(57)【要約】      （修正有）【課題】癌、例えばメラノーマを治療するための方法の提供。【解決手段】（ａ）ＰＤ−１又はＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法に対する患者の応答状態の値を得、ここで、応答状態の値は対象からのメラノーマサンプル又はメラノーマ由来サンプルにおける腫瘍突然変異荷重（ＴＭＢ）の尺度を含み、（ｂ）応答状態の値の増加、例えば、応答状態の基準値と比較した場合のその増加に応じて、ＰＤ−１又はＰＤ−Ｌ１のインヒビターを患者に投与することにより治療する方法。【選択図】図１Ａ
2020100641.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
（ａ）対象のためのＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法に対する応答
状態の値を得、ここで、応答状態の値は対象からのメラノーマサンプルまたはメラノーマ
由来サンプルにおける腫瘍突然変異荷重（ＴＭＢ）の尺度を含み、
（ｂ）応答状態の値の増加、例えば、応答状態の基準値と比較した場合のその増加に応
じて、療法を対象に投与し、それにより対象を治療することを含む、メラノーマを有する
対象の治療方法。
【請求項２】
ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法を対象に投与し、それにより対象
を治療することを含む、メラノーマを有する対象の治療方法であって、
対象は、例えば応答状態の基準値と比較した場合の、応答状態の値の増加を示し、また
は該増加を示すことが確認されており、
応答状態の値は対象からのメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける
腫瘍突然変異荷重の尺度を含む、方法。
【請求項３】
対象のための療法に対する応答状態の値を得、それにより療法を選択することを含む、
メラノーマを有する対象のためのＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法の
選択方法であって、
応答状態の値は対象からのメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける
腫瘍突然変異荷重の尺度を含み、
応答状態の値の増加、例えば、応答状態の基準値と比較した場合のその増加は、対象が
、療法に対する応答体である又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答する又は
その可能性が高いことを示す、方法。
【請求項４】
（ａ）対象のためのＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法に対する応答
状態の値を得、ここで、応答状態の値は対象からのメラノーマサンプルまたはメラノーマ
由来サンプルにおける腫瘍突然変異荷重の尺度を含み、
（ｂ）対象を療法に対する応答体（例えば、完全応答体または部分応答体）または非応
答体として特定することを含む、メラノーマを有する対象の評価方法であって、
応答状態の基準値に等しい又はそれより大きな応答状態の値は、対象が療法に対する応
答体である又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答する又はその可能性が高い
ことを示し、あるいは、
応答状態の基準値より小さな応答状態の値は、対象が療法に対する非応答体である又は
その可能性が高い、あるいは対象が療法に応答しない又はその可能性が高いことを示す、
方法。
【請求項５】
腫瘍突然変異荷重の尺度が、対象からのサンプルにおける以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の数
、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）の数
の１つ、２つ、３つまたは全ての決定結果を含む、請求項１〜４のいずれか１項記載の方
法。
【請求項６】
対象からのサンプルにおける以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）の基準レベルと比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セッ
トにおける体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）のレベルの増加、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の基
準数と比較した場合の、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞
変異）の数の増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）の基準数と比較した場合の、表１に記載されている遺伝子
の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）の数の増
加
の１つ、２つ、３つまたは全てに応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選
択する、請求項６記載の方法。
【請求項７】
（ａ）対象からのメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおいて、以下の
もの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、
１以上の体細胞変異）のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存
在もしくは非存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異
）の数、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（
例えば、１以上のＣからＴへの変化）の数
の１以上を決定し、
（ｂ）以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、
１以上の体細胞変異）のレベルの増加、例えば、表１に記載されている遺伝子の所定セッ
トにおける体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の基準レベルと比較した場合のそ
の増加、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存
在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異
）の数の増加、例えば、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞
変異）の基準数と比較した場合のその増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（
例えば、１以上のＣからＴへの変化）の数の増加、例えば、表１に記載されている遺伝子
の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）の基準数
と比較した場合のその増加
の１以上に応じて、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法を対象に投与し
、それにより対象を治療することを含む、メラノーマを有する対象の治療方法。
【請求項８】
応答状態の基準値が療法に対する非応答体に関する応答状態の値である、請求項１〜４
のいずれか１項記載の方法。
【請求項９】
腫瘍突然変異荷重の基準レベルと比較した場合の、対象からのサンプルにおける腫瘍突
然変異荷重のレベルの増加に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択す
る、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項１０】
腫瘍突然変異荷重の基準レベルが療法に対する非応答体からのメラノーマサンプルまた
はメラノーマ由来サンプルにおける腫瘍突然変異荷重のレベルである、請求項９記載の方
法。
【請求項１１】
対象からのサンプルが、以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルと比
較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルの
増加、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準レベルと比較した場合の、ＬＲ
Ｐ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の数の増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の基準レ
ベルと比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの
変化の数の増加
の１つ、２つ、３つまたは全てを示す場合に、対象を療法に対する応答体として特定する
、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項１２】
対象からのサンプルが、以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルと比
較して減少した又は不変の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異の非存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準レベルと比較して類似した、同
じ又は減少した、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の数、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の基準レ
ベルと比較して類似した、同じ又は減少した、表１に記載されている遺伝子の所定セット
におけるＣからＴへの変化の数
の１つ、２つ、３つまたは全てを示す場合に、対象を療法に対する非応答体として特定す
る、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項１３】
遺伝子の所定セットが、表１に記載されている遺伝子の少なくとも約５０個以上、約１
００個以上、約１５０個以上、約２００個以上、約２５０個以上、約３００個以上または
全てを含む、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項１４】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルが、療法に
対する非応答体からのメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける、表１
に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルである、請求項１〜４
のいずれか１項記載の方法。
【請求項１５】
ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準レベルが、療法に対する非応答体からのメ
ラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体
細胞変異のレベルである、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項１６】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の基準レベルが、
療法に対する非応答体からのメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける
ＣからＴへの変化のレベルである、請求項６記載の方法。
【請求項１７】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルが、表１に記載
されている遺伝子の所定セットを配列決定すること、例えば、表１に記載されている遺伝
子の所定セットのコード領域を配列決定することを含む方法により決定される、請求項５
記載の方法。
【請求項１８】
ＮＦ１遺伝子における体細胞変異の存在または非存在が、ＮＦ１遺伝子を配列決定する
こと、例えば、ＮＦ１遺伝子のコード領域を配列決定することを含む方法により決定され
る、請求項５記載の方法。
【請求項１９】
ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の数が、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子を配列決定すること、
例えば、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子のコード領域を配列決定することを含む方法により決定される
、請求項５記載の方法。
【請求項２０】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の数が、表１に記
載されている遺伝子の所定セットを配列決定することを含む方法により決定される、請求
項５記載の方法。
【請求項２１】
腫瘍突然変異荷重の尺度に応じて、以下のもの、すなわち、
（ａ）療法の改変用量を対象に投与すること、
（ｂ）対象に対する療法のスケジュールまたは時間経過を改変すること、
（ｃ）療法と組合される追加的物質を、例えば非応答体または部分応答体に投与するこ
と、あるいは
（ｄ）対象におけるメラノーマの進行における時間経過を予後決定すること
の１つ、２つ、３つまたは全てを行うことを更に含む、請求項１〜４のいずれか１項記載
の方法。
【請求項２２】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルの決定が、表１
に記載されている遺伝子の約２５個以上、例えば約５０個以上、約１００個以上、約１５
０個以上、約２００個以上、約２５０個以上、約３００個以上または全てにおける体細胞
変異のレベルの決定を含む、請求項５記載の方法。
【請求項２３】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルの決定が、予め
選択された単位当たり（例えば、遺伝子の所定セットのコード領域における、例えば、配
列決定された遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当たり）の体細胞変異
の数の決定を含む、請求項５記載の方法。
【請求項２４】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルと比較した
場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルの増加、
例えば、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍
、少なくとも約１５倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約３０倍、少なくとも約４０倍
または少なくとも約５０倍の増加に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために
選択する、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項２５】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が遺伝子の所定セッ
トのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約３．３個以上、例えば約５個以上
、約１０個以上、約１５個以上、約２０個以上、約２５個以上、約３０個以上、約３５個
以上、約４０個以上、約４５個以上または約５０個以上であるという決定に応じて、療法
を対象に投与する、または対象のために選択する、請求項１〜４のいずれか１項記載の方
法。
【請求項２６】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が遺伝子の所定セッ
トのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約２３．１個以上、例えば約２５個
以上、約３０個以上、約３５個以上、約４０個以上、約４５個以上または約５０個以上で
あるという決定に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する、請求項
１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項２７】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が遺伝子の所定セッ
トのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約３．３〜約２３．１個、例えば約
５〜約２０個、約１０〜約２０個、または約１５〜約２０個であるという決定に応じて、
療法を対象に投与する、または対象のために選択する、請求項１〜４のいずれか１項記載
の方法。
【請求項２８】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルと比較した
場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルの増加、
例えば、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約５倍、少なくとも約１０倍
、少なくとも約１５倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約３０倍、少なくとも約４０倍
または少なくとも約５０倍の増加が、対象が療法に対する応答体であることを示す、請求
項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項２９】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルと比較して
類似した、同じ又は減少した、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞
変異のレベルが、対象が療法に対する非応答体であることを示す、請求項１〜４のいずれ
か１項記載の方法。
【請求項３０】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が遺伝子の所定セッ
トのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約３．３個以上、例えば約５個以上
、約１０個以上、約１５個以上、約２０個以上、約２５個以上、約３０個以上、約３５個
以上、約４０個以上、約４５個以上または約５０個以上であるという決定が、対象が療法
に対する応答体、例えば完全応答体または部分応答体であることを示す、請求項１〜４の
いずれか１項記載の方法。
【請求項３１】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が遺伝子の所定セッ
トのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約３．３個未満であるという決定が
、対象が療法に対する非応答体であることを示す、請求項１〜４のいずれか１項記載の方
法。
【請求項３２】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が遺伝子の所定セッ
トのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約２３．１個以上、例えば約２５個
以上、約３０個以上、約３５個以上、約４０個以上、約４５個以上または約５０個以上で
あるという決定が、対象が療法に対する応答体、例えば完全応答体であることを示す、請
求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項３３】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が、表１に記載され
ている遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約２３．１
個未満であるという決定が、対象が療法に対する部分応答体または非応答体であることを
示す、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項３４】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が、表１に記載され
ている遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約３．３〜
約２０個、例えば約５〜約２０個、約１０〜約２０個、または約１５〜約２０個であると
いう決定が、対象が療法に対する部分応答体であることを示す、請求項１〜４のいずれか
１項記載の方法。
【請求項３５】
体細胞変異がＮＦ１遺伝子のコード領域に存在するという決定に応じて、療法を対象に
投与する、または対象のために選択する、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項３６】
ＮＦ１遺伝子のコード領域における体細胞変異の存在が、対象が療法に対する応答体で
ある又はその可能性が高いこと、あるいは対象が療法に応答する又はその可能性が高いこ
とを示す、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項３７】
（ａ）体細胞変異がＮＦ１遺伝子のコード領域に存在する、および
（ｂ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルが、表１に記載されている遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約３５個以上、約３８．５個以上、約４０個以上、約４５個以上または約５０個以上であるという決定に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項３８】
（ａ）ＮＦ１遺伝子のコード領域における体細胞変異の存在、ならびに
（ｂ）ＢＲＡＦ遺伝子における体細胞変異、ＮＲＡＳ遺伝子における体細胞変異を含む
、またはＢＲＡＦ、ＮＲＡＳおよびＮＦ１遺伝子に関して三重ＷＴ（野生型）であるメラ
ノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける表１に記載されている遺伝子の所
定セットにおける体細胞変異のレベルと比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の
所定セットにおける体細胞変異のレベルの増加、例えば少なくとも約２倍、少なくとも約
３倍、少なくとも約５倍または少なくとも約１０倍の増加
の決定に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する、請求項１〜４の
いずれか１項記載の方法。
【請求項３９】
ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における約１個以上、約２個以上、約３個以上、約４個以上または約
５個以上の体細胞変異の存在の決定に応じて、療法を対象に投与する、または対象のため
に選択する、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項４０】
ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における約１個以上、約２個以上、約３個以上、約４個以上または約
５個以上の体細胞変異の存在が、対象が療法に対する応答体である又はその可能性が高い
、あるいは対象が療法に応答する又はその可能性が高いことを示す、請求項１〜４のいず
れか１項記載の方法。
【請求項４１】
ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準数と比較した場合の、ＬＲＰ１Ｂにおける
体細胞変異の数の増加、例えば、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも
約２．８倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍または少なく
とも約５倍の増加の決定に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する
、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項４２】
ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準数が療法に対する非応答体からのメラノー
マサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおけるＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異
の数である、請求項４１記載の方法。
【請求項４３】
ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準数が体細胞変異０個または１個である、請
求項４１記載の方法。
【請求項４４】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける約２０個以上、約２５個以上、約３
０個以上、約４０個以上または約５０個以上のＣからＴへの変化の存在の決定に応じて、
療法を対象に投与する、または対象のために選択する、請求項１〜４のいずれか１項記載
の方法。
【請求項４５】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける約２０個以上、約２５個以上、約３
０個以上、約４０個以上または約５０個以上のＣからＴへの変化の存在の決定が、対象が
、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法に対する応答体であることを示す
、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項４６】
表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の基準数と比較し
た場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の数の増
加、例えば、少なくとも約８倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約１２倍、少なくとも
約１５倍または少なくとも約２０倍の増加の決定に応じて、療法を対象に投与する、また
は対象のために選択する、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項４７】
ＣからＴへの変化の基準数が療法に対する非応答体からのメラノーマサンプルまたはメ
ラノーマ由来サンプルにおけるＣからＴへの変化の数である、請求項４６記載の方法。
【請求項４８】
ＣからＴへの変化の基準数がＣからＴへの変化の約２個である、請求項４６記載の方法
。
【請求項４９】
対象が、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビター以外の治療用物質または治療方法を
含む異なる療法を受けている、または受けたことがある、請求項１〜４のいずれか１項記
載の方法。
【請求項５０】
以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルと比
較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルの
増加、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準レベルと比較した場合の、ＬＲ
Ｐ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の数の増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の基準レ
ベルと比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの
変化の数の増加
の１つ、２つ、３つまたは全ての決定に応じて、前記の異なる療法を中断する、請求項４
９記載の方法。
【請求項５１】
前記の異なる療法の中断の後、療法を投与する、請求項４９記載の方法。
【請求項５２】
療法を、前記の異なる療法と組合せて投与する、請求項４９記載の方法。
【請求項５３】
前記の異なる療法が、化学療法、放射線療法、免疫療法、放射免疫療法、腫瘍溶解性ウ
イルス療法、外科手技またはそれらの任意の組合せから選択される、請求項４９記載の方
法。
【請求項５４】
前記の異なる療法が、ダカルバジン（ｄａｃａｒｂａｚｉｎｅ）、テモゾロミド（ｔｅ
ｍｏｚｏｌｏｍｉｄｅ）、インターロイキン２（ＩＬ−２）、インターフェロン、イピリ
ムマブ（ｉｐｉｌｉｍｕｍａｂ）、ＢＲＡＦインヒビター、ＭＥＫインヒビター、タリモ
ジーン・ラハーパレプベック（ｔａｌｉｍｏｇｅｎｅ  ｌａｈｅｒｐａｒｅｐｖｅｃ）、
養子細胞移入またはそれらの任意の組合せの１以上を含む、請求項４９記載の方法。
【請求項５５】
インターフェロンが組換えインターフェロンアルファ２ｂまたはペグインターフェロン
アルファ２ｂである、請求項５４記載の方法。
【請求項５６】
ＢＲＡＦインヒビターがベムラフェニブ（ｖｅｍｕｒａｆｅｎｉｂ）またはダブラフェ
ニブ（ｄａｂｒａｆｅｎｉｂ）である、請求項５４記載の方法。
【請求項５７】
ＭＥＫインヒビターがコビメチニブ（ｃｏｂｉｍｅｔｉｎｉｂ）またはトラメチニブ（
ｔｒａｍｅｔｉｎｉｂ）である、請求項５４記載の方法。
【請求項５８】
養子細胞移入が修飾Ｔ細胞または修飾樹状細胞を含む、請求項５４記載の方法。
【請求項５９】
ＰＤ−１のインヒビターが抗ＰＤ−１抗体である、請求項１〜４のいずれか１項記載の
方法。
【請求項６０】
ＰＤ−１のインヒビターが、ニボルマブ（ｎｉｖｏｌｕｍａｂ）（ＯＮＯ−４５３８、
ＢＭＳ−９３６５５８またはＭＤＸ１１０６）、ペンブロリズマブ（ｐｅｍｂｒｏｌｉｚ
ｕｍａｂ）（ＭＫ−３４７５またはランブロリズマブ（ｌａｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ））
、ピジリズマブ（ｐｉｄｉｌｉｚｕｍａｂ）（ＣＴ−０１１）、ＭＥＤＩ０６８０（ＡＭ
Ｐ−５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、ＢＧＢ−１０８、ＢＧＢ−Ａ３１７、
ＳＨＲ−１２１０（ＨＲ−３０１２１０、ＳＨＲ１２１０またはＳＨＲ−１２１０）、Ｐ
Ｆ−０６８０１５９１またはＡＭＰ−２２４から選択される、請求項５９記載の方法。
【請求項６１】
ＰＤ−Ｌ１のインヒビターが抗ＰＤ−Ｌ１抗体である、請求項１〜４のいずれか１項記
載の方法。
【請求項６２】
ＰＤ−Ｌ１のインヒビターが、アテゾリズマブ（ａｔｅｚｏｌｉｚｕｍａｂ）（ＭＰＤ
Ｌ３２８０Ａ、ＲＧ７４４６またはＲＯ５５４１２６７）、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、
ＭＤＸ−１１０５、デュルバルマブ（ｄｕｒｖａｌｕｍａｂ）（ＭＥＤＩ４７３６）また
はアベルマブ（ａｖｅｌｕｍａｂ）（ＭＳＢ００１０７１８Ｃ）から選択される、請求項
６１記載の方法。
【請求項６３】
体細胞変異が、サイレント突然変異（例えば、同義変異）、癌表現型に関連しているこ
とが確認されていない体細胞変異、パッセンジャー変異（例えば、クローンの適応度に対
する検出可能な影響を有さない変異）、意義不明な変異体（ＶＵＳ）（例えば、病原性が
確認可能でなく除外可能でもない変異）、点突然変異、コーディングショート（ｃｏｄｉ
ｎｇ  ｓｈｏｒｔ）変異体（例えば、塩基置換またはインデル）、非同義一塩基変異体（
ＳＮＶ）、スプライス変異体の１以上を含む、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項６４】
変異（例えば、体細胞変異）が、転位（ｒｅａｒｒａｎｇｅｍｅｎｔ）（例えば、転座
（トランスロケーション））、機能的変異または生殖細胞系列変異の１以上を含まない、
請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項６５】
体細胞変異がサイレント突然変異、例えば同義変異である、請求項１〜４のいずれか１
項記載の方法。
【請求項６６】
体細胞変異が癌表現型に関連していることが確認されていない、請求項１〜４のいずれ
か１項記載の方法。
【請求項６７】
体細胞変異がパッセンジャー変異、例えば、クローンの適応度に対する検出可能な影響
を有さない変異である、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項６８】
体細胞変異が、意義不明な変異体（ＶＵＳ）、例えば、病原性が確認可能でなく除外可
能でもない変異である、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項６９】
体細胞変異が点突然変異である、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項７０】
体細胞変異が、転位以外、例えば転座以外のものである、請求項１〜４のいずれか１項
記載の方法。
【請求項７１】
体細胞変異がコーディングショート変異体、例えば塩基置換またはインデルである、請
求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項７２】
体細胞変異が非同義一塩基変異体（ＳＮＶ）である、請求項１〜４のいずれか１項記載
の方法。
【請求項７３】
体細胞変異がスプライス変異体である、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項７４】
体細胞変異が機能的変異ではない、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項７５】
変異が生殖細胞系列変異ではない、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項７６】
メモリーに機能的に接続された少なくとも１つのプロセッサを含む、メラノーマを有す
る対象を評価するための系であって、前記の少なくとも１つのプロセッサは、実行される
と、
（ａ）対象のためのＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法に対する応答
状態の値を得、ここで、応答状態の値は、対象からのメラノーマサンプルまたはメラノー
マ由来サンプルにおける腫瘍突然変異荷重の尺度を含み、
（ｂ）対象を療法に対する応答体（例えば、完全応答体または部分応答体）または非応
答体として特定するように設計されており、
応答状態の基準値に等しい又はそれより大きな応答状態の値は、対象が療法に対する応
答体である又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答する又はその可能性が高い
ことを示し、あるいは、
応答状態の基準値より小さな応答状態の値は、対象が療法に対する非応答体である又は
その可能性が高い、あるいは対象が療法に応答しない又はその可能性が高いことを示し、
それにより対象を評価する、系。
【請求項７７】
腫瘍突然変異荷重の尺度が、対象からのサンプルにおける以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の数
、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の数
の１つ、２つ、３つまたは全ての決定結果を含む、請求項７６記載の系。
【請求項７８】
対象からのサンプルにおける以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルと比
較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルの
増加、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準レベルと比較した場合の、ＬＲ
Ｐ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の数の増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の基準レ
ベルと比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの
変化の数の増加
の１つ、２つ、３つまたは全てに応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選
択する、請求項７６または７７記載の系。
【請求項７９】
（ａ）（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、
１以上の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）
、
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例
えば、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を検出しうる１以上の検出試薬、
（ｂ）メラノーマサンプルもしくはメラノーマ由来サンプルにおける腫瘍突然変異荷重
の決定における、および／または対象におけるメラノーマの治療における使用説明、なら
びに
（ｃ）所望により含まれうる、ＰＤ−１もしくはＰＤ−Ｌ１のインヒビターまたはその
組成物
を含むキット。
【請求項８０】
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を含む、メラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルに由来する核酸の精
製または単離調製物であって、
該調製物は、配列決定装置内またはそのような装置において使用されるサンプルホルダ
ー内に配置された該サンプルの腫瘍突然変異荷重を決定するために使用される、調製物。
【請求項８１】
（ａ）（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、
１以上の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）
、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例
えば、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を検出しうる１以上の検出試薬と、
（ｂ）（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、
１以上の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）
、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例
えば、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を含むメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルに由来する核酸とを含
む反応混合物であって、
該反応混合物は、配列決定装置内またはそのような装置において使用されるサンプルホ
ルダー内に配置された該サンプルの腫瘍突然変異荷重を決定するために使用される、反応
混合物。
【請求項８２】
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、ま
たは
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を検出しうる１以上の検出試薬を、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、ま
たは
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を含むメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルに由来する核酸と一緒
にし、それにより反応混合物を得ることを含む、反応混合物の製造方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
関連出願に対する相互参照
本出願は２０１６年２月２９日付け出願の米国仮特許出願第６２／３０１，５１０号の
利益を主張するものである。前記出願の内容の全体を参照により本明細書に組み入れるこ
ととする。
【０００２】
発明の分野
本発明は、がん（以下、癌と称される）、例えばメラノーマを治療するための方法およ
び組成物に関する。
【背景技術】
【０００３】
プログラム死（ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ  ｄｅａｔｈ）−１／リガンド（ＰＤ−１／ＰＤ
−Ｌ１）系を標的とする物質は抗腫瘍Ｔ細胞応答の抑制を解除して、多数の癌において顕
著な臨床活性をもたらす（Ｗｏｌｃｈｏｋ，Ｃｅｌｌ  １６２：９３７，２０１５）。ニ
ボルマブおよびペンブロリズマブは、進行性メラノーマ患者の２５〜４５％において臨床
応答を誘導し、現在、規制当局の承認を得て広く使用されている（Ｔｏｐａｌｉａｎら，
Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３６６：２４４３−５４，２０１２；Ｈａｍｉｄら，Ｎ  Ｅ
ｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３６９：１３４−４４，２０１３；Ｈｅｒｂｓｔら，Ｎａｔｕｒｅ
５１５：５６３−７，２０１４；Ｒｏｂｅｒｔら，Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ，３７２
：２５２１−３２，２０１５；Ｒｏｂｅｒｔら，Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ，３７２：３
２０−３０，２０１４；Ｌａｒｋｉｎら，Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ，３７３：１２７０
−１，２０１５）。この活性にもかかわらず、応答を予測し、治療の意思決定を導くため
の臨床的に利用可能な検証されたマーカーは理解困難なままである。最近、浸潤性Ｔ細胞
のクローン増殖および腫瘍または免疫細胞によるＰＤ−Ｌ１発現が治療応答の潜在的マー
カーとして関連づけられた（Ｔｏｐａｌｉａｎら，Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ  ３６６：
２４４３−５４，２０１２；Ｈｅｒｂｓｔら，Ｎａｔｕｒｅ  ５１５：５６３−７，２０
１４；Ｔｕｍｅｈら，Ｎａｔｕｒｅ  ５１５：５６８−７１，２０１４；Ｗｅｂｅｒら，
Ｌａｎｃｅｔ  Ｏｎｃｏｌ，１６：３７５−８４，２０１５）。
【０００４】
これらの知見にもかかわらず、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１を抑制する物質に応答するメ
ラノーマにおける突然変異荷重および特異的発癌性突然変異の影響は体系的に調べられて
いない。更に、ゲノム研究を日常の臨床実施に移すことには尚も問題がある。なぜなら、
全エクソーム解析（ＷＥＳ）は広範には利用可能でなく、高価であり、非常に時間がかか
り、技術的に困難だからである。
【０００５】
したがって、癌、例えばメラノーマを治療および診断するための、免疫療法およびゲノ
ム試験を含む新規治療および診断アプローチが必要とされている。
【発明の概要】
【０００６】
発明の概括
本発明は、少なくとも部分的には、突然変異荷重が、メラノーマにおけるＰＤ−１また
はＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法からの治療利益と相関するという知見に基づく。
１つの実施形態においては、例えば、ハイブリッド捕捉に基づく次世代シーケンシング（
ＮＧＳ）プラットフォームを使用して、患者のサンプルからのゲノムまたはエクソームの
一部をプロファイリングすることは全突然変異荷重の分析のための有効な代用法として役
立つ。もう１つの実施形態においては、単一遺伝子（例えば、ＮＦ１またはＬＲＰ１Ｂ遺
伝子）において検出される変異（変化）は、治療に対する応答を予測するための全突然変
異荷重の代替物または更なる代用物として役立つ。突然変異荷重を検出するために標的化
ＮＧＳプラットフォームを含む方法を用いることは幾つかの利点を有し、該利点には、例
えば全ゲノムまたは全エクソーム配列決定と比較して、より速い、例えば、より臨床的に
扱いやすいターンアラウンド時間（約２週間）、標準化された情報科学パイプライン（ｉ
ｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ  ｐｉｐｅｌｉｎｅ）、およびより扱いやすいコストが含まれるが
、これらに限定されるものではない。本明細書に開示されている方法は、ＰＤ−Ｌ１発現
のようなマーカーに優る他の利点を有する。なぜなら、それらは、主観的尺度（例えば、
病理学的スコア化）ではなく客観的尺度（例えば、突然変異荷重）をもたらすからである
。本明細書に開示されている方法は標的化療法のための利用可能な変化および免疫療法の
ための突然変異荷重の同時検出をも可能にする。これらの方法は、進行性メラノーマを有
する患者における抗ＰＤ−１および／または抗ＰＤ−Ｌ１療法に対する応答の臨床的に利
用可能な予測因子を提供しうる。
【０００７】
したがって、本発明は、少なくとも部分的には、ＰＤ−１経路を標的化および／または
抑制する物質（例えば、治療用物質）の有効量を対象に投与することによる、癌、例えば
メラノーマを有する又はそのリスクを有する対象の治療方法を提供する。ある実施形態に
おいては、治療用物質はＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターである。ある実施形態
においては、治療用物質、例えばＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを、治療用物
質に対する応答状態の値に応じて投与する。ある実施形態においては、応答状態の値は対
象からのサンプル（例えば、腫瘍サンプル）における突然変異荷重の尺度を含む。ある実
施形態においては、突然変異荷重の尺度は、本明細書に開示されている遺伝子の所定セッ
トにおける体細胞変異のレベル、ＮＦ１遺伝子における体細胞変異の存在、ＬＲＰ１Ｂ遺
伝子における体細胞変異の数、もしくは本明細書に開示されている遺伝子の所定セットに
おけるＣからＴへの変化の数、またはそれらの任意の組合せの１以上の決定結果を含む。
【０００８】
治療方法
１つの態様においては、本発明は、癌、例えばメラノーマを有する対象の治療方法に関
する。該方法は、
（ａ）対象に対する療法、例えば、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療
法に対する応答状態の値を得、ここで、応答状態の値は、対象からのサンプル、例えばメ
ラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける突然変異荷重の尺度を含み、
（ｂ）応答状態の値の増加、例えば、応答状態の基準値と比較した場合のその増加に応
じて、療法を対象に投与し、それにより対象を治療することを含む。
【０００９】
ある実施形態においては、応答状態の基準値は療法に対する非応答体に関する応答状態
の値である。
【００１０】
ある実施形態においては、突然変異荷重の尺度は、対象からのサンプルにおける以下の
もの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在もし
くは非存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の数
、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）の数
の１つ、２つ、３つまたは全ての決定結果を含む。
【００１１】
ある実施形態においては、対象からのサンプルにおける以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）のレベルの増加、例えば、表１に記載されている遺伝子の所定セットにお
ける体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の基準レベルと比較した場合のその増加
、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の数
の増加、例えば、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）
の基準数と比較した場合のその増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）の数の増加、例えば、表１に記載されている遺伝子の所定
セットにおけるＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）の基準数と比較
した場合のその増加
の１つ、２つ、３つまたは全てに応じて、療法を対象に投与する。
