# Plan de gestion de données de l'unité Physiologie, environnement et génétique pour l'animal et les systèmes d'élevage

Emilie Bernard, Frédéric Herault, François Moreews, Colette Mustière, Gwendal Virlet

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To cite this version:

Emilie Bernard, Frédéric Herault, François Moreews, Colette Mustière, Gwendal Virlet. Plan de gestion de données de l'unité Physiologie, environnement et génétique pour l'animal et les systèmes d'élevage. INRAE. 2025, 14 p. hal-04882266

HAL Id: hal-04882266

https://hal.inrae.fr/hal-04882266v1

Submitted on 13 Jan 2025

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UMR PEGASE

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# Plan de gestion de données de l'unité Physiologie, environnement et génétique pour l'animal et les systèmes d'élevage

## V1 - janvier 2025

Plan de gestion de données créé à l'aide de DMP OPIDOR, basé sur le modèle "INRAE - Modèle Structure" fourni par INRAE
# PLAN DE GESTION DE DONNÉES - UNITÉ PEGASE

Plan de gestion de données créé à l'aide de DMP OPIDOR, basé sur le modèle "INRAE - Modèle Structure" fourni par INRAE

## RENSEIGNEMENTS SUR LE PLAN

<table><tr><td>Titre du plan</td><td>Plan de gestion de données (PGD) - unité Pegase.</td></tr><tr><td>Version</td><td>Version 1.0</td></tr><tr><td>Objet/péri-mètre du plan</td><td>Le plan de gestion de données (PGD) de l'unité est un document cadre décrivant le cycle de vie des données produites dans le collectif. Il se décline en trois produits de recherche regroupant l'ensemble des typologies de données produites au sein de l'unité.</td></tr></table>

Les trois produits de recherches de l'unité concernent :

* DONNÉES ISSUES DE MESURE INSTRUMENTÉE RÉALISÉE EN LABORATOIRE

* ALGORITHME ET CODE

* DONNÉES D'OBSERVATION : VIDÉOS, SONS, OBSERVATIONS DIRECTES, ENQUÊTES

<figure><img src="image_7.png" /><figcaption>Périmètre des données considéré dans le PGD Pegase</figcaption></figure>

Ce plan de gestion de données servira de référence pour l'élaboration de plan de gestion de données de projet.

Les données manipulées mais non produites dans l'unité sont décrites dans les PGD concernées par les unités ou structures productrices (voir PGD en lien ci-dessous) et/ou PGD des projets de recherche.

<table><tr><td>Domaines de recherche (classification de l'OCDE)</td><td>Sciences de l'animal et du lait, Sciences biologiques, Sciences vétérinaire, Agriculture, sylviculture et pêche</td></tr><tr><td>Langue</td><td>fra</td></tr></table>
<table><tr><td>Date de création</td><td>2022.11.04</td></tr><tr><td>Date de dernière modification</td><td>2025.01.09</td></tr><tr><td>Licence</td><td>CC0 ; Tout ou partie de ce document peut être réutilisé et personnalisé si nécessaire pour un autre plan. La citation des contributeurs et contributrices en tant que source n'est pas nécessaire.</td></tr><tr><td>Documents (publications, rapports, brevets, plan expérimental....), sites web associés</td><td><ul><li>Site web de l'unité : https://pegase.reennes.hub.inrae.fr/</li><li>Dataverse Pegase - données partagées de l'unité : https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/dataverse/pegase ; des entrepôts de données thématiques ou généralistes sont aussi utilisés</li><li>Archive des publications de l'unité, collection Hal : https://hal.inrae.fr/PEGASE</li></ul></td></tr><tr><td>Plans de gestion en lien avec le projet</td><td>Plans disponibles au 14 mars 2024 (avec DOI)<ul><li>Plan de Gestion des Données de l'Installation Expérimentale de Production Laitière : https://doi.org/10.57745/PK5H5W</li><li>Plan de Gestion des Données du CATI SICPA : https://doi.org/10.57745/S19P9X</li></ul>Autres PGD liés<ul><li>Plan de Gestion des Données de l'Unité Expérimentale de Physiologie et Phénotypage Porcin (UE3P) - https://hal.inrae.fr/hal-04846001v1</li><li>Plan de Gestion des Données de l'Unité Expérimentale du Pin (UEP) - https://hal.inrae.fr/hal-04728765v1</li><li>Plan de Gestion des Données du Pôle Expérimental Avicole de Tours (UE-PEAT)</li><li>Plan de Gestion des données de l'unité expérimentale Génétique, Expérimentation et Système Innovants (UE-GenESI)</li><li>Plan de Gestion des données de l'unité expérimentale Fourrages, Ruminants, Environnement de Lusignan (UE Ferlus)</li></ul></td></tr></table>

