(57)【要約】【課題】トラスツズマブの副作用と関連する遺伝子多型を用いてトラスツズマブの副作用を予測する。【解決手段】rs9316695、rs11932853、rs28415722、rs7406710及びrs8032978からなる群から選ばれるいずれかで特定される遺伝子多型の遺伝子型を判定し、判定した遺伝子型に基づいてトラスツズマブ投与による副作用を判定する。【選択図】図２
2020141602.tif 000002
【特許請求の範囲】
【請求項１】
被検者から採取された生体試料中のゲノムDNAに存在する、rs9316695、rs11932853、rs28415722、rs7406710及びrs8032978からなる群から選ばれるいずれかで特定される遺伝子多型又は当該遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型を分析し、当該遺伝子多型の遺伝子型を判定し、判定した遺伝子型に基づいてトラスツズマブ投与による副作用を判定する方法。
【請求項２】
rs9316695で特定される遺伝子多型は、13番染色体長腕(13q14.3)に位置し、野生型がシトシンであり変異型がアデニンである一塩基多型であることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項３】
rs9316695で特定される遺伝子多型は変異型がリスクアレルであり、野生型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が高いと判定し、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定することを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項４】
rs11932853で特定される遺伝子多型は、4番染色体長腕(4q25)に位置し、野生型がチミンであり変異型がシトシンである一塩基多型であることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項５】
rs11932853で特定される遺伝子多型は野生型がリスクアレルであり、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が高いと判定し、野生型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定することを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項６】
rs28415722で特定される遺伝子多型は、15番染色体長腕(15q26.3)に位置し、野生型がグアニンであり変異型がアデニンである一塩基多型であることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項７】
rs28415722で特定される遺伝子多型は変異型がリスクアレルであり、野生型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定することを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項８】
rs7406710で特定される遺伝子多型は、17番染色体長腕(17q25.3)に位置し、野生型がシトシンであり変異型がチミンである一塩基多型であることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項９】
rs7406710で特定される遺伝子多型は野生型がリスクアレルであり、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、野生型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定することを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項１０】
rs8032978で特定される遺伝子多型は、15番染色体長腕(15q26.3)に位置し、野生型がアデニンであり変異型がグアニンである一塩基多型であることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項１１】
rs8032978で特定される遺伝子多型は変異型がリスクアレルであり、野生型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が高いと判定し、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定することを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項１２】
上記被検者は、HER2過剰発現が確認された癌の患者であることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項１３】
上記癌は乳癌又は胃癌であることを特徴とする請求項１２記載の方法。
【請求項１４】
上記副作用は心不全、心原性ショック、肺水腫、心嚢液貯留、心筋症、心膜炎、不整脈及び徐脈から選ばれる少なくとも１種であることを特徴とする請求項１記載の方法。
【請求項１５】
rs9316695、rs11932853、rs28415722、rs7406710及びrs8032978からなる群から選ばれるいずれかで特定される遺伝子多型又は当該遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型を含む連続する５〜５０塩基の領域とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを含む、トラスツズマブ投与による副作用判定用プローブセット。
【請求項１６】
上記遺伝子多型における野生型に対応する野生型プローブと、当該遺伝子多型における変異型に対応する変異型プローブとを含む請求項１５記載の副作用判定用プローブセット。 
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、トラスツズマブ副作用判定方法及びそのためのキットに関する。
【背景技術】
【０００２】
トラスツズマブは、HER2（Human Epidermal Growth Factor Receptor Type 2(ヒト上皮増殖因子受容体２型、別称：c-erbB-2)）を標的としたヒト化モノクローナル抗体を主成分とする抗悪性腫瘍剤（商品名：ハーセプチン）である。HER2は、転移性乳癌患者の約25〜30%で過剰発現が認められる。HER2の過剰発現は、がん細胞の増殖を促進し、HER2過剰発現腫瘍は予後不良であることが知られている。トラスツズマブは、現在、HER2過剰発現が確認された乳癌患者、又はHER2過剰発現が確認された切除不能な進行・再発の胃癌患者に対して投与することができる。
【０００３】
トラスツズマブ投与による副作用としては、一例として、心障害：心不全(症候：呼吸困難、起座呼吸、咳嗽等、症状・異常：S3ギャロップ、駆出率低下、末梢性浮腫等)、心原性ショック、肺水腫、心嚢液貯留、心筋症、心膜炎、不整脈、徐脈等が挙げられている。よってトラスツズマブの投与の際には、心症状の発現状況・重篤度等に応じて必ず心機能検査(心エコー等)を行い、患者の状態(左室駆出率（LVEF）の変動を含む)を十分に観察することとされている。このように、トラスツズマブについては心毒性を有することが知られている。
【０００４】
従来、トラスツズマブ投与による副作用については、上述した心毒性の観点から、アントラサイクリン系薬剤を投与中の患者又はその前治療歴のある患者、胸部へ放射線を照射中の患者、心不全症状のある患者又はその既往歴のある患者、左室駆出率(LVEF)が低下している患者、コントロール不能な不整脈のある患者、重症な心臓弁膜症のある患者、冠動脈疾患(心筋梗塞、狭心症等)の患者又はその既往歴のある患者、高血圧症の患者又はその既往歴のある患者、安静時呼吸困難(肺転移、循環器疾患等による)のある患者又はその既往歴のある患者、若しくは高齢者に対しては慎重投与が推奨されていた。
【０００５】
トラスツズマブ投与前において副作用を予測する指標としては、非特許文献１に開示されるように、EYS遺伝子に存在するrs139944387で特定される遺伝子多型が知られている。非特許文献１によれば、rs139944387で特定される遺伝子多型の変異型をリスクアレルとして検出することで、トラスツズマブの副作用の発症を予測できるとしている。非特許文献１では、２０００余りの遺伝子変異を対象にしてケースコントロール関連解析を実施し、その中からトラスツズマブの副作用の発症に関連するrs139944387を特定している。
【先行技術文献】
【非特許文献】
【０００６】
【非特許文献１】Cancer Science. 2018; 109: 446-452
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００７】
