(57)【要約】      （修正有）【課題】Ｄ因子阻害剤での治療のための患者を選択し又は同定する方法の提供。【解決手段】変性疾患の患者における変性疾患の進行速度を予測する方法において、（ａ）患者から得られた生体試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、（ｉ）生体試料から単離された核酸試料を提供し、（ｉｉ）少なくとも一の変性疾患関連多型の存在について核酸試料の遺伝子型を検出することによって決定し、ここで、多型はＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり；（ｂ）ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、変性疾患の進行速度が増加している可能性が高いとして同定することを含む、方法。【選択図】図７
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【特許請求の範囲】
【請求項１】
変性疾患の患者における変性疾患の進行速度を予測する方法において、
（ａ）患者から得られた生体試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、
（ｉ）生体試料から単離された核酸試料を提供し、
（ｉｉ）少なくとも一の変性疾患関連多型の存在について核酸試料の遺伝子型を検出することによって決定し、ここで、多型はＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり；
（ｂ）ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、変性疾患の進行速度が増加している可能性が高いとして同定する
ことを含む、方法。
【請求項２】
ＣＦＩアレルがその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルがその等価なアレルであり、Ｃ２アレルがその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルがその等価なアレルであり、又はＣ３アレルがその等価なアレルである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ＣＦＩアレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、かつＣ３アレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
生体試料が、血液試料、唾液、口腔粘膜採取検体、組織試料又は体液試料である、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
核酸試料がＤＮＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
核酸試料がＲＮＡを含む、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
核酸試料が増幅される、請求項１に記載の方法。
【請求項８】
核酸試料が、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅される、請求項７に記載の方法。
【請求項９】
少なくとも一の多型がポリメラーゼ連鎖反応により検出される、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
少なくとも一の多型がシークエンシングにより検出される、請求項８に記載の方法。
【請求項１１】
少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基プライマー伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項１２】
少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、請求項１に記載の方法。
【請求項１３】
患者におけるＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、疾患の進行速度の増加を示す、請求項１に記載の方法。
【請求項１４】
一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、請求項３に記載の方法。
【請求項１５】
変性疾患が加齢黄斑変性である、請求項１に記載の方法。
【請求項１６】
加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである、請求項１５に記載の方法。
【請求項１７】
進行期ＡＭＤが地図状萎縮（ＧＡ）である、請求項１６に記載の方法。
【請求項１８】
遺伝子型が、表９に従って各アレルに対して配列番号：１７−４１から選択されるオリゴヌクレオチドセットを使用してＰＣＲによって検出され、かつＣＦＩアレルに対してのＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５のリスクアレルＧが、ＣＦＨアレルに対するＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８か又はＣ２／ＣＦＢアレルに対するＳＮＰ ｒｓ４２９６０８の何れかの少なくとも一のリスクアレルＧと共に存在するとき、患者が増加した進行速度を有している可能性が高いと同定される、請求項１に記載の方法。
【請求項１９】
オリゴヌクレオチドセットが、表９に従って、配列番号１７、１８、２５、２６、３４及び３５からなる群から選択される順方向プライマー；配列番号１９、２０、２７、２８、３６及び３７からなる群から選択される逆方向プライマー及び配列番号２１−２４、２９−３３、及び３８−４１からなる群から選択される標識プローブを含む、請求項１８に記載の方法。
【請求項２０】
ｒｓ４６９８７７５（ＣＦＩ）における遺伝子型が、配列番号：１９又は２０の逆方向プライマー及び配列番号：２１−２４から選択される標識プローブと組み合わせて配列番号：１７又は１８の順方向プライマーを使用して検出され；ｒｓ４２９６０８（Ｃ２）における遺伝子型が、配列番号：２７又は２８の逆方向プライマー及び配列番号：２９−３３から選択される標識プローブと組み合わされて配列番号：２５又は２６の順方向プライマーを使用して検出され；かつｒｓ１３２９４２８（ＣＦＨ）における遺伝子型が、配列番号：３６又は３７の逆方向プライマー及び配列番号：３８−４１から選択される標識プローブと組み合わされて配列番号：３４又は３５の順方向プライマーを使用して検出される、請求項１９に記載の方法。
【請求項２１】
変性疾患の患者を、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高いとして同定する方法において、
（ａ）患者から得られた生体試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、
（ｉ）生体試料から単離された核酸試料を提供し、
（ｉｉ）少なくとも一の変性疾患関連多型の存在について核酸試料の遺伝子型を検出することによって決定し、ここで、多型はＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり；
（ｂ）ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高いとして同定する
ことを含む、方法。
【請求項２２】
ＣＦＩアレルがその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルがその等価なアレルであり、Ｃ２アレルがその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルがその等価なアレルであり、又はＣ３アレルがその等価なアレルである、請求項２１に記載の方法。
【請求項２３】
ＣＦＩアレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、かつＣ３アレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２４】
生体試料が、血液試料、唾液、口腔粘膜採取検体、組織試料又は体液試料である、請求項２１に記載の方法。
【請求項２５】
核酸試料がＤＮＡを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２６】
核酸試料がＲＮＡを含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項２７】
核酸試料が増幅される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２８】
核酸試料が、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅される、請求項２１に記載の方法。
【請求項２９】
少なくとも一の多型がポリメラーゼ連鎖反応により検出される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３０】
少なくとも一の多型がシークエンシングにより検出される、請求項２８に記載の方法。
【請求項３１】
少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基プライマー伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される、請求項２１に記載の方法。
【請求項３２】
少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、請求項２１に記載の方法。
【請求項３３】
患者におけるＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、抗Ｄ因子抗体での治療に対する応答の可能性の増加を示す、請求項２１に記載の方法。
【請求項３４】
一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、請求項２３に記載の方法。
【請求項３５】
変性疾患が加齢黄斑変性である、請求項２１に記載の方法。
【請求項３６】
加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである、請求項３５に記載の方法。
【請求項３７】
進行期ＡＭＤが地図状萎縮（ＧＡ）である、請求項３６に記載の方法。
【請求項３８】
抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片が、ＨＶＲＨ１、ＨＶＲＨ２、ＨＶＲＨ３、ＨＶＲＬ１、ＨＶＲＬ２、ＨＶＲＬ３、及びＨＶＲＬ３を含み、各ＨＶＲが配列番号：１、配列番号：２、配列番号：３、配列番号：４、配列番号：５及び配列番号：６のアミノ酸配列を有する、請求項２１に記載の方法。
【請求項３９】
抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片が、配列番号：７の可変重鎖及び／又は配列番号：８の可変軽鎖を含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項４０】
抗Ｄ因子抗体又はその断片が、ラムパリズマブである、請求項２１に記載の方法。
【請求項４１】
抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法を患者に推奨する工程を更に含む、請求項２１に記載の方法。
【請求項４２】
抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法で患者を治療する工程を更に含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片が、ＨＶＲＨ１、ＨＶＲＨ２、ＨＶＲＨ３、ＨＶＲＬ１、ＨＶＲＬ２、ＨＶＲＬ３、及びＨＶＲＬ３を含み、各ＨＶＲが配列番号：１、配列番号：２、配列番号：３、配列番号：４、配列番号：５及び配列番号：６のアミノ酸配列を有する、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片が、配列番号：７の可変重鎖及び／又は配列番号：８の可変軽鎖を含む、請求項４２に記載の方法。
【請求項４５】
抗Ｄ因子抗体又はその断片がラムパリズマブである、請求項４２に記載の方法。
【請求項４６】
遺伝子型が、表９に従って各アレルに対して配列番号：１７−４１から選択されるオリゴヌクレオチドセットを使用してＰＣＲによって検出され、かつＣＦＩアレルに対してのＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５のリスクアレルＧが、ＣＦＨアレルに対するＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８か又はＣ２／ＣＦＢアレルに対するＳＮＰ ｒｓ４２９６０８の何れかの少なくとも一のリスクアレルＧと共に存在するとき、患者が抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高いと同定される、請求項２１に記載の方法。
【請求項４７】
オリゴヌクレオチドセットが、表９に従って、配列番号１７、１８、２５、２６、３４及び３５からなる群から選択される順方向プライマー；配列番号１９、２０、２７、２８、３６及び３７からなる群から選択される逆方向プライマー及び配列番号２１−２４、２９−３３、及び３８−４１からなる群から選択される標識プローブを含む、請求項４６に記載の方法。
【請求項４８】
ｒｓ４６９８７７５における遺伝子型が、配列番号：１９又は２０の逆方向プライマー及び配列番号：２１−２４から選択される標識プローブと組み合わせて配列番号：１７又は１８の順方向プライマーを使用して検出され；ｒｓ４２９６０８（Ｃ２）における遺伝子型が、配列番号：２７又は２８の逆方向プライマー及び配列番号：２９−３３から選択される標識プローブと組み合わされて配列番号：２５又は２６の順方向プライマーを使用して検出され；かつｒｓ１３２９４２８（ＣＦＨ）における遺伝子型が、配列番号：３６又は３７の逆方向プライマー及び配列番号：３８−４１から選択される標識プローブと組み合わされて配列番号：３４又は３５の順方向プライマーを使用して検出される、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を用いての、変性疾患の患者の治療の治療効果を最適化する方法において、
（ａ）患者から得られた生体試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、
（ｉ）生体試料から単離された核酸試料を提供し、
（ｉｉ）少なくとも一の変性疾患関連多型の存在について核酸試料の遺伝子型を検出することによって決定し、ここで、多型はＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり；
（ｂ）ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高いとして同定する
ことを含む、方法。
【請求項５０】
抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片での治療に対する変性疾患患者の応答性を予測する方法において、
（ａ）患者から得られた生体試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、
（ｉ）生体試料から単離された核酸試料を提供し、
（ｉｉ）少なくとも一の変性疾患関連多型の存在について核酸試料の遺伝子型を検出することによって決定し、ここで、多型はＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり；
（ｂ）ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高いとして同定する
ことを含む、方法。
【請求項５１】
変性疾患患者が抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片での治療から恩恵を受ける可能性を判定する方法において、
（ａ）患者から得られた生体試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、
（ｉ）生体試料から単離された核酸試料を提供し、
（ｉｉ）少なくとも一の変性疾患関連多型の存在について核酸試料の遺伝子型を検出することによって決定し、ここで、多型はＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり；
（ｂ）ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高いとして同定する
ことを含む、方法。
【請求項５２】
生体試料中の少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を判定するためのキットにおいて、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在に対する生体試料の遺伝子型を決定するための試薬及び指示書を含み、ここで、多型はＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択されるリスクアレルである、キット。
【請求項５３】
生体試料が、血液試料、唾液、口腔粘膜採取検体、組織試料又は体液試料である、請求項５２に記載のキット。
【請求項５４】
生体試料が、変性疾患と診断された患者から得られる、請求項５２に記載のキット。
【請求項５５】
変性疾患が、加齢黄斑変性（ＡＭＤ）である、請求項５２に記載のキット。
【請求項５６】
ＡＭＤが早期、中間期又は進行期ＡＭＤである、請求項５５に記載のキット。
【請求項５７】
進行期ＡＭＤが地図状萎縮（ＧＡ）である、請求項５６に記載のキット。
【請求項５８】
キットが、変性疾患患者が抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片に応答する可能性があるかどうかを判定するためのパッケージ挿入物を更に含む、請求項５２に記載のキット。
【請求項５９】
キットが、ＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル、又はＣ３リスクアレルの存在を検出するために使用される、請求項５２に記載のキット。
【請求項６０】
キットが、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレルあるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の二のアレルの存在を検出するために使用される、請求項５２に記載のキット。
【請求項６１】
試薬が、ＣＦＩ、Ｃ２、ＣＦＢ、Ｃ３又はＣＦＨアレルにおける多型を検出するために特異的なオリゴヌクレオチドセットを含む、請求項５２に記載のキット。
【請求項６２】
前記オリゴヌクレオチドセットが、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型からなる群から選択される、多型をそれぞれＣＦＩ、Ｃ２、ＣＦＢ、Ｃ３又はＣＦＨに含むＣＦＩ、Ｃ２、ＣＦＢ、Ｃ３又はＣＦＨ遺伝子の領域を増幅させるために適した順方向プライマー及び逆方向プライマーを含む、請求項６１に記載のキット
【請求項６３】
多型を検出するためのオリゴヌクレオチドプローブを更に含む、請求項６２に記載のキット。
【請求項６４】
試薬が、表９に従って各アレルに対して配列番号：１７−４１から選択されるオリゴヌクレオチドセットを含む、請求項５２に記載のキット。
【請求項６５】
試薬が、（ｉ）配列番号：１９又は２０の逆方向プライマー及び配列番号：２１−２４から選択される標識プローブと組み合わされた配列番号：１７又は１８の順方向プライマー；（ｉｉ）配列番号：２７又は２８の逆方向プライマー及び配列番号：２９−３３から選択される標識プローブと組み合わされた配列番号：２５又は２６の順方向プライマー；又は（ｉｉｉ）配列番号：３６又は３７の逆方向プライマー及び配列番号：３８−４１から選択される標識プローブと組み合わされた配列番号：３４又は３５の順方向プライマーを含む、請求項６４に記載のキット。
【請求項６６】
試薬が、（ｉ）−（ｉｉｉ）の組合せを含む、請求項６５に記載のキット。
【請求項６７】
変性疾患を診断するための診断薬の製造のための、少なくとも一の変性疾患関連多型に特異的に結合する薬剤であって、ここで、多型が、ＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル又はＣ３リスクアレルからなる群から選択されるリスクアレルである、薬剤の使用。
【請求項６８】
ＣＦＩアレルがその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルがその等価なアレルであり、Ｃ２アレルがその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルがその等価なアレルであり、又はＣ３アレルがその等価なアレルである、請求項６７に記載の使用。
【請求項６９】
ＣＦＩアレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、かつＣ３アレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む、請求項６７に記載の使用。
【請求項７０】
少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基プライマー伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される、請求項６７に記載の使用。
【請求項７１】
少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、請求項６７に記載の使用。
【請求項７２】
個体におけるＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、変性疾患進行のリスクの増加を示す、請求項６７に記載の使用。
【請求項７３】
一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、請求項６９に記載の使用。
【請求項７４】
変性疾患が加齢黄斑変性である、請求項６７に記載の使用。
【請求項７５】
加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである、請求項７４に記載の使用。
【請求項７６】
進行期ＡＭＤが地図状萎縮である、請求項７５に記載の使用。
【請求項７７】
少なくとも一の変性疾患関連多型に結合する薬剤のインビトロでの使用であって、ここで、多型が、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する見込みがある変性疾患の患者を同定するためのＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル又はＣ３リスクアレルからなる群から選択されるリスクアレルであり、ここで、前記多型の存在が、患者が該療法により応答する可能性があると特定する、使用。
【請求項７８】
ＣＦＩアレルがその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルがその等価なアレルであり、Ｃ２アレルがその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルがその等価なアレルであり、又はＣ３アレルがその等価なアレルである、請求項７７に記載の使用。
【請求項７９】
ＣＦＩアレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、かつＣ３アレルが一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む、請求項７７に記載の使用。
【請求項８０】
少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基プライマー伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される、請求項７７に記載の使用。
【請求項８１】
少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、請求項７７に記載の使用。
【請求項８２】
個体におけるＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、変性疾患進行のリスクの増加を示す、請求項７７に記載の使用。
【請求項８３】
一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、請求項７９に記載の使用。
【請求項８４】
変性疾患が加齢黄斑変性である、請求項７７に記載の使用。
【請求項８５】
加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである、請求項８４に記載の使用。
【請求項８６】
進行期ＡＭＤが地図状萎縮である、請求項８５に記載の使用。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願とのクロスリファレンス）
この出願は、２０１３年８月１２日出願の米国仮特許出願第６１／８６４９４１号、２０１３年８月１６日出願の同第６１／８６６６５１号、２０１３年８月３０日出願の同第６１／８７２０９８号、２０１４年５月２日出願の同第６１／９８８０１２号、及び２０１４年７月７日出願の同第６２／０２１４８７号の優先権を主張し、前記出願の内容はその全体が出典明示によりここに援用される。
【０００２】
（発明の分野）
本発明は、Ｄ因子阻害剤（例えば抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片）を用いて様々な補体関連病態（例えば加齢黄斑変性）を治療するための方法及び組成物に関する。また提供されるのはＤ因子阻害剤での治療のための患者を選択し又は同定する方法である。方法は予後及び／又は予測バイオマーカーの使用を含む。
【背景技術】
【０００３】
補体系は、免疫複合体の排除及び感染病原体、外来性抗原、ウイルス感染細胞及び腫瘍細胞への免疫応答に中心的な役割を担っている。しかしながら、補体はまた病的炎症及び自己免疫疾患に関与もしている。よって、補体カスケードの過剰な又は制御されていない活性化の阻害は、かかる疾患及び病態の患者に臨床的恩恵をもたらしうる。
【０００４】
補体系は、古典経路及び代替経路と命名された２つの区別できる活性化経路を含む（V.M. Holers, In Clinical Immunology: Principles and Practice, R.R. Rich編, Mosby Press; 1996, 363-391）。古典経路は、通常は抗原抗体複合体の形成によって活性化されるカルシウム／マグネシウム依存性カスケードである。代替経路は、ある感受性表面（例えば酵母及び細菌の細胞壁多糖類、及びある種の生体高分子材料）上でのＣ３の沈着及び活性化によって活性化されるマグネシウム依存性カスケードである。補体経路の活性化は、マクロファージ、好中球、血小板、肥満細胞及び内皮細胞の活性化、血管透過性、細胞溶解、及び組織傷害に関連する炎症活動を媒介する、補体タンパク質の生物学的に活性な断片、例えばＣ３ａ、Ｃ４ａ及びＣ５ａアナフィラトキシン及びＣ５ｂ−９膜侵襲複合体（ＭＡＣ）を産生する。
【０００５】
Ｄ因子は代替補体経路の活性化に必須の高度に特異的なセリンプロテアーゼである。それは、Ｃ３ｂに結合したＢ因子を切断し、代替経路Ｃ３／Ｃ５コンバターゼの活性成分であるＣ３ｂ／Ｂｂ酵素を産生する。Ｄ因子は、ヒトにおけるその血漿中濃度が非常に低い（１．８μｇ／ｍｌ）ので、阻害のための好適な標的となり得、代替補体経路の活性化の制限酵素であることが示されている（P.H. Lesavre及びH.J. Muller-Eberhard. J. Exp. Med., 1978; 148: 1498-1510；J.E. Volanakis等, New Eng. J. Med., 1985; 312: 395-401）。
【０００６】
補体活性化のダウンレギュレーションは、動物モデル及びエキソビボ実験において、幾つかの疾患の徴候、例えば全身性エリテマトーデス及び糸球体腎炎（Y. Wang等, Proc. Natl. Acad. Sci.; 1996, 93: 8563-8568）、関節リウマチ（Y. Wang等, Proc. Natl. Acad. Sci., 1995; 92: 8955-8959）、心肺バイパス術及び血液透析（C.S. Rinder, J. Clin. Invest., 1995; 96: 1564-1572）、臓器移植における超急性拒絶反応（T.J. Kroshus等, Transplantation, 1995; 60: 1194-1202）、心筋梗塞（J. W. Homeister等, J. Immunol., 1993; 150: 1055-1064；H.F. Weisman等, Science, 1990; 249: 146-151）、再灌流傷害（E.A. Amsterdam等, Am. J. Physiol., 1995; 268: H448-H457）、及び成人呼吸促迫症候群（R. Rabinovici等, J. Immunol., 1992; 149: 1744-1750）の治療に効果的であることが実証されている。また、熱傷、重症喘息、アナフィラキシーショック、腸炎症、蕁麻疹、血管浮腫、脈管炎、多発性硬化症、重症筋無力症、膜性増殖性糸球体腎炎、及びシェーグレン症候群を含む、他の炎症性病態及び自己免疫／免疫複合体疾患もまた補体活性化に密接に関連している（V.M. Holers, 同書, B.P. Morgan. Eur. J. Clin. Invest., 1994: 24: 219-228）。
【０００７】
加齢黄斑変性（ＡＭＤ）は、治療しないで放置される場合、先進国において５０歳を超えた人々における不可逆的失明の主因である（Friedman等, Arch Opthalmol, 122:564-72 (2004)）。およそ８百万人のアメリカ人がＡＭＤの中間期（黄斑（網膜中心）における大きなサイズのドルーゼンの存在によって特徴付けられる）にあり、彼らに疾患進行及び視力喪失になるリスクをもたらしている。進行期ＡＭＤは二つの臨床形態に分類される：地図状萎縮（ＧＡ）と、脈絡膜血管新生（ＣＮＶ）により特徴付けられる滲出型又はウェット型である（Age-Related Eye Disease Study [AREDS] Research Group, Arch Ophthalmol, 121:1621-24 (2003)）。ＧＡは、覆っている視細胞の萎縮を伴う網膜色素上皮（ＲＰＥ）細胞死の集密的な領域を意味する。ＧＡは視覚機能に大きな影響をもたらす：患者サブセットのおよそ４０％が２年で少なくとも３スネレン等価視力ラインを失うことが示されている（Sunness等, Retina, 7:204-10 (2007)）。ＡＭＤの病因は殆ど知られていないが、年齢、喫煙民族性、食餌及び遺伝的特徴がＡＭＤにおける危険因子であると示唆されており（Amabti等, Surv Opthalmol, 48(3): 257-93 (2003)；Gorin等, Mol Aspects Med, 33:467-486 (2012)）、第二補体経路（ＡＣＰ）がＡＭＤに関係付けられている (de Jong, N. Engl J. Med., 355: 1474-1485 (2006))。ＡＣＰの増加した活性化は、ＲＰＥとブルッフ膜の間の空間におけるリポタンパク質性沈着であるドルーゼンに見出されており、これはＡＭＤの特徴である。更に、ＡＭＤにおけるＡＣＰ活性化の役割はヒト遺伝学によって裏付けられている（Yates等, New Engl J Med, 357: 553-61 (2007)）。補体因子Ｄは、第二補体経路（ＡＣＰ）の活性化において極めて重要な役割を果たす律速酵素である。ＡＭＤの病理発生におけるＤ因子の証拠は、Ｄ因子の遺伝的欠損を伴うマウスモデルにおける酸化ストレス媒介性光受容体変性に対する保護（Rohrer等, Invest Ophtalmol Vis Sci, 48:5282-89 (2007)）とＡＭＤ患者対対照の血清中のＤ因子を含む補体の全身性活性化の増加の検出を含み、ＡＭＤが加齢黄斑の局所症状を伴う全身性疾患でありうることを示唆している（Scholl等, PLos ONE, 3(7):e2593 (2008)）。更に、ＡＭＤの遺伝的特徴に関する多くの論文が、補体因子Ｈ（ＣＦＨ）における一塩基多型を独立に確認している。Ｙ４０２Ｈは、早期と後期双方のＡＭＤを発症するリスクの増加に強く関連していた（Edwards等, Science, 308(5720): 421-4 (2005)；Hageman等, PNAS, 102(20): 7227-32 (2005)；Haines等, Science, 208(5720): 419-21 (2005)；Klein等, Science, 308(5720): 385-9 (2005)；Prosser等, J. Exp. Med., 204(10: 2277-83 (2007)；Zareparsi等, Am J. Hum Genet, 77:149-153 (2005)）。他のリスクアレルは、補体因子Ｈ（ＣＦＨ）リスク座（ｒｓ１０７３７６８０）、補体因子Ｉ（ＣＦＩ）リスク座（ｒｓ４６９８７７５）、補体成分２／補体因子Ｂ（Ｃ２／ＣＦＢ）リスク座（ｒｓ４２９６０８）、及び補体成分（Ｃ３）リスク座（ｒｓ２２３０１９９）における多型を含む（Fritsche等, Nat Genet, 45:433-439 (2013)）。ＣＦＩ、ＣＦＨ、Ｃ２、ＣＦＢ及びＣ３は補体経路の更なるメンバーである。補体経路における遺伝子に関連する更なるＳＮＰとそれらのＡＭＤとの相関は、例えばＰＣＴ公報の国際公開第２０１１／０１７２２９号、国際公開第２００９／１４６２０４号及び国際公開第２００９／１３４７０９号において関係づけられている。しかしなが���、これらの文献の何れも、同定されたＳＮＰと、患者の疾患が如何に経時的に進行するか又は患者がＡＭＤ療法に如何に良好に応答するかとの相関を開示も示唆もしていない。ＡＭＤ進行に対する遺伝的影響のプロスペクティブ研究では、補体経路におけるＳＮＰ等の遺伝的変異体が、中程度のドルーゼンから大きなドルーゼンへの、また大きなドルーゼンからＧＡ又はＮＹへの進行に関連していた。Yu等, Invest. Ophthalm. & Visual Sci., 53:1548-56 (2012)。該結果は、ＡＭＤに関連する遺伝子が、進行中における明確に異なるＡＭＤ段階間の移行に関与している場合があることを示唆している。しかしながら、同定された遺伝子が、例えばＧＡのような進行期において、疾患進行速度に関連しているかどうかは知られていなかった。
【０００８】
現在、抗ＶＥＧＦ（血管内皮細胞増殖因子）が、進行期ＡＭＤのウェット型の殆どの症例の治療のための標準治療法である。現在はＧＡの進行を停止又は遅延させる有効な治療法はない。ＧＡの進行を防止する承認された治療法は存在せず、ＧＡの患者にとって重要な満たされていない要求を作り出している。よって、ＧＡのための効果的な治療法とＧＡ患者を如何にして治療するかを理解するための改善された方法を同定する必要性が存在する。具体的には、ＧＡ進行速度増加のリスクがあり、抗Ｄ因子抗体治療から恩恵を受ける可能性の高い患者を同定するために有用な診断方法は、これらの患者の臨床管理に大いに役立つであろう。この発明はこれらの必要性やその他の必要性を満たす。
【０００９】
特許出願及び刊行物を含むここで引用された全ての文献は、あらゆる目的のためにその全体が出典明示により援用される。
【発明の概要】
【００１０】
本発明は、補体経路における遺伝子に関連したある種の多型が、ＡＭＤ患者の進行速度並びにその抗Ｄ因子治療法に対する応答に対する信頼できる予測因子であるとの臨床試験から集められた新規で驚くべき知見に部分的に基づいている。ここで提供される治療、診断／予後及び治療への応答を予測する方法は、加齢黄斑変性に罹患している患者に適用することができる。
【００１１】
本発明の一実施態様は、ＡＭＤ（例えば中間期又は進行期ＡＭＤ、例えばウェット（血管新生／滲出）ＡＭＤ又は地図状萎縮）の進行に対するリスクが増加した個体を同定する方法であって、個体の遺伝子型を決定することを含み、リスクアレル（例えば、変性疾患関連多型、例えばＡＭＤ関連多型）を保有すると判定される個体が、ＡＭＤ（例えば中間期又は進行期ＡＭＤ、例えばウェット（血管新生／滲出）ＡＭＤ又は地図状萎縮）の進行リスクが増加した個体として同定される方法を提供する。幾つかの実施態様では、ＡＭＤの進行のリスク増加は、早期から中間期ＡＭＤへの及び／又は中間期から進行期ＡＭＤへの進行を含む。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されたＳＮＰのマイナーアレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されたＳＮＰの主要アレルである。幾つかの実施態様では、ＡＭＤの進行のリスク増加は、ＡＭＤ段階（早期ＡＭＤ、中間期ＡＭＤ及び進行期ＡＭＤを含む）の各々において早期からより進行した疾患への進行を含み、早期ＡＭＤは、複数の小さな（＜６３μｍ）又は≧１の中程度のドルーゼン（≧６３μｍで＜１２５μｍ）により特徴付けられ；中間期ＡＭＤは、しばしば網膜色素上皮の色素沈着過剰又は色素沈着低下を伴う多くの中程度又は≧１の大きなドルーゼン（≧１２５μｍ）によって特徴付けられ；進行期ＡＭＤは、地図状萎縮（ＧＡ）又は血管新生（ウェット）ＡＭＤによって特徴付けられる。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、補体因子Ｉ（ＣＦＩ）リスクアレル、補体因子Ｈ（ＣＦＨ）リスクアレル、補体成分２（Ｃ２）リスクアレル、補体因子Ｂ（ＣＦＢ）リスクアレル及び／又は補体成分３（Ｃ３）リスクアレルでありうる。幾つかの実施態様では、ＣＦＩリスクアレルは、ｒｓ４６９８７７５：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５にＧを含むか、又はｒｓ４６９８７７５に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＩリスクアレルは、ｒｓ１７４４００７７Ｇ：アレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７にＧを含むか、又はｒｓ１７４４００７７に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＨリスクアレルは、ｒｓ１０７３７６８０：Ａアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０にＡを含むか、又はｒｓ１０７３７６８０に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＨリスクアレルは、ｒｓ１３２９４２８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８にＧを含むか、又はｒｓ１３２９４２８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、Ｃ２リスクアレルは、ｒｓ４２９６０８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ４２９６０８にＧを含むか、又はｒｓ４２９６０８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＢリスクアレルは、ｒｓ４２９６０８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ４２９６０８にＧを含むか、又はｒｓ４２９６０８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、Ｃ���リスクアレルは、ｒｓ２２３０１９９：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９にＧを含むか、又はｒｓ２２３０１９９に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、連鎖不平衡はＤ’尺度又はｒ２尺度である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は≧０．６０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は、≧０．７０、０．８０又は０．９０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は１．０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は≧０．６０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は、≧０．７０、０．８０又は０．９０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は１．０である。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは表４−７において指定されたＳＮＰである。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５は、ヒト４番染色体上の位置１１０５９０４７９に位置している（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）。Ｇアレルはヌクレオチド配列をＴからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７はヒト４番染色体上の位置１１０５３７５６７に位置している（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）。Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０は、ヒト１番染色体上の位置１９６６７９４５５に位置している（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）。Ａアレルはヌクレオチド配列をＣからＡに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８は、ヒト１番染色体上の位置１９６７０２８１０に位置している（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）。Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８は、ヒト６番染色体上の位置３１９３０４６２に位置している（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）。Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９は、ヒト１９番染色体上の位置６７１８３８７に位置している（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）。Ｇアレルはヌクレオチド配列をＣからＧに、コード化アミノ酸をアルギニンからグリシンに変化させる。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、ＳＥＣ２４Ｂ遺伝子とＥＧＦ遺伝子の間のヒト４番染色体（ｒｓ４６９８７７５に対して）（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、ＳＥＣ２４Ｂ遺伝子とＥＧＦ遺伝子の間のヒト４番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１７４４００７７に対して）、ＫＣＮＴ２遺伝子とＬＨＸ９遺伝子の間のヒト１番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１０７３７６８０に対して）、ＫＣＮＴ２遺伝子とＬＨＸ９遺伝子の間のヒト１番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１３２９４２８に対して）、ＳＬＣ４４Ａ４遺伝子とＴＮＸＢ遺伝子の間のヒト６番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ４２９６０８に対して）、ＴＮＦＳＦ１４遺伝子とＶＡＶ１遺伝子の間のヒト１９番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ２２３０１９９に対して）上に位置している。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、選択されたＳＮＰの上流又は下流の５０００００塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、患者は、ＣＦＩリスクアレル及び／又はＣＦＨリスクアレル及び／又はＣ２リスクアレル及び／又はＣＦＢリスクアレル及び／又はＣ３リスクアレルを保有していると判定される。幾つかの実施態様では、個体は１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０等のＡＭＤリスクアレルを保有していると判定される。幾つかの実施態様では、個体におけるリスクアレルの存在は、個体からの試料から提供される核酸から多型のヌクレオチドの同一性を決定することを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はＤＮＡを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はＲＮＡを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料は増幅される。幾つかの実施態様では、核酸試料はポリメラーゼ連鎖反応により増幅される。幾つかの実施態様では、多型は、ポリメラーゼ連鎖反応又はシークエンシングによって検出される。幾つかの実施態様では、多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。幾つかの実施態様では、多型は、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮ��）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される。幾つかの実施態様では、試料は、ゲノムＤＮＡが単離されうる任意の生体試料であり、例えば限定されないが、組織試料、唾液試料、口腔粘膜採取検体、血液、又はゲノムＤＮＡを含んでいる他の生体液である。幾つかの実施態様では、試料はＤＮＡを含む。幾つかの実施態様では、試料はＲＮＡを含む。幾つかの実施態様では、患者における多型のヌクレオチドの同一性はジェノタイピングによって決定される。幾つかの実施態様では、ジェノタイピングはＰＣＲ解析、配列解析又はＬＣＲ解析によって実施される。幾つかの実施態様では、患者は、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８におけるＧヌクレオチドの存在又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧヌクレオチドの存在からなる群から選択されるヌクレオチドを含む少なくとも一のアレルが存在するとき、ＡＭＤの進行のリスク増加（例えば中間期又は進行期ＡＭＤ、例えばウェット（血管新生／滲出）ＡＭＤ又は地図状萎縮）がある患者として同定される。患者は、もし患者がＣＦＩに関連したｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７、又はその等価アレル、ＣＦＨに関連したｒｓ１３２９４２８、又はその等価アレル、又はＣ２／ＣＦＢに関連したｒｓ４２９６０８、又はその等価アレル、Ｃ３に関連したｒｓ２２３０１９９、又はその等価アレルにＧアレルの一又は二のコピーを、あるいはＣＦＨに関連したｒｓ１０７３７６８０又はその等価アレルにＡアレルの一又は二のコピーを有しているならば、ＡＭＤ進行のリスクが増加しているとして同定される。患者は、もし患者がＣＦＩに関連したｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７、又はその等価アレル、ＣＦＨに関連したｒｓ１３２９４２８、又はその等価アレル、又はＣ２／ＣＦＢに関連したｒｓ４２９６０８、又はその等価アレル、Ｃ３に関連したｒｓ２２３０１９９、又はその等価アレルにＧアレルの一又は二のコピーを、あ
るいはＣＦＨに関連したｒｓ１０７３７６８０又はその等価アレルにＡアレルの一又は二のコピーを有していないならば、ＡＭＤ進行のリスクが減少しているとして同定される。
【００１２】
本発明の一実施態様は、ＡＭＤ（例えば中間期又は進行期ＡＭＤ、例えばウェット（血管新生／滲出）ＡＭＤ又は地図状萎縮）の進行を予測する方法であって、患者の遺伝子型を決定することを含み、リスクアレル（例えばＡＭＤ関連多型）を保有すると判定される個体が、ＡＭＤ（例えば中間期又は進行期ＡＭＤ、例えばウェット（血管新生／滲出）ＡＭＤ又は地図状萎縮）の進行のリスクが増加した患者として同定される方法を提供する。幾つかの実施態様では、ＡＭＤの進行のリスク増加は、早期から中間期ＡＭＤへの及び／又は中間期から進行期ＡＭＤへの進行を含む。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されたＳＮＰのマイナーアレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されたＳＮＰの主要アレルである。幾つかの実施態様では、ＡＭＤの進行のリスク増加は、ＡＭＤ段階（早期ＡＭＤ、中間期ＡＭＤ及び進行期ＡＭＤを含む）の各々において早期からより進行した疾患への進行を含み、早期ＡＭＤは、複数の小さな（＜６３μｍ）又は≧１の中程度のドルーゼン（≧６３μｍで＜１２５μｍ）により特徴付けられ；中間期ＡＭＤは、しばしば網膜色素上皮の色素沈着過剰又は色素沈着低下を伴う多くの中程度又は≧１の大きなドルーゼン（≧１２５μｍ）によって特徴付けられ；進行期ＡＭＤは、地図状萎縮（ＧＡ）又は血管新生（ウェット）ＡＭＤによって特徴付けられる。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、補体因子Ｉ（ＣＦＩ）リスクアレル、補体因子Ｈ（ＣＦＨ）リスクアレル、補体成分２（Ｃ２）リスクアレル、補体因子Ｂ（ＣＦＢ）リスクアレル及び／又は補体成分３（Ｃ３）リスクアレルでありうる。幾つかの実施態様では、ＣＦＩリスクアレルは、ｒｓ４６９８７７５：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５にＧを含むか、又はｒｓ４６９８７７５に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＩリスクアレルは、ｒｓ１７４４００７７Ｇ：アレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７にＧを含むか、又はｒｓ１７４４００７７に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＨリスクアレルは、ｒｓ１０７３７６８０：Ａアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０にＡを含むか、又はｒｓ１０７３７６８０に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＨリスクアレルは、ｒｓ１３２９４２８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８にＧを含むか、又はｒｓ１３２９４２８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、Ｃ２リスクアレルは、ｒｓ４２９６０８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ４２９６０８にＧを含むか、又はｒｓ４２９６０８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４２９６０８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＢリスクアレルは、ｒｓ４２９６０８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ４２９６０８にＧを含むか、又はｒｓ４２９６０８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４２９６０８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、Ｃ３リスクアレルは、ｒｓ２２３０１９９：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９にＧを含むか、又はｒｓ２２３０１９９に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、連鎖不平衡はＤ’尺度又はｒ２尺度である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は≧０．６０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は、≧０．７０、０．８０又は０．９０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は１．０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は≧０．６０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は、≧０．７０、０．８０又は０．９０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は１．０である。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは表４−７において指定されたＳＮＰである。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５は、ヒト４番染色体上の位置１１０５９０４７９に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＴからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７はヒト４番染色体上の位置１１０５３７５６７に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０は、ヒト１番染色体上の位置１９６６７９４５５に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ａアレルはヌクレオチド配列をＣからＡに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８は、ヒト１番染色体上の位置１９６７０２８１０に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣ���ＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８は、ヒト６番染色体上の位置３１９３０４６２に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９は、ヒト１９番染色体上の位置６７１８３８７に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＣからＧに、コード化アミノ酸をアルギニンからグリシンに変化させる。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、ＳＥＣ２４Ｂ遺伝子とＥＧＦ遺伝子の間のヒト４番染色体（ｒｓ４６９８７７５に対して）（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、ＳＥＣ２４Ｂ遺伝子とＥＧＦ遺伝子の間のヒト４番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１７４４００７７に対して）、ＫＣＮＴ２遺伝子とＬＨＸ９遺伝子の間のヒト１番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１０７３７６８０に対して）、ＫＣＮＴ２遺伝子とＬＨＸ９遺伝子の間のヒト１番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１３２９４２８に対して）、ＳＬＣ４４Ａ４遺伝子とＴＮＸＢ遺伝子の間のヒト６番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ４２９６０８に対して）、ＴＮＦＳＦ１４遺伝子とＶＡＶ１遺伝子の間のヒト１９番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ２２３０１９９に対して）上に位置している。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、選択されたＳＮＰの上流及び下流の５０００００塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、選択されたＳＮＰの上流又は下流の５０００００塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、患者は、ＣＦＩリスクアレル及び／又はＣＦＨリスクアレル及び／又はＣ２リスクアレル及び／又はＣＦＢリスクアレル及び／又はＣ３リスクアレルを保有すると判定される。幾つかの実施態様では、個体は１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０等のＡＭＤリスクアレルを保有していると判定される。幾つかの実施態様では、患者におけるリスクアレルの存在は、患者からの試料から提供される核酸から多型のヌクレオチドの同一性を決定することを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はＤＮＡを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はＲＮＡを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料は増幅される。幾つかの実施態様では、核酸試料はポリメラーゼ連鎖反応により増幅される。幾つかの実施態様では、多型は、ポリメラーゼ連��反応又はシークエンシングによって検出される。幾つかの実施態様では、多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。幾つかの実施態様では、多型は、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される。幾つかの実施態様では、試料は、ゲノムＤＮＡが単離されうる任意の生体試料であり、例えば限定されないが、組織試料、唾液試料、口腔粘膜採取検体、血液、又はゲノムＤＮＡを含んでいる他の生体液である。幾つかの実施態様では、患者における多型のヌクレオチドの同一性はジェノタイピングによって決定される。幾つかの実施態様では、ジェノタイピングはＰＣＲ解析、配列解析又はＬＣＲ解析によって実施される。幾つかの実施態様では、患者は、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８におけるＧヌクレオチドの存在又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧヌクレオチドの存在からなる群から選択されるヌクレ
オチドを含む少なくとも一のアレルが存在するとき、ＡＭＤの進行のリスク増加（例えば中間期又は進行期ＡＭＤ、例えばウェット（血管新生／滲出）ＡＭＤ又は地図状萎縮）がある患者として同定される。患者は、もし患者がＣＦＩに関連したｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７、又はその等価アレル、ＣＦＨに関連したｒｓ１３２９４２８、又はその等価アレル、又はＣ２／ＣＦＢに関連したｒｓ４２９６０８、又はその等価アレル、Ｃ３に関連したｒｓ２２３０１９９、又はその等価アレルにＧアレルの一又は二のコピーを、あるいはＣＦＨに関連したｒｓ１０７３７６８０又はその等価アレルにＡアレルの一又は二のコピーを有しているならば、ＡＭＤ進行のリスクが増加しているとして同定される。患者は、もし患者がＣＦＩに関連したｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７、又はその等価アレル、ＣＦＨに関連したｒｓ１３２９４２８、又はその等価アレル、又はＣ２／ＣＦＢに関連したｒｓ４２９６０８、又はその等価アレル、Ｃ３に関連したｒｓ２２３０１９９、又はその等価アレルにＧアレルの一又は二のコピーを、あるいはＣＦＨに関連したｒｓ１０７３７６８０又はその等価アレルにＡアレルの一又は二のコピーを有していないならば、ＡＭＤ進行のリスクが減少しているとして同定される。
【００１３】
