓異常は、リウマチ性疾患に関連する。肝臓酵
素の増加は、肝臓炎症の症状であり、肝臓酵素の増加は、「無症候性」原発性胆汁性肝硬
変の初期症状として観察される。したがって、本明細書に記載の細菌を使用して、肝臓炎
症を治療することができる。
【０４７２】
Ｔｏｒｒｅらは、アルツハイマー病（ＡＤ）が、一部には不十分な一酸化窒素に起因す
る、潅流低下に続発する神経学的変性を伴う微小血管障害であると報告している（Ｒｅｖ
ｉｅｗ：Ｅｖｉｄｅｎｃｅ  ｔｈａｔ  Ａｌｚｈｅｉｍｅｒ’ｓ  ｄｉｓｅａｓｅ  ｉｓ
ａ  ｍｉｃｒｏｖａｓｃｕｌａｒ  ｄｉｓｏｒｄｅｒ：ｔｈｅ  ｒｏｌｅ  ｏｆ  ｃｏ
ｎｓｔｉｔｕｔｉｖｅ  ｎｉｔｒｉｃ  ｏｘｉｄｅ，Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｒ
ｅｖｉｅｗｓ  ３４（２０００）１１９−１３６）。したがって、本明細書に記載の細菌
を使用して、ＡＤを治療することができる。
【０４７３】
高血圧に関連する健康への悪影響は、低基礎ＮＯの結果でもあり得る。血管拡張への応
答の低下は、低基礎ＮＯとも一致する。ＮＯは、ある源からセンサー部位まで拡散する拡
散可能な分子であり、この拡散可能な分子は、そのセンサー部位でシグナル伝達効果を有
する。低ＮＯレベルで、すべてのＮＯ源は、より多くのＮＯを生成して、ある特定の距離
離れてある特定の強度の同等のＮＯシグナルを発生させなければならない。ＮＯは三次元
に拡散し、その拡散範囲内の全体積は、センサー位置で適切なシグナルを送るレベルまで
引き上げられなければならない。これにより、より高いＮＯレベルがその源で、かつその
源とセンサーとの間でもたらされ得る。ある源近くのＮＯの上昇の局所的悪影響は、低す
ぎるＮＯバックグラウンドに起因し得る。このシナリオが実際に起こるといういくつかの
証拠が存在する。ラット膵島において、Ｈｅｎｎｉｎｇｓｓｏｎらは、ＮＯＳのＬ−ＮＡ
ＭＥでの抑制がｉＮＯＳの誘導により全ＮＯ生成を増加させると報告している（Ｃｈｒｏ
ｎｉｃ  ｂｌｏｃｋａｄｅ  ｏｆ  ＮＯ  ｓｙｎｔｈａｓｅ  ｐａｒａｄｏｘｉｃａｌｌ
ｙ  ｉｎｃｒｅａｓｅｓ  ｉｓｌｅｔ  ＮＯ  ｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｍｏｄｕ
ｌａｔｅｓ  ｉｓｌｅｔ  ｈｏｒｍｏｎｅ  ｒｅｌｅａｓｅ．Ａｍ  Ｊ  Ｐｈｙｓｉｏｌ
Ｅｎｄｏｃｒｉｎｏｌ  Ｍｅｔａｂ  ２７９：Ｅ９５−Ｅ１０７，２０００）。ＮＯＳ
活性を増加させることによるＮＯの増加は、ある限界までしか働かない。ＮＯＳが活性化
されるが、十分なテトラヒドロビオプテリン（ＢＨ４）またはＬ−アルギニンが供給され
ない場合、それは、「脱カップリング」するようになり、ＮＯの代わりにスーパーオキシ
ド（Ｏ２−）を発生させる。その後、このＯ２−は、ＮＯを破壊し得る。ＢＨ４またはＬ
−アルギニンの供給を超える速度でＮＯを生成する試みは、代わりに、ＮＯレベルを低下
させ得る。これにより、正のフィードバックがもたらされ得、そこで、低ＮＯレベルがＮ
ＯＳの刺激によりさらに悪化され、脱カップリングしたＮＯＳは、著しいＯ２−を発生さ
せ、これにより、アテローム性動脈硬化症、末期腎疾患、アルツハイマー病、及び糖尿病
で観察されるもの等の局所反応性酸素種（ＲＯＳ）損傷が引き起こされる。
【０４７４】
本明細書に記載の細菌を使用して、老化の兆候を遅延させることもできる。カロリー制
限は寿命を延ばし、Ｈｏｌｌｏｓｚｙは、食物摂取量を随意対照の７０％に制限すること
により、あまり動かないラットの寿命が８５８日から１，０５１日に２５％近く延長され
ると報告した（Ｍｏｒｔａｌｉｔｙ  ｒａｔｅ  ａｎｄ  ｌｏｎｇｅｖｉｔｙ  ｏｆ  ｆ
ｏｏｄ  ｒｅｓｔｒｉｃｔｅｄ  ｅｘｅｒｃｉｓｉｎｇ  ｍａｌｅ  ｒａｔｓ：ａ  ｒｅ
ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ．Ｊ．Ａｐｐｌ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．８２（２）：３９９−４０３，
１９９７）。カロリー制限と延長された寿命との間の関連は十分に確立されているが、原
因機構は確立されていない。Ｌｏｐｅｚ−Ｔｏｒｒｅｓらは、ラットにおける肝ミトコン
ドリア酵素試験が、カロリー制限に関連する複合体Ｉ活性の低下によるＨ２Ｏ２生成の低
下を示すと報告した（Ｉｎｆｌｕｅｎｃｅ  Ｏｆ  Ａｇｉｎｇ  Ａｎｄ  Ｌｏｎｇ−Ｔｅ
ｒｍ  Ｃａｌｏｒｉｃ  Ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ  Ｏｎ  Ｏｘｙｇｅｎ  Ｒａｄｉｃａｌ
Ｇｅｎｅｒａｔｉｏｎ  Ａｎｄ  Ｏｘｉｄａｔｉｖｅ  ＤＮＡ  Ｄａｍａｇｅ  Ｉｎ  
Ｒａｔ  Ｌｉｖｅｒ  Ｍｉｔｏｃｈｏｎｄｒｉａ．Ｆｒｅｅ  Ｒａｄｉｃａｌ  Ｂｉｏｌ
ｏｇｙ  ＆  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ  Ｖｏｌ．３２  Ｎｏ  ９  ｐｐ８８２−８８９９，２０
０２）。Ｈ２Ｏ２は、Ｏ２−の不均化によって生成され、これは、呼吸中にミトコンドリ
アによって生成される主要ＲＯＳである。Ｋｕｓｈａｒｅｖａら及び他の者により、主な
Ｏ２−源が、コハク酸塩減少部位である複合体ＩＩＩからの電子の逆流によってＮＡＤ／
ＮＡＤＨレドックス対を触媒する複合体Ｉであると提案されている。Ｂｅｃｋｍａｎによ
って提議された加齢のフリーラジカル説は、細胞ＤＮＡ、抗酸化剤系、及びＤＮＡ修復系
に対するフリーラジカル損傷が加齢に伴って蓄積し、非常に重要な系が修復できないほど
損傷されると死に至ることを前提とする（Ｔｈｅ  Ｆｒｅｅ  Ｒａｄｉｃａｌ  Ｔｈｅｏ
ｒｙ  ｏｆ  Ａｇｉｎｇ  Ｍａｔｕｒｅｓ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｒｅｖ．７８：５４７−５
８１，１９９８）。
【０４７５】
さらなる機構として、Ｖａｓａらにより、ＮＯがテロメラーゼを活性化して内皮細胞の
老化を遅延させると実証されている（Ｎｉｔｒｉｃ  Ｏｘｉｄｅ  Ａｃｔｉｖａｔｅｓ  
Ｔｅｌｏｍｅｒａｓｅ  ａｎｄ  Ｄｅｌａｙｓ  Ｅｎｄｏｔｈｅｌｉａｌ  Ｃｅｌｌ  Ｓ
ｅｎｅｓｃｅｎｃｅ．Ｃｉｒｃ  Ｒｅｓ．２０００；８７：５４０−５４２）。低基礎Ｎ
Ｏは、シトクロムオキシダーゼの脱抑制によって基礎代謝率を上昇させる。上昇した基礎
代謝は、細胞ターンオーバー及び成長速度も上昇させる。慢性低酸素の誘導による毛細血
管希薄化は、フリーラジカル損傷を増加させ得、細胞ターンオーバーも上昇させ得、故に
これらの両方の機構による加齢を加速させ得る。
【０４７６】
いくつかの態様では、独立栄養アンモニア酸化細菌が、アレルギー及び自己免疫障害に
対する保護態様をもたらすことができることが理解される。最も良く知られている自己免
疫疾患は、恐らく、免疫系による膵臓内のインスリン生成細胞の破壊に起因する１型糖尿
病である。再発性妊娠損失も自己免疫障害に関連し、陽性自己免疫抗体の数が再発性妊娠
損失の数と正に相関している。全身性硬化症、原発性胆汁性肝硬変、自己免疫肝炎、及び
様々なリウマチ性障害が、自己免疫障害の他の例である。ＷＯ／２００５／０３０１４７
に記載されるように、ＡＯＢの塗布がアレルギー、枯草熱を軽減することが観察された。
【０４７７】
ＡＯＢがアレルギー及び自己免疫障害にそれらの保護効果を発揮することができる１つ
の機構は、一酸化窒素の生成、主にＮＦ−КＢの調節阻害及び免疫細胞活性化の阻止及び
炎症反応の誘導による。ＮＦ−КＢは、遺伝子発現を上方制御する転写因子であり、サイ
トカイン、ケモカイン、及び様々な接着因子の放出を引き起こす遺伝子等のこれらの遺伝
子の多くは、炎症及び免疫応答に関連する。これらの様々な免疫因子は、免疫細胞のそれ
らの放出部位への移動を引き起こし、炎症応答をもたらす。構成的ＮＯ生成が、ＩКＢα
（ＮＦ−КＢの阻害剤）の分解を阻止することによりＩКＢαを安定化することによって
ＮＦ−КＢを阻害することが示されている。
【０４７８】
Ｘｕらにより、ＮＯ供与体の投与が、ラットにおける実験的アレルギー性脳脊髄炎の発
症を予防することが示されている（ＳＩＮ−１，ａ  Ｎｉｔｒｉｃ  Ｏｘｉｄｅ  Ｄｏｎ
ｏｒ，  Ａｍｅｌｉｏｒａｔｅｓ  Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ  Ａｌｌｅｒｇｉｃ  Ｅｎ
ｃｅｐｈａｌｏｍｙｅｌｉｔｉｓ  ｉｎ  Ｌｅｗｉｓ  Ｒａｔｓ  ｉｎ  ｔｈｅ  Ｉｎｃ
ｉｐｉｅｎｔ  Ｐｈａｓｅ：Ｔｈｅ  Ｉｍｐｏｒｔａｎｃｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｔｉｍｅ  
Ｗｉｎｄｏｗ．Ｔｈｅ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，２００１，１６
６：５８１０−５８１６）。この研究では、ＮＯ供与体を投与することにより、マクロフ
ァージの中枢神経系への浸潤が低減され、血中単核細胞の増殖が低減され、血中単核細胞
のアポトーシスが増加することが実証された。これらの結果はすべて、誘導された自己免
疫応答の程度及び重症度を低減することが予期される。
【０４７９】
低基礎ＮＯは、脳内の新たな結合が不十分な基礎一酸化窒素の結果として不十分に形成
される機構による自閉症の原因となり得る。理論に束縛されることを望むものではないが
、いくつかの実施形態では、神経結合の形成は、ＮＯによって調節される。これらの場合
、ＮＯ拡散範囲を低下させるいずれの条件も、結合を受け得る脳要素の体積サイズを低減
し得る。低基礎ＮＯレベル条件下で発達した脳は、ＮＯの有効範囲の低減のため、より小
さい体積要素に配置され得る。
【０４８０】
音高識別の増加、腸管の乱れ、免疫系機能障害、脳血流の低下、脳内グルコース消費の
増加、血漿乳酸塩の増加、愛着障害、及びハミング等の自閉症の人に見られるさらなる症
状は、原因として低ＮＯが指摘され得る。これらの症状は各々、低基礎ＮＯレベルに起因
し得る。
【０４８１】
Ｔａｋａｓｈｉ  Ｏｈｎｉｓｈｉらは、自閉症の人は血流の低下を示すと報告している
。Ｔａｋａｓｈｉ  Ｏｈｎｉｓｈｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ａｂｎｏｒｍａｌ  ｒｅｇｉｏｎａ
ｌ  ｃｅｒｅｂｒａｌ  ｂｌｏｏｄ  ｆｌｏｗ  ｉｎ  ｃｈｉｌｄｈｏｏｄ  ａｕｔｉｓ
ｍ．Ｂｒａｉｎ（２０００），１２３，１８３８−１８４４。Ｊ．Ｍ．Ｒｕｍｓｅｙらは
、自閉症の人はグルコース消費の増加を有すると報告している。Ｒｕｍｓｅｙ  ＪＭ，Ｄ
ｕａｒａ  Ｒ，Ｇｒａｄｙ  Ｃ，Ｒａｐｏｐｏｒｔ  ＪＬ，Ｍａｒｇｏｌｉｎ  ＲＡ，Ｒ
ａｐｏｐｏｒｔ  ＳＩ，Ｃｕｔｌｅｒ  ＮＲ．Ｂｒａｉｎ  ｍｅｔａｂｏｌｉｓｍ  ｉｎ
ａｕｔｉｓｍ．Ｒｅｓｔｉｎｇ  ｃｅｒｅｂｒａｌ  ｇｌｕｃｏｓｅ  ｕｔｉｌｉｚａ
ｔｉｏｎ  ｒａｔｅｓ  ａｓ  ｍｅａｓｕｒｅｄ  ｗｉｔｈ  ｐｏｓｉｔｒｏｎ  ｅｍｉ
ｓｓｉｏｎ  ｔｏｍｏｇｒａｐｈｙ．Ａｒｃｈ  Ｇｅｎ  Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ，１９８
５  Ｍａｙ；４２（５）：４４８−５５（要約書）。Ｄ．Ｃ．Ｃｈｕｇａｎｉは、自閉症
の人は血漿乳酸塩レベルの増加を有すると報告している。Ｃｈｕｇａｎｉ  ＤＣ，ｅｔ  
ａｌ．，Ｅｖｉｄｅｎｃｅ  ｏｆ  ａｌｔｅｒｅｄ  ｅｎｅｒｇｙ  ｍｅｔａｂｏｌｉｓ
ｍ  ｉｎ  ａｕｔｉｓｔｉｃ  ｃｈｉｌｄｒｅｎ．Ｐｒｏｇ  Ｎｅｕｒｏｐｓｙｃｈｏｐ
ｈａｒｍａｃｏｌ  Ｂｉｏｌ  Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ．１９９９  Ｍａｙ；２３（４）：
６３５−４１。これらの効果の発生は、脳の代謝負荷のいくらかが酸化的リン酸化ではな
く解糖によってもたらされ得るように、血流及びＯ２供給を低下し得る、脳内の毛細血管
希薄化の結果であり得る。
【０４８２】
Ｂ．Ａ．Ｋｌｙａｃｈｋｏらにより、一酸化窒素が、イオンチャネルのｃＧＭＰ修飾に
より過分極後にそれを増加させることによってニューロンの興奮性を高めることが実証さ
れている。Ｖｉｔａｌｙ  Ａ．Ｋｌｙａｃｈｋｏ  ｅｔ  ａｌ．，ｃＧＭＰ−ｍｅｄｉａ
ｔｅｄ  ｆａｃｉｌｉｔａｔｉｏｎ  ｉｎ  ｎｅｒｖｅ  ｔｅｒｍｉｎａｌｓ  ｂｙ  ｅ
ｎｈａｎｃｅｍｅｎｔ  ｏｆ  ｔｈｅ  ｓｐｉｋｅ  ａｆｔｅｒ  ｈｙｐｅｒｐｏｌａｒ
ｉｚａｔｉｏｎ．Ｎｅｕｒｏｎ，Ｖｏｌ．３１，１０１５−１０２５，Ｓｅｐｔｅｍｂｅ
ｒ  ２７，２００１。Ｃ．Ｓａｎｄｉｅらは、ＮＯＳの阻害が驚愕を低減することを示し
ている。Ｃａｒｍｅｎ  Ｓａｎｄｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｄｅｃｒｅａｓｅｄ  ｓｐｏｎｔａ
ｎｅｏｕｓ  ｍｏｔｏｒ  ａｃｔｉｖｉｔｙ  ａｎｄ  ｓｔａｒｔｌｅ  ｒｅｓｐｏｎｓ
ｅ  ｉｎ  ｎｉｔｒｉｃ  ｏｘｉｄｅ  ｓｙｎｔｈａｓｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ−ｔｒｅ
ａｔｅｄ  ｒａｔｓ．Ｅｕｒｏｐｅａｎ  ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ｐｈａｒｍａｃｏｌｏ
ｇｙ  ２７７（１９９５）８９−９７。注意欠陥多動性障害（ＡＤＨＤ）は、高血圧自然
発症ラット（ＳＨＲ）及びナポリ高興奮性（ＮＨＥ）ラットを使用してモデル化されてい
る。Ｒａｆｆａｅｌｅ  Ａｓｐｉｄｅらにより、これらのモデルの両方が、急性ＮＯＳ阻
害期間中に注意欠陥の増加を示すことが示されている。Ｒａｆｆａｅｌｅ  Ａｓｐｉｄｅ
ｅｔ  ａｌ．，Ｎｏｎ−ｓｅｌｅｃｔｉｖｅ  ａｔｔｅｎｔｉｏｎ  ａｎｄ  ｎｉｔｒ
ｉｃ  ｏｘｉｄｅ  ｉｎ  ｐｕｔａｔｉｖｅ  ａｎｉｍａｌ  ｍｏｄｅｌｓ  ｏｆ  ａｔ
ｔｅｎｔｉｏｎ−ｄｅｆｉｃｉｔ  ｈｙｐｅｒａｃｔｉｖｉｔｙ  ｄｉｓｏｒｄｅｒ．Ｂ
ｅｈａｖｉｏｒａｌ  Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ９５（１９９８）１２３−１３３
。したがって、本明細書の細菌をＡＤＨＤの治療に使用することができる。
【０４８３】
Ｍ．Ｒ．Ｄｚｏｌｊｉｃにより、ＮＯＳの阻害が睡眠を阻害することも示されている。
Ｍ．Ｒ．Ｄｚｏｌｊｉｃ，Ｒ．ｄｅ  Ｖｒｉｅｓ，Ｒ．ｖａｎ  Ｌｅｅｕｗｅｎ．Ｓｌｅ
ｅｐ  ａｎｄ  ｎｉｔｒｉｃ  ｏｘｉｄｅ：ｅｆｆｅｃｔｓ  ｏｆ  ７−ｎｉｔｒｏ  ｉ
ｎｄａｚｏｌｅ，ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ  ｏｆ  ｂｒａｉｎ  ｎｉｔｒｉｃ  ｏｘｉｄｅ  
ｓｙｎｔｈａｓｅ．Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ７１８（１９９６）１４５−１５０
。Ｇ．Ｚｏｃｃｏｌｉは、ＮＯＳが阻害されると、急速眼球運動及び脳循環の睡眠覚醒差
異等の睡眠中に見られる生理学的効果のうちのいくつかが変わると報告している。Ｇ．Ｚ
ｏｃｃｏｌｉ，ｅｔ  ａｌ．，Ｎｉｔｒｉｃ  ｏｘｉｄｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｉｏｎ  ａｂ
ｏｌｉｓｈｅｓ  ｓｌｅｅｐ−ｗａｋｅ  ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ  ｉｎ  ｃｅｒｅｂｒ
ａｌ  ｃｉｒｃｕｌａｔｉｏｎ．Ａｍ．Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．Ｈｅａｒｔ  Ｃｉｒｃ  Ｐ
ｈｙｓｉｏｌ  ２８０：Ｈ２５９８−２６０６，２００１。Ｌ．Ｋａｐａｓらにより、Ｎ
Ｏ供与体が非ＲＥＭ睡眠を促進するが、これらの増加がＮＯ供与体の存続よりも長く続く
と示されており、恐らくリバウンド効果であることが示唆されている。Ｌｅｖｅｎｔｅ  
Ｋａｐａｓ  ｅｔ  ａｌ．Ｎｉｔｒｉｃ  ｏｘｉｄｅ  ｄｏｎｏｒｓ  ＳＩＮ−１  ａｎ
ｄ  ＳＮＡＰ  ｐｒｏｍｏｔｅ  ｎｏｎｒａｐｉｄ−ｅｙｅ−ｍｏｖｅｍｅｎｔ  ｓｌｅ
ｅｐ  ｉｎ  ｒａｔｓ．Ｂｒａｉｎ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｂｕｌｌｉｔｉｎ，ｖｏｌ  ４
１，Ｎｏ  ５，ｐｐ．２９３−２９８，１９９６。Ｍ．Ｒｏｓａｒｉａ  ｅｔ  ａｌ．，
Ｃｅｎｔｒａｌ  ＮＯ  ｆａｃｉｌｉｔａｔｅｓ  ｂｏｔｈ  ｐｅｎｉｌｅ  ｅｒｅｃｔ
ｉｏｎ  ａｎｄ  ｙａｗｎｉｎｇ．Ｍａｒｉａ  Ｒｏｓａｒｉａ  Ｍｅｌｉｓ  ａｎｄ  
Ａｎｔｏｎｉｏ  Ａｒｇｉｏｌａｓ．Ｒｏｌｅ  ｏｆ  ｃｅｎｔｒａｌ  ｎｉｔｒｉｃ  
ｏｘｉｄｅ  ｉｎ  ｃｏｎｔｒｏｌ  ｏｆ  ｐｅｎｉｌｅ  ｅｒｅｃｔｉｏｎ  ａｎｄ  
ｙａｗｎｉｎｇ．Ｐｒｏｇ  Ｎｅｕｒｏ−Ｐｓｙｃｈｏｐｈａｒｍａｃｏｌ  ＆  Ｂｉｏ
ｌ．Ｐｈｙｃｈｉａｔ．１９９７，ｖｏｌ  ２１，ｐｐ  ８９９−９２２。Ｐ．Ｔａｎｉ
らは、不眠症がアスペルガー症候群の成人に頻繁に見られると報告している。Ｐｅｋｋａ
Ｔａｎｉ  ｅｔ  ａｌ．，Ｉｎｓｏｍｎｉａ  ｉｓ  ａ  ｆｒｅｑｕｅｎｔ  ｆｉｎｄ
ｉｎｇ  ｉｎ  ａｄｕｌｔｓ  ｗｉｔｈ  Ａｓｐｅｒｇｅｒ’ｓ  ｓｙｎｄｒｏｍｅ．Ｂ
ＭＣ  Ｐｓｙｃｈｉａｔｒｙ  ２００３，３：１２。Ｙ．Ｈｏｓｈｉｎｏは、自閉症小児
における睡眠障害も観察している。Ｈｏｓｈｉｎｏ  Ｙ，Ｗａｔａｎａｂｅ  Ｈ，Ｙａｓ
ｈｉｍａ  Ｙ，Ｋａｎｅｋｏ  Ｍ，Ｋｕｍａｓｈｉｒｏ  Ｈ．Ａｎ  ｉｎｖｅｓｔｉｇａ
ｔｉｏｎ  ｏｎ  ｓｌｅｅｐ  ｄｉｓｔｕｒｂａｎｃｅ  ｏｆ  ａｕｔｉｓｔｉｃ  ｃｈ
ｉｌｄｒｅｎ．Ｆｏｌｉａ  Ｐｓｙｃｈｉａｔｒ  Ｎｅｕｒｏｌ  Ｊｐｎ．１９８４；３
８（１）：４５−５１．（要約書）。Ｋ．Ａ．Ｓｃｈｒｅｃｋらは、睡眠障害の重症度が
自閉症症状の重症度と相関することを観察している。Ｓｃｈｒｅｃｋ  ＫＡ，ｅｔ  ａｌ
．，Ｓｌｅｅｐ  ｐｒｏｂｌｅｍｓ  ａｓ  ｐｏｓｓｉｂｌｅ  ｐｒｅｄｉｃｔｏｒｓ  
ｏｆ  ｉｎｔｅｎｓｉｆｉｅｄ  ｓｙｍｐｔｏｍｓ  ｏｆ  ａｕｔｉｓｍ．Ｒｅｓ  Ｄｅ
ｖ  Ｄｉｓａｂｉｌ．２００４Ｊａｎ−Ｆｅｂ；２５（１）：５７−６６．（要約書）。
したがって、本明細書の細菌を不眠症の治療に使用することができる。
【０４８４】
Ｗ．Ｄ．Ｒａｔｎａｓｏｏｒｉｙａらは、雄ラットにおけるＮＯＳの阻害が、性交前活
動を低下させ、性欲を低下させ、受胎能力を低下させると報告した。Ｗ．Ｄ．Ｒａｔｎａ
ｓｏｏｒｉｙａ  ｅｔ  ａｌ．，Ｒｅｄｕｃｔｉｏｎ  ｉｎ  ｌｉｂｉｄｏ  ａｎｄ  ｆ
ｅｒｔｉｌｉｔｙ  ｏｆ  ｍａｌｅ  ｒａｔｓ  ｂｙ  ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ  
ｏｆ  ｔｈｅ  ｎｉｔｒｉｃ  ｏｘｉｄｅ（ＮＯ）ｓｙｎｔｈａｓｅ  ｉｎｈｉｂｉｔｏ
ｒ  Ｎ−ｎｉｔｒｏ−Ｌ−ａｒｇｉｎｉｎｅ  ｍｅｔｈｙｌ  ｅｓｔｅｒ．Ｉｎｔｅｒｎ
ａｔｉｏｎａｌ  ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  ａｎｄｒｏｌｏｇｙ，２３：１８７−１９１（
２０００）。
【０４８５】
ＡＴＰ枯渇及び結果として生じる臓器不全を特徴とするいくつかの外見上異種の障害が
、実際には、基礎一酸化窒素の全体的な欠乏によって引き起こされるニトロペニア（ｎｉ
ｔｒｏｐｅｎｉａ）によって「引き起こされる」という可能性がある。これが心臓で生じ
た場合、結果として拡張型心筋症になる。これが脳で生じた場合、結果として白質病変、
アルツハイマー病、血管陥没、血管性認知症、パーキンソン病、及びレビー小体認知症に
なる。これが腎臓で生じた場合、結果として末期腎疾患になり、これが肝臓で生じた場合
、結果として原発性胆汁性肝硬変になる。これが筋肉で生じた場合、結果として線維筋痛
、湾岸戦争症候群、または慢性疲労症候群になる。これが腸で生じた場合、結果として虚
血性腸疾患になる。これが膵臓で生じた場合、結果として最初に２型糖尿病になり、その
後、膵臓の慢性炎症が続き、膵臓の自己免疫攻撃（または膵臓癌）が続き、１型糖尿病が
続く。これが結合組織で生じた場合、結果として全身性硬化症になる。
【０４８６】
末期腎疾患の残存腎臓モデルにおいて、腎臓の一部が除去され（外科的にまたは毒素で
のいずれかで）、それにより残り部分への代謝負荷が増加する。スーパーオキシドが発生
して、ＮＯを低減し、腎臓ミトコンドリアへのＯ２拡散を増加させる。慢性的な過負荷が
進行性腎臓毛細血管希薄化及び進行性腎不全をもたらす。急性腎不全において、人々を透
析にかけることにより、腎臓を「休ませる」ことができ、その回復を可能にする。横紋筋
融解症（ミオグロビンを血流に放出する筋肉損傷）によって誘発される急性腎不全におい
て、腎臓損傷は、虚血性損傷を特徴とする。ミオグロビンは、ヘモグロビンがＮＯを除去
するようにＮＯを除去し、腎臓で血管収縮を引き起こし、虚血につながる。ミオグロビン
は、局所ニトロペニアも誘発し、一連の事象は、さらなるＡＴＰ枯渇につながる。
【０４８７】
いくつかの態様では、低ＮＯレベルは、ミトコンドリアバイオジェネシスの低下につな
がる。低下したミトコンドリア密度で同じＡＴＰを生成することにより、Ｏ２消費の増加
、または基礎代謝速度の上昇がもたらされる。基礎代謝速度の上昇は、鎌状赤血球貧血、
うっ血性心不全、糖尿病、肝硬変、クローン病、筋萎縮性側索硬化症、肥満、末期腎疾患
、アルツハイマー病、及び慢性閉塞性肺疾患を含むいくつかの状態において観察される。
【０４８８】
いくらかのＯ２消費の増加が生産的に使用され得る一方で、これらの状態の多くにおい
て、脱カップリングタンパク質も上方制御され、代謝速度の上昇が少なくとも一部には効