ところで、遺伝子多型を用いて個体の特徴（表現型）を調べる際には、単一の遺伝子多型を使用するよりも、複数の遺伝子多型を用いた場合のほうがより正確性が向上する場合がある。トラスツズマブの副作用について評価する際に、複数の遺伝子多型を利用することでより正確に評価できる可能性がある。
【０００８】
そこで、本発明は、トラスツズマブの副作用と関連する遺伝子多型を特定し、当該遺伝子多型を用いてトラスツズマブの副作用を予測する方法を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
本発明者らは、上記課題を解決すべく鋭意検討を行った結果、トラスツズマブの副作用に関連する複数の遺伝子多型を見いだし、本発明を完成するに至った。本発明は以下を包含する。
【００１０】
（１）被検者から採取された生体試料中のゲノムDNAに存在する、rs9316695、rs11932853、rs28415722、rs7406710及びrs8032978からなる群から選ばれるいずれかで特定される遺伝子多型又は当該遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型を分析し、当該遺伝子多型の遺伝子型を判定し、判定した遺伝子型に基づいてトラスツズマブ投与による副作用を判定する方法。
【００１１】
（２）rs9316695で特定される遺伝子多型は、13番染色体長腕(13q14.3)に位置し、野生型がシトシンであり変異型がアデニンである一塩基多型であることを特徴とする（１）記載の方法。
【００１２】
（３）rs9316695で特定される遺伝子多型は変異型がリスクアレルであり、野生型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が高いと判定し、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定することを特徴とする（１）記載の方法。
【００１３】
（４）rs11932853で特定される遺伝子多型は、4番染色体長腕(4q25)に位置し、野生型がチミンであり変異型がシトシンである一塩基多型であることを特徴とする（１）記載の方法。
【００１４】
（５）rs11932853で特定される遺伝子多型は野生型がリスクアレルであり、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が高いと判定し、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定することを特徴とする（１）記載の方法。
【００１５】
（６）rs28415722で特定される遺伝子多型は、15番染色体長腕(15q26.3)に位置し、野生型がグアニンであり変異型がアデニンである一塩基多型であることを特徴とする（１）記載の方法。
【００１６】
（７）rs28415722で特定される遺伝子多型は変異型がリスクアレルであり、野生型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定することを特徴とする（１）記載の方法。
【００１７】
（８）rs7406710で特定される遺伝子多型は、17番染色体長腕(17q25.3)に位置し、野生型がシトシンであり変異型がチミンである一塩基多型であることを特徴とする（１）記載の方法。
【００１８】
（９）rs7406710で特定される遺伝子多型は野生型がリスクアレルであり、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、野生型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定することを特徴とする（１）記載の方法。
【００１９】
（１０）rs8032978で特定される遺伝子多型は、15番染色体長腕(15q26.3)に位置し、野生型がアデニンであり変異型がグアニンである一塩基多型であることを特徴とする（１）記載の方法。
【００２０】
（１１）rs8032978で特定される遺伝子多型は変異型がリスクアレルであり、野生型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が高いと判定し、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定することを特徴とする（１）記載の方法。
【００２１】
（１２）上記被検者は、HER2過剰発現が確認された癌の患者であることを特徴とする（１）記載の方法。
【００２２】
（１３）上記癌は乳癌又は胃癌であることを特徴とする（１２）記載の方法。
【００２３】
（１４）上記副作用は心不全、心原性ショック、肺水腫、心嚢液貯留、心筋症、心膜炎、不整脈及び徐脈から選ばれる少なくとも１種であることを特徴とする（１）記載の方法。
【００２４】
（１５）rs9316695、rs11932853、rs28415722、rs7406710及びrs8032978からなる群から選ばれるいずれかで特定される遺伝子多型又は当該遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型を含む連続する５〜５０塩基の領域とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを含む、トラスツズマブ投与による副作用判定用プローブセット。
【００２５】
（１６）上記遺伝子多型における野生型に対応する野生型プローブと、当該遺伝子多型における変異型に対応する変異型プローブとを含む（１５）記載の副作用判定用プローブセット。
【００２６】
なお、本発明に係るトラスツズマブ投与による副作用判定用プローブセットは、検体に含まれる上記５〜５０塩基の領域を増幅させるプライマーを含むトラスツズマブによる副作用判定キットとしても良い。すなわち、本発明に係るキットは、rs9316695、rs11932853、rs28415722、rs7406710及びrs8032978からなる群から選ばれるいずれかで特定される遺伝子多型又は当該遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型を含む連続する５〜５０塩基の領域を特異的に増幅させるプライマーと、その増幅された領域と特異的にハイブリダイズする上記副作用判定用プローブセットを含むものであってもよい。また、本発明に係るキットは、上記領域を増幅させる際に必要な各種試薬及び/又は増幅した領域と上記核酸プローブとを特異的にハイブリダイズさせる際に必要な各種試薬を含むものであってもよい。さらに、上記トラスツズマブによる副作用判定用プローブセットを担体に固定することで、トラスツズマブによる副作用判定用DNAチップとすることができる。
【発明の効果】
【００２７】
本発明により、遺伝子多型を検出するといった簡便な手段によりトラスツズマブ投与による副作用を高精度に判定することができる。
【図面の簡単な説明】
【００２８】
【図１Ａ】rs9316695を含む領域に関する領域関連プロットを示す図である。
【図１Ｂ】rs28415722を含む領域に関する領域関連プロットを示す図である。
【図１Ｃ】rs7406710を含む領域に関する領域関連プロットを示す図である。
【図１Ｄ】rs11932853を含む領域に関する領域関連プロットを示す図である。
【図１Ｅ】rs8032978を含む領域に関する領域関連プロットを示す図である。
【図２】実施例で構築した予測スコアリングシステムによって患者毎にスコア合計を求め、スコア合計が0〜4のグループと5〜8のグループでトラスツズマブ誘発性心毒性を発症した患者の比率を比較した特性図である。
【発明を実施するための形態】
【００２９】
本発明は、rs9316695、rs11932853、rs28415722、rs7406710及びrs8032978からなる群から選ばれるいずれかで特定される遺伝子多型又は当該遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型の遺伝子型に基づいて、トラスツズマブ投与による副作用を判定する方法である。トラスツズマブ（商品名：ハーセプチン）は、ヒトHER2分子を標的分子とした分子量148kDaのヒト化モノクローナル抗体であり、HER2分子の細胞外領域のエピトープ（aa529-625）と特異的に結合する。トラスツズマブは、トレハロース水和物、L-ヒスチジン塩酸塩水和物、L-ヒスチジン及びポリソルベート等の添加物を含有する注射用組成物として医薬として利用される。HER2過剰発現が確認される癌、例えば、HER2過剰発現が確認された乳癌及びHER2過剰発現が確認された切除不能な進行・再発の胃癌を挙げることができる。
【００３０】
すなわち、本発明によれば、上述した各種癌に対するトラスツズマブ投与による副作用を判定することができる。副作用を判定するとは、トラスツズマブを投与した後に副作用が発症する可能性の高低を判定すること、副作用の重篤度を判定することを含む意味である。トラスツズマブの副作用としては、心不全、心原性ショック、肺水腫、心嚢液貯留、心筋症、心膜炎、不整脈及び徐脈から選ばれる少なくとも１種を挙げることができる。言い換えると、副作用としては、トラスツズマブの心毒性に起因する症状と定義することができる。