RENSEIGNEMENTS SUR LE PROJET D'UNITÉ

<table><tr><td>Titre du projet</td><td>Plan de gestion de données unité Pegase</td></tr><tr><td>Acronyme</td><td>PGD Pegase</td></tr></table>
<table><tr><td>Résumé</td><td>Dans un contexte de transition agroécologique des systèmes agri-alimentaires, les systèmes d'élevage sont confrontés à divers défis : disponibilité et efficience de l'utilisation des ressources, réduction des impacts sur l'environnement, autonomie et bouclage des cycles, compétitivité économique, vulnérabilité aux changements et aléas climatiques, bien-être des animaux, conditions de travail des éleveurs, adéquation des produits aux attentes des consommateurs et des citoyens, développement des services écosystémiques... L'objectif de l'UMR Pegase est de comprendre et prédire la manière dont les animaux et les systèmes d'élevage peuvent s'adapter pour mieux répondre à ces multiples défis dans un contexte local et global en mutation et soutenir la durabilité des filières animales.<br> Le potentiel génétique, les métabolismes, la physiologie des grandes fonctions biologiques et les capacités d'adaptation des animaux, les multiples dimensions de qualité des produits, ainsi que la robustesse ou la résilience des systèmes sont étudiés principalement pour quatre pièces (porcs, bovins et caprins laitiers, et poules pondeuses)<br> Les coûts opérationnels (3,5 millions d'euros par an) proviennent de fonds publics via l'Agence Nationale de la Recherche (ANR), la Région Bretagne, Rennes Métropole, les projets européens ou encore le financement par des compagnies privées.<br> Les partenaires sont spécifiques à chaque projet. Pour une présentation générale des partenariats de l'unité, voir la page du site internet : https://pegase.rennes.hub.inrae.fr/partenariat</td></tr><tr><td>Sources de financement</td><td>INRAE ; Institut Agro Rennes-Angers</td></tr><tr><td>Date de début</td><td>2012-</td></tr></table>

Produits de recherche :

1. DONNÉES ISSUES DE MESURE INSTRUMENTÉE RÉALISÉE EN LABORATOIRE

2. ALGORITHMEE ET CODE

3. DONNÉES D'OBSERVATION : VIDÉOS, SONS, OBSERVATIONS DIRECTES, ENQUÊTES

Contributeurs :

<table><thead><tr><th>Nom</th><th>Affiliation</th><th>Rôles</th></tr></thead><tbody><tr><td><strong>Groupe données Pegase</strong><br>Bernard Émilie<br>Hérault Frédéric (https://orcid.org/0000-0001-5824-4081)<br>Moreews François (https://orcid.org/0000-0002-4168-4459)<br>Mustière Colette<br>Virlet Gwendal (https://orcid.org/0009-0008-0017-1180)</td><td>INRAE<br>INRAE<br>INRAE<br>INRAE<br>INRAE</td><td>Coordinateurs et rédacteurs du plan de gestion.<br>Personnes contact pour la gestion des données (pegase-data@inrae.fr).</td></tr><tr><td><strong>Direction Pegase</strong><br>Brossard Ludovic<br>(https://orcid.org/0000-0001-6727-5066)<br>Lebret Bénédicte<br>(https://orcid.org/0000-0001-5435-0389)<br>Le Cozler Yannick<br>(https://orcid.org/0000-0001-9644-317X)</td><td>INRAE<br>INRAE<br>Institut Agro</td><td>Responsables du plan de gestion de données.</td></tr></tbody></table>
# PLAN DE GESTION DE DONNÉES - UNITÉ PEGASE

## INFORMATIONS GÉNÉRALES

Nom de la structure : UMR 1348 Pegase - Physiologie, environnement et génétique pour l'animal et les systèmes d'élevage.

Type de structure : L'unité Pegase est une unité mixte de recherche (UMR) réunissant INRAE et l'Institut Agro Rennes-Angers.

## IDENTIFIANT DE LA STRUCTURE

UMR 1348 - RNSR : 201220380E

## RESPONSABILITÉS DANS LA STRUCTURE

<table><thead><tr><th>Nom, Prénom</th><th>Rôle</th></tr></thead><tbody><tr><td><strong>Direction</strong></td><td></td></tr><tr><td>Brossard, Ludovic</td><td>Directeur de l'UMR</td></tr><tr><td>Lebret Bénédicte</td><td>Directrice adjointe</td></tr><tr><td>Le Cozler Yannick</td><td>Directeur adjoint</td></tr><tr><td><strong>Groupe données Pegase</strong></td><td></td></tr><tr><td>Bernard Émilie</td><td>Documentaliste</td></tr><tr><td>Hérault Frédéric</td><td>Référent données opérationnel (RDO)</td></tr><tr><td>Moreews François</td><td>Référent données opérationnel (RDO)</td></tr><tr><td>Mustière Colette</td><td>Référente qualité</td></tr><tr><td>Virlet Gwendal</td><td>Gestionnaire de données</td></tr></tbody></table>

Établissements tutelles : INRAE ; L'Institut Agro Rennes-Angers

Département de rattachement INRAE : PHASE : Physiologie animale et systèmes d'élevages ; GA : Génétique animale

Financeur(s) (permettant l'acquisition des jeux de données – hors projet) : INRAE ; Institut Agro Rennes-Angers

