(57)【要約】      （修正有）【課題】がん、特にヒト腎細胞がんの病理発生をより良く理解し、新しい治療ターゲットを特定する方法の提供。【解決手段】個体からのサンプルがＭｉＴバイオマーカーを発現するかどうかを決定する工程を含む、ＭｉＴバイオマーカー発現を決定する（ＭｉＴバイオマーカーの存在を決定する）ための方法が提供される。幾つかの実施態様では、ＭｉＴはＭＩＴＦである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴはＴＦＥＢである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴはＴＦＥＣである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴはＴＦＥ３である。幾つかの実施態様では、ＭｉＴはＳＢＮＯ２である。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
個体からの試料がＭｉＴバイオマーカーを発現するかどうかを決定する工程を含む、ＭｉＴバイオマーカーの発現を決定する（ＭｉＴバイオマーカーの存在を決定する）ための方法。
【請求項２】
ＭｉＴがＭＩＴＦである、請求項１に記載の方法。
【請求項３】
ＭｉＴがＴＦＥＢである、請求項１に記載の方法。
【請求項４】
ＭｉＴがＴＦＥＣである、請求項１に記載の方法。
【請求項５】
ＭｉＴがＴＦＥ３である、請求項１に記載の方法。
【請求項６】
ＭｉＴがＳＢＮＯ２である、請求項１に記載の方法。
【請求項７】
バイオマーカーの存在が、（例えば参照発現レベルと比較して）上昇したバイオマーカー発現レベルの存在によって示される、請求項１から６の何れか一項に記載の方法。
【請求項８】
一又は複数のバイオマーカーが、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子の転座又は逆位（例えば、再編成及び／又は融合）を含む、請求項１から６の何れか一項に記載の方法。
【請求項９】
転座がＭＩＴＦ転座である、請求項８に記載の方法。
【請求項１０】
ＭＩＴＦ転座がＡＣＴＧ１とＭＩＴＦを含む、請求項９に記載の方法。
【請求項１１】
ＭＩＴＦ転座がＡＣＴＧ１エクソン３を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１２】
ＭＩＴＦ転座がＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１３】
ＭＩＴＦ転座が配列番号：１３及び／又は３０を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１４】
ＭＩＴＦ転座が配列番号：３０を含む、請求項１０に記載の方法。
【請求項１５】
ＭＩＴＦ転座が、配列番号：１１及び／又は１２からなるか又は配列番号：１１及び／又は１２を含むプライマーによって検出可能である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１６】
ＭＩＴＦ転座が、配列番号：９、１０、１１及び／又は１２からなるか又は配列番号：９、１０、１１及び／又は１２を含むプライマーによって検出可能である、請求項１０に記載の方法。
【請求項１７】
ＭＩＴＦ転座がＡＣＴＧ１プロモーターによって駆動される、請求項８に記載の方法。
【請求項１８】
ＭＩＴＦ転座がＡＰ３Ｓ１とＭＩＴＦを含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項１９】
ＭＩＴＦ転座がＡＰ３Ｓ１エクソン３を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２０】
ＭＩＴＦ転座がＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む、請求項１７に記載の方法。
【請求項２１】
ＭＩＴＦ転座がＡＰ３Ｓ１プロモーターによって駆動される、請求項１７に記載の方法。
【請求項２２】
転座がＴＦＥＢ転座である、請求項８に記載の方法。
【請求項２３】
ＴＦＥＢ転座がＣＬＴＣとＴＦＥＢを含む、請求項２２に記載の方法。
【請求項２４】
ＴＦＥＢ転座がＣＬＴＣエクソン１７を含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２５】
ＴＦＥＢ転座がＣＬＴＣエクソン１７とＴＦＥＢエクソン６を含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２６】
ＴＦＥＢ転座が配列番号：１９を含む、請求項２３に記載の方法。
【請求項２７】
ＴＦＥＢ転座が、配列番号：１７及び／又は１８からなるか又は配列番号：１７及び／又は１８を含むプライマーによって検出可能である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２８】
ＴＦＥＢ転座が、配列番号：１５、１６、１７及び／又は１８からなるか又は配列番号：１５、１６、１７及び／又は１８を含むプライマーによって検出可能である、請求項２３に記載の方法。
【請求項２９】
ＴＦＥＢ転座がＣＬＴＣプロモーターによって駆動される、請求項２３に記載の方法。
【請求項３０】
転座がＳＢＮＯ２逆位である、請求項８に記載の方法。
【請求項３１】
ＳＢＮＯ２転座逆位がＭＩＤＮとＳＢＮＯ２を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３２】
ＳＢＮＯ２逆位がＭＩＤＮプロモーターを含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３３】
ＳＢＮＯ２逆位がＭＩＤＮプロモーターとＳＢＮＯ２エクソン１を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３４】
ＳＢＮＯ２逆位が配列番号：２５を含む、請求項３０に記載の方法。
【請求項３５】
ＳＢＮＯ２逆位が、配列番号：２３及び／又は２４からなるか又は配列番号：２３及び／又は２４を含むプライマーによって検出可能である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３６】
ＳＢＮＯ２逆位が、配列番号：２１、２２、２３、及び／又は２５からなるか又は配列番号：２１、２２、２３、及び／又は２５を含むプライマーによって検出可能である、請求項３０に記載の方法。
【請求項３７】
ＳＢＮＯ２逆位がＣＬＴＣプロモーターによって駆動される、請求項３０に記載の方法。
【請求項３８】
ＭｉＴ転座が、（例えばＭｉＴ転座のない参照と比較して）上昇したＭＥＴの発現レベルを生じる、請求項１から３７の何れか一項に記載の方法。
【請求項３９】
ＭｉＴ転座（例えば再編成及び／又は融合）が、（例えばＭｉＴ転座のない参照と比較して）上昇したＭＥＴの活性及び／又は活性化を生じる、請求項１から３８の何れか一項に記載の方法。
【請求項４０】
ＭｉＴ（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２）転座（例えば再編成及び／又は融合）が、（例えばＭｉＴ転座のない参照と比較して）上昇したＢＩＲＣ７の発現レベルを生じる、請求項１から３９の何れか一項に記載の方法。
【請求項４１】
ＭｉＴ転座（例えば再編成及び／又は融合）が、（例えばＭｉＴ転座のない参照と比較して）上昇したＢＩＲＣ７の活性及び／又は活性化を生じる、請求項１から４０の何れか一項に記載の方法。
【請求項４２】
転座が体細胞転座である、請求項１から４１の何れか一項に記載の方法。
【請求項４３】
転座が染色体内転座である、請求項１から４２の何れか一項に記載の方法。
【請求項４４】
転座が染色体間の転座である、請求項１から４３の何れか一項に記載の方法。
【請求項４５】
転座が逆位である、請求項１から４４の何れか一項に記載の方法。
【請求項４６】
転座が欠失である、請求項１から４５の何れか一項に記載の方法。
【請求項４７】
転座が転座融合ポリヌクレオチド（例えば機能的ＭｉＴ−転座融合ポリヌクレオチド）及び／又は機能的転座融合ポリペプチド（例えば機能的ＭｉＴ−転座融合ポリペプチド）である、請求項１から４６の何れか一項に記載の方法。
【請求項４８】
試料ががん試料である、請求項１から４７の何れか一項に記載の方法。
【請求項４９】
がんが、扁平細胞がん（例えば上皮扁平細胞がん）、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肺腺がん及び肺扁平上皮がんを含む肺がん、腹膜がん、肝細胞がん、胃腸がんを含む胃（gastric又はstomach）がん、膵臓がん、神経膠芽細胞腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、膀胱がん、肝細胞腫、乳がん（転移性乳がんを含む）、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜又は子宮がん、唾液腺がん、腎臓（kidney又はrenal）がん、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、肝がん、肛門がん、陰茎がん、精巣がん、食道がん、胆道腫瘍、並びに頭頸部がんである、請求項４８に記載の方法。
【請求項５０】
がんが腎細胞がん（ＲＣＣ）である、請求項４８に記載の方法。
【請求項５１】
ＲＣＣが非明細胞腎細胞がん（ｎｃｃＲＣＣ）又は転座ＲＣＣ（ｔＲＣＣ）である、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
ＲＣＣがｎｃｃＲＣＣである、請求項５に記載の方法。
【請求項５３】
個体におけるがんの治療方法において、個体に有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与することを含み、治療が、ＭｉＴ過剰発現を含むがんに罹患した個体に基づく、方法。
【請求項５４】
がんがＭｉＴ転座を含み、方法が、有効量のＭｉＴアンタゴニストを提供することを含む、請求項５３に記載の方法。
【請求項５５】
個体がＭｉＴ転座を含むがんに罹患していることが見出された場合に個体におけるがんを治療する方法であって、個体に有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与することを含む方法。
【請求項５６】
個体におけるがんの治療方法において、個体から得られた試料がＭｉＴ転座を含むことを決定する工程と、ＭｉＴアンタゴニストを含む有効量の抗がん治療剤を個体に投与し、それによってがんが治療される工程とを含む方法。
【請求項５７】
がんの治療方法において、（ａ）がんがＭｉＴ転座を含むがんに罹患した個体を選択する工程と、（ｂ）そのようにして選択された個体に有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与し、それによってがんが治療される工程とを含む方法。
【請求項５８】
ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療から程度差はあれ効果を示す可能性があるがんの個体を同定する方法であって、個体から得られた試料中のＭｉＴ転座の有無を決定することを含み、試料中のＭｉＴ転座の存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療から効果を示す可能性が高いことを示し、あるいはＭｉＴ転座の非存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療から効果を示す可能性が少ないことを示す方法。
【請求項５９】
がんの個体がＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療に程度差はあれ応答する可能性があるかどうかを予測する方法であって、ＭｉＴ転座を決定することを含み、ＭｉＴ転座の存在が、個体がＭｉＴアンタゴニストでの治療に効果的に応答する可能性が高いことを示し、ＭｉＴ転座の非存在が、ＭｉＴアンタゴニストでの治療に効果的に応答する可能性が少ないことを示す方法。
【請求項６０】
ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対するがんの個体の応答又は応答の欠如を予測する方法であって、個体から得られた試料においてＭｉＴ転座の有無を決定することを含み、ＭｉＴ転座の存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対する個体の応答を予測し、ＭｉＴ転座の非存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対する個体の応答の欠如を予測する方法。
【請求項６１】
個体に有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与することを更に含む、請求項５８から６０の何れか一項に記載の方法。
【請求項６２】
ｎｃｃＲＣＣがん細胞の増殖を阻害する方法であって、がん細胞を有効量のＭｉＴ−転座アンタゴニストと接触させることを含む方法。
【請求項６３】
個体におけるｎｃｃＲＣＣの治療方法において、有効量のＭｉＴ−転座アンタゴニストを個体に投与することを含む方法。
【請求項６４】
がん又はがん細胞がＭｉＴ転座を含む、請求項６２から６３の何れか一項に記載の方法。
【請求項６５】
がん又はがん細胞がＭｉＴ過剰発現を含む、請求項６２から６３の何れか一項に記載の方法。
【請求項６６】
がん又はがん細胞がＢＩＲＣ７過剰発現を含む、請求項６２から６３の何れか一項に記載の方法。
【請求項６７】
ＭｉＴがＭＩＴＦである、請求項５３から６６の何れか一項に記載の方法。
【請求項６８】
ＭｉＴがＴＦＥＢである、請求項５３から６６の何れか一項に記載の方法。
【請求項６９】
ＭｉＴがＴＦＥＣである、請求項５３から６６の何れか一項に記載の方法。
【請求項７０】
ＭｉＴがＴＦＥ３である、請求項５３から６６の何れか一項に記載の方法。
【請求項７１】
ＭｉＴがＳＢＮＯ２である、請求項５３から６６の何れか一項に記載の方法。
【請求項７２】
ＭｉＴ転座がＭＩＴＦ転座である、請求項５３から７１の何れか一項に記載の方法。
【請求項７３】
ＭｉＴ転座がＴＦＥＢ転座である、請求項５３から７１の何れか一項に記載の方法。
【請求項７４】
ＭｉＴ転座がＴＦＥＣ転座である、請求項５３から７１の何れか一項に記載の方法。
【請求項７５】
ＭｉＴ転座がＴＦＥ３転座である、請求項５３から７１の何れか一項に記載の方法。
【請求項７６】
転座が請求項１から５２の方法の何れか一つを使用して検出される、請求項７２から７３の何れか一項に記載の方法。
【請求項７７】
がん又はがんが、扁平細胞がん（例えば上皮扁平細胞がん）、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肺腺がん及び肺扁平上皮がんを含む肺がん、腹膜がん、肝細胞がん、胃腸がんを含む胃（gastric又はstomach）がん、膵臓がん、神経膠芽細胞腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、膀胱がん、肝細胞腫、乳がん（転移性乳がんを含む）、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜又は子宮がん、唾液腺がん、腎臓（kidney又はrenal）がん、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、肝がん、肛門がん、陰茎がん、精巣がん、食道がん、胆道腫瘍、並びに頭頸部がんである、請求項５３から７６の何れか一項に記載の方法。
【請求項７８】
がん又はがんが腎細胞がん（ＲＣＣ）である、請求項５３から７６の何れか一項に記載の方法。
【請求項７９】
ＲＣＣが非明細胞腎細胞がん（ｎｃｃＲＣＣ）又は転座ＲＣＣ（ｔＲＣＣ）である、請求項７８に記載の方法。
【請求項８０】
ＲＣＣがｎｃｃＲＣＣである、請求項７９に記載の方法。
【請求項８１】
ＭｉＴアンタゴニストが抗体、結合ポリペプチド、小分子、又はポリヌクレオチドである、請求項５３から８０の何れか一項に記載の方法。
【請求項８２】
ＭｉＴアンタゴニストがＭＥＴアンタゴニストである、請求項８１に記載の方法。
【請求項８３】
ＭｉＴアンタゴニストがＢＩＲＣ７アンタゴニストである、請求項８１に記載の方法。
【請求項８４】
ＭｉＴアンタゴニストがＭＩＴＦアンタゴニストである、請求項８１に記載の方法。
【請求項８５】
ＭｉＴアンタゴニストがＴＦＥＢアンタゴニストである、請求項８１に記載の方法。
【請求項８６】
ＭｉＴアンタゴニストがＴＦＥＣアンタゴニストである、請求項８１に記載の方法。
【請求項８７】
ＭｉＴアンタゴニストがＴＦＥ３アンタゴニストである、請求項８１に記載の方法。
【請求項８８】
ＭｉＴアンタゴニストがＭＩＴＦ転座に結合する、請求項８１に記載の方法。
【請求項８９】
ＭＩＴＦ転座がＡＣＴＧ１とＭＩＴＦを含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９０】
ＭＩＴＦ転座がＡＣＴＧ１エクソン３を含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９１】
ＭＩＴＦ転座がＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９２】
ＭＩＴＦ転座が配列番号：１３及び／又は３０を含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９３】
ＭＩＴＦ転座が配列番号：３０を含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９４】
ＭＩＴＦ転座がＡＣＴＧ１プロモーターによって駆動される、請求項８８に記載の方法。
【請求項９５】
ＭＩＴＦ転座がＡＰ３Ｓ１とＭＩＴＦを含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９６】
ＭＩＴＦ転座がＡＰ３Ｓ１エクソン３を含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９７】
ＭＩＴＦ転座がＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む、請求項８８に記載の方法。
【請求項９８】
ＭＩＴＦ転座がＡＰ３Ｓ１プロモーターによって駆動される、請求項８８に記載の方法。
【請求項９９】
ＭｉＴアンタゴニストがＴＦＥＢ転座に結合する、請求項８１に記載の方法。
【請求項１００】
ＴＦＥＢ転座がＣＬＴＣとＴＦＥＢを含む、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０１】
ＴＦＥＢ転座がＣＬＴＣエクソン１７を含む、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０２】
ＴＦＥＢ転座がＣＬＴＣエクソン１７とＴＦＥＢエクソン６を含む、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０３】
ＴＦＥＢ転座が配列番号：１９を含む、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０４】
ＴＦＥＢ転座がＣＬＴＣプロモーターによって駆動される、請求項９９に記載の方法。
【請求項１０５】
ＭｉＴアンタゴニストがＳＢＮＯ２転座に結合する、請求項８１に記載の方法。
【請求項１０６】
ＳＢＮＯ２転座が逆位である、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０７】
ＳＢＮＯ２逆位がＭＩＤＮとＳＢＮＯ２を含む、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０８】
ＳＢＮＯ２逆位がＭＩＤＮプロモーターを含む、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１０９】
ＳＢＮＯ２逆位がＭＩＤＮプロモーターとＳＢＮＯ２エクソン１を含む、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１０】
ＳＢＮＯ２逆位が配列番号：２５を含む、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１１】
ＳＢＮＯ２逆位がＣＬＴＣプロモーターによって駆動される、請求項１０５に記載の方法。
【請求項１１２】
更なる治療剤を投与することを更に含む、請求項５３から１１１の何れか一項に記載の方法。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
（関連出願とのクロスリファレンス）
この出願は、その全体が出典明示によりここに援用される２０１４年５月２３日出願の米国仮出願第６２／００２６１２号；２０１４年１０月３日出願の米国出願第６２／０５９３６２号；２０１５年１月３０日出願の米国出願第６２／１０９７７５号の優先権の利益を主張する。
【０００２】
（配列表）
本出願は、ＥＦＳ−Ｗｅｂ経由で提出され、出典明示によってその全体がここに援用される配列表を含んでいる。２０１５年５月２１日に作成された前記ＡＳＣＩＩコピーは、Ｐ０５８２９−ＷＯ＿ＳＬ．ｔｘｔとの名前が付けられ、サイズは８５０２７バイトである。
【０００３】
（分野）
がんのような病態の治療に関連した治療法が提供される。
【背景技術】
【０００４】
腎臓がんは合衆国において毎年〜６００００の新しい症例と〜１３０００の死亡を占めている（Siegel等, 2013）。腎臓がんの約８５％が腎細胞がん（ＲＣＣ）であり、これは腎上皮から生じる。明細胞ＲＣＣ（ｃｃＲＣＣ）は、ＲＣＣの７５％を構成し、最も良く特徴付けられた腎臓がんのサブタイプである（Pena-Llopis等, 2012；Sato等, 2013；TCGA, 2013）。非明細胞ＲＣＣ（ｎｃｃＲＣＣ）として広く分類されているＲＣＣの残りの２５％は、乳頭状（ｐＲＣＣ；１０−１５％）及び嫌色素性（ｃｈＲＣＣ；４−５％）を含む区別される腫瘍サブタイプである（Osunkoya, 2010；Picken, 2010；Young, 2010；Yusenko, 2010a, b）。針生検において、ｃｈＲＣＣは、〜５％の発症率の良性腎上皮腫瘍である腎オンコサイトーマ（ＲＯ）と区別するのが時々困難である（Osunkoya, 2010；Picken, 2010；Young, 2010；Yusenko, 2010a, b）。それらの診断は未だ課題であり、ＲＯとｃｈＲＣＣの双方の特徴を示す混合腫瘍の存在によって複雑になっている（Osunkoya, 2010；Picken, 2010；Young, 2010；Yusenko, 2010a, b）。他のｎｃｃＲＣＣタイプには、集合管（＜１％）、転座（ｔＲＣＣ；まれ）及び髄様（まれ）が含まれる。腫瘍の約４−５％は未分類のままである（Bellmunt及びDutcher, 2013）。まれではあるが、ｔＲＣＣは青年及び若年成人に発症する傾向があり、特に悲惨である。ｎｃｃＲＣＣがひとたび転移すると、疾患は一般に不治のままである。数種の薬剤が転移性ＲＣＣに対して最近承認されたが、登録試験はほぼ例外なくｃｃＲＣＣ患者が関与し、ｎｃｃＲＣＣサブタイプにおいて証明された有効性を持つ治療法はない（Bellmunt及びDutcher, 2013）。
【０００５】
がん、特にヒト腎細胞がんの病理発生をより良く理解し、新しい治療ターゲットを特定する必要性が残ったままである。
【発明の概要】
【０００６】
個体からのサンプルがＭｉＴバイオマーカーを発現するかどうかを決定する工程を含む、ＭｉＴバイオマーカー発現を決定する（ＭｉＴバイオマーカーの存在を決定する）ための方法が提供される。幾つかの実施態様では、ＭｉＴはＭＩＴＦである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴはＴＦＥＢである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴはＴＦＥＣである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴはＴＦＥ３である。幾つかの実施態様では、ＭｉＴはＳＢＮＯ２である。
【０００７】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、バイオマーカーの存在は、（例えば、参照発現レベルと比較して）上昇したバイオマーカー発現レベルの存在によって示される。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子の転座又は逆位（例えば、再編成及び／又は融合）を含む。幾つかの実施態様では、転座はＭＩＴＦ転座である。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座はＡＣＴＧ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座はＡＣＴＧ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座は配列番号：１３及び／又は３０を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座は配列番号：３０を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座は、配列番号：１１及び／又は１２からなるか又はこれらを含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座は、配列番号：９、１０、１１及び／又は１２からなるか又はこれらを含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座はＡＣＴＧ１プロモーターによって駆動される。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座はＡＰ３Ｓ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座はＡＰ３Ｓ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座はＡＰ３Ｓ１プロモーターによって駆動される。幾つかの実施態様では、転座はＴＦＥＢ転座である。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座はＣＬＴＣとＴＦＥＢを含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座はＣＬＴＣエクソン１７を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座はＣＬＴＣエクソン１７とＴＦＥＢエクソン６を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座は配列番号：１９を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座は、配列番号：１７及び／又は１８からなるか又はこれらを含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座は、配列番号：１５、１６、１７及び／又は１８からなるか又はこれらを含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座はＣＬＴＣプロモーターによって駆動される。幾つかの実施態様では、転座はＳＢＮＯ２逆位である。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座逆位はＭＩＤＮとＳＢＮＯ２を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２逆位はＭＩＤＮプロモーターを含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２逆位はＭＩＤＮプロモーターとＳＢＮＯ２エクソン１を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２逆位は配列番号：２５を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２逆位は、配列番号：２３及び／又は２４からなるか又はこれらを含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２逆位は、配列番号：２１、２２、２３、及び／又は２５からなるか又はこれらを含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２逆位はＣＬＴＣプロモーターによって駆動される。
【０００８】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ転座は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較して）ＭＥＴの上昇した発現レベルを生じる。
【０００９】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較して）ＭＥＴの上昇した活性及び／又は活性化を生じる。
【００１０】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２）転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較して）ＢＩＲＣ７の上昇した発現レベルを生じる。
【００１１】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較して）ＢＩＲＣ７の上昇した活性及び／又は活性化を生じる。
【００１２】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、転座は体細胞の転座である。
【００１３】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、転座は染色体内の転座である。
【００１４】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、転座は染色体間の転座である。
【００１５】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、転座は逆位である。
【００１６】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、転座は欠失である。
【００１７】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、転座は転座融合ポリヌクレオチド（例えば、機能的ＭｉＴ−転座融合ポリヌクレオチド）及び／又は機能的転座融合ポリペプチド（例えば、機能的ＭｉＴ−転座融合ポリペプチド）である。
【００１８】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、試料はがん試料である。
【００１９】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、がんは、扁平細胞がん（例えば上皮扁平細胞がん）、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肺腺がん及び肺扁平上皮がんを含む肺がん、腹膜がん、肝細胞がん、胃腸がんを含む胃（gastric又はstomach）がん、膵臓がん、神経膠芽細胞腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、膀胱がん、肝細胞腫、乳がん（転移性乳がんを含む）、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜又は子宮がん、唾液腺がん、腎臓（kidney又はrenal）がん、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、肝がん、肛門がん、陰茎がん、精巣がん、食道がん、胆道腫瘍、並びに頭頸部がんである。
【００２０】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、がんは腎細胞がん（ＲＣＣ）である。幾つかの実施態様では、ＲＣＣは非明細胞腎細胞がん（ｎｃｃＲＣＣ）又は転座ＲＣＣ（ｔＲＣＣ）である。幾つかの実施態様では、ＲＣＣはｎｃｃＲＣＣである。
【００２１】
提供されるのは、個体におけるがんの治療方法において、個体に有効量の MiTアンタゴニストを投与することを含み、治療が、ＭｉＴ過剰発現を含むがんに罹患した個体に基づく、方法である。幾つかの実施態様では、がんはＭｉＴ転座を含み、該方法は、有効量のＭｉＴアンタゴニストを提供することを含む。
【００２２】
ここに提供されるのは、個体がＭｉＴ転座を含むがんに罹患していることが見出された場合に個体におけるがんを治療する方法であって、個体に有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与することを含む方法である。
【００２３】
ここに提供されるのは、個体におけるがんの治療方法において、個体から得られた試料がＭｉＴ転座を含むことを決定する工程と、ＭｉＴアンタゴニストを含む有効量の抗がん治療剤を個体に投与し、それによってがんが治療される工程とを含む方法である。
【００２４】
ここに提供されるのは、がんの治療方法において、（ａ）がんがＭｉＴ転座を含むがんに罹患した個体を選択する工程と、（ｂ）そのようにして選択された個体に有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与し、それによってがんが治療される工程とを含む方法である。
【００２５】
ここに提供されるのは、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療から程度差はあれ効果を示す可能性があるがんの個体を同定する方法であって、個体から得られた試料中のＭｉＴ転座の有無を決定することを含み、試料中のＭｉＴ転座の存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療から効果を示す可能性が高いことを示し、あるいはＭｉＴ転座の非存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療から効果を示す可能性が少ないことを示す方法である。
【００２６】
ここに提供されるのは、がんの個体がＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療に程度差はあれ応答する可能性があるかどうかを予測する方法であって、ＭｉＴ転座を決定することを含み、ＭｉＴ転座の存在が、個体がＭｉＴアンタゴニストでの治療に効果的に応答する可能性が高いことを示し、ＭｉＴ転座の非存在が、ＭｉＴアンタゴニストでの治療に効果的に応答する可能性が少ないことを示す方法である。
【００２７】
ここに提供されるのは、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対するがんの個体の応答又は応答の欠如を予測する方法であって、個体から得られた試料においてＭｉＴ転座の有無を決定することを含み、ＭｉＴ転座の存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対する個体の応答を予測し、ＭｉＴ転座の非存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対する個体の応答の欠如を予測する方法である。
【００２８】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、該方法は、個体に有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与することを更に含む。
【００２９】
ここに提供されるのは、ｎｃｃＲＣＣがん細胞の増殖を阻害する方法であって、がん細胞を有効量のＭｉＴ−転座アンタゴニストと接触させることを含む方法である。
【００３０】
ここに提供されるのは、個体におけるｎｃｃＲＣＣの治療方法において、有効量のＭｉＴ−転座アンタゴニストを個体に投与することを含む方法である。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニストである。
【００３１】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、がん又はがん細胞はＭｉＴ転座を含む。
【００３２】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、がん又はがん細胞はMiT過剰発現を含む。
【００３３】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、がん又はがん細胞はＢＩＲＣ７過剰発現を含む。
【００３４】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴはＭＩＴＦである。
【００３５】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴはＴＦＥＢである。
【００３６】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴはＴＦＥＣである。
【００３７】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴはＴＦＥ３である。
【００３８】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴはＳＢＮＯ２である。
【００３９】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ転座はＭＩＴＦ転座である。
【００４０】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ転座はＴＦＥＢ転座である。
【００４１】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ転座はＴＦＥＣ転座である。
【００４２】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ転座はＴＦＥ３転座である。
【００４３】
幾つかの実施態様では、ＭｉＴ転座は、ここに開示されたＭｉＴ転座を決定する（ＭｉＴ転座の存在を検出する）方法の何れかを使用して検出される。
【００４４】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、がん又はがんは、扁平細胞がん（例えば上皮扁平細胞がん）、小細胞肺がん（ＳＣＬＣ）、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、肺腺がん及び肺扁平上皮がんを含む肺がん、腹膜がん、肝細胞がん、胃腸がんを含む胃（gastric又はstomach）がん、膵臓がん、神経膠芽細胞腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝臓がん、膀胱がん、肝細胞腫、乳がん（転移性乳がんを含む）、結腸がん、直腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜又は子宮がん、唾液腺がん、腎臓（kidney又はrenal）がん、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、肝がん、肛門がん、陰茎がん、精巣がん、食道がん、胆道腫瘍、並びに頭頸部がんである。
【００４５】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、がん又はがんは腎細胞がん（ＲＣＣ）である。幾つかの実施態様では、ＲＣＣは非明細胞腎細胞がん（ｎｃｃＲＣＣ）又は転座ＲＣＣ（ｔＲＣＣ）である。幾つかの実施態様では、ＲＣＣはｎｃｃＲＣＣである。
【００４６】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストは抗体、結合ポリペプチド、小分子、又はポリヌクレオチドである。
【００４７】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴアンタゴニストである。
【００４８】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７アンタゴニストである。
【００４９】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＩＴＦアンタゴニストである。
【００５０】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＴＦＥＢアンタゴニストである。
【００５１】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＴＦＥＣアンタゴニストである。
【００５２】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＴＦＥ３アンタゴニストである。
【００５３】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＩＴＦ転座に結合する。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座はＡＣＴＧ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座はＡＣＴＧ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座は配列番号：１３及び／又は３０を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座は配列番号：３０を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座はＡＣＴＧ１プロモーターによって駆動される。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座はＡＰ３Ｓ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座はＡＰ３Ｓ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座はＡＰ３Ｓ１プロモーターによって駆動される。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＴＦＥＢ転座に結合する。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座はＣＬＴＣとＴＦＥＢを含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座はＣＬＴＣエクソン１７を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座はＣＬＴＣエクソン１７とＴＦＥＢエクソン６を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座は配列番号：１９を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座はＣＬＴＣプロモーターによって駆動される。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＳＢＮＯ２転座に結合する。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座は逆位である。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２逆位はＭＩＤＮとＳＢＮＯ２を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２逆位はＭＩＤＮプロモーターを含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２逆位はＭＩＤＮプロモーターとＳＢＮＯ２エクソン１を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２逆位は配列番号：２５を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２逆位はＣＬＴＣプロモーターによって駆動される。
【００５４】
本発明の方法の何れかの幾つかの実施態様では、該方法は、更なる治療剤を投与することを更に含む。
【図面の簡単な説明】
【００５５】
【図１】図１ａ、ｂ、ｃ、ｄ。（ａ）腫瘍細胞中のＴＦＥＢ増幅、（ｂ）正常細胞中のＴＦＥ３、（ｃ−ｄ）腫瘍細胞中のＴＦＥ３（ｃ）及びＴＦＥＢ（ｄ）遺伝子再編成を示すＦＩＳＨ（蛍光インサイツハイブリダイゼーション）画像。染色体バンドＸｐ１１．２中のＴＦＥ３遺伝子又は染色体バンド６ｐ２１中のＴＦＥＢ遺伝子の５’又は３’側にハイブリダイズしたＤＮＡプローブセット（Agilent Technologies, CA）を使用した。使用されたＴＦＥ３プローブ：赤で標識されたＴＦＥ３ ５’Ｘｐ１１と緑で標識されたＴＦＥ３ ３’Ｘｐ１１。使用されたＴＦＥＢプローブ：赤で標識されたＴＦＥＢ ５’６ｐ２１．１と緑で標識されたＴＦＥＢ ３’６ｐ２１．１。遺伝子のインタクトなコピーは、赤（Ｒ）及び緑（Ｇ）の標識の混合から黄色（Ｙ）のシグナルをつくり出した（パネルｂ）。パネルｃでは、ＴＦＥ３転座（融合）と一致して、我々は  男性患者において（８０％を超える細胞において見られる）別個の赤及び緑のシグナルを含むパターンを観察した。同様にパネルｄにおいて、ＴＦＥＢ転座と一致して、我々は明らかに別個の赤及び緑のシグナルを含むパターンを観察する。パネルａでは、細胞の９０％がＴＦＥＢ遺伝子の多染色体性を示し、〜２５％が、ＳＮＰアレイ上で検出された増幅と一致して３’ＴＦＥＢシグナルの余分なコピーを示した。