率の悪さに起因することを示す。脱カップリングタンパク質が上方制御されることで知ら
れている状態としては、肥満及び糖尿病が挙げられる。
【０４８９】
より低いＯ２濃度になるまでＯ２を消費するミトコンドリアがわずかしか存在しない場
合、Ｏ２勾配を駆動力としたＯ２拡散はより高くなり、Ｏ２拡散経路の長さが増加し得、
拡張型心筋症、高血圧、２型糖尿病、及び腎性高血圧において観察される毛細血管希薄化
をもたらす。
【０４９０】
Ｃｕ２＋またはセルロプラスミン（ＣＰ）（成人血清に０．３８ｇ／Ｌで存在し、０．
３２％Ｃｕであり、かつ９４％の血清銅を含有する、この主要なＣｕを含有する血清タン
パク質）のいずれかとしての銅は、ＮＯからのＳ−ＮＯ−チオールの形成及びチオール含
有基（ＲＳＨ）を触媒する。血漿のＣｕ含有量は可変であり、感染症条件下で増加する。
Ｂｅｒｇｅｒらは、熱傷創傷浸出液のＣｕ及びＺｎ含有量が、皮膚の１／３が熱傷してい
る患者では相当量であり、７日で正常な体内Ｃｕ含有量の２０〜４０％及びＺｎ含有量の
５〜１０％を失うと報告した（Ｃｕｔａｎｅｏｕｓ  ｃｏｐｐｅｒ  ａｎｄ  ｚｉｎｃ  
ｌｏｓｓｅｓ  ｉｎ  ｂｕｒｎｓ．Ｂｕｒｎｓ．１９９２Ｏｃｔ；１８（５）：３７３−
８０）。患者の皮膚がＡＯＢによってコロニー形成された場合、ＡＯＢが必要とする尿素
、ならびにＦｅ、Ｃｕ、及びＺｎを含有する創傷浸出液は、ＮＯ及び亜硝酸塩に変換され
、代謝的に困難な創傷における供給源（Ｏ２及びＬ−アルギニン等）を消費することなく
ＮＯの局所生成をｉＮＯＳで大いに補完するであろう。創傷の表面上でのＡＯＢによるＮ
Ｏ及び亜硝酸塩の生成の高まりにより、特に、破傷風、ガス壊疽、及びボツリヌス中毒症
を引き起こすＣｌｏｓｔｒｉｄｉａ等の嫌気性細菌によって、感染が阻害されることが期
待される。
【０４９１】
本発明の実施は、別途示されない限り、当業者の能力の範囲内で、従来の免疫学法、分
子生物学法、及び組換えＤＮＡ技法を用いることができる。かかる技法は、文献で完全に
説明されている。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，ｅｔ  ａｌ．Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏ
ｎｉｎｇ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ（Ｃｕｒｒｅｎｔ  Ｅｄｉｔｉｏｎ
）、及びＣｕｒｒｅｎｔ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏ
ｇｙ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ  ａｌ．ｅｄｓ．，ｃｕｒｒｅｎｔ  ｅｄｉｔｉｏ
ｎ）を参照されたい。
【０４９２】
８．Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ由来の核酸及びタンパク質
本開示は、とりわけ、株Ｄ２３に見られるものと同一または同様のタンパク質及び核酸
（任意に、単離されたタンパク質及び核酸）を提供する。理論に束縛されることを望むも
のではないが、配列決定されたＤ２３株が、研究室内での長期培養及び選択により、天然
には存在しないタンパク質及び核酸配列を有すると考えられる。
【０４９３】
これらの核酸及びタンパク質は、多数の用途を有する。例えば、このタンパク質を使用
して、株Ｄ２３または関連株を検出する抗体または他の結合分子を発生させることができ
る。Ｄ２３が高ＮＨ４＋条件下での成長及び代謝に適応しているため、このタンパク質を
使用して、高ＮＨ４＋条件下で反応を行うこともできる。別の例として、この核酸を使用
して、上述のように抗体を発生させるか、または反応を行うためのタンパク質を生成する
ことができる。この核酸は、例えば、マイクロアレイまたは別のハイブリダイゼーション
に基づくアッセイを使用して、株Ｄ２３または関連株を検出するためにも使用され得る。
【０４９４】
株Ｄ２３のゲノムは、配列番号１として提供される。ゲノム注釈（配列番号１内の遺伝
子の位置及び配向等を含む）が補足表１として提供される。したがって、本開示は、補足
表１に列記される遺伝子と同一または同様の遺伝子及びタンパク質を提供する。
【０４９５】
したがって、本開示は、補足表１の遺伝子、ならびに前記遺伝子によってコードされる
タンパク質の配列を含む核酸（例えば、単離された核酸）を提供する。ある特定の実施形
態では、本核酸は、補足表１の遺伝子または前記遺伝子によってコードされるタンパク質
と同様（例えば、少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％
、９９％、若しくは９９．５％同一）の配列を含む。本開示は、補足表１の配列のうちの
少なくとも１、２、３、４、５、１０、１５、２０、５０、１００、２００、５００、１
，０００、１，５００、２，０００、２，５００個、若しくはすべてである核酸、または
それと同様（例えば、少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９
８％、９９％、若しくは９９．５％同一）の配列、または前記核酸によってコードされる
１つ以上のタンパク質を含む組成物も提供する。前記核酸及び前記タンパク質の断片も提
供する。
【０４９６】
本開示は、とりわけ、株Ｄ２３に存在するが株Ｃ９１には不在の１つ以上の遺伝子若し
くはタンパク質、または前記遺伝子若しくは前記タンパク質のうちの１つと同様の遺伝子
若しくはタンパク質も提供する。これらの遺伝子の例が図６〜８に提示されており、本明
細書の実施例４により詳細に記載される。これらの遺伝子及びタンパク質の例、ならびに
それと同様の遺伝子及びタンパク質の例が以下に記載される。
【０４９７】
したがって、図６に関して、本出願は、図６の配列のうちの１、２、３、４、５、１０
、１５、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、
１３０、１４０、１５０、１６０個、若しくはすべてと同一または同様（例えば、少なく
とも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、若しくは９９
．５％同一）の核酸を開示する。本出願は、図６に列記される遺伝子によってコードされ
るタンパク質のうちの１、２、３、４、５、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０
、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０個、若
しくはすべてと同一または同様（例えば、少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、
９５％、９７％、９８％、９９％、若しくは９９．５％同一）のタンパク質も開示する。
さらに、本出願は、これらの遺伝子及びタンパク質の断片、例えば、０〜２０、２０〜５
０、５０〜１００、１００〜２００、２００〜５００、５００〜１０００個、若しくは１
０００個を超えるヌクレオチドまたはアミノ酸の断片を開示する。いくつかの実施形態で
は、複数の上述の遺伝子またはタンパク質が固体支持体に付着されて、例えば、マイクロ
アレイを形成する。
【０４９８】
図７に関して、本出願は、図７の配列のうちの１、２、３、４、５、１０、１５、２０
、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４
０、１５０、１６０個、若しくはすべてと同一または同様（例えば、少なくとも７０％、
８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、若しくは９９．５％同一）
の核酸を開示する。本出願は、図７に列記される遺伝子によってコードされるタンパク質
のうちの１、２、３、４、５、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０
、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０個、若しくはすべて
と同一または同様（例えば、少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７
％、９８％、９９％、若しくは９９．５％同一）のタンパク質も開示する。さらに、本出
願は、これらの遺伝子及びタンパク質の断片、例えば、０〜２０、２０〜５０、５０〜１
００、１００〜２００、２００〜５００、５００〜１０００個、若しくは１０００個を超
えるヌクレオチドまたはアミノ酸の断片を開示する。いくつかの実施形態では、複数の上
述の遺伝子またはタンパク質が固体支持体に付着されて、例えば、マイクロアレイを形成
する。
【０４９９】
図８に関して、本出願は、図８の配列のうちの１、２、３、４、５、１０、１５、２０
、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４
０、１５０、２００個、若しくはすべてと同一または同様（例えば、少なくとも７０％、
８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、若しくは９９．５％同一）
の核酸を開示する。本出願は、図８に列記される遺伝子によってコードされるタンパク質
のうちの１、２、３、４、５、１０、１５、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０
、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、２００個、若しくはすべて
と同一または同様（例えば、少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７
％、９８％、９９％、若しくは９９．５％同一）のタンパク質も開示する。さらに、本出
願は、これらの遺伝子及びタンパク質の断片、例えば、０〜２０、２０〜５０、５０〜１
００、１００〜２００、２００〜５００、５００〜１０００個、若しくは１０００個を超
えるヌクレオチドまたはアミノ酸の断片を開示する。いくつかの実施形態では、複数の上
述の遺伝子またはタンパク質が固体支持体に付着されて、例えば、マイクロアレイを形成
する。
【０５００】
集合的に図６〜８に関して、本出願は、図６〜８の配列のうちの１、２、３、４、５、
１０、２０、４０、６０、８０、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４
００、４５０、５００個、若しくはすべてと同一または同様（例えば、少なくとも７０％
、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、若しくは９９．５％同一
）の核酸を開示する。本出願は、図６〜８に列記される遺伝子によってコードされるタン
パク質のうちの１、２、３、４、５、１０、２０、４０、６０、８０、１００、１５０、
２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、５００個、若しくはすべてと同一ま
たは同様（例えば、少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８
％、９９％、若しくは９９．５％同一）のタンパク質を開示する。さらに、本出願は、こ
れらの遺伝子及びタンパク質の断片、例えば、１〜２０、２０〜５０、５０〜１００、１
００〜２００、２００〜５００、５００〜１０００個、若しくは１０００個を超えるヌク
レオチドまたはアミノ酸の断片を開示する。いくつかの実施形態では、複数の上述の遺伝
子またはタンパク質が固体支持体に付着されて、例えば、マイクロアレイを形成する。
【０５０１】
本開示は、配列番号１の断片である核酸配列も提供する。これらの断片は、例えば、１
〜２０、２０〜５０、５０〜１００、１００〜２００、２００〜５００、５００〜１００
０、１，０００〜２，０００、２，０００〜５，０００、または１０，０００以上のヌク
レオチド長であり得る。これらの断片はまた、配列番号１またはその補体の対応する部分
と少なくとも約８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、９８％、９９％、若しくは９
９．５％同一性であり得る。これら断片は、低ストリンジェンシー、中程度のストリンジ
ェンシー、高ストリンジェンシー、若しくは非常に高いストリンジェンシー、または本明
細書に記載の他のハイブリダイゼーション条件下で、配列番号１に、またはＡＴＣＣでＡ
ＯＢ  Ｄ２３−１００と指定される２０１４年４月８日に受託番号ＰＴＡ−１２１１５７
でＡＴＣＣ特許寄託局に寄託されたＤ２３株のゲノムに、またはそれらの補体にハイブリ
ダイズする断片でもあり得る。
【０５０２】
本開示は、（アンモニア代謝に関与する遺伝子について説明する）表１に提示される核
酸配列も提供する。したがって、いくつかの態様では、本出願は、表１の遺伝子のうちの
１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５個、若しく
はすべてと同一または同様（例えば、少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５
％、９６％、９７％、９７．５％、９８％、９８．２％、９８．４％、９８．６％、９８
．８％、９９％、９９．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９
．６％、９９．７％、９９．８％、９９．９％、若しくは１００％同一）の遺伝子を開示
する。複数の実施形態では、本出願は、表１のタンパク質のうちの１、２、３、４、５、
６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５個、若しくはすべてと同一または
同様（例えば、少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、
９７．５％、９８％、９８．２％、９８．４％、９８．６％、９８．８％、９９％、９９
．１％、９９．２％、９９．３％、９９．４％、９９．５％、９９．６％、９９．７％、
９９．８％、９９．９％、若しくは１００％同一）のタンパク質を開示する。
【０５０３】
表１の核酸配列のアライメントは、Ｃ９１の相同体とＤ２３の相同体との間の同一性パ
ーセントを示す。以下の段落は、この同一性パーセントについて論じており、表１のＤ２
３遺伝子と相同性を有する様々な核酸について説明する。
【０５０４】
より具体的には、これらのａｍｏＡ１遺伝子は、約９８．８％同一（すなわち、８２１
／８３１位で）である。したがって、いくつかの実施形態では、ａｍｏＡ１核酸は、株Ｃ
９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、４、５
、６、７、８、９、１０個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態
では、ａｍｏＡ１核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの
最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチド
を含む。複数の実施形態では、ａｍｏＡ１核酸は、Ｄ２３  ａｍｏＡ１遺伝子と少なくと
も約９８．８％、９８．９％、９９．０％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９
．８％、または１００％同一の配列を含む。
【０５０５】
これらのａｍｏＡ２遺伝子は、約９８．８％同一（すなわち、８２１／８３１位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、ａｍｏＡ２核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３と
の間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９
、１０個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、ａｍｏＡ２
核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１、２、３、
４、５、６、７、８、９、１０個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実
施形態では、ａｍｏＡ２核酸は、Ｄ２３  ａｍｏＡ２遺伝子と少なくとも約９８．８％、
９８．９％、９９．０％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または１
００％同一の配列を含む。
【０５０６】
これらのａｍｏＢ１遺伝子は、約９９．１％同一（すなわち、１２５５／１２６６位で
）である。したがって、いくつかの実施形態では、ａｍｏＢ１核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２
３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８
、９、１０、１１個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、
ａｍｏＢ１核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１
、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチド
を含む。複数の実施形態では、ａｍｏＢ１核酸は、Ｄ２３  ａｍｏＢ１遺伝子と少なくと
も約９９．１％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または１００％同
一の配列を含む。
【０５０７】
これらのａｍｏＢ２遺伝子は、約９９．１％同一（すなわち、１２５４／１２６６位で
）である。したがって、いくつかの実施形態では、ａｍｏＢ２核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２
３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８
、９、１０、１１、１２個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態
では、ａｍｏＢ２核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの
最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２個、またはすべてにＤ２３
ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、ａｍｏＢ２核酸は、Ｄ２３  ａｍｏＢ２遺伝
子と少なくとも約９９．１％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、また
は１００％同一の配列を含む。
【０５０８】
これらのａｍｏＣ１遺伝子は、約９９．８％同一（すなわち、８１４／８１６位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、ａｍｏＣ１核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３と
の間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２個、またはすべてにＤ２３ヌク
レオチドを含む。複数の実施形態では、ａｍｏＣ１核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間で
この遺伝子が異なる位置のうちの最大１、２個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含
む。複数の実施形態では、ａｍｏＣ１核酸は、Ｄ２３  ａｍｏＣ１遺伝子と少なくとも約
９９．８％、９９．９％、または１００％同一の配列を含む。
【０５０９】
これらのａｍｏＣ２遺伝子は、約９９．８％同一（すなわち、８１４／８１６位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、ａｍｏＣ２核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３と
の間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２個、またはすべてにＤ２３ヌク
レオチドを含む。複数の実施形態では、ａｍｏＣ２核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間で
この遺伝子が異なる位置のうちの最大１、２個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含
む。複数の実施形態では、ａｍｏＣ２核酸は、Ｄ２３  ａｍｏＣ２遺伝子と少なくとも約
９９．８％、９９．９％、または１００％同一の配列を含む。
【０５１０】
これらのａｍｏＣ３遺伝子は、約９８．９％同一（すなわち、８１６／８２５位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、ａｍｏＣ３核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３と
の間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９
個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、ａｍｏＣ３核酸は
、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１、２、３、４、５
