(57)【要約】      （修正有）【課題】癌の感受性を予測すること、処置を選択すること、癌を処置すること、感受性プロファイルを作成するための、プロファイリングペプチド、組成物及びキット、並びにそれらの使用方法の提供。【解決手段】抗アポトーシスＢｃｌ−２ファミリータンパク質のＭｃｌ−１結合ドメイン、及び場合により細胞取り込み部分を含む、プロファイリングペプチド。【選択図】なし【特許請求の範囲】
【請求項１】
細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチド。
【請求項２】
Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜６個の改変を有する配列を有する、請求項１に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項３】
Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１との少なくとも７５％の同一性を有する、請求項１または２に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項４】
Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜３個の改変を有する配列を有する、請求項１〜３のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項５】
Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１との少なくとも９０％の同一性を有する、請求項１〜４のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項６】
Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜２個の改変を有する配列を有する、請求項１〜５のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項７】
Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の少なくとも１０個の連続アミノ酸を含む、請求項１〜６のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項８】
Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１との少なくとも９５％の同一性を有する、請求項１〜７のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項９】
Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０または１個の改変を有する配列を有する、請求項１〜８のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項１０】
前記改変がそれぞれ独立して、保存的なアミノ酸の置換、付加または欠失である、請求項１〜９のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項１１】
Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の少なくとも１５個の連続アミノ酸を含む、請求項１〜１０のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項１２】
Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の少なくとも２０個の連続アミノ酸を含む、請求項１〜１１のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項１３】
Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列を有する、請求項１〜１２のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項１４】
細胞取り込み部分が１〜２０アミノ酸のアミノ酸配列を含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項１５】
細胞取り込み部分が、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）転写活性化因子（ＴＡＴ）ペプチド導入ドメインの少なくとも５個の連続アミノ酸を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項１６】
細胞取り込み部分が配列番号１２との少なくとも９０％の同一性を有する、請求項１〜１５のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項１７】
細胞取り込み部分が配列番号１２の配列を含む、請求項１〜１６のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項１８】
細胞取り込み部分が、アンテナペディア細胞膜（ＡＮＴ）移行ドメインの少なくとも５個の連続アミノ酸を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項１９】
細胞取り込み部分が配列番号１３との少なくとも９０％の同一性を有する、請求項１〜１４または１８のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項２０】
細胞取り込み部分が配列番号１３の配列を含む、請求項１〜１４、１８または１９のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項２１】
細胞取り込み部分がアルギニンに富むアミノ配列を含む、請求項１〜１４のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項２２】
細胞取り込み部分が３〜１０個の連続アルギニン残基を含む、請求項１〜１４または２１のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項２３】
細胞取り込み部分がＭｃｌ−１結合ドメインのＮ末端に結合している、請求項１〜２２のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項２４】
細胞取り込み部分がＭｃｌ−１結合ドメインのＣ末端に結合している、請求項１〜２２のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項２５】
細胞取り込み部分が、リンカーを介してＭｃｌ−１結合ドメインに結合している、請求項１〜２４のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項２６】
リンカーが１〜５アミノ酸のアミノ酸配列である、請求項２５に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項２７】
２０アミノ酸から５０アミノ酸の長さである、請求項１〜２６のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項２８】
３０アミノ酸から４０アミノ酸の長さである、請求項１〜２７のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項２９】
配列番号１４または配列番号１５の配列を含む、請求項１〜１８または２４〜２８のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項３０】
配列番号１４または配列番号１５の配列からなる、請求項１〜１８または２４〜２９のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド。
【請求項３１】
請求項１〜３０のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチド、および担体を含む、組成物。
【請求項３２】
検出試薬をさらに含む、請求項３１に記載の組成物。
【請求項３３】
検出試薬が、３，３’−ジヘキシルオキサカルボシアニンヨージド（ＤｉＯＣ６）である、請求項３２に記載の組成物。
【請求項３４】
検出試薬が電位差色素である、請求項３２に記載の組成物。
【請求項３５】
電位差色素がＪＣ−１またはローダミン１２３である、請求項３４に記載の組成物。
【請求項３６】
細胞透過化剤を含まない、請求項３２〜３５のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３７】
細胞をさらに含む、請求項３２〜３６のいずれか一項に記載の組成物。
【請求項３８】
細胞が癌細胞である、請求項３７に記載の組成物。
【請求項３９】
癌細胞が血液癌である、請求項３８に記載の組成物。
【請求項４０】
血液癌が、多発性骨髄腫、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性リンパ性白血病、慢性リンパ行性白血病、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、または非ホジキンリンパ腫である、請求項３９に記載の組成物。
【請求項４１】
必要とする対象において癌を処置するための方法であって、治療薬を含む処置レジメンを、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが少なくとも１５％である対象に投与することを含み、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが、複数の癌細胞の第１の部分を、請求項１〜３０のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチドまたは請求項３１〜３６のいずれか一項に記載の組成物と接触させることを含むインビトロの方法によって得られる、方法。
【請求項４２】
インビトロの方法が、前記複数の癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出することをさらに含む、請求項４１に記載の方法。
【請求項４３】
前記複数の癌細胞についてのＭｃｌ−１依存パーセンテージが、ミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づく、請求項４２に記載の方法。
【請求項４４】
対象が少なくとも２０％のＭｃｌ−１依存パーセンテージを有する、請求項４１〜４３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４５】
対象が少なくとも３０％のＭｃｌ−１依存パーセンテージを有する、請求項４１〜４４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４６】
対象が少なくとも４０％のＭｃｌ−１依存パーセンテージを有する、請求項４１〜４５のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４７】
治療薬がサイクリン依存性キナーゼ９（ＣＤＫ９）阻害剤である、請求項４１〜４６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項４８】
ＣＤＫ９阻害剤がアルボシジブである、請求項４７に記載の方法。
【請求項４９】
Ａｒａ−Ｃもしくはミトキサントロンまたはその両方を投与することをさらに含む、請求項４１〜４８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５０】
Ｂｃｌ−２阻害剤を投与することをさらに含む、請求項４１〜４９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５１】
Ｂｃｌ−２阻害剤がベネトクラックスである、請求項５０に記載の方法。
【請求項５２】
Ａｒａ−Ｃもしくはダウノルビシンまたはその両方を投与することをさらに含む、請求項４１〜５１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５３】
Ｂｒｄ４阻害剤もしくはＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤またはその両方を投与することをさらに含む、請求項４１〜５２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５４】
インビトロの方法が、前記複数の癌細胞の少なくとも第１の部分をジテルペノイドと接触させることをさらに含む、請求項４１〜５３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５５】
インビトロの方法が、
前記複数の癌細胞の第２の部分を、陰性対照を用いて処理すること、および
前記複数の癌細胞の第３の部分を、陽性対照を用いて処理すること
をさらに含む、請求項４１〜５４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項５６】
インビトロの方法が、前記複数の癌細胞の第１の部分、第２の部分および第３の部分をフローサイトメトリーによって解析することをさらに含む、請求項５５に記載の方法。
【請求項５７】
対象由来の複数の癌細胞についての感受性プロファイルを作成する方法であって、
複数の癌細胞の第１の部分を、請求項１〜３０のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチドまたは請求項３１〜３６のいずれか一項に記載の組成物と接触させること、および
前記複数の癌細胞の第１の部分のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること
を含む、方法。
【請求項５８】
ミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて前記複数の癌細胞の第１の部分についてのＭｃｌ−１依存パーセンテージを決定することをさらに含む、請求項５７に記載の方法。
【請求項５９】
前記複数の癌細胞の第２の部分を、陰性対照を用いて処理すること、および
前記複数の癌細胞の第３の部分を、陽性対照を用いて処理すること
をさらに含む、請求項５７または５８に記載の方法。
【請求項６０】
ミコトンドリア完全性の変化が、ミトコンドリアの膜電位の変化によって測定される、請求項４２〜５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６１】
ミトコンドリアの膜電位の変化が、検出試薬を使用して測定される、請求項６０に記載の方法。
【請求項６２】
検出試薬が色素である、請求項６１に記載の方法。
【請求項６３】
ミトコンドリアの完全性の変化が、シトクロムＣ漏出によって測定される、請求項４２〜５９のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６４】
対象由来の複数の癌細胞についての感受性プロファイルを作成する方法であって、
複数の癌細胞を試料から単離すること、
前記複数の癌細胞を標識と接触させること、
前記複数の癌細胞の第１の部分を、陰性対照を用いて処理すること、
前記複数の癌細胞の第２の部分を、陽性対照を用いて処理すること、
前記複数の癌細胞の第３の部分を、請求項１〜３０のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチドまたは請求項３１〜３６のいずれか一項に記載の組成物を用いて処理すること、
前記複数の癌細胞の第１の部分、第２の部分および第３の部分を色素と接触させること、ならびに
前記複数の癌細胞の第１の部分、第２の部分および第３の部分をフローサイトメトリーによって解析すること
を含む、方法。
【請求項６５】
色素が、３，３’−ジヘキシルオキサカルボシアニンヨージド（ＤｉＯＣ６）である、請求項６２または６４に記載の方法。
【請求項６６】
色素が電位差色素である、請求項６２または６４に記載の方法。
【請求項６７】
電位差色素がＪＣ−１またはローダミン１２３である、請求項６６に記載の方法。
【請求項６８】
前記複数の癌細胞が血液癌由来である、請求項４１〜６７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項６９】
血液癌が、多発性骨髄腫、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性リンパ性白血病、慢性リンパ行性白血病、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、または非ホジキンリンパ腫である、請求項６８に記載の方法。
【請求項７０】
血液癌が急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）である、請求項６９に記載の方法。
【請求項７１】
前記複数の癌細胞が対象の末梢血から得られる、請求項４１〜７０のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７２】
前記複数の癌細胞が対象の骨髄から得られる、請求項４１〜７１のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７３】
前記複数の癌細胞が冷凍されている、請求項４１〜７２のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７４】
前記複数の癌細胞の第１の部分が、細胞透過化剤によって透過化されていない、請求項４１〜７３のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７５】
前記複数の癌細胞の第１の部分をジテルペノイドと接触させることをさらに含む、請求項５７〜７４のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７６】
ジテルペノイドがリアノジンである、請求項５４または７５に記載の方法。
【請求項７７】
陰性対照が水である、請求項５４、５５または５８〜７６のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７８】
陽性対照が、カルボニルシアニド−４−（トリフルオロメトキシ）フェニルヒドラゾン（ＦＣＣＰ）、カルボニルシアニドｍ−クロロフェニルヒドラゾン（ＣＣＣＰ）、またはＮ５，Ｎ６−ビス（２−フルオロフェニル）−［１，２，５］オキサジアゾロ［３，４−ｂ］ピラジン−５，６−ジアミン（ＢＡＭ−１５）である、請求項５５、５６または５９〜７７のいずれか一項に記載の方法。
【請求項７９】
陽性対照がＣＣＣＰである、請求項５５、５５または５９〜７８のいずれか一項に記載の方法。
【請求項８０】
前記複数の癌細胞の第１の部分、第２の部分および第３の部分をフローサイトメトリーによって解析することをさらに含む、請求項５９〜７９に記載の方法。
【請求項８１】
前記複数の癌細胞の第１の部分、第２の部分および第３の部分のフローサイトメトリーによる解析が、ＣＤ４５ｄｉｍ、ＣＤ１３、ＣＤ３３およびＣＤ３４ｈｉｇｈ集団に対してゲーティングすることを含む、請求項５６または８０に記載の方法。
【請求項８２】
前記複数の癌細胞の第１の部分、第２の部分および第３の部分のフローサイトメトリーによる解析が、ＣＤ４５ｄｉｍ、ＣＤ３およびＣＤ２０ｈｉｇｈ集団に対してゲーティングすることを含む、請求項５６または８０に記載の方法。
【請求項８３】
請求項１〜３０のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチドまたは請求項３１〜４０のいずれか一項に記載の組成物、および検出試薬を含むキット。
【請求項８４】
細胞透過化剤を含まない、請求項８３に記載のキット。
【請求項８５】
請求項４１〜８２のいずれか一項に記載の方法の工程を含む記載された指示書をさらに含む、請求項８３または８４に記載のキット。
【請求項８６】
Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが少なくとも１５％である対象において癌の処置に使用するための治療用組成物であって、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが、
複数の癌細胞の第１の部分を、請求項１〜３０のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチドまたは請求項３１〜３６のいずれか一項に記載の組成物と接触させること
を含むインビトロの方法によって得られる、治療用組成物。
【請求項８７】
Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが少なくとも１５％である対象に投与される、治療薬を含む癌治療用組成物であって、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが、
複数の癌細胞の第１の部分を、請求項１〜３０のいずれか一項に記載のプロファイリングペプチドまたは請求項３１〜３６のいずれか一項に記載の組成物と接触させること
を含むインビトロの方法によって得られる、治療用組成物。
【請求項８８】
対象が少なくとも２０％の予め決定された値のＭｃｌ−１依存パーセンテージを有する、請求項８６または８７に記載の治療用組成物。
【請求項８９】
対象が少なくとも３０％の予め決定された値のＭｃｌ−１依存パーセンテージを有する、請求項８６〜８８のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項９０】
対象が少なくとも４０％のＭｃｌ−１依存パーセンテージを有する、請求項８６〜８９のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項９１】
治療薬がサイクリン依存性キナーゼ９（ＣＤＫ９）阻害剤である、請求項８６〜９０のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項９２】
ＣＤＫ９阻害剤がアルボシジブである、請求項９１に記載の治療用組成物。
【請求項９３】
Ａｒａ−Ｃもしくはミトキサントロンまたはその両方の投与をさらに含む、請求項８６〜９２のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項９４】
Ｂｃｌ−２阻害剤の投与をさらに含む、請求項８６〜９３のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項９５】
Ｂｃｌ−２阻害剤がベネトクラックスである、請求項９４に記載の治療用組成物。
【請求項９６】
Ａｒａ−Ｃもしくはダウノルビシンまたはその両方の投与をさらに含む、請求項８６〜９５のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項９７】
Ｂｒｄ４阻害剤もしくはＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤またはその両方の投与をさらに含む、請求項８６〜９６のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項９８】
癌細胞が血液癌である、請求項８６〜９７のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項９９】
血液癌が、多発性骨髄腫、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性リンパ性白血病、慢性リンパ行性白血病、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、または非ホジキンリンパ腫である、請求項９８に記載の治療用組成物。
【請求項１００】
前記複数の癌細胞が対象の末梢血から得られる、請求項８６〜９９のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項１０１】
前記複数の癌細胞が対象の骨髄から得られる、請求項８６〜９９のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項１０２】
前記複数の癌細胞が冷凍されている、請求項８６〜１０１のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項１０３】
前記複数の癌細胞の第１の部分が、細胞透過化剤によって透過化されていない、請求項８６〜１０２のいずれか一項に記載の治療用組成物。
【請求項１０４】
インビトロの方法が、前記複数の癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出することをさらに含む、請求項８６〜１０３に記載の治療用組成物。
【請求項１０５】
前記複数の癌細胞についてのＭｃｌ−１依存パーセンテージが、ミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づく、請求項１０４に記載の治療用組成物。
【請求項１０６】
ミトコンドリアの完全性の変化が、ミトコンドリアの膜電位の変化によって測定される、請求項１０４または１０５に記載の治療用組成物。
【請求項１０７】
ミトコンドリアの膜電位の変化が検出試薬を使用して測定される、請求項１０６に記載の治療用組成物。
【請求項１０８】
検出試薬が色素である、請求項１０７に記載の治療用組成物。
【請求項１０９】
色素が、３，３’−ジヘキシルオキサカルボシアニンヨージド（ＤｉＯＣ６）である、請求項１０８に記載の治療用組成物。
【請求項１１０】
色素が電位差色素である、請求項１０８に記載の治療用組成物。
【請求項１１１】
電位差色素がＪＣ−１またはローダミン１２３である、請求項１１０に記載の治療用組成物。
【請求項１１２】
ミトコンドリアの完全性の変化が、シトクロムＣ漏出によって測定される、請求項１０４または１０５に記載の治療用組成物。
【請求項１１３】
インビトロの方法が、少なくとも前記複数の癌細胞の第１の部分をジテルペノイドと接触させることをさらに含む、請求項８６〜１１２に記載の治療用組成物。
【請求項１１４】
ジテルペノイドがリアノジンである、請求項１１３に記載の治療用組成物。
【請求項１１５】
インビトロの方法が、
前記複数の癌細胞の第２の部分を、陰性対照を用いて処理すること、および
前記複数の癌細胞の第３の部分を、陽性対照を用いて処理すること
をさらに含む、請求項８６〜１１４に記載の治療用組成物。
【請求項１１６】
陰性対照が水である、請求項１１５に記載の治療用組成物。
【請求項１１７】
陽性対照が、カルボニルシアニド−４−（トリフルオロメトキシ）フェニルヒドラゾン（ＦＣＣＰ）、カルボニルシアニドｍ−クロロフェニルヒドラゾン（ＣＣＣＰ）、またはＮ５，Ｎ６−ビス（２−フルオロフェニル）−［１，２，５］オキサジアゾロ［３，４−ｂ］ピラジン−５，６−ジアミン（ＢＡＭ−１５）である、請求項１１５または１１６に記載の治療用組成物。
【請求項１１８】
陽性対照がＣＣＣＰである、請求項１１７に記載の治療用組成物。
【請求項１１９】
前記複数の癌細胞の第１の部分、第２の部分および第３の部分のフローサイトメトリーによる解析をさらに含む、請求項１１５〜１１８に記載の治療用組成物。
【請求項１２０】
前記複数の癌細胞の第１の部分、第２の部分および第３の部分のフローサイトメトリーによる解析が、ＣＤ４５ｄｉｍ、ＣＤ１３、ＣＤ３３およびＣＤ３４ｈｉｇｈ集団に対してゲーティングすることを含む、請求項１１５〜１１９に記載の治療用組成物。
【請求項１２１】
前記複数の癌細胞の第１の部分、第２の部分および第３の部分のフローサイトメトリーによる解析が、ＣＤ４５ｄｉｍ、ＣＤ３およびＣＤ２０ｈｉｇｈ集団に対してゲーティングすることを含む、請求項１１１〜１２０に記載の治療用組成物。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
配列表に関する記述
本出願に関連する配列表は、紙のコピーの代わりにテキスト形式で提供され、これにより本明細書に参照として組み込まれる。配列表を含むテキストファイルの名称は９１０２０８＿４２８ＷＯ＿Ｓｅｑｕｅｎｃｅ＿Ｌｉｓｔｉｎｇ．ｔｘｔである。テキストファイルは６ＫＢであり、２０１７年１２月１７日に作成し、ＥＦＳ−Ｗｅｂによって電子的に提出している。
【０００２】
分野
本開示は概して、プロファイリングペプチド、組成物およびキット、ならびに処置に対する癌の感受性を予測する方法、癌についての処置を選択する方法、癌についての感受性プロファイルを生成する方法、および癌を処置する方法を対象とする。いくつかの実施形態では、処置は、サイクリン依存性キナーゼ９（ＣＤＫ９）阻害剤である治療薬の投与を含む。
