(57)【要約】【課題】クローン病に関連するＴＮＦＳＦ１５及びＤＣＲ３の変異体を提供すること。【解決手段】民族を越えた細密なマッピングを介して証明したときに、白色人種、プエルトリコ人、及び韓国人のクローン病の間のＴＮＦＳＦ１５  １５及びＤｃＲ３遺伝子座位における関連の発見に関連した方法及び組成物を本明細書において記述する。本発明は、１つまたは複数のリスク変異体の存在がＴＮＦＳＦ１５（またはＴＬ１Ａ）及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位にてあることを決定することによって、被験体におけるクローン病に対するリスクを定量化し、及び感受性を診断する方法を提供する。【選択図】図４
2020127437.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
図面に記載の発明。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
その他の出願に対する相互参照
この出願は、２０１３年５月１７日に出願のＵ．Ｓ．ｐｒｏｖｉｓｉｏｎａｌ  ｐａｔｅｎｔ  ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ  Ｎｏ．６１／８２４，９３２に対する優先権の主張を含む。
【０００２】
請求された発明は、医学的療法のための方法及び組成物を含む、炎症性腸疾患及び関連した状態の予後、診断及び治療に関する。
【背景技術】
【０００３】
本明細書における全ての刊行物は、それぞれの個々の公開または特許出願が参照により援用されることを具体的に、及び個々に示された場合と同程度に参照により援用される。以下の記述は、本発明を理解する際に有用であろう情報を含む。本明細書に提供された情報のいずれも従来技術である、または現在請求された発明に関連する、または特異的もしくは暗に参照された任意の公開が従来技術であると認めない。
【０００４】
クローン病（ＣＤ）などの炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、斑状貫壁性炎症及び繊維性狭窄などの病理学的特徴を伴う慢性炎症状態である。以前の研究は、ＴＬ１ＡがＴｈ１、Ｔｈ２及びＴｈ１７エフェクター機能を増強することを介して腸管の炎症を活発にし得るし、また、ＴＬ１Ａが繊維芽細胞及び活性化繊維芽細胞の増加した数を介して線維形成を活発にするようにみえ、及びマウスにおける構成的ＴＬ１Ａ発現が悪化するマウス回盲部炎症及び腸管繊維性狭窄を与えることが見いだされたことを示す。
【発明の概要】
【課題を解決するための手段】
【０００５】
ＴＮＦスーパーファミリーメンバーであるＴＬ１Ａ（ＴＮＦＳＦ１５）、のＳＮＰは、ＩＢＤと関連することが見いだされ、一定のＴＮＦＳＦ１５ハプロタイプは、増加したＴＬ１Ａ発現と関連し、及び小腸外科手術のより高いリスクを有することが見いだされた。公知のＩＢＤ感受性遺伝子であるＤｅｃｏｙ  Ｒｅｃｅｐｔｏｒ３（ＤｃＲ３）は、ＴＬ１Ａ（ＴＮＦＳＦ１５）を含む前−炎症性リガンドを中和することができるおとり受容体である。
例示的実施形態を参照図において例証してある。本明細書において開示される実施形態及び図が限定的というよりはむしろ例証であることが考慮されるべきであることが意図される。
【図面の簡単な説明】
【０００６】
【図１】本明細書における実施形態に従って、主成分解析（ＰＣ１／ＰＣ２）を示す。
【図２】本明細書における実施形態に従って、ＮＪ（非ユダヤ人）及びＡＪ（アシュケナジユダヤ人）ＣＤにおけるＴＮＦＳＦ１５領域のｐＡＣＴを示す。
【図３】本明細書における実施形態に従って、ＮＪ及びＡＪＣＤにおけるＤｃＲ３（ＴＮＦＲＳＦ６Ｂ）領域のｐＡＣＴを示す。
【図４】本明細書における実施形態に従って、ＮＪ及びＳＫにおける関連するＴＮＦＳＦ１５  ＳＮＰの連鎖不平衡マップ（ｒ２）を示す。
【発明を実施するための形態】
【０００７】
クローン病及び／または線維症に対する被験体におけるリスクを定量化するためのアッセイであって、被験体から試料を得ること、ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位における１つまたは複数の変異体の有無を決定するように適応した遺伝子型決定アッセイに試料を供すること及びＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位における１つまたは複数の変異体の存在に基づいてクローン病及び／または線維症に対する被験体におけるリスクを定量化することを含むアッセイを本明細書において記述する。種々の実施形態において、変異体は：配列番号．１、配列番号．２、配列番号．３、配列番号．４、配列番号．５、配列番号．６、配列番号．７、配列番号．８、配列番号．９、配列番号．１０、配列番号．１１、配列番号．１２、配列番号．１３、配列番号．１４、配列番号．１５、配列番号．１６、配列番号．１７、配列番号．１８、配列番号．１９、配列番号．２０、配列番号．２１、配列番号．２２、配列番号．２３、配列番号．２４、配列番号．２５及び配列番号．２６を含む群から選択される１つまたは複数の変異体を含む。その他の実施形態において、変異体は、配列番号．３及び／または配列番号．１３である。その他の実施形態において、変異体は、配列番号．２２である。その他の実施形態において、被験体は、非ユダヤ人の白色人種、アシュケナジ、韓国人またはプエルトリコ人である。その他の実施形態において、被験体は韓国人であり、及び変異体は配列番号．３、配列番号．１３及び／または配列番号．２２である。その他の実施形態において、変異体は、リスク変異体である。その他の実施形態において、変異体は、保護変異体である。その他の実施形態において、保護変異体は、構造化、ＣＤ、小腸合併症及び／または外科的介入の必要性について被験体における減少したリスクを定量化する。
【０００８】
