(57)【要約】【課題】疾病の原因候補遺伝子を網羅し、症状や必要な再検査に有効な情報を見落としなく提示できること。【解決手段】原因遺伝子特定装置は、診察時の患者の症状を取得し、ＨＰＯを用い症状に対応する原因候補遺伝子を網羅して抽出した後、ＯＭＩＭを用い複数の原因候補遺伝子に特異的な症状および関連する情報を症状の類似度が高い順にディスプレイの表示画面７００に表示する。臨床医は、表示画面７０２の表示により、見落とす可能性のある症状や、必要な再検査の観点となる情報を効果的に提示し、臨床医等の業務を効率的に支援する。【選択図】図７
2020119469.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
患者の症状に関するキーワード情報を取得する第１処理と、
前記症状に対応する疾患のデータベースＨＰＯを参照して、前記キーワード情報に対応するＨＰＯ識別情報を抽出する第２処理と、
前記疾患に対応する遺伝子のデータベースＯＭＩＭを参照して、抽出した前記ＨＰＯ識別情報と症状が類似するＯＭＩＭ識別情報および原因候補遺伝子を抽出する第３処理と、
を含む第１プロセス処理と、
前記ＯＭＩＭを参照して、前記原因候補遺伝子に対応する複数の前記ＨＰＯ識別情報を抽出する第４処理と、
前記キーワード情報から特定したＨＰＯ識別情報と、抽出した複数の前記ＨＰＯ識別情報との組み合わせを用いて、前記ＯＭＩＭを参照して、前記症状に類似する複数の前記原因候補遺伝子を抽出する第５処理と、
を含む第２プロセス処理と、
前記第１プロセス処理と、前記第２プロセス処理の処理結果、前記症状の類似度が高い順に前記ＨＰＯ識別情報を出力する第６処理と、
をコンピュータに実行させることを特徴とする原因遺伝子特定プログラム。
【請求項２】
前記第２処理は、前記ＨＰＯの参照時に、前記キーワード情報に類似するＨＰＯタームと、ＨＰＯの類義語のそれぞれのＨＰＯ識別情報を抽出し、
前記第３処理は、前記ＯＭＩＭを参照して、抽出した前記ＨＰＯ識別情報と症状が類似する前記ＯＭＩＭ識別情報および前記原因候補遺伝子の類似度を求め、前記原因候補遺伝子を前記類似度が高い順にソートする、
ことを特徴とする請求項１に記載の原因遺伝子特定プログラム。
【請求項３】
前記第３処理は、前記ＨＰＯのＨＰＯオントロジー上での前記ＨＰＯタームのうち特定の患者の症状群と、前記ＯＭＩＭのある一つの疾患概念の症状群と、の間の距離に基づき前記類似度を求めることを特徴とする請求項２に記載の原因遺伝子特定プログラム。
【請求項４】
前記第３処理は、ＨＰＯの前記類義語として、前記ＨＰＯのＨＰＯオントロジー上での上位概念のＨＰＯタームを用いることを特徴とする請求項２または３に記載の原因遺伝子特定プログラム。
【請求項５】
前記第５処理は、前記キーワード情報から特定した前記ＨＰＯ識別情報と、抽出した複数の前記ＨＰＯ識別情報を一つずつ組み合わせ、前記ＯＭＩＭを参照して、抽出した複数の前記ＨＰＯ識別情報の全てに対する前記症状の類似度を求める、
ことを特徴とする請求項１〜４のいずれか一つに記載の原因遺伝子特定プログラム。
【請求項６】
前記第６処理は、前記ＨＰＯ識別情報に関連する前記ＨＰＯのタームと、前記ＨＰＯ上での類義語、前記原因候補遺伝子の少なくともいずれか一つを併せて出力することを特徴とする請求項１〜５のいずれか一つに記載の原因遺伝子特定プログラム。
【請求項７】
患者の症状に関するキーワード情報を取得する第１処理と、
前記症状に対応する疾患のデータベースＨＰＯを参照して、前記キーワード情報に対応するＨＰＯ識別情報を抽出する第２処理と、
前記疾患に対応する遺伝子のデータベースＯＭＩＭを参照して、抽出した前記ＨＰＯ識別情報と症状が類似するＯＭＩＭ識別情報および原因候補遺伝子を抽出する第３処理と、
を含む第１プロセス処理と、
前記ＯＭＩＭを参照して、前記原因候補遺伝子に対応する複数の前記ＨＰＯ識別情報を抽出する第４処理と、
前記キーワード情報から特定したＨＰＯ識別情報と、抽出した複数の前記ＨＰＯ識別情報との組み合わせを用いて、前記ＯＭＩＭを参照して、前記症状に類似する複数の前記原因候補遺伝子を抽出する第５処理と、
を含む第２プロセス処理と、
前記第１プロセス処理と、前記第２プロセス処理の処理結果、前記症状の類似度が高い順に前記ＨＰＯ識別情報を出力する第６処理と、
をコンピュータが実行することを特徴とする原因遺伝子特定方法。
【請求項８】
患者の症状に関するキーワード情報を診断システムの電子カルテから取得し、
前記症状に対応する疾患のデータベースＨＰＯを参照して、前記キーワード情報に対応するＨＰＯ識別情報を抽出し、
前記疾患に対応する遺伝子のデータベースＯＭＩＭを参照して、抽出した前記ＨＰＯ識別情報と症状が類似するＯＭＩＭ識別情報および原因候補遺伝子を抽出する第１プロセス処理を行い、
前記ＯＭＩＭを参照して、前記原因候補遺伝子に対応する複数の前記ＨＰＯ識別情報を抽出し、
前記キーワード情報から特定したＨＰＯ識別情報と、抽出した複数の前記ＨＰＯ識別情報との組み合わせを用いて、前記ＯＭＩＭを参照して、前記症状に類似する複数の前記原因候補遺伝子を抽出する第２プロセス処理を行い、
前記第１プロセス処理と、前記第２プロセス処理の処理結果、前記症状の類似度が高い順に前記ＨＰＯ識別情報を出力する、
処理部を備えたことを特徴とする原因遺伝子特定システム。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、疾患の原因遺伝子の特定を支援する原因遺伝子特定プログラム、原因遺伝子特定方法および原因遺伝子特定システムに関する。
【背景技術】
【０００２】
ゲノム医療を実現するには、疾病の原因となる原因遺伝子を特定する必要がある。医師の診察時に患者が訴えた症状に基づいて疾患を診断する際には、症状に対する数十万〜数千万という膨大な数の候補ゲノム変異から、的確に原因ゲノム変異を特定する必要がある。症状と遺伝子の間に関係があることは知られており、症状から原因遺伝子を特定する試みも様々になされている。
【０００３】
