環境と調和のとれた食料システムの確立のための環境負荷低減事業活動の促進等に関する法律
目次
第一章　総則
（第一条―第六条）
第二章　国が講ずべき施策
（第七条―第十四条）
第三章　環境負荷低減事業活動の促進及びその基盤の確立に関する基本的な方針等
（第十五条―第十八条）
第四章　環境負荷低減事業活動の促進及びその基盤の確立のための措置
第一節　認定環境負荷低減事業活動実施計画等に係る措置
（第十九条―第三十条）
第二節　有機農業を促進するための栽培管理に関する協定に係る措置
（第三十一条―第三十八条）
第三節　認定基盤確立事業実施計画に係る措置
（第三十九条―第四十四条）
第五章　雑則
（第四十五条―第五十条）
第六章　罰則
（第五十一条）
附則
第一章　総則
（目的）
第一条
この法律は、環境と調和のとれた食料システムの確立に関する基本理念等を定めるとともに、農林漁業に由来する環境への負荷の低減を図るために行う事業活動を促進するための措置及びその基盤を確立するための措置を講ずることにより、環境と調和のとれた食料システムの確立を図り、もって農林漁業及び食品産業の持続的な発展並びに国民に対する食料の安定供給の確保に資するとともに、環境への負荷の少ない健全な経済の発展を図りながら持続的に発展することができる社会の構築に寄与することを目的とする。
（定義）
第二条
この法律において「食料システム」とは、農林水産物等（農林水産物及び食品（全ての飲食物のうち医薬品、医療機器等の品質、有効性及び安全性の確保等に関する法律（昭和三十五年法律第百四十五号）第二条第一項に規定する医薬品、同条第二項に規定する医薬部外品及び同条第九項に規定する再生医療等製品以外のものをいう。以下同じ。）をいう。以下同じ。）の生産から消費に至る各段階の関係者が有機的に連携することにより、全体として機能を発揮する一連の活動の総体をいう。
２
この法律において「環境と調和のとれた食料システム」とは、農林水産物等の生産等（生産、製造、加工及び流通（輸送、保管、販売その他の取扱いの過程をいう。以下同じ。）をいう。以下同じ。）の過程において環境への負荷の低減が図られ、かつ、当該農林水産物等の流通及び消費が広く行われる食料システムをいう。
３
この法律において「農林漁業者」とは、農業者、林業者若しくは漁業者又はこれらの者の組織する団体（これらの者が主たる構成員又は出資者（以下「構成員等」という。）となっている法人を含む。）をいう。
４
この法律において「環境負荷低減事業活動」とは、農林漁業者が、当該農林漁業者の行う農林漁業（当該農林漁業者が団体である場合にあっては、その構成員等の行う農林漁業を含む。第十九条第五項第二号及び第二十一条第五項第二号において同じ。）の持続性の確保に資するよう、農林漁業に由来する環境への負荷（以下この条、第三章及び第四章において「環境負荷」という。）の低減を図るために行う次に掲げる事業活動をいう。
一
堆肥その他の有機質資材の施用により土壌の性質を改善させ、かつ、化学的に合成された肥料及び農薬の施用及び使用を減少させる技術を用いて行われる生産方式による事業活動
二
温室効果ガスの排出（地球温暖化対策の推進に関する法律（平成十年法律第百十七号）第二条第四項に規定する温室効果ガスの排出をいう。第十条において同じ。）の量の削減に資する事業活動
三
前二号に掲げるもののほか、環境負荷の低減に資するものとして農林水産省令で定める事業活動
５
この法律において「基盤確立事業」とは、環境負荷の低減を図るために行う取組の基盤を確立するために行う次に掲げる事業をいう。
一
先端的な技術に関する研究開発及びその成果の移転の促進に関する事業
二
新品種の育成に関する事業
三
環境負荷の低減に資する資材又は機械類その他の物件の生産及び販売に関する事業
四
環境負荷の低減に資する機械類その他の物件を使用させる契約に基づき当該物件を使用させることに関する事業
五
環境負荷の低減を図るために行う取組を通じて生産された農林水産物をその不可欠な原材料として用いて行う新商品の開発、生産又は需要の開拓に関する事業
六
前号に規定する農林水産物の流通の合理化に関する事業
（基本理念）
第三条
環境と調和のとれた食料システムは、気候の変動、生物の多様性の低下等、食料システムを取り巻く環境が変化する中で、将来にわたり農林漁業及び食品産業の持続的な発展並びに国民に対する食料の安定供給の確保を図るためには、農林水産物等の生産等の各段階において環境への負荷の低減に取り組むことが重要であることを踏まえ、環境と調和のとれた食料システムに対する農林漁業者、食品産業の事業者、消費者その他の食料システムの関係者の理解の下に、これらの者が連携することにより、その確立が図られなければならない。
２
環境と調和のとれた食料システムの確立に当たっては、環境への負荷の低減と生産性の向上との両立が不可欠であることを踏まえ、その実現に資する技術の研究開発及び活用の推進並びに農林水産物等の円滑な流通の確保が図られなければならない。
（国の責務）
第四条
国は、前条に定める基本理念（以下「基本理念」という。）にのっとり、環境と調和のとれた食料システムの確立を図る上で必要な施策を総合的に策定し、及び実施する責務を有する。
（地方公共団体の責務）
第五条
地方公共団体は、基本理念にのっとり、環境と調和のとれた食料システムの確立に関し、国との適切な役割分担を踏まえて、その地方公共団体の区域の自然的経済的社会的諸条件に応じた施策を策定し、及び実施する責務を有する。
（事業者及び消費者の努力）
第六条
農林漁業者、食品産業の事業者その他の食料システムに関連する事業を行う者は、基本理念にのっとり、環境と調和のとれた食料システムに対する理解と関心を深め、農林水産物等の生産等の過程において、環境への負荷の低減に資するための生産等の方式の導入、資材及び原材料の調達、農林水産物等の流通の確保その他の取組を行うよう努めなければならない。
２
消費者は、基本理念にのっとり、環境と調和のとれた食料システムに対する理解と関心を深め、環境への負荷の低減に資する農林水産物等を選択するよう努めなければならない。
第二章　国が講ずべき施策
（食料システムの関係者の理解の増進）
第七条
国は、農林漁業者、食品産業の事業者、消費者その他の食料システムの関係者が環境と調和のとれた食料システムに対する理解と関心を深めるよう、環境への負荷の低減に関する広報活動の充実その他の必要な措置を講ずるものとする。
（技術の研究開発の促進）
第八条
国は、環境と調和のとれた食料システムの確立に資する技術の研究開発が促進されるよう、国、独立行政法人（独立行政法人通則法（平成十一年法律第百三号）第二条第一項に規定する独立行政法人をいう。）、都道府県及び地方独立行政法人（地方独立行政法人法（平成十五年法律第百十八号）第二条第一項に規定する地方独立行政法人をいう。）の試験研究機関、大学、民間等の連携の強化、研究者の確保、養成及び資質の向上その他の必要な措置を講ずるものとする。
（技術の普及の促進）
第九条
国は、環境と調和のとれた食料システムの確立に資する技術の普及が促進されるよう、当該技術の活用に関する情報の提供、地域の特性に応じた普及事業の推進その他の必要な措置を講ずるものとする。
（環境への負荷の低減に資する生産活動の促進）
第十条
国は、農林水産物の生産において環境への負荷の低減が促進されるよう、家畜排せつ物等の有効利用による地力の増進、化学的に合成された肥料及び農薬の施用及び使用を減少させる技術を用いて行われる生産方式の導入、農林漁業における温室効果ガスの排出の抑制並びに吸収作用の保全及び強化、水産資源の適切な保存及び管理を図るための措置その他の必要な措置を講ずるものとする。