また、被験体におけるクローン病及び／または線維症に対する感受性を診断する方法であって、被験体から試料を得ること、ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位にて１つまたは複数の変異体の有無を決定するように適応した遺伝子型決定アッセイに試料を供すること及びＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位にて１つまたは複数の変異体の存在に基づいた被験体におけるクローン病及び／または線維症に対する感受性を診断することを含む方法を本明細書に記述した。その他の実施形態において、変異体は：配列番号．１配列番号．２、配列番号．３、配列番号．４、配列番号．５、配列番号．６、配列番号．７、配列番号．８、配列番号．９、配列番号．１０、配列番号．１１、配列番号．１２、配列番号．１３、配列番号．１４、配列番号．１５、配列番号．１６、配列番号．１７、配列番号．１８、配列番号．１９、配列番号．２０、配列番号．２１、配列番号．２２、配列番号．２３、配列番号．２４、配列番号．２５及び配列番号．２６を含む群から選択される１つまたは複数の変異体からなる。その他の実施形態において、変異体は、配列番号．３及び／または配列番号．１３である。その他の実施形態において、変異体は、配列番号．２２である。その他の実施形態において、被験体は、非ユダヤ人の白色人種、アシュケナジ、韓国人またはプエルトリコ人である。その他の実施形態において、被験体は、韓国人であり、及び変異体は配列番号．３、配列番号．１３及び／または配列番号．２２である。
【０００９】
また、被験体におけるクローン病及び／または線維症を治療する方法であって、被験体から試料を得ること、ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位にて１つまたは複数の変異体の存在を決定するように適応した遺伝子型決定アッセイに試料を供すること及びクローン病及び／または線維症を治療することを含む方法を本明細書に記述した。一つの実施形態において、変異体は：配列番号．１、配列番号．２、配列番号．３、配列番号．４、配列番号．５、配列番号．６、配列番号．７、配列番号．８、配列番号．９、配列番号．１０、配列番号．１１、配列番号．１２、配列番号．１３、配列番号．１４、配列番号．１５、配列番号．１６、配列番号．１７、配列番号．１８、配列番号．１９、配列番号．２０、配列番号．２１、配列番号．２２、配列番号．２３、配列番号．２４、配列番号．２５及び配列番号．２６を含む群から選択される１つまたは複数の変異体からなる。
【００１０】
発明の記述
本明細書において引用される全ての参照は、完全に説明するかのように、これらの全体が参照により援用される。別途定義されない限り、本明細書において使用される専門的及び科学的用語は、本発明に属する当業者によって一般に理解されるのと同じ意味を有する。Ａｌｌｅｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ：  Ｔｈｅ  Ｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｐｒａｃｔｉｃｅ  ｏｆ  Ｐｈａｒｍａｃｙ  ２２ｎｄ  ｅｄ．，  Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌ  Ｐｒｅｓｓ  （Ｓｅｐｔｅｍｂｅｒ  １５，  ２０１２）；  Ｈｏｒｎｙａｋ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ  ｔｏ  Ｎａｎｏｓｃｉｅｎｃｅ  ａｎｄ  Ｎａｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，  ＣＲＣ  Ｐｒｅｓｓ  （２００８）；  Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ  ａｎｄ  Ｓａｉｎｓｂｕｒｙ，  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  Ｍｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙ  ａｎｄ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｂｉｏｌｏｇｙ  ３ｒｄ  ｅｄ．，
ｒｅｖｉｓｅｄ  ｅｄ．，  Ｊ．  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ  （Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，
ＮＹ  ２００６）；  Ｓｍｉｔｈ，  Ｍａｒｃｈ’ｓ  Ａｄｖａｎｃｅｄ  Ｏｒｇａｎｉｃ  Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ  Ｒｅａｃｔｉｏｎｓ，  Ｍｅｃｈａｎｉｓｍｓ  ａｎｄ  Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ  ７ｔｈ  ｅｄ．，  Ｊ．  Ｗｉｌｅｙ  ＆  Ｓｏｎｓ  （Ｎｅｗ  Ｙｏｒｋ，  ＮＹ  ２０１３）；  Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎ，  Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ  ｏｆ  ＤＮＡ  ａｎｄ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  ３ｒｄ  ｅｄ．，  Ｗｉｌｅｙ−Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ  （Ｎｏｖｅｍｂｅｒ  ２８，  ２０１２）；  及びＧｒｅｅｎ  ａｎｄ  Ｓａｍｂｒｏｏｋ，  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  Ｃｌｏｎｉｎｇ：  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  ４ｔｈ  ｅｄ．，  Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ
Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｐｒｅｓｓ  （Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ，  ＮＹ  ２０１２）は、本出願において使用される用語の多くに対する一般的手引きを当業者に提供する。抗体を作成する方法の参照については、Ｇｒｅｅｎｆｉｅｌｄ，  Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  Ａ  Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ  Ｍａｎｕａｌ  ２ｎｄ  ｅｄ．，  Ｃｏｌｄ
Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ  Ｐｒｅｓｓ  （Ｃｏｌｄ  Ｓｐｒｉｎｇ  Ｈａｒｂｏｒ
ＮＹ，  ２０１３）；  Ｋoｈｌｅｒ  ａｎｄ  Ｍｉｌｓｔｅｉｎ，  Ｄｅｒｉｖａｔ
ｉｏｎ  ｏｆ  ｓｐｅｃｉｆｉｃ  ａｎｔｉｂｏｄｙ−ｐｒｏｄｕｃｉｎｇ  ｔｉｓｓｕｅ  ｃｕｌｔｕｒｅ  ａｎｄ  ｔｕｍｏｒ  ｌｉｎｅｓ  ｂｙ  ｃｅｌｌ  ｆｕｓｉｏｎ，  Ｅｕｒ．  Ｊ．  Ｉｍｍｕｎｏｌ．  １９７６  Ｊｕｌ，  ６（７）：５１１−９；
Ｑｕｅｅｎ  ａｎｄ  Ｓｅｌｉｃｋ，  Ｈｕｍａｎｉｚｅｄ  ｉｍｍｕｎｏｇｌｏｂｕｌｉｎｓ，  Ｕ．  Ｓ．  Ｐａｔｅｎｔ  Ｎｏ．  ５，５８５，０８９  （１９９６  Ｄｅｃ）；及びＲｉｅｃｈｍａｎｎ  ｅｔ  ａｌ．，  Ｒｅｓｈａｐｉｎｇ  ｈｕｍａｎ  ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ  ｆｏｒ  ｔｈｅｒａｐｙ，  Ｎａｔｕｒｅ  １９８８  Ｍａｒ  ２４，  ３３２（６１６２）：３２３−７を参照されたい。
【００１１】
本明細書において開示したように、本発明者は、ＴＬ１Ａで誘導される大腸炎におけるヘルパーＴ経路の効果及びＴＬ１Ａで誘導される腸線維症におけるヘルパーＴ経路の効果を調べた。腸粘膜炎におけるＴＬ１Ａの役割は、中和ＴＬ１Ａ抗体がマウスにおける慢性大腸炎を予防したこと、及び治療したことを見いだすことによって脚光を当てられる。しかし、腸炎症の発症に対するリンパ系または骨髄系由来ＴＬ１Ａのどちらの貢献も、完全には知られていない。ＴＬ１Ａは、リンパ系及び骨髄系の両方の由来細胞によって発現されるＴＮＦＳＦ１５遺伝子の産物である。ＴＮＦＳＦ１５遺伝子における変異体は、ＩＢＤと関連することが見いだされている。ＴＮＦＳＦ１５、ＴＬ１Ａのタンパク質産物は、ＩＢＤ患者の腸管粘膜において上昇する。一定のＴＮＦＳＦ１５ハプロタイプは、非ユダヤ人の白色人種のＣＤ及びＵＣにおける感受性と関連する。加えて、ＴＮＦＳＦ１５ハプロタイプＢは、ユダヤ人ＣＤ  患者におけるリスクだけでなく、重症度にも関連する。さらに、リスクハプロタイプＢを保有するユダヤ人患者からの単球は、ＦｃγＲ刺激に応答してより高レベルのＴＬ１Ａを発現する。これらの結果は、ＣＤ関連ＴＮＦＳＦ１５遺伝的変異が、ＴＬ１Ａの増強された誘導に寄与して、重篤な慢性粘膜炎を生じること、及びＴＬ１Ａの調整が治療開発のための潜在的標的であり得ることを示す。デスドメイン受容体３（ＤＲ３）を経たＴＬ１Ａシグナル及びいくつかの研究は、ＴＬ１Ａ／ＤＲ３シグナリング経路を粘膜炎に関係させる。ＴＬ１Ａ−抗体を中和することは、ＤＳＳにおける炎症を改善し、及びＧαｉ２−／−  Ｔ細胞は、慢性大腸炎モデルを移行する。マウスにおける構成的ＴＬ１Ａ発現は、軽度の自発性回腸炎及び増加したコラーゲン沈着をまねく。ＴＬ１Ａは、末梢及び粘膜Ｔ細胞からのＴＬ１Ａの強化されたインターフェロン（ＩＦＮ）−γ産生で示されるように、ヘルパーＴ（Ｔｈ）−１エフェクターアームにおける適応免疫応答を調節する。ＴＬ１Ａは、ＴＮＦスーパーファミリーメンバーである。したがって、要するに、ＴＮＦＳＦ１５  ＳＮＰは、ＩＢＤと関連し、ＴＮＦＳＦ１５ハプロタイプＢは、小腸外科手術のより高いリスクを伴う増加したＴＬ１Ａ発現を有し、及びマウスにおける構成的Ｔｌ１ａ発現は、マウス回盲部炎症及び腸管繊維性狭窄を悪化させる。ＴＬ１Ａは、Ｔｈ１、Ｔｈ２及びＴｈ１７エフェクター細胞機能を増強することができることが公知である一方で、どのＴＬ１Ａ活性ヘルパーＴエフェクター経路が腸管の炎症及び線維症を誘導するかはよく分かっていない。したがって、重要な科学的疑問は、ＴＬ１Ａ誘導大腸炎に対するヘルパーＴ経路の効果及びＴＬ１Ａ誘導腸線維症に対するヘルパーＴ経路の効果を理解することである。
【００１２】
本明細書において開示したように、本発明者は、白色人種、プエルトリコ人及び韓国人のＣＤにおけるＴＮＦＳＦ１５及びＤｃＲ３にわたって民族を越えた細密なマッピングを行った。本発明者は、非ユダヤ人の白色人種（ＮＪ）クローン病（ＣＤ）及びまれなＴＮＦＳＦ１５変異体との関連を同定した。この関連は、以前に報告された共通の変異体と無関係である。また、これらの変異体は、韓国人（ＳＫ）集団においてさらにいっそう一般的であり、及びまたＳＫ  ＣＤと関連する。ＤｃＲ３は、ＮＪ  ＣＤと有意に関連し、ＳＫにおいて繰り返された発見及びこの座位における変異は、狭窄表現型を変更する。
【００１３】
クローン病及び／または線維症に対する被験体におけるリスクを定量化するためのアッセイであって、被験体から試料を得ること、ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位における１つまたは複数の変異体の有無を決定するように適応した遺伝子型決定アッセイに試料を供すること、及びＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位における１つまたは複数の変異体の存在に基づくクローン病及び／または線維症に対する被験体におけるリスクを定量化することを含むアッセイを本明細書において記述する。種々の実施形態において、変異体は：配列番号．１、配列番号．２、配列番号．３、配列番号．４、配列番号．５、配列番号．６、配列番号．７、配列番号．８、配列番号．９、配列番号．１０、配列番号．１１、配列番号．１２、配列番号．１３、配列番号．１４、配列番号．１５、配列番号．１６、配列番号．１７、配列番号．１８、配列番号．１９、配列番号．２０、配列番号．２１、配列番号．２２、配列番号．２３、配列番号．２４、配列番号．２５及び配列番号．２６を含む群から選択される１つまたは複数の変異体を含む。その他の実施形態において、変異体は、配列番号．３及び／または配列番号．１３である。その他の実施形態において、変異体は、配列番号．２２である。その他の実施形態において、被験体は、非ユダヤ人の白色人種、アシュケナジ、韓国人またはプエルトリコ人である。その他の実施形態において、被験体は韓国人であり、及び変異体は配列番号．３、配列番号．１３及び／または配列番号．２２である。その他の実施形態において、変異体は、リスク変異体である。その他の実施形態において、変異体は、保護変異体である。その他の実施形態において、保護変異体は、構造化、ＣＤ、小腸合併症及び／または外科的介入の必要性について被験体における減少したリスクを定量化する。
