RÈGLEMENT (UE) N  o 209/2013 DE LA COMMISSION  
du 11 mars 2013  
modifiant le règlement (CE) n  o 2073/2005 en ce qui concerne les critères microbiologiques 
applicables aux germes et les règles d’échantillonnage applicables aux carcasses de volailles et à la 
viande fraîche de volaille  
(Texte présentant de l'intérêt pour l'EEE)  
LA COMMISSION EUROPÉENNE,  
vu le traité sur le fonctionnement de l’Union européenne,  
vu le règlement (CE) n  o 852/2004 du Parlement européen et du 
Conseil du 29 avril 2004 relatif à l’hygiène des denrées alimen ­
taires (  1 ) et, notamment, son article 4, paragraphe 4,  
considérant ce qui suit:  
(1) Le règlement (CE) n  o 852/2004 fixe, à l’intention des 
exploitants du secteur alimentaire, les règles générales 
en matière d’hygiène des denrées alimentaires en tenant 
compte, notamment, des procédures fondées sur les prin ­
cipes de l’analyse des risques et de la maîtrise des points 
critiques (HACCP). Son article 4 dispose que les exploi ­
tants du secteur alimentaire adoptent des mesures d’hy ­
giène spécifiques en ce qui concerne, notamment, le 
respect des critères microbiologiques applicables aux 
denrées alimentaires et des exigences en matière de prélè ­
vement d’échantillons et d’analyse.  
(2) Le règlement (CE) n  o 2073/2005 de la Commission du 
15 novembre 2005 concernant les critères microbiolo ­
giques applicables aux denrées alimentaires (  2 ) établit les 
critères microbiologiques applicables à certains micro- 
organismes et les règles d’application que les exploitants 
du secteur alimentaire doivent observer lorsqu’ils appli ­
quent les mesures d’hygiène générales et spécifiques 
visées à l’article 4 du règlement (CE) n  o 852/2004.  
(3) Le chapitre 1 de l’annexe I du règlement (CE) 
n o 2073/2005 énonce les critères de sécurité à respecter 
pour certaines catégories de denrées alimentaires et, 
notamment, les plans d’échantillonnage, les méthodes 
d’analyse de référence et les limites relatives aux micro- 
organismes, toxines et métabolites. Il énumère les critères 
de sécurité alimentaire applicables aux graines germées en 
ce qui concerne les salmonelles.  
(4) À la suite de l’apparition dans l’Union, en mai 2011, de 
foyers d’ E. coli  producteurs de shigatoxines (STEC), la 
consommation de germes a été identifiée comme étant 
l’origine la plus probable de ces foyers.  
(5) Le 20 octobre 2011, l’Autorité européenne de sécurité 
des aliments (ci-après «EFSA») a adopté un avis scienti ­
fique sur le risque que posent les  Escherichia coli  produc ­
teurs de shigatoxines et d’autres bactéries pathogènes pour les graines et les graines germées (  3 ). Dans son avis, 
elle conclut que la contamination de graines sèches par 
des pathogènes bactériens est la source la plus probable 
des foyers liés aux germes. Elle précise en outre qu’en 
raison de la forte humidité et de la température favorable 
pendant la germination, les pathogènes bactériens 
présents sur les graines sèches peuvent se multiplier 
pendant la germination et entraîner un risque pour la 
santé publique.  
(6) L’EFSA recommande notamment de renforcer les critères 
microbiologiques en tant que composante d’un système 
de gestion de la sécurité alimentaire le long de la chaîne 
de production des graines germées. Cette recommanda ­
tion concerne les critères microbiologiques existants pour 
la détection de  Salmonella  dans les graines germées, ainsi 
que la prise en compte de critères microbiologiques pour 
d’autres agents pathogènes. L’EFSA indique également que 
les données disponibles font état d’un risque plus élevé 
pour les germes que pour d’autres graines germées.  
