# Présentation du service d'analyse de données

Olivier Rué

► To cite this version:

Olivier Rué. Présentation du service d'analyse de données. Migale & Vous, May 2024, Jouy-en-Josas (FR), France. hal-04963446

HAL Id: hal-04963446

https://hal.inrae.fr/hal-04963446v1

Submitted on 24 Feb 2025

HAL is a multi-disciplinary open access
archive for the deposit and dissemination of sci-
entific research documents, whether they are pub-
lished or not. The documents may come from
teaching and research institutions in France or
abroad, or from public or private research centers.

L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est
destinée au dépôt et à la diffusion de documents
scientifiques de niveau recherche, publiés ou non,
émanant des établissements d'enseignement et de
recherche français ou étrangers, des laboratoires
publics ou privés.

<figure><img src="image_1.png" /></figure>
# Présentation du service d'analyse de données

## Migale & Vous

Olivier Rué

MaIAGE - Migale

21 mai 2024

<figure><img src="image_2.png" /></figure>

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 2.0 Generic License
# Un service "au service" de la communauté

* Service construit et mis en place fin 2015 lors de mon recrutement sur la plateforme

* Mission : répondre aux besoins en bioinformatique et biostatistiques de la communauté du département MICA / INRAE / au-delà

* Intégré aux processus de la plateforme (certifiée ISO9001-2015)

* procédures / audits

* exigence (planification, organisation...)

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

<figure><img src="image_4.png" /></figure>
# Organisation interne

* Centralisation des rapports d'analyse

* Rapports anonymisés

* Continuité de service en cas d'absence

* Base de connaissances

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

## Data analysis projects

Trainings, tutorials and other documents to help you to become bioinformatician

## Categories

- All (18)

- closed (2)

- collaboration (16)

- in progress (14)

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

Centre National pour la Recherche

RABATGA

5 min

IN PROGRESS

COLLABORATION

CÉDRIC MIDOUX, VALENTIN LOUX
MAY 16, 2024

5/21/24, 7:43:39 AM

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

Microflux4AMR

9 min

IN PROGRESS

COLLABORATION

OLIVIER RUÉ MAY 7, 2024

5/21/24, 8:20:24 AM

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

OENOVARDOCC

9 min

IN PROGRESS

COLLABORATION

OLIVIER RUÉ FEB 16, 2024

3/5/24, 9:40:09 AM

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

LTMCBW

8 min

IN PROGRESS

COLLABORATION

OLIVIER RUÉ JAN 17, 2024

2/15/24, 11:38:21 AM

<figure><img src="image_11.png" /></figure>

FAMAT

5 min

IN PROGRESS

COLLABORATION

MOUHAMADOU BA
JAN 10, 2024

2/16/24, 11:30:11 AM

<figure><img src="image_12.png" /></figure>

TEMPO

43 min

IN PROGRESS

COLLABORATION

OLIVIER RUÉ, CHRISTELLE HENNEQUET-ANTIER
NOV 22, 2023

3/11/24, 7:28:17 AM

<figure><img src="image_13.png" /></figure>

LEBANESE WHEAT SOURDOUGH

11 min

IN PROGRESS

COLLABORATION

OLIVIER RUÉ OCT 20, 2023

1/4/24, 2:39:33 PM

<figure><img src="image_14.png" /></figure>

NEBULA

37 min

IN PROGRESS

COLLABORATION

OLIVIER RUÉ, MAHENDRA MARIADASSOU
OCT 20, 2023

5/6/24, 1:31:06 PM

<figure><img src="image_15.png" /></figure>

CAVIAR2

12 min

<figure><img src="image_16.png" /></figure>

ICD

6 min

<figure><img src="image_17.png" /></figure>

RESTORBIOME2

6 min

<figure><img src="image_18.png" /></figure>

CAVIAR

14 min

<figure><img src="image_19.png" /></figure>
# Nos attentes/exigences

* Continuité avec les formations dispensées → vers l'autonomie des biologistes

<figure><img src="image_20.png" /></figure>

* Respect des principes FAIR

* reproductibilité, gestion des données...

* Collaborations basées sur l'échange

* mise à disposition régulière des résultats

* points réguliers

* accompagnement jusqu'à la valorisation des résultats

* Sans contre-partie financière pour les académiques ! (hormis stockage dans la limite de notre disponibilité)

<figure><img src="image_21.png" /></figure>

CC

<figure><img src="image_22.png" /></figure>

BY

SA

<figure><img src="image_23.png" /></figure>
# Comment demander une analyse ?

