# Évaluation de l'implication du gène BARD1 dans la prédisposition au cancer du sein

Marie-Florence Reveneau

► To cite this version:

Marie-Florence Reveneau. Évaluation de l'implication du gène BARD1 dans la prédisposition au cancer du sein. Médecine humaine et pathologie. 2023. dumas-04315382

HAL Id: dumas-04315382

https://dumas.ccsd.cnrs.fr/dumas-04315382

Submitted on 30 Nov 2023

HAL is a multi-disciplinary open access
archive for the deposit and dissemination of sci-
entific research documents, whether they are pub-
lished or not. The documents may come from
teaching and research institutions in France or
abroad, or from public or private research centers.

L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est
destinée au dépôt et à la diffusion de documents
scientifiques de niveau recherche, publiés ou non,
émanant des établissements d'enseignement et de
recherche français ou étrangers, des laboratoires
publics ou privés.

<figure><img src="image_1.png" /></figure>

Distributed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License
ANNEE 2023

THESE n°2023 – 124

THESE POUR LE DIPLOME D'ETAT DE DOCTEUR EN MEDECINE
SPECIALITE GENETIQUE MEDICALE

Evaluation de l'implication du gène *BARD1* dans
la prédisposition au cancer du sein

Présentée et soutenue publiquement
le jeudi 5 octobre 2023

par
Marie-Florence REVENEAU

PRESIDENT DU JURY :
Monsieur le Professeur Henri COPIN

MEMBRES DU JURY :
Madame le Docteur Estelle CADET
Monsieur le Docteur Guillaume JEDRASZAK
Monsieur le Docteur Gilles MORIN

DIRECTRICE DE THESE :
Madame le Docteur Lisa GOLMARD
A ma grand-mère Janette

A mes parents
# REMERCIEMENTS

## Monsieur le Professeur Henri COPIN

Professeur des Universités – Praticien Hospitalier

Histologie-Embryologie-Cytogénétique

Chef du Service de Médecine et Biologie de la Reproduction et CECOS de Picardie

Pôle « Femme-Couple-Enfant »

Responsable de l'UF de Cytogénétique du Laboratoire de Génétique Constitutionnelle

Pôle « Biologie, Pharmacie et Santé des Populations »

Chevalier dans l'Ordre des Palmes Académiques

Monsieur le Professeur,

Je vous remercie de me faire l'honneur de présider mon jury de thèse, et de m'accorder ainsi votre confiance et à mon travail votre intérêt.

Je vous remercie également pour votre accueil chaleureux et bienveillant lors de mon stage dans votre unité, ainsi que pour les précieux enseignements transmis et les discussions partagées.

Soyez assuré de mon profond respect et de mes plus sincères remerciements.

## Monsieur le Docteur Gilles MORIN

Chef du service de Génétique Clinique

Responsable du centre de référence des maladies rares

Monsieur le Docteur,

Je vous remercie de me faire l'honneur de faire partie de mon jury de thèse.

Je vous remercie également très chaleureusement pour votre accueil dans le service de génétique clinique, le partage généreux de votre expérience en tant que pédiatre et généticien, et la richesse de vos enseignements concernant les maladies rares congénitales, leur diagnostic et leur prise en charge.

Je vous suis également très reconnaissante pour votre soutien durant mon internat, ainsi que pour l'attention particulière que vous portez aux internes de génétique d'Amiens et à leur avenir.

Je vous prie d'accepter ici l'expression de mon profond respect et de ma sincère reconnaissance.
Madame le Docteur Estelle CADET

Maître de Conférences des Universités – Praticien Hospitalier
Génétique

Chère Estelle,

Je te remercie de me faire l'honneur de faire partie de mon jury de thèse.

Je te remercie également pour ton accueil au sein du service de génétique moléculaire et pour
tes enseignements au cours du semestre.

Je te suis également très reconnaissante pour ton écoute et ton soutien dans mes projets,
qu'ils soient médicaux ou scientifiques, et que je n'aurais pu réaliser sans la confiance que tu
leur as accordée.

Sois assurée de mon profond respect et de mes sincères remerciements.

Monsieur le Docteur Guillaume JEDRASZAK

Maître de Conférences des Universités – Praticien Hospitalier
Génétique

Cher Guillaume,

Je te remercie de me faire l'honneur de faire partie de mon jury de thèse.

Je te remercie également très chaleureusement pour ta grande disponibilité, ton
investissement dans la formation des internes et ton encadrement toujours bienveillant.

Je tiens également à t'exprimer ma gratitude pour l'acuité de tes conseils, très réalistes et
objectifs, qui m'ont permis de m'engager dans mon internat et d'envisager la suite de
manière éclairée.

J'ai appris la génétique moléculaire (et la cytogénétique) grâce à toi, c'est donc avec émotion
que je te présente ce travail.

Sois assuré de mon plus sincère respect et de ma profonde gratitude.

Madame le Docteur Lisa GOLMARD

Praticien spécialiste
Institut Curie - Génétique - Cheffe d'Unité de Génétique constitutionnelle

Chère Lisa,

Je te remercie très chaleureusement de m'avoir accueillie dans ton unité de Génétique
constitutionnelle et d'avoir accepté de m'encadrer pour ce travail de thèse. J'ai appris
énormément au cours de ce semestre, à la fois en génétique oncologique mais également en
ce qui concerne le déroulement d'un projet de recherche en génétique, qui est un vrai travail
d'équipe ! J'ai également été très heureuse de te connaître un peu plus personnellement qu'à
travers les cours, ce qui m'a permis d'être le témoin de ta gentillesse, ta grande bienveillance
et ton humour. Je te suis très reconnaissante pour le temps que tu m'as consacré, pour tes
relectures et tes encouragements.

Sois assurée de mon profond respect et de ma sincère reconnaissance.
Je remercie très chaleureusement Madame la Professeure Stoppa-Lyonnet de m'avoir
accueillie au sein de son service de Génétique de l'Institut Curie, ainsi que Madame le
Docteur Chrystelle Colas pour son accueil dans son unité de Génétique clinique. Je suis
également très reconnaissante envers le Dr Julien Masliah-Planchon pour sa disponibilité et sa
bienveillance tout au long de ce projet.

Je remercie également l'ensemble des membres (secrétaires médicales, paramédicaux, techniciennes et techniciens de laboratoire, internes et Dr juniors, conseillères et conseillers en génétique, praticiennes et praticiens) des unités de Génétique constitutionnelle, de Génétique somatique et de Génétique clinique de m'avoir accompagnée pour la réalisation de mon stage et de ce travail de thèse, qui n'aurait pu voir le jour sans le soutien, la présence et la confiance de tous ceux qui y ont participé. Un grand merci en particulier au Dr Antoine De Pauw, à Virginie, Jennifer, Soraya, Christine, Justine, Mathilde, Fatou, Victoire, Marine, Molka et Elise.

Je remercie également l'ensemble des membres des services de Génétique du CHU d'Amiens et d'Onco-Hématologie du CH de Saint Quentin qui m'ont accueillie tout au long de mon internat et qui ont participé à ma formation, et en particulier les Dr Jobic, Dr Lachaier, Dr Pujalte, Dr Magry, Dr Ouikene, Dr Chehimi, Dr Aftisse, Dr Si Tayeb, Dr Alem, Didier, Nathalie, Mélanie, Francis, Luigina, Fred et Catherine.

J'adresse mes remerciements chaleureux au Dr Reda Garidi : je vous suis très reconnaissante pour votre accueil, votre générosité et pour la confiance que vous m'avez témoignée au sein de votre service pendant une année, au cours de laquelle j'ai appris considérablement.

Je remercie également le Pr Chauffert : je vous suis très reconnaissante pour la confiance que vous me témoignez ainsi que pour le partage de votre expérience. Votre vaste savoir et vos décisions thérapeutiques sont un enrichissement précieux pour notre formation et notre réflexion. Je vous remercie également pour vos conseils, sur le plan scientifique et professionnel.

Je remercie l'ensemble des médecins séniors de garde des urgences du CHU d'Amiens, du CH de Saint Quentin et de l'Institut Curie qui participent chaque nuit à notre formation.

Je remercie l'ensemble des médecins, des pharmaciens et des chercheurs qui ont été une source d'inspiration pour le déroulement et la rédaction de cette thèse.

Je remercie mes co-internes d'Amiens et de Saint Quentin pour les bons moments partagés, en particulier Emma, Carine, Charles, Asmahane, Chloé, Amandine, Ophélie, Pierre-Julien, Mickaël, Catlyne, A.B., Luana, Constance, Fabrice et Guillaume.

Je remercie mes amis, en particulier Amélie, Corentin, Adrien, Valentine, Alix, Frédéric et Yann pour leur présence. Je remercie Camille pour sa patience et les bons moments passés ensemble. Je remercie Hubert d'être un modèle de générosité.