、６、７、８、９個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、
ａｍｏＣ３核酸は、Ｄ２３  ａｍｏＣ３遺伝子と少なくとも約９８．９％、９９．０％、
９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または１００％同一の配列を含む。
【０５１１】
これらのｈａｏ１遺伝子は、約９９．０％同一（すなわち、１６９６／１７１３位で）
である。したがって、いくつかの実施形態では、ｈａｏ１核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３と
の間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９
、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７個、またはすべてにＤ２３ヌクレオ
チドを含む。複数の実施形態では、ｈａｏ１核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺
伝子が異なる位置のうちの最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２
、１３、１４、１５、１６、１７個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の
実施形態では、ｈａｏ１核酸は、Ｄ２３  ｈａｏ１遺伝子と少なくとも約９９．０％、９
９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または１００％同一の配列を含む。
【０５１２】
これらのｈａｏ２遺伝子は、約９９．４％同一（すなわち、１７０２／１７１３位で）
である。したがって、いくつかの実施形態では、ｈａｏ２核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３と
の間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９
、１０、１１個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、ｈａ
ｏ２核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１、２、
３、４、５、６、７、８、９、１０、１１個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む
。複数の実施形態では、ｈａｏ２核酸は、Ｄ２３  ｈａｏ２遺伝子と少なくとも約９９．
４％、９９．６％、９９．８％、または１００％同一の配列を含む。
【０５１３】
これらのｈａｏ３遺伝子は、約９９．２％同一（すなわち、１７００／１７１３位で）
である。したがって、いくつかの実施形態では、ｈａｏ３核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３と
の間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９
、１０、１１、１２、１３個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形
態では、ｈａｏ３核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの
最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３個、またはすべてに
Ｄ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、ｈａｏ３核酸は、Ｄ２３  ｈａｏ３遺
伝子と少なくとも約９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または１００％
同一の配列を含む。
【０５１４】
これらのｃｙｃＡ１遺伝子は、約９８．０％同一（すなわち、６９４／７０８位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、ｃｙｃＡ１核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３と
の間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９
、１０、１１、１２、１３、１４個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の
実施形態では、ｃｙｃＡ１核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置
のうちの最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４個、
またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、ｃｙｃＡ１核酸は、Ｄ
２３  ｃｙｃＡ１遺伝子と少なくとも約９８．０％、９８．２％、９８．４％、９８．６
％、９８．８％、９９．０％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、また
は１００％同一の配列を含む。
【０５１５】
これらのｃｙｃＡ２遺伝子は、約９８．７％同一（すなわち、６９９／７０８位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、ｃｙｃＡ２核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３と
の間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９
、１０、１１個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、ｃｙ
ｃＡ２核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１、２
、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含
む。複数の実施形態では、ｃｙｃＡ２核酸は、Ｄ２３  ｃｙｃＡ２遺伝子と少なくとも約
９８．７％、９８．８％、９９．０％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８
％、または１００％同一の配列を含む。
【０５１６】
これらのｃｙｃＡ３遺伝子は、約９９．３％同一（すなわち、７０３／７０８位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、ｃｙｃＡ３核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３と
の間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、４、５個、またはすべて
にＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、ｃｙｃＡ３核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ
２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１、２、３、４、５個、またはすべて
にＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、ｃｙｃＡ３核酸は、Ｄ２３  ｃｙｃ
Ａ３遺伝子と少なくとも約９９．３％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または１
００％同一の配列を含む。
【０５１７】
これらのｃｙｃＢ１遺伝子は、約９６．７％同一（すなわち、６９６／７２０位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、ｃｙｃＢ１核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３と
の間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９
、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、
２３、２４、２５、２６個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態
では、ｃｙｃＢ１核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの
最大１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６
、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６個、またはすべてにＤ
２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、ｃｙｃＢ１核酸は、Ｄ２３  ｃｙｃＢ１
遺伝子と少なくとも約９６．７％、９６．８％、９７．０％、９７．２％、９７．４％、
９７．６％、９７．８％、９８．０％、９８．２％、９８．４％、９８．４％、９８．６
％、９８．８％、９９．０％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、また
は１００％同一の配列を含む。
【０５１８】
これらのｃｙｃＢ２遺伝子は、約９７．１％同一（すなわち、７０２／７２３位で）で
ある。したがって、いくつかの実施形態では、ｃｙｃＢ２核酸は、株Ｃ９１と株Ｄ２３と
の間でこの遺伝子が異なる位置のうちの少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９
、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１個、また
はすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、ｃｙｃＢ２核酸は、株Ｃ９
１と株Ｄ２３との間でこの遺伝子が異なる位置のうちの最大１、２、３、４、５、６、７
、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１
個、またはすべてにＤ２３ヌクレオチドを含む。複数の実施形態では、ｃｙｃＢ２核酸は
、Ｄ２３  ｃｙｃＢ２遺伝子と少なくとも約９７．１％、９７．２％、９７．４％、９７
．６％、９７．８％、９８．０％、９８．２％、９８．４％、９８．４％、９８．６％、
９８．８％、９９．０％、９９．２％、９９．４％、９９．６％、９９．８％、または１
００％同一の配列を含む。
【０５１９】
本明細書に記載のヌクレオチド配列を含むベクターが本明細書にさらに提供される。い
くつかの実施形態では、これらのベクターは、本明細書に記載のタンパク質をコードする
ヌクレオチドを含む。これらのベクターには、ウイルス、プラスミド、コスミド、ラムダ
ファージ、または酵母人工染色体（ＹＡＣ）が挙げられるが、これらに限定されない。か
かるベクターは、プロモーター、イントロンを有するか有しないオープンリーディングフ
レーム、及び終結シグナルを含み得る。
【０５２０】
本開示は、本明細書に記載の核酸、または本明細書に記載のタンパク質をコードする核
酸を含む宿主細胞も提供する。
【０５２１】
ある特定の実施形態では、これらの宿主細胞は、発現カセットを使用して遺伝子操作さ
れる。「発現カセット」という語句は、ヌクレオチド配列を指し、これらは、かかる配列
と互換性がある宿主における遺伝子の発現に影響を及ぼすことができる。かかるカセット
は、プロモーター、イントロンを有するか有しないオープンリーディングフレーム、及び
終結シグナルを含み得る。発現をもたらすのに必要な、またはその助けとなるさらなる因
子、例えば、誘導プロモーター等も使用され得る。
【０５２２】
本開示は、本明細書に記載のベクターを含む宿主細胞も提供する。
【０５２３】
この細胞は、真核細胞、細菌細胞、昆虫細胞、またはヒト細胞であり得るが、これらに
限定されない。この細胞が細菌細胞である場合、それは、例えば、Ｅ．ｃｏｌｉ、または
アンモニア酸化細菌、例えば、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ（例えば、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈ
ａまたはＮ．ｅｕｒｏｐａｅａ）、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｏｃｃｕｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｓｐｉ
ｒａ、Ｎｉｔｒｏｓｏｃｙｓｔｉｓ、Ｎｉｔｒｏｓｏｌｏｂｕｓ、及びＮｉｔｒｏｓｏｖ
ｉｂｒｉｏであり得る。
【０５２４】
９．皮膚マイクロバイオームのアンモニア酸化細菌での調整
本開示は、皮膚マイクロバイオーム、例えば、ヒト皮膚マイクロバイオームを変化させ
るためのシステム及び方法を提供する。これらのシステム及び方法は、感染または状態、
例えば、皮膚に関連している感染または状態、例えば、皮膚感染及び／または皮膚状態の
治療を提供し得る。
【０５２５】
Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ属のアンモニア酸化細菌（ＡＯＢ）は、エネルギー源として
アンモニアのみから亜硝酸塩及び一酸化窒素を発生させる特有の能力を有するグラム陰性
の偏性独立栄養細菌である。それらは、土壌環境及び水環境の両方に広範に存在し、環境
硝化プロセスの必須成分である。血管拡張、皮膚炎症、及び創傷治癒等のいくつかの生理
学的機能の重要な成分としてのヒト皮膚上での亜硝酸塩及び一酸化窒素の役割のため、こ
れらの細菌は、健康な皮膚状態及び免疫病理学的皮膚状態の両方に有益な特性を有し得る
。これらの細菌は、成長が遅く、有機炭素源では成長することができず、石鹸及び抗生物
質に感受性であり得、かつ動物またはヒトにおけるいずれの疾患または感染症にも関連し
ていないという理由から、ヒトにおける使用に安全であり得る。
【０５２６】
対象、例えば、ヒト対象へのアンモニア酸化細菌の局所塗布は、皮膚マイクロバイオー
ムの予期せぬ変化をもたらし得、より具体的には、正常な共生非病原性種の割合の増加、
及び潜在的病原性生物、病原性生物、または疾患を引き起こす生物の割合の低減をもたら
し得る。
【実施例】
【０５２７】
実施例１．Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａの初期培養
様々なアンモニア酸化細菌が豊富な土壌由来の培養物を、ＷＯ／２００３／０５７３８
０に記載されるように、成人男性対象の皮膚に塗布した。ヒト身体での成長期間を、ヒト
皮膚に長期間コロニー形成する能力を有する株のために選択した。数ヶ月後、この株をそ
の個人の皮膚から再単離し、次の実施例に記載されるように、研究室条件下で持続期間培
養した。理論に束縛されることを望むものではないが、新たな突然変異のために選択され
た持続した研究室培養が、株特性を改善する、例えば、高アンモニア条件に対する耐性を
改善すると考えられる。
【０５２８】
実施例２．Ｄ２３またはＤ２３を含む株の混合物の成長及び監視
培養条件
Ｄ２３をバッチ内で、またはバイオリアクタ内での連続栽培により成長させることがで
きる。バッチ調製には表３の培地を使用する。
【表３】
2020156510.tif 000009
【０５２９】
表３の培地に約１５ｍｌの３日齢のＤ２３培養物（すなわち、１％体積）を接種する。
この培養物を２００ｒｐｍで振盪することにより、３０℃の暗所でインキュベートする。
【０５３０】
多くの場合、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３混合培養物は、完全Ｎ．ｅｕｒｏｐａｅａ
培地で成長する。この培養培地は以下で説明され、アンモニア酸化細菌の培養に関するさ
らなる詳細は、ワールドワイドウェブのｎｉｔｒｉｆｉｃａｔｉｏｎｎｅｔｗｏｒｋ．ｏ
ｒｇ／Ｎｅｒｅｃｉｐｅ．ｐｈｐ、Ｅｎｓｉｇｎ  ｅｔ  ａｌ．，１９９３、及びＳｔｅ
ｉｎ  ＆  Ａｒｐ、１９９８で入手可能である。
【０５３１】
ステップ１．
９００ｍｌの脱イオン水を２リットルの三角フラスコに添加する。
以下の順に添加する：
３．３ｇの（ＮＨ４）２ＳＯ４（５０ｍＭ）
０．４１ｇのＫＨ２ＰＯ４
０．７５ｍｌの１Ｍ  ＭｇＳＯ４ストック溶液
０．２ｍｌの１Ｍ  ＣａＣｌ２ストック溶液
０．３３ｍｌの３０ｍＭ  ＦｅＳＯ４／５０ｍＭ  ＥＤＴＡストｌック溶液
０．０１ｍｌの５０ｍＭ  ＣｕＳＯ４ストック溶液
この溶液をオートクレーブで滅菌する。
【０５３２】
ステップ２．
４００ｍｌの脱イオン水をビーカーに添加する。以下のものを添加する：
２７．２２ｇのＫＨ２ＰＯ４
２．４ｇのＮａＨ２ＰＯ４
１０Ｎ  ＮａＯＨでｐＨを８．０に調整し、脱イオン水で最終体積を５００ｍｌにする。
２５０〜５００ｍｌの三角フラスコ中で、この溶液の１００ｍｌ画分をオートクレーブ
で滅菌する。
【０５３３】
ステップ３
５００ｍｌの５％（ｗ／ｖ）Ｎａ２ＣＯ３（無水）の調製
この溶液をオートクレーブで滅菌する。
【０５３４】
ステップ４
ステップ２で調製した溶液の１×１００ｍｌ一定分量をステップ１で調製したフラスコ
に添加する。
【０５３５】
ステップ５
ステップ３で調製した溶液の８ｍｌをステップ１で調製したフラスコに添加する。
【０５３６】
Ｄ２３をバイオリアクタ内で連続培養することもできる。表４は、適切な培地について
説明する。
【表４】
2020156510.tif 000010
【０５３７】
バイオリアクタ容器内のこのバッチ培地に、約１０ｍｌの３日齢のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈ
ａ  Ｄ２３培養物（すなわち、１％体積）を接種する。７．５％  Ｎａ２ＣＯ３を使用し
てｐＨを７．６に調整する。以下のパラメータで、このバイオリアクタをバッチモードで
作動させる：ｐＨ：７．６（下限値：７．４５、上限値：７．８）、温度：２８℃（下限
値：２５℃、上限値：３２℃）、ＤＯ（溶解酸素）：４５％（下限値：１０％、上限値：
１００％）、撹拌器：５５０ｒｐｍ。
【０５３８】
バイオリアクタ内のこの培養物のＯＤ６００ｎｍは、３〜４日で０．１５〜０．１８に
到達する。この時点で、この培養物は、ＡＯＢ成長培地中に存在する５０ｍＭのＮＨ４＋
のうちのほとんどを消費しており、使用者は、バイオリアクタに供給溶液を０．５９ｍｌ
／分（約１０％）で供給し始めなければならない。流出ポンプも０．５９ｍｌ／分（約１
０％）でオンにしなければならない。バイオリアクタのＯＤ６００ｎｍは、１〜２日の連
続培養で０．５〜０．６に到達する。ＬＢプレート上に１ｍｌのバイオリアクタ流出物を
プレーティングすることにより、バイオリアクタ内のこの培養物を従属栄養汚染物質につ
いて試験する。
【０５３９】
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３の成長監視
この培養物のＯＤ６００ｎｍを測定することにより、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３細
胞の成長を監視する。ＯＤ６００ｎｍで測定されるバッチ培養物の典型的な成長は、０．
０６〜０．０８である。
【０５４０】
ＡＯＢ成長培地は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３によってＮＯ２−に化学量論的に変
換されるＮＨ４＋を含有する。Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａの成長を監視する別の方法は、成長
培地における亜硝酸塩（ＮＯ２−）の放出の追跡である。ＮＯ２−濃度を、Ｇｒｉｅｓｓ
試薬、スルファニルアミド、及びＮ−ナフチルエチレンジアミン（別名、ＮＮＥＱ）で決
定する。手短に言えば、スルファニルアミド及びＮＮＥＱを、試料及び既知の濃度の標準
曲線を構成する亜硝酸ナトリウムに添加する。試料を暗所で３０分間インキュベートする
。吸収度を５４０ｎｍで読み取る。
【０５４１】
亜硝酸塩生成を追跡する別の方法は、分光光度計を使用した３５２ｎｍと４００ｎｍと
の間の光学密度（ＯＤ）差の監視である。０．０２２５ｍＭ−１のミリモル吸光係数を使
用して亜硝酸塩濃度を決定する。これらの細胞を有する培地をサンプリングすることによ
り、このアッセイを直接行うことができる。
ＮＯ２−濃度（ｍＭ）＝（ＯＤ３５２−ＯＤ４００）／０．０２２５
【０５４２】
光学密度６００ｎｍ（ＯＤ６００ｎｍ）を測定し、亜硝酸塩（ＮＯ２−）を測定するこ
とにより、Ｄ２３を含む混合培養物の成長を監視し、成長速度を図１及び２に示す。図１
は、６００ｎｍの波長での光学密度が３〜４日後に０．１をわずかに下回って横這いにな
ることを示す。図２Ａは、生成された亜硝酸塩の量が３〜４日後に２５ｍＭをわずかに下
回って横這いになることを示す。この培養物中のＮＯ２−濃度を、Ｇｒｉｅｓｓ試薬を用
いた比色分析で決定し（Ｈａｇｅｍａｎ  ＆  Ｈｕｃｋｌｅｓｂｙ，１９７１）、ＮＯ２
−の蓄積が成長中の細胞質量の増加と常に比例するという理由から、成長速度及び成長期
の第２の指標として使用する。
【０５４３】
図２Ｂ−Ｉでは、連続培養物から採取された増加する密度のＤ２３を５０ｍＭのＮＨ４
＋を補充した培地中に懸濁し、３０℃で４８時間振盪して成長させた。示された時点でＧ
ｒｉｅｓｓアッセイを使用して上清試料における亜硝酸塩生成を測定した。示される結果
は、３つの独立した実験の平均値±標準偏差である。
【０５４４】
図２Ｂ−ＩＩでは、生体外でのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３による亜硝酸塩生成を示
す。増加した密度のＤ２３を５０ｍＭのＮＨ４＋を補充した鉱物塩培地中に懸濁し、３０
