# FAIRe de la curation sur l'entrepôt Recherche Data Gouv

Sonia Bravo, Isabelle Cao, Elias Chetouane, Cécile Delay-Artous, Mouhamed Gassama, Erwan Guillou, Marie-Christine Jacquemot-Perbal, Thomas Jouneau, Sacha Muszlak, Damien Sans, et al.

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## ► To cite this version:

Sonia Bravo, Isabelle Cao, Elias Chetouane, Cécile Delay-Artous, Mouhamed Gassama, et al. FAIRe de la curation sur l'entrepôt Recherche Data Gouv. Printemps de la Donnée 2024, INRAE; Université Haute-Alsace; Université de Strasbourg; INSA; PNDB; AgroParisTech; Université de Lille; Sorbonne Université; Data Terra, 2024, Paris, France. **hal-04702516**

HAL Id: hal-04702516

https://hal.inrae.fr/hal-04702516v1

Submitted on 19 Sep 2024

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# FAIRE DE LA CURATION DANS L'ENTREPÔT RECHERCHE DATA GOUV

## Sessions 2024

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# DANS CET ATELIER

I. PRÉSENTATION GÉNÉRALE

II. OBJECTIFS DE LA CURATION

III. RÔLES DANS L'ENTREPÔT

IV. BONNES PRATIQUES
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# Mieux vous connaître

## Avez-vous déjà un rôle dans l'entrepôt ?

* Administrateur d'espace institutionnel

* Curateur (Pour un espace ? Pour une sous-collection ?)

* Déposant (Pour vous ? Pour quelqu'un d'autre ?)

## Si vous êtes déjà curateur, effectuez-vous de la curation ?

* Curation avant publication

* Curation après publication

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# PRÉSENTATION DE RECHERCHE DATA GOUV

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# L'entrepôt Recherche Data Gouv

Solution souveraine pour le **partage** et l'**ouverture** des données de recherche produites par les **communautés ne disposant pas d'entrepôt disciplinaire reconnu**

Facilite **la recherche, la découverte, l'accès et la réutilisation des données** de l'établissement dans le respect des bonnes pratiques

## Environnement de production

https://entrepot.recherche.data.gouv.fr
# Liste des entrepôts thématiques de confiance du CoSO

En pratique

Ouvrir
la science !

Sélectionner un
entrepôt
thématique de
confiance pour le
dépôt de données :
méthodologie et
analyse de l'offre
existante

2024

Pour plus d'info :
[Suivre ce lien](#)

* Produite par le **collège Données de la recherche**

* Propose une **méthode d'identification**

* S'appuie sur des critères

* Assortie d'une première liste
https://recherche.data.gouv.fr/fr/entrepots
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# OBJECTIF DE LA CURATION

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Les métadonnées en bref

Identifiant pérenne 🔐 doi:10.57745/PM55G5

Date de publication 🔐 2023-01-26

Titre 🔐 One-step synthesis of spin crossover nanoparticles using flow chemistry and supercritical CO2

Point de contact 🔐
Utiliser le bouton de courriel ci-dessus pour joindre la personne-contact.
TOULIN, Stéphane (CNRS)

Auteur 🔐
Daro, Nathalie (Univ. Bordeaux, CNRS, Bordeaux INP, ICMCB, UMR 5026, F-33600 Pessac, France) - ORCID: 0000-0002-3707-9686
Chastanet, Guillaume (Univ. Bordeaux, CNRS, Bordeaux INP, ICMCB, UMR 5026, F-33600 Pessac, France) - ORCID: 0000-0001-6829-4066
Marre, Samuel (Univ. Bordeaux, CNRS, Bordeaux INP, ICMCB, UMR 5026, F-33600 Pessac, France) - ORCID: 0000-0001-8889-187X
Aymonier, Cyril (Univ. Bordeaux, CNRS, Bordeaux INP, ICMCB, UMR 5026, F-33600 Pessac, France) - ORCID: 0000-0003-1775-0716
Vaudel, Tony (Univ. Bordeaux, CNRS, Bordeaux INP, ICMCB, UMR 5026, F-33600 Pessac, France)
Afindouli, Luc (Univ. Bordeaux, CNRS, Bordeaux INP, ICMCB, UMR 5026, F-33600 Pessac, France)

Contributeur 🔐 Data Collector : TOULIN, Stéphane (Univ. Bordeaux, CNRS, Bordeaux INP, ICMCB, UMR 5026, F-33600 Pessac, France) - ORCID: 0000-0002-2087-7403

Producteur 🔐 Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) https://www.cnrs.fr/cnrs

Université de Bordeaux (UBX) https://www.u-bordeaux.fr/
université
d' BORDEAUX

Localisation de la

Distributeur 🔐

Description 🔐

* Données décrivant les données

* Facilite la découverte

* Pour comprendre les données et les conditions de production

*Métadonnée = « Ensemble d'informations structurées qui décrit, explicite, localise une ressource informationnelle, dans le but d'en faciliter la recherche, l'usage et la gestion » (source : [DoRANum](https://www.doanum.org/))

nanoparticles using flow chemistry and supercritical CO2. Chemistry - European Journal 2020 vol.26, n°69, p.16286-16290.