Je remercie mes parents pour leur soutien et pour leur confiance en moi. Je remercie ma famille proche, et en particulier Nathalie, rayon de soleil lyonnais, pour les précieux rassemblements en famille. Enfin, merci à mes sœurs, Mathilde et Sarah, pour leur présence.
Table des matières

<table><tr><td>REMERCIEMENTS</td><td>3</td></tr><tr><td>ABREVIATIONS</td><td>8</td></tr><tr><td>LISTE DES FIGURES</td><td>9</td></tr><tr><td>LISTE DES TABLEAUX</td><td>9</td></tr><tr><td>1 INTRODUCTION</td><td>10</td></tr><tr><td>1-1 GENERALITES SUR LE CANCER DU SEIN</td><td>10</td></tr><tr><td>1-1-1 Données épidémiologiques françaises</td><td>10</td></tr><tr><td>1-1-2 Les différents types histologiques</td><td>12</td></tr><tr><td>1-1-3 Principes de traitement</td><td>14</td></tr><tr><td>1-2 LES PREDISPOSITIONS GENETIQUES AU CANCER DU SEIN</td><td>15</td></tr><tr><td>1-2-1 Le cancer du sein comme maladie héréditaire</td><td>15</td></tr><tr><td>1-2-2 Les gènes de prédisposition au cancer du sein</td><td>20</td></tr><tr><td>1-2-3 La réparation de l'ADN par recombinaison homologue</td><td>28</td></tr><tr><td>1-3 LE GENE BARD1 DANS LA PREDISPOSITION AU CANCER DU SEIN</td><td>33</td></tr><tr><td>1-3-1 Fonctions cellulaires de BARD1</td><td>33</td></tr><tr><td>1-3-2 Lien entre BARD1 et cancer du sein</td><td>35</td></tr><tr><td>1-3-3 Problématiques</td><td>37</td></tr><tr><td>1-4 OBJECTIFS DE L'ETUDE</td><td>38</td></tr><tr><td>2 MATERIEL ET METHODES</td><td>39</td></tr><tr><td>2-1 PREMIERE PARTIE : ETUDE DE L'ASSOCIATION DE VARIANTS CONSTITUTIONNELS DE BARD1 AVEC LE CANCER DU SEIN</td><td>39</td></tr><tr><td>2-1-1 Sélection des patients</td><td>39</td></tr><tr><td>2-1-2 Séquençage et analyse bio-informatique</td><td>39</td></tr><tr><td>2-1-3 Sélection et confirmation des variants</td><td>40</td></tr><tr><td>2-1-4 Sélection des témoins</td><td>42</td></tr><tr><td>2-1-5 Analyse statistique</td><td>42</td></tr></table>
<table><tr><td>2-2 DEUXIEME PARTIE : ETUDE DE L'IMPLICATION DE BARDI DANS L'ONCOGENESE MAMMAIRE</td><td>42</td></tr><tr><td>2-2-1 Recherche de second hit tumoral</td><td>42</td></tr><tr><td>2-2-2 Recherche de signature tumorale de déficit de la recombinaison homologue</td><td>43</td></tr><tr><td>2-3 SYNTHESE</td><td>45</td></tr><tr><td>3 RESULTATS</td><td>46</td></tr><tr><td>3-1 PREMIERE PARTIE : ETUDE DE L'ASSOCIATION DE VARIANTS CONSTITUTIONNELS DE BARDI AVEC LE CANCER DU SEIN</td><td>46</td></tr><tr><td>3-1-1 Patients et témoins retenus</td><td>46</td></tr><tr><td>3-1-2 Variants retenus</td><td>47</td></tr><tr><td>3-1-3 Analyse statistique</td><td>49</td></tr><tr><td>3-2 DEUXIEME PARTIE : ETUDE DE L'IMPLICATION DE BARDI DANS L'ONCOGENESE MAMMAIRE</td><td>50</td></tr><tr><td>3-2-1 Caractéristiques génomiques des tumeurs analysées</td><td>50</td></tr><tr><td>3-2-2 Exemple d'une « famille BARDI » de l'Institut Curie</td><td>54</td></tr><tr><td>4 DISCUSSION</td><td>55</td></tr><tr><td>5 CONCLUSION</td><td>61</td></tr><tr><td>REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES</td><td>62</td></tr><tr><td>RESUME - ABSTRACT</td><td>69</td></tr><tr><td>SERMENT D'HIPPOCRATE</td><td>71</td></tr></table>
ABREVIATIONS

ACMG : *American College of Medical Genetics*, Collège américain de Génétique médicale

ADN : acide désoxyribonucléique

ARN : acide ribonucléique

BARD1 : *BRCA1 Associated Ring Domain protein*, domaine Ring associé à *BRCA1*

BRCA1 : *breast cancer 1 protein*, protéine 1 associée au cancer du sein

BRCA2 : *breast cancer 2 protein*, protéine 2 associée au cancer du sein

CCI : carcinome canalaire infiltrant

CCIS : carcinome canalaire *in situ*

CDH1 : cadhérine 1

CLI : carcinome lobulaire infiltrant

CNV : *copy number variant*, variation de nombre de copies

GGC : Groupe Génétique et Cancer

HAS : Haute Autorité de Santé

HER2 : *human epidermal growth factor receptor 2*, récepteur 2 du facteur de croissance épidermique chez l'Homme

HGVS : *Human Genome Variation Society*

HRD : *homologous recombination deficiency*, déficit de la recombinaison homologue

HRP : *homologous recombination proficiency*, efficacité de la recombinaison homologue

INCa : Institut National du Cancer

LOH : *loss of heterozygosity*, perte d'hétérozygotie

LGA : *large genomic alterations*, grandes altérations génomiques

NHEJ : *non-homologous end joining*, jonction d'extrémités non homologues

NGS : *next generation sequencing*, séquençage de nouvelle génération

OMS : Organisation Mondiale de la Santé

OR : *odd ratio*, rapport des cotes

PALB2 : *partner and localizer of BRCA2*, partenaire et localisateur de BRCA2

PARP : poly-ADP-ribose polymérase

RH : recombinaison homologue

RING : *really interesting new gene*, nouveau gène très intéressant

RO : récepteur aux œstrogènes

RP : récepteur à la progestérone

SBR : Scarff Bloom et Richardson

TNM : *tumor-nodes-metastasis*, tumeur-ganglions-métastases
LISTE DES FIGURES

<table><tr><td>Figure 1 : Taux d'incidence et de mortalité du cancer du sein en France par catégories d'âge entre 1990 et 2018</td><td>11</td></tr><tr><td>Figure 2 : Mécanismes de l'oncogénèse : oncogènes et gènes suppresseurs de tumeurs</td><td>16</td></tr><tr><td>Figure 3 : Modèle de Knudson développé à partir du rétinoblastome héréditaire</td><td>17</td></tr><tr><td>Figure 4 : Mécanismes de la perte de fonction d'un gène suppresseur de tumeur</td><td>18</td></tr><tr><td>Figure 5 : Risque cumulé de cancer du sein et de l'ovaire chez des patientes porteuses de variants pathogènes sur BRCA1 ou BRCA2</td><td>21</td></tr><tr><td>Figure 6 : Le principe de la létalité synthétique induite par les inhibiteurs de PARP</td><td>22</td></tr><tr><td>Figure 7 : Fréquence des variants constitutionnels chez des femmes atteintes de cancer du sein</td><td>27</td></tr><tr><td>Figure 8 : Les grandes étapes de la recombinaison homologue</td><td>30</td></tr><tr><td>Figure 9 : Les domaines fonctionnels de BARD1 et BRCA1</td><td>33</td></tr><tr><td>Figure 10 : Régulation des voies de la réparation des cassures double-brins via les marques d'histones</td><td>34</td></tr><tr><td>Figure 11 : Objectifs de l'étude</td><td>38</td></tr><tr><td>Figure 12 : Synthèse de la démarche de l'étude</td><td>45</td></tr><tr><td>Figure 13 : Profil génomique de la tumeur mammaire CCI TN de la Patiente 7</td><td>52</td></tr><tr><td>Figure 14 : Profil génomique de la tumeur mammaire CCI RH+ HER2- de la Patiente 18</td><td>53</td></tr><tr><td>Figure 15 : Arbre généalogique d'une « famille BARD1 » de l'Institut Curie</td><td>54</td></tr></table>

LISTE DES TABLEAUX

<table><tr><td>Tableau 1 : Les différents types moléculaires de carcinomes canalaires infiltrants</td><td>14</td></tr><tr><td>Tableau 2 : Variants de BARD1 retenus portés par les patientes et corrélations génotype-phénotype</td><td>48</td></tr><tr><td>Tableau 3 : Variants de BARD1 retenus portés par les témoins</td><td>49</td></tr><tr><td>Tableau 4 : Résumé des caractéristiques génomiques des tumeurs du sein analysées</td><td>50</td></tr></table>
# 1 INTRODUCTION

## 1-1 GENERALITES SUR LE CANCER DU SEIN

### 1-1-1 Données épidémiologiques françaises

Le cancer du sein est le cancer le plus fréquent chez la femme. Entre 1990 et 2023, en France, le nombre de nouveaux cas annuels de cancers du sein a plus que doublé, passant de 30 000 à 61 214 nouveaux cas par an. L'âge médian au diagnostic en 2023 est de 64 ans. Entre 2005 et 2009, une baisse temporaire de l'incidence a été observée en lien avec la généralisation du dépistage organisé et la diminution de prescription du traitement hormonal substitutif de la ménopause, l'un des principaux facteurs de risque de cancer du sein. La reprise de la hausse observée entre 2010 et 2023 est attribuée à l'évolution des autres facteurs de risque (tels que l'alcool, le tabac et la sédentarité) et au vieillissement de la population. Cette augmentation est décrite pour l'ensemble des catégories d'âge (+1 à 1,9 % par an entre 1990 et 2018, voir Figure 1). Cette tendance est également observée aux États-Unis [1-4].

Le cancer du sein est la première cause de mortalité par cancer chez les femmes. La mortalité montre une tendance à la baisse depuis 1990 et s'élève à 12 100 décès en 2018 en France (Figure 1). Le taux de survie nette standardisée pour les femmes diagnostiquées entre 2010 et 2015 est de 87 % à 5 ans et 78% à 10 ans. Cette tendance peut s'expliquer par la généralisation du dépistage pour les femmes de 50 à 74 ans, ainsi qu'au développement des thérapeutiques. De plus, la Haute Autorité de Santé propose également des mesures de dépistage et de surveillance spécifiques aux femmes à haut risque, telles que les femmes avec des antécédents personnels ou familiaux de cancer du sein et/ou des prédispositions génétiques avérées [1-4].

Les principaux facteurs de risque de cancer du sein sont le sexe et l'âge. En effet, 99% des cancers du sein concernent des femmes et 80% d'entre eux surviennent après 50 ans [5]. De plus, les antécédents personnels de cancer du sein, en particulier hormonodépendant, augmentent de 4 à 5 fois le risque de survenue de cancer sur l'autre sein. De même, les antécédents familiaux de cancer du sein et/ou de l'ovaire augmentent ce risque, et notamment lorsqu'ils sont associés à une prédisposition génétique identifiée (par exemple sur les gènes BRCA1 et BRCA2). Il est retrouvé des variants pathogènes sur des gènes de prédisposition au cancer du sein chez 5 à 10% des patientes [6]. Des facteurs de risque de cancer du sein liés au mode de vie ont également été identifiés. Ainsi, des études attribuent 17% des cancers du sein à une consommation d'alcool régulière, même modérée [7]. Le surpoids et l'obésité augmentent
également ce risque chez les femmes ménopausées, et à l'inverse, l'activité physique est un facteur protecteur [8]. Chez les patientes atteintes d'un diabète de type 2, le risque est augmenté de 16 à 27% [9]. Les contraceptifs oraux contenant des œstrogènes et de la progestérone sont également associés à un risque légèrement plus élevé de cancer du sein dans le cadre d'une utilisation de plus de 10 ans. Ce risque revient à la normale 10 ans après la fin de l'utilisation. De même, le traitement hormonal substitutif de la ménopause augmente ce risque en cas d'utilisation prolongée, et ce risque diminue quelques années après l'arrêt du traitement [10-14].