【背景技術】
【０００３】
癌の処置は進歩しているが、化学療法は、大部分が依然、非効率的および非効果的である。化学療法の成果が一般に不十分であることの１つの理由は、選択された処置が、多くの場合、個々の疾患の遺伝的および分子的依存に対して厳密に適合していないことにある。
【０００４】
例えば、癌細胞は、ＤＮＡ損傷、遺伝的不安定性、異常な成長因子シグナル伝達、および異常なまたは欠失したマトリクス相互作用などの異常を示し、それらは、通常であれば、内因性（ミトコンドリア）アポトーシス経路を介してアポトーシスを誘導するはずのものである。癌細胞は、これらの異常な表現型の結果として、アポトーシスシグナルに反応するよりむしろ、細胞の生存を可能にするアポトーシス経路の遮断を発生させる。多くの癌治療はアポトーシスが有効であることに依存するので、特定の治療に対する不応性には、特異的抗アポトーシスタンパク質によるアポトーシスのモジュレーションが関連する可能性がある。
【０００５】
「癌遺伝子依存性（Ｏｎｃｏｇｅｎｅ  ａｄｄｉｃｔｉｏｎ）」の概念は、特定のタンパク質に基づき、又は依拠して癌細胞が生存する現象を表す。このような依存は、いくつかの癌細胞を、特定の治療に対して耐性にし、同時に、驚くべきことに他の治療に対して感受性にする。
【０００６】
抗アポトーシスＢｃｌ−２ファミリータンパク質に対する癌細胞の依存は、それでなければ起こらないようなその生存にしばしば関連する。癌細胞は一般に、細胞死シグナルを抑制しアポトーシスに抵抗するために、１つのＢｃｌ−２ファミリーメンバーまたはその他（例えばＢｃｌ−２、Ｂｃｌ−ｘＬ、Ｍｃｌ−１）に頼っている。Ｂｃｌ−２ファミリータンパク質は、生存促進（すなわち抗アポトーシス）メンバーとアポトーシス促進メンバーとの間の、異なるタンパク質間の相互作用によって調節される。この相互作用は主にＢｃｌ−２相同ドメイン−３（ＢＨ３）を介する結合によって生じ、恒常性、細胞死、アポトーシスに対する感作、およびアポトーシスの遮断を含む、様々な結果をもたらし得る。アポトーシスシグナル伝達が遮断される多くの癌細胞では、ミトコンドリア表面にＢＨ３ｏｎｌｙ活性因子タンパク質が蓄積し、これはこれらタンパク質が抗アポトーシスタンパク質により捕捉された結果である。この蓄積、およびそれらのエフェクター標的タンパク質に対する近接は、「プライムド（primed）」状態のＢｃｌ−２ファミリータンパク質のアンタゴニズムに対する感受性の増加を説明する。したがって、抗アポトーシスＢｃｌ−２ファミリータンパク質の機能性の測定は、所与のＢｃｌ−２ファミリーメンバーへの癌細胞の依存性、および癌患者が処置にどのように反応するか、の良好な予測を提供することが証明されている。
【０００７】
現在、ＢＨ３プロファイリングのために使用されている２つの主なプロファイリングアッセイが存在する。その２つの一般に使用されているアッセイの主な相違は、反応を測定するためにフローサイトメトリーを使用するか、蛍光マイクロプレートリーダーを使用するか、である。フローサイトメトリーの使用は、様々な細胞表面マーカーに対する抗体を用いて細胞を蛍光標識すること、および細胞の悪性集団における反応だけを測定するためにフローサイトメーターにおいてゲーティング機能を使用することを必要とする。手短に述べると、試料から白血球を単離した後、細胞を標識し、外膜を透過性にし、ＢＨ３ペプチド（例えばＮＯＸＡ）と接触させ、ＪＣ−１蛍光色素を用いて染色する。次いでフローサイトメトリーを使用して反応を定量する。
【０００８】
一方、マイクロプレートリーダーは、細胞の悪性集団を単離するために細胞表面マーカー抗体および細胞分離技術を使用する。試料から白血球を単離した後、目的の細胞を精製し、外膜を透過性にし、ＢＨ３ペプチド（例えばＮＯＸＡ）と接触させ、ＪＣ−１蛍光色素を用いて染色する。次いでマイクロプレートリーダーを使用して反応を定量する。
【０００９】
いずれの手法も一般に、癌細胞をジギトニンによって透過性化することを必要とし、これにより、Ｂｃｌ−２ファミリーペプチド（例えばＮＯＸＡ、ＢＩＭなど）の断片が細胞に侵入し、ミトコンドリアタンパク質と相互作用することが可能となる。標準的なＮＯＸＡペプチドを使用する大部分のアッセイにおいて、この工程は必須である。しかしながら、細胞を透過性化する処理は複雑性を増加させ、アッセイに著しい変動をもたらし、アッセイ全体の実行時間を増加させ、これら全てが、コスト効率の高い正確なプロファイリング結果を提供することに対して技術的な課題をもらたす。ジギトニンはミトコンドリア膜を含む生体膜を非選択的に透過性化するので（Hoppel, C, and Cooper, C. Biochem J. 1968 Apr; 107(3): 367-375）、ジギトニンを使用するアッセイは一般に、ミトコンドリア膜への影響が最小で、外側の細胞膜を透過させるウインドウの範囲内の濃度となるように、ジギトニンを正確に滴定する必要がある。ジギトニン濃度および処理時間のこのウインドウは狭く、異なる細胞種間で異なる場合があり、正確な結果をもたらすしっかりとしたアッセイを有することと直接関係する。この課題は、現在、アッセイを正確に実施するために、経験と適切な制御を有する単一の中央検査室でアッセイを実施することにより従来的に克服されている。したがって、細胞の透過性化の工程は、そのようなアッセイの一極集中を排除すること、例えば、臨床検査室で使用し得るインビトロ（in vitro）診断キットを製造すること、に対する障害となっている。
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【００１０】
したがって、より正確で、再現性があり、コスト効率の高い、抗アポトーシスＢｃｌ−２タンパク質の機能性を測定する改良された方法が必要とされる。
【課題を解決するための手段】
【００１１】
一態様では、本開示は、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドを提供する。
【００１２】
別の態様では、本開示は、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチド、ならびに担体を含む組成物を提供する。
【００１３】
さらなる態様では、本開示は、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチド、ならびに検出試薬を含むキットを提供する。
【００１４】
いくつかの態様では、本開示は、それを必要とする対象において癌を処置する方法であって、治療薬を含む処置レジメンを、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが所定の値を超える対象に投与することを含み、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが、複数の癌細胞の第１の部分を、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドと接触させるか、または細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドならびに担体を含む組成物と接触させることを含むインビトロの方法によって得られる、方法を提供する。
【００１５】
他の実施形態では、本開示は、治療薬に対する対象由来の癌細胞の感受性を予測する方法であって、癌細胞を、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドと接触させること、ならびに癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出することを含み、ミトコンドリアの完全性の低下が、癌細胞が治療薬に対して感受性であることを示す、方法を提供する。
【００１６】
さらなる実施形態では、本開示は、それを必要とする対象において癌を処置する方法であって、対象由来の癌細胞を、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドと接触させること、癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること、ならびにミトコンドリアの完全性の低下が検出された場合、有効量の治療薬を対象に投与し、それによって対象における癌を処置することを含む、方法を提供する。
【００１７】
別の態様では、本開示は、対象由来の複数の癌細胞について感受性プロファイルを作成する方法であって、複数の癌細胞の第１の部分を、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドと接触させるか、または細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドならびに担体を含む組成物と接触させること、ならびに複数の癌細胞の第１の部分のミトコンドリアの完全性の変化を検出することを含む、方法を提供する。
【００１８】
さらなる実施形態では、本開示は、対象において癌を処置するための治療薬を選択する方法であって、
対象の癌細胞についての感受性プロファイルを受け取ること、ここで、感受性プロファイルは、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドと接触させたときの癌細胞のミトコンドリアの完全性のデータを含み、ならびに
ミトコンドリアの完全性のデータがミトコンドリアの完全性の低下を示す場合、対象を処置するために治療薬を選択すること
を含む、方法を提供する。
【００１９】
さらなる実施形態では、本開示は、それを必要とする対象において癌を処置する方法であって、
対象の癌細胞についての感受性プロファイルを受け取ること、ここで、感受性プロファイルは、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドと接触させたときの癌細胞のミトコンドリアの完全性のデータを含み、ならびに
ミトコンドリアの完全性のデータがミトコンドリアの完全性の低下を示す場合、有効量の治療薬を対象に投与し、それによって対象における癌を処置すること
を含む、方法を提供する。
【００２０】
さらなる実施形態では、本開示は、治療薬に対する対象由来の癌細胞の感受性を予測する方法であって、癌細胞を、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドと接触させること、癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること、ならびにミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて癌細胞についてのＭｃｌ−１依存パーセンテージを決定することを含み、ここで、所定の値を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージは、癌細胞が治療薬に対して感受性であることを示す、方法を提供する。
【００２１】
他の実施形態では、本開示は、それを必要とする対象において癌を処置する方法であって、対象由来の癌細胞を、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドと接触させること、癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること、ミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて癌細胞についてのＭｃｌ−１依存パーセンテージを決定すること、ならびにＭｃｌ−１依存パーセンテージが所定の値を超える場合、有効量の治療薬を対象に投与し、それによって対象における癌を処置することを含む、方法を提供する。
【００２２】
他の実施形態では、本開示は、対象由来の癌細胞について感受性プロファイルを作成する方法であって、癌細胞を、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドと接触させること、癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること、ならびにミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて癌細胞についてのＭｃｌ−１依存パーセンテージを決定することを含む、方法を提供する。
【００２３】
さらに他の実施形態では、本開示は、対象において癌を処置するための治療薬を選択する方法であって、
対象の癌細胞についての感受性プロファイルを受け取ること、ここで、感受性プロファイルは、癌細胞についてのＭｃｌ−１依存データを含み、Ｍｃｌ−１依存データは、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドと接触させたときの癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて決定され、ならびに
Ｍｃｌ−１依存データが所定の値を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージを示す場合、対象を処置するために治療薬を選択すること
を含む、方法を提供する。
【００２４】
さらに他の実施形態では、本開示は、それを必要とする対象において癌を処置する方法であって、
対象の癌細胞についての感受性プロファイルを受け取ること、ここで、感受性プロファイルは癌細胞についてのＭｃｌ−１依存データを含み、Ｍｃｌ−１依存データは、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドと接触させたときの癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて決定され、ならびに
Ｍｃｌ−１依存データが所定の値を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージを示す場合、有効量の治療薬を対象に投与し、それによって対象における癌を処置すること
を含む、方法を提供する。
【００２５】
別の態様において、本開示は、対象由来の複数の癌細胞についての感受性プロファイルを作成する方法であって、
複数の癌細胞を試料から単離すること、
複数の癌細胞を色素と接触させること、
複数の癌細胞の第１の部分を、陰性対照を用いて処理すること、
複数の癌細胞の第２の部分を、陽性対照を用いて処理すること、
複数の癌細胞の第３の部分を、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチド、または細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドならびに担体を含む組成物を用いて処理すること、
複数の癌細胞の第１の部分、第２の部分、および第３の部分を色素と接触させること、ならびに
複数の癌細胞の第１の部分、第２の部分、および第３の部分をフローサイトメトリーによって分析すること
を含む、方法を提供する。
【００２６】
さらなる態様では、本開示は、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが少なくとも１５％である対象における癌の処置において使用するための治療用組成物であって、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが、複数の癌細胞の第１の部分を、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドと接触させるか、または細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドならびに担体を含む組成物と接触させることを含むインビトロの方法によって得られる、治療用組成物を提供する。
【００２７】
さらなる態様では、本開示は、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが少なくとも１５％である対象に投与される、治療薬を含む癌の治療用組成物であって、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが、複数の癌細胞の第１の部分を、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドと接触させるか、または細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドならびに担体を含む組成物と接触させることを含むインビトロの方法によって得られる、治療用組成物を提供する。
【図面の簡単な説明】
【００２８】
【図１】図１Ａ〜１Ｄは、ＮＯＸＡと比較した、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドを用いた全細胞アッセイの結果を示す。
【図２】図２は、ＮＯＸＡと比較した、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドを様々な濃度で用いた場合のＭｃｌ−１依存パーセンテージを示す。
【図３】図３は、実施例５に記載される、ＣＤ４５ｄｉｍおよびＣＤ１３、ＣＤ３３およびＣＤ３４ｈｉｇｈを使用した急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）芽球集団に対するゲーティングを示す。
【図４】図４は、リアノジン試験の結果を示す。配列番号１４のペプチドを用いて処理したＭＯＬＭ−１３細胞におけるカルシウム放出を示す。
【図５】図５は、ＭＣＬ−１依存≧４０％であるＡＭＬ対象における完全奏功（ＣＲ）の割合を示す。
【発明を実施するための形態】
【００２９】
本開示は、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列を有する改変されてもよいＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチド、ならびに組成物、使用方法およびキットに関する。より具体的には、プロファイリングペプチドは任意に細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含み、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する。いくつかの実施形態では、プロファイリングペプチドは細胞取り込み部分、および配列番号１〜１１のいずれか１つの配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。このようなプロファイリングペプチドを使用する方法は、癌細胞の感受性を予測すること、治療薬を選択すること、癌を処置すること、感受性プロファイルを作成することなどを含む。
【００３０】
本開示をより詳細に説明する前に、本明細書に使用される特定の用語の定義を提供することが本開示の理解に役立ち得る。さらなる定義は本開示全体の中で示される。
【００３１】
「任意の」または「任意に」は、その後の記載される要素、成分、事象、または状況が発生してもよいか、または発生しなくてもよいこと、ならびに説明が、要素、成分、事象、または状況が発生する場合およびそれらが発生しない場合を含むことを意味する。
【００３２】
「ペプチド」とは、アミノ酸残基のポリマーを指す。ペプチドは、天然に存在するアミノ酸ポリマーおよび天然に存在しないアミノ酸ポリマー、ならびに１つまたは複数のアミノ酸残基が対応する天然に存在するアミノ酸の人工化学模倣物であるアミノ酸ポリマーを包含する。
【００３３】
本明細書に使用される場合、「アミノ酸」とは、天然に存在するアミノ酸および合成アミノ酸、ならびに天然に存在するアミノ酸と同様の仕方で機能するアミノ酸類似体およびアミノ酸模倣物を指す。天然に存在するアミノ酸は、遺伝コードによってコードされるアミノ酸、ならびに後で修飾されるそのようなアミノ酸、例えばヒドロキシプロリン、γ−カルボキシグルタメート、およびＯ−ホスホセリンである。アミノ酸類似体とは、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造、すなわち水素、カルボキシル基、アミノ基、およびＲ基と結合しているα炭素を有する化合物（例えば、ホモセリン、ノルロイシン、メチオニンスルホキシド、およびメチオニンメチルスルホニウム）を指す。このような類似体は、修飾されたＲ基（例えば、ノルロイシン）または修飾されたペプチド骨格を有するが、天然に存在するアミノ酸と同じ基本化学構造を保持する。アミノ酸模倣物とは、アミノ酸の一般的な化学構造とは異なるが、天然に存在するアミノ酸と同様の仕方で機能する構造を有する化学化合物を指す。
【００３４】
「腫瘍」を含む「癌」とは、身体器官および系の正常な機能を妨げる、細胞の制御されない成長および／または異常な細胞生存の増加および／またはアポトーシスの阻害を指す。「癌」（例えば、腫瘍）には、固形および非固形癌が含まれる。癌または腫瘍を有する対象は、対象の身体に存在する客観的に測定可能な数の癌細胞を有する。「癌」には、良性および悪性の癌（例えば、それぞれ良性および悪性腫瘍）、ならびに休眠腫瘍または微小転移が含まれる。「癌」には、次のものが含まれる：急性リンパ芽球性白血病（ＡＬＬ）、急性骨髄性白血病（ＡＭＬ）、副腎皮質癌、ＡＩＤＳ関連癌、肛門癌、虫垂癌、星状細胞腫（例えば、小児小脳または大脳）、基底細胞癌、胆管癌、膀胱癌、骨腫瘍（例えば、骨肉腫、悪性線維性組織球腫）、脳幹神経膠腫、脳癌、脳腫瘍（例えば、小脳星細胞腫、大脳星細胞腫／悪性神経膠腫、上衣腫、髄芽腫、テント上原始神経外胚葉腫瘍、視覚路および視床下部神経膠腫）、乳癌、気管支腺腫／カルチノイド、バーキットリンパ腫、カルチノイド腫瘍、中枢神経系リンパ腫、小脳星細胞腫、子宮頸癌、慢性リンパ性白血病（ＣＬＬ）、慢性骨髄性白血病（ＣＭＬ）、慢性骨髄増殖性疾患、大腸癌、皮膚ｔ細胞性リンパ腫、線維形成性小細胞腫瘍、子宮内膜癌、上衣腫、食道癌、ユーイング肉腫、頭蓋外胚細胞腫瘍、性腺外胚細胞腫瘍、肝外胆管癌、眼癌、胆嚢癌、胃癌、消化管間質腫瘍（ＧＩＳＴ）、胚細胞腫瘍（例えば、頭蓋外、性腺外、卵巣）、妊娠性絨毛腫瘍、神経膠腫（例えば、脳幹、大脳星細胞腫、視覚路および視床下部）、胃カルチノイド、頭頸部癌、心臓癌、肝細胞（肝臓）癌、下咽頭癌、視床下部および視覚路神経膠腫、眼内黒色腫、島細胞癌（膵臓内分泌腺）、腎癌（腎細胞癌）、喉頭癌、白血病（例えば、急性リンパ性白血病、急性骨髄性白血病、慢性リンパ性白血病、慢性骨髄性白血病、有毛細胞）、口唇および口腔癌、脂肪肉腫、肝癌、肺癌（例えば、非小細胞、小細胞）、リンパ腫（例えば、ＡＩＤＳ関連、バーキット、皮膚Ｔ細胞、ホジキン、非ホジキン、原発性中枢神経系）、髄芽腫、黒色腫、メルケル細胞癌、中皮腫、転移性頸部扁平上皮癌、口腔癌、多発性内分泌腺腫症候群、多発性骨髄腫、菌状息肉腫、骨髄異形成症候群、骨髄異形成／骨髄増殖性疾患、骨髄性の白血病、骨髄性白血病、骨髄増殖性障害、慢性の鼻腔および副鼻腔癌、鼻咽腔癌、神経芽細胞腫、非ホジキンリンパ腫、非小細胞肺癌、口腔癌、口腔咽頭癌、骨肉腫、卵巣癌、膵臓癌、副鼻腔および鼻腔癌、副甲状腺癌、陰茎癌、咽頭癌、褐色細胞腫、松果体星細胞腫および／または胚細胞腫、松果体芽細胞腫およびテント上原始神経外胚葉腫瘍、下垂体腺腫、形質細胞腫瘍／多発性骨髄腫、胸膜肺芽腫、原発性中枢神経系リンパ腫、前立腺癌、直腸癌、腎細胞癌（腎癌）、腎盂および尿管、網膜芽腫、横紋筋肉腫、唾液腺癌、肉腫（例えば、ユーイングファミリー、カポジ、軟組織、子宮）、セザリー症候群、皮膚癌（例えば、非黒色腫、黒色腫、メルケル細胞）、小細胞肺癌、小腸癌、軟部組織肉腫、扁平上皮癌、頸部扁平上皮癌、胃癌、テント上原始神経外胚葉腫瘍、ｔ細胞リンパ腫、精巣癌、咽喉癌、胸腺腫および胸腺癌、甲状腺癌、絨毛性腫瘍、尿管および腎盂癌、尿道癌、子宮癌、子宮肉腫、膣癌、視覚路および視床下部膠腫、外陰癌、ワルデンストレームマクログロブリン血症、またはウィルムス腫瘍。
【００３５】
「転移」とは、身体における原発部位から他の部位への癌の広がりを指す。「転移」は、それらの元の位置から移動し、生命の維持に必要な器官に播種する癌であり、罹患した器官の機能低下により対象の死を最終的に導く可能性がある。転移は、癌細胞が、原発腫瘍から離れ、リンパ管および血管に浸透し、血流を通って循環し、身体の他の部分の正常組織において離れた病巣として成長する（転移する）ことができる、連続的なプロセスである。そのような新たな部位において、細胞は血液供給を確立し、生命を脅かす塊を形成するように成長することができる。転移は局部的であるか、または遠隔部に起こり得る。腫瘍細胞内の刺激性および阻害性の両方の分子経路がこの挙動を調節し、腫瘍細胞と新たな部位の宿主細胞との間の相互作用もまた重要になる。
【００３６】
「対象」には、ヒト、実験動物などの飼育動物（例えば、イヌ、サル、ラット、マウスなど）、家庭用ペット（例えば、ネコ、イヌ、ウサギなど）、および家畜（例えば、ブタ、ウシ、ヒツジ、ヤギ、ウマなど）、ならびに飼育されていない動物（例えば、クマ、ゾウ、ヤマアラシなど）が含まれる。いくつかの実施形態では、対象はヒトである。
【００３７】
本明細書に使用される場合、「処置する」または「処置」とは、問題とされる疾患または状態、例えば癌を有する、ヒトなどの対象への医薬または医療ケアの投与を指し、（ｉ）特に対象が状態にかかりやすくなっているが、その状態を有するとはまだ診断されていない場合に、その状態または疾患が対象において発生するのを阻止すること、（ｉｉ）疾患もしくは状態を抑制すること、すなわち、その進行を阻止すること、（ｉｉｉ）疾患もしくは状態を緩和すること、すなわち、疾患もしくは状態の退行を引き起こすこと、または（ｉｖ）疾患もしくは状態そのものには対処することなく疾患もしくは状態に起因する症状（例えば、疼痛、体重減少、咳、疲労、衰弱など）を緩和することを含む。本明細書に使用される場合、「疾患」および「状態」という用語は、交換可能に使用されてもよいか、または、特定の不調もしくは状態が既知の原因を有さないかもしれず（それ故、病因がまだ確認されておらず）、したがって疾患とはまだ認識されておらず、望ましくない状態または症状としてのみ認識されており、多少の特定の症状群が臨床医によって確認されている、という点で異なっていてもよい。
【００３８】
「有効量」とは、ヒトなどの対象に投与される場合、対象の癌の処置をもたらすのに十分である化合物または組成物の量を指す。「有効量」を構成する化合物または組成物の量は、化合物または組成物、処置される状態およびその重症度、投与様式、処置期間、および／または処置される対象の年齢に応じて変化するが、当業者は、その知識および本開示に基づいて慣例的に決定し得る。いくつかの実施形態では、「有効量」は、１つまたは複数の徴候、症状、兆候、診断検査、バイタルサインなどにおける統計学的に有意な変化として測定されるような処置をもたらす（例えば、処置、阻止、抑制、緩和、促進、改善、増加、低減などをもたらす）。他の実施形態では、「有効量」は、１つまたは複数の徴候、症状、兆候、診断検査、バイタルサインなどの統計学的に有意な変化の欠如として測定されるように、状態を抑制、管理または阻止する。
【００３９】
本明細書に使用される場合、「統計学的に有意な」とは、スチューデントのｔ検定を使用して算出した場合、０．０５０またはそれ未満のｐ値を指し、測定される特定の事象または結果が偶然に生じる可能性が低いことを示す。
【００４０】
本説明において、濃度範囲、パーセンテージ範囲、比率範囲、または整数範囲はいずれも、別に指示されない限り、挙げられた範囲内の任意の整数の値、および適切な場合、それらの分数（整数の１０分の１および１００分の１など）を含むと理解すべきである。また、ポリマーサブユニット、サイズ、または厚さなどの任意の物理的特徴に関して本明細書に挙げられた数値範囲は、別に指示されない限り、挙げられた範囲内の任意の整数を含むと理解すべきである。本明細書に使用される場合、「約」という用語は、別に指示されない限り、示された範囲、値または構造の±２０％、±１０％、±５％または±１％を意味する。本明細書に使用される場合、「１つの（ａ）」および「１つの（ａｎ）」という用語は、挙げられた構成要素の「１つまたは複数」を指すと理解されるべきである。選択肢を用いる場合（例えば「または」で示される）は、選択肢の１つ、両方、またはそれらの任意の組合せのいずれかを意味すると理解すべきである。文脈上、別の必要がない限り、本明細書および特許請求の範囲の全体にわたって、「含む」という語、および「含んでいる」などのその変化形、ならびに「包含する」および「有する」のような同義語およびその変化形は、非限定的で包括的な意味で、すなわち、「含むが、限定されない」として解釈されるべきであり、したがって、リストにおける項目の列挙は、本技術の材料、組成物、デバイスおよび方法において有用であり得る他の同様の項目を排除しない。非限定的な用語である「含んでいる」や、同義語の「包含している」、「含有している」または「有している」などが、本明細書中の本発明の説明および特許請求の範囲において使用されるが、本技術またはその実施形態は、挙げた成分「からなる」または「から本質的になる」などのように、より限定的な用語を使用して説明される場合もある。