(7) Elle envisage différentes options pour les critères micro ­
biologiques relatifs aux bactéries pathogènes  E. coli  dans 
les graines: avant le début du processus de production, 
pendant la germination et dans le produit final. Dans ce 
contexte, elle indique que la détection et l’atténuation 
d’un problème de contamination à un stade antérieur 
dans la chaîne de production des graines germées 
peuvent offrir des avantages, dans la mesure où cela 
évite une amplification de la contamination pendant la 
totalité du processus de germination. Elle reconnaît égale ­
ment que l’analyse des graines ne permet pas à elle seule 
de déceler une contamination susceptible de survenir à 
une étape ultérieure du processus de production; elle en 
conclut que les critères microbiologiques peuvent s’avérer 
utiles pendant le processus de germination ou pour le 
produit final. Pour ce qui est d’un critère microbiologique 
applicable au produit germé final, elle fait observer que le 
temps nécessaire aux méthodes de détection des bactéries 
pathogènes, ajouté à la courte durée de conservation, 
risque d’empêcher le retrait du produit en cas de non- 
conformité. Elle estime aussi qu’il est actuellement impos ­
sible d’évaluer le niveau de la protection de la santé 
publique assurée par des critères microbiologiques spéci ­
fiques applicables aux graines ainsi qu’aux graines 
germées. Voilà qui met en lumière la nécessité de 
recueillir des données pour une évaluation quantitative 
des risques. Par conséquent, cette démarche devrait faire 
l’objet d’une révision qui prendra en compte les progrès 
scientifiques, technologiques et méthodologiques, de 
même que les micro-organismes pathogènes émergents 
dans les denrées alimentaires et les informations décou ­
lant des évaluations des risques.FR 12.3.2013 Journal officiel de l’Union européenne L 68/19  
( 1 ) JO L 139 du 30.4.2004, p. 1.  
( 2 ) JO L 338 du 22.12.2005, p. 1.  (  3 ) EFSA Journal  (2011); 9(11):2424.(8) Afin de garantir la protection de la santé publique dans 
l’Union, et compte tenu de cet avis de l’EFSA, le règle ­
ment (UE) n  o 211/2013 de la Commission du 11 mars 
2013 relatif aux exigences en matière de certification 
pour l’importation dans l’Union de germes et de 
graines destinées à la production de germes (  1 ) et le règle ­
ment d’exécution (UE) n  o 208/2013 de la Commission 
du 11 mars 2013 relatif aux exigences en matière de 
traçabilité pour les germes et les graines destinés à la 
production de germes (  2 ) ont été adoptés.  
(9) Outre les mesures prévues dans ces actes, et au vu du 
grave risque sanitaire posé par la présence éventuelle 
d’agents pathogènes dans les germes, des dispositions 
portant sur des critères microbiologiques additionnels 
devraient être conçues sur la base des recommandations 
de l’EFSA, s’agissant en particulier des sérogroupes STEC 
considérés comme les plus préoccupants pour la santé 
publique.  
(10) Les critères microbiologiques constituent l’une des 
méthodes de surveillance envisageables en matière de 
sécurité alimentaire et devraient être utilisés par les 
exploitants du secteur alimentaire pour vérifier l’existence 
d’un système efficace de gestion de la sécurité alimentaire. 
Toutefois, en raison de la faible prévalence et de la distri ­
bution hétérogène de certains pathogènes dans les 
graines et graines germées, des limitations statistiques 
des plans d’échantillonnage et du manque d’informations 
quant à l’application des bonnes pratiques agricoles à la 
production des graines, il convient de contrôler la 
présence d’agents pathogènes dans tous les lots de 
graines, dans l’éventualité où les exploitants du secteur 
alimentaire n’auraient pas mis en place des systèmes de 
gestion de la sécurité alimentaire comportant des mesures 
de réduction du risque microbiologique. Lorsque de tels 
systèmes existent et que leur efficacité est confirmée par 
des données rétrospectives, une réduction de la fréquence 
d’échantillonnage peut être envisagée. Cette fréquence ne 
doit toutefois jamais être inférieure à un échantillonnage 
par mois.  
(11) Lors de l’établissement de critères microbiologiques pour 
les germes, il y a lieu de prévoir une certaine souplesse 
en ce qui concerne les étapes de l’échantillonnage et le 
type d’échantillons à prélever, afin de tenir compte de la 
diversité des systèmes de production, tout en préservant 
des normes équivalentes en matière de sécurité alimen ­
taire. En particulier, il convient de prévoir des solutions 
de substitution à l’échantillonnage des germes pour le cas 
où celui-ci présenterait des difficultés techniques. Les tests 
de détection de bactéries pathogènes dans les eaux d’ir ­
rigation usées ont été proposés comme stratégie alterna ­
tive car ils constituent un bon indicateur des types de 
micro-organismes présents dans les germes eux-mêmes. 
