(57)【要約】      （修正有）【課題】癌免疫療法及び癌免疫療法の奏効の可能性を予測する方法の提供。【解決手段】免疫原性物質を含む組成物であって、前記免疫原性物質が、ヒト患者の免疫系により非自己として認識可能なネオエピトープであるかまたはこれを含み、前記患者が、前記ネオエピトープを発現する１つ以上の腫瘍を特徴とする癌に罹患している、前記組成物。１つ以上のノナマーネオエピトープを発現する腫瘍を特徴とする癌を有すると判定された対象に、ネオアンチゲン特異的エフェクターＴ細胞応答を増強する療法を実施する工程を含む、癌を処置する方法。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
免疫原性物質を含む組成物であって、前記免疫原性物質が、ヒト患者の免疫系により非自己として認識可能なネオエピトープであるかまたはこれを含み、前記患者が、前記ネオエピトープを発現する１つ以上の腫瘍を特徴とする癌に罹患している、前記組成物。
【請求項２】
前記ネオエピトープが、感染性因子とコンセンサス配列を共有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項３】
前記ネオエピトープが、ノナマーネオエピトープであるかまたはこれを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項４】
前記ネオエピトープが、ＭＨＣクラスＩ分子に対する結合親和性の増大、または細胞傷害性Ｔ細胞による認識の改善を示す、請求項１に記載の組成物。
【請求項５】
前記ネオエピトープが、前記１つ以上の腫瘍と特異的に結合するネオエピトープでない対応する野生型エピトープと比較して、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に対するより大きい結合親和性を有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項６】
前記免疫原性物質が、ペプチドであるかまたはこれを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項７】
前記免疫原性物質が、ＭＨＣ提示に適する長さを有する、請求項１または請求項６に記載の組成物。
【請求項８】
前記長さが、ＭＨＣクラスＩによる提示に適する長さである、請求項７に記載の組成物。
【請求項９】
前記長さが、アミノ酸８〜１１個の長さである、請求項８に記載の組成物。
【請求項１０】
前記長さが、ＭＨＣクラスＩＩによる提示に適する長さである、請求項７に記載の組成物。
【請求項１１】
前記ネオエピトープが、図２１に記載されているものから選択されるアミノ酸配列を有する、請求項１に記載の組成物。
【請求項１２】
前記癌が、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、若しくはリンパ腫を含む群から選択される癌であるかまたはこれを含む、請求項１に記載の組成物。
【請求項１３】
前記癌が、肺癌、黒色腫、腎癌、膀胱癌、小細胞癌、及び頭頸部癌を含む群から選択される、請求項１２に記載の組成物。
【請求項１４】
前記癌が、肺癌であるかまたはこれを含む、請求項１３に記載の組成物。
【請求項１５】
核酸を含む組成物であって、前記核酸の配列が、ヒト患者の免疫系により非自己として認識可能なネオエピトープのコード配列を含み、前記患者が、前記ネオエピトープを発現する１つ以上の腫瘍を特徴とする癌に罹患している、組成物。
【請求項１６】
前記ネオエピトープが、感染性因子とコンセンサス配列を共有する、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１７】
前記ネオエピトープが、ノナマーネオエピトープであるかまたはこれを含む、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１８】
前記ネオエピトープが、ＭＨＣクラスＩ分子に対する結合親和性の増大、または細胞傷害性Ｔ細胞による認識の改善を示す、請求項１５に記載の組成物。
【請求項１９】
前記ネオエピトープが、前記１つ以上の腫瘍と特異的に結合するネオエピトープでない対応する野生型エピトープと比較して、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に対するより大きい結合親和性を有する、請求項１５に記載の組成物。
【請求項２０】
前記ネオエピトープが、ＭＨＣ提示に適する長さを有する、請求項１５に記載の組成物。
【請求項２１】
前記長さが、ＭＨＣクラスＩによる提示に適する長さである、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２２】
前記長さが、アミノ酸８〜１１個の長さである、請求項２１に記載の組成物。
【請求項２３】
前記長さが、ＭＨＣクラスＩＩによる提示に適する長さである、請求項２０に記載の組成物。
【請求項２４】
前記ネオエピトープが、図２１に記載されているものから選択されるアミノ酸配列を有する、請求項１５に記載の組成物。
【請求項２５】
前記癌が、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、若しくはリンパ腫を含む群から選択される癌であるかまたはこれを含む、請求項１５に記載の組成物。
【請求項２６】
前記癌が、肺癌、黒色腫、腎癌、膀胱癌、小細胞癌、及び頭頸部癌を含む群から選択される、請求項２５に記載の組成物。
【請求項２７】
前記癌が、肺癌であるかまたはこれを含む、請求項１５に記載の組成物。
【請求項２８】
ヒト患者の免疫系により非自己として認識可能なネオエピトープをコードする核酸とハイブリダイズする核酸を含む組成物であって、前記患者が、前記ネオエピトープを発現する１つ以上の腫瘍を特徴とする癌に罹患している、前記組成物。
【請求項２９】
前記核酸により、核酸レベルで前記ネオエピトープまたはその発現が検出されることができる、請求項１５または請求項２８に記載の組成物。
【請求項３０】
前記ネオエピトープが、感染性因子とコンセンサス配列を共有する、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３１】
前記ネオエピトープが、ノナマーネオエピトープであるかまたはこれを含む、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３２】
前記ネオエピトープが、ＭＨＣクラスＩ分子に対する結合親和性の増大、または細胞傷害性Ｔ細胞による認識の改善を示す、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３３】
前記１つ以上の腫瘍と特異的に結合するネオエピトープではない、他の点では同一の対応するエピトープと比較して、前記ネオエピトープが、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に対するより大きい結合親和性を有する、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３４】
前記ネオエピトープが、ＭＨＣ提示に適する長さを有する、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３５】
前記長さが、ＭＨＣクラスＩによる提示に適する長さである、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３６】
前記長さが、アミノ酸８〜１１個の長さである、請求項３５に記載の組成物。
【請求項３７】
前記長さが、ＭＨＣクラスＩＩによる提示に適する長さである、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３８】
前記ネオエピトープが、図２１に記載されているものから選択されるアミノ酸配列を有する、請求項２８に記載の組成物。
【請求項３９】
前記癌が、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、若しくはリンパ腫を含む群から選択される癌であるかまたはこれを含む、請求項２８に記載の組成物。
【請求項４０】
前記癌が、肺癌、黒色腫、腎癌、膀胱癌、小細胞癌、及び頭頸部癌を含む群から選択される、請求項３９に記載の組成物。
【請求項４１】
前記癌が、肺癌であるかまたはこれを含む、請求項２８に記載の組成物。
【請求項４２】
ヒト患者の免疫系により非自己として認識可能なネオエピトープを特異的に検出する作用物質を含む組成物であって、前記患者が、前記ネオエピトープを発現する１つ以上の腫瘍を特徴とする癌に罹患している、前記組成物。
【請求項４３】
前記作用物質により、タンパク質レベルで前記ネオエピトープが特異的に検出される、請求項４２に記載の組成物。
【請求項４４】
前記作用物質により、核酸レベルで前記ネオエピトープが特異的に検出される、請求項４２に記載の組成物。
【請求項４５】
前記ネオエピトープが、感染性因子とコンセンサス配列を共有する、請求項４２に記載の組成物。
【請求項４６】
前記ネオエピトープが、ノナマーネオエピトープであるかまたはこれを含む、請求項４２に記載の組成物。
【請求項４７】
前記ネオエピトープが、ＭＨＣクラスＩ分子に対する結合親和性の増大、または細胞傷害性Ｔ細胞による認識の改善を示す、請求項４２に記載の組成物。
【請求項４８】
前記１つ以上の腫瘍と特異的に結合するネオエピトープではない、他の点では同一の対応するエピトープと比較して、前記ネオエピトープが、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に対するより大きい結合親和性を有する、請求項４２に記載の組成物。
【請求項４９】
前記ネオエピトープが、ＭＨＣ提示に適する長さを有する、請求項４２に記載の組成物。
【請求項５０】
前記長さが、ＭＨＣクラスＩによる提示に適する長さである、請求項４９に記載の組成物。
【請求項５１】
前記長さが、アミノ酸８〜１１個の長さである、請求項５０に記載の組成物。
【請求項５２】
前記長さが、ＭＨＣクラスＩＩによる提示に適する長さである、請求項４９に記載の組成物。
【請求項５３】
前記ネオエピトープが、図２１に記載されているものから選択されるアミノ酸配列を有する、請求項４２に記載の組成物。
【請求項５４】
前記癌が、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、若しくはリンパ腫を含む群から選択される癌であるかまたはこれを含む、請求項４２に記載の組成物。
【請求項５５】
前記癌が、肺癌、黒色腫、腎癌、膀胱癌、小細胞癌、及び頭頸部癌を含む群から選択される、請求項５４に記載の組成物。
【請求項５６】
前記癌が、肺癌であるかまたはこれを含む、請求項４２に記載の組成物。
【請求項５７】
１つ以上のノナマーネオエピトープを発現する腫瘍を特徴とする癌を有すると判定された対象に、ネオアンチゲン特異的エフェクターＴ細胞応答を増強する療法を実施する工程
を含む、癌を処置する方法。
【請求項５８】
前記対象が、免疫チェックポイント調節因子を用いる療法を受けているかまたは受ける予定である、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記対象が、確立された腫瘍を有する、請求項５７に記載の方法。
【請求項６０】
前記癌が、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、若しくはリンパ腫を含む群から選択される癌であるかまたはこれを含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項６１】
前記癌が、肺癌、黒色腫、腎癌、膀胱癌、小細胞癌、及び頭頸部癌を含む群から選択される、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
前記癌が、肺癌であるかまたはこれを含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項６３】
前記療法が、免疫チェックポイント調節因子であるかまたはこれを含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項６４】
対象由来の癌サンプルにおける高変異のマーカーを検出する工程；及び
免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての前記対象を同定する工程
を含む、方法。
【請求項６５】
前記検出する工程が、前記癌サンプル由来の１つ以上のエクソームを配列決定することを含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項６６】
変異の数により、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての前記対象が同定される、請求項６４に記載の方法。
【請求項６７】
多数の変異により、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての前記対象が同定される、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
多数の非同義変異により、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての前記対象が同定される、請求項６７に記載の方法。
【請求項６９】
トランジション変異対トランスバージョン変異の比により、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての前記対象が同定される、請求項６４に記載の方法。
【請求項７０】
前記比が、分子喫煙シグネチャー（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｓｍｏｋｉｎｇ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）を含む、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記体細胞変異が、Ｔ細胞により認識されるネオエピトープを含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項７２】
前記ネオエピトープの数により、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての前記対象が同定される、請求項７１に記載の方法。
【請求項７３】
前記ネオエピトープにより、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての前記対象が同定される、請求項６４に記載の方法。
【請求項７４】
前記ネオエピトープが、高い変異率と関連する、請求項７３に記載の方法。
【請求項７５】
高変異が、ＤＮＡ修復に関与するタンパク質をコードする遺伝子に存在する、請求項７４に記載の方法。
【請求項７６】
前記高変異が、細胞シグナル伝達に関与するタンパク質をコードする遺伝子に存在する、請求項７４に記載の方法。
【請求項７７】
前記ネオエピトープが、変異を有さない対応するエピトープと比較して、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に対するより高い結合親和性を有する、請求項６４に記載の方法。
【請求項７８】
前記体細胞変異が、ノナマーを含むネオエピトープを含み、前記ネオエピトープが、体細胞変異を有さない同じ細胞型では発現しない、請求項６４に記載の方法。
【請求項７９】
前記ネオエピトープが、感染性因子とコンセンサス配列を共有する、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
前記癌が、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、もしくはリンパ腫を含む群から選択される癌であるかまたはこれを含む、請求項６４に記載の方法。
【請求項８１】
前記癌が、肺癌、黒色腫、腎癌、膀胱癌、小細胞癌、及び頭頸部癌を含む群から選択される、請求項８０に記載の方法。
【請求項８２】
前記免疫チェックポイント調節因子が、細胞障害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ４）、プログラム死１（ＰＤ−１）若しくはそのリガンド、リンパ球活性化遺伝子３（ＬＡＧ３）、Ｂ７ホモログ３（Ｂ７−Ｈ３）、Ｂ７ホモログ４（Ｂ７−Ｈ４）、インドールアミン（２，３）−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、アデノシンＡ２ａ受容体、ニューリチン（ｎｅｕｒｉｔｉｎ）、Ｂリンパ球及びＴリンパ球アテニュエーター（ＢＴＬＡ）、キラー免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、Ｔ細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン含有タンパク質３（ＴＩＭ−３）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１３７、またはそれらの組み合わせと相互作用する、請求項６４に記載の方法。
【請求項８３】
前記免疫チェックポイント調節因子が抗体作用物質である、請求項６４に記載の方法。
【請求項８４】
前記抗体作用物質が、モノクローナル抗体若しくはその抗原結合性フラグメントであるかまたはこれを含む、請求項８３に記載の方法。
【請求項８５】
前記抗体がペンブロリズマブである、請求項８４に記載の方法。
【請求項８６】
前記対象が、癌療法薬で以前に処置されていない、請求項６４に記載の方法。
【請求項８７】
前記対象が、癌免疫療法薬で以前に処置されていない、請求項６４に記載の方法。
【請求項８８】
前記対象にペンブロリズマブを投与する工程をさらに含む、請求項８５に記載の方法。
【請求項８９】
対象由来の癌サンプルにおける少数の変異を検出する工程；及び
免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の不十分な候補としての前記対象を同定する工程
を含む、方法。
【請求項９０】
高変異のマーカーを含む癌を対象が有すると判定する工程であって、前記変異が、ノナマーを含むネオエピトープを含む、前記工程、及び
前記対象のために、免疫チェックポイント調節因子を含む癌処置を選択する工程
を含む、方法。
【請求項９１】
前記癌が肺癌を含む、請求項９０に記載の方法。
【請求項９２】
前記免疫チェックポイント調節因子が、細胞障害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ４）、プログラム死１（ＰＤ−１）若しくはそのリガンド、リンパ球活性化遺伝子３（ＬＡＧ３）、Ｂ７ホモログ３（Ｂ７−Ｈ３）、Ｂ７ホモログ４（Ｂ７−Ｈ４）、インドールアミン（２，３）−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、アデノシンＡ２ａ受容体、ニューリチン、Ｂリンパ球及びＴリンパ球アテニュエーター（ＢＴＬＡ）、キラー免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、Ｔ細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン含有タンパク質３（ＴＩＭ−３）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１３７、またはそれらの組み合わせと相互作用する、請求項９０に記載の方法。
【請求項９３】
前記免疫チェックポイント調節因子が抗体作用物質である、請求項９２に記載の方法。
【請求項９４】
前記抗体作用物質が、モノクローナル抗体若しくはその抗原結合性フラグメントであるかまたはこれを含む、請求項９３に記載の方法。
【請求項９５】
前記抗体がペンブロリズマブである、請求項９４に記載の方法。
【請求項９６】
前記対象が、癌療法薬で以前に処置されていない、請求項９０に記載の方法。
【請求項９７】
前記対象が、癌免疫療法薬で以前に処置されていない、請求項９０に記載の方法。
【請求項９８】
免疫チェックポイント調節因子で対象を処置する方法であって、前記対象が、高変異のマーカーを有する癌を有すると以前に同定されており、ある変異が、Ｔ細胞により認識されるネオエピトープを含む、前記方法。
【請求項９９】
前記癌が肺癌を含む、請求項９８に記載の方法。
【請求項１００】
前記免疫チェックポイント調節因子が、細胞障害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ４）、プログラム死１（ＰＤ−１）若しくはそのリガンド、リンパ球活性化遺伝子３（ＬＡＧ３）、Ｂ７ホモログ３（Ｂ７−Ｈ３）、Ｂ７ホモログ４（Ｂ７−Ｈ４）、インドールアミン（２，３）−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、アデノシンＡ２ａ受容体、ニューリチン、Ｂリンパ球及びＴリンパ球アテニュエーター（ＢＴＬＡ）、キラー免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、Ｔ細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン含有タンパク質３（ＴＩＭ−３）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１３７、またはそれらの組み合わせと相互作用する、請求項９８に記載の方法。
【請求項１０１】
前記免疫チェックポイント調節因子が抗体作用物質である、請求項９８に記載の方法。
【請求項１０２】
前記抗体作用物質が、モノクローナル抗体若しくはその抗原結合性フラグメントであるかまたはこれを含む、請求項１０１に記載の方法。
【請求項１０３】
前記抗体がペンブロリズマブである、請求項１０２に記載の方法。
【請求項１０４】
前記対象が、癌療法薬で以前に処置されていない、請求項９８に記載の方法。
【請求項１０５】
前記対象が、癌免疫療法薬で以前に処置されていない、請求項９８に記載の方法。
【請求項１０６】
免疫チェックポイント調節因子を用いる癌療法の有効性を改善する方法であって、
前記療法を受けることについて、Ｔ細胞により認識されるネオエピトープを含む高変異のマーカーを有する癌を有すると同定された対象を選択する工程
を含む、前記方法。
【請求項１０７】
免疫チェックポイント調節因子療法を実施する工程により癌を処置する方法における、
Ｔ細胞により認識されるネオエピトープを含む高変異の１つ以上のマーカーを有する癌を有すると同定された対象に、前記療法を実施する工程
を含む改善。
【請求項１０８】
癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、またはリンパ腫からなる群から選択される癌を処置する方法であって、
Ｔ細胞により認識されるネオエピトープを含む高変異のマーカーを有する癌を有すると同定された対象に、免疫チェックポイント調節因子療法を実施する工程
を含む、前記方法。
【請求項１０９】
前記癌が、肺癌であるかまたはこれを含む、請求項１０８に記載の方法。
【請求項１１０】
免疫チェックポイント調節因子を用いる療法の奏効性（ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅｎｅｓｓ）と相関する変異シグネチャーを規定する方法であって、
免疫チェックポイント調節因子療法の奏効（ｒｅｓｐｏｎｓｅ）特性を共有する腫瘍の複数のサンプルにおける１つ以上の変異特性を決定する工程；
決定された１つ以上の前記変異特性を、前記奏効特性を共有しない腫瘍の複数のサンプルのものと比較する工程；及び
その存在が奏効特性と相関する１セットの変異特性を同定する工程
を含む、前記方法。
【請求項１１１】
前記１つ以上の変異特性が、変異バーデン（ｂｕｒｄｅｎ）、非同義変異バーデン、ネオアンチゲンバーデン、トランスバージョンバーデン、トランジションバーデン、相対的トランスバージョン対トランジションバーデン、ＤＮＡ修復と関連する遺伝子における変異バーデン、ＤＮＡ修復と関連する１つ以上の特定の遺伝子における変異の存在、ＤＮＡ修復と関連する１つ以上の特定の遺伝子における変異の同一性、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される変異特性を含む、請求項１１０に記載の方法。
【請求項１１２】
測定された前記バーデンが、比率若しくは数であるかまたはこれを含む、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１３】
ＤＮＡ修復と関連する前記遺伝子が、ＰＯＬＤ１、ＰＲＫＤＣ、ＤＮＡ−ＰＫ、ＲＡＤ１７、ＰＯＬＥ、及びＭＳＨ２からなる群から選択される遺伝子であるかまたはこれを含む、請求項１１１に記載の方法。
【請求項１１４】
前記奏効特性が、６ヶ月超続く部分奏効若しくは安定した奏効（「持続的臨床効果」；「ＤＣＢ」）、４週間超の腫瘍サイズの低減（「客観的奏効率」；「ＯＲＲ」）、９週間超の疾患進行なし（「無増悪生存期間」；「ＰＦＳ」）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される特性であるかまたはこれを含む、請求項１１１〜１１３のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１１５】
免疫チェックポイント調節因子療法の奏効特性と相関する１セットの変異特性の存在を判定する工程により腫瘍サンプルを特性決定する方法。
【請求項１１６】
前記１セットの変異特性が、変異バーデン、非同義変異バーデン、ネオアンチゲンバーデン、トランスバージョンバーデン、トランジションバーデン、相対的トランスバージョン対トランジションバーデン、ＤＮＡ修復と関連する遺伝子における変異バーデン、ＤＮＡ修復と関連する１つ以上の特定の遺伝子における変異の存在、ＤＮＡ修復と関連する１つ以上の特定の遺伝子における変異の同一性、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される変異特性を含む、請求項１１５に記載の方法。
【請求項１１７】
測定された前記バーデンが、比率若しくは数であるかまたはこれを含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１１８】
ＤＮＡ修復と関連する前記遺伝子が、ＰＯＬＤ１、ＰＲＫＤＣ、ＤＮＡ−ＰＫ、ＲＡＤ１７、ＰＯＬＥ、及びＭＳＨ２からなる群から選択される遺伝子であるかまたはこれを含む、請求項１１６に記載の方法。
【請求項１１９】
前記奏効特性が、６ヶ月超続く部分奏効若しくは安定した奏効（「持続的臨床効果」；「ＤＣＢ」）、４週間超の腫瘍サイズの低減（「客観的奏効率」；「ＯＲＲ」）、９週間超の疾患進行なし（「無増悪生存期間」；「ＰＦＳ」）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される特性であるかまたはこれを含む、請求項１１５〜１１７のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２０】
前記判定する工程が、核酸配列決定により前記変異特性の少なくとも１つを検出することを含む、請求項１１５〜１１８のいずれか１項に記載の方法。
【請求項１２１】
前記核酸配列決定が、全エクソーム配列決定であるかまたはこれを含む、請求項１１９に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【背景技術】
【０００１】
背景
癌免疫療法は、患者の免疫系による癌細胞の攻撃を含む。Ｔリンパ球の制御及び活性化は、活性化のために正または負のシグナルを伝達するＴ細胞受容体、及び、さらに共シグナル伝達受容体によるシグナル伝達に依存する。Ｔ細胞による免疫応答は、免疫チェックポイントと呼ばれる共刺激及び阻害シグナルのバランスにより制御される。
【０００２】
免疫チェックポイント阻害剤を用いた免疫療法は、癌療法に革命をもたらしている。例えば、特定のメラノーマ患者では、抗ＣＴＬＡ４抗体及び抗ＰＤ１抗体は、転移状況の長期間の疾患管理に対し、驚くべき可能性を提供している。
【発明の概要】
【０００３】
概要
本発明は、癌免疫療法の好ましい奏効（ｒｅｓｐｏｎｓｅ）の可能性が予測することができるという発見を包含する。本発明は特に、特定の癌の場合、変異バーデン（ｂｕｒｄｅｎ）が、特定の療法の奏効性と、相関する可能性があるという発見を含む。さらに、本発明は、特定の癌細胞が、患者の免疫系により非自己として認識可能であるネオエピトープをもたらす体細胞変異を含むことがあり、このようなネオエピトープの存在及び／または同一性が、特定の療法の奏効性と相関することがあるという知見を提供する。本明細書に記載されるような癌サンプルにおける複数の変異の同定は、どの癌患者に、免疫療法、特に、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置が有利に奏効する（ｒｅｓｐｏｎｄ）可能性があるかを判定するのに有用である。
【０００４】
本開示は、免疫療法の奏効性、特に、免疫チェックポイント調節因子を用いる療法の奏効性を予測するために検出することができる特定の腫瘍細胞の特定の特性を規定する。とりわけ、本開示は、腫瘍奏効性の「シグネチャー」を規定、特性決定、及び／または検出するために、実際に適応することができるツール及び技術を提供する。
【０００５】
例えば、本開示は、特定の腫瘍での特定の療法が奏効する可能性の有効な予測または評価を提供するツール及び技術を提供する。とりわけ、本開示は、自然な相関を裏付ける生物学の基礎をなす態様の代用として作用し得る癌細胞の特定の特徴を規定または検出するためのツールを提供する。本開示は、例えば、このような特徴を規定または検出するのに有用である特定の限定されたシグネチャーを規定することができることを実証し、このようなシグネチャーを利用する検出フォーマットを提供する。さらに、本開示は、提供されるフォーマットが、少なくともいくつかの状況で、生物学的相関を適用するための他の方法論よりも有効及び／または有益であることを実証する。
【０００６】
一部の実施形態では、本発明は、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置が奏効する可能性がある対象を同定するための方法を提供する。
【０００７】
一部の実施形態では、方法は、対象由来の癌サンプルにおける高変異のマーカーを検出する工程、及び、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての対象を同定する工程を含む。一部の実施形態では、検出する工程は、癌サンプル由来の１つ以上のエクソームを配列決定することを含む。
【０００８】
一部の実施形態では、変異の数により、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての対象が同定される。一部の実施形態では、多数の変異により、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての対象が同定される。一部の実施形態では、多数の非同義変異により、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての対象が同定される。
【０００９】
一部の実施形態では、トランジション変異対トランスバージョン変異の比により、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての対象が同定される。一部の実施形態では、比は、分子喫煙シグネチャー（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｓｍｏｋｉｎｇ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）を含む。
【００１０】
一部の実施形態では、体細胞変異は、Ｔ細胞により認識されるネオエピトープを含む。一部の実施形態では、ネオエピトープの数により、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての対象が同定される。一部の実施形態では、ネオエピトープにより、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての対象が同定される。
【００１１】
一部の実施形態では、ネオエピトープは、高い変異率と関連する。一部の実施形態では、高変異は、ＤＮＡ修復に関与するタンパク質をコードする遺伝子に存在する。一部の実施形態では、高変異は、細胞シグナル伝達に関与するタンパク質をコードする遺伝子に存在する。
【００１２】
