(57)【要約】      （修正有）【課題】ＣＰＲＣ（去勢抵抗性前立腺癌）を有する患者においてＡＡ（酢酸アビラテロン）及びプレドニゾンでの治療後の生存の見込みを予測する方法の提供。【解決手段】患者の腫瘍試料由来のｃＤＮＡを遺伝子チップと接触させる工程を有し、ＡＮＬＮ、ＨＤＳ１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ１、補助因子群、及び、アンドロゲン制御群タンパク質のｍＲＮＡ濃度を検出することによって予測する方法。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
ＣＰＲＣを有する患者においてＡＡでの治療後の生存の見込みを予測する方法であって
、
（ａ）ＡＡでの治療に先立って得られる前記患者の腫瘍試料由来のｃＤＮＡを遺伝子チ
ップと接触させる工程であって、前記遺伝子チップが、少なくとも１つのｍＲＮＡバイオ
マーカー用プローブを含み、前記少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーが、ＡＮＬＮ
、ＨＳＤ１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ
１及び補助因子群、アンドロゲン制御群、多変量パネル群、又はこれらの任意の組み合わ
せを含む、工程と、
（ｂ）前記少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの発現レベルを測定する工程と、
（ｃ）前記少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの前記発現レベルを参照遺伝子の
発現レベルと比較する工程であって、前記患者試料において、ＡＡでの治療後に、前記Ａ
ＮＬＮ、ＨＳＤ１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ
１７Ａ１及び補助因子群、アンドロゲン制御群、又はこれらの任意の組み合わせの前記発
現レベルが前記参照遺伝子の前記発現レベルに対して増加したことが、前記患者の無増悪
生存期間、全生存期間、又はその両方の見込みの増加を示唆し、あるいは、前記患者試料
において、ＡＡでの治療後に、前記多変量パネル群の発現レベルが前記参照遺伝子の前記
発現レベルに対して減少したことが、前記患者の無増悪生存期間の見込みの増加を示唆す
る、工程と、
（ｄ）前記患者を治療上有効量のＡＡ及びプレドニゾンで治療する工程と、
を含む、方法。
【請求項２】
ＣＰＲＣを有する患者においてＡＡでの治療後の生存の見込みを予測する方法であって
、
（ａ）前記患者の腫瘍試料からＲＮＡを単離する工程と、
（ｂ）前記ＲＮＡからｃＤＮＡを合成する工程と、
（ｃ）前記腫瘍試料由来の少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの発現レベルを測
定する工程であって、前記少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーが、ＡＮＬＮ、ＨＳ
Ｄ１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ１及び
補助因子群、アンドロゲン制御群、多変量パネル群、又はこれらの任意の組み合わせを含
み、前記発現レベルが定量的ＲＴ−ＰＣＲで測定される、工程と、
（ｄ）前記少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの、参照遺伝子の発現に対する相
対的な発現を決定する工程であって、前記患者試料において、ＡＡでの治療後に、前記Ａ
ＮＬＮ、ＨＳＤ１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ
１７Ａ１及び補助因子群、アンドロゲン制御群、又はこれらの任意の組み合わせの前記発
現レベルが前記参照遺伝子の前記発現レベルに対して増加したことが、前記患者の無増悪
生存期間、全生存期間、又はその両方の見込みの増加を示唆し、あるいは、前記患者試料
において、ＡＡでの治療後に、前記多変量パネル群の発現レベルが前記参照遺伝子の前記
発現レベルに対して減少したことが、前記患者の無増悪生存期間の見込みの増加を示唆す
る、工程と、
（ｅ）前記患者を治療上有効量のＡＡ及びプレドニゾンで治療する工程と、
を含む、方法。
【請求項３】
前記ＣＹＰ１７Ａ１及び補助因子群が、ＣＹＢ５Ａ、ＣＹＰ１７Ａ１、ＣＹＰ３Ａ５、
ＤＵＳＰ５、ＨＮＦ１Ａ、ＮＲ０Ｂ１、及びＰＯＲを含む、請求項１又は２に記載の方法
。
【請求項４】
前記アンドロゲン制御群が、ＡＫＲ１Ｃ３、ＦＫＢＰ５、及びＰＣＮＡを含む、請求項
１又は２に記載の方法。
【請求項５】
前記多変量パネル群が、ＡＲ、ＣＹＰ２１Ａ２／ＣＹＰ２１Ａ１Ｐ、ＨＬＡ−Ａ、ＩＧ
Ｊ、ＫＲＴ１７、ＬＣＮ２、及びＰＣＮＡを含む、請求項１又は２に記載の方法。
【請求項６】
前記少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの前記発現レベルが、患者母集団からの
前記少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーのメジアン発現値に対して増加する、請求
項１〜５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７】
前記患者が、非転移性又は初期ＣＲＰＣを有する、請求項１〜６のいずれか一項に記載
の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（配列表）
本出願は、電子的にＡＳＣＩＩフォーマットで提出された配列表を含み、その全体は、
参照文献として本願に援用されるものである。前記ＡＳＣＩＩコピー（２０１５年６月２
日作成）は、「ＰＲＤ３３３４ＵＳＮＰ＿ＳＬ．ｔｘｔ」というファイル名で、サイズは
７，８４０バイトである。
【０００２】
（発明の分野）
本明細書には、去勢抵抗性前立腺癌（ＣＲＰＣ）を有する患者において酢酸アビラテロ
ン（ＡＡ）及びプレドニゾンでの治療後の長期生存の見込みを予測する方法が記載されて
いる。
【背景技術】
【０００３】
前立腺癌は、米国人男性において２番目に多く見られる癌である。また、全人種及びヒ
スパニック系母集団の男性の間で癌死亡の主因のうちの１つとなっている。２０１０年に
、前立腺癌であると診断された米国人男性は１９６，０３８名であったのに対して、前立
腺癌で死亡した米国人男性は２８，５６０名であった（Ｕ．Ｓ．Ｃａｎｃｅｒ  Ｓｔａｔ
ｉｓｔｉｃｓ  Ｗｏｒｋｉｎｇ  Ｇｒｏｕｐ．Ｕｎｉｔｅｄ  Ｓｔａｔｅｓ  Ｃａｎｃｅ
ｒ  Ｓｔａｔｉｓｔｉｃｓ：１９９９〜２０１０  Ｉｎｃｉｄｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｍｏｒ
ｔａｌｉｔｙ  Ｗｅｂ−ｂａｓｅｄ  Ｒｅｐｏｒｔ．Ａｔｌａｎｔａ（ＧＡ）：Ｄｅｐａ
ｒｔｍｅｎｔ  ｏｆ  Ｈｅａｌｔｈ  ａｎｄ  Ｈｕｍａｎ  Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，Ｃｅｎｔ
ｅｒｓ  ｆｏｒ  Ｄｉｓｅａｓｅ  Ｃｏｎｔｒｏｌ  ａｎｄ  Ｐｒｅｖｅｎｔｉｏｎ，ａ
ｎｄ  Ｎａｔｉｏｎａｌ  Ｃａｎｃｅｒ  Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ；２０１３）。
【０００４】
転移性の去勢抵抗性前立腺癌（ＣＲＰＣ）を有する患者において用いられる多数の治療
