(57)【要約】【課題】マイクロバイオームの特性解明、モニタリング、および処置のための方法およびシステムの提供。【解決手段】本開示は、マイクロバイオームをプロファイリングする方法、および処置のための療法用組成物を提供する。本開示は、微生物を分類する方法を提供する。さらに、本明細書において提供される方法、システム、組成物、およびキットは、対象における健康状態の査定または予測を目的とするものである。ある態様はレポートの作成を含む。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
明細書に記載された発明。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
相互参照
[0001]  本願は、２０１３年７月２１日出願の米国仮特許出願第６１／８５６，７１１
号に基づく優先権を主張し、その出願の全体を本明細書に援用する。
【０００２】
配列
[0002]  本願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子提出された配列リストを含み、その全
体を本明細書に援用する。２０１４年７月２１日に作成されたそのＡＳＣＩＩコピーは、
ファイル名４６７９０−７０１．６０１＿ＳＬ．ｔｘｔ、サイズ１７１，１７１バイトで
ある。
【背景技術】
【０００３】
開示の背景
[0003]  一般の健康な個体の身体には種々の身体部位にわたって数兆個の微生物が生息
しており、マイクロバイオームと呼ばれる。マイクロバイオーム部位の幾つかの例には、
皮膚、腸、胃、消化管、口腔、結膜、および膣が含まれる。これらのマイクロバイオーム
の役割ならびにそれらがどのようにして生理および疾患に影響を及ぼすかをより良く理解
するために、どのような微生物がマイクロバイオームを構成しているか、それらがどのよ
うに相互作用し、あるいは個体の健康状態および臨床応答に影響を及ぼすかを分析するこ
とができる。
【０００４】
[0004]  たとえば、ヒトの消化管マイクロバイオームは、特に肥満症、胃腸の健康状態
、栄養素の吸収、および薬物代謝を含めた多くの健康状態において鍵となる役割を果たす
ことが知られている。そのような知見によって、ＮＩＨは、種々の人体部位の微生物組成
を分析するために１５０００万米ドルを今後５年間にわたるヒトマイクロバイオームプロ
ジェクトの解析に投下した。
【０００５】
[0005]  マイクロバイオームと健康の相関性のこの認識にもかかわらず、マイクロバイ
オームの複雑さ、ならびにマイクロバイオームの構成体の分類および特性解明の困難さが
、これらの関係の理解を難しくしている。その結果、これらの難問は診断適用および療法
適用の開発に難関を提示している。
【０００６】
[0006]  マイクロバイオームを理解するためのメタゲノミクス方法はマイクロバイオー
ムの役割をさらに明らかにするのに役立つ見込みがあり、ごく最近になって「次世代」シ
ークエンシング技術によってそれが可能になった。これらの研究によって明らかになった
情報はマイクロバイオームを療法介入および消費者向け製品に標的化することに関心をも
つ者にとって次第に価値が高まるであろうが、この大量のデータを診断剤および療法剤の
開発に使用できる意味あるデータに変換するには、大きな難関がある。マイクロバイオー
ムの能力を利用する際の２つの明らかな障害は、これらの解析を行なうコストおよび前記
のメタゲノミクス解析固有の複雑さである。
【０００７】
[0007]  細菌種の系統学的分類に関する分野の現在のゴールドスタンダードは、１６Ｓ
リボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）サブユニットのＤＮＡシークエンシングによるものである
。１６Ｓ  ｒＲＮＡサブユニットはすべての細菌に全般的に存在し、系統分類を区別する
ために使用できる９つの可変領域を含むので、分類のための「理想的な」標的として選択
された。しかし、ある細菌は同一の可変領域を共有し、結果的に分類ミスを生じるという
事実のため、１６Ｓ  ｒＲＮＡサブユニットのみに注目するのはそれ自体の技術的難問を
提示する。
【０００８】
[0008]  さらに、１６Ｓ  ｒＲＮＡサブユニットの配列決定に用いられる現在の「第２
世代」シークエンシング技術は、しばしばこれらの可変領域のカバー領域が不完全なリー
ド長を有する。たとえば、４５４によるシークエンシングは平均リード長が５００ｂｐで
あり、Ｉｌｌｕｍｉｎａ社のＭｉＳｅｑおよびＨｉＳｅｑプラットフォームは平均リード
長が１００〜４５０ｂｐである。これらのリード長では、特にマイクロバイオームのよう
な複雑なメタゲノム試料において、細菌分類はしばしば精度の問題を生じる。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００９】
[0009]  本開示は、マイクロバイオームのより正確な情報、したがってより高精度の分
類が得られる方法、システム、組成物、およびキットを提供することにより、これらの制
限に対する解決策を提供する。そのような情報により、現在の技術を上回る多重性および
効率という利点、ならびに診断検査、療法剤、およびプロバイオティック療法などの消費
者向け製品の開発が可能になる。
【課題を解決するための手段】
【００１０】
発明の概要
[0010]  本開示は、微生物を分類する方法を提供するものであり、該方法は：第１微生
物の単一リード長内に含まれる１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニットの核酸配列を
得；第１微生物のその核酸配列を基準と比較し；そして、その比較に基づいて第１微生物
を株レベルまたは亜株レベルで同定する、ことを含む。
【００１１】
[0011]  本開示は、対象におけるマイクロバイオームをプロファイリングする方法を提
供するものであり、該方法は：その対象から得た生体試料中の少なくとも１つの微生物か
ら１６Ｓリボソームサブユニットの核酸配列を得；得られた核酸配列に基づいてその生体
試料内のその少なくとも１つの微生物を分析し；そして、その分析に基づいてマイクロバ
イオームのプロファイルを決定する、ことを含む。ある態様では、対象におけるマイクロ
バイオームのプロファイルの決定は、５０以下の微生物、５５以下の微生物、６０以下の
微生物、６５以下の微生物、７０以下の微生物、７５以下の微生物、８０以下の微生物、
８５以下の微生物、９０以下の微生物、１００以下の微生物、２００以下の微生物、３０
０以下の微生物、４００以下の微生物、５００以下の微生物、６００以下の微生物、７０
０以下の微生物、または８００以下の微生物に基づくことができる。ある態様では、対象
におけるマイクロバイオームのプロファイルの決定は、測定に基づく７０％を超える精度
を有する。ある態様では、この方法は、少なくとも２つの異なる時点で採取した生体試料
中の少なくとも１つの微生物から核酸配列を得ることをさらに含むことができる。ある態
様では、分析にロングリードシークエンシングプラットフォームを使用する。
【００１２】
[0012]  本開示は、対象におけるマイクロバイオームをプロファイリングする方法を提
供するものであり、該方法は：その対象から得た生体試料中の少なくとも１つの微生物か
ら１６Ｓおよび２３Ｓリボソームサブユニットの核酸配列を得；得られた配列に基づいて
その生体試料中のその少なくとも１つの微生物を分析し；そして、その分析に基づいてそ
の対象におけるマイクロバイオームのプロファイルを決定する、ことを含む。ある態様で
は、対象におけるマイクロバイオームのプロファイルの決定は、５０以下の微生物、５５
以下の微生物、６０以下の微生物、６５以下の微生物、７０以下の微生物、７５以下の微
生物、８０以下の微生物、８５以下の微生物、９０以下の微生物、１００以下の微生物、
２００以下の微生物、３００以下の微生物、４００以下の微生物、５００以下の微生物、
６００以下の微生物、７００以下の微生物、または８００以下の微生物に基づくことがで
きる。ある態様では、対象におけるマイクロバイオームのプロファイルの決定は、測定に
基づく７０％を超える精度を有する。ある態様では、この方法は、少なくとも２つの異な
る時点で採取した生体試料中の少なくとも１つの微生物から核酸配列を得ることをさらに
含むことができる。ある態様では、解析にロングリードシークエンシングプラットフォー
ムを使用する。
【００１３】
[0013]  本開示は、対象における健康状態の指標となる代謝経路を決定する方法を提供
するものであり、該方法は：対象からの生体試料から、単一リード長内に転写物全体が含
まれるようにＲＮＡ配列を得；それらの転写物をシークエンシング法により解析し；配列
決定した転写物を基準と比較し；そして、健康状態の指標となる代謝経路を決定する、こ
とを含む。ある態様では、解析にロングリードシークエンシングプラットフォームを使用
する。
【００１４】
[0014]  本開示は、対象において疾患を処置する方法を提供するものであり、該方法は
：その対象から得た生体試料において、少なくとも１つの微生物を含むマイクロバイオー
ムプロファイルを測定し；その測定に基づいて対象における疾患の存在の有無を検出し；
そして、その検出に基づいて対象における疾患を処置する、ことを含む。
【００１５】
[0015]  本開示は：対象から得た生体試料において、少なくとも２つの微生物を含むマ
イクロバイオームパネルの測定値を含むデータを取得し；その測定データに基づいてマイ
クロバイオームパネルのマイクロバイオームプロファイルを作成し；そのマイクロバイオ
ームパネルのマイクロバイオームプロファイルを基準プロファイルと比較し；そして、そ
の比較に基づいてその対象における疾患状態の尤度を決定する、ことを含む方法を提供す
る。
【００１６】
[0016]  本開示は：対象から得た生体試料において、少なくとも２つの微生物を含むマ
イクロバイオームパネルの測定値を含むデータを取得し；その測定データに基づいてマイ
クロバイオームパネルのマイクロバイオームプロファイルを作成し；そのマイクロバイオ
ームパネルのマイクロバイオームプロファイルを基準の閾値と比較し；そして、そのマイ
クロバイオームパネルの基準の少なくとも１つの閾値との比較に基づいて、その対象にお
ける疾患状態の尤度を決定する、ことを含む方法を提供する。
【００１７】
[0017]  本開示は、対象における疾患について対象を診断する方法を提供するものであ
り、該方法は：その対象から得た生体試料において、少なくとも１つの微生物を含む微生
物パネルを測定し；その測定に基づいて対象における疾患の存在の有無を検出し；そして
、その検出に基づいて、その疾患の処置のための少なくとも１つの微生物ベースの療法剤
または化粧品を対象に推奨する、ことを含む。ある態様では、７０％を超える感度で疾患
状態の存在の有無を検出する。ある態様では、７０％を超える感度および特異性で疾患状
態の存在の有無を検出する。ある態様では、７５％、８０％、８５％、９０％、または９
５％を超える感度で疾患状態の存在の有無を検出することを含む。ある態様では、７５％
、８０％、８５％、９０％、または９５％を超える感度および特異性で疾患状態の存在の
有無を検出する。ある態様では、微生物のパネルは、２以下の微生物、３以下の微生物、
４以下の微生物、５以下の微生物、６以下の微生物、７以下の微生物、８以下の微生物、
９以下の微生物、１０以下の微生物、１１以下の微生物、１２以下の微生物、１３以下の
微生物、１４以下の微生物、１５以下の微生物、１６以下の微生物、１８以下の微生物、
１９以下の微生物、２０以下の微生物、２５以下の微生物、３０以下の微生物、３５以下
の微生物、または４０以下の微生物を含む。
【００１８】
[0018]  本開示は、対象におけるマイクロバイオームプロファイルを決定するためのコ
ンピューターシステムを提供するものであり、該システムは：対象の生体試料からの、少
なくとも１つの微生物のマーカーを含む微生物パネルの測定値を含むデータを受信するた
めの記憶ユニット；前記請求項のいずれか１項に記載の方法に従って測定データを解析す
るためのコンピューター実行可能な指示；および、その解析に基づいて対象における少な
くとも疾患の存在の有無を決定するためのコンピューター実行可能な指示、を含む。ある
態様では、コンピューターシステムは、対象における少なくとも１つの疾患の存在の有無
のレポートを作成するためのコンピューター実行可能な指示をさらに含む。ある態様では
、コンピューターシステムは、そのレポートをユーザーに通信または表示するように構成
されたユーザーインターフェースをさらに含むことができる。
【００１９】
[0019]  本開示は、コンピューター可読媒体を提供するものであり、該媒体は：対象か
ら得た生体試料からの、少なくとも１つの微生物から選択した少なくとも１つのマーカー
を含むマイクロバイオームプロファイルの測定値を含むデータを解析するためのコンピュ
ーター実行可能な指示；および、その解析に基づいて対象における少なくとも疾患の存在
の有無を決定するためのコンピューター実行可能な指示、を含む。
【００２０】
[0020]  本開示は、キットを提供するものであり、該キットは：対象から得た生体試料
からの、少なくとも１つの微生物に対する少なくとも１つのマーカーを含むマイクロバイ
オームプロファイルの測定に使用するための１以上の組成物；および、前記請求項のいず
れか１項に記載の方法を実行するための指示書、を含む。ある態様では、キットはコンピ
ューター可読媒体をさらに含むことができる。
【００２１】
[0021]  本明細書において提供される方法はいずれも、疾患が、ＩＢＤ、早産、肥満症
、糖尿病性足潰瘍、菌血症、アクネ、小児仙痛、ＩＩ型糖尿病、ディフィシル菌（C. dif
ficile）、ＩＢＳ、喘息、自閉症、乾癬、アレルギー、心血管疾患、癌、うつ病、嚢胞性
線維症、多発性硬化症、尿路感染症、放射線腸障害、薬物代謝、慢性疲労、Ｉ型糖尿病、
口臭、および齲食である態様を含むことができる。
【００２２】
[0022]  本明細書において提供される方法はいずれも、生体試料が、皮膚マイクロバイ
オーム、臍帯マイクロバイオーム、膣マイクロバイオーム、結膜マイクロバイオーム、腸
マイクロバイオーム、胃マイクロバイオーム、消化管マイクロバイオーム、口腔マイクロ
バイオーム、鼻腔マイクロバイオーム、胃腸管マイクロバイオーム、尿生殖路マイクロバ
イオーム、またはそれらの組合わせから選択されるマイクロバイオームから採取される態
様を含むことができる。
【００２３】
[0023]  本明細書において提供される方法はいずれも、マイクロバイオームパネルが１
６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニットの微生物マーカーを含む態様、あるいはマイク
ロバイオームパネルが１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニット転写物全体に対する微
生物マーカーを含む態様、あるいはマイクロバイオームパネルが１６Ｓまたは２３Ｓリボ
ソームサブユニット転写物全体および１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニット転写物
間の遺伝子間領域の微生物マーカーを含む態様、あるいはマイクロバイオームパネルが１
６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニットの少なくとも１つの可変領域の微生物マーカー
を含む態様を含むことができる。
【００２４】
[0024]  本明細書において提供される方法はいずれも、測定が１６Ｓまたは２３Ｓリボ
ソームサブユニットの断片、抗原、または結合パートナーの検出またはそのレベルの測定
を含む態様、あるいは測定が１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニット可変領域の断片
、抗原、または結合パートナーの検出またはそのレベルの測定を含む態様を含むことがで
きる。
【００２５】
[0025]  本明細書において提供される方法はいずれも、対象がヒト対象である態様、あ
るいは対象が疾患について無症候性である態様、あるいは対象がその疾患について少なく
とも１つの臨床症状を示している態様を含むことができる。
【００２６】
[0026]  本明細書において提供される方法はいずれも、測定が：イムノアッセイ、フロ
ーサイトメトリーアッセイ、バイオチップアッセイ、マイクロアレイアッセイ、およびシ
ークエンシングアッセイのうち少なくとも１つの使用を含む態様を含むことができる。本
明細書において提供される方法はいずれも、測定が微生物を検出またはそのレベル測定す
ることを含む態様を含むことができる。本明細書において提供される方法はいずれも、測
定が微生物上のマーカーを検出またはそのレベル測定することを含む態様を含むことがで
きる。
【００２７】
[0027]  本明細書において提供される方法はいずれも、決定される疾患状態が、臨床転
帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾
患、不応答、または疾患管理のための推奨処置である態様を含むことができる。
【００２８】
援用
[0028]  本明細書に述べるすべての刊行物、特許および特許出願を、個々の刊行物、特
許または特許出願それぞれを具体的かつ個別に援用すると示したのと同様に、本明細書に
援用する。
【００２９】
図面の簡単な説明
[0029]  本開示の新規な特徴を特に特許請求の範囲に述べる。本開示の原理を採用した
具体的態様を述べた以下の詳細な記載、および添付の図面を参照することによって、それ
らの特徴および利点がより良く理解されるであろう。
【図面の簡単な説明】
【００３０】
【図１】[0030]  図１は、本明細書に記載する方法を実施するための代表的コンピューターシステムを示す。これは連続的に拡大する完全ｒＲＮＡオペロンのデータベースを含む；本明細書に記載する方法は、これまで得られなかった高コスト効率の様式でこれを拡張させることができるからである。
【図２】[0031]  図２は、微生物分類精度（Ｙ軸）を種々の１６Ｓリボソームアンプリコン標的サイズの関数としてプロットしたシミュレーション結果を示す。リボソームデータベースプロジェクトからの細菌配列を、種々のシークエンシングプラットフォームエラー率（Ｘ軸）で用いた。完全１６Ｓアンプリコン（最上の線）を用いると、表記した実際に実現されたエラー率（＜５％）について最高の分類精度を得ることができる。
【図３】[0032]  図３は、食事の変化に対する個体の消化管マイクロバイオームプロファイルの変化を示す。この例において、マイクロバイオーム構造の変化と比較した場合、体重の変化（点線）は遅滞指標（lagging indicator）である。対象特異的な食事推奨は定量マイクロバイオームシグネチャーに基づくことができる。
【図４】[0033]  図４は、異なる属が異なる多様性位置をもち、それにより株を区別できることを示す。これは、１６Ｓの一部のみを観察する方法の採用は株レベルでの分類精度を本来制限するであろうということを意味する。下部のボックスプロットは、採用した方法（ＣＢＴは全長１６Ｓアンプリコンに対応する）に対応するＸ軸、および達成された株分類精度％に対応するＹ軸をもつ。（Ａ）は、ニトロソモナス（Nitrosomonas）属についての本明細書に記載する方法による株レベルでの解像データを示し、その場合、株あたりのダイバージェンス（divergence）は１６ＳのＶ３、４および５領域に集中している。（Ｂ）は、スタフィロコッカス（ブドウ球菌）（Staphylococcus）属についての本明細書に記載する方法による株レベルでの解像データを示し、その場合、株当たりのダイバージェンスは１６ＳのＶ８および９領域に集中している。
【図５】[0034]  図５は、対象（本明細書に示す特定の適応症についての症例および対照を含む）にコンソーシア（consortia）株を含有する微生物療法剤／化粧品を適用した試験を示す。（Ａ）は、微生物療法剤／化粧品の適用の成功を経時的に定量するためにどのようにして本開示の方法を使用できるかを示す。非片利共生株（non-commensal strain）をコンソーシアに加えると、適用株を個体のその部位（たとえば、皮膚、消化管、口腔など）のマイクロバイオームのバックグラウンド多様性から区別するのに役立つ。（Ｂ）は、安定化作用をもつ片利共生株を見出すためにどのようにして本開示における方法を使用できるかを示す。存在した場合に適用コンソーシアの寿命に相関する株は、初期コンソーシアを拡張して高い安定性および有効性を備えた配合物を調製するための候補となるであろう。
【図６】[0035]  図６（Ａ）は、マイクロバイオームを含む微生物の属レベルまで解像する現在の標準法を用いたマイクロバイオームの解像度を示す。（Ｂ）は、マイクロバイオームを含む微生物の株レベルまで解像する本明細書に記載する方法を用いたマイクロバイオームの解像度を示す。
【図７】[0036]  図７（Ａ）は、属レベルの解像のために現在用いられている標準法を用いた机上の実施例を示す。その結果は、標準法では株レベルでの多様性が遮蔽されるので疾患症例が健康な対照から分離されないことを示す。（Ｂ）は、本明細書に示す方法を用いて疾患症例が健康な対照から良好に分離される机上の実施例を示す。
【図８】[0037]  図８は、実施例５、図７Ｂにおいて健康な対照と疾患対象を区別できる微生物株の上位１０のリストを示す。この情報はこの適応症についての診断剤および療法剤に使用できる。
【発明を実施するための形態】
【００３１】
開示の詳細な説明
Ｉ．定義
[0038]  本明細書および特許請求の範囲で用いる単数形“a”、“an”および“the”は
、内容からそうではないことが明らかに示されない限り、複数表記を含む。たとえば、用
語「試料（asample）」は複数の試料を含み、これにはその混合物が含まれる。
【００３２】
[0039]  本明細書中で用いる用語「微生物（microbe,microorganism）」は、いずれか
の単細胞生物、細菌、古細菌（archaea）、原虫、および単細胞性真菌を表わす。
[0040]  本明細書中で用いる用語「マイクロバイオーム」は、対象の体腔に生息する片
利共生、共生、または病原性の微生物の生態群落（ecological community）を表わす。
【００３３】
[0041]  用語「決定する（determining）」、「測定する（measuring）」、「評価する
（evaluating）」、「査定する（assessing）」、「アッセイする（assaying）」および
「解析する（analyzing）」は、いずれかの形の測定を表わすために本明細書中で互換性
をもって使用でき、ある要素が存在するか否かを決定することを含む（たとえば、検出）
。これらの用語は、定量および／または定性の両方の決定を含むことができる。査定は相
対的または絶対的であってよい。これらの用語は、本明細書に記載するアルゴリズムおよ
びデータベースの使用を含むことができる。「の存在を検出する」は、存在するあるもの
の量の決定、およびそれが存在するか存在しないかの決定を含むことができる。本明細書
中で用いる用語「ゲノムアセンブリーアルゴリズム」は、そのゲノムの完全配列を決定で
きる条件下で短いリードを基準配列とアラインさせることができるいずれかの方法を表わ
す。
【００３４】
[0042]  本明細書中で用いる用語「ゲノム」は、それの一次ＤＮＡ配列にコードされて
いるある生物の遺伝情報全体を表わす。ゲノムには遺伝子と非コード配列の両方が含まれ
る。たとえば、ゲノムは微生物ゲノムまたは哺乳動物ゲノムを表わすことができる。
【００３５】
[0043]  本明細書中で用いる用語「核酸配列」および「ヌクレオチド配列」は、ゲノム
または合成に由来するオリゴヌクレオチドまたはポリヌクレオチド、およびその断片また
は部分、およびＤＮＡまたはＲＮＡを表わし、それらは一本鎖または二本鎖であってもよ
く、センス鎖またはアンチセンス鎖を表わす。
【００３６】
[0044]  本明細書中でヌクレオチド配列に関して用いる用語「相同性」および「相同性
の」は、他のヌクレオチド配列との相補度を表わす。部分的相同性または完全相同性（す
なわち、同一）の可能性がある。ある核酸配列に対して部分的に相補性の、すなわち「実
質的に相同性の」ヌクレオチド配列は、完全に相補的な配列が標的核酸配列にハイブリダ
イズするのを少なくとも部分的に阻害するものである。
【００３７】
[0045]  本明細書中で用いる用語「シークエンシング（配列決定）」は、核酸分子（た
とえば、ＤＮＡまたはＲＮＡ核酸分子）中のヌクレオチド塩基−アデニン、グアニン、シ
トシン、およびチミン−の順序を決定するためのシークエンシング方法を表わす。
【００３８】
[0046]  用語「バイオチップ」または「アレイ」は、全般的に平坦な表面をもち、それ
に吸着剤が付着した固体基材を表わすことができる。バイオチップの表面は複数のアドレ
ス指定可能な位置を含むことができ、その各位置はそこに結合した吸着剤を含むことがで
きる。バイオチップはプローブインターフェースをエンゲージするように適合させること
ができ、したがってプローブとして機能する。タンパク質バイオチップはポリペプチドを
捕捉するように適合され、それのアドレス指定可能な位置に結合したクロマトグラフィー
用または生体特異的な吸着剤をもつ表面を含むことができる。マイクロアレイチップは一
般にＤＮＡおよびＲＮＡ遺伝子発現検出のために用いられる。
【００３９】
[0047]  本明細書中で用いる用語「バーコード」は、ある核酸断片が由来するゲノムを
同定するために使用できるいずれか固有の非天然核酸配列を表わす。
[0048]  用語「対象」、「個体」または「患者」は、本明細書中で互換性をもって用い
られる。「対象」は発現した遺伝子材料を含む生体（biological entity）であってよい
。生体は植物、動物、またはたとえば細菌、細菌性プラスミド、ウイルス、真菌および原
虫を含めた微生物であってもよい。対象は、ｉｎ  ｖｉｖｏ採取した、またはｉｎ  ｖｉ
ｔｒｏ培養した、生体の組織、細胞およびそれらの後代であってもよい。対象は哺乳動物
であってもよい。哺乳動物はヒトであってもよい。対象はある疾患のリスクが高いと診断
され、またはその疑いがあってもよい。ある場合には、対象は必ずしもその疾患のリスク
が高いと診断されておらず、またはその疑いがなくてもよい。
【００４０】
[0049]  用語「処置」または「処置する」は、本明細書中で互換性をもって用いられる
。これらの用語は、有益な結果または目的とする結果を得るための方法を表わすことがで
き、これには治療上の有益性および／または予防上の有益性が含まれるが、これらに限定
されない。治療上の有益性は治療される原障害の根絶または改善を意味することができる
。同様に、治療上の有益性は、対象がなお原障害に罹患している可能性があるにもかかわ
らず、対象において改善がみられるように原障害に関連する１以上の生理的症状を根絶ま
たは改善することにより達成できる。予防効果は、疾患または状態の出現を遅延、阻止ま
たは排除すること、疾患または状態の症状の発症を遅延または排除すること、疾患または
状態の進行を遅延、停止または反転させること、あるいはそのいずれかの組合わせを含む
。予防効果を得るために、特定の疾患を発症するリスクをもつ対象、またはある疾患の１
以上の生理的症状を報告している対象は、この疾患の診断がなされていないとしても処置
を受けることができる。
【００４１】
概観
[0050]  本開示は、全般的に、１６Ｓおよび２３ＳリボソームＲＮＡ（ｒＲＮＡ）サブ
ユニットまたは遺伝子間領域のうち少なくとも１つの網羅的解析を含む、少なくとも１つ
のマイクロバイオームの同定、分類、または定量に関する。
【００４２】
[0051]  本開示は、対象のマイクロバイオームプロファイルを決定することも提供する
。これらの方法、組成物、システム、およびキットにより、コホート普遍化マイクロバイ
オームプロファイルまたは対象特異的マイクロバイオームプロファイルを作成することが
できる。微生物プロファイルは生体試料中の１５以下の微生物の測定に基づいて７０％以
上の精度を有することができる。そのようなプロファイリング方法は、２以下の微生物、
３以下の微生物、４以下の微生物、５以下の微生物、６以下の微生物、７以下の微生物、
８以下の微生物、９以下の微生物、１０以下の微生物、１１以下の微生物、１２以下の微
生物、１３以下の微生物、１４以下の微生物、１５以下の微生物、１６以下の微生物、１
８以下の微生物、１９以下の微生物、２０以下の微生物、２５以下の微生物、３０以下の
微生物、３５以下の微生物、４０以下の微生物、４５以下の微生物、５０以下の微生物、
５５以下の微生物、６０以下の微生物、６５以下の微生物、７０以下の微生物、７５以下
の微生物、８０以下の微生物、８５以下の微生物、９０以下の微生物、または１００以下
の微生物、２００以下の微生物、３００以下の微生物、４００以下の微生物、５００以下
の微生物、６００以下の微生物、７００以下の微生物、または８００以下の微生物の測定
に基づいて、少なくとも７０％以上の精度を有することができる。
【００４３】
[0052]  そのようなマイクロバイオームプロファイルを部分的にまたは単独で用いて定
量スコア（quantitativescore）を計算することができる。定量スコアは、マイクロバイ
オームプロファイルを１以上の臨床因子、たとえば年齢グループ、人種、性別習性、衛生
習慣、製品使用、食事計画、体重、性別、病歴、リスク因子、または家族歴と組み合わせ
て用いることもできる。
【００４４】
[0053]  ある態様では、定量スコアは下記のうち１以上の尤度の増大または低下の指標
となることができる：臨床転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、
完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、および疾患管理のための推奨処置。
【００４５】
[0054]  ある適用では、対象のマイクロバイオームプロファイルにおける１以上の微生
物の閾値の低下または増大は、下記のうち１以上の尤度が増大していることの指標となる
：臨床転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答
、安定疾患、不応答、および疾患管理のための推奨処置。ある適用では、対象のマイクロ
バイオームにおける１以上の微生物の閾値の低下または増大は、下記のうち１以上の尤度
が増大していることの指標となる：臨床転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リ
スクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、および疾患管理のための推奨処置
。
【００４６】
[0055]  本明細書において、療法剤または化粧品として対象に投与できる微生物ベース
の組成物を提供する。本明細書において、微生物ベースの組成物の各種配合物も提供する
。本明細書において提供される微生物または配合物のうち１以上または組合わせを用いて
、ある状態に罹患している対象を処置するのに適した組成物を開発することができる。本
明細書に記載するいずれかの方法、組成物、キット、およびシステムを用いて、療法剤／
化粧品である消費者向け製品組成物を調製することができる。
【００４７】
[0056]  本明細書に記載するいずれかの方法、組成物、キット、およびシステムを用い
て、対象の疾患状態を判定または推定することができる。疾患状態には、臨床転帰不良、
臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患、不応
答、および疾患管理のための推奨処置などの情報を含めることができる。
【００４８】
[0057]  本明細書に記載する方法、組成物、システム、およびキットは、本明細書に記
載するように、対象から得た生体試料中の１以上の微生物またはマイクロバイオームプロ
ファイルの検出または測定に基づいて疾患についての診断アッセイを提供する。ある適用
では、生体試料は、自身の１以上のマイクロバイオームプロファイルの決定を希望する健
常対象から採取される。ある適用では、生体試料は、自身の１以上のマイクロバイオーム
プロファイルの決定を希望する罹病対象から採取される。本明細書に記載する方法、組成
物、システム、およびキットを使用できる適応症には、ＩＢＤ、早産、肥満症、糖尿病性
足潰瘍、菌血症、アクネ、小児仙痛、ＩＩ型糖尿病、ディフィシル菌、ＩＢＳ、喘息、自
閉症、乾癬、アレルギー、心血管疾患、癌、うつ病、嚢胞性線維症、多発性硬化症、尿路
感染症、放射線腸障害、薬物代謝、慢性疲労、Ｉ型糖尿病、口臭、および齲食が含まれる
が、これらに限定されるものではない。
【００４９】
[0058]  生体試料は、対象の身体のいずれかのマイクロバイオームからのいずれかの試
料タイプであってよい。本開示に使用できるマイクロバイオームの幾つかの例には、皮膚
マイクロバイオーム、臍帯マイクロバイオーム、膣マイクロバイオーム、結膜マイクロバ
イオーム、腸マイクロバイオーム、胃マイクロバイオーム、消化管マイクロバイオーム、
および口腔マイクロバイオーム、鼻腔マイクロバイオーム、胃腸管マイクロバイオーム、