一部の実施形態では、ネオエピトープは、変異を有さない対応するエピトープと比較して、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に対するより高い結合親和性を有する。
【００１３】
一部の実施形態では、体細胞変異はノナマーを含むネオエピトープを含み、ネオエピトープは体細胞変異を有さない同じ細胞型では発現しない。
【００１４】
一部の実施形態では、ネオエピトープは、感染性因子とコンセンサス配列を共有する。
【００１５】
一部の実施形態では、癌は、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、若しくはリンパ腫を含む群から選択される癌であるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、癌は、肺癌、黒色腫、腎癌、膀胱癌、小細胞癌、及び頭頸部癌を含む群から選択される。
【００１６】
一部の実施形態では、免疫チェックポイント調節因子は、細胞障害性Ｔリンパ球抗原４（ＣＴＬＡ４）、プログラム死１（ＰＤ−１）若しくはそのリガンド、リンパ球活性化遺伝子３（ＬＡＧ３）、Ｂ７ホモログ３（Ｂ７−Ｈ３）、Ｂ７ホモログ４（Ｂ７−Ｈ４）、インドールアミン（２，３）−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、アデノシンＡ２ａ受容体、ニューリチン（ｎｅｕｒｉｔｉｎ）、Ｂリンパ球及びＴリンパ球アテニュエーター（ＢＴＬＡ）、キラー免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、Ｔ細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン含有タンパク質３（ＴＩＭ−３）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ２７、ＣＤ２８、ＣＤ４０、ＣＤ１３７、またはそれらの組み合わせと相互作用する。
【００１７】
一部の実施形態では、免疫チェックポイント調節因子は、抗体作用物質である。一部の実施形態では、作用物質は、モノクローナル抗体若しくはその抗原結合性フラグメントであるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、抗体は、ペンブロリズマブである。
【００１８】
一部の実施形態では、対象は、癌療法薬で以前に処置されていない。一部の実施形態では、対象は、癌免疫療法薬で以前に処置されていない。
【００１９】
一部の実施形態では、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置のための対象を同定する方法は、対象にペンブロリズマブを投与する工程をさらに含む。
【００２０】
一部の実施形態では、本発明は、対象由来の癌サンプルにおける少数の変異を検出し、かつ免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の不十分な候補としての対象を同定するための方法を提供する。
【００２１】
一部の実施形態では、本発明は、ノナマーを含むネオエピトープを含む高変異のマーカーを含む癌を対象が有すると判定し、かつ、対象のために、免疫チェックポイント調節因子を含む癌処置を選択するための方法を提供する。一部の実施形態では、癌は、肺癌を含む。
【００２２】
一部の実施形態では、本発明は、免疫チェックポイント調節因子を用いる癌療法の有効性を改善するための方法を提供し、方法は、療法を受けることについて、Ｔ細胞により認識されるネオエピトープを含む高変異のマーカーを有する癌を有すると同定された対象を選択する工程を含む。
【００２３】
一部の実施形態では、本発明は、免疫チェックポイント調節因子療法を実施する工程による癌を処置するための方法を提供し、本改善は、Ｔ細胞により認識されるネオエピトープを含む高変異の１つ以上のマーカーを有する癌を有すると同定された対象に、療法を実施する工程を含む。
【００２４】
一部の実施形態では、本発明は、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、またはリンパ腫からなる群から選択される癌を処置するための方法を提供し、方法は、Ｔ細胞により認識されるネオエピトープを含む高変異のマーカーを有する癌を有すると同定された対象に、免疫チェックポイント調節因子療法を実施する工程を含む。一部の実施形態では、癌は、肺癌であるかまたはこれを含む。
【００２５】
一部の実施形態では、本発明は、免疫チェックポイント調節因子を用いる療法の奏効性と相関する変異シグネチャーを規定するための方法を提供し、方法は、免疫チェックポイント調節因子療法の奏効特性を共有する腫瘍の複数のサンプルにおける１つ以上の変異特性を決定する工程；決定された１つ以上の変異特性を、奏効特性を共有しない腫瘍の複数のサンプルのものと比較する工程：及び、その存在が奏効特性と相関する１セットの変異特性を同定する工程を含む。
【００２６】
一部の実施形態では、１つ以上の変異特性は、変異バーデン、非同義変異バーデン、ネオアンチゲンバーデン、トランスバージョンバーデン、トランジションバーデン、相対的トランスバージョン対トランジションバーデン、ＤＮＡ修復と関連する遺伝子における変異バーデン、ＤＮＡ修復と関連する１つ以上の特定の遺伝子における変異の存在、ＤＮＡ修復と関連する１つ以上の特定の遺伝子における変異の同一性、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される変異特性を含む。一部の実施形態では、測定されたバーデンは、比率若しくは数であるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、ＤＮＡ修復と関連する遺伝子は、ＰＯＬＤ１、ＰＲＫＤＣ、ＤＮＡ−ＰＫ、ＲＡＤ１７、ＰＯＬＥ、及びＭＳＨ２からなる群から選択される遺伝子であるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、変異特性を含むＤＮＡ修復と関連しない遺伝子は、ＰＯＬＲ２Ａ、ＫＥＡＰ１、ＰＡＰＰＡ２、ＰＸＤＮＬ、ＲＹＲ１、ＳＣＮ８Ａ、ＳＬＩＴ３、及びＫＲＡＳからなる群から選択される遺伝子を含む。
【００２７】
一部の実施形態では、奏効特性は、６ヶ月超続く部分奏効若しくは安定した奏効（「持続的臨床効果」；「ＤＣＢ」）、４週間超の腫瘍サイズの低減（「客観的奏効率」；「ＯＲＲ」）、９週間超の疾患進行なし（「無増悪生存期間」；「ＰＦＳ」）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される特性であるか、またはこれを含む。
【００２８】
一部の実施形態では、本発明は、免疫チェックポイント調節因子療法の奏効特性と相関する１セットの変異特性の存在を判定する工程により、腫瘍サンプルを特性決定するための方法を提供する。
【００２９】
一部の実施形態では、判定する工程は、核酸配列決定により、変異特性の少なくとも１つを検出することを含む。一部の実施形態では、核酸配列決定は、全エクソーム配列決定であるかまたはこれを含む。
【図面の簡単な説明】
【００３０】
次の図は、例示のためのみに提示され、限定されることが意図されるものではない。
【図１Ａ】非同義変異バーデンにより、抗ＰＤ−１療法に伴う臨床効果が予測されることを示す。図１Ａによれば、発見コホートでは、非同義変異バーデンは、ＮＤＢのもの（ｎ＝９）と比較して、ＤＣＢを有する腫瘍（ｎ＝７）においてより大きい（中央値３０２対１４８、ｐ＝０．０２）。図１Ａでは、全非同義変異中央値及び四分位範囲が示され、各腫瘍に対する個々の値は、ドットで示される。
【図１Ｂ】非同義変異バーデンにより、抗ＰＤ−１療法に伴う臨床効果が予測されることを示す。図１Ｂでは、より高い非同義変異バーデン（発見コホート中央値を超える（ｎ＝８））は、非同義変異バーデンがより低い腫瘍（ｎ＝８）と比較して、ＰＦＳの改善と相関する（ＨＲ  ０．１９、９５％  ＣＩ  ０．０５〜０．７０、ｐ＝０．０１）。
【図１Ｃ】非同義変異バーデンにより、抗ＰＤ−１療法に伴う臨床効果が予測されることを示す。図１Ｃにおいて、検証コホートでは、非同義変異バーデン中央値はまた、ＮＤＢのもの（ｎ＝７）と比較して、ＤＣＢを有する患者（ｎ＝７）由来の腫瘍においてより大きい（中央値２４４対１２５、ｐ＝０．０４）。図１Ｃでは、全非同義変異中央値及び四分位範囲が示され、各腫瘍に対する個々の値は、ドットで示される。
【図１Ｄ】非同義変異バーデンにより、抗ＰＤ−１療法に伴う臨床効果が予測されることを示す。図１Ｄでは、より高い非同義変異バーデン（検証コホート中央値を超える、ｎ＝９）は再度、より低い非同義変異バーデンのもの（ｎ＝９）と比較して、ＰＦＳの改善と相関する（ＨＲ  ０．１５、９５％  ＣＩ  ０．０４〜０．５９、ｐ＝０．００６）。
【図１Ｅ】非同義変異バーデンにより、抗ＰＤ−１療法に伴う臨床効果が予測されることを示す。図１Ｅにおける、発見コホートにおけるＤＣＢの非同義変異バーデン予測に対するＲＯＣ曲線。ＡＵＣは、０．８６である（９５％  ＣＩ  ０．６６〜１．０５、ｐ＝０．０２）。１７８以上の非同義変異のカットオフは、三角形により示される。
【図１Ｆ】非同義変異バーデンにより、抗ＰＤ−１療法に伴う臨床効果が予測されることを示す。図１Ｆによれば、配列決定された腫瘍の全セットに対する、ＮＣＢを有するもの（ｎ＝１７）と比較した、ＤＣＢを有するもの（ｎ＝１４）における非同義変異バーデン（中央値２９９対１２７、ｐ＝０．０００８）。図１Ｆでは、全非同義変異中央値及び四分位範囲が示され、各腫瘍に対する個々の値は、ドットで示される。
【図１Ｇ】非同義変異バーデンにより、抗ＰＤ−１療法に伴う臨床効果が予測されることを示す。図１Ｇによれば、ＰＦＳは、配列決定された腫瘍の全セット中、非同義変異バーデンがより低いもの（ｎ＝１７）と比較して、非同義変異バーデン（ｎ＝１７）がより高いものにおいて改善される（ＨＲ  ０．１９、９５％  ＣＩ  ０．０８〜０．４７、ｐ＝０．０００４）。
【図２Ａ】ＮＳＣＬＣにおける、喫煙及びペンブロリズマブの奏効を示す。図２Ａは、ＰＦＳの改善と有意に関連する分子喫煙シグネチャーを示す。分子喫煙シグネチャー分類器により、ＴＨとして特性決定される腫瘍（ｎ＝１６）は、ＴＬシグネチャーを有するもの（ｎ＝１８）と比較して、無増悪生存期間を改善している（ＨＲ  ０．１５、９５％  ０．０６〜０．３９、ｐ＝０．０００１）。
【図２Ｂ】ＮＳＣＬＣにおける、喫煙及びペンブロリズマブの奏効を示す。図２Ｂは、喫煙経験者（ｎ＝２８）及び喫煙未経験者（ｎ＝６）の間には、ＰＦＳにおいて有意差がないことを示す（ＨＲ  ０．５２、９５％  ＣＩ  ０．１５〜１．８、ｐ＝０．２９）。
【図３】変異バーデン、臨床奏効、及び変異バーデンに寄与する因子を示す。ヒストグラムに表示された非同義の（暗い網掛け）、同義の（中程度の網掛け）、及び挿入欠失／フレームシフト変異（明るい網掛け）の、各配列決定された腫瘍に対する総エキソン変異バーデン。列は、持続奏効（ＤＣＢ、緑；ＮＤＢ、赤；６ヶ月間の経過観察に未到達（ＮＲ）、青）を示すために網掛けされている。コホート同定（Ｄ、発見；Ｖ、検証）、最良客観的奏効（ＰＲ、部分奏効；ＳＤ、安定；ＰＯＤ、進行）、及び無増悪生存期間（データロック時に打ち切られる）は、表で報告される。継続的な無増悪生存期間のものは、＋＋と標識される。分子喫煙シグネチャーの存在は、ＴＨの症例（紫）及びＴＬの症例（オレンジ）で表示される。特異的ＤＮＡ修復／複製遺伝子における有害な変異の存在は、矢印で表される。
【図４Ａ】候補のネオアンチゲン、ネオアンチゲン特異的Ｔ細胞応答、及びペンブロリズマブの奏効を示す。図４Ａは、配列決定された腫瘍の全セットにわたって、ネオアンチゲンバーデンが、ＮＤＢ（ｎ＝１７）と比較して、ＤＣＢを有する患者（ｎ＝１４）由来の腫瘍においてより大きいことを説明する（中央値２０３対８３、ｐ＝０．００１）。
【図４Ｂ】候補のネオアンチゲン、ネオアンチゲン特異的Ｔ細胞応答、及びペンブロリズマブの奏効を示す。図４Ｂは、より高いネオアンチゲンバーデン（全セット中央値を超える、ｎ＝１７）が、より低いネオアンチゲンバーデン（ｎ＝１７）と比較して、ＰＦＳの改善と相関することを示す（ＨＲ  ０．２３、９５％  ＣＩ  ０．０９〜０．５８、ｐ＝０．００２）。
【図４Ｃ】候補のネオアンチゲン、ネオアンチゲン特異的Ｔ細胞応答、及びペンブロリズマブの奏効を示す。図４Ｃにおいて、上段パネルは、示されたように、処置を開始する前及び開始した後の、肝臓転移の代表的なコンピュータ断層撮影（ＣＴ）画像を示す。図４Ｃの中段パネルは、腫瘍バーデンの低下を示す。図４Ｃの下段パネルが、末梢血中で測定された抗ＨＥＲＣ１  Ｐ＞Ｓ  ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を示す。
【図４Ｄ】候補のネオアンチゲン、ネオアンチゲン特異的Ｔ細胞応答、及びペンブロリズマブの奏効を示す。図４Ｄは、黒で示された両方が正の位置の事象により表される、ＨＥＲＣ１  Ｐ＞Ｓ  ネオアンチゲン（ＡＳＮＡＳＳＡＡＫ）を認識する連続収集された自己アナログＰＢＬ中のＣＤ８＋Ｔ細胞集団が、ペンブロリズマブの開始後に検出されたことを示す。パーセンテージは、総ＣＤ８細胞のうちのＣＤ８＋  ＭＨＣ多量体＋細胞を示す。
【図４Ｅ】候補のネオアンチゲン、ネオアンチゲン特異的Ｔ細胞応答、及びペンブロリズマブの奏効を示す。図４Ｅは、細胞内サイトカイン染色により検出されるような、ＷＴ  ＨＥＲＣ１ペプチド（黒）対、変異体ＨＥＲＣ１  Ｐ＞Ｓネオアンチゲン（赤）対、無刺激（青）に対する自己Ｔ細胞応答を示す。それぞれＩＦＮγ及びＣＤ８、ＴＮＦα、ＣＤ１０７ａ、ならびにＭＩＰ１βについてのＴ細胞同時染色は、６３日目及び２９７日目の時点に対して表示される。
【図５】標的エクソーム配列のカバレッジ及び深度。配列決定されたエクソームのカバレッジ及び深度は、検証コホートと比較して発見コホートにおいて類似しており、持続的効果（ＮＤＢ）なしのものと比較して持続的臨床効果（ＤＣＢ）ありのものにおいて類似している。
【図６】エクソーム分析パイプラインを示す。
【図７Ａ】現在の研究及び公開された一連のＮＳＣＬＣにおける変異中央値及び四分位範囲を示す（１３、１４）。図７Ａは、体細胞非同義変異バーデンを示す。
【図７Ｂ】現在の研究及び公開された一連のＮＳＣＬＣにおける変異中央値及び四分位範囲を示す（１３、１４）。図７Ｂは、全エキソン変異を示す。
【図８】配列決定された腫瘍におけるヌクレオチド変化のパターンを示す。ペンブロリズマブで処置したＮＳＣＬＣのヌクレオチド変化のスペクトル及び頻度は、非小細胞肺癌に特有である。
【図９】非同義変異におけるヌクレオチド変化の分布を示す。ペンブロリズマブで処置された配列決定されたＮＳＣＬＣの全セットにわたって、Ｃ＞Ｔトランジションが、ＮＤＢのもの（＊ｐ＝０．０１を表す）においてより頻度が高いが、Ｃ＞Ａトランスバージョンは、ＤＣＢを有するものにおいてより頻度が高い。
【図１０】ネオアンチゲン分析パイプラインを示す。^全ての工程は、予測された野生型及び変異体について実行される。ＮｅｔＭＨＣｖ３．４による＊ＭＨＣクラスＩ予測。
【図１１】ＨＬＡ型及びペンブロリズマブに対する効果を示す。任意の特異的ＨＬＡ対立遺伝子の存在とペンブロリズマブからの効果との間には明らかな関連性はなかった。
【図１２】ネオアンチゲン及び最良客観的奏効を表す。予測されたネオアンチゲンの絶対量は、最良総合効果と相関する（Ｓｐｅａｒｍａｎ  ρ  −０．４３、９５％  ＣＩ  −０．６８〜−０．１０、ｐ＝０．０１）が、ネオアンチゲン／非同義変異の頻度は、相関しない（Ｓｐｅａｒｍａｎ  ρ  −０．０４、９５％  ＣＩ  −０．３９〜０．３０、ｐ＝０．７８）。
【図１３Ａ】増殖後に、無刺激対照と対比した、野生型または変異ペプチドを用いた末梢血単核細胞の刺激は、変異ペプチドに対してのみ多機能性ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を示すことを実証する。図１３Ａは、療法の開始後６３日目及び２９７日目ＣＤ３＋ＣＤ８＋Ｔ細胞によるネオアンチゲン誘導性ＩＦＮγ産生を示す。
【図１３Ｂ】増殖後に、無刺激対照と対比した、野生型または変異ペプチドを用いた末梢血単核細胞の刺激は、変異ペプチドに対してのみ多機能性ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を示すことを実証する。図１３Ｂは、無刺激または野生型と対比した、変異ペプチドで刺激された時のＣＤ３＋ＣＤ８＋ＩＦＮγ＋細胞におけるＣＤ１０７ａの同時染色を示す。
【図１３Ｃ】増殖後に、無刺激対照と対比した、野生型または変異ペプチドを用いた末梢血単核細胞の刺激は、変異ペプチドに対してのみ多機能性ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を示すことを実証する。図１３Ｃは、無刺激または野生型と対比した、変異ペプチドで刺激された時のＣＤ３＋ＣＤ８＋ＩＦＮγ＋細胞におけるＭＩＰ−１βの同時染色を示す。
【図１３Ｄ】増殖後に、無刺激対照と対比した、野生型または変異ペプチドを用いた末梢血単核細胞の刺激は、変異ペプチドに対してのみ多機能性ＣＤ８＋Ｔ細胞応答を示すことを実証する。図１３Ｄは、無刺激または野生型と対比した、変異ペプチドで刺激された時のＣＤ３＋ＣＤ８＋ＩＦＮγ＋細胞におけるＴＮＦ−αの同時染色を示す。
【図１４Ａ】ＤＮＡ質メトリクスを示す。
【図１４Ｂ】ＤＮＡ質メトリクスを示す。
【図１４Ｃ】ＤＮＡ質メトリクスを示す。
【図１４Ｄ】ＤＮＡ質メトリクスを示す。
【図１４Ｅ】ＤＮＡ質メトリクスを示す。
【図１４Ｆ】ＤＮＡ質メトリクスを示す。
【図１４Ｇ】ＤＮＡ質メトリクスを示す。
【図１４Ｈ】ＤＮＡ質メトリクスを示す。
【図１４Ｉ】ＤＮＡ質メトリクスを示す。
【図１４Ｊ】ＤＮＡ質メトリクスを示す。
【図１４Ｋ】ＤＮＡ質メトリクスを示す。
【図１４Ｌ】ＤＮＡ質メトリクスを示す。
【図１４Ｍ】ＤＮＡ質メトリクスを示す。
【図１４Ｎ】ＤＮＡ質メトリクスを示す。
【図１４Ｏ】ＤＮＡ質メトリクスを示す。
【図１４Ｐ】ＤＮＡ質メトリクスを示す。
【図１４Ｑ】ＤＮＡ質メトリクスを示す。
【図１５】臨床及びゲノム特性をまとめた表を示す。
【図１６】非同義の全エキソン変異バーデン、及びペンブロリズマブに対する臨床的有効性との関連性を実証する表を示す。独立して分析した非同義変異バーデンは、確定されたＯＲＲ、ＤＣＢ、及びＰＦＳの改善と有意に相関する（検証コホートの場合ＯＲＲを除く、ｐ＝０．３３）。臨床的有効性は、配列決定されたＮＳＣＬＣの全セットにおける非同義変異バーデンと強く相関する。高い総エキソン変異バーデンは臨床的有効性の改善との相関があまり強くない。^３人の患者が現在治療を受けており、６ヶ月の経過観察にまだ到達していないことを表し；そのため、これらの患者は、ＤＣＢ／ＮＤＢ計算に含まれず、分子及び分母から取り除かれる。
【図１７−１】個々の患者の詳細な臨床及びゲノム特性の表を示す。
【図１７−２】図１７−１の説明を参照のこと。
【図１８−１】全てのサンプルに対する質メトリクスの表を示す。
【図１８−２】図１８−１の説明を参照のこと。
【図１９】分子喫煙シグネチャー、非同義変異バーデン、及びネオアンチゲンバーデンの相関を示す。図１９Ａは、各腫瘍についての分子喫煙シグネチャー、変異、及びネオアンチゲンバーデンの間の関係を表示するハイブプロット（ｈｉｖｅ  ｐｌｏｔ）を示す。赤線は、トランスバージョンの少ない（ｔｒａｎｓｖｅｒｓｉｏｎ  ｌｏｗ）腫瘍を表し、青線は、トランスバージョンの多い（ｔｒａｎｓｖｅｒｓｉｏｎ  ｈｉｇｈ）腫瘍を表す。トランスバージョンの少ない腫瘍は、トランスバージョンの多い腫瘍と比較して、有意に少ない変異及び有意に少ない低いネオアンチゲンバーデンを有する（両方ともＭａｎｎ  Ｗｈｉｔｎｅｙ  ｐ＜０．０００１）。非同義変異バーデンは、ネオアンチゲンバーデンと相関する（Ｓｐｅａｒｍａｎ  ρ  ０．９１、９５％  ＣＩ  ０．８３〜０．９６、ｐ＜０．０００１）。図１９Ｂでは、このハイブプロットは、各腫瘍についての、煙草消費のパックイヤー、変異、及びネオアンチゲンバーデンの間の関係を表示する。赤線は、軽度喫煙者／喫煙未経験者（コホートのパックイヤー中央値２５以下）を表し、青線は、重度喫煙者（パックイヤー２５超）を表す。パックイヤーと非同義変異バーデン（Ｓｐｅａｒｍａｎ  ρ  ０．３１、９５％  ＣＩ  −０．０５〜０．５９、ｐ＝０．０８）との間に、及びパックイヤーとネオアンチゲンバーデン（Ｓｐｅａｒｍａｎ  ρ  ０．３５、９５％  ＣＩ  ０〜０．６２、ｐ＝０．０４）との間に、中程度の相関が見られる。
【図２０】ネオアンチゲン特異的Ｔ細胞の免疫表現型を示す。左パネルでは、４４日目由来の末梢血リンパ球（ＰＢＬ）は、記載されているように、２色ＭＨＣ多量体染色を使用したＨＥＲＣ１  Ｐ３２７８Ｓネオアンチゲン（ＡＳＮＡＳＳＡＡＫ）反応性Ｔ細胞を同定するために使用された。ネオアンチゲン特異的Ｔ細胞は、ダブルポジティブ位置における事象により表される。ＨＥＲＣ１  Ｐ３２７８Ｓネオアンチゲン特異的Ｔ細胞（上段パネル）及びバルクＣＤ８＋Ｔ細胞（下段パネル）の染色のフローサイトメトリードットプロットは、示された表現型マーカーの発現を示す。
【図２１−１】ネオエピトープ配列を示す。図２１は、とりわけ、免疫原性変異、ＨＬＡ型ネオアンチゲン、及び予測されたＭＨＣ結合のリストを含む。
【図２１−２】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−３】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−４】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−５】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−６】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−７】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−８】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−９】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１０】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１１】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１２】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１３】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１４】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１５】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１６】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１７】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１８】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１９】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−２０】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−２１】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−２２】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−２３】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−２４】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−２５】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−２６】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−２７】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−２８】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−２９】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−３０】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−３１】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−３２】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−３３】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−３４】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−３５】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−３６】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−３７】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−３８】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−３９】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−４０】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−４１】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−４２】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−４３】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−４４】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−４５】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−４６】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−４７】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−４８】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−４９】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−５０】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−５１】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−５２】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−５３】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−５４】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−５５】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−５６】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−５７】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−５８】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−５９】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−６０】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−６１】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−６２】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−６３】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−６４】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−６５】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−６６】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−６７】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−６８】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−６９】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−７０】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−７１】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−７２】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−７３】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−７４】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−７５】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−７６】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−７７】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−７８】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−７９】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−８０】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−８１】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−８２】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−８３】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−８４】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−８５】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−８６】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−８７】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−８８】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−８９】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−９０】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−９１】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−９２】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−９３】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−９４】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−９５】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−９６】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−９７】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−９８】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−９９】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１００】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１０１】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１０２】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１０３】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１０４】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１０５】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１０６】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１０７】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１０８】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１０９】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１１０】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１１１】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１１２】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１１３】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１１４】図２１−１の説明を参照のこと。