D'autres facteurs associés à une augmentation de l'exposition des cellules mammaires aux œstrogènes et à la progestérone augmentent le risque de cancer du sein, tels que les ménarches précoces (avant 12 ans), la ménopause tardive (après 55 ans), la nulliparité ou la primiparité tardive (après 30 ans) [14]. A l'inverse, la grossesse et l'allaitement interrompent temporairement les cycles menstruels et ainsi l'exposition de la glande mammaire aux œstrogènes, et sont donc des facteurs protecteurs. Chez une femme ménopausée, il est ainsi constaté une diminution de 8% du risque de cancer du sein par grossesse [13]. Enfin, l'exposition aux radiations à un âge jeune augmente le risque de cancer du sein avant 40 ans. Cela est notamment le cas des patientes ayant reçu des examens au niveau thoracique pendant l'enfance ou l'adolescence de manière répétée, et ce même à faibles doses [9].

<figure><img src="image_2.png" /><figcaption>Figure 1 : Taux d'incidence et de mortalité du cancer du sein en France par catégories d'âge, entre 1990 et 2018 (Santé Publique France) [3]</figcaption></figure>
Par ailleurs, des études ont exploré d'autres potentiels facteurs de risque environnementaux, tels que l'utilisation des déodorants contenant des sels d'aluminium. Cette association a été recherchée devant l'augmentation de l'incidence des cancers du sein dans le quadrant supéro-externe qui est proche de la zone d'application des déodorants. Une méta-analyse de 2008 n'a pas retrouvé de lien de causalité entre l'utilisation de ces produits et le risque de cancer du sein [15]. Ce résultat est cependant à regarder avec prudence, les auteurs précisant que les études considérées étaient pour la plupart de niveau de preuve insuffisant (peu d'études prospectives) et comportaient des biais importants.

Actuellement, l'étude épidémiologique prospective POPCASE, menée par l'Institut Gustave Roussy, explore la corrélation éventuelle entre le cancer du sein et l'exposition aux polluants organiques persistants (POP) présentant un caractère de perturbateurs endocriniens [16]. Le principe de l'étude repose sur la comparaison du dosage dans l'organisme d'un ensemble de polluants chimiques de l'environnement entre deux groupes : Groupe A, femmes bénéficiant d'une chirurgie pour cancer du sein ; Groupe B, femmes bénéficiant d'une chirurgie mammaire à des fins de chirurgie plastique (témoins). Des prélèvements sanguins et du tissu adipeux seront réalisés et les patientes seront sollicitées annuellement et suivies pendant 10 ans.

De telles études devraient permettre de mieux identifier les facteurs de risque environnementaux de cancer du sein et sont essentielles pour tenter d'expliquer l'augmentation constante de son incidence dans les pays occidentaux.

### 1-1-2 Les différents types histologiques

Les cancers du sein font l'objet d'une classification histologique définie et révisée par l'Organisation Mondiale de la Santé (OMS) en 2019 et qui distingue les tumeurs épithéliales (ou carcinomes), qui se développent aux dépens des cellules épithéliales de la glande mammaire, des tumeurs non-épithéliales (tumeurs mésenchymateuses, fibro-épithéliales et lymphoïdes) [17]. Les tumeurs non-épithéliales sont rares et ne sont en général pas associées à des prédispositions génétiques au cancer du sein. Ainsi, seuls les carcinomes sont décrits ci-dessous :

- **Carcinomes mammaires non infiltrants ou in situ (CCIS)** : ils représentent environ 15% des cancers du sein et correspondent à une prolifération épithéliale canalaire (85%) ou lobulaire (15%) sans envahissement ni franchissement de la membrane basale. Ainsi, ils sont parfois qualifiés de carcinomes de « stade 0 » et sont en général de bon pronostic, bien qu'ils puissent
tout de même évoluer vers une forme infiltrante. Selon les études, une progression vers une forme infiltrante est retrouvée dans 14 à 53% des cas suivis pendant au moins 10 ans [18-20].

- **Carcinomes mammaires infiltrants**, parmi lesquels sont distingués : **le carcinome canalaire infiltrant** (environ 75-80% des cancers du sein infiltrants) qui se développe au dépens des canaux galactophores ; **le carcinome lobulaire infiltrant** (5 à 15% des cancers du sein infiltrants). Les autres formes de carcinomes infiltrants (**aspécifiques à composante médullaire, papillaire et tubuleuse**) sont plus rares, souvent de bon pronostic et représentent environ 5% des cancers du sein infiltrants [21-24].

Les caractéristiques cliniques et histologiques permettent d'établir le **stade TNM** (*Tumor-Nodes-Metastasis*, Tumeur-Ganglions-Métastases) ainsi que le grade histo-pronostique de Scarff Bloom et Richardson (SBR). Le stade TNM permet de décrire la progression de la tumeur au diagnostic (taille de la tumeur, atteinte ganglionnaire, présence ou non de métastases). Le **grade SBR** est basé sur des critères histologiques précis (différenciation tubulo-glandulaire, degré d'atypie nucléaire et nombre de mitoses par champ) et il est corrélé à l'agressivité tumorale [25,26].

Les classifications histologiques et cliniques sont également associées à une classification moléculaire qui prend en compte : l'expression tumorale des **récepteurs aux estrogènes (RE) et à la progestérone (RP)**, l'expression des récepteurs **HER2** (*Human Epidermal Growth Factor 2*) et l'index mitotique **Ki67**, qui est un marqueur de prolifération cellulaire. Ils définissent ainsi les sous-types moléculaires suivants : luminal A, luminal B, basal (ou triple-négatif) et HER2 surexprimé (Tableau 1). Ces catégories moléculaires ont des pronostics différents et apportent ainsi un intérêt crucial pour guider le choix thérapeutique.

Par exemple, la surexpression de HER2, présente dans 15 à 20% des cancers infiltrants, est un marqueur pronostique péjoratif avec une augmentation du risque de récidive après chirurgie [27]. Cependant, une thérapie ciblée anti-HER2 (comme le Trastuzumab = Herceptin ®), administrée en association au Paclitaxel, permet désormais une amélioration significative de la survie sans progression dans les cancers de stade précoce exprimant HER2, en comparaison au Paclitaxel seul [28].

Ces classifications moléculaires évoluent et se précisent encore, avec l'identification de signatures génomiques tumorales comme marqueurs pronostiques et théranostiques de réponse aux traitements. Par exemple, le test génomique tumoral Oncotype® identifie les patientes pouvant bénéficier de la chimiothérapie adjuvante parmi les patientes atteintes de cancer du
sein avec un risque de récidive intermédiaire. D'autres signatures génomiques sont également en cours d'exploration dans le cadre d'essais thérapeutiques, notamment dans des situations d'échec thérapeutiques.

<table><caption>**Tableau 1 : Les différents types moléculaires de carcinomes canalaires infiltrants.** Les critères de mauvais pronostic sont le grade SBR III, l'absence des récepteurs hormonaux (RH), la surexpression de HER2, le type triple négatif [14,22]</caption><thead><tr><th>Sous-types moléculaires</th><th colspan="2">Caractéristiques histopathologiques</th></tr></thead><tbody><tr><td>Luminal A</td><td colspan="2">RH positifs +++<br>HER2 non surexprimé<br>Ki67 faible<br>Grade I ou II</td></tr><tr><td>Luminal B</td><td>HER2 surexprimé<br>RE positif<br>RP positif ou négatif<br>Ki67 élevé<br>Grade II ou III</td><td>HER2 non surexprimé<br>RE positif<br>RP positif ou négatif<br>Ki67 élevé</td></tr><tr><td>HER2 like</td><td colspan="2">RH négatifs<br>HER2 surexprimé<br>Ki67 souvent élevé</td></tr><tr><td>Triple négatif (« basal like »)</td><td colspan="2">RH négatifs<br>HER2 non surexprimé<br>Ki67 souvent élevé<br>Grade II ou III</td></tr></tbody></table>

### 1-1-3 Principes de traitement

Il est distingué le traitement du cancer du sein localisé et celui du cancer du sein métastatique [29].

Le traitement du cancer du sein localisé repose sur la chirurgie complétée de traitements préventifs de rechute dits « adjuvants » (chimiothérapie, radiothérapie, hormonothérapie, traitements ciblés). La chirurgie peut être conservatrice (tumorectomie, mastectomie partielle) ou non (mastectomie totale). En fonction de certains critères tels que la taille de la tumeur, une chimiothérapie néo-adjuvante peut être proposée (c'est-à-dire avant la chirurgie) afin de réduire la masse tumorale, ce qui permettrait de privilégier une chirurgie conservatrice. La chirurgie mammaire est en général complétée par l'exérèse du ganglion sentinelle voire par un curage ganglionnaire. Selon les centres hospitaliers, la mastectomie totale peut être suivie d'une reconstruction mammaire immédiate ou à distance.

La radiothérapie est également un traitement local permettant de réduire le risque de récidive locale ou régionale du cancer du sein. Elle consiste en une irradiation (rayonnement ionisant constitué de photons ou d'électrons) au niveau du sein après une mastectomie partielle,
ou au niveau de la paroi thoracique après une mastectomie totale, induisant des cassures de l'ADN empêchant la prolifération tumorale.

La chimiothérapie adjuvante a montré son bénéfice dans la prévention de la récidive du cancer du sein (jusqu'à environ 50% de réduction du risque). Le choix des molécules et du protocole dépend du type histologique et moléculaire, et peut être associé à un inhibiteur de HER2 en cas de tumeur surexprimant cette protéine. Par ailleurs, en cas de variant pathogène identifié de *BRCA1* ou *BRCA2* sur la tumeur ou en constitutionnel, un traitement ciblé par inhibiteur de PARP (dont l'olaparib) peut être administré à la place de la chimiothérapie en traitement d'entretien.

