5. Les impacts de ces nouvelles techniques sur les capacités d'innovation des acteurs économiques;

6. Enjeux pour l'accès aux ressources génétiques liés à la propriété industrielle, en lien notamment avec le point 1;

7. L'analyse de l'interprétation juridique de la Commission européenne sur le statut réglementaire des nouvelles techniques dès lors qu'elle sera disponible;

8. En lien avec le point 7 proposer des pistes intermédiaires entre les dispositions du catalogue européen et celles de la directive 2001/18/CE, qui vous paraitraient utiles pour encadrer l'usage de ces nouvelles techniques sur le territoire européen, intégrant votre analyse des enjeux socio-économiques.

Ces travaux seront menés en priorité sur l'année 2016.

Nous vous prions de croire, Madame la Présidente, à l'assurance de notre considération distinguée.

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Ségolène ROYAL

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

Stéphane LE FOLL
# Annexe II Lettre de cadrage

## Mandat des GT NPBT 2

Le HCB a été saisi le 22 février 2016 par Ségolène Royal et Stéphane le Foll de la question des nouvelles techniques de sélection végétale (NPBT). Il lui est demandé d'élargir son expertise à 8 points, et ce « pour les techniques qu'il n'a pas identifiées comme susceptibles d'entrer dans le champ de la directive 2001/18/CE ».

En préalable, le Bureau du HCB rappelle que la directive 2001/18/CE vise les techniques qui produisent des produits classés comme OGM selon une définition qui n'a pas été actualisée depuis sa rédaction. Cette directive soumet certains de ces produits à différentes règles : évaluations, traçabilité, etc. Elle en exempte d'autres (annexe IB). La directive ayant été rédigée à une époque où les nouvelles techniques de sélection végétale (NPBT) n'existaient pas, un certain nombre de questions se posent :

- les nouvelles techniques produisent-t-elles des produits qualifiables « OGM » selon la définition de la directive 2001/18/CE ?

- dans l'affirmative, ces OGM doivent-ils être soumis à des exigences réglementaires (notamment d'évaluation préalable à leur culture et commercialisation) ou exemptés ?

- si des exigences réglementaires s'imposent, celles prévues par la directive 2001/18/CE sont-elles adaptées aux caractéristiques des différentes NPBT ou de leurs produits ?

- à défaut, quelles autres modalités d'évaluation seraient pertinentes ?

Si la plupart de ces questions relèvent de choix politiques qui n'incombent pas au HCB, il lui revient en revanche de fournir aux autorités compétentes les éléments scientifiques, techniques, économiques, éthiques et sociaux de nature à éclairer leurs choix.

Le Bureau du HCB souhaite rappeler ce que les deux comités ont jusqu'ici produit dans cette perspective et les modalités selon quelles ils devront travailler.

I.

Le Bureau du HCB a demandé au comité scientifique (CS) d'éclairer deux points :

- la qualification des produits qui sont issus de ces techniques : doivent-ils ou non être considérés comme des OGM au sens de la directive 2001/18/CE ?

- les éventuels risques environnementaux et sanitaires liés aux techniques utilisées.

Sur la première question, le CS s'est accordé sur le fait que, à l'exception de certains types de RDdM et de l'agroinfiltration utilisée pour des productions transitoires, ces techniques pourraient entrer dans le champ des techniques donnant lieu à la production d'OGM au sens de la définition de la directive 2001/18/CE.

Sur la deuxième question, le CS du HCB a précisé qu'il ne pouvait identifier de risque intrinsèque aux nouvelles techniques considérées. Les risques éventuels découleraient de l'utilisation qui pourrait être faite de ces techniques et des produits obtenus ou des pratiques associées à leurs caractéristiques. Dans cette logique, le CS a comparé, d'un point de vue biologique, les produits des NPBT avec ceux obtenus par des techniques soumises à la directive 2001/18/CE et avec ceux obtenus par des techniques qui en sont
exemptées (annexe IB). Le CS a conclu que certains produits des NPBT sont biologiquement comparables
à des produits exclus du champ d'application de cette directive.

Du côté du CEES, les organisations et personnalités qualifiées ont été invitées à faire état de leurs points de vue sur la question des NPBT et de leurs impacts potentiels aux plan économique, éthique et social. Ces contributions ont été compilées et ont fait l'objet d'une synthèse. Par ailleurs, un travail d'analyse juridique a été conduit par le Secrétariat du HCB, résumant les nombreuses analyses juridiques existantes (en Europe notamment) relatives au statut des NPBT et les deux personnalités du CEES qualifiées au titre de leurs compétences en droit ont, toutes deux, produit des éléments d'analyse détaillés sur cette question.

II.

La saisine ministérielle en date du 22 février 2016 invite le HCB à élargir son expertise à une série de questions. Elle précise que ces questions concernent « les techniques qui n'ont pas été identifiées par le HCB comme susceptibles d'entrer dans le champ de la directive 2001/18 CE ». Comme rappelé plus haut, dans sa note du 4 février 2016, le CS du HCB a énoncé qu'en majorité<fnref n="1" />, les produits issus de l'utilisation de ces nouvelles techniques répondent à la définition d'OGM au sens de la directive 2001/18/CE et que certains d'entre eux sont biologiquement comparables aux produits exemptés du champ d'application de cette directive. On rappellera, par ailleurs, que c'est aux pouvoirs publics qu'il revient de trancher la question de savoir s'il faut réglementer ou non les produits issus de ces techniques et, si oui, sur le fondement de quel dispositif juridique. La saisine demande au HCB qu'il fournisse les éléments nécessaires à la construction de cette décision.

Afin de proposer la réponse la plus complète possible, le Bureau du HCB a décidé d'ouvrir cette saisine à l'ensemble des techniques qui ont déjà été traitées lors de la première phase de réflexion. De plus le Bureau souhaite que les groupes de travail discutent aussi de techniques émergentes telles que la biologie de synthèse et d'autres techniques exploitant l'épigénétique.