（環境への負荷の低減に資する原材料の利用の促進）
第十一条
国は、食品の製造及び加工において環境への負荷の低減に資する原材料の継続的な利用が促進されるよう、当該原材料の生産等の状況に関する情報の収集及び提供その他の必要な措置を講ずるものとする。
（環境への負荷の低減に資する農林水産物等の流通の合理化の促進）
第十二条
国は、農林水産物等の流通において環境への負荷の低減が図られ、かつ、消費者が環境への負荷の低減に資する農林水産物等を容易に入手することができるよう、当該農林水産物等の流通の合理化の促進その他の必要な措置を講ずるものとする。
（環境への負荷の低減に資する農林水産物等の消費の促進）
第十三条
国は、農林水産物等の消費に際し、環境への負荷の低減に資するものが選択されるよう、消費者への適切な情報の提供の推進、食育の推進その他の必要な措置を講ずるものとする。
（評価手法等の開発）
第十四条
国は、農林漁業者、食品産業の事業者、消費者その他の食料システムの関係者が農林水産物等の生産等における環境への負荷の低減の状況を把握できるよう、これを的確に把握し、及び評価する手法の開発の推進その他の必要な措置を講ずるものとする。
第三章　環境負荷低減事業活動の促進及びその基盤の確立に関する基本的な方針等
（基本方針）
第十五条
農林水産大臣は、環境負荷低減事業活動の促進及びその基盤の確立に関する基本的な方針（以下「基本方針」という。）を定めるものとする。
２
基本方針においては、次に掲げる事項を定めるものとする。
一
環境負荷低減事業活動の促進の意義及び目標に関する事項
二
環境負荷低減事業活動の実施に関する基本的な事項
三
特定環境負荷低減事業活動（集団又は相当規模で行われることにより地域における環境負荷の低減の効果を高めるものとして農林水産省令で定める環境負荷低減事業活動をいう。以下同じ。）の促進を図る区域（以下「特定区域」という。）の設定に関する基本的な事項
四
次条第一項に規定する基本計画の作成に関する基本的な事項
五
基盤確立事業の実施に関する基本的な事項
六
前各号に掲げるもののほか、環境負荷低減事業活動の促進及びその基盤の確立に関する重要事項
３
基本方針は、有機農業の推進に関する法律（平成十八年法律第百十二号）第六条第一項に規定する基本方針並びに地球温暖化の防止を図るための施策及び生物の多様性の保全を図るための施策に関する国の計画との調和が保たれたものでなければならない。
４
農林水産大臣は、経済事情の変動その他情勢の推移により必要が生じたときは、基本方針を変更するものとする。
５
農林水産大臣は、基本方針を定め、又はこれを変更しようとするときは、あらかじめ、環境大臣その他の関係行政機関の長に協議するとともに、食料・農業・農村政策審議会の意見を聴かなければならない。
６
農林水産大臣は、基本方針を定め、又はこれを変更したときは、遅滞なく、これを公表しなければならない。
（基本計画）
第十六条
自然的経済的社会的諸条件からみて一体である地域を区域とする一又は二以上の市町村（特別区を含む。以下単に「市町村」という。）及び当該市町村の区域をその区域に含む都道府県（以下単に「都道府県」という。）は、共同して、基本方針に基づき、環境負荷低減事業活動の促進に関する基本的な計画（以下「基本計画」という。）を作成し、農林水産省令で定めるところにより農林水産大臣に協議し、その同意を求めることができる。
２
基本計画においては、次に掲げる事項を定めるものとする。
一
環境負荷低減事業活動の促進による環境負荷の低減に関する目標
二
環境負荷低減事業活動として求められる事業活動の内容に関する事項
三
特定区域を定める場合にあっては、次に掲げる事項
イ
当該特定区域の区域
ロ
当該特定区域において実施する特定環境負荷低減事業活動として求められる事業活動の内容に関する事項
四
環境負荷低減事業活動の実施に当たって活用されることが期待される基盤確立事業の内容に関する事項
五
環境負荷低減事業活動により生産された農林水産物の流通及び消費の促進に関する事項
六
前各号に掲げるもののほか、環境負荷低減事業活動の促進に関する事項
３
市町村及び都道府県は、基本計画において前項第三号に掲げる事項を定めようとするときは、あらかじめ、農林水産省令で定めるところにより、その旨を公告し、当該事項の案を、当該基本計画に当該事項を定めようとする理由を記載した書面を添えて、当該公告の日から二週間公衆の縦覧に供しなければならない。
４
前項の規定による公告があったときは、利害関係人は、同項の縦覧期間満了の日までに、縦覧に供された当該事項の案について、都道府県に意見書を提出することができる。
５
基本計画は、有機農業の推進に関する法律第七条第一項に規定する推進計画、地球温暖化対策の推進に関する法律第二十一条第一項に規定する地方公共団体実行計画、生物多様性基本法（平成二十年法律第五十八号）第十三条第一項に規定する生物多様性地域戦略、農業振興地域整備計画その他法律の規定による地域振興に関する計画並びに都市計画及び都市計画法（昭和四十三年法律第百号）第十八条の二第一項の市町村の都市計画に関する基本的な方針との調和が保たれたものでなければならない。
６
基本計画は、環境負荷低減事業活動の促進が効果的かつ効率的に図られるよう、市町村及び都道府県の役割分担を明確化しつつ定めるものとする。
７
農林水産大臣は、基本計画が次の各号のいずれにも該当すると認めるときは、第一項の同意をするものとする。
一
基本方針に適合するものであること。
二
基本計画の実施が当該基本計画を作成した市町村の区域における環境負荷の低減に相当の効果を及ぼすものであると認められること。
三
円滑かつ確実に実施されると見込まれるものであること。
８
農林水産大臣は、基本計画について第一項の同意をしようとするときは、あらかじめ、環境大臣その他の関係行政機関の長に協議しなければならない。
９
市町村及び都道府県は、基本計画が第一項の同意を得たときは、遅滞なく、これを公表しなければならない。
（基本計画の変更）
第十七条
市町村及び都道府県は、前条第一項の同意を得た基本計画を変更しようとするときは、共同して、農林水産省令で定めるところにより農林水産大臣に協議し、その同意を得なければならない。
ただし、農林水産省令で定める軽微な変更については、この限りでない。
２
市町村及び都道府県は、前項ただし書の農林水産省令で定める軽微な変更をしたときは、農林水産省令で定めるところにより、遅滞なく、その旨を農林水産大臣に届け出なければならない。
３
前条第三項、第四項及び第七項から第九項までの規定は、第一項の規定による基本計画の変更について準用する。
（報告の徴収）
第十八条
農林水産大臣は、市町村及び都道府県に対し、第十六条第一項の同意をした基本計画（前条第一項の規定による変更の同意又は同条第二項の規定による変更の届出があったときは、その変更後のもの。以下「同意基本計画」という。）の進捗及び実施の状況について報告を求めることができる。
第四章　環境負荷低減事業活動の促進及びその基盤の確立のための措置
第一節　認定環境負荷低減事業活動実施計画等に係る措置
（環境負荷低減事業活動実施計画の認定）
第十九条