剤が、ＦＤＡにより認可されてきた。これらの治療選択肢には、ドセタキセル＋プレドニ
ゾン、酢酸アビラテロン、カバジタキセル、エンザルタミド、ミトキサントロン、ラジウ
ム−２２３、シプロイセル−Ｔ、コルチコステロイド、及びケトコナゾールがある。結果
として、臨床医及び患者は多数の治療選択肢を与えられ、これらの薬剤の潜在的な順序付
けによって臨床上の意思決定がより複雑になる。特定の患者の部分母集団における生存及
び／又は生活の質の向上に関連する療法の同定方法により、そのような挑戦的な決定が促
進される。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
本明細書には、ＣＰＲＣを有する患者においてＡＡ及びプレドニゾンでの治療後の生存
の見込みを予測する方法が記載されている。
【０００６】
一般説明及び以下の詳細説明は、あくまで例示的かつ説明的なものであり、添付の請求
項に定義されている本開示の方法を制限するものではない。他の態様は、本明細書に記載
されている詳細説明を考慮することにより、当業者に明らかとなるであろう。
【発明を実施するための形態】
【０００７】
本開示の方法は、本開示の一部をなす、添付の実施例に関連して解釈される以下の詳細
な説明を参照することにより、より容易に理解することができる。当然のことながら、本
開示の方法は、本明細書に記載する及び／又は示す特定の方法、条件又はパラメータに限
定されるものではなく、本明細書で使用される専門用語は実施例を用いて具体的な実施形
態を記載する目的のためだけのものであり、特許請求される方法を制限することを意図す
るものではない。また、添付の請求項を含む明細書において使用される場合、単数形「ａ
」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は複数を含み、特定の数値への言及は、文脈により明確に
別様に指示されない限り、少なくともこの特定の値を含む。本明細書において使用すると
き、「複数（plurality）」という用語は、２つ以上を意味する。
【０００８】
明確化を目的に、別個の実施形態の文脈で本明細書において記述される本開示の方法の
特定の特徴はまた、単一の実施形態において組み合わせとして提示される場合もある点は
認識されるであろう。逆に、簡略化を目的に、単一の実施形態の文脈で記述される本開示
の方法の様々な特徴はまた、別個に又は任意の部分的な組み合わせとして提示される場合
もある。
【０００９】
本明細書には、ＣＰＲＣを有する患者においてＡＡでの治療後の生存の見込みを予測す
る方法が記載されており、本方法は、
（ａ）ＡＡでの治療に先立って得られる患者の腫瘍試料由来のｃＤＮＡを遺伝子チップ
と接触させる工程であって、前記遺伝子チップが、少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマー
カー用プローブを含み、少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーが、ＡＮＬＮ、ＨＳＤ
１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ１及び補
助因子群、アンドロゲン制御群、多変量パネル群、又はこれらの任意の組み合わせを含む
、工程と、
（ｂ）少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの発現レベルを測定する工程と、
（ｃ）少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの発現レベルを参照遺伝子の発現レベ
ルと比較する工程であって、患者試料において、ＡＡでの治療後に、ＡＮＬＮ、ＨＳＤ１
７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ１及び補助
因子群、アンドロゲン制御群、又はこれらの任意の組み合わせの発現レベルが参照遺伝子
の発現レベルに対して増加したことが、前記患者の無増悪生存期間、全生存期間、又はそ
の両方の見込みの増加を示唆し、あるいは、患者試料において、ＡＡでの治療後に、多変
量パネル群の発現レベルが参照遺伝子の発現レベルに対して相対的に減少したことが、前
記患者の無増悪生存期間の見込みの増加を示唆する、工程と、
（ｄ）前記患者を治療上有効量のＡＡ及びプレドニゾンで治療する工程と、を含む。
【００１０】
また、本明細書には、ＣＰＲＣを有する患者においてＡＡでの治療後の生存の見込みを
予測する方法も開示されており、本方法は、
（ａ）前記患者の腫瘍試料からＲＮＡを単離する工程と、
（ｂ）ＲＮＡからｃＤＮＡを合成する工程と、
（ｃ）腫瘍試料由来の少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの発現レベルを測定す
る工程であって、少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーが、ＡＮＬＮ、ＨＳＤ１７Ｂ
１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ１及び補助因子
群、アンドロゲン制御群、多変量パネル群、又はこれらの任意の組み合わせを含み、発現
レベルが定量的ＲＴ−ＰＣＲで測定される、工程と、
（ｄ）少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの、参照遺伝子の発現に対する相対的
な発現を決定する工程であって、患者試料において、ＡＡでの治療後に、ＡＮＬＮ、ＨＳ
Ｄ１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ１及び
補助因子群、アンドロゲン制御群、又はこれらの任意の組み合わせの発現レベルが参照遺
伝子の発現レベルに対して増加したことが、前記患者の無増悪生存期間、全生存期間、又
はその両方の見込みの増加を示唆し、あるいは、患者試料において、ＡＡでの治療後に、
多変量パネル群の発現レベルが参照遺伝子の発現レベルに対して減少したことが、前記患
者の無増悪生存期間の見込みの増加を示唆する、工程と、
（ｅ）前記患者を治療上有効量のＡＡ及びプレドニゾンで治療する工程と、
を含む。
【００１１】
本明細書においてするとき、「患者」という用語は、ＣＲＰＣを有する任意の哺乳動物
を指し、その試料は本開示の方法で解析することができる。ゆえに、本開示の方法は、人
間の対象及び人間以外の対象に対して適用可能であるが、人間に対して用いるのが最も好
ましい。いくつかの実施形態において、患者試料は、人間の試料である。他の実施形態に
おいて、患者試料は、人間以外の試料である。「患者」及び「対象」は、本明細書におい
て交換可能に使用される。
【００１２】
本明細書においてするとき、「去勢抵抗性前立腺癌」（ＣＲＰＣ）という語句は、去勢
治療にもはや応答しなくなった（化学的又は外科的手段による利用可能なアンドロゲン／
テストステロン／ＤＨＴの減少）が、アンドロゲン受容体活性化ホルモンに対する依存性
を呈する前立腺癌を指す。
【００１３】
当業者に公知であるように、（本明細書中で「ＡＡ」と呼ばれる）酢酸アビラテロンは
、精巣、副腎、及び前立腺腫瘍におけるアンドロゲン合成を阻止する１７ａ−ヒドロキシ
ラーゼ／Ｃ１７、２０−リアーゼ（ＣＹＰ１７）阻害剤である。
【００１４】
本明細書においてするとき、「生存」という用語は、放射線学的無増悪生存期間（ｒＰ
ＦＳ）、全生存期間（ＯＳ）、又はこれらの組み合わせを指す。本明細書においてすると
