独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律の施行に伴う関係政令の整備及び経過措置に関する政令
内閣は、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号）の施行に伴い、並びに同法附則第六条第三項の規定により読み替えて適用する独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第四十四条第一項ただし書、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律附則第二条第三項及び第九項、第三条第三項（同法附則第十条第二項において準用する場合を含む。）、第六条第一項、第九条第三項及び第八項並びに第十七条並びに関係法律の規定に基づき、この政令を制定する。
目次
第一章　関係政令の整備
（第一条―第二十二条）
第二章　経過措置
（第二十三条―第三十一条）
附則
第二章　経過措置
（種苗管理センター等から国が承継する資産の範囲等）
第二十三条
独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（以下「整備法」という。）附則第二条第二項の規定により国が承継する資産は、農林水産大臣が財務大臣に協議して定める。
２
前項の規定により国が承継する資産は、一般会計に帰属する。
（種苗管理センター等の解散の登記の嘱託等）
第二十四条
整備法附則第二条第一項の規定により同項に規定する種苗管理センター等が解散したときは、農林水産大臣は、遅滞なく、その解散の登記を登記所に嘱託しなければならない。
２
登記官は、前項の規定による嘱託に係る解散の登記をしたときは、その登記記録を閉鎖しなければならない。
（研究機構が承継する資産に係る評価委員の任命等）
第二十五条
整備法附則第三条第二項の評価委員は、次に掲げる者につき農林水産大臣が任命する。
一
財務省の職員
一人
二
農林水産省の職員
一人
三
国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構（以下「研究機構」という。）の役員
一人
四
学識経験のある者
二人
２
整備法附則第三条第二項の規定による評価は、同項の評価委員の過半数の一致によるものとする。
３
整備法附則第三条第二項の規定による評価に関する庶務は、農林水産技術会議の事務局において処理する。
（特例業務を行う期限等）
第二十六条
整備法附則第六条第一項の政令で指定する日は、平成四十四年三月三十一日とする。
２
整備法附則第六条第二項に規定する勘定における同条第三項の規定により読み替えて適用する独立行政法人通則法第四十四条第一項ただし書の政令で定めるところにより計算した額（次項において「毎事業年度において国庫に納付すべき額」という。）は、独立行政法人通則法（以下「通則法」という。）第四十四条第一項本文に規定する残余の額に百分の九十を乗じて得た額とする。
３
第一条の規定による改正後の国立研究開発法人農業・食品産業技術総合研究機構法施行令（以下この条において「新研究機構法施行令」という。）第三条から第五条までの規定は、毎事業年度において国庫に納付すべき額を国庫に納付する場合について準用する。
この場合において、新研究機構法施行令第三条第一項中「期間最後の事業年度」とあるのは「事業年度」と、「農林水産大臣」とあるのは「農林水産大臣及び財務大臣」と、同条第二項中「農林水産大臣」とあるのは「農林水産大臣及び財務大臣」と、新研究機構法施行令第四条中「期間最後の事業年度」とあるのは「事業年度」と、新研究機構法施行令第五条中「一般会計」とあるのは「財政投融資特別会計の投資勘定」と読み替えるものとする。
４
整備法附則第六条第一項の規定により研究機構が同項に規定する特例業務を行う場合には、新研究機構法施行令第二条第一項中「独立行政法人通則法」とあるのは「独立行政法人通則法（以下この項において「通則法」という。）」と、「同法第四十四条第一項」とあるのは「通則法第四十四条第一項（独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号。以下この項において「整備法」という。）附則第六条第二項に規定する勘定（以下「特例業務勘定」という。）にあっては、同条第三項の規定により読み替えて適用する通則法第四十四条第一項。以下この項において同じ。）」と、「同条第一項」とあるのは「通則法第四十四条第一項」と、「を法第十六条第一項」とあるのは「を法第十六条第一項（特例業務勘定にあっては、整備法附則第六条第四項の規定により読み替えて適用する法第十六条第一項。以下この項において同じ。）」と、「掲げる業務」とあるのは「掲げる業務及び整備法附則第六条第一項に規定する特例業務（次項において「特例業務」という。）」と、「同項」とあるのは「法第十六条第一項」と、同条第二項中「業務」とあるのは「業務及び特例業務」と、新研究機構法施行令第五条中「一般会計」とあるのは「一般会計（特例業務勘定における国庫納付金にあっては、財政投融資特別会計の投資勘定）」とする。
（研究機構の役員又は職員についての依頼等の規制等に関する経過措置）
第二十七条