【００３１】
上記遺伝子多型の遺伝子型を決定するには、被検者から採取された生体試料に含まれるゲノムDNAを用いることができる。ここで、被検者から採取する生体試料は、ゲノムDNAを含むものであれば特に制限されない。例えば、血液及びこれに由来する血液関連試料（血液、血清及び血漿など）、リンパ液、汗、涙、唾液、尿、糞便、腹水及び髄液等の体液、ならびに細胞、組織または臓器の破砕物及び抽出液などが挙げられる。本発明においては、好ましくは、血液関連試料を用いる。
【００３２】
被検者から採取した生体試料からゲノムDNAを抽出する抽出手段としては、特に限定されず、前記生体試料から直接的にDNA成分を分離し、精製して回収できる手段であることが好ましい。
【００３３】
ここで、rs9316695で特定される遺伝子多型（一塩基多型、SNP）は、13番染色体長腕(13q14.3)に位置し、野生型がシトシンであり変異型がアデニンである。rs11932853で特定される遺伝子多型（一塩基多型、SNP）は、4番染色体長腕(4q25)に位置し、野生型がチミンであり変異型がシトシンである一塩基多型である。rs28415722で特定される遺伝子多型（一塩基多型、SNP）は、15番染色体長腕(15q26.3)に位置し、野生型がグアニンであり変異型がアデニンである。rs7406710で特定される遺伝子多型（一塩基多型、SNP）は、17番染色体長腕(17q25.3)に位置し、野生型がシトシンであり変異型がチミンである。rs8032978で特定される遺伝子多型（一塩基多型、SNP）は、15番染色体長腕(15q26.3)に位置し、野生型がアデニンであり変異型がグアニンである。
【００３４】
「連鎖不平衡」とは、生物の集団において、複数の遺伝子座の対立遺伝子又は遺伝的マーカー（多型）の間にランダムでない相関が見られる、すなわちそれらの特定の組合せ（ハプロタイプ）の頻度が有意に高くなる集団遺伝学的な現象を意味し、「遺伝的連鎖」とは、特定の対立遺伝子の組合せが、メンデルの独立の法則に従わずに親から子へ一緒に遺伝する遺伝学的現象を意味する。
【００３５】
具体的に、rs9316695で特定される遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型としては、特に限定されないが、例えば、rs4597194、rs67371330、rs9527155、rs73197793、rs9527156、rs9536600、rs9536601、rs9527157、rs9596894、rs9536604、rs9536605、rs9536606、rs9596895、rs12585722、rs9536608、rs9536610、rs4884826、rs147044674、rs201449129、rs199694348、rs146020011、rs9536611、rs9536612、rs67998663、rs9536613、rs9596896、rs9536614、rs144930433、rs144567553、rs9596897、rs4572266、rs7330060、rs9527161、rs4584708、rs4640062、rs140902703、rs143148342、rs17089212、rs2104970、rs9536598、rs9527160、rs4883836、rs150544413、rs11616925、rs9536595、rs7334767、rs59300548、rs9536609、rs4883837、rs11617903、rs7993293、rs9536620、rs9536619、rs58440048、rs10585368、rs9527169、rs529033940、rs17089149、rs1572184、rs2050281、rs12870784、rs2210644、rs9536584、rs9536586、rs9536588、rs9536589、rs4275742、rs78202205、rs67234964、rs145327528、rs12583122、rs17089167、rs4523820及びrs7994759を挙げることができる（r2>0.4）。なかでも、rs9316695で特定される遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型としては、rs4597194、rs67371330、rs9527155、rs73197793、rs9527156、rs9536600、rs9536601、rs9527157、rs9596894、rs9536604、rs9536605、rs9536606、rs9596895、rs12585722、rs9536608、rs9536610、rs4884826、rs147044674、rs201449129、rs199694348、rs146020011、rs9536611、rs9536612、rs67998663、rs9536613、rs9596896、rs9536614、rs144930433、rs144567553、rs9596897、rs4572266、rs7330060、rs9527161、rs4584708、rs4640062、rs140902703、rs143148342及びrs17089212からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子多型とすることが好ましい（r2=1.000）。
【００３６】
また、具体的に、rs11932853で特定される遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型としては、特に限定されないが、例えば、rs13128178、rs13103305及びrs34290584を挙げることができる（r2>0.8）。
【００３７】
さらに、具体的に、rs28415722で特定される遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型としては、特に限定されないが、例えば、rs28728168、rs11854776、rs1383149、rs4144489、rs13329373、rs12592103、rs2086366、rs12372962、rs28787308、rs4441250、rs11247348、rs1993976、rs1118043、rs2127556、rs8027435、rs202050468、rs28477300、rs11421357、rs12148125、rs12148342、rs28424020、rs28622146、rs28852783、rs74537059、rs4144488、rs12148124、rs1480097、rs60452357、rs28547243、rs200378270、rs28881820、rs28786836、rs79151393、rs76681857、rs62026165、rs62026166、rs67260482、rs67176041、rs113000837、rs112082590、rs79186877、rs12593815、rs67544351、rs66460935、rs28831185、rs112350672、rs9920073、rs28856352、rs9920491、rs9920100、rs899668、rs899670、rs899671、rs1600527、rs1842330、rs28886127、rs28763397、rs899669、rs2310786、rs2219877、rs28688638、rs66514354、rs28762186、rs5814843、rs113548268、rs28529334、rs28482307、rs28713196、rs28524985、rs1480096、rs7178508、rs2127555、rs7182053、rs8024637、rs4965928、rs4500701、rs899672、rs12148884、rs11247343、rs4305003、rs72756784、rs11857308、rs72756793、rs144244319、rs72756771、rs201638246、rs59400223、rs8041025、rs56254795、rs56087861、rs72756798、rs899673、rs7165184、rs2170105、rs190524788、rs145368286、rs72756742、rs58965013、rs2310788、rs200379847、rs12439514、rs9744177、rs4340314、rs7170047、rs145073022、rs59673774、rs1973203、rs7174886、rs4966026、rs6598551、rs7163138、rs11854601、rs899666、rs7171284、rs7169062、rs7171511、rs7178632、rs28476632、rs10660160、rs7163125、rs35915991、rs7169617、rs2871595、rs139776752、rs7169876、rs59784745、rs34967522、rs58591739、rs77673781、rs77476477、rs74848179、rs28804986、rs8026981、rs149769916、rs67999313、rs34527695、rs7172170、rs2089、rs72756785、rs62026191、rs76137345、rs112123401、rs7171292、rs7167815、rs28531668、rs4321178、rs72756790、rs2086365、rs201660876、rs55693761、rs56361500、rs28816992、rs59699060、rs62026167、rs28872593、rs4598889、rs4561450、rs4246339、rs78382254、rs28421057、rs28694303、rs4448919、rs28415561、rs12148823、rs7183126、rs11858646、rs62026209、rs111412942、rs62024083、rs113693221、rs12148449、rs12148742、rs62026207、rs62026208、rs201016517、rs11855844、rs4102909、rs11856483、rs28409382、rs59256589、rs62026196、rs58535173、rs142419518、rs34544919、rs62026205、rs56753756、rs79875962、rs12593369、rs11433091、rs11247363、rs11247364、rs11247366、rs12591387、rs12594533、rs12592382、rs8040797、rs8024782、rs62026194、rs149652096、rs113666132、rs8038239、rs145372032、rs74496658、rs11247360、rs66603848、rs4965371、rs56397226、rs76212696、rs28755859、rs28516952、rs9672462、rs9672677、rs113071929、rs12595170、rs369284370、rs7495211、rs751483、rs139593401、rs12439362、rs12438268、rs9672473、rs9672826、rs9806583、rs9806588、rs11247384、rs9672593、rs9330523、rs9672475、rs77969302、rs148140419、rs12441935、rs984998、rs72758712、rs139378984、rs12441957、rs12912787、rs72758714、rs984999、rs55978834、rs7179988、rs72758718、rs72758720、rs143988409、rs7180674、rs28671427、rs7163855、rs28368406及びrs34610227を挙げることができる（r2>0.2）。なかでも、rs28415722で特定される遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型としては、rs28728168、rs11854776、rs1383149、rs4144489、rs13329373、rs12592103、rs2086366、rs12372962、rs28787308、rs4441250、rs11247348、rs1993976、rs1118043、rs2127556及びrs8027435からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子多型とすることが好ましい（r2>0.8）。さらに、rs28415722で特定される遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型としては、rs28728168及び/又はrs11854776とすることがより好ましい（r2=1.000）。
【００３８】
さらにまた、具体的に、rs7406710で特定される遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型としては、特に限定されないが、例えば、rs8081479、rs7406026、rs7405590、rs72854495、rs7405588、rs74530133、rs7405749、rs7406506、rs7405641、rs11552304、rs7405532、rs71675424、rs62076028、rs58483803、rs11869448、rs11870015、rs8074089、rs7405522、rs7224579、rs6565593、rs6565590、rs6565592、rs72854500、rs4076968、rs7213717、rs78537846、rs9675106、rs6565595、rs7207933、rs60016321、rs112791119、rs77387916、rs74818865、rs7207958、rs12453887、rs11150795、rs12675、rs61430049、rs112930265、rs6565591、rs8068081、rs6565596、rs8068511、rs3924327、rs61655749、rs34797307、rs35789723、rs2075722、rs7406756及びrs7406904を挙げることができる（r2>0.2）。なかでも、rs7406710で特定される遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型としては、rs8081479、rs7406026、rs7405590、rs72854495、rs7405588、rs74530133、rs7405749、rs7406506、rs7405641、rs11552304、rs7405532、rs71675424、rs62076028、rs58483803、rs11869448、rs11870015、rs8074089、rs7405522、rs7224579、rs6565593、rs6565590、rs6565592、rs72854500及びrs4076968からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子多型とすることが好ましい（r2>0.4）。
【００３９】
さらにまた、具体的に、rs8032978で特定される遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型としては、特に限定されないが、例えば、rs8033540、rs8033003、rs28863221、rs28770217、rs111829181、rs55957523、rs28609156、rs28690028、rs28665122、rs7172856、rs143956992、rs117531330、rs77343149、rs74563564、rs149545605、rs11327127、rs117512970、rs74041962、rs59542966、rs2898864、rs4275835、rs111447514、rs61276520、rs60105028、rs75348190、rs1545855、rs74041979及びrs59199124を挙げることができる（r2>0.6）。なかでも、rs8032978で特定される遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型としては、rs8033540、rs8033003、rs28863221、rs28770217、rs111829181、rs55957523、rs28609156、rs28690028、rs28665122及びrs7172856からなる群から選ばれる少なくとも１つの遺伝子多型とすることが好ましい（r2>0.8）。さらに、rs8032978で特定される遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型としては、rs8033540とすることがより好ましい（r2=1.000）。
【００４０】
上述した遺伝子多型の遺伝子型を特定する方法、すなわち遺伝子多型をタイピングする方法としては、公知の一塩基多型を分析する方法を用いることができ、リアルタイムPCR法、ダイレクトシーケンシング法、TaqMan(登録商標)PCR法、インベーダー（登録商標）法、ルミネックス（登録商標）法、クエンチングプライマー／プローブ（QP）法、MALDI-TOF法、分子ビーコン法等を挙げることができる。具体的には、被検者（通常、ヒト被検者をさす）から採取した生体試料のゲノムDNAを鋳型とする増幅反応によって測定対象の一塩基多型部位を含む核酸断片を、プライマーを用いて増幅し、得られた核酸断片と、野生型及び変異型に対応する一対のプローブとのハイブリダイゼーションを検出する方法や、上記PCR増幅過程において、当該一塩基多型部位に特異的なプローブを用いることで、野生型及び変異型を検出する方法を挙げることができる。
