# CIRM - CF : Plan de Gestion des Données

David Navarro, Delphine Chaduli

► To cite this version:

David Navarro, Delphine Chaduli. CIRM - CF : Plan de Gestion des Données. INRAE. 2022. hal-05015655

HAL Id: hal-05015655

https://hal.inrae.fr/hal-05015655v1

Submitted on 1 Apr 2025

HAL is a multi-disciplinary open access
archive for the deposit and dissemination of sci-
entific research documents, whether they are pub-
lished or not. The documents may come from
teaching and research institutions in France or
abroad, or from public or private research centers.

L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est
destinée au dépôt et à la diffusion de documents
scientifiques de niveau recherche, publiés ou non,
émanant des établissements d'enseignement et de
recherche français ou étrangers, des laboratoires
publics ou privés.

<figure><img src="image_1.png" /></figure>
INRAE
Plan de Gestion de Données
Structure CIRM-CF

<figure><img src="image_2.png" /></figure>

Licence CC-BY SA 4.0

DOI : https://doi.org/10.15454/YT6MQ9

# I. INFORMATIONS SUR LA STRUCTURE

## a. Nom de la structure

CIRM-CF : Centre International des Ressources Microbiennes – Champignons Filamenteux

UMR 1163 BBF : Unité Mixte de Recherche – Biodiversité et Biotechnologie Fongiques

## b. Type de structure

* CRB : Centre de Ressources Biologiques

## c. Identifiant de la structure

Le CIRM est un Groupement d'Intérêt Scientifique (GIS) créé en 2004 par INRAE autour de ses collections de micro-organismes (bactéries, levures et champignons filamenteux). Il est Coordonné par INRAE et est constitué de cinq CRB, tous certifiés ISO 9001. Ces CRB conservent plus de 22 000 souches de bactéries associées aux plantes, bactéries pathogènes, bactéries d'intérêt alimentaire, levures et champignons filamenteux. Le CIRM est labellisé « ISC », Infrastructure Scientifique de Recherche par l'IR RARe. Le CIRM-CF est le CRB dédié aux champignons filamenteux. Il est accueilli à l'UMR 1163 BBF.

DOI ISC CIRM RARe : https://doi.org/10.15454/1.5613788897481968E12

DOI ISC CIRM-CF : https://search.datacite.org/works/10.15454/kjqw-sj57

Identifiant RNSN UMR 1163 BBF : 200417421Y
d. Responsabilités dans la structure

❖ Responsable CIRM-CF : Anne FAVEL

❖ Responsable-Adjoint, Data-Manager, Projets : David NAVARRO (ORCID)

❖ Responsable Qualité et Diffusion : Delphine CHADULI

❖ Responsable Achats et Conservation : Sabine Taussac

❖ Gestion Financière et Ressources Humaines : Chantal PARODI-NEGRI

e. Etablissement(s) tutelle(s)

❖ INRAE

❖ Aix-Marseille Université

f. Département de rattachement INRAE

❖ MICA : Microbiologie et chaîne alimentaire

g. Financeur(s) (permettant l'acquisition des jeux de données – hors projet)

❖ INRAE

II. INFORMATIONS SUR LE PLAN DE GESTION

DOI (version publiée du plan de gestion) : Dépôt au dataverse DATAINRAE en cours, responsable le Data-Manager.

Historique des versions : CIRM-CF_V2_FR

Rédigé par : Équipe CIRM-CF (animateur David NAVARRO) et data manager CIRM.

III. PRÉSENTATION GÉNÉRALE DES DONNÉES

a. Les données du CIRM-CF

Les données et métadonnées du CIRM-CF sont associées à des matériels biologiques, souches de champignons filamenteux, ADN, ou échantillons divers. Les données afférentes à ces matériels biologiques sont conservées au format papier et/ou sur le serveur de partage de l'unité BBF. Leur lieu de stockage est renseigné dans le système d'information du CIRM-CF. Un identifiant unique (N° BRFM) est attribué à chaque
souche pour commencer le processus de mise en collection. C'est par cet identifiant unique que sont associées toutes les données à la souche. Les numéros BRFM sont enregistrés dans le système BioloMICS (Cf. VI).

La production des données, la saisie des données, le suivi de la qualité des données ainsi que leur stockage et leur partage sont assurées par l'ensemble des membres du CIRM-CF. Le contrôle de la qualité de la base de données est effectué par curation manuelle grâce à l'expertise du personnel du CIRM-CF.

