(57)【要約】  本発明は、元品種よりも早生化されたイネの新品種、及びイネ個体を早生化する方法の提供を目的とする。本発明は、品種登録出願番号が第２５５８６号であるイネ品種コシヒカリかずさ５号、前記記載の品種の個体及びこの後代個体からなる群より選択される２個体を交配して得られる後代個体、並びに、イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，７２０，０６４番目の塩基から３１，７２４，０４３番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、イネ品種コシヒカリかずさ５号又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片に置換することを特徴とする、イネ個体を早生化する方法に係る。【特許請求の範囲】
【請求項１】
品種登録出願番号が第２５５８６号である、イネ品種コシヒカリかずさ５号（Ｏｒｙｚａ  ｓａｔｉｖａ  Ｌ．ｃｕｌｔｉｖａｒ  Ｋｏｓｈｉｈｉｋａｒｉ−ｋａｚｕｓａ５  ｇｏｕ）。
【請求項２】
請求項１記載の品種の個体及び請求項１記載の品種の個体の後代個体からなる群より選択される２個体を交配して得られる後代個体。
【請求項３】
あるイネ個体が、特定の品種であるか否かを鑑別する方法であって、
イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，５２１，４４２番目のＳＮＰ（一塩基多型）に相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、イネ品種ハバタキではＣ）をＤＮＡマーカーＭ１とし、
イネ品種日本晴の第３染色体の３１，６８９，６９０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、イネ品種ハバタキではＴ）をＤＮＡマーカーＭ２とし、
イネ品種日本晴の第３染色体の３２，２０８，９２４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、イネ品種ハバタキではＧ）をＤＮＡマーカーＭ３とし、
イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３６３，１５７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、イネ品種ハバタキではＴ）をＤＮＡマーカーＭ４とし、
イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３８４，７９９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、イネ品種ハバタキではＧ）をＤＮＡマーカーＭ５とし、
当該イネ個体のゲノム解析により、前記ＤＮＡマーカーＭ１〜Ｍ５からなる群より選択される１以上のＤＮＡマーカーをタイピングし、
得られたタイピング結果がイネ品種コシヒカリかずさ５号（Ｏｒｙｚａ  ｓａｔｉｖａ  Ｌ．ｃｕｌｔｉｖａｒ  Ｋｏｓｈｉｈｉｋａｒｉ−ｋａｚｕｓａ５  ｇｏｕ）の結果と一致する場合に、当該イネ個体がイネ品種コシヒカリかずさ５号であると鑑別することを特徴とする、イネ品種の鑑別方法。
【請求項４】
イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，７２０，０６４番目の塩基から３１，７２４，０４３番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、イネ品種コシヒカリかずさ５号又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片に置換することを特徴とする、イネ個体を早生化する方法。
【請求項５】
イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，７２０，０６４番目の塩基から３２，３１４，６７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、イネ品種コシヒカリかずさ５号又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片に置換することを特徴とする、イネ個体を早生化する方法。
【請求項６】
前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３１，６８９，６９１番目の塩基から３１，７２０，０６４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、かつ当該染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３１４，６７７番目の塩基から３２，３６３，１５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在するように、当該染色体断片を置換することを特徴とする請求項５記載のイネ個体を早生化する方法。
【請求項７】
イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，６８９，６９０番目の塩基から３２，３６３，１５７番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、イネ品種コシヒカリかずさ５号又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片に置換することを特徴とする、イネ個体を早生化する方法。
【請求項８】
前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３１，５２１，４４３番目の塩基から３１，６８９，６９０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、かつ当該染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３６３，１５７番目の塩基から３２，３８４，７９８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在するように、当該染色体断片を置換することを特徴とする請求項７記載のイネ個体を早生化する方法。
【請求項９】
請求項４〜８のいずれか一項に記載のイネ個体を早生化する方法により作出されたイネ品種。
【請求項１０】
請求項９記載の品種の個体及び請求項９記載の品種の個体の後代個体からなる群より選択される２個体を交配して得られる後代個体。
【請求項１１】
イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３２，３０９，５０２番目の塩基から３２，３１４，６７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、イネ品種コシヒカリかずさ５号又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片に置換することを特徴とする、イネ個体を晩生化する方法。
【請求項１２】
請求項１１に記載のイネ個体を晩生化する方法により作出されたイネ品種。
【請求項１３】
請求項１２記載の品種の個体及び請求項１２記載の品種の個体の後代個体からなる群より選択される２個体を交配して得られる後代個体。
【発明の詳細な説明】
【技術分野】
【０００１】
本発明は、非遺伝子組み換え法により作出された新品種、当該新品種の鑑別方法、及びイネ個体を早生化する方法に関する。
【背景技術】
【０００２】
同一生物種に属するが、遺伝的構成が異なるために、ある形質において他の集団と異なる集団を品種という。すなわち、同じ種類の植物であったとしても、品種により、栽培の難易性や病虫害に対する抵抗性、収量、品質等が異なる。このため、農作物、特にイネやムギ類等の主要な作物においては、より優良な品種を得るための品種改良が古くから行われており、近年では、種苗会社等のみならず、国や県等の公的機関においても積極的に行われてきている。【０００３】