研究機構についての独立行政法人の組織、運営及び管理に係る共通的な事項に関する政令（以下「共通事項政令」という。）第十八条において読み替えて準用する共通事項政令第十三条の規定の適用については、同条第二号中「）の総額」とあるのは「以下この号において単に「契約」という。）の総額（以下この号において「研究機構契約総額」という。）、独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号）附則第二条第一項の規定により解散した旧独立行政法人種苗管理センター（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）との間に締結した契約の総額（以下この号において「旧種苗管理センター契約総額」という。）、同項の規定により解散した旧国立研究開発法人農業生物資源研究所との間に締結した契約の総額（以下この号において「旧農業生物資源研究所契約総額」という。）又は同項の規定により解散した旧国立研究開発法人農業環境技術研究所との間に締結した契約の総額（以下この号において「旧農業環境技術研究所契約総額」という。）」と、「当該契約の総額」とあるのは「研究機構契約総額、旧種苗管理センター契約総額、旧農業生物資源研究所契約総額又は旧農業環境技術研究所契約総額」とする。
２
整備法の施行の日（以下「整備法施行日」という。）の前日に旧種苗管理センター（整備法附則第二条第一項の規定により解散した旧独立行政法人種苗管理センターをいう。次項において同じ。）の役員又は職員として在職する者で引き続いて研究機構の役員又は職員となったものが、整備法施行日前に通則法第五十条の七第一項の規定によりした届出は、整備法施行日以後においては、通則法第五十条の十一において準用する同項の規定によりした届出とみなす。
３
整備法施行日の前日の属する年度（共通事項政令第十七条に規定する年度をいう。以下同じ。）に旧種苗管理センターの理事長に対してされた通則法第五十条の六の規定による届出並びに同年度に旧種苗管理センターの理事長が講じた通則法第五十条の八第一項及び第二項の措置の内容に係る同条第三項の規定による報告並びに同年度に整備法附則第二条第一項の規定により解散した旧国立研究開発法人農業生物資源研究所の理事長又は旧国立研究開発法人農業環境技術研究所の理事長（以下この項において「旧農業生物資源研究所の理事長等」という。）に対してされた通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の六の規定による届出並びに同年度に旧農業生物資源研究所の理事長等が講じた通則法第五十条の十一において準用する通則法第五十条の八第一項及び第二項の措置の内容に係る同条第三項の規定による報告については、研究機構の理事長が行うものとする。
（独立行政法人水産大学校から国が承継する資産の範囲等）
第二十八条
整備法附則第九条第二項の規定により国が承継する資産は、農林水産大臣が財務大臣に協議して定める。
２
前項の規定により国が承継する資産は、一般会計に帰属する。
（独立行政法人水産大学校の解散の登記の嘱託等）
第二十九条
整備法附則第九条第一項の規定により独立行政法人水産大学校が解散したときは、農林水産大臣は、遅滞なく、その解散の登記を登記所に嘱託しなければならない。
２
登記官は、前項の規定による嘱託に係る解散の登記をしたときは、その登記記録を閉鎖しなければならない。
（研究・教育機構が承継する資産に係る評価委員の任命等）
第三十条
整備法附則第十条第二項において準用する整備法附則第三条第二項の評価委員は、次に掲げる者につき農林水産大臣が任命する。
一
財務省の職員
一人
二
農林水産省の職員
一人
三
国立研究開発法人水産研究・教育機構（以下「研究・教育機構」という。）の役員（平成二十八年三月三十一日までの間は、国立研究開発法人水産総合研究センターの役員）
一人
四
学識経験のある者
二人
２
第二十五条第二項の規定は、整備法附則第十条第二項において準用する整備法附則第三条第二項の規定による評価について準用する。
３
整備法附則第十条第二項において準用する整備法附則第三条第二項の規定による評価に関する庶務は、水産庁増殖推進部研究指導課において処理する。
（研究・教育機構の役員又は職員についての依頼等の規制等に関する経過措置）
第三十一条
研究・教育機構についての共通事項政令第十八条において読み替えて準用する共通事項政令第十三条の規定の適用については、同条第二号中「）の総額」とあるのは「以下この号において単に「契約」という。）の総額（以下この号において「研究・教育機構契約総額」という。）又は独立行政法人に係る改革を推進するための農林水産省関係法律の整備に関する法律（平成二十七年法律第七十号）附則第九条第一項の規定により解散した旧独立行政法人水産大学校（独立行政法人通則法の一部を改正する法律（平成二十六年法律第六十六号）の施行の日以後のものに限る。）との間に締結した契約の総額（以下この号において「旧水産大学校契約総額」という。）」と、「当該契約の総額」とあるのは「研究・教育機構契約総額又は旧水産大学校契約総額」とする。
２
整備法施行日の前日に旧水産大学校（整備法附則第九条第一項の規定により解散した旧独立行政法人水産大学校をいう。次項において同じ。）の役員又は職員として在職する者で引き続いて研究・教育機構の役員又は職員となったものが、整備法施行日前に通則法第五十条の七第一項の規定によりした届出は、整備法施行日以後においては、通則法第五十条の十一において準用する同項の規定によりした届出とみなす。
３
整備法施行日の前日の属する年度に旧水産大学校の理事長に対してされた通則法第五十条の六の規定による届出並びに同年度に旧水産大学校の理事長が講じた通則法第五十条の八第一項及び第二項の措置の内容に係る同条第三項の規定による報告については、研究・教育機構の理事長が行うものとする。
附　則
（施行期日）
第一条
この政令は、平成二十八年四月一日から施行する。
ただし、第二十五条及び第三十条の規定は、公布の日から施行する。