本発明は、患者における変性疾患（例えばＡＭＤ）を抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片で治療する方法を、少なくとも部分的に含む。一態様では、本発明は、様々な変性疾患（例えば加齢黄斑変性）を補体阻害剤で治療するための方法と組成物を含む。一実施態様では、変性疾患は黄斑変性疾患である。一実施態様では、黄斑変性疾患は加齢黄斑変性である。ここに開示される実施態様の何れかにおいて、補体阻害剤は、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片である。幾つかの実施態様では、抗体はラムパリズマブである。従って、本発明の一実施態様は、患者における加齢黄斑変性を治療する方法において、加齢黄斑変性と診断された患者に、有効量の抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を投与することを含み、ここで、患者が加齢黄斑変性に対する一又は複数のリスクアレル（例えばＡＭＤ関連多型）を保有している、方法を提供する。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されたＳＮＰのマイナーアレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されたＳＮＰの主要アレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルはＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル及び／又はＣ３リスクアレルでありうる。幾つかの実施態様では、リスクアレルはＣＦＩリスクアレルである。幾つかの実施態様では、ＣＦＩリスクアレルは、ｒｓ４６９８７７５：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５にＧを含むか、又はｒｓ４６９８７７５に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＩリスクアレルは、ｒｓ１７４４００７７Ｇ：アレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７にＧを含むか、又はｒｓ１７４４００７７に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＨリスクアレルは、ｒｓ１０７３７６８０：Ａアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０にＡを含むか、又はｒｓ１０７３７６８０に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＨリスクアレルは、ｒｓ１３２９４２８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８にＧを含むか、又はｒｓ１３２９４２８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、Ｃ２リスクアレルは、ｒｓ４２９６０８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ４２９６０８にＧを含むか、又はｒｓ４２９６０８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４２９６０８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＢリスクアレルは、ｒｓ４２９６０８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ４２９６０８にＧを含むか、又はｒｓ４２９６０８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４２９６０８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、Ｃ３リスクアレルは、ｒｓ２２３０１９９：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９にＧを含むか、又はｒｓ２２３０１９９に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、連鎖不平衡はＤ’尺度又はｒ２尺度である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は≧０．６０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は、≧０．７０、０．８０又は０．９０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は１．０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は≧０．６０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は、≧０．７０、０．８０又は０．９０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は１．０である。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは表４−７において指定されたＳＮＰである。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５は、ヒト４番染色体上の位置１１０５９０４７９に位置している（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）。Ｇアレルはヌクレオチド配列をＴからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７はヒト４番染色体上の位置１１０５３７５６７に位置している（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）。Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０は、ヒト１番染色体上の位置１９６６７９４５５に位置している（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）。Ａアレルはヌクレオチド配列をＣからＡに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８は、ヒト１番染色体上の位置１９６７０２８１０に位置している（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）。Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８は、ヒト６番染色体上の位置３１９３０４６２に位置している（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブ��；２００９年２月）。Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９は、ヒト１９番染色体上の位置６７１８３８７に位置している（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）。Ｇアレルはヌクレオチド配列をＣからＧに、コード化アミノ酸をアルギニンからグリシンに変化させる。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、ＳＥＣ２４Ｂ遺伝子とＥＧＦ遺伝子の間のヒト４番染色体（ｒｓ４６９８７７５に対して）（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、ＳＥＣ２４Ｂ遺伝子とＥＧＦ遺伝子の間のヒト４番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１７４４００７７に対して）、ＫＣＮＴ２遺伝子とＬＨＸ９遺伝子の間のヒト１番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１０７３７６８０に対して）、ＫＣＮＴ２遺伝子とＬＨＸ９遺伝子の間のヒト１番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１３２９４２８に対して）、ＳＬＣ４４Ａ４遺伝子とＴＮＸＢ遺伝子の間のヒト６番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ４２９６０８に対して）、ＴＮＦＳＦ１４遺伝子とＶＡＶ１遺伝子の間のヒト１９番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ２２３０１９９に対して）上に位置している。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、選択されたＳＮＰの上流及び下流の５０００００塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、選択されたＳＮＰの上流又は下流の５０００００塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、患者は、ＣＦＩリスクアレル及び／又はＣＦＨリスクアレル及び／又はＣ２リスクアレル及び／又はＣＦＢリスクアレル及び／又はＣ３リスクアレルを保有すると判定される。幾つかの実施態様では、患者は１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０等のＡＭＤリスクアレルを保有していると判定される。幾つかの実施態様では、患者におけるリスクアレルの存在は、患者からの試料から提供される核酸から多型のヌクレオチドの同一性を決定することを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はＤＮＡを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はＲＮＡを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料は増幅される。幾つかの実施態様では、核酸試料はポリメラーゼ連鎖反応により増幅される。幾つかの実施態様では、多型は、ポリメラーゼ連鎖反応又はシークエンシングによって検出される。幾つかの実施態様では、多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出す���ことによって、検出される。幾つかの実施態様では、多型は、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される。幾つかの実施態様では、試料は、ゲノムＤＮＡが単離されうる任意の生体試料であり、例えば限定されないが、組織試料、唾液試料、口腔粘膜採取検体、血液、又はゲノムＤＮＡを含んでいる他の生体液である。幾つかの実施態様では、患者における多型のヌクレオチドの同一性はジェノタイピングによって決定される。幾つかの実施態様では、ジェノタイピングはＰＣＲ解析、配列解析又はＬＣＲ解析によって実施される。幾つかの実施態様では、患者は、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８におけるＧヌクレオチドの存在又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧヌクレオチドの存在からなる群から選択されるヌクレオチドを含む少なくとも一のアレルが存在するとき、ＡＭＤの進行のリスク増加があり、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片に応答する可能性がある患者として同定される。患者は、もし患者がＣＦＩに関連したｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７、又はその等価アレル、ＣＦＨに関連したｒｓ１３２９４
２８、又はその等価アレル、又はＣ２／ＣＦＢに関連したｒｓ４２９６０８、又はその等価アレル、Ｃ３に関連したｒｓ２２３０１９９、又はその等価アレルにＧアレルの一又は二のコピーを、あるいはＣＦＨに関連したｒｓ１０７３７６８０又はその等価アレルにＡアレルの一又は二のコピーを有しているならば、ＡＭＤ進行のリスクが増加しており、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療に応答する可能性があるとして同定される。患者は、もし患者がＣＦＩに関連したｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７、又はその等価アレル、ＣＦＨに関連したｒｓ１３２９４２８、又はその等価アレル、又はＣ２／ＣＦＢに関連したｒｓ４２９６０８、又はその等価アレル、Ｃ３に関連したｒｓ２２３０１９９、又はその等価アレルにＧアレルの一又は二のコピーを、あるいはＣＦＨに関連したｒｓ１０７３７６８０又はその等価アレルにＡアレルの一又は二のコピーを有していないならば、より進行期のＡＭＤへの進行のリスクが減少しており、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療に応答する可能性が少ないとして同定される。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５と２０／４００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５と２０／１００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／５０と２０／４００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／５０と２０／１００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５より良いか２０／４００より悪いＢＣＶＡを有する。一実施態様では、ＢＣＶＡはＥＴＤＲＳチャートを使用して決定された。幾つかの実施態様では、抗体又はその抗原結合断片は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性はドライＡＭＤである。幾つかの実施態様では、ドライＡＭＤは進行期ドライＡＭＤである。幾つかの実施態様では、進行期ドライＡＭＤは地図状萎縮である。幾つかの実施態様では、患者は、抗体治療を受けていない対照患者と比較して、抗体投与後に減少した地図状萎縮（ＧＡ）面積の平均変化を有する。幾つかの実施態様では、ＧＡ面積の平均変化は、標準的なイメージング法（例えば眼底自発蛍光（ＦＡＦ）又はカラー眼底写真（ＣＦＰ）を介したＧＡ面積の測定によって決定される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性は早期ＡＭＤ又は中間期ＡＭＤである。幾つかの実施態様では、早期ＡＭＤ又は中間期ＡＭＤの患者では、臨床症状の出現の減少又は遅延がある（例えば、ドルーゼンの数とサイズを測定し（早期及び中間期ＡＭＤに対して）、ドルーゼンに関連する色素沈着低下及び色素沈着過剰をモニターする（中間期ＡＭＤに対して）ことを含みうる）。幾つかの実施態様では、該方法は、対象に第二の医薬を投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、第二の医薬はＶＥＧＦ阻害剤である。
【００１４】
本発明の更なる実施態様は、抗Ｄ因子抗体での治療から恩恵を受け、及び／又は該治療に応答しうる変性疾患患者（例えばＡＭＤ患者）を同定する方法において、患者の遺伝子型を決定することを含み、リスクアレルを保有すると判定される患者が、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片での治療から恩恵を受けうる患者として同定される、方法を提供する。幾つかの実施態様では、該方法は、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法を選択することを更に含む。幾つかの実施態様では、抗体はラムパリズマブである。一実施態様では、変性疾患は黄斑変性疾患である。一実施態様では、黄斑変性疾患は加齢黄斑変性である。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されるＳＮＰのマイナーアレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されるＳＮＰの主要アレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレル（例えばＡＭＤ関連多型）は、ＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル及び／又はＣ３リスクアレルでありうる。幾つかの実施態様では、リスクアレルはＣＦＩリスクアレルである。幾つかの実施態様では、ＣＦＩアレルは、ｒｓ４６９８７７５：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５にＧを含むか、又はｒｓ４６９８７７５に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＩアレルは、ｒｓ１７４４００７７Ｇ：アレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７にＧを含むか、又はｒｓ１７４４００７７に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＨリスクアレルは、ｒｓ１０７３７６８０：Ａアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０にＡを含むか、又はｒｓ１０７３７６８０に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＨリスクアレルは、ｒｓ１３２９４２８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８にＧを含むか、又はｒｓ１３２９４２８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、Ｃ２リスクアレルは、ｒｓ４２９６０８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ４２９６０８にＧを含むか、又はｒｓ４２９６０８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４２９６０８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＢ��スクアレルは、ｒｓ４２９６０８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ４２９６０８にＧを含むか、又はｒｓ４２９６０８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４２９６０８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、Ｃ３リスクアレルは、ｒｓ２２３０１９９：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９にＧを含むか、又はｒｓ２２３０１９９に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、連鎖不平衡はＤ’尺度又はｒ２尺度である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は≧０．６０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は、≧０．７０、０．８０又は０．９０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は１．０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は≧０．６０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は、≧０．７０、０．８０又は０．９０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は１．０である。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは表４−７において指定されたＳＮＰである。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５は、ヒト４番染色体上の位置１１０５９０４７９に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＴからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７はヒト４番染色体上の位置１１０５３７５６７に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０は、ヒト１番染色体上の位置１９６６７９４５５に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ａアレルはヌクレオチド配列をＣからＡに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８は、ヒト１番染色体上の位置１９６７０２８１０に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８は、ヒト６番染色体上の位置３１９３０４６２に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９は、ヒト１９番染色体上の位置６７１８３８７に位置しており（ゲ���ム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＣからＧに、コード化アミノ酸をアルギニンからグリシンに変化させる。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、ＳＥＣ２４Ｂ遺伝子とＥＧＦ遺伝子の間のヒト４番染色体（ｒｓ４６９８７７５に対して）（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、ＳＥＣ２４Ｂ遺伝子とＥＧＦ遺伝子の間のヒト４番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１７４４００７７に対して）、ＫＣＮＴ２遺伝子とＬＨＸ９遺伝子の間のヒト１番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１０７３７６８０に対して）、ＫＣＮＴ２遺伝子とＬＨＸ９遺伝子の間のヒト１番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１３２９４２８に対して）、ＳＬＣ４４Ａ４遺伝子とＴＮＸＢ遺伝子の間のヒト６番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ４２９６０８に対して）、ＴＮＦＳＦ１４遺伝子とＶＡＶ１遺伝子の間のヒト１９番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ２２３０１９９に対して）上に位置している。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、選択されたＳＮＰの上流又は下流の５０００００塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、患者は、ＣＦＩリスクアレル及び／又はＣＦＨリスクアレル及び／又はＣ２リスクアレル及び／又はＣＦＢリスクアレル及び／又はＣ３リスクアレルを保有すると判定される。幾つかの実施態様では、患者は１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０等のＡＭＤリスクアレルを保有していると判定される。幾つかの実施態様では、患者におけるリスクアレルの存在は、患者からの試料から提供される核酸から多型のヌクレオチドの同一性を決定することを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はＤＮＡを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はＲＮＡを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料は増幅される。幾つかの実施態様では、核酸試料はポリメラーゼ連鎖反応により増幅される。幾つかの実施態様では、多型は、ポリメラーゼ連鎖反応又はシークエンシングによって検出される。幾つかの実施態様では、多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。幾つかの実施態様では、多型は、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニア���蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される。幾つかの実施態様では、試料は、ゲノムＤＮＡが単離されうる任意の生体試料であり、例えば限定されないが、組織試料、唾液試料、口腔粘膜採取検体、血液、又はゲノムＤＮＡを含んでいる他の生体液である。幾つかの実施態様では、試料はＤＮＡを含む。幾つかの実施態様では、試料はＲＮＡを含む。幾つかの実施態様では、患者における多型のヌクレオチドの同一性はジェノタイピングによって決定される。幾つかの実施態様では、ジェノタイピングはＰＣＲ解析、配列解析又はＬＣＲ解析によって実施される。 幾つかの実施態様では、患者は、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８におけるＧヌクレオチドの存在又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧヌクレオチドの存在からなる群から選択されるヌクレオチドを含む少なくとも一のアレルが存在するとき、ＡＭＤの進行のリスク増加があり、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療から恩恵を受け、及び／又は該治療に応答する可能性があるとして同定される。患者は、もし患者がＣＦＩに関連したｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７、又はその等価アレル、ＣＦＨに関連したｒｓ１３２９４２８、又はその等価アレル、又はＣ２／ＣＦＢに関連したｒｓ４２９６０８、又はその等価アレル、Ｃ３に関連したｒｓ２２３０１９９、又はその等価アレルにＧアレルの一又は
二のコピーを、あるいはＣＦＨに関連したｒｓ１０７３７６８０又はその等価アレルにＡアレルの一又は二のコピーを有しているならば、ＡＭＤ進行のリスクが増加しているとして同定される。患者は、もし患者がＣＦＩに関連したｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７、又はその等価アレル、ＣＦＨに関連したｒｓ１３２９４２８、又はその等価アレル、又はＣ２／ＣＦＢに関連したｒｓ４２９６０８、又はその等価アレル、Ｃ３に関連したｒｓ２２３０１９９、又はその等価アレルにＧアレルの一又は二のコピーを、あるいはＣＦＨに関連したｒｓ１０７３７６８０又はその等価アレルにＡアレルの一又は二のコピーを有していないならば、より進行期のＡＭＤへの進行のリスクが減少しているとして同定される。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５と２０／４００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５と２０／１００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／５０と２０／４００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／５０と２０／１００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５より良いか２０／４００より悪いＢＣＶＡを有する。一実施態様では、ＢＣＶＡはＥＴＤＲＳチャートを使用して決定された。幾つかの実施態様では、抗体又はその抗原結合断片は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性はドライＡＭＤである。幾つかの実施態様では、ドライＡＭＤは進行期ドライＡＭＤである。幾つかの実施態様では、進行期ドライＡＭＤは地図状萎縮である。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性は早期ＡＭＤ又は中間期ＡＭＤである。幾つかの実施態様では、早期ＡＭＤ又は中間期ＡＭＤの患者では、臨床症状の出現の減少又は遅延がある（例えば、ドルーゼンの数とサイズを測定し（早期及び中間期ＡＭＤに対して）、ドルーゼンに関連する色素沈着低下及び色素沈着過剰をモニターする（中間期ＡＭＤに対して）ことを含みうる）。
【００１５】
本発明の他の実施態様は、変性疾患（例えばＡＭＤ）の治療に対して治療効果を最適化する方法において、患者の遺伝子型を決定することを含み、ここで、リスクアレル（例えばＡＭＤ関連多型）を保有すると判定される患者が、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片又はその抗原結合断片での治療に応答する可能性が高い、方法を提供する。一実施態様では、変性疾患は黄斑変性疾患である。一実施態様では、黄斑変性疾患は加齢黄斑変性である。幾つかの実施態様では、抗体はラムパリズマブである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されるＳＮＰのマイナーアレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されるＳＮＰの主要アレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、ＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル及び／又はＣ３リスクアレルでありうる。幾つかの実施態様では、リスクアレルはＣＦＩリスクアレルである。幾つかの実施態様では、ＣＦＩリスクアレルは、ｒｓ４６９８７７５：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５にＧを含むか、又はｒｓ４６９８７７５に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＩアレルは、ｒｓ１７４４００７７Ｇ：アレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７にＧを含むか、又はｒｓ１７４４００７７に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＨリスクアレルは、ｒｓ１０７３７６８０：Ａアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０にＡを含むか、又はｒｓ１０７３７６８０に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＨリスクアレルは、ｒｓ１３２９４２８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８にＧを含むか、又はｒｓ１３２９４２８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、Ｃ２リスクアレルは、ｒｓ４２９６０８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ４２９６０８にＧを含むか、又はｒｓ４２９６０８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４２９６０８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＢリスクアレルは、ｒｓ４２９６０８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ４２９６０８にＧを含むか、又はｒｓ４２９６０８���連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４２９６０８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、Ｃ３リスクアレルは、ｒｓ２２３０１９９：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９にＧを含むか、又はｒｓ２２３０１９９に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、連鎖不平衡はＤ’尺度又はｒ２尺度である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は≧０．６０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は、≧０．７０、０．８０又は０．９０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は１．０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は≧０．６０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は、≧０．７０、０．８０又は０．９０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は１．０である。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは表４−７において指定されたＳＮＰである。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５は、ヒト４番染色体上の位置１１０５９０４７９に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＴからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７はヒト４番染色体上の位置１１０５３７５６７に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０は、ヒト１番染色体上の位置１９６６７９４５５に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ａアレルはヌクレオチド配列をＣからＡに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８は、ヒト１番染色体上の位置１９６７０２８１０に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８は、ヒト６番染色体上の位置３１９３０４６２に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９は、ヒト１９番染色体上の位置６７１８３８７に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＣから���に、コード化アミノ酸をアルギニンからグリシンに変化させる。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、ＳＥＣ２４Ｂ遺伝子とＥＧＦ遺伝子の間のヒト４番染色体（ｒｓ４６９８７７５に対して）（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、ＳＥＣ２４Ｂ遺伝子とＥＧＦ遺伝子の間のヒト４番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１７４４００７７に対して）、ＫＣＮＴ２遺伝子とＬＨＸ９遺伝子の間のヒト１番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１０７３７６８０に対して）、ＫＣＮＴ２遺伝子とＬＨＸ９遺伝子の間のヒト１番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１３２９４２８に対して）、ＳＬＣ４４Ａ４遺伝子とＴＮＸＢ遺伝子の間のヒト６番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ４２９６０８に対して）、ＴＮＦＳＦ１４遺伝子とＶＡＶ１遺伝子の間のヒト１９番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ２２３０１９９に対して）上に位置している。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、選択されたＳＮＰの上流又は下流の５０００００塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、選択されたＳＮＰの上流及び下流の５０００００塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、患者は、ＣＦＩリスクアレル及び／又はＣＦＨリスクアレル及び／又はＣ２リスクアレル及び／又はＣＦＢリスクアレル及び／又はＣ３リスクアレルを保有すると判定される。幾つかの実施態様では、患者は１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０等のＡＭＤリスクアレルを保有していると判定される。幾つかの実施態様では、患者におけるリスクアレルの存在は、患者からの試料から提供される核酸から多型のヌクレオチドの同一性を決定することを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はＤＮＡを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はＲＮＡを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料は増幅される。幾つかの実施態様では、核酸試料はポリメラーゼ連鎖反応により増幅される。幾つかの実施態様では、多型は、ポリメラーゼ連鎖反応又はシークエンシングによって検出される。幾つかの実施態様では、多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。幾つかの実施態様では、多型は、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解���、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される。幾つかの実施態様では、試料は、ゲノムＤＮＡが単離されうる任意の生体試料であり、例えば限定されないが、組織試料、唾液試料、口腔粘膜採取検体、血液、又はゲノムＤＮＡを含んでいる他の生体液である。幾つかの実施態様では、試料はＤＮＡを含む。幾つかの実施態様では、試料はＲＮＡを含む。幾つかの実施態様では、患者における多型のヌクレオチドの同一性はジェノタイピングによって決定される。幾つかの実施態様では、ジェノタイピングはＰＣＲ解析、配列解析又はＬＣＲ解析によって実施される。幾つかの実施態様では、患者は、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８におけるＧヌクレオチドの存在又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧヌクレオチドの存在からなる群から選択されるヌクレオチドを含む少なくとも一のアレルが存在するとき、ＡＭＤの進行のリスク増加があり、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療から恩恵を受ける可能性があるとして同定される。患者は、もし患者がＣＦＩに関連したｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７、又はその等価アレル、ＣＦＨに関連したｒｓ１３２９４２８、又はその等価アレル、又はＣ２／ＣＦＢに関連したｒｓ４２９６０８、又はその等価アレル、Ｃ３に関連したｒｓ２２３０１９９、又はその等価アレルにＧアレルの一又は二のコピーを、あるいはＣＦＨに関連したｒｓ１０７３７６８
０又はその等価アレルにＡアレルの一又は二のコピーを有しているならば、ＡＭＤ進行のリスクが増加しているとして同定される。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５と２０／４００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５と２０／１００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／５０と２０／４００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／５０と２０／１００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５より良いか２０／４００より悪いＢＣＶＡを有する。一実施態様では、ＢＣＶＡはＥＴＤＲＳチャートを使用して決定された。幾つかの実施態様では、抗体又はその抗原結合断片は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性はドライＡＭＤである。幾つかの実施態様では、ドライＡＭＤは進行期ドライＡＭＤである。幾つかの実施態様では、進行期ドライＡＭＤは地図状萎縮である。幾つかの実施態様では、患者は、抗体治療を受けていない対照患者と比較して、抗体投与後に減少した地図状萎縮（ＧＡ）面積の平均変化を有する。幾つかの実施態様では、ＧＡ面積の平均変化は、標準的なイメージング法（例えば眼底自発蛍光（ＦＡＦ）又はカラー眼底写真（ＣＦＰ）を介したＧＡ面積の測定によって決定される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性は早期ＡＭＤ又は中間期ＡＭＤである。幾つかの実施態様では、早期ＡＭＤ又は中間期ＡＭＤの患者では、臨床症状の出現の減少又は遅延がある（例えば、ドルーゼンの数とサイズを測定し（早期及び中間期ＡＭＤに対して）、ドルーゼンに関連する色素沈着低下及び色素沈着過剰をモニターする（中間期ＡＭＤに対して）ことを含みうる）。幾つかの実施態様では、該方法は対象に第二の医薬を投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、第二の医薬はＶＥＧＦ阻害剤である。
【００１６】
本発明の更に他の実施態様は、変性疾患（例えばＡＭＤ）患者の抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片での治療に対する応答性を予測する方法であって、患者の遺伝子型を決定することを含み、リスクアレルを保有すると判定される患者が、ＡＭＤ進行（例えばＧＡ進行）のリスクが増加しており、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片での治療に応答する可能性が高い患者として同定される、方法を提供する。一実施態様では、変性疾患は黄斑変性疾患である。一実施態様では、黄斑変性疾患は加齢黄斑変性である。幾つかの実施態様では、抗体はラムパリズマブである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されるＳＮＰのマイナーアレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されるＳＮＰの主要アレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレル（例えばＡＭＤ関連多型)）は、ＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル及び／又はＣ３リスクアレルでありうる。幾つかの実施態様では、リスクアレルはＣＦＩリスクアレルである。幾つかの実施態様では、ＣＦＩリスクアレルは、ｒｓ４６９８７７５：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５にＧを含むか、又はｒｓ４６９８７７５に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＩアレルは、ｒｓ１７４４００７７Ｇ：アレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７にＧを含むか、又はｒｓ１７４４００７７に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＨリスクアレルは、ｒｓ１０７３７６８０：Ａアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０にＡを含むか、又はｒｓ１０７３７６８０に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＨリスクアレルは、ｒｓ１３２９４２８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８にＧを含むか、又はｒｓ１３２９４２８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、Ｃ２リスクアレルは、ｒｓ４２９６０８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ４２９６０８にＧを含むか、又はｒｓ４２９６０８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４２９６０８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＢリスクアレルは、ｒｓ４２９６０８：Ｇアレル、又はその���価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ４２９６０８にＧを含むか、又はｒｓ４２９６０８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４２９６０８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、Ｃ３リスクアレルは、ｒｓ２２３０１９９：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいはＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９にＧを含むか、又はｒｓ２２３０１９９に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、連鎖不平衡はＤ’尺度又はｒ２尺度である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は≧０．６０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は、≧０．７０、０．８０又は０．９０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は１．０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は≧０．６０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は、≧０．７０、０．８０又は０．９０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は１．０である。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは表４−７において指定されたＳＮＰである。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５は、ヒト４番染色体上の位置１１０５９０４７９に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＴからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７はヒト４番染色体上の位置１１０５３７５６７に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０は、ヒト１番染色体上の位置１９６６７９４５５に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ａアレルはヌクレオチド配列をＣからＡに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８は、ヒト１番染色体上の位置１９６７０２８１０に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８は、ヒト６番染色体上の位置３１９３０４６２に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９は、ヒト１９番染色体上の位置６７１８３８７に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＣからＧに、コード化アミノ酸をアルギニンからグリシンに変化させる。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、ＳＥＣ２４Ｂ遺伝子とＥＧＦ遺伝子の間のヒト４番染色体（ｒｓ４６９８７７５に対して）（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、ＳＥＣ２４Ｂ遺伝子とＥＧＦ遺伝子の間のヒト４番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１７４４００７７に対して）、ＫＣＮＴ２遺伝子とＬＨＸ９遺伝子の間のヒト１番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１０７３７６８０に対して）、ＫＣＮＴ２遺伝子とＬＨＸ９遺伝子の間のヒト１番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１３２９４２８に対して）、ＳＬＣ４４Ａ４遺伝子とＴＮＸＢ遺伝子の間のヒト６番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ４２９６０８に対して）、ＴＮＦＳＦ１４遺伝子とＶＡＶ１遺伝子の間のヒト１９番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ２２３０１９９に対して）上に位置している。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、選択されたＳＮＰの上流及び下流の５０００００塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、患者は、ＣＦＩリスクアレル及び／又はＣＦＨリスクアレル及び／又はＣ２リスクアレル及び／又はＣＦＢリスクアレル及び／又はＣ３リスクアレルを保有すると判定される。幾つかの実施態様では、患者は１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０等のＡＭＤリスクアレルを保有していると判定される。幾つかの実施態様では、患者におけるリスクアレルの存在は、患者からの試料から提供される核酸から多型のヌクレオチドの同一性を決定することを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はＤＮＡを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はＲＮＡを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料は増幅される。幾つかの実施態様では、核酸試料はポリメラーゼ連鎖反応により増幅される。幾つかの実施態様では、多型は、ポリメラーゼ連鎖反応又はシークエンシングによって検出される。幾つかの実施態様では、多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。幾つかの実施態様では、多型は、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される。幾つかの実施態様では、試料は、ゲノムＤＮＡが単離されうる任意の生体試料であり、例えば限定されないが、組織試料、唾液試料、口腔粘膜採取検体、血液、又はゲノムＤＮＡを含んでいる他の生体液である。幾つかの実施態様では、血液試料は、全血、血液由来細胞、血漿、血清及びそれらの組合せを含む。幾つかの実施態様では、患者における多型のヌクレオチドの同一性はジェノタイピングによって決定される。幾つかの実施態様では、ジェノタイピングはＰＣＲ解析、配列解析又はＬＣＲ解析によって実施される。幾つかの実施態様では、患者は、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８におけるＧヌクレオチドの存在又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧヌクレオチドの存在からなる群から選択されるヌクレオチドを含む少なくとも一のアレルが存在するとき、ＡＭＤの進行のリスク増加があり、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療から恩恵を受ける可能性があるとして同定される。患者は、もし患者がＣＦＩに関連したｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７、又はその等価アレル、ＣＦＨに関連したｒｓ１３２９４２８、又はその等価アレル、又はＣ２／ＣＦＢに関連したｒｓ４２９６０８、又はその等価アレル、Ｃ３に関連したｒｓ２２３０１９９、又はその等価アレルにＧアレルの一又は二のコピーを、あるいはＣＦＨに関連したｒｓ１０７３７６８０又はその等価ア
レルにＡアレルの一又は二のコピーを有しているならば、ＡＭＤ進行のリスクが増加しているとして同定される。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５と２０／４００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５と２０／１００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／５０と２０／４００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／５０と２０／１００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５より良いか２０／４００より悪いＢＣＶＡを有する。一実施態様では、ＢＣＶＡはＥＴＤＲＳチャートを使用して決定された。幾つかの実施態様では、抗体又はその抗原結合断片は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性はドライＡＭＤである。幾つかの実施態様では、ドライＡＭＤは進行期ドライＡＭＤである。幾つかの実施態様では、進行期ドライＡＭＤは地図状萎縮である。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性は早期ＡＭＤ又は中間期ＡＭＤである。幾つかの実施態様では、早期ＡＭＤ又は中間期ＡＭＤの患者では、臨床症状の出現の減少又は遅延がある（例えば、ドルーゼンの数とサイズを測定し（早期及び中間期ＡＭＤに対して）、ドルーゼンに関連する色素沈着低下及び色素沈着過剰をモニターする（中間期ＡＭＤに対して）ことを含みうる）。幾つかの実施態様では、該方法は対象に第二の医薬を投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、第二の医薬はＶＥＧＦ阻害剤である。
【００１７】
本発明の更に他の実施態様は、ＡＭＤ患者が抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片での治療から恩恵を受ける可能性を判定するための方法において、患者の遺伝子型を決定することを含み、ここで、リスクアレルを保有する患者が、ＡＭＤ進行のリスクが増加しており、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片での治療に応答する可能性が高いとして同定される、方法を提供する。幾つかの実施態様では、抗体はラムパリズマブである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されたＳＮＰのマイナーアレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレルは、選択されたＳＮＰの主要アレルである。幾つかの実施態様では、リスクアレル（例えばＡＭＤ関連多型) はＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル及び／又はＣ３リスクアレルでありうる。幾つかの実施態様では、リスクアレルはＣＦＩリスクアレルである。幾つかの実施態様では、ＣＦＩリスクアレルは、ｒｓ４６９８７７５：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５にＧを含むか、又はｒｓ４６９８７７５に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＩリスクアレルは、ｒｓ１７４４００７７Ｇ：アレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７にＧを含むか、又はｒｓ１７４４００７７に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＨリスクアレルは、ｒｓ１０７３７６８０：Ａアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０にＡを含むか、又はｒｓ１０７３７６８０に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＨリスクアレルは、ｒｓ１３２９４２８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８にＧを含むか、又はｒｓ１３２９４２８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、Ｃ２リスクアレルは、ｒｓ４２９６０８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ４２９６０８にＧを含むか又はｒｓ４２９６０８に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４２９６０８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、ＣＦＢリスクアレルは、ｒｓ４２９６０８：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ４２９６０８にＧを含むか、又はｒｓ４２９６０��に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ４２９６０８のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、Ｃ３リスクアレルは、ｒｓ２２３０１９９：Ｇアレル、又はその等価アレルであり、あるいは選択されたＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９にＧを含むか又はｒｓ２２３０１９９に連鎖不平衡にある代替ＳＮＰを含む。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、マイナーアレル又は選択されたＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９のリスクアレルの同じハロタイプ上にあるアレルを含む。幾つかの実施態様では、連鎖不平衡はＤ’尺度又はｒ２尺度である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は≧０．６０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は、≧０．７０、０．８０又は０．９０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のＤ’尺度は１．０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は≧０．６０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は、≧０．７０、０．８０又は０．９０である。幾つかの実施態様では、選択されたＳＮＰと代替ＳＮＰの間のｒ２尺度は１．０である。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは表４−７において指定されたＳＮＰである。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５は、ヒト４番染色体上の位置１１０５９０４７９に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＴからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７はヒト４番染色体上の位置１１０５３７５６７に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０は、ヒト１番染色体上の位置１９６６７９４５５に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ａアレルはヌクレオチド配列をＣからＡに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８は、ヒト１番染色体上の位置１９６７０２８１０に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８は、ヒト６番染色体上の位置３１９３０４６２に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。幾つかの実施態様では、ＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９は、ヒト１９番染色体上の位置６７１８３８７に位置しており（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、Ｇアレルはヌクレオチド配��をＣからＧに、コード化アミノ酸をアルギニンからグリシンに変化させる。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、ＳＥＣ２４Ｂ遺伝子とＥＧＦ遺伝子の間のヒト４番染色体（ｒｓ４６９８７７５に対して）（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、ＳＥＣ２４Ｂ遺伝子とＥＧＦ遺伝子の間のヒト４番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１７４４００７７に対して）、ＫＣＮＴ２遺伝子とＬＨＸ９遺伝子の間のヒト１番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１０７３７６８０に対して）、ＫＣＮＴ２遺伝子とＬＨＸ９遺伝子の間のヒト１番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ１３２９４２８に対して）、ＳＬＣ４４Ａ４遺伝子とＴＮＸＢ遺伝子の間のヒト６番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ４２９６０８に対して）、ＴＮＦＳＦ１４遺伝子とＶＡＶ１遺伝子の間のヒト１９番染色体（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）（ｒｓ２２３０１９９に対して）上に位置している。幾つかの実施態様では、代替ＳＮＰは、選択されたＳＮＰの上流及び下流の５０００００塩基対内に位置している。幾つかの実施態様では、患者は、ＣＦＩリスクアレル及び／又はＣＦＨリスクアレル及び／又はＣ２リスクアレル及び／又はＣＦＢリスクアレル及び／又はＣ３リスクアレルを保有すると判定される。幾つかの実施態様では、患者は１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０等のＡＭＤリスクアレルを保有していると判定される。幾つかの実施態様では、患者におけるリスクアレルの存在は、患者からの試料から提供される核酸から多型のヌクレオチドの同一性を決定することを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はＤＮＡを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料はＲＮＡを含む。幾つかの実施態様では、核酸試料は増幅される。幾つかの実施態様では、核酸試料はポリメラーゼ連鎖反応により増幅される。幾つかの実施態様では、多型は、ポリメラーゼ連鎖反応又はシークエンシングによって検出される。幾つかの実施態様では、多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。幾つかの実施態様では、多型は、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラ��トフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される。幾つかの実施態様では、試料は、ゲノムＤＮＡが単離されうる任意の生体試料であり、例えば限定されないが、組織試料、唾液試料、口腔粘膜採取検体、血液、又はゲノムＤＮＡを含んでいる他の生体液である。幾つかの実施態様では、患者における多型のヌクレオチドの同一性はジェノタイピングによって決定される。幾つかの実施態様では、ジェノタイピングはＰＣＲ解析、配列解析又はＬＣＲ解析によって実施される。幾つかの実施態様では、患者は、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８におけるＧヌクレオチドの存在、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８におけるＧヌクレオチドの存在又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧヌクレオチドの存在からなる群から選択されるヌクレオチドを含む少なくとも一のアレルが存在するとき、ＡＭＤの進行のリスク増加があり、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片に応答する可能性がある患者として同定される。患者は、もし患者がＣＦＩに関連したｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７、又はその等価アレル、ＣＦＨに関連したｒｓ１３２９４２８、又はその等価アレル、又はＣ２／ＣＦＢに関連したｒｓ４２９６０８、又はその等価アレル、Ｃ３に関連したｒｓ２２３０１９９、又はその等価アレルにＧアレルの一又は二のコピーを、あるいはＣＦＨに関連したｒｓ１０７３７６８０又はその等価アレルにＡアレルの一又は二のコピーを有しているならば、ＡＭＤ進行のリスクが増加しているとして同定される。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５と２０／４００の間のＢＣＶＡを
有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５と２０／１００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／５０と２０／４００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／５０と２０／１００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５より良いか２０／４００より悪いＢＣＶＡを有する。一実施態様では、ＢＣＶＡはＥＴＤＲＳチャートを使用して決定された。幾つかの実施態様では、抗体又はその抗原結合断片は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性はドライＡＭＤである。幾つかの実施態様では、ドライＡＭＤは進行期ドライＡＭＤである。幾つかの実施態様では、進行期ドライＡＭＤは地図状萎縮である。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性は早期ＡＭＤ又は中間期ＡＭＤである。幾つかの実施態様では、早期ＡＭＤ又は中間期ＡＭＤの患者では、臨床症状の出現の減少又は遅延がある（例えば、ドルーゼンの数とサイズを測定し（早期及び中間期ＡＭＤに対して）、ドルーゼンに関連する色素沈着低下及び色素沈着過剰をモニターする（中間期ＡＭＤに対して）ことを含みうる）。幾つかの実施態様では、該方法は、対象に第二の医薬を投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、第二の医薬はＶＥＧＦ阻害剤である。