DOI (version publiée du plan de gestion) : document non publié

## Historique des versions

<table><thead><tr><th>Date</th><th>n° de version</th><th>Statut</th><th>Auteur</th><th>Affiliation de l'auteur<br>(se reporter à l'annuaire INRAE)</th><th>Validé par</th><th>Validé le</th></tr></thead><tbody><tr><td>12/2022</td><td>0</td><td>En cours</td><td>Groupe données<br>Pegase</td><td>INRAE - Pegase</td><td></td><td></td></tr><tr><td>03/2024</td><td>0.1</td><td>Présenté<br>au collège<br>de direc-<br>tion</td><td>Groupe données<br>Pegase</td><td>INRAE - Pegase</td><td>Groupe<br>données et<br>direction<br>UMR</td><td>24/05/2024</td></tr><tr><td>01/2025</td><td>1</td><td></td><td></td><td>INRAE - Pegase</td><td>Groupe<br>données et<br>direction<br>UMR</td><td></td></tr></tbody></table>
PRÉSENTATION GÉNÉRALE DES DONNÉES PAR PRODUIT DE RECHERCHE

DONNÉES ISSUES DE MESURE INSTRUMENTÉE RÉALISÉE EN LABORATOIRE

<table><tr><td>Mode d'obtention</td><td>Les données sont issues des ateliers de laboratoire de l'unité qui regrouvent des compétences en : biochimie, biologie cellulaire, biologie moléculaire, expression génique et analyse des protéines, histologie, dosage d'hormones et de cytokines et en techniques séparatives. Les données sont obtenues selon un protocole expérimental et un mode opératoire dédié (pour celles issues de capteurs et les données zootechniques : voir les PGD de l'IEPL et du Cati Sicpa).</td></tr><tr><td>Origine</td><td>Les données sont issues de l'analyse d'échantillons provenant d'expérimentations ou correspondent à l'agrégation de données collectées par des tiers. Les échantillons traités et analysés proviennent principalement de deux sources différentes : 1- des échantillons biologiques (tissus, liquides physiologiques, etc.) 2- des échantillons de matières premières ou d'aliments.<br/>Catégorie Opidor : Expérimentation ; Agrégation ; Analyse</td></tr><tr><td>Type</td><td>Jeu de données ; Image</td></tr><tr><td>Nature</td><td>Les données sont des données numériques qualitatives ou quantitatives réalisées dans les laboratoires de l'unité issues des technologies suivantes : Mesure physique ; Transformation cellulaire ; Électrophorèse ; Diffusion immunitaire ; Séquençage ; Chromamétrie ; Imagerie ; Microarray ; Spectrométrie ; Chromatographie ; Cytométrie en flux ; Clonnage moléculaire ; Spectrophotométrie ; Mesure électrochimique ; Gravimétrie ; Marquage moléculaire ; Calorimétrie ; PCR</td></tr><tr><td>Format</td><td>Format de tableur notamment .csv ; .ods ; .xls ; .xlsx<br/>Format texte notamment .txt ; .pdf ; odt ; doc ; .docx<br/>Format image notamment .jpeg ; .jpg ; .png ; .tiff<br/>Format web notamment .html<br/>Format papier (les données sont généralement retranscrites manuellement dans un tableur).<br/>Formats propriétaires issues des appareils d'analyse. Certaines données en sortie d'appareils ne peuvent pas être exportées. Elles sont alors retranscrites en format papier ou récupérées dans un fichier informatique.</td></tr><tr><td>Périmètre thématique</td><td>Animal Breeding and Animal Products<br/>Animal Health and Pathology<br/>Farming Systems and Practices</td></tr></table>
ALGORITHME ET CODE

<table><tr><td>Mode d'obtention</td><td>Les scripts sont développés en interne. Ils s'appuient notamment sur des bibliothèques propres à chaque langage, de la documentation et des échanges de code entre développeurs. Les codes sont rédigés à partir de conventions et bonnes pratiques (différentes en fonction des langages).</td></tr><tr><td>Origine</td><td>Les données sont des codes (logiciel et script). Ils sont générés en propres ou proviennent d'articles, de publication de modèles et d'algorithmes, de forums d'échange entre développeurs. Il peut s'agir de codes préexistants, modifiés et étendus par des membres de l'unité. Les codes peuvent intégrer des contributions extérieures. Les fonctionnalités de ces codes concernent en particulier l'analyse de données, la simulation et la modélisation principalement de systèmes d'élevages et de fonctions biologiques.<br/>Catégorie Opidor : Code ; Simulation, modélisation</td></tr><tr><td>Type</td><td>Jeu de données ; Modèle ; Logiciel ; Autres (Macros)</td></tr><tr><td>Nature</td><td>Les données peuvent être : des algorithmes d'analyse, des développements de système de gestion de base de données, des outils d'intégration de données, des simulations via la génération de jeu de données artificiels, des scripts et macros d'analyse de données propres à chaque technologies (biochimie, imagerie, génomique, etc.)</td></tr><tr><td>Format</td><td>Format texte pour les codes, compréhensibles par différents compilateurs ou interpréteurs (Python, R, Java, Fortran, C#, Delphi). Format interoperable : .sql ; .csv ; tsv ; .json ; .xml ; .xlsx ; rdf.</td></tr><tr><td>Liste indicative des formats ouverts et fermés : https://doranum.fr/wp-content/uploads/FS2_liste_indicative_for-mats_V1.pdf<br/>Des informations et aide à la conversion vers des formats libres et pérennes sont ici : https://science-ouverte.inrae.fr/fr/les-donnees-et-le-numerique-scientifiques/la-gestion-et-le-partage-des-donnees-et-des-codes-fair-7 et https://facile.cines.fr/.</td><td></td></tr><tr><td>Périmètre thématique</td><td>Animal Breeding and Animal Products<br/>Animal Health and Pathology<br/>Climate<br/>Farming Systems and Practices</td></tr></table>
DONNÉES D'OBSERVATION : VIDÉOS, SONS, OBSERVATIONS DIRECTES, ENQUÊTES