同意基本計画を作成した市町村の区域において環境負荷低減事業活動を行おうとする農林漁業者は、単独で又は共同して、農林水産省令で定めるところにより、環境負荷低減事業活動の実施に関する計画（当該農林漁業者が団体である場合にあっては、その構成員等の行う環境負荷低減事業活動に関するものを含む。以下「環境負荷低減事業活動実施計画」という。）を作成し、当該区域を管轄する都道府県知事の認定を申請することができる。
この場合において、農林漁業者が共同して環境負荷低減事業活動実施計画を作成したときは、農林水産省令で定めるところにより、代表者を定め、これをその認定を受けようとする都道府県知事に提出しなければならない。
２
環境負荷低減事業活動実施計画には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一
環境負荷低減事業活動による環境負荷の低減に関する目標
二
環境負荷低減事業活動の内容及び実施期間
三
環境負荷低減事業活動の実施体制
四
環境負荷低減事業活動に必要な資金の額及びその調達方法
３
環境負荷低減事業活動実施計画には、認定を受けようとする農林漁業者以外の者が行う次に掲げる措置に関する事項を含めることができる。
一
環境負荷低減事業活動を行うために不可欠な資材として農林水産省令で定めるものの提供に関する措置
二
環境負荷低減事業活動により生産された農林水産物をその不可欠な原材料として用いて行う食品の製造若しくは加工又は当該農林水産物及び当該食品の付加価値の向上に資する流通に関する措置
４
環境負荷低減事業活動実施計画には、第二項各号に掲げる事項及び前項に規定する措置に関する事項のほか、環境負荷低減事業活動（同項に規定する措置を含む。以下同じ。）の用に供する設備等（施設、設備、機器、装置又は情報処理の促進に関する法律（昭和四十五年法律第九十号）第二条第二項に規定するプログラムをいう。以下同じ。）の導入を行う場合における次に掲げる事項を記載することができる。
一
当該設備等の種類その他の当該設備等の導入の内容
二
当該設備等の導入として施設の整備を行う場合にあっては、次に掲げる事項
イ
当該施設の用に供する土地の所在、地番、地目及び面積
ロ
その他農林水産省令で定める事項
５
都道府県知事は、第一項の規定による申請があった場合において、その申請に係る環境負荷低減事業活動実施計画が次の各号のいずれにも適合すると認めるときは、その認定をするものとする。
一
同意基本計画に適合するものであり、かつ、当該環境負荷低減事業活動を確実に遂行するために適切なものであること。
二
当該環境負荷低減事業活動が環境負荷の低減及び当該農林漁業者の行う農林漁業の持続性の確保に資するものであること。
三
当該環境負荷低減事業活動に農業改良資金融通法（昭和三十一年法律第百二号）第二条に規定する農業改良措置（以下「農業改良措置」という。）が含まれる場合には、同法第七条の規定により同法第六条第一項の認定をすることができる場合に該当すること。
四
当該環境負荷低減事業活動に林業・木材産業改善資金助成法（昭和五十一年法律第四十二号）第二条第一項に規定する林業・木材産業改善措置（林業経営又は木材産業経営の改善を目的として新たな林業部門若しくは木材産業部門の経営を開始し、又は林産物の新たな生産若しくは販売の方式を導入することに限る。以下「林業・木材産業改善措置」という。）が含まれる場合には、同法第八条の規定により同法第七条第一項の認定をすることができる場合に該当すること。
五
当該環境負荷低減事業活動に沿岸漁業改善資金助成法（昭和五十四年法律第二十五号）第二条第二項に規定する経営等改善措置（沿岸漁業の経営の改善を促進するために普及を図る必要があると認められる近代的な漁業技術その他合理的な漁業生産方式の導入（当該漁業技術又は当該漁業生産方式の導入と併せ行う水産物の合理的な加工方式の導入を含む。）に限る。以下「経営等改善措置」という。）が含まれる場合には、同法第八条第一項の規定により同法第七条第一項の認定をすることができる場合に該当すること。
六
当該環境負荷低減事業活動に処理高度化施設（家畜排せつ物の管理の適正化及び利用の促進に関する法律（平成十一年法律第百十二号。以下「家畜排せつ物法」という。）第七条第二項第二号に規定する処理高度化施設をいう。以下同じ。）の整備が含まれる場合には、家畜排せつ物法第九条第三項の規定により同条第一項の認定をすることができる場合に該当すること。
６
都道府県知事は、第一項の認定をしようとする場合において、環境負荷低減事業活動に第三項第二号に掲げる措置（食品等の流通の合理化及び取引の適正化に関する法律（平成三年法律第五十九号。以下「食品等流通法」という。）第二条第三項に規定する食品等の流通の合理化（以下「食品等の流通の合理化」という。）に限る。）が含まれるときは、当該措置について、あらかじめ、農林水産大臣に協議し、その同意を得なければならない。
この場合において、農林水産大臣は、当該措置が食品等流通法第五条第三項の規定により同条第一項の認定をすることができる場合に該当すると認めるときは、その同意をするものとする。
７
農林水産大臣は、前項の規定による協議があったときは、遅滞なく、その内容を当該協議に係る措置に係る事業を所管する大臣（次項において「事業所管大臣」という。）に通知するものとする。
８
事業所管大臣は、前項の規定による通知を受けた場合において、必要があると認めるときは、農林水産大臣に対して意見を述べることができる。
（環境負荷低減事業活動実施計画の変更等）
第二十条
前条第一項の認定を受けた農林漁業者は、当該認定に係る環境負荷低減事業活動実施計画を変更しようとするときは、農林水産省令で定めるところにより、その認定をした都道府県知事の認定を受けなければならない。
ただし、農林水産省令で定める軽微な変更については、この限りでない。
２
前条第一項の認定を受けた農林漁業者は、前項ただし書の農林水産省令で定める軽微な変更をしたときは、遅滞なく、その旨を都道府県知事に届け出なければならない。
３
都道府県知事は、前条第一項の認定を受けた農林漁業者（当該農林漁業者が団体である場合におけるその構成員等及び当該農林漁業者に係る同条第三項各号に掲げる措置を行う同項に規定する者を含む。第二十六条において「認定環境負荷低減事業活動農林漁業者」という。）が当該認定に係る環境負荷低減事業活動実施計画（第一項の規定による変更の認定又は前項の規定による変更の届出があったときは、その変更後のもの。第二十三条において「認定環境負荷低減事業活動実施計画」という。）に従って環境負荷低減事業活動を行っていないと認めるときは、その認定を取り消すことができる。
４
前条第五項から第八項までの規定は、第一項の認定について準用する。
（特定環境負荷低減事業活動実施計画の認定）
第二十一条
同意基本計画において定められた特定区域において特定環境負荷低減事業活動を行おうとする農林漁業者は、単独で又は共同して、農林水産省令で定めるところにより、特定環境負荷低減事業活動の実施に関する計画（当該農林漁業者が団体である場合にあっては、その構成員等の行う特定環境負荷低減事業活動に関するものを含む。以下「特定環境負荷低減事業活動実施計画」という。）を作成し、当該特定区域を管轄する都道府県知事の認定を申請することができる。
この場合には、第十九条第一項後段の規定を準用する。
２
特定環境負荷低減事業活動実施計画には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一
特定環境負荷低減事業活動による環境負荷の低減に関する目標
二
特定環境負荷低減事業活動の内容及び実施期間
三
特定環境負荷低減事業活動の実施体制
四
特定環境負荷低減事業活動に必要な資金の額及びその調達方法