【００１４】
また、被験体におけるクローン病及び／または線維症に対する感受性を診断する方法であって、被験体から試料を得ること、ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位にて１つまたは複数の変異体の有無を決定するように適応した遺伝子型決定アッセイに試料を供すること及びＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位における１つまたは複数の変異体の存在に基づいた被験体におけるクローン病及び／または線維症に対する感受性を診断することを含む方法を本明細書において記述した。その他の実施形態において、変異体は：配列番号．１配列番号．２、配列番号．３、配列番号．４、配列番号．５、配列番号．６、配列番号．７、配列番号．８、配列番号．９、配列番号．１０、配列番号．１１、配列番号．１２、配列番号．１３、配列番号．１４、配列番号．１５、配列番号．１６、配列番号．１７、配列番号．１８、配列番号．１９、配列番号．２０、配列番号．２１、配列番号．２２、配列番号．２３、配列番号．２４、配列番号．２５及び配列番号．２６を含む群から選択される１つまたは複数の変異体からなる。その他の実施形態において、変異体は、配列番号．３及び／または配列番号．１３である。その他の実施形態において、変異体は、配列番号．２２である。その他の実施形態において、被験体は、非ユダヤ人の白色人種、アシュケナジ、韓国人またはプエルトリコ人である。その他の実施形態において、被験体は韓国人であり、及び変異体は配列番号．３、配列番号．１３及び／または配列番号．２２である。
【００１５】
また、被験体におけるクローン病及び／または線維症を治療する方法であって、被験体から試料を得ること、ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位における１つまたは複数の変異体の存在を決定するように適応した遺伝子型決定アッセイに試料を供すること及びクローン病及び／または線維症を治療することを含む方法を本明細書に記述した。一つの実施形態において、変異体は：配列番号．１、配列番号．２、配列番号．３、配列番号．４、配列番号．５、配列番号．６、配列番号．７、配列番号．８、配列番号．９、配列番号．１０、配列番号．１１、配列番号．１２、配列番号．１３、配列番号．１４、配列番号．１５、配列番号．１６、配列番号．１７、配列番号．１８、配列番号．１９、配列番号．２０、配列番号．２１、配列番号．２２、配列番号．２３、配列番号．２４、配列番号．２５及び配列番号．２６を含む群から選択される１つまたは複数の変異体からなる。
【００１６】
一つの実施形態において、本発明は、被験体から試料を得ること、試料を分析して被験体における１つまたは複数のリスク変異体の有無を決定すること、及び１つまたは複数のリスク変異体の存在に基づいてクローン病に対する感受性を診断するによって被験体におけるクローン病に対する感受性を診断する方法を提供する。もう一つの実施形態において、１つまたは複数のリスク変異体は、ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位にある。もう一つの実施形態において、１つまたは複数のリスク変異体は、本明細書において表２及び３に記述される。もう一つの実施形態において、被験体は、白色人種、プエルトリコ人または韓国人である。もう一つの実施形態において、被験体は、非白色人種である。
【００１７】
一つの実施形態において、本発明は、被験体から試料を得ること、試料を分析して被験体における１つまたは複数のリスク変異体の有無を決定すること、及び１つまたは複数のリスク変異体の存在に基づいてクローン病サブタイプを診断するによって被験体におけるクローン病サブタイプを診断する方法を提供する。もう一つの実施形態において、１つまたは複数のリスク変異体は、ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位にある。もう一つの実施形態において、１つまたは複数のリスク変異体は、本明細書において表２及び３に記述される。もう一つの実施形態において、被験体は、白色人種、プエルトリコ人または韓国人である。もう一つの実施形態において、被験体は、非白色人種である。
【００１８】
一つの実施形態において、本発明は、被験体における１つまたは複数の１つまたは複数のリスク変異体の存在を決定することによって被験体におけるクローン病を治療し、及び被験体を治療する方法を提供する。もう一つの実施形態において、１つまたは複数のリスク変異体は、ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位にある。もう一つの実施形態において、１つまたは複数のリスク変異体は、本明細書において表２及び３に記述される。もう一つの実施形態において、被験体は、白色人種、プエルトリコ人または韓国人である。もう一つの実施形態において、被験体は、非白色人種である。
【００１９】