【００１２】
もう１つの態様においては、本発明は、癌、例えばメラノーマを有する対象の治療方法
に関する。該方法は、療法、例えば、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療
法を対象に投与し、それにより対象を治療することを含み、ここで、対象は、例えば応答
状態の基準値と比較した場合の、応答状態の値の増加を示し、または該増加を示すことが
確認されており、応答状態の値は、対象からのサンプル、例えばメラノーマサンプルまた
はメラノーマ由来サンプルにおける突然変異荷重の尺度を含む。
【００１３】
ある実施形態においては、突然変異荷重の尺度は、対象からのサンプルにおける以下の
もの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在もし
くは非存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の数
、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）の数
の１つ、２つ、３つまたは全ての決定結果を含む。
【００１４】
ある実施形態においては、対象からのサンプルにおける以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）のレベルの増加、例えば、表１に記載されている遺伝子の所定セットにお
ける体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の基準レベルと比較した場合のその増加
、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の数
の増加、例えば、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）
の基準数と比較した場合のその増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）の数の増加、例えば、表１に記載されている遺伝子の所定
セットにおけるＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）の基準数と比較
した場合のその増加
の１つ、２つ、３つまたは全てに応じて、療法を対象に投与する。
【００１５】
更にもう１つの態様においては、本発明は、癌、例えばメラノーマを有する対象の治療
方法に関する。該方法は、
（ａ）対象からのサンプル、例えばメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプル
において、以下のもの、すなわち、
（ｉ）例えば表１に記載されている、遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例
えば、１以上の体細胞変異）のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在
もしくは非存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）
の数、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例
えば、１以上のＣからＴへの変化）の数
の１以上を決定し、
（ｂ）以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１
以上の体細胞変異）のレベルの増加、例えば、表１に記載されている遺伝子の所定セット
における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の基準レベルと比較した場合のその
増加、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在
、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）
の数の増加、例えば、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変
異）の基準数と比較した場合のその増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例
えば、１以上のＣからＴへの変化）の数の増加、例えば、表１に記載されている遺伝子の
所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）の基準数と
比較した場合のその増加
の１以上に応じて、療法、例えば、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法
を対象に投与することを含む。
【００１６】
療法の選択方法
１つの態様においては、本発明は、癌、例えばメラノーマを有する対象に対する療法、
例えば、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法の選択方法に関する。該方
法は、対象に対する療法、例えば、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法
に対する応答状態の値を得、それにより療法を選択することを含み、ここで、応答状態の
値は、対象からのサンプル、例えばメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルに
おける突然変異荷重の尺度を含み、応答状態の値の増加、例えば、応答状態の基準値と比
較した場合のその増加は、対象が、療法に対する応答体である又はその可能性が高い、あ
るいは対象が療法に応答する又はその可能性が高いことを示す。
【００１７】
ある実施形態においては、突然変異荷重の尺度は、対象からのサンプルにおける以下の
もの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在もし
くは非存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の数
、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）の数
の１つ、２つ、３つまたは全ての決定結果を含む。
【００１８】
ある実施形態においては、対象からのサンプルにおける以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）のレベルの増加、例えば、表１に記載されている遺伝子の所定セットにお
ける体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の基準レベルと比較した場合のその増加
、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の数
の増加、例えば、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）
の基準数と比較した場合のその増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）の数の増加、例えば、表１に記載されている遺伝子の所定
セットにおけるＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）の基準数と比較
した場合のその増加
の１つ、２つ、３つまたは全てに応じて、療法を対象に投与する。
【００１９】
対象または癌の評価方法
更にもう１つの態様においては、本発明は、癌、例えばメラノーマを有する対象の評価
方法に関する。該方法は、
（ａ）対象に対する療法、例えば、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療
法に対する応答状態の値を得、ここで、応答状態の値は、対象からのサンプル、例えばメ
ラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける突然変異荷重の尺度を含み、
（ｂ）対象を療法に対する応答体（例えば、完全応答体または部分応答体）または非応
答体として特定することを含み、
ここで、応答状態の基準値に等しい又はそれより大きな応答状態の値は、対象が療法に
対する応答体である又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答する又はその可能
性が高いことを示し、あるいは、
ここで、応答状態の基準値より小さな応答状態の値は、対象が療法に対する非応答体で
ある又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答しない又はその可能性が高いこと
を示す。
【００２０】
ある実施形態においては、突然変異荷重の尺度は、対象からのサンプルにおける以下の
もの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在もし
くは非存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の数
、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）の数
の１つ、２つ、３つまたは全ての決定結果を含む。
【００２１】
ある実施形態においては、対象からのサンプルにおける以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）のレベルの増加、例えば、表１に記載されている遺伝子の所定セットにお
ける体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の基準レベルと比較した場合のその増加
、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の数
の増加、例えば、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）
の基準数と比較した場合のその増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）の数の増加、例えば、表１に記載されている遺伝子の所定
セットにおけるＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）の基準数と比較
した場合のその増加
の１つ、２つ、３つまたは全てに応じて、療法、例えば、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のイ
ンヒビターを含む療法を対象に投与する。
【００２２】
ある実施形態においては、該方法は更に、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）遺伝子（例えば、１
以上のＴＣＲ遺伝子）を配列決定することを含む。ある実施形態においては、該方法は更
に、ＴＣＲ遺伝子のクローン性を決定することを含む。
【００２３】
関連態様においては、患者または患者集団の評価方法を提供する。該方法は、患者また
は患者集団が臨床試験に参加しているという情報または知見を確認し、選択し、または入
手し、該患者または患者集団に対する療法、例えば、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒ
ビターを含む療法に対する応答状態の値を得、本明細書に記載されているとおりに、該患
者または患者集団を療法に対する応答体（例えば、完全応答体または部分応答体）または
非応答体として特定し、あるいは該患者または患者集団が療法に応答する又はその可能性
が高いかどうかを特定することを含む。
【００２４】
もう１つの態様においては、本発明は、対象における癌、例えばメラノーマの評価方法
に関する。該方法は、
（ａ）対象に対する療法、例えば、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療
法に対する応答状態の値を得、ここで、応答状態の値は、対象からのサンプル、例えばメ
ラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける突然変異荷重の尺度を含み、
（ｂ）療法に対する癌の応答性を決定することを含み、
ここで、応答状態の基準値に等しい又はそれより大きな応答状態の値は、該癌が療法に
応答する又はその可能性が高いことを示し、あるいは、
ここで、応答状態の基準値より小さな応答状態の値は、該癌が療法に応答しない又はそ
の可能性が高いことを示す。
【００２５】
ある実施形態においては、突然変異荷重の尺度は、対象からのサンプルにおける以下の
もの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在もし
くは非存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の数
、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）の数
の１つ、２つ、３つまたは全ての決定結果を含む。
【００２６】
ある実施形態においては、対象からのサンプルにおける以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）のレベルの増加、例えば、表１に記載されている遺伝子の所定セットにお
ける体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の基準レベルと比較した場合のその増加
、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の数
の増加、例えば、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）
の基準数と比較した場合のその増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）の数の増加、例えば、表１に記載されている遺伝子の所定
セットにおけるＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）の基準数と比較
した場合のその増加
の１つ、２つ、３つまたは全てに応じて、療法を対象に投与する。
【００２７】
ある実施形態においては、該方法は更に、Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）遺伝子（例えば、１
以上のＴＣＲ遺伝子）を配列決定することを含む。ある実施形態においては、該方法は更
に、ＴＣＲ遺伝子のクローン性を決定することを含む。
【００２８】
本発明の追加的な態様または実施形態は以下の１以上を含む。
【００２９】
応答状態および突然変異荷重
本明細書に記載されている本発明は、例えば、癌、例えばメラノーマを有する対象に対
する療法、例えば、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法に対する応答状
態の値を得ることを含みうる。
【００３０】
ある実施形態においては、応答状態の値の増加、例えば、応答状態の基準値と比較した
場合のその増加に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する。ある実
施形態においては、応答状態の基準値は療法に対する非応答体に関する応答状態の値であ
る。
【００３１】
ある実施形態においては、応答状態の値は、サンプル、例えばメラノーマサンプルまた
はメラノーマ由来サンプルにおける突然変異荷重の尺度を含む。
【００３２】
ある実施形態においては、対象からのサンプルにおける突然変異荷重のレベルの増加、
例えば、突然変異荷重の基準レベルと比較した場合のその増加に応じて、療法を対象に投
与する、または対象のために選択する。ある実施形態においては、突然変異荷重の基準レ
ベルは療法に対する非応答体からのサンプルにおける突然変異荷重のレベルである。
【００３３】
ある実施形態においては、対象からのメラノーマサンプルが、以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルと比
較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルの
増加、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準数と比較した場合の、ＬＲＰ１
Ｂ遺伝子における体細胞変異の数の増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の基準数
と比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化
の数の増加
の１つ、２つ、３つまたは全てを示す場合に、対象を療法に対する応答体として特定する
。
【００３４】
ある実施形態においては、対象からのサンプルが、以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルと比
較して減少した又は不変の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異の非存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準数と比較して類似した、同じ又
は減少した、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の数、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の基準数
と比較して類似した、同じ又は減少した、表１に記載されている遺伝子の所定セットにお
けるＣからＴへの変化の数
の１つ、２つ、３つまたは全てを示す場合に、対象を療法に対する非応答体として特定す
る。
【００３５】
ある実施形態においては、遺伝子の所定セットは、表１に記載されている遺伝子の少な
くとも約５０個以上、約１００個以上、約１５０個以上、約２００個以上、約２５０個以
上、約３００個以上または全てを含む。
【００３６】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異の基準レベルは、療法に対する非応答体からのサンプルにおける、表１に記載されてい
る遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルである。
【００３７】
ある実施形態においては、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準数は、療法に対
する非応答体からのサンプルにおける、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の数である
。
【００３８】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴ
への変化の基準数は、療法に対する非応答体からのサンプルにおける、ＣからＴへの変化
の数である。
【００３９】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異のレベルは、表１に記載されている遺伝子の所定セットを配列決定すること、例えば、
表１に記載されている遺伝子の所定セットのコード領域を配列決定することを含む方法に
より決定される。ある実施形態においては、ＮＦ１遺伝子における体細胞変異の存在また
は非存在は、ＮＦ１遺伝子を配列決定すること、例えば、ＮＦ１遺伝子のコード領域を配
列決定することを含む方法により決定される。ある実施形態においては、ＬＲＰ１Ｂ遺伝
子における体細胞変異の数は、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子を配列決定すること、例えば、ＬＲＰ１
Ｂ遺伝子のコード領域を配列決定することを含む方法により決定される。ある実施形態に
おいては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の数は、
表１に記載されている遺伝子の所定セットを配列決定することを含む方法により決定され
る。
【００４０】
ある実施形態においては、該方法は更に、突然変異荷重の尺度に応じて、以下のもの、
すなわち、
（ａ）療法の改変用量を対象に投与すること、
（ｂ）対象に対する療法のスケジュールまたは時間経過を改変すること、
（ｃ）療法と組合される追加的物質を、例えば非応答体または部分応答体に投与するこ
と、あるいは
（ｄ）対象における癌の進行における時間経過を予後決定すること
の１つ、２つ、３つまたは全てを行うことを含む。
【００４１】
ある実施形態においては、該方法は更に、対象からのサンプル（例えば、メラノーマサ
ンプルまたはメラノーマ由来サンプル）を、例えば直接的または間接的に得、本明細書に
記載されているとおりに、突然変異荷重または変異（変化）に関して該サンプルを評価す
ることを含む。
【００４２】
遺伝子の所定セットにおける体細胞変異
本明細書に記載されている療法（例えば、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを
含む療法）は、例えば、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（
例えば、１以上の体細胞変異）のレベルの増加に応じて、癌（例えば、メラノーマ）を有
する対象に投与され、または該対象のために選択されうる。
【００４３】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異のレベルの決定は、表１に記載されている遺伝子の約２５個以上、例えば約５０個以上
、約１００個以上、約１５０個以上、約２００個以上、約２５０個以上、約３００個以上
または全てにおける体細胞変異のレベルの決定を含む。
【００４４】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異のレベルの決定は、予め選択された単位当たり（例えば、遺伝子の所定セットのコード
領域における、例えば、配列決定された遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベ
ース当たり）の体細胞変異の数の決定を含む。
【００４５】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異の基準レベルと比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体
細胞変異のレベルの増加、例えば、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約
５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約１５倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約３
０倍、少なくとも約４０倍または少なくとも約５０倍の増加に応じて、療法を対象に投与
する、または対象のために選択する。
【００４６】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異の数が遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約３．３
個以上、例えば約５個以上、約１０個以上、約１５個以上、約２０個以上、約２５個以上
、約３０個以上、約３５個以上、約４０個以上、約４５個以上または約５０個以上である
という決定に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する。
【００４７】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異の数が遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約２３．
１個以上、例えば約２５個以上、約３０個以上、約３５個以上、約４０個以上、約４５個
以上または約５０個以上であるという決定に応じて、療法を対象に投与する、または対象
のために選択する。
【００４８】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異の数が遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約３．３
〜約２３．１個、例えば約５〜約２３個、約１０〜約２３個、または約１５〜約２３個で
あるという決定に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する。
【００４９】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異の基準レベルと比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体
細胞変異のレベルの増加、例えば、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約
５倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約１５倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約３
０倍、少なくとも約４０倍または少なくとも約５０倍の増加は、対象が療法に対する応答
体である又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答する又はその可能性が高いこ
とを示す。
【００５０】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異の基準レベルと比較して類似した、同じ又は減少した、表１に記載されている遺伝子の
所定セットにおける体細胞変異のレベルは、対象が療法に対する非応答体である又はその
可能性が高い、あるいは対象が療法に応答しない又はその可能性が高いことを示す。
【００５１】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異の数が、表１に記載されている遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当
たり体細胞変異約３．３個以上、例えば約５個以上、約１０個以上、約１５個以上、約２
０個以上、約２５個以上、約３０個以上、約３５個以上、約４０個以上、約４５個以上ま
たは約５０個以上であるという決定は、対象が療法に対する応答体、例えば完全応答体ま
たは部分応答体である又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答する又はその可
能性が高いことを示す。
【００５２】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異の数が、表１に記載されている遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当
たり体細胞変異約３．３個未満であるという決定は、対象が療法に対する非応答体である
又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答しない又はその可能性が高いことを示
す。
【００５３】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異の数が、表１に記載されている遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当
たり体細胞変異約２３．１個以上、例えば約２５個以上、約３０個以上、約３５個以上、
約４０個以上、約４５個以上または約５０個以上であるという決定は、対象が療法に対す
る応答体、例えば完全応答体である又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答す
る又はその可能性が高いことを示す。
【００５４】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異の数が、表１に記載されている遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当
たり体細胞変異約２３．１個未満であるという決定は、対象が療法に対する部分応答体ま
たは非応答体である又はその可能性が高い（あるいは部分的に応答する、または応答しな
い、または部分的に応答する可能性が高い、または応答しない可能性が高い）ことを示す
。
【００５５】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異の数が、表１に記載されている遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当
たり体細胞変異約３．３〜約２３．１個、例えば約５〜約２３個、約１０〜約２３個、ま
たは約１５〜約２３個であるという決定は、対象が療法に対する部分応答体である又はそ
の可能性が高い（あるいは部分的に応答する、または部分的に応答する可能性が高い）こ
とを示す。
【００５６】
ＮＦ１遺伝子における変異
本明細書に記載されている療法（例えば、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを
含む療法）は、例えば、ＮＦ１遺伝子（例えば、ＮＦ１遺伝子のコード領域）における体
細胞変異の数の決定に応じて、癌（例えば、メラノーマ）を有する対象に投与され、また
は該対象のために選択されうる。
【００５７】
ある実施形態においては、体細胞変異がＮＦ１遺伝子（例えば、ＮＦ１遺伝子のコード
領域）に存在するという決定に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択
する。
【００５８】
ある実施形態においては、ＮＦ１遺伝子のコード領域における体細胞変異の存在は、対
象が療法に対する応答体である又はその可能性が高いことを示す。
【００５９】
ある実施形態においては、（ａ）体細胞変異がＮＦ１遺伝子のコード領域に存在する、
および（ｂ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルが、
表１に記載されている遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞
変異約２３．１個以上、例えば、２５個以上、約３０個以上、約３５個以上、約３８．５
個以上、約４０個以上、約４５個以上または約５０個以上であるという決定に応じて、療
法を対象に投与する、または対象のために選択する。
【００６０】
ある実施形態においては、（ａ）ＮＦ１遺伝子のコード領域における体細胞変異の存在
、および（ｂ）ＢＲＡＦ遺伝子における体細胞変異、ＮＲＡＳ遺伝子における体細胞変異
、またはＢＲＡＦ、ＮＲＡＳおよびＮＦ１遺伝子に関する三重ＷＴ（野生型）を含むサン
プル（例えば、メラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプル）における表１に記載
されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルと比較した場合の、表１に記
載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルの増加、例えば少なくとも
約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約５倍または少なくとも約１０倍の増加の決定に
応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する。
【００６１】
ＬＲＰ１Ｂ遺伝子の変異
本明細書に記載されている療法（例えば、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを
含む療法）は、例えば、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子（例えば、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子のコード領域）に
おける体細胞変異の存在の決定に応じて、癌（例えば、メラノーマ）を有する対象に投与
され、または該対象のために選択されうる。
【００６２】
ある実施形態においては、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子（例えば、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子のコード領域
）における約１個以上、約２個以上、約３個以上、約４個以上または約５個以上の体細胞
変異の存在の決定に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する。
【００６３】
ある実施形態においては、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子（例えば、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子のコード領域
）における約１個以上、約２個以上、約３個以上、約４個以上または約５個以上の体細胞
変異の存在は、対象が療法に対する応答体である又はその可能性が高い、あるいは対象が
療法に応答する又はその可能性が高いことを示す。
【００６４】
ある実施形態においては、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子のコード領域における体細胞変異の基準数
と比較した場合の、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子のコード領域における体細胞変異の数の増加、例え
ば、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約２．８倍、少なくとも約３
倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍または少なくとも約５倍の増加の決定に応
じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する。
【００６５】
ある実施形態においては、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子のコード領域における体細胞変異の基準数
は療法に対する非応答体からのサンプル（例えば、メラノーマサンプルまたはメラノーマ
由来サンプル）におけるＬＲＰ１Ｂ遺伝子のコード領域における体細胞変異の数である。
【００６６】
ある実施形態においては、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子のコード領域における変異の基準数は体細
胞変異０個または１個である。
【００６７】
ＣからＴへの変化
本明細書に記載されている療法（例えば、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを
含む療法）は、例えば、遺伝子の所定セット、例えば、表１に記載されている遺伝子の所
定セットにおけるＣからＴへの変化の数の決定に応じて、癌（例えば、メラノーマ）を有
する対象に投与され、または該対象のために選択されうる。
【００６８】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける約２０個
以上、約３０個以上、約４０個以上または約５０個以上のＣからＴへの変化の存在の決定
に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する。
【００６９】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける約２０個
以上、約２４個以上、約３０個以上、約４０個以上または約５０個以上のＣからＴへの変
化の存在の決定は、対象が療法に対する応答体である又はその可能性が高いことを示す。
【００７０】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴ
への変化の基準数と比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける
ＣからＴへの変化の数の増加、例えば、少なくとも約８倍、少なくとも約１０倍、少なく
とも約１２倍、少なくとも約１５倍または少なくとも約２０倍の増加の決定に応じて、療
法を対象に投与する、または対象のために選択する。
【００７１】
ある実施形態においては、ＣからＴへの変化の基準数は療法に対する非応答体からのサ
ンプル（例えば、メラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプル）におけるＣからＴ
への変化の数である。
【００７２】
ある実施形態においては、ＣからＴへの変化の基準数は、表１に記載されている遺伝子
の所定セットにおけるＣからＴへの変化の約２個である。
【００７３】
変異のタイプ
本明細書に記載されているとおり、種々のタイプの変異（変化）、例えば体細胞変異が
、サンプルにおける突然変異荷重を測定するために使用されうる。
【００７４】
ある実施形態においては、変異は以下のものの１以上を含む：サイレント突然変異（例
えば、同義変異）、癌表現型に関連していることが確認されていない体細胞変異、パッセ
ンジャー変異（例えば、クローンの適応度に対する検出可能な影響を有さない変異）、意
義不明な変異体（ＶＵＳ）（例えば、病原性が確認可能でなく除外可能でもない変異）、
点突然変異、コーディングショート（ｃｏｄｉｎｇ  ｓｈｏｒｔ）変異体（例えば、塩基
置換またはインデル）、非同義一塩基変異体（ＳＮＶ）またはスプライス変異体。
【００７５】
代替的に、または組合せとして、幾つかの実施形態においては、変異は以下のものの１
以上を含まない：転位（ｒｅａｒｒａｎｇｅｍｅｎｔ）（例えば、転座（トランスロケー
ション））、機能的変異または生殖細胞系列変異。
【００７６】
ある実施形態においては、体細胞変異はサイレント突然変異、例えば同義変異である。
ある実施形態においては、体細胞変異は癌表現型に関連していることが確認されていない
。ある実施形態においては、体細胞変異はパッセンジャー変異、例えば、クローンの適応
度に対する検出可能な影響を有さない変異である。ある実施形態においては、体細胞変異
は意義不明な変異体（ＶＵＳ）、例えば、病原性が確認可能でなく除外可能でもない変異
である。ある実施形態においては、体細胞変異は点突然変異である。ある実施形態におい
ては、体細胞変異は、転位以外、例えば転座以外のものである。ある実施形態においては
、ある実施形態においては、体細胞変異はコーディングショート変異体、例えば塩基置換
またはインデルである。ある実施形態においては、体細胞変異は非同義一塩基変異体（Ｓ
ＮＶ）である。ある実施形態においては、体細胞変異はスプライス変異体である。ある実
施形態においては、体細胞変異は機能的変異ではない。
【００７７】
ある実施形態においては、変異は生殖細胞系列変異ではない。他の実施形態においては
、体細胞変異は生殖細胞系列変異と同一ではなく、または類似していない（例えば、区別
可能である）。ある実施形態においては、体細胞変異のレベルの増加は、１以上のクラス
またはタイプの体細胞変異（例えば、転位、点突然変異、インデルまたはそれらの任意の
組合せ）のレベルの増加である。ある実施形態においては、体細胞変異のレベルの増加は
、１つのクラスまたはタイプの体細胞変異（例えば、転位のみ、点突然変異のみ、または
インデルのみ）のレベルの増加である。ある実施形態においては、体細胞変異のレベルの
増加は、予め選択された位置の体細胞変異（例えば、本明細書に記載されている変異、例
えば、ＢＲＡＦにおけるＶ６００変異）のレベルの増加である。ある実施形態においては
、体細胞変異のレベルの増加は、予め選択された位置の体細胞変異（例えば、本明細書に
記載されている変異、例えば、ＢＲＡＦにおけるＶ６００変異（例えば、ＢＲＡＦにおけ
るＶ６００Ｋ変異））のレベルの増加である。
【００７８】
治療用物質および治療方法
本明細書に記載されている癌を有する対象は、療法、例えば免疫療法、例えば、ＰＤ−
１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法で治療されうる。
【００７９】
ある実施形態においては、ＰＤ−１のインヒビターは抗ＰＤ−１抗体である。ある実施
形態においては、ＰＤ−１のインヒビターは、ニボルマブ（ｎｉｖｏｌｕｍａｂ）（ＯＮ
Ｏ−４５３８、ＢＭＳ−９３６５５８またはＭＤＸ１１０６）、ペンブロリズマブ（ｐｅ
ｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ）（ＭＫ−３４７５またはランブロリズマブ（ｌａｍｂｒｏｌｉ
ｚｕｍａｂ））、ピジリズマブ（ｐｉｄｉｌｉｚｕｍａｂ）（ＣＴ−０１１）、ＭＥＤＩ
０６８０（ＡＭＰ−５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、ＢＧＢ−１０８、ＢＧ
Ｂ−Ａ３１７、ＳＨＲ−１２１０（ＨＲ−３０１２１０、ＳＨＲ１２１０またはＳＨＲ−
１２１０）、ＰＦ−０６８０１５９１またはＡＭＰ−２２４から選択される。
【００８０】
ある実施形態においては、ＰＤ−Ｌ１のインヒビターは抗ＰＤ−Ｌ１抗体である。ある
実施形態においては、ＰＤ−Ｌ１のインヒビターは、アテゾリズマブ（ａｔｅｚｏｌｉｚ
ｕｍａｂ）（ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＲＧ７４４６またはＲＯ５５４１２６７）、ＹＷ２４
３．５５．Ｓ７０、ＭＤＸ−１１０５、デュルバルマブ（ｄｕｒｖａｌｕｍａｂ）（ＭＥ
ＤＩ４７３６）またはアベルマブ（ａｖｅｌｕｍａｂ）（ＭＳＢ００１０７１８Ｃ）から
選択される。
【００８１】
ある実施形態においては、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターはＰＤ−１受容体
、例えばＰＤ−１受容体Ｆｃ融合体、ＰＤ−Ｌ１受容体、例えばＰＤ−Ｌ１受容体Ｆｃ融
合体である。
【００８２】
ある実施形態においては、対象は、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビター以外の治
療用物質または治療方法を含む異なる療法を受けている、または受けたことがある。
【００８３】
ある実施形態においては、以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルと比
較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルの
増加、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準数と比較した場合の、ＬＲＰ１
Ｂ遺伝子における体細胞変異の数の増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の基準数
と比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化
の数の増加
の１つ、２つ、３つまたは全ての決定に応じて、前記の異なる療法は中断される。
【００８４】
ある実施形態においては、前記の異なる療法の中断の後、療法を投与する。他の実施形
態においては、療法を、前記の異なる療法と組合せて投与する。
【００８５】
ある実施形態においては、前記の異なる療法は、化学療法、放射線療法、免疫療法、放
射免疫療法、腫瘍溶解性ウイルス療法、外科手技またはそれらの任意の組合せから選択さ
れる。
【００８６】
ある実施形態においては、前記の異なる療法は、ダカルバジン（ｄａｃａｒｂａｚｉｎ
ｅ）、テモゾロミド（ｔｅｍｏｚｏｌｏｍｉｄｅ）、インターロイキン２（ＩＬ−２）、
インターフェロン、イピリムマブ（ｉｐｉｌｉｍｕｍａｂ）、ＢＲＡＦインヒビター、Ｍ
ＥＫインヒビター、タリモジーン・ラハーパレプベック（ｔａｌｉｍｏｇｅｎｅ  ｌａｈ
ｅｒｐａｒｅｐｖｅｃ）、養子細胞移入またはそれらの任意の組合せの１以上を含む。
【００８７】
ある実施形態においては、インターフェロンは、組換えインターフェロンアルファ２ｂ
またはペグインターフェロンアルファ２ｂである。ある実施形態においては、ＢＲＡＦイ
ンヒビターはベムラフェニブ（ｖｅｍｕｒａｆｅｎｉｂ）またはダブラフェニブ（ｄａｂ
ｒａｆｅｎｉｂ）である。ある実施形態においては、ＭＥＫインヒビターはコビメチニブ
（ｃｏｂｉｍｅｔｉｎｉｂ）またはトラメチニブ（ｔｒａｍｅｔｉｎｉｂ）である。ある
実施形態においては、養子細胞移入は修飾Ｔ細胞または修飾樹状細胞を含む。
【００８８】
ある実施形態においては、対象は、例えばＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを
含む免疫療法を受けている、または受けたことがある。ある実施形態においては、対象は
、例えばＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む免疫療法を受けていない、また
は受けたことがない。
【００８９】
メラノーマ
本明細書に記載されている本発明は、癌、例えばメラノーマを治療するために、または
癌、例えばメラノーマを有する対象を評価するために使用されうる。
【００９０】
メラノーマは、当業者に公知の任意の適切なメラノーマ分類系に従い定義されるメラノ
ーマの任意の病期またはリスク群でありうる。
【００９１】
幾つかの実施形態においては、メラノーマは病期（ステージ）０、病期ＩＡ、病期ＩＢ
、病期ＩＩＡ、病期ＩＩＢ、病期ＩＩＣ、病期ＩＩＩまたは病期ＩＶのメラノーマのいず
れかのもの、例えば、米国癌合同委員会（Ａｍｅｒｉｃａｎ  Ｊｏｉｎｔ  Ｃｏｍｍｉｔ
ｔｅｅ  ｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ）（ＡＪＣＣ）のメラノーマの病期診断および分類系により
定義される病期０、病期ＩＡ、病期ＩＢ、病期ＩＩＡ、病期ＩＩＢ、病期ＩＩＣ、病期Ｉ
ＩＩまたは病期ＩＶのメラノーマのいずれかのものである。１つの実施形態においては、
メラノーマは、本明細書に記載されている表２Ａおよび２Ｂに従い病期診断または分類さ
れる。
【００９２】
幾つかの実施形態においては、メラノーマは、例えばＢａｌｃｈら，Ｊ  Ｃｌｉｎ  Ｏ
ｎｃｏｌ．２００９；２７（３６）：６１９９−６２０６に記載されている原位置（ｉｎ
ｓｉｔｕ）のメラノーマ（例えば、病期０のメラノーマ）、限局性メラノーマ（例えば
、病期ＩまたはＩＩのメラノーマ）、局所性転移性メラノーマ（例えば、病期ＩＩＩのメ
ラノーマ）または遠隔転移性メラノーマ（例えば、病期ＩＶのメラノーマ）のいずれかの
ものである。幾つかの実施形態においては、メラノーマは進行性メラノーマ、例えば病期
ＩＩＩまたはＩＶのメラノーマである。
【００９３】
他の実施形態においては、メラノーマは、Ｃｌａｒｋのレベル（Ｗｅｅｄｏｎ，Ｓｋｉ
ｎ  ｐａｔｈｏｌｏｇｙ．２ｎｄ  Ｅｄｉｔｉｏｎ．２００２．Ｓｙｄｎｅｙ：Ｃｈｕｒ
ｃｈｉｌｌ−Ｌｉｖｉｎｇｓｔｏｎｅ）に基づくレベル１、レベル２、レベル３、レベル
４またはレベル５のメラノーマのいずれかのもの、例えば、レベル１（例えば、上皮に限
局したメラノーマ（原位置のメラノーマ））、レベル２（例えば、真皮乳頭層内への浸潤
）、レベル３（例えば、真皮乳頭層と真皮網状層との接合部への浸潤）、レベル４（例え
ば、真皮網状層内への浸潤）またはレベル５（例えば、皮下脂肪内への浸潤）のメラノー
マのいずれかのものである。
【００９４】
幾つかの実施形態においては、メラノーマは、Ｂｒｅｓｌｏｗの深さ（Ｂｒｅｓｌｏｗ
（１９７０）Ａｎｎａｌｓ  ｏｆ  Ｓｕｒｇｅｒｙ  １７２（５）：９０２−９０８）に
基づく病期Ｉ、病期ＩＩ、病期ＩＩＩ、病期ＩＶまたは病期ＩＶのメラノーマのいずれか
のもの、例えば、病期Ｉ（例えば、０．７５ｍｍ以下の深さ）、病期ＩＩ（例えば、０．
７６ｍｍ〜１．５０ｍｍの深さ）、病期ＩＩＩ（例えば、１．５１ｍｍ〜２．２５ｍｍの
深さ）、病期ＩＶ（例えば、２．２６ｍｍ〜３．０ｍｍの深さ）または病期Ｖ（例えば、
３．００ｍｍを超える深さ）のメラノーマのいずれかのものである。
【００９５】
ある実施形態においては、メラノーマは進行性メラノーマである。幾つかの実施形態に
おいては、進行性メラノーマは、ＡＪＣＣの病期診断および分類系に基づく病期ＩＩＩま
たは病期ＩＶのメラノーマである。１つの実施形態においては、進行性メラノーマは、表
２Ａおよび２Ｂに記載されている病期診断および分類に基づく病期ＩＩＩまたは病期ＩＶ
のメラノーマである。１つの実施形態においては、進行性メラノーマは病期ＩＩＩのメラ
ノーマ、例えば、本明細書に記載されている病期ＩＩＩのメラノーマである。もう１つの
実施形態においては、進行性メラノーマは病期ＩＶのメラノーマ、例えば、本明細書に記
載されている病期ＩＶのメラノーマである。
【００９６】
ある実施形態においては、メラノーマは転移性メラノーマである。幾つかの実施形態に
おいては、転移性メラノーマは、例えばＡＪＣＣの病期診断および分類系に基づく、病期
ＩＩＩまたは病期ＩＶのメラノーマである。１つの実施形態においては、転移性メラノー
マは、表２Ａおよび２Ｂに記載されている病期診断および分類に基づく病期ＩＩＩまたは
病期ＩＶのメラノーマである。１つの実施形態においては、転移性メラノーマは病期ＩＩ
Ｉのメラノーマ、例えば、本明細書に記載されている病期ＩＩＩのメラノーマである。も
う１つの実施形態においては、転移性メラノーマは病期ＩＶのメラノーマ、例えば、本明
細書に記載されている病期ＩＶのメラノーマである。
【００９７】
他の実施形態においては、メラノーマ、例えば進行性メラノーマは、本明細書に記載さ
れている遺伝子の１以上、例えば、表１に記載されている遺伝子の１以上における変異（
変化）、例えば本明細書に記載されている変異を含み、または有することが確認もしくは
決定されている。ある実施形態においては、メラノーマは、ＮＦ１、ＬＲＰ１Ｂ、ＢＲＡ