【００１８】
本発明の更に他の実施態様は、患者の変性疾患（例えばＡＭＤ）を治療する方法において、変性疾患と診断された患者に有効量の抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を投与することを含み、ここで、患者は対照と比較して治療後にＡＭＤの進行が減少している、方法を提供する。幾つかの実施態様では、抗体はラムパリズマブである。一実施態様では、変性疾患は黄斑変性疾患である。一実施態様では、黄斑変性疾患は加齢黄斑変性である。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５と２０／４００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５と２０／１００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／５０と２０／４００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／５０と２０／１００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５より良いか２０／４００より悪いＢＣＶＡを有する。一実施態様では、ＢＣＶＡはＥＴＤＲＳチャートを使用して決定された。幾つかの実施態様では、抗体又はその抗原結合断片は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性はドライＡＭＤである。幾つかの実施態様では、ドライＡＭＤは進行期ドライＡＭＤである。幾つかの実施態様では、進行期ドライＡＭＤは地図状萎縮である。幾つかの実施態様では、患者は、抗体治療を受けていない対照患者と比較して、抗体投与後に減少した地図状萎縮（ＧＡ）面積の平均変化を有する。幾つかの実施態様では、ＧＡ面積の平均変化は、標準的なイメージング法（例えば眼底自発蛍光（ＦＡＦ）又はカラー眼底写真（ＣＦＰ）を介したＧＡ面積の測定によって決定される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性は早期ＡＭＤ又は中間期ＡＭＤである。幾つかの実施態様では、早期ＡＭＤ又は中間期ＡＭＤの患者では、臨床症状の出現の減少又は遅延がある（例えば、ドルーゼンの数とサイズを測定し（早期及び中間期ＡＭＤに対して）、ドルーゼンに関連する色素沈着低下及び色素沈着過剰をモニターする（中間期ＡＭＤに対して）ことを含みうる）。幾つかの実施態様では、該方法は、対象に第二の医薬を投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、第二の医薬はＶＥＧＦ阻害剤である。
【００１９】
本発明の更に他の実施態様は、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片での治療から恩恵を受けうる変性疾患患者（例えばＡＭＤ患者）を同定する方法において、患者のベースラインＧＡ面積を決定することを含み、ここで、臨床的介入を必要とするベースラインＧＡ面積を有する患者が、抗Ｄ因子抗体での治療から恩恵を受けうる患者として同定される、方法を提供する。一実施態様では、変性疾患は黄斑変性疾患である。一実施態様では、黄斑変性疾患は加齢黄斑変性である。幾つかの実施態様では、抗体はラムパリズマブである。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５と２０／４００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５と２０／１００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／５０と２０／４００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／５０と２０／１００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５より良いか２０／４００より悪いＢＣＶＡを有する。一実施態様では、ＢＣＶＡはＥＴＤＲＳチャートを使用して決定された。幾つかの実施態様では、抗体又はその抗原結合断片は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性はドライＡＭＤである。幾つかの実施態様では、ドライＡＭＤは進行期ドライＡＭＤである。幾つかの実施態様では、進行期ドライＡＭＤは地図状萎縮である。幾つかの実施態様では、患者は、抗体治療を受けていない対照患者と比較して、抗体投与後に減少した地図状萎縮（ＧＡ）面積の平均変化を有する。幾つかの実施態様では、ＧＡ面積の平均変化は、標準的なイメージング法（例えば眼底自発蛍光（ＦＡＦ）又はカラー眼底写真（ＣＦＰ）を介したＧＡ面積の測定によって決定される。幾つかの実施態様では、加齢黄斑変性は早期ＡＭＤ又は中間期ＡＭＤである。幾つかの実施態様では、早期ＡＭＤ又は中間期ＡＭＤの患者では、臨床症状の出現の減少又は遅延がある（例えば、ドルーゼンの数とサイズを測定し（早期及び中間期ＡＭＤに対して）、ドルーゼンに関連する色素沈着低下及び色素沈着過剰をモニターする（中間期ＡＭＤに対して）ことを含みうる）。幾つかの実施態様では、該方法は、対象に第二の医薬を投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、第二の医薬はＶＥＧＦ阻害剤である。
【００２０】
幾つかの実施態様では、ここに記載の方法における補体阻害剤は、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片である。幾つかの実施態様では、抗体はＤ因子に特異的に結合する。幾つかの実施態様では、抗体は、アミノ酸配列ＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮ（配列番号：１）を含むＨＶＲ−Ｌ１、アミノ酸配列ＧＧＮＴＬＲＰ（配列番号：２）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及びアミノ酸配列ＬＱＳＤＳＬＰＹＴ（配列番号：３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び／又はアミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮ（配列番号：４）を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列ＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧ（配列番号：５）を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列ＥＧＧＶＮＮ（配列番号：６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖可変領域配列；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、ＣＡＳ登録番号１２７８４６６−２０−８を有するラムパリズマブである。幾つかの実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、モノクローナル抗体、抗体断片、キメラ抗体、ヒト化抗体、単鎖抗体又はその各抗原エピトープへの抗Ｄ因子抗体の結合を競合的に阻害する抗体でありうる。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、アミノ酸配列ＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮ（配列番号：１）を含むＨＶＲ−Ｌ１、アミノ酸配列ＧＧＮＴＬＲＰ（配列番号：２）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及びアミノ酸配列ＬＱＳＤＳＬＰＹＴ（配列番号：３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び／又はアミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮ（配列番号：４）を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列ＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧ（配列番号：５）を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列ＥＧＧＶＮＮ（配列番号：６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含む抗Ｄ因子抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖可変領域配列；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖配列；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖配列を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列を含む重鎖；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、ＣＡＳ登録番号１２７８４６６−２０−８を有するラムパリズマブのその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。幾つかの実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、他のＤ因子抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、アミノ酸配列ＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮ（配列番号：１）を含むＨＶＲ−Ｌ１、アミノ酸配列ＧＧＮＴＬＲＰ（配列番号：２）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及びアミノ酸配列ＬＱＳＤＳＬＰＹＴ（配列番号：３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び／又はアミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮ（配列番号：４）を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列ＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧ（配列番号：５）を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列ＥＧＧＶＮＮ（配列番号：６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含むＤ因子抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖可変領域配列；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖配列；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖配列を含む抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列を含む重鎖；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、ＣＡＳ登録番号１２７８４６６−２０−８を有するラムパリズマブが結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。
【００２１】
幾つかの実施態様では、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片は、眼球内又は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、抗体は、１０ｍｇのフラットな用量で投与される。幾つかの実施態様では、抗体は、毎月１０ｍｇ又は隔月１０ｍｇのフラットな用量で投与される。幾つかの実施態様では、抗体は、毎月１０ｍｇ又は隔月１０ｍｇのフラットな用量で硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、抗Ｄ因子抗体又は抗原結合断片の別の製剤又は薬物送達モードは、１０ｍｇより少ないか又は多い用量を含みうる。幾つかの実施態様では、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片は、長時間作用性送達（ＬＡＤ）装置を介して投与される場合、１０ｍｇより少ない用量で投与される。例えば、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片は、９、８、７、６、５、４、３、２、１ｍｇの用量で投与される。幾つかの実施態様では、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片は、硝子体内に投与される場合、１０ｍｇより多い用量で投与される。例えば、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片は、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０ｍｇの用量で投与される。
【００２２】
幾つかの実施態様では、抗体の投与は次のものの一又は複数に効果的である：（１）ＧＡ面積の低減、（２）視力喪失の低減。幾つかの実施態様では、ここに記載の方法は、患者に第二の医薬を投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、第二の医薬はＶＥＧＦ阻害剤である。幾つかの実施態様では、第二の医薬はＡＭＤに対する標準治療である。
【００２３】
他の態様では、本発明は、Ｄ因子阻害剤の投与を含む、リスクアレルを保有し、治療を必要とする患者の治療のための治療レジメンを提供する。幾つかの実施態様では、補体阻害剤は抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片である。幾つかの実施態様では、抗体は５−３０ｍｇのフラットな用量で投与される。幾つかの実施態様では、抗体は、毎月５−１５ｍｇ又は隔月１０−３０ｍｇのフラットな用量で投与される。幾つかの実施態様では、抗体は、眼球内又は硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、抗体は、毎月５ｍｇ又は１５ｍｇのフラットな用量で硝子体内に投与される。幾つかの実施態様では、抗体は、アミノ酸配列ＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮ（配列番号：１）を含むＨＶＲ−Ｌ１、アミノ酸配列ＧＧＮＴＬＲＰ（配列番号：２）を含むＨＶＲ−Ｌ２及びアミノ酸配列ＬＱＳＤＳＬＰＹＴ（配列番号：３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び／又はアミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮ（配列番号：４）を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列ＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧ（配列番号：５）を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列ＥＧＧＶＮＮ（配列番号：６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖可変領域配列；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列
2020028293.tif 000003
を含む重鎖可変領域配列；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列
2020028293.tif 000004
を含む軽鎖可変領域を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、ＣＡＳ登録番号１２７８４６６−２０−８を有するはラムパリズマブである。幾つかの実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、モノクローナル抗体、抗体断片、キメラ抗体、ヒト化抗体、単鎖抗体又はその各抗原エピトープへの抗Ｄ因子抗体の結合を競合的に阻害する抗体でありうる。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、アミノ酸配列ＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮ（配列番号：１）を含むＨＶＲ−Ｌ１、アミノ酸配列ＧＧＮＴＬＲＰ（配列番号：２）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及びアミノ酸配列ＬＱＳＤＳＬＰＹＴ（配列番号：３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び／又はアミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮ（配列番号：４）を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列ＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧ（配列番号：５）を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列ＥＧＧＶＮＮ（配列番号：６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含む抗Ｄ因子抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖可変領域配列；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖配列；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖配列を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列を含む重鎖；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、ＣＡＳ登録番号１２７８４６６−２０−８を有するラムパリズマブのその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。幾つかの実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、他のＤ因子抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、アミノ酸配列ＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮ（配列番号：１）を含むＨＶＲ−Ｌ１、アミノ酸配列ＧＧＮＴＬＲＰ（配列番号：２）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及びアミノ酸配列ＬＱＳＤＳＬＰＹＴ（配列番号：３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び／又はアミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮ（配列番号：４）を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列ＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧ（配列番号：５）を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列ＥＧＧＶＮＮ（配列番号：６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含むＤ因子抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖可変領域配列；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖配列；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖配列を含む抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列を含む重鎖；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、ＣＡＳ登録番号１２７８４６６−２０−８を有するラムパリズマブが結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。
【００２４】
他の態様では、本発明は、Ｄ因子阻害剤での治療から恩恵を受けうるＡＭＤ患者を同定する方法であって、患者からの試料から遺伝子型を決定することを含み、ここで、遺伝子型アッセイによって測定されるリスクアレルを保有する患者が、Ｄ因子阻害剤での治療から恩恵を受けうる患者として同定される、方法を提供する。他の態様では、本発明は、ＡＭＤ患者のＤ因子阻害剤での治療に対する応答性を予測する方法であって、患者からの試料から遺伝子型を決定することを含み、ここで、リスクアレルを保有する患者が、Ｄ因子阻害剤での治療に応答する可能性がある患者として同定される、方法を提供する。幾つかの実施態様では、遺伝子型アッセイは、ＳＮＰアレイ、Ｔａｑｍａｎ（Hui等, Current Protocol in Human Genetics, Supp 56: 2.10.1-2.10.8 (2008)）、蛍光偏光法、Ｓｅｑｕｅｎｏｍ又はここに記載のＳＮＰ解析のための他の方法を使用して実施される。幾つかの実施態様では、遺伝子型アッセイはＰＣＲ又はシークエンシングを利用する。
【００２５】
他の態様では、本発明は、ＨＶＲＨ１、ＨＶＲＨ２、ＨＶＲＨ３、ＨＶＲＬ１、ＨＶＲＬ２、ＨＶＲＬ３、及びＨＶＲＬ３を含み、ここで、各ＨＶＲは、配列番号：１、配列番号：２、配列番号：３、配列番号：４、配列番号：５及び配列番号：６のアミノ酸を有する抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を、変性疾患に罹患している患者に毎月１０ｍｇの用量で投与することを含む変性疾患を治療する方法を提供する。一実施態様では、変性疾患は黄斑変性疾患である。一実施態様では、黄斑変性疾患は加齢黄斑変性である。一実施態様では、加齢黄斑変性は、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである。一実施態様では、進行期ＡＭＤは地図状萎縮である。一実施態様では、第二の医薬が投与される。一実施態様では、第二の医薬はＶＥＧＦ阻害剤である。一実施態様では、ＶＥＧＦ阻害剤はラニビズマブである。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片は、配列番号：７を含むＶＨと配列番号：８を含むＶＬを含む抗体又はその抗原結合断片である。一実施態様では、治療は、ベースラインＧＡ面積から５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、１００％を越えるＧＡ面積の減少変化を生じる。 一実施態様では、治療は、ベースラインＧＡ面積から８０％を越えるＧＡ面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインＧＡ面積から７５％を越えるＧＡ面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインＧＡ面積から７０％を越えるＧＡ面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインＧＡ面積から６５％を越えるＧＡ面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインＧＡ面積から６０％を越えるＧＡ面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインＧＡ面積から５５％を越えるＧＡ面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインＧＡ面積から５０％を越えるＧＡ面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインＧＡ面積から４５％を越えるＧＡ面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインＧＡ面積から４０％を越えるＧＡ面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインＧＡ面積から３５％を越えるＧＡ面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインＧＡ面積から３０％を越えるＧＡ面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインＧＡ面積から２５％を越えるＧＡ面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインＧＡ面積から２０％を越えるＧＡ面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースライン��Ａ面積から１５％を越えるＧＡ面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインＧＡ面積から１０％を越えるＧＡ面積の減少変化を生じる。一実施態様では、治療は、ベースラインＧＡ面積から５％を越えるＧＡ面積の減少変化を生じる。一実施態様では、患者は、ＡＭＤに続発する地図状萎縮を有している。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５と２０／４００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５と２０／１００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／５０と２０／４００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／５０と２０／１００の間のＢＣＶＡを有する。一実施態様では、患者の試験眼は、２０／２５より良いか２０／４００より悪いＢＣＶＡを有する。一実施態様では、ＢＣＶＡはＥＴＤＲＳチャートを使用して決定された。一実施態様では、患者は、試験眼において如何なる硝子体内治療、網膜手術又は他の網膜治療術も過去に受けていない。
【００２６】
一態様では、本発明は、変性疾患患者からの生体試料でのジェノタイピングのためのキットであって、リスクアレルの検出のためのポリメラーゼ連鎖反応又はシークエンシング用のオリゴヌクレオチドを含むキットを提供する。他の態様では、本発明は、生体試料における少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を決定するためのキットであって、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在について生体試料の遺伝子型を検出するための試薬及び指示書を含み、ここで、多型が、ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択されるリスクアレルである、キットを提供する。一実施態様では、生体試料は、血液試料、唾液、口腔粘膜採取検体、組織試料又は体液試料である。一実施態様では、生体試料は核酸試料である。一実施態様では、核酸試料はＤＮＡを含む。一実施態様では、核酸試料はＲＮＡを含む。一実施態様では、核酸試料は増幅される。一実施態様では、生体試料は、早期、中間期及び進行期ＡＭＤを含む、ＡＭＤのような変性疾患と診断された患者から得られる。一実施態様では、進行期ＡＭＤはＧＡである。一実施態様では、キットは、変性疾患患者が抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片に対して応答する可能性があるかどうかを判定するためのパッケージ挿入物を更に含む。一実施態様では、キットは、ＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル又はＣ３リスクアレルの存在を検出するために使用される。一実施態様では、キットは、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレルあるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の二のアレルの存在を検出するために使用される。一実施態様では、キットの試薬は、ＣＦＩ、Ｃ２、ＣＦＢ、Ｃ３又はＣＦＨアレルにおける多型の検出に対して特異的なオリゴヌクレオチドセットを含む。本発明によるオリゴヌクレオチドは、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型からなる群から選択される、ＣＦＩ、Ｃ２、ＣＦＢ、Ｃ３又はＣＦＨそれぞれに多型を含むＣＦＩ、Ｃ２、ＣＦＢ、Ｃ３又はＣＦＨ遺伝子の領域を増幅させるために適した順方向プライマー及び逆方向プライマーでありうる。キットは、多型を検出するためのオリゴヌクレオチドプローブを更に含みうる。本発明に対するプライマー及びプローブとして有用なオリゴヌクレオチドは、配列番号：１７−４１のような表９に列挙されたものを含む。一態様では、キットの試薬は、（ｉ）配列番号：１９又は２０の逆方向プライマー及び配列番号：２１−２４から選択される標識プローブと組み合わされる配列番号：１７又は１８の順方向プライマー；（ｉｉ）配列番号：２７又は２８の逆方向プライマー及び配列番号：２９−３３から選択される標識プローブと組み合わされる配列番号：２５又は２６の順方向プライマー；あるいは（ｉｉｉ）配列番号：３６又は３７の逆方向プライマー及び配列番号：３８−４１から選択される標識プローブと組み合わされる配列番号：３４又は３５の順方向プライマーを含む。一実施態様では、キットの試薬は、上記の（ｉ）、（ｉｉ）及び（ｉｉｉ）に列挙されたプライマーとプローブを組み合わせる。
【００２７】
他の態様では、本発明は、患者が抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片での治療から恩恵を受ける高い可能性を有しているかどうかを予測するためのキットであって、ＣＦＩ、Ｃ２、ＣＦＢ、Ｃ３又はＣＦＨにおける多型に特異的な第一のオリゴヌクレオチドと第二のオリゴヌクレオチドを含む、キットを提供する。一実施態様では、前記第一のオリゴヌクレオチドと前記第二のオリゴヌクレオチドは、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型からなる群から選択される、多型をＣＦＩ、Ｃ２、ＣＦＢ、Ｃ３又はＣＦＨのそれぞれに含むＣＦＩ、Ｃ２、ＣＦＢ、Ｃ３又はＣＦＨ遺伝子の領域を増幅させるために使用されうる。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片は、ＨＶＲＨ１、ＨＶＲＨ２、ＨＶＲＨ３、ＨＶＲＬ１、ＨＶＲＬ２、ＨＶＲＬ３、及びＨＶＲＬ３を含み、各ＨＶＲは、配列番号：１、配列番号：２、配列番号：３、配列番号：４、配列番号：５及び配列番号：６のアミノ酸配列を有する。
【００２８】
本発明の一態様では、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片は、配列番号：７の可変重鎖及び／又は配列番号：８の可変軽鎖を含む。
【００２９】
本発明の一態様では、多型はＣＦＩ多型である。一実施態様では、ＣＦＩ多型は、ＣＦＨ多型、Ｃ２多型、Ｃ３多型又はＣＦＢ多型からなる群から選択される一又は複数の更なる多型と組み合わされて存在する。
【００３０】
一態様では、本発明は、変性疾患を診断するための診断薬（diagnostic）の製造のための、少なくとも一の変性疾患関連多型であって、ＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル又はＣ３リスクアレルからなる群から選択されるマイナーアレルである多型に特異的に結合する薬剤の使用を提供する。一実施態様では、ＣＦＩアレルはその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルはその等価なアレルであり、Ｃ２アレルはその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルはその等価なアレルであり、又はＣ３アレルはその等価なアレルである。一実施態様では、ＣＦＩアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを、又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、Ｃ３アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む。一実施態様では、少なくとも一の多型は、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される。一実施態様では、少なくとも一の多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。一実施態様では、個体におけるＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、変性疾患進行に対して増加したリスクを示す。一実施態様では、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される。一実施態様では、変性疾患は加齢黄斑変性である。一実施態様で���、加齢黄斑変性は、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである。一実施態様では、進行期ＡＭＤは地図状萎縮である。
【００３１】
一態様では、本発明は、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する見込みがある変性疾患の患者を同定するための、少なくとも一の変性疾患関連多型であって、ＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル又はＣ３リスクアレルからなる群から選択されるリスクアレルである多型に結合する薬剤のインビトロでの使用であって、ここで、前記多型の存在が、患者が該療法により応答する可能性があると特定する、使用を提供する。一実施態様では、ＣＦＩアレルはその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルはその等価なアレルであり、Ｃ２アレルはその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルはその等価なアレルであり、又はＣ３アレルはその等価なアレルである。一実施態様では、ＣＦＩアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、Ｃ３アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む。一実施態様では、少なくとも一の多型は、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される。一実施態様では、少なくとも一の多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。一実施態様では、個体におけるＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、変性疾患進行に対して増加したリスクを示す。一実施態様では、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からな��群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される。一実施態様では、変性疾患は加齢黄斑変性である。一実施態様では、加齢黄斑変性は、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである。一実施態様では、進行期ＡＭＤは地図状萎縮である。
【００３２】
一態様では、本発明は、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法に対して応答する可能性があるとして、変性疾患に罹患している患者を選択するための変性疾患関連多型のインビトロでの使用であって、ここで、変性疾患関連多型が患者からの試料において検出されるときに、患者が該療法により応答する可能性が高いと特定される、使用を提供する。一実施態様では、変性疾患関連多型はＡＭＤ関連多型である。一実施態様では、ＡＭＤ関連多型は、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性がある変性疾患の患者を同定するための、ＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル又はＣ３リスクアレルからなる群から選択されるリスクアレルであり、前記多型の存在が、患者が該療法に応答する可能性が高いことを特定する。一実施態様では、ＣＦＩアレルはその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルはその等価なアレルであり、Ｃ２アレルはその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルはその等価なアレルであり、又はＣ３アレルはその等価なアレルである。一実施態様では、ＣＦＩアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、Ｃ３アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む。一実施態様では、少なくとも一の多型は、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される。一実施態様では、少なくとも一の多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。一実施態様では、個体におけるＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、変性疾患進行に対して増加したリスクを示す。一実施態様では、一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される。一実施態様では、変性疾患は加齢黄斑変性である。一実施態様では、加齢黄斑変性は、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである。一実施態様では、進行期ＡＭＤは地図状萎縮である。
【００３３】
一態様では、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法に対する、変性疾患に罹患している患者の応答の可能性を評価するための診断薬の製造のための変性疾患関連多型の使用を提供する。一実施態様では、変性疾患関連多型はＡＭＤ関連多型である。一実施態様では、ＡＭＤ関連多型は、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性がある変性疾患の患者を同定するための、ＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル又はＣ３リスクアレルからなる群から選択されるリスクアレルであり、前記多型の存在が、患者が該療法に応答する可能性が高いことを特定する。一実施態様では、ＣＦＩアレルはその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルはその等価なアレルであり、Ｃ２アレルはその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルはその等価なアレルであり、又はＣ３アレルはその等価なアレルである。一実施態様では、ＣＦＩアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、Ｃ３アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む。一実施態様では、少なくとも一の多型は、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される。一実施態様では、少なくとも一の多型は、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することによって、検出される。一実施態様では、個体におけるＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、変性疾患進行に対して増加したリスクを示す。一実施態様では、一塩基多型（ＳＮＰ��ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される。一実施態様では、変性疾患は加齢黄斑変性である。一実施態様では、加齢黄斑変性は、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである。一実施態様では、進行期ＡＭＤは地図状萎縮である。
【００３４】
一態様では、本発明は、補体関連遺伝子座の一又は複数のヌクレオチド位置における多型を検出するためのオリゴヌクレオチドを提供する。一実施態様では、補体関連遺伝子座は、ＣＦＨ、ＣＦＩ、Ｃ３、Ｃ２及びＣＦＢリスク遺伝子座から選択される。一実施態様では、ヌクレオチド位置は、ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８及びｒｓ２２３０１９９に関連したヌクレオチド位置からなる群から選択される。一実施態様では、オリゴヌクレオチドは、配列番号：１７−４１からなる群から選択される配列の一又は複数の３’末端ヌクレオチドに少なくとも９０％同一であり、これを有する。該オリゴヌクレオチドは、３’末端ヌクレオチド及び／又は３’末端における最後の前の５つのヌクレオチド間の少なくとも一のミスマッチを除き、前記配列の一つと３以下のミスマッチを含むかもしれない。該オリゴヌクレオチドは、３’末端の末端の５つのヌクレオチド間に少なくとも一の修飾されたヌクレオチドを更に含むかもしれない。幾つかの実施態様では、オリゴヌクレオチドは、ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９のアレルの一又は複数を検出するのに適している。
【００３５】
一態様では、本発明は、ＣＦＨ、ＣＦＩ、Ｃ３、Ｃ２又はＣＦＢリスク遺伝子座におけるＳＮＰを検出する診断方法である。一実施態様では、ＳＮＰは、ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９から選択される。一実施態様では、ＳＮＰは、配列番号：１７−４１から選択されるオリゴヌクレオチド又は該オリゴヌクレオチドに対して少なくとも９０％同一であってその３’末端ヌクレオチドを有する変異体を使用して検出される。一実施態様では、該方法は、核酸を含む生体試料をオリゴヌクレオチドの一又は複数に、対応する下流のプライマー及び検出プローブの存在下で接触させることを含む。有利には、数個のＳＮＰの検出を単一反応で実施することができる。幾つかの実施態様では、幾つかの近接した多型を、例えば、一反応混合物において単一の下流プライマー及び場合によっては単一の検出プローブと組み合わせることができる表９に列挙された配列から選択される、二つ以上のアレル特異的オリゴヌクレオチドを含む単一反応で検出することができる。更なる実施態様では、該方法は、核酸を含む試験試料を、対応する順方向及び逆方向プライマー（つまり、指数関数的増幅を可能にするように標的ＤＮＡ核酸の反対のストランドにハイブリダイズすることができるプライマー）、ヌクレオシド三リン酸及び核酸ポリメラーゼの存在下で、変異が試料中に存在するときにのみ一又は複数のアレル特異的プライマーが効率的に伸長されるように、ＳＮＰ特異的プローブとしてのオリゴヌクレオチドの一又は複数と接触させ、プライマー伸長の有無を直接的又は間接的に検出することによって変異の有無を検出することを含む。
【００３６】
特定の実施態様では、プライマー伸長の存在はプローブで検出される。該プローブは、放射性又は発色団（フルオロフォア）標識、例えば、ＦＡＭ、ＪＡ２７０、ＣＹ５ファミリー染料、又はＨＥＸ染料を取り込んだ標識で標識化されうる。蛍光標識されたプローブを使用する検出の一例として、変異はリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｒｔ−ＰＣＲ）によって検出することができ、プローブのハイブリダイゼーションはプローブの酵素消化と生じる蛍光の検出をもたらす（TaqManTM probe method, Holland等(1991) P.N.A.S. USA 88:7276-7280）。別法では、伸長産物及び増幅産物の存在は、例えばSambrook, J.及びRussell, D.W. (2001) Molecular Cloning, ３版 CSHL Press, ５及び９章に記載されているように、ゲル電気泳動と続く染色又はブロッティング及びハイブリダイゼーションによって検出することができる。
【００３７】
幾つかの実施態様では、ここに記載され、ここに記載の用途に使用されるＤ因子阻害剤は抗Ｄ因子抗体である。該抗体はＤ因子に特異的に結合する。幾つかの実施態様では、該抗体は、アミノ酸配列ＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮ（配列番号：１）を含むＨＶＲ−Ｌ１、アミノ酸配列ＧＧＮＴＬＲＰ（配列番号：２）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及びアミノ酸配列ＬＱＳＤＳＬＰＹＴ（配列番号：３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び／又はアミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮ（配列番号：４）を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列ＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧ（配列番号：５）を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列ＥＧＧＶＮＮ（配列番号：６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含む。幾つかの実施態様では、該抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖可変領域配列；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む。幾つかの実施態様では、該抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。幾つかの実施態様では、該抗体はＣＡＳ登録番号１２７８４６６−２０−８を有するラムパリズマブである。幾つかの実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、モノクローナル抗体、抗体断片、キメラ抗体、ヒト化抗体、単鎖抗体又は抗Ｄ因子抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する抗体でありうる。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、アミノ酸配列ＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮ（配列番号：１）を含むＨＶＲ−Ｌ１、アミノ酸配列ＧＧＮＴＬＲＰ（配列番号：２）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及びアミノ酸配列ＬＱＳＤＳＬＰＹＴ（配列番号：３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び／又はアミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮ（配列番号：４）を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列ＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧ（配列番号：５）を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列ＥＧＧＶＮＮ（配列番号：６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含む抗Ｄ因子抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖可変領域配列；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖配列；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖配列を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列を含む重鎖；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、ＣＡＳ登録番号１２７８４６６−２０−８を有するラムパリズマブのその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。幾つかの実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、他のＤ因子抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、アミノ酸配列ＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮ（配列番号：１）を含むＨＶＲ−Ｌ１、アミノ酸配列ＧＧＮＴＬＲＰ（配列番号：２）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及びアミノ酸配列ＬＱＳＤＳＬＰＹＴ（配列番号：３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び／又はアミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮ（配列番号：４）を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列ＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧ（配列番号：５）を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列ＥＧＧＶＮＮ（配列番号：６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含む抗Ｄ因子抗体が結合するものと同じＤ因子上のエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖可変領域配列；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む抗体が結合するものと同じＤ因子上のエピトープと結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖配列；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖配列を含む抗体が結合するものと同じＤ因子上のエピトープと結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体が結合するものと同じＤ因子上のエピトープと結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列を含む重鎖；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体が結合するものと同じＤ因子上のエピトープと結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、ＣＡＳ登録番号１２７８４６６−２０−８を有するラムパリズマブが結合するものと同じＤ因子上のエピトープと結合する。
【００３８】
他の態様では、本発明は、フラットな用量の抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を患者に送達するＩＶＴ投与装置を具備する製造品を提供し、ここで、フラットな用量はマイクログラムからミリグラムの範囲である。幾つかの実施態様では、フラットな用量は、毎月１０ｍｇ又は隔月１０ｍｇである。幾つかの実施態様では、装置中の抗体の濃度は約１０ｍｇである。他の態様では、本発明は、１０ｍｇの濃度で抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を含有する製造品を提供する。幾つかの実施態様では、抗体は、アミノ酸配列ＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮ（配列番号：１）を含むＨＶＲ−Ｌ１、アミノ酸配列ＧＧＮＴＬＲＰ（配列番号：２）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及びアミノ酸配列ＬＱＳＤＳＬＰＹＴ（配列番号：３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び／又はアミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮ（配列番号：４）を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列ＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧ（配列番号：５）を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列ＥＧＧＶＮＮ（配列番号：６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖可変領域配列；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。幾つかの実施態様では、抗体はＣＡＳ登録番号１２７８４６６−２０−８を有するラムパリズマブである。
【００３９】
他の態様では、本発明は、Ｄ因子阻害剤での治療に対して恩恵を受けうる変性疾患患者を同定するためのキットであって、変性疾患患者からの血液試料を収集するためのバイアルと変性疾患患者がリスクアレルを保有しているかどうかを決定するための指示書とを含むキットを提供する。幾つかの実施態様では、補体因子Ｉ（ＣＦＩ）、補体因子Ｈ（ＣＦＨ）、補体因子Ｂ（ＣＦＢ）、補体成分３（Ｃ３）及び補体成分２（Ｃ２）からなる群から選択される少なくとも一のＳＮＰの存在は、変性疾患患者がリスクアレルを保有するかどうかを判定するために使用される。一実施態様では、変性疾患は黄斑変性疾患である。幾つかの実施態様では、黄斑変性疾患はＡＭＤである。幾つかの実施態様では、Ｄ因子阻害剤は抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片である。
【００４０】
他の態様では、本発明は、注射用の滅菌水での再構成の後に、約８０から約１２０ｍｇ／ｍＬの量の抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片、約８から約４０ｍＭの量の塩化ナトリウム、約８０ｍＭから約２４０ｍＭの量のスクロース、約１０から約６０ｍＭの量のＬ−ヒスチジン、約０．０１から約０．０８％ｗ／ｖの量のポリソルベート２０を含む、安定な凍結乾燥組成物を提供し、ここで、組成物は約５．０から約６．０のｐＨを有している。
【００４１】
ここに記載された様々な実施態様の性質の一つ、幾つか、又は全てを組み合わせて、本発明の他の実施態様を構成してもよいことが理解されるべきである。本発明のこれらの態様及び他の態様は当業者には明らかであろう。本発明のこれらの実施態様及び他の実施態様を、以下に続く詳細な説明において更に記載する。
【図面の簡単な説明】
【００４２】
【図１】図１は以下の実施例１に記載されるＭＡＨＡＬＯ試験の研究デザイン図である。
【００４３】
【図２Ａ】図２Ａは、実施例１に記載された試験の第ＩＩ相コンポーネントからの効果の評価可能な全患者（ｎ＝１２３）に対するベースライン特性をまとめた表である。ここで使用される「効果の評価可能な患者」は、少なくとも一回の治療の注射を受け、少なくとも一回のベースラインＧＡ面積測定後のランダム化された全患者として定義される。
【図２Ｂ】図２Ｂは、ＣＦＩ状態に基づいてアッセイされた患者のベースライン特性をまとめた表であり、リスクアレル保有者は、検査されているＳＮＰにおいてヘテロ接合性か又はリスクアレルホモ接合性の個体として定義される。ＶＡ＝視力。ＧＡ＝地図状萎縮。ＤＡ＝円面積（１ＤＡ＝２．５４ｍｍ２）。
【００４４】
【図３Ａ】図３Ａ及び３Ｂは、参加希望者全員の集団でのＭＡＨＡＬＯ第ＩＩ相試験の一次データベースロック後の予備的効果の結果を示す；試験は、眼底自発蛍光（ＦＡＦ）によって測定される１８ヶ月でのＧＡ面積におけるベースラインからの平均変化のその主要エンドポイントを達成し、ラムパリズマブの毎月投与群においてカラー眼底写真（ＣＦＰ）によって評価される１８ヶ月でのＧＡ面積におけるベースラインからの平均変化のその二次エンドポイントを達成した。ＧＡ面積発達の進行の遅延化におけるポジティブな治療効果が、一次（ＦＡＦ）及び二次（ＣＦＰ）造影エンドポイントを伴って６ヶ月で始まり１８ヶ月まで延びる毎月投与群において観察された。図３Ａは、ＬＯＣＦデータでの未調整平均に基づいて、ラムパリズマブ毎月投与群が、統合シャム群に対して、ＧＡ面積発達の進行において２３．１％減少したことを示している。
【図３Ｂ】図３Ｂは、層化分散分析（Henry Scheffe. 1.2章 “Mathematical Models”  The Analysis of Variance, New York: John Wiley & Sons, Inc., 1999, p. 4-7）からの最小二乗平均に基づいて、ＬＯＣＦデータを用いて＜４ＤＡ対＞４ＤＡでベースラインの病巣サイズカテゴリーによって層化して、ラムパリズマブ毎月投与群が、統合シャム群に対して、ＧＡ面積発達の進行において２０．４％減少したことを示している。該結果は、１８ヶ月の試験治療期間にわたってのＧＡ面積発達の低減に対する毎月投与のラムパリズマブの臨床的に意味があり統計的に有意な効果を証明している。「統合（プール）シャム」は、シャムを毎月又はシャムを隔月に受ける治療群を意味する。「ａｆＤ１ｍ」は、ラムパリズマブを毎月受ける治療群を意味する。「ａｆＤ２ｍ」は、ラムパリズマブを隔月に受ける治療群を意味する。ＬＯＣＦ法は、欠測データのインピュテーションに使用されるｌａｓｔ−ｏｂｓｅｒｖａｔｉｏｎ−ｃａｒｒｉｅｄ−ｆｏｒｗａｒｄ法を意味する（David Streiner. “Last-Observation-Carried-Forward Method” Encyclopedia of Research Design, 2巻, Neil Salkind編 Thousand Oaks, California: Sage Publications, Inc., 2010, p.681-745）。
【００４５】
【図４】図４は、シャム及びラムパリズマブ毎月治療群における明確な自発蛍光低下（definitive decreased autofluorescence）（ＤＤＡＦ）変化（ここで使用されるＧＡ面積におけるＤＤＡＦ変化は、ベースラインから１８ヶ月までの病巣サイズの変化（ｍｍ２）を意味する）を比較する。シャム及びラムパリズマブ毎月治療群における患者の全数は「全て」と示されている。シャム及びラムパリズマブ毎月治療群におけるＣＦＨリスクアレル（ｒｓ１３２９４２８）、Ｃ２／ＣＦＢリスクアレル（ｒｓ４２９６０８）、Ｃ３リスクアレル（ｒｓ２２３０１９９）又はＣＦＩリスクアレル（ｒｓ１７４４００７７）保有患者の数が示されている。全ての患者がＣ２／ＣＦＢリスクアレル（シャム群における１名の患者を除く）を保有していた。全ての患者がＣＦＨリスクアレル（シャム群における２名の患者を除く）をまた保有していた。
【００４６】
【図５】図５は、１８月での群中のＤＤＡＦ変化（シャム平均−毎月治療平均）及びＧＡ面積の減少％（シャム平均−毎月治療平均÷シャム平均）を示している。シャム及びラムパリズマブ毎月治療群における患者の全数は「全て」と示されている。ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル、Ｃ３リスクアレル又はＣＦＩリスクアレルに対してヘテロ接合性又はホモ接合性であるシャム及びラムパリズマブ毎月治療群の患者数が示されている。ＣＦＩリスクアレルに対してヘテロ接合性である患者（これらの患者はまたＣ２／ＣＦＢ及びＣＦＨリスクアレルを保有している）は、−２．２９ｍｍ２のシャム対毎月治療におけるＧＡ面積の平均変化と５２．６６％の毎月治療対シャムの減少％を示しており、毎月治療群における病巣進行率がシャム対照に対して有意に減少したことを示している。ここで使用される「ＤＤＡＦ」はＧＡ面積を意味する。ここで使用される「ＤＤＡＦ変化」はベースラインからの変化を意味する。
【００４７】
【図６】図６は、シャム及びラムパリズマブ毎月治療群中のＣＦＨ、Ｃ２／ＣＦＢ及びＣＦＩリスクアレルを保有する患者におけるＦＡＦによるＧＡ面積のベースラインからのＤＤＡＦ変化の最小二乗平均を示している。この図のデータは、ベースラインにおける連続変数及び病巣サイズカテゴリーとしてベースラインにおける病巣サイズに対して調整されている（＜４ＤＡかつ≧４ＤＡ）。治療効果及び減少率は、１８月の主要有効性時点で計算される；１８月での絶対治療効果は、４４％の減少率に対応する１．８３７ｍｍ２であった。垂直バーは最小二乗平均の９５％信頼区間である。星印（*）は実測データでの混合効果モデルに基づく未調整ｐ値＜０．００５を意味する。
【００４８】
【図７】図７は、シャム及びラムパリズマブ毎月治療群中のＣＦＩリスクアレルを持たないでＣＦＨ及びＣ２／ＣＦＢリスクアレルを保有する患者と比較しての、ＣＦＨ、Ｃ２／ＣＦＢ及びＣＦＩリスクアレルを保有する患者におけるＦＡＦによるＧＡ面積のベースラインからのＤＤＡＦ変化の最小二乗平均を示している。この図のデータは、ベースラインにおける連続変数及び病巣サイズカテゴリーとしてベースラインにおける病巣サイズに対して調整されている（＜４ＤＡかつ≧４ＤＡ）。治療効果及び減少率は、１８月の主要有効性時点で計算される。１８月での絶対治療効果は、図６に示されるように４４％の減少率に対応する１．８３７ｍｍ２であった；しかしながら、ＣＦＩリスクアレルを持たないラムパリズマブ治療患者においては治療効果は観察されなかった。また、ＣＦＩリスクアレルを伴う患者は、シャム対照群対ＣＦＩリスクアレルを伴わないシャム群においてより迅速な進行を示した。これらの知見は、ＣＦＩバイオマーカーがＡＭＤの進行（例えばＧＡ）に対して予後性があり、かつラムパリズマブに対する治療応答に対して予測性があることを示唆している。垂直バーは最小二乗平均の９５％信頼区間である。星印（*）は実測データでの混合効果モデルに基づく未調整ｐ値＜０．００５を意味する。
【００４９】