五
特定環境負荷低減事業活動実施計画の達成状況の評価に関する事項
３
特定環境負荷低減事業活動実施計画には、認定を受けようとする農林漁業者以外の者が行う次に掲げる措置に関する事項を含めることができる。
一
特定環境負荷低減事業活動を行うために不可欠な資材又は機械類その他の物件として農林水産省令で定めるものの提供に関する措置
二
特定環境負荷低減事業活動により生産された農林水産物をその不可欠な原材料として用いて行う食品の製造若しくは加工又は当該農林水産物及び当該食品の付加価値の向上に資する流通に関する措置
４
特定環境負荷低減事業活動実施計画には、第二項各号に掲げる事項及び前項に規定する措置に関する事項のほか、次に掲げる事項を記載することができる。
一
特定環境負荷低減事業活動（前項に規定する措置を含む。以下この節において同じ。）の用に供する設備等の導入を行う場合にあっては、次に掲げる事項
イ
当該設備等の種類その他の当該設備等の導入の内容
ロ
当該設備等の導入として施設の整備を行う場合にあっては、次に掲げる事項
（１）
当該施設の用に供する土地の所在、地番、地目及び面積
（２）
その他農林水産省令で定める事項
二
特定環境負荷低減事業活動の実施に当たっての補助金等交付財産（補助金等に係る予算の執行の適正化に関する法律（昭和三十年法律第百七十九号。以下「補助金等適正化法」という。）第二十二条に規定する財産をいう。以下同じ。）の活用（補助金等交付財産を当該補助金等交付財産に充てられた補助金等（補助金等適正化法第二条第一項に規定する補助金等をいう。）の交付の目的以外の目的に使用し、譲渡し、交換し、貸し付け、又は担保に供することをいう。第三十九条第三項第二号において同じ。）に関する事項
５
都道府県知事は、第一項の規定による申請があった場合において、その申請に係る特定環境負荷低減事業活動実施計画が次の各号のいずれにも適合すると認めるときは、その認定をするものとする。
一
同意基本計画に適合するものであり、かつ、当該特定環境負荷低減事業活動を確実に遂行するために適切なものであること。
二
当該特定環境負荷低減事業活動が地域における環境負荷の低減の効果を相当程度高めるものであると認められ、かつ、当該農林漁業者の行う農林漁業の持続性の確保に資するものであること。
三
当該特定環境負荷低減事業活動に農業改良措置が含まれる場合には、農業改良資金融通法第七条の規定により同法第六条第一項の認定をすることができる場合に該当すること。
四
当該特定環境負荷低減事業活動に林業・木材産業改善措置が含まれる場合には、林業・木材産業改善資金助成法第八条の規定により同法第七条第一項の認定をすることができる場合に該当すること。
五
当該特定環境負荷低減事業活動に経営等改善措置が含まれる場合には、沿岸漁業改善資金助成法第八条第一項の規定により同法第七条第一項の認定をすることができる場合に該当すること。
六
当該特定環境負荷低減事業活動に処理高度化施設の整備が含まれる場合には、家畜排せつ物法第九条第三項の規定により同条第一項の認定をすることができる場合に該当すること。
七
当該特定環境負荷低減事業活動実施計画に前項第一号イ及びロに掲げる事項（同号ロ（１）の土地が指定市町村（農地法（昭和二十七年法律第二百二十九号）第四条第一項に規定する指定市町村をいう。以下同じ。）の区域以外の区域内にある農地（耕作（同法第四十三条第一項の規定により耕作に該当するものとみなされる農作物の栽培を含む。次号において同じ。）の目的に供される土地をいう。以下同じ。）であり、前項第一号ロの施設の用に供することを目的として、農地である当該土地を農地以外のものにするに当たり、同法第四条第一項の許可を受けなければならないものに係るものに限る。）が記載されている場合には、同条第六項の規定により同条第一項の許可をすることができない場合に該当しないこと。
八
当該特定環境負荷低減事業活動実施計画に前項第一号イ及びロに掲げる事項（同号ロ（１）の土地が指定市町村の区域以外の区域内にある農地又は採草放牧地（農地以外の土地で、主として耕作又は養畜の事業のための採草又は家畜の放牧の目的に供されるものをいう。以下同じ。）であり、同号ロの施設の用に供することを目的として、農地である当該土地又は採草放牧地である当該土地を農地又は採草放牧地以外のものにするため当該土地について所有権又は使用及び収益を目的とする権利を取得するに当たり、農地法第五条第一項の許可を受けなければならないものに係るものに限る。）が記載されている場合には、同条第二項の規定により同条第一項の許可をすることができない場合に該当しないこと。
６
都道府県知事は、第一項の認定をしようとする場合において、特定環境負荷低減事業活動実施計画に次の各号に掲げる事項が記載されているときは、当該事項について、あらかじめ、それぞれ当該各号に定める者に協議し、その同意を得なければならない。
一
第三項第二号に掲げる措置（食品等の流通の合理化に限る。）に関する事項
農林水産大臣
二
第四項第一号イ及びロに掲げる事項（同号ロ（１）の土地が農地又は採草放牧地であり、同号ロの施設の用に供することを目的として、農地である当該土地を農地以外のものにし、又は農地である当該土地若しくは採草放牧地である当該土地を農地若しくは採草放牧地以外のものにするため当該土地について所有権若しくは使用及び収益を目的とする権利を取得するに当たり、農地法第四条第一項又は第五条第一項の許可を受けなければならないものに係るものに限る。第十二項から第十四項までにおいて同じ。）であって、指定市町村の区域内にある土地に係るもの
当該指定市町村の長
三
第四項第二号に掲げる事項
農林水産大臣
７
農林水産大臣は、前項の規定による同項第一号に掲げる事項についての協議があった場合において、当該事項が食品等流通法第五条第三項の規定により同条第一項の認定をすることができる場合に該当すると認めるときは、前項の同意をするものとする。
８
農林水産大臣は、第六項の規定による同項第一号に掲げる事項についての協議があったときは、遅滞なく、その内容を当該事項に係る事業を所管する大臣（次項において「事業所管大臣」という。）に通知するものとする。
９
事業所管大臣は、前項の規定による通知を受けた場合において、必要があると認めるときは、農林水産大臣に対して意見を述べることができる。
１０
指定市町村の長は、第六項の規定による同項第二号に掲げる事項についての協議があった場合において、当該事項が次に掲げる要件に該当すると認めるときは、同項の同意をするものとする。
一
農地を農地以外のものにする場合にあっては、農地法第四条第六項の規定により同条第一項の許可をすることができない場合に該当しないこと。
二
農地又は採草放牧地を農地又は採草放牧地以外のものにするためこれらの土地について所有権又は使用及び収益を目的とする権利を取得する場合にあっては、農地法第五条第二項の規定により同条第一項の許可をすることができない場合に該当しないこと。
１１
農林水産大臣は、第六項の規定による同項第三号に掲げる事項についての協議があった場合において、同項の同意をしようとするときは、当該事項について、あらかじめ、当該事項に係る関係行政機関の長に協議し、その同意を得なければならない。
１２
都道府県知事は、第一項の認定をしようとする場合において、特定環境負荷低減事業活動実施計画に第四項第一号イ及びロに掲げる事項（四ヘクタールを超える農地を含む土地に係るものに限り、指定市町村の区域内にある土地に係るものを除く。）が記載されているときは、当該第四項第一号イ及びロに掲げる事項について、あらかじめ、農林水産大臣に協議しなければならない。
