独立行政法人通則法の一部を改正する法律及び独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備に関する法律の施行に伴う関係政令の整備等及び経過措置に関する政令
内閣は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）及び独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十六年法律第六十七号）の施行に伴い、並びに独立行政法人通則法の一部を改正する法律附則第十五条及び独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備に関する法律附則第三十条並びに関係法律の規定に基づき、この政令を制定する。
目次
第一章　関係政令の整備等
第一節　政令の廃止
（第一条）
第二節　内閣官房関係
（第二条―第十一条）
第三節　内閣府関係
（第十二条―第二十一条）
第四節　復興庁関係
（第二十二条・第二十三条）
第五節　総務省関係
（第二十四条―第三十五条）
第六節　法務省関係
（第三十六条―第四十条）
第七節　外務省関係
（第四十一条―第四十三条）
第八節　財務省関係
（第四十四条―第五十一条）
第九節　文部科学省関係
（第五十二条―第六十七条）
第十節　厚生労働省関係
（第六十八条―第八十六条）
第十一節　農林水産省関係
（第八十七条―第九十七条）
第十二節　経済産業省関係
（第九十八条―第百十一条）
第十三節　国土交通省関係
（第百十二条―第百二十八条）
第十四節　環境省関係
（第百二十九条―第百三十三条）
第十五節　防衛省関係
（第百三十四条―第百三十六条）
第二章　経過措置
（第百三十七条―第百五十五条）
附則
第一章　関係政令の整備等
第一節　政令の廃止
第一条
次に掲げる政令は、廃止する。
一
内閣府独立行政法人評価委員会令（平成十二年政令第三百十七号）
二
総務省独立行政法人評価委員会令（平成十二年政令第三百十八号）
三
財務省独立行政法人評価委員会令（平成十二年政令第三百十九号）
四
文部科学省独立行政法人評価委員会令（平成十二年政令第三百二十号）
五
厚生労働省独立行政法人評価委員会令（平成十二年政令第三百二十一号）
六
農林水産省独立行政法人評価委員会令（平成十二年政令第三百二十二号）
七
経済産業省独立行政法人評価委員会令（平成十二年政令第三百二十三号）
八
国土交通省独立行政法人評価委員会令（平成十二年政令第三百二十四号）
九
環境省独立行政法人評価委員会令（平成十二年政令第三百二十五号）
十
外務省独立行政法人評価委員会令（平成十五年政令第百七十二号）
十一
防衛省独立行政法人評価委員会令（平成十九年政令第二号）
第二章　経過措置
（意見聴取の対象から除かれる研究開発の事務及び事業に関する経過措置）
第百三十七条
独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号。以下「改正法」という。）附則第二条第一項の規定により読み替えてその例によるものとされた改正法による改正後の独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号。以下「新通則法」という。）第三十五条の四第四項に規定する軽微な研究開発（新通則法第二条第三項に規定する研究開発をいう。）の事務及び事業として政令で定めるものについては、第二十九条による改正後の独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令（第百三十九条第一項において「新共通事項政令」という。）第一条の規定の例による。
（独立行政法人評価委員会の委員の任期に関する経過措置）
第百三十八条
この政令の施行の日（第百五十四条において「施行日」という。）の前日において次に掲げる独立行政法人評価委員会の委員である者の任期は、第一条の規定による廃止前のそれぞれの政令の当該委員の任期を定めた規定にかかわらず、その日に満了する。
一
内閣府の独立行政法人評価委員会
二
総務省の独立行政法人評価委員会
三
財務省の独立行政法人評価委員会
四
文部科学省の独立行政法人評価委員会
五
厚生労働省の独立行政法人評価委員会
六
農林水産省の独立行政法人評価委員会
七
経済産業省の独立行政法人評価委員会
八
国土交通省の独立行政法人評価委員会
九
環境省の独立行政法人評価委員会
十
外務省の独立行政法人評価委員会
十一
防衛省の独立行政法人評価委員会
（独立行政法人通則法の一部改正に伴う経過措置）
第百三十九条
中期目標管理法人（新通則法第二条第二項に規定する中期目標管理法人をいう。第百四十七条において同じ。）の長は、平成二十七年四月一日の属する年度（新共通事項政令第十七条に規定する年度をいう。）については、新通則法第五十条の八第三項の規定による報告をすることを要しない。
２
前項の規定は、国立研究開発法人（新通則法第二条第三項に規定する国立研究開発法人をいう。第百四十八条において同じ。）の長について準用する。