Cela posé, les groupes de travail du HCB s'interrogeront sur les points suivants (dont le Bureau précise ci-dessous lesquels relèvent de quel(s) comité(s)) :

1. Pour le CS et le CEES : Les méthodes d'analyse et de traçabilité des produits issus des techniques étudiées ;

2. Pour le CS et le CEES : les enjeux pour la coexistence des filières ;

3. Pour le CS : les risques directs pour la santé et l'environnement liés aux caractéristiques nouvelles des produits obtenus ;

4. Pour le CS : si de tels risques sont mis en évidence, les mesures de gestion à mettre en place pour prévenir et limiter les risques pour la santé et l'environnement liés à l'utilisation de produits issus de ces nouvelles techniques ;

<footnote n="1">¹ Sauf pour le RdDM dans certains cas ainsi que certaines utilisations de l'agroinfiltration.</footnote>
5. Pour le CEES : les impacts de ces nouvelles techniques sur les capacités d'innovation des acteurs économiques ;

6. Pour le CEES : les enjeux pour l'accès aux ressources génétiques liés à la propriété industrielle, en lien notamment avec le point 1 ;

7. Le point 7 sera traité ultérieurement ;

8. Pour le CS et le CEES : proposer des pistes intermédiaires entre les dispositions du catalogue européen d'inscription des variétés et celles de la directive 2001/18/CE qui paraîtraient utiles pour encadrer l'usage de ces nouvelles techniques sur le territoire européen, intégrant l'analyse des enjeux socio-économiques.
Annexe III Liste des membres du Groupe de Travail

Le rapport du groupe de travail a été élaboré à partir des discussions qui ont eu lieu au sein du groupe de travail du CS du HCB entre le 29 mars et le 15 juin 2016 sous la responsabilité du rapporteur du CS Marie-Bérengère Troadec.

Le groupe de travail du CS du HCB est un groupe pluridisciplinaire composé de personnalités scientifiques choisies pour leur expertise afin de répondre aux questions posées dans la saisine. Par ordre alphabétique des noms de famille, le GT du CS du HCB est compose de :

Frédérique Angevin, Claude Bagnis, Cécile Collonnier, Marie-Anne Félix, Jeanne Garric, Philippe Guerche, Valérie Le Corre, Thierry Orsière, Michel Renard et Marie-Bérengère Troadec.

Le groupe de travail a auditionné deux experts externes ayant une expertise dans le domaine de l'épigénétique et des effets hors-cibles des CRISPR/Cas9 :

Vincent Colot et Jean-Paul Concordet.

Ces deux experts ont été entendus dans le cadre des travaux du groupe de travail mais n'ont pas pris part à la rédaction du rapport ni aux discussions qui ont eu lieu au sein du groupe de travail.
# Annexe IV Liste des membres du comité scientifique

## Séance plénière du 13 juillet (matin)

**présents :**

Jean-Christophe Pagès, Président, Claudine Franche, Vice-présidente, Pascal Boireau, Vice-président,
et par ordre alphabétique des noms de famille :

Claude Bagnis, Bruno Chauvel, Denis Couvet, Elie Dassa, Hubert de Verneuil, Joël Guillemain, Guillermina Hernandez-Raquet, Bernard Klonjkowski, Olivier Lemaire, Didier Lereclus, Rémi Maximilien, Nadia Naffakh, Didier Nègre, Sergio Ochatt, Catherine Regnault-Roger, Michel Renard, Patrick Saindrenan, Pascal Simonet, Marie-Bérengère Troadec, Bernard Vaissière, Jean-Luc Vilotte.

**- absents, représentés :**

Philippe Guerche, Eliane Meurs.

**- absents, excusés :**

Avner Bar Hen, Marie-Anne Barny, Philippe Berny, Yves Bertheau (démissionnaire), Thierry Brévault, Nathalie Eychenne, André Jestin, Marc Lavielle, Valérie Le Corre, Jean-Louis Noyer, Daniel Parzy.

## Séance plénière du 13 juillet (après-midi)

**présents :**

Jean-Christophe Pagès, Président, Pascal Boireau, Vice-président,
et par ordre alphabétique des noms de famille :

Claude Bagnis, Bruno Chauvel, Denis Couvet, Elie Dassa, Hubert de Verneuil, Joël Guillemain, Guillermina Hernandez-Raquet, Didier Lereclus, Rémi Maximilien, Didier Nègre, Sergio Ochatt, Catherine Regnault-Roger, Michel Renard, Patrick Saindrenan, Pascal Simonet, Marie-Bérengère Troadec, Bernard Vaissière, Jean-Luc Vilotte.

**- absents, représentés :**

Claudine Franche, Philippe Guerche, Eliane Meurs.

**- absents, excusés :**

Avner Bar Hen, Marie-Anne Barny, Philippe Berny, Yves Bertheau (démissionnaire), Thierry Brévault, Nathalie Eychenne, André Jestin, Bernard Klonjkowski, Marc Lavielle, Valérie Le Corre, Nadia Naffakh, Jean-Louis Noyer, Daniel Parzy.

## Séance plénière du 21 septembre (matin)

**présents :**

Jean-Christophe Pagès, Président, Claudine Franche, Vice-présidente, Pascal Boireau, Vice-président,
et par ordre alphabétique des noms de famille :

Claude Bagnis, Avner Bar Hen, Marie-Anne Barny, Bruno Chauvel, Denis Couvet, Elie Dassa, Hubert de Verneuil, Joël Guillemain, Guillermina Hernandez-Raquet, Bernard Klonjkowski, Marc Lavielle,
Valérie Le Corre, Didier Lereclus, Rémi Maximilien, Eliane Meurs, Nadia Naffakh, Didier Nègre, Jean-Louis Noyer, Sergio Ochatt, Catherine Regnault-Roger, Michel Renard, Patrick Saindrenan, Pascal Simonet, Marie-Bérengère Troadec, Jean-Luc Vilotte.

- absents, représentés :

Thierry Brévault, Philippe Guerche, Olivier Lemaire.

- absents, excusés :

Philippe Berny, Yves Bertheau (démissionnaire), Nathalie Eychenne, André Jestin, Daniel Parzy, Bernard Vaissière.

## Séance plénière du 21 septembre (après midi)

- présents :

Jean-Christophe Pagès, Président, Claudine Franche, Vice-présidente, et par ordre alphabétique des noms de famille :

Claude Bagnis, Marie-Anne Barny, Bruno Chauvel, Denis Couvet, Joël Guillemain, Guillermina Hernandez-Raquet, Bernard Klonjkowski, Olivier Lemaire, Didier Lereclus, Rémi Maximilien, Nadia Naffakh, Jean-Louis Noyer, Sergio Ochatt, Michel Renard, Patrick Saindrenan, Pascal Simonet, Marie-Bérengère Troadec, Jean-Luc Vilotte.