【００５６】
【図２】示されたｎｃｃＲＣＣサブタイプにおけるＴＦＥ３発現のボックスプロット。
【００５７】
【図３Ａ−１】ＭＩＤＮ−ＳＢＮＯ２遺伝子融合。（ａ）ゲノム上のＭＩＤＮ−ＳＢＮＯ２融合の位置、配向及びエクソン−イントロンアーキテクチャを示す模式図。ＲＮＡ−ｓｅｑデータを使用して同定されたＭＩＤＮ（ｅ１）−ＳＢＮＯ２（ｅ２）融合に対する解読エビデンスが示される。ＭＩＤＮ（ｅ１）−ＳＢＮＯ２（ｅ２）融合接合を確証するＲＴ−ＰＣＲ誘導産物の代表的なサンガー配列決定クロマトグラム。
【図３Ａ−２】続き
【図３Ｂ】ＭＩＤＮ−ＳＢＮＯ２遺伝子融合。（ｂ）得られたＭＩＤＮ−ＳＢＮＯ２融合タンパク質の概略図。
【００５８】
【図４Ａ】ＲＮＡ−ｓｅｑ解析によって測定された腫瘍におけるＳＢＮＯ２発現のバープロット
【図４Ｂ】続き
【図４Ｃ】続き
【図４Ｄ】続き
【００５９】
【図５Ａ−１】ＣＬＴＣ−ＴＦＥＢ遺伝子融合。（ａ）ゲノム上のＣＬＴＣ−ＴＦＥＢ融合の位置、配向及びエクソン−イントロンアーキテクチャを示す模式図。ＲＮＡ−ｓｅｑデータを使用して同定されたＣＬＴＣ（ｅ１７）−ＴＦＥＢ（ｅ６）融合に対する解読エビデンスが示される。ＣＬＴＣ（ｅ１７）−ＴＦＥＢ（ｅ６）融合接合を確証するＲＴ−ＰＣＲ誘導産物の代表的なサンガー配列決定クロマトグラム。
【図５Ａ−２】続き
【図５Ｂ】ＣＬＴＣ−ＴＦＥＢ遺伝子融合。（ｂ）得られたＣＬＴＣ−ＴＦＥＢ融合タンパク質の概略図。ＣＬ−Ｐ−クラスリン＿プロペル；ＣＬ−クラスリン−リンク；ＣＨ−Ｌ−クラスリン＿Ｈ＿リンク；Ｇｌｎ−リッチ−グリシンリッチ；ＡＤ−活性化ドメイン；Ｂ−ベーシック；ＨＬＨ−ヘリックス−ループ−ヘリックス及びＬＺ−ロイシンジッパー。
【００６０】
【図６Ａ−１】ｎｃｃＲＣＣのＲＮＡ−ｓｅｑに基づく分類。（ａ）試料１２１６Ｔ中の限局的ＴＦＥＢ増幅を示すコピー数比プロット。
【図６Ａ−２】続き
【図６Ｂ】ｎｃｃＲＣＣのＲＮＡ−ｓｅｑに基づく分類。腫瘍におけるＴＦＥＢ発現のボックスプロットは試料１２１６Ｔ中の高レベルのＴＦＥＢ発現を示す。
【図６Ｃ】ｎｃｃＲＣＣのＲＮＡ−ｓｅｑに基づく分類。
【図６Ｄ】ｎｃｃＲＣＣのＲＮＡ−ｓｅｑに基づく分類。
【図６Ｅ】ｎｃｃＲＣＣのＲＮＡ−ｓｅｑに基づく分類。
【図６Ｆ】ｎｃｃＲＣＣのＲＮＡ−ｓｅｑに基づく分類。
【図６Ｇ】ｎｃｃＲＣＣのＲＮＡ−ｓｅｑに基づく分類。
【００６１】
【図７Ａ−１】ＭＩＴＦ遺伝子融合。（ａ）ゲノム上のＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ融合の位置、配向及びエクソン−イントロンアーキテクチャを示す模式図、ＲＮＡ−ｓｅｑデータを使用して同定されたＡＣＴＧ１（ｅ３）−ＭＩＴＦ（ｅ３）融合に対する解読エビデンス及びＡＣＴＧ１（ｅ３）−ＭＩＴＦ（ｅ３）融合接合を確証するＲＴ−ＰＣＲ誘導産物の代表的なサンガー配列決定クロマトグラムが示される。
【図７Ａ−２】続き
【図７Ｂ】ＭＩＴＦ遺伝子融合。（ｂ）ＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ融合タンパク質の概略図。
【図７Ｃ】ＭＩＴＦ遺伝子融合。（ｃ）ＭＩＴＦ融合を内部に持つ腫瘍におけるＭＩＴＦ発現。ＡＤ−活性化ドメイン；Ｂ−ベーシック；ＨＬＨ−ヘリックス−ループ−ヘリックス及びＬＺ−ロイシンジッパー。
【００６２】
【図８Ａ】ＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ遺伝子融合は足場非依存性増殖を促進する。（ａ）ＭＩＴＦ ＷＴ又は融合コンストラクトでトランスフェクトされたＨＥＫ２９３Ｔ細胞中におけるＭＩＴＦ標的遺伝子の発現。示された値は３つの複製からのものである。（エラーバーはＳＥＭを表す；**ｐ＜０．０１；***ｐ＜０．００１）。
【図８Ｂ】ＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ遺伝子融合は足場非依存性増殖を促進する。（ｂ）ウェスタンブロットを使用して評価された、シクロヘキシミド処理後に示されたコンストラクトでトランスフェクトされたＨＥＫ２９３Ｔ細胞中におけるＭＩＴＦ融合タンパク質の経時安定性。
【図８Ｃ】ＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ遺伝子融合は足場非依存性増殖を促進する。（ｃ）  示されたコンストラクトを発現するＮＩＨ３Ｔ３細胞中におけるＦｌａｇタグＡＣＴＧ１、ＭＩＴＦ及びＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ融合タンパク質の発現を示すウェスタンブロット。Ｈｓｐ９０を添加コントロールとして使用した。
【図８Ｄ】ＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ遺伝子融合は足場非依存性増殖を促進する。（ｄ）示されたコンストラクトを安定して発現するＮＩＨ３Ｔ３細胞によるコロニー形成を示す代表的画像（ＥＶ＝空ベクター）。
【図８Ｅ】ＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ遺伝子融合は足場非依存性増殖を促進する。（ｅ）パネル（ｄ）に示されたコロニー（＞３００ｕＭ径）の数の定量。示されたデータは平均±ＳＥＭ（ｎ＝３，***ｐ＜０．００１）である。
【００６３】
【図９】一過性にトランスフェクトされた２９３Ｔ細胞中におけるＷＴ ＭＩＴＦ及びＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦの発現レベル。これを使用して、図８ａに示される標的遺伝子の発現を正規化した。
【００６４】
【図１０Ａ】転座を伴わない試料と比較したＭＩＴＦ／ＴＦＥ転座又は融合を伴う腫瘍におけるＢＩＲＣ７の発現。ＢＩＲＣ７の発現はＭＩＴＦ／ＴＦＥイベントを伴う試料において有意であった（ｔ検定ｐ値０．００２３０８４６７）。
【図１０Ｂ−１】同上
【図１０Ｂ−２】続き
【図１０Ｂ−３】続き
【図１０Ｂ−４】続き
【発明を実施するための形態】
【００６５】
（詳細な説明）
【００６６】
（定義）
「ＭＩＴＦ」なる用語は、別の定義がない限り、霊長類（例えばヒト）及び齧歯類（例えばマウス及びラット）のような哺乳類を含む任意の脊椎動物源由来の天然ＭＩＴＦをここでは指す。該用語は、「完全長型」の未加工のＭＩＴＦ並びに細胞中でのプロセシングから生じる任意の型のＭＩＴＦを包含する。該用語はまたＭＩＴＦの天然に生じる変異体、例えばスプライス変異体又は対立遺伝子変異体を包含する。例示的なヒトＭＩＴＦ核酸配列の配列は配列番号：２である。
【００６７】
「ＭＩＴＦ変異体」又はその変化形は、一般にここに開示されたＭＩＴＦの何れかと少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有するとここに定義された活性なＭＩＴＦポリペプチドであるか又は該活性なＭＩＴＦポリペプチドをコードする、ＭＩＴＦポリペプチド又はポリヌクレオチドを意味する。このようなＭＩＴＦ変異体には、例えば、一又は複数の核酸又はアミノ酸残基が付加され又は欠失されたＭＩＴＦが含まれる。通常、ＭＩＴＦ変異体は、ここに開示されたＭＩＴＦに対して、少なくとも約８０％の配列同一性、あるいは少なくとも約８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の配列同一性を有するであろう。通常、ＭＩＴＦ変異体は、少なくとも約１０の残基長、あるいは少なくとも約２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００の長さ又はそれ以上である。場合によっては、ＭＩＴＦ変異体は、ＭＩＴＦと比較して１以下の保存的アミノ酸置換、あるいはＭＩＴＦと比較して２、３、４、５、６、７、８、９又は１０以下の保存的アミノ酸置換を有する配列を有するか又は該配列をコードするであろう。
【００６８】
「ＴＦＥＢ」なる用語は、別の定義がない限り、霊長類（例えばヒト）及び齧歯類（例えばマウス及びラット）のような哺乳類を含む任意の脊椎動物源由来の天然ＴＦＥＢをここでは指す。該用語は、「完全長型」の未加工のＴＦＥＢ並びに細胞中でのプロセシングから生じる任意の型のＴＦＥＢを包含する。該用語はまたＴＦＥＢの天然に生じる変異体、例えばスプライス変異体又は対立遺伝子変異体を包含する。例示的なヒトＴＦＥＢ核酸配列の配列は配列番号：４である。
【００６９】
「ＴＦＥＢ変異体」又はその変化形は、一般にここに開示されたＴＦＥＢの何れかと少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有するとここに定義された活性なＴＦＥＢポリペプチドであるか又は該活性なＴＦＥＢポリペプチドをコードする、ＴＦＥＢポリペプチド又はポリヌクレオチドを意味する。このようなＴＦＥＢ変異体には、例えば、一又は複数の核酸又はアミノ酸残基が付加され又は欠失されたＴＦＥＢが含まれる。通常、ＴＦＥＢ変異体は、ここに開示されたＴＦＥＢに対して、少なくとも約８０％の配列同一性、あるいは少なくとも約８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の配列同一性を有するであろう。通常、ＴＦＥＢ変異体は、少なくとも約１０の残基長、あるいは少なくとも約２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００の長さ又はそれ以上である。場合によっては、ＴＦＥＢ変異体は、ＴＦＥＢと比較して１以下の保存的アミノ酸置換、あるいはＴＦＥＢと比較して２、３、４、５、６、７、８、９又は１０以下の保存的アミノ酸置換を有する配列を有するか又は該配列をコードするであろう。
【００７０】
「ＴＦＥ３」なる用語は、別の定義がない限り、霊長類（例えばヒト）及び齧歯類（例えばマウス及びラット）のような哺乳類を含む任意の脊椎動物源由来の天然ＴＦＥ３をここでは指す。該用語は、「完全長型」の未加工のＴＦＥ３並びに細胞中でのプロセシングから生じる任意の型のＴＦＥ３を包含する。該用語はまたＴＦＥ３の天然に生じる変異体、例えばスプライス変異体又は対立遺伝子変異体を包含する。例示的なヒトＴＦＥ３核酸配列の配列は配列番号：６である。
【００７１】
「ＴＦＥ３変異体」又はその変化形は、一般にここに開示されたＴＦＥ３の何れかと少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有するとここに定義された活性なＴＦＥ３ポリペプチドであるか又は該活性なＴＦＥ３ポリペプチドをコードする、ＴＦＥ３ポリペプチド又はポリヌクレオチドを意味する。このようなＴＦＥ３変異体には、例えば、一又は複数の核酸又はアミノ酸残基が付加され又は欠失されたＴＦＥ３が含まれる。通常、ＴＦＥ３変異体は、ここに開示されたＴＦＥ３に対して、少なくとも約８０％の配列同一性、あるいは少なくとも約８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の配列同一性を有するであろう。通常、ＴＦＥ３変異体は、少なくとも約１０の残基長、あるいは少なくとも約２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００の長さ又はそれ以上である。場合によっては、ＴＦＥ３変異体は、ＴＦＥ３と比較して１以下の保存的アミノ酸置換、あるいはＴＦＥ３と比較して２、３、４、５、６、７、８、９又は１０以下の保存的アミノ酸置換を有する配列を有するか又は該配列をコードするであろう。
【００７２】
「ＴＦＥＣ」なる用語は、別の定義がない限り、霊長類（例えばヒト）及び齧歯類（例えばマウス及びラット）のような哺乳類を含む任意の脊椎動物源由来の天然ＴＦＥＣをここでは指す。該用語は、「完全長型」の未加工のＴＦＥＣ並びに細胞中でのプロセシングから生じる任意の型のＴＦＥＣを包含する。該用語はまたＴＦＥＣの天然に生じる変異体、例えばスプライス変異体又は対立遺伝子変異体を包含する。例示的なヒトＴＦＥＣ核酸配列の配列は配列番号：８である。
【００７３】
「ＴＦＥＣ変異体」又はその変化形は、一般にここに開示されたＴＦＥＣの何れかと少なくとも約８０％のアミノ酸配列同一性を有するとここに定義された活性なＴＦＥＣポリペプチドであるか又は該活性なＴＦＥＣポリペプチドをコードする、ＴＦＥＣポリペプチド又はポリヌクレオチドを意味する。このようなＴＦＥＣ変異体には、例えば、一又は複数の核酸又はアミノ酸残基が付加され又は欠失されたＴＦＥＣが含まれる。通常、ＴＦＥＣ変異体は、ここに開示されたＴＦＥＣに対して、少なくとも約８０％の配列同一性、あるいは少なくとも約８１％、８２％、８３％、８４％、８５％、８６％、８７％、８８％、８９％、９０％、９１％、９２％、９３％、９４％、９５％、９６％、９７％、９８％又は９９％の配列同一性を有するであろう。通常、ＴＦＥＣ変異体は、少なくとも約１０の残基長、あるいは少なくとも約２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００、１１０、１２０、１３０、１４０、１５０、１６０、１７０、１８０、１９０、２００、２１０、２２０、２３０、２４０、２５０、２６０、２７０、２８０、２９０、３００、３１０、３２０、３３０、３４０、３５０、３６０、３７０、３８０、３９０、４００、４１０、４２０、４３０、４４０、４５０、４６０、４７０、４８０、４９０、５００、５１０、５２０、５３０、５４０、５５０、５６０、５７０、５８０、５９０、６００の長さ又はそれ以上である。場合によっては、ＴＦＥＣ変異体は、ＴＦＥＣと比較して１以下の保存的アミノ酸置換、あるいはＴＦＥＣと比較して２、３、４、５、６、７、８、９又は１０以下の保存的アミノ酸置換を有する配列を有するか又は該配列をコードするであろう。
【００７４】
「ＭｉＴ」なる用語は、タンパク質ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及びＳＢＮＯ２を指す。
【００７５】
「ＭｉＴ転座」なる用語は、例えば、ＭＩＴ、その変異体、又は断片あるいは第二の遺伝子、その変異体、又は断片をコードするポリヌクレオチドを含む破壊された染色体の一部が、異なった染色体位置、例えばＭｉＴの天然の位置とは異なる染色体位置あるいは第二の遺伝子の天然の位置とは異なるＭｉＴの天然の位置の中の及び／又はその周りの染色体位置に再結合するＭｉＴをここでは指す。ＭｉＴ転座は、ＭＩＴＦ転座、ＴＦＥＢ転座、ＴＦＥ３転座、ＴＦＥＣ転座及び／又はＳＢＮＯ２転座でありうる。
【００７６】
「ＭｉＴＦ転座」なる用語は、例えば、ＭＩＴＦ、その変異体、又は断片あるいは第二の遺伝子、その変異体、又は断片をコードするポリヌクレオチドを含む破壊された染色体の一部が、異なった染色体位置、例えばＭｉＴＦの天然の位置とは異なる染色体位置あるいは第二の遺伝子の天然の位置とは異なるＭｉＴＦの天然の位置の中の及び／又はその周りの染色体位置に再結合するＭｉＴＦをここでは指す。
【００７７】
「ＴＦＥＢ転座」なる用語は、例えば、ＴＦＥＢ、その変異体、又は断片あるいは第二の遺伝子、その変異体、又は断片をコードするポリヌクレオチドを含む破壊された染色体の一部が、異なった染色体位置、例えばＴＦＥＢの天然の位置とは異なる染色体位置あるいは第二の遺伝子の天然の位置とは異なるＴＦＥＢの天然の位置の中の及び／又はその周りの染色体位置に再結合するＴＦＥＢをここでは指す。
【００７８】
「ＴＦＥ３転座」なる用語は、例えば、ＴＦＥ３、その変異体、又は断片あるいは第二の遺伝子、その変異体、又は断片をコードするポリヌクレオチドを含む破壊された染色体の一部が、異なった染色体位置、例えばＴＦＥ３の天然の位置とは異なる染色体位置あるいは第二の遺伝子の天然の位置とは異なるＴＦＥ３の天然の位置の中の及び／又はその周りの染色体位置に再結合するＴＦＥ３をここでは指す。
【００７９】
「ＴＦＥＣ転座」なる用語は、例えば、ＴＦＥＣ、その変異体、又は断片あるいは第二の遺伝子、その変異体、又は断片をコードするポリヌクレオチドを含む破壊された染色体の一部が、異なった染色体位置、例えばＴＦＥＣの天然の位置とは異なる染色体位置あるいは第二の遺伝子の天然の位置とは異なるＴＦＥＣの天然の位置の中の及び／又はその周りの染色体位置に再結合するＴＦＥＣをここでは指す。
【００８０】
「ＳＢＮＯ２転座」なる用語は、例えば、ＳＢＮＯ２、その変異体、又は断片あるいは第二の遺伝子、その変異体、又は断片をコードするポリヌクレオチドを含む破壊された染色体の一部が、異なった染色体位置、例えばＳＢＮＯ２の天然の位置とは異なる染色体位置あるいは第二の遺伝子の天然の位置とは異なるＳＢＮＯ２の天然の位置の中の及び／又はその周りの染色体位置に再結合するＳＢＮＯ２をここでは指す。
【００８１】
「ＭｉＴ−転座融合ポリヌクレオチド」なる用語は、ＭｉＴ転座遺伝子産物又は融合ポリヌクレオチドの核酸配列をここでは指す。ＭｉＴ−転座融合ポリヌクレオチドは、ＭＩＴＦ−転座融合ポリヌクレオチド、ＴＦＥＢ−転座融合ポリヌクレオチド、ＴＦＥ３−転座融合ポリヌクレオチド、ＴＦＥＣ−転座融合ポリヌクレオチド及び／又はＳＢＮＯ２−転座融合ポリヌクレオチドでありうる。「ＭｉＴ−転座融合ポリペプチド」なる用語は、ＭｉＴ転座遺伝子産物又は融合ポリヌクレオチドのアミノ酸配列をここでは指す。ＭｉＴ−転座融合ポリペプチドは、ＭＩＴＦ−転座融合ポリペプチド、ＴＦＥＢ−転座融合ポリペプチド、ＴＦＥ３−転座融合ポリペプチド、ＴＦＥＣ−転座融合ポリペプチド及び／又はＳＢＮＯ２−転座融合ポリペプチドでありうる。
【００８２】
ここで定義される「ＭｉＴ−転座アンタゴニスト」なる用語は、ＭｉＴ−転座融合ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を部分的に又は完全にブロックし、阻害し、又は中和する任意の分子である。幾つかの実施態様では、そのようなアンタゴニストは、ＭｉＴ−転座融合ポリペプチドに結合する。一実施態様によれば、アンタゴニストはポリペプチドである。別の実施態様によれば、アンタゴニストは小分子アンタゴニストである。別の実施態様によれば、アンタゴニストはポリヌクレオチドアンタゴニストである。ＭｉＴ転座は、ＭＩＴＦ−転座アンタゴニスト、ＴＦＥＢ−転座アンタゴニスト、ＴＦＥ３−転座アンタゴニスト、ＴＦＥＣ−転座アンタゴニスト及び／又はＳＢＮＯ２−転座アンタゴニストでありうる。
【００８３】
ここで定義される「ＭｉＴＦ−転座アンタゴニスト」なる用語は、ＭｉＴＦ−転座融合ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を部分的に又は完全にブロックし、阻害し、又は中和する任意の分子である。幾つかの実施態様では、そのようなアンタゴニストは、ＭｉＴＦ−転座融合ポリペプチドに結合する。一実施態様によれば、アンタゴニストはポリペプチドである。別の実施態様によれば、アンタゴニストは小分子アンタゴニストである。別の実施態様によれば、アンタゴニストはポリヌクレオチドアンタゴニストである。
【００８４】
ここで定義される「ＴＦＥＢ−転座アンタゴニスト」なる用語は、ＴＦＥＢ−転座融合ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を部分的に又は完全にブロックし、阻害し、又は中和する任意の分子である。幾つかの実施態様では、そのようなアンタゴニストは、ＴＦＥＢ−転座融合ポリペプチドに結合する。一実施態様によれば、アンタゴニストはポリペプチドである。別の実施態様によれば、アンタゴニストは小分子アンタゴニストである。別の実施態様によれば、アンタゴニストはポリヌクレオチドアンタゴニストである。
【００８５】
ここで定義される「ＴＦＥ３−転座アンタゴニスト」なる用語は、ＴＦＥ３−転座融合ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を部分的に又は完全にブロックし、阻害し、又は中和する任意の分子である。幾つかの実施態様では、そのようなアンタゴニストは、ＴＦＥ３−転座融合ポリペプチドに結合する。一実施態様によれば、アンタゴニストはポリペプチドである。別の実施態様によれば、アンタゴニストは小分子アンタゴニストである。別の実施態様によれば、アンタゴニストはポリヌクレオチドアンタゴニストである。
【００８６】
ここで定義される「ＴＦＥＣ−転座アンタゴニスト」なる用語は、ＴＦＥＣ−転座融合ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を部分的に又は完全にブロックし、阻害し、又は中和する任意の分子である。幾つかの実施態様では、そのようなアンタゴニストは、ＴＦＥＣ−転座融合ポリペプチドに結合する。一実施態様によれば、アンタゴニストはポリペプチドである。別の実施態様によれば、アンタゴニストは小分子アンタゴニストである。別の実施態様によれば、アンタゴニストはポリヌクレオチドアンタゴニストである。
【００８７】
ここで定義される「ＳＢＮＯ２−転座アンタゴニスト」なる用語は、ＳＢＮＯ２−転座融合ポリペプチドによって媒介される生物学的活性を部分的に又は完全にブロックし、阻害し、又は中和する任意の分子である。幾つかの実施態様では、そのようなアンタゴニストは、ＳＢＮＯ２−転座融合ポリペプチドに結合する。一実施態様によれば、アンタゴニストはポリペプチドである。別の実施態様によれば、アンタゴニストは小分子アンタゴニストである。別の実施態様によれば、アンタゴニストはポリヌクレオチドアンタゴニストである。
【００８８】
ここで定義される「ＭＥＴ経路アンタゴニスト」なる用語は、ＭＥＴ経路によって媒介される生物学的活性を部分的に又は完全にブロックし、阻害し、又は中和する任意の分子である。幾つかの実施態様では、そのようなアンタゴニストは、ＭＥＴ経路ポリペプチドに結合する。一実施態様によれば、アンタゴニストはポリペプチドである。別の実施態様によれば、アンタゴニストは小分子アンタゴニストである。別の実施態様によれば、アンタゴニストはポリヌクレオチドアンタゴニストである。
【００８９】
ここで定義される「ＢＩＲＣ７経路アンタゴニスト」なる用語は、ＢＩＲＣ７経路によって媒介される生物学的活性を部分的に又は完全にブロックし、阻害し、又は中和する任意の分子である。幾つかの実施態様では、そのようなアンタゴニストは、ＢＩＲＣ７経路ポリペプチドに結合する。一実施態様によれば、アンタゴニストはポリペプチドである。別の実施態様によれば、アンタゴニストは抗体アンタゴニストである。別の実施態様によれば、アンタゴニストは小分子アンタゴニストである。別の実施態様によれば、アンタゴニストはポリヌクレオチドアンタゴニストである。
【００９０】
ここで交換可能に使用される「ポリヌクレオチド」又は「核酸」は、任意の長さのヌクレオチドのポリマーを意味し、ＤＮＡ及びＲＮＡが含まれる。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾されたヌクレオチド又は塩基、及び／又はそれらの類似体（アナログ）、又はＤＮＡもしくはＲＮＡポリメラーゼにより、もしくは合成反応によりポリマー中に取り込み可能な任意の基質でありうる。ポリヌクレオチドは、修飾されたヌクレオチド、例えばメチル化ヌクレオチド及びそれらの類似体を含みうる。ヌクレオチドの配列は非ヌクレオチド成分により中断されていてもよい。ポリヌクレオチドは合成後になされる修飾（一又は複数）、例えば標識との結合を含みうる。他のタイプの修飾には、例えば「キャップ」、類似体との自然に生じたヌクレオチドの一又は複数の置換、ヌクレオチド間修飾、例えば非荷電連結（例えばホスホン酸メチル、ホスホトリエステル、ホスホアミデート、カルバメート等）及び荷電連結（例えばホスホロチオエート、ホスホロジチオエート等）を有するもの、ペンダント部分、例えばタンパク質（例えばヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ｐｌｙ-Ｌ-リジン等）を含むもの、インターカレータ（intercalators）を有するもの（例えばアクリジン、ソラレン等）、キレート剤（例えば金属、放射性金属、ホウ素、酸化的金属等）を含むもの、アルキル化剤を含むもの、修飾された連結を含むもの（例えばアルファアノマー核酸等）、並びにポリヌクレオチド（類）の未修飾形態が含まれる。更に、糖類中に通常存在する任意のヒドロキシル基は、例えばホスホネート基、ホスフェート基で置き換えられてもよく、標準的な保護基で保護されてもよく、又は付加的なヌクレオチドへの更なる連結をつくるように活性化されてもよく、もしくは固体又は半固体担体に結合されてもよい。５’及び３’末端ＯＨはホスホリル化可能であり、又は１〜２０の炭素原子の有機キャップ基部分又はアミンで置換することもできる。また他のヒドロキシルは標準的な保護基に誘導体化されてもよい。またポリヌクレオチドは当該分野で一般的に知られているリボース又はデオキシリボース糖類の類似形態のものを更に含み得、これらには例えば２'-Ｏ-メチル-、２'-Ｏ-アリル-、２'-フルオロ-又は２'-アジド-リボース、炭素環式糖の類似体、α-アノマー糖、エピマー糖、例えばアラビノース、キシロース類又はリキソース類、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環式類似体、及び塩基性ヌクレオシド類似体、例えばメチルリボシドが含まれる。一又は複数のホスホジエステル連結は代替の連結基で置き換えてもよい。これらの代替の連結基には、限定されるものではないが、ホスフェートがＰ(Ｏ)Ｓ（「チオエート」）、Ｐ(Ｓ)Ｓ（「ジチオエート」）、「(Ｏ)ＮＲ２（「アミデート」）、Ｐ(Ｏ)Ｒ、Ｐ(Ｏ)ＯＲ'、ＣＯ又はＣＨ２（「ホルムアセタール」）と置き換えられた実施態様が含まれ、ここで、それぞれのＲ及びＲ'は独立してＨあるいはエーテル（-Ｏ-）結合を含んでいてもよい置換もしくは未置換のアルキル（１−２０Ｃ）、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニル又はアラルジル（araldyl）である。ポリヌクレオチド中の全ての結合が同���である必要はない。先の記述は、ＲＮＡ及びＤＮＡを含むここで引用される全てのポリヌクレオチドに適用される。
【００９１】
ここで使用される「オリゴヌクレオチド」は、必ずしもそうではないが、一般的に約２００未満のヌクレオチド長である、一般に一本鎖の合成ポリヌクレオチドを指す。「オリゴヌクレオチド」及び「ポリヌクレオチド」なる用語は、相互に排他的なものではない。ポリヌクレオチドについての上述した記載はオリゴヌクレオチドに等しく完全に適用可能である。
【００９２】
「プライマー」なる用語は、核酸にハイブリダイズすることができ、一般的に遊離３’−ＯＨ基を提供することによって、相補的核酸の重合を続けることができる一本鎖ポリヌクレオチドを意味する。
【００９３】
「小分子」なる用語は、約２０００ダルトン以下、好ましくは約５００ダルトン以下の分子量を持つ任意の分子を指す。
【００９４】
「宿主細胞」、「宿主細胞株」及び「宿主細胞培養」なる用語は互換的に使用され、外因性核酸が導入された細胞を指し、そのような細胞の子孫を含める。宿主細胞は、「形質転換体」及び「形質転換された細胞」を含み、一次形質転換細胞と、継代の数に関係なく、それに由来する子孫を含む。子孫は親細胞と核酸含量が完全に同一ではないかもしれないが、変異を含む場合がある。最初に形質転換された細胞においてスクリーニング又は選択されたものと同じ機能又は生物学的活性を有する変異子孫がここに含まれる。
【００９５】
ここで使用される「ベクター」なる用語は、それが連結されている別の核酸を増殖させることができる核酸分子を指す。該用語は、自己複製核酸構造としてのベクター、並びにそれが導入された宿主細胞のゲノムに組み込まれたベクターを含む。ある種のベクターは、それらが作用可能に連結されている核酸の発現を指示することができる。このようなベクターはここでは「発現ベクター」と称される。
【００９６】
「単離された」抗体は、その自然環境の成分から分離されたものである。幾つかの実施態様では、抗体は、例えば電気泳動（例えば、ＳＤＳ−ＰＡＧＥ、等電点電気泳動（ＩＥＦ）、キャピラリー電気泳動）又はクロマトグラフィー（例えば、イオン交換又は逆相ＨＰＬＣ）により決定されて、９５％又は９９％を超える純度まで精製される。抗体純度の評価法の総説としては、例えばFlatman等, J. Chromatogr. B 848:79-87 (2007)を参照のこと。
【００９７】
「単離された」核酸は、その自然環境の成分から分離された核酸分子を指す。単離された核酸は、核酸分子を通常含む細胞に含まれる核酸分子を含むが、その核酸分子は、染色体外又はその自然の染色体上の位置とは異なる染色体位置に存在している。
【００９８】
ここでの「抗体」なる用語は最も広義に使用され、限定されないがモノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異性抗体（例えば二重特異性抗体）、及びそれらが所望の抗体結合活性を示す限り抗体断片を包含する。
【００９９】
「抗体断片」は、インタクト抗体が結合する抗原に結合するインタクト抗体の一部を含む、インタクト抗体以外の分子を指す。抗体断片の例には、限定されないが、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ'、Ｆａｂ'-ＳＨ、Ｆ(ａｂ')２；ダイアボディ；線状抗体；単鎖抗体分子（例えばｓｃＦｖ）；及び抗体断片から形成された多重特異性抗体が含まれる。
【０１００】
参照抗体と「同じエピトープに結合する抗体」は、競合アッセイにおいて、５０％又はそれ以上で、参照抗体のその抗原への結合を遮断する抗体を意味し、逆に、参照抗体は、競合アッセイにおいて、５０％又はそれ以上で、該抗体がその抗原に結合するのを遮断する。例示的な競合アッセイはここに提供される。
【０１０１】
「完全長抗体」、「インタクト抗体」及び「全抗体」という用語は、ここでは交換可能に使用され、天然の抗体構造と実質的に同様な構造を有するか又はここで定義されたＦｃ領域を含む重鎖を有する抗体を指す。
【０１０２】
ここで使用される「モノクローナル抗体」という用語は、実質的に均一な抗体の集団から得られる抗体を意味し、すなわち、集団を構成する個々の抗体が、一般に少量で存在している、天然に生じる変異を含むかモノクローナル抗体調製物の製造中に生じる可能な変異体抗体を除いて、同一であり、及び／又は同じエピトープに結合する。異なる決定基（エピトープ）に対する異なる抗体を典型的には含むポリクローナル抗体調製物とは対照的に、モノクローナル抗体調製物の各モノクローナル抗体は抗原上の単一の決定基に対するものである。よって、「モノクローナル」との修飾詞は、実質的に均一な抗体集団から得られているという抗体の性質を示し、抗体を何か特定の方法で生産されることを必要としていると解されるべきではない。例えば、本発明に従って使用されるモノクローナル抗体は、限定されないがハイブリドーマ法、組換えＤＮＡ法、ファージディスプレイ法、ヒト免疫グロブリン遺伝子座の全部又は一部を含むトランスジェニック動物を利用する方法を含む様々な技術によって作成され得、モノクローナル抗体を作製するためのそのような方法及び他の例示的な方法はここに記載されている。
【０１０３】
「天然抗体」は、様々な構造をとる天然に生じる免疫グロブリン分子を指す。例えば、天然ＩｇＧ抗体は、ジスルフィド結合している２つの同一の軽鎖と２つの同一の重鎖からなる約１５００００ダルトンのヘテロ四量体糖タンパク質である。Ｎ末端からＣ末端に、各重鎖は、可変重鎖ドメイン又は重鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＨ）を有し、３つの定常ドメイン（ＣＨ１、ＣＨ２及びＣＨ３）が続く。同様に、Ｎ末端からＣ末端に、各軽鎖は、可変軽鎖ドメイン又は軽鎖可変ドメインとも呼ばれる可変領域（ＶＬ）を有し、定常軽鎖（ＣＬ）ドメインが続く。抗体の軽鎖は、その定常ドメインのアミノ酸配列に基づいて、カッパ（κ）とラムダ（λ）と呼ばれる、２つのタイプの一つに割り当てることができる。
【０１０４】
「キメラ」抗体なる用語は、重鎖及び／又は軽鎖の一部が特定の供給源又は種に由来する一方、重鎖及び／又は軽鎖の残りが異なった供給源又は種に由来する抗体を意味する。
【０１０５】
「ヒト抗体」は、ヒト又はヒト細胞によって生産される抗体のアミノ酸配列に対応するアミノ酸配列を有するか、又はヒト抗体レパートリー又は他のヒト抗体コード配列を利用する非ヒト源由来のものである。ヒト抗体のこの定義は、特に非ヒト抗原結合残基を含むヒト化抗体を除く。
【０１０６】
「ヒト化」抗体は、非ヒトＨＶＲ由来のアミノ酸残基とヒトＦＲ由来のアミノ酸残基を含むキメラ抗体を意味する。所定の実施態様では、ヒト化抗体は、ＨＶＲ（例えばＣＤＲ）の全て又は実質的に全てが非ヒト抗体のものに対応し、ＦＲの全て又は実質的に全てがヒト抗体のものに対応する少なくとも一つ、典型的には２つの可変ドメインの実質的に全てを含むであろう。ヒト化抗体は、場合によっては、ヒト抗体由来の抗体定常領域の少なくとも一部を含んでいてもよい。抗体、例えば非ヒト抗体の「ヒト化型」は、ヒト化を受けている抗体を指す。
【０１０７】
抗体の「クラス」はその重鎖が有する定常ドメイン又は定常領域のタイプを意味する。５つの主要な抗体のクラス：ＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、ＩｇＧ及びＩｇＭがあり、これらの幾つかは更にサブクラス（アイソタイプ）、例えばＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ１、及びＩｇＡ２に分けられる。免疫グロブリンの異なるクラスに対応する重鎖定常ドメインは、それぞれα、δ、ε、γ、及びμと呼ばれる。
【０１０８】
「エフェクター機能」とは、抗体のアイソタイプにより変わる、抗体のＦｃ領域に起因する生物学的活性を指す。抗体エフェクター機能の例は、Ｃ１ｑ結合及び補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）；Ｆｃ受容体結合性；抗体依存性細胞媒介性細胞傷害性（ＡＤＣＣ）；貪食；細胞表面受容体（例えばＢ細胞受容体）のダウンレギュレーション；及びＢ細胞活性化を含む。
【０１０９】
ここでの「Ｆｃ領域」なる用語は、定常領域の少なくとも一部を含む免疫グロブリン重鎖のＣ末端領域を定義するために使用される。該用語は天然配列Ｆｃ領域と変異形Ｆｃ領域を含む。一実施態様では、ヒトＩｇＧ重鎖Ｆｃ領域はＣｙｓ２２６から又はＰｒｏ２３０から重鎖のカルボキシル末端まで伸長する。しかしながら、Ｆｃ領域のＣ末端リジン（Ｌｙｓ４４７）は存在しても存在していなくてもよい。ここで別の特定がなされていない限り、Ｆｃ領域又は定常領域内のアミノ酸残基の番号付けは、Kabat等, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5版 Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD, 1991に記載されるように、ＥＵインデックスとも呼ばれるＥＵ番号付けシステムに従う。
【０１１０】
「フレームワーク」又は「ＦＲ」は、高頻度可変領域（ＨＶＲ）残基以外の可変ドメイン残基を意味する。可変ドメインのＦＲは、一般に、４つのＦＲドメイン、つまりＦＲ１、ＦＲ２、ＦＲ３、及びＦＲ４からなる。従って、ＨＶＲ及びＦＲ配列は一般にＶＨ（又はＶＬ）中に次の配列で現れる：ＦＲ１−Ｈ１（Ｌ１）−ＦＲ２−Ｈ２（Ｌ２）−ＦＲ３−Ｈ３（Ｌ３）−ＦＲ４。
【０１１１】
「ヒトコンセンサスフレームワーク」は、ヒト免疫グロブリンＶＬ又はＶＨフレームワーク配列の選別において最も一般的に生じるアミノ酸残基を表すフレームワークである。一般に、ヒト免疫グロブリンＶＬ又はＶＨ配列の選別は、可変ドメイン配列のサブグループからである。一般に、配列のサブグループはKabat等, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5版, NIH Publication 91-3242, Bethesda MD (1991), 1-3巻にあるようなサブグループである。一実施態様では、ＶＬについて、サブグループは上掲のKabat等にあるサブグループκＩである。一実施態様では、ＶＨについて、サブグループは上掲のKabat等にあるサブグループＩＩＩである。
【０１１２】
ここでの目的のための「アクセプターヒトフレームワーク」は、以下に定義されるように、ヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワーク由来の軽鎖可変ドメイン（ＶＬ）フレームワーク又は重鎖可変ドメイン（ＶＨ）フレームワークのアミノ酸配列を含むフレームワークである。ヒト免疫グロブリンフレームワーク又はヒトコンセンサスフレームワーク「由来の」アクセプターヒトフレームワークは、その同じアミノ酸配列を含んでいてもよいか、あるいはアミノ酸配列変化を含んでいてもよい。幾つかの実施態様では、アミノ酸変化の数は、１０以下、９以下、８以下、７以下、６以下、５以下、４以下、３以下又は２以下である。幾つかの実施態様では、ＶＬアクセプターヒトフレームワークは、ＶＬヒト免疫グロブリンフレームワーク配列又はヒトコンセンサスフレームワーク配列と配列が同一である。
【０１１３】
「可変領域」又は「可変ドメイン」なる用語は、抗体の抗原への結合に関与する抗体の重鎖又は軽鎖のドメインを指す。天然抗体の重鎖及び軽鎖の可変ドメイン（それぞれＶＨ及びＶＬ）は、４つの保存されたフレームワーク領域（ＦＲ）と３つの高頻度可変領域（ＨＶＲ）を含む各ドメインを持ち、一般的に類似の構造を有する。（例えば、Kindt等, Kuby Immunology, 6版, W.H. Freeman and Co., 91頁 (2007)を参照。）単一のＶＨ又はＶＬドメインが、抗原結合特異性を付与するのに十分である場合がある。更に、特定の抗原に結合する抗体は、それぞれ相補的ＶＬ又はＶＨドメインのライブラリーをスクリーニングするためにその抗原に結合する抗体由来のＶＨ又はＶＬドメインを使用して単離されうる。例えば、Portolano等, J. Immunol. 150:880-887 (1993)；Clarkson等, Nature 352:624-628 (1991)を参照のこと。
【０１１４】
ここで使用される「高頻度可変領域」又は「ＨＶＲ」なる用語は、配列が高頻度可変であるか、及び／又は構造的に定義されたループ（「高頻度可変ループ」）を形成する抗体可変ドメインの各領域を指す。一般に、天然型４鎖抗体は、ＶＨ（Ｈ１、Ｈ２、Ｈ３）に３つ、及びＶＬ（Ｌ１、Ｌ２、Ｌ３）に３つの、６つのＨＶＲを含む。ＨＶＲは一般に、高頻度可変ループ由来及び／又は「相補性決定領域」（ＣＤＲ）由来のアミノ酸残基を含み、後者は、最も高い配列可変性であり、及び／又は抗原認識に関与している。例示的な高頻度可変ループはアミノ酸残基２６−３２（Ｌ１）、５０−５２（Ｌ２）、９１−９６（Ｌ３）、２６−３２（Ｈ１）、５３−５５（Ｈ２）、及び９６−１０１（Ｈ３）で生じる。（Chothia及びLesk, J. Mol. Biol. 196:901-917 (1987))。例示的なＣＤＲ（ＣＤＲ−Ｌ１、ＣＤＲ−Ｌ２、ＣＤＲ−Ｌ３、ＣＤＲ−Ｈ１、ＣＤＲ−Ｈ２、及びＣＤＲ−Ｈ３）は、アミノ酸残基Ｌ１の２４−３４、Ｌ２の５０−５６、Ｌ３の８９−９７、Ｈ１の３１−３５Ｂ、Ｈ２の５０−６５、及びＨ３の９５−１０２に生じる。（Kabat等, Sequences of Proteins of Immunological Interest, 5版 Public Health Service, National Institutes of Health, Bethesda, MD (1991).）ＶＨのＣＤＲ１の例外を除いて、ＣＤＲは一般的に高頻度可変ループを形成するアミノ酸残基を含む。ＣＤＲは、抗原に接触する残基である「特異性決定残基」又は「ＳＤＲ」をまた含む。ＳＤＲは、短縮型ＣＤＲ、又はａ−ＣＤＲと呼ばれる、ＣＤＲの領域内に含まれる。例示的なａ−ＣＤＲ（ａ−ＣＤＲ−Ｌ１、ａ−ＣＤＲ−Ｌ２、ａ−ＣＤＲ−Ｌ３、ａ−ＣＤＲ−Ｈ１、ａ−ＣＤＲ−Ｈ２、及びａ−ＣＤＲ−Ｈ３）は、アミノ酸残基Ｌ１の３１−３４、Ｌ２の５０−５５、Ｌ３の８９−９６、Ｈ１の３１−３５Ｂ、Ｈ２の５０−５８、及びＨ３の９５−１０２に生じる。（Almagro及びFransson, Front. Biosci.13:1619-1633(2008)を参照のこと。）特に断らない限り、可変ドメイン内のＨＶＲ残基及び他の残基（例えば、ＦＲ残基）は、上掲のＫａｂａｔ等に従ってここで番号付けがなされる。
【０１１５】
「親和性」とは、分子（例えば、抗体）の単一結合部位とその結合パートナー（例えば、抗原）との間の非共有結合相互作用の総和の強度を指す。ここで使用される場合、特に断らない限り、「結合親和性」は、結合対のメンバー（例えば、抗体と抗原）間の１：１の相互作用を反映する本質的な結合親和性を指す。そのパートナーＹに対する分子Ｘの親和性は、一般的に解離定数（Ｋｄ）で表すことができる。親和性は、ここに記載されたものを含む、当該技術分野で知られている一般的な方法によって測定することができる。結合親和性を測定するための特定の例証的かつ例示的実施態様は次に記載される。
【０１１６】
「親和性成熟」抗体とは、改変が抗原に対する抗体の親和性に改善を生じせしめる場合、そのような改変を有していない親抗体と比較し、一又は複数の高頻度可変領域（ＨＶＲ）における一又は複数の改変を伴う抗体を意味する。
【０１１７】
「抗ＭｉＴ抗体」及び「ＭｉＴに結合する抗体」なる用語は、抗体が、ＭｉＴを標的とする際に診断及び／又は治療剤として有用であるように、十分な親和性でＭｉＴポリペプチドに結合することができる抗体を指す。一実施態様では、抗ＭｉＴ抗体の無関係な、非ＭｉＴポリペプチドへの結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定した場合、抗体のＭｉＴ転座融合ポリペプチドへの結合の約１０％未満である。ある実施態様では、ＭｉＴに結合する抗体は、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ、又は≦０．００１ｎＭ（例えば、１０−８Ｍ以下、例えば、１０−８Ｍから１０−１３Ｍ、例えば、１０−９Ｍから１０−１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を持つ。ＭｉＴは、ＭＩＴＦ転座、ＴＦＥＢ転座、ＴＦＥ３転座、ＴＦＥＣ転座及び／又はＳＢＮＯ２転座でありうる。
【０１１８】
「抗ＭｉＴ転座抗体」及び「ＭｉＴ転座融合ポリペプチドに結合する抗体」なる用語は、抗体が、ＭｉＴ転座を標的とする際に診断及び／又は治療剤として有用であるように、十分な親和性でＭｉＴ転座融合ポリペプチドに結合することができる抗体を指す。一実施態様では、抗ＭｉＴ転座抗体の無関係な、非ＭｉＴ転座融合ポリペプチド、及び／又は非転座ＭｉＴポリペプチドへの結合の程度は、例えば、ラジオイムノアッセイ（ＲＩＡ）によって測定した場合、抗体のＲ−スポンジン転座融合ポリペプチドへの結合の約１０％未満である。ある実施態様では、ＭｉＴ転座融合ポリペプチドに結合する抗体は、≦１μＭ、≦１００ｎＭ、≦１０ｎＭ、≦１ｎＭ、≦０．１ｎＭ、≦０．０１ｎＭ、又は≦０．００１ｎＭ（例えば、１０−８Ｍ以下、例えば、１０−８Ｍから１０−１３Ｍ、例えば、１０−９Ｍから１０−１３Ｍ）の解離定数（Ｋｄ）を持つ。ある実施態様では、抗ＭｉＴ転座抗体は、ＭｉＴ転座の中で一意的であるＭｉＴ転座のエピトープに結合する。ＭｉＴ転座は、ＭＩＴＦ転座、ＴＦＥＢ転座、ＴＦＥ３転座、ＴＦＥＣ転座及び／又はＳＢＮＯ２転座でありうる。
【０１１９】
「阻止(ブロック)」抗体又は「アンタゴニスト」抗体とは、それが結合する抗原の生物学的活性を阻害するか又は低下させるものである。好ましい阻止抗体又はアンタゴニスト抗体は、抗原の生物学的活性を、実質的に又は完全に阻害する。
【０１２０】
「ネイキッド抗体」とは、異種性部分（例えば細胞傷害性部分）又は放射標識にコンジュゲートされていない抗体を意味する。ネイキッド抗体は薬学的製剤中に存在していてもよい。
【０１２１】
「イムノコンジュゲート」は、限定されないが、細胞傷害剤を含む一又は複数の異種分子にコンジュゲートした抗体である。
【０１２２】
参照ポリペプチド配列に対する「パーセント（％）アミノ酸配列同一性」は、配列を整列させ、最大のパーセント配列同一性を達成するために必要ならば間隙を導入し、如何なる保存的置換も配列同一性の一部と考えないとした、参照ポリペプチド配列中のアミノ酸残基と同一である候補配列中のアミノ酸残基のパーセントとして定義される。パーセントアミノ酸配列同一性を決定する目的のためのアラインメントは、例えば公に利用できるコンピュータソフトウェア、例えばＢＬＡＳＴ、ＢＬＡＳＴ−２、ＡＬＩＧＮ又はＭｅｇａｌｉｇｎ（ＤＮＡＳＴＡＲ）ソフトウェアを使用して、当業者の技量の範囲にある様々な方法で達成することができる。当業者であれば、比較される配列の全長に対して最大のアラインメントを達成するために必要な任意のアルゴリズムを含む、配列をアラインメントするための適切なパラメータを決定することができる。しかしながら、ここでの目的のためには、パーセントアミノ酸配列同一性値は、配列比較コンピュータプログラムＡＬＩＧＮ−２を使用して得られる。ＡＬＩＧＮ−２配列比較コンピュータプログラムは、ジェネンテック社によって著作され、そのソースコードが米国著作権庁、ワシントンＤ．Ｃ．，２０５５９に使用者用書類と共に提出され、米国著作権登録番号ＴＸＵ５１００８７の下で登録されている。ＡＬＩＧＮ−２プログラムはジェネンテック社、サウスサンフランシスコ、カリフォルニアから公的に入手可能であり、又はソースコードからコンパイルすることができる。ＡＬＩＧＮ−２プログラムは、デジタルＵＮＩＸ Ｖ４．０Ｄを含むＵＮＩＸオペレーティングシステムで使用されるようにコンパイルされなければならない。全ての配列比較パラメータは、ＡＬＩＧＮ−２プログラムによって設定され、変動しない。