【図８】図８は、シャム及びラムパリズマブ毎月治療群中のＣＦＨ、Ｃ２／ＣＦＢ及びＣＦＩリスクアレルと２０／５０−２０／１００のベースラインＢＣＶＡを保有する患者におけるＦＡＦによるＧＡ面積のベースラインからのＤＤＡＦ変化の最小二乗平均を示している。この図のデータは、ベースラインにおける連続変数及び病巣サイズカテゴリーとしてベースラインにおける病巣サイズに対して調整されている（＜４ＤＡかつ≧４ＤＡ）。治療効果及び減少率は、１８月の主要有効性時点で計算される；１８月での絶対治療効果は、５４％の減少率に対応する２．８２７ｍｍ２であった。垂直バーは最小二乗平均の９５％信頼区間である。星印（*）は実測データでの混合効果モデルに基づく未調整ｐ値＜０．００５を意味する。
【００５０】
【図９】図９は、公に利用できるＣａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）データベースからのＣＦＩのｍＲＮＡレベル（ＣＦＩ ｎＲＰＫＭ）が肝臓組織において最も高いことを示している。（ＲＰＫＭ＝マッピングされた百万リード当たりのトランスクリプト長のＫｂ当たりのリード；ｎＲＰＫＭは、ゲノム配列のある領域が他の領域よりもより効果的であるという事実を説明するＲＰＫＭの正規化値である）。
【００５１】
【図１０】図１０は、ｒｓ４６９８７７５ＳＮＰ遺伝子型による正常な肝臓組織中のＣＦＩｍＲＮＡのレベルを示している。ｒｓ６９８７７５ＳＮＰ遺伝子型は正常なＴＣＧＡ肝臓試料においてＣＦＩｍＲＮＡレベルと有意に関連している（ｐ＝０．０２）。リスクアレルホモ接合体（ＧＧ）は、ヘテロ接合体（ＧＴ）よりＣＦＩｍＲＮＡが少なく、後者は今度は非リスクアレルホモ接合体（ＴＴ）よりＣＦＩｍＲＮＡが少ない。
【００５２】
【図１１】図１１は、対照と比較しての、ＭＡＨＡＬＯ臨床試験試料からの試料中におけるＣＦＩレアミスセンス変異の富化を示している（ｐ＝０．０１５）。
【００５３】
【図１２】図１２は、ＣＦＩ−（ｒｓ１７４４００７７に基づきＣＦＩ−）レアミスセンス変異保有者が、ＣＦＩ＋（ｒｓ１７４４００７７に基づきＣＦＩ＋）と同様の進行率（ＧＡ面積のベースラインからの平均変化）を有していることを示している。
【発明を実施するための形態】
【００５４】
（詳細な説明）
別段の定めがある場合を除き、ここで使用される技術的及び科学的用語は、この発明が属する分野の通常の技術者によって一般的に理解されるのと同じ意味を有する。Singleton等, Dictionary of Microbiology and Molecular Biology 2版, J. Wiley & Sons (New York, N.Y. 1994)、及びMarch, Advanced Organic Chemistry Reactions, Mechanisms and Structure 4版, John Wiley & Sons (New York, N.Y. 1992)は、当業者に本出願において使用されている多くの用語に対する一般的なガイドを提供する。
【００５５】
Ｉ．序
本発明は、とりわけ、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片でＡＭＤ（例えばＧＡ、ウェット（血管新生／滲出）、早期ＡＭＤ又は中期（intermediate）ＡＭＤ）患者を治療する方法、及びそのような治療から恩恵を受ける見込みのある患者を同定する方法（例えば、患者の層別化）、及びＡＭＤ進行のリスクについて患者を診断する方法を提供する。
【００５６】
ＩＩ．定義
この明細書を解釈する目的には、次の定義が適用され、適切な場合には、単数で使用される用語は複数をまた含み、その逆もある。以下に記載される何れかの定義が、出典明示によりここに援用される何れかの文献と矛盾している場合には、以下に記載の定義が優先する。
【００５７】
この明細書及び添付の特許請求の範囲において使用される場合、単数形「a」、「an」及び「the」は、文脈が明らかに他の定義を示していない限り、複数形を含む。よって、例えば「a protein」又は「an antibody」との記載は複数のタンパク質又は抗体を含み；「a cell」との記載は細胞の混合物を含む等々である。
【００５８】
「補体関連疾患」なる用語は、最も広い意味で使用され、過剰な又は制御されない補体活性化に関連する疾患を含む。それらは、心肺バイパス手術中の補体活性化；急性心筋梗塞、動脈瘤、脳卒中、出血性ショック、圧挫損傷、多臓器障害、循環血液量減少性ショック、腸虚血又は虚血を生じる他の事象後の虚血再かん流による補体活性化を含む。補体活性化はまた炎症性病態、例えば、重度の熱傷、内毒素血、敗血性ショック、成人呼吸促迫症候群、血液透析；アナフィラキシーショック、重症喘息、血管浮腫、クローン病、鎌状赤血球貧血、連鎖球菌感染後糸球体腎炎及び膵炎に伴っていることが示されている。該疾患は薬の副作用、薬物アレルギー、ＩＬ−２誘発血管漏出症候群又はＸ線撮影造影剤アレルギーの結果でありうる。該疾患は、全身性エリテマトーデス、重症筋無力症、関節リウマチ、アルツハイマー病及び多発性硬化症のような自己免疫疾患をまた含む。補体活性化はまた移植による拒絶反応に伴う。補体活性化はまた眼疾患、例えば加齢黄斑変性症、糖尿病性網膜症及び他の虚血関連網膜症、脈絡膜血管新生（ＣＮＶ）、地図状萎縮（ＧＡ）、ブドウ膜炎、糖尿病性黄斑浮腫、病的近視、フォン・ヒッペル・リンドウ病、眼のヒストプラスマ症、網膜中心静脈閉塞症（ＣＲＶＯ）、角膜血管新生、及び網膜血管新生にも伴う。
【００５９】
「補体関連眼疾患」なる用語は最も広い意味で使用され、古典的及び代替経路、特に補体の代替経路を含む病態が補体に関連する全ての眼の病態を含む。補体関連眼疾患には、限定するものではないが、黄斑変性疾患、例えばドライ及びウェット（非滲出性及び滲出性）型を含む加齢黄斑変性症（ＡＭＤ）の全ての段階、脈絡膜血管新生（ＣＮＶ）、地図状萎縮（ＧＡ）、ブドウ膜炎、糖尿病及び他の虚血関連網膜症、及び他の眼内血管新生疾患、例えば糖尿病性黄斑浮腫、病的近視、フォン・ヒッペル・リンドウ病、眼のヒストプラスマ症、網膜中心静脈閉塞症（ＣＲＶＯ）、角膜血管新生、及び網膜血管新生が含まれる。一例では、補体関連眼疾患は、非滲出（ドライ又は萎縮）及び滲出（ウェット）ＡＭＤを含む加齢黄斑変性（ＡＭＤ）、脈絡膜血管新生（ＣＮＶ）、糖尿病性網膜症（ＤＲ）、地図状萎縮（ＧＡ）及び眼内炎を含む。
【００６０】
ここで使用される「ＡＭＤ」ともここで称される「加齢黄斑変性」は、中心視野に関与している網膜部分である斑の細胞の変性によって引き起こされる眼の疾患である。ＡＭＤは、（１）最終的には視細胞を損傷する液又は血液の漏洩を生じる網膜の下の血管の異常増殖によって特徴付けられるウェット（滲出）又は（２）網膜と脈絡膜との間のドルーゼンと呼ばれる細胞残屑の蓄積によって特徴付けられるドライ（非滲出）の何れかでありうる。
【００６１】
ここで使用される「ＧＡ」ともここで称される「地図状萎縮」は、視細胞の喪失を伴う網膜色素上皮（ＲＰＥ）の変性に関与する疾患である。ＧＡはドライＡＭＤの進行期形態である。
【００６２】
ここで使用される「ＧＡ面積」は、網膜解剖（例えば視細胞及び網膜色素上皮（ＲＰＥ））の喪失を表す分散面積を意味する。ＧＡ面積は、眼底自発蛍光（ＦＡＦ）及びデジタルカラー眼底写真（ＣＦＰ）のような標準的な画像技術によって測定される。
【００６３】
ここで使用される「早期ＡＭＤ」は、複数の小さな（＜６３μｍ）又は≧１の中程度のドルーゼン（≧６３μｍで＜１２５μｍ）により特徴付けられる疾患である。
【００６４】
ここで使用される「中間期ＡＭＤ」は、しばしば網膜色素上皮の色素沈着過剰又は色素沈着低下を伴う多くの中程度又は≧１の大きなドルーゼン（≧１２５μｍ）によって特徴付けられる疾患である。
【００６５】
ここで使用される「進行期ＡＭＤ」は、地図状萎縮（ＧＡ）又は血管新生（ウェット）ＡＭＤによって特徴付けられる疾患である。
【００６６】
ここで使用される「予後バイオマーカー」は、未処置の個体における疾患の可能性のある過程を示すマーカーである。
【００６７】
ここで使用される「予測バイオマーカー」は、与えられた治療に最も応答しそうな患者の亜集団を特定する。
【００６８】
「親和性」とは、分子（例えば、抗体）の単一結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）との間の非共有結合相互作用の総和の強度を指す。ここで使用される場合、特に断らない限り、「結合親和性」は、結合対のメンバー（例えば、抗体及び抗原結合アーム）間の１：１の相互作用を反映している本質的な結合親和性を指す。そのパートナーＹに対する分子Ｘの親和性は、一般的に解離定数（Ｋｄ）で表すことができる。親和性は、ここに記載されたものを含む、当該技術分野で知られている一般的な方法によって測定することができる。結合親和性を測定するための特定の例証的かつ例示的実施態様は、以下で説明される。
【００６９】
「親和性成熟」抗体とは、そのような改変を有していない親抗体と比較し、抗原に対する抗体の親和性に改良を生じせしめる、一又は複数の高頻度可変領域（ＨＶＲ）における一又は複数の変化を伴う抗体を意味する。
【００７０】
「抗標的抗体」及び「標的に結合する抗体」なる用語は、抗体が、標的（例えばＤ因子）を標的とする際に診断及び／又は治療薬剤として有用であるように、十分な親和性で標的（例えばＤ因子）に結合することができる抗体を指す。一実施態様では、抗標的抗体の無関係な、非標的タンパク質への結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）又はビアコアアッセイによって測定した場合、抗体の標的への結合の約１０％未満である。ある実施態様では、標的へ結合する抗体は、解離定数（Ｋｄ）が、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ、又は≦０．００１ｎＭ（例えば、１０−８Ｍ以下、例えば、１０−８Ｍから１０−１３Ｍ、例えば、１０−９Ｍから１０−１３Ｍ）である。ある実施態様では、抗標的抗体は、異なる種の間で保存されている標的のエピトープに結合する。
【００７１】
ここでの「抗体」なる用語は、最も広義に使用され、特にモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、少なくとも二つのインタクト抗体から形成される多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及びそれらが所望の生物活性を示す限り、抗体断片を包含する。
【００７２】
「抗体断片」は、好ましくはその抗原結合領域を含む、インタクトな抗体の一部分を含む。抗体断片の例は、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、及びＦｖ断片；ダイアボディ；直鎖状抗体、単鎖抗体分子；及び抗体断片から形成される多重特異性抗体を含む。
【００７３】
参照抗体と「同じエピトープに結合する抗体」とは、競合アッセイにおいて５０％以上、参照抗体のその抗原への結合をブロックする抗体を指し、逆に参照抗体は競合アッセイにおいて５０％以上、抗体のその抗原への結合をブロックする。一態様では、本発明の抗体は、例えばＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロット法等のような既知の方法によって、その抗原結合活性について試験される。幾つかの実施態様では、競合アッセイが、Ｄ因子への結合について参照抗体と競合する抗体を同定するために使用されうる。ある実施態様では、そのような競合抗体は、ここで特定された参照抗Ｄ因子抗体が結合するものと同じエピトープ（例えば直線状又は立体構造エピトープ）に結合する。抗体が結合するエピトープのマッピングの詳細な例示的方法は、Morris (1996A) “Epitope Mapping Protocols,” in Methods in Molecular Biology vol. 66 (Humana Press, Totowa, NJ)に提供されている。例示的な競合アッセイにおいて、固定化Ｄ因子を、Ｄ因子に結合する第一の標識抗体（例えばラムパリズマブ)とＤ因子への結合について第一の抗体と競合するその能力が試験されている第二の未標識抗体とを含有する溶液中でインキュベートする。第二の抗体はハイブリドーマ上清中に存在しうる。対照として、固定化Ｄ因子を、第一の標識抗体（例えばラムパリズマブ）を含むが第二の未標識抗体を含まない溶液中でインキュベートさせる。Ｄ因子への第一の抗体の結合を許容する条件下でのインキュベーション後、過剰な未結合抗体が取り除かれ、固定化Ｄ因子に関連する標識の量が測定される。固定化Ｄ因子に関連する標識の量が、対照試料に対して試験試料において実質的に減少していれば、それは、第二の抗体がＤ因子への結合について第一の抗体（例えばラムパリズマブ）と競合していることを示す。Harlow及びLane (1988) Antibodies: A Laboratory Manual １４章（Cold Spring Harbor Laboratory, Cold Spring Harbor, NY）を参照のこと。
【００７４】
ここでの目的のための「アクセプターヒトフレームワーク」は、以下に定義されるような、ヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークから由来する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）フレームワーク又は重鎖可変ドメイン（ＶＨ）フレームワークのアミノ酸配列を含むフレームワークである。ヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワーク「から由来する」アクセプターヒトフレームワークは、その同じアミノ酸配列を含みうるか、又はアミノ酸配列変化を含んでいてもよい。幾つかの実施態様では、アミノ酸変化の数は、１０以下、９以下、８以下、７以下、６以下、５以下、４以下、３以下、又は２以下である。幾つかの実施態様では、ＶＬアクセプターヒトフレームワークは、ＶＬヒト免疫グロブリンフレームワーク配列又はヒトコンセンサスフレームワーク配列と配列が同一である。
【００７５】
ここでの目的に対して、「インタクトな抗体」は、重鎖及び軽鎖可変ドメイン並びにＦｃ領域を含むものである。
【００７６】
ここで使用される場合、「抗ヒトＤ因子抗体」は、補体活性化を阻害するか又は実質的に減少させるようにヒトＤ因子に特異的に結合する抗体を意味する。
【００７７】
ここで使用される場合、「Ｄ因子」なる用語は、ここでは、天然配列及び変異体Ｄ因子ポリペプチドを意味するものとして使用される。
【００７８】
「天然配列」Ｄ因子は、その調製態様にかかわらず、天然由来のＤ因子ポリペプチドと同じアミノ酸配列を有するポリペプチドである。よって、天然配列Ｄ因子は、自然から単離することもできるし、あるいは組換え及び／又は合成手段により生産することもできる。成熟ヒトＤ因子タンパク質（ＮＭ＿００１９２８）のような成熟Ｄ因子タンパク質に加えて、「天然配列Ｄ因子」なる用語は、Ｄ因子の天然に生じる前躯体形態（例えば、タンパク分解的に切断されて活性型を生じる不活性型プレタンパク質）、天然に生じる変異体形態（例えば、選択的スプライシング型）及びＤ因子の天然に生じるアレル変異体、並びに天然由来のＤ因子ポリペプチドと同じアミノ酸配列を有するＤ因子分子の立体構造変異体を特に包含する。高等霊長類及び非ヒト哺乳類を含む非ヒト動物のＤ因子ポリペプチドはこの定義に特に含まれる。
【００７９】
「Ｄ因子変異体」は、例えば天然配列ヒトＤ因子ポリペプチド（ＮＭ＿００１９２８）のような天然配列Ｄ因子ポリペプチドと少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有する以下に定義される活性なＤ因子ポリペプチドを意味する。通常は、Ｄ因子変異体は、成熟ヒトアミノ酸配列（ＮＭ＿００１９２８）と、少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性、又は少なくとも約８５％のアミノ酸配列同一性、又は少なくとも約９０％のアミノ酸配列同一性、又は少なくとも約９５％のアミノ酸配列同一性、又は少なくとも約９８％のアミノ酸配列同一性、又は少なくとも約９９％のアミノ酸配列同一性を有するであろう。
【００８０】
ここで使用される「Ｄ因子阻害剤」なる用語は、野生型又は変異Ｄ因子の生物学的機能を阻害する能力を有する分子を意味する。従って、「阻害剤」なる用語は、Ｄ因子の生物学的役割の文脈で定義される。一実施態様では、ここで言及されるＤ因子阻害剤は補体の代替経路を特に阻害する。Ｄ因子阻害剤は、Ｄ因子の活性を阻害することができる限り、任意の形態でありうる；阻害剤は抗体（例えば、ここで以下に定義され、米国特許第８０６７００２号及び第８２７３３５２号に記載されたようなモノクローナル抗体）、小有機／無機分子、アンチセンスオリゴヌクレオチド、アプタマー、阻害性ペプチド／ポリペプチド、阻害性ＲＮＡ（例えば小干渉ＲＮＡ）、それらの組合せ等を含む。本発明のＤ因子アンタゴニスト又は阻害剤の文脈における「活性な」又は「活性」又は「生物学的活性」は、Ｄ因子の生物学的活性をアンタゴナイズする（部分的に又は完全に阻害する）能力である。Ｄ因子アンタゴニストの生物学的活性の一例は、Ｄ因子関連疾患又は病態、例えば補体関連眼疾患の状態、例えば症状の測定可能な改善を達成する能力である。活性は、関連した動物モデルを使用して、結合アッセイ、代替経路溶血アッセイを含むインビトロ又はインビボ試験において、あるいはヒト臨床試験において決定することができる。
【００８１】
ここで使用される「バイオマーカー」なる用語は、哺乳動物組織もしくは細胞中又はその上での発現を標準的な方法（又はここに開示された方法）によって検出することができ、例えば補体の代替経路のような、補体の阻害に基づく治療レジメンに対する哺乳動物細胞又は組織の感受性を予測し、診断し及び／又は予後診断をする、一塩基多型（ＳＮＰ）、タンパク質、糖鎖構造、又は糖脂質を含む分子を一般に指す。場合によっては、ＳＮＰバイオマーカーは、ＳＮＰ（バイナリー体）が個体の群をレスポンダー及びノンレスポンダーに層化するとき決定される。例えば、ＡがリスクアレルであるＧとＡの２つのヌクレオチドを持つＳＮＰが与えられる場合、Ａアレルの保有者（例えばＡＡ又はＧＡの個体）は治療に応答する一方、Ａアレルを持たない個体（例えばＧＧの個体）は応答しない。
【００８２】
ここで使用される「ＳＮＰ」とも称される「一塩基多型」なる用語は、遺伝的変動に至るＤＮＡ配列内の一塩基置換を意味する。一つを越える配列が集団において可能であるゲノム中のヌクレオチド位置はここでは「多型部位」又は「多型」と称される。多型部位は、例えば、２以上のヌクレオチドのヌクレオチド配列、挿入されたヌクレオチド又はヌクレオチド配列、欠失されたヌクレオチド又はヌクレオチド配列、又はマイクロサテライトでありうる。２以上のヌクレオチド長である多型部位は、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５以上、２０以上、３０以上、５０以上、７５以上、１００以上、５００以上、又は約１０００のヌクレオチド長であり得、ここで、ヌクレオチド配列の全て又は幾つかは領域内で異なる。一塩基長である多型部位はここではＳＮＰと称される。多型部位に２、３又は４の別のヌクレオチド配列がある場合、各ヌクレオチド配列は「多型変異体」又は「核酸変異体」と称される。ＤＮＡ配列中のそれぞれの可能な変異体は「アレル」と称される。二つの多型変異体が存在する場合、集団由来の試料の大半において占められる多型変異体は「一般的（prevalent）アレル」又は「主要アレル」と称され、集団において一般的ではない多型変異体は「希なアレル」又は「マイナーアレル」と称される。２つの一般的アレル又は２つの希なアレルを保有する個体は、多型に関して「ホモ接合性」である。一つの一般的アレルと一つの希なアレルを保有する個体は、多型に関して「ヘテロ接合性」である。Ｃ／Ｇ又はＡ／Ｔ ＳＮＰでは、アレルは曖昧であり、ジェノタイピングプラットフォームからデータを抽出するために使用されるストランドに依存する。これらＣ／Ｇ又はＡ／Ｔ ＳＮＰでは、Ｃ又はＧヌクレオチドあるいはＡ又はＴヌクレオチドはそれぞれリスクアレルであり得、アレル頻度の相関によって決定される。疾患に対するリスク増加と相関するか又は＞１のオッズ比又は相対リスクで関係しているアレルは、「リスクアレル」又は「効果アレル」と称される。「リスクアレル」又は「効果アレル」はマイナーアレル又は主要アレルでありうる。例えば、加齢黄斑変性疾患の個体の集団において、リスクアレルは、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７及びｒｓ２２３０１９９に対してマイナーアレルであり、リスクアレルは、ＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８及びｒｓ４２９６０８に対して主要アレルである（例えばアレルの主要及びマイナーアレル状態は加齢黄斑変性疾患の個体集団において決定される）。「リスク座」なる用語は、特定の疾患（例えばＡＭＤ）に関連したリスクアレルを内部に持っているゲノムの領域である。幾つかの態様では、リスク座とリスクアレルは、特定の疾患（例えばＡＭＤ）に関係している特定の遺伝子（例えば補体経路中の遺伝子）との関連で表される。例えば、ここでは互換的に使用される「ＣＦＨリスクアレル」又は「ＣＦＨアレル」は、ＣＦＨリスク座に関連したリスクアレルを意味し；ここでは互換的に使用される「ＣＦＩリスクアレル」又は「ＣＦＩアレル」は、ＣＦＩリスク座に関連したリスクアレルを意味し、ここでは互換的に使用される「Ｃ３リスクアレル」又は「Ｃ３ア��ル」は、Ｃ３リスク座に関連したリスクアレルを意味し；ここでは互換的に使用される「Ｃ２リスクアレル」又は「Ｃ２アレル」は、Ｃ２リスク座に関連したリスクアレルを意味し；ここでは互換的に使用される「ＣＦＢリスクアレル」又は「ＣＦＢアレル」は、ＣＦＢリスク座に関連したリスクアレルを意味し；ここでは互換的に使用される「Ｃ２／ＣＦＢリスクアレル」又は「Ｃ２／ＣＦＢアレル」は、Ｃ２／ＣＦＢリスク座に関連したリスクアレルを意味する。ここで使用される「等価アレル」又は「サロゲートアレル」は、刊行物発表されたリスクアレルと同様に挙動することが期待され、刊行物発表されたリスクアレル及び／又はここで定義される選択されたＳＮＰと共にアレル頻度及び高ｒ２（≧０．６）及び／又は高Ｄ’（≧０．６）に基づいて選択されるアレルを意味する。一実施態様では、高ｒ２は≧０．６、０．７、０．８、０．９又は１．０である。一実施態様では、高Ｄ’は≧０．６、０．７、０．８、０．９又は１．０である。加齢黄斑変性に関連したＳＮＰには、限定されないが、ＣＦＨ、ＣＦＩ、Ｃ３、Ｃ２、ＣＦＢリスク座を含む、補体カスケードの成分に対する遺伝子座におけるＳＮＰが含まれる（Fritsche等 (Nature Genetics, 45(4): 435-441 (2013)）。加齢黄斑変性に関連したそのようなＳＮＰはここでは「ＡＭＤ関連多型」と称される。「変性疾患関連多型」は、変性疾患に関連した多型又はＳＮＰを意味し、加齢黄斑変性関連多型及び／又はＳＮＰを含む。ここで使用される場合、「連鎖不平衡」又は「ＬＤ」は、ランダムには関連がない、つまりその頻度に比例して関連がない異なった遺伝子座におけるアレルを意味する。アレルが正の連鎖不平衡にあるならば、アレルは、統計的独立を仮定すると、予想されるよりも高頻度で一緒に発生する。逆に、アレルが負の連鎖不平衡にあるならば、アレルは、統計的独立を仮定すると、予想よりも低頻度で一緒に発生する。ここで使用される場合、「オッズ比」又は「ＯＲ」は、マーカー（アレル又は多型）を持たない個体における疾患のオッズに対する、マーカー（アレル又は多型）を持つ個体に対する疾患のオッズの比を意味する。ここで使用される場合、「ハプロタイプ」は、通常はユニットとして受け継がれるのに十分に関連した単染色体上のアレルの群を意味する。ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５及びｒｓ１７４４００７７はＣＦＩリスク座に位置し、ｒｓ１０７３７６８０及びｒｓ１３２９４２８はＣＦＨリスク座に位置し、ｒｓ４２９６０８はＣ２／ＣＦＢリスク座に位置し、ｒｓ２２３０１９９はＣ３リスク座に位置する（Genome Reference Consortium GRCh37; UCSC Genome H19 Assembly; February 2009）。ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５はヒト４番染色体上の位置１１０５９０４７９に位置する（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）。Ｇアレルはヌクレオチド配列をＴからＧに変化させる。ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７はヒト４番染色体上の位置１１０５３７５６７に位置する（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）。Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。ＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０はヒト１番染���体上の位置１９６６７９４５５に位置する（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）。Ａアレルはヌクレオチド配列をＣからＡに変化させる。ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８はヒト１番染色体上の位置１９６７０２８１０に位置している（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）。Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８はヒト６番染色体上の位置３１９３０４６２に位置する（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）。Ｇアレルはヌクレオチド配列をＡからＧに変化させる。ＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９はヒト１９番染色体上の位置６７１８３８７に位置している（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）。Ｇアレルはヌクレオチド配列をＣからＧに、コード化アミノ酸をアルギニンからグリシンに変化させる。多型変異体は二本鎖核酸の何れか又は双方のストランド上に検出されうる。また、多型変異体は、遺伝子のイントロン又はエクソン内、又はプロモーター、５’非翻訳領域（ＵＴＲ）、３’ＵＴＲのような調節領域の一部内、及びＤＮＡ（例えばゲノムＤＮＡ（ｇＤＮＡ）及び相補ＤＮＡ（ｃＤＮＡ））、ＲＮＡ（例えばｍＲＮＡ、ｔＲＮＡ、及びＲＲＮＡ）、又はポリペプチド内に位置しうる。多型多様性は、遺伝子発現、ポリペプチド構造又はポリペプチド機能に検出可能な差を生じさせる場合があり、又は生じさせない場合がある。
【００８３】
ここで使用される場合、「選択されたＳＮＰ」なる用語は、ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、ｒｓ２２３０１９９からなる群から選択されるＳＮＰを意味する。
【００８４】
ここで使用される場合、「代替ＳＮＰ」なる用語は、選択されたリスクアレルと同様に挙動することが期待され、同様のアレル頻度に基づいて選択され、選択されたＳＮＰとｒ２≧０．６及び／又はＤ’≧０．６によって測定される連鎖不平衡を有するＳＮＰを意味する。代替ＳＮＰは、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７又はＳＮＰ ｒｓ４２９６０８を含むここに記載のＳＮＰと連鎖不平衡（≧０．６のＤ’又はｒ２）にある表４−７に列挙されたＳＮＰを含む。代替ＳＮＰは、ＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９又はＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５を含むここに記載のＳＮＰと連鎖不平衡（≧０．６のＤ’又はｒ２）にあるＳＮＰを含む。表４−７で使用される用語は次の通りに定義される：（ｉ）ＭＡＨＡＬＯ＿ＳＮＰは実施例１−４に記載された本抗Ｄ因子試験において使用されるＳＮＰを意味する；（ｉｉ）ＬＤ＿ＳＮＰは、ＭＡＨＡＬＯ＿ＳＮＰのＬＤ中のＳＮＰ（ｒｓＩＤ命名はＮＣＢＩ ｄｂＳＮＰビルド１３７（２０１２年６月６日）から来るか又はゲノムビルドｈｇ１８（ＵＣＳＣ ＨＧ１８ゲノムアセンブリ；２００６年３月）からの染色体及び塩基対位置（最初の番号＝染色体番号、ハイフン後の第二の番号＝塩基対位置）を含む内部命名法による命名（例えばＸ−ＸＸＸＸＸ））を意味する；（ｉｉｉ）ＣＨＲはＬＤ＿ＳＮＰ（ゲノムビルドｈｇ１９；ＵＣＳＣ ＨＧ１９ゲノムアセンブリ；２００９年２月）の染色体位置を意味する；（ｉｖ）ＢＰはＬＤ＿ＳＮＰのＤＮＡ塩基対の位置を意味する（ゲノムビルドｈｇ１９；ＵＣＳＣ ＨＧ１９ゲノムアセンブリ；２００９年２月）。Ｒ２はＭＡＨＡＬＯ＿ＳＮＰ及びＬＤ＿ＳＮＰのｒ二乗値を意味する；（ｖ）Ｄ’はＭＡＨＡＬＯ＿ＳＮＰ及びＬＤ＿ＳＮＰのＤ’値を意味する；（ｖｉ）祖先又は「ＡＮＣ」は、ｒ２及びＤ’値を決定するために使用される集団の祖先を意味する；（ｖｉｉ）ソース又は「ＳＲＣ」は、ヒトゲノム中の一般的なバリエーションを列挙するデータベースを意味する（内部データ又は「ＧＩＤ」は非公的データベースを意味し、１０００ＧＰ又は「ＧＰ」は１０００ゲノムプロジェクト公的データベース（1000 Genomes Project Consortium等, Nature, 467(7319): 1061-73 (2010)）を意味し、Ｈａｐｍａｐ又は「ＨＭ」はＨａｐＭａｐ公的データベース（International HapMap Consortium, Nature, 437(7063): 1299-320 (2005)を意味する）。集団の記述は、白人（ＣＡＵ）；米国南西のアフリカ系（ＡＳＷ（Ａ））；ＣＥＰＨコレクションからの北及び西ヨーロッパ系を含むユタ州居住者（ＣＥＵ（Ｃ））；中国北京の漢民族（ＣＨＢ（Ｈ））；コロラド州メトロポリタンデンバーの中国人（ＣＨＤ（Ｄ））；テキサス州ヒューストンのグジャラートインディアン（ＧＩＨ（Ｇ））；日本東京の日本人（ＪＰＴ（Ｊ））；ケニヤＷｅｂｕｙｅのルイヤ族（ＬＷＫ（Ｌ））；カリフォルニア州ロサンゼルスのメキシコ系（ＭＥＸ（Ｍ））；ケニヤＫｉｎｙａｗａのマサイ族（ＭＫＫ（Ｋ））；イタリアのトスカナ人（ＴＳＩ（Ｔ））；ナイジェリアのイバダンのＹｏｒｕｂａｎ人（ＹＲＩ（Ｙ））を含む。表４は、ＭＡＨＡＬＯ＿ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７と連鎖不平衡（ＬＤ）にあるＬＤ＿ＳＮＰを示す。表５は、ＭＡＨＡＬＯ＿ＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９と連鎖不平衡（ＬＤ）にあるＬＤ＿ＳＮＰを示す。表６は、ＭＡＨＡＬＯ＿ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８と連鎖不平衡（ＬＤ）にあるＬＤ＿ＳＮＰを示す。表７は、ＭＡＨＡＬＯ＿ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８と連鎖不平衡（ＬＤ）にあるＬＤ＿ＳＮＰを示す。
【００８５】
本発明は、治療に対する応答を予測するための予測バイオマーカーとして及びＡＭＤの進行を評価するための予後バイオマーカーとしてＳＮＰ又は他の遺伝ベース機構を使用する方法、治療方略を選択するためにＳＮＰ又は他の遺伝ベース機構を使用する方法、及び限定しないが臨床試験のための患者を選択すること又は臨床的治療決定をすることを含む患者の層化に対してＳＮＰ又は他の遺伝ベース機構を使用する方法を提供する。ここで使用されるとき、「患者の層化」は、治療に対する応答の可能性を決定するための個体のジェノタイピングを意味する。ジェノタイピングは個体がＳＮＰを保有しているかどうかを特定するために実施される。特定のＳＮＰ遺伝子型の測定には多くの方法が存在する。一又は複数のＳＮＰに変異を保有する個体は、限定されないが、ＳＮＰアレイ、Ｔａｑｍａｎ、蛍光偏光法、Ｓｅｑｕｅｎｏｍ（又はここに記載のＳＮＰの解析のための他の方法）を含む様々な技術によってＤＮＡレベルで検出されうる。診断のための核酸は、患者の細胞、例えば、血液、尿、唾液、組織生検及び部検材料から得ることができる。
【００８６】
ここで使用される「リスク増加」は、ゲノムの特定の位置における特定の塩基の個体のゲノム中における存在が、ゲノムのその位置にその塩基を持たない集団に相対して、ＡＭＤのより進行した形態を発症するその個体の蓋然性の増加と相関するとき、その個体はＡＭＤのより進行した形態を発症する「リスク増加」状態にある、つまり増加した易罹患性を有すると言われることを意味する。本例の場合、そのような蓋然性の増加は、塩基が個体のアレルの一方又は他方又は両方に存在するとき、存在する。更に、蓋然性は、塩基が個体のアレルの一方よりむしろ個体の両方のアレルに存在するとき、増加する。
【００８７】
ここで使用される「リスク減少」は、ゲノムの特定の位置における特定の塩基の個体のゲノム中における存在が、ゲノムのその位置にその塩基を持たない集団に相対して、ＡＭＤのより進行した形態を発症するその個体の蓋然性の減少と相関するとき、その個体はＡＭＤのより進行した形態を発症する「リスク減少」状態にある、つまり減少した易罹患性を有すると言われることを意味する。そのようなアレルは「保護的」であると当該分野においてしばしば称される。リスク増加と同様に、リスク減少を、優性又は劣性として特徴付けることもまた可能である。
【００８８】
「リスク変化」はリスク増加又は減少を意味する。
【００８９】
ゲノムＤＮＡを検出に直接使用してもよく、又はゲノムＤＮＡ又は転写物の解析前にＰＣＲを使用して増幅させてもよい。例えば、個体からの断片化された一本鎖ＤＮＡを、何百から何千もの固定された独特のヌクレオチドプローブ配列を含むアレイにハイブリダイズさせる。ヌクレオチドプローブ配列を設計して標的ＤＮＡ配列に結合させる（例えば、あるＳＮＰに対して、アレル特異的プローブを使用して該ＳＮＰを同定し、その有無を分析する）。検出システムを使用して、固定化プローブと個体由来のＤＮＡの間のハイブリダイゼーションシグナルを記録し解釈する（プローブかＤＮＡの何れかが、検出され測定されるフルオロフォアで標識される）。特異的ＤＮＡ配列の検出は、限定されないが、ハイブリダイゼーション、リボヌクレアーゼ保護、化学分解、直接的ＤＮＡシークエンシング又は制限酵素の使用、ゲノムＤＮＡのサザンブロッティング、インサイツ分析、何百又は何千ものオリゴヌクレオチドプローブを含む高密度アレイへの試料及び対照核酸のハイブリダイゼーションを含む方法（Cronin等, Hum Mutat, 7(3): 244-55 (1996)（又はここに記載のＳＮＰ解析のための他の方法）によって達成されうる。例えば、ゲノム変異はマイクロアレイを使用して同定することができる（Shen等, Mutat Res,573(1-2): 70-82 (2005)））。これらの遺伝子検査は、抗Ｄ因子の治療に対して異なった応答性を有する亜集団に個体の集団を層別化するのに有用である。
【００９０】
ここで使用される「ジェノタイピング」なる用語は、限定しないが、ＤＮＡ挿入又は欠失、多型（ＳＮＰ又は他のもの）、アレル（分析的又は生物学的アッセイ（又はここに記載のＳＮＰの他の分析方法）を使用して個体のＤＮＡ配列を調べることによる、ＳＮＰの形態のマイナー又は主要又はリスクアレルを含む）の存在の検出を含む、個体の遺伝子構成（genetic make-up）（「遺伝子型」）における差を決定する方法を意味する。例えば、シークエンシング又は他の方法（例えばここに記載のＳＮＰの他の分析方法）によって決定される個体のＤＮＡ配列を、他の個体の配列又は参照配列と比較することができる。ジェノタイピングの方法は、当該分野において一般に知られており（例えばここに記載のＳＮＰの他の分析方法）、限定されないが、ゲノムＤＮＡの制限断片長多型同定（ＲＦＬＰ）、ゲノムＤＮＡのランダム増幅多型検出（ＲＡＰＤ）、増幅断片長多型検出（ＡＦＬＰＤ）、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、ＤＮＡシークエンシング、アレル特異的オリゴヌクレオチド（ＡＳＯ）プローブ、及びＤＮＡマイクロアレイ又はビーズへのハイブリダイゼーションを含む。同様に、これらの技術を、ＳＮＰ又は他の遺伝因子をコードする転写物の分析に応用することができる。ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）分析、アレイハイブリダイゼーションを使用して又はＤＮＡマイクロアレイスナップショットを含む市販のＤＮＡ ＳＮＰチップマイクロアレイを使用して、ＳＮＰについて試料を簡便にアッセイすることができる。ＳＮＰが核酸試料中にあるかないかを決定するためにマイクロアレイを利用することができる。マイクロアレイはオリゴヌクレオチドを含み得、診断用途に適したオリゴヌクレオチドを作製し使用する方法は、米国特許第５４９２８０６号；同第５５２５４６４号；同第５５８９３３０号；同第５６９５９４０号；同第５８４９４８３号；同第６０１８０４１号；同第６０４５９９６号；同第６１３６５４１号；同第６１５２６８１号；同第６１５６５０１号；同第６１９７５０６号；同第６２２３１２７号；同第６２２５６２５号；同第６２２９９１１号；同第６２３９２７３；国際公開第００／５２６２５号；国際公開第０１／２５４８５号；及び国際公開第０１／２９２５９号に開示されている。
【００９１】
幾つかの実施態様では、ジェノタイピングは、適切な治療手順を、それを最も必要とする個体に指示するために臨床医によって使用されうる。例えば、試験における対象がジェノタイピングされ、（１）治療に有利に応答する集団及び（２）治療に有意には応答しない集団、及び（３）治療に不利に応答する集団に分類される。結果に基づき、対象は、対象が治療に有利に応答するか、有意には応答しないか又は不利に応答するかどうかを予測するためにジェノタイピングされる。治療の臨床試験への潜在的な参加者をスクリーニングして、治療に対して有利に応答する可能性が最も高い者を同定し、副作用を被る可能性がある者を排除することができる。よって、薬剤治療の効果を、薬剤にポジティブに応答する個体において測定することができる。よって、一実施態様は、治療の臨床試験に組み込むための個体を選択する方法において、（ａ）個体から核酸試料を取得し、（ｂ）治療に対するポジティブな応答に関連する多型変異体又は治療に対するネガティブな応答に関連する多型変異体の存在を決定する工程を含む方法である。他の実施態様では、本発明は、治療のための個体を選択する方法において、（ａ）個体から核酸試料を取得し、（ｂ）治療に対するポジティブな応答に関連する多型変異体の存在を決定し、（ｃ）治療を施すことによって個体を治療する工程を含む方法を含む。
【００９２】
「アレル特異的プライマー」又は「ＡＳプライマー」なる用語は、標的配列の一を越える変異体にハイブリダイズするが、変異体の一つのみで、プライマーが適切な条件下で核酸ポリメラーゼによって効果的に伸長される点で、標的配列の変異体を識別できるプライマーを意味する。標的配列の他の変異体では、伸長は効率が悪いか効率的ではない。伸長が効率が悪いか効率的ではない場合、シグナルはかなり低い強度であるか、好ましくは検出限界を下回る。
【００９３】
「アレル特異的プローブ」又は「ＡＳプローブ」なる用語は、標的配列の一を越える変異体にハイブリダイズするが、変異体の一つのみで、検出可能なシグナルが生成される点で、標的配列の変異体を識別できるプローブを意味する。標的配列の他の変異体では、シグナルはかなり低い強度であるか、好ましくは検出限界を下回る。
【００９４】
「一次配列」なる用語は、ポリヌクレオチド又はオリゴヌクレオチド中のヌクレオチドの配列を意味する。窒素性塩基修飾、糖修飾又は他の骨格修飾のようなヌクレオチド修飾は一次配列の一部ではない。オリゴヌクレオチドにコンジュゲートされる発色団のような標識もまた一次配列の一部ではない。よって、二つのオリゴヌクレオチドは同じ一次配列を共有しうるが、修飾及び標識に関しては異なる。
【００９５】
「プライマー」なる用語は、標的核酸中の配列とハイブリダイズし、核酸の相補鎖に沿って合成の開始点としてそのような合成に適した条件下で作用することができるオリゴヌクレオチドを意味する。ここで使用される場合、「プローブ」なる用語は、標的核酸中の配列とハイブリダイズし、通常は検出可能に標識されるオリゴヌクレオチドを意味する。プローブは、修飾、例えばプローブを核酸ポリメラーゼにより非伸長可能にする３’末端修飾、及び一又は複数の発色団を有しうる。同じ配列を持つオリゴヌクレオチドが、一つのアッセイにおいてプライマーとして、異なるアッセイにおいてプローブとして機能しうる。
【００９６】
「修飾ヌクレオチド」なる用語は、修飾塩基、糖又はリン酸基を含むか、又はその構造に非天然部分が導入されている核酸ポリマー中の単位を意味する。非天然ヌクレオチドの例は、修飾された窒素性塩基を持つヌクレオチド、例えばアルキル化あるいはワトソン・クリック対合に関与する一般的な窒素性塩基間には存在しない基での他の置換を有するヌクレオチドを含む。例を挙げると、限定ではないが、修飾ヌクレオチドは、メチル、エチル、ベンジル又はブチル−ベンジルで置換された塩基を持つものを含む。アレル特異的ＰＣＲでは、少なくとも一つのプライマーは、プライマー伸長が、配列の特異的変異体が存在するときのみ（又は優先的に）生じ、他の変異体が存在するとき生じない（又は効率が悪い形で、つまり相当なΔＣｔで生じる）ようにアレル特異的である。成功裏のアレル特異的プライマーのデザインは予測できない技術である。既知の配列に対してプライマーを設計することは常套的であるが、非常に類似した配列を区別することができるプライマーを設計するための処方は在しない。区別化は、一又は複数の多型性部位を標的とする一又は複数のアレル特異的プライマーが同じ反応混合物中に存在する場合、特にチャレンジングである。
【００９７】
「相補的」又は「相補性」なる用語は、ワトソン・クリック型塩基対規則によって関係があるポリヌクレオチドの逆平行ストランドに関連して使用される。「完全に相補的」又は「１００％相補的」なる用語は、逆平行ストランド間の全ての塩基のワトソン・クリック対合を有する、つまりポリヌクレオチド二本鎖の任意の二つの塩基間にミスマッチがない相補的配列を意味する。しかしながら、二本鎖は、完全な相補性がない場合でさえ、逆平行ストランド間に形成される。「部分的に相補的」又は「不完全に相補的」なる用語は、１００％完全より少ない（例えば、ポリヌクレオチド二本鎖に少なくとも一のミスマッチ又非ミスマッチ塩基が存在する）逆平行ポリヌクレオチドストランド間の塩基の任意のアラインメントを意味する。部分的に相補的なストランド間の二本鎖は、完全に相補的なストランド間の二本鎖よりも一般的に安定性が少ない。
【００９８】
「表現型」は、例えば中間期又は進行期ＡＭＤから生じた、例えば症状の有無のような、個体間で比較することができる形質である。
【００９９】
核酸試料は、対象から得られる生体試料から単離される。「生体試料」は、限定されないが、血液、唾液、痰、尿、細胞擦過物及び生検組織を含む。核酸試料は、標準的な技法を使用して生体試料から単離されうる。核酸試料は、多型変異体の存在を決定するための方法において使用されうる。多型変異体の有無は、核酸試料中に提示された一方又は双方の染色体対を使用して決定されうる。核酸試料中に提示された双方の染色体対における多型変異体の有無を決定することは、多型変異体に対する個体の接合状態を決定するために有用である。
【０１００】
ハイブリダイゼーション反応の「ストリンジェンシー」は、当業者によって容易に決定され、一般にはプローブ長、洗浄温度、及び塩濃度に依存する経験的な計算である。一般に、プローブが長くなると適切なアニーリングに必要な温度が高くなり、プローブが短くなるとそれに必要な温度は低くなる。ハイブリダイゼーションは、一般に、相補鎖がその融点より低い環境中に存在するとき、変性ＤＮＡのリアニール能力に依存する。プローブとハイブリダイズ可能な配列間の所望される相同性の程度が高くなればなるほど、用いることができる相対温度が高くなる。その結果、より高い相対温度は、反応条件をよりストリンジェントにすることになり、低い温度はストリンジェントを低下させることになる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーの更なる詳細及び説明については、Ausubel等, Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995）を参照のこと。
【０１０１】
ここで定義される「ストリンジェント条件」又は「高度のストリンジェンシー条件」は、（１）洗浄に低イオン強度及び高温度、例えば、５０℃で、０．０１５Ｍの塩化ナトリウム／０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム／０．１％のドデシル硫酸ナトリウムを用いるもの；（２）ハイブリダイゼーション中にホルムアミド等の変性剤、例えば、４２℃で、５０％（ｖ／ｖ）ホルムアミドを、０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％フィコール／０．１％のポリビニルピロリドン／５０ｍＭのｐＨ６．５のリン酸ナトリウムバッファー、及び７５０ｍＭの塩化ナトリウム、７５ｍＭクエン酸ナトリウムと共に用いるもの；又は（３）４２℃で、５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（０．７５ＭのＮａＣｌ、０．０７５Ｍのクエン酸ナトリウム）、５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％のピロリン酸ナトリウム、５×デンハート液、超音波処理サケ精子ＤＮＡ（５０μｇ／ｍｌ）、０．１％ＳＤＳ、及び１０％の硫酸デキストランを用いた溶液中での終夜のハイブリダイゼーション、４２℃で、０．２×ＳＳＣ（塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）中での１０分間の洗浄、ついで５５℃で、ＥＤＴＡを含む０．１×ＳＳＣからなる１０分間の高ストリンジェンシー洗浄を用いるものによって、特定される。
【０１０２】
「中程度のストリンジェント条件」は、Sambrook等, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, New York: Cold Spring Harbor Press, 1989に記載されているように特定され、上述のものより低いストリンジェントの洗浄溶液及びハイブリダイゼーション条件（例えば、温度、イオン強度及び％ＳＤＳ）の使用を含む。中程度のストリンジェント条件の例は、２０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（１５０ｍＭのＮａＣｌ、１５ｍＭのクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５×デンハート液、１０％の硫酸デキストラン、及び２０ｍｇ／ｍｌの変性剪断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中３７℃での終夜のインキュベーション、ついで１×ＳＳＣ中における約３７−５０℃でのフィルター洗浄である。プローブ長などの因子に適合させる必要に応じて、どのようにして温度、イオン強度等を調節するかは当業者であれば分かるであろう。
【０１０３】
ここで使用される「試料」又は「試験試料」なる用語は、例えば物理的、生化学的、化学的及び／又は生理学的特徴に基づいて、特徴付けられ、及び／又は同定される、細胞性及び／又は他の分子実体を含んでいる興味ある対象から得られるか又は対象由来の組成物を指す。一実施態様では、この定義には、血液及び生物起源の他の液体試料、及び生検試料などの組織試料又は組織培養物又はこれら由来の細胞が包含される。組織試料の供給源は、新鮮な、凍結された及び／又は保存されていた臓器や組織試料又は生検もしくは吸引による固形組織；血液又は任意の血液構成成分；体液；及び対象の妊娠期又は発生期の任意の時期の細胞ないし血漿であってもよい。「試料」、「生体試料」又は「試験試料」なる用語には、試薬による処理、可溶化又は所定の成分、例えばタンパク質又はポリヌクレオチドの濃縮、又は切片化のための半固形又は固形マトリックスへの包埋のような、調達後に何れかの方法で操作されている生物学的試料が含まれる。ここでの目的では、組織試料の「切片」は、組織試料の単一部分又は一片、例えば、組織の薄いスライス又は組織試料から切り取られた細胞を意味する。試料は、限定されるものではないが、全血、血液誘導細胞、血清、血漿、リンパ液、滑液、細胞抽出物、及びそれらの組み合わせを含む。一実施態様では、試料は臨床試料である。他の実施態様では、試料は診断アッセイにおいて使用される。
【０１０４】
一実施態様では、試料は、補体阻害剤での治療前に対象又は患者から得られる。他の実施態様では、試料は、補体阻害剤での少なくとも一回の治療後に対象又は患者から得られる。
【０１０５】
ここで使用される「基準試料」は、比較目的に使用される任意の試料、標準、又はレベルを意味する。一実施態様では、基準試料は、同じ対象又は患者の体の健康な及び／又は非罹患部（例えば組織又は細胞）から得られる。他の実施態様では、基準試料は、同じ対象又は患者の体の未治療組織及び／又は細胞から得られる。更に他の実施態様では、基準試料は、対象又は患者ではない個体の健康な及び／又は非罹患部（例えば組織又は細胞）から得られる。更に他の実施態様では、基準試料は、対象又は患者ではない個体の体の未治療組織及び／又は細胞部分から得られる。
【０１０６】
ある実施態様では、基準試料は、試験試料が得られるときとは異なる一又は複数の時点で得られる同じ対象又は患者からの単一試料又は組み合わせた複数の試料である。例えば、基準試料は、試験試料が得られるときよりも速い時点で同じ対象又は患者から得られる。ある実施態様では、基準試料は、対象又は患者ではない一又は複数の個体から得られる「試料」との用語の下で上で定義されたあらゆるタイプの生体試料を含む。ある実施態様では、基準試料は、対象又は患者ではない変性疾患（例えば加齢黄斑変性）の一又は複数の個体から得られる。
【０１０７】
ある実施態様では、基準試料は、対象又は患者ではない一又は複数の健康な個体からの組み合わせた複数の試料である。ある実施態様では、基準試料は、対象又は患者ではない疾患又は障害（例えば加齢黄斑変性などの変性疾患）に罹患している一又は複数の個体からの組み合わせられた複数の試料である。ある実施態様では、基準試料は、対象又は患者ではない一又は複数の個体からの正常組織又はプールされた血漿又は血清試料からのプールしたＲＮＡ試料である。
【０１０８】
「Ｆｃレセプター」又は「ＦｃＲ」という用語は、抗体のＦｃ領域に結合するレセプターを記述するために使用される。好適なＦｃＲは、天然配列ヒトＦｃＲである。更に、好適なＦｃＲは、ＩｇＧ抗体（γレセプター）に結合し、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ及びＦｃγＲＩＩＩサブクラスのレセプターを含むものであり、これらのレセプターのアレル変異体及び選択的スプライシング型を含む。ＦｃγＲＩＩレセプターは、ＦｃγＲＩＩＡ（「活性化レセプター」）及びＦｃγＲＩＩＢ（「阻害レセプター」）を含み、これらは、主としてその細胞質ドメインにおいて異なる、類似のアミノ酸配列を持つ。活性化レセプターＦｃγＲＩＩＡは、その細胞質ドメインに免疫レセプターチロシンベース活性化モチーフ（ＩＴＡＭ）を有する。阻害レセプターＦｃγＲＩＩＢは、その細胞質ドメインに免疫レセプターチロシンベース阻害モチーフ（ＩＴＩＭ）を有する（Daeron, Annu. Rev. Immunol., 15:203-234(1997)を参照）。ＦｃＲｓはRavetch及びKinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-92 (1991)；Capel等, Immunomethods 4:25-34 (1994)；及びde Haas等, J. Lab. Clin. Med. 126:330-41 (1995)において概説されている。将来同定されるものも含む他のＦｃＲｓが、ここにおける「ＦｃＲ」なる用語によって包含される。該用語は胎児への母性ＩｇＧの移動の原因である新生児レセプターＦｃＲｎもまた含む（Guyer等, J. Immumol. 117:587 (1976)及びKim等, J. Immunol. 24:249 (1994)）。
【０１０９】
「天然抗体」は、通常は、２つの同一の軽（Ｌ）鎖と２つの同一の重（Ｈ）鎖からなる約１５００００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。各軽鎖は一つの共有ジスルフィド結合により重鎖に結合されており、ジスルフィド結合の数は、異なった免疫グロブリンアイソタイプの重鎖間で変化する。また各重鎖と軽鎖は、規則的に離間した鎖内ジスルフィド架橋を有している。各重鎖は、多くの定常ドメインが続く可変ドメイン（ＶＨ）を一端に有する。各軽鎖は、一端に可変ドメイン（ＶＬ）を、その他端に定常ドメインを有し；軽鎖の定常ドメインは重鎖の第一定常ドメインとアラインされ、軽鎖の可変ドメインは重鎖の可変ドメインとアラインされる。特定のアミノ酸残基が、軽鎖及び重鎖可変ドメイン間の界面を形成すると考えられる。
【０１１０】
「可変」という用語は、可変ドメインのある部位が、抗体間で配列が広範囲に異なっており、その特定の抗原に対する各特定の抗体の結合性及び特異性に使用されているという事実を意味する。しかしながら、可変性は抗体の可変ドメイン全体にわたって一様には分布していない。それは、軽鎖及び重鎖可変ドメインの両方の高頻度可変領域と呼ばれる３つのセグメントに集中している。可変ドメインのより高度に保存された部分はフレームワーク領域（ＦＲ）と呼ばれる。天然の重鎖及び軽鎖の可変ドメインは、βシート構造を連結するループを形成し、ある場合にはその一部を形成する、３つの高頻度可変領域により連結された、主にβシート構成を採る４つのＦＲをそれぞれ含んでいる。各鎖の高頻度可変領域は、ＦＲによって近接して保持され、他の鎖の高頻度可変領域と共に、抗体の抗原結合部位の形成に寄与している（Kabat等, Sequence of Proteins of Immunological Interest, 5版. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD. (1991)を参照）。定常ドメインは、抗体の抗原への結合に直接には関与していないが、様々なエフェクター機能、例えばＡＤＣＣへの抗体の関与を示す。
【０１１１】
抗体のパパイン消化は、「Ｆａｂ」断片と呼ばれる２つの同一の抗体結合断片を生成し、その各々は単一の抗原結合部位を持ち、残りは容易に結晶化する能力を反映して「Ｆｃ」断片と命名される。ペプシン処理は２つの抗原結合部位を持つＦ（ａｂ’）２断片を生じ、尚も抗原と架橋結合することができる。
【０１１２】
「Ｆｖ」は、完全な抗原認識及び抗原結合部位を含む最小抗体断片である。この領域は、堅固な非共有結合をなした一つの重鎖及び一つの軽鎖可変ドメインの二量体からなる。各可変ドメインの３つの高頻度可変領域が相互に作用してＶＨ−ＶＬ二量体表面に抗原結合部位を定めるのはこの配置においてである。集合的に、６つの高頻度可変領域が抗体に抗原結合特異性を付与する。しかしながら、単一の可変ドメイン（又は抗原に対して特異的な３つの高頻度可変領域のみを含むＦｖの半分）でさえ、全結合部位よりも親和性が低くなるが、抗原を認識して結合する能力を有している。
【０１１３】
Ｆａｂ断片はまた軽鎖の定常ドメインと重鎖の第一定常領域（ＣＨ１）を有する。Ｆａｂ’断片は、抗体ヒンジ領域からの一又は複数のシステインを含む重鎖ＣＨ１ドメインのカルボキシ末端に数個の残基が付加されている点でＦａｂ断片とは異なる。Ｆａｂ’−ＳＨは、定常ドメインのシステイン残基が少なくとも一つの遊離チオール基を有しているＦａｂ’に対するここでの命名である。Ｆ（ａｂ’）２抗体断片は、間にヒンジシステインを有するＦａｂ’断片の対として産生された。抗体断片の他の化学的カップリングもまた知られている。
【０１１４】
任意の脊椎動物種からの抗体（免疫グロブリン）の「軽鎖」には、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）及びラムダ（λ）と呼ばれる２つの明確に区別されるタイプの一つを割り当てることができる。
【０１１５】
その重鎖の定常ドメインのアミノ酸配列に応じて、抗体には異なるクラスが割り当てられる。インタクトな抗体には５つの主なクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭがあり、更にこれらの幾つかは、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ、及びＩｇＡ２等のサブクラス（アイソタイプ）に分かれる。抗体の異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。免疫グロブリンの異なるクラスのサブユニット構造及び三次元立体配置はよく知られている。
【０１１６】
「一本鎖Ｆｖ」又は「ｓｃＦｖ」抗体断片は、抗体のＶＨ及びＶＬドメインを含み、これらのドメインは単一のポリペプチド鎖中に存在する。好ましくは、Ｆｖポリペプチドは、ｓｃＦｖが抗原結合に対して望ましい構造を形成するのを可能にするポリペプチドリンカーをＶＨ及びＶＬドメイン間に更に含む。ｓｃＦｖの概説については、Pluckthun, The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, 113巻, Rosenburg及びMoore編, Springer-Verlag, New York, p269-315 (1994)を参照のこと。
【０１１７】
「ダイアボディ」なる用語は、二つの抗原結合部位を持つ小さい抗体断片を意味し、その断片は同一のポリペプチド鎖（ＶＨ−ＶＬ）内で軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に重鎖可変ドメイン（ＶＨ）が結合してなる。非常に短いために同一鎖上で二つのドメインの対形成が不可能なリンカーを使用して、ドメインを他の鎖の相補ドメインと強制的に対形成させ、二つの抗原結合部位を創製する。ダイアボディは、例えば、欧州特許出願公開第４０４０９７号；国際公開第９３／１１１６１号；及びHollinger等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90:6444-6448(1993)においてより詳細に記載されている。
【０１１８】
ここで使用される「モノクローナル抗体」なる用語は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を指す、すなわち、集団を構成する個々の抗体は、一般に少量で存在しうるモノクローナル抗体の生産中に生じうる可能な変異体を除いて、同一であり、及び／又は同じエピトープに結合する。異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を典型的には含むポリクローナル抗体調製物とは異なり、各モノクローナル抗体は、抗原上の単一の決定基に対するものである。その特異性に加えて、モノクローナル抗体は、それらが他の免疫グロブリンによって汚染されていない点で有利である。「モノクローナル」との修飾詞は、実質的に均一な抗体集団から得られているという抗体の特徴を示し、抗体を何か特定の方法で生産しなければならないことを意味するものではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、最初にKohler等, Nature 256, 495 (1975)により記載されたハイブリドーマ法によって作製することができ、あるいは例えば組換えＤＮＡ法によって作製することができる（例えば、米国特許第４８１６５６７号参照）。また「モノクローナル抗体」は、例えばClackson等, Nature 352:624-628(1991)及びMarks等, J. Mol. Biol. 222:581-597(1991)に記載された技術を使用してファージ抗体ライブラリーから単離することもできる。
【０１１９】
ここでのモノクローナル抗体は、特に、重鎖及び／又は軽鎖の一部が特定の種由来の又は特定の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体中の対応配列に一致するか又は類似するが、鎖の残りは、他の種由来の又は他の抗体クラスもしくはサブクラスに属する抗体における対応配列に一致するか又は類似する「キメラ」抗体（免疫グロブリン）、並びにそれらが所望の生物学的活性を示す限り、そのような抗体の断片を含む（米国特許第４８１６５６７号；及びMorrison等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 81:6851-6855 (1984)）。ここで関心のあるキメラ抗体には、非ヒト霊長類（例えば、ヒヒ、アカゲザル又はカニクイザルなどの旧世界サル）由来の可変ドメイン抗原結合配列とヒト定常領域配列を含む「プリマタイズ」抗体を含む（米国特許第５６９３７８０号）。
【０１２０】
非ヒト（例えばマウス）抗体の「ヒト化」型は、非ヒト免疫グロブリンに由来する最小配列を含むキメラ抗体である。大部分において、ヒト化抗体は、レシピエントの高頻度可変領域の残基が、マウス、ラット、ウサギ又は所望の特異性、親和性及び能力を有する非ヒト霊長類のような非ヒト種（ドナー抗体）からの高頻度可変領域の残基によって置換されたヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。幾つかの例では、ヒト免疫グロブリンのフレームワーク領域（ＦＲ）残基が、対応する非ヒト残基によって置換される。更に、ヒト化抗体は、レシピエント抗体にも、もしくはドナー抗体にも見出されない残基を含んでいてもよい。これらの修飾は抗体の特性を更に洗練するために行われる。一般に、ヒト化抗体は、全てあるいは実質的に全ての高頻度可変ループが非ヒト免疫グロブリンのものに対応し、全てあるいは実質的に全てのＦＲが、上述のＦＲ置換を除いて、ヒト免疫グロブリン配列のものである、少なくとも一の、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含むであろう。また、ヒト化抗体は、場合によっては免疫グロブリン定常領域、典型的にはヒト免疫グロブリンのものの少なくとも一部も含む。更なる詳細については、Jones等, Nature 321:522-525 (1986)；Riechmann等, Nature 332:323-329 (1988)；及びPresta, Curr. Op. Struct. Biol. 2:593-596 (1992)を参照のこと。
【０１２１】
「フレームワーク」又は「ＦＲ」は、高頻度可変領域（ＨＶＲ）残基以外の可変ドメイン残基を意味する。可変ドメインのＦＲは、一般に、４つのＦＲドメイン、つまりＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、及びＦＲ４からなる。従って、ＨＶＲ及びＦＲ残基は一般にＶＨ（又はＶＬ）中の次の配列に現れる：ＦＲ１−Ｈ１（Ｌ１）−ＦＲ２−Ｈ２（Ｌ２）−ＦＲ３−Ｈ３（Ｌ３）−ＦＲ４。
【０１２２】
ここで使用される「高頻度可変領域」又は「ＨＶＲ」なる用語は、配列において高頻度可変であり、及び／又は構造的に定まったループ（「高頻度可変ループ」）を形成する抗体可変ドメインの領域の各々を意味する。一般に、天然の４鎖抗体は、６つのＨＶＲを含み；ＶＨに３つ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）、ＶＬに３つ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）である。ＨＶＲは一般に高頻度可変ループ由来、及び／又は「相補性決定領域」（ＣＤＲ）由来のアミノ酸残基を含み、後者は最も高い配列多様性を有し、及び／又は抗原認識に関与する。ここで使用されるＨＶＲは、位置２４−３６（Ｌ１に対して）、４６−５６（Ｌ２に対して）、８９−９７（Ｌ３に対して）、２６−３５Ｂ（Ｈ１に対して）、４７−６５（Ｈ２に対して）、及び９３−１０２（Ｈ３に対して）内に位置する任意の数の残基を含む。従って、ＨＶＲは、以前に記載されている位置に残基を含む：
Ａ）２４−３４（Ｌ１）、５０−５２（Ｌ２）、９１−９６（Ｌ３）、２６−３２（Ｈ１）、５３−５５（Ｈ２）、及び９６−１０１（Ｈ３）（Chothia及びLesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987)；
Ｂ）Ｌ１の２４−３４、Ｌ２の５０−５６、Ｌ３の８９−９７、Ｈ１の３１−３５Ｂ、Ｈ２の５０−６５、及びＨ３の９５−１０２（Kabat等., Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5th Ed. Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991)。
Ｃ）３０−３６（Ｌ１）、４６−５５（Ｌ２）、８９−９６（Ｌ３）、３０−３５（Ｈ１）、４７−５８（Ｈ２）、９３−１００ａ−ｊ（Ｈ３）（MacCallum等 J. Mol. Biol. 262:732-745 (1996)。
【０１２３】
