# Caractérisation des systèmes de production ovins et caprins laitiers en France: 1ère étape vers une étude d'interaction génétique x environnement

Helene Larroque, Gilles Lagriffoul, Audrey Combasteix, Aude Rolland, Isabelle Palhiere

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Helene Larroque, Gilles Lagriffoul, Audrey Combasteix, Aude Rolland, Isabelle Palhiere. Caractérisation des systèmes de production ovins et caprins laitiers en France: 1ère étape vers une étude d'interaction génétique x environnement. 16. Journée de l'animation transversale glande mammaire, lait (GML), Nov 2017, Paris, France. hal-02788149

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Submitted on 5 Jun 2020

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INRA
SCIENCE & IMPACT

# Caractérisation des systèmes de production ovins et caprins laitiers en France: 1ère étape vers une étude d'interaction génétique x environnement

H. Larroque, G. Lagriffoul, A. Combasteix, A. Rolland, I. Palhière

UMR GenPhySE,
Institut de l'élevage

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H. Larroque & collègues

Animation GML - Paris - 14 / 11 / 2017
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Les milieux d'élevage de petits ruminants plus variés

→ de nouvelles pratiques

### De nouvelles questions pour la sélection génétique:

- La génétique pour la production des animaux est-elle toujours bien adaptée aux différents milieux de production?

- Comment sélectionner un animal plus robuste, plus adapté à ces milieux difficiles (efficace, résistant aux maladies, avec une carrière productive longue et une bonne reproduction, facile à élever avec un minimum d'interventions) ?

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Photo: Upra Lacaune, coram
# Qu'est-ce qu'une interaction GXE?

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La génétique pour la production des animaux est-elle toujours bien adaptée aux différents milieux de production?
# Une première étude des milieux de production: en ovins laitiers

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**Rayon de Roquefort**
440 élevages race **Lacaune**
Dont 308 sur les 11 campagnes

8 450 élevages -années
1001 élevages

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**Pyrénées-Atlantiques**
463 élevages

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**Corse**
98 élevages race **Corse**
Dont 22 sur les 11 campagnes

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**Basco-Béarnaise**
107 élevages
Dont 53 sur les 11 campagnes

**Manech tête noire**
80 élevages
Dont 20 sur les 11 campagnes

**Manech tête rousse**
294 élevages
Dont 118 sur les 11 campagnes
# Une première étude des milieux de production: en caprins laitiers

<figure><img src="image_15.png" /><figcaption>Alpine</figcaption></figure>

3 536 élevages - années
1384 élevages différents
sur 3 campagnes
2014 – 2015 - 2016

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<figure><img src="image_17.png" /><figcaption>Saanen</figcaption></figure>

Photos: D. Hardy (La Chèvre)

Stage 2017 A. Rolland
# Caractériser les milieux de production

<figure><img src="image_18.png" /><figcaption>Ovins laitiers</figcaption></figure>

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Corse

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Lacaune

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Pyrénées Atlantiques

<figure><img src="image_22.png" /><figcaption>Caprins laitiers</figcaption></figure>

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Aq-MP

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PACA

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Bretagne

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Poitou

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Centre

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RhoneAlpes

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Limousin
# Caractériser les milieux de production

## Mobilisation des données disponibles:

### Contrôle laitier

- Performances individuelles moyennées à l'élevage

- Conduite de l'élevage

### Evaluation génétique:

- Index lait, TB, TP et cellules

- Effets élevages lait, TB, TP et cellules

### Données météorologiques

- Géographiques

- Météorologiques, indicateurs de pousse d'herbe

### Appui technique (ovins Lacaune)

- Performances de l'élevage + alimentation

### Systèmes d'élevage (caprins adhérents à l'OS)

- Alimentation, vente, exploitation, reproduction
# Caractériser les milieux de production

## Caractéristiques des animaux (/année):

Nombre de femelles

Race(s)

Niveau moyen phénotypique
(lait, Tb, TP, CCS) ...

## Evaluations génétiques (Index et effets élevage)

Lait, TB, TP, CCS

## Identification élevage-année

Géolocalisation

Sélectionneur ou producteur

Bassin de production

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## Conduite d'élevage

% IA

% femelles en L1

Age à la première mise bas

Age moyen

Evolution taille troupeau

Répartition des mises bas

Traite exclusive/allaitement

Fertilité sur IA

% de lactations longues

Intervalle entre mise bas ...

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## Système d'élevage

Alimentaire

De vente: fromager/livreur

Saison de reproduction

Quantités de fourrages et concentrés distribués

Périodes de bergerie et de pâturage ...