## b. Les données recueillies et/ou produites

Elles sont d'abord déposées sur le serveur de partage de l'unité BBF et/ou archivées sous format papier puis elles sont intégrées dans BioloMICS (Cf. VI).

## Type et Format de données

Pour le suivi des souches et aussi pour répondre aux demandes de nos clients, diverses données sont collectées et/ou générées par les membres du CIRM-CF. Ces données sont sous différents formats :

<table><thead><tr><td>Type de données</td><td>Format</td></tr></thead><tbody><tr><td>Textuelle</td><td>Archive papier, .doc, .docx, .txt, .odt, .pdf</td></tr><tr><td>Tabulée</td><td>.xls, .xlsx, .csv, .txt, .odf</td></tr><tr><td>Base de données</td><td>.csv, .xml</td></tr><tr><td>Image</td><td>.jpeg, .jpg, .tiff, .png, .bmp, .pdf</td></tr><tr><td>Sequence</td><td>.ab1*, .pdf*, .bast*, .fastq, .bam</td></tr></tbody></table>

La langue utilisée pour les données accessibles au public via notre catalogue en ligne est l'anglais pour une meilleure compréhension par nos clients internationaux et une plus grande réutilisation de ces données.

# IV. Origine, Mode d'obtention et Droits de propriété intellectuelle des données

## a. Les données d'origine de la souche

(Biotope d'origine, données géographiques du lieu de prélèvement, année d'isolement, personnes impliquées...)

Elles sont collectées par la/les personne(s) (personnel CIRM-CF ou déposant) qui prélève(nt) et isole(nt) la souche. Dans le cas d'un dépôt de souche (s) au CIRM-CF, ces différentes données sont fournies au CIRM-CF par le déposant lors du dépôt de la souche en collection
(données passeport du contrat de dépôt). Ce contrat est conservé sous format papier. A terme, les contrats de dépôt seront associés aux souches dans Biolomics®. Ces données d'origine de la souche seront rentrées dans la BDD du CIRM-CF pour être accessible aux clients tout en respectant les législations (RGPD, Protocole de Nagoya...). Dans le cas d'un dépôt, ces données appartiennent au déposant. Nous réalisons systématiquement une vérification des données d'identification au niveau de l'espèce des souches déposées en collection. Nous réalisons systématiquement une identification moléculaire des souches reçues pour un dépôt en collection ou collectées par le CIRM-CF, nous détenons les droits sur les données et métadonnées liées à cette identification taxonomique.

b. Les données de distribution des souches

Elles sont sous format papier (MTA : Material Transfert agreement, signer par les différents partis), archivées informatiquement (serveur de partage de l'unité BBF) et associées aux souches sous BioloMICS ce qui facilite la traçabilité des données associées à chaque souche.
Le droit sur ces données appartient au CIRM-CF et elles sont confidentielles et non diffusables en dehors du CIRM-CF.

c. Les données issues de la caractérisation des souches en collection

D'autres données sont obtenues grâce à des caractérisations de souches en collection (données physiologiques et données génomiques). Les données physiologiques sont stockées sous format papier et sous format électronique. Pour les données sur les génomes, elles sont stockées sur le serveur et sont envoyées pour publication à des bases de données publiques (JGI, EBI, NCBI...).

d. Les données associées au matériel biologique

Concernant les échantillons d'ADN, il s'agit de données relatives à la souche dont a été extrait l'ADN ainsi qu'au critère de qualité et à la quantité de cet ADN. Ces données sont stockées dans les cahiers de laboratoire ainsi que sur le serveur commun du BBF. Concernant les échantillons divers, les données concernant l'origine de l'échantillon, sa nature et sa date de production/réception peuvent être stockées au format papier (Fiche de traçabilité échantillons) et/ou sur le serveur commun de BBF.

e. Les protocoles liés à la collecte

Qu'il s'agisse des données collectées sur le terrain, des données collectées en laboratoire (identification taxonomique, caractérisation phénotypique, ...) ou données administratives - elles seront conservées sous forme papier et/ou au format informatique. Les droits sur ces
données appartiennent au CIRM-CF et aux dépositaires des souches quand des données personnelles leurs sont associées.