En raison de l’incertitude entourant la sensibilité de cette 
méthode, les entreprises du secteur alimentaire qui y ont 
recours devront établir un plan d’échantillonnage 
comprenant des procédures d’échantillonnage et des 
points de prélèvement des échantillons d’eau d’irrigation.  (12) Certains sérogroupes STEC (O157, O26, O103, O111, 
O145 et O104:H4) sont notoirement les causes les plus 
fréquentes des cas de syndrome hémolytique et urémique 
(SHU) survenus dans l’Union européenne. En outre, le 
sérotype O104:H4 est à l’origine de l’apparition du 
foyer d’infection, en mai 2011, dans l’Union. Par consé ­
quent, il convient d’envisager des critères microbiolo ­
giques pour ces six sérogroupes. On ne saurait exclure 
que d’autres sérogroupes STEC soient également patho ­
gènes pour l’homme. En fait, ces types de STEC peuvent 
provoquer des états pathologiques moins graves, tels 
qu’une diarrhée ou une diarrhée sanglante, ou encore, 
être à l’origine d’un SHU, ce qui constitue donc un 
risque pour la santé du consommateur.  
(13) Les germes devraient être considérés comme des aliments 
prêts à consommer car ils ne nécessitent ni cuisson ni 
autre transformation, ce qui aurait pu efficacement 
éliminer ou ramener à un niveau acceptable la présence 
des micro-organismes pathogènes. Les exploitants du 
secteur alimentaire producteurs de germes devraient dès 
lors respecter les exigences en matière de sécurité alimen ­
taire applicables aux denrées alimentaires prêtes à 
consommer, telles qu’elles sont définies par la législation 
de l’Union, dont l’échantillonnage des lieux de transfor ­
mation et du matériel, dans le cadre de leur programme 
d’échantillonnage.  
(14) Le règlement (CE) n  o 2160/2003 du Parlement européen 
et du Conseil du 17 novembre 2003 sur le contrôle des 
salmonelles et d’autres agents zoonotiques spécifiques 
présents dans la chaîne alimentaire (  3 ) a pour objet de 
faire en sorte que des mesures adaptées et efficaces 
soient prises pour détecter et maîtriser la présence de 
salmonelles et d’autres agents zoonotiques à tous les 
stades pertinents de la production, de la transformation 
et de la distribution, de manière à en réduire la préva ­
lence et à atténuer le risque qu’ils présentent pour la 
santé publique.  
(15) Le règlement (CE) n  o 2160/2003, tel que modifié par le 
règlement (UE) n  o 1086/2011 de la Commission (  4 ), 
prévoit des règles détaillées relatives à un critère de sécu ­
rité alimentaire en ce qui concerne les salmonelles dans la 
viande fraîche de volaille. À la suite des modifications 
apportées au règlement (CE) n  o 2160/2003, le règlement 
(CE) n  o 2073/2005 a été modifié par le règlement (UE) 
n o 1086/2011. Toutefois, cette modification a introduit 
certaines ambiguïtés terminologiques. Dans un souci de 
clarté et de cohérence de la législation de l’Union, il y a 
lieu de lever ces ambiguïtés.  
(16) Il convient donc de modifier le règlement (CE) 
n o 2073/2005 en conséquence.  
(17) Les mesures prévues au présent règlement sont 
conformes à l’avis du comité permanent de la chaîne 
alimentaire et de la santé animale; ni le Parlement euro ­
péen ni le Conseil ne s’y sont opposés.FR L 68/20 Journal officiel de l’Union européenne 12.3.2013  
( 1 ) Voir page 26 du présent Journal officiel.  
( 2 ) Voir page 16 du présent Journal officiel.  ( 3 ) JO L 325 du 12.12.2003, p. 1.  