【０１２３】
アミノ酸配列比較のためにＡＬＩＧＮ−２が用いられる状況では、与えられたアミノ酸配列Ａの、与えられたアミノ酸配列Ｂに対する、それとの、又はそれに対しての％アミノ酸配列同一性（あるいは、与えられたアミノ酸配列Ｂに対する、それとの、又はそれに対してのある程度の％アミノ酸配列同一性を持つか又は含む与えられたアミノ酸配列Ａと言うこともできる）は次のように計算される：
【０１２４】
分率Ｘ／Ｙの１００倍
【０１２５】
ここで、Ｘは配列アラインメントプログラムＡＬＩＧＮ−２によってＡ及びＢのそのプログラムのアラインメントにおいて同一一致とのスコアとなったアミノ酸残基の数であり、ＹはＢの全アミノ酸残基数である。アミノ酸配列Ａの長さがアミノ酸配列Ｂの長さと等しくない場合、ＡのＢに対する％アミノ酸配列同一性は、ＢのＡに対する％アミノ酸配列同一性とは等しくないことは理解されるであろう。特に別の定義がなされない限り、ここで使用される全ての％アミノ酸配列同一性は、ＡＬＩＧＮ−２コンピュータプログラムを使用して直ぐ前の段落に記載されたようにして得られる。
【０１２６】
「検出」なる用語は、直接的検出と間接的検出を含む、検出の任意の手段を含む。
【０１２７】
ここで使用される「バイオマーカー」なる用語は、試料中において検出することができる、例えば予測、診断、及び／又は予後の、指標（インジケーター）を意味する。バイオマーカーは、ある分子的、病理的、組織学的、及び／又は臨床的特徴によって特徴付けられる疾病又は疾患（例えば、がん）の特定のサブタイプの指標となりうる。幾つかの実施態様では、バイオマーカーは遺伝子である。幾つかの実施態様では、バイオマーカーは遺伝子の変異（例えば、突然変異及び／又は多型）である。幾つかの実施態様では、バイオマーカーは転座である。バイオマーカーは、限定されないが、ポリヌクレオチド（例えば、ＤＮＡ、及び／又はＲＮＡ）、ポリペプチド、ポリペプチド及びポリヌクレオチド修飾（例えば、翻訳後修飾）、炭水化物、及び／又は糖脂質系分子マーカーを含む。
【０１２８】
個体に対する臨床的有用性の増加に関連するバイオマーカーの「存在」、「量」、又は「レベル」は生体試料中における検出可能なレベルである。これらは当業者に知られここにまた開示されている方法によって測定できる。評価されるバイオマーカーの発現レベル又は量を、治療に対する応答を決定するために使用することができる。
【０１２９】
一般に「発現のレベル」又は「発現レベル」なる用語は、交換可能に使用され、一般に、生体試料中のバイオマーカーの量を指す。「発現」は、一般に、情報（例えば、遺伝子コード及び／又はエピジェネティック）情報が、細胞中に存在し作用する構造に変換されるプロセスを意味する。従って、ここで使用される場合、「発現」は、ポリヌクレオチドへの転写、ポリペプチドへの翻訳、又はポリヌクレオチド及び／又はポリペプチド修飾（例えば、ポリペプチドの翻訳後修飾）さえも意味しうる。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたポリペプチド、又はポリヌクレオチド及び／又はポリペプチド修飾（例えばポリペプチドの翻訳後修飾）の断片もまた、それらが選択的スプライシングにより生成された転写物、又は分解された転写物に由来するか、又は例えばタンパク質分解によるポリペプチド翻訳後プロセシングに由来しようが、発現したとみなされる。「発現した遺伝子」には、ｍＲＮＡとしてポリヌクレオチドに転写され、ついでポリペプチドに翻訳されたもの、及びＲＮＡに転写はされたが、ポリペプチドには翻訳されていないもの（例えば、転移及びリボソームＲＮＡ）が含まれる。
【０１３０】
「上昇した発現」、「上昇した発現レベル」、又は「上昇したレベル」は、コントロール、例えば疾病又は疾患（例えば、がん）に罹患していない個体又は個体群あるいは内部コントロール（例えば、ハウスキーピングバイオマーカー）に対しての個体中のバイオマーカーの増加した発現又は増加したレベルを意味する。
【０１３１】
「減少した発現」、「減少した発現レベル」、又は「減少したレベル」は、コントロール、例えば疾病又は疾患（例えば、がん）に罹患していない個体又は個体群あるいは内部コントロール（例えば、ハウスキーピングバイオマーカー）に対しての個体中のバイオマーカーの減少した発現又は減少したレベルを意味する。
【０１３２】
「ハウスキーピングバイオマーカー」なる用語は、全ての細胞型に典型的には同様に存在するバイオマーカー又はバイオマーカー群（例えば、ポリヌクレオチド及び／又はポリペプチド）を意味する。幾つかの実施態様では、ハウスキーピングバイオマーカーは「ハウスキーピング遺伝子」である。「ハウスキーピング遺伝子」は、ここでは、その活動が細胞機能の維持のために必須であり、全ての細胞型に典型的には同様に存在するタンパク質をコードする遺伝子又は遺伝子群を意味する。
【０１３３】
ここで使用される「増幅」は、一般に、所望の配列の複数のコピーを生産する過程を指す。「複数のコピー」は少なくとも２のコピーを意味する。「コピー」は、鋳型配列に対して相補的な又は同一の完全な配列を必ずしも意味するものではない。例えば、コピーは、ヌクレオチド類似体、例えばデオキシイノシン、意図的配列変化（例えば、鋳型に相補的ではないがハイブリダイズ可能な配列を含むプライマーにより導入される配列変化）及び／又は増幅中に起こる配列エラーを含みうる。
【０１３４】
「マルチプレックスＰＣＲ」なる用語は、単一反応で二以上のＤＮＡ配列を増幅する目的で、一を越えるプライマーセットを使用して単一供給源（例えば個体）から得られた核酸について実施される単一ＰＣＲ反応を指す。
【０１３５】
ハイブリダイゼーション反応の「ストリンジェンシー」は、当業者によって容易に決定され、一般にプローブ長、洗浄温度、及び塩濃度に依存する経験的な計算である。一般に、プローブが長くなると適切なアニーリングに必要な温度が高くなる一方、プローブが短くなるとそれに必要な温度は低くなる。ハイブリダイゼーションは、一般に、相補鎖がその融点より低い環境に存在する場合に、変性ＤＮＡの再アニールする能力に依存する。プローブとハイブリダイズ可能な配列間で所望される相同性の程度が高くなればなるほど、用いることができる相対温度が高くなる。その結果、より高い相対温度は、反応条件をよりストリンジェントにする傾向がある一方、低い温度はストリンジェントを低下させることになる。ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーの更なる詳細及び説明については、Ausubel等, Current Protocols in Molecular Biology, Wiley Interscience Publishers, (1995)を参照のこと。
【０１３６】
ここで定義される「ストリンジェントな条件」又は「高度にストリンジェントな条件」は、（１）例えば５０℃の０．０１５Ｍの塩化ナトリウム／０．００１５Ｍのクエン酸ナトリウム／０．１％のドデシル硫酸ナトリウムのように低イオン強度及び高温度を洗浄に用いるもの；（２）例えば４２℃の５０％（ｖ／ｖ）ホルムアミドに０．１％ウシ血清アルブミン／０．１％フィコール／０．１％のポリビニルピロリドン／５０ｍＭのｐＨ６．５のリン酸ナトリウムバッファー、及び７５０ｍＭの塩化ナトリウム、７５ｍＭのクエン酸ナトリウムと、ホルムアミド等の変性剤をハイブリダイゼーションに用いるもの；あるいは（３）５０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（０．７５ＭのＮａＣｌ、０．０７５Ｍのクエン酸ナトリウム）、５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ６．８）、０．１％のピロリン酸ナトリウム、５×デンハート液、超音波処理サケ精子ＤＮＡ（５０μｇ／ｍｌ）、０．１％ＳＤＳ、及び１０％の硫酸デキストラン溶液を４２℃で用いる溶液中での終夜のハイブリダイゼーションで、０．２×ＳＳＣ（塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム）中での４２℃での１０分の洗浄と、５５℃でのＥＤＴＡを含む０．１×ＳＳＣからなる１０分の高ストリンジェンシー洗浄が続くものよって特定されうる。
【０１３７】
「中程度にストリンジェントな条件」は、Sambrook等, Molecular Cloning: A Laboratory Manual, New York: Cold Spring Harbor Press, 1989に記載されているように特定され得、上述のものより低いストリンジェンシーの洗浄溶液及びハイブリダイゼーション条件（例えば、温度、イオン強度及び％ＳＤＳ）の使用を含む。中程度にストリンジェントな条件の例は、２０％ホルムアミド、５×ＳＳＣ（１５０ｍＭのＮａＣｌ、１５ｍＭのクエン酸三ナトリウム）、５０ｍＭのリン酸ナトリウム（ｐＨ７．６）、５×デンハート液、１０％の硫酸デキストラン、及び２０ｍｇ／ｍｌの変性剪断サケ精子ＤＮＡを含む溶液中で３７℃での終夜のインキュベーションの後、１×ＳＳＣ中で約３７−５０℃でのフィルターの洗浄が続くものである。当業者であれば、プローブ長などの因子に適合させるために必要に応じて、どのようにして温度、イオン強度等を調節するかは分かるであろう。
【０１３８】
「診断」なる用語は、ここでは、分子又は病理学的状態、疾患又は症状（例えば、がん）の同定又は分類を意味するために使用される。例えば、「診断」はがんの特定のタイプの特定を意味しうる。「診断」は、例えば病理組織学的基準又は分子的特徴（例えば、一つのバイオマーカー又はバイオマーカーの組合せ（例えば、特定の遺伝子又は該遺伝子によってコードされるタンパク質）の発現によって徴付けられるサブタイプ）による、がんの特定のサブタイプの分類をまた意味しうる。
【０１３９】
「補助診断（aiding diagnosis）」なる用語は、ここでは、疾病又は疾患（例えば、がん）の特定のタイプの症状又は状態の存在、又は性質に関する臨床的決定を行う際に助けとなる方法を意味する。例えば、疾患又は症状（例えば、がん）の診断の助けとなる方法は、個体からの生体試料中の所定のバイオマーカーを検出することを含みうる。
【０１４０】
ここで使用される「試料」なる用語は、例えば物理学的、生化学的、化学的及び／又は生理学的特徴に基づいて特徴付けられ、及び／又は同定される、細胞実体及び／又は他の分子実体を含む対象の被検体及び／又は個体から得られ又は由来する組成物を指す。例えば、「疾患試料」なる語句とその変形語は、特徴付けがなされる細胞実体及び／又は分子実体を含むことが予測され、又はそうであることが知られている対象の被検体から得られた任意の試料を指す。試料には、限定されないが、初代又は培養細胞又は細胞株、細胞上清、細胞ライセート、血小板、血清、血漿、硝子体液、リンパ液、滑液、卵胞液、精液、羊水、乳、全血、血液由来細胞、尿、脳脊髄液、唾液、痰、涙、汗、粘液、腫瘍ライセート、及び組織培養基、組織抽出物、例えばホモジナイズ組織、腫瘍組織、細胞抽出物、及びそれらの組合せが含まれる。
【０１４１】
「組織試料」又は「細胞試料」とは、被検体又は個体の組織から得られた類似の細胞の集まりを意味する。組織又は細胞試料の供給源は、新鮮な、凍結され及び／又は保存された臓器、組織試料、生検、及び／又は吸引からの固形組織；血液又は任意の血液成分、例えば血漿；体液、例えば脳脊髄液、羊水、腹水又は間質液；被検体の妊娠期又は発達期の任意の時期の細胞でありうる。組織試料はまた初代又は培養細胞又は細胞株でありうる。場合によっては、組織又は細胞試料は罹患組織／臓器から得られる。組織試料は、保存料、抗凝固剤、バッファー、固定液、栄養分、抗生物質等のような天然の組織にはもともと混在していない化合物を含んでいてもよい。
【０１４２】
ここで使用される「参照試料」、「参照細胞」、「参照組織」、「コントロール試料」、「コントロール細胞」、又は「コントロール組織」は、比較目的で使用される試料、細胞、組織、標準、又はレベルを指す。一実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞、又はコントロール組織は、同じ被検体又は個体の身体の健康な及び／又は非罹患の部分（例えば、組織又は細胞）から得られる。例えば、罹患細胞又は組織に隣接した健康な及び／又は非罹患の細胞又は組織（例えば、腫瘍に隣接した組織又は細胞）である。他の実施態様では、参照試料は、同じ被検体又は個体の身体の未治療組織及び／又は細胞から得られる。更に他の実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞、又はコントロール組織は、その被検体又は個体ではない個体の身体の健康な及び／又は非罹患の部分から得られる。更に他の実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞、又はコントロール組織は、その被検体又は個体ではない個体の身体の未治療組織及び／又は細胞から得られる。
【０１４３】
ここでの目的に対して、組織試料の「切片」とは、組織試料の一部又は一片、例えば組織試料から切り出した組織又は細胞の一薄片を意味する。組織試料の同じ切片が形態学的及び分子的の両レベルで分析されうるか、又はポリペプチドとポリヌクレオチドの両方について分析されうることが理解されるならば、組織試料の複数の切片が採取され、分析に供されうることが理解される。
【０１４４】
「相関」又は「相関する」とは、如何なる方法であれ、第一の分析又はプロトコルの成績及び／又は結果を、第二の分析又はプロトコルの成績及び／又は結果と比較することを意味する。例えば、第二のプロトコルを行う際に第一の分析又はプロトコルの結果を用いてもよいし、及び／又は第一の分析又はプロトコルの結果を用いて、第二の分析又はプロトコルを実施すべきかどうかを決定してもよい。ポリヌクレオチド分析又はプロトコルの実施態様に関し、ポリヌクレオチド発現分析又はプロトコルの結果を使用して、特定の治療計画が実施されるべきかどうかを決定してもよい。
【０１４５】
「個体応答」又は「応答」は、限定するものではないが以下のものを含む個体に対して有用性を示す任意のエンドポイントを使用して評価することができる。（１）緩徐化及び完全な停止を含む、ある程度の疾患進行（例えば、がん進行）の阻害；（２）腫瘍サイズの減少；（３）近接する末梢器官及び／又は組織へのがん細胞浸潤の阻害（すなわち、減少、緩徐化又は完全な停止）；（４）転移の阻害（すなわち、減少、緩徐化又は完全な停止）；（５）疾病又は疾患（例えば、がん）と関連する一又は複数の症状の、ある程度の軽減；（６）無増悪生存期間の長さの増加；及び／又は（９）治療後の与えられた時点での死亡率の減少。
【０１４６】
ここで使用される「実質的に同様」なる語句は、当業者が、２つの値の差異が該値（例えば、Ｋｄ値）により測定される生物学的特徴の範囲内において統計的有意性がないと考えるような、２つの数値（一般に一方は分子に関連し、他方は参照／比較分子に関連する）間の十分に高度な類似性を意味する。前記２つの値の差異は、参照／比較値の関数として、例えば、約２０％未満、約１０％未満、及び／又は約５％未満でありうる。「実質的に正常」なる語句は、参照（例えば、正常な参照）と実質的に同様であることを意味する。
【０１４７】
「実質的に異なる」なる語句は、当業者が、２つの値の差異が該値（例えば、Ｋｄ値）により測定される生物学的特徴の範囲内において統計的有意性があると考えるような、２つの数値（一般に一方は分子に関連し、他方は参照／比較分子に関連する）間の十分に高度な差異を意味する。前記２つの値の差異は、例えば、参照／比較分子に対する値の関数として、約１０％を超え、約２０％を超え、約３０％を超え、約４０％を超え、及び／又は約５０％を超えうる。
【０１４８】
「標識」という語は、ここで使用される場合、検出可能な化合物又は組成物を意味する。標識は、典型的にはポリヌクレオチドプローブ又は抗体のような試薬に直接的又は間接的にコンジュゲートされ又は融合され、それがコンジュゲートされ又は融合されている試薬の検出を容易にする。標識はそれ自身が検出可能でもよく（例えば、放射性同位体標識又は蛍光標識）、あるいは酵素標識の場合では、検出可能な生成物を生じる基質化合物又は組成物の化学的変換を触媒しうる。
【０１４９】
薬剤の「有効量」とは、所望の治療又は予防結果を達成するために必要な用量及び時間での効果的な量を意味する。
【０１５０】
本発明の物質／分子、アゴニスト又はアンタゴニストの「治療的有効量」は、例えば個体の疾病状態、年齢、性別、及び体重、並びに個体に所望の応答を誘導する物質／分子、アゴニスト又はアンタゴニストの能力等の因子に従って変わりうる。また、治療的有効量は、物質／分子、アゴニスト又はアンタゴニストの任意の毒性又は有害な効果よりも治療的に恩恵のある効果が上回るものである。「予防的有効量」とは所望の予防結果を達成するために必要な用量及び時間での効果的な量を意味する。必ずしもではないが典型的には、予防的用量は疾患の初期ステージ又はその前に被検体に使用されるので、予防的有効量は治療的有効量よりも少ないであろう。
【０１５１】
「薬学的製剤」なる用語は、そこに含まれる活性成分の生物学的活性が効果的であることを許容する形態であり、その製剤が投与されるであろう被検体に許容できない程に毒性である更なる成分を含んでいない調製物を意味する。
【０１５２】
「薬学的に許容可能な担体」とは、活性成分以外の、被検体に非毒性である薬学的製剤中の成分を意味する。薬学的に許容可能な担体は、限定されないが、バッファー、賦形剤、安定剤、又は保存料を含む。
【０１５３】
ここで使用される場合、「治療」（及び「治療する」又は「治療している」のようなその文法的変形語）とは、治療される個体の自然の経過を変化させる試みにおける臨床的介入を意味し、予防のため又は臨床病理経過中に実施することができる。治療の所望される効果には、限定されないが、疾病の発症又は再発の予防、症状の緩和、疾病の任意の直接的又は間接的な病理学的結果の減少、転移の防止、疾病の進行速度の低減、疾患状態の回復又は緩和、及び寛解又は予後の改善が含まれる。幾つかの実施態様では、本発明の抗体は、疾病の発症を遅延させるため又は疾病の進行を遅延化させるために使用される。
【０１５４】
「がん」及び「がん性」という用語は、典型的には調節されない細胞増殖（growth/proliferation）を特徴とする哺乳動物における生理学的状態を指すか又は記述する。がんの例には、限定されるものではないが、がん腫、リンパ腫（例えば、ホジキンリンパ腫及び非ホジキンリンパ腫）、芽細胞腫、肉腫、及び白血病が含まれる。このようながんのより特定の例には、扁平細胞がん、小細胞肺がん、非小細胞肺がん、肺の腺がん、肺の扁平上皮がん、腹膜のがん、肝細胞がん、胃腸がん、膵がん、神経膠芽腫、子宮頸がん、卵巣がん、肝がん、膀胱がん、肝細胞がん、乳がん、結腸がん、結腸直腸がん、子宮内膜又は子宮がん、唾液腺がん、腎臓がん、肝臓がん、前立腺がん、外陰がん、甲状腺がん、肝がん、白血病及び他のリンパ増殖性疾患、及び様々なタイプの頭頸部がんが含まれる。幾つかの実施態様では、がんは腎細胞がん（例えば、非明細胞腎細胞がん（ｎｃｃＲＣＣ）、転座ＲＣＣ（ｔＲＣＣ））、メラノーマ、血管周囲類上皮腫瘍、胞状軟部肉腫、明細胞肉腫、血管筋脂肪腫、リンパ脈管筋腫症（lymphangioleiomyomatoma）、明細胞糖肺腫瘍、膵臓、子宮、神経鞘腫、細胞性青色母斑、神経線維腫、胚細胞性腫瘍、リンパ腫、脂肪肉腫である。
【０１５５】
「抗がん療法」なる用語は、がんの治療に有用な治療法を意味する。抗がん治療剤の例は、限定されないが、例えば、化学療法剤、増殖阻害剤、細胞傷害剤、放射線療法で使用される薬剤、抗血管新生剤、アポトーシス剤、抗チューブリン剤、及びがんを治療するための他の薬剤、抗ＣＤ２０抗体、血小板由来増殖因子阻害剤（例えば、ＧｌｅｅｖｅｃＴＭ（イマチニブメシレート））、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコキシブ）、インターフェロン、サイトカイン、次の標的ＰＤＧＦＲ−ベータ、ＢｌｙＳ、ＡＰＲＩＬ、ＢＣＭＡ受容体の一又は複数に結合するアンタゴニスト（例えば中和抗体）、ＴＲＡＩＬ／Ａｐｏ２、及び他の生理活性及び有機化学薬剤等々を含む。それらの組み合わせもまた本発明に含まれる。
【０１５６】
ここで用いられる「細胞傷害剤」なる用語は、細胞の機能を阻害又は阻止し、及び／又は細胞死又は破壊を生じせしめる物質を意味する。細胞傷害剤は、限定されないが、放射性同位体（例えば、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位体）；化学療法剤又は薬（例えば、メトトレキセート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシン又は他の挿入剤）；増殖阻害剤；酵素及びその断片、例えば核酸分解酵素；抗生物質；毒素、例えば小分子毒素、又は細菌、真菌、植物又は動物由来の酵素活性毒素（それらの断片及び／又はその変異体を含む）；及び以下に開示される様々な抗腫瘍剤又は抗がん剤を含む。
【０１５７】
「化学療法剤」は、がんの治療に有用な化合物を意味する。化学療法剤の例には、アルキル化剤、例えばチオテパ及びシクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標））；スルホン酸アルキル、例えばブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファン；アジリジン類、例えばベンゾドーパ、カルボコン、メツレドーパ、及びウレドーパ；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホラミド、トリエチレンチオホスホラミド及びトリメチロメラミンを含むエチレンイミン類及びメチラメラミン類；アセトゲニン（特にブラタシン及びブラタシノン）；デルタ−９−テトラヒドロカンナビノール（ドロナビノール、ＭＡＲＩＮＯＬ（登録商標））；ベータ−ラパコン；ラパコール；コルヒチン；ベツリン酸；カンプトセシン（合成類似体トポテカン（ＨＹＣＡＭＴＩＮ（登録商標））、ＣＰＴ−１１（イリノテカン、ＣＡＭＰＴＯＳＡＲ（登録商標））、アセチルカンプトセシン、スコポレクチン（scopolectin）、及び９−アミノカンプトセシンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシン（carzelesin）及びビゼレシン（bizelesin）合成類似体を含む）；ポドフィロトキシン；ポドフィリン酸；テニポシド；クリプトフィシン（cryptophycin）（特にクリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似体、ＫＷ−２１８９及びＣＢＩ−ＴＭ１を含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン（pancratistatin）；サルコジクチイン；スポンジスタチン（spongistatin）；ナイトロジェンマスタード、例えばクロランブシル、クロルナファジン（chlornaphazine）、クロロホスファミド、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、メクロレタミンオキシドヒドロクロリド、メルファラン、ノベンビチン（novembichin）、フェネステリン（phenesterine）、プレドニムスチン（prednimustine）、トロフォスファミド（trofosfamide）、ウラシルマスタード；ニトロソ尿素、例えばカルムスチン、クロロゾトシン、ホテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムスチン；抗生物質、例えばエンジイン抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特にカリケアマイシンガンマ１Ｉ及びカリケアマイシンオメガＩ１（例えば、Nicolaou等, Angew Chem. Intl. Ed. Engl. 33：183-186(1994)を参照）；ＣＤＰ３２３，経口アルファ−４インテグリン阻害剤；ダイネミシンＡを含むダイネミシン；エスペラマイシン；並びにネオカルジノスタチン発色団及び関連色素タンパク質エンジイン抗生物質発色団）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、オースラマイシン（authramycin）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）、モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシン、ドキソルビシンＨＣｌリポソーム注射剤（ＤＯＸＩＬ（登録商標））、リポソームドキソルビシンＴＬＣ Ｄ−９９（ＭＹＯＣＥＴ（登録商標））、ペグ化リポソームドキソルビシン（ＣＡＥＬＹＸ（登録商標））、及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン、イダラルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシン、例えばマイトマイシンＣ、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、ピューロマイシン、クエラマイシン、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメックス、ジノスタチン、ゾルビシン；代謝拮抗剤、例えばメトトレキセート、ゲムシタビン（ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））、テガフール（ＵＦＴＯＲＡＬ（登録商標））、カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））、エポチロン、及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）；葉酸類似体、例えばデノプテリン、メトトレキセート、プテロプテリン、トリメトレキセート；プリン類似体、例えばフルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニン；ピリミジン類似体、例えばアンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジン；アンドロゲン類、例えばカルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトン；抗副腎薬、例えばアミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタン；葉酸リプレニッシャー、例えばフロリン酸；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキセート；デフォファミン；デメコルシン；ジアジコン；エフロルニチン；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン；メイタンシノイド、例えばメイタンシン及びアンサミトシン；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモール（mopidanmol）；ニトラエリン（nitraerine）；ペントスタチン；フェナメト；ピラルビシン；ロソキサントロン；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）多糖複合体（JHS Natural Products, Eugene, OR）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特に、Ｔ−２毒素、ベラクリンＡ、ロリジンＡ及びアングイジン）；ウレタン；ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；チオテパ；タキソイド、例えば、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標））、パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子製剤（ＡＢＲＡＸＡＮＥＴＭ）、及びドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標））；クロランブシル；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキセート；白金剤、例えばシスプラチン、オキサリプラチン（例えば、ＥＬＯＸＡＴＩＮ（登録商標））、及びカルボプラチン；ビンブラスチン（ＶＥＬＢＡＮ（登録商標））、ビンクリスチン（ＯＮＣＯＶＩＮ（登録商標）、ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））、及びビノレルビン（ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標））を含む、チュー��リン重合が微小管形成を防止するビンカ；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ロイコボリン；ノバントロン；エダトレキセート；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロネート；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；ベキサロテン（ＴＡＲＧＲＥＴＩＮ（登録商標））を含む、レチノイン酸などのレチノイド；ビスホスホネート、例えばクロドロネート（例えばＢＯＮＥＦＯＳ（登録商標）又はＯＳＴＡＣ（登録商標））、エチドロネート（ＤＩＤＲＯＣＡＬ（登録商標））、ＮＥ-５８０９５、ゾレドロン酸／ゾレドロネート（ＺＯＭＥＴＡ（登録商標））、アレンドロネート（ＦＯＳＡＭＡＸ（登録商標））、パミドロネート（ＡＲＥＤＩＡ（登録商標））、チルドロネート（ＳＫＥＬＩＤ（登録商標））、又はリセドロネート（ＡＣＴＯＮＥＬ（登録商標））；トロキサシタビン（１,３-ジオキソランヌクレオシドシトシン類似体）；アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に異常な細胞増殖に結びつくシグナル伝達経路における遺伝子の発現を阻害するもの、例えばＰＫＣ−α、Ｒａｆ、及びＨ−Ｒａｓ、及び上皮増殖因子受容体（ＥＧＦ−Ｒ）；ＴＨＥＲＡＴＯＰＥ（登録商標）ワクチン及び遺伝子治療ワクチン等のワクチン、例えばＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、及びＶＡＸＩＤ（登録商標）ワクチン；トポイソメラーゼ１阻害薬（例えばＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標））；ｒｍＲＨ（例えばＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標））；ＢＡＹ４３９００６（ソラフェニブ；Bayer）；ＳＵ−１１２４８（スニチニブ、ＳＵＴＥＮＴ（登録商標）、Pfizer）；ペリフォシン、ＣＯＸ−２阻害剤（例えばセレコキシブ又はエトリコキシブ）、プロテオソーム阻害剤（例えばＰＳ３４１）；ボルテゾミブ（ＶＥＬＣＡＤＥ（登録商標））；ＣＣＩ−７７９；ティピファニブ（Ｒ１１５７７）；オラフェニブ（orafenib）、ＡＢＴ５１０；ＢＣＬ−２阻害剤、例えばオブリメルセンナトリウム（ＧＥＮＡＳＥＮＳＥ（登録商標））；ピクサントロン；ＥＧＦＲ阻害剤（以下の定義を参照）；チロシンキナーゼ阻害剤（以下の定義を参照）；セリン−スレオニンキナーゼ阻害剤、例えばラパマイシン（シロリムス、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標））；ファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤、例えばロナファーニブ（ＳＣＨ６６３６，ＳＡＲＡＳＡＲＴＭ）；及び上述したものの何れかの薬学的に許容可能な塩、酸又は誘導体；並びに上記のうち２以上の組み合わせ、例えば、シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、及びプレドニゾロンの併用療法の略称であるＣＨＯＰ；及び５−ＦＵ及びロイコボリンとオキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮＴＭ）を組み合わせた治療法の略称であるＦＯＬＦＯＸが含まれる。
【０１５８】
ここで定義された化学療法剤には、癌の増殖を促進しうるホルモンの効果を調節し、低減し、ブロックし、又は阻害するように働く「抗ホルモン剤」又は「内分泌治療剤」が含まれる。それらはホルモン自体であってもよく、限定するものではないが、タモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標）、４−ヒドロキシタモキシフェン、トレミフェン（ＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標））、イドキシフェン、ドロロキシフェン、ラロキシフェン（ＥＶＩＳＴＡ（登録商標））、トリオキシフェン、ケオキシフェン、及びＳＥＲＭ３のような選択的エストロゲン受容体調節物質（ＳＥＲＭ）を含む、混合作用拮抗薬（mixed agonist/antagonist）プロファイルを持つ抗エストロゲン；アゴニスト特性を持たない純粋な抗エストロゲン、例えばフルベストラント（ＦＡＳＬＯＤＥＸ（登録商標））、及びＥＭ８００（このような薬剤はエストロゲン受容体（ＥＲ）二量体化をブロックし、ＤＮＡ結合を阻害し、ＥＲ代謝回転を増加させ、及び／又はＥＲレベルを抑制しうる）；アロマターゼ阻害剤、例えば、ホルメスタン及びエキセメスタン（ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標））などのステロイド系アロマターゼ阻害剤、及びアナストロゾール（ＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標））、レトロゾール（ＦＥＭＡＲＡ（登録商標））及びアミノグルテチミドなどの非ステロイド系アロマターゼ阻害剤、及びボロゾール（ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標））、メゲストロールアセテート（ＭＥＧＡＳＥ（登録商標））、ファドロゾール及び４（５）−イミダゾールを含む他のアロマターゼ阻害剤；黄体形成ホルモン放出ホルモンアゴニスト、例えばロイプロリド（ＬＵＰＲＯＮ（登録商標）及びＥＬＩＧＡＲＤ（登録商標））、ゴセレリン、ブセレリン、及びトリプテレリン（tripterelin）；性ステロイド、例えばプロゲスチン、例えばメゲストロールアセテート及びメドロキシプロゲステロンアセテート、エストロゲン、例えばジエチルスチルベストロール及びプレマリン、及びアンドロゲン／レチノイド、例えばフルオキシメステロン、オールトランス型レチノイン酸（all transretionic acid）及びフェンレチニド；オナプリストン；抗プロゲステロン；エストロゲン受容体下方制御因子（ＥＲＤ）；抗アンドロゲン、例えばフルタミド、ニルタミド及びビカルタミド；及び上記のものの何れかの薬学的に許容可能な塩、酸又は誘導体；並びに上記のうちの２以上の組合せを含む。
【０１５９】
この出願において使用される「プロドラッグ」なる用語は、親薬剤と比較して腫瘍細胞にそれほど細胞傷害性でなく、酵素的に活性化され得るか又はより活性な親形態に転換され得る薬学的に活性な物質の前駆体又は誘導体形態を意味する。例えば、Wilman, “Prodrugs in Cancer Chemotherapy” Biochemical Society Transactions, 14, pp. 375-382, 615th Meeting Belfast (1986)及びStella等, “Prodrugs: A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery,” Directed Drug Delivery, Borchardt等(編), pp. 247-267, Humana Press (1985)を参照のこと。この発明のプロドラッグとしては、限定されないが、ホスフェート含有プロドラッグ、チオホスフェート含有プロドラッグ、サルフェート含有プロドラッグ、ペプチド含有プロドラッグ、Ｄ−アミノ酸修飾プロドラッグ、グリコシル化プロドラッグ、β−ラクタム含有プロドラッグ、置換されていてもよいフェノキシアセトアミド含有プロドラッグ又は置換されていてもよいフェニルアセトアミド含有プロドラッグ、より活性な細胞傷害性の遊離薬物に転換され得る５−フルオロシトシン及び他の５−フルオロウリジンプロドラッグが挙げられる。この発明において使用されるプロドラッグ形態に誘導体化され得る細胞傷害性薬物の例としては、上述の化学療法剤が挙げられるが、これらに限定されない。
【０１６０】
ここで使用される際の「増殖阻害剤」は、細胞（例えば、その増殖がインビトロ又はインビボの何れかでＭｉＴ遺伝子及び／又はＭＩＴＦ転座発現に依存する細胞）の増殖を阻害する化合物又は組成物を意味する。増殖阻害剤の例は、細胞周期の進行を（Ｓ期以外の場所で）阻害する薬剤、例えばＧ１停止又はＭ期停止を誘導する薬剤を含む。古典的なＭ期ブロッカーは、ビンカ（ビンクリスチン及びビンブラスチン）、タキサン、及びトポイソメラーゼＩＩ阻害剤、例えばドキソルビシン、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド、及びブレオマイシンを含む。またＧ１を停止させるこれら薬剤は、Ｓ期停止にも波及し、例えば、ＤＮＡアルキル化剤、例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキセート、５−フルオロウラシル、及びアラ−Ｃである。更なる情報は、The Molecular Basis of Cancer, Mendelsohn及びIsrael編, Chapter 1, 表題「Cell cycle regulation, oncogene, and antineoplastic drugs」, Murakami等, (WB Saunders: Philadelphia, 1995)、特に１３頁に見出すことができる。タキサン類（パクリタキセル及びドセタキセル）は、共にイチイに由来する抗がん剤である。ヨーロッパイチイに由来するドセタキセル（TAXOTERE（登録商標）、Rhone-Poulenc Rorer）は、パクリタキセル（TAXOL（登録商標）、Bristol-Myers Squibb）の半合成類似体である。パクリタキセル及びドセタキセルは、チューブリン二量体から微小管の集合を促進し、脱重合を防ぐことによって微小管を安定化し、これが細胞の有糸分裂を阻害する結果となる。
【０１６１】
「放射線療法」とは、正常に機能するその能力を制限するように又は細胞を一緒に破壊するように細胞に十分な損傷を誘導する有向性のγ線又はβ線の使用を意味する。治療の用量及び期間を決定するためには当該分野で知られている多くの方法があることが理解される。典型的な治療は、１回の投与として与えられ、典型的な用量は、１日当たり１０から２００単位（グレイ）の範囲である。
【０１６２】
「個体」又は「被検体」は哺乳動物である。哺乳動物は、限定されないが、家畜動物（例えば、ウシ、ヒツジ、ネコ、イヌ、及びウマ）、霊長類（例えば、ヒト及びサルなどの非ヒト霊長類）、ウサギ、及び齧歯類（例えば、マウス及びラット）を含む。所定の実施態様では、個体又は被検体はヒトである。
【０１６３】
「同時に」なる用語は、投与の時間の少なくとも一部がオーバーラップしている、２以上の治療薬の投与を指すためにここで使用される。従って、同時投与には、一又は複数の薬剤の投与が一又は複数の他の薬剤の投与をやめた後に続く場合の投薬計画が含まれる。
【０１６４】
「低減する」又は「阻害する」とは、全体的に２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又はそれ以上の全体的な減少を引き起こす能力を意味する。低減又は阻害は、治療される疾患の徴候、転移の存在又はサイズ、又は原発腫瘍のサイズに言及している場合がある。
【０１６５】
「パッケージ挿入物」なる用語は、適応症、用法、用量、投与方法、併用療法、禁忌及び／又はかかる治療用製品の使用に関する警告についての情報を含む、治療用製品の市販パッケージに慣例的に含まれる指示書を指すために使用される。
【０１６６】
「製造品」は、少なくとも一の試薬、例えば疾病又は疾患（例えば、がん）を治療するための医薬、又はここに記載のバイオマーカーを特異的に検出するためのプローブを含む任意の製造品（例えば、パッケージ又は容器）又はキットである。所定の実施態様では、製造品又はキットは、ここに記載の方法を実施するためのユニットとして、宣伝され、流通され、又は販売される。
【０１６７】
「標的視聴者」は、特に特定の用途、治療、又は適応症について、マーケティングし又は宣伝することによって、特定の医薬が販売促進され、ないしは販売促進することが意図される対象となる人々の集団又は施設であり、例えば、個人、集団、新聞、医学文献及び雑誌の読者、テレビ又はインターネットの視聴者、ラジオ又はインターネットの視聴者、医師、製薬会社などである。
【０１６８】
当業者によって理解されるように、ここでの値又はパラメータについての「約」という記載は、その値又はパラメータ自体に関する実施態様を含む（また記述する）。例えば、「約Ｘ」との記載は「Ｘ」の記載を含む。
【０１６９】
ここに記載の発明の態様及び実施態様は、態様及び実施態様「からなる」及び／又は「から本質的になる」ものを含むと理解される。ここで使用される場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」は、他の定義が示されていない限り、複数への言及を含む。
【０１７０】
ＩＩ．方法及び用途
【０１７１】
ここに提供されるのは、ＭｉＴアンタゴニストを利用する方法である。特に、ここに提供されるのは、ＭｉＴ−転座アンタゴニストを利用する方法である。例えば、ここに提供されるのは、がん細胞を有効量のＭｉＴ−転座アンタゴニストに接触させることを含む、がん細胞の細胞増殖を阻害する方法である。またここに提供されるのは、有効量のＭｉＴ−転座アンタゴニストを個体に投与することを含む、個体におけるがんの治療方法である。幾つかの実施態様では、がん又はがんはＭｉＴ転座を含む。
【０１７２】
またここに提供されるのは、治療が一又は複数のバイオマーカーを有する個体に基づいている、有効量の抗がん治療剤を個体に投与することを含む個体におけるがんの治療方法である。幾つかの実施態様では、抗がん治療剤はＭｉＴアンタゴニストを含む。例えば、提供されるのは、治療がＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座を含むがんに罹患している個体に基づいている、有効量のＭｉＴアンタゴニストを個体に投与することを含む個体におけるがんの治療方法である。例えば、提供されるのは、治療がＭＥＴ過剰発現及び／又はＢＩＲＣ７過剰発現を含むがんに罹患している個体に基づいている、有効量のＭｉＴアンタゴニストを個体に投与することを含む個体におけるがんの治療方法である。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ及び／又はＳＢＮＯ２アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニスト（例えば、ＭＩＴＦ−、ＴＦＥＢ−、ＴＦＥ３−、ＴＦＥＣ−及び／又はＳＢＮＯ２−転座アンタゴニスト）である。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０１７３】
またここに提供されるのは、治療が一又は複数のバイオマーカーを有する個体のｎｃｃＲＣＣがんに基づいている、有効量の抗がん治療剤を個体に投与することを含む個体におけるｎｃｃＲＣＣの治療方法である。幾つかの実施態様では、抗がん治療剤はＭｉＴアンタゴニストを含む。例えば、提供されるのは、治療がＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座を含むがんに罹患している個体に基づいている、有効量のＭｉＴアンタゴニストを個体に投与することを含む個体におけるｎｃｃＲＣＣの治療方法である。例えば、提供されるのは、治療がＭＥＴ過剰発現及び／又はＢＩＲＣ７過剰発現を含むがんに罹患している個体に基づいている、有効量のＭｉＴアンタゴニストを個体に投与することを含む個体におけるｎｃｃＲＣＣの治療方法である。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ及び／又はＳＢＮＯ２アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニスト（例えば、ＭＩＴＦ−、ＴＦＥＢ−、ＴＦＥ３−、ＴＦＥＣ−及び／又はＳＢＮＯ２−転座アンタゴニスト）である。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０１７４】