<table><tr><td>Mode d'obtention</td><td>Les données d'observations sont obtenues par des observations directes, des enregistrements vidéo et audio et des enquêtes. Elles sont issues des sites expérimentaux internes (principalement UE3P et IEPL, voir les PGD cités en page 2) ou de sources externes. Les données sont obtenues selon un protocole expérimental et un mode opératoire dédié.</td></tr><tr><td>Origine</td><td>Les données sont enregistrées dans l'environnement expérimental via des dispositifs de caméras ou de micros, et/ou des notations d'observations directes.<br/>Les données d'observation peuvent également correspondre à un corpus de données textuelles ou chiffrées issues d'enquêtes de terrain.<br/>Catégorie Opidor : Observation ; Corpus audiovisuel ; Autres (données d'enquêtes)</td></tr><tr><td>Type</td><td>Jeu de données ; Image ; Donnée d'enquête ; Audiovisuel ; Enregistrement sonore</td></tr><tr><td>Nature</td><td>Les données d'observation peuvent être : des données comportementales codées ou annotées (sur l'animal, son environnement d'élevage ou son activité) issues de capteurs vidéo ou sonore ; des données d'observation directe retranscrites sur des fichiers informatiques ; des données numériques d'enquêtes (données textuelles, chiffrées et/ou audiovisuelles).</td></tr><tr><td>Format</td><td>Format vidéo : .avi ; .mp4 ; .mpeg ; .wmv ; vod<br/>Format audio : .wav ; .mp3<br/>Format texte : .txt ; .csv</td></tr><tr><td>Liste indicative des formats ouverts et fermés : https://doranum.fr/wp-content/uploads/FS2_liste_indicative_listes_V1.pdf<br/>Des informations et aide à la conversion vers des formats libres et pérennes sont ici : https://science-ouverte.inrae.fr/fr/les-donnees-et-le-numerique-scientifiques/la-gestion-et-le-partage-des-donnees-et-des-codes-fair-7 et https://facile.cines.fr/.</td><td></td></tr><tr><td>Périmètre thématique</td><td>Animal Breeding and Animal Products<br/>Animal Health and Pathology<br/>Farming Systems and Practices</td></tr></table>
# DROITS DE PROPRIÉTÉ INTELLECTUELLE

## QUI DÉTIENDRA LES DROITS SUR LES DONNÉES ET LES AUTRES INFORMATIONS CRÉÉES ?

INRAE, possède les droits de propriété des données, à l'exception d'accord de consortium ou de contrat avec des partenaires privés.

## SENSIBILITÉ DES DONNÉES

### IDENTIFICATION DU NIVEAU DE SENSIBILITÉ DES JEUX DE DONNÉES

Les données décrites dans ce plan de gestion de données sont majoritairement d'un niveau de sensibilité public. Les données susceptibles d'être concernées par une diffusion limitée portent sur la sécurisation des installations et le RGPD (règlement général sur la protection des données), notamment pour les données d'enquête. Les agents ont accès aux pages de l'intranet de l'institut pour obtenir plus d'informations sur le traitement des données pour la sécurité des systèmes d'informations (SSI): https://intranet.inrae.fr/cybersecurite/Referentiel-documentaire/Documents-SSI.

Catégorie Opidor : Public ; Diffusion limitée

## QUELLES SONT LES MESURES PRISES ET LES NORMES AUXQUELLES IL EST NÉCESSAIRE DE SE CONFORMER POUR GARANTIR LA SÉCURITÉ DES DONNÉES SENSIBLES ?

Une anonymisation des données géographiques est effectuée pour les données d'enquêtes. Les données d'identification des animaux sont également soumises à une anonymisation avant ouverture. Aucune procédure d'anonymisation n'est formalisée dans l'unité.

## S'IL Y A DES DONNÉES À CARACTÈRE PERSONNEL, QUELLES SONT LES MESURES ENVISAGÉES POUR LES PROTÉGER AU COURS DU PROJET OU DANS LE CADRE D'UNE RÉUTILISATION ?

Pour les vidéos sur lesquelles peuvent apparaître des personnes et/ou des données géographiques, les disques durs utilisés sont chiffrés. L'identification des personnes n'est pas retranscrite dans les observations d'analyses. Aucune procédure d'anonymisation n'est formalisée dans l'unité.

Des recommandations générales produites par la CNIL pour respecter le RGPD existent (https://www.cnil.fr/fr/la-nonymisation-des-donnees-un-traitement-cle-pour-lopen-data).

## PARTAGE DES DONNÉES

### Y A T'IL UNE OBLIGATION DE PARTAGE (OU À L'INVERSE UNE INTERDICTION OU UNE RESTRIC-TION) ?

L'unité Pegase dépend d'un organisme de recherche public (INRAE), les données qu'elle produit doivent être communicables et accessibles à toute personne qui en fait la demande si elles n'entrent pas dans le cadre des exceptions légales (données sensibles et confidentielles) ou contractuelles.

### QUELLES SONT LES RÉUTILISATIONS POTENTIELLES DE CES DONNÉES ?

- Publications scientifiques.

- Enseignement.

- Recherche et développement avec des partenaires privés ou publics.

- Vulgarisation / médiation scientifique.

### LA LECTURE DES DONNÉES NÉCESSITE-T-ELLE LE RECOURS À UN LOGICIEL OU UN OUTIL SPÉCI-FIQUE ? SI OUI, LEQUEL ?

- Logiciels de bureautique.

- Logiciels de traitement statistiques.

- Logiciels d'analyse et de traitement d'image, de vidéos et de sons.
Si des formats sont propriétaires (voir mesures instrumentées), ils nécessitent alors des logiciels particuliers.
Pour le détail des formats, voir le tableau de présentations des données issues de mesure réalisées en
laboratoire (Nature des données, page 5).

## COMMENT LES DONNÉES SERONT-ELLES PARTAGÉES ?

Il existe différentes possibilités de partage au sein de l'unité et plus largement de l'institut. Chaque porteur
de projet peut utiliser une ou plusieurs des solutions ci-dessous :

- Espaces de serveurs partagés (montage disque DSI : Nextcloud, SharePoint, répertoire Git de versioning institutionnel ou forge).

- Entrepôts de données : dataverse de l'unité sur la plateforme Recherche Data Gouv, Zenodo, entrepôts thématiques ou spécifiques, Software Heritage.

- Échange entre collaborateurs et collaboratrices via différents supports (mail, transfert web, usb, disque dur, application, etc.)

## AVEC QUI ?

Les données produites sont partagées entre les acteurs du projet:

## SOUS QUELLE LICENCE ?

Des licences libres sont attribuées à la plupart des codes. Les données déposées dans le dataverse de l'unité
le sont généralement sous licence etalab 2.0.

Que les données soient ouvertes ou fermées (totalement ou partiellement), il est recommandé de leur attribuer
une licence. Sans objet de restriction, la licence conseillée est : la licence ouverte compatible CC-BY version
4.0. Voir aussi : https://science-ouverte.inrae.fr/fr/les-donnees-et-le-numerique-scientifiques/la-gestion-et-le-partage-des-donnees-et-des-codes-fair-7.

## ORGANISATION ET DOCUMENTATION DES DONNÉES

## QUELS MÉTHODES ET OUTILS SONT UTILISÉS POUR ACQUÉRIR ET TRAITER LES DONNÉES, DEPUIS LEUR ACQUISITION JUSQU'À LEUR MISE À DISPOSITION, LEUR ARCHIVAGE OU LEUR DESTRUC-TION ? UTILISER ÉVENTUELLEMENT UN LIEN VERS UN SCHÉMA ILLUSTRANT LES PROCESSUS

La démarche qualité de l'unité s'appuie sur les axes suivants :

- Protocoles expérimentaux

- Gestion des échantillons

- Gestion documentaire

- Maîtrise des données

- Maîtrise des équipements

- Métrologie

Les documents et démarche qualité en place dans l'unité accompagnent et cadrent l'acquisition et le traitement
des données. L'acquisition des données se fait selon des modes opératoires et protocoles expérimentaux définis
et enregistrés dans la base qualité accessible exclusivement depuis le réseau interne de l'unité.

Des fichiers d'enregistrement de résultats d'analyses « templates analyse » (.xisx) ont été créés pour renseigner
de manière standardisée, par type d'analyse, les métadonnées communes favorisant leur description et leur
standardisation. Ces templates contiennent des colonnes prédéfinies, décrites et typées par type d'analyse. Ils
sont disponibles sur base qualité interne à l'unité (https://pegase.renes.intranet.inrae.fr/appui/ateliers-collec-tifs/assurance-qualite-collective) et stockés dans la forgeMIA. Cette démarche qualité permet l'enregistrement
des données dans ces documents formatés et enregistrés selon une nomenclature précise.

Un outil de validation automatique des formats de données existe pour ces fichiers.

L'enregistrement, le stockage et l'archivage de ces fichiers se fait dans une base de donnée propre à l'unité
(FAIR-DS).
Pour les données issues de mesure instrumentée réalisée en laboratoire et les données d'observations, les modes opératoires sont déposés dans la base de données qualité et décrits dans un tableau.
Une procédure de rédaction de ces modes opératoires existe (Rédaction et gestion d'un mode opératoire de laboratoire - P-LAB-001).