この場合において、前項中「第五十条の八第三項」とあるのは、「第五十条の十一において準用する新通則法第五十条の八第三項」と読み替えるものとする。
３
旧特定独立行政法人（改正法による改正前の独立行政法人通則法第二条第二項に規定する特定独立行政法人をいう。以下同じ。）の役員であった者は、新通則法第五十四条第一項の規定の適用については、行政執行法人（新通則法第二条第四項に規定する行政執行法人をいう。第百四十五条を除き、以下同じ。）の役員であった者とみなす。
（国家公務員法の一部改正に伴う経過措置）
第百四十条
旧特定独立行政法人の役員であった者は、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十六年法律第六十七号。以下「整備法」という。）第二条の規定による改正後の国家公務員法（昭和二十二年法律第百二十号。以下「新国家公務員法」という。）第百六条の二第一項並びに第百十二条第一号及び第二号（これらの規定を新通則法第五十四条第一項において準用する場合を含む。）の規定の適用については、新国家公務員法第百六条の二第一項に規定する役職員であった者とみなす。
２
旧特定独立行政法人の役員としての前歴は、新国家公務員法第百六条の八第一項の規定の適用については、同項に規定する役職員としての前歴とみなす。
３
旧特定独立行政法人の役員としての前歴は、新国家公務員法第百六条の十四第五項の規定の適用については、同項に規定する役職員としての前歴とみなす。
（独立行政法人国立病院機構の職員の再就職の届出等に関する経過措置）
第百四十一条
施行日前の国立病院機構（整備法の施行の日の前日までの間における独立行政法人国立病院機構をいう。以下この条において同じ。）の職員が整備法の施行前に整備法第二条の規定による改正前の国家公務員法（以下この項において「旧国家公務員法」という。）第百六条の二十三第一項の規定による届出をした場合における同条第三項及び旧国家公務員法第百六条の二十五の規定の適用については、なお従前の例による。
この場合において、同項中「第一項の届出を受けた任命権者は、当該」とあるのは「独立行政法人国立病院機構の理事長は、第一項の規定による」と、「である」とあるのは「であつた」とする。
２
施行日前の国立病院機構の職員であった者に関する新国家公務員法第百六条の十六、第百六条の十七、第百六条の十八第一項、第百六条の十九、第百六条の二十第二項及び第三項並びに第百六条の二十一第一項及び第二項の規定の適用については、独立行政法人国立病院機構の理事長は、これらの規定に規定する任命権者とみなす。
３
施行日前の国立病院機構の理事長であった者又は監事であった者に関する第百三十九条第三項の規定によりみなして適用する新通則法第五十四条第一項において準用する新国家公務員法第百六条の十六、第百六条の十七、第百六条の十八第一項、第百六条の十九、第百六条の二十第二項及び第三項並びに第百六条の二十一第一項及び第二項の規定の適用については、厚生労働大臣は、これらの規定に規定する任命権者とみなす。
４
施行日前の国立病院機構の役員（理事長又は監事を除く。）であった者に関する第百三十九条第三項の規定によりみなして適用する新通則法第五十四条第一項において準用する新国家公務員法第百六条の十六、第百六条の十七、第百六条の十八第一項、第百六条の十九、第百六条の二十第二項及び第三項並びに第百六条の二十一第一項及び第二項の規定の適用については、独立行政法人国立病院機構の理事長は、これらの規定に規定する任命権者とみなす。
５
施行日前の国立病院機構の理事長であった者又は監事であった者に関する第百四十四条の規定により読み替えて適用する第九条の規定による改正後の行政執行法人の役員の退職管理に関する政令（以下「新役員退職管理令」という。）第十五条第一項及び第二項の規定並びに第百四十四条の規定により読み替えて適用する新役員退職管理令第二十条において準用する新役員退職管理令第十五条第一項の規定の適用については、これらの規定中「離職した行政執行法人の役員の職又はこれに相当する職並びに旧特定独立行政法人の役員の職の任命権者」とあるのは、「厚生労働大臣」とする。
６
施行日前の国立病院機構の役員（理事長又は監事を除く。）であった者に関する第百四十四条の規定により読み替えて適用する新役員退職管理令第十五条第一項及び第二項の規定並びに第百四十四条の規定により読み替えて適用する新役員退職管理令第二十条において準用する新役員退職管理令第十五条第一項の規定の適用については、これらの規定中「離職した行政執行法人の役員の職又はこれに相当する職並びに旧特定独立行政法人の役員の職の任命権者」とあるのは、「独立行政法人国立病院機構の理事長」とする。
７
新国家公務員法第百六条の二十四第二項の規定は、整備法附則第二十三条の規定により独立行政法人国立病院機構の職員となった場合については、適用しない。
（職員の在職期間に関する経過措置）
第百四十二条
次の表の上欄に掲げる規定の適用については、当分の間、同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
国立研究開発法人宇宙航空研究開発機構法（平成十四年法律第百六十一号）附則第四条第三項
機構の成立
独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十六年法律第六十七号）第八十八条の規定による改正前の第三条の独立行政法人宇宙航空研究開発機構（以下この項において「旧機構」という。）の成立
引き続いて機構
引き続いて旧機構
引き続き機構
引き続き旧機構（機構を含む。以下この項において同じ。）
その者の機構
その者の旧機構
機構を
旧機構を
国立研究開発法人海洋研究開発機構法（平成十五年法律第九十五号）附則第四条第三項
機構の成立
独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十六年法律第六十七号）第九十二条の規定による改正前の第三条の独立行政法人海洋研究開発機構（以下この項において「旧機構」という。）の成立
引き続いて機構
引き続いて旧機構
引き続き機構
引き続き旧機構（機構を含む。以下この項において同じ。）
その者の機構
その者の旧機構
機構を
旧機構を
独立行政法人産業技術総合研究所法の一部を改正する法律（平成十六年法律第八十三号）附則第四条第三項
引き続いて研究所
引き続いて独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十六年法律第六十七号）第百七十条の規定による改正前の独立行政法人産業技術総合研究所法第二条の独立行政法人産業技術総合研究所（以下この項において「旧研究所」という。）
引き続き研究所
引き続き旧研究所（国立研究開発法人産業技術総合研究所を含む。以下この項において同じ。）
その者の研究所
その者の旧研究所
研究所を
旧研究所を
独立行政法人情報通信研究機構法の一部を改正する法律（平成十八年法律第二十一号）附則第四条第三項
引き続いて機構
引き続いて独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十六年法律第六十七号）第四十七条の規定による改正前の独立行政法人情報通信研究機構法第三条の独立行政法人情報通信研究機構（以下この項において「旧機構」という。）
引き続き機構
引き続き旧機構（国立研究開発法人情報通信研究機構を含む。以下この項において同じ。）
その者の機構
その者の旧機構
機構を
旧機構を
独立行政法人国立環境研究所法の一部を改正する法律（平成十八年法律第二十九号）附則第四条第三項
引き続き施行日後の研究所
引き続き施行日後の研究所（国立研究開発法人国立環境研究所を含む。以下この項において同じ。）
高度専門医療に関する研究等を行う国立研究開発法人に関する法律（平成二十年法律第九十三号）附則第五条第三項
国立高度専門医療研究センターの成立
独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備に関する法律（平成二十六年法律第六十七号）第百三十条の規定による改正前の高度専門医療に関する研究等を行う独立行政法人に関する法律（平成二十年法律第九十三号）第四条第一項に規定する国立高度専門医療研究センター（以下この項において「旧国立高度専門医療研究センター」という。）の成立
引き続いて国立高度専門医療研究センター
引き続いて旧国立高度専門医療研究センター
引き続き国立高度専門医療研究センター
引き続き旧国立高度専門医療研究センター（国立高度専門医療研究センターを含む。以下この項において同じ。）
その者の国立高度専門医療研究センター
その者の旧国立高度専門医療研究センター
国立高度専門医療研究センターを
旧国立高度専門医療研究センターを
附　則
この政令は、平成二十七年四月一日から施行する。
ただし、第百三十七条及び第百三十八条の規定は、公布の日から施行する。
附　則
（施行期日）
１
この政令は、平成二十八年四月一日から施行する。
附　則
（施行期日）
１
この政令は、平成二十八年四月一日から施行する。
ただし、第二十九条及び第三十条並びに次項及び附則第三項の規定は、公布の日から施行する。
（研究所に係る国有財産の無償使用の申請に関する経過措置）
２
国立研究開発法人海上技術安全研究所の理事長は、この政令の施行の日前においても、第三十一条第一項の国有財産の無償使用の申請を行うことができる。
この場合において、当該申請は、この政令の施行の日において、研究所の理事長がした同条第二項の規定による申請とみなす。
（機構に係る国有財産の無償使用の申請に関する経過措置）
３
機構の理事長は、この政令の施行の日前においても、第三十二条第一項の国有財産の無償使用の申請を行うことができる。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成二十八年四月一日から施行する。
附　則
この政令は、平成二十九年四月一日から施行する。