従来技術として、症状に対応する疾患情報をデータベースから読み出し、疾患代表画像を表示する技術がある（例えば、下記特許文献１参照。）。また、疾病に対応する個体を特定する際、遺伝子、および遺伝子型を決定し、遺伝子分析により疾病状態を診断する技術がある（例えば、下記特許文献２参照。）。また、特定の遺伝子配列異変を調べ、種々の症状を示す遺伝性疾患を診断する技術がある（例えば、下記特許文献３参照。）。
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００４】
【特許文献１】特開２００２−０３２４７６号公報
【特許文献２】特開２００４−１５４１２０号公報
【特許文献３】特開平０９−１４９７９８号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００５】
しかしながら、従来技術では、患者の症状に対し、同様の症状を引き起こす可能性のある、原因ゲノム変異（遺伝子候補）が複数存在する場合、医師が症状に対して確定診断することが困難であった。例えば、原因ゲノム変異を特定し得る症状を臨床医が見落とす場合や、必要な検査がなされていない場合がある。例えば、患者が訴えた症状だけでは原因ゲノム変異を特定できず、患者が抱えている症状を見落とすことがある。また、患者が訴えた症状にだけ対応する検査を行った場合にも同様に、原因ゲノム変異を特定できず、患者が抱えている症状を見落とすことがある。
【０００６】
従来技術では、原因ゲノム変異（遺伝子候補）が複数存在する場合、患者が訴えた症状だけではまだ考慮されていない（見落とされている）可能性のある症状について、効率的に検索する方法が提案されていない。従来技術では、遺伝子候補を絞り込むことはできても、遺伝子の情報から症状を特定するのに効果的な手法が提案されておらず、絞り込んだ遺伝子の情報を用いても確定診断に至るのは２〜３割程度であった。従来技術では、患者の疾病の原因となる症状の見落としが多く、診断の確定率を向上するための具体的な手法が提案されていない。
【０００７】
一つの側面では、本発明は、疾病の原因候補遺伝子を網羅し、症状や必要な再検査に有効な情報を見落としなく提示できることを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００８】
本発明の一側面によれば、患者の症状に関するキーワード情報を取得する第１処理と、前記症状に対応する疾患のデータベースＨＰＯを参照して、前記キーワード情報に対応するＨＰＯ識別情報を抽出する第２処理と、前記疾患に対応する遺伝子のデータベースＯＭＩＭを参照して、抽出した前記ＨＰＯ識別情報と症状が類似するＯＭＩＭ識別情報および原因候補遺伝子を抽出する第３処理と、を含む第１プロセス処理と、前記ＯＭＩＭを参照して、前記原因候補遺伝子に対応する複数の前記ＨＰＯ識別情報を抽出する第４処理と、前記キーワード情報から特定したＨＰＯ識別情報と、抽出した複数の前記ＨＰＯ識別情報との組み合わせを用いて、前記ＯＭＩＭを参照して、前記症状に類似する複数の前記原因候補遺伝子を抽出する第５処理と、を含む第２プロセス処理と、前記第１プロセス処理と、前記第２プロセス処理の処理結果、前記症状の類似度が高い順に前記ＨＰＯ識別情報を出力する第６処理と、を含むことを要件とする。
【発明の効果】
【０００９】
本発明の一態様によれば、疾病の原因候補遺伝子を網羅し、症状や必要な再検査に有効な情報を見落としなく提示できるという効果を奏する。
【図面の簡単な説明】
【００１０】
【図１】図１は、実施の形態にかかる原因遺伝子の特定を説明する図である。
【図２】図２は、実施の形態にかかる患者の診察の流れを示すフローチャートである。
【図３】図３は、実施の形態にかかる原因遺伝子特定装置のハードウェア構成例を示す図である。
【図４Ａ】図４Ａは、実施の形態にかかる原因遺伝子特定装置が実行するプロセス１の処理例を説明する図である。（その１）
【図４Ｂ】図４Ｂは、実施の形態にかかる原因遺伝子特定装置が実行するプロセス１の処理例を説明する図である。（その２）
【図５Ａ】図５Ａは、実施の形態にかかる原因遺伝子特定装置が実行するプロセス１における類似度の計算例を説明する図である。（その１）
【図５Ｂ】図５Ｂは、実施の形態にかかる原因遺伝子特定装置が実行するプロセス１における類似度の計算例を説明する図である。（その２）
【図６Ａ】図６Ａは、実施の形態にかかる原因遺伝子特定装置が実行するプロセス２の処理例を説明する図である。（その１）
【図６Ｂ】図６Ｂは、実施の形態にかかる原因遺伝子特定装置が実行するプロセス２の処理例を説明する図である。（その２）
【図７】図７は、実施の形態にかかる原因遺伝子特定装置が出力する患者診断用の症状候補の表示例を示す図である。
【図８】図８は、実施の形態にかかる原因遺伝子特定装置が実行するプロセス１の処理手順を示すフローチャートである。
【図９】図９は、実施の形態にかかる原因遺伝子特定装置が実行するプロセス２の処理手順を示すフローチャートである。
【発明を実施するための形態】
【００１１】
以下に図面を参照して、開示の原因遺伝子特定プログラム、原因遺伝子特定方法および原因遺伝子特定システムの実施の形態を詳細に説明する。
【００１２】
図１は、実施の形態にかかる原因遺伝子の特定を説明する図である。原因遺伝子特定プログラムは、原因遺伝子特定装置１００上で原因遺伝子特定のプログラムを実行することにより、疾病の原因の候補である原因候補遺伝子を提示する。より具体的には、疾病に対応する複数の原因候補遺伝子を提示し、複数の原因候補遺伝子に特徴的な症状を提示する。症状の提示の際には、症状の特定に有効な順番を付して複数の原因候補遺伝子を提示する。
【００１３】
原因遺伝子特定装置１００は、処理部１１０と、ＨＰＯ１２０、およびＯＭＩＭ１３０を有する。ＨＰＯは、Ｈｕｍａｎ  Ｐｈｅｎｏｔｙｐｅ  Ｏｎｔｏｌｏｇｙの略であり、ヒトの疾患と症状を記録した表現型語彙のデータベース（ＤＢ）である。ＯＭＩＭは、Ｏｎｌｉｎｅ  Ｍｅｎｄｅｌｉａｎ  Ｉｎｈｅｒｉｔａｎｃｅ  ｉｎ  Ｍａｎの略であり、ヒトの疾患と遺伝子（遺伝子変異）を記録したデータベースである。
【００１４】
臨床医Ｄは、患者Ｐを診察する際に、電子カルテ１５０を参照し、患者Ｐが訴えている症状（主訴）に基づき、所見を行う。図示の例では、患者Ｐの主訴および所見が嗅覚障害、平衡障害であったとする。臨床医Ｄは、これら主訴および所見の情報を原因遺伝子特定装置１００に入力する。