℃で２４時間振盪して成長させた。示された時点でＧｒｉｅｓｓアッセイを使用して上清
試料における亜硝酸塩生成を測定した。
【０５４５】
貯蔵条件
連続培養系から得られたＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ懸濁液は、バッチ成長条件下での継代培
養の際に発生した高度に一貫した亜硝酸塩濃度によって示されるように、４℃での数ヶ月
間の貯蔵時に顕著な安定性を示した。Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａの貯蔵及び回復についてのプ
ロトコルを以下に提示する。
【０５４６】
対数後期（ＯＤ６００＝連続培養で０．５〜０．６）まで成長した５００ｍｌのＮ．ｅ
ｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３培養物を得る。２０℃で１５分間遠心分離（１０，０００×ｇ）
する。上清を除去し、５０ｍｌのＡＯＢ貯蔵緩衝液中にペレットを再懸濁する。上述のよ
うに回転させる。上清を除去し、合計５０ｍｌの貯蔵緩衝液中に完全に再懸濁する。これ
が１０倍ＡＯＢストックである。５０ｍｌのポリプロピレン管内に４℃で直立させて保管
する。
【０５４７】
ＡＯＢ貯蔵緩衝液（４℃でＡＯＢを貯蔵するためのもの）：５０ｍＭ  Ｎａ２ＨＰＯ４
−２ｍＭ  ＭｇＣｌ２（ｐＨ７．６）を以下の通りに作製することができる。
１リットル中ｄｄＨ２Ｏ：Ｎａ２ＨＰＯ４−７．０９８ｇ
ＭｇＣｌ２−０．１９０４ｇ
ｐＨを７．６に調整する。濾過滅菌する。
【０５４８】
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを以下の通りに凍結保存することができる。１．２５ｍｌのＮ．
ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３の中間対数培養物を２ｍｌのクライオチューブ及び０．７５ｍ
ｌの滅菌８０％グリセロールに移す。この管を穏やかに振盪し、室温で１５分間インキュ
ベートして、細胞による凍結保護剤の取り込みを可能にする。その後、この管を凍結及び
貯蔵するために−８０℃の冷凍庫に直接入れる。培養物を蘇生させるために、冷凍ストッ
クを氷上で１０〜２０分間解凍する。４℃で３分間遠心分離（８，０００×ｇ）する。上
清を捨て、それを２ｍｌのＡＯＢ培地中に懸濁することによりペレットを洗浄し、その後
、４℃で３分間さらに遠心分離（８，０００×ｇ）して、その後の成長実験における凍結
保護剤の潜在的毒性を低減させる。上清を捨て、２ｍｌのＡＯＢ培地中にペレットを再懸
濁し、５０ｍＭのＮＨ４＋を含有する５０ｍｌのＡＯＢ培地に接種し、２００ｒｐｍで振
盪することにより３０℃の暗所でインキュベートする。
【０５４９】
図２Ｃでは、４℃での貯蔵時の安定性を研究した。連続培養物から以前に採取され、か
つ４℃で貯蔵されたＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３を、５０ｍＭのＮＨ４＋を補充した鉱
物塩培地に１０９ＣＦＵ／ｍｌで接種し、３０℃で振盪して成長させた。インキュベーシ
ョン後２４時間及び４８時間時点の亜硝酸塩生成（それぞれ、左のパネル及び右のパネル
）を決定した。示されるデータは、６ヶ月にわたって繰り返しサンプリングされたＤ２３
懸濁液を表す。
【０５５０】
実施例３．純粋Ｄ２３培養物の作製
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３を純培養物中で単離するために、（以下に記載される）
４種類の培地を作製し、オートクレーブし、プレートに注いだ。滅菌ナイロン膜をプレー
ト上に置いた。
Ｎ．ｅｕｒｏｐａｅａ培地＋１．２％Ｒ２Ａ寒天
Ｎ．ｅｕｒｏｐａｅａ培地＋１．２％寒天
Ｎ．ｅｕｒｏｐａｅａ培地＋１．２％アガロース
Ｎ．ｅｕｒｏｐａｅａ培地＋１．２％アガロース＋０．３ｇ／Ｌピルビン酸塩
【０５５１】
３日齢のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３培養物をナイロン膜上で画線し、これらのプレ
ートを３０℃でインキュベートした。これらのプレートを、赤色のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
細胞の成長について毎日監視した。ナイロン膜を週１回新しいプレートに移した。
【０５５２】
赤みがかった色のコロニーが、１週目の終わりまでにＲ２Ａ寒天または寒天を有するプ
レート上に出現した。Ｒ２Ａ寒天を有するプレートから単一コロニーを取り出し、Ｎ．ｅ
ｕｒｏｐａｅａ培地で成長させた。この培養物は、６日で０．０８のＯＤ６００ｎｍに良
好に成長した。この培養物をＬＢ−寒天プレートにプレーティングしたときに、従属栄養
コロニーが出現した。
【０５５３】
赤みがかった色のコロニーがＲ２Ａ寒天、寒天、アガロース、またはアガロース＋ピル
ビン酸塩を有するプレート上に２週目の終わりまでに出現した。寒天またはアガロースを
有するプレートから単一コロニーを取り出し、Ｎ．ｅｕｒｏｐａｅａ培地中で成長させた
。この培養物は、６〜８日で０．０８のＯＤ６００ｎｍに良好に成長した。この培養物を
ＬＢ−寒天プレートにプレーティングしたときに、従属栄養コロニーが出現した。
【０５５４】
鮮やかに赤みがかった色のコロニーが、Ｒ２Ａ寒天、寒天、アガロース、またはアガロ
ース＋ピルビン酸塩を有するプレート上に４週目の終わりまでに出現した。アガロースを
有するプレートから単一コロニーを取り出し、Ｎ．ｅｕｒｏｐａｅａ培地で成長させた。
この培養物は、６〜８日で０．０８のＯＤ６００ｎｍに良好に成長した。この培養物をＬ
Ｂ−寒天プレートにプレーティングしたときに、白色のコロニーが出現した。
【０５５５】
１６Ｓ  ｒＲＮＡを培養し、それをＰＣＲで増幅し、かつＰＣＲ産物を配列決定するこ
とにより、汚染細菌（例えば、混合培養物中に存在する非Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ細菌）を
特定した。Ｍｉｃｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ種及びＡｌｃａｌｉｇｅｎａｃｅａｅ細菌を汚
染物質と見なした。
【０５５６】
Ｄ２３の純粋培養物（すなわち、汚染細菌を含まないもの）を作製するために、連続希
釈法を使用した。８個の単一コロニー（Ａ〜Ｈと指定される）を取り出し、各々Ｎ．ｅｕ
ｒｏｐａｅ培地の１０ｍｌの培養物に入れた。培養物毎に、５つの１：１０連続希釈物を
作製した。培養物Ａ〜Ｈ毎に、最も高濃度の２つまたは３つの希釈物での成長を観察した
。
【０５５７】
２回目の連続希釈を行った。５０ｍｌの培地におよそ２×１０８のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈ
ａ細胞を接種し、５回目の希釈後にフラスコがおよそ１つの細胞を有することが予期され
るように、１：５０連続希釈物を作製した。細菌成長を呈したフラスコをＬＢ−寒天にプ
レーティングして、汚染細菌についてアッセイし、汚染細菌は観察されなかった。加えて
、グラム陽性汚染細胞も顕微鏡下で観察されなかった。
【０５５８】
したがって、この連続希釈プロセスにより、純粋または実質的に純粋なＮ．ｅｕｔｒｏ
ｐｈａ培養物が得られた。
【０５５９】
実施例４．Ｄ２３ゲノムの配列決定
株Ｄ２３を実施例１に記載のように得て、実施例３に記載のように純粋なものにした。
【０５６０】
１０ｍｌの一定分量の細菌試料を実施例２に記載のようにおよそ１ＬのＮ．ｅｕｒｏｐ
ａｅａ成長培地に接種した。この培養物は、バッチ培養で、３日で０．０８の光学密度（
６００ｎｍ）に良好に成長した。
【０５６１】
Ｉｌｌｕｍｉｎａ（登録商標）技術及び／またはＳＭＲＴ（登録商標）ＤＮＡ配列決定
システム技術（Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）を使用して、この培養物の全
ＤＮＡを調製及び配列決定した。この株をＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ  ｅｕｔｒｏｐｈａ
と特定し、Ｄ２３と指定した。
【０５６２】
Ｄ２３のゲノム配列をＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｃ９１のゲノム配列と比較し、これは、
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａの唯一の他の配列決定された株であると考えられる。
【０５６３】
Ｄ２３染色体は２，５３７，５７２塩基対長であり、これは、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株
Ｃ９１染色体の２，６６１，０５７塩基対染色体よりも短い。１６Ｓ−２３Ｓオペロンに
基づいて、株Ｄ２３は、Ｃ９１と９９．４６％の同一性を有し、Ｎ．ｅｕｒｏｐａｅａと
９５．３８％の同一性を有する。Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３のＤＮＡ配列決定は、こ
の株がプラスミドを欠くことを示した。これは、２つのプラスミドを有する株Ｃ９１の配
列とは対照的である。
【０５６４】
タンパク質コード領域及びＲＮＡコード配列を配列分析によって特定した。補足表１は
、Ｄ２３ゲノム（配列番号１）における２，７７７個の遺伝子の位置を列記する注釈表で
ある。
【０５６５】
個別の遺伝子レベルでは、Ｃ９１には不在のいくつかの遺伝子が、Ｄ２３に存在する。
これらの遺伝子を図６〜８に要約する。図６は、配列分析に基づく割り当てられたＯＲＦ
数及び機能を有する一意のＤ２３遺伝子、または２００塩基対長を超える仮定的遺伝子を
示す表である。このカテゴリーには１６２個の遺伝子が存在する。図７は、割り当てられ
たＯＲＦ数を有する２００塩基対長未満の一意のＤ２３遺伝子を示す表である。これらの
遺伝子は１６４個存在する。図８は、割り当てられたＯＲＦ数を有しない一意のＤ２３遺
伝子を示す表である。これらの遺伝子は２１９個存在する（そのうちの１８０個は２００
ｂｐ長未満である）。
【０５６６】
株Ｄ２３も、株Ｃ９１に存在するいくつかの遺伝子を欠く（または密接な相同体を欠く
）。これらの遺伝子は、一意のＣ９１遺伝子と称されることもある。これらの遺伝子とし
ては、図９に列記される約３００個の遺伝子が挙げられる。
【０５６７】
Ｄ２３は、Ｃ９１のそれらの相同体とは異なるいくつかのアンモニア代謝遺伝子を含む
。これらの遺伝子のうちのある特定のものを、発明を実施するための形態の表１に列挙す
る。Ｄ２３タンパク質と株Ｃ９１のそれらの相同体との間で配列アライメントを行った。
配列アライメントを図１０〜１６に示し、これらの２つの株間の配列差異を、発明を実施
するための形態の表２に示す。
【０５６８】
配列比較は、各タンパク質のＣ９１とＤ２３相同体との間の配列同一性パーセントを明
らかにした。より具体的には、図１０は、株Ｃ９１及び株Ｄ２３のＡｍｏＡ１とＡｍｏＡ
２との間のアライメントである。各タンパク質が２７３／２７６残基で同一であり、各々
、これらの株間で約９８．９％同一である。図１１は、株Ｃ９１及び株Ｄ２３のＡｍｏＢ
１とＡｍｏＢ２との間のアライメントである。両タンパク質は４１９／４２１位で同一で
あり、これらの株間で約９９．５％同一である。図１２は、株Ｃ９１及び株Ｄ２３のＡｍ
ｏＣ１とＡｍｏＣ２との間のアライメントである。両タンパク質は、全体を通して同一で
ある。図１３は、株Ｃ９１及び株Ｄ２３のＡｍｏＣ３間のアライメントである。このタン
パク質は２７２／２７４位で同一であり、これらの株間で約９９．３％同一である。
【０５６９】
Ｈａｏタンパク質について、図１４（Ａ及びＢ）は、株Ｃ９１及び株Ｄ２３のＨａｏ１
とＨａｏ２とＨａｏ３との間のアライメントである。Ｈａｏ１は５６７／５７０位で同一
であり、各々、これらの株間で約９９．５％同一である。Ｈａｏ２及びＨａｏ３は各々５
６８／５７０位で同一であり、これらの株間で約９９．６％同一である。
【０５７０】
次にシトクロムｃ５５４タンパク質を参照すると、図１５は、株Ｃ９１及び株Ｄ２３の
ＣｙｃＡ１とＣｙｃＡ２とＣｙｃＡ３との間のアライメントである。ＣｙｃＡ１は２３３
／２３５位で同一であり、これらの株間で約９９．１％同一である。ＣｙｃＡ２及びＣｙ
ｃＡ３は各々２３４／２３５位で同一であり、各々、これらの株間で約９９．６％同一で
ある。
【０５７１】
シトクロムｃＭ５５２タンパク質について、図１６は、株Ｃ９１及び株Ｄ２３のＣｙｃ
Ｂ１とＣｙｃＢ２との間のアライメントである。ＣｙｃＢ１は２３２／２３９位で同一で
あり、これらの株間で約９７．１％同一である。ＣｙｃＢ２は２３６／２３９位で同一で
あり、これらの株間で約９８．７％同一である。ここで、このタンパク質の長さが株Ｄ２
３の長さであるという理由により、このタンパク質の長さを２３９個のアミノ酸であると
見なす。
【０５７２】
表１の核酸配列のアライメントは、Ｃ９１の相同体とＤ２３の相同体との間の同一性パ
ーセントを示す。ａｍｏＡ１遺伝子は、約９８．８％同一であり（すなわち、８２１／８
３１位で）、ａｍｏＡ２遺伝子は、約９８．８％同一であり（すなわち、８２１／８３１
位で）、ａｍｏＢ１遺伝子は、約９９．１％同一であり（すなわち、１２５５／１２６６
位で）、ａｍｏＢ２遺伝子は、約９９．１％同一であり（すなわち、１２５４／１２６６
位で）、ａｍｏＣ１遺伝子は、約９９．８％同一であり（すなわち、８１４／８１６位で
）、ａｍｏＣ２遺伝子は、約９９．８％同一であり（すなわち、８１４／８１６位で）、
ａｍｏＣ３遺伝子は、約９８．９％同一である（すなわち、８１６／８２５位で）。ｈａ
ｏ１遺伝子は、約９９．０％同一であり（すなわち、１６９６／１７１３位で）、ｈａｏ
２遺伝子は、約９９．４％同一であり（すなわち、１７０２／１７１３位で）、ｈａｏ３
遺伝子は、約９９．２％同一である（すなわち、１７００／１７１３位で）。シトクロム
ｃ５５４遺伝子のうち、ｃｙｃＡ１遺伝子は、約９８．０％同一であり（すなわち、６９
４／７０８位で）、ｃｙｃＡ２遺伝子は、約９８．７％同一であり（すなわち、６９９／
７０８位で）、ｃｙｃＡ３遺伝子は、約９９．３％同一である（すなわち、７０３／７０
８位で）。シトクロムｃＭ５５２遺伝子のうち、ｃｙｃＢ１遺伝子は、約９６．７％同一
であり（すなわち、６９６／７２０位で）、ｃｙｃＢ２遺伝子は、約９７．１％同一であ
る（すなわち、７０２／７２３位で）。
【０５７３】
実施例５．競合成長研究
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３が、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（
Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａまたはＰＡ）、Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ
（Ｓ．ａｕｒｅｕｓまたはＳＡ）、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ（Ｓ
．ｐｙｏｇｅｎｅｓまたはＳＰ）、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉ（
Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉまたはＡＢ）、及びＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃ
ｎｅｓ等の望ましくない細菌の成長を阻害することができるかを決定するようにある研究
を設計した。これらのすべては、感染皮膚部位若しくは創傷部位のうちの一方またはそれ
らの両方から頻繁に単離される重要な病原性作用物質である。このプロトコルを使用して
、望ましくない細菌の成長を阻害する能力について他のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株を試験す
ることもできる。
【０５７４】
手短に言えば、好適なプロトコルは、以下のステップを含み得る。ｔ＝０で、培養物に
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを接種し、その後、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを２４時間インキュベー
トする。培養物特性（例えば、ｐＨ及び亜硝酸塩レベル）をアッセイする。ｔ＝２４時間
時点で、望ましくない細菌をこの培養物に添加する。添加直後に試料を得て、望ましくな
い細菌のＣＦＵ／ｍｌ、ならびに任意にＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａのＣＦＵ／ｍｌ、ｐＨ、及
び亜硝酸塩レベルを決定する。インキュベーションをさらに２４時間継続させる。その後
の時点、例えば、ｔ＝３０及びｔ＝４８で、ｔ＝２４時点と同じ測定をとることができる
。ＣＦＵ／ｍｌを決定するために、純／−１／−２／−３／−４／−５（またはより高い
もの）をプレーティングして、正確な数を得ることができる。
【０５７５】
より詳細なプロトコルを以下に提示する。
【０５７６】
１日目
１．  均質な懸濁液が得られるまで、４℃で保管された１０倍ＡＯＢストック懸濁液を数
回反転させて混合する。
２．  この懸濁液の１０ｍｌを８個の１．５ｍｌのポリプロピレン管に分取する。
３．  室温で３分間遠心分離（１７，０００×ｇ）する。
４．  上清及びいかなる残留緩衝液も各ペレットから除去し、すべてのペレットを５０ｍ
ｌポリプロピレン管内の合計１０ｍｌの完全ＡＯＢ培地中に完全に再懸濁する。
５．  ５ｍｌの１０倍ＡＯＢ懸濁液を２個の５０ｍｌポリプロピレン管（管１〜２）にピ
ペットで入れる。
６．  完全ＡＯＢ培地／０．５×リン酸緩衝液中の１０倍ＡＯＢ懸濁液を含有する５個の
さらなる管（管４〜８）を調製する。この１０倍ＡＯＢストック懸濁液の２６ｍｌを１６
個の１．５ｍｌポリプロピレン管に分取する。上述のようにペレットを得て、５０ｍｌポ
リプロピレン管内の合計２６ｍｌの完全ＡＯＢ培地／０．５×リン酸緩衝液中に再懸濁する。
７．  この１０倍ＡＯＢ懸濁液の５ｍｌを５個の５０ｍｌポリプロピレン管（管４〜８）
の各々にピペットで入れる。
８．  完全ＡＯＢ培地（管３）または完全ＡＯＢ培地／０．５×リン酸緩衝液（管９）の
いずれか中の熱死滅した１０倍ＡＯＢ懸濁液を有する２つの管も調製する。４℃で保管さ
れたこの熱死滅した懸濁液の１０ｍｌを８個の１．５ｍｌポリプロピレン管に分取する。
生きているＡＯＢについて上述のように、室温で３分間遠心分離（１７，０００×ｇ）し
、上清を除去する。４つのペレットを１個の５０ｍｌポリプロピレン管（管３）中の合計
５ｍｌの完全ＡＯＢ培地中に再懸濁し、残りの４つのペレットを第２の５０ｍｌポリプロ
ピレン管（管９）中の合計５ｍｌの完全ＡＯＢ培地／０．５×リン酸緩衝液中に再懸濁する。
９．  １４１μｌの１Ｍ硫酸アンモニウムを添加して、２５ｍＭの最終濃度を得る（管１
、３、４、５、９）。等体積のｄＨ２Ｏを対応する対照管（管２、６、７）に添加する。
１０．  １４１μｌの新鮮な１Ｍ  ＮａＮＯ２を管８に添加する。
１１．  すべての管を穏やかに完全に旋回させて混合する。
１２．  各懸濁液の混合直後、各管から０．５ｍｌを取り出し、すべての試料を室温で３
分間遠心分離（１７，０００×ｇ）する。ステップ１３を完了した後に上清を新鮮な管に
移し、Ｇｒｉｅｓｓ試薬を使用してｐＨ及び亜硝酸塩レベルの両方を測定して、Ｔ０値を
得る。
１３．  すべての５０ｍｌ管をオービタルシェーカー上で、１５０ｒｐｍ（立位）で２４
時間混合しながら３０℃でインキュベートする。
【表５】
2020156510.tif 000011
【０５７７】
２日目
１４．  ２４時間時点で、ＳＡ、ＰＡ、ＳＰ、またはＡＢ接種材料を調製して、これらの
懸濁液に添加する。
１５．  トリプシン大豆寒天（ＴＳＡ）上で一晩（２０〜２４時間）成長したＳＡ若しく
はＰＡ培養物、またはブレインハートインフュージョン（ＢＨＩ）寒天上で調製されたＳ
Ｐ若しくはＡＢ培養物から、トリプシン大豆ブロス（ＴＳＢ）またはＢＨＩブロス（ＢＨ
ＩＢ）中の細菌懸濁液を約２×１０８ＣＦＵ／ｍｌで調製する。
１６．  このＳＡ／ＰＡ／ＳＰ／ＡＢ懸濁液の５０μｌを９．９５ｍｌの生理食塩水にピ
ペットで入れて、約１０６ＣＦＵ／ｍｌを得る。必要に応じて氷上で保持する。
１７．  ＳＡ／ＰＡ／ＳＰ／ＡＢ懸濁液をボルテックスし、０．５ｍｌを管１〜９に添加
する。
１８．  すべての管を穏やかに完全に旋回させて混合する。
１９．  各懸濁液の混合直後、各管の１００μｌを０．９ｍｌ  ＴＳＢまたはＢＨＩＢ（
１０−１希釈物）に移し、試料を中和して、ＣＦＵを決定する。加えて、各管から０．５
ｍｌを取り出し、室温で３分間遠心分離（１７，０００×ｇ）する。ステップ２０を完了
した後に上清を新鮮な管内に回収し、ステップ２１後にＧｒｉｅｓｓ試薬を使用してｐＨ
及び亜硝酸塩レベルの両方を測定して、Ｔ２４値を得る。
２０．  すべての５０ｍｌ管をオービタルシェーカー上でさらに２４時間混合（１５０ｒ
ｐｍ）しながら３０℃でインキュベートする。
２１．  Ｔ２４試料をＴＳＢまたはＢＨＩＢ中にさらに希釈し、−２／−３／−４希釈物
をＴＳＡまたはＢＨＩ寒天にプレーティングする。プレートを３７℃で２４時間インキュ
ベートして、ＳＡ、ＰＡ、ＳＰ、またはＡＢ生存数を得る。
２２．  ＡＯＢでのＳＡ／ＰＡ／ＳＰ／ＡＢの混合後６時間及び２４時間時点で、管をボ
ルテックスし、１００μｌの試料を０．９ｍｌのＴＳＢにピペットで入れる。ＴＳＢまた
はＢＨＩＢ中にさらに希釈し、純〜−５希釈物をＴＳＡまたはＢＨＩ寒天にプレーティン
グする。各時点で、各管から０．５ｍｌを取り出し、上述のように各上清試料のｐＨ及び
亜硝酸塩レベルの両方を測定する。
２３．  ＴＳＡまたはＢＨＩ寒天プレートを３７℃で２４時間インキュベートして、Ｔ３