【００４１】
別途定義されない限り、本明細書における全ての技術用語および科学用語は、本発明が属する技術分野において当業者に一般に理解されるのと同じ意味を有する。
【００４２】
本明細書全体にわたって、「一実施形態」または「実施形態」の言及は、実施形態と関連して記載される特定の特徴、構造または特性が、本開示の少なくとも１つの実施形態に含まれることを意味する。したがって、本明細書中の異なる箇所での「一実施形態では」または「実施形態では」という語句の出現は、必ずしも全て同じ実施形態を指しているわけではない。同様に、「であり得る」および「であってよい」という用語ならびにそれらの変形は、非限定的であることを意図し、したがって、実施形態が特定の要素または特徴を含み得る、または含んでよい、という記述は、その要素または特徴を含まない本技術の他の実施形態を排除しない。さらに、特定の特徴、構造または特性は、１つまたは複数の実施形態において、任意の適切な方法で組み合わされてもよい。
【００４３】
以下の説明において、本開示の様々な実施形態の十分な理解のために、特定の具体例が詳細に記載される。しかしながら、当業者は、そのような具体例の詳細な記載がなくても本開示の発明を実施できることを理解するであろう。
【００４４】
プロファイリングペプチド
本明細書に示されるように、本開示はプロファイリングペプチドを提供する。一般に、プロファイリングペプチドは、適宜改変されてもよい、表１に示される配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。
【００４５】
【表１】
2020033347.tif 000002
【００４６】
いくつかの実施形態では、プロファイリングペプチドは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、プロファイリングペプチドは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。
【００４７】
「改変された」ペプチドは、本明細書に開示される配列と比較して１つまたは複数のアミノ酸置換を有するペプチドを包含する。置換は、保存的または非保存的な置換であり得る。改変されたペプチドは、元のペプチド配列にアミノ酸を付加したペプチド、または元のペプチド配列からアミノ酸を欠失したペプチドも包含する。したがって、改変されたペプチドは、元のペプチド配列の断片を含む。いくつかの実施形態では、改変は、１つまたは複数の保存的なアミノ酸の置換、付加、欠失、またはそれらの組合せを含む。
【００４８】
本明細書に使用される場合、「改変」とは、単一アミノ酸の置換、付加または欠失を指す。したがって、改変の数が言及される場合（例えば、配列番号１の配列に２個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメイン）、その数は、置換、付加または欠失され得る、配列のアミノ酸の数を指す。換言すれば、各「置換」、「付加」または「欠失」はそれぞれ、単一アミノ酸の置換、付加または欠失であるので、１個より多いアミノ酸を置換、付加または欠失する単一の場合を指すわけではない。
【００４９】
改変は、プロファイリングペプチドをコードするポリヌクレオチドを変化させることによって導入されてよく、部位特異的または部位指向的な突然変異誘発を包含する様々な方法によって実施され得る。例えば、突然変異は、未改変配列の断片へのライゲーションを可能にする制限酵素部位に隣接する突然変異配列を含むオリゴヌクレオチドを合成することによって、特定の位置において導入されてよい。ライゲーション後、得られた配列は、所望のアミノ酸付加、置換または欠失を有する改変されたペプチドをコードし得る。
【００５０】
「保存的な置換」は、以下の保存的な置換群のうちの１つに見出される置換を含む：第１群：アラニン（ＡｌａまたはＡ）、グリシン（ＧｌｙまたはＧ）、セリン（ＳｅｒまたはＳ）、トレオニン（ＴｈｒまたはＴ）；第２群：アスパラギン酸（ＡｓｐまたはＤ）、グルタミン酸（ＧｌｕまたはＺ）；第３群：アスパラギン（ＡｓｎまたはＮ）、グルタミン（ＧｌｎまたはＱ）；第４群：アルギニン（ＡｒｇまたはＲ）、リシン（ＬｙｓまたはＫ）、ヒスチジン（ＨｉｓまたはＨ）；第５群：イソロイシン（ＩｌｅまたはＩ）、ロイシン（ＬｅｕまたはＬ）、メチオニン（ＭｅｔまたはＭ）、バリン（ＶａｌまたはＶ）；および第６群：フェニルアラニン（ＰｈｅまたはＦ）、チロシン（ＴｙｒまたはＹ）、トリプトファン（ＴｒｐまたはＷ）。それに加えて、またはその代わりに、アミノ酸は、機能または化学構造または組成（例えば、酸性、塩基性、脂肪族、芳香族、または硫黄含有）の類似性によって、保存的な置換群に分類することができる。例えば、脂肪族の群は、置換の目的のために、Ｇｌｙ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、およびＩｌｅを含んでよい。他の保存的な置換群には、硫黄含有：Ｍｅｔおよびシステイン（ＣｙｓまたはＣ）；酸性：Ａｓｐ、Ｇｌｕ、Ａｓｎ、およびＧｌｎ；非極性またはわずかに極性の小さな脂肪族残基：Ａｌａ、Ｓｅｒ、Ｔｈｒ、プロリン（ＰｒｏまたはＰ）、およびＧｌｙ；極性の負に帯電した残基およびそれらのアミド：Ａｓｐ、Ａｓｎ、Ｇｌｕ、およびＧｌｎ；極性の正に帯電した残基：Ｈｉｓ、Ａｒｇ、およびＬｙｓ；非極性の大きな脂肪族残基：Ｍｅｔ、Ｌｅｕ、Ｉｌｅ、Ｖａｌ、およびＣｙｓ；ならびに大きな芳香族残基：Ｐｈｅ、ＴｙｒおよびＴｒｐが含まれる。さらなる情報はCreighton (1984) Proteins, W.H. Freeman and Companyに見出すことができる。
【００５１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される改変は、合成アミノ酸、アミノ酸類似体もしくはアミノ酸模倣物による、天然に存在するアミノ酸の置換、または合成アミノ酸、アミノ酸類似体もしくはアミノ酸模倣物の付加を含んでよい。このような実施形態では、改変は、１つまたは複数のＬ−アミノ酸の、Ｄ−アミノ酸による置換を含んでよい。Ｄ−アミノ酸は、天然の配列に見られるのと同じアミノ酸種であるか、または異なるアミノ酸であってよい。
【００５２】
「改変」はまた、天然に存在するアミノ酸の、官能基に結合または会合しているアミノ酸による置換も含む。このようなアミノ酸は、例えば、グリコシル化アミノ酸、ＰＥＧ化アミノ酸、ファルネシル化アミノ酸、アセチル化アミノ酸、ビオチン化アミノ酸、脂質部分に結合しているアミノ酸、または有機誘導体化剤に結合しているアミノ酸であってよい。このようなアミノ酸の存在は、例えば、ポリペプチド保存安定性を増加させ、および／またはペプチド溶解性を増加させるために好適であり得る。このような改変は、組換え産生中に、または合成手段によって、翻訳と同時もしくは翻訳後に実施することができる。
【００５３】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、０〜１個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメイン（例えば、配列番号１〜１１のいずれか１つ）を含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、０〜２個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、０〜３個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、０〜４個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、０〜５個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、０〜６個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、０〜７個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、０〜８個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、０〜９個の改変、０〜１０個の改変、０〜１２個の改変、０〜１５個の改変、または０〜２０個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。
【００５４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、１〜２個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、１〜３個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、１〜４個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、１〜５個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、１〜６個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、１〜７個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、１〜８個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、１〜９個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、１〜１０個の改変、１〜１２個の改変、１〜１５個の改変、または１〜２０個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、２〜３個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、２〜４個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、２〜５個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、２〜６個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、２〜７個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、２〜８個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、２〜９個の改変、２〜１０個の改変、２〜１２個の改変、２〜１５個の改変、または２〜２０個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。
【００５５】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、３〜４個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、３〜５個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、３〜６個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、３〜７個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、３〜８個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、３〜９個の改変、３〜１０個の改変、３〜１２個の改変、３〜１５個の改変、３〜２０個の改変、４〜５個の改変、４〜６個の改変、４〜７個の改変、４〜８個の改変、４〜９個の改変、４〜１０個の改変、４〜１２個の改変、４〜１５個の改変、４〜２０個の改変、５〜６個の改変、５〜７個の改変、５〜８個の改変、５〜９個の改変、５〜１０個の改変、５〜１２個の改変、５〜１５個の改変、５〜２０個の改変、６〜７個の改変、６〜８個の改変、６〜９個の改変、６〜１０個の改変、７〜８個の改変、７〜９個の改変、７〜１０個の改変、８〜９個の改変、８〜１０個の改変、または９〜１０個の改変を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるプロファイリングペプチドは、１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、または２０個の改変を有する改変されたＭｃｌ−１結合ドメインを含む。本開示のプロファイリングペプチドに含まれるＭｃｌ−１結合ドメイン配列は、任意の位置において改変を含んでよい。
【００５６】
Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１〜１１のいずれか１つの断片である実施形態では、アミノ酸配列は、５アミノ酸、６アミノ酸、７アミノ酸、８アミノ酸、９アミノ酸、１０アミノ酸、１１アミノ酸、１２アミノ酸、１３アミノ酸、または１４アミノ酸の最小長さを有してよい。Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１〜１１のいずれか１つの断片であるいくつかの実施形態では、アミノ酸配列は、１５アミノ酸の最小長さを有してよい。Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１〜１１のいずれか１つの断片であるいくつかの実施形態では、アミノ酸配列は、１６アミノ酸の最小長さを有してよい。Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１〜１１のいずれか１つの断片であるいくつかの実施形態では、アミノ酸配列は、１７アミノ酸の最小長さを有してよい。Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１〜１１のいずれか１つの断片であるいくつかの実施形態では、アミノ酸配列は、１８アミノ酸の最小長さを有してよい。Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１〜１１のいずれか１つの断片であるいくつかの実施形態では、アミノ酸配列は、１９アミノ酸の最小長さを有してよい。Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１〜１１のいずれか１つの断片であるいくつかの実施形態では、アミノ酸配列は、２０アミノ酸の最小長さを有してよい。Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１〜１１のいずれか１つの断片であるいくつかの実施形態では、アミノ酸配列は、２１アミノ酸の最小長さを有してよい。
【００５７】
いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１の断片であり、アミノ酸配列は、５アミノ酸、６アミノ酸、７アミノ酸、８アミノ酸、９アミノ酸、１０アミノ酸、１１アミノ酸、１２アミノ酸、１３アミノ酸、または１４アミノ酸の最小長さを有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１の断片であり、アミノ酸配列は１５アミノ酸の最小長さを有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１の断片であり、アミノ酸配列は１６アミノ酸の最小長さを有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１の断片であり、アミノ酸配列は１７アミノ酸の最小長さを有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１の断片であり、アミノ酸配列は１８アミノ酸の最小長さを有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１の断片であり、アミノ酸配列は１９アミノ酸の最小長さを有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１の断片であり、アミノ酸配列は２０アミノ酸の最小長さを有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１の断片であり、アミノ酸配列は２１アミノ酸の最小長さを有する。
【００５８】
さらなる実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１〜１１のいずれか１つの少なくとも１０個の連続アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１〜１１のいずれか１つの少なくとも１１個の連続アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１〜１１のいずれか１つの少なくとも１２個の連続アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１〜１１のいずれか１つの少なくとも１３個の連続アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１〜１１のいずれか１つの少なくとも１４個の連続アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１〜１１のいずれか１つの少なくとも１５個の連続アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１〜１１のいずれか１つの少なくとも１６個の連続アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１〜１１のいずれか１つの少なくとも１７個の連続アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１〜１１のいずれか１つの少なくとも１８個の連続アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１〜１１のいずれか１つの少なくとも１９個の連続アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１〜１１のいずれか１つの少なくとも２０個の連続アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは配列番号１〜１１のいずれか１つの少なくとも２１個の連続アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１の少なくとも１０個の連続アミノ酸、配列番号１の少なくとも１１個の連続アミノ酸、配列番号１の少なくとも１２個の連続アミノ酸、配列番号１の少なくとも１３個の連続アミノ酸、配列番号１の少なくとも１４個の連続アミノ酸、配列番号１の少なくとも１５個の連続アミノ酸、配列番号１の少なくとも１６個の連続アミノ酸、配列番号１の少なくとも１７個の連続アミノ酸、配列番号１の少なくとも１８個の連続アミノ酸、配列番号１の少なくとも１９個の連続アミノ酸、配列番号１の少なくとも２０個の連続アミノ酸、または配列番号１の少なくとも２１個の連続アミノ酸を含む。
【００５９】
いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの１０個以下の連続アミノ酸、配列番号１〜１１のいずれか１つの１１個以下の連続アミノ酸、配列番号１〜１１のいずれか１つの１２個以下の連続アミノ酸、配列番号１〜１１のいずれか１つの１３個以下の連続アミノ酸、配列番号１〜１１のいずれか１つの１４個以下の連続アミノ酸、配列番号１〜１１のいずれか１つの１５個以下の連続アミノ酸、配列番号１〜１１のいずれか１つの１６個以下の連続アミノ酸、配列番号１〜１１のいずれか１つの１７個以下の連続アミノ酸、配列番号１〜１１のいずれか１つの１８個以下の連続アミノ酸、配列番号１〜１１のいずれか１つの１９個以下の連続アミノ酸、配列番号１〜１１のいずれか１つの２０個以下の連続アミノ酸、または配列番号１〜１１のいずれか１つの２１個以下の連続アミノ酸を含む。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１の１０個以下の連続アミノ酸、配列番号１の１１個以下の連続アミノ酸、配列番号１の１２個以下の連続アミノ酸、配列番号１の１３個以下の連続アミノ酸、配列番号１の１４個以下の連続アミノ酸、配列番号１の１５個以下の連続アミノ酸、配列番号１の１６個以下の連続アミノ酸、配列番号１の１７個以下の連続アミノ酸、配列番号１の１８個以下の連続アミノ酸、配列番号１の１９個以下の連続アミノ酸、配列番号１の２０個以下の連続アミノ酸、または配列番号１の２１個以下の連続アミノ酸を含む。
【００６０】
本明細書に開示されるＭｃｌ−１結合ドメインのいくつかの実施形態は、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列と少なくとも７０％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列と少なくとも７５％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列と少なくとも８５％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列と少なくとも９５％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列と少なくとも９６％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列と少なくとも９８％の配列同一性を有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列と少なくとも９９％の配列同一性を有する。
【００６１】
いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１の配列と少なくとも７０％の配列同一性を有する配列を有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１の配列と少なくとも７５％の配列同一性を有する配列を有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１の配列と少なくとも８０％の配列同一性を有する配列を有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１の配列と少なくとも８５％の配列同一性を有する配列を有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１の配列と少なくとも９０％の配列同一性を有する配列を有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１の配列と少なくとも９５％の配列同一性を有する配列を有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１の配列と少なくとも９６％の配列同一性を有する配列を有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１の配列と少なくとも９７％の配列同一性を有する配列を有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１の配列と少なくとも９８％の配列同一性を有する配列を有する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１の配列と少なくとも９９％の配列同一性を有する配列を有する。
【００６２】
「パーセント配列同一性」とは、２つ以上の配列を比較することによって決定した、それら配列間の関係を指す。配列同一性を決定するための好ましい方法は、試験される配列間どうしの一致が最大となるように設計される。例えば、配列を、最適な比較目的のために並べる（例えば、最適なアラインメントのために、第１および第２のアミノ酸または核酸配列の一方または両方に、ギャップを導入し得る）。さらに、非相同配列は、比較目的のために無視してよい。いくつかの実施形態では、比較目的のために並べられる配列の長さは、参照配列の長さの少なくとも７０％、８０％、９０％、または１００％である。いくつかの実施形態では、本明細書に記載されるパーセント配列同一性は、参照配列の長さにわたって算出される。配列同一性および類似性を決定する方法は、公知の利用可能なコンピュータプログラムに見出され得る。配列アラインメントおよびパーセント同一性の算出は、ＢＬＡＳＴプログラム（例えば、ＢＬＡＳＴ  ２．０、ＢＬＡＳＴＰ、ＢＬＡＳＴＮ、またはＢＬＡＳＴＸ）を使用して行うことができる。ＢＬＡＳＴプログラムに使用される数学アルゴリズムは、Altschul et al., Nucleic Acids Res. 25:3389-3402, 1997に見ることができる。本開示の文脈内で、配列解析ソフトウェアが解析のために使用される場合、解析結果は、使用されたプログラムの「デフォルト値」に基づくと理解され得る。「デフォルト値」は、最初に初期化されたときの、ソフトウェアに元々ロードされている値またはパラメーターの設定を意味する。
【００６３】
いくつかの実施形態では、改変されたＭｃｌ−１結合ドメインは、Ｍｃｌ−１との結合に対する未改変配列の特異性および親和性を保持する（すなわち、Ｍｃｌ−１結合ドメインに対する改変は、統計学的に有意、臨床的に有意、または生物学的に有意な様式において、Ｍｃｌ−１との結合に対する特異性または親和性を変化させない）。いくつかの実施形態では、改変されたＭｃｌ−１結合ドメインが、Ｍｃｌ−１との結合に対する未改変配列の特異性および親和性を保持するというのは、該改変されたＭｃｌ−１結合ドメインの特異性および親和性が未改変配列の特異性および親和性の少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または９９％である場合である。例えば、改変されたＭｃｌ−１結合ドメインが、Ｍｃｌ−１との結合に対する未改変配列の特異性および親和性を保持するのは、該改変されたＭｃｌ−１結合ドメインの特異性および親和性が配列番号１〜１１のいずれか１つの特異性および親和性の少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または９９％である場合であり得る。
【００６４】
いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、ＮＯＸＡより少なくとも２０倍高い親和性でＭｃｌ−１と結合する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、ＮＯＸＡより少なくとも２２倍高い親和性でＭｃｌ−１と結合する。いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、ＮＯＸＡより少なくとも２４倍高い親和性でＭｃｌ−１と結合する。特定の実施形態では、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、ＮＯＸＡより少なくとも２８倍高い親和性でＭｃｌ−１と結合する。
【００６５】
Ｍｃｌ−１結合ドメインに対する任意のアミノ酸改変の効果は、得られた改変Ｍｃｌ−１結合ドメインを、生物学的アッセイにおいて機能する能力について、またはモノクローナルもしくはポリクローナル抗体などの標的分子と結合する能力について試験することによって、実験的に決定することができる。例えば、改変されたＭｃｌ−１結合ドメインが、改変されていない配列に相当する構造に折り畳まれる能力を、当該技術分野において公知のアッセイを使用して試験することができ、そのようなアッセイは、天然または折り畳まれていないペプチドに特異的であるモノクローナルまたはポリクローナル抗体と反応させること、結合機能の保持を試験すること、およびプロテアーゼによる消化に対する改変されたＭｃｌ−１結合ドメインの感受性または耐性を試験することを含み得る。
【００６６】
ペプチド三次構造を解析するための、Ｍｃｌ−１結合ドメインの第１級および第２級アミノ酸構造の解析および／またはコンピューターモデリングは、Ｍｃｌ−１結合ドメインの構造を顕著に変化させることなく、そしてその結果としてＭｃｌ−１結合ドメインの結合特異性および親和性を潜在的に顕著に低減させることなく置換、付加または欠失させ得る特定のアミノ酸残基を識別するのに役立ち得る。
【００６７】
いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、細胞取り込み部分をさらに含み、これは任意に、リンカーによってＭｃｌ−１結合ドメインに連結されてもよい。「細胞取り込み部分」とは、ペプチドに結合したとき、そのペプチドおよび細胞取り込み部分が外側細胞膜を横切ることを可能にし、それによってペプチドを細胞内に移動させる、アミノ酸配列または化学化合物を指す。さらに、いくつかの実施形態では、細胞取り込み部分は、ペプチドを所望の細胞位置（例えば、ミトコンドリア）に導くように、ターゲティング部位として作用することができる。
【００６８】
いくつかの実施形態では、細胞取り込み部分はペプチド配列である。このような実施形態では、細胞取り込み部分ペプチドは、少なくとも４アミノ酸の長さ、少なくとも５アミノ酸の長さ、少なくとも６アミノ酸の長さ、少なくとも７アミノ酸の長さ、少なくとも８アミノ酸の長さ、または少なくとも９アミノ酸の長さである。いくつかの実施形態では、細胞取り込み部分は、１〜２０アミノ酸、５〜２０アミノ酸、６〜２０アミノ酸、７〜２０アミノ酸、８〜２０アミノ酸、９〜２０アミノ酸、１０〜２０アミノ酸、１１〜２０アミノ酸、１２〜２０アミノ酸、１５〜２０アミノ酸、１〜１５アミノ酸、５〜１５アミノ酸、６〜１５アミノ酸、７〜１５アミノ酸、８〜１５アミノ酸、９〜１５アミノ酸、１０〜１５アミノ酸、１１〜１５アミノ酸、１２〜１５アミノ酸、１〜１２アミノ酸、５〜１２アミノ酸、６〜１２アミノ酸、７〜１２アミノ酸、８〜１２アミノ酸、９〜１２アミノ酸、１０〜１２アミノ酸、１〜１０アミノ酸、５〜１０アミノ酸、６〜１０アミノ酸、または７〜１０アミノ酸のアミノ酸配列を含む。
【００６９】
いくつかの実施形態では、細胞取り込み部分ペプチドは、既知のペプチド配列から単離された導入ドメインである。導入ドメインを有するペプチドは、当該技術分野において周知であり、その例には、ヒト免疫不全ウイルス（ＨＩＶ）転写活性化因子（Trans-Activator of Transcription）（ＴＡＴ；Vives et al. J Biol Chem. 1997 Jun 20;272(25):16010-7に記載されている）、単純ヘルペスウイルスのテグメントタンパク質ＶＰ２２、アンテナペディア細胞膜（Atennapedia plasma membrane）（ＡＮＴ）移行ドメイン、ポリ−Ａｒｇ配列などが含まれる。いくつかの実施形態では、細胞取り込み部分ペプチドは、既知の導入ドメイン由来の連続アミノ酸配列である。他の実施形態では、細胞取り込み部分ペプチドは、連続アミノ酸配列においては天然に存在しない、１つ以上の既知の導入ドメイン由来の２つ以上のアミノ酸配列であり、例えば、２つのアミノ酸配列を含む細胞取り込みドメインは、天然の第３のアミノ酸配列によって隔てられ得る。
【００７０】
いくつかの実施形態では、細胞取り込み部分ペプチドは、改変されてもよい、既知のペプチド由来の導入ドメインである。改変は、公知の技術を使用してなされ得る。
【００７１】
いくつかの実施形態では、細胞取り込み部分ペプチドは、改変されてもよいＴＡＴ移行ドメインである。改変されてもよいＴＡＴ移行ドメインは、０〜１個の改変、０〜２個の改変、０〜３個の改変、０〜４個の改変、０〜５個の改変、０〜６個の改変、０〜７個の改変、０〜８個の改変、０〜９個の改変、個の改変１〜２個の改変、１〜３個の改変、１〜４個の改変、１〜５個の改変、１〜６個の改変、１〜７個の改変、１〜８個の改変、１〜９個の改変、２〜３個の改変、２〜４個の改変、２〜５個の改変、２〜６個の改変、２〜７個の改変、２〜８個の改変、２〜９個の改変、３〜４個の改変、３〜５個の改変、３〜６個の改変、３〜７個の改変、３〜８個の改変、３〜９個の改変、４〜５個の改変、４〜６個の改変、４〜７個の改変、４〜８個の改変、または４〜９個の改変を有することができる。細胞取り込み部分ペプチドがＴＡＴ移行ドメインの断片であるいくつかの実施形態では、細胞取り込み部分ペプチド配列は、５アミノ酸、６アミノ酸、７アミノ酸、８アミノ酸、９アミノ酸、または１０アミノ酸の最小の長さを有することができる。細胞取り込み部分ペプチドがＴＡＴ移行ドメインの断片であるいくつかの実施形態では、細胞取り込み部分ペプチド配列は、最小でＴＡＴ移行ドメインの５個の連続アミノ酸、６個の連続アミノ酸、７個の連続アミノ酸、８個の連続アミノ酸、９個の連続アミノ酸、または１０個の連続アミノ酸を有することができる。本明細書に開示される改変されたＴＡＴ移行ドメインは、ＹＧＲＫＫＲＲＱＲＲＲの配列（配列番号１２）と、少なくとも７０％の配列同一性、少なくとも７５％の配列同一性、少なくとも８０％の配列同一性、少なくとも８５％の配列同一性、少なくとも９０％の配列同一性、少なくとも９５％の配列同一性、少なくとも９６％の配列同一性、少なくとも９７％の配列同一性、少なくとも９８％の配列同一性、または少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、細胞取り込み部分は、改変されたＴＡＴ移行ドメインである。他のいくつかの実施形態では、細胞取り込み部分ペプチドは、配列番号１２の配列を有するＴＡＴ移行ドメインである。
【００７２】
いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、ＴＡＴ移行ドメイン、および配列番号１〜１１の１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、ＴＡＴ移行ドメイン、および配列番号１〜１１の１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、ＴＡＴ移行ドメイン、および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、ＴＡＴ移行ドメイン、および配列番号１〜１１のいずれか１つを有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、配列番号１２を有するＴＡＴ移行ドメイン、および配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、配列番号１２を有するＴＡＴ移行ドメイン、および配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、配列番号１２を有するＴＡＴ移行ドメイン、および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、配列番号１２を有するＴＡＴ移行ドメイン、および配列番号１〜１１のいずれか１つを有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。
【００７３】
いくつかの実施形態では、細胞取り込み部分ペプチドは、改変されてもよいＡＮＴ移行ドメインである。改変されてもよいＡＮＴ移行ドメインは、０〜１個の改変、０〜２個の改変、０〜３個の改変、０〜４個の改変、０〜５個の改変、０〜６個の改変、０〜７個の改変、０〜８個の改変、０〜９個の改変、１〜２個の改変、１〜３個の改変、１〜４個の改変、１〜５個の改変、１〜６個の改変、１〜７個の改変、１〜８個の改変、１〜９個の改変、２〜３個の改変、２〜４個の改変、２〜５個の改変、２〜６個の改変、２〜７個の改変、２〜８個の改変、２〜９個の改変、３〜４個の改変、３〜５個の改変、３〜６個の改変、３〜７個の改変、３〜８個の改変、３〜９個の改変、４〜５個の改変、４〜６個の改変、４〜７個の改変、４〜８個の改変、または４〜９個の改変を有することができる。細胞取り込み部分ペプチドがＡＮＴ移行ドメインの断片であるいくつかの実施形態では、細胞取り込み部分ペプチド配列は、５個のアミノ酸、６個のアミノ酸、７個のアミノ酸、８個のアミノ酸、９個のアミノ酸、または１０個のアミノ酸の最小の長さを有することができる。細胞取り込み部分ペプチドがＡＮＴ移行ドメインの断片であるいくつかの実施形態では、細胞取り込み部分ペプチド配列は、最小でＡＮＴ移行ドメインの５個の連続アミノ酸、６個の連続アミノ酸、７個の連続アミノ酸、８個の連続アミノ酸、９個の連続アミノ酸、または１０個の連続アミノ酸を有することができる。本明細書に開示される改変されたＡＮＴ移行ドメインは、ＲＱＩＫＩＷＦＱＮＲＲＭＫＷＫＫの配列（配列番号１３）と、少なくとも７０％の配列同一性、少なくとも７５％の配列同一性、少なくとも８０％の配列同一性、少なくとも８５％の配列同一性、少なくとも９０％の配列同一性、少なくとも９５％の配列同一性、少なくとも９６％の配列同一性、少なくとも９７％の配列同一性、少なくとも９８％の配列同一性、または少なくとも９９％の配列同一性を有するアミノ酸配列を含む。いくつかの実施形態では、細胞取り込み部分ペプチドは、改変されたＡＮＴ移行ドメインである。他のいくつかの実施形態では、細胞取り込み部分ペプチドは、配列番号１３の配列を有するＡＮＴ移行ドメインである。
【００７４】
いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、ＡＮＴ移行ドメイン、および配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、ＡＮＴ移行ドメイン、および配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、ＡＮＴ移行ドメイン、および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、ＡＮＴ移行ドメイン、および配列番号１〜１１のいずれか１つを有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、配列番号１３を有するＡＮＴ移行ドメイン、および配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、配列番号１３を有するＡＮＴ移行ドメイン、および配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、配列番号１３を有するＡＮＴ移行ドメイン、および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、配列番号１３を有するＡＮＴ移行ドメイン、および配列番号１〜１１のいずれか１つを有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。
【００７５】
いくつかの実施形態では、細胞取り込み部分は、ポリ−Ａｒｇ配列などの、アルギニンに富むアミノ酸配列である。いくつかの実施形態では、アルギニンに富むアミノ酸配列は、３〜９個のＡｒｇ残基、３〜１０個のＡｒｇ残基、３〜１１個のＡｒｇ残基、３〜１２個のＡｒｇ残基、４〜９個のＡｒｇ残基、４〜１０個のＡｒｇ残基、４〜１１個のＡｒｇ残基、４〜１２個のＡｒｇ残基、５〜９個のＡｒｇ残基、５〜１０個のＡｒｇ残基、５〜１１個のＡｒｇ残基、５〜１２個のＡｒｇ残基、６〜９個のＡｒｇ残基、６〜１０個のＡｒｇ残基、６〜１１個のＡｒｇ残基、６〜１２個のＡｒｇ残基、７〜９個のＡｒｇ残基、７〜１０個のＡｒｇ残基、７〜１１個のＡｒｇ残基、７〜１２個のＡｒｇ残基、８〜９個のＡｒｇ残基、８〜１０個のＡｒｇ残基、８〜１１個のＡｒｇ残基、８〜１２個のＡｒｇ残基、９〜１０個のＡｒｇ残基、９〜１１個のＡｒｇ残基、または９〜１２個のＡｒｇ残基を含む。いくつかの実施形態では、ポリ−Ａｒｇ配列は、３個のＡｒｇ残基、４個のＡｒｇ残基、５個のＡｒｇ残基、６個のＡｒｇ残基、７個のＡｒｇ残基、８個のＡｒｇ残基、９個のＡｒｇ残基、１０個のＡｒｇ残基、１１個のＡｒｇ残基、または１２個のＡｒｇ残基を含む。いくつかの実施形態では、ポリ−Ａｒｇ配列は、３〜９個の連続Ａｒｇ残基、３〜１０個の連続Ａｒｇ残基、３〜１１個の連続Ａｒｇ残基、３〜１２個の連続Ａｒｇ残基、４〜９個の連続Ａｒｇ残基、４〜１０個の連続Ａｒｇ残基、４〜１１個の連続Ａｒｇ残基、４〜１２個の連続Ａｒｇ残基、５〜９個の連続Ａｒｇ残基、５〜１０個の連続Ａｒｇ残基、５〜１１個の連続Ａｒｇ残基、５〜１２個の連続Ａｒｇ残基、６〜９個の連続Ａｒｇ残基、６〜１０個の連続Ａｒｇ残基、６〜１１個の連続Ａｒｇ残基、６〜１２個の連続Ａｒｇ残基、７〜９個の連続Ａｒｇ残基、７〜１０個の連続Ａｒｇ残基、７〜１１個の連続Ａｒｇ残基、７〜１２個の連続Ａｒｇ残基、８〜９個の連続Ａｒｇ残基、８〜１０個の連続Ａｒｇ残基、８〜１１個の連続Ａｒｇ残基、８〜１２個の連続Ａｒｇ残基、９〜１０個の連続Ａｒｇ残基、９〜１１個の連続Ａｒｇ残基、または９〜１２個の連続Ａｒｇ残基を含む。
【００７６】
いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、アルギニンに富むアミノ酸配列、および配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、アルギニンに富むアミノ酸配列、および配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、アルギニンに富むアミノ酸配列、および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、アルギニンに富むアミノ酸配列、および配列番号１〜１１のいずれか１つを有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、３〜１０個の連続Ａｒｇ残基を有するポリ−Ａｒｇ配列、および配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、３〜１０個の連続Ａｒｇ残基を有するポリ−Ａｒｇ配列、および配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、３〜１０個のＡｒｇ残基を有するポリ−Ａｒｇ配列、および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、本開示のプロファイリングペプチドは、３〜１０個の連続Ａｒｇ残基を有するポリ−Ａｒｇ配列、および配列番号１〜１１のいずれか１つを有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。
【００７７】
いくつかの実施形態では、改変された細胞取り込み部分ペプチドは、あるペプチドと結合したときに細胞膜を横切る未改変配列の能力を保持する（すなわち、細胞取り込み部分ペプチドに対する改変は、統計学的に有意、臨床的に有意、または生物学的に有意な様式において、あるペプチドと結合したときに細胞膜を横切る能力を変化させない）。いくつかの実施形態では、改変された細胞取り込み部分ペプチドが、あるペプチドと結合したときに細胞膜を横切る未改変配列の能力を保持するというのは、改変された細胞取り込み部分ペプチドの内在化効率が、未改変配列の内在化効率の少なくとも７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９７％、または９９％である場合である。
【００７８】
あるいは、細胞取り込み部分は化学化合物であってもよい。細胞内在化を促進する化学化合物は当業者によって理解され、その例には、コレステロール部分、オクタン酸、リトコール酸、オレイルアルコール、リトコール酸オレイルアミド、およびデカン酸が含まれる。
【００７９】
Ｍｃｌ−１結合ドメインおよび細胞取り込み部分は、当該技術分野において公知の任意の適切な様式において化学カップリングによって連結され得る。細胞取り込み部分はＭｃｌ−１結合ドメインに、任意の適切な位置で、例えばＭｃｌ−１結合ドメインのＮ末端またはＣ末端において、直接に、またはリンカーを介して、連結され得る。いくつかの実施形態では、細胞取り込み部分はＭｃｌ−１結合ドメインに、リンカーを介して連結される。いくつかの実施形態では、細胞取り込み部分は、Ｍｃｌ−１結合ドメインのＮ末端に連結される。さらなる実施形態では、細胞取り込み部分は、リンカーを介してＭｃｌ−１結合ドメインのＮ末端に連結される。他のいくつかの実施形態では、細胞取り込み部分は、Ｍｃｌ−１結合ドメインのＣ末端に連結される。さらなるいくつかの実施形態では、細胞取り込み部分は、リンカーを介してＭｃｌ−１結合ドメインのＣ末端に連結される。
【００８０】
適切なリンカーは、当業者によって理解されるように、任意の長さのペプチド配列、および他の化学リンカーを包含する。いくつかの実施形態では、短いペプチド配列、例えば、非荷電アミノ酸、非極性アミノ酸および／または小アミノ酸を含むペプチド配列が使用される。いくつかの実施形態では、リンカーは１〜５アミノ酸のアミノ酸配列である。例えば、いくつかの例示的なリンカーには、Ｇｌｙ、Ｐｒｏ、Ａｌａ、Ｖａｌ、Ｌｅｕ、Ｍｅｔ、Ｉｌｅ、および／またはＰｈｅアミノ酸が含まれる。適切なペプチド配列の他の例には、２つのＰｒｏ残基、３つのＧｌｙ残基などが含まれる。いくつかの実施形態では、細胞取り込み部分は、細胞取り込み部分が細胞内への侵入時または侵入後に切り離されるように、Ｍｃｌ−１結合ドメインに連結される。いくつかの実施形態では、リンカーは３つのＧｌｙ残基、例えばＧＧＧを含む。
【００８１】
本開示のプロファイリングペプチドの実施形態は、２０〜４０アミノ酸の長さ、２０〜４５アミノ酸の長さ、２０〜５０アミノ酸の長さ、２５〜４０アミノ酸の長さ、２５〜４５アミノ酸の長さ、２５〜５０アミノ酸の長さ、３０〜３６アミノ酸の長さ、３０〜３７アミノ酸の長さ、３０〜３８アミノ酸の長さ、３０〜３９アミノ酸の長さ、３０〜４０アミノ酸の長さ、３０〜４５アミノ酸の長さ、３０〜５０アミノ酸の長さ、３１〜３６アミノ酸の長さ、３１〜３７アミノ酸の長さ、３１〜３８アミノ酸の長さ、３１〜３９アミノ酸の長さ、３１〜４０アミノ酸の長さ、３２〜３６アミノ酸の長さ、３２〜３７アミノ酸の長さ、３２〜３８アミノ酸の長さ、３２〜３９アミノ酸の長さ、３２〜４０アミノ酸の長さ、３３〜３６アミノ酸の長さ、３３〜３７アミノ酸の長さ、３３〜３８アミノ酸の長さ、３３〜３９アミノ酸の長さ、３３〜４０アミノ酸の長さ、３４〜３６アミノ酸の長さ、３４〜３７アミノ酸の長さ、３４〜３８アミノ酸の長さ、３４〜３９アミノ酸の長さ、３４〜４０アミノ酸の長さ、３５〜３６アミノ酸の長さ、３５〜３７アミノ酸の長さ、３５〜３８アミノ酸の長さ、３５〜３９アミノ酸の長さ、３５〜４０アミノ酸の長さ、３５〜４５アミノ酸の長さ、３５〜５０アミノ酸の長さ、３６〜３７アミノ酸の長さ、３６〜３８アミノ酸の長さ、３６〜３９アミノ酸の長さ、３６〜４０アミノ酸の長さ、３７〜３８アミノ酸の長さ、３７〜３９アミノ酸の長さ、３７〜４０アミノ酸の長さ、３８〜３９アミノ酸の長さ、３８〜４０アミノ酸の長さ、または３９〜４０アミノ酸の長さであってよい。
【００８２】
いくつかの実施形態では、プロファイリングペプチドは、細胞取り込み部分、および配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、プロファイリングペプチドは、細胞取り込み部分、および配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、プロファイリングペプチドは、細胞取り込み部分、および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、プロファイリングペプチドは、細胞取り込み部分、および配列番号１〜１１のいずれか１つを有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。いくつかの実施形態では、プロファイリングペプチドは、細胞取り込み部分、および配列番号１を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含む。
【００８３】
いくつかの実施形態では、プロファイリングペプチドは、配列番号１２を有する細胞取り込み部分が、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインに、リンカーによって連結されたものを含む。いくつかの実施形態では、プロファイリングペプチドは、配列番号１２を有する細胞取り込み部分が、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインに、リンカーによって連結されたものを含む。いくつかの実施形態では、プロファイリングペプチドは、配列番号１２を有する細胞取り込み部分が、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインに、リンカーによって連結されたものを含む。いくつかの実施形態では、プロファイリングペプチドは、配列番号１２を有する細胞取り込み部分が、配列番号１〜１１のいずれか１つを有するＭｃｌ−１結合ドメインに、リンカーによって連結されたものを含む。
【００８４】
特定の実施形態では、プロファイリングペプチドは、ＹＧＲＫＫＲＲＱＲＲＲＧＧＧＲＰＥＩＷＭＴＱＧＬＲＲＬＧＤＥＩＮＡＹＹＡＲの配列（配列番号１４）を有する。他の実施形態では、プロファイリングペプチドは、ＲＰＥＩＷＭＴＱＧＬＲＲＬＧＤＥＩＮＡＹＹＡＲＧＧＧＹＧＲＫＫＲＲＱＲＲＲの配列（配列番号１５）を有する。
【００８５】
改変されたプロファイリングペプチドは、標準的な化学的方法によって合成され、精製されてよい。ペプチドは、手作業の技術または自動化された方法によって、化学的に合成されてよい。ペプチドの自動合成のための設備は、Perkin-Elmer, Inc. (Waltham, MA)などの供給業者から市販されており、製造業者の指示書に従って操作することができる。さらに、合成プロファイリングペプチドは、多くのカスタムペプチド合成製造業者から入手することもできる。必要な場合、合成ペプチドを、分取逆相クロマトグラフィー、分配クロマトグラフィー、ゲル濾過、ゲル電気泳動、イオン交換クロマトグラフィー、または当該技術分野において使用される他の方法を使用して精製し得る。
【００８６】
あるいは、改変されたプロファイリングペプチドは、遺伝子操作および組換え分子生物学的方法および技術によって容易に製造することができる。例えば、改変されたプロファイリングペプチドをコードするポリヌクレオチドまたはその断片を、組換え方法によって構築、または化学的に合成することができる（自動合成器のような装置を使用して）。化学合成または組換え合成後にポリヌクレオチドを精製するための方法は、当業者に公知である。プロファイリングペプチドを宿主細胞において産生するために、構築または合成されたポリヌクレオチドを、宿主細胞に導入する発現ベクター（例えば、プラスミド、ウイルス粒子、またはファージ）内に組み込むことができる。本明細書に記載されるプロファイリングペプチドをコードするポリヌクレオチドは、様々な異なる宿主細胞において組換えにより発現され得る。次いで、宿主細胞を発現ベクターによって遺伝子的に操作（形質導入、形質変換、またはトランスフェクト）し得る。特定の宿主細胞についての、温度、ｐＨなどの培養条件の選択および維持は、当業者であれば容易に分かるであろう。次いで産生されたペプチドを、当該技術分野において公知の方法を使用して採取し、精製し得る。
【００８７】
組成物
本明細書に記載されるプロファイリングペプチドおよび担体を含む組成物もまた、本明細書に開示される。適切な担体には、プロファイリングペプチドの安定性および完全性を維持するものが含まれる。担体は、希釈剤、賦形剤、防腐剤、または溶媒であってもよい。
【００８８】
いくつかの実施形態では、１個より多いプロファイリングペプチドが組成物に含まれてもよい。このような実施形態では、少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のプロファイリングペプチドが含まれる。
【００８９】
さらなる実施形態では、本明細書に開示される組成物は検出試薬をさらに含む。検出試薬は、蛍光色素、非蛍光色素（例えば、蛍光色素に変換され得る非蛍光色素）、抗体などの、任意の適切な試薬であってよい。蛍光色素には、例えば、５，５’，６，６’−テトラクロロ−１，１’，３，３’−テトラエチル−イミダカルボシアニンヨージド（ＪＣ−１）、ヨウ化プロピジウム（ＰＩ）、１，１’，３，３，３’，３’−ヘキサメチルインドジカルボ−シアニンヨージド（ＤｉｌＣ１）、および３，３’−ジヘキシルオキサカルボシアニンヨージド（ＤｉＯＣ６）が含まれる。様々な実施形態で、蛍光色素は電位差色素である。「電位差色素」とは、電圧変化に応答して、性質を変える、例えば、蛍光を発する色素である。適切な電位差色素には、例えば、ＤｉｌＣ１、ＪＣ−１、およびローダミン１２３が含まれる。いくつかの実施形態では、含まれる電位差色素はＪＣ−１またはローダミン１２３である。他のいくつかの実施形態では、色素は、酸化により蛍光色素ローダミン１２３に変換され得る非蛍光色素である、ジヒドロローダミン１２３である。
【００９０】
特定の実施形態では、本明細書に記載される組成物は、ジギトニンなどの細胞透過化剤を含まない。「細胞透過化剤」とは、細胞小器官を含む細胞内領域へのアクセスを提供するように外側細胞膜を分解する任意の試薬である。２種類の試薬が一般に細胞透過化剤として使用される：（１）メタノールおよびアセトンなどの有機溶媒、ならびに（２）サポニン、Ｔｒｉｔｏｎ  Ｘ−１００、およびＴｗｅｅｎ−２０などの界面活性剤。一般に、有機溶媒は、外側細胞膜の脂質を溶解して膜に穴を開けることによって、外側細胞膜を透過化する。界面活性剤は一般に、膜コレステロールと相互作用し、それを選択的に除去することなどによって、外側細胞膜に孔を生じさせる。
【００９１】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される組成物は、全細胞をさらに含む。いくつかの実施形態では、全細胞は癌細胞である。特定の実施形態では、癌細胞はヒト腫瘍由来の細胞株に由来する。特定の実施形態では、癌細胞は癌幹細胞である。いくつかの実施形態では、癌細胞は腫瘍から単離されたものである。特定の実施形態では、癌細胞は非固形腫瘍の生検に由来する。いくつかの実施形態では、癌細胞は対象由来の末梢血から得られる。他のいくつかの実施形態では、癌細胞は対象の骨髄から得られる。
【００９２】
特定の実施形態では、癌細胞は、多発性骨髄腫、ＡＭＬ、急性リンパ性白血病、慢性リンパ行性白血病、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、および非ホジキンリンパ腫を有する対象の生検に由来する。いくつかの実施形態では、癌細胞は、例えば、多発性骨髄腫、骨髄異形成症候群（ＭＤＳ）、ＡＭＬ、ＡＬＬ、急性リンパ性白血病、慢性リンパ行性白血病、ＣＬＬ、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、または非ホジキンリンパ腫を包含する血液癌に由来する。特定の実施形態では、癌はＡＭＬである。
【００９３】
いくつかの実施形態では、癌細胞は固形腫瘍に由来する。いくつかの実施形態では、癌細胞は、例えば、結腸直腸、乳房、前立腺、肺、膵臓、腎臓、または卵巣原発性腫瘍の生検などの、固形腫瘍の生検に由来する。様々な実施形態では、癌細胞は、転移前の癌または転移癌から単離される。
【００９４】
本開示の組成物は、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが少なくとも１５％である対象における癌の処置に使用するための治療用組成物を包含し、ここで、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージは、複数の癌細胞の第１の部分を、
細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチド、または
細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチド、ならびに担体を含む組成物
と接触させることを含むインビトロの方法によって得られる。本開示の組成物はまた、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが少なくとも１５％である対象に投与される、治療薬を含む癌治療用組成物を包含し、ここで、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージは、複数の癌細胞の第１の部分を、
細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチド、または
細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチド、ならびに担体を含む組成物
と接触させることを含むインビトロの方法によって得られる。
【００９５】
キット