近年の核酸解析技術等の進歩に伴い、シロイヌナズナ、イネ、コムギ等の様々な植物の遺伝子が解析され、得られた遺伝子情報が開示されている。これらの開示された遺伝子情報を利用して、遺伝子組み換え法による外来種の遺伝子を導入する品種改良も多く行われている。しかしながら、遺伝子組み換え法による品種改良は、通常は交配不可能な遠縁種が有する形質を導入し得るという利点はあるものの、その安全性に対する検証は必ずしも十分ではないという問題点がある。【０００４】
このため、イネをはじめとする食用植物においては、非遺伝子組み換え法による新品種の作出が多く行われている。例えば特許文献１には、非遺伝子組み換え法により、外来の有用な染色体断片で置換する場合に、導入される外来品種由来の染色体断片による置換領域をコントロールし、元品種が有する好ましい形質を変更することなく、標的形質を有する新品種を作製するための方法が開示されている。【０００５】
特に、イネでは、従来の品種と同じ品質・収穫量を備えつつ、従来の品種よりも少し早生若しくは少し晩生である品種の育種が望まれている。日本の大部分の水田では、消費者が好むイネ品種コシヒカリが栽培されているが、コシヒカリのみを大規模に栽培した場合、短期間に収穫関連作業が集中し、大変な労力を要する。特に、大量のイネを収穫する場合、必ずしも各個体に最適な時期に収穫できるとは限らないが、早めに収穫しても、遅くに収穫しても、米の食味や収量に影響するため、農家にとっては大きな問題となっている。収穫期をずらす方法として、種まき期をずらす、という方法が考えられる。しかしながら、コシヒカリは強い感光性を持っているために、たとえ種まき期を２〜３日ずらしたとしても、同じ時期に収穫期を迎えることになる。一方で、種まき期を１０日又はそれ以上ずらすことにより、収穫期を分散させることは可能である。しかしながら、種まき期を大幅にずらした場合には、生育期間が短くなり、充分な収穫量が得られないという問題がある。少し早生若しくは少し晩生な品種と従来の品種とを栽培できれば、収穫期をずらすことができるため、品種ごとにそれぞれ時期をずらして収穫作業を行えることが期待できる。【０００６】
しかしながら、従来の品種よりも少し早生若しくは少し晩生な品種、すなわち、僅かに出穂期や収穫期をずらすという微妙な調整を施したコシヒカリ品種を育成することは、技術的に非常に困難である。これは、出穂期のわずかな差を検出し、それと関連する遺伝子を特定することが難しいためである。このような微妙な出穂期の差を遺伝的に検出するためには、水田の土壌や肥料、水、空気の流れなどの圃場環境が極めて均一になっているような精密圃場を要するだけでは足らず、種まき用の種の状態も均一にする必要があるが、現実には非常に困難である。実際には、通常、日本の水田では遺伝的に同じような品種でも、同じ日に種まきして、同じ日に田植えしても７日程度のずれが生じる。つまり、最初に出穂した日と最後に出穂した日との間に７日間もある。農業試験場などの場合は割と精度の高い圃場を使っているものの、それでも３〜５日間のずれが生じるのが普通である。  
【先行技術文献】
【特許文献】
【０００７】
【特許文献１】特許第４４０９６１０号公報
【発明の概要】
【発明が解決しようとする課題】
【０００８】
本発明は、元品種よりも早生化されたイネの新品種、及びイネ個体を早生化する方法を提供することを目的とする。
【課題を解決するための手段】
【０００９】
本発明者は、上記課題を解決すべく鋭意研究した結果、イネ品種ハバタキの第３染色体上に存在する特定の領域の染色体断片を、イネ品種コシヒカリに置換することにより、コシヒカリよりも収穫期を早めることが可能であることを見出し、本発明を完成させた。  【００１０】
すなわち、本発明は、
（１）  品種登録出願番号が第２５５８６号である、イネ品種コシヒカリかずさ５号（Ｏｒｙｚａ  ｓａｔｉｖａ  Ｌ．ｃｕｌｔｉｖａｒ  Ｋｏｓｈｉｈｉｋａｒｉ−ｋａｚｕｓａ５  ｇｏｕ）、
（２）  前記（１）記載の品種の個体及び前記（１）記載の品種の個体の後代個体からなる群より選択される２個体を交配して得られる後代個体、
（３）  あるイネ個体が、特定の品種であるか否かを鑑別する方法であって、
イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，５２１，４４２番目のＳＮＰ（一塩基多型）に相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、イネ品種ハバタキではＣ）をＤＮＡマーカーＭ１とし、
イネ品種日本晴の第３染色体の３１，６８９，６９０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、イネ品種ハバタキではＴ）をＤＮＡマーカーＭ２とし、
イネ品種日本晴の第３染色体の３２，２０８，９２４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、イネ品種ハバタキではＧ）をＤＮＡマーカーＭ３とし、
イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３６３，１５７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、イネ品種ハバタキではＴ）をＤＮＡマーカーＭ４とし、
イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３８４，７９９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、イネ品種ハバタキではＧ）をＤＮＡマーカーＭ５とし、
当該イネ個体のゲノム解析により、前記ＤＮＡマーカーＭ１〜Ｍ５からなる群より選択される１以上のＤＮＡマーカーをタイピングし、
得られたタイピング結果がイネ品種コシヒカリかずさ５号（Ｏｒｙｚａ  ｓａｔｉｖａ  Ｌ．ｃｕｌｔｉｖａｒ  Ｋｏｓｈｉｈｉｋａｒｉ−ｋａｚｕｓａ５  ｇｏｕ）の結果と一致する場合に、当該イネ個体がイネ品種コシヒカリかずさ５号であると鑑別することを特徴とする、イネ品種の鑑別方法、
（４）  イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，７２０，０６４番目の塩基から３１，７２４，０４３番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、イネ品種コシヒカリかずさ５号又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片に置換することを特徴とする、イネ個体を早生化する方法、
（５）  イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，７２０，０６４番目の塩基から３２，３１４，６７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、イネ品種コシヒカリかずさ５号又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片に置換することを特徴とする、イネ個体を早生化する方法、
（６）  前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３１，６８９，６９１番目の塩基から３１，７２０，０６４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、かつ当該染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３１４，６７７番目の塩基から３２，３６３，１５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在するように、当該染色体断片を置換することを特徴とする前記（５）記載のイネ個体を早生化する方法、
（７）  イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，６８９，６９０番目の塩基から３２，３６３，１５７番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、イネ品種コシヒカリかずさ５号又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片に置換することを特徴とする、イネ個体を早生化する方法、