０（６時間）及びＴ４８（２４時間）生存数を得る。
２４．  ＣＦＵを計数して、各時点の死滅率％を決定する。
【０５７８】
亜硝酸塩を定量するためのＧｒｉｅｓｓ試薬アッセイ
１．  ０、２、６、及び２４時間時点のｐＨ決定で得られた０．５ｍｌ上清試料を使用する。
２．  ０．５ｍｌ  ｄＨ２Ｏ中にこの上清の５６μｌを連続希釈して、必要に応じて１０
倍、１００倍、及び１０００倍希釈物を得る。Ｔ０試料の場合、１／１０を管１〜６、８
、９に使用し、１／１０００を管７に使用する。Ｔ２４試料／Ｔ３０試料／Ｔ４８試料の
場合、１／１０、１／１００、１／１０００をすべての管に使用する。
３．  亜硝酸ナトリウム標準物を調製するために、１０μｌの新鮮な１Ｍストックを９９
０μｌの完全ＡＯＢ培地−１０％生理食塩水中に希釈して、１０ｍＭ溶液を得る。
４．  １０μｌの１０ｍＭストックを９９０μｌのｄＨ２Ｏ中に希釈して、１００μＭ作
業溶液を得る。
５．  以下に示されるように、標準物をｄＨ２Ｏ中で調製する。標準物をＴ０試料のみで
行う。
【表６】
2020156510.tif 000012
６．  各０．５ｍｌの試料（または亜硝酸ナトリウム標準物）に、各０．２５ｍｌの試薬
Ａ（１．５Ｎ  ＨＣｌ中５８ｍＭスルファニルアミド）及び試薬Ｂ（Ｈ２Ｏ中０．７７ｍ
Ｍのｎ−（１−ナプチル）エチレンジアミン−２ＨＣｌ）（光感受性であり、暗所で保管
されたもの）を添加する。
７．  混合し、室温の暗所に（または箔で被覆して）３０分間静置する。色は、鮮やかな
ピンク色／青紫色に変化するはずである。
８．  吸収度を５４０ｎｍで読み取り、標準曲線から亜硝酸塩濃度を決定する。
【０５７９】
このプロトコルを使用して、Ｐ．ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ（ＰＡ）、Ｓ．ａｕｒｅｕｓ（
ＳＡ）、Ｓ．ｐｙｏｇｅｎｅｓ（ＳＰ）、Ａ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ（ＡＢ）、またはＰ．
ａｃｎｅｓの成長を阻害するＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３の能力を試験した。この実験
の結果を、図３Ａ、３Ｂ、及び３Ｃに示す。
【０５８０】
図３Ａの左のパネルは、ＰＡが、生きているＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ及びアンモニウムと
（正方形）、アンモニウム無しで生きているＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａと（円形）、死滅した
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ及びアンモニウムと（三角形）、またはＮａＮＯ２有りで生きてい
るＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａと（逆三角形）共培養されるときの、時間に対するＰＡのＣＦＵ
／ｍｌをプロットする。図３Ａの右のパネルは、同じ条件下での時間に対するＳＡのＣＦ
Ｕ／ｍｌをプロットする。図３Ｂの左のパネルは、同じ条件下での時間に対するＳＰのＣ
ＦＵ／ｍｌをプロットする。図３Ｂの右のパネルは、同じ条件下での時間に対するＡＢの
ＣＦＵ／ｍｌをプロットする。図３Ｃは、Ｐ．ａｃｎｅｓが、生きているＮ．ｅｕｔｒｏ
ｐｈａ及びアンモニウムと（正方形）、アンモニウム無しで生きているＮ．ｅｕｔｒｏｐ
ｈａと（円形）、死滅したＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ及びアンモニウムと（三角形）、または
ＮａＮＯ２有りで生きているＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａと（逆三角形）共培養されるときの、
時間に対するＰ．ａｃｎｅｓのＣＦＵ／ｍｌをプロットする。すべての場合において、ア
ンモニウム有りの生きているＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａが、ＰＡ、ＳＡ、ＳＰ、ＡＢ、または
Ｐ．ａｃｎｅｓの数の減少をもたらす一方で、他の培養条件は、望ましくない細菌を成長
させる。理論に束縛されるものではないが、これらの実験は、Ｄ２３による培地酸性化と
同時に起こるアンモニアの亜硝酸塩発生が、強力な抗菌効果、例えば、メチシリン耐性Ｓ
ｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａｕｒｅｕｓ、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎ
ｏｓａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ
ｂａｕｍａｎｎｉｉ、またはＰ．ａｃｎｅｓの生存数のおよそ１００倍の減少をもたら
したことを示唆する。対照的に、アンモニアを補充した熱死滅したＤ２３またはアンモニ
アを有しない生きているＤ２３のいずれかとの病原菌の対照共培養物は、同等の抗菌効果
をもたらさなかった。生きているＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ培養物をアンモニウム無しで含む
対照は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａのアンモニア酸化活性がその抗菌効果に寄与するモデルと
一致する。死滅したＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ及びアンモニウムを含む対照は、Ｎ．ｅｕｔｒ
ｏｐｈａのいくらかの生物学的活性（例えば、そのアンモニア酸化活性）が抗菌活性に寄
与することを示す。ＮａＮＯ２有りの生きているＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａを含む対照は、中
性ｐＨでの同等の亜硝酸塩レベル（細菌がアンモニアを使用するときの低ｐＨに対して）
が、強力な抗菌効果を有さず、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａのアンモニア酸化が、亜硝酸塩単独
よりも抗菌活性に寄与するモデルと一致することを示す。
【０５８１】
図４Ａの上のパネルは、上の段落に記載の共培養物のＮＯ２−濃度を経時的にプロット
する。ＮＯ２−濃度は、この培養物のＮＨ３代謝速度の指標である。上述のように、ＰＡ
を、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ及びアンモニウムと（正方形）、アンモニウム無しでＮ．ｅｕ
ｔｒｏｐｈａと（円形）、または死滅したＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ及びアンモニウムと（三
角形）共培養する。アンモニウム有りの生きているＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、他の２つの
対照培養物よりも著しく高いＮＯ２−レベルをもたらし、これは、生きているＮ．ｅｕｔ
ｒｏｐｈａがこの培養条件下でアンモニウムをＮＯ２−に変換することを示す。
【０５８２】
図４Ａの下のパネルは、同じ共培養条件下でｐＨを経時的にプロットする。アンモニア
の亜硝酸塩への変換が水素イオンを生成するという理由から、ｐＨは、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐ
ｈａの代謝活性を示す。ＰＡを、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ及びアンモニウムと（正方形）、
アンモニウム無しでＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａと（円形）、死滅したＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ及
びアンモニウムと（三角形）、またはＮａＮＯ２有りで生きているＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
と（逆三角形）共培養する。アンモニウム有りの生きているＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、他
の３つの対照培養物とは対照的にこの培地を酸性化し、これは、生きているＮ．ｅｕｔｒ
ｏｐｈａがこの培養条件下でアンモニウムを代謝することを示す。
【０５８３】
図４Ｂの上のパネルは、上述の共培養物のＮＯ２−濃度を経時的にプロットする。ＮＯ
２−濃度は、この培養物のＮＨ３代謝速度の指標である。上述のように、Ｓ．ｐｙｏｇｅ
ｎｅｓ（ＳＰ）及びＡ．ｂａｕｍａｎｎｉｉ（ＡＢ）を、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ及びアン
モニウムと（正方形）、アンモニウム無しでＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａと（円形）、または死
滅したＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ及びアンモニウムと（三角形）共培養する。アンモニウム有
りの生きているＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａは、他の２つの対照培養物よりも著しく高いＮＯ２
−レベルをもたらし、これは、生きているＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａがこの培養条件下でアン
モニウムをＮＯ２−に変換することを示す。
【０５８４】
図４Ｂの下のパネルは、同じ共培養条件下でｐＨを経時的にプロットする。アンモニア
の亜硝酸塩への変換が水素イオンを生成するという理由から、ｐＨは、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐ
ｈａの代謝活性を示す。ＳＰ及びＡＢを、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ及びアンモニウムと（正
方形）、アンモニウム無しでＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａと（円形）、死滅したＮ．ｅｕｔｒｏ
ｐｈａ及びアンモニウムと（三角形）、またはＮａＮＯ２有りで生きているＮ．ｅｕｔｒ
ｏｐｈａと（逆三角形）共培養する。アンモニウム有りの生きているＮ．ｅｕｔｒｏｐｈ
ａは、他の３つの対照培養物とは対照的にこの培地を酸性化し、これは、生きているＮ．
ｅｕｔｒｏｐｈａがこの培養条件下でアンモニウムを代謝することを示す。
【０５８５】
図４Ｅは、図４Ａ及び４Ｂのデータの代替可視化を示す。
【０５８６】
酸性化と同時に起こる亜硝酸塩生成（酸性化亜硝酸塩）による病原菌の増殖を阻害する
Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ  ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３の能力を、生体外でのＤ２３との
共培養研究において病原菌の５つの株の生存を試験することによって査定した。病原菌の
これらの５つの株は、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ  ａｃｎｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔ
ｏｃｏｃｃｕｓ  ｐｙｏｇｅｎｅｓ、メチシリン耐性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ａ
ｕｒｅｕｓ（ＭＲＳＡ）、Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ、及び多剤耐
性Ａｃｉｎｅｔｏｂａｃｔｅｒ  ｂａｕｍａｎｎｉｉを含んだ。アンモニウムの存在下で
のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３のインキュベーション（１０１０細胞／ｍｌ）は、１０
ｍＭ以上の亜硝酸塩濃度及びｐＨ６以下の酸性化をもたらした（図４Ｂ）。亜硝酸塩濃度
の増加とｐＨの低下の組み合わせは、殺菌効果または静菌効果及び試験された病原菌種の
生存数の顕著な減少（最大９６５倍）をもたらした。これらの研究の結果を以下の図４Ｄ
及び表７に要約する。アンモニウムの存在下でインキュベートされたＤ２３共培養物とは
対照的に、これらの５つの病原性作用物質のアンモニウムを有しないＤ２３またはアンモ
ニウムを補充した熱死滅したＤ２３（Ｂ２４４）との対照共培養物は、いかなる阻害効果
も抗菌効果ももたらさなかった。
【表７】
2020156510.tif 000013
【０５８７】
実施例６．創傷治癒。
糖尿病性マウスにおける創傷閉鎖へのＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ  ｅｕｔｒｏｐｈａ  
Ｄ２３（Ｂ２４４と呼ばれることもある）の効果を２つの別個の研究で評価した。研究１
では、ｄｂ／ｄｂマウス（８匹のマウス／群）を、塩化アンモニウムを補充した３つのＤ
２３濃度（１０７、１０８、若しくは１０９細胞／ｍｌ）で、またはビヒクル対照懸濁液
のみで１週間毎日身体浸漬して事前処置した。その後、各動物の背中に発生した全層創傷
を、ビヒクルのみで、または塩化アンモニウムを補充したＰＢＳ中の等体積の３つのＤ２
３濃度（１０７、１０８、若しくは１０９細胞／ｍｌ）で１日１回１４日間局所処置した
。これらの３つのＤ２３処置群のうち、最も高い用量を受けた群が５日目〜１５日目に創
傷閉鎖の著しい改善を示し、８３％という最も顕著な改善が創傷後９日目に観察された。
５０％創傷閉鎖までの中位時間は、ビヒクル処置のみを受けた動物群と比較して、１０９
細胞／ｍｌのＤ２３で処置した動物において著しく減少（Ｐ＜０．０５）した。
【０５８８】
研究終了時の１５日目に収集された創傷組織試料の初期組織病理学的分析は、ビヒクル
処置動物とＤ２３処置動物との間のいかなる肉眼的差異も明らかにしなかった。その後、
スコア化システム及びパラメータ適応及び修正形態（Ａｌｔａｖｉｌｌａ，ｅｔ  ａｌ（
２００１））に従って、組織切片のより徹底的な試験を行った。この分析は、ビヒクル対
照群に対する、１０９細胞／ｍｌのＤ２３で処置した動物における増加したレベルの血管
新生及び肉芽組織の成熟度及び減少したレベルの皮膚炎症の傾向を示唆し、これは、Ｄ２
３処置動物の創傷治癒速度の観察された改善と一致した。
【０５８９】
Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３を、Ｃ５７ＢＬＫＳ／Ｊ  Ｉａｒ−＋Ｌｅｐｒｄｂ／＋
Ｌｅｐｒｄｂ雄マウス（非ＧＬＰ）を使用して、糖尿病性マウスモデルにおける創傷治癒
を加速させるその能力について試験した。詳細プロトコルを以下に提示する。
【０５９０】
−６日目〜１日目：試験生物での全身浸漬事前処置マウス
１．  均質な懸濁液が得られるまで、４℃で保存された１０倍Ｄ２３ストック懸濁液を数
回反転させて混合する。
２．  ２×２９ｍｌの１０倍ストック懸濁液を２つの５０ｍｌポリプロピレン遠心分離管
にピペットで入れる。
３．  ２０℃で１５分間遠心分離（８，０００×ｇ）する。
４．  上清及びいかなる残留緩衝液もペレットから除去し、２つのペレットを合計５８ｍ
ｌの室温のリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）（ｐＨ７．４）中に穏やかに完全に再懸濁す
る。これは、以下のステップに使用するための１０倍Ｄ２３（試験生物）懸濁液である。
５．  ２ｍＭのＮＨ４Ｃｌを補充した３０℃で予熱されたＰＢＳ中１倍、０．１倍、及び
０．０１倍強度で試験生物を含有する５００ｍｌの浴、またはビヒクル対照浴を以下に示
されるように調製する。次の浴で続ける前に室温で保持された１０倍Ｄ２３懸濁液からの
浴を１つずつ調製及び使用する。これは、アンモニウム無しで試験物質を３０℃で長期間
保持することを阻止するであろう。ビヒクル対照群の試験物質での汚染を阻止するために
、ビヒクル対照群で開始し、その後、Ｄ２３浴で続行する。
６．  各マウス群を対応する浴中に７日間毎日６０秒間浸漬する。
７．  試験生物またはビヒクル対照中への毎日の浸漬毎に新鮮な５００ｍｌの浴を使用す
る。
【表８】
2020156510.tif 000014
【０５９１】
１日目：皮膚穿刺によるマウス創傷
１．  背中及び肩を剪毛した後に皮膚穿刺によって各マウスの背中に皮膚創傷を作製する
。
２．  本研究が終了するまで各マウスを別々に収容する。
【０５９２】
１日目〜１５日目：試験生物での皮膚創傷の局所処置
１．  均質な懸濁液が得られるまで、４℃で保存された１０倍Ｄ２３ストック懸濁液を数
回反転させて混合する。
２．  １ｍｌの１０倍ストック懸濁液を１．５ｍｌポリプロピレン管にピペットで入れる
。
３．  室温で３分間遠心分離（１７，０００×ｇ）する。
４．  上清及びいかなる残留緩衝液もペレットから除去し、ペレットを３０℃で予熱され
た合計１０ｍｌのリン酸緩衝生理食塩水（ＰＢＳ）（ｐＨ７．４）中に穏やかに完全に再
懸濁する。これは、以下のステップに使用するための１倍Ｄ２３（試験生物）懸濁液であ
る。
５．  ２ｍＭのＮＨ４Ｃｌを補充した予熱されたＰＢＳ中またはビヒクル対照溶液中の試
験生物の１倍、０．１倍、及び０．０１倍懸濁液を５０ｍｌポリプロピレン管内に以下に
示されるように調製する。
６．  反復ピペットを使用して各懸濁液２．０ｍｌを取り出す。
７．  ０．２ｍｌの試験生物（１倍、０．１倍、０．０１倍群）、または等体積のビヒク
ル対照を、各創傷及び周囲の剪毛された皮膚領域上に緩徐に滴下する。ピペット先端を使
用して、創傷及び剪毛された全皮膚領域上に穏やかに分散塗布する。
８．  試験生物またはビヒクル対照の塗布を合計１４日間毎日繰り返す。
９．  創傷面積測定法により創傷サイズを測定し、Ｉｍａｇｅ  Ａｎａｌｙｚｅｒ（Ｉｍ
ａｇｅ−ｐｒｏプラスバージョン４．５、Ｍｅｄｉａ  Ｃｙｂｅｒｎｅｔｉｃｓ  Ｉｎｃ
）を使用して、１、３、５、７、９、１１、１３、及び１５日目の各創傷の写真画像を得
る。
１０．  各群の創傷閉鎖％及び創傷半閉鎖時間（ＣＴ５０）を計算する。
【表９】
2020156510.tif 000015
【０５９３】
１５日目（研究終了時）：創傷組織試料の収集及び組織病理学分析
１．  組織の交差汚染を回避するための無菌技法を使用して、各群の４匹のマウスから半
創傷組織試料を得る。
２．  組織病理学分析を開始する。
３．  各群からの残りの半創傷試料及びさらに４つのフルサイズ創傷組織をさらなる評価
のために一時的に−７０℃で保管する。
【０５９４】
図５Ａに示されるように、１０９ＣＦＵ／ｍｌの株Ｄ２３局所塗布は、創傷治癒を著し
く（＊ｐ＜０．０５）加速させた。試料サイズは、Ｎ＝８匹の動物／群であった。最も高
い用量を受けた群が５日目〜１５日目に創傷閉鎖の著しい改善を示し、８３％という最も
顕著な改善が創傷後９日目に観察された。この研究は、糖尿病性足部潰瘍、慢性創傷、及
び他の関連適応症に対するアンモニア酸化細菌、例えば、Ｄ２３の潜在的な治療的利益を
実証する。
【０５９５】
図５Ｂは、対照（ビヒクル）及び１０９ＣＦＵ／ｍｌのＤ２３に対するＣＴ５０を示す
プロットである。ＣＴ５０は、５０％創傷閉鎖を達成するのに必要な時間である。このプ
ロットに示されるように、Ｄ２３が塗布された創傷は、より低いＣＴ５０値を提供した。
【０５９６】
図５Ｃは、時間に対する創傷閉鎖測定値を得るために上述のプロトコルを行った別の実
験のプロットである。対照（ビヒクル）創傷を試験し、１０９ＣＦＵ／ｍｌの創傷におけ
るＤ２３と比較した。このプロットは、浸漬事前処置及び局所塗布を行ったときのＤ２３
の効果を示す。
【０５９７】
図５Ｄは、時間に対する創傷閉鎖測定値を得るために浸漬事前処置することなく上述の
プロトコルを行った別の実験のプロットである。対照（ビヒクル）創傷を試験し、Ｄ２３
の１０９ＣＦＵ／ｍｌ及び１０１０ＣＦＵ／ｍｌでの創傷への塗布と比較した。このプロ
ットは、局所塗布を行ったときのＤ２３の効果を示す。
【０５９８】
図５Ｅは、浸漬事前処置有り及び無しの対照（ビヒクル）及び１０９ＣＦＵ／ｍｌのＤ
２３、ならびに事前処置無しの１０９ＣＦＵ／ｍｌのＤ２３に対するＣＴ５０を示すプロ
ットである。このプロットに示されるように、Ｄ２３が塗布された創傷は、より低いＣＴ
５０値を提供した。
【０５９９】
図５Ｆは、１日目、１１日目、及び１５日目の創傷治癒実験の画像である。ＡＯＢは、
Ｄ２３を表す。
【０６００】
Ｄ２３の抗感染作用に加えて炎症反応調節の可能性は、糖尿病性創傷及び他の慢性創傷
に対する有効な局所治療を証明することができた。
【０６０１】
図５Ｇは、対照（ビヒクル）及び様々な濃度のＤ２３について試験されたマウスにおけ
る血糖レベルのプロットである。右側のパネルのプロットのｘ軸に示される「ＩＭ」は、
Ｄ２３浸漬事前処置で行われた試験を表す。図５Ｈは、本研究期間にわたる、浸漬事前処
置等の本研究のための試験に使用された動物の体重のプロットである。図５Ｉは、本研究
期間にわたる、浸漬事前処置研究等の本研究及び浸漬事前処置することなく行われた研究
のための試験に使用された動物の体重のプロットである。
【０６０２】
研究２では、創傷閉鎖へのｄｂ／ｄｂマウスの１０９細胞／ｍｌのＢ２４４での事前処
置の効果を試験した。事前身体浸漬有り及び無しの７匹のマウス群を１０９細胞／ｍｌの
Ｂ２４４で局所処置した。１つのさらなる７匹のマウス群を１０１０細胞／ｍｌのＤ２３
（Ｂ２４４）で局所処置した。陰性対照として対応する身体浸漬有り及び無しのビヒクル
群（７匹のマウス）を並行して実行した。各創傷の創傷表面積及び写真画像を上述のよう
に得た。これらの研究は、およそ１０９細胞／ｍｌのＢ２４４用量での創傷閉鎖の改善を