【００１５】
原因遺伝子特定装置１００の処理部１１０は、入力された患者Ｐの主訴および所見の情報に基づき、下記プロセス１、プロセス２の処理を実行する。
プロセス１：患者の症状から原因遺伝子の候補（原因候補遺伝子）を提示する（ステップＳ１０１）。
プロセス２：プロセス１で提示された複数の原因候補遺伝子のそれぞれに特異的な症状を臨床医Ｄ（図の例では専門医Ｓ）に提示する（ステップＳ１０２）。
【００１６】
これらＨＰＯ１２０およびＯＭＩＭ１３０は、既存のデータベースである。ＨＰＯ１２０は、症状に対応する疾患の情報が蓄積されたデータベースである。ＯＭＩＭ１３０は、疾患に対応する遺伝子の情報が蓄積されたデータベースである。これらＨＰＯ１２０，ＯＭＩＭ１３０の情報は、例えば、ネットワーク上のデータベースに接続して得ることもできる。
【００１７】
処理部１１０は、症状と遺伝子に関する既存技術（オントロジー）を利用し、すなわち、プロセス１、プロセス２の処理をそれぞれ実行する際にＨＰＯ１２０およびＯＭＩＭ１３０を参照する。
【００１８】
処理部１１０は、プロセス１の実行により、ＨＰＯ１２０およびＯＭＩＭ１３０を参照して、患者の症状に対応する原因候補遺伝子Ａ，Ｂを提示する。図示の例では、「嗅覚障害」に対応する原因候補遺伝子Ａを提示する。また、「平衡障害」に対応する原因候補遺伝子Ｂを提示する。なお、符号１７０，１８０は、ＤＮＡ（デオキシリボ核酸）の塩基の一つの領域を示す。図示の例では、塩基１７０に通常とは異なる塩基（変異１，２）により原因候補遺伝子Ａが提示され、塩基１８０に通常とは異なる塩基（変異３，４）により原因候補遺伝子Ｂが提示されたとする。なお、処理部１１０は、プロセス１の処理結果である、これら原因候補遺伝子Ａ，Ｂを専門医Ｓに提示することができる。
【００１９】
ここで、処理部１１０は、原因候補遺伝子が複数存在する場合、まだ考慮されていない（見落とされている）可能性がある症状について、網羅的に検索し、原因候補遺伝子に特異的な症状を提示する。
【００２０】
次に、処理部１１０は、プロセス２の実行により、ＨＰＯ１２０およびＯＭＩＭ１３０を参照して、原因候補遺伝子Ａ，Ｂに特異的な症状をそれぞれ提示する。図示の例では、原因候補遺伝子Ａに特異的な症状として「幻覚、妄想」を提示する。また、原因候補遺伝子Ｂに特異的な症状として「抗うつ症状」を提示する。
【００２１】
これら提示された「幻覚、妄想」、「抗うつ症状」の各症状は、当初の主訴および所見では出ていなかった症状である。処理部１１０がこれら見落としている可能性のある症状を提示することにより、専門医Ｓに対して患者Ｐの再検査の観点となる情報を提示することができる。
【００２２】
原因遺伝子特定装置１００（処理部１１０）が上記一連の処理を実行することにより、専門医Ｓによる診断レポートの作成業務を効率化できるようになる。臨床医Ｄは、専門医Ｓが作成した診断レポートに基づき患者Ｐの診断を行う。また、臨床医Ｄによる患者Ｐの診断の確定率を向上できるようになる。
【００２３】
図２は、実施の形態にかかる患者の診察の流れを示すフローチャートである。一般的に行われている診断の流れを示す。図２には、病院等の診察システムを用いて患者の診察を行うことが示され、図１に示した原因遺伝子特定装置１００は、診察システムによる一連の診察処理のうち、「原因ゲノム変異の絞り込み」の処理を行い、診察システムとの間で必要な情報をやり取りする。
【００２４】
はじめに、臨床医Ｄは、患者Ｐを診察し（ステップＳ２０１）、患者Ｐの所見および主訴を診断システムの電子カルテ１５０に入力する（ステップＳ２０２）。また、臨床医Ｄは、所見および主訴の情報をゲノム解析装置２１０に伝え、ゲノム解析を依頼する（ステップＳ２０３）。ゲノム解析装置２１０は、ゲノム解析により、ＶＣＦ（Ｖａｒｉａｎｔ  Ｃａｌｌ  Ｆｏｒｍａｔ）ファイル２２０等、ゲノムの塩基の変異データを保存する際に利用するファイル形式で解析情報を出力する。この後、ＶＣＦファイル２２０のアノテーションを行う（ステップＳ２０４）。アノテーション後のＶＣＦ’ファイル２２５は、塩基配列データに遺伝子構造、遺伝子機能、文献情報等を注釈付けしたものである。
【００２５】
この後、専門医Ｓは電子カルテ１５０に記録された患者Ｐの症状と、ＶＣＦ’ファイル２２５とに基づき、「原因ゲノム変異の絞り込み」を行う（ステップＳ２０５）。実施の形態の原因遺伝子特定装置１００は、この「原因ゲノム変異の絞り込み」にかかるデータ処理を行い、専門医Ｓが行う業務を支援する。
【００２６】
専門医Ｓは、「原因ゲノム変異の絞り込み」で原因が確定すれば（ステップＳ２０６：Ｙｅｓ）、臨床医Ｄに治療法の確認を行う（ステップＳ２０７）。一方、原因が確定していなければ（ステップＳ２０６：Ｎｏ）、患者Ｐの再検査の検討を行う（ステップＳ２０８）。従来技術では、この「原因の確定」、すなわち、診断の確定率を向上できなかったが、実施の形態により診断の確定率の向上を図ることができる。
【００２７】
ステップＳ２０７またはステップＳ２０８の後、専門医Ｓは、診断レポート案２３０を作成する（ステップＳ２０９）。診断レポート案２３０は、患者Ｐの疾患の原因を確定させる症状、原因候補遺伝子等の情報を含む。
【００２８】
なお、実施の形態の原因遺伝子特定装置１００を用いた場合においても、患者の症状から原因候補遺伝子が複数提示され、複数の原因候補遺伝子のそれぞれに特異的な症状の情報を含む。詳細は後述するが、原因遺伝子特定装置１００は、原因をより効果的に区別し得ると考えられる重要な症状を所定の順序を有して提示する機能を有する。
【００２９】
作成された診断レポート案２３０に基づき、臨床医Ｄや専門医Ｓを含むエキスパートパネルの会議により、原因となる症状を絞り込み、再検査の検討の観点となる情報等を含むレポート２３５を作成する（ステップＳ２１０）。この後、臨床医Ｄは、作成したレポート２３５に基づき患者Ｐへの説明（診断等）を行う（ステップＳ２１１）。
【００３０】
図３は、実施の形態にかかる原因遺伝子特定装置のハードウェア構成例を示す図である。図１に示した原因遺伝子特定装置１００は、例えば、図３に示すハードウェアからなるサーバで構成することができる。
【００３１】