別の記載がない限り、ＨＶＲ残基及び可変ドメイン中の他の残基（例えばＦＲ残基）はここでは上掲のＫａｂａｔ等に従って番号付けされる。可変ドメイン（およそ軽鎖の残基１−１０７及び重鎖の残基１−１１３）中の残基に言及するとき、カバットの番号付けシステムが一般に使用される（例えば、出典明示によりここに明示的に援用されるKabat等, Sequences of Immunological Interest. 5版 Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, Md. (1991)）。免疫グロブリン重鎖定常領域中の残基に言及するとき、「ＥＵ番号付けシステム」又は「ＥＵインデックス」が一般に使用される（例えば上掲のＫａｂａｔ等に報告されているＥＵインデックス；重鎖の定常ドメイン中のヒンジ領域はおよそ重鎖の残基２１６−２３０（ＥＵ番号付け）である）。「カバットにおけるＥＵインデックス」は、ヒトＩｇＧ１ ＥＵ抗体の残基番号付けを意味する。ここで別の定義を述べない限り、抗体の可変ドメイン内の残基番号に対する言及は、カバット番号付けシステムによる残基番号付けを意味する。ここで別の定義を述べない限り、抗体の定常ドメイン内の残基番号に対する言及は、ＥＵ番号付けシステムによって番号付けした残基を意味する（例えば、米国仮出願第６０／６４０３２３号、ＥＵ番号付けのための図を参照）。
【０１２４】
「ネイキッド抗体」とは、例えば細胞傷害性部分又は放射標識のような異種分子にコンジュゲートしていない抗体（ここで定義される）である。
【０１２５】
「単離された」抗体とは、同定され、その自然環境の成分から分離され、及び／又は回収されたものである。その自然環境の汚染成分とは、抗体の診断又は治療的な使用を妨害するであろう物質であり、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質様又は非タンパク質様溶質が含まれうる。好ましい実施態様では、抗体は、（１）ローリー法で測定した場合９５重量％を越える抗体、最も好ましくは９９重量％を超えるまで、（２）スピニングカップシークエネーターを使用することにより、少なくとも１５のＮ末端あるいは内部アミノ酸配列の残基を得るのに充分なほど、あるいは、（３）クーマシーブルーあるいは好ましくは銀染色を用いた非還元あるいは還元条件下でのＳＤＳ−ＰＡＧＥにより均一になるまで、精製される。抗体の自然環境の少なくとも一の成分が存在しないため、単離された抗体には、組換え細胞内のインサイツ抗体が含まれる。しかしながら、通常は、単離された抗体は少なくとも一の精製工程により調製されるであろう。
【０１２６】
参照ポリペプチド配列に対する「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」は、配列を整列させ、最大のパーセント配列同一性を得るために必要ならば間隙を導入し、如何なる保存的置換も配列同一性の一部と考えないとした、参照ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセントとして定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、例えば公に利用できるコンピュータソフトウェア、例えばＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ又はＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアを使用して、当業者の技量の範囲にある様々な方法で達成することができる。当業者であれば、比較される配列の全長に対して最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、配列をアラインメントするための適切なパラメータを決定することができる。しかしながら、ここでの目的のためには、パーセントアミノ酸配列同一性値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を使用して得られる。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムは、ジェネンテック社によって著作され、そのソースコードが米国著作権庁、ワシントンＤ．Ｃ．，２０５５９に使用者用書類と共に提出され、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７の下で登録されている。ＡＬＩＧＮ−２プログラムはジェネンテック社、サウスサンフランシスコ、カリフォルニアから公的に入手可能であり、又はソースコードからコンパイルすることができる。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、デジタルＵＮＩＸ Ｖ４．０Ｄを含むＵＮＩＸオペレーティングシステムで使用されるようにコンパイルされなければならない。全ての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ−２プログラムによって設定され、変動しない。
【０１２７】
アミノ酸配列比較にＡＬＩＧＮ−２が用いられる状況では、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸配列Ｂに対する、それとの、又はそれに対しての％アミノ酸配列同一性（あるいは、与えられたアミノ酸配列Ｂに対する、それとの、又はそれに対してのある程度の％アミノ酸配列同一性を持つか又は含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともできる）は次のように計算される：
分率Ｘ／Ｙの１００倍
ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２のＡ及びＢのアラインメントによって同一であると一致したスコアのアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと等しくない場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸配列同一性とは等しくないことは理解されるであろう。特に別の定義がなされない限り、ここで使用される全ての％アミノ酸配列同一性は、ＡＬＩＧＮ−２コンピュータプログラムを使用して直ぐ前の段落に記載されたようにして得られる。
【０１２８】
ここで使用される場合、「最小二乗」なる用語は、各観測値とその推定値との間の差の二乗の和を最小にする最小二乗法の使用を意味する（Plackett, R.L. Biometricka, 59: 239-251 (1972)）。ここで提示される最小二乗平均は、ＧＡ面積対ベースラインＧＡ病巣サイズ（連続）、ベースラインＧＡ病巣サイズカテゴリー（＜４ＤＡ対≧４ＤＡ）、時間、治療、及び治療時間（time-by-treatment）の相互作用における変化の関係に適合させるために使用された、線形混合効果モデルに基づくＧＡ面積におけるベースラインからの平均ＤＤＡＦ変化の推定値であった（Garret Fitzmaurice, Nan Laird, James Ware, Applied Longitudinal Analysis, 2版, Chapter 8, Publisher (John Wiley & Sons) (August 2011)）。図５及び６を参照のこと。
【０１２９】
「薬学的製剤」なる用語は、そこに含まれる活性成分の生物学的活性が効果的であるようにする形態であり、その製剤が投与されるであろう対象に許容できない程に毒性である更なる成分を含まない調製物を意味する。
【０１３０】
「薬学的に許容される担体」は、対象に非毒性であり、活性成分以外の薬学的製剤中の成分を指す。薬学的に許容される担体は、限定されないが、緩衝剤、賦形剤、安定剤、又は保存料を含む。
【０１３１】
「中和抗体」とは、それが結合する標的抗原のエフェクター機能を除くか又は有意に減じることができる抗体分子である。従って、「中和」抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片は、Ｄ因子のエフェクター機能、例えば代替補体活性を除くか又は有意に減じることができる。
【０１３２】
例示的なアッセイは、Ｄ因子の代替補体活性を中和する抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片の能力をモニターするものである。例えば、補体源としてＣ１ｑ枯渇ヒト血清を使用してウサギの赤血球溶血を阻害する候補抗体の能力によって中和が測定されている、２００８年５月８日に公開されたＰＣＴ／ＵＳ２００７／０８３１７２に記載されている溶血阻害アッセイを参照のこと。
【０１３３】
別法では、Ｄ因子による細胞応答の誘発を中和する抗Ｄ因子抗体の能力は、Wiesmann等, Nature, 444: 217-220 (2006)に記載されているように、Ｃ３液相転換酵素アッセイによって試験されうる。
【０１３４】
「有意な」減少とは、例えば代替補体活性のような、標的抗原（例えば、Ｄ因子）のエフェクター機能の少なくとも約６０％、又は少なくとも約７０％、好ましくは少なくとも約７５％、更に好ましくは少なくとも約８０％、なお更に好ましくは少なくとも約８５％、より更に好ましくは少なくとも約９０％、より更に好ましくは少なくとも約９５％、最も好ましくは少なくとも約９９％の減少を意味する。好ましくは、ここで定義されている「中和」抗体は、２００８年５月８日に公開されたＰＣＴ／ＵＳ２００７／０８３１７２の溶血アッセイによって決定されているように、Ｄ因子の抗代替経路活性の少なくとも約６０％、又は少なくとも約７０％、好ましくは少なくとも約７５％、更に好ましくは少なくとも約８０％、なお更に好ましくは少なくとも約８５％、より更に好ましくは少なくとも約９０％、より更に好ましくは少なくとも約９５％、最も好ましくは少なくとも約９９％を中和することができる。
【０１３５】
ここでの「対象」又は「患者」はヒト対象又は患者である。一般に、そのような対象又は患者は、地図状萎縮の治療に対して適格である。一実施態様では、そのような適格の対象又は患者は、一又は複数の徴候、症状、又は地図状萎縮の他の指標を経験しているか又は経験したか、あるいは例えば新たに診断されたか過去に診断されたかにかかわらず、地図状萎縮と診断されているか、あるいは地図状萎縮を発症するリスクがある者である。他の実施態様では、治療される患者は、ＡＭＤと関連するＳＮＰの存在を検出するアッセイを使用してスクリーニングすることができる。「安定」製剤は、保存時にその中のタンパク質が本質的にその物理的安定性及び／又は化学的安定性及び／又は生物学的活性を保持するものである。好ましくは、その製剤は、保存時に本質的にその物理的及び化学的安定性、並びにその生物学的活性を保持する。保存期間は一般にその製剤の意図された有効期間に基づき選択される。タンパク質の安定性を測定するための様々な分析技法が当該技術分野で利用でき、例えば、Peptide and Protein Drug Delivery, 247-301, Vincent Lee編, Marcel Dekker, Inc., New York, New York, Pubs. (1991)及びJones, A. Adv. Drug Delivery Rev. 10: 29-90 (1993)に概説されている。選択された温度で選択された期間、安定性を測定することができる。好ましくは、製剤は、約４０℃で少なくとも約２−４週間安定であり、及び／又は約５℃及び／又は１５℃で少なくとも３ヶ月間安定であり、及び／又は約−２０℃で少なくとも３ヶ月間又は少なくとも１、２、３、又は４年間安定である。更に、製剤は、好ましくは製剤の凍結（例えば−７０℃まで）及び解凍後、例えば１、２又は３サイクルの凍結解凍後、安定である。安定性は、（例えば、分子ふるいクロマトグラフィーの使用、濁度の測定、及び／又は視覚検査による）凝集体形成の評価；カチオン交換クロマトグラフィー又はキャピラリーゾーン電気泳動を使用する電荷不均一性の評価；アミノ末端又はカルボキシ末端配列解析；質量分光分析；還元抗体とインタクトな抗体を比較するＳＤＳ−ＰＡＧＥ分析；ペプチドマップ（例えばトリプシン又はLYS-C)解析；抗体の生物学的活性又は抗原結合機能の評価等々を含む様々な異なる方法で定性的及び／又は定量的に評価することができる。不安定性は、凝集、脱アミド（例えばＡｓｎ脱アミド）、酸化（例えばＭｅｔ酸化）、異性化（例えばＡｓｐ異性化）、クリッピング／加水分解／断片化（例えば、ヒンジ領域断片化）、スクシンイミド形成、不対システイン、Ｎ末端伸長、Ｃ末端プロセシング、糖鎖付加の差等の何れか一又は複数に関与することがある。
【０１３６】
「ヒスチジンバッファー」はヒスチジンイオンを含有するバッファーである。ヒスチジンバッファーの例は、塩化ヒスチジン、酢酸ヒスチジン、リン酸ヒスチジン、硫酸ヒスチジンを含む。ここでの実施例で特定される好ましいヒスチジンバッファーは、塩化ヒスチジンバッファーであることが分かった。一実施態様では、塩化ヒスチジンバッファーは、Ｌ−ヒスチジン（遊離塩基、固形）を希塩酸（液体）で滴定することによって調製される。他の実施態様では、ヒスチジンバッファーは、所望のｐＨを達成するためにヒスチジンとヒスチジン塩酸塩の混合物により、調製される。好ましくは、ヒスチジン又は塩化ヒスチジンバッファーはｐＨ５．０から６．０、好ましくはｐＨ５．２から５．８である。
【０１３７】
ここでの「糖」は、単糖、二糖類、三糖類、多糖類、糖アルコール、還元糖、非還元糖等を含む一般組成（ＣＨ２Ｏ）ｎ及びその誘導体を含む。ここでの糖の例は、グルコース、スクロース、トレハロース、ラクトース、フルクトース、マルトース、デキストラン、グリセリン、デキストラン、エリスリトール、グリセロール、アラビトール、シリトール（sylitol）、ソルビトール、マンニトール、メリビオース、メレジトース、ラフィノース、マンノトリオース、スタキオース、マルトース、ラクツロース、マルツロース、グルシトール、マルチトール、ラクチトール、イソ−マルツロース等を含む。
【０１３８】
ここで、「界面活性剤」は界面活性な薬剤、例えば非イオン性界面活性剤を意味する。ここでの界面活性剤の例は、ポリソルベート（例えば、ポリソルベート２０及びポリソルベート８０）；ポロキサマー（例えばポロキサマー１８８）；トリトン（Triton）；ドデシル硫酸ナトリウム（ＳＤＳ）；ラウリル硫酸ナトリウム；ナトリウムオクチルグルコシド；ラウリル−、ミリスチル−、リノレイル−、又はステアリル−スルホベタイン；ラウリル−、ミリスチル−、リノレイル−又はステアリル−サルコシン；リノレイル−、ミリスチル−、又はセチル−ベタイン；ラウロアミドプロピル−、コカミドプロピル−、リノールアミドプロピル−、ミリスタミドプロピル−、パルミドプロピル−、又はイソステアラミドプロピル−ベタイン（例えばラウロアミドプロピル）；ミリスタミドプロピル−、パルミドプロピル−、又はイソステアラミドプロピル−ジメチルアミン；ナトリウムメチルココイル−、又は二ナトリウムメチルオレイル−タウレート；及びＭＯＮＡＱＵＡＴＴＭシリーズ（Mona Industries, Inc., Paterson, New Jersey）；ポリエチルグリコール、ポリプロピルグリコール、及びエチレン・プロピレングリコール共重合体（例えばプルロニックス（Pluronics）、ＰＦ６８等）等々を含む。ここでの好ましい界面活性剤はポリソルベート２０である。
【０１３９】
ＧＡの診断は、臨床歴、臨床検査、及び樹立された画像診断法に基づいてなされうる。
【０１４０】
ここでの対象の「治療」は治療的処置と予防的又は防御的処置の双方を意味する。治療が必要な患者はＧＡを既に持つ者並びにＧＡが防止されるべき者を含む。よって、対象は、ＧＡに罹患していると診断されていてもよく又はＧＡの素因があるかもしくは感受性であってもよい。
【０１４１】
ＧＡの「症状」は、任意の病的な現象又は構造、機能ないしは感覚の正常からの逸脱であり、対象によって体感され、疾患を示す。
【０１４２】
「有効量」なる表現は、ＧＡを予防し、寛解させ、又は治療するために効果的である抗体の量を意味する。
【０１４３】
「抗体曝露」とは、約１日から約５週間の期間にわたって投与される一又は複数回用量のここでの抗体への接触又は曝露を意味する。用量は、この曝露期間にわたって一回又は決まった時間ないしは不規則的な時間、例えば週１回服用を４週間、又は約１３〜１７日の期間あけて２回服用で、投与されうる。初めとその後の抗体曝露は、ここで詳述されるように互いに時間を隔てたものである。
【０１４４】
ここでの「Ｄ因子阻害剤」は、一般にはＤ因子に結合し、その活性を中和させることを通じてＤ因子の生物学的活性を、ある程度、阻害する薬剤である。ここで特に考えられるＤ因子阻害剤の例はラムパリズマブである。
【０１４５】
「パッケージ挿入物」は、適応、用法、用量、投与、禁忌、包装製品と組み合わされる他の治療用製品、及び／又はかかる治療用製品の使用に関する注意等についての情報を含む、治療用製品の市販パッケージに常套的に含められる指示を意味するために使用される。
【０１４６】
「最初の曝露から」又は任意の先の曝露からあるときまで投与又は与えられない曝露は、第二の又は後の曝露の時間が、もし一を越える用量がその曝露で投与されているならば、先の曝露からの用量の何れかが投与された時間から測定されることを意味する。例えば、２回の用量が最初の曝露で投与される場合、二回目の曝露は、その先の曝露内において最初又は二回目の用量が投与されたときから測定して少なくとも約１６−５４週まで与えられない。同様に、３回の用量が投与される場合、二回目の曝露は、先の曝露内における最初、二回目、又は三回目の用量のときから測定されうる。好ましくは、「最初の曝露から」は最初の用量のときから測定される。
【０１４７】
「医薬」は地図状萎縮又はその症状又は副作用を治療するための活性な薬剤である。
【０１４８】
ここで使用される「投与する」なる用語は、最も広い意味で使用され、とりわけ経腸、局所投与及び「非経口投与」を包含する。ここで使用される「非経口投与」及び「非経口的に投与される」は、経腸及び局所投与以外の、通常は注射による、投与の態様を意味し、限定されないが、静脈内、筋肉内、動脈内、クモ膜下腔内、嚢内、眼窩内、心臓内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、嚢下、クモ膜下、脊髄内、硬膜外、胸骨内（intrasternal）注射、注入、点眼、眼球内、硝子体内、強膜近傍（juxtascleral）、テノン嚢下（subtenon）及び上脈絡膜（superchoroidal）を含む。ここで使用される「ＩＶＴ又はＩＴＶ」は、硝子体内を意味する。
【０１４９】
「ＡＭＤを評価する」なる用語は、本発明に係る方法が、個体が中間期又は進行期ＡＭＤの発症あるいは中間期又は進行期ＡＭＤの予後診断のリスクを有しているかどうかを評価するために、医師を含む医療専門家を補助することを示すために使用される。試料中のＣＦＩ、ＣＦＨ、Ｃ３、Ｃ２又はＣＦＢに対するリスクアレルの存在は、個体が中間期又は進行期ＡＭＤの発症あるいは中間期又は進行期ＡＭＤの予後診断のリスクを有していることを示している。
【０１５０】
予後検査からの結果は、より進行したＡＭＤへの進行を診断する他の検査結果と組み合わせてもよい。幾つかの実施態様では、素因解析の結果を、性質が疫学的又は遺伝学的を問わず、より進行したＡＭＤへの進行を示す他の検査結果と組み合わせてもよい。これらの実施態様では、予後検査の結果と他の検査結果の組合せがより進行したＡＭＤへの進行の証拠となり得、組合せをＡＭＤ診断として利用することができる。
【０１５１】
ここで使用される「進行」なる用語は、疾患の経時的な悪化を意味する。疾患の「進行速度」又は「進行の速度」は、疾患と診断された患者において疾患が如何に速く又は遅く経時的に発達するかを指す。疾患はしばしば慢性的であり、期間枠は週、月又は年でありうる。疾患の進行速度は、疾患の特定の特徴の測定可能な経時的変化によって表すことができる。例えば、ＧＡの患者の進行速度は、眼底自発蛍光（ＦＡＦ）又はカラー眼底写真（ＣＦＰ）のような標準的な画像検査法によって測定される、ベースラインから１８月までのＧＡ病巣面積の成長率によって表すことができる。特定の遺伝形質を保有している患者は、患者の疾患状態がそのような遺伝形質を持たない患者よりも速く進行するならば、「増加した進行速度」を有していると言われるか、又は有している可能性が高い。一方、治療に応答する患者は、患者の疾患進行が、治療前の患者の疾患状態又は治療をしていない他の患者と比較したとき、治療後に遅くなるならば、「減少した進行速度」を有していると言われるか、又は有している可能性が高い。
【０１５２】
ここで使用される「応答する可能性が高い」は、ＡＭＤの進行の遅延化又は防止を示す可能性が高い患者を指す。ＧＡに関して、「応答する可能性が高い」とは、治療でＦＡＰ又はＣＦＰによるＧＡ面積喪失の減少を示す可能性が最も高い患者を指す。中間期ＡＭＤに関して、「応答する可能性が高い」とは、進行期ＡＭＤへの進行の遅延化を示す可能性が高い患者を指す。早期ＡＭＤに関して、「応答する可能性が高い」とは、中間期ＡＭＤへの進行の遅延化を示す可能性が高い患者を指す。本発明の文脈における「応答性」とは、ここに記載された疾患に罹患し、罹患していると疑われ、又は罹患しやすく、又は該疾患と診断されている患者が、抗Ｄ因子治療に対して応答を示すことを意味する。
【０１５３】
「個体」又は「対象」は哺乳動物である。哺乳動物は、限定されないが、家畜動物（例えば、ウシ、ヒツジ、ネコ、イヌ、及びウマ）、霊長類（例えば、ヒト、サルなどの非ヒト霊長類）、ウサギ、げっ歯類（例えば、マウス及びラット）を含む。ある実施態様では、個体又は対象はヒトである。
【０１５４】
ここでの「患者」又は「対象」は、ＡＭＤの一又は複数の徴候、症状、又は他の指標を被っているか被った、治療に適格な任意の一人のヒト対象である。対象に含める意図があるのは、疾患の如何なる臨床徴候も示していない臨床研究治験に関与した任意の対象、疫学的研究に関与した対象、又は対照として一度使用された対象である。対象は、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片あるいは他の薬剤で過去に治療されていてもよく、又は治療されていなくてもよい。対象は、ここでの治療が開始されるとき使用される更なる薬剤に対してナイーブでありうる。つまり、対象は、「ベースライン」において（つまり、ここでの治療法における抗Ｄ因子の最初の用量の投与前のセットポイント時点、例えば治療開始前の対象の選別の日）、例えば抗Ｄ因子以外の治療法で過去に治療されていない。そのような「ナイーブな」対象は、一般に、そのような更なる薬剤での治療に対する候補であると考えられる。
【０１５５】
ここで使用される「評価を提供する」なる語句は、患者におけるＡＭＤを評価するために患者の試料中のリスクアレルの存在に関して生成された情報又はデータを使用することを指す。情報又はデータは、文書、口頭又は電子的など、任意の形態でありうる。幾つかの実施態様では、生成された情報又はデータの使用は、連絡、提示、報告、保管、発送、移送、供給、送信、分配、又はそれらの組合せを含む。幾つかの実施態様では、連絡、提示、報告、保管、発送、移送、供給、送信、分配、又はそれらの組合せは、コンピューター装置、アナライザーユニット又はその組合せによって実施される。幾つかの更なる実施態様では、連絡、提示、報告、保管、発送、移送、供給、送信、分配、又はそれらの組合せは、研究室又は医療専門家によって実施される。幾つかの実施態様では、情報又はデータは、リスクアレルが試料中に存在するか又は存在しないとの表示を含む。幾つかの実施態様では、情報又はデータは、患者が中間期又は進行期ＡＭＤと評価されているとの表示を含む。
【０１５６】
「試料」なる用語は、体液の試料、分離細胞の試料又は組織もしくは器官からの試料を指す。体液の試料はよく知られた技法によって得ることができ、血液、血漿、血清、尿、リンパ液、痰、腹水、気管支洗浄液又は任意の他の分泌液又はその派生物の試料を含む。組織又は器官試料は、例えば生検によって、任意の組織又は器官から得ることができる。分離細胞は、例えば遠心分離又は細胞選別などの分離技術によって体液又は組織もしくは器官から得ることができる。例えば、細胞、組織又は器官試料は、バイオマーカーを発現するか又は産生する細胞、組織又は器官から得ることができる。試料は凍結、新鮮、固定（例えばホルマリン固定）、遠心分離、及び／又は包埋（例えば、パラフィン包埋）等々の状態でありうる。細胞試料は、勿論、試料中のマーカーの量を評価する前に、様々なよく知られた収集後の調製及び保存技術（例えば、核酸及び／又はタンパク質抽出、固定、保存、凍結、限外濾過、濃縮、蒸発、遠心分離等々）に供することができる。同様に、生検をまた収集後の調製及び保存技術、例えば固定に供することができる。試料は治療前、治療中又は治療後に採取されうる。試料は、ＡＭＤに罹患していると疑われているか罹患していると診断されており、よって、治療の必要性が高い患者から、あるいは如何なる疾患も疑われていない正常な個体から採取することができる。
【０１５７】
ここで使用される「患者を選択する」又は「患者を同定する」なる語句は、抗Ｄ因子抗体を含む治療から恩恵を受ける可能性が高いとして患者を同定し又は選択するために患者の試料中におけるリスクアレルの存在に関して生成された情報又はデータを使用することを指す。使用され又は生成される情報又はデータは、文書、口頭又は電子的など、任意の形態でありうる。幾つかの実施態様では、生成された情報又はデータの使用は、連絡、提示、報告、保管、発送、移送、供給、送信、分配、又はそれらの組合せを含む。幾つかの実施態様では、連絡、提示、報告、保管、発送、移送、供給、送信、分配、又はそれらの組合せは、コンピューター装置、アナライザーユニット又はその組合せによって実施される。幾つかの更なる実施態様では、連絡、提示、報告、保管、発送、移送、供給、送信、分配、又はそれらの組合せは、研究室又は医療専門家によって実施される。幾つかの実施態様では、情報又はデータは、リスクアレルが試料中に存在するか又は存在しないとの表示を含む。幾つかの実施態様では、情報又はデータは、患者が抗Ｄ因子を含む治療法に応答する可能性が高いとの表示を含む。
【０１５８】
「治療法を選択する」なる語句は、患者に対する治療法を特定するか又は選択するために患者の試料中におけるリスクアレルの存在に関して生成された情報又はデータを使用することを指す。幾つかの実施態様では、治療法は抗Ｄ因子を含みうる。幾つかの実施態様では、「治療法を特定／選択する」なる語句は、投与されている抗Ｄ因子の有効量の適応化を必要とする患者の同定を含む。幾つかの実施態様では、治療の推奨は、投与されている抗Ｄ因子の量が適合化されることを推奨することを含む。ここで使用される「治療の推奨」なる語句は、また、抗Ｄ因子を含む治療法に応答する可能性が高いとして同定されもしくは選択される患者に対して抗Ｄ因子を含む治療法を提案し又は選択するために生成された情報又はデータを使用することを指す。幾つかの実施態様では、生成された情報又はデータの使用は、連絡、提示、報告、保管、発送、移送、供給、送信、分配、又はそれらの組合せを含む。幾つかの実施態様では、連絡、提示、報告、保管、発送、移送、供給、送信、分配、又はそれらの組合せは、コンピューター装置、アナライザーユニット又はその組合せによって実施される。幾つかの更なる実施態様では、連絡、提示、報告、保管、発送、移送、供給、送信、分配、又はそれらの組合せは、研究室又は医療専門家によって実施される。幾つかの実施態様では、情報又はデータは、リスクアレルが試料中に存在するか又は存在しないとの表示を含む。幾つかの実施態様では、情報又はデータは、抗Ｄ因子を含む治療法が患者に対して適しているとの表示を含む。
【０１５９】
ＩＩＩ．方法
本発明は、補体阻害剤での治療に対する良い候補であろうＡＭＤ患者の治療、予後診断、診断及び又は患者集団の選択のための組成物及び方法を提供する。一実施態様では、本発明は、患者における変性疾患（例えばＡＭＤ（ＧＡ及びＣＮＶを含む））の進行を予後診断する方法であって、患者におけるリスクアレルの存在を判定することを含む方法を提供する。一実施態様では、本発明は、患者における変性疾患（例えばＡＭＤ（ＧＡ及びＣＮＶを含む））を治療する方法であって、Ｄ因子に結合する抗体の有効量を投与することを含み、ここで、患者がＡＭＤに関連したリスクアレルを保有している方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、患者における変性疾患（例えばＡＭＤ（ＧＡ及びＣＮＶを含む））を治療する方法であって、特定の投与計画に従ってＤ因子に結合するある種の抗体を投与することを含む方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、患者における変性疾患（例えばＡＭＤ（ＧＡ及びＣＮＶを含む））を治療する方法であって、Ｄ因子に結合する抗体又はその抗原結合断片の有効量を投与することを含み、ここで、患者が、変性疾患（例えばＡＭＤ（ＧＡ及びＣＮＶを含む））に関連するリスクアレルに対してヘテロ接合性又はホモ接合性である方法を提供する。幾つかの実施態様では、患者はＣＦＨ、ＣＦＩ、Ｃ３、Ｃ２及びＣＦＢの一つ、又は全て、又は組合せにリスクアレルを保有する。一実施態様では、抗体又はその抗原結合断片はラムパリズマブである。一実施態様では、本発明は、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片での治療に対する変性疾患患者の応答を予測するための方法を提供する。一実施態様では、本発明は、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を用いた変性疾患の患者の治療の治療効果を最適化するための方法を提供する。
【０１６０】
本発明は、Ｄ因子阻害剤（例えば、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片）の効果と相関する、特定の遺伝子（例えば、補体因子Ｉ（ＣＦＩ）、補体因子Ｈ（ＣＦＨ）、補体成分２（Ｃ２）、補体成分３（Ｃ３）及び補体因子Ｂ（ＣＦＢ）の一又は複数、及びその組合せ）又はバイオマーカー（例えば、補体因子Ｉ（ＣＦＩ）、補体因子Ｈ（ＣＦＨ）、補体成分２（Ｃ２）、補体成分３（Ｃ３）及び補体因子Ｂ（ＣＦＢ）のＳＮＰ）の使用に部分的には基づいている。よって、開示された方法は、患者を治療するために適切な又は効果的な治療薬を評価する際に有用なデータ及び情報を取得するための簡便で効果的な、かつ潜在的に対費用効果の高い手段を提供する。例えば、試料をＡＭＤ患者から得ることができ、その試料を、様々なインビトロアッセイによって検査して、参照試料と比較して発現レベルの一又は複数のバイオマーカーが存在するかどうかを決定することができる。一実施態様では、患者がリスクアレルを保有しているならば、患者は、Ｄ因子阻害剤（例えば抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片、例えばラムパリズマブ）を含む治療法での治療から恩恵を受ける可能性がある。遺伝子又はバイオマーカー又はＳＮＰの存在は、限定しないが、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、タンパク質、タンパク質断片及び／又は遺伝子コピー数を含む、当該分野で知られている任意の適切な基準に基づいて決定することができる。
【０１６１】
試料中のＳＮＰ解析は、多くの方法によって血液、組織又は他の体液において分析することができ、その多くは、限定しないが、ＤＮＡシークエンシング、ＲＮＡシークエンシング、ＤＮＡのポリメラーゼ連鎖反応解析、ＲＮＡのポリメラーゼ連鎖反応解析、オリゴヌクレオチドベースのハイブリダイゼーション、インサイツハイブリダイゼーション、オリゴヌクレオチドベースのプライマー伸長法、電気泳動法及びＨＰＬＣを含め、当該分野でよく知られており、当業者によって理解されている。ＳＮＰを検出するための更なる技術は、限定されないが、次の技術を含む：走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法、（Methods in Molecular Biology, Single Nucleotide Polymorphisms, 2版, Anton Komar編, Humana Press 2009; 7-28章）、単純配列長多型（ＳＳＬＰ）のＰＣＲ増幅、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）、ＲＮａｓｅ Ａ切断、ヘテロ二本鎖ＤＮＡの化学的切断、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析（Warren等, Current Protocol in Human Genetics, Supp 15: 7.4.1-7.4.23 (2001)、ビーズチップマイクロアレイ（Lambert等, Current Protocol in Human Genetics, Supp 78: 2.9.1-2.9.3(2013)）、一本鎖高次構造多型（ＳＳＣＰ）分析、プライマー一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）（Deshpande等, Current Protocol in Human Genetics, Supp 34: 13.4.1-13.4.11 (2005)）、プライマー伸長アッセイ（Kwok等, Current Protocol in Human Genetics, Supp 39: 2.11.1-2.11.10 (2003)。ＳＮＰの存在は、また、（例えば、タンパク質発現又は機能のレベルを調べるための）タンパク質分析ベースの技術、例えばイムノアッセイ（例えばＥＬＩＳＡ、ＥＬＩＦＡ、免疫組織化学的及び／又はウェスタンブロット解析、免疫沈降、分子結合アッセイ、蛍光標識細胞分取（ＦＡＣＳ）等、定量的血液ベースアッセイ（例えば血清ＥＬＩＳＡ等）インサイツハイブリダイゼーション、又は機能アッセイ、例えば生化学酵素活性アッセイ又は細胞ベース系、並びに遺伝子及び／又は組織アレイ解析によって実施されうる広範なアッセイの何れか一つから推測されうる。遺伝子及び遺伝子産物の状態を評価するための典型的なプロトコルは、例えば、Ausubel等編, 1995, Current Protocols In Molecular Biologyのユニット２（ノーザンブロット法）、４（サザンブロット法）、１５（免疫ブロット法）、及び１８（ＰＣＲ解析）に見出される。Ｒｕｌｅｓ Ｂａｓｅｄ Ｍｅｄｉｃｉｎｅから入手可能��もののようなマルチプレックスイムノアッセイ、ビーズベースのイムノアッセイ、例えばＬｕｍｉｎｅｘ、ＥＬＩＳＡ又はＭｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（ＭＳＤ）をまた使用することができる。
【０１６２】
本発明のＳＮＰ解析に対して感受性があり受け入れられる一つの技術は、例えば米国特許第６６２７４０２号に記載されているアレル特異的ＰＣＲ（ＡＳ−ＰＣＲ）である。この技術は、配列の野生型変異体の存在下で核酸配列中の変異又は多型を検出する。成功裏のアレル特異的ＰＣＲでは、標的核酸の所望の変異体が増幅される一方、他の変異体は増幅されず、少なくとも検出可能なレベルでは増幅されない。
【０１６３】
アレル特異的ＰＣＲの識別の一尺度は、二つのアレルを含む増幅反応におけるＣｔ値間の差（ΔＣｔ）である。各増幅反応は、関数のグラフである核酸増幅アッセイの文脈において「増殖曲線」又は「増幅曲線」によって特徴付けられ、ここで、独立変数は、増幅サイクルの数であり、従属変数は、例えばフルオロフォアによって発せられた蛍光のような、各増幅サイクルにおいて測定される増幅に依存した測定可能なパラメーターである。典型的には、増幅に依存した測定可能なパラメーターは、ハイブリダイゼーション時又は核酸ポリメラーゼのヌクレアーゼ活性によるプローブの加水分解時にプローブによって発せされる蛍光の量であり、Holland等, (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. 88:7276-7280及び米国特許第５２１００１５号を参照のこと。増殖曲線は、予め定められた大きさの測定可能なパラメーターが達成される多くのサイクルである「閾値」（又はＣｔ値）によって特徴付けられる。より低いＣｔ値はより速い増幅を表す一方、より高いＣｔ値はより遅い増幅を表す。アレル特異的反応の文脈において、二つの鋳型のＣｔ値間の差は反応におけるアレルの差を表す。
【０１６４】
アレル特異的ＰＣＲでは、少なくとも一つのプライマーが、アレル特異的であり、その配列の特異的変異体が存在し、他の変異体が存在するとき生じない（又は悪い効率では生じる、つまり実質的なΔＣｔ）場合のみ（又は優先的に）プライマー伸長が生じる。成功したアレル特異的プライマーの設計は予測不可能な技術である。既知の配列に対してプライマーを設計することは常套的であるが、非常に類似した配列を区別することができるプライマーを設計するための処方は在しない。区別化は、一又は複数の多型性部位を標的とする一又は複数のアレル特異的プライマーが同じ反応混合物中に存在する場合、特にチャレンジングである。
【０１６５】
典型的には、プライマー中の区別されるヌクレオチド、すなわち、標的配列の一つの変異体のみに一致するヌクレオチドは３’末端ヌクレオチドである。しかしながら、プライマーの３’末端は特異性の多くの決定基の一つに過ぎない。例えば、更なるミスマッチがまた区別化に影響を及ぼしうる。２００９年１０月２０日に出願された米国特許出願第１２／５８２０６８号（ＵＳ２０１０００９９１１０として公開）を参照のこと。他のアプローチは、プライマーと標的配列間の塩基対形成を変える非天然又は修飾ヌクレオチドを含めるものである（出典明示によりここに全体が援用される米国特許第６００１６１１号を参照）。伸長速度の減少、よってプライマーの特異性は、反応中に存在する他の核酸の及びミスマッチの配列状況全体を含む多くの要因によって影響を受ける。それぞれの更なるミスマッチに対するこれら外部要因の影響並びに単独であれ組合せであれそれぞれの更なる非天然ヌクレオチドの影響は予測することができない。本出願人は、プライマーの多くの変異体を試験し、驚くべきことに、密接に関連した標的配列を区別するその能力について、ある変異体が劇的に異なっていることを見出した。
【０１６６】
一実施態様では、本発明は、ＣＦＩ、Ｃ２、ＣＦＢ、Ｃ３又はＣＦＨのそれぞれにおける多型を決定するための特異的なオリゴヌクレオチドを含む。一実施態様では、本発明は、ＣＦＩ ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＣＦＨ ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８及びＣ２／ＣＦＢ ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８のそれぞれにおけるリスクアレルを特異的に検出するための、配列番号：１７−４１（表９）から選択されるオリゴヌクレオチド並びに該オリゴヌクレオチドに対して少なくとも９０％同一で、その３’末端ヌクレオチドを有する変異体を含む。表９において例証されるように、ミスマッチ及び非天然ヌクレオチドは、プライマーとして使用されたオリゴヌクレオチドの３’末端部分内、特に最後の前の５つのヌクレオチド内において生じる。しかしながら、与えられたオリゴヌクレオチドと９０％の同一性を共有する幾つかのオリゴヌクレオチドは、また、オリゴヌクレオチドの他の箇所、例えばオリゴヌクレオチドの５’部分に一つ、二つ又は三つのミスマッチを有するものを含む。
【０１６７】
特定の実施態様では、多型の存在はプローブで検出される。プローブは、放射性、又は発色団（フルオロフォア）標識、例えば、ＦＡＭ、ＪＡ２７０、ＣＹ５ファミリー染料、又はＨＥＸ染料を含む標識で標識化されうる。蛍光的に標識されたプローブを使用する検出の一例として、変異をリアルタイムポリメラーゼ連鎖反応（ｒｔ−ＰＣＲ）によって検出することができ、ここで、プローブのハイブリダイゼーションがプローブの酵素消化と得られる蛍光の検出を生じさせる（TaqManTM probe method, Holland等(1991) P.N.A.S. USA 88:7276-7280）。表９は、ＣＦＩ ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＣＦＨ ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８及びＣ２／ＣＦＢ ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８のそれぞれにおけるリスクアレルを検出するための例示的なプローブを列挙するものである。別法では、増幅産物及び多型の存在は、例えばSambrook, J.及びRussell, D.W. (2001) Molecular Cloning, ３版 CSHL Press, ５及び９章に記載されているように、ゲル電気泳動と続く染色又はブロッティング及びハイブリダイゼーションによって検出することができる。
【０１６８】
「蛍光色素」又は「フルオロフォア」は、適切な波長の光によって励起されると光放射を発することができる、例えば核酸に結合した化合物又は部分である。典型的な蛍光色素は、ローダミン色素、シアニン色素、フルオレセイン色素及びＢＯＤＩＰＹ（登録商標）色素を含む。フルオロフォアは蛍光発色団である。「ＦＲＥＴ」又は「蛍光共鳴エネルギー移動」又は「フェルスター共鳴エネルギー移動」」は少なくとも二つの発色団、ドナー発色団とアクセプター発色団 (クエンチャーと称される）との間のエネルギーの移動である。ドナーは、典型的には、ドナーが適切な波長の光放射によって励起されるとき、エネルギーをアクセプターに移動させる。アクセプターは「ダーク」クエンチャーである場合、移動されたエネルギーを光以外の形態で消散させる。一般的に使用されるダーククエンチャーは、ＢｌａｃｋＨｏｌｅクエンチャーＴＭ（ＢＨＱ），Ｂｉｏｓｅａｒｃｈ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ社（Novato, Cal.)、Ｉｏｗａ ＢｌａｃｋＴＭ，Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ ＤＮＡ Ｔｅｃｈ社（Coralville, Iowa)、ＢｌａｃｋＢｅｒｒｙＴＭクエンチャー６５０（ＢＢＱ−６５０），Ｂｅｒｒｙ ＆ Ａｓｓｏｃ．，（Dexter, Mich.）である。一般に使用されるドナー−クエンチャー対は、ＦＡＭ−ＢＨＱ対、ＣＹ５−ＢＨＱ対及びＨＥＸ−ＢＨＱ対を含む。
【０１６９】
バイオマーカー又はＳＮＰを含む試料は当該分野でよく知られている方法によって得ることができる。定義を参照。また、治療の進捗は、ＳＮＰに対してそのような身体の試料を試験することによって容易にモニターすることができる。
【０１７０】
ジェノタイピングアレイを使用してＤＮＡ又はＲＮＡを解析し、ＳＮＰ又は他の遺伝的機構の存在を検出することができる。一つのそのような例は、＞７００Ｋの遺伝子座を含む市販のマイクロアレイであるイルミナベースのアレイ技術（Oliphant等, Biotechniques, Supp: 56-8, 60-1 (2002)）であり、ＤＮＡ及びＲＮＡ解析（例えば、核酸試料中のＳＮＰの同定）に使用される一般的な方法である。イルミナマイクロアレイ技術は、光ファイバー束又は平面状シリカスライドの二つの基質の何れかでマイクロウェル中で自己集合する３ミクロンのシリカビーズを利用する。各ビーズは、捕捉配列として作用する何十万コピーもの特異的オリゴヌクレオチドで被覆される。
【０１７１】
組織又は細胞試料中における選択された遺伝子又はバイオマーカーの発現をまた機能的又は活性ベースのアッセイによって検査することができる。例えば、バイオマーカーが酵素である場合、当該分野で知られているアッセイを実施して、組織又は細胞試料中における与えられた酵素活性の存在を決定又は検出することができる。
【０１７２】
検査結果に基づく患者のＳＮＰ状態はレポートとして提供されうる。レポートは文書資料（例えば紙又はデジタル形態、又はインターネット上）又は口頭での説明（例えば人が直接（生）又は録音録画）の任意の形でありうる。レポートは、患者がＤ因子阻害剤での治療から恩恵を受けうるか又はそれに応答する可能性があることを医療専門家（例えば医師）に更に示していてもよい。
【０１７３】
本発明のキットは多くの実施態様を有する。ある実施態様では、キットは、容器と、該容器上のラベルと、該容器内に収容される組成物を含み；ここで、組成物は、ＳＮＰに対する自己抗体に対応する一又は複数の標的ポリペプチド配列に結合する一又は複数の一次抗体を含み、容器上のラベルは、少なくとも一つのタイプの哺乳動物細胞中における一又は複数の標的タンパク質の存在を評価するために組成物を使用することができることを示し、また少なくとも一つのタイプの哺乳動物細胞中における一又は複数の標的タンパク質の存在を評価するために抗体を使用するための指示書を含む。キットは、組織試料を調製し、抗体とプローブを組織試料の同じ切片に適用するための指示書と材料のセットを更に含みうる。キットは、一次及び二次双方の抗体を含み得、二次抗体は例えば酵素標識のような標識にコンジュゲートされる。
【０１７４】
一実施態様では、対象は、ＡＭＤを治療するための薬剤、例えば免疫抑制剤で過去に決して治療されておらず、及び／又はＤ因子に対する抗体又はその抗原結合断片で過去に決して治療されていない。他の実施態様では、対象は、変性疾患を治療するための薬剤で過去に治療されており、及び／又はそのような抗体で過去に治療されている。他の実施態様では、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片は、変性疾患を治療するために対象に投与された唯一の医薬である。他の実施態様では、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片はＡＭＤを治療するために使用される医薬の一つである。
【０１７５】
抗体は、非経口、局所、皮下、腹腔内、肺内、鼻内、病変内及び／又は硝子体内投与を含む任意の適切な手段によって投与される。非経口注入は、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、又は皮下投与を含む。くも膜下腔内投与もまた考えられる。また、抗体は、例えば減少用量の抗体を用いて、パルス注入によって適切に投与されうる。好ましくは、投薬は、静脈内又は皮下的に、より好ましくは静脈内注入によって投与される。各曝露は、同じ又は異なった投与手段を使用してもたらされうる。一実施態様では、各曝露はＩＶＴ投与による。
【０１７６】
抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片と共に第二の医薬、例えばＶＥＧＦアンタゴニスト又は抗体を投与してもよい。
【０１７７】
例えば、抗体は、抗ＶＥＧＦ薬、例えば（アバスチン（ベバシズマブ）又はルセンティス（ラニビズマブ））又は他のＤ因子アンタゴニスト／抗体又はその抗原結合断片と組み合わせてもよい。
【０１７８】
そのような第二の医薬のより特定の例は、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片が第一の医薬と呼ばれる場合、ＶＥＧＦアンタゴニスト又は抗体を含む。
【０１７９】
これらの第二の医薬は、一般的に、上で使用されたものと同じ用量及び同じ投与経路で、又は上で用いられた用量の約１から９９％で使用される。このような第二の医薬が仮に使用される場合、好ましくは、それらは、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片が、特に抗体の初回投与量を超えた続く投与量では存在しないならば、それにより引き起こされる副作用を除くか又は低減するため、より少ない量で使用される。
【０１８０】
第二の医薬が抗体曝露と共に有効量で投与される場合、それは任意の曝露によって、例えば一回の曝露だけで、又は一回を超える曝露で投与されてもよい。一実施態様では、第二の医薬は初期曝露と共に投与される。他の実施態様では、第二の医薬は初期曝露と第二曝露と共に投与される。より更なる実施態様では、第二の医薬は全ての曝露と共に投与される。
【０１８１】
併用投与には、異なる製剤又は単一の薬学的製剤を用いての共投与（同時投与）、及び何れかの順番での逐次的投与が含まれ、両方（又は全て）の活性薬剤が同時にそれらの生物活性を発揮する期間があることが好ましい。好ましい実施態様では、初期曝露後、特に薬剤が副腎皮質ステロイドである場合に、このような薬剤の量を減じるか除去して、プレドニゾン及びシクロホスファミドなどの副作用を有する薬剤への対象の曝露を減らす。他の実施態様では、第二の医薬の量は減じられないか又は取り除かれない。
【０１８２】
ＩＶ．Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片の抗体
当該分野で知られている任意のＤ因子抗体又はその断片を、ここに記載の方法において使用することができる。例えば、一実施態様では、本発明において使用されうる抗Ｄ因子抗体は米国特許第８０６７００２号又は同第８２７３３５２号に開示されたものの何れかであり、これら抗体のキメラ、ヒト化、又はヒト型（キメラ、ヒト化、又はヒト型がまだないのであれば）を更に含み得、その断片又は派生体を更に含みうる。
【０１８３】
幾つかの実施態様では、抗ヒトＤ因子モノクローナル抗体又はその抗原結合断片は、少なくともヒトＤ因子に結合し、その生物学的活性を中和する。ある実施態様では、ヒトＤ因子モノクローナル抗体又はその抗原結合断片は、問題のヒトＤ因子の生物学的活性を有意に減少させるか又は除去することができる。一実施態様では、ヒトＤ因子モノクローナル抗体又はその抗原結合断片は、対象のヒトＤ因子の生物学的活性の少なくとも６０％、又は少なくとも７０％、好ましくは少なくとも７５％、より好ましくは少なくとも８０％、更により好ましくは少なくとも８５％、尚もより好ましくは少なくとも９０％、尚もより好ましくは少なくとも９５％、最も好ましくは少なくとも９９％を中和させることができる。結合及び中和アッセイは当該分野でよく知られている。所望の結合及び中和特性を有する抗体のスクリーニングに有用なアッセイについては、例えば米国特許第７０８７７２６号を参照のこと。
【０１８４】
ある実施態様では、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片は、Ｄ因子による代替経路溶血を、代替経路溶血アッセイによって決定して、少なくとも約６０％、又は少なくとも７０％、好ましくは少なくとも７５％、より好ましくは少なくとも８０％、更により好ましくは少なくとも８５％、尚もより好ましくは少なくとも９０％、尚もより好ましくは少なくとも９５％、最も好ましくは少なくとも９９％、減少させることができる。
【０１８５】
幾つかの実施態様では、抗Ｄ因子モノクローナル抗体は、次のＨＶＲ
（ａ）式ＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮ（配列番号：１）のＬ１；
（ｂ）式ＧＧＮＴＬＲＰ（配列番号：２）のＬ２；及び
（ｃ）式ＬＱＳＤＳＬＰＹＴ（配列番号：３）のＬ３；及び／又は
（ｄ）式ＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮ（配列番号：４）のＨ１；
（ｅ）式ＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧ（配列番号：５）のＨ２；及び
（ｆ）式ＥＧＧＶＮＮ（配列番号：６）のＨ３
を含む。
ある実施態様では、抗ヒトＤ因子モノクローナル抗体は、その重鎖及び軽鎖可変ドメインにそれぞれ
ＥＶＱＬＶＱＳＧＰＥＬＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧＲＦＶＦＳＬＤＴＳＶＳＴＡＹＬＱＩＳＳＬＫＡＥＤＴＡＶＹＹＣＥＲＥＧＧＶＮＮＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳ（配列番号：７）及び
ＤＩＱＶＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮＷＹＱＱＫＰＧＫＶＰＫＬＬＩＳＧＧＮＴＬＲＰＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＶＡＴＹＹＣＬＱＳＤＳＬＰＹＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫ（配列番号：８）
のアミノ酸配列を含む。
【０１８６】
ある実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、以下に示される配列番号：１５及び配列番号：１６の配列を含み、ここで、２３８−１は米国特許第８２７３３５２号に記載された特定のヒト化抗Ｄ因子Ｆａｂを指す：
ヒト化抗Ｄ因子Ｆａｂの重鎖配列（２３８−１）：
ＥＶＱＬＶＱＳＧＰＥＬＫＫＰＧＡＳＶＫＶＳＣＫＡＳＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮＷＶＲＱＡＰＧＱＧＬＥＷＭＧＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧＲＦＶＦＳＬＤＴＳＶＳＴＡＹＬＱＩＳＳＬＫＡＥＤＴＡＶＹＹＣＥＲＥＧＧＶＮＮＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴ（配列番号：１５）
ヒト化抗Ｄ因子Ｆａｂの軽鎖配列（２３８−１）：
ＤＩＱＶＴＱＳＰＳＳＬＳＡＳＶＧＤＲＶＴＩＴＣＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮＷＹＱＱＫＰＧＫＶＰＫＬＬＩＳＧＧＮＴＬＲＰＧＶＰＳＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＰＥＤＶＡＴＹＹＣＬＱＳＤＳＬＰＹＴＦＧＱＧＴＫＶＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号：１６）
他の実施態様では、抗体は、配列番号：１５及び配列番号：１６の可変領域配列を含む。他の実施態様では、抗体は、配列番号：１５及び配列番号：１６のＨＶＲ配列を含む。他の実施態様では、抗体は、配列番号：１５及び配列番号：１６のＨＶＲ配列に対して９５％以上同一であるＨＶＲ配列を含み、及び／又は配列番号：１５及び配列番号：１６のＨＶＲ配列に対して９５％同一であるＨＶＲ配列を含む抗体を含む。
【０１８７】
上記実施態様の何れかにおいて、抗Ｄ因子抗体はヒト化型でもよい。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、上記実施態様の何れかにおけるようなＨＶＲを含み、アクセプターヒトフレームワーク、例えば、ヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワークを更に含む。
【０１８８】
他の態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の配列同一性を有する重鎖可変ドメイン（ＶＨ）配列を含む。ある実施態様では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の同一性を有するＶＨ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含むＤ因子抗体はＤ因子に結合する能力を保持する。ある実施態様では、全体で１から１０のアミノ酸が、配列番号：１５において置換され、挿入され及び／又は欠失されている。ある実施態様では、置換、挿入、又は欠失はＨＶＲの外側の領域内で（つまり、ＦＲ内で）生じる。場合によっては、抗Ｄ因子抗体は、その配列の翻訳後修飾を含み、配列番号：１５のＶＨ配列を含む。
【０１８９】
他の態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又は１００％の配列同一性を有する軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）配列を含む。ある実施態様では、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の同一性を有するＶＬ配列は、参照配列に対して置換（例えば、保存的置換）、挿入、又は欠失を含むが、その配列を含むＤ因子抗体はＤ因子に結合する能力を保持する。
ある実施態様では、全体で１から１０のアミノ酸が、配列番号：１６において置換され、挿入され及び／又は欠失されている。ある実施態様では、置換、挿入、又は欠失はＨＶＲの外側の領域内で（つまり、ＦＲ内で）生じる。場合によっては、抗Ｄ因子抗体は、その配列の翻訳後修飾を含み、配列番号：１６のＶＬ配列を含む。
【０１９０】
他の態様では、Ｄ因子抗体が提供され、ここで、該抗体は上で提供された実施態様の何れかのＶＨと、上で提供された実施態様の何れかのＶＬとを含む。
【０１９１】
更なる態様では、本発明は他のＤ因子抗体と同じエピトープに結合する抗体を提供する。一実施態様では、本発明は、ここで提供されるＤ因子抗体と同じエピトープに結合する抗体を提供する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、アミノ酸配列ＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮ（配列番号：１）を含むＨＶＲ−Ｌ１、アミノ酸配列ＧＧＮＴＬＲＰ（配列番号：２）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及びアミノ酸配列ＬＱＳＤＳＬＰＹＴ（配列番号：３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び／又はアミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮ（配列番号：４）を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列ＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧ（配列番号：５）を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列ＥＧＧＶＮＮ（配列番号：６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含む抗Ｄ因子抗体が結合するＤ因子上の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖可変領域配列；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む抗体が結合するＤ因子上の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体が結合するＤ因子上の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖配列；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖配列を含む抗体が結合するＤ因子上の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列を含む重鎖；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体が結合するＤ因子上の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、ＣＡＳ登録番号１２７８４６６−２０−８を有するラムパリズマブが結合するＤ因子上の同じエピトープに結合する。
【０１９２】
更なる態様では、本発明は、抗Ｄ因子抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する抗体を提供する。例えば、ある実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、アミノ酸配列ＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮ（配列番号：１）を含むＨＶＲ−Ｌ１、アミノ酸配列ＧＧＮＴＬＲＰ（配列番号：２）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及びアミノ酸配列ＬＱＳＤＳＬＰＹＴ（配列番号：３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び／又はアミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮ（配列番号：４）を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列ＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧ（配列番号：５）を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列ＥＧＧＶＮＮ（配列番号：６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含む抗Ｄ因子抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖可変領域配列；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖配列；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖配列を含む抗体が結合するＤ因子上の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列を含む重鎖；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体が結合するＤ因子上の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、ＣＡＳ登録番号１２７８４６６−２０−８を有するラムパリズマブのその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。
【０１９３】
本発明の更なる態様では、上記実施態様の何れかに係るＤ因子抗体は、キメラ、ヒト化又はヒト抗体を含むモノクローナル抗体である。一実施態様では、Ｄ因子抗体は、抗体断片、例えばＦｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。他の実施態様では、抗体は完全長抗体、例えばインタクトなＩｇＧ１又はＩｇＧ４抗体あるいはここに定義された他の抗体クラス又はアイソタイプである。他の実施態様では、抗体は二重特異性抗体である。
【０１９４】
更なる態様では、上記実施態様の何れかに係るＤ因子抗体は、以下のセクションＩＶ及びセクションＶに記載されるような、特徴の何れかを単独で又は組み合わせて含めてもよい。
【０１９５】
幾つかの実施態様では、抗Ｄ因子モノクローナル抗体又はその抗原結合断片は、ラムパリズマブ（Lampalizumab）と命名されたＵＳＡＮ Ｃｏｕｎｃｉｌにより採用された非占有名を有する抗ヒトＤ因子モノクローナル抗体と同一であるアミノ酸配列を有する。他の実施態様では、抗ヒトＤ因子モノクローナル抗体又はその抗原結合断片は、ラムパリズマブに対して少なくとも８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、少なくとも９６％、少なくとも９７％、少なくとも９８％、又は少なくとも９９％のアミノ酸配列同一性を有する。米国特許第８０６７００２号又は同第８２７３３５２号を参照のこと。ある実施態様では、抗ヒトＤ因子モノクローナル抗体はラムパリズマブである。幾つかの実施態様では、抗ヒトＤ因子モノクローナル抗体は、ＣＡＳ登録番号１２７８４６６−２０−８で開示されたアミノ酸配列を有する。
【０１９６】
幾つかの実施態様では、抗ヒトＤ因子モノクローナル抗体は次の配列によってコードされるＨＶＲを含む：
（ａ）式ＡＴＴＡＣＣＡＧＣＡＣＴＧＡＴＡＴＴＧＡＴＧＡＴＧＡＴＡＴＧＡＡＣ（配列番号：９）のＬ１；
（ｂ）式ＧＧＡＧＧＣＡＡＴＡＣＴＣＴＴＣＧＴＣＣＴ（配列番号：１０）のＬ２；
（ｃ）式ＴＴＧＣＡＡＡＧＴＧＡＴＴＣＴＴＴＧＣＣＧＴＡＣＡＣＧ（配列番号：１１）のＬ３；
（ｄ）式ＧＧＡＴＡＣＡＣＣＴＴＣＡＣＴＡＡＣＴＡＴＧＧＡＡＴＧＡＡＣ（配列番号：１２）のＨ１；
（ｅ）式ＴＧＧＡＴＴＡＡＣＡＣＣＴＡＣＡＣＴＧＧＡＧＡＧＡＣＡＡＣＡＴＡＴＧＣＴＧＡＣＧＡＣＴＴＣＡＡＧＧＧＡ（配列番号：１３）のＨ２；及び
（ｆ）式ＧＡＧＧＧＧＧＧＧＧＴＴＡＡＴＡＡＣ（配列番号：１４）のＨ３。
【０１９７】
Ｖ．抗体の産生
本発明の方法及び製造品では、Ｄ因子に結合する抗体を使用し、又は導入しうる。従って、そのような抗体を産生する方法がここに記載される。
【０１９８】
抗体の生産又はそのスクリーニングに使用されるＤ因子抗原は、例えば所望のエピトープを含むＤ因子の可溶型又はその一部でありうる。あるいは、又は加えて、その細胞表面にＤ因子を発現する細胞を、抗体を産生し、又はスクリーニングするために使用することができる。抗体を産生させるのに有用なＤ因子の他の形態は当業者には明らかであろう。
【０１９９】
本発明において使用される抗体の産生のための例示的な技術について以下に説明する。
【０２００】
（ｉ）ポリクローナル抗体