示唆する研究１の所見を再現した。さらに、１０９細胞／ｍｌのみでの局所処置が、浸漬
有りの局所処置を受けた動物と同様に創傷閉鎖速度を改善した。５日目に回収されたＨ＆
Ｅ染色創傷組織切片のさらなる組織病理学分析は、ビヒクル処置創傷とＤ２３（Ｂ２４４
）処置創傷との間のいかなる差異も明らかにしなかった。
【０６０３】
Ｌｕｍｉｎｅｘ技術を使用してＤ２３処置糖尿病性動物におけるサイトカイン及び成長
因子発現を調査した。具体的には、５日目及び１５日目に事前身体浸漬有りまたは無しの
各群４匹のマウスから得られた血清試料における成長制御癌遺伝子／ケラチノサイト化学
誘引物質（Ｇｒｏ／ＫＣ）、インターロイキン−１（ＩＬ−１）、インターロイキン−６
（ＩＬ−６）、マクロファージ炎症性タンパク質−２（ＭＩＰ−２）、腫瘍壊死因子（Ｔ
ＮＦ）、及び血管内皮成長因子（ＶＥＧＦ）の発現を、Ｄ２３処置糖尿病性動物と対照糖
尿病性動物との間で比較した。同様のＬｕｍｉｎｅｘ分析では、本研究の終了時（１５日
目）に得られたＤ２３処置動物またはビヒクル対照動物由来の組織の溶解物も分析した。
ＭＩＰ−２、ＴＮＦα、及びＩＬ−１β等の炎症マーカーの異常に高く持続した発現は、
ｄｂ／ｄｂマウスにおける炎症反応の異常制御及び創傷治癒プロセスの不良と以前に関連
付けられている（Ｗｅｔｚｌｅｒ，２０００）。５日目及び１５日目の血清試料の分析は
、Ｄ２３処置動物及びビヒクル対照動物の両方において６つすべてのサイトカインの非常
に低いシグナルをもたらし、高Ｄ２３用量で創傷処置した後に全身的効果を欠くという結
果を示す。１５日目に得られた創傷組織溶解物において、ＭＩＰ−２レベル（１１５５〜
１５１６ｐｇ／１００ｇの総タンパク質）は、残り５つのサイトカインよりも著しく高く
、ＩＬ−６及びＧｒｏ／ＫＣがはるかにより低いレベル（４４〜４８ｐｇ／１００ｇの総
タンパク質）で測定され、ＩＬ−１及びＶＥＧＦの両方が検出不能に近かった（３．８ｐ
ｇ／１００ｇ以下の総タンパク質）。全体として、Ｄ２３懸濁液中への全身浸漬有りまた
は無しのＤ２３処置動物とビヒクル対照動物との間で差異は観察されなかった。試験され
た４つすべてのマウス群の組織溶解物において測定された６つすべてのサイトカインまた
は成長因子のレベルを以下の表１０に要約する。
【表１０】
2020156510.tif 000016
【０６０４】
齧歯動物におけるＤ２３（Ｂ２４４）の薬物動態評価を以下の節に記載の２８日間反復
投与毒物学的研究中に行った。別個の単回投与薬物動態研究をＤ２３（Ｂ２４４）には行
わなかった。
【０６０５】
実施例７：毒物学
ストレプトゾトシン誘発糖尿病性Ｓｐｒａｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラットの全層創傷へのＮ
ｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ  ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３（Ｂ２４４）塗布の２８日間安全性
研究
この研究の目的は、創傷皮膚上に最小２８日間皮膚塗布されたときのラットにおけるＮ
ｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ  ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３（Ｂ２４４）の潜在的毒性を決定す
ること、及びいずれの所見の潜在的可逆性を評価することであった。加えて、Ｄ２３（Ｂ
２４４）の毒物動態学的特性も決定した。
【０６０６】
研究設計及び方法
この設計は、本研究の目的、試験物品の全体的な製品開発戦略、ならびに以下の研究設
計ガイドライン：ＯＥＣＤガイドライン４０７及び４１７、ヒト用医薬品委員会（ＣＨＭ
Ｐ）、及びＩＣＨ調和三極ガイドラインＭ３（Ｒ２）、Ｓ３ａ、及びＳ６（Ｒ１）に基づ
くものであった。本研究設計を本明細書に概説し、結果を表１１に示す。
【表１１】
2020156510.tif 000017
【０６０７】
糖尿病を誘発するために、ストレプトゾトシンを腹腔内注入により−４日目にＳｐｒａ
ｇｕｅ−Ｄａｗｌｅｙラットに投与した。２００ｍｇ／ｄＬを超える血糖レベルを有する
動物をストレプトゾトシン処置に応答するものと見なし、本研究の投薬段階で使用した。
８ｍｍ皮膚生検パンチを使用して、１匹の動物につき２つの全層皮膚創傷（各麻酔動物の
背中の各々の側に１つ）を作製した。これらの創傷を対照物品及び試験物品の投与中は被
覆せず、本研究の期間中も被覆しなかった。試験物品及び対照物品を１日目〜２８日目に
適切な動物に１日１回（２４時間±１時間）皮膚投与した。この研究で評価された終点は
、以下の通りであった：臨床的兆候、皮膚に関する所見、体重、体重変化、食物消費、眼
科学、グルコース分析、臨床病理学パラメータ（血液学、凝血、臨床化学、検尿、ヘモグ
ロビンＡ１ｃ、及びメトヘモグロブリン（ｍｅｔｈｅｍｏｇｌｏｂｕｌｉｎ））、Ｃ応答
性タンパク質及び血清フェリチン分析、毒物動態学パラメータ、肉眼的剖検所見、臓器重
量、ならびに創傷組織病理学。
【０６０８】
結果
２８日間ＧＬＰ毒物学研究で評価した終点の結果を以下の表１２に概説する。
【表１２−１】
2020156510.tif 000018
【表１２−２】
2020156510.tif 000019
【０６０９】
結論
・ラット創傷へのＤ２３（Ｂ２４４）の１日１回塗布は、６×１０７、６×１０８、及び
６×１０９ＣＦＵ／ｋｇ／日のレベルで良好な耐容性を示した。
・本研究中にＤ２３（Ｂ２４４）関連の死亡は観察されなかった。
・全組織厚切除の治癒は、すべての群で同様であった。
・Ｄ２３（Ｂ２４４）関連の臨床的兆候または皮膚刺激は観察されなかった。
・本研究中に体重、食物消費、臨床的病理学パラメータ、Ｃ反応性タンパク質、または血
清フェリチンへの影響は観察されなかった。
・試験物品関連の肉眼的剖検所見または組織病理学的所見はなかった。
・無毒性量（ＮＯＡＥＬ）が６×１０９ＣＦＵ／ｋｇ／日（８×１０９細胞／ｍｌ）であ
ると決定した。
・特異的標的臓器は特定されなかった。
【０６１０】
本研究中にＤ２３関連の死亡は起こらなかった。Ｄ２３関連の臨床的兆候または皮膚刺
激はなく、本研究中に体重、体重変化、食物消費、臨床的病理学パラメータ、Ｃ反応性タ
ンパク質、または血清フェリチンへの影響もなかった。試験物品関連の肉眼的剖検所見ま
たは組織病理学的所見はなかった。副腎重量の増加が２９日目に６×１０８ＣＦＵ／ｋｇ
／日を超える雌に見られたが、雄では同様の影響がないこと、対応する肉眼的所見がない
こと、及びこの組織の顕微鏡的評価がないことに基づいて、Ｄ２３との関連性を不確かと
見なした。
【０６１１】
すべての創傷部位が表皮で完全に被覆され、再モデル化／回復段階であるように見え、
これは、角質化及び皮膚コラーゲンの精製（合成、結束、及び分解）を伴う表皮の成層、
ならびに表皮及び真皮の正常な構造を修復するための毛細血管を特徴とした。発生率及び
重症度は対照を含むすべての群で同様であった。
【０６１２】
実施例８：抗生物質の感受性
各々が異なる抗生物質クラスを表す５つの抗生物質のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ  ｅｕ
ｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３に対する活性を試験した。試験した抗生物質は、クリンダマイシン
、エリスロマイシン、ゲンタマイシン、β−ラクタマーゼ阻害剤タゾバクタム有りまたは
無しのピペラシリン、及びテトラサイクリンを含んだ。これらを、非偏好性生物及び非Ｅ
ｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅという名目でＣＬＳＩ  ２４ｔｈ  Ｉｎｆｏｒｍａ
ｔｉｏｎａｌ  Ｓｕｐｐｌｅｍｅｎｔ（Ｍ１００−Ｓ２４）に列記されている系統発生学
的に関連したプロテオバクテリア（Ｐｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ  ａｅｒｕｇｉｎｏｓａ）の
日常的試験及び報告についての臨床検査標準協会（ＣＬＳＩ）の推奨に基づいて選択し、
これは、クリンダマイシンまたはテトラサイクリン等の座瘡に対して一般に使用される局
所または全身抗菌剤も含んだ。他の好気性グラム陰性細菌の場合のように、クリンダマイ
シンがＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓの阻害に非常に有効であるとは期待されないが、この抗
生物質を用いる研究を含んだ。
【０６１３】
これらの５つの抗生物質の各々の濃度を低下させてＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３を培
養することにより、最小阻害濃度（ＭＩＣ）を決定した。２４時間間隔で収集された試料
の光学密度（ＯＤ６００）値を決定することにより、３０℃での細菌成長を４８〜７２時
間監視した。ＭＩＣ値を２倍希釈系列からの最も低い抗生物質濃度と特定し、２日間また
は３日間のインキュベーション期間ではＯＤ６００測定値は増加しなかった。各抗生物質
試験におけるＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３表現型を、ＣＬＳＩによって提供されたＭＩ
Ｃ解釈基準に従って、感受性、中程度、または耐性と決定した。表１３に要約されるよう
に、これらの研究は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３のエリスロマイシン及びゲンタマイ
シンに対する感受性ならびにテトラサイクリン及びピペラシリンに対する中程度の耐性を
実証し、薬物物質による強力な抗生物質耐性を欠く可能性を示唆する。Ｎ．ｅｕｔｒｏｐ
ｈａ  Ｄ２３の観察されたクリンダマイシン耐性は、好気性グラム陰性細菌のこの抗生物
質に対する自然耐性についての先の報告と一致する。β−ラクタム抗生物質ピペラシリン
単独での試験に加えて、広範囲のβ−ラクタマーゼ阻害剤タゾバクタムもピペラシリンと
併用して試験して、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３によるβ−ラクタマーゼ（複数可）の
発現可能性を査定した。この比較からの結果は、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３感受性の
増加を示さず、少なくとも試験された条件下でのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３によるβ
−ラクタマーゼ発現の不在を示す。
【表１３】
2020156510.tif 000020
【０６１４】
結論
これらの研究は、Ｄ２３（Ｂ２４４）のマクロライド及びアミノグリコシド抗生物質に
対する感受性及びリンコサミドに対する耐性を実証し、結果は、薬物物質による強力な抗
生物質耐性を欠く可能性を示唆する。
【０６１５】
実施例９：Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａの構造解明
ＰＣＲ及び遺伝子配列決定方法論を使用して、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを種及び株レベル
で定義した。１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子のＶ１〜Ｖ５可変領域の配列決定により、種レベル
をＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａと定義した。全ゲノム配列分析からの一意の遺伝子の特定により
、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａを新規のＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ株Ｄ２３と定義した。Ｍｉｃｒｏ
Ｓｅｑ  ５００  ｒＤＮＡ  Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  Ｉｄｅｎｔｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ＰＣ
Ｌ及び配列決定キットを使用した１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列決定により、Ｎ．ｅｕｔｒ
ｏｐｈａを種レベルでＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａと定義した。
【０６１６】
以下の配列の下線部分ならびに以下の表１４のＤ２３  １ｃ１３５５配列及びプライマ
ーに対応するカスタムプライマーを使用して、株同一性を決定することができる。理論に
束縛されることを望むものではないが、遺伝子Ｄ２３  １ｃ１３５５がＮ．ｅｕｔｒｏｐ
ｈａ  Ｄ２３に特有であると考えられ、それ故に、遺伝子Ｄ２３  １ｃ１３５５内でＰＣ
Ｒ増幅反応を行うことにより、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３が所与の試料中に存在する
かが示される。
【表１４】
2020156510.tif 000021
Ｄ２３＿１ｃ１３５５オートトランスポーターバレルドメイン含有外膜タンパク質
【化５−１】
2020156510.tif 000022
【化５−２】
2020156510.tif 000023
【化５−３】
2020156510.tif 000024
【０６１７】
実施例１０：アンモニア酸化細菌を後頭部に投与して皮膚マイクロバイオームを変化させ
る
アンモニア酸化細菌（Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３）を対象の後頭部に２週間以上に
わたって局所塗布した。塗布した用量は、３×１０１０ＣＦＵ／日であった。生成物濃度
は、塩化マグネシウムを含むリン酸緩衝液中１×１０９ＣＦＵ／ｍｌ（１５ｍｌ、１日２
回）であった。皮膚スワブを毎日採取して、当該技術分野で既知の単離及び配列決定プロ
トコルを使用して、存在するすべての細菌ＤＮＡを単離及び配列決定した。
【０６１８】
Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ属のアンモニア酸化細菌は、０日目の試料中には存在せず、
７、１４、及び１６日目の皮膚スワブ中に検出され存在した。
【０６１９】
０、１、８、１４、及び１６日目の細菌属に対する割合をプロットする図１７及び１８
に示されるように、アンモニア酸化細菌の塗布は、共生非病原性Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃ
ｃｕｓ（少なくとも９８％Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓ  ｅｐｉｄｅｒｍｉｄｉｓであ
った）の０％近く（０日目）からおよそ５０％（１６日目）の比例増加をもたらした。さ
らに、アンモニア酸化細菌の塗布は、試験期間にわたって潜在的病原性または疾患に関連
したＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａの比例減少（７５％超（０日目）から５０％未満
（１６日目））をもたらした。アンモニア酸化細菌の塗布は、試験期間にわたって潜在的
病原性または疾患に関連したＳｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの減少（０．１％（０日
目）から０．０１％未満（１６日目））ももたらした。
【０６２０】
図１及び２に示されるデータのうちのいくつかを以下の表１５にも提示する。
【表１５】
2020156510.tif 000025
【０６２１】
表１５に示されるように、Ｐｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａの割合は、約１４日後に
減少した（表１５の０日目、１日目、及び８日目のデータを、１４日目及び１６日目のデ
ータと比較されたい）。Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｉの割合は、約２週間後に増加した（
表１５の０日目、１日目、及び８日目のデータを、１４日目及び１６日目のデータと比較
されたい）。Ｓｔｅｎｏｔｒｏｐｈｏｍｏｎａｓの割合は、約１日後に減少した（表１５
の０日目のデータを、１日目、８日目、１４日目、及び１６日目のデータと比較されたい
）。
【０６２２】
皮膚マイクロバイオーム組成のより低い病原性状態への変化は、アンモニア酸化細菌の
塗布が、座瘡、湿疹、皮膚感染症、及び酒さを含むが、これらに限定されない皮膚科疾患
の治療に有用であったことを示す。
【０６２３】
実施例１１：ヒト皮膚用のアンモニア酸化細菌の研究：美髪、美顔効果、安全性、検出、
及び皮膚メタゲノミクス
４：１のＡＯＢ：プラセボ対照に無作為化された２４名のヒト志願者による盲目プラセ
ボ対照研究を行った。対象の顔及び頭皮に、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ懸濁液（１０９Ｃ
ＦＵ／ｍｌ、１日２回、合計３×１０１０ＣＦＵ／日）を１日２回１週間塗布し、塗布後
さらに２週間追跡調査した。この１週間のＡＯＢ塗布の間、ならびに塗布後１週間、毛髪
用製品の使用を控えるよう志願者に指示し、３週目に通常のシャンプー使用に戻った。頭
皮スワブを、ベースライン対照として０日目に、かつ１、３、８、１４、及び２１日目に
得て、ＰＣＲ及び１６Ｓ  ｒＲＮＡ配列決定分析によりＡＯＢの存在／不在を査定した。
【０６２４】
深刻な有害事象は１週間のＡＯＢ塗布に関連しておらず、この生成物を安全であると見
なした。ＡＯＢ使用者は、７日間の塗布期間後に記入された自己査定報告書によって示さ
れるように、皮膚状態及び質の明らかな改善を報告した。皮膚試料のＡＯＢ特異的ＰＣＲ
分析を使用して、塗布期間中のＡＯＢ使用者の８３〜１００％に細菌の存在を実証するこ
とができた一方で、ＡＯＢはプラセボ対照試料中には検出されなかった。すべての対象が
研究開始前に得られたベースラインスワブ由来のＡＯＢを欠き、これらの細菌の石鹸及び
他の商品への予測された感受性と一致した。１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子の増幅及び試料のサ
ブセットの配列決定により、対応する試料中でのＡＯＢの存在が確認され、ＡＯＢ局所塗
布による皮膚マイクロバイオームを調節する潜在的傾向を示唆した。要約すれば、生きて
いるＡＯＢベースの生成物は安全であり、ヒト皮膚への新規の亜硝酸塩及び一酸化窒素の
自己制御局所送達剤として非常に有望であり得る。
【０６２５】
以下の表１６に示されるように、０日目と８日目を比較すると、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎ
ａｓ（ＡＯＢ）の割合は上昇した。０日目と８日目を比較すると、他の細菌、Ｐｒｏｐｉ
ｏｎｉｂａｃｔｅｒｉａ、Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ、及びＣｉｔｒｏｂａｃｔｅｒの割
合は下降した。表１６に示されるｐ値は、０日目と８日目との間の最も著しい変化がＮｉ
ｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ（ＡＯＢ）で観察され、その後にＰｒｏｐｉｏｎｉｂａｃｔｅｒｉ
ａが続いたことを示す。Ｅｎｔｅｒｏｂａｃｔｅｒ及びＣｉｔｒｏｂａｃｔｅｒも、より
低い程度ではあるが、０日目と８日目との間の変化を示した。
【表１６】
2020156510.tif 000026
【０６２６】
亜硝酸塩及び一酸化窒素が、血管拡張、皮膚炎症、及び創傷治癒等の重要な生理学的機
能に関わっているため、ＡＯＢが、汗由来のアンモニアを代謝すると同時に皮膚酸性化を
駆り立てることにより、健康的な皮膚状態及び免疫病理学的皮膚状態の両方に有益な影響
を与え得ると仮定した。Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓの成長が遅く、有機炭素源を利用する
ことができず、それらが抗生物質に感受性であり、かつそれが動物またはヒト疾患に関連
付けられていないという理由から、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓがヒトにおける使用に安全
であろうと判断した。ここで、対象の顔及び頭皮に生きているＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ
懸濁液を１日２回１週間塗布し、その後さらに２週間追跡調査した２４名のヒト志願者に
よる盲検プラセボ対照研究について説明する。志願者は、１週目及び２週目に毛髪用製品
を使用せず、その後３週目に日常通りに戻った。頭皮スワブをベースライン対照として０
日目に、かつ１、３、８、１４、及び２１日目に得て、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓの存在
／不在を査定し、微生物多様性を試験した。重要なことには、有害事象は局所塗布に関連
しなかった。ＰＣＲ分析は、１週間の塗布期間中またはそれが完了した直後（１日目、３
日目、若しくは８日目）のＡＯＢ使用者から得られた皮膚スワブの８３％〜１００％に、
かつ１４日目の使用者の６０％に細菌の存在を実証したが、プラセボ対照試料のうちのい
ずれにも存在しなかった。すべての対象が研究開始前に得られたベースラインスワブ由来
のＡＯＢを欠いた。この１週間の塗布期間中のＡＯＢレベルの増加が皮膚状態の質的改善
と相関する一方で、プラセボ対照対象からは改善が報告されなかった。対象のサブセット
から得られた１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子増幅産物の配列決定により、対応する試料中でのＡ
ＯＢの存在が検証され、皮膚マイクロバイオーム組成の潜在的調節が示唆された。要約す
