# Epidémiologie de Botrytis cinerea sous serre de tomate

## Véronique Decognet

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Véronique Decognet. Epidémiologie de Botrytis cinerea sous serre de tomate. Commission phytosanitaire de Chateaurenard, Mar 2006, Chateaurenard, France. 1 p. hal-02814022

HAL Id: hal-02814022

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EPIDEMIOLOGIE DE
BOTRYTIS CINEREA SOUS
SERRE DE TOMATE

Présentation à la commission phytosanitaire de
Chateaurenard (Bouches du Rhône)
Une composante du risque phytosanitaire qui présente une importance pour la mise en œuvre de la protection intégrée est la pression d'inoculum. L'impact de cet inoculum peut affecter l'efficacité des méthodes de lutte.

* B. cinerea a la capacité à sporuler abondamment

* Les spores sont facilement dispersées dans l'air et les flux d'air

* Processus de dispersion d'inoculum et de propagation spatio-temporelle des épidémies peu étudiés pour les mycoses aériennes cultures sous abris forte

* Diversité de B. cinerea sur différentes cultures en plein champ ou sous abris (cultures florales, légumes)

* Rapide acclimatation à des pressions de sélection (fongicides, filtres UV).
1- Impact de l'inoculum endogène dans une serre au cours d'une saison de culture (collaboration CTIFL Balandran)

Quantifier le développement épidémique et l'évolution de la structure des populations de *B. cinerea* suite à l'introduction de souches marquées

→ inoculation ponctuelle: **6 plantes avec 2 souches marquées**

4 compartiments x 60m²

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→ échantillonnage:
**4 jours avant inoculation** | **air**
**14 jours après inoculation** | **plantes**
**60 jours après inoculation** |

→ Génotypage: **9 microsatellites**
Les microsatellites:

■ séquences d'ADN répétées en tandem dont l'unité de répétition est comprise entre 1 et 6 paires de bases.

■ Les plus courants sont (A)n, (TC)n, (TAT)n, (GATA)n etc,

■ la valeur de *n* peut aller de quelques unités à plusieurs dizaines. La valeur de *n* peut varier selon les souches de Botrytis.

■ 9 microsatellites

■ Combinaison des 9 microsatellites définit un génotype
→ Développement polycyclique de la maladie dans la serre

→ Importance de l'inoculum endogène

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* Isle/Sorgue (serres verre)

* Alenya (tunnels)

## Isle sur Sorgue, 2002

* Forte diversité et présence de génotypes dominants

* Différence d'abondance relative de souches dominantes entre les 2 serres adjacentes

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51 génotypes / 309 isolats
4 génotypes dominants = 54%
# 3- Comparaison de la structuration spatio-temporelle et du développement des épidémies à l'échelle d'une saison de culture

- Etude en serres commerciales

- Isle/Sorgue 2003-2004

- Eyguières 2004

- St Martin de Crau 2004

- Examen de toutes les plantes à quatre dates de la saison de culture

- Notation des chancres

- Prélèvement des souches

→ Cartographie des attaques

→ Génotypage des souches à l'aide de marqueurs micro-satellites
# Isle/sorgue : répartition sous forme de foyers?

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02/03/2006

Mai

Juin

Juillet

Commission phytosanitaire de
Chateaurenard (Bouches du Rhône)
Eyguières (2003)

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agrégation → aléatoire → agrégation

Isle-sur-Sorgue (2003)

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Agrégation

→ Structuration spatiale

→ Nature des ‘foyers’= contaminations secondaires? → génotypage
Exemple de structuration à l'échelle du temps

Isle/Sorgue (2003)

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→ Forte diversité et présence de génotypes dominants

→ Différence d'abondance relative de souches dominantes entre les 2 serres adjacentes
# Exemple de structuration à l'échelle de l'espace

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

## Isle-sur-Sorgue (2003)

* **Dissémination de l'inoculum secondaire**

* **Importance de l'inoculum endogène**

3 foyers,

2 génotypes dominants (45% et 35%)
# Conclusions

* **Structuration** spatio-temporelle des épidémies

* **Diversité** des populations de Botrytis

* **Structuration** géographique des populations: différence d'abondance relative de souches dominantes

* Niveau local (2 répétitions)

* Niveau intra-régional (2 répétitions, distance ≈ 50km)

* Niveau supra-régional (1 répétition, distance ≈ 350km)

* **Structuration par l'hôte**: populations différentes entre cultures successives de tomate et de laitue

* **Entrée** épisodique dans les serres d'inoculum (pas de temps ?)

* **Installation et prédominance progressive de certaines génotypes** (fitness optimale ?)
• Perspectives: spécificité d'hôte

- sous-populations inféodées à la tomate ou à la laitue ?

- impact épidémiologique du précédent cultural (inoculum primaire)

- niveau local (rotations classiques tomate-laitue)

→ Expérience à l'INRA

- sous-populations distinctes sur vigne, tomate, rose, ronce ?

- échanges d'inoculum entre culture voisines ou éloignées (pressions de sélection différentes) ?

- niveau local et supra régional, collaborations nationales

- échantillonnage standardisé, pluriannuel

→ Expériences chez des producteurs (Pierrelatte/Sarrians/Berre)
• Perspectives: Mécanismes et facteurs d'évolution spatio-temporelle des populations

- structuration intra et supra-régionale des populations ?

- échanges d'inoculum entre cultures éloignées ?

- collaborations nationales

- flux d'inoculum et pas de temps des changements successifs ?

- rôle des épisodes de vents dominants

- bassin de production de la Vallée du Rhône

- modélisation des flux de spores
• Perspectives: sources d'inoculum non agricoles

B. cinerea: polyphage + mode de vie saprophyte

- identification d'habitats "nouveaux" ?

- contribution potentielle de ces habitats aux populations

- impact épidémiologique

- sélection de génotypes ?

- sélection de pathotypes ?