Ｆ、ＮＲＡＳ、ＴＰ５３、ＭＹＣ、ＡＰＣ／ＣＴＮＮＢ１、ＩＧＦ１Ｒ／ＨＧＦ、ＰＴＥ
Ｎ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＤＫ４、ＣＤＫ６および／またはＲＢ１から選択される遺伝子の１
以上における変異を含み、または有することが確認されている。
【００９８】
ある実施形態においては、メラノーマはＮＦ１遺伝子における変異を含み、または有す
ることが確認されている。ある実施形態においては、メラノーマはＬＲＰ１Ｂ遺伝子にお
ける変異を含み、または有することが確認されている。ある実施形態においては、メラノ
ーマはＢＲＡＦ遺伝子における変異を含み、または有することが確認されている。ある実
施形態においては、メラノーマはＮＲＡＳ遺伝子における変異を含み、または有すること
が確認されている。ある実施形態においては、メラノーマはＮＦ１遺伝子における変異お
よびＬＲＰ１Ｂ遺伝子における変異を含み、または有することが確認されている。ある実
施形態においては、メラノーマはＮＦ１遺伝子における変異を含み、または有することが
確認されているが、ＢＲＡＦ遺伝子における変異、ＮＲＡＳ遺伝子における変異またはそ
れらの両方を含まず、または有することが確認されていない。ある実施形態においては、
メラノーマはＬＲＰ１Ｂ遺伝子における変異を含み、または有することが確認されている
が、ＢＲＡＦ遺伝子における変異、ＮＲＡＳ遺伝子における変異またはそれらの両方を含
まず、または有することが確認されていない。ある実施形態においては、メラノーマは三
重野生型（ＷＴ）メラノーマとして特定されており、例えば、メラノーマはＮＦ１遺伝子
における変異、ＢＲＦ遺伝子における変異およびＮＲＡＳ遺伝子における変異のいずれを
も含まず、または有することが確認されていない。
【００９９】
ある実施形態においては、ＮＦ１遺伝子における変異は、ＮＦ１の野生型活性と比較し
た場合の、ＮＦ１遺伝子産物（例えば、ＮＦ１タンパク質）の活性の低下をもたらす。例
えば、該変異はＮＦ１タンパク質のＧＴＰアーゼアクチベーター活性、ホスファチジルコ
リン結合活性および／またはホスファチジルエタノールアミン結合活性の変化（例えば、
低下）をもたらしうる。１つの実施形態においては、ＮＦ１の変異は、突然変異（例えば
、体細胞突然変異）、例えば置換（例えば、塩基置換）、挿入または欠失である、あるい
はそれを含む。
【０１００】
ある実施形態においては、ＢＲＡＦ遺伝子における変異は、ＢＲＡＦの野生型活性と比
較した場合の、ＢＲＡＦ遺伝子産物（例えば、ＢＲＡＦタンパク質）の活性の低下をもた
らす。例えば、該変異はＢＲＡＦタンパク質のキナーゼ活性の変化（例えば、増強）をも
たらしうる。１つの実施形態においては、ＢＲＡＦの変異は、突然変異（例えば、体細胞
突然変異）、例えば置換（例えば、塩基置換）、挿入または欠失である、あるいはそれを
含む。ある実施形態においては、該変異は塩基置換である。
【０１０１】
ある実施形態においては、ＢＲＡＦにおける変異はコドンＶ６００に位置する。ある実
施形態においては、ＢＲＡＦにおける変異はＶ６００Ｅ変異である。ある実施形態におい
ては、ＢＲＡＦにおける変異はＶ６００Ｋ変異である。ある実施形態においては、ＢＲＡ
Ｆにおける変異はＶ６００Ｒ変異である。ある実施形態においては、ＢＲＡＦにおける変
異はＶ６００Ｄ変異である。
【０１０２】
ある実施形態においては、ＢＲＡＦにおける変異はＶ６００変異以外の変異である。あ
る実施形態においては、ＢＲＡＦにおける変異はＫ６０１変異である。ある実施形態にお
いては、ＢＲＡＦにおける変異はＫ６０１Ｅ変異である。ある実施形態においては、ＢＲ
ＡＦにおける変異はＧ４６９変異である。ある実施形態においては、ＢＲＡＦにおける変
異はＧ４６９Ｅ変異である。ある実施形態においては、ＢＲＡＦにおける変異はＤ５９４
変異である。ある実施形態においては、ＢＲＡＦにおける変異はＤ５９４Ｇ変異である。
ある実施形態においては、ＢＲＡＦにおける変異はＬ５９７変異である。ある実施形態に
おいては、ＢＲＡＦにおける変異はＬ５９７Ｓ変異である。ある実施形態においては、Ｂ
ＲＡＦにおける変異はＳ４６７変異である。ある実施形態においては、ＢＲＡＦにおける
変異はＳ４６７Ｌ変異である。
【０１０３】
対象
ある実施形態においては、対象はメラノーマ、例えば、本明細書に記載されている進行
性メラノーマを有し、ここで、該メラノーマは、例えば、表１に記載されている遺伝子の
１以上における変異、例えば、本明細書に記載されている変異を含む。ある実施形態にお
いては、メラノーマは、ＮＦ１、ＬＲＰ１Ｂ、ＢＲＡＦ、ＮＲＡＳ、ＴＰ５３、ＭＹＣ、
ＡＰＣ／ＣＴＮＮＢ１、ＩＧＦ１Ｒ／ＨＧＦ、ＰＴＥＮ、ＣＤＫＮ２Ａ、ＣＤＫ４、ＣＤ
Ｋ６および／またはＲＢ１から選択される遺伝子の１以上における変異を含み、または有
することが確認されている。他の実施形態においては、対象は、ＣからＴへの変化を含む
メラノーマ、例えば、進行性メラノーマを有することが確認されており、または過去に確
認されたことがある。
【０１０４】
メラノーマは、任意の病期、例えば、本明細書に記載されている任意の病期、例えば、
進行性、再発性、再燃性または難治性（これらに限定されるものではない）のものであり
うる。メラノーマの癌病期分類系には、例えば、米国癌合同委員会（Ａｍｅｒｉｃａｎ  
Ｊｏｉｎｔ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ）（ＡＪＣＣ）のメラノーマの病
期診断および分類系が含まれる。例えば、メラノーマは、病期０、病期ＩＡ、病期ＩＢ、
病期ＩＩＡ、病期ＩＩＢ、病期ＩＩＣ、病期ＩＩＩまたは病期ＩＶのメラノーマのいずれ
かのもの、例えば、本明細書に記載されている表２Ａおよび２Ｂに基づく病期０、病期Ｉ
Ａ、病期ＩＢ、病期ＩＩＡ、病期ＩＩＢ、病期ＩＩＣ、病期ＩＩＩまたは病期ＩＶのメラ
ノーマのいずれかのものでありうる。
【０１０５】
１つの実施形態においては、対れべるれれべ象はヒト、例えば、本明細書に記載されて
いるメラノーマ（例えば、進行性メラノーマ）を有するヒト患者である。
【０１０６】
１つの実施形態においては、対象は、異なる（例えば、非ＰＤ−１および／または非Ｐ
Ｄ−Ｌ１）治療用物質または治療方法での治療を受けている、または受けたことがある。
１つの実施形態においては、前記の異なる治療用物質または治療方法は化学療法、放射線
療法、免疫療法、放射免疫療法、腫瘍溶解性ウイルス療法、外科手技またはそれらの任意
の組合せから選択される。１つの実施形態においては、前記の異なる治療用物質または治
療方法は、ダカルバジン（ｄａｃａｒｂａｚｉｎｅ）、テモゾロミド（ｔｅｍｏｚｏｌｏ
ｍｉｄｅ）、インターロイキン２（ＩＬ−２）、インターフェロン（例えば、組換えイン
ターフェロンアルファ２ｂまたはペグインターフェロンアルファ２ｂ）、イピリムマブ（
ｉｐｉｌｉｍｕｍａｂ）、ＢＲＡＦインヒビター［例えば、ベムラフェニブ（ｖｅｍｕｒ
ａｆｅｎｉｂ）またはダブラフェニブ（ｄａｂｒａｆｅｎｉｂ）］、ＭＥＫインヒビター
［例えば、コビメチニブ（ｃｏｂｉｍｅｔｉｎｉｂ）またはトラメチニブ（ｔｒａｍｅｔ
ｉｎｉｂ）］、タリモジーン・ラハーパレプベック（ｔａｌｉｍｏｇｅｎｅ  ｌａｈｅｒ
ｐａｒｅｐｖｅｃ）、および／または養子細胞移入（例えば、修飾Ｔ細胞または修飾樹状
細胞）の１以上を含む。
【０１０７】
１つの実施形態においては、本明細書に記載されているとおりの突然変異荷重および／
または変異の存在の決定に応じて、前記の異なる（例えば、非ＰＤ−１および／または非
ＰＤ−Ｌ１チェックポイント）治療用物質または治療方法は中断される。更に他の実施形
態においては、対象は、前記の異なる治療用物質または治療方法に応答する可能性が高い
又は可能性が低いことが確認されている。
【０１０８】
ある実施形態においては、対象は、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターに関する
臨床試験に参加しているメラノーマ患者である。ある実施形態においては、対象は、異な
る（例えば、非ＰＤ−１および／または非ＰＤ−Ｌ１）治療用物質または治療方法に関す
る臨床試験に参加しているメラノーマ患者である。
【０１０９】
１つの実施形態においては、対象は６０歳以上である。もう１つの実施形態においては
、対象は４５〜６０歳である。更にもう１つの実施形態においては、対象は４５歳以下で
ある。更にもう１つの実施形態においては、対象は３０才以下である。もう１つの実施形
態においては、対象は４５歳以上であり、男性である。もう１つの実施形態においては、
対象は４５歳以下であり、女性である。１つの実施形態においては、対象は白人（コーカ
サス人種）である。１つの実施形態においては、対象はメラノーマの家族歴を有する。
【０１１０】
系
１つの態様においては、本発明は、癌、例えばメラノーマを有する対象を評価するため
の系に関する。該系は、メモリーに機能的に接続された少なくとも１つのプロセッサを含
み、前記の少なくとも１つのプロセッサは、実行されると、
（ａ）対象に対する療法（例えば、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療
法）に対する応答状態の値を得、ここで、応答状態の値は、対象からのサンプル（例えば
、メラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプル）における突然変異荷重の尺度を含
み、
（ｂ）対象を療法に対する応答体（例えば、完全応答体または部分応答体）または非応
答体として特定するように設計されており、
ここで、応答状態の基準値に等しい又はそれより大きな応答状態の値は、対象が療法に
対する応答体である又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答する又はその可能
性が高いことを示し、あるいは、
ここで、応答状態の基準値より小さな応答状態の値は、対象が療法に対する非応答体で
ある又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答しない又はその可能性が高いこと
を示す。
【０１１１】
ある実施形態においては、突然変異荷重の尺度は、対象からのサンプルにおける以下の
もの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の数
、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）の数
の１つ、２つ、３つまたは全ての決定結果を含む。
【０１１２】
ある実施形態においては、対象からのメラノーマサンプルにおける以下のもの、すなわ
ち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）の基準レベルと比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セッ
トにおける体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）のレベルの増加、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の基
準レベルと比較した場合の、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体
細胞変異）の数の増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）の基準レベルと比較した場合の、表１に記載されている遺
伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）の数
の増加
の１つ、２つ、３つまたは全てに応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選
択する。
【０１１３】
キット、核酸調製物および反応混合物
１つの態様においては、本発明はキットに関する。該キットは、
（ａ）（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、
１以上の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）
、
（ｉｖ）ＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を検出しうる１以上の検出試薬、ならびに
（ｂ）メラノーマサンプルにおける突然変異荷重の決定における、および／または対象
におけるメラノーマの治療における使用説明を含む。
【０１１４】
ある実施形態においては、該キットは更に、（ｃ）ＰＤ−１もしくはＰＤ−Ｌ１のイン
ヒビターまたはその組成物を含む。
【０１１５】
もう１つの態様においては、本発明は、サンプル、例えばメラノーマサンプルまたはメ
ラノーマ由来サンプルに由来する核酸の精製または単離調製物に関する。該調製物は、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｖ）ＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を含む。
【０１１６】
ある実施形態においては、該調製物は、配列決定装置内またはそのような装置において
使用されるサンプルホルダー内に配置されたメラノーマサンプルの突然変異荷重を決定す
るために使用される。
【０１１７】
更にもう１つの態様においては、本発明は反応混合物に関する。該反応混合物は、
（ａ）（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、
１以上の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）
、または
（ｉｖ）ＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を検出しうる１以上の検出試薬と、
（ｂ）（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、
１以上の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）
、または
（ｉｖ）ＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を含むサンプル（例えば、メラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプル）
に由来する核酸とを含む。
【０１１８】
ある実施形態においては、該反応混合物は、配列決定装置内またはそのような装置にお
いて使用されるサンプルホルダー内に配置されたサンプルの突然変異荷重を決定するため
に使用される。
【０１１９】
関連態様においては、本発明は反応混合物の製造方法に関する。該方法は、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、ま
たは
（ｉｖ）ＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を検出しうる１以上の検出試薬を、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、ま
たは
（ｉｖ）ＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を含むメラノーマサンプルに由来する核酸と一緒にすることを含む。
【０１２０】
特に示されていない限り、本明細書中で用いる全ての科学技術用語は、本発明が属する
技術分野の当業者により一般に理解されているのと同じ意味を有する。本明細書に記載さ
れているものと類似または同等の方法および材料が本発明の実施または試験において使用
されうるが、適切な方法および材料を以下に説明する。本明細書において挙げられている
全ての刊行物、特許出願、特許および他の参考文献の全体を参照により本明細書に組み入
れることとする。矛盾する場合には、定義を含め、本明細書が優先する。また、材料、方
法および具体例（実施例）は単なる例示に過ぎず、限定的なものではない。
【０１２１】
本発明において注目される１以上の実施形態の詳細が添付図面および以下の説明に記載
されている。本発明において注目される他の特徴、目的および利点は該説明および図面か
ら、そして特許請求の範囲から明らかであろう。
【０１２２】
詳細な説明
本発明は、少なくとも部分的には、例えばハイブリッド捕捉ベースＮＧＳプラットフォ
ームにより数百個の遺伝子において検出された突然変異の数が、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ
１を含む療法からの治療利益と相関するという知見に基づく。ある実施形態においては、
幾つかの群、例えば３つの群への患者の分類はほとんどの患者に関する「高」および「低
」突然変異荷重コホートへの正確な予測を可能にして、進行性メラノーマおよび他の癌に
おける抗ＰＤ−１および／または抗ＰＤ−Ｌ１療法に対する応答の臨床的に実施可能なマ
ーカーをもたらした。他の実施形態においては、幾つかの遺伝子（例えば、ＮＦ１、ＬＲ
Ｐ１Ｂ）における変異（変化）も全突然変異荷重および抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１療
法からの利益と相関していた。
【０１２３】
理論により束縛されるものではないが、免疫原性腫瘍新生抗原を生成する可能性は、突
然変異が発生するにつれて確率的様態で増加して、免疫認識の可能性を増大させると考え
られている（ＧｕｂｉｎおよびＳｃｈｒｅｉｂｅｒ，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３５０：１５８−
９，２０１５）。しかし、全突然変異荷重の評価は全エクソーム配列決定（ＷＥＳ）を要
する。このアプローチは専門的な組織処理、同等の正常検体を必要とし、現在では主に研
究手段として行われる。臨床場面でＷＥＳを実施することが技術的および情報学的に困難
であることを考慮すると、突然変異荷重を検出する代替法が必要である。本明細書に記載
されている検証されたハイブリッド捕捉ベースＮＧＳプラットフォームを含む方法は幾つ
かの実用上の利点を有し、それらの利点には、例えば、より臨床的に扱いやすいターンア
ラウンド時間（約２週間）、標準化された情報科学パイプライン（ｉｎｆｏｒｍａｔｉｃ
ｓ  ｐｉｐｅｌｉｎｅ）、およびより扱いやすいコストが含まれる。このアプローチは、
ＰＤ−Ｌ１発現のようなマーカーに優る他の利点を有する。なぜなら、それは、主観的尺
度（例えば、免疫組織化学的スコア化）ではなく客観的尺度（突然変異荷重）をもたらす
からである（ＨａｎｓｅｎおよびＳｉｕ，ＪＡＭＡ  Ｏｎｃｏｌ  ２（１）：１５−６，
２０１６）。更に、このプラットフォームは、標的化療法に適した利用可能な変異の同時
検出を容易にする。
【０１２４】
抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１療法に関する正確な予測用バイオマーカーの特定は幾つ
かの直接的臨床用途を有する。メラノーマにおいては、高突然変異荷重を有する患者は例
えば抗ＰＤ−１単独療法を受けることが可能であり、一方、中等度／低突然変異荷重を有
する患者は、例えば、ニボルマブおよびイピリムマブの、より活性な（しかし、より毒性
の）組合せで治療されうると予想されうる（Ｌａｒｋｉｎら，Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ
，２０１５）。他の癌（例えば、ＮＳＣＬＣ）は、抗ＰＤ−１に対する、より低い全応答
率を示しうる（Ｒｉｚｖｉら，Ｌａｎｃｅｔ  Ｏｎｃｏｌ  １６：２５７−６５，２０１
５；Ｇａｒｏｎら，Ｎ  Ｅｎｇｌ  Ｊ  Ｍｅｄ，２０１５）。これらの疾患においては、
このアプローチは抗ＰＤ−１および他の活性物質、例えば細胞毒性化学療法に患者を分類
しうるであろう。更に、「外れ値」（例えば、応答しない高い突然変異荷重の腫瘍）のゲ
ノム特性および免疫特性を特定することが大いに必要とされる。
【０１２５】
したがって、本発明は、少なくとも部分的には、ＰＤ−１経路を標的化および／または
抑制する物質（例えば、治療用物質）の有効量を対象に投与することによる、癌、例えば
メラノーマを有する又はそのリスクを有する対象の治療方法を提供する。ある実施形態に
おいては、該治療用物質はＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターである。ある実施形
態においては、該治療用物質、例えばＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを、該治
療用物質に対する応答状態の値に応じて投与する。ある実施形態においては、応答状態の
値は対象からの癌サンプル、例えばメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルに
おける突然変異荷重の尺度を含む。ある実施形態においては、突然変異荷重の尺度は、本
明細書に開示されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベル、ＮＦ１遺伝子
における体細胞変異の存在、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の数、もしくは本明細
書に開示されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の数、またはそれらの
任意の組合せの決定結果を含む。対象を評価するための、または療法を選択するための方
法および系、核酸の調製物、キット、反応混合物、ならびに反応混合物の製造方法も開示
する。
【０１２６】
ある用語は以下において、および本明細書の全体において定義されている。
【０１２７】
本明細書中で用いる単数形表現は単数または複数（例えば、少なくとも１つ）のものを
指す。
【０１２８】
「または」なる語は、本明細書においては、文脈に明らかに矛盾しない限り、「および
／または」を意味し、「および／または」と交換可能である。本明細書中の幾つかの箇所
での「および／または」なる語の使用は、文脈に明らかに矛盾しない限り、「または」な
る語の使用が「および／または」なる語と交換可能でないことを意味するものではない。
【０１２９】
「約」および「およそ」は、一般に、測定値の性質または精度を考慮した、測定量に関
する誤差の許容可能な度合を意味するものとする。誤差の典型的な度合は、与えられた値
または値の範囲の２０パーセント（％）以内、典型的には１０％以内、より典型的には５
％以内である。
【０１３０】
本明細書中で用いる「得る」または「取得する」なる語は、物理的実体または値を「直
接的に得る」または「間接的に得る」ことにより、物理的実体または値、例えば数値の所
有を得ることを意味する。「直接的に得る」は、物理的実体または値を得るためのプロセ
スを行うこと（例えば、合成的または分析的方法を行うこと）を意味する。「間接的に得
る」は、別の関係者または供給元（例えば、物理的実体または値を直接的に得た第三者の
研究所）から物理的実体または値を受領することを意味する。物理的実体を直接的に得る
ことには、物理的物質、例えば出発物質における物理的変化を含むプロセスを行うことが
含まれる。典型的な変化には、２以上の出発物質から物理的実体を製造すること、物質を
切断または断片化すること、物質を分離または精製すること、２以上の別個の実体を混合
物へと一緒にすること、共有結合または非共有結合の切断または形成を含む化学反応を行
うことが含まれる。値を直接的に得ることには、サンプルまたは別の物質における物理的
変化を含むプロセスを行うこと、例えば、物質（例えば、サンプル、アナライトまたは試
薬）における物理的変化を含む分析的プロセス（本明細書においては「物理的分析」と称
されることもある）を行うこと、分析方法、例えば、以下の１以上を含む方法を行うこと
が含まれる：物質、例えばアナライトまたはその断片もしくは他の誘導体を別の物質から
分離または精製すること、アナライトまたはその断片もしくは他の誘導体を別の物質、例
えばバッファー、溶媒または反応物と一緒にすること、あるいはアナライトまたはその断
片もしくは他の誘導体の構造を、例えば、アナライトの第１原子と第２原子との間の共有
結合または非共有結合の切断または形成により、変化させること、あるいは、試薬または
その断片もしくは他の誘導体の構造を、例えば、試薬の第１原子と第２原子との間の共有
結合または非共有結合の切断または形成により、変化させること。
【０１３１】
本明細書中で用いる「配列を得る」なる語は、配列を「直接的に得る」または「間接的
に得る」ことにより、ヌクレオチド配列またはアミノ酸配列の所有を得ることを意味する
。「配列を直接的に得る」は、配列を得るためのプロセスを行うこと（例えば、合成的ま
たは分析的方法を行うこと）、例えば、配列決定方法（例えば、次世代シーケンシング（
ＮＧＳ）方法）を行うことを意味する。「配列を間接的に得る」は、別の関係者または供
給元（例えば、配列を直接的に得た第三者の研究所）から配列の情報または知識を、ある
いは配列を受領することを意味する。得られた配列は完全配列である必要はなく、例えば
、少なくとも１つのヌクレオチドの配列決定、または本明細書に開示されている突然変異
が対象において存在することを確認する情報もしくは知識の取得は、配列を得ることに含
まれる。
【０１３２】
配列を直接的に得ることには、物理的物質、例えば出発物質、例えば組織サンプル、例
えば生検、または単離された核酸（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ）サンプルにおける物理
的変化を含むプロセスを行うことが含まれる。典型的な変化には、２以上の出発物質から
物理的実体を製造すること、物質、例えばゲノムＤＮＡ断片を切断または断片化すること
、物質を分離または精製すること（例えば、核酸サンプルを組織から単離すること）、２
以上の別個の実体を混合物へと一緒にすること、共有結合または非共有結合の切断または
形成を含む化学反応を行うことが含まれる。値を直接的に得ることには、サンプルまたは
別の物質（前記のとおり）における物理的変化を含むプロセスを行うことが含まれる。
【０１３３】
本明細書中で用いる「サンプルを得る」なる語は、サンプルを「直接的に得る」または
「間接的に得る」ことにより、サンプル、例えば組織サンプルまたは核酸サンプルの所有
を得ることを意味する。「サンプルを直接的に得る」は、サンプルを得るためのプロセス
を行うこと（例えば、物理的方法、例えば、手術または摘出（抽出）を行うこと）を意味
する。「サンプルを間接的に得る」は、別の関係者または供給元（例えば、サンプルを直
接的に得た第三者の研究所）からサンプルを受領することを意味する。サンプルを直接的
に得ることには、物理的物質、例えば出発物質、例えば組織、例えばヒト患者における組
織、または患者から既に単離されている組織における物理的変化を含むプロセスを行うこ
とが含まれる。典型的な変化には、出発物質から物理的実体を製造すること、組織を解剖
する又はかき集めること、物質（例えば、サンプル組織または核酸サンプル）を分離また
は精製すること、２以上の別個の実体を混合物へと一緒にすること、共有結合または非共
有結合の切断または形成を含む化学反応を行うことが含まれる。サンプルを直接的に得る
ことには、サンプルまたは別の物質（例えば、前記のとおり）における物理的変化を含む
プロセスを行うことが含まれる。
【０１３４】
遺伝子または遺伝子産物（例えば、表１に記載されている遺伝子または遺伝子産物、Ｎ
Ｆ１遺伝子または遺伝子産物、あるいはＬＲＰ１Ｂ遺伝子または遺伝子産物）の、本明細
書中で用いる「変異（変化）」は、正常または野生型遺伝子と比較した場合の、遺伝子ま
たは遺伝子産物における突然変異、例えば、遺伝子または遺伝子産物の完全性、配列、構
造、量または活性に影響を及ぼす突然変異の存在を意味する。変異は、健常組織または細
胞（例えば、対照）におけるその量、構造および／または活性と比較した場合の、癌組織
または癌細胞における量、構造および／または活性におけるものであることが可能であり
、病態、例えば癌に関連している。例えば、癌に関連している、または抗癌療法に対する
応答性を予測する遺伝子または遺伝子産物は、健常組織または細胞と比較した場合の、癌
組織または癌細胞における変異ヌクレオチド配列（例えば、突然変異）、アミノ酸配列、
染色体転座、染色体内逆位、コピー数、発現レベル、タンパク質レベル、タンパク質活性
またはエピジェネティック修飾（例えば、メチル化またはアセチル化状態）、あるいは翻
訳後修飾を有しうる、またはそれから生じうる。典型的な突然変異には、点突然変異（例
えば、サイレント、ミスセンスまたはナンセンス）、欠失、挿入、逆位、重複、増幅、転
座、染色体間および染色体内転位が含まれるが、これらに限定されるものではない。突然
変異は遺伝子のコード領域または非コード領域内に存在しうる。ある実施形態においては
、変異は、表現型、例えば癌性表現型（例えば、癌リスク、癌進行、癌治療、または癌治
療に対する耐性の１以上）に関連している（または関連していない）。ある実施形態にお
いては、「変異」および「突然変異」は本明細書において互換的に用いられる。
【０１３５】
本明細書中で用いる「機能的変異（機能的変化）」は、基準配列、例えば野生型または
非突然変異配列と比較して、細胞分裂、成長または生存に影響を及ぼす、例えば細胞分裂
、成長または生存を促進する変異（変化）を含む。ある実施形態においては、機能的変異
は、機能的変異のデータベース、例えばＣＯＳＭＩＣデータベース（ｃａｎｃｅｒ．ｓａ
ｎｇｅｒ．ａｃ．ｕｋ／ｃｏｓｍｉｃ；Ｆｏｒｂｅｓら，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ
．２０１５；４３（Ｄ１）：Ｄ８０５−Ｄ８１１）に含まれていることにより、そのよう
なものとして特定される。ある実施形態においては、機能的変異は、例えば、ＣＯＳＭＩ
Ｃデータベースにおいて公知体細胞変異として見出される、公知の機能状態を伴う変異で
ある。他の実施形態においては、機能的変異は、ありうる機能的状態を伴う変異、例えば
、腫瘍抑制遺伝子におけるトランケート化である。ある実施形態においては、機能的変異
は、ドライバー変異、例えば、細胞生存または再生を増強することによりクローンにその
微小環境における選択有利性を与える変異である。幾つかの実施形態においては、機能的
変異はクローン増殖を引き起こしうる。ある実施形態においては、機能的変異は、（ａ）
増殖シグナルにおける自給自足、（ｂ）抗増殖シグナルの低減、例えばそれに対する不感
受性、（ｃ）アポトーシスの低減、（ｄ）複製能の増強、（ｅ）血管新生の持続、または
（ｆ）組織浸潤もしくは転移、の１以上を引き起こしうる変異である。他の実施形態にお
いては、機能的変異はパッセンジャー変異ではなく、例えば、細胞のクローンの適合度に
対して検出可能な影響を及ぼす変異である。他の実施形態においては、機能的変異は意義
不明な変異体（ＶＵＳ）ではなく、例えば、変異体の病原性は確認可能でなく除外可能で
もない。
【０１３６】
「結合実体」は、分子タグが直接的または間接的に結合されうる任意の分子であって、
アナライトに特異的に結合しうるものを意味する。結合実体は核酸配列上のアフィニティ
タグでありうる。ある実施形態においては、結合実体は、アビジン分子またはハプテン結
合性抗体もしくはその抗原結合性フラグメントのような混合物からの核酸の分離を可能に
する。典型的な結合性実体には、ビオチン分子、ハプテン、抗体、抗体結合性フラグメン
ト、ペプチドおよびタンパク質が含まれるが、これらに限定されるものではない。
【０１３７】
「相補的」は、２つの核酸鎖の領域間または同じ核酸鎖の２つの領域間の配列相補性に
関するものである。第１核酸領域のアデニン残基は、第１領域に対して逆平行であるチミ
ンまたはウラシルである第２核酸領域の残基と特異的水素結合（「塩基対形成」）を形成
しうることが公知である。同様に、第１核酸鎖のシトシン残基は、第１鎖に対して逆平行
であるグアニンである第２核酸鎖の残基と塩基対形成しうることが耕地である。核酸の第
１領域が、同じまたは異なる核酸の第２領域に対して相補的であると言えるのは、それら
の２つの領域が逆平行様態で配置された場合に、第１領域の少なくとも１つのヌクレオチ
ド残基が第２領域の残基と塩基対形成する場合である。ある実施形態においては、第１領
域は第１部分を含み、第２領域は第２部分を含み、ここで、第１部分および第２部分が逆
平行様態で配置された場合、第１部分のヌクレオチド残基の少なくとも約５０％、少なく
とも約７５％、少なくとも約９０％または少なくとも約９５％は第２部分におけるヌクレ
オチド残基と塩基対形成しうる。他の実施形態においては、第１部分の全てのヌクレオチ
ド残基が第２部分におけるヌクレオチド残基と塩基対形成しうる。
【０１３８】
「癌（がん）」または「腫瘍」なる語は本明細書においては互換的に用いられる。これ
らの語は、発癌細胞に典型的な特性、例えば、無制御な増殖、不死性、転移能、急速な成
長および増殖速度ならびに或る特徴的な形態学的特徴を有する細胞の存在を意味する。
【０１３９】
「新生物（腫瘍）」または「新生物性（腫瘍性）」細胞なる語は、良性、前悪性、悪性
（癌）または転移段階を含みうる、細胞または組織における異常増殖段階、例えば過剰増
殖段階を意味する。
【０１４０】
癌が「抑制」されると言えるのは、癌の少なくとも１つの症状が軽減し、阻止され、減
速し、または予防される場合である。本明細書においては、癌の再発または転移が低減し
、減速され、遅延し、または予防される場合にも、癌は「抑制」されると言える。
【０１４１】
「抑制」または「インヒビター」なる語は、与えられた分子、例えば免疫チェックポイ
ントインヒビターの或るパラメーター、例えば活性の低下を含む。例えば、少なくとも５
％、１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％またはそれ以上の、活性（例えば
、ＰＤ−ＬまたはＰＤ−Ｌ１の活性）の抑制が、この語に含まれる。したがって、抑制は
１００％であることを要さない。インヒビターは標的を直接的（例えば、標的に結合する
ことにより）または間接的（例えば、標的に関連した活性を妨げることにより）に抑制し
うる。インヒビターは、例えば多重特異性（例えば、二重特異性）を有する場合、（例え
ば、同時または逐次的に）２以上の異なる標的をも抑制しうる。本明細書に記載されてい
るＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターはＰＤ−１、ＰＤ−Ｌ１またはそれらの両方
を抑制しうる。
【０１４２】
「プログラム死（Ｐｒｏｇｒａｍｍｅｄ  Ｄｅａｔｈ）１」または「ＰＤ−１」なる語
は、アイソフォーム、哺乳類、例えばヒトＰＤ−１、ヒトＰＤ−１の種ホモログ、および
ＰＤ−１との少なくとも１つの共通エピトープを含む類似体を含む。ＰＤ−１、例えばヒ
トＰＤ−１のアミノ酸配列は当技術分野で公知である（例えば、Ｓｈｉｎｏｈａｒａ  Ｔ
ら（１９９４）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ２３（３）：７０４−６；Ｆｉｎｇｅｒ  ＬＲら，Ｇ
ｅｎｅ（１９９７）１９７（１−２）：１７７−８７）。
【０１４３】
「ＰＤ−リガンド１」または「ＰＤ−Ｌ１」なる語は、アイソフォーム、哺乳類、例え
ばヒトＰＤ−１、ヒトＰＤ−Ｌ１の種ホモログ、およびＰＤ−Ｌ１との少なくとも１つの
共通エピトープを含む類似体を含む。ＰＤ−Ｌ１、例えばヒトＰＤ−Ｌ１のアミノ酸配列
は当技術分野で公知である。
【０１４４】
本明細書中で用いる「インデル」なる語は細胞の核酸における１以上のヌクレオチドの
挿入、欠失またはそれらの両方を意味する。ある実施形態においては、インデルは、挿入
および欠失の両方が核酸上で接近して存在する場合、１以上のヌクレオチドの挿入および
欠失の両方を含む。ある実施形態においては、インデルはヌクレオチドの総数の正味の変
化をもたらす。ある実施形態においては、インデルは約１〜約５０ヌクレオチドの正味の
変化をもたらす。
【０１４５】
本明細書中で用いる「化学療法剤」は、病態、特に癌を治療するために使用される細胞
毒性剤または細胞増殖抑制剤のような化学物質を意味する。
【０１４６】
本明細書中で用いる「癌療法」および「癌治療」は同義語である。
【０１４７】
本明細書中で用いる「化学療法」および「化学療法剤」および「化学療法物質」は同義
語である。
【０１４８】
本明細書において互換的に用いられる「相同性」または「同一性」なる語は２つのポリ
ヌクレオチド配列間または２つのポリペプチド配列間の配列類似性を意味し、同一性はよ
り厳密な比較である。「同一性または相同性の百分率」および「同一性または相同性（％
）」なる語は２以上のポリヌクレオチド配列または２以上のポリペプチド配列の比較にお
いて見出される配列類似性の百分率を意味する。「配列類似性」は、２以上のポリヌクレ
オチド配列間の（任意の適切な方法により決定される）塩基対配列における類似性（％）
を意味する。２以上の配列は０〜１００％のいずれか、またはそれらの間の任意の整数値
の類似性を有しうる。同一性または類似性は、比較目的で整列（アライメント）されうる
各配列における位置を比較することにより決定されうる。比較配列における位置が同一ヌ
クレオチド塩基またはアミノ酸により占拠されている場合、それらの分子はその位置で同
一である。ポリヌクレオチド配列間の類似性または同一性の度合は、それらのポリヌクレ
オチド配列により共有される位置における同一または一致（マッチ）ヌクレオチドの数の
関数である。ポリペプチド配列の同一性の度合は、それらのポリペプチド配列により共有
される位置における同一アミノ酸の数の関数である。ポリペプチド配列の相同性または類
似性の度合は、それらのポリペプチド配列により共有される位置におけるアミノ酸の数の
関数である。本明細書中で用いる「実質的に同一」なる語は少なくとも７５％、少なくと
も８０％、少なくとも８５％、少なくとも９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９
５％、９６％、９７％、９８％、９９％またはそれ以上である。
【０１４９】
本明細書中で用いる「可能性が高い」または「可能性の増加」は、物品、物体、事物ま
たは人物が事象を引き起こす確率（可能性）が高いことを意味する。したがって、一例に
おいては、単独の又は組合されたＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターでの治療に応
答する可能性が高い対象は、単独の又は組合されたＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビ
ターでの治療に応答する可能性が、基準の対象または対象群と比べて高い。
【０１５０】
「可能性が低い」は、事象、物品、物体、事物または人物が事象を引き起こす確率（可
能性）が、基準と比べて低いことを意味する。したがって、単独の又は組合されたＰＤ−
１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターでの治療に応答する可能性が低い対象は、単独の又は
組合されたキナーゼインヒビターでの治療に応答する可能性が、基準の対象または対象群
と比べて低い。
【０１５１】
核酸分子の「配列決定（シーケンシング）」は分子内の少なくとも１つのヌクレオチド
の同一性の決定を要する。幾つかの実施形態においては、分子内のヌクレオチドの全てよ
り少数の同一性が決定される。他の実施形態においては、分子内のヌクレオチドの大部分
または全ての同一性が決定される。
【０１５２】
本明細書中で用いる「次世代シーケンシング（次世代配列決定）またはＮＧＳまたはＮ
Ｇ配列決定」は、個々の核酸分子（例えば、単一分子配列決定におけるもの）または個々
の核酸分子のクローン増殖プロキシのヌクレオチド配列をハイスループット様態（例えば
、１０５個を超える分子が同時に配列決定される）で決定する任意の配列決定方法を意味
する。１つの実施形態においては、ライブラリーにおける核酸種の相対存在量は、配列決
定実験により得られたデータにおけるそれらの同族（コグネイト）配列の存在の相対数を
計数することにより推定されうる。次世代シーケンシング方法は当技術分野で公知であり
、例えばＭｅｔｚｋｅｒ，Ｍ．（２０１０）Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
Ｒｅｖｉｅｗｓ  １１：３１−４６（これを参照により本明細書に組み入れることとす
る）に記載されている。次世代シーケンシングは、サンプルにおける核酸の５％未満で存
在する変異体を検出しうる。
【０１５３】
「サンプル」、「組織サンプル」、「患者サンプル」、「患者細胞または組織サンプル
」または「検体」はそれぞれ、対象または患者から得られた組織、細胞、例えば循環細胞
を意味する。組織サンプルの起源は、新鮮、凍結および／または保存器官、組織サンプル
、生検または吸引物からの固体組織；血液または任意の血液成分；体液、例えば脳脊髄液
、羊水、腹水または間質液；あるいは対象の妊娠または発生の任意の時点からの細胞であ
りうる。組織サンプルは、天然の組織と天然で混合されない化合物、例えば保存剤、抗凝
固剤、バッファー、固定剤、栄養剤、抗生物質などを含有しうる。１つの実施形態におい
ては、サンプルは、凍結サンプルとして、またはホルムアルデヒドもしくはパラホルムア
ルデヒド固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織調製物として保存される。例えば、サンプ
ルはマトリックス内に包埋されうる（例えば、ＦＦＰＥブロックまたは凍結サンプル）。
【０１５４】
本明細書中で用いる「腫瘍核酸サンプル」は腫瘍または癌サンプルからの核酸分子を意
味する。典型的には、それは腫瘍または癌サンプルからのＤＮＡ、例えばゲノムＤＮＡ、
またはＲＮＡ由来のｃＤＮＡである。ある実施形態においては、腫瘍核酸サンプルは精製
または単離されている（例えば、それはその天然状態から取り出されている）。
【０１５５】
本明細書中で用いる「対照」または「基準」「核酸サンプル」は対照または基準サンプ
ルからの核酸分子を意味する。典型的には、それは、遺伝子または遺伝子産物における変
化または変異を含有しない（例えば、突然変異を含有しない）ＤＮＡ、例えばゲノムＤＮ
Ａ、またはＲＮＡ由来のｃＤＮＡである。ある実施形態においては、基準または対照核酸
サンプルは野生型または非突然変異配列である。ある実施形態においては、基準核酸サン
プルは精製または単離されている（例えば、それはその天然状態から取り出されている）
。他の実施形態においては、基準核酸サンプルは、非腫瘍サンプル、例えば血液対照、正
常隣接組織（ＮＡＴ）、または同じ若しくは異なる被験者からの任意の他の非癌性サンプ
ルからのものである。
【０１５６】
本明細書中で用いる「問合せ（インタロゲーション）位置に隣接」は、部位が十分に近
くて、該部位に相補的な検出試薬が、標的核酸における基準配列（例えば、非突然変異体
または野生型配列）と突然変異（例えば、本明細書に記載されている変異）とを識別する
ために使用されうることを意味する。本明細書中で用いる、直接的に隣接していると言え
るのは、２つのヌクレオチドの間に介在ヌクレオチドが存在しない場合である。
【０１５７】
本明細書中で用いる「関連突然変異」は、定義突然変異（例えば、本明細書に記載され
ている突然変異体）から、ヌクレオチドまたは一次アミノ酸配列に関して、予め選択され
た距離内の突然変異を意味する。幾つかの実施形態においては、関連突然変異はｎ以内に
存在し、ここで、ｎは定義突然変異から２、５、１０、２０、３０、５０、１００または
２００ヌクレオチドである（ｎは、関連突然変異および定義突然変異を定めるヌクレオチ
ドを含まない）。幾つかの実施形態においては、関連突然変異は転座突然変異である。
【０１５８】
本明細書中で用いる「問合せ（インタロゲーション）位置」は、関心のある突然変異（
例えば、特定される突然変異）において突然変異した、または分析、例えば配列決定また
は回収される核酸（またはタンパク質）において突然変異したヌクレオチド（またはアミ
ノ酸残基）に対応する少なくとも１つのヌクレオチド（または、ポリペプチドの場合には
、アミノ酸残基）を含む。
【０１５９】
本明細書中で例えば突然変異配列に関する比較体として用いる「基準配列」は、問合せ
位置に、分析される突然変異体とは異なるヌクレオチドまたはアミノ酸を有する配列であ
る。１つの実施形態においては、基準配列は少なくとも問合せ位置に関しては野生型であ
る。
【０１６０】
例えば（ａ）、（ｂ）、（ｉ）などのような見出しは、単に本明細書および特許請求の
範囲を読み易くするために示されているに過ぎない。本明細書または特許請求の範囲にお
ける見出しの使用は、工程または要素がアルファベットもしくは数字順またはそれらが示
されている順序で実施されることを必要としない。
【０１６１】
本発明において注目される種々の態様を以下に更に詳細に説明する。追加的な定義は本
明細書の全体にわたって記載されている。
【０１６２】
治療方法および治療用物質
「治療する」、「治療」およびこの語の他の形態は、物質、例えば治療用物質を、単独
で、または第２の物質と組合せて、癌の成長を妨げるために、あるいは重量または体積に
おいて癌を縮小させるために、あるいは対象の予想生存期間または腫瘍の進行までの時間
を延長させるためなどに有効な量で投与することを意味する。それらの対象においては、
治療は、腫瘍成長の抑制、腫瘍量の減少、転移病巣のサイズもしくは数の減少、新たな転
移病巣の発生の抑制、生存延長、無進行生存期間の延長、進行までの時間の延長、および
／または生活の質の改善を含みうるが、これらに限定されるものではない。癌が「治療」
されたと言えるのは、癌の少なくとも１つの症状が軽減し、阻止され、減速し、または予
防された場合である。
【０１６３】
特に示されていない限り、本明細書中で用いる「予防する」、「予防し」および「予防
」なる語は、対象が癌の再成長を被り始める前に行う行為、および／または癌の重症度を
抑制もしくは低減する行為を含む。
【０１６４】
特に示されていない限り、本明細書中で用いる、物質の「治療的有効量」は、癌の治療
または処置において治療利益をもたらすのに、あるいは癌に関連した１以上の症状を遅延
させ又は最小にするのに十分な量である。化合物の治療的有効量は、癌の治療または処置
において治療利益をもたらす、単独の又は他の治療用物質と組合された治療用物質の量を
意味する。「治療的有効量」なる語は、全体的な療法を改善し、癌の症状または原因を軽
減または回避し、あるいは別の治療用物質の治療効力を増強する量を含みうる。
【０１６５】
特に示されていない限り、本明細書中で用いる、物質の「予防的有効量」は、癌の再成
長を予防するのに、または癌に関連した１以上の症状を予防するのに、あるいはその再発
を予防するのに十分な量である。物質の予防的有効量は、癌の予防において予防利益をも
たらす、単独の又は他の治療用物質と組合された物質の量を意味する。「予防的有効量」
なる語は、全体的な予防を改善し、または別の予防用物質の予防効力を増強する量を含み
うる。
【０１６６】
「患者」または「対象（被験者）」なる語はヒト（例えば、任意の年齢群の男性または
女性）、例えば小児患者（例えば、乳児、小児、青年）、または成人患者（例えば、若年
成人、中年成人または高齢成人）を含む。ある実施形態においては、対象は、本明細書に
記載されているメラノーマを有する又はそのリスクを有する成人対象（例えば、男性また
は女性の成人対象）である。ある実施形態においては、対象は１０歳以上、１５歳以上、
２０歳以上、２５歳以上、３０歳以上、３５歳以上、４０歳以上、４５歳以上、５０歳以
上、５５歳以上、６０歳以上、６５歳以上、７０歳以上、７５歳以上、８０歳以上、８５
歳以上、９０歳以上の対象である。ある実施形態においては、対象は０〜１０歳、１０〜
２０歳、２０〜３０歳、３０〜４０歳、４０〜５０歳、５０〜６０歳、６０〜７０歳、７
０〜８０歳または８０〜９０歳の対象である。ある実施形態においては、対象は２５〜２
９歳の対象である。他の実施形態では、対象は１５〜２９歳の対象である。幾つかの実施
形態においては、対象は女性であり、１５〜２９歳である。ある実施形態においては、対
象は６５歳以上である。
【０１６７】
「患者」または「対象（被験者）」なる語が、化合物または薬物の投与に関して用いら
れる場合、患者は治療、観察および／または化合物もしくは薬物の投与の対象である。
【０１６８】
本明細書に記載されている物質、例えば治療用物質は、第２の治療用物質もしくは異な
る治療方法、例えば抗癌剤と組合せて、ならびに／または外科手技および／もしくは放射
線療法と組合せて投与されうる。
【０１６９】
「組合せて」は、療法もしくは治療用物質が同時に投与されなければならない、および
／または一緒に送達させるために製剤化（処方）されなければならないことを示唆すると
は意図されないが、これらの送達方法は本発明の範囲内である。医薬組成物は１以上の他
の追加的な療法または治療用物質と同時に、その前または後で投与されうる。一般に、各
物質は、その物質に関して決定された用量および／または時間スケジュールで投与される
。組合せて使用される治療用物質は単一組成物において一緒に投与されうる、または異な
る組成物において別々に投与されうる、と更に理解される。レジメンにおいて使用する個
々の組合せは、第１の治療用物質の、追加的治療用活性物質に対する適合性、および／ま
たは達成される所望の治療効果を考慮したものである。
【０１７０】
本明細書中で用いる「応答体」なる語は、例えばＲＥＣＩＳＴ１．１基準による定義に
従った場合に、治療に応答して腫瘍のサイズまたは体内の癌の度合の減少を示す対象、あ
るいは癌の徴候の１以上（例えば、ほとんどまたは全て）の消失を示す対象を含む。
【０１７１】
本明細書中で用いる「部分応答体」なる語は、例えばＲＥＣＩＳＴ１．１基準による定
義に従った場合に、治療に応答して腫瘍のサイズまたは体内の癌の度合の減少を示す対象
を含む。
【０１７２】
本明細書中で用いる「完全応答体」なる語は、例えばＲＥＣＩＳＴ１．１基準による定
義に従った場合に、治療に応答して癌のほとんどまたは全ての徴候の消失を示す対象を含