- absents, représentés :

Pascal Boireau, Elie Dassa, Hubert de Verneuil, Philippe Guerche, Eliane Meurs, Catherine Regnault-Roger, Bernard Vaissière.

- absents, excusés :

Avner Bar Hen, Philippe Berny, Yves Bertheau (démissionnaire), Thierry Brévault, Nathalie Eychenne, André Jestin, Marc Lavielle, Valérie Le Corre, Didier Nègre, Daniel Parzy.

## Séance plénière du 23 novembre (matin)

- présents :

Jean-Christophe Pagès, Président, Claudine Franche, Vice-présidente, Pascal Boireau, Vice-président et par ordre alphabétique des noms de famille :

Claude Bagnis, Marie-Anne Barny, Thierry Brévault, Denis Couvet, Hubert de Verneuil, Philippe Guerche, Joël Guillemain, Guillermina Hernandez-Raquet, Bernard Klonjkowski, Marc Lavielle, Valérie Le Corre, Olivier Lemaire, Didier Lereclus, Rémi Maximilien, Eliane Meurs, Didier Nègre, Sergio Ochatt, Catherine Regnault-Roger, Patrick Saindrenan, Pascal Simonet, Marie-Bérengère Troadec, Bernard Vaissière, Jean-Luc Vilotte.

- absents, représentés :

Elie Dassa, Nadia Naffakh, Michel Renard.

- absents, excusés :
Avner Bar Hen, Philippe Berny, Yves Bertheau (démissionnaire), Bruno Chauvel, Nathalie Eychenne, André Jestin, Jean-Louis Noyer, Daniel Parzy.

## Séance plénière du 23 novembre (après-midi)

- présents :

Jean-Christophe Pagès, Président, Claudine Franche, Vice-présidente

et par ordre alphabétique des noms de famille :

Claude Bagnis, Marie-Anne Barny, Thierry Brévault, Denis Couvet, Hubert de Verneuil, Philippe Guerche, Joël Guillemain, Guillermina Hernandez-Raquet, Bernard Klonjkowski, Marc Lavielle, Valérie Le Corre, Olivier Lemaire, Didier Lereclus, Rémi Maximilien, Eliane Meurs, Didier Nègre, Sergio Ochatt, Catherine Regnault-Roger, Patrick Saindrenan, Pascal Simonet, Marie-Bérengère Troadec, Bernard Vaissière, Jean-Luc Vilotte.

- absents, représentés :

Pascal Boireau, Elie Dassa, Nadia Naffakh, Michel Renard.

- absents, excusés :

Avner Bar Hen, Philippe Berny, Yves Bertheau (démissionnaire), Bruno Chauvel, Nathalie Eychenne, André Jestin, Jean-Louis Noyer, Daniel Parzy.

## Séance plénière du 15 décembre (matin)

- présents :

Jean-Christophe Pagès, Président, Claudine Franche, Vice-présidente, Pascal Boireau, Vice-président

et par ordre alphabétique des noms de famille :

Claude Bagnis, Marie-Anne Barny, Thierry Brévault, Bruno Chauvel, Denis Couvet, Elie Dassa, Hubert de Verneuil, Guillermina Hernandez-Raquet, Valérie Le Corre, Olivier Lemaire, Didier Lereclus, Didier Nègre, Sergio Ochatt, Catherine Regnault-Roger, Michel Renard, Pascal Simonet, Marie-Bérengère Troadec, Bernard Vaissière, Jean-Luc Vilotte.

- absents, représentés :

Philippe Guerche, Joël Guillemain, Bernard Klonjkowski, Eliane Meurs, Nadia Naffakh, Jean-Louis Noyer, Patrick Saindrenan.

- absents, excusés :

Avner Bar Hen, Philippe Berny, Yves Bertheau (démissionnaire), Nathalie Eychenne, André Jestin, Marc Lavielle, Rémi Maximilien, Daniel Parzy.
# Annexe V risques non spécifiques et/ou indirects

## Risques liés à des caractères déjà obtenus par des techniques réglementées ou non réglementées

Si les modifications induites restent dans le domaine de variabilité de l'espèce et de ses apparentés, les dangers seront les mêmes que ceux résultant de la sélection classique<fnref n="99" />.

Parmi les impacts sur les agrosystèmes déjà observés pour des plantes obtenues par des techniques réglementées ou non, certains étaient prévisibles et ont déjà largement été observés : il s'agit du contournement des gènes de résistance suite à l'évolution des organismes pathogènes ciblés (Burdon et al., 2014; Jones et al., 2014). De façon similaire, plusieurs populations d'espèces cibles des variétés exprimant une protéine Bt présentent une résistance (Devos et al., 2013; Tabashnik et al., 2013). Des effets inattendus ont parfois été observés : le cas souvent cité est celui des variétés de maïs portant le cytoplasme de stérilité « Texas » qui se sont avérées sensibles à l'helminthosporiose (Smith et al., 1971; Tatum, 1971).

* Risques directs<fnref n="100" /> pour la santé humaine

Il s'agit d'une part, de la **toxicité potentielle** des composés nouveaux qui seraient présents dans la plante et ses sous-produits ou de leur impact en termes **d'équilibre nutritionnel**, en association avec l'exposition alimentaire ; d'autre part, de possibles phénomènes **allergiques** suite à des expositions par voie aérienne (pollen), cutanée (chez les travailleurs notamment) et alimentaire. Ces risques sont communs à toute nouvelle variété.

* Risques directs pour la santé des écosystèmes

Un premier type de risque concerne la dispersion et le risque **d'invasion** des communautés végétales naturelles, si les caractéristiques phénotypiques nouvelles de la variété sont susceptibles d'accroître sa capacité à persister dans les parcelles agricoles en formant des populations de repousses, à se disperser hors des milieux cultivés (populations férales) (Garnier and Lecomte, 2006; Garnier et al., 2006, 2008) jusqu'à éventuellement envahir des milieux naturels (ce qui n'a jamais été observé pour une plante cultivée à ce jour). Ce premier type de risque peut se réaliser également **via** le flux de gènes par le pollen vers des formes sauvages de la même espèce ou des espèces sauvages apparentées (Chèvre et al., 1997), si les hybrides possèdent une capacité accrue de persistance et/ou d'invasion (là également pas d'observation à ce jour).

