# Un nouvel outil pour la sélection génétique de deux espèces d'esturgeons polyploïdes (Acipenser baerii et Acipenser gueldenstaedtii) : un panel de marqueurs SNPs pour la reconstitution du pedigree

V. Thomas<sup>a</sup>, A. Bestin<sup>a</sup>, F. Phocas<sup>b</sup>, B. Debeuf<sup>c</sup>, P. Haffray<sup>a</sup>, C. Poncet<sup>d</sup>, M. Dia Sow<sup>e</sup>, J. Salses<sup>e</sup>, Y. Guiguen<sup>f</sup>

## Contexte

Les programmes de sélection génétique nécessitent la connaissance de la génotypage des individus. Chez les esturgeons, elle peut s'obtenir soit en élevant chaque famille séparément, soit en cas d'élevage « mélangé » grâce au génotypage des individus et leurs parents pour reconstruire la génotypage grâce aux empreintes génétiques. Un panel de marqueurs génétiques de type microsatellites permet cela pour l'esturgeon *baerii*, mais aucun outil n'existe pour l'esturgeon *gueldenstaedtii*. En outre, les outils de génotypage actuels utilisent des marqueurs de type SNP (Single Nucleotide Polymorphism). D'où la nécessité de disposer pour ces deux espèces d'un outil de génotypage SNP, avec la difficulté que ces espèces sont tétra- à octo-ploïdes mais que les marqueurs doivent être diploïdes.

## Objectifs

Le projet FEAMP S'sturgeon (innovation aquaculture 2018 mesure 47) visait donc à générer des ressources génomiques sur ces deux espèces d'esturgeons, notamment pour identifier un nombre suffisant de SNPs à comportement diploïde et permettre d'assigner là parenté d' esturgeons des deux espèces.

## Méthodologie

Une puce de génotypage haute densité (600K SNPs) a été générée. Elle a permis de génotyper 3 couples avec descendance de *baerii* (93 individus de cette espèce) ainsi que 4 couples et leurs descendants *gueldenstaedtii* (95 individus) sur respectivement 313 751 et 301 699 SNPs. Des filtres qualité ont été appliqués sur les résultats de génotypage de façon à ne disposer que de SNPs à comportement diploïde, qui soient correctement génotypés sur tous les individus, et qui ne présentent pas d'erreur de transmission mendélienne.

## Résultats

Environ 20% des 600K marqueurs étaient de qualité suffisante pour affecter un génotype à un individu pour chacun des SNPs retenus. Parmi ces marqueurs, de l'ordre de 10% présentaient un comportement diploïde. Finalement, 1736 SNPs pour *baerii* et 1095 SNPs pour *gueldenstaedtii* ont été considérés comme exploitables pour l'assignation à parenté. Ils ont permis d'assigner sans erreur 100% des individus des 3 et 4 familles connues.

## Conclusions

Ces résultats ont permis de disposer d'un panel de génotypage bi-espèces de type AgriSeq (2513 marqueurs) qui permette de génotyper des esturgeons *baerii* (1538 SNPs) ou *gueldenstaedtii* (975 SNPs) à un tarif compatible avec le budget de fonctionnement d'un programme de sélection d'esturgeons.

<footnote><sup>a</sup> SYSAAF, INRAE-LPGP, Campus de Beaulieu, Bât.16A, 35042 Rennes</footnote>

<footnote><sup>b</sup> INRAE Université Paris-Saclay AgroParistech GABI, Domaine de Vilvert, 78350 Jouy-en-Josas</footnote>

<footnote><sup>c</sup> Sturgeon, 29 Rue de Carillon, 17240 Saint-Fort-sur-Gironde</footnote>

<footnote><sup>d</sup> INRAE GENTYANE UMR 1095, Site de Crouel, 63000 Clermont-Ferrand</footnote>

<footnote><sup>e</sup> INRAE GDEC UMR 1095, Site de Crouel, 63000 Clermont-Ferrand</footnote>

<footnote><sup>f</sup> INRAE-LPGP, Campus de Beaulieu, Bât.16A, 35042 Rennes</footnote>