L'hormonothérapie peut également être proposée dans les cancers hormono-dépendants, c'est-à-dire exprimant les récepteurs hormonaux (œstrogènes et/ou progestérone). Elle permet la diminution de 30 à 60% du risque de rechute locale, régionale et métastatique. Les bloqueurs de la production d'œstrogènes ovariens (tels que le Tamoxifène) sont utilisés chez les femmes non ménopausées, tandis que les inhibiteurs de l'aromatase (tels que le Letrozole) sont réservés aux femmes ménopausées et agissent *via* le blocage de la production des œstrogènes par le tissu adipeux [29].

En situation métastatique, la maladie est considérée comme chronique et l'objectif thérapeutique est le contrôle de la maladie, la guérison étant rarement obtenue. L'arsenal thérapeutique repose sur la chimiothérapie, l'hormonothérapie et les thérapies ciblées en fonction des altérations génomiques identifiées dans la tumeur. A cela s'ajoutent les traitements symptomatiques et/ou visant à limiter les complications des lésions (radiothérapies antalgiques, bisphosphonates pour réduire le risque de fracture, etc.). La surveillance est également plus rapprochée afin d'évaluer l'efficacité et la tolérance des traitements [29].

# 1-2 LES PREDISPOSITIONS GENETIQUES AU CANCER DU SEIN

## 1-2-1 Le cancer du sein comme maladie héréditaire

Le cancer, qu'il ait une cause héréditaire ou non, a pour origine une accumulation de modifications génétiques et épigénétiques anormales au sein de deux grands groupes de gènes : les gènes suppresseurs de tumeurs (GST) et les proto-oncogènes (Figure 2).

Les proto-oncogènes sont impliqués dans les voies de la division, de la différenciation et de la prolifération cellulaires. Les variants pathogènes sur les proto-oncogènes ont en général une expression dominante, c'est-à-dire qu'il suffit d'une seule variation pathogène dans un
domaine fonctionnel critique (« hotspot ») d'un allèle du gène pour induire une hyperactivation protéique et ainsi une prolifération cellulaire anormale à l'origine de la cancérogénèse. Ce mécanisme est surtout à l'origine de cancers sporadiques, bien que la présence d'une telle variation à l'état constitutionnel soit possible. Dans ce cas, elle est en général associée à la survenue de cancer multiples dès l'âge pédiatrique.

La plupart des prédispositions au cancer du sein sont liées à des variants pathogènes sur des gènes suppresseurs de tumeurs. Ces gènes codent des protéines de contrôle du cycle cellulaire, des récepteurs ou des facteurs de transduction du signal d'inhibition de la prolifération, des protéines checkpoints d'arrêt du cycle cellulaire en cas de détection d'une lésion de l'ADN, des protéines de l'apoptose, ou encore des protéines impliquées dans différents systèmes de réparation de l'ADN [30,31]. A l'inverse des proto-oncogènes, les variants pathogènes sur ces gènes ont une expression récessive, c'est-à-dire qu'il faut une inactivation de chaque allèle du gène pour induire une perte d'expression protéique et initier la cancérogénèse. Les variants mis en cause n'ont pas de localisation préférentielle sur le gène (pas de hotspot).

<figure><img src="image_3.png" /><figcaption>**Figure 2 : Mécanismes de l'oncogénèse : oncogènes et gènes suppresseurs de tumeurs.** L'inactivation des deux allèles d'un GST ou l'hyperactivation d'un allèle d'un oncogène peut entraîner l'initiation et la progression tumorales [32]</figcaption></figure>

La théorie des deux hits (événements) de Knudson explique ce processus d'oncogénèse à la fois pour les tumeurs non héréditaires et les tumeurs liées à une prédisposition, *via* l'inactivation successive des deux allèles d'un gène suppresseur de tumeurs au sein d'une même cellule (Figure 3) [33]. Initialement, ce modèle a été élaboré en 1971 à partir de cas de rétinoblastomes et a permis d'expliquer les différences cliniques des cas héréditaires, souvent
précoces et bilatéraux, par rapport aux cas non héréditaires, souvent unilatéraux et plus tardifs. Dans le cadre d'une prédisposition, le premier *hit* correspond à l'inactivation constitutionnelle du premier allèle dans toutes les cellules de l'individu, survenue *de novo* pendant l'embryogénèse, ou héritée de son père ou de sa mère. Cette altération entraîne une perte d'expression de l'allèle concerné, mais l'allèle sain restant est suffisant pour maintenir une bonne fonction protéique. C'est la survenue d'un second *hit* sur le second allèle d'une seule cellule de l'individu au cours de la vie qui induit la perte de fonction protéique, affecte la fonction cellulaire et est capable d'initier le processus tumoral. Ce modèle a ensuite été généralisé à d'autres types de tumeurs héréditaires, comme les tumeurs mammaires, et explique pourquoi les individus porteurs de variants pathogènes sur un GST présentent un risque accru de cancer, et ce de manière plus précoce que la population générale.

<figure><img src="image_4.png" /><figcaption>**Figure 3 :** Modèle de Knudson développé à partir du rétinoblastome héréditaire. Figure adaptée de Carné Trécesson et al. [33,34]. Chez un individu sain, la seule inactivation de l'un des deux allèles du gène de prédisposition au rétinoblastome (RB1) ne conduit pas à l'apparition d'une tumeur. Il faut l'inactivation du second allèle du gène de cette même cellule (ce qui est très rare) pour initier le développement tumoral. En revanche, chez un individu ayant hérité d'un allèle muté, il suffit de l'inactivation du second allèle du gène dans n'importe quelle cellule pour conduire au développement tumoral, ce qui explique la précocité, la forte prévalence et la fréquente bilatéralité de ces tumeurs chez les patients porteurs d'une prédisposition.</figcaption></figure>

L'inactivation complète d'un GST peut faire suite à la survenue de deux mutations inactivatrices successives qui peuvent être des mutations ponctuelles ou une inactivation du gène *via* l'hyperméthylation du promoteur, ou bien, le plus souvent, faire suite à la perte d'hétérozygotie (*loss of heterozygosity*, LOH) de la première mutation inactivatrice. Une LOH peut survenir suite à : une délétion de tout ou une partie d'un chromosome, emportant ainsi l'allèle sain restant ; une disomie uniparentale (ou isodisomie) survenue pendant la division cellulaire ; ou encore une conversion génique au cours d'un processus de réparation de l'ADN,
par exemple (Figure 4). Des études récentes ont également mis en évidence d'autres mécanismes impliqués dans l'inactivation des GST, complétant ainsi le modèle de Knudson. Ces mécanismes correspondent à une inactivation indirecte du gène ou de sa fonction cellulaire, telle que par le biais de l'activation de la voie de dégradation du protéasome ou des défauts de la régulation transcriptionnelle [30,31].

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

**Figure 4 : Mécanismes de la perte de fonction d'un gène suppresseur de tumeur, selon Takahashi et al [31].**
Initialement, présence des deux allèles fonctionnels sur les chromosomes paternel (en bleu) et maternel (en jaune). (A) Une première mutation (le premier *hit*) inactive l'un des deux allèles, ici l'allèle paternel (X noir sur le chromosome bleu). (B) Seconde mutation : si une seconde mutation inactive de manière indépendante l'autre allèle, ici l'allèle maternel (X noir sur le chromosome jaune), cela a pour conséquence la perte de fonction du gène. Cette perte de fonction peut être obtenue par le biais d'une perte d'hétérozygotie (LOH) illustrée par : (C) La délétion d'une région chromosomique ; (D) La disomie uniparentale crée un homozygote de l'allèle inactivé lorsque seul le chromosome (ou bras chromosomique) muté est dupliqué et transmis à la cellule fille au cours de la division cellulaire ; (E) La conversion génique : transfert de la première mutation inactivatrice sur la copie active (X rouge), aboutissant à un homozygote pour la mutation inactivatrice.

Environ 5 à 10% des cancers du sein sont expliqués par une prédisposition génétique liée à une altération constitutionnelle sur un gène suppresseur de tumeur répondant au modèle de Knudson. Le plus souvent, il s'agit des gènes *BRCA1* ou *BRCA2*, qui sont des gènes majeurs de la réparation de l'ADN par recombinaison homologue (RH) et sont impliqués dans la prédisposition aux cancers du sein et de l'ovaire, dont ils représentent environ 40 et 75% des cas de prédisposition, respectivement [35,36]. L'inactivation constitutionnelle d'un allèle de l'un d'entre eux, suivie d'un second *hit* somatique sur l'allèle sauvage, entraîne la perte de fonction de la protéine associée, et ainsi des défauts de la réparation de l'ADN par RH. Cela entraîne l'accumulation de lésions de l'ADN à l'origine de l'inactivation d'autres gènes suppresseurs de tumeurs, de l'activation de proto-oncogènes et, par cette instabilité génomique, à l'initiation de la cancérogénèse.
D'autres gènes impliqués dans le cancer du sein héréditaire, autres que *BRCA1* et *BRCA2*, ont été identifiés plus récemment et classés selon leur niveau de risque (Figure 7). D'après la classification de 2008 de Foulkes et al., un gène est dit à risque élevé (ou à forte pénétrance) lorsqu'il est associé à un risque relatif (RR) augmenté d'au moins un facteur 4 par rapport au risque standard ; à risque modéré (ou à pénétrance moyenne) pour un RR compris entre 2 et 4, et à risque faible (ou à faible pénétrance) pour un RR strictement inférieur à 2 [37].

En 2017, le Groupe français Génétique et Cancer (GGC) a ainsi établi un panel de 13 gènes (incluant *BRCA1* et *BRCA2*) reconnus d'utilité clinique, qui peut être prescrit en routine diagnostique chez des patients suspects de prédisposition au cancer du sein et/ou de l'ovaire (panel *Hereditary Breast and Ovarian Cancer* = panel HBOC). Ce panel a été établi à partir de données de la littérature portant sur 20 gènes candidats. Le GGC propose également des recommandations de surveillance mammaire et ovarienne spécifiques à chaque gène retenu. Ces gènes sont analysés par séquençage à haut débit (NGS) du panel HBOC [38].