れば、生きているＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓは良好な耐容性を示し、ヒト皮膚への新規の
亜硝酸塩及び一酸化窒素の自己制御局所送達剤として非常に有望であり得る。
【０６２７】
ここで、Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ懸濁液のヒト皮膚への局所塗布及び生体内でのＮＯ
／ＮＯ２−の天然送達系としてのＡＯＢの使用の可能性の評価を開始したヒトにおける予
備研究からの結果を提示する。皮膚標本におけるＡＯＢを検出するための方法及び皮膚微
生物群におけるＡＯＢの影響の可能性を探索し、我々の局所化粧品の早期導入者からの重
要な使用者フィードバックも収集した。
【０６２８】
方法
培養条件。Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ  Ｄ２３を、２０〜５０ｍＭのＮＨ４＋及び炭素源と
して炭酸ナトリウムを補充した鉱物塩培地でバッチ培養（２８〜３０℃）して増殖させた
［Ｅｎｓｉｇｎ  ｅｔ  ａｌ，１９９３］。連続培養の場合、Ｄ２３を、１リットルのミ
ニバイオリアクタ（Ａｐｐｌｉｋｏｎ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ）（２８℃）内でｐ
Ｈ中和及び炭素源の両方のために炭酸ナトリウムを使用して約１０９細胞／ｍｌで成長さ
せた。
【０６２９】
亜硝酸塩の定量。Ｇｒｉｅｓｓ比色アッセイ［Ｈａｇｅｍａｎ  ａｎｄ  Ｋｕｃｋｌｅ
ｓｂｙ，１９７１］及び標準物として亜硝酸ナトリウムを使用して、培養上清中の亜硝酸
塩濃度を決定した。
【０６３０】
皮膚スワブからのＤＮＡ抽出。試料をＰＢＳ中に希釈された１ｍｌの１０％Ａｓｓａｙ
Ａｓｓｕｒｅ  Ｂｉｏｓｅｒｖａｔｉｖｅ（Ｔｈｅｒｍｏ  Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ）中に
維持した。バイオマスを遠心分離し、ＤＮＡ完全性を長期間維持するように設計された緩
衝液に修正を加えて皮膚標本のために開発された方法［Ｇｒｉｃｅ，２００９］を使用し
て細胞を溶解した。その後、ＰｏｗｅｒＬｙｚｅｒ  ＵｌｔｒａＣｌｅａｎ  ｍｉｃｒｏ
ｂｉａｌ  ＤＮＡ  ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  ｋｉｔ（Ｍｏ  Ｂｉｏ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉ
ｅｓ）を使用してＤＮＡを精製した。遺伝子座ａｍｏＣＡＢをコードするアンモニアモノ
オキシゲナーゼを増幅する３遺伝子ＰＣＲシグネチャを使用して、Ｎ．ｅｕｔｒｏｐｈａ
Ｄ２３を特定した。
【０６３１】
ＰＣＲ及びライブラリ調製物。プライマーカクテル及びＡｃｃｕＰｒｉｍｅ  ＤＮＡ  
ｐｏｌｙｍｅｒａｓｅ  ＳｕｐｅｒＭｉｘ  ｋｉｔ（Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅ
ｓ）を使用して、全長１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子を二重反応で増幅した。すべてのＰＣＲ産
物を、ＳＭＲＴｂｅｌｌ  Ｔｅｍｐｌａｔｅ  Ｐｒｅｐ  Ｋｉｔ、続いて、ＤＮＡ／Ｐｏ
ｌｙｍｅｒａｓｅ  Ｂｉｎｄｉｎｇ  Ｋｉｔ  Ｐ４（Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎ
ｃｅｓ）で直接処置した。
【０６３２】
１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定及び分析。Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ  ＲＳ
ｉｎｓｔｒｕｍｅｎｔを使用して、ＰＣＲ産物を配列決定した［Ｅｉｄ，２００９］。
Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ  Ｃｏｎｓｅｎｓｕｓ  Ｔｏｏｌｓパッケージ
を使用して生ベースコール（Ｒａｗ  ｂａｓｅ  ｃａｌｌ）をコンセンサスＤＮＡ配列に
変換し、その後、Ｗｈｏｌｅ  Ｂｉｏｍｅ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｍｅ  Ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ
Ｐｌａｔｆｏｒｍで処理して、各試料の門−属及び株レベル頻度測定値を得た。
【０６３３】
ヒト志願者研究。Ａｌｌｅｎｄａｌｅ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  Ｒｅｖｉｅｗ  
Ｂｏａｒｄ（Ｏｌｄ  Ｌｙｍｅ，Ｃｏｎｎｅｃｔｉｃｕｔ）に承認されたＡＯＢ−００１
局所使用プトロコルに従って、合計２４名の男性志願者を各々合計３週間の盲検プラセボ
対照研究に含んだ。各研究参加者から書面によるインフォームドコンセントを得た。対象
に、約１０９細胞／ｍｌを含有する１５ｍｌのＮ．ｅｕｔｒｏｐｈａ水性懸濁液（ＡＯＢ
−００１）またはプラセボ（ビヒクル）を１日２回塗布した。
【０６３４】
Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ含有局所懸濁液（ＡＯＢ−００１）を予備評価するためのヒ
ト志願者研究設計を図５Ｋに示す。ＰＣＲにより頭皮スワブ試料中のＡＯＢの検出を行っ
た。図５Ｌは、本研究中に収集された頭皮スワブのＰＣＲ分析を示す。左のパネルは、Ａ
ＯＢ特異的３遺伝子シグネチャ（ａｍｏＡ、ａｍｏＢ、ａｍｏＣ）の陽性試料パーセント
を示す。右のパネルは、２３名の志願者の各々から収集された合計６つの試料の複合ＰＣ
Ｒスコアを示す。６つのサンプリング点の各々で収集された陽性試料に使用されたスコア
化スキームを示す。
【０６３５】
１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定により、ＡＯＢ−００１の塗布前及び塗布中の皮膚マイクロ
バイオーム組成を得た。図５Ｍは、ＡＯＢ−００１の局所塗布前及び局所塗布後に収集さ
れた皮膚スワブ試料における１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定により決定された属レベルの細菌
多様性を示す。
【０６３６】
ベースラインで塗布前（０日目）に、及び１週間塗布した直後（８日目）、または局所
塗布を中断した１週間後（１４日目）に収集された試料中の１２の細菌属の各々を表す、
全配列読み取りのパーセンテージを示す。
【０６３７】
図５Ｎは、ＡＯＢ−００１の塗布前及び塗布後に収集された皮膚試料中のＮｉｔｒｏｓ
ｏｍｏｎａｓ及び他の種の存在量の変化を示す。パネルＡは、塗布前（０日目）、１週間
の塗布直後（８日目）、または塗布終了の１週間後（１４日目）のＮｉｔｒｏｓｏｍｏｎ
ａｓを表す全１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列読み取りのパーセンテージを示す。パネルＢは、ＡＯ
Ｂ使用者から収集された０日目の試料対８日目の試料中の１６Ｓ  ｒＤＮＡ配列決定によ
り検出された種の存在量のパターン変化を示す。
【０６３８】
ＡＯＢ−００１使用者は、皮膚状態の改善を報告する。図５Ｏは、ＡＯＢ−００１の使
用者評価を示す。２３名の志願者は、頭皮及び顔への１週間の塗布が完了した時点で、Ａ
ＯＢ−００１美髪、美顔効果の査定を提供した。複合ＰＣＲスコアが増加した順に対象を
プロットした（それらの返答を、２＝強く同意する、０＝変化無し、−２＝強く同意せず
に分類した）。要約すれば、ＡＯＢ−００１が良好な耐容性を示す。盲検研究における使
用者の返答は、皮膚／頭皮状態の改善を示す。ＡＯＢ（Ｎｉｔｒｏｓｏｍｏｎａｓ）は、
ＰＣＲ及び１６Ｓ  ｒＲＮＡ遺伝子配列決定により、皮膚マイクロバイオーム試料におい
て容易に検出可能である。予備マイクロバイオーム分析は、ＡＯＢによる皮膚微生物群の
調節を示す。
【表Ａ１−１】
2020156510.tif 000027
【表Ａ１−２】
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【表Ａ１−３】
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【表Ａ１−４】
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【表Ａ１−５】
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【表Ａ１−６】
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【表Ａ１−７】
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【表Ａ１−８】
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【表Ａ１−９】
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【表Ａ１−１０】
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【表Ａ１−１１】
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【表Ａ１−１３】
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【表Ａ１−１４】
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【表Ａ１−１５】
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【表Ａ１−３０】
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【表Ａ１−３３】
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【表Ａ１−４４】
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【表Ａ１−６４】
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【表Ａ１−６５】
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【表Ａ１−８０】
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【表Ａ１−８１】
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【表Ａ１−８４】
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【表Ａ１−８５】
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【表Ａ１−９３】
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【表Ａ１−９４】
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【表Ａ１−９５】
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【表Ａ１−９６】
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【表Ａ１−１００】
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【表Ａ１−１０１】
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【表Ａ１−１０４】
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【表Ａ１−１０６】
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【表Ａ１−１０７】
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【表Ａ１−１０８】
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【表Ａ１−１０９】
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【表Ａ１−１１０】
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【表Ａ１−１１１】
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【表Ａ１−１１２】
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【表Ａ１−１１３】
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【表Ａ１−１１４】
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【表Ａ１−１１５】
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【表Ａ１−１１６】
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【表Ａ１−１１７】
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【表Ａ１−１１８】
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【表Ａ１−１１９】
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【表Ａ１−１２０】
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【表Ａ１−１２１】
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【表Ａ１−１２３】
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【表Ａ１−１２４】
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【表Ａ１−１２５】
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【表Ａ１−１２７】
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【表Ａ１−１２８】
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【表Ａ１−１２９】
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【表Ａ１−１３０】
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【表Ａ１−１３１】
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【表Ａ１−１３２】
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【表Ａ１−１３３】
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【表Ａ１−１３４】
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【表Ａ１−１３５】
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【表Ａ１−１３６】
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【表Ａ１−１３７】
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【表Ａ１−１３８】
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【表Ａ１−１３９】
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【表Ａ１−１４０】
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【表Ａ１−１４１】
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【表Ａ１−１４２】
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【表Ａ１−１４３】
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【表Ａ１−１４４】
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【表Ａ１−１４５】
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【表Ａ１−１４６】
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【表Ａ１−１４７】
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【表Ａ１−１４８】
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【表Ａ１−１４９】
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【表Ａ１−１５０】
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【表Ａ１−１５１】
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【表Ａ１−１５２】
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【表Ａ１−１５３】
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【表Ａ１−１５４】
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【表Ａ１−１５５】
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【表Ａ１−１５６】
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【表Ａ１−１５７】
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【表Ａ１−１５８】
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【表Ａ１−１５９】
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【表Ａ１−１６０】
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【表Ａ１−１６１】
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【表Ａ１−１６２】
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【表Ａ１−１６３】
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【表Ａ１−１６４】
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【表Ａ１−１６５】
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【表Ａ１−１６６】
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【表Ａ１−１６７】
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【表Ａ１−１６８】
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【表Ａ１−１６９】
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【表Ａ１−１７０】
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【表Ａ１−１７１】
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【表Ａ１−１７２】
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【表Ａ１−１７３】
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【表Ａ１−１７４】
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【表Ａ１−１７５】
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【表Ａ１−１７６】
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【表Ａ１−１７７】
2020156510.tif 000203