【図２１−１１５】図２１−１の説明を参照のこと。
【発明を実施するための形態】
【００３１】
定義
本発明がより容易に理解されるために、特定の用語が以下に定義される。特定の用語が、本明細書の他の箇所で提供されてもよく、かつ／または文脈から明らかになるであろうことを、当業者らは理解するであろう。
【００３２】
投与：本明細書で使用される場合、用語「投与」は、組成物の対象への投与を指す。投与は、任意の適切な経路によるものであってよい。例えば、一部の実施形態では、投与は、気管支（気管支点滴注入によるものを含む）、口腔、経腸、皮膚間、動脈内、皮内、胃内、髄内、筋肉内、鼻腔内、腹腔内、髄腔内、静脈内、脳室内、経粘膜、経鼻、経口、直腸、皮下、舌下、局所、気管内（気管内注入によるものを含む）、経皮、膣、及び硝子体であってよい。
【００３３】
親和性：当該分野で既知のように、「親和性」は、特定のリガンドがそのパートナーに結合する堅固さの尺度である。親和性は、異なる手段で測定することができる。一部の実施形態では、親和性は、定量的アッセイにより測定される。一部のこのような実施形態では、結合パートナーの濃度は、生理学的条件を模倣するために、リガンド濃度を超えるように固定されてもよい。代替的または追加的には、一部の実施形態では、結合パートナーの濃度及び／またはリガンド濃度は変動させてもよい。一部のこのような実施形態では、親和性は、同等の条件（例えば、濃度）下で参照と比較されてもよい。
【００３４】
アミノ酸：本明細書で使用される場合、用語「アミノ酸」は、その最も広い意味において、ポリペプチド鎖に組み込むことができる任意の化合物及び／または物質を指す。一部の実施形態では、アミノ酸は、一般構造Ｈ２Ｎ−Ｃ（Ｈ）（Ｒ）−ＣＯＯＨを有する。一部の実施形態では、アミノ酸は、天然のアミノ酸である。一部の実施形態では、アミノ酸は、合成アミノ酸であり；一部の実施形態では、アミノ酸は、ｄ−アミノ酸であり；一部の実施形態では、アミノ酸はｌ−アミノ酸である。「標準アミノ酸」は、天然のペプチドに一般に見られる２０種のｌ−アミノ酸のいずれかを指す。「非標準アミノ酸」とは、それが合成的に調製されるか、または天然の供給源から得られるかにかかわらず、標準アミノ酸以外の任意のアミノ酸を指す。本明細書で使用される場合、「合成アミノ酸」は、塩、アミノ酸誘導体（例えば、アミド）及び／または置換体を含むがこれらに限定されない、化学的に修飾されたアミノ酸を包含する。ペプチドにおけるカルボキシ末端及び／またはアミノ末端のアミノ酸を含むアミノ酸は、メチル化、アミド化、アセチル化、保護基、及び／またはそれらの活性に悪影響を及ぼすことなくペプチドの循環半減期を変化させることができる他の化学基での置換により修飾することができる。アミノ酸は、ジスルフィド結合に関与することがある。アミノ酸は、１つ以上の化学物質（例えば、メチル基、酢酸基、アセチル基、リン酸基、ホルミル部分、イソプレノイド基、硫酸基、ポリエチレングリコール部分、脂質部分、炭水化物部分、ビオチン部分など）との会合などの、１つの翻訳後の修飾または複数の翻訳後の修飾を含むことがある。用語「アミノ酸」は、「アミノ酸残基」と同じ意味で使用され、遊離アミノ酸及び／またはペプチドのアミノ酸残基を指すことがある。用語が遊離アミノ酸を指すのか、またはペプチドの残基を指すのかは、それが使用される文脈から明らかとなるであろう。
【００３５】
抗体作用物質：本明細書で使用される場合、用語「抗体作用物質」は、特定の抗原に特異的に結合する作用物質を指す。一部の実施形態では、用語は、特異的結合を付与するのに十分である免疫グロブリン構造要素を有する任意のポリペプチドを包含する。好適な抗体作用物質としては、ヒト抗体、霊長類化抗体、キメラ抗体、二重特異性抗体、ヒト化抗体、コンジュゲート抗体（すなわち、他のタンパク質、放射性標識、細胞毒素にコンジュゲートまたは融合された抗体）、Ｓｍａｌｌ  Ｍｏｄｕｌａｒ  ＩｍｍｕｎｏＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ（「ＳＭＩＰｓ（商標）」）、一本鎖抗体、ラクダ科抗体、及び抗体フラグメントが挙げられるが、これらに限定されない。本明細書で使用される場合、用語「抗体作用物質」は、インタクトなモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、単一ドメイン抗体（例えば、サメの単一ドメイン抗体（例えば、ＩｇＮＡＲまたはそのフラグメント））、少なくとも２つのインタクトな抗体から形成される多重特異性抗体（例えば、二重特異性抗体）、及び所望の生物活性を示す限り、抗体断片、も含む。一部の実施形態では、用語は、ステープルペプチドを包含する。一部の実施形態では、用語は、１つ以上の抗体様結合ペプチド模倣薬を包含する。一部の実施形態では、用語は、１つ以上の抗体様結合足場タンパク質を包含する。一部の実施形態では、用語は、モノボディ（ｍｏｎｏｂｏｄｙ）またはアドネクチン（ａｄｎｅｃｔｉｎ）を包含する。多くの実施形態では、抗体作用物質は、アミノ酸配列が当業者らにより相補性決定領域（ＣＤＲ）として認識される１つ以上の構造要素を含むポリペプチドであるか、またはこれを含み、一部の実施形態では、抗体作用物質は、アミノ酸配列が参照抗体に見られるものと実質的に同一である少なくとも１つのＣＤＲ（例えば、少なくとも１つの重鎖ＣＤＲ及び／若しくは少なくとも１つの軽鎖ＣＤＲ）を含むポリペプチドであるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、含まれるＣＤＲは、配列が同一であるか、または参照ＣＤＲと比較して１〜５つのアミノ酸置換を含有するかのいずれかであるという点で、参照ＣＤＲと実質的に同一である。一部の実施形態では、含まれるＣＤＲは、参照ＣＤＲと少なくとも８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を示すという点で、参照ＣＤＲと実質的に同一である。一部の実施形態では、含まれるＣＤＲは、参照ＣＤＲと少なくとも９６％、９６％、９７％、９８％、９９％、または１００％の配列同一性を示すという点で、参照ＣＤＲと実質的に同一である。一部の実施形態では、含まれるＣＤＲは、その含まれるＣＤＲ内の少なくとも１つのアミノ酸が、参照ＣＤＲと比較して欠失、付加、または置換されているが、含まれるＣＤＲが、他の点では参照ＣＤＲのものと同一であるアミノ酸配列を有するという点で、参照ＣＤＲと実質的に同一である。一部の実施形態では、含まれるＣＤＲは、含まれるＣＤＲ内の１〜５つのアミノ酸が、参照ＣＤＲと比較して欠失、付加、または置換されているが、含まれるＣＤＲが、他の点では参照ＣＤＲと同一であるアミノ酸��列を有するということにおいて、参照ＣＤＲと実質的に同一である。一部の実施形態では、含まれるＣＤＲは、その含まれるＣＤＲ内の少なくとも１つのアミノ酸が、参照ＣＤＲと比較して置換されているが、含まれるＣＤＲが、他の点では参照ＣＤＲのものと同一であるアミノ酸配列を有するという点では、参照ＣＤＲと実質的に同一である。一部の実施形態では、含まれるＣＤＲは、含まれるＣＤＲ内の１〜５つのアミノ酸が、参照ＣＤＲと比較して欠失、付加、または置換されているが、含まれるＣＤＲが、他の点では参照ＣＤＲと同一であるアミノ酸配列を有するということにおいて、参照ＣＤＲと実質的に同一である。一部の実施形態では、抗体作用物質は、アミノ酸配列が当業者らにより免疫グロブリン可変ドメインとして認識される構造要素を含むポリペプチドであるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、抗体作用物質は、免疫グロブリン結合ドメインと相同またはほぼ相同である結合ドメインを有するポリペプチドタンパク質である。
【００３６】
抗体ポリペプチド：本明細書で使用される場合、同じ意味で使用され得る用語「抗体ポリペプチド」若しくは「抗体」または「その抗原結合フラグメント」は、エピトープに結合することができるポリペプチドを指す。特定の実施形態では、抗体ポリペプチドは、全長抗体であり、一部の実施形態では、全長未満であるが、少なくとも１つの結合部位（抗体「可変領域」の構造を有する少なくとも１つ、好ましくは少なくとも２つの配列を含む）を含む。一部の実施形態では、用語「抗体ポリペプチド」は、免疫グロブリン結合ドメインと相同、または、ほぼ相同である結合ドメインを有する任意のタンパク質を包含する。特定の実施形態では、「抗体ポリペプチド」は、免疫グロブリン結合ドメインと少なくとも９９％の同一性を示す結合ドメインを有するポリペプチドを包含する。一部の実施形態では、「抗体ポリペプチド」は、免疫グロブリン結合ドメイン、例えば、参照免疫グロブリン結合ドメインと少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、または９５％の同一性を示す結合ドメインを有する任意のタンパク質である。含まれる「抗体ポリペプチド」は、天然の供給源に見出される抗体のものと同一のアミノ酸配列を有することがある。本発明による抗体ポリペプチドは、例えば、天然の供給源若しくは抗体ライブラリーからの単離、宿主系内での若しくはこれを用いた組換え産生、化学合成など、またはこれらの組み合わせを含めた任意の利用可能な手段により調製されてもよい。抗体ポリペプチドは、モノクローナルまたはポリクローナルであってよい。抗体ポリペプチドは、ヒトクラス：ＩｇＧ、ＩｇＭ、ＩｇＡ、ＩｇＤ、及びＩｇＥのいずれかを含む任意の免疫グロブリンクラスのメンバーであってよい。特定の実施形態では、抗体は、ＩｇＧ免疫グロブリンクラスのメンバーであってよい。本明細書で使用される場合、用語「抗体ポリペプチド」または「抗体の特性部分」は、同じ意味で使用され、目的のエピトープに結合する能力を有する抗体の任意の誘導体を指す。特定の実施形態では、「抗体ポリペプチド」は、全長抗体の特異的結合能の少なくとも重要な部分を保持する抗体フラグメントである。抗体フラグメントの例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、ｓｃＦｖ、Ｆｖ、ｄｓＦｖダイアボディ、及びＦｄフラグメントが挙げられるが、これらに限定されない。代替的または追加的には、抗体フラグメントは、例えば、ジスルフィド連結により一緒に連結された複数の鎖を含むことがある。一部の実施形態では、抗体ポリペプチドは、ヒト抗体であってよい。一部の実施形態では、抗体ポリペプチドは、ヒト化であってよい。ヒト化抗体ポリペプチドは、非ヒト免疫グロブリンに由来する最少配列を含有するキメラ免疫グロブリン、免疫グロブリン鎖、または抗体ポリペプチド（例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、または抗体の他の抗原結合部分配列）であることがある。一般に、ヒト化抗体は、レシピエントの相補性決定領域（ＣＤＲ）由来の残基が、所望の特異度、親和性、及び能力を有する非ヒト種（ドナー抗体）、マウス、ラット、またはウサギなどのＣＤＲに由来する残基によって置換されているヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。特定の実施形態では、本発明に従って使用する抗体ポリペプチドは、免疫チェックポイント分子上の特定のエピトープに結合する。
【００３７】
抗原：「抗原」は、抗体が結合する分子または物質である。一部の実施形態では、抗原は、ポリペプチド若しくはその部分であるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、抗原は、抗体により認識される感染性因子の一部である。一部の実施形態では、抗原は、免疫応答を誘発する作用物質；及び／あるいは（ｉｉ）（例えば、ＭＨＣ分子によって提示された時に）Ｔ細胞受容体により結合され、または生体に曝露若しくは投与された時に（例えば、Ｂ細胞によって産生される）抗体に結合する作用物質である。一部の実施形態では、抗原は、生体に体液性応答（例えば、抗原特異的抗体の産生を含む）を誘発し、代替的または追加的には、一部の実施形態では、抗原は、生体に細胞応答（例えば、受容体が抗原と特異的に相互作用するＴ細胞を含む）を誘発する。当業者らにより、特定の抗原が、標的生体種の全てのメンバーにおいてではなく、標的生体（例えば、マウス、ウサギ、霊長類、ヒト）の１つ以上のメンバーにおいて、免疫応答を誘発することがあることが認識されるであろう。一部の実施形態では、抗原は、標的生体種のメンバーの少なくとも約２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％において免疫応答を誘発する。一部の実施形態では、抗原は、抗体及び／またはＴ細胞受容体に結合し、生体における特定の生理学的応答を誘導することもしないこともある。一部の実施形態では、例えば、抗原は、このような相互作用がインビボで起こるかどうかによらず、インビトロで抗体及び／またはＴ細胞受容体に結合することがある。一般に、抗原は、［生物学的ポリマー以外（例えば、核酸またはアミノ酸ポリマー以外）の一部の実施形態では］例えば、小分子、核酸、ポリペプチド、炭水化物、脂質、ポリマーなどの任意の化学物質であるかまたはこれを含むことがある。一部の実施形態では、抗原は、ポリペプチドであるかまたはこれを含む。一部の実施形態では、抗原は、グリカンであるかまたはこれを含む。一般に、抗原が、単離された若しくは純粋な形態で提供されてもよい、または、代替的に粗形態で（例えば、抽出物、例えば、抗原含有源の細胞抽出物若しくは他の比較的粗製の調製物において、例えば、他の材料と一緒に）提供されてもよいことを、当業者らは認識するであろう。一部の実施形態では、本発明に従って利用される抗原は、粗形態で提供される。一部の実施形態では、抗原は、組換え抗原であるかまたはこれを含む。
【００３８】
およそ：本明細書で使用される場合、１つ以上の目的の値に適用されるような用語「およそ」または「約」は、記載される参照値に類した値を指す。特定の実施形態では、用語「およそ」または「約」は、別途記載のない限りまたは別途文脈から明らかでない限り（このような数が可能な値の１００％を超えるであろう場合を除き）、記載される参照値のいずれかの方向（超えるまたはより少ない）において、２５％、２０％、１９％、１８％、１７％、１６％、１５％、１４％、１３％、１２％、１１％、１０％、９％、８％、７％、６％、５％、４％、３％、２％、１％、またはそれ未満に入る値の範囲を指す。
【００３９】
バーデン：例えば、変異バーデンまたはネオアンチゲンバーデンに関して本明細書で使用される用語「バーデン」は、サンプルまたはコホート中の、一部の実施形態では、参照サンプルまたはコホートで観察されるものと比較した、（例えば、変異またはネオアンチゲンの）数または比率を指す。
【００４０】
併用療法：用語「併用療法」は、本明細書で使用される場合、対象が同時に両方の薬剤に曝露されるように、２つ以上の異なる医薬品が重複するレジメンで投与される状態を指す。併用療法で使用される場合、２つ以上の異なる薬剤は同時にまたは別々に投与されてもよい。この併用投与は、同じ剤形での２つ以上の薬剤の同時投与、別々の剤形での同時投与、及び別々の投与を含むことができる。すなわち、２つ以上の薬剤は、同じ剤形で一緒に製剤化し、同時に投与することができる。代替的に、２つ以上の薬剤は、同時に投与することができ、薬剤は、別々の製剤中に存在する。別の代替案では、第１の薬剤を投与し、すぐに続いて、１つ以上の追加の薬剤を投与することができる。別々の投与プロトコールでは、２つ以上の薬剤は、数分間隔、または数時間間隔、または数日間隔で投与されてもよい。
【００４１】
同等の：用語「同等の」は、得られた結果または観察された現象の比較を可能にするのに、互いに十分類似している条件、状況、個体、または集団の２つ（以上）のセットを記載するために、本明細書で使用される。一部の実施形態では、条件、状況、個体、または集団の同等のセットは、複数の実質的に同一の特徴及び１つまたは少数の異なる特徴により特性決定される。状況、個体、もしくは集団の異なるセットの下でまたはこれらの異なるセットにより得られた結果または観察された現象の差異は異なる特徴の変動により引き起こされるというまたはこの特徴の変動を示唆するという合理的な結論を保証するのに十分な数及びタイプの実質的に同一である特徴により、特性決定される場合、状況、個体、または集団のセットは互いに同等であることを、当業者らは認識するであろう。本明細書中で使用される相対的な言語（例えば、強化された、活性化された、低減した、阻害された、など）は通常、同等の条件下でなされた比較を指すであろうことを、当業者らは認識するであろう。
【００４２】
コンセンサス配列：本明細書で使用される場合、用語「コンセンサス配列」は、生理学的現象（例えば、免疫応答）を誘発または駆動するコア配列を指す。感染性因子の抗原を有する「コンセンサス配列」を共有する癌細胞は、抗原のＭＨＣ分子に対する結合親和性（直接若しくはアロステリックのいずれかで）影響を与え、かつ／またはＴ細胞受容体による認識を容易にするアミノ酸配列の一部を共有することが、当業者らにより理解されるべきである。一部の実施形態では、コンセンサス配列はテトラペプチドである。一部の実施形態では、コンセンサス配列はノナペプチドである。一部の実施形態では、コンセンサス配列は、長さがアミノ酸４〜９個である。一部の実施形態では、コンセンサス配列は、長さがアミノ酸９個超である。
【００４３】
診断情報：本明細書で使用される場合、診断情報または診断で使用される情報は、疾患または状態を患者が有するかどうかを判定すること、及び／あるいは、疾患または状態を、表現型カテゴリー、あるいは、疾患若しくは状態の予後、または疾患若しくは状態の処置（一般の処置若しくは任意の特定の処置のいずれか）の可能な奏効に関し有意性を有する任意のカテゴリーに分類すること、において有用である任意の情報である。同様に、診断は、対象が、疾患若しくは状態（例えば、癌）を有する可能性があるかどうか、対象に現れるような疾患若しくは状態の状況、ステージング、若しくは特性、腫瘍の性質若しくは分類に関する情報、予後に関する情報、及び／または適切な処置の選択に有用な情報を含むがこれらに限定されない任意のタイプの診断情報を提供することを指す。処置の選択は、特定の治療薬（例えば、化学療法薬）または他の処置様式、例えば、手術、照射などの選択；療法を差し控えるか、または提供するかについての選択；投与レジメン（例えば、１つ以上の投与量の特定の治療薬または治療薬の組み合わせの頻度またはレベル）に関する選択などを含んでもよい。
【００４４】
投与レジメン：「投与レジメン」（または「治療レジメン」）は、その用語が本明細書で使用される場合、通常、期間により隔てられる、対象に個別に投与される単位投与量のセット（通常は複数）である。一部の実施形態では、所与の治療薬は、１つ以上の投与量を含み得る、推奨される投与レジメンを有する。一部の実施形態では、投与レジメンは、それぞれが同じ長さの期間によって互いに隔てられる複数の投与量を含む；一部の実施形態では、投与レジメンは、複数の投与量及び個々の投与量を隔てる少なくとも２つの異なる期間を含む。一部の実施形態では、投与レジメンは、患者の集団全体に投与される場合、所望の治療転帰であるか、またはこれと相関している。
【００４５】
持続的臨床効果：本明細書で使用される場合、用語「持続的臨床効果」（ＤＣＢ）は、適切な期間続く臨床効果を指す当該技術分野で理解されている意味を有する。一部の実施形態では、このような臨床効果は、腫瘍サイズの低減、無増悪生存期間の延長、全生存期間の延長、全腫瘍バーデンの減少、痛み、臓器不全、出血、骨格系への損傷、及び他の関連する転移性癌の後遺症などの腫瘍成長により引き起こされる症状の減少、ならびにそれらの組み合わせであるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、適切な期間は、少なくとも１ヶ月、２ヶ月、３ヶ月、４ヶ月、５ヶ月、６ヶ月、７ヶ月、８ヶ月、９ヶ月、１０ヶ月、１１ヶ月、１年、２年、３年、４年、５年、またはそれ以上である。一部の特定の実施形態では、適切な期間は、６ヶ月である。
【００４６】
好ましい奏効：本明細書で使用される場合、用語、「好ましい奏効」は、１つ以上の症状の頻度及び／若しくは強度の低減、腫瘍バーデンの低減、完全若しくは部分的寛解、または疾患の病態生理学の他の改善を指す。特定の疾患、障害、または状態の１つ以上の症状の大きさ（例えば、強度、重症度など）及び／または頻度が低減する場合、症状が低減する。明確にするために、特定の症状の発症の遅延は、その症状の頻度を低減させることの一形態と考えられる。より小さい腫瘍を有する多くの癌患者は、症状がない。本発明は、症状が排除される症例のみに限定されることを意図するものではない。本発明は特に、１つ以上の症状が、完全に排除されないまでも、低減する（及び対象の状態が、それにより「改善される」）ような処置を意図する。一部の実施形態では、好ましい奏効は、適切な集団全体に投与された時に、特定の治療レジメンが、統計学的に有意な効果を示す場合に確立され；特定の個体にもたらされる特定の結果の実証が必要とされないことがある。従って、一部の実施形態では、特定の治療レジメンは、それの投与が適切な所望の関連効果に相関する場合に、好ましい奏効を有していると決定される。
【００４７】
相同性：本明細書中で使用される場合、用語「相同性」は、ポリマー分子間、例えば、核酸分子（例えば、ＤＮＡ分子及び／若しくはＲＮＡ分子）間、ならびに／またはポリペプチド分子間の全関連性を指す。一部の実施形態では、ポリマー分子は、配列が、少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％同一である場合、互いに「相同」であると考えられる。一部の実施形態では、ポリマー分子は、配列が、少なくとも２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、または９９％類似である場合、互いに「相同」であると考えられる。
【００４８】
同一性：本明細書中で使用される場合、用語「同一性」は、ポリマー分子間、例えば、核酸分子（例えば、ＤＮＡ分子及び／若しくはＲＮＡ分子）間、ならびに／またはポリペプチド分子間の全関連性を指す。例えば、２つの核酸配列のパーセント同一性の計算は、最適な比較のための２つの配列をアラインメントすることにより実施することができる（例えば、ギャップは、最適なアラインメントのために第１及び第２の核酸配列の一方または両方に導入することができ、非同一性配列は、比較のために無視することができる）。特定の実施形態では、比較のためにアラインメントされる配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも３０％、少なくとも４０％、少なくとも５０％、少なくとも６０％、少なくとも７０％、少なくとも８０％、少なくとも９０％、少なくとも９５％、または実質的に１００％である。次に、対応するヌクレオチドの位置のヌクレオチドが比較される。第１の配列の位置が第２の配列の対応する位置と同じヌクレオチドにより占められる場合、分子はその位置で同一である。２つの配列間のパーセント同一性は、２つの配列の最適なアラインメントのために導入される必要があるギャップの数及び各ギャップの長さを考慮すると、配列により共有される同一の位置の数の関数である。２つの配列間の配列の比較及びパーセント同一性の決定は、数学的アルゴリズムを使用して達成することができる。例えば、２つのヌクレオチド配列間のパーセント同一性は、ＰＡＭ１２０重み付き残差法の表、１２のギャップ長ペナルティ、及び４のギャップペナルティを使用するＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれているＭｅｙｅｒｓ及びＭｉｌｌｅｒのアルゴリズム（ＣＡＢＩＯＳ，１９８９，４：１１−１７）を使用して判定することができる。代替的に、２つのヌクレオチド配列間のパーセント同一性は、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリックスを使用するＧＣＧソフトウエアパッケージ中のＧＡＰプログラムを使用して判定することができる。
【００４９】
免疫チェックポイント調節因子：本明細書で使用される場合、用語「免疫チェックポイント調節因子は、免疫チェックポイントと直接的または間接的に相互作用する作用物質を指す。一部の実施形態では、免疫チェックポイント調節因子は、例えばＴ細胞活性化のための陽性シグナルを刺激することにより、免疫エフェクター応答（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞応答）を増大させる。一部の実施形態では、免疫チェックポイント調節因子は、例えばＴ細胞活性化のための陰性シグナルを阻害すること（例えば阻害剤除去）により、免疫エフェクター応答（例えば、細胞傷害性Ｔ細胞応答）を増大させる。一部の実施形態では、免疫チェックポイント調節因子は、Ｔ細胞アネルギーのためのシグナルを妨げる。一部の実施形態では、チェックポイント調節因子は、１つ以上の抗原に対する免疫寛容を低減、除去、または防止する。
【００５０】
長期効果：一般に、用語「長期効果」は、例えば、特定の処置または目的の療法を施した後に観察される望ましい臨床転帰を指し、それは、臨床的に適切な期間維持される。一部の実施形態では、ほんの一例を挙げると、癌療法の長期効果は、（１）疾患の証拠がないこと（「ＮＥＤ」、例えば、放射線学的評価）及び／または（２）疾患の体積の安定若しくは減少であるか、あるいはこれを含む。一部の実施形態では、臨床的に適切な期間は、少なくとも１ヶ月、少なくとも２ヶ月、少なくとも３ヶ月、少なくとも４ヶ月、少なくとも５ヶ月、またはそれ以上である。一部の実施形態では、臨床的に適切な期間は、少なくとも６ヶ月である。一部の実施形態では、臨床的に適切な期間は、少なくとも１年である。
【００５１】
マーカー：マーカーは、本明細書で使用される場合、存在またはレベルが特定の腫瘍またはその転移性疾患の特性である作用物質を指す。例えば、一部の実施形態では、用語は、特定の腫瘍、腫瘍サブクラス、腫瘍のステージなどの特性のある遺伝子発現産物を指す。代替的または追加的には、一部の実施形態では、特定のマーカーの存在またはレベルは、例えば、腫瘍の特定のクラスの特性を示し得る特定のシグナル伝達経路の活性（または活性レベル）に相関する。マーカーの存在または不存在の統計的有意性は、特定のマーカーに応じて変化し得る。一部の実施形態では、マーカーの検出は、腫瘍が特定のサブクラスのものである高い確率を反映するという点で非常に特異的である。このような特異度は、感度を犠牲にして生じることがある（すなわち、腫瘍が、そのマーカーを発現すると予想される腫瘍であっても、陰性の結果が生じることがある）。反対に、高度の感度を有するマーカーは、感度のより低いものよりも特異度が低いことがある。本発明によれば、有用なマーカーは、１００％の精度で特定のサブクラスの腫瘍を区別する必要はない。
【００５２】
調節因子：用語「調節因子」は、調節因子が存在しない場合に他の点では同等の条件下で観察されるものと比較して、目的の活性が観察される系における物質の存在が、その活性のレベル及び／または性質の変化と相関する物質を指すため使用される。一部の実施形態では、調節因子は、調節因子が存在しない場合に他の点では同等の条件下で観察されるものと比較して、活性が、その存在下で増大するという点で、アクチベーターである。一部の実施形態では、調節因子は、調節因子が存在しない場合に他の点では同等の条件下で観察されるものと比較して、活性が、その存在下で低減するという点で、阻害剤である。一部の実施形態では、調節因子は、活性が目的のものである標的物質と直接相互作用する。一部の実施形態では、調節因子は、その活性が目的である標的物質と間接的に（すなわち、標的物質と相互作用する中間物質と直接的に）相互作用する。一部の実施形態では、調節因子は、目的の標的物質のレベルに影響を与えるか；代替的または追加的に、一部の実施形態では、調節因子は、標的物質のレベルに影響を与えることなく、目的の標的物質の活性に影響を与える。一部の実施形態では、調節因子は、目的の標的物質のレベル及び活性の両方に影響を与えるので、観察される活性の差異は、観察されるレベルの差異により完全には説明されないか、またはこれと相応するものではない。
【００５３】
変異：本明細書で使用される場合、用語「変異」は、遺伝子を構成するＤＮＡ配列の永続的な変化を指す。一部の実施形態では、変異は、単一のＤＮＡビルディングブロック（ＤＮＡ塩基）から染色体の大きなセグメントまでの大きさの範囲である。一部の実施形態では、変異は、ミスセンス変異、フレームシフト変異、重複、挿入、ナンセンス変異、欠失、及びリピート伸長を含むことができる。一部の実施形態では、ミスセンス変異は、遺伝子により作られるタンパク質において、あるアミノ酸の別のアミノ酸への置換をもたらす、１つのＤＮＡ塩基対の変化である。一部の実施形態では、ナンセンス変異も、１つのＤＮＡ塩基対の変化である。しかし、あるアミノ酸を別のアミノ酸に置換するかわりに、改変ＤＮＡ配列は早期に、細胞にタンパク質の構築をやめるようにシグナル伝達する。一部の実施形態では、挿入は、ＤＮＡ断片を加えることにより、遺伝子中のＤＮＡ塩基の数を変化させる。一部の実施形態では、欠失は、ＤＮＡ断片を除去することにより、ＤＮＡ塩基の数を変化させる。一部の実施形態では、小さい欠失は、遺伝子中の１つまたはいくつかの塩基対を除去することがある一方、より大きな欠失は、遺伝子全体またはいくつかの隣接する遺伝子を除去することができる。一部の実施形態では、重複は、１回以上異常にコピーされたＤＮＡ断片から構成される。一部の実施形態では、フレームシフト変異は、ＤＮＡ塩基の付加または欠損が、遺伝子のリーディングフレームを変化させる時に生じる。リーディングフレームは、１アミノ酸をそれぞれコードする３塩基のグループから構成される。一部の実施形態では、フレームシフト変異は、これらの塩基のグルーピングをシフトさせ、アミノ酸に対するコードを変化させる。一部の実施形態では、挿入、欠失、及び重複は全て、フレームシフト変異である可能性がある。一部の実施形態では、リピート伸長は、別のタイプの変異である。一部の実施形態では、ヌクレオチドリピートは、連続して何回も繰り返される短いＤＮＡ配列である。例えば、トリヌクレオチドリピートは、３塩基対配列から構成され、テトラヌクレオチドリピートは、４塩基対配列から構成される。一部の実施形態では、リピート伸長は、短いＤＮＡ配列が繰り返される変異である。