例えば、原因遺伝子特定装置１００は、ＣＰＵ（Ｃｅｎｔｒａｌ  Ｐｒｏｃｅｓｓｉｎｇ  Ｕｎｉｔ）３０１、メモリ３０２、ネットワークインタフェース（ＩＦ）３０３、記録媒体ＩＦ３０４、記録媒体３０５、を含む。３００は各部を接続するバスである。
【００３２】
ＣＰＵ３０１は、原因遺伝子特定装置１００の全体の制御を司る処理部（図１の符号１１０に相当）として機能する演算処理装置である。メモリ３０２は、不揮発性メモリおよび揮発性メモリを含む。不揮発性メモリは、例えば、ＣＰＵ３０１のプログラムを格納するＲＯＭ（Ｒｅａｄ  Ｏｎｌｙ  Ｍｅｍｏｒｙ）である。揮発性メモリは、例えば、ＣＰＵ３０１のワークエリアとして使用されるＤＲＡＭ（Ｄｙｎａｍｉｃ  Ｒａｎｄｏｍ  Ａｃｃｅｓｓ  Ｍｅｍｏｒｙ）、ＳＲＡＭ（Ｓｔａｔｉｃ  Ｒａｎｄｏｍ  Ａｃｃｅｓｓ  Ｍｅｍｏｒｙ）等である。
【００３３】
ネットワークＩＦ３０３は、ＬＡＮ（Ｌｏｃａｌ  Ａｒｅａ  Ｎｅｔｗｏｒｋ）、ＷＡＮ（Ｗｉｄｅ  Ａｒｅａ  Ｎｅｔｗｏｒｋ）、インターネットなどのネットワーク３１０に対する通信ＩＦである。原因遺伝子特定装置１００は、ネットワークＩＦ３０３を介して、外部の端末（上記の診断システムの電子カルテ１５０やゲノム解析装置２１０等）に通信接続する。
【００３４】
記録媒体ＩＦ３０４は、ＣＰＵ３０１が処理した情報を記録媒体３０５との間で読み書きするためのインタフェースである。記録媒体３０５は、メモリ３０２を補助する記録装置であり、ＨＤＤ（Ｈａｒｄ  Ｄｉｓｋ  Ｄｒｉｖｅ）や、ＳＳＤ（Ｓｏｌｉｄ  Ｓｔａｔｅ  Ｄｒｉｖｅ）、ＵＳＢ（Ｕｎｉｖｅｒｓａｌ  Ｓｅｒｉａｌ  Ｂｕｓ）フラッシュドライブ等を用いることができる。
【００３５】
メモリ３０２または記録媒体３０５に記録された原因遺伝子特定のプログラムをＣＰＵ３０１が実行することにより、図１に示した原因遺伝子特定装置１００の各機能を実現する。また、メモリ３０２や記録媒体３０５は、図１に示したＨＰＯ１２０やＯＭＩＭ１３０の情報をデータベースとして記録保持する。また、ＨＰＯ１２０，ＯＭＩＭ１３０の情報がネットワーク上にある場合、ネットワークＩＦ３０３を介してこれらＨＰＯ１２０，ＯＭＩＭ１３０に接続して情報を得ることもできる。
【００３６】
図３に示したハードウェア構成は、診断システムやゲノム解析装置２１０においても同様であり、ゲノム解析装置２１０と、原因遺伝子特定装置１００を含む全体の診断システムの各装置は、汎用のハードウェア構成を用いて実現できる。
【００３７】
図４Ａ，図４Ｂは、実施の形態にかかる原因遺伝子特定装置が実行するプロセス１の処理例を説明する図である。上述した処理部１１０（ＣＰＵ３０１）が実行するプロセス１の処理例を説明する。
【００３８】
はじめに、図４Ａ（ａ）に示すように、処理部１１０は電子カルテ１５０に記録されている臨床医Ｄの診察時の患者Ｐの所見および主訴の情報（キーワード情報）を取得する。そして、処理部１１０は、患者Ｐに固有のＩＤ（識別情報）「００１」と、電子カルテ１５０に記載されているキーワード情報から日本語の症状ターム「幻影、妄想、等」を抽出し、日本語症状タームリスト４１０を作成する。
【００３９】
次に、図４Ａ（ｂ）に示すように、処理部１１０は、ＨＰＯ１２０を参照し、日本語症状タームリスト４１０の症状ターム「幻影、妄想、等」に関するＨＰＯに変換し、患者症状ＨＰＯリスト４００を作成する。この際、日本語症状タームリスト４１０の症状ターム「幻影、妄想、等」に対応する、既存のＨＰＯの概念に関する情報４２０を得る。例えば、「ＨＰＯ  ＩＤ（ＨＰＯ識別情報）、ＨＰＯターム（日本語）、ＭｅＳＨ（Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｕｂｊｅｃｔ  Ｈｅａｄｉｎｇｓ）によるＨＰＯの類義語」の各情報を得る。これらＨＰＯの概念に関する情報４２０は、ＨＰＯ１２０に記録されている情報である。
【００４０】
例えば、処理部１１０は、症状ターム「幻影」に対応するＨＰＯ識別情報（ＩＤ）「ＨＰ：００００７３８」、ＨＰＯターム「幻覚」、ＨＰＯの類義語「錯覚、幻影、幻」を得る。ＭｅＳＨを用いた類義語の抽出は後述する。
【００４１】
ＨＰＯの概念に関する情報４２０のうち、丸（〇）印で示したＨＰＯターム「妄想」、「不安」、ＨＰＯの類義語「幻影」、「嗅覚の異常」の各情報は、ＨＰＯの概念に一致したタームである。ここで、例えば、日本語症状タームリスト４１０の症状ターム「幻影」は、ＨＰＯターム「幻覚」と一致しないが、ＨＰＯの類義語の「幻影」に一致し、さらに、類義語として「錯覚」と「幻」が得られる。このように、ＨＰＯの類義語を得ることで、電子カルテ１５０の症状ターム以外の症状タームを複数得ることができ、後の処理で原因候補遺伝子を複数引き当てできるようになる。また、ＨＰＯの概念に関する情報４２０のうち、ＨＰＯ  ＩＤ「ＨＰ：００００７３８」等は、後述するＨＰＯオントロジーのピラミッド構造のユニークＩＤである。
【００４２】
次に、図４Ｂ（ｃ）に示すように、処理部１１０は、患者症状のＨＰＯターム群と、全ての既存疾患概念（ＯＭＩＭ１３０）に関連するＨＰＯターム群間で、ＨＰＯオントロジー上の類似度を計算する。図４Ｂ（ｃ）のＯＭＩＭ  ＩＤ、ＯＭＩＭ疾患名、ＯＭＩＭ  Ｇｅｎｅの各情報がＯＭＩＭ１３０にデータベースとして記録されている情報である。
【００４３】
この例では、一つの疾患のＯＭＩＭ  ＩＤ「１２７７５０」、ＯＭＩＭ疾患名「ＤＥＭＥＮＴＩＡ，ＬＥＷＹ  ＢＯＤＹ（統合失調症）」、ＯＭＩＭ  Ｇｅｎｅ（遺伝子）「ＧＢＡ，ＳＮＣＡ，ＳＮＣＢ」について、ＯＭＩＭ１３０上のＨＰＯ  ＩＤが抽出される。ＨＰＯ  ＩＤは「ＨＰ：００００００６」、「ＨＰ：００００７４６」、…、「ＨＰ：０００７１５９」の４つである。
【００４４】
そして、図４Ｂ（ｄ）に示すように、処理部１１０は、患者症状と既存疾患概念（ＯＭＩＭ１３０）の各疾患概念との類似度を計算し、スコアリスト４３０を作成する。スコアリスト４３０は、類似度スコア、ＯＭＩＭ  ＩＤ、ＯＭＩＭ疾患名、ＯＭＩＭ  Ｇｅｎｅの各情報からなる。類似度の計算については、後述する。
【００４５】