ポリクローナル抗体は、好ましくは、関連する抗原とアジュバントを複数回皮下（ｓｃ）又は腹腔内（ｉｐ）注射することにより動物において産生される。免疫化される種において免疫原性であるタンパク質、例えばキーホールリンペットヘモシアニン、血清アルブミン、ウシサイログロブリン、又は大豆トリプシンインヒビターに関連抗原を、二官能性又は誘導体形成剤、例えばマレイミドベンゾイルスルホスクシンイミドエステル（システイン残基による結合）、Ｎ−ヒドロキシスクシンイミド（リジン残基による）、グルタルアルデヒド、無水コハク酸、ＳＯＣｌ２、又はＲとＲ１が異なったアルキル基であるＲ１Ｎ＝Ｃ＝ＮＲを使用して結合させることが有用でありうる。
【０２０１】
動物を、例えばタンパク質又はコンジュゲート１００μｇ又は５μｇ（それぞれウサギ又はマウスの場合）を完全フロイントアジュバント３体積と併せ、該溶液を複数部位に皮内注射することによって、抗原、免疫原性コンジュゲート、又は誘導体に対して免疫化する。１ヶ月後、動物を、完全フロイントアジュバントに入れた元の量の１／５ないし１／１０のペプチド又はコンジュゲートを用いて複数部位に皮下注射することにより、追加免疫する。７ないし１４日後に動物を採血し、抗体価について血清を検定する。動物は、力価がプラトーに達するまで追加免疫する。好ましくは、動物は、同じ抗原のコンジュゲートであるが、異なったタンパク質にコンジュゲートさせた、及び／又は異なった架橋剤によってコンジュゲートさせたコンジュゲートで追加免疫する。コンジュゲートはまたタンパク融合体として組換え細胞培養中で作製することもできる。また、ミョウバンのような凝集化剤が、免疫反応の増強のために好適に使用される。
【０２０２】
（ｉｉ）モノクローナル抗体
モノクローナル抗体は、実質的に均一な抗体の集団から得られる、すなわち、その集団を構成する個々の抗体が、モノクローナル抗体の生産中に生じ、一般には少量で存在する可能な変異体を除いて、同一であり、及び／又は同じエピトープに結合する。よって、「モノクローナル」との修飾語は、離散した又はポリクローナル抗体の混合物ではないという抗体の性質を示す。
【０２０３】
例えば、モノクローナル抗体は、Kohler等, Nature, 256:495 (1975)により最初に記載されたハイブリドーマ法を用いて作製でき、又は組換えＤＮＡ法（米国特許第４８１６５６７号）によって作製することができる。
【０２０４】
ハイブリドーマ法においては、マウス又はその他の適当な宿主動物、例えばハムスターをここに記載されるようにして免疫し、免疫化に用いられるタンパク質と特異的に結合する抗体を産生するか又は産生することのできるリンパ球を導き出す。別法として、リンパ球をインビトロで免疫することもできる。次に、リンパ球を、ポリエチレングリコールのような適当な融剤を用いてミエローマ細胞と融合させ、ハイブリドーマ細胞を形成する(Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, p59-103(Academic Press, 1986))。
【０２０５】
このようにして調製されたハイブリドーマ細胞を、融合していない親のミエローマ細胞の増殖又は生存を阻害する一又は複数の物質を好ましくは含む適当な培地に蒔き、増殖させる。例えば、親のミエローマ細胞が酵素ヒポキサンチングアニジンホスホリボシルトランスフェラーゼ（ＨＧＰＲＴ又はＨＰＲＴ）を欠くならば、ハイブリドーマのための培地は、典型的には、ＨＧＰＲＴ欠損細胞の増殖を妨げる物質であるヒポキサンチン、アミノプテリン及びチミジンを含むであろう（ＨＡＴ培地）。
【０２０６】
好ましいミエローマ細胞は、効率的に融合し、選択された抗体産生細胞による抗体の安定な高レベルの生産を支援し、ＨＡＴ培地のような培地に対して感受性であるものである。これらの中でも、好ましいミエローマ株化細胞は、マウスミエローマ系、例えば、Ｓａｌｋ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ Ｃｅｌｌ Ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｉｏｎ Ｃｅｎｔｅｒ，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ ＵＳＡから入手し得るＭＯＰＣ−２１及びＭＰＣ−１１マウス腫瘍、及びアメリカン・タイプ・カルチャー・コレクション、Ｒｏｃｋｖｉｌｌｅ，Ｍａｒｙｌａｎｄ ＵＳＡから入手し得るＳＰ−２又はＸ６３−Ａｇ８−６５３細胞から誘導されたものである。ヒトミエローマ及びマウス−ヒトヘテロミエローマ細胞株もまたヒトモノクローナル抗体の産生のために開示されている（Kozbor, J.Immunol., 133:3001 (1984)；Brodeur等, Monoclonal Antibody Production Techniques and Applications, p51-63(Marcel Dekker, Inc., New York, 1987)）。
【０２０７】
ハイブリドーマ細胞が増殖している培地が、抗原に対するモノクローナル抗体の産生についてアッセイされる。好ましくは、ハイブリドーマ細胞により産生されるモノクローナル抗体の結合特異性が、免疫沈降又はインビトロ結合アッセイ、例えばラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）又は酵素結合免疫吸着検定（ＥＬＩＳＡ）によって測定される。
【０２０８】
モノクローナル抗体の結合親和性は、例えばMunson等, Anal. Biochem., 107:220 (1980)のスキャッチャード解析によって決定されうる。
【０２０９】
所望の特異性、親和性、及び／又は活性の抗体を産生するハイブリドーマ細胞が同定された後、該クローンを限界希釈法によりサブクローニングし、標準的な方法により増殖させることができる（Goding, Monoclonal Antibodies: Principles and Practice, p59-103(Academic Press, 1986)）。この目的に対して好適な培地には、例えば、Ｄ−ＭＥＭ又はＲＰＭＩ−１６４０培地が含まれる。加えて、該ハイブリドーマ細胞は、動物において腹水腫瘍としてインビボで増殖させることができる。
【０２１０】
サブクローンにより分泌されたモノクローナル抗体は、例えばプロテインＡ-セファロースＴＭ架橋アガロース、ヒドロキシアパタイトクロマトグラフィー、ゲル電気泳動、透析、又はアフィニティクロマトグラフィーのような常套的な免疫グロブリン精製法により、培地、腹水、又は血清から好適に分離される。
【０２１１】
モノクローナル抗体をコードしているＤＮＡは、常法を用いて（例えば、マウス抗体の重鎖及び軽鎖をコードしている遺伝子に特異的に結合できるオリゴヌクレオチドプローブを用いることにより）直ぐに分離され配列決定される。ハイブリドーマ細胞は、このようなＤＮＡの供給源となる。ひとたび分離されたならば、ＤＮＡを発現ベクター中に入れ、ついでこれを、そうしないと免疫グロブリンタンパク質を産生しない大腸菌細胞、サルＣＯＳ細胞、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞、又はミエローマ細胞のような宿主細胞中にトランスフェクトし、組換え宿主細胞中でモノクローナル抗体の合成を達成することができる。抗体をコードするＤＮＡの細菌中での組換え発現に関する概説文献は、Skerra等, Curr. Opinion in Immunol., 5:256-262 (1993)及びPluckthun, Immunol. Revs., 130:151-188 (1992)を含む。
【０２１２】
更なる実施態様では、抗体又は抗体断片は、McCafferty等, Nature, 348:552-554 (1990)に記載された技術を使用して作製される抗体ファージライブラリーから単離することができる。Clackson等, Nature, 352:624-628 (1991)及びMarks等, J. Mol. Biol., 222:581-597 (1991)は、ファージライブラリーを使用するマウス及びヒト抗体のそれぞれの単離を記述している。次の刊行物は、鎖シャッフリングによる高親和性（ｎＭ範囲）ヒト抗体の生産（Marks等, Bio/Technology, 10:779-783 (1992)）、並びに非常に大きいファージライブラリーを構築するための組合せの感染及びインビボ組換え（Waterhouse等, Nuc. Acids. Res., 21:2265-2266 (1993)）を記述している。よって、これらの技術はモノクローナル抗体の単離のための伝統的なモノクローナル抗体ハイブリドーマ技術の実行可能な代替法である。
【０２１３】
ＤＮＡは、また例えばヒト重鎖及び軽鎖定常ドメインのコード化配列を相同的マウス配列に代えて置換することにより（米国特許第４８１６５６７号；Morrison等, Proc. Nat. Acad. Sci., USA, 81:6851 (1984)）、又は免疫グロブリンコード配列に非免疫グロブリンポリペプチドのコード配列の全部又は一部を共有結合させることによって、修飾できる。
【０２１４】
典型的には、このような非免疫グロブリンポリペプチドは、抗体の定常ドメインに置換され、又は抗体の一つの抗原結合部位の可変ドメインに置換されて、抗原に対する特異性を有する一つの抗原結合部位と異なる抗原に対する特異性を有するもう一つの抗原結合部位を含むキメラ二価抗体がつくり出される。
【０２１５】
（ｉｉｉ）ヒト化抗体
非ヒト抗体をヒト化する方法は当該分野において記載されている。好ましくは、ヒト化抗体には非ヒト由来の一又は複数のアミノ酸残基が導入されている。これら非ヒトアミノ酸残基は、しばしば、典型的には「移入」可変ドメインから取られる「移入」残基と呼ばれる。ヒト化は、本質的には高頻度可変領域配列をヒト抗体の該当する配列に置換することによりウィンターと共同研究者の方法（Jones等, Nature, 321:522-525 (1986)；Riechmann等, Nature, 332:323-327 (1988)；Verhoeyen等, Science, 239:1534-1536(1988)）に従って実施することができる。従って、このような「ヒト化」抗体は、インタクトなヒト可変ドメインより実質的に少ない分が非ヒト種由来の対応する配列で置換されているキメラ抗体（米国特許第４８１６５６７号）である。実際には、ヒト化抗体は、典型的には幾らかの高頻度可変領域残基と場合によっては幾らかのＦＲ残基が齧歯類抗体の類似部位からの残基によって置換されているヒト抗体である。
【０２１６】
抗原性を低減するには、ヒト化抗体を生成する際に使用されるヒトの軽重両方の可変ドメインの選択が非常に重要である。いわゆる「ベストフィット」法では、齧歯動物抗体の可変ドメインの配列を既知のヒト可変ドメイン配列のライブラリー全体に対してスクリーニングする。次に齧歯動物のものと最も近いヒト配列をヒト化抗体のヒトフレームワーク領域（ＦＲ）として受け入れる（Sims等, J. Immunol., 151:2296 (1993)；Chothia等, J. Mol. Biol., 196:901(1987)）。他の方法では、軽鎖又は重鎖の可変領域の特定のサブグループのヒト抗体全てのコンセンサス配列から誘導される特定のフレームワーク領域を使用する。同じフレームワークを幾つかの異なるヒト化抗体に使用できる（Carter等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992)；Presta等, J. Immunol., 151:2623(1993)）。
【０２１７】
更に、抗体を、抗原に対する高親和性や他の好ましい生物学的性質を保持してヒト化することが重要である。この目標を達成するべく、好ましい方法によれば、親及びヒト化配列の三次元モデルを使用して、親配列及び様々な概念的ヒト化産物の分析方法によってヒト化抗体を調製する。三次元免疫グロブリンモデルは一般的に入手可能であり、当業者にはよく知られている。選択された候補免疫グロブリン配列の推測三次元立体配座構造を図解し、表示するコンピュータプログラムが入手可能である。これら表示を調べることで、候補免疫グロブリン配列の機能における残基のありそうな役割の分析、すなわち候補免疫グログリンのその抗原との結合能力に影響を及ぼす残基の分析が可能になる。このようにして、例えば標的抗原に対する親和性が高まるといった、望ましい抗体特性が達成されるように、ＦＲ残基をレシピエント及び移入配列から選択し、組み合わせることができる。一般的に、高頻度可変領域残基は、直接的かつ最も実質的に抗原結合性に影響を及ぼしている。
【０２１８】
（ｉｖ）ヒト抗体
ヒト化のための別法として、ヒト抗体を生産することができる。例えば、内因性の免疫グロブリン産生がなくともヒト抗体の全レパートリーを免疫化時に産生することのできるトランスジェニック動物（例えば、マウス）を作製することが今は可能である。例えば、キメラ及び生殖系列突然変異体マウスにおける抗体重鎖結合領域（ＪＨ）遺伝子の同型接合除去が内因性抗体産生の完全な阻害をもたらすことが記載されている。このような生殖系列突然変異体マウスにおけるヒト生殖系列免疫グロブリン遺伝子列の転移は、抗原投与時にヒト抗体の産生をもたらす。例えば、Jakobovits等, Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 90:2551 (1993)；Jakobovits等, Nature 362:255-258 (1993)；Bruggerman等, Year in Immuno., 7:33 (1993)；及び米国特許第５５９１６６９号、同第５５８９３６９号及び同第５５４５８０７号を参照のこと。
【０２１９】
あるいは、ファージディスプレイ技術（McCafferty等, Nature 348：552-553(1990)）を、非免疫化ドナーからの免疫グロブリン可変（Ｖ）ドメイン遺伝子レパートリーから、インビトロでヒト抗体及び抗体断片を産出させるために使用することができる。この技術によれば、抗体Ｖドメイン遺伝子は、糸状バクテリオファージ、例えばＭ１３又はｆｄの大きい又は小さいコートタンパク質遺伝子の何れかにおいてインフレームでクローニングされ、ファージ粒子の表面に機能的抗体断片としてディスプレイされる。糸状粒子がファージゲノムの一本鎖ＤＮＡコピーを含んでいるので、抗体の機能特性に基づく選択により、その特性を示す抗体をコードする遺伝子の選択がまたなされる。よって、ファージはＢ細胞の特性の幾つかを模倣する。ファージディスプレイは多様な形式で実施されうる；その概説については、例えばJohnson, Kevin S. 及びChiswell, David J., Current Opinion in Structural Biology 3：564-571(1993)を参照のこと。Ｖ遺伝子セグメントの幾つかの供給源がファージディスプレイのために使用されうる。Clackson等, Nature, 352：624-628(1991)は、免疫化されたマウス脾臓から得られたＶ遺伝子の小さいランダム組合せライブラリーからの抗オキサゾロン抗体の多様な配列を単離した。非免疫化ヒトドナーからのＶ遺伝子のレパートリーを構築することができ、抗原（自己抗原を含む）の多様なアレイに対する抗体を、Marks等, J. Mol. Biol. 222：581-597(1991)、又はGriffith等, EMBO J. 12：725-734(1993)に記載の技術に本質的に従って、単離することができる。また米国特許第５５６５３３２号及び同第５５７３９０５号を参照のこと。
【０２２０】
ヒト抗体はまたインビトロ活性化Ｂ細胞によって産生させることもできる（米国特許第５５６７６１０号及び同第５２２９２７５号を参照）。
【０２２１】
（ｖ）抗体断片
抗体断片を生産するために様々な技術が開発されている。伝統的には、これらの断片は、インタクトな抗体のタンパク分解性消化を介して誘導されていた（例えば、Morimoto等, Journal of Biochemical and Biophysical Methods 24:107-117 (1992)及びBrennan等, Science, 229:81(1985)を参照のこと）。しかし、これらの断片は現在は組換え宿主細胞により直接生産することができる。例えば、抗体断片は上で検討した抗体ファージライブラリーから単離することができる。別法として、Ｆａｂ'-ＳＨ断片は大腸菌から直接回収することができ、化学的に結合させてＦ（ａｂ’）２断片を形成することができる（Carter等, Bio/Technology 10:163-167(1992)）。抗体断片の生産のための他の技術は当業者には明らかであろう。他の実施態様では、選択抗体は単鎖Ｆｖ断片（ｓｃＦＶ）である。国際公開第９３／１６１８５号；米国特許第５５７１８９４号；及び米国特許第５５８７４５８号を参照のこと。また、抗体断片は、例えば米国特許第５６４１８７０号に記載されているような「直鎖状抗体」であってもよい。このような直鎖状抗体断片は単一特異性又は二重特異性でありうる。
【０２２２】
（ｖｉ）二重特異性抗体
二重特異性抗体は、少なくとも２つの異なるエピトープに対して結合特異性を有する抗体である。例示的な二重特異性抗体は、Ｄ因子抗原の２つの異なるエピトープに結合しうる。あるいは、抗Ｄ因子結合アームは、ＦｃγＲＩ（ＣＤ６４）、ＦｃγＲＩＩ（ＣＤ３２）及びＦｃγＲＩＩＩ（ＣＤ１６）等のＩｇＧ（ＦｃγＲ）に対するＦｃレセプター、又はＴ細胞レセプター分子（例えばＣＤ２又はＣＤ３）等の白血球上のトリガー分子に結合するアームと組み合わされうる。また、二重特異性抗体は細胞傷害剤を局在化するためにも使用されうる。これらの抗体はＤ因子結合アーム及び細胞傷害剤（例えば、サポリン、ビンカアルカロイド、リシンＡ鎖、メトトレキセート又は放射性同位体ハプテン）と結合するアームを有する。二重特異性抗体は完全長抗体又は抗体断片（例えばＦ（ａｂ’）２二重特異性抗体）として調製することができる。
【０２２３】
二重特異性抗体を作製する方法は当該分野において知られている。完全長二重特異性抗体の伝統的な産生は二つの免疫グロブリン重鎖軽鎖対の同時発現に基づき、ここで二つの鎖は異なる特異性を持っている（Millstein等, Nature, 305:537-539(1983)）。免疫グロブリン重鎖及び軽鎖が無作為に取り揃えられているため、これらのハイブリドーマ（四部雑種）は１０個の異なる抗体分子の可能性ある混合物を産生し、そのうちただ一つが正しい二重特異性構造を有する。通常、アフィニティークロマトグラフィー工程により行われる正しい分子の精製は、かなり煩わしく、生成物収率は低い。同様の手順が国際公開第９３／８８２９号及びTraunecker等、EMBO J. 10:3655-3659(1991)に開示されている。
【０２２４】
異なったアプローチ法によれば、所望の結合特異性を有する抗体可変ドメイン（抗体−抗原結合部位）が免疫グロブリン定常ドメイン配列に融合される。融合は、好ましくは、ヒンジ、ＣＨ２、及びＣＨ３領域の少なくとも一部を含む免疫グロブリン重鎖定常ドメインとである。軽鎖結合に必要な部位を含む第一の重鎖定常領域（ＣＨ１）が融合体の少なくとも一つに存在するのが好ましい。免疫グロブリン重鎖融合体をコードするＤＮＡと、所望されるならば、免疫グロブリン軽鎖が別個の発現ベクターに挿入され、適切な宿主生物中に同時形質移入される。これは、構築に使用される３つのポリペプチド鎖の不等の比が最適な収率をもたらす実施態様において３つのポリペプチド断片の相互の割合の調節に多大な柔軟性をもたらす。しかしながら、等しい比の少なくとも二つのポリペプチド鎖の発現が高収率となるとき、又は比が特に意義を持たない場合に二つ又は三つ全てのポリペプチド鎖のコード配列を一つの発現ベクターに挿入することができる。
【０２２５】
このアプローチ法の幾つかの実施態様では、二重特異性抗体は、第一の結合特異性を有する一方のアームのハイブリッド免疫グロブリン重鎖と他方のアームのハイブリッド免疫グロブリン重鎖-軽鎖対（第二の結合特異性を提供する）とからなる。二重特異性分子の半分にしか免疫グロブリン軽鎖がないと容易な分離法が提供されるため、この非対称的構造は、所望の二重特異性化合物を不要な免疫グロブリン鎖の組み合わせから分離することを容易にすることが分かった。このアプローチ法は、国際公開第９４／０４６９０号に開示されている。二重特異性抗体を産生する更なる詳細については、例えばSuresh等, Methods in Enzymology, 121:210 (1986)を参照のこと。
【０２２６】
米国特許第５７３１１６８号に記載された他のアプローチ法によれば、一対の抗体分子間の界面を操作して組換え細胞培養から回収されるヘテロ二量体のパーセントを最大にすることができる。好ましい界面は抗体定常ドメインのＣＨ３ドメインの少なくとも一部を含む。この方法では、第一抗体分子の界面からの一又は複数の小さいアミノ酸側鎖が、より大きな側鎖（例えばチロシン又はトリプトファン）と置き換えられる。大きな側鎖と同じ又は類似のサイズの相補的な「キャビティ」を、大きなアミノ酸側鎖を小さいもの（例えばアラニン又はスレオニン）と置き換えることにより第二の抗体分子の界面に作り出す。これにより、ホモ二量体のような不要の他の最終産物に対してヘテロ二量体の収量を増大させるメカニズムが提供される。
【０２２７】
二特異性抗体は、架橋又は「ヘテロコンジュゲート」抗体を含む。例えば、ヘテロコンジュゲートの一方の抗体がアビジンと結合され、他方がビオチンと結合されうる。このような抗体は、例えば、免疫系細胞を不要な細胞に対してターゲティングさせること（米国特許第４６７６９８０号）及びＨＩＶ感染の治療（国際公開第９１／００３６０号、国際公開第９２／２００３７３号、及び欧州特許出願公開第０３０８９号）等のために提案されている。ヘテロコンジュゲート抗体は任意の簡便な架橋方法を使用して作製されうる。適切な架橋剤は当該分野でよく知られており、多くの架橋技術と共に、例えば米国特許第４６７６９８０号に開示されている。
【０２２８】
抗体断片から二重特異性抗体を産生する技術もまた文献に記載されている。例えば、化学結合を使用して二重特異性抗体を調製することができる。Brennan等, Science, 229:81 (1985) はインタクトな抗体をタンパク分解性に切断してＦ(ａｂ')２断片を産生する手順を記述している。これらの断片は、ジチオール錯体形成剤の亜砒酸ナトリウムの存在下で還元して近接ジチオールを安定化させ、分子間ジスルヒド形成を防止する。産生されたＦａｂ'断片はついでチオニトロベンゾアート（ＴＮＢ）誘導体に転換される。Ｆａｂ'-ＴＮＢ誘導体の一つをついでメルカプトエチルアミンでの還元によりＦａｂ'-チオールに再転換し、他のＦａｂ'-ＴＮＢ誘導体の等モル量と混合して二重特異性抗体を形成する。産生された二重特異性抗体は、酵素の選択的固定化用の薬剤として使用することができる。
【０２２９】
組換え細胞培養から直接的に二重特異性抗体断片を作製し単離する様々な方法もまた記述されている。例えば、二重特異性抗体はロイシンジッパーを使用して生産されている。Kostelny等, J. Immunol., 148(5):1547-1553 (1992)。Ｆｏｓ及びＪｕｎタンパク質からのロイシンジッパーペプチドを遺伝子融合により二つの異なった抗体のＦａｂ'部分に結合させた。抗体ホモ二量体をヒンジ領域で還元して単量体を形成し、ついで再酸化して抗体ヘテロ二量体を形成する。この方法はまた抗体ホモ二量体の生産に対して利用することができる。Hollinger等, Proc.Natl.Acad.Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)により記述された「ダイアボディ」技術は、二重特異性抗体断片を作製する別のメカニズムを提供した。断片は、同一鎖上の２つのドメイン間の対形成を可能にするのに十分に短いリンカーにより軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）に重鎖可変ドメイン（ＶＨ）を結合してなる。従って、一つの断片のＶＨ及びＶＬドメインは他の断片の相補的ＶＬ及びＶＨドメインと強制的に対形成させ、２つの抗原結合部位を形成する。単鎖Ｆｖ（ｓＦｖ）二量体を使用する二重特異性抗体断片の他の製造方策もまた報告されている。Gruber等, J.Immunol., 152:5368 (1994)を参照のこと。
【０２３０】
二価より多い抗体も考えられる。例えば、三重特異性抗体を調製することができる。Tutt等 J.Immunol. 147:60(1991)。
【０２３１】
ＶＩ．抗体のコンジュゲート及び他の修飾
ここでの方法に用いられ又は製造品に含められる抗体は場合によっては細胞傷害剤にコンジュゲートされる。例えば、抗体は、国際公開第２００４／０３２８２８号に記載されるように薬剤にコンジュゲートされうる。
【０２３２】
そのような抗体−細胞傷害剤コンジュゲートの生産に有用な化学療法剤は前述している。
【０２３３】
抗体と一又は複数の小分子毒素、例えばカリケアマイシン、メイタンシン（米国特許第５２０８０２０号）、トリコセン（trichothene）及びＣＣ１０６５のコンジュゲートもまたここで考慮される。本発明の一実施態様では、抗体は、一又は複数のメイタンシン分子（例えば、抗体分子当たり約１から約１０のメイタンシン分子）とコンジュゲートされる。メイタンシンは、例えばＭａｙ−ＳＳ−Ｍｅへ転換され、これがＭａｙ−ＳＨ３へ還元され、修飾抗体と反応させられて（Chari等，Cancer Research 52:127-131(1992)）、メイタンシノイド−抗体コンジュゲートが生産される。
【０２３４】
あるいは、抗体は一又は複数のカリケアマイシン分子にコンジュゲートされる。抗生物質のカリケアマイシンファミリーは、サブピコモル濃度で、二本鎖ＤＮＡの破壊を作ることができる。使用されうるカリケアマイシンの構造アナログは、限定されるものではないが、γ１Ｉ、α２Ｉ、α３Ｉ、Ｎ−アセチルγ１Ｉ、ＰＳＡＧ及びθＩ１（Hinman等, Cancer Research 53:3336-3342(1993)及びLode等，Cancer Research 58:2925-2928(1998)）を含む。
【０２３５】
使用可能な酵素的に活性な毒素及びその断片には、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合性活性断片、外毒素Ａ鎖（シュードモナス・アエルギノーサ（Pseudomonas aeruginosa）由来）、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデシン（modeccin）Ａ鎖、アルファ−サルシン（sarcin）、アレウライツ・フォルディイ（Aleurites fordii）プロテイン、ジアンチンタンパク質、フィトラッカ・アメリカーナ（Phytolaca americana）プロテイン（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ及びＰＡＰ−Ｓ）、モモルディカ・キャランティア（momordica charantia）インヒビター、クルシン（curcin）、クロチン、サパオナリア（sapaonaria）オフィシナリスインヒビター、ゲロニン、ミトゲリン（mitogellin）、レストリクトシン（restrictocin）、フェノマイシン、エノマイシン及びトリコテシン（tricothecenes）が含まれる。例えば、１９９３年１０月２８日に公開の国際公開第９３／２１２３２号を参照のこと。
【０２３６】
本発明は、核酸分解性活性を持つ化合物（例えば、リボムクレアーゼ又はＤＮＡエンドヌクレアーゼ、例えばデオキシリボヌクレアーゼ；ＤＮＡ分解酵素）とコンジュゲートされた抗体について更に考慮する。
【０２３７】
様々な放射性同位元素が放射性コンジュゲート抗体の生産に利用できる。例にはＡｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２及びＬｕの放射線同位元素が含まれる。
【０２３８】
抗体と細胞傷害剤のコンジュゲートは、様々な二官能性タンパク質カップリング剤、例えばＮ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオール）プロピオナート（ＳＰＤＰ）、スクシインミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステル類の二官能性誘導体（例えばジメチルアジピミダートＨＣＬ）、活性エステル類（例えば、スベリン酸ジスクシンイミジル）、アルデヒド類（例えば、グルタルアルデヒド）、ビス−アジド化合物（例えば、ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビス−ジアゾニウム誘導体（例えば、ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）−エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えば、トリエン−２，６−ジイソシアネート）、及び二活性フッ素化合物（例えば、１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン）を使用して作製されうる。例えば、リシン免疫毒素は、Vitetta等, Science 238:1098(1987)に記載されているようにして調製することができる。炭素−１４標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレン−トリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）が抗体に放射性ヌクレオチドをコンジュゲートするためのキレート剤の例である。国際公開９４／１１０２６号を参照のこと。リンカーは、細胞内で細胞傷害剤の放出を容易にする「切断可能なリンカー」でありうる。例えば、酸不安定性リンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、ジメチルリンカー又はジスルフィド含有リンカー（Chari 等 Cancer Research 52: 127-131 (1992)）を用いることができる。
【０２３９】
あるいは、抗体及び細胞傷害剤を含んでなる融合タンパク質を、例えば組換え技術又はペプチド合成によって製造してもよい。
【０２４０】
更に他の実施態様では、腫瘍の事前ターゲティングに利用するために、「レセプター」（例えばストレプトアビジン）に抗体をコンジュゲートすることができ、ここで、抗体−レセプターコンジュゲートを対象に投与し、続いて清澄化剤を使用し、循環から未結合コンジュゲートを除去し、細胞傷害剤（例えば放射性ヌクレオチド）にコンジュゲートする「リガンド」（例えばアビジン）を投与する。
【０２４１】
また、本発明の抗体を、プロドラッグ（例えばペプチジル化学療法剤、国際公開第８１／０１１４５号を参照）を活性な抗癌剤に転化させるプロドラッグ活性化酵素にコンジュゲートさせてもよい。例えば国際公開第８８／０７３７８号及び米国特許第４９７５２７８号を参照のこと。
【０２４２】
そのようなコンジュゲートの酵素成分には、より活性な細胞毒形態にそれを転化するようにプロドラッグに作用し得る任意の酵素が含まれる。
【０２４３】
この発明の方法に有用な酵素には、限定されるものではないが、ホスファート含有プロドラッグを遊離の薬剤に転化するのに有用なアルカリ性ホスファターゼ；スルファート含有プロドラッグを遊離の薬剤に転化するのに有用なアリールスルファターゼ；非毒性５−フルオロシトシンを抗癌剤５−フルオロウラシルに転化するのに有用なシトシンデアミナーゼ；プロテアーゼ、例えばセラチアプロテアーゼ、サーモリシン、サブチリシン、カルボキシペプチダーゼ及びカテプシン（例えば、カテプシンＢ及びＬ）で、ペプチド含有プロドラッグを遊離の薬剤に転化するのに有用なもの；Ｄ−アミノ酸置換基を含むプロドラッグの転化に有用なＤ−アラニルカルボキシペプチダーゼ；炭水化物切断酵素、例えばグリコシル化プロドラッグを遊離の薬剤に転化するのに有用なノイラミニダーゼ及びβガラクトシダーゼ；βラクタムで誘導体化された薬剤を遊離の薬剤に転化させるのに有用なβラクタマーゼ；及びペニシリンアミダーゼ、例えばそれぞれフェノキシアセチル又はフェニルアセチル基で、それらのアミン性窒素において誘導体化された薬剤を遊離の薬剤に転化するのに有用なペニシリンＶアミダーゼ又はペニシリンＧアミダーゼが含まれる。あるいは、「アブザイム」としてもまた当該分野で知られている酵素活性を有する抗体を、遊離の活性薬剤に本発明のプロドラッグを転化させるために使用することもできる（例えば、Massey, Nature 328:457-458(1987)を参照）。抗体−アブザイムコンジュゲートを、ここで記載されているようにして、腫瘍細胞集団にアブザイムを送達するために調製することができる。
【０２４４】
この発明の酵素は、当該分野においてよく知られている技術、例えば上で検討したヘテロ二官能性架橋試薬を使用することにより、抗体に共有的に結合させることができる。あるいは、本発明の抗体の少なくとも抗原結合領域を本発明の酵素の少なくとも機能的に活性な部位に結合せしめてなる融合タンパク質を、当該分野においてよく知られている組換えＤＮＡ技術を使用して構築することができる（例えばNeuberger等, Nature 312:604-608(1984)参照）。
【０２４５】
抗体の他の修飾がここで検討される。例えば、抗体は、様々な非タンパク質性ポリマー、例えば、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、ポリプロピレングリコール、ポリオキシアルキレン類、又はポリエチレングリコールとポリプロピレングリコールの共重合体の一つに結合させることができる。一又は複数のＰＥＧ分子に結合させたＦａｂ'などの抗体断片は、本発明の特に好適な実施態様である。
【０２４６】
ここで開示される抗体はまたリポソームとして製剤化されうる。抗体を含むリポソームは、Epstein等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 82:3688 (1985)；Hwang等, Proc. Natl Acad. Sci. USA, 77:4030 (1980)；米国特許第４４８５０４５号及び同第４５４４５４５号；及び１９９７年１０月２３日に公開の国際公開第９７／３８７３１号に記載されているような当該分野において知られている方法によって調製される。長い循環時間のリポソームは、米国特許第５０１３５５６号に開示されている。
【０２４７】
特に有用なリポソームは、ホスファチジルコリン、コレステロール及びＰＥＧ−誘導体化ホスファチジルエタノールアミン（ＰＥＧ−ＰＥ）を含む脂質組成物を用いた逆相蒸発法によって生成することができる。所望の直径を有するリポソームを得るためにリポソームを規定の孔径のフィルターに通して押出す。本発明の抗体のＦａｂ’断片を、ジスルフィド交換反応を介してMartin等. J. Biol. Chem. 257: 286-288 (1982)に記載のようにリポソームにコンジュゲートさせることができる。場合によっては、化学療法剤をリポソーム内に含有せしめる。Gabizon等 J. National Cancer Inst.81(19)1484 (1989)を参照。
【０２４８】
ここに記載のタンパク質又はペプチド抗体のアミノ酸配列修飾が考慮される。例えば、抗体の結合親和性及び／又は他の生物学的特性を改善することが望ましい場合がある。抗体のアミノ酸配列変異体は、適当なヌクレオチド変化を抗体核酸に導入することにより、又はペプチド合成により調製される。そのような修飾は、例えば、抗体のアミノ酸配列内の残基の欠失、及び／又は挿入及び／又は置換を含む。欠失、挿入、及び置換の任意の組み合わせは、最終コンストラクトが所望の特徴を有する限り、最終コンストラクトに達するまでなされる。また、アミノ酸変化は、グリコシル化部位の数又は位置の変化など、抗体の翻訳後過程を変更しうる。
【０２４９】
突然変異誘発のための好ましい位置である抗体のある種の残基又は領域を同定するために有用な方法は、Cunningham及びWells , Science 244: 1081-1085 (1989)に記載されているように「アラニンスキャンニング突然変異誘発」と呼ばれる。ここで、標的残基の残基又は基が同定され（例えば、ａｒｇ、ａｓｐ、ｈｉｓ、ｌｙｓ、及びｇｌｕ等の荷電残基）、中性又は負荷電アミノ酸（最も好ましくはアラニン又はポリアラニン）に置換され、アミノ酸と抗原との相互作用に影響を及ぼす。ついで置換に対する機能的感受性を示すこれらのアミノ酸の位置は、置換部位において又はそれに対して更に又は他の置換を導入することにより精密にされる。よって、アミノ酸配列変異を導入する部位は予め決定されるが、変異自体の性質は予め決める必要はない。例えば、与えられた部位における変異の性能を分析するために、ａｌａスキャンニング又はランダム突然変異誘発を標的コドン又は領域で実施し、発現された抗体変異体を所望の活性についてスクリーニングする。
【０２５０】
アミノ酸配列挿入は、１残基から１００以上の残基を含むポリペプチドの長さの範囲のアミノ−及び／又はカルボキシル末端融合物、並びに一又は複数のアミノ酸残基の配列内挿入物を含む。末端挿入物の例は、Ｎ末端メチオニル残基を持つ抗体又は細胞傷害ポリペプチドに融合した抗体を含む。抗体分子の他の挿入変異体は、抗体の血清半減期を向上させる酵素又はポリペプチドの抗体のＮ又はＣ末端への融合物を含む。
【０２５１】
他の型の変異体はアミノ酸置換変異体である。これらの変異体は、抗体分子中における少なくとも一つのアミノ酸残基が異なる残基によって置き換えられている。抗体の置換突然変異誘発について最も関心ある部位は高頻度可変領域を含むが、ＦＲ改変もまた考慮される。保存的置換は、「好ましい置換」との項目で表１に示される。このような置換が生物学的活性の変化をもたらす場合、表１に「例示的置換」と名前を付けたより実質的な変化が導入され得、生成物がスクリーニングされる。
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【０２５２】
抗体の生物学的性質における実質的な修飾は、（ａ）置換領域のポリペプチド骨格の構造、例えばシート又は螺旋配置、（ｂ）標的部位の分子の電荷又は疎水性、又は（ｃ）側鎖の嵩の維持についてのその効果が有意に異なる置換を選択することにより達成される。アミノ酸は、その側鎖の特性の類似性に従ってグループ化することができる（A. L. Lehninger, in Biochemistry, 2版, p73-75, Worth Publishers, New York (1975)）：
（１）無極性：Ａｌａ（Ａ），Ｖａｌ（Ｖ），Ｌｅｕ（Ｌ），Ｉｌｅ（Ｉ），Ｐｒｏ（Ｐ），Ｐｈｅ（Ｆ），Ｔｒｐ（Ｗ），Ｍｅｔ（Ｍ）；
（２）無電荷極性：Ｇｌｙ（Ｇ），Ｓｅｒ（Ｓ），Ｔｈｒ（Ｔ），Ｃｙｓ（Ｃ），Ｔｙｒ（Ｙ），Ａｓｎ（Ｎ），Ｇｌｎ（Ｑ）；
（３）酸性：Ａｓｐ（Ｄ），Ｇｌｕ（Ｅ）；
（４）塩基性：Ｌｙｓ（Ｋ），Ａｒｇ（Ｒ），Ｈｉｓ（Ｈ）。
【０２５３】
別法では、天然に生じる残基は共通の側鎖特性に基づいて群に分けることができる：
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
（２）中性の親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
（５）鎖配向に影響する残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
【０２５４】
非保存的置換は、これらの分類の一つのメンバーを他の分類に交換することを必要とするであろう。
【０２５５】
抗体の適切な高次構造の維持に関与しない任意のシステイン残基も、一般的には、セリンと置換して、分子の酸化的安定性を改善して、異常な架橋を防ぐことができる。逆に、システイン結合を抗体に付加して、その安定性を改善してもよい（特に抗体がＦｖ断片などの抗体断片である場合）。
【０２５６】
特に好ましい型の置換変異体は、親抗体の一又は複数の高頻度可変領域残基の置換を含む。一般に、更なる開発のために選択される得られた変異体は、それらが作製された親抗体と比較して向上した生物学的特性を有するであろう。そのような置換変異体を作製する簡便な方法は、ファージディスプレイを使用するアフィニティ成熟である。簡潔に言えば、幾つかの高頻度可変領域部位（例えば６−７部位）を突然変異させて各部位に全ての可能なアミノ酸置換を生成させる。このようにして生成された抗体変異体は、糸状ファージ粒子から、各粒子内に充填されたＭ１３の遺伝子ＩＩＩ産物への融合物としてディスプレイされる。ファージディスプレイ変異体は、ついで、ここに開示されるようなそれらの生物学的活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。修飾のための候補となる高頻度可変領域部位を同定するために、アラニンスキャンニング突然変異誘発を実施し、抗原結合に有意に寄与する高頻度可変領域残基を同定することができる。別法として、又はそれに加えて、抗原−抗体複合体の結晶構造を分析して抗体と抗原の接点を特定するのが有利である場合もある。このような接触残基及び隣接残基は、ここに述べた技術に従う置換の候補である。そのような変異体がひとたび生成されると、変異体のパネルにここに記載するようなスクリーニングを施し、一又は複数の関連アッセイにおいて優れた特性を持つ抗体を更なる開発のために選択することができる。
【０２５７】
抗体のアミノ酸変異の他の型は、抗体の元のグリコシル化パターンを改変する。そのような改変とは、抗体に見い出される一又は複数の糖鎖部分の欠失、及び／又は抗体に存在しない一又は複数のグリコシル化部位の付加を含む。
【０２５８】
ポリペプチドのグリコシル化は、典型的には、Ｎ結合又はＯ結合の何れかである。Ｎ結合とは、アスパラギン残基の側鎖への炭水化物部分の結合を意味する。アスパラギン−Ｘ−セリン及びアスパラギン−Ｘ−スレオニン（ここでＸはプロリンを除く任意のアミノ酸）のトリペプチド配列は、アスパラギン側鎖への糖鎖部分の酵素的結合のための認識配列である。従って、ポリペプチド中にこれらのトリペプチド配列の何れかが存在すると、潜在的なグリコシル化部位が作出される。Ｏ結合グリコシル化は、ヒドロキシアミノ酸、最も一般的にはセリン又はスレオニンに、糖類Ｎ−アセチルガラクトサミン、ガラクトース、又はキシロースの一つが結合することを意味するが、５−ヒドロキシプロリン又は５−ヒドロキシリジンもまた使用される。
【０２５９】
抗体へのグリコシル化部位の付加は、アミノ酸配列を、それが一又は複数の上述したトリペプチド配列（Ｎ結合グリコシル化部位のもの）を含むように変化させることによって簡便に達成される。該変化は、元の抗体の配列への一又は複数のセリン又はスレオニン残基の付加、又はこれによる置換によってもなされる（Ｏ−結合グリコシル化部位の場合）。
【０２６０】
抗体がＦｃ領域を含む場合、それに接着する炭水化物を変更してもよい。例えば、抗体のＦｃ領域に接着するフコースを欠損する成熟炭水化物構造の抗体は、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号（Presta, L.）に記載されている。米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号（Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd.）も参照のこと。抗体のＦｃ領域に結合した糖鎖内のＮ−アセチルグルコサミン（ＧｌｃＮＡｃ）を二分する抗体は、国際公開第０３／０１１８７８号，Jean-Mairet等、及び米国特許第６６０２６８４号，Umana等が参照される。抗体のＦｃ領域に結合するオリゴサッカライド内に少なくとも一のガラクトース残基を有する抗体は、国際公開第９７／３００８７号，Patel等に報告されている；また、そのＦｃ領域に結合した改変糖鎖を有する抗体については、国際公開第９８／５８９６４号（Raju, S.）及び国際公開第９９／２２７６４号（Raju, S.）も参照のこと。
【０２６１】
ここでの好ましいグリコシル化変異体はＦｃ領域を含み、Ｆｃ領域に結合した糖鎖構造はフコースを欠いている。このような変異体は改善されたＡＤＣＣ機能を有する。場合によっては、Ｆｃ領域は、ＡＤＣＣを更に改善する一又は複数のアミノ酸置換、例えばＦｃ領域の位置２９８、３３３及び／又は３３４の置換（Ｅｕ残基番号付け）を更に含む。「脱フコシル化」または「フコース欠失」抗体に関する文献の例は以下のものを含む：米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号；国際公開第２０００／６１７３９号；国際公開第２００１／２９２４６号；米国特許出願公開第２００３／０１１５６１４号；米国特許出願公開第２００２／０１６４３２８号；米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号；米国特許出願公開第２００４／０１３２１４０号；米国特許出願公開第２００４／０１１０７０４号；米国特許出願公開第２００４／０１１０２８２号；米国特許出願公開第２００４／０１０９８６５号；国際公開第２００３／０８５１１９号；国際公開第２００３／０８４５７０号；国際公開第２００５／０３５５８６号；国際公開第２００５／０３５７７８号；Okazaki等 J. Mol. Biol. 336:1239-1249 (2004)；及びYamane-Ohnuki等 Biotech. Bioeng.87: 614 (2004)。脱フコシル化抗体を産生する細胞株の例は、タンパク質フコシル化欠損Ｌｅｃ１３ ＣＨＯ細胞（Ripka 等 Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986)；米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８Ａ１号，Presta, L；及び国際公開第２００４／０５６３１２号，Adams等, 特に実施例１１）、及びノックアウト細胞株、例えばα−１，６−フコシルトランスフェラーゼ遺伝子，ＦＵＴ８，ノックアウトＣＨＯ細胞（Yamane-Ohnuki等 Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)）を含む。
【０２６２】
抗体のアミノ酸配列変異体をコードする核酸分子は、当該分野で知られた様々な方法によって調製される。これらの方法は、限定するものではないが、天然源からの単離（天然に生じるアミノ酸配列変異体の場合）又は先に調製された抗体の変異体又は非変異体のオリゴヌクレオチド媒介（又は部位特異的）突然変異誘発、ＰＣＲ突然変異誘発、及びカセット突然変異誘発による調製を含む。
【０２６３】
エフェクター機能に関して、例えば抗体のＡＤＣＣ及び／又はＣＤＣを向上させるように、本発明の抗体を修飾することが望ましい場合がある。これは、抗体のＦｃ領域に一又は複数のアミノ酸修飾を導入することによって達成されうる。あるいは又は加えて、Ｆｃ領域にシステイン残基を導入することができ、それによってこの領域での鎖間ジスルフィド結合形成が起こりうる。このようにして生成されたホモ二量体抗体は改善された内部移行能及び／又は増強された補体媒介性細胞死滅化及びＡＤＣＣを有しうる。Caron等, J. Exp Med. 176:1191-1195 (1992)及びShopes, B. J. Immunol. 148:2918-2922 (1992)を参照。抗腫瘍活性が亢進されたホモ二量体抗体もまた、Wolff等 Cancer Research 53:2560-2565 (1993)に記載されているヘテロ二官能性架橋剤を使用して調製されうる。あるいは、抗体を二重のＦｃ領域を持つように操作し、それによって亢進された補体溶解及びＡＤＣＣ能を有しうる。Stevenson等 Anti-Cancer Drug Design 3:219-230 (1989)を参照のこと。
【０２６４】
国際公開第００／４２０７２号（Presta, L.）は、ヒトエフェクター細胞の存在下で改善されたＡＤＣＣ機能を有する抗体を記述し、そこでは、抗体がそのＦｃ領域にアミノ酸置換を含む。好ましくは、改善されたＡＤＣＣを有する抗体は、Ｆｃ領域の位置２９８、３３３及び／又は３３４に置換を含む。好ましくは、改変されたＦｃ領域は、これらの位置のうちの一つ、二つ又は三つに置換を含むか又はそれらからなるヒトＩｇＧ１ Ｆｃ領域である。
【０２６５】
改変されたＣ１ｑ結合及び／又はＣＤＣを有する抗体は、国際公開第９９／５１６４２号、米国特許第６１９４５５１号、同第６２４２１９５号、同第６５２８６２４号及び同第６５３８１２４号（Idusogie等）に記載されている。抗体は、そのＦｃ領域のアミノ酸位置２７０、３２２、３２６、３２７、３２９、３１３、３３３及び／又は３３４の一又は複数にアミノ酸置換を含む。
【０２６６】
抗体の血清半減期を増加させるために、例えば米国特許第５７３９２７７号に記載されているように、抗体（特に抗体断片）中にサルベージレセプター結合エピトープを導入してもよい。ここで使用される場合、「サルベージレセプター結合エピトープ」なる用語は、ＩｇＧ分子のインビボ血清半減期の延長に関与するＩｇＧ分子（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、又はＩｇＧ４）のＦｃ領域のエピトープを意味する。そのＦｃ領域に置換を有し、血清半減期が延長された抗体がまた国際公開第００／４２０７２号（Presta, L.）に記載されている。
【０２６７】
３又はそれ以上（好ましくは４）の機能的抗原結合部位を有する操作された抗体もまた考えられる（米国特許出願公開第２００２／０００４５８７Ａ１号, Miller等）。
【０２６８】
ＶＩＩ．薬学的製剤
本発明に従って使用される抗体の治療用製剤は、所望の純度を有する抗体を任意成分の薬学的に許容可能な担体、賦形剤又は安定剤と混合することによって、凍結乾燥製剤又は水溶液の形態で、貯蔵のために調製される（Remington's Pharmaceutical Sciences 16版, Osol, A.編(1980)）。許容可能な担体、賦形剤、又は安定化剤は、用いられる用量及び濃度でレシピエントに非毒性であり、リン酸塩、クエン酸塩、及び他の有機酸などのバッファー；
塩化ナトリウム、塩化カルシウム及び硫酸アンモニウム等の塩；アスコルビン酸及びメチオニンを含む抗酸化剤；保存料（オクタデシルジメチルベンジルアンモニウムクロライド；ヘキサメトニウムクロライド；ベンズアルコニウムクロライド；ベンゼトニウムクロライド；フェノール；ブチル又はベンジルアルコール；メチル又はプロピルパラベン等のアルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；及びｍ−クレゾールなど）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン等のタンパク質；ポリビニルピロリドン等の親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、又はリジン等のアミノ酸；グルコース、マンノース、又はデキストリンを含む単糖類、二糖類、及び他の炭水化物；ＥＤＴＡ等のキレート剤；スクロース、マンニトール、トレハロース又はソルビトールなどの糖；ナトリウムなどの塩形成対イオン；金属錯体（例えば、Ｚｎ−タンパク質錯体）又はＴＷＥＥＮＴＭ、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳＴＭ又はＰＥＧ等の非イオン性界面活性剤を含む。
【０２６９】
例示的抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片製剤は、米国特許第８０６７００２号、同第８１９３３２９号、同第８１８７６０４号、同第８３７２４０３号、同第８２７３３５２号、同第６９５４１０７号、同第７９４３１３５号、同第７４３９３３１号、同第７１１２３２７号、同第８１２４０９０号、及び同第８２３６３１７号に記載されている。
【０２７０】
皮下投与に適合させられた凍結乾燥製剤は、例えば米国特許第６２６７９５８号（Ａｎｄｙａ等）に記載されている。硝子体内投与に適合させられた凍結乾燥製剤は、例えば米国特許第７８０７１６４号、同第８４８１０４６号に記載されている。そのような凍結乾燥製剤は適当な希釈剤で高タンパク質濃度に再構成され得（例えば米国特許第８１４２７７６号に記載）、再構成された製剤はここで治療される哺乳動物に皮下的又は硝子体内に投与されうる。
【０２７１】
抗体の結晶化形態もまた考慮される。例えば米国特許出願公開第２００２／０１３６７１９Ａ１号（Shenoy等）を参照のこと。
【０２７２】
ここでの製剤は、治療されている特定の徴候のために必要に応じて一を越える活性化合物（第二の医薬）、好ましくは互いに悪影響を及ぼさない相補的活性を有するものをまた含みうる。例えば、ＶＥＧＦ阻害剤を製剤中に更に提供することが望ましい場合がある。そのような他の薬剤（ここでは第二の医薬と呼ばれ、第一の医薬は抗Ｄ因子抗体である）のタイプ及び有効量は、例えば製剤中に存在する抗体の量、治療されている変性疾患のタイプ、及び対象の臨床パラメータに依存する。
【０２７３】
活性成分は、例えばコアセルべーション技術又は界面重合により調製されたマイクロカプセル、例えば、それぞれコロイド状ドラッグデリバリーシステム（例えば、リポソーム、アルブミンミクロスフィア、マイクロエマルジョン、ナノ粒子及びナノカプセル）又はマクロエマルジョンの、ヒドロキシメチルセルロース又はゼラチン−マイクロカプセル及びポリ（メチルメタクリレート）マイクロカプセル中に捕捉することもできる。このような技術は、Remington's Pharmaceutical Sciences 16版, Osol, A. Ed. (1980)に開示されている。
【０２７４】
徐放製剤を調製してもよい。徐放製剤の好適な例は、抗体を含む固形疎水性ポリマーの半透過性基質を含み、該基質は、成形品、例えばフィルム、又はマイクロカプセルの形である。徐放性基質の例は、ポリエステル、ヒドロゲル（例えば、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリレート）、又はポリ（ビニルアルコール））、ポリ乳酸（米国特許第３７７３９１９号）、Ｌ−グルタミン酸及びγエチル−Ｌ−グルタメートの共重合体、非分解性エチレン−酢酸ビニル、分解性乳酸−グリコール酸共重合体、例えばＬＵＰＲＯＮ ＤＥＰＯＴＴＭ（乳酸−グリコール酸共重合体及び酢酸ロイプロリドからなる注射可能なミクロスフィア）、及びポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸を含む。
【０２７５】
インビボ投与に使用される製剤は無菌でなければならない。これは、滅菌濾過膜を通す濾過によって容易に達成される。
【０２７６】
ＶＩＩＩ．製造品
様々な製造品が本発明の範囲内にあると考えられる。本発明の他の実施態様では、前述の変性疾患の治療に有用な材料を含む製造品が提供される。好ましくは、製造品は、（ａ）抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片と薬学的に許容可能な担体又は希釈剤を含有する組成物を容器内に収容する容器；及び（ｂ）対象の変性疾患を治療するための指示書を伴うパッケージ挿入物を含んでなり、該指示書は、約０．５から４グラムの初期抗体曝露の後に約０．５から４グラムの第二抗体曝露を提供するために有効な抗体量が対象に投与されることを示すものであり、その第二曝露は初期曝露から約１６から５４週後までは提供されず、それぞれの抗体曝露は抗体の単回用量としてないしは２又は３の複数回用量として対象に提供される。
【０２７７】
パッケージ挿入物は容器上にあるか又は容器に付属する。適切な容器には、例えばボトル、ガラス瓶、シリンジ等が含まれる。容器はガラス又はプラスチックのような様々な材料で形成されうる。容器はＡＭＤの治療に有効な組成物を収容又は含んでおり、滅菌出入口を有している（例えば、容器は皮下注射針により貫通可能なストッパーを具備する静脈溶液バック又はバイアルでありうる）。組成物中の少なくとも一つの活性剤は抗体である。ラベル又はパッケージ挿入物には、提供される抗体と任意の他の薬剤の用量と間隔に関する特定のガイダンスと共に、組成物が治療に好適な対象の変性疾患を治療するために使用されることが示されている。製造品は、薬学的に許容可能な希釈用バッファー、例えば、注入のための静菌水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝生理食塩水、リンガー液、及びデキストロース液を収容する第２の容器を更に含んでいてもよい。製造品は、第二の医薬を収容する第二又は第三の容器を更に具備していてもよく、ここで、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片が第一の医薬であり、製造品は第二の医薬を用いた対象の治療についてパッケージ挿入物上に指示書を更に含む。第二の医薬の例としては、化学療法剤、免疫抑制剤、抗マラリア剤、細胞傷害性薬剤、インテグリンアンタゴニスト、サイトカインアンタゴニスト、又はホルモンがある。幾つかの実施態様では、第二の医薬は、化学療法剤、抗マラリア剤又は免疫抑制剤で、例えばヒドロキシクロロキン、クロロキン、キナクリン、シクロホスファミド、プレドニゾン、ミコフェノール酸モフェチル、メトトレキセート、アザチオプリン又は６−メルカプトプリンを含むもの；副腎皮質ステロイド、例えばプレドニゾン（場合によっては、６−メルカプトプリンの有無にかかわらず、メトトレキセート、ヒドロキシクロロキン、クロロキン、キナクリン、ＭＭＦ、又はアザチオプリンと共に）；あるいは副腎皮質ステロイド、例えばプレドニゾン並びにＭＭＦ又はシクロホスファミドである。製造品は、他のバッファー、希釈剤、フィルター、針、及びシリンジを含む、市販及び使用者の観点から望ましい他の材料を更に含んでいてもよい。
【０２７８】
他の態様では、本発明は、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片の固定用量を患者に送達するＩＶＴ、又は長時間作用性送達装置を含む製造品であって、固定用量がマイクログラムからミリグラムの範囲の抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片である製造品を提供する。幾つかの実施態様では、固定用量は毎月約１０ｍｇ又は隔月に約１０ｍｇである。幾つかの実施態様では、装置中の抗体の濃度は約１０ｍｇである。他の態様では、本発明は、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を約１０ｍｇの濃度で含む製造品を提供する。幾つかの実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、アミノ酸配列ＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮ（配列番号：１）を含むＨＶＲ−Ｌ１、アミノ酸配列ＧＧＮＴＬＲＰ（配列番号：２）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及びアミノ酸配列ＬＱＳＤＳＬＰＹＴ（配列番号：３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び／又はアミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮ（配列番号：４）を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列ＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧ（配列番号：５）を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列ＥＧＧＶＮＮ（配列番号：６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖可変領域配列；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む。幾つかの実施態様では、抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む。幾つかの実施態様では、抗体はＣＡＳ登録番号１２７８４６６−２０−８を有するラムパリズマブである。幾つかの実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、モノクローナル抗体、抗体断片、キメラ抗体、ヒト化抗体、単鎖抗体又は抗Ｄ因子抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する抗体でありうる。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、アミノ酸配列ＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮ（配列番号：１）を含むＨＶＲ−Ｌ１、アミノ酸配列ＧＧＮＴＬＲＰ（配列番号：２）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及びアミノ酸配列ＬＱＳＤＳＬＰＹＴ（配列番号：３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び／又はアミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮ（配列番号：４）を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列ＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧ（配列番号：５）を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列ＥＧＧＶＮＮ（配列番号：６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含む抗Ｄ因子抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖可変領域配列；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖配列；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖配列を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列を含む重鎖；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体のその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、ＣＡＳ登録番号１２７８４６６−２０−８を有するラムパリズマブのその各抗原エピトープへの結合を競合的に阻害する。幾つかの実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、他のＤ因子抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、アミノ酸配列ＩＴＳＴＤＩＤＤＤＭＮ（配列番号：１）を含むＨＶＲ−Ｌ１、アミノ酸配列ＧＧＮＴＬＲＰ（配列番号：２）を含むＨＶＲ−Ｌ２、及びアミノ酸配列ＬＱＳＤＳＬＰＹＴ（配列番号：３）を含むＨＶＲ−Ｌ３を含む軽鎖；及び／又はアミノ酸配列ＧＹＴＦＴＮＹＧＭＮ（配列番号：４）を含むＨＶＲ−Ｈ１、アミノ酸配列ＷＩＮＴＹＴＧＥＴＴＹＡＤＤＦＫＧ（配列番号：５）を含むＨＶＲ−Ｈ２、及びアミノ酸配列ＥＧＧＶＮＮ（配列番号：６）を含むＨＶＲ−Ｈ３を含む重鎖を含む抗Ｄ因子抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖可変領域配列；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖可変領域配列を含む抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の重鎖配列；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列に対して少なくとも９５％の配列同一性の軽鎖配列を含む抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：７のアミノ酸配列を含む重鎖可変領域；及び／又は配列番号：８のアミノ酸配列を含む軽鎖可変領域を含む抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、配列番号：１５のアミノ酸配列を含む重鎖；及び／又は配列番号：１６のアミノ酸配列を含む軽鎖を含む抗体が結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。一実施態様では、抗Ｄ因子抗体は、ＣＡＳ登録番号１２７８４６６−２０−８を有するラムパリズマブが結合するＤ因子の同じエピトープに結合する。
［ＩＸ．例示的実施態様］
１．  変性疾患の患者を治療する方法において、
（ａ）患者からの試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、
（ｉ）患者の核酸試料を提供し、
（ｉｉ）少なくとも一の変性疾患関連多型の存在についてジェノタイピングすることによって決定し、ここで、多型はＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり；
（ｂ）ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高いとして同定し；