Les caractéristiques faisant suspecter une prédisposition au cancer du sein chez un patient tiennent compte de son histoire personnelle et familiale, notamment de la précocité de survenue, du nombre et du type de cancers dans la famille. Les critères d'indication du panel HBOC peuvent varier d'un centre hospitalier à un autre et sont les suivants à l'Institut Curie :

- Critères individuels : survenue d'un cancer du sein avant 40 ans ou triple négatif avant 60 ans, ou à composante médullaire, ou cancer du sein bilatéral dont un avant 50 ans ou un triple négatif, ou cancer du sein chez un homme, ou cancer de l'ovaire avant 75 ans (hors types *borderline* ou *germinal*)

- Critère familiaux : survenue de 3 cancers du sein ou 2 cancers du sein dont un avant 50 ans et un avant 70 ans, ou un cancer du sein et un cancer de l'ovaire

Le classement des variants identifiés repose sur les recommandations de *l'American College of Medical Genetics* (ACMG, Collège américain de Génétique médicale) qui établit cinq catégories : variant bénin (classe 1), probablement bénin (classe 2), de signification incertaine (VSI = classe 3), probablement pathogène (classe 4) ou pathogène (classe 5) [39]. La plupart du temps, les variants pathogènes mis en cause dans la prédisposition entraînent une perte de fonction protéique (variants tronquants, affectant l'épissage, faux-sens, réarrangements de grande taille) sans localisation préférentielle sur le gène [40].
## 1-2-2 Les gènes de prédisposition au cancer du sein

* Les gènes à risque élevé de cancer du sein

Parmi les 13 gènes retenus du panel HBOC, six sont associés à un risque élevé de cancer du sein (GGC 2017) : *BRCA1*, *BRCA2*, *PALB2*, *CDH1*, *PTEN* et *TP53*. Le gène *STK11* n'a pas été retenu dans le panel HBOC mais plusieurs études indiquent qu'il serait également pourvoyeur d'un risque élevé de cancer du sein.

**BRCA1 et BRCA2 :**

*BRCA1* et *BRCA2* sont des gènes suppresseurs de tumeur prédisposant aux cancers du sein et de l'ovaire (Figure 5). A eux deux, ils représentent environ 40% et 75% des prédispositions aux cancers du sein et de l'ovaire héréditaires diagnostiquées à partir du panel HBOC, respectivement. Ils jouent un rôle crucial dans plusieurs fonctions cellulaires, en particulier *BRCA1* qui est impliqué dans le contrôle du cycle cellulaire, la régulation de la transcription et la réparation des cassures double-brins de l'ADN par RH [35,41,42].

*BRCA1 (Breast Cancer susceptibility gene 1)* est un grand gène de 22 exons situé à la position chromosomique 17q21.31. L'étude prospective de Kuchenbaecker et al. sur des femmes porteuses a retrouvé un risque cumulé de cancer du sein à 80 ans de 72% et de cancer de l'ovaire à 80 ans de 44%, avec une augmentation significative de l'incidence de ces cancers dès 41 ans. L'incidence du cancer du sein controlatéral est d'autant plus élevée que l'âge au premier cancer du sein est précoce [43].

Chez les hommes, le risque cumulatif de cancer du sein est de 1,2% en comparaison à 0,1% dans la population générale [44]. Deux méta-analyses de 2019 et 2021 retrouvent également un risque de cancer de la prostate augmenté avec des *odds ratios* (OR) à 1,35 et 1,18, sans augmentation significative de la mortalité par rapport aux patients non porteurs d'une altération constitutionnelle. Le risque de développer un cancer de la prostate avant l'âge de 75 ans est estimé à 21% [45,46].

De plus, chez les hommes et les femmes, il existe également un sur-risque de cancer du pancréas avec un risque relatif estimé à 2,55 et un risque de survenue avant l'âge de 75 ans entre 1 et 3 % [47]. Le risque relatif est d'autant plus élevé qu'il y a un ou plusieurs parents au premier degré atteints de cancer du pancréas [48,49].

Sur le plan moléculaire, les tumeurs mammaires sont majoritairement des carcinomes canalaires infiltrants, considérées comme des tumeurs agressives, de grade élevé (85 % de grade
III). Plus de 80 % de ces tumeurs ont un phénotype triple-négatif et ne sont donc pas éligibles à une hormonothérapie d'entretien. Cependant, elles répondent mieux aux chimiothérapies cytotoxiques, ce qui en améliore le pronostic [50–55].

BRCA2 (Breast Cancer Susceptibility gene 2) est un grand gène de 27 exons situé à la position chromosomique 13q13.1. L'étude prospective de Kuchenbaecker et al. sur des femmes porteuses a retrouvé un risque cumulé de cancer du sein à 80 ans de 69% et de cancer de l'ovaire à 80 ans de 17%, avec une période de survenue plus tardive par rapport à BRCA1. Tout comme cela est le cas pour BRCA1, l'incidence du cancer du sein controlatéral est d'autant plus élevée que l'âge au premier cancer du sein est précoce [43].

Chez les hommes, le risque cumulatif de cancer du sein est de 6,8% en comparaison, pour rappel, à 0,1% dans la population générale [44]. Il est également retrouvé un risque de cancer de la prostate augmenté avec des OR à environ 2,64 et 4,35, associée à une augmentation significative de la mortalité par rapport aux patients non porteurs d'une altération constitutionnelle de BRCA2. Le risque de développer un cancer de la prostate avant l'âge de 75 ans est estimé à 27% [45,46].

Il existe également un sur-risque de cancer du pancréas avec un risque relatif estimé à 2,13 et un risque de survenue avant l'âge de 75 ans entre 3 et 5% [47]. De même que pour BRCA1, le risque relatif est d'autant plus élevé qu'il y a un ou plusieurs parents au premier degré atteints de cancer du pancréas [48,49]. Un sur-risque de mélanome est également évoqué mais reste débattu [56].

<figure><img src="image_6.png" /><figcaption>Figure 5 : Risque cumulé de cancer du sein et de l'ovaire chez des patientes porteuses de variants pathogènes sur BRCA1 ou BRCA2, d'après Kuchenbaecker et al., 2017 [43]</figcaption></figure>

Sur le plan moléculaire, les tumeurs mammaires ont un profil similaire aux tumeurs mammaires sporadiques. Elles expriment les RH dans 60 % des cas, sans surexpression de
HER2 et avec un grade SBR souvent élevé. Elles sont donc beaucoup moins fréquemment de type triple-négatif en comparaison aux tumeurs *BRCA1* et sont plus souvent de type luminal. La surexpression de RH les rend sensible à l'hormonothérapie d'entretien [55,57-60].

L'Institut National du Cancer (INCa) et la Haute Autorité de Santé (HAS) proposent des recommandations pour le dépistage et les traitements de réduction du risque du cancer du sein et des ovaires des femmes porteuses d'une prédisposition en lien avec *BRCA1* et *BRCA2*. Elles incluent une surveillance mammaire par examen clinique tous les 6 mois, associée à une surveillance radiologique par IRM, mammographie et échographie annuelles à partir de 30 ans. La mammectomie prophylactique peut être envisagée. Concernant le risque de cancer de l'ovaire, une annexectomie prophylactique est recommandée à partir de 40 ans pour *BRCA1* et 45 ans pour *BRCA2* [5,41].

Les femmes porteuses de prédisposition sur *BRCA1* ou *BRCA2* et atteintes d'un cancer du sein peuvent également avoir accès à un traitement ciblé. En effet, l'anti-PARP olaparib est disponible en traitement adjuvant en cas de cancer du sein précoce ou métastatique HER2 négatif chez ces patientes [61,62]. Ce traitement repose sur le principe de la létalité synthétique, obtenue par l'inhibition concomitante de la voie de la RH (liée à l'altération de BRCA1 ou 2) et de la voie de la PARP (induite par l'olaparib), induisant ainsi la mort cellulaire (Figure 6).

<figure><img src="image_7.png" /><figcaption>Figure 6 : Le principe de la létalité synthétique induite par les inhibiteurs de PARP dans un contexte de défaut de recombinaison homologue lié à une altération sur *BRCA1* ou *BRCA2* [63]</figcaption></figure>
### PALB2 :

PALB2 (Partner And Localizer of BRCA2) est un gène suppresseur de tumeur associé à un risque augmenté de cancer du sein. Il est situé à la position chromosomique 16p12. Il code la protéine PALB2 qui interagit directement avec BRCA2 dans le maintien de l'intégrité du génome par le biais de la réparation des cassures double-brin de l'ADN par RH. PALB2 est recruté aux sites de dommages de l'ADN suite à sa phosphorylation en réponse aux cassures double-brin et participe à la formation du complexe protéique BRCA1-PALB2-BRCA2-RAD51, qui facilite l'invasion de brin médiée par RAD51 pendant la RH [35].

Entre 0,5 et 3% des cas prédisposés au cancer du sein sont porteurs d'un variant pathogène sur PALB2. Le risque relatif de cancer du sein varie en fonction de l'âge et oscille entre 8 et 9 pour les femmes de moins de 40 ans, entre 6 et 8 pour les femmes de 40 à 60 ans, et est estimé à 5 pour les femmes de plus de 60 ans. Le risque cumulé varie entre 30% et 60% selon les études, qui soulignent l'importance de l'influence de l'histoire familiale dans le risque de chaque individu porteur [35,64].

Par ailleurs, des études récentes ont également montré un risque majoré de cancer de l'ovaire et du pancréas, avec un risque cumulé entre 3 et 5% pour le cancer de l'ovaire, et entre 5-10% pour le cancer du pancréas.

La surveillance mammaire proposée par le GGC s'aligne sur celle de BRCA1 et BRCA2, et repose sur l'examen clinique semestriel et des examens d'imagerie annuels (IRM, mammographie, échographie) dès l'âge de 30 ans. La mastectomie prophylactique peut être discutée [65].

### CDH1 :

CDH1 est impliqué dans les prédispositions héréditaires au cancer gastrique diffus à grandes cellules (carcinome à cellules indépendantes de type linite gastrique) ainsi qu'au cancer du sein, préférentiellement de type lobulaire. Ce gène est localisé en 16q22.1 et code la protéine transmembranaire E-cadhérine qui participe à l'adhésion cellulaire épithéliale.

Le risque cumulé de cancer gastrique chez les hommes est d'environ 70% à 80 ans, et il est d'environ 56% pour les femmes. Concernant le cancer du sein, le risque cumulé à 80 ans est d'environ 42% pour les femmes [66,67].

