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open science

# Support écrit de l'atelier données Zone Atelier Armorique du 18/06/2024

Françoise Le Moal

► To cite this version:

Françoise Le Moal. Support écrit de l'atelier données Zone Atelier Armorique du 18/06/2024. 2024. hal-04791220

HAL Id: hal-04791220

https://hal.science/hal-04791220v1

Preprint submitted on 3 Apr 2025

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# Jeux de données de la Zone Atelier Armorique

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

Zones
Ateliers
LTSER FRANCE ARMORIQUE

Décrire

Publier sur **data.InDoRES**

Cataloguer sur **OSURIS**

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

Data.
InDoRES

Entrepôt de données
Inventaire des Données de la Recherche
en Environnement et Sociétés

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

OSURIS

Tutoriel pas à pas destiné aux membres de la Zone Atelier Armorique pour: (1) décrire un jeu de données dans un fichier 'ReadMe', (2) le déposer sur l'entrepôt data.InDoRES (INEE-CNRS), (3) créer une fiche de métadonnées sur OSURIS (catalogue OSUR) et (4) établir le lien.

Version utilisée pour la 'Data-Metadata Party ZAAr' du 18/06/2024
# Plan de la 'Data/Metadata Party' ZAAr 18/06/2024

1. Décrire un jeu de données dans un fichier 'readme'

2. Déposer un jeu de données sur l'entrepôt data.InDoRES (préconisé par l'INEE-CNRS)

3. Créer une fiche de métadonnées sur OSURIS (catalogue OSUR)

4. Lier l'entrepôt et le catalogue
# Jeux de données de la Zone Atelier Armorique

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

Zones
Ateliers

ARMORIQUE

## (1) Décrire son jeu de données avant de le publier et le cataloguer

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

Data.
InDoRES
Ensemble des Données de la Recherche
en Environnement et Société

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

OSURIS

Tutoriel pas à pas destiné aux membres de la Zone Atelier Armorique pour:

(1) Décrire son jeu de données dans un fichier 'ReadMe'

Version utilisée pour la 'Data-Metadata Party ZAAr' du 18/06/2024
(1) Décrire son jeu de données

Décrire son jeu de données avant de le déposer sur l'entrepôt data.InDoRES et de le cataloguer sur OSURIS

✓ Préconisations (1-1)

✓ Double saisie? (1-2)

✓ Contenu du 'readme' (1-3)

✓ Proposition de contenu (1-4)

✓ Exemples de readme (1-5)

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

LTSER FRANCE

Zones
Ateliers

ARMORIQUE

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

Data.
InDoRES

Entrepôt de données
Inventaire des Données de la Recherche
en Environnement et Societes

<figure><img src="image_11.png" /></figure>

OSURIS
## (1) Décrire son jeu de données : (1-1) préconisations

* On suppose que le jeu de données est prêt à être publié (tel qu'il pourrait être envoyé à une revue scientifique)

→ Pour la constitution & structuration du jeu de données, choix du format), voir les préconisations:

https://www.indores.fr/index.php/publier-mes-donnees-pas-pas

* On va préparer un fichier 'readme' décrivant le contenu de l'archive, du fichier. Ex: description des attributs, variables etc.

* Ce fichier 'read_me.txt' servira à compléter les métadonnées:

* ✓ d'une part sur l'entrepôt Data.InDoRES,

* ✓ d'autre part sur le catalogue (OSURIS ou bien Cat.InDoRES).
(1) Décrire son jeu de données : (1-2) double saisie?

• Question : « Aurai-je donc à saisir 2 fois les métadonnées? »

-> Pour l'instant oui!

1 saisie dans Data.InDoRES + 1 saisie dans le Geonetwork d'OSURIS

-> Dans un futur proche:

Une application est en cours de développement pour générer la création d'une fiche de métadonnées GeoNetwork à partir des métadonnées saisies sur Data.InDoRES, ce qui allègera la saisie. En attendant la finalisation et la diffusion de cette application encore en phase de test, on ne peut faire l'économie de la double saisie des métadonnées. D'où l'intérêt de soigneusement préparer le contenu des métadonnées dans un fichier 'readme' de description.
(1) Décrire son jeu de données: (1-3) contenu du 'readme'

- Ecrire un 'readme' préalablement à la saisie des métadonnées dans le catalogue et l'entrepôt sert à rassembler toutes les **informations** et **références** nécessaires à la compréhension de votre jeu de données.

→ Il est conseillé de fournir des informations précises et d'une qualité compatible avec une revue scientifique: il suffira de transmettre le DOI du jeu de données aux revues lors de publications scientifiques!

- Formats préconisés pour ce 'readme': texte (`.txt`), (`.csv`)

(data.InDoRES accepte les fichiers tableurs; donc le cas échéant, on peut rédiger le 'readme' sur une feuille de tableur si le jeu de données est au format tableur; mais de manière générale les tableurs sont déconseillés pour pérenniser les données)

- Pour vous guider, une **proposition de contenu disponible à l'URL:**

https://accueil.osuris.fr/tutoriel/les-metadonnees/ (au format .ods ou .xslx)

MetadataPartyZAAr2024 Fichier readme contenu A PREPARER.xslx (au format .xslx)

MetadataPartyZAAr2024 Fichier readme contenu A PREPARER.ods (au format .ods)
(1) Décrire son jeu de données:

(1-4) proposition ‘readme’ (page 1/3)

• Titre/intitulé/nom du jeu de données

• Date de création du jeu de données

• Date de publication du jeu de données

• Type de document (papier, numérique, audio, vidéo, tableur, carte etc.)