本開示は、本明細書に記載されるプロファイリングペプチド、および検出試薬を含むキットをさらに提供する。本開示のキットに含まれる検出試薬は、蛍光色素、蛍光色素に変換され得る非蛍光色素、抗体などの、任意の適切な試薬であってよい。蛍光色素には、例えば、５，５’，６，６’−テトラクロロ−１，１’，３，３’−テトラエチル−イミダカルボシアニンヨージド（ＪＣ−１）、ヨウ化プロピジウム（ＰＩ）、１，１’，３，３，３’，３’−ヘキサメチルインドジカルボ−シアニンヨージド（ＤｉｌＣ１）、および３，３’−ジヘキシルオキサカルボシアニンヨージド（ＤｉＯＣ６）が含まれる。様々な実施形態で、蛍光色素は電位差色素である。適切な電位差色素には、例えば、ＤｉｌＣ１、ＪＣ−１、およびローダミン１２３が含まれる。いくつかの実施形態では、含まれる電位差色素は、ＪＣ−１またはローダミン１２３である。他のいくつかの実施形態では、色素は、酸化により蛍光色素ローダミン１２３に変換され得る非蛍光色素である、ジヒドロローダミン１２３である。
【００９６】
いくつかの実施形態では、１個より多いプロファイリングペプチドがキットに含まれてよい。このような実施形態では、少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、９個、または１０個のプロファイリングペプチドが含まれる。１個より多いプロファイリングペプチドが提供される様々な実施形態では、使用順序および／またはプロファイリングペプチドの組合せを使用するための指示がキットに含まれてもよい。
【００９７】
キットは、本明細書に開示される方法においてキットを使用するための、記載された指示書をさらに含んでもよい。様々な実施形態では、記載された指示書は、プロファイリングペプチドおよび／または検出試薬の調製；キットの使用による結果を解釈するための適した参照レベル；関連する廃棄物の適正な処分などに関する指示を含んでよい。記載された指示書は、キット内に提供される印刷物の形態であるか、またはキットを収容する容器の一部に印刷されたものであってよい。記載された指示書は、シート、パンフレット、冊子、ＣＤ−Ｒｏｍ、もしくはコンピューター可読デバイスの形態であるか、またはウェブサイトなどのリモート位置に指示を見出すための方法を示すものであってよい。記載された指示書は、英語および／または公用語もしくは地方言語であってよい。
【００９８】
そのようなキットは、１つまたは複数の、試薬、アッセイ対照、または試料の評価に必要な他の供給品、例えば、ウェルを有するプレート、シリンジ、アンプル、バイアル、チューブ、チュービング、フェイスマスク、無針の流体移動デバイス、注射キャップ、スポンジ、滅菌粘着性ストリップ、Ｃｈｌｏｒａｐｒｅｐ、グローブなどを、さらに含んでもよい。特定の実施形態では、本明細書に記載されるキットは、ジギトニンなどの細胞透過化剤を含まない。本明細書に記載されるキットのいずれにおいても、内容物に変更を加えてよい。様々な実施形態では、プロファイリングペプチドおよび検出試薬を、場合により、１つまたは複数の試薬または供給品と共に、場合により、使用のための記載された指示書と共に、小型容器内に組み合わせる。
【００９９】
いくつかの実施形態では、本開示のキットは、検出試薬、ならびに細胞取り込み部分および配列番号１〜１１いずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本開示のキットは、検出試薬、ならびに細胞取り込み部分および配列番号１〜１１いずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本開示のキットは、検出試薬、ならびに細胞取り込み部分および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本開示のキットは、検出試薬、ならびに細胞取り込み部分および配列番号１〜１１を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドを含む。上記の実施形態のいずれかにおいて、細胞取り込み部分は、ＴＡＴ移行ドメインまたはＡＮＴ移行ドメインであってよい。いくつかの実施形態では、細胞取り込み部分は、リンカーを介してＭｃｌ−１結合ドメインに結合している。いくつかの実施形態では、本開示のキットは、検出試薬および（配列番号１４）の配列を有するプロファイリングペプチドを含む。いくつかの実施形態では、本開示のキットは、検出試薬および（配列番号１５）の配列を有するプロファイリングペプチドを含む。上記の実施形態のいずれにおいても、キットは細胞透過化剤を含まなくてもよい。上記の実施形態のいずれにおいても、検出試薬は電位差色素であってもよい。
【０１００】
使用方法
対象由来の癌細胞をプロファイリングする方法もまた、本明細書に記載される。いくつかの実施形態は、癌細胞をプロファイリングペプチドと接触させることを含む。プロファイリングペプチドは、当該技術分野において公知のもののいずれか（例えば、ＮＯＸＡ）、または本明細書に開示されるプロファイリングペプチドのいずれかであってよい。このような方法は、癌細胞または複数の癌細胞についての感受性プロファイルを作成する方法を包含する。いくつかの実施形態では、対象由来の癌細胞についての感受性プロファイルを作成する方法は、癌細胞または複数の癌細胞を対象から単離することを含む。特定の実施形態では、癌細胞は、ヒト腫瘍由来の細胞株に由来する。特定の実施形態では、癌細胞は癌幹細胞である。いくつかの実施形態では、癌細胞は腫瘍から単離される。特定の実施形態では、癌細胞は非固形腫瘍の生検に由来する。いくつかの実施形態では、癌細胞は対象由来の末梢血から得られる。他の実施形態では、癌細胞は対象の骨髄から得られる。
【０１０１】
特定の実施形態では、癌細胞は、多発性骨髄腫、ＡＭＬ、急性リンパ性白血病、慢性リンパ行性白血病、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、および非ホジキンリンパ腫を有する対象の生検に由来する。いくつかの実施形態では、癌細胞は、例えば、多発性骨髄腫、ＭＤＳ、ＡＭＬ、ＡＬＬ、急性リンパ性白血病、慢性リンパ行性白血病、ＣＬＬ、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、または非ホジキンリンパ腫を含む血液癌に由来する。特定の実施形態では、癌はＡＭＬである。
【０１０２】
いくつかの実施形態では、癌細胞は固形腫瘍に由来する。いくつかの実施形態では、癌細胞は、例えば、結腸直腸、乳房、前立腺、肺、膵臓、腎臓、または卵巣原発性腫瘍の生検などの、固形腫瘍の生検に由来する。様々な実施形態では、癌細胞は、転移前の癌、または転移癌から単離される。いくつかの実施形態では、癌細胞は循環腫瘍細胞である。
【０１０３】
特定の実施形態では、癌細胞は、固形マトリクスまたはビーズに結合した抗ＣＤ１３８抗体を用いる生検試料からの選択により豊富化された多発性骨髄腫細胞である。特定の実施形態では、癌細胞は、ＣＤ４５に対する抗体との結合によって豊富化されたＡＭＬ細胞である。特定の実施形態では、癌細胞は、慢性リンパ行性白血病またはびまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫（非Ｂ細胞枯渇によって豊富化される）に由来する。
【０１０４】
様々な実施形態では、複数の癌細胞は、凍結されている試料に由来する。他の実施形態では、複数の癌細胞は、凍結されていない、すなわち新たに採取された試料に由来する。
【０１０５】
癌細胞または複数の癌細胞をプロファイリングする方法は、複数の癌細胞を１つまたは複数の標識と接触させることを含んでもよい。フローサイトメトリーを使用するいくつかの実施形態では、標識は、抗体に、または細胞膜特性もしくは他の細胞構造に対する親和性を有する化学物質に結合しているフルオロフォアである。フローサイトメトリーを使用する他の実施形態では、標識は、抗体に、または細胞膜特性もしくは他の細胞構造に対する親和性を有する化学物質に結合している量子ドットである。これら実施形態のいずれかにおいて、抗体または化学物質は、ＣＤ３、ＣＤ１３、ＣＤ２０、ＣＤ３３、ＣＤ３４、またはＣＤ４５などの任意の適切な細胞表面マーカーを認識し得る。様々な実施形態では、標識の組合せが使用される。
【０１０６】
対象由来の癌細胞をプロファイリングする方法は、癌細胞を本明細書に開示される１つまたは複数のプロファイリングペプチドと接触させること、および癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出することを含んでもよい。様々な実施形態では、少なくとも２個、３個、４個、５個、６個、７個、８個、または９個のプロファイリングペプチドを一度に使用してもよい。このような実施形態では、プロファイリングペプチドのパネルを、単一の対象標本に対してスクリーニングしてもよい。
【０１０７】
ミトコンドリアの完全性の変化は、例えば、ミトコンドリアの膜電位の変化、クロマチン凝縮、生存性の低下、ミトコンドリアの膜間腔からサイトゾルへのシトクロムＣ移行、ミトコンドリアの膨脹、ミトコンドリアの分裂、形態学的変化（例えば、細胞収縮、膜ブレブ形成など）、ホスファチジルセリン外面化（例えば、アネキシンＶ染色によって測定される）、または活性酸素中間体の増加などの、任意の適切な様式において検出することができる。当業者によって理解されるように、ミトコンドリアの完全性の変化の指標の各々について、様々な検出方法を用いることができる。例えば、ミトコンドリアの膜電位の変化は、例えば、ＤｉｌＣ１、ＪＣ−１、またはローダミン１２３などの電位差色素を使用して測定することができる。一実施形態では、電位差色素は、ＪＣ−１またはローダミン１２３である。別の例では、シトクロムＣ移行を免疫蛍光染色を使用して測定することができる。さらなる例では、活性酸素中間体の増加を、カルボキシ−ジクロロフルオレセインジアセテートによる染色後にフローサイトメトリー分析によって測定することができる。
【０１０８】
いくつかの実施形態では、ミトコンドリアの完全性の変化は、ミトコンドリアの完全性の低下であり得る。いくつかの実施形態では、ミトコンドリアの完全性の低下は、ミトコンドリアの膜電位の低下によって測定される。ミトコンドリアの電位の低下は、電位差色素（例えば、ＪＣ−１またはローダミン１２３）を使用することなどの、当該技術分野において公知の任意の適切な方法を使用して決定することができる。いくつかの実施形態では、ミトコンドリアの完全性の低下は、シトクロムＣ漏出によって測定される。いくつかの実施形態では、低下は、統計学的に有意、臨床的に有意、または生物学的に有意な低下である。いくつかの実施形態では、低下は、本明細書に記載されるようなミトコンドリアの完全性の測定における、対照と比較した場合の２％、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、６０％、７０％、８０％、または９０％の差異である。
【０１０９】
様々な実施形態では、複数の癌細胞は、プロファイリングの目的のために３つの部分に分けられる。このような実施形態では、１つの部分は陰性対照で処理してよく、１つの部分は陽性対照と接触させてよく、１つの部分は、本明細書に開示される１つもしくは複数のプロファイリングペプチドまたは１つもしくは複数のプロファイリングペプチドを含む組成物と接触させてよい。
【０１１０】
任意の適切な陽性対照を使用し得る。陽性対照の例には、カルボニルシアニド−４−（トリフルオロメトキシ）フェニルヒドラゾン（ＦＣＣＰ）、カルボニルシアニドｍ−クロロフェニルヒドラゾン（ＣＣＣＰ）、Ｎ５，Ｎ６−ビス（２−フルオロフェニル）−［１，２，５］オキサジアゾロ［３，４−ｂ］ピラジン−５，６−ジアミン（ＢＡＭ−１５）などが含まれる。特定の実施形態では、使用される陽性対照はＣＣＣＰである。任意の適切な陰性対照を使用し得る。陰性対照の例には、水、ならびにＤＭＳＯ、エタノール、およびメタノールなどの水溶性有機溶媒が含まれる。
【０１１１】
いくつかの実施形態では、複数の癌細胞を、次いで、上記のように蛍光色素と接触させる。特定の実施形態では、色素はＪＣ−１またはＤｉＯＣ６である。このような実施形態では、複数の癌細胞を、次いで、フローサイトメトリーによって解析することができる。フローサイトメトリー解析において、任意の適切なゲーティングを利用してよい。いくつかの実施形態では、このようなゲーティングは、ＣＤ４５ｄｉｍ、ＣＤ１３、ＣＤ３３、およびＣＤ３４ｈｉｇｈ集団である。他のいくつかの実施形態では、そのようなゲーティングは、ＣＤ３４ｄｉｍ、ＣＤ３およびＣＤ２０ｈｉｇｈ集団である。したがって、本開示の実施形態は、対象由来の複数の癌細胞について感受性プロファイルを作成する方法であって、
複数の癌細胞を試料から単離すること、
複数の癌細胞を標識と接触させること、
複数の癌細胞の第１の部分を、陰性対照を用いて処理すること、
複数の癌細胞の第２の部分を、陽性対照を用いて処理すること、
複数の癌細胞の第３の部分を、細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチド、または細胞取り込み部分およびＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドであって、Ｍｃｌ−１結合ドメインが配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有する、プロファイリングペプチドならびに担体を含む組成物を用いて処理すること、
複数の癌細胞の第１の部分、第２の部分、および第３の部分を色素と接触させること、ならびに
複数の癌細胞の第１の部分、第２の部分、および第３の部分をフローサイトメトリーによって解析すること
を含む、方法を包含する。
【０１１２】
いくつかの実施形態では、カルシウムチャネルに対して高い親和性を有する添加剤が、複数の癌細胞に加えられる。いくつかのこのような実施形態では、添加剤はジテルペノイドである。特定の実施形態では、添加剤はリアノジンである。いくつかの実施形態では、添加剤は、非特異的な色素の取り込みを顕著に低減させるか、または阻止するのに十分である濃度で加えられる。いくつかの実施形態では、添加剤は少なくとも２０ｎＭの濃度で加えられる。いくつかの実施形態では、添加剤は少なくとも３０ｎＭの濃度で加えられる。
【０１１３】
本開示の方法は、複数の癌細胞を対象試料から単離すること；次いで細胞を標識すること；陰性対照、陽性対照、または本開示のプロファイリングペプチドを用いて処理すること；色素と接触させること；およびフローサイトメトリーにより解析することを含む。
【０１１４】
本開示の方法の一例では、複数の癌細胞を対象試料から単離し、試料品質を確認する。次いで細胞をペレット化し、ＢＳＡ中でブロッキングし、標識する。染色後、細胞をペレット化し、３部分に分け、水もしくはジメチルスルホキシド（ＤＭＳＯ）（陰性対照）、ＣＣＣＰ（陽性対照）または本開示のプロファイリングペプチド（本発明）のいずれかを用いて処理する。カチオン性ミトコンドリア色素であるＤｉＯＣ６を加える。その後、細胞はフローサイトメトリーにより解析する。
【０１１５】
いくつかの実施形態では、複数の癌細胞を、一次骨髄吸引物から単離し、試料品質を決定する。次いで細胞をペレット化し、ＢＳＡ中でブロッキングし、ＢおよびＴ細胞に特異的なマーカー、ならびに単球分化マーカーおよび芽球特異的マーカーについて標識する。染色後、細胞をペレット化し、３部分に分け、水（陰性対照）、ＣＣＣＰ（陽性対照）または配列番号１４（本発明）のいずれかを用いて処理する。カチオン性ミトコンドリア色素であるＤｉＯＣ６を加える。細胞をフローサイトメトリーにより解析する。芽細胞を、各試料のＣＤ４５ｄｉｍ、ＣＤ１３、ＣＤ３３およびＣＤ３４ｈｉｇｈ集団に対するゲーティングによって単離する。
【０１１６】
特定の実施形態では、複数の癌細胞を、一次骨髄吸引物から密度勾配遠心分離によって単離する。試料品質を、トリパンブルー排除を利用して決定する。次いで細胞をペレット化し、ＢＳＡ中でブロッキングし、ＢおよびＴ細胞に特異的なマーカー、ならびに単球分化マーカーおよび芽球特異的マーカーについて標識する。染色後、細胞をペレット化し、蛍光活性化細胞ソーティング（ＦＡＣＳ）チューブに分け入れ、水（陰性対照）、ＣＣＣＰ（陽性対照）または配列番号１４（本発明）のいずれかを用いて処理する。カチオン性ミトコンドリア色素であるＤｉＯＣ６を加える。次いで細胞をフローサイトメトリーにより解析する。芽細胞を、各試料のＣＤ４５ｄｉｍ、ＣＤ１３、ＣＤ３３およびＣＤ３４ｈｉｇｈ集団に対するゲーティングによって単離する。
【０１１７】
本明細書に記載されるいくつかの方法は、ミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて、複数の癌細胞の第１の部分についてのＭｃｌ−１依存パーセンテージを決定することをさらに含む。
【０１１８】
いくつかの実施形態では、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージ（Ｍｃｌ−１プライミングパーセンテージ（ＰＰ）とも称される）は、以下の式によって定義される：
【数１】
2020033347.tif 000003
【０１１９】
式中、ＰＣは陽性対照のＡＵＣであり、ＮＣは陰性対照のＡＵＣであり、ＰｅｐはプロファイリングペプチドのＡＵＣである。別途示されない限り、本明細書において算出されるＭｃｌ−１依存パーセンテージは、陽性対照としてＣＣＣＰ、および陰性対照として水またはＤＭＳＯを用いた場合の、１μＭのプロファイリングペプチド濃度に対応する。ＡＵＣは曲線下面積またはシグナル強度のいずれかである。いくつかの実施形態では、ＡＵＣは平均蛍光強度（ＭＦＩ）である。いくつかの実施形態では、曲線下面積は均一な時間分解蛍光（ＨＴＲＦ）によって確立される。いくつかの実施形態では、時間は、約０〜約３００分間ないし約０〜約３０分間のウインドウにわたって発生する。いくつかの実施形態では、曲線下面積は、当該技術分野において公知であるかまたは本明細書に記載される、蛍光活性化細胞ソーティング（ＦＡＣＳ）またはマイクロプレートアッセイによって確立される。いくつかの実施形態では、シグナル強度は約５分から約３００分の間に発生する単一時点の測定値である。
【０１２０】
１つより多いプロファイリングペプチドが使用される実施形態では、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージ（ＰＰ）は、以下の式によって定義される：
【数２】
2020033347.tif 000004
【０１２１】
いくつかの実施形態では、ミトコンドリアの完全性の低下は、癌細胞が治療薬に対して感受性であることを示す。本明細書に使用される場合、「治療薬」とは、抗癌治療レジメンの一部として投与される任意の抗癌化合物を指す。いくつかの実施形態では、治療薬はサイクリン依存性キナーゼ９（ＣＤＫ９）阻害剤である。いくつかの実施形態では、治療薬はアルボシジブである。
【０１２２】
いくつかの実施形態では、対象由来の癌細胞をプロファイリングする方法は、治療薬に対する対象由来の癌細胞の感受性を予測する方法を包含する。したがって、本開示の方法は、治療薬に対する対象由来の癌細胞の感受性を予測する方法であって、
癌細胞を、細胞取り込み部分、および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させること、ならびに
癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること
を含み、ここで、ミトコンドリアの完全性の低下は、癌細胞が治療薬に対して感受性であることを示す、方法を包含する。さらなる実施形態では、治療薬に対する対象由来の癌細胞の感受性を予測する方法は、
癌細胞を、細胞取り込み部分、および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させること、
癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること、ならびに
ミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて癌細胞についてのＭｃｌ−１依存パーセンテージを決定すること
を含み、ここで、所定の値を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージは、癌細胞が治療薬に対して感受性であることを示す。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１いずれか１つを有する。上記の実施形態のいずれかでは、細胞取り込部位は、ＴＡＴ移行ドメインまたはＡＮＴ移行ドメインであってよい。上記の実施形態のいずれかでは、細胞取り込み部分はリンカーを介してＭｃｌ−１結合ドメインに結合している。上記の実施形態のいずれかでは、プロファイリングペプチドは（配列番号１４）の配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、プロファイリングペプチドは（配列番号１５）の配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、癌細胞は透過性化されなくてもよい。
【０１２３】
さらなる実施形態は、治療薬に対する対象由来の癌細胞の感受性を予測する方法であって、
癌細胞を、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させること、ここで、癌細胞は透過性化されていない、および
癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること
を含み、ミトコンドリアの完全性の低下は、癌細胞が治療薬に対して感受性であることを示す、方法を提供する。さらに別の実施形態は、治療薬に対する対象由来の癌細胞の感受性を予測する方法であって、
癌細胞を、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させること、ここで、癌細胞は透過性化されてない、
癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること、および
ミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて癌細胞についてのＭｃｌ−１依存パーセンテージを決定すること
を含み、ここで、所定の値を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージは、癌細胞が治療薬に対して感受性であることを示す、方法を提供する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１を有する。
【０１２４】
さらなる実施形態では、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドの使用を提供する。したがって、本開示の実施形態は、治療薬に対する患者の反応を予測する方法における、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドの使用を包含し、ここで、該方法は、
癌細胞を、細胞取り込み部分、および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させること
を含む。いくつかの実施形態では、前記方法は、癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出することをさらに含み、ここで、ミトコンドリアの完全性の低下は、癌細胞が治療薬に対して感受性であることを示す。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つに１〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つを有する。上記の実施形態のいずれかでは、細胞取り込み部分は、ＴＡＴ移行ドメインまたはＡＮＴ移行ドメインであってよい。上記の実施形態のいずれかでは、細胞取り込み部分は、リンカーを介してＭｃｌ−１結合ドメインに結合している。上記の実施形態のいずれかでは、プロファイリングペプチドは（配列番号１４）の配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、プロファイリングペプチドは（配列番号１５）の配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、癌細胞は透過性化されなくてもよい。
【０１２５】
いくつかの実施形態では、５％、１０％、１５％、２０％、２５％、３０％、３５％、４０％、４５％、５０％、５５％、６０％、６５％、７０％、または７５％の所定の値を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージは、癌細胞が、治療薬、例えば単剤としてのアルボシジブ、またはＡｒａ−Ｃ、ミトキサントロン、ベネトクラックス、ダウノルビシン、Ｂｒｄ４阻害剤（例えば、ＪＱ１）、および／またはＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤（例えば、アザシチジンまたはデシタビン）などの他の治療薬との組合せとしてのアルボシジブに対して感受性であることを示す。いくつかの実施形態では、１５％を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージは、癌細胞が、治療薬、例えば単剤としてのアルボシジブ、または他の治療薬との組合せとしてのアルボシジブに対して感受性であることを示す。いくつかの実施形態では、２０％を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージは、癌細胞が、単剤として、または他の治療薬との組合せとしての治療薬に対して感受性であることを示す。いくつかの実施形態では、２５％を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージは、癌細胞が、単剤として、または他の治療薬との組合せとしての治療薬に対して感受性であることを示す。いくつかの実施形態では、３０％を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージは、癌細胞が、単剤として、または他の治療薬との組合せとしての治療薬に対して感受性であることを示す。いくつかの実施形態では、３５％を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージは、癌細胞が、単剤として、または他の治療薬との組合せとしての治療薬に対して感受性であることを示す。いくつかの実施形態では、４０％を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージは、癌細胞が、単剤として、または他の治療薬との組合せとしての治療薬に対して感受性であることを示す。いくつかの実施形態では、４５％を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージは、癌細胞が、単剤として、または他の治療薬との組合せとしての治療薬に対して感受性であることを示す。いくつかの実施形態では、５０％を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージは、癌細胞が、単剤として、または他の治療薬との組合せとしての治療薬に対して感受性であることを示す。上記の実施形態のいずれかでは、治療薬はアルボシジブである。
【０１２６】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される癌をプロファイリングする方法は、対象の評価において、例えば、診断、予後、および処置に対する反応を評価するために有用である。診断とは、例えば、癌などの起こり得る疾患または障害を決定または識別することを試みるプロセスを指す。予後とは、疾患または障害のアウトカムを予測することを指す。完全な予後は、多くの場合、進行する衰弱、断続的な危機状態、または予測できない突然の危機状態などの、疾患経過の予測される期間、作用および詳細を含む。処置に対する反応とは、処置を受けたときの対象の医学的アウトカムの予測である。処置に対する反応は、例えば、病理学的な完全奏効、生存、および無進行での生存であり得る。
【０１２７】
いくつかの実施形態では、対象由来の癌細胞をプロファイリングする方法は、対象由来の癌細胞についての感受性プロファイルを作成する方法を含む。したがって、本開示の方法は、対象由来の癌細胞についての感受性プロファイルを生成する方法であって、
癌細胞を、細胞取り込み部分、および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させること、ならびに
癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること
を含む方法をさらに包含する。本開示のさらなる方法は、対象由来の癌細胞についての感受性プロファイルを生成する方法であって、
癌細胞を、細胞取り込み部分、および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させること、
癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること、ならびに
ミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて癌細胞についてのＭｃｌ−１依存パーセンテージを決定すること
を含む方法を包含する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つを有する。上記の実施形態のいずれかでは、細胞取り込み部分は、ＴＡＴ移行ドメインまたはＡＮＴ移行ドメインであってよい。上記の実施形態のいずれかでは、細胞取り込み部分は、リンカーを介してＭｃｌ−１結合ドメインに結合している。上記の実施形態のいずれかでは、プロファイリングペプチドは（配列番号１４）の配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、プロファイリングペプチドは（配列番号１５）の配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、癌細胞は透過性化されなくてもよい。
【０１２８】
本開示のさらなる方法は、対象由来の癌細胞についての感受性プロファイルを生成する方法であって、
癌細胞を、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させること、ここで、癌細胞は透過性化されていない、および
癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること
を含む方法を包含する。さらなる実施形態では、本開示の方法は、対象由来の癌細胞についての感受性プロファイルを生成する方法であって、
癌細胞を、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させること、ここで、癌細胞は透過性化されていない、
癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること、および
ミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて癌細胞についてのＭｃｌ−１依存パーセンテージを決定すること
を含む方法を包含する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つに０〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つに１〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つを有する。
【０１２９】
様々な実施形態では、本明細書に開示される対象由来の癌をプロファイリングする方法は、対象が特定の処置を受けるべきかどうかに関する臨床的決定を方向付ける。様々な実施形態では、本方法は、例えば、どの種類の処置を投与すべき、または控えるべきであるかといったことを含む癌対象の処置について、方向付けを与える。様々な実施形態では、本明細書に記載される方法に基づいて、癌処置が投与されるか、または控えられる。処置の例には、外科的切除、放射線療法、化学療法、薬力学療法、標的化療法、免疫療法、および支持療法（例えば、鎮痛薬、利尿薬、抗利尿薬、抗ウイルス薬、抗生物質、栄養補助剤、貧血治療、血液凝固治療、骨治療、ならびに精神医学的および心理学的治療）が含まれる。様々な実施形態では、処置は、米国特許出願公開第ＵＳ２０１２−０２２５８５１号および国際特許出願公開第ＷＯ２０１２／１２２３７０号に記載されているものを含む。
【０１３０】
いくつかの実施形態では、本方法は、特定の処置に対して対象が起こす可能性のある反応についての情報を提供する。いくつかの実施形態では、本方法は、反応の高い可能性を提供し、積極的処置を包含する処置を方向付けることができる。いくつかの実施形態では、本方法は、反応の低い可能性を提供し、有効でない化学療法による不必要な毒性を回避して生活の質を高めるために、積極的処置を包含する処置を中止すること、および緩和ケアを用いることを方向付けることができる。
【０１３１】
いくつかの実施形態では、本方法は、プロアポトーシス薬および／またはアポトーシスを介して作用する薬および／または直接的なタンパク質モジュレーションによって駆動されるアポトーシスを介して作用する薬に対して、反応が高いまたは低い可能性を示す。様々な実施形態では、例示的なプロアポトーシス薬および／またはアポトーシスを介して作用する薬および／または直接的なタンパク質モジュレーションによって駆動されるアポトーシスを介して作用する薬には、ＡＢＴ−２６３（ナビトクラックス）、およびオバトクラックス、ＷＥＰ、ボルテゾミブ、およびカルフィルゾミブが含まれる。いくつかの実施形態では、本方法は、アポトーシスを介して作用しない薬および／または直接的なタンパク質モジュレーションによって駆動されるアポトーシスを介して作用しない薬に対して、反応が高いまたは低い可能性を示す。様々な実施形態では、アポトーシスを介して作用しない例示的な薬には、キネシンスピンドルタンパク質阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤（例えば、アルボシジブ）、三酸化ヒ素（トリセノックス）、ＭＥＫ阻害剤、ポマリドミド、アザシチジン、デシチビン（decitibine）、ボリノスタット、エンチノスタット、ディナシクリブ、ゲムツズマブ、ＢＴＫ阻害剤、ＰＩ３キナーゼデルタ阻害剤、レナリドミド、アントラサイクリン、シタラビン、メルファラン、Ａｋｔ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤が含まれる。特定の実施形態では、本方法は、本明細書に記載される処置（薬を包含する）のいずれかに対する対象の反応を予測するのに有用である。
【０１３２】
いくつかの実施形態では、本方法は、プロアポトーシス薬またはアポトーシスを介して作用する薬に対する陽性反応を予測する。いくつかの実施形態では、本方法は、アポトーシスを介して作用しない薬に対する陽性反応を予測する。さらなる実施形態では、本方法は、アポトーシスエフェクター薬および／またはアポトーシスを介して作用しない薬に対する反応しないことを予測する。
【０１３３】
特定の実施形態では、本明細書に記載される方法は、１つまたは複数の治療薬を含む処置レジメンに対する対象の反応を予測する。いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法は、対象における癌を処置するための治療薬の選択を方向付ける。いくつかの実施形態では、治療薬はサイクリン依存性キナーゼ９（ＣＤＫ９）阻害剤である。いくつかの実施形態では、ＣＤＫ９阻害剤はアルボシジブである。
【０１３４】
いくつかの実施形態では、本明細書に記載される方法は、２つ以上の治療薬の組合せを含む治療レジメンに対する対象の反応を予測する。いくつかの実施形態では、２つ以上の治療薬はＣＤＫ９阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、２つ以上の治療薬はアルボシジブを含む。いくつかの実施形態では、２つ以上の治療剤は、アルボシジブ、シタラビン、ミトキサントロン、ダウノルビシン、デシタビン、アザシチジン、ベネトクラックス、ボルテゾミブ、ダコゲン（dacogen）、イブルチニブ、レナリドミド、サリドマイド、またはそれらの組合せを含む。いくつかの実施形態では、２つ以上の治療薬は、アルボシジブおよびシタラビン、ミトキサントロン、ダウノルビシン、デシタビン、アザシチジン、ベネトクラックス、ボルテゾミブ、ダコゲン、イブルチニブ、レナリドミド、サリドマイド、またはそれらの組合せを含む。
【０１３５】
いくつかの実施形態では、対象由来の癌細胞をプロファイリングする方法は、対象における癌を処置するための治療薬を選択する方法を包含する。したがって、本開示の方法は、対象における癌を処置するための治療薬を選択する方法であって、
癌細胞を、細胞取り込部位および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させること、
癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること、ならびに
ミトコンドリアの完全性の変化がミトコンドリアの完全性の低下である場合、対象を処置するために治療薬を選択すること
を含む方法をさらに包含する。本開示のさらなる方法は、対象由来の癌細胞についての感受性プロファイルを生成する方法であって、
癌細胞を、細胞取り込部位および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させること、
癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること、
ミトコンドリアの完全性変化に少なくとも基づいて癌細胞についてのＭｃｌ−１依存パーセンテージを決定すること、ならびに
Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが所定の値を超える場合、対象を処置するために治療薬を選択すること
を含む方法を包含する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つを有する。上記の実施形態のいずれかでは、細胞取り込み部分は、ＴＡＴ移行ドメインまたはＡＮＴ移行ドメインであってよい。上記の実施形態のいずれかでは、細胞取り込み部分は、リンカーを介してＭｃｌ−１結合ドメインに結合している。上記の実施形態のいずれかでは、プロファイリングペプチドは（配列番号１４）の配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、プロファイリングペプチドは（配列番号１５）の配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、癌細胞は、例えばジギトニンなどの細胞透過化剤によって、透過性化されなくてもよい。
【０１３６】
本開示のさらなる方法は、対象における癌を処置するための治療薬を選択する方法であって、
対象の癌細胞についての感受性プロファイルを受け取ること、ここで、感受性プロファイルは、細胞取り込み部分および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させたときの癌細胞のミトコンドリアの完全性のデータを含む、ならびに
ミトコンドリアの完全性のデータがミトコンドリアの完全性の低下を示す場合、対象を処置するために治療薬を選択すること
を含む方法を包含する。本開示のさらに別の方法は、対象における癌を処置するための治療薬を選択する方法であって、
対象の癌細胞についての感受性プロファイルを受け取ること、ここで、感受性プロファイルは癌細胞についてのＭｃｌ−１依存データを含み、Ｍｃｌ−１依存データは、細胞取り込み部分および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させたときの癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて決定される、ならびに
Ｍｃｌ−１依存データが所定の値を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージを示す場合、対象を処置するために治療薬を選択すること
を含む方法を包含する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つを有する。上記の実施形態のいずれかでは、細胞取り込み部分は、ＴＡＴ移行ドメインまたはＡＮＴ移行ドメインであってよい。上記の実施形態のいずれかでは、細胞取り込み部位は、リンカーを介してＭｃｌ−１結合ドメインに結合している。上記の実施形態のいずれかでは、プロファイリングペプチドは（配列番号１４）の配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、プロファイリングペプチドは（配列番号１５）の配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、癌細胞は、例えばジギトニンなどの細胞透過化剤によって、透過性化されなくてもよい。
【０１３７】
本開示のさらなる方法は、対象における癌を処置するための治療薬を選択する方法であって、
癌細胞を、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させること、ここで、癌細胞は透過性化されていない、
癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること、および
ミトコンドリアの完全性の変化がミトコンドリアの完全性の低下である場合、対象を処置するために治療薬を選択すること
を含む方法を包含する。本開示のさらに別の方法は、対象における癌を処置するための治療薬を選択する方法であって、
癌細胞を、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させること、ここで、癌細胞は透過性化されていない、
癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること、
ミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて癌細胞についてのＭｃｌ−１依存パーセンテージを決定すること、および
Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが所定の値を超える場合、対象を処置するために治療薬を選択すること
を含む方法を包含する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つを有する。
【０１３８】
さらなる実施形態では、本開示の方法は、対象における癌を処置するための治療薬を選択する方法であって、
対象の癌細胞についての感受性プロファイルを受け取ること、ここで、感受性プロファイルは、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させたときの癌細胞のミトコンドリアの完全性のデータを含み、癌細胞は透過性化されていない、および
ミトコンドリアの完全性のデータがミトコンドリアの完全性の低下を示す場合、対象を処置するための治療薬に選択すること
を含む方法を包含する。さらなる実施形態では、本開示の方法は、対象における癌を処置するための治療薬を選択する方法であって、
対象の癌細胞についての感受性プロファイルを受け取ること、ここで、感受性プロファイルは癌細胞についてのＭｃｌ−１依存データを含み、Ｍｃｌ−１依存データは、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させたときの癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて決定され、癌細胞は透過性化されていない、および
Ｍｃｌ−１依存データが所定の値を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージを示す場合、対象を処置するために治療薬を選択すること
を含む方法を包含する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つを有する。
【０１３９】
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、対象の癌細胞を、本明細書に開示されるプロファイリングペプチドのいずれか１つまたは複数と接触させることによって得られる、ミトコンドリアの完全性および／またはＭｃｌ−１依存データに基づいて、本明細書に記載される治療薬を対象に投与することを包含する。一実施形態では、治療薬は、ＢＨ３模倣薬、エピジェネティック修飾薬、トポイソメラーゼ阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤（例えば、アルボシジブ）、および／またはキネシンスピンドルタンパク質安定化薬のうちの１つまたは複数である。別の実施形態では、治療薬は、プロテアソーム阻害剤；および／または細胞周期調節のモジュレーター（例えば、サイクリン依存性キナーゼ阻害剤）；および／または細胞エピジェネティック機構のモジュレーター（例えば、ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）（例えばボリノスタットまたはエンチノスタットのうちの１つまたは複数）、アザシチジン、デシタビンのうちの１つまたは複数）；および／またはアントラサイクリンもしくはアントラセンジオン（例えば、エピルビシン、ドキソルビシン、ミトキサントロン、ダウノルビシン、イダルビシンのうちの１つまたは複数）；および／または白金ベースの治療剤（例えば、カルボプラチン、シスプラチン、およびオキサリプラチンのうちの１つまたは複数）；シタラビンもしくはシタラビンベースの化学療法剤；ＢＨ３模倣薬（例えば、ＢＣＬ２、ＢＣＬＸＬ、またはＭＣＬ１のうちの１つまたは複数）；およびＭＣＬ１の阻害剤である。
【０１４０】
様々な実施形態では、化学療法薬は、下記のものから選択される：１つまたは複数の、チオテパおよびＣＹＴＯＸＡＮシクロホスファミド（cyclosphosphamide）などのアルキル化剤；ブスルファン、インプロスルファンおよびピポスルファンなどのアルキルスルホネート；ベンゾドーパ（benzodopa）、カルボコン、メツレドーパ（meturedopa）、およびウレドーパ（uredopa）などのアジリジン；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド（triethiylenethiophosphoramide）およびトリメチロールメラミン（trimethylolomelamine）を含むエチレンイミンおよびメチルメラミン（methylamelamine）；アセトゲニン（例えば、ブラタシンおよびブラタシノン（bullatacinone））；カンプトテシン（合成類似体であるトポテカンを包含する）；ブリオスタチン；カリスタチン；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼレシンおよびビゼレシン合成類似体を包含する）；クリプトフィシン（例えば、クリプトフィシン１およびクリプトフィシン８）；ドラスタチン；ズオカルマイシン（合成類似体ＫＷ−２１８９およびＣＢ１−ＴＭ１を包含する）；エロイテロビン；パンクラチスタチン；サルコジクチイン；スポンギスタチン；クロラムブシル、クロルナファジン、コロホスファミド（cholophosphamide）、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベンビキン（novembichin）、フェネステリン（phenesterine）、プレドニムスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタードなどのナイトロジェンマスタード；カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、およびラニムスチン（ranimustine）などのニトロソ尿素；エンジイン抗生物質などの抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特に、カリケアマイシンガンマ11およびカリケアマイシンオメガ11（例えば、Agnew, Chem. Intl. Ed. Engl., 33: 183-186 (1994)を参照のこと）；ジネマイシンＡを包含するジネマイシン；クロドロネートなどのビスホスホネート；エスペラマイシン；ならびにネオカルジノスタチンクロモフォアおよび関連色素タンパク質エンジイン抗生物質クロモフォア）、アクラシノマイシン、アクチノマイシン、アウトラマイシン（authramycin）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン（carabicin）、カミノマイシン（caminomycin）、カルジノフィリン、クロモマイシニス（chromomycinis）、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、アドリアマイシンドキソルビシン（モルホリノ−ドキソルビシン、シアノモルホリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ−ドキソルビシンおよびデオキシドキソルビシンを包含する）、エピルビシン、エソルビシン、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンＣなどのマイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポトフィロマイシン（potfiromycin）、ピューロマイシン、クエラマイシン（quelamycin）、ロドルビシン（rodorubicin）、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；メトトレキサートおよび５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）などの代謝拮抗物質；デノプテリ���、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサートなどの葉酸類似体；フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなどのプリン類似体；アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロキシウリジンなどのピリミジン類似体；カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトンなどのアンドロゲン；ミノグルテチミド（minoglutethimide）、ミトタン、トリロスタンなどの抗副腎剤（anti-adrenal）；フォリン酸などの葉酸補給剤；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル；ビサントレン；エダトラキサート（edatraxate）；デメコルシン；ジアジクオン；エルフォルミチン（elformithine）；酢酸エリプチニウム；エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン；メイタンシンおよびアンサミトシンなどのメイタンシノイド；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモール（mopidanmol）；ニトラエリン（nitraerine）；ペントスタチン；フェナメット（phenamet）；ピラルビシン；ロソキサントロン；ポドフィリン酸；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ多糖複合体（JHS Natural Products, Eugene, Oreg.）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフラン（sizofuran）；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジクオン；２，２’，２”−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（例えば、Ｔ−２毒素、ベラクリン（verracurin）Ａ、ロリジンＡおよびアングイジン（anguidine））；ウレタン；ビンデシン；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン（gacytosine）；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；シクロホスファミド；チオテパ；タキソイド、例えば、ＴＡＸＯＬパクリタキセル（Bristol-Myers Squibb Oncology, Princeton, N.J.）、ＡＢＲＡＸＡＮＥ（Ｃｒｅｍｏｐｈｏｒを含まない、パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子製剤）（American Pharmaceutical Partners, Schaumberg, 111.）、およびＴＡＸＯＴＥＲＥドキセタセル（doxetaxel）（Rhone-Poulenc Rorer, Antony, France）；クロラムブシル；ＧＥＭＺＡＲゲムシタビン；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；シスプラチン、オキサリプラチンおよびカルボプラチンなどの白金類似体；ビンブラスチン；白金；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ビンクリスチン；ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ．ビノレルビン；ノバントロン；テニポシド；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；ゼローダ；イバンドロネート；イリノテカン（Ｃａｍｐｔｏｓａｒ、ＣＰＴ−１１）（イリノテカンと５−ＦＵおよびロイコボリンを組合せた処置レジメンを包含する）；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＦＳ  ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；レチノイン酸などのレチノイド；カペシタビン；コンブレタスタチン；ロイコボリン（ＬＶ）；オキサリプラチン処置レジメン（ＦＯＬＦＯＸ）を包含するオキサリプラチン；ラパチニブ（Ｔｙｋｅｒｂ）；細胞増殖を低減させる、ＰＫＣ−Ｉ、Ｒａｆ、Ｈ−Ｒａｓ、ＥＧＦＲ��例えば、エルロチニブ（Ｔａｒｃｅｖａ））およびＶＥＧＦ−Ａの阻害剤、ダコゲン、ベルケイド、ならびに本明細書に列挙された薬のいずれかの薬学的に許容可能な塩、酸または誘導体。例示的な治療薬には、アルボシジブ、シタラビン、ミトキサントロン、ダウノルビシン、デシタビン、アザシチジン、ベネトクラックス、ボルテゾミブ、ダコゲン、イブルチニブ、レナリドミド、サリドマイド、およびそれらの薬学的に許容可能な塩、酸または誘導体が含まれる。
【０１４１】
適切な方法は、プロアポトーシス薬および／またはアポトーシスを介して作用する薬および／または直接的なタンパク質モジュレーションによって駆動されるアポトーシスを介して作用する薬の投与を含んでよい。このような薬の例には、ＡＢＴ−２６３（Ｎａｖｉｔｏｃｌａｘ）、およびオバトクラックス、ＷＥＰ、ボルテゾミブ、およびカルフィルゾミブが含まれる。他の適切な処置は、アポトーシスを介して作用しない薬および／または直接的なタンパク質モジュレーションによって駆動されるアポトーシスを介して作用しない薬を含んでよい。このような薬の例には、キネシンスピンドルタンパク質阻害剤、サイクリン依存性キナーゼ（ＣＤＫ）阻害剤、三酸化ヒ素（トリセノックス）、ＭＥＫ阻害剤、ポマリドミド、アザシチジン、デシチビン、ボリノスタット、エンチノスタット、ディナシクリブ、ゲムツズマブ、ＢＴＫ阻害剤、ＰＩ３キナーゼデルタ阻害剤、レナリドミド、アントラサイクリン、シタラビン、メルファラン、Ａｋｔ阻害剤、ｍＴＯＲ阻害剤が含まれる。いくつかの実施形態では、ＣＤＫ阻害剤はＣＤＫ９阻害剤である。いくつかの実施形態では、ＣＤＫ９阻害剤はアルボシジブである。
【０１４２】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される処置方法は、有効量の治療薬を対象に投与し、それによってその癌を処置することを含む。様々な実施形態では、有効量の治療薬は、腫瘍細胞の数を減少させ、転移の数を減少させ、腫瘍体積を減少させ、癌細胞のアポトーシスを誘発し、癌細胞死を誘発し、癌細胞の感受性または放射線感受性を誘発し（induce - or radio-sensitivity in cancer cells）、癌細胞付近の血管形成を阻害し、癌細胞増殖を阻害し、腫瘍成長を阻害し、転移を阻止し、転移の数を低減させ、寿命を伸ばし、対象を延命し、癌に伴う疼痛を低減させ、および／または処置後の癌の再燃もしくは再発を低減させることができる。
【０１４３】
投与に関して、有効量（用量とも称される）は、インビトロアッセイおよび／または動物モデル研究の結果に基づいて、最初に推定することができる。例えば、用量は、特定の標的に対して細胞培養において決定されるＩＣ５０を包含する血中濃度範囲を達成するように、動物モデルにおいて推定することができる。このような情報は、目的の対象における有用な用量をより正確に決定するために使用することができる。