【００５４】
ネオエピトープ：「ネオエピトープ」は、特定の事象（例えば、特定の疾患、障害、または状態の発症または進行、例えば、感染症、癌、癌のステージなどの発症または進行）への曝露、またはこの発生の後に、対象において出現または発現するエピトープを指すと当該技術分野で理解されている。本明細書で使用される場合、ネオエピトープは、存在及び／またはレベルが、事象への曝露、またはこの発生と相関するものである。一部の実施形態では、ネオエピトープは、（例えば、適切なレベルで）それを発現する細胞に対する免疫応答を誘発するものである。一部の実施形態では、ネオエピトープは、（例えば、適切なレベルで）それを発現する細胞を死滅させるかまたはそうでなければ破壊する免疫応答を誘発するものである。一部の実施形態では、ネオエピトープを誘発する関連事象は、細胞内の体細胞変異であるかまたはこれを含む。一部の実施形態では、ネオエピトープは、免疫応答（例えば、ネオエピトープを発現する癌細胞を標的にするのに十分な免疫応答）を誘発及び／またはサポートするレベル及び／または仕方で、非癌細胞では発現されない。一部の実施形態では、ネオエピトープは、ネオアンチゲンである。
【００５５】
効果なし：本明細書で使用される場合、語句「効果なし」は、（例えば、目的の特定の療法または処置の実施の奏効における）検出可能な臨床効果の不存在を指すのに使用される。一部の実施形態では、臨床効果の不存在は、特定の疾患、障害、または状態の任意の特定の症状または特性における統計的に有意な変化の不存在を指す。一部の実施形態では、臨床効果の不存在は、短期間、例えば、約６ヶ月未満、約５ヶ月未満、約４ヶ月未満、約３ヶ月未満、約２ヶ月未満、約１ヶ月未満、またはそれ未満だけ持続する疾患、障害、または状態の１つ以上の症状または特性における変化を指す。一部の実施形態では、効果なしは、持続的効果なしを指す。
【００５６】
客観的奏効：本明細書で使用される場合、語句「客観的奏効」は、規定量による癌塊のサイズの低減を指す。一部の実施形態では、癌塊は、腫瘍である。一部の実施形態では、確定された客観的奏効は、処置の少なくとも（４）週間後に確定された奏効である。
【００５７】
客観的奏効率：本明細書で使用される場合、用語「客観的奏効率」（「ＯＲＲ」）は、腫瘍サイズが所定量低減し、かつ最小期間の患者の割合を指す当該技術分野で理解されている意味を有する。一部の実施形態では、奏効期間は通常、初期奏効の時から、文書化されている腫瘍進行まで測定される。一部の実施形態では、ＯＲＲは、部分奏効に完全奏効を加えた和を含む。
【００５８】
患者：本明細書で使用される場合、用語「患者」または「対象」は、提供される組成物が、例えば、実験、診断、予防、美容、及び／または治療のために投与され、または投与され得る任意の生体を指す。代表的な患者は、動物（例えば、哺乳動物、例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類、及び／またはヒト）を含む。一部の実施形態では、患者は、ヒトである。一部の実施形態では、患者は、１つ以上の障害若しくは状態に罹患しているかまたは罹りやすい。一部の実施形態では、患者は、障害または状態の１つ以上の症状を示す。一部の実施形態では、患者は、１つ以上の障害または状態と診断されている。一部の実施形態では、障害または状態は、癌、若しくは１つ以上の腫瘍の存在であるか、またはこれらを含む。一部の実施形態では、障害または状態は、転移性癌である。
【００５９】
ポリペプチド：本明細書で使用する場合、「ポリペプチド」は、一般的に言えば、ペプチド結合によって互いに結合している一連の少なくとも２つのアミノ酸である。一部の実施形態では、ポリペプチドは、少なくとも３〜５つのアミノ酸を含むことがあり、それぞれが、少なくとも１つのペプチド結合の手段により他のアミノ酸に結合している。当業者らは、ポリペプチドが、「非天然の」アミノ酸、または、それでいて、任意にポリペプチド鎖に組み込むことができる他の物質を含む場合があることを認識するであろう。
【００６０】
予後情報及び予測情報：本明細書で使用される場合、用語、予後情報及び予測情報は、処置の不存在下または存在下のいずれかで、疾患または状態の過程の任意の態様を示すのに使用され得る任意の情報を指すのに同じ意味で使用される。このような情報としては、患者の平均寿命、患者が所与の期間（例えば、６ヶ月、１年、５年など）生存する可能性、患者の疾患が治癒する可能性、患者の疾患に特定の療法が奏効する可能性（奏効は、様々な手段のいずれかで規定されることがある）を挙げてもよいが、これらに限定されない。予後情報及び予測情報は、診断情報の広いカテゴリー内に含まれる。
【００６１】
無増悪生存期間：本明細書で使用される場合、用語「無増悪生存期間」（ＰＦＳ）は、患者が疾患に罹患しているが悪化していない、癌などの疾患の処置中及び処置後の期間を指す当該技術分野で理解されている意味を有する。一部の実施形態では、無増悪生存期間を測定することは、新しい処置がいかに良好に作用するかの評価として利用される。一部の実施形態では、ＰＦＳは、無作為の臨床試験で決定され、一部のこのような実施形態では、ＰＦＳは、無作為化から客観的な腫瘍の進行及び／または死亡までの時間を指す。
【００６２】
タンパク質：本明細書で使用される場合、用語「タンパク質」は、ポリペプチド（すなわち、ペプチド結合により互いに連結されている一連の少なくとも２つのアミノ酸）を指す。タンパク質は、アミノ酸以外の部分を含んでもよく（例えば、糖タンパク質、プロテオグリカンなどであってもよく）、かつ／またはそうでなければ処理若しくは修飾されてもよい。「タンパク質」が、（シグナル配列の有無にかかわらず）細胞により産生される完全なポリペプチド鎖であることができること、または、その特性部分であることができることを、当業者らは認識するであろう。タンパク質が、例えば、１つ以上のジスルフィド結合によって連結されているか、または他の手段により会合されている、複数のポリペプチド鎖を含むことができる場合があることを、当業者らは認識するであろう。ポリペプチドは、Ｌ−アミノ酸、Ｄ−アミノ酸、またはその両方を含有してもよく、当該技術分野で既知の様々なアミノ酸修飾または類似体のいずれかを含有してもよい。有用な修飾としては、例えば、末端アセチル化、アミド化、メチル化などが挙げられる。一部の実施形態では、タンパク質は、天然アミノ酸、非天然アミノ酸、合成アミノ酸、及びそれらの組み合わせを含んでもよい。用語「ペプチド」は一般に、アミノ酸約１００個未満、アミノ酸約５０個未満、アミノ酸２０個未満、またはアミノ酸１０個未満の長さを有するポリペプチドを指すために使用される。
【００６３】
参照：本明細書に記載の多くの実施形態では、測定された値または目的の特性は、適切な参照と比較されることを、当業者らは認識するであろう。一部の実施形態では、参照値または特性は、同等のコホート、個体、集団、またはサンプルに対し測定されるものである。一部の実施形態では、参照値または特性は、目的の特性または値の試験または測定とほぼ同時に試験及び／または測定される。一部の実施形態では、参照特性または値は、有形の媒体に任意に収録される履歴参照であるか、またはこれを含む。通常、当業者らに理解されることになるように、参照値または特性は、目的の特性または値を決定または分析するために利用されるものと同等の条件下で決定される。
【００６４】
奏効：本明細書で使用される場合、用語「奏効」は、処置の結果として生じる対象の状態、またはこれと相関する対象の状態における変化を指すことがある。一部の実施形態では、奏効は、有益な奏効であるかまたはこれを含む。一部の実施形態では、有益な奏効は、条件の安定化（例えば、予想される若しくは処置なしで生じることが通常観察される低下の防止若しくは遅延）、状態の１つ以上の症状の改善（例えば、頻度及び／若しくは強度の低減）、ならびに／または状態の治癒の見通しの改善などを含んでもよい。一部の実施形態では、「奏効」は、生体、器官、組織、細胞、または細胞構成要素若しくはインビトロ系を指すことがある。一部の実施形態では、奏効は、臨床奏効であるかまたはこれを含む。一部の実施形態では、奏効の存在、程度、及び／または性質は、特定の基準に従って、測定及び／または特性決定されてもよく、一部の実施形態では、このような基準は、臨床基準及び／または客観的基準を含んでもよい。一部の実施形態では、奏効を評価するための技術は、臨床検査、陽電子放出断層撮影、胸部Ｘ線ＣＴスキャン、ＭＲＩ、超音波、内視鏡検査、腹腔鏡検査、サンプル中の特定のマーカーの存在若しくはレベル、細胞学、及び／または組織学を含んでもよいが、これらに限定されない。目的の奏効は、腫瘍での療法の奏効であるか、またはこれを含む場合、当業者らは、例えば、腫瘍バーデン、腫瘍サイズ、腫瘍ステージなどを測定するためのものを含む、このような奏効を評価するための様々な確立された技術を知っているであろう。例えば、固形腫瘍での処置の奏効を評価するための特定の技術は、Ｔｈｅｒａｓｓｅ  ｅｔ．  ａｌ．，  “Ｎｅｗ  ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ  ｔｏ  ｅｖａｌｕａｔｅ  ｔｈｅ  ｒｅｓｐｏｎｓｅ  ｔｏ  ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｉｎ  ｓｏｌｉｄ  ｔｕｍｏｒｓ”，  Ｅｕｒｏｐｅａｎ  Ｏｒｇａｎｉｚａｔｉｏｎ  ｆｏｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ａｎｄ  Ｔｒｅａｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｃａｎｃｅｒ，  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  ｔｈｅ  Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ，  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ  ｏｆ  Ｃａｎａｄａ，  Ｊ．  Ｎａｔｌ．  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．，  ２０００，  ９２（３）：２０５−２１６で検討される。当業者らは、本開示に照らして、個々の腫瘍、腫瘍型、患者集団、またはコホートなどに対する特定の奏効基準を決定し、かつ、そのための適切な参照を決定するためのストラテジーを知っており、かつ／または認識するであろう。
【００６５】
サンプル：用語「サンプル」は通常、本明細書で使用される場合、目的の供給源から得られ、または由来する生体サンプルを指す。一部の実施形態では、目的の供給源は、動物またはヒトなどの生体を含む。一部の実施形態では、生体サンプルは、生物組織若しくは体液であるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、生体サンプルは、骨髄；血液；血液細胞；腹水；組織若しくは細針生検サンプル；細胞含有体液；遊離浮遊核酸；痰；唾液；尿中；脳脊髄液；腹腔液；胸膜液；糞便；リンパ液；婦人科体液（ｇｙｎｅｃｏｌｏｇｉｃａｌ  ｆｌｕｉｄ）；皮膚スワブ；膣スワブ；口腔スワブ；鼻スワブ；管洗浄液若しくは気管支肺胞洗浄液などの洗液若しくは洗浄液；吸引液；擦過片；骨髄標本；組織生検標本；外科標本；糞便、他の体液、分泌物、及び／若しくは排出物；ならびに／またはそこ由来の細胞などであるか、あるいはこれらを含んでもよい。一部の実施形態では、生体サンプルは、個体から得られた細胞であるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、得られた細胞は、サンプルが得られる個体由来の細胞であるか、またはこれらを含む。一部の実施形態では、サンプルは、任意の適切な手段により目的の供給源から直接得られた「初期サンプル」である。例えば、一部の実施形態では、初期生体サンプルは、生検（例えば、細針吸引または組織生検）、手術、体液の収集（例えば、血液、リンパ液、糞便など）などからなる群から選択される方法により得られる。一部の実施形態では、文脈から明らかなことになるように、用語「サンプル」は、初期サンプルを処理することにより（例えば、初期サンプルの１つ以上の構成成分を除去し、かつ／または初期サンプルに１つ以上の作用物質を加えることにより）得られる調製物を指す。例えば、半透膜を使用した濾過。このような「処理されたサンプル」は、例えば、サンプルから抽出された、または初期サンプルを技術、例えば、ｍＲＮＡの増幅若しくは逆転写、特定の構成成分の単離及び／若しくは精製などにかけることにより得られた、核酸またはタンパク質を含んでもよい。
【００６６】
特異的結合：本明細書で使用される場合、用語「特異的結合」または「に対して特異的な」若しくは「に特異的な」は、標的物質（例えば、標的タンパク質またはポリペプチド）及び結合物質（例えば、提供される抗体などの抗体）の間の相互作用（通常は非共有結合性）を指す。当業者らにより理解されることになるように、相互作用は、代替の相互作用の存在下で有利である場合、「特異的」と考えられる。多くの実施形態では、相互作用は通常、結合分子により認識される抗原決定基またはエピトープなどの標的分子の特定の構造的特徴の存在に依存する。例えば、抗体がエピトープＡに対して特異的である場合、遊離標識Ａ及びそれに対する抗体の両方を含有する反応物中に、エピトープＡを含有するポリペプチドが存在すると、または遊離非標識Ａが存在すると、抗体に結合する標識Ａの量が低減するであろう。特異度は、絶対的である必要はないことが理解されるべきである。例えば、多数の抗体が、標的分子中に存在するものに加えて、他のエピトープと交差反応することは、当該技術分野で周知である。このような交差反応性は、抗体が使用されるべき用途に応じて許容されることがある。特定の実施形態では、受容体チロシンキナーゼに対して特異的な抗体は、プロテアーゼ阻害剤（例えば、ＡＣＴ）に結合される受容体チロシンキナーゼと１０％未満の交差反応性を有する。当業者は、（例えば、標的分子を検出するため、治療のためなどの）任意の所与の用途において適切に実施するのに十分な特異度の度合いを有する抗体を選択することができるであろう。特異度は、結合分子の標的分子に対する親和性対、結合分子の他の標的（例えば、競合物質）に対する親和性などの追加の因子に照らして評価されることがある。結合分子が、検出することが望まれている標的分子に対して高い親和性、及び非に対して低い親和性を示す場合。
【００６７】
癌のステージ：本明細書で使用される場合、用語「癌のステージ」は、癌の進行レベルの定性的または定量的評価を指す。癌のステージを判定するために使用される基準としては、腫瘍のサイズ及び転移の程度（例えば、局所または遠隔）が挙げられるが、これらに限定されない。
【００６８】
対象：本明細書で使用される場合、用語「対象」または「患者」は、例えば、実験、診断、予防、及び／または治療のために、本発明の実施形態が、使用または投与され得る任意の生体を指す。代表的な対象としては、動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、非ヒト霊長類、及びヒトなどの哺乳動物；昆虫；虫など）が挙げられる。
【００６９】
実質的に：本明細書で使用される場合、用語「実質的に」は、目的の特性または性質の完全またはほぼ完全な程度または度合いを示す定性的条件を指す。生物学的及び化学的現象がまれに、もしあれば、完結し、かつ／または完全に進行するまたは絶対的な結果を達成若しくは回避することを、生物学的技術分野の当業者は理解するであろう。それ故、用語「実質的に」は、本明細書では、多くの生物学的及び化学的現象に内在の完全性の潜在的な欠如を表現するために使用される。
【００７０】
に罹患している：疾患、障害、または状態（例えば、癌）「に罹患している」個体は、疾患、障害、若しくは状態の１つ以上の症状と診断されており、かつ／またはこれを示す。一部の実施形態では、癌に罹患している個体は、癌を有するが、癌のいかなる症状も示さず、かつ／または癌をと診断されていない。
【００７１】
に罹りやすい：疾患、障害、または状態（例えば、癌）「に罹りやすい」個体は、疾患、障害、または状態を発症するリスクがある。一部の実施形態では、疾患、障害、または状態に罹りやすい個体は、疾患、障害、または状態のいかなる症状も示さない。一部の実施形態では、疾患、障害、または状態に罹りやすい個体は、疾患、障害、及び／または状態と診断されていない。一部の実施形態では、疾患、障害、または状態に罹りやすい個体は、疾患、障害、または状態の発症と関連する条件を示す個体である。一部の実施形態では、疾患、障害、及び／または状態を発症するリスクは、集団ベースのリスクである。
【００７２】
標的細胞または標的組織：本明細書で使用される場合、用語「標的細胞」または「標的組織」は、本明細書に記載の状態により影響を受け、処置されるべき任意の細胞、組織、若しくは生体、または本明細書に記載の状態に関与するタンパク質が発現する任意の細胞、組織、若しくは生体を指す。一部の実施形態では、標的細胞、標的組織、または標的生体は、検出可能量の免疫チェックポイントシグナル伝達及び／または活性が存在する細胞、組織、または生体を含む。一部の実施形態では、標的細胞、標的組織、または標的生体は、疾患関連の病状、症状、または特徴を示す細胞、組織、または生体を含む。
【００７３】
治療レジメン：本明細書で使用される場合、用語「治療レジメン」は、特定の疾患、障害、及び／または状態の１つ以上の症状または特徴を、部分的または完全に軽減し、改善し、緩和し、抑制し、防止し、その発症を遅延させ、その重症度を低減させ、かつ／またはその発生率を低減させるために使用される任意の方法を指す。それは、特定の効果、例えば、癌などの有害な状態または疾患の低減または排除、を達成するように設計された処置または一連の処置を含んでもよい。処置は、同じまたは異なる時間量に対して、同時、逐次的、または異なる時間でのいずれかで、１つ以上の化合物を投与することを含んでもよい。代替的または追加的に、処置は、放射線への曝露、化学療法剤、ホルモン療法、または手術を含んでもよい。さらに、「処置レジメン」は、遺伝子治療、遺伝子アブレーション、または特定の遺伝子の発現若しくは遺伝子由来ｍＲＮＡの翻訳を低減させることが知られている他の方法などの遺伝学的方法を含んでもよい。
【００７４】
治療薬：本明細書で使用される場合、語句「治療薬」は、対象に投与された場合に、治療効果を有し、かつ／または所望の生物学的及び／若しくは薬理学的効果を誘発する任意の作用物質を指す。
【００７５】
治療的有効量：本明細書で使用される場合、用語「治療的有効量」は、任意の医学的処置に適用可能な合理的な利益／リスク比で、処置される対象に治療効果を付与する作用物質（例えば、免疫チェックポイント調節因子）の量を指す。治療効果は、客観的（すなわち、何らかの試験若しくはマーカーにより測定可能）または主観的（すなわち、対象が効果の指標を与える、若しくは効果を感じる）であってよい。特に、「治療的有効量」は、疾患と関連する症状を改善すること、疾患の発症を予防若しくは遅延させること、及び／または、さらに疾患の症状の重症度若しくは頻度を低下させることなどによる、所望の疾患若しくは状態を処置、改善、若しくは予防するのに有効な、または検出可能な治療若しくは予防効果を示すのに有効な、治療薬または組成物の量を指す。治療的有効量は通常、複数の単位投与量を含み得る投与レジメンで投与される。任意の特定の治療薬の場合、治療的有効量（及び／または有効な投与レジメン内の適切な単位投与量）は、例えば、投与経路、他の医薬品との組み合わせ応じて、変動してもよい。さらに、任意の特定の患者に対する特定の治療的有効量（及び／または単位投与量）は、処置される障害及びその障害の重症度；用いられる特定の医薬品の活性；用いられる特定の組成物；対象の年齢、体重、全体的な健康状態、性別、及び食生活；用いられる特定の融合タンパク質の投与時期、投与経路、及び／または排泄率若しくは代謝率；処置の期間；ならびに医療技術分野で周知の類似の因子を含む様々な因子に依存することがある。
【００７６】
処置：本明細書中で使用される場合、用語「処置」（さらに「処置する」または「処置している」）は、特定の疾患、障害、及び／または状態（例えば、癌）の１つ以上の症状、特徴、及び／または原因を、部分的または完全に軽減し、改善し、緩和し、抑制し、その発生を遅延させ、その重症度を低減させ、かつ／またはその発生率を低減させる物質（例えば、提供される組成物）の任意の投与を指す。このような処置は、関連疾患、障害及び／若しくは状態の徴候を示さない対象のもの、ならびに／または、疾患、障害、及び／若しくは状態の初期徴候のみを示す対象のものであってよい。代替的または追加的には、このような処置は、関連疾患、障害、及び／または状態の１つ以上の確立された徴候を示す対象のものであってよい。一部の実施形態では、処置は、関連疾患、障害、及び／または状態に罹患していると診断されている対象のものであってよい。一部の実施形態では、処置は、関連疾患、障害、及び／または状態の発症のリスクの増大と統計的に相関する１つ以上の罹病性因子を有すると知られている対象のものであってよい。
【００７７】
野生型：本明細書で使用される場合、用語「野生型」は、（変異体、病変、改変体などとは対照的に）「正常な」状態または状況の、天然に見られるような構造及び／または活性を有する物質を指す、当該技術分野で理解されている意味を有する。野生型の遺伝子及びポリペプチドは多くの場合、複数の異なる形態（例えば、対立遺伝子）で存在することを、当業者らは認識するであろう。
【００７８】
特定の態様の詳細な説明
本発明は、特定の腫瘍または腫瘍サンプルにおいて検出することができ、かつ免疫チェックポイント調節因子療法の奏効性を予測するかまたはこれと相関する特定のシグネチャー及び／または特性を包含する。例えば、とりわけ、本開示は、高い変異ロード（ｌｏａｄ）が、このような奏効性と相関する可能性があることを実証する。本開示は特に、（例えば、腫瘍変異に起因し得る）体細胞ネオエピトープの存在（例えば、数及び／若しくは比率）ならびに／または同一性が、このような奏効性に寄与することができ、それ故、これと相関することがあることも実証する。とりわけ、免疫チェックポイント調節因子療法の奏効性と相関し、及び／またはこれを予測するために使用することができる関連腫瘍の特定の変異及び／またはネオエピトープ特性を、本開示は規定する。本開示は、このような奏効性を予測及び／または特性決定するのに有用な特定の変異「シグネチャー」を規定及び／または検出するための技術も提供する。
【００７９】
さらに、癌細胞における変異及び／またはネオエピトープの全数及び／または比率は、免疫療法の臨床奏効、特に免疫チェックポイント調節因子療法の臨床奏効を予測することができる。従って、本発明によれば、腫瘍が高変異バーデン及び／または高ネオエピトープバーデンを示す個体は、このようなバーデンが相対的に低い個体と比較して、本明細書に記載されるような免疫療法から恩恵を受ける傾向にある。
【００８０】
特定の理論に束縛されることを望まないが、本開示は、とりわけ、癌細胞におけるネオエピトープが、ＭＨＣクラスＩ分子に対する結合親和性の増大と関連する及び／または細胞傷害性Ｔ細胞による認識の改善と関連する可能性があることを実証することを、本発明者らは述べる。一部の実施形態では、本明細書に記載されるような療法の奏効性を予測するのに有用な（例えば、奏効の可能性を評価する際に検出または分析することができる「シグネチャー」に含めるのに有用な）ネオエピトープは、例えば、ネオエピトープを欠いていることを除いて他の点では同一である親タンパク質と比較して、ＭＨＣクラスＩ分子に対する結合親和性の増大及び／または細胞傷害性Ｔ細胞による認識の改善を実際に示すものである。
【００８１】
一般に、本開示は、免疫療法の腫瘍奏効性、特に免疫チェックポイント調節因子療法の腫瘍奏効性を特性決定することに関する。一部の実施形態では、このような療法は、プログラム細胞死１（ＰＤ−１）の遮断を含む。一部の特定の実施形態では、このような療法は、（例えば、ＰＤ−Ｌ１との）ＰＤ−１が関与する相互作用を妨げる作用物質を用いる処置を含む。一部の実施形態では、このような療法は、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１と特異的に相互作用する抗体作用物質の投与を含む。一部の実施形態では、このような療法は、ニボルマブ（ｎｉｖｏｌｕｍａｂ）（ＢＭＳ−９３６５５８、ＭＤＸ−１１０６、ＯＮＯ−４５３８、完全ヒト免疫グロブリンＧ４（ＩｇＧ４）モノクローナルＰＤ−１抗体）、ペンブロリズマブ（ＭＫ−３４７５、ヒト化ＩｇＧ４抗ＰＤ−１抗体）、ＢＭＳ−９３６５５９（完全ヒトＩｇＧ４  ＰＤ−Ｌ１抗体）、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（ヒト化改変ＩｇＧ１モノクローナルＰＤ−Ｌ１抗体）、及び／またはＭＥＤＩ４７３６（ヒト化改変ＩｇＧ１モノクローナルＰＤ−Ｌ１抗体）のうちの１つ以上の投与を含む。
【００８２】
本発明は、とりわけ、癌細胞に存在する体細胞変異及び／またはネオエピトープのバーデン（例えば、数、レベル、及び／若しくは比率）を規定、特性決定、及び／若しくは検出するための、かつ／または、免疫療法の奏効性、特に免疫チェックポイント調節因子療法の奏効性を予測する特定の変異及び／若しくはネオエピトープ「シグネチャー」を規定、特性決定、及び／若しくは検出するための技術を提供する。一部の実施形態では、本発明は、免疫療法（例えば、免疫チェックポイント調節因子）を用いる処置が有利に奏効する可能性がある癌患者を同定するための、かつ／またはこのような免疫療法を受ける患者を選択するための方法及び／または試薬を提供する。代替的または追加的には、本発明は、特定の変異バーデン、ネオエピトープバーデン、及び／または本明細書に記載されるような変異若しくはネオエピトープシグネチャーを含む癌を有すると同定されている患者を、免疫チェックポイント調節因子で処置するための方法及び／または試薬を提供する。
【００８３】
本発明は、免疫療法（例えば、ＰＤ−１遮断）が奏効するための関連変異の全体像またはシグネチャーを有するまたは有さない特定の癌患者を検出または判定するためのツール及びキットを明示及び提供する。本発明は、ある特定の変異の全体像またはシグネチャーは、奏効性を予測することにおいてより有用かつ効果的であることを実証する。
【００８４】
本開示は、高い変異ロードが、癌での免疫療法の奏効性を予測することができることを実証する。さらに、本開示は、高ネオエピトープロードが、癌での免疫療法の奏効性を予測することができることも教示する。さらに、本開示は、特定の変異及び／またはネオエピトープシグネチャーが、癌での免疫療法の奏効性を予測することができることを実証する。特に、本開示は、ＤＮＡ修復遺伝子及び／またはシグナル伝達遺伝子からの情報を含むシグネチャーが、癌での免疫療法の奏効性を予測することができることを確立する。本開示は、代替的または追加的には、確立された分子喫煙シグネチャーの特性を含むシグネチャーが、癌での免疫療法の奏効性を予測することができることをさらに確立する。
【００８５】
癌細胞変異性
後天的な（または体細胞）変異は、個体の生存期間中のある時に、細胞のＤＮＡに生じる可能性がある。これらの変化は、日光からの紫外線、化学物質または煙草の煙中の発癌物質などの環境要因により引き起こされる可能性があるか、または、ＤＮＡ複製中にミスが起きた場合に生じる可能性がある。多くの場合環境因子または変異への慢性的な曝露の結果である癌由来の癌細胞、例えば、肺癌またはメラノーマ、は多くの場合、様々なタイプの複数の変異を有する。
【００８６】
腫瘍型内では、癌細胞に伴う数十個から数千個の範囲の変異に及ぶ、変異ロードに大きなばらつきがある。非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）患者の腫瘍の分析では、喫煙者は、喫煙未経験と比較して、非常に大きい変異バーデンを有する。本開示は、免疫療法（例えば、ＰＤ−１遮断）が奏効する癌では、より高い変異ロードは、免疫チェックポイント制御因子のより良好な奏効と相関したことを示す。一部の実施形態では、非常に変異を起こしやすい癌は、免疫系からの攻撃をより受けやすい。
【００８７】
特定の遺伝子の変異は、癌細胞におけるより高い（過度）レベルの変異と相関する。本開示は、ＤＮＡ修復と関連する遺伝子の変異は、より多くの変異を有する癌細胞と相関することを実証する。
【００８８】
変異ロード、及び免疫系に対する感受性
とりわけ、本開示は、その高い変異ロードが、特定の癌に対する免疫療法処置の臨床的有効性を予測することができることを実証する。本開示は、特定の場合では、体細胞変異ロードが高い個体は、変異バーデンが有意に低い個体よりも、免疫療法が奏効する可能性が高いことを証明する。本開示は、特定の癌の場合、変異の数が多い患者が、変異ロードがより低い患者よりも、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置から恩恵を受ける可能性が高いことを実証する。一部の実施形態では、体細胞変異の数がより高い患者は、全変異が有意に低い患者よりも、ＰＤ−１（プログラム細胞死１）遮断が良好に奏効する。一部の実施形態では、変異の数が高い個体は、変異の数が低い個体よりも、抗ＰＤ−１抗体を用いる処置が良好に奏効する。一部の実施形態では、変異の全数は、特定の変異シグネチャーよりも、免疫療法の良好な奏効と大きな相関を有する。
【００８９】
一部の実施形態では、体細胞変異のタイプは、処置の奏効と相関する。例えば、本開示は、トランジション対トランスバージョンの比（Ｔｉ／Ｔｖ）がより小さい個体が、免疫療法の良好な奏効のより高い可能性も呈したことを教示する。
【００９０】
規定されたシグネチャー
本開示は、有意義な限界が、癌細胞の変異解析に課される可能性があり、さらに、このような限界の使用が、処置の奏効性を効果的に予測するシグネチャー形式を驚くべきことに規定及び／または提供するという洞察を包含する。一部の実施形態では、本明細書に記載されるような変異シグネチャーは、免疫療法（例えば、ＰＤ−１遮断）の奏効と相関し、かつ／またはこれを予測する。一部の実施形態では、変異した遺伝子（例えば、ＤＮＡ修復）及び精密なタイプの変異（例えば、トランジションよりはむしろトランスバージョン）は、免疫療法の良好な奏効と相関し、かつ／またはこれを予測する。さらに、本開示は、このようなシグネチャーが、腫瘍奏効性を予測するために、検出し、かつ効果的に利用することができることを実証する。
【００９１】
一部の実施形態では、本明細書に記載されるように、本開示は、免疫療法の奏効性、特に免疫チェックポイント調節因子療法の奏効性を予測する変異シグネチャーを規定するための技術を提供する。一部の実施形態では、本開示は、有用なシグネチャーの１つ以上の特性または属性を規定する。一部の実施形態では、本開示は、治療奏効性を予測することにおける、このようなシグネチャーの効果的な使用を記載及び／または確立する。
【００９２】
シグネチャーの使用
本開示は、特定の腫瘍の変異の全体像が、免疫療法（例えば、ＰＤ−１遮断）からの臨床効果の可能性を予測することができることを実証する。本開示は、高変異ロードが、免疫療法の良好な奏効の可能性を予測することができることも教示する。さらに、存在する体細胞変異の性質は、免疫療法の奏効を予測することができる。本明細書で実証されるように、一部の実施形態では、ネオエピトープシグネチャーを有する個体は、免疫チェックポイント調節に対する陽性転帰とも相関するＤＮＡ修復及びシグナル伝達（例えば、ＫＲＡＳシグナル伝達）と関連する遺伝子の変異と一致している。
【００９３】
本開示は特に、驚くべきことに、確立された「喫煙シグネチャー」が、特定の腫瘍の免疫療法の奏効性、特に、免疫チェックポイント調節因子療法（例えば、ＰＤ−１遮断）の奏効性を予測するために効果的に利用することができることを実証する。一部の実施形態では、分子喫煙シグネチャーの１つ以上の特徴を有し（またはこれを腫瘍が有し）、かつ喫煙関連癌に罹患している個体は、非喫煙個体及び／または１つ以上の特徴を有さない（若しくはこれを腫瘍が有さない）個体よりも、免疫療法が奏効する可能性が高い。
【００９４】
癌型
本開示は、免疫療法（例えば、免疫チェックポイント遮断）が奏効する癌では、臨床的有効性を有する患者の腫瘍変異の全体像が予測することができることを実証する。一部の実施形態では、本開示が適用される癌型としては、免疫療法が奏効する肺癌（例えば、小細胞または非小細胞肺癌［「ＮＳＣＬＣ」］）、膀胱癌、腎臓癌、頭頸部癌、及びメラノーマのうちの１つ以上が挙げられる。一部の実施形態では、肺癌は、ＰＤ−１遮断が奏効する。一部の実施形態では、ＰＤ−Ｌ１の発現は、療法の良好な奏効の指標である。
【００９５】