および尿生殖路マイクロバイオームが含まれる。適用に応じて、生体試料は、全血、血清
、血漿、粘液、唾液、頬スワブ、尿、便、細胞、組織、体液、またはその組合わせであっ
てもよい。
【００５０】
[0059]  本明細書において提供される診断アッセイまたは診断方法は、疾患状態、疾患
応答予測、または転帰について７０％を超える感度および７０％を超える特異性のうち少
なくとも１つを有することができる。そのような診断方法は、生体試料中の１５以下の微
生物の測定に基づいて、７０％以上の感度および７０％を超える特異性のうち少なくとも
１つを有することができる。そのような診断アッセイまたは診断方法は、２以下の微生物
、３以下の微生物、４以下の微生物、５以下の微生物、６以下の微生物、７以下の微生物
、８以下の微生物、９以下の微生物、１０以下の微生物、１１以下の微生物、１２以下の
微生物、１３以下の微生物、１４以下の微生物、１５以下の微生物、１６以下の微生物、
１８以下の微生物、１９以下の微生物、２０以下の微生物、２５以下の微生物、３０以下
の微生物、３５以下の微生物、４０以下の微生物、４５以下の微生物、５０以下の微生物
、５５以下の微生物、６０以下の微生物、６５以下の微生物、７０以下の微生物、７５以
下の微生物、８０以下の微生物、８５以下の微生物、９０以下の微生物、または１００以
下の微生物の測定に基づいて、７０％を超える感度および７０％を超える特異性のうち少
なくとも１つを有することができる。
【００５１】
[0060]  本明細書に記載する方法、組成物、システム、およびキットは、レポートの作
成に使用することができる。ある適用では、レポートは下記のうち１以上の疾患状態また
は健康状態の尤度（増大または低下）などの情報を含むことができる：疾患状態の存在の
有無、臨床転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分
応答、安定疾患、不応答、および疾患管理のための推奨処置。
【００５２】
[0061]  代表的方法は、下記の工程のうち少なくとも１つを含むことができる：対象か
ら生体試料を得；対象の生体試料中の微生物のパネルを測定し；その測定に基づいて疾患
状態を決定し；そして、その決定の結果に基づいて疾患状態の情報を提供するレポートを
作成する。
【００５３】
[0062]  本開示の代表的方法は、下記の工程のうち少なくとも１つを含むことができる
：対象から生体試料を得；対象の生体試料中の微生物のパネルを測定し；測定に基づいて
、対象のマイクロバイオーム中の少なくとも１つの微生物の存在の有無を決定し；決定に
基づいて対象のマイクロバイオームプロファイル中の少なくとも１つの微生物の非存在ま
たは量に関する情報を提供するレポートを作成し；そして、所望により対象特異的マイク
ロバイオームプロファイルと類似のマイクロバイオームプロファイルを有すると決定され
たコホートからの情報を提供する。
【００５４】
[0063]  本明細書に記載する方法、組成物、システム、およびキットは、製造された微
生物ベースの療法剤／化粧品についての品質管理アッセイも提供する。たとえば、本明細
書に記載する方法、組成物、システム、およびキットは、製造された微生物ベースの療法
剤／化粧品が製造または貯蔵の過程でその遺伝子統合性を維持しているかを判定するため
のコンパニオン診断検査を開発するために使用することができる。
【００５５】
ＩＩ．方法
Ａ．マイクロバイオームプロファイリング
[0064]  本開示は、対象の少なくとも１つのマイクロバイオームからの生体試料中の少
なくとも１つの微生物を測定し、そしてマイクロバイオームプロファイルを決定するため
の方法を提供する。マイクロバイオームプロファイルは、マイクロバイオームを構成する
１以上の微生物（細菌、真菌、ウイルス、および古細菌）を測定または定量できるいずれ
か適切な検出手段を用いて査定することができる。
【００５６】
[0065]  一般に本開示は、情報価値のあるマイクロバイオームプロファイルを同定する
ために、ロングリード長シークエンシングの方法およびシステムを採用して、特定の微生
物における識別力を備えた完全１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニット、それらの遺
伝子間領域、および所望により他の遺伝子要素を測定する。
【００５７】
[0066]  ある適用では、対象のマイクロバイオームプロファイルは、部分的に、追加の
臨床情報、たとえば対象の年齢、体重、性別、病歴、リスク因子、家族歴、または他のい
ずれかの臨床関連情報を用いて決定される。
【００５８】
[0067]  ある適用では、対象のマイクロバイオームプロファイルは、単一のマイクロバ
イオームを含むことができる。たとえば、対象のマイクロバイオームプロファイルは、対
象の腸マイクロバイオームのみからの少なくとも１つの生体試料で構成することができる
。たとえば、対象のマイクロバイオームプロファイルは、対象の胃マイクロバイオームの
みからの少なくとも１つの生体試料で構成することができる。たとえば、対象のマイクロ
バイオームプロファイルは、対象の消化管マイクロバイオームのみからの少なくとも１つ
の生体試料で構成することができる。たとえば、対象のマイクロバイオームプロファイル
は、対象の口腔マイクロバイオームのみからの少なくとも１つの生体試料で構成すること
ができる。
【００５９】
[0068]  ある適用では、対象のマイクロバイオームプロファイルは１より多いマイクロ
バイオームからの少なくとも１つの生体試料で構成することができる。たとえば、対象の
マイクロバイオームプロファイルは、対象の皮膚マイクロバイオームおよび臍帯マイクロ
バイオームからの少なくとも１つの生体試料で構成することができる。他の例では、対象
のマイクロバイオームプロファイルは、対象の腸マイクロバイオーム、胃マイクロバイオ
ーム、消化管マイクロバイオーム、および口腔マイクロバイオームからの少なくとも１つ
の生体試料で構成することができる。他の例では、対象のマイクロバイオームプロファイ
ルは、対象の腸マイクロバイオームからの少なくとも１つの生体試料、および胃マイクロ
バイオームからの少なくとも１つの生体試料で構成することができる。他の例では、対象
のマイクロバイオームプロファイルは、対象の消化管マイクロバイオームからの少なくと
も１つの生体試料、および口腔マイクロバイオームからの少なくとも１つの生体試料で構
成することができる。ある適用では、対象のマイクロバイオームプロファイルは、少なく
とも２、３、４、５、６、７、８、９、１０，１１、１２、１３、１４、１５、１６、１
７，１８、１９、２０のマイクロバイオームで構成することができる。
【００６０】
[0069]  ある適用では、対象のマイクロバイオームプロファイルは１つの微生物を含む
ことができる。ある適用では、対象のマイクロバイオームプロファイルは２つの微生物、
３以下の微生物、４以下の微生物、５以下の微生物、６以下の微生物、７以下の微生物、
８以下の微生物、９以下の微生物、１０以下の微生物、１１以下の微生物、１２以下の微
生物、１３以下の微生物、１４以下の微生物、１５以下の微生物、１６以下の微生物、１
８以下の微生物、１９以下の微生物、２０以下の微生物、２５以下の微生物、３０以下の
微生物、３５以下の微生物、４０以下の微生物、４５以下の微生物、５０以下の微生物、
５５以下の微生物、６０以下の微生物、６５以下の微生物、７０以下の微生物、７５以下
の微生物、８０以下の微生物、８５以下の微生物、９０以下の微生物、１００以下の微生
物、２００以下の微生物、３００以下の微生物、４００以下の微生物、５００以下の微生
物、６００以下の微生物、７００以下の微生物、または８００以下の微生物を含むことが
できる。
【００６１】
[0070]  ある適用では、微生物の全ゲノムを解析して対象のマイクロバイオームプロフ
ァイルを決定する。他の適用では、微生物のゲノムの可変領域を解析して対象のマイクロ
バイオームプロファイルを決定する。たとえば、ゲノムにおける遺伝子多様性は、制限断
片長多型、一塩基多型、挿入、欠失、インデル（indel）（挿入−欠失）、マイクロサテ
ライトリピート、ミニサテライトリピート、短いタンデムリピート、転位性因子、ランダ
ム増幅多型ＤＮＡ、増幅断片長多型、またはその組合わせを含むことができる。
【００６２】
[0071]  ある適用では、微生物の１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニットの全ゲノ
ム領域を解析して対象のマイクロバイオームプロファイルを決定する。ある適用では、微
生物の１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニットの可変領域を解析して対象のマイクロ
バイオームプロファイルを決定する。
【００６３】
[0072]  本明細書において提供する方法、組成物、システムにより、コホート普遍化マ
イクロバイオームプロファイルまたは対象特異的マイクロバイオームプロファイルを作成
することができる。コホート普遍化マイクロバイオームプロファイルは、特定グループか
らの１より多い対象のマイクロバイオームからの測定データに基づいて決定することがで
きる。たとえば、コホートは特定の年齢グループ、世界の地域、人種、宗教グループ、性
別習性、衛生習慣、製品使用、食事計画、体重、性別、病歴、リスク因子、家族歴、また
はその組合わせからの対象であってもよい。対象特異的マイクロバイオームプロファイル
は、対象からの１以上のマイクロバイオームから決定することができる。
【００６４】
[0073]  代表的方法は、下記の工程のうち少なくとも１つを含むことができる：対象か
ら生体試料を得；対象の生体試料中の少なくとも１つの微生物を測定し；測定に基づいて
少なくとも１つの微生物の存在の有無を検出または測定し；そして、対象のマイクロバイ
オーム中の少なくとも１つの微生物の存在、非存在、または量の詳細を提供するレポート
を作成する。
【００６５】
[0074]  本開示の代表的方法は、下記の工程のうち少なくとも１つを含むことができる
：対象から生体試料を得；対象の生体試料中の微生物のパネルを測定し；測定に基づいて
微生物のパネルの存在の有無を検出し；対象のマイクロバイオームプロファイルを決定し
；そして、決定したマイクロバイオームプロファイルまたは類似のマイクロバイオームプ
ロファイルについての詳細を提供するレポートを作成する。
【００６６】
[0075]  本開示は、対象の疾患状態または療法に対する対象の応答の尤度を予測するた
めの診断アッセイを提供する。この診断アッセイは１以上の微生物の存在を使用して、対
象における疾患状態または療法に対する応答の尤度を予測するために使用できる定量スコ
アを計算することができる。ある適用では、この診断アッセイは１以上の微生物の存在、
および１以上の特徴、たとえば年齢、体重、性別、病歴、リスク因子、家族歴、またはそ
の組合わせを使用して、対象における疾患状態または療法に対する応答の尤度を予測する
ために使用できる定量スコアを計算することができる。
【００６７】
[0076]  ある適用では、対象のマイクロバイオームプロファイルにおける１以上の微生
物の閾値の低下は、下記のうち１以上の尤度が増大していることの指標となる：臨床転帰
不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患
、不応答、および疾患管理のための推奨処置。ある態様では、定量スコアの低下は、下記
のうち１以上の尤度が増大していることの指標となる：臨床転帰不良、臨床転帰良好、高
リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、および疾患管
理のための推奨処置。
【００６８】
[0077]  ある適用では、対象のマイクロバイオームプロファイルにおける１以上の微生
物の閾値の低下は、下記のうち１以上の尤度が低下していることの指標となる：臨床転帰
不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患
、不応答、および疾患管理のための推奨処置。ある態様では、定量スコアの低下は、下記
のうち１以上の尤度が増大していることの指標となる：臨床転帰不良、臨床転帰良好、高
リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、および疾患管
理のための推奨処置。
【００６９】
[0078]  ある適用では、対象のマイクロバイオームプロファイルにおける１以上の微生
物の閾値の増大は、下記のうち１以上の尤度が増大していることの指標となる：臨床転帰
不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患
、不応答、および疾患管理のための推奨処置。ある適用では、１以上の微生物の閾値の低
下は、下記のうち１以上の尤度が増大していることの指標となる：臨床転帰不良、臨床転
帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、お
よび疾患管理のための推奨処置。
【００７０】
[0079]  ある適用では、対象のマイクロバイオームプロファイルにおける１以上の微生
物の閾値の増大は、下記のうち１以上の尤度が低下していることの指標となる：臨床転帰
不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患
、不応答、および疾患管理のための推奨処置。ある適用では、１以上の微生物の閾値の低
下は、下記のうち１以上の尤度が増大していることの指標となる：臨床転帰不良、臨床転
帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、お
よび疾患管理のための推奨処置。
【００７１】
[0080]  ある適用では、基準プロファイルと類似するマイクロバイオームプロファイル
は、下記のうち１以上の尤度が増大していることの指標となる：臨床転帰不良、臨床転帰
良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、およ
び疾患管理のための推奨処置。ある適用では、基準プロファイルと類似しないマイクロバ
イオームプロファイルは、下記のうち１以上の尤度が増大していることの指標となる：臨
床転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安
定疾患、不応答、および疾患管理のための推奨処置。
【００７２】
[0081]  ある適用では、基準プロファイルと類似するマイクロバイオームプロファイル
は、下記のうち１以上の尤度が低下していることの指標となる：臨床転帰不良、臨床転帰
良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、およ
び疾患管理のための推奨処置。ある適用では、基準プロファイルと類似しないマイクロバ
イオームプロファイルは、下記のうち１以上の尤度が増大していることの指標となる：臨
床転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安
定疾患、不応答、および疾患管理のための推奨処置。
【００７３】
Ｂ．試料
[0082]  生体試料は、自身の１以上のマイクロバイオームに関する情報を希望する対象
から採取することができる。対象の身体のいずれかのマイクロバイオームからのいずれか
のタイプの試料を本開示の方法、組成物、システム、およびキットに使用することができ
る。本開示に使用できるマイクロバイオームの例には、皮膚マイクロバイオーム、臍帯マ
イクロバイオーム、膣マイクロバイオーム、結膜マイクロバイオーム、腸マイクロバイオ
ーム、胃マイクロバイオーム、消化管マイクロバイオーム、および口腔マイクロバイオー
ム、鼻腔マイクロバイオーム、胃腸管マイクロバイオーム、および尿生殖路マイクロバイ
オームが含まれるが、これらに限定されない。
【００７４】
[0083]  適用に応じて、生体試料の選択をその特定の適用に合わせて調整することがで
きる。本明細書により提供されるいずれかの方法において、生体試料は、全血、血清、血
漿、粘液、唾液、頬スワブ、尿、便、細胞、組織、体液、リンパ液、ＣＮＳ液、および病
巣浸出物、またはその組合わせであってもよい。
【００７５】
Ｃ．試料調製
[0084]  本明細書において提供される方法、組成物、システム、およびキットに使用で
きる生体試料は、１以上の微生物の測定を可能にするために、当該技術分野において公知
であるかまたは本明細書に記載するいずれかの手段を用いて処理することができる。試料
調製は、下記の工程のうちいずれか１つまたは工程の組合わせを含むことができる：１）
最初に、滅菌綿棒を１×滅菌ＰＢＳを入れたチューブに湿潤するまで浸漬させる。２）組
織がその後わずかにピンク色／赤色になるのに十分な力で、綿棒を目的領域上で１０〜２
０回拭い取る。３）綿棒を、１．５ｍＬ滅菌チューブ内の３００μＬの細胞溶解用緩衝液
（本明細書に記載のもの）に穏やかに浸漬させる。４）綿棒を検査室へ送るためにマイク
ロ遠心チューブに入れたままにし、本明細書に示すようにさらに分析する。得られた試料
は、室温で一晩かけて送ることができる。
【００７６】
[0085]  緩衝液中の細菌細胞の輸送は、それらに関連する固有のバイアスを有する−あ
る株は試料採取に伴うごくわずかな栄養素で増殖し続けることができるが、他の株はきわ
めて特異的な環境がなければアポトーシスを生じるであろう。その結果、この様式で輸送
された試料はしばしば、細胞統合性に関連する初期プロファイリング／集団バイアスを有
する。
【００７７】
[0086]  現在の方法は、採取した試料をまず遠心することによって無傷細胞を強くエン
リッチする。試料内の無傷細胞から形成される生成ペレットが、次いですべての下流工程
のための前駆物質となる。これに対し、本明細書において提供される本方法は、上清（た
とえば、既に溶解した細胞からのもの）中に存在するいずれかのＤＮＡを濃縮する精製工
程を含む。このＤＮＡを次いで標準的なペレット調製物から抽出したＤＮＡと組み合わせ
、この組合わせがこの時点で下流工程へのより完全な前駆物質を形成する。
【００７８】
[0087]  本明細書において提供される方法では、マイクロバイオーム試料を直ちに後記
の特定の細胞溶解緩衝液カクテルに入れることができ、標準的な緩衝液が室温で３日間安
定であるのと異なり、輸送する必要のある試料に十分な時間が得られる。これらの試料を
次いで常法どおり処理することができ、ＤＮＡは長いリード長のシークエンシングおよび
マイクロバイオームプロファイリングに用いるために無傷のままであろう。細胞溶解用緩
衝液は：２０ｍＭ  Ｔｒｉｓ，ｐＨ８．０、２０ｍＭ  ＥＤＴＡ、１％ＳＤＳ、０．５％
Ｔｗｅｅｎ、１％Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００、および４００μｇ／ｍＬのプロテイナーゼ
Ｋを含有する。
【００７９】
[0088]  後続のヒトマイクロバイオーム試料からのＤＮＡの抽出は数工程を含み、それ
らのそれぞれが試料の統合性およびアーチファクトであるキメラ分子の生成に関与する。
アンプリコン方法について、これらの工程は下記を含むことができる：ＰＣＲ、試料定量
（たとえば、Ｑｕｂｉｔ、ナノドロップ、バイオアナライザーなど）、Ｂｌｕｅ  Ｐｉｐ
ｐｉｎサイズ選択、０．５×Ａｍｐｕｒｅ精製、試料定量、ＤＮＡエンドリペア（end re
pair）、０．５×Ａｍｐｕｒｅ精製、平滑末端アダプターライゲーション、エキソヌクレ
アーゼ処理、２回の０．５×Ａｍｐｕｒｅ精製、および最後のＢｌｕｅ  Ｐｉｐｐｉｎサ
イズ選択。マイクロバイオームプロファイリングの忠実度を改善するために、試料に応じ
てこれらの工程のうち１以上を除いてもよい。これはプロファイリングについてのフィー
ドバックループにおいて、既知の模擬コミュニティーをテストとして用いることにより、
または既知量の非片利共生株を試料に導入することにより、経験的に決定される。
【００８０】
[0089]  ある適用では、本方法は増幅工程を使用しない。そのような方法の例には、ホ
ールゲノムショットガン（ＷＧＳ）シークエンシングによるシークエンシングを用いる方
法が含まれる。これらの方法は、微生物分布を歪めることが知られている増幅バイアスを
排除することによって有益性をもたらすことができる。さらに、そのような方法は、関連
要素、たとえば細菌プラスミド、真菌およびウイルスのｄｅ  ｎｏｖｏ発見も可能にする
。
【００８１】
[0090]  本開示の方法の実施には、当業者がなしうる免疫学、生化学、化学、分子生物
学、微生物学、細胞生物学、ゲノミクスおよび組換えＤＮＡの一般的手法を利用できる。
たとえば、Ｓａｍｂｒｏｏｋ，Ｆｒｉｔｓｃｈ  ａｎｄ  Ｍａｎｉａｔｉｓ、分子クロー
ニング：実験室マニュアル、第４版（２０１２）；分子生物学の最新プロトコール（Ｆ．
Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌら編（１９８７））；シリーズ  ＭＥＴＨＯＤＳ  ＩＮ  ＥＮＺＹＭ
ＯＬＯＧＹ（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ社）：ＰＣＲ  ２：実践的アプローチ（Ｍ．
Ｊ．ＭａｃＰｈｅｒｓｏｎ，Ｂ．Ｄ．Ｈａｍｅｓ  ａｎｄ  Ｇ．Ｒ．Ｔａｙｌｏｒ編（１
９９５））；動物細胞培養：基本技術と特定用途のマニュアル、第６版（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅ
ｓｈｎｅｙ編（２０１０）；およびＬａｎｇｅら、分子システム生物学、第４巻：Ａｒｔ
ｉｃｌｅ  ２２２（２００８）を参照されたい；これらを本明細書に援用する。たとえば
、生体試料の調製は、たとえば細胞または組織からの細胞内物質の抽出または単離、たと
えば核酸、タンパク質、または他の高分子の抽出を含むことができる。本開示の方法に使
用できる試料調製には、遠心分離、アフィニティークロマトグラフィー、磁気分離、イム
ノアッセイ、核酸アッセイ、受容体ベースのアッセイ、サイトメトリーアッセイ、比色ア
ッセイ、酵素アッセイ、電気泳動アッセイ、電気化学的アッセイ、分光分析アッセイ、ク
ロマトグラフィーアッセイ、顕微鏡アッセイ、トポグラフィーアッセイ、測熱アッセイ、
放射性同位体アッセイ、タンパク質合成アッセイ、組織学的アッセイ、培養アッセイ、お
よびその組合わせが含まれるが、これらに限定されない。
【００８２】
[0091]  試料の細胞間隙から核酸および高分子へのアクセスは、一般に物理的方法、化
学的方法、または両者の組合わせにより行なうことができる。
[0092]  本明細書に記載する方法に用いる核酸は、いずれかの生体試料から、ゲノムＤ
ＮＡの統合性および連続性を保存する剪断法を用いて単離することができる。
【００８３】
[0093]  本開示に使用できる核酸試料には、あらゆるタイプのＤＮＡおよびＲＮＡが含
まれる。核酸の長さは、約１００、２００、３００、４００、５００、６００、７００、
８００、９００、１０００、２０００、３０００、４０００、５０００、６０００、７０
００、８０００、９０００、１０，０００、２０，０００、３０，０００、４０，０００
、５０，０００、６０，０００、７０，０００、８０，０００、９０，０００、１００，
０００、２００，０００、３００，０００、４００，０００、５００，０００、６００，
０００、７００，０００、８００，０００、９００，０００、１，０００，０００、２，
０００，０００、３，０００，０００、４，０００，０００、５，０００，０００、６，
０００，０００、７，０００，０００、８，０００，０００、９，０００，０００、また
は１０，０００，０００ヌクレオチドまたは塩基対であってもよい。
【００８４】
[0094]  核酸の「可変領域」にみられる多様性は、ゲノムまたは株を区別する手段を提
供することができる。核酸におけるそのような多様性の例には、たとえば下記の多型が含
まれるが、それらに限定されない：制限断片長多型、一塩基多型、挿入、欠失、インデル
（挿入−欠失）、マイクロサテライトリピート、ミニサテライトリピート、短いタンデム
リピート、転位性因子、ランダム増幅多型ＤＮＡ、および増幅断片長多型。
【００８５】
Ｄ．検出
[0095]  マイクロバイオームのプロファイリングは当該技術分野で公知の多様な手段で
実施することができ、それらのうちの幾つかを本明細書に示す。ある適用では、マイクロ
バイオームプロファイリングは１以上の検出手段を含むことができる。
【００８６】
[0096]  ある適用では、シークエンシング法を用いて試料を測定する。特定の適用では
、本明細書において提供するＰＣＲプライマーは固有バーコード識別子を含むであろう。
ある適用では、バーコード識別子の付加により、本明細書において提供されるコンピュー
ターシステムおよび実行可能コードを用いて多重試料（たとえば、生体試料またはマイク
ロバイオーム試料）を多重処理することができる。一分子シークエンシングを用いる適用
では、本明細書において提供されるように、コンピューターシステムおよび各試料につい
て塩基修飾検出を導くことができる実行可能コードを使用することができる。
【００８７】
[0097]  ロングリード長を達成するための本開示の方法、システム、およびキットに使
用できるシークエンシング技術の例には、Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ製の
ＳＭＲＴ（登録商標）シークエンシングシステムが含まれるが、これらに限定されるもの
ではない。特に、ＳＭＲＴシステムは核酸複製の一分子リアルタイム観察に基づいて長さ
５０００塩基を超える平均リード長をもたらす（たとえば、米国特許第７，０５６，６６
１号、第７，０５６，６７６号、第７，０５２，８４７号、および第７，０３３，７６４
号、ならびにＣｈｉｎ  ＣＳら、Ｎｏｎｈｙｂｒｉｄ  ｆｉｎｉｓｈｅｄ  ｍｉｃｒｏｂ
ｉａｌ  ｇｅｎｏｍｅ  ａｓｓｅｍｂｌｉｅｓ  ｆｒｏｍ  ｌｏｎｇ  ｒｅａｄ  ＳＭＲ
Ｔ  ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｄａｔａ．Ｎａｔ  Ｍｅｔｈｏｄｓ．２０１３  Ｊｕｎ；１
０（６）：５６３−９を参照）。
【００８８】
［００９８］  本開示に使用できる他のシークエンシングシステムおよび方法には、ロ
ングリード長サンガーシークエンシング法、ロングリードアンサンブルシークエンシング
法、たとえばＩｌｌｕｍｉｎａ／Ｍｏｌｅｃｕｌｏシークエンシング、および可能性とし
て他の一分子シークエンシング法、たとえばＮａｎｏｐｏｒｅシークエンシング技術が含
まれるが、これらに限定されない。
【００８９】
[0099]  ロングリードシークエンシングを本開示の方法に用いる適用では、ロングリー
ドシークエンシングは５００塩基より長い、好ましくは８００塩基より長い、より好まし
くは１０００塩基より長い、最も好ましい観点においては１５００塩基より長い連続配列
リードを提供するシークエンシングを含むことができる。ロングリードシークエンシング
は１５００塩基より長い、好ましくは２０００塩基より長い、より好ましくは３０００塩
基より長い、および４５００塩基より長い連続配列リードを提供するシークエンシングを
も含むことができる。
【００９０】
[00100]  特に好ましい観点では、一分子リアルタイムシークエンシング法、たとえば
Ｐａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ  ＳＭＲＴ技術が好ましい。特に、きわめて長
いリード長と一分子解像とを提供することにより、これらのシステムは、たとえばマイク
ロバイオーム試料内の種々の成分を分類するための種々の機会を提供する種々の個々の分
子を用いて、分類精度およびきわめて高い多重度の可能性という利点をもたらす。
【００９１】
[00101]  一分子リードそれぞれが１６Ｓおよび／または２３Ｓ領域全体に及ぶので、
アセンブリーの必要はない。したがって、バーコード付けおよび多重処理を用いて株／試
料当たりのコストを低減することができる。
【００９２】
[00102]  本発明に使用できる適切なバーコードには配列番号１〜１６および配列番号
６６０〜７４２が含まれるが、これらに限定されない。
[00103]  本開示は、混合集団中の微生物を分類するために、ロングリード長、一分子
シークエンシングシステムを利用する。得られる「マイクロバイオームプロファイル」は
、１６Ｓおよび２３Ｓ領域全体を含む出力を利用して前例のない分類精度をより低コスト
で達成するであろう。
【００９３】
[00104]  さらに、本発明はホールゲノムショットガン（ＷＧＳ）試料を用いてマイク
ロバイオームをプロファイリングする非増幅モードを含む。これにより、問題のあること
が知られているバイアスがプロファイリングから排除される。したがって、メタ−ゲノム
のいずれの部分からのリードも株識別子として使用することができる。これにより関連要
素、たとえば細菌プラスミド、真菌、およびウイルスのｄｅ  ｎｏｖｏ発見が可能になる
。既知の定常領域の必要性が除かれるので、これにより観察可能性な多様性のレベルも拡
大する。アンプリコン法の結果をＷＧＳと比較することにより、アンプリコン法における
バイアスを補正することができ、特異的増幅のための試料効果の高いアンプリコンバージ
ョンを作製することができる。試料調製に増幅工程が含まれないので、これにより塩基修
飾シグナルの利用も可能になる。
【００９４】
[00105]  リード長および多重性という有益性のほかに、一分子リアルタイムシークエ
ンシングは、特定の微生物のゲノム中に存在する塩基修飾に関する情報を得るためにも有
用である。特に、塩基修飾に対して感受性であるロングリード長技術を用いることにより
、本開示はこの追加または第５の塩基データを利用して、試料の分析および分類に分類特
異性を追加することができる。ＤＮＡ修飾は遺伝子発現に影響を及ぼすことが知られてい
るので、同一ゲノムではあるが異なる塩基修飾をもつ微生物、たとえば細菌は、別個の活
性／宿主相互作用をもつ異なる株とみなすべきであることは明らかである。
【００９５】
[00106]  リード長および多重性という利点を１６Ｓ、２３Ｓまたは他のゲノム位置を
用いる系統発生的分類の改良に適用するほか、これらの利点はマイクロバイオームの真の
発現プロファイルのより完全な描写にも利用できる。したがって、全長転写物シークエン
シングは、宿主の健康改善にどの代謝経路が最も関連性が高いかについて、より完全な像
を与えるであろう。
【００９６】
[00107]  マイクロバイオームプロファイリングは核酸マイクロアレイの利用を含むこ
とができる。マイクロバイオームは、マイクロアレイ技術を用いて新鮮な試料または固定
した試料のいずれかにおいて測定できる。この方法では、目的とするポリヌクレオチド配
列（ｃＤＮＡｓ、ＲＮＡ、ｍＲＮＡなど、およびオリゴヌクレオチドを含む）をマイクロ
チップ基材上にプレーティングまたはアレイ化することができる。アレイ化した配列を、
次いで基材上のオリゴヌクレオチドに対して相補性をもつ特異的プローブとハイブリダイ
ズさせることができる。アレイ化した配列はＰＣＲ増幅した核酸クローンのインサートで
あってもよく、それらを緻密なアレイ状で基材に付与することができる。
【００９７】
[00108]  ある適用では、１００、５００、１，０００、２０００、３，０００、４，
０００、５，０００、６，０００、７，０００、８，０００、９，０００、または１０，
０００より多いヌクレオチド配列を基材に付与することができる。マイクロチップ上にそ
れぞれ１００、５００、１，０００、２０００、３，０００、４，０００、５，０００、
６，０００、７，０００、８，０００、９，０００、または１０，０００要素より多く固
定化されたマイクロアレイ化した遺伝子、可変領域、遺伝子間領域、または他の目的領域
が、ストリンジェント条件下でのハイブリダイゼーションに適切な可能性がある。
【００９８】
[00109]  蛍光性ヌクレオチドを取り込ませることにより蛍光標識プローブを作製する
ことができる。標識プローブを次いでチップに付与し、アレイの各スポットに特異的にハ
イブリダイズさせることができる。ストリンジェント洗浄して非特異的に結合しているプ
ローブを除去した後、マイクロアレイチップを共焦点レーザー顕微鏡などの機器により、
または他の検出方法、たとえばＣＣＤカメラによりスキャンすることができる。アレイ化
エレメントそれぞれのハイブリダイゼーションの定量により、対応する存在量を査定する
ことができる。２色蛍光を用いると、１より多い核酸源から作製した個別標識されたプロ
ーブをアレイにハイブリダイズさせることができる。特定した各遺伝子に対応する核酸源
の相対存在量をこうして決定できる。マイクロアレイ読出しの解析は、市販の装置により
実施することができる。
【００９９】
[00110]  マイクロバイオームプロファイリングは、バイオチップの使用をさらに含む
ことができる。バイオチップは多数の高分子をスクリーニングするために使用することが
できる。バイオチップは固定化した核酸分子、全長タンパク質、抗体、アフィボディ（モ
ノクローナル抗体を模倣するために工学的に作製された小分子）、アプタマー（核酸ベー
スのリガンド）、または化合物を用いて設計することができる。チップは多重の高分子タ