Les recommandations de surveillance aux femmes porteuses comportent un examen clinique semestriel et une surveillance radiologique annuelle combinant IRM, mammographie et échographie dès l'âge de 30 ans. La mastectomie prophylactique peut être discutée [65].
## PTEN et le syndrome de Cowden :

PTEN est responsable du syndrome de Cowden, de transmission autosomique dominante, caractérisé par des lésions malformatives et tumorales hamartomateuses diffuses avec un haut risque de cancers cutanés (mélanomes), mammaires, de l'endomètre et de la thyroïde. Le risque cumulé de cancer du sein oscille entre 40 et 85% chez les femmes, selon les études [35,68].

Les recommandations de prise en charge incluent un examen clinique semestriel et une surveillance radiologique annuelle combinant IRM, mammographie et échographie dès l'âge de 30 ans. Néanmoins, il existe des recommandations particulières pour les femmes jeunes présentant des lésions mammaires fibro-kystiques, fréquentes dans ce syndrome. Dans ce cas, en présence d'une mastopathie majeure, un suivi doit être mis en place à partir de l'âge de constitution des lésions, par IRM et échographie mammaires annuelles. De plus, il peut être discuté d'une mastectomie prophylactique bilatérale dès l'âge de 25 ans [65].

## TP53 et le syndrome de Li-Fraumeni :

TP53 est situé à la localisation chromosomique 17p13.1. Il s'agit d'un gène suppresseur de tumeur codant un facteur de transcription impliqué dans la régulation du cycle cellulaire, l'apoptose, la sénescence et la réparation de l'ADN. Du fait de ses nombreux rôles dans le maintien de l'intégrité du génome, il est qualifié de gardien du génome. En cas de mutation somatique, il peut aussi acquérir des propriétés oncogéniques.

En cas d'altération inactivatrice constitutionnelle, il est responsable du syndrome de Li-Fraumeni, qui survient généralement chez l'enfant et l'adulte jeune et qui associe, entre autres, un risque élevé de cancer du sein, de sarcome des tissus mous, de leucémie et de tumeurs cérébrales. La suspicion de ce syndrome est orientée par les critères de Chompret de 2015 qui prennent en compte la diversité du spectre tumoral et l'âge aux diagnostics [69].

Les variants pathogènes TP53 sont majoritairement des faux-sens affectant l'activité transcriptionnelle de la protéine par défaut de fixation à l'ADN, entraînant une perte de fonction, ou bien affectant la structure même de la protéine, entraînant un effet dominant négatif. Ces deniers ont ainsi un effet plus délétère et plus précoce que les autres variants faux-sens et que les variant tronquants [70]. Le risque relatif de cancer du sein oscille entre 3,76 à 5,42 selon les études, et le risque cumulé à 60 ans, de 49% à plus de 60% [35,71-74]. L'âge d'apparition moyen est de 35 ans [75].

Il est recommandé aux femmes porteuses d'un variant pathogène de TP53 une surveillance mammaire annuelle par IRM (avec ou sans échographie) dès l'âge de 20 ans. En
raison de la radiosensibilité conférée par le variant, la mammographie systématique n'est pas recommandée. La mammectomie bilatérale prophylactique peut être discutée [65].

## STK11 et le syndrome de Peutz-Jeghers :

Le gène *STK11*, situé à la localisation chromosomique 19p13.3, code une protéine ayant une activité tyrosine kinase impliquée dans la transmission du signal, notamment pour le métabolisme énergétique et la voie Wnt (impliquée dans le développement embryonnaire et le contrôle de la différenciation des cellules souches).

En cas d'altération constitutionnelle, il est responsable du syndrome de Peutz-Jeghers, une hamartomatose de transmission autosomique dominante caractérisée par des polypes hamartomateux digestifs, en particulier grêliques, ainsi qu'une lentiginose péri-orificielle. Il est également impliqué dans la prédisposition aux tumeurs grêliques, colorectales, du pancréas, des testicules, de l'endomètre, du sein et de l'ovaire [76].

Le risque cumulé de cancer du sein est compris entre 32 et 54% [77-79]. STK11 n'est pas inclus dans le panel HBOC en raison de la faiblesse des effectifs des séries publiées et doit ainsi faire l'objet d'une analyse spécifique devant une syndromologie évocatrice. Il est recommandé aux femmes porteuses d'un variant pathogène du gène STK11 une surveillance mammaire annuelle par IRM, mammographie et échographie dès l'âge de 30 ans. Une mastectomie prophylactique peut également être discutée.

* **Les gènes à risque élevé de cancers autres que le sein et associés à un risque faible à modéré de cancer du sein :**

Il s'agit des sept autres gènes du panel HBOC, principalement associés, entre autres, à un risque élevé de cancer de l'ovaire : RAD51C, RAD51D, MLH1, MSH2, MSH6, PMS2 et EPCAM.

Les gènes RAD51C et RAD51D sont des paralogues de la famille du gène RAD51, acteurs majeurs de la RH *via* leur interaction avec BRCA2. Les variants pathogènes monovaléliques de RAD51C et RAD51D sont responsables de prédisposition au cancer de l'ovaire avec des risques cumulés à 80 ans estimés à environ 11% pour RAD51C et 13% pour RAD51D [71,74,80,81] en l'absence d'histoire familiale de cancer de l'ovaire (*versus* un risque cumulé de 1% en population générale). La recommandation de prise en charge ovarienne consiste en l'annexectomie prophylactique proposée à partir de 45 ans ou à un âge adapté à l'histoire familiale. En revanche, l'implication de ces deux gènes dans la prédisposition au cancer du sein
reste débattue. Certaines études retrouvent une absence de surrisque par rapport à la population générale, tandis que d'autres retrouvent un risque modérément augmenté avec un risque cumulé à 80 ans d'environ 21% pour *RAD51C* et 20% pour *RAD51D* [71,74,80]. La rareté de ces variants et la divergence de ces études ne permettent pas de s'accorder, à l'heure actuelle, sur une surveillance spécifique basée sur l'imagerie mammaire ou la mastectomie prophylactique.

Les gènes *MLH1*, *MSH2*, *MSH6*, *PMS2* et *EPCAM* sont impliqués dans le syndrome de Lynch, également appelé cancer colorectal héréditaire sans polypose (*Hereditary Non-Polyposis Colorectal Cancer* = syndrome HNPCC), qui entraîne une prédisposition génétique aux cancers du côlon, du rectum ou de l'endomètre (formant le spectre étroit des cancers du syndrome de Lynch). D'autres localisations présentent également un sur-risque par rapport à la population générale, comme les cancers de l'ovaire, de l'estomac, de l'intestin grêle, du foie et les cancers urothéliaux (spectre large des cancers du syndrome de Lynch). La transmission est autosomique dominante liée à une altération génétique constitutionnelle de l'un des gènes du système *Mismatch Repair* (MMR) impliqué dans la réparation des mésappariements de l'ADN (*MLH1*, *MSH2*, *MSH6*, *PMS2*) ou à une délétion de l'extrémité 3' du gène *EPCAM* conduisant à l'inactivation de *MSH2* par hyperméthylation [82,83]. Le cancer du sein ne fait pas partie du spectre tumoral du syndrome de Lynch, bien que ce point soit débattu [84]. Il n'existe donc pas de recommandation de surveillance mammaire spécifique.

Ainsi, ce groupe de gènes ne fait pas l'objet de recommandation de surveillance mammaire spécifique, qui doit être adaptée en fonction de l'histoire familiale de cancer du sein selon les recommandations de la HAS. En l'absence de cancer du sein dans la famille, celles-ci s'alignent sur celles de la population générale, c'est-à-dire sur le dépistage organisé proposant une mammographie à deux incidences tous les 2 ans de 50 à 74 ans.

* Les autres gènes à risque faible à modéré de cancer du sein :

Il s'agit des gènes *BARD1*, *ATM*, *CHEK2* et *NBN*. Ces gènes n'ont pas été inclus dans le panel HBOC du fait d'une pénétrance trop faible et/ou de données insuffisantes de la littérature, ne permettant pas de s'accorder sur des modalités de surveillance spécifiques systématiques. Le gène *BARD1* sera décrit dans la partie qui lui est dédiée (voir Partie 1.3).
Le gène *ATM* code une protéine impliquée dans la reconnaissance des lésions de l'ADN et dans l'activation des voies de la réparation. Les altérations bi-alléliques constitutionnelles d'*ATM* sont responsables du syndrome Ataxie-Télangiectasie qui inclue également une prédisposition aux hémopathies malignes. Les femmes hétérozygotes semblent présenter un sur-risque de cancer du sein, avec un risque relatif estimé à 2,3 environ [85,86]. Le gène *CHEK2* code une protéine kinase impliquée dans le contrôle du cycle cellulaire et dans la réparation de l'ADN. Les études ont montré un sur-risque modéré autour de 2 chez les porteuses [87]. Le gène *NBN* code une protéine du complexe MRN (complexe MRE11-RAD50-NBN) intervenant dans la RH, le contrôle du cycle cellulaire et le maintien de l'intégrité télomérique. Les altérations bi-alléliques de *NBN* sont responsables du syndrome de Nijmegen. Les altérations mono-alléliques semblent être associées à un sur-risque modéré de cancer du sein, avec un *odd ratio* estimé à 2,88 dans une cohorte de 2436 individus [88].

De même que pour les gènes de la catégorie précédente, il n'y a pas de recommandation de surveillance mammaire spécifique. La surveillance est adaptée à l'histoire familiale selon les recommandations de la HAS ou suit le dépistage organisé en l'absence d'histoire familiale de cancer du sein.

* Les polymorphismes ou facteurs de susceptibilité au cancer du sein :

Enfin, d'autres variants à très faible pénétrance ont été identifiés, correspondant à des polymorphismes ayant un rôle de facteur de susceptibilité au cancer du sein. Aucune prise en charge particulière ni de surveillance n'est prévue pour les porteuses de ces variants en dehors du dépistage organisé.

<figure><img src="image_8.png" /><figcaption>Figure 7 : Fréquence des variants pathogènes constitutionnels chez des femmes atteintes de cancer du sein, rapportée par Yoshimura et al. d'après l'étude de Dorling et al. en 2021 [74]</figcaption></figure>
Comme cela a été évoqué précédemment, la plupart des gènes impliqués dans la prédisposition au cancer du sein sont des gènes suppresseurs de tumeurs impliqués dans la réparation de l'ADN par RH. Cette propriété fondamentale pour le maintien de la stabilité du génome est essentielle à comprendre car elle permet d'expliquer les mécanismes moléculaires de la cancérogénèse en cas de défaillance de la RH, susceptible de devenir alors une potentielle cible thérapeutique.