• Description/résumé du jeu de données

• Etat de finalisation du jeu de données

• Auteur(s) / contact(s)

• Affiliation /organisme

• Identifiant auteur

• Personne(s) ressource(s)
(1) Décrire son jeu de données:

(1-4) proposition ‘readme’ (page 2/3)

* Fréquence de mise à jour de votre jeu de données

* Mots-clés libres (ou thésaurus)

* Conditions d'utilisation, contraintes sur la ressource (sauf cas particuliers, licence CC-BY 4.0)

* Type de représentation spatiale (si pertinent)

* Résolution spatiale (si pertinent)

* Langue utilisée pour le jeu de données

* Encodage des caractères pour le jeu de données

* Sujet/grandes catégories: champs disciplinaires auxquels se rattache votre jeu données
(1) Décrire son jeu de données:

(1-4) proposition ‘readme’ (page 3/3)

• Etendue temporelle des données

• Emprise géographique des données (si pertinent)

• Format de distribution de la donnée

• Distributeur de la donnée

• Généalogie

• Auteur des métadonnées

• Point de contact pour les métadonnées
(1) Décrire son jeu de données: (1-5) exemple 1 de 'readme'

<figure><img src="image_12.png" /></figure>
(1) Décrire son jeu de données: (1-5) exemple 2 de ‘readme’

read_me.txt - Bloc-notes

Fichier Edition Format Affichage Aide

This is a data set on some morphological and physiological impacts of salinity on two isolated of
Two non axenic isolated colonial Microcystis aeruginosa strains (PMC1323.21 and PMC1262.20) were u
For these experiments, colonies of both strains were grown in BG11 medium in Erlenmeyer flasks and
For details see Bormans et al 2023 in MicrobiologyOpen

This data set contains the following sheets:

read_me

cell_diameter_1323.21

cell_diameter_1262.20

volume_colonies_7d_1262.20

volume_colonies_3d_1262.20

autofluorescence_1323.21

autofluorescence_1262.20

intercellular_spaceing_1262.20

Variable name Variable description Unit sheet

<table>
  <tbody>
    <tr>
      <td>S</td>
      <td>salinity</td>
      <td>all</td>
    </tr>
    <tr>
      <td></td>
      <td>cell diameter</td>
      <td>µm cell diameter 1323.21, cell diameter 1262.20</td>
    </tr>
    <tr>
      <td></td>
      <td>volume colonies</td>
      <td>µm<sup>3</sup> volume colonies 7 d 1262.20, volume colonies 3 d 1262.20</td>
    </tr>
    <tr>
      <td></td>
      <td>autofluorescence</td>
      <td>autofluorescence 1323.21, autofluorescence 1262.20</td>
    </tr>
    <tr>
      <td></td>
      <td>intercellular spacing</td>
      <td>µm intercellular spacing 1262.20</td>
    </tr>
    <tr>
      <td></td>
      <td>% dead cells</td>
      <td>%</td>
    </tr>
    <tr>
      <td></td>
      <td>time</td>
      <td>day or hours</td>
    </tr>
    <tr>
      <td>EtOH</td>
      <td>ethanol 80%</td>
      <td>autofluorescence 1323.21, autofluorescence 1262.20</td>
    </tr>
  </tbody>
</table>
# Bibliographie /webographie – documents utilisés

Pour élaborer ce support, les documents suivants ont été utilisés et adaptés pour la ZAAr (18/06/2024):

* « Tutoriel GeoNetwork – Mise à jour pour la session ‘Métadonnées Zone Atelier Armorique’ du 21 octobre 2021 » https://accueil.osuris.fr/tutoriel/les-metadonnees

* « Indigeo – Guide de saisie d'une fiche de métadonnées » https://indigeo.fr/wp-content/uploads/2022/06/indigeo_guide_metadonnees_juin2022.pdf

* « Guide utilisateurs pour l'entrepôt data.InDoRES », Callou C. & Hénon A., 2023 https://www.indores.fr/sites/default/files/documents/GuideUtilisateursDataInDoRES_nov2023.pdf

* « Fiche métadonnées Cat.InDoRES » https://www.indores.fr/nouveau-jeu-de-donnees:
Liens utiles

- Geocatalogue OSURIS, portail des données de l'OSUR: [https://www.osuris.fr/geonetwork/](https://www.osuris.fr/geonetwork/)

- Site web du projet OSURIS: [https://accueil.osuris.fr/](https://accueil.osuris.fr/)

- Entrepôt des données de l'INEE, Data.InDoRES: [https://data.indores.fr/](https://data.indores.fr/)

- Accès direct à la collection Zone Atelier Armorique (ZAAR) de Data.InDoRES: [https://data.indores.fr/dataverse/ZAAR](https://data.indores.fr/dataverse/ZAAR)

- Catalogue de données des Zones Ateliers, Cat.InDoRES (moissonne le catalogue de l'OSUR): [https://cat.indores.fr/geonetwork/ZA/](https://cat.indores.fr/geonetwork/ZA/)

- Site web de présentation du projet InDoRES: [https://www.indores.fr/](https://www.indores.fr/)

- Publier pas à pas : [https://www.indores.fr/index.php/publier-mes-donnees-pas-pas](https://www.indores.fr/index.php/publier-mes-donnees-pas-pas)

- Aide au choix de formats de données: [https://www.indores.fr/sites/default/files/documents/04FormatsListe.pdf](https://www.indores.fr/sites/default/files/documents/04FormatsListe.pdf)
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<figure><img src="image_14.png" /></figure>

<figure><img src="image_15.png" /></figure>

<figure><img src="image_16.png" /></figure>

<figure><img src="image_17.png" /></figure>

« Décrire son jeu de données avant de le déposer sur l'entrepôt data.InDoRES et de le cataloguer sur OSURIS », Le Moal F., Tutoriels Métadonnées ZAAr 2024

https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/