【０１４４】
特定の対象に投与される実際の用量は、標的、体重、状態の重症度、癌の種類、以前の、または併行する治療的介入、対象の特発症、および投与経路を含む、身体的および生理的要因などのパラメーターを考慮して、医師、獣医師または研究者が決定することができる。
【０１４５】
いくつかの実施形態では、対象由来の癌細胞をプロファイリングする方法は、必要とする対象において癌を処置する方法を包含する。したがって、本開示の方法は、必要とする対象において癌を処置するための方法であって、
治療薬を含む処置レジメンを、所定の値を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージを有する対象に投与すること
を含み、ここで、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージは、複数の癌細胞の第１の部分を、細胞取り込み部分および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと、または細胞取り込み部分および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドならびに担体を含む組成物と接触させることを含むインビトロの方法によって得られる、方法を包含する。さらに、本開示の方法は、必要とする対象において癌を処置する方法であって、
対象由来の癌細胞を、細胞取り込み部分および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させること、
癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること、ならびに
ミトコンドリアの完全性の低下が検出される場合、有効量の治療薬を対象に投与し、それによって対象における癌を処置すること
を含む方法を包含する。本開示のさらなる方法は、必要とする対象において癌を処置する方法であって、
対象由来の癌細胞を、細胞取り込み部分および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させること、
癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること、
ミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて癌細胞についてのＭｃｌ−１依存パーセンテージを決定すること、ならびに
Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが所定の値を超える場合、有効量の治療薬を対象に投与し、それによって対象における癌を処置すること
を含む方法を包含する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つを有する。上記の実施形態のいずれかでは、細胞取り込み部分は、ＴＡＴ移行ドメインまたはＡＮＴ移行ドメインであってよい。上記の実施形態のいずれかでは、細胞取り込み部分は、リンカーを介してＭｃｌ−１結合ドメインに結合している。上記の実施形態のいずれかでは、プロファイリングペプチドは（配列番号１４）の配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、プロファイリングペプチドは（配列番号１５）の配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、癌細胞は透過性化されなくてもよい。
【０１４６】
いくつかの実施形態では、本開示の方法は、必要とする対象において癌を処置する方法であって、
対象の癌細胞についての感受性プロファイルを受け取ること、ここで、感受性プロファイルは、細胞取り込み部分および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させたときの癌細胞のミトコンドリアの完全性のデータを含む、ならびに
ミトコンドリアの完全性のデータがミトコンドリアの完全性の低下を示す場合、有効量の治療薬を対象に投与し、それによって対象における癌を処置すること
を含む方法を包含する。さらなる実施形態では、本開示の方法は、必要とする対象において癌を処置する方法であって、
対象の癌細胞についての感受性プロファイルを受け取ること、ここで、感受性プロファイルは癌細胞についてのＭｃｌ−１依存データを含み、Ｍｃｌ−１依存データは、細胞取り込み部分および配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させたときの癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて決定される、ならびに
Ｍｃｌ−１依存データが所定の値を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージを示す場合、有効量の治療薬を対象に投与し、それによって対象における癌を処置すること
を含む方法を包含する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つを有する。上記の実施形態のいずれかでは、細胞取り込み部分は、ＴＡＴ移行ドメインまたはＡＮＴ移行ドメインであってよい。上記の実施形態のいずれかでは、細胞取り込み部分は、リンカーを介してＭｃｌ−１結合ドメインに結合している。上記の実施形態のいずれかでは、プロファイリングペプチドは（配列番号１４）の配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、プロファイリングペプチドは（配列番号１５）の配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、癌細胞は透過性化されなくてもよい。
【０１４７】
本開示のさらなる実施形態は、必要とする対象において癌を処置する方法であって、
対象由来の癌細胞を、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させること、ここで、癌細胞は透過性化されていない、
癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること、および
ミトコンドリアの完全性の低下が検出される場合、有効量の治療薬を対象に投与し、それによって対象における癌を処置すること
を含む方法を包含する。さらに別の実施形態では、本開示の方法は、必要とする対象において癌を処置する方法であって、
対象由来の癌細胞を、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させること、ここで、癌細胞は透過性化されていない、
癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化を検出すること、
ミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて癌細胞についてのＭｃｌ−１依存パーセンテージを決定すること、および
Ｍｃｌ−１依存パーセンテージが所定の値を超える場合、有効量の治療薬を対象に投与し、それによって対象における癌を処置すること
を含む方法を包含する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つを有する。
【０１４８】
本開示のさらなる実施形態は、必要とする対象において癌を処置する方法であって、
対象の癌細胞についての感受性プロファイルを受け取ること、ここで、感受性プロファイルは、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させたときの癌細胞のミトコンドリアの完全性のデータを含み、癌細胞は透過性化されていない、および
ミトコンドリアの完全性のデータがミトコンドリアの完全性の低下を示す場合、有効量の治療薬を対象に投与し、それによって対象における癌を処置すること
を含む方法を包含する。いくつかの実施形態では、本開示の方法は、必要とする対象において癌を処置する方法であって、
対象の癌細胞についての感受性プロファイルを受け取ること、ここで、感受性プロファイルは癌細胞についてのＭｃｌ−１依存データを含み、Ｍｃｌ−１依存データは、配列番号１の配列に０〜８個の改変を有する配列を有するＭｃｌ−１結合ドメインを含むプロファイリングペプチドと接触させたときの癌細胞のミトコンドリアの完全性の変化に少なくとも基づいて決定され、癌細胞は透過性化されていない、および
Ｍｃｌ−１依存データが所定の値を超えるＭｃｌ−１依存パーセンテージを示す場合、有効量の治療薬を対象に投与し、それによって対象における癌を処置すること
を含む方法を包含する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に０〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つの配列に１〜８個の改変を有する配列を有する。上記の実施形態のいずれかでは、Ｍｃｌ−１結合ドメインは、配列番号１〜１１のいずれか１つを有する。
【０１４９】
上記の実施形態のいずれかでは、以下の治療薬のうちの１つまたは複数を有効量で対象に投与し得る：（ｉ）ＣＤＫ阻害剤（例えば、ＣＤＫ４阻害剤、ＣＤＫ６阻害剤、ＣＤＫ７阻害剤、ＣＤＫ８阻害剤、ＣＤＫ９阻害剤、ＣＤＫ１０阻害剤、および／またはＣＤＫ１１阻害剤）；（ｉｉ）ブロモドメイン阻害剤（例えば、Ｂｒｄ２阻害剤、Ｂｒｄ３阻害剤、Ｂｒｄ４阻害剤および／またはＢｒｄＴ阻害剤）；（ｉｉｉ）ヒストンメチルトランスフェラーゼ阻害剤（例えば、ＤＯＴ１様ヒストンメチルトランスフェラーゼ（Ｄｏｔ１Ｌ）阻害剤）；（ｉｖ）ヒストンデアセチラーゼ（ＨＤＡＣ）阻害剤（例えば、クラスＩ  ＨＤＡＣ（例えば、ＨＤＡＣ１、ＨＤＡＣ２、ＨＤＡＣ３およびＨＤＡＣ８）阻害剤、クラスＩＩａ  ＨＤＡＣ（例えば、ＨＤＡＣ４、ＨＤＡＣ５、ＨＤＡＣ７、およびＨＤＡＣ９）阻害剤；クラスＩＩｂ  ＨＤＡＣ（例えば、ＨＤＡＣ６およびＨＤＡＣ１０）阻害剤；ならびにクラスＩＶ  ＨＤＡＣ（例えば、ＨＤＡＣ１１）阻害剤）；ならびに（ｖ）ヒストンデメチラーゼ阻害剤（例えば、リシン特異的デメチラーゼ１Ａ（Ｌｓｄ１）などのリシン特異的デメチラーゼの阻害剤）。
【０１５０】
いくつかの実施形態では、ＣＤＫ阻害剤は、ＣＤＫ７、ＣＤＫ９阻害剤、またはその両方である。いくつかの実施形態では、ＣＤＫ阻害剤は、ＣＤＫ９特異的ｓｉＲＮＡ、アルボシジブ、またはディナシクリブである。いくつかの実施形態では、ブロモドメイン阻害剤はＢｒｄ４阻害剤である。いくつかの実施形態では、ブロモドメイン阻害剤は、ＪＱ−１（Nature 2010 Dec 23;468(7327):1067-73）、ＢＩ２５３６（ACS Chem. Biol. 2014 May 16;9(5):1160-71; Boehringer Ingelheim）、ＴＧ１０１２０９（ACS Chem. Biol. 2014 May 16;9(5):1160-71）、ＯＴＸ０１５（Mol. Cancer Ther. November 201312; C244; Oncoethix）、ＩＢＥＴ７６２（J Med Chem. 2013 Oct 10;56(19):7498-500; GlaxoSmithKline）、ＩＢＥＴ１５１（Bioorg. Med. Chem. Lett. 2012 Apr 15;22(8):2968-72; GlaxoSmithKline）、ＰＦＩ−１（J. Med. Chem. 2012 Nov 26;55(22):9831-7; Cancer Res. 2013 Jun 1;73(11):3336-46; Structural Genomics Consortium）、またはＣＰＩ−０６１０（Constellation Pharmaceuticals）である。いくつかの実施形態では、ヒストンメチルトランスフェラーゼ阻害剤は、ＥＰＺ００４７７７、ＥＰＺ−５６７６（Blood. 2013 Aug 8;122(6):1017-25）またはＳＧＣ０９４６（Nat. Commun. 2012;3:1288）である。特定の実施形態では、ヒストンメチルトランスフェラーゼ阻害剤はＥＰＺ−５６７６である。いくつかの実施形態では、ＨＤＡＣ阻害剤は、トリコスタチンＡ、ボリノスタット（Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998 Mar 17;95(6):3003-7）、ギビノスタット、アベキシノスタット（Mol. Cancer Ther. 2006 May;5(5):1309-17）、ベリノスタット（Mol. Cancer Ther. 2003 Aug;2(8):721-8）、パノビノスタット（Clin. Cancer Res. 2006 Aug 1;12(15):4628-35）、レスミノスタット（Clin. Cancer Res. 2013 Oct 1;19(19):5494-504）、キシノスタット（Clin. Cancer Res. 2013 Aug 1;19(15):4262-72）、デプシペプチド（Blood. 2001 Nov 1;98(9):2865-8）、エンチノスタット（Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999 Apr 13;96(8):4592-7）、モセチノスタット（Bioorg. Med. Chem. Lett. 2008 Feb 1;18(3):1067-71）またはバルプロ酸（EMBO J. 2001 Dec 17;20(24):6969-78）である。例えば、いくつかの実施形態では、ＨＤＡＣ阻害剤はパノビノスタットである。いくつかの実施形態では、ヒストンデメチラーゼ阻害剤は、ＨＣＩ−２５０９（BMC Cancer. 2014 Oct 9;14:752）、トラニルシプロミンまたはＯＲＹ−１００１（J. Clin. Oncol 31, 2013 (suppl; abstr e13543）である。
【０１５１】
いくつかの実施形態では、以下の治療薬のうちの２つ以上を有効量で対象に投与し得る：（ｉ）サイクリン依存性キナーゼ阻害剤；（ｉｉ）ブロモドメイン阻害剤；（ｉｉｉ）ヒストンメチルトランスフェラーゼ阻害剤；（ｉｖ）ヒストンデアセチラーゼ阻害剤；および（ｖ）ヒストンデメチラーゼ阻害剤。
【０１５２】
いくつかの実施形態では、２つ以上の治療薬は、ＣＤＫ阻害剤、およびブロモドメイン阻害剤である。いくつかの実施形態では、ＣＤＫ阻害剤は、アルボシジブまたはＣＤＫ９特異的ｓｉＲＮＡである。特定の実施形態では、ＣＤＫ阻害剤はアルボシジブである。いくつかの実施形態では、ＣＤＫ阻害剤は、アルボシジブまたはディナシクリブであり、ブロモドメイン阻害剤は、ＪＱ１、ＩＢＥＴ７６２、またはＯＴＸ０１５である。特定の実施形態では、ブロモドメイン阻害剤はＪＱ１である。特定の実施形態では、ブロモドメイン阻害剤はＩＢＥＴ７６２である。特定の実施形態では、ブロモドメイン阻害剤はＯＴＸ０１５である。いくつかの実施形態では、２つ以上の治療薬は、アルボシジブおよびＪＱ１である。いくつかの実施形態では、２つ以上の治療薬は、アルボシジブおよびＩＢＥＴ７６２である。いくつかの実施形態では、２つ以上の治療薬は、アルボシジブおよびＯＴＸ０１５である。
【０１５３】
いくつかの実施形態では、治療薬はＣＤＫ阻害剤であり、有効量のヒストンデアセチラーゼ阻害剤もまた、対象に投与される。いくつかの実施形態では、ＣＤＫ阻害剤はアルボシジブである。いくつかの実施形態では、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤はパノビノスタットである。いくつかの実施形態では、ＣＤＫ阻害剤は、アルボシジブまたはディナシクリブであり、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤はパノビノスタットである。特定の実施形態では、ＣＤＫ阻害剤はアルボシジブであり、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤はパノビノスタットである。
【０１５４】
上記の実施形態のいずれかでは、治療薬はＣＤＫ阻害剤であり、有効量のＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤が対象にさらに投与される。このような実施形態では、ＣＤＫ阻害剤は、アルボシジブまたはディナシクリブであってよく、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼはヌクレオシド類似体であってよい。いくつかの実施形態では、ＣＤＫ阻害剤は、アルボシジブまたはディナシクリブであってよく、ＤＮＡメチルトランスフェラーゼは、アザシチジンまたはデシタビンであってよい。
【０１５５】
上記の実施形態のいずれかでは、治療薬はＣＤＫ９阻害剤である。このような実施形態では、ＣＤＫ９阻害剤はアルボシジブであってよい。上記の実施形態のいずれかでは、治療薬はアルボシジブであり、有効量のＡｒａ−Ｃおよびミトキサントロンが対象にさらに投与される。別の実施形態では、治療薬はアルボシジブであり、ベネトクラックスなどの有効量のＢｃｌ−２阻害剤が対象にさらに投与される。特定の実施形態では、治療薬はアルボシジブであり、Ｂｃｌ−２阻害剤はベネトクラックスである。上記の実施形態のいずれかでは、治療薬はアルボシジブであり、有効量のＡｒａ−Ｃおよびダウノルビシンが対象にさらに投与される。上記の実施形態のいずれかでは、治療薬はアルボシジブであり、ＪＱ１などの有効量のＢｒｄ４阻害剤が対象にさらに投与される。上記の実施形態のいずれかでは、治療薬はアルボシジブであり、アザシチジンまたはデシタビンなどの有効量のＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤が対象にさらに投与される。さらに上記の実施形態のいずれかでは、治療薬はアルボシジブであり、アザシチジンまたはデシタビンなどの有効量のＤＮＡメチルトランスフェラーゼ阻害剤、およびＪＱ１などのＢｒｄ４阻害剤が対象にさらに投与される。
【０１５６】
上記の実施形態のいずれかでは、ＣＤＫ９阻害剤はディナシクリブである。
【０１５７】
上記の実施形態のいずれかでは、治療薬はベネトクラックスである。上記の実施形態のいずれかでは、治療薬はＡｒａ−Ｃである。上記の実施形態のいずれかでは、治療薬はＡｒａ−Ｃであり、有効量のダウノルビシンがさらに投与される。
【０１５８】
上記の実施形態のいずれかでは、２つ以上の治療薬の組合せが対象に投与される。いくつかの実施形態では、２つ以上の治療薬はＣＤＫ９阻害剤を含む。いくつかの実施形態では、２つ以上の治療薬はアルボシジブを含む。いくつかの実施形態では、２つ以上の治療薬は、アルボシジブ、シタラビン、ミトキサントロン、ダウノルビシン、デシタビン、アザシチジン、ベネトクラックス、ボルテゾミブ、ダコゲン、イブルチニブ、レナリドミド、サリドマイド、またはそれらの組合せを含む。いくつかの実施形態では、２つ以上の治療薬は、アルボシジブおよびシタラビン、ミトキサントロン、ダウノルビシン、デシタビン、アザシチジン、ベネトクラックス、ボルテゾミブ、ダコゲン、イブルチニブ、レナリドミド、サリドマイド、またはそれらの組合せを含む。
【０１５９】
さらなるいくつかの実施形態では、癌細胞標本は固形腫瘍の生検に由来する。さらに別の実施形態では、癌細胞標本は非固形腫瘍の生検に由来する。前述の処置方法のいずれかでは、癌は血液癌である。例えば、いくつかの実施形態では、血液癌は、多発性骨髄腫、ＭＤＳ、ＡＭＬ、ＡＬＬ、急性リンパ性白血病、慢性リンパ行性白血病、ＣＬＬ、マントル細胞リンパ腫、びまん性大細胞型Ｂ細胞リンパ腫、濾胞性リンパ腫、または非ホジキンリンパ腫である。いくつかの特定の実施形態では、血液癌はＡＭＬである。いくつかの他の実施形態では、血液癌はＭＤＳである。別の実施形態では、血液癌はＣＬＬである。
【０１６０】
上記の実施形態のいずれかでは、プロファイリングされる癌細胞は、例えばジギトニンなどの細胞透過化剤によって、透過性化されなくてもよい。
【０１６１】
上記の実施形態のいずれかでは、さらなる処置手段を選択し、場合により投与してもよい。このような手段の例には、本明細書に記載される特定のものなどの、抗癌薬物、療法、外科処置、補助療法、およびネオアジュバント療法のうちの１つまたは複数が含まれる。
【０１６２】
一実施形態では、本方法は、対象が、一次の、主要な、または初期の処置に次ぐ補助療法（単独の補助的療法を包含する）を受けるべきかどうかに関する臨床的決定を方向付ける。補助療法は、一次の、主要な、または初期の処置に加えて投与される処置である。例えば、補助療法は、全ての検出可能な疾患を取り除いたが、潜在する疾患による再発の統計学的リスクがある場合に、外科処置後に通常投与される追加の処置であり得る。
【０１６３】
いくつかの実施形態では、本方法は、対象の処置に補助療法を含めるという方向付けを与える。例えば、特定の処置に対して反応性があるとスコア付けされている対象は、補助療法のような処置を受け得る。さらに、本方法は、補助療法の識別、例えば、プロアポトーシス様式で誘導および／または作用する処置であるか、またはそうでないかの識別を方向付けることができる。一実施形態では、本方法は、対象が特定の処置に対して反応性がないか、またはほとんどないであろうことを示すことができ、したがってそのような対象は、そのような処置を補助療法として受けなくてよい。したがって、いくつかの実施形態では、本方法は、見込まれる対象の反応に応じて、補助療法を提供するか、または控えることを方向付ける。このようにして、対象の生活の質、およびケアのコストを改善することができる。
【０１６４】
上記の実施形態のいずれかでは、方法は、臨床的因子を評価することをさらに含む。様々な実施形態では、臨床的因子は、年齢、細胞遺伝学的状態、パフォーマンス、組織学的サブクラス、性別、および疾患ステージのうちの１つまたは複数である。いくつかの実施形態では、臨床的因子は年齢である。このような実施形態では、対象年齢プロファイルは、約１０歳超、約２０歳超、約３０歳超、約４０歳超、約５０歳超、約６０歳超、約７０歳超、約８０歳超のように分類される。
【０１６５】
いくつかの実施形態では、臨床的因子は細胞遺伝学的状態である。細胞遺伝学的状態は当該技術分野において公知の様々な方法で測定することができる。例えば、ＦＩＳＨ、従来の染色体分析、および仮想染色体分析（例えば、比較ゲノムハイブリダイゼーションアレイ、ＣＧＨ、および一塩基多型アレイ）を使用し得る。例えば、ＦＩＳＨを用いて、特定の遺伝子座における染色体再配列（このような現象は疾患リスク状態と関連する）を評価することができる。いくつかの実施形態では、細胞遺伝学的状態は、有益であるか、有益でないか、またはそれらの中間である。
【０１６６】
いくつかの実施形態では、臨床的因子はパフォーマンスである。パフォーマンスステータスは、任意のシステムを使用して定量化することができ、対象のパフォーマンスステータスをスコア付けするための方法は当該技術分野において公知である。このような測定は、多くの場合、対象が療法を受けることができるかどうかの決定、用量調節の調節の決定、および緩和ケアの強度の決定のために使用される。カルノフスキースコアおよびズブロド（Zubrod）スコアを含む、様々なスコアリングシステムが存在する。同様のスコアリングシステムには、精神医学の診断と統計マニュアル（Diagnostic and Statistical Manual）（ＤＳＭ）に５番目の軸として組み込まれている、機能の全体的評定（Global Assessment of Functioning）（ＧＡＦ）スコアがある。高いパフォーマンスステータス（例えば、カルノフスキースコアリングシステムを使用して少なくとも８０％、または少なくとも７０％）は、疾患状態の進行を阻止するため、および対象の、療法および／または放射線処置受容能力を向上させるための処置を指示し得る。例えば、これらの実施形態では、対象は歩行可能であり、セルフケア可能である。他の実施形態では、評価は、対象が低いパフォーマンスステータス（例えば、カルノフスキースコアリングシステムを使用して５０％未満、３０％未満、または２０％未満）を有することを示し、従来の放射線療法および／または療法を耐えられるように行うことを指示する。これらの実施形態では、対象は、殆どベッドまたは椅子で過ごし、セルフケア不可能でさえある。
【０１６７】
カルノフスキースコアは１００から０の範囲であり、１００は「完全な」健康であり、０は死である。スコアは１０の間隔で利用することができる：１００％は、正常、疾患なし、疾患の兆候なし；９０％は、正常な活動が可能、疾患のわずかな症状または兆候あり；８０％は、正常な活動がいくぶん困難、いくらかの症状または兆候あり；７０％は、セルフケア可能、正常な活動または作業が不可能；６０％は、いくらかの助けが必要、ほとんどの個人的要求に対処可能；５０％は、しばしば助けが必要、頻繁な医療ケアが必要；４０％は、不自由、特別なケアおよび助けが必要；３０％は、著しく不自由、入院指示、死亡リスクはなし；２０％は、極めて重篤、緊急に入院が必要、指示療法または手段が必要；１０％は、瀕死、致死的疾患過程の急進。
【０１６８】
パフォーマンスステータスについてのズブロドスコアリングシステムは、以下を含む：  ０：十分に活動的で、疾患にかかる前のパフォーマンス全てを制限なく継続可能；１：身体的に激しい活動に制限があるが、歩行可能で、軽度または座位での作業の類、例えば簡単な家事、事務作業は依然可能；２：歩行可能、セルフケア全て可能で、労働活動はもはや不可能であるが、覚醒時間の５０％超は床を離れて動く；３：可能なセルフケアは限られ、覚醒時間の５０％超をベッドまたは椅子で過ごす；４：全く不自由で、セルフケアはもはや不可能であり、完全にベッドまたは椅子で過ごす；５：死亡。
【０１６９】
さらなる実施形態では、臨床的因子は組織学的サブクラスである。いくつかの実施形態では、腫瘍の組織試料を、Elston & Ellis, Histopathology, 1991, 19:403-10（その内容はそれらの全体が参照として本明細書に組み込まれる）に従って等級分けする。
【０１７０】
いくつかの実施形態では、臨床的因子は性別である。一実施形態では、性別は男性である。別の実施形態では、性別は女性である。
【０１７１】
いくつかの実施形態では、臨床的因子は疾患ステージである。例えば、全般的なステージ分類を用いると、ステージＩの癌は身体の一部に限られ；ステージＩＩの癌は局部的に進行しており、ステージＩＩＩの癌も同様である。癌がステージＩＩに分類されるかステージＩＩＩに分類されるかは、癌の種類に依存し得る。一例として、ホジキン疾患のステージＩＩは、リンパ節の罹患が横隔膜の片側のみであることを示すのに対して、ステージＩＩＩは、リンパ節罹患が横隔膜の上にも下にもあることを示す。したがって、ステージＩＩおよびＩＩＩの特定の基準は、診断によって異なる。ステージＩＶの癌は、多くの場合、転移しているか、他の器官に広がっているか、または身体全体に広がっている。
【０１７２】
いくつかの実施形態では、臨床的因子は、血液疾患についてのFrench-American-British（ＦＡＢ）分類システムである（例えば、骨髄増殖異常（dysmyelopoiesis）の存在ならびに骨髄芽球および赤芽球の定量化を示す）。一実施形態では、急性リンパ芽球性白血病についてのＦＡＢはＬＩ−Ｌ３であり、急性骨髄性白血病についてのＦＡＢはＭ０−Ｍ７である。さらに、いくつかの実施形態では、以下の臨床的因子のうちのいずれか１つが本明細書に記載される方法において有用であり得る：性別；遺伝学的リスク因子；家族歴；既往歴；人種および民族性；特定の組織の特徴；様々な良性状態（例えば、非増殖性病変）；以前の胸部放射線；発癌物質への曝露など。
【０１７３】
別の実施形態では、方法は、突然変異状態、一塩基多型、定常状態のタンパク質レベル、および動的タンパク質レベルから選択される、さらなるバイオマーカーの測定をさらに含み、それによりさらなる特異性および／または感受性を加えることができる。いくつかの実施形態では、さらなるバイオマーカーの測定は、細胞表面マーカーＣＤ３３、細胞表面マーカーＣＤ３４、ＦＬＴ３突然変異状態、ｐ５３突然変異状態、ＭＥＫ−１キナーゼのリン酸化状態、およびＢｃｌ−２の７０位のセリンのリン酸化、のうちの１つまたは複数の測定であってよい。いくつかの実施形態では、バイオマーカーは、例えばインターロイキン−６を包含する、サイトカインの発現レベルである。別の実施形態では、バイオマーカーは、遺伝子ＭＬＬ、ＡＭＬ／ＥＴＯ、Ｆｌｔ３−ＩＴＤ、ＮＰＭ１（ＮＰＭｃ＋）、ＣＥＢＰＩ、ＩＤＨ１、ＩＤＨ２、ＲＵＮＸ１、ｒａｓ、およびＷＴ１のうちの１つもしくは複数における突然変異、および／またはエピジェネティック修飾遺伝子ＴＥＴ２およびＡＳＸＬにおける突然変異である。さらなる実施形態では、バイオマーカーの測定は、細胞シグナル伝達タンパク質プロファイルの変化を示す。