【００４１】
遺伝子多型を特定する際に用いるプローブセット（すなわち、トラスツズマブ投与による副作用判定用プローブセット）としては、rs9316695、rs11932853、rs28415722、rs7406710及びrs8032978からなる群から選ばれるいずれかで特定される遺伝子多型又は当該遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型を含む連続する５〜５０塩基、好ましくは１０〜４０塩基、より好ましくは１０〜３０塩基の領域とストリンジェントな条件下でハイブリダイズするオリゴヌクレオチドを含むプローブセットであればよい。また、プローブとしてLocked Nucleic Acid（LNA）等の人工核酸を用いて合成したオリゴプローブを用いることで、短い塩基でも特異的にハイブリダイズするプローブとすることが可能となる。なお、プローブセットとは、野生型のアレルに対応する野生型プローブと、変異型アレルに対応する変異型プローブとを意味する。
【００４２】
ストリンジェントな条件下としては、いわゆる特異的なハイブリッドが形成され、非特異的なハイブリッドが形成されない条件をいい、具体的には、6×SSC（1.5M NaCl，0.15M クエン酸三ナトリウムを含む溶液を10×SSＣとする）、50％フォルムアミドを含む溶液中で45℃にてハイブリッドを形成させた後、2×SSCで50℃にて洗浄するような条件を挙げることができる。また、ストリンジェントな条件下は、Molecular Biology, John Wiley & Sons, N. Y. (1989), 6.3.1-6.3.6を参照して適宜設定することができる。或いは、ストリンジェントな条件下としては、3×SSC/0.3×SDSを含む溶液中で54℃にてハイブリッドを形成させた後、洗浄液A（10×SSC/1%SDS溶液）、洗浄液B（20×SSC）及び洗浄液Ｃ（5×SSC）で順次洗浄するような条件（特開2011-250726参照）等の条件を挙げることができる。
【００４３】
また、遺伝子多型を特定する際に用いるプローブセットは、担体上に固定して用いてもよく、担体としては、平面状の基板やビーズ状の球状担体を挙げることができ、具体的には、特開2011-250726に記載された担体を挙げることができる。また、野生型を検出するプローブと変異型を検出するプローブとを同一の担体に固定してもよいし、異なる担体に固定してもよい。
【００４４】
上記遺伝子多型を特定する方法において用いるプライマーとしては、ゲノムDNAを鋳型として、rs9316695、rs11932853、rs28415722、rs7406710及びrs8032978からなる群から選ばれるいずれかで特定される遺伝子多型又は当該遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型を含む連続する少なくとも５塩基を核酸断片として増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマーであればよい。より具体的には、rs9316695、rs11932853、rs28415722、rs7406710及びrs8032978からなる群から選ばれるいずれかで特定される遺伝子多型又は当該遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型を含む少なくとも５塩基、好ましくは１０〜５００塩基、より好ましくは２０〜２００塩基、さらに好ましくは５０〜１００塩基を増幅することができるオリゴヌクレオチドからなるプライマーを、公知のデータベースに格納されたゲノムDNA配列に基づいて適宜設計することができる。
【００４５】
また、rs9316695、rs11932853、rs28415722、rs7406710及びrs8032978からなる群から選ばれるいずれかで特定される遺伝子多型又は当該遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型を含む連続する少なくとも５塩基を増幅する際に、あらかじめ標識したプライマーを用いるか、増幅反応に標識ヌクレオチドを基質として用いることで、増幅した配列を識別することが可能となる。標識物質としては特に限定されないが、放射性同位元素、蛍光色素、又はジゴキシゲニン（DIG）やビオチン等の有機化合物等を挙げることができる。
【００４６】
上記プローブ又はプライマーは、例えば、核酸合成装置によって化学的に合成することで取得することができる。核酸合成装置としては、DNAシンセサイザー、全自動核酸合成装置等を使用することができる。
【００４７】
増幅した核酸断片が標識を有する場合、標識を検出することで各プローブ（トラスツズマブ投与による副作用判定用プローブセットに含まれる野生型プローブ又は変異型プローブ）にハイブリダイズした核酸断片を測定することができる。例えば、蛍光色素を標識として使用した場合には、当該蛍光色素に由来する蛍光強度を測定することによって、プローブにハイブリダイズした核酸断片を測定することができる。具体的には、野生型プローブにハイブリダイズした核酸断片と、変異型プローブにハイブリダイズした核酸断片との比を算出するには、野生型プローブにおける標識を検出したときの出力値と、変異型プローブにおける標識を検出したときの出力値とから算出することができる。なお、標識として蛍光標識を使用した場合は蛍光強度が出力値となる。
【００４８】
より具体的に、変異型プローブにハイブリダイズした核酸断片に由来する出力値（蛍光強度）を、変異型プローブにハイブリダイズした核酸断片に由来する出力値（蛍光強度）及び野生型プローブにハイブリダイズした核酸断片に由来する出力値（蛍光強度）の平均値で除算することで判定値を算出することができる。この判定値は、核酸断片に含まれる変異型の存在量を正規化した値に近似する。よって、当該判定値の高さによって、被検者における一塩基多型を分析し変異型をホモとして有しているか、野生型をホモとして有しているか、又はヘテロとして有しているかを判別することができる。 
【００４９】
当該判定値を使用する場合、被検者における一塩基多型を分析して変異型をホモとして有しているか、野生型をホモとして有しているか、又はヘテロとして有しているかを判別するため、予め二段階の閾値（閾値Ａ及び閾値Ｂ）を設定することが好ましい。なお、ここで、閾値Ａ及び閾値Ｂは、（閾値Ａ＞閾値Ｂ）の関係を有しているものとする。すなわち、上述のように算出された判定値が閾値Ａを超えると変異型をホモとして有していると判断し、当該判定値が閾値Ａ以下であり閾値Ｂを超えるとヘテロとして有していると判断し、当該判定値が閾値Ｂ以下であると野生型をホモとして有していると判断できる。 
【００５０】
閾値Ａ及び閾値Ｂの設定方法としては、特に限定されないが、予め遺伝子型が判別している試料を用いて上述のように判定値を算出し、上記変異型をホモとして有している場合、野生型をホモとして有している場合、又はヘテロとして有している場合についてそれぞれ確率密度を正規分布として算出する方法を挙げることができる。このとき、確率密度が互いに重なる交点（確率密度の大小が入れ替わる位置で、それぞれの極大値の間）を求め、また、上記変異型をホモとして有している場合、野生型をホモとして有している場合、又はヘテロとして有している場合それぞれの平均値を求める。そして、変異型をホモとして有している場合とヘテロとして有している場合の閾値としては、（変異型をホモとして有している場合の平均値とヘテロとして有している場合の平均値）の平均値と交点の平均値として算出することができる。同様にヘテロとして有している場合と野生型をホモとして有している場合の閾値としては、（ヘテロとして有している場合の平均値と野生型をホモとして有している場合の平均値）の平均値と交点の平均値として算出することができる。
【００５１】
そして、rs9316695で特定される遺伝子多型は、変異型（アデニン）がリスクアレルである。被検者について上記rs9316695で特定される遺伝子多型が、野生型（シトシン）のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が高いと判定し、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定する。
【００５２】
また、rs11932853で特定される遺伝子多型は、野生型（チミン）がリスクアレルである。被検者についてrs11932853で特定される遺伝子多型が変異型（シトシン）のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が高いと判定し、野生型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定する。
【００５３】
さらに、rs28415722で特定される遺伝子多型は、変異型（アデニン）がリスクアレルである。被検者についてrs28415722で特定される遺伝子多型が野生型（グアニン）のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定する。