（ｃ）ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、Ｃ３Ｂアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者に抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を投与する
ことを含む、方法。
２．  ＣＦＩアレルはその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルはその等価なアレルであり、Ｃ２アレルはその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルはその等価なアレルであり、又はＣ３アレルはその等価なアレルである、クレーム１に記載の方法。
３．  ＣＦＩアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、かつＣ３アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む、クレーム１に記載の方法。
４．  生体試料は、血液試料、唾液、口腔粘膜採取検体、組織試料又は体液試料である、クレーム１に記載の方法。
５．  核酸試料はＤＮＡを含む、クレーム１に記載の方法。
６．  核酸試料はＲＮＡを含む、クレーム１に記載の方法。
７．  核酸試料が増幅される、クレーム５又は６に記載の方法。
８．  核酸試料が、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅される、クレーム５又は６に記載の方法。
９．  少なくとも一の多型がポリメラーゼ連鎖反応により検出される、クレーム５又は６に記載の方法。
１０．  少なくとも一の多型がシークエンシングにより検出される、クレーム５又は６に記載の方法。
１１．  少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される、クレーム９又は１０に記載の方法。
１２．  少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、クレーム１に記載の方法。
１３．  患者におけるＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、抗Ｄ因子抗体での治療に対して増加した応答可能性を示す、クレーム１に記載の方法。
１４．  一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、クレーム３に記載の方法。
１５．  変性疾患が加齢黄斑変性である、クレーム１に記載の方法。
１６．  加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである、クレーム１５に記載の方法。
１７．  進行期ＡＭＤが地図状萎縮である、クレーム１６に記載の方法。
１８．  抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片がラムパリズマブである、クレーム１に記載の方法。
１９．  変性疾患の患者を、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高いとして同定する方法において、
（ａ）患者からの試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、
（ｉ）患者からの核酸試料を提供し、
（ｉｉ）少なくとも一の変性疾患関連多型の存在についてジェノタイピングすることによって決定し、ここで、多型はＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり；
（ｂ）ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高いとして同定し；
（ｃ）抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法を選択する
ことを含む、方法。
２０．  ＣＦＩアレルはその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルはその等価なアレルであり、Ｃ２アレルはその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルはその等価なアレルであり、又はＣ３アレルはその等価なアレルである、クレーム１９に記載の方法。
２１．  ＣＦＩアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、かつＣ３アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む、クレーム１９に記載の方法。
２２．  生体試料は、血液試料、唾液、口腔粘膜採取検体、組織試料又は体液試料である、クレーム１９に記載の方法。
２３．  核酸試料はＤＮＡを含む、クレーム１９に記載の方法。
２４．  核酸試料はＲＮＡを含む、クレーム１９に記載の方法。
２５．  核酸試料が増幅される、クレーム１９に記載の方法。
２６．  核酸試料が、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅される、クレーム１９に記載の方法。
２７．  少なくとも一の多型がポリメラーゼ連鎖反応により検出される、クレーム１９に記載の方法。
２８．  少なくとも一の多型がシークエンシングにより検出される、クレーム１９に記載の方法。
２９．  少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される、クレーム１９に記載の方法。
３０．  少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、クレーム１９に記載の方法。
３１．  患者におけるＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、抗Ｄ因子抗体での治療に対して増加した応答可能性を示す、クレーム１９に記載の方法。（可能性の増加を定義）
３２．  一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、クレーム２１に記載の方法。
３３．  変性疾患が加齢黄斑変性である、クレーム１９に記載の方法。
３４．  加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである、クレーム３３に記載の方法。
３５．  進行期ＡＭＤが地図状萎縮である、クレーム３４に記載の方法。
３６．  抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片がラムパリズマブである、クレーム１９に記載の方法。
３７．  抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片での、変性疾患の患者の治療の治療効果を最適化する方法において、
（ａ）患者からの試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、
（ｉ）患者からの核酸試料を提供し、
（ｉｉ）少なくとも一の変性疾患関連多型の存在についてジェノタイピングすることによって決定し、ここで、多型はＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり；
（ｂ）ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高いとして同定し；
（ｃ）抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法を選択する
ことを含む、方法。
３８．  ＣＦＩアレルはその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルはその等価なアレルであり、Ｃ２アレルはその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルはその等価なアレルであり、又はＣ３アレルはその等価なアレルである、クレーム３７に記載の方法。
３９．  ＣＦＩアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、かつＣ３アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む、クレーム３７に記載の方法。
４０．  生体試料は、血液試料、唾液、口腔粘膜採取検体、組織試料又は体液試料である、クレーム３７に記載の方法。
４１．  核酸試料はＤＮＡを含む、クレーム３７に記載の方法。
４２．  核酸試料はＲＮＡを含む、クレーム３７に記載の方法。
４３．  核酸試料が増幅される、クレーム３７に記載の方法。
４４．  核酸試料が、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅される、クレーム３７に記載の方法。
４５．  少なくとも一の多型がポリメラーゼ連鎖反応により検出される、クレーム３７に記載の方法。
４６．  少なくとも一の多型がシークエンシングにより検出される、クレーム３７に記載の方法。
３ｂ５ｂ．  少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される、クレーム３７に記載の方法。
４７．  少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、クレーム３７に記載の方法。
４８．  患者におけるＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、抗Ｄ因子抗体での治療に対して増加した応答可能性を示す、クレーム３７に記載の方法。
４９．  一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、クレーム３９に記載の方法。
５０．  変性疾患が加齢黄斑変性である、クレーム３７に記載の方法。
５１．  加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである、クレーム５０に記載の方法。
５２．  進行期ＡＭＤが地図状萎縮である、クレーム３７に記載の方法。
５３．  抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片がラムパリズマブである、クレーム３７に記載の方法。
５４．  抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片での治療に対する変性疾患患者の応答性を予測する方法において、
（ａ）患者からの試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、
（ｉ）患者からの核酸試料を提供し、
（ｉｉ）少なくとも一の変性疾患関連多型の存在についてジェノタイピングすることによって決定し、ここで、多型はＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり；
（ｂ）ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高いとして同定する
ことを含む、方法。
５５．  ＣＦＩアレルはその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルはその等価なアレルであり、Ｃ２アレルはその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルはその等価なアレルであり、又はＣ３アレルはその等価なアレルである、クレーム５５に記載の方法。
５６．  ＣＦＩアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、かつＣ３アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む、クレーム５５に記載の方法。
５７．  生体試料は、血液試料、唾液、口腔粘膜採取検体、組織試料又は体液試料である、クレーム５５に記載の方法。
５８．  核酸試料はＤＮＡを含む、クレーム５５に記載の方法。
５９．  核酸試料はＲＮＡを含む、クレーム５５に記載の方法。
６０．  核酸試料が増幅される、クレーム５５に記載の方法。
６１．  核酸試料が、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅される、クレーム５５に記載の方法。
６２．  少なくとも一の多型がポリメラーゼ連鎖反応により検出される、クレーム５５に記載の方法。
６３．  少なくとも一の多型がシークエンシングにより検出される、クレーム５５に記載の方法。
６４．  少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される、クレーム５５に記載の方法。
６５．  少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、クレーム５５に記載の方法。
６６．  患者におけるＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、抗Ｄ因子抗体での治療に対して増加した応答可能性を示す、クレーム５５に記載の方法。
４ｄ１．  一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、クレーム４ａ２に記載の方法。
６７．  変性疾患が加齢黄斑変性である、クレーム５６に記載の方法。
６８．  加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである、クレーム６７に記載の方法。
６９．  進行期ＡＭＤが地図状萎縮である、クレーム５５に記載の方法。
７０．  抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片がラムパリズマブである、クレーム５５に記載の方法。
７１．  変性疾患の患者が抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片での治療から恩恵を受ける可能性を判定する方法において、
（ａ）患者からの試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、
（ｉ）患者からの核酸試料を提供し、
（ｉｉ）少なくとも一の変性疾患関連多型の存在についてジェノタイピングすることによって決定し、ここで、多型はＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり；
（ｂ）ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、患者を、抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高いとして同定する
ことを含む、方法。
７２．  ＣＦＩアレルはその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルはその等価なアレルであり、Ｃ２アレルはその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルはその等価なアレルであり、又はＣ３アレルはその等価なアレルである、クレーム７１に記載の方法。
７３．  ＣＦＩアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、かつＣ３アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む、クレーム７１に記載の方法。
７４．  生体試料は、血液試料、唾液、口腔粘膜採取検体、組織試料又は体液試料である、クレーム７１に記載の方法。
７５．  核酸試料はＤＮＡを含む、クレーム７１に記載の方法。
７６．  核酸試料はＲＮＡを含む、クレーム７１に記載の方法。
７７．  核酸試料が増幅される、クレーム７１に記載の方法。
７８．  核酸試料が、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅される、クレーム７１に記載の方法。
７９．  少なくとも一の多型がポリメラーゼ連鎖反応により検出される、クレーム７１に記載の方法。
８０．  少なくとも一の多型がシークエンシングにより検出される、クレーム７１に記載の方法。
８１．  少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される、クレーム７１に記載の方法。
８２．  少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、クレーム７１に記載の方法。
８３．  患者におけるＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、抗Ｄ因子抗体での治療に対して増加した応答可能性を示す、クレーム７１に記載の方法。
８４．  一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、クレーム７３に記載の方法。
８５．  変性疾患が加齢黄斑変性である、クレーム７１に記載の方法。
８６．  加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである、クレーム８５に記載の方法。
８７．  進行期ＡＭＤが地図状萎縮である、クレーム７３に記載の方法。
８８．  抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片がラムパリズマブである、クレーム３に記載の方法。
８９．  個体における変性疾患を評価する方法において、
（ａ）患者からの試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、
（ｉ）患者からの核酸試料を提供し、
（ｉｉ）少なくとも一の変性疾患関連多型の存在についてジェノタイピングすることによって決定し、ここで、多型はＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり；
（ｂ）ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが個体からの試料中に存在するとき、変性疾患の評価を提供する
ことを含む、方法。
９０．  ＣＦＩアレルはその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルはその等価なアレルであり、Ｃ２アレルはその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルはその等価なアレルであり、又はＣ３アレルはその等価なアレルである、クレーム８９に記載の方法。
９１．  ＣＦＩアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、かつＣ３アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む、クレーム８９に記載の方法。
９２．  生体試料は、血液試料、唾液、口腔粘膜採取検体、組織試料又は体液試料である、クレーム８９に記載の方法。
９３．  核酸試料はＤＮＡを含む、クレーム６に記載の方法。
９４．  核酸試料はＲＮＡを含む、クレーム８９に記載の方法。
９５．  核酸試料が増幅される、クレーム８９に記載の方法。
９６．  核酸試料が、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅される、クレーム８９に記載の方法。
９７．  少なくとも一の多型がポリメラーゼ連鎖反応により検出される、クレーム８９に記載の方法。
９８．  少なくとも一の多型がシークエンシングにより検出される、クレーム８９に記載の方法。
９９．  少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される、クレーム８９に記載の方法。
１００．  少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、クレーム８９に記載の方法。
１０１．  ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルを有する患者が、抗Ｄ因子抗体での治療に対して応答する可能性がある、クレーム８９に記載の方法。
１０２．  一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、クレーム９１に記載の方法。
１０３．  変性疾患が加齢黄斑変性である、クレーム６８９に記載の方法。
１０４．  加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである、クレーム１０３に記載の方法。
１０５．  進行期ＡＭＤが地図状萎縮である、クレーム１０４に記載の方法。
１０６．  加齢黄斑変性のより進行した形態を発症するリスクが増加している個体を同定する方法において、
（ａ）個体からの試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、
（ｉ）個体からの核酸試料を提供し、
（ｉｉ）少なくとも一の変性疾患関連多型の存在についてジェノタイピングすることによって決定し、ここで、多型はＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり；
（ｂ）ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、ＡＭＤのより進行した形態を発症する可能性が高いとして個体を同定する
ことを含む、方法。
１０７．（ｐ１１）  ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、個体が、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高く；抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法を選択することを更に含む、クレーム１０６に記載の方法。
１０８．  ＣＦＩアレルはその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルはその等価なアレルであり、Ｃ２アレルはその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルはその等価なアレルであり、又はＣ３アレルはその等価なアレルである、クレーム１０６に記載の方法。
１０９．  ＣＦＩアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、かつＣ３アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む、クレーム１０６に記載の方法。
１１０．  生体試料は、血液試料、唾液、口腔粘膜採取検体、組織試料又は体液試料である、クレーム１０６に記載の方法。
１１１．  核酸試料はＤＮＡを含む、クレーム１０６に記載の方法。
１１２．  核酸試料はＲＮＡを含む、クレーム１０６に記載の方法。
１１３．  核酸試料が増幅される、クレーム１０６に記載の方法。
１１４．  核酸試料が、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅される、クレーム１０６に記載の方法。
１１５．  少なくとも一の多型がポリメラーゼ連鎖反応により検出される、クレーム１０６に記載の方法。
１１６．  少なくとも一の多型がシークエンシングにより検出される、クレーム１０６に記載の方法。
１１７．  少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される、クレーム１０６に記載の方法。
１１８．  少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、クレーム１０６に記載の方法。
１１９．  ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルを有する患者が、抗Ｄ因子抗体での治療に対して応答する可能性がある、クレーム１０６に記載の方法。
１２０．  一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、クレーム１０８に記載の方法。
１２１．  変性疾患が加齢黄斑変性である、クレーム１０６に記載の方法。
１２２．  加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである、クレーム１２１に記載の方法。
１２３．  進行期ＡＭＤが地図状萎縮である、クレーム１０６に記載の方法。
１２４．  抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片はラムパリズマブである、クレーム１０６に記載の方法。
１２５．  個体におけるＡＭＤの進行を予測する方法において、
（ａ）個体からの試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、
（ｉ）個体からの核酸試料を提供し、
（ｉｉ）少なくとも一の変性疾患関連多型の存在についてジェノタイピングすることによって決定し、ここで、多型はＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり；
（ｂ）ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、ＡＭＤのより進行した形態を発症する可能性が高いとして個体を同定する
ことを含む、方法。
１２６．  ＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択される少なくとも一のリスクアレルが存在するとき、個体が、抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する可能性が高く；抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法を選択することを更に含む、クレーム７に記載の方法。
１２７．  ＣＦＩアレルはその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルはその等価なアレルであり、Ｃ２アレルはその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルはその等価なアレルであり、又はＣ３アレルはその等価なアレルである、クレーム７に記載の方法。
１２８．  ＣＦＩアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、かつＣ３アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む、クレーム７に記載の方法。
１２９．  生体試料は、血液試料、唾液、口腔粘膜採取検体、組織試料又は体液試料である、クレーム７に記載の方法。
１３０．  核酸試料はＤＮＡを含む、クレーム７に記載の方法。
１３１．  核酸試料はＲＮＡを含む、クレーム７に記載の方法。
１３２．  核酸試料が増幅される、クレーム７に記載の方法。
１３３．  核酸試料が、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅される、クレーム７に記載の方法。
１３４．  少なくとも一の多型がポリメラーゼ連鎖反応により検出される、クレーム７に記載の方法。
１３５．  少なくとも一の多型がシークエンシングにより検出される、クレーム７に記載の方法。
１３６．  少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される、クレーム７に記載の方法。
１３７．  少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、クレーム７に記載の方法。
１３８．  ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルを有する患者が、抗Ｄ因子抗体での治療に対して応答する可能性がある、クレーム７に記載の方法。
１３９．  一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、クレーム７ａ２に記載の方法。
１４０．  変性疾患が加齢黄斑変性である、クレーム７に記載の方法。
１４１．  加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである、クレーム７ｅに記載の方法。
１４２．  進行期ＡＭＤが地図状萎縮である、クレーム７に記載の方法。
１４３．  抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片はラムパリズマブである、クレーム７に記載の方法。
１４４．  変性疾患の進行に対しての変性疾患個体のリスクを判定する方法において、
（ａ）個体からの試料において、少なくとも一の変性疾患関連多型の存在を、
（ｉ）個体からの核酸試料を提供し、
（ｉｉ）少なくとも一の変性疾患関連多型の存在についてジェノタイピングすることによって決定し、ここで、多型はＣＦＩアレル、ＣＦＨアレル、Ｃ２アレル、ＣＦＢアレル、又はＣ３アレルからなる群から選択されるリスクアレルであり；
（ｂ）リスクアレル多型が存在するとき、変性疾患の進行に対して増加したリスクを有しているとして個体を同定する
ことを含む、方法。
１４５．  ＣＦＩアレルはその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルはその等価なアレルであり、Ｃ２アレルはその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルはその等価なアレルであり、又はＣ３アレルはその等価なアレルである、クレーム１４４に記載の方法。
１４６．  ＣＦＩアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、かつＣ３アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む、クレーム１４４に記載の方法。
１４７．  生体試料は、血液試料、唾液、口腔粘膜採取検体、組織試料又は体液試料である、クレーム１４４に記載の方法。
１４８．  核酸試料はＤＮＡを含む、クレーム１４４に記載の方法。
１４９．  核酸試料はＲＮＡを含む、クレーム１４４に記載の方法。
１５０．  核酸試料が増幅される、クレーム１４４に記載の方法。
１５１．  核酸試料が、ポリメラーゼ連鎖反応により増幅される、クレーム１４４に記載の方法。
１５２．  少なくとも一の多型がポリメラーゼ連鎖反応により検出される、クレーム１４４記載の方法。
１５３．  少なくとも一の多型がシークエンシングにより検出される、クレーム１４４に記載の方法。
１５４．  少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される、クレーム１４４に記載の方法。
１５５．  少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、クレーム１４４に記載の方法。
１５６．  個体におけるＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、変性疾患進行に対して増加したリスクを示す、クレーム１４４に記載の方法。
１５７．  一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、クレーム１４６に記載の方法。
１５８．  変性疾患が加齢黄斑変性である、クレーム１４４に記載の方法。
１５０．  加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである、クレーム１５８に記載の方法。
１６０．  進行期ＡＭＤが地図状萎縮である、クレーム１４４に記載の方法。
１６１．  変性疾患を治療する方法において、ＨＶＲＨ１、ＨＶＲＨ２、ＨＶＲＨ３、ＨＶＲＬ１、ＨＶＲＬ２、ＨＶＲＬ３、及びＨＶＲＬ３を含み、各ＨＶＲが、配列番号：１、配列番号：２、配列番号：３、配列番号：４、配列番号：５及び配列番号：６のアミノ酸配列を有する抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を、変性疾患に罹患している患者に、毎月１０ｍｇの用量で投与することを含む方法。
１６２．  加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである、クレーム１６１に記載の方法。
１６３．  進行期ＡＭＤが地図状萎縮である、クレーム１６２に記載の方法。
１６４．  第二の医薬が投与される、クレーム１６１に記載の方法。
１６５．  第二の医薬がＶＥＧＦ阻害剤である、クレーム１６４に記載の方法。
１６６．  ＶＥＧＦ阻害剤がラニビズマブである、クレーム１６５に記載の方法。
１６７．  抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片が、配列番号：７を含むＶＨと配列番号：８を含むＶＬとを含む抗体又はその抗原結合断片である、クレーム１６１に記載の方法。
１６８．  治療が、ベースラインＧＡ面積から２０％以上減少のＧＡ面積変化を生じる、クレーム１６１に記載の方法。
１６９．  治療が、ベースラインＧＡ面積から１５％以上減少のＧＡ面積変化を生じる、クレーム１６１に記載の方法。
１７０．  治療が、ベースラインＧＡ面積から１０％以上減少のＧＡ面積変化を生じる、クレーム１６１に記載の方法。
１７１．  治療が、ベースラインＧＡ面積から５％以上減少のＧＡ面積変化を生じる、クレーム１６１に記載の方法。
１７２．  患者が、ＡＭＤに続発する地図状萎縮に罹患している、クレーム１６１に記載の方法。
１７３．  患者の試験眼が２０／２５と２０／４００の間のＢＣＶＡを有している、クレーム１６１に記載の方法。
１７４．  患者の試験眼が２０／２５と２０／１００の間のＢＣＶＡを有している、クレーム１６１に記載の方法。
１７５．  患者の試験眼が２０／２５と２０／４００の間のＢＣＶＡを有している、クレーム１６１に記載の方法。
１７６．  患者の試験眼が２０／２５より良いか又は２０／４００より悪いＢＣＶＡを有している、クレーム１６１に記載の方法。
１７７．  患者が、試験眼において過去に硝子体内治療、網膜手術又は他の網膜治療術を何ら受けていない、クレーム１６１に記載の方法。
１７８．  変性疾患患者からの生体試料におけるジェノタイピング用キットにおいて、リスクアレルの検出のための、ポリメラーゼ連鎖反応又はシークエンシングのためのオリゴヌクレオチドを含む、キット。
１７９．  生体試料は、血液試料、唾液、口腔粘膜採取検体、組織試料又は体液試料である、クレーム１７８に記載の方法。
１８０．  生体試料は核酸試料である、クレーム１７８に記載のキット。
１８１．  核酸試料はＤＮＡを含む、クレーム１８０に記載の方法。
１８２．  核酸試料はＲＮＡを含む、クレーム１１８１に記載の方法。
１８３．  核酸試料が増幅される、クレーム１８０に記載の方法。
１８４．  変性疾患患者が抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片に応答する可能性があるかどうかを判定するためのパッケージ挿入物を更に含む、クレーム１７８に記載のキット。
１８５．  ＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル又はＣ３リスクアレルの存在を検出するために使用される、クレーム１７８に記載のキット。
１８６．  ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の二のアレルの存在を検出するために使用される、クレーム１０に記載のキット。
１８７．  患者が抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片での治療から恩恵を受ける増加した可能性があるかどうかを予測するキットにおいて、ＣＦＩ、Ｃ２、ＣＦＢ、Ｃ３又はＣＦＨの多型に特異的な第一のオリゴヌクレオチド及び第二のオリゴヌクレオチドを含むキット。
１８８．  前記第一のオリゴヌクレオチド及び前記第二のオリゴヌクレオチドが、ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型からなる群から選択される、多型をそれぞれＣＦＩ、Ｃ２、ＣＦＢ、Ｃ３又はＣＦＨに含むＣＦＩ、Ｃ２、ＣＦＢ、Ｃ３又はＣＦＨ遺伝子の領域を増幅させるために使用されうる、クレーム１８７に記載のキット。
１８９．  抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片が、ＨＶＲＨ１、ＨＶＲＨ２、ＨＶＲＨ３、ＨＶＲＬ１、ＨＶＲＬ２、ＨＶＲＬ３、及びＨＶＲＬ３を含み、各ＨＶＲが、配列番号：１、配列番号：２、配列番号：３、配列番号：４、配列番号：５及び配列番号：６のアミノ酸配列を有する、クレーム１−５及び７の何れか一に記載の方法。
１９０．  抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片が、配列番号：７の可変重鎖及び／又は配列番号：８の可変軽鎖を含む、クレーム１−１６０の何れか一に記載の方法。
１９１．  多型がＣＦＩ多型である、クレーム１−１６０の何れか一に記載の方法。
１９２．  ＣＦＩ多型が、ＣＦＨ多型、Ｃ２多型、Ｃ３多型又はＣＦＢ多型からなる群から選択される一又は複数の更なる多型と組み合わされて存在する、クレーム１９１に記載の方法。
１９３．  変性疾患を診断するための診断薬の製造のための、少なくとも一の変性疾患関連多型に特異的に結合する薬剤の使用であって、多型がＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル又はＣ３リスクアレルからなる群から選択されるリスクアレルである使用。
１９４．  ＣＦＩアレルはその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルはその等価なアレルであり、Ｃ２アレルはその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルはその等価なアレルであり、又はＣ３アレルはその等価なアレルである、クレーム１９３に記載の使用。
１９５．  ＣＦＩアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、かつＣ３アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む、クレーム１９３に記載の使用。
１９６．  少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される、クレーム１９３に記載の使用。
１９７．  少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、クレーム１９３に記載の方法。
１９８．  個体におけるＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、変性疾患進行に対して増加したリスクを示す、クレーム１９３に記載の使用。
１９９．  一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、クレーム１９５に記載の使用。
２００．  変性疾患が加齢黄斑変性である、クレーム１９３に記載の使用。
２０１．  加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである、クレーム２００に記載の使用。
２０２．  進行期ＡＭＤが地図状萎縮である、クレーム２０１に記載の使用。
２０３．  抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片を含む治療法に応答する見込みがある変性疾患の患者を同定するための、少なくとも一の変性疾患関連多型であって、ＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル又はＣ３リスクアレルからなる群から選択されるリスクアレルである多型に結合する薬剤のインビトロでの使用であって、ここで、前記多型の存在が、患者が該療法により応答する可能性があると特定する、使用。
２０４．  ＣＦＩアレルはその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルはその等価なアレルであり、Ｃ２アレルはその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルはその等価なアレルであり、又はＣ３アレルはその等価なアレルである、クレーム２０３に記載の使用。
２０５．  ＣＦＩアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、かつＣ３アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む、クレーム２０３に記載の方法。
２０６．  少なくとも一の多型が、走査型プローブ及びナノポアＤＮＡシークエンシング、ピロシークエンシング、変性剤濃度勾配ゲル電気泳動法（ＤＧＧＥ）、テンポラル温度勾配電気泳動法（ＴＴＧＥ）、Ｚｎ（ＩＩ）−サイクレンポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ホモジニアス蛍光ＰＣＲベース一塩基多型解析、リン酸塩親和性ポリアクリルアミドゲル電気泳動法、ハイスループットＳＮＰジェノタイピングプラットフォーム、分子指標、５’ヌクレアーゼ反応、Ｔａｑｍａｎアッセイ、ＭａｓｓＡｒｒａｙ（マトリックス支援レーザー脱離イオン化飛行時間型質量分析と組み合わせた一塩基伸長法）、トリチルマスタグ、ジェノタイピングプラットフォーム（Ｉｎｖａｄｅｒ Ａｓｓａｙ（登録商標）等）、一塩基プライマー伸長（ＳＢＥ）アッセイ、ＰＣＲ増幅（例えば、磁気ナノ粒子（ＭＮＰ）でのＰＣＲ増幅、ＰＣＲ産物の制限酵素解析（ＲＦＬＰ法）、アレル特異的ＰＣＲ、マルチプルプライマー伸長法（ＭＰＥＸ）、及び等温ｓｍａｒｔ増幅法からなる群から選択される技法により検出される、クレーム２０３に記載の使用。
１６ｂ６．  少なくとも一の多型が、少なくとも一の多型を含む標的領域を増幅させ、少なくとも一の多型にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする少なくとも一の配列特異的オリゴヌクレオチドと共にハイブリダイズさせ、ハイブリダイゼーションを検出することにより、検出される、クレーム１６に記載の方法。
２０７．  個体におけるＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７、ＳＮＰ ｒｓ１３２９４２８、ＳＮＰ ｒｓ４２９６０８又はＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９におけるＧ遺伝子型の一又は二のアレル、あるいはＳＮＰ ｒｓ１０７３７６８０におけるＡ遺伝子型の一又は二のアレルの存在が、変性疾患進行に対して増加したリスクを示す、クレーム２０３に記載の使用。
２０８．  一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、及びｒｓ２２３０１９９からなる群から選択される少なくとも一の一塩基多型と連鎖不平衡にある多型が検出される、クレーム２０４に記載の使用。
２０９．  変性疾患が加齢黄斑変性である、クレーム２０３に記載の使用。
２１０．  加齢黄斑変性が、早期、中間期又は進行期ＡＭＤである、クレーム２０３に記載の使用。
２１１．  進行期ＡＭＤが地図状萎縮である、クレーム２１０に記載の使用。
２１２．  抗Ｄ因子又はその抗原結合断片を含む治療法に対して応答する可能性があるとして、変性疾患に罹患している患者を選択するための変性疾患関連多型のインビトロでの使用であって、ここで、変性疾患関連多型が患者からの試料において検出されるときに、患者が該療法により応答する可能性が高いと特定する、使用。
２１３．  変性疾患関連多型がＡＭＤ関連多型である、クレーム２１２に記載の使用。
２１４．  多型が、変性疾患を診断するための診断薬の製造のための、ＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル又はＣ３リスクアレルからなる群から選択されるリスクアレルである、クレーム２１２に記載の使用。
２１５．  ＣＦＩアレルはその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルはその等価なアレルであり、Ｃ２アレルはその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルはその等価なアレルであり、又はＣ３アレルはその等価なアレルである、クレーム２１４に記載の使用。
２１６．  ＣＦＩアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、かつＣ３アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む、クレーム２１４に記載の使用。
２１７．  抗Ｄ因子抗体又はその抗原結合断片を含む治療法に対する、変性疾患に罹患している患者の応答の可能性を評価するための診断薬の製造のための変性疾患関連多型の使用。
２１８．  変性疾患関連多型がＡＭＤ関連多型である、クレーム２１７に記載の使用。
２１９．  多型が、変性疾患を診断するための診断薬の製造のための、ＣＦＩリスクアレル、ＣＦＨリスクアレル、Ｃ２リスクアレル、ＣＦＢリスクアレル又はＣ３リスクアレルからなる群から選択されるリスクアレルである、クレーム２１７に記載の使用。
２２０．  ＣＦＩアレルはその等価なアレルであり、ＣＦＨアレルはその等価なアレルであり、Ｃ２アレルはその等価なアレルであり、ＣＦＢアレルはその等価なアレルであり、又はＣ３アレルはその等価なアレルである、クレーム２１９に記載の使用。
２２１．  ＣＦＩアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４６９８７７５又はｒｓ１７４４００７７にＧを含み、ＣＦＨアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１０７３７６８０にＡを又は一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ１３２９４２８にＧを含み、Ｃ２アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、ＣＦＢアレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ４２９６０８にＧを含み、かつＣ３アレルは一塩基多型（ＳＮＰ）ｒｓ２２３０１９９にＧを含む、クレーム２１９に記載の使用。
【０２７９】
ある実施態様では、検出、予防及び／又は治療レジメンは、ここに記載された方法によって評価されて、より進行したＡＭＤ（例えば中間期ＡＭＤ又はＣＮＶ又は地図状萎縮）へのＡＭＤ進行のリスクに基づいてそれから最も恩恵を受けるであろう個体に特に処方され及び／又は投与される。よって、ＡＭＤ進行のリスクがある患者を同定し、ついでＡＭＤ進行のリスクが増加していることが特定された個体に対して検出、治療又は予防レジメンを処方するための方法が提供される。ある実施態様は、対象におけるＡＭＤの治療、対象におけるＡＭＤの進行の低減、又は対象におけるＡＭＤの進行の早期検出に関しており、これは、ヌクレオチド配列中のＳＮＰ（ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ１０７３７６８０、ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ４２９６０８、ｒｓ２２３０１９９を含む）においてＡＭＤ又はＡＭＤ進行に関連した多型変異体の有無を検出し（ゲノム・リファレンス・コンソーシアムＧＲＣｈ３７；ＵＣＳＣゲノムＨＧ１９アセンブリ；２００９年２月）、ＡＭＤ又はＡＭＤ進行に関連した多型変異体の存在がヌクレオチド配列中の一又は複数のＳＮＰにおいて検出される試料が由来した対象に、ＡＭＤ治療レジメン、予防レジメン及び／又は検出レジメンを処方し又は施すことを含む。これらの方法では、遺伝的結果が、ここに記載されているように、ＡＭＤ又はＡＭＤ進行を診断するための他の検査結果と組み合わせて利用されうる。
【０２８０】
他の実施態様では、ＡＭＤ治療又は薬剤に対する応答を分析し予測するために薬理ゲノミクス法が使用されうる。薬理ゲノミクス解析が、個体が特定の薬剤（例えば抗Ｄ因子抗体、又はその抗原結合断片）でのＡＭＤ治療にポジティブに応答するであろう可能性を示しているならば、該薬剤が個体に投与されうる。解析が、個体が特定の薬剤での治療にネガティブに応答する可能性があることを示しているならば、代替の治療コースが処方されうる。ネガティブな応答は、効果的な応答がないか又は毒性の副作用が存在する場合と定義されうる。治療処置に対する応答は、次の集団に限定されるものではないが、次の集団の何れかにおける対象がジェノタイピングされるバックグラウンド研究において予測することができる：治療レジメンに好ましく応答する集団、治療レジメンに有意には応答しない集団、及び治療レジメンに不利に応答する集団（例えば一又は複数の副作用を示す）。個体は、個体がどの集団に入るかを予測するためにジェノタイピングされうる。
【０２８１】
ここに記載の方法はまた臨床薬治験に適用可能である。ＡＭＤ治療薬剤に対する、あるいはＡＭＤ治療薬剤に対する副作用に対する応答を示す多型変異が、一又は複数のＳＮＰにおいて同定されうる。その後、そのような薬剤の臨床試験における潜在的な参加者をスクリーニングして、薬剤に好ましく応答する可能性が最も高い個体を同定し、応答する可能性が少ないか副作用を被る者を除外しうる。従って、治療にポジティブに応答しそうにない個体を含める結果として測定を低下させることなく、薬剤にポジティブに応答する個体において治療の効果を測定することができる。よって、他の実施態様は、治療の臨床試験に含める個体を選択する方法であって、（ａ）個体の核酸試料を取得し、（ｂ）治療に対するポジティブな応答と関係している多型変異体、又は治療に対するネガティブな応答と関係している多型変異体の同一性を決定し、（ｃ）核酸試料が治療に対するポジティブな応答と関係している多型変異体を含んでいるならば臨床試験に個体を含める工程を含む方法である。工程（ｃ）は、核酸試料が治療に対するポジティブな応答と関係している多型変異体を含んでいるならば、及び／又は核酸試料が治療に対するネガティブな応答と関係している多型変異体を欠いているならば、個体に治療を施すことをまた含みうる。
【０２８２】
本発明の更なる詳細を次の非限定的な実施例によって例証する。明細書における全ての引用文献の開示内容は出典明示によりここに明示的に援用される。
【実施例】
【０２８３】
実施例１
地図状萎縮の臨床試験
１．要約
地図状萎縮（ＧＡ）患者に１８ヶ月の治療期間の間、毎月又は隔月に投与されるラムパリズマブ硝子体内（ＩＴＶ）注射の安全性、許容度及び活性の証拠を評価するために、第１ｂ／ＩＩ相ランダム化単盲検シャム注射対照多施設試験を実施した。ランダム化試験の前に安全性挿入評価を先行させた。主要、副次的及び探索的評価を、１８ヶ月の治療期間の終わりに評価した。３ヶ月の安全性追跡調査期間は、非盲検継続試験（ＯＬＥ）の資格がないか該試験を続けないことを選択した試験患者に対する最後のＩＴＶ又はシャム注射の投与後に始めた。安全性挿入評価では、１０ｍｇのラムパリズマブＩＴＶの複数の毎月の投与を、試験のランダム化相への登録開始前に実施した。安全性挿入評価における全患者が、１０名の評価可能な患者から安全性データを得るために最小３回の毎月用量のラムパリズマブの投与を受けた。評価可能な患者は、少なくとも３回の試験薬の注射を受けた患者であった。
【０２８４】
４群のランダム化相では、インタラクティブ・ウェブ・レスポンスシステム（ＩＷＲＳ）を使用して、４３名の患者がラムパリズマブ注射を毎月受け、２１名の患者が全１８回の注射に対してシャム注射を毎月受け、４４名の患者がラムパリズマブ注射を隔月に受け、２１名の患者が全９回の注射に対してシャム注射を隔月に受けるように、２：１：２：１のシャムに対する薬剤の割付け比で、患者をランダム化した。
【０２８５】
治験デザインのまとめを表２に示す。
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【０２８６】
この試験における患者集団は、５７％の女性を含み、７９の平均年齢であった。この試験における患者の大半は白人（＞９８％）であり、ヒスパニックでもラテン系でもなかった（＞９８％）。人口統計及びベースライン特性は一般に治療群にわたってバランスが保たれた。効果を評価可能な全患者の５８％が、＜４ＤＡ（１ＤＡ＝２．５４ｍｍ２）のベースライン地図状萎縮病巣面積を有しており、治療群にわたる分布は一般に同様であった。
【０２８７】
１０ｍｇのラムパリズマブＩＴＶでの複数の毎月投与の安全性及び許容度の挿入評価を、試験のランダム化相への登録開始前に実施した。安全性挿入評価における全患者が、１０名の評価可能な患者から安全性データを得るために最小３回の毎月用量のラムパリズマブの投与を受けた（図１）。評価可能な患者は、少なくとも３回の試験薬の注射を受けた患者である。安全性挿入評価における患者適格性及び登録は、ＢＣＶＡ組み入れ基準を例外として（以下を参照；３．１．１．ｂ．１））、試験のランダム化相（以下を参照）に対して記載されたプロセスに従った。
【０２８８】
安全性挿入評価では、各患者は試験薬剤の注射を０日目に受け、各注射後、投薬裂孔の開始まで、１日目、７日目（±２）、及び３０日目（±７）に評価した。１０番目の評価可能な患者が三回目の試験薬剤投与後の９０日目（±７）の来診を完了した後、およそ１週間の投薬において裂孔が後に続いた。裂孔中における、複数回の薬剤投与の安全性及び許容度。安全性挿入評価は、用量制限基準（ＤＬＣ；以下を参照）に従って１０ｍｇ用量のラムパリズマブに対して許容可能な安全性及び許容性を裏付け、ランダム化相を開始させた。裂孔及び１０ｍｇ用量のラムパリズマブに対する許容可能な安全性及び許容性の決定後、安全性挿入評価に参加した患者は毎月１０ｍｇの試験薬剤投与を続けた。これらの患者は試験中に最大１８回のラムパリズマブ治療を受けた。
【０２８９】
試験治療を早期に中止した患者は、その試験期間が完了するまで、予定が組まれた毎月の評価を受けることが奨励された。もし毎月の評価ができなかった場合には、患者は少なくとも３ヶ月毎に評価され、１２月目及び１８月目の来診を完了した。時期尚早に試験治療が中止された患者はＯＬＥ試験に参加することは許されなかった。
【０２９０】
完了前に試験から撤退した患者は、有害事象のモニター及び最終試験来診評価のためにその最後の試験治療後の３０（±７）日目に早期終了評価のために戻るように依頼された。完了前に試験から撤退した患者はＯＬＥ試験に参加することは許されなかった。
【０２９１】
≧２の患者が安全性挿入評価中に同じ用量制限毒性（ＤＬＴ）を経験した場合（例えばＤＬＴ基準を満たす≧２の硝子体炎の患者）、１０ｍｇの投薬コホートを中断し、このコホートにおける全患者について試験を中断し、早期終了評価プロセスに従うであろう。新規のコホートは５ｍｇ用量の１０名の評価可能な患者が得られるように登録されるであろう；１０ｍｇコホートに対して概説されたものと同じ安全性挿入評価に対するプロセス及び規則が５ｍｇコホートの患者に対して適用されるであろう。５ｍｇでの用量削減計画が有効とされた場合、ＤＬＣに従ってのこのコホートの成功裏の完成がランダム化相の開始に必要とされるであろう（図１）。
【０２９２】
個々のＤＬＴは、安全性挿入評価期間中に生じ、試験薬剤に関連していると考えられた次の有害事象の何れかとして定義された：
１．硝子体炎又はブドウ膜炎で、試験薬注射後に標準的な評価尺度（前房フレア又は細胞及び硝子体細胞の評価に対する評価尺度）で２単位の変化として定義された。この定義に従って、試験排除基準は０のベースライングレードを樹立し、２＋又はそれ以上への増加がＤＬＴを構成した。グレード４＋の前房又は硝子体細胞カウントは、更なる登録／治療が適切であったかを決定するために登録の中断及び内部の安全性審査委員会による更なる評価を必要とする主要な毒性であると考えられた。
２．眼内炎
３．≧３０ｍｍＨｇの眼内圧（ＩＯＰ）の持続的上昇（３回の連続した予定通りの来診時に測定）
４．注射術又はＧＡの進行に起因しない試験薬注射後の≧１５文字の視力（ＶＡ）の持続的喪失（３回の連続した予定通りの来診時に測定）
【０２９３】
安全性挿入患者を、１日目、７日目（±２）、及び３０日目（±７）の来診時に各試験薬注射後にＤＬＴについて評価した。このレジメンは、１０番目の評価可能な患者が三回目の試験薬注射を受け、９０日目（±７）の来診を完了するまで、続けた。
【０２９４】
安全性挿入評価において定められたＤＬＣに従って許容可能な安全性及び許容性が実証された１０ｍｇの試験薬用量を、試験のランダム化相に対して使用した。ＡＭＤに続発するＧＡの１２９名の患者をランダム化相に登録した。試験は、１４日までの（−１４日目から−１日目）スクリーニング期間と、全ランダム化患者に対する１８ヶ月の治療期間と、非盲検継続試験の資格がないか該試験を続けないことを選択した患者に対する最後の試験薬又はシャム投与後の３ヶ月の安全性追跡調査期間とから構成された。
【０２９５】
患者は、セントラルリーディングセンターによる全てのスクリーニング来診画像の受領を含む、全ての適格性基準をスクリーニング及び０日目の来診時の双方において満たすことが要求された。スクリーニングプロセスの一部として、セントラルリーディングセンターは、眼底自発蛍光（ＦＡＦ）画像、デジタル眼底写真（ＦＰ）、及び蛍光眼底造影像（ＦＡ）を評価して、ＧＡに関する患者適格性の客観的盲検評価を提供した。適格な患者を０日目に登録し、インタラクティブ・ウェブ・レスポンスシステム（ＩＷＲＳ）を使用して、４３名の患者がラムパリズマブ注射を毎月受け、２１名の患者が全１８回の注射に対してシャム注射を毎月受け、４４名の患者がラムパリズマブ注射を隔月に受け、２１名の患者が全９回の注射に対してシャム注射を隔月に受けるように、２：１：２：１のシャムに対する薬剤の割付け比で、ランダム化した（図１）。適格な患者をＧＡ病巣サイズに基づいて層別化した。患者は治療が開始されるのと同じ日に登録された（０日目）。
【０２９６】
一つの眼だけが試験眼として選択された。両方の眼が適格である場合、視力の悪い（悪いＶＡ及び／又は少ない機能）方の眼を試験治療のために選択した（試験眼）。治験責任医師及び他の現場スタッフメンバーには患者の治療割り当ては隠されなかった。患者だけには自身の治療割り当てが隠された。全患者に試験期間中の毎月の来診予定が決められた。登録された患者には０日目に治験責任医師によってラムパリズマブ又はシャムの最初のＩＴＶ注射が施された。ランダム化相患者には、最初の注射後７（±２）日目に安全性及び眼の評価が実施された。次の来診時（毎月）、毎月の治療群の患者には、試験薬又はシャム注射を受ける前に治験責任医師によって安全性評価が実施された。隔月治療群の患者にもまた毎月、安全性評価が実施されたが、隔月来診時にのみ試験薬又はシャム投与がなされた。ランダム化相患者には、視力低下、眼痛、普通でない発赤、又は試験眼における任意の他の新しい眼の症状の報告を引き出すために各注射の７（±２）日後に現場人員が接触した。また患者には、注射後の抗菌剤が処方され、彼等が自己投与したことを立証するように求めた。ＯＬＥ試験の資格があり該試験を続けることを選択した患者は、１８月目の来診時に最終の安全性来診を行った。ＯＬＥ試験の資格がなく該試験を続けないことを選択した患者は、１９月目の来診時（隔月治療群）に、又は２０月目の来診時（毎月治療群）に、最終の安全性来診を行った。逃された用量は補われなかった。
【０２９７】
時期尚早に試験治療が中止された患者は、その試験期間の完了まで、予定が組まれた毎月の評価を受けることが奨励された。もし毎月の評価が可能でなかった場合には、患者は少なくとも３ヶ月毎に評価され、１２月目及び１８月目の来診を完了した。時期尚早に試験治療が中止された患者はＯＬＥ試験に参加することは許されなかった。完了前に試験から撤退した患者は、有害事象のモニター及び最終試験来診評価のためにその最後の試験治療後の３０（±７）日目に早期終了評価のために戻るように依頼された。完了前に試験から撤退した患者はＯＬＥ試験を継続することは許されなかった。
【０２９８】
２．評価項目
２．１  主要評価項目
第１ｂ／ＩＩ相試験における活性の証拠に対する主要効果の評価は、ＦＡＦによって測定されるベースラインから１８月目までのＧＡ病巣面積の発達率である解剖学的エンドポイントであった。解剖学的主要エンドポイントはＧＡ進行のより感度の良い計量を提供し、視力喪失に対する代替となった。
【０２９９】
２．２  副次評価項目
副次効果評価項目は、デジタル化立体カラー眼底写真によって評価されるベースラインから１８月目までのＧＡ病巣面積の発達率及びＥＴＤＲＳ ＶＡチャートを使用するベースラインから１８月目までのＢＣＶＡの平均変化であった。
【０３００】
２．３  更なる評価項目
更なる探索的評価項目は次のものを含んでいた：ａ）スペクトラルドメイン光干渉断層撮影（ＳＤ−ＯＣＴ）によって評価されるベースラインからのＧＡ面積の発達率；ｂ）ＳＤ−ＯＣＴによって評価されるドルーゼン量の変化；ｃ）ラムパリズマブ対シャム対照で治療された試験眼におけるウェットＡＭＤへの転換率；ｄ）黄斑下手術治験（ＳＳＴ）リーディングスピードアセスメントでの毎分当たり読まれた語数のベースラインからの変化；（ｅ）Ｍｉｎｎｅｓｏｔａリーディングスピードアセスメント（ＭＮＲｅａｄ）での両眼で毎分当たり読まれた語数のベースラインからの変化；（ｆ）Ｐｅｌｌｉ−Ｒｏｂｓｏｎチャートで正確に読まれた文字数によって測定されるコントラスト感度のベースラインからの変化；（ｇ）国立眼病研究所視覚機能検査質問紙−２５（ＮＥＩ ＶＦＱ−２５＿コンポジットスコア及び１２のサブスケールスコアにおけるベースラインからの変化；（ｈ）ファンクショナル・リーディング・インディペンデンス・インデックス（ＦＲＩＩ））におけるベースラインからの変化；（ｉ）ＡＭＤ関連遺伝子多型、疾患特性、及びラムパリズマブ投与に対する応答の間の関係を評価するための臨床ジェノタイピング。
【０３０１】
２．４  薬物動態及び薬力学評価項目
ラムパリズマブ投与後の血清中濃度−時間データからのＰＫプロファイルを決定した。誘導ＰＫパラメータは次のものを含んでいた：（ａ）初回用量後（ＡＵＣ）の暴露；（ｂ）実測最高血清中濃度（Ｃｍａｘ）；（ｃ）実測定常状態トラフ濃度；（ｄ）定常状態到達時間；及び（ｅ）トラフ濃度に基づく蓄積率。前房（房水）穿刺試料を集めてＰＫとＰＤの関係を評価した。更なるＰＫ及びＰＤ解析を実施した。
２．５  探索的評価項目
ａ．スペクトラルドメイン光干渉断層撮影（ＳＤ−ＯＣＴ）によって評価されるベースラインからのＧＡ面積の発達率
ｂ．ＳＤ−ＯＣＴによって評価されるドルーゼン量の変化
ｃ．ラムパリズマブ対シャム対照で治療された試験眼におけるウェットＡＭＤへの転換率
ｄ．黄斑下手術治験（ＳＳＴ）リーディングスピードアセスメントでの毎分当たり読まれた語数のベースラインからの変化
ｅ．Ｍｉｎｎｅｓｏｔａリーディングスピードアセスメント（ＭＮＲｅａｄ）での両眼で毎分当たり読まれた語数のベースラインからの変化
ｆ．Ｐｅｌｌｉ−Ｒｏｂｓｏｎチャートで正確に読まれた文字数によって測定されるコントラスト感度のベースラインからの変化
ｇ．国立眼病研究所視覚機能検査質問紙−２５（ＮＥＩ ＶＦＱ−２５）コンポジットスコア及び１２のサブスケールスコアにおけるベースラインからの変化
ｈ．ファンクショナル・リーディング・インディペンデンス・インデックス（ＦＲＩＩ）におけるベースラインからの変化 
ｉ．ＡＭＤ関連遺伝子多型、疾患特性、及びラムパリズマブ投与に対する応答の間の関係を評価するための臨床ジェノタイピング
【０３０２】
２．５  安全計画
ラムパリズマブの投与経路又は薬理作用に関連した潜在的な安全性問題は、ＢＣＶＡ低下；結膜出血；ブドウ膜炎又は硝子体炎（上述のブドウ膜炎及び硝子体炎の定義を参照；前房フレア又は細胞及び前房の硝子体細胞の評価に対する評価尺度及び硝子体炎症評価尺度)；眼内感染症；ＩＯＰの一過性及び／又は持続性上昇；白内障発達又は進行；網膜又は硝子体内出血、黄斑浮腫；及び網膜破裂又は剥離を含んでいた。全ての有害事象（重篤及び非重篤）の発生率を、この研究の期間に対して電子ケースレポートフォーム（ｅＣＲＦ）に記録した。
【０３０３】
複数回のＩＴＶ投与後のラムパリズマブの全身性レベルは低いことが予想された。にもかかわらず、ＡＣＰ活性の全身性阻害の証拠、例えば、特に被包性細菌（すなわち、髄膜炎菌、肺炎連鎖球菌、及びインフルエンザ菌）に対する感染閾値低下について患者をモニターした。
【０３０４】
有害事象、重篤有害事象、及び検査所見異常の発生率及び特徴を評価した。安全性の不断の見直しを実施した。
【０３０５】
安全性挿入相：  試験薬治療後の安全性データの迅速な安全性モニタリング及びレビューを、ＤＬＣが満たされているかどうかを決定するために実施した。試験薬投与の前もって特定されたウィンドウ内で生じる全ＤＬＴを報告し、レポートをレビューした。
【０３０６】
０日目での試験薬注射後、全患者は、投薬裂孔が始まるまで各月の注射後、１日目、７（±２）日目、及び３０（±７）日目に安全性評価のために戻った。以下のランダム化相患者に対して列挙されたような同一の安全性評価を、安全性挿入患者に対して実施した。