【０１７４】
ウィルムス腫瘍および網膜芽細胞腫などのいくつかの癌では、例えば、腫瘍抑制因子に関連する染色体領域が通常、欠失または突然変異しているので、遺伝子の欠失または不活性化が癌の進行を開始する原因となる。例えば、神経膠腫、非小細胞肺癌、白血病および黒色腫において、染色体領域９ｐ２１に欠失、逆位および転座が通常検出される。理論によって束縛されることを望まないが、これらの染色体変化は、腫瘍抑制因子であるサイクリン依存性キナーゼ阻害因子２Ａを不活性化し得る。特定の遺伝子のそのような欠失と共に、染色体の大きな部分も失われ得る。例えば、固形腫瘍細胞において染色体１ｐおよび１６ｑが通常失われている。遺伝子複製および遺伝子コピー数増加も、癌の原因となり得、これは転写解析またはコピー数多型アレイにより検出することができる。例えば、染色体領域１２ｑ１３−ｑ１４は、多くの肉腫において増幅する。この染色体領域はＭＤＭ２と呼ばれる結合タンパク質をコードし、これはｐ５３と呼ばれる腫瘍抑制因子と結合することが知られている。ＭＤＭ２は増幅されると、ｐ５３による細胞増殖調節を妨げ、結果として腫瘍形成が起こり得る。さらに、特定の乳癌は、ヒト上皮成長因子受容体２（ＥＲＢＢ２）遺伝子の過剰発現およびコピー数増加と関連する。また、染色体１ｑおよび３ｑなどの染色体の数の増加もまた、癌リスクの増加と関連している。
【０１７５】
様々な実施形態では、本方法は、バイオマーカーを測定するときなどに、タンパク質および／または核酸の存在、不在、またはレベルを評価することをさらに含む。様々な実施形態では、本方法は、タンパク質および／または核酸の存在、不在、またはレベルを評価することをさらに含み、これにより感受性プロファイリングの特異性および／または感受性を向上させることができる。いくつかの実施形態では、評価は、対象の反応についてのマーカーの評価である。いくつかの実施形態では、本方法は、免疫組織化学的染色、ウェスタンブロッティング、インセルウェスタン、免疫蛍光染色、ＥＬＩＳＡ、および蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）のうちの１つまたは複数、または本明細書に記載されるかもしくは当該技術分野において公知の任意の他の方法を使用した測定を含む。本方法は、抗体を腫瘍標本（例えば生検または組織または体液）と接触させて、組織または体液に特異的であり癌の状態の指標であるエピトープを識別することを含んでもよい。
【０１７６】
様々な実施形態では、抗体は、全抗体および／または任意の抗原結合断片（例えば、抗原結合部分）および／またはそれらの一本鎖（例えば、ジスルフィド結合によって相互に結合されている少なくとも２本の重（Ｈ）鎖および２本の軽（Ｌ）鎖を含む抗体、Ｆａｂ断片、ＶＬ、ＶＨ、ＣＬおよびＣＨ１ドメインからなる一価断片；Ｆ（ａｂ）２断片、ヒンジ領域においてジスルフィド架橋によって連結されている２つのＦａｂ断片を含む二価断片；ＶＨおよびＣＨ１ドメインからなるＦｄ断片；抗体の単一アームのＶＬおよびＶＨドメインからなるＦｖ断片など）を包含する。様々な実施形態では、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体が、単離されたヒトもしくはヒト化抗体またはそれらの機能的断片と同様に有用である。
【０１７７】
一般に、体液または組織中の抗原のエピトープを検出する方法には、直接的方法および間接的方法の２つがある。直接的方法は、ワンステップ染色を含み、体液または組織試料中の抗原と直接に反応する標識された抗体（例えばＦＩＴＣ結合抗血清）を用い得る。間接的方法は、体液または組織の抗原と反応する標識されていない一次抗体、および一次抗体と反応する標識された二次抗体を用いる。標識は、放射性標識、蛍光標識、ビオチンなどのハプテン標識、またはホースラディッシュペルオキシダーゼもしくはアルカリホスファターゼなどの酵素を包含し得る。これらのアッセイを行う方法は当該技術分野において周知である。例えば、Harlow et al. (Antibodies, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, 1988)、Harlow et al. (Using Antibodies, A Laboratory Manual, Cold Spring Harbor Laboratory, NY, 1999)、Virella (Medical Immunology, 6th edition, Informa HealthCare, New York, 2007)、およびDiamandis et al. (Immunoassays, Academic Press, Inc., New York, 1996)を参照のこと。前記アッセイを行うためのキットは、例えば、Clontech Laboratories,LLC.(Mountain View, CA)から市販されている。
【０１７８】
様々な種類の標的に対する抗体の結合能力を評価するための標準的なアッセイは、当該技術分野において公知であり、例えば、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロットおよびＲＩＡを包含する。抗体の結合キネティクス（例えば、結合親和性）もまた、当該技術分野において公知の標準的なアッセイ、例えばＢｉａｃｏｒｅ解析によって評価することができる。
【０１７９】
別の実施形態では、測定は、核酸の存在、不在、またはレベルを評価することを含む。当業者は、多くの方法が、適切なマーカーのＤＮＡ／ＲＮＡレベルを検出または定量するために利用可能であることを理解する。
【０１８０】
遺伝子発現は、例えば、レポーター遺伝子アッセイ、ノーザンブロット、蛍光インサイチュハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ）、および逆転写ＰＣＲ（ＲＴ−ＰＣＲ）を包含する、低ないし中程度の多重技術（low-to-mid-plex technique）を使用して測定することができる。遺伝子発現はまた、例えば、遺伝子発現連続解析（ＳＡＧＥ）、ＤＮＡマイクロアレイ、タイリングアレイ、ＲＮＡ−Ｓｅｑ／全トランスクリプトームショットガンシーケンシング（ＷＴＳＳ）、ハイスループットシーケンシング、マルチプレックスＰＣＲ、マルチプレックスライゲーション依存性プローブ増幅（ＭＬＰＡ）、ライゲーションによるＤＮＡシーケンシング、およびルミネックス／ＸＭＡＰを包含する、より高度の多重技術を使用して測定することもできる。当業者は、マイクロアレイなどのアレイ、ＲＴ−ＰＣＲ（定量的ＰＣＲを含む）、ヌクレアーゼプロテクションアッセイおよびノーザンブロット解析を包含する多くの方法が、試料中のバイオマーカーのＲＮＡ産物のレベルを検出または定量するために使用可能であることを理解する。
【０１８１】
別の実施形態では、方法は、対象における臨床的反応を予測することをさらに含む。別の実施形態では、臨床的反応は、少なくとも約１年、約２年、約３年、または約５年の無増悪／無イベント生存率である。
【０１８２】
いくつかの実施形態では、本明細書に開示される方法は、予防的処置を含む。例えば、本明細書に記載される方法に従って、癌に罹患する可能性がある対象に処置を投与することである。いくつかの実施形態では、対象が、癌の高いリスク、癌に対する遺伝的素因（例えば遺伝的リスク因子）、過去の癌の発症（例えば新たな癌および／または再発）、癌の家族歴、癌誘発要因（例えば環境要因）に対する曝露、および薬理ゲノミクス情報（治療の薬物動態、薬力学または有効性プロファイルに対する遺伝子型の効果）のうちの１つまたは複数によって特徴付けられる場合、対象は癌に罹患する可能性がある。
【０１８３】
いくつかの実施形態では、対象は、癌の高いリスクによって特徴付けられる場合、癌に罹患する可能性がある。いくつかの実施形態では、対象は、癌に対する遺伝的素因によって特徴付けられる場合、癌に罹患する可能性がある。いくつかの実施形態では、癌に対する遺伝的素因は、当該技術分野において公知のような遺伝的臨床的因子である。このような臨床的因子には、例えば、少なくとも大腸、子宮、小腸、胃、尿道の癌に関して、ＨＮＰＣＣ、ＭＬＨ１、ＭＳＨ２、ＭＳＨ６、ＰＭＳ１、ＰＭＳ２が含まれ得る。いくつかの実施形態では、対象は、過去の癌の発症によって特徴付けられる場合、癌に罹患する可能性がある。いくつかの実施形態では、そのような対象には、１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、または６つの過去の癌の発症がある。いくつかの実施形態では、対象は、癌の家族歴によって特徴付けられる場合、癌に罹患する可能性がある。いくつかの実施形態では、親、および／または祖父母、および／または兄弟姉妹、および／またはおば／おじ、および／または大おば／大おじ、および／またはいとこの１人が、癌に罹患したことがあるか、または罹患している。いくつかの実施形態では、対象は、癌誘発要因（例えば環境要因）に対する曝露によって特徴付けられる場合、癌に罹患する可能性がある。例えば、強い太陽光への皮膚曝露は、皮膚癌についての臨床的因子である。例えば、喫煙は、肺、口腔、喉頭、膀胱、腎臓、およびいくつかの他の器官の癌についての臨床的因子である。
【０１８４】
本発明の実施形態を以下の非限定的な実施例によってさらに説明する。
【実施例１】
【０１８５】
透過処理した細胞および透過処理していない細胞においてプロファイリングペプチドを使用した全細胞アッセイ
簡潔に述べると、冷凍ＭＯＬＭ−１３およびＯＣＩ−ＡＭＬ３細胞ストックを短時間に解凍し、細胞生存性をトリパンブルー排除によって決定した。細胞をＰＢＳ中で洗浄し、ＤＴＥＢ（またはＭＥＢ）緩衝液（１３５ｍＭのトレハロース［または１５０ｍＭのマンニトール］、１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、５０ｍＭのＫＣｌ、２０μＭのＥＧＴＡ、２０μＭのＥＤＴＡ、０．１％のＢＳＡ、および５ｍＭのスクシネート）中に再懸濁した。プロファイリングペプチドおよびＮＯＸＡ（ＡＥＬＰＰＥＦＡＡＱＬＲＫＩＧＤＫＶＹＣ；配列番号１６）を水中に再構成して、下記の最終濃度を与えるような作業溶液を調製した：配列番号１（１００μＭ）、配列番号１４（１００μＭ）、配列番号１５（１００μＭ）、およびＮＯＸＡ（１００μＭ）。ＤＭＳＯおよびＦＣＣＰ（５０μＭ）を、陰性対象および陽性ペプチド対照として使用した。プロファイリングペプチド、対照、またはＮＯＸＡ（比較目的のため）を、最初にマイクロプレートに入れた。次いで、ＤＴＥＢまたはＭＥＢ緩衝液中に再懸濁した細胞（４×１０５）を染色溶液（２０ｍｇ／ｍＬのオリゴマイシン、５０ｍｇ／ｍＬのジギトニン、４０μＭのＪＣ−１、１Ｍの２−メルカプトエタノール、ＤＴＥＢまたはＭＥＢ緩衝液）に加え、それを上記のマイクロプレートのウェルに加えた（ジギトニン処理しない試料のためには、上記の染色溶液にジギトニンを加えなかった）。次いで、細胞透過化（必要な場合）、ペプチドまたは化合物のデリバリー、およびミトコンドリアの脱分極を起こさせために、混合物を３０℃にて最長で２時間インキュベートした。各ウェルの蛍光シグナルを、Ｅｎｖｉｓｉｏｎマルチラベルプレートリーダーを使用してＥｘ４７５／Ｅｍ５３０およびＥｘ５３０／Ｅｍ５９５にて測定した。別に、ペプチドで処理しなかったがジギトニンで処理した細胞をヨウ化プロピジウム（ＰＩ）で染色して、細胞がジギトニンによって効果的に透過化されたかどうかを評価した。次いで正規化したミトコンドリア電位（ウェルの平均ＪＣ−１赤色蛍光）を、ＤＭＳＯ（陰性）およびＦＣＣＰ（陽性）対照と比較した。この比較の結果を図１Ａ〜１Ｄに示す。図１Ａおよび１ＢはＭＯＬＭ−１３細胞の結果を示し、図１Ｃおよび１ＤはＯＣＩ−ＡＭＬ３細胞の結果を示す。また、図１Ａおよび１Ｃはジギトニン処理した細胞の結果を示し、図１Ｂおよび１Ｄはジギトニンに曝露しなかった細胞の結果を示す。図中の記号の意味は次の通りである：（ＮＣ）陰性対照−ＤＭＳＯ；（ＰＣ）陽性対照−ＦＣＣＰ；（１）ＮＯＸＡ、（２）配列番号１、（３）配列番号１４、および（４）配列番号１５。
【０１８６】
図１Ａ〜１Ｄからわかるように、同様のアッセイにおいて一般に使用されるＮＯＸＡペプチドにアポトーシスを誘導させるためには、細胞膜透過化が必要である。一方、本開示のプロファイリングペプチドは、ジギトニンの使用を必要としない。ジギトニンの不在下で、細胞取り込み部分がＭｃｌ−１結合ドメインのアミノ末端に付加されている本開示のプロファイリングペプチドである配列番号１４は、Ｍｃｌ−１結合ドメインのみを含むプロファイリングペプチド、または細胞取り込み部分がＭｃｌ−１結合ドメインのカルボキシ末端に付加されているプロファイリングペプチドである配列番号１５と比較して、優れた効果を示す。
【０１８７】
さらに、図１Ａ〜１Ｄに示される結果は、脱共役剤であり陽性対照であるＦＣＣＰが、効果的に細胞に侵入し、十分にミトコンドリア外膜の透過化を開始させるために、ジギトニンなどの細胞透過化剤を必要とすることを示す。したがって、ＭＯＬＭ−１３細胞におけるジギトニンを用いない試験（図１Ｂ）では、配列番号１４および配列番号１５の効果が陽性対照の効果を上回った。
【０１８８】
次いで、上記アッセイについてＺ値を評価した。Ｚ値は、生物学的アッセイの信頼性を評価するための有益な方法である。アッセイの目標は、Ｚ値が０．５以上になることである。Ｚ値算出による前記感受性プロファイリングアッセイのシグナル対ノイズ比を評価は、本開示のプロファイリングペプチドを使用した場合に、アッセイの信頼性が顕著に高いことを示している（表２）。さらに、細胞透過化工程を省略したことにより、シグナル対ノイズ比が顕著に改善されている（表３）。
【０１８９】
【表２】
2020033347.tif 000005
【０１９０】
【表３】
2020033347.tif 000006
【実施例２】
【０１９１】
プロファイリングペプチド濃度の滴定
本開示のプロファイリングペプチドを細胞透過化剤の不在下で使用して得られるＭｃｌ−１依存パーセンテージの値が、ＮＯＸＡを細胞透過化剤の存在下で使用して得られる値に匹敵するように、本開示のプロファイリングペプチドの濃度を設定する試みにおいて、下記の実験を行った。
【０１９２】
簡潔に述べると、冷凍ＯＣＩ−ＡＭＬ３細胞ストックを短時間に解凍し、細胞生存性をトリパンブルー排除によって決定した。細胞をＰＢＳ中で洗浄し、ＤＴＥＢ（またはＭＥＢ）緩衝液（１３５ｍＭのトレハロース［または１５０ｍＭのマンニトール］、１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、５０ｍＭのＫＣｌ、２０μＭのＥＧＴＡ、２０μＭのＥＤＴＡ、０．１％のＢＳＡ、５ｍＭのスクシネート）中に再懸濁した。プロファイリングペプチドおよびＮＯＸＡ（配列番号１６）を水中に再懸濁して、下記の最終濃度を与えるような作業溶液を調製した：配列番号１（１００μＭ）、配列番号１（３０μＭ）、配列番号１（１０μＭ）、およびＮＯＸＡ（１００μＭ）。ＤＭＳＯおよびＦＣＣＰ（５０μＭ）を、陰性対照および陽性ペプチド対照として使用した。プロファイリングペプチド、対照、またはＮＯＸＡ（比較目的のため）を、最初にマイクロプレートに入れた。次いで、ＤＴＥＢまたはＭＥＢ緩衝液中に再懸濁した細胞（４×１０５）を、染色溶液（２０ｍｇ／ｍＬのオリゴマイシン、５０ｍｇ／ｍＬのジギトニン、４０μＭのＪＣ−１、１Ｍの２−メルカプトエタノール、ＤＴＥＢまたはＭＥＢ緩衝液）に加え、それを上記マイクロプレートのウェルに加えた（ジギトニン処理しない試料のためには、上記の染色溶液にジギトニンを加えなかった）。次いで、細胞透過化（必要な場合）、ペプチドまたは化合物のデリバリー、およびミトコンドリアの脱分極を起こさせるために、混合物を３０℃にて最長で２時間インキュベートした。各ウェルの蛍光シグナルを、Ｅｎｖｉｓｉｏｎマルチラベルプレートリーダーを使用してＥｘ４７５／Ｅｍ５３０およびＥｘ５３０／Ｅｍ５９５にて測定した。次いでゲーティングした集団の平均ＪＣ−１赤色蛍光から、ＤＭＳＯ（陰性）およびＦＣＣＰ（陽性）対照に対して、依存％を計算した。
【０１９３】
統計的解析：各ペプチドについて、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージを、該依存を決定する下記式を使用して計算した：
【数３】
2020033347.tif 000007
【０１９４】
式中、ＰＣは陽性対照の蛍光強度であり、ＮＣは陰性対照の蛍光強度であり、Ｐｅｐは示した濃度におけるペプチドの蛍光強度である。
【０１９５】
結果を図２に示す。図中の記号の意味は次の通りである：（１）ＮＯＸＡ、（２）配列番号１、１００μＭ、（３）配列番号１、３０μＭ、および（４）配列番号１、１０μＭ。図２からわかるように、ＯＣＩ−ＡＭＬ−３細胞において、本開示のプロファイリングペプチドの濃度を１０μＭまで低下しても、標準的なＮＯＸＡペプチドを１００μＭで用いた場合と同等のＭｃｌ−１依存パーセンテージ値が得られる。
【実施例３】
【０１９６】
ＡＭＬ対象をベースとするコホートを使用した研究
新たにＡＭＬと診断された対象に由来する末梢血および骨髄の試料を入手し、該試料由来の細胞を、本明細書に開示されるプロファイリングペプチド（例えば、配列番号１、配列番号１４、または配列番号１５）のいずれか１つまたは複数と接触させることによって解析する。試料におけるＭｃｌ−１依存が所定の値を超える場合（例えば、５％超、１０％超、１５％超、２０％超、２５％超、または３０％超）、その対象をアルボシジブを含むレジメン（例えば、ＦＬＡＭ：アルボシジブ（フラボピリドール）、Ａｒａ−Ｃおよびミトキサントロン）を用いて処置する。処置した対象のうちの統計学的に有意なパーセンテージ（例えば、７５％超、またはさらには９５％超）が、完全奏功を示す。完全奏功は、全ての細胞株が正常に成熟しており骨髄芽球が５％未満であること、ＡＮＣ１０００／μＬおよび血小板数１０００００／μＬ、末梢血中の芽球の不在、骨髄中の白血病細胞の不在、疾患に関連する細胞遺伝学のクリアランス、ならびに過去の髄外疾患のクリアランスによって特徴付けられる。
【０１９７】
感受性プロファイリング
簡潔に述べると、冷凍した抽出白血球試料を短時間に解凍し、細胞生存性をトリパンブルー排除によって決定する。細胞をＦＡＣＳ緩衝液（２％のＦＢＳを含む１×ＰＢＳ）中で洗浄し、蛍光標識したＣＤ４５、ＣＤ３およびＣＤ２０モノクローナル抗体を使用して免疫表現型をタイピングする。次いで、細胞を、Ｎｅｗｍｅｙｅｒ緩衝液（１０ｍＭのトレハロース、１０ｍＭのＨＥＰＥＳ、８０ｍＭのＫＣｌ、２０μＭのＥＧＴＡ、２０μＭのＥＤＴＡ、５ｍＭのスクシネート、ｐＨ７．４）中に、撹拌により再懸濁する。プロファイリングペプチドをＮｅｗｍｅｙｅｒ緩衝液中に希釈して、下記の最終濃度を与えるような作業溶液を調製する：配列番号１（１００μＭ）、配列番号１４（１００μＭ）、および配列番号１５（１００μＭ）。ＤＭＳＯおよびＢＡＭ−１５を、陰性対照および陽性ペプチド対照として使用する。個々のＦＡＣＳチューブに、オリゴマイシン、続いてプロファイリングペプチドを加える。次いで、細胞をＦＡＣＳチューブに加え、ペプチドのデリバリーおよびミトコンドリアの脱分極を起こさせるために室温にて２時間１５分間インキュベートする。インキュベーション後、ＪＣ−１色素をＮｅｗｍｅｙｅｒ緩衝液中に調製し、処理した細胞に直接加える。４５分間のＪＣ−１とのインキュベーション後、細胞を３レーザーＢＤ  ＦＡＣＳＣａｎｔｏ  ＩＩにおいて解析する。ＡＭＬ芽球を、次の３つのパラメーターに基づいてゲーティングする：１）ＳＳＣに基づくシングレット識別、２）ＣＤ４５ｄｉｍおよびＣＤ３／ＣＤ２０ ｎｅｇａｔｉｖｅ、ならびに ３）ＳＳＣ ｌｏｗ。ゲーティングした芽球集団の平均ＪＣ−１赤色蛍光から、ＤＭＳＯ（陰性）およびＢＡＭ−１５（陽性）対照との比較としての脱分極％を計算する。個々の対象の細胞遺伝学的リスク分類（低、中、および高）を、Cancer and Leukemia Group B（ＣＡＬＧＢ）ガイドラインから決定する。
【０１９８】
統計的解析：各ペプチドに関して、Ｍｃｌ−１依存パーセンテージを、ＤＭＳＯ陰性対照（全くプライムドでない対照）およびＢＡＭ−１５（１００％プライムド対照）に対して依存を決定する下記式を使用して計算する：
【数４】
2020033347.tif 000008
【０１９９】
式中、ＰＣは陽性対照のＡＵＣであり、ＮＣは陰性対照のＡＵＣであり、ＰｅｐはペプチドのＡＵＣである。
【０２００】
解析のために、ＣＲと分類されない全ての対象を、非反応者［微小残存病変（ＭＲＤ）、部分寛解（ＰＲ）、およびＴＦ（処置不成功）］として処理する。プロファイリングペプチド（および他の腫瘍特性、例えば細胞遺伝学など）と反応の間で、スチューデントのｔ検定、マン・ホイットニー順位和ノンパラメトリック検定、多変量ロジスティック回帰、およびＲＯＣ曲線解析を、ＧｒａｐｈＰａｄ  Ｐｒｉｓｍ  Ｖｅｒｓｉｏｎ  ５．０４およびＭｅｄＣａｌｃ  Ｖｅｒｓｉｏｎ  １４．８．１を使用して計算する。
【０２０１】
ＦＬＡＭプロトコールに登録されたＡＭＬ対象試料のミトコンドリアプロファイリング
対象から得た臨床的変数を反応と比較して、それらの因子のうちのいずれかが、対象が治療に反応するか否かに影響を与えるかを決定する。ＣＲに大きく関連することが予想される変数は、細胞遺伝学的リスク因子であり、高リスクと分類される対象は、治療に反応する可能性が低い。ＷＢＣ、ＭＤＳの病歴、およびどのプロトコールに従ったかは、潜在的に有意義である。
【０２０２】
上記のような解析に感受性プロファイリングを追加すれば、アルボシジブ（単独または併用療法）に反応する対象の識別能を大いに向上させることができると考えられる。
【実施例４】
【０２０３】
例示的アッセイ手順
一次骨髄吸引物から単核細胞を密度勾配遠心分離により単離する。試料品質を、トリパンブルー排除を使用して決定する。次いで、細胞をペレット化し、ＢＳＡ中でブロッキングし、ＢおよびＴ細胞に特異的なマーカー、ならびに単球分化マーカーおよび芽球特異的マーカーに対して染色する。染色後、細胞をペレット化し、蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）チューブに分け入れ、水（陰性対照）、ＣＣＣＰ（陽性対照）または配列番号１４（本発明）のいずれかを用いて処理する。１時間後、カチオン性のミトコンドリア染料であるＤｉＯＣ６を加える。１時間後、細胞をフローサイトメトリーによって解析する。芽細胞を、各試料のＣＤ４５ｄｉｍ、ＣＤ１３、ＣＤ３３およびＣＤ３４ｈｉｇｈ集団に対するゲーティングによって単離する。下記式に従って、各試料におけるＤｉＯＣ６の平均蛍光強度（ＭＦＩ）から依存値を計算する：
【数５】
2020033347.tif 000009
【実施例５】
【０２０４】
例示的なアッセイ手順
フィコール調製物を使用して一次骨髄吸引物から白血球を単離する。白血球は、新鮮なもの、または冷凍されたものであってよい。冷凍品の場合、試験前に試料を解凍する。試料をＤＮａｓｅ  １含有ＲＰＭＩ中で、３７℃のインキュベーターにおいて６０分間インキュベートする。次いで、細胞をペレット化し、氷上の１％ＢＳＡ含有ＰＢＳ中で１５分間ブロッキングした後、暗所にて氷上で３０分間染色する。染色後、細胞をペレット化し、リアノジン（３０ｎＭ）およびオリゴマイシンを含有するＤＴＥＢ中に再懸濁する。３７℃のインキュベーター内で３０分間インキュベートした後、試料を蛍光活性化セルソーティング（ＦＡＣＳ）チューブに分け入れ、水（陰性対照）、ＣＣＣＰ（陽性対照）または配列番号１４（本発明）のいずれかを用いて処理し、３７℃のインキュベーター内で６０分間インキュベートする。次いで、カチオン性のミトコンドリア染料であるＤｉＯＣ６を加え、３７℃のインキュベーター内で６０分間インキュベートする。次いで、細胞をフローサイトメトリーによって解析する。芽細胞を、各試料のＣＤ４５ｄｉｍ、ＣＤ１３、ＣＤ３３およびＣＤ３４ｈｉｇｈ集団に対するゲーティングによって単離する（図３を参照のこと）。指示される場合、細胞を、さらにＣＤ３およびＣＤ２０を用いてゲーティングし得る。下記式に従って、各試料におけるＤｉＯＣ６の平均蛍光強度（ＭＦＩ）から依存値を計算する：
【数６】
2020033347.tif 000010
【実施例６】
【０２０５】
アッセイへのリアノジンの追加
実施例５に記載したアッセイにリアノジンの追加したことの効果を評価した。リアノジンをアッセイに加え、この効果はＴａｔが仲介するＥＲからのカルシウム放出に起因したこと、および２０ｍＭのリアノジンによる処理が非特異的色素取り込みを抑制したことを決定した。図４に示されるように、リアノジンの添加は、非特異性を低減させ、本プロファイリングペプチド濃度の増加を可能にするので、本プロファイリングペプチドのアッセイ結果をＮＯＸＡアッセイ結果と完全に同等化することが可能となる。
【実施例７】
【０２０６】
ＮＯＸＡプライミングアッセイの比較
ＮＯＸＡアッセイの結果を、実施例５に記載されるアッセイの結果と比較した。表４に、ＮＯＸＡ試験の結果が公開されている細胞株（Ishizawa et al. (2015) Mitochondrial Profiling of Acute Myeloid Leukemia in the Assessment of Response to Apoptosis Modulating Drugs. PLoS ONE 10(9): e0138377）に対する、ＮＯＸＡおよび配列番号１４アッセイの結果の比較を示す。
【０２０７】
【表４】
2020033347.tif 000011
【０２０８】
表５に、ＮＯＸＡ試験の結果が出されている対象試料に対する、ＮＯＸＡおよび配列番号１４アッセイの結果の比較を示す。表５の試料１７〜１９は、ＦＬＡＭで処置され、治療に対する完全奏功を示した対象から採取されたものであったことに注目すべきである。
【０２０９】
【表５】
2020033347.tif 000012
【０２１０】
表４および表５からわかるように、依存値が公開されている１９個の試料のうちの１５個において質的な一致が見られ、依存値が公開されている７個の細胞株の７個において質的な一致が見られ、合計２６個の試料（対象試料および細胞株）のうちの２２個で一致が見られた。観測された全体的な精度は、８１％の特異性（陰性試料  １７／２１）、および１００％の感受性（陽性試料  ５／５）であった。
【０２１１】
表５からわかるように、４個の試料が、従来の試験で陰性と判定されたが、新たな配列番号１４アッセイでは陽性と判定された。これら４個の試料は、改良された本アッセイ方法論およびフローサイトメトリーゲーティングストラテジーによって陽性とみなされた。
【０２１２】
この研究の結果は、配列番号１４アッセイおよび従来のＮＯＸＡアッセイが、依存４０％以上というカットオフを使用したとき、８５％より高い一致を示すことを示す。図５は、ＭＣＬ−１依存が４０％以上であるＡＭＬ対象において、完全奏功を示すものの割合が１００％であることを示す。
【０２１３】
当業者は、本明細書に具体的に記載される特定の実施形態に対する多数の等価物を、過度の実験なしに、認識するか、または確認することができる。このような等価物は、特定の実施形態の範囲に包含されることを意図する。
【０２１４】
本明細書中で参照される米国特許、米国特許出願公開、米国特許出願、外国特許、外国特許出願および非特許文献（本出願が優先権主張する、出願日２０１６年１２月１９日の米国仮特許出願第６２／４３６，２２１号、および出願日２０１７年９月２５日の米国仮特許出願第６２／５６２，９９０号を包含する）はいずれも、本説明と矛盾しない範囲で、その全体が参照として本明細書に組み込まれる。態様の実施形態は、必要であれば様々な特許、出願および文献の概念を利用するように、改変されて、さらなる実施形態となって提供され得る。態様のこのような変更および他の変更は、上記の詳細な説明の考慮の下になされ得る。
【０２１５】
したがって、本明細書において、説明の目的で、本発明の特定の実施形態を記載したが、本発明の趣旨および範囲から逸脱することなく様々な変更がなされ得ることが理解される。したがって、本発明は、特許請求の範囲によるものを除いて、限定を受けない。
【図１−１】
2020033347.tif 000013
【図１−２】
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【図２】
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【図３】
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【図４】
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【図５】
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【配列表】
2020033347000001.app
【外国語明細書】
2020033347000001.pdf