DOI: 10.1002/chem.202002322 / HAL: https://hal.science/hal-02945200
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# Curation dans l'entrepôt Recherche Data Gouv

* **Vérifier** : complétude et qualité des métadonnées* descriptives, la documentation associée et les fichiers déposés.

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* **Échanger** avec le déposant, **proposer** des améliorations (cf. [rapport de curation](#))

Si possible, mettre en place une curation AVANT publication
(meilleure réactivité des déposants)

**Objectif** : conformités aux principes « FAIR », favoriser la visibilité et la réutilisation

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# Principes FAIR

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**Findable :**

Les données sont trouvables de façon efficace et pérenne.

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**Interoperable**

Les (méta)données sont utilisables entre humains et entre machines

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**Accessible :**

Les données sont facilement récupérables avec les conditions d'accès et d'utilisation

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**Reusable**

Les données sont exploitables pour de futures recherches ou d'autres finalités
## Contributions de l'entrepôt et des déposants

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F

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**Entrepôt** : DOI ; métadonnées indiquant l'identifiant ; entrepôt permettant la recherche

**Déposant** : métadonnées riches et utilisant des vocabulaires

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A

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**Entrepôt** : données accessibles avec le DOI ; métadonnées toujours disponibles

**Déposant** : données ouvertes (éventuellement sous conditions)

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I

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**Entrepôt** : métadonnées standardisées et machine readable

**Déposant** : format de fichiers ouverts et machine-readable ; vocabulaires avec URI

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R

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**Entrepôt** : licences disponibles

**Déposant** : provenance des données ; standards correspondant à la communauté
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# LES RÔLES DANS L'ENTREPÔT

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LICENCE OUVERTE
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## Rappel sur les rôles

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Le créateur de la collection est administrateur

L'administrateur choisit les rôles des utilisateurs et peut nommer des curateurs

En l'absence de curateur, l'administrateur est en charge de la curation

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# Engagement des curateurs

## Charte des curateurs

Mis à jour : 08/08/2022

**Curateur** : toute personne qui assure la curation de jeux de données en effectuant une vérification des métadonnées et des fichiers de données déposés dans la plateforme Recherche Data Gouv. Elle peut proposer des modifications pour améliorer la qualité documentaire des jeux de données, dans le respect de la charte des curateurs.

Les curateurs d'espaces institutionnels s'engagent, pour chaque collection dont ils ont la charge, à :

1. Veiller au respect de l'application des règles établies par les conditions générales d'utilisation de l'Entrepôt-Catalogue Recherche Data Gouv;

2. Assurer la curation selon le niveau défini dans la collection, conformément au guide du curateur;

3. Traiter les jeux de données envoyés en révision dans les meilleurs délais possibles et assurer le suivi des modifications en lien avec le déposant jusqu'à la publication;

4. Ne pas modifier un jeu de données, en dehors de corrections mineures (syntaxe et forme), sans l'accord du déposant;

5. Traiter rapidement les demandes d'accès aux données;

6. Contribuer, avec l'administrateur, au repérage des jeux de données non publiés au delà d'un délai de 12 mois afin d'éviter l'utilisation de la plateforme comme un espace de stockage et non de partage des données de la recherche;

7. Participer au réseau des curateurs de la plateforme Recherche Data Gouv afin d'harmoniser les pratiques et d'améliorer la qualité des données.

Lien vers la charte des curateurs
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# LES BONNES PRATIQUES DANS L'ENTREPÔT

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LICENCE OUVERTE
OPEN LICENCE

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# Focus sur certaines métadonnées générales

* Description

* Auteurs / Contributeurs

* Mots-clés

* Publications et jeux de données associés

* Financement et projet

* Fichiers

* Licence
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# Exemple d'un jeu de données avant curation

<table><tr><td>Identifiant pérenne</td><td>doi:10.15454/DCVDZN</td></tr><tr><td>Date de publication</td><td>2022-12-15</td></tr><tr><td>Titre</td><td>Dataset of an experimental evolution on the effect of fungicide-resistance composition of populations on the durability of anti-resistance strategies on the wheat pathogen Zymoseptoria tritici</td></tr><tr><td>Point de contact</td><td>Utiliser le bouton de courriel ci-dessus pour joindre la personne-contact.<br>BALLU, Agathe (INRAE)<br>Walker, Anne-Sophie (INRAE)</td></tr><tr><td>Auteur</td><td>BALLU, Agathe (INRAE) - ORCID: 0000-0001-7104-6493<br>Anne-Sophie Walker (INRAE) - ORCID: 0000-0002-1246-246X<br>Florence Carpentier (INRAE) - ORCID: 0000-0001-6204-2220<br>Anne Dérédec (INRAE)</td></tr><tr><td>Description</td><td>The data and the R scripts that support the findings of this study English (2021-11-22)</td></tr><tr><td>Langue</td><td>English</td></tr><tr><td>Sujet</td><td>Earth and Environmental Sciences; Me</td></tr><tr><td>Mot-clé</td><td>experimental evolution<br>fungicide resistance</td></tr><tr><td>Type de données</td><td>Dataset</td></tr><tr><td>Origine des données</td><td>experimental data; analysis data</td></tr><tr><td>Logiciel</td><td>R</td></tr><tr><td>Publication associée</td><td>doi:</td></tr><tr><td>Déposant</td><td>BALLU, Agathe</td></tr><tr><td>Date de dépôt</td><td>2022-04-15</td></tr></table>