V. Cadre juridique

a. Les modalités de diffusion de l'information (RGPD)

Le CIRM-CF a mis en place un registre des données personnelles pour définir les règles de collecte, de conservation et de diffusion des informations à caractères personnelle dont elle dispose pour le besoin de ses activités. Ce registre (en annexe), rédigé en français, est consultable sur demande. Le CIRM-CF a choisi comme délégué à la protection des données la DPO INRAE (à travers le DU de l'UMR BBF).

Afin de diffuser d'une manière plus synthétisée les modalités de diffusion, le CIRM-CF a apposé systématiquement sur ses documents (devis, formulaire client, site web, ...) le paraphe suivant, en français ou en anglais :

« Pour le suivi des commandes, le CIRM-CF a besoin de collecter certaines données personnelles non sensibles (état-civil, adresse électronique, adresse postale...) de ses clients. Conformément à la loi "Informatique et Libertés" du 6 janvier 1978 modifiée en 2004, le client bénéficie d'un droit d'accès et de rectification des informations qui le concernent, il devra pour cela contacter notre Délégué à la Protection des Données (DPD) : CIRM_CF@inrae.fr »

« For the management of orders, the CIRM-CF needed to collect some personal datas. In accordance with the French data protection legislation of 6 January 1978 ("Informatique et Libertés", Art. 27) as amended by the law of 6 August 2004, users are informed that CIRM-CF undertakes automated processing of their personal data, in particular when filling in online forms. In this respect, users have the right to access, amend, correct and delete personal data held about them. Users may exercise this right at any time by contacting CIRM-CF at CIRM_CF@inra.fr »

b. Données issues de ressources génétiques

La diffusion et l'utilisation ainsi que la valorisation des souches détenues au CIRM-CF tendent
au respect de la réglementation européenne en vigueur sur la gestion des ressources
génétiques (mise en œuvre du protocole de Nagoya au travers de la réglementation APA,
Accès et partage des Avantages.

Pour les souches qui proviennent de Pays qui n'ont pas ratifiés le protocole de Nagoya, la législation en vigueur du pays sera appliquée.

Législation du pays fournisseur (lien)
# VI. Stockage, Archivage et Sécurité des données

## a. Focus sur le système d'information BioloMICS

Il n'existe pas de système d'information (SI) unique au CIRM. Chaque CRB est responsable et libre quant à ce choix. Cependant, l'investissement financier et humain pour le développement et la maintenance d'un SI a décidé les CRB à fonctionner avec la même solution tierce : BioloMICS.net. C'est un système de gestion de données biologiques utilisé par de nombreux acteurs dans les domaines de la biotechnologie, de l'industrie pharmaceutique, de l'alimentation, des services de santé publique, des institutions académiques, universités, collections et musées.

Ce logiciel commercial est produit par la société BioAware dont le siège est basé en Belgique. C'est un « software as a service » (SaaS) ou logiciel en tant que service, c'est à dire qu'il est installé sur des serveurs distants plutôt que sur la machine de l'utilisateur. L'accès au logiciel en version desktop se fait en utilisant Il est basé sur la solution le protocol RDP (Remote Desktop Protocol). La licence (annuelle) est réservée à un compte utilisateur pour une et une seule connexion à la fois. L'interface utilisateur de BioloMICSYG desktop est « user-friendly » et inspirée de l'environnement Microsoft permettant ainsi à toute personne, informaticienne ou non, de s'approprier le logiciel. BioloMICS enrichi son offre avec BioloMICS.web qui permet le déploiement d'une interface web à partir de la base de données. Pour le CIRM-CF, cette interface est disponible à l'adresse suivante (https://cirm-fungi.fr/). Cette fonctionnalité permet de sélectionner et de rendre disponible en ligne les ressources souhaitées au client d'une manière sécurisé et à jour.

Pour les aspects sécurité des données, l'entreprise sous-traite des tests de pénétrations à EASI, une société experte en audit sécurité des infrastructures informatiques. Tous les serveurs sont protégés par la solution SentinelOne. Les serveurs sont sauvegardés intégralement tous les jours et les copies conservées une semaine. Tout le système est dupliqué ce qui garantit une haute disponibilité. Une version de sauvegarde activable en 2 heures maximum en cas de désastre sur le site principal (Site Recovery option) est également disponible dans un autre datacenter du groupe Microsoft (North Europe). Une archive de chaque database client est créée journellement et sauvegardée sous format compressée (backup MySql) pendant une période de 30 jours sur les serveurs de BioAware mais est également déposée quotidiennement dans un DropBox et mis à la disposition du client (dans DropBox, les 5 versions les plus récentes sont gardées). Si le partenariat s'arrête, la société s'engage à restituer l'intégralité des données sous format ouvert (json/csv/Excel/MySQL/MongoDB) ou bien dans le format demandé pour exportation dans une autre base de données (avec schéma de l'architecture.)