### 1-2-3 La réparation de l'ADN par recombinaison homologue

* Mécanismes de la recombinaison homologue

Les dommages à l'ADN ont des étiologies diverses : altérations physiques (radiations ionisantes, rayonnements ultra-violets...), chimiques (endogènes *via* les radicaux libres, ou exogènes *via* les carcinogènes), biologiques (infections...) ou intrinsèques, *via* des erreurs de réplication de l'ADN, par exemple [89]. Ces situations entraînent des lésions de l'ADN de différentes natures, telles que des cassures simple-brin, double-brin ou des erreurs d'appariements de nucléotides.

Selon la nature de l'altération, différents systèmes de réparation de l'ADN sont activés. Les cassures simple-brin et des lésions plus volumineuses de types ponts et adduits sont prises en charge respectivement par la réparation par excision de base (Base Excision Repair, BER) et la réparation par excision de nucléotide (Nucleotide Excision Repair, NER). Par ailleurs, des erreurs d'incorporation de nucléotides peuvent être à l'origine de mésappariements conduisant ainsi à la voie de réparation des mésappariements (Mismatch Repair, MMR) [90].

Les cassures double-brin (double-strand breaks, DSB) sont prises en charge par deux voies de réparation principales distinctes : la jonction d'extrémités non homologue (NHEJ) et la RH. La NHEJ est une réparation infidèle de l'ADN par la jonction directe des extrémités libres de l'ADN au niveau de la cassure, et qui conduit ainsi à l'apparition de mutations au niveau des zones de jonction. Cette réparation imprécise est initiée par la voie de la protéine 53BP1 et peut être activée tout au long du cycle cellulaire. En plus de cette voie canonique de la NHEJ, il existe un NHEJ alternatif qui consiste en la jonction d'extrémités médiée par les microhomologies (MMEJ), conduisant à des réparations de l'ADN avec des délétions [90,91]. A l'inverse des voies de la NHEJ, la RH mène à une réparation fidèle de l'ADN *via* l'utilisation de la chromatide sœur intacte comme matrice pour reconstituer la portion des brins défaillants. Cela a pour corollaire que la RH ne peut survenir qu'après la réplication de l'ADN, c'est-à-dire
lors des phases S et G2. L'intervention d'une voie plutôt que d'une autre dépend donc, entre autre, du cycle cellulaire au moment de la détection de la lésion [92].

La RH est médiée par trois types d'acteurs protéiques : les détecteurs (*sensors*), les médiateurs (*mediators*) et les effecteurs (*effectors*), mobilisés selon les étapes suivantes (Figure 8) :

- **Détection des sites endommagés** par le complexe protéique MRN (composé de MRE11, RAD50 et NBS1 aussi nommé NBN), puis phosphorylation de BRCA1 et de CHEK1/2 par ATM, conduisant respectivement au recrutement de BRCA1 sur le site de la cassure et à l'arrêt du cycle cellulaire.

- **Phase présynaptique** : résection des portions de brins lésés de 5' vers 3' grâce à l'activité enzymatique de BRCA1 et aux activités exonucléase et endonucléase du catalyseur MRE11. L'extrémité 3' devient ainsi une portion d'ADN simple brin (*single-strand DNA*, ssDNA) en étant libérée de son brin complémentaire. Il s'en suit le recrutement de BRCA2 *via* PALB2 et la formation du complexe effecteur BRCA1-PALB2-BRCA2. La formation de ce complexe est rendue possible grâce à l'implication de plusieurs protéines médiatrices telles que BARD1, qui est une ubiquitine ligase qui interagit avec la région N-terminale de BRCA1 pour la formation du complexe hétérodimère intermédiaire BRCA1-BARD1.

- **Phase synaptique** : recrutement et transport de la recombinase RAD51 par le complexe effecteur BRCA1-PALB2-BRCA2 vers le ssDNA permettant l'invasion du brin par RAD51 au niveau de la cassure, formant le complexe synaptique, ou nucléofilament, RAD51-ssDNA dans une structure en boucle de déplacement (*D-loop*).

- **Phase post-synaptique** : synthèse de l'ADN par polymérisation de la copie du bras de la chromatide sœur jusqu'à l'extrémité 3' du brin d'ADN. Les extrémités sont ensuite refermées par une ADN ligase et les brins entrecroisés de chaque chromatide sœur (formant des jonctions de Holliday et la *D-loop*) sont coupées, résultant ainsi en deux brins d'ADN intacts.

Ainsi, la RH est un processus complexe régulé par des mécanismes génétiques mais également épigénétiques. En particulier, elle repose sur le remodelage de la chromatine, impliquant la détection et le positionnement des nucléosomes sur l'ADN, les modifications post-traductionnelles des histones (en particulier par méthylation, acétylation, phosphorylation et ubiquitination) à l'origine d'un remodelage global chromatinien et d'une réorganisation spatiale du génome [90]. Par exemple, l'acétylation de l'histone H4K16 et la triméthylation de
l'histone H3K36 participent au bon déroulement de la RH à la suite d'une cassure double-brin
[90,93,94].

Les cellules disposant d'un système de RH fonctionnel sont donc capables de réparer
efficacement les lésions double-brin de l'ADN, qu'elles soient endogènes ou exogènes. En
revanche, la défaillance de l'un des acteurs de la RH peut entraîner une déficience de la RH
(Homologous Recombination Deficiency, HRD) au profit des autres voies de réparation, plus
sujettes aux erreurs, ouvrant ainsi la voie à une instabilité génomique. De par la fréquence de
la HRD dans les cancers du sein héréditaires, l'étude de sa physiopathologie et son exploitation
en pratique clinique sont essentielles.

<figure><img src="image_9.png" /><figcaption>Figure 8 : Les grandes étapes de la recombinaison homologue d'après Yamamoto et al. (2022) [92]</figcaption></figure>
* Déficit de la recombinaison homologue et implication en pratique clinique

La signature HRD est un outil permettant d'évaluer la déficience tumorale de la voie de la RH [95]. La plupart des altérations à l'origine d'une signature HRD sont les altérations de *BRCA1* et *BRCA2*. Le plus souvent, il s'agit de mutations ponctuelles entraînant une perturbation de la séquence codante (mutations faux-sens, non-sens, ou entrainant un décalage du cadre de lecture (*frameshift*)) provoquant la perte de fonction protéique. Comme nous l'avons vu, selon le modèle des deux *hits* de Knudson, en contexte de variant pathogène constitutionnel, toutes les cellules du patient portent déjà une copie inactive de *BRCA* (*first hit*) et c'est la perte du second allèle (*second hit*), qui se produit principalement par perte d'hétérozygotie, qui conduit à un phénotype HRD. Hors contexte constitutionnel, la présence de deux altérations successives somatiques est nécessaire pour développer un statut HRD [31,33,90].

D'autres mécanismes de HRD que l'inactivation directe de *BRCA1* ou *BRCA2* ont été décrits, tels que l'hyperméthylation du promoteur de *BRCA1*, l'amplification du gène *EMSY* (co-facteur de BRCA2 et répresseur transcriptionnel) et l'inactivation d'autres gènes de la RH, notamment. Ainsi, une étude récente a retrouvé une hyperméthylation du promoteur de *BRCA1* chez 24,1% des patientes atteintes d'un cancer du sein triple-négatif [96]. Par ailleurs, des études tumorales sur des cancers de l'ovaire ont montré que la surexpression de certains microARN, tels que miR-509-3p, ou que l'altération de certains ARN longs non codants, comme EBIC, pouvaient également affecter le processus de RH [91,97].

Cliniquement, les tumeurs avec un phénotype HRD ont tendance à avoir une sensibilité accrue aux sels de platine et aux inhibiteurs de PARP. Les sels de platine sont une chimiothérapie cytotoxique générant des cassures double-brin que les cellules HRD réparent mal, favorisant ainsi la mort des cellules cancéreuses. Comme nous l'avons vu, les anti-PARP reposent sur le principe de la létalité synthétique, obtenue par l'inhibition concomitante de la voie de la RH (liée à l'altération de *BRCA1* ou *BRCA2*) et de la voie PARP, induisant ainsi la mort cellulaire.

Ainsi, en 2017, l'essai randomisé de phase III OlympiaD a rapporté un bénéfice en terme de survie sans progression de l'olaparib en comparaison à la chimiothérapie chez des patientes atteintes d'un cancer du sein métastatique HER2- et porteuses d'un variant pathogène constitutionnel de *BRCA1* ou *BRCA2* (7 mois vs 4,2 mois) [61]. En revanche, aucune différence significative n'a été observée concernant la survie globale jusqu'à la publication des résultats
finaux de l'étude en 2019 [95,98]. Ces résultats ont ouvert l'indication de l'olaparib en traitement adjuvant du cancer du sein localement avancé ou métastatique HER2- chez les patientes porteuses d'un variant pathogène constitutionnel de *BRCA1* ou *BRCA2*. En 2021, l'essai randomisé de phase III Olympia a également rapporté un avantage significatif de l'olaparib en comparaison au *placebo* sur la survie sans progression chez des patientes atteintes d'un cancer du sein localisé HER2- et porteuses d'un variant pathogène constitutionnel de *BRCA1* ou *BRCA2* [99]. La publication des résultats finaux de l'étude en 2022, après trois ans et demi de suivi, a montré une amélioration significative de la survie globale avec l'olaparib [100]. Ces résultats ont permis l'élargissement de l'indication de l'olaparib à ces patientes en France depuis début 2023.