一部の実施形態では、喫煙関連癌は、免疫療法処置が奏効する可能性がより高い。本開示は、確立された分子喫煙シグネチャーの１つ以上の特徴若しくは特性を有する（またはこれを腫瘍が有する）個体は、免疫療法処置が奏効する可能性がより高いことを実証する。特に、とりわけ、本開示は、ＮＳＣＬＣに罹患している個体の場合、喫煙シグネチャーを有する個体が、非喫煙対応物よりも、ＰＤ−１遮断を用いる処置からの臨床効果を呈したことを立証する。
【００９６】
一部の実施形態では、ネオエピトープを含む癌細胞は、癌腫、肉腫、メラノーマ、骨髄腫、白血病、またはリンパ腫から選択される。一部の実施形態では、ネオエピトープを含む癌細胞は、メラノーマである。一部の実施形態では、ネオエピトープを含む癌細胞は、非小細胞肺癌である。
【００９７】
関連治療様式
本開示の教示により、免疫調節治療様式またはレジメンの奏効性、特に、免疫チェックポイント制御因子を標的とする治療様式またはレジメンの奏効性が予測される。本開示は、腫瘍の変異の全体像が、免疫チェックポイント制御因子の奏効性と相関することを実証する。一部の実施形態では、高い体細胞変異ロードは、免疫療法（例えば、ＰＤ−１遮断）が奏効する癌に対する免疫チェックポイントレギュレーターからの臨床的有効性の可能性の増大と相関する。一部の実施形態では、このような療法は、プログラム細胞死１（ＰＤ−１）の遮断を含む。一部の特定の実施形態では、このような療法は、（例えば、ＰＤ−Ｌ１との）ＰＤ−１が関与する相互作用を妨げる作用物質を用いる処置を含む。一部の実施形態では、このような療法は、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１と特異的に相互作用する抗体作用物質の投与を含む。一部の実施形態では、このような療法は、ニボルマブ（ｎｉｖｏｌｕｍａｂ）（ＢＭＳ−９３６５５８、ＭＤＸ−１１０６、ＯＮＯ−４５３８、完全ヒト免疫グロブリンＧ４（ＩｇＧ４）モノクローナルＰＤ−１抗体）、ペンブロリズマブ（ＭＫ−３４７５、ヒト化ＩｇＧ４抗ＰＤ−１抗体）、ＢＭＳ−９３６５５９（完全ヒトＩｇＧ４  ＰＤ−Ｌ１抗体）、ＭＰＤＬ３２８０Ａ（ヒト化改変ＩｇＧ１モノクローナルＰＤ−Ｌ１抗体）、及び／またはＭＥＤＩ４７３６（ヒト化改変ＩｇＧ１モノクローナルＰＤ−Ｌ１抗体）のうちの１つ以上の投与を含む。
【００９８】
体細胞変異
体細胞変異は、非生殖系列細胞におけるＤＮＡ変化を含み、一般に癌細胞内で生じる。本明細書では、癌細胞における特定の体細胞変異が、一部の実施形態では、一続きのアミノ酸を「自己」として認識されることから、「非自己」に移行させるネオエピトープの発現をもたらすということが発見されている。本発明によれば、「非自己」抗原を含む癌細胞は、癌細胞に対する免疫応答を誘発する可能性がある。癌細胞に対する免疫応答は、免疫チェックポイント調節因子により増強することができる。本発明は、ネオエピトープを発現している癌は免疫チェックポイント調節因子を用いる療法が、より奏効する場合があることを教示する。とりわけ、本発明は、療法を受ける（または回避す）べき特定の患者の同定及び／または選択を可能にすることにより、癌療法を改善するためのストラテジーを提供する。本発明は、その存在が目的の特定の臨床転帰（例えば、例えば、特定の免疫チェックポイント調節因子を用いる療法の奏効性、及び／または療法の特定の望ましくない副作用を発症する危険性）を示すネオエピトープまたはそのセットを規定する技術も提供する。本発明は、免疫チェックポイント調節因子療法の有益な（若しくは望ましくない）奏効と関連する１つ以上のネオエピトープ「シグネチャー」を規定し、かつ／またはその規定を可能にする。
【００９９】
一部の実施形態では、体細胞変異は、ネオアンチゲンまたはネオエピトープをもたらす。とりわけ、本開示は、体細胞変異から生じ、その存在が免疫チェックポイント調節因子療法の特定の奏効と関連するネオエピトープの実在を実証する。一部の実施形態では、多数のネオエピトープは、免疫療法の良好な奏効と関連する。一部の実施形態では、ネオエピトープは、例えば、ＭＨＣクラスＩ分子に対する結合親和性の増大及び／若しくは免疫系の細胞（すなわち、Ｔ細胞）による「非自己」としての認識に寄与するテトラペプチドであるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、ネオエピトープは、感染性因子由来の抗原とコンセンサス配列を共有する。
【０１００】
一部の実施形態では、本発明による目的のネオエピトープシグネチャーは、腫瘍サンプル中に存在することが特定の臨床転帰と相関するネオエピトープ若しくはそのセットであるか、またはこれを含む。一部の実施形態では、ＤＮＡ修復と関連する遺伝子のネオエピトープは、免疫チェックポイント調節の良好な奏効と相関する。一部の実施形態では、シグナル伝達と関連する遺伝子のネオエピトープは、免疫チェックポイント療法の良好な奏効と相関する。一部の実施形態では、本開示は、ネオエピトープを、特に、免疫チェックポイント調節因子療法に関連するものを規定及び／または検出するための技術を提供する。
【０１０１】
とりわけ、本開示は、免疫チェックポイント調節因子療法の特定の奏効または奏効特徴（例えば、療法の奏効性、若しくは副作用のリスク）と関連するネオエピトープ及びネオエピトープシグネチャーの規定を実証する。本明細書に提示される特定の例では、このような規定は、免疫チェックポイント調節因子療法の共通の奏効特徴を共有するサンプルを含有する第１の複数の腫瘍サンプルからの遺伝子配列情報を、第２の複数が、共通の奏効特徴を共有しないが、他の点では第１のセットのものと同等であるサンプルを含有する、第２の複数の腫瘍サンプルから得られるものと比較することにより達成され、従って、比較により、その存在が共通の奏効特徴に関連または相関する遺伝子配列要素が規定される。本開示は特に、変異バーデンの増大が、奏効特徴（例えば、療法の奏効性）と相関する可能性があることを実証するが、変異バーデンのこのような増大が単独で奏効特徴を予測するのに十分でないことがあることも実証する。本開示は、このような体細胞変異が、ネオエピトープを生成する時に、奏効特徴と関連する有用なネオエピトープシグネチャーが規定される可能性があることを実証する。本開示は、このようなシグネチャーを規定及び利用するための特定の技術を提供する。
【０１０２】
免疫チェックポイント調節
免疫チェックポイントは、自己寛容を維持し、かつ生理的免疫応答の期間及び大きさを調節することに関与する、免疫系の阻害経路を指す。
【０１０３】
特定の癌細胞は、特に、腫瘍抗原に特異的であるＴ細胞に関する免疫耐性の主要なメカニズムとして、免疫チェックポイント経路を活用することにより成長する。例えば、特定の癌細胞は、細胞傷害性Ｔ細胞応答を阻害することの原因となる１つ以上の免疫チェックポイントタンパク質を過剰発現することがある。従って、免疫チェックポイント調節因子は、阻害シグナルを克服し、癌細胞に対する免疫攻撃を可能及び／または増強するために投与されてもよい。免疫チェックポイント調節因子は、負の免疫応答制御因子（例えば、ＣＴＬＡ４）により、シグナル伝達を減少させ、阻害し、若しくは無効することにより、癌細胞に対する免疫細胞応答を促進することがあるか、または免疫応答（例えば、ＣＤ２８）の正の調節因子のシグナル伝達を刺激若しくは増強することがある。
【０１０４】
免疫チェックポイント調節因子を標的とする免疫療法薬は、癌細胞を標的とする免疫攻撃を促進するために投与されることがある。免疫療法薬は、免疫チェックポイント調節因子を標的とする（例えば、特異的である）抗体作用物質であるか、またはこれを含むことがある。免疫療法薬の例としては、ＣＴＬＡ−４、ＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１、ＧＩＴＲ、ＯＸ４０、ＬＡＧ−３、ＫＩＲ、ＴＩＭ−３、ＣＤ２８、ＣＤ４０、及びＣＤ１３７のうちの１つ以上を標的とする抗体作用物質が挙げられる。
【０１０５】
抗体作用物質の具体例としては、モノクローナル抗体を挙げてもよい。免疫チェックポイント調節因子を標的とする特定のモノクローナル抗体が利用可能である。例えば、イピルミマブはＣＴＬＡ−４を標的とし；トレメリムマブはＣＴＬＡ−４を標的とし；ペンブロリズマブはＰＤ−１を標的とする、など。
【０１０６】
変異及び／またはネオエピトープの検出
癌は、様々な既知の技術のいずれかを使用して、本明細書に記載されるように、変異及び／またはネオエピトープを検出するために（例えば、変異ロード／バーデン及び／またはネオエピトープロード／バーデンを検出し、かつ／または特定のシグネチャーを検出するために）スクリーニングされてもよい。一部の実施形態では、特定の変異若しくはネオエピトープ、またはそれらの発現は、（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡにおいて）核酸レベルで検出される。一部の実施形態では、このような変異若しくはネオエピトープ、またはそれらの発現は、（例えば、細胞、組織、若しくは器官を含むがこれらに限定されないポリペプチド複合体若しくは他の高次構造であるか、またはこれを含み得る、癌細胞由来のポリペプチドを含むサンプルでは）タンパク質レベルで検出される。
【０１０７】
一部の特定の実施形態では、検出は、核酸配列決定を含む。一部の実施形態では、検出は、全エクソーム配列決定を含む。一部の実施形態では、検出は、イムノアッセイを含む。一部の実施形態では、検出は、マイクロアレイの使用を含む。一部の実施形態では、検出は、超並列エクソーム配列決定を含む。一部の実施形態では、変異及び／またはネオエピトープは、ゲノム配列決定により検出されてもよい。一部の実施形態では、検出は、ＲＮＡ配列決定を含む。一部の実施形態では、検出は、標準的なＤＮＡまたはＲＮＡ配列決定を含む。一部の実施形態では、検出は、質量分析を含む。
【０１０８】
一部の実施形態では、検出は、次世代配列決定（ＤＮＡ及び／またはＲＮＡ）を含む。一部の実施形態では、検出は、ゲノム配列決定、ゲノム再配列決定、ターゲットシーケンシングパネル、トランスクリプトームプロファイリング（ＲＮＡ−Ｓｅｑ）、ＤＮＡ−タンパク質相互作用（ＣｈＩＰ配列決定）、及び／またはエピゲノム特性決定を含む。一部の実施形態では、患者のゲノムの再配列決定は、例えば、ゲノムバリエーションを検出するために利用されてもよい。
【０１０９】
一部の実施形態では、検出は、ＥＬＩＳＡ、ウエスタントランスファー、イムノアッセイ、質量分析、マイクロアレイ分析などなどの技術を使用することを含む。
【０１１０】
別途規定されない限り、本明細書で使用される全ての技術及び科学用語は、本発明の属する当業者により一般に理解されるような同じ意味を有する。本明細書に記載のものと類似または同等の方法及び材料が、本発明の実施または試験に使用することができるが、好適な方法及び材料は、本明細書に記載されている。
【０１１１】
処置方法
一部の実施形態では、本発明は、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置が有利に奏効する可能性がある癌患者を同定するための方法を提供する。一部の実施形態では、本発明は、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置が有利に奏効する可能性がある癌患者を同定し、かつ免疫チェックポイント調節因子で患者を処置するための方法を提供する。一部の実施形態では、本発明は、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置が有利に奏効する可能性があると以前に同定された癌患者を、免疫チェックポイント調節因子で処置する方法を提供する。一部の実施形態では、本発明は、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置が有利に奏効する可能性がない癌患者を同定し、かつ免疫チェックポイント調節因子で患者を処置しないための方法を提供する。一部の実施形態では、本発明は、免疫チェックポイント調節因子を投与された場合に、１つ以上の自己免疫性合併症を患う可能性がある癌患者を同定するための方法を提供する。一部の実施形態では、本発明は、免疫チェックポイント調節因子で処置された場合に、１つ以上の自己免疫性合併症を患う可能性があると以前に同定された癌患者を免疫抑制剤で処置するための方法を提供する。一部の実施形態では、免疫抑制剤は、免疫チェックポイント調節因子の前またはこれと同時に患者に投与される。
【０１１２】
免疫チェックポイント調節因子の投与
本発明の特定の方法によれば、免疫チェックポイント調節因子は、個体に投与されるか、または投与されている。一部の実施形態では、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置は単独療法として利用される。一部の実施形態では、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置は、１つ以上の他の療法と組み合わせて使用される。
【０１１３】
適切な製剤、適応症、及び投与レジメンは通常、米国の食品医薬品局（ｔｈｅ  Ｆｏｏｄ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ）などの政府の規制当局により分析及び承認されることを、当業者らは認識するであろう。例えば、実施例５は、イピルミマブ、抗ＣＴＬ−４抗体に関する特定の承認投薬情報を提示する。多くの実施形態では、免疫チェックポイント調節因子は、このような承認プロトコールに従い、本発明により投与される。しかし、本開示は、免疫チェックポイント調節因子が望ましく投与され得る特定の患者を同定、特性決定、及び／または選択するための特定の技術を提供する。一部の実施形態では、本開示により提供される洞察は、本明細書に記載されるように同定された個体（例えば、ネオエピトープを発現している）及び他の個体の両方を含む集団研究に基づいて推奨または承認されるものと比較して、（例えば、望ましくない効果に対する感受性及び／またはこの発生率若しくは強度の低減に起因して）より高い頻度及び／またはより多い個別の投与量で所与の免疫チェックポイント調節因子を投与することを許容する。一部の実施形態では、本開示により提供される洞察は、本明細書に記載されるように同定された個体（例えば、ネオエピトープを発現している）及び他の個体の両方を含む集団研究に基づいて推奨または承認されるものと比較して、（例えば、奏効性の増大に起因して）低減した頻度及び／または低減した個別の投与量で所与の免疫チェックポイント調節因子を投与することを許容する。
【０１１４】
一部の実施形態では、免疫系の調節因子は、生理学的に許容される担体または賦形剤も含む医薬組成物で投与される。一部の実施形態では、医薬組成物は、滅菌である。多くの実施形態では、医薬組成物は、特定の投与様式用に製剤化される。
【０１１５】
好適な薬学的に許容される担体としては、水、食塩水（例えば、ＮａＣｌ）、生理食塩水、緩衝生理食塩水、アルコール、グリセロール、エタノール、アラビアゴム、植物油、ベンジルアルコール、ポリエチレングリコール、ゼラチン、ラクトースなどの炭水化物、アミロースまたはデンプン、糖、例えば、マンニトール、スクロース、または他のもの、デキストロース、ステアリン酸マグネシウム、タルク、ケイ酸、粘性パラフィン、香油、脂肪酸エステル、ヒドロキシメチルセルロース、ポリビニルピロリドンなど、及びそれらの組み合わせが挙げられるが、これらに限定されない。医薬製剤は、必要に応じて、活性化合物と有害に反応せず、またはそれらの活性を妨げない１つ以上の補助剤（例えば、潤滑剤、防腐剤、安定化剤、湿潤剤、乳化剤、浸透圧に影響を及ぼす塩、緩衝剤、着色剤、香料及び／または芳香物質など）を含むことができる。一部の実施形態では、静脈内投与に適する水溶性担体が使用される。
【０１１６】
一部の実施形態では、医薬組成物または薬品は、必要に応じて、ある量（通常は少量）の湿潤剤若しくは乳化剤及び／またはｐＨ緩衝剤を含有することができる。一部の実施形態では、医薬組成物は、溶液、懸濁液、エマルジョン、錠剤、ピル、カプセル、徐放性製剤、または散剤であることができる。一部の実施形態では、医薬組成物は、トリグリセリドなどの従来の結合剤及び担体と共に、坐剤として製剤化することがきる。経口製剤は、標準的な担体、例えば、医薬品グレードのマンニトール、ラクトース、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、ポリビニルピロリドン、サッカリンナトリウム、セルロース、炭酸マグネシウムなど、を含むことができる。
【０１１７】
一部の実施形態では、医薬組成物は、ヒトへの投与に適した医薬組成物として所定の手順に従って製剤化することができる。例えば、一部の実施形態では、静脈内投与のための組成物は通常、滅菌等張水性緩衝溶液である。必要な場合、組成物は、注射部位の痛みを和らげる可溶化剤及び局所麻酔剤も含んでもよい。一般に、成分は、例えば、活性薬の量を表示するアンプルまたは小袋などの密閉容器中の凍結乾燥粉末または水を含まない濃縮物として、別々または単位剤形のいずれかで一緒に混合して供給される。組成物は、注入によって投与されることになる場合、滅菌医薬品グレードの水、生理食塩水、またはデキストロース／水を含有する注入ボトルで出すことができる。組成物が注射によって投与される場合、成分が投与前に混合され得るように、注射用滅菌水または生理食塩水のアンプルを提供することができる。
【０１１８】
一部の実施形態では、免疫チェックポイント調節因子は、中性形態（ｎｅｕｔｒａｌ  ｆｏｒｍ）で製剤化することができ；一部の実施形態では、それは塩の形態で製剤化されてもよい。薬学的に許容される塩としては、塩酸、リン酸、酢酸、シュウ酸、酒石酸などに由来するような遊離アミノ基で形成されるもの、及びナトリウム、カリウム、アンモニウム、カルシウム、水酸化第二鉄、イソプロピルアミン、トリエチルアミン、２−エチルアミノエタノール、ヒスチジン、プロカインなどに由来するような遊離カルボキシル基で形成されるものが挙げられる。
【０１１９】
本発明に従って使用するための医薬組成物は、任意の適切な経路によって投与されてもよい。一部の実施形態では、医薬組成物は静脈内投与される。一部の実施形態では、医薬組成物は、皮下投与される。一部の実施形態では、医薬組成物は、心臓または筋肉（例えば、筋肉内）、または神経系（例えば、脳への直接注射；脳室内；クモ膜下腔内）などの標的組織への直接投与により投与される。代替的または追加的には、一部の実施形態では、医薬組成物は、非経口投与、経皮投与、または経粘膜投与（例えば、経口投与若しくは経鼻投与）される。必要に応じて、複数の経路が同時に使用することができる。
【０１２０】
免疫チェックポイント調節因子（または免疫チェックポイント調節因子を含有する組成物または薬品）は、単独で、または他の免疫チェックポイント調節因子と併用して投与することができる。用語「併用して」は、第１の免疫チェックポイント調節因子が、別の免疫チェックポイント調節因子の前に、それとほぼ同時に、またはその後に、投与されることを示す。例えば、第１の免疫チェックポイント調節因子は、１つ以上の異なる免疫チェックポイント調節因子を含有する組成物に混合し、それにより、同時に投与することができるか；あるいは、作用物質は、（例えば、免疫チェックポイント調節因子も投与される静脈ラインに、作用物質を「ピギーバッキング」送達すること、またはその逆により）混合せずに、同時に投与することができる。別の例では、免疫チェックポイント調節因子は、別々に（例えば、混合されずに）、しかし、免疫チェックポイント調節因子の投与から短い期間内（例えば、２４時間以内）に投与することができる。
【０１２１】
一部の実施形態では、免疫チェックポイント調節因子で処置される対象は、１つ以上の免疫抑制剤を投与される。一部の実施形態では、１つ以上の免疫抑制剤は、好ましくない自己免疫応答（例えば、腸炎、肝炎、皮膚炎（中毒性表皮壊死症を含む）、神経障害、及び／または内分泌障害）、例えば、甲状腺機能低下症を減少させるため、阻害するため、または予防するために投与される。例示的な免疫抑制剤は、ステロイド、抗体、免疫グロブリン融合タンパク質などを含む。一部の実施形態では、免疫抑制剤（例えばリツキシマブ）は、Ｂ細胞活性を阻害する。一部の実施形態では、免疫抑制剤は、おとりポリペプチド抗原（ｄｅｃｏｙ  ｐｏｌｙｐｅｐｔｉｄｅ  ａｎｔｉｇｅｎ）である。
【０１２２】
一部の実施形態では、免疫チェックポイント調節因子（または免疫チェックポイント調節因子を含有する組成物若しくは薬品）は、治療的有効量で（例えば、投薬量で、かつ／あるいは適切な集団に投与される場合に、例えば、癌と関連する症状を改善し、癌の発症を予防若しくは遅延させ、かつ／または、さらに、癌の症状の重症度若しくは頻度を低下させることにより、癌を処置するのに十分であるように示されている投薬レジメンに従って）投与される。一部の実施形態では、長期臨床効果は、例えば、ペンブロリズマブなどのＰＤ−１遮断薬及び／または他の作用物質を含む免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の後に観察される。所与の患者の癌の処置に治療的に有効であろう投与量は、癌の性質及び程度に、少なくともある程度依存することがあり、標準臨床技術により決定することができることを、当業者らは認識するであろう。一部の実施形態では、最適な投薬量範囲の同定に役立つ１つ以上のインビトロまたはインビボアッセイが、任意に用いられてもよい。一部の実施形態では、所与の個体の処置にて利用されるべき特定の投与量は、投与の経路、癌の程度、及び／または患者の状況に照らした施術者の判断に関連すると考えられる１つ以上の他の因子に依存することがある。一部の実施形態では、有効投与量は、（例えば、ｔｈｅ  Ｕ．Ｓ．  Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，  Ｆｏｏｄ  ａｎｄ  Ｄｒｕｇ  Ａｄｍｉｎｉｓｔｒａｔｉｏｎ，  ａｎｄ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｄｒｕｇ  Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ  ａｎｄ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ｉｎ  “Ｇｕｉｄａｎｃｅ  ｆｏｒ  Ｉｎｄｕｓｔｒｙ：  Ｅｓｔｉｍａｔｉｎｇ  Ｍａｘｉｍｕｍ  Ｓａｆｅ  Ｓｔａｒｔｉｎｇ  Ｄｏｓｅ  ｉｎ  Ｉｎｉｔｉａｌ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｔｒｉａｌｓ  ｆｏｒ  Ｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ  ｉｎ  Ａｄｕｌｔ  Ｈｅａｌｔｈｙ  Ｖｏｌｕｎｔｅｅｒｓ”，  Ｐｈａｒｍａｃｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｔｏｘｉｃｏｌｏｇｙ，  Ｊｕｌｙ  ２００５に記載されているように）インビトロまたは動物モデル試験システムから得られる投与量−応答曲線から外挿されてもよい。
【０１２３】
一部の実施形態では、免疫チェックポイント調節因子の治療的有効量は、例えば、約０．０１ｍｇ／ｋｇを超える、約０．０５ｍｇ／ｋｇを超える、約０．１ｍｇ／ｋｇを超える、約０．５ｍｇ／ｋｇを超える、約１．０ｍｇ／ｋｇを超える、約１．５ｍｇ／ｋｇを超える、約２．０ｍｇ／ｋｇを超える、約２．５ｍｇ／ｋｇを超える、約５．０ｍｇ／ｋｇを超える、約７．５ｍｇ／ｋｇを超える、約１０ｍｇ／ｋｇを超える、約１２．５ｍｇ／ｋｇを超える、約１５ｍｇ／ｋｇを超える、約１７．５ｍｇ／ｋｇを超える、約２０ｍｇ／ｋｇを超える、約２２．５ｍｇ／ｋｇを超える、または約２５ｍｇ／ｋｇを超える体重であることができる。一部の実施形態では、治療的有効量は、約０．０１〜２５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜２０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜１５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜１０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜７．５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜４ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜３ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜２ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜１．５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜１．０ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜０．５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜０．１ｍｇ／ｋｇ、約１〜２０ｍｇ／ｋｇ、約４〜２０ｍｇ／ｋｇ、約５〜１５ｍｇ／ｋｇ、約５〜１０ｍｇ／ｋｇ体重であることができる。一部の実施形態では、治療的有効量は、約０．０１ｍｇ／ｋｇ、約０．０５ｍｇ／ｋｇ、約０．１ｍｇ／ｋｇ、約０．２ｍｇ／ｋｇ、約０．３ｍｇ／ｋｇ、約０．４ｍｇ／ｋｇ、約０．５ｍｇ／ｋｇ、約０．６ｍｇ／ｋｇ、約０．７ｍｇ／ｋｇ、約０．８ｍｇ／ｋｇ、約０．９ｍｇ／ｋｇ、約１．０ｍｇ／ｋｇ、約１．１ｍｇ／ｋｇ、約１．２ｍｇ／ｋｇ、約１．３ｍｇ／ｋｇ、約１．４ｍｇ／ｋｇ、約１．５ｍｇ／ｋｇ、約１．６ｍｇ／ｋｇ、約１．７ｍｇ／ｋｇ、約１．８ｍｇ／ｋｇ、約１．９ｍｇ／ｋｇ、約２．０ｍｇ／ｋｇ、約２．５ｍｇ／ｋｇ、約３．０ｍｇ／ｋｇ、約４．０ｍｇ／ｋｇ、約５．０ｍｇ／ｋｇ、約６．０ｍｇ／ｋｇ、約７．０ｍｇ／ｋｇ、約８．０ｍｇ／ｋｇ、約９．０ｍｇ／ｋｇ、約１０．０ｍｇ／ｋｇ、約１１．０ｍｇ／ｋｇ、約１２．０ｍｇ／ｋｇ、約１３．０ｍｇ／ｋｇ、約１４．０ｍｇ／ｋｇ、約１５．０ｍｇ／ｋｇ、約１６．０ｍｇ／ｋｇ、約１７．０ｍｇ／ｋｇ、約１８．０ｍｇ／ｋｇ、約１９．０ｍｇ／ｋｇ、約２０．０ｍｇ／ｋｇ体重、またはそれ以上である。一部の実施形態では、治療的有効量は、約３０ｍｇ／ｋｇ以下、約２０ｍｇ／ｋｇ以下、約１５ｍｇ／ｋｇ以下、約１０ｍｇ／ｋｇ以下、約７．５ｍｇ／ｋｇ以下、約５ｍｇ／ｋｇ以下、約４ｍｇ／ｋｇ以下、約３ｍｇ／ｋｇ以下、約２ｍｇ／ｋｇ以下、若しくは約１ｍｇ／ｋｇ体重、またはそれ未満である。
【０１２４】
一部の実施形態では、特定の個体に対して投与される投与量は、個体のニーズに応じて、時間とともに変動（例えば、増加または減少）する。
【０１２５】
さらに別の例では、負荷投与量（例えば、初期のより高い投与量）の治療組成物が、処置の経過の始めに与えられ、続いて、減少した維持投与量（例えば、後続のより少ない投与量）の治療組成物が投与されてもよい。
【０１２６】
任意の理論に束縛されることを望まないが、負荷投与量は、初期の、かつ一部の場合では、組織（例えば、肝臓）中の望ましくない物質（例えば、脂肪性物質及び／または腫瘍細胞など）の大量の蓄積をクリアランスすることがあり、維持投与は、初期クリアランス後の脂肪性物質の蓄積を遅延させ、低減させ、または防止することがあることが考えられる。
【０１２７】
処置の負荷投与量及び維持投与量、間隔、及び期間は、本明細書に例示され、かつ当該技術分野で既知であるような、任意の利用可能な方法により決定されることがあることが認識されるであろう。一部の実施形態では、負荷投与量は、約０．０１〜１ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜５ｍｇ／ｋｇ、約０．０１〜１０ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜１０ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜２０ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜２５ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜３０ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜５ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜２ｍｇ／ｋｇ、約０．１〜１ｍｇ／ｋｇ、または約０．１〜０．５ｍｇ／ｋｇ体重である。一部の実施形態では、維持投与量は、約０〜１０ｍｇ／ｋｇ、約０〜５ｍｇ／ｋｇ、約０〜２ｍｇ／ｋｇ、約０〜１ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．５ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．４ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．３ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．２ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．１ｍｇ／ｋｇ体重である。一部の実施形態では、負荷投与量は、所与の期間（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２ヶ月以上）及び／または所与の投与数（例えば、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０回以上の投与）に対し、一定間隔で個体に投与され、続いて維持投与がなされる。一部の実施形態では、維持投与量は、０〜２ｍｇ／ｋｇ、約０〜１．５ｍｇ／ｋｇ、約０〜１．０ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．７５ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．５ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．４ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．３ｍｇ／ｋｇ、約０〜０．２ｍｇ／ｋｇ、または約０〜０．１ｍｇ／ｋｇ体重である。一部の実施形態では、維持投与量は、約０．０１、０．０２、０．０４、０．０６、０．０８、０．１、０．２、０．３、０．４、０．５、０．６、０．７、０．８、０．９、１．０、１．２、１．４、１．６、１．８、または２．０ｍｇ／ｋｇ体重である。一部の実施形態では、維持投与は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２ヶ月間以上投与される。一部の実施形態では、維持投与は、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０年間以上投与される。一部の実施形態では、維持投与は（例えば、一生涯）無期限に投与される。
【０１２８】
治療的有効量の免疫チェックポイント調節因子は、１回投与量として投与され、または癌の性質及び程度に応じて間隔を置いて、かつ継続的に投与されてもよい。「間隔」を置いた投与は、本明細書で使用される場合、治療的有効量が、（１回投与量と区別されるように）定期的に投与されることを示す。間隔は、標準的な臨床技術により決定することができる。一部の実施形態では、免疫チェックポイント調節因子は、隔月、毎月、月２回、３週間毎、隔週、毎週、週２回、週３回、または毎日投与される。単一の個体に対する投与間隔は、固定間隔である必要はないが、個体のニーズ及び回復速度に応じて、時間とともに変動させることができる。
【０１２９】
本明細書で使用される場合、用語「隔月」は、２ヶ月に１回（すなわち、２ヶ月毎に１回）の投与を意味し；用語「毎月」は、１ヶ月に１回の投与を意味し；用語「３週間毎」は、３週間に１回（すなわち、３週間毎に１回）の投与を意味し；用語「隔週」は、２週間に１回（すなわち、２週間毎に１回）の投与を意味し；用語「毎週」は、１週間に１回の投与を意味し；用語「毎日」は、１日に１回の投与を意味する。
【０１３０】
本発明はさらに、本明細書に記載されるように、癌の処置のための組成物の投与に関する使用説明書を含有するラベルを有する容器（例えば、バイアル、瓶、静脈内投与のための袋、シリンジなど）中に免疫チェックポイント調節因子を含む医薬組成物に関する。
【実施例】
【０１３１】
次の実施例は、当業者らに、本発明の方法及び組成物を作製するための方法及び使用するための方法を説明するために提供され、本発明者らが発明とみなすものの範囲を限定することを意図するものではない。
【０１３２】
概説