更にここに提供されるのは、治療が有効量の抗がん治療剤を個体に投与することを含む、個体が一又は複数のバイオマーカーを有するがんに罹患したことが見出された場合に個体におけるがんを治療する方法である。幾つかの実施態様では、抗がん治療剤はＭｉＴアンタゴニストを含む。例えば、ここに提供されるのは、治療が有効量のＭｉＴアンタゴニストを個体に投与することを含む、個体がＭｉＴ転座を含むがんに罹患したことが見出された場合に個体におけるがんを治療する方法である。例えば、ここに提供されるのは、治療が有効量のＭｉＴアンタゴニストを個体に投与することを含む、個体がＭＥＴ過剰発現及び／又はＢＩＲＣ７過剰発現を含むがんに罹患していることが見出された場合に個体におけるがんを治療する方法である。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０１７５】
更にここに提供されるのは、治療が有効量の抗がん治療剤を個体に投与することを含む、個体が一又は複数のバイオマーカーを含むｎｃｃＲＣＣに罹患したことが見出された場合に個体におけるｎｃｃＲＣＣを治療する方法である。．幾つかの実施態様では、抗がん治療剤はＭｉＴアンタゴニストを含む。例えば、ここに提供されるのは、治療が有効量のＭｉＴアンタゴニストを個体に投与することを含む、個体がＭｉＴ転座を含むがんに罹患したことが見出された場合に個体におけるｎｃｃＲＣＣを治療する方法である。例えば、ここに提供されるのは、治療が有効量のＭｉＴアンタゴニストを個体に投与することを含む、個体がＭＥＴ過剰発現及び／又はＢＩＲＣ７過剰発現を含むｎｃｃＲＣＣに罹患したことが見出された場合に個体におけるｎｃｃＲＣＣを治療する方法である。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０１７６】
ここに提供されるのは、がん細胞が一又は複数のバイオマーカーを含む、がん細胞を治療する方法であって、有効量のＭｉＴアンタゴニストを提供することを含む方法である。例えば、ここに提供されるのは、がん細胞がＭｉＴ転座を含む、がん細胞を治療する方法であって、有効量のＭｉＴアンタゴニストを提供することを含む方法である。例えば、ここに提供されるのは、がん細胞がＭＥＴ過剰発現及び／又はＢＩＲＣ７過剰発現を含む、がん細胞を治療する方法であって、有効量のＭｉＴアンタゴニストを提供することを含む方法である。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０１７７】
ここに提供されるのは、がん細胞が一又は複数のバイオマーカーを含むｎｃｃＲＣＣ細胞を治療する方法であって、有効量のＭｉＴアンタゴニストを提供することを含む方法である。例えば、ここに提供されるのは、がん細胞がＭｉＴ転座を含む、ｎｃｃＲＣＣがん細胞を治療する方法であって、有効量のＭｉＴアンタゴニストを提供することを含む方法である。例えば、ここに提供されるのは、がん細胞がＭＥＴ過剰発現及び／又はＢＩＲＣ７過剰発現を含むｎｃｃＲＣＣがん細胞を治療する方法であって、有効量のＭｉＴアンタゴニストを提供することを含む方法である。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０１７８】
ここに提供されるのは、個体におけるがんの治療方法において、個体から得られた試料が一又は複数のバイオマーカーを含むことを決定する工程と、ＭｉＴアンタゴニストを含む有効量の抗がん治療剤を個体に投与し、それによってがんが治療される工程とを含む方法である。例えば、ここに提供されるのは、個体におけるがんの治療方法において、個体から得られた試料がＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座を含むことを決定する工程と、ＭｉＴアンタゴニストを含む有効量の抗がん治療剤を個体に投与し、それによってがんが治療される工程とを含む方法である。
【０１７９】
幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０１８０】
ここに提供されるのは、個体におけるｎｃｃＲＣＣの治療方法において、個体から得られた試料が一又は複数のバイオマーカーを含むことを決定する工程と、ＭｉＴアンタゴニストを含む有効量の抗がん治療剤を個体に投与し、それによってがんが治療される工程とを含む方法である。例えば、ここに提供されるのは、個体におけるｎｃｃＲＣＣの治療方法において、個体から得られた試料がＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座を含むことを決定する工程と、ＭｉＴアンタゴニストを含む有効量の抗がん治療剤を個体に投与し、それによってｎｃｃＲＣＣが治療される工程とを含む方法である。例えば、ここに提供されるのは、個体におけるｎｃｃＲＣＣの治療方法において、個体から得られた試料がＭＥＴ過剰発現及び／又はＢＩＲＣ７過剰発現を含むことを決定する工程と、ＭｉＴアンタゴニストを含む有効量の抗がん治療剤を個体に投与し、それによってｎｃｃＲＣＣが治療される工程とを含む方法である。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０１８１】
ここに提供されるのは、また、がんの治療方法において、（ａ）がんが一又は複数のバイオマーカーを含むがんに罹患した個体を選択する工程と、（ｂ）そのようにして選択された個体に有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与し、それによってがんが治療される工程とを含む方法である。例えば、ここに提供されるのは、また、がんの治療方法において、（ａ）がんがＭｉＴ転座を含むがんに罹患した個体を選択する工程と、（ｂ）そのようにして選択された個体に有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与し、それによってがんが治療される工程とを含む方法である。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０１８２】
ここに提供されるのは、また、ｎｃｃＲＣＣの治療方法において、（ａ）ｎｃｃＲＣＣが一又は複数のバイオマーカーを含むｎｃｃＲＣＣに罹患した個体を選択する工程と、（ｂ）そのようにして選択された個体に有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与し、それによってｎｃｃＲＣＣが治療される工程とを含む方法である。例えば、ここに提供されるのは、また、ｎｃｃＲＣＣの治療方法において、（ａ）ｎｃｃＲＣＣがＭｉＴ転座を含むがんに罹患した個体を選択する工程と、（ｂ）そのようにして選択された個体に有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与し、それによってｎｃｃＲＣＣが治療される工程とを含む方法である。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。例えば、ここに提供されるのは、また、ｎｃｃＲＣＣの治療方法において、（ａ）ｎｃｃＲＣＣがＭＥＴ過剰発現及び／又はＢＩＲＣ７過剰発現を含むがんに罹患した個体を選択する工程と、（ｂ）そのようにして選択された個体に有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与し、それによってｎｃｃＲＣＣが治療される工程とを含む方法である。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０１８３】
更にここに提供されるのは、抗がん治療剤での治療から程度差はあれ効果を示す可能性があるがんの個体を同定する方法であって、個体から得られた試料中の一又は複数のバイオマーカーの有無を決定することを含み、試料中の一又は複数のバイオマーカーの存在が、個体が抗がん治療剤での治療から効果を示す可能性が高いことを示し、あるいは一又は複数のバイオマーカーの非存在が、抗がん治療剤での治療から効果を示す可能性が少ないことを示す方法である。幾つかの実施態様では、抗がん治療剤はＭｉＴアンタゴニストを含む。例えば、ここに提供されるのは、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療から程度差はあれ効果を示す可能性があるがんの個体を同定する方法であって、個体から得られた試料中のＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の有無を決定することを含み、試料中のＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療から効果を示す可能性が高いことを示し、あるいはＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の非存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療から効果を示す可能性が少ないことを示す方法である。幾つかの実施態様では、該方法は有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０１８４】
更にここに提供されるのは、抗がん治療剤での治療から程度差はあれ効果を示す可能性があるｎｃｃＲＣＣの個体を同定する方法であって、個体から得られた試料中の一又は複数のバイオマーカーの有無を決定することを含み、試料中の一又は複数のバイオマーカーの存在が、個体が抗がん治療剤での治療から効果を示す可能性が高いことを示し、あるいは一又は複数のバイオマーカーの非存在が、抗がん治療剤での治療から効果を示す可能性が少ないことを示す方法である。幾つかの実施態様では、抗がん治療剤はＭｉＴアンタゴニストを含む。例えば、ここに提供されるのは、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療から程度差はあれ効果を示す可能性があるｎｃｃＲＣＣの個体を同定する方法であって、個体から得られた試料中のＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の有無を決定することを含み、試料中のＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療から効果を示す可能性が高いことを示し、あるいはＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の非存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療から効果を示す可能性が少ないことを示す方法である。例えば、ここに提供されるのは、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療から程度差はあれ効果を示す可能性があるｎｃｃＲＣＣの個体を同定する方法であって、個体から得られた試料中のＭＥＴ過剰発現及び／又はＢＩＲＣ７過剰発現の有無を決定することを含み、試料中のＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療から効果を示す可能性が高いことを示し、あるいはＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の非存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療から効果を示す可能性が少ないことを示す方法である。幾つかの実施態様では、該方法は有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０１８５】
ここに提供されるのは、がんの個体がＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療に程度差はあれ効果的に応答する可能性があるかどうかを予測する方法であって、一又は複数のバイオマーカーを決定することを含み、一又は複数のバイオマーカーの存在が、個体がＭｉＴアンタゴニストでの治療に効果的に応答する可能性が高いことを示し、一又は複数のバイオマーカーの非存在が、ＭｉＴアンタゴニストでの治療に効果的に応答する可能性が少ないことを示す方法である。例えば、ここに提供されるのは、がんの個体がＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療に程度差はあれ効果的に応答する可能性があるかどうかを予測する方法であって、ＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座を決定することを含み、ＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の存在が、個体がＭｉＴアンタゴニストでの治療に効果的に応答する可能性が高いことを示し、ＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の非存在が、ＭｉＴアンタゴニストでの治療に効果的に応答する可能性が少ないことを示す方法である。幾つかの実施態様では、該方法は有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０１８６】
ここに提供されるのは、ｎｃｃＲＣＣの個体がＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療に程度差はあれ効果的に応答する可能性があるかどうかを予測する方法であって、一又は複数のバイオマーカーを決定することを含み、一又は複数のバイオマーカーの存在が、個体がＭｉＴアンタゴニストでの治療に効果的に応答する可能性が高いことを示し、一又は複数のバイオマーカーの非存在が、ＭｉＴアンタゴニストでの治療に効果的に応答する可能性が少ないことを示す方法である。例えば、ここに提供されるのは、ｎｃｃＲＣＣの個体がＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療に程度差はあれ効果的に応答する可能性があるかどうかを予測する方法であって、ＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座を決定することを含み、ＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の存在が、個体がＭｉＴアンタゴニストでの治療に効果的に応答する可能性が高いことを示し、ＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の非存在が、ＭｉＴアンタゴニストでの治療に効果的に応答する可能性が少ないことを示す方法である。例えば、ここに提供されるのは、ｎｃｃＲＣＣの個体がＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤での治療に程度差はあれ効果的に応答する可能性があるかどうかを予測する方法であって、ＭＥＴ過剰発現及び／又はＢＩＲＣ７過剰発現を決定することを含み、ＭＥＴ過剰発現及び／又はＢＩＲＣ７過剰発現の存在が、個体がＭｉＴアンタゴニストでの治療に効果的に応答する可能性が高いことを示し、ＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の非存在が、ＭｉＴアンタゴニストでの治療に効果的に応答する可能性が少ないことを示す方法である。幾つかの実施態様では、該方法は有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０１８７】
ここに提供されるのは、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対するがんの個体の応答又は応答の欠如を予測する方法であって、個体から得られた試料において一又は複数のバイオマーカーの有無を決定することを含み、一又は複数のバイオマーカーの存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対する個体の応答を予測し、一又は複数のバイオマーカーの非存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対する個体の応答の欠如を予測する方法である。例えば、ここに提供されるのは、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対するがんの個体の応答又は応答の欠如を予測する方法であって、個体から得られた試料においてＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の有無を決定することを含み、ＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対する個体の応答を予測し、ＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の非存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対する個体の応答の欠如を予測する方法である。幾つかの実施態様では、該方法は有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０１８８】
ここに提供されるのは、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対するｎｃｃＲＣＣの個体の応答又は応答の欠如を予測する方法であって、個体から得られた試料において一又は複数のバイオマーカーの有無を決定することを含み、一又は複数のバイオマーカーの存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対する個体の応答を予測し、一又は複数のバイオマーカーの非存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対する個体の応答の欠如を予測する方法である。例えば、ここに提供されるのは、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対するｎｃｃＲＣＣの個体の応答又は応答の欠如を予測する方法であって、個体から得られた試料においてＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の有無を決定することを含み、ＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対する個体の応答を予測し、ＭｉＴ過剰発現及び／又はＭｉＴ転座の非存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対する個体の応答の欠如を予測する方法である。例えば、ここに提供されるのは、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対するｎｃｃＲＣＣの個体の応答又は応答の欠如を予測する方法であって、個体から得られた試料においてＭＥＴ発現及び／又はＢＩＲＣ７発現の有無を決定することを含み、ＭＥＴ発現及び／又はＢＩＲＣ７発現の存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対する個体の応答を予測し、ＭＥＴ発現及び／又はＢＩＲＣ７発現の非存在が、ＭｉＴアンタゴニストを含む抗がん治療剤に対する個体の応答の欠如を予測する方法である。幾つかの実施態様では、該方法は有効量のＭｉＴアンタゴニストを投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０１８９】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、ＭＥＴ、ＨＩＦ１Ａ、ＡＰＥＸ１、及びＢＩＲＣ７からなる群から選択される一又は複数の遺伝子を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、ＭＥＴ、ＨＩＦ１Ａ、ＡＰＥＸ１、及びＢＩＲＣ７からなる群から選択される一又は複数の遺伝子の変異（例えば、多型又は突然変異）の存在を含む。幾つかの実施態様では、変異（例えば、多型又は突然変異）は体細胞変異（例えば、多型又は突然変異）である。
【０１９０】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、一又は複数のＭｉＴ（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２）を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、一又は複数のＭｉＴ（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２）の（例えば、参照と比較しての）発現レベルの上昇の存在によって示される。幾つかの実施態様では、発現はポリペプチド発現である。幾つかの実施態様では、発現は核酸発現である。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＴＦＥＢを含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＴＦＥ３を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＴＦＥＣを含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＳＢＮＯ２を含む。
【０１９１】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、ＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、ＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７の（例えば、参照と比較しての）発現レベルの上昇の存在によって示される。幾つかの実施態様では、発現はポリペプチド発現である。幾つかの実施態様では、発現は核酸発現である。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＭＥＴを含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＢＩＲＣ７を含む。
【０１９２】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、ＳＢＮＯ２、ＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７の一又は複数を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、ＳＢＮＯ２、ＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７の一又は複数の（例えば、参照と比較しての）発現レベルの上昇の存在によって示される。
【０１９３】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子の転座（例えば、逆位、再編成及び／又は融合）を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子の転座（例えば、再編成及び／又は融合）の存在を含む。
【０１９４】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２、並びにＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７の一又は複数から選択される一又は複数の遺伝子の転座（例えば、再編成及び／又は融合）を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子の転座（例えば、再編成及び／又は融合）と、ＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７の一又は複数の過剰発現の存在を含む。
【０１９５】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）である。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は配列番号：１３及び／又は３０を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は配列番号：３０を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：１１及び／又は１２を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：９、１０、１１及び／又は１２を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１プロモーターによって促進される。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１プロモーターによって促進される。幾つかの実施態様では、ＡＳＰ３Ｓ１−ＭＩＴＦ転座は明細胞ＲＣＣに存在する。
【０１９６】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）である。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣとＴＦＥＢを含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣエクソン１７を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣエクソン１７とＴＦＥＢエクソン６を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は配列番号：１９を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：１７及び／又は１８を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：１５、１６、１７及び／又は１８を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣプロモーターによって促進される。
【０１９７】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）である。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＭＩＤＮとＳＢＮＯ２を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２（例えば、再編成及び／又は融合）はＭＩＤＮプロモーターを含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＭＩＤＮプロモーターとＳＢＮＯ２エクソン１を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）は配列番号：２５を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：２３及び／又は２４を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：２１、２２、２３、及び／又は２５を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣプロモーターによって促進される。
【０１９８】
幾つかの実施態様では、ＭｉＴ（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２）転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＭｉＴの発現レベルの上昇を生じる。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＭｉＴの活性及び／又は活性化の上昇を生じる。
【０１９９】
幾つかの実施態様では、ＭｉＴ（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２）転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＭＥＴの発現レベルの上昇を生じる。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＭＥＴの活性及び／又は活性化の上昇を生じる。
【０２００】
幾つかの実施態様では、ＭｉＴ（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２）転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＢＩＲＣ７の発現レベルの上昇を生じる。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＢＩＲＣ７の活性及び／又は活性化の上昇を生じる。
【０２０１】
幾つかの実施態様では、ＭｉＴ（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２）変異は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＭｉＴの発現レベルの上昇を生じる。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ転座変異は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＭｉＴの活性及び／又は活性化の上昇を生じる。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ変異は、次のものの一又は複数である：Ｇ２５９Ａ、Ａ２６０Ｇ、Ａ２６０Ｇ、Ｔ４０３Ｇ、Ｇ４２６Ｃ、Ａ／Ｔ（−３）、Ｇ７１２Ａ、Ｇ１１２０Ａ。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ変異は次のものの一又は複数である：Ｅ３１８Ｋ、Ｉ２１２Ｍ及びＥ２１３Ｄ ４ＴΔ２Ｂ、Ｌ１３５Ｖ、Ｌ１４２Ｆ、Ｇ２４４Ｒ、Ｄ３８０Ｎ。
【０２０２】
幾つかの実施態様では、ＭｉＴ (例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２)変異は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＭＥＴの発現レベルの上昇を生じる。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ (例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２)変異は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＭＥＴの活性及び／又は活性化の上昇を生じる。
【０２０３】
幾つかの実施態様では、ＭｉＴ (例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２)変異は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＢＩＲＣ７の発現レベルの上昇を生じる。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ (例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２)変異は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＢＩＲＣ７の活性及び／又は活性化の上昇を生じる。
【０２０４】
転座（例えば、再編成及び／又は融合）の何れかの幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）は体細胞転座（例えば、再編成及び／又は融合）である。幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）は染色体内転座（例えば、再編成及び／又は融合）である。幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）は染色体間の転座（例えば、再編成及び／又は融合）である。幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）は逆位である。幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）は欠失である。幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）は機能的転座融合ポリヌクレオチド（例えば、機能的ＭｉＴ−転座融合ポリヌクレオチド）及び／又は機能的転座融合ポリペプチド（例えば、機能的ＭｉＴ−転座融合ポリペプチド）である。幾つかの実施態様では、機能的転座融合ポリペプチド（例えば、機能的ＭｉＴ−転座融合ポリペプチド）は、転座遺伝子の一つによって調節されることが知られている経路（例えば、ＢＩＲＣ７経路）を活性化する。幾つかの実施態様では、経路活性化を決定する方法が当該分野で知られており、ここに記載されるルシフェラーゼレポーターアッセイを含む。
【０２０５】
がん及びがん細胞の例は、限定されないが、がん腫、リンパ腫、芽細胞腫（髄芽細胞腫及び網膜芽細胞腫を含む）、肉腫（脂肪肉腫及び滑膜細胞肉腫を含む）、神経内分泌腫瘍（カルチノイド腫瘍、ガストリノーマ、及び膵島細胞がんを含む）、中皮腫、神経鞘腫（聴神経腫瘍を含む）、髄膜腫、腺がん、メラノーマ、及び白血病又はリンパ系腫瘍を含む。そのようながんのより特定の例は、ＭｉＴアンタゴニストが結合する請求項８１の方法を含む。
【０２０６】
バイオマーカー（例えば、ＭｉＴ転座又はＭｉＴ変異）の存在及び／又は発現レベル／量は、限定されないが、ＤＮＡ、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、タンパク質、タンパク質断片及び／又は遺伝子コピー数を含む、当該分野において知られている任意の適切な基準に基づいて定性的及び／又は定量的に決定できる。ある実施態様では、第一の試料中のバイオマーカーの存在及び／又は発現レベル／量は、第二の試料中の存在／非存在及び／又は発現レベル／量と比較して増加している。ある実施態様では、第一の試料中のバイオマーカーの存在／非存在及び／又は発現レベル／量は、第二の試料中の存在及び／又は発現レベル／量と比較して減少している。ある実施態様では、第二の試料は、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞、又はコントロール組織である。遺伝子の存在／非存在及び／又は発現レベル／量を決定するための更なる開示がここに記載される。
【０２０７】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、発現の上昇とは、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞、又はコントロール組織と比較した場合、ここに記載されたもののような標準的な技術の既知の方法によって検出して、バイオマーカー（例えば、タンパク質又は核酸（例えば、遺伝子又はｍＲＮＡ））レベルにおける、およそ１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又はそれ以上の何れかの全体的な増加を意味する。ある実施態様では、発現の上昇とは、試料中のバイオマーカーの発現レベル／量の増加で、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞、又はコントロール組織の各バイオマーカーの発現レベル／量の少なくともおよそ１．５Ｘ、１．７５Ｘ、２Ｘ、３Ｘ、４Ｘ、５Ｘ、６Ｘ、７Ｘ、８Ｘ、９Ｘ、１０Ｘ、２５Ｘ、５０Ｘ、７５Ｘ、又は１００Ｘの何れかの増加を意味する。幾つかの実施態様では、発現の上昇とは、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞、コントロール組織、又は内部コントロール（例えば、ハウスキーピング遺伝子）と比較した場合、約１．５倍、約１．７５倍、約２倍、約２．２５倍、約２．５倍、約２．７５倍、約３．０倍、又は約３．２５倍より大きい全体的な増加を意味する。
【０２０８】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、発現の減少とは、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞、又はコントロール組織と比較した場合、ここに記載されたもののような標準的な技術の既知の方法によって検出して、バイオマーカー（例えば、タンパク質又は核酸（例えば、遺伝子又はｍＲＮＡ））レベルにおける、およそ１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％又はそれ以上の何れかの全体的な減少を意味する。ある実施態様では、発現の減少とは、試料中のバイオマーカーの発現レベル／量の減少で、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞、又はコントロール組織の各バイオマーカーの発現レベル／量の少なくともおよそ０．９Ｘ、０．８Ｘ、０．７Ｘ、０．６Ｘ、０．５Ｘ、０．４Ｘ、０．３Ｘ、０．２Ｘ、０．１Ｘ、０．０５Ｘ、又は０．０１Ｘの何れかの減少を意味する。
【０２０９】
一態様では、患者から（例えば、患者のがんから）の試料がＭｉＴ転座を有しているかどうかを決定する工程を含む、ＭｉＴ転座発現を決定する（ＭｉＴ転座の存在を決定する）ための方法が提供される。
【０２１０】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、一又は複数のＭｉＴ（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２）を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、一又は複数のＭｉＴ（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２）の（例えば、参照と比較しての）発現レベルの上昇の存在によって示される。幾つかの実施態様では、発現はポリペプチド発現である。幾つかの実施態様では、発現は核酸発現である。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＴＦＥＢを含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＴＦＥ３を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＴＦＥＣを含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＳＢＮＯ２を含む。
【０２１１】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、ＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７の（例えば、参照と比較しての）発現レベルの上昇の存在によって示される。幾つかの実施態様では、発現はポリペプチド発現である。幾つかの実施態様では、発現は核酸発現である。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＭＥＴを含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＢＩＲＣ７を含む。
【０２１２】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、ＳＢＮＯ２、ＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７の一又は複数を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、一又は複数のＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、ＳＢＮＯ２、ＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７の（例えば、参照と比較しての）発現レベルの上昇の存在によって示される。
【０２１３】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子の転座 (例えば、再編成及び／又は融合) を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子の転座 (例えば、再編成及び／又は融合)の存在を含む。
【０２１４】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子と、ＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７の一又は複数の、転座（例えば、再編成及び／又は融合）を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子の転座（例えば、再編成及び／又は融合）と、ＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７の一又は複数の過剰発現を含む。
【０２１５】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）である。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は配列番号：１３及び／又は３０を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は配列番号：３０を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：１１及び／又は１２を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：９、１０、１１及び／又は１２を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１プロモーターによって促進される。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１プロモーターによって促進される。幾つかの実施態様では、ＡＳＰ３Ｓ１−ＭＩＴＦ転座は明細胞ＲＣＣに存在する。
【０２１６】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）である。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣとＴＦＥＢを含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣエクソン１７を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣエクソン１７とＴＦＥＢエクソン６を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は配列番号：１９を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：１７及び／又は１８を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：１５、１６、１７及び／又は１８を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣプロモーターによって促進される。
【０２１７】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）である。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＭＩＤＮとＳＢＮＯ２を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＭＩＤＮプロモーターを含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＭＩＤＮプロモーターとＳＢＮＯ２エクソン１を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）は配列番号：２５を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：２３及び／又は２４を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：２１、２２、２３、及び／又は２５を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣプロモーターによって促進される。
【０２１８】
幾つかの実施態様では、ＭｉＴ (例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２) 転座 (例えば、再編成及び／又は融合)は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＭｉＴの発現レベルの上昇を生じる。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ 転座 (例えば、再編成及び／又は融合)は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＭｉＴの上昇した活性及び／又は活性化を生じる。