Ballu, Agathe; Walker, Anne-Sophie; Carpentier, Florence; Dérédec, Anne, 2022, "Dataset of an experimental evolution on the effect of fungicide-resistance composition of populations on the durability of anti-resistance strategies on the wheat pathogen Zymoseptoria tritici", https://doi.org/10.15454/DCVDZN

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## Exemple d'un jeu de données après curation

<table><tr><td>Identifiant pérenne</td><td>doi:10.15454/DCVDZN</td><td>Identifiant pérenne</td><td>doi:10.15454/DCVDZN</td></tr><tr><td>Date de publication</td><td>2022-12-15</td><td>Date de publication</td><td>2022-12-15</td></tr><tr><td>Titre</td><td>Dataset of an experimental evolution on the effect of fungicide-resistance composition of resistance strategies on the wheat pathogen Zymoseptoria tritici</td><td>Titre</td><td>Dataset of an experimental evolution on the effect of fungicide-resistance composition of populations on the durability of anti-resistance strategies on the wheat pathogen Zymoseptoria tritici</td></tr><tr><td>Point de contact</td><td>Utiliser le bouton de courriel ci-dessus pour joindre la personne-contact.<br>BALLU, Agathe (INRAE)<br>Walker, Anne-Sophie (INRAE)</td><td>Point de contact</td><td>Utiliser le bouton de courriel ci-dessus pour joindre la personne-contact.<br>Ballu, Agathe (INRAE)<br>Walker, Anne-Sophie (INRAE)</td></tr><tr><td>Auteur</td><td>BALLU, Agathe (INRAE) - ORCID: 0000-0001-7104-6493<br>Anne-Sophie Walker (INRAE) - ORCID: 0000-0002-1246-246X<br>Florence Carpentier (INRAE) - ORCID: 0000-0001-6204-2220<br>Anne Dérédec (INRAE)</td><td>Auteur</td><td>Ballu, Agathe (INRAE) - ORCID: 0000-0001-7104-6493<br>Walker, Anne-Sophie (INRAE) - ORCID: 0000-0002-1246-246X<br>Carpentier, Florence (INRAE) - ORCID: 0000-0001-6204-2220<br>Dérédec, Anne (INRAE)<br>Data Collector : Ballu, Agathe (INRAE)<br>Data Collector : Ugazio, Claire (INRAE)<br>Data Collector : Noly, Alicia (INRAE)<br>Data Collector : Duplaix, Clémentine (INRAE)<br>Data Collector : Wullschleger, Juerg (Syngenta)</td></tr><tr><td>Description</td><td>The data and the R scripts that support the findings of this study</td><td>Contributeur</td><td>Thiverval-Grignon (78), France</td></tr><tr><td>Langue</td><td>English</td><td>Distributeur</td><td>Entrepôt-Catalogue Recherche Data Gouv https://entrepot.recherche.data.gouv.fr</td></tr><tr><td>Sujet</td><td>Earth and Environmental Sciences; Medicine, Health and Life Sciences; Agricultural Sciences</td><td>Description</td><td>Data and R scripts supporting the analysis of both the qualitative and quantitative evolution, through experimental evolution, of fungicides resistances within three different population of distinct composition. The population genetics, population size and resistance phenotypic profiles were considered to bring new insights for the management of resistance (in particular multiple resistance) through selection pressure diversity, in front of various population composition. Also, some additional analysis on mfs1 expression were carried out to potentially explain some resistance phenotypic profile (enhanced efflux) English (2021-11-22)</td></tr><tr><td>Mot-clé</td><td>experimental evolution<br>fungicide resistance</td><td>Langue</td><td>English</td></tr><tr><td>Type de données</td><td>Dataset</td><td>Sujet</td><td>Earth and Environmental Sciences; Medicine, Health and Life Sciences; Agricultural Sciences</td></tr><tr><td>Origine des données</td><td>experimental data; analysis data</td><td>Mot-clé</td><td>experimental evolution<br>fungicide resistance http://opendata.inrae.fr/thesaurusINRAE/c_6458 (INRAE Thesaurus) https://consultation.vocabulaires-ouverts.inrae.fr/thesaurus-inrae/</td></tr><tr><td>Logiciel</td><td>R</td><td>Type de données</td><td>Dataset</td></tr><tr><td>Publication associée</td><td>doi:</td><td>Origine des données</td><td>experimental data; analysis data</td></tr><tr><td>Déposant</td><td>BALLU, Agathe</td><td>Logiciel</td><td>R Version: 4.1.3</td></tr><tr><td>Date de dépôt</td><td>2022-04-15</td><td>Publication associée</td><td>"Preventing multiple resistance above all: new insights for managing fungal adaptation" doi: https://dx.doi.org/10.1101/2022.12.17.520869</td></tr><tr><td colspan="2"></td><td>Informations sur la subvention</td><td>Syngenta<br>INRAE</td></tr><tr><td colspan="2"></td><td>Informations sur le projet</td><td>PhD Agathe Ballu (Evaluating fungicide resistance management strategies by means of experimental evolution : the case of Zymoseptoria tritici, the causal agent of Septoria leaf blotch)</td></tr><tr><td colspan="2"></td><td>Période couverte</td><td>St</td></tr><tr><td colspan="2"></td><td>Date de collecte</td><td>St</td></tr><tr><td colspan="2"></td><td>Déposant</td><td>Ballu, Agathe</td></tr><tr><td colspan="2"></td><td>Date de dépôt</td><td>2022-04-15</td></tr></table>