今日、免疫系がヒト癌を拒絶することができることの最初の観察以来の１世紀を超え（１）、免疫チェックポイント阻害剤は、適応免疫が、癌の処置のために利用することができることを実証している（２−５、６０、６１）。進行した非小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）では、抗ＰＤ−１療法は、１７〜２１％の奏効率を実証しており、いくつかの奏効は、非常に持続的である（３、６）。
【０１３３】
抗ＰＤ−１療法などの免疫療法の奏効に関する分子決定因子を理解することは、腫瘍学の重要な課題の１つである。最良奏効の１つは現在までに、主に変異誘発物質（それぞれ、紫外線（７）及び肺癌における煙草の煙中の発癌物質（８））への慢性的な曝露により引き起こされる癌であるメラノーマ及びＮＳＣＬＣの両方に見られている。しかし、腫瘍型の中で、変異バーデンに、１０ｓ〜１０００ｓの範囲の大きな変動がある（９−１１）。喫煙未経験の腫瘍が一般に、喫煙者の腫瘍と比較して、極めて少ない体細胞変異しか有さないが、この範囲は、ＮＳＣＬＣの患者において特に広い（１２）。本発明者らは、ＮＳＣＬＣの変異の全体像は、いかに患者に抗ＰＤ−１療法が奏効するかに影響を与えることがあると仮定する。いかにＮＳＣＬＣのゲノムの特徴が、抗ＰＤ−１療法による恩恵に影響を与え得るかを判定するために、本発明者らは、ヒト化ＩｇＧ４−κアイソタイプ抗ＰＤ−１抗体（それぞれ、ｎ＝１６及びｎ＝１８；合計ｎ＝３４）であるペンブロリズマブならびにそれらの一致した正常ＤＮＡで処置された患者の２つの独立したコホートからＮＳＣＬＣのエクソームを配列決定した（図１５）。
【０１３４】
本明細書に含まれる特定の実施例が、代表的なものであり、限定的なものではないことを、本開示を読む当業者らは認識するであろう。例えば、以下に詳細に提供されるように、メラノーマにおけるイピリムマブ奏効のデータをレビューする当業者らは、概念実証を表し、ネオエピトープ変異シグネチャーが免疫チェックポイント調節因子の奏効を予測することができることを確立している。アプローチが、癌及び免疫チェックポイント調節因子療法全体に広く適用可能であることを、本開示を読む当業者らは認識及び理解するであろう。
【０１３５】
実施例１．ペンブロリズマブに対する多種多様な臨床転帰を有する患者由来の腫瘍の変異の全体像
本実施例は、癌の変異の全体像の解析を説明し、免疫チェックポイント調節因子が有利に、または不十分に奏効する患者の有用な特質を規定することにおいてその効果を実証する。実施例は特に、ＰＤ−１遮断（例えば、ペンブロリズマブ）で処置された肺癌患者の解析を例示し、このような患者の例示的変異特性を規定する。
【０１３６】
全体的に、生成された腫瘍ＤＮＡ配列決定は、１６４×の標的カバレッジを意味し、標的配列の９４．５％の平均は、少なくとも１０×の深度までカバーされ；カバレッジ及び深度は、両方のコホートの間及び持続的臨床効果のありのものまたはなしのものの間で類似していた（図５）。本発明者らは、サンプル当たり２００（１１〜１１９２の範囲）の非同義変異中央値を同定した（図６）。サンプル当たりの全エキソン変異中央値は、３２７（４５〜１７３２の範囲）であった。非同義及びエキソン変異バーデンの全量及び範囲は、公開された一連のＮＳＣＬＣ（１３、１４）に類似していた（図７Ａ及び７Ｂ）。トランジション／トランスバージョン比（Ｔｉ／Ｔｖ）は、０．７４（図８）であり、以前に記載されているＮＳＣＬＣにも類似していた（１３〜１５）。本発明者らの配列決定データの精度を確保するために、３７６のランダムに選択された多様体を使用して、直交方法（Ａｍｐｌｉｓｅｑ）を用いたターゲットリシーケンシングを実施し、３５７中に変異を確定した（９５％）。
【０１３７】
本発明者らは、より高い体細胞非同義変異バーデンにより、抗ＰＤ１療法の臨床的有効性が予測されたことを観察した。発見コホート（ｎ＝１６）では、非同義変異中央値は、持続的効果なし（ＮＤＢ）（ｐ＝０．０２）１４８と対比して、持続的臨床効果のある（ＤＣＢ：６ヶ月超続く部分奏効または安定した奏効）患者において３０２であった（図１Ａ）。７３パーセントの（コホートの上記バーデン中央値として定義される）非同義バーデンの高い患者は、１３％の変異バーデンの低いものと比較して、ＤＣＢを呈した（ｐ＝０．０４）。確定された客観的奏効率（ＯＲＲ）及び無増悪生存期間（ＰＦＳ）の両方は、非同義バーデンが高い患者においてより高かった（ＯＲＲ  ６３％対０％、ｐ＝０．０３；ＰＦＳ中央値１４．５対３．７ヶ月、ｐ＝０．０２；ＨＲ  ０．１９、９５％  ＣＩ  ０．０５〜０．７０）（図１Ｂ；図１６）。
【０１３８】
検証コホートは、ペンブロリズマブで処置された患者由来の１８個のＮＳＣＬＣサンプルの独立したセットを含んでいた。現在治療中の３人の患者は、まだ６ヶ月の経過観察に到達しておらず、それ故、ＤＣＢの計算に含まれない。検証コホートに喫煙未経験者がより多かったにもかかわらず、検証コホートの臨床特性は、発見コホートに類似していた（５／１８対１／１６）。非同義変異バーデン中央値は、ＮＤＢグループの１２５と比較して、ＤＣＢを有する患者由来の腫瘍において２４４であった（ｐ＝０．０４）（図１Ｃ）。ＤＣＢ及びＰＦＳの比率は再度、非同義変異バーデンが中央値を超える腫瘍において両方ともに有意により大きかった（ＤＣＢ  ８３％対２２％、ｐ＝０．０４；ＰＦＳ中央値  未到達対３．４ヶ月、ログランク検定  ｐ＝０．００６；ＨＲ  ０．１５、９５％  ＣＩ  ０．０４〜０．５９）（図１Ｄ；図１６）。
【０１３９】
発見コホートでは、８７％の受信者操作特性曲線下面積（ＡＵＣ）を有する、非同義変異バーデン及びＤＣＢの間に高い一致があった（図１Ｅ）。非同義変異バーデンが１７８以上の患者では、最大感度を最もよい特異度と組み合わせたカットポイントは、３．０のＤＣＢに対する尤度比を有しており；このカットポイントを使用したＤＣＢの感度及び特異度は、それぞれ１００％（９５％  ＣＩ  ５９〜１００）及び６７％（２９〜９３）であった。このカットポイントを検証コホート内の患者に適用すると、１７８以上の変異を含む腫瘍を有する患者における持続的効果の比率は、１７８未満のもの１４％と比較して、７５％であった。これは、８６％の感度及び７５％の特異度に対応した。
【０１４０】
重要な例外を除いて、ほとんどなかった。１７８以上の非同義変異を有する１８個の腫瘍のうちの５つが、ＮＤＢを有し、バーデンが非常に少ない（５６個の非同義変異）の１つの腫瘍は、ペンブロリズマブに対し部分奏効を有した。しかし、この奏効は、一過性であり、８ヶ月のみ持続した。両方のコホートに対し、これは、客観的奏効が確定された、腫瘍変異バーデンが１７８未満である患者だけである。特に、より高い非同義変異バーデンが、ＯＲＲ、ＤＣＢ、及びＰＦＳを予測していた（図１Ｆ、１Ｇ）が、この相関は、全エキソン変異バーデンを検査した時にあまり明らかでなかった（図１６）。
【０１４１】
実施例２．処置有効性と関連する体細胞変異シグネチャー
本実施例は、特定の体細胞変異シグネチャーが、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の有効性と関連することを実証する。
【０１４２】
本発明者らは、いかに変異の変化のパターンがペンブロリズマブの奏効と関連したかを判定するために、一括して全ての３４個のエクソームを検査した。ＮＤＢと比較して、ＤＣＢを有する患者において、Ｃ＞Ａトランスバージョンは、頻度が高く、Ｃ＞Ｔトランジションは、頻度が低かった（両方ともｐ＝０．０１、図９）。トランスバージョン-多い（ｔｒａｎｓｖｅｒｓｉｏｎ−ｈｉｇｈ）（ＴＨ、喫煙シグネチャー）をトランスバージョン-少ない（ｔｒａｎｓｖｅｒｓｉｏｎ−ｌｏｗ）（ＴＬ、喫煙未経験シグネチャー）症例と区別するために、喫煙の分子シグネチャー（１４）を同定するための予め検証された二値分類器を適用した。際だって、喫煙シグネチャーを含む腫瘍を有する患者は、ペンブロリズマブが奏効する可能性がより高かった。ＴＨ腫瘍におけるＯＲＲは、ＴＬ腫瘍における１７％に対して５６％であり、ｐ＝０．０３；ＤＣＢの比率は、７７％対２２％であり、ｐ＝０．００４、ＰＦＳはまた、ＴＨ腫瘍において有意に長かった（中央値  未到達対３．５、ｐ＝０．０００１）（図２Ａ）。注目すべきは、自己申告の喫煙歴は、ＤＣＢ（喫煙未経験者、３３％、対喫煙経験者、４８％、ｐ＝０．６６）またはＰＦＳと有意に関連しなかった（図２Ｂ）。ＤＣＢまたはＰＦＳの比率のどちらもが、喫煙未経験者に対し、喫煙経験者において（それぞれ、Ｆｉｓｈｅｒの直接確率法  ｐ＝０．６６及びログランク検定  ｐ＝０．２９）、または軽度喫煙者／喫煙未経験者（パックイヤー２５以下）に対し、重度喫煙者（パックイヤー中央値２５超）において（それぞれ、Ｆｉｓｈｅｒの直接確率法  ｐ＝０．０８及びログランク検定  ｐ＝０．１５）、著しく異ならなかった。分子喫煙シグネチャーは、喫煙歴よりも、非同義変異バーデンと有意に相関した（図１９）。
【０１４３】
煙草の煙中の多数の発癌物質は、肺癌における変異誘発に主に関与しており（１６）、喫煙者及び喫煙未経験者の両方における広範囲の変異バーデンが、さらなる経路が体細胞変異の蓄積の原因にもなり得るかどうかの問題を提起する。興味深いことに、本発明者らは、ＤＮＡ修復に重要である多数の遺伝子、または変異した時により高い変異率を生じると予測される多数の遺伝子に有害な変異を見出した。例えば、変異バーデンが最も高い３人の奏効者では、本発明者らは、（ＤＮＡ依存性）ポリメラーゼ、δ１、触媒サブユニット（ＰＯＬＤ１）、（ＤＮＡ依存性）ポリメラーゼ、イプシロン、触媒サブユニット（ＰＯＬＥ）、及びＭｕｔＳホモログ２（ＭＳＨ２）中の有害な変異を同定した（図３）。特に興味深いことには、ＰＯＬＤ１  Ｅ３７４Ｋ変異（ＳＩＦＴ  ０．０、ＰＯＬＹＰＨＥＮ有害）を、ＤＣＢを有する喫煙未経験者の腫瘍中に同定し、この腫瘍は、本発明者らのシリーズの全ての喫煙未経験者のうち、最も大きい非同義変異バーデン（ｎ＝５０７）を含んだ。ＰＯＬＤ１  Ｇｌｕ３７４は、Ｐｏｌ  δのエキソヌクレアーゼ校正ドメインに存在し、この残基の変異は、ラギングＤＮＡ鎖の忠実度の低い複製の原因となることがある（１７）。この仮説と一致して、Ｃ＞Ａトランスバージョンの比較的低い割合（２０％）及びＣ＞Ｔトランジションの優位性（５１％）により、本患者のエクソームを特性決定した。これは、他のＰＯＬＤ１変異体、超変異腫瘍（１８）に類似しており、喫煙関連肺癌とは異なる。本発明者らのシリーズにおける変異バーデンが最も大きい別の奏効者は、ＰＯＬＤ１にＣ２８４Ｙ変異を有した。これは、エキソヌクレアーゼ校正ドメインにも位置する。同様に、本発明者らは、ＤＮＡ−ＰＫの触媒サブユニットであるＰＲＫＤＣ、及びＲＡＤ１７にナンセンス変異を観察した。両方の遺伝子は、適切なＤＮＡ修復及びゲノムの完全性の維持のために必要であることがよく知られている（１９、２０）。
【０１４４】
特定のＤＮＡ修復関連遺伝子に加えて、４人以上のＤＣＢ患者に共通し、かつＮＤＢ患者には存在しない有害な変異を含んだ遺伝子は、ＰＯＬＲ２Ａ、ＫＥＡＰ１、ＰＡＰＰＡ２、ＰＸＤＮＬ、ＲＹＲ１、ＳＣＮ８Ａ、及びＳＬＩＴ３を含んだ。ＫＲＡＳにおける変異が、ＮＤＢグループの１個／１７個と比較して、ＤＣＢを有する患者由来の７個／１４個の腫瘍に見出された。知見は、以前に報告された喫煙及びＮＳＣＬＣにおけるＫＲＡＳ変異の存在の間の関連により説明されることがある（２１）。応答または耐性と関連する抗原提示経路関連遺伝子または（プログラム細胞死リガンド１、ＰＤ−Ｌ１をコードする）ＣＤ２７４に、変異またはコピー数の変化はなかった。
【０１４５】
変異バーデンの増大が、腫瘍免疫原性にいかに影響するか？非同義変異バーデンが、臨床効果を予測するという観察結果は、体細胞変異の結果として形成されたネオアンチゲンの認識が、抗ＰＤ−１療法の活性にとって重要であるという仮説と一致している。それ故、本発明者らは、本発明者らの以前に記載した計算パイプラインを使用して、この腫瘍セットにおける候補のネオアンチゲンの全体像を検査した（２２）（図１０）。要約すると、このパイプラインは、候補ネオアンチゲンと考えられる、患者に特異的なクラスＩ  ＨＬＡ対立遺伝子に対する結合親和性が５００ｎＭ以下の変異体ノナマーを同定する（２３、２４）。本発明者らは、腫瘍１つ当たりの１１２（８〜６１０の範囲）のネオアンチゲン中央値を同定した。予測通り（２５）、腫瘍候補ネオアンチゲンの量は、変異バーデンと相関し（Ｓｐｅａｒｍａｎ  ρ  ０．９１、ｐ＜０．０００１）、癌全体で近年報告された相関と類似する（６３）。ＤＣＢを有する患者由来の腫瘍は、ＮＤＢと比較して、ネオアンチゲンバーデンが有意に高く（中央値  ２０３対８３、ｐ＝０．００１、図４Ａ）、高ネオアンチゲンバーデンは、ＰＦＳの改善と関連した（中央値  １４．５対３．５ヶ月、ｐ＝０．００２；ＨＲ  ０．２３、９５％  ＣＩ  ０．０９〜０．５８）（図４Ｂ）。特異的ＨＬＡ対立遺伝子の存在は、臨床的有効性と相関しない（図１１）。非同義変異当たりのネオアンチゲンの頻度ではなく、ネオアンチゲンの絶対的なバーデンは、抗ＰＤ−１療法の奏効度と相関する（図１２）。
【０１４６】
本発明者らの研究では、目標は、全ての可能な候補ネオアンチゲンを包括的に検証することを試みるものではなかった。むしろ、本発明者らは、抗ＰＤ−１療法が、Ｔ細胞反応性に特異的なネオアンチゲンを変化させることができるかどうか、及びこれが、抗ＰＤ−１療法を用いる処置後に、免疫監視のために使用することができるかどうかを判定することを提示している。これを直接試験するために、ペンブロリズマブで腫瘍バーデンが９５％減少した１人の患者から同定された候補ネオアンチゲンを検査した。同定された候補ネオアンチゲンを、ペンブロリズマブ及び利用可能な末梢血リンパ球（ＰＢＬ）の例外的な奏効を有する患者で検査した（図３及び図１７の研究ＩＤ＃９）。予測されたＨＬＡ−Ａ拘束性ペプチドを合成して使用し、連続収集した末梢血リンパ球（ＰＢＬ）においてエキソビボでのネオアンチゲン特異的反応性を評価するために、検証済みのハイスループットＭＨＣ多量体スクリーニングストラテジー（２６、２７）を使用して自己由来Ｔ細胞に関しスクリーニングをした（０日目が処置の最初の日である、０、２１、４４、６３、２５６、及び２９７日目）。この解析は、ネオアンチゲンに対する優性なＣＤ８＋Ｔ細胞応答が、ＨＥＲＣ１  Ｐ３２７８Ｓ変異
2020196732.tif 000002
から生じたことを明らかにした（図４Ｃ）。特に、このＴ細胞応答は、療法の開始時に、検出レベル以下であった（０．００５％の検出レベル）が、療法の開始後３週間以内に容易に検出可能なレベルまで増大し（ＣＤ８＋Ｔ細胞の０．０４０％）、４４日目に維持された（Ｃｄ８＋Ｔ細胞の０．０４４％）。Ｔ細胞反応性のこの迅速な誘導は、腫瘍退縮と相関し、腫瘍退縮がプラトーに達したので、続く数ヶ月でバックグラウンドをわずかに上回るレベルに戻った（図４Ｄ）。４４日目に収集されたＰＢＬ由来のＨＥＲＣ１  Ｐ３２７８Ｓ多量体反応性Ｔ細胞を、ＣＤ４５ＲＡ−ＣＣＲ７−ＨＬＡ−ＤＲ＋ＬＡＧ−３−表現型により特性決定し、活性化されたエフェクター集団と一致した。（図２０）。これらのデータは、抗ＰＤ−１療法の臨床奏効に照らして、癌ネオアンチゲンに対する自己Ｔ細胞応答を明らかにする。本発明者らの知る限りでは、これは、抗ＰＤ−１療法の臨床奏効に照らして、癌ネオアンチゲンに対する自己Ｔ細胞応答を明らかにするための、癌のエクソームデータの最初の使用である。
【０１４７】
実施例３．免疫原性ペプチドのインビトロ分析
この実施例は、免疫原性ペプチドのインビトロ検証を実証する。
【０１４８】
ネオアンチゲン反応性Ｔ細胞の特異度を検証するために、６３日目及び２９７日目由来のＰＢＬを、変異ペプチドの存在下、インビトロで増殖させ、続いて、変異ペプチドまたは野生型ペプチド
2020196732.tif 000003
のいずれかで再刺激し、細胞内サイトカイン染色で分析した。両方の時点で、（ＩＦＮγ、ＣＤ１０７ａ、ＭＩＰ１β（ケモカインＣＣＬ４）、及びＴＮＦα産生を特徴とする）多機能性ＣＤ８＋Ｔ細胞の実質的な集団は、野生型ペプチドではない変異体に応答して検出された（図４Ｅ、１３Ａ−Ｄ）。
【０１４９】
多数の癌におけるＴ細胞チェックポイント療法の成功（２〜５）により、腫瘍指向性エフェクターＴ細胞応答を再確立する能力を確定している。しかし、患者のサブセットのみが、これらの療法から恩恵を受け、奏効の決定因子及びメディエーターは、不明である。現在の研究では、ペンブロリズマブで処置されたＮＳＣＬＣにおいて、上昇した非同義変異バーデンが、臨床的有効性を強く予測し、効果の可能性が高い患者を同定するために使用することができることが示される。加えて、臨床的有効性は、特定のＤＮＡ修復変異である煙草発癌性物質関連変異誘発の分子シグネチャー特性、及びネオアンチゲンのバーデンと相関する。さらに、本発明者らは、ペンブロリズマブの迅速かつ持続的な奏効と一時的に相関した自己ネオアンチゲン特異的末梢血Ｔ細胞応答を同定するための、肺癌患者由来の癌エクソームデータを使用する実施例について記載する。
【０１５０】
予想通り、変異バーデン、喫煙シグネチャー、及びネオアンチゲンバーデンは、密接に関連していた。これにより、ペンブロリズマブの奏効における各要因の独立した影響を区別するために多変量解析に対する能力が制限される。それにもかかわらず、分子喫煙シグネチャーが、有効性と相関する一方、自己申告の喫煙状態は、相関せず、異種グループ内で分子的に関連する腫瘍を同定する分類器の能力を強調したという点に留意すべきである。さらに、検査されたエクソーム中の喫煙の分子シグネチャー及び臨床的有効性の間の相関は、重要な潜在的な影響を有する。喫煙の分子的証拠が、制限されたゲノム評価により同定することができるので（８）、エクソーム全体を配列決定する必要なしに、分子喫煙シグネチャーが単独で、抗ＰＤ−１療法の奏効を予測するために使用することができるかどうかを検査することは、興味深いであろう。
【０１５１】
本研究のほぼ全ての腫瘍（９１％）は、ＰＤ−Ｌ１発現に陽性であった（１％以上の膜染色；ｃｌｏｎｅ  ２２Ｃ３、Ｍｅｒｃｋ  ＆  Ｃｏ．，  Ｉｎｃ．（６））。このマーカーは、奏効を高めるように見える（３、６、２８）が、ＰＤ−Ｌ１陽性とみられる多数の腫瘍は、抗ＰＤ−１療法が奏効せず、奏効は、ＰＤ−Ｌ１陰性腫瘍を有する患者にも見られる（６、２８）。以前の研究では、処置前のＰＤ−Ｌ１発現が、抗ＰＤ−１療法の奏効を高める（３、６、２８）が、ＰＤ−Ｌ１陽性とみられる多数の腫瘍は、奏効せず、一部の奏効は、ＰＤ−Ｌ１陰性腫瘍において生じる（６、２８）ことが報告されている。半定量的ＰＤ−Ｌ１染色結果は、患者３４人中３０人で利用可能であり、強い染色は、５０％以上のＰＤ−Ｌ１発現を示し、弱いものは、１〜４９％を示し、陰性は、１％未満を示した（ｃｌｏｎｅ  ２２Ｃ３、Ｍｅｒｃｋ（６））。この治験は、ＰＤ−Ｌ１腫瘍発現の患者を主に登録したので、ほとんどのサンプルは、ある程度のＰＤ−Ｌ１発現を有し（３０人中２４人、８０％、図１７）、変異バーデン及びＰＤ−Ｌ１発現の間の関係を判定する能力を制限した。高い非同義変異バーデン（＞２００、全コホート中央値を上回る）及びある程度のＰＤ−Ｌ１発現（弱／強）を有するもののうち、ＤＣＢの比率は、９１％であった（１１人中１０人、９５％  ＣＩ  ５９〜９９％）。対照的に、低い変異バーデン及びある程度のＰＤ−Ｌ１発現を有するものでは、ＤＣＢの比率は、わずか１０％であった（１０人中１人、９５％  ＣＩ  ０〜４４％）。弱いＰＤ−Ｌ１発現を有する患者を排他的に検査する場合、高い非同義変異バーデンは、７５％のＤＣＢと関連した（４人中３人、９５％  ＣＩ  １９〜９９％）一方、低い変異バーデンは、１１％のＤＣＢと関連した（９人中１人、０％〜４８％）。ＰＤ−Ｌ１強度及び変異バーデンの間の関係を判定するための大規模な研究が必要とされる。さらに、近年のデータは、腫瘍微小環境内（腫瘍内浸潤免疫細胞（３２）上、腫瘍浸潤部、腫瘍中心部など（３３））でのＰＤ−Ｌ１発現の局在化は、バイオマーカーとしてのＰＤ−Ｌ１の使用に影響を及ぼすことがあることを実証している。
【０１５２】
癌のＴ細胞認識は、癌細胞及びプロフェッショナル抗原提示細胞によるＭＨＣ分子上での腫瘍特異的抗原の提示に依存する（２９）。ごく少ない前臨床（３０〜３３、６６〜６８）及び臨床（２５、３４〜３６、６９）報告は、ネオアンチゲン特異的エフェクターＴ細胞応答が、確立された腫瘍を認識し、収縮させることができることを実証している（３６）。非同義変異バーデンが、総エキソン変異バーデンと比較して、抗ＰＤ−１療法を用いる臨床効果をより良好に予測したという本発明者らの知見は、応答を命令することにおけるネオアンチゲンの重要性を示唆する。これの裏付けでは、初めて、末梢血中のネオアンチゲン特異的Ｔ細胞の増殖と抗ＰＤ−１療法の放射線学的奏効との間の時間的関連が示されている。抗ＰＤ−１誘導性ネオアンチゲン特異的Ｔ細胞反応性は、末梢血画分内で観察することができるという観察結果は、機能的なネオアンチゲンを明らかにし、かつ抗ＰＤ−１療法後の奏効を監視する血液ベースのアッセイの開発への扉を開くことがある。特定のネオアンチゲン配列は、本明細書では、図２１に含まれる。
【０１５３】
Ｔ細胞チェックポイント阻害剤の近年の開発は、多数の有病率が高い悪性腫瘍を有する患者に対する処置の全体像を変化させ始めている。これらの知見は、抗ＰＤ−１療法の奏効の本発明者らの理解及び診療所でのそれの適用に影響を与える。これらの療法から恩恵を受ける可能性が最も高い患者を同定する能力は、非同義変異バーデンの解析により本明細書で実証されるように、これらの新規の療法の臨床価値を最大限にすることに寄与するであろう。
【０１５４】
実施例４．実施例１〜３のための材料及び方法
本実施例は、本明細書で実施例１〜３に提示した作業のための詳細な材料及び方法を提供する。
【０１５５】
本発明者らは、ペンブロリズマブで処置された肺癌患者から腫瘍組織を得た。これらのサンプルは、長期効果（ＬＢ）、または最小限の効果／効果なし（ＮＢ）を呈したペンブロリズマブで処置された患者由来のものであった。これらの腫瘍で全エクソーム配列決定を実施し、正常な血液と照合した。これらの変異から生成された体細胞変異及び候補体細胞ネオアンチゲンを同定及び特性決定した。
【０１５６】
患者及び臨床特性
全ての患者は、ステージＩＶの小細胞肺癌（ＮＳＣＬＣ）を有し、プロトコールＮＣＴ０１２９５８２７で、Ｍｅｍｏｒｉａｌ  Ｓｌｏａｎ  Ｋｅｔｔｅｒｉｎｇ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｅｎｔｅｒ（ｎ＝２９）またはロサンゼルスのｔｈｅ  Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ  ｏｆ  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ（ｎ＝５）において処置された（図１７）。全ての患者は、２０１２〜２０１３に療法を開始し、３週間毎に２ｍｇ／ｋｇで処置された５人の患者を除いて、２〜３週間毎に１０ｍｇ／ｋｇで処置された。総合奏効率及び無増悪生存期間は、投与量及びスケジュールを通じて類似していると報告されている（６）。全ての患者は、組織収集及び配列決定を可能にするＩｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌ  Ｒｅｖｉｅｗ  Ｂｏａｒｄに承認されたプロトコールに同意していた。予め検証されたマウス抗ヒト抗ＰＤ−Ｌ１抗体（ｃｌｏｎｅ  ２２Ｃ３、Ｍｅｒｃｋ  ＆  Ｃｏ．，  Ｉｎｃ．）を使用して、免疫組織化学により、将来を見通してＰＤ−Ｌ１発現を評価した。腫瘍細胞及び腫瘍内浸潤免疫細胞上のＰＤ−Ｌ１の膜発現をスコア化した。３１人（９１％）は、ＰＤ−Ｌ１発現に関して少なくとも１％の陽性を得；２人の患者は、ＰＤ−Ｌ１陰性であり；１人は、不明であった。ＭＳＫＣＣのケアの基準として実行される予め完了した自己申告の喫煙質問表、またはＵＣＬＡでの医療記録のレビューを使用して、喫煙状態を評価した。この分析に適格である患者は全て、研究療法の少なくとも２つの投与量を受け、ペンブロリズマブの奏効を評価可能であり、毒性または同意の撤回により、早期に中止しなかった。
【０１５７】
腫瘍サンプル
処置後の組織が使用された１人の非奏効者除き、ペンブロリズマブを投与する前に、配列決定に使用される全ての腫瘍組織を得た（研究ＩＤ  ＤＭ１２３０６２）。全エクソーム配列決定に使用される腫瘍サンプルをパラフィン包埋した（ＦＦＰＥ）。末梢血を収集し、ＤＮＡを全ての患者から単離した（Ｎｕｃｌｅｏｓｐｉｎ  Ｂｌｏｏｄ  Ｌ，  Ｍａｃｈｅｒｙ−Ｎａｇｅｌ）。胸部病理学者による代表的なヘマトキシリン・エオシン染色されたスライドの検査により、配列決定されたサンプル中の腫瘍組織の存在を確定した（Ｎ．Ｒ．またはＡ．Ｍ）。ＤＮＥａｓｙ  ｋｉｔ（Ｑｉａｇｅｎ）を使用して、ＤＮＡ抽出を実施した。
【０１５８】
臨床的有効性分析
研究放射線科医による研究者が評価した免疫関連応答基準（ｉｒＲＣ）（３７）により、ペンブロリズマブの客観的奏効を評価した。プロトコール毎に、ＣＴスキャンを９週間毎に実施した。奏効の初期同定の少なくとも４週間後に行われる反復イメージングにより部分奏効及び完全奏効を確定し；未確定の奏効は、２回目のＣＴスキャンの結果によって決まる安定または進行と考えられた。持続的臨床効果（ＤＣＢ）を、６ヶ月超続く安定疾患または部分奏効と規定した（２７週目、第３のプロトコールでスケジュールされた奏効評価時）。療法の開始から６ヶ月以内の持続的効果なし（ＮＤＢ）を、進行と規定した。データロック時（２０１４年１０月１０日）に依然として進行中の研究療法であったが、まだ６ヶ月の経過観察に到達していなかった患者を、「未到達」（ＮＲ）とみなした。これらの患者は、ＤＣＢ／ＮＤＢの分析に含まれなかったが、客観的奏効及び無増悪生存期間の評価に含まれた。研究療法に対する進行中の奏効がある患者の場合、無増悪生存期間を、最新の画像評価のデータで打ち切った。生存患者の場合、全生存期間を、最後の知られている接触の日で打ち切った。
【０１５９】
全エクソームキャプチャ及び配列決定
全エクソームキャプチャライブラリーを、ｔｈｅ  Ｂｒｏａｄ  ｉｎ−ｓｏｌｕｔｉｏｎ  ｈｙｂｒｉｄ  ｓｅｌｅｃｔｉｏｎ  ｐｒｏｃｅｓｓを用いるＡｇｉｌｅｎｔ  Ｓｕｒｅ−Ｓｅｌｅｃｔ  Ｈｕｍａｎ  Ａｌｌ  Ｅｘｏｎ  ｖ２．０，  ４４Ｍｂ  ｂａｉｔｅｄ  ｔａｒｇｅｔにより作製した。豊富なエクソームライブラリを、ＨｉＳｅｑ  ２０００  ｐｌａｔｆｏｒｍ  （Ｉｌｌｕｍｉｎａ）で配列決定して、１５０×の平均標的カバレッジの目標に対してペアードエンドリード（２×７６ｂｐ）を生成した（Ｂｒｏａｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ、マサチューセッツ州ケンブリッジ）（図１４Ａ〜１４Ｑ、図１８）。
【０１６０】
ＨＬＡタイピング
ＨＬＡタイピングを、高解像度ＳｅＣｏｒｅ  ＨＬＡ配列ベースのタイピング法（ＨＬＡ−ＳＢＴ）（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）による、ＭＳＫＣＣ  ＨＬＡ  ｔｙｐｉｎｇ  ｌａｂ  Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ  Ｂｌｏｏｄ  Ｃｅｎｔｅｒで実施した。ＡＴＨＬＡＴＥＳ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇ／ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ−ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ／ｓｃｉｅｎｃｅ／ｐｒｏｊｅｃｔｓ／ｖｉｒａｌ−ｇｅｎｏｍｉｃｓ／ａｔｈｌａｔｅｓ）（３８）も、ＨＬＡタイピング及び確定のためにも使用した。
【０１６１】
エクソーム解析パイプライン
Ｂｕｒｒｏｗｓ−Ｗｈｅｅｌｅｒ  Ａｌｉｇｎｅｒ（ＢＷＡ）バージョン０．７．１０を使用して、未加工の配列決定データをｈｇ３７ゲノムビルドにアラインした（３９）（図６）。Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  Ｔｏｏｌｋｉｔ（ＧＡＴＫ）バージョン３．２．２を使用して、さらなる挿入欠失再アライメント、ベース質スコア再キャリブレーション、及び重複リード除去を実施した（４０）。ＳｎｐＥｆｆｅｃｔバージョン３．５ｄ（２０１４−０３−０５構築）を使用して、変異に注釈をつけた（４１）。Ｓｏｍａｔｉｃ  Ｓｎｉｐｅｒバージョン１．０．０（４２）、ＶａｒＳｃａｎバージョン２．２．３（４３）、Ｓｔｒｅｌｋａバージョン１．０．１３（４４）、及びＭｕＴｅｃｔバージョン１．４（４５）を使用して、デフォルトパラメータを用いて一塩基多様体（ＳＮＶ）コールを生成した。ＶａｒＳｃａｎ及びＳｔｒｅｌｋａを使用して、挿入欠失コールを生成した。ベースラインフィルタ（腫瘍被検査物の７×カバレッジの深度、＞９７％の正常対立遺伝子画分、＞１０％の腫瘍対立遺伝子画分）を選択した。１０００ゲノムプロジェクト、ＥＳＰ６５００（Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｈｅａｒｔ，Ｌｕｎｇ  ａｎｄ  Ｂｌｏｏｄ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ［ＮＨＬＢＩ］ＧＯエクソーム配列決定プロジェクト）、及びｄｂＳＮＰ１３２と比較することにより、既知の一塩基多型（ＳＮＰ）を排除した（４６−４８）。ＳＮＰデータベースではまれであり、かつ正常ＤＮＡにおける対立遺伝子画分がゼロである腫瘍に存在する一塩基多型（ＳＮＰ）は、Ｉｎｔｅｇｒａｔｉｖｅ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  Ｖｉｅｗｅｒ（ＩＧＶ）を使用して手動でレビューされ、体細胞ＳＮＶとして含まれた（４９）。ＩＧＶを使用した手動のレビューを、次のさらなる３つのカテゴリーのいずれかにおける全ての変異についても行った：（ｉ）１つのコーラーによりコールされた（ｉｉ）７×〜３５×のカバレッジ（ｉｉｉ）１０％未満の腫瘍対立遺伝子であるが、２つ以上のコーラーによりコールされた。ｓｎｐＥｆｆ（高）、ＳＩＦＴ（５０）（スコア＜０．０５）、またはＰｏｌｙＰｈｅｎ−２（「Ｄ」若しくは「Ｐ」）によりそのように示される場合、コールされたＳＮＶを有害と評価した（５１）。ＳＩＦＴ及びＰｏｌｙｐｈｅｎ２予測スコア及びＧＥＲＰ＋＋保存スコアを、ｄｂＮＳＦＰバージョン２．２から解析した（５２）。検出された変異の検証再配列は、９７％を超える（５３）。
【０１６２】
分子シグネチャー分析
トリヌクレオチド配列構成内の非同義エキソン一塩基置換を分析することにより、各サンプルの変異スペクトルを計算した。つまり、各サンプルに対し、フランキングヌクレオチドの１６の可能な組み合わせのそれぞれのうちの、６つの可能な一塩基変化（Ｗａｔｓｏｎ−Ｃｒｉｃｋ塩基対のピリミジンを最初に参照した、Ｃ＞Ａ：Ｇ＞Ｔ、Ｃ＞Ｇ：Ｇ＞Ｃ、Ｃ＞Ｔ：Ｇ＞Ａ、Ｔ＞Ａ：Ａ＞Ｔ、Ｔ＞Ｃ：Ａ＞Ｇ、Ｔ＞Ｇ：Ａ＞Ｃ）のそれぞれのパーセンテージを計算して、そのサンプルについての変異スペクトルを表すために使用される９６特徴ベクトルを生成した。本発明者らは、トランスバージョン少ない（ＴＬ）の腫瘍及びトランスバージョン多い（ＴＨ）の腫瘍を区別する二値分類器を生成するために、Ｓｕｐｐｏｒｔ  Ｖｅｃｔｏｒ  Ｍａｃｈｉｎｅ（Ｒ  ｐａｃｋａｇｅ  ｅ１０７１）を利用した。以前に発表された分析（１４）と同様に、生涯にわたる喫煙未経験者及び対応する対照としてのパックイヤー６０以上の喫煙歴を有する患者を使用して、分類器をトレーニングした。ＴＣＧＡからの公に利用可能なエクソーム配列決定及び喫煙歴データならびに以前に発表された結果（５４）から、トレーニングセットを得た。全てのサンプルを、ＴＬまたはＴＨカテゴリーのいずれかに属するものとして分類するために、この分類器を、全ての配列決定された患者に適応した。
【０１６３】
インシリコネオアンチゲンパイプライン
ＮＡｓｅｅｋと呼ばれる生物情報科学ツールを使用して、同定した全ての非同義点変異を、中央に変異体アミノ酸が位置するアミノ酸１７個の部分列に翻訳した（２２）。スライディングウィンドウ法を使用して、患者特異的ＨＬＡ対立遺伝子の１つ（それ以上）に対する５００ｎＭ以下のＭＨＣクラスＩ結合親和性を有した変異体１７ｍｅｒ内のアミノ酸９個の部分列を同定した。ＮｅｔＭＨＣ  ｖ３．４ソフトウエアを使用して、変異体及び対応する野生型ノナマーに対する結合親和性を分析した（２３、２４、５５〜５７）。
【０１６４】
コンビナトリアルコーディング及び多量体スクリーニング