き、「放射線学的無増悪生存期間」という語句は、患者がＣＲＰＣと共存する、治療中及
び治療後の期間を指すが、ここでＣＲＰＣは悪化せず、例えば、骨、軟組織、又はこれら
の任意の組み合わせにおける病変をＸ線、ＣＴ、ＭＲＩ、又はこれらの任意の組み合わせ
でモニタリングすることによって決定される。本明細書においてするとき、「全生存期間
」という語句は、ＣＲＰＣであると診断された日又は治療を開始した日のいずれか（すな
わち患者生存中）から原因を問わず亡くなるまでの期間を指す。
【００１５】
いくつかの実施形態において、本開示の方法は、患者がＣＲＰＣと共存する（治療中及
び治療後）期間の見込みを予測するものであり、ここでＣＲＰＣは悪化しない。他の実施
形態では、本開示の方法により、（ＣＲＰＣであると診断された日又は治療を開始した日
のいずれかからの）患者が生存するであろう期間の見込みが予測される。更に他の実施形
態では、本開示の方法により、両方の見込みが予測される。
【００１６】
本明細書においてするとき、「少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカー」という語句
は、腫瘍サブタイプを有する患者の指示薬として使用することができる単一ｍＲＮＡバイ
オマーカー又はｍＲＮＡバイオマーカー群（すなわち、２つ又はそれ以上の関連バイオマ
ーカー）で、ＡＡ及びプレドニゾンを用いた療法に対する反応性を改善し得るもの、並び
に／又はＣＲＰＣにおけるＡＡ及びプレドニゾンに対する一次耐性（すなわち応答）を予
測し得るものを指す。例示的な単一ｍＲＮＡバイオマーカーは、表１に記載されており、
ＡＮＬＮ、ＨＳＤ１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、及びＵＢＥ２Ｃが
挙げられるが、これらに限定されない。例示的なｍＲＮＡバイオマーカー群は、表１に記
載されており、ＣＹＰ１７Ａ１及び補助因子（ＣＹＢ５Ａ、ＣＹＰ１７Ａ１、ＣＹＰ３Ａ
５、ＤＵＳＰ５、ＨＮＦ１Ａ、ＮＲ０Ｂ１、及びＰＯＲ）群、アンドロゲン制御群（ＡＫ
Ｒ１Ｃ３、ＦＫＢＰ５、及びＰＣＮＡ）、並びに多変量パネル（ＡＲ、ＣＹＰ２１Ａ２／
ＣＹＰ２１Ａ１Ｐ、ＨＬＡ−Ａ、ＩＧＪ、ＫＲＴ１７、ＬＣＮ２、及びＰＣＮＡ）が挙げ
られるが、これらに限定されない。
【００１７】
【表１】
2020115875.tif 000002
【００１８】
ゆえに、いくつかの実施形態において、「少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカー」
とは、ＡＮＬＮ、ＨＳＤ１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ
、又はこれらの任意の組み合わせが挙げられるがこれらに限定されない、１つ又は２つ以
上の単一ｍＲＮＡバイオマーカーを指す。他の実施形態において、「少なくとも１つのｍ
ＲＮＡバイオマーカー」とは、ＣＹＰ１７Ａ１及び補助因子群、アンドロゲン制御群、多
変量パネル、又はこれらの任意の組み合わせが挙げられるがこれらに限定されない、１つ
又は２つ以上のｍＲＮＡバイオマーカー群を指す。例えば、本方法のいくつかの態様にお
いて、ＣＹＰ１７Ａ１及び補助因子群は、ＣＹＢ５Ａ、ＣＹＰ１７Ａ１、ＣＹＰ３Ａ５、
ＤＵＳＰ５、ＨＮＦ１Ａ、ＮＲ０Ｂ１、及びＰＯＲを含む。本方法のいくつかの態様にお
いて、アンドロゲン制御群は、ＡＫＲ１Ｃ３、ＦＫＢＰ５、及びＰＣＮＡを含む。本方法
のいくつかの態様において、多変量パネルは、ＡＲ、ＣＹＰ２１Ａ２／ＣＹＰ２１Ａ１Ｐ
、ＨＬＡ−Ａ、ＩＧＪ、ＫＲＴ１７、ＬＣＮ２、及びＰＣＮＡを含む。更に他の実施形態
において、「少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカー」とは、ＡＮＬＮ、ＨＳＤ１７Ｂ
１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ１及び補助因子
群、アンドロゲン制御群、多変量パネル、又はこれらの任意の組み合わせが挙げられるが
これらに限定されない、１つ又は２つ以上の単一ｍＲＮＡバイオマーカー並びに１つ又は
２つ以上のｍＲＮＡバイオマーカー群を指す。
【００１９】
本明細書においてするとき、「ｃＤＮＡを遺伝子チップと接触させる」という語句は、
遺伝子発現を評価する目的で、患者の腫瘍試料に由来するｃＤＮＡを遺伝子チップと共に
インキュベーションするか又はその遺伝子チップに加える手技を指す。
【００２０】
いくつかの実施形態において、遺伝子チップは、少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマー
カー用プローブを含み、この少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＡＮＬＮ、Ｈ
ＳＤ１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ１及
び補助因子群、アンドロゲン制御群、多変量パネル、又はこれらの任意の組み合わせを含
む。他の実施形態において、遺伝子チップは、少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカー
用プローブから本質的になり、この少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＡＮＬ
Ｎ、ＨＳＤ１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７
Ａ１及び補助因子群、アンドロゲン制御群、多変量パネル、又はこれらの任意の組み合わ
せを含む。更に他の実施形態において、遺伝子チップは、少なくとも１つのｍＲＮＡバイ
オマーカー用プローブからなり、この少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーは、ＡＮ
ＬＮ、ＨＳＤ１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１
７Ａ１及び補助因子群、アンドロゲン制御群、多変量パネル、又はこれらの任意の組み合
わせを含む。
【００２１】
当業者に公知であるように、少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの発現レベルを
測定するために利用可能な手技には数多くのものがあり、定量的ＲＴ−ＰＣＲ、マイクロ
アレイ、ＲＮＡ配列決定、ナノストリング、又はこれらの任意の組み合わせが挙げられる
が、これらに限定されない。
【００２２】
本明細書においてするとき、「参照遺伝子」とは、ＧＡＰＤＨ、Ｈｓ９９９９９９０５
＿ｍ１、ＡＣＴＢ、Ｈｓ９９９９９９０３＿ｍ１、又はこれらの任意の組み合わせが挙げ
られるがこれらに限定されない、１つ又は２つ以上のハウスキーピング遺伝子を指す。
【００２３】
いくつかの実施形態において、参照遺伝子の発現レベルは、ハウスキーピング遺伝子の
幾何平均を含む。そのような実施形態において、少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカ
ーの発現レベルを参照遺伝子の発現レベルと比較することは、少なくとも１つのｍＲＮＡ
バイオマーカーの発現レベルをハウスキーピング遺伝子の幾何平均と比較することを含み
得る。例えば、単一ｍＲＮＡバイオマーカーの発現値は、本明細書中に援用されている「
Ｓｃｈｍｉｔｔｇｅｎ  ＴＤ，Ｌｉｖａｋ  ＫＪ．Ａｎａｌｙｚｉｎｇ  ｒｅａｌ−ｔｉ