<footnote n="99">⁹⁹ Bien que l'insertion d'une séquence codant un gène unique recherché par une NPBT puisse être considérée comme moins risquée que l'introgression classique par croisement et rétrocroisements d'une région codant ce même gène.</footnote>

<footnote n="100">¹⁰⁰ Selon la directive 2001/18/CE</footnote>
Un second type de risque concerne les impacts sur la biodiversité *via* les **modifications des interactions écologiques et notamment trophiques** entre la plante et des organismes pathogènes parasites ou consommateurs, ainsi que mutualistes ou symbiotes, ces organismes pouvant être issus de l'ensemble de la biodiversité du vivant (bactéries, champignons, plantes, insectes, autres animaux, etc.). Dans le cas de caractères visant directement à rendre la variété résistante ou tolérante à des bio-agresseurs, ou visant à améliorer la qualité de l'interaction avec des symbiotes, il est utile de distinguer les effets sur les organismes cibles des effets sur les organismes non-cibles. Les risques directs concernent par exemple la toxicité vis-à-vis de consommateurs animaux non-cibles, l'effet sur les communautés de la limitation d'une espèce cible (remplacement d'espèce) ou l'évolution de résistances chez l'espèce cible en réponse à la pression évolutive exercée par la variété.

* Risques indirects<sup>101</sup> :

Ils peuvent résulter des modifications des pratiques agricoles (notamment celles associées aux
nouvelles variétés, comme l'usage de certaines matières actives (Bohan et al., 2005; Bonny, 2016;
Lamichhane et al., 2016), des modifications d'habitats pour des espèces désirées ou indésirables,
compte tenu de la multiplication de variétés « modifiées » (facilité de développement, pression
évolutive).

Cas particulier de la résistance aux herbicides : dans le cas de l'obtention de plantes tolérantes à des herbicides, une expertise collective de l'INRA est disponible<sup>102</sup>. Cette question pourra être abordée par toute instance, y compris le HCB, dans un groupe de travail dédié.

La gestion de ces risques lors de l'utilisation de techniques réglementées (OGM) ou non réglementées (sélection classique, mutagenèse aléatoire) fait intervenir des systèmes de biovigilance qui permettent généralement d'identifier et de limiter l'apparition de ce type de risques, et d'en éviter le développement.

Les risques potentiels découlant des caractères recherchés sont différents pour chaque caractère obtenu, et ne sont pas influencés par la technique qui a permis de les obtenir.

Risques liés à l'impact de l'homme sur le rythme de l'évolution des organismes
cultivés

Le contrôle des modifications chez les espèces cultivées peut induire une augmentation de la vitesse d'évolution phénotypique dirigée par l'homme. Ces modifications dirigées s'affranchissent des règles de l'évolution biologique basées sur des événements de mutation et de recombinaison au hasard, elles sont suivies de sélection naturelle (Vigouroux et al., 2011). Ainsi, l'homme pourrait encore accentuer son impact sur les organismes vivants qu'il cultive par rapport à celui induit par la domestication et la sélection de variations produites au hasard. L'homme a ainsi un effet non négligeable sur son environnement.

<footnote n="101">101 Au titre de la directive 2001/18/CE</footnote>

<footnote n="102">¹⁰² https://www6.paris.inra.fr/depe/Projets/Varietes-Vegetales-Tolerantes-aux-Herbicides</footnote>
Toutefois, depuis leur domestication, les plantes cultivées suivent un schéma évolutif dépendant de
la sélection par les agriculteurs et les sélectionneurs (Vigouroux et al., 2011). Ainsi jusqu'à
récemment, la sélection artificielle des plantes par l'homme n'était pas fondée sur une connaissance
particulière des gènes impliqués. Ceci a changé dans les dernières années. Depuis une vingtaine
d'années sont en effet apparues des techniques de mutagenèse au hasard suivies d'une sélection
moléculaire de la modification désirée, généralement une délétion du gène (Mba, 2013; McCallum et
al., 2000; Parry et al., 2009; Suprasanna et al., 2015; Tadele et al., 2010).

Les 20 dernières années ont aussi vu la possibilité de cribler rapidement au laboratoire une grande
combinatoire de modifications au hasard à plusieurs endroits d'un gène ou dans plusieurs gènes
simultanément, une approche souvent appelée " évolution dirigée " (même si elle utilise hasard et
sélection au laboratoire). Une alternative est le design rationnel (Castle, 2004; Dixon et al., 2003;
Rao, 2008; Yuan et al., 2005). Dans les deux cas, l'amélioration d'une protéine ou d'une voie
physiologique au laboratoire est suivie de son introduction par mutagenèse dirigée ou transgenèse
dans l'organisme d'intérêt.

Effet « reine rouge » sur la biodiversité

Le changement de paramètres évolutifs, tel que le taux d'évolution phénotypique, pourrait
provoquer des changements qualitatifs dans les interactions entre espèces et avoir des répercussions
profondes sur les écosystèmes, selon l'adoption de ces plantes.

Les effets globaux sur la biodiversité sont difficilement prévisibles car fortement dépendants du
degré d'exposition de l'environnement (adoption, modification de l'assolement, comme c'est le cas
pour les cultures actuellement). Cependant on peut mentionner :

* Une pression de sélection accrue sur les bioagresseurs cibles (pathogènes, insectes) en cas de déploiement accéléré et généralisé de gènes de résistance dans les variétés cultivées. L'issue d'une telle augmentation de la pression de sélection est incertaine. En théorie, si les NPBT permettent l'accumulation simultanée, au sein des variétés de plantes, de multiples gènes de résistance majeurs et/ou de résistances quantitatives, la capacité des bioagresseurs à évoluer en réponse à cette nouvelle pression de sélection serait diminuée (Burdon et al., 2014; Jones et al., 2014). Cependant, un déploiement inapproprié des combinaisons de gènes de résistance pourrait conduire à l'effet inverse. D'autre réponses évolutives peuvent aussi se produire, tels que des changements de spectre d'hôte, les bioagresseurs devenant nuisibles pour de nouvelles espèces, une évolution également observée dans des cultures non génétiquement modifiées (Stukenbrock and McDonald, 2008).