Version avant curation

Version après curation
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# Description - Bonnes pratiques

Description * ?

La métadonnée **Description** doit reprendre :

- l'intérêt

- les objectifs

- le contexte de production

- le potentiel de réutilisation

La description est à l'image d'un résumé d'article scientifique.

Possibilité de renseigner plusieurs descriptions (ex. en français et en anglais)

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Pour mettre en forme,
utiliser les balises html

Ce champ prend en charge uniquement certaines balises HTML.

Texte * ?

<br>Data and R scripts supporting the analysis of both the qualitative and quantitative evolution, through experimental evolution, of fungicides resistances within three different population of distinct composition.

</br>

<br>

The population genetics, population size and resistance phenotypic profiles were considered to bring new insights for the management of resistance (in particular multiple resistance) through selection pressure diversity, in front of various population composition.

<br/>

<br>Also, some additional analysis on mfs1 expression were carried out to potentially explain some resistance phenotypic profile (enhanced efflux)

</br>
# Curation de la description

Version avant curation

The data and the R scripts that support the findings of this study English (2021-11-22)
# Curation de la description

Version avant curation

The data and the R scripts that support the findings of this study English (2021-11-22)

Version après curation

Data and R scripts supporting the analysis of both the qualitative and quantitative evolution, through experimental evolution, of fungicides resistances within three different population of distinct composition.

The population genetics, population size and resistance phenotypic profiles were considered to bring new insights for the management of resistance (in particular multiple resistance) through selection pressure diversity, in front of various population composition.

Also, some additional analysis on mfs1 expression were carried out to potentially explain some resistance phenotypic profile (enhanced efflux).
English (2021-11-22)
## Auteurs & contributeurs

L'auteur est le responsable du jeu de données. Il est présent dans la citation du jeu de données.

Un contributeur est une personne ou un organisme ayant participé à la collecte, la gestion, la distribution ou toute autre contribution au jeu de données.

<figure><img src="image_67.png" /></figure>

Le contributeur n'apparaît pas dans la citation du jeu de données.
<figure><img src="image_68.png" /></figure>

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## Auteurs & contributeurs - Bonnes pratiques

Pour chaque auteur et contributeur il est important de préciser :

* l'**affiliation** correspondant aux structures auxquelles elle ou il est affilié au moment de la production des données ;

* un **identifiant** associé à l'auteur ou au contributeur (s'il existe).

<figure><img src="image_69.png" /></figure>

L'identifiant ORCID
est recommandé

<figure><img src="image_70.png" /></figure>

<figure><img src="image_71.png" /></figure>

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# Curation de l'auteur

Version avant curation

Tang, Cathy (INRAE)

Delay Artous Cecile (Nanterre)

Françoise Bedri (CNRS Personnel des unités)
## Curation de l'auteur

Version avant curation

Tang, Cathy (INRAE)

Delay Artous Cecile (Nanterre)

Françoise Bedri (CNRS Personnel des unités)

Version après curation

Tang, Cathy (DipSO UAR 1479 ; INRAE ; France) - ORCID: [0000-0003-4787-1690](https://orcid.org/0000-0003-4787-1690)

Delay-Artous, Cécile (SCD ; Université Paris Nanterre ; France) - ORCID: [0000-0003-1273-9681](https://orcid.org/0000-0003-1273-9681)

Tisserand-Bedri, Françoise (Inist-CNRS ; CNRS ; France) - ORCID: [0000-0002-9019-4106](https://orcid.org/0000-0002-9019-4106)