ＨＬＡ−Ａ拘束性候補ネオアンチゲンを組織内（Ｎｅｔｈｅｒｌａｎｄｓ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ）で合成し、これらのペプチドを含有するＨＬＡ多量体を、以前に記載されているように、マイクロスケールのパラレルＵＶ誘発ペプチド交換反応により作製した（２６、５８）。要約すると、ＵＶ感受性ペプチドを負荷したペプチドＭＨＣ複合体を、３８４ウェルプレート中、候補ネオアンチゲンペプチドの存在下で、４℃１時間、３６６ｎｍの紫外線（ＣＡＭＡＧ）に曝露させた。合計１１の異なる蛍光ストレプトアビジン（ＳＡ）コンジュゲート（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を使用して、ｐＭＨＣ多量体を生成した。各ｐＭＨＣモノマーに対し、コンジュゲーションを、これらの蛍光色素のうちの２つを用いて実施した。残りの結合部位をブロックするために、ＮａＮ３（０．０２％  ｗ／ｖ）及び過剰のＤ−ビオチン（２６．４ｍＭ、Ｓｉｇｍａ）を加えた。Ｔ細胞染色のために、コンビナトリアルエンコーディングストラテジーを用いて、並行して最大４７の異なるペプチドに対する反応性を分析することができた（２７）。ＰＢＭＣサンプルを解凍し、ＤＮＡｓｅで１時間処理し、ｐＭＨＣ多量体パネルで３７℃１５分間染色した。続いて、抗ＣＤ８−ＡＦ７００（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、抗ＣＤ４−ＦＩＴＣ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、抗ＣＤ１４−ＦＩＴＣ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、抗ＣＤ１６−ＦＩＴＣ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、抗ＣＤ１９−ＦＩＴＣ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、及びＬＩＶＥ／ＤＥＡＤ  Ｆｉｘａｂｌｅ  ＩＲ  Ｄｅａｄ  Ｃｅｌｌ  Ｓｔａｉｎ  Ｋｉｔ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）を、氷上でさらに２０分間加えた。ＦＡＣＳＤｉｖａ  ６ソフトウエアを用いたＬＳＲ  ＩＩフローサイトメーター（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｉｎｓｏｎ）で、データの取得を実施した。奏効の規定に対するカットオフ値は、全ＣＤ８＋細胞の０．００５％以上及び１０以上の事象であった。免疫表現型分析のために、４４日目のＰＭＬを、２色のＨＥＲＣ１  Ｐ３２７８Ｓ  ＭＨＣ多量体（ｑｄｏｔ  ６２５（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）及びＰｅｒＣＰｅＦｌｕｏｒ７１０（ｅｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ））と抗ＣＤ４５ＲＡ  Ａｂ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、抗ＣＣＲ７  Ａｂ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、抗ＨＬＡ−ＤＲ  Ａｂ（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）ならびに抗ＬＡＧ−３  Ａｂ（Ｒ＆Ｄ  ｓｙｓｔｅｍｓ）で染色した。ＨＥＲＣ１  Ｐ３２７８Ｓ反応性及びバルクＣＤ８＋Ｔ細胞の免疫表現型を分析した。ＦＡＳＣＤｉｖａ  ６ソフトウエアを用いるＬＳＲ  ＩＩフローサイトメーター（Ｂｅｃｔｏｎ  Ｄｉｃｋｓｏｎ）を使用して、データを取得した。
【０１６５】
細胞内サイトカイン染色（ＩＣＳ）
ＨＥＲＣ１  Ｐ＞Ｓ変異体及び長さがアミノ酸９個の野生型ペプチド（変異体：ＡＳＮＡＳＳＡＡＫ、野生型：ＡＳＮＡＰＳＡＡＫ）を合成した（ＧｅｎＳｃｒｉｐｔ  Ｐｉｓｃａｔａｗａｙ、ＮＪ）。以前に記載された方法を使用して、ＩＬ−１５（１０ｎｇ／ｍｌ）及びＩＬ−２（１０ＩＵ／ｍｌ）が補充された、１０％のプールされたヒト血清（ＰＨＳ）、１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、２ｍＭのＬ−グルタミン、及び５０μＭのβ−メルカプトエタノールを含有するＲＰＭＩ培地中の、ＨＥＲＣ１  Ｐ＞Ｓ変異ペプチドでパルスした１．５×１０６個の自己ＰＢＭＣで、１．５×１０６個の患者ＰＢＭＣを培養した（５９）。１２日目に細胞を採取し、３μＬのＰＥ−Ｃｙ５−ＣＤ１０７ａ（ＢＤ  Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）で染色し、刺激しないままか、または（ａ）変異ペプチド若しくは（ｂ）野生型ペプチドを２時間添加することにより刺激した。次に、細胞を１×のブレフェルジンＡ及びモネンシン（ＢｉｏＬｅｇｅｎｄ）で４時間処置し、続いて１μＬのＡｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ４０５−ＣＤ３（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）、３μＬのＡＰＣ−Ｈ７−ＣＤ８（ＢＤ  Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）、及び１μＬのＥＣＤ−ＣＤ４（Ｂｅｃｋｍａｎ  Ｃｏｕｌｔｅｒ）で染色した。後続の洗浄及び透過化処理の時、細胞を、細胞内サイトカインに対する次の抗体：３μＬのＡｌｅｘａ  Ｆｌｕｏｒ  ６４７−ＩＦＮ−γ（Ｂｉｏｌｅｇｅｎｄ）、３μＬのＰＥ−ＭＩＰ−１β、及び１μＬのＰＥ−Ｃｙ７−ＴＮＦ−α（ＢＤ  Ｐｈａｒｍｉｎｇｅｎ）で染色した。（ＣＹＡＮフローサイトメーター、Ｓｕｍｍｉｔ  ｓｏｆｔｗａｒｅ、Ｄａｋｏ  Ｃｙｔｏｍａｔｉｏｎ  Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ  Ｉｎｃ．、カルフォルニア州カーピンテリアを使用する）フローサイトメトリーにより、データを取得した。ＦｌｏｗＪｏバージョン１０．１、ＴｒｅｅＳｔａｒ，  Ｉｎｃ．により、解析を行い、ＣＤ３＋単細胞リンパ球を、解析のためのゲーティングした（ＳＳ対ＦＳ［低、中］、ＦＳ対パルス幅［全、低］、及びＣＤ３対「ダンプ」チャネル［高、低］）。
【０１６６】
統計学
Ｍａｎｎ−Ｗｈｉｔｎｅｙ検定を使用して、変異バーデン及びヌクレオチド変化の頻度の差を比較した。ログランク検定及びＭａｎｔｅｌ−Ｈａｅｎｓｚｅｌ検定を使用して、Ｋａｐｌａｎ−Ｍｅｉｅｒ生存曲線を比較した。Ｆｉｓｈｅｒの直接確率法を使用して、客観的奏効者／非奏効者またはＤＣＢ／ＮＤＢの割合を比較した。同じカットポイント（１−特異度）をも超えると考えられるＮＤＢ患者の割合に対する任意の所定のカットポイント（感度）を上回る変異バーデンを有する全てのＤＣＢ患者の割合をプロットすることにより、受信者操作特性（ＲＯＣ）曲線を生成した。曲線下面積及び正確な９５％の信頼区間が報告される。Ｓｐｅａｒｍａｎ相関式を使用して、非同義的変異バーデン及びネオアンチゲンバーデンの間の相関、ネオアンチゲンバーデン及び最良総合効果の間の相関、ならびにネオアンチゲンバーデンの頻度／非同義変異及び最良総合効果の間の相関、を計算した。ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍ  ｖ．６（Ｇｒａｐｈｐａｄ  Ｐｒｉｓｍ  Ｓｏｆｔｗａｒｅ、カルフォルニア州サンディエゴ）を使用して、統計的解析を実施した。
【０１６７】
実施例５．ペンブロリズマブを用いる処置
本実施例は、転移性メラノーマの処置のために、米国食品医薬品局により承認された、抗体免疫療法（ペンブロリズマブ）を用いる癌（メラノーマ）の処置のための使用説明書を提供する。一部の実施形態では、長期臨床効果は、ペンブロリズマブ処置後に観察される。
【０１６８】
注射用、静脈内用途用のＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペンブロリズマブ）の最初の米国承認：２０１４。
【０１６９】
適応症及び使用
ＫＥＹＴＲＵＤＡは、イピリムマブ、及びＢＲＡＦ  Ｖ６００変異陽性の場合はＢＲＡＦ阻害剤の後に、切除不能または転移性メラノーマ及び疾患進行を有する患者の処置に適応されるヒトプログラム死受容体１（ＰＤ−１）遮断抗体である。この適応症は、腫瘍奏効率及び奏効の持続性に基づいた加速承認下で承認されている。生存または疾患関連症状の改善は、まだ確立されていない。この適応症に対する継続的な承認は、確定試験における臨床効果の検証及び記載に左右されることがある（１）。
【０１７０】
投薬量及び投与
３週間毎に３０分間にわたって静脈内注入として２ｍｇ／ｋｇを投与する（２．１）。
【０１７１】
静脈内注入の前に再構成して希釈する（２．３）。
【０１７２】
剤形及び濃度
注射用：５０ｍｇ、再構成のための単回使用バイアル中の凍結乾燥粉末（３）。
【０１７３】
禁忌
なし。（４）
【０１７４】
警告及び使用上の注意
免疫介在性有害反応：反応の重症度に基づいてコルチコステロイドを投与する。（５．１、５．２、５．３、５．４、５．５、５．６）
【０１７５】
免疫介在性肺炎：中等度の肺炎の場合に差し控え、重度のまたは生命に危険を及ぼす肺炎の場合に永続的に中止する。（５．１）
【０１７６】
免疫介在性大腸炎：中等度のまたは重度の大腸炎の場合に差し控え、生命に危険を及ぼす大腸炎の場合に永続的に中止する。（５．２）
【０１７７】
免疫介在性肝炎：肝機能の変化を監視する。肝酵素上昇の重症度に基づいて、差し控えるかまたは中止する。（５．３）
【０１７８】
免疫介在性下垂体炎：中等度の下垂体炎の場合に差し控え、重度の下垂体炎の場合に差し控えるかまたは中止し、生命に危険を及ぼす下垂体炎の場合に永続的に中止する。（５．４）
【０１７９】
免疫介在性腎炎：腎機能の変化を監視する。中等度の腎炎場合に差し控え、重度のまたは生命に危険を及ぼす腎炎の場合に永続的に中止する。（５．５）
【０１８０】
免疫介在性甲状腺機能亢進症及び甲状腺機能低下症：甲状腺機能の変化を監視する。重度の甲状腺機能亢進症の場合に差し控え、生命に危険を及ぼす甲状腺機能亢進症の場合に永続的に中止する。（５．６）
【０１８１】
肺胎児毒性：ＫＥＹＴＲＵＤＡは、胎児に害を引き起こすことがある。胎児に対する潜在的なリスクを、生殖能力のある女性に助言する。（５．８）
【０１８２】
有害反応
（患者の２０％以上で報告されている）最も一般的な有害反応としては、疲労、咳、悪心、かゆみ、発疹、食欲減退、便秘、関節痛、及び下痢が挙げられる。（６．１）
【０１８３】
疑わしい有害反応を報告するには、１−８７７８８８−４２３１の、Ｍｅｒｃｋ  ＆  Ｃｏ．，  Ｉｎｃ．の子会社であるＭｅｒｃｋ  Ｓｈａｒｐ  ＆  Ｄｏｈｍｅ  Ｃｏｒｐ．または１−８００−ＦＤＡ−１０８８若しくはｗｗｗ．ｆｄａ．ｇｏｖ／ｍｅｄｗａｔｃｈのＦＤＡに連絡する。
【０１８４】
特定の集団における使用
授乳中の母親：授乳を中止するか、またはＫＥＹＴＲＵＤＡを中止する。（８．３）
【０１８５】
１  適応症及び使用法
ＫＥＹＴＲＵＤＡ（登録商標）（ペンブロリズマブ）は、イピリムマブ、及びＢＲＡＦ  Ｖ６００変異陽性の場合はＢＲＡＦ阻害剤の後に、切除不能または転移性メラノーマ及び疾患進行を有する患者の処置に適応される［臨床研究（１４）を参照のこと］。
【０１８６】
この適応症は、腫瘍奏効率及び奏効の持続性に基づいた加速承認下で承認される。生存または疾患関連症状の改善は、まだ確立されていない。この適応症に対する継続的な承認は、確定試験における臨床効果の検証及び記載に左右されることがある。
【０１８７】
２  投薬量及び投与
２．１  推奨投与
ＫＥＹＴＲＵＤＡの推奨投与量は、疾患進行または容認できない毒性まで、３週間毎に３０分にわたり静脈内注入として２ｍｇ／ｋｇ投与される。
【０１８８】
２．２  投与量の修正
次のいずれかの場合に、ＫＥＹＴＲＵＤＡを差し控える：
グレード２の肺炎［警告及び使用上の注意（５．１）を参照のこと］、
グレード２または３の大腸炎［警告及び使用上の注意（５．２）を参照のこと］、
症状がある下垂体炎［警告及び使用上の注意（５．４）を参照のこと］、
グレード２の肺炎［警告及び使用上の注意（５．５）を参照のこと］、
グレード３の甲状腺機能亢進症［警告及び使用上の注意（５．６）を参照のこと］、
正常上限（ＵＬＮ）の３倍を超え、かつ５倍までのアスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ（ＡＳＴ）若しくはアラニンアミノトランスフェラーゼ（ＡＬＴ）、またはＵＬＮの１．５倍を超え、かつ３倍までの総ビルリビン、
他の任意の重症またはグレード３の処置関連有害反応［警告及び使用上の注意（５．７）を参照のこと］。
有害反応がグレード０〜１に回復した患者において、ＫＥＹＴＲＵＤＡを再開する。
次のいずれかの場合に、ＫＥＹＴＲＵＤＡを永続的に中止する：
任意の生命に危険を及ぼす有害反応、
グレード３または４の肺炎［警告及び使用上の注意（５．１）を参照のこと］、
グレード３または４の腎炎［警告及び使用上の注意（５．５）を参照のこと］、
ＵＬＮの５倍を超えるＡＳＴ若しくはＡＬＴ、またはＵＬＮの３倍を超える総ビリルビン、
グレード２のＡＳＴまたはＡＬＴで処置を開始する肝転移を有する患者に対し、ＡＳＴまたはＡＬＴがベースラインと比較して５０％以上増加し、少なくとも１週間持続する場合、
グレード３または４の注入に関連する反応、
コルチコステロイド投与量を、１２週間以内に１日当たりのプレドニゾンまたは同等物１０ｍｇ以下に低減させることができないこと、
ＫＥＹＴＲＵＤＡの最後の投与後１２週間以内に、グレード０〜１に回復しない持続性のグレード２または３の有害反応。
【０１８９】
再発する任意の重症またはグレード３の処置関連有害反応［警告及び使用上の注意（５．７）を参照のこと］。
【０１９０】
２．３  調製及び投与
調製
バイアルの壁に沿って、かつ凍結乾燥した粉末に直接ではなく、水を注入することにより、２．３ｍＬの注射用滅菌水、ＵＳＰを加える（得られる濃度２５ｍｇ／ｍＬ）。
【０１９１】
バイアルをゆっくりとかき回す。気泡が消えるために最大５分放置する。バイアルを振ってはいけない。
【０１９２】
再構成溶液を、投与前に粒子状物質及び変色について目視検査する。再構成されたＫＥＹＴＲＵＤＡは、透明〜わずかに乳白色、無色〜わずかに黄色溶液である。半透明〜白色のタンパク質性粒子以外の余分な粒子状物質が観察された場合、再構成したバイアルを廃棄する。
【０１９３】
ＫＥＹＴＲＵＤＡのバイアルから必要量を取り出し、０．９％の塩化ナトリウム注射液、ＵＳＰを含有する静脈内（ＩＶ）バッグに移す。穏やかに逆さにすることにより、希釈溶液を混合する。希釈溶液の最終濃度は、１ｍｇ／ｍＬ〜１０ｍｇ／ｍＬの間にあるべきである。
【０１９４】
バイアルに残っているいかなる未使用部分も廃棄する。
【０１９５】
再構成及び希釈溶液の保存
製品は、防腐剤を含有しない。以下のいずれかでＫＥＹＴＲＵＤＡの再構成及び希釈溶液を貯蔵する。
【０１９６】
室温で再構成時から４時間以内。これは、再構成されたバイアルの室温保存、ＩＶバッグへの輸液の貯蔵、及び注入の持続時間を含む。
【０１９７】
２℃〜８℃（３６°Ｆ〜４６°Ｆ）の冷凍下で、再構成時から２４時間以内。冷凍されている場合は、投与前に、希釈溶液を室温にさせる。
【０１９８】
凍結してはならない。
【０１９９】
投与
滅菌非発熱性低タンパク質結合性の０．２マイクロメートル〜５マイクロメートルのインラインまたはアドオンフィルタを含有する点滴ラインを通して、３０分間にわたり静脈内に輸液を投与する。
【０２００】
同じ注入ラインを通して、他の薬物を同時投与してはならない。
【０２０１】
３  剤形及び濃度
注射用：再構成のための単回使用バイアル中の５０ｍｇの凍結乾燥粉末。
【０２０２】
４  禁忌
なし。
【０２０３】
５  警告及び予防措置
５．１  免疫介在性肺炎
肺炎は、それぞれ治験１でＫＥＹＴＲＵＤＡを受けた８人（１．９％）及び１人（０．２％）の患者のグレード２または３の症例を含む、メラノーマ患者４１１人中１２人（２．９％）に発生した。肺炎の発症までの期間中央値は、５ヶ月（０．３週〜９．９ヶ月の範囲）であった。期間中央値は４．９ヶ月（１週間〜１４．４ヶ月の範囲）であった。グレード２の患者８人中５人及びグレード３の肺炎の患者１人は、高投与量の全身性コルチコステロイド（１日当たりプレドニゾンまたは同等物４０ｍｇ以上）を用いる初期処置を必要とし、コルチコステロイド漸減が続いた。高投与量コルチコステロイド処置の初期投与量中央値は、プレドニゾンまたは同等物６３．４ｍｇ／日であり、処置期間中央値は３日（１〜３４の範囲）であり、コルチコステロイド漸減が続いた。肺炎は、３人（０．７％）の患者においてＫＥＹＴＲＵＤＡの中止に至った。肺炎により、グレード２〜３の肺炎の患者９人中７人において完全に治癒した。患者を、肺炎の徴候及び症状について監視する。放射線イメージングで肺炎が疑われる患者を評価し、Ｇｒａｄｅ２以上の肺炎の場合に、コルチコステロイドを投与する。中等度（グレード２）の肺炎の場合に、ＫＥＹＴＲＵＤＡを差し控え、重症（グレード３）または生命に危険を及ぼす（グレード４）肺炎の場合に、ＫＥＹＴＲＵＤＡを永続的に中止する［投薬量及び投与（２．２）ならびに有害反応（６．１）を参照のこと］。
【０２０４】
５．２  免疫介在性大腸炎
（顕微鏡的大腸炎を含む）大腸炎は、それぞれ治験１でＫＥＹＴＲＵＤＡを受けた１人（０．２％）及び２人（０．５％）の患者のグレード２または３の症例を含む、患者４１１人中４人（１％）に発生した。大腸炎の発症までの時間中央値は、６．５ヶ月（２．３〜９．８の範囲）であった。期間中央値は、２．６ヶ月（０．６週〜３．６ヶ月の範囲）であった。グレード２または３の大腸炎の３人の患者全員は、高投与量のコルチコステロイド（１日当たりプレドニゾンまたは同等物４０ｍｇ以上）で処置され、プレドニゾンまたは同等物の初期投与量中央値は７０ｍｇ／日であり；初期処置の期間中央値は、７日間（４〜４１の範囲）であり、コルチコステロイド漸減が続いた。１人（０．２％）の患者は、大腸炎に起因するＫＥＹＴＲＵＤＡの永続的中止を必要とした。大腸炎の４人の患者全員が、事象の完全な治癒を呈した。患者を、大腸炎の徴候及び症状について監視する。グレード２以上の大腸炎の場合に、コルチコステロイドを投与する。中等度（グレード２）または重症（グレード３）の大腸炎の場合に、ＫＥＹＴＲＵＤＡを差し控え、生命に危険を及ぼす（グレード４）大腸炎の場合に、ＫＥＹＴＲＵＤＡを永続的に中止する［投薬量及び投与（２．２）ならびに有害反応（６．１）を参照のこと］。
【０２０５】
５．３  免疫介在性肝炎
（自己免疫の肝炎を含む）肝炎は、治験１でＫＥＹＴＲＵＤＡを受けた１人（０．２％）の患者のグレード４の症例を含む、患者４１１人中２人（０．５％）に発生した。発症までの時間は、１．１ヶ月間続いたグレード４の肝炎の症例の場合に、２２日であった。グレード４の肝炎の患者は、ＫＥＹＴＲＵＤＡを永続的に中止し、高投与量（１日当たりプレドニゾンまたは同等物４０ｍｇ以上）の全身性コルチコステロイドで処置され、コルチコステロイド漸減が続いた。肝炎の患者の双方が、事象の完全な治癒を呈した。患者を、肝機能の変化について監視する。グレード２以上の肝炎の場合に、コルチコステロイドを投与し、肝酵素上昇の重症度に基づいて、ＫＥＹＴＲＵＤＡを差し控えるかまたは中止する［投薬量及び投与（２．２）ならびに有害反応（６．１）を参照のこと］。
【０２０６】
５．４  免疫介在性下垂体炎
下垂体炎は、治験１でＫＥＹＴＲＵＤＡを受けた患者において、グレード２の１症例及びグレード４の１症例（それぞれ０．２％）からなる、患者４１１人中２人（０．５％）に発生した。発症までの時間は、グレード４の下垂体炎の患者の場合に、１．７ヶ月、グレード２の下垂体炎の場合に、１．３ヶ月であった。両方の患者は、高投与量（１日当たりプレドニゾンまたは同等物４０ｍｇ以上）のコルチコステロイドで処置され、コルチコステロイド漸減が続き、生理学的補充投与量に留まった。下垂体炎の徴候及び症状について監視する。グレード２以上の下垂体炎の場合に、コルチコステロイドを投与する。中等度（グレード２）の下垂体炎の場合に、ＫＥＹＴＲＵＤＡを差し控え、重症（グレード３）の下垂体炎の場合に、ＫＥＹＴＲＵＤＡを差し控えるかまたは中止し、生命に危険を及ぼす（グレード４）下垂体炎の場合に、ＫＥＹＴＲＵＤＡを永続的に中止する［投薬量及び投与（２．２）ならびに有害反応（６．１）を参照のこと］。
【０２０７】
５．５  腎不全及び免疫介在性腎炎
腎炎は、グレード２の自己免疫性腎炎の１症例（０．２％）ならびにグレード３の１症例及びグレード４の１症例である、腎不全を伴う間質性腎炎の２症例（０．５％）からなる３人（０．７％）の患者に発生した。自己免疫性腎炎の発症までの時間は、ＫＥＹＴＲＵＤＡの最初の投与の１１．６ヶ月後（最終投与の５ヶ月後）であり、３．２ヶ月続いた；この患者は、生検を受けていなかった。急性間質性腎炎は、グレード３〜４の腎不全の２人の患者における腎生検により確定された。３人の患者全員は、高投与量のコルチコステロイド（１日当たりプレドニゾンまたは同等物４０ｍｇ以上）を用いる処置で腎機能を回復し、コルチコステロイド漸減が続いた。患者を、腎機能の変化について監視する。グレード２以上の腎炎の場合に、コルチコステロイドを投与する。中等度（グレード２）の腎炎の場合に、ＫＥＹＴＲＵＤＡを差し控え、重症（グレード３）のまたは生命に危険を及ぼす（グレード４）腎炎の場合に、ＫＥＹＴＲＵＤＡを永続的に中止する［投薬量及び投与（２．２）ならびに有害反応（６．１）を参照のこと］。
【０２０８】
５．６  免疫介在性甲状腺機能亢進症及び甲状腺機能低下症
甲状腺機能亢進症は、それぞれ治験１でＫＥＹＴＲＵＤＡを受けた２人（０．５％）及び１人（０．２％）の患者のグレード２または３の症例を含む、患者４１１人中５人（１．２％）に発生した。発症までの時間中央値は、１．５ヶ月（０．５〜２．１の範囲）であった。期間中央値は、２．８ヶ月（０．９〜６．１の範囲）であった。グレード２の甲状腺機能亢進症の患者２人中１人及びグレード３の甲状腺機能亢進症の患者１人は、高投与量のコルチコステロイド（１日当たりプレドニゾンまたは同等物４０ｍｇ以上）を用いる初期処置を必要とし、コルチコステロイド漸減が続いた。１人（０．２％）の患者は、甲状腺機能亢進症に起因するＫＥＹＴＲＵＤＡの永続的な中止を必要とした。甲状腺機能亢進症の５人の患者全員が、事象の完全な治癒を呈した。甲状腺機能低下症は、治験１でＫＥＹＴＲＵＤＡを受けた１人（０．２％）の患者のグレード３の症例を含む、患者４１１人中３４人（８．３％）に発生した。甲状腺機能低下症の発症の期間中央値は、３．５ヶ月（０．７週〜１９ヶ月の範囲）であった。甲状腺機能低下症の患者の２人を除く全員を、長期間の甲状腺ホルモン補充療法で処置した。残りの２人の患者だけが、短期間甲状腺ホルモン補充療法を必要とした。甲状腺機能低下症の管理のために、コルチコステロイドを受け、またはＫＥＹＴＲＵＤＡを中止した患者はいなかった。甲状腺障害は、処置中のいつでも発生する可能性がある。患者を、（処置の開始時の、処置中に定期的な、かつ臨床評価に基づいて示されるような）甲状腺機能の変化ならびに甲状腺疾患の臨床徴候及び症状について監視する。グレード３以上の甲状腺機能亢進症の場合に、コルチコステロイドを投与し、重症（グレード３）の甲状腺機能亢進症の場合に、ＫＥＹＴＲＵＤＡを差し控え、生命に危険を及ぼす（グレード４）甲状腺機能亢進症の場合に、ＫＥＹＴＲＵＤＡを永続的に中止する。単独の甲状腺機能低下症は、処置の中断なしの、かつコルチコステロイドなしの補充療法で管理されてもよい［投薬量及び投与（２．２）ならびに有害反応（６．１）を参照のこと］。
【０２０９】
５．７  他の免疫介在性有害反応
他の臨床的に重要な免疫介在性有害反応が、発生する可能性がある。次の臨床的に重要な免疫介在性有害反応：剥脱性皮膚炎、ぶどう膜炎、関節炎、筋炎、膵炎、溶血性貧血、脳実質に炎症性病巣を有する患者に生じる部分発作、及び副腎不全は、治験１においてＫＥＹＴＲＵＤＡで処置された１％未満の患者に発生した。
【０２１０】
およそ２０００人の患者にＫＥＹＴＲＵＤＡを用いる臨床研究全体で、次のさらなる臨床的に重要な免疫介在性有害反応：筋無力症症候群、視神経炎、及び横紋筋融解症は、１％未満の患者で報告された。
【０２１１】
免疫介在性有害反応が疑われる場合、病因を確定するためまたは他の原因を除外するための適切な評価を確保する。有害反応の重症度に基づいて、ＫＥＹＴＲＵＤＡを差し控え、コルチコステロイドを投与する。グレード１以下まで改善した時、コルチコステロイド漸減を開始し、少なくとも１ヶ月にわたって漸減させ続ける。有害反応が、グレード１以下に留まる場合は、ＫＥＹＴＲＵＤＡを再開する。再発する任意の重症またはグレード３の免疫介在性有害反応の場合、及び任意の生命に危険を及ぼす免疫介在性有害反応の場合に、ＫＥＹＴＲＵＤＡを永続的に中止する［投薬量及び投与（２．２）ならびに有害反応（６．１）を参照のこと］。
【０２１２】
５．８  肺胎児毒性
作用機序に基づいて、ＫＥＹＴＲＵＤＡは、妊婦に投与される時に、胎児に害を引き起こすことがある。動物モデルは、ＰＤ−１／ＰＤＬ−１シグナル伝達経路を、胎児の組織に対する母胎の免疫寛容の誘導を介する妊娠の維持と関連づける。この薬物が、妊娠中に使用される場合、または患者がこの薬物の服用時に妊娠した場合に、胎児に対する潜在的な危険を、患者に知らせる。生殖能力のある女性に、ＫＥＹＴＲＵＤＡを用いる処置中及びＫＥＹＴＲＵＤＡの最終投与後４ヶ月以内は、非常に効果的な避妊法を使用するように助言する［特定の集団における使用（８．１、８．８）を参照のこと］。
【０２１３】
均等物
本発明は、その発明を実施するための形態と共に記載されているが、上の記載は、添付の特許請求の範囲により規定される本発明の範囲を説明し、かつ制限しないことを意図することが理解されるべきである。他の態様、利点、及び修正は、次の特許請求の範囲内である。
【０２１４】
参照文献
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2020196732.tif 000006
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【図１Ａ】
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【図１Ｂ】
2020196732.tif 000018
【図１Ｃ】
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【図１Ｄ】
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【図１Ｅ】
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【図１Ｆ】
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【図１Ｇ】
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【図２Ａ】
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【図２Ｂ】
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【図３】
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【図４Ａ】
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【図４Ｂ】
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【図４Ｃ】
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【図４Ｄ】
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【図４Ｅ】
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【図５】
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【図６】
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【図７Ａ】
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【図７Ｂ】
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【図８】
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【図９】
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【図１０】
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【図１１】
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【図１２】
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【図１３Ａ】
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【図１３Ｂ】
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【図１３Ｃ】
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【図１３Ｄ】
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【図１４Ａ】
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【図１４Ｂ】
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【図１４Ｃ】
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【図１４Ｄ】
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【図１４Ｅ】
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【図１４Ｆ】
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【図１４Ｇ】
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【図１４Ｈ】
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【図１４Ｉ】
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【図１４Ｊ】
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【図１４Ｋ】
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【図１４Ｌ】
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【図１４Ｍ】
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【図１４Ｎ】
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【図１４Ｏ】
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【図１４Ｐ】
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【図１４Ｑ】
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【図１５】
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【図１６】
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【図１７−１】
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【図１７−２】
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【図１８−１】
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【図１８−２】
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【図１９】
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【図２０】