む。完全応答体において癌は治癒している必要はない。
【０１７３】
本明細書中で用いる「非応答体」なる語は、例えばＲＥＣＩＳＴ１．１基準による定義
に従った場合に、腫瘍のサイズまたは体内の癌の度合の減少を示さない対象を含む。
【０１７４】
幾つかの実施形態においては、対象は、古典的な部分応答体もしくは完全応答体による
定義（ＲＥＣＩＳＴ１．１基準）または少なくとも１２ヶ月間持続する非定型免疫関連応
答により、応答体（例えば、完全応答体または部分応答体）または非応答体として分類さ
れうる。幾つかの実施形態においては、１２ヶ月以内に臨床的悪化（例えば、臨床医によ
り決定される）を引き起こす又は追加的な全身療法を要する混合応答を示す対象は非応答
体とみなされる（例えば、追加的な全身療法または臨床的悪化の前、その時点またはその
後）。ある実施形態においては、療法の応答は、イメージングおよび臨床家の記録の臨床
的精査に基づいて分類される。ＲＥＣＩＳＴ１．１基準は、例えば、Ｅｉｓｅｎｈａｕｅ
ｒら，Ｅｕｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ．２００９；４５（２）：２２８−２４７に記載されて
いる。
【０１７５】
幾つかの実施形態においては、応答体（例えば、完全応答体または部分応答体）は、遺
伝子の所定セットにおける、例えば、遺伝子の所定セットのコード領域における予め選択
された単位当たり、例えばメガベース当たり体細胞変異約３．３個以上の、サンプル（例
えば、腫瘍サンプル）における突然変異荷重を有する。幾つかの実施形態においては、応
答体（例えば、完全応答体）は、遺伝子の所定セットにおける、例えば、遺伝子の所定セ
ットのコード領域における予め選択された単位当たり、例えばメガベース当たり体細胞変
異約２３．１個以上の、サンプル（例えば、腫瘍サンプル）における突然変異荷重を有す
る。幾つかの実施形態においては、応答体（例えば、部分応答体）は、遺伝子の所定セッ
トにおける、例えば、遺伝子の所定セットのコード領域における予め選択された単位当た
り、例えばメガベース当たり体細胞変異約３．３個以上かつ２３．２個未満の、サンプル
（例えば、腫瘍サンプル）における突然変異荷重を有する。幾つかの実施形態においては
、非応答体は、遺伝子の所定セットにおける、例えば、遺伝子の所定セットのコード領域
における予め選択された単位当たり、例えばメガベース当たり体細胞変異約３．３個未満
の、サンプル（例えば、腫瘍サンプル）における突然変異荷重を有する。
【０１７６】
幾つかの実施形態においては、応答体（例えば、完全応答体または部分応答体）は、少
なくとも約２９％（例えば、少なくとも約３５％、少なくとも約４０％、少なくとも約５
０％、少なくとも約６０％、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約８
５％、少なくとも約９０％または少なくとも約９５％）の客観的応答率（ＯＲＲ）を有す
る患者群（例えば、臨床試験におけるもの）の一員である。幾つかの実施形態においては
、応答体（例えば、完全応答体）は、少なくとも約８５％（例えば、少なくとも約９０％
または少なくとも約９５％）の客観的応答率（ＯＲＲ）を有する患者群の一員である。幾
つかの実施形態においては、応答体（例えば、部分応答体）は、約２９％〜約８５％（例
えば、約３０〜約８０％、約４０％〜約７０％、または約５０％〜約６０％）の客観的応
答率（ＯＲＲ）を有する患者群の一員である。幾つかの実施形態においては、非応答体は
、約２５％未満（例えば、約２０％未満または約１０％未満）の客観的応答率（ＯＲＲ）
を有する患者群の一員である。
【０１７７】
典型的な治療用物質および方法
該物質、例えば治療用物質は小分子、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、抗体分子
、核酸（例えば、ｓｉＲＮＡ、アンチセンスまたはマイクロＲＮＡ）、小分子または免疫
細胞療法でありうる。典型的な物質および物質クラスは本明細書に記載されている。
【０１７８】
１つの実施形態においては、該物質、例えば治療用物質はＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１に
結合し、および／または抑制する。１つの実施形態においては、該物質は抗体分子である
。本明細書中で互換的に用いる「抗体」および「抗体分子」なる語は免疫グロブリン分子
、および免疫グロブリン分子の免疫学的に活性な部分、すなわち、抗原に特異的に結合す
る抗原結合部位を含有する分子、例えば本発明において注目されるポリペプチドを意味す
る。本発明において注目される与えられたポリペプチドに特異的に結合する分子は、該ポ
リペプチドには結合するが、該ポリペプチドを天然で含有するサンプル、例えば生物学的
サンプル中の他の分子には実質的に結合しない分子である。免疫グロブリン分子の免疫学
的に活性な部分の例には、ペプシンのような酵素で抗体を処理することにより得られうる
Ｆ（ａｂ）およびＦ（ａｂ’）２フラグメントが含まれる。本発明はポリクローナルおよ
びモノクローナル抗体を提供する。本明細書中で用いる「モノクローナル抗体」または「
モノクローナル抗体組成物」なる語は、特定のエピトープと免疫反応しうる抗原結合部位
の１つの種のみを含有する抗体分子の集団を意味する。ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１に対す
る抗体は当技術分野で公知であり、ポリペプチド標的、例えばＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１
に対する抗体を得るための技術も当技術分野で公知である。
【０１７９】
典型的なＰＤ−１インヒビター
ある実施形態においては、ＰＤ−１のインヒビターは抗ＰＤ−１抗体である。ある実施
形態においては、ＰＤ−１のインヒビターは、ニボルマブ（ｎｉｖｏｌｕｍａｂ）（ＯＮ
Ｏ−４５３８、ＢＭＳ−９３６５５８またはＭＤＸ１１０６）、ペンブロリズマブ（ｐｅ
ｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ）（ＭＫ−３４７５またはランブロリズマブ（ｌａｍｂｒｏｌｉ
ｚｕｍａｂ））、ピジリズマブ（ｐｉｄｉｌｉｚｕｍａｂ）（ＣＴ−０１１）、ＭＥＤＩ
０６８０（ＡＭＰ−５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、ＢＧＢ−１０８、ＢＧ
Ｂ−Ａ３１７、ＳＨＲ−１２１０（ＨＲ−３０１２１０、ＳＨＲ１２１０またはＳＨＲ−
１２１０）、ＰＦ−０６８０１５９１またはＡＭＰ−２２４から選択される。
【０１８０】
他の実施形態においては、ＰＤ−１インヒビターは、ニボルマブ（ｎｉｖｏｌｕｍａｂ
）、ペンブロリズマブ（ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ）またはピジリズマブ（ｐｉｄｉｌ
ｉｚｕｍａｂ）から選択される抗ＰＤ−１抗体である。
【０１８１】
幾つかの実施形態においては、抗ＰＤ−１抗体はニボルマブ（Ｎｉｖｏｌｕｍａｂ）（
ＣＡＳ  Ｒｅｇｉｓｔｒｙ  Ｎｕｍｂｅｒ：９４６４１４−９４−４）である。ニボルマ
ブの別名には、ＭＤＸ−１１０６、ＭＤＸ−１１０６−０４、ＯＮＯ−４５３８またはＢ
ＭＳ−９３６５５８が含まれる。ニボルマブは、ＰＤ１を特異的に遮断する完全ヒトＩｇ
Ｇ４モノクローナル抗体である。ニボルマブ（クローン５Ｃ４）、およびＰＤ１に特異的
に結合する他のヒトモノクローナル抗体は、例えばＵＳ８，００８，４４９およびＷＯ２
００６／１２１１６８に開示されている。１つの実施形態においては、ＰＤ−１のインヒ
ビターは、ＵＳ８，００８，４４９およびＷＯ２００６／１２１１６８においてそれぞれ
配列番号２および３として開示されている重鎖および軽鎖アミノ酸配列（またはそれらに
対して実質的に同一の若しくは類似したアミノ酸配列、例えば、特定されているアミノ酸
配列に対して少なくとも８５％、９０％、９５％もしくはそれ以上同一である配列）を有
するノボルマブである。
【０１８２】
幾つかの実施形態においては、抗ＰＤ−１抗体はペンブロリズマブ（ｐｅｍｂｒｏｌｉ
ｚｕｍａｂ）である。ペンブロリズマブ（ランブロリズマブ（Ｌａｍｂｒｏｌｉｚｕｍａ
ｂ）、ＭＫ−３４７５、ＭＫ０３４７５、ＳＣＨ−９００４７５またはＫＥＹＴＲＵＤＡ
（登録商標）（Ｍｅｒｃｋ）とも称される）は、ＰＤ−１に結合するヒト化ＩｇＧ４モノ
クローナル抗体である。ペンブロリズマブおよび他のヒト化抗ＰＤ−１抗体はＨａｍｉｄ
，Ｏ．ら（２０１３）Ｎｅｗ  Ｅｎｇｌａｎｄ  Ｊｏｕｒｎａｌ  ｏｆ  Ｍｅｄｉｃｉｎ
ｅ  ３６９（２）：１３４−４４、ＵＳ８，３５４，５０９およびＷＯ２００９／１１４
３３５に開示されている。１つの実施形態においては、ＰＤ−１のインヒビターは、例え
ばＵＳ８，３５４，５０９およびＷＯ２００９／１１４３３５に開示されているペンブロ
リズマブであって、ＵＳ８，３５４，５０９およびＷＯ２００９／１１４３３５において
それぞれ配列番号４および５として開示されている重鎖および軽鎖アミノ酸配列（または
それらに対して実質的に同一の若しくは類似したアミノ酸配列、例えば、特定されている
アミノ酸配列に対して少なくとも８５％、９０％、９５％もしくはそれ以上同一である配
列）を有するものである。
【０１８３】
幾つかの実施形態においては、抗ＰＤ−１抗体はピジリズマブ（ｐｉｄｉｌｉｚｕｍａ
ｂ）である。ピジリズマブ（ＣＴ−０１１；Ｃｕｒｅ  Ｔｅｃｈ）は、ＰＤ−１に結合す
る。ヒト化ＩｇＧ１ｋモノクローナル抗体である。ピジリズマブおよび他のヒト化抗ＰＤ
−１モノクローナル抗体はＷＯ２００９／１０１６１１に開示されている。
【０１８４】
他の抗ＰＤ−１抗体には、とりわけ、ＡＭＰ５１４（アンプリミューン（Ａｍｐｌｉｍ
ｍｕｎｅ））、例えば、ＵＳ８，６０９，０８９、ＵＳ２０１００２８３３０および／ま
たはＵＳ２０１００１１４６４９に開示されている抗ＰＤ１抗体が含まれる。
【０１８５】
典型的なＰＤ−Ｌ１インヒビター
ある実施形態においては、ＰＤ−Ｌ１のインヒビターは、アテゾリズマブ（ａｔｅｚｏ
ｌｉｚｕｍａｂ）（ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＲＧ７４４６またはＲＯ５５４１２６７）、Ｙ
Ｗ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＤＸ−１１０５、デュルバルマブ（ｄｕｒｖａｌｕｍａｂ）
（ＭＥＤＩ４７３６）またはアベルマブ（ａｖｅｌｕｍａｂ）（ＭＳＢ００１０７１８Ｃ
）から選択される。
【０１８６】
幾つかの実施形態においては、ＰＤ−Ｌ１インヒビターは抗体分子である。幾つかの実
施形態においては、抗ＰＤ−Ｌ１インヒビターは、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＰＤＬ
３２８０Ａ、ＭＥＤＩ−４７３６、ＭＳＢ−００１０７１８ＣまたはＭＤＸ−１１０５か
ら選択される。
【０１８７】
幾つかの実施形態においては、抗ＰＤ−Ｌ１抗体はＭＳＢ００１０７１８Ｃである。Ｍ
ＳＢ００１０７１８Ｃ（Ａ０９−２４６−２（Ｍｅｒｃｋ  Ｓｅｒｏｎｏ）とも称される
）は、ＰＤ−Ｌ１に結合するモノクローナル抗体である。ＭＳＢ００１０７１８Ｃおよび
他のヒト化抗ＰＤ−Ｌ１抗体は、例えばＷＯ２０１３／０７９１７４に開示されており、
ＷＯ２０１３／０７９１７４においてそれぞれ配列番号２４および２５として開示されて
いる重鎖および軽鎖可変領域アミノ酸配列（またはそれらに対して実質的に同一の若しく
は類似したアミノ酸配列、例えば、特定されているアミノ酸配列に対して少なくとも８５
％、９０％、９５％もしくはそれ以上同一である配列）を有する。
【０１８８】
１つの実施形態においては、ＰＤ−Ｌ１インヒビターはＹＷ２４３．５５．Ｓ７０であ
る。ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０抗体は、ＷＯ２０１０／０７７６３４（ＷＯ２０１０／０
７７６３４のそれぞれ配列番号２０および２１に示されている重鎖および軽鎖可変領域ア
ミノ酸配列）に記載されている抗ＰＤ−Ｌ１であり、それにおいて開示されている配列（
またはそれらに対して実質的に同一の若しくは類似したアミノ酸配列、例えば、特定され
ているアミノ酸配列に対して少なくとも８５％、９０％、９５％もしくはそれ以上同一で
ある配列）を有する。
【０１８９】
１つの実施形態においては、ＰＤ−Ｌ１インヒビターはＭＤＸ−１１０５である。ＭＤ
Ｘ−１１０５はＢＭＳ−９３６５５９としても公知であり、ＷＯ２００７／００５８７４
に記載されている抗ＰＤ−Ｌ１抗体であり、それにおいて開示されている配列（またはそ
れらに対して実質的に同一の若しくは類似したアミノ酸配列、例えば、特定されているア
ミノ酸配列に対して少なくとも８５％、９０％、９５％もしくはそれ以上同一である配列
）を有する。
【０１９０】
１つの実施形態においては、ＰＤ−Ｌ１インヒビターはＭＤＰＬ３２８０Ａ（Ｇｅｎｅ
ｎｔｅｃｈ／Ｒｏｃｈｅ）である。ＭＤＰＬ３２８０Ａは、ＰＤ−Ｌ１に結合するヒトＦ
ｃ最適化ＩｇＧ１モノクローナル抗体である。ＭＤＰＬ３２８０Ａ、およびＰＤ−Ｌ１に
対する他のヒトモノクローナル抗体は、米国特許第７，９４３，７４３号および米国特許
公開第２０１２００３９９０６号に開示されている。
【０１９１】
追加的療法
本明細書に記載されている治療は、異なる療法、例えば非抗ＰＤ−１および／または非
抗ＰＤ−Ｌ１治療用物質または治療方法に対する不満足な応答を示した患者に対して行わ
れうる。１つの実施形態においては、対象は、異なる療法、例えば非抗ＰＤ−１および／
または非抗ＰＤ−Ｌ１治療用物質または治療方法で治療を受けている、または治療を受け
たことがある。前記の異なる療法は小分子、タンパク質、ポリペプチド、ペプチド、抗体
分子、核酸（例えば、ｓｉＲＮＡ、アンチセンスまたはマイクロＲＮＡ）または細胞であ
りうる。
【０１９２】
１つの実施形態においては、前記の異なる療法は化学療法、放射線療法、免疫療法、放
射免疫療法、腫瘍溶解性ウイルス療法、外科手技またはそれらの任意の組合せから選択さ
れる。１つの実施形態においては、前記の異なる療法は、ダカルバジン（ｄａｃａｒｂａ
ｚｉｎｅ）、テモゾロミド（ｔｅｍｏｚｏｌｏｍｉｄｅ）、インターロイキン２（ＩＬ−
２）、インターフェロン、ＣＴＬＡ−４のインヒビター（例えば、抗ＣＴＬＡ−４抗体、
例えばイピリムマブ（ｉｐｉｌｉｍｕｍａｂ））、ＢＲＡＦインヒビター、ＭＥＫインヒ
ビター、タリモジーン・ラハーパレプベック（ｔａｌｉｍｏｇｅｎｅ  ｌａｈｅｒｐａｒ
ｅｐｖｅｃ）、養子細胞移入またはそれらの任意の組合せの１以上を含む。１つの実施形
態においては、前記の異なる療法は、ダカルバジン（ｄａｃａｒｂａｚｉｎｅ）、テモゾ
ロミド（ｔｅｍｏｚｏｌｏｍｉｄｅ）、インターロイキン２（ＩＬ−２）（例えば、組換
えインターフェロンアルファ２ｂまたはペグインターフェロンアルファ２ｂ）、インター
フェロン、イピリムマブ（ｉｐｉｌｉｍｕｍａｂ）、ＢＲＡＦインヒビター［例えば、ベ
ムラフェニブ（ｖｅｍｕｒａｆｅｎｉｂ）またはダブラフェニブ（ｄａｂｒａｆｅｎｉｂ
）］、ＭＥＫインヒビター［例えば、コビメチニブ（ｃｏｂｉｍｅｔｉｎｉｂ）またはト
ラメチニブ（ｔｒａｍｅｔｉｎｉｂ）］、タリモジーン・ラハーパレプベック（ｔａｌｉ
ｍｏｇｅｎｅ  ｌａｈｅｒｐａｒｅｐｖｅｃ）、養子細胞移入（例えば、修飾Ｔ細胞また
は修飾樹状細胞）またはそれらの任意の組合せの１以上を含む。
【０１９３】
本明細書に記載されている物質、例えば治療用物質は、単独で、または組合せて、例え
ば他の化学療法剤もしくは手技と組合せて、対象において腫瘍細胞成長を低減もしくは抑
制するのに、および／または癌を治療もしくは予防するのに十分な量で投与されうる。
【０１９４】
核酸インヒビター
もう１つの実施形態においては、該物質は、アンチセンス分子、リボザイム、二本鎖Ｒ
ＮＡ分子、三重らせん分子（変異をコードする核酸にハイブリダイズするもの）、または
変異のｍＲＮＡ発現を遮断もしくは低減する転写調節領域から選択される核酸インヒビタ
ーである。
【０１９５】
１つの実施形態においては、核酸アンタゴニストは、突然変異をコードするｍＲＮＡを
標的とするｓｉＲＮＡである。他のタイプのアンタゴニスト核酸、例えばｄｓＲＮＡ、リ
ボザイム、三重らせん形成物質またはアンチセンス核酸も使用されうる。したがって、突
然変異をコードする核酸分子に対する核酸インヒビター、例えばアンチセンス、ＲＮＡｉ
である単離された核酸分子を提供する。
【０１９６】
「アンチセンス」核酸は、タンパク質をコードする「センス」核酸に相補的である（例
えば、二本鎖ｃＤＮＡ分子のコード鎖に相補的である、またはｍＲＮＡ配列に相補的であ
る）ヌクレオチド配列を含みうる。アンチセンス核酸は、１以上の突然変異をコードする
ヌクレオチド配列全体またはその一部分のみに相補的でありうる。もう１つの実施形態に
おいては、アンチセンス核酸分子は、１以上の突然変異をコードするヌクレオチド配列の
コード鎖の「非コード領域」（例えば、５’および３’非翻訳領域）に対してアンチセン
スである。アンチセンス物質は、例えば約８〜約８０個の核酸塩基（すなわち、約８〜約
８０ヌクレオチド）、例えば約８〜約５０個の核酸塩基、または約１２〜約３０個の核酸
塩基を含みうる。アンチセンス化合物には、リボザイム、外部ガイド配列（ＥＧＳ）オリ
ゴヌクレオチド（オリゴザイム）、および標的核酸にハイブリダイズしその発現を調節す
る他の短い触媒ＲＮＡまたは触媒オリゴヌクレオチドが含まれる。アンチセンス化合物は
、標的遺伝子における配列に相補的な少なくとも８個の連続核酸塩基の伸長を含みうる。
オリゴヌクレオチドは、特異的にハイブリダイズ可能となるためには、その標的核酸配列
に１００％相補的である必要はない。オリゴヌクレオチドが特異的にハイブリダイズ可能
であると言えるのは、標的への該オリゴヌクレオチドの結合が標的分子の正常な機能を妨
げて有用性の喪失を引き起こし、特異的結合が望まれる条件下、すなわち、インビボアッ
セイまたは治療的処置の場合には生理的条件下、あるいはインビトロアッセイの場合には
アッセイの実施条件下、非標的配列への該オリゴヌクレオチドの非特異的結合を回避する
のに十分な度合の相補性が存在する場合である。
【０１９７】
ｍＲＮＡとのアンチセンスオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションはｍＲＮＡの
正常機能の１以上を妨げうる。妨げられるｍＲＮＡの機能には、全ての中心的な機能、例
えば、タンパク質翻訳部位へのＲＮＡの移行、ＲＮＡからタンパク質への翻訳、１以上の
ｍＲＮＡ種を与えるＲＮＡのスプライシング、およびＲＮＡが関わりうる触媒活性が含ま
れる。ＲＮＡへの特定のタンパク質の結合もＲＮＡへのアンチセンスオリゴヌクレオチド
ハイブリダイゼーションにより妨げられうる。
【０１９８】
典型的なアンチセンス化合物には、標的核酸（例えば、本明細書に記載されている突然
変異をコードするｍＲＮＡ）に特異的にハイブリダイズするＤＮＡまたはＲＮＡ配列が含
まれる。相補領域は約８〜約８０ヌクレオチドにわたって伸長しうる。該化合物は１以上
の修飾核酸塩基を含みうる。修飾核酸塩基は当技術分野で公知である。修飾核酸物質の記
載も入手可能である。例えば、米国特許第４，９８７，０７１号、第５，１１６，７４２
号および第５，０９３，２４６号；Ｗｏｏｌｆら（１９９２）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃ
ａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ；Ａｎｔｉｓｅｎｓｅ  ＲＮＡ  ａｎｄ  ＤＮＡ，Ｄ．Ａ．Ｍｅｌ
ｔｏｎ編，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ  
Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ．Ｙ．（１９８８）；８９：７３０５−９；Ｈａｓｅｌ
ｈｏｆｆおよびＧｅｒｌａｃｈ（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ  ３３４：５８５−５９；Ｈｅ
ｌｅｎｅ，Ｃ．（１９９１）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．６：５６９−８
４；Ｈｅｌｅｎｅ（１９９２）Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６０：２７−３６
；ならびにＭａｈｅｒ（１９９２）Ｂｉｏａｓｓａｙｓ  １４：８０７−１５を参照され
たい。
【０１９９】
アンチセンス核酸分子は、典型的には、（例えば、組織部位における直接注射により）
対象に投与され、あるいはインサイチュ（ｉｎ  ｓｉｔｕ）で産生されて、それは、突然
変異をコードする細胞ｍＲＮＡおよび／またはゲノムＤＮＡにハイブリダイズし、それに
より、例えば転写および／または翻訳を抑制することにより、タンパク質の発現を抑制す
る。あるいは、アンチセンス核酸分子は、選択された細胞を標的化するように修飾される
ことが可能であり、ついで全身投与されうる。全身投与のためには、例えば、細胞表面受
容体または抗原に結合するペプチドまたは抗体にアンチセンス核酸分子を連結することに
より、アンチセンス分子が、選択された細胞表面上で発現された受容体または抗原に特異
的に結合するように、アンチセンス分子が修飾されうる。アンチセンス核酸分子は、本明
細書に記載されているベクターを使用することによっても、細胞に送達されうる。アンチ
センス分子の十分な細胞内濃度を得るために、強力なｐｏｌ  ＩＩまたはｐｏｌ  ＩＩＩ
プロモーターの制御下でアンチセンス核酸分子が配置されたベクター構築物が好ましい。
【０２００】
更にもう１つの実施形態においては、アンチセンス核酸分子はα−アノマー核酸分子で
ある。α−アノマー核酸分子は相補的ＲＮＡと特異的二本鎖ハイブリッドを形成し、この
場合、通常のβ単位とは逆に、該鎖は互いに平行に伸長する（Ｇａｕｌｔｉｅｒら（１９
８７）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ．Ｒｅｓ．１５：６６２５−６６４１）。アンチセン
ス核酸分子は２’−ｏ−メチルリボヌクレオチド（Ｉｎｏｕｅら（１９８７）Ｎｕｃｌｅ
ｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．１５：６１３１−６１４８）またはキメラＲＮＡ−ＤＮＡ類
似体（Ｉｎｏｕｅら（１９８７）ＦＥＢＳ  Ｌｅｔｔ．２１５：３２７−３３０）をも含
みうる。
【０２０１】
ｓｉＲＮＡは、所望により突出部を含みうる小さな二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）である
。例えば、ｓｉＲＮＡの二本鎖領域は約１８〜２５ヌクレオチド長、例えば約１９、２０
、２１、２２、２３または２４ヌクレオチド長である。典型的には、ｓｉＲＮＡ配列は標
的ｍＲＮＡに対して厳密に相補的である。特にｄｓＲＮＡおよびｓｉＲＮＡは、哺乳類細
胞（例えば、ヒト細胞）における遺伝子発現をサイレンシングするために使用されうる。
ｓｉＲＮＡは、２９塩基対のステムおよび２−ヌクレオチド３’突出を有する短いヘアピ
ンＲＮＡ（ｓｈＲＮＡ）をも含む。例えば、Ｃｌｅｍｅｎｓら（２０００）Ｐｒｏｃ．Ｎ
ａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９７：６４９９−６５０３；Ｂｉｌｌｙら（２００
１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９８：１４４２８−１４４３３；Ｅｌｂａｓ
ｈｉｒら（２００１）Ｎａｔｕｒｅ．４１１：４９４−８；Ｙａｎｇら（２００２）Ｐｒ
ｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９９：９９４２−９９４７；Ｓｉｏｌａｓ
ら（２００５），Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２３（２）：２２７−３１；米国特許
公開第２００４００８６８８４号、第２００３０１６６２８２号、第２００３０１４３２
０４号、第２００４００３８２７８号および第２００３０２２４４３２号を参照されたい
。
【０２０２】
更にもう１つの実施形態においては、本発明において注目されるアンチセンス核酸はリ
ボザイムである。突然変異をコードする核酸に対する特異性を有するリボザイムは、本明
細書に開示されている突然変異ｃＤＮＡのヌクレオチド配列に相補的な１以上の配列、お
よびｍＲＮＡ切断をもたらす公知触媒配列を有する配列を含みうる（米国特許第５，０９
３，２４６号またはＨａｓｅｌｈｏｆｆおよびＧｅｒｌａｃｈ（１９８８）Ｎａｔｕｒｅ
３３４：５８５−５９１を参照されたい）。例えば、活性部位のヌクレオチド配列が、
突然変異コード化ｍＲＮＡにおける切断されるべきヌクレオチド配列に相補的である、テ
トラヒメナＬ−１９  ＩＶＳ  ＲＮＡの誘導体が構築されうる。例えば、Ｃｅｃｈら，米
国特許第４，９８７，０７１号およびＣｅｃｈら，米国特許第５，１１６，７４２号を参
照されたい。あるいは、特異的リボヌクレアーゼ活性を有する触媒ＲＮＡをＲＮＡ分子の
プールから選択するために、突然変異ｍＲＮＡが使用されうる。例えば、Ｂａｒｔｅｌ，
Ｄ．およびＳｚｏｓｔａｋ，Ｊ．Ｗ．（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１４１１−
１４１８を参照されたい。
【０２０３】
突然変異遺伝子の抑制は、突然変異の調節領域に相補的なヌクレオチド配列を標的化し
て、標的細胞における突然変異遺伝子の転写を妨げる三重らせん構造を形成することによ
り達成されうる。全般的には、Ｈｅｌｅｎｅ，Ｃ．（１９９１）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  
Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．６：５６９−８４；Ｈｅｌｅｎｅ，Ｃ．ｉ（１９９２）Ａｎｎ．Ｎ．
Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．６６０：２７−３６；およびＭａｈｅｒ，Ｌ．Ｊ．（１９９２）
Ｂｉｏａｓｓａｙｓ  １４：８０７−１５を参照されたい。三重らせん形成のために標的
化されうる潜在的配列は、いわゆる「スイッチバック（ｓｗｉｔｃｈｂａｃｋ）」核酸分
子を作製することにより増加されうる。スイッチバック分子は交替性（ａｌｔｅｒｎａｔ
ｉｎｇ）５’−３’，３’−５’様態で合成されて、それは最初に二本鎖の一方の鎖と塩
基対形成し、ついで他方の鎖と塩基対形成して、プリンまたはピリミジンのかなりの伸長
が二本鎖の一方の鎖上に存在する必要性を排除する
本発明はまた、検出可能な様態で標識されたオリゴヌクレオチドプライマーおよびプロ
ーブ分子を提供する。典型的には、そのような標識は化学発光性、蛍光製、放射性または
比色性である。
【０２０４】
突然変異核酸分子は、例えば分子の安定性、ハイブリダイゼーションまたは溶解性を改
善するために、塩基部分、糖部分またはリン酸骨格において修飾されうる。修飾を有する
合成オリゴヌクレオチドの非限定的な例に関しては、Ｔｏｕｌｍｅ（２００１）Ｎａｔｕ
ｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．１９：１７およびＦａｒｉａら（２００１）Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉ
ｏｔｅｃｈ．１９：４０−４４を参照されたい。そのようなホスホラミダイトオリゴヌク
レオチドは有効なアンチセンス物質でありうる。
【０２０５】
例えば、核酸分子のデオキシリボースリン酸骨格を修飾してペプチド核酸を得ることが
可能である（Ｈｙｒｕｐ  Ｂ．ら（１９９６）Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ  ＆  Ｍｅｄｉｃｉ
ｎａｌ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  ４：５−２３）。本明細書中で用いる「ペプチド核酸」ま
たは「ＰＮＡ」なる語は、デオキシリボースリン酸骨格が偽ペプチド骨格により置換され
ており、４つの天然核酸塩基のみが保持されている核酸模倣物、例えばＤＮＡ模倣物を意
味する。ＰＮＡの中性骨格は、低いイオン強度の条件下でＤＮＡおよびＲＮＡへの特異的
ハイブリダイゼーションを可能にしうる。ＰＮＡオリゴマーの合成は、Ｈｙｒｕｐ  Ｂ．
ら（１９９６）前掲およびＰｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅｅｆｅら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａ
ｄ．Ｓｃｉ．９３：１４６７０−６７５に記載されている標準的な固相ペプチド合成法を
用いて行われうる。
【０２０６】
突然変異核酸分子のＰＮＡは治療および診断用途に使用されうる。例えば、ＰＮＡは、
例えば、転写または翻訳停止を誘発すること、あるいは複製を抑制することにより、遺伝
子発現の配列特異的調節のためのアンチセンス物質または抗遺伝子物質として使用されう
る。突然変異核酸分子のＰＮＡはまた、遺伝子における一塩基対突然変異の分析（例えば
、ＰＮＡ指向性ＰＣＲクランピングによるもの）において、または他の酵素（例えば、Ｓ
１ヌクレアーゼ（Ｈｙｒｕｐ  Ｂ．ら（１９９６）前掲））と併用される場合には「人工
制限酵素」として、またはＤＮＡ配列決定もしくはハイブリダイゼーションのためのプロ
ーブもしくはプライマー（Ｈｙｒｕｐ  Ｂ．ら（１９９６）前掲；Ｐｅｒｒｙ−Ｏ’Ｋｅ
ｅｆｅ，前掲）として使用されうる。
【０２０７】
他の実施形態においては、オリゴヌクレオチドは、他の付加基、例えばペプチド（例え
ば、インビボで宿主細胞受容体を標的化する場合）、または細胞膜（例えば、Ｌｅｔｓｉ
ｎｇｅｒら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：６５５
３−６５５６；Ｌｅｍａｉｔｒｅら（１９８７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ
．ＵＳＡ  ８４：６４８−６５２；Ｗ０８８／０９８１０を参照されたい）もしくは血液
脳関門（例えば、ＷＯ  ８９／１０１３４を参照されたい）を越える輸送を促進する物質
を含みうる。また、オリゴヌクレオチドは、ハイブリダイゼーション誘発切断剤（例えば
、Ｋｒｏｌら（１９８８）Ｂｉｏ−Ｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ６：９５８−９７６を参照さ
れたい）またはインターカレート剤（例えば、Ｚｏｎ（１９８８）Ｐｈａｒｍ．Ｒｅｓ．
５：５３９−５４９を参照されたい）で修飾されうる。この目的で、オリゴヌクレオチド
は別の分子（例えば、ペプチド、ハイブリダイゼーション誘発架橋剤、輸送剤またはハイ
ブリダイゼーション誘発切断剤）にコンジュゲート化されうる。
【０２０８】
幾つかの実施形態においては、本明細書に記載されている核酸インヒビターは、インビ
トロでの変異を含む核酸の発現の抑制のために提供される。
【０２０９】
癌
本明細書に記載されている本発明は、癌を治療するために、または癌を有する対象を評
価するために使用されうる。
【０２１０】
典型的な癌には以下のものが含まれるが、それらに限定されるものではない：メラノー
マ、Ｂ細胞癌、例えば多発性骨髄腫、乳癌、肺癌（例えば、非小細胞肺癌またはＮＳＣＬ
Ｃ）、気管支癌、結腸直腸癌、前立腺癌、膵臓癌、胃癌、卵巣癌、膀胱癌、脳または中枢
神経系癌、末梢神経系癌、食道癌、子宮頸癌、子宮または子宮内膜癌、口腔または咽頭癌
、肝臓癌、腎癌、精巣癌、胆道癌、小腸または虫垂癌、唾液腺癌、甲状腺癌、副腎癌、骨
肉腫、軟骨肉腫、血液組織の癌、腺癌、炎症性筋線維芽細胞腫、消化管間質腫瘍（ＧＩＳ
Ｔ）、結腸癌、多発性骨髄腫（ＭＭ）、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、骨髄増殖性障害（
ＭＰＤ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、慢性骨髄球性
白血病（ＣＭＬ）、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、真性赤血球増加症、ホジキンリンパ
腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、軟組織肉腫、線維肉腫、粘液肉腫、脂肪肉腫、骨肉
腫、脊索腫、血管肉腫、内皮肉腫、リンパ管肉腫、リンパ管内皮細胞肉腫、滑膜腫、中皮
腫、ユーイング腫瘍、平滑筋肉腫、横紋筋肉腫、扁平上皮癌、基底細胞癌、腺癌、汗腺癌
、皮脂腺癌、乳頭癌、乳頭状腺癌、髄様癌、気管支原性癌、腎細胞癌、肝癌、胆管癌、絨
毛癌、セミノーマ、胎児性癌、ウィルムス腫瘍、膀胱癌、上皮癌、神経膠腫、星状細胞腫
、髄芽腫、頭蓋咽頭腫、上衣腫、松果体腫、血管芽腫、聴神経腫、乏突起細胞腫、髄膜腫
、神経芽細胞腫、網膜芽細胞腫、濾胞性リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂリンパ腫、肝細胞
癌、甲状腺癌、胃癌、頭頸部癌、小細胞癌、本態性血小板血症、特発性骨髄性化生、好酸
球増加症候群、全身性肥満細胞症、家族性過好酸球増加症、慢性好酸球性白血病、神経内
分泌癌、カルチノイド腫瘍およびそれらの転移病変。
【０２１１】
メラノーマ
本発明は、少なくとも部分的には、対象における癌、例えばメラノーマの治療方法を提
供する。ある実施形態においては、該方法は、本明細書に記載されている変異（例えば、
表１に開示されている遺伝子における変異、例えば、本明細書に記載されているＮＦ１遺
伝子またはＬＲＰ１Ｂ遺伝子における変異）を含有する癌、例えばメラノーマの治療を含
む。該方法は、治療用物質、例えば免疫療法物質、例えばＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のイ
ンヒビターを対象に投与することを含む。
【０２１２】
ある実施形態においては、癌はメラノーマである。ある実施形態においては、癌は進行
性メラノーマである。ある実施形態においては、癌は転移性メラノーマである。ある実施
形態においては、癌、例えばメラノーマは再発または再燃のリスクを有する。ある実施形
態においては、癌、例えばメラノーマは転移のリスクを有する。幾つかの実施形態におい
ては、メラノーマは、当業者に公知の任意の適切なメラノーマ分類系に従い定義される任
意の病期またはリスク群のメラノーマである。
【０２１３】
ある実施形態においては、メラノーマは病期（ステージ）０、病期ＩＡ、病期ＩＢ、病
期ＩＩＡ、病期ＩＩＢ、病期ＩＩＣ、病期ＩＩＩまたは病期ＩＶのメラノーマのいずれか
のものである。他の実施形態においては、メラノーマは、米国癌合同委員会（Ａｍｅｒｉ
ｃａｎ  Ｊｏｉｎｔ  Ｃｏｍｍｉｔｔｅｅ  ｏｎ  Ｃａｎｃｅｒ）（ＡＪＣＣ）のメラノ
ーマの病期分類系により定義される病期０、病期ＩＡ、病期ＩＢ、病期ＩＩＡ、病期ＩＩ
Ｂ、病期ＩＩＣ、病期ＩＩＩまたは病期ＩＶのメラノーマのいずれかのものである。幾つ
かの実施形態においては、メラノーマは、当業者に公知の任意の適切なメラノーマ分類系
に従い定義される任意の病期のメラノーマである。他の実施形態においては、メラノーマ
は、表２Ａ〜２Ｂに記載されている病期０、病期ＩＡ、病期ＩＢ、病期ＩＩＡ、病期ＩＩ
Ｂ、病期ＩＩＣ、病期ＩＩＩまたは病期ＩＶのメラノーマのいずれかのものである。
【０２１４】
ある実施形態においては、メラノーマは病期ＩＩＩまたは病期ＩＶのメラノーマである
。ある実施形態においては、メラノーマは病期ＩＩＩのメラノーマである。ある実施形態
においては、メラノーマは、当業者に公知の任意の適切なメラノーマ分類系による病期Ｉ
ＩＩのメラノーマである。ある実施形態においては、癌は、表２Ａ〜２Ｂに記載されてい
る病期ＩＩＩのメラノーマである。ある実施形態においては、メラノーマは病期ＩＶのメ
ラノーマである。ある実施形態においては、メラノーマは、当業者に公知の任意の適切な
メラノーマ分類系による病期ＩＶのメラノーマである。ある実施形態においては、癌は、
表２Ａ〜２Ｂに記載されている病期ＩＶのメラノーマである。
【０２１５】
ある実施形態においては、メラノーマは進行性メラノーマである。幾つかの実施形態に
おいては、進行性メラノーマは、例えば表２Ａ〜２Ｂに記載されている、病期ＩＩＩまた
は病期ＩＶのメラノーマである。ある実施形態においては、メラノーマは転移性メラノー
マである。幾つかの実施形態においては、転移性メラノーマは、例えば表２Ａ〜２Ｂに記
載されている、病期ＩＩＩまたは病期ＩＶのメラノーマである。
【表１】
2020100641.tif 000003
【表２】
2020100641.tif 000004
【０２１６】
ある実施形態においては、メラノーマは皮膚メラノーマである。他の実施形態において
は、メラノーマは非皮膚メラノーマである。
【０２１７】
ある実施形態においては、癌、例えばメラノーマ、例えば進行性または転移性メラノー
マは、例えば本明細書に記載されている遺伝子における、変異、例えば本明細書に開示さ
れている変異を含み、または該変異を有すると確認もしくは決定されている。ある実施形
態においては、癌、例えばメラノーマ、例えば進行性または転移性メラノーマは、表１に
記載されている遺伝子における変異を含み、または該変異を有すると確認もしくは決定さ
れている。他の実施形態においては、癌、例えばメラノーマ、例えば進行性または転移性
メラノーマは、表１に記載されている遺伝子における複数の変異を含み、または該変異を
有すると確認もしくは決定されている。他の実施形態においては、癌、例えばメラノーマ
、例えば進行性または転移性メラノーマは、表１に記載されている複数の遺伝子における
複数の変異を含み、または該変異を有すると確認もしくは決定されている。
【０２１８】
ある実施形態においては、癌、例えばメラノーマ、例えば進行性または転移性メラノー
マは、ＮＦ１遺伝子における変異、例えば、本明細書に記載されているＮＦ１遺伝子にお
ける変異を含み、または該変異を有すると確認もしくは決定されている。
【０２１９】
ある実施形態においては、ＮＦ１遺伝子における変異は、ＮＦ１の野生型活性と比較し
た場合の、ＮＦ１遺伝子産物（例えば、ＮＦ１タンパク質）の活性の低下をもたらす。例
えば、該変異は、ＮＦ１のＧＴＰアーゼアクチベーター活性、ホスファチジルコリン結合
活性および／またはホスファチジルエタノールアミン結合活性の変化（例えば、減少）を
もたらしうる。ある実施形態においては、該変異はＲＡＳの活性化の上昇をもたらす。
【０２２０】
１つの実施形態においては、ＮＦ１遺伝子における変異は、突然変異（例えば、体細胞
変異）、例えば置換（例えば、塩基置換）、挿入または欠失であり、あるいはそれを含む
。メラノーマに関連した典型的なＮＦ１変異は、例えば、Ｗｉｅｓｎｅｒら，Ａｍ  Ｊ  
Ｓｕｒｇ  Ｐａｔｈｏｌ．２０１５；３９（１０）：１３５７−６２；Ｋｒａｕｔｈａｍ
ｍｅｒら，Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ．２０１５；４７（９）：９９６−１００２に記載されて
いる。ＮＦ１遺伝子における追加的な変異は、例えば、ＣＯＳＭＩＣデータベース（ｃａ
ｎｃｅｒ．ｓａｎｇｅｒ．ａｃ．ｕｋ／ｃｏｓｍｉｃ；Ｆｏｒｂｅｓら，Ｎｕｃｌ．Ａｃ
ｉｄｓ  Ｒｅｓ．２０１５；４３（Ｄ１）：Ｄ８０５−Ｄ８１１）に記載されている。
【０２２１】
ある実施形態においては、癌、例えばメラノーマ、例えば進行性または転移性メラノー
マは、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における変異、例えば、本明細書に記載されているＬＲＰ１Ｂ遺
伝子における変異を含み、または該変異を有すると確認もしくは決定されている。
【０２２２】
ある実施形態においては、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における変異は、ＬＲＰ１Ｂの野生型活性
と比較した場合の、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子産物（例えば、ＬＲＰ１Ｂタンパク質）の活性の低
下をもたらす。例えば、該変異は、ＬＲＰ１Ｂのカルシウムイオン結合および／または低
密度リポタンパク質受容体活性の変化（例えば、減少）をもたらしうる。
【０２２３】
１つの実施形態においては、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における変異は、突然変異（例えば、体
細胞変異）、例えば置換（例えば、塩基置換）、挿入または欠失であり、あるいはそれを
含む。メラノーマに関連した典型的なＬＲＰ１Ｂ変異は、例えば、Ｎｉｋｏｌａｅｖら，
Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ．２０１１；４４（２）：１３３−９に記載されている。ＬＲＰ１Ｂ
遺伝子における追加的変異は、例えば、ＣＯＳＭＩＣデータベース（ｃａｎｃｅｒ．ｓａ
ｎｇｅｒ．ａｃ．ｕｋ／ｃｏｓｍｉｃ；Ｆｏｒｂｅｓら，Ｎｕｃｌ．Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ
．２０１５；４３（Ｄ１）：Ｄ８０５−Ｄ８１１）に記載されている。
【０２２４】
ある実施形態においては、癌、例えばメラノーマ、例えば進行性または転移性メラノー
マは、ＢＲＡＦ遺伝子における変異、例えば、本明細書に記載されているＢＲＡＦ遺伝子
における変異を含み、または該変異を有すると確認もしくは決定されている。
【０２２５】
ある実施形態においては、ＢＲＡＦ遺伝子における変異は、ＢＲＡＦの野生型活性と比
較した場合の、ＢＲＡＦ遺伝子産物（例えば、ＢＲＡＦタンパク質）の活性の上昇をもた
らす。例えば、該変異はＢＲＡＦの以下の活性の１以上における変化をもたらしうる：Ａ
ＴＰ結合カルシウム、イオン結合、同一タンパク質結合、ＭＡＰキナーゼキナーゼキナー
ゼ活性、タンパク質キナーゼ活性、またはタンパク質セリン／トレオニンキナーゼ活性。
ある実施形態においては、該変異はＢＲＡＦのキナーゼ活性の変化（例えば、上昇）をも
たらす。
【０２２６】
１つの実施形態においては、ＢＲＡＦ変異は、突然変異（例えば、体細胞変異）、例え
ば置換（例えば、塩基置換）、挿入または欠失であり、あるいはそれを含む。ある実施形
態においては、該変異は塩基置換である。
【０２２７】
ある実施形態においては、ＢＲＡＦにおける変異はコドンＶ６００に位置する。ある実
施形態においては、ＢＲＡＦにおける変異はＶ６００Ｅ変異である。ある実施形態におい
ては、ＢＲＡＦにおける変異はＶ６００Ｋ変異である。ある実施形態においては、ＢＲＡ
Ｆにおける変異はＶ６００Ｒ変異である。ある実施形態においては、ＢＲＡＦにおける変
異はＶ６００Ｄ変異である。
【０２２８】
ある実施形態においては、ＢＲＡＦにおける変異はＶ６００変異以外の変異である。あ
る実施形態においては、ＢＲＡＦにおける変異はＫ６０１変異である。ある実施形態にお
いては、ＢＲＡＦにおける変異はＫ６０１Ｅ変異である。ある実施形態においては、ＢＲ
ＡＦにおける変異はＧ４６９変異である。ある実施形態においては、ＢＲＡＦにおける変
異はＧ４６９Ｅ変異である。ある実施形態においては、ＢＲＡＦにおける変異はＤ５９４
変異である。ある実施形態においては、ＢＲＡＦにおける変異はＤ５９４Ｇ変異である。
ある実施形態においては、ＢＲＡＦにおける変異はＬ５９７変異である。ある実施形態に
おいては、ＢＲＡＦにおける変異はＬ５９７Ｓ変異である。ある実施形態においては、Ｂ
ＲＡＦにおける変異はＳ４６７変異である。ある実施形態においては、ＢＲＡＦにおける
変異はＳ４６７Ｌ変異である。
【０２２９】
他の実施形態においては、癌、例えばメラノーマ、例えば進行性または転移性メラノー
マは、ＮＲＡＳ遺伝子における変異、例えば、本明細書に記載されているＮＲＡＳ遺伝子
における変異を含み、または該変異を有すると確認もしくは決定されている。
【０２３０】
ある実施形態においては、ＮＲＡＳ遺伝子における変異は、ＮＲＡＳの野生型活性と比
較した場合の、ＮＲＡＳ遺伝子産物（例えば、ＮＲＡＳタンパク質）の活性の上昇をもた
らす。例えば、該変異は、ＮＲＡＳのＧＴＰアーゼ活性の変化（例えば、減少）をもたら
しうる。ある実施形態においては、ＮＲＡＳタンパク質は、固有のＧＴＰ加水分解を低減
する、例えば構成的に活性なＮＲＡＳをもたらす変異を含む。
【０２３１】
１つの実施形態においては、ＮＲＡＳ変異は、突然変異（例えば、体細胞変異）、例え
ば置換（例えば、塩基置換）、挿入または欠失であり、あるいはそれを含む。ある実施形
態においては、該変異は塩基置換である。
【０２３２】
ある実施形態においては、ＮＲＡＳにおける変異はコドンＱ６１に位置する。ある実施
形態においては、ＮＲＡＳにおける変異はＱ６１Ｈ変異である。ある実施形態においては
、ＮＲＡＳにおける変異はＱ６１Ｋ変異である。ある実施形態においては、ＮＲＡＳにお
ける変異はＱ６１Ｌ変異である。ある実施形態においては、ＮＲＡＳにおける変異はＱ６
１Ｐ変異である。ある実施形態においては、ＮＲＡＳにおける変異はＱ６１Ｑ変異である
。ある実施形態においては、ＮＲＡＳにおける変異はＱ６１Ｒ変異である。
【０２３３】
他の実施形態においては、ＮＲＡＳにおける変異はＧ１２変異である。ある実施形態に
おいては、ＮＲＡＳにおける変異はＧ１２Ａ変異である。ある実施形態においては、ＮＲ
ＡＳにおける変異はＧ１２Ｃ変異である。ある実施形態においては、ＮＲＡＳにおける変
異はＧ１２Ｄ変異である。ある実施形態においては、ＮＲＡＳにおける変異はＧ１２Ｒ変
異である。ある実施形態においては、ＮＲＡＳにおける変異はＧ１２Ｓ変異である。ある
実施形態においては、ＮＲＡＳにおける変異はＧ１２Ｖの変異である。ある実施形態にお
いては、ＮＲＡＳにおける変異はＧ１３変異である。ある実施形態においては、ＮＲＡＳ
における変異はＧ１３Ｃ変異である。ある実施形態においては、ＮＲＡＳにおける変異は
Ｇ１３Ｄ変異である。ある実施形態においては、ＮＲＡＳにおける変異はＧ１３Ｒ変異で
ある。ある実施形態においては、ＮＲＡＳにおける変異はＧ１３Ｖ変異である。ある実施
形態においては、ＮＲＡＳにおける変異はＳ１７変異である。ある実施形態においては、
ＮＲＡＳにおける変異はＳ１７Ｎ変異である。
【０２３４】
突然変異荷重
本明細書中で用いる「突然変異荷重」または「突然変異負荷」なる語は、遺伝子の所定
セット（例えば、遺伝子の所定セットのコード領域）における予め選択された単位当たり
（例えば、メガベース当たり）の変異（例えば、１以上の変異、例えば、１以上の体細胞
変異）のレベル、例えば数を意味する。突然変異荷重は、例えば全ゲノムまたはエクソー
ムに基づいて、あるいはゲノムまたはエクソームのサブセットに基づいて測定されうる。
ある実施形態においては、ゲノムまたはエクソームのサブセットに基づいて測定された突
然変異荷重を外挿して、全ゲノムまたはエクソームの突然変異荷重を決定することが可能
である。
【０２３５】
ある実施形態においては、突然変異荷重は、対象、例えば本明細書に記載されている対
象からのサンプル、例えば腫瘍サンプル（例えば、メラノーマサンプル、またはメラノー
マから得られた若しくはメラノーマに由来するサンプル）において測定される。ある実施
形態においては、突然変異荷重は、以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の数、または
（ｉｖ）ＣからＴへの変化の数
の１つ、２つ、３つまたは全てを決定することにより測定される。
【０２３６】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異のレベルは突然変異加重（例えば、全ゲノムまたはエクソーム突然変異荷重）と相関す
る。ある実施形態においては、ＮＦ１遺伝子における体細胞変異の存在は突然変異加重（
例えば、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルに基づい
て測定された突然変異荷重、あるいは全ゲノムまたはエクソーム突然変異荷重）と相関す
る。ある実施形態においては、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の数は突然変異加重
（例えば、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルに基づ
いて測定された突然変異荷重、あるいは全ゲノムまたはエクソーム突然変異荷重）と相関
する。ある実施形態においては、ＣからＴへの変化の数は突然変異加重（例えば、表１に
記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルに基づいて測定された突
然変異荷重、あるいは全ゲノムまたはエクソーム突然変異荷重）と相関する。
【０２３７】
「突然変異荷重」および「突然変異負荷」なる語は本明細書において互換的に用いられ
る。腫瘍の文脈においては、突然変異荷重は本明細書においては「腫瘍突然変異荷重」、
「腫瘍突然変異負荷」または「ＴＭＢ」とも称される。
【０２３８】
癌に関連した典型的な遺伝子
本明細書に記載されている本発明は、癌に関連した遺伝子の所定セット（例えば、本明
細書に開示されているもの）における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）のレベ
ルを決定することにより、突然変異荷重を測定することを含む。
【０２３９】
ある実施形態においては、表１に記載されている遺伝子または遺伝子産物における体細
胞変異のレベルを決定する。ある実施形態においては、表１に示されている遺伝子のコー
ド領域における体細胞変異のレベルを決定する。
【表３】
2020100641.tif 000005
2020100641.tif 000006
【０２４０】
ニューロフィブロミン１（ＮＦ１）
本明細書に記載されている本発明は、例えば、ＮＦ１遺伝子における変異（例えば、体