【００５４】
さらにまた、rs7406710で特定される遺伝子多型は、野生型（シトシン）がリスクアレルである。被検者についてrs7406710で特定される遺伝子多型が変異型（チミン）のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、野生型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定する。
【００５５】
さらにまた、rs8032978で特定される遺伝子多型は、変異型（グアニン）がリスクアレルである。被検者についてrs8032978で特定される遺伝子多型が野生型（アデニン）のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定し、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が高いと判定し、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定する。
【００５６】
なお、判定対象の被検者とは、上述したトラスツズマブの適応範囲の疾患を疑われた者或いは当該疾患と診断された者など特に限定されない。
【００５７】
ところで、トラスツズマブの副作用を判定するに際して、上述したrs9316695、rs11932853、rs28415722、rs7406710及びrs8032978からなる群から選ばれるいずれかで特定される遺伝子多型又は当該遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型から選ばれる１つの遺伝子多型を用いても良いし、複数の遺伝子多型を組み合わせて用いても良い。言い換えると、上述したrs9316695、rs11932853、rs28415722、rs7406710及びrs8032978からなる群から選ばれるいずれかで特定される遺伝子多型又は当該遺伝子多型と連鎖不平衡若しくは遺伝的連鎖にある遺伝子多型から選ばれる１つの遺伝子多型の遺伝子型に基づいて、被検者におけるトラスツズマブの副作用を判定することができる。或いは、これら遺伝子多型から選ばれる複数の遺伝子多型の遺伝子型に基づいて、被検者におけるトラスツズマブの副作用を判定することができる。
【００５８】
複数の遺伝子多型としては、例えば、rs9316695、rs11932853、rs28415722、rs7406710及びrs8032978からなる群から選ばれるいずれかで特定される５種類の遺伝子多型のうち、任意の２種類、任意の３種類、任意の４種類或いは５種類を使用することができる。このとき、各遺伝子多型の遺伝子型をスコア化して、スコアに基づいて被検者におけるトラスツズマブの副作用を判定してもよい。スコア化の一例としては、トラスツズマブの副作用発症可能性が高い場合にはスコアの値が高くなり、トラスツズマブの副作用発症可能性が低い場合にはスコアの値が低くなるように設定することができる。なお、トラスツズマブの副作用を発症する可能性が高い場合にはスコアの値が低くなり、トラスツズマブの副作用を発症する可能性が低い場合にはスコアの値が高くなるように設定してもよい。
【００５９】
より具体的に、スコア化としては、上記rs9316695で特定される遺伝子多型が、野生型（シトシン）のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定できるため値を０とし、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が高いと判定できるため値を１とし、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定できるため値を２とする。同様に、rs11932853で特定される遺伝子多型が変異型（シトシン）のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定できるため値を０とし、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が高いと判定できるため値を１とし、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定できるため値を２とする。同様に、rs28415722で特定される遺伝子多型が野生型（グアニン）のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定できるため値を０とし、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定できるため値を０とし、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定できるため値を２とする。同様に、rs7406710で特定される遺伝子多型が変異型（チミン）のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定できるため値を０とし、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定できるため値を０とし、野生型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定できるため値を２とする。同様に、rs8032978で特定される遺伝子多型が野生型（アデニン）のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が低いと判定できるため値を０とし、変異型と野生型のヘテロである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性が高いと判定できるため値を１とし、変異型のホモである場合にはトラスツズマブの副作用発症可能性がより高いと判定できるため値を２とする。
【００６０】
以上のように、rs9316695、rs11932853、rs28415722、rs7406710及びrs8032978で特定される５種類の遺伝子多型について、遺伝子型に応じてそれぞれ０〜２の値を設定することで被検者におけるこれら５種類の遺伝子多型の遺伝子型をスコア化することができる。上述した例では、スコアの値が高ければ高いほどトラスツズマブの副作用発症可能性が高いと判断することができる。
【００６１】
より具体的に、rs9316695、rs11932853、rs28415722、rs7406710及びrs8032978で特定される５種類の遺伝子多型について、遺伝子型に応じて上述のようにそれぞれ０〜２の値を設定した場合、被検者について遺伝子型を決定してスコアを合計すると０〜１０の範囲となる。そして、このように合計した被検者に関するスコアを、当該被検者についてトラスツズマブの副作用発症可能性を予測するための基準データとして利用することができる。例えば、ある被検者について上述のように合計したスコアが５以上である場合には当該被検者についてトラスツズマブの副作用発症可能性が高いグループに属すると判断することができる。逆にある被検者について上述のように合計したスコアが４以下である場合には当該被検者についてトラスツズマブの副作用発症可能性が低いグループに属すると判断することができる。
【００６２】
なお、上述の例では、合計スコアを５以上（４以下）としたが、被検者についてトラスツズマブの副作用発症可能性が高いグループに属するかの基準として、合計スコアを６以上とすることができ、７以上とすることができ、８以上とすることができる。これら合計スコアの閾値は任意である。
【実施例】
【００６３】
以下、実施例により本発明をより詳細に説明するが、本発明の技術的範囲は以下の実施例に限定されるものではない。
【００６４】
〔材料と方法〕
〔患者〕
本実施例では、2010年2月から2015年12月までにNCCバイオバンクに登録されたサンプルからトラスツズマブで治療された268人の患者を選択し、トラスツズマブ誘発心毒性のリスクに関する遺伝的マーカーを同定するためのGWAS（ゲノムワイド関連解析）に供した。追試験においては、トラスツズマブ治療を受けた213人の患者（14人の症例及び199人の対照）を2017年10月から2018年3月までの期間で聖マリアンナ医科大学病院及び中頭病院から収集し、2016年6月から2017年10月までの期間でNCCバイオバンクに登録されたサンプルから収集した。
【００６５】
本実施例では、ハーセプチンアジュバント（HERA）試験の基準に従って、トラスツズマブ投与後の左室駆出率（LVEF）が45％未満又はベースラインから10％以上減少したうえでLVEFが50％未満を認めたものをトラスツズマブ誘発性心毒性と定義した。なお、本実施例は、国立がん研究センター、聖マリアンナ医科大学、中頭病院及び公益財団法人がん研究会の倫理委員会によって承認された。本実施例に参加したすべての患者からインフォームド・コンセントが得られた。