Data Curator : Sans, Damien (DipSO UAR 1479 ; INRAE ; France) - ORCID: [0000-0002-7621-4748](https://orcid.org/0000-0002-7621-4748)

Data Collector : Jarrige, Virgile (DNum ; Université de Strasbourg ; France) - ORCID: [0000-0003-0140-7024](https://orcid.org/0000-0003-0140-7024)

Project Manager : Sowinski, Claire (Inist-CNRS ; CNRS ; France) - ORCID: [0000-0002-1048-8041](https://orcid.org/0000-0002-1048-8041)

Supervisor : Desiles, Camille (LAM UMR ; Université de Bordeaux ; CNRS) - ORCID : [0009-0007-5740-9893](https://orcid.org/0009-0007-5740-9893)
## Mots-clés

Mot-clé* = « Mot ou groupe de mots caractérisant un objet numérique et/ou son contenu » (source : <u>Thesaurus INRAE</u>)

* Pose une convention sur l'usage d'un terme (par ex. au singulier) ;

* Crée des **ponts sémantiques** ;

* Permet d'éviter les problématiques de **bruit** ou de **silence** lors de la recherche de contenus.
<figure><img src="image_72.png" /></figure>

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# Mots-clés - Bonnes pratiques

Pour permettre l'interopérabilité il est recommandé d'utiliser un **vocabulaire de référence** dans la discipline concernée s'il en existe

* AgroVoc,

* ANAEE,

* GEMET,

* MeSH,

* Pactols,

* Thésaurus INRAE,

* Loterre,

* PhySH,

* En connaissez vous d'autres ?

<figure><img src="image_73.png" /></figure>

Il est recommandé de
mettre 4-5 mots-clés

<figure><img src="image_74.png" /></figure>

<figure><img src="image_75.png" /></figure>

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# Curation des mots-clés

Version avant curation

Decision support system

wireworm

risk assessment

insect pest

Pest Management
## Curation des mots-clés

Version avant curation

- decision support system

- wireworm

- risk assessment

- insect pest

- pest management

Version après curation

- decision support systems http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_49868

(Agrovoc) https://agrovoc.fao.org/

- wireworms http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_f34f3fc0 (Agrovoc)

https://agrovoc.fao.org/

- risk assessment http://opendata.inrae.fr/thesaurusINRAE/c_4522

(INRAE Thesaurus) https://thesaurus.inrae.fr/

- pest insects http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_5729 (Agrovoc)

https://agrovoc.fao.org/

- pest management http://aims.fao.org/aos/agrovoc/c_13262

(Agrovoc) https://agrovoc.fao.org/
<figure><img src="image_76.png" /></figure>

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# Exemples de mots-clés

Version avant curation

EPR

ABC transporter

Version après curation

Electron Spin Resonance Spectroscopy

https://meshb.nlm.nih.gov/record/ui?ui=D004578 (MeSH Thesaurus)

https://www.nlm.nih.gov/mesh/meshhome.html

ATP-Binding Cassette Transporters

https://meshb.nlm.nih.gov/record/ui?ui=D018528 (MeSH Thesaurus)

https://www.nlm.nih.gov/mesh/meshhome.html

Drug Resistance, Bacterial

https://meshb.nlm.nih.gov/record/ui?ui=D024881 (MeSH Thesaurus)

https://www.nlm.nih.gov/mesh/meshhome.html

Multidrug resistance ABC transporter ATP-binding/permease protein

BmrA https://www.uniprot.org/uniprotkb/O06967/entry (UniProt)

https://www.uniprot.org/

<figure><img src="image_77.png" /></figure>

<figure><img src="image_78.png" /></figure>

@RechercheDataGv
# Exemples de mots-clés

Version avant curation

Oxydation

Pyrolyse

Acetone

Version après curation

oxidation http://data.loterre.fr/ark:/67375/37T-PDFDL1P2-1

(Chemistry Loterre) https://skosmos.loterre.fr/37T/en/

pyrolysis http://data.loterre.fr/ark:/67375/37T-J9R0T3W3-9

(Chemistry Loterre) https://skosmos.loterre.fr/37T/en/

acetone http://data.loterre.fr/ark:/67375/37T-Z5VRVHW7-G

(Chemistry Loterre) https://skosmos.loterre.fr/37T/en/

chemical engineering http://data.loterre.fr/ark:/67375/QJP-L5QQJ6XQ-B (Engineering sciences vocabulary Loterre)

https://skosmos.loterre.fr/QJP/en/

flame http://data.loterre.fr/ark:/67375/37T-TQF1V4LK-L (Chemistry

Loterre) https://skosmos.loterre.fr/37T/en/
<figure><img src="image_79.png" /></figure>

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Références aux publications et jeux de données

Renseigner toute publication réutilisant
les données dans **Publication
associée**

Renseigner tout jeu de données dont
les données sont liées dans **Jeu de
 données associé**

Pour améliorer la **visibilité** des
différents objets, il est conseillé de faire
des liens en mentionnant leur citation et
DOI.

