# Élément du portfolio - projet
METABARFOOD

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Olivier Rué

MalAGE - Migale

16 décembre 2024

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# Le métabarcoding

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* Migale possède une expertise reconnue en analyse de données de métabarcoding

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# Le projet METABARFOOD

* Projet financé Métaprogramme MEM (Méta-Omiques des Écosystèmes microbiens - 2015) porté par Delphine Sicard (SPO, INRAE Montpellier)

* Partenaires INRAE

* LUBEM (Université Brest), SPO (Montpellier), SayFood (Grignon/Saclay), Migale (Jouy-en-Josas)

* Objectifs

* Comparer les pipelines de métabarcoding et les marqueurs (ITS1, ITS2, D1/D2, RPB2) pour déterminer la diversité fongique dans différentes matrices alimentaires (Pain, Viande, Vin, Fromage)

* Tester ces approches sur des jeux de données synthétiques et réels

* Contexte

* Financement de la génération des données

* Délai entre le début du projet et l'acquisition des données

* Projet identifié comme une opportunité intéressante pour Migale

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* Échantillons

* 96 échantillons MOCKs (27-60 espèces) : 4 matrices x 4 marqueurs x 2 conditions (PCR/DNA) x 3 réplicats

* 144 Échantillons réels : 4 matrices x 4 marqueurs x 3 échantillons x 3 réplicats

* Séquençage Illumina Miseq 2x250 (GeT-PlaGe, INRAE Toulouse)
# De nombreux résultats issus du projet

* **Bioinformatique**

■ Benchmark des outils bioinformatiques

■ Données utilisées dans la publication de FROGS-ITS [1]

■ Développement d'une approche mixte DADA2+FROGS plus performante

* **Scientifique**

■ Création d'une banque de référence des 4 marqueurs pour les souches d'intérêt (472 au total)

■ Évaluation des marqueurs sur données synthétiques et réelles

* **Méthodologique**

■ Analyse des échantillons réels a nécessité la curation manuelle de 2,359 ASVs

■ Processus itératif mis en place sur tous les projets

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Maria Bernard, Olivier Rué, Mahendra Mariadassou and
Géraldine Pascal

Corresponding author: Géraldine Pascal, GenPhySE, Université de Toulouse, INRAE, ENVT, F-3

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RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

INRAE

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<footnote>[1] Maria Bernard, Olivier Rué, Mahendra Mariadassou, Géraldine Pascal</footnote>

<footnote>FROGS: a powerful tool to analyse the diversity of fungi with special management of multiple species</footnote>

<footnote>Briefings in Bioinformatics, Volume 22, Issue 6, November 2021, bbab318</footnote>

<footnote>https://doi.org/10.1093/bib/bbab318</footnote>
# Conclusion

* Projet...

* mené à son terme,

* valorisé

* et sur lequel on a capitalisé

* Nouvelles ressources à la fois bioinformatique ...

* Méthodologie intégrée dans FROGS v5.0.0 et aux formations associées

* et scientifique ...

* Résultats disponibles pour la communauté

* ... en appliquant les principes FAIR, en se basant sur les ressources institutionnelles

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Merci de votre attention

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RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Conseil
Général
français
References

1. Bernard M, Rué O, Mariadassou M, Pascal G. FROGS: a powerful tool to analyse the diversity of fungi with special management of internal transcribed spacers. Briefings in Bioinformatics. 2021;22. doi:10.1093/bib/bbab318.

2. Rué O, Coton M, Dugat-Bony E, Howell K, Irlinger F, Legras J-L, et al. Comparison of metabarcoding taxonomic markers to describe fungal communities in fermented foods. Peer Community Journal. 2023;3.

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