スコアリスト４３０には、類似度スコアが高い順にソートされる。図４Ｂ（ｄ）に示す例では、最も類似度スコアが高い「０．８５」の情報は、ＯＭＩＭ  ＩＤ「１２７７５０」、ＯＭＩＭ疾患名「ＤＥＭＥＮＴＩＡ，ＬＥＷＹ  ＢＯＤＹ」、ＯＭＩＭ  Ｇｅｎｅ「ＧＢＡ，ＳＮＣＡ，ＳＮＣＢ」である。
【００４６】
次に、図４Ｂ（ｅ）に示すように、処理部１１０は、類似度スコアが高い既存疾患概念（ＯＭＩＭ）と、その疾患に関連する遺伝子を、原因候補遺伝子として原因候補遺伝子リスト４４０を作成する。
【００４７】
原因候補遺伝子リスト４４０は、候補順位、ＯＭＩＭ  Ｇｅｎｅ、ＯＭＩＭ疾患名の各情報からなる。図４Ｂ（ｅ）に示す例では、候補順位「１」は、類似度スコアが最も高い「０．８５」のＯＭＩＭ  Ｇｅｎｅ「ＧＢＡ」、「ＳＮＣＡ」、「ＳＮＣＢ」の３つが同列１位であり、いずれもＯＭＩＭ疾患名「ＤＥＭＥＮＴＩＡ，ＬＥＷＹ  ＢＯＤＹ」である。次の候補順位「４」は、類似度スコアが次に高い「０．８１」のＯＭＩＭ  Ｇｅｎｅ「ＡＲＳＡ」、ＯＭＩＭ疾患名「ＭＥＴＡＣＨＲＯＭＡＴＩＣ  ＬＥＵＫＯＤＹＳＴＲＯＰＨＹ」である。この際、処理部１１０は、ＯＭＩＭ疾患名について、ＭｅＳＨを用いて類似疾患を抽出する。
【００４８】
この後、専門医Ｓは、患者Ｐに関する原因候補遺伝子リスト４４０と、ゲノム変異情報４５０の情報に基づき、実際のゲノム変異と照らし合わせ、真の疾患原因を検討する。
【００４９】
上記プロセス１の処理によれば、患者Ｐの症状から推定すべき全ての疾患の候補（例えば、６千個）を出せるようになる。従来の検索では、言葉（日本語）のタームが完全一致しない場合、症状から推定すべき全ての疾患の候補を出すことができなかった。そして、実施の形態では、患者Ｐの症状の類義語の症状を複数抽出して、症状と各疾患概念との類似度を計算することで、類似度が高い順に原因候補遺伝子を提示できるようになる。
【００５０】
図５Ａ，図５Ｂは、実施の形態にかかる原因遺伝子特定装置が実行するプロセス１における類似度の計算例を説明する図である。はじめに、図５Ａ（ａ）には、汎用のＨＰＯオントロジーの構造を示す。ＨＰＯオントロジー５００は、多数の症状を示す言葉（ターム）がピラミッド構造で階層化されている。ある症状について、上から下に分岐するルート情報を有し、最上部のターム５０１「ＨＰ＿００００００１」の分岐の一つとして、ターム５０２「ＨＰ＿００００１１８  Ｐｈｅｎｏｔｙｐｉｃ  Ａｂｎｏｒｍａｒｉｔｙ」がある。ターム５０２はさらに分岐された下層のターム５０３，５０４を有し、下層になるほど分岐によりターム数が多い多層構造を有している。
【００５１】
図５Ｂ（ｂ）は、処理部１１０が行う類似度の計算例を説明する図である。長方形はＨＰＯオントロジー上のＨＰＯターム、正方形（□）は患者Ｐの症状のＨＰＯターム、丸（〇）はＯＭＩＭ上のＨＰＯタームである。複数の正方形（□□）は、特定の患者Ｐの症状群、複数の丸（〇〇）は、ＯＭＩＭの一つの疾患概念の症状群である。
【００５２】
図５Ｂ（ｂ）には、ＨＰＯタームが、患者およびＯＭＩＭ１３０でそれぞれ単一の場合を示す。この場合、処理部１１０は、患者Ｐの症状のＨＰＯタームと、ＯＭＩＭ上のＨＰＯタームの間の距離Ｄに基づき類似度を計算する。この場合、類似度＝１／距離Ｄにより算出する。図５Ｂ（ｂ）には距離Ｄ＝２，４の例を示している。
【００５３】
図５Ｂ（ｃ）には、ＨＰＯタームが、患者およびＯＭＩＭ１３０でそれぞれ複数の場合を示す。この場合、処理部１１０は、特定の患者の症状群のＨＰＯタームと、ＯＭＩＭ上の一つの疾患概念の症状群間の距離Ｄに基づき類似度を計算する。この場合においても類似度＝１／距離Ｄにより算出する。
【００５４】
そして、処理部１１０は、患者の症状群と、疾患概念の症状群の距離Ｄ＝（ｄ１１＋ｄ１２＋…ｄ２３）／規格化数（群の数）により求める。図５Ｂ（ｃ）の例では、特定の患者の症状群に含まれる患者数が２、ＯＭＩＭの一つの疾患概念の症状群に含まれる症状数が３である。この場合、ｄ１１は患者（患）１−ＯＭＩＭ（Ｏ）１の距離（例えば、「３」）である。ｄ１２は患者１−Ｏ２の距離（例えば、「４」）である。ｄ１３は患者１−Ｏ３の距離（例えば、「４」）である。ｄ２１は患者２−Ｏ１の距離（例えば、「４」）である。ｄ２２は患者２−Ｏ２の距離（例えば、「５」）である。ｄ２３は患者２−Ｏ３の距離（例えば、「５」）である。
【００５５】
このように、ＨＰＯタームが、患者およびＯＭＩＭ１３０でそれぞれ複数の場合には、群同士を比較することで距離Ｄ（類似度）を計算するため、群に近い言葉（ターム）を抽出できるようになる。
【００５６】
また、処理部１１０は、ＭｓＳＨによる類義語の作成の機能を有する。処理部１１０は、ＨＰＯ１２０に対し、例えば、ターム「ｃｏｌｏｎ  ｃａｎｃｅｒ」を引き当て、ＭｅＳＨで「ｃｏｌｏｎ  ｃａｎｃｅｒ」のエイリアスを作成する。このエイリアスに対し、ＭｅＳＨのオントロジー構造を活用して上位概念のタームを類義語として用いる。これにより、ＭｅＳＨを用いて類義語の数を増やすことができる。
【００５７】
また、処理部１１０は、原因候補遺伝子リスト４４０の作成時に、ＭｅＳＨによる類似疾患の作成の機能を有する。処理部１１０は、例えば、ＯＭＩＭ１３０のネットワーク上のデータベース（サイト）にアクセスしてＯＭＩＭ  ＩＤに関する論文を検索できる。論文は、例えば、サイト「ＭＥＤＬＩＮＥ」に登録のものであれば、ＭｅＳＨが付与されており、付与されたＭｅＳＨの中から疾患名を取得できる。そして、処理部１１０は、取得した疾患名の妥当性について、最初に特定した疾患とのＭｅＳＨオントロジー上での距離を算出する。なお、距離に対応した所定の閾値を設けて距離を算出し、閾値内の近い距離の疾患を候補として加えてもよい。これにより、最初に特定したＯＭＩＭ  ＩＤ以外の疾患も予測できるようになる。
【００５８】
図６Ａ，図６Ｂは、実施の形態にかかる原因遺伝子特定装置が実行するプロセス２の処理例を説明する図である。上述した処理部１１０（ＣＰＵ３０１）が実行するプロセス２の処理例を説明する。
【００５９】
はじめに、上述のプロセス１で処理部１１０が出力した患者Ｐの原因候補遺伝子リスト４４０に基づき、図６Ａ（ａ）に示すように、専門医Ｓがプロセス１で得た４つの原因候補遺伝子を３つ（便宜上、「ＡＡＡ，ＢＢＢ，ＣＣＣ」と記載）に絞ったとする。