（８）  前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３１，５２１，４４３番目の塩基から３１，６８９，６９０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、かつ当該染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３６３，１５７番目の塩基から３２，３８４，７９８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在するように、当該染色体断片を置換することを特徴とする前記（７）記載のイネ個体を早生化する方法、
（９）  前記（４）〜（８）のいずれか一つに記載のイネ個体を早生化する方法により作出されたイネ品種、
（１０）  前記（９）記載の品種の個体及び前記（９）記載の品種の個体の後代個体からなる群より選択される２個体を交配して得られる後代個体、
（１１）  イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３２，３０９，５０２番目の塩基から３２，３１４，６７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、イネ品種コシヒカリかずさ５号又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片に置換することを特徴とする、イネ個体を晩生化する方法、
（１２）  前記（１１）に記載のイネ個体を晩生化する方法により作出されたイネ品種、
（１３）  前記（１２）記載の品種の個体及び前記（１２）記載の品種の個体の後代個体からなる群より選択される２個体を交配して得られる後代個体、
を、提供するものである。
【発明の効果】
【００１１】
本発明の新品種であるイネ品種コシヒカリかずさ５号は、コシヒカリよりも早生化されているが、品質や収穫量等の収穫期以外の特性はコシヒカリとほぼ同等な新品種である。
また、本発明のイネ個体を早生化する方法により、イネ個体を元品種よりも早生化することができる
【図面の簡単な説明】
【００１２】
【図１】コシヒカリ、ＱＴＳ４ヘテロタイプ、及びＱＴＳ４ホモタイプのゲノムを模式的に表した図である。
【図２】コシヒカリ、ＱＴＳ４ヘテロタイプ、及びＱＴＳ４ホモタイプの出穂期を調べた結果を示した図である。
【図３】コシヒカリ、及びＱＴＳ１４ホモタイプのゲノムを模式的に表した図である。
【図４】コシヒカリ、及びＱＴＳ１４ホモタイプの出穂期を調べた結果を示した図である。
【図５】コシヒカリの第３染色体上のＱＴＳ４領域、ＱＴＳ１４領域及びＤＮＡマーカーの位置を模式的に示した図である。
【図６】コシヒカリかずさ５号のゲノムを模式的に表した図である。
【図７】コシヒカリかずさ５号、コシヒカリ、ＱＴＳ４ホモタイプ、及びＱＴＳ１４ホモタイプの出穂期を調べた結果を示した図である。
【発明を実施するための形態】
【００１３】
本発明において染色体断片置換系統とは、元品種の染色体の一部のみが外来品種由来の染色体断片に置換されている系統を意味する。ここで、外来品種は、元品種以外の品種であれば特に限定されるものではなく、元品種と同一種の植物の品種であってもよく、元品種と異なる種の植物の品種であってもよく、動物等の植物以外の品種であってもよい。なお、本発明において品種とは、同一種の植物であって、遺伝的構成が異なるために、ある形質において同種内の他品種から明確に識別し得る集団を意味する。
【００１４】
本発明においてＤＮＡマーカーは、元品種由来の染色体と外来品種由来の染色体を識別し得る染色体上のＤＮＡ配列の差異を検出し得るものであれば、特に限定されるものではなく、遺伝子解析分野で通常用いられているＤＮＡマーカーを用いることができる。該ＤＮＡマーカーとして、例えば、ＳＮＰ（Ｓｉｎｇｌｅ  Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ、一遺伝子多型）やＳＳＲ（Ｓｉｍｐｌｅ  Ｓｅｑｕｅｎｃｅ  Ｒｅｐｅａｔｓ、単純反覆配列）の繰り返し数の違い等の遺伝子多型を検出し得るマーカーであってもよく、ＲＦＬＰ（Ｒｅｓｔｒｉｃｔｉｏｎ  Ｆｒａｇｍｅｎｔ  Ｌｅｎｇｔｈ  Ｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍ、制限酵素断片長多型）マーカーであってもよい。なお、これらのＤＮＡマーカーによる、元品種由来アレルと外来品種由来アレルとの識別は、常法により行うことができる。例えば、各個体から抽出したＤＮＡを鋳型とし、特定のＳＮＰやＳＳＲと特異的にハイブリダイズし得るプライマー等を用いてＰＣＲを行い、電気泳動法等を用いてＰＣＲ産物の有無を検出し、各多型を識別することができる。また、各個体から抽出したＤＮＡを制限酵素処理した後、電気泳動法等を用いてＤＮＡ断片のパターンを検出し、各多型を識別することができる。なお、特定のＳＮＰやＳＳＲと特異的にハイブリダイズし得るプライマー等は、該ＳＮＰやＳＳＲの塩基配列に応じて、汎用されているプライマー設計ツール等を用いて常法により設計することができる。また、設計されたプライマー等は、当該技術分野においてよく知られている方法のいずれを用いても合成することができる。
【００１５】
これらのＤＮＡマーカーは、公知のＤＮＡマーカーを適宜用いることができる。また、新規に作製したＤＮＡマーカーであってもよい。公知のＤＮＡマーカーとして、例えば、イネにおいては、国際公開第２００３／０７０９３４号パンフレット等において開示されているＳＮＰマーカーや、Ｒｉｃｅ  Ｇｅｎｏｍｅ  Ｒｅｓｅａｒｃｈ  Ｐｒｏｇｒａｍ（ＲＧＰ：ｈｔｔｐ：／／ｒｇｐ．ｄｎａ．ａｆｆｒｃ．ｇｏ．ｊｐ／ｐｕｂｌｉｃｄａｔａ．ｈｔｍｌ）において公開されているＤＮＡマーカーを用いることができる。
【００１６】
なお、各品種の遺伝子情報等は、例えば、国際的な塩基配列データベースであるＮＣＢＩ（Ｎａｔｉｏｎａｌ  ｃｅｎｔｅｒ  ｆｏｒ  Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ  Ｉｎｆｏｒｍａｔｉｏｎ）やＤＤＢＪ（ＤＮＡ  Ｄａｔａ  Ｂａｎｋ  ｏｆ  Ｊａｐａｎ）等において入手することができる。特にイネの各品種の遺伝子情報は、ＫＯＭＥ(Ｋｎｏｗｌｅｄｇｅ−ｂａｓｅｄ  Ｏｒｙｚａ  Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ  ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ  Ｅｎｃｙｃｌｏｐｅｄｉａ、ｈｔｔｐ：／／ｃｄｎａ０１．ｄｎａ．ａｆｆｒｃ．ｇｏ．ｊｐ／ｃＤＮＡ／）等において入手することができる。
【００１７】
本発明及び本願明細書において「イネ品種日本晴の染色体のＸ番目の塩基からＹ番目の塩基までの領域」は、ＲＧＢにおいて公開されているイネ品種日本晴のゲノムＤＮＡの塩基配列（バージョン４；ＩＲＧＳＰ−ｂｕｉｌｄ４−０６／０４／２１）に基づいて決定される領域である。
【００１８】
また、本発明及び本願明細書において、「イネ品種日本晴の染色体のＸ番目の塩基からＹ番目の塩基までの領域に相当する領域」とは、イネ個体の染色体中のイネ品種日本晴の染色体中の当該領域と相同性の高い領域であり、イネ品種日本晴の公知のゲノムＤＮＡと当該イネ個体のゲノムＤＮＡの塩基配列を、最もホモロジーが高くなるようにアラインメントすることにより決定することができる。また、イネ品種日本晴以外のイネ個体中の「イネ品種日本晴のＳＮＰに相当するＳＮＰ」は、当該ＳＮＰを含む領域において、イネ品種日本晴の公知のゲノムＤＮＡと当該イネ個体のゲノムＤＮＡの塩基配列を、最もホモロジーが高くなるようにアラインメントした場合に、当該ＳＮＰに対応する位置にある塩基を意味する。
【００１９】
従来の品種よりも少し早生若しくは少し晩生である新品種を育種するため、本発明の発明者は、まず、出穂期に関して、イネ品種ハバタキとイネ品種コシヒカリとを交配して、分離集団でＱＴＬ(Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ  Ｔｒａｉｔ  Ｌｏｃｕｓ) 解析を行った。この結果、第３染色体の長腕のＱＴＳ４領域に、出穂期を遅らせ、晩生とするＱＴＬが存在していることがわかった。コシヒカリの当該領域に含まれている遺伝子をハバタキ由来の遺伝子に置換することにより、元品種コシヒカリよりも晩生のイネが得られると予想された。