【０２１９】
幾つかの実施態様では、ＭｉＴ (例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２) 転座 (例えば、再編成及び／又は融合)は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＭＥＴの発現レベルの上昇を生じる。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ 転座 (例えば、再編成及び／又は融合)は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＭＥＴの上昇した活性及び／又は活性化を生じる。
【０２２０】
幾つかの実施態様では、ＭｉＴ（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２）転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＢＩＲＣ７の発現レベルの上昇を生じる。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＢＩＲＣ７の上昇した活性及び／又は活性化を生じる。
【０２２１】
幾つかの実施態様では、ＭｉＴ（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２）変異は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＭｉＴの発現レベルの上昇を生じる。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ転座変異は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＭｉＴの上昇した活性及び／又は活性化を生じる。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ変異は次の一又は複数である：Ｇ２５９Ａ、Ａ２６０Ｇ、Ａ２６０Ｇ、Ｔ４０３Ｇ、Ｇ４２６Ｃ、Ａ／Ｔ（−３）、Ｇ７１２Ａ、Ｇ１１２０Ａ。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ変異は次の一又は複数である：Ｅ３１８Ｋ、Ｉ２１２Ｍ及びＥ２１３Ｄ ４ＴΔ２Ｂ、Ｌ１３５Ｖ、Ｌ１４２Ｆ、Ｇ２４４Ｒ、Ｄ３８０Ｎ。
【０２２２】
幾つかの実施態様では、ＭｉＴ (例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２) 変異は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）METの発現レベルの上昇を生じる。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ (例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２)変異は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＭＥＴの上昇した活性及び／又は活性化を生じる。
【０２２３】
幾つかの実施態様では、ＭｉＴ（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２）変異は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＢＩＲＣ７の発現レベルの上昇を生じる。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２）変異は、（例えば、ＭｉＴ転座のない参照と比較しての）ＢＩＲＣ７の上昇した活性及び／又は活性化を生じる。
【０２２４】
転座（例えば、再編成及び／又は融合）の何れかの幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）は体細胞転座（例えば、再編成及び／又は融合）である。幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）は染色体内転座（例えば、再編成及び／又は融合）である。幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）は染色体間の転座（例えば、再編成及び／又は融合）である。幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）は逆位である。幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）は欠失である。幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）は機能的転座融合ポリヌクレオチド（例えば、機能的ＭｉＴ−転座融合ポリヌクレオチド）及び／又は機能的転座融合ポリペプチド（例えば、機能的ＭｉＴ−転座融合ポリペプチド）である。幾つかの実施態様では、機能的転座融合ポリペプチド（例えば、機能的ＭｉＴ−転座融合ポリペプチド）は、転座遺伝子の一つによって調節されることが知られている経路（例えば、ＢＩＲＣ７経路）を活性化する。幾つかの実施態様では、経路活性化を決定する方法は当該分野で知られており、ここに記載のルシフェラーゼレポーターアッセイを含む。
【０２２５】
試料中の様々なバイオマーカーの存在及び／又は発現レベル／量は、限定されないが、免疫組織化学法（「ＩＨＣ」）、ウェスタンブロット解析法、免疫沈降法、分子結合アッセイ、ＥＬＩＳＡ、ＥＬＩＦＡ、蛍光標識細胞分取（「ＦＡＣＳ」）、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ、プロテオミクス、定量的血液ベースアッセイ（例えば血清ＥＬＩＳＡ）、生化学的酵素活性アッセイ、インサイツハイブリダイゼーション法、サザン解析法、ノーザン解析法、全ゲノムシークエンシング、定量的リアルタイムＰＣＲ（「ｑＲＴ−ＰＣＲ」）を含むポリメラーゼ連鎖反応（「ＰＣＲ」）及び他の増幅型の検出方法、例えば分岐ＤＮＡ、ＳＩＳＢＡ、ＴＭＡ等）、ＲＮＡ−Ｓｅｑ、ＦＩＳＨ、マイクロアレイ解析、遺伝子発現プロファイリング、及び／又は遺伝子発現の連続解析（「ＳＡＧＥ」）、並びにタンパク質、遺伝子、及び／又は組織アレイ解析によって実施することができる非常に多様なアッセイの何れか一つを含む、その多くが当該分野で知られ、当業者によって理解される多くの方法によって分析することができる。遺伝子の状態及び遺伝子産物を評価するための典型的なプロトコルは、例えばAusubel等編, 1995, Current Protocols In Molecular Biologyのユニット２（ノーザンブロット）、４（サザンブロット）、１５（イムノブロット）及び１８（ＰＣＲ解析）に見出される。マルチプレックスイムノアッセイ、例えばＲｕｌｅｓ Ｂａｓｅｄ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ又はＭｅｓｏ Ｓｃａｌｅ Ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ（「ＭＳＤ」）から利用可能なものをまた使用することもできる。
【０２２６】
幾つかの実施態様では、バイオマーカーの存在及び／又は発現レベル／量は、（ａ）遺伝子発現プロファイリング、ＰＣＲ（例えばｒｔＰＣＲ）、ＲＮＡ−ｓｅｑ、マイクロアレイ解析、ＳＡＧＥ、ＭａｓｓＡＲＲＡＹ法、又はＦＩＳＨを試料（例えば被験者のがん試料）において実施する工程；及びｂ）試料中のバイオマーカーの存在及び／又は発現レベル／量を決定する工程を含む方法を使用して決定される。幾つかの実施態様では、マイクロアレイ法は、ストリンジェントな条件下で上述の遺伝子をコードする核酸分子にハイブリダイズすることが可能な一又は複数の核酸分子を有するか、又は上述の遺伝子によりコードされる一又は複数のタンパク質に結合できる一又は複数のポリペプチド（例えばペプチド又は抗体）を有するマイクロアレイチップの使用を含む。一実施態様では、ＰＣＲ法はｑＲＴ−ＰＣＲである。一実施態様では、ＰＣＲ法はマルチプレックスＰＣＲである。幾つかの実施態様では、遺伝子発現はマイクロアレイによって測定される。幾つかの実施態様では、遺伝子発現はｑＲＴ−ＰＣＲによって測定される。幾つかの実施態様では、発現はマルチプレックスＰＣＲによって測定される。
【０２２７】
細胞中のｍＲＮＡの評価方法はよく知られており、例えば、相補的ＤＮＡプローブを用いたハイブリダイゼーションアッセイ（例えば、一又は複数の遺伝子に特異的な標識リボプローブを用いたインサイツハイブリダイゼーション、ノーザンブロット及び関連した技術）及び様々な核酸増幅アッセイ（例えば、一又は複数の遺伝子に特異的な相補的プライマーを用いたＲＴ−ＰＣＲ、及び他の増幅型の検出方法、例えば分岐ＤＮＡ、ＳＩＳＢＡ、ＴＭＡ等）を含む。
【０２２８】
哺乳動物からの試料は、ノーザン、ドットブロット又はＰＣＲ解析を使用してｍＲＮＡについて簡便にアッセイすることができる。また、そのような方法は、（例えば、アクチンファミリーメンバーなどの「ハウスキーピング」遺伝子の比較コントロールｍＲＮＡ配列のレベルを同時に調べることによって）生体試料中の標的ｍＲＮＡのレベルを決定することを可能にする一又は複数の工程を含みうる。場合によっては、増幅された標的ｃＤＮＡの配列を決定することができる。
【０２２９】
本発明の任意方法は、マイクロアレイ技術によって、組織又は細胞試料中のｍＲＮＡ、例えば標的ｍＲＮＡを調べるか又は検出するプロトコルを含む。核酸マイクロアレイを使用して、試験及びコントロール組織試料からの試験及びコントロールｍＲＮＡ試料を逆転写させ、標識して、ｃＤＮＡプローブを生成する。ついで、プローブを、固体支持体上に固定した核酸のアレイにハイブリダイズさせる。アレイは、アレイの各メンバーの配列と位置が分かるように構成される。例えば、その発現が抗血管新生療法の臨床的有用性の増加又は減少と相関する遺伝子の選択物を固体支持体上に整列させてもよい。特定のアレイメンバーとの標識プローブのハイブリダイゼーションは、プローブが由来する試料がその遺伝子を発現することを示す。
【０２３０】
幾つかの実施態様によれば、存在及び／又は発現レベル／量は、上述の遺伝子のタンパク質発現レベルを観察することによって測定される。ある実施態様では、該方法は、生体試料をここに記載のバイオマーカーに対する抗体(例えば、抗ＭｉＴ抗体、抗ＭｉＴ転座抗体) と、バイオマーカーの結合を可能にする条件下で接触させ、複合体が抗体とバイオマーカーの間に形成されるかどうかを検出することを含む。そのような方法はインビトロ又はインビボ法でありうる。一実施態様では、ＭｉＴアンタゴニスト、特にＭｉＴ−転座アンタゴニスト、例えば、個体選別のためのバイオマーカーでの治療に対して適格性のある被験者を選択するために抗体が使用される。
【０２３１】
ある実施態様では、試料中のバイオマーカータンパク質の存在及び／又は発現レベル／量は、ＩＨＣ及び染色プロトコルを使用して調べられる。組織切片のＩＨＣ染色は、試料中のタンパク質の存在を決定又は検出する信頼できる方法であることが示されている。一態様では、バイオマーカーの発現レベルは、（ａ）試料（例えば被験者のがん試料）のＩＨＣ解析を、抗体を用いて実施する工程と；（ｂ）試料中のバイオマーカーの発現レベルを決定する工程を含む方法を使用して決定される。幾つかの実施態様では、ＩＨＣ染色強度は、参照値に相対して決定される。
【０２３２】
ＩＨＣは、形態学的染色及び／又は蛍光インサイツハイブリダイゼーション等の更なる技術と組合せて実施されてもよい。直接アッセイ及び間接アッセイの２種の一般的なＩＨＣ法が利用可能である。第一のアッセイによると、標的抗原に対する抗体の結合が直接決定される。この直接アッセイは、抗体を更に相互作用させることなく可視化することができる蛍光タグ又は酵素標識一次抗体等の標識試薬を使用する。典型的な間接アッセイでは、未コンジュゲートの一次抗体が抗原に結合し、ついで、標識された二次抗体が一次抗体に結合する。二次抗体が酵素標識にコンジュゲートする場合、抗原の可視化をもたらすために発色性基質又は蛍光発生基質が加えられる。幾つかの二次抗体が一次抗体上の異なるエピトープと反応しうるため、シグナル増幅が起こる。
【０２３３】
ＩＨＣに使用される一次及び／又は二次抗体は、典型的には、検出可能な部分で標識されるであろう。一般に次のカテゴリーに分類することができる数多くの標識が利用可能である：（ａ）放射性同位体、例えば、３５Ｓ、１４Ｃ、１２５Ｉ、３Ｈ、及び１３１Ｉ；（ｂ）コロイド金粒子；（ｃ）限定されないが、希土類キレート（ユウロピウムキレート）、テキサスレッド、ローダミン、フルオレセイン、ダンシル、リサミン、ウンベリフェロン、フィコクリセリン、フィコシアニン、又は市販の蛍光団、例えば、ＳＰＥＣＴＲＵＭ ＯＲＡＮＧＥ７及びＳＰＥＣＴＲＵＭ ＧＲＥＥＮ７、及び／又は上記のうちの何れか一又は複数の誘導体を含む、蛍光標識；（ｄ）様々な酵素基質標識が利用可能であり、米国特許第４２７５１４９号は、これらのうちの幾つかに関する考察を提供する。酵素標識の例は、ルシフェラーゼ（例えば、ホタルルシフェラーゼ及び細菌ルシフェラーゼ；米国特許第４７３７４５６号）、ルシフェリン、２，３−ジヒドロフタラジンジオン、リンゴ酸脱水素酵素、ウレアーゼ、西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）等のペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼ、β−ガラクトシダーゼ、グルコアミラーゼ、リゾチーム、糖質酸化酵素（例えば、グルコースオキシダーゼ、ガラクトースオキシダーゼ、及びグルコース−６−リン酸デヒドロゲナーゼ）、複素環式オキシダーゼ（例えば、ウリカーゼ及びキサンチンオキシダーゼ）、ラクトペルオキシダーゼ、ミクロペルオキシダーゼ等を含む。
【０２３４】
酵素−基質の組合せの例は、例えば、水素ペルオキシダーゼを基質とする西洋ワサビペルオキシダーゼ（ＨＲＰＯ）；パラ−ニトロフェニルリン酸を発色性基質とするアルカリホスファターゼ（ＡＰ）；及び発色性基質（例えば、ｐ−ニトロフェニル−β−Ｄ−ガラクトシダーゼ）又は蛍光発生基質（例えば、４−メチルウンベリフェリル−β−Ｄ−ガラクトシダーゼ）とのβ−Ｄ−ガラクトシダーゼ（β−Ｄ−Ｇａｌ）を含む。これらの一般的な概説については、米国特許第４２７５１４９号及び第４３１８９８０号を参照のこと。
【０２３５】
このようにして調製された検体は、マウントされ、カバーガラスで覆われる。ついで、例えば顕微鏡を使用してスライド評価が決定され、当該技術分野で日常的に使用される染色強度基準を用いることができる。幾つかの実施態様では、約１＋又はそれより高い染色パターンスコアが診断及び／又は予後を示す。ある実施態様では、ＩＨＣアッセイにおいて約２＋又はそれより高い染色パターンスコアが診断及び／又は予後を示す。他の実施態様では、約３又はそれより高い染色パターンスコアが診断及び／又は予後を示す。一実施態様では、腫瘍又は結腸腺腫の細胞及び／又は組織がＩＨＣを使用して試験される場合、染色は（試料中に存在しうる間質性又は周辺組織とは対照的に）腫瘍細胞及び／又は組織内で一般的に決定され又は評価されることが理解される。
【０２３６】
別の方法では、試料を、抗体−バイオマーカー複合体の形成に十分な条件下で、前記バイオマーカーに特異的な抗体（例えば、抗ＭｉＴ抗体、抗ＭｉＴ−転座抗体）と接触させ、ついで該複合体を検出することができる。バイオマーカーの存在は、血漿又は血清を含む多様な組織及び試料をアッセイするための多くの方法、例えばウエスタンブロット及びＥＬＩＳＡ手順により、検出することができる。このようなアッセイ形式を使用する広範囲のイムノアッセイ技術が利用可能であり、例えば、米国特許第４０１６０４３号、同第４４２４２７９号及び同第４０１８６５３号を参照のこと。これらには、非競合型のシングルサイト及びツーサイト又は「サンドイッチ」アッセイの双方、並びに伝統的な競合結合アッセイが含まれる。またこれらのアッセイは、標的バイオマーカーに対する標識抗体の直接結合も含まれる。
【０２３７】
例示的なＭＩＴＦ抗体はｃ５（ａｂｃａｍ）、Ｄ５（ａｂｃａｍ）、ＨＰＡ００３２５９（Ｓｉｇｍａ）を含み、抗ＭＩＴＦ抗体はここに更に記載され、例証される。例示的なＴＦＥＢ抗体はａｂ１１３３７２（ａｂｃａｍ）、ａｂ１１３３７２（ａｂｃａｍ）、ＬＳ−Ｂ５９０７（ＬＳＢｉｏ）を含み、更なる抗ＴＦＥＢ抗体がここに記載され、例証される。例示的なＴＦＥＣ抗体は１３５４７−１−ＡＰ（ｐｒｏｔｅｉｎＴｅｃｈ）を含み、更なる抗ＴＦＥＣ抗体がここに記載され、例証される。例示的なＴＦＥ３抗体はＭＲＱ−３７（Ｖｅｎｔａｎａ）、ＨＰＡ０２３８８１（Ｓｉｇｍａ）を含み、更なる抗ＴＦＥ３抗体がここに記載され、例証される。例示的なＭＥＴ抗体はＳＰ４４（Ｖｅｎｔａｎａ）、Ｍｅｔ４を含む。例示的なＢＩＲＣ７抗体は１Ｄ１２（ＯｒｉＧｅｎｅ）を含む。
【０２３８】
組織又は細胞試料中における選択されたバイオマーカーの存在及び／又は発現レベル／量は、機能的又は活性に基づくアッセイにより調べることもできる。例えば、バイオーマーカーが酵素ならば、組織又は細胞試料中の所与の酵素活性の存在を決定又は検出するために当該分野で知られているアッセイを実施することができる。
【０２３９】
ある実施態様では、試料は、アッセイされるバイオマーカーの量と使用される試料の品質の変動、及び実施アッセイ間の変動における両方の差に対して正規化される。そのような正規化は、ＡＣＴＢのようなよく知られたハウスキーピング遺伝子を含む、ある種の正規化バイオマーカーを検出しその発現を組み込むことによって達成されうる。別法では、正規化は、アッセイされる遺伝子又はその大きなサブセットの全ての平均又は中央値シグナルに基づいてもよい（全体的正規化（global normalization）アプローチ）。遺伝子ごとをベースにする場合、被験者の腫瘍ｍＲＮＡ又はタンパク質の測定され正規化された量が参照セットに見出される量と比較される。被験者毎の試験腫瘍当たりの各ｍＲＮＡ又はタンパク質についての正規化された発現レベルは、参照セットにおいて測定された発現レベルの百分率として表すことができる。
分析されるべき特定の被験者の試料において測定された存在及び／又は発現レベル／量は、この範囲内にあるパーセンタイルで含まれ、これは当該分野でよく知られた方法によって決定できる。
【０２４０】
ある実施態様では、ある遺伝子の相対的な発現レベルは、次のようにして決定される：
【０２４１】
相対的な発現遺伝子１試料１＝２ｅｘｐ（Ｃｔハウスキーピング遺伝子−Ｃｔ遺伝子１）（ここで、Ｃｔは試料において決定される）
【０２４２】
相対的な発現遺伝子１参照ＲＮＡ＝２ｅｘｐ（Ｃｔハウスキーピング遺伝子−Ｃｔ遺伝子１）（ここで、Ｃｔは参照試料において決定される）
【０２４３】
正規化した相対的発現遺伝子１試料１＝（相対的発現遺伝子１試料１／相対的発現遺伝子１参照ＲＮＡ）×１００
【０２４４】
Ｃｔは閾値サイクルである。Ｃｔは、反応中に生成される蛍光が閾値ラインを交差するときのサイクル数である。
【０２４５】
全ての実験は、様々な組織源由来のＲＮＡの包括的混合物である参照ＲＮＡ（例えばClontech, Mountain View, CAからの参照ＲＮＡ＃636538）に対して正規化される。同一の参照ＲＮＡが、各ｑＲＴ-ＰＣＲ実行実験に含まれ、異なる実験実行間の結果の比較を可能とする。
【０２４６】
一実施態様では、試料は臨床試料である。他の実施態様では、試料は診断アッセイで使用される。幾つかの実施態様では、試料は原発性又は転移性の腫瘍から得られる。組織生検が、腫瘍組織の代表的な部分を得るためにしばしば使用される。あるいは、腫瘍細胞は、対象の腫瘍細胞を含むと分かっているか又はそう思われる組織又は体液の形態で間接的に得ることができる。例えば、肺がん病変の試料は、切除術、気管支鏡検査法、細針吸引、気管支擦過ブラシによって、又は痰、胸水又は血液から得られうる。遺伝子又は遺伝子産物は、がん又は腫瘍組織からあるいは他の体試料、例えば尿、痰、血清又は血漿から検出できる。がん試料中の標的遺伝子又は遺伝子産物の検出のために上で検討されたものと同じ技術を他の体試料に適用できる。がん細胞はがん病変から剥がされてもよく、そのような体試料に現れる。そのような体試料をスクリーニングすることによって、これらのがんについて簡単な早期診断を達成することができる。加えて、治療の経過は、標的遺伝子又は遺伝子産物についてこのような体試料を試験することによって、より容易にモニターすることができる。
【０２４７】
ある実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞、又はコントロール組織は、試験試料が得られるときとは異なる一又は複数の時点で得られる同じ被験者又は個体からの単一の試料又は組み合わせた複数の試料である。例えば、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞、又はコントロール組織は、試験試料が得られるときよりも早い時点で同じ被験者又は個体から得られる。そのような参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞、又はコントロール組織は、参照試料ががんの初期診断中に得られ、試験試料が後でがんが転移性になったときに得られるならば有用である場合がある。
【０２４８】
ある実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞、又はコントロール組織は、被験者又は個体ではない一又は複数の健康な個体由来の組み合わされた複数の試料である。ある実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞、又はコントロール組織は、被験者又は個体ではない疾病又は疾患（例えば、がん）に罹患した一又は複数の個体由来の組み合わされた複数の試料である。ある実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞、又はコントロール組織は、被験者又は個体ではない一又は複数の個体由来の正常な組織又はプール化された血漿又は血清試料由来のプール化されたＲＮＡ試料である。ある実施態様では、参照試料、参照細胞、参照組織、コントロール試料、コントロール細胞、又はコントロール組織は、被験者又は個体ではない疾病又は疾患（例えば、がん）に罹患した一又は複数の個体由来の腫瘍組織又はプール化された血漿又は血清試料由来のプール化されたＲＮＡ試料である。
【０２４９】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭｉＴ−転座アンタゴニストである。本方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニスト、特にＭｉＴ−転座アンタゴニストは抗体、結合ポリペプチド、結合小分子、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニスト、特にＭｉＴ−転座アンタゴニストは抗体である。幾つかの実施態様では、抗体はモノクローナル抗体である。幾つかの実施態様では、抗体は、ヒト、ヒト化、又はキメラ抗体である。幾つかの実施態様では、抗体は抗体断片であり、該抗体断片はＭｉＴポリペプチド、特にＭｉＴアンタゴニスト及び／又はＭｉＴ−転座融合ポリペプチドに結合する。
【０２５０】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、上記実施態様の何れかに係る個体はヒトでありうる。
【０２５１】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、本方法は、そのようながんに罹患した個体に有効量のＭｉＴアンタゴニスト、特にＭｉＴ−転座アンタゴニストを投与することを含む。あるそのような実施態様では、本方法は、以下に記載される少なくとも一種の更なる治療剤の有効量を個体に投与することを更に含む。幾つかの実施態様では、個体はヒトでありうる。
【０２５２】
ここに記載されるＭｉＴアンタゴニスト、特にＭｉＴ−転座アンタゴニストは、治療において単独で又は他の薬剤と組み合わせて使用されうる。例えば、ここに記載されるＭｉＴアンタゴニスト、特にＭｉＴ−転座アンタゴニストは、他のＭｉＴアンタゴニストを含む少なくとも一つの更なる治療剤と同時投与されうる。ある実施態様では、更なる治療剤は化学療法剤である。
【０２５３】
上述のそのような併用療法は、併用投与（２以上の治療剤が同一又は別個の製剤中に含まれる場合）と、ＭｉＴアンタゴニスト、特にＭｉＴ−転座アンタゴニストの投与が、更なる治療剤及び／又はアジュバントの投与の前、同時、及び／又は後に、生じうる別個の投与とを包含する。また、ＭｉＴアンタゴニスト、特にＭｉＴ−転座アンタゴニストは、放射線療法と組み合わせて使用することもできる。
【０２５４】
ここに記載のＭｉＴアンタゴニスト、特にＭｉＴ−転座アンタゴニスト（例えば、抗体、結合ポリペプチド、及び／又は小分子）（及び任意の更なる治療剤）は、非経口的、肺内、及び鼻腔内、そして、必要に応じて局所の治療のために、病巣内投与を含む任意の適切な手段によって投与することができる。非経口注入は、筋肉内、静脈内、動脈内、腹腔内、又は皮下投与を含む。投薬は、投与が短期のものであるか長期のものであるかに部分的に依存して、任意の好適な経路、例えば、静脈内又は皮下注射などの注射によって、なすことができる。限定されないが、単回又は様々な時点にわたる複数回投与、ボーラス投与、及びパルス注入を含む様々な投薬スケジュールがここで考えられる。
【０２５５】
ここに記載のＭｉＴアンタゴニスト、特にＭｉＴ−転座アンタゴニスト（例えば、抗体、結合ポリペプチド、及び／又は小分子）は、良好な医療行為と一致した様式で、製剤化され、用量決定され、投与されうる。この文脈で考慮される要因には、治療される特定の疾患、治療される特定の哺乳動物、個体の臨床状態、疾患の原因、薬剤の送達部位、投与方法、投与スケジュール、及び医師に知られている他の要因が含まれる。ＭｉＴアンタゴニスト、特にＭｉＴアンタゴニストは、必要ではないが、場合によっては問題の疾患を予防又は治療するために現在使用されている一又は複数の薬剤と共に製剤化されうる。このような他の薬剤の有効量は、製剤中に存在するＭｉＴアンタゴニスト、特にＭｉＴアンタゴニストの量、疾患又は治療のタイプ、及び上で検討された他の要因に依存する。これらは、一般に、同じ投薬量で、ここに記載された投与経路で、又はここに記載の用量のおよそ１〜９９％か、又は経験的／臨床的に適切であると決定された任意の用量及び任意の経路により、使用される。
【０２５６】
疾患の予防又は治療のために、（単独で又は一又は複数の他の付加的な治療剤との併用で使用される場合）ＭｉＴアンタゴニスト、特にＭｉＴアンタゴニストの適切な投薬量は、治療される疾患のタイプ、疾患の重篤度及び経過、ＭｉＴアンタゴニスト、特にＭｉＴアンタゴニストが予防目的で投与されるか治療目的で投与されるか、過去の治療、被験者の臨床病歴及びＭｉＴアンタゴニストに対する応答性、及び担当医師の裁量に依存するであろう。ＭｉＴアンタゴニスト、特にＭｉＴアンタゴニストは一回で又は一連の治療にわたって適切に個体に投与される。ある典型的な１日投薬量は、上記の要因に応じて、約１μｇ／ｋｇから約１００ｍｇ／ｋｇ以上の範囲であるかもしれない。数日間以上にわたる繰り返し投与では、症状に応じて、疾患症状の所望の抑制が生じるまで治療が一般に持続されるであろう。そのような用量は、（例えば個体に約２から約２０、例えば約６用量のＭｉＴアンタゴニストが投与されるように）、間欠的、例えば毎週又は３週ごとに投与されうる。初期のより高い負荷投与量の後、一又は複数のより低い用量が投与されうる。例示的な投与レジメンは投与を含む。しかしながら、他の投薬レジメンも有用でありうる。この治療法の進行は、一般的な技術及びアッセイによって容易にモニターされる。
【０２５７】
上記の製剤又は治療方法の何れかが、ＭｉＴアンタゴニスト、特にＭｉＴアンタゴニストの代わりか又はそれに加えて、本発明のイムノコンジュゲートを使用して実施されうることは理解される。
【０２５８】
ＩＩＩ．治療用組成物
【０２５９】
ここに提供されるのは、ここに記載の方法において有用なＭｉＴアンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストは抗体、結合ポリペプチド、結合小分子、及び／又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７アンタゴニストである。
【０２６０】
抗体アンタゴニスト
【０２６１】
幾つかの実施態様では、ＭＥＴ経路アンタゴニストは抗体である。一実施態様では、医薬は、限定されないが、ヒトｃ−ｍｅｔに結合する抗体を含む、抗体である。幾つかの実施態様では、抗体は、肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）へのｃ−ｍｅｔ結合を妨害する（例えば、ブロックする）。幾つかの実施態様では、抗体はｃ−ｍｅｔに結合する。幾つかの実施態様では、抗体はＨＧＦに結合する。一実施態様では、抗ｃ−ｍｅｔ抗体はオナルツズマブである。本発明の方法での使用に適した他の抗ｃ−ｍｅｔ抗体はここに記載され、当該分野で知られている。例えば、国際公開第０５／０１６３８２号に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体（限定されないが抗体１３．３．２、９．１．２、８．７０．２、８．９０．３を含む）；ＧｅｎｏａのＣＢＡにＩＣＬＣ番号ＰＤ０３００１で寄託されたハイブリドーマ細胞株によって産生されるか、又はＨＧＦ受容体のβ鎖の細胞外ドメイン上のエピトープを認識し、該エピトープがモノクローナル抗体によって認識されるものと同じである抗ｃ−ｍｅｔ抗体）；国際公開第２００７／１２６７９９号に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体（限定されないが０４５３６、０５０８７、０５０８８、０５０９１、０５０９２、０４６８７、０５０９７、０５０９８、０５１００、０５１０１、０４５４１、０５０９３、０５０９４、０４５３７、０５１０２、０５１０５、０４６９６、０４６８２を含む）；国際公開第２００９／００７４２７号に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体（限定されないが、ＣＮＣＭ（Institut Pasteur, Paris, France）に２００７年３月１４日に番号Ｉ−３７３１で、２００７年３月１４日に番号Ｉ−３７３２で、２００７年７月６日に番号Ｉ−３７８６で、２００７年３月１４日に番号Ｉ−３７２４で寄託された抗体を含む）；２０１１０１２９４８１に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体；米国特許出願公開第２０１１０１０４１７６号に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体；国際公開第２００９／１３４７７６号に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体；国際公開第２０１０／０５９６５４号に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体；国際公開第２０１１０２０９２５号に開示された抗ｃ−ｍｅｔ抗体（限定されないが、ＣＮＣＭ（Institut Pasteur, Paris, France）に２００８年３月１２日に番号Ｉ−３９４９で寄託されたハイブリドーマ及び２０１０年１月１４日に番号Ｉ−４２７３で寄託されたハイブリドーマから分泌される抗体を含む）である。
【０２６２】
幾つかの実施態様では、ＭＥＴ経路アンタゴニストは、限定されないが、ヒト化抗ＨＧＦ抗体ＴＡＫ７０１、リロツムマブ、フィクラツズマブ、及び／又は国際公開第２００７／１４３０９０号に記載のヒト化抗体２Ｂ８を含む、抗肝細胞増殖因子（ＨＧＦ）抗体である。幾つかの実施態様では、抗ＨＧＦ抗体は米国特許第７７１８１７４Ｂ２号に記載された抗ＨＧＦ抗体である。
【０２６３】
幾つかの実施態様では、ＢＩＲＣ７アンタゴニストは抗ＢＩＲＣ７抗体である。例示的な抗体は当該分野で知られている。
【０２６４】
更なる態様では、特に上記実施態様の何れかに係る、抗体実施態様は、以下のセクションに記載される特徴の何れかを、単独で又は組み合わせて、取り込みうる。
【０２６５】
抗体親和性
【０２６６】
ある実施態様では、ここに提供される抗体は≦１μＭの解離定数（Ｋｄ）を有している。一実施態様では、Ｋｄは、次のアッセイによって記載されるように、対象の抗体のＦａｂ型とその抗原を用いて実施される放射標識抗原結合アッセイ（ＲＩＡ）によって測定される。抗原に対するＦａｂの溶液結合親和性は、一連の力価の非標識抗原の存在下で、最小濃度の(１２５Ｉ)標識抗原でＦａｂを平衡にし、ついで抗Ｆａｂ抗体被覆プレートで結合抗原を捕獲することによって測定される（例えばChen等, J. Mol. Biol. 293:865-881(1999)を参照）。アッセイ条件を確立するために、ＭＩＣＲＯＴＩＴＥＲ（登録商標）マルチウェルプレート（Thermo Scientific）を５μｇ／ｍｌの５０ｍＭ炭酸ナトリウム（ｐＨ９．６）中の捕獲抗Ｆａｂ抗体（Cappel Labs）で一晩被覆し、その後ＰＢＳ中の２％（ｗ／ｖ）のウシ血清アルブミンで室温（およそ２３℃）で２から５時間、ブロックする。非吸着プレート（Nunc #269620）において、１００ｐＭ又は２６ｐＭの［１２５Ｉ］抗原を段階希釈した対象のＦａｂと混合する（例えば、Presta等, Cancer Res. 57: 4593-4599(1997)における抗ＶＥＧＦ抗体Ｆａｂ-１２の評価と一致する）。ついで対象のＦａｂを一晩インキュベートする；しかし、インキュベーションは平衡状態に達したことを確実にするまでより長い時間（例えば約６５時間）継続される場合がある。その後、混合物を捕獲プレートに移し、室温で（例えば１時間）インキュベートする。ついで、溶液を取り除き、プレートをＰＢＳ中の０．１％ポリソルベート２０（Ｔｗｅｅｎ-２０（登録商標））で８回洗浄する。プレートが乾燥したら、１５０μｌ／ウェルの閃光物質（MICROSCINT-20ＴＭ；Packard）を加え、プレートをＴＯＰＣＯＵＮＴＴＭγカウンター（Packard）で１０分間計数する。最大結合の２０％か又はそれ以下を与える各Ｆａｂの濃度を選択して競合結合アッセイに用いる。
【０２６７】
別の実施態様によれば、〜１０反応単位（ＲＵ）の固定した抗原ＣＭ５チップを用いて２５℃でＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−２０００又はＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）−３０００（BIAcore, Inc., Piscataway, NJ）を使用し、表面プラズモン共鳴アッセイを使用してＫｄを測定する。簡単に言うと、カルボキシメチル化デキストランバイオセンサーチップ（CM5, BIACORE, Inc）を、供給者の指示書に従ってＮ−エチル−Ｎ’−（３−ジメチルアミノプロピル）−カルボジイミド塩酸塩（ＥＤＣ）及びＮ−ヒドロキシスクシンイミド（ＮＨＳ）で活性化させる。抗原を１０ｍＭの酢酸ナトリウム（ｐＨ４．８）で５μｇ／ｍｌ（〜０．２μＭ）に希釈した後、結合したタンパク質の反応単位（ＲＵ）がおよそ１０になるように５μｌ／分の流量で注入する。抗原の注入後、未反応群をブロックするために１Ｍのエタノールアミンを注入する。動力学的な測定では、２倍の段階希釈したＦａｂ（０．７８ｎＭから５００ｎＭ）を２５℃で、およそ２５μｌ／分の流量で０．０５％ポリソルベート２０（Ｔｗｅｅｎ−２０ＴＭ）界面活性剤を含むＰＢＳ（ＰＢＳＴ）に注入する。結合及び解離のセンサーグラムを同時にフィットさせることによる単純一対一ラングミュア結合モデル（simple one-to-one Langmuir binding model）（ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）Ｅｖａｌｕａｔｉｏｎソフトウェアバージョン３．２）を用いて、結合速度（ｋｏｎ）と解離速度（ｋｏｆｆ）を算出する。平衡解離定数（Ｋｄ）はｋｏｆｆ／ｋｏｎ比として算出する。例えば、Chen等, J. Mol Biol 293:865-881(1999)を参照のこと。上記の表面プラスモン共鳴アッセイにより結合速度が１０６Ｍ−１Ｓ−１を上回る場合、分光計、例えば、ストップフロー装備分光光度計（Aviv Instruments）又は撹拌キュベットを備えた８０００シリーズＳＬＭ−ＡＭＩＮＣＯＴＭ分光光度計（ThermoSpectronic）で測定される、漸増濃度の抗原の存在下で、ＰＢＳ（ｐＨ７．２）、２５℃の、２０ｎＭの抗抗原抗体（Ｆａｂ型）の蛍光放出強度（励起＝２９５ｎｍ；放出＝３４０ｎｍ、バンドパス＝１６ｎｍ）の増加又は減少を測定する蛍光消光技術を使用して結合速度を測定することができる。
【０２６８】
抗体断片
【０２６９】
ある実施態様では、ここに提供される抗体は抗体断片である。抗体断片は、限定されないが、Ｆａｂ、Ｆａｂ'、Ｆａｂ'−ＳＨ、Ｆ(ａｂ')２、Ｆｖ、及びｓｃＦｖ断片、及び以下に記載の他の断片を含む。所定の抗体断片の概説については、Hudson等 Nat. Med. 9:129-134 (2003)を参照のこと。ｓｃＦｖ断片の概説については、例えばPluckthun, The Pharmacology of Monoclonal Antibodies, vol. 113, Rosenburg及びMoore編,(Springer-Verlag, New York), pp. 269-315 (1994)を参照のこと；また国際公開第９３／１６１８５号；及び米国特許第５５７１８９４号及び第５５８７４５８号を参照のこと。サルベージ受容体結合エピトープ残基を含みインビボ半減期が増加したＦａｂ及びＦ(ａｂ')２断片の検討については、米国特許第５８６９０４６号を参照のこと。
【０２７０】
ダイアボディは、二価又は二重特異性でありうる二つの抗原結合部位を有する抗体断片である。例えば、欧州特許出願公開第４０４０９７号；国際公開第１９９３／０１１６１号；Hudson等, Nat. Med. 9:129-134 (2003)；及びHollinger等 Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90: 6444-6448 (1993)を参照のこと。トリアボディ及びテトラボディはまたHudson等, Nat. Med. 9:129-134 (2003)に記載されている。
【０２７１】
単一ドメイン抗体は抗体の重鎖可変ドメインの全て又は一部又は軽鎖可変ドメインの全て又は一部を含む抗体断片である。ある実施態様では、単一ドメイン抗体はヒト単一ドメイン抗体である（Domantis, Inc., Waltham, MA；例えば米国特許第６２４８５１６Ｂ１号を参照）。
【０２７２】
抗体断片は、限定されないが、ここに記載されるようにインタクトな抗体のタンパク質消化並びに組換え宿主細胞（例えば大腸菌又はファージ）による生産を含む様々な技術によって作製されうる。
【０２７３】
キメラ及びヒト化抗体
【０２７４】
ある実施態様では、ここで提供される抗体はキメラ抗体である。あるキメラ抗体は、例えば米国特許第４８１６５６７号；及びMorrison等, PNAS USA, 81:6851-6855 (1984)に記載されている。一例では、キメラ抗体は非ヒト可変領域（例えば、マウス、ラット、ハムスター、ウサギ、又は非ヒト霊長類、例えばサル由来の可変領域）とヒト定常領域を含む。更なる例では、キメラ抗体はクラス又はサブクラスが親抗体のものとは変化させられた「クラススイッチ」抗体である。キメラ抗体はその抗原結合断片を含む。
【０２７５】
ある種の実施態様では、キメラ抗体はヒト化抗体である。典型的には、非ヒト抗体は、親非ヒト抗体の特異性及び親和性を保持しながら、ヒトに対する免疫原性を低下させるためにヒト化される。一般的に、ヒト化抗体は、ＨＶＲ、例えばＣＤＲ（又はその一部）が非ヒト抗体由来であり、ＦＲ（又はその一部）がヒト抗体配列由来である一又は複数の可変ドメインを含む。場合によっては、ヒト化抗体は、ヒト定常領域の少なくとも一部を含むであろう。幾つかの実施態様では、ヒト化抗体における幾つかのＦＲ残基は、非ヒト抗体（例えば、ＨＶＲ残基が誘導される抗体）からの対応する残基で置換され、例えば抗体特異性又は親和性が回復又は改善される。
【０２７６】
ヒト化抗体及びそれらを作製する方法は、例えばAlmagro 及び Fransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)に概説されており、例えば、Riechmann等, Nature 332:323-329 (1988)；Queen等, PNAS USA 86:10029-10033 (1989)；米国特許第５８２１３３７号、同７５２７７９１号、同６９８２３２１号、及び同７０８７４０９号；Kashmiri等, Methods 36:25-34 (2005)（ＳＤＲ（ａ-ＣＤＲ）グラフトを記載）；Padlan, Mol. Immunol. 28:489-498 (1991)（「リサーフェシング(resurfacing)」を記載）；Dall'Acqua等, Methods 36:43-60 (2005) （「ＦＲシャッフリング」を記載）；及びOsbourn等, Methods 36:61-68 (2005) 及び Klimka等, Br. J. Cancer, 83:252-260 (2000)（ＦＲシャッフリングに対する「案内選別(guided selection)」アプローチ法を記載）に更に記載されている。
【０２７７】
ヒト化に使用されうるヒトフレームワーク領域には、限定されるものではないが、「ベストフィット法」を使用して選択されるフレームワーク領域（例えば、Sims等 J. Immunol. 151:2296 (1993)を参照）；軽鎖又は重鎖可変領域の特定のサブグループのヒト抗体のコンセンサス配列から誘導されるフレームワーク領域（例えば、Carter等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 89:4285 (1992)；及びPresta等, J. Immunol., 151:2623 (1993)）；ヒト成熟（体細胞的に変異された）フレームワーク領域又はヒト生殖系列フレームワーク領域（例えば、Almagro及びFransson, Front. Biosci. 13:1619-1633 (2008)を参照）；及びＦＲライブラリーのスクリーニング由来のフレームワーク領域（例えば、Baca等, J. Biol. Chem. 272:10678-10684 (1997) 及び Rosok等, J. Biol. Chem. 271:22611-22618 (1996)を参照）が含まれる。
【０２７８】
ヒト抗体
【０２７９】
ある実施態様では、ここで提供される抗体はヒト抗体である。ヒト抗体は、当該技術分野で知られている様々な技術を使用して産生せしめることができる。ヒト抗体は、一般的に、van Dijk及びvan de Winkel, Curr. Opin. Pharmacol. 5: 368-74 (2001)及びLonberg, Curr. Opin. Immunol. 20:450-459 (2008)に記載されている。
【０２８０】
ヒト抗体は、抗原投与に反応してインタクトなヒト抗体又はヒト可変領域を有するインタクトな抗体を産生するように改変されたトランスジェニック動物に免疫原を投与することによって調製することができる。そのような動物は、ヒト免疫グロブリン座位の全て又は一部を典型的には含み、内在性免疫グロブリン座位を置き換えるか、又は染色体外に存在するか又は動物の染色体内にランダムに組み込まれている。そのようなトランスジェニックマウスでは、内在性免疫グロブリン座位が一般的に不活性化されている。トランスジェニック動物からヒト抗体を得る方法の概説は、Lonberg, Nat. Biotech. 23:1117-1125 (2005)を参照のこと。また、ＸＥＮＯＭＯＵＳＥＴＭ技術を記載する米国特許第６０７５１８１号及び同６１５０５８４号；ＨｕＭａｂ（登録商標）技術を記載した米国特許第５７７０４２９号；Ｋ−Ｍ ＭＯＵＳＥ（登録商標）技術を記載した米国特許第７０４１８７０号；ＶｅｌｏｃｉＭｏｕｓｅ（登録商標）技術を記載した米国特許出願公開第２００７／００６１９００号を参照。このような動物により産生されるインタクトな抗体からのヒト可変領域は、例えば異なるヒト定常領域と組合せることにより、更に修飾することができる。
【０２８１】
また、ヒト抗体は、ハイブリドーマベース法により作製することもできる。ヒトモノクローナル抗体の生産のためのヒトミエローマ及びマウス-ヒトヘテロミエローマ細胞株が記載されている。（例えば、Kozbor J. Immunol., 133: 3001 (1984)；及びBoerner等, J. Immunol., 147: 86 (1991)を参照）。ヒトＢ細胞ハイブリドーマ技術を介して産生されるヒト抗体は、Li等, PNAS. USA, 103:3557-3562 (2006)にまた記載されている。更なる方法には、例えば米国特許第７１８９８２６号（ハイブリドーマ細胞株からのモノクローナルヒトＩｇＭ抗体の生産を記載）、及びNi, Xiandai Mianyixue, 26(4):265-268 (2006)（ヒト-ヒトハイブリドーマを記載）に記載されている。また、ヒトハイブリドーマ技術（トリオーマ技術）は、Vollmers 及びBrandlein, Histology and Histopathology, 20(3):927-937 (2005) 及びVollmers及びBrandlein, Methods and Findings in Experimental and Clin. Pharma., 27(3):185-91 (2005)にも記載されている。