細胞変異）の存在を決定すること、または例えばＮＦ１遺伝子における変異（例えば、体
細胞変異）の存在を決定することにより、突然変異荷重を測定することを含む。
【０２４１】
ＷＳＳ、ＮＦＮＳまたはＶＲＮＦとしても公知であるニューロフィブロミン１（ＮＦ１
）遺伝子は、Ｒａｓシグナル伝達経路の負の調節因子として機能するタンパク質をコード
している。この遺伝子における突然変異は、例えば、神経線維腫症１型、若年性骨髄単球
性白血病およびワトソン症候群に関連づけられている。この遺伝子のｍＲＮＡは、早すぎ
る翻訳終結をもたらすＲＮＡ編集（ＣＧＡ＞ＵＧＡ−＞Ａｒｇ１３０６Ｔｅｒｍ）に付さ
れる。あるいは、異なるアイソフォームをコードする選択的スプライシングを受けた転写
変異体もこの遺伝子に関して記載されている。
【０２４２】
ヒトＮＦ１のヌクレオチドおよびアミノ酸配列は例えば以下のものに記載されている：
Ｗａｌｌａｃｅら，Ｓｃｉｅｎｃｅ．１９９０；２４９：１８１−１８６，Ｅｒｒａｔｕ
ｍ：Ｗａｌｌａｃｅら，Ｓｃｉｅｎｃｅ．１９９０；２５０：１７４９−１７４９（アイ
ソフォーム１）；Ｍａｒｃｈｕｋら，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ．１９９１；１１：９３１−９４
０（アイソフォーム１）；Ｃａｗｔｈｏｎら，Ｃｅｌｌ．１９９０；６２：１９３−２０
１（アイソフォーム１）；Ｂｅｒｎａｒｄｓら，ＤＮＡ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉｏｌ．１９９２
；１１：７２７−７３４（アイソフォーム１および２）；Ｌｉら，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ．１
９９５；２５：９−１８（アイソフォーム１および２）；Ｎｉｓｈｉら，Ｏｎｃｏｇｅｎ
ｅ．１９９１；６：１５５５−１５５９（アイソフォーム１および２）；Ａｎｄｅｒｓｅ
ｎら，Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１９９３；１３：４８７−４９５（アイソフォーム
２）；Ｓｕｚｕｋｉら，Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１９
９１；１８１：９５５−９６１（アイソフォーム２）；Ｓｕｚｕｋｉら，Ｂｉｏｃｈｅｍ
．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１９９２；１８７：９８４−９９０（アイソ
フォーム３）；Ｍａｒｔｉｎら，Ｃｅｌｌ．１９９０；６３：８４３−８４９（アイソフ
ォーム４）；Ｓｕｚｕｋｉら，Ｔｏｈｏｋｕ  Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１９９５；１７５：
２２５−２３３（アイソフォーム５）；およびＸｕら，Ｃｅｌｌ．１９９０；６２：５９
９−６０８（アイソフォーム１および６）。
【０２４３】
ヒトＮＦ１の追加的な変異体、突然変異および多型は例えば以下のものにも記載されて
いる：Ｕｐａｄｈｙａｙａら，Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．１９９４；４：８３−１０１；Ｓｈ
ｅｎら，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．１９９６；３３：２−１７；Ｌｉら，Ｃｅｌｌ．１９
９２；６９：２７５−２８１（変異体Ｇｌｕ−１４４４）；Ｕｐａｄｈｙａｙａら，Ｈｕ
ｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．１９９２；１：７３５−７４０（変異体ＮＦ１  Ｍｅｔ−２１
６４およびＡｓｎ−２１９２）；Ｔａｓｓａｂｅｈｊｉら，Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ
ｔ．１９９３；５３：９０−９５（変異体Ｇｌｙ−Ｈｉｓ−Ｇｌｕ−Ｇｌｎ−Ｇｌｎ−Ｌ
ｙｓ−Ｌｅｕ−Ｐｒｏ−Ａｌａ−Ａｌａ−Ｔｈｒ−Ｌｅｕ−Ａｌａ−Ｌｅｕ−１７３３  
ｉｎｓ）；Ｓｈｅｎら，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．１９９３；２：１８６１−１８６
４（変異体Ｍｅｔ−９９１  ｄｅｌ）；Ｐｕｒａｎｄａｒｅら，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎ
ｅｔ．１９９４；３：１１０９−１１１５（変異体ＮＦ１  Ａｓｐ−１１６６およびＡｒ
ｇ−１４４０）；Ａｂｅｒｎａｔｈｙら，Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．１９９４；３：３４７−
３５２（変異体ＮＦ１  ２３８７−Ａｓｎ−Ｐｈｅ−２３８８  ｄｅｌ）；Ｕｐａｄｈｙ
ａｙａら，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．１９９５；３２：７０６−７１０（変異体ＮＦ１  
Ａｌａ−２６３１）；Ｇａｓｐａｒｉｎｉら，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．１９９６；９７：４
９２−４９５（変異体ＮＦ１  Ａｒｇ−６２９）；Ｗｕら，Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．１９９
６；８：５１−５６（変異体ＮＦ１  Ａｒｇ−１０３５）；Ｕｐａｄｈｙａｙａら，Ｈｕ
ｍ．Ｇｅｎｅｔ．１９９７；９９：８８−９２（変異体ＮＦ１  Ｓｅｒ−１４１２；Ｇｌ
ｎ−１４４０；Ｇｌｕ−１４４４およびＧｌｙ−１４８９）；Ｍａｙｎａｒｄら，Ｈｕｍ
．Ｇｅｎｅｔ．１９９７；９９：６７４−６７６（変異体ＮＦ１  Ａｒｇ−８４４および
Ｐｒｏ−８９８）；Ｈｕｄｓｏｎら，Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．１９９７；９：３６６−３６
７（変異体ＮＦ１  Ａｒｇ−１９５２）；Ｕｐａｄｈｙａｙａら，Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．
１９９７；１０：２４８−２５０（変異体ＮＦ１  ＧＬＹ−３３８およびＴＲＰ−１６１
１）；Ｋｌｏｓｅら，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．１９９８；７：１２６１−１２６８
（変異体ＮＦ１  Ｐｒｏ−１２７６）；Ｋｒｋｌｊｕｓら，Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．１９９
８；１１：４１１−４１１（変異体ＮＦ１  Ｇｌｙ−１２０４，変異体Ｈｉｓ−７６５）
；Ｍｅｓｓｉａｅｎら，Ｇｅｎｅｔ．Ｍｅｄ．１９９９；１：２４８−２５３（変異体Ｎ
Ｆ１  Ｐｒｏ−５０８）；Ｐｅｔｅｒｓら，Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．１９９９；１３：３３
７−３３７（変異体ＮＦ１  Ｐｒｏ−１４４６）；Ｆａｈｓｏｌｄら，Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ
．Ｇｅｎｅｔ．２０００；６６：７９０−８１８（変異体ＮＦ１  Ｐｒｏ−２１６；Ｐｒ
ｏ−３５７；Ｃｙｓ−４９１；Ｐｒｏ−５４９；Ｔｈｒ−５８１；Ａｒｇ−５８３；Ｐｈ
ｅ−６６５；Ｐｒｏ−６９５；Ｐｒｏ−７６３；Ｓｅｒ−７７７；Ｌｙｓ−７８０；Ｐｒ
ｏ−７８１；Ｐｒｏ−８４７；Ｓｅｒ−１１５６；Ｐｒｏ−１２５０；Ｇｌｎ−１２７６
；Ｐｒｏ−１２７６；Ｐｒｏ−１４４６；Ｖａｌ−１６０５およびＩｌｅ−２５０７，変
異体Ｇｌｕ−１７６）；Ａｒｓら，Ｈｕｍ．Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．２０００；９：２３７
−２４７（変異体ＮＦ１  Ｓｅｒ−１１７；Ｔｒｐ−１２０４；Ｐｒｏ−１４４６および
２３８７−Ａｓｎ−Ｐｈｅ−２３８８  ｄｅｌ），Ｅｒｒａｔｕｍ  Ａｒｓら，Ｈｕｍ．
Ｍｏｌ．Ｇｅｎｅｔ．２０００；９：６５９−６５９；Ｂｏｕｌａｎｄｅｔら，Ｈｕｍ．
Ｍｕｔａｔ．２０００；１６：２７４−２７５（変異体ＮＦ１  Ｐｈｅ−８４４）；Ｋａ
ｕｆｍａｎｎら，Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．２００１；６９：１３９５−１４００
（変異体ｓｐｉｎａｌ  ＦＳＮＦ  Ｐｒｏ−２０８８）；Ｈａｎら，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ
．２００１；１０９：４８７−４９７（変異体ＮＦ１  Ｌｙｓ−７８０；Ｃｙｓ−７８４
；Ｐｒｏ−１１４７；Ｃｙｓ−１１９３；Ａｒｇ−１４４４；Ｓｅｒ−１７８５；Ａｓｎ
−２０１２およびＬｙｓ−２３５７）；Ｋｌｕｗｅら，Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．２００２；
１９：３０９−３０９（変異体ＮＦ１  Ｐｈｅ−８２；Ａｒｇ−７８４およびＧｌｕ−１
４４４）；Ｂａｒａｌｌｅら，Ａｍ．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．Ａ  ２００３；１１９：
１−８（変異体ＮＦＮＳ  Ｇｌｕ−１４５９  ｄｅｌ）；Ｗａｎｇら，Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅ
ｔ．２００３；１１２：１１７−１２３（変異体ＮＦ１  Ｔｙｒ−９３；Ｖａｌ−６０４
；Ａｒｇ−８４４およびＰｒｏ−８９８，変異体Ａｓｐ−７４；Ｇｌｕ−１７６；Ａｒｇ
−７１２およびＧｌｎ−１２７６）；Ｄｅ  Ｌｕｃａら，Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．２００３
；２１：１７１−１７２（変異体ＮＦ１  Ｌｙｓ−７８０；Ｐｒｏ−８４７；Ｇｌｕ−８
４８およびＡｒｇ−９６８；Ａｓｎ−１４４４；Ｌｅｕ−１９５３  ｄｅｌおよびＡｒｇ
−２００１）；Ｋｌｕｗｅら，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．２００３；４０：３６８−３７
１（変異体ＮＦ１  Ａｒｇ−５７８；Ｐｒｏ−９２０およびＡｌａ−２２２１）；Ｚａｔ
ｋｏｖａら，Ｈｕｍ．Ｍｕｔａｔ．２４：４９１−５０１（変異体ＮＦ１  Ｖａｌ−１８
６，変異体ＮＦ１  Ｖａｌ−１８６の特徴づけ）；Ｄｅ  Ｌｕｃａら，Ｈｕｍ．Ｍｕｔａ
ｔ．２００４；２３：６２９−６２９（変異体ＮＦ１  Ａｓｎ−１５７；Ａｒｇ−６２９
；Ｓｅｒ−７７７；Ｌｙｓ−７８０；Ａｒｇ−７８４；Ｐｒｏ−８４７；Ｇｌｕ−８４８
；Ａｒｇ−９６８；Ａｓｎ−１４４４；Ｌｅｕ−１９５３  ｄｅｌおよびＡｒｇ−２００
１，変異体Ｇｌｕ−１７６）；Ｍａｔｔｏｃｋｓら，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．２００４
；４１：Ｅ４８−Ｅ４８（変異体ＮＦ１  Ａｒｇ−３１；Ｐｒｏ−１４５；Ａｒｇ−３２
４；Ｖａｌ−３３７；Ｃｙｓ−４８９；Ｐｒｏ−５３２；Ａｒｇ−５７４；Ａｒｇ−６２
９；Ｐｈｅ−６６５；Ｐｈｅ−８４４；Ｐｒｏ−８４４；Ｍｅｔ−９９１  ｄｅｌ；Ｖａ
ｌ−１０７３；Ａｒｇ−１１９６；Ｇｌｙ−１２７６；Ｇｌｎ−１２７６；Ｇｌｕ−１４
３０；Ｇｌｕ−１４５９  ｄｅｌおよびＧｌｙ−１４８９，変異体Ｇｌｕ−１７６および
Ｃｙｓ−８７３）；Ｆｅｒｎｅｒら，Ｊ．Ｍｅｄ．Ｇｅｎｅｔ．２００４；４１：８３７
−８４１（変異体ＮＦ１  Ｐｒｏ−１２４３）；Ｂｅｒｔｏｌａら，Ａｍ．Ｊ．Ｍｅｄ．
Ｇｅｎｅｔ．Ａ  ２００５；１３６：２４２−２４５（変異体ＮＦ１  Ａｒｇ−８４４）
；Ｄｅ  Ｌｕｃａら，Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．２００５；７７：１０９２−１１
０１（変異体ＮＦＮＳ  Ａｒｇ−１９４；Ｇｌｕ−１４４４；Ｔｈｒ−１４５１；Ｌｅｕ
−１４５３およびＧｌｕ−１４５９  ｄｅｌ）；Ｓｊｏｅｂｌｏｍら，Ｓｃｉｅｎｃｅ．
２００６；３１４：２６８−２７４（変異体Ｉｌｅ−１１８７；Ｌｅｕ−１９５１および
Ａｒｇ−２７４５）；Ｕｐａｄｈｙａｙａら，Ａｍ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．２００７
；８０：１４０−１５１（変異体ＮＦ１  Ｍｅｔ−９９１  ｄｅｌ）；Ｎｙｓｔｒｏｍら
，Ｃｌｉｎ．Ｇｅｎｅｔ．７６：５２４−５３４（変異体ＮＦＮＳ  Ｐｈｅ−１４１１）
；Ｐｏｎｔｉら，Ｈｅｒｅｄ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｃｌｉｎ．Ｐｒａｃｔ．２０１１；９：６
−６（変異体ＮＦ１  Ｔｈｒ−１６０）；Ｔｈｏｍａｓら，Ｅｕｒ．Ｊ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎ
ｅｔ．２０１２；２０：４１１−４１９（変異体Ｇｌｕ−１７６；Ｔｈｒ−３３０；Ａｓ
ｐ−３９３；Ｌｅｕ−３９３；Ｐｒｏ−５１９；Ｔｈｒ−７７６およびＰｈｅ−１４８４
）；Ｎｅｍｅｔｈｏｖａら，Ａｎｎ．Ｈｕｍ．Ｇｅｎｅｔ．２０１３；７７：３６４−３
７９（変異体Ｎｆ１  Ｔｒｐ−９３；Ａｒｇ−１０４８；Ａｒｇ−１１８９；Ａｒｇ−１
６６１（アイソフォーム１）およびＴｈｒ−１９１８（アイソフォーム１）；ならびにＢ
ｅｎ−Ｓａｌｅｍら，Ｃｈｉｌｄｓ  Ｎｅｒｖ．Ｓｙｓｔ．２０１４；３０：１１８３−
１１８９（変異体ＮＦ１  Ｐｒｏ−２１２５）。
【０２４４】
低密度リポタンパク質受容体関連タンパク質１Ｂ（ＬＲＰ１Ｂ）
本明細書に記載されている本発明は、例えば、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における変異（例えば
、体細胞変異）の数を決定すること、または例えばＬＲＰ１Ｂ遺伝子における変異（例え
ば、体細胞変異）の存在を決定することにより、突然変異荷重を測定することを含む。
【０２４５】
ＬＲＰ−ＤＩＴ、ＬＲＰ−１ＢまたはＬＲＰＤＩＴとしても公知である低密度リポタン
パク質受容体関連タンパク質１Ｂ（ＬＲＰ１Ｂ）遺伝子は低密度リポタンパク質（ＬＤＬ
）受容体遺伝子ファミリーに属する。これらの受容体は、複数のリガンドとの相互作用ゆ
えに、正常な細胞の機能および発達において多種多様な役割を果たす。
【０２４６】
ヒトＬＲＰ１Ｂのヌクレオチドおよびアミノ酸配列は、例えば、Ｌｉｕら，Ｃａｎｃｅ
ｒ  Ｒｅｓ．２０００；６０：１９６１−１９６７；Ｌｉｅら，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ２０
００；６９：２７１−２７４に記載されている。
【０２４７】
対象の評価
対象、例えば患者は、本明細書に記載されている療法、例えば癌免疫療法、例えばＰＤ
−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法に対する応答状態に関して評価されうる
。例えば、該評価は、癌、例えば本明細書に記載されている癌における突然変異荷重、お
よび／または変異、例えば本明細書に記載されている変異もしくは本明細書に記載されて
いる遺伝子における変異の存在を決定することを含みうる。患者は、例えば、患者からの
腫瘍サンプルにおける突然変異荷重の知見を得ることにより評価されうる。代替的または
追加的に、患者は、例えばＮＧＳ法により、例えば患者のゲノム配列を決定することによ
り評価されうる。代替的または追加的に、患者の評価は、例えば突然変異核酸（例えば、
ＤＮＡまたはＲＮＡ）を例えばサザンブロット、ノーザンブロットまたはＲＴ−ＰＣＲ、
例えばｑＲＴ−ＰＣＲにより検出するためのアッセイにより、患者における突然変異の存
在に関して直接的にアッセイすることを含みうる。代替的または追加的に、患者は、例え
ば免疫組織化学、ウエスタンブロット、免疫沈降または免疫磁気ビーズアッセイによりタ
ンパク質突然変異の存在に関して評価されうる。
【０２４８】
１つの態様においては、臨床試験の結果、例えば成功した又は不成功に終った臨床試験
の結果は、例えば患者集団の一部において、癌を治療するための物質を特定するために再
利用されうる。１つの典型的な方法により、臨床試験において使用された候補物質を再評
価して、該試験における物質が、特定のレベルの突然変異荷重を有する又は特定の突然変
異を含有する腫瘍を治療するのに有効であるかどうかを決定することが可能である。例え
ば、免疫チェックポイントモジュレータのような物質に関する臨床試験に参加した対象が
特定されうる。症状、例えば癌（例えばメラノーマ）の症状の改善、例えば腫瘍サイズの
減少または腫瘍成長速度の減少を示した患者が突然変異荷重および／または突然変異の存
在に関して評価されうる。癌の症状の改善を示さなかった患者も突然変異荷重および／ま
たは突然変異の存在に関して評価されうる。１つの実施形態においては、腫瘍サンプルに
おける所定レベルの突然変異荷重を有する患者が、そのような所定レベルの突然変異荷重
を有さない患者よりも、試験物質に応答する可能性が高かったことが判明している場合に
は、該物質は、所定レベルの突然変異荷重を有する患者のための適切な治療選択肢である
と決定される。もう１つの実施形態においては、突然変異を含有する患者が、そのような
突然変異を含有していなかった患者よりも、試験物質に応答する可能性が高かったことが
判明している場合には、該物質は、該突然変異を含有する患者のための適切な治療選択肢
であると決定される。
【０２４９】
患者の「再評価」は、例えば、対象からの腫瘍サンプル、例えばメラノーマサンプルに
おける突然変異荷重の知見を得ることを含みうる。代替的または追加的に、患者の再評価
は、例えばＮＧＳ法により、患者または臨床試験患者の一部のゲノム配列を決定すること
を含みうる。代替的または追加的に、患者の再評価は、例えば突然変異核酸（例えば、Ｒ
ＮＡ）を例えばＲＴ−ＰＣＲ、例えばｑＲＴ−ＰＣＲにより検出するためのアッセイによ
り、患者における突然変異の存在に関して直接的にアッセイすることを含みうる。代替的
または追加的に、患者は、例えば免疫組織化学、ウエスタンブロット、免疫沈降または免
疫磁気ビーズアッセイによりタンパク質突然変異の存在に関して再評価されうる。
【０２５０】
核酸およびポリペプチドの検出方法
変異遺伝子、突然変異および／または遺伝子産物を評価するための方法は当業者に公知
である。１つの実施形態においては、変異（例えば、突然変異）は、核酸ハイブリダイゼ
ーションアッセイ、ＰＣＲの選択的抑制（ＳＳＰ）、ＨＰＬＣまたは質量分析遺伝子型判
定の１以上から選択される方法により、核酸分子において検出される。
【０２５１】
使用されうる追加的な典型的な方法には、伝統的な「直接プローブ」法、例えばサザン
ブロット、および「比較プローブ」法、例えば比較ゲノムハイブリダイゼーション（ＣＧ
Ｈ）、例えばｃＤＮＡに基づく又はオリゴヌクレオチドに基づくＣＧＨが含まれる。該方
法は、基体（例えば、膜またはガラス）結合法またはアレイに基づくアプローチ（これら
に限定されるものではない）を含む多種多様な形態で使用されうる。
【０２５２】
ある実施形態においては、該評価方法は、本明細書に記載されている変異に対するプロ
ーブ／プライマーを含む。
【０２５３】
１つの実施形態においては、プローブ／プライマーは、突然変異またはそのレシプロカ
ル（ｒｅｃｉｐｒｏｃａｌ；相互体）を検出するように設計されうる。これらのプローブ
／プライマーは例えばＰＣＲ増幅に適している。染色体の種々の部分に存在するＤＮＡ塩
基配列に実質的に相補的であるＤＮＡセグメントを含有するプローブが使用される。本発
明において有用なプローブ、ならびにサンプルへのプローブのハイブリダイゼーションお
よびプローブの例は、Ｖｙｓｉｓ，Ｉｎｃ．の２つの米国特許、Ｂｉｔｔｎｅｒらの米国
特許第５，４９１，２２４号および第６，２７７，５６９号に記載されている。
【０２５４】
染色体プローブは、典型的には、約５０〜約１０５ヌクレオチド長である。より長いプ
ローブは、典型的には、約１００〜約５００ヌクレオチド長の、より小さい断片を含む。
セントロメアＤＮＡおよび遺伝子座特異的ＤＮＡにハイブリダイズするプローブは、例え
ば、Ｖｙｓｉｓ，Ｉｎｃ．（Ｄｏｗｎｅｒｓ  Ｇｒｏｖｅ，Ｉｌｌ．）、Ｍｏｌｅｃｕｌ
ａｒ  Ｐｒｏｂｅｓ，Ｉｎｃ．（Ｅｕｇｅｎｅ，Ｏｒｅｇ．）またはＣｙｔｏｃｅｌｌ（
Ｏｘｆｏｒｄｓｈｉｒｅ，ＵＫ）から商業的に入手可能である。あるいは、プローブは標
準的な技術により染色体またはゲノムＤＮＡからから非商業的に作製されうる。例えば、
使用されうるＤＮＡの起源には、ゲノムＤＮＡ、クローン化ＤＮＡ配列、１つの染色体（
例えば、ヒト染色体）または１つの染色体の一部を宿主の正常染色体組と共に含有する体
細胞ハイブリッド、およびフローサイトメトリーまたは顕微解剖により精製された染色体
が含まれる。関心のある領域は、クローニングにより、またはポリメラーゼ連鎖反応（Ｐ
ＣＲ）を介した部位特異的増幅により単離されうる。例えば、ＮａｔｈおよびＪｏｈｎｓ
ｏｎ，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｃ  Ｈｉｓｔｏｃｈｅｍ．，１９９８，７３（１）：６−２２
、Ｗｈｅｅｌｅｓｓら，Ｃｙｔｏｍｅｔｒｙ  １９９４，１７：３１９−３２６および米
国特許第５，４９１，２２４号を参照されたい。
【０２５５】
使用されるプローブは染色体の特定の領域にハイブリダイズして、細胞遺伝学的異常が
この領域に存在するのかどうかを決定する。細胞遺伝学的異常の１つのタイプは欠失であ
る。欠失は１以上の染色体全体のものでありうるが、欠失は、通常、１以上の染色体の一
部の喪失を含む。プローブ内に含有される染色体の領域全体が細胞から欠失している場合
、該細胞からのＤＮＡへのそのプローブのハイブリダイゼーションは通常起こらず、その
染色体上にシグナルは存在しない。プローブ内に部分的に含有される染色体の領域が細胞
から欠失している場合、該細胞からのＤＮＡへのそのプローブのハイブリダイゼーション
は依然として生じうるが、シグナルの存在はより少なくなりうる。例えば、プローブが検
出しようとする遺伝子異常を含有しない対照細胞からのＤＮＡへのプローブハイブリダイ
ゼーションと、シグナルの喪失を比較する。幾つかの実施形態においては、少なくとも１
、５、１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２
０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００個またはそれ以
上の細胞を細胞遺伝学的異常の存在に関して計数する。
【０２５６】
検出される細胞遺伝学的異常には、非相互転座、平衡転座、染色体内逆位、点突然変異
、欠失、遺伝子コピー数の変化、遺伝子発現レベルの変化および生殖系列突然変異が含ま
れうるが、これらに限定されるものではない。特に、１つのタイプの細胞遺伝学的異常は
重複である。重複は染色体全体、または染色体全体よりも小さい領域のものでありうる。
プローブ内に含有される染色体の領域が細胞において重複している場合、該細胞からのＤ
ＮＡへのそのプローブのハイブリダイゼーションは通常、該プローブ内に含有される染色
体領域の異常を含有しない対照細胞に存在するシグナルの数と比べて少なくとも１つの追
加的なシグナルを生成する。
【０２５７】
染色体プローブは、それらがハイブリダイズする染色体領域が検出されうるように標識
される。プローブは、典型的には、より低い波長／より高いエネルギーの光を吸収した後
に蛍光を発する有機分子である発蛍光団で直接的に標識される。発蛍光団は、二次検出分
子の非存在下でプローブが視覚化されることを可能にする。発蛍光団をヌクレオチドに共
有結合させた後、該ヌクレオチドは、ニックトランスレーション、ランダムプライミング
およびＰＣＲ標識のような標準的な技術を用いて、プローブ内に直接的に組み込まれうる
。あるいは、プローブ内のデオキシシチジンヌクレオチドがリンカーでアミノ基転移され
うる。ついでアミノ基転移デオキシシチジンヌクレオチドに発蛍光団が共有結合される。
米国特許第５，４９１，２２４号を参照されたい。
【０２５８】
米国特許第５，４９１，２２４号は、蛍光標識が共有結合している幾つかのシトシン残
基としてのプローブ標識を記載している。蛍光標識されたシトシン塩基の数は、検出可能
な蛍光シグナルを生成するのに十分である一方で、そのように標識された個々のＤＮＡセ
グメントは、検出されるべき染色体または染色体領域に対する特異的相補的結合（ハイブ
リダイズ）特性を本質的に保有する。未標識ＤＮＡプローブセグメントを採取し、該セグ
メントにおける幾つかのデオキシシチジンヌクレオチドを連結基でアミノ基転移させ、ま
たはアミノ基転移塩基の少なくとも一部に蛍光標識を共有結合させることにより、そのよ
うなプローブが作製される。
【０２５９】
プローブは、ニックトランスレーション、ランダムプライマー標識またはＰＣＲ標識に
よっても標識されうる。標識は、蛍光（直接的）またはハプテン（間接的）標識ヌクレオ
チドのいずれかを使用して行われる。標識の代表的な非限定的な例には、ＡＭＣＡ−６−
ｄＵＴＰ、カスケードブルー−４−ｄＵＴＰ、フルオレセイン−１２−ｄＵＴＰ、ローダ
ミン−６−ｄＵＴＰ、テキサスレッド−６−ｄＵＴＰ、Ｃｙ３−６−ｄＵＴＰ、Ｃｙ５−
ｄＵＴＰ、ビオチン（ＢＩＯ）−１１−ｄＵＴＰ、ジゴキシゲニン（ＤＩＧ）−１１−ｄ
ＵＴＰまたはジニトロフェニル（ＤＮＰ）−１１−ｄＵＴＰが含まれる。
【０２６０】
プローブはまた、ビオチンまたはジゴキシゲニンで間接的に標識されること、または放
射性同位体、例えば３２Ｐおよび３Ｈで標識されることが可能であるが、プローブを視覚
化するために二次検出分子または更なる処理が必要である。例えば、ビオチンで標識され
たプローブは、検出可能なマーカーに結合したアビジンにより検出されうる。例えば、ア
ビジンは、酵素マーカー、例えばアルカリホスファターゼまたは西洋ワサビペルオキシダ
ーゼに結合されうる。酵素マーカーは、酵素のための基質および／または触媒を使用して
、標準的な比色反応において検出されうる。アルカリホスファターゼのための触媒には、
５−ブロモ−４−クロロ−３−インドリルホスファートおよびニトロブルーテトラゾリウ
ムが含まれる。ジアミノベンゾアートは西洋ワサビペルオキシダーゼのための触媒として
使用されうる。
【０２６１】
ハイブリダイゼーションの前または途中には蛍光標識または他の標識がＤＮＡの一部で
はなく、ハイブリダイゼーション後に、染色体にハイブリダイズしたプローブを検出する
ために蛍光標識または他の標識を加えるように、プローブを調製することも可能である。
例えば、ＤＮＡ内に組み込まれた抗原分子を有するプローブが使用されうる。ハイブリダ
イゼーション後、これらの抗原分子は、抗原分子と反応する特異的抗体を使用して検出さ
れる。そのような抗体は、それ自体が蛍光色素を含むことが可能であり、あるいは、結合
蛍光色素を有する第２の抗体を使用して検出されうる。
【０２６２】
どのように処理または修飾されたとしても、プローブＤＮＡは、ハイブリダイゼーショ
ンにおける使用の前に未反応の残留産物（例えば、ＤＮＡ内に取り込まれていない蛍光色
素分子）を除去するために一般に精製される。
【０２６３】
ハイブリダイゼーションの前に、当技術分野でよく知られた方法に従い染色体プローブ
を変性させる。プローブはハイブリダイズ条件下で染色体ＤＮＡにハイブリダイズまたは
アニーリングされうる。「ハイブリダイズ条件」は、プローブと標的染色体ＤＮＡとの間
のアニーリングを促進する条件である。種々のプローブのアニーリングはプローブの長さ
、塩基濃度などに応じて変動するため、プローブ濃度、ハイブリダイゼーション温度、塩
濃度および当技術分野でよく知られた他の因子を変動させることによりアニーリングが促
進される。
【０２６４】
ハイブリダイゼーション条件は、プローブの濃度、塩基組成、複雑性および長さ、なら
びに塩濃度、温度およびインキュベーションの長さを変動させることによって促進される
。例えば、ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーションは、典型的には、１〜２×ＳＳＣ、５
０〜６５％ホルムアミドおよびブロッキングＤＮＡ（非特異的ハイブリダイゼーションを
抑制するためのもの）を含有するハイブリダイゼーションバッファー中で行われる。一般
に、前記のハイブリダイゼーション条件は約２５℃〜約５５℃の温度および約０．５時間
〜約９６時間のインキュベーション時間を含む。
【０２６５】
標的領域外のＤＮＡへの染色体プローブの非特異的結合は一連の洗浄により除去されう
る。各洗浄における温度および塩濃度は、洗浄のストリンジェンシーを制御するために変
動される。例えば、高ストリンジェンシー条件の場合には、約６５℃〜約８０℃で、０．
２×〜約２×ＳＳＣ、および約０．１％〜約１％の非イオン性界面活性剤、例えばＮｏｎ
ｉｄｅｔ  Ｐ−４０（ＮＰ４０）を使用して、洗浄を行うことが可能である。ストリンジ
ェンシーは、洗浄液の温度を低下させることにより、または洗浄液中の塩濃度を増加させ
ることにより低下しうる。幾つかの用途においては、反復配列のハイブリダイゼーション
能力を阻止することが必要である。したがって、幾つかの実施形態においては、非特異的
ハイブリダイゼーションを阻止するために、ｔＲＮＡ、ヒトゲノムＤＮＡまたはＣｏｔ−
１  ＤＮＡを使用する。洗浄後、スライドを排液および空気乾燥させ、ついでマウント媒
体、対比染色液、例えばＤＡＰＩおよびカバースリップをスライドに適用する。スライド
は直ちに観察可能であり、あるいは検査前に−２０℃で保存されうる。
【０２６６】
ＣＧＨ法においては、核酸の第１集合体（例えば、サンプル、例えば、可能性のある腫
瘍からのもの）を第１標識で標識し、核酸の第２集合体（例えば、対照、例えば、健常細
胞／組織）を第２標識で標識する。核酸のハイブリダイゼーションの比は、アレイにおけ
る各繊維に結合する２つの（第１および第２）標識の比により決定される。染色体の欠失
または多重性が存在する場合、それらの２つの標識からのシグナルの比の差が検出され、
該比はコピー数の尺度となる。アレイに基づくＣＧＨは単色標識でも行われうる（一方、
対照および可能性のある腫瘍サンプルを２つの異なる色素で標識し、ハイブリダイゼーシ
ョンの前にそれらを混合すると、アレイ上のプローブの競合的ハイブリダイゼーションに
よる比が生じる）。単色ＣＧＨにおいては、対照を標識し、１つのアレイにハイブリダイ
ズさせ、絶対的シグナルを読取り、可能性のある腫瘍サンプルを標識し、第２のアレイ（
同一含有物）にハイブリダイズさせ、絶対的シグナルを読取る。それらの２つのアレイか
らの絶対的シグナルに基づき、コピー数の差を計算する。
【０２６７】
本発明において注目される方法での使用に適したハイブリダイゼーション法は、例えば
、Ａｌｂｅｒｔｓｏｎ（１９８４）ＥＭＢＯ  Ｊ．３：１２２７−１２３４；Ｐｉｎｋｅ
ｌ（１９８８）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８５：９１３８−９１
４２；ＥＰＯ公開番号４３０，４０２；Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂ
ｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．３３：Ｉｎ  ｓｉｔｕ  Ｈｙｂｒｉｄｉｚａｔｉｏｎ  Ｐｒｏｔ
ｏｃｏｌｓ，Ｃｈｏｏ編，Ｈｕｍａｎａ  Ｐｒｅｓｓ，Ｔｏｔｏｗａ，Ｎ．Ｊ．（１９９
４）などに記載されている。１つの実施形態においては、Ｐｉｎｋｅｌら（１９９８）Ｎ
ａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔｉｃｓ  ２０：２０７−２１１、またはＫａｌｌｉｏｎｉｅｍｉ
（１９９２）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８９：５３２１−５３２
５（１９９２）のハイブリダイゼーション法が用いられる。アレイに基づくＣＧＨは米国
特許第６，４５５，２５８号（その内容を参照により本明細書に組み入れることとする）
に記載されている。
【０２６８】
更にもう１つの実施形態においては、増幅に基づくアッセイを用いて、存在／非存在お
よびコピー数が測定されうる。そのような増幅に基づくアッセイにおいては、核酸配列は
、増幅反応（例えば、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ））における鋳型として働く。定量
的増幅においては、増幅産物の量は元のサンプルにおける鋳型の量に比例する。適切な対
照、例えば健常組織との比較はコピー数の尺度をもたらす。
【０２６９】
「定量的」増幅の方法は当業者によく知られている。例えば、定量的ＰＣＲは、同じプ
ライマーを使用して既知量の対照配列を同時に共増幅することを含む。これは、ＰＣＲ反
応を較正するために使用されうる内部標準をもたらす。定量的ＰＣＲのための詳細なプロ
トコールは、Ｉｎｎｉｓら（１９９０）ＰＣＲ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ，Ａ  Ｇｕｉｄｅ  
ｔｏ  Ｍｅｔｈｏｄｓ  ａｎｄ  Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅ
ｓｓ，Ｉｎｃ．Ｎ．Ｙ．に記載されている。定量的ＰＣＲ分析を用いたマイクロサテライ
ト遺伝子座におけるＤＮＡコピー数の測定はＧｉｎｚｏｎｇｅｒら（２０００）Ｃａｎｃ
ｅｒ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  ６０：５４０５−５４０９に記載されている。遺伝子のいずれ
かの部分を増幅するためのプライマーを当業者が常套的に選択することが可能になるため
には、遺伝子の既知核酸配列で十分である。蛍光発生定量ＰＣＲも用いられうる。蛍光発
生定量ＰＣＲにおいては、定量は蛍光シグナル、例えばＴａｑＭａｎおよびｓｙｂｒグリ
ーンの量に基づく。
【０２７０】
他の適切な増幅方法には、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（ＷｕおよびＷａｌｌａｃｅ（
１９８９）Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  ４：５６０、Ｌａｎｄｅｇｒｅｎら（１９８８）Ｓｃｉｅ
ｎｃｅ  ２４１：１０７７、ならびにＢａｒｒｉｎｇｅｒら（１９９０）Ｇｅｎｅ  ８９
：１１７を参照されたい）、転写増幅（Ｋｗｏｈら（１９８９）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａ
ｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８６：１１７３）、自家持続配列複製法（Ｇｕａｔｅｌｌｉら
（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８７：１８７４）、ドット
ＰＣＲおよびリンカーアダプターＰＣＲなどが含まれるが、これらに限定されるものでは
ない。
【０２７１】
核酸サンプル
種々の組織サンプルが、本方法において使用される核酸サンプルの起源となりうる。ゲ
ノムまたはサブゲノムＤＮＡ断片は対象のサンプル（例えば、腫瘍サンプル、正常隣接組
織（ＮＡＴ）、血液サンプルまたは任意の正常対照）から単離されうる。ある実施形態に
おいては、組織サンプルは、凍結サンプルとして、またはホルムアルデヒドまたはパラホ
ルムアルデヒド固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）組織調製物として保存される。例えば、
サンプルはマトリックス内に包埋されうる（例えば、ＦＦＰＥブロックまたは凍結サンプ
ル）。単離工程は個々の染色体のフローソーティング、および／または対象のサンプル（
例えば、腫瘍サンプル、ＮＡＴ、血液サンプル）の顕微解剖が含まれうる。ある実施形態
においては、サンプルは循環腫瘍ＤＮＡ（ｃｔＤＮＡ）を含む。
【０２７２】
組織サンプルからのＤＮＡの単離、断片化および処理のためのプロトコールは、例えば
、ＷＯ  ２０１２／０９２４２６（発明の名称“Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｍｕ
ｌｔｉｇｅｎｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｔｕｍｏｒ  Ｓａｍｐｌｅｓ”）（その全体
を参照により本明細書に組み入れることとする）に記載されているとおり、当技術分野で
公知である。ホルムアルデヒドまたはパラホルムアルデヒド固定パラフィン包埋（ＦＦＰ
Ｅ）組織から核酸（例えば、ＤＮＡ）を単離する追加的方法は、例えば、Ｃｒｏｎｉｎ  
Ｍ．ら（２００４）Ａｍ  Ｊ  Ｐａｔｈｏｌ．１６４（１）：３５−４２；Ｍａｓｕｄａ
Ｎ．ら（１９９９）Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄｓ  Ｒｅｓ．２７（２２）：４４３６−
４４４３；Ｓｐｅｃｈｔ  Ｋ．ら（２００１）Ａｍ  Ｊ  Ｐａｔｈｏｌ．１５８（２）：
４１９−４２９；Ａｍｂｉｏｎ  ＲｅｃｏｖｅｒＡｌｌ（商標）Ｔｏｔａｌ  Ｎｕｃｌｅ
ｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌ（Ａｍｂｉｏｎカタログ番号Ａ
Ｍ１９７５，２００８年9月）；およびＱＩＡａｍｐ（登録商標）ＤＮＡ  ＦＦＰＥ組織
ハンドブック（Ｔｉｓｓｕｅ  Ｈａｎｄｂｏｏｋ）（Ｑｉａｇｅｎカタログ番号３７６２
５，２００７年１０月）に開示されている。ＲｅｃｏｖｅｒＡｌｌ（商標）全核酸単離キ
ット（Ｔｏｔａｌ  Ｎｕｃｌｅｉｃ  Ａｃｉｄ  Ｉｓｏｌａｔｉｏｎ  Ｋｉｔ）は、パラ
フィン包埋サンプルを可溶化するための高温のキシレン、および核酸を捕捉するためのガ
ラス繊維フィルターを使用する。ＱＩＡａｍｐ（登録商標）ＤＮＡ  ＦＦＰＥ組織キット
（Ｔｉｓｓｕｅ  Ｋｉｔ）はゲノムＤＮＡおよびミトコンドリアＤＮＡの精製のためのＱ
ＩＡａｍｐ（登録商標）ＤＮＡマイクロテクノロジー（Ｍｉｃｒｏ  ｔｅｃｈｎｏｌｏｇ
ｙ）を用いる。
【０２７３】
ベイトの設計
ベイト（ｂａｉｔ）は、標的核酸にハイブリダイズ可能である（例えば、相補的であり
うる）ことにより標的核酸の捕捉を可能にする核酸分子、例えばＤＮＡまたはＲＮＡ分子
でありうる。１つの実施形態においては、ベイトはＲＮＡ分子である。他の実施形態にお
いては、ベイトは、ベイトにハイブリダイズした核酸とベイトとにより形成されるハイブ
リッドの捕捉および分離を、例えば結合体への結合により可能にする結合体、例えばアフ
ィニティタグを含む。１つの実施形態においては、ベイトは溶液相ハイブリダイゼーショ
ンに適している。
【０２７４】
ベイトは、ＵＳ  ２０１０／００２９４９８、Ｇｎｉｒｋｅ，Ａ．ら（２００９）Ｎａ
ｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．２７（２）：１８２−１８９およびＷＯ  ２０１２／０９２
４２６（発明の名称“Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｍｕｌｔｉｇｅｎｅ  Ａｎａｌ
ｙｓｉｓ  ｏｆ  Ｔｕｍｏｒ  Ｓａｍｐｌｅｓ”）（これらのそれぞれを参照により本明
細書に組み入れることとする）に記載されている方法およびハイブリダイゼーション条件
により製造され、使用されうる。
【０２７５】
配列決定（シーケンシング）
本発明は核酸の配列決定方法も含む。１つの実施形態においては、当技術分野で公知の
種々の配列決定反応のいずれかを用いて、突然変異の少なくとも一部を直接的に配列決定
することが可能である。１つの実施形態においては、突然変異配列を対応基準（対照）配
列と比較する。
【０２７６】
１つの実施形態においては、本明細書に記載されている変異を含む核酸分子の配列は、
以下の１以上を含む方法により決定される：オリゴヌクレオチド、例えば、本明細書に記
載されている１つの突然変異に関する対立遺伝子特異的オリゴヌクレオチドを該核酸分子
にハイブリダイズさせること；該対立遺伝子の突然変異を含む領域を増幅するプライマー
またはプライマーセット（例えば、プライマーペア）をハイブリダイズさせること；該対
立遺伝子の突然変異を含む領域を増幅する、例えば特異的に増幅すること；該対立遺伝子
の突然変異を含む核酸の一端にアダプターオリゴヌクレオチドを結合させること；該突然
変異の存在に特異的な光学的シグナル、例えば比色シグナルを生成させること；該突然変
異を含む核酸を、第２の核酸、例えば、基体に結合した第２の核酸にハイブリダイズさせ
ること；該突然変異の存在に特異的なシグナル、例えば、電気または蛍光シグナルを生成
させること；および該突然変異を含有する核酸にハイブリダイズするオリゴヌクレオチド
内にヌクレオチドを組み込むこと。
【０２７７】
もう１つの実施形態においては、該配列は、以下の１以上を含む方法により決定される
：個々の核酸分子からのヌクレオチド配列を決定すること（例えば、複数のクローン増殖
分子からのシグナルの合計からではなく、例えば、該配列に対応するシグナルが単一分子
に由来する場合）；個々の核酸分子に関するクローン増殖プロキシのヌクレオチド配列を
決定すること；大規模並列ショートリード配列決定；鋳型に基づく配列決定；ピロシーケ
ンシング；ＤＮＡ合成中の色素標識ヌクレオチドの連続的取り込みをイメージングするこ
とを含むリアルタイム配列決定；ナノポア配列決定；ハイブリダイゼーションによる配列
決定；ナノトランジスタアレイに基づく配列決定；ポロニー（ｐｏｌｏｎｙ）配列決定；
走査トンネル顕微鏡（ＳＴＭ）に基づく配列決定；またはナノワイヤ−分子センサーに基
づく配列決定。
【０２７８】
当技術分野で公知の任意の配列決定方法が用いられうる。典型的な配列決定反応には、
ＭａｘａｍおよびＧｉｌｂｅｒｔ（Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ（１
９７７）７４：５６０）またはＳａｎｇｅｒ（Ｓａｎｇｅｒら（１９７７）Ｐｒｏｃ．Ｎ
ａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ  ７４：５４６３）により開発された技術に基づくものが含まれ
る。アッセイを行う際には（Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ（１９９５）１９：４４８）、
質量分析による配列決定を含む種々の自動化配列決定法が用いられうる（例えば、米国特
許第５，５４７，８３５号および国際特許出願公開番号ＷＯ  ９４／１６１０１（Ｈ．Ｋ
ｏｓｔｅｒによる、発明の名称：ＤＮＡ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇ  ｂｙ  Ｍａｓｓ  Ｓｐ
ｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ）；米国特許第５，５４７，８３５号および国際特許出願公開番号
ＷＯ  ９４／２１８２２（Ｈ．Ｋｏｓｔｅｒによる、発明の名称：ＤＮＡ  Ｓｅｑｕｅｎ
ｃｉｎｇ  ｂｙ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔｒｙ  Ｖｉａ  Ｅｘｏｎｕｃｌｅａｓ
ｅ  Ｄｅｇｒａｄａｔｉｏｎ）；ならびに米国特許出願第５，６０５，７９８号および国
際特許出願番号ＰＣＴ／ＵＳ９６／０３６５１（Ｈ．Ｋｏｓｔｅｒによる、発明の名称：
ＤＮＡ  Ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ  Ｂａｓｅｄ  ｏｎ  Ｍａｓｓ  Ｓｐｅｃｔｒｏｍｅｔ
ｒｙ）；Ｃｏｈｅｎら（１９９６）Ａｄｖ  Ｃｈｒｏｍａｔｏｇｒ  ３６：１２７−１６
２；ならびにＧｒｉｆｆｉｎら（１９９３）Ａｐｐｌ  Ｂｉｏｃｈｅｍ  Ｂｉｏｔｅｃｈ
ｎｏｌ  ３８：１４７−１５９を参照されたい）。
【０２７９】
核酸分子の配列決定は、次世代シーケンシング（ＮＧＳ）（次世代配列決定）を用いる
ことによっても行われうる。次世代シーケンシングは、個々の核酸分子（例えば、単一分
子配列決定におけるもの）または個々の核酸分子のクローン増殖プロキシのヌクレオチド
配列を高並列様態（例えば、１０５個を超える分子が同時に配列決定される）で決定する
任意の配列決定方法を含む。１つの実施形態においては、ライブラリーにおける核酸種の
相対存在量は、配列決定実験により得られたデータにおけるそれらの同族（コグネイト）
配列の存在の相対数を計数することにより推定されうる。次世代シーケンシング方法は当
技術分野で公知であり、例えばＭｅｔｚｋｅｒ，Ｍ．（２０１０）Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏ
ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｒｅｖｉｅｗｓ  １１：３１−４６（これを参照により本明細書
に組み入れることとする）に記載されている。
【０２８０】
１つの実施形態においては、次世代シーケンシングは個々の核酸分子のヌクレオチド配
列の決定を可能にする（例えば、Ｈｅｌｉｃｏｓ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓのＨｅｌｉＳ
ｃｏｐｅ  Ｇｅｎｅ  ＳｅｑｕｅｎｃｉｎｇシステムおよびＰａｃｉｆｉｃ  Ｂｉｏｓｃ
ｉｅｎｃｅｓのＰａｃＢｉｏ  ＲＳシステム）。他の実施形態においては、該配列決定方
法は個々の核酸分子に関するクローン増殖プロキシのヌクレオチド配列を決定する（例え
ば、Ｓｏｌｅｘａシーケンサー，Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｉｎｃ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃ
ａｌｉｆ；４５４  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｂｒａｎｆｏｒｄ，Ｃｏｎｎ．）およ
びＩｏｎ  Ｔｏｒｒｅｎｔ）。例えば、大規模並列ショートリード配列決定（例えば、Ｓ
ｏｌｅｘａシーケンサー，Ｉｌｌｕｍｉｎａ  Ｉｎｃ．，Ｓａｎ  Ｄｉｅｇｏ，Ｃａｌｉ
ｆ．）は、より少数の且つより長いリードを生成する他の配列決定法より多数の配列塩基
を配列決定単位当たりに生成する。次世代シーケンシングのための他の方法または装置に
は、４５４  Ｌｉｆｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅｓ（Ｂｒａｎｆｏｒｄ，Ｃｏｎｎ．）、Ａｐｐｌ
ｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ（Ｆｏｓｔｅｒ  Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆ．；ＳＯＬｉＤシ
ーケンサー）およびＨｅｌｉｃｏｓ  ＢｉｏＳｃｉｅｎｃｅｓ  Ｃｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ
（Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ，Ｍａｓｓ．）により提供されるシーケンサーが含まれるが、これ
らに限定されるものではない。
【０２８１】
次世代シーケンシングのためのプラットフォームには、Ｒｏｃｈｅ／４５４のＧｅｎｏ
ｍｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅｒ（ＧＳ）ＦＬＸ  Ｓｙｓｔｅｍ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ／Ｓｏｌｅ
ｘａのＧｅｎｏｍｅ  Ａｎａｌｙｚｅｒ（ＧＡ）、Ｌｉｆｅ／ＡＰＧのＳｕｐｐｏｒｔ  
Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｌｉｇａｔｉｏｎ  Ｄｅｔｅｃｔｉｏｎ  （ＳＯＬｉ
Ｄ）システム、ＰｏｌｏｎａｔｏｒのＧ．００７システム、Ｈｅｌｉｃｏｓ  ＢｉｏＳｃ
ｉｅｎｃｅｓのＨｅｌｉＳｃｏｐｅ  Ｇｅｎｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇシステム、および
Ｐａｃｉｆｉｃ  ＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓのＰａｃＢｉｏ  ＲＳシステムが含まれるが、
これらに限定されるものではない。ＮＧＳ技術には、ＷＯ  ２０１２／０９２４２６（発
明の名称“Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｍｕｌｔｉｇｅｎｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  
ｏｆ  Ｔｕｍｏｒ  Ｓａｍｐｌｅｓ”）（これを参照により本明細書に組み入れることと
する）に記載されている工程、例えば鋳型調製、配列決定およびイメージング、ならびに
データ分析の１以上を含みうる。
【０２８２】
種々のタイプの変異、例えば体細胞変異および生殖系列突然変異が、本明細書に記載さ
れている方法（例えば、配列決定方法）により検出されうる。ある実施形態においては、
生殖系列突然変異は更に、ＳＧＺアルゴリズムを使用する方法により特定される。ＳＧＺ
アルゴリズムは、国際出願公開番号ＷＯ２０１４／１８３０７８および米国特許出願公開
第２０１４／０３３６９９６号（それらの内容の全体を参照により本明細書に組み入れる
こととする）に記載されている。
【０２８３】
データ分析
ＮＧＳリードが生成された後、それらを既知基準配列に対して整列（アライメント）さ
せ、または新たに構築すること（デノボ・アセンブリー）が可能である。
【０２８４】
例えば、ＮＧＳリードを基準配列（例えば、野生型配列）に整列させることにより、サ
ンプル（例えば、腫瘍サンプル）における一塩基多型および構造変異体のような遺伝子変
異の特定が達成されうる。ＮＧＳに関する配列アライメントの方法は、例えば、Ｔｒａｐ
ｎｅｌｌ  Ｃ．およびＳａｌｚｂｅｒｇ  Ｓ．Ｌ．，Ｎａｔｕｒｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈ．，