【００６６】
〔遺伝子型決定及びクオリティーコントロール〕
癌細胞を含まない末梢血又はホルマリン固定パラフィン包埋（FFPE）リンパ節からゲノムDNAを抽出した。GWAS解析のために、Infinium OmniExpressExome-8 v1.4（Illumina社製）を使用して268人の患者の遺伝子型を決定した。本実施例では、症例と対照の両方に対してクオリティーコントロール（コール率99％以上）を適用し、対照にはハーディ-ワインバーグ平衡（P>1.0×10-6）を適用し、SNPのマイナーアレル頻度を0.01以上とした。常染色体上の543,807個のSNPがクオリティーコントロールを通過した。本実施例では、IBS法（Identity-by-state）を利用して、サンプルの潜在的関連性を評価した。
【００６７】
EIGENSTRATソフトウェア6.0.1を用いた主成分分析（PCA）によって集団の構造化の検証を行った。PCAは、サンプル集団の分布を、1,000 Genomes Project Phase3データベースからの3つの参照集団と比較することによって行った。この1,000 Genomes Project Phase3データベースには、ヨーロッパ人（ユタ州の白人（CEU）に代表される）、アフリカ人（イバダンのヨルバ族（YRI）に代表される）及び東アジア人（東京の日本人（JPT）、北京の漢民族（CHB）、南漢民族（CHS）、シーサンパンナの中国タイ族（CDX）及びベトナムホーチミン市のキン族（KHV）に代表される）が含まれている。本実施例で使用したサンプルからの遺伝子型情報に基づいてPCAを実施した。予測されたP値に対するFisherの正確確率検定によって観測されたP値の間でQ-Qプロット（quantile-quantile plot）を作成したところ、ゲノムインフレション係数（genomic inflation factor）が1.173であり有意な集団層別化を示さなかった（図示せず）。
【００６８】
〔遺伝子型インピュテーション〕
GWASで使用された268人の患者に対して、ゲノムワイドなインピュテーションを行った。3つのゲノム領域（染色体13q14.3の遺伝子座と15q26.3における独立した2つの遺伝子座）に位置する43個のSNPがゲノムワイドインピュテーション解析における各遺伝子座でマーカーSNP（tag-SNP）よりも有意性を示したため、これらのゲノム領域（染色体13q14.3の54593774-54618139、15q26.3の98578726-98646496、及び15q26.3の101796748-101800094）も追試験に使用された213人の患者においてインピュテーション解析を行った。
【００６９】
本実施例では、東京の日本人、北京の中国人及び中国南部の中国人を含む東アジア系統の個人に関する1,000 Genomes Project Phase3 統合リリースバージョン5に基づいた参照パネルをインピュテーションに使用した。Minimac3ソフトウェアでジェノタイプできなかった遺伝子型データをインピュテーションした。インピュテーション品質の閾値RSQ>0.3のバリアントを抽出した。インピュテーション解析において、本実施例では、99％未満の低い遺伝子型率を有し、対照においてハーディ-ワインバーグ平衡（P≦1.0×10-6）から外れているSNP及びマイナー対立遺伝子頻度が<0.01のSNPを除外することでSNPクオリティーコントロールを行った。
【００７０】
〔統計解析〕
GWAS解析及び追試験において、Fisherの正確確率検定によるケースコントロール関連解析を3つの遺伝的モデル、すなわち対立遺伝子モデル、優性遺伝モデル及び劣性遺伝モデルに適用した。非リスク対立遺伝子又は非リスク遺伝子型を参照として使用し、オッズ比（OR）及び信頼区間（CI）をこれらの３つの遺伝モデルの中で最小のP値を有する遺伝モデルについて計算した。これら3つの遺伝モデルにおける多重検定のため、Bonferroni補正後のゲノムワイド有意水準は、GWASではP=3.06×10-8[0.05/(543,807×3)]、追試験ではP=1.67×10-4[0.05/(100×3)]であった。
【００７１】
組合せ解析のために、追試験における各遺伝子型の人数をGWASにおける遺伝子型の人数に加えた。年齢分布、原発巣、アントラサイクリンによる前治療の有無、HER2受容体ステータス及びホルモン受容体ステータスをトラスツズマブ誘発性心毒性のリスク因子となりうるかロジスティック回帰分析によって評価した。
【００７２】
トラスツズマブ誘発性心毒性のリスクを予測するスコアリングシステムとして、本実施例では、rs9316695、rs11932853及びrs8032978の遺伝子多型に関して、リスクアレルについてホモ接合性の個体に2、リスクアレルについてヘテロ接合性の個体に1、及び非リスクアレルについてホモ接合性の個体に0を割り当てた。また、本実施例では、rs28415722及びrs7406710の遺伝子型に関して、リスクアレルについてホモ接合性の個体に2、他の遺伝子型の個体に0を割り当てた。そして、本実施例では、各遺伝子多型についてスコアを加算して個人毎にスコアの合計を求めた。このスコアリングシステムによって、個々の患者を9つのグループ（スコアの合計：0、1、2、3、4、5、6、7又は 8）のいずれかに分類することができた。
【００７３】
本実施例において、すべての統計分析は、R statistical environmentバージョン3.3.1、PLINKバージョン1.07又はBellCurve for Excel（社会情報サービス社製）を使用して行った。領域関連プロットは、Locus Zoomを使用して作製した。
【００７４】
〔結果〕
〔患者背景因子〕
トラスツズマブ誘発性心毒性のリスクを決定する遺伝子マーカーを同定するために、本実施例では、トラスツズマブ治療を受けた481名の患者を採用した。これら481名の患者は、25症例（トラスツズマブ誘発性心毒性あり）と456例のコントロール（トラスツズマブ誘発性心毒性なし）とから構成されている。表１に、これら481名の患者の背景因子をまとめて示した。
【００７５】
【表１】
2020141602.tif 000003
【００７６】
症例及び対照ともに、トラスツズマブ治療の開始時における年齢中央値は５６歳であった。ロジスティック回帰分析において、表１に示す患者背景因子は、いずれもトラスツズマブ誘発心毒性と有意な関連を示さなかった。
【００７７】
〔GWAS及び追試験解析〕
本実施例においてトラスツズマブ誘発性心毒性は、ハーセプチンアジュバント（HERA）試験の基準に従って、トラスツズマブ投与後の左室駆出率（LVEF）が45％未満又はベースラインから10％以上減少したうえでLVEFが50％未満と定義した。Infinium OmniExpressExome-8 v1.4（Illumina社製）を使用して268人の患者のGWASを実施した。
【００７８】
標準的なクオリティーコントロールの後、3つの遺伝モデル（対立遺伝子モデル、優性遺伝モデル及び劣性遺伝モデル）に基づきFisherの正確確率検定によって543,807個のSNPに関して関連解析を行った。本実施例では、Q-Qプロット（quantile-quantile plot）を作成し、ゲノムインフレション係数（genomic inflation factor）が1.173を示した。これは集団層別化がないことを示している。しかしながら、ゲノムワイド有意水準に達するSNPを見いだすことができなかった。GWASにおいて有意差上位100個のSNPはトラスツズマブ誘発性心毒性に関連する可能性を示した（P=7.60×10-7〜2.01×10-4）。GWASの結果を更に検証するため、14症例と199対照例を含む213人の独立した患者を用いて、これら100個のSNPに関する追試験を行った。この追試験において、Bonferroni補正の後に有意水準に達したSNPはなかったが、関連が示唆されるSNPを17個同定することができた（P=3.6×10-2〜9.4×10-2）。これら17個のSNPに関するGWASと追試験とを併せた解析により、GWASの結果と比べてより強い関連を示す5つの座位における9個のSNPが示された。これら9個のSNPは、染色体13q14.3に座位するrs9316695（Pcombined=6.00×10-6）、rs9527156（Pcombined=8.64×10-6）、rs12583122（Pcombined=1.92×10-5）及びrs11617903（Pcombined=2.22×10-5）と、染色体4q25に座位するrs11932853（Pcombined=1.42×10-4）と、染色体15q26.3に座位するrs1383149（Pcombined=1.01×10-4）及びrs12372962（Pcombined=1.15×10-4）と、染色体17q25.3に座位するrs7406710（Pcombined=1.07×10-4）と、染色体15q26.3に座位するrs8032978（Pcombined=1.60×10-4）であった。ただし、これらのなかで、ゲノムワイド有意水準を満たす（P=3.06×10-8）ものはなかった。