【００２０】
そこで、コシヒカリで戻し交配をして、コシヒカリのＱＴＳ４領域〔イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３０９，５０２番目の塩基から３２，３１４，６７７番目の塩基までの領域に相当する領域〕を、ハバタキ由来の染色体断片に置換した染色体断片置換系統を作製した。この際、相同染色体の一方のＱＴＳ４領域のみがハバタキ由来の染色体断片に置換されたＱＴＳ４ヘテロタイプと、相同染色体の両方のＱＴＳ４領域がハバタキ由来の染色体断片に置換されたＱＴＳ４ホモタイプの両方の個体を得た。図１は、コシヒカリ、ＱＴＳ４ヘテロタイプ、及びＱＴＳ４ホモタイプのゲノムを模式的に表した図である。さらに、千葉県にある圃場において、各イネの出穂期を測定したところ（種まき日：２０１０年５月６日、移植日: ２０１０年６月１日）、図２に示すように、コシヒカリの出穂期が７月３１日〜８月５日であったのに対して、ＱＴＳ４ヘテロタイプは８月９日〜８月１２日であり、ＱＴＳ４ホモタイプは８月１１日〜８月１６日であった。つまり、元品種のコシヒカリよりも、ＱＴＳ４ヘテロタイプ及びＱＴＳ４ホモタイプのいずれも明らかに晩生であり、ＱＴＳ４ヘテロタイプよりもＱＴＳ４ホモタイプのほうがその傾向が強いことが判明した。
【００２１】
また、出穂期に関するＱＴＬ解析において、イネ品種ハバタキの第３染色体の長腕のＱＴＳ１４領域〔イネ品種日本晴の第３染色体の３１，７２０，０６４番目の塩基から３１，７２４，０４３番目の塩基までの領域に相当する領域〕に、出穂期を早め、早生とするＱＴＬが存在していることもわかった。コシヒカリの当該領域に含まれている遺伝子をハバタキ由来の遺伝子に置換することにより、元品種コシヒカリよりも早生のイネが得られると予想された。
【００２２】
そこで、コシヒカリで戻し交配をして、コシヒカリのＱＴＳ１４領域をハバタキ由来の遺伝子断片に置換した染色体断片置換系統を作製した。図３は、コシヒカリ、及びＱＴＳ１４ホモタイプのゲノムを模式的に表した図である。さらに、千葉県にある圃場において、各イネの出穂期を測定したところ（種まき日：２０１０年５月６日、移植日: ２０１０年６月１日）、図４に示すように、コシヒカリの出穂期が８月５日〜８月８日であったのに対して、ＱＴＳ１４ホモタイプは７月２４日〜７月２６日であった。つまり、元品種のコシヒカリよりも、ＱＴＳ１４ホモタイプは明らかに早生であることが判明した。
【００２３】
これらの結果から、本発明の発明者は、ハバタキ由来のＱＴＳ４領域に含まれている晩生形質を発現させる染色体断片（以下、晩生原因染色体断片）と、ハバタキ由来のＱＴＳ１４領域に含まれている早生形質を発現させる染色体断片（以下、早生原因染色体断片）との両方を、コシヒカリの対応する染色体断片と置換して導入することにより、コシヒカリとは微妙な出穂期の違いを生じる新品種を育種し得るのではないかと考えた。
【００２４】
ＱＴＳ４領域とＱＴＳ１４領域は互いに隣接している。このため、本発明者は、両領域とその間の領域を含む領域のハバタキ由来の染色体断片をコシヒカリに置換して導入することにより、コシヒカリよりも少し早生若しくは少し晩生のイネの作出を試みた。
【００２５】
非遺伝子組み換え法により植物の品種改良を行う場合において、導入される外来品種由来の染色体断片が大きすぎる場合には、目的の形質遺伝子以外の機能不明な他の遺伝子を多数導入してしまうおそれや、元品種が有する好ましい形質を損なうおそれがある。そこで、本発明者は、導入される外来品種由来の染色体断片による置換領域をコントロールし、元品種が有する好ましい形質を変更することなく、標的形質を有する新品種を作製するため、特許文献１に記載の方法により、新品種の作出を行った。
【００２６】
具体的には、まず、公知のイネの遺伝子情報に基づき、図５に示すような位置関係にある５種類のＤＮＡマーカーを設定した。すなわち、ＱＴＳ４領域とＱＴＳ１４領域を含む領域（以下、「（ＱＴＳ４＋ＱＴＳ１４）領域」）の上流側末端又はその上流にＤＮＡマーカーＭ２を、ＤＮＡマーカーＭ２の上流にＤＮＡマーカーＭ１を、（ＱＴＳ４＋ＱＴＳ１４）領域の下流側末端又はその下流にＤＮＡマーカーＭ４を、ＤＮＡマーカーＭ４の下流にＤＮＡマーカーＭ５を、（ＱＴＳ４＋ＱＴＳ１４）領域中にＤＮＡマーカーＭ３を、それぞれ設定した。次いで、コシヒカリの染色体のうち、（ＱＴＳ４＋ＱＴＳ１４）領域を含む一部分のみがハバタキ由来の染色体断片に置換されている染色体断片置換系統に対して、戻し交配を行い、得られた交雑集団から前記５種類のＤＮＡマーカーＭ１〜Ｍ５に基づいて好ましい個体を選抜した。その後、当該個体に対して適宜自家交配又は戻し交配を行い、同様にＤＮＡマーカーＭ１〜Ｍ５に基づいて好ましい個体を選抜することを適宜繰り返すことにより、ハバタキ由来の染色体断片により置換される領域（図５中、「Ｌ」）の上流側末端がＤＮＡマーカーＭ１とＭ２の間、該領域の下流側末端がＤＮＡマーカーＭ４とＭ５の間にあるような後代個体を得た。図５に示すように、当該後代個体は、ＤＮＡマーカーＭ１及びＭ５が元品種であるコシヒカリと同じタイプであり、ＤＮＡマーカーＭ２、Ｍ３、及びＭ４が、ハバタキと同じタイプである。
【００２７】
ここで、特許文献２に記載の新品種の製造方法では、ＤＮＡマーカーＭ１とＭ２の距離ｄ１が長ければ、外来品種由来染色体断片（本願では、ハバタキ由来染色体断片）Ｌの上流側末端が存在し得る範囲が広く、導入されるハバタキ由来染色体断片Ｌの長さが確定しにくくなる。一方、距離ｄ１が短ければ、ハバタキ由来染色体断片Ｌの上流側末端が存在し得る範囲が狭く、導入されるハバタキ由来染色体断片Ｌの長さが確定しやすくなる。同様に、ＤＮＡマーカーＭ４とＭ５の距離ｄ３が長ければ、ハバタキ由来染色体断片Ｌの下流側末端が存在し得る範囲が広く、導入されるハバタキ由来染色体断片Ｌの長さが確定しにくくなり、距離ｄ３が短ければ、ハバタキ由来染色体断片Ｌの下流側末端が存在し得る範囲が狭く、導入されるハバタキ由来染色体断片Ｌの長さが確定しやすくなる。
【００２８】
ハバタキ由来染色体断片Ｌの長さが長くなるほど、ＱＴＳ４領域とＱＴＳ１４領域以外の領域に存在する遺伝子も、ＱＴＳ４領域やＱＴＳ４領域に存在する目的の遺伝子とともに元品種コシヒカリに導入される可能性が高くなる。目的の遺伝子以外の遺伝子も導入されるということは、元品種に存在する目的遺伝子以外の遺伝子も置換されてしまうということであり、元品種が有していた優れた形質が、不用意に損なわれてしまうおそれがある。このため、ハバタキ由来染色体断片Ｌの長さは、ＱＴＳ４領域とＱＴＳ１４領域を含む最短の領域（ＱＴＳ１４領域の上流端からＱＴＳ４領域の下流端までの領域、以下、「（ＱＴＳ４＋ＱＴＳ１４）領域」ということがある。）と比べて不必要に長くないことが好ましい。
【００２９】
本発明者は、ＤＮＡマーカーＭ１〜Ｍ５のセットを複数設定し、（ＱＴＳ４＋ＱＴＳ１４）領域を含む長さの異なる染色体断片が導入された複数の個体を作出し、各個体の出穂期を調べた。この結果、いずれもコシヒカリよりも少し出穂期が早い早生の個体であった。さらに、各個体の出穂期以外の形質（例えば、食味や収穫量等）をコシヒカリと比較したところ、後記実施例１に示すように、表１に示すＤＮＡマーカーＭ１〜Ｍ５のセット、すなわち、イネ品種日本晴の第３染色体の３１，５２１，４４２番目のＳＮＰ（一塩基多型）に相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、イネ品種ハバタキではＣ）をＤＮＡマーカーＭ１（ＤＮＡマーカーＭ１−Ａｃ）とし、イネ品種日本晴の第３染色体の３１，６８９，６９０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、イネ品種ハバタキではＴ）をＤＮＡマーカーＭ２（ＤＮＡマーカーＭ２−Ｃｔ）とし、イネ品種日本晴の第３染色体の３２，２０８，９２４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、イネ品種ハバタキではＧ）をＤＮＡマーカーＭ３（ＤＮＡマーカーＭ３−Ａｇ）とし、イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３６３，１５７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、イネ品種ハバタキではＴ）をＤＮＡマーカーＭ４（ＤＮＡマーカーＭ４−Ｇｃ）とし、イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３８４，７９９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、イネ品種ハバタキではＧ）をＤＮＡマーカーＭ５（ＤＮＡマーカーＭ５−Ｔｇ）としてそれぞれ用いて作出された個体（イネ品種コシヒカリかずさ５号（Ｏｒｙｚａ  ｓａｔｉｖａ  Ｌ．ｃｕｌｔｉｖａｒ  Ｋｏｓｈｉｈｉｋａｒｉ−ｋａｚｕｓａ５  ｇｏｕ））が、出穂期以外のその他の形質はコシヒカリと同等であることが分かった（表２〜５参照。）。なお、イネ品種コシヒカリかずさ５号は、新品種育種に用いたＤＮＡマーカーセットのうち、導入されるハバタキ由来染色体断片の長さが最も短くなるＤＮＡマーカーセットを用いて製造された個体である。