２００９，２７：４５５−４５７に記載されている。デノボ・アセンブリーの例は、例え
ば、Ｗａｒｒｅｎ  Ｒ．ら，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ，２００７，２３：５００−
５０１；Ｂｕｔｌｅｒ  Ｊ．ら，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓ．，２００８，１８：８１０−８
２０；ならびにＺｅｒｂｉｎｏ  Ｄ．Ｒ．およびＢｉｒｎｅｙ  Ｅ．，Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒ
ｅｓ．，２００８，１８：８２１−８２９に記載されている。配列アライメントまたはア
センブリーは、１以上のＮＧＳプラットフォームからのリードデータを使用して、例えば
、Ｒｏｃｈｅ／４５４およびＩｌｌｕｍｉｎａ／Ｓｏｌｅｘａリードデータを混合して、
行われうる。データ分析のためのアルゴリズムおよび方法はＷＯ  ２０１２／０９２４２
６（発明の名称：“Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｍｕｌｔｉｇｅｎｅ  Ａｎａｌｙ
ｓｉｓ  ｏｆ  Ｔｕｍｏｒ  Ｓａｍｐｌｅｓ”）（これを参照により本明細書に組み入れ
ることとする）に記載されている。
【０２８５】
報告
本明細書に記載されている方法は、患者または別の者もしくは組織機関、例えば介護者
、例えば医師、例えば腫瘍専門医、病院、診療所、第三者支払人、保険会社または官公庁
への報告、例えば、電子的、ウェブベースまたは紙形態の報告を含みうる。該報告は、該
方法からの出力、例えば、療法に対する応答状態の値の特定、突然変異荷重に関する値の
特定、本明細書に記載されている遺伝子における変異の数の特定、および／または本明細
書に記載されている変異の存在もしくは非存在、または野生型配列の表示を含みうる。１
つの実施形態においては、療法に対する応答状態の値、突然変異荷重に関する値、本明細
書に記載されている遺伝子における変異の数、または本明細書に記載されている変異の存
在もしくは非存在を特定する、そして所望により、該値、数または変異含有配列が得られ
た患者の識別子を含む報告を、例えば紙または電子形態で作成する。
【０２８６】
該報告はまた、癌、例えばメラノーマにおける、本明細書に記載されている変異、また
は野生型配列の役割に関する情報を含みうる。そのような情報は、予後、耐性または可能
な若しくは推奨される治療選択肢、例えば本明細書に記載されている物質、例えば癌治療
（例えば癌免疫療法、例えばＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビター）に関する情報を
含みうる。該報告は、治療選択肢の可能な有効性、治療選択肢の許容性、または患者（例
えば、療法に対する応答状態の所定値、突然変異荷重の所定レベル、本明細書に記載され
ている遺伝子における変異の所定数を有する患者）への治療選択肢の適用の適否、あるい
は試験において特定された、そして幾つかの実施形態においては該報告において特定され
ている配列、変異または突然変異に関する情報を含みうる。例えば、該報告は、患者に対
する薬物の投与、例えば、予め選択された投与量または予め選択された治療レジメン（例
えば、他の薬物と組合されたもの）における投与に関する情報または推奨を含みうる。１
つの実施形態においては、該方法において特定された全ての突然変異が該報告において特
定されているわけではない。例えば、該報告は、癌の発生、予後、病期または治療感受性
に対する、例えば予め選択された治療選択肢に対する予め選択されたレベルの相関性を有
する遺伝子における突然変異に限定されうる。該報告は、該方法を実施した組織機関によ
り、サンプルの受領から７、１４または２１日以内に、本明細書に記載されている組織機
関に送達されうる。
【０２８７】
もう１つの態様においては、本発明は、サンプル、例えば腫瘍サンプル（例えば、メラ
ノーマサンプル）を対象から得ること、療法に対する応答状態の値を得ること、サンプル
における突然変異荷重を決定すること、遺伝子における変異の数を決定すること、または
サンプルにおける本明細書に記載されている突然変異を検出すること、および療法に対す
る応答状態の値、突然変異荷重に関する値、遺伝子における変異の数または検出された突
然変異に基づいて治療を選択することによる、報告、例えば個別化癌治療報告の作成方法
に関する。１つの実施形態においては、療法に対する応答状態の値、突然変異荷重に関す
る値、遺伝子における変異の数または検出された突然変異に基づいて、選択された治療に
に注釈を付けている、または、２以上の治療選択肢を、例えば好ましい順序で一覧してい
る報告を作成する。もう１つの実施形態においては、対象、例えば患者に更に、選択され
た治療方法を実施する。
【０２８８】
キット
１つの態様においては、本発明は、例えば、本明細書に記載されている変異、例えば、
本明細書に記載されている遺伝子における変異を有するオリゴヌクレオチドを含有するキ
ットに関する。所望により、キットは、突然変異オリゴヌクレオチドの野生型対応物であ
るオリゴヌクレオチドをも含有しうる。
【０２８９】
ある実施形態においては、キットは、
（ａ）（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異、または
（ｉｖ）ＣからＴへの変化
の１以上を検出しうる１以上の検出試薬、および
（ｂ）メラノーマサンプルにおける突然変異荷重および／または前記変異の１以上の存
在もしくは非存在の決定における使用説明を含む。
【０２９０】
幾つかの実施形態においては、キットは更に、ＰＤ−１もしくはＰＤ−Ｌ１のインヒビ
ターまたはその組成物を含む。幾つかの実施形態においては、キットは更に、対象におけ
るメラノーマの治療における使用説明を含む。
【０２９１】
キットは、担体、例えば、１以上の容器手段を密閉して収容するように区画化された手
段を含みうる。１つの実施形態においては、該容器は、オリゴヌクレオチド、例えば前記
のプライマーまたはプローブを含有する。キットの成分は、例えば、患者における腫瘍サ
ンプルにおける突然変異を診断または特定するのに有用である。キットのプローブまたは
プライマーは、当技術分野で公知の任意の配列決定またはヌクレオチド検出アッセイ、例
えば、配列決定アッセイ、例えば、ＮＧＳ法、ＲＴ−ＰＣＲまたはｉｎ  ｓｉｔｕハイブ
リダイゼーションにおいて使用されうる。
【０２９２】
幾つかの実施形態においては、キットの成分は、例えば、突然変異の診断もしくは特定
、および／または患者の腫瘍サンプルにおける突然変異荷重の評価、ならびにそれに応じ
た、癌治療のための適切な治療用物質の特定に有用である。
【０２９３】
本発明において注目されるキットは、例えば、アッセイ陽性および陰性対照、ヌクレオ
チド、酵素（例えば、ＲＮＡまたはＤＮＡポリメラーゼまたはリガーゼ）、溶媒またはバ
ッファー、安定剤、保存剤、二次抗体、例えば抗ＨＲＰ抗体（ＩｇＧ）、および検出試薬
を含みうる。
【０２９４】
オリゴヌクレオチドは、任意の形態、例えば液体、乾燥、半乾燥または凍結乾燥形態、
あるいは凍結条件での保存のための形態で提供されうる。
【０２９５】
典型的には、オリゴヌクレオチドおよびキットにおける他の成分は無菌形態で提供され
る。オリゴヌクレオチド、例えば、本明細書に記載されている突然変異を含有するオリゴ
ヌクレオチド、または本明細書に記載されている変異に相補的なオリゴヌクレオチドは液
体溶液中で提供され、液体溶液は一般に水溶液、例えば滅菌水溶液である。オリゴヌクレ
オチドが乾燥形態で提供される場合、一般に、適切な溶媒の添加により再構成（還元）が
行われる。溶媒、例えば滅菌バッファーは、所望により、キットにおいて提供されうる。
【０２９６】
キットは、アッセイでの使用に適した濃度のオリゴヌクレオチドを含有する組成物用の
１以上の容器を含むことが可能であり、あるいはアッセイでの使用のための希釈に関する
説明を伴いうる。幾つかの実施形態においては、キットは、オリゴヌクレオチドおよびア
ッセイ成分のための別個の容器、仕切りまたは区画、ならびに情報資料を含む。例えば、
オリゴヌクレオチドはボトルまたはバイアル内に含有されることが可能であり、情報資料
はプラスチックスリーブまたはパケット内に含有されることが可能である。他の実施形態
においては、キットの別々の要素が、単一の非分割容器内に含有されている。例えば、オ
リゴヌクレオチド組成物は、ラベルの形態の情報資料を伴うボトルまたはバイアルに含有
されている。幾つかの実施形態においては、キットは複数の個々の容器を含み、それらの
それぞれは、オリゴヌクレオチドの、１以上の単位形態（例えば、１つのアッセイでの使
用のためのもの）を含有する。例えば、キットは複数のアンプル、フォイルパケットまた
はブリスターパックを含み、それらのそれぞれは、腫瘍サンプルにおける突然変異の配列
決定または検出において使用されるオリゴヌクレオチドの単一単位を含有する。キットの
容器は気密性および／または防水性を有しうる。容器は使用のためにラベルを伴いうる。
【０２９７】
抗体に基づくキットの場合、キットは、（１）突然変異ポリペプチドに結合する第１の
抗体（例えば、固体支持体に結合しているもの）、および所望により、（２）検出可能な
物質に結合（コンジュゲート化）しており、該ポリペプチドまたは第１の抗体のいずれか
に結合する第２の異なる抗体を含みうる。
【０２９８】
１つの実施形態においては、キットは、配列決定または診断を実施し解釈するための情
報資料を含みうる。もう１つの実施形態において、キットはアッセイ結果の報告先（例え
ば、治療施設または医療提供者）に関する指示を示しうる。キットは、本明細書に記載さ
れている配列決定または診断アッセイの結果の報告の形態、ならびにそのような形態また
は他の関連情報の送り先に関する住所および連絡先の情報、または結果をオンラインデー
タベースもしくはオンラインアプリケーション（例えば、アプリ）で報告するためのＵＲ
Ｌ（ユニフォーム・リソース・ロケーター（Ｕｎｉｆｏｒｍ  Ｒｅｓｏｕｒｃｅ  Ｌｏｃ
ａｔｏｒ））アドレスを含みうる。もう１つの実施形態においては、情報資料は、アッセ
イの結果に応じて患者が特定の化学療法薬での治療を受けるべきかどうかに関する指針を
含みうる。
【０２９９】
キットの情報資料はその形態において限定されない。多くの場合、情報資料、例えば指
示は、印刷物、例えば活字、図面および／または写真、例えばラベルまたは印刷シートと
して提供される。しかし、情報資料は、他の形態、例えばコンピュータ可読資料、ビデオ
録画または音声録音としても提供されうる。もう１つの実施形態においては、キットの情
報資料は連絡先情報、例えば物理アドレス、電子メールアドレス、ウェブサイトまたは電
話番号であり、それらにおいて、キットの使用者は、配列決定もしくは診断アッセイおよ
び／または本明細書に記載されている方法におけるその使用に関する実質的な情報を得る
ことが可能である。また、情報資料は形態の任意の組合せで提供されうる。
【０３００】
幾つかの実施形態においては、生物学的サンプルはアッセイ提供者、例えばサービス提
供者（例えば、第三者施設）または医療提供者に提供され、これらはアッセイにおけるサ
ンプルを評価し、読出し情報を提供する。例えば、１つの実施形態においては、アッセイ
提供者は、対象からの生物学的サンプル、例えば血液または組織サンプル、例えば生検サ
ンプルを受領し、本明細書に記載されているアッセイ（例えば、配列決定アッセイまたは
ｉｎ  ｓｉｔｕハイブリダイゼーション）を用いてサンプルを評価し、該サンプルが突然
変異を含有することを決定する。ついでアッセイ提供者、例えばサービス提供者または医
療提供者は、対象が個々の薬物または個々の癌治療レジメンのための候補である、または
候補ではないと結論づけることが可能である。
【０３０１】
検出試薬
もう１つの態様においては、本発明は検出試薬、例えばその精製または単離調製物に関
する。検出試薬は、例えば、本明細書に記載されている変異（例えば、表１に記載されて
いる遺伝子の所定セットにおける体細胞変異、ＮＦ１遺伝子における体細胞変異、ＬＲＰ
１Ｂ遺伝子における体細胞変異、またはＣからＴへの変化）を含む核酸分子の、本明細書
に記載されている変異を有する核酸またはタンパク質配列を識別しうる。
【０３０２】
検出試薬、例えば、核酸に基づく検出試薬は、標的核酸、例えば、サンプル（例えば、
メラノーマ、例えば、進行性または転移性メラノーマから得られた又はそれに由来する核
酸のサンプル）におけるＤＮＡ、例えばゲノムＤＮＡもしくはｃＤＮＡまたはＲＮＡにお
ける変異を特定するために使用されうる。検出試薬、例えば、抗体に基づく検出試薬は、
例えば、サンプル（例えば、メラノーマ細胞、例えば、進行性または転移性メラノーマ細
胞から得られた又はそれに由来する又はそれにより産生されたタンパク質のサンプル）に
おける標的タンパク質における変異を特定するために使用されうる。
【０３０３】
１つの実施形態においては、検出試薬は、標的核酸上の核酸配列に相補的な配列を含む
核酸分子、例えばＤＮＡ、ＲＮＡまたは混合ＤＮＡ／ＲＮＡ分子を含む（検出試薬に結合
する標的核酸上の配列は本明細書においては「検出試薬結合部位」と称され、検出試薬結
合部位に対応する検出試薬の部分は「標的結合部位」と称される）。１つの実施形態にお
いては、検出試薬結合部位は問合せ（インタロゲーション）位置と関連づけて配置されて
おり、その結果、検出試薬結合部位への検出試薬の結合（または幾つかの実施形態におい
ては結合の欠如）は、本明細書に記載されている突然変異体（本明細書に記載されている
変異、例えば、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異、ＮＦ１遺
伝子における体細胞変異、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異および／またはＣからＴ
への変化を含む核酸分子）に関する突然変異体および基準配列の識別を可能にする。検出
試薬は、例えば、標識または他の部分、例えば、捕捉を可能にする部分で修飾されうる。
【０３０４】
１つの実施形態においては、検出試薬は、核酸分子、例えば、ＤＮＡ、ＲＮＡまたは混
合ＤＮＡ／ＲＮＡ分子を含み、これは、例えばその標的結合部位において、問合せ位置を
含み、突然変異、例えば本明細書に記載されている変異と基準配列とを（例えば、標的核
酸への検出試薬の結合のアフィニティにより、または反応、例えば検出試薬との連結もし
くは伸長反応の能力により）識別しうる。幾つかの実施形態においては、問合せ位置は、
検出試薬または標的結合部位の末端ヌクレオチド、例えば３’もしくは５’末端ヌクレオ
チド、３’もしくは５’末端ヌクレオチドに直接隣接するヌクレオチド、または別の内部
ヌクレオチドに対応しうる。
【０３０５】
幾つかの実施形態においては、本明細書に記載されている変異を含む標的核酸と、基準
配列を含む標的核酸とに対する検出試薬のアフィニティにおける相違は、突然変異（また
は基準）配列の存在または非存在の決定を可能にする。典型的には、アッセイ条件下のそ
のような検出試薬は、突然変異体に対してのみ、または基準配列に対してのみ、実質的に
、より高いレベルの結合を示し、例えば、突然変異に対してのみ、または基準配列に対し
てのみ、相当なレベルの結合を示す。
【０３０６】
幾つかの実施形態においては、結合は、後続反応、例えば、検出試薬または標的核酸を
含む後続反応を可能にする（または抑制する）。例えば、結合は、例えば核酸ポリメラー
ゼにより、核酸、例えば検出試薬への１以上のヌクレオチドの連結または付加を可能にし
うる。これは、突然変異体を基準体から識別するために使用されうる。幾つかの実施形態
においては、問合せ位置は検出試薬またはその標的結合部位の末端に、または末端に十分
に接近して位置し、その結果、ハイブリダイゼーションまたは化学反応、例えば検出試薬
への１以上のヌクレオチドの付加（例えば、ＤＮＡポリメラーゼによるもの）は、問合せ
位置または問合せ位置から１、２もしくは３ヌクレオチド以内のヌクレオチドにおいて検
出試薬と標的核酸との間に完全な一致（マッチ）が存在する場合にのみ生じ、あるいはそ
のような場合に、実質的に、より高い率で生じる。
【０３０７】
１つの実施形態においては、検出試薬は、核酸、例えばＤＮＡ、ＲＮＡまたは混合ＤＮ
Ａ／ＲＮＡ分子を含み、ここで、該分子またはその標的結合部位は問合せ位置に隣接し（
またはその側面に位置し）、それは、標的核酸における、本明細書に記載されている突然
変異と基準配列とを識別しうる。
【０３０８】
幾つかの実施形態においては、検出試薬結合部位は問合せ位置に隣接しており、例えば
、検出試薬またはその標的結合部位の５’または３’ヌクレオチドは、例えば、問合せ位
置から０（直接隣接）〜１，０００、５００、４００、２００、１００、５０、１０、５
、４、３、２または１ヌクレオチドで隣接している。幾つかの実施形態においては、反応
の結果は、突然変異体と基準配列とを識別することを可能にする問合せ位置におけるヌク
レオチドの種類によって変動する。例えば、問合せ位置における第１ヌクレオチドの存在
下では、第１反応が第２反応より優先される。例えば、連結またはプライマー伸長反応に
おいては、産物は、例えば電荷、配列、サイズまたは別の反応（例えば、制限切断）に対
する感受性において異なる。幾つかの実施形態においては、検出試薬は、問合せ位置を含
有する二本鎖の例えばＰＣＲ増幅による増幅を可能にする、ペアになった分子（例えば、
フォワードプライマーおよびリバースプライマー）を含む。そのような実施形態において
は、突然変異の存在は、問合せ位置を含む配列および問合せ位置に基準ヌクレオチドを有
する対応配列から生じる増幅産物の特性、例えばサイズ、配列、電荷または反応に対する
感受性における相違により決定されうる。幾つかの実施形態においては、特徴的な増幅産
物の存在または非存在は問合せ部位におけるヌクレオチドの種類を示し、したがって突然
変異の検出を可能にする。
【０３０９】
幾つかの実施形態においては、検出試薬またはその標的結合部位は問合せ位置に直接隣
接しており、例えば、検出試薬の５’または３’末端ヌクレオチドは問合せ位置に直接隣
接している。幾つかの実施形態においては、問合せ位置におけるヌクレオチドの種類は、
反応の性質、例えば、検出試薬を含む反応、例えば、検出試薬の一端の修飾を決定する。
例えば、問合せ位置における第１のヌクレオチドの存在下では、第１反応が第２反応より
優先される。例えば、問合せ位置における第１ヌクレオチド、例えば、突然変異に関連す
るヌクレオチドの存在は、第１反応、例えば、検出試薬への相補的ヌクレオチドの付加を
促進しうる。例えば、問合せ位置におけるＡの存在は、例えば、第１比色標識を有するＴ
の取り込みを引き起こし、一方、問合せ位置におけるＧの存在は、例えば、第２比色標識
を有するＣの取り込みを引き起こす。１つの実施形態においては、該位置における第１ヌ
クレオチドの存在は第２核酸への検出試薬の連結をもたらす。例えば、第３核酸が、問合
せ位置における厳密な一致を有する場合には、第３核酸は、問合せ部位に十分に近い標的
核酸にハイブリダイズ可能であり、それは検出試薬に連結されるであろう。連結産物また
はその非存在の検出は問合せ部位におけるヌクレオチドの種類を示し、したがって、突然
変異の検出を可能にする。
【０３１０】
種々の読出しが用いられうる。例えば、突然変異体または基準配列への検出試薬の結合
の後に、検出試薬に関連した部分、例えば標識、例えば放射性または酵素標識の結合が生
じうる。幾つかの実施形態においては、標識は消光剤およびシグナリング剤を含み、ハイ
ブリダイゼーションは、例えば、それらの２つの要素の間の距離の変化をもたらし、例え
ば、該距離を増加させ、シグナリング剤の消光を解除する。幾つかの実施形態においては
、検出試薬は、反応混合物の他の成分からの分離を可能にする部分を含みうる。幾つかの
実施形態においては、結合は、例えば酵素による、例えばＤＮＡポリメラーゼのヌクレア
ーゼ活性による、または制限酵素による、結合検出試薬の切断を可能にする。該切断は、
核酸の出現または消失により、あるいは検出試薬に付随するシグナリング剤と消光剤との
分離により検出されうる。幾つかの実施形態においては、結合は、更なる化学反応、例え
ば標識または分解（例えば制限酵素によるもの）に対して標的を保護し、あるいは該化学
反応に対して標的を感受性にする。幾つかの実施形態においては、検出試薬への結合は標
的核酸の捕捉、分離または物理的操作を可能にし、それにより特定（同定）を可能にする
。幾つかの実施形態においては、結合は検出試薬または標的の検出可能な局在化をもたら
すことが可能であり、例えば、結合は標的核酸を捕捉し、または第３の核酸の置換をもた
らしうるであろう。結合は、成分、例えば検出試薬における拡張または他のサイズ変化を
可能にして、突然変異体と基準配列との識別を可能にしうる。結合は、突然変異体を基準
配列から識別する、例えばＰＣＲによる増幅産物の産生を可能にしうる。
【０３１１】
１つの実施形態においては、検出試薬または標的結合部位は、５〜５００、５〜３００
、５〜２５０、５〜２００、５〜１５０、５〜１００、５〜５０、５〜２５、５〜２０、
５〜１５、または５〜１０ヌクレオチド長である。１つの実施形態においては、検出試薬
または標的結合部位は、１０〜５００、１０〜３００、１０〜２５０、１０〜２００、１
０〜１５０、１０〜１００、１０〜５０、１０〜２５、１０〜２０、または１０〜１５ヌ
クレオチド長である。１つの実施形態においては、検出試薬または標的結合部位は、２０
〜５００、２０〜３００、２０〜２５０、２０〜２００、２０〜１５０、２０〜１００、
２０〜５０、または２０〜２５ヌクレオチド長である。１つの実施形態においては、検出
試薬または標的結合部位は、突然変異体と基準配列とを識別するのに十分な程度に長く、
１００、２００、３００、４００または５００ヌクレオチド長未満である。
【０３１２】
本明細書中に記載されている突然変異タンパク質は、試薬、例えば基質、例えば触媒活
性または機能活性のための基質、または抗体（突然変異体および基準タンパク質と差次的
に反応するもの）との反応により、基準体、例えば非突然変異体または野生型タンパク質
から識別されうる。１つの態様においては、本発明は、所定レベルの突然変異荷重を有す
るおよび／または本明細書に記載の突然変異タンパク質を含むサンプルをそのような試薬
と接触させ、突然変異タンパク質がサンプル中に存在するかどうかを決定する方法を含む
。
【０３１３】
反応混合物または反応混合物の製造方法の実施形態の１つにおいては、検出試薬は、本
明細書に記載されている変異を含有する核酸に特異的なプローブもしくはプライマー、ま
たは本明細書に記載されている突然変異タンパク質に特異的な抗体を含む。反応混合物ま
たは反応混合物の製造方法の実施形態の１つにおいては、変異は、本明細書に記載されて
いる遺伝子、例えば表１に記載されている遺伝子、例えばＮＦ１遺伝子またはＬＲＰ１Ｂ
遺伝子における体細胞変異である。
【０３１４】
核酸の調製物およびその使用
もう１つの態様においては、本発明は、サンプルの突然変異荷重または開示されている
変異の存在もしくは非存在を決定するのに有用な、本明細書に記載されている問合せ位置
を含有する新生物または腫瘍細胞核酸、例えばＤＮＡ、例えばゲノムＤＮＡもしくはｃＤ
ＮＡまたはＲＮＡの精製または単離調製物に関する。該核酸は問合せ位置を含み、そして
典型的には、問合せ位置の片側または両側に追加的な配列を含む。また、該核酸は、典型
的には該核酸の片側または両側に結合した異種配列、例えばアダプターまたはプライミン
グ配列を含有しうる。該核酸はまた、標識または他の部分、例えば、分離または局在化を
可能にする部分を含む。
【０３１５】
ある実施形態においては、核酸、例えばメラノーマサンプルに由来する核酸の精製また
は単離調製物は、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異、
（ｉｖ）ＣからＴへの変化
の１以上を含む。
【０３１６】
幾つかの実施形態においては、該調製物は、サンプル、例えばメラノーマサンプルの突
然変異荷重を決定するために使用される。幾つかの実施形態においては、該調製物は、配
列決定装置内またはそのような装置において使用されるサンプルホルダー内に配置される
。
【０３１７】
幾つかの実施形態においては、該核酸は２０〜１，０００、３０〜９００、４０〜８０
０、５０〜７００、６０〜６００、７０〜５００、８０〜４００、９０〜３００、または
１００〜２００ヌクレオチド長である（異種配列を伴う又は伴わない）。１つの実施形態
においては、該核酸は、４０〜１，０００、５０〜９００、６０〜８００，７０〜７００
、８０〜６００、９０〜５００、１００〜４００、１１０〜３００、または１２０〜２０
０ヌクレオチド長である（異種配列を伴う又は伴わない）。もう１つの実施形態において
は、該核酸は、５０〜１，０００、５０〜９００、５０〜８００、５０〜７００、５０〜
６００、５０〜５００、５０〜４００、５０〜３００、または５０〜２００ヌクレオチド
長である（異種配列を伴う又は伴わない）。幾つかの実施形態においては、該核酸は、配
列決定（例えば、化学的配列決定によるもの、または突然変異体と基準調製物との間のＴ
ｍにおける差を決定することによるもの）を可能にするのに十分な長さであるが、所望に
より、１００、２００、３００、４００または５００ヌクレオチド長未満（異種配列を伴
う又は伴わない）である。そのような調製物は、サンプル、例えば新生物または腫瘍サン
プルからの核酸を配列決定するために使用されうる。１つの実施形態においては、該精製
調製物は、基体上に提供された核酸のｉｎ  ｓｉｔｕ増幅により提供される。幾つかの実
施形態においては、該精製調製物は基体上で他の核酸、例えば他の増幅核酸とは空間的に
別個である。
【０３１８】
１つの実施形態においては、核酸の精製または単離調製物はメラノーマ、例えば進行性
メラノーマに由来する。そのような調製物は、メラノーマにおける突然変異荷重、および
／またはメラノーマにおける変異配列、例えば本明細書に記載されている変異の存在もし
くは非存在を決定するために使用されうる。
【０３１９】
もう１つの態様においては、本発明は、
（ａ）本明細書に記載されている問合せ位置を含有する核酸、例えばＤＮＡ、例えばゲ
ノムＤＮＡもしくはｃＤＮＡ、またはＲＮＡの精製または単離調製物を準備し、
（ｂ）検出試薬または標的配列において、例えば化学結合、例えば共有または非共有化
学結合を切断または形成する方法により、該核酸を配列決定して、問合せ位置におけるヌ
クレオチドの種類（すなわち、ヌクレオチドが何であるか）を決定することを含む、本明
細書に記載されている変異に関する問合せ位置の配列を決定する方法に関する。該方法は
、本明細書に記載されている変異が存在するかどうかを決定することを可能にする。
【０３２０】
１つの実施形態においては、配列決定は、本明細書に記載されている変異を含む核酸を
、本明細書に記載されている検出試薬と接触させることを含む。
【０３２１】
１つの実施形態においては、配列決定は、突然変異体を基準配列から識別しうる物理的
特性、例えば、本明細書に記載されている変異を含む核酸の二本鎖形態の安定性、例えば
Ｔｍを決定することを含む。
【０３２２】
反応混合物および装置
１つの態様においては、本発明は、サンプルの突然変異荷重または開示されている変異
の存在もしくは非存在を決定するのに有用な、本明細書に記載されている問合せ位置を含
有する核酸、例えばＤＮＡ、例えばゲノムＤＮＡもしくはｃＤＮＡ、またはＲＮＡと検出
試薬とを含有する反応混合物に関する。１つの実施形態においては、該核酸はメラノーマ
、例えば進行性メラノーマから得られ、またはそれに由来する。
【０３２３】
もう１つの態様においては、本発明は、サンプルの突然変異荷重または開示されている
変異の存在もしくは非存在を決定するのに有用な、本明細書に記載されている問合せ位置
を含有する核酸、例えばＤＮＡ、例えばゲノムＤＮＡもしくはｃＤＮＡ、またはＲＮＡと
検出試薬とを含有する反応混合物であって、二本鎖の物理的または化学的特性、例えば安
定性、例えばＴｍを決定するための装置内またはそのような装置における使用のためのサ
ンプルホルダー内に配置される反応混合物に関する。１つの実施形態においては、該装置
は熱量計である。１つの実施形態では、本明細書に記載されている変異を含む核酸は、メ
ラノーマ、例えば進行性メラノーマから得られ、またはそれに由来する。
【０３２４】
ある実施形態においては、本明細書に記載されている反応混合物は、
（ａ）（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異、
（ｉｖ）ＣからＴへの変化
の１以上を検出しうる１以上の検出試薬、ならびに
（ｂ）（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異、
（ｉｖ）ＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を含むメラノーマサンプルに由来する核酸を含む。
【０３２５】
本明細書に記載されている検出試薬は、サンプルの突然変異荷重またはサンプルにおけ
る開示されている変異の存在もしくは非存在を決定するために使用されうる。幾つかの実
施形態においては、サンプルは、メラノーマ、たとえば進行性メラノーマに由来する核酸
を含む。細胞は、新生物または腫瘍サンプル、例えば、新生物または腫瘍から採取された
生検；循環腫瘍細胞、例えば末梢血由来のもの；あるいは血液または血漿サンプルからも
のでありうる。１つの実施形態においては、該核酸は、例えばメラノーマ、例えば進行性
メラノーマに由来する。
【０３２６】
したがって、１つの態様においては、本発明は、本明細書に記載されている変異を検出
しうる検出試薬を、本明細書に記載されている変異に関する問合せ位置を有する配列を含
むサンプルに由来する核酸と一緒にすることを含む、反応混合物の製造方法に関する。あ
る実施形態においては、該方法は、（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにお
ける体細胞変異、（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異、（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝
子における体細胞変異、または（ｉｖ）ＣからＴへの変化の１以上を検出しうる１以上の
検出試薬を、（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異、（ｉ
ｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異、（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異
、または（ｉｖ）ＣからＴへの変化の１以上を含む腫瘍細胞またはサンプル、例えばメラ
ノーマ細胞またはサンプルに由来する核酸と一緒にすることを含む。
【０３２７】
該反応混合物または該反応混合物の製造方法の実施形態の１つにおいては、検出試薬は
、標的核酸上の核酸配列（検出試薬結合部位）に相補的である核酸、例えばＤＮＡ、ＲＮ
Ａまたは混合ＤＮＡ／ＲＮＡ分子を含み、ここで、検出試薬結合部位は問合せ位置と関連
づけて配置されており、その結果、検出試薬結合部位への検出試薬の結合は、本明細書に
記載されている突然変異配列または事象に関する突然変異体および基準配列の識別を可能
にする。
【０３２８】
該反応混合物または該反応混合物の製造方法の実施形態の１つにおいては、標的核酸配
列はメラノーマ、例えば進行性メラノーマ（本明細書に記載されているとおり）に由来す
る。該反応混合物または該反応混合物の製造方法の実施形態の１つにおいては、突然変異
は、置換、例えば本明細書に記載されている塩基置換を含む、本明細書に記載されている
変異である。
【０３２９】
本明細書に記載される変異は、突然変異および基準体と差次的に反応する酵素との反応
により、基準体、例えば非突然変異体または野生型配列から識別されうる。例えば、それ
らは、突然変異体および基準配列に対して異なる活性を有する制限酵素での切断により識
別されうる。例えば、本発明は、本明細書に記載されている変異を含む核酸をそのような
酵素と接触させ、突然変異体を基準配列から識別しうるその切断産物が存在するかどうか
を決定する方法を含む。
【０３３０】
１つの態様においては、本発明は、突然変異体と基準配列とを識別しうる制限酵素切断
産物の精製調製物を提供し、ここで、該切断産物の一方の末端は、突然変異体と基準配列
とを差次的に切断する酵素によって定められる。１つの実施形態においては、該切断産物
は問合せ位置を含む。
【０３３１】
突然変異ポリペプチドの検出
突然変異ポリペプチド（例えば、表１に記載されている遺伝子によりコードされるポリ
ペプチド、例えば、突然変異ＮＦ１ポリペプチドまたはＬＲＰ１Ｂポリペプチド）の活性
またはレベルも、発現ポリペプチドを検出または定量することにより検出および／または
定量されうる。突然変異ポリペプチドは当業者に公知の多数の手段のいずれかにより検出
および定量されうる。これらには、分析用生化学的方法、例えば電気泳動、キャピラリー
電気泳動、高速液体クロマトグラフィー（ＨＰＬＣ）、薄層クロマトグラフィー（ＴＬＣ
）、超拡散クロマトグラフィーなど、または種々の免疫学的方法、例えば流体もしくはゲ
ル沈降反応、免疫拡散（一次元または二次元）、免疫電気泳動、ラジオイムノアッセイ（
ＲＩＡ）、酵素結合イムノソルベントアッセイ（ＥＬＩＳＡ）、免疫蛍光アッセイ、ウエ
スタンブロッティング、免疫組織化学（ＩＨＣ）などが含まれうる。当業者は公知タンパ
ク質／抗体検出方法を応用することが可能である。
【０３３２】
突然変異ポリペプチドを検出するためのもう１つの物質は、ポリペプチドに対応するポ
リペプチドに結合しうる抗体分子（例えば、検出可能な標識を有する抗体）である。抗体
を製造するための技術は本明細書に記載されている。プローブまたは抗体に関する「標識
（された）」なる語は、検出可能な物質をプローブまたは抗体にカップリング（すなわち
、物理的に連結）することによるプローブまたは抗体の直接的標識、および直接的に標識
される別の試薬に対する反応性によるプローブまたは抗体の間接的標識を含むと意図され
る。間接的標識の例には、蛍光標識二次抗体を使用する一次抗体の検出、および蛍光標識
ストレプトアビジンで検出されうる、ビオチンでのＤＮＡプローブの末端標識が含まれる
。
【０３３３】
もう１つの実施形態においては、抗体は、例えば、放射能標識、発色団標識、発蛍光団
標識または酵素標識により標識される。もう１つに実施形態においては、突然変異タンパ
ク質に特異的に結合する抗体誘導体（例えば、基質に結合した抗体、またはタンパク質−
リガンドペア（例えば、ビオチン−ストレプトアビジン）のタンパク質もしくはリガンド
に結合した抗体）または抗体フラグメント（例えば、一本鎖抗体、単離抗体超可変領域な
ど）が使用される。
【０３３４】
細胞からの突然変異ポリペプチドは、当業者に公知の技術を用いて単離されうる。用い
られるタンパク質単離方法は、例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ（Ｈａｒｌｏｗおよ
びＬａｎｅ，１９８８，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａ
ｌ，Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏ
ｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ）に記載されているものなどであ
りうる。
【０３３５】
電気泳動技術を用いてタンパク質を検出する手段は当業者によく知られている（全般的
には、Ｒ．Ｓｃｏｐｅｓ（１９８２）Ｐｒｏｔｅｉｎ  Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ｓｐ
ｒｉｎｇｅｒ−Ｖｅｒｌａｇ，Ｎ．Ｙ．；Ｄｅｕｔｓｃｈｅｒ（１９９０）Ｍｅｔｈｏｄ
ｓ  ｉｎ  Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ  Ｖｏｌ．１８２：Ｇｕｉｄｅ  ｔｏ  Ｐｒｏｔｅｉｎ
Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｎ．Ｙ．を参
照されたい）。
【０３３６】
もう１つの実施形態においては、ウエスタンブロット（イムノブロット）分析を用いて
、サンプルにおけるポリペプチドの存在を検出および定量する。
【０３３７】
もう１つの実施形態においては、イムノアッセイを用いて、ポリペプチドを検出する。
本明細書中で用いるイムノアッセイは、アナライトに特異的に結合する抗体を使用するア
ッセイである。したがって、イムノアッセイは抗体へのポリペプチドの特異的結合の検出
により特徴づけられ、アナライトを単離し、標的化し、定量するための他の物理的または
化学的特性の利用とは対照的である。
【０３３８】
突然変異ポリペプチドは、多数の免疫学的結合アッセイのいずれかを用いて検出および
／または定量される（例えば、米国特許第４，３６６，２４１号、第４，３７６，１１０
号、第４，５１７，２８８号および第４，８３７，１６８号を参照されたい）。一般的な
イムノアッセイの総説としては、Ａｓａｉ（１９９３）Ｍｅｔｈｏｄｓ  ｉｎ  Ｃｅｌｌ
Ｂｉｏｌｏｇｙ  Ｖｏｌｕｍｅ  ３７：Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｉｎ  Ｃｅｌｌ  Ｂｉ
ｏｌｏｇｙ，Ａｃａｄｅｍｉｃ  Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ；およびＳｔｉ
ｔｅｓ  ＆  Ｔｅｒｒ（１９９１）Ｂａｓｉｃ  ａｎｄ  Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｉｍｍｕｎ
ｏｌｏｇｙ  ７ｔｈ  Ｅｄｉｔｉｏｎも参照されたい。
【０３３９】
スクリーニング方法
もう１つの態様においては、本発明は、所定レベルの突然変異荷重を有するおよび／ま
たは本明細書に記載されている変異を有する腫瘍を治療するために使用されうる物質に関
してスクリーニングするための方法またはアッセイに関する。
【０３４０】
該方法は、所定レベルの突然変異荷重を有するおよび／または本明細書に記載されてい
る変異を有する細胞または組織、例えば腫瘍細胞または組織を候補物質と接触させ、該細
胞または組織、例えば腫瘍細胞または組織に関連したパラメータにおける変化、例えば腫
瘍成長、血管新生、アポトーシスまたは転移における変化を検出することを含む。該方法
は、所望により、該パラメータの値を基準値と比較すること、例えば、該候補物質の存在
下の腫瘍サンプルから得られたパラメータの値を、該候補物質の非存在下の腫瘍サンプル
から得られたパラメータの値と比較することを含みうる。１つの実施形態においては、腫
瘍に関連したパラメータ、例えば腫瘍成長、血管新生、アポトーシスまたは転移における
変化が検出された場合に、候補物質が特定される。
【０３４１】
評価される典型的なパラメーターは、（ｉ）細胞、例えば腫瘍細胞の活性における変化
、例えば、細胞の増殖、形態または腫瘍原性における変化；（ｉｉ）動物対象に存在する
腫瘍における変化、例えば、腫瘍のサイズ、外観、増殖；あるいは（ｉｉｉ）細胞、例え
ば腫瘍細胞の活性に関連した核酸またはポリペプチドまたはタンパク質のレベル、例えば
発現レベルにおける変化の１以上を含む。
【０３４２】
１つの実施形態においては、接触工程は、培養内の細胞、例えば、所定レベルの突然変
異荷重を有するおよび／または本明細書に記載されている変異を有する細胞において行う
。もう１つの実施形態においては、接触工程は、インビボで、細胞（対象に存在する腫瘍
細胞）、例えば動物対象（例えば、インビボ動物モデル）において行う。
【０３４３】
他の実施形態においては、細胞の活性における変化は、培養内の細胞、例えば、所定レ
ベルの突然変異荷重を有するおよび／または本明細書に記載されている変異を有する細胞
（例えば、哺乳類細胞、腫瘍細胞または細胞系、組換え細胞）において検出される。１つ
の実施形態においては、細胞は、所定レベルの突然変異荷重を有する腫瘍から単離された
細胞である。１つの実施形態においては、細胞は、本明細書に記載されている変異を含む
核酸を発現するように修飾された組換え細胞、例えば、本明細書に記載されている変異を
含む核酸でトランスフェクトされた組換え細胞である。トランスフェクト化細胞は、発現
された突然変異に応じた変化、例えば、増殖の増強、形態の変化、腫瘍原性の増強、およ
び／または形質転換表現型の獲得を示しうる。候補物質の存在下での細胞、例えば組換え
細胞の活性のいずれかにおける変化が検出可能である。例えば、候補物質の存在下での増
殖、腫瘍原性、形質転換形態の１以上における低減は、所定レベルの突然変異荷重を有す
るおよび／または本明細書に記載されている変異を有する腫瘍の治療における該物質の有
効性を示しうる。
【０３４４】
更に他の実施形態においては、動物対象（例えば、インビボ動物モデル）に存在する腫
瘍における変化を検出する。１つの実施形態においては、動物モデルは、腫瘍含有動物、
あるいは所定レベルの突然変異荷重を有するおよび／または本明細書に記載されている変
異を有する細胞（例えば、所定レベルの突然変異荷重を有するおよび／または本明細書に
記載されている変異を有する腫瘍原性細胞）を含む異種移植片である。候補物質を動物対
象に投与することが可能であり、腫瘍における変化を検出する。１つの実施形態において
は、腫瘍における変化は腫瘍成長、腫瘍サイズ、腫瘍量、生存の１以上を含み、これらを
評価する。腫瘍成長、腫瘍サイズ、腫瘍量の１以上における低減または生存率の増加は、
所定レベルの突然変異荷重を有するおよび／または本明細書に記載されている変異を有す
る腫瘍の治療において候補物質が有効であることを示す。
【０３４５】
ある実施形態においては、本明細書に記載されているスクリーニング方法が反復され、
および／または組合されうる。１つの実施形態においては、本明細書に記載されている細
胞ベースのアッセイにおいて評価される候補物質は動物対象において更に試験されうる。
【０３４６】
１つの実施形態においては、候補物質は、免疫チェックポイント分子のモジュレーター
、例えばインヒビター、例えばＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターである。１つの
実施形態においては、候補物質は、小分子化合物、核酸（例えば、アンチセンス、ｓｉＲ
ＮＡ、アプタマー、リボザイム、マイクロＲＮＡ）、または抗体分子（例えば、突然変異
ＤＮＡによりコードされるタンパク質に結合する完全抗体またはその抗原結合性フラグメ
ント、例えば、キメラ、ヒト化またはヒト抗体分子）である。候補物質は、ライブラリー
（例えば、インヒビターの市販ライブラリー）から入手可能であり、または理論的に設計
されうる。
【０３４７】
候補物質は、以下のものを含む当技術分野で公知のコンビナトリアルライブラリー法に
おける多数のアプローチのいずれかを用いて得られうる：生物学的ライブラリー；ペプト
イドライブラリー（酵素分解に抵抗性であるが、依然として生物活性である新規非ペプチ
ド骨格を有する、ペプチドの機能性を有する分子のライブラリー（例えば、Ｚｕｃｋｅｒ
ｍａｎｎ，Ｒ．Ｎ．ら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６７８−８５を参照
されたい）；空間的にアドレス可能な平行固相または液相ライブラリー；デコンボリュー
ションを要する合成ライブラリー法；「１ビーズ１化合物」ライブラリー法；およびアフ
ィニティークロマトグラフィー選択を用いる合成ライブラリー法。生物学的ライブラリー
およびペプトイドライブラリーアプローチはペプチドライブラリーに限定され、残りの４
つのアプローチはペプチド、非ペプチドオリゴマーまたは小分子の化合物ライブラリーに
適用可能である（Ｌａｍ（１９９７）Ａｎｔｉｃａｎｃｅｒ  Ｄｒｕｇ  Ｄｅｓ．１２：
１４５）。
【０３４８】
抗体を作製するためのファージディスプレイおよびコンビナトリアル法は当技術分野で
公知である（例えば、米国特許第５，２２３，４０９号、国際出願公開番号ＷＯ  ９２／
１８６１９、ＷＯ  ９１／１７２７１、ＷＯ  ９２／２０７９１、ＷＯ  ９２／１５６７
９、ＷＯ  ９３／０１２８８、ＷＯ  ９２／０１０４７、ＷＯ  ９２／０９６９０、ＷＯ
９０／０２８０９；Ｈｕｓｅら（１９８９）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４６：１２７５−１２
８１；Ｆｕｃｈｓら（１９９１）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ９：１３７０−１３７
２；Ｃｌａｃｋｓｏｎら（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ  ３５２：６２４−６２８；Ｇａｒｒ
ａｄら（１９９１）Ｂｉｏ／Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ９：１３７３−１３７７；Ｈｏｏｇ
ｅｎｂｏｏｍら（１９９１）Ｎｕｃ  Ａｃｉｄ  Ｒｅｓ  １９：４１３３−４１３７；Ｂ
ａｒｂａｓら（１９９１）ＰＮＡＳ  ８８：７９７８−７９８２；Ｈａｗｋｉｎｓら（１
９９２）Ｊ  Ｍｏｌ  Ｂｉｏｌ  ２２６：８８９−８９６；Ｈａｙら（１９９２）Ｈｕｍ
Ａｎｔｉｂｏｄ  Ｈｙｂｒｉｄｏｍａｓ  ３：８１−８５；Ｇｒａｍら（１９９２）Ｐ
ＮＡＳ  ８９：３５７６−３５８０；およびＧｒｉｆｆｔｈｓら（１９９３）ＥＭＢＯ  
Ｊ  １２：７２５−７３４に記載されている）。
【０３４９】
キメラ抗体は当技術分野で公知の組換えＤＮＡ技術により製造されうる（国際出願公開
番号ＷＯ  ８６／０１５３３、ＷＯ  ８７／０２６７１、Ｃａｂｉｌｌｙら，米国特許第
４，８１６，５６７号；Ｂｅｔｔｅｒら（１９８８  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４０：１０４１
−１０４３）；Ｌｉｕら（１９８７）ＰＮＡＳ  ８４：３４３９−３４４３；Ｌｉｕら，
１９８７，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３９：３５２１−３５２６；Ｓｕｎら（１９８７）Ｐ
ＮＡＳ  ８４：２１４−２１８；Ｎｉｓｈｉｍｕｒａら，１９８７，Ｃａｎｃ．Ｒｅｓ．
４７：９９９−１００５；Ｗｏｏｄら（１９８５）Ｎａｔｕｒｅ  ３１４：４４６−４４
９；およびＳｈａｗら，１９８８，Ｊ．Ｎａｔｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔ．８０：１５
５３−１５５９を参照されたい）。
【０３５０】
ヒト化またはＣＤＲ移植抗体はＣＤＲ移植またはＣＤＲ置換（この場合、免疫グロブリ
ン鎖の、１つ、２つまたは全てのＣＤＲが置換されうる）により製造されうる。例えば、
米国特許第５，２２５，５３９号；Ｊｏｎｅｓら，１９８６  Ｎａｔｕｒｅ  ３２１：５
５２−５２５；Ｖｅｒｈｏｅｙａｎら，１９８８  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２３９：１５３４；
Ｂｅｉｄｌｅｒら，１９８８  Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１４１：４０５３−４０６０を参照
されたい。また、特定のアミノ酸が置換され、欠失し、または付加されたヒト化抗体も本
発明の範囲内である。ドナーからアミノ酸を選択するための基準はＵＳ５，５８５，０８
９に記載されている。抗体をヒト化するための他の技術は米国特許第５，６９３，７６１
号、第５，６９３，７６２号、欧州特許番号ＥＰ５１９５９６、Ｍｏｒｒｉｓｏｎ，Ｓ．
Ｌ．，１９８５，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２２９：１２０２−１２０７、およびＯｉら，１９８
６，ＢｉｏＴｅｃｈｎｉｑｕｅｓ  ４：２１４に記載されている。
【０３５１】
ヒトモノクローナル抗体は、マウス系ではなくヒト免疫グロブリン遺伝子を含有するト
ランスジェニックマウスを使用して製造されうる。関心のある抗原で免疫化されたこれら
のトランスジェニックマウスからの脾細胞を使用して、ヒトタンパク質由来のエピトープ
に対して特異的アフィニティを有するヒトｍＡｂを分泌するハイブリドーマを産生させる
（例えば、国際出願公開番号ＷＯ  ９１／００９０６、ＷＯ  ９１／１０７４１、ＷＯ  
９２／０３９１８、ＷＯ  ９２／０３９１７；Ｂｒｕｇｇｅｍａｎら，１９９１  Ｅｕｒ
Ｊ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ２１：１３２３−１３２６；Ｂｒｕｇｇｅｍａｎら，１９９３  
Ｙｅａｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  ７：３３−４０；Ｔｕａｉｌｌｏｎら，１９９３  ＰＮＡＳ
９０：３７２０−３７２４；Ｌｏｎｂｅｒｇ，Ｎ．ら，１９９４  Ｎａｔｕｒｅ  ３６
８：８５６−８５９；Ｇｒｅｅｎ，Ｌ．Ｌ．ら，１９９４  Ｎａｔｕｒｅ  Ｇｅｎｅｔ．
７：１３−２１；およびＭｏｒｒｉｓｏｎ，Ｓ．Ｌ．ら，１９９４  Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ
．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ８１：６８５１−６８５５を参照されたい）。
【０３５２】
分子ライブラリーの合成のための方法の例は、当技術分野において、例えば、ＤｅＷｉ
ｔｔら（１９９３）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．９０：６９０
９；Ｅｒｂら（１９９４）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ  ９１：１１