Concernant l'hébergement des serveurs et donc des données, BioAware utilise les solutions Microsoft-Azure. La zone géographique de résidence est située en Europe (« West Europe - Netherlands).

Pour les aspects d'administration, le SI BioloMICS enregistrant tous les changements, un historique est consultable et toutes les actions, y compris celles entraînant des modifications de la structure de la base de données peuvent être annulées par les administrateurs de la Base de données. Si le CIRM-CF rencontre un problème au niveau de la base, BioAware résout le(s) problème(s). Dans certains cas rares ou très compliqués, la restauration de la base à une date précise est possible en utilisant les sauvegardes disponibles.
L'accès à l'ensemble des données associées aux souches est limité aux membres du CIRM-CF.

**b. Les données numériques**

Elles sont stockées sur le serveur de partage de l'unité 1163 BBF avec une sauvegarde journalière sur un NAS, avec 30 jours de back-up, et/ou dans notre base de données BioloMICS. Les données stockées sur le serveur de partage de l'unité BBF sont accessibles seulement aux membres du CIRM-CF. Les données stockées dans notre base de données sont accessibles à tous ceux qui ont les droits. L'obtention des droits est gérée par l'administrateur de BioloMICS. Seuls les membres du CIRM-CF ont accès à l'ensemble des données de la base de données. Cela se fait grâce à une connexion protégée par deux logins et mots de passe, un commun à toutes les personnes ayant les droits d'accès à notre base de données (connexion Microsoft Azure) et l'autre propre à chaque personne (connexion à la base de données proprement dite).

**c. Les formats de conservation des documents.**

Ils sont conservés dans les archives du CIRM-CF et de l'UMR BBF, dans des pièces possédant un accès restreint.

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

**d. Les échantillons biologiques**

Les échantillons fongiques collectés dans l'environnement sont séchés et stockés dans la salle de stockage annexe du CIRM-CF. Les souches mises en collection sont préservées sous au moins deux modes de conservation : Cryoconservation à -80°C, Cryoconservation sous azote liquide et en culture immergée. Chaque mode de conservation est doublé et conservé dans des équipements situés dans d'autres bâtiments de l'école Polytech (qui héberge l'UMR BBF).

**e. Les données sur les lieux et les conditions de stockage de nos échantillons biologiques**
Elles sont gérées dans la base de données Biolomics du CIRM-CF.

### f. Données Détruites

Si le propriétaire d'une souche souhaite que celle-ci ne soit plus référencée dans la collection CIRM-CF alors ses données personnelles pourront être aussi supprimées au niveau de la base de données du CIRM-CF et de la fiche de vie papier de la souche. Les données sur les cahiers de laboratoire doivent être conservées minimum 25 ans et les données afférentes à ces personnes notées dans les cahiers de laboratoires seront alors supprimées dans un délai minimal de 25 ans. Les documents officiels (contrat, MTA...) eux ne seront pas détruits.

### g. Volumétrie des données produites

* Au niveau du serveur BBF, nous avons 30 Go de données stockées liées à la Base de données et aux activités du CIRM-CF.

* Nous disposons d'un disque dur externe de 1 To pour créer des sauvegardes incrémentielles des données du CIRM-CF, il est utilisé à 10%

### h. Coûts de stockage et de partage de données

Nous utilisons le serveur de l'unité BBF et les moyens de sauvegarde et d'archivage associés, dont les coûts de fonctionnement et de maintenance sont pris en charge par l'unité BBF. Pour la base de données et le catalogue en ligne géré par la société Bio-Aware, la licence a un coût de 4000€ annuel. Nos recettes via les prestations et les ventes de souches couvrent en parti ce montant, le reste étant pris en charge par l'unité BBF. Le risque de devoir changer d'outils pour un problème de coût est limité.