【００３０】
【表１】
2012127558.tif 000002
【００３１】
コシヒカリかずさ５号は、特許文献１に記載の方法により作出された新品種であり、コシヒカリよりもやや早生であるにもかかわらず、コシヒカリが有する味等の優良形質を維持しているという非常に優れた品種である。そこで、出願人は、コシヒカリかずさ５号について、日本国種苗法（平成十年五月二十九日法律第八十三号）に規定される品種登録出願を行った（品種登録出願の出願日：２０１１年１月２８日、品種登録出願番号：第２５５８６号）。
【００３２】
これらの結果から、イネ個体の第３染色体中の、少なくともＤＮＡマーカーＭ２−ＣｔからＤＮＡマーカーＭ４−Ａｔまでの領域（すなわち、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，６８９，６９０番目の塩基から３２，３６３，１５７番目の塩基までを含む領域に相当する領域）を、イネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片に置換することにより、当該イネ個体を元品種よりも早生化することができることが明らかである。なお、イネ品種コシヒカリかずさ５号の当該領域は、イネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片により構成されているため、イネ品種コシヒカリかずさ５号の当該領域からなる染色体断片によって置換してもよい。また、イネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片を導入することにより早生化するイネ個体は、当該領域がイネ品種コシヒカリと同一若しくは近似した塩基配列を有している品種であればよく、イネ品種コシヒカリに限定されるものではないが、消費者の嗜好性等から、イネ品種コシヒカリ又はそれを親品種として作出された新品種であることが好ましい。
【００３３】
また、導入されるイネ品種ハバタキ由来（若しくはイネ品種コシヒカリかずさ５号由来）の染色体断片の上流端が、ＤＮＡマーカーＭ１−Ａｃよりも下流であってＤＮＡマーカーＭ２−Ｃｔまでの領域（すなわち、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，５２１，４４３番目の塩基から３１，６８９，６９０番目の塩基までを含む領域に相当する領域）に存在し、その下流端が、ＤＮＡマーカーＭ４−ＡｔからＤＮＡマーカーＭ５−Ｔｇよりも上流までの領域（すなわち、イネ品種日本晴の第３染色体中の３２，３６３，１５７番目の塩基から３２，３８４，７９８番目の塩基までを含む領域に相当する領域）に存在するように、当該染色体断片をイネ個体の第３染色体中に導入することにより、出穂期以外の形質に明らかな影響を及ぼすことなく、当該イネ個体を、元品種よりも早生化することができる。
【００３４】
ＱＴＳ４領域に含まれる遺伝子を調べたところ、当該領域中の第３染色体の３２．３Ｍｂｐ付近には、イネ品種日本晴とイネ品種カラカスにおいて発見された出穂期のＱＴＬ遺伝子Ｈｄ６が含まれていることがわかった。Ｈｄ６には、Ｃａｓｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ＩＩ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ａｌｐｈａ遺伝子をコードする領域が含まれていることが報告されている（Takahashi, et.al., PNAS(2001) vol.98, No.14, p7922-7927）。また、イネ品種ハバタキの当該遺伝子をコードする領域は、イネ品種コシヒカリの対立遺伝子とは配列が異なる。よって、ＱＴＳ４領域において晩生化を引き起こす原因遺伝子はＣａｓｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ＩＩ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ａｌｐｈａ遺伝子であると推察される。実際に、イネ品種コシヒカリかずさ５号の第３染色体の３２．３Ｍｂｐ付近の塩基配列を解読したところ、置換により当該イネ個体の染色体に導入されたイネ品種ハバタキ由来の染色体断片中には、イネ品種ハバタキの当該遺伝子をコードする全領域が含まれていることが確認された。
【００３５】
なお、Ｃａｓｅｉｎ  ｋｉｎａｓｅ  ＩＩ  ｓｕｂｕｎｉｔ  ａｌｐｈａ遺伝子は、イネ品種日本晴の対立断片では第３染色体の３２，３０９，５０２番目の塩基から３２，３１４，６７７番目の塩基までの領域に、公表されたイネ品種カラサスの対立断片では３２，３５０，４０６番目の塩基から３２，３６２，６８６番目の塩基までの領域に、それぞれマップされている。したがって、イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３２，３０９，５０２番目の塩基から３２，３１４，６７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、イネ品種コシヒカリかずさ５号又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片に置換することにより、イネ個体を晩生化することができる。
【００３６】
同様に、ＱＴＳ１４領域に含まれる遺伝子を調べたところ、当該領域中の第３染色体の３１．７Ｍｂｐ付近には、ｐｈｙｔｏｃｈｒｏｍｅ  Ｃ遺伝子をコードする領域が含まれていた。当該遺伝子は、主に植物の開花時間の制御に関与していることが報告されている（米国特許第７５６６８１５号明細書）。よって、ＱＴＳ１４領域において早生化を引き起こす原因遺伝子はｐｈｙｔｏｃｈｒｏｍｅ  Ｃ遺伝子であると推察される。
【００３７】
なお、ｐｈｙｔｏｃｈｒｏｍｅ  Ｃ遺伝子は、イネ品種日本晴では第３染色体の３１，７２０，０６４番目の塩基から３１，７２４，０４３番目の塩基までの領域にマップされている。したがって、イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，７２０，０６４番目の塩基から３１，７２４，０４３番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、イネ品種コシヒカリかずさ５号又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片に置換することにより、イネ個体を早生化することができる。
【００３８】