４２２；Ｚｕｃｋｅｒｍａｎｎら（１９９４）．Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：２６７８
；Ｃｈｏら（１９９３）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２６１：１３０３；Ｃａｒｒｅｌｌら（１９９
４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０５９；Ｃａｒｅｌｌら
（１９９４）Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．３３：２０６１；および
Ｇａｌｌｏｐら（１９９４）Ｊ．Ｍｅｄ．Ｃｈｅｍ．３７：１２３３に見出されうる。
【０３５３】
化合物のライブラリーは溶液中（例えば、Ｈｏｕｇｈｔｅｎ（１９９２）Ｂｉｏｔｅｃ
ｈｎｉｑｕｅｓ  １３：４１２−４２１）またはビーズ上（Ｌａｍ（１９９１）Ｎａｔｕ
ｒｅ  ３５４：８２−８４）、チップ上（Ｆｏｄｏｒ（１９９３）Ｎａｔｕｒｅ  ３６４
：５５５−５５６）、細菌上（Ｌａｄｎｅｒ，米国特許第５，２２３，４０９号）、胞子
上（Ｌａｄｎｅｒ，米国特許第５，２２３，４０９号）、プラスミド上（Ｃｕｌｌら（１
９９２）Ｐｒｏｃ  Ｎａｔｌ  Ａｃａｄ  Ｓｃｉ  ＵＳＡ  ８９：１８６５−１８６９）
またはファージ上（ＳｃｏｔｔおよびＳｍｉｔｈ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：
３８６−３９０；Ｄｅｖｌｉｎ（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ  ２４９：４０４−４０６；
Ｃｗｉｒｌａら（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８７：６３７８−
６３８２；ならびにＦｅｌｉｃｉ（１９９１）Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２２２：３０１−
３１０；Ｌａｄｎｅｒ，前掲）で提示されうる。
【０３５４】
本発明の他の実施形態は以下のものを含む。
【０３５５】
本発明はまた、本明細書に記載されている変異を含む単離核酸分子または核酸分子の単
離調製物に関する。そのような核酸分子またはその調製物は、本明細書に記載されている
変異を含むことが可能であり、あるいは例えば配列の変異を検出するために使用されうる
。
【０３５６】
本発明はまた、本明細書に記載されている変異を含む、または該変異に隣接する、また
は該変異にハイブリダイズする、または該変異を特定するのに有用な、または該変異に基
づく、プローブ、プライマー、ベイトまたはライブラリーメンバーとして適した核酸分子
、例えば核酸断片に関する。ある実施形態においては、該プローブ、プライマーまたはベ
イト分子は、本明細書に記載されている変異、例えば、表１に記載されている遺伝子（例
えば、ＮＦ１遺伝子またはＬＲＰ１Ｂ遺伝子）における変異を含有する核酸分子の捕捉、
検出または単離を可能にするオリゴヌクレオチドである。
【０３５７】
該オリゴヌクレオチドは、本明細書に記載されている変異を含む核酸分子または核酸分
子の断片に実質的に相補的なヌクレオチド配列を含みうる。該核酸分子、例えば該オリゴ
ヌクレオチドと標的配列との間の配列同一性は、それらの配列が、標的配列の捕捉、検出
または単離を可能にするのに十分な程度に相補的である限り、厳密である必要はない。１
つの実施形態においては、核酸断片は、約５〜２５、例えば１０〜２０、または１０〜１
５ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドを含むプローブまたはプライマーである。他の実
施形態においては、核酸断片は、約１００〜３００ヌクレオチド、１３０〜２３０ヌクレ
オチド、または１５０〜２００ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドを含むベイトである
。
【０３５８】
１つの実施形態においては、核酸断片は、例えば、本明細書に記載されている変異、例
えば、表１に記載されている遺伝子（例えば、ＮＦ１遺伝子またはＬＲＰ１Ｂ遺伝子）に
おける変異を含む核酸分子を例えばハイブリダイゼーションにより特定または捕捉するた
めに使用されうる。例えば、核酸断片は、本明細書に記載されている変異を例えばハイブ
リダイゼーションにより特定または捕捉する際に使用されるプローブ、プライマーまたは
ベイトでありうる。
【０３５９】
本明細書に記載されているプローブまたはプライマーは例えばＰＣＲ増幅において使用
されうる。検出がＰＣＲに基づく場合の１つの典型的な実施形態においては、突然変異の
増幅は、例えば、本明細書に記載されている変異に隣接した配列を増幅するために、プラ
イマーまたはプライマーペアを使用して行われうる。
【０３６０】
他の実施形態においては、核酸フラグメントは、本明細書に記載されている変異を含む
核酸分子にハイブリダイズすることにより該核酸分子の捕捉または単離を可能にするヌク
レオチド配列を含むベイトを含む。１つの実施形態においては、ベイトは溶液相ハイブリ
ダイゼーションに適している。他の実施形態では、ベイトは、ベイトにハイブリダイズし
た核酸とベイトとにより形成されるハイブリッドの捕捉および分離を、例えば結合体への
結合により可能にする結合体、例えばアフィニティタグを含む。
【０３６１】
他の実施形態においては、核酸断片は、本明細書に記載されている核酸分子を含むライ
ブラリーメンバーを含む。１つの実施形態においては、ライブラリーメンバーは、突然変
異、例えば、本明細書に記載されている変異をもたらす塩基置換を含む。
【０３６２】
核酸フラグメントは、例えば放射能標識、蛍光標識、生物発光標識、化学発光標識、酵
素標識、結合ペア標識で、検出可能な様態で標識可能であり、あるいはアフィニティタグ
、タグまたは識別子（例えば、アダプター、バーコードまたは他の配列識別子）を含みう
る。
【０３６３】
もう１つの態様においては、本発明は、本明細書に記載されている変異を含むポリペプ
チド（例えば、本明細書に記載されている変異を含む精製ポリペプチド）、その生物学活
性または抗原性断片、ならびに試薬（例えば、本明細書に記載されている変異を含むポリ
ペプチドに結合する抗体分子）、本明細書に記載されている変異を含むポリペプチドの活
性をモジュレーションするための方法、および本明細書に記載されている変異を含むポリ
ペプチドの検出に関する。
【０３６４】
もう１つの実施形態においては、該ポリペプチドまたは断片は、本明細書に記載されて
いる変異を含有するペプチド、例えば免疫原性ペプチドまたはタンパク質である。そのよ
うな免疫原性ペプチドまたはタンパク質は、本明細書に記載されている変異を含むポリペ
プチドまたはタンパク質に特異的な抗体を産生させるために使用されうる。他の実施形態
においては、そのような免疫原性ペプチドまたはタンパク質はワクチンの製造に使用され
うる。ワクチン製剤は他の成分、例えばアジュバントを含みうる。
【０３６５】
もう１つの態様においては、本発明は、本明細書に記載されている変異を含むポリペプ
チドに結合する抗体分子または本明細書に記載されているフラグメントに関する。幾つか
の実施形態においては、抗体は、突然変異ポリペプチド、例えば本明細書に記載されてい
る変異を含むポリペプチドから野生型ポリペプチドを識別しうる。抗体分子を製造するた
めの技術は当技術分野で公知であり、例えば、ＷＯ  ２０１２／０９２４２６（発明の名
称：“Ｏｐｔｉｍｉｚａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｍｕｌｔｉｇｅｎｅ  Ａｎａｌｙｓｉｓ  ｏｆ
Ｔｕｍｏｒ  Ｓａｍｐｌｅｓ”）（これを参照により本明細書に組み入れることとする
）に記載されている。
【０３６６】
本発明は、例えば、以下の番号付き段落のいずれかにおいて定義されうる。
【０３６７】
１．（ａ）対象のためのＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法に対する
応答状態の値を得、ここで、応答状態の値は対象からのメラノーマサンプルまたはメラノ
ーマ由来サンプルにおける腫瘍突然変異荷重（ＴＭＢ）の尺度を含み、
（ｂ）応答状態の値の増加、例えば、応答状態の基準値と比較した場合のその増加に応
じて、療法を対象に投与し、それにより対象を治療することを含む、メラノーマを有する
対象の治療方法。
【０３６８】
２．ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法を対象に投与し、それにより
対象を治療することを含む、メラノーマを有する対象の治療方法であって、
対象は、例えば応答状態の基準値と比較した場合の、応答状態の値の増加を示し、また
は該増加を示すことが確認されており、
応答状態の値は対象からのメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける
腫瘍突然変異荷重の尺度を含む、方法。
【０３６９】
３．対象のための療法に対する応答状態の値を得、それにより療法を選択することを含
む、メラノーマを有する対象のためのＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療
法の選択方法であって、
応答状態の値は対象からのメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける
腫瘍突然変異荷重の尺度を含み、
応答状態の値の増加、例えば、応答状態の基準値と比較した場合のその増加は、対象が
、療法に対する応答体である又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答する又は
その可能性が高いことを示す、方法。
【０３７０】
４．（ａ）対象のためのＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法に対する
応答状態の値を得、ここで、応答状態の値は対象からのメラノーマサンプルまたはメラノ
ーマ由来サンプルにおける腫瘍突然変異荷重の尺度を含み、
（ｂ）対象を療法に対する応答体（例えば、完全応答体または部分応答体）または非応
答体として特定することを含む、メラノーマを有する対象の評価方法であって、
応答状態の基準値に等しい又はそれより大きな応答状態の値は、対象が療法に対する応
答体である又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答する又はその可能性が高い
ことを示し、あるいは、
応答状態の基準値より小さな応答状態の値は、対象が療法に対する非応答体である又は
その可能性が高い、あるいは対象が療法に応答しない又はその可能性が高いことを示す、
方法。
【０３７１】
５．腫瘍突然変異荷重の尺度が、対象からのサンプルにおける以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の数
、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）の数
の１つ、２つ、３つまたは全ての決定結果を含む、請求項１〜４のいずれか１項記載の方
法。
【０３７２】
６．対象からのサンプルにおける以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）の基準レベルと比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セッ
トにおける体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）のレベルの増加、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の基
準数と比較した場合の、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞
変異）の数の増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）の基準数と比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）の数の増加の１つ、２つ、３つまたは全てに応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する、請求項１〜５のいずれか１項記載の方法。
【０３７３】
７．（ａ）対象からのメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおいて、以
下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、
１以上の体細胞変異）のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存
在もしくは非存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異
）の数、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（
例えば、１以上のＣからＴへの変化）の数
の１以上を決定し、
（ｂ）以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、
１以上の体細胞変異）のレベルの増加、例えば、表１に記載されている遺伝子の所定セッ
トにおける体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の基準レベルと比較した場合のそ
の増加、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存
在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異
）の数の増加、例えば、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞
変異）の基準数と比較した場合のその増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（
例えば、１以上のＣからＴへの変化）の数の増加、例えば、表１に記載されている遺伝子
の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば、１以上のＣからＴへの変化）の基準数
と比較した場合のその増加
の１以上に応じて、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法を対象に投与し
、それにより対象を治療することを含む、メラノーマを有する対象の治療方法。
【０３７４】
８．応答状態の基準値が療法に対する非応答体に関する応答状態の値である、請求項１
〜７のいずれか１項記載の方法。
【０３７５】
９．腫瘍突然変異荷重の基準レベルと比較した場合の、対象からのサンプルにおける腫
瘍突然変異荷重のレベルの増加に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選
択する、請求項１〜８のいずれか１項記載の方法。
【０３７６】
１０．腫瘍突然変異荷重の基準レベルが療法に対する非応答体からのメラノーマサンプ
ルまたはメラノーマ由来サンプルにおける腫瘍突然変異荷重のレベルである、請求項９記
載の方法。
【０３７７】
１１．対象からのメラノーマサンプルが、以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルと比
較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルの
増加、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準レベルと比較した場合の、ＬＲ
Ｐ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の数の増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の基準レ
ベルと比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの
変化の数の増加
の１つ、２つ、３つまたは全てを示す場合に、対象を療法に対する応答体として特定する
、請求項１〜１０のいずれか１項記載の方法。
【０３７８】
１２．対象からのサンプルが、以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルと比
較して減少した又は不変の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変
異のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異の非存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準レベルと比較して類似した、同
じ又は減少した、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の数、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の基準レ
ベルと比較して類似した、同じ又は減少した、表１に記載されている遺伝子の所定セット
におけるＣからＴへの変化の数
の１つ、２つ、３つまたは全てを示す場合に、対象を療法に対する非応答体として特定す
る、請求項１〜１１のいずれか１項記載の方法。
【０３７９】
１３．遺伝子の所定セットが、表１に記載されている遺伝子の少なくとも約５０個以上
、約１００個以上、約１５０個以上、約２００個以上、約２５０個以上、約３００個以上
または全てを含む、請求項１〜１２のいずれか１項記載の方法。
【０３８０】
１４．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルが、
療法に対する非応答体からのメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける
、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルである、請求項
９〜１３のいずれか１項記載の方法。
【０３８１】
１５．ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準レベルが、療法に対する非応答体か
らのメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子にお
ける体細胞変異のレベルである、請求項６〜１４のいずれか１項記載の方法。
【０３８２】
１６．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の基準レベ
ルが、療法に対する非応答体からのメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルに
おけるＣからＴへの変化のレベルである、請求項６〜１５のいずれか１項記載の方法。
【０３８３】
１７．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルが、表１
に記載されている遺伝子の所定セットを配列決定すること、例えば、表１に記載されてい
る遺伝子の所定セットのコード領域を配列決定することを含む方法により決定される、請
求項５〜１６のいずれか１項記載の方法。
【０３８４】
１８．ＮＦ１遺伝子における体細胞変異の存在または非存在が、ＮＦ１遺伝子を配列決
定すること、例えば、ＮＦ１遺伝子のコード領域を配列決定することを含む方法により決
定される、請求項５〜１７のいずれか１項記載の方法。
【０３８５】
１９．ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の数が、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子を配列決定する
こと、例えば、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子のコード領域を配列決定することを含む方法により決定
される、請求項５〜１８のいずれか１項記載の方法。
【０３８６】
２０．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の数が、表
１に記載されている遺伝子の所定セットを配列決定することを含む方法により決定される
、請求項５〜１９のいずれか１項記載の方法。
【０３８７】
２１．腫瘍突然変異荷重の尺度に応じて、以下のもの、すなわち、
（ａ）療法の改変用量を対象に投与すること、
（ｂ）対象に対する療法のスケジュールまたは時間経過を改変すること、
（ｃ）療法と組合される追加的物質を、例えば非応答体または部分応答体に投与するこ
と、あるいは
（ｄ）対象におけるメラノーマの進行における時間経過を予後決定すること
の１つ、２つ、３つまたは全てを行うことを更に含む、請求項１〜２０のいずれか１項記
載の方法。
【０３８８】
２２．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルの決定が
、表１に記載されている遺伝子の約２５個以上、例えば約５０個以上、約１００個以上、
約１５０個以上、約２００個以上、約２５０個以上、約３００個以上または全てにおける
体細胞変異のレベルの決定を含む、請求項５〜２１のいずれか１項記載の方法。
【０３８９】
２３．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルの決定が
、予め選択された単位当たり（例えば、遺伝子の所定セットのコード領域における、例え
ば、配列決定された遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当たり）の体細
胞変異の数の決定を含む、請求項５〜２２のいずれか１項記載の方法。
【０３９０】
２４．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルと比
較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルの
増加、例えば、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約５倍、少なくとも約
１０倍、少なくとも約１５倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約３０倍、少なくとも約
４０倍または少なくとも約５０倍の増加に応じて、療法を対象に投与する、または対象の
ために選択する、請求項１〜２３のいずれか１項記載の方法。
【０３９１】
２５．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が遺伝子の所
定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約３．３個以上、例えば約５
個以上、約１０個以上、約１５個以上、約２０個以上、約２５個以上、約３０個以上、約
３５個以上、約４０個以上、約４５個以上または約５０個以上であるという決定に応じて
、療法を対象に投与する、または対象のために選択する、請求項１〜２４のいずれか１項
記載の方法。
【０３９２】
２６．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が遺伝子の所
定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約２３．１個以上、例えば約
２５個以上、約３０個以上、約３５個以上、約４０個以上、約４５個以上または約５０個
以上であるという決定に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する、
請求項１〜２５のいずれか１項記載の方法。
【０３９３】
２７．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が遺伝子の所
定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約３．３〜約２３．１個、例
えば約５〜約２０個、約１０〜約２０個、または約１５〜約２０個であるという決定に応
じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する、請求項１〜２６のいずれか
１項記載の方法。
【０３９４】
２８．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルと比
較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルの
増加、例えば、少なくとも約２倍、少なくとも約３倍、少なくとも約５倍、少なくとも約
１０倍、少なくとも約１５倍、少なくとも約２０倍、少なくとも約３０倍、少なくとも約
４０倍または少なくとも約５０倍の増加が、対象が療法に対する応答体であることを示す
、請求項１〜２７のいずれか１項記載の方法。
【０３９５】
２９．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルと比
較して類似した、同じ又は減少した、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける
体細胞変異のレベルが、対象が療法に対する非応答体であることを示す、請求項１〜２８
のいずれか１項記載の方法。
【０３９６】
３０．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が遺伝子の所
定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約３．３個以上、例えば約５
個以上、約１０個以上、約１５個以上、約２０個以上、約２５個以上、約３０個以上、約
３５個以上、約４０個以上、約４５個以上または約５０個以上であるという決定が、対象
が療法に対する応答体、例えば完全応答体または部分応答体であることを示す、請求項１
〜２９のいずれか１項記載の方法。
【０３９７】
３１．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が遺伝子の所
定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約３．３個未満であるという
決定が、対象が療法に対する非応答体であることを示す、請求項１〜３０のいずれか１項
記載の方法。
【０３９８】
３２．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が遺伝子の所
定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約２３．１個以上、例えば約
２５個以上、約３０個以上、約３５個以上、約４０個以上、約４５個以上または約５０個
以上であるという決定が、対象が療法に対する応答体、例えば完全応答体であることを示
す、請求項１〜３１のいずれか１項記載の方法。
【０３９９】
３３．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が、表１に記
載されている遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約２
３．１個未満であるという決定が、対象が療法に対する部分応答体または非応答体である
ことを示す、請求項１〜３２のいずれか１項記載の方法。
【０４００】
３４．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が、表１に記
載されている遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約３
．２（例えば、約３．３）〜約２０個、例えば約５〜約２０個、約１０〜約２０個、また
は約１５〜約２０個であるという決定が、対象が療法に対する部分応答体であることを示
す、請求項１〜３３のいずれか１項記載の方法。
【０４０１】
３５．体細胞変異がＮＦ１遺伝子のコード領域に存在するという決定に応じて、療法を
対象に投与する、または対象のために選択する、請求項１〜３４のいずれか１項記載の方
法。
【０４０２】
３６．ＮＦ１遺伝子のコード領域における体細胞変異の存在が、対象が療法に対する応
答体である又はその可能性が高いこと、あるいは対象が療法に応答する又はその可能性が
高いことを示す、請求項１〜３５のいずれか１項記載の方法。
【０４０３】
３７．（ａ）体細胞変異がＮＦ１遺伝子のコード領域に存在する、および
（ｂ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルが、表１
に記載されている遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異
約３５個以上、約３８．５個以上、約４０個以上、約４５個以上または約５０個以上であ
る
という決定に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する、請求項１〜
３６のいずれか１項記載の方法。
【０４０４】
３８．（ａ）ＮＦ１遺伝子のコード領域における体細胞変異の存在、ならびに
（ｂ）ＢＲＡＦ遺伝子における体細胞変異、ＮＲＡＳ遺伝子における体細胞変異を含む
、またはＢＲＡＦ、ＮＲＡＳおよびＮＦ１遺伝子に関して三重ＷＴ（野生型）であるメラ
ノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける表１に記載されている遺伝子の所
定セットにおける体細胞変異のレベルと比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の
所定セットにおける体細胞変異のレベルの増加、例えば少なくとも約２倍、少なくとも約
３倍、少なくとも約５倍または少なくとも約１０倍の増加
の決定に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する、請求項１〜３７
のいずれか１項記載の方法。
【０４０５】
３９．ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における約１個以上、約２個以上、約３個以上、約４個以上ま
たは約５個以上の体細胞変異の存在の決定に応じて、療法を対象に投与する、または対象
のために選択する、請求項１〜３８のいずれか１項記載の方法。
【０４０６】
４０．ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における約１個以上、約２個以上、約３個以上、約４個以上ま
たは約５個以上の体細胞変異の存在が、対象が療法に対する応答体である又はその可能性
が高い、あるいは対象が療法に応答する又はその可能性が高いことを示す、請求項１〜３
９のいずれか１項記載の方法。
【０４０７】
４１．ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準数と比較した場合の、ＬＲＰ１Ｂに
おける体細胞変異の数の増加、例えば、少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少な
くとも約２．８倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍または
少なくとも約５倍の増加の決定に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選
択する、請求項１〜４０のいずれか１項記載の方法。
【０４０８】
４２．ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準数が療法に対する非応答体からのメ
ラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおけるＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細
胞変異の数である、請求項４１記載の方法。
【０４０９】
４３．ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準数が体細胞変異０個または１個であ
る、請求項４１または４２記載の方法。
【０４１０】
４４．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける約２０個以上、約２５個以上
、約３０個以上、約４０個以上または約５０個以上のＣからＴへの変化の存在の決定に応
じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する、請求項１〜４３のいずれか
１項記載の方法。
【０４１１】
４５．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける約２０個以上、約２５個以上
、約３０個以上、約４０個以上または約５０個以上のＣからＴへの変化の存在の決定が、
対象が、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法に対する応答体であること
を示す、請求項１〜４４のいずれか１項記載の方法。
【０４１２】
４６．表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の基準数と
比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の
数の増加、例えば、少なくとも約８倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約１２倍、少な
くとも約１５倍または少なくとも約２０倍の増加の決定に応じて、療法を対象に投与する
、または対象のために選択する、請求項１〜４５のいずれか１項記載の方法。
【０４１３】
４７．ＣからＴへの変化の基準数が療法に対する非応答体からのメラノーマサンプルま
たはメラノーマ由来サンプルにおけるＣからＴへの変化の数である、請求項４６記載の方
法。
【０４１４】
４８．ＣからＴへの変化の基準数がＣからＴへの変化の約２個である、請求項４６また
は４７記載の方法。
【０４１５】
４９．対象が、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビター以外の治療用物質または治療
方法を含む異なる療法を受けている、または受けたことがある、請求項１〜４８のいずれ
か１項記載の方法。
【０４１６】
５０．以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルと比
較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルの
増加、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準レベルと比較した場合の、ＬＲ
Ｐ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の数の増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の基準レ
ベルと比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの
変化の数の増加
の１つ、２つ、３つまたは全ての決定に応じて、前記の異なる療法を中断する、請求項４
９記載の方法。
【０４１７】
５１．前記の異なる療法の中断の後、療法を投与する、請求項４９または５０記載の方
法。
【０４１８】
５２．療法を、前記の異なる療法と組合せて投与する、請求項４９または５０記載の方
法。
【０４１９】
５３．前記の異なる療法が、化学療法、放射線療法、免疫療法、放射免疫療法、腫瘍溶
解性ウイルス療法、外科手技またはそれらの任意の組合せから選択される、請求項４９〜
５２のいずれか１項記載の方法。
【０４２０】
５４．前記の異なる療法が、ダカルバジン（ｄａｃａｒｂａｚｉｎｅ）、テモゾロミド
（ｔｅｍｏｚｏｌｏｍｉｄｅ）、インターロイキン２（ＩＬ−２）、インターフェロン、
イピリムマブ（ｉｐｉｌｉｍｕｍａｂ）、ＢＲＡＦインヒビター、ＭＥＫインヒビター、
タリモジーン・ラハーパレプベック（ｔａｌｉｍｏｇｅｎｅ  ｌａｈｅｒｐａｒｅｐｖｅ
ｃ）、養子細胞移入またはそれらの任意の組合せの１以上を含む、請求項４９〜５３のい
ずれか１項記載の方法。
【０４２１】
５５．インターフェロンが組換えインターフェロンアルファ２ｂまたはペグインターフ
ェロンアルファ２ｂである、請求項５４記載の方法。
【０４２２】
５６．ＢＲＡＦインヒビターがベムラフェニブ（ｖｅｍｕｒａｆｅｎｉｂ）またはダブ
ラフェニブ（ｄａｂｒａｆｅｎｉｂ）である、請求項５４記載の方法。
【０４２３】
５７．ＭＥＫインヒビターがコビメチニブ（ｃｏｂｉｍｅｔｉｎｉｂ）またはトラメチ
ニブ（ｔｒａｍｅｔｉｎｉｂ）である、請求項５４記載の方法。
【０４２４】
５８．養子細胞移入が修飾Ｔ細胞または修飾樹状細胞を含む、請求項５４記載の方法。
【０４２５】
５９．ＰＤ−１のインヒビターが抗ＰＤ−１抗体である、請求項１〜５８のいずれか１
項記載の方法。
【０４２６】
６０．ＰＤ−１のインヒビターが、ニボルマブ（ｎｉｖｏｌｕｍａｂ）（ＯＮＯ−４５
３８、ＢＭＳ−９３６５５８またはＭＤＸ１１０６）、ペンブロリズマブ（ｐｅｍｂｒｏ
ｌｉｚｕｍａｂ）（ＭＫ−３４７５またはランブロリズマブ（ｌａｍｂｒｏｌｉｚｕｍａ
ｂ））、ピジリズマブ（ｐｉｄｉｌｉｚｕｍａｂ）（ＣＴ−０１１）、ＭＥＤＩ０６８０
（ＡＭＰ−５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、ＢＧＢ−１０８、ＢＧＢ−Ａ３
１７、ＳＨＲ−１２１０（ＨＲ−３０１２１０、ＳＨＲ１２１０またはＳＨＲ−１２１０
）、ＰＦ−０６８０１５９１またはＡＭＰ−２２４から選択される、請求項５９記載の方
法。
【０４２７】
６１．ＰＤ−Ｌ１のインヒビターが抗ＰＤ−Ｌ１抗体である、請求項１〜５８のいずれ
か１項記載の方法。
【０４２８】
６２．ＰＤ−Ｌ１のインヒビターが、アテゾリズマブ（ａｔｅｚｏｌｉｚｕｍａｂ）（
ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＲＧ７４４６またはＲＯ５５４１２６７）、ＹＷ２４３．５５．Ｓ
７０、ＭＤＸ−１１０５、デュルバルマブ（ｄｕｒｖａｌｕｍａｂ）（ＭＥＤＩ４７３６
）またはアベルマブ（ａｖｅｌｕｍａｂ）（ＭＳＢ００１０７１８Ｃ）から選択される、
請求項６１記載の方法。
【０４２９】
６３．体細胞変異が、サイレント突然変異（例えば、同義変異）、癌表現型に関連して
いることが確認されていない体細胞変異、パッセンジャー変異（例えば、クローンの適応
度に対する検出可能な影響を有さない変異）、意義不明な変異体（ＶＵＳ）（例えば、病
原性が確認可能でなく除外可能でもない変異）、点突然変異、コーディングショート（ｃ
ｏｄｉｎｇ  ｓｈｏｒｔ）変異体（例えば、塩基置換またはインデル）、非同義一塩基変
異体（ＳＮＶ）、スプライス変異体の１以上を含む、請求項１〜６２のいずれか１項記載
の方法。
【０４３０】
６４．変異（例えば、体細胞変異）が、転位（ｒｅａｒｒａｎｇｅｍｅｎｔ）（例えば
、転座（トランスロケーション））、機能的変異または生殖細胞系列変異の１以上を含ま
ない、請求項１〜６３のいずれか１項記載の方法。
【０４３１】
６５．体細胞変異がサイレント突然変異、例えば同義変異である、請求項１〜６４のい
ずれか１項記載の方法。
【０４３２】
６６．体細胞変異が癌表現型に関連していることが確認されていない、請求項１〜６４
のいずれか１項記載の方法。
【０４３３】
６７．体細胞変異がパッセンジャー変異、例えば、クローンの適応度に対する検出可能
な影響を有さない変異である、請求項１〜６４のいずれか１項記載の方法。
【０４３４】
６８．体細胞変異が、意義不明な変異体（ＶＵＳ）、例えば、病原性が確認可能でなく
除外可能でもない変異である、請求項１〜６４のいずれか１項記載の方法。
【０４３５】
６９．体細胞変異が点突然変異である、請求項１〜６４のいずれか１項記載の方法。
【０４３６】
７０．体細胞変異が、転位以外、例えば転座以外のものである、請求項１〜６４のいず
れか１項記載の方法。
【０４３７】
７１．体細胞変異がコーディングショート変異体、例えば塩基置換またはインデルであ
る、請求項１〜６４のいずれか１項記載の方法。
【０４３８】
７２．体細胞変異が非同義一塩基変異体（ＳＮＶ）である、請求項１〜６４のいずれか
１項記載の方法。
【０４３９】
７３．体細胞変異がスプライス変異体である、請求項１〜６４のいずれか１項記載の方
法。
【０４４０】
７４．体細胞変異が機能的変異ではない、請求項１〜６４のいずれか１項記載の方法。
【０４４１】
７５．変異が生殖細胞系列変異ではない、請求項１〜６４のいずれか１項記載の方法。
【０４４２】
７６．メモリーに機能的に接続された少なくとも１つのプロセッサを含む、メラノーマ
を有する対象を評価するための系であって、前記の少なくとも１つのプロセッサは、実行
されると、
（ａ）対象のためのＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法に対する応答
状態の値を得、ここで、応答状態の値は、対象からのメラノーマサンプルまたはメラノー
マ由来サンプルにおける腫瘍突然変異荷重の尺度を含み、
（ｂ）対象を療法に対する応答体（例えば、完全応答体または部分応答体）または非応
答体として特定するように設計されており、
応答状態の基準値に等しい又はそれより大きな応答状態の値は、対象が療法に対する応
答体である又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答する又はその可能性が高い
ことを示し、あるいは、
応答状態の基準値より小さな応答状態の値は、対象が療法に対する非応答体である又は
その可能性が高い、あるいは対象が療法に応答しない又はその可能性が高いことを示し、
それにより対象を評価する、系。
【０４４３】
７７．腫瘍突然変異荷重の尺度が、対象からのサンプルにおける以下のもの、すなわち
、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）の数
、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の数
の１つ、２つ、３つまたは全ての決定結果を含む、請求項７６記載の系。
【０４４４】
７８．対象からのサンプルにおける以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の基準レベルと比
較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異のレベルの
増加、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の基準レベルと比較した場合の、ＬＲ
Ｐ１Ｂ遺伝子における体細胞変異の数の増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化の基準レ
ベルと比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの
変化の数の増加
の１つ、２つ、３つまたは全てに応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選
択する、請求項７６または７７記載の系。
【０４４５】
７９．（ａ）（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例
えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）
、
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例
えば、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を検出しうる１以上の検出試薬、
（ｂ）メラノーマサンプルもしくはメラノーマ由来サンプルにおける腫瘍突然変異荷重
の決定における、および／または対象におけるメラノーマの治療における使用説明、なら
びに
（ｃ）所望により含まれうる、ＰＤ−１もしくはＰＤ−Ｌ１のインヒビターまたはその
組成物
を含むキット。
【０４４６】
８０．（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、
１以上の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を含む、メラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルに由来する核酸の精
製または単離調製物であって、
該調製物は、配列決定装置内またはそのような装置において使用されるサンプルホルダ
ー内に配置された該サンプルの腫瘍突然変異荷重を決定するために使用される、調製物。
【０４４７】
８１．（ａ）（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例
えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）
、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例
えば、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を検出しうる１以上の検出試薬と、
（ｂ）（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、
１以上の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）
、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例
えば、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を含むメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルに由来する核酸とを含
む反応混合物であって、
該反応混合物は、配列決定装置内またはそのような装置において使用されるサンプルホ
ルダー内に配置された該サンプルの腫瘍突然変異荷重を決定するために使用される、反応
混合物。
【０４４８】
８２．（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、
１以上の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、ま
たは
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を検出しうる１以上の検出試薬を、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異（例えば、１以上
の体細胞変異）、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における体細胞変異（例えば、１以上の体細胞変異）、ま
たは
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおけるＣからＴへの変化（例えば
、１以上のＣからＴへの変化）
の１以上を含むメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルに由来する核酸と一緒
にし、それにより反応混合物を得ることを含む、反応混合物の製造方法。
【図面の簡単な説明】
【０４４９】
【図１Ａ】図１Ａは初期コホートにおける応答体と非応答体との比較における突然変異荷重を示す。
【図１Ｂ】図１Ｂは検証コホートにおける応答体と非応答体との比較における突然変異荷重を示す。
【図１Ｃ】図１Ｃは、高、中および低突然変異荷重を有する患者における無進行生存率を示す。
【図１Ｄ】図１Ｄは、高、中および低突然変異荷重を有する患者における全生存率を示す。
【図２Ａ】図２Ａは潜在的閾値の範囲にわたる突然変異荷重の特性を示す。垂直線は、局所的最高特性および臨床的関連性に基づいて選択された閾値を示す。
【図２Ｂ】図２Ｂは、３．３突然変異／ＭＢ（低突然変異荷重群）および２３．１突然変異／ＭＢ（高突然変異荷重群）の突然変異荷重カットオフに関する受信者動作特性曲線（ＲＯＣ）を示す。
【図３Ａ】図３Ａは応答体と非応答体との比較における皮膚／不明原発部位の腫瘍における突然変異荷重を示す。
【図３Ｂ】図３Ｂは応答体と非応答体との比較における非皮膚原発部位（先端、粘膜、ブドウ膜）の腫瘍における突然変異荷重を示す。
【図３Ｃ】図３Ｃは応答体と非応答体との比較における遺伝子増幅および欠失を示す。
【図４Ａ】図４Ａは、応答体と非応答体との比較において観察された突然変異の総数を示す。
【図４Ｂ】図４Ｂは、応答体と非応答体との比較において観察された、ＣからＴへの変化の総数を示す。
【図４Ｃ】図４Ｃは、応答体と非応答体との比較において観察されたヌクレオチド変異のタイプを示す。
【図４Ｄ】図４Ｄは、ＢＲＡＦ突然変異、ＮＲＡＳ突然変異、ＮＦ１突然変異／喪失、および「三重ＷＴ」（ＢＲＡＦ、ＮＲＡＳおよびＮＦ１に関する野生型として定義される）を有する患者の突然変異荷重を示す。ＢＲＡＦ非Ｖ６００突然変異は、共存ＮＦ１突然変異を有する１名の患者を除いて、ＢＲＡＦコホートに含まれていた。ＮＲＡＳＱ６１Ｒ突然変異および共存ＮＦ１突然変異を有する１名の患者はＮＲＡＳコホートに含まれていた。
【図５Ａ】図５Ａは、ハイブリッド捕捉ＮＧＳパネルに含まれる３１５個の遺伝子を使用するＴＣＧＡ皮膚メラノーマ（ＳＫＣＭ）サンプルにおける突然変異荷重が、全エクソーム配列決定により評価された突然変異と高度に相関していることを示している。
【図５Ｂ】図５Ｂは、全エクソーム配列決定（ＷＥＳ）を用いた場合の、ＴＣＧＡにおける突然変異荷重群および生存率を示す。