イプを１チップ上で検出するように設計することができる。たとえば、チップは核酸分子
、タンパク質、および代謝産物を１チップ上で検出するように設計することができる。バ
イオチップは、単一試料中の微生物パネルを同時に分析するように使用および設計するこ
とができる。
【０１００】
[00111]  ある適用では、マイクロバイオームプロファイリングは、タンパク質マイク
ロアレイの使用を含むことができる。タンパク質マイクロアレイは、本開示に使用できる
特定タイプのバイオチップであってもよい。チップは、スライドグラス、ニトロセルロー
ス膜、ビーズ、またはマイクロタイタープレートなどの支持体表面を含むことができ、そ
れに捕捉タンパク質のアレイをアレイ状に固体表面に結合させることができる。タンパク
質アレイ検出方法は、高い信号および低いバックグラウンドを与えることができる。一般
に蛍光色素で標識された検出プローブ分子を、アレイに付加することができる。プローブ
と固定化タンパク質のいずれかの反応が検出可能な信号を発生することができる。そのよ
うなタンパク質マイクロアレイは迅速であり、自動化することができ、微生物読出し上に
あることが知られている診断検査用としてのタンパク質マーカーの高い感度をもたらすこ
とができる。
【０１０１】
[00112]  ある適用では、マイクロバイオームプロファイリングは、分析用タンパク質
マイクロアレイの使用を含むことができ、それらは抗体、アプタマー、またはアフィボデ
ィのライブラリーを用いて構築することができる。このアレイは、それらに特異的に結合
するタンパク質分子を捕捉することにより、生体試料からの複雑なタンパク質溶液を調べ
ることができる。生じた結合反応を多様な検出システムで分析することにより、試料中の
特定のタンパク質の発現レベルについての情報ならびに結合の親和性および特異性の測定
値を得ることができる。このタイプのタンパク質マイクロアレイは、異なる試料中のタン
パク質発現を比較する際に特に有用な可能性がある。機能性タンパク質マイクロアレイは
、多数の精製した全長機能性タンパク質またはタンパク質ドメインを固定化することによ
り構築することができ、タンパク質−タンパク質、タンパク質−ＤＮＡ、タンパク質−Ｒ
ＮＡ、タンパク質−リン脂質、およびタンパク質−小分子の相互作用を同定するために、
酵素活性をアッセイするために、または抗体を検出してそれらの特異性を証明するために
使用することができる。これらのタンパク質マイクロアレイバイオチップを用いて、試料
中の全プロテオームの生化学活性を調べることができる。
【０１０２】
[00113]  ある適用では、マイクロバイオームプロファイリングは逆相タンパク質マイ
クロアレイ（ＲＰＡ）の使用を含むことができる。逆相タンパク質マイクロアレイは組織
および細胞の溶解物から構築することができ、それらをマイクロアレイ上にアレイ化し、
そして目的とする標的タンパク質に対する抗体で調べることができる。これらの抗体を化
学発光、蛍光、または比色アッセイで検出することができる。タンパク質を定量できるよ
うに、溶解物中のタンパク質のほかに、基準となる対照ペプチドをスライド上にプリント
することができる。
【０１０３】
[00114]  ある適用では、マイクロバイオームプロファイリングは、ディジタルＰＣＲ
デバイスまたはｄｒｏｐｌｅｔ  ｄｉｇｉｔａｌ  ＰＣＲデバイスの使用をさらに含むこ
とができる。Ｄｒｏｐｌｅｔ  ｄｉｇｉｔａｌ  ＰＣＲを用いて、生体試料中のＤＮＡ、
ＲＮＡ、またはタンパク質などの分子をコンパートメントへ分配し、そのコンパートメン
ト内の分子を同定および測定することができる。各ドロップレットの取り調べにより、そ
の生体試料中に存在する分子の数および測定値を得ることができる。
【０１０４】
Ｅ．プライマーおよびプローブ
[00115]  １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の解析は微生物の多様性を理解するために使
用できる１つの方法である。適用できる他の方法は、２３ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の解
析である。これらの解析の精度は、プライマーの選択に強く依存する。
【０１０５】
[00116]  プライマーは、当該技術分野で周知の方法を用いた、適切な配列のクローニ
ングおよび直接化学合成を含めた多様な方法により作製できるが、これらに限定されるも
のではない（Ｎａｒａｎｇら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．６８：９０（１９７９
）；Ｂｒｏｗｎら、Ｍｅｔｈｏｄｓ  Ｅｎｚｙｍｏｌ．６８：１０９（１９７９））。プ
ライマーは、Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ  ＤＮＡ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、Ｏｐｅｒｏｎ
Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ、アマシャム・ファルマシア・バイオテク、シグマ、および
ライフテクノロジーズなどの業者から入手することもできる。さらに、プライマーを設計
するためにコンピュータープログラムを使用することもでき、それにはＡｒｒａｙ  Ｄｅ
ｓｉｇｎｅｒ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ（Ａｒｒａｙｉｔ社）、遺伝子解析のためのオリゴプロ
ーブ設計ソフトウェア（オリンパス光学工業株式会社）、ＮｅｔＰｒｉｍｅｒ、およびＤ
ＮＡｓｉｓ（日立ソフトウェアエンジニアリング製）が含まれるが、これらに限定される
ものではない。
【０１０６】
[00117]  １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の解析に使用できるプライマーには配列番号
１７〜２４が含まれるが、これらに限定されない。
[00118]  １６ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の解析に使用できるプライマーには配列番号
１７〜２４および６４６〜６５６が含まれるが、これらに限定されない。
【０１０７】
[00119]  ２３ＳリボソームＲＮＡ遺伝子の解析に使用できるプライマーには配列番号
２５〜６７および６５７〜６５９が含まれるが、これらに限定されない。
[00120]  微生物の多様性はさらに、１６ＳリボソームＲＮＡと２３ＳリボソームＲＮ
Ａとの間の遺伝子間領域を解析する方法により記述できる。１６ＳリボソームＲＮＡと２
３ＳリボソームＲＮＡとの間の遺伝子間領域を解析するために使用できるプライマーには
配列番号２７０〜３６４（フォワード遺伝子間プライマー）および配列番号５５１〜６４
５（リバース遺伝子間プライマー）が含まれるが、これらに限定されない。
【０１０８】
[00121]  １６ＳリボソームＲＮＡおよび２３ＳリボソームＲＮＡ中の可変領域を特異
的に増幅および同定するために設計できるプライマーには配列番号８７〜１８０（フォワ
ード１６Ｓプライマー）、配列番号１８１〜２６９（フォワード２３Ｓプライマー）、配
列番号３６５〜４６１（リバース１６Ｓプライマー）、および配列番号４６２〜５５０（
リバース２３Ｓプライマー）が含まれるが、これらに限定されない。微生物中に同定され
た可変領域または同様な識別遺伝子配列を特異的に増幅するためのプライマーを設計する
ことができる。
【０１０９】
[00122]  本明細書に記載するプライマーまたはプローブには、本明細書に記載する核
酸配列のいずれかに対して少なくとも５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％
、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％
、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％
、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％
、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％
、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の相同性を有するポリヌクレオチド
も含めることができる。
【０１１０】
[00123]  本明細書に記載するプライマーまたはプローブには、本明細書に記載する核
酸配列のいずれかに対して少なくとも５０％、５１％、５２％、５３％、５４％、５５％
、５６％、５７％、５８％、５９％、６０％、６１％、６２％、６３％、６４％、６５％
、６６％、６７％、６８％、６９％、７０％、７１％、７２％、７３％、７４％、７５％
、７６％、７７％、７８％、７９％、８０％、８１％、８２％、８３％、８４％、８５％
、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％
、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の相同性を有するポリペプチドも含
めることができる。
【０１１１】
[00124]  ある適用において、具体的な適用に応じてプライマーまたはプローブの配列
に制限部位を導入することが有用な可能性がある。本開示の方法に使用できる制限酵素の
例には下記のものが含まれるが、それらに限定されない：ＡａｔＩＩ、Ａｃｃ６５Ｉ、Ａ
ｃｃＩ、ＡｃｉＩ、ＡｃｌＩ、ＡｃｕＩ、ＡｆｅＩ、ＡｆｌＩＩ、ＡｆｌＩＩＩ、Ａｇｅ
Ｉ、ＡｈｄＩ、ＡｌｅＩ、ＡｌｕＩ、ＡｌｗＩ、ＡｌｗＮＩ、ＡｐａＩ、ＡｐａＬＩ、Ａ
ｐｅＫＩ、ＡｐｏＩ、ＡｓｃＩ、ＡｓｅＩ、ＡｓｉＳＩ、ＡｖａＩ、ＡｖａＩＩ、Ａｖｒ
ＩＩ、ＢａｅＧＩ、ＢａｅＩ、ＢａｍＨＩ、ＢａｎＩ、ＢａｎＩＩ、ＢｂｓＩ、ＢｂｖＣ
Ｉ、ＢｂｖＩ、ＢｃｃＩ、ＢｃｅＡＩ、ＢｃｇＩ、ＢｃｉＶＩ、ＢｃｌＩ、ＢｆａＩ、Ｂ
ｆｕＡＩ、ＢｆｕＣＩ、ＢｇｌＩ、ＢｇｌＩＩ、ＢｌｐＩ、ＢｍｇＢＩ、ＢｍｒＩ、Ｂｍ
ｔＩ、ＢｐｍＩ、Ｂｐｕ１０Ｉ、ＢｐｕＥＩ、ＢｓａＡＩ、ＢｓａＢＩ、ＢｓａＨＩ、Ｂ
ｓａＩ、ＢｓａＪＩ、ＢｓａＷＩ、ＢｓａＸＩ、ＢｓｅＲＩ、ＢｓｅＹＩ、ＢｓｇＩ、Ｂ
ｓｉＥＩ、ＢｓｉＨＫＡＩ、ＢｓｉＷＩ、ＢｓｌＩ、ＢｓｍＡＩ、ＢｓｍＢＩ、ＢｓｍＦ
Ｉ、ＢｓｍＩ、ＢｓｏＢＩ、Ｂｓｐ１２８６Ｉ、ＢｓｐＣＮＩ、ＢｓｐＤＩ、ＢｓｐＥＩ
、ＢｓｐＨＩ、ＢｓｐＭＩ、ＢｓｐＱＩ、ＢｓｒＢＩ、ＢｓｒＤＩ、ＢｓｒＦＩ、Ｂｓｒ
ＧＩ、ＢｓｒＩ、ＢｓｓＨＩＩ、ＢｓｓＫＩ、ＢｓｓＳＩ、ＢｓｔＡＰＩ、ＢｓｔＢＩ、
ＢｓｔＥＩＩ、ＢｓｔＮＩ、ＢｓｔＵＩ、ＢｓｔＸＩ、ＢｓｔＹＩ、ＢｓｔＺ１７Ｉ、Ｂ
ｓｕ３６Ｉ、ＢｔｇＩ、ＢｔｇＺＩ、ＢｔｓＣＩ、ＢｔｓＩ、Ｃａｃ８Ｉ、ＣｌａＩ、Ｃ
ｓｐＣＩ、ＣｖｉＡＩＩ、ＣｖｉＫＩ−１、ＣｖｉＱＩ、ＤｄｅＩ、ＤｐｎＩ、ＤｐｎＩ
Ｉ、ＤｒａＩ、ＤｒａＩＩＩ、ＤｒｄＩ、ＥａｅＩ、ＥａｇＩ、ＥａｒＩ、ＥｃｉＩ、Ｅ
ｃｏ５３ｋＩ、ＥｃｏＮＩ、ＥｃｏＯ１０９Ｉ、ＥｃｏＰ１５Ｉ、ＥｃｏＲＩ、ＥｃｏＲ
Ｖ、ＦａｔＩ、ＦａｕＩ、Ｆｎｕ４ＨＩ、ＦｏｋＩ、ＦｓｅＩ、ＦｓｐＩ、ＨａｅＩＩ、
ＨａｅＩＩＩ、ＨｇａＩ、ＨｈａＩ、ＨｉｎｃＩＩ、ＨｉｎｄＩＩＩ、ＨｉｎｆＩ、Ｈｉ
ｎＰ１Ｉ、ＨｐａＩ、ＨｐａＩＩ、ＨｐｈＩ、Ｈｐｙ１６６ＩＩ、Ｈｐｙ１８８Ｉ、Ｈｐ
ｙ１８８ＩＩＩ、Ｈｐｙ９９Ｉ、ＨｐｙＡＶ、ＨｐｙＣＨ４ＩＩＩ、ＨｐｙＣＨ４ＩＶ、
ＨｐｙＣＨ４Ｖ、ＫａｓＩ、ＫｐｎＩ、ＭｂｏＩ、ＭｂｏＩＩ、ＭｆｅＩ、ＭｌｕＩ、Ｍ
ｌｙＩ、ＭｍｅＩ、ＭｎｌＩ、ＭｓｃＩ、ＭｓｅＩ、ＭｓｌＩ、ＭｓｐＡ１Ｉ、ＭｓｐＩ
、ＭｗｏＩ、ＮａｅＩ、ＮａｒＩ、Ｎｂ．ＢｂｖＣＩ、Ｎｂ．ＢｓｍＩ、Ｎｂ．ＢｓｒＤ
Ｉ、Ｎｂ．ＢｔｓＩ、ＮｃｉＩ、ＮｃｏＩ、ＮｄｅＩ、ＮｇｏＭＩＶ、ＮｈｅＩ、Ｎｌａ
ＩＩＩ、ＮｌａＩＶ、ＮｍｅＡＩＩＩ、ＮｏｔＩ、ＮｒｕＩ、ＮｓｉＩ、ＮｓｐＩ、Ｎｔ
．ＡｌｗＩ、Ｎｔ．ＢｂｖＣＩ、Ｎｔ．ＢｓｍＡＩ、Ｎｔ．ＢｓｐＱＩ、Ｎｔ．ＢｓｔＮ
ＢＩ、Ｎｔ．ＣｖｉＰＩＩ、ＰａｃＩ、ＰａｅＲ７Ｉ、ＰｃｉＩ、ＰｆｌＦＩ、ＰｆｌＭ
Ｉ、ＰｈｏＩ、ＰｌｅＩ、ＰｍｅＩ、ＰｍｌＩ、ＰｐｕＭＩ、ＰｓｈＡＩ、ＰｓｉＩ、Ｐ
ｓｐＧＩ、ＰｓｐＯＭＩ、ＰｓｐＸＩ、ＰｓｔＩ、ＰｖｕＩ、ＰｖｕＩＩ、ＲｓａＩ、Ｒ
ｓｒＩＩ、ＳａｃＩ、ＳａｃＩＩ、ＳａｌＩ、ＳａｐＩ、Ｓａｕ３ＡＩ、Ｓａｕ９６Ｉ、
ＳｂｆＩ、ＳｃａＩ、ＳｃｒＦＩ、ＳｅｘＡＩ、ＳｆａＮＩ、ＳｆｃＩ、ＳｆｉＩ、Ｓｆ
ｏＩ、ＳｇｒＡＩ、ＳｍａＩ、ＳｍｌＩ、ＳｎａＢＩ、ＳｐｅＩ、ＳｐｈＩ、ＳｓｐＩ、
ＳｔｕＩ、ＳｔｙＤ４Ｉ、ＳｔｙＩ、ＳｗａＩ、Ｔ、ＴａｑαＩ、ＴｆｉＩ、ＴｌｉＩ、
ＴｓｅＩ、Ｔｓｐ４５Ｉ、Ｔｓｐ５０９Ｉ、ＴｓｐＭＩ、ＴｓｐＲＩ、Ｔｔｈ１１１Ｉ、
ＸｂａＩ、ＸｃｍＩ、ＸｈｏＩ、ＸｍａＩ、ＸｍｎＩ、およびＺｒａＩ。
【０１１２】
[00125]  ある適用において、具体的な適用に応じてプライマーまたはプローブの配列
にバーコードを取り込ませることが有用な可能性がある。本発明に使用できるバーコード
の例を本明細書に示す。生体試料のバーコード付けは、本明細書において提供するアッセ
イの多重化を容易にするために使用できる。生体試料のバーコード付けは、検出手段とし
てシークエンシングを用いる本明細書に記載の方法に使用することができる。
【０１１３】
Ｆ．アルゴリズムベースの方法
[00126]  本開示は、対象の診断用マイクロバイオームプロファイルを構築するための
機械学習アルゴリズムを提供する。適用に応じて、診断用マイクロバイオームプロファイ
ルはマイクロバイオームプロファイルからスコアを作成でき、それは基準マイクロバイオ
ームプロファイルとの比較であってもよく、規定の閾値を超えたマイクロバイオームプロ
ファイルのレベル、またはその組合わせであってもよい。
【０１１４】
[00127]  本開示は、より高いエラー率の一分子プラットフォームを利用するシークエ
ンシング法を含む。これらのシステムは非同期性（asynchronous）であり、したがってマ
イクロバイオームを構成する複雑な株を適正に分類するのに必要なロングリード長を提供
する。
【０１１５】
[00128]  アンプリコンシークエンシング（１６Ｓ、２３Ｓ、および他のマーカー遺伝
子）の場合、適正なプライマー配向、対合および完全性を得るためにこのプラットフォー
ムから得られた生データをまずフィルタリングする。得られた分子を次いで品質に基づい
てフィルタリングする（０．９５、０．９９、０．９９９などより大きな品質閾値が可能
である）。次いでこれらの分子がｄｅ  ｎｏｖｏクラスターを確立するために用いられる
リードの基礎セットを形成し、既知の基準データベースと直接比較することができる。既
知の基準データベースと部分的にマッチするにすぎない分子を新規ヒットデータベース（
novel hitdatabase）に追加する。＞１，０００塩基のストリンジェントリード長閾値は
、偽リードが誤って新規ヒットデータベースに取り込まれるのを阻止する。経験的に（模
擬コミュニティーまたは非片利共生性の導入株を用いて）決定したエラー重み付けをクラ
スタリングに際して用いて、クラスタリングに影響を及ぼすプラットフォーム特異的なシ
ークエンシングアーチファクトの影響を最小限に抑える。
【０１１６】
[00129]  ＷＧＳの場合、経験的に（模擬コミュニティーまたは非片利共生性の導入株
を用いて）決定したカットオフリード長および精度を用い、それらを最大感度閾値にマッ
チさせる。得られた分子を次いで品質に基づいてフィルタリングする（０．９５、０．９
９、０．９９９などより大きな品質閾値が可能である）。次いでこれらの分子はｄｅ  ｎ
ｏｖｏクラスターを確立するために用いられるリードの基礎セットを形成し、既知の基準
データベースと直接比較することができる。既知の基準データベースと部分的にマッチす
るにすぎない分子を新規ヒットデータベースに追加する。＞１，０００塩基のストリンジ
ェントリード長閾値は、偽リードが誤って新規ヒットデータベースに取り込まれるのを阻
止する。経験的に（模擬コミュニティーまたは非片利共生性の導入株を用いて）決定した
エラー重み付けをクラスタリングに際して用いて、クラスタリングに影響を及ぼすプラッ
トフォーム特異的なシークエンシングアーチファクトの影響を最小限に抑える。
【０１１７】
[00130]  使用できる機械学習アルゴリズムの例には下記のものが含まれるが、それら
に限定されない：エラスティックネットワーク（elastic network）、ランダムフォレス
ト（randomforest）、サポートベクターマシーン（support vector machine）、および
ロジスティック回帰。本明細書において提供するアルゴリズムは重要な微生物の選択を補
助することができ、基礎となる測定値を、たとえば疾患リスク、疾患尤度、疾患の存在の
有無、処置に対する応答、および／または疾患状態の分類に関係するスコアまたは確率に
変換することができる。
【０１１８】
[00131]  本明細書に記載する方法、キット、およびシステムはいずれも、対象の疾患
状態または療法に対する対象の応答の尤度を予測するために診断アッセイを利用すること
ができる。診断アッセイは、１以上の微生物の存在を用いて、対象の疾患状態または療法
に対する応答の尤度を予測するために使用できる定量スコアを計算することができる。診
断アッセイは、１以上の微生物の存在および１以上の特徴、たとえば年齢、体重、性別、
病歴、リスク因子、家族歴を用いて、対象の疾患状態または療法に対する応答の尤度を予
測するために使用できる定量スコアを計算することができる。
【０１１９】
[00132]  ある適用では、診断アッセイにおけるスコアの増大は、下記のうち１以上の
尤度が増大していることの指標となる：臨床転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、
低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、および疾患管理のための推奨
処置。ある態様では、定量スコアの低下は、下記のうち１以上の尤度が増大していること
の指標となる：臨床転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応
答、部分応答、安定疾患、不応答、および疾患管理のための推奨処置。
【０１２０】
[00133]  ある適用では、診断アッセイにおけるスコアの低下は、下記のうち１以上の
尤度が増大していることの指標となる：臨床転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、
低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、および疾患管理のための推奨
処置。ある態様では、定量スコアの低下は、下記のうち１以上の尤度が増大していること
の指標となる：臨床転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応
答、部分応答、安定疾患、不応答、および疾患管理のための推奨処置。
【０１２１】
[00134]  ある適用では、診断アッセイにおける基準プロファイルと類似するマイクロ
バイオームプロファイルは、下記のうち１以上の尤度が増大していることの指標となる：
臨床転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、
安定疾患、不応答、および疾患管理のための推奨処置。ある適用では、基準プロファイル
と類似しないマイクロバイオームプロファイルは、下記のうち１以上の尤度が増大してい
ることの指標となる：臨床転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、
完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、および疾患管理のための推奨処置。
【０１２２】
[00135]  ある適用では、診断アッセイにおける１以上の微生物の閾値の増大は、下記
のうち１以上の尤度が増大していることの指標となる：臨床転帰不良、臨床転帰良好、高
リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、および疾患管
理のための推奨処置。ある適用では、１以上の微生物の閾値の低下は、下記のうち１以上
の尤度が増大していることの指標となる：臨床転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患
、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、および疾患管理のための推
奨処置。
【０１２３】
[00136]  ある適用では、診断アッセイにおける１以上の微生物の閾値の低下は、下記
のうち１以上の尤度が増大していることの指標となる：臨床転帰不良、臨床転帰良好、高
リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、および疾患管
理のための推奨処置。ある適用では、１以上の微生物の閾値の低下は、下記のうち１以上
の尤度が増大していることの指標となる：臨床転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患
、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、および疾患管理のための推
奨処置。
【０１２４】
[00137]  本開示は、処置方法を提供する。本明細書において、対象にそれらのマイク
ロバイオームプロファイリングに基づいて一般的処置を推奨する方法、および対象特異的
処置を推奨する方法を提供する。処置方法は、下記の工程のうち１以上を含むことができ
る：少なくとも１対象から得た生体試料における第２マイクロバイオームプロファイルに
対する対象特異的マイクロバイオームプロファイルのレベルの第１比を決定し；その決定
に基づいて対象における疾患の存在の有無を検出し；そして、対象に疾患の症状を改善す
るための少なくとも１つの一般的処置または対象特異的処置を推奨する。
【０１２５】
[00138]  本明細書に記載する診断用マイクロバイオームプロファイル、対象特異的マ
イクロバイオームプロファイル、または療法剤／化粧品はいずれも、下記の微生物のうち
１以上を含むことができるが、それらに限定されない：アビトロフィア、アビトロフィア
・デフェクティバ、アビトロフィア、アセトアナエロバクテリウム、アセトアナエロバク
テリウム・エロンガツム、アセトアナエロバクテリウム、アセチビブリオ、アセチビブリ
オ・バクテリウム（Acetivibriobacterium）、アセチビブリオ、アセトバクテリウム、
アセトバクテリウム、アセトバクテリウム・ウッディイ、アコレプラズマ（Acholeplasma
）、アコレプラズマ、アシダミノコッカス、アシダミノコッカス・フェルメンタンス、ア
シダミノコッカス、アシディアヌス、アシディアヌス・ブリエレイ、アシディアヌス、ア
シドボラクス、アシドボラクス、アシネトバクター、アシネトバクター・ギロイア（Acin
etobacterguillouiae）、アシネトバクター・ジュニイ、アシネトバクター、アクチノバ
チルス、アクチノバチルスＭ１９３３／９６／１、アクチノマイセス、アクチノマイセス
ＩＣＭ３４、アクチノマイセスＩＣＭ４１、アクチノマイセスＩＣＭ５４、アクチノマイ
セス・リングネ（Actinomyceslingnae）、アクチノマイセス・オドントリティカス（Act
inomycesodontolyticus）、アクチノマイセス・オラル（Actinomyces oral）、アクチノ
マイセスｐｈ３、アクチノマイセス、アドレルクロイチア（Adlercreutzia）、アドレル
クロイチア・エクオリファシエンス（Adlercreutzia equolifaciens）、アドレルクロイ
チア・インテスティナル（Adlercreutzia intestinal）、アドレルクロイチア、アエロコ
ッカス、アエロコッカス、アエロモナス、アエロモナス１６５Ｃ、アエロモナス・ハイド
ロフィラ、アエロモナス・ハイドロフィラ、アエロモナスＲＣ５０、アエロモナス、アエ
ロピルム、アエロピルム・ペルニックス、アエロピルム、アグレガチバクター（Aggregat
ibacter）、アグレガチバクター、アグレイア、アグレイア・ビコロラタ、アグレイア、
アグロモナス、アグロモナスＣＳ３０、アッカーマンシア、アッカーマンシア・ムシニフ
ィラ、アッカーマンシア、アリスティペス、アリスティペスＡＮＨ、アリスティペスＡＰ
１１、アリスティペス・バクテリウム（Alistipes bacterium）、アリスティペスＣＣＵ
Ｇ、アリスティペスＤＪＦ＿Ｂ１８５、アリスティペスＤＳＭ、アリスティペスＥＢＡ６
−２５ｃｌ２、アリスティペス・ファインゴールディイ、アリスティペス・インディステ
ィンクタス（Alistipesindistinctus）、アリスティペスＪＣ１３６、アリスティペスＮ
ＭＬ０５Ａ００４、アリスティペス・オンデルドンキイ（Alistipes onderdonkii）、ア
リスティペス・ピュトレディニス、アリスティペスＲＭＡ、アリスティペス・セネガレン
シス（Alistipessenegalensis）、アリスティペス・シャヒイ（Alistipes shahii）、ア
リスティペス・スマルラブ（Alistipes Smarlab）、アリスティペス、アルカリバクルム
（Alkalibaculum）、アルカリバクルム、アルカリフレックス、アルカリフレックス、ア
リソネラ、アリソネラ・ヒスタミニフォルマンス、アリソネラ、アロスカルドビア（Allo
scardovia）、アロスカルドビア・オムニコレンス（Alloscardoviaomnicolens）、アナ
エロフィルム、アナエロフィルム、アナエロフスティス、アナエロフスティス・ステルコ
リホミニス、アナエロフスティス、アナエロプラズマ、アナエロプラズマ、アナエロステ
ィペス（Anaerostipes）、アナエロスティペス０８９６４、アナエロスティペス１ｙ−２
、アナエロスティペス４９４ａ、アナエロスティペス５＿１＿６３ＦＡＡ、アナエロステ
ィペスＡＩＰ、アナエロスティペス・バクテリウム（Anaerostipes bacterium）、アナエ
ロスティペス・ブチラティカス（Anaerostipes butyraticus）、アナエロスティペス・カ
カエ、アナエロスティペス・ハドルム（Anaerostipes hadrum）、アナエロスティペスＩ
Ｅ４、アナエロスティペス・インドリス（Anaerostipes indolis）、アナエロスティペス
、アナエロツルンカス、アナエロツルンカス・コリホミニス、アナエロツルンカスＮＭＬ
、アナエロツルンカス、アキンコラ（Aquincola）、アキンコラ、アルコバクター、アル
コバクター、アルスロバクター、アルスロバクターＦＶ１−１、アサッカロバクター（As
accharobacter）、アサッカロバクター・セラタス（Asaccharobactercelatus）、アサッ
カロバクター、アステロレプラズマ、アステロレプラズマ、アトポバクター、アトポバク
ター・フォカエ、アトポビウム、アトポビウム・パルブルム、アトポビウム・リマエ、ア
トポビウム、バクテリオボラックス、バクテリオボラックス、バクテロイデス、バクテロ
イデス３１ＳＦ１８、バクテロイデス３２６−８、バクテロイデス３５ＡＥ３１、バクテ
ロイデス３５ＡＥ３７、バクテロイデス３５ＢＥ３４、バクテロイデス４０７２、バクテ
ロイデス７８５３、バクテロイデス・アシディファシェンス、バクテロイデスＡＰ１、バ
クテロイデスＡＲ２０、バクテロイデスＡＲ２９、バクテロイデスＢ２、バクテロイデス
・バクテリウム（Bacteroidesbacterium）、バクテロイデス・バルネシエ（Bacteroides
barnesiae）、バクテロイデスＢＬＢＥ−６、バクテロイデスＢＶ−１、バクテロイデス
・カカエ、バクテロイデス・カネルキャットフィッシュ（Bacteroides CannelCatfish）
９、バクテロイデス・セルロシリチカス（Bacteroides cellulosilyticus）、バクテロイ
デス・チンチレ（Bacteroideschinchillae）、バクテロイデスＣＩＰ１０３０４０、バ
クテロイデス・クラルス（Bacteroides clarus）、バクテロイデス・コプロコーラ、バク
テロイデス・コプロフィルス（Bacteroides coprophilus）、バクテロイデスＤ８、バク
テロイデスＤＪＦ＿Ｂ０９７、バクテロイデスｄｎＬＫＶ２、バクテロイデスｄｎＬＫＶ
７、バクテロイデスｄｎＬＫＶ９、バクテロイデス・ドレイ（Bacteroides dorei）、バ
クテロイデスＥＢＡ５−１７、バクテロイデス・エガーシイ、バクテロイデス・エンリッ
チメント（Bacteroidesenrichment）、バクテロイデスＦ−４、バクテロイデス・フェシ
チンチレ（Bacteroidesfaecichinchillae）、バクテロイデス・フェシス（Bacteroides 
faecis）、バクテロイデス・フェーカル（Bacteroidesfecal）、バクテロイデス・ファ
インゴルディイ（Bacteroidesfinegoldii）、バクテロイデス・フラギリス、バクテロイ
デス・ガリナラム（Bacteroidesgallinarum）、バクテロイデス・ヘリコゲネス、バクテ
ロイデスｉｃ１２９２、バクテロイデス・インテスティナーリス、バクテロイデス・マシ
リエンシス、バクテロイデス・ムプニソレート（Bacteroides mpnisolate）、バクテロイ
デスＮＢ−８、バクテロイデス・ニュー（Bacteroides new）、バクテロイデスｎｌａｅ
ｚｌｃ１３、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ１５８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ１５
９、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ１６１、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ１６３、バク
テロイデスｎｌａｅｚｌｃ１６７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ１７２、バクテロイデ
スｎｌａｅｚｌｃ１８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ１８２、バクテロイデスｎｌａｅ
ｚｌｃ１９０、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ１９８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ２
０４、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ２０５、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ２０６、バ
クテロイデスｎｌａｅｚｌｃ２０７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ２１１、バクテロイ
デスｎｌａｅｚｌｃ２１８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ２５７、バクテロイデスｎｌ
ａｅｚｌｃ２６０、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ２６１、バクテロイデスｎｌａｅｚｌ
ｃ２６３、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ３０８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ３１５
、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ３２２、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ３２４、バクテ
ロイデスｎｌａｅｚｌｃ３３１、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ３３９、バクテロイデス
ｎｌａｅｚｌｃ３６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ３６７、バクテロイデスｎｌａｅｚ
ｌｃ３７５、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ３７６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ３８
０、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ３９１、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ４５９、バク