* https://migale.inrae.fr/ask-data-analysis

* Détails sur le mode souhaité

* Détails sur les données (estimer le temps nécessaire)

* Délivrables souhaités

* Souhait de date limite de réalisation

<figure><img src="image_24.png" /></figure>
Mode 1 : Collaboration

<figure><img src="image_25.png" /></figure>

* Nous nous occupons des analyses

• Nous vous préparons un rapport d'analyse

* Nous nous occupons des données
(sauvegarde, intégrité...)

<figure><img src="image_26.png" /></figure>
Mode 2 : Accompagnement

<figure><img src="image_27.png" /></figure>

* Nous vous aidons à réaliser vos analyses

* Nous vous guidons dans le choix des
outils / des paramètres

* Nous nous engageons à vous débugger
rapidement

* Nous ne récupérons pas les données et ne préparons pas de rapport d'analyse

* Possibilité de vous accueillir sur la
plateforme pour vous consacrer
pleinement à vos analyses

<figure><img src="image_28.png" /></figure>

<figure><img src="image_29.png" /></figure>
# Évolution 2016-2024

## Évolution du service d'analyse

<figure><img src="image_30.png" /></figure>

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 2.0 Generic License

<figure><img src="image_31.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

<figure><img src="image_32.png" /></figure>

INRAO

<figure><img src="image_33.png" /></figure>
<figure><img src="image_34.png" /></figure>

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 2.0 Generic License

<figure><img src="image_35.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Commons
Fait par

INRAO

mispole
# Bilan / métriques

<table><caption>Table 1: Number of projects according to its type.</caption><thead><tr><th>Metabarcoding</th><th>Metagenomics</th><th>Metatranscriptomics</th><th>TextMining</th><th>Genomics</th><th>Transcriptomics</th><th>Genome_assembly</th></tr></thead><tbody><tr><td>83</td><td>17</td><td></td><td>8</td><td>4</td><td>12</td><td>8</td></tr></tbody></table>

## Summary of thematics

<figure><img src="image_36.png" /></figure>

<figure><img src="image_37.png" /></figure>

## Nombre de projets par année

<figure><img src="image_38.png" /></figure>

<figure><img src="image_39.png" /></figure>

<figure><img src="image_40.png" /></figure>

<figure><img src="image_41.png" /></figure>
<figure><img src="image_42.png" /></figure>

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 2.0 Generic License

<figure><img src="image_43.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Citées
Faites

INRAO

mispole
# Bilan / métriques

<figure><img src="image_44.png" /></figure>

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 2.0 Generic License

<figure><img src="image_45.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Cité par
 others
<figure><img src="image_46.png" /></figure>

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 2.0 Generic License

<figure><img src="image_47.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Commons
Fait par

INRAO

<figure><img src="image_48.png" /></figure>
# Exemple de rapport

## RESTORBIOME2

Code ▼

The aim of this project is to study the transcriptional response of bacteria to complex sugars added to the culture medium. The experiments are carried out on pure culture of microorganisms whose genomes are known.

CLOSED

COLLABORATION

### AUTHORS

Olivier Rué

<figure><img src="image_49.png" /></figure>

Christelle Hennequet-Antier

<figure><img src="image_50.png" /></figure>

### AFFILIATION

Migale bioinformatics facility

Migale bioinformatics facility

### PUBLISHED

May 2, 2023

### MODIFIED

February 19, 2025

### Note

This document is a report of the analyses performed. You will find all the code used to analyze these data. The version of the tools (maybe in code chunks) and their references are indicated, for questions of reproducibility.

## Aim of the project

The aim of this project is to study the transcriptional response of bacteria to complex sugars added to the culture medium. The experiments are carried out on pure culture of microorganisms whose genomes are known.

## Partners

<figure><img src="image_51.png" /></figure>

<figure><img src="image_52.png" /></figure>
Comme Cassandre, n'hésitez
pas à en parler autour de vous
et à nous solliciter

<figure><img src="image_53.png" /></figure>

This work is licensed under a Creative Commons Attribution-ShareAlike 2.0 Generic License

<figure><img src="image_54.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

<figure><img src="image_55.png" /></figure>

INRAO

mispole