【００６０】
次に、図６Ａ（ｂ）に示すように、処理部１１０は、原因候補遺伝子毎に対応する既存疾患概念と症状（ＨＰＯ  ＩＤ）の情報を付与し、ＨＰＯリスト６１０を作成する。ＨＰＯリスト６１０は、原因候補遺伝子毎に、ＯＭＩＭ疾患名、ＨＰＯ  ＩＤを関連付けたものである。例えば、原因候補遺伝子「ＡＡＡ」は、ＯＭＩＭ疾患名「ＡＡＡ−疾患１」として、ＨＰＯ  ＩＤ「ＨＰ：００００ＡＡＡ１１，ＨＰ：００００ＡＡＡ１２，ＨＰ：００００ＡＡＡ１３」の情報を含む。図６（ｂ）に示す情報は、既存のＯＭＩＭ１３０が有する情報である。
【００６１】
次に、図６Ａ（ｃ）に示すように、処理部１１０は、得られた複数のＨＰＯ  ＩＤのそれぞれについて、当初の電子カルテ１５０に記録された患者Ｐの症状にＨＰＯ  ＩＤを一つ加えて類似度を再計算する。符号４２０は、上述同様（図４Ｂ（ｄ））に、既存のＨＰＯの概念に関する情報「ＨＰＯ  ＩＤ、ＨＰＯターム、ＭｅＳＨによるＨＰＯの類義語」である。処理部１１０は、この処理をＨＰＯリスト６１０に含まれるＨＰＯ  ＩＤの数分だけ繰り返し実行する（＃１〜＃Ｎ回、例えば、上述した疾患の候補６千個に対応する６千回）。
【００６２】
次に、図６Ｂ（ｄ）に示すように、処理部１１０は、上記処理により類似度の再計算結果のリストを作成する。スコアリスト６２０は、追加された患者症状と既存疾患概念との類似度が高い順にソートしたものである。
【００６３】
ここで、スコアリスト６２０の作成にあたり、処理部１１０は、プロセス１で出力した「患者症状と既存疾患概念との類似度」のスコアリスト４３０を読み出す。そして、このスコアリスト４３０と、上記の追加された患者症状と既存疾患概念との類似度が高い順にソートしたスコアリスト６２０とのスコアの差を計算する。この際、処理部１１０は、既存疾患概念との類似度の変化値のリストをＨＰＯ  ＩＤの数分だけ（＃１〜＃Ｎ）作成する。そして、処理部１１０は、既存疾患概念との類似度の変化値のリスト＃１〜＃Ｎの中で、類似度が高い順に、類似度、ＨＰＯ  ＩＤ、ＨＰＯターム（日本語）、ＭｅＳＨによるＨＰＯの類義語、遺伝子の各情報を含むスコアリスト６２０を出力する。
【００６４】
スコアリスト６２０が示す類似度は、専門医Ｓが臨床医Ｄに対して報告する際、原因を確定させる症状候補の確認推奨度（類似度の増加値）が高い順にソートされている。これにより、スコアリスト６２０の最上部に位置する情報（ＨＰＯ  ＩＤ、ＨＰＯターム等）ほど、原因確定させる症状候補として有効となる。
【００６５】
図７は、実施の形態にかかる原因遺伝子特定装置が出力する患者診断用の症状候補の表示例を示す図である。原因遺伝子特定装置１００の処理部１１０が出力するスコアリスト６２０を臨床医Ｄの端末が取得し、ディスプレイの表示画面７００に表示した状態を示す。
【００６６】
表示画面７００上には、原因遺伝子特定装置１００が出力したメッセージ７１０と、スコアリスト画面７２０の情報が表示される。原因遺伝子特定装置１００の処理部１１０は、例えば、メッセージ７１０として、「原因を確定させる症状候補を確認推奨度の高い順に表示します。」と表示し、臨床医Ｄに対しスコアリスト画面７２０の見方を通知する。
【００６７】
スコアリスト画面７２０には、スコアリスト６２０が示す確認推奨度（類似度の増加値）が高い順にソートされたものが表示される。このスコアリスト画面７２０には、上記例で説明した＃１〜＃Ｎ回に相当する疾患の候補が、例えば、６千個上下に表示されるが、この多数の疾患の候補は、確認推奨度（類似度の増加値）が高い順に上から表示される。これにより、臨床医Ｄは、スコアリスト画面７２０の最上部に位置する情報（ＨＰＯ  ＩＤ、ＨＰＯターム等）が最も症状に適合した遺伝子に相当するとの示唆を受けて症状候補を閲覧でき、多数の原因候補遺伝子の中から原因遺伝子を特定する作業を支援する。
【００６８】
これにより、臨床医Ｄが患者Ｐの病的、遺伝子変異の確定に基づく診断を行う際、スコアリスト画面７２０のソート表示に基づき、疾病の原因候補遺伝子の中から原因遺伝子を効果的に特定でき、症状の再確認、再検査の検討を効率的に行うことができる。ここで、殆どの場合、原因ゲノム変異（遺伝子候補）が多数存在することになるが、患者Ｐが訴えた症状だけではまだ考慮されていない（見落とされている）可能性のある症状について、スコアリスト画面７２０ソート表示に基づき効率的に診断できるようになる。
【００６９】
図８は、実施の形態にかかる原因遺伝子特定装置が実行するプロセス１の処理手順を示すフローチャートである。上述した処理部１１０（ＣＰＵ３０１）が実行するプロセス１の処理例を説明する。
【００７０】
はじめに、処理部１１０は、電子カルテ１５０に記録されている患者Ｐの日本語の症状ターム（キーワード情報）を抽出し、日本語症状タームリスト４１０を作成する（ステップＳ８０１）。次に、処理部１１０は、日本語症状タームリスト４１０の症状タームをＨＰＯ１２０に引き当て、ＨＰＯ  ＩＤを付与し、患者症状ＨＰＯリスト４００を作成する（ステップＳ８０２）。
【００７１】
次に、処理部１１０は、患者症状のＨＰＯターム群と、全ての既存疾患概念（ＯＭＩＭ１３０）に関連するＨＰＯターム群間で、ＨＰＯオントロジー上の類似度を計算する（ステップＳ８０３）。そして、処理部１１０は、類似度スコアが高い既存疾患概念（ＯＭＩＭ）と、その疾患に関連する遺伝子を、原因候補遺伝子として原因候補遺伝子リスト４４０を作成する（ステップＳ８０４）。以上により、処理部１１０は、プロセス１の処理を終了する。
【００７２】
図９は、実施の形態にかかる原因遺伝子特定装置が実行するプロセス２の処理手順を示すフローチャートである。上述した処理部１１０（ＣＰＵ３０１）が実行するプロセス２の処理例を説明する。
【００７３】
はじめに、専門医Ｓは、処理部１１０がプロセス１の処理で出力した患者Ｐの原因候補遺伝子リスト４４０が示す複数の原因候補遺伝子、あるいは、専門医Ｓが原因候補遺伝子リスト４４０の中から原因候補遺伝子を絞り込む。
【００７４】
そして、処理部１１０は、原因候補遺伝子毎に対応する既存疾患概念と症状（ＨＰＯ  ＩＤ）の情報を付与し、ＨＰＯリスト６１０を作成する（ステップＳ９０１）。次に、処理部１１０は、原因候補遺伝子に関するＨＰＯリスト６１０から、一つのＨＰＯ  ＩＤを取得し、プロセス１で作成した患者症状ＨＰＯリスト４００に追加する（ステップＳ９０２）。