【００７９】
〔インピュテーション解析〕
トラスツズマブ誘発性心毒性と関連する候補座位について更なる候補を同定するため、本実施例では、GWASサンプルに対してゲノムワイドなインピュテーション解析を実施することで関連性を検証した。しかしながら、トラスツズマブ誘発性心毒性と関連する新たな候補座位を同定するには至らなかった。GWASで同定された5つの候補座位（染色体4q25における1座位、染色体13q14.3における1座位、染色体15q26.3における独立した2座位、及び染色体17q25.3における1座位)のなかから、インピュテーション解析により、3つの遺伝的領域（染色体13q14.3の1座位と染色体15q26.3の独立した2座位）に43個の新たなSNPを同定した。これらSNPは、GWASにおいて同定されたマーカーSNP（tag-SNP）よりも有意な関連を示した。
【００８０】
本実施例では、更にこれら43個のSNPについて213人の独立した患者を用いて追試験を行った結果、これら3つの座位においてこれらマーカーSNP以外に、更に強力に関連するSNPを見いだすことはできなかった。しかしながら、これら43個のSNPに関して、GWAS結果と追試験結果とを組み合わせたところ、GWASよりもトラスツズマブ誘発性心毒性とより強く関連する染色体15q26.3におけるrs28415722を見いだした。また、rs28415722は、この領域において最も強い関連性を示した（Pcombined=8.88×10-5）。
【００８１】
本実施例で同定したトラスツズマブ誘発性心毒性と関連する5個のSNPに関する情報、解析結果及び統計解析結果をまとめて表２に示した。
【００８２】
【表２】
2020141602.tif 000004
【００８３】
また、これら5個のSNPに関し、それぞれのSNPを含む領域について作製した領域関連プロットを図１Ａ〜Ｅに示した。なお、図１Ａはrs9316695を含む領域に関する領域関連プロットを示し、図１Ｂはrs28415722を含む領域に関する領域関連プロットを示し、図１Ｃはrs7406710を含む領域に関する領域関連プロットを示し、図１Ｄはrs11932853を含む領域に関する領域関連プロットを示し、図１Ｅはrs8032978を含む領域に関する領域関連プロットを示している。
【００８４】
図１Ａ〜ＥにおいてジェノタイピングされたSNPのP値（-log10(P値)）を円でプロットし、インピュテーションされたSNPのP値（-log10(P値)）を四角でプロットしている。図１Ａ〜Ｅにおける横軸は染色体上の物理的な位置を示している。また、図１Ａ〜Ｅにおいて、東京の日本人（JPT）及び北京の漢民族（CHB）の1000ゲノムサンプルから推定された遺伝的組換え率を折れ線で示している。また、各プロットにおける濃淡は、r2=0〜1にスケールした連鎖不平衡（LD）を示している。各図の矢印で示したSNPを含む領域にr2が1.0に近いSNPが密集している。また、図１Ａ〜Ｅには、領域関連プロットの下段には、カリフォルニア大学サンタクルーズ校が開発したゲノムブラウザで閲覧できる遺伝子アノテーションを示している。
【００８５】
〔予測スコアリングシステム〕
本実施例では、上述のように同定した5個のSNPを用いてトラスツズマブ誘発性心毒性を評価するための予測スコアリングシステムを構築した。なお、上述した5個のSNP(rs9316695、rs28415722、rs7406710、rs11932853及びrs8032978)は、組合せ分析において最も低いP値を示したものであり、ロジスティック回帰分析によりトラスツズマブ誘発性心毒性に関する独立した予測因子とされたため、本実施例では、これら5つのSNPの遺伝子型を複合的に用いたスコアリングシステムを構築した。
【００８６】
本予測スコアリングシステムは、遺伝子型及びリスクアレルの数を考慮して各患者についてスコアを付けるものである。
【００８７】
具体的に、rs28415722及びrs7406710に関しては、リスクアレルについてホモ接合性の個体に2、他の遺伝子型の個体に0を割り当てた。これらrs28415722及びrs7406710は、劣性遺伝モデルにおいて最も低いP値を示したからである。
【００８８】
これに対して、rs9316695、rs11932853及びrs8032978に関しては、リスクアレルについてホモ接合性の個体に2、リスクアレルについてヘテロ接合性の個体に1、及び非リスクアレルについてホモ接合性の個体に0を割り当てた。そして、本実施例では、各遺伝子多型についてスコアを加算して個人毎にスコアの合計を求めた。その結果を表３に示す。
【００８９】
【表３】
2020141602.tif 000005
【００９０】
表３に示すように、本実施例で構築した予測スコアリングシステムによって、個々の患者を9つのグループ（スコアの合計：0、1、2、3、4、5、6、7又は 8）のいずれかに分類することができた。トラスツズマブ誘発性心毒性を発症した患者の比率は、予測スコアが高いほど増加する傾向が見られた。具体的に、スコア合計が0〜4のグループに含まれる症例割合（トラスツズマブ誘発性心毒性を発症した患者の比率）は1.8% (8/441)であった。そしてこの割合は、スコア合計が5のグループで36.4% (8/22)であり、スコア合計が6のグループで22.2% (2/9)であり、スコア合計が7のグループで75.0% (3/4)であり、スコア合計が8のグループで80.0% (4/5)であることが示された。
【００９１】
本実施例では、予測スコアリングシステムの感度（68.0%）及び特異度（95.0%）を考慮して2つのグループ、すなわちスコア合計が0〜4のグループと、スコア合計が5〜8のグループとに分けて検討した。その結果、図２に示すように、スコア合計が5〜8のグループにおけるトラスツズマブ誘発性心毒性を発症割合は、GWAS、追試験及び組合せ分析のそれぞれにおいて45.8% (11/24)、37.5% (6/16)及び42.5% (17/40)であったのに対して、スコア合計が0〜4のグループではそれぞれ0% (0/244)、4.1% (8/197)及び1.8% (8/441)であった。このことは、上記5個のSNPを使用した本予測スコアリングシステムによれば、トラスツズマブ治療開始前にトラスツズマブ誘発性心毒性を効果的に予測できることを示している（Pcombined=7.82×10-15、オッズ比=40.0、95%信頼区間=15.6〜102.3）。
【００９２】
〔遺伝的連鎖にある遺伝子多型〕
本実施例では、上述した5個のSNP(rs9316695、rs28415722、rs7406710、rs11932853及びrs8032978)のそれぞれに関し、連鎖不平衡又は遺伝的連鎖にある遺伝子多型を検索した。具体的には、1000 Genomes Projectのデータを検索し、各SNPに対してr2が所定の値以上であり、且つマイナーアレル頻度（MAF）が所定の値以上（≦0.01）となる他の遺伝子多型を、当該SNPに対して連鎖不平衡又は遺伝的連鎖にある遺伝子多型として定義した。
rs9316695については、r2≧0.4となる他の遺伝子多型として表４に示す74個の遺伝子多型を特定した。
【００９３】
【表４】
2020141602.tif 000006
2020141602.tif 000007
【００９４】
rs28415722については、r2≧0.2となる他の遺伝子多型として表５に示す248個の遺伝子多型を特定した。
【００９５】
【表５】
2020141602.tif 000008
2020141602.tif 000009
2020141602.tif 000010
2020141602.tif 000011
2020141602.tif 000012
【００９６】
rs7406710については、r2≧0.2となる他の遺伝子多型として表６に示す50個の遺伝子多型を特定した。
【００９７】
【表６】
2020141602.tif 000013
【００９８】
rs11932853については、r2≧0.8となる他の遺伝子多型として表７に示す3個の遺伝子多型を特定した。
【００９９】
【表７】
2020141602.tif 000014
【０１００】
rs8032978については、r2≧0.6となる他の遺伝子多型として表８に示す28個の遺伝子多型を特定した。
【０１０１】
【表８】
2020141602.tif 000015
【図１Ａ】
2020141602.tif 000016
【図１Ｂ】
2020141602.tif 000017
【図１Ｃ】
2020141602.tif 000018
【図１Ｄ】
2020141602.tif 000019
【図１Ｅ】
2020141602.tif 000020
【図２】
2020141602.tif 000021
【手続補正書】
【提出日】令和1年12月16日(2019.12.16)
【手続補正１】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】配列表
【補正方法】追加
【補正の内容】
【配列表】
2020141602000001.app