ｍｅ  ＰＣＲ  ｄａｔａ  ｂｙ  ｔｈｅ  ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ  ＣＴ  ｍｅｔｈｏｄ
．」（Ｎａｔｕｒｅ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ．２００８；３：１１０１〜１１０８）に記載
されている比較ＣＴ法を用いて計算することができる。手短に言えば、正規化係数は、ハ
ウスキーピング遺伝子の幾何平均を用いて、各試料に対して計算することができる。全て
の他の転写産物の相対的な発現値は、ＣＴと正規化係数との差分として定量することがで
きる。続いて、発現とＣＴとの逆相関を考慮に入れるため、相対的な発現値をＮＯＴ演算
することにより、転写産物の発現を計算することができる（これは、２＾（−ΔＣＴ）の
ｌｏｇ２変換に等しい）。
【００２４】
他の実施形態において、バイオマーカー群の発現レベルを参照遺伝子の発現レベルと比
較することは、遺伝子単位で正規化することと、バイオマーカー群中のメンバー遺伝子を
集計することと、を含み得る。例えば、上述した比較ＣＴ法を使用してバイオマーカー群
の発現レベルを最初に正規化することも可能であるし、バイオマーカー群に関して、集計
されたスコアを、バイオマーカー群中のメンバー遺伝子のｚスコアのメジアン（例えば、
試料中の発現から平均発現を減算してから発現の標準偏差で除算して得られた変換値）を
計算することによって導き出すことも可能である。
【００２５】
他の実施形態において、バイオマーカーの多変量パネルは、時間事象データの罰則付き
回帰を使用して導き出すことができる。一連のデータを使用して、モデルパラメータを指
定し、かつ交差検証によって、情報提供的な（informative）バイオマーカーを選択する
ことができる。バイオマーカー発現がＸの個人について、平均的患者に対して事象を経験
するリスクは、ｅｘｐ（Ｘβ）により与えられ、式中、βは、モデルを定義する際に使用
されたデータ内の時間事象とバイオマーカー発現との関連に基づいて定義された対数ハザ
ード比であり、ｅｘｐは、指数関数である。この方法では、バイオマーカー発現に基づき
、各個々の患者の相対的リスクを予測することができる。相対的リスクは、患者が生存事
象を経験するか又は患者の低リスク群と高リスク群を示すのに二分され得る確率の連続イ
ンデックスとして評価することができる。
【００２６】
いくつかの実施形態では、患者試料において、ＡＮＬＮ、ＨＳＤ１７Ｂ１０、ＮＵＳＡ
Ｐ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ１及び補助因子群、アンドロゲ
ン制御群、又はこれらの任意の組み合わせの発現レベルが参照遺伝子の発現レベルに対し
て増加したことが、ｒＰＦＳ、ＯＳ又はこれらの組み合わせの増加を示唆する。
【００２７】
本明細書には、ＣＰＲＣを有する患者においてＡＡでの治療後の生存の見込みを予測す
る方法が記載されており、本方法は、
（ａ）ＡＡでの治療に先立って得られる患者の腫瘍試料由来のｃＤＮＡを遺伝子チップ
と接触させる工程であって、前記遺伝子チップが、少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマー
カー用プローブを含み、少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーが、ＡＮＬＮ、ＨＳＤ
１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ１及び補
助因子群、アンドロゲン制御群、又はこれらの任意の組み合わせを含む、工程と、
（ｂ）少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの発現レベルを測定する工程と、
（ｃ）少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの発現レベルを参照遺伝子の発現レベ
ルと比較する工程であって、患者試料において、ＡＡでの治療後に、ＡＮＬＮ、ＨＳＤ１
７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ１及び補助
因子群、アンドロゲン制御群、又はこれらの任意の組み合わせの発現レベルが参照遺伝子
の発現レベルに対して相対的に増加したことが、前記患者の無増悪生存期間、全生存期間
又はその両方の見込みの増加を示唆する、工程と、
（ｄ）前記患者を治療上有効量のＡＡ及びプレドニゾンで治療する工程と、
を含む。
【００２８】
いくつかの実施形態では、患者試料において、ＡＡでの治療後に、多変量パネル群の発
現レベルが参照遺伝子の発現レベルに対して減少したことが、前記患者の無増悪生存期間
の見込みの増加を示唆する。
【００２９】
本明細書には、ＣＰＲＣを有する患者においてＡＡでの治療後の生存の見込みを予測す
る方法が記載されており、本方法は、
（ａ）ＡＡでの治療に先立って得られる患者の腫瘍試料由来のｃＤＮＡを遺伝子チップ
と接触させる工程であって、前記遺伝子チップが、少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマー
カー用プローブを含み、少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーが、多変量パネル群を
含む、工程と、
（ｂ）少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの発現レベルを測定する工程と、
（ｃ）少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの発現レベルを参照遺伝子の発現レベ
ルと比較する工程であって、患者試料において、ＡＡでの治療後に、多変量パネル群の発
現レベルが参照遺伝子の発現レベルに対して減少したことが、前記患者の無増悪生存期間
の見込みの増加を示唆する、工程と、
（ｄ）前記患者を治療上有効量のＡＡ及びプレドニゾンで治療する工程と、
を含む。
【００３０】
いくつかの実施形態では、患者試料において、ＡＮＬＮ、ＨＳＤ１７Ｂ１０、ＮＵＳＡ
Ｐ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ１及び補助因子群、又はアンド
ロゲン制御群の発現レベルが参照遺伝子の発現レベルに対して増加したことは、ＡＡでの
治療後に前記患者の無増悪生存期間、全生存期間、又はその両方の見込みの増加を示唆し
、患者試料において、ＡＡでの治療後に、多変量パネル群の発現レベルが参照遺伝子の発
現レベルに対して減少したことは、前記患者の無増悪生存期間の見込みの増加を示唆する
。
【００３１】
いくつかの実施形態では、少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの発現レベルが、
患者母集団からの少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーのメジアン発現値に対して増
加又は減少したことにより、ｒＰＦＳ及び／又はＯＳの増加が示される。例示的なメジア
ン発現値は、本明細書中の表４に記載されている。他の実施形態では、ＡＮＬＮ、ＨＳＤ
１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ１及び補
助因子群、又はアンドロゲン制御群の発現が参照遺伝子に対して任意のレベルで増加した
によって、あるいは多変量パネル群の発現レベルが参照遺伝子に対して減少したことによ
って、ｒＰＦＳ及び／又はＯＳの増加が示される。例えば、制限することを意図しないが