<figure><img src="image_80.png" /></figure>

La première publication
associée sera sous la citation,
la liste complète sera affichée
dans l'onglet « Métadonnées »

Scientific
paper
DOI

<figure><img src="image_81.png" /></figure>

<figure><img src="image_82.png" /></figure>

Dataset
DOI

<figure><img src="image_83.png" /></figure>

recherche.data.gouv.fr

<figure><img src="image_84.png" /></figure>

<figure><img src="image_85.png" /></figure>

Data
paper
DOI

<figure><img src="image_86.png" /></figure>

INRAO

<figure><img src="image_87.png" /></figure>

<figure><img src="image_88.png" /></figure>

Les clés pour bien préparer son jeu de données

Atelier Formation – Valoriser ses données avec un data paper – 12/02/2024

<figure><img src="image_89.png" /></figure>

<figure><img src="image_90.png" /></figure>

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# Curation des références

Version avant curation

"A decision support system based on Bayesian modelling for pest management: application to wireworm risk assessment in maize fields". Published in : Smart Agricultural Technology
# Curation des références

Version avant curation

"A decision support system based on Bayesian modelling for pest management: application to wireworm risk assessment in maize fields". Published in : Smart Agricultural Technology

Version après curation

Julien Roche, Manuel Plantegenest, Philippe Larroudé, Jean-Baptiste Thibord, Le Cointe Ronan, et al.. A decision support system based on Bayesian modelling for pest management: Application to wireworm risk assessment in maize fields. Smart Agricultural Technology, 2023, 4, pp.100162. ⟨hal-04087700⟩ doi: 10.1016/j.atech.2022.100162 https://doi.org/10.1016/j.atech.2022.100162
<figure><img src="image_91.png" /></figure>

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## Informations sur le financement et le projet

Afin de donner des éléments de **contexte** pour la production des données, il est important d'indiquer lorsqu'ils existent :

* les informations sur la **subvention** du jeu de données

* le **projet** à l'origine de la production des données.

<figure><img src="image_92.png" /></figure>

* Pour un projet européen, les informations sont publiées sur le site : https://cordis.europa.eu/projects/fr

* Saisie facilitée pour un projet financé par l'ANR

<figure><img src="image_93.png" /></figure>

<figure><img src="image_94.png" /></figure>

@RechercheDataGv
## Curation du financement et du projet

Version avant curation

Aucune
information
renseignée

Version après curation

### Informations sur la subvention

CNRS: ARED-2019

Agence de l'eau Seine Normandie: AESN LS187322 n°1083739

Région Bretagne: ARED SUCHY LS 192033 coH19003

### Informations sur le projet

LEARN (IMPACT DE L'Arasement des barrages sur les flux hyporhéiques et les échanges nappe rivière de la

Sélune) https://programme-selune.com/fr/projets-en-cours/flux-hyporheiques-echanges-nappes-rivieres/
<figure><img src="image_95.png" /></figure>

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# Fichiers - Ouverture des données

Vérifier que les fichiers ont vocation à être partagés :

* vérifier qu'il n'y a pas de données sensibles

* vérifier l'anonymisation des données personnelles ou identifiantes

En cas de doute, dire au déposant de contacter son service juridique ou son
délégué à la protection des données

<figure><img src="image_96.png" /></figure>

Voir les restrictions éventuelles sur les données
les recommandations CNIL

<figure><img src="image_97.png" /></figure>

<figure><img src="image_98.png" /></figure>

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<figure><img src="image_99.png" /></figure>

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# Fichiers - Bonnes pratiques

Promouvoir les **formats ouverts** ou largement utilisés.

Le ** titre du fichier** doit :

* être clair et permettre de comprendre le contenu du fichier

* ne pas contenir de caractères spéciaux comme & \* % $ £ ° { ! @. Préférer le caractère souligné ou le tiret au lieu du point ou de l'espace.

* éviter les accents et majuscules

* Taille limite par fichier : 50 Go

* Si déposés ailleurs, renseigner la métadonnée Lien vers les données

* Si fichier modifié, supprimé ou ajouté après publication, alors il faut republier le jeu de données.

<figure><img src="image_100.png" /></figure>

<figure><img src="image_101.png" /></figure>

<figure><img src="image_102.png" /></figure>

@RechercheDataGv
<figure><img src="image_103.png" /></figure>

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## Fichiers tabulés

Dans Recherche Data Gouv, les fichiers tabulés (xlsx, csv, tsv...) sont **ingérés** sous la forme d'un **fichier .tab** qui est un format ouvert et compatible avec la préservation à long terme.

Ce traitement d'ingestion permet d'**extraire des métadonnées** supplémentaires sur les variables du fichier et de proposer des fonctionnalités de **prévisualisation** et d'**exploration**.