一つの実施形態において、本発明は、被験体から試料を得ること、試料を分析して被験体における１つまたは複数のリスク変異体の有無を決定すること、及び１つまたは複数のリスク変異体の存在に基づいて線維症に対する感受性を診断するによって被験体における線維症に対する感受性を診断する方法を提供する。もう一つの実施形態において、１つまたは複数のリスク変異体は、ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位にある。もう一つの実施形態において、１つまたは複数のリスク変異体は、本明細書において表２及び３に記述される。もう一つの実施形態において、被験体は、白色人種、プエルトリコ人または韓国人である。もう一つの実施形態において、被験体は、非白色人種である。
【００２０】
一つの実施形態において、本発明は、被験体から試料を得ること、試料を分析して被験体における１つまたは複数のリスク変異体の有無を決定すること、及び１つまたは複数のリスク変異体の存在に基づいて線維症サブタイプを診断するによって被験体における線維症サブタイプを診断する方法を提供する。もう一つの実施形態において、１つまたは複数のリスク変異体は、ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位にある。もう一つの実施形態において、１つまたは複数のリスク変異体は、本明細書において表２及び３に記述される。もう一つの実施形態において、被験体は、白色人種、プエルトリコ人または韓国人である。もう一つの実施形態において、被験体は、非白色人種である。
【００２１】
一つの実施形態において、本発明は、被験体における１つまたは複数の１つまたは複数のリスク変異体の存在を決定することによって、被験体における線維症を治療し、及び被験体を治療する方法を提供する。もう一つの実施形態において、１つまたは複数のリスク変異体は、ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位にある。もう一つの実施形態において、１つまたは複数のリスク変異体は、本明細書において表２及び３に記述される。もう一つの実施形態において、被験体は、白色人種、プエルトリコ人または韓国人である。もう一つの実施形態において、被験体は、非白色人種である。
【００２２】
上記の種々の方法及び技術は、本発明を実施する多数の方法を提供する。もちろん、必ずしも、記述した全ての目的または利点が本明細書において記述した任意の特定の実施形態に従って達成され得るというわけではないことが理解されるべきである。したがって、たとえば、当業者は、方法が本明細書において教示される、または示唆され得るように、その他の目的または利点を必ずしも達成せずに、本明細書において教示される１つの利点または利点の群を達成する、または最適化する様式において行うことができることを認識するであろう。様々の有益な、及び不利な選択肢を本明細書において言及してある。いくつかの好ましい実施形態は、１つ、もう１つまたはいくつかの有益な特徴を特異的に含み、その一方で、その他は、１つ、もう１つまたはいくつかの不利な特徴を特異的に除外し、その一方で、なおその他は、１つ、もう１つまたはいくつかの有益な特徴を含むことによって存在する不利な特徴を特異的に軽減することが理解されるべきである。
【００２３】
さらにまた、当業者は、異なる実施形態からの種々の特徴の適用可能性を認識するだろう。同様に、上で論議された種々の要素、特徴及び工程、並びにそれぞれのこのような要素、特徴または工程についてのその他の公知の均等物は、当業者によって混合され、及び適合されて、本明細書において記述した原則に従った方法を行うことができる。種々の要素、特徴及び工程の中で、いくつかは特異的に含まれ、及びその他は多様な実施形態において特異的に除外されるだろう。
【００２４】
本発明が一定の実施形態及び実施例の状況で開示されたが、それは当業者によって、本発明の実施形態が、その他の代わりの実施形態及び／またはその使用、並びに改変及び均等物に対する特異的に開示された実施形態を越えて拡張することが理解されるだろう。
【００２５】
多くのバリエーション及び代わりの要素は、本発明の実施形態において開示された。なおさらなるバリエーション及び代わりの要素は、当業者にとって明らかだろう。これらの中で、バリエーションは、限定されないが、本発明の構成のための構成要素モジュールの選択及び疾患及び診断され、予測され、またはそれとともに治療され得るその他の臨床的状態である。本発明の種々の実施形態は、これらのバリエーションまたは要素のいずれかを特異的に含む、または除外することができる。
【００２６】
いくつかの実施形態において、本発明の一定の実施形態を記述し、及び請求するのに使用される成分の量、濃度などの特性、反応条件及びその他を表現する数は、用語「約」によっていくつかの場合において修飾されると理解されるべきである。したがって、いくつかの実施形態において、明細書及び添付の特許請求の範囲に記載される数値パラメーターは、特定の実施形態によって得られるように探求される所望の特性に応じて変化し得る近似値である。いくつかの実施形態において、数値的なパラメーターは、報告された有意な数字の数を踏まえて、及び適用されている通常の四捨五入技術によって解釈されるべきである。本発明のいくつかの実施形態の幅広い範囲を記載する数値の範囲及びパラメーターは、近似値であるにも関わらず、特定の例に記載される数値は、実行可能なように正確に報告されている。本発明のいくつかの実施形態において示される数値は、これらのそれぞれの試験測定において見いだされる標準偏差から、必然的に生じる一定のエラーを含んでいてもよい。
【００２７】
いくつかの実施形態において、本発明の特定の実施形態を記述する状況で（特に以下の請求項の一定の状況で）使用される用語「１つ」及び「１つ」並びに「その」及び類似の参照は、単数及び複数両方をカバーすると解釈することができる。本明細書における値の範囲の説明は、範囲内で減少するそれぞれの別々の値を個々にいう簡単な方法として役立つように単に意図されるだけである。本明細書において別途示されない限り、それぞれの個々の値は、あたかもそれが本明細書において個々に詳述されるかのように、明細書に組み込まれる。本明細書において記述した全ての方法は、本明細書において特に明記しない、または別途状況によって明らかに否定しない限り、任意の適切な順序において行うことができる。本明細書において一定の実施形態に関して提供される任意の、及びすべての例または例示的な語（たとえば「などの」）の使用は、単に本発明をよりよく明らかにすることを意図し、及び別途請求される本発明の範囲における限定を生じさせない。本明細書における語は、本発明の実施に必須の任意の請求されない要素を示すものとして解釈されるべきでない。