ＱＴＳ４領域中の晩生化の原因遺伝子とＱＴＳ１４領域中の早生化の原因遺伝子を含む領域がハバタキ由来の染色体断片によって置換されていれば、ＤＮＡマーカーＭ２−ＣｔからＤＮＡマーカーＭ４−Ａｔまでの領域よりも短い領域がハバタキ由来の染色体断片によって置換されているイネ個体であっても、イネ品種コシヒカリかずさ５号と同様に早生化が引き起こされると考えられる。例えば、イネ個体の染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，７２０，０６４番目の塩基から３２，３１４，６７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、イネ品種コシヒカリかずさ５号又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片に置換することにより、当該イネ個体を元品種よりも早生化することができると考えられる。また、この際、当該染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３１，６８９，６９１番目の塩基から３１，７２０，０６４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、かつ当該染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３１４，６７７番目の塩基から３２，３６３，１５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在するように、当該染色体断片をイネ個体の第３染色体中に導入することにより、出穂期以外の形質に明らかな影響を及ぼすことなく、当該イネ個体を、元品種よりも早生化することができると考えられる。
【００３９】
イネ品種コシヒカリかずさ５号は、収穫量等のコシヒカリのその他の形質に明らかな影響を及ぼすことなく、出穂期が少し早められた新品種である。このため、例えばコシヒカリとコシヒカリかずさ５号とをほぼ同時期に種まきを行った場合でも、コシヒカリかずさ５号は、コシヒカリよりも数日早く出穂期を迎えるため、まず、コシヒカリかずさ５号を収穫した後、コシヒカリを収穫することができる。このように収穫時期をずらすことにより、大規模栽培においても収穫作業を分散させることができる上に、的確な時期に収穫することができるため、良食味で良好なお米を収穫することができる。
【００４０】
イネ品種コシヒカリかずさ５号は、元品種コシヒカリと同様の手法により、栽培し、自家交配や人工交配により米を収穫することができる。また、イネ品種コシヒカリかずさ５号及びその後代個体は、元品種コシヒカリと同様に、新品種育成の親個体とすることができる。例えば、イネ品種コシヒカリかずさ５号の個体と別の品種の個体とを交配し、得られた後代個体を、イネ品種コシヒカリかずさ５号の個体と戻し交配することにより、新品種の育種を試みることもできる。
【００４１】
また、表１に記載の５種類のＤＮＡマーカー（ＤＮＡマーカーＭ１−Ａｃ、ＤＮＡマーカーＭ２−Ｃｔ、ＤＮＡマーカーＭ３−Ａｇ、ＤＮＡマーカーＭ４−Ａｔ、及びＤＮＡマーカーＭ５−Ｔｇ）は、イネ品種コシヒカリかずさ５号に特有のゲノム情報である。したがって、イネ品種コシヒカリかずさ５号は、これらの５種類のＤＮＡマーカーを適宜用いて鑑別することができる。
【００４２】
具体的には、本発明のイネ品種の鑑別方法は、あるイネ個体が、特定の品種であるか否かを鑑別する方法であって、当該イネ個体のゲノム解析により、ＤＮＡマーカーＭ１−Ａｃ、ＤＮＡマーカーＭ２−Ｃｔ、ＤＮＡマーカーＭ３−Ａｇ、ＤＮＡマーカーＭ４−Ａｔ、及びＤＮＡマーカーＭ５−Ｔｇからなる群より選択される１以上のＤＮＡマーカーをタイピングし、得られたタイピング結果が、イネ品種コシヒカリかずさ５号の結果と一致する場合、すなわち、ＤＮＡマーカーＭ１−ＡｃはＡ（アデニン）であり、ＤＮＡマーカーＭ２−ＣｔはＴ（チミン）であり、ＤＮＡマーカーＭ３−ＡｇはＧ（グアニン）であり、ＤＮＡマーカーＭ４−ＡｔはＴであり、ＤＮＡマーカーＭ５−ＴｇはＴである場合に、当該イネ個体がイネ品種コシヒカリかずさ５号であると鑑別することを特徴とする。
【００４３】
ここで、品種の鑑別には、ＤＮＡマーカーＭ１〜Ｍ５の全てを用いてもよく、５個のＤＮＡマーカーのうちの幾つかを用いてもよい。例えば、上流側の組み換えポイントであるＤＮＡマーカーＭ１とＭ２のみを用いてもよく、下流側の組み換えポイントであるＤＮＡマーカーＭ４とＭ５のみを用いてもよく、ＤＮＡマーカーＭ２とＭ４のみを用いてもよい。複数のＤＮＡマーカーを適宜組み合わせることにより、より厳密な品種鑑別が可能となる。
【実施例】
【００４４】
次に実施例を示して本発明をさらに詳細に説明するが、本発明は以下の実施例に限定されるものではない。【００４５】
[実施例１]
コシヒカリの染色体のうち、（ＱＴＳ４＋ＱＴＳ１４）領域を含む一部のみがハバタキ由来の染色体断片に置換されている染色体断片置換系統を親個体とし、元品種コシヒカリよりも少し収穫期が早い新品種を作出した。
まず、染色体断片置換系統とコシヒカリとを交配させ、ＤＮＡマーカーＭ３−Ａｇが、コシヒカリ由来アレルとハバタキ由来アレルとのヘテロ染色体領域である後代個体（種子）を１０個収穫した。得られた種子を全て栽培し、自殖（自家交配）させ、さらに後代個体である種子を収穫した。
収穫された種子をさらに栽培した。圃場に移植できる程度に成育させた後、各栽培個体の葉からＤＮＡを回収し、ＤＮＡマーカーＭ１−Ａｃがコシヒカリ由来アレルのホモ染色体領域であり、ＤＮＡマーカーＭ２−Ｃｔ及びＤＮＡマーカーＭ３（ＤＮＡマーカーＭ３−Ａｇ）がコシヒカリ由来アレルとハバタキ由来アレルとのヘテロ染色体領域である栽培個体を選抜した。
この選抜された栽培個体を自殖（自家交配）させ、さらに後代個体である種子を収穫した。この収穫された種子をさらに栽培し、圃場に移植できる程度に成育させた後、各栽培個体の葉からＤＮＡを回収し、ＤＮＡマーカーＭ１−Ａｃ及びＤＮＡマーカーＭ５−Ｔｇがコシヒカリ由来アレルのホモ染色体領域であり、前記ＤＮＡマーカーＭ２−Ｃｔ、ＤＮＡマーカーＭ３（ＤＮＡマーカーＭ３−Ａｇ）、及びＤＮＡマーカーＭ４−Ａｔがハバタキ由来アレルのホモ染色体領域である栽培個体１個を選抜した。この選抜された栽培個体が、（ＱＴＳ４＋ＱＴＳ１４）領域を、ハバタキ由来染色体断片に置換した新品種であり、本発明者はこの新品種を「コシヒカリかずさ５号」と命名した。図６はコシヒカリかずさ５号のゲノムを模式的に表した図である。【００４６】
さらに、千葉県にある圃場において、コシヒカリかずさ５号の出穂期を測定したところ（種まき日：２０１０年５月６日、移植日: ２０１０年６月１日）、コシヒカリの出穂期が８月５日〜８月８日であったのに対して、コシヒカリかずさ５号は７月２７日〜７月３０日であった。図７に、コシヒカリ、ＱＴＳ４ホモタイプ、ＱＴＳ１４ホモタイプの結果とともに、コシヒカリかずさ５号の出穂期の測定結果を示す。元品種のコシヒカリよりも、コシヒカリかずさ５号は明らかにやや早生であるが、ＱＴＳ１４ホモタイプよりも出穂期は遅いことが、図７から明らかである。【００４７】
コシヒカリかずさ５号とコシヒカリの形質を比較検討した（千葉県にて、２００９年に実施）。形質の検討は、種苗法（平成１０年法律第８３号）第５条第１項に基づく品種登録出願のための特性審査に準拠して行った。検討結果を表２〜５に示す。この結果、出穂期及び成熟期のいずれも、コシヒカリかずさ５号はコシヒカリよりも５〜６日程度早くなった。また、コシヒカリかずさ５号はコシヒカリよりも、稈長や穂の主軸の長さ、主茎長が若干短く、穂数及び主茎粒数も少な目であったが、それ以外の形質は基本的にコシヒカリと同じであった。【００４８】
【表２】
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【００４９】
【表３】
2012127558.tif 000004
【００５０】
【表４】
2012127558.tif 000005
【００５１】
【表５】
2012127558.tif 000006
【産業上の利用可能性】
【００５２】
本発明の新品種であるイネ品種コシヒカリかずさ５号は、コシヒカリよりも早生化されている以外は、コシヒカリと同様の品質や収穫量を備えるため、特に農業の分野において利用が可能である。また、本発明のイネ個体を早生化する方法により、イネ個体を元品種よりも早生化することができるため、当該方法は、特に植物の育種の分野において利用が可能である。
【図１】
2012127558.tif 000007
【図２】
2012127558.tif 000008
【図３】
2012127558.tif 000009
【図４】
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【図５】