<figure><img src="image_104.png" /></figure>

Vous pouvez vous apercevoir que votre fichier a été mal ingéré, soit par un message d'erreur, soit par un nombre de variables incohérent

<figure><img src="image_105.png" /></figure>

<figure><img src="image_106.png" /></figure>

@RechercheDataGv
<figure><img src="image_107.png" /></figure>

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## Recommandations pour une bonne ingestion

* **encodage en UTF-8** des fichiers contenant des caractères spéciaux,

* le format csv doit utiliser la **virgule comme séparateur**,

* si les cellules contiennent des virgules, le texte doit être **entre guillemets**,

* **pas d'en-tête vide ni de cellule manquante**,

* chaque **en-tête de colonne** doit avoir un **nom différent**,

* **pas de cellule fusionnée**,

* **pas de légende**,

* **pas plus de 1024 colonnes**,

* chaque **classeur de données** ne doit contenir qu'un **onglet/feuille**.

<figure><img src="image_108.png" /></figure>

Attention : s'il y a plusieurs onglets, seul le premier est ingéré par le logiciel Dataverse et sera pris en compte dans l'affichage, l'exploration et l'export au format tabulé.

<figure><img src="image_109.png" /></figure>

<figure><img src="image_110.png" /></figure>

@RechercheDataGv
<figure><img src="image_111.png" /></figure>

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# Fichier de documentation (README) - Bonnes pratiques

La documentation d'un jeu de données doit être suffisante pour permettre
à n'importe quel réutilisateur de comprendre et d'évaluer sa qualité.

Le fichier README fournit des **informations complémentaires et accessibles** (lisibles par les humains). Si applicable, il peut aussi contenir
le **dictionnaire des variables** et la **convention de nommage**.

Privilégier les formats texte plein (.txt), ou markdown (.md)

<figure><img src="image_112.png" /></figure>

**Modèle fichier README**
**(Recherche Data Gouv)**

<figure><img src="image_113.png" /></figure>

<figure><img src="image_114.png" /></figure>

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<figure><img src="image_115.png" /></figure>

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# Extrait du modèle README

## INFORMATIONS METHODOLOGIQUES

## Conditions environnementales / experimentales :

## Description des sources et méthodes utilisées pour collecter et générer les données :
<Si applicable, décrire les standards, les informations de calibration, les instruments utilisés, etc.>

## Méthodes de traitement des données :

<Si applicable, décrire le traitement des données et inclure tout détail pouvant être important pour réutiliser ou reproduire les données. Commenter chaque étape.

Par exemple, inclure les méthodes de nettoyage et d'analyse ; les codes et/ou algorithmes ; les procédés d'anonymisation ou de pseudonymisation pour les données sensibles concernant les humains ou des espèces menacées>

## Procédures d'assurance-qualité appliquées sur les données :

## Autres informations contextuelles :

<figure><img src="image_116.png" /></figure>

<figure><img src="image_117.png" /></figure>

@RechercheDataGv
<figure><img src="image_118.png" /></figure>

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## Licence - Bonnes pratiques

**Recommandation :** utiliser une <u>licence autorisée</u> par la <b>Loi pour une République numérique</b> pour le type de fichier.

Aide pour choisir une licence CC : <https://WOnderER-beta.CREATIVECOMMONS.ORG/>

Par défaut, la licence attribuée à un jeu de données est la <u>licence ouverte</u>
<u>etalab2.0</u>.

<figure><img src="image_119.png" /></figure>

Pour mettre en forme,
utiliser les balises html

<figure><img src="image_120.png" /></figure>

<figure><img src="image_121.png" /></figure>

@RechercheDataGv
## Et il existe d'autres blocs de métadonnées

* géospatiales

* sciences humaines et sociales

* science de la vie

* revue

* ressources sémantiques

* astronomie et astrophysique

* workflow de calcul
<figure><img src="image_122.png" /></figure>

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<figure><img src="image_123.png" /></figure>

Bracco, L., Brenel, M., Du Pasquier, D., Gauvrit, G., Heude, C., Lemeltier, D., Rousselot, C., & Zuindeau, L. (2023, septembre 25). Décrire ses jeux de données dans les règles du FAIR : accompagner les chercheurs à l'utilisation des métadonnées. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.8376581

<figure><img src="image_124.png" /></figure>

<figure><img src="image_125.png" /></figure>

@RechercheDataGv
# Présentation des ressources proposées pour l'entrepôt

* Guide du déposant

* Guide de saisie des métadonnées

* Modèle de rapport de curation

* Modèle fichier README
<figure><img src="image_126.png" /></figure>

<figure><img src="image_127.png" /></figure>

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ATELIER CURATION

<figure><img src="image_128.png" /></figure>

<figure><img src="image_129.png" /></figure>

LICENCE OUVERTE
OPEN LICENCE

<figure><img src="image_130.png" /></figure>

<figure><img src="image_131.png" /></figure>

@RechercheDataGv
<figure><img src="image_132.png" /></figure>

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<figure><img src="image_133.png" /></figure>

## Bac à sable

<figure><img src="image_134.png" /></figure>

Lien d'accès à la collection « Atelier curation » :
https://demo.recherche.data.gouv.fr/dataverse/atelier-curation-2006

<figure><img src="image_135.png" /></figure>

Les données sont effacées tous les mois.