【表Ａ１−１７８】
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【表Ａ１−１７９】
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【表Ａ１−１８０】
2020156510.tif 000206
【表Ａ１−１８１】
2020156510.tif 000207
【表Ａ１−１８２】
2020156510.tif 000208
【表Ａ１−１８３】
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【表Ａ１−２５１】
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【表Ａ１−２９１】
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【表Ａ１−２９２】
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【表Ａ１−２９３】
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【表Ａ１−２９４】
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【表Ａ１−２９５】
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【表Ａ１−２９６】
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【表Ａ１−２９７】
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【表Ａ１−２９８】
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【表Ａ１−２９９】
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【表Ａ１−３００】
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【表Ａ１−３０１】
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【表Ａ１−３０２】
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【表Ａ１−３０３】
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【表Ａ１−３０４】
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【表Ａ１−３０５】
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【表Ａ１−３０６】
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【表Ａ１−３０８】
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【表Ａ１−３０９】
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【表Ａ１−３１０】
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【表Ａ１−３１１】
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【表Ａ１−３１２】
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【表Ａ１−３１３】
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【表Ａ１−３１４】
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【表Ａ１−３１５】
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【表Ａ１−３１６】
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【表Ａ１−３１７】
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【表Ａ１−３１８】
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【表Ａ１−３１９】
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【表Ａ１−３２０】
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【表Ａ１−３２１】
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【表Ａ１−３２２】
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【表Ａ１−３２３】
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【表Ａ１−３２４】
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【表Ａ１−３２５】
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【表Ａ１−３２６】
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【表Ａ１−３２７】
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【表Ａ１−３２８】
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【表Ａ１−３２９】
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【表Ａ１−３３０】
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【表Ａ１−３３１】
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【表Ａ１−３３２】
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【表Ａ１−３３３】
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【表Ａ１−３３４】
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【表Ａ１−３３５】
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【表Ａ１−３３６】
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【表Ａ１−３３７】
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【表Ａ１−３３８】
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【表Ａ１−３３９】
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【表Ａ１−３４０】
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【表Ａ１−３４１】
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【表Ａ１−３４２】
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【表Ａ１−３４３】
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【表Ａ１−３４４】
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【表Ａ１−３４５】
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【表Ａ１−３４６】
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【表Ａ１−３４７】
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【表Ａ１−３４８】
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【表Ａ１−３４９】
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【表Ａ１−３５０】
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【表Ａ１−３５１】
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【表Ａ１−３５２】
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【表Ａ１−３５３】
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【表Ａ１−３５４】
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【表Ａ１−３５５】
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【表Ａ１−３５６】
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【表Ａ１−３５７】
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【表Ａ１−３５８】
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【表Ａ１−３５９】
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【表Ａ１−３６０】
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【表Ａ１−３６１】
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【表Ａ１−３６２】
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【表Ａ１−３６３】
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【表Ａ１−３６４】
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【表Ａ１−３６５】
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【表Ａ１−３６６】
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【表Ａ１−３６７】
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【表Ａ１−３６８】
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【表Ａ１−３６９】
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【表Ａ１−３７０】
2020156510.tif 000396
【表Ａ１−３７１】
2020156510.tif 000397
【表Ａ１−３７２】
2020156510.tif 000398
【表Ａ２−１】
2020156510.tif 000399
【表Ａ２−２】
2020156510.tif 000400
【表Ａ２−３】
2020156510.tif 000401
【表Ａ２−４】
2020156510.tif 000402
【表Ａ２−５】
2020156510.tif 000403
【表Ａ２−６】
2020156510.tif 000404
【表Ａ２−７】
2020156510.tif 000405
【表Ａ２−８】
2020156510.tif 000406
【０６３９】
参照による組み込み
本明細書で言及されたすべての出版物及び特許は、各個別の出版物または特許が参照に
より組み込まれるよう具体的かつ個別に示されているかのように参照によりそれらの全体
が本明細書に組み込まれる。
【０６４０】
本発明の特定の実施形態が論じられているが、上述の明細書は例証するものであり、制
限するものではない。本明細書及び以下の特許請求の範囲を概観することにより、本発明
の多くの変形が当業者には明らかになるであろう。本発明の全範囲は、特許請求の範囲と
それらの等価物の全範囲を共に参照し、かつ本明細書とかかる変形を共に参照することに
より決定されるべきである。
【０６４１】
ある特定の実施形態は、以下の特許請求の範囲内である。
【図１】
2020156510.tif 000407
【図２−１】
2020156510.tif 000408
【図２−２】
2020156510.tif 000409
【図２−３】
2020156510.tif 000410
【図２−４】
2020156510.tif 000411
【図３−１】
2020156510.tif 000412
【図３−２】
2020156510.tif 000413
【図３−３】
2020156510.tif 000414
【図４−１】
2020156510.tif 000415
【図４−２】
2020156510.tif 000416
【図４−３】
2020156510.tif 000417
【図４−４】
2020156510.tif 000418
【図４−５】
2020156510.tif 000419
【図５−１】
2020156510.tif 000420
【図５−２】
2020156510.tif 000421
【図５−３】
2020156510.tif 000422
【図５−４】
2020156510.tif 000423
【図５−５】
2020156510.tif 000424
【図５−６】
2020156510.tif 000425
【図５−７】
2020156510.tif 000426
【図５−８】
2020156510.tif 000427
【図５−９】
2020156510.tif 000428
【図５−１０】
2020156510.tif 000429
【図５−１１】
2020156510.tif 000430
【図５−１２】
2020156510.tif 000431
【図５−１３】
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【図５−１４】
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【図６−１】
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【図６−２】
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【図６−３】
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【図６−４】
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【図６−５】
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【図６−６】
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【図６−７】
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【図６−８】
2020156510.tif 000441
【図６−９】
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【図６−１０】
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【図６−１１】
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【図６−１２】
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【図６−１３】
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【図６−１４】
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【図６−１５】
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【図６−１６】
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【図７−１】
2020156510.tif 000450
【図７−２】
2020156510.tif 000451
【図７−３】
2020156510.tif 000452
【図７−４】
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【図７−５】
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【図７−６】
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【図７−７】
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【図７−８】
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【図７−９】
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【図７−１０】
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【図７−１１】
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【図７−１２】
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【図７−１３】
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【図８−１】
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【図８−２】
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【図８−３】
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【図８−４】
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【図８−５】
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【図８−６】
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【図８−７】
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【図８−８】
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【図８−９】
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【図８−１０】
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【図８−１１】
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【図８−１２】
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【図８−１３】
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【図８−１４】
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【図８−１５】
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【図８−１６】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３】
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【図１４−１】
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【図１４−２】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７】
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【図１８】
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【配列表】
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【外国語明細書】
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