( 4 ) JO L 281 du 28.10.2011, p. 7.A ADOPTÉ LE PRÉSENT RÈGLEMENT:  
Article premier  
Le règlement (CE) n  o 2073/2005 est modifié comme suit:  
1) À l’article 2, le point m) suivant est ajouté:  
«m) la définition de “germes” à l’article 2, point a), du règlement d’exécution (UE) n  o 208/2013 de la 
Commission du 11 mars 2013 relatif aux exigences en matière de traçabilité pour les germes et les 
graines destinées à la production germes (*);  
___________  
(*) Voir page 16 du présent Journal officiel.»  
2) L’annexe I est modifiée conformément à l’annexe du présent règlement.  
Article 2  
Le présent règlement entre en vigueur le vingtième jour suivant celui de sa publication au  Journal officiel de 
l’Union européenne . 
Il s’applique à compter du 1  er juillet 2013.  
Le présent règlement est obligatoire dans tous ses éléments et directement applicable dans tout 
État membre.  
Fait à Bruxelles, le 11 mars 2013.  
Par la Commission  
Le président  
José Manuel BARROSOFR 12.3.2013 Journal officiel de l’Union européenne L 68/21ANNEXE  
L’annexe I du règlement (CE) n  o 2073/2005 est modifiée comme suit:  
1) Le chapitre 1 est modifié comme suit:  
a) la note 12 de bas de page est supprimée.  
b) à la ligne 1.18, la référence à la note 12 de bas de page est remplacée par la référence à la note 23 de bas de page.  
c) la ligne 1.29 suivante et les notes 22 et 23 de bas de page correspondantes sont ajoutées: 
«1.29 Germes (  23 ) E. coli  producteurs de shiga- 
toxines (STEC) O157, O26, 
O111, O103, O145 et 
O104:H4  5 0  Absence 
dans 
25 grammes.  CEN/ISO TS 
13136 (  22 ) Produits mis sur le 
marché pendant 
leur durée de 
conservation  
( 22 ) Compte tenu de la dernière adaptation par le laboratoire de référence de l’Union européenne concernant  Escherichia coli , y 
compris  E. coli  vérotoxinogène (VTEC), pour la détection de STEC O104:H4 
( 23 ) À l’exclusion des germes qui ont subi un traitement efficace pour éliminer  Salmonella  spp et STEC»  
2) Le chapitre 3 est modifié comme suit:  
a) à la section 3.2, la partie concernant les «règles d’échantillonnage applicables aux carcasses de volailles et aux 
viandes fraîches de volaille» est modifiée comme suit:  
i) le premier alinéa est remplacé par le texte suivant:  
«Dans les abattoirs, les prélèvements d’échantillons destinés aux analyses portant sur les salmonelles sont 
effectués sur les carcasses entières de volailles comportant la peau du cou. Les établissements de découpe et 
de transformation autres que ceux adjacents à un abattoir et qui découpent et transforment la viande provenant 
exclusivement de celui-ci sont également tenus de prélever des échantillons destinés à l’analyse portant sur les 
salmonelles. Ces prélèvements sont effectués prioritairement sur les carcasses entières de volailles comportant la 
peau du cou, si de telles carcasses sont disponibles, mais aussi sur des portions de volaille avec peau et/ou des 
portions de volaille sans peau ou avec une très petite quantité de peau, le choix étant fondé sur les risques.»  
ii) le quatrième alinéa est remplacé par le texte suivant:  
«Pour les analyses relatives aux salmonelles dans les viandes fraîches de volaille autres que les carcasses de 
volailles, cinq échantillons d’au moins 25 g sont prélevés sur un même lot. Un échantillon prélevé sur des 
portions de volaille avec peau contient de la peau et une fine tranche de muscle superficiel si la quantité de peau 
n’est pas suffisante pour former une unité d’échantillonnage. Un échantillon prélevé sur des portions de volaille 
sans peau ou avec une très petite quantité de peau contient une ou plusieurs fines tranches de muscle superficiel 
en plus de toute peau présente, pour former une unité d’échantillonnage suffisante. Les tranches de viande sont 
prélevées de manière qu’elles comprennent une partie aussi grande que possible de la surface de la viande.»  
b) la section 3.3 suivante est insérée:  
«3.3.  Règles d’échantillonnage applicables aux germes  
Aux fins de la présente section, la définition de “lot” à l’article 2, point b), du règlement d’exécution (UE) 
n o 208/2013 s’applique.  