Une identification du cahier de laboratoire est mise en place. Un nom d'utilisateur et une localisation sont attribués à chaque cahier de laboratoire en circulation. Les cahiers de laboratoires terminés sont conservés et stockés dans différents lieux (salle archive, bureaux des utilisateurs). Aucune limite de durée n'est spécifiée. Ces éléments sont tracés dans la base qualité.

Le site intranet dédié à la qualité dans l'institut mentionne un devoir d'archivage des cahiers de laboratoire sans en préciser les modalités. Aucun archivage (cotation, classement, etc.) n'est mis en place dans l'unité. Voir : https://qualite.intranet.inrae.fr/outils/cahier-de-laboratoire.

L'unité n'a pas de politique particulière sur la durée de conservation des données ni de procédure spécifique à la gestion des données au moment d'un départ (fin de stage, de doctorat, mobilité, retraite). Un formulaire (E-MAS-GUIDE-F-PDFI_DemarchesEntreeSortie-V2) sur les démarches à accomplir au départ d'un personnel temporaire précise quelques éléments sur les données considérées dans ce plan (rendu du cahier de laboratoire et des échantillons).

Les données produites et gérées dans les installations ou unités expérimentales sont décrites dans les PGD concernés. Les données à produire sont décrites dans les protocoles expérimentaux et dans les PGD des projets.

## QUELLES MÉTADONNÉES SERONT UTILISÉES POUR ACCOMPAGNER LE JEU DE DONNÉES ? QUELS SERONT LES STANDARDS, VOCABULAIRES, TAXONOMIES... UTILISÉS POUR DÉCRIRE ET REPRÉSENTER LES DONNÉES ET ÉLÉMENTS DE MÉTADONNÉES ? COMMENT LES MÉTADONNÉES SERONT-ELLES PRODUITES ET MISES À JOUR ?

Aucune contrainte d'utilisation de standard de métadonnées n'existe pour le moment pour documenter les données. Pour les données publiées, les entrepôts proposent d'utiliser des standards et ressources sémantiques.

## UNE DOCUMENTATION COMPLÉMENTAIRE AUX MÉTADONNÉES EST-ELLE NÉCESSAIRE POUR DÉCRIRE LES DONNÉES ET ASSURER LEUR RÉUTILISABILITÉ SUR LE LONG TERME ?

Une politique de mise en œuvre des principes du FAIR data existe pour les données enregistrées dans les fichiers template. Ils permettent de définir et homogénéiser les métadonnées associées à chaque type d'analyse (l'ontologie Jerm (https://jermontology.org/) est utilisée pour les décrire). Une base de données (FAIR-DS) permettant la validation, le stockage et l'archivage de ces fichiers est disponible.

Pour les jeux de données, des informations sur l'explicitation des noms des colonnes, les unités utilisées ou toutes autres informations utiles pour décrire les données sont associées dans un onglet spécifique du tableur ou dans un fichier readme.txt. Ce fichier a pour objectif d'aider à la compréhension et à l'interprétation des données.

Les scripts rédigés sont commentés.

## COMMENT LES FICHIERS DE DONNÉES SONT-ILS GÉRÉS ET ORGANISÉS : CONTRÔLE DES VERSIONS, CONVENTIONS DE NOMMAGE DES FICHIERS, ORGANISATION DES FICHIERS

Aucune convention de nommage n'est spécifiée au niveau l'unité pour les fichiers de données.

Les contrôles de versions existent uniquement pour les codes.

Des initiatives individuelles pour des règles de nommages et d'organisation des fichiers existent (par exemple avec une arborescence du type : Nom du projet>WP>ExpéXXX).
## QUEL EST LE PROCESSUS DE CONTRÔLE QUALITÉ DES DONNÉES ?

La production des données de mesures instrumentées est assurée via des appareils inventoriés et vérifiés (calibration, étalonnage) notamment dans le cadre du groupe de travail sur la métrologie. Les agents intervenants sur ces appareils y sont formés. Les annotations d'observations sont réalisées par du personnel qualifié et formé. Pour les données produites enregistrées dans les templates, un outil de validation automatique, *Pegase fair validator*, des données est disponible. Cette application web valide le format et le type (syntaxe) de la donnée. Un template retrace a minima la date, le nom de l'opérateur, le mode opératoire, le matériel utilisé, les références de produits et le n° de lot, et la source des fichiers ; ce sont des points de contrôle de la qualité de la donnée. Les templates définissent également les champs obligatoires et optionnels ainsi que leur type (entier, date, etc.). La démarche qualité en place dans l'unité accompagnent le contrôle qualité des données. Les producteurs de données doivent s'y référer.

Des outils spécifiques (comme des linteurs) aident à la rédaction et à l'organisation des codes et scripts.

## STOCKAGE ET SÉCURITÉ DES DONNÉES

### LES SYSTÈMES D'INFORMATION DE LA STRUCTURE ONT-ILS FAIT L'OBJET D'UNE ANALYSE DE RISQUES OU D'UNE HOMOLOGATION ?

* Non

Au niveau de l'unité, aucune analyse de risque ou d'homologation n'a été effectuée.

Les infrastructures et plateformes utilisées dans l'unité proviennent d'outils gérés par la direction des systèmes d'informations (DSI).

La plupart des données sont stockées sur les espaces partagés du serveur du centre INRAE Bretagne Normandie.

À ce jour, aucune analyse de risque n'a été effectuée. Elle le sera ultérieurement selon la Politique Sécurité des Systèmes d'Information (PSSI) INRAE.

La PSSI INRAE est le document cadre concernant ces questions. Il est disponible sur cette page : https://cyber-securite.intranet.inrae.fr/content/download/252/2745?version=1

### QUELS TYPES DE SUPPORTS PHYSIQUES SONT UTILISÉS POUR STOCKER LES DONNÉES ?

Une structuration des dossiers sur les espaces partagés a été mise en place par un groupe de travail (informaticiens et personnes ressources informatiques (PRI)) de l'unité. L'accès à ces partages de disque est géré via l'active directory (AD), lui-même géré par la direction des systèmes d'information (DSI).

<table><thead><tr><th>Nature / type de données</th><th>Format du fichier d'enregistrement des données brutes</th><th>Support enregistrement / sauvegarde</th><th>Localisation</th></tr></thead><tbody><tr><td>Mesure instrumentée</td><td>Format de tableur dont.csv ; .ods ; .xls ; .xlsex<br>Format texte dont.txt ; .pdf ; .odt ; .doc ; .docx<br>Format image dont .jpeg ; .jpg ; .png ; .tiff<br>Format web dont .html<br>Format papier (les données sont généralement retranscrites manuellement dans un tableur)<br>Formats propriétaires issues des appareils d'analyse.</td><td>serveurs institutions<br>cloud<br>disque dur externe<br>clé USB<br>serveur de fichiers<br>NAS local</td><td>Datacenter<br>IDF et Toulouse ;<br>Bureau ;<br>Serveur<br>centre INRAE<br>Bretagne-Normandie</td></tr><tr><td>Algorithme et code</td><td>Format texte pour les codes, compréhensibles par différents compilateurs ou interpréteurs (Python, R, Java, Fortran, C#, Delphi)<br>Format interoperable : .sql ; .csv ; .tsv ; .json ; .xml ; .xlsex ; .rdf</td><td>SVN (Renater) et Gitlab (forge MIA)<br>disque dur externe<br>serveurs institutions</td><td>Datacenter<br>IDF et Toulouse ; Forge MIA<br>Git de partenaires externes à l'unité</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td>Observation</td><td>Format vidéo : .avi ; .mp4 ; .mpeg ; .wmv ; .vod (logiciel The Observer)<br/>Format audio : .wav ; .mp3<br/>Format texte : .txt ; .csv</td><td>serveur de fichiers NAS local disque dur externe</td><td>Datacenter IDF et Tou-louse ; Serveur centre INRAE Bretagne-Normandie</td></tr></table>

## QUELLES SONT LES MESURES DE SÉCURITÉ MISES EN PLACE LORS DES ÉTAPES DE TRANSFERT DES DONNÉES ?

La sécurité mise en place au moment du transfert des données peut être par des clés de sécurité ou des mots de passe.

L'industrialisation du poste de travail via la DSI (applicatif, OS, déploiement AD) et via le centre (groupe des informaticiens de proximité du centre Bretagne Normandie), garantit un niveau minimal de sécurité correspondant aux exigences de l'institut. L'accès aux systèmes informatiques institutionnels est contrôlé par identifiant et mot de passe.

Plus largement, cette question sera traitée spécifiquement dans les PGD de données des projets de recherche.

## QUELLE EST LA VOLUMÉTRIE ACTUELLE ET PRÉVISIONNELLE ?

La volumétrie actuelle est de quelques téras dans l'unité. Une estimation plus fine par type de donnée n'a pas encore été réalisée.

## L'ENTITÉ HÉBERGEANT PHYSIQUEMENT LES DONNÉES A-T-ELLE UNE POLITIQUE DE SÉCURITÉ DE L'INFORMATION ET A-T-ELLE UN PLAN D'ASSURANCE SÉCURITÉ ?

L'accès aux systèmes informatiques institutionnel est contrôlé par identifiant et mot de passe ; voir aussi la charte des infrastructures de recherche à l'Inrae (https://www.inrae.fr/sites/default/files/charte_ir.pdf).

Concernant les données stockées sur les espaces partagés, cela relève du service de la DSI nationale (voire de la structure informatique Grand Ouest).

Pour ce qui est des stockages sur les machines locales, il n'y a pas de politique de sécurité uniforme mise en place. Elle relève du producteur de données.

## SÉCURITÉ - CONFIDENTIALITÉ : LES DONNÉES FONT-ELLES L'OBJET D'ÉCHANGE OU DE PARTAGE AVEC DE TIERS ACTEURS ET SELON QUELLES MODALITÉS ? COMMENT SONT DÉTERMINÉS LES DROITS D'ACCÈS AUX DONNÉES AVANT LEUR PUBLICATION ?