【００７５】
次に、処理部１１０は、ステップＳ９０２により患者症状ＨＰＯリスト４００に追加した一つの症状（ＨＰＯ  ＩＤ）と全ての既存疾患概念（ＯＭＩＭ１３０）に関連するＨＰＯターム群間で、ＨＰＯオントロジー上の類似度計算を実行する（ステップＳ９０３）。
【００７６】
そして、処理部１１０は、プロセス１で出力した患者症状と既存疾患概念との類似度のスコアリスト４３０と、ステップＳ９０３により追加された患者症状と既存疾患概念との類似度のスコアリスト４３０とのスコア差を計算する（ステップＳ９０４）。スコア差は、一つのＨＰＯ  ＩＤの追加毎に既存疾患概念との類似度の変化値のリストとして作成される（例えば、上記例では全体で＃１〜＃Ｎの６千回）。
【００７７】
この後、処理部１１０は、原因候補遺伝子に関するＨＰＯリスト６１０に処理されていない行があるかチェックする（ステップＳ９０５）。処理されていない行が存在すれば（ステップＳ９０５：Ｙｅｓ）、処理部１１０は、ステップＳ９０２の処理に戻る。全ての行の処理が完了すれば（ステップＳ９０５：Ｎｏ）、ステップＳ９０６の処理に移行する。
【００７８】
ステップＳ９０６では、処理部１１０は、既存疾患概念との類似度の変化値のリスト＃１〜＃Ｎの中で、類似度が高くなった順に、その際の類似度、ＨＰＯ  ＩＤ、既存疾患等の情報（スコアリスト６２０）を出力する（ステップＳ９０６）。以上により、処理部１１０は、プロセス２の処理を終了する。
【００７９】
以上説明した実施の形態によれば、患者の症状に関するキーワード情報を取得し、ＨＰＯを参照して、前記キーワード情報に対応するＨＰＯ識別情報を抽出する。そして、ＯＭＩＭを参照して、抽出した前記ＨＰＯ識別情報と症状が類似するＯＭＩＭ識別情報および原因候補遺伝子を抽出する第３処理を含む第１プロセス処理を実行する。第１プロセス処理により、患者の症状に対応する複数の原因候補遺伝子を提示できる。また、キーワード情報から特定したＨＰＯ識別情報と、抽出した複数のＨＰＯ識別情報との組み合わせを用いて、ＯＭＩＭを参照して、症状に類似する複数の原因候補遺伝子を抽出する第２プロセス処理を実行する。第２プロセス処理により、第１プロセス処理で提示された複数の原因候補遺伝子のそれぞれに特異的な症状を提示できる。そして、第１プロセス処理と、第２プロセス処理の処理結果、症状の類似度が高い順にＨＰＯ識別情報を出力することにより、原因をより効果的に区別し得ると考えられる重要な症状の順序を有して提示できる。これにより、原因候補遺伝子の中から原因遺伝子を特定する際に、見落とす可能性のある症状や、必要な再検査の観点となる情報のうち重要な情報を見落としなく提示でき、診断の確定率を向上でき、臨床医等の業務を効率的に支援する。
【００８０】
また、第１プロセス処理では、前記ＨＰＯの参照時に、キーワード情報に類似するＨＰＯタームと、ＨＰＯの類義語のそれぞれのＨＰＯ識別情報を抽出する。また、ヒトの遺伝子変異と遺伝病のデータベースＯＭＩＭを参照して、抽出したＨＰＯ識別情報と症状が類似するＯＭＩＭ識別情報および原因候補遺伝子の類似度を求め、候補遺伝子を類似度が高い順にソートする。これにより、症状に対応する原因候補遺伝子の数を増やすことができる。これにより、患者の診察時に考慮されていない（見落とされている）可能性がある症状について、網羅的に検索できるようになる。
【００８１】
また、第１プロセス処理では、ＨＰＯのＨＰＯオントロジー上でのＨＰＯタームのうち特定の患者の症状群と、ＯＭＩＭのある一つの疾患概念の症状群と、の間の距離に基づき前記類似度を求めることができる。このように、群同士を比較することで距離Ｄから類似度を計算でき、群に近い言葉（ターム）を抽出できるようになる。
【００８２】
また、第１プロセス処理では、ＨＰＯの類義語として、ＨＰＯのＨＰＯオントロジー上での上位概念のＨＰＯタームを用いることができる。これにより、症状の類義語の数を簡単に増やすことができる。
【００８３】
また、第１プロセス処理では、抽出した症状に類似する複数の原因候補遺伝子に対応するＯＭＩＭ上の疾患名に基づき、ＭｅＳＨオントロジー上での距離が所定閾値内の他の疾患をさらに抽出することができる。これにより、特定したＯＭＩＭ以外の疾患も予測できるようになる。
【００８４】
また、第２プロセス処理では、キーワード情報から特定したＨＰＯ識別情報と、抽出した複数のＨＰＯ識別情報を一つずつ組み合わせ、ＯＭＩＭを参照して、抽出した複数のＨＰＯ識別情報の全てに対する症状の類似度を求める。これにより、患者症状とＯＭＩＭの各疾患概念との類似度の情報（スコアリスト）を充実でき、症状および原因候補遺伝子の見落としの可能性がある症状を含めて網羅できるようになる。
【００８５】
また、第２プロセス処理では、ＨＰＯ識別情報に関連するＨＰＯのタームと、ＨＰＯ上での類義語、原因候補遺伝子の少なくともいずれか一つを併せて出力する。これにより、臨床医等による患者の症状の再確認や、再検査の検討を効率的に支援できるようになる。
【００８６】
なお、本発明の実施の形態で説明した原因遺伝子特定方法は、予め用意されたプログラムをサーバ等のプロセッサに実行させることにより実現することができる。本原因遺伝子特定方法は、ハードディスク、フレキシブルディスク、ＣＤ−ＲＯＭ（Ｃｏｍｐａｃｔ  Ｄｉｓｃ−Ｒｅａｄ  Ｏｎｌｙ  Ｍｅｍｏｒｙ）、ＤＶＤ（Ｄｉｇｉｔａｌ  Ｖｅｒｓａｔｉｌｅ  Ｄｉｓｋ）、フラッシュメモリ等のコンピュータで読み取り可能な記録媒体に記録され、コンピュータによって記録媒体から読み出されることによって実行される。また、本原因遺伝子特定方法は、インターネット等のネットワークを介して配布してもよい。
【００８７】
上述した実施の形態に関し、さらに以下の付記を開示する。
【００８８】
（付記１）患者の症状に関するキーワード情報を取得する第１処理と、
前記症状に対応する疾患のデータベースＨＰＯを参照して、前記キーワード情報に対応するＨＰＯ識別情報を抽出する第２処理と、
前記疾患に対応する遺伝子のデータベースＯＭＩＭを参照して、抽出した前記ＨＰＯ識別情報と症状が類似するＯＭＩＭ識別情報および原因候補遺伝子を抽出する第３処理と、