１３
都道府県知事は、第一項の認定をしようとする場合において、特定環境負荷低減事業活動実施計画に第四項第一号イ及びロに掲げる事項（指定市町村の区域内にある土地に係るものを除く。）が記載されているときは、当該第四項第一号イ及びロに掲げる事項について、あらかじめ、農業委員会（農業委員会等に関する法律（昭和二十六年法律第八十八号）第三条第一項ただし書又は第五項の規定により農業委員会を置かない市町村にあっては、市町村長。以下同じ。）の意見を聴かなければならない。
１４
農業委員会は、前項の規定により意見を述べようとするとき（特定環境負荷低減事業活動実施計画に記載されている第四項第一号イ及びロに掲げる事項が三十アールを超える農地が含まれる土地に係るものであるときに限る。）は、あらかじめ、農業委員会等に関する法律第四十三条第一項に規定する都道府県機構（次項において「都道府県機構」という。）の意見を聴かなければならない。
ただし、同法第四十二条第一項の規定による都道府県知事の指定がされていない場合は、この限りでない。
１５
前項に定めるもののほか、農業委員会は、第十三項の規定により意見を述べるため必要があると認めるときは、都道府県機構の意見を聴くことができる。
１６
第十二項から前項までの規定は、指定市町村の長が第六項の同意をしようとするときについて準用する。
この場合において、第十二項中「第四項第一号イ及びロに掲げる事項（」とあるのは「第六項第二号に掲げる事項（」と、「限り、指定市町村の区域内にある土地に係るものを除く」とあるのは「限る」と、「当該第四項第一号イ及びロに掲げる事項」とあるのは「当該事項」と、第十三項中「場合において、特定環境負荷低減事業活動実施計画に第四項第一号イ及びロに掲げる事項（指定市町村の区域内にある土地に係るものを除く。）が記載されているときは、当該第四項第一号イ及びロに掲げる事項について」とあるのは「ときは」と読み替えるものとする。
１７
都道府県知事は、第一項の認定をしようとするときは、あらかじめ、当該特定環境負荷低減事業活動実施計画について関係市町村長の意見を聴かなければならない。
１８
都道府県知事は、第一項の認定をしたときは、関係市町村長に対し、遅滞なく、その旨を通知しなければならない。
１９
都道府県知事は、第六項第一号又は第三号に掲げる事項が記載された特定環境負荷低減事業活動実施計画について第一項の認定をしたときは、遅滞なく、その旨を農林水産大臣に通知しなければならない。
（特定環境負荷低減事業活動実施計画の変更等）
第二十二条
前条第一項の認定を受けた農林漁業者は、当該認定に係る特定環境負荷低減事業活動実施計画を変更しようとするときは、農林水産省令で定めるところにより、その認定をした都道府県知事の認定を受けなければならない。
ただし、農林水産省令で定める軽微な変更については、この限りでない。
２
前条第一項の認定を受けた農林漁業者は、前項ただし書の農林水産省令で定める軽微な変更をしたときは、遅滞なく、その旨を都道府県知事に届け出なければならない。
３
都道府県知事は、前条第一項の認定を受けた農林漁業者（当該農林漁業者が団体である場合におけるその構成員等及び当該農林漁業者に係る同条第三項各号に掲げる措置を行う同項に規定する者を含む。以下「認定特定環境負荷低減事業活動農林漁業者」という。）が当該認定に係る特定環境負荷低減事業活動実施計画（第一項の規定による変更の認定又は前項の規定による変更の届出があったときは、その変更後のもの。以下「認定特定環境負荷低減事業活動実施計画」という。）に従って特定環境負荷低減事業活動を行っていないと認めるときは、その認定を取り消すことができる。
４
前条第五項から第十九項までの規定は、第一項の認定について準用する。
（農業改良資金融通法の特例）
第二十三条
認定環境負荷低減事業活動実施計画又は認定特定環境負荷低減事業活動実施計画（以下「認定計画」という。）に従って行われる環境負荷低減事業活動又は特定環境負荷低減事業活動（以下「認定事業活動」という。）に農業改良措置が含まれる場合における当該農業改良措置についての農業改良資金融通法の規定の適用については、当該認定計画に係る認定があったことをもって、同法第六条第一項（同法第八条第二項において準用する場合を含む。）の認定があったものとみなす。
この場合において、同法第四条中「十年（地勢等の地理的条件が悪く、農業の生産条件が不利な地域として農林水産大臣が指定するものにおいて農業改良措置を実施するのに必要な資金（以下この条において「特定地域資金」という。）にあつては、十二年）」とあるのは「十二年」と、同法第五条中「次条第一項の認定に係る農業改良措置に関する計画」とあるのは「環境と調和のとれた食料システムの確立のための環境負荷低減事業活動の促進等に関する法律（令和四年法律第三十七号）第二十三条に規定する認定計画」とする。
（林業・木材産業改善資金助成法の特例）
第二十四条
認定事業活動に林業・木材産業改善措置が含まれる場合における当該林業・木材産業改善措置についての林業・木材産業改善資金助成法の規定の適用については、当該認定計画に係る認定があったことをもって、同法第七条第一項（同法第十二条第二項において準用する場合を含む。）の認定があったものとみなす。
２
前項の場合において、林業・木材産業改善資金助成法第二条第一項に規定する林業・木材産業改善資金であって、前項の林業・木材産業改善措置を行うのに必要なものの償還期間（据置期間を含む。次条第二項において同じ。）は、同法第五条第一項の規定にかかわらず、十二年を超えない範囲内で政令で定める期間とする。
（沿岸漁業改善資金助成法の特例）
第二十五条
認定事業活動に経営等改善措置が含まれる場合における当該経営等改善措置についての沿岸漁業改善資金助成法の規定の適用については、当該認定計画に係る認定があったことをもって、同法第七条第一項（同法第十二条第二項において準用する場合を含む。）の認定があったものとみなす。
２
前項の場合において、沿岸漁業改善資金助成法第二条第二項に規定する経営等改善資金のうち政令で定める種類の資金であって、前項の経営等改善措置を行うのに必要なものの償還期間は、同法第五条第二項の規定にかかわらず、その種類ごとに十二年を超えない範囲内で政令で定める期間とする。
（家畜排せつ物法の特例）
第二十六条
認定事業活動に処理高度化施設の整備が含まれる場合には、当該処理高度化施設の整備を行う認定環境負荷低減事業活動農林漁業者又は認定特定環境負荷低減事業活動農林漁業者（第四十六条第一項において「認定農林漁業者」という。）を家畜排せつ物法第九条第一項の認定を受けた者と、認定計画（当該処理高度化施設の整備に関する部分に限る。）を家畜排せつ物法第十条第二項に規定する認定処理高度化施設整備計画とそれぞれみなして、家畜排せつ物法第十一条の規定を適用する。
（食品等流通法の特例）
第二十七条
認定事業活動に第十九条第三項又は第二十一条第三項に規定する者が行う食品等の流通の合理化が含まれる場合には、これらの者を食品等流通法第六条第一項に規定する認定事業者と、認定計画（当該食品等の流通の合理化に関する部分に限る。）を同条第二項に規定する認定計画と、認定事業活動（当該食品等の流通の合理化に関する部分に限る。）を食品等流通法第四条第二項第一号に規定する食品等流通合理化事業とそれぞれみなして、食品等流通法第七条の規定を適用する。
（農地法の特例）
第二十八条