## VII. Partage et réutilisation des données

L'Europe a décidé de faciliter l'accès aux données générées par la recherche qu'elle génère, et a créé EOSC le cloud Européen. Le projet EOSC-Life, a été financé pour rendre accessibles les données associées à la biologie. Ce projet implique 13 infrastructures de recherche, soutenu par ESFRI (Health and Food Research Infrastructure), dont une dédiée aux ressources biologiques microbiennes : MIRRI (Microbial Ressources Research Infrastructure). Le projet IS-MIRRI-21 (démarré en février 2020) fédère 14 CRB microbiens de 10 pays Européens (dont la France représentée par INRAE-CIRM et l'Institut Pasteur). L'objectif d'EOSC-Life est d'exposer les données des infrastructures de recherche participantes et de rendre ces données interopérables pour les valoriser et construire l'Europe de la recherche. Pour atteindre cet objectif, le système d'information MIRRI-IS devant intégrer la globalité des données des collections participantes a été construit. Le CIRM est impliqué dans tous les work-packages (WP) d'EOSC-LIFE et d'IS-MIRRI-21 dont elle pilote le WP2 (« Research Strategy »). Dans ce cadre, il lui a été demandé de répondre aux exigences d'EOSC-LIFE pour rendre les données de IS-MIRRI-21 compatibles avec les principes FAIR.
La FAIRisation des données du CIRM passera par le projet européen IS-MIRRI-21. En effet, la solution choisie par les partenaires européens est aussi BioloMICS. De plus, l'intégralité des données publiées dans les interfaces Web des collections des CRB sont/seront exportées dans le SI européen. Comme les CRB ont construit leurs bases de données avec la même architecture que MIRRI, BioAware a déployé des outils automatiques d'exportation pour les clients déjà équipés de BioloMICS. Pour la volumétrie, on estime à 500 000 souches à déclarer dans le système (et leur données associées). Au fil du temps, les nouvelles souches seront intégrées automatiquement grâce au pipeline d'exportation. Le CIRM a proposé à MIRRI de s'appuyer sur la solution Dataverse Project portée par l'université d'Harvard. Ce choix est aussi conforté par son utilisation par d'autres instituts comme INRAE (dataINRAE), le CIRAD (DataCIRAD) ou l'IRD (DataSUD). Le dataverse de MIRRI (dataMIRRI) sera connecté à sa base de données (MIRRI-IS) et fera remonter automatiquement et d'une manière unique et pérenne (DOI) les informations des souches. La solution Dataverse Harvard permettra aux DOI et aux métadonnées associées d'être diffusée automatiquement dans DataCite, l'entrepôt européen de métadonnées. Le dataverse MIRRI sera livré courant 2022.

Les données du CIRM-CF sont donc actuellement consultables dans le système européen MIRRI-IS (lien) et à moyen terme connectées à son dataverse suivant le droit d'accessibilité attribué pour chacune.
# ANNEXE I

## REGISTRE DES ACTIVITÉS DE TRAITEMENT DE DONNEES DU CIRM-CF

### Coordonnées du responsable de l'organisme

(responsable de traitement ou son représentant si le responsable est situé en dehors de l'UE)

Nom : ROSSO Prénom : Marie-Noëlle

Adresse : UMR 1163 BBF, 163 av de Luminy

CP : 13009

Ville : Marseille

Téléphone : 0491828607 Adresse de messagerie :marie-noelle.rosso@inrae.fr

### Nom et coordonnées du délégué à la protection des données

(si vous avez désigné un DPO)

Nom : DPO INRAE

Société (si DPO externe) :

Adresse : 24, chemin de Borde Rouge - Auzeville

CP : 31326

Ville : Castanet Tolosan
Adresse de messagerie : cil-dpo@inrae.fr

## ACTIVITÉS DE L'ORGANISME IMPLIQUANT LE TRAITEMENT DE DONNÉES PERSONNELLES

Listez ici les activités pour lesquelles vous traitez des données personnelles.

<table><thead><tr><td>Activités</td><td>Désignation des activités</td></tr></thead><tbody><tr><td>Activité 1</td><td>Diffusion de matériels biologiques à des clients académiques ou industrielles</td></tr><tr><td>Activité 2</td><td>Ecoute et informations aux parties prenantes intéressées (hors client)</td></tr><tr><td>Activité 3</td><td>Gestion des fournisseurs/prestataires</td></tr><tr><td>Activité 4</td><td>Gestion des déposants de souches</td></tr><tr><td>Activité 5</td><td>Cliquez ici.</td></tr></tbody></table>

Une fiche de registre est disponible pour chaque activité