、表３に例示されているハザード比（ＨＲ）は、少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカ
ーの相対的な発現と転帰（例えば、ｒＰＦＳ又はＯＳ）との関連の強度を示す。それゆえ
に、ＡＮＬＮの相対的な発現の単位増加（unit increase）によって、例えば、ｒＰＦＳ
事象のハザードが１６パーセント（すなわち、１−０．８４＝０．１６）減少する。少な
くとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの発現値が、ｌｏｇ２変換されたため、変化の単位
は、参照遺伝子の発現レベルに対して２倍の差分に等しい。
【００３２】
腫瘍試料からＲＮＡを単離する手技としては、数多くのものが公知であり、Ｑｉａｇｅ
ｎ製のＡｌｌＰｒｅｐ  ＤＮＡ／ＲＮＡＦＦＰＥキット及びＡｍｂｉｏｎ製のＲｅｃｏｖ
ｅｒａｌｌキットのような市販のキットが挙げられるが、これらに限定されない。加えて
、単離されたＲＮＡからｃＤＮＡを合成する方法（例えば、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏ
ｇｉｅｓ製のＨｉｇｈ  Ｃａｐａｃｉｔｙ  ｃＤＮＡ  Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｔｒａｎｓｃｒ
ｉｐｔｉｏｎ  Ｋｉｔの使用が挙げられるがこれに限定されない方法）は、当業者に公知
であろう。
【００３３】
本明細書においてするとき、「治療（treating）」は、ＣＲＰＣ及び／又は付随症状が
軽減、改善、緩和、逆転、抑制、予防及び／又は排除されるように、患者に対し治療上効
果量のＡＡ及びプレドニゾンを投与することを含む。また、治療には、症状の重篤度及び
／又は頻度の低下、症状及び／又は根元的な原因の排除、症状発生及び／又はその根元的
な原因の予防、並びにＣＲＰＣに起因する損傷の改善又は修復が包含される。
【００３４】
いくつかの実施形態では、ＡＡ（ＣＢ７６３０）及びプレドニゾンが同時投与される。
例えば、ＡＡ及びプレドニゾンは、いずれかの順序で又は同時に逐次的に投与され得る。
【００３５】
「治療上効果量のＡＡ及びプレドニゾン」は、ＣＲＰＣのステージ及び重篤度、並びに
患者の健康に関連する他の因子が挙げられるがこれらに限定されない、いくつかの因子に
依存する。治療上効果量の定量方法は、当業者に公知であろう。
【００３６】
いくつかの実施形態において、少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの発現増加を
呈する患者は、非転移性又は初期ＣＲＰＣを有し得る。他の実施形態において、少なくと
も１つのｍＲＮＡバイオマーカーの発現増加を呈する患者は、転移性又は後期ＣＲＰＣを
有し得る。
【実施例】
【００３７】
実験計画
ＣＯＵ−ＡＡ−３０２は、医学的に若しくは外科的去勢性無症候性又は中等度症候性の
、細胞毒性化学療法を受けていないｍＣＲＰＣを有する男性において、ＡＡ及びプレドニ
ゾン（ＡＡ＋Ｐ）の効能及び安全性をプラセボ及びプレドニゾン（プラセボ＋Ｐ）と比較
する第ＩＩＩ相多国籍無作為二重盲検プラセボ対照研究である。「Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｓ
ｔｕｄｙ  Ｐｒｏｔｏｃｏｌ：Ａ  Ｐｈａｓｅ  ３  Ｒａｎｄｏｍｉｚｅｄ，Ｄｏｕｂｌ
ｅ−ｂｌｉｎｄ，Ｐｌａｃｅｂｏ−ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  Ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  Ａｂｉｒ
ａｔｅｒｏｎｅ  Ａｃｅｔａｔｅ（ＣＢ７６３０）Ｐｌｕｓ  Ｐｒｅｄｎｉｓｏｎｅ  ｉ
ｎ  Ａｓｙｍｐｔｏｍａｔｉｃ  ｏｒ  Ｍｉｌｄｌｙ  Ｓｙｍｐｔｏｍａｔｉｃ  Ｓｕｂ
ｊｅｃｔｓ  ｗｉｔｈ  Ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ  Ｃａｓｔｒａｔｉｏｎ  Ｒｅｓｉｓｔａ
ｎｔ  Ｐｒｏｓｔａｔｅ  Ｃａｎｃｅｒ」（プロトコルＣＯＵ−ＡＡ−３０２；Ｅｕｄｒ
ａＣＴ  Ｎｏ．２００８−００８００４−４１；０９  Ｊｕｌ  ２０１２）において考察
されているように、患者をＡＡ＋Ｐ又はプラセボ＋Ｐのいずれかを投与されるように１：
１の比率で割り当て、ＥＣＯＧパフォーマンスステータス（０又は１）に基づいて分類し
た。
【００３８】
研究ＣＯＵ−ＡＡ−３０２における全ての対象は、治療群に関係なく、プレドニゾンを
併用投与された。「Ｃｌｉｎｉｃａｌ  Ｓｔｕｄｙ  Ｒｅｐｏｒｔ：ＣＳＲ  ＣＯＵ−Ａ
Ａ−３０２  ２０１２．Ａ  Ｐｈａｓｅ  ３，Ｒａｎｄｏｍｉｚｅｄ，Ｄｏｕｂｌｅ−Ｂ
ｌｉｎｄ，Ｐｌａｃｅｂｏ−Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ  Ｓｔｕｄｙ  ｏｆ  Ａｂｉｒａｔｅ
ｒｏｎｅ  Ａｃｅｔａｔｅ  Ｐｌｕｓ  Ｐｒｅｄｎｉｓｏｎｅ  ｉｎ  Ａｓｙｍｐｔｏｍ
ａｔｉｃ  ｏｒ  Ｍｉｌｄｌｙ  Ｓｙｍｐｔｏｍａｔｉｃ  Ｓｕｂｊｅｃｔｓ  Ｗｉｔｈ
Ｍｅｔａｓｔａｔｉｃ  Ｃａｓｔｒａｔｉｏｎ−Ｒｅｓｉｓｔａｎｔ  Ｐｒｏｓｔａｔ
ｅ  Ｃａｎｃｅｒ」（Ｉｓｓｕｅ  Ｄａｔｅ：２６  Ｏｃｔｏｂｅｒ  ２０１２）を参照
のこと。ＡＡ＋Ｐを投与された対象を、本明細書中では「ＡＡ群」と呼び、表中では「Ａ
Ａ」と呼ぶ。プラセボ＋Ｐを投与された対象を、本明細書中では「プラセボ群」と呼び、
表中では「プラセボ」と呼ぶ。研究に関する更なる詳細は、ＣＯＵ−ＡＡ−３０２臨床研
究プロトコル又は臨床研究レポートから得ることができる。
【００３９】
バイオマーカー試料の採取及び処理
任意選択的にＲＮＡ解析に対して同意した対象２５８名からのホルマリン固定・パラフ
ィン包埋（ＦＦＰＥ）腫瘍試料を採取し、ＲＮＡ解析用にセントラルラボラトリー（Ｃｏ
ｖａｎｃｅ，ＩＮ）に発送した。対象１５２名からのＦＦＰＥ試料は、ＴａｑＭａｎ（登
録商標）Ｌｏｗ  Ｄｅｎｓｉｔｙ  Ａｒｒａｙ（ＴＬＤＡ）解析用の十分なＲＮＡを有し
ていた。他の対象１０６名からの試料は、腫瘍がないか又はＲＮＡ収率が低いかのいずれ
かであるため、除外した。ＴＬＤＡにより評価された試料１５２個のうち、対象４２名か
らの試料は、技術的な失陥がある（検出可能な遺伝子発現がないか、又は腫瘍含量が低い
若しくはＲＮＡ入力質量が低い［総ＲＮＡが２５０ｎｇを下回る］試料の顕微解剖により
バッチ作用が誘発される）ため、データ解析から除外した。ＩＴＴ母集団の一部（１０％
）であり、かつ評価項目（ｒＰＦＳ、ＯＳ）の少なくとも１つに関する臨床データを有す
る、薬物に曝露された対象１１０名（バイオマーカー母集団）から得た残りの評価可能な
試料を、解析に含めた。これらの対象から得た試料を、ＴａｑＭａｎ（登録商標）アレイ
マイクロ流体カードを使用してｍＲＮＡ解析に含めた。
【００４０】
遺伝子発現のプロファイリング用に、ＣＹＰ１７Ａ１及び補助因子（ＣＹＰ１７、Ｐ４
５０レダクターゼ、及びシトクロムｂ５）の他に、ＡＲ及びそのスプライス変異体（ＡＲ
完全長、ＡＲ  Ｖ７、及びＡＲ５６７ＥＳ）など、９６個のｍＲＮＡを選択した。また、
アンドロゲンシグナリング、増殖、細胞成長、免疫反応、及びステロイド産生遺伝子をは
じめとする、主要生物学的経路を表す遺伝子も、解析に含めた。
【００４１】
試料解析の方法
ＲＮＡ抽出