【００２８】
本明細書において開示される本発明の代わりの要素または実施形態のグループ化は、限定として解釈されるべきでない。それぞれの群のメンバーは、個々に、または本明細書において見いだした群またはその他の要素のその他のメンバーとの任意の組み合わせにおいて、言及すること、及び請求することができる。群の１つまたは複数のメンバーは、利点及び／または特許性の理由についての群に含まれる、またはそれから削除され得る。任意のそのような包含または削除が生じるとき、本明細書は、本明細書において添付の特許請求の範囲において使用される全てのマーカッシュ群の記述を修正し、したがって満たすように群を含むと考えられる。
【００２９】
本発明の好ましい実施形態は、本明細書において記述し、本発明を実施するために本発明者に公知の最良の形態を含む。これらの好ましい実施形態におけるバリエーションは、前述を読む際に当業者にとって明らかになるだろう。当業者が必要に応じてこのようなバリエーションを使用することができ、及び本発明は、具体的に本明細書において記述したものとは別途実施され得ると考えられる。したがって、本発明の多くの実施形態は、準拠法によって許可されるように、本明細書に添付される特許請求の範囲に詳述された主題の全ての改変及び均等物を含む。その上、その全ての可能なバリエーションにおける上記の要素の任意の組み合わせは、本明細書において別途明記しないか、または別途状況によって明らかに否定されない限り、本発明によって包含される。
【００３０】
さらにまた、多数の参照が、この明細書の全体にわたって特許及び印刷された刊行物に対してなされている。上の引用文献及び印刷された刊行物のそれぞれは、これらの全体が本明細書において個々に参照により援用される。
【００３１】
最後に、本明細書において開示した本発明の実施形態が、本発明の原則の例証となることが理解されるべきである。使用され得るその他の改変は、本発明の範囲内であり得る。したがって、例として、限定でないが、本発明の代わりの構成は、本明細書における教示に従って利用することができる。したがって、本発明の実施形態は、正確に示される、及び記述されるものに限定されない。
【００３２】
以下の実施例は、請求された発明をよりよく例証するために提供され、及び本発明の範囲を限定するように解釈されるべきでない。具体的材料が言及される程度では、それは、単に例証の目的のためであり、及び本発明を限定することを意図しない。当業者は、発明能力の行使なしで、及び本発明の範囲を逸脱しない範囲で、均等な手段または反応を開発するであろう。
【実施例】
【００３３】
実施例１
方法
本発明者は、白色人種、プエルトリコ人（ＰＲ）及び韓国人（ＳＫ）ＣＤにおけるＴＮＦＳＦ１５及びＤｃＲ３にわたる民族を越えた細密なマッピングを行った。表１に示した以下の集団に対して行われたイムノチップ遺伝子型決定。
【００３４】
【表１】
2020127437.tif 000003
【００３５】
ＴＮＦＳＦ１５（４１６  ＳＮＰ）及びＤｃＲ３（１３  ＳＮＰ）の関連を測定するために、ロジスティック回帰を、主成分分析（ＰＣＡ）を使用して集団構造の制御の後に適用した（図１）。結果ｐＡＣＴ関数は、複数の試験について補正した。ｐＡＣＴ＜０．０５の値を統計的に有意とみなした。その後、関連するＴＮＦＳＦ１５−ＤｃＲ３経路ＳＮＰの集団寄与危険度（ＰＡＲ）をそれぞれの集団において算出し、それの結果を表２−４に示した。
【００３６】
【表２】
2020127437.tif 000004
【００３７】
【表３】
2020127437.tif 000005
【００３８】
【表４Ａ】
2020127437.tif 000006
【００３９】
【表４Ｂ】
2020127437.tif 000007
【００４０】
【表５】
2020127437.tif 000008
【００４１】
【表６】
2020127437.tif 000009
【００４２】
【表７】
2020127437.tif 000010
【００４３】
【表８】
2020127437.tif 000011
【００４４】
実施例３
ＴＮＦＳＦ１５解析
上の結果で示すように、４つのまれな変異体及び９つの共通の変異体は、ＮＪ  ＣＤと有意に関連した（表２）。全ての１３の関連は、ＳＫ  ＣＤにおいて繰り返されたが（表４）、まれな変異体は、ＳＫ集団においてさらにいっそう一般的であった。
【００４５】
重要なことに、「まれな」及び「共通の」変異体は、ＮＪ及びＳＫ両方における単一のＳＮＰ（それぞれＳＮＰ１６０及びＳＮＰ１６４）によってそれぞれタグをつけることができる。（表５、図４）「まれな」変異体は、ＰＲにおけるＣＤと関連していた（より高い対立遺伝子頻度にて）。共通の変異体とＰＲにおける関連は見られなかった。（表４）。有意なＳＮＰ関連は、ＡＪ  ＣＤにおいて観察されなかった。（図２、表４）。多重比較のための補正の後、ＮＪ  ＣＤにおける臨床上の亜表現型と関連したまれな、または共通のＣＤ  ＳＮＰと有意な関連はなかった。
【００４６】
実施例４
ＤｃＲ３解析
上の結果は、イントロン６におけるｒｓ６０６２４９６がＮＪ  ＣＤと有意に関連することをさらに示した。（図３、表３）。関連をＳＫ  ＣＤにおいて確認したが、ＰＲ及びＡＪ  ＣＤにおいてはなかった。（表４）。また、ｒｓ６０６２４９６を狭窄ＣＤ、小腸合併症及び外科手術の必要性に対する保護と関連することをさらに同定した（表６）。
【００４７】
実施例５
ＴＮＦＳＦ１５−ＤｃＲ３解析
上の結果は、ＮＪ及びＳＫにおける有意なＤｃＲ３及びＴＮＦＳＦ１５遺伝子−遺伝子相互作用がないことをさらに示唆する。（表７）。ＴＮＦＳＦ１５−ＤｃＲ３経路によるＰＡＲは、ＮＪ  ＣＤにおいて３２．３％であった。（表８）。ＳＫにおけるＴＮＦＳＦ１５変異体によるＰＡＲは、アジアのＣＤにおけるこの座位の優性効果を説明するいずれの集団においても見られる最高のものであった（表８）。
【００４８】
実施例６
結論