* Une extension de l'agriculture dans de nouveaux milieux en cas d'introduction de variétés de plantes tolérantes à des conditions extrêmes telles que sécheresse et salinité. Une augmentation des surfaces agricoles si les caractères des plantes permettent des usages nouveaux tels que la chimie du végétal (biocarburants,
polymères, molécules thérapeutiques etc)<fnref n="103" />. L'augmentation des surfaces agricoles est la première cause de diminution de la biodiversité (Newbold et al., 2015), les écosystèmes non cultivés étant remplacés par des agro-écosystèmes. Il faut noter cependant que des impacts positifs peuvent aussi être attendus (par exemple par l'augmentation de la séquestration du carbone dans les sols qui pourrait aboutir à une baisse de l'émission de certains gaz à effets de serre ou *via* la réduction de l'usage des ressources fossiles).

Le CS du HCB indique que la majorité des méthodes de sélection, NPBT ou conventionnelles, peuvent présenter un biais dû à l'échantillonnage utilisé pour le re-semis (Vigouroux et al., 2011), qui nécessiterait des interventions correctives.

Par ailleurs le CS du HCB précise que les questions liées à la modification volontaire de plantes non cultivées (par exemple la modification de l'ambroisie afin de la rendre moins allergène) devront être discutées dans le cadre d'un questionnement différent.

## Risques liés à la persistance éventuelle des outils de vectorisation

Dans le cas de l'utilisation de SDN, RdDM, ségrégants négatifs, cisgenèse, intragenèse, plusieurs méthodes d'introduction cellulaire des réactifs (vectorisations) sont possibles (cf. section 2.3). Ces méthodes ne concernaient jusqu'à maintenant que les OGM "classiques". Certains pays comme les États-Unis distinguent le type de vectorisation pour autoriser une plante génétiquement modifiée<fnref n="104" />, régulant par exemple d'une manière spécifique l'utilisation de bactéries ou de virus.

En cas de vectorisation par la bactérie *Agrobacterium* et d'agro-infiltration, un risque de propagation de la bactérie portant un ADN-T modifié avec des séquences d'autres bactéries ou des séquences eucaryotes dans l'environnement apparaît. Cette dissémination est elle-même régulée et doit donc être vérifiée dans le cadre de son utilisation en milieu confiné pour l'obtention de SDN, RdDM, ségrégants négatifs, cisgène, intragène. La bactérie peut être éliminée par des traitements antibiotiques adéquats mais il faut s'assurer qu'elle est effectivement absente avant une éventuelle utilisation de ces plantes en milieu non confiné<fnref n="105" />. Ceci demande que la vectorisation et l'absence de dissémination de la bactérie au cours du processus et dans les plantes commercialisées soient documentées.

Dans le cas d'une vectorisation passant par un épisome auto-réplicatif (par exemple des séquences virales), cette auto-réplication peut persister. La plupart des séquences virales utilisées ne passent normalement pas dans les gamètes (voir 2.6.1), mais en l'absence de recul sur la question, ceci doit être vérifié.

Dans le cas de la biolistique, d'un passage par protoplastes ou de la régénération d'une plante à partir d'une cellule, de nombreuses modifications génétiques et épigénétiques non recherchées sont inévitables (voir effets hors-cible).

<footnote n="103">¹⁰³http://institut.inra.fr/Missions/Eclairer-les-decisions/Prospectives/Toutes-les-actualites/Prospective-Agrimonde-Terra</footnote>

<footnote n="104">¹⁰⁴ https://www.aphis.usda.gov/aphis/ourfocus/biotechnology/SA_Regulations</footnote>

<footnote n="105">¹⁰⁵ Le CS rappelle toutefois que, actuellement, les utilisations envisagées sont pour la plupart en milieu confiné.</footnote>
## Risques liés aux méthodes de sélection des modifications

Dans le cas des techniques de cisgenèse, intragenèse, transgenèse, SDN et RdDM, des risques additionnels concernent la persistance des marqueurs de sélection (souvent des transgènes provenant d'autres espèces ; cf. section 2.4). Il faut s'assurer que ces marqueurs de sélection ont été éliminés et que leur élimination n'a pas provoqué de dommages. Si ces marqueurs de sélection demeurent, les plantes sont alors de facto réglementairement des OGM et doivent être évaluées comme tels.

## Risques liés à l'expression d'ARN interférents dans la plante

Une sous-catégorie de la cisgenèse (cisgenèse d'un gène de micro-ARN par exemple) et de l'intragenèse consiste en l'expression d'un micro-ARN, d'un ARN antisens ou d'un ARN double brin interférant avec l'expression des gènes par divers mécanismes (Auer and Frederick, 2009). Dans ce cas, l'ARN interférent peut causer des effets hors-cible de modification de l'expression génétique (Molesini et al., 2012; Xu et al., 2006). Les plantes possédant des enzymes d'amplification des petits ARN, ceux-ci peuvent être amplifiés dans la plante et se propager dans différentes cellules.

La spécificité des petits ARNs d'une taille de l'ordre de 20-25 paires de base est faible (Xu et al., 2006), surtout celle des micro-ARNs qui peuvent réprimer des cibles avec des mésappariements de plusieurs paires de bases (Molesini et al., 2012). Ceci peut affecter l'expression de nombreux gènes et donc en principe le phénotype de la plante, tel ses capacités de dispersion ou la production de métabolites et toxines, si la plante contient de tels gènes. Les plantes expriment de nombreux microARN qui, par mutation, pourraient avoir ce type d'effet. Il n'y actuellement, à notre connaissance, pas de cas d'induction de toxine par mutation d'un microARN.

## Risques liés à la dissémination des ARN interférents dans l'environnement

Dans le cas d'intragenèse consistant à exprimer des ARN interférents, des ARN double brin peuvent être disséminés dans l'environnement et affecter d'autres organismes. En effet, certains organismes (nématodes, arthropodes, eucaryotes unicellulaires, etc.) peuvent importer les ARN double brin de l'environnement<fnref n="106" />. Les ARN double brin pourraient donc aussi atteindre d'autres organismes non ciblés et les affecter (Ramesh, 2013).

Ces effets hors-cible sont cependant difficiles à prévoir et il serait impossible de tester tous les organismes qui peuvent être rencontrés dans les conditions agricoles.