ＦＦＰＥ試料由来のＲＮＡは、初めに、メーカーの指示により、Ｑｉａｇｅｎ製のＡｌ
ｌＰｒｅｐ  ＤＮＡ／ＲＮＡＦＦＰＥキットを使用して、セントラルラボラトリー（Ｃｏ
ｖａｎｃｅ  Ｇｅｎｏｍｉｃｓ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｓｅａｔｔｌｅ，ＷＡ）により
抽出された。ＲＮＡ収率が低いことが原因で抽出手技に失敗した試料中のＲＮＡ収率を向
上させる目的で、残りの試料に対してはＡｍｂｉｏｎ  Ｒｅｃｏｖｅｒａｌｌキットを使
用した。メーカーの推奨事項に従ってＲＮＡ試料をＤＮアーゼで処理し、ＲＮＡ量をＲｉ
ｂｏＧｒｅｅｎで測定した。
【００４２】
ｃＤＮＡの合成、前置増幅、及びマイクロアレイ
供給メーカーのプロトコルに従い、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ製のＨｉｇｈ
Ｃａｐａｃｉｔｙ  ｃＤＮＡ  Ｒｅｖｅｒｓｅ  Ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ  Ｋｉｔ
ｗｉｔｈ  ＲＮａｓｅ  Ｉｎｈｉｂｉｔｏｒ（カタログ番号４３７４９６７）を用いて
、若干の修正を行い（使用反応容積を２０μＬとする代わりに３０μＬとして）、ｃＤＮ
Ａの合成を実施した。低収率ＲＮＡ（総ＲＮＡ使用量が１５０ｎｇ）の試料のサブセット
を除外して、ｃＤＮＡの合成に総ＲＮＡ  ２５０ｎｇを使用したが、その後に、これらの
試料は、バッチ作用があることから、統計解析から除外した。
【００４３】
供給メーカーのプロトコルに従い、Ｌｉｆｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ製のＴａｑＭ
ａｎ（登録商標）ＰｒｅＡｍｐ  Ｍａｓｔｅｒ  Ｍｉｘ  Ｋｉｔ（カタログ番号４３８４
２６７）を使用して、前置増幅を実施した。供給メーカーのプロトコルに従い、ＲＮＡの
解析及びラン（run）にＡｐｐｌｉｅｄ  Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ製のＴａｑＭａｎ（登録
商標）Ａｒｒａｙ  Ｍｉｃｒｏｆｌｕｉｄｉｃ  Ｃａｒｄｓを使用した。このカードを、
ＡＢＩ  ７９００  ＨＴ  Ｓｙｓｔｅｍでランした。
【００４４】
【表２−１】
2020115875.tif 000003
【００４５】
【表２−２】
2020115875.tif 000004
*領域は、プライマー領域を含む標的転写産物中の塩基を示す。
【００４６】
データの正規化
未処理の（raw）ＣＴ値をフィルター処理して、３０より大きい値を除外した。４重反
復試験のＣＴ値を、幾何平均を使用して要約した。発現値は、「Ｓｃｈｍｉｔｔｇｅｎ  
ＴＤ，Ｌｉｖａｋ  ＫＪ．Ａｎａｌｙｚｉｎｇ  ｒｅａｌ−ｔｉｍｅ  ＰＣＲ  ｄａｔａ
ｂｙ  ｔｈｅ  ｃｏｍｐａｒａｔｉｖｅ  Ｃｔ  ｍｅｔｈｏｄ．」（Ｎａｔｕｒｅ  Ｐ
ｒｏｔｏｃｏｌｓ．２００８；３：１１０１〜１１０８）に記載されている比較ＣＴ法を
用いて計算した。手短に言えば、正規化係数は、ハウスキーピング遺伝子（ＡＣＴＢ及び
ＧＡＰＤＨ）の幾何平均を用いて、各試料に対して計算した。全ての他の転写産物の相対
的な発現値を、ＣＴと正規化係数との差分として定量化した。発現及びＣＴとの逆相関を
考慮に入れるため、相対的な発現値をＮＯＴ演算することにより、転写産物の発現を計算
した。これは、２＾（ΔＣＴ）のｌｏｇ２変換に等しい。
【００４７】
統計解析
全ての統計検定を、５％有意水準（両側検定）にて解釈した。ＡＡ群中の臨床エンドポ
イントとバイオマーカーとの関連の特異性を決定するためには、ＡＡ群でＰ＜０．０５、
かつプラセボ群でＰ≧０．２であることが必須とされる。ＡＮＯＶＡ（連続変数）又はカ
イ二乗（分類変数）検定を用いて、バイオマーカー母集団とＩＴＴ母集団との間で人口統
計及びベースライン特性を比較した。
【００４８】
セントラルラボラトリーから受領されたバイオマーカーデータを以下の順序で処理した
。
・全てのバイオマーカーについて定量下限（ＬＬＯＱ）を下回る、４つの試料が除外さ
れた。
・少なくとも９５％の試料データが欠落しているか又はＬＬＯＱを下回る、７つのバイ
オマーカーも、除外された。
・同じ抽出方法論、レーザーキャプチャ顕微解剖（ＬＣＭ）方法論、及びＲＮＡ入力質
量を用いて生成された、複製試料を有する対象に対しては、平均値を用いた。
・バイオマーカーについてＬＬＯＱを下回った結果は、同じバイオマーカーに対して利
用可能な全ての値の最小値の半分により補完（impute）された。次いで、全てのバイオマ
ーカー値をｌｏｇ２変換した。
・バイオマーカー群の解析用に、バイオマーカー群中の全てのバイオマーカーから正規
化された値のメジアンを使用して、最初に、（全ての対象のバイオマーカー値−平均値）
／（全ての対象の標準偏差）を用いて全ての対象における各バイオマーカーの補完（impu
ted）値及びｌｏｇ２変換値についてｚスコアを計算してから、各群中の全ての遺伝子の
ｚスコアをメジアン値で集計して、バイオマーカー群の複合スコアを生成することにより
、各対象の複合スコアを決定した。
【００４９】
これらのデータと臨床エンドポイント（単独レビューによるｒＰＦＳ（ＩＮＤ）、調査
的レビューによるｒＰＦＳ（ＩＮＶ）、及びＯＳ）との関連を、次のように解析した。
・各治療群用及び総バイオマーカー母集団用のモデルにおいてベースラインＥＣＯＧス
コア（無作為化層別因子）及び各バイオマーカー値（連続）、又はバイオマーカー群（連
続）の複合スコアを使用して、Ｃｏｘ回帰を主な解析方法として実施した。
・ＲＮＡ抽出方法に対する修正を行うため、各治療群用及び総バイオマーカー母集団用
のモデルにおいてベースラインＥＣＯＧスコア、ＲＮＡ抽出方法（Ｑｉａｇｅｎ  Ａｌｌ
Ｐｒｅｐ又はＡｍｂｉｏｎ  Ｒｅｃｏｖｅｒａｌｌ）及び各バイオマーカー値（連続）、
又はバイオマーカー群（連続）の複合スコアを使用して、Ｃｏｘ回帰を実施した。
・メジアンによる二分されたバイオマーカーデータ（≧メジアン、又は＜メジアン）を
、各治療群に対し及び総バイオマーカー母集団に対し実施されたＣｏｘ回帰において使用
した。
・Ｃｏｘ回帰を用い、メジアンに基づいてバイオマーカーデータを二分することによっ
て定義されたバイオマーカー部分母集団おいて、治療群の比較を実施した。
・該当するｐ値（ＩＩＩ型）、ＨＲ、及び９５％信頼区間を、データ表中に各関連につ
いて示してある。
・有意性が最も高い（複数の臨床エンドポイントに対し一貫性のある関連をもつ）バイ
オマーカーに対し、カプラン−マイヤー方法を使用して、ｒＰＦＳ及びＯＳの分布を推定
した。
【００５０】
バイオマーカーの結果
人口統計及びベースライン特性
バイオマーカー母集団は概ね、ＣＯＵ−ＡＡ−３０２研究において全ＩＴＴ母集団の典
型であった（データは非公開）。ただし、このバイオマーカー母集団では、手術歴のある
対象が高頻度で見られ、北米以外の対象が高い割合で含まれていた。他の人口統計及びベ
ースライン特性には、統計的に有意な差分が観察されなかった。
【００５１】
遺伝子発現の頻度
検定された９４個のｍＲＮＡバイオマーカーのうち、８７個の非ハウスキーピングｍＲ
ＮＡが、少なくとも５％の試料中で発現した。検出可能な発現値を有する腫瘍の数は、遺
伝子ごとに異なった（データは非公開）。注目すべきことに、ＡＲ完全長は、検定された
全ての腫瘍に検出された一方、ＡＲ  Ｖ７は、試料の６５．５％において検出され、ＡＲ
５６７ＥＳの発現は、いずれの対象においても観察されなかった（データは非公開）。Ｃ