A ce jour, il n'existe pas d'utilité clinique démontrée des anti-PARP dans les tumeurs liées à des variants pathogènes constitutionnels sur des gènes de la RH autres que *BRCA1* et *BRCA2*. Cependant, la recherche de variations inactivatrices de ces gènes et la détermination tumorale du statut HRD peuvent être proposées dans le cadre d'essais thérapeutiques [95], comme c'est le cas de l'essai de phase II de Tung et al. qui a retrouvé une réponse significative de l'olaparib chez des patientes porteuses d'une altération constitutionnelle de *PALB2* atteintes d'un cancer du sein métastatique [101]. D'autre part, l'essai de phase II RUBY a évalué l'efficacité de l'anti-PARP rucaparib dans le cancer du sein avancé présentant un statut HRD en dehors d'un contexte d'altération constitutionnelle de *BRCA1* ou *BRCA2*. L'étude n'a pas montré de résultat significatif en terme de bénéfice clinique en obtenant 2 réponses complètes parmi les 40 patientes analysées [102]. L'activité du talazoparib, un autre anti-PARP, a également été étudiée dans l'essai de phase II de Gruber et al. sur 12 patientes atteintes de cancer du sein métastatique HER2-, sans variant pathogène constitutionnel ni tumoral de *BRCA1* ni *BRCA2* mais en présence de variants pathogènes d'autres gènes de la RH. Cette étude a mis en évidence un bénéfice clinique significatif chez ces patientes, avec l'obtention d'une réponse partielle ou d'une stabilité de la maladie pendant au moins six mois chez 7 (54%) patientes [103].

D'une manière générale, la rareté des variants pathogènes des gènes de la RH autres que *BRCA1* et *BRCA2* les rendent difficile à étudier, à la fois sur le plan épidémiologique et dans les essais thérapeutiques. Pourtant, la compréhension précise de chacun des acteurs de la RH et leur implication dans la cancérogénèse et en pratique clinique est essentielle pour s'orienter vers une médecine personnalisée.
# 1-3 LE GENE BARD1 DANS LA PREDISPOSITION AU CANCER DU SEIN

## 1-3-1 Fonctions cellulaires de BARD1

BARD1 est situé en 2q34-35 et code BARD1, protéine découverte par Wu et al. en 1996 [104]. Le rôle principal de BARD1 réside dans le lien étroit qu'il forme au sein du complexe avec BRCA1 (Figure 9) à différentes étapes de la RH. Le complexe BRCA1-BARD1 est un hétérodimère stable à activité ubiquitine ligase de type E3.

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

**Figure 9 :** Les domaines fonctionnels de BARD1 et BRCA1, d'après Tarsounas et al., 2020 [105] : BRCA1 est une grande protéine d'environ 190kD et 1 863 acides aminés, constituée d'un domaine RING (Really Interesting New Gene) dans sa partie N-terminale, d'un domaine en hélice intermédiaire (qui intervient dans le complexe BRCA1-PALB2-BRCA2) et de deux domaines BRCT (BRCA1 C-terminal). BARD1 est une protéine d'environ 87kD et 777 acides aminés, constituée d'un domaine RING en N-terminal, d'un domaine de répétition intermédiaire de quatre Ankyrin (ANK) et de deux domaines BRCT en C-terminal. Lors de la recombinaison homologue, ces deux protéines s'assemblent via leur domaine RING pour former le complexe BRCA1-BARD1.

Lorsqu'une cassure double-brin survient en phase de réplication, le complexe BRCA1-BARD1 coordonne l'initiation de la RH par antagonisation de la voie de la NHEJ médiée par 53BP1. Ce processus complexe repose notamment sur la détection de marques d'histones par le complexe BRCA1-BARD1 au niveau des lésions au sein de la chromatine. Plus précisément, l'histone H4K20 non méthylé (H4K20me0) est détecté par le domaine Ankyrin de BARD1, et l'histone H2AK15 ubiquitinisé (H2AK15ub), qui est un signal spécifique de cassure double-brin, est détecté de manière spécifique par son domaine BRCT (Figure 10) [106,107]. L'interaction spécifique du domaine BRCT de BARD1 avec la poly(ADP-ribose) polymérase (PARP) facilite également ce recrutement jusqu'aux lésions [108]. Le complexe BRCA1-BARD1 entre ensuite en compétition avec 53BP1 en ubiquitinisant l'histone H2A sur la Lysine 127 (H2AK127). H2AK127ub est ainsi reconnue par une protéine inhibitrice de 53BP1. Cette protéine est ainsi activée et, en inhibant 53BP1, permet son éviction de la chromatine et le déclenchement de la RH aux dépens de la NHEJ [109].
<figure><img src="image_11.png" /></figure>

**Figure 10 :** Régulation des voies de la réparation des cassures double-brin *via* les marques d'histones. **Figure adaptée de Deng et al.** [110]. Pendant la phase G1 du cycle cellulaire, la protéine 53BP1 est recrutée aux sites de cassures en reconnaissant la marque d'histone spécifique de cassures double-brin H2AK15ub *via* son domaine de recrutement ubiquitylation-dépendante (UDR), et la marque d'histone HK420me2 spécifique des états pré-réplicatif du génome à la phase G1 du cycle cellulaire, *via* son domaine Tudor. Pendant la phase S/G2, l'accumulation du complexe BRCA1-BARD1 sur la chromatine résulte de l'interaction entre BARD1 et la marque d'histone H2AK15ub *via* son domaine BRCT, et avec H4K20me0, spécifique de l'état réplicatif du génome, *via* son domaine Ankyrin (ANK), assurant ainsi l'initiation de la RH. H2Aub : histone H2A15 ubiquitinisé ; H4K20me2 / me0 : histone H4 Lysine 20 diméthylé / non méthylé.

BRCA1 et BARD1 contribuent également tous deux à la liaison du complexe BRCA1-BARD1 à l'ADN. Alors que la propriété de liaison à l'ADN de ce complexe est habituellement attribuée à BRCA1, une étude récente a montré que BARD1 participe également à cette fonction, et qu'en particulier, il se lie à la *D-loop* avec une plus grande affinité que BRCA1 [111]. Une autre étude suggère que le complexe BRCA1-BARD1 facilite la résection nucléotidique du brin lésé médiée par MRN et participe au recrutement de la recombinase RAD51, avec une liaison spécifique entre BRCA1-BARD1 et RAD51. Le complexe BRCA1-BARD1 contribuerait à amplifier l'invasion du brin et l'activité recombinase de RAD51, et stimulerait la formation du complexe synaptique. Ainsi, ces études suggèrent que le complexe ainsi formé BRCA1-BARD1-RAD51 est indispensable pour potentialiser l'action de RAD51 [105,111].

D'autres études ont également suggéré un rôle suppresseur de tumeur et de stabilisation du génome du complexe BRCA1-BARD1 *via* d'autres voies que la RH, telles que la régulation du cycle cellulaire et de la transcription et la protection de la fourche de réplication [111–113]. Ainsi, une étude a rapporté l'implication de ce complexe dans le maintien de l'intégrité des
ARN messagers (ARNm), en bloquant la polyadénylation de leur extrémité 3' aux sites de cassures *via* la dégradation de l'ARN polymérase II ubiquitine-dépendante, précisant ainsi le rôle de BRCA1-BARD1 dans l'inhibition de la transcription de gènes endommagés [114]. Cette fonction est assurée *via* l'interaction du domaine ANK de BARD1 avec le facteur de stimulation de clivage Cstf50. Une autre étude a mis en évidence l'implication du complexe BRCA1-BARD1 dans la protection de la fourche de réplication de l'ADN. BRCA1-BARD1 subit des changements conformationnels médiés par l'isomérase PIN1, aboutissant à une augmentation de l'interaction du complexe avec la protéine RAD51, augmentant la présence de celle-ci au niveau des structures de réplication, pour laquelle elle est indispensable [112].

D'autre part, des études récentes ont montré que BARD1 était également impliquée dans
le maintien de la stabilité du génome par une fonction d'apoptose dépendante de p53 *via* son
domaine ANK, et de manière indépendante de BRCA1 [115].

Enfin, il a été montré l'existence d'isoformes de BARD1 issues d'épissages alternatifs et pouvant présenter une activité oncogénique dans les études fonctionnelles. Dix-neuf isoformes de BARD1 sont décrites, dont certaines sont caractérisées par un saut d'un ou plusieurs exons dans le domaine RING, avec un effet antagoniste à l'activité ubiquitine ligase de la protéine complète. Les études sur ces isoformes sont peu nombreuses et leurs effets en pratique clinique sont peu établis [108,113,116].

1-3-2 Lien entre *BARD1* et cancer du sein

Sur le plan clinique, les variants pathogènes constitutionnels de *BARD1* sont impliqués
dans la survenue du cancer du sein avec un risque faible à modéré, selon les études. Une seule
étude a rapporté un risque élevé de cancer du sein, avec un OR de 5,35 à partir de 4469 patientes
et 37265 témoins [117]. L'une des analyses à plus grande échelle réalisée à ce jour porte sur
une cohorte de 28 536 patientes et 26 078 témoins et a retrouvé un OR de 2,16, proposant ainsi
*BARD1* comme gène de prédisposition à un risque modéré de cancer du sein [118]. Slavin et al.
ont rapporté un OR de 3,2 dans leur étude sur 2134 patientes et 26 375 témoins [119]. Une
récente méta-analyse de 123 études menée par Suszynska et al. a rapporté un OR de 2,90 (IC =
2,25-3,75 ; p < 0,0001) sur une cohorte cumulée d'environ 48 700 patientes atteintes de cancer
du sein et 134 100 témoins [120]. Quelques études ont cependant présenté des résultats
contradictoires et n'ont pas identifié d'association significative avec le cancer du sein, comme
c'est le cas des études de Castéra et al. (portant sur 3667 patientes et 571 témoins) et de Lu et
al. (portant sur 11 416 patientes et 3988 témoins) [121-123]. L'algorithme BOADICEA, dédié
à la prédiction du risque associé aux gènes de prédisposition au cancer du sein, estime un risqué
cumulé d'environ 23% à 80 ans pour le gène *BARD1* en l'absence d'histoire familiale connue.
Les auteurs émettent cependant une réserve concernant l'interprétation de ce résultat étant
donnée la rareté des variants pathogènes de ce gène, à l'origine d'un manque de puissance de
leur étude [124,125].

Le phénotype triple négatif semble prépondérant parmi ces cancers, qui semblent également associés à des taux plus élevés de récurrence, de progression et de mortalité [126]. Néanmoins, contrairement à *BRCA1* et *BRCA2*, les variants pathogènes constitutionnels de *BARD1* sont retrouvés chez moins de 1% des patientes atteintes d'un cancer du sein [126,127]. Par conséquent, les données sont insuffisantes pour estimer avec précision l'implication de *BARD1* dans la prédisposition au cancer du sein.

Sur le plan moléculaire, les variants pathogènes de *BARD1* sont principalement des variants tronquants entraînant une perte de fonction protéique [126]. Peu de connaissances sont rapportées concernant l'impact fