L’une des découvertes les plus surprenantes découlant du séquençage génomique de l’ADN des anciens homininés est celle qui détermine que tous les humains hors de l’Afrique ont des traces d’ADN dans leur génome qui n’appartiennent pas à notre propre espèce.

Les quelque six milliards de personnes sur Terre dont l’ascendance récente n’est pas africaine auront hérité entre un et deux pour cent de leur génome de nos parents les plus proches, mais aujourd’hui disparus : les Néanderthaliens. Les Asiatiques de l’Est et les Océaniens ont également hérité d’une petite partie de leurs ancêtres, les Dénisoviens, un autre proche parent de Homo Sapiens.

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Une nouvelle étude, publiée dans Science Advances, suggère que les premiers humains vivant en Afrique pourraient aussi avoir été croisés avec des homininés archaïques. Il s’agit d’espèces éteintes qui sont apparentées à Homo sapiens.

Le métissage en dehors de l’Afrique s’est produit après que nos ancêtres Homo sapiens se soient développés dans de nouveaux environnements. C’est là qu’ils ont eu des relations sexuelles avec des Néanderthaliens et des Dénisoviens.

Cela a conduit à de nouvelles découvertes. Les premières études génétiques menées sur des humains à travers le monde avaient précédemment suggéré que notre répartition actuelle était le résultat d’une seule expansion hors de l’Afrique, il y a environ 100 000 ans. Mais l’identification de l’ascendance de Néandertaliens et de Dénisoviens chez les Eurasiens modernes a compliqué les choses.

<figure><img src="image_1.png" /><figcaption>Homo Sapiens versus Neanderthaliens. Wikipedia, CC BY-SA</figcaption></figure>

Nous pensons toujours qu’une très grande majorité de nos ancêtres (entre 92 et 98,5 pour cent) qui ne vivent pas en Afrique aujourd’hui (https://www.nature.com/articles/s41559-019-0992-1) proviennent de l’expansion hors de ce continent. Mais nous savons maintenant que le reste provient d’espèces archaïques dont les ancêtres ont quitté l’Afrique des centaines de milliers d’années avant cela.

## Que se passait-il en Afrique ?

Les possibilités de métissage ont été révélées par la grande disponibilité de génomes modernes et anciens provenant de l’extérieur de l’Afrique. En effet, les environnements froids et secs de l’Eurasie sont bien plus aptes à préserver l’ADN que la chaleur humide de l’Afrique tropicale.

Mais notre compréhension de la relation entre les ancêtres des humains en Afrique et les humains archaïques commence à s’approfondir. Une étude de 2017 en Afrique australe a examiné 16 génomes anciens de personnes qui ont vécu au cours des 10 000 dernières années. Cela a montré que l’histoire des populations africaines est complexe. Il n’y avait pas qu’un seul groupe d’humains en Afrique lorsqu’ils se sont développés il y a 100 000 ans.

C’est un résultat qui a été étayé plus tôt cette année par un article examinant l’ADN ancien de quatre individus vivant dans une région qui est maintenant le Cameroun. Prises ensemble, ces recherches suggèrent qu’il y avait des groupes géographiquement divers en Afrique bien avant la principale expansion hors du continent. Et beaucoup de ces groupes auront contribué à l’ascendance des personnes qui y vivent aujourd’hui.

En outre, il semble maintenant qu’il y a eu un flux de gènes dans les anciennes populations africaines Homo sapiens provenant d’un ancêtre archaïque. Comment cela s’est-il produit ? L’une de ces façons est que les humains qui ont migré hors d’Afrique aient eu des relations avec des Néandertaliens, puis sont retournés en Afrique. Cela a d’ailleurs été démontré dans une étude récente.

Ce nouvel article apporte la preuve qu’il pourrait également y avoir eu un flux de gènes chez les ancêtres des Africains de l’Ouest qui provient directement d’un mystérieux homininé archaïque. Les chercheurs ont comparé l’ADN de Néandertalien et de Dénisovien avec celui de quatre populations contemporaines d’Afrique de l’Ouest. À l’aide de mathématiques sophistiquées, ils ont ensuite construit un modèle statistique pour expliquer les relations entre les homininés archaïques et les Africains modernes.

Il est intéressant de noter qu’ils suggèrent que six à sept pour cent des génomes des Africains de l’Ouest sont d’origine archaïque. Mais cette ascendance archaïque n’est pas celle de Néandertal ou de Denisova. Leur modèle suggère que l’ascendance supplémentaire provient d’une population archaïque pour laquelle nous n’avons pas de génome actuellement.

Cette population fantôme s’est probablement séparée des ancêtres des humains et des Néandertaliens il y a entre 360 000 et 1,02 million d’années. C’était bien avant le flux génétique qui a ramené l’ADN de Néandertal en Afrique de l’Ouest il y a environ 43 000 ans.

Ces dates positionnent cette espèce fantôme comme une sorte de Néandertalien, mais qui était probablement présent en Afrique au cours des 100 000 dernières années. Une autre explication est que l’homininé archaïque était présent en dehors de l’Afrique et qu’il s’y est croisé avec des populations avant de migrer à nouveau.

Les auteurs restent cependant prudents quant à ce résultat. Ils appellent à une analyse plus approfondie de l’ADN contemporain et ancien de diverses populations d’Afrique.

Néanmoins, cette recherche contribue à des résultats constants en recherche qui démontrent la promiscuité, le croisement des espèces et les comportements compliqués de nos ancêtres.