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【図２１−１】
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【図２１−２】
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【図２１−３】
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【図２１−４】
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【図２１−５】
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【図２１−６】
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【図２１−７】
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【図２１−８】
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【図２１−９】
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【図２１−１０】
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【図２１−１１】
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【図２１−１２】
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【図２１−１３】
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【図２１−１４】
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【図２１−１５】
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【図２１−１６】
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【図２１−１７】
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【図２１−１８】
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【図２１−１９】
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【図２１−２０】
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【図２１−６４】
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【図２１−６５】
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【図２１−６６】
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【図２１−６７】
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【図２１−６９】
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【図２１−７０】
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【図２１−７１】
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【図２１−７２】
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【図２１−７３】
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【図２１−７４】
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【図２１−７５】
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【図２１−７６】
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【図２１−７７】
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【図２１−７８】
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【図２１−７９】
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【図２１−８０】
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【図２１−８１】
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【図２１−８２】
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【図２１−８３】
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【図２１−８４】
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【図２１−８５】
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【図２１−９９】
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【図２１−１００】
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【図２１−１０１】
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【図２１−１０２】
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【図２１−１０３】
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【図２１−１０４】
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【図２１−１０５】
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【図２１−１０６】
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【図２１−１０７】
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【図２１−１０８】
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【図２１−１０９】
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【図２１−１１０】
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【図２１−１１１】
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【図２１−１１２】
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【図２１−１１３】
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【図２１−１１４】
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【図２１−１１５】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】令和2年9月9日(2020.9.9)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
本明細書に記載の発明。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２９
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２９】
一部の実施形態では、判定する工程は、核酸配列決定により、変異特性の少なくとも１つを検出することを含む。一部の実施形態では、核酸配列決定は、全エクソーム配列決定であるかまたはこれを含む。
[本発明1001]
免疫原性物質を含む組成物であって、前記免疫原性物質が、ヒト患者の免疫系により非自己として認識可能なネオエピトープであるかまたはこれを含み、前記患者が、前記ネオエピトープを発現する1つ以上の腫瘍を特徴とする癌に罹患している、前記組成物。
[本発明1002]
前記ネオエピトープが、感染性因子とコンセンサス配列を共有する、本発明1001の組成物。
[本発明1003]
前記ネオエピトープが、ノナマーネオエピトープであるかまたはこれを含む、本発明1001の組成物。
[本発明1004]
前記ネオエピトープが、ＭＨＣクラスＩ分子に対する結合親和性の増大、または細胞傷害性Ｔ細胞による認識の改善を示す、本発明1001の組成物。
[本発明1005]
前記ネオエピトープが、前記1つ以上の腫瘍と特異的に結合するネオエピトープでない対応する野生型エピトープと比較して、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に対するより大きい結合親和性を有する、本発明1001の組成物。
[本発明1006]
前記免疫原性物質が、ペプチドであるかまたはこれを含む、本発明1001の組成物。
[本発明1007]
前記免疫原性物質が、ＭＨＣ提示に適する長さを有する、本発明1001または本発明1006の組成物。
[本発明1008]
前記長さが、ＭＨＣクラスＩによる提示に適する長さである、本発明1007の組成物。
[本発明1009]
前記長さが、アミノ酸8〜11個の長さである、本発明1008の組成物。
[本発明1010]
前記長さが、ＭＨＣクラスＩＩによる提示に適する長さである、本発明1007の組成物。
[本発明1011]
前記ネオエピトープが、図21に記載されているものから選択されるアミノ酸配列を有する、本発明1001の組成物。
[本発明1012]
前記癌が、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、若しくはリンパ腫を含む群から選択される癌であるかまたはこれを含む、本発明1001の組成物。
[本発明1013]
前記癌が、肺癌、黒色腫、腎癌、膀胱癌、小細胞癌、及び頭頸部癌を含む群から選択される、本発明1012の組成物。
[本発明1014]
前記癌が、肺癌であるかまたはこれを含む、本発明1013の組成物。
[本発明1015]
核酸を含む組成物であって、前記核酸の配列が、ヒト患者の免疫系により非自己として認識可能なネオエピトープのコード配列を含み、前記患者が、前記ネオエピトープを発現する1つ以上の腫瘍を特徴とする癌に罹患している、組成物。
[本発明1016]
前記ネオエピトープが、感染性因子とコンセンサス配列を共有する、本発明1015の組成物。
[本発明1017]
前記ネオエピトープが、ノナマーネオエピトープであるかまたはこれを含む、本発明1015の組成物。
[本発明1018]
前記ネオエピトープが、ＭＨＣクラスＩ分子に対する結合親和性の増大、または細胞傷害性Ｔ細胞による認識の改善を示す、本発明1015の組成物。
[本発明1019]
前記ネオエピトープが、前記1つ以上の腫瘍と特異的に結合するネオエピトープでない対応する野生型エピトープと比較して、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に対するより大きい結合親和性を有する、本発明1015の組成物。
[本発明1020]
前記ネオエピトープが、ＭＨＣ提示に適する長さを有する、本発明1015の組成物。
[本発明1021]
前記長さが、ＭＨＣクラスＩによる提示に適する長さである、本発明1020の組成物。
[本発明1022]
前記長さが、アミノ酸8〜11個の長さである、本発明1021の組成物。
[本発明1023]
前記長さが、ＭＨＣクラスＩＩによる提示に適する長さである、本発明1020の組成物。
[本発明1024]
前記ネオエピトープが、図21に記載されているものから選択されるアミノ酸配列を有する、本発明1015の組成物。
[本発明1025]
前記癌が、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、若しくはリンパ腫を含む群から選択される癌であるかまたはこれを含む、本発明1015の組成物。
[本発明1026]
前記癌が、肺癌、黒色腫、腎癌、膀胱癌、小細胞癌、及び頭頸部癌を含む群から選択される、本発明1025の組成物。
[本発明1027]
前記癌が、肺癌であるかまたはこれを含む、本発明1015の組成物。
[本発明1028]
ヒト患者の免疫系により非自己として認識可能なネオエピトープをコードする核酸とハイブリダイズする核酸を含む組成物であって、前記患者が、前記ネオエピトープを発現する1つ以上の腫瘍を特徴とする癌に罹患している、前記組成物。
[本発明1029]
前記核酸により、核酸レベルで前記ネオエピトープまたはその発現が検出されることができる、本発明1015または本発明1028の組成物。
[本発明1030]
前記ネオエピトープが、感染性因子とコンセンサス配列を共有する、本発明1028の組成物。
[本発明1031]
前記ネオエピトープが、ノナマーネオエピトープであるかまたはこれを含む、本発明1028の組成物。
[本発明1032]
前記ネオエピトープが、ＭＨＣクラスＩ分子に対する結合親和性の増大、または細胞傷害性Ｔ細胞による認識の改善を示す、本発明1028の組成物。
[本発明1033]
前記1つ以上の腫瘍と特異的に結合するネオエピトープではない、他の点では同一の対応するエピトープと比較して、前記ネオエピトープが、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に対するより大きい結合親和性を有する、本発明1028の組成物。
[本発明1034]
前記ネオエピトープが、ＭＨＣ提示に適する長さを有する、本発明1028の組成物。
[本発明1035]
前記長さが、ＭＨＣクラスＩによる提示に適する長さである、本発明1028の組成物。
[本発明1036]
前記長さが、アミノ酸8〜11個の長さである、本発明1035の組成物。
[本発明1037]
前記長さが、ＭＨＣクラスＩＩによる提示に適する長さである、本発明1028の組成物。
[本発明1038]
前記ネオエピトープが、図21に記載されているものから選択されるアミノ酸配列を有する、本発明1028の組成物。
[本発明1039]
前記癌が、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、若しくはリンパ腫を含む群から選択される癌であるかまたはこれを含む、本発明1028の組成物。
[本発明1040]
前記癌が、肺癌、黒色腫、腎癌、膀胱癌、小細胞癌、及び頭頸部癌を含む群から選択される、本発明1039の組成物。
[本発明1041]
前記癌が、肺癌であるかまたはこれを含む、本発明1028の組成物。
[本発明1042]
ヒト患者の免疫系により非自己として認識可能なネオエピトープを特異的に検出する作用物質を含む組成物であって、前記患者が、前記ネオエピトープを発現する1つ以上の腫瘍を特徴とする癌に罹患している、前記組成物。
[本発明1043]
前記作用物質により、タンパク質レベルで前記ネオエピトープが特異的に検出される、本発明1042の組成物。
[本発明1044]
前記作用物質により、核酸レベルで前記ネオエピトープが特異的に検出される、本発明1042の組成物。
[本発明1045]
前記ネオエピトープが、感染性因子とコンセンサス配列を共有する、本発明1042の組成物。
[本発明1046]
前記ネオエピトープが、ノナマーネオエピトープであるかまたはこれを含む、本発明1042の組成物。
[本発明1047]
前記ネオエピトープが、ＭＨＣクラスＩ分子に対する結合親和性の増大、または細胞傷害性Ｔ細胞による認識の改善を示す、本発明1042の組成物。
[本発明1048]
前記1つ以上の腫瘍と特異的に結合するネオエピトープではない、他の点では同一の対応するエピトープと比較して、前記ネオエピトープが、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に対するより大きい結合親和性を有する、本発明1042の組成物。
[本発明1049]
前記ネオエピトープが、ＭＨＣ提示に適する長さを有する、本発明1042の組成物。
[本発明1050]
前記長さが、ＭＨＣクラスＩによる提示に適する長さである、本発明1049の組成物。
[本発明1051]
前記長さが、アミノ酸8〜11個の長さである、本発明1050の組成物。
[本発明1052]
前記長さが、ＭＨＣクラスＩＩによる提示に適する長さである、本発明1049の組成物。
[本発明1053]
前記ネオエピトープが、図21に記載されているものから選択されるアミノ酸配列を有する、本発明1042の組成物。
[本発明1054]
前記癌が、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、若しくはリンパ腫を含む群から選択される癌であるかまたはこれを含む、本発明1042の組成物。
[本発明1055]
前記癌が、肺癌、黒色腫、腎癌、膀胱癌、小細胞癌、及び頭頸部癌を含む群から選択される、本発明1054の組成物。
[本発明1056]
前記癌が、肺癌であるかまたはこれを含む、本発明1042の組成物。
[本発明1057]
1つ以上のノナマーネオエピトープを発現する腫瘍を特徴とする癌を有すると判定された対象に、ネオアンチゲン特異的エフェクターＴ細胞応答を増強する療法を実施する工程
を含む、癌を処置する方法。
[本発明1058]
前記対象が、免疫チェックポイント調節因子を用いる療法を受けているかまたは受ける予定である、本発明1057の方法。
[本発明1059]
前記対象が、確立された腫瘍を有する、本発明1057の方法。
[本発明1060]
前記癌が、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、若しくはリンパ腫を含む群から選択される癌であるかまたはこれを含む、本発明1057の方法。
[本発明1061]
前記癌が、肺癌、黒色腫、腎癌、膀胱癌、小細胞癌、及び頭頸部癌を含む群から選択される、本発明1060の方法。
[本発明1062]
前記癌が、肺癌であるかまたはこれを含む、本発明1057の方法。
[本発明1063]
前記療法が、免疫チェックポイント調節因子であるかまたはこれを含む、本発明1057の方法。
[本発明1064]
対象由来の癌サンプルにおける高変異のマーカーを検出する工程；及び
免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての前記対象を同定する工程
を含む、方法。
[本発明1065]
前記検出する工程が、前記癌サンプル由来の1つ以上のエクソームを配列決定することを含む、本発明1064の方法。
[本発明1066]
変異の数により、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての前記対象が同定される、本発明1064の方法。
[本発明1067]
多数の変異により、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての前記対象が同定される、本発明1066の方法。
[本発明1068]
多数の非同義変異により、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての前記対象が同定される、本発明1067の方法。
[本発明1069]
トランジション変異対トランスバージョン変異の比により、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての前記対象が同定される、本発明1064の方法。
[本発明1070]
前記比が、分子喫煙シグネチャー（ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｓｍｏｋｉｎｇ  ｓｉｇｎａｔｕｒｅ）を含む、本発明1069の方法。
[本発明1071]
前記体細胞変異が、Ｔ細胞により認識されるネオエピトープを含む、本発明1064の方法。
[本発明1072]
前記ネオエピトープの数により、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての前記対象が同定される、本発明1071の方法。
[本発明1073]
前記ネオエピトープにより、免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の候補としての前記対象が同定される、本発明1064の方法。
[本発明1074]
前記ネオエピトープが、高い変異率と関連する、本発明1073の方法。
[本発明1075]
高変異が、ＤＮＡ修復に関与するタンパク質をコードする遺伝子に存在する、本発明1074の方法。
[本発明1076]
前記高変異が、細胞シグナル伝達に関与するタンパク質をコードする遺伝子に存在する、本発明1074の方法。
[本発明1077]
前記ネオエピトープが、変異を有さない対応するエピトープと比較して、主要組織適合遺伝子複合体（ＭＨＣ）分子に対するより高い結合親和性を有する、本発明1064の方法。
[本発明1078]
前記体細胞変異が、ノナマーを含むネオエピトープを含み、前記ネオエピトープが、体細胞変異を有さない同じ細胞型では発現しない、本発明1064の方法。
[本発明1079]
前記ネオエピトープが、感染性因子とコンセンサス配列を共有する、本発明1078の方法。
[本発明1080]
前記癌が、癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、もしくはリンパ腫を含む群から選択される癌であるかまたはこれを含む、本発明1064の方法。
[本発明1081]
前記癌が、肺癌、黒色腫、腎癌、膀胱癌、小細胞癌、及び頭頸部癌を含む群から選択される、本発明1080の方法。
[本発明1082]
前記免疫チェックポイント調節因子が、細胞障害性Ｔリンパ球抗原4（ＣＴＬＡ4）、プログラム死1（ＰＤ−1）若しくはそのリガンド、リンパ球活性化遺伝子3（ＬＡＧ3）、Ｂ7ホモログ3（Ｂ7−Ｈ3）、Ｂ7ホモログ4（Ｂ7−Ｈ4）、インドールアミン（2，3）−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、アデノシンＡ2ａ受容体、ニューリチン（ｎｅｕｒｉｔｉｎ）、Ｂリンパ球及びＴリンパ球アテニュエーター（ＢＴＬＡ）、キラー免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、Ｔ細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン含有タンパク質3（ＴＩＭ−3）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ27、ＣＤ28、ＣＤ40、ＣＤ137、またはそれらの組み合わせと相互作用する、本発明1064の方法。
[本発明1083]
前記免疫チェックポイント調節因子が抗体作用物質である、本発明1064の方法。
[本発明1084]
前記抗体作用物質が、モノクローナル抗体若しくはその抗原結合性フラグメントであるかまたはこれを含む、本発明1083の方法。
[本発明1085]
前記抗体がペンブロリズマブである、本発明1084の方法。
[本発明1086]
前記対象が、癌療法薬で以前に処置されていない、本発明1064の方法。
[本発明1087]
前記対象が、癌免疫療法薬で以前に処置されていない、本発明1064の方法。
[本発明1088]
前記対象にペンブロリズマブを投与する工程をさらに含む、本発明1085の方法。
[本発明1089]
対象由来の癌サンプルにおける少数の変異を検出する工程；及び
免疫チェックポイント調節因子を用いる処置の不十分な候補としての前記対象を同定する工程
を含む、方法。
[本発明1090]
高変異のマーカーを含む癌を対象が有すると判定する工程であって、前記変異が、ノナマーを含むネオエピトープを含む、前記工程、及び
前記対象のために、免疫チェックポイント調節因子を含む癌処置を選択する工程
を含む、方法。
[本発明1091]
前記癌が肺癌を含む、本発明1090の方法。
[本発明1092]
前記免疫チェックポイント調節因子が、細胞障害性Ｔリンパ球抗原4（ＣＴＬＡ4）、プログラム死1（ＰＤ−1）若しくはそのリガンド、リンパ球活性化遺伝子3（ＬＡＧ3）、Ｂ7ホモログ3（Ｂ7−Ｈ3）、Ｂ7ホモログ4（Ｂ7−Ｈ4）、インドールアミン（2，3）−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、アデノシンＡ2ａ受容体、ニューリチン、Ｂリンパ球及びＴリンパ球アテニュエーター（ＢＴＬＡ）、キラー免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、Ｔ細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン含有タンパク質3（ＴＩＭ−3）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ27、ＣＤ28、ＣＤ40、ＣＤ137、またはそれらの組み合わせと相互作用する、本発明1090の方法。
[本発明1093]
前記免疫チェックポイント調節因子が抗体作用物質である、本発明1092の方法。
[本発明1094]
前記抗体作用物質が、モノクローナル抗体若しくはその抗原結合性フラグメントであるかまたはこれを含む、本発明1093の方法。
[本発明1095]
前記抗体がペンブロリズマブである、本発明1094の方法。
[本発明1096]
前記対象が、癌療法薬で以前に処置されていない、本発明1090の方法。
[本発明1097]
前記対象が、癌免疫療法薬で以前に処置されていない、本発明1090の方法。
[本発明1098]
免疫チェックポイント調節因子で対象を処置する方法であって、前記対象が、高変異のマーカーを有する癌を有すると以前に同定されており、ある変異が、Ｔ細胞により認識されるネオエピトープを含む、前記方法。
[本発明1099]
前記癌が肺癌を含む、本発明1098の方法。
[本発明1100]
前記免疫チェックポイント調節因子が、細胞障害性Ｔリンパ球抗原4（ＣＴＬＡ4）、プログラム死1（ＰＤ−1）若しくはそのリガンド、リンパ球活性化遺伝子3（ＬＡＧ3）、Ｂ7ホモログ3（Ｂ7−Ｈ3）、Ｂ7ホモログ4（Ｂ7−Ｈ4）、インドールアミン（2，3）−ジオキシゲナーゼ（ＩＤＯ）、アデノシンＡ2ａ受容体、ニューリチン、Ｂリンパ球及びＴリンパ球アテニュエーター（ＢＴＬＡ）、キラー免疫グロブリン様受容体（ＫＩＲ）、Ｔ細胞免疫グロブリン及びムチンドメイン含有タンパク質3（ＴＩＭ−3）、誘導性Ｔ細胞共刺激因子（ＩＣＯＳ）、ＣＤ27、ＣＤ28、ＣＤ40、ＣＤ137、またはそれらの組み合わせと相互作用する、本発明1098の方法。
[本発明1101]
前記免疫チェックポイント調節因子が抗体作用物質である、本発明1098の方法。
[本発明1102]
前記抗体作用物質が、モノクローナル抗体若しくはその抗原結合性フラグメントであるかまたはこれを含む、本発明1101の方法。
[本発明1103]
前記抗体がペンブロリズマブである、本発明1102の方法。
[本発明1104]
前記対象が、癌療法薬で以前に処置されていない、本発明1098の方法。
[本発明1105]
前記対象が、癌免疫療法薬で以前に処置されていない、本発明1098の方法。
[本発明1106]
免疫チェックポイント調節因子を用いる癌療法の有効性を改善する方法であって、
前記療法を受けることについて、Ｔ細胞により認識されるネオエピトープを含む高変異のマーカーを有する癌を有すると同定された対象を選択する工程
を含む、前記方法。
[本発明1107]
免疫チェックポイント調節因子療法を実施する工程により癌を処置する方法における、
Ｔ細胞により認識されるネオエピトープを含む高変異の1つ以上のマーカーを有する癌を有すると同定された対象に、前記療法を実施する工程
を含む改善。
[本発明1108]
癌腫、肉腫、骨髄腫、白血病、またはリンパ腫からなる群から選択される癌を処置する方法であって、
Ｔ細胞により認識されるネオエピトープを含む高変異のマーカーを有する癌を有すると同定された対象に、免疫チェックポイント調節因子療法を実施する工程
を含む、前記方法。
[本発明1109]
前記癌が、肺癌であるかまたはこれを含む、本発明1108の方法。
[本発明1110]
免疫チェックポイント調節因子を用いる療法の奏効性（ｒｅｓｐｏｎｓｉｖｅｎｅｓｓ）と相関する変異シグネチャーを規定する方法であって、
免疫チェックポイント調節因子療法の奏効（ｒｅｓｐｏｎｓｅ）特性を共有する腫瘍の複数のサンプルにおける1つ以上の変異特性を決定する工程；
決定された1つ以上の前記変異特性を、前記奏効特性を共有しない腫瘍の複数のサンプルのものと比較する工程；及び
その存在が奏効特性と相関する1セットの変異特性を同定する工程
を含む、前記方法。
[本発明1111]
前記1つ以上の変異特性が、変異バーデン（ｂｕｒｄｅｎ）、非同義変異バーデン、ネオアンチゲンバーデン、トランスバージョンバーデン、トランジションバーデン、相対的トランスバージョン対トランジションバーデン、ＤＮＡ修復と関連する遺伝子における変異バーデン、ＤＮＡ修復と関連する1つ以上の特定の遺伝子における変異の存在、ＤＮＡ修復と関連する1つ以上の特定の遺伝子における変異の同一性、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される変異特性を含む、本発明1110の方法。
[本発明1112]
測定された前記バーデンが、比率若しくは数であるかまたはこれを含む、本発明1111の方法。
[本発明1113]
ＤＮＡ修復と関連する前記遺伝子が、ＰＯＬＤ1、ＰＲＫＤＣ、ＤＮＡ−ＰＫ、ＲＡＤ17、ＰＯＬＥ、及びＭＳＨ2からなる群から選択される遺伝子であるかまたはこれを含む、本発明1111の方法。
[本発明1114]
前記奏効特性が、6ヶ月超続く部分奏効若しくは安定した奏効（「持続的臨床効果」；「ＤＣＢ」）、4週間超の腫瘍サイズの低減（「客観的奏効率」；「ＯＲＲ」）、9週間超の疾患進行なし（「無増悪生存期間」；「ＰＦＳ」）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される特性であるかまたはこれを含む、本発明1111〜1113のいずれかの方法。
[本発明1115]
免疫チェックポイント調節因子療法の奏効特性と相関する1セットの変異特性の存在を判定する工程により腫瘍サンプルを特性決定する方法。
[本発明1116]
前記1セットの変異特性が、変異バーデン、非同義変異バーデン、ネオアンチゲンバーデン、トランスバージョンバーデン、トランジションバーデン、相対的トランスバージョン対トランジションバーデン、ＤＮＡ修復と関連する遺伝子における変異バーデン、ＤＮＡ修復と関連する1つ以上の特定の遺伝子における変異の存在、ＤＮＡ修復と関連する1つ以上の特定の遺伝子における変異の同一性、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される変異特性を含む、本発明1115の方法。
[本発明1117]
測定された前記バーデンが、比率若しくは数であるかまたはこれを含む、本発明1116の方法。
[本発明1118]
ＤＮＡ修復と関連する前記遺伝子が、ＰＯＬＤ1、ＰＲＫＤＣ、ＤＮＡ−ＰＫ、ＲＡＤ17、ＰＯＬＥ、及びＭＳＨ2からなる群から選択される遺伝子であるかまたはこれを含む、本発明1116の方法。
[本発明1119]
前記奏効特性が、6ヶ月超続く部分奏効若しくは安定した奏効（「持続的臨床効果」；「ＤＣＢ」）、4週間超の腫瘍サイズの低減（「客観的奏効率」；「ＯＲＲ」）、9週間超の疾患進行なし（「無増悪生存期間」；「ＰＦＳ」）、及びそれらの組み合わせからなる群から選択される特性であるかまたはこれを含む、本発明1115〜1117のいずれかの方法。
[本発明1120]
前記判定する工程が、核酸配列決定により前記変異特性の少なくとも1つを検出することを含む、本発明1115〜1118のいずれかの方法。
[本発明1121]
前記核酸配列決定が、全エクソーム配列決定であるかまたはこれを含む、本発明1119の方法。