【０２８２】
ヒト抗体は、ヒト由来ファージディスプレイライブラリーから選択されるＦｖクローン可変ドメイン配列を単離することにより産生せしめることもできる。ついで、このような可変ドメイン配列は、所望のヒト定常ドメインと組み合わせることができる。抗体ライブラリーからヒト抗体を選択するための技術を以下に記載する。
【０２８３】
ライブラリー由来抗体
【０２８４】
本発明の抗体は、所望の活性を有する抗体についてコンビナトリアルライブラリーをスクリーニングすることにより単離することができる。例えば、ファージディスプレイライブラリーを作製し、所望の結合特性を有する抗体について、そのようなライブラリーをスクリーニングするための様々な方法が当該技術分野で知られている。このような方法は、例えばHoogenboom等, METHODS IN MOL. BIOL. 178:1-37（O’Brien等編, Human Press, Totowa, NJ, 2001）において概説され、更に例えばMcCafferty等, Nature 348:552-554；Clackson等, Nature 352: 624-628 (1991)；Marks等, J. Mol. Biol. 222: 581-597 (1992)；Marks及びBradbury, METHODS IN MOL. BIOL. 248:161-175（Lo編, Human Press, Totowa, NJ, 2003)；Sidhu等, J. Mol. Biol. 338(2): 299-310 (2004)；Lee等, J. Mol. Biol. 340(5): 1073-1093 (2004)；Fellouse, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 101(34): 12467-12472 (2004)；及びLee等, J. Immunol. Methods 284(1-2): 119-132(2004)に記載されている。
【０２８５】
ある種のファージディスプレイ法では、ＶＨ及びＶＬ遺伝子のレパートリーが、ポリメラーゼ連鎖反応(ＰＣＲ)により別々にクローニングされ、ファージライブラリーにおいてランダムに組換えられ、これがついで、Winter等, Ann. Rev. Immunol., 12: 433-455 (1994)に記載されているように、抗原-結合ファージについてスクリーニングされうる。ファージは、典型的には、単鎖Ｆｖ(ｓｃＦｖ)断片又はＦａｂ断片として、抗体断片をディスプレイする。免疫化されたソースからのライブラリーにより、ハイブリドーマを構築する必要なく、免疫原に対して高親和性の抗体が提供される。あるいは、ナイーブレパートリーを、Griffiths等, EMBO J, 12: 725-734 (1993)に記載されているように、免疫化をすることなく、広範囲の非自己、更には自己抗原に対する抗体の単一供給源を提供するために（例えばヒトから）クローニングすることができる。最後に、ナイーブライブラリーは、幹細胞から再配置されていないＶ遺伝子セグメントをクローニングし、ランダム配列を含むＰＣＲプライマーを使用することで合成的に作製することができ、高頻度可変ＣＤＲ３領域をコードし、Hoogenboom 及び Winter, J. Mol. Biol., 227: 381-388 (1992)により記載されているように、再配置をインビトロで達成することができる。ヒト抗体ファージライブラリーを記載する特許文献には、例えば米国特許第５７５０３７３号、及び米国特許出願公開第２００５／００７９５７４号、同２００５／０１１９４５５号、同２００５／０２６６０００号、同２００７／０１１７１２６号、同２００７／０１６０５９８号、同２００７／０２３７７６４号、同２００７／０２９２９３６号、及び同２００９／０００２３６０号が含まれる。
【０２８６】
ヒト抗体ライブラリーから単離される抗体又は抗体断片は、ここでのヒト抗体又はヒト抗体断片と考えられる。
【０２８７】
６．多重特異性抗体
【０２８８】
ある実施態様では、ここで提供される抗体は多重特異性抗体、例えば二重特異性抗体である。多重特異性抗体は、少なくとも二つの異なる部位に対して結合特異性を有するモノクローナル抗体である。ある実施態様では、結合特異性の一つはＭｉＴポリペプチド、例えばＲ−スポンジン−転座融合ポリペプチドに対してであり、他方は任意の他の抗原に対してである。ある実施態様では、二重特異性抗体は、ＭｉＴポリペプチド、例えばＲ−スポンジン−転座融合ポリペプチドの二つの異なるエピトープに結合しうる。また二重特異性抗体は、ＭｉＴポリペプチド、例えばＲ−スポンジン−転座融合ポリペプチドを発現する細胞に細胞傷害剤を局在化させるために使用することができる。二重特異性抗体は、完全長抗体又は抗体断片として調製することができる。
【０２８９】
多重特異性抗体を作製するための技術には、限定されるものではないが、異なる特異性を有する二つの免疫グロブリン重鎖-軽鎖対の組換え同時発現（Milstein及びCuello, Nature 305: 537 (1983)を参照）、国際公開第９３／０８８２９号、及びTraunecker等, EMBO J. 10: 3655 (1991)）、及び「ノブ-イン-ホール」技術（例えば、米国特許第５７３１１６８号を参照）が含まれる。また、多重特異性抗体は、抗体Ｆｃ−ヘテロ二量体分子を作製するための静電的ステアリング効果の操作（国際公開第２００９／０８９００４Ａ１号）；２以上の抗体又は断片の架橋（例えば、米国特許第４６７６９８０号、及びBrennan等, Science, 229: 81 (1985)を参照）；二重特異性抗体の産生のためのロイシンジッパーの使用（例えば、Kostelny等, J. Immunol., 148(5):1547-1553 (1992)を参照）；二重特異性抗体断片を作製するための「ダイアボディ」技術の使用（例えば、Hollinger等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 90:6444-6448 (1993)を参照）；及び単鎖Ｆｖ(ｓＦｖ)二量体の使用（例えば、Gruber等, J. Immunol., 152:5368 (1994)を参照）；及びTutt等 J. Immunol. 147: 60 (1991)に記載されているような三重特異性抗体の調製により、作製することができる。
【０２９０】
「オクトパス抗体」を含む３以上の機能的抗原結合部位を有する操作抗体もここに含まれる（例えば、米国特許出願公開第２００６／００２５５７６号を参照）。
【０２９１】
また、ここでの抗体又は断片は、ＭｉＴポリペプチド、例えばＲ−スポンジン−転座融合ポリペプチド並びに他の異なる抗原に結合する抗原結合部位を含む「二重作用ＦＡｂ」又は「ＤＡＦ」も含む（例えば、米国特許出願公開第２００８／００６９８２０号を参照）。
【０２９２】
７．抗体変異体
【０２９３】
グリコシル化変異体
【０２９４】
ある実施態様では、ここで提供される抗体は、抗体がグリコシル化される度合いを増大又は減少させるように改変される。抗体へのグリコシル化部位の付加又は欠失は、アミノ酸配列を、一又は複数のグリコシル化部位が作られ又は除去されるように改変させることによって、簡便に達成されうる。
【０２９５】
抗体がＦｃ領域を含む場合、そこに結合される炭水化物が改変されうる。哺乳動物細胞により産生される天然抗体は、典型的には、Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインのＡｓｎ２９７に対してＮ結合により一般的に結合する分枝状で二分岐のオリゴ糖を含む。例えば、Wright等 TIBTECH 15:26-32 (1997)を参照。オリゴ糖は様々な炭水化物、例えばマンノース、Ｎ-アセチルグルコサミン(ＧｌｃＮＡｃ)、ガラクトース、及びシアル酸を含み得、並びにフコースが二分岐オリゴ糖構造の「幹」のＧｌｃＮＡｃに結合される。幾つかの実施態様では、ある改善された特性を有する抗体変異体をつくり出すために、本発明の抗体におけるオリゴ糖の修飾がなされうる。
【０２９６】
一実施態様では、Ｆｃ領域に（直接又は間接的に）結合したフコースを欠く炭水化物構造を有する抗体変異体が提供される。例えば、かかる抗体におけるフコースの量は、１％から８０％、１％から６５％、５％から６５％、又は２０％から４０％でありうる。フコースの量は、例えば国際公開第２００８／０７７５４６号に記載されているように、ＭＡＬＤＩ−ＴＯＦ質量分析法によって測定して、Ａｓｎ２９７（例えば複合のハイブリッド及び高マンノース構造）に結合した全ての糖構造の合計に対してＡｓｎ２９７の糖鎖内のフコースの平均量を計算することによって決定される。Ａｓｎ２９７はＦｃ領域内の約２９７位（Ｆｃ領域残基のＥｕ番号付け）に位置したアスパラギン残基を意味する；しかしながら、Ａｓｎ２９７は、抗体中のマイナーな配列変異のために、２９７位から約±３アミノ酸上流又は下流に、つまり２９４位と３００位の間に位置している場合がありうる。そのようなフコシル化変異体は改善されたＡＤＣＣ機能を有しうる。例えば、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号(Presta, L.)；米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号(Kyowa Hakko Kogyo Co., Ltd)を参照。「脱フコシル化された」又は「フコース欠損」抗体変異体に関連した刊行物の例には、米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８号；国際公開第２０００／６１７３９号；国際公開第２００１／２９２４６号；米国特許出願公開第２００３／０１１５６１４号；米国特許出願公開第２００２／０１６４３２８号；米国特許出願公開第２００４／００９３６２１号；米国特許出願公開第２００４／０１３２１４０号；米国特許出願公開第２００４／０１１０７０４号；米国特許出願公開第２００４／０１１０２８２号；米国特許出願公開第２００４／０１０９８６５号；国際公開第２００３／０８５１１９号；国際公開第２００３／０８４５７０号；国際公開第２００５／０３５５８６号；国際公開第２００５／０３５７７８号；国際公開第２００５／０５３７４２号；国際公開第２００２／０３１１４０号；Okazaki等 J. Mol. Biol. 336:1239-1249(2004)；Yamane-Ohnuki等 Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)が含まれる。脱フコシル化抗体を生産可能な細胞株の例には、タンパク質フコシル化に欠けているＬｅｃ１３ＣＨＯ細胞（Ripka等 Arch. Biochem. Biophys. 249:533-545 (1986)；米国特許出願公開第２００３／０１５７１０８Ａ１号, Presta, L；及び国際公開第２００４／０５６３１２号, Adams等，特に実施例１１）、及びノックアウト細胞株、例えばアルファ-１,６-フコシルトランスフェラーゼ遺伝子、ＦＵＴ８、ノックアウトＣＨＯ細胞（例えば、Yamane-Ohnuki等 Biotech. Bioeng. 87: 614 (2004)；Kanda, Y等, Biotechnol. Bioeng., 94(4):680-688 (2006)；及び国際公開第２００３／０８５１０７号を参照）が含まれる。
【０２９７】
例えば抗体のＦｃ領域に結合した二分オリゴ糖がＧｌｃＮＡｃにより二分される二分オリゴ糖を有する抗体変異体が更に提供される。そのような抗体変異体は、フコシル化が低減され、及び／又はＡＤＣＣ機能が改善されている場合がある。そのような抗体変異体の例は、例えば国際公開第２００３／０１１８７８号（Jean-Mairet等）；米国特許第６６０２６８４号（Umana等）；及び米国特許出願公開第２００５／０１２３５４６号（Umana等）に記載されている。Ｆｃ領域に結合したオリゴ糖に少なくとも一のガラクトース残基を有する抗体変異体も提供される。このような抗体変異体は、改善されたＣＤＣ機能を有している場合がある。このような抗体変異体は、例えば国際公開第１９９７／３００８７号（Patel等）；国際公開第１９９８／５８９６４号（Raju, S.）；及び国際公開第１９９９／２２７６４号（Raju, S.）に記載されている。
【０２９８】
Ｆｃ領域変異体
【０２９９】
ある実施態様では、一又は複数のアミノ酸修飾が、ここに提供される抗体のＦｃ領域に導入され、それによりＦｃ領域変異体を産生せしめてもよい。Ｆｃ領域変異体は、一又は複数のアミノ酸位置にアミノ酸修飾（例えば、置換）を含んでなるヒトＦｃ領域配列（例えば、ヒトＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、又はＩｇＧ４Ｆｃ領域）を含みうる。
【０３００】
ある実施態様では、本発明は、幾つかであるが全てではないエフェクター機能を持つ抗体変異体を考察し、これは、抗体を、インビボでの抗体の半減期は重要であるが、あるエフェクター機能（例えば、補体及びＡＤＣＣ）は不要か又は有害である用途のために望ましい候補とする。ＣＤＣ及び／又はＡＤＣＣ活性の減少／喪失を確認するために、インビトロ及び／又はインビボ細胞傷害性アッセイが実施されうる。例えば、Ｆｃ受容体（ＦｃＲ）結合アッセイは、抗体がＦｃγＲ結合を欠く（よってＡＤＣＣ活性を欠くと思われる）が、ＦｃＲｎ結合能力を保持していることを確かめるために実施されうる。ＡＤＣＣを媒介する一次細胞であるＮＫ細胞はＦｃγＲＩＩＩのみを発現するのに対し、単球はＦｃγＩ、ＦｃγＩＩ及びＦｃγＩＩＩを発現する。造血細胞上のＦｃＲ発現は、Ravetch及びKinet, Annu. Rev. Immunol 9:457-492(1991)の４６４頁の表３に要約されている。対象とする分子のＡＤＣＣ活性を評価するための非限定的なインビトロアッセイの例が、米国特許第５５００３６２号（例えばHellstrom, I.等 Proc. Nat’l Acad. Sci. USA 83:7059-7063 (1986)を参照）及びHellstrom, I等, Proc. Nat’l Acad. Sci. USA 82:1499-1502 (1985)；第５８２１３３７号（Bruggemann, M.等, J. Exp. Med. 166:1351-1361 (1987)を参照）に記載されている。別法では、非放射性アッセイ法が用いられうる（例えば、フローサイトメトリーのためのＡＣＴＩＴＭ非放射性細胞傷害性アッセイ（CellTechnology, Inc. Mountain View, CA；及びＣｙｔｏＴｏｘ９６(登録商標)非放射性細胞傷害性アッセイ(Promega, Madison, WI)を参照）。このようなアッセイのために有用なエフェクター細胞は、末梢血単核細胞(ＰＢＭＣ)及びナチュラルキラー(ＮＫ)細胞を含む。あるいは、又は付加的に、対象とする分子のＡＤＣＣ活性は、例えばClynes等PNAS(USA)95:652-656(1998)に記載されているような動物モデルにおいてインビボで評価されうる。Ｃｌｑ結合アッセイが、抗体がＣｌｑに結合できず、よってＣＤＣ活性を欠くことを確認するためにまた実施されうる。例えば、国際公開第２００６／０２９８７９号及び国際公開第２００５／１００４０２号におけるＣ１ｑ及びＣ３ｃ結合ＥＬＩＳＡを参照。補体活性化を評価するために、ＣＤＣアッセイを実施することができる（例えばGazzano-Santoro等, J. Immunol. Methods 202:163 (1996)；Cragg, M.S.等, Blood 101:1045-1052 (2003)；及びCragg, M.S. and M.J. Glennie, Blood 103:2738-2743 (2004)を参照）。ＦｃＲｎ結合及びインビボクリアランス／半減期定量もまた当該技術分野で知られている方法を使用して実施することができる（例えば、Petkova, S.B.等, Int’l. Immunol. 18(12):1759-1769 (2006)を参照）。
【０３０１】
減少したエフェクター機能を有する抗体は、Ｆｃ領域残基２３８、２６５、２６９、２７０、２９７、３２７及び３２９の一又は複数の置換を有するものを含む（米国特許第６７３７０５６号）。このようなＦｃ変異体は、二又はそれ以上のアミノ酸位２６５、２６９、２７０、２９７及び３２７に置換を有するＦｃ変異体を含み、アラニンへの残基２６５及び２９７の置換を有するいわゆる「ＤＡＮＡ」Ｆｃ変異体を含む（米国特許第７３３２５８１号）。
【０３０２】
ＦｃＲへの改良又は減少された結合を有するある種の抗体変異体が記載されている（例えば米国特許第６７３７０５６号；国際公開第２００４／０５６３１２号、及びShields等, J. Biol. Chem. 9(2): 6591-6604 (2001)を参照）。ある実施態様では、抗体変異体は、ＡＤＣＣを改善する一又は複数のアミノ酸置換、例えば、Ｆｃ領域の位置２９８、３３３、及び／又は３３４での置換（残基のＥＵ番号付け）を有するＦｃ領域を含む。幾つかの実施態様では、例えば米国特許第６１９４５５１号、国際公開第９９／５１６４２号、及びIdusogie等 J. Immunol. 164: 4178-4184 (2000)に記載されているように、改変された（つまり、改善され又は減少した）Ｃｌｑ結合及び／又は補体依存性細胞傷害性（ＣＤＣ）を生じる改変がＦｃ領域に改変がなされる。
【０３０３】
増加した半減期及び胎児への母性ＩｇＧｓの移動に関与する新生児Ｆｃ受容体（ＦｃＲｎ）(Guyer等, J. Immunol. 117:587 (1976)及びKim等, J. Immunol. 24:249 (1994))への改善された結合性を有する抗体が、米国特許出願公開第２００５／００１４９３４Ａ１（Hinton等)に記載されている。その抗体は、ＦｃＲｎへのＦｃ領域の結合を改善する一又は複数の置換をそこに有するＦｃ領域を含む。このようなＦｃ変異体は、Ｆｃ領域残基：２３８、２５６、２６５、２７２、２８６、３０３、３０５、３０７、３１１、３１２、３１７、３４０、３５６、３６０、３６２、３７６、３７８、３８０、３８２、４１３、４２４又は４３４の一又は複数での置換、例えばＦｃ領域残基４３４の置換を有するものを含む（米国特許第７３７１８２６号）。Ｆｃ領域変異体の他の例に関しては、Duncan及びWinter, Nature 322:738-40 (1988)；米国特許第５６４８２６０号；米国特許第５６２４８２１号；及び国際公開第９４／２９３５１号も参照のこと。
【０３０４】
システイン操作抗体変異体
【０３０５】
ある実施態様では、システイン操作抗体、例えば抗体の一又は複数の残基がシステイン残基で置換される「ｔｈｉｏＭＡｂｓ」を作ることが望ましいことがある。特定の実施態様では、置換される残基が抗体の接近可能な部位で生じる。その残基をシステインと置換することによって、反応性チオール基が抗体の接近可能な部位に位置させられ、抗体を他の部分、例えば薬剤部分又はリンカー−薬剤部分に結合させ、ここで更に記載されるようにイムノコンジュゲートを作るために使用されうる。ある実施態様では、次の残基の任意の一又は複数がシステインと置換されうる：軽鎖のＶ２０５（カバット番号付け）；重鎖のＡ１１８（ＥＵ番号付け）；及び重鎖Ｆｃ領域のＳ４００（ＥＵ番号付け）。システイン操作抗体は、例えば米国特許第７５２１５４１号に記載されるようにして、産生されうる。
【０３０６】
イムノコンジュゲート
【０３０７】
更にここに提供されるのは、一又は複数の細胞傷害剤、例えば化学療法剤又は薬剤、増殖阻害剤、毒素（例えば、タンパク質毒素、細菌、真菌、植物、又は動物由来の酵素的に活性な毒素、又はその断片）、又は放射性同位元素にコンジュゲートされた抗ＭｉＴ抗体、例えばここでのＲ−スポンジン−転座融合ポリペプチドを含むイムノコンジュゲートである。
【０３０８】
一実施態様では、イムノコンジュゲートは、限定されないが、メイタンシノイド（米国特許第５２０８０２０号、第５４１６０６４号及び欧州特許第０４２５２３５Ｂ１号を参照）；オーリスタチン、例えばモノメチルオーリスタチン薬剤部分ＤＥ及びＤＦ（ＭＭＡＥ及びＭＭＡＦ）（米国特許第５６３５４８３号及び同第５７８０５８８号及び同第７４９８２９８号を参照）；ドラスタチン；カリケアマイシン又はその誘導体（米国特許第５７１２３７４号、同第５７１４５８６号、同第５７３９１１６号、同第５７６７２８５号、同第５７７０７０１号、同第５７７０７１０号、同第５７７３００１号、及び同第５８７７２９６号；Hinman等, Cancer Res. 53:3336-3342 (1993)；及びLode等, Cancer Res. 58:2925-2928 (1998)を参照）；アントラサイクリン、例えばダウノマイシン又はドキソルビシン（Kratz等, Current Med. Chem. 13:477-523 (2006)；Jeffrey等, Bioorganic & Med. Chem. Letters 16:358-362 (2006)；Torgov等, Bioconj. Chem. 16:717-721 (2005)；Nagy等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97:829-834 (2000)；Dubowchik等, Bioorg. & Med. Chem. Letters 12:1529-1532 (2002)；King等, J. Med. Chem. 45:4336-4343 (2002)；及び米国特許第６６３０５７９号を参照）；メトトレキセート；ビンデシン；タキサン、例えばドセタキセル、パクリタキセル、ラロタキセル、テセタキセル、及びオルタタキセル；トリコテシン及びＣＣ１０６５を含む一又は複数の薬物に抗体がコンジュゲートされる抗体薬剤コンジュゲート（ＡＤＣ）である。
【０３０９】
他の実施態様では、イムノコンジュゲートは、限定されないが、ジフテリアＡ鎖、ジフテリア毒素の非結合活性断片、（緑膿菌由来）外毒素Ａ鎖、リシンＡ鎖、アブリンＡ鎖、モデッシンＡ鎖、αサルシン、シナアブラギリ（Aleurites fordii）タンパク質、ジアンシン（dianthin）タンパク質、ヨウシュヤマゴボウ（Phytolaca americana）タンパク質（ＰＡＰＩ、ＰＡＰＩＩ、及びＰＡＰ−Ｓ）、ツルレイシ（momordica charantia）阻害剤、クルシン、クロチン（crotin）、サボンソウ（sapaonaria officinalis）阻害剤、ゲロニン、ミトゲリン（mitogellin）、レストリクトシン、フェノマイシン（phenomycin）、エノマイシン（enomycin）及びトリコテセンを含む、酵素的に活性な毒素又はその断片にコンジュゲートされたここに記載された抗体を含む。
【０３１０】
他の実施態様では、イムノコンジュゲートは放射性コンジュゲートを形成するために放射性原子にコンジュゲートされるここに記載の抗体を含む。様々な放射性同位元素が放射性コンジュゲートの生産のために利用可能である。例には、Ａｔ２１１、Ｉ１３１、Ｉ１２５、Ｙ９０、Ｒｅ１８６、Ｒｅ１８８、Ｓｍ１５３、Ｂｉ２１２、Ｐ３２、Ｐｂ２１２及びＬｕの放射性同位元素が含まれる。放射性コンジュゲートが検出のために使用される場合、それはシンチグラフィー研究用の放射性原子、例えばＴｃ９９又はＩ１２３、又は核磁気共鳴（ＮＭＲ）イメージング（磁気共鳴イメージング、ＭＲＩとしても知られている）用のスピン標識、例えばまたヨウ素−１２３、ヨウ素−１３１、インジウム−１１１、フッ素−１９、炭素−１３、窒素−１５、酸素−１７、ガドリニウム、マンガン又は鉄を含みうる。
【０３１１】
抗体と細胞傷害剤のコンジュゲートは、様々な二官能性タンパク質カップリング剤、例えばＮ−スクシンイミジル−３−（２−ピリジルジチオ）プロピオネート（ＳＰＤＰ）、スクシンイミジル−４−（Ｎ−マレイミドメチル）シクロヘキサン−１−カルボキシレート（ＳＭＣＣ）、イミノチオラン（ＩＴ）、イミドエステル類の二官能性誘導体（例えばジメチルアジピミデートＨＣｌ）、活性エステル類（例えば、スベリン酸ジスクシンイミジル）、アルデヒド類（例えば、グルタルアルデヒド）、ビス−アジド化合物（例えば、ビス（ｐ−アジドベンゾイル）ヘキサンジアミン）、ビス−ジアゾニウム誘導体（例えば、ビス−（ｐ−ジアゾニウムベンゾイル）エチレンジアミン）、ジイソシアネート（例えば、トルエン２，６−ジイソシアネート）、及び二活性フッ素化合物（例えば、１，５−ジフルオロ−２，４−ジニトロベンゼン）を使用して作製することができる。例えば、リシン免疫毒素は、Vitetta等, Science 238:1098(1987)に記載されているようにして調製することができる。炭素−１４標識１−イソチオシアナトベンジル−３−メチルジエチレン−トリアミン五酢酸（ＭＸ−ＤＴＰＡ）は抗体に放射性ヌクレオチドをコンジュゲートするためのキレート剤の例である。国際公開第９４／１１０２６号を参照のこと。リンカーは細胞中の細胞傷害剤の放出を容易にする「切断可能リンカー」でありうる。例えば、酸不安定性リンカー、ペプチダーゼ感受性リンカー、光不安定性リンカー、ジメチルリンカー又はジスルフィド含有リンカー（Chari等, Cancer Research, 52：127-131(1992)；米国特許第５２０８０２０号）が使用されうる。
【０３１２】
ここでのイムノコンジュゲート又はＡＤＣには、限定するものではないが、（例えば、Pierce Biotechnology, Inc., Rockford, IL., U.S.Aより）市販されている、ＢＭＰＳ、ＥＭＣＳ、ＧＭＢＳ、ＨＢＶＳ、ＬＣ−ＳＭＣＣ、ＭＢＳ、ＭＰＢＨ、ＳＢＡＰ、ＳＩＡ、ＳＩＡＢ、ＳＭＣＣ、ＳＭＰＢ、ＳＭＰＨ、スルホ−ＥＭＣＳ、スルホ−ＧＭＢＳ、スルホ−ＫＭＵＳ、スルホ−ＭＢＳ、スルホ−ＳＩＡＢ、スルホ−ＳＭＣＣ、及びスルホ−ＳＭＰＢ、及びＳＶＳＢ（スクシンイミジル−（４−ビニルスルホン）ベンゾエート）を含む架橋剤を用いて調製されるコンジュゲートが明示的に考えられる。
【０３１３】
Ｃ．結合ポリペプチド
【０３１４】
ここに提供されるのは、ここに記載の方法の何れかにおいてＭｉＴアンタゴニストとして使用されるＭｉＴ結合ポリペプチドアンタゴニストである。ＭｉＴ結合ポリペプチドアンタゴニストは、ＭｉＴポリペプチドに、好ましくは特異的に、結合するポリペプチドである。ＭｉＴ結合ポリペプチドアンタゴニストの何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ結合ポリペプチドアンタゴニストはキメラポリペプチドである。
【０３１５】
結合ポリペプチドの何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ結合ポリペプチドアンタゴニストはＭＩＴＦ結合ポリペプチドアンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ結合ポリペプチドアンタゴニストはＭＩＴＦ−転座結合ポリペプチドアンタゴニストである。結合ポリペプチドの何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ結合ポリペプチドアンタゴニストはＴＦＥＢ結合ポリペプチドアンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ結合ポリペプチドアンタゴニストはＴＦＥＢ−転座結合ポリペプチドアンタゴニストである。結合ポリペプチドの何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ結合ポリペプチドアンタゴニストはＴＦＥＣ結合ポリペプチドアンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ小分子アンタゴニストはＴＦＥＣ−転座結合ポリペプチドアンタゴニストである。小分子の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ結合ポリペプチドアンタゴニストはＴＦＥ３結合ポリペプチドアンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ結合ポリペプチドアンタゴニストはＴＦＥ３−転座結合ポリペプチドアンタゴニストである。
【０３１６】
結合ポリペプチドの何れかの幾つかの実施態様では、結合ポリペプチドはＭＩＴＦ−転座融合ポリペプチドに結合する。幾つかの実施態様では、結合ポリペプチドは、ＭＩＴＦ−転座融合ポリペプチドに特異的に結合するが、野生型ＭＩＴＦ及び／又は転座の第二遺伝子には実質的に結合しない。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ−転座融合ポリペプチドはＡＣＴＧ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ−転座融合ポリペプチドは配列番号：３０及び／又は１４を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１プロモーターによって促進される。
【０３１７】
結合ポリペプチドの何れかの幾つかの実施態様では、結合ポリペプチドはＴＦＥＢ−転座融合ポリペプチドに結合する。幾つかの実施態様では、結合ポリペプチドは、ＴＦＥＢ−転座融合ポリペプチドに特異的に結合するが、野生型ＴＦＥＣ及び／又は転座の第二遺伝子には実質的に結合しない。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ−転座融合ポリペプチドはＣＬＴＣとＴＦＥＢを含む。．幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣエクソン１７を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣエクソン１７とＴＦＥＢエクソン６を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＭＩＤＮプロモーターとＳＢＮＯ２エクソン１を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ−転座融合ポリペプチドは配列番号：２０及び／又は３１を含む。
【０３１８】
結合ポリペプチドの何れかの幾つかの実施態様では、結合ポリペプチドはＴＦＥＣ−転座融合ポリペプチドに結合する。幾つかの実施態様では、結合ポリペプチドは、ＴＦＥＣ−転座融合ポリペプチドに特異的に結合するが、野生型ＴＦＥＣ及び／又は転座の第二遺伝子には実質的に結合しない。
【０３１９】
結合ポリペプチドの何れかの幾つかの実施態様では、結合ポリペプチドはＴＦＥ３−転座融合ポリペプチドに結合する。幾つかの実施態様では、結合ポリペプチドは、ＴＦＥ３−転座融合ポリペプチドに特異的に結合するが、野生型ＴＦＥ３及び／又は転座の第二遺伝子には実質的に結合しない。
【０３２０】
幾つかの実施態様では、ＭｉＴ結合ポリペプチドアンタゴニストはＭＥＴ経路結合ポリペプチドアンタゴニストである。例えば、ＨＧＦに特異的に結合するＣ−ｍｅｔ受容体分子又はその断片を、例えばＨＧＦタンパク質に結合してそれを隔離し、これによってそのシグナル伝達を防ぐために、本発明の方法において使用することができる。好ましくは、ｃ−ｍｅｔ受容体分子、又はそのＨＧＦ結合断片は可溶型である。幾つかの実施態様では、その受容体の可溶型は、ＨＧＦへの結合によってｃ−ｍｅｔタンパク質の生物学的活性に阻害効果を及ぼし、それによって、標的細胞の表面上に存在するその天然受容体へのその結合を妨げる。また含まれるのはｃ−ｍｅｔ受容体融合タンパク質であり、その例は以下に記載される。幾つかの実施態様では、ＭＥＴ経路結合ポリペプチドアンタゴニストは、キメラ受容体タンパク質を含むｃ−ｍｅｔ受容体の可溶型を含む。ｃ−ｍｅｔに特異的に結合し、ｃ−ｍｅｔの活性化をブロック又は減少させ、それによってそのシグナル伝達を妨げるＨＧＦ分子又はその断片を、本発明の方法において使用することができる。
【０３２１】
幾つかの実施態様では、ＭｉＴ結合ポリペプチドアンタゴニストはＢＩＲＣ７結合ポリペプチドアンタゴニストである。一実施態様では、ＢＩＲＣ７結合ポリペプチドアンタゴニストは、ＥＥＲＴＣＫＶＣＬＤＲＡＶＳＩＶＦＶＰＣＧＨＬＶＣＡＥＣＡＰＧＬＱＬＣＰＩＣＲＡＰＶＲＳＲＶＲＴＦＬ（配列番号：  ）を含む。一実施態様ではＢＩＲＣ７結合ポリペプチドアンタゴニストは、ＣＲＡＰＶＲＳＲＶＲＴＦＬＳ（配列番号：  ）を含む。
【０３２２】
結合ポリペプチドは、既知のポリペプチド合成法を使用して化学的に合成することができ、あるいは組換え技術を使用して調製し精製することができる。結合ポリペプチドは通常、少なくとも約５のアミノ酸長であり、あるいは少なくとも約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９又は１００のアミノ酸長以上であり、そのような結合ポリペプチドはここに記載される標的、ＭｉＴポリペプチドに、好ましくは特異的に、結合することができる。結合ポリペプチドは、よく知られた技術を用いて過度の実験をすることなしに同定することができる。この点において、ポリペプチド標的に特異的に結合する能力のある結合ポリペプチドのポリペプチドライブラリーをスクリーニングする技術は当該分野でよく知られていることを注記する（例えば、米国特許第５５５６７６２号、同第５７５０３７３号、同第４７０８８７１号、同第４８３３０９２号、同第５２２３４０９号、同第５４０３４８４号、同第５５７１６８９号、同第５６６３１４３号；ＰＣＴ刊行物国際公開第８４／０３５０６号、及び国際公開第８４／０３５６４号；Geysen等, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 81:3998-4002 (1984)；Geysen等, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 82:178-182 (1985)；Geysen等, Synthetic Peptides as Antigens, 130-149 (1986)；Geysen等, J. Immunol. Meth., 102:259-274 (1987)；Schoofs等, J. Immunol., 140:611-616 (1988), Cwirla,S.E.等(1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:6378；Lowman,H.B.等 (1991) Biochemistry, 30:10832；Clackson,T.等 (1991) Nature, 352:624；Marks,J.D.等 (1991) J. Mol. Biol., 222:581；Kang,A.S.等 (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:8363、及びSmith, G.P. (1991) Current Opin. Biotechnol., 2:668参照）。
【０３２３】
この点に関し、バクテリオファージ（ファージ）ディスプレイは、大きなポリペプチドライブラリーを検索して、標的ポリペプチドのＭｉＴポリペプチドに特異的に結合する能力のあるそのライブラリーのメンバーを同定することを可能にする一つのよく知られた技術である。ファージディスプレイは、様々なポリペプチドがバクテリオファージ粒子の表面上のコートタンパク質に対する融合タンパク質として表示される技術である（Scott,J.K.及びSmith G. P. (1990) Science 249:386）。ファージディスプレイの有用性は、選択的にランダム化されたタンパク質変異体（又はランダムにクローン化されたｃＤＮＡ）の大きなライブラリーを、標的分子に高い親和性で結合するその配列について素早く効果的に選別することができる点にある。ファージでのペプチド（Cwirla,S.E.等 (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87:6378）又はタンパク質（Lowman,H.B.等 (1991) Biochemistry, 30:10832；Clackson,T.等 (1991) Nature, 352: 624；Marks,J.D.等 (1991), J. Mol. Biol., 222:581；Kang,A.S.等 (1991) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 88:8363）ライブラリーのディスプレイが、特異的に結合する特性を持つものについて何百万ものポリペプチド又はオリゴペプチドをスクリーニングするために使用されている（Smith, G.P. (1991) Current Opin. Biotechnol., 2:668）。ランダム変異体のファージライブラリーの選別は、多数の変異体を構築して増殖させる方策、標的受容体を使用する親和性精製の手順、及び結合増強の結果を評価する手段を必要とする。米国特許第５２２３４０９号、同第５４０３４８４号、同第５５７１６８９号、及び同第５６６３１４３号。
【０３２４】
殆どのファージディスプレイ法は繊維状ファージを使用していたが、λファージディスプレイシステム（国際公開第９５／３４６８３号；米国特許第５６２７０２４号）、Ｔ４ファージディスプレイシステム（Ren等, Gene, 215: 439 (1998)；Zhu等, Cancer Research, 58(15): 3209-3214 (1998)；Jiang等, Infection & Immunity, 65(11): 4770-4777 (1997)；Ren等, Gene, 195(2):303-311 (1997)；Ren, Protein Sci., 5: 1833 (1996)；Efimov等, Virus Genes, 10: 173 (1995)）及びＴ７ファージディスプレイシステム（Smith及びScott, Methods in Enzymology, 217: 228-257 (1993)；米国特許第５７６６９０５号）もまた知られている。
【０３２５】
更なる改良は、選択された標的分子への結合についてペプチドライブラリーをスクリーニングし、所望の特性についてこれらのタンパク質をスクリーニングする潜在能力を持つ機能性タンパク質をディスプレイするためにディスプレイシステムの能力を増強する。ファージディスプレイ反応のためのコンビナトリアル反応装置が開発され（国際公開第９８／１４２７７号）、ファージディスプレイライブラリーが二分子相互作用（国際公開第９８／２０１６９号；国際公開第９８／２０１５９号）及び拘束性へリックスペプチドの性質（国際公開第９８／２００３６号）を分析し制御するために使用されている。国際公開第９７／３５１９６号は、その中でリガンドが標的分子に結合しうる一溶液と、その中で親和性リガンドが標的分子に結合しない第二の溶液にファージディスプレイライブラリーが接触させられて、結合リガンドが選択的に単離される、親和性リガンドの単離方法を記載する。国際公開第９７／４６２５１号は、親和性精製抗体でランダムファージディスプレイライブラリーをバイオパニングし、ついで結合ファージを単離し、続いてマイクロプレートウェルを使用するマイクロパニング法で高親和性結合ファージを単離する方法を記載する。黄色ブドウ球菌（Staphylococcus aureus）プロテインＡの親和性タグとしての使用もまた報告されている（Li等, (1998) Mol Biotech., 9:187）。国際公開第９７／４７３１４号は、ファージディスプレイライブラリーでもよいコンビナトリアルライブラリーを使用して酵素特異性を識別するための基質サブトラクションライブラリーの使用を記載している。ファージディスプレイを使用する洗浄剤における使用に適した酵素を選択する方法は国際公開第９７／０９４４６号に記載されている。特異的に結合するタンパク質を選択する更なる方法は、米国特許第５４９８５３８号、同第５４３２０１８号、及び国際公開第９８／１５８３３号に記載されている。
【０３２６】
ペプチドライブラリーの作製及びこれらのライブラリーのスクリーニングの方法は、米国特許第５７２３２８６号、同第５４３２０１８号、同第５５８０７１７号、同第５４２７９０８号、同第５４９８５３０号、同第５７７０４３４号、同第５７３４０１８号、同第５６９８４２６号、同第５７６３１９２号、及び同第５７２３３２３号にまた開示されている。
【０３２７】
Ｄ．結合小分子
【０３２８】
ここに提供されるのは、ここに記載の方法の何れかにおいてＭｉＴアンタゴニストとして使用されるＭｉＴ小分子アンタゴニストである。
【０３２９】
小分子の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ小分子アンタゴニストはＭＩＴＦ小分子アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ小分子アンタゴニストはＭＩＴＦ−転座小分子アンタゴニストである。小分子の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ小分子アンタゴニストはＴＦＥＢ小分子アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ小分子アンタゴニストはＴＦＥＢ−転座小分子アンタゴニストである。小分子の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ小分子アンタゴニストはＴＦＥＣ小分子アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ小分子アンタゴニストはＴＦＥＣ−転座小分子アンタゴニストである。小分子の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ小分子アンタゴニストはＴＦＥ３小分子アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ小分子アンタゴニストはＴＦＥ３−転座小分子アンタゴニストである。
【０３３０】
小分子の何れかの幾つかの実施態様では、小分子はＭＩＴＦ−転座融合ポリペプチドに結合する。幾つかの実施態様では、小分子は、ＭＩＴＦ−転座融合ポリペプチドに特異的に結合するが、野生型ＭＩＴＦ及び／又は転座の第二遺伝子には実質的に結合しない。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ−転座融合ポリペプチドはＡＣＴＧ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ−転座融合ポリペプチドは配列番号：３０及び／又は１４を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１プロモーターによって促進される。
【０３３１】
小分子の何れかの幾つかの実施態様では、小分子はＴＦＥＢ−転座融合ポリペプチドに結合する。幾つかの実施態様では、小分子は、ＴＦＥＢ−転座融合ポリペプチドに特異的に結合するが、野生型ＴＦＥＣ及び／又は転座の第二遺伝子には実質的に結合しない。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ−転座融合ポリペプチドはＣＬＴＣとＴＦＥＢを含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣエクソン１７を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣエクソン１７とＴＦＥＢエクソン６を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＭＩＤＮプロモーターとＳＢＮＯ２エクソン１を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ−転座融合ポリペプチドは配列番号：２０及び／又は３１を含む。
【０３３２】
小分子の何れかの幾つかの実施態様では、小分子はＴＦＥＣ−転座融合ポリペプチドに結合する。幾つかの実施態様では、小分子は、ＴＦＥＣ−転座融合ポリペプチドに特異的に結合するが、野生型ＴＦＥＣ及び／又は転座の第二遺伝子には実質的に結合しない。
【０３３３】
小分子の何れかの幾つかの実施態様では、小分子はＴＦＥ３−転座融合ポリペプチドに結合する。幾つかの実施態様では、小分子は、ＴＦＥ３−転座融合ポリペプチドに特異的に結合するが、野生型ＴＦＥ３及び／又は転座の第二遺伝子には実質的に結合しない。
【０３３４】
