# Plateforme bioinformatique MIGALE

Mouhamadou Ba, Damien Berry, David Christiany, Hélène Chiapello, Olivier Inizan, Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Véronique Martin, Cédric Midoux, Olivier Rué, et al.

► To cite this version:

Mouhamadou Ba, Damien Berry, David Christiany, Hélène Chiapello, Olivier Inizan, et al. Plateforme bioinformatique MIGALE. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jun 2020, Montpellier, France. 2020. [hal-04176782](https://hal.inrae.fr/hal-04176782)

HAL Id: hal-04176782

https://hal.inrae.fr/hal-04176782

Submitted on 3 Aug 2023

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INRAE

Mouhamadou Ba
Damien Berry
David Christiany
Hélène Chiapello
Olivier Inizan
Valentin Loux
Mahendra Mariadassou
Véronique Martin
Cédric Midoux
Olivier Rué
Sophie Schbath
Valérie Vidal

migale

# Plateforme bioinformatique MIGALE

Migale est une infrastructure scientifique collective INRAE ouverte à tous. Elle est membre de l'Institut Français de Bioinformatique et France-Génomique. Ses activités sont certifiées ISO9001 depuis avril 2011.

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ifb
INSTITUT FRANÇAIS
DE BIOINFORMATIQUE

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FRANCE
GENOMIQUE

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## Nos missions

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Déploiement d'une infrastructure de calcul scientifique

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Mise à disposition des collections de données publiques issues de travaux de génomique

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Analyse de données génomiques

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Déploiement sur la plateforme de logiciels d'analyses bioinformatiques et statistiques

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Conception et développement d'applications

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Formation des utilisateurs aux méthodologies de la bioinformatique et aux logiciels d'analyse

https://migale.inrae.fr/

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## Infrastructure de calcul scientifique

* Un **serveur frontal** (migale) de 40 cœurs et de 196 Go de mémoire

* Un **cluster de calcul** de 1016 cœurs, 3 serveurs dédiés aux **bases de données**

* 22 serveurs physiques, 15 serveurs virtuels dédiés à des projets collaboratifs ou des outils

* Plus de **300 To** d'espace de stockage

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## Données et Outils

BIOCONDA

bioMAJ

Galaxy
PROJECT

* ~300 **outils** mis à disposition

* 90 **banques de données**

* **Mises à jour régulières** des banques et outils

* Portail **Galaxy** : https://galaxy.migale.inrae.fr/ pour une utilisation conviviale

* **Packaging** et **intégration d'outils** en protéomique, statistiques, ...

## Formations

* ~120 **personnes formées**/an

* 14 **modules** différents, dont :

- Python, Python avancé

- Initiation à R, ggplot2

- **Galaxy**

- Traitement primaire de données NGS (Galaxy / ligne de commande)

- Annotation automatique de génomes bactériens RNA-seq : bioinfo et statistiques

- Métagénomique 16S, Métagenomique shotgun

- Modélisation 3D de protéines

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Centre
Île-de-France - Jouy-en-Josas-Antony

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Université Paris-Saclay, INRAE, MaIAGE, 78350, Jouy-en-Josas, France
Université Paris-Saclay, INRAE, BioinfOmics, Migale, 78350, Jouy-en-Josas, France

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MaIAGE

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CERTIFIED

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ISO 9001