テロイデスｎｌａｅｚｌｃ４８４、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ５０１、バクテロイデ
スｎｌａｅｚｌｃ５０４、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ５１５、バクテロイデスｎｌａ
ｅｚｌｃ５１９、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ５３２、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ
５５７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ５７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｃ５７４、バ
クテロイデスｎｌａｅｚｌｃ５９２、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ１０５、バクテロイ
デスｎｌａｅｚｌｇ１１７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ１２７、バクテロイデスｎｌ
ａｅｚｌｇ１３６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ１４３、バクテロイデスｎｌａｅｚｌ
ｇ１５７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ１６７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ１７１
、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ１８７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ１９４、バクテ
ロイデスｎｌａｅｚｌｇ１９５、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ１９９、バクテロイデス
ｎｌａｅｚｌｇ２０９、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ２１２、バクテロイデスｎｌａｅ
ｚｌｇ２１３、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ２１８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ２
２１、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ２２８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ２３４、バ
クテロイデスｎｌａｅｚｌｇ２３７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ２４、バクテロイデ
スｎｌａｅｚｌｇ２４５、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ２５７、バクテロイデスｎｌａ
ｅｚｌｇ２７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ２８５、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ２
８８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ２９５、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ２９６、バ
クテロイデスｎｌａｅｚｌｇ３０３、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ３１０、バクテロイ
デスｎｌａｅｚｌｇ３１２、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ３２７、バクテロイデスｎｌ
ａｅｚｌｇ３２９、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ３３６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌ
ｇ３３８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ３４７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ３５６
、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ３７３、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ３７６、バクテ
ロイデスｎｌａｅｚｌｇ３８０、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ３８２、バクテロイデス
ｎｌａｅｚｌｇ３８５、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ４、バクテロイデスｎｌａｅｚｌ
ｇ４２２、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ４３７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ４５４
、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ４５５、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ４５６、バクテ
ロイデスｎｌａｅｚｌｇ４５８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ４５９、バクテロイデス
ｎｌａｅｚｌｇ４６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ４６１、バクテロイデスｎｌａｅｚ
ｌｇ４７５、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ４８１、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ４８
４、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ５、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ５０２、バクテロ
イデスｎｌａｅｚｌｇ５１５、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ５１８、バクテロイデスｎ
ｌａｅｚｌｇ５２１、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ５４、バクテロイデスｎｌａｅｚｌ
ｇ６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｇ８０、バクテロ
イデスｎｌａｅｚｌｇ９８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ１２０、バクテロイデスｎｌ
ａｅｚｌｈ１５、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ１６２、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ
１７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ１７４、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ１８、バク
テロイデスｎｌａｅｚｌｈ１８８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ１９２、バクテロイデ
スｎｌａｅｚｌｈ１９４、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ１９５、バクテロイデスｎｌａ
ｅｚｌｈ２０７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ２２、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ２
５０、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ２５１、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ２８、バク
テロイデスｎｌａｅｚｌｈ３１３、
バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ３１９、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ３２１、バクテロ
イデスｎｌａｅｚｌｈ３２８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ３３４、バクテロイデスｎ
ｌａｅｚｌｈ３９０、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ３９１、バクテロイデスｎｌａｅｚ
ｌｈ４１４、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ４１６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ４１
９、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ４２９、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ４３９、バク
テロイデスｎｌａｅｚｌｈ４４４、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ４５、バクテロイデス
ｎｌａｅｚｌｈ４６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ４６２、バクテロイデスｎｌａｅｚ
ｌｈ４６３、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ４６５、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ４６
８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ４７１、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ４７２、バク
テロイデスｎｌａｅｚｌｈ４７４、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ４７９、バクテロイデ
スｎｌａｅｚｌｈ４８２、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ４９、バクテロイデスｎｌａｅ
ｚｌｈ４９３、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ４９６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ４
９７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ４９９、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ５０、バク
テロイデスｎｌａｅｚｌｈ５３１、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｈ５３５、バクテロイデ
スｎｌａｅｚｌｈ８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ１０４、バクテロイデスｎｌａｅｚ
ｌｐ１０５、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ１０８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ１３
２、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ１３３、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ１５１、バク
テロイデスｎｌａｅｚｌｐ１５７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ１６６、バクテロイデ
スｎｌａｅｚｌｐ１６７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ１７１、バクテロイデスｎｌａ
ｅｚｌｐ１７８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ１８７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ
１９１、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ１９６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ２０８、
バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ２１３、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ２２８、バクテロ
イデスｎｌａｅｚｌｐ２３３、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ２６７、バクテロイデスｎ
ｌａｅｚｌｐ２７８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ２８２、バクテロイデスｎｌａｅｚ
ｌｐ２８６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ２９５、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ２９
９、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ３０１、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ３０２、バク
テロイデスｎｌａｅｚｌｐ３０４、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ３１７、バクテロイデ
スｎｌａｅｚｌｐ３１９、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ３２、バクテロイデスｎｌａｅ
ｚｌｐ３３２、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ３４９、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ３
５、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ３５６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ３７０、バク
テロイデスｎｌａｅｚｌｐ３７１、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ３７６、バクテロイデ
スｎｌａｅｚｌｐ３９５、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ４０２、バクテロイデスｎｌａ
ｅｚｌｐ４０３、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ４０９、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ
４１２、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ４３６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ４３８、
バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ４４０、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ４４７、バクテロ
イデスｎｌａｅｚｌｐ４４８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ４５１、バクテロイデスｎ
ｌａｅｚｌｐ４７６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ４７８、バクテロイデスｎｌａｅｚ
ｌｐ４８３、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ４８９、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ４９
３、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ５５７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ５５９、バク
テロイデスｎｌａｅｚｌｐ５６４、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ５６５、バクテロイデ
スｎｌａｅｚｌｐ５７２、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ５７３、バクテロイデスｎｌａ
ｅｚｌｐ５７６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ５９１、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ
５９２、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ６３１、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ６３３、
バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ６９６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ７、バクテロイデ
スｎｌａｅｚｌｐ７２０、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ７３０、バクテロイデスｎｌａ
ｅｚｌｐ７３６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ７３７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ
７５４、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ７５９、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ７７４、
バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ８２８、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ８５４、バクテロ
イデスｎｌａｅｚｌｐ８６０、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ８８６、バクテロイデスｎ
ｌａｅｚｌｐ８８７、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ９００、バクテロイデスｎｌａｅｚ
ｌｐ９０９、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ９１３、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ９１
６、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ９２０、バクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ９６、バクテ
ロイデス・ノルディイ、バクテロイデス・オレイシプレヌス（Bacteroides oleiciplenus
）、バクテロイデス・オバツス、バクテロイデス・パウロサッカロリティカス（Bacteroi
despaurosaccharolyticus）、バクテロイデス・プレビウス、バクテロイデスＲ６、バク
テロイデス・ロデンチウム（Bacteroides rodentium）、バクテロイデスＳ−１７、バク
テロイデスＳ−１８、バクテロイデス・セイリヤーシアエ、バクテロイデスＳＬＣ１−３
８、バクテロイデス・スマルラブ（Bacteroides Smarlab）、バクテロイデス・スマルラ
ブ（Bacteroides'Smarlab）、バクテロイデス・スターコリロソリス（Bacteroides ster
corirosoris）、バクテロイデス・スターコリス、バクテロイデスｓｔｒ、バクテロイデ
ス・シータイオタオミクロン、バクテロイデスＴＰ−５、バクテロイデス、バクテロイデ
ス・ユニフォルミス、バクテロイデス・ブルガータス、バクテロイデスＷＡ１、バクテロ
イデスＷＨ２、バクテロイデスＷＨ３０２、バクテロイデスＷＨ３０５、バクテロイデス
ＸＢ１２Ｂ、バクテロイデスＸＢ４４Ａ、バクテロイデスＸＯ７７Ｂ４２、バクテロイデ
ス・キシラニソルベンス（Bacteroides xylanisolvens）、バルネシエラ（Barnesiella）
、バルネシエラ・インテスティニホミニス（Barnesiella intestinihominis）、バルネシ
エラＮＳＢ１、バルネシエラ、バルネシエラ・ビスセリコラ（Barnesiella viscericola
）、ババリイコッカス（Bavariicoccus）、ババリイコッカス、ブデロビブリオ、ブデロ
ビブリオ・オラル（Bdellovibriooral）、ベルゲリエラ、ベルゲリエラ、ビフィドバク
テリウム、ビフィドバクテリウム１０３、ビフィドバクテリウム１０８、ビフィドバクテ
リウム１１３、ビフィドバクテリウム１２０、ビフィドバクテリウム１３８、ビフィドバ
クテリウム３３、ビフィドバクテリウムＡｃｂｂｔｏ５、ビフィドバクテリウム・アドレ
スセンティス、ビフィドバクテリウムＡｍｓｂｂｔ１２、ビフィドバクテリウム・アンギ
ュラツム、ビフィドバクテリウム・アニマーリス、ビフィドバクテリウム・バクテリウム
（Bifidobacteriumbacterium）、ビフィドバクテリウム・ビフィダム、ビフィドバクテ
リウムＢｉｓｎ６、ビフィドバクテリウムＢｍａ６、ビフィドバクテリウム・ブレーベ、
ビフィドバクテリウム・カテヌラツム、ビフィドバクテリウム・コエリナム、ビフィドバ
クテリウム・コリネフォルメ、ビフィドバクテリウム・デンティウム、ビフィドバクテリ
ウムＤＪＦ＿ＷＣ４４、ビフィドバクテリウムＦ−１０、ビフィドバクテリウムＦ−１１
、ビフィドバクテリウム群、ビフィドバクテリウムｈ１２、ビフィドバクテリウムＨＭＬ
Ｎ１、ビフィドバクテリウムＨＭＬＮ１２、ビフィドバクテリウムＨＭＬＮ５、ビフィド
バクテリウムｉａｒｆｒ２３４１ｄ、ビフィドバクテリウムｉａｒｆｒ６４２ｄ４８、ビ
フィドバクテリウムｉｃ１３３２、ビフィドバクテリウム・インディカム、ビフィドバク
テリウム・カシワノヘンス（Bifidobacterium kashiwanohense）、ビフィドバクテリウム
ＬＩＳＬＵＣＩＩＩ−２、ビフィドバクテリウム・ロングム、ビフィドバクテリウムＭ４
５、ビフィドバクテリウム・メリシカム、ビフィドバクテリウム・ミニマム（Bifidobact
erium minimum）、ビフィドバクテリウムＭＳＸ５Ｂ、ビフィドバクテリウム・オラル（B
ifidobacteriumoral）、ビフィドバクテリウムＰＧ１２Ａ、ビフィドバクテリウムＰＬ
１、ビフィドバクテリウム・シュードカテヌラツム、ビフィドバクテリウム・シュードロ
ングム、ビフィドバクテリウム・プロラム、ビフィドバクテリウム・ルミナンティウム、
ビフィドバクテリウムＳ−１０、ビフィドバクテリウム・サエクラレ、ビフィドバクテリ
ウム・サグイニ（Bifidobacteriumsaguini）、ビフィドバクテリウム・スカルドビイ、
ビフィドバクテリウム・シミエ（Bifidobacterium simiae）、ビフィドバクテリウムＳＬ
ＰＹＧ−１、ビフィドバクテリウム・ステレンボシェンス（Bifidobacterium stellenbos
chense）、ビフィドバクテリウム・ステルコリス（Bifidobacteriumstercoris）、ビフ
ィドバクテリウムＴＭ−７、ビフィドバクテリウムＴｒｍ９、ビフィドバクテリウム、ビ
ロフィラ、ビロフィラｎｌａｅｚｌｈ５２８、ビロフィラ、ビロフィラ・ワーズワーシア
、ブラウチア（Blautia）、ブラウチア・バクテリウム（Blautiabacterium）、ブラウチ
アＣＥ２、ブラウチアＣＥ６、ブラウチア・コッコイデス（Blautia coccoides）、ブラ
ウチアＤＪＦ＿ＶＲ５２、ブラウチアＤＪＦ＿ＶＲ６７、ブラウチアＤＪＦ＿ＶＲ７０ｋ
１、ブラウチア・フォルメート（Blautia formate）、ブラウチア・グルセラセア（Blaut
ia glucerasea）、ブラウチア・ハンセニイ（Blautiahansenii）、ブラウチアｉｃ１２
７２、ブラウチアＩＥ５、ブラウチアＫ−１、ブラウチア・ルティ（Blautia luti）、ブ
ラウチアＭ−１、ブラウチア・ムプニソレート（Blautia mpnisolate）、ブラウチアｎｌ
ａｅｚｌｃ２５、ブラウチアｎｌａｅｚｌｃ２５９、ブラウチアｎｌａｅｚｌｃ５１、ブ
ラウチアｎｌａｅｚｌｃ５２０、ブラウチアｎｌａｅｚｌｃ５４２、ブラウチアｎｌａｅ
ｚｌｃ５４４、ブラウチアｎｌａｅｚｌｈ２７、ブラウチアｎｌａｅｚｌｈ３１６、ブラ
ウチアｎｌａｅｚｌｈ３１７、ブラウチア・オベウム（Blautia obeum）、ブラウチア・
プロダクタ（Blautiaproducta）、ブラウチア・プロダクタス（Blautia productus）、
ブラウチア・シンキイ（Blautia schinkii）、ブラウチアＳｅｒ５、ブラウチアＳｅｒ８
、ブラウチア、ブラウチアＷＡＬ、ブラウチア・ワクスレレ（Blautia wexlerae）、ブラ
ウチアＹＨＣ−４、ブレネリア、ブレネリア、ブレビバクテリウム、ブレビバクテリウム
、ブロコトリックス、ブロコトリックス・サーモスファクタ、ブティアウクセラ、ブティ
アウクセラ５７９１６、ブティアウクセラ・ガビニアエ、ブチリシコッカス（Butyricico
ccus）、ブチリシコッカス・バクテリウム（Butyricicoccusbacterium）、ブチリシコッ
カス、ブチリシモナス、ブチリシモナス１８０−３、ブチリシモナス２１４−４、ブチリ
シモナス・バクテリウム（Butyricimonas bacterium）、ブチリシモナスＧＤ２、ブチリ
シモナス・シネルギスティカ（Butyricimonas synergistica）、ブチリシモナス、ブチリ
シモナス・ビロサ（Butyricimonasvirosa）、ブチリビブリオ、ブチリビブリオ・フィブ
リソルベンス、ブチリビブリオ・ヒュンガティ、ブチリビブリオ、カルジミクロビウム（
Caldimicrobium）、カルジミクロビウム、カルジセリクム（Caldisericum）、カルジセリ
クム、キャンピロバクター、キャンピロバクター・コリ、キャンピロバクター・ホミニス
、キャンピロバクター、カプノサイトファガ、カプノサイトファガ、カルノバクテリウム
、カルノバクテリウム・アルターフンディツム、カルノバクテリウム、カリオファノン（
Caryophanon）、カリオファノン、カテニバクテリウム、カテニバクテリウム・ミツオカ
イ、カテニバクテリウム、ケトネラ、ケトネラ、カウロバクター、カウロバクター、セル
ロファガ、セルロファガ、セルロシリチクム（Cellulosilyticum）、セルロシリチクム、
セトバクテリウム（Cetobacterium）、セトバクテリウム、キラトコッカス、
キラトコッカス、クロロビウム、クロロビウム、クリセオバクテリウム、クリセオバクテ
リウムＡ１００５、クリセオバクテリウムＫＪ９Ｃ８、クリセオバクテリウム、サイトロ
バクター、サイトロバクター１、サイトロバクター・アグロメランス（Citrobacter aggl
omerans）、サイトロバクター・アマロナティカス、サイトロバクター・アスコルバタ（C
itrobacterascorbata）、サイトロバクター・バクテリウム（Citrobacter bacterium）
、サイトロバクター・ビンゾウ（Citrobacter Binzhou）ＣＬＴ、サイトロバクター・ブ
ラアキイ、サイトロバクター・エンリッチメント（Citrobacter enrichment）、サイトロ
バクターＦ２４、サイトロバクターＦ９６、サイトロバクター・ファルメリ、サイトロバ
クター・フレウンディイ、サイトロバクター・ギレニイ、サイトロバクターＨＢＫＣ＿Ｓ
Ｒ１、サイトロバクターＨＤ４．９、サイトロバクター・ホルメケイ（Citrobacter horm
aechei）、サイトロバクターＩ９１−３、サイトロバクターｋａ５５、サイトロバクター
・ラパゲイ（Citrobacterlapagei）、サイトロバクターＬＡＲ−１、サイトロバクター
・ルードビッヒイ（Citrobacterludwigii）、サイトロバクターＭＥＢ５、サイトロバク
ターＭＳ３６、サイトロバクター・ムルリニアエ、サイトロバクターｎｌａｅｚｌｃ２６
９、サイトロバクターＰ０１４、サイトロバクターＰ０４２ｂＮ、サイトロバクターＰ０
４６ａ、サイトロバクターＰ０７３、サイトロバクターＳＲ３、サイトロバクターＴ１、
サイトロバクターｔｎｔ４、サイトロバクターｔｎｔ５、サイトロバクター・トラウト（
Citrobactertrout）、サイトロバクターＴＳＡ−１、サイトロバクター、サイトロバク
ター・ベルクマニイ、クロアシバチルス（Cloacibacillus）、クロアシバチルスａｄｖ６
６、クロアシバチルスｎｌａｅｚｌｐ７０２、クロアシバチルスＮＭＬ０５Ａ０１７、ク
ロアシバチルス、クロアシバクテリウム（Cloacibacterium）、クロアシバクテリウム、
コリンゼラ、コリンゼラＡ−１、コリンゼラ・アエロファシエンス、コリンゼラＡＵＨ−
Ｊｕｌｏｎｇ２１、コリンゼラ・バクテリウム（Collinsella bacterium）、コリンゼラ
ＣＣＵＧ、コリンゼラ、コマモナス、コマモナス・ストラミネア（Comamonas straminea
）、コマモナス・テストステロニ、コネキシバクター、コネキシバクター、コプロバチル
ス、コプロバチルス・バクテリウム（Coprobacillus bacterium）、コプロバチルス・カ
テニフォルミス、コプロバチルスＴＭ−４０、コプロバチルス、コプロコッカス、コプロ
コッカス１４５０５、コプロコッカス・バクテリウム（Coprococcus bacterium）、コプ
ロコッカス・カツス、コプロコッカス・コメス、コプロコッカス・オイタクツス、コプロ
コッカス・ネクサイル（Coprococcus nexile）、コプロコッカス、コラリオマルガリタ（
Coraliomargarita）、コラリオマルガリタ・フコイダノリティカス（Coraliomargaritaf
ucoidanolyticus）、コラリオマルガリタ・マリスフラビ（Coraliomargaritamarisflavi
）、コラリオマルガリタ、コリネバクテリウム、コリネバクテリウム・アミコラツム、コ
リネバクテリウム・デュルム、コクシエラ、コクシエラ、クロノバクター（Cronobacter
）、クロノバクター・デュブリネンシス（Cronobacter dublinensis）、クロノバクター
・サカザキイ（Cronobactersakazakii）、クロノバクター・ツリセンシス（Cronobacter
turicensis）、クリプトバクテリウム、クリプトバクテリウム・カーツム、キュープリ
アビダス、キュープリアビダス・ユートロファ（Cupriavidus eutropha）、デクロロモナ
ス、デクロロモナスＨＺ、デスルホバクテリウム、デスルホバクテリウム、デスルホブル
ブス、デスルホブルブス、デスルホピラ、デスルホピラＬａ４．１、デスルホビブリオ、
デスルホビブリオＤ４、デスルホビブリオ・デスルフリカンス、デスルホビブリオＤＳＭ
１２８０３、デスルホビブリオ・エンリッチメント（Desulfovibrio enrichment）、デス
ルホビブリオ・フェアフィールデンシス（Desulfovibrio fairfieldensis）、デスルホビ
ブリオＬＮＢ１、デスルホビブリオ・ピゲル、デスルホビブリオ、ディアリスター、ディ