Le partage est de la responsabilité du scientifique porteur du projet et en fonction des accords de consortium et du PGD du projet. En amont de leurs publications, l'échange ou le partage de données hors unité se produit exclusivement dans le cadre de ces collaborations scientifiques.

Il n'existe pas de politique propre à l'unité sur ce point.

En interne à l'unité, les données sont sécurisées et accessibles via des systèmes de gestion des permissions (AD, CAS, etc.) connectés à l'annuaire centralisé des utilisateurs de la DSI pour la gestion de droits d'accès par utilisateurs.

## SÉCURITÉ - INTÉGRITÉ - TRACABILITÉ : QUELLES SONT LES MESURES DE PROTECTION MISES EN ŒUVRE POUR SUIVRE LA PRODUCTION ET L'ANALYSE DES DONNÉES ?

La traçabilité, la fiabilité et la sécurité des données produites sont assurés par :

1) leur production via des appareils inventoriés et vérifiés (calibration, étalonnage). Les matériels utilisés sont listés dans la base qualité (métrologie). 2) leur enregistrement dans les cahiers de laboratoire, les templates et/ou dans des espaces serveur mis à disposition par type d'analyse. 3) leur stockage et archivage dans la base de données FAIR-DS, pour une partie d'entre-elles.

Les enregistrements papiers, informatiques et vidéos sont horodatés. Le suivi des versions des codes et documents est assuré par les outils utilisés.
## LES AGENTS DE LA STRUCTURE ONT-ILS BÉNÉFICIÉ D'UNE SENSIBILISATION AUX BONNES PRA-TIQUES D'HYGIÈNE NUMÉRIQUE ?

* Oui

Chaque nouvel arrivant bénéficie d'une information commune à l'utilisation d'un poste informatique (charte informatique INRAE) ; des animations internes ont été faites sur les outils de gestion des mots de passe, la sauvegarde.

Cette sensibilisation s'opère également via des alertes sécurité par mail retransmises par les PRI (campagnes de phishing). Les PRI ont également accès aux alertes de sécurité Renater concernant des postes de travail de l'unité.

Les agents ont accès aux pages SSI mais cela relève d'une démarche individuelle que de les consulter.

## ARCHIVAGE ET CONSERVATION DES DONNÉES

### QUELLES SONT LES DONNÉES À CONSERVER SUR LE MOYEN OU LE LONG TERME ET QUELLES SONT LES DONNÉES À DÉTRUIRE ?

La conservation sur le long terme concerne des données "super" FAIR c'est-à-dire décrites de manière à être accessibles, comprises, échangeables et réutilisables.

Au niveau de l'unité, la base de données FAIR-DS pour les données de laboratoire est conservée sur le long terme.

La durée de conservation des données brutes et des fichiers intermédiaires et finaux (retravaillées) n'est pas définie. Aucun type de données ne nécessite d'être détruit. Certains porteurs de projets de recherche ont rédigé un plan de gestion de données et se référeront à ce document pour la conservation des données du projet.

Pour les données générées dans les installations et les unités expérimentales se référer à leurs PGD respectifs.

Pour les autres, une fiche d'information rédigée par la DipSO sur l'archivage des projets de recherche est disponible : https://science-ouverte.inrae.fr/fr/offre-service/fiches-pratiques-et-recommandations/archiver-les-projets-de-recherche.

### SUR QUELLE PLATEFORME D'ARCHIVAGE PÉRENNE SERONT ARCHIVÉES LES DONNÉES À CONSERVER SUR LE LONG TERME ? SINON, QUELLES PROCÉDURES SERONT MISES EN PLACE POUR LA CONSERVATION À LONG TERME ?

Les datacenters sont utilisés via les outils Nextcloud et SharePoint fournis par la DSI pour la conservation des données. Les données déposées dans DataINRAE y sont hébergées et mise à disposition pour un minimum de 5 ans renouvelable.

De plus, une offre de service d'archivage INRAE est normalement en cours d'étude. https://science-ouverte.inrae.fr/fr/les-donnees-et-le-numerique-scientifiques/gerer-des-donnees-et-des-codes/les-solutions-darchivage.

En interne il n'y a pas de procédure mise en place.

### QUELLE EST LA DURÉE DE CONSERVATION DES DONNÉES ?

Les porteurs de projets de recherche qui ont rédigé un plan de gestion de données se référeront à ce document pour la conservation des données du projet.

Pour les autres, une fiche d'information rédigée par la DipSO sur l'archivage des projets de recherche est disponible : Archiver les projets de recherches (https://science-ouverte.inrae.fr/fr/offre-service/fiches-pratiques-et-recommandations/archiver-les-projets-de-recherche).

### QUELLES GARANTIES DE FINANCEMENTS COUVRIRONT LES COÛTS ASSOCIÉS À LA CONSERVATION À LONG TERME ?

En 2024, les coûts sont pris en charge par la DSI.