【図５Ｃ】図５Ｃは、試験した３１５個の（ＦＭ）遺伝子を使用した場合の、ＴＣＧＡにおける突然変異荷重群および生存率を示す。
【図６】図６は、サンプル当たりの算出突然変異荷重（上）、個々の突然変異、コピー数変異および臨床特性の色分けされたマトリックス（中）、個々のサンプルの突然変異スペクトル（下）を示す。
【図７Ａ】図７Ａは応答体と非応答体との比較における意義不明なＬＲＰ１Ｂ突然変異／変異体を示す。
【図７Ｂ】図７ＢはＬＲＰ１Ｂ突然変異の存在下および非存在下のメラノーマにわたる突然変異の総数を示す。
【図７Ｃ】図７ＣはＬＲＰ１Ｂ突然変異の数とメラノーマＴＣＧＡにおける全突然変異との関連性を示す。
【図８Ａ】図８Ａは応答体と非応答体との比較におけるＴ細胞受容体（ＴＣＲ）クローン性を示す。
【図８Ｂ】図８Ｂは応答体と非応答体との比較におけるＴ細胞画分を示す。
【図８Ｃ】図８Ｃは、他の先行治療を伴わない抗ＰＤ−１／抗ＰＤ−Ｌ１治療の４ヶ月以内に得られたものとして定義される「理想」サンプルにおける応答体と非応答体との比較におけるＴＣＲクローン性を示す。
【図８Ｄ】図８Ｄは、他の先行治療を伴わない抗ＰＤ−１／抗ＰＤ−Ｌ１治療の４ヶ月以内に得られたものとして定義されるこれらの「理想」サンプルにおけるＴ細胞画分を示す。
【図９Ａ】図９Ａは突然変異荷重とＴ細胞受容体（ＴＣＲ）クローン性との相関性を示す。
【図９Ｂ】図９Ｂは突然変異荷重とＴ細胞画分との相関性を示す。
【０４５０】
実施例
実施例１：標的化次世代シーケンシングＰＤ−１遮断に対する応答のマーカーを特定す
る
概要
プログラム死−１およびそのリガンド（ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１）を遮断する治療用抗体
はメラノーマ患者のかなりの割合において持続的な応答を誘導する。この研究は、ハイブ
リッド捕捉に基づく次世代シーケンシング（ＮＧＳ）パネルを使用して特定された突然変
異の数および／またはタイプがメラノーマにおける抗ＰＤ−１に対する応答と相関するか
どうかを判定することを追求した。
【０４５１】
抗ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１治療患者からの保管（アーカイブ）メラノーマサンプルを使用
して、ハイブリッド捕捉に基づくＮＧＳを２３６〜３１５個の遺伝子に対して行い、２つ
の施設からの初期コホートおよび検証コホートに関してＴ細胞受容体受容体（ＴＣＲ）配
列決定を行った。
【０４５２】
抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１に応答した患者は、非応答体と比較して、初期コホート
（中央値４５．６対３．９  突然変異／ＭＢ；Ｐ＝０．００３）および検証コホート（３
７．１対１２．８  突然変異／ＭＢ；Ｐ＝０．００２）において、より高い突然変異荷重
を有していた。応答率、無進行生存期間（ＰＦＳ）および全生存期間（ＯＳ）は、高突然
変異荷重群においては、中および低突然変異荷重群と比較して優れていた。ＮＦ１突然変
異を有するメラノーマは高い突然変異荷重（中央値６２．７突然変異／ＭＢ）および高い
応答率（７４％）を示したが、ＢＲＡＦ／ＮＲＡＳ／ＮＦ１野生型メラノーマはより低い
突然変異荷重を示した。これらの保管サンプルにおいては、ＴＣＲクローン性は応答を予
測しなかった。ＮＧＳプラットフォームにおける３１５個の遺伝子の突然変異数は、Ｃａ
ｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓサンプルにおける全エクソーム配列決定により検出
されたものと強く相関したが、生存には関連していなかった。
【０４５３】
したがって、ハイブリッド捕捉に基づくＮＧＳプラットフォームにより決定された突然
変異荷重は応答の可能性により患者を有効に層別化した。このアプローチは、抗ＰＤ−１
および／または抗ＰＤ−Ｌ１療法に対する応答の臨床的に実現可能な予測因子を提供しう
る。
【０４５４】
方法
患者
保護された健康情報をＨＩＰＡＡ（Ｈｅａｌｔｈ  Ｉｎｓｕｒａｎｃｅ  Ｐｏｒｔａｂ
ｉｌｉｔｙ  ａｎｄ  Ａｃｃｏｕｎｔａｂｉｌｉｔｙ  Ａｃｔ）指針に従い精査した。Ｉ
ＲＢ承認プロトコールに基づき、患者およびサンプルを遡及的に選択した。全ての患者は
転移性メラノーマを有し、臨床試験の一部または標準治療として抗ＰＤ−１（ニボルマブ
またはペンブロリズマブ）または抗ＰＤ−Ｌ１（アテゾリズマブ）治療を開始した。全て
の患者は、放射線撮像により判定された評価可能な応答を示し、または更なるイメージン
グを妨げる急速な臨床経過を示した。断層撮像を研究プロトコールまたは標準治療ごとに
８〜１２週間隔で行った。医療記録および腫瘍画像の精査により、ベースライン特性、治
療応答、無進行生存期間（ＰＦＳ）および全生存期間（ＯＳ）を得た。患者がＲＥＣＩＳ
Ｔ  １．１（Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒ  ＥＡら，Ｅｕｒ  Ｊ  Ｃａｎｃｅｒ  ２００９；４
５：２２８−４７；ｎ＝３０）による古典的な部分応答もしくは完全応答、または少なく
とも１２ヶ月間持続する非定型免疫関連応答（ｎ＝２）を示した場合には、患者を応答体
として分類し、あるいは患者が応答しなかった場合には、患者を非応答体として分類した
。
【０４５５】
ほとんどのホルマリン固定パラフィン包埋（ＦＦＰＥ）検体は研究目的のみのための試
験に付された（ｎ＝４０）。これらのサンプルは、分析時に評価可能な治療応答を示す利
用可能な残存ＦＦＰＥを有する全ての患者のものを含んでいた。臨床目的（例えば、利用
可能な突然変異を特定するため；ｎ＝２５）で試験して得られた抗ＰＤ−１／ＰＤ−Ｌ１
で治療した患者のものも含まれていた。ほとんどのサンプルは治療開始の１２ヶ月前以降
に入手した（ｎ＝４３）。他の検体は治療開始の１２ヶ月前以前（ｎ＝１５）または更に
は治療開始の直後（ｎ＝７）に入手した。利用可能な組織を有する全ての治療前サンプル
は厳密に研究目的でＩｍｍｕｎｏＳｅｑに付された。
【０４５６】
次世代シーケンシング（ＮＧＳ）、例えば標的化ＮＧＳ、および癌ゲノムアトラス（Ｔ
ＣＧＡ）分析
広範に検証され臨床検査室改善法（Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｉｍｐ
ｒｏｖｅｍｅｎｔ  Ａｍｅｎｄｍｅｎｔｓ）で認証された、ハイブリッド捕捉に基づくＮ
ＧＳプラットフォーム（ＦｏｕｎｄａｔｉｏｎＯｎｅ（登録商標），Ｆｏｕｎｄａｔｉｏ
ｎ  Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｃａｍｂｒｉｄｇｅ  ＭＡ）（Ｆｒａｍｐｔｏｎ  ＧＭら，Ｎａ
ｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  ３１：１０２３−３１，２０１３）を使用して、ＤＮＡ配列
決定を行った。初期コホート（ｎ＝３２）を、２３６個の癌関連遺伝子からのエクソンお
よび１９個の遺伝子のイントロンを評価する形態により配列決定した。第２の独立コホー
ト（ｎ＝３３）を、３１５個の遺伝子からのエクソンおよび２８個の遺伝子からのイント
ロンを評価する後続形態により配列決定した（以下、「検証コホート」と称される）。Ｄ
ＮＡ抽出および配列決定のための方法は既に広範に検証され、公開されている（Ｆｒａｍ
ｐｔｏｎら，Ｎａｔ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ  ３１：１０２３−３１，２０１３）。
【０４５７】
全突然変異荷重を計算するために、表１に記載されている遺伝子を含む試験で検出され
た体細胞突然変異の数を定量化し、その値を、以下のアルゴリズムを使用して、エクソー
ム全体に外挿した。該試験で検出された全てのショート（ｓｈｏｒｔ）変異改変、塩基置
換およびインデルも計数されたが、非コード変異は計数されなかった。公知の（ＣＯＳＭ
ＩＣデータベースにおける公知体細胞変異として存在するもの；ｃａｎｃｅｒ．ｓａｎｇ
ｅｒ．ａｃ．ｕｋ／ｃｏｓｍｉｃ）および可能性のある（腫瘍抑制遺伝子におけるトラン
ケート化）機能状態を有する変異は計数されなかった。この補正は、突然変異荷重の上方
傾斜（ｕｐｗａｒｄ  ｓｋｅｗｉｎｇ）を回避するために行われた。なぜなら、この試験
は、癌において反復的に突然変異することが知られている遺伝子を優先的にプロファイリ
ングするからである。ｄｂＳＮＰデータベース（ｗｗｗ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇ
ｏｖ／ＳＮＰ）、ＥｘＡＣデータベース（２以上のカウントを有するもの）（ｅｘａｃ．
ｂｒｏａｄｉｎｓｔｉｔｕｔｅ．ｏｒｇ）およびＳＧＺ（ｓｏｍａｔｉｃ  ｇｅｒｍｌｉ
ｎｅ  ｚｙｇｏｓｉｔｙ）アルゴリズム（例えば、国際出願公開番号ＷＯ２０１４／１８
３０７８および米国特許出願公開第２０１４／０３３６９９６号（それらの内容の全体を
参照により本明細書に組み入れることとする）に記載されているもの）を使用して、推定
生殖系列変異体を除外し、フィルター処理した。ＳＧＺアルゴリズムは、生殖系列変異株
を呼び出す可能性を更に低下させるために、６０，０００個を超える臨床検体のコホート
を使用して精密化された。メガベース（ＭＢ）当たり突然変異荷重を計算するために、計
数された突然変異の総数を、それぞれ２３６個の遺伝子および３１５個の遺伝子の形態に
関して０．９１および１．２５メガベースをカバーする該試験のコード領域標的領域で割
り算した。
【０４５８】
ＴＣＧＡ（臨床データを伴う２６３個を含む）からの３４５個の皮膚メラノーマ腫瘍サ
ンプルからの適合（ｍａｔｃｈｅｄ）体細胞突然変異および臨床データを、癌ゲノムデー
タサーバー（Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｄａｔａ  Ｓｅｒｖｅｒ）−Ｒ（ＣＧＤＳ−
Ｒ）ＡＰＩを使用して、ＣｂｉｏＰｏｒｔａｌ（ｗｗｗ．ｃｂｉｏｐｏｒｔａｌ．ｏｒｇ
／ｐｕｂｌｉｃ−ｐｏｒｔａｌ）（これは、ＣＧＤＳからデータを抽出するための機能の
セットを提供した）から検索した。ＴＣＧＡを使用して、該試験において配列決定された
３１５個の遺伝子における非同義突然変異の数を、全エクソーム配列決定（ＷＥＳ）によ
り全コード遺伝子（ｎ＝２０，０２２）により特定された全突然変異と比較した。生存デ
ータもこれらのサンプルに関して評価した。
【０４５９】
Ｔ細胞受容体の配列決定
ＴＣＲ配列決定およびクローン性定量、ならびにＴ細胞画分の測定を、既に記載されて
いるとおりに（Ａｄａｐｔｉｖｅ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ；Ｔｕｍｅｈら，Ｎ
ａｔｕｒｅ  ５１５：５６８−７１，２０１４；Ｇｅｒｌｉｎｇｅｒら，Ｊ  Ｐａｔｈｏ
ｌ，２０１３）、測定レベルＩｍｍｕｎｏＳｅｑ（商標）を使用して、治療前ＦＦＰＥ腫
瘍サンプルにおいて評価した。Ｔ細胞クローン性を以下のとおりに計算した。シャノンエ
ントロピーを、データセットにおける全ての生産的ＴＣＲ配列のクローン量に関して計算
した。シャノンエントロピーを、ユニーク生産的ＴＣＲ配列の数の対数で割り算すること
により正規化した。ついでこの正規化エントロピー値を反転させて（１−正規化エントロ
ピー）クローン性の計量値を得た。
【０４６０】
統計分析
マン・ホイットニーＵ検定を用いて、応答体と非応答体との間で突然変異荷重を比較し
た。ある範囲の値にわたる突然変異荷重の特性を計算し、ＲＯＣ曲線を用いて、臨床的に
有意な値の範囲にわたって、低、中および高群の閾値を極大値から選択した。検証コホー
トにおける評価のために、初期コホートから最適な突然変異カットオフを特定するために
ＲＯＣを使用した。特定のゲノム変化を有する患者間の応答率を、χ２検定を用いて比較
し、複数比較のためには補正しなかった。Ｔ細胞クローン性およびＴ細胞画分を、マン・
ホイットニーＵ検定を用いて、応答体と非応答体との間で比較した。ＴＣＧＡサンプルに
おいては、３１５個の被検遺伝子において特定された突然変異数を、スピアマン検定（Ｃ
ａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ  Ｎｅｔｗｏｒｋ．Ｃｅｌｌ  ２０１５；１６１
：１６８１−９６）を用いて、全てのコード遺伝子（ｎ＝２０，０２２）と相関させた。
ＴＣＧＡにおける生存率も、ＷＥＳおよび被検遺伝子により計算された突然変異荷重と相
関させ、Ｃｏｘ比例ハザードを用いて、突然変異荷重群間で比較した。ＰＦＳおよびＯＳ
をカプラン・マイヤー法により評価し、無進行および／または生存の場合、患者は最後の
フォローアップ時に除外（打ち切り）された。高、中、低突然変異に関するＰＦＳおよび
ＯＳを、ログランク検定を用いて、突然変異群間で比較した。病期、年齢、性別および事
前のイピリムマブに関して調整された突然変異荷重の影響を評価するために、Ｃｏｘ比例
ハザード分析を行った。全ての分析は、ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍバージョン６．０
５およびＲ統計コンピューティングパッケージバージョン３．２．１を使用して行った。
【０４６１】
結果
ハイブリッド捕捉に基づくＮＧＳにより評価される突然変異荷重は抗ＰＤ−１または抗
ＰＤ−Ｌ１療法に対する応答と相関する
ハイブリッド捕捉に基づくＮＧＳを、抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１療法で治療された
患者からのサンプルにおいて行った（表３）。初期コホートにおいては、抗ＰＤ−１また
は抗ＰＤ−Ｌ１応答体における突然変異荷重は非応答体よりも有意に大きかった（中央値
４５．６対３．９突然変異／ＭＢ；Ｐ＝０．００３、図１Ａ）。検証コホートにおいても
同様の差異が観察された（中央値３７．１対１２．８突然変異／ＭＢ、Ｐ＝０．００２；
図１Ｂ）。結果は、治療開始から１２ヶ月以内に得られた「最適」サンプルにおいて、他
のサンプルと比較して類似していた（表４）。
【表４】
2020100641.tif 000007
2020100641.tif 000008
【表５】
2020100641.tif 000009
【０４６２】
治療（療法）に対する応答の可能性により患者を分類するために特定のカットオフが用
いられうるかどうかを評価した。初期コホートにおける最適化ＲＯＣを使用した場合、３
つの群への患者の層別化は、二元（バイナリー）カットオフ分類と比較して優れた予測能
力を有するようである（図２Ａ〜２Ｂ）。患者は高（＞２３．１突然変異／ＭＢ）、中（
３．３〜２３．１突然変異／ＭＢ）および低（＜３．３突然変異／ＭＢ）突然変異荷重群
に分類された。これらの閾値を用いた場合、優れた客観的応答率（ＯＲＲ）が高突然変異
荷重群において認められ、これに中および低群が続いた（８２％対３６％対１０％の応答
率；χ２Ｐ＝０．００３、表５）。これらのカットオフを検証コホートに適用した。同様
に優れたＯＲＲが高突然変異荷重群において見出された（８８％対２９％対２５％、χ２
Ｐ＝０．００１）。ＯＲＲは、初期コホートおよび検証コホートを総計すると、ＯＲＲは
高突然変異荷重群（８５％）で最大であり、これに中（２９％）および低（１４％）突然
変異荷重群が続いた（Ｐ＜０．００１）。
【表６】
2020100641.tif 000010
2020100641.tif 000011
【０４６３】
ついで他の臨床成績を評価した。両方のコホートにわたって、無進行生存期間（ＰＦＳ
）は突然変異荷重と相関した。高突然変異荷重群においては、中および低群と比較して優
れたＰＦＳが認められた（中央値に到達せず対８９日対８６日、Ｐ＜０．００１；図１Ｃ
）。全生存日数（ＯＳ）は同様のパターンを示した（中央値に到達せず対３００日対３７
５日、Ｐ＜０．００１；図１Ｄ）。特に、ＯＲＲは中突然変異荷重群においては低突然変
異荷重群より高いようであったが、ＰＦＳおよびＯＳはこれらの群間で類似していた。年
齢、性別、病期および事前のイピリムマブに関して調整されたＣｏｘ比例ハザード分析を
用いた場合にも、高突然変異荷重は優れたＯＳおよびＰＦＳに関連づけられた（ＰＦＳに
関しては、高対低ＨＲ、０．１４、Ｐ＜０．００１；ＯＳに関しては、ＨＲ、０．０９、
Ｐ＜０．００１；表６〜７）。
【表７】
2020100641.tif 000012
【表８】
2020100641.tif 000013
【０４６４】
非皮膚メラノーマ（先端（ａｃｒａｌ）サブタイプを含む）は皮膚由来のものより遥か
に少数の突然変異を、そしておそらく、免疫療法に対する、より低頻度の応答を有するが
、原発不明メラノーマの突然変異プロファイルは皮膚メラノーマに酷似している（Ｈｏｄ
ｉｓ  Ｅ，Ｗａｔｓｏｎ  ＩＲ，Ｋｒｙｕｋｏｖ  ＧＶら，Ｃｅｌｌ  １５０：２５１−
６３，２０１２；Ｋｒａｕｔｈａｍｍｅｒら，Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ４４：１００６−１
４，２０１２；Ｐｏｓｔｏｗら，Ｏｎｃｏｌｏｇｉｓｔ  １８：７２６−３２，２０１３
；Ｌｕｋｅら，Ｃａｎｃｅｒ，２０１３；Ｊｏｈｎｓｏｎら，Ｏｎｃｏｌｏｇｉｓｔ  ２
０：６４８−５２，２０１５）。非皮膚メラノーマから交絡を排除するために、皮膚／原
発不明のメラノーマにおける突然変異荷重を別々に評価し、より高い突然変異荷重が応答
体において観察された（中央値３９．０対１４．４突然変異、Ｐ＜０．００１；図３Ａ）
。非皮膚メラノーマを有する患者における１４名の患者（応答体は２名だけであったが）
の突然変異荷重における差は認められなかった（中央値４．５対２．２突然変異／ＭＢ、
Ｐ＝０．７１４；図３Ｂ）。
【０４６５】
次に、特定のタイプのゲノム変化が応答と相関するかどうかを評価した。全ての特定さ
れた突然変異（公知または推定機能的重要性を有するものを含む）は治療に対する応答と
強く関連していた（中央値４６．５対６．０突然変異変異、ｐ＜０．００１；図４Ａ）。
また、ＣからＴへの変化（紫外線損傷に強く関連している）は応答体において、より多数
であることも判明した（中央値３３．５対３．０変化、ｐ＜０．００１；図４Ｂ）。ほと
んどの他のヌクレオチド変異体も、より低い頻度ではあるものの、応答体において、より
一般的に見出された（図４Ｃ）。これとは対照的に、遺伝子増幅および欠失は群間で類似
していた（図３Ｃ）。
【０４６６】
ついで、突然変異荷重が、特定の「ドライバー突然変異」により定められるサブセット
間で異なるかどうかを調べた。ＢＲＡＦ、ＮＲＡＳ、ＮＦ１および「三重ＷＴ」（野生型
）メラノーマの間で顕著な差異が観察された（それぞれ、中央値１２．０対１７．６対６
２．７対２．２突然変異／ＭＢ、ｐ＜０．００１）（図４Ｄ）。ＮＦ１突然変異を有する
メラノーマは慢性紫外線損傷および高い突然変異荷重に既に関連づけられている（Ｃａｎ
ｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ  Ｎｅｔｗｏｒｋ．Ｃｅｌｌ  １６１：１６８１−９
６，２０１５；Ｋｒａｕｔｈａｍｍｅｒら，Ｎａｔ  Ｇｅｎｅｔ  ４４：１００６−１４
，２０１２）。これとは対照的に、「三重ＷＴ」群は極めて低い突然変異荷重を有してい
た。
【０４６７】
ハイブリッド捕捉に基づくこのＮＧＳパネルにおいて配列決定された２３６〜３１５個
の遺伝子の突然変異荷重が、ＷＥＳによる全ゲノム突然変異荷重の頑強な相関物として働
きうるかどうかを決定するために、３４５個の保管ＴＣＧＡサンプルを評価した（Ｃａｎ
ｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ  Ｎｅｔｗｏｒｋ．Ｅｌｅｃｔｒｏｎｉｃ  ａｄｄｒ
ｅｓｓ  ｉｍｏ，Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔｌａｓ  Ｎ：Ｇｅｎｏｍｉｃ  Ｃｌ
ａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ  ｏｆ  Ｃｕｔａｎｅｏｕｓ  Ｍｅｌａｎｏｍａ．Ｃｅｌｌ  
１６１：１６８１−９６，２０１５）。これらの遺伝子において特定された突然変異の総
数はこれらのサンプルにおける総エクソーム突然変異数と強く相関した（Ｒ＝０．９９５
、ｐ＜０．００１；図５Ａ）。この相関性は、高い突然変異荷重を有するサンプルにおい
て特に頑強であるようであった。突然変異荷重が、選択されていない患者（抗ＰＤ−１／
ＰＤ−Ｌ１を受けていない）における結果の改善に関連しているかどうかを評価するため
に、評価可能な生存データ（ｎ＝２６３）を有するＴＣＧＡサンプルにおいて生存性を評
価した。試験した遺伝子（Ｐ＝０．１４）またはＷＥＳ（Ｐ＝０．０６）を使用した場合
には、有意な相関は認められなかった。低、中および高突然変異荷重群に関しては、ＷＥ
Ｓ（中央値、ＯＳ  ４３．４月対１０３．０月対６８．０月、Ｐ＝０．００１）および被
検遺伝子（中央値４７．３対１１２．５月対６１．５月、Ｐ＝０．００８）を使用した場
合のＯＳにおける差異。３つの突然変異荷重群を用いた場合、中突然変異荷重を有する患
者が最長の生存期間を示した（中対低に関してＨＲ＝２．１、Ｐ＝０．００８；図５Ｂ〜
５Ｃ）。
【０４６８】
特定の突然変異および抗ＰＤ−１または抗ＰＤ−Ｌ１療法に対する応答
次に、特定の癌関連遺伝子における突然変異を調べて、抗ＰＤ−１に対する応答に対す
るそれらの影響を評価した。この分析は、機能的であると予想された既に記載されている
変異に焦点を合わせており、特に示されていない限り、意義不明な変異体（ＶＵＳ）は除
外された。応答体または非応答体において、より頻繁に変異していた幾つかの遺伝子が特
定された（表８、図６）。幾つかのゲノム変異は突然変異荷重と相関した。例えば、ＮＦ
１変異は応答体において、より一般的であったが（５０％対２１％、ｐ＝０．０１５；Ｏ
ＲＲ７４％）、「三重ＷＴ」患者は、非応答群において、より多かった（１３％対３５％
、ｐ＝０．０４５）。より小さい数において、応答は、免疫療法応答（ＮＲＡＳ；Ｊｏｈ
ｎｓｏｎら，Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｍｍｕｎｏｌ  Ｒｅｓ  ３：２８８−９５，２０１５）、
Ｔ細胞排除（ＣＴＮＮＢ１；Ｓｐｒａｎｇｅｒら，Ｎａｔｕｒｅ，５２３：２３１−５，
２０１５）またはＰＤ−Ｌ１調節（ＭＹＣ；Ｃａｓｅｙら，Ｓｃｉｅｎｃｅ  ３５２：２
２７−３１，２０１６）に既に関連づけられている遺伝子変異と相関した。ＰＴＥＮの喪
失は（膠芽腫における）ＰＤ−Ｌ１発現および（メラノーマにおける）免疫抑制性サイト
カインプロファイルに関連づけられている（Ｐｅｎｇら，Ｃａｎｃｅｒ  Ｄｉｓｃｏｖ，
２０１５）。ＰＴＥＮ喪失を有する患者は共に応答しなかったが、応答体と非応答体とを
比較した際にＰＴＥＮ不活性化突然変異の頻度に有意差が認められた（１３％対１５％、
ｐ＝０．７６）。ＭＹＣ増幅は非応答体において、より一般的であるようであったが、結
論はサンプルサイズにより制限された。ＢＲＣＡ２突然変異（ＶＵＳを含む）は、応答体
（３２名中５名）においては、非応答体（３３名中２名）と比べて一般的であるようであ
った。ＢＲＣＡ２突然変異を有するメラノーマは、これらの突然変異を欠いているものよ
り高い突然変異荷重を有していた（中央値６８．２対１５．９突然変異／ＭＢ；Ｐ＝０．
０２８；Ｈｕｇｏら，Ｃｅｌｌ  １６５：３５−４４，２０１６）。
【表９】
2020100641.tif 000014
【０４６９】
ＬＲＰ１Ｂ突然変異および全突然変異荷重
ＬＲＰ１Ｂにおける頻繁な突然変異が観察された。この推定腫瘍抑制因子は、一般脆弱
部位（ｃｏｍｍｏｎ  ｆｒａｇｉｌｅ  ｓｉｔｅ）（重大なゲノム不安定性の領域；Ｓｍ
ｉｔｈら，Ｃａｎｃｅｒ  Ｌｅｔｔ２３２：４８−５７，２００６）と称される大きな１
．９ＭＢの遺伝子である。仮説は、ここで検出された突然変異が、全突然変異荷重および
応答（全エクソン突然変異荷重の「バイオメーター」）に対する単一遺伝子代用物として
役立ちうるというものであった。応答体のうち１１名の患者がＬＲＰ１Ｂ突然変異を有し
、一方、非応答体は１名であった（３４％対３％、Ｐ＝０．００８）。ＶＵＳに拡張した
場合、応答者は平均で２．８個の突然変異／ＶＵＳを有し、一方、非応答者に関しては０
．９個であった（Ｐ＝０．０１６；図７Ａ）。応答体の７５％が１個以上の突然変異／Ｖ
ＵＳを有し、一方、非応答体の３８％がそれを有していた（ｐ＝０．００２）。より大き
な集団を調べるために、ＴＣＧＡの問合せを行った（Ｃａｎｃｅｒ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ａｔ
ｌａｓ  Ｎｅｔｗｏｒｋ．Ｃｅｌｌ  １６１：１６８１−９６，２０１５）。ＬＲＰ１Ｂ
突然変異を有するメラノーマは、ＬＲＰ１Ｂ突然変異を欠くものよりも有意に多くの全突
然変異を有し（中央値５４２対２１９、ｐ＜０．００１；図７Ｂ）、突然変異荷重は腫瘍
当たりのＬＲＰ１Ｂ突然変異の数と相関した（スピアマンのＲ＝０．５４、ｐ＜０．００
１；図７Ｃ）。これらのデータは、単一の頻繁突然変異遺伝子でさえもその配列決定がゲ
ノム全体の突然変異荷重についての洞察をもたらし、更に抗ＰＤ−１応答と相関すること
を示唆している。ＬＲＰ１Ｂ突然変異が内因性免疫効果を有するかどうかは依然として不
明である。
【０４７０】
Ｔ細胞受容体（ＴＣＲ）クローン性は臨床的利益または突然変異荷重と相関しない
ついで、Ｔ細胞浸潤およびクローン性が突然変異荷重と相関し、このアプローチの予測
能力を高めうるかどうかを、利用可能な腫瘍サンプル（ｎ＝４２）においてＴＣＲ  ＮＧ
Ｓを行うことにより調べた。ＴＣＲ  β鎖レパートリーのクローン性の増加（および多様
性の減少）は腫瘍特異的抗原集団の既存の浸潤を示している可能性があり、抗ＰＤ−１に
対する応答に関連づけられている（Ｔｕｍｅｈら，Ｎａｔｕｒｅ  ５１５：５６８−７１
，２０１４）。ＴＣＲクローン性は抗ＰＤ−１に対する応答と相関しないことが観察され
た（中央値０．１１対０．１１、Ｐ＝０．５４；図８Ａ）。更に、Ｔ細胞画分は応答と相
関しなかった（中央値０．１３対０．０９、Ｐ＝０．１１；図８Ｂ）。時間または介入療
法はＴＣＲクローン性／Ｔ細胞浸潤を調節しうるため、インターバル治療を伴わない抗Ｐ
Ｄ−１療法の開始から４ヶ月以内に得られたサンプルの一部を評価した。この群（ｎ＝１
４）において、応答体間でクローン性およびＴ細胞画分を増加させる非統計的に有意な傾
向が観察された（図８Ｃ〜８Ｄ；Ｔｕｍｅｈら，Ｎａｔｕｒｅ  ５１５：５６８−７１，
２０１４）。また、Ｔ細胞クローン性およびＴ細胞画分は突然変異荷重と相関しなかった
（図９Ａ〜９Ｂ）。
【０４７１】
この研究において、数百個の遺伝子のハイブリッド捕捉に基づくＮＧＳプラットフォー
ムにより検出された突然変異数は抗ＰＤ−１／抗ＰＤ−Ｌ１からの利益と強く相関するこ
とが判明した。メラノーマにおける突然変異荷重と抗ＰＤ−１応答との間の関連性が示さ
れ、検証された。特に、患者を群（例えば、「高」、「中」および「低」突然変異荷重コ
ホート）に層別化することにより、進行性メラノーマおよびおそらくは他の癌における抗
ＰＤ−１／抗ＰＤ−Ｌ１に対する応答の臨床的に実現可能なマーカーが提供された。本研
究では、「中」突然変異荷重群と「低」突然変異荷重群との間で生存性の差は認められず
、このことは「閾値効果」の存在を示唆している可能性があり、応答および生存に対する
効果が「高」突然変異荷重群において最も顕著でありうることを示唆しているであろう。
【０４７２】
幾つかの遺伝子における変異は抗ＰＤ−１からの利益と相関した。ある遺伝的変化は免
疫微小環境に直接的な影響を及ぼしうるが、この知見は、他の変異が単に突然変異荷重（
例えば、ＮＦ１、ＬＲＰ１ＢおよびＢＲＣＡ２）の増加と相関し、または寄与しうること
を示唆している。
【０４７３】
要約すると、ハイブリッド捕捉に基づくＮＧＳプラットフォームによって決定された進
行性メラノーマにおける突然変異荷重は２つの独立したコホートにおける抗ＰＤ−１また
は抗ＰＤ−Ｌ１療法に対する応答と強く相関した。これは「高」突然変異荷重群（これは
研究サンプルの４０％以上を構成していた）で特に顕著であった。これらのデータは、こ
の厳密に検証されたアプローチによる突然変異荷重の試験が治療の意思決定を改善して、
高価な薬剤のより合理的な使用を可能にし、精密免疫療法のこの新時代を増進しうること
を示唆している。
【０４７４】
参照文献の援用
本明細書に記載されている全ての刊行物、特許および特許出願の全体を、各個の刊行物
、特許または特許出願が参照により本明細書に組み入れられると具体的かつ個別に示され
ている場合と同様に、参照により本明細書に組み入れることとする。矛盾する場合には、
本明細書における任意の定義を含む本出願が優先する。
【０４７５】
公的データベース、例えば、ｔｉｇｒ．ｏｒｇにおけるワールドワイドウェブ上でＩｎ
ｓｔｉｔｕｔｅ  ｆｏｒ  Ｇｅｎｏｍｉｃ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ（ＴＩＧＲ）により維持さ
れているもの、および／またはｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖ．におけるワールドワ
イドウェブ上でＮａｔｉｏｎａｌ  Ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ
Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ  （ＮＣＢＩ）により維持されているものにおける登録と相関
するアクセッション番号を参照する任意のポリヌクレオチドおよびポリペプチド配列も、
それらの全体が参照により本明細書に組み入れられる。
【０４７６】
均等物
当業者は、常套的な実験のみを用いて、本明細書に記載されている特定の実施形態に対
する多数の均等物を認識し、または確認しうるであろう。そのような均等物は以下の特許
請求の範囲に含まれると意図される。
【図１Ａ】
2020100641.tif 000015
【図１Ｂ】
2020100641.tif 000016
【図１Ｃ】
2020100641.tif 000017
【図１Ｄ】
2020100641.tif 000018
【図２Ａ】
2020100641.tif 000019
【図２Ｂ】
2020100641.tif 000020
【図３Ａ】
2020100641.tif 000021
【図３Ｂ】
2020100641.tif 000022
【図３Ｃ】
2020100641.tif 000023
【図４Ａ】
2020100641.tif 000024
【図４Ｂ】
2020100641.tif 000025
【図４Ｃ】
2020100641.tif 000026
【図４Ｄ】
2020100641.tif 000027
【図５Ａ】
2020100641.tif 000028
【図５Ｂ】
2020100641.tif 000029
【図５Ｃ】
2020100641.tif 000030
【図６】
2020100641.tif 000031
【図７Ａ】
2020100641.tif 000032
【図７Ｂ】
2020100641.tif 000033
【図７Ｃ】
2020100641.tif 000034
【図８Ａ】
2020100641.tif 000035
【図８Ｂ】
2020100641.tif 000036
【図８Ｃ】
2020100641.tif 000037
【図８Ｄ】
2020100641.tif 000038
【図９Ａ】
2020100641.tif 000039
【図９Ｂ】
2020100641.tif 000040
【手続補正書】
【提出日】令和2年3月26日(2020.3.26)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
メラノーマを有する対象のＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法に対する応答状態を評価する方法であって、該方法は
（ａ）対象のための前記療法に対する応答状態の値を得、ここで、応答状態の値は対象からのメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける腫瘍突然変異荷重（ＴＭＢ）の尺度を含み、
（ｂ）対象を療法に対する応答体（例えば、完全応答体または部分応答体）または非応答体として特定することを含み、
ここで、応答状態の基準値に等しい又はそれより大きな応答状態の値は、対象が療法に対する応答体である又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答する又はその可能性が高いことを示し、あるいは、
応答状態の基準値より小さな応答状態の値は、対象が療法に対する非応答体である又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答しない又はその可能性が高いことを示す、方法。
【請求項２】
対象のための療法に対する応答状態の値を得、それにより療法を選択することを含む、メラノーマを有する対象のためのＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法の選択方法であって、
応答状態の値は対象からのメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける腫瘍突然変異荷重（ＴＭＢ）の尺度を含み、
応答状態の基準値と比較した場合の応答状態の値の増加は、対象が、療法に対する応答体である又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答する又はその可能性が高いことを示す、方法。
【請求項３】
ＴＭＢの尺度が、対象からのサンプルにおける以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上の体細胞変異のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における１以上の体細胞変異の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における１以上の体細胞変異の数、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上のＣからＴへの変化の数の１つ、２つ、３つまたは全ての決定結果を含む、請求項１および２のいずれか１項記載の方法。
【請求項４】
対象からのサンプルが、以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上の体細胞変異の基準レベルと比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上の体細胞変異のレベルの増加、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における１以上の体細胞変異の存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における１以上の体細胞変異の基準レベルと比較した場合の、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における１以上の体細胞変異の数の増加、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上のＣからＴへの変化の基準レベルと比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上のＣからＴへの変化の数の増加
の１つ、２つ、３つまたは全てを示す場合に、対象を療法に対する応答体として特定する、請求項１〜３のいずれか１項記載の方法。
【請求項５】
対象からのサンプルが、以下のもの、すなわち、
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上の体細胞変異の基準レベルと比較して減少した又は不変の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上の体細胞変異のレベル、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における１以上の体細胞変異の非存在、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における１以上の体細胞変異の基準レベルと比較して類似した、同じ又は減少した、ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における１以上の体細胞変異の数、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上のＣからＴへの変化の基準レベルと比較して類似した、同じ又は減少した、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上のＣからＴへの変化の数
の１つ、２つ、３つまたは全てを示す場合に、対象を療法に対する非応答体として特定する、請求項１〜４のいずれか１項記載の方法。
【請求項６】
遺伝子の所定セットが、表１に記載されている遺伝子の少なくとも約２５個以上、約５０個以上、約１００個以上、約１５０個以上、約２００個以上、約２５０個以上、約３００個以上または
全てを含む、請求項３〜５のいずれか１項記載の方法。
【請求項７】
メラノーマを有する対象の治療方法において使用するためのＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法であって、該治療方法が
（ａ）対象のための前記療法に対する応答状態の値を得、ここで、応答状態の値は対象からのメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける腫瘍突然変異荷重（ＴＭＢ）の尺度を含み、
（ｂ）応答状態の値の増加、例えば、応答状態の基準値と比較した場合のその増加に応
じて、療法を対象に投与することを含む、前記療法。
【請求項８】
請求項７に記載の使用のための療法であって、
（ｉ）対象は、例えば応答状態の基準値と比較した場合の、応答状態の値の増加を示し、または該増加を示すことが確認されており、
（ｉｉ）工程（ａ）が請求項１から６のいずれか一項に記載された方法を含み、
（ｉｉｉ）前記療法が請求項１から６のいずれか一項に記載された方法によって応答体として同定された対象に投与されるか、あるいは
（ｉｖ）  腫瘍突然変異荷重の基準レベルと比較した場合の、対象からのサンプルにおける腫瘍突然変異荷重のレベルの増加に応じて、療法を対象に投与する、または対象のために選択する、前記療法。
【請求項９】
前記治療方法が、腫瘍突然変異荷重の尺度に応じて、以下のもの、すなわち、
（ａ）療法の改変用量を対象に投与すること、
（ｂ）対象に対する療法のスケジュールまたは時間経過を改変すること、
（ｃ）療法と組合される追加的物質を、例えば非応答体または部分応答体に投与すること、あるいは
（ｄ）対象におけるメラノーマの進行における時間経過を予後決定すること
の１つ、２つ、３つまたは全てを行うことを更に含む、請求項７および８のいずれか１項記載の使用のための療法。
【請求項１０】
下記（ｉ）、（ｉｉ）または（ｉｉｉ）に応じて療法が対象のために選択される請求項１から６のいずれか一項に記載される方法、または、下記（ｉ）、（ｉｉ）または（ｉｉｉ）に応じて療法が対象に投与される請求項７から９のいずれか一項に記載される使用のための療法：
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける1以上の体細胞変異の基準レベルと比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上の体細胞変異のレベルの増加；
（ｉｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約３．３個以上、例えば約５個以上、約１０個以上、約１５個以上、約２０個以上、約２５個以上、約３０個以上、約３５個以上、約４０個以上、約４５個以上または約５０個以上であるという決定；および
（ｉｉｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける体細胞変異の数が遺伝子の所定セットのコード領域におけるメガベース当たり体細胞変異約２３．１個以上、例えば約２５個以上、約３０個以上、約３５個以上、約４０個以上、約４５個以上または約５０個以上であるという決定。
【請求項１１】
１以上の体細胞変異がＮＦ１遺伝子のコード領域に存在するという決定に応じて、療法を対象のために選択する、請求項１〜６および１０のいずれか１項記載の方法または該決定に応じて療法を対象に投与する請求項７から１０のいずれか一項に記載の使用のための療法。
【請求項１２】
（ｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における約１個以上、約２個以上、約３個以上、約４個以上または約５個以上の体細胞変異の存在の決定；または
（ｉｉ）  ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における１以上の体細胞変異の基準数と比較した場合の、ＬＲＰ１Ｂにおける１以上の体細胞変異の数の少なくとも約２倍、少なくとも約２．５倍、少なくとも約２．８倍、少なくとも約３倍、少なくとも約３．５倍、少なくとも約４倍または少なくとも約５倍の増加の決定
に応じて、療法を対象のために選択する請求項１〜６、１０及び１１のいずれか一項に記載の方法または上記（ｉ）もしくは（ｉｉ）の決定に応じて療法を対象に投与する請求項７〜１１のいずれか一項に記載の使用のための療法。
【請求項１３】
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける約２０個以上、約２５個以上、約３０個以上、約４０個以上または約５０個以上のＣからＴへの変化の存在の決定；または
（ｉｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上のＣからＴへの変化の基準数と比較した場合の、表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上のＣからＴへの変化の少なくとも約８倍、少なくとも約１０倍、少なくとも約１２倍、少なくとも約１５倍または少なくとも約２０倍の増加の決定
に応じて、療法を対象のために選択する請求項１〜６、１０〜１２のいずれか一項に記載の方法または上記（ｉ）もしくは（ｉｉ）の決定に応じて療法を対象に投与する請求項７〜１２のいずれか一項に記載の使用のための療法。
【請求項１４】
請求項１〜６および１０〜１３のいずれか一項に記載の方法または請求項７〜１３のいずれか一項に記載の使用のための療法であって、対象が、ＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビター以外の治療用物質または治療方法を含む異なる療法を受けている、または受けたことがあり：
（ｉ）前記の異なる療法の中断の後、または、前記の異なる療法と組み合わせて、療法を投与してもよく；
（ｉｉ）前記の異なる療法が、化学療法、放射線療法、免疫療法、放射免疫療法、腫瘍溶解性ウイルス療法、外科手技またはそれらの任意の組合せから選択されてもよく；または
（ｉｉｉ）前記の異なる療法が、ダカルバジン（ｄａｃａｒｂａｚｉｎｅ）、テモゾロミド（ｔｅｍｏｚｏｌｏｍｉｄｅ）、インターロイキン２（ＩＬ−２）、インターフェロン、イピリムマブ（ｉｐｉｌｉｍｕｍａｂ）、ＢＲＡＦインヒビター、ＭＥＫインヒビター、タリモジーン・ラハーパレプベック（ｔａｌｉｍｏｇｅｎｅ  ｌａｈｅｒｐａｒｅｐｖｅｃ）、養子細胞移入またはそれらの任意の組合せの１以上を含んでいてもよい、前記方法又は療法。
【請求項１５】
（ｉ）ＰＤ−１のインヒビターが抗ＰＤ−１抗体であるか；
（ｉｉ）ＰＤ−１のインヒビターが、ニボルマブ（ｎｉｖｏｌｕｍａｂ）（ＯＮＯ−４５３８、ＢＭＳ−９３６５５８またはＭＤＸ１１０６）、ペンブロリズマブ（ｐｅｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ）（ＭＫ−３４７５またはランブロリズマブ（ｌａｍｂｒｏｌｉｚｕｍａｂ））、ピジリズマブ（ｐｉｄｉｌｉｚｕｍａｂ）（ＣＴ−０１１）、ＭＥＤＩ０６８０（ＡＭＰ−５１４）、ＰＤＲ００１、ＲＥＧＮ２８１０、ＢＧＢ−１０８、ＢＧＢ−Ａ３１７、ＳＨＲ−１２１０（ＨＲ−３０１２１０、ＳＨＲ１２１０またはＳＨＲ−１２１０）、ＰＦ−０６８０１５９１またはＡＭＰ−２２４から選択されるか；
（ｉｉｉ）ＰＤ−Ｌ１のインヒビターが抗ＰＤ−Ｌ１抗体であるか；または
（ｉｖ）ＰＤ−Ｌ１のインヒビターが、アテゾリズマブ（ａｔｅｚｏｌｉｚｕｍａｂ）（ＭＰＤＬ３２８０Ａ、ＲＧ７４４６またはＲＯ５５４１２６７）、ＹＷ２４３．５５．Ｓ７０、ＭＤＸ−１１０５、デュルバルマブ（ｄｕｒｖａｌｕｍａｂ）（ＭＥＤＩ４７３６）またはアベルマブ（ａｖｅｌｕｍａｂ）（ＭＳＢ００１０７１８Ｃ）から選択される、
請求項１〜６および１０〜１４のいずれか一項に記載の方法または請求項７〜１４のいずれか一項に記載の使用のための療法。
【請求項１６】
前記１以上の体細胞変異が、
（ｉ）サイレント突然変異、同義変異、癌表現型に関連していることが確認されていない体細胞変異、パッセンジャー変異、意義不明な変異体（ＶＵＳ）、点突然変異、コーディングショート（ｃｏｄｉｎｇ  ｓｈｏｒｔ）変異体、塩基置換、インデル、非同義一塩基変異体（ＳＮＶ）またはスプライス変異体の１以上を含む；または
（ｉｉ）変異（例えば、体細胞変異）が、転位（ｒｅａｒｒａｎｇｅｍｅｎｔ）、転座（トランスロケーション）、機能的変異または生殖細胞系列変異の１以上を含まない、
請求項１〜６および１０〜１５のいずれか一項に記載の方法または請求項７〜１５のいずれか一項に記載の使用のための療法。
【請求項１７】
メモリーに機能的に接続された少なくとも１つのプロセッサを含む、メラノーマを有する対象を評価するための系であって、前記の少なくとも１つのプロセッサは、実行されると、
（ａ）対象のためのＰＤ−１またはＰＤ−Ｌ１のインヒビターを含む療法に対する応答状態の値を得、ここで、応答状態の値は、対象からのメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルにおける腫瘍突然変異荷重（ＴＭＢ）の尺度を含み、
（ｂ）対象を療法に対する応答体、完全応答体、部分応答体または非応答体として特定するように設計されており、
応答状態の基準値に等しい又はそれより大きな応答状態の値は、対象が療法に対する応答体である又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答する又はその可能性が高いことを示し、あるいは、
応答状態の基準値より小さな応答状態の値は、対象が療法に対する非応答体である又はその可能性が高い、あるいは対象が療法に応答しない又はその可能性が高いことを示し、
それにより対象を評価する、系。
【請求項１８】
（ａ）（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上の体細胞変異、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における１以上の体細胞変異、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における１以上の体細胞変異、
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上のＣからＴへの変化
の１以上を検出しうる１以上の検出試薬、
（ｂ）メラノーマサンプルもしくはメラノーマ由来サンプルにおけるＴＭＢの決定における、および／または対象におけるメラノーマの治療における使用説明、ならびに
（ｃ）ＰＤ−１もしくはＰＤ−Ｌ１のインヒビターまたはその組成物
を含むキット。
【請求項１９】
（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上の体細胞変異、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における１以上の体細胞変異、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における１以上の体細胞変異、
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上のＣからＴへの変化
の１以上を含む、メラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルに由来する核酸の精製または単離調製物であって、
該調製物は、配列決定装置内またはそのような装置において使用されるサンプルホルダー内に配置された該サンプルの腫瘍突然変異荷重（ＴＭＢ）を決定するために使用される、調製物。
【請求項２０】
（ａ）（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上の体細胞変異、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における１以上の体細胞変異、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における１以上の体細胞変異、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上のＣからＴへの変化
の１以上を検出しうる１以上の検出試薬と、
（ｂ）（ｉ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上の体細胞変異、
（ｉｉ）ＮＦ１遺伝子における１以上の体細胞変異、
（ｉｉｉ）ＬＲＰ１Ｂ遺伝子における１以上の体細胞変異、または
（ｉｖ）表１に記載されている遺伝子の所定セットにおける１以上のＣからＴへの変化
の１以上を含むメラノーマサンプルまたはメラノーマ由来サンプルに由来する核酸とを含む反応混合物であって、
該反応混合物は、配列決定装置内またはそのような装置において使用されるサンプルホルダー内に配置された該サンプルの腫瘍突然変異荷重（ＴＭＢ）を決定するために使用される、反応混合物。
【外国語明細書】
2020100641000001.pdf