アリスターＥ２＿２０、ディアリスターＧＢＡ２７、ディアリスター・インビサス、ディ
アリスター・オラル（Dialister oral）、ディアリスター・スクシナチフィルス（Dialis
tersuccinatiphilus）、ディアリスター、ドレア、ドレア・オーヒュロング（Dorea auh
julong）６４、ドレア・バクテリウム（Doreabacterium）、ドレア・フォルミシゲネラ
ンス、ドレア・ロンギカテナ、ドレア・ムプニソレート（Dorea mpnisolate）、ドレア、
ディスゴノモナス、ディスゴノモナス・ガデイ、ディスゴノモナス、エドワージエラ、エ
ドワージエラ・タルダ、エガセラ、エガセラＥ１、エガセラ・レンタ、エガセラＭＬＧ０
４３、エガセラＭＶＡ１、エガセラＳ６−Ｃ１、エガセラＳＤＧ−２、エガセラ・シネン
シス（Eggerthellasinensis）、エガセラｓｔｒ、エガセラ、エンハイドロバクター、エ
ンハイドロバクター、エンテロバクター、エンテロバクター１０５０、エンテロバクター
１１２２、エンテロバクター７７０００、エンテロバクター８２３５３、エンテロバクタ
ー９Ｃ、エンテロバクターＡ５Ｃ、エンテロバクター・アデカルボキシラタ（Enterobact
eradecarboxylata）、エンテロバクター・アエロゲネス、エンテロバクター・アグロメ
ランス、エンテロバクターＡＪＡＲ−Ａ２、エンテロバクター・アムニゲナス、エンテロ
バクター・アスブリアエ、エンテロバクターＢ１（２０１２）、エンテロバクターＢ３６
３、エンテロバクターＢ５０９、エンテロバクター・バクテリウム（Enterobacter bacte
rium）、エンテロバクターＢａｄｏｎｇ３、エンテロバクターＢＥＣ４４１、エンテロバ
クターＣ８、エンテロバクター・カンセロゲヌス（Enterobacter cancerogenus）、エン
テロバクター・クロアカエ、エンテロバクターＣＯ、エンテロバクターｃｏｒｅ２、エン
テロバクター・コワニイ、エンテロバクターｄｃ６、エンテロバクターＤＲＳＢＩＩ、エ
ンテロバクター・エンリッチメント（Enterobacter enrichment）、エンテロバクターＦ
Ｌ１３−２−１、エンテロバクターＧＩＳＴ−ＮＫｓｔ１０、エンテロバクターＧＩＳＴ
−ＮＫｓｔ９、エンテロバクターＧＪ１−１１、エンテロバクターｇｘ−１４８、エンテ
ロバクター・ホルメシェイ、エンテロバクターＩ−Ｂｈ２０−２１、エンテロバクターＩ
ＣＢ１１３、エンテロバクター・コベイ、エンテロバクターＫＷ１４、エンテロバクター
ｌ１２、エンテロバクター・ルドウィギイ、エンテロバクターＭ１０＿１Ｂ、エンテロバ
クターＭ１Ｒ３、エンテロバクター・マリネ（Enterobacter marine）、エンテロバクタ
ーＮＣＣＰ−１６７、エンテロバクターｏｆ、エンテロバクター・オリゼ（Enterobacter
oryzae）、エンテロバクター・オキシトカ（Enterobacteroxytoca）、エンテロバクタ
ーＰ１０１、エンテロバクターＳ１１、エンテロバクターＳＥＬ２、エンテロバクターＳ
Ｐｈ、エンテロバクターＳＳＡＳＰ５、エンテロバクター・テリゲナ（Enterobacter ter
rigena）、エンテロバクターＴＮＴ３、エンテロバクターＴＰ２ＭＣ、エンテロバクター
ＴＳ４、エンテロバクターＴＳＳＡＳ２−４８、エンテロバクター、エンテロバクターＺ
ＹＸＣＡ１、エンテロコッカス、エンテロコッカス０２０８２４／０２−Ａ、エンテロコ
ッカス１２７５ｂ、エンテロコッカス１６Ｃ、エンテロコッカス４８、エンテロコッカス
６１１４、エンテロコッカスＡＢＲＩＩＮＷ−Ｈ６１、エンテロコッカス・アシニ、エン
テロコッカス・アビウム、エンテロコッカス・アジキービ（Enterococcus azikeevi）、
エンテロコッカス・バクテリウム（Enterococcus bacterium）、エンテロコッカスＢＢＤ
Ｐ５７、エンテロコッカスＢＰＨ３４、エンテロコッカスＢｔ、エンテロコッカス・カニ
ス、エンテロコッカス・カセリフラブス、エンテロコッカスＣｍＮＡ２、エンテロコッカ
スＤａ−２０、エンテロコッカス・デブリエセイ、エンテロコッカス・ディスパー、エン
テロコッカスＤＪＦ＿Ｏ３０、エンテロコッカスＤＭＢ４、エンテロコッカス・デュラン
ス、エンテロコッカス・エンリッチメント（Enterococcus enrichment）、エンテロコッ
カスＦ８１、エンテロコッカス・フェカーリス、エンテロコッカス・フェシウム、エンテ
ロコッカスｆｃｃ９、エンテロコッカス・フェーカル（Enterococcus fecal）、エンテロ
コッカス・フラベッセンス、エンテロコッカス・フルビアリス（Enterococcus fluvialis
）、エンテロコッカスＦＲ−３、エンテロコッカスＦＵＡ３３７４、エンテロコッカス・
ガリナルム、エンテロコッカスＧＨＡＰＲＢ１、エンテロコッカスＧＳＣ−２、エンテロ
コッカスＧＹＰＢ０１、エンテロコッカス・ヘルマニエンシス、エンテロコッカス・ヒラ
エ、エンテロコッカス・ラクティス（Enterococcus lactis）、エンテロコッカス・マロ
ドーラツス、エンテロコッカス・マヌレ（Enterococcus manure）、エンテロコッカス・
マリネ（Enterococcusmarine）、エンテロコッカスＭＮＣ１、エンテロコッカス・モラ
ビエンシス、エンテロコッカスＭＳ２、エンテロコッカス・ムンチイ、エンテロコッカス
ＮＡＢ１５、エンテロコッカスＮＢＲＣ、エンテロコッカスｎｌａｅｚｌｃ４３４、エン
テロコッカスｎｌａｅｚｌｇ１０６、エンテロコッカスｎｌａｅｚｌｇ８７、エンテロコ
ッカスｎｌａｅｚｌｈ３３９、エンテロコッカスｎｌａｅｚｌｈ３７５、エンテロコッカ
スｎｌａｅｚｌｈ３８１、エンテロコッカスｎｌａｅｚｌｈ３８３、エンテロコッカスｎ
ｌａｅｚｌｈ４０５、エンテロコッカスｎｌａｅｚｌｐ１１６、エンテロコッカスｎｌａ
ｅｚｌｐ１４８、エンテロコッカスｎｌａｅｚｌｐ４０１、エンテロコッカスｎｌａｅｚ
ｌｐ６５０、エンテロコッカス・シュードアビウム、エンテロコッカスＲ−２５２０５、
エンテロコッカス・ラフィノーサス、エンテロコッカス・ロッテ（Enterococcus rottae
）、エンテロコッカスＲＵ０７、エンテロコッカス・サッカロリティクス、エンテロコッ
カス・サッカロミニムス、エンテロコッカス・サンギニコラ（Enterococcus sanguinicol
a）、エンテロコッカスＳＣＡ１６、エンテロコッカスＳＣＡ２、エンテロコッカスＳＥ
１３８、エンテロコッカスＳＦ−１、エンテロコッカス・スルフレウス、エンテロコッカ
スＳＶ６、エンテロコッカスｔｅ１ａ、エンテロコッカスｔｅ３２ａ、エンテロコッカス
ｔｅ４２ａ、エンテロコッカスｔｅ４５ｒ、エンテロコッカスｔｅ４９ａ、エンテロコッ
カスｔｅ５１ａ、エンテロコッカスｔｅ５８ｒ、エンテロコッカスｔｅ５９ｒ、エンテロ
コッカスｔｅ６１ｒ、エンテロコッカスｔｅ９３ｒ、エンテロコッカスｔｅ９５ａ、エン
テロコッカス、エンテロラブダス（Enterorhabdus）、エンテロラブダス・セシムリス（E
nterorhabduscaecimuris）、エンテロラブダス、エルウィニア、エルウィニア・アグロ
メランス（Erwiniaagglomerans）、エルウィニア・エンテリカ（Erwinia enterica）、
エルウィニア・ラポンティシ、エルウィニア・タスマニエンシス（Erwinia tasmaniensis
）、エルウィニア、エリシペロトリカセエ＿インセルテ＿セディス（Erysipelotrichacea
e_incertae_sedis）、エリシペロトリカセエ＿インセルテ＿セディスａｆｆ、エリシペロ
トリカセエ＿インセルテ＿セディス・バクテリウム（Erysipelotrichaceae_incertae_sed
is bacterium）、エリシペロトリカセエ＿インセルテ＿セディス・ビフォルメ（Erysipel
otrichaceae_incertae_sedisbiforme）、エリシペロトリカセエ＿インセルテ＿セディス
Ｃ−１、エリシペロトリカセエ＿インセルテ＿セディス・シリンドロイデス（Erysipelot
richaceae_incertae_sediscylindroides）、エリシペロトリカセエ＿インセルテ＿セデ
ィスＧＫ１２、エリシペロトリカセエ＿インセルテ＿セディス・イノキューム（Erysipel
otrichaceae_incertae_sedisinnocuum）、
エリシペロトリカセエ＿インセルテ＿セディスｎｌａｅｚｌｃ３３２、エリシペロトリカ
セエ＿インセルテ＿セディスｎｌａｅｚｌｃ３４０、エリシペロトリカセエ＿インセルテ
＿セディスｎｌａｅｚｌｇ４２０、エリシペロトリカセエ＿インセルテ＿セディスｎｌａ
ｅｚｌｇ４２５、エリシペロトリカセエ＿インセルテ＿セディスｎｌａｅｚｌｇ４４０、
エリシペロトリカセエ＿インセルテ＿セディスｎｌａｅｚｌｇ４６３、エリシペロトリカ
セエ＿インセルテ＿セディスｎｌａｅｚｌｈ３４０、エリシペロトリカセエ＿インセルテ
＿セディスｎｌａｅｚｌｈ３５４、エリシペロトリカセエ＿インセルテ＿セディスｎｌａ
ｅｚｌｈ３７９、エリシペロトリカセエ＿インセルテ＿セディスｎｌａｅｚｌｈ３８０、
エリシペロトリカセエ＿インセルテ＿セディスｎｌａｅｚｌｈ３８５、エリシペロトリカ
セエ＿インセルテ＿セディスｎｌａｅｚｌｈ４１０、エリシペロトリカセエ＿インセルテ
＿セディス・トルツオサム（Erysipelotrichaceae_incertae_sedis tortuosum）、エリシ
ペロトリカセエ＿インセルテ＿セディス、エシェリキア／シゲラ（Escherichia/Shigella
）、エシェリキア／シゲラ２９（２０１０）、エシェリキア／シゲラ４０９１、エシェリ
キア／シゲラ４１０４、エシェリキア／シゲラ８ｇｗ１８、エシェリキア／シゲラＡ９４
、エシェリキア／シゲラ・アルベルティイ（Escherichia/Shigella albertii）、エシェ
リキア／シゲラＢ−１０１２、エシェリキア／シゲラＢ４、エシェリキア／シゲラ・バク
テリウム（Escherichia/Shigellabacterium）、エシェリキア／シゲラＢＢＤＰ１５、エ
シェリキア／シゲラＢＢＤＰ８０、エシェリキア／シゲラ・ボイディ（Escherichia/Shig
ella boydii）、エシェリキア／シゲラ・カロトボラム（Escherichia/Shigellacarotovo
rum）、エシェリキア／シゲラＣＥＲＡＲ、エシェリキア／シゲラ・コリ（Escherichia/S
higella coli）、エシェリキア／シゲラＤＢＣ−１、エシェリキア／シゲラｄｃ２６２０
１１、エシェリキア／シゲラ・ディセンテリアエ（Escherichia/Shigella dysenteriae）
、エシェリキア／シゲラ・エンリッチメント（Escherichia/Shigella enrichment）、エ
シェリキア／シゲラ・エシェリキア（Escherichia/Shigella escherichia）、エシェリキ
ア／シゲラ・フェーカル（Escherichia/Shigella fecal）、エシェリキア／シゲラ・フェ
ルグソニイ（Escherichia/Shigellafergusonii）、エシェリキア／シゲラ・フレクスネ
リ（Escherichia/Shigellaflexneri）、エシェリキア／シゲラＧＤＲ０５、エシェリキ
ア／シゲラＧＤＲ０７、エシェリキア／シゲラＨ７、エシェリキア／シゲラ・マリネ（Es
cherichia/Shigellamarine）、エシェリキア／シゲラＭＬ２−４６、エシェリキア／シ
ゲラ・ムプニソレート（Escherichia/Shigella mpnisolate）、エシェリキア／シゲラＮ
Ａ、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｇ３３０、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｇ
４００、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｇ４４１、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚ
ｌｇ５０６、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｈ２０４、エシェリキア／シゲラｎｌａ
ｅｚｌｈ２０８、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｈ２０９、エシェリキア／シゲラｎ
ｌａｅｚｌｈ２１３、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｈ２１４、エシェリキア／シゲ
ラｎｌａｅｚｌｈ４、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｈ４３５、エシェリキア／シゲ
ラｎｌａｅｚｌｈ８１、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｐ１２６、エシェリキア／シ
ゲラｎｌａｅｚｌｐ１９８、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｐ２１、エシェリキア／
シゲラｎｌａｅｚｌｐ２３５、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｐ２３７、エシェリキ
ア／シゲラｎｌａｅｚｌｐ２３９、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｐ２５、エシェリ
キア／シゲラｎｌａｅｚｌｐ２５２、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｐ２７５、エシ
ェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｐ２８０、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｐ５１、エ
シェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｐ５３、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｐ６６９、
エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｐ６７６、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｐ７１
７、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｐ７３１、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｐ
８２６、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚｌｐ８７７、エシェリキア／シゲラｎｌａｅｚ
ｌｐ８８４、エシェリキア／シゲラＮＭＵ−ＳＴ２、エシェリキア／シゲラｏｃ１８２０
１１、エシェリキア／シゲラｏｆ、エシェリキア／シゲラ・プロテオバクテリウム（Esch
erichia/Shigellaproteobacterium）、エシェリキア／シゲラＱ１、エシェリキア／シゲ
ラ・サカザキイ（Escherichia/Shigellasakazakii）、エシェリキア／シゲラＳＦ６、エ
シェリキア／シゲラｓｍ１７１９、エシェリキア／シゲラＳＯＤ−７３１７、エシェリキ
ア／シゲラ・ソンネイ（Escherichia/Shigella sonnei）、エシェリキア／シゲラＳＷ８
６、エシェリキア／シゲラ、エシェリキア／シゲラ・ブルネリス（Escherichia/Shigella
vulneris）、エタノリゲネンス（Ethanoligenens）、エタノリゲネンス・ハルビネンス
（Ethanoligenensharbinense）、エタノリゲネンス、ユウバクテリウム、ユウバクテリ
ウムＡＲＣ−２、ユウバクテリウム・カランデリ、ユウバクテリウムＥ−１、ユウバクテ
リウムＧ３（２０１１）、ユウバクテリウム・インフィルマム、ユウバクテリウム・リモ
サム、ユウバクテリウム・メチロトロフィクム（Eubacterium methylotrophicum）、ユウ
バクテリウムｎｌａｅｚｌｐ４３９、ユウバクテリウムｎｌａｅｚｌｐ４５７、ユウバク
テリウムｎｌａｅｚｌｐ４５８、ユウバクテリウムｎｌａｅｚｌｐ４６９、ユウバクテリ
ウムｎｌａｅｚｌｐ４７４、ユウバクテリウム・オラル（Eubacterium oral）、ユウバク
テリウム・サフェヌム、ユウバクテリウム・サルシ、ユウバクテリウム、ユウバクテリウ
ムＷＡＬ、ユウグレニダ（Euglenida）、ユウグレニダ・ロンガ（Euglenida longa）、フ
ィーカリバクテリウム、フィーカリバクテリウム・バクテリウム（Faecalibacterium bac
terium）、フィーカリバクテリウム・ケイナイン（Faecalibacteriumcanine）、フィー
カリバクテリウムＤＪＦ＿ＶＲ２０、フィーカリバクテリウムｉｃ１３７９、フィーカリ
バクテリウム・プラウスニッツィイ、フィーカリバクテリウム、フィリバクター、フィリ
バクター・グロビスポラ（Filibacter globispora）、フラボバクテリウム、フラボバク
テリウムＳＳＬ０３、フラボバクテリウム、フラボニフラクター（Flavonifractor）、フ
ラボニフラクターＡＵＨ−ＪＬＣ２３５、フラボニフラクター・エンリッチメント（Flav
onifractorenrichment）、フラボニフラクターｎｌａｅｚｌｃ３５４、フラボニフラク
ター・オルビスシンデンス（Flavonifractor orbiscindens）、フラボニフラクター・プ
ラウティイ（Flavonifractorplautii）、フラボニフラクター、フランシセラ、フランシ
セラ・ピスシシダ（Francisellapiscicida）、フソバクテリウム、フソバクテリウム・
ヌクレアタム、フソバクテリウム、ガードネレラ、ガードネレラ、ガードネレラ・バギナ
リス、ゲンミゲル、ゲンミゲルＤＪＦ＿ＶＲ３３ｋ２、ゲンミゲル・フォルミシリス、ゲ
ンミゲル、ゲオバクター、ゲオバクター、ゴルドニバクター（Gordonibacter）、ゴルド
ニバクター・バクテリウム（Gordonibacter bacterium）、ゴルドニバクター・インテス
ティナル（Gordonibacterintestinal）、ゴルドニバクター・パメレエ（Gordonibacter 
pamelaeae）、ゴルドニバクター、Ｇｐ２、Ｇｐ２、Ｇｐ２１、Ｇｐ２１、Ｇｐ４、Ｇｐ
４、Ｇｐ６、Ｇｐ６、グラニュリカテラ、グラニュリカテラ・アディアセンス、グラニュ
リカテラ・エンリッチメント（Granulicatella enrichment）、グラニュリカテラ・オラ
ル（Granulicatellaoral）、グラニュリカテラ・パラアジアセンス（Granulicatella pa
raadiacens）、グラニュリカテラ、ヘモフィラス、ヘモフィラス、ハフニア、ハフニア３
−１２（２０１０）、ハフニア・アルベイ、ハフニアＣＣ１６、ハフニア・プロテウス（
Hafnia proteus）、ハフニア、ハリエア（Haliea）、ハリエア、ハレラ、ハレラ・セレゲ
ンス、ハレラ、ハーバスピリラム、ハーバスピリラム  ０２２Ｓ４−１１、ハーバスピリ
ラム・セロペディカエ、ヘスペリア、ヘスペリア・ポルチーナ、ヘスペリア・ステアコリ
スイス、ヘスペリア、ホールディマニア、ホールディマニアＡＰ２、ホールディマニア・
フィリフォルミス、ホールディマニア、ハワーデラ（Howardella）、ハワーデラ、ハワー
デラ・ウレイリティカ（Howardella ureilytica）、ハイドロゲノアナエロバクテリウム
（Hydrogenoanaerobacterium）、ハイドロゲノアナエロバクテリウム・サッカロボランス
（Hydrogenoanaerobacteriumsaccharovorans）、ハイドロゲノファーガ、ハイドロゲノ
ファーガ・バクテリウム（Hydrogenophaga bacterium）、イルマトバクター（Ilumatobac
ter）、イルマトバクター、ジャンチノバクテリウム、ジャンチノバクテリウムＣ３０Ａ
ｎ７、ジャンチノバクテリウム、ジェオトガリコッカス、ジェオトガリコッカス、クレブ
シエラ、クレブシエラ・エロゲネス（Klebsiella aerogenes）、クレブシエラ・バクテリ
ウム（Klebsiellabacterium）、クレブシエラＥ１Ｌ１、クレブシエラＥＢ２−ＴＨＱ、
クレブシエラ・エンリッチメント（Klebsiella enrichment）、クレブシエラＦ８３、ク
レブシエラＧ１−６、クレブシエラｇｇ１６０ｅ、クレブシエラ・グラニュロマティス、
クレブシエラＨａＮＡ２０、クレブシエラＨＦ２、クレブシエラｉｉ＿３＿ｃｈｌ＿１、
クレブシエラＫＡＬＡＩＣＩＢＡ１７、クレブシエラｋｐｕ、クレブシエラＭ３、クレブ
シエラＭＢ４５、クレブシエラ・ミレティス（Klebsiella milletis）、クレブシエラＮ
ＣＣＰ−１３８、クレブシエラｏｋ１＿１＿９＿Ｓ１６、クレブシエラｏｋ１＿１＿９＿
Ｓ５４、クレブシエラ・プランティコーラ、クレブシエラ・ニューモニアエ、クレブシエ
ラ・ポイナリイ（Klebsiellapoinarii）、クレブシエラＰＳＢ２６、クレブシエラＲＳ
、クレブシエラＳｅ１４、クレブシエラＳＲＣ＿ＤＳＤ１２、クレブシエラｔｄ１５３ｓ
、クレブシエラＴＧ−１、クレブシエラＴＰＳ５、クレブシエラ、クレブシエラ・バリイ
コーラ、クレブシエラＷＢ−２、クレブシエラＹ９、クレブシエラｚｌｍｙ、クライベラ
、クライベラＡｎ５−１、クライベラ・クリオクレッセンス、クライベラ、コクリア、コ
クリア２２１６．３５．３１、カルシア、カルシア、ラクノバクテリウム、ラクノバクテ
リウムＣ１２ｂ、ラクノバクテリウム、ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セディス（Lach
nospiracea_incertae_sedis）、ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セディス・バクテリウ
ム（Lachnospiracea_incertae_sedisbacterium）、ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セ
ディス・コントルタム（Lachnospiracea_incertae_sedis contortum）、ラクノスピラセ
エ＿インセルテ＿セディスＥｇ２、ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セディス・エリゲン
ス（Lachnospiracea_incertae_sediseligens）、ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セデ
ィス・エタノルギグネンス（Lachnospiracea_incertae_sedis ethanolgignens）、ラクノ
スピラセエ＿インセルテ＿セディス・ガラクツロニカス（Lachnospiracea_incertae_sedi
sgalacturonicus）、ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セディス・グナブス（Lachnospir
acea_incertae_sedisgnavus）、ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セディス・ハリイ（La
chnospiracea_incertae_sedishallii）、ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セディス・ハ
イドロゲノトロフィカ（Lachnospiracea_incertae_sedis hydrogenotrophica）、ラクノ
スピラセエ＿インセルテ＿セディスＩＤ５、ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セディス・
インテスティナル（Lachnospiracea_incertae_sedisintestinal）、ラクノスピラセエ＿
インセルテ＿セディス・ムプニソレート（Lachnospiracea_incertae_sedis mpnisolate）
、ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セディス・ペクチノシザ（Lachnospiracea_incertae_
sedispectinoschiza）、ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セディス・ラムラス（Lachnos
piracea_incertae_sedisramulus）、ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セディス・レクタ
ーレ（Lachnospiracea_incertae_sedisrectale）、
ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セディスＲＬＢ１、ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セ
ディス・ルーメン（Lachnospiracea_incertae_sedisrumen）、ラクノスピラセエ＿イン
セルテ＿セディスＳＹ８５１９、ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セディス・
トルケス（Lachnospiracea_incertae_sedistorques）、ラクノスピラセエ＿インセルテ
＿セディス、ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セディス・ユニフォルメ（Lachnospiracea
_incertae_sedisuniforme）、ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セディス・ベントリオサ
ム（Lachnospiracea_incertae_sedisventriosum）、ラクノスピラセエ＿インセルテ＿セ
ディス・キシラノフィルム（Lachnospiracea_incertae_sedis xylanophilum）、ラクノス
ピラセエ＿インセルテ＿セディスｙｅ６２、ラクトバチルス、ラクトバチルス５−１−２
、ラクトバチルス６６ｃ、ラクトバチルス・アシドフィラス、ラクトバチルス・アリゾネ
ンシス、ラクトバチルスＢ５４０６、ラクトバチルス・ブレビス、ラクトバチルス・カゼ
イ、ラクトバチルス・クリスパータス、ラクトバチルス・カルバータス、ラクトバチルス
・デルブレッキイ、ラクトバチルス・ファーメンタム、ラクトバチルス・ガセリ、ラクト
バチルス・ヘルベティカス、ラクトバチルス・ホミニス（Lactobacillus hominis）、ラ
クトバチルスＩＤ９２０３、ラクトバチルスＩＤＳＡｃ、ラクトバチルス・インテスティ
ナル（Lactobacillusintestinal）、ラクトバチルス・ジョンソニイ、ラクトバチルス・
ラクティス、ラクトバチルス・マニホティボランス、ラクトバチルス・ムコーサエ、ラク
トバチルスＮＡ、ラクトバチルス・オリス、ラクトバチルスＰ２３、ラクトバチルスＰ８
、ラクトバチルス・パラカゼイ、ラクトバチルス・パラプランタラム、ラクトバチルス・
ペントーサス、ラクトバチルス・プランタルム、ラクトバチルス・ポンティス、ラクトバ
チルス・レナンキルフィー１０（Lactobacillus rennanqilfy10）、ラクトバチルス・レ
ナンキルフィー１４、ラクトバチルス・レナンキリイｆ９（Lactobacillus rennanqilyf9
）、ラクトバチルス・ロイテリー、ラクトバチルス・ラムノーサス、ラクトバチルス・サ
リバリウス、ラクトバチルス・サンフランシセンシス、ラクトバチルス・サントリエウス
、ラクトバチルスＴ３Ｒ１Ｃ１、ラクトバチルス、ラクトバチルス・バギナリス、ラクト
バチルス・ゼアエ、ラクトコッカス、ラクトコッカス５６、ラクトコッカスＣＲ−３１７
Ｓ、ラクトコッカスＣＷ−１、ラクトコッカスＤ８、ラクトコッカスＤａ−１８、ラクト
コッカスＤＡＰ３９、ラクトコッカス・デルブリュッキイ（Lactococcus delbrueckii）
、ラクトコッカスＦ１１６、ラクトコッカス・フジエンシス（Lactococcus fujiensis）
、ラクトコッカスＧ２２、ラクトコッカス・ガルビエアエ、ラクトコッカス・ラクティス
、ラクトコッカス・マヌレ（Lactococcus manure）、ラクトコッカスＲＴ５、ラクトコッ
カスＳＸＶＩＩＩ１（２０１１）、ラクトコッカスＴＰ２ＭＪ、ラクトコッカスＴＰ２Ｍ
Ｌ、ラクトコッカスＴＰ２ＭＮ、ラクトコッカスＵ５−１、ラクトコッカス、ラクチノフ
ァクター（Lactonifactor）、ラクチノファクター・バクテリウム（Lactonifactorbacte
rium）、ラクチノファクター・ロンゴビフォルミス（Lactonifactorlongoviformis）、
ラクチノファクター  ｎｌａｅｚｌｃ５３３、ラクチノファクター、レクレルシア、レク
レルシア、レンチスファエラ、レンチスファエラ、ロイコノストック、ロイコノストック
・カーノサム、ロイコノストック・シトレウム、ロイコノストック・ガルリクム（Leucon
ostoc garlicum）、ロイコノストック・ガシコミタータム、ロイコノストック・ゲリダム
、ロイコノストック・インハーエ、ロイコノストック・ラクティス、ロイコノストックＭ
ＥＢＥ２、ロイコノストック・メセンテロイデス、ロイコノストック・シュードメセンテ
ロイデス、ロイコノストック、リムノバクター、リムノバクターｓｐｆ３、ルテオリバク
ター（Luteolibacter）、ルテオリバクター・バクテリウム（Luteolibacterbacterium）
、ルティスポラ（Lutispora）、ルティスポラ、マリニフィルム（Marinifilum）、マリニ
フィルム、マリノバクター、マリノバクター・アークティカス（Marinobacter arcticus
）、マリプロファンダス（Mariprofundus）、マリプロファンダス、マルビンブリアンチ
ア（Marvinbryantia）、マルビンブリアンチア、メガモナス、メガモナス、メガスファエ
ラ、メガスファエラ、メリッソコッカス、メリッソコッカス・フェーカリス（Melissococ
cus faecalis）、メタノバクテリウム、メタノバクテリウム・サブテラネウム、メタノブ
レビバクター、メタノブレビバクター・アルボリファイラス、メタノブレビバクター・ミ
レレ（Methanobrevibactermillerae）、メタノブレビバクター・オレエ（Methanobrevib
acter olleyae）、メタノブレビバクター・オラリス、メタノブレビバクターＳＭ９、メ
タノブレビバクター・スミシイ、メタノブレビバクター、メタノスファエラ、メタノスフ
ァエラ・スタッドマナエ、メタノスファエラ、メチロバクテリウム、メチロバクテリウム
・アドハエシブム、メチロバクテリウム・バクテリウム（Methylobacterium bacterium）
、メチロバクテリウムｉＥＩＩ３、メチロバクテリウムＭＰ３、メチロバクテリウム・オ
リゼ（Methylobacteriumoryzae）、メチロバクテリウムＰＢ１３２、メチロバクテリウ
ムＰＢ２０、メチロバクテリウムＰＢ２８０、メチロバクテリウムＰＤＤ−２３ｂ−１４
、メチロバクテリウム・ラデイオトレランス、メチロバクテリウムＳＫＪＨ−１、メチロ
バクテリウム、ミツオケラ、ミツオケラ・ジャラルディニイ、ミツオケラ、モーガネラ、
モーガネラ・モーガニイ、モーガネラ、モリテラ、モリテラ２Ｄ２、モリエラ（Moryella
）、モリエラ・インドリゲネス（Moryella indoligenes）、モリエラ・ナビフォルメ（Mo
ryellanaviforme）、モリエラ、マイコバクテリウム、結核菌、マイコバクテリウム、ネ
ガティビコッカス（Negativicoccus）、ネガティビコッカス、ニトロソモナス、ニトロソ
モナス・ユートロファ、ノボスフィンゴビウム、ノボスフィンゴビウム、オドリバクター
（Odoribacter）、オドリバクター・ラネウス（Odoribacterlaneus）、オドリバクター
・スプランクニカス（Odoribacter splanchnicus）、オドリバクター、オルセネラ、オル
セネラ  １８３２、オルセネラ  Ｆ０２０６、オルセネラ、オルバス（Orbus）、オルバ
ス・ギリアメラ（Orbusgilliamella）、オリバクテリウム、オリバクテリウム、オッシ
リバクター（Oscillibacter）、オッシリバクター・バクテリウム（Oscillibacterbacte
rium）、オッシリバクター・エンリッチメント（Oscillibacterenrichment）、オッシリ
バクター、オーウェンウィークシア、オーウェンウィークシア、オキサロバクター、オキ
サロバクター・フォルミゲネス、オキサロバクター、パルディバクター、パルディバクタ