記述した結果に基づいて、本発明者は、ＮＪ  ＣＤ及びまれなＴＮＦＳＦ１５変異体との関連を同定した。この関連は、以前に報告された共通の変異体とは無関係である。これらの変異体は、ＳＫ集団においてさらにいっそう一般的であり、及びまた、ＳＫ  ＣＤと関連する。ＤｃＲ３は、ＮＪ  ＣＤと有意に関連し、ＳＫにおいて繰り返された発見及びこの座位における変異は、狭窄表現型を修飾する。
【００４９】
上で記述した種々の方法及び技術は、本発明を実施するための多数の方法を提供する。もちろん、記述した全ての目的または利点が、必ずしも本明細書において記述した任意の特定の実施形態に従って達成され得るわけではないことが理解されるべきである。したがって、たとえば、当業者は、方法が本明細書において教示され、または示唆され得るように、その他の目的または利点を必ずしも達成せずに、本明細書において教示されるように、１つの利点または利点の群を達成する、または最適化する様式において行われ得ることを認識するであろう。様々な有益な、及び不利な選択肢が本明細書において言及してある。いくつかの好ましい実施形態が、１つ、もう１つまたはいくつかの有益な特徴を特異的に含み、その一方で、その他は、１つの、もう１つまたはいくつかの不利な特徴を特異的に除外し、その一方で、なおその他は、１つ、もう１つまたはいくつかの有益な特徴の包含によって存在する不利な特徴を特異的に軽減することが理解されるべきである。
【００５０】
さらにまた、当業者は、異なる実施形態から種々の特徴の適用可能性を認識するだろう。同様に、上で議論された種々の要素、特徴及び工程、並びにこのようなそれぞれの要素、特徴または工程についてのその他の公知の均等物は、当業者によって混合され、及び適合されて、本明細書において記述した原則に従った方法を行うことができる。種々の要素、特徴及び工程の中で、いくつかは、特異的に含まれ、及びその他は多様な実施形態において特異的に除外されるだろう。
【００５１】
本発明が一定の実施形態及び実施例の状況において開示してあるが、本発明の実施形態が、その他の代わりの実施形態及び／またはその使用及び改変及び均等物に対する特異的に開示された実施形態を越えて拡張することが当業者によって理解されるだろう。
【００５２】
多くのバリエーション及び代わりの要素は、本発明の実施形態において開示された。なおさらなるバリエーション及び代わりの要素は、当業者にとって明らかだろう。これらの中で、バリエーションは、限定されないが、炎症性の腸疾患関連疾患及び／または状態についての予後及び診断の方法、上述した技術によって生成された組成物、本発明の教示に関連する疾患及び／または状態の治療、その中に使用される技術及び組成物、並びに溶液の使用及び本発明の技術を介して作製された産物の特定の使用である。本発明の種々の実施形態は、これらのバリエーションまたは要素のいずれかを特異的に含むこと、または除外することができる。
【００５３】
いくつかの実施形態において、本発明の一定の実施形態を記述し、及び請求するのに使用される成分の量、濃度などの特性、反応条件及びその他を表現する数は、用語「約」によっていくつかの例において改変されることが理解されるべきである。したがって、いくつかの実施形態において、明細書及び添付の請求項に記載される数値パラメーターは、特定の実施形態によって得られるように探求される所望の特性に応じてバリエーションし得る近似値である。いくつかの実施形態において、数値的なパラメーターは、報告された有意な数字の数を踏まえて、及び適用される通常の四捨五入技術によって解釈されるべきである。本発明のいくつかの実施形態の幅広い範囲を記載する数値の範囲及びパラメーターは、近似値であるにも関わらず、特定の例に記載される数値は、実行可能なように正確に報告されている。本発明のいくつかの実施形態において示される数値は、これらのそれぞれの試験測定において見いだされる標準偏差から、必然的に生じる一定のエラーを含んでいてもよい。
【００５４】
いくつかの実施形態において、本発明の特定の実施形態を記述する状況において（特に以下の請求項の一定の状況において）使用される用語「１つ」及び「１つ」並びに「その」及び類似の言及は、単数及び複数両方をカバーすると解釈することができる。本明細書における値の範囲の説明は、範囲内で減少するそれぞれの別々の値を個々にいう簡単な方法として役立つように単に意図されるだけである。本明細書において別途示されない限り、それぞれの個々の値は、あたかもそれが本明細書において個々に詳述されるかのように、明細書に組み込まれる。本明細書において記述した全ての方法は、本明細書において特に明記しない、または別途状況によって明らかに否定しない限り、任意の適切な順序において行われることができる。本明細書において一定の実施形態に関して提供される任意の、及びすべての例または例示的な語（たとえば「などの」）の使用は、単に本発明をよりよく明らかにすることを意図し、及び別途請求される本発明の範囲における限定を生じさせない。本明細書における語は、本発明の実施に必須の任意の請求されない要素を示すものとして解釈されるべきでない。
【００５５】
本明細書において開示される本発明の代わりの要素または実施形態のグループ化は、限定として解釈されるべきでない。それぞれの群のメンバーは、個々に、または本明細書において見いだした群またはその他の要素のその他のメンバーとの任意の組み合わせにおいて、いうことができ、及び請求されることができる。群の１つまたは複数のメンバーは、利点及び／または特許性の理由についての群に含まれる、またはそれから削除され得る。任意のそのような包含または削除が生じるとき、本明細書において本明細書は、添付の特許請求の範囲において使用される全てのマーカッシュ群の記述を修正し、したがって満たすように群を含むと考えられる。
【００５６】
本発明の好ましい実施形態は、本明細書において記述し、本発明を実施するために本発明者に公知の最良の形態を含む。これらの好ましい実施形態におけるバリエーションは、前述を読む際に当業者にとって明らかになるだろう。当業者が必要に応じてこのようなバリエーションを使用することができ、及び本発明は、具体的に本明細書において記述したものとは別途実施され得ると考えられる。したがって、本発明の多くの実施形態は、準拠法によって許可されるように、本明細書に添付される特許請求の範囲に詳述した主題の全ての改変及び均等物を含む。その上、その全ての可能なバリエーションにおける上記の要素の任意の組み合わせは、本明細書において別途明記しない、または別途状況によって明らかに否定されない限り、本発明によって包含される。