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【図６】
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【図７】
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【配列表】
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【手続補正書】
【提出日】平成23年8月15日(2011.8.15)
【手続補正１】
【補正対象書類名】特許請求の範囲
【補正対象項目名】全文
【補正方法】変更
【補正の内容】
【特許請求の範囲】
【請求項１】
イネ品種コシヒカリの染色体中、
イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，６８９，６９０番目の塩基から３２，３６３，１５７番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、イネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３１，５２１，４４３番目の塩基から３１，６８９，６９０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、かつ当該染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３６３，１５７番目の塩基から３２，３８４，７９８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在していることを特徴とするイネ品種。
【請求項２】
請求項１記載の品種の個体及び請求項１記載の品種の個体の後代個体からなる群より選択される２個体を交配して得られる後代個体。
【請求項３】
あるイネ個体が、特定の品種であるか否かを鑑別する方法であって、
イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，５２１，４４２番目のＳＮＰ（一塩基多型）に相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、イネ品種ハバタキではＣ）をＤＮＡマーカーＭ１とし、
イネ品種日本晴の第３染色体の３１，６８９，６９０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、イネ品種ハバタキではＴ）をＤＮＡマーカーＭ２とし、
イネ品種日本晴の第３染色体の３２，２０８，９２４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、イネ品種ハバタキではＧ）をＤＮＡマーカーＭ３とし、
イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３６３，１５７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、イネ品種ハバタキではＴ）をＤＮＡマーカーＭ４とし、
イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３８４，７９９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、イネ品種ハバタキではＧ）をＤＮＡマーカーＭ５とし、
当該イネ個体のゲノム解析により、前記ＤＮＡマーカーＭ１〜Ｍ５をタイピングし、
得られたタイピング結果が、前記ＤＮＡマーカーＭ１はＡ（アデニン）であり、前記ＤＮＡマーカーＭ２はＴ（チミン）であり、前記ＤＮＡマーカーＭ３はＧ（グアニン）であり、前記ＤＮＡマーカーＭ４はＴであり、前記ＤＮＡマーカーＭ５はＴである場合に、当該イネ個体がイネ品種コシヒカリかずさ５号であると鑑別することを特徴とする、イネ品種の鑑別方法。
【請求項４】
イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，７２０，０６４番目の塩基から３１，７２４，０４３番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、請求項１に記載のイネ品種又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片にホモ置換することを特徴とする、イネ個体を早生化する方法。
【請求項５】
イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，７２０，０６４番目の塩基から３２，３１４，６７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、請求項１に記載のイネ品種又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片にホモ置換することを特徴とする、イネ個体を早生化する方法。
【請求項６】
前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３１，６８９，６９１番目の塩基から３１，７２０，０６４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、かつ当該染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３１４，６７７番目の塩基から３２，３６３，１５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在するように、当該染色体断片を置換することを特徴とする請求項５記載のイネ個体を早生化する方法。
【請求項７】
イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，６８９，６９０番目の塩基から３２，３６３，１５７番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、請求項１に記載のイネ品種又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片にホモ置換することを特徴とする、イネ個体を早生化する方法。
【請求項８】
前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３１，５２１，４４３番目の塩基から３１，６８９，６９０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、かつ当該染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３６３，１５７番目の塩基から３２，３８４，７９８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在するように、当該染色体断片を置換することを特徴とする請求項７記載のイネ個体を早生化する方法。
【請求項９】
請求項４〜８のいずれか一項に記載のイネ個体を早生化する方法により作出されたイネ品種。
【請求項１０】
請求項９記載の品種の個体及び請求項９記載の品種の個体の後代個体からなる群より選択される２個体を交配して得られる後代個体。
【請求項１１】
イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３２，３０９，５０２番目の塩基から３２，３１４，６７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、請求項１に記載のイネ品種又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片にホモ置換することを特徴とする、イネ個体を晩生化する方法。
【請求項１２】
請求項１１に記載のイネ個体を晩生化する方法により作出されたイネ品種。
【請求項１３】
請求項１２記載の品種の個体及び請求項１２記載の品種の個体の後代個体からなる群より選択される２個体を交配して得られる後代個体。
【手続補正２】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００１０