小分子は、好ましくは、ここに記載のＭｉＴポリペプチドに、好ましくは特異的に、結合する、ここに記載の結合ポリペプチド又は抗体以外の有機分子である。有機小分子は既知の方法（例えばＰＣＴ公報国際公開第００／００８２３号及び国際公開第００／３９５８５号参照）を使用して同定され、化学的に合成されうる。有機小分子は、通常、約２０００ダルトン未満のサイズであり、あるいは約１５００、７５０、５００、２５０又は２００ダルトン未満のサイズであり、ここに記載のポリペプチドに、好ましくは特異的に、結合する能力のあるそのような有機分子は、よく知られた技術を使用して過度の実験をすることなしに同定されうる。この点に関して、ポリペプチド標的に結合する能力のある分子について有機小分子ライブラリーをスクリーニングする技術は当該分野でよく知られていることに留意されたい（例えばＰＣＴ公報国際公開第００／００８２３号及び国際公開第００／３９５８５号参照）。有機小分子は、例えばアルデヒド、ケトン、オキシム、ヒドラゾン、セミカルバゾン、カルバジド、一級アミン、二級アミン、三級アミン、Ｎ置換ヒドラジン、ヒドラジド、アルコール、エーテル、チオール、チオエーテル、ジスルフィド、カルボン酸、エステル、アミド、尿素、カルバメート、カーボネート、ケタール、チオケタール、アセタール、チオアセタール、ハロゲン化アリール、アリールスルホネート、ハロゲン化アルキル、アルキルスルホネート、芳香族化合物、複素環化合物、アニリン、アルケン、アルキン、ジオール、アミノアルコール、オキサゾリジン、オキサゾリン、チアゾリジン、チアゾリン、エナミン、スルホンアミド、エポキシド、アジリジン、イソシアネート、塩化スルホニル、ジアゾ化合物、酸塩化物等でありうる。
【０３３５】
小分子の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ小分子アンタゴニストはｃ−ｍｅｔ小分子アンタゴニストである。一実施態様では、ｃ−ｍｅｔアンタゴニストはｃ−ｍｅｔ細胞外ドメインに結合する。幾つかの実施態様では、ｃ−ｍｅｔ小分子アンタゴニストはｃ−ｍｅｔキナーゼドメインに結合する。幾つかの実施態様では、ｃ−ｍｅｔ小分子アンタゴニストは、ＨＧＦとｃ−ｍｅｔ結合について競合する。幾つかの実施態様では、ｃ−ｍｅｔ小分子アンタゴニストは、ｃ−ｍｅｔへのＨＧＦ結合について競合する。幾つかの実施態様では、ｃ−ｍｅｔ小分子アンタゴニストはＨＧＦに結合する。
【０３３６】
ある実施態様では、ｃ−ｍｅｔ小分子アンタゴニストは、ＳＧＸ−５２３、クリゾチニブ；ＪＮＪ−３８８７７６０５（ＣＡＳ番号９４３５４０−７５−８）、ＢＭＳ−６９８７６９、ＰＨＡ−６６５７５２（Pfizer）、ＳＵ５４１６、ＩＮＣ−２８０（Incyte；ＳＵ１１２７４（Sugen；［（３Ｚ）−Ｎ−（３−クロロフェニル）−３−（｛３，５−ジメチル−４−［（４−メチルピペラジン−１−イル）カルボニル］−１Ｈ−ピロル−２−イル｝メチレン）−Ｎ−メチル−２−オキソインドリン−５−スルホンアミド；ＣＡＳ番号６５８０８４−２３−２］）、フォレチニブ（Foretinib）、ＭＧＣＤ−２６５（MethylGene；ＭＧＣＤ−２６５はｃ−ＭＥＴ、ＶＥＧＦＲ１、ＶＥＧＦＲ２、ＶＥＧＦＲ３、Ｒｏｎ及びＴｉｅ−２受容体を標的とする；ＣＡＳ番号８７５３３７−４４−３）、チバンチニブ（ＡＲＱ１９７）、ＬＹ−２８０１６５３（Lilly）、ＬＹ２８７５３５８（Lilly）、ＭＰ−４７０、ＥＭＤ１２１４０６３（Merck Sorono）、ＥＭＤ１２０４８３１（Merck Serono）、ＮＫ４、カボザンチニブ（カルボザンチニブ（carbozantinib）はｍｅｔとＶＥＧＦＲ２の二重阻害剤である）、ＭＰ−４７０（SuperGen；ｃ−ＫＩＴ、ＭＥＴ、ＰＤＧＦＲ、Ｆｌｔ３、及びＡＸＬの阻害剤である）、Ｃｏｍｐ−１、Ｅ７０５０（Ｃａｓ番号１１９６６８１−４９−８；Ｅ７０５０はｃ−ｍｅｔとＶＥＧＦＲ２の二重阻害剤である（Esai）；ＭＫ−２４６１（Merck；Ｎ−（（２Ｒ）−１，４−ジオキサン−２−イルメチル）−Ｎ−メチル−Ｎ’−［３−（１−メチル−１Ｈ−ピラゾール−４−イル）−５−オキソ−５Ｈ−ベンゾ［４，５］シクロヘプタ［１，２−ｂ］ピリジン−７−イル］スルファミド；ＣＡＳ番号９１７８７９−３９−１）；ＭＫ８０６６（Merck）、ＰＦ４２１７９０３（Pfizer）、ＡＭＧ２０８（Amgen）、ＳＧＸ−１２６、ＲＰ１０４０、ＬＹ２８０１６５３、ＡＭＧ４５８、ＥＭＤ６３７８３０、ＢＡＹ−８５３４７４、ＤＰ−３５９０の何れか一つである。ある実施態様では、ｃ−ｍｅｔ小分子アンタゴニストは、クリゾチニブ、チバンチニブ、カルボザンチニブ、ＭＧＣＤ−２６５、ｈ２２４Ｇ１１、ＤＮ−３０、ＭＫ−２４６１、Ｅ７０５０、ＭＫ−８０３３、ＰＦ−４２１７９０３、ＡＭＧ２０８、ＪＮＪ−３８８７７６０５、ＥＭＤ１２０４８３１、ＩＮＣ−２８０、ＬＹ−２８０１６５３、ＳＧＸ−１２６、ＲＰ１０４０、ＬＹ２８０１６５３、ＢＡＹ−８５３４７４、及び／又はＬＡ４８０の何れか一つ又は複数である。ある実施態様では、ｃ−ｍｅｔ小分子アンタゴニストは、クリゾチニブ、チバンチニブ、カルボザンチニブ、ＭＧＣＤ−２６５、及び／又はフォレチニブの何れか一つ又は複数である。ある実施態様では、ｃ−ｍｅｔ小分子アンタゴニストは、クリゾチニブ、フォレチニブ又はカルボザンチニブの何れか一つ又は複数である。
【０３３７】
小分子の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ小分子アンタゴニストはＢＩＲＣ７経路小分子アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＢＩＲＣ７経路小分子アンタゴニストは次の何れか一つ又は複数である：ＭＶ１、ＢＶ６、ＧＤＣ−０１５２、ＬＢＷ２４２、ＳＭ−１６４、ＨＧＳ１０２９、ＴＬ３２７１１。
【０３３８】
幾つかの実施態様では、ＢＩＲＣ７経路アンタゴニストは一価アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＢＩＲＣ７経路アンタゴニストは二価アンタゴニストである。
【０３３９】
Ｅ．アンタゴニストポリヌクレオチド
【０３４０】
ここに提供されるのは、ここに記載の方法の何れかにおいてＭｉＴアンタゴニストとして使用されるＭｉＴポリヌクレオチドアンタゴニストである。該ポリヌクレオチドはアンチセンス核酸及び／又はリボザイムでありうる。アンチセンス核酸はＭｉＴ遺伝子のＲＮＡ転写物の少なくとも一部に相補的な配列を含む。しかしながら、絶対的な相補性は、好ましいが、要求されない。幾つかの実施態様では、ＭｉＴポリヌクレオチドはＭＩＴＦポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴポリヌクレオチドはＴＦＥＢポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴポリヌクレオチドはＴＦＥ３ポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴポリヌクレオチドはＴＦＥＣポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴポリヌクレオチドはＳＢＮＯ２ポリヌクレオチドである。
【０３４１】
ポリヌクレオチドアンタゴニストの何れかの幾つかの実施態様では、ポリヌクレオチドはＭＩＴＦポリヌクレオチドに結合する。幾つかの実施態様では、ポリヌクレオチドはＴＦＥＢ−転座ポリヌクレオチドに結合する。ポリヌクレオチドの何れかの幾つかの実施態様では、ポリヌクレオチドはＴＦＥＢポリヌクレオチドに結合する。幾つかの実施態様では、ポリヌクレオチドはＴＦＥＢ−転座ポリヌクレオチドに結合する。ポリヌクレオチドアンタゴニストの何れかの幾つかの実施態様では、ポリヌクレオチドはＴＦＥＣポリヌクレオチドに結合する。幾つかの実施態様では、ポリヌクレオチドはＴＦＥＣ−転座ポリヌクレオチドに結合する。ポリヌクレオチドアンタゴニストの何れかの幾つかの実施態様では、ポリヌクレオチドはＴＦＥ３ポリヌクレオチドに結合する。幾つかの実施態様では、ポリヌクレオチドはＴＦＥ３−転座ポリヌクレオチドに結合する。
【０３４２】
ポリヌクレオチドアンタゴニストの何れかの幾つかの実施態様では、ポリヌクレオチドはＭＩＴＦ−転座融合ポリペプチドに結合する。幾つかの実施態様では、ポリヌクレオチドは、ＭＩＴＦ−転座融合ポリヌクレオチドに特異的に結合するが、野生型ＭＩＴＦポリヌクレオチド及び／又は転座の第二遺伝子には実質的に結合しない。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ−転座融合ポリヌクレオチドはＡＣＴＧ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ−転座融合ポリヌクレオチドは配列番号：１３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１プロモーターによって促進される。
【０３４３】
ポリヌクレオチドアンタゴニストの何れかの幾つかの実施態様では、ポリヌクレオチドはＴＦＥＢ−転座融合ポリヌクレオチドに結合する。幾つかの実施態様では、ポリヌクレオチドは、ＴＦＥＢ−転座融合ポリヌクレオチドに特異的に結合するが、野生型ＴＦＥＣポリヌクレオチド及び／又は転座の第二遺伝子には実質的に結合しない。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ−転座融合ポリヌクレオチドはＣＬＴＣとＴＦＥＢを含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣエクソン１７を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣエクソン１７とＴＦＥＢエクソン６を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ−転座融合ポリヌクレオチドは配列番号：１９を含む。
【０３４４】
ポリヌクレオチドアンタゴニストの何れかの幾つかの実施態様では、ポリヌクレオチドはＴＦＥＣ−転座融合ポリヌクレオチドに結合する。幾つかの実施態様では、ポリヌクレオチドは、ＴＦＥＣ−転座融合ポリヌクレオチドに特異的に結合するが、野生型ＴＦＥＣ及び／又は転座の第二遺伝子には実質的に結合しない。
【０３４５】
ポリヌクレオチドアンタゴニストの何れかの幾つかの実施態様では、ポリヌクレオチドはＴＦＥ３−転座融合ポリヌクレオチドに結合する。幾つかの実施態様では、ポリヌクレオチドは、ＴＦＥ３−転座融合ポリヌクレオチドに特異的に結合するが、野生型ＴＦＥ３ポリヌクレオチド及び／又は転座の第二遺伝子には実質的に結合しない。
【０３４６】
ここで言及される「ＲＮＡの少なくとも一部に対して相補的な」配列とは、ＲＮＡとハイブリダイズして安定な二本鎖を形成することができるほど十分な相補性を有している配列を意味する；二本鎖ＭｉＴアンチセンス核酸の場合、二本鎖ＤＮＡの一本鎖がよって試験され得、又は三本鎖形成がアッセイされうる。ハイブリダイズ能は相補性の程度とアンチセンス核酸の長さの双方に依存するであろう。一般に、ハイブリダイズする核酸が大きいほど、ＭｉＴ ＲＮＡとのより多くの塩基ミスマッチを含むが、尚も安定な二本鎖（あるいは場合によっては三本鎖）を形成しうる。当業者ならば、ハイブリダイズした複合体の融点を決定する標準的な手順の使用によってミスマッチの許容できる度合いを確かめることができる。
【０３４７】
例えばＡＵＧ開始コドンを含み該開始コドンまでの５’非翻訳配列のようなメッセージの５’端に相補的であるポリヌクレオチドは、翻訳阻害に最も効果的に作用するに違いない。しかしながら、ｍＲＮＡの３’非翻訳配列に相補的な配列もまたｍＲＮＡの翻訳阻害に効果的であることが示されている。一般的には、Wagner, R., 1994, Nature 372:333-335を参照のこと。よって、ＭｉＴ遺伝子の５’又は３’非翻訳ノンコーディング領域の何れかに相補的なオリゴヌクレオチドを、内在性ＭｉＴ ｍＲＮＡの翻訳を阻害するアンチセンスアプローチにおいて使用することができよう。ｍＲＮＡの５’非翻訳領域に相補的なポリヌクレオチドはＡＵＧ開始コドンの相補鎖を含むべきである。ｍＲＮＡコード領域に相補的なアンチセンスポリヌクレオチドは効率の悪い翻訳阻害剤であるが、本発明において使用することができる。ＭｉＴ ｍＲＮＡの５’−、３’−又はコード領域の何れにハイブリダイズするように設計されていようと、アンチセンス核酸は少なくとも６ヌクレオチド長であるべきであり、好ましくは６から約５０ヌクレオチド長の範囲のオリゴヌクレオチドである。特定の態様では、オリゴヌクレオチドは少なくとも１０ヌクレオチド、少なくとも１７ヌクレオチド、少なくとも２５ヌクレオチド又は少なくとも５０ヌクレオチドである。
【０３４８】
一実施態様では、本発明のＭｉＴアンチセンス核酸は 、外因性配列からの転写によって細胞内に産生される。例えば、ＭｉＴ遺伝子のアンチセンス核酸（ＲＮＡ）を産生するベクター又はその一部が転写される。そのようなベクターは、ＭｉＴアンチセンス核酸をコードする配列を含んでいるであろう。そのようなベクターは、それが所望のアンチセンスＲＮＡを産生するように転写されうる限り、エピソームのままであるか又は染色体に組み込まれうる。そのようなベクターは、当該分野で標準的な組換えＤＮＡ技法によって構築されうる。ベクターは、プラスミド、ウイルス、あるいは脊椎動物細胞中での複製及び発現に使用される当該分野で既知の他のものでありうる。ＭｉＴをコードする配列又はその断片の発現は、脊椎動物、好ましくはヒト細胞中で作用することが当該分野において知られている任意のプロモーターによってなされうる。そのようなプロモーターは誘導的又は構成的でありうる。そのようなプロモーターは、限定されないが、ＳＶ４０初期プロモーター領域（Bernoist及びChambon, Nature 29:304-310 (1981)、ラウス肉腫ウイルスの３’末端反復配列に含まれるプロモーター（Yamamoto等, Cell 22:787-797 (1980)、ヘルペスチミジンプロモーター（Wagner等, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 78:1441-1445 (1981)、メタロチオネイン遺伝子の制御配列（Brinster等, Nature 296:39-42 (1982)）等々を含む。
【０３４９】
Ｆ．抗体及び結合ポリペプチド変異体
【０３５０】
ある実施態様では、ここに提供される抗体及び／又は結合ポリペプチドのアミノ酸配列変異体が考えられる。例えば、抗体及び／又は結合ポリペプチドの結合親和性及び／又は他の生物学的性質を改善することが望ましい場合がある。抗体及び／又は結合ポリペプチドのアミノ酸配列変異体は、抗体及び／又は結合ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列中に適切な修飾を導入することにより、又はペプチド合成によって、調製されうる。そのような修飾は、例えば、抗体及び／又は結合ポリペプチドのアミノ酸配列内の残基からの欠失、及び／又は該残基中への挿入及び／又は該残基の置換を含む。最終のコンストラクトが所望の特性、例えば標的結合性を有する限り、最終コンストラクトに到達するために、欠失、挿入、及び置換の任意の組合せがなされうる。
【０３５１】
ある実施態様では、一又は複数のアミノ酸置換を有する抗体変異体及び／又は結合ポリペプチド変異体が提供される。置換突然変異誘発のために関心ある部位はＨＶＲ及びＦＲを含む。保存的置換は、「保存的置換」との項目で表１に示される。より実質的な変化は「例示的置換」との項目で表１に提供され、アミノ酸側鎖クラスに関連して以下に更に記載される。アミノ酸置換は関心ある抗体及び／又は結合ポリペプチドに導入され得、生成物が所望の活性、例えば保持／改善された抗原結合性、低減した免疫原性、又は改善されたＡＤＣＣ又はＣＤＣについて、スクリーニングされる。
表１
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【０３５２】
アミノ酸は共通の側鎖特性に従って群に分けることができる：
（１）疎水性：ノルロイシン、Ｍｅｔ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ；
（２）中性親水性：Ｃｙｓ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、Ａｓｎ、Ｇｌｎ；
（３）酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ；
（４）塩基性：Ｈｉｓ、Ｌｙｓ、Ａｒｇ；
（５）鎖配向に影響を及ぼす残基：Ｇｌｙ、Ｐｒｏ；
（６）芳香族：Ｔｒｐ、Ｔｙｒ、Ｐｈｅ。
【０３５３】
非保存的置換は、これらのクラスの一つのメンバーを他のクラスに交換することを必要とするであろう。
【０３５４】
一タイプの置換変異体は、親抗体（例えば、ヒト化又はヒト抗体）の一又は複数の高頻度可変領域残基を置換することを含む。一般的に、更なる研究のために選択される得られた変異体は、親抗体に対して所定の生物学的性質（例えば親和性の増加、免疫原性の減少）に変更（例えば改善）があるか、及び／又は親抗体の実質的に保持された所定の生物学的性質を有しているであろう。例示的な置換変異体は、親和性成熟抗体であり、これは、例えばここに記載されたもののようなファージディスプレイベースの親和性成熟技術を使用して、簡便に産生せしめることができる。簡潔に言えば、一又は複数のＨＶＲ残基を変異させ、変異体抗体をファージにディスプレイさせ、特定の生物学的活性（例えば、結合親和性）についてスクリーニングされる。
【０３５５】
改変（例えば、置換）は、例えば抗体親和性を改善するために、ＨＶＲにおいてなされうる。このような改変はＨＶＲ「ホットスポット」、つまり体細胞成熟プロセス中に高頻度で変異を受けるコドンによってコードされる残基（例えばChowdhury, Methods Mol. Biol. 207:179-196 (2008)を参照）、及び／又はＳＤＲ（ａ−ＣＤＲｓ）においてなされる場合があり、得られる変異体ＶＨ又はＶＬは結合親和性について試験される。二次ライブラリーを構築しそれから再選択することによる親和性成熟は、例えばHoogenboom等, METHODS IN MOL. BIOL. 178:1-37（O’Brien等編, Human Press, Totowa, NJ, (2001)）に記載されている。親和性成熟の幾つかの実施態様では、様々な方法（例えばエラープローンＰＣＲ、鎖シャッフリング、又はオリゴヌクレオチド特異的突然変異誘発）の何れかによって成熟のために選択された可変遺伝子中に多様性が導入される。ついで、二次ライブラリーが作製される。ついで、ライブラリーがスクリーニングされ、所望の親和性を有する任意の抗体変異体が同定される。多様性を導入する他の方法は、幾つかのＨＶＲ残基（例えば一度に４−６残基）が無作為化されるＨＶＲ指向性アプローチを含む。抗原結合に関与するＨＶＲ残基が、例えばアラニンスキャン突然変異誘発又はモデリングを使用して、特に同定されうる。特にＣＤＲ−Ｈ３及びＣＤＲ−Ｌ３がしばしば標的とされる。
【０３５６】
ある実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、そのような改変が抗原に結合する抗体の能力を実質的に低下させない限り、一又は複数のＨＶＲ内で生じうる。例えば、結合親和性を実質的に減少させない保存的改変（例えばここで提供される保存的置換）をＨＶＲにおいてなすことができる。そのような改変はＨＶＲ「ホットスポット」又はＳＤＲの外側でありうる。上に提供された変異ＶＨ及びＶＬ配列の所定の実施態様では、何れかの各ＨＶＲが改変されず、又は一、二又は三未満のアミノ酸置換を含む。
【０３５７】
突然変異誘発の標的とされうる抗体及び／又は結合ポリペプチドの残基又は領域を同定するための有用な方法は、Cunningham及びWells (1989) Science 244:1081-1085によって記載されている「アラニンスキャンニング突然変異誘発法」と呼ばれる。この方法では、残基又は標的残基の群（例えば、ａｒｇ、ａｓｐ、ｈｉｓ、ｌｙｓ、及びｇｌｕなどの荷電残基）が同定され、中性の又は負に荷電したアミノ酸（例えばアラニン又はポリアラニン）で置換され、抗体の抗原との相互作用に影響があるかどうかが決定される。最初の置換に対して機能的感受性を示しているアミノ酸位置に更なる置換を導入することができる。あるいは、又は付加的に、抗原-抗体複合体の結晶構造が抗体と抗原間の接触点を同定する。そのような接触残基及び近傍の残基は置換のための候補として標的にされるか又は削除されうる。変異体は、それらが所望の性質を含むかどうかを決定するためにスクリーニングされうる。
【０３５８】
アミノ酸配列挿入は、長さが１残基から百以上の残基を含むポリペプチドまで及ぶアミノ末端及び／又はカルボキシ末端融合体、並びに単一又は複数のアミノ酸残基の配列内挿入を含む。末端挿入の例は、Ｎ末端メチオニル残基を有する抗体を含む。抗体分子の他の挿入変異体は、抗体の血清半減期を増加させる酵素（例えばＡＤＥＰＴ）又はポリペプチドへの抗体のＮ又はＣ末端の融合を含む。
【０３５９】
Ｇ．抗体及び結合ポリペプチド誘導体
【０３６０】
ある実施態様では、ここに提供される抗体及び／又は結合ポリペプチドは、当該分野で知られ、直ぐに利用できる付加的な非タンパク質部分を含むように更に修飾することができる。抗体及び／又は結合ポリペプチドの誘導体化に適切な部分には、限定されないが、水溶性ポリマーが含まれる。水溶性ポリマーの非限定的例には、限定されないが、ポリエチレングリコール（ＰＥＧ）、エチレングリコール／プロピレングリコールのコポリマー、カルボキシメチルセルロース、デキストラン、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、ポリ−１，３−ジオキソラン、ポリ−１，３，６−トリオキサン、エチレン／無水マレイン酸のコポリマー、ポリアミノ酸（ホモポリマー又はランダムコポリマーの何れか）、及びデキストラン又はポリ（ｎ−ビニルピロリドン）ポリエチレングリコール、プロプロピレングリコールホモポリマー、プロリルプロピレンオキシド／エチレンオキシドのコポリマー、ポリオキシエチレン化ポリオール（例えばグリセロール）、ポリビニルアルコール、及びそれらの混合物が含まれる。ポリエチレングリコールプロピオンアルデヒドは、水中におけるその安定性のために、製造において有利な場合がある。ポリマーは任意の分子量であってよく、分枝状又は非分枝状であってもよい。抗体及び／又は結合ポリペプチドに結合するポリマーの数は変化する場合があり、１を超えるポリマーが結合されるならば、それらは同じ又は異なる分子でありうる。一般に、誘導体化に使用されるポリマーの数及び／又はタイプは、限定されるものではないが、改善される抗体及び／又は結合ポリペプチドの特定の特性又は機能、抗体誘導体及び／又は結合ポリペプチド誘導体が定められた条件下で治療に使用されるかどうか等を含む考慮に基づき、決定することができる。
【０３６１】
他の実施態様では、放射線に暴露されることにより選択的に加熱されうる非タンパク質性部分と抗体及び／又は結合ポリペプチドとのコンジュゲートが提供される。一実施態様では、非タンパク質性部分はカーボンナノチューブである（Kam等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 102: 11600-11605 (2005)）。放射線は任意の波長のものであり得、限定されるものではないが、通常の細胞に害を与えないが、抗体及び／又は結合ポリペプチド−非タンパク質性部分に近接する細胞が死滅する温度まで、非タンパク質性部分を加熱する波長が含まれる。
【０３６２】
Ｈ．組換え方法及び組成物
【０３６３】
抗体及び／又は結合ポリペプチドは、例えば米国特許第４８１６５６７号に記載されているように、組換え法及び構成物を使用して製造することができる。一実施態様では、抗ＭｉＴ抗体をコードする単離核酸である。このような核酸は、ＶＬを含んでなるアミノ酸配列及び／又は抗体のＶＨを含んでなるアミノ酸配列（例えば、抗体の軽鎖及び／重鎖）をコードしてもよい。更なる実施態様では、抗体及び／又は結合ポリペプチドをコードするこのような核酸を含んでなる一又は複数のベクター（例えば、発現ベクター）が提供される。更なる実施態様では、このような核酸を含んでなる宿主細胞が提供される。このような一実施態様では、宿主細胞は、（１）抗体のＶＬを含んでなるアミノ酸配列及び抗体のＶＨを含んでなるアミノ酸配列をコードする核酸を含んでなるベクター、又は（２）抗体のＶＬを含んでなるアミノ酸配列をコードする核酸を含んでなる第一ベクターと、抗体のＶＨを含んでなるアミノ酸配列をコードする核酸を含んでなる第二ベクターを含む（例えば、これらによって形質転換される）。一実施態様では、宿主細胞は真核生物、例えばチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞又はリンパ球系細胞（例えばＹ０、ＮＳ０、Ｓｐ２０細胞）である。一実施態様では、例えば抗ＭｉＴ抗体のような抗体及び／又は結合ポリペプチドの作製方法が提供され、該方法は、上に提供された抗体及び／又は結合ポリペプチドをコードする核酸を含む宿主細胞を、抗体及び／又は結合ポリペプチドの発現に適した条件下で、培養し、場合によっては宿主細胞（又は宿主細胞培養培地）から抗体及び／又は結合ポリペプチドを回収することを含む。
【０３６４】
抗体、例えば抗ＭｉＴ抗体及び／又は結合ポリペプチドの組換え生産では、例えば上述のような抗体及び／又は結合ポリペプチドをコードする核酸が単離され、更なるクローニング及び／又は宿主細胞での発現のために一又は複数のベクターに挿入される。このような核酸は、直ちに単離され、一般的な手順を使用して（例えば、抗体の重鎖及び軽鎖をコードする遺伝子に特異的に結合可能であるオリゴヌクレオチドプローブを使用することによって）配列決定されうる。
【０３６５】
ベクターのクローニング又は発現のために適した宿主細胞には、ここに記載される原核細胞又は真核細胞が含まれる。例えば、抗体は、特にグリコシル化及びＦｃエフェクター機能が必要とされない場合、細菌中で生産されうる。細菌中での抗体断片及びポリペプチドの発現については、米国特許第５６４８２３７号、米国特許第５７８９１９９号、及び米国特許第５８４０５２３号を参照のこと。（また大腸菌中での抗体断片の発現を記述しているCharlton, METHODS IN MOL. BIOL., Vol. 248 (B.K.C. Lo編, Humana Press, Totowa, NJ, 2003), pp. 245-254も参照）。発現後、抗体は、可溶性画分中の細菌細胞ペーストから単離され得、更に精製されうる。
【０３６６】
原核生物に加えて、糸状菌又は酵母などの真核微生物が、ベクターのための適切なクローニング又は発現宿主であり、そのグリコシル化経路が「ヒト化」されている菌及び酵母株を含み、部分的な又は完全なヒトグリコシル化パターンを持つ抗体の生産を生じる。Gerngross, Nat. Biotech. 22:1409-1414 (2004)、及びLi等, Nat. Biotech. 24:210-215 (2006)を参照。
【０３６７】
グリコシル化抗体及び／又はグリコシル化結合ポリペプチドの発現のために適した宿主細胞は、多細胞生物（無脊椎動物及び脊椎動物）からもまた誘導される。無脊椎動物細胞の例は、植物及び昆虫の細胞を含む。特にヨウトガ細胞のトランスフェクションのために、昆虫細胞と併せて使用されうる多くのバキュロウィルス株が同定されている。
【０３６８】
植物細胞培養もまた宿主として利用することができる。例えば米国特許第５９５９１７７号、同第６０４０４９８号、同第６４２０５４８号、同第７１２５９７８号、及び同第６４１７４２９号（遺伝子導入植物において抗体を生産するためのＰＬＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳＴＭ技術を記述）を参照。
【０３６９】
脊椎動物細胞をまた宿主として使用することができる。例えば、懸濁状態で増殖するよう適合化された哺乳動物細胞株が有用な場合がある。有用な哺乳動物細胞株の他の例は、ＳＶ４０（ＣＯＳ−７）によって形質転換されたサル腎臓ＣＶ１株；ヒト胚腎臓株（Graham等, J. Gen Virol. 36:59 (1977)に記載された２９３又は２９３細胞）；ベビーハムスター腎細胞（ＢＨＫ）；マウスセルトリ細胞（例えばMather, Biol. Reprod. 23:243-251 (1980)に記載されるＴＭ４細胞)；サル腎細胞（ＣＶ１）；アフリカミドリザル腎細胞（ＶＥＲＯ−７６）；ヒト子宮頸癌細胞（ＨＥＬＡ）；イヌ腎細胞（ＭＤＣＫ；バッファローラット肝細胞（ＢＲＬ３Ａ）；ヒト肺細胞（Ｗ１３８）；ヒト肝細胞（ＨｅｐＧ２）；マウス乳腺腫瘍（ＭＭＴ０６０５６２）；例えばMather等, Annals N.Y. Acad. Sci. 383:44-68 (1982)に記載されるＴＲＩ細胞；ＭＲＣ５細胞；及びＦＳ４細胞である。他の有用な哺乳動物宿主細胞株は、ＤＨＦＲ−ＣＨＯ細胞を含むチャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞（Urlaub等, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77:4216 (1980)）；及びＹ０、ＮＳ０、及びＳｐ２／０等のミエローマ細胞株である。抗体生産及び／又は結合ポリペプチド生産のために適した哺乳動物宿主細胞株の概説については、例えばYazaki及びWu, METHODS IN MOL. BIOL., Vol. 248 (B.K.C. Lo編, Humana Press, Totowa, NJ), pp. 255-268 (2003)を参照のこと。
【０３７０】
該説明は、抗体及び結合ポリペプチドコード化核酸を含むベクターで形質転換又は形質移入された細胞を培養することによる抗体及び／又は結合ポリペプチドの生産に主として関する。勿論、当該分野においてよく知られている他の方法を用いて抗体及び／又は結合ポリペプチドを調製することができると考えられる。例えば、適切なアミノ酸配列、又はその一部分を、固相技術を使用する直接ペプチド合成によって生産してもよい［例えば、Stewart等, Solid-Phase Peptide Synthesis, W.H. Freeman Co., San Francisco, CA (1969)；Merrifield, J. Am. Chem. Soc., 85:2149-2154 (1963)参照］。手作業技法を使用して又は自動化によってインビトロタンパク質合成を実施してもよい。自動合成は、例えば、Applied Biosystems Peptide Synthesizer (Foster City, CA)を使用して、製造者の指示によって達成されうる。抗体及び／又は結合ポリペプチドの様々な部分を別々に化学的に合成し、化学的又は酵素的方法を使用して結合させて、所望される抗体及び／又は結合ポリペプチドを生産してもよい。
【０３７１】
ＩＶ．所望の機能を持つＭｉＴアンタゴニストをスクリーニングし及び／又は同定する方法
【０３７２】
ＭｉＴアンタゴニスト、例えば抗体、結合ポリペプチド、及び／又は小分子を作製するための技術は上に記載した。更なるＭｉＴアンタゴニスト、例えばここに提供される抗ＭｉＴ抗体、結合ポリペプチド、小分子、及び／又はポリヌクレオチドは、当該分野において知られている様々なアッセイにより、その物理的／化学的性質及び／又は生物学的活性について、同定され、スクリーニングされ、又は特徴付けされうる。
【０３７３】
ここに提供されるのは、ＭｉＴシグナル伝達を阻害し、がん細胞周期停止を誘導し、がん細胞増殖を阻害し、及び／又はがん細胞死を促進するＭｉＴアンタゴニストをスクリーニングし及び／又は同定する方法であり、該方法は、（ａ）（ｉ）がん細胞、がん組織、及び／又はがん試料であって、一又は複数のバイオマーカーを含むがん細胞、がん組織、及び／又はがん試料と、（ｉｉ）参照がん細胞、参照がん組織、及び／又は参照がん試料をＭｉＴ候補アンタゴニストと接触させる工程と、（ｂ）ＭｉＴ結合の存在又は非存在、ＭｉＴシグナル伝達のレベル、細胞周期段階の分布、細胞増殖のレベル、及び／又はがん細胞死のレベルを決定する工程を含み、がん細胞、がん組織、及び／又はがん試料であって、一又は複数のバイオマーカーを含むがん細胞、がん組織、及び／又はがんと、参照がん細胞、参照がん組織、及び／又は参照がん試料との間のＭｉＴシグナル伝達のレベルの減少、細胞周期段階の分布の差、細胞増殖のレベルの減少、及び／又はがん細胞死のレベルの増加が、ＭｉＴに結合し、ＭｉＴシグナル伝達を阻害し、がん細胞周期停止を誘導し、がん細胞増殖を阻害し、及び／又はがん細胞がん死を促進するＭｉＴアンタゴニストとしてＭｉＴ候補アンタゴニストを同定する。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０３７４】
更にここに提供されるのは、ＭｉＴに結合し、ＭｉＴシグナル伝達を阻害し、がん細胞周期停止を誘導し、がん細胞増殖を阻害し、及び／又はがん細胞死を促進するＭｉＴアンタゴニストをスクリーニングし及び／又は同定する方法であり、該方法は、（ａ）がん細胞、がん組織、及び／又はがん試料であって、一又は複数のバイオマーカーを含むがん細胞、がん組織、及び／又はがんをＭｉＴ候補アンタゴニストと接触させる工程と、（ｂ）ＭｉＴ候補アンタゴニストの不存在下において、がん細胞、がん組織、及び／又はがん試料に対するＭｉＴ結合の存在又は非存在、ＭｉＴシグナル伝達のレベル、細胞周期段階の分布、細胞増殖のレベル、及び／又はがん細胞死のレベルを決定する工程を含み、ＭｉＴ候補アンタゴニストの存在下におけるがん細胞、がん組織、及び／又はがん試料と、ＭｉＴ候補アンタゴニストの不存在下におけるがん細胞、がん組織、及び／又はがん試料との間のＭｉＴ結合、ＭｉＴシグナル伝達のレベルの減少、細胞周期段階の分布の差、細胞増殖のレベルの減少、及び／又はがん細胞死のレベルの増加が、ＭｉＴに結合せず、ＭｉＴシグナル伝達を阻害し、がん細胞周期停止を誘導し、がん細胞増殖を阻害し、及び／又はがん細胞がん死を促進するＭｉＴアンタゴニストとしてＭｉＴ候補アンタゴニストを同定する。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＭＥＴ経路アンタゴニストである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストはＢＩＲＣ７経路アンタゴニストである。
【０３７５】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは一又は複数のＭｉＴ（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２）を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、一又は複数のＭｉＴ（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２）の（例えば、参照と比較しての）上昇した発現レベルの存在によって示される。幾つかの実施態様では、発現はポリペプチド発現である。幾つかの実施態様では、発現は核酸発現である。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＴＦＥＢを含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＴＦＥ３を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＴＦＥＣを含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＳＢＮＯ２を含む。
【０３７６】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、ＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７の（例えば、参照と比較しての）上昇した発現レベルの存在によって示される。幾つかの実施態様では、発現はポリペプチド発現である。幾つかの実施態様では、発現は核酸発現である。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＭＥＴを含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＢＩＲＣ７を含む。
【０３７７】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、一又は複数のＭｉＴ変異（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２の一又は複数における変異）を含む。
【０３７８】
製造品の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子の増幅を含む。
【０３７９】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子の転座又は逆位 (例えば、再編成及び／又は融合)を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子の転座 (例えば、再編成及び／又は融合) の存在を含む。
【０３８０】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子と、MET及び／又はBIRC7の一又は複数の転座又は逆位 (例えば、再編成及び／又は融合) を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子の転座 (例えば、再編成及び／又は融合)と、MET及び／又はBIRC7の一又は複数の過剰発現の存在を含む。
【０３８１】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）である。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は配列番号：１３及び／又は３０を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は配列番号：３０を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：１１及び／又は１２を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：９、１０、１１及び／又は１２を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、ＡＣＴＧ１プロモーターによって促進される。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、ＡＰ３Ｓ１プロモーターによって促進される。幾つかの実施態様では、ＡＳＰ３Ｓ１−ＭＩＴＦ転座は明細胞ＲＣＣに存在する。
【０３８２】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣとＴＦＥＢを含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣエクソン１７を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣエクソン１７とＴＦＥＢエクソン６を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は配列番号：１９を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：１７及び／又は１８を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：１５、１６、１７及び／又は１８を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、ＣＬＴＣプロモーターによって促進される。
【０３８３】
本方法の何れかの幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）である。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＭＩＤＮとＳＢＮＯ２を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＭＩＤＮプロモーターを含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＭＩＤＮプロモーターとＳＢＮＯ２エクソン１を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）は配列番号：２５を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：２３及び／又は２４を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：２１、２２、２３、及び／又は２５を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、ＣＬＴＣプロモーターによって促進される。
【０３８４】
ＭｉＴシグナル伝達のレベルを決定する方法は当該分野で知られており、ここの実施例に記載される。幾つかの実施態様では、MiTシグナル伝達のレベルは、実施例に記載されたようなルシフェラーゼレポーターアッセイを使用して決定される。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストは、MiTシグナル伝達のレベルを約10、20、30、40、50、60、70、80、90、又は100%の何れか分、減少させることによってＭｉＴシグナル伝達を阻害する。
【０３８５】
ここに記載されたＭｉＴアンタゴニストの増殖阻害効果は、例えば、内因的に又は各遺伝子でのトランスフェクション後の何れかでＭｉＴを発現する細胞を使用して、当該分野で知られている方法によって評価することができる。例えば、適切な腫瘍細胞株とＭｉＴポリペプチド形質移入細胞を、数日間（例えば、２−７日）、様々な濃度のここに記載のＭｉＴアンタゴニストで処理し、クリスタルバイオレット又はＭＴＴで染色し、又はある他の比色アッセイによって分析しうる。増殖を測定するその他の方法は、本発明の抗体、結合ポリペプチド、小分子、及び／又はポリヌクレオチドの存在又は非存在下で処理される細胞の３Ｈ−チミジン取込みを比較することによるであろう。処理後、細胞が収集され、ＤＮＡへ取り込まれた放射能量がシンチレーションカウンターで定量される。適切なポジティブコントロールには、細胞株の増殖を阻害することが知られている増殖阻害抗体で選択した細胞株を処理することが含まれる。インビボでの腫瘍細胞の増殖阻害は、当該分野で知られている様々な方法で決定することができる。
【０３８６】
細胞周期段階の分布、細胞増殖のレベル、及び／又は細胞死のレベルを決定する方法は、当該分野で知られている。幾つかの実施態様では、がん細胞周期停止はＧ１期における停止である。
【０３８７】
幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストは、がん細胞、がん組織、又はがん試料のがん細胞増殖を、未処理のがん細胞、がん組織、又はがん試料と比較して、約２５−１００％、より好ましくは約３０−１００％、更により好ましくは約５０−１００％又は約７０−１００％、インビトロ又はインビボで阻害するであろう。例えば、増殖阻害は、細胞培養物中、約０．５から約３０μｇ／ｍｌ又は約０．５ｎＭから約２００ｎＭのＭｉＴアンタゴニスト濃度で測定することができ、増殖阻害は、ＭｉＴ候補アンタゴニストへの腫瘍細胞の暴露から１−１０日後に決定される。ＭｉＴアンタゴニストは、約１μｇ／ｋｇから約１００ｍｇ／ｋｇ体重のＭｉＴ候補アンタゴニストの投与が、ＮｉＴ候補アンタゴニストの最初の投与から約５日から３ヶ月以内に、好ましくは約５日から３０日以内に腫瘍サイズの減少又は腫瘍細胞増殖の減少を生じるならば、インビボで増殖阻害性である。
【０３８８】
がん細胞死を誘導するＭｉＴアンタゴニストを選択するには、ヨウ化プロピジウム（ＰＩ）、トリパンブルー又は７ＡＡＤの取り込みによって示される膜統合性の損失が、参照に対して評価されうる。ＰＩ取り込みは、補体及び免疫エフェクター細胞の非存在下で実施されうる。ＭｉＴ発現腫瘍細胞は、培地単独で又は適切なＭｉＴアンタゴニストを含む培地と共にインキュベートされる。細胞は３日の間、インキュベートされる。各処理後、細胞は洗浄され、細胞凝集塊の除去のために３５ｍｍのストレーナーが付いた１２×７５ｍｍのチューブに等分される（１ｍｌ／チューブ、処理群につき３つのチューブ）。ついで、チューブにＰＩ（１０μｇ／ｍｌ）を入れる。試料は、ＦＡＣＳＣＡＮ（登録商標）フローサイトメーター及びＦＡＣＳＣＯＮＶＥＲＴ（登録商標）ＣｅｌｌＱｕｅｓｔソフトウェア（Becton Dickinson）を使用して解析されうる。ＰＩ取り込みによって決定して統計的に有意なレベルの細胞死を誘導するＭｉＴアンタゴニストが、細胞死を誘導する抗体、結合ポリペプチド、小分子、及び／又はポリヌクレオチドとして選択されうる。
【０３８９】
対象の抗体が結合するポリペプチドポリペプチドと相互作用し又はその上のエピトープと結合するＭｉＴアンタゴニストをスクリーニングするためには、Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, Ed Harlow 及びDavid Lane (1988)に記載されたもののような常套的な交差ブロッキングアッセイを実施することができる。あるいは、又は加えて、エピトープマッピングを当該分野で知られた方法によって実施することができる。例えば、抗体及び／又は結合ポリペプチド配列を、例えば、接触残基を同定するために、例えばアラニンスキャンニングによって変異誘発させることができる。該変異体抗体は、適切なフォールディングを確かめるために、ポリクローナル抗体及び／又は結合ポリペプチドとの結合について最初に試験される。異なる方法では、ポリペプチドの異なる領域に対応するペプチドを、候補抗体及び／又はポリペプチドを用いた又は候補抗体及び／又は結合ポリペプチドと特徴付けされた又は既知のエピトープを持つ抗体を用いた競合アッセイにおいて使用することができる。