ＹＰ１７の検出可能な発現の頻度は、３０．９％であった（データは非公開）。
【００５２】
バイオマーカーとｒＰＦＳ（単独レビュー）−単一ｍＲＮＡバイオマーカーとの関連解
析
単一ｍＲＮＡバイオマーカー発現値とｒＰＦＳ（ＩＮＤ）との関連解析を、各治療群内
又は治療群の組み合わせ内でＣｏｘ回帰を用いて評価した。ベースラインＥＣＯＧスコア
及び無作為化層化因子を、モデル内に含めた。ＩＮＤによるｒＰＦＳとの一貫性のある関
連を示したバイオマーカー、及び他の臨床エンドポイントは、表３に要約されている。
【００５３】
検査された９４個のｍＲＮＡバイオマーカーのうち８つのバイオマーカーは、プラセボ
群（ｐ≧０．２）中でなくＡＡ群（ｐ＜０．０５）中のｒＰＦＳ（ＩＮＤ）との有意な関
連を示し、これは、これらのバイオマーカーの発現が、ＡＡの効能を予測し得ることを示
している（データは非公開）。これらのバイオマーカーには、ＣＹＰ１７補助因子（ＨＮ
Ｆ１Ａ）；ＡＲ調節遺伝子（ＫＬＫ３）、増殖マーカー（ＡＮＬＮ、ＮＵＳＡＰ１、ＵＢ
Ｅ２Ｃ）；ジヒドロテストステロン（ＤＨＴ）の「バックドア」合成における酵素である
ＨＳＤ１７Ｂ１０；Ｃ１９ステロイドの変換経路における酵素であるＳＲＤ５Ａ１；及び
ｍＲＮＡ前駆体スプライシング因子Ｆ１が含まれる。多変量Ｃｏｘ回帰モデルでＲＮＡ抽
出方法論に対し修正を行った後、ＡＮＬＮ（ＨＲ＝０．８６；ｐ＝０．０４１３）、ＨＳ
Ｄ１７Ｂ１０（ＨＲ＝０．７８；ｐ＝０．０３９６）、ＮＵＳＡＰ１（ＨＲ＝０．７８；
ｐ＝０．０２７２）、及びＳＲＤ５Ａ１（ＨＲ＝０．７９；ｐ＝０．０３６０）はＡＡ群
中のｒＰＦＳ（ＩＮＤ）と有意に関連した状態を維持し、ＵＢＥ２ＣはＡＡ群（ＨＲ＝０
．８８；ｐ＝０．０５８４）中のｒＰＦＳ（ＩＮＤ）と関連する傾向を示した。
【００５４】
また、メジアン発現をカットポイントとして使用してバイオマーカー発現を２値変数に
二分して、バイオマーカーとｒＰＦＳ（ＩＮＤ）との関連をＣｏｘ回帰を用いて評価した
。その結果は、バイオマーカーデータを連続変数として治療することにより為された解析
に類似していた（データは非公開）。
【００５５】
バイオマーカーとｒＰＦＳ（単独レビュー）−ｍＲＮＡバイオマーカー群との関連解析
バイオマーカー複合スコアとｒＰＦＳ（ＩＮＤ）との関連を、ＥＣＯＧスコアごとに層
化されたＣｏｘ回帰により評価した。ＡＫＲ１Ｃ３、ＦＫＢＰ５、及びＰＣＮＡを含めた
「アンドロゲン制御遺伝子」（バイオマーカー群の１つ）は、ＲＮＡ方法論に対する修正
の前（ＨＲ＝０．５７［０．３７、０．８８］；ｐ＝０．０１１５）及び修正の後（ＨＲ
＝０．６３［０．３９、０．９９］、ｐ＝０．０４６７）に、プラセボ群中でなくＡＡ群
中のｒＰＦＳ（ＩＮＤ）と有意に関連し、これは、ＡＡ治療に対する効能との関連を示唆
している。加えて、ＣＹＰ１７Ａ１及び補助因子群（ＣＹＢ５Ａ、ＣＹＰ１７Ａ１、ＣＹ
Ｐ３Ａ５、ＤＵＳＰ５、ＨＮＦ１Ａ、ＮＲ０Ｂ１、ＰＯＲ；ＨＲ＝０．４３［０．２１、
０．８９］；ｐ＝０．０２２４）も、プラセボ群中でなくＡＡ群中のｒＰＦＳ（ＩＮＤ）
と有意な関連を示した（表３を参照）。
【００５６】
バイオマーカーとｒＰＦＳ（試験責任医師のレビュー）−単一ｍＲＮＡバイオマーカー
との関連解析
ｒＰＦＳ（ＩＮＤ）に対する方法と同じ方法を使用して、単一ｍＲＮＡバイオマーカー
とｒＰＦＳ（ＩＮＶ）との関連を評価した。１２個のバイオマーカーは、プラセボ群中で
なくＡＡ群中のｒＰＦＳと関連していた（データは非公開）。これらのうち、５つのバイ
オマーカー−ＨＳＤ１７Ｂ１０、ＳＦ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＮＵＳＡＰ１、及びＳＲＤ５Ａ１
は、ｒＰＦＳ（ＩＮＤ）及びｒＰＦＳ（ＩＮＶ）の両方と関連していた（表３を参照）。
【００５７】
バイオマーカーとｒＰＦＳ（試験責任医師のレビュー）−ｍＲＮＡバイオマーカー群と
の関連解析
ｒＰＦＳ（ＩＮＤ）に対する方法と同じ方法を使用して、バイオマーカー群とｒＰＦＳ
（ＩＮＶ）との関連を評価した。４つのバイオマーカー群は、プラセボ群中でなくＡＡ群
中のｒＰＦと関連していた（データは非公開）。これらのなかで、２つのバイオマーカー
群、アンドロゲン制御遺伝子（ＨＲ＝０．５８；ｐ＝０．０２２０）及び拡散経路モジュ
ール（ＨＲ＝０．６３；ｐ＝０．０１３３）は、ｒＰＦＳ（ＩＮＤ）及びｒＰＦＳ（ＩＮ
Ｖ）の両方と関連していた。
【００５８】
バイオマーカーとＯＳ−単一ｍＲＮＡバイオマーカーとの関連解析
ｒＰＦＳ（ＩＮＤ）に対する方法と同じ方法を使用して、単一ｍＲＮＡバイオマーカー
とＯＳとの関連を評価した。１１個のバイオマーカーは、プラセボ群中でなくＡＡ群中の
ＯＳと関連していた（データは非公開）。これらのなかでＳＦ１は、ｒＰＦＳ（ｒＰＦＳ
ＩＮＤ：ＨＲ＝０．８２；ｐ＝０．０２１４；ｒＰＦＳ  ＩＮＶ：ＨＲ＝０．７８；ｐ
＝０．００９５）及びＯＳ（ＨＲ＝０．６７［０．５０、０．８９］；ｐ＝０．００６６
）の両方と関連していた。
【００５９】
バイオマーカーとＯＳ−ｍＲＮＡバイオマーカー群との関連解析
ｒＰＦＳ（ＩＮＤ）に対する方法と同じ方法を使用して、バイオマーカー群とＯＳとの
関連を評価した。５つのバイオマーカー群は、プラセボ群中でなくＡＡ群中のＯＳと関連
していた（データは非公開）。これらのなかで、２つのバイオマーカー群、アンドロゲン
制御遺伝子（ｒＰＦＳ  ＩＮＤ：ＨＲ＝０．５７；ｐ＝０．０１１５；ＯＳ：ＨＲ＝０．
３１；ｐ＝０．００３７）、並びにＣＹＰ１７Ａ１及び補助因子（ｒＰＦＳ  ＩＮＤ：Ｈ
Ｒ＝０．４３；ｐ＝０．０２２４；ＯＳ：ＨＲ＝０．２０；ｐ＝０．０１５６）は、ｒＰ
ＦＳ及びＯＳの両方に関連していた。
【００６０】
【表３】
2020115875.tif 000005
バイオマーカー又はバイオマーカー群は、プラセボアーム（Ｐ≧０．２）中でなくＡＡ
群（Ｐ＜０．０５）中のｒＰＦＳと関連していた。バイオマーカー発現とＡＡ群中又はプ
ラセボ群中のｒＰＦＳとの関連は、Ｃｏｘ回帰を用いて決定された。Ｐ値は、関連の有意
性を示す。ハザード比（ＨＲ）は、関連の大きさを示す。
【００６１】
要約統計量
観察（Ｎ）の回数、発現平均偏差及び標準偏差、メジアン発現、第１四分位及び第３四
分位、並びに各バイオマーカーの最小及び最大発現レベルをはじめとする要約統計量を、
表４に示す。
【００６２】
【表４】
2020115875.tif 000006
【００６３】
係数は、バイオマーカー発現のＣｏｘ回帰モデルと、放射線学的無増悪生存期間までの
時間に対するベースラインＥＣＯＧステータスと、から導き出されたものである。表５は
、各マーカーのモデルパラメータを示す。これらの値を使用して、バイオマーカーの発現
及びベースラインＥＣＯＧステータスをｒＰＦＳの相対的リスクに変換することができる
。
【００６４】
【表５】
2020115875.tif 000007
【００６５】
多変量ＡＡ応答バイオマーカーの最適化及び検証
罰則付き回帰を使用して多変量バイオマーカーパネルを同定し、放射線学的無増悪生存
期間を予測する分類子を定義した。特徴選択及びモデル仕様のためのＥｌａｓｔｉｃ  Ｎ
ｅｔアプローチを用いて、モデルを定義した。７０％−３０％スプリットを用いて、デー
タを訓練事例集合とテスト事例集合とに分類した。訓練データの内で１０分割交差検証を
用いて、モデルパラメータを定義した。Ｅｌａｓｔｉｃ  Ｎｅｔモデルは、２つのパラメ
ータ（α及びλ（lambda））を有する。αは、Ｅｌａｓｔｉｃ  Ｎｅｔの罰則であり、モ
デルの複雑さを制限する目的で適用される罰則の具体的な組み合わせを決定する。λは、