ー、パントエア、パントエア・アグロメランス、パントエア・ユーカリプティ（Pantoea 
eucalypti）、パントエア、パピリバクター、パピリバクター・シンナミボランス、パピ
リバクター、パラバクテロイデス（Parabacteroides）、パラバクテロイデスＡＳＦ５１
９、パラバクテロイデスＣＲ−３４、パラバクテロイデス・ディスタゾニス（Parabacter
oidesdistasonis）、パラバクテロイデスＤＪＦ＿Ｂ０８４、パラバクテロイデスＤＪＦ
＿Ｂ０８６、パラバクテロイデスｄｎＬＫＶ８、パラバクテロイデス・エンリッチメント
（Parabacteroidesenrichment）、パラバクテロイデス・フェーカル（Parabacteroides 
fecal）、パラバクテロイデス・ゴールドスタイニイ（Parabacteroidesgoldsteinii）、
パラバクテロイデス・ゴルドニイ（Parabacteroides gordonii）、パラバクテロイデス・
ジョンソニイ（Parabacteroidesjohnsonii）、パラバクテロイデス・メルデ（Parabacte
roides merdae）、パラバクテロイデス・ムプニソレート（Parabacteroidesmpnisolate
）、パラバクテロイデスｎｌａｅｚｌｐ３４０、パラバクテロイデス、パラエッゲルテラ
（Paraeggerthella）、パラエッゲルテラ・ホンコンゲンシス（Paraeggerthellahongkon
gensis）、パラエッゲルテラｎｌａｅｚｌｐ７９７、パラエッゲルテラｎｌａｅｚｌｐ８
９６、パラプレボテラ（Paraprevotella）、パラプレボテラ・クララ（Paraprevotella c
lara）、パラプレボテラ、パラプレボテラ・キシラニフィラ（Paraprevotellaxylaniphi
la）、パラサッテレラ（Parasutterella）、パラサッテレラ・エクスクレメンティホミニ
ス（Parasutterellaexcrementihominis）、パラサッテレラ、ペクトバクテリウム、ペク
トバクテリウム・カロトボラム、ペクトバクテリウム・ワサビアエ、ペディオコッカス、
ペディオコッカスｔｅ２ｒ、ペディオコッカス、ペドバクター、ペドバクターｂ３Ｎ１ｂ
−ｂ５、ペドバクター・デチャンゲンシス（Pedobacter daechungensis）、ペドバクター
、ペプトストレプトコッカス、ペプトストレプトコッカス・アナエロビウス、ペプトスト
レプトコッカス・ストマティス（Peptostreptococcus stomatis）、ペプトストレプトコ
ッカス、ファスコラルクトバクテリウム、ファスコラルクトバクテリウム・フェシウム、
ファスコラルクトバクテリウム、フォトバクテリウム、フォトバクテリウムＭＩＥ、ピリ
バクター、ピリバクター、プランクトマイセス、プランクトマイセス、プラノコッカセエ
＿インセルテ＿セディス（Planococcaceae_incertae_sedis）、プラノコッカセエ＿イン
セルテ＿セディス、プラノミクロビウム、プラノミクロビウム、プレシオモナス、プレシ
オモナス、ポルフィロバクター、ポルフィロバクターＫＫ３４８、ポルフィロモナス、ポ
ルフィロモナス・アサッカロリティカ、ポルフィロモナス・ベノニス（Porphyromonas be
nnonis）、ポルフィロモナス・ケイナイン（Porphyromonascanine）、ポルフィロモナス
・ソメラエ、ポルフィロモナス、プレボテーラ、プレボテーラ・バクテリウム（Prevotel
la bacterium）、プレボテーラＢＩ−４２、プレボテーラ・ビビア、プレボテーラ・ブッ
カリス、プレボテーラ・コプリ（Prevotella copri）、プレボテーラＤＪＦ＿Ｂ１１２、
プレボテーラ・ムプニソレート（Prevotella mpnisolate）、プレボテーラ・オラル（Pre
votella oral）、プレボテーラ、プロピオニバクテリウム、プロピオニバクテリウム・ア
クネス、プロピオニバクテリウム・フリューデンレイッヒイ、プロピオニバクテリウムＬ
Ｇ、プロピオニバクテリウム、プロテイニボラス（Proteiniborus）、プロテイニボラス
、プロテイニフィルム、プロテイニフィルム、プロテウス、プロテウスＨＳ７５１４、プ
ロビデンシア、プロビデンシア、シュードブチリビブリオ、シュードブチリビブリオ・バ
クテリウム（Pseudobutyrivibriobacterium）、シュードブチリビブリオ・フィブリソル
ベンス（Pseudobutyrivibriofibrisolvens）、シュードブチリビブリオ・ルミニス、シ
ュードブチリビブリオ、シュードクロバクトラム（Pseudochrobactrum）、シュードクロ
バクトラム、シュードフラボニフラクター（Pseudoflavonifractor）、シュードフラボニ
フラクターａｓｆ５００、シュードフラボニフラクター・バクテリウム（Pseudoflavonif
ractorbacterium）、シュードフラボニフラクター・カピロサス（Pseudoflavonifractor
capillosus）、シュードフラボニフラクターＮＭＬ、シュードフラボニフラクター、シ
ュードモナス、シュードモナス１０４３、シュードモナス１０５６９、シュードモナス１
２７（３９−ｚｘ）、シュードモナス１２Ａ＿１９、シュードモナス１４５（３８ｚｘ）
、シュードモナス２２０１０、シュードモナス３２０１０、シュードモナス３４ｔ２０、
シュードモナス３Ｃ＿１０、シュードモナス４−５（２０１０）、シュードモナス４−９
（２０１０）、シュードモナス６−１３．Ｊ、シュードモナス６３５９６、シュードモナ
ス８２０１０、シュードモナスａ００１−１４２Ｌ、シュードモナスａ１０１−１８−２
、シュードモナスａ１１１−５、シュードモナス・エルジノーサ（緑膿菌）、シュードモ
ナス・アガリシ、シュードモナスａｍｓｐ１、シュードモナスＡＵ２３９０、
シュードモナスＡＺ１８Ｒ１、シュードモナス・アゾトフォルマンス、シュードモナスＢ
１２２、シュードモナスＢ６５（２０１２）、シュードモナス・バクテリウム（Pseudomo
nas bacterium）、シュードモナスＢＪＳＸ、シュードモナスＢＬＨ−８Ｄ５、シュード
モナスＢＷＤＹ−２９、シュードモナスＣＡ１８、シュードモナス・カンタス（Pseudomo
nas Cantas）１２、シュードモナスＣＢ１１、シュードモナスＣＢＺ−４、シュードモナ
ス・セドリナ、シュードモナスＣＧＭＣＣ、シュードモナスＣＬ１６、シュードモナスＣ
ＮＥ、シュードモナス・コルゲータ（Pseudomonas corrugata）、シュードモナス・クア
トロシエネガセンシス（Pseudomonas cuatrocienegasensis）、シュードモナスＣＹＥＢ
−７、シュードモナスＤ５、シュードモナスＤＡＰ３７、シュードモナスＤＢ４８、シュ
ードモナス・デセプチオネンシス（Pseudomonas deceptionensis）、シュードモナスＤｅ
ｎ−０５、シュードモナスＤＦ７ＥＨ１、シュードモナスＤｈＡ−９１、シュードモナス
ＤＶＳ１４ａ、シュードモナスＤＹＪＫ４−９、シュードモナスＤＺＱ５、シュードモナ
スＥ１１＿ＩＣＥ１９Ｂ、シュードモナスＥ２．２、シュードモナスｅ２−ＣＤＣ−ＴＢ
４Ｄ２、シュードモナスＥＭ１８９、シュードモナス・エンリッチメント（Pseudomonas 
enrichment）、シュードモナス・イクストレモリエンタリス、シュードモナスＦＡＩＲ／
ＢＥ／Ｆ／ＧＨ３７、シュードモナスＦＡＩＲ／ＢＥ／Ｆ／ＧＨ３９、シュードモナスＦ
ＡＩＲ／ＢＥ／Ｆ／ＧＨ９４、シュードモナスＦＬＭ０５−３、シュードモナス・フルオ
レッセンス（蛍光菌）、シュードモナス・フラギ、シュードモナス  ’ＦＳＬ、シュード
モナスＧ１０１３、シュードモナス・ギンゲリ（Pseudomonas gingeri）、シュードモナ
スＨＣ２−２、シュードモナスＨＣ２−４、シュードモナスＨＣ２−５、シュードモナス
ＨＣ４−８、シュードモナスＨＣ６−６、シュードモナスＨｇ４−０６、シュードモナス
ＨＬＢ８−２、シュードモナスＨＬＳ１２−１、シュードモナスＨＳＦ２０−１３、シュ
ードモナスＨＷ０８、シュードモナスＩＩ−４４、シュードモナスＩｐＡ−９２、シュー
ドモナスＩＶ、シュードモナスＪＣＭ、シュードモナス・ジェッセニイ、シュードモナス
ＪＳＰＢ５、シュードモナスＫ３Ｒ３．１Ａ、シュードモナスＫＢ４０、シュードモナス
ＫＢ４２、シュードモナスＫＢ４４、シュードモナスＫＢ６３、シュードモナスＫＢ７３
、シュードモナスＫＫ−２１−４、シュードモナスＫＯＰＲＩ、シュードモナスＬ１Ｒ３
．５、シュードモナスＬＡＢ−２７、シュードモナスＬＡＢ−４４、シュードモナスＬｃ
１０−２、シュードモナス・リバネンシス、シュードモナスＬｎ５Ｃ．７、シュードモナ
スＬＳ１９７、シュードモナス・ルンデンシス、シュードモナス・マルギナリス、シュー
ドモナスＭＦＹ１４３、シュードモナスＭＦＹ１４６、シュードモナスＭＹ１４０４、シ
ュードモナスＭＹ１４１２、シュードモナスＭＹ１４１６、シュードモナスＭＹ１４２０
、シュードモナスＮ１４ｚｈｙ、シュードモナスＮＢＲＣ、シュードモナスＮＣＣＰ−５
０６、シュードモナスＮＦＵ２０−１４、シュードモナスＮＪ−２２、シュードモナスＮ
Ｊ−２４、シュードモナスＮｊ−３、シュードモナスＮｊ−５５、シュードモナスＮｊ−
５６、シュードモナスＮｊ−５９、シュードモナスＮｊ−６０、シュードモナスＮｊ−６
２、シュードモナスＮｊ−７０、シュードモナスＮＰ４１、シュードモナスＯＣＷ４、シ
ュードモナスＯＷ３−１５−３−２、シュードモナスＰ１（２０１０）、シュードモナス
Ｐ２（２０１０）、シュードモナスＰ３（２０１０）、シュードモナスＰ４（２０１０）
、シュードモナスＰＤ、シュードモナスＰＦ１Ｂ４、シュードモナスＰＦ２Ｍ１０、シュ
ードモナスＰＩＬＨ１、シュードモナス・ポアエ、シュードモナス・プロテオバクテリウ
ム（Pseudomonasproteobacterium）、シュードモナスｐｓ４−１２、シュードモナスｐ
ｓ４−２、シュードモナスｐｓ４−２８、シュードモナスｐｓ４−３４、シュードモナス
ｐｓ４−４、シュードモナス・サイクロフィラ、シュードモナス・プチダ、シュードモナ
スＲ−３５７２１、シュードモナスＲ−３７２５７、シュードモナスＲ−３７２６５、シ
ュードモナスＲ−３７９０８、シュードモナスＲＢＥ１ＣＤ−４８、シュードモナスＲＢ
Ｅ２ＣＤ−４２、シュードモナスｒｅｇｄ９、シュードモナスＲＫＳ７−３、シュードモ
ナスＳ２、シュードモナス・シーウォーター（Pseudomonas seawater）、シュードモナス
ＳＧｂ０８、シュードモナスＳＧｂ１２０、シュードモナスＳＧｂ３９６、シュードモナ
スｓｇｎ、シュードモナス’Ｓｈｋ、シュードモナス・スタッツェリ、シュードモナス・
シリンガエ、シュードモナス・タエトロレンス、シュードモナス・トラーシイ、シュード
モナス・トリビアリス、シュードモナスＴＵＴ１０２３、シュードモナス、シュードモナ
スＷ１５Ｆｅｂ２６、シュードモナスＷ１５Ｆｅｂ４、シュードモナスＷ１５Ｆｅｂ６、
シュードモナスＷＤ−３、シュードモナスＷＲ４−１３、シュードモナスＷＲ７＃２、シ
ュードモナスＹ１０００、シュードモナスＺＳ２９−８、サイクロバクター、サイクロバ
クターｕｍｂ１３ｄ、サイクロバクター、ピラミドバクター（Pyramidobacter）、ピラミ
ドバクター・ピスコレンス（Pyramidobacter piscolens）、ピラミドバクター、ラーネラ
、ラーネラ・アクアティリス、ラーネラ・カロトボラム（Rahnella carotovorum）、ラー
ネラ  ＧＩＳＴ−ＷＰ４ｗ１、ラーネラＬＲ１１３、ラーネラ、ラーネラＺ２−Ｓ１、ラ
ルストニア、ラルストニア・バクテリウム（Ralstonia bacterium）、ラルストニア、ラ
オウルテラ、ラオウルテラ  Ｂ１９、ラオウルテラ・エンリッチメント（Raoultella enr
ichment）、ラオウルテラ・プランティコーラ、ラオウルテラｓｖ６ｘｖｉｉ、ラオウル
テラＳＺ０１５、ラオウルテラ、レニバクテリウム、レニバクテリウムＧ２０、リゾビウ
ム、リゾビウム・レグミノサラム（Rhizobium leguminosarum）、ロドコッカス、ロドコ
ッカス・エリスロポリス（Rhodococcus erythropolis）、ロドピレルーラ、ロドピレルー
ラ、リエメレラ、リエメレラ・アナティペステイファー、リケネラ、リケネラ、ロビンソ
ニエラ（Robinsoniella）、ロビンソニエラ・ペオリエンシス（Robinsoniellapeoriensi
s）、ロビンソニエラ、ロゼブリア、ロゼブリア１１ＳＥ３７、ロゼブリア・バクテリウ
ム（Roseburiabacterium）、ロゼブリア・セシコーラ、ロゼブリアＤＪＦ＿ＶＲ７７、
ロゼブリア・フェシス（Roseburia faecis）、ロゼブリア・フィブリソルベンス（Rosebu
riafibrisolvens）、ロゼブリア・ホミニス（Roseburia hominis）、ロゼブリア・イン
テスティナーリス（Roseburiaintestinalis）、ロゼブリア・イヌリニボランス（Rosebu
riainulinivorans）、ロゼブリア、ロセイバチルス（Roseibacillus）、ロセイバチルス
、ロシア（Rothia）、ロシア、ルブリタレア（Rubritalea）、ルブリタレア、ルミノコッ
カス、ルミノコッカス２５Ｆ６、ルミノコッカス・アルブス、ルミノコッカス・バクテリ
ウム（Ruminococcusbacterium）、ルミノコッカス・ブローミイ、ルミノコッカス・カリ
ダス、ルミノコッカス・シャンパネレンシス（Ruminococcus champanellensis）、ルミノ
コッカスＤＪＦ＿ＶＲ８７、ルミノコッカス・フラベファシエンス、ルミノコッカス・ガ
ウブレアウイイ（Ruminococcusgauvreauii）、ルミノコッカス・ラクタリス、ルミノコ
ッカスＮＫ３Ａ７６、ルミノコッカス、ルミノコッカスＹＥ７１、サッカロフェルメンタ
ンス（Saccharofermentans）、サッカロフェルメンタンス、サリニコッカス、サリニコッ
カス、サリニミクロビウム（Salinimicrobium）、サリニミクロビウム、サルモネラ、サ
ルモネラ・アグロメランス（Salmonella agglomerans）、サルモネラ・バクテリウム（Sa
lmonellabacterium）、サルモネラ・エンテリカ、サルモネラ・フロインディイ（Salmon
ella freundii）、サルモネラ・ヘルマニイ（Salmonellahermannii）、パラチフス菌、
サルモネラＳＬ０６０４、サルモネラ・サブテラネア、サルモネラ、スカルドビア、スカ
ルドビア・オラル（Scardoviaoral）、スチワートジア（Schwartzia）、スチワートジア
、セディメンティコーラ（Sedimenticola）、セディメンティコーラ、セディミニバクタ
ー（Sediminibacter）、セディミニバクター、セレノモナス、セレノモナス・フェーカル
（Selenomonasfecal）、セレノモナス、セルペンス（Serpens）、セルペンス、セラチア
、セラチア１１３５、セラチア１３６−２、セラチア５．１Ｒ、セラチアＡＣ−ＣＳ−１
Ｂ、セラチアＡＣ−ＣＳ−Ｂ２、セラチア・アクアティリス（Serratia aquatilis）、セ
ラチア・バクテリウム（Serratia bacterium）、セラチアＢＳ２６、セラチア・カロトボ
ラム（Serratiacarotovorum）、セラチアＤＡＰ６、セラチア・エンリッチメント（Serr
atia enrichment）、セラチアＦ２、セラチア・フィカリア、セラチア・フォンティコー
ラ、セラチア・グリメシイ、セラチアＪ１４５、セラチアＪＭ９８３、セラチア・リクフ
ァシエンス、セラチア・マルセッセンス（霊菌）、セラチア・プリムシカ、セラチア・プ
ロテアマキュランス、セラチア・プロテオリティカス（Serratia proteolyticus）、セラ
チアｐｔｚ−１６ｓ、セラチア・キニボランス、セラチアＳＢＳ、セラチアＳＳ２２、セ
ラチア・トラウト（Serratiatrout）、セラチアＵＡ−Ｇ００４、セラチア、セラチア・
ホワイト（SerratiaWhite）、セラチア・イエロー（Serratia yellow）、シューワネラ
、シューワネラ・バルティカ、シューワネラ、スラッキア、スラッキア・インテスティナ
ル（Slackiaintestinal）、スラッキア・イソフラボニコンベルテンス（Slackia isofla
voniconvertens）、スラッキア  ＮＡＴＴＳ、スラッキア、ソリバシラス（Solibacillus
）、ソリバシラス、ソロバクテリウム、ソロバクテリウム・ムーレイ（Solobacterium mo
orei）、ソロバクテリウム、スパルトバクテリア＿ジェネラ＿インセルテ＿セディス（Sp
artobacteria_genera_incertae_sedis）、スパルトバクテリア＿ジェネラ＿インセルテ＿
セディス、スフィンゴビウム、スフィンゴビウム、スフィンゴモナス、スフィンゴモナス
、スポラセチゲニウム（Sporacetigenium）、スポラセチゲニウム、スポロバクター、ス
ポロバクター、スポロバクテリウム（Sporobacterium）、スポロバクテリウム・オレアリ
ウム（Sporobacteriumolearium）、スタフィロコッカス、スタフィロコッカス・エピデ
ルミディス、スタフィロコッカスＰＣＡ１７、スタフィロコッカス、ステノトロホモナス
、ステノトロホモナス、ストレプトコッカス、ストレプトコッカス１６０６−０２Ｂ、ス
トレプトコッカス・アガラクティアエ、ストレプトコッカス・アラクトリティカス、スト
レプトコッカス・アンギノーサス、ストレプトコッカス・バクテリウム（Streptococcus 
bacterium）、ストレプトコッカス・ボビス、ストレプトコッカスＣｈＤＣ、ストレプト
コッカス・コンステラタス、ストレプトコッカスＣＲ−３１４Ｓ、ストレプトコッカス・
クリセティ、
ストレプトコッカス・クリスタタス、ストレプトコッカス・ダウネイ、ストレプトコッカ
ス・ディスガラクティアエ、ストレプトコッカス・エンリッチメント（Streptococcus en
richment）、ストレプトコッカス・エクイ、ストレプトコッカス・エクイナス、
ストレプトコッカスＥＳ１１、ストレプトコッカス・ユウバクテリウム（Streptococcus 
eubacterium）、ストレプトコッカス・フェーカル（Streptococcusfecal）、ストレプト
コッカス・ガリナセウス、ストレプトコッカス・ガロリティカス、ストレプトコッカス・
ガストロコッカス（Streptococcusgastrococcus）、ストレプトコッカス・ゲノモスプ（
Streptococcusgenomosp）、ストレプトコッカス・ゴルドニイ、ストレプトコッカスＩ５
、ストレプトコッカス・インファンタリウス、ストレプトコッカス・インターメディウス
、ストレプトコッカスＪｅ２、ストレプトコッカスＪＳ−ＣＤ２、ストレプトコッカスＬ
ＲＣ、ストレプトコッカス・ルテシエ（Streptococcus luteciae）、ストレプトコッカス
・ルテティエンシス、ストレプトコッカスＭ０９−１１１８５、ストレプトコッカス・ミ
ティス、ストレプトコッカス・ミュータンス、ストレプトコッカスＮＡ、
ストレプトコッカスｎｌａｅｚｌｃ３５３、ストレプトコッカスｎｌａｅｚｌｐ６８、ス
トレプトコッカスｎｌａｅｚｌｐ７５８、ストレプトコッカスｎｌａｅｚｌｐ８０７、ス
トレプトコッカス・オラル（Streptococcus oral）、ストレプトコッカス・オラリス（St
reptococcusoralis）、ストレプトコッカス・パラサングイニス、ストレプトコッカス・
フォカエ、ストレプトコッカス・ニューモニアエ（肺炎レンサ球菌）、ストレプトコッカ
ス・ポルシナス、ストレプトコッカス・ピオゲネス（化膿レンサ球菌）、ストレプトコッ
カスＳ１６−０８、ストレプトコッカス・サリバリウス、ストレプトコッカス・サングイ
ニス、ストレプトコッカス・ソブリナス、ストレプトコッカス・スイス、ストレプトコッ
カス・シンビオント（Streptococcus symbiont）、ストレプトコッカス・サーモフィラス
、ストレプトコッカスＴＷ１、ストレプトコッカス、ストレプトコッカス・ベスティブラ
リス、ストレプトコッカス・ワルネリ（Streptococcus warneri）、ストレプトコッカス
ＸＪ−ＲＹ−３、ストレプトマイセス、ストレプトマイセス・マレーシエンシス、ストレ
プトマイセスＭＶＣＳ６、ストレプトファイタ（Streptophyta）、ストレプトファイタ・
コルディフォリウム（Streptophyta cordifolium）、ストレプトファイタ・ギンセング（
Streptophytaginseng）、ストレプトファイタ・ヒルスタム（Streptophyta hirsutum）
、ストレプトファイタ・オレラシア（Streptophyta oleracea）、ストレプトファイタ・
サティバ（Streptophytasativa）、ストレプトファイタ・サティブム（Streptophyta sa
tivum）、ストレプトファイタ・サティブス（Streptophytasativus）、ストレプトファ
イタ・タバクム（Streptophytatabacum）、ストレプトファイタ、サブディビジョン３＿
ジェネラ＿インセルテ＿セディス（Subdivision3_genera_incertae_sedis）、サブディビ
ジョン３＿ジェネラ＿インセルテ＿セディス、サブドリグラヌルム、サブドリグラヌルム
・バクテリウム（Subdoligranulumbacterium）、サブドリグラヌルムｉｃ１３９３、サ
ブドリグラヌルムｉｃ１３９５、サブドリグラヌルム、サブドリグラヌルム・バリアビレ
、サクシニクラスティカム、サクシニクラスティカム、スルフリセラ（Sulfuricella）、
スルフリセラ、スルフロスピリラム、スルフロスピリラム、ステレラ、ステレラ、ステレ
ラ・ワズワースエンシス、シントロフォコッカス、シントロフォコッカス、シントロフォ
モナス、シントロフォモナス・ブリアンティイ（Syntrophomonas bryantii）、シントロ
フォモナス、シントロファス、シントロファス、タンネレラ（Tannerella）、タンネレラ
、テイタメラ、テイタメラ、サーモフィラム、サーモフィラム、サーモジムノモナス（Th
ermogymnomonas）、サーモジムノモナス、サーモビルガ（Thermovirga）、サーモビルガ
、チモナス（Thiomonas）、チモナス  ＭＬ１−４６、トルセリア（Thorsellia）、トル
セリア・カルソネラ（Thorsellia carsonella）、ＴＭ７＿ジェネラ＿インセルテ＿セデ
ィス（TM7_genera_incertae_sedis）、ＴＭ７＿ジェネラ＿インセルテ＿セディス、トリ
ココッカス（Trichococcus）、トリココッカス、ツリシバクター（Turicibacter）、ツリ
シバクター・サンギニス（Turicibacter sanguinis）、ツリシバクター、バゴコッカス（
Vagococcus）、バゴコッカスｂｆｓ１１−１５、バゴコッカス、バンピロビブリオ（Vamp
irovibrio）、バンピロビブリオ、バリバキュラム（Varibaculum）、バリバキュラム、バ
リオボラックス（Variovorax）、バリオボラックスＫＳ２Ｄ−２３、ベイロネラ（Veillo
nella）、ベイロネラ・ディスパル（Veillonelladispar）、ベイロネラＭＳＡ１２、ベ
イロネラＯＫ８、ベイロネラ・オラル（Veillonella oral）、ベイロネラ・パルブラ（Ve
illonellaparvula）、ベイロネラ・トベツエンシス（Veillonella tobetsuensis）、ベ
イロネラ、ビブリオ（Vibrio）、ビブリオ３Ｃ１、ビブリオ、ビクチバリス（Victivalli
s）、ビクチバリス、ビクチバリス・バデンシス（Victivallisvadensis）、ビテリバク
ター（Vitellibacter）、ビテリバクター、ワンドニア（Wandonia）、ワンドニア・ハリ
オティス（Wandoniahaliotis）、ワイセラ（Weissella）、ワイセラ・シバリア（Weisse
lla cibaria）、ワイセラ・コンフューザ（Weissellaconfusa）、ワイセラ・オリゼ（We
issella oryzae）、ワイセラ、エルシニア（Yersinia）、エルシニア９ｇｗ３８、エルシ
ニアＡ１２５、エルシニア・アルドベ（Yersinia aldovae）、エルシニア・アレクシシエ
（Yersiniaaleksiciae）、エルシニアｂ７０２０１１、エルシニア・バクテリウム（Yer
sinia bacterium）、エルシニア・ベルコビエリ（Yersiniabercovieri）、エルシニア・
エンテロコリチカ（Yersiniaenterocolitica）、エルシニア・エントモファーガ（Yersi
nia entomophaga）、エルシニア・フレデリクセニイ（Yersiniafrederiksenii）、エル
シニア・インテルメディア（Yersinia intermedia）、エルシニア・クリステンセニイ（Y
ersiniakristensenii）、エルシニアＭＡＣ、エルシニア・マシリエンシス（Yersinia m
assiliensis）、エルシニア・モラレティイ（Yersiniamollaretii）、エルシニア・ヌル
ミイ（Yersinianurmii）、エルシニア・ペカネニイ（Yersinia pekkanenii）、エルシニ
ア・ペスティス（Yersiniapestis）、エルシニア・シュードツベルキュローシス（Yersi
niapseudotuberculosis）、エルシニア・ローデイ（Yersinia rohdei）、エルシニア・
ルッケリ（Yersiniaruckeri）、エルシニアｓ１０ｆｅ３１、エルシニアｓ１７ｆｅ３１
、エルシニアｓ４ｆｅ３１、エルシニア、エルシニアＹＥＭ１７Ｂ。
【０１２６】
精度および感度
[00139]  本明細書において提供する方法は、試料中の１以上の微生物の属、種、また
は亜株レベルでの株の分類を、１％、２０％、３０％、４０％、５０％、５５％、６０％
、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％
、９９％、９９．２％、９９．５％、９９．７％、または９９．９％を超える精度で提供
することができる。本明細書において提供する方法は、試料中の１以上の微生物の属、種
、または亜株レベルでの株の定量を、１％、２０％、３０％、４０％、５０％、５５％、
６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、
９８％、９９％、９９．２％、９９．５％、９９．７％、または９９．９％を超える精度
で提供することができる。
【０１２７】
[00140]  ある適用において、基準プロファイルと類似する、患者からのマイクロバイ
オームプロファイルは、下記のうち１以上の尤度が増大していることの指標となる：臨床
転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの疾患、完全応答、部分応答、安定
疾患、不応答、および疾患管理のための推奨処置。ある適用において、基準プロファイル
と類似しない、患者からのマイクロバイオームプロファイルは、下記のうち１以上の尤度
が増大していることの指標となる：臨床転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リ
スクの疾患、完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、および疾患管理のための推奨処置
。
【０１２８】
[00141]  本明細書において提供する方法は、対象の健康状態を１％、２０％、３０％
、４０％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％
、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、９９．２％、９９．５％、９９．７％、ま
たは９９．９％ＲＯＣを超える特異性で提供することができる。本明細書において提供す
る方法は、対象の健康状態を１％、２０％、３０％、４０％、５０％、５５％、６０％、
６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、
９９％、９９．２％、９９．５％、９９．７％、または９９．９％ＲＯＣを超える感度で
提供することができる。
【０１２９】
[00142]  本明細書に示す疾患について本開示により提供される診断方法は、生体試料
中の１５以下の微生物の測定に基づいて７０％以上の感度および７０％以上の特異性のう
ちの少なくとも１つを有することができる。そのような診断方法は、２以下の微生物、３
以下の微生物、４以下の微生物、５以下の微生物、６以下の微生物、７以下の微生物、８
以下の微生物、９以下の微生物、１０以下の微生物、１１以下の微生物、１２以下の微生
物、１３以下の微生物、１４以下の微生物、１５以下の微生物、１６以下の微生物、１８
以下の微生物、１９以下の微生物、２０以下の微生物、２５以下の微生物、３０以下の微
生物、３５以下の微生物、４０以下の微生物、４５以下の微生物、５０以下の微生物、５
５以下の微生物、６０以下の微生物、６５以下の微生物、７０以下の微生物、７５以下の
微生物、８０以下の微生物、８５以下の微生物、９０以下の微生物、または１００以下の
微生物、２００以下の微生物、３００以下の微生物、４００以下の微生物、５００以下の
微生物、６００以下の微生物、７００以下の微生物、または８００以下の微生物の測定に
基づいて、７０％以上の感度および７０％以上の特異性のうちの少なくとも１つを有する
ことができる。
【０１３０】
[00143]  本開示により提供される、対象についての微生物プロファイルは、生体試料
中の１５以下の微生物の測定に基づいて７０％以上の精度を有することができる。そのよ
うなプロファイリング方法は、２以下の微生物、３以下の微生物、４以下の微生物、５以
下の微生物、６以下の微生物、７以下の微生物、８以下の微生物、９以下の微生物、１０
以下の微生物、１１以下の微生物、１２以下の微生物、１３以下の微生物、１４以下の微
生物、１５以下の微生物、１６以下の微生物、１８以下の微生物、１９以下の微生物、２
０以下の微生物、２５以下の微生物、３０以下の微生物、３５以下の微生物、４０以下の
微生物、４５以下の微生物、５０以下の微生物、５５以下の微生物、６０以下の微生物、
６５以下の微生物、７０以下の微生物、７５以下の微生物、８０以下の微生物、８５以下
の微生物、９０以下の微生物、または１００以下の微生物、２００以下の微生物、３００
以下の微生物、４００以下の微生物、５００以下の微生物、６００以下の微生物、７００
以下の微生物、または８００以下の微生物の測定に基づいて、少なくとも、７０％を超え
る精度を有することができる。
【０１３１】
ＩＩＩ．コンピューターシステム
[00144]  本開示は、本明細書に記載するいずれかの方法を実施するためのコンピュー
ターシステムを提供する。コンピューターシステムは、下記を含む１以上の工程を実施す
るために使用できる：試料採取、試料処理、１以上の微生物の検出、定量、プロファイル
データの作成、そのデータと基準の比較、対象特異的マイクロバイオームプロファイルの
作成、対象特異的プロファイルと基準プロファイルの比較、病歴の受信、医療記録の受信
、本明細書に記載する１以上の方法により得られたデータの受信および記憶、そのデータ
の解析、レポートの作成、ならびに受信者への結果報告。
【０１３２】
[00145]  たとえば、微生物の存在の有無を検出するためのコンピューターシステムを
本明細書において提供する。マイクロバイオームを構成および維持する細菌、真菌、古細
菌または他の要素の存在の有無を検出するためのコンピューターシステムをも本明細書に
おいて提供する。
【０１３３】
[00146]  本明細書に記載するコンピューターシステムは、本明細書に記載するいずれ
かのアルゴリズムを実施するためのコンピューター実行可能なコードを含むことができる
。本明細書に記載するコンピューターシステムは、本明細書に従っていずれかのアルゴリ
ズムを実施するための、およびデータベースを使用するための、コンピューター実行可能
なコードを含むことができる。
【０１３４】
[00147]  図１は、本明細書に記載する方法を実施するように適合させた代表的なコン
ピューターシステム１００を示す。システム１００は、本明細書に記載する代表的方法を
実施するためにプログラミングされた中央コンピューターサーバー１０１を含む。サーバ
ー１０１は、中央処理ユニット（ＣＰＵ、「プロセッサ」とも言う）１０５を含み、それ
は単一コアプロセッサ、マルチコアプロセッサ、または並行処理のための複数のプロセッ
サであってもよい。サーバー１０１は下記のものをも含む：メモリー１１０（たとえば、
ランダムアクセスメモリー、読出し専用メモリー、フラッシュメモリー）；電子記憶ユニ
ット１１５（たとえば、ハードディスク）；１以上の他のシステムと通信するための通信
インターフェース１２０（たとえば、ネットワークアダプタ）；ならびに周辺デバイス１