【０３０７】
ランダム化相：  初回注射後７（±２）日目に安全性評価のため全患者が戻った。次の注射のために、各注射後、試験眼における視力低下、眼痛、普通でない発赤、又は任意の他の新しい眼の症状のレポートを引き出すためにランダム化患者に７（±２）日目に試験現場人員が接触した。患者は、彼等が注射後に抗菌剤が処方され、自己投与したかどうかを尋ねられた。患者は、何らかの健康に関連する懸念があればいつでも治験責任医師に接触するように指示された。正当ならば、患者は、安全性評価来診のためできるだけ早くクリニックに戻るように求められた。
【０３０８】
医師による試験治療後、１５分以内に各患者に対して指数え検査を実施した；必要な場合、手の動き又は光覚を検査した。試験治療後、患者は少なくとも６０（±１０）分の間クリニックに残った。治療前に両側的に、試験治療の６０（±１０）分後に試験眼だけに対して、眼内圧を測定した。６０（±１０）分のとき、安全性の懸念がなかった場合、患者をクリニックから帰らせた。６０（±１０）分のとき注射前測定からＩＯＰが≧１０ｍｍＨｇ増加している場合、注射後１２０（±１０）分に試験眼を再び測定した。繰り返しの測定時に安全性の懸念がなかった場合、患者にクリニックから帰ることを許可した。ＩＯＰが注射前測定から≧１０ｍｍＨｇ増加のままで、繰り返し測定後に治験責任医師の懸念があった場合、患者はクリニックに残り、患者の退院前に治験責任医師の臨床上の判断に従って治療した。有害事象ｅＣＲＦページを完了させた。
【０３０９】
間接的眼底検査及び細隙灯検査を含む、詳細な眼の検査を試験の全体を通して実施した。常套的な血液検査、血液生化学検査、血液凝固、及び尿検査プロファイル、並びに血清中試験薬濃度のための血液試料、ＣＨ５０及びＡＨ５０アッセイ、及びラムパリズマブに対する抗体を全患者から得た。房水穿刺試料をまた、該手順及び試料収集に同意した患者から得た。
【０３１０】
１８月目の来診時にＯＬＥ試験に継続して入る患者を除いて、完了前に試験から退いた患者（隔月治療群では１９月の来診及び毎月治療群では２０月の来診）は、最後の試験治療の来診の３０（±７）日後に早期終了の来診評価のために戻るように依頼された。来診は、全ての有害事象（重篤及び非重篤; 眼及び眼以外）の評価を含んでいた。
【０３１１】
３．材料及び方法
３．１  患者選択及び性別分布
あらゆる試験手順の開始前に書面によるインフォームドコンセントを得た。０日目（初回の試験治療の日）に先立つ１４日以内の任意のときに、スクリーニング評価を実施した。患者選択基準は、眼組み入れ基準を除いて、安全性挿入相とランダム化相に対して同一であった；重篤性が少ない視力障害の患者はランダム化相に登録した。
【０３１２】
組み入れ基準が満たされている限り、男性と女性の双方の登録を許可した。しかしながら、妊娠又は授乳は除外基準として挙げられており、よって妊娠又は授乳している女性は治験から除外された。
【０３１３】
残りの組み入れ／除外基準は、男性及び女性患者双方に適用され、患者の健康度の問題及び安全性の問題に関する。
【０３１４】
ランダム化は性別に基づいてはなされていないので、患者の登録は試験下の疾患の人口統計を反映していることが期待された。
【０３１５】
３．１．１．ｂ．１
３．１．１  組み入れ基準
患者は治験エントリーに適格であるためには次の基準を満たさなければならない：
ａ．一般的組み入れ基準
１．署名したインフォームドコンセントを提供しプロトコルに定められた試験手順を遵守する意向及び能力
２．年齢６０−８９歳
３．出産の可能性がある性的に活発な女性に対する、試験期間中の避妊（又は禁欲）の適切な形態の使用への同意。女性が閉経後であるか又は子宮摘出術及び／又は両側卵巣摘出術を受けている場合、女性は出産可能ではないと考えられた。性的に活発な男性には、成功裏の精管切除術（外科的男性避妊法)が実施されていない場合、女性パートナーの妊娠が避けられることを担保するために避妊法（コンドーム）を使用することが要求された。
４．全ての予定された来診及び評価を受ける能力及び意向
【０３１６】
ｂ．試験眼に対する眼の組み入れ基準
一方の眼を試験眼として指定した。両眼が適格ならば、より悪いＶＡ及び／又は少ない機能の眼を試験治療（試験眼）に選択した。
１．視力
（ａ）安全性挿入相に対して：  ＥＴＤＲＳチャートを使用しての２０／１２５から２０／４００（スネレン等価）までのＢＣＶＡ
（ｂ）ランダム化相に対して：  ＥＴＤＲＳチャートを使用しての２０／５０から２０／４００（スネレン等価）までのＢＣＶＡ
２．脈絡膜新生血管（ＣＮＶ）の不在下におけるＡＭＤに続発するＧＡの良好に境界が確定された面積
３．ＧＡが≧１円面積（ＤＡ）（２．５ｍｍ２）であった
４．ＧＡが多巣性ならば、少なくとも一の限局病巣が≧０．５ＤＡ（１．２５ｍｍ２）であった
５．全病巣サイズが≦７ＤＡ（１７．５ｍｍ２）であり、ＦＡＦ造影野内に完全に存在した
６．ＧＡの領域に隣接する過剰自発蛍光の存在（例えば、バンドがあるか又は散在した接合部ＦＡＦパターン；Holz等, Am J Ophthalmol, 143:463-472 (2007)）
７．十分にクリアな透光体、十分な瞳孔の拡張、及び品質の良い眼底造影を可能にするための固定
ｃ．非試験眼に対する眼の組み入れ基準
１．ＣＮＶの不在下におけるＡＭＤに続発するＧＡ
【０３１７】
３．１．２  除外基準
次の基準の何れかを満たした患者を治験エントリーから除外した：
１．試験眼における硝子体茎切除術、黄斑下手術、又はＡＭＤに対する他の外科的処置の病歴
２．試験眼における過去の中心窩下フォーカルレーザー光血液凝固
３．試験眼におけるレーザー光血液凝固（中心窩近傍又は中心窩外）
４．試験眼におけるビスダイン（登録商標）、体外照射療法、又は経瞳孔温熱療法での先の治療
５．フェンレチニドでの過去の治療又はフェンレチニド治験への参加
６．エクリズマブでの過去の治療又はエクリズマブ治験への参加
７．過去にラムパリズマブでＩＴＶ治療された患者を除く、試験眼における過去のＩＴＶ薬物送達（例えば、ＩＴＶ副腎皮質ステロイド注射、抗血管新生薬、抗補体剤、又はデバイス移植）。スクリーニングから少なくとも３か月前の嚢胞様黄斑浮腫予防のための白内障手術における抗ＶＥＧＦ剤の手術中の単一投与は許容される。
ａ．ＧＡ特性
１．ＦＡＦ造影野を越えて延びるか又は単一又は多巣性病巣基準を満たさない試験眼におけるＧＡ
２．試験眼におけるＧＡに隣接した過剰自発蛍光がないか又は最小（例えば、フォーカルＦＡＦパターン；Holz等 2007）
３．ＡＭＤ以外の原因（例えば、シュタルガルト病、パターンジストロフィー、錐体杆体ジストロフィー、又はクロロキン／ヒドロキシクロロキン毒性）による何れかの眼におけるＧＡ
ｂ．同時の眼の状態
１．試験眼における黄斑を含むＲＰＥ裂孔
２．試験眼における網膜裂孔の病歴
３．治験責任医師の意見では、
（ａ）その状態から生じるかもしれない視力喪失を予防又は治療するために試験期間中に医薬又は外科的処置を必要とするか；又は
（ｂ）治療しないで進行させることが許容されたならば、試験期間中に少なくとも２スネレン等価ラインの喪失の一因となりうる
試験眼における任意の同時の眼又は眼内状態（例えば、白内障又は網膜上膜）。
４．治験薬の使用を禁忌とするか又は試験結果の解釈に影響を及ぼしうるか又は患者に合併症治療の高いリスクを与えうる他の眼又は眼内状態の病歴
５．何れかの眼における活動性ブドウ膜炎及び／又は硝子体炎（グレードトレース以上）（ブドウ膜炎及び硝子体炎とブドウ膜炎及び硝子体炎グレード分類スケールに対する定義を参照）
６．試験眼における現在の硝子体出血
７．試験眼における網膜剥離又は黄斑円孔（ステージ３又は４）の病歴
８．試験眼における無水晶体症又は後嚢の欠如 
（ａ）試験眼における後嚢の過去の破れもまた、それが前の後房レンズ移植との関連でイットリウム・アルミニウム・ガーネット（ＹＡＧ）レーザー後嚢切開術の結果として生じたものでないならば、除外される
９．８ジオプターを越える近視を示している試験眼における等値球面度数の屈折異常
１０．試験眼において前に屈折矯正又は白内障手術を受けた患者では、試験眼における術前屈折異常が８ジオプターの近視を越えていてはいけない
１１．０日目に先立つ３ヶ月以内の試験眼における眼内手術（白内障手術を含む）
１２．試験眼における抑制されていない緑内障（抗緑内障薬での治療にもかかわらずＩＯＰ≧３０ｍｍＨｇと定義）
１３．試験眼における緑内障濾過手術の病歴
１４．試験眼における角膜移植の病歴
１５．何れかの眼における糖尿病性網膜症
１６．何れかの眼における活動期ウェットＡＭＤ又はその病歴
１７．何れかの眼における突発性又は自己免疫関連ブドウ膜炎の病歴
１８．何れかの眼における活動性感染性結膜炎、角膜炎、強膜炎、又は眼内炎
１９．何れかの眼における感染性又は炎症性眼疾患の病歴
ｃ．同時の全身状態
１．血圧のコントロール不良（患者が座っている状態で、収縮期＞１８０ｍｍＨｇ及び／又は拡張期＞１１０ｍｍＨｇとして定義）
（ａ）患者の最初の測定がこれらの値を超えた場合、２回目の読みを３０分以上後でとることができる。患者の血圧が降圧薬によって制御されなければならないなら、その患者は、０日目の前に少なくとも３０日間連続して医薬が服用されているなら、適格性がある。
２．出血に対する臨床的に有意なリスクを伴う場合がある医学的状態
３．治験薬の使用を禁忌とするか又は試験の結果の解釈に影響を及ぼすかもしれないか又は患者に合併症治療の高リスクを強いる疾患又は病態の合理的な疑いを与える、他の疾患の病歴、代謝機能不全、理学的検査所見、又は臨床検査室所見
４．活動性全身性感染症の治療
５．感染リスク増加の素因又は病歴
６．補体因子Ｄ又は第二補体経路活性の既知の欠乏
７．活動性悪性腫瘍又は過去５年以内の悪性腫瘍の病歴（完全に消失した 皮膚基底細胞癌を除く）
８．治療をできない、フルオレセインに対するアレルギーの病歴
９．セントラルリーディングセンターによって解析され等級分類されるのに十分な品質のＦＰ、ＦＡＦ、ＦＡ、ＳＤ−ＯＣＴ、又はＮＩ画像の取得不能
１０．試験又は追跡調査手順の遵守不能
１１．０日目に先立つ３ヶ月以内での治験薬の何らかの研究への過去の参加（ビタミン及びミネラルを除く）
１２．「除外された治療法」セクション（セクション３．４．２を参照）に示された任意の医薬／治療の連続使用の必要性
【０３１８】
３．３  試験治療
３．３．１  治験薬
製剤
ラムパリズマブ製剤は、ＩＴＶ投与が意図された６ｃｃ ＵＳＰ／Ｐｈ．Ｅｕｒ．タイプ１ガラスバイアル中の滅菌され、白色ないしはオフホワイト色の凍結乾燥粉末として提供された。各ガラスバイアルは、名目上４０ｍｇのラムパリズマブを含んでいた。注射用滅菌水（ＳＷＦＩ），ＵＳＰ／Ｐｈ．Ｅｕｒ．での製剤の再構成が必要であった。再構成後、製剤は４０ｍＭのＬ−ヒスチジン塩酸塩、２０ｍＭの塩化ナトリウム、１８０ｍＭのスクロース、０．０４％（ｗ／ｖ）のポリソルベート２０（ｐＨ５．５）中の１００ｍｇ／ｍＬラムパリズマブとして処方された。製剤は保存料を含んでおらず、単回のみの使用に適していた。
【０３１９】
投薬量、投与及び貯蔵
安全性挿入期での投薬：  非盲検で１０ｍｇ用量のラムパリズマブを全ての安全性挿入患者に毎月投与した。試験薬治療の来診は、１０番目の評価可能な患者が３回目の試験薬治療後、９０（±７）日目の来診を完了するまで（そのとき、およそ７日続く投薬裂孔が起こった）、初回注射の日（０日目）に対して３０（±７）日毎に予定した。裂孔の間、複数回投薬の安全性をレビューした。安全性挿入評価でＤＬＣで描出されたように（セクション３．１．２を参照）、ラムパリズマブでの許容可能な複数回用量の安全性及び許容度が示されたので、ランダム化相を開始した。
【０３２０】
裂孔後、安全性挿入患者は、１８ヶ月治療期間の残りについて、ランダム化相の患者と同じ用量で、毎月の試験薬投与を継続し、ランダム化相毎月投薬群と同じ来診頻度と評価に従った。これらの患者は、試験中、最大１８回のラムパリズマブ治療を受けた。投薬は過去の投薬後２２日より早くには繰り返さなかった。欠損用量は補わなかった。
【０３２１】
ランダム化相での投薬：  
安全性挿入評価において決定されたように、所定用量のラムパリズマブを試験薬群の患者に、毎月治療群においては全１８回の注射、隔月治療群では９回の注射として、０日目の来診から開始して毎月又は隔月に投与した。
【０３２２】
シャム注射をシャム群の患者に、毎月治療群においては全１８回の注射、隔月治療群では９回の注射として、０日目の来診から開始して毎月又は隔月に投与した。投薬は過去の投薬後２２日より早くには繰り返さなかった。欠損治療は補わなかった。
【０３２３】
投与：  ラムパリズマブを、その用量の注射用滅菌水ＳＷＦＩ調製物で再構成した。ラムパリズマブのバイアルは単回のみの使用用であった。一人の患者に使用されたバイアルは他の患者には使用しなかった。
【０３２４】
注射前に、患者には、彼等が自分の抗菌剤を毎日４回、３日間、自己投与したことを立証するように求め、注射後３日間、毎日４回、自分の抗菌剤を自己投与するよう指示した。１８月目の来診の前に、継続してＯＬＥ試験に入ることを選択した患者に、ＯＬＥ試験インフォームドコンセント用紙に署名し、指示されたようにプロトコルが特定された抗菌剤を服用するように指示した。これらの患者に対して、ＯＬＥ試験への登録の適格性を、その１８月目の来診時に決定した。ＯＬＥ試験に継続して入る資格がないか又は入らないことを選択した患者は、安全性追跡調査のための試験を継続し、１９月目の来診（隔月治療群）又は２０月目の来診（毎月治療群）を、最終の安全性来診とした。
【０３２５】
貯蔵：  
ラムパリズマブを受け取ったときに、バイアルを使用まで２℃−８℃（３６oＦ−４６oＦ）で冷蔵した。ラムパリズマブバイアルは、製造者が提供した有効期限を越えては使用しなかった。ラムパリズマブ製剤には保存料が使用されていなかったので、バイアルは単回だけの使用を意図したものであった。バイアルの内容物は凍結又は振盪せず、直射日光から保護した。用量調製（再構成）後２時間以内に、ラムパリズマブを投与した；調製用量は、投与前、室温で維持されてもよい。
【０３２６】
３．４  他の治療
３．４．１  併用治療法
併用医薬は、０日目から前の７日以内から患者の試験参加の決定又は早期の終了来診まで患者によって使用されるプロトコル特定手順の医薬以外の任意の処方薬又は市販薬（例えば、散瞳薬又はフルオレセイン色素）及び注射前及び注射後医薬（例えば、プロパラカイン又は抗菌剤）であった。
【０３２７】
他の維持療法を使用した患者はその使用を継続した。除外された医薬を使用することが必要な患者は試験における登録には適格ではなかった。全ての併用医薬は治験責任医師に報告され、適切なｅＣＲＦに記録された。
【０３２８】
患者の試験参加中の試験眼における緑内障の発症は、臨床的に指示されたように治療された。
【０３２９】
試験参加中に何れかの眼に軽度の非増殖性糖尿病性網膜症（例えば、偶然の出血又は毛細血管瘤）を発症した患者は、メディカルモニターでの診察後、試験治療を継続することを許された。
【０３３０】
患者の試験参加中の何れかの眼における白内障又は後嚢部混濁の発症は、臨床的に指示されたように治療された。白内障手術又はＹＡＧレーザー治療では、線量保持基準が適用された。
【０３３１】
患者の試験参加中に何れかの眼に新しく発症したＣＮＶのレーザー光血液凝固治療は、ＣＮＶが、リーディングセンターによって決定されたＧＡ病巣から十分に遠く、単回のレーザー治療で消散する可能性があり、メディカルモニターによって承認されたときに、許可された。レーザー光血液凝固治療では、線量保持基準が適用された。
【０３３２】
３．４．２  除外される治療法
治験責任医師の裁量で、患者は、他の病態のために投与される医薬及び標準的治療を継続して受けることが許された。しかしながら、次の医薬／治療は、試験への患者の参加中、使用することを禁止された：
１．全身性抗ＶＥＧＦ剤
２．何れかの眼におけるＩＴＶ抗ＶＥＧＦ剤
３．何れかの眼におけるＩＴＶ、テノン嚢下、又は外用（点眼）副腎皮質ステロイド（白内障手術後の外用副腎皮質ステロイドの短期間の使用は認められる）
４．＞１０ｍｇ／日の用量での経口副腎皮質ステロイド（プレドニゾン又は等価物）
５．関節内又は筋肉内副腎皮質ステロイドはメディカルモニターとの相談後に限られた形で使用されてもよい
６．静脈内副腎皮質ステロイド
７．全身性又はＩＶ免疫調節療法（例えば、アザチオプリン、メトトレキセート、ミコフェノール酸モフェチル、シクロスポリン、シクロホスファミド、抗ＴＮＦ、エクリズマブ）
８．何れかの眼におけるビスダイン（登録商標）での治療
他の実験的治療法（ビタミン及びミネラルでのものを除く）
【０３３３】
３．５  試験評価
３．５．１  試験評価の定義
試験評価を以下に詳細に記載し、様々な試験来診時に行った。
【０３３４】
安全性挿入相に登録された患者はおよそ２９回の来診を行い、ランダム化相に登録された患者は試験中２２回までの試験来診（スクリーニング来診を除く）を行った。１８月目にＯＬＥ試験に継続して入った患者を除いて、時期尚早に（隔月治療群では１９月目の来診前、毎月治療群では２０月目の来診前）Ｄ因子試験を中止した任意の患者は、その最後の試験治療の３０日（±７）後に早期終了（ＥＴ）来診を完了した。
【０３３５】
試験治療の来診は、０日目の来診に対して３０（±７）日毎に予定された。
【０３３６】
常套的な血液検査、血液生化学検査、血液凝固、尿検査、及び補体評価（ＣＨ５０及びＡＨ５０）が中央検査室によって評価された。他の検体評価はジェネンテックで実施された（ＰＫ、抗ラムパリズマブ抗体、房水、及びジェノタイピング）。
【０３３７】
ａ．患者が報告するアウトカム
ＮＥＩ ＶＦＱ−２５質問紙を、現場人員（ＶＡ審査員以外）が、患者がその来診に対して何れか他の試験手順を完了する前に与えた
【０３３８】
ＦＲＩＩ質問紙を、現場人員（ＶＡ審査員以外）が、患者がその来診に対する何れか他の試験手順を完了する前に（ランダム化相に登録され、英語を読む患者のために）与えた。
【０３３９】
ｂ．眼の評価
４メートルの開始距離でＥＴＤＲＳチャートでのＢＣＶＡ（散瞳前に実施）
【０３４０】
Ｐｅｌｌｉ−Ｒｏｂｓｏｎチャートで正確に読まれた文字数によって測定されるコントラスト感度；散瞳前に実施
【０３４１】
ＳＳＴリーディングスピード評価；英語を読む患者に対して散瞳前に実施
【０３４２】
ＭＮＲｅａｄ両眼リーディングスピード評価（ランダム化相に登録され、英語を読む患者のため；散瞳前に前注射を実施）
【０３４３】
ＩＯＰ測定（散瞳前に実施；患者に対して使用される方法は試験を通じて一貫していた）  
【０３４４】
スリットランプ検査（細胞のグレード分類スケールのため）
【０３４５】
拡大両眼高倍率眼底検査
【０３４６】
試験眼のみに対して注射後１５分以内に医師によって実施される指数え検査、又は手の動き又は光覚の検査
【０３４７】
両眼に対して注射前と試験眼のみに対して注射後６０（±１０）分にＩＯＰ測定；ＩＯＰが注射前から≧１０ｍｍＨｇ増加したならば、注射後１２０（±１０）分に再び測定される；患者に対して使用される方法は試験を通じて一貫していた。
【０３４８】
ｃ．眼の造影
セントラルリーディングセンターが、特定の試験眼画像のための試験マニュアル及び訓練資料を現場に提供した。何らかの試験画像が得られる前に、現場人員、検査画像、システム及びソフトウェア（該当する場合）が、試験マニュアルで特定されたようにリーディングセンターによって認証／検証された。全ての眼の画像は、試験現場の訓練された現場人員によって取得され、独立した解析及び／又は貯蔵のためセントラルリーディングセンターに提出された。
【０３４９】
得られた眼の画像は次のものを含んでいた：
・両眼の立体的デジタル化カラー眼底写真
・両眼の蛍光眼底造影（検査室試料が得られた後に実施）
・両眼のＦＡＦ、ＮＩ、及びＳＤ−ＯＣＴ画像
【０３５０】
これらの画像の取得に関する更なる詳細は、セントラルリーディングセンターマニュアル中に含まれていた。
【０３５１】
ｄ．検査室評価
予定された来診時、検体が試験眼治療及びＦＡ評価（該当する場合）の前に採取された。検体採取前に絶食は必要とされなかった。全ての検体は加工のために中央検査室に送られた。中央検査室は解析を実施するか又は解析のためにジェネンテックに送った。全ての検体を取得し、加工し、保存し、輸送するための説明は、検査室マニュアルに提供されていた。ラボ供給キットは中央検査室によって現場に提供された。
【０３５２】
次の評価が実施された：
１．血液学：ヘモグロビン、ヘマトクリット、定量的血小板数、赤血球（ＲＢＣ）、白血球（ＷＢＣ）、並びに好中球、バンド、リンパ球、好塩基球、好酸球、及び単球を含む分画（絶対値及びパーセント）
２．血液生化学検査：ナトリウム、カリウム、塩素イオン、炭酸水素、グルコース、血中尿素窒素（ＢＵＮ）、クレアチニン、カルシウム、リン、総及び直接ビリルビン、総タンパク質量、アルブミン、ＡＳＴ、ＡＬＴ、乳酸デヒドロゲナーゼ（ＬＤＨ）、アルカリホスファターゼ、及び尿酸
３．尿検査：比重、ｐＨ、血液、タンパク質、ケトン、グルコース、ビリルビン、ウロビリノーゲン、鏡検（グルコース及びケトン以外の前の尿検査値の何れかが異常な場合）
４．凝固：ａＰＴＴ及びＰＴ５。
５．血清妊娠検査（β−ヒト絨毛性ゴナドトロピン）：卵管結紮を行った者を含む出産可能性のある女性に対して。陽性ならば、試験薬は投与されない。
６．補体評価：ＡＨ５０及びＣＨ５０
７．ＰＫアッセイ：
（ａ）血清試料を得て、ラムパリズマブ濃度を測定した
（ｂ）血清試料を抗ラムパリズマブ抗体の測定のために得た
（ｃ）前房（房水）穿刺試料を採取してＰＫとＰＤの関係を評価した
【０３５３】
ｅ．臨床ジェノタイピング試料
単一の全血試料を、試験中、遺伝子マーカー解析のために患者から採取した。この試料の採取は、試験のランダム化相に登録され、規制によって禁止されているアラスカ及びオレゴンに位置する試験センターと、遺伝子マーカー解析のための試料採取を警察が禁止している場所にある試験センターを除いて、合衆国に在住する全患者に対して必要とされた。遺伝子マーカー試料を使用して、ＡＭＤに関連した遺伝子多型、ベースライン疾患特性、及びラムパリズマブ投与に対する応答の間の関係を評価した。
【０３５４】
ｆ．アッセイ法
ＥＬＩＳＡ法を使用して血清中の薬剤濃度を決定した。ブリッジングＥＬＩＳＡを使用して血清中の抗治療抗体（ＡＴＡ）を検出した。
【０３５５】
３．５．２  安全性挿入期：  治療中の評価
セントラルリーディングセンターでの選択画像（スクリーニング来診時に得られたＦＡＦ、ＮＩ、ＦＰ、ＦＡ、及びＳＤ−ＯＣＴ）の受領及び評価を含む、スクリーニング及び０日目（最初の試験薬が投与される日）双方の来診時に患者が全ての適格性基準を満たした場合、ＩＷＲＳが０日目に患者に識別番号（患者のスクリーニング番号とは異なる番号）及び薬剤キットが割り当てられた。患者の薬剤キットの割り当ては、治療前評価後で０日目の試験治療投与前になされた。
【０３５６】
ａ．０日目
０日目はラムパリズマブの初回注射の日であった。０日目に次の評価を実施した：
１．ＮＥＩ ＶＦＱ−２５質問紙を、現場人員（ＶＡ審査員以外）が、患者が何れか他の試験手順を完了する前に与えた
２．バイタルサイン（血圧、呼吸、脈拍、及び体温；前注射を実施）
３．眼の評価
（ｉ）４メートルの開始距離でＢＣＶＡ検査（散瞳前に前注射を実施）
（ｉｉ）Ｐｅｌｌｉ−Ｒｏｂｓｏｎチャートで正確に読まれた文字数によって測定されるコントラスト感度（散瞳前に前注射を実施）
（ｉｉｉ）ＳＳＴリーディングスピード評価（散瞳前に前注射を実施）
（ｉｖ）ＩＯＰ測定（散瞳前に両眼に前注射を受け入れる；患者に対して使用される方法は試験を通じて一貫していなければならない）
（ｖ）スリットランプ検査（前注射を実施）
（ｖｉ）拡大両眼高倍率眼底検査（前注射を実施）
４．組み入れ及び除外基準のレビュー
５．治療開始前に患者の識別番号及び試験薬キット割り当てのためにＩＷＲＳに接触
６．試験薬の再構成 (Ｐｈａｒｍａｃｙ Ｂｉｎｄｅｒを参照)
７．試験眼におけるラムパリズマブ注射の投与
（ａ）注射前に、確実に患者が３日間、毎日４回、抗菌剤を自己投与するようにし、注射後に３日間、毎日４回、再び抗菌剤を自己投与するよう患者に指示する
８．注射後の眼の評価
（ａ）試験眼のみに対して注射後１５分以内に医師によって実施される指数え検査と続く手の動き又は光覚の検査（必要な場合）
（ｂ）試験眼のみに対して注射後６０（±１０）分でのＩＯＰ測定；患者に対して使用される方法は試験を通じて一貫していなければならない
９．臨床評価
（ａ）全ての有害事象のモニタリング及び記録
（ｂ）０日目の前の７日以内に患者によって使用される併用医薬の記録
（ｃ）同時の眼の手術の記録
【０３５７】
ｂ．１日目及び７日目の安全性評価来診
安全性挿入患者は、裂孔の始まりまで各試験薬での治療後、１（±０）日目及び７（±２）日目に安全性評価のためクリニックで会われた。次の評価が実施された：
１．臨床評価
（ａ）バイタルサイン（血圧、呼吸、脈拍、及び体温）
（ｂ）併用医薬の記録
（ｃ）同時の眼の手術の記録
（ｄ）全ての有害事象のモニタリング及び記録
２．眼の評価
（ａ）４メートルの開始検査距離でＢＣＶＡ検査（散瞳前に実施）。注意：指数え検査と、必要ならば、続く手の動き及び光覚検査を実施
（ｂ）ＩＯＰ測定（両眼に対して得る；患者に対して使用される方法は試験を通じて一貫していなければならない）
（ｃ）スリットランプ検査（前注射を実施）
（ｄ）拡大両眼高倍率眼底検査（前注射を実施）
３．初回の試験薬治療だけの後の１日目及び７日目の来診時におけるラムパリズマブ濃度測定のための血清試料収集
４．初回の試験薬治療だけの後の１日目の来診時における遺伝子マーカー解析のための全血試料
【０３５８】
ｃ．安全性Ｘ月目
安全性挿入患者は、裂孔の始まりまで、０日目に対して３０（±７）日毎に予定された試験薬治療来診を行った。次の評価が実施された：
１．バイタルサイン（血圧、呼吸、脈拍、及び体温）
２．眼の評価
（ａ）４メートルの開始距離でＢＣＶＡ検査（散瞳前に実施）
（ｂ）ＩＯＰ測定（拡大前に両眼に対して得る；患者に対して使用される方法は試験を通じて一貫していなければならない）
（ｃ）スリットランプ検査拡大両眼高倍率眼底検査
３．眼の造影
（ａ）両眼に対するＳＤ−ＯＣＴ
４．治療開始前に試験薬キット割り当てのためにＩＷＲＳに接触
５．試験薬の再構成 (Ｐｈａｒｍａｃｙ Ｂｉｎｄｅｒを参照)
６．試験眼におけるラムパリズマブ注射の投与
（ａ）注射前に、確実に患者が３日間、毎日４回、抗菌剤を自己投与するようにし、注射後に３日間、毎日４回、再び抗菌剤を自己投与するよう患者に指示する
７．注射後の眼の評価
（ａ）試験眼のみに対して注射後１５分以内に医師によって実施される指数え検査と続く手の動き又は光覚の検査（適用可能な場合）
（ｂ）試験眼のみに対して注射後６０（±１０）分にＩＯＰ測定（患者に対して使用される方法は試験を通じて一貫していなければならない）
８．臨床評価
（ａ）全ての有害事象のモニタリング及び記録
（ｂ）併用医薬の記録
（ｃ）同時の眼の手術の記録
９．裂孔の始まりまで各試験治療来診時に収集される研究室試料収集：
（ａ）血清試料がラムパリズマブ濃度を測定するために得られる
（ｂ）血清試料が抗ラムパリズマブ抗体の測定のために得られる
（ｃ）補体ＡＨ５０及びＣＨ５０
（ｄ）血液検査
（ｅ）血液生化学検査
（ｆ）凝固：ａＰＴＴ及びＰＴ
（ｇ）尿検査
【０３５９】
３．５．３  ランダム化相：治療中の評価
セントラルリーディングセンターでの選択画像（スクリーニング来診時に得られたＦＡＦ、ＮＩ、ＦＰ、ＦＡ、及びＳＤ−ＯＣＴ）の受領及び評価を含む、スクリーニング及び０日目（試験薬が投与される最初の日）双方の来診時に患者が全ての適格性基準を満たした場合、ＩＷＲＳが０日目に患者に識別番号（患者のスクリーニング番号とは異なる番号）及び薬剤キットが割り当てられた。患者の薬剤キットの割り当ては、治療前評価後で０日目の試験治療投与前になされた。
【０３６０】
ａ．０日目
０日目は初回の試験治療注射の日であった。０日目に次の評価を実施した：
１．ＮＥＩ ＶＦＱ−２５質問紙を、現場人員（ＶＡ審査員以外）が、患者が何れか他の試験手順を完了する前に与えた。ＦＲＩＩ質問紙を、現場人員（ＶＡ審査員以外）が、患者がその来診に対する何れか他の試験手順を完了する前に（ランダム化相に登録され、英語を読む患者のために）与えた。
２．バイタルサイン（血圧、呼吸、脈拍、及び体温；前注射を実施）
３．眼の評価
（ａ）４メートルの開始距離でＢＣＶＡ検査（散瞳前に前注射を実施）
（ｂ）Ｐｅｌｌｉ−Ｒｏｂｓｏｎチャートで正確に読まれた文字数によって測定されるコントラスト感度（散瞳前に前注射を実施）
（ｃ）ＳＳＴリーディングスピード評価（散瞳前に前注射を実施）
（ｄ）ＭＮＲｅａｄ両眼リーディングスピード評価（ランダム化相に登録され、英語を読む患者のために）；散瞳前に前注射を実施）
（ｅ）ＩＯＰ測定（散瞳前に両眼に前注射を受け入れる；患者に対して使用される方法は試験を通じて一貫していなければならない）
（ｆ）スリットランプ検査（前注射を実施）
（ｇ）拡大両眼高倍率眼底検査（前注射を実施）
４．組み入れ及び除外基準のレビュー
５．治療開始前に患者のランダム化識別番号及び試験治療キット割り当てのためにＩＷＲＳに接触
６．該当する場合、試験薬の再構成
７．試験眼における試験治療注射の投与（ランダム化につき薬剤又はシャム）
（ａ）注射前に、患者が処方通りに抗菌剤を確実に自己投与し、注射後に３日間、毎日４回、再び抗菌剤を自己投与するよう患者に指示する
８．注射後の眼の評価
（ａ）試験眼のみに対して注射後１５分以内に医師によって実施される指数え検査と続く手の動き又は光覚の検査（必要な場合）
（ｂ）試験眼のみに対して注射後６０（±１０）分でＩＯＰ測定；患者に対して使用される方法は試験を通じて一貫していなければならない
９．臨床評価
（ａ）全ての有害事象のモニタリング及び記録
（ｂ）０日目の前の７日以内に患者によって使用される併用医薬の記録
（ｃ）同時の眼の手術の記録
ｂ．７日目の来診
１．臨床評価
（ａ）バイタルサイン（血圧、体温、呼吸、及び脈拍）
（ｂ）併用医薬の記録
（ｃ）同時の眼の手術の記録
（ｄ）同時の眼の手術のモニタリング
２．眼の評価
（ａ）４メートルの開始距離でＥＴＤＲＳでのＢＣＶＡ（散瞳前に実施）
（ｂ）ＩＯＰ測定（散瞳前に実施；患者に対して使用される方法は試験を通じて一貫していなければならない）
（ｃ）スリットランプ検査
（ｄ）拡大両眼高倍率眼底検査
３．試料収集
（ａ）ラムパリズマブ濃度のための血清ＰＫ試料
【０３６１】
ｃ．１月目から１８月目の来診
１８月目はＯＬＥ試験の資格があり該試験を継続するように選択された患者に対する最終の試験来診であった。１８月目の来診前に、これらの患者はＯＬＥインフォームドコンセント用紙に署名するように求められ、プロトコルが特定された抗菌剤をとるように指示された。ＯＬＥ試験への登録の適格性が１８月目の来診時に決定された。
１．６月目、１２月目、及び１８月目の来診時に、ＮＥＩ ＶＦＱ−２５質問紙を、現場人員（ＶＡ審査員以外）が、患者が何れか他の試験手順を完了する前に与えた。
２．６月目、１２月目、及び１８月目の来診時に、ＦＲＩＩ質問紙を、現場人員（ＶＡ審査員以外）が、患者がその来診に対する何れか他の試験手順を完了する前に（ランダム化相に登録され、英語を読む患者のために）与えた。
３．バイタルサイン（血圧、呼吸、脈拍、及び体温；前注射を実施）
４．１２月目及び１８月目の来診時に理学的検査
５．眼の評価
（ａ）４メートルの開始距離でＢＣＶＡ検査（散瞳前に前注射を実施）
（ｂ）Ｐｅｌｌｉ−Ｒｏｂｓｏｎチャートで正確に読まれた文字数によって測定される６月目、１２月目、及び１８月目の来診時におけるコントラスト感度（散瞳前に前注射を実施）
（ｃ）６月目、１２月目、及び１８月目の来診時におけるＳＳＴリーディングスピード評価（散瞳前に前注射を実施）
（ｄ）６月目、１２月目、及び１８月目の来診時における（ランダム化相に登録され、英語を読む患者のための）ＭＮＲｅａｄ両眼リーディングスピード評価；（散瞳前に前注射を実施）
（ｅ）ＩＯＰ測定（散瞳前に両眼に前注射を受け入れる；患者に対して使用される方法は試験を通じて一貫していなければならない）
（ｆ）スリットランプ検査（前注射を実施）
（ｇ）拡大両眼高倍率眼底検査（前注射を実施）
６．眼の造影（セントラルリーディングセンターへの画像の提出）
（ａ）６月目、１２月目、及び１８月目の来診時における両眼に対するＦＡＦ及びＮＩ
（ｂ）６月目、１２月目、及び１８月目の来診時における両眼の眼底写真
（ｃ）１月目に始まり１２月目の来診まで毎月続く両眼のＳＤ−ＯＣＴ画像；続いて、画像は１５月目と１８月目の来診時のみ撮られる
（ｄ）６月目、１２月目、及び１８月目の来診時における蛍光眼底造影検査
７．試験治療投与：
（ａ）毎月治療群：１月目から１７月目に来診
（ｂ）隔月治療群：２、４、６、８、１０、１２、１４、及び１６月目に来診
（ｃ）治療開始前に患者の試験治療キットの割り当てについてＩＷＲＳに接触（該当する場合）
（ｄ）試験薬の再構成（詳細はＰｈａｒｍａｃｙ Ｂｉｎｄｅｒを参照）
８．試験眼における試験治療注射（ランダム化につき薬剤又はシャム）の投与
（ａ）注射前に、患者が処方された通りに自身の抗菌剤を自己投与したことを確認し、注射後に３日間、毎日４回、再び抗菌剤を自己投与するよう患者に指示する。１８月目の来診の前に、継続してＯＬＥ試験に入るように選択される患者に、ＯＬＥ試験インフォームドコンセント用紙に署名し、指示されたようにプロトコルが特定された抗菌剤を服用するように求めた。
９．注射後の眼の評価
（ａ）試験眼のみに対して注射後１５分以内に医師によって実施される指数え検査と、続く手の動き又は光覚の検査（必要に応じて）
（ｂ）試験眼のみに対して注射後６０（±１０）分にＩＯＰ測定；患者に対して使用される方法は試験を通じて一貫していなければならない
１０．臨床評価
（ａ）全ての有害事象のモニタリング及び記録
（ｂ）併用医薬の記録
（ｃ）同時の眼の手術の記録
１１．中央検査室評価
（ａ）中央検査室評価はＦＡ評価の前に実施されることになる；患者は検体採取前に絶食する必要はない。
（ｂ）６月目、１２月目、及び１８月目の来診時における血液学、血液生化学検査、血液凝固：ａＰＴＴ及びＰＴ、血液生化学検査、尿検査
（ｃ）１２月目及び１８月目の来診時における血清妊娠検査
（ｄ）１、２、３、６、９、１２、１５、及び１８月目の来診時における血清ラムパリズマブ濃度
（ｅ）１、２、３、６、９、１２、１５、及び１８月目の来診時における血清抗ラムパリズマブ抗体
（ｆ）補体評価：３、６、９、１２、１５、及び１８月目のＡＨ５０及びＣＨ５０
（ｇ）１月目の来診時に遺伝子マーカーのために全血試料を採取
（ｈ）ＰＫとＰＤの関係を評価するために０月目、６月目、及び１２月目の来診時に現場で前房（房水）穿刺試料を採取する
１２．検査室検査の完全なリストについては、検査室マニュアルを参照。
１３．初回の治療来診に引き続いて、試験薬又はシャムで治療された患者は、有害事象を求めるために各治療来診の７（±２）日後に電話を受けた。
【０３６２】
ｄ．１９月目及び２０月目又は早期終了の来診
１９月目（隔月治療群）及び２０月目（毎月治療群）の安全性来診を、適格性がなかったか又はＯＬＥ試験に継続して入らないことを選択したＤ因子試験患者に対してのみ実施した。
【０３６３】
次の評価を、特に別段の記載がない場合には、１９月目、２０月目、及び早期終了の来診時に実施した：
１．早期終了の来診時にのみ、ＮＥＩ ＶＦＱ−２５質問紙を、現場人員（ＶＡ審査員以外）が、患者が何れか他の試験手順を完了する前に与えた。
２．早期終了の来診時にのみ、ＦＲＩＩ質問紙を、現場人員（ＶＡ審査員以外）が、患者がその来診に対する何れか他の試験手順を完了する前に（ランダム化相に登録され、英語を読む患者のために）与えた。
３．臨床評価
（ａ）バイタルサイン（血圧、呼吸、脈拍、及び体温）
（ｂ）理学的検査：早期終了の来診時にのみ実施
（ｃ）全ての有害事象のモニタリング及び記録
（ｄ）併用医薬の記録
（ｅ）同時の眼の手術の記録
４．眼の評価
（ａ）４メートルの開始距離でＢＣＶＡ検査
（ｂ）早期終了来診時のみでのコントラスト感度；Ｐｅｌｌｉ−Ｒｏｂｓｏｎチャートで正確に読まれた文字数によって測定される（散瞳前に前注射を実施）
（ｃ）早期終了来診時のみでのＳＳＴリーディングスピード評価（散瞳前に実施）
（ｄ）早期終了来診時のみでのＭＮＲｅａｄ両眼リーディングスピード評価（ランダム化相に登録され、英語を読む患者に対して）（散瞳前に実施）
（ｅ）ＩＯＰ測定；患者に対して使用される方法は試験を通じて一貫していた）
（ｆ）スリットランプ検査（フレア／細胞のグレード分類スケールのため）
（ｇ）拡大両眼高倍率眼底検査
５．中央検査室の評価が早期終了来診時にのみ実施された
（ａ）中央検査室評価をＦＡ評価の前に実施した；患者は検体採取前に絶食する必要があった。
（ｂ）血液学
（ｃ）血液生化学検査
（ｄ）凝固：ａＰＴＴ及びＰＴ
（ｅ）尿検査
（ｆ）血清妊娠検査
（ｇ）血清ラムパリズマブ濃度
（ｈ）血清抗ラムパリズマブ抗体
（ｉ）補体評価：ＡＨ５０及びＣＨ５０
【０３６４】
３．５．４  試験完了／早期終了の来診
患者が試験眼において眼痛、視力低下、普通でない発赤、又は任意の他の新しい眼の症状を経験した場合、治験責任医師は、患者が安全性評価のためにクリニックに戻るべきかどうかを決定した。来診が必要とされた場合、評価が実施された。
【０３６５】
３．６  アッセイ法
ＥＬＩＳＡ法を使用して血清中の薬剤濃度を決定した。ブリッジングＥＬＩＳＡを使用して血清中のＡＴＡが検出される。
【０３６６】
３．７  統計的方法
全患者が治療及び安全性追跡調査期間を完了し又は中止したとき、データベースをクリーンにし、ロックした。患者と患者の視力のスコア付けをしている試験人員のみが治療割り当てを隠された。試験中に二つの解析が計画された：１）ランダム化相の全患者が１８ヶ月の治療期間を完了した後の主要解析；及び２）ＯＬＥ試験に参加せず、Ｄ因子安全性追跡調査期間を完了した患者に対して２０月目に実施された最終解析。
【０３６７】
効果の解析は、少なくとも一の用量の治療を受け、少なくとも一のベースライン後の主要効果測定がなされた全てのランダム化患者として定義された、修正ｉｎｔｅｎｔ−ｔｏ−ｔｒｅａｔ集団に基づいた。効果の解析では、患者を、ランダム化に割り当てられた治療に従ってグループ分けした。
【０３６８】
安全性の解析は、少なくとも一の用量の治療を受ける全患者に基づいた。患者は受けた治療に従ってグループ分けした。
【０３６９】
全統計的検定は、０．２の第一種過誤率を持つ両側検定であった。推定治療効果の臨床的有意さを理解し、フォーマル仮説検定の解釈に役立つように、両側８０％信頼区間を提供した。
【０３７０】
記述要約は、平均、標準偏差、中央値、及び連続変数の範囲及びカウント及びカテゴリー変数に対するパーセントを含めた。全ての解析、要約、及びリスティングはＳＡＳソフトウェア（バージョン９．１又はそれ以上）を使用して実施した。詳細な統計的方法はデータ解析計画（ＤＡＰ）において概説した。
【０３７１】
３．７．１  治療群の相互比較性の解析
人口統計及びベースライン特性−例えば、年齢、性別、人種、全病巣サイズ、及びベースラインＶＡスコア−を、記述統計学を使用して、治療群毎に全ランダム化患者に対してまとめた。
【０３７２】
３．７．２  効果解析
ａ．主要効果エンドポイント
主要効果エンドポイントは、ＦＡＦによって測定される１８月でのベースラインからの平均ＧＡ面積発達率変化であった；主要効果エンドポイントは１８月に分析した。層化ＡＮＯＶＡを、層化変数としてベースライン病巣サイズを用いて主要分析に使用した。治療効果サイズに対する信頼区間を、各治療群に対する記述要約統計量と共に、提供した。
【０３７３】
ｂ．副次的効果エンドポイント
主要エンドポイントに対するものと同様の分析法を次の副次的エンドポイントに対して使用した：
１．デジタル化立体カラー眼底写真による１８ヶ月でのベースラインからのＧＡ面積のＤ平均発達率
２．ＥＴＤＲＳシステムを使用する１８ヶ月でのＢＣＶＡのベースラインからの平均変化
【０３７４】
３．８  薬物動態及び薬力学分析
Ｒ個体及び平均血清中ラムパリズマブ濃度−時間データを表にし、用量レベルによってプロットした。ラムパリズマブの血清薬物動態を、用量間隔間の暴露（ＡＵＣ）、最高実測血清中濃度（Ｃｍａｘ）、及び定常状態到達時間及び蓄積率のパラメーター推定値によってまとめた。これらのパラメーターに対する推定値を表にして記述統計学によって概要をまとめた。前房（房水）穿刺試料を集めてＰＫとＰＤの関係を評価した。更なるＰＫ、ＰＤ、及びバイオマーカー調査を実施した。
【０３７５】
３．９  欠測データの処理
欠測データを最小にするためにあらゆる努力をした。主要効果解析では、修正ＩＴＴ集団の全患者を分析に含めた。１８月での主要効果項目が欠けているならば、１８月前の最後の観測値を使用してデータ補完した。適切と思われるならば、更なるインピュテーション法を応用して結果を更に特徴付けた。欠測データ処理法の詳細はＤＡＰに記載した。
【０３７６】
実施例２：効果の分析
実施例１に記載されたような、ラムパリズマブのＩＶＴ投与対シャム注射を受けた患者からの１８ヶ月での治療効果を、以下の図３−７に記載する。図３−７は、１８月目におけるベースラインからのＧＡ面積（ｍｍ２）の平均変化を測定することによる治療効果を示す。
【０３７７】
図３Ａ及び３Ｂは、参加希望者全員の集団でのＭＡＨＡＬＯ第ＩＩ相試験に対する一次データベースロック後の予備的な効果の結果を示す。試験は、眼底自発蛍光（ＦＡＦ）によって測定される１８ヶ月でのＧＡ面積におけるベースラインからの平均変化のその主要エンドポイントを達成し、ラムパリズマブの毎月投与群においてカラー眼底写真（ＣＦＰ）によって評価される１８ヶ月でのＧＡ面積におけるベースラインからの平均変化のその二次エンドポイントを達成した。ＧＡ面積発達の進行の遅延化におけるポジティブな治療効果が、６ヶ月で始まり１８ヶ月まで延びる毎月投与群において観察された。ＬＯＣＦデータでの未調整平均に基づいて、ラムパリズマブ毎月投与群は、統合シャム群に対して、ＧＡ面積発達の進行が２３．１％減少した（図３Ａ）。層化分散分析（Henry Scheffe. 1.2章 “Mathematical Models” The Analysis of Variance, New York: John Wiley & Sons, Inc., 1999, p. 4-7）からの最小二乗平均に基づいて、ＬＯＣＦデータを用いて＜４ＤＡ対＞４ＤＡでベースラインの病巣サイズカテゴリーによって層化して、ラムパリズマブ毎月投与群が、統合シャム群に対して、ＧＡ面積発達の進行が２０．４％減少した（図３Ｂ）。該結果は、１８ヶ月の試験治療期間にわたってのＧＡ面積発達の低減に対する毎月投与のラムパリズマブの臨床的に意味があり統計的に有意な効果を証明している。「統合シャム」は、シャムを毎月又はシャムを隔月に受ける対照治療群を意味する。「ａｆＤ１ｍ」は、ラムパリズマブを毎月受ける治療群を意味する。「ａｆＤ２ｍ」は、ラムパリズマブを隔月に受ける治療群を意味する。ＬＯＣＦ法は、欠測データのインピュテーションに使用されるｌａｓｔ−ｏｂｓｅｒｖａｔｉｏｎ−ｃａｒｒｉｅｄ−ｆｏｒｗａｒｄ法を意味する
【０３７８】
図７は、シャム及びラムパリズマブ毎月治療群において、ＣＦＩリスクアレルを持たないでＣＦＨ及びＣ２／ＣＦＢリスクアレルを保有する患者と比較して、ＣＦＨ、Ｃ２／ＣＦＢ及びＣＦＩリスクアレルを保有する患者においてＦＡＦによるＧＡ面積のベースラインからのＤＤＡＦ変化の最小二乗平均をまとめている。この図におけるデータは、連続変数及びベースラインにおける病巣カテゴリー（＜４ＤＡかつ＞＝４ＤＡ）としてベースラインにおいて病巣サイズについて調整される。治療効果と減少率は、主要効果時点である１８月で計算される。１８月における絶対的治療効果は、４４％の減少率に相当する１．８３７ｍｍ２であった。対照的に、ＣＦＩリスクアレルを持たないラムパリズマブ治療患者において治療効果は観察されなかった。更に、ＣＦＩリスクアレルを有する患者は、シャム対照群対ＣＦＩリスクアレルを持たないシャム群においてより速い進行を示した。
【０３７９】
上記知見は、ＣＦＩバイオマーカーが、ＡＭＤ進行に対する予後とラムパリズマブに対する治療応答の予測をするものであることを示唆している。
【０３８０】
実施例３：ジェノタイピング解析結果
抗Ｄ因子試験への参加者（ｎ＝９３）を、Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｏｍｎｉ ２．５Ｍ ＳＮＰチップを使用してジェノタイピングした。ジェノタイピングでは、単一の全血試料を各患者から集めた。ゲノムＤＮＡを各試料から抽出し、Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｏｍｎｉ ２．５Ｍ ＳＮＰチップ（Oliphant等, Biotechniques, Suppl: 56-8, 60-1 (2002)）を使用して解析した。我々はゲノムワイドデータに対して次の品質制御方策を適用して、次のように、＞５％欠損ＳＮＰの試料（ｎ＝４４１８０）、＞５％欠損ＳＮＰの試料（ｎ＝０）、マイナーアレル頻度＜０．１、Ｈａｒｄｙ−Ｗｅｉｎｂｅｒｇ平衡＜１ｅ−８（ｎ＝１６７８）のＳＮＰ（ｎ＝８３１５９０）、重複／関連した試料（ｎ＝０）、適切な染色体にマッピングしていないＳＮＰ（ｎ＝３６２４）、ｒｓアイデンティファイアーのないＳＮＰ（ｎ＝５６３３３）を除去した。これは品質制御方策後、全部で１４４２４５０のＳＮＰを残した。
【０３８１】
１４４２４５０のＳＮＰのこのセットから、我々は、Ｆｒｉｔｓｃｈｅ等の原稿（Nature Genetics, 45(4): 435-441 (2013)）からの４つのインデックスＳＮＰ（ｒｓ１０７３７６８０（ＣＦＨ）；ｒｓ４２９６０８（Ｃ２／ＣＦＢ）；ｒｓ２２３０１９９（Ｃ３）；ｒｓ４６９８７７５（ＣＦＩ））（あるいは加齢黄斑変性のリスクに関連した５つの遺伝子（ＣＦＨ、Ｃ２、ＣＦＢ、Ｃ３及びＣＦＩ）に関連したサロゲートＳＮＰ（原稿において同定されたインデックスＳＮＰが我々のデータベースになかったならば、ｒ２＞０．８）を選択した。サロゲートＳＮＰはｒｓ１３２９４２８（ＣＦＨ）及びｒｓ１７４４００７７（ＣＦＩ）であった。Ｃ２及びＣＦＢは染色体上に互いに近接して位置し、よって双方ともｒｓ４２９６０８ＳＮＰによってタグ付けされており、該リスク座はここではＣ２及びＣＦＢ遺伝子の双方を含む「Ｃ２／ＣＦＢリスク座」と称される。Ｃ２／ＣＦＢ座位は、ｒｓ４２９６０８によってタグ付けされ、加齢黄斑変性のリスクと関連している。この試験におけるサンプルサイズは限られているので、我々は各ＳＮＰに対する個体を「リスクアレル保有者」（リスクアレルに対してヘテロ接合性又はホモ接合性）又は「非リスクアレル保有者」（非リスクアレルに対してホモ接合性）として分類した。全てのＳＮＰ（ｒｓ１３２９４２８、ｒｓ１７４４００７７、ｒｓ４２９６０８及びｒｓ２２３０１９９）に対して、リスクアレルは我々のデータセットにおいてグアニン（Ｇ）であった。ここで使用される「インデックスＳＮＰ」は与えられた試験における特定の領域内に最も強いｐ値を持つＳＮＰを意味する。例えば、ＣＦＨ、ＣＦＩ、Ｃ２／ＣＦＢ又はＣ３に対するインデックスＳＮＰは、それぞれＣＦＨ、ＣＦＩ、Ｃ２／ＣＦＢ又はＣ３リスク座に対してＦｒｉｔｃｈｅ Ｎａｔｕｒｅ Ｇｅｎｅｔｉｃｓ（Fritsche等, Nature Genetics, 45(4): 435-441 (2013)）の研究中において最も強いｐ値を持つＳＮＰである。
【０３８２】
我々は、観察されたデータセットを使用してベースラインから１８ヶ月までのｍｍ２での病巣サイズのＦＡＦ測定値の差を比較した。
【０３８３】
抗Ｄ因子毎月とシャム（統合）の間の差を次のように計算した：平均ＤＤＡＦ統合シャム−抗Ｄ因子毎月におけるＤＤＡＦ／統合シャムにおける平均ＤＤＡＦ。
【０３８４】
我々は、我々の試験における全ての個体（シャム群の２名を除く）がＣＦＨリスクアレルを保有していたことを見出した（図４）。全ての個体（シャム群の１名を除く）がＣ２／ＣＦＢリスクアレルを保有していた（図４）。従って、我々は、これら二つの遺伝子に対するリスクアレルを保有していることが抗Ｄ因子の効果に何らかの影響を有していたかを決定することができなかった。我々はＣ３に対するリスクアレル保有者及び非リスクアレル保有者間に差異は見られなかった。ＣＦＩに対しては、我々は、ＣＦＩリスクアレルを有する治療群の患者（ｎ＝１６）では、ＣＦＩリスクアレルを有するシャム群の患者（ｎ＝１２）と比較して、病巣発達において１８月で４４％の減少があったことが分かった（図６；データは最小二乗平均であった）。ＣＦＩリスクアレルを持たない治療群の患者（ｎ＝８）は、リスクアレルを持たないシャム群の患者（ｎ＝１７）（図５）と比較して、病巣発達において無視できる９％の進行しかなかった（図５，下の列）。更に、我々は、ＣＦＩリスクアレルと２０／５０−２０／１００のベースラインＢＣＶＡを有する治療群の患者（ｎ＝９）では、ＣＦＩリスクアレルと２０／５０−２０／１００のベースラインＢＣＶＡを有するシャム群の患者（ｎ＝６）と比較して、病巣発達において１８月で５４％の減少があったことが分かった（図８；データは最小二乗平均であった）。
【０３８５】
ｒｓ４６９８７７５ＳＮＰ（ＣＦＩ ＳＮＰ）はＩｌｌｕｍｉｎａ Ｏｍｎｉ ２．５Ｍ ＳＮＰチップにはなかったので、我々はまた引き続いて、Ｔａｑｍａｎアッセイを直接使用し、（Ｆｒｉｔｓｃｈｅ等の原稿において同定された（Fritsche等, Nature Genetics, 45(4): 435-441 (2013)）ｒｓ４６９８７７５ＳＮＰに対する抗Ｄ因子試験からと同じ患者試料をジェノタイピングした。ｒｓ４６９８７７５を使用する結果は、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７を使用する結果と有意には異ならなかった。具体的には、ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７とＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５の間の連鎖不平衡パターンのため、双方のＳＮＰが患者試料におけるほぼ同一の遺伝子型情報を提供した。更に、ｒｓ１７４４００７７ ＳＮＰで見られたもの（図６）に匹敵する病巣発達に対する効果がまたｒｓ４６９８７７５ ＳＮＰで観察された。
【０３８６】
このデータは、ＣＦＩリスクアレルを有する患者ではＣＦＩリスクアレルを持たない患者と比較して病巣発達において大きな減少があったので、ＣＦＩリスクアレルがラムパリズマブに対する応答性の予測に有用である場合があることを示唆している。このデータはまた、ＣＦＩリスクアレルを有する患者がＣＦＩリスクアレルを保有していない患者よりも悪い予後（例えばＡＭＤ進行）を有していたので、ＣＦＩリスクアレルがＡＭＤ進行の予後診断に有用である場合があることを示唆している。選択されたＣＦＩ ＳＮＰ（ｒｓ４６９８７７５及び／又はｒｓ１７４４００７７）を有するＬＤを伴う別のＳＮＰ（例えばｒｓ１７４４００７７に対して表４−７に列挙されているもの）もまた患者のラムパリズマブに対する応答性の予測に有用である場合があり、ＡＭＤ進行の予後診断に有用である場合がある。選択されたＣＦＨ ＳＮＰ（ｒｓ１０７３７６８０及び／又はｒｓ１３２９４２８）、Ｃ２又はＣＦＢ ＳＮＰ（ｒｓ４２９６０８）及び／又はＣ３ ＳＮＰ（ｒｓ２２３０１９９）を有するＬＤを伴う別のＳＮＰもまた患者のラムパリズマブに対する応答性の予測に有用である場合があり、ＡＭＤ進行の予後診断に有用である場合がある。
【０３８７】
実施例４：有害事象
最も一般的な有害事象（ＡＥ）は結膜出血であった：シャム群において２．４％、ラムパリズマブ毎月群において４８．８％、ラムパリズマブ隔月群において３４．１％（表８を参照）。最も一般的な抗Ｄ因子関連有害事象（ＡＥ）は、ラムパリズマブ毎月群において１名の患者で（４３名の患者の１名；毎月群の２．３％）、ラムパリズマブ隔月群において３名の患者で（４４名の患者の３名，６．８％）生じる眼内圧上昇（ＩＯＰ）であった（表８は、それが薬剤関連か又は薬剤関連でないかにかかわらず、全てのＡＥを示す；表８の注意を参照）。
【０３８８】
試験眼における眼の有害事象のために治療を中止した患者の割合は、抗Ｄ因子抗体を受けた患者（それぞれ毎月及び隔月）に対して７％及び２．３％であり、シャム注射治療患者に対して２．４％であった。有害事象のまとめを表３に示す。死亡はなく、試験薬によって引き起こされたと疑われる眼のＳＡＥはなく、治療中止に至る試験眼における眼のＳＡＥはなかった。この開発段階で、ラムパリズマブに対する安全性プロファイルは許容可能なままである。
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【０３８９】
実施例５：ｅＱＴＬ解析
ＳＮＰ ｒｓ４６９８７７５は遺伝子ＣＣＤＣ１０９Ｂのイントロンに位置しているが、ＣＦＩは、遺伝的及び生物学的証拠に基づいて座位の間違いなく最も納得できる候補遺伝子である。我々は、このｒｓ４６９８７７５ＳＮＰが、肝臓におけるＣＦＩ ｍＲＮＡのレベルに影響を及ぼす発現量的形質遺伝子座（ｅＱＴＬ）でありうるかどうかを調べた。
【０３９０】
ｅＱＴＬ解析を実施するために、ＴＣＧＡ ＲＮＡ配列データをＵＣ Ｓａｎｔａ ＣｒｕｚのＣａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｉｃｓ Ｈｕｂ（Ｃａｎｃｅｒ Ｇｅｎｏｍｅ Ａｔｌａｓ（ＴＣＧＡ）データベース）から得た（Cancer Genome Atlas Research Network, Nature, Comprehensive Genomic Characterization Defines Human Gioblasoma Genes and Core Pathways, 455(7216):1061-8 (Oct, 23 2008)；Collins等, Sci Am, Mapping the Cancer Genome. Pinpointing the Genes Involved in Cancer Will Help Chart a New Course Across the Complex Landscape of Human Malignancies, 296(3): 50-7 (March 2007)）。ＴＣＧＡは、体の複数の組織由来の腫瘍及び正常試料に対するＲＮＡ配列及び遺伝子型データを含んでいる。この試験に対して、我々は正常な肝臓組織の３４試料を使用した。これらに対するＲＮＡ配列データをＨＴＳｅｑＧｅｎｉｅ（Pau, G.B.等, HTSeqGenie: a software package to analyse high-throughput sequencing experiments (2012)）を使用し次のようにして解析した：先ず、低いヌクレオチド品質のリードを除去した（塩基の７０％が＜２３の品質を有する）。ついで、通過したリードを、ＧＳＮＡＰ（Genomic Short-read Nucleotide Alignment Program）（Wu, TD.等, Bioinformatics, Fast and SNP-tolerant detection of complex variants and splicing in short reads, 26(7):873-81 (4/1/2010)を使用して参照ゲノムＧＲＣｈ３７（Genome Research Consortium 37）にアラインさせた。「独特にマッピングしている」としてＧＳＮＡＰによって報告されたリードのアラインメントを次の解析に使用した。ついで、各試料に対するＣＦＩ遺伝子発現レベルを、ＲＰＫＭ＝ＣＦＩ遺伝子にアラインするリード数／（試料に対して独特にマッピングされたリードの全数×ＣＦＩ遺伝子長）によって定量化した。これらの試料に対する遺伝子型データは、遺伝子型及び表現型データベース（ｄｂＧａＰ；ｄｂＧａＰは遺伝子型と表現型の間の相互作用を調査する研究の結果をアーカイブに保管し分布するＮＣＢＩによって主催されたサイトである）を通して得られ、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ６．０（１百万）ＳＮＰアレイに対する遺伝子型を含んでいた。興味あるＳＮＰとして、ｒｓ４６９８７７５をこのアレイによって直接的にはアッセイせず、遺伝子型インピュテーションを、ＳＨＡＰＥＩＴ（Delaneau, O., Nature Methods, Improved whole-chromosome phasing for disease and population genetic studies, 10: 5-6 (2013)）を使用するプレフェージングとついでＩＭＰＵＴＥ２（Howie, B.N.等, PLoS Genet, A Flexible and Accurate Genotype Imputation Method for the Next Generation of Genome-Wide Association Studies, 5(6):e1000529 (2009)）及び１０００ゲノムプロジェクト（1000 Genomes Project Consortium, Abecasis GR.等, Nature, A map of human genome variation from population-scale sequencing, 467(7319):1061-73 (2010））からの参照ハプロタイプを使用するインピュテーションを含むワークフローを使用して実施した。ついで、相加的にコードされたｒｓ４６９８７７５遺伝子型上のｌｏｇ（ＣＦＩ ＲＰＫＭ）の線形回帰の実施を含む（つまり、「Ｔ」アレルの０、１、２コピー）関連解析を実施した。
【０３９１】
結果は、ＣＦＩ発現が、ＣＦＩの合成部位である体の肝臓組織において最も高いことを示していた（図９）。ｒｓ４６９８７７５に対する遺伝子型によって分類する場合、我々は正常なＴＣＧＡ肝臓試料においてＣＦＩ ｍＲＮＡレベルの有意な減少を見出した（ｐ＝０．０２）。要するに、ｒｓ４６９８７７５遺伝子型は、正常なＴＣＧＡ肝臓試料におけるＣＦＩ ｍＲＮＡレベルと有意に関連していた（ｐ＝０．０２）。リスクアレルホモ接合体（ＧＧ）は、ヘテロ接合体（ＧＴ）よりもＣＦＩ ｍＲＮＡが少なく、後者は今度は非リスクアレルホモ接合体（ＴＴ）よりもＣＦＩ ｍＲＮＡが少なかった（図１０）。これらの結果は、ＣＦＩが第二補体経路のネガティブな調節因子であり、リスクアレル保有者は第二補体経路を調節するために利用できるＣＦＩが低レベルであるという我々の仮説と一致していた。これらの結果で、我々は、我々の第ＩＩ相ＭＡＨＡＬＯ分析において使用される共通のＧＷＡＳ関連ＳＮＰ（ｒｓ４６８９７７５）の可能な機能的効果を示した。
【０３９２】
実施例６：ＣＦＩレア変異体解析
最近のレポートは、対照（２．３％）と比較してのＡＭＤ患者（７．８％）のＣＦＩ遺伝子における有意に過剰な（ｐ＝１．７×１０−８）レアミスセンス変異を示している（Seddon等 Nat Genet. 2013 45:1366-70）。ＣＦＩ遺伝子内の一つの特定のレア変異体であるＧ１１９Ｒに主に焦点を当てた第二のレポートは、これらのタイプの変異体はＡＭＤリスク（ｐ＝３．７９×１０−６；ＯＲ２２．２０）に大きな影響を有していることを示している（van de Ven等 Nat. Genet. 2013 45:813-7）。
【０３９３】
サンガージデオキシ配列決定法を使用して、利用可能なＤＮＡを用いてＭＡＨＡＬＯ試験の全患者に対するＣＦＩ遺伝子中のエクソンを再配列決定した。プライマーと鋳型を除いて、ＰＣＲを介しての試料の増幅に必要な化学成分の全てを含むＡｍｐｌｉＴａｑ Ｇｏｌｄ ＰＣＲマスターミックス（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）と、蛍光標識されたＤＮＡ断片を分析するために使用される自動でハイスループットのキャピラリー電気泳動システムであるＡｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ ３７３０．／３７３０ｘｌ ＤＮＡアナライザーを使用する標準的なＰＣＲ技術を使用して、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）増幅を実施した。最初にゲノムＤＮＡ鋳型の大部分を増幅させてブースト産物を生成させ、ついで鋳型としてブースト産物を使用して、シークエンシングに指標された小さい領域を増幅することを含む２段階「ブースト／ネスト」ＰＣＲ方策を使用した。「ブースト／ネスト」方策を使用し、我々は、「ブースト」プライマーを用いて、ＭＡＨＡＬＯ試験の患者由来のゲノムＤＮＡからＣＦＩ遺伝子の大きな領域を増幅させ、二次ネステッド反応に鋳型として使用される産物を作製した。「ネスト」プライマーを二次ネステッドＰＣＲ反応において使用して小さい領域を増幅させた。ネステッド反応の産物を、標準的な配列決定技術を使用するシークエンシングの鋳型として使用した。
【０３９４】
我々は、利用できるＤＮＡを持つ我々のＭＡＨＡＬＯ患者におけるＣＦＩの全エクソンを再配列決定し、彼等の６（６．９％）がレアミスセンス変異体を保有していることを見出した（図１１）。対照と比較して、ＧＡの患者からの我々のＭＡＨＡＬＯ治験試料にＣＦＩレアミスセンス変異の有意な富化が見られた（ｐ＝０．０１５）。レアミスセンス変異を保有していたこれらの患者を、我々のシャム、隔月及び毎月群間に等しく分けた。シャム群では、レア変異体を持つ両個体（ＣＦＩ遺伝子中の２９０Ｅ＞Ｄ及び５５３Ｐ＞Ｓ）は、ｒｓ１７４４００７７に対して非リスクアレル保有者であった（ｒｓ１７４４００７７に基づくＣＦＩ−）。我々は、ＭＡＨＡＬＯ試験において使用されたｒｓ１７４４００７７ＳＮＰ（ｒｓ１７４４００７７に基づくＣＦＩ−）に対して非リスクアレル保有者であるこれらレア変異体陽性個体は、リスクアレル保有者（ｒｓ１７４４００７７に基づくＣＦＩ＋）と同様の、ベースラインから１８ヶ月までの病巣面積の発達差（例えばＧＡ進行率）を有していることを知見した（図１２）。
【０３９５】
レア変異体を伴うこれら非リスクアレル保有者に対する発達率がリスクアレル保有者のものと同様であるので、これらのレアミスセンス変異体を保有するＧＡ患者は、彼等がＣＦＩにおける共通のｒｓ１７４４００７７ＳＮＰに基づきリスクアレル保有者又は非リスクアレル保有者として分類されるかどうかにかかわらず、リスクアレル保有者と同様な速度で進行しうる。
【０３９６】
実施例７：抗Ｄ因子治療のための患者の選択
ＧＡと診断された患者を、選択された補体因子をコードする遺伝子と関連している多型の存在についてジェノタイピングした。同定されたリスクアレルとその組み合わせの存在は、ラムパリズマブのような抗Ｄ因子での治療に応答する患者の可能性を意味している。
【０３９７】
具体的には、患者の遺伝子型をＴａｑＭａｎリアルタイムＰＣＲによって検出した。各反応は、それぞれ０．４μＭの順方向及び逆方向プライマー及び０．１５−０．３μＭの検出プローブ（表９）、ウラシル−Ｎ−グリコシラーゼ、０．０４−０．３２ｍＭのｄＮＴＰ（ｄＵＴＰを含む）、ＤＮＡポリメラーゼ及び適切なＤＮＡポリメラーゼバッファー（アプタマーを含む）を含んでいた。反応を、ＣＯＢＡＳＲ４８００機器（Roche Molecular Diagnostics, Indianapolis, Ind.）で次の温度サイクルプロファイルに供した：５０℃を５分、次に２サイクルの９５℃（１０秒）から６２℃（３０秒）、及び５５サイクルの９３℃（１０秒）から６２℃（３０秒）、次に３７℃（１０秒）及び２５℃（１０分）。蛍光データを各６２℃工程の開始時に集めた。
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【０３９８】
上述のＴａｑＭａｎ ＲＴ−ＰＣＲを使用してＧＡ患者の遺伝子型をひとたび決定すれば、補体座ＣＦＩ、Ｃ２／ＣＦＢ及びＣＦＨにおける特定のリスクアレルの存在についてそれを解析し、表１０に記載されたＣＦＩプロファイル状態を導き出した。抗Ｄ因子での治療に応答する可能性があるＣＦＩプロファイル＋患者を更に評価した。一つの選択方法を表１０において例証する。「＋」は、患者が「バイオマーカー陽性」であり、よって抗Ｄ因子治療法に応答する可能性が高いことを示す一方、「−」は、患者が「バイオマーカー陰性」であり、よって抗Ｄ因子治療法に応答する可能性が少ないことを示している。表１０に示されるように、少なくとも一のＣ２／ＣＦＢアレル（Ｇ）又はＣＦＨアレル（相補鎖上のＣ）と組み合わせて少なくとも一のＣＦＩアレル（Ｇ）を有する患者は、抗Ｄ因子治療法に対する有力なレスポンダーである。他の例では、少なくとも一のＣＦＩアレル（Ｇ）を有する患者が抗Ｄ因子治療法に対する有力なレスポンダーである。これらのＳＮＰ及び他の補体座におけるＳＮＰに関与する他の同様な選択基準を開発することができる。
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【０３９９】
表４．ＭＡＨＡＬＯ ＳＮＰ ｒｓ１７４４００７７と連鎖不平衡(ＬＤ)にあるＬＤ＿ＳＮＰ
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表５．ＭＡＨＡＬＯ ＳＮＰ ｒｓ２２３０１９９と連鎖不平衡(ＬＤ)にあるＬＤ＿ＳＮＰ
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【図１】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図３Ａ】
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【図３Ｂ】
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【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】令和1年8月29日(2019.8.29)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
明細書に記載の発明。
【外国語明細書】
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