## Risques liés aux effets systémiques et multigénérationnels non intentionnels

Dans le cadre de la technique RdDM, un effet multigénérationnel non strictement génétique (méthylation de l'ADN) est désiré, mais des effets à d'autres locus peuvent aussi être produits de manière non intentionnelle. Comme ci-dessus, ceci peut affecter l'expression de nombreux gènes.

<footnote n="106">¹⁰⁶ Ce phénomène est en particulier utilisé pour cibler un gène d'un organisme pathogène autre que la plante, par exemple un insecte (Younis et al., 2014). Ce ciblage d'un autre organisme fait partie d'un cas de transgène étranger (OGM classique) et ne rentre donc pas dans la catégorie de l'intragenèse.</footnote>
Dans le cas des greffes, de tels effets non intentionnels peuvent survenir par propagation systémique dans la plante de petits ARN interférents.

Dans le cas des ségrégants négatifs, des effets multigénérationnels non intentionnels, en particulier via des méthylations de l'ADN, peuvent survenir. Ce type d'effet multigénérationnel peut aussi être observé lors de croisements interspécifiques, ou même lors des croisements classiques au sein de la même espèce.

Le CS précise qu'un risque de même nature existe théoriquement lors de croisements, sans qu'il ait pu être observé.

## Risques liés à la dépendance aux contextes génomique et environnemental

De la même manière que deux modifications génétiques combinées peuvent provoquer des phénotypes inattendus, chaque modification interagit avec le reste du fonds génomique et l'environnement. La modification de l'expression du caractère sous l'effet des conditions environnementales est prise en compte lors de tests de nouvelles variétés dans différentes conditions environnementales, qui ne peuvent cependant pas couvrir toutes les conditions possibles. Pour l'instant, le recours à des modèles pour compléter ou remplacer les expérimentations n'est pas envisageable car les modèles statistiques d'interaction génotype x environnement ou ceux incluant des co-variables génomiques ont plus un caractère explicatif que prédictif (Gauffreteau et al., 2016; Gauffreteau, A. et al., 2015; Heslot et al., 2014).

La modification par le contexte génomique serait pertinente si l'autorisation d'une modification génétique était donnée de manière indépendante du fonds génétique (le reste du génome) utilisé. L'introduction de la même modification dans un autre fonds génétique de la même espèce et a fortiori d'une autre espèce peut avoir des effets différents sur le phénotype et sa variabilité (Chandler et al., 2013; Hall et al., 2007; Roles et al., 2016).

## Risques liés aux modifications hors-cible non intentionnelles du génome dues à la vectorisation et à la régénération.

* Modifications non intentionnelles du génome dues à l'utilisation de protoplastes, d'Agrobacterium de transfection et/ou de régénération

Dans le cas de la biolistique, d'un passage par protoplastes ou de la régénération de plante à partir d'une cellule, des modifications génétiques et épigénétiques (dont certaines héréditaires), non recherchées, sont fréquentes, y compris des altérations de dosages chromosomiques (Bairu et al., 2011; van den Bulk et al., 1990; Jiang et al., 2011; Kaepler et al., 1990; Machczyńska et al., 2015; Ong-Abdullah et al., 2015; Rhee et al., 2010; Stelpflug et al., 2014). De plus, la régénération d'une plante entière à partir de cellules non différentiée est réalisée dans le cadre de la propagation clonale de variétés obtenues par sélection classique. La raison pour laquelle un génotype peut fournir des phénotypes divers sous les mêmes conditions de culture reste encore mal comprise (Krishna et al., 2016) mais, certaines des sources étant connues, des actions peuvent être entreprises pour en réduire l'impact sur les plantes régénérées (Bairu et al., 2011). Elles incluent i) le choix d'un génotype exempt de variations ou mutations in vivo associé à la régénération par embryogenèse plutôt que par organogenèse (si disponible), ii) une diminution du nombre de repiquages entre la mise en culture des explants et la régénération, iii) l'utilisation de concentrations de régulateurs de
croissance aussi faibles que possible afin de raccourcir au maximum la phase de prolifération de tissus non différenciés avant la régénération et favoriser un meilleur contrôle du cycle cellulaire, et, iv) d'éviter l'action des effecteurs connus du stress oxydatif à l'origine des cassures et des risques d'hyper- et hypométhylation de l'ADN. La transformation par *Agrobacterium* peut aussi occasionnellement produire des modifications non intentionnelles, par exemple par insertion d'ADN chromosomique de la bactérie (Ülker et al., 2008) ou par cassures d'ADN-T (Schouten and Jacobsen, 2007).

Une publication a montré que dans le cas où des protoplastes de plantes étaient transfectés avec un plasmide codant à la fois la nucléase et l'ARN guide, il arrivait que dans 0,06% à 0,14% des cas, de petites insertions d'ADN provenant du plasmide puissent avoir lieu au site de coupure (Kim and Kim, 2016).

Dans le cas de l'**agro-infiltration**, l'intégration non recherchée des transgènes peut provoquer des effets hors-cible de même nature.

Le CS rappelle cependant qu'avec 20 ans de recul sur la génération de plantes transgéniques en utilisant ces méthodes de vectorisation, **il n'existe pas à sa connaissance de mise sur le marché de plantes présentant un problème lié à ces méthodes.**

* Modifications non intentionnelles du génome dues au site d'intégration pour SDN3, cisgenèse, intragenèse (en commun avec les OGM classiques)

Dans le cas de la **cisgenèse** et de l'**intragenèse**, l'intégration du transgène dans le génome peut produire des effets non contrôlés, comme l'interruption d'un gène endogène au locus, la formation de nouvelles séquences codantes ou la dérégulation de l'expression d'un gène au site d'intégration ou à d'autres locus en trans. Dans le cas de la cisgenèse, bien que le transgène soit normalement prévu pour être exprimé intact en sens direct, l'intégration peut provoquer une disruption ou une combinaison avec le locus endogène où se produit l'insertion, ce qui peut conduire à l'expression aberrante du transgène sous des séquences régulatrices non prévues, à la production d'un transcrit de fusion aberrant voire un transcrit en sens inverse, ce qui reviendrait alors à de l'intragenèse.

Concernant SDN3, les progrès de la génomique végétale permettront probablement d'identifier des « safe harbor loci » c'est-à-dire des sites localisés dans une région non codante et permettant une expression élevée et stable, qui pourront être ciblés pour l'insertion d'un transgène (Cantos et al., 2014).