<figure><img src="image_136.png" /></figure>

<figure><img src="image_137.png" /></figure>

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<figure><img src="image_138.png" /></figure>

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## Consigne

Travailler sur un jeu de données et identifier ce qui pourrait être amélioré :

* Soit l'un de vos jeux de données

* Soit l'un des jeux de données test créé spécifiquement pour l'atelier

* Open Science Ontology

* Science Ouverte - Web, Littérature et Législation

* Gestion optimale des accès à la science ouverte

* Données de réplication pour :

<figure><img src="image_139.png" /></figure>

Vous pouvez vous aider soit du **guide de saisie des métadonnées**, soit du **modèle de rapport de curation**

<figure><img src="image_140.png" /></figure>

<figure><img src="image_141.png" /></figure>

@RechercheDataGv
<figure><img src="image_142.png" /></figure>

Open Science Ontology

https://digistorm.app/p/1190645

Science Ouverte - Web, Littérature et
Législation

https://digistorm.app/p/7868552

Gestion optimale des accès à la science ouverte

https://digistorm.app/p/7888195

Données de réplication pour :

https://digistorm.app/p/8343117

Si vous travaillez sur l'un de vos jeux de données :

https://digistorm.app/p/9436690
Atelier - Vos retours

* Avez-vous trouvé facilement les informations dans les documents d'aide ?

* Avez-vous repéré facilement des éléments à améliorer dans le jeu de données ?
<figure><img src="image_143.png" /></figure>

# JDD1 – Open Science Ontology

* pas de fichier, pas de lien vers les données

* tous les auteurs dans le même champs

* spécifier le type de contribution pour les contributeurs

* mots-clés :

* en FR et EN : proposer titre et description dans les 2 langues

* associer mot-clé à un vocabulaire ouvert

* bloc des métadonnées de ressource sémantique : mentionner Type de ressource = Ontology

* sujet (Business and Management) incohérent avec thématique du jeu de données

* licence personnalisée non précisée
<figure><img src="image_144.png" /></figure>

# JDD 2 Science Ouverte - Web, Littérature et Législation

* auteur sans affiliation et sans ORCID (alors que le type d'identifiant est renseigné)

* un seul auteur et pas de contributeur : voir si d'autres personnes ont contribué

* mot-clé : lien renvoie à la page d'accueil du thésaurus et non à l'URI du terme

* date de collecte : date de début > date de fin

* subvention ANR mentionnée dans la description —> à renseigner dans la métadonnée adéquate

* Fichiers zippés : pas de fichier README

* Licence non ouverte : copyright
# JDD3 Gestion optimale des accès à la science ouverte

* Auteurs :

* mise en forme incorrecte (cf point de contact)

* les liens ORCID ne fonctionnent pas (type d'identifiant non précisé)

* Pas de balise pour la mise en forme de la description

* Publication et jdd associé sans lien et sans citation des auteurs

* Pas de mots-clés

* Licence personnalisée non précisée
<figure><img src="image_145.png" /></figure>

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## JDD4 Données de réplication pour :

* Titre trop générique

* Description insuffisante

* Mots-clés :

* URL Vocabulaire = URI terme

* Mélange FR et EN

* Publication associée : DOI indiqué au lieu de idHAL

* Source de données pourrait être complété

* Titre des fichiers pas assez précis et contenant des points.

* Fichier csv mal ingéré

<figure><img src="image_146.png" /></figure>

<figure><img src="image_147.png" /></figure>

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# POUR SUIVRE TOUTES LES ACTUALITÉS

https://recherche.data.gouv.fr/fr

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<figure><img src="image_150.png" /></figure>

https://www.linkedin.com/company/recherche-data-gouv/

Support réalisé par Sonia Bravo (INRAE) ; Isabelle Cao (CNRS-INIST) ; Elias Chetouane (UGA) ; Cécile Delay-Artous (Univ. Paris-Nanterre) ; Mouhamed Gassama (INRAE) ; Erwan Guillou (CNRS-INIST) ; Marie-Christine Jacquemot-Perbal (CNRS-INIST) ; Thomas Jouneau (Univ. de Lorraine) ; Sacha Muzslak (INRAE) ; Damien Sans (INRAE) ; Maria-Grazia Santangelo (UGA) ; Claire Sowinski (CNRS-INIST) ; Dimitri Szabo (INRAE) ; Cathy Tang (INRAE) ; Françoise Tisserand (CNRS-INIST)

<figure><img src="image_151.png" /></figure>

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LICENCE OUVERTE
OPEN LICENCE

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