【００５７】
ささらにまた、多数の参照が、この明細書の全体にわたって特許及び印刷された刊行物に対してなされている。上の引用文献及び印刷された刊行物のそれぞれは、これらの全体が本明細書において個々に参照により援用される。
【００５８】
最後に、本明細書において開示した本発明の実施形態が、本発明の原則の例証となることが理解されるべきである。使用され得るその他の改変は、本発明の範囲内であり得る。したがって、例として、限定でないが、本発明の代わりの構成は、本明細書における教示に従って利用することができる。したがって、本発明の実施形態は、正確に示される、及び記述されるものに限定されない。
例えば、本発明は以下の項目を提供する。
（項目１）
クローン病及び／または線維症に対する被験体におけるリスクを定量化するためのアッセイであって：
被験体から試料を得ること；
ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位における１つまたは複数の変異体の有無を決定するように適応した遺伝子型決定アッセイに前記試料を供すること；及び
前記ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位における１つまたは複数の変異体の存在に基いてクローン病及び／または線維症に対する被験体におけるリスクを定量化すること、
を含む、前記アッセイ。
（項目２）
項目１の方法であって、前記変異体は：配列番号．１、配列番号．２、配列番号．３、配列番号．４、配列番号．５、配列番号．６、配列番号．７、配列番号．８、配列番号．９、配列番号．１０、配列番号．１１、配列番号．１２、配列番号．１３、配列番号．１４、配列番号．１５、配列番号．１６、配列番号．１７、配列番号．１８、配列番号．１９、配列番号．２０、配列番号．２１、配列番号．２２、配列番号．２３、配列番号．２４、配列番号．２５及び配列番号．２６からなる群より選択される１つまたは複数の変異体からなる、前記方法。
（項目３）
項目１の方法であって、前記変異体は、配列番号．３及び／または配列番号．１３である、前記方法。
（項目４）
項目１の方法であって、前記変異体は、配列番号．２２である、前記方法。
（項目５）
項目１の方法であって、前記被験体は、非ユダヤ人の白色人種、アシュケナジ、韓国人及び／またはプエルトリコ人である、前記方法。
（項目６）
項目１の方法であって、前記被験体は、韓国人であり、及び前記変異体は、配列番号．３、配列番号．１３及び／または配列番号．２２である、前記方法。
（項目７）
項目１の方法であって、前記変異体は、リスク変異体である、前記方法。
（項目８）
項目１の方法であって、前記変異体は、保護変異体である、前記方法。
（項目９）
項目１の方法であって、前記保護変異体は、構造化、ＣＤ、小腸合併症及び／または外科的介入の必要性についての被験体における減少したリスクを定量化する、前記方法。
（項目１０）
被験体におけるクローン病及び／または線維症に対する感受性を診断する方法であって：
被験体から試料を得ること；
ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位における１つまたは複数の変異体の有無を決定するように適応した遺伝子型決定アッセイに前記試料を供すること；及び
前記ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位における１つまたは複数の変異体の存在に基いて被験体におけるクローン病及び／または線維症に対する感受性を診断すること、
を含む、前記方法。
（項目１１）
項目１０の方法であって、前記変異体は：配列番号．１、配列番号．２、配列番号．３、配列番号．４、配列番号．５、配列番号．６、配列番号．７、配列番号．８、配列番号．９、配列番号．１０、配列番号．１１、配列番号．１２、配列番号．１３、配列番号．１４、配列番号．１５、配列番号．１６、配列番号．１７、配列番号．１８、配列番号．１９、配列番号．２０、配列番号．２１、配列番号．２２、配列番号．２３、配列番号．２４、配列番号．２５及び配列番号．２６からなる群より選択される１つまたは複数の変異体からなる、前記方法。
（項目１２）
項目１０の方法であって、前記変異体は、配列番号．３及び／または配列番号．１３である、前記方法。
（項目１３）
項目１０の方法であって、前記変異体は、配列番号．２２である、前記方法。
（項目１４）
項目１０の方法であって、前記被験体は、非ユダヤ人の白色人種、アシュケナジ、韓国人またはプエルトリコ人である、前記方法。
（項目１５）
項目１０の方法であって、前記被験体は、韓国人であり、及び前記変異体は、配列番号．３、配列番号．１３及び／または配列番号．２２である、前記方法。
（項目１６）
被験体におけるクローン病及び／または線維症を治療する方法であって：
被験体から試料を得ること；
ＴＮＦＳＦ１５及び／またはＤｃＲ３遺伝子座位における１つまたは複数の変異体の存在を決定するように適応した遺伝子型決定アッセイに前記試料を供すること；及び
前記クローン病及び／または線維症を治療すること、
を含む、前記方法。
（項目１７）
項目１６の方法であって、前記変異体は：配列番号．１、配列番号．２、配列番号．３、配列番号．４、配列番号．５、配列番号．６、配列番号．７、配列番号．８、配列番号．９、配列番号．１０、配列番号．１１、配列番号．１２、配列番号．１３、配列番号．１４、配列番号．１５、配列番号．１６、配列番号．１７、配列番号．１８、配列番号．１９、配列番号．２０、配列番号．２１、配列番号．２２、配列番号．２３、配列番号．２４、配列番号．２５及び配列番号．２６からなる群より選択される１つまたは複数の変異体からなる、前記方法。
【図１】
2020127437.tif 000012
【図２】
2020127437.tif 000013
【図３】
2020127437.tif 000014
【図４】
2020127437.tif 000015
【配列表】
2020127437000001.app
【外国語明細書】
2020127437000001.pdf