## Risques liés à la pléiotropie

La modification d'un gène (SDN, ODM, RdDM) ou l'intégration d'un transgène (intragenèse, cisgenèse) peuvent affecter des caractères autres que ceux liés au phénotype recherché d'un organisme (pléiotropie). Des effets pléiotropes éventuels (c'est-à-dire affectant un caractère de la plante autre que le caractère recherché, bien que seul le gène ciblé soit modifié) peuvent découler des modifications génétiques ciblées. Ces effets pléiotropes existent quelles que soient les méthodes d'améliorations des plantes utilisées (croisements classiques, mutagenèse au hasard...). Il est difficile de les tester tous et de les anticiper dans des conditions de champ. Certains peuvent être identifiés par le sélectionneur au cours de l'obtention ou en cours d'usage de la culture de la variété. De telles modifications pourraient ne pas avoir été détectées en laboratoire lors de l'évaluation phénotypique des variétés si elles modifient par exemple la teneur en certains composés, ou la sensibilité à des pathogènes particuliers. Dans certains cas, il est possible d'imaginer que l'inactivation ou la
modulation d'un gène par SDN, ODM ou greffe puisse activer la synthèse de produits plus ou moins indésirables voire toxiques qui n'étaient pas synthétisés dans la variété cultivée initialement. Cependant il n'existe pas d'exemple connu.

## Risques liés à de nouvelles interactions écologiques

Ces nouvelles interactions écologiques concernent les micro-organismes, les plantes et les animaux. Ce qui peut conduire au déclin, voire à la disparition de certaines espèces, ou à l'inverse à la prolifération pour d'autres, et en conséquence à des changements de composition des communautés que ces espèces constituent. Cependant, ces espèces et ces communautés ont déjà été exposées aux effets des mutations naturelles, et ont eu l'opportunité de s'y adapter. Les mutations naturelles donnent lieu à des interactions écologiques qui s'inscrivent dans l'évolution des écosystèmes.

Les risques nouveaux qui peuvent en résulter concernent la santé et l'environnement), on peut distinguer différents types de nouvelles interactions écologiques à examiner :

* interactions avec les différents microbiotes des humains, intestinal notamment, en relation avec le bon fonctionnement du système immunitaire (O'Doherty et al., 2014). pour une présentation des différents dysbioses pouvant en résulter ;

* interactions avec les différents microbiotes des plantes et des animaux qui les consomment ;

* interactions avec les micro-organismes des sols. Ces derniers ont notamment un rôle majeur dans le fonctionnement des écosystèmes : fertilité des sols, stockage du carbone, purification de l'eau et de l'air, ainsi que sur la santé des organismes vivants et notamment des humains ;

* interactions avec les autres espèces, notamment celles qui ont un rôle-clé dans le fonctionnement des écosystèmes, telles que les pollinisateurs.

Ces « nouvelles interactions écologiques » peuvent avoir un impact direct sur les humains, sans passer par d'autres espèces. De nouvelles protéines produites peuvent conduire, notamment, à des phénomènes d'allergie (Traidl-Hoffmann et al., 2009), ou à la réduction ou à l'augmentation de composés avantageux pour la santé humaine (vitamines, antioxydants, acides gras polyinsaturés...).

Les *Caractères Nouveaux* obtenus nécessitent une évaluation des risques pour l'homme ou les écosystèmes au cas par cas, avec des systèmes d'évaluation qui prennent en compte notamment les impacts sur les microbiotes humains et non humains.
Annexe VI Glossaire

Pour des raisons d'homogénéité, le CS du HCB a choisi de donner à certains termes, qui pourraient être utilisés dans d'autres cadres une acception particulière précisée dans ce glossaire. Pour éviter toute confusion le CS tient à préciser que ce glossaire ne s'applique qu'à cet avis.

**Biovigilance mise en place par la loi d'orientation agricole de 1999** : L'objectif de cette dernière était d'identifier et suivre l'apparition éventuelle d'effets non intentionnels de nouvelles variétés d'OGM sur :

* les populations de bioagresseurs,

* la flore et la faune sauvages,

* les milieux aquatiques,

* les populations microbiennes (y compris les virus).

En effet, certains effets non-intentionnels pourraient n'apparaître que lors de mises en culture à grande échelle et à des pas de temps pluri-annuels (apparition de résistance chez les insectes cibles, d'adventices résistantes, par exemple). Mais ces questions concernent toute innovation variétale et ne sont pas spécifiques des produits des NPBT. Ces procédures de suivi post-commercialisation ont été précisées par l'EFSA en 2006 et actualisées en 2011 (EFSA, 2011). Elles ont été testées pour évaluation lors du projet européen AMIGA<fnref n="107" />. Les résultats de ce projet pourront aider à la réflexion sur la mise en place d'une surveillance à grande échelle. Celle-ci pourrait aussi s'articuler avec les réseaux de surveillance et d'observation existants (EFSA, 2014; Reboud et al., 2013). Il existe par ailleurs un Réseau national de surveillance biologique du territoire (SBT) dans le domaine végétal chargé du suivi des effets non intentionnels des pratiques phytosanitaires (coordonné par la DGAI – SQPV, cf axe 3 du plan Ecophyto Il publié en octobre 2015) et un réseau national d'épidémiosurveilance des cultures.

**Caractère nouveau** : caractéristique nouvelle résultant de l'introduction d'un ou plusieurs gènes, ou de la modification d'expression d'un ou plusieurs gènes présents dans l'organisme étudié. Le CS souhaite distinguer deux types de nouveautés :

o l'introduction, dans une variété, d'un caractère identifié dans une autre variété ou dans une espèce proche ou compatible sexuellement : il s'agit alors de valoriser la diversité génétique existante par l'introduction de formes d'allèles d'intérêt. Il n'y a donc pas d'ajout<fnref n="108" /> de séquences génétiques, ni de modification de la fonction des gènes existant chez la plante ;

<footnote n="107">¹⁰⁷AMIGA (FP7, 2011 – 2016) : http://www.amigaproject.eu/</footnote>

<footnote n="108">¹⁰⁸ Le concept d'ajout est important à clarifier pour la cisgénèse et l'intragénèse. Du matériel génétique peut être introduit mais les gènes apportés préexistent sous une forme allélique différente dans l'espèce ou sont présents dans certaines de variétés de la même espèce.</footnote>
* l'introduction d'un caractère totalement inédit dans la variété et/ou des espèces proches<fnref n="109" /> : le *Caractère Nouveau* vient du fait que le gène n'existe pas naturellement dans l'espèce considérée ou que la modification d'un gène présent introduit une voie métabolique nouvelle ou une fonction nouvelle dans l'espèce

**Directive européenne 2001/18/CE** : La directive européenne 2001/18/CE encadre la mise en culture et la mise sur le marché des plantes GM (non exemptées dans l'annexe IB). Elle porte sur l'événement d'insertion d'un transgène et permet l'autorisation d'importation ou de culture de plantes présentant un tel événement quel que soit le fond génétique.