【０３９０】
スクリーニング及び／又は同定方法の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴ候補アンタゴニストは抗体、結合ポリペプチド、小分子、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴ候補アンタゴニストは抗体である。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストアンタゴニストは小分子である。
【０３９１】
一態様では、ＭｉＴアンタゴニストは、例えば、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロット等々のような既知の方法によって、その抗原結合活性について試験される。
【０３９２】
Ｖ．薬学的製剤
【０３９３】
ここに記載されたMiTアンタゴニストの薬学的製剤は、凍結乾燥製剤又は水溶液の形態で、一又は複数の任意成分の薬学的に許容される担体（REMINGTON’S PHARMA. SCI. 16版, Osol, A.編 (1980)）と所望の純度を有するそのような抗体を混合することにより調製される。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストは小分子、抗体,結合ポリペプチド、及び／又はポリヌクレオチドである。薬学的に許容可能な担体は用いられる用量及び濃度でレシピエントに一般に非毒性であり、限定しないが、緩衝剤、例えばリン酸塩、クエン酸塩、及び他の有機酸；アスコルビン酸及びメチオニンを含む抗酸化剤；保存料（例えば塩化オクタデシルジメチルベンジルアンモニウム；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチル又はベンジルアルコール；アルキルパラベン、例えばメチル又はプロピルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；及びｍ−クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）のポリペプチド；タンパク質、例えば血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリン；親水性ポリマー、例えばポリビニルピロリドン；アミノ酸、例えばグリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、又はリジン；グルコース、マンノース又はデキストリンを含む単糖類、二糖類及び他の炭水化物；キレート剤、例えばＥＤＴＡ；糖類、例えばスクロース、マンニトール、トレハロース又はソルビトール；塩形成対イオン、例えばナトリウム；金属錯体（例えばＺｎ−タンパク質錯体）；及び／又は非イオン性界面活性剤、例えばポリエチレングリコール（ＰＥＧ）を含む。ここでの例示的な薬学的に許容可能な担体は、可溶性中性活性ヒアルロニダーゼ糖タンパク質（ｓＨＡＳＥＧＰ）、例えばヒト可溶性ＰＨ−２０ヒアルロニダーゼ糖タンパク質、例えばｒＨｕＰＨ２０（HYLENEX(登録商標), Baxter International, Inc.）のような間質薬剤分散剤を更に含む。ｒＨｕＰＨ２０を含むある種の例示的ｓＨＡＳＥＧＰｓ及び使用方法は米国特許出願公開第２００５／０２６０１８６号及び第２００６／０１０４９６８号に記載されている。一態様では、ｓＨＡＳＥＧＰは一又は複数の更なるグリコサミノグリカナーゼ、例えばコンドロイチナーゼと組み合わせられる。
【０３９４】
例示的な凍結乾燥製剤は米国特許第６２６７９５８号に記載されている。水性抗体製剤は米国特許第６１７１５８６号及び国際公開第２００６／０４４９０８号に記載されたものを含み、後者の製剤はヒスチジン−アセテートバッファーを含む。
【０３９５】
また、ここでの製剤は、治療される特定の適応症に必要な一を超える活性成分、好ましくは互いに悪影響を及ぼさない相補的活性を持つものを含みうる。このような活性成分は意図される目的のために効果的である量で組合わせて適切に存在する。
【０３９６】
活性成分は、例えばコアセルベーション技術あるいは界面重合により調製されたマイクロカプセル、例えばそれぞれヒドロキシメチルセルロース又はゼラチンマイクロカプセル及びポリ-(メタクリル酸メチル)マイクロカプセルに、コロイド状ドラッグデリバリーシステム（例えば、リポソーム、アルブミンミクロスフェア、マイクロエマルション、ナノ-粒子及びナノカプセル）に、あるいはマクロエマルションに捕捉させてもよい。このような技術は、REMINGTON’S PHARMA. SCI. 16版, Osol, A. Ed. (1980)に開示されている。
【０３９７】
徐放性調製物を調製してもよい。徐放性調製物の適切な例は、ＭｉＴアンタゴニストを含む疎水性固体ポリマーの半透性マトリクスを含み、そのマトリクスは成形品、例えばフィルム又はマイクロカプセルの形態である。
【０３９８】
インビボ投与に使用される製剤は一般に無菌である。滅菌は、例えば滅菌濾過膜による濾過により、直ぐに達成されうる。
【０３９９】
ＶＩ．製造品
【０４００】
本発明の他の態様では、上に記載された疾患の治療、予防及び／又は診断に有用な材料を含む製造品が提供される。該製造品は容器と容器上の又は容器に付随されたラベル又はパッケージ挿入物を含む。適切な容器は、例えば、ビン、バイアル、シリンジ、ＩＶ液バッグ等を含む。容器は、ガラス又はプラスチックなどの多様な材料から形成されうる。容器は、それ自体が症状の治療、予防及び／又は診断に効果的であるか又は症状の治療、予防及び／又は診断に効果的である他の組成物と組み合わされる組成物を収容し、無菌のアクセスポートを有しうる（例えば、容器は皮下注射針で貫通可能なストッパーを有する静脈内溶液バッグ又はバイアルであってよい）。組成物中の少なくとも一つの活性剤は、ここに記載のＭｉＴアンタゴニスト（例えば、Ｒ−スポンジンアンタゴニスト、例えば、Ｒ−スポンジン−転座アンタゴニスト）である。ラベル又はパッケージ挿入物は、組成物が選択される症状の治療に使用されることを示す。更に、製造品は、（ａ）そこに組成物が含まれ、該組成物がＭｉＴアンタゴニスト（例えば、Ｒ−スポンジンアンタゴニスト、例えば、Ｒ−スポンジン−転座アンタゴニスト）を含む第一の容器と、（ｂ）そこに組成物が含まれ、該組成物が更なる細胞傷害性又は他の治療剤を含む第二の容器を含みうる。
【０４０１】
幾つかの実施態様では、製造品は、容器、該容器上のラベル、及び該容器内に含まれる組成物であって、一又は複数の試薬（例えば、一又は複数のバイオマーカーに結合する一次抗体あるいはここに記載の一又は複数のバイオマーカーに対するプローブ及び／又はプライマー）を含む組成物、試料中の一又は複数のバイオマーカーの存在を評価するために組成物を使用できることを示す容器上のラベル、及び試料中の一又は複数のバイオマーカーの存在を評価するために該試薬を使用するための指示書を含む。製造品は、試料を調製し試薬を利用するための指示書と材料のセットを更に含みうる。幾つかの実施態様では、製造品は、一次抗体と二次抗体の両方のような試薬を含み得、二次抗体は標識、例えば酵素標識にコンジュゲートされる。幾つかの実施態様では、製造品は、ここに記載のバイオマーカーの一又は複数に対する一又は複数のプローブ及び／又はプライマーを含む。
【０４０２】
製造品の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは一又は複数のＭｉＴ（例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２)を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、一又は複数のMiT (例えば、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２)の（例えば、参照と比較しての）上昇した発現レベルの存在によって示される。幾つかの実施態様では、発現はポリペプチド発現である。幾つかの実施態様では、発現は核酸発現である。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはMITFを含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはTFEBを含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはTFE3を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはTFECを含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはSBNO2を含む。
【０４０３】
製造品の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、ＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７のＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、ＳＢＮＯ２、ＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７幾つかの実施態様では、発現はポリペプチド発現である。幾つかの実施態様では、発現は核酸発現である。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＭＥＴを含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＢＩＲＣ７を含む。
【０４０４】
製造品の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーはＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、ＳＢＮＯ２、ＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７の一又は複数を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、ＳＢＮＯ２、ＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７の一又は複数の（例えば、参照と比較しての）上昇した発現レベルの存在によって示される。
【０４０５】
製造品の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子の転座 (例えば、再編成及び／又は融合) を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子の転座 (例えば、再編成及び／又は融合)の存在を含む。
【０４０６】
製造品の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子の変異を含む。
【０４０７】
製造品の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子の増幅を含む。
【０４０８】
製造品の何れかの幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーは、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子と、ＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７の一又は複数の転座（例えば、再編成及び／又は融合）を含む。幾つかの実施態様では、一又は複数のバイオマーカーの存在は、ＭＩＴＦ、ＴＦＥＢ、ＴＦＥ３、ＴＦＥＣ、及び／又はＳＢＮＯ２から選択される一又は複数の遺伝子の転座（例えば、再編成及び／又は融合）と、ＭＥＴ及び／又はＢＩＲＣ７の一又は複数の過剰発現の存在を含む。
【０４０９】
製造品の何れかの幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）である。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は配列番号：１３及び／又は３０を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：１１及び／又は１２を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：９、１０、１１及び／又は１２を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、ＡＣＴＧ１プロモーターによって促進される。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１とＭＩＴＦを含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＰ３Ｓ１エクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＡＣＴＧ１エクソン３とＭＩＴＦエクソン３を含む。幾つかの実施態様では、ＭＩＴＦ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、ＡＰ３Ｓ１プロモーターによって促進される。
【０４１０】
製造品の何れかの幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）である。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣとＴＦＥＢを含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣとＴＦＥＢを含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣエクソン１７を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＣＬＴＣエクソン１７とＴＦＥＢエクソン６を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は配列番号：１９を含む。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：１７及び／又は１８を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：１５、１６、１７及び／又は１８を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＴＦＥＢ転座（例えば、再編成及び／又は融合）は、ＣＬＴＣプロモーターによって促進される。
【０４１１】
製造品の何れかの幾つかの実施態様では、転座（例えば、再編成及び／又は融合）はＳＢＮＯ２逆位（例えば、再編成及び／又は融合）である。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２逆位（例えば、再編成及び／又は融合）はＭＩＤＮとＳＢＮＯ２を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２逆位（例えば、再編成及び／又は融合）はＭＩＤＮプロモーターとＳＢＮＯ２エクソン１を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２逆位（例えば、再編成及び／又は融合）は配列番号：２５を含む。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２逆位（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：２３及び／又は２４を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２逆位（例えば、再編成及び／又は融合）は、配列番号：２１、２２、２３、及び／又は２５を含むプライマーによって検出可能である。幾つかの実施態様では、ＳＢＮＯ２逆位（例えば、再編成及び／又は融合）は、ＣＬＴＣプロモーターによって促進される。
【０４１２】
製造品の何れかの幾つかの実施態様では、製造品はプライマーを含む。．幾つかの実施態様では、プライマーは、配列番号：９、１０、１１、１２、１５、１６、１７、１８、２１、２２、２３、及び／又は２４の何れかである。幾つかの実施態様では、プライマーは、配列番号：９、１０、１１、び／又は１２の何れか一又は複数である。幾つかの実施態様では、配列番号：１５、１６、１７、及び／又は１８の何れか一又は複数である。幾つかの実施態様では、プライマーは、配列番号：２１、２２、２３、及び／又は２４の何れか一又は複数である。
【０４１３】
製造品の何れかの幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストは、抗体、結合ポリペプチド、小分子、又はポリヌクレオチドである。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストは小分子である。幾つかの実施態様では、ＭｉＴアンタゴニストは抗体である。幾つかの実施態様では、抗体はモノクローナル抗体である。幾つかの実施態様では、抗体はヒト、ヒト化、又はキメラ抗体である。幾つかの実施態様では、抗体は抗体断片であり、該抗体断片はＭｉＴポリペプチドに結合する。
【０４１４】
本発明のこの実施態様の製造品は、組成物を、特定の症状を治療するために使用することができることを示すパッケージ挿入物を更に含みうる。あるいは、又は加えて、製造品は、薬学的に許容可能なバッファー、例えば注射用の静菌水（ＢＷＦＩ）、リン酸緩衝生理食塩水、リンガー液及びデキストロース溶液を含む第二の（又は第三の）容器を更に含みうる。それは、他のバッファー、希釈剤、フィルター、針、及びシリンジを含む商業的及び使用者の見地から望ましい他の材料を更に含みうる。
【０４１５】
製造品における他の任意成分は、一又は複数のバッファー（例えば、ブロックバッファー、洗浄バッファー、基質バッファー等）、他の試薬、例えば酵素標識によって化学的に変化させられる基質（例えば、色素原）、エピトープ回収溶液、コントロール試料（ポジティブ及び／又はネガティブコントロール）、コントロールスライド等々を含む。
【０４１６】
上記製造品の何れもＭｉＴアンタゴニストの代わりに又はＭｉＴアンタゴニストに加えてここに記載のイムノコンジュゲートを含みうることが理解される。
【０４１７】
配列
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【実施例】
【０４１８】
次は本発明の方法と組成物の実施例である。一般的な記載が上に提供されているので、様々な他の実施態様を実施することができることが理解される。
【０４１９】
実施例のための材料と方法
試料、ＤＮＡ及びＲＮＡ調製物：１６７のヒト原発性ｎｃｃＲＣＣ試料とその隣接する正常組織をこの研究において分析した。ｎｃｃＲＣＣ試料は、６７のｐＲＣＣ、４９のｃｈＲＣＣ、３５のＲＯ、８の未分類タイプのがん、６のｔＲＣＣを含み、２つの試料は肉腫様脱分化を伴っていた（表２及び３）。
【０４２０】
表２：試料の要約表
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【０４２１】
表３：試料の情報
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【０４２２】
研究で使用された試料は、Ｓａｉｎｔ Ｐａｕｌ大学病院、Ｐａｒｋｌａｎｄ Ｍｅｍｏｒｉａｌ病院及びＺａｌｅ Ｌｉｐｓｈｙ大学病院において腎腫瘤又はＲＣＣ転移で手術を受ける患者から得た。これらの病院は三次医療照会センター（Ｓａｉｎｔ Ｐａｕｌ及びＺａｌｅ Ｌｉｐｓｈｙ）並びに郡病院（Ｐａｒｋｌａｎｄ Ｍｅｍｏｒｉａｌ）であり、白人、ヒスパニック系、アフリカ系アメリカ人、アジア系及び南アジア系を含む複数の人種の多様な患者を扱っている。患者は、ＨＩＶ、ＨＢＶ、ＨＣＶ又はＴＢ感染をしていることが分かった場合は除外した。
【０４２３】
この研究は、適切なＩＲＢの承認と文書での患者のインフォームドコンセントを得て実施された。ヒト組織試料はその使用前に非特定化され、米国保健福祉省の法令及び関連指導書（４５ＣＦＲパート４６）の下のヒト被験者研究とはみなされない。腫瘍及び隣接する正常な腎臓試料を液体窒素で新鮮凍結させ、−８０℃で保存した。全ての凍結腫瘍及び正常組織の１−３ｍｍ厚の断片に直ぐに隣接する垂直な切片を病理学者が検査して診断と腫瘍内容物を確認した１。利用可能な場合、研究における患者試料の基本的な人口統計学的情報を表３に含める。組織の処理並びに同試料からの高品質のゲノムＤＮＡ及び全ＲＮＡの同時抽出を、過去に記載されたようにして実施した１。
【０４２４】
ＲＮＡ−ｓｅｑ：  我々は１５９の腫瘍試料（腫瘍／正常対のデータを伴う１１９）に対して  ＲＮＡ−ｓｅｑデータを得た。ＲＮＡ−ｓｅｑライブラリーは、ＴｒｕＳｅｑ ＲＮＡ試料調製キット（Illumina, CA）を使用して調製した。ライブラリーは１レーンにつき３つに多重化され、ＨｉＳｅｑ２０００でシーケンシングされて、１試料当たり平均で約６８００万のペアエンド（２×７５ｂｐ）リードを得た。
【０４２５】
配列データ処理：  全てのシーケンシングリードを品質についてＢｉｏｃｏｎｄｕｃｔｏｒ ＳｈｏｒｔＲｅａｄパッケージ２を使用して評価した。全ての試料が正しく同定されたことを確認するために、Ｉｌｌｕｍｉｎａ２．５Ｍアレイデータとオーバーラップしていた全てのエクソーム及びＲＮＡ−ｓｅｑデータ変異体を比較し、一貫性をチェックした。ａｌｌ−ａｇａｉｎｓｔ−ａｌｌ試料比較を生殖系列変異体で実施して、更なるデータ解析前に患者マッチド腫瘍−正常ペア形成を確認した。
【０４２６】
変異体コール：  シーケンシングリードを、パラメーターをデフォルトにしてＢＷＡソフトウェア３セットを使用してＵＣＳＣヒトゲノム（ＧＲＣｈ３７／ｈｇ１９）にマッピングさせた。局所的再アラインメント、二重マーキング及び生の変異体コールは過去に記載されているようにして実施した４。腫瘍とそのマッチした正常なＢＡＭファイルについての体細胞変異体コールはＳｔｒｅｌｋａ５を使用して実施した。我々は変異体を選別するために１の最小Ｓｔｒｅｌｋａ変異体クオリティスコアを使用した。ｄｂＳＮＰ Ｂｕｉｌｄ１３１６又は６５１５の過去に刊行された正常エクソーム７に表され、ＣＯＳＭＩＣ ｖ６２８には表されていない既知の生殖系列変異体を、全ての試料に対して除去した。加えて、腫瘍及び正常試料双方に存在していた生殖系列変異体を取り除いた。このアルゴリズムの性能を評価するために、我々は１７８のタンパク質を変化させる変異体を無作為に選択し、過去に記載されたように９、Ｓｅｑｕｅｎｏｍ核酸技術を使用してそれらを検証した。これらのうち、９２％（１６４／１７８）が体細胞性と検証された。Ｓｅｑｕｅｎｏｍによって無効とされた全ての変異体は最終セットから除かれた。ＶＡＬＩＤＡＴＥＤ：ＲＮＡ−Ｓｅｑと標識された変異体は、ＲＮＡ−ｓｅｑデータ中の変異体の確認された発現を示す。上に記載されたｄｂＳＮＰ変異体選別に加えて、不対の試料は、このデータセットからの正常変異体並びに過去に刊行された結腸データセット１０からの正常体に対して選別されたその最初のコールされた変異体を有していた。遺伝子機能に対する全ての非同義の体細胞変異の効果は、ＰｏｌｙＰｈｅｎ１１、ＳＩＦＴ１２、及びＣｏｎｄｅｌ１３を使用して予測された。全ての変異体はＥｎｓｅｍｂｌ（リリース63, www.ensembl.org）を使用してアノテーションが付された。
【０４２７】
ＲＮＡ−ｓｅｑデータ解析：  ＲＮＡ−ｓｅｑリードを、ＧＳＮＡＰ２０を使用してヒトゲノムバージョンＮＣＢＩ ＧＲＣｈ３７にアラインさせた。遺伝子当たりの発現数は、ＲｅｆＳｅｑ ｍＲＮＡ配列と、ＮＣＢＩ及びＥｎｓｅｍｂｌ遺伝子アノテーションによって定義された各遺伝子座に対して一意的にかつペア内で一致してアラインされたリードの数をカウントすることによって得られた。ｅｄｇｅＲ２１及びＤＥＳｅｑ２２２を使用して実施された差次的遺伝子発現を使用して、発現ヒートマップをプロットするための分散安定化発現値を計算した。ＶＲＮＡ−ｓｅｑデータ中の変異体はＧＡＴＫ４を使用して決定した。
【０４２８】
遺伝子融合検出及び検証：  ＧＳＴＲＵＣＴ−融合１８と呼ばれる我々が開発した計算パイプラインを使用して推定融合体を同定した。融合接合部にマッピングする少なくとも３つのリードを有しており、何れの正常試料にも見出されなかった融合イベントのみを更なる検討のために含めた。更に、我々は、密接に関連した配列を有していたアノテーションされていないエクソン又は融合パートナーを含んでいたイベントは、擬陽性である可能性があるので、取り除いた。遺伝子融合の検証は、過去に記載されたようにして１８、ｎｃｃＲＣＣ腫瘍及びマッチした正常試料でのＲＴ−ＰＣＲを使用して行った。
【０４２９】
細胞及びプラスミド：  Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ細胞バンクから得たＮＩＨ３Ｔ３及びＨＥＫ２９３Ｔ細胞を、１０％ＦＢＳを補填したＤＭＥＭ中に維持した。ｐＣＭＶ６発現ベクターからｃ末端でＭｙｃ／ＤＤＫタグされたＭＩＴＦ、ＡＣＴＧ１及びＭＥＴを発現するクローンをＯｒｉｇｅｎｅ，ＭＤから購入した。３’ｃ末端Ｍｙｃ／ＤＤＫタグ配列を持つＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ融合体を、オーバーラップＰＣＲによるスプライシングを使用して生成し、ｐＣＭＶ６．ＣＡ）でクローニングした。
【０４３０】
ＦＩＳＨ解析：  ＦＦＰＥ（ホルマリン固定，パラフィン包埋）組織の３ミクロンの切片を、正電荷を持つガラススライド上にマウントした。ヘマトキシリン及びエオシン（Ｈ＆Ｅ）染色スライド上の組織及び標的領域の選択を委員会認定の病理学者（ＰＫ）が実施した。参照としてＨ＆Ｅスライドを使用して、アッセイされる未染色スライドの後ろの標的領域を、ダイヤモンドチップエッチャーを用いてエッチングした。前処理、ハイブリダイゼーション及び後洗浄は、ＤＡＫＯ Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ ＦＩＳＨアクセサリーキットガイド（ＳＳＫ５７９９ＣＥ＿００１／ＥＦＧ／ＬＭＡ／２０１２）のマイクロ波法に従って実施される。ＴＦＥ３（Ｘｐ１１．２）及びＴＦＥＢ（６ｐ２１．１）のＤＮＡプローブセットはＡｇｉｌｅｎｔ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ，ＣＡから得た。
【０４３１】
ＭＩＴＦ安定性解析：  ＨＥＫ２９３Ｔ（１×１０５細胞／ウェル）を、製造者の指示書に従ってＦｕｇｅｎｅ６（Roche, CA）を使用して、ｐＣＭＶ６−ＭＩＴＦ（０．５μｇ）とｐＣＭＶ６−ＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ（０．３μｇ）でトランスフェクトした。我々はその発現が野生型ＭＩＴＦと比較してより高いことを見出したので、我々は低量のｐＣＭＶ６−ＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦをトランスフェクションで使用した。トランスフェクションの２４時間後に細胞を５０μｇ／ｍｌのシクロヘキシミド（Sigma, MO）で処理して翻訳をブロックした。試料を処理し、過去に記載されたようにして２８、ウェスタンブロットに供した。ＭＩＴＦタンパク質は、マウス−抗ｃ−ｍｙｃ抗体（９Ｅ１０, Genentech Inc., CA）を使用してウェスタンブロットによって評価した。ｈｓｐ９０発現は、ウサギ抗ｈｓｐ９０抗体（Santa Cruz Biotechnology, CA）を使用して評価し、ローディングコントロールとして使用した。発現は、ＬＩ−ＣＯＲ Ｏｄｙｓｓｅｙイメージャー（LI-COR Biotechnology, NE）で適当な二次抗体を使用して分析した。
【０４３２】
ウェスタンブロット解析：野生型又は変異体の何れかを安定に発現するＮＩＨ３Ｔ３（５×１０６細胞）由来の細胞ライセートを調製し、過去に記載されたようにして２８、ウェスタンブロット法に使用した。ＭＥＴのリン酸化状態は、抗ホスホ−Ｍｅｔ（Ｙ１２３４／３５）抗体（Cell signaling, CA）を使用して評価した。ＮＩＨ３Ｔ３安定株中におけるＭＥＴ、ＡＣＴＧ１、ＭＩＴＦ、ＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ、ｈｓｐ９０の発現は、図に示されたように、抗Ｆｌａｇ抗体（Sigma, MO）又は抗ｈｓｐ９０抗体（Santa Cruz, CA）を使用してウェスタンブロット法によって評価した。免疫ブロットは、過去に記載されたようにして２８、適当な二次抗体を使用して実施した。
【０４３３】
足場非依存性増殖：  該アッセイは過去に記載されたようにして２８実施した。簡潔に述べると、ＦｌａｇタグＭＥＴ−ＷＴ、ＭＥＴ変異体、ＡＣＴＧ１、ＭＩＴＦ又はＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦを安定して発現するＮＩＨ３Ｔ３の２００００の細胞をＤＭＥＭ（高グルコース）中の０．３５％の寒天と混合し、６ウェルプレート中の０．５％のベース寒天上に三組播種した。ついで、播種細胞の表面を完全増殖培地（１ｍｌ）で覆い、３７℃でインキュベートした。各プレート中に形成されたコロニーの数を、３週間後にＧｅｌＣｏｕｎｔ（Oxford Optronix Ltd, UK）を使用して評価した。統計解析のためにスチューデントｔ検定（両側）を使用し、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ５．００（GraphPad Software, San Diego, CA）を使用して処置群を比較した。＜０．０５のｐ値は統計的に有意と考えられた（*ｐ＜０．０５及び**ｐ＜０．０１）。
【０４３４】
細胞増殖アッセイ：野生型又はＤ１５３Ｙ−変異体ＭＥＴを発現するＮＩＨ３Ｔ３安定細胞を完全培地中に播種した。２４時間後、完全培地を無血清培地で置き換え、示された濃度の組換えＨＧＦ（R&D system, MN）で処理した。細胞増殖を、過去に記載されたようにして２８、Ｃｅｌｌ Ｔｉｔｅｒ−Ｇｌｏルミネセンス細胞生存率キット（Promega Corp., WI）を用いて３日後に測定した。統計解析のためにスチューデントｔ検定（両側）を使用し、ＧｒａｐｈＰａｄ Ｐｒｉｓｍ５．００（GraphPad Software, San Diego, CA）を使用して処置群を比較した。＜０．０５のｐ値は統計的に有意と考えられた（*ｐ＜０．０５及び**ｐ＜０．０１）。
【０４３５】
定量的ＰＣＲ解析：  ＲＮｅａｓｙミニキット（Qiagen）を使用してＭＩＴＦ又はＭＩＴＦ融合コンストラクトでトランスフェクトされた細胞からトランスフェクションの２４時間後に単離されたＲＮＡ（１ｕｇ）を、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ（登録商標）ＶＩＬＯＴＭマスターミックス（Life Technologies, CA）を使用して逆転写させてｃＤＮＡを産生した。ついで、ｃＤＮＡを希釈し、ＶｉｉＡ７リアルタイムＰＣＲシステム（Life Technologies, CA）でＴａｑｍａｎ遺伝子発現マスターミックスを使用する定量的ＰＣＲに使用した。Ｔａｑｍａｎ遺伝子発現アッセイに使用されたプライマー及びプローブセット（２０ｘ）はＬｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓから得た。使用されたプライマー及びプローブセットはＧＡＰＤＨ（Ｈｓ０２７５８９９１＿ｇ１）、ＭＩＴＦ（Ｈｓ０１１１７２９４＿ｍ１）、ＨＩＦ１Ａ（Ｈｓ００１５３１５３＿ｍ１）、ＭＥＴ（Ｈｓ０１５６５５８４＿ｍ１）、及びＡＰＥＸ１（Ｈｓ００９５９０５０＿ｇ１）を含む。相対的遺伝子発現値はＧＡＰＤＨ発現に対して正規化し、ついでトランスフェクトされたＨＥＫ２９３Ｔ細胞中のＭＩＴＦ ｍＲＮＡレベルに対して更に正規化した。
【０４３６】
結果
遺伝子融合、他に変異、コピー数変化及び発現変化は、固形腫瘍において顕著なドライバーの役割を担っていることがますます認識されている６４。ＭｉＴＦベーシック・ヘリックス・ループ・ヘリックス（ｂＨＬＨ）転写因子、ＴＦＥ３、ＴＦＥＢ、ＴＦＥＣ、及びＭＩＴＦの幾つか６５はがんにおいて調節解除される。ＴＦＥ３とＴＦＥＢを含む転座はｔＲＣＣにおいて知られている。ＩＨＣによるＴＦＥ３発現及び／又はＦＩＳＨでのその転座の検出は、ＴＦＥ３融合体陽性ｔＲＣＣの分類に使用されている。ＴＦＥＢ転座は低頻度のイベントであり、診療所においてしばしば見逃される。我々は我々のＲＮＡ−ｓｅｑデータを解析して、ｔＲＣＣにおける新規融合体の発見と既知の融合体の検出ためのその有用性を評価した。ＴＦＥ３ ＩＨＣによってｔＲＣＣと分類された試料のなかで、我々は、過去に報告されたＡＳＰＳＣＲ１−ＴＦＥ３融合体１８，６６６７とＰＲＣＣ−ＴＦＥ３融合体６７に対する証拠を見出した。これはＦＩＳＨによって更に確認された（図１ｂ，ｃ）。我々は、２つのｔＲＣＣ試料（１４３３６ＴとＰｔＳ１Ｔ）において、それらは上昇したＴＦＥ３発現を示した（図２）が、ＴＦＥ３（又は他のＭｉＴＦメンバー）を含む融合イベントは検出しなかった。更に、我々は、これらの試料中にＴＦＥ３増幅に対する証拠を見出しておらず、これは、そのアップレギュレーションに至る別のメカニズムの関与を示唆している。しかしながら、ＴＦＥ３融合を欠くｔＲＣＣ試料の一つ（１４３３６Ｔ）において、我々は、ミドノリン（midnolin）(MIDN)、核小体タンパク質、及びストロベリーノッチホモログ２（ＳＢＮＯ２）、ＤＥｘＤ／Ｈヘリカーゼファミリーコリプレッサーを含む融合体を同定した。ＭＩＤＮとＳＢＮＯ２は染色体１９ｐ１３．３に位置しており、逆ストランドによってコードされる（図３）。観察された融合体は、転写されスプライシングされたときにＭＩＤＮのノンコーディングエクソンをＳＢＮＯ２の第二エクソンの５’端に位置させる１９ｐ１３．３におけるゲノム逆位による可能性がある。これは、ＭＩＤＮプロモーターの制御下にある完全長ＳＢＮＯ２をコードする転写物を生じる（図３）。興味深いことに、ＭＩＤＮ−ＳＢＮＯ２を含む試料は二番目に最も高いレベルのＳＢＮＯ２発現を示した（図４）。更に、ＴＦＥ３融合体を欠く第二のｔＲＣＣ試料（ＰｔＳ１Ｔ）は、ＳＢＮＯ２のアップレギュレーションに至る正確なメカニズムはまだ決定されていないが、最も高いレベルのＳＢＮＯ２発現を示した（図４）。最近、ＳＢＮＯ２は、ＭＩＴＦの活性化を通して骨恒常性に重要な役割を果たしていることが示されている６８。しかしながら、ＳＢＮＯ２がＴＦＥ３を含む他のＭｉＴＦメンバーのレベル及び転写活性を調節しうるかどうかは更なる調査を必要とする。
【０４３７】
ＴＦＥ３融合体に加えて、我々は、未分類と命名されていたｎｃｃＲＣＣ試料（８４３２Ｔ；図５）においてＣＬＴＣとＴＦＥＢを含む未報告の遺伝子融合体（ＣＬＴＣ−ＴＦＥＢ）を見出した。我々はＦＩＳＨを使用してこの融合体を確認した（図１ｄ）。ＣＬＴＣ−ＴＦＥＢは、他の既知のＴＦＥＢ融合体において観察されるように６６、ＴＦＥＢの活性化及びＨＬＨドメインを含むインフレーム融合タンパク質をコードし、それが機能的である可能性があることを示している。
【０４３８】
同様に、我々は他の未分類の試料（２０８２５Ｔ１）においてＰＲＣＣ−ＴＦＥ３融合体を見出した。融合体の存在に基づいて、８４３２Ｔと２０８２５Ｔ１の双方を、更なる病理学的レビュー後にｔＲＣＣとして再分類した。
【０４３９】
ｐＲＣＣ試料（１２１６Ｔ）は、ＴＦＥＢを含んでいた第６染色体中の４９０Ｋｂ領域の増幅を示した（図６ａ）。我々はＦＩＳＨを使用して増幅イベントを確認した（図１ａ）。増幅と一致して、この試料は全ての他の試料と比較して最も高いレベルのＴＦＥＢ発現を有しており（図６ｅ）、ｔＲＣＣにおける過去に知られているＴＦＥＢ転座に加えて、増幅がｐＲＣＣサブタイプにおける更なるがん関連のＴＦＥＢ変化であるかもしれないことを示している。ＴＦＥＢ増幅が与えられたので、我々はこの試料の組織診断を再評価し、それがｔＲＣＣに一致した特徴をまた有していたことを見出した。
【０４４０】
ｃｃＲＣＣの素因となるＭＩＴＦにおける生殖系列変異体が発見されたが、我々の知る限りでは、ｎｃｃＲＣＣにおいてＭＩＴＦを含む遺伝子融合体は報告されていない６６。我々はこの研究においてＡＣＴＧ１とＭＩＴＦを含むＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ遺伝子融合体を同定した（図７）。我々は、ＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦが体細胞性であることを検証し確認した（図７）。ＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ融合体を発現する試料（１５９Ｔ）は組織学的にｐＲＣＣと分類した。ＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦによってコードされる融合タンパク質は、ＭＩＴＦの最初の１１８のアミノ酸がＡＣＴＧ１のＮ末端の１２１のアミノ酸に置き換わっている点を除いて、野生型ＭＩＴＦとほぼ同じサイズである（図７ｂ）。我々は、その融合体を発現する腫瘍が、対応の正常体と比較してより高いレベルのＭＩＴＦを有することを見出した（図７ｃ）。ＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ融合タンパク質を更に理解するために、我々は、ＨＥＫ２９３Ｔ細胞においてその融合タンパク質を発現するｃＤＮＡをトランスフェクトし、既知のＭＩＴＦ標的遺伝子の発現を試験した６９，７０。我々は、ＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ融合体が野生型ＭＩＴＦと比較してＨＩＦ１Ａ、ＭＥＴ及びＡＰＥＸ１遺伝子の誘導において有意な増加を示すことを見出した（図８及び図９）。ｃｃＲＣＣの素因となるＭＩＴＦにおける変異がその安定性を増加させることにより機能すると思われることを前提として７１、我々は、ＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ融合体を、細胞中のその代謝回転を観察することにより、その安定性について評価した。我々は、ＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦタンパク質が野生型ＭＩＴＦと比較してより安定であることを見出した（図８ｂ）。更に、我々は、ＮＩＨ３Ｔ３細胞において融合体及び野生型ＭＩＴＦタンパク質を安定に発現させることによりＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦの形質転換能を試験し、それらを足場非依存性増殖について評価した（図８ｃ−ｅ）。我々は、ＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦを発現する細胞が、野生型ＭＩＴＦと比較して、有意な数の足場非依存性コロニーを有していることを見出した（図８ｄ−ｅ）。まとめると、これらのデータは、ＭＩＴＦ融合体が、ＴＦＥ３／ＴＦＥＢ融合体と同様に、ｎｃｃＲＣＣにおける腫瘍形成に寄与する場合があることを示唆している。
【０４４１】
ＭｉＴＦタンパク質はホモ二量体化し又は様々な組み合わせで他のファミリーメンバーとヘテロ二量体化し、類似のＤＮＡ配列に結合して遺伝子発現を調節する７２。これを考慮して、我々は、薬剤標的となりうるそれらの間で共通にアップレギュレートされる遺伝子に対についてＭｉＴＦ融合／増幅を伴う試料を評価した。我々は、大部分（４／５）のＭｉＴＦ融合／増幅試料が上昇したＢＩＲＣ７発現を示すことを見出した（図１０）。抗アポトーシスタンパク質のBIRC7は、幾つかのがんにおいてアップレギュレートされることが知られている６９，７０ＭＩＴＦ標的遺伝子である。我々のデータは、ＢＩＲＣ７発現が転座がんとＭｉＴＦメンバーを過剰発現するものの診断に役立ちうることを示唆している。がん細胞をアポトーシスに対して感作させる小分子ＢＩＲＣ７阻害剤は臨床展開中であり６９、現在も難治性であるＭｉＴＦ融合体陽性又は過剰発現腫瘍の治療において効果的であると証明されるかもしれない。
【０４４２】
ＭｉＴＦメンバーのＴＦＥＢとＴＦＥ３を含む転座はｔＲＣＣにおいて知られている。しかしながら、現在の組織学的診断はＭｉＴＦ融合体の包括的評価に頼っていない。我々は、既知のＴＦＥＢ及びＴＦＥ３融合体の検出においてＲＮＡ−ｓｅｑが効果的かつ包括的であることを示す。それはまたＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ及びＣＬＴＣ−ＴＦＥＢのような未報告の融合体の発見において有用である。また、ＲＮＡ−ｓｅｑは、もっぱらＴＦＥ３発現に基づいてｔＲＣＣとして分類された試料中に融合体が存在しないことを示した。しかしながら、融合体陰性試料はＴＦＥ３を過剰発現したが、このアップレギュレーションの精確な機構は更なる調査を必要とする。我々の分析は組織診断だけに基づくｔＲＣＣ試料の分類に関連する複雑性を例証しており、診断のための統合的ヒストゲノミックス（histogenomics）アプローチの使用を呼び掛ける。
【０４４３】
ＲＮＡ−ｓｅｑを使用する転座の我々の包括的な解析により、ＭＩＴＦを含むＡＣＴＧ１−ＭＩＴＦ融合体と新規の融合パートナーＣＬＴＣを含む過去に報告されていないＴＦＥＢ融合体を同定し、ｎｃｃＲＣＣにおいて観察される融合体を拡大した。我々は、ＭＩＴＦ融合体が、下流の標的遺伝子の発現を誘導することができ、野生型ＭＩＴＦと比較してより安定であることを示す。ｎｃｃＲＣＣのサブセットにおいて、ＭｉＴＦメンバーのアップレギュレーションは、遺伝子融合、増幅又はその他のまだ発見されていない機構の何れかを通して達成される共通の根底にある機構であると思われる。これは、ｔＲＣＣを包含するＭｉＴＦ融合体を伴う腫瘍、及び／又はＭｉＴＦ（ＭＩＴＦ／ＴＦＥ３／ＴＦＥＢ）過剰発現が別個のｎｃｃＲＣＣ高ＭｉＴＦサブタイプを形成する可能性があることを示唆している。
【０４４４】
高ＭｉＴＦサブタイプにおける薬剤標的を同定する我々の努力は、これらの腫瘍の大部分が抗アポトーシスタンパク質ＢＩＲＣ７を発現することを示した。これは、高ＭｉｔＦ腫瘍が、これらの腫瘍をアポトーシス誘導に感作させることができるＢＩＲＣ７阻害剤を含む治療法の候補でありうることを示唆している。
部分的な文献リスト
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【０４４５】
前記発明は理解の明確化のために例証と実施例によって幾らか詳細に記載したが、説明と実施例は発明の範囲を限定すると解釈されるべきではない。ここで引用された全ての特許及び科学文献の開示はその全体が出典明示により明示的に援用される。
【図１】
2020022471.tif 000027
【図２】
2020022471.tif 000028
【図３Ａ−１】
2020022471.tif 000029
【図３Ａ−２】
2020022471.tif 000030
【図３Ｂ】
2020022471.tif 000031
【図４Ａ】
2020022471.tif 000032
【図４Ｂ】
2020022471.tif 000033
【図４Ｃ】
2020022471.tif 000034
【図４Ｄ】
2020022471.tif 000035
【図５Ａ−１】
2020022471.tif 000036
【図５Ａ−２】
2020022471.tif 000037
【図５Ｂ】
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【図６Ａ−１】
2020022471.tif 000039
【図６Ａ−２】
2020022471.tif 000040
【図６Ｂ】
2020022471.tif 000041
【図６Ｃ】
2020022471.tif 000042
【図６Ｄ】
2020022471.tif 000043
【図６Ｅ】
2020022471.tif 000044
【図６Ｆ】
2020022471.tif 000045
【図６Ｇ】
2020022471.tif 000046
【図７Ａ−１】
2020022471.tif 000047
【図７Ａ−２】
2020022471.tif 000048
【図７Ｂ】
2020022471.tif 000049
【図７Ｃ】
2020022471.tif 000050
【図８Ａ】
2020022471.tif 000051
【図８Ｂ】
2020022471.tif 000052
【図８Ｃ】
2020022471.tif 000053
【図８Ｄ】
2020022471.tif 000054
【図８Ｅ】
2020022471.tif 000055
【図９】
2020022471.tif 000056
【図１０Ａ】
2020022471.tif 000057
【図１０Ｂ−１】
2020022471.tif 000058
【図１０Ｂ−２】
2020022471.tif 000059
【図１０Ｂ−３】
2020022471.tif 000060
【図１０Ｂ−４】
2020022471.tif 000061
【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】令和1年10月7日(2019.10.7)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
明細書に記載の発明。
【外国語明細書】
2020022471000001.pdf