認定特定環境負荷低減事業活動農林漁業者が認定特定環境負荷低減事業活動実施計画（第二十一条第四項第一号イ及びロに掲げる事項が記載されているものに限る。次項及び次条において同じ。）に従って同号ロの施設の用に供することを目的として農地を農地以外のものにする場合には、農地法第四条第一項の許可があったものとみなす。
２
認定特定環境負荷低減事業活動農林漁業者が認定特定環境負荷低減事業活動実施計画に従って第二十一条第四項第一号ロの施設の用に供することを目的として農地又は採草放牧地を農地又は採草放牧地以外のものにするためこれらの土地について所有権又は使用及び収益を目的とする権利を取得する場合には、農地法第五条第一項の許可があったものとみなす。
（酪農及び肉用牛生産の振興に関する法律の特例）
第二十九条
認定特定環境負荷低減事業活動農林漁業者が認定特定環境負荷低減事業活動実施計画に従って集約酪農地域（酪農及び肉用牛生産の振興に関する法律（昭和二十九年法律第百八十二号）第三条第一項の規定により指定された集約酪農地域をいう。）の区域内にある草地において第二十一条第四項第一号ロの施設を整備するために行う行為については、同法第九条の規定は、適用しない。
（財産の処分の制限に係る承認の手続の特例）
第三十条
認定特定環境負荷低減事業活動農林漁業者が認定特定環境負荷低減事業活動実施計画（第二十一条第四項第二号に掲げる事項が記載されているものに限る。）に従って特定環境負荷低減事業活動を行う場合には、当該認定特定環境負荷低減事業活動実施計画に係る認定があったことをもって、補助金等適正化法第二十二条に規定する各省各庁の長の承認があったものとみなす。
第二節　有機農業を促進するための栽培管理に関する協定に係る措置
（協定の締結等）
第三十一条
同意基本計画において定められた特定区域内にある相当規模の一団の農用地（農地又は採草放牧地をいう。以下この節において同じ。）について所有権、地上権、永小作権、質権、賃借権、使用貸借による権利又はその他の使用及び収益を目的とする権利を有する者（国及び地方公共団体を除く。以下「農用地所有者等」という。）は、当該特定区域において特定環境負荷低減事業活動として行われる有機農業（有機農業の推進に関する法律第二条に規定する有機農業をいう。以下この条において同じ。）の生産団地を形成するため、市町村長（次項第一号に規定する協定区域が二以上の市町村の区域にわたる場合にあっては、都道府県知事。以下この節において同じ。）の認可を受けて、有機農業を促進するための栽培管理に関する協定（以下「協定」という。）を締結することができる。
２
協定には、次に掲げる事項を定めるものとする。
一
協定の対象となる農用地の区域（以下「協定区域」という。）
二
有機農業及びそれ以外の農業における栽培の管理に関する事項
三
協定の有効期間
四
協定に違反した場合の措置
五
その他必要な事項
３
協定については、協定区域内の農用地に係る農用地所有者等の全員の合意がなければならない。
４
協定の内容は、法令に基づき策定された国又は地方公共団体の計画に適合するものでなければならない。
５
協定の有効期間は、五年を超えてはならない。
（協定の縦覧等）
第三十二条
市町村長は、前条第一項の認可の申請があったときは、農林水産省令で定めるところにより、その旨を公告し、当該協定を当該公告の日から二週間利害関係人の縦覧に供しなければならない。
２
前項の規定による公告があったときは、利害関係人は、同項の縦覧期間満了の日までに、当該協定について、市町村長に意見書を提出することができる。
（協定の認可）
第三十三条
市町村長は、第三十一条第一項の認可の申請が次の各号のいずれにも該当すると認めるときは、同項の認可をするものとする。
一
申請の手続又は協定の内容が法令に違反するものでないこと。
二
協定の内容が土地の利用を不当に制限するものでないことその他妥当なものであること。
三
協定の内容が同意基本計画の達成に資すると認められるものであること。
２
市町村長は、第三十一条第一項の認可をしたときは、農林水産省令で定めるところにより、その旨を公告し、かつ、当該協定の写しを当該市町村（協定区域が二以上の市町村の区域にわたる場合にあっては、都道府県）の事務所に備えて公衆の縦覧に供するとともに、協定区域である旨を当該協定区域内に明示しなければならない。
（協定の変更）
第三十四条
第三十一条第一項の認可を受けた協定に係る農用地所有者等は、当該協定において定めた事項を変更しようとする場合には、全員の合意をもってその旨を定め、市町村長の認可を受けなければならない。
２
前二条の規定は、前項の認可について準用する。
（協定の効力）
第三十五条
第三十三条第二項（前条第二項において準用する場合を含む。）の規定による認可の公告のあった協定は、その公告のあった後において協定区域内の農用地に係る農用地所有者等になった者に対しても、その効力があるものとする。
（協定の廃止）
第三十六条
第三十一条第一項又は第三十四条第一項の認可を受けた協定に係る農用地所有者等は、当該協定を廃止しようとする場合には、その過半数の合意をもってその旨を定め、市町村長の認可を受けなければならない。
２
市町村長は、前項の認可をしたときは、その旨を公告しなければならない。
（協定の認可の取消し）
第三十七条
市町村長は、第三十一条第一項又は第三十四条第一項の認可をした後において、当該認可に係る協定の内容が第三十三条第一項各号に掲げる要件に該当しないものと認められるに至ったときは、当該協定の認可を取り消すものとする。
２
市町村長は、前項の規定による認可の取消しを行ったときは、その旨を、当該協定に係る農用地所有者等に通知するとともに、公告しなければならない。
（農業振興地域の整備に関する法律の特例）
第三十八条
第三十一条第一項又は第三十四条第一項の認可を受けた協定に係る協定区域内の一団の農用地の所有者は、市町村に対し、農林水産省令で定めるところにより、当該農用地について所有権以外の第三十一条第一項に規定する権利、先取特権又は抵当権を有する者の全員の同意を得て、当該農用地の区域を農業振興地域の整備に関する法律（昭和四十四年法律第五十八号）第八条第二項第一号に規定する農用地区域（次項において「農用地区域」という。）として定めるべきことを要請することができる。
２
前項の規定による要請に基づき、市町村が当該要請に係る農用地の区域の全部又は一部を農用地区域として定める場合には、農業振興地域の整備に関する法律第十一条第三項から第十一項まで（これらの規定を同法第十三条第四項において準用する場合を含む。）の規定は、適用しない。
第三節　認定基盤確立事業実施計画に係る措置
（基盤確立事業実施計画の認定）
第三十九条
基盤確立事業を行おうとする者は、単独で又は共同して、主務省令で定めるところにより、基盤確立事業の実施に関する計画（以下「基盤確立事業実施計画」という。）を作成し、主務大臣の認定を申請することができる。
この場合において、基盤確立事業を行おうとする者が共同して基盤確立事業実施計画を作成したときは、主務省令で定めるところにより、代表者を定め、これをその認定を受けようとする主務大臣に提出しなければならない。
２
基盤確立事業実施計画には、次に掲げる事項を記載しなければならない。
一
基盤確立事業による環境負荷の低減の効果の増進又は環境負荷の低減を図るために行う取組を通じて生産された農林水産物の付加価値の向上に関する目標
二
基盤確立事業の内容及び実施期間
三
基盤確立事業の実施体制
四
基盤確立事業に必要な資金の額及びその調達方法
３