## Données météorologiques

THI

Indicateurs pousse d'herbe
# Choisir les variables les plus discriminantes
## Exemple Ovins laitiers

Campagne 2015 – 84 élevages Basco-Béarnais

### Analyse fonction:

- % adultes

- % L1 à 2 ans

- % fertilité sur IA

- Taille du cheptel

- Production laitière moyenne/brebis

- Taux TB TP moyens/brebis

- Effets élevages Lait et Taux

- Index Lait et Taux

- Altitude

- Précocité pousse herbe printemps

- Précipitations fin d'été

⇒ discrimination 4 groupes d'élevages
# Réaliser une typologie
Exemple Ovins laitiers

Campagne 2015 – 84 élevages Basco-Béarnais ⇔ discrimination 4 groupes d'élevages

## Cluster 1 (n=22)

Production laitière +++

Index lait +++

Effet élevage Lait +++

Taux d'IA +++ (59%)

Taille cheptel ++

Altitude ---

Herbe printemps précoce

## Cluster 2 (n=17)

Production laitière ---

Taille cheptel ---

Altitude +++

Herbe printemps tardive

## Cluster 3 (n=23)

Production laitière ++

TB et TP ---

Effet élevage Lait +++

Effets élevages taux ---

Taille cheptel +++

## Cluster 4 (n=22)

Production laitière --

TB et TP +++

Effets élevages lait ---

% de L1 à 2 ans +++ (11%)

Altitude ---

Herbe printemps précoce

Précipitations fin d'été ++
# Réaliser une typologie
Exemple Ovins laitiers

## Corse

- Production laitière

- Taux d'insémination animale

- Altitude

3 Clusters

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## Pyrénées Atlantiques

- Taux de L1 à 2 ans

- Altitude

- Taille des cheptels

4 Clusters en BB, 7 en MTR

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## Lacaune

- Zones géographiques intra bassin

- Altitude

- Quantités de fourrage et concentré

4 Clusters

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# Choisir les variables les plus discriminantes
## Exemple Caprins laitiers

Analyse fonction:

<table><thead><tr><td>Variables quantitatives</td><td>Variables qualitatives</td></tr></thead><tbody><tr><td>production laitière</td><td>vente de reproducteurs</td></tr><tr><td>TP moyen</td><td>race principale</td></tr><tr><td>index lait index TB</td><td>bassin</td></tr><tr><td>âge à la 1ère mise bas</td><td>système alimentaire</td></tr><tr><td>pourcentage de chèvres en 1ère lactation</td><td>système d'exploitation</td></tr><tr><td></td><td>système de vente</td></tr></tbody></table>
# Réaliser une typologie
Exemple Caprins laitiers

<table><thead><tr><th>Cluster 1</th><th>Cluster 2</th><th>Cluster 3</th><th>Cluster 4</th></tr></thead><tbody><tr><td><ul><li>Poitou Charente</li><li>Éleveurs laitiers (91%)</li></ul><p><strong>-Forte production laitière</strong><br>par chèvre (1125 kg)</p><p>-Index lait élevés</p><p>-Index TP et TB faibles</p><p>-Niveau cellules élevé</p><p><strong>-Saanen</strong></p><p>-Mises-bas désaisonnées (60%) ou saisonnées (30%)</p><p>-Beaucoup de lactations longues (6,8%)</p><p>-Grandes cultures (39%)</p></td><td><ul><li>Centre/Auvergne/ Rhône-Alp</li><li>Éleveurs laitiers (60%), fromagers (25%), mixtes (15%)</li></ul><p><strong>-TB (3,74 g/kg) et TP (3,39 g/kg) élevés</strong> ainsi que effets élevages</p><p><strong>-Alpine (60%) et mixtes (20%)</strong></p><p>-Beaucoup de lactations longues (7,0%)</p><p>-Age à la première mise bas tardif (410 j)</p></td><td><ul><li>Aquitaine/MP, Bretagne, Pays de Loire</li><li>Éleveurs laitiers (92%)</li><li>Grands cheptels (318 chèvres)</li></ul><p><strong>-Forte production laitière</strong><br>par chèvre (1147 kg)</p><p>-Niveau TB élevé (3,74 k/kg)</p><p>-Niveau cellules faible</p><p><strong>-Effets élevage lait élevés</strong></p><p><strong>-Alpine</strong></p><p>-Mises-bas saisonnées (89%)</p><p>-% de filles d'IA élevé</p><p>-Autres herbivores (53%)</p></td><td><ul><li>PACA, Languedoc</li><li>Éleveurs fromagers (83%)</li><li><strong>-Petits cheptels (88 chèvres)</strong></li></ul><p><strong>-Production laitière faible</strong><br>(972 kg)</p><p>-Index lait faibles (399 kg)</p><p><strong>-Alpine</strong></p><p>-Mises-bas saisonnées (88%)</p><p><strong>-Pâturage stockage (62%)</strong> / Foin déshydratés (16%) / <strong>Pastoralisme (7%)</strong></p><p><strong>-Spécialisés caprins (83%)</strong></p><p>-Altitude moyenne élevée</p></td></tr></tbody></table>
# Conclusion: Une première étude des milieux de production

* Facteurs de discrimination des élevages :
  La localisation géographique :
  zones intra bassin de Roquefort, régions de production en caprins (est-ouest)
  altitude/précocité de pousse de l'herbe

Choix des éleveurs: taux/quantités

Conduite du troupeau: taille du cheptel, taux de L1 à 2 ans

Systèmes de vente, alimentaire en caprins

Quantités de fourrages et concentrés en Lacaune

* Une première étude à approfondir: alimentation, plusieurs campagnes, données climatiques

* Pour la suite: ces différences sont-elles source d'interactions GXE ??
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Merci pour votre attention !

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Innovation for Sustainable
Sheep and Goat
Production in Europe

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INSTITUT DE
L'ELEVAGE idele