２５、これはキャッシュ、他のメモリー、データ記憶、および／または電子表示用のアダ
プタ類を含むことができる。メモリー１１０、記憶ユニット１１５、インターフェース１
２０、および周辺デバイス１２５は、通信バス（communications bus）（実線）、たとえ
ばマザーボードを経由して、プロセッサ１０５と通信状態にある。記憶ユニット１１５は
データを記憶するためのデータ記憶ユニットであってもよい。サーバー１０１は、通信イ
ンターフェース１２０の補助によって作動可能な状態でコンピューターネットワーク（「
ネットワーク」）１３０に接続している。ネットワーク１３０は、インターネット、イン
トラネットおよび／またはエクトラネット、インターネットと通信状態にあるイントラネ
ットおよび／またはエクトラネット、遠隔通信（telecommunication）、あるいはデータ
ネットワークであってもよい。ネットワーク１３０は、ある場合にはサーバー１０１の補
助によりピアツーピアネットワーク（peer-to-peer network）を実施することができ、こ
れにより、サーバー１０１に接続したデバイスはクライアントまたはサーバーとして作動
することができる。
【０１３５】
[00148]  記憶ユニット１１５は、ファイル、たとえば対象レポート、および／または
介護者との通信、シークエンシングデータ、個体についてのデータ、あるいは本発明に関
連するいずれかの観点のデータを記憶することができる。
【０１３６】
[00149]  サーバーはネットワーク１３０を経由して１以上の遠隔コンピューターシス
テムと通信することができる。１以上の遠隔コンピューターシステムは、たとえばパーソ
ナルコンピューター、ラップトップ、タブレット、電話、スマートフォン、またはパーソ
ナルディジタルアシスタントであってもよい。
【０１３７】
[00150]  ある適用では、コンピューターシステム１００は単一サーバー１０１を含む
。他の状況において、このシステムはイントラネット、エクトラネットおよび／またはイ
ンターネットを経由して相互に通信状態にある多重サーバーを含む。
【０１３８】
[00151]  サーバー１０１は、測定データまたは本明細書において提供されるデータベ
ース、対象からの患者情報、たとえば多型、変異、病歴、家族歴、人口統計データ、およ
び／または特定の適用に関連する可能性のある他の臨床情報もしくは個人情報を記憶する
ように適合させることができる。そのような情報は記憶ユニット１１５またはサーバー１
０１に記憶させることができ、そのようなデータはネットワークを経由して伝送すること
ができる。
【０１３９】
[00152]  本明細書に記載する方法は、サーバー１０１の電子記憶ロケーションに、た
とえばメモリー１１０または電子記憶ユニット１１５に記憶された機械（またはコンピュ
ータープロセッサ）実行可能なコード（またはソフトウェア）により実施することができ
る。使用に際して、コードはプロセッサ１０５により実行することができる。ある場合に
は、プロセッサ１０５によって容易にアクセスするために、コードを記憶ユニット１１５
から検索してメモリー１１０に記憶させることができる。ある状況では、電子記憶ユニッ
ト１１５を除外することができ、機械実行可能な指示をメモリー１１０に記憶させる。あ
るいは、コードを第２コンピューターシステム１４０で実行することができる。
【０１４０】
[00153]  本開示により提供されるシステムおよび方法の観点、たとえばサーバー１０
１を、プログラミングに際して具体化することができる。テクノロジーの種々の観点は、
一般に、あるタイプの機械可読媒体上で実施または具体化される機械（またはプロセッサ
）実行可能なコードおよび／または関連データの形の「製品（productまたはarticles of
manufacture）」と考えることができる。機械可読コードを、電子記憶ユニット、たとえ
ばメモリー（たとえば、読出し専用メモリー、ランダムアクセスメモリー、フラッシュメ
モリー）またはハードディスクに記憶させることができる。「記憶」タイプの媒体は、コ
ンピューター、プロセッサなどの有形メモリー（tangible memory）のいずれかもしくは
すべて、またはその関連モジュール、たとえば各種の半導体メモリー、テープドライブ、
ディスクドライブなどを含むことができ、それらはソフトウェアプログラミングのための
いずれかの時点で非一時的記憶（non-transitory storage）を提供することができる。ソ
フトウェアの全部または一部を時にはインターネットまたは他の各種遠隔通信ネットワー
クを経由して通信することができる。そのような通信は、たとえばあるコンピューターま
たは他のプロセッサから他への、たとえば管理サーバーまたはホストコンピューターから
アプリケーションサーバーのコンピュータープラットフォームへの、ソフトウェアのロー
ディングを可能にすることができる。したがって、ソフトウェア素子を保持できる他のタ
イプの媒体には、光波、電波および電磁波、たとえばローカルデバイス間で物理的インタ
ーフェースを介して、有線および光地上通信線ネットワークを通して、また各種エアリン
ク（air-link）を経由して使用されるものが含まれる。そのような波を伝送する物理的素
子、たとえば有線および無線リンク、光リンクなどもソフトウェアを保持する媒体とみな
すことができる。本明細書中で用いるコンピューターまたは機械「可読媒体」などの用語
は、非一時的な有形「記憶」媒体に限定しない限り、プロセッサに実行のための指示を提
供する際に関与するいかなる媒体をも表わすことができる。
【０１４１】
[00154]  本明細書に記載するコンピューターシステムは、本明細書に記載するいずれ
かのアルゴリズムまたはアルゴリズムベースの方法を実施するためのコンピューター実行
可能なコードを含むことができる。ある適用において、本明細書に記載するアルゴリズム
は少なくとも１つのデータベースからなるメモリーユニットを利用するであろう。
【０１４２】
[00155]  本開示に関係するデータは、受信者による受信および／または検討のために
ネットワークまたは接続を介して伝送することができる。受信者は、そのレポートが関係
する対象；あるいはその介護者、たとえばヘルスケア提供者、監督者、他のヘルスケア専
門家、または他の保護者；その分析を実施および／または依頼した者または実体であって
もよいが、それに限定されない。受信者は、そのようなレポートを記憶するためのローカ
ルシステムまたは遠隔システム（たとえば、サーバー、または「クラウドコンピューティ
ング」アーキテクチャーの他のシステム）であってもよい。１態様において、コンピュー
ター可読媒体には、本明細書に記載する方法を用いた生体試料の分析結果を伝送するのに
適した媒体が含まれる。
【０１４３】
Ａ．データベース
[00156]  本明細書に開示するコンピューターシステムはメモリーユニットを含むこと
ができる。メモリーユニットはデータを受信するように構成でき、これは１以上のマイク
ロバイオームのデータを公開データベースから抽出すること、検出、定量、およびプロフ
ァイリングすることを含む。マイクロバイオームプロファイルはマイクロバイオームを構
成することが知られているいずれの生物であってもよい。そのような生物の例は本明細書
に示されている。
【０１４４】
[00157]  当該技術分野で公知の公開された微生物（細菌、真菌、および古細菌）およ
びウイルスのタンパク質およびゲノムのデータベースが幾つかある。本開示の方法はその
ような公開データベースと共に使用できる。公開データベースの例には、Ｂｉｏｃｙｃ、
Ｅｎｓｅｍｂｌ  Ｂａｃｔｅｒｉａ、Ｔｈｅ  Ｉｎｔｅｇｒａｔｅｄ  Ｍｉｃｒｏｂｉａ
ｌ  Ｇｅｎｏｍｅｓ、ＭｉｃｒｏｂｅｓＯｎｌｉｎｅ、Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  Ｇｅｎｏｍ
ｅｓ（Ｇｅｎｏｍｅ  Ｃｈａｎｎｅｌ製）、Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  Ｇｅｎｏｍｅｓ（ＮＣ
ＢＩ）、ＲＣＳＢ  ｐｒｏｔｅｉｎ  ｄａｔａｂａｓｅ、Ｓａｎｇｅｒ  Ｃｅｎｔｒｅ  
Ｂａｃｔｅｒｉａｌ  Ｇｅｎｏｍｅｓ、Ｒｉｂｏｓｏｍａｌ  Ｄａｔａｂａｓｅ  Ｐｒｏ
ｊｅｃｔ（ＲＤＰ）、またはＤＯＥ  ＪＧＩ  Ｍｉｃｒｏｂｉａｌ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  
Ｄａｔａｂａｓｅが含まれるが、これらに限定されるものではない。
【０１４５】
[00158]  本開示は、追加またはより高精度の微生物情報、たとえば特定のコホートに
おけるマイクロバイオームの組成、または特定のコホートのマイクロバイオーム基準プロ
ファイルを含むデータベースをも提供する。そのようなデータベースには下記のものを含
めることができるが、それらに限定されない：特定の微生物株についてリボソームの１６
Ｓサブユニットを含む追加またはより高精度の配列、特定の微生物株についてリボソーム
の２３Ｓサブユニットを含む追加またはより高精度の配列、リボソームの１６Ｓサブユニ
ットと２３Ｓサブユニットの間の遺伝子間領域を含む配列の追加またはより高精度の情報
、特定の株について１６Ｓリボソーム中の可変領域を含む配列の追加またはより高精度の
情報、特定の株についてリボソームの２３Ｓサブユニット中の可変領域を含む配列の追加
またはより高精度の情報、属レベルの株解像における高精度での可変領域を含む配列の追
加またはより高精度の情報、種レベルの株解像における高精度での可変領域を含む配列の
追加またはより高精度の情報、または亜型レベルの株解像における高精度での可変領域を
含む配列の追加またはより高精度の情報。
【０１４６】
[00159]  追加またはより高精度の情報をもつそのようなデータベースは、特定の微生
物株について、リボソームの１６Ｓサブユニットの５００塩基対、６００塩基対、７００
塩基対、８００塩基対、９００塩基対、１０００塩基対、１１００塩基対、１２００塩基
対、１３００塩基対、１４００塩基対を超える配列リードから構成することができる。そ
のようなデータベースは、特定の微生物株について、リボソームの１６Ｓまたは２３Ｓサ
ブユニットの５００塩基対、６００塩基対、７００塩基対、８００塩基対、９００塩基対
、１０００塩基対、１１００塩基対、１２００塩基対、１３００塩基対、１４００塩基対
を超える配列リードから構成することができる。
【０１４７】
[00160]  そのようなデータベースは、特定の微生物株について、リボソームの１６Ｓ
サブユニットと２３Ｓサブユニットの間の遺伝子間領域を含む５００塩基対、６００塩基
対、７００塩基対、８００塩基対、９００塩基対、１０００塩基対、１１００塩基対、１
２００塩基対、１３００塩基対、１４００塩基対を超える配列リードから構成することが
できる。
【０１４８】
[00161]  そのようなデータベースは、１６Ｓリボソーム中の可変領域を含む５００塩
基対、６００塩基対、７００塩基対、８００塩基対、９００塩基対、１０００塩基対、１
１００塩基対、１２００塩基対、１３００塩基対、１４００塩基対、１５００塩基対を超
える配列リードから構成することができる。そのようなデータベースは、１６Ｓまたは２
３Ｓリボソーム中の可変領域を含む５００塩基対、６００塩基対、７００塩基対、８００
塩基対、９００塩基対、１０００塩基対、１１００塩基対、１２００塩基対、１３００塩
基対、１４００塩基対、１５００塩基対を超える配列リードから構成することができる。
【０１４９】
[00162]  そのようなデータベースは、さらに追加またはより高精度のプロテオーム情
報を含むことができ、特定の微生物株について、リボソームの１６Ｓサブユニットの５０
０アミノ酸、６００アミノ酸、７００アミノ酸、８００アミノ酸、９００アミノ酸、１０
００アミノ酸、１１００アミノ酸、１２００アミノ酸、１３００アミノ酸、１４００アミ
ノ酸を超える配列リードから構成することができる。そのようなデータベースは、特定の
微生物株について、リボソームの１６Ｓまたは２３Ｓサブユニットの５００アミノ酸、６
００アミノ酸、７００アミノ酸、８００アミノ酸、９００アミノ酸、１０００アミノ酸、
１１００アミノ酸、１２００アミノ酸、１３００アミノ酸、１４００アミノ酸を超える配
列リードから構成することができる。
【０１５０】
[00163]  そのようなデータベースは、特定の微生物株について、リボソームの１６Ｓ
サブユニットと２３Ｓサブユニットの間の遺伝子間領域を含む５００アミノ酸、６００ア
ミノ酸、７００アミノ酸、８００アミノ酸、９００アミノ酸、１０００アミノ酸、１１０
０アミノ酸、１２００アミノ酸、１３００アミノ酸、１４００アミノ酸を超える配列リー
ドから構成することができる。
【０１５１】
[00164]  そのようなデータベースは、特定の微生物株について、１６Ｓリボソーム中
の可変領域を含む５００アミノ酸、６００アミノ酸、７００アミノ酸、８００アミノ酸、
９００アミノ酸、１０００アミノ酸、１１００アミノ酸、１２００アミノ酸、１３００ア
ミノ酸、１４００アミノ酸、１５００アミノ酸を超える配列リードから構成することがで
きる。
【０１５２】
[00165]  そのようなデータベースは、特定の微生物株について、１６Ｓまたは２３Ｓ
リボソーム中の可変領域を含む５００アミノ酸、６００アミノ酸、７００アミノ酸、８０
０アミノ酸、９００アミノ酸、１０００アミノ酸、１１００アミノ酸、１２００アミノ酸
、１３００アミノ酸、１４００アミノ酸、１５００アミノ酸を超える配列リードから構成
することができる。
【０１５３】
[00166]  データベースは、ユーザーがアクセスできるコンピューター実行可能なコー
ドを含む、中央サーバーにあってもよい。ユーザーは、アプリケーションに応じて物理的
接続またはクラウドベースの接続を経由して中央サーバーに接続できる。ある適用におい
て、データベースおよび必要な実行可能なコードの一部が適宜な記憶媒体でユーザーに供
給されるであろう。
【０１５４】
コンピューター作成したレポート
[00167]  コンピューターシステムは、さらに、対象からのマイクロバイオームのプロ
ファイルの検出、測定または決定を通信するレポートを提供するための実行可能なコード
を含むことができる。マイクロバイオームのプロファイルの測定または決定は、本明細書
において提供されるデータベースの使用を含むことができる。
【０１５５】
[00168]  本明細書に開示するコンピューターシステムは、下記のうち少なくとも１つ
を実施するためのコンピューター実行可能なコードを含むことができる：対象からの生体
試料からの測定データに基づいてコホート普遍化マイクロバイオームプロファイルまたは
対象特異的マイクロバイオームプロファイルを作成すること、そのコホート普遍化マイク
ロバイオームプロファイルまたは対象特異的マイクロバイオームプロファイルを少なくと
も１つの基準と比較すること、および対象の健康状態を判定すること。
【０１５６】
[00169]  ある適用において、コンピューターシステムは、コンピューター実行可能な
コードを含む中央サーバーへの接続を備えることによりコンピューター実行可能なコード
にアクセスして、少なくとも１つの臨床推奨事項、たとえば対象における疾患状態、診断
、予後、処置提案、または臨床管理のための措置を含むレポートを作成することができ、
それをヘルスワーカーまたは臨床医がその中央サーバーを介して検索することができる。
コンピューター実行可能なコードを含む中央サーバーへの接続は、アプリケーションに応
じて物理的接続またはクラウドベースの接続であってもよい。
【０１５７】
ＩＶ．キット
[00170]  本開示はキットを提供する。本明細書に記載するキットは、本明細書におい
て提供される方法により１以上の微生物またはマイクロバイオームプロファイルを測定ま
たは検出するための１以上の組成物、試薬、緩衝液、構成部品を含むことができる。キッ
トは、本明細書において提供されるいずれかの方法を実施するための指示書をさらに含む
ことができる。たとえば、指示書は本明細書において提供される生体試料についての試料
調製工程および測定または検出の詳細を含むことができる。また、キットの内容はそれの
具体的適用および試料タイプに合わせて調整されるであろう。
【０１５８】
[00171]  キットは、対象の予後の検知および判定、応答の予測、ならびに診断のため
の本明細書に記載する方法に適した、ＰＣＲ、ＤＮＡ／ＲＮＡアレイ、タンパク質アレイ
、シークエンシング、質量分析、免疫組織化学、レーザー細胞マイクロダイセクション、
ハイコンテント細胞スクリーニング、フローサイトメトリーなどの適用による検出を可能
にする試薬をさらに含むことができる。
【０１５９】
[00172]  キットは、マイクロバイオームプロファイルの測定または決定のためのソフ
トウェアパッケージをさらに含むことができ、それは本明細書に記載するように基準マイ
クロバイオームプロファイルまたは他の健康関連データを含むことができる。ある適用で
は、キットのソフトウェアパッケージは測定または決定を行なうために中央サーバーへの
接続を含んでおり、少なくとも１つの臨床推奨事項、たとえば対象における疾患状態、診
断、予後、処置提案、または臨床管理のための措置を含むレポートを作成することができ
、それをヘルスワーカーまたは臨床医がその中央サーバーを介して検索することができる
。
【０１６０】
[00173]  ある適用では、キットは、レポートをさらに含むことができる。レポートは
紙または電子レポートであってもよい。レポートは、キットに備えられたコンピューター
ソフトウェアパッケージ（たとえば、コンピューター実行可能なコード）により作成する
ことができ、あるいはユーザーがウェブサイトにアップロードしたコンピューターサーバ
ーにより作成することができ、その場合はコンピューターサーバーがレポートを作成する
。
【０１６１】
[00174]  ある適用では、キットは、属、種、亜株のレベルまたはその組合わせで、１
、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、２０、２５
、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５、８０、８５、９０、
９５、１００、１５０、２００、２５０、３００、３５０、４００、４５０、または５０
０を超える微生物のプロファイリングを提供することができる。
【０１６２】
[00175]  一般に、キットは包装材料を含むであろう。本明細書中で用いる用語「包装
材料」は、キットの構成部品を収容する物理的構造体を表わすことができる。包装材料は
キット構成部品の無菌性を維持することができ、そのような目的に一般に用いられる材料
（たとえば、紙、段ボール、ガラス、プラスチック、箔、アンプルなど）で作製すること
ができる。適用に応じて、キットは緩衝剤、保存剤、またはタンパク質もしくは核酸の安
定剤などの材料、または生体試料もしくは試薬の安定輸送のために必要な材料をも含むこ
とができる。
【０１６３】
Ｖ．微生物ベースの療法剤および化粧品
[00176]  本開示において、療法剤もしくは化粧品として投与できる組成物を提供する
。本開示に示す１以上の微生物またはその組合わせを用いて、対象を処置するための多様
な配合物を調製することができる。本開示は下記の状態に対する療法用または化粧用配合
物を提供する：ＩＢＤ、早産、肥満症、糖尿病性足潰瘍、菌血症、アクネ、小児仙痛、Ｉ
Ｉ型糖尿病、ディフィシル菌、ＩＢＳ、喘息、自閉症、乾癬、アレルギー、心血管疾患、
癌、うつ病、嚢胞性線維症、多発性硬化症、尿路感染症、放射線腸障害、薬物代謝、慢性
疲労、Ｉ型糖尿病。
【０１６４】
Ａ．配合物
[00177]  本明細書において提供される配合物は、安定性を高めるために１以上の遺伝
子要素を療法剤または化粧品に添加することを含むことができる。本明細書において提供
される配合物は、経口（口腔および舌下）、直腸、鼻腔内、局所、経皮、経皮パッチ、肺
、膣、坐剤、もしくは非経口（筋肉内、動脈内、クモ膜下、皮内、腹腔内、皮下、および
静脈内を含む）投与用として適切なもの、またはエアゾール化、吸入、もしくは吹入によ
る投与に適した形態を含むことができる。薬物送達システムに関する一般情報は、Ａｎｓ
ｅｌら、医薬剤形と薬物送達システム（Ｌｉｐｐｅｎｃｏｔｔ  Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ＆  
Ｗｉｌｋｉｎｓ、メリーランド州バルチモア（１９９９）中に見出すことができる。
【０１６５】
[00178]  療法用または化粧用組成物の適切な投与量、処置回数、および単位量は、対
象および対象の疾患状態に従って異なるであろう。投与に関与する者がその対象に適した
用量、処置回数などを決定するであろう。
【０１６６】
[00179]  種々の適用では、療法用または化粧用組成物は下記のものを含有することが
できる：担体および賦形剤（緩衝剤、炭水化物、マンニトール、タンパク質、ポリペプチ
ド、またはアミノ酸、たとえばグリシン、抗酸化剤、静菌剤、キレート化剤、懸濁化剤、
増粘剤および／または保存剤を含むが、これらに限定されない）、水、石油、動物、植物
または合成に由来するものを含む油、たとえばラッカセイ油、ダイズ油、鉱油、ゴマ油な
ど、塩類溶液、デキストロースおよびグリセロールの水溶液、矯味矯臭剤、着色剤、粘着
防止剤、ならびに他の許容できる添加剤、佐剤、または結合剤、生理的条件に近づけるた
めの医薬的に許容できる他の補助物質、たとえばｐＨ緩衝剤、張力調節剤、乳化剤、湿潤
剤など。賦形剤の例には、デンプン、グルコース、乳糖、ショ糖、ゼラチン、麦芽、米、
小麦粉、白亜、シリカゲル、ステアリン酸ナトリウム、モノステアリン酸グリセロール、
タルク、塩化ナトリウム、脱脂粉乳、グリセロール、プロピレングリコール、水、エタノ
ールなどが含まれる。
【０１６７】
[00180]  ある適用では、療法用または化粧用組成物は実質的に保存剤を含まない。他
の適用では、組成物は少なくとも１種類の保存剤を含有することができる。医薬剤形に関
する一般法は、Ａｎｓｅｌら、医薬剤形と薬物送達システム（Ｌｉｐｐｅｎｃｏｔｔ  Ｗ
ｉｌｌｉａｍｓ  ＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ、メリーランド州バルチモア（１９９９）中に見ら
れる。本明細書において提供される組成物を投与するために当業者に公知のいずれか適切
な担体を使用できるが、担体のタイプが投与様式に応じて異なることは認識されるであろ
う。許容できる担体／賦形剤の詳細な考察は、レミントンの薬学、Ｇｅｎｎａｒｏ，ＡＲ
編、第２０版、２０００：Ｗｉｌｌｉａｍｓ  ａｎｄ  Ｗｉｌｋｉｎｓ、ペンシルバニア
州、米国中に見出すことができる。
【０１６８】
[00181]  周知の技術を用いて療法用または化粧用組成物をリポソーム内に封入するこ
ともできる。生分解性マイクロスフェアも、本明細書において提供される療法用または化
粧用組成物のための担体として使用できる。適切な生分解性マイクロスフェアは、たとえ
ば米国特許第４，８９７，２６８号、第５，０７５，１０９号、第５，９２８，６４７号
、第５，８１１，１２８号、第５，８２０，８８３号、第５，８５３，７６３号、第５，
８１４，３４４号、および第５，９４２，２５２号に開示されている。
【０１６９】
[00182]  組成物をリポソームまたはマイクロスフェアまたはマイクロ粒子で投与する
ことができる。患者に投与するためのリポソームまたはマイクロスフェアを調製するため
の方法は当業者に周知である。米国特許第４，７８９，７３４号（その内容を本明細書に
援用する）には、生体材料をリポソームに封入するための方法が記載されている。公知方
法の総説が、Ｇ．Ｇｒｅｇｏｒｉａｄｉｓ、第１４章、「リポソーム」、Ｄｒｕｇ  Ｃａ
ｒｒｉｅｒｓ  ｉｎ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、ｐｐ．２、ｓｕｐ．
８７−３４１（Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ、１９７９）に示されている。
【０１７０】
[00183]  ポリマーまたはタンパク質で形成されたマイクロスフェアは当業者に周知で
あり、胃腸管を通って血流に直接入るように適合させることができる。あるいは、化合物
を取り込ませ、そして数日から数か月までの長期間にわたって徐々に放出させるためにマ
イクロスフェアまたはマイクロスフェア複合体を埋め込むことができる。たとえば、米国
特許第４，９０６，４７４号、第４，９２５，６７３号、および第３，６２５，２１４号
、ならびにＪｅｉｎ、ＴＩＰＳ  １９：１５５−１５７（１９９８）を参照；それらの内
容を本明細書に援用する。
【０１７１】
[00184]  本明細書において提供される組成物は、当該技術分野で周知の適切なビヒク
ル中に滅菌の溶液または懸濁液として配合することができる。療法用または化粧用組成物
を常法により殺菌することができ、あるいは滅菌濾過することができる。得られた水溶液
をそのまま使用するために包装することができ、あるいは凍結乾燥し、その凍結乾燥調製
物を投与前に滅菌溶液と混和することができる。適切な配合物およびさらに他の担体は、
レミントン「薬学の科学と実践」（第２０版、Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ  Ｗｉｌｌｉａｍｓ
＆  Ｗｉｌｋｉｎｓ、メリーランド州バルチモア）に記載されており、その教示内容を
全体として本明細書に援用する。
【０１７２】
ＶＩ．適応症
[00185]  前記のように、マイクロバイオームは対象の疾患状態および臨床処置応答に
対して影響をもつ可能性があることが研究により示されている。たとえば、肥満個体と痩
せた個体は特定の微生物種の相異に基づいて分類することができる（Ｆｕｔｕｒｅ  Ｍｉ
ｃｒｏｂｉｏｌ．（２０１２）７（１）：９１−１０９）。さらに、他の例では、ラクト
バチルス・ガセリ（Lactobacillusgasseri）ＳＢＴ２０５５を痩せた個体に投与すると
体重減少がみられた（Ｍｉｃｒ．Ｐａｔｈ．（２０１２）５３（２）：１００−１０８；
Ｅｕｒ  Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｎｕｔｒ（２０１０）６４：６３６−４３）。それに対し、肥満
個体について最大の体重減少効果があったのはラクトバチルス・プランタルム（Lactobac
illus plantarum）であった（Ｍｉｃｒ．Ｐａｔｈ．（２０１２）５３（２）：１００−
１０８；Ｅｕｒ  Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｎｕｔｒ（２０１０）６４：６３６−４３）。これらの
研究は、処置を対象のマイクロバイオームに特異的に適合させることは対象の健康状態に
有益な効果をもち、あるいはある適応症の発症に関連する特定の症状を改善する可能性が
あることを示す。
【０１７３】
[00186]  さらに、非肥満個体では、水素分圧によりアセテート産生発酵反応が制限さ
れ、それがさらなる発酵に対する熱力学的バリケードを形成している（Ｄｏｌｆｉｎｇ  
＆  Ｔｉｅｄｊｅ、５４  Ａｐｐｌ．Ｅｎｖｉｒｏｎ．Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．１８７１−
３、１９８８；Ｓｃｈｉｎｋ、６１、Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏ．Ｒｅｖ．２
６２−８０、１９９７）。これに対し、肥満個体は水素を消費できる水素酸化作用性メタ
ン産生菌（methanogen）をもち、したがってアセテート産生発酵反応を継続させることが
できる。肥満個体の消化管は、実際に独特に水素酸化作用性メタン産生古細菌（Archaea
）（Ｚｈａｎｇら、ＰＮＡＳ  １０６：２３６５−７０、２００９）およびより高いレベ
ルのプレボテラ科（Prevotellaceae）細菌（バクテロイデテス・フィルム（Bacteroidete
s phylum））（Ｔｕｒｎｂａｕｇｈ  ２００６）を含む；これらは炭水化物発酵反応を行
なってアセテートと水素にすることが知られている。
【０１７４】
[00187]  本開示を使用できる適応症には下記のものが含まれるが、それらに限定され
ない：ＩＢＤ、早産、肥満症、糖尿病性足潰瘍、菌血症、アクネ、小児仙痛、ＩＩ型糖尿
病、ディフィシル菌、ＩＢＳ、喘息、自閉症、乾癬、アレルギー、心血管疾患、癌、うつ
病、嚢胞性線維症、多発性硬化症、尿路感染症、放射線腸障害、薬物代謝、慢性疲労、お
よびＩ型糖尿病。
【０１７５】
[00188]  炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、消化管の全体または一部の慢性炎症を伴なう。
ＩＢＤには主に潰瘍性大腸炎およびクローン病が含まれる。ＩＢＤは疼痛性および衰弱性
である可能性があり、時には致命的合併症につながる。本開示の方法、組成物、システム
、およびキットは、健康状態またはＩＢＤ、潰瘍性大腸炎およびクローン病のための処置
様式に関する指針を与えるレポートを含む、少なくとも１つのマイクロバイオームの診断
アッセイを提供する。本開示は、炎症性腸疾患状態の処置のための療法用または化粧用配
合物も提供する。
【０１７６】
[00189]  早産は妊娠３７週以前に収縮により子宮頚が開き始めた場合に起きる。より
早期に早産が起きるほど、発育中の児の健康リスクは大きくなる。多くの早産児が新生児
集中治療室での特別なケアを必要とする。早産児は長期的な精神的および身体的障害をも
つ可能性もある。本開示の方法、組成物、システム、およびキットは、健康状態または早
産のための処置様式に関する指針を与えるレポートを含む少なくとも１つのマイクロバイ
オームの診断アッセイを提供する。
【０１７７】
[00190]  肥満症は過剰量の体脂肪を伴なう複雑な障害である。肥満症は心疾患、糖尿
病および高血圧などの疾患および健康問題のリスクを高める。本開示の方法、組成物、シ
ステムおよびキットは、健康状態または肥満症のための処置様式に関する指針を与えるレ
ポートを含む少なくとも１つのマイクロバイオームの診断アッセイを提供する。本開示は
、肥満状態の処置のための療法用または化粧用配合物をも提供する。
【０１７８】
[00191]  末梢神経障害は糖尿病性神経障害の最も一般的な形態である。足および脚が
しばしば最初に影響を受け、手および腕がこれに続く。可能性がある末梢神経障害の徴候
および症状には、重篤な足問題、たとえば潰瘍、感染症、変形、ならびに骨および関節の
痛みを含めることができる。本開示の方法、組成物、システムおよびキットは、健康状態
または糖尿病性神経障害のための処置様式に関する指針を与えるレポートを含む少なくと
も１つのマイクロバイオームの診断アッセイを提供する。本開示は、糖尿病性神経障害状
態の処置のための療法用または化粧用配合物をも提供する。
【０１７９】
[00192]  菌血症または敗血症は、血中に細菌が存在することを表わす。菌血症の診断
は通常は血液培養によって確認される。処置は通常は入院および静脈内抗生物質を必要と
する。即座に処置を行なわなければ、菌血症は急速に進行して重篤な敗血症になる可能性
がある。本開示の方法、組成物、システム、およびキットは、健康状態または菌血症のた
めの処置様式に関する指針を与えるレポートを含む少なくとも１つのマイクロバイオーム
の診断アッセイを提供し、それはその感染症の抗生物質感受性を含むことができる。本開
示は、菌血症の処置のための療法用または化粧用配合物も提供する。
【０１８０】
[00193]  アクネは、毛嚢が油および死んだ皮膚細胞で閉塞状態になった場合に起きる
皮膚状態である。アクネは顔、首、胸部、背部および肩に現われるのが最も一般的である
。アクネの重症度によっては、この状態は精神的苦悩の原因となり、また皮膚の瘢痕化を
生じる可能性がある。本開示の方法、組成物、システムおよびキットは、健康状態または
アクネのための処置様式に関する指針を与えるレポートを含むマイクロバイオームの診断
アッセイを提供する。本開示は、アクネ状態の処置のための療法用または化粧用配合物を
も提供する。
【０１８１】
[00194]  小児仙痛  過度の号泣、過敏性または癇癪を伴なう小児を表わすために、医
師および親は仙痛という用語を用いる。仙痛を伴なう小児は、しばば１日３時間以上、週
３日以上、３週間またはそれ以上にわたって泣く。本開示の方法、組成物、システム、お
よびキットは、健康状態または小児仙痛のための処置様式に関する指針を与えるレポート
を含む少なくとも１つのマイクロバイオームの診断アッセイを提供する。本開示は、前記
状態の処置のための療法用または化粧用配合物も提供する。
【０１８２】
[00195]  ＩＩ型糖尿病（以前は、成人発症型または非インスリン依存型糖尿病として
知られていた）は、身体がグルコースを代謝する様式に影響を及ぼす慢性状態である。Ｉ
Ｉ型糖尿病を伴なうと、身体はインスリンの作用に抵抗し、あるいは正常なグルコースレ
ベルを維持するのに十分なインスリンを産生しない。処置しなければＩＩ型糖尿病は致命
的となる可能性がある。本開示の方法、組成物、システムおよびキットは、健康状態また
はＩＩ型糖尿病のための処置様式に関する指針を与えるレポートを含む少なくとも１つの