基盤確立事業実施計画には、前項各号に掲げる事項のほか、次に掲げる事項を記載することができる。
一
基盤確立事業の用に供する設備等の導入を行う場合にあっては、次に掲げる事項
イ
当該設備等の種類その他の当該設備等の導入の内容
ロ
当該設備等の導入として施設の整備を行う場合にあっては、次に掲げる事項
（１）
当該施設の用に供する土地の所在、地番、地目及び面積
（２）
その他主務省令で定める事項
二
基盤確立事業の実施に当たっての補助金等交付財産の活用に関する事項
４
主務大臣は、第一項の規定による申請があった場合において、その申請に係る基盤確立事業実施計画が次の各号のいずれにも適合すると認めるときは、その認定をするものとする。
一
基本方針に照らし適切なものであり、かつ、当該基盤確立事業を確実に遂行するために適切なものであること。
二
当該基盤確立事業が環境負荷の低減の効果の増進又は環境負荷の低減を図るために行う取組を通じて生産された農林水産物の付加価値の向上に相当程度寄与するものであること。
三
当該基盤確立事業に食品等の流通の合理化が含まれる場合には、食品等流通法第五条第三項の規定により同条第一項の認定をすることができる場合に該当すること。
５
主務大臣は、第三項第一号イ及びロに掲げる事項（同号ロ（１）の土地が農地又は採草放牧地であり、同号ロの施設の用に供することを目的として、農地である当該土地を農地以外のものにし、又は農地である当該土地若しくは採草放牧地である当該土地を農地若しくは採草放牧地以外のものにするため当該土地について所有権若しくは使用及び収益を目的とする権利を取得するに当たり、農地法第四条第一項又は第五条第一項の許可を受けなければならないものに係るものに限る。）が記載されている基盤確立事業実施計画について第一項の認定をしようとするときは、当該事項について、都道府県知事等（同法第四条第一項に規定する都道府県知事等をいう。以下この条において同じ。）に協議し、その同意を得なければならない。
この場合において、当該都道府県知事等は、当該事項が次に掲げる要件に該当すると認めるときは、その同意をするものとする。
一
農地を農地以外のものにする場合にあっては、農地法第四条第六項の規定により同条第一項の許可をすることができない場合に該当しないこと。
二
農地又は採草放牧地を農地又は採草放牧地以外のものにするためこれらの土地について所有権又は使用及び収益を目的とする権利を取得する場合にあっては、農地法第五条第二項の規定により同条第一項の許可をすることができない場合に該当しないこと。
６
都道府県知事等は、前項の同意をしようとするときは、あらかじめ、農業委員会の意見を聴かなければならない。
７
第二十一条第十四項及び第十五項の規定は、農業委員会が前項の規定により意見を述べようとするときについて準用する。
この場合において、同条第十四項中「特定環境負荷低減事業活動実施計画に記載されている第四項第一号イ及びロに掲げる事項」とあるのは、「基盤確立事業実施計画に記載されている第三十九条第三項第一号イ及びロに掲げる事項」と読み替えるものとする。
８
主務大臣は、第一項の認定をしようとする場合において、基盤確立事業実施計画に第三項第二号に掲げる事項が記載されているときは、当該事項について、あらかじめ、当該事項に係る関係行政機関の長に協議し、その同意を得なければならない。
９
主務大臣は、第一項の認定をしたときは、主務省令で定めるところにより、当該認定に係る基盤確立事業実施計画の内容を公表するものとする。
（基盤確立事業実施計画の変更等）
第四十条
前条第一項の認定を受けた者（以下「認定基盤確立事業者」という。）は、当該認定に係る基盤確立事業実施計画を変更しようとするときは、主務省令で定めるところにより、主務大臣の認定を受けなければならない。
ただし、主務省令で定める軽微な変更については、この限りでない。
２
認定基盤確立事業者は、前項ただし書の主務省令で定める軽微な変更をしたときは、遅滞なく、その旨を主務大臣に届け出なければならない。
３
主務大臣は、認定基盤確立事業者が前条第一項の認定に係る基盤確立事業実施計画（第一項の規定による変更の認定又は前項の規定による変更の届出があったときは、その変更後のもの。以下「認定基盤確立事業実施計画」という。）に従って基盤確立事業を行っていないと認めるときは、その認定を取り消すことができる。
４
前条第四項から第九項までの規定は、第一項の認定について準用する。
（食品等流通法の特例）
第四十一条
認定基盤確立事業実施計画に従って行われる基盤確立事業（以下「認定基盤確立事業」という。）に食品等の流通の合理化が含まれる場合には、当該食品等の流通の合理化を行う認定基盤確立事業者を食品等流通法第六条第一項に規定する認定事業者と、認定基盤確立事業実施計画（当該食品等の流通の合理化に関する部分に限る。）を同条第二項に規定する認定計画と、認定基盤確立事業（当該食品等の流通の合理化に関する部分に限る。）を食品等流通法第四条第二項第一号に規定する食品等流通合理化事業とそれぞれみなして、食品等流通法第七条の規定を適用する。
（種苗法の特例）
第四十二条
農林水産大臣は、認定基盤確立事業の成果に係る出願品種（種苗法（平成十年法律第八十三号）第三条第二項に規定する出願品種をいい、当該認定基盤確立事業の実施期間の終了日から起算して二年以内に同条第一項第一号に規定する品種登録出願（以下この条において「品種登録出願」という。）がされたものに限る。以下この項において同じ。）に関する品種登録出願について、その出願者が次に掲げる者であって当該認定基盤確立事業を行う認定基盤確立事業者であるときは、政令で定めるところにより、同法第六条第一項の規定により納付すべき出願料を軽減し、又は免除することができる。
一
その出願品種の育成（種苗法第三条第一項に規定する育成をいう。次項第一号において同じ。）をした者
二
その出願品種が種苗法第八条第一項に規定する従業者等（次項第二号において「従業者等」という。）が育成した同条第一項に規定する職務育成品種（同号において「職務育成品種」という。）であって、契約、勤務規則その他の定めによりあらかじめ同項に規定する使用者等（以下この条において「使用者等」という。）が品種登録出願をすることが定められている場合において、その品種登録出願をした使用者等
２
農林水産大臣は、認定基盤確立事業の成果に係る登録品種（種苗法第二十条第一項に規定する登録品種をいい、当該認定基盤確立事業の実施期間の終了日から起算して二年以内に品種登録出願されたものに限る。以下この項において同じ。）について、同法第四十五条第一項の規定による第一年から第六年までの各年分の登録料を納付すべき者が次に掲げる者であって当該認定基盤確立事業を行う認定基盤確立事業者であるときは、政令で定めるところにより、当該各年分の登録料を軽減し、又は免除することができる。
一
その登録品種の育成をした者
二
その登録品種が従業者等が育成した職務育成品種であって、契約、勤務規則その他の定めによりあらかじめ使用者等が品種登録出願をすること又は従業者等がした品種登録出願の出願者の名義を使用者等に変更することが定められている場合において、その品種登録出願をした使用者等又はその従業者等がした品種登録出願の出願者の名義の変更を受けた使用者等
（農地法の特例）
第四十三条
認定基盤確立事業者が認定基盤確立事業実施計画（第三十九条第三項第一号イ及びロに掲げる事項が記載されているものに限る。次項において同じ。）に従って同号ロの施設の用に供することを目的として農地を農地以外のものにする場合には、農地法第四条第一項の許可があったものとみなす。