Le dossier de demande d'autorisation (importation à des fins d'alimentation humaine ou animale ou de mise en culture) d'une plante génétiquement modifiée, comprend un descriptif (défini dans l'annexe IIIb de la directive 2001/18) complet de la plante et de sa transformation ainsi que des éléments relatifs à sa mise en culture (identification taxonomique ; reproduction, compatibilité avec d'autres espèces végétales sauvages ou cultivées, répartition en Europe des espèces compatibles et capacité de survie, dissémination liée à la qualité et viabilité du pollen, mécanismes d'interaction avec les organismes cibles et non-cibles, gestion des sites à la fin de la mise en culture etc).

Une évaluation des risques sanitaires (allergénicité, toxicité et composition nutritionnelle) et environnementaux (risques directs et indirects, immédiats ou différés ainsi que les effets cumulés à long terme) est réalisée¹. L'évaluation des risques environnementaux s'effectue au moyen d'une comparaison entre la PGM et l'organisme non transformé. L'annexe 2 de la directive liste les effets négatifs à examiner avec précision. Les dossiers des pétitionnaires doivent documenter nécessairement : (i) s'il existe une persistance et un danger d'envahissement incluant le flux de gènes entre plantes ; (ii) de possibles transfert de gènes entre plantes et microorganismes ; (iii) les interactions entre la PGM et les organismes cibles, et leurs conséquences ; (iv) les interactions entre les PGM et les organismes non-cibles ; (v) les effets sur les processus biogéochimiques. Les voies d'exposition doivent aussi être examinées. Enfin il conviendra de conclure en proposant une stratégie de gestion des risques. Le dossier doit indiquer la surveillance post-commercialisation qui s'articule avec le plan de surveillance environnemental au moyen de scénarios indiquant diverses situations critiques. Elle comprend deux volets : une surveillance spécifique des effets prévisibles (par exemple : surveillance de l'apparition d'une résistance d'insectes cibles) et une surveillance générale c'est-à-dire sans hypothèse préalable (Regnault-Roger, 2014).

**Effecteurs** : il s'agit des molécules (protéines ou acides nucléiques (ARN ou ADN) utilisés afin d'obtenir la modification attendue dans la plante.

<footnote n="109">¹⁰⁹ Cette distinction est mise en avant dans la réglementation canadienne sur les OGM qui ne prévoit une évaluation que pour les variétés qui présentent un caractère nouveau qui ne préexiste pas dans la variété ou dans une espèce proche. (http://www.hc-sc.gc.ca/fn-an/gmf-agm/index-fra.php)</footnote>
**Mésocosme** : Un mésocosme est un lieu confiné et contrôlé ou semi-contrôlé où un expérimentateur peut faire varier sur une période de temps significative, tout ou partie des paramètres du milieu, et donc mettre en évidence un grand nombre d'effets écologiques qui autrement seraient passés inaperçus, sur les espèces en interaction, notamment les micro-organismes. L'expérimentation doit avoir lieu sur une durée de temps suffisante pour que les interactions écologiques et leurs rétroactions aient le temps de s'établir. L'utilisation de mésocosmes, lorsque ceux-ci pourraient s'avérer pertinents dans les évaluations préalables à la mise en champ, devra être envisagée. Ce type d'expérimentation, en amont des essais au champ, pourrait permettre de révéler des modifications de fonctionnement des communautés microbiennes et animales des sols et d'en analyser les causes (De Vries et al., 2015; Wolfarth et al., 2016) ou d'analyser les effets du changement global à des échelles spatiales fines (Stewart et al., 2013).

Des expérimentations en mésocosmes permettraient par exemple d'évaluer l'impact d'un caractère nouveau sur la diversité du microbiote comme le permettent actuellement les connaissances acquises en écologie microbienne.

**Population** : Ensemble des individus d'une même espèce qui vivent dans un même lieu et interagissent entre eux. Le type d'interaction considéré varie selon les disciplines. Pour la génétique des populations, une population correspond à un ensemble d'individus qui se reproduisent entre eux. En écologie des populations, l'accent est mis sur le partage d'un même ensemble de ressources trophiques, ce qui détermine la dynamique démographique de la population.

**Vecteurs** : Dans cette acception un vecteur est un outil de transfert de gène. Le besoin d'un vecteur vient du fait que les informations génétiques ne sont pas aisément transférées dans une cellule.

Un vecteur est composé de deux types de molécules :

* la molécule à transférer ; elle est le support de l'information génétique, que ce soit un ARN ou un ADN. Un même vecteur peut transférer plusieurs molécules, y compris plusieurs types de molécules ;

* le complexe de molécules qui permet le transfert. Le plus souvent pour les plantes, ce complexe est d'origine virale, ou bactérienne. Il s'agit de microorganismes qui sont modifiés pour transférer l'information génétique. La modification de l'organisme parental qui devient le vecteur, vise à faire disparaitre le pouvoir pathogène du micro-organisme d'origine. Le vecteur peut être manipulé facilement *in vitro* et sera le véhicule du transfert.

Le plus souvent, lors ou après le transfert la composante [2] du vecteur est éliminée de la cellule dans laquelle l'information génétique est introduite.

Il existe des vecteurs dits "inertes" car composés de molécules de synthèse dont les capacités physico-chimiques permettent l'introduction du matériel génétique dans la cellule. Il existe aussi des méthodes essentiellement physiques de transfert (électroporation, ultrasons...).

Le choix du vecteur est adapté à la cellule dans laquelle l'information génétique est transférée, selon des critères d'efficacité et de persistance.

Les protéines peuvent aussi être vectorisées, le plus souvent par des méthodes physiques. Le fait d'utiliser un vecteur, quel qu'il soit, entraîne une modification transitoire de la cellule cible.