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００１０】
すなわち、本発明は、
（１）  イネ品種コシヒカリの染色体中、
イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，６８９，６９０番目の塩基から３２，３６３，１５７番目の塩基までを含む領域に相当する領域が、イネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片にホモ置換されており、かつ前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３１，５２１，４４３番目の塩基から３１，６８９，６９０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、かつ当該染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３６３，１５７番目の塩基から３２，３８４，７９８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在していることを特徴とするイネ品種、
（２）  前記（１）記載の品種の個体及び前記（１）記載の品種の個体の後代個体からなる群より選択される２個体を交配して得られる後代個体、
（３）  あるイネ個体が、特定の品種であるか否かを鑑別する方法であって、
イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，５２１，４４２番目のＳＮＰ（一塩基多型）に相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、イネ品種ハバタキではＣ）をＤＮＡマーカーＭ１とし、
イネ品種日本晴の第３染色体の３１，６８９，６９０番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＣ、イネ品種ハバタキではＴ）をＤＮＡマーカーＭ２とし、
イネ品種日本晴の第３染色体の３２，２０８，９２４番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、イネ品種ハバタキではＧ）をＤＮＡマーカーＭ３とし、
イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３６３，１５７番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＡ、イネ品種ハバタキではＴ）をＤＮＡマーカーＭ４とし、
イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３８４，７９９番目のＳＮＰに相当するＳＮＰ（イネ品種コシヒカリではＴ、イネ品種ハバタキではＧ）をＤＮＡマーカーＭ５とし、
当該イネ個体のゲノム解析により、前記ＤＮＡマーカーＭ１〜Ｍ５をタイピングし、
得られたタイピング結果が、前記ＤＮＡマーカーＭ１はＡ（アデニン）であり、前記ＤＮＡマーカーＭ２はＴ（チミン）であり、前記ＤＮＡマーカーＭ３はＧ（グアニン）であり、前記ＤＮＡマーカーＭ４はＴであり、前記ＤＮＡマーカーＭ５はＴである場合に、当該イネ個体がイネ品種コシヒカリかずさ５号であると鑑別することを特徴とする、イネ品種の鑑別方法、
（４）  イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，７２０，０６４番目の塩基から３１，７２４，０４３番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、前記（１）に記載のイネ品種又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片にホモ置換することを特徴とする、イネ個体を早生化する方法、
（５）  イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，７２０，０６４番目の塩基から３２，３１４，６７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、前記（１）に記載のイネ品種又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片にホモ置換することを特徴とする、イネ個体を早生化する方法、
（６）  前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３１，６８９，６９１番目の塩基から３１，７２０，０６４番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、かつ当該染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３１４，６７７番目の塩基から３２，３６３，１５６番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在するように、当該染色体断片を置換することを特徴とする前記（５）記載のイネ個体を早生化する方法、
（７）  イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３１，６８９，６９０番目の塩基から３２，３６３，１５７番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、前記（１）に記載のイネ品種号又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片にホモ置換することを特徴とする、イネ個体を早生化する方法、
（８）  前記染色体断片の上流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３１，５２１，４４３番目の塩基から３１，６８９，６９０番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在し、かつ当該染色体断片の下流端が、イネ品種日本晴の第３染色体の３２，３６３，１５７番目の塩基から３２，３８４，７９８番目の塩基までを含む領域に相当する領域に存在するように、当該染色体断片を置換することを特徴とする前記（７）記載のイネ個体を早生化する方法、
（９）  前記（４）〜（８）のいずれか一つに記載のイネ個体を早生化する方法により作出されたイネ品種、
（１０）  前記（９）記載の品種の個体及び前記（９）記載の品種の個体の後代個体からなる群より選択される２個体を交配して得られる後代個体、
（１１）  イネ個体の第３染色体中の、イネ品種日本晴の第３染色体中の３２，３０９，５０２番目の塩基から３２，３１４，６７７番目の塩基までを含む領域に相当する領域を、前記（１）に記載のイネ品種又はイネ品種ハバタキの当該領域からなる染色体断片にホモ置換することを特徴とする、イネ個体を晩生化する方法、
（１２）  前記（１１）に記載のイネ個体を晩生化する方法により作出されたイネ品種、
（１３）  前記（１２）記載の品種の個体及び前記（１２）記載の品種の個体の後代個体からなる群より選択される２個体を交配して得られる後代個体、
を、提供するものである。
【手続補正３】
【補正対象書類名】明細書
【補正対象項目名】００２７
【補正方法】変更
【補正の内容】
【００２７】
ここで、特許文献１に記載の新品種の製造方法では、ＤＮＡマーカーＭ１とＭ２の距離ｄ１が長ければ、外来品種由来染色体断片（本願では、ハバタキ由来染色体断片）Ｌの上流側末端が存在し得る範囲が広く、導入されるハバタキ由来染色体断片Ｌの長さが確定しにくくなる。一方、距離ｄ１が短ければ、ハバタキ由来染色体断片Ｌの上流側末端が存在し得る範囲が狭く、導入されるハバタキ由来染色体断片Ｌの長さが確定しやすくなる。同様に、ＤＮＡマーカーＭ４とＭ５の距離ｄ３が長ければ、ハバタキ由来染色体断片Ｌの下流側末端が存在し得る範囲が広く、導入されるハバタキ由来染色体断片Ｌの長さが確定しにくくなり、距離ｄ３が短ければ、ハバタキ由来染色体断片Ｌの下流側末端が存在し得る範囲が狭く、導入されるハバタキ由来染色体断片Ｌの長さが確定しやすくなる。
【国際調査報告】
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