２
認定基盤確立事業者が認定基盤確立事業実施計画に従って第三十九条第三項第一号ロの施設の用に供することを目的として農地又は採草放牧地を農地又は採草放牧地以外のものにするためこれらの土地について所有権又は使用及び収益を目的とする権利を取得する場合には、農地法第五条第一項の許可があったものとみなす。
（財産の処分の制限に係る承認の手続の特例）
第四十四条
認定基盤確立事業者が認定基盤確立事業実施計画（第三十九条第三項第二号に掲げる事項が記載されているものに限る。）に従って基盤確立事業を行う場合には、当該認定基盤確立事業実施計画に係る認定があったことをもって、補助金等適正化法第二十二条に規定する各省各庁の長の承認があったものとみなす。
第五章　雑則
（援助）
第四十五条
国及び地方公共団体は、この法律に特別の定めがあるもののほか、この法律に基づく措置の円滑な実施のために必要な助言、指導、資金の融通のあっせん、経費の補助その他の援助を行うよう努めるものとする。
（報告の徴収）
第四十六条
都道府県知事は、認定農林漁業者に対し、認定計画の実施状況について報告を求めることができる。
２
主務大臣は、認定基盤確立事業者に対し、認定基盤確立事業実施計画の実施状況について報告を求めることができる。
（主務大臣等）
第四十七条
第三十九条第一項、同条第四項、第五項、第八項及び第九項（これらの規定を第四十条第四項において準用する場合を含む。）、第四十条第一項から第三項まで、前条第二項並びに第四十九条における主務大臣は、農林水産大臣及び基盤確立事業に係る事業を所管する大臣とする。
２
第三十九条第一項及び第三項第一号ロ（２）、同条第九項（第四十条第四項において準用する場合を含む。）並びに第四十条第一項における主務省令は、農林水産大臣及び基盤確立事業に係る事業を所管する大臣の共同で発する命令とし、第四十九条における主務省令は、前項に規定する主務大臣の発する命令とする。
（環境大臣との関係）
第四十八条
農林水産大臣は、環境と調和のとれた食料システムの確立のための施策の実施に当たり、当該施策の実施が環境の保全に関する施策に関連する場合には、環境大臣と緊密に連絡し、及び協力して行うものとする。
（権限の委任）
第四十九条
この法律に規定する農林水産大臣及び主務大臣の権限は、農林水産大臣の権限にあっては農林水産省令で定めるところにより、主務大臣の権限にあっては主務省令で定めるところにより、地方支分部局の長にそれぞれ委任することができる。
（事務の区分）
第五十条
この法律の規定により都道府県又は指定市町村が処理することとされている事務のうち、次に掲げるものは、地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二条第九項第一号に規定する第一号法定受託事務とする。
一
第二十一条第六項（第二号に係る部分に限り、第二十二条第四項において準用する場合を含む。）の規定により指定市町村が処理することとされている事務（同一の事業の目的に供するため四ヘクタールを超える農地を農地以外のものにする行為又は同一の事業の目的に供するため四ヘクタールを超える農地若しくはその農地と併せて採草放牧地について農地法第三条第一項本文に規定する権利を取得する行為に係る特定環境負荷低減事業活動実施計画に係るものに限る。）
二
第二十一条第十二項（同条第十六項（第二十二条第四項において準用する場合を含む。）及び第二十二条第四項において準用する場合を含む。）の規定により都道府県又は指定市町村が処理することとされている事務
三
第二十一条第十三項（同条第十六項（第二十二条第四項において準用する場合を含む。）及び第二十二条第四項において準用する場合を含む。）の規定により都道府県又は指定市町村が処理することとされている事務（同一の事業の目的に供するため四ヘクタールを超える農地を農地以外のものにする行為又は同一の事業の目的に供するため四ヘクタールを超える農地若しくはその農地と併せて採草放牧地について農地法第三条第一項本文に規定する権利を取得する行為に係る特定環境負荷低減事業活動実施計画に係るものに限る。）
四
第三十九条第五項及び第六項（これらの規定を第四十条第四項において準用する場合を含む。）の規定により都道府県又は指定市町村が処理することとされている事務（同一の事業の目的に供するため四ヘクタールを超える農地を農地以外のものにする行為又は同一の事業の目的に供するため四ヘクタールを超える農地若しくはその農地と併せて採草放牧地について農地法第三条第一項本文に規定する権利を取得する行為に係る基盤確立事業実施計画に係るものに限る。）
第六章　罰則
第五十一条
第四十六条第一項又は第二項の規定による報告をせず、又は虚偽の報告をしたときは、その違反行為をした者は、三十万円以下の罰金に処する。
２
法人（法人でない団体で代表者又は管理人の定めのあるものを含む。以下この項において同じ。）の代表者若しくは管理人又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関し、前項の違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対しても、同項の刑を科する。
３
法人でない団体について前項の規定の適用がある場合には、その代表者又は管理人がその訴訟行為について法人でない団体を代表するほか、法人を被告人又は被疑者とする場合の刑事訴訟に関する法律の規定を準用する。
附　則
（施行期日）
第一条
この法律は、公布の日から起算して六月を超えない範囲内において政令で定める日から施行する。
ただし、附則第五条の規定は、公布の日から施行する。
（持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律の廃止）
第二条
持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律（平成十一年法律第百十号）は、廃止する。
（持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律の廃止に伴う経過措置）
第三条
この法律の施行前にされた前条の規定による廃止前の持続性の高い農業生産方式の導入の促進に関する法律（次項において「旧持続農業法」という。）第四条第一項の認定の申請であって、この法律の施行の際、認定をするかどうかの処分がされていないものに係る認定については、なお従前の例による。
２
この法律の施行の際現に旧持続農業法第四条第一項の認定（旧持続農業法第五条第一項の変更の認定を含む。）を受けている導入計画（旧持続農業法第四条第一項に規定する導入計画をいう。以下この項において同じ。）については、なおその効力を有するものとし、当該導入計画及び前項の規定に基づきなお従前の例により認定を受けた導入計画に関する認定の取消し、農業改良資金融通法の特例及び報告の徴収については、なお従前の例による。
（罰則に関する経過措置）
第四条
この法律の施行前にした行為及び前条第二項の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
（政令への委任）
第五条
前二条に規定するもののほか、この法律の施行に伴い必要な経過措置は、政令で定める。
（検討）
第六条
政府は、この法律の施行後五年を目途として、この法律の施行の状況を勘案し、必要があると認めるときは、この法律の規定について検討を加え、その結果に基づいて所要の措置を講ずるものとする。