マイクロバイオームの診断アッセイを提供する。本開示は、ＩＩ型糖尿病の処置のための
療法用または化粧用配合物をも提供する。
【０１８３】
[00196]  クロストリジウム・ディフィシル（ディフィシル菌）（Clostridiumdiffici
le）、（しばしば、“C.difficile”または“C. diff”と呼ばれる）は、下痢から致命
的な大腸炎症にまで及ぶ症状を引き起こす可能性がある細菌である。本開示の方法、組成
物、システムおよびキットは、健康状態またはディフィシル菌などの感染症のための処置
様式に関する指針を与えるレポートを含む少なくとも１つのマイクロバイオームの診断ア
ッセイを提供する。本開示は、ディフィシル菌感染症の処置のための療法用または化粧用
配合物も提供する。
【０１８４】
[00197]  喘息は、気道が狭窄および腫脹して余分な粘液を産生する状態である。これ
は呼吸を困難にし、咳、喘鳴および息切れを誘発する可能性がある。本開示の方法、組成
物、システムおよびキットは、健康状態または喘息のための処置様式に関する指針を与え
るレポートを含む少なくとも１つのマイクロバイオームの診断アッセイを提供する。本開
示は、喘息の処置のための療法用または化粧用配合物も提供する。
【０１８５】
[00198]  自閉症スペクトラム障害（autismspectrum disorder）は、小児が他と意思
疎通および交流する能力を損なう重篤な神経発達障害である。それには、限定された反復
性の行動、興味および活動も含まれる。自閉症スペクトラム障害（ＡＳＤ）は、現在では
AmericanPsychiatric Association's Diagnosis and Statistical Manual of Mental Di
sorders (DSM-5)により、以前は別のものとみなされていた障害−自閉症（autism）、ア
スペルガー症候群、小児崩壊性障害（childhood disintegrative disorder）および広汎
性発達障害（pervasivedevelopmental disorder）（ほかには指定されていない）−を含
めた単一障害と定義されている。本開示の方法、組成物、システム、およびキットは、健
康状態または自閉症スペクトラム障害のための処置様式に関する指針を与えるレポートを
含む少なくとも１つのマイクロバイオームの診断アッセイを提供する。本開示は、自閉症
スペクトラム障害の処置のための療法用または化粧用配合物も提供する。
【０１８６】
[00199]  乾癬は、皮膚細胞のライフサイクルを変化させる尋常性、持続性、長期性（
慢性）の皮膚状態である。乾癬は細胞を皮膚の表面に急速に蓄積させる。余分な皮膚細胞
は、厚い銀白色の鱗屑および痒い乾いた紅斑を形成し、それらは時に痛みを伴なう。本開
示の方法、組成物、システム、およびキットは、健康状態または乾癬のための処置様式に
関する指針を与えるレポートを含む少なくとも１つのマイクロバイオームの診断アッセイ
を提供する。本開示は、乾癬または類似の皮膚状態の処置のための療法用または化粧用配
合物も提供する。
【０１８７】
[00200]  アレルギーは免疫系が花粉、蜂毒またはペット皮あかなどの外来物質に対し
て反応した際に起きる。アレルゲンと接触すると、免疫系の反応が皮膚、洞、気道または
消化器系を炎症させる可能性がある。本開示の方法、組成物、システム、およびキットは
、健康状態またはアレルギーのための処置様式に関する指針を与えるレポートを含む少な
くとも１つのマイクロバイオームの診断アッセイを提供する。本開示は、アレルギーの処
置のための療法用または化粧用配合物も提供する。
【０１８８】
[00201]  心血管疾患は身体の心臓、動脈および静脈に影響を及ぼす可能性がある。幾
つかの心血管疾患の例には、心臓弁膜症、冠動脈疾患、成人先天性心疾患および先天性心
臓特発性冠動脈剥離、心不全、心リズム障害（不整脈）が含まれるが、これらに限定され
ない。本開示の方法、組成物、システム、およびキットは、健康状態または心血管疾患の
ための処置様式に関する指針を与えるレポートを含む少なくとも１つのマイクロバイオー
ムの診断アッセイを提供する。本開示は、前記の心血管状態の処置のための療法用または
化粧用配合物も提供する。
【０１８９】
[00202]  癌は、無制御に分裂し、正常な身体組織および臓器に浸潤して破壊する能力
をもつ、異常な細胞の発現を特徴とする多数の増殖性疾患のいずれかを表わす。本開示の
方法、組成物、システム、およびキットは、健康状態または癌または他の増殖性疾患のた
めの処置様式に関する指針を与えるレポートを含む少なくとも１つのマイクロバイオーム
の診断アッセイを提供する。本開示は、癌の処置のための療法用または化粧用配合物をも
提供する。
【０１９０】
[00203]  うつ病（大うつ病、大抑うつ障害または臨床的うつ病とも呼ばれる）は、持
続的な悲嘆感情および興味喪失を引き起こす気分障害である。それはある者がどのように
感じ、考え、かつ行動するかにも影響を及ぼす可能性があり、多様な情動問題および身体
問題につながる可能性がある。本開示の方法、組成物、システム、およびキットは、健康
状態または抑うつ障害のための処置様式に関する指針を与えるレポートを含む少なくとも
１つのマイクロバイオームの診断アッセイを提供する。本開示は、抑うつ状態の処置のた
めの療法用または化粧用配合物も提供する。
【０１９１】
[00204]  嚢胞性線維症は、肺および消化器系に重篤な損傷を引き起こす致命的な遺伝
的障害である。嚢胞性線維症は、身体において潤滑剤として作用する分泌液、たとえば粘
液、汗および消化液を産生する細胞に影響を及ぼす。これらの分泌液は普通は希薄かつ滑
らかであるが、嚢胞性線維症においては分泌液が濃厚かつ粘稠になり、その結果、特に肺
および膵臓の管、導管および通路を閉塞する。本開示の方法、組成物、システム、および
キットは、健康状態または嚢胞性線維症のための処置様式に関する指針を与えるレポート
を含む少なくとも１つのマイクロバイオームの診断アッセイを提供する。本開示は、嚢胞
性線維症の処置のための療法用または化粧用配合物も提供する。
【０１９２】
[00205]  多発性硬化症は、神経を覆う保護鞘（ミエリン）を免疫系が攻撃する疾患で
ある。ミエリン損傷は脳と他の身体部位との連絡を破断する。最終的に神経自体が崩壊す
る可能性があり、それは現在のところ不可逆的なプロセスである。本開示の方法、組成物
、システムおよびキットは、健康状態または多発性硬化症のための処置様式に関する指針
を与えるレポートを含む少なくとも１つのマイクロバイオームの診断アッセイを提供する
。本開示は、多発性硬化症の処置のための療法用または化粧用配合物も提供する。
【０１９３】
[00206]  尿路感染症は、泌尿器系のいずれかの部分（たとえば、腎臓、尿管、膀胱お
よび尿道）の感染症である。大部分の感染症は下部尿路−膀胱および尿道に関係する。膀
胱に限定された感染症は痛みを伴ない、かつ煩わしい可能性がある。しかし、ＵＴＩ（尿
路感染症）が腎臓にまで拡散すれば、重篤な結果が起きる可能性がある。本開示の方法、
組成物、システム、およびキットは、健康状態または尿路感染症のための処置様式に関す
る指針を与えるレポートを含む少なくとも１つのマイクロバイオームの診断アッセイを提
供する。本開示は、泌尿器系のいずれかの部分の感染症の処置のための療法用または化粧
用配合物も提供する。
【０１９４】
[00207]  放射線腸障害は結腸および直腸ないし小腸の放射線誘発性胃腸傷害である。
放射線療法は多様な悪性疾患に対する腫瘍学的処置の主軸であり、一般に胃腸（ＧＩ）、
泌尿器および婦人科の癌を伴なう患者の腹部および骨盤に施される。本開示の方法、組成
物、システム、およびキットは、健康状態または放射線腸障害のための処置様式に関する
指針を与えるレポートを含む少なくとも１つのマイクロバイオームの診断アッセイを提供
する。本開示は、放射線誘発性傷害状態の処置のための療法用または化粧用配合物をも提
供する。
【０１９５】
[00208]  薬物代謝は身体が投与後の薬物を分解する速度に関係する。本開示の方法、
組成物、システム、およびキットは、患者の健康状態または薬物代謝のための処置様式に
関する指針を与えるレポートを含む少なくとも１つのマイクロバイオームの診断アッセイ
を提供する。本開示は、薬物代謝状態の処置のための療法用または化粧用配合物をも提供
する。
【０１９６】
[00209]  慢性疲労症候群は、根源となる何らかの医学的状態により説明できない極度
の疲労を特徴とする合併障害である。その疲労は身体活動または精神活動に伴なって増悪
する可能性があるが、休養によって改善しない。慢性疲労症候群の原因は現在のところ分
かっていない。本開示の方法、組成物、システム、およびキットは、健康状態または慢性
疲労症候群のための処置様式に関する指針を与えるレポートを含む少なくとも１つのマイ
クロバイオームの診断アッセイを提供する。本開示は、ＣＳＦ（慢性疲労症候群）状態の
処置のための療法用または化粧用配合物も提供する。
【０１９７】
[00210]  Ｉ型糖尿病（以前は、若年型またはインスリン依存型糖尿病として知られて
いた）は、インスリン、すなわち糖（グルコース）が細胞に進入してエネルギーを産生す
るのを可能にするのに必要なホルモンを膵臓がほとんどまたは全く産生しない慢性状態で
ある。遺伝および特定のウイルスへの曝露を含めた多様な要因がＩ型糖尿病に関与してい
る可能性がある。Ｉ型糖尿病は一般に小児期または青年期に発現するが、成人に発症する
可能性もある。本開示の方法、組成物、システムおよびキットは、健康状態またはＩ型糖
尿病のための処置様式に関する指針を与えるレポートを含む少なくとも１つのマイクロバ
イオームの診断アッセイを提供する。本開示は、Ｉ型糖尿病の処置のための療法用または
化粧用配合物も提供する。
【０１９８】
[00211]  歯髄腔は、食物からの糖が細菌により産生されるグルカンスクラーゼ酵素に
よって長い粘稠な糖鎖に変換されることにより生じる。この酵素は進化的にアミラーゼ、
すなわちデンプンを分解するために使われる酵素に密接に関係するので、この酵素を直接
阻害する試みは失敗した。より有効な方法は、齲食に関連する細菌であるストレプトコッ
カス・ミュータンス（Streptococcus mutans）の割合を減らすことであろう。これは、身
体がデンプンを分解するのに使う有用な酵素を無傷のまま残すが、同時に腔形成の速度を
最小限に抑える。本開示の方法、組成物、システム、およびキットは、健康状態または齲
食のための処置様式に関する指針を与えるレポートを含む少なくとも１つのマイクロバイ
オームの診断アッセイを提供する。本開示は、齲食状態の処置のための療法用または化粧
用配合物も提供する。
【０１９９】
[00212]  口臭は、個体の口腔内に存在する微生物叢によって著しく悪い息が産生され
る歯科状態である。最も問題のあるタイプはグラム陰性細菌（たとえば、プレボテラ・イ
ンターメディア（Prevotellaintermedia）、ポルフィロモナス・ジンジバリス（Porphyr
omonasgingivalis）、トレポネーマ・デンティコラ（Treponema denticola））であるこ
とが知られている。本明細書に概説する方法、すなわち最も問題のある細菌および最も保
護作用の大きいものの株レベルでのリストの使用によって、指向性の療法用／化粧用配合
物で口臭を処置することができるであろう。本開示の方法、組成物、システムおよびキッ
トは、健康状態または口臭のための処置様式に関する指針を与えるレポートを含む少なく
とも１つのマイクロバイオームの診断アッセイを提供する。本開示は、口臭の処置のため
の療法用または化粧用配合物も提供する。
【実施例】
【０２００】
ＶＩＩ．実施例
実施例１：マイクロバイオーム分類精度の比較
[00213]  より多数の細菌株を同定するのに伴なって、数個の超可変領域のシークエン
シングだけでは十分な区別が得られないことが明らかになった。相同な超可変領域を共有
する細菌のクラスが現在解明されている。したがって、正確な分類呼出しを作成するため
には、１６Ｓおよび／または２３Ｓ全体をシークエンシングしてすべての超可変領域を含
めることが必要である。本開示の方法が微生物分類について向上した精度を提供するかど
うかを判定するために、本開示の方法および当該技術分野における現在の方法で比較シミ
ュレーション実験を実施した。
【０２０１】
[00214]  1６Ｓおよび／または２３Ｓリボソームサブユニットのロングリード長配列カ
バレージを用いると、各配列リードは細菌同定の明確な割当てを与えることができる。現
在のより短いリード長のプラットフォームは１〜３つの超可変領域をカバーするにすぎな
い：図２Ａ。これらのより短いリード長のプラットフォームは、現在６０〜８０％以下の
分類精度で実施されている。１６Ｓオペロン全体を覆うことができるリード長は、９０〜
９９％の分類精度で実施されるであろう：図２Ｂ。図２Ｂに示すプロットは、より短い超
可変領域のシークエンシング（下側の各線）−対−単一配列リードでの１６Ｓサブユニッ
ト全体のシークエンシング（上側の線）に基づく分類精度を示す。これらのプロットは、
リボソームデータベースプロジェクトからのデータから導いた計算を用いて作成されてい
る。さらに、特定のより長いリードのシークエンシング技術におけるより高いエラー率を
考慮してすらなお、実質的に、より良好な分類精度が得られる。拡大することにより、リ
ボソームＲＮＡオペロン全体（１６Ｓ、遺伝子間、および２３Ｓの領域を含むｒＲＮＡ）
のシークエンシングは、本方法の分類能力を高めるであろう。
【０２０２】
実施例２：対象の消化管マイクロバイオームおよび肥満症に対する食事の影響（机上の
実施例）
[00215]  本明細書において提供する方法を用いて、特定の食事計画が対象の消化管マ
イクロバイオームプロファイルを変化させることができるかどうか判定するための実験を
実施した。図３は、本明細書に記載する方法を用いて、個体の消化管マイクロバイオーム
プロファイルにおいて測定および検出した変化を、食事の変化に対して示す。体重（点線
）は、マイクロバイオーム構造の変化と比較した場合に遅滞指標である。
【０２０３】
[00216]  定量マイクロバイオームプロファイルに基づいて、図１に示すコンピュータ
ーシステムを用いて作成した個別化食事摂取の推奨を含むレポートをヘルスケア専門家に
提供した。
【０２０４】
実施例３：株レベルでのマイクロバイオームの微生物解像度の比較
[00217]  この分野で用いられている現在の方法と比較して、本開示の方法が株レベル
で高い微生物分類精度を提供するかどうか判定するために、本開示の方法で比較シミュレ
ーション実験を実施した。
【０２０５】
[00218]  試料を皮膚スワブの形態で採取した。簡単に述べると、最初に、滅菌綿棒を
、１×滅菌ＰＢＳを入れたチューブに湿潤するまで浸漬させる；次いで綿棒を目的領域上
で１０〜２０回拭い取る；次に綿棒を１．５ｍＬ滅菌チューブ内の３００μＬの細胞溶解
用緩衝液（本明細書に記載のもの）に穏やかに浸漬させる；そして核酸抽出まで綿棒をマ
イクロ遠心チューブに入れたままにしておく。後続のヒト皮膚マイクロバイオーム試料か
らのＤＮＡの抽出は、エキソヌクレアーゼの除去を含み、続いてアダプターライゲーショ
ンを種々の比較的高い濃度で実施した。次に、期待する長さのアンプリコン種をエンリッ
チするためにＡｍｐｕｒｅ法およびＢｌｕｅ  Ｐｉｐｐｅｎ法を用いるサイズ選択を実施
した。抽出の後、核酸試料を適正サイズについて選択した。次にＰＣＲ増幅反応を実施し
て、シークエンシングのためのライブラリーを調製した。どのセットが最小の自己相補性
をもつかの指標となる経験的データに基づいて、フォワードおよびリバースプライマーを
選択した。最後に、ロングリード長シークエンシング技術を用いて試料をシークエンシン
グした。
【０２０６】
[00219]  図４（Ａ）は、ニトロソモナス（Nitrosomonas）属についての本方法による
株レベルでの解像データを表わし、株分類精度％をＹ軸に示す。（Ｂ）は、ブドウ球菌（
Staphylococcus）属についての本方法による株レベルでの解像データを表わし、株分類精
度％をＹ軸に示す。図６（Ａ）は現在の技術を用いたマイクロバイオームの標準的解像度
、（Ｂ）は本明細書に記載する方法を用いたマイクロバイオームの解像度を示す。
【０２０７】
実施例４：アクネに対する微生物ベースの療法適用の試験（机上の実施例）
[00220]  皮膚へのニトロソモナス（Nitrosomonas）属菌の適用がアクネ罹患者に対し
て有益な効果をもつ可能性がるかを判定するために、本明細書において提供される方法を
用いた実験を実施した。
【０２０８】
[00221]  皮膚試料について、下記の工程を用いて試料を調製した：最初に、滅菌綿棒
を、１×滅菌ＰＢＳを入れたチューブに湿潤するまで浸漬させる；皮膚がその後わずかに
ピンク色／赤色になるのに十分な力で、綿棒を目的領域上で１０〜２０回拭い取る；綿棒
を１．５ｍＬ滅菌チューブ内の３００μＬの細胞溶解用緩衝液（以下に記載のもの）に穏
やかに浸漬させる；綿棒を、検査室へ送るためのマイクロ遠心チューブに入れたままにし
ておき、次いで核酸抽出および本明細書において提供される方法を用いるロングリード長
シークエンシング解析のために処理する。
【０２０９】
[00222]  図５は、この試験からの予想した結果を示す。（Ａ）は、微生物療法剤／化
粧品の適用の成功を経時的に定量するためにどのようにして本開示の方法を使用できるか
を示す。非片利共生株をコンソーシアに加えると、適用株を個体のその部位（たとえば、
皮膚、消化管、口腔など）のマイクロバイオームのバックグラウンド多様性から区別する
のに役立つ。（Ｂ）は、安定化作用をもつ片利共生株を見出すためにどのようにして本開
示における方法を使用できるかを示す。存在した場合に適用コンソーシアの寿命と相関す
る株は、初期コンソーシアを拡張して高い安定性および有効性を備えた配合物を調製する
ための候補となるであろう。
【０２１０】
実施例５：疾患対象および健康な対照対象についての関連試験（机上の実施例）
[00223]  健康なマイクロバイオームプロファイルを疾患マイクロバイオームプロファ
イルから区別できるマイクロバイオームの相関性に対して、本開示の方法が伝統的な現在
の方法より多くの見通しを提供するかを判定するために、比較実験を実施した。
【０２１１】
[00224]  核酸をヒトマイクロバイオームからの生体試料から抽出した。簡単に述べる
と、エキソヌクレアーゼの除去を実施し、続いてアダプターライゲーションを種々の比較
的高い濃度で実施した。次に、期待する長さのアンプリコン種（たとえば、全長１６Ｓは
約１５００ｂｐである）をエンリッチするためにＡｍｐｕｒｅ法およびＢｌｕｅ  Ｐｉｐ
ｐｅｎ法を用いるサイズ選択を実施した。試料を適正サイズについて選択した後、増幅反
応を実施して、シークエンシングのためのライブラリーを調製した。どのセットが最小の
自己相補性をもつかの指標となる経験的データに基づいて、フォワードおよびリバースプ
ライマーを選択した。最後に、ロングリード長シークエンシング技術を用いて試料をシー
クエンシングした。
【０２１２】
[00225]  上記の方法を用いて、健常対象を疾患対象から区別する微生物のセットを、
マイクロバイオームにおいて同定することを期待する。本明細書において提供する以下の
プロトコールを用いて、健常個体と疾患個体の相異を査定することができる。本明細書に
記載する方法に使用できる疾患の例には、ＩＢＤ、早産、肥満症、糖尿病性足潰瘍、菌血
症、アクネ、小児仙痛、ＩＩ型糖尿病、ディフィシル菌、ＩＢＳ、喘息、自閉症、乾癬、
アレルギー、心血管疾患、癌、うつ病、嚢胞性線維症、多発性硬化症、尿路感染症、放射
線腸障害、薬物代謝、慢性疲労、Ｉ型糖尿病、口臭、および齲食が含まれる。
【０２１３】
[00226]  図７は、予想した比較関連試験の結果を示す。（Ａ）は、現在用いられてい
る技術を用いた疾患患者および健康な対照患者のマイクロバイオームとの相関試験からの
予想した結果を示し、マイクロバイオームプロファイルと疾患状態の明らかな相関性は示
されない。
【０２１４】
[00227]  これに対し、図７（Ｂ）は、本明細書に記載する方法を用いた疾患患者およ
び健康な対照患者のマイクロバイオームとの相関試験からの予想した結果を示し、健康な
対照のマイクロバイオームプロファイルを疾患対象のマイクロバイオームプロファイルか
ら区別できるマイクロバイオームの相関性が明らかになる（図８に示すように）。
【０２１５】
[00228]  本開示の好ましい態様を本明細書に提示および記載したが、そのような態様
は例示のために示したものにすぎないことは当業者に明らかであろう。当業者は本開示か
ら逸脱することなく多数の改変、変更および置き換えをなしうるであろう。本開示を実施
するに際して本明細書に記載する本開示の態様に対する多様な別形態を採用できることを
理解すべきである。以下の特許請求の範囲が本開示の範囲を規定し、それによりこれらの
特許請求の範囲内の方法および構造ならびにそれらの均等物が含まれるものとする。
本願は以下の発明を包含する。
［項目１］  微生物を分類する方法であって：
第１微生物の単一リード長内に含まれる１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニットの
核酸配列を得；
第１微生物のその核酸配列を基準と比較し；そして、
その比較に基づいて第１微生物を株レベルで同定する、
ことを含む、前記方法。
［項目２］  対象におけるマイクロバイオームをプロファイリングする方法であって：
その対象から得た生体試料中の少なくとも１つの微生物から１６Ｓリボソームサブユニ
ットの核酸配列を得；
得られた核酸配列に基づいてその生体試料内のその少なくとも１つの微生物を分析し；
そして、
その分析に基づいてマイクロバイオームのプロファイルを決定する、
ことを含む、前記方法。
［項目３］  対象におけるマイクロバイオームをプロファイリングする方法であって：
その対象から得た生体試料中の少なくとも１つの微生物から１６Ｓおよび２３Ｓリボソ
ームサブユニットの核酸配列を得；
得られた配列に基づいてその生体試料内のその少なくとも１つの微生物を分析し；そし
て、
その分析に基づいてその対象におけるマイクロバイオームのプロファイルを決定する、
ことを含む、前記方法。
［項目４］  対象におけるマイクロバイオームのプロファイルの決定が、５０以下の微生
物、５５以下の微生物、６０以下の微生物、６５以下の微生物、７０以下の微生物、７５
以下の微生物、８０以下の微生物、８５以下の微生物、９０以下の微生物、１００以下の
微生物、２００以下の微生物、３００以下の微生物、４００以下の微生物、５００以下の
微生物、６００以下の微生物、７００以下の微生物、または８００以下の微生物に基づく
、項目２または３に記載の方法。
［項目５］  対象におけるマイクロバイオームのプロファイルの決定が、測定に基づく７
０％を超える精度を有する、項目２または３に記載の方法。
［項目６］  少なくとも２つの異なる時点で採取した生体試料中の少なくとも１つの微生
物から核酸配列を得ることをさらに含む、項目２または３に記載の方法。
［項目７］  対象における健康状態の指標となる代謝経路を決定する方法であって：
対象からの生体試料から、単一リード長内に転写物全体が含まれるようにＲＮＡ配列を
得；
それらの転写物をシークエンシング法により解析し；
配列決定した転写物を基準と比較し；そして、
健康状態の指標となる代謝経路を決定する、
ことを含む、前記方法。
［項目８］  解析にロングリードシークエンシングプラットフォームを使用する、前記項
目のいずれか１項に記載の方法。
［項目９］  対象において疾患を処置する方法であって：
（ａ）その対象から得た生体試料において、少なくとも１つの微生物を含むマイクロバ
イオームプロファイルを測定し；
（ｂ）その測定に基づいて対象における疾患の存在の有無を検出し；そして、
（ｃ）その検出に基づいて対象における疾患を処置する、
ことを含む、前記方法。
［項目１０］  測定が、イムノアッセイ、フローサイトメトリーアッセイ、バイオチップ
アッセイ、マイクロアレイアッセイ、およびシークエンシングアッセイのうち少なくとも
１つの使用を含む、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目１１］  測定が微生物を検出またはそのレベル測定することを含む、前記項目のい
ずれか１項に記載の方法。
測定が微生物上のマーカーを検出またはそのレベル測定することを含む、前記項目のい
ずれか１項に記載の方法。
［項目１２］  （ａ）対象から得た生体試料において、少なくとも２つの微生物を含むマ
イクロバイオームパネルの測定値を含むデータを取得し；
（ｂ）その測定データに基づいてそのマイクロバイオームパネルのマイクロバイオーム
プロファイルを作成し；
（ｃ）そのマイクロバイオームパネルのマイクロバイオームプロファイルを基準プロフ
ァイルと比較し；そして、
（ｄ）その比較に基づいてその対象における疾患状態の尤度を決定する、
ことを含む方法。
［項目１３］  （ａ）対象から得た生体試料において、少なくとも２つの微生物を含むマ
イクロバイオームパネルの測定値を含むデータを取得し；
（ｂ）その測定データに基づいてそのマイクロバイオームパネルのマイクロバイオーム
プロファイルを作成し；
（ｃ）そのマイクロバイオームパネルのマイクロバイオームプロファイルを基準の閾値
と比較し；そして、
（ｄ）そのマイクロバイオームパネルの基準の少なくとも１つの閾値との比較に基づい
て、その対象における疾患状態の尤度を決定する、
ことを含む方法。
［項目１４］  対象における疾患について対象を診断する方法であって：
（ａ）その対象から得た生体試料において、少なくとも１つの微生物を含む微生物パネ
ルを測定し；
（ｂ）その測定に基づいて対象における疾患の存在の有無を検出し；そして、
（ｃ）その検出に基づいて、その疾患の処置のための少なくとも１つの微生物ベースの
療法剤または化粧品を対象に推奨する、
ことを含む、前記方法。
［項目１５］  微生物試料が、血液、唾液、頬スワブ、皮膚、細胞、尿、便、体液、膣分
泌物、または病巣浸出物を含む、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目１６］  ７０％を超える感度で疾患状態の存在の有無を検出することをさらに含む
、項目１４に記載の方法。
［項目１７］  ７０％を超える感度および特異性で疾患状態の存在の有無を検出すること
を含む、項目１４に記載の方法。
［項目１８］  ７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％を超える感度で疾患状態
の存在の有無を検出することを含む、項目１４に記載の方法。
［項目１９］  ７５％、８０％、８５％、９０％、または９５％を超える感度および特異
性で疾患状態の存在の有無を検出することを含む、項目１４に記載の方法。
［項目２０］  対象がヒト対象である、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目２１］  対象が疾患について無症候性である、前記項目のいずれか１項に記載の方
法。
［項目２２］  対象がその疾患について少なくとも１つの臨床症状を示している、前記項
目のいずれか１項に記載の方法。
［項目２３］  疾患状態が、臨床転帰不良、臨床転帰良好、高リスクの疾患、低リスクの
疾患、完全応答、部分応答、安定疾患、不応答、または疾患管理のための推奨処置である
、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目２４］  対象におけるマイクロバイオームプロファイルを決定するためのコンピュ
ーターシステムであって：
（ａ）対象の生体試料からの、少なくとも１つの微生物のマーカーを含む微生物パネル
の測定値を含むデータを受信するための記憶ユニット；
（ｂ）項目１〜２３のいずれか１項に記載の方法に従って測定データを解析するための
コンピューター実行可能な指示；および、
（ｃ）その解析に基づいて対象における少なくとも疾患の存在の有無を決定するための
コンピューター実行可能な指示、
を含む、前記コンピューターシステム。
［項目２５］  対象における少なくとも１つの疾患の存在の有無のレポートを作成するた
めのコンピューター実行可能な指示をさらに含む、項目２１に記載のコンピューターシス
テム。
［項目２６］  （ａ）対象から得た生体試料からの、少なくとも１つの微生物から選択し
た少なくとも１つのマーカーを含むマイクロバイオームプロファイルの測定値を含むデー
タを解析するためのコンピューター実行可能な指示；および、
（ｂ）その解析に基づいて対象における少なくとも疾患の存在の有無を決定するための
コンピューター実行可能な指示、
を含むコンピューター可読媒体。
［項目２７］  そのレポートをユーザーに通信または表示するように構成されたユーザー
インターフェースをさらに含む、項目２１に記載のコンピューターシステム。
［項目２８］  （ａ）対象から得た生体試料からの、少なくとも１つの微生物に対する少
なくとも１つのマーカーを含むマイクロバイオームプロファイルの測定に使用するための
１以上の組成物；および、
（ｂ）前記項目のいずれか１項に記載の方法を実行するための指示書、
を含むキット。
［項目２９］  項目２１に記載のコンピューター可読媒体をさらに含む、項目２８に記載
のキット。
［項目３０］  微生物のパネルが、２以下の微生物、３以下の微生物、４以下の微生物、
５以下の微生物、６以下の微生物、７以下の微生物、８以下の微生物、９以下の微生物、
１０以下の微生物、１１以下の微生物、１２以下の微生物、１３以下の微生物、１４以下
の微生物、１５以下の微生物、１６以下の微生物、１８以下の微生物、１９以下の微生物
、２０以下の微生物、２５以下の微生物、３０以下の微生物、３５以下の微生物、または
４０以下の微生物を含む、項目１４に記載の方法。
［項目３１］  疾患が、ＩＢＤ、早産、肥満症、糖尿病性足潰瘍、菌血症、アクネ、小児
仙痛、ＩＩ型糖尿病、ディフィシル菌（C. difficile）、ＩＢＳ、喘息、自閉症、乾癬、
アレルギー、心血管疾患、癌、うつ病、嚢胞性線維症、多発性硬化症、尿路感染症、放射
線腸障害、薬物代謝、慢性疲労、Ｉ型糖尿病、口臭、および齲食から選択される、前記項
目のいずれか１項に記載の方法。
［項目３２］  生体試料が、皮膚マイクロバイオーム、臍帯マイクロバイオーム、膣マイ
クロバイオーム、結膜マイクロバイオーム、腸マイクロバイオーム、胃マイクロバイオー
ム、消化管マイクロバイオーム、口腔マイクロバイオーム、鼻腔マイクロバイオーム、胃
腸管マイクロバイオーム、尿生殖路マイクロバイオーム、またはそれらの組合わせから選
択されるマイクロバイオームを含む、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目３３］  マイクロバイオームパネルが、１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニッ
トの微生物マーカーを含む、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目３４］  マイクロバイオームパネルが、１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニッ
ト転写物全体に対する微生物マーカーを含む、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目３５］  マイクロバイオームパネルが、１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニッ
ト転写物全体、および１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニット転写物間の遺伝子間領
域の微生物マーカーを含む、前記項目のいずれか１項に記載の方法。
［項目３６］  マイクロバイオームパネルが、１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニッ
トの少なくとも１つの可変領域の微生物マーカーを含む、前記項目のいずれか１項に記載
の方法。
［項目３７］  測定が、１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニットの断片、抗原、また
は結合パートナーの検出またはそのレベルの測定を含む、前記項目のいずれか１項に記載
の方法。
［項目３８］  測定が、１６Ｓまたは２３Ｓリボソームサブユニット可変領域の断片、抗
原、または結合パートナーの検出またはそのレベルの測定を含む、前記項目のいずれか１
項に記載の方法。
【図１】
2020072680.tif 000002
【図２】
2020072680.tif 000003
【図３】
2020072680.tif 000004
【図４】
2020072680.tif 000005
【図５】
2020072680.tif 000006
【図６】
2020072680.tif 000007
【図７】
2020072680.tif 000008
【図８】
2020072680.tif 000009
【配列表】
2020072680000001.app