を含む第１プロセス処理と、
前記ＯＭＩＭを参照して、前記原因候補遺伝子に対応する複数の前記ＨＰＯ識別情報を抽出する第４処理と、
前記キーワード情報から特定したＨＰＯ識別情報と、抽出した複数の前記ＨＰＯ識別情報との組み合わせを用いて、前記ＯＭＩＭを参照して、前記症状に類似する複数の前記原因候補遺伝子を抽出する第５処理と、
を含む第２プロセス処理と、
前記第１プロセス処理と、前記第２プロセス処理の処理結果、前記症状の類似度が高い順に前記ＨＰＯ識別情報を出力する第６処理と、
をコンピュータに実行させることを特徴とする原因遺伝子特定プログラム。
【００８９】
（付記２）前記第２処理は、前記ＨＰＯの参照時に、前記キーワード情報に類似するＨＰＯタームと、ＨＰＯの類義語のそれぞれのＨＰＯ識別情報を抽出し、
前記第３処理は、前記ＯＭＩＭを参照して、抽出した前記ＨＰＯ識別情報と症状が類似する前記ＯＭＩＭ識別情報および前記原因候補遺伝子の類似度を求め、前記原因候補遺伝子を前記類似度が高い順にソートする、
ことを特徴とする付記１に記載の原因遺伝子特定プログラム。
【００９０】
（付記３）前記第３処理は、前記ＨＰＯのＨＰＯオントロジー上での前記ＨＰＯタームのうち特定の患者の症状群と、前記ＯＭＩＭのある一つの疾患概念の症状群と、の間の距離に基づき前記類似度を求めることを特徴とする付記２に記載の原因遺伝子特定プログラム。
【００９１】
（付記４）前記第３処理は、ＨＰＯの前記類義語として、前記ＨＰＯのＨＰＯオントロジー上での上位概念のＨＰＯタームを用いることを特徴とする付記２または３に記載の原因遺伝子特定プログラム。
【００９２】
（付記５）前記第３処理は、抽出した前記症状に類似する複数の前記原因候補遺伝子に対応する前記ＯＭＩＭ上の疾患に基づき、ＭｅＳＨ（Ｍｅｄｉｃａｌ  Ｓｕｂｊｅｃｔ  Ｈｅａｄｉｎｇｓ）オントロジー上での距離が所定閾値内の他の疾患をさらに抽出することを特徴とする付記２〜４のいずれか一つに記載の原因遺伝子特定プログラム。
【００９３】
（付記６）前記第５処理は、前記キーワード情報から特定した前記ＨＰＯ識別情報と、抽出した複数の前記ＨＰＯ識別情報を一つずつ組み合わせ、前記ＯＭＩＭを参照して、抽出した複数の前記ＨＰＯ識別情報の全てに対する前記症状の類似度を求める、
ことを特徴とする付記１〜５のいずれか一つに記載の原因遺伝子特定プログラム。
【００９４】
（付記７）前記第６処理は、前記ＨＰＯ識別情報に関連する前記ＨＰＯのタームと、前記ＨＰＯ上での類義語、前記原因候補遺伝子の少なくともいずれか一つを併せて出力することを特徴とする付記１〜６のいずれか一つに記載の原因遺伝子特定プログラム。
【００９５】
（付記８）患者の症状に関するキーワード情報を取得する第１処理と、
前記症状に対応する疾患のデータベースＨＰＯを参照して、前記キーワード情報に対応するＨＰＯ識別情報を抽出する第２処理と、
前記疾患に対応する遺伝子のデータベースＯＭＩＭを参照して、抽出した前記ＨＰＯ識別情報と症状が類似するＯＭＩＭ識別情報および原因候補遺伝子を抽出する第３処理と、
を含む第１プロセス処理と、
前記ＯＭＩＭを参照して、前記原因候補遺伝子に対応する複数の前記ＨＰＯ識別情報を抽出する第４処理と、
前記キーワード情報から特定したＨＰＯ識別情報と、抽出した複数の前記ＨＰＯ識別情報との組み合わせを用いて、前記ＯＭＩＭを参照して、前記症状に類似する複数の前記原因候補遺伝子を抽出する第５処理と、
を含む第２プロセス処理と、
前記第１プロセス処理と、前記第２プロセス処理の処理結果、前記症状の類似度が高い順に前記ＨＰＯ識別情報を出力する第６処理と、
をコンピュータが実行することを特徴とする原因遺伝子特定方法。
【００９６】
（付記９）患者の症状に関するキーワード情報を診断システムの電子カルテから取得し、
前記症状に対応する疾患のデータベースＨＰＯを参照して、前記キーワード情報に対応するＨＰＯ識別情報を抽出し、
前記疾患に対応する遺伝子のデータベースＯＭＩＭを参照して、抽出した前記ＨＰＯ識別情報と症状が類似するＯＭＩＭ識別情報および原因候補遺伝子を抽出する第１プロセス処理を行い、
前記ＯＭＩＭを参照して、前記原因候補遺伝子に対応する複数の前記ＨＰＯ識別情報を抽出し、
前記キーワード情報から特定したＨＰＯ識別情報と、抽出した複数の前記ＨＰＯ識別情報との組み合わせを用いて、前記ＯＭＩＭを参照して、前記症状に類似する複数の前記原因候補遺伝子を抽出する第２プロセス処理を行い、
前記第１プロセス処理と、前記第２プロセス処理の処理結果、前記症状の類似度が高い順に前記ＨＰＯ識別情報を出力する、
処理部を備えたことを特徴とする原因遺伝子特定システム。
【符号の説明】
【００９７】
１００  原因遺伝子特定装置
１１０  処理部
１２０  ＨＰＯ
１３０  ＯＭＩＭ
１５０  電子カルテ
２１０  ゲノム解析装置
２３０  診断レポート案
３０１  ＣＰＵ
３０２  メモリ
３０３  ネットワークインタフェース（ＩＦ）
３０５  記録媒体
３１０  ネットワーク
４００  患者症状ＨＰＯリスト
４１０  日本語症状タームリスト
４２０  既存のＨＰＯの概念に関する情報
４３０，６２０  スコアリスト
４４０  原因候補遺伝子リスト
４５０  ゲノム変異情報
５００  オントロジー
５０１，５０２，…    ターム
６１０  ＨＰＯリスト
７２０  スコアリスト画面
Ａ，Ｂ  原因候補遺伝子
Ｄ  臨床医
Ｐ  患者
Ｓ  専門医
【図１】
2020119469.tif 000003
【図２】
2020119469.tif 000004
【図３】
2020119469.tif 000005
【図４Ａ】
2020119469.tif 000006
【図４Ｂ】
2020119469.tif 000007
【図５Ａ】
2020119469.tif 000008
【図５Ｂ】
2020119469.tif 000009
【図６Ａ】
2020119469.tif 000010
【図６Ｂ】
2020119469.tif 000011
【図７】
2020119469.tif 000012
【図８】
2020119469.tif 000013
【図９】
2020119469.tif 000014