A. R è g l e s g é n é r a l e s c o n c e r n a n t l ’ é c h a n t i l l o n n a g e e t l ’ a n a l y s e  
1. Analyse préalable du lot de graines  
Les exploitants du secteur alimentaire producteurs de germes procèdent à l’analyse préalable d’un échantillon 
représentatif de tous les lots de graines. Un échantillon représentatif doit comprendre au moins 0,5 % du poids 
du lot de graines en sous-échantillons de 50 g ou être sélectionné sur la base d’une stratégie d’échantillonnage 
structurée, statistiquement équivalente et contrôlée par l’autorité compétente.  
Aux fins de l’exécution de l’analyse préalable, l’exploitant du secteur alimentaire fait germer les graines de 
l’échantillon représentatif dans les mêmes conditions que le reste du lot de graines destinées à la germination.  
2. Échantillonnage et analyse des germes et de l’eau d’irrigation usée  
Les exploitants du secteur alimentaire producteurs de germes prélèvent des échantillons pour l’analyse micro ­
biologique à l’étape où la probabilité de trouver  E. coli  producteurs de shigatoxines (STEC) et  Salmonella  spp. est 
la plus grande, et quoi qu’il en soit pas avant 48 heures après le début du processus de germination.  
Les échantillons de germes sont analysés conformément aux exigences mentionnées aux lignes 1.18 et 1.29 du 
chapitre 1.FR L 68/22 Journal officiel de l’Union européenne 12.3.2013Toutefois, lorsqu’un exploitant du secteur alimentaire producteur de germes dispose d’un plan d’échantillonnage, 
comprenant des procédures d’échantillonnage et des points de prélèvement des eaux d’irrigation usées, il pourra 
remplacer le prélèvement d’échantillons prévu par les plans d’échantillonnage établis aux lignes 1.18 et 1.29 du 
chapitre 1 par l’analyse de cinq échantillons de 200 ml d’eau utilisée pour l’irrigation des germes.  
Dans ce cas, les exigences prévues aux lignes 1.18 et 1.29 du chapitre 1 s’appliquent à l’analyse de l’eau utilisée 
pour l’irrigation des germes, avec la limite d’absence dans 200 ml.  
Lors de la première analyse d’un lot de graines, les exploitants du secteur alimentaire ne pourront mettre les 
germes sur le marché que si les résultats de l’analyse microbiologique sont conformes aux lignes 1.18 et 1.29 du 
chapitre 1 ou, s’ils analysent l’eau d’irrigation usée, à la limite d’absence dans 200 ml.  
3. Fréquence d’échantillonnage  
Les exploitants du secteur alimentaire producteurs de germes prélèvent des échantillons destinés à l’analyse 
microbiologique au moins une fois par mois, à l’étape où la probabilité de trouver  E. coli  producteurs de 
shigatoxines (STEC) et  Salmonella  spp. est la plus grande, et quoi qu’il en soit pas avant 48 heures après le 
début du processus de germination.  
B. D i s p e n s e d e l ’ a n a l y s e p r é a l a b l e d e t o u s l e s l o t s d e g r a i n e s p r é v u e a u p o i n t A . 1 
d e l a p r é s e n t e s e c t i o n  
Lorsque les conditions suivantes le justifient et lorsque l’autorité compétente les y autorise, les exploitants du 
secteur alimentaire producteurs de germes peuvent être dispensés de l’échantillonnage prévu au point A.1 de la 
présente section:  
a) l’autorité compétente s’est assurée que l’exploitant du secteur alimentaire mettait en œuvre un système de 
gestion de la sécurité alimentaire dans cet établissement, pouvant inclure des étapes dans le processus de 
production, qui réduit le risque microbiologique; et  
b) des données rétrospectives confirment que, pendant au moins six mois consécutifs précédant l’octroi de 
l’autorisation, tous les lots des différents types de germes produits dans l’établissement respectent les critères 
de sécurité des denrées alimentaires prévus aux lignes 1.18 et 1.29 du chapitre 1.»FR 12.3.2013 Journal officiel de l’Union européenne L 68/23