複雑さの制限を目的に使用されたパラメータの大きさを決定する、正則化用の罰則である
。交差検証を用いてα及びλを最適化した後、この値を使用して、訓練データに対してＣ
ｏｘ回帰モデルを定義した。このモデルは、訓練事例集合における全ての対象に対する無
増悪生存期間の相対的リスクを予測するのに用いられる。その後、時間依存ＲＯＣ解析を
用いてモデルの予知力を決定し、放射線学的増悪（radiographic progression）を有する
対象の９０％に疾患の再発が観察されたタイムポイント（ｔ＝２０．４８か月）にて、相
対的リスクを、低リスクと高リスクとに関連する２つの群に二分した。このモデル（回帰
係数、タイムポイント及びカットオフからなり、低リスクと高リスクとを区別するモデル
）を適用することによって、単独の検定データにおいて対象の相対的リスクを予測し、予
知力を評価して、分類子の時間事象との関連を評価した。この評価を、プラセボデータに
対して繰り返すことによって、この分類子が、アビラテロンに対する反応を予測するもの
であって、治療とは独立に転帰の前兆となるものではないことを確認した。モデル構築プ
ロセスに用いられる特徴には、試料の５０％超にて検出された全ての単一遺伝子マーカー
が含まれ、発現の低い遺伝子は除外された。モデルを、α＝０．５かつλ＝０．２０９に
なるように最適化した。これらのパラメータを使用して、表６に記載されているように、
最適化された生存モデルを定義した。
【００６６】
【表６】
2020115875.tif 000008
*βは、関連マーカー用に最適化された回帰係数を示す。
【００６７】
表７は、これらのモデルのパフォーマンスを単独の検定データ及びプラセボ群データに
関して説明した予測的メトリクスを記載する。
【００６８】
【表７】
2020115875.tif 000009
データは、使用されたデータセット（すなわち、単独の検定セット又はプラセボデータ
）を示す。
ＫＭは、時間ｔにおけるカプラン−マイヤー生存評価を示す。
ＡＵＣは、時間ｔにおけるＲＯＣ曲線下面積を示す。
【００６９】
表８は、分類子予測と放射線学的無増悪生存期間までの時間との間の関連を説明した統
計を記載する。
【００７０】
【表８】
2020115875.tif 000010
【手続補正書】
【提出日】令和2年5月1日(2020.5.1)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
明細書に記載の発明。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００７０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００７０】
【表８】
2020115875.tif 000011
以下の態様が包含され得る。
［１］  ＣＲＰＣを有する患者においてＡＡでの治療後の生存の見込みを予測する方法であって、
（ａ）ＡＡでの治療に先立って得られる前記患者の腫瘍試料由来のｃＤＮＡを遺伝子チップと接触させる工程であって、前記遺伝子チップが、少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカー用プローブを含み、前記少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーが、ＡＮＬＮ、ＨＳＤ１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ１及び補助因子群、アンドロゲン制御群、多変量パネル群、又はこれらの任意の組み合わせを含む、工程と、
（ｂ）前記少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの発現レベルを測定する工程と、
（ｃ）前記少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの前記発現レベルを参照遺伝子の発現レベルと比較する工程であって、前記患者試料において、前記ＡＮＬＮ、ＨＳＤ１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ１及び補助因子群、アンドロゲン制御群、又はこれらの任意の組み合わせの前記発現レベルが前記参照遺伝子の前記発現レベルに対して増加したことが、ＡＡでの治療後に、前記患者の無増悪生存期間、全生存期間、又はその両方の見込みの増加を示唆し、あるいは、前記患者試料において、前記多変量パネル群の発現レベルが前記参照遺伝子の前記発現レベルに対して減少したことが、ＡＡでの治療後に、前記患者の無増悪生存期間の見込みの増加を示唆する、工程と、
（ｄ）前記患者を治療上有効量のＡＡ及びプレドニゾンで治療する工程と、
を含む、方法。
［２］  ＣＲＰＣを有する患者においてＡＡでの治療後の生存の見込みを予測する方法であって、
（ａ）前記患者の腫瘍試料からＲＮＡを単離する工程と、
（ｂ）前記ＲＮＡからｃＤＮＡを合成する工程と、
（ｃ）前記腫瘍試料由来の少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの発現レベルを測定する工程であって、前記少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーが、ＡＮＬＮ、ＨＳＤ１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ１及び補助因子群、アンドロゲン制御群、多変量パネル群、又はこれらの任意の組み合わせを含み、前記発現レベルが定量的ＲＴ−ＰＣＲで測定される、工程と、
（ｄ）前記少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの、参照遺伝子の発現に対する相対的な発現を決定する工程であって、前記患者試料において、前記ＡＮＬＮ、ＨＳＤ１７Ｂ１０、ＮＵＳＡＰ１、ＳＦ１、ＳＲＤ５Ａ１、ＵＢＥ２Ｃ、ＣＹＰ１７Ａ１及び補助因子群、アンドロゲン制御群、又はこれらの任意の組み合わせの前記発現レベルが前記参照遺伝子の前記発現レベルに対して増加したことが、ＡＡでの治療後に、前記患者の無増悪生存期間、全生存期間、又はその両方の見込みの増加を示唆し、あるいは、前記患者試料において、前記多変量パネル群の発現レベルが前記参照遺伝子の前記発現レベルに対して減少したことが、ＡＡでの治療後に、前記患者の無増悪生存期間の見込みの増加を示唆する、工程と、
（ｅ）前記患者を治療上有効量のＡＡ及びプレドニゾンで治療する工程と、
を含む、方法。
［３］  前記ＣＹＰ１７Ａ１及び補助因子群が、ＣＹＢ５Ａ、ＣＹＰ１７Ａ１、ＣＹＰ３Ａ５、ＤＵＳＰ５、ＨＮＦ１Ａ、ＮＲ０Ｂ１、及びＰＯＲを含む、上記［１］又は［２］に記載の方法。
［４］  前記アンドロゲン制御群が、ＡＫＲ１Ｃ３、ＦＫＢＰ５、及びＰＣＮＡを含む、上記［１］又は［２］に記載の方法。
［５］  前記多変量パネル群が、ＡＲ、ＣＹＰ２１Ａ２／ＣＹＰ２１Ａ１Ｐ、ＨＬＡ−Ａ、ＩＧＪ、ＫＲＴ１７、ＬＣＮ２、及びＰＣＮＡを含む、上記［１］又は［２］に記載の方法。
［６］  前記少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーの前記発現レベルが、患者母集団からの前記少なくとも１つのｍＲＮＡバイオマーカーのメジアン発現値に対して増加する、上記［１］〜［５］のいずれか一項に記載の方法。
［７］  前記患者が、非転移性又は初期ＣＲＰＣを有する、上記［１］〜［６］のいずれか一項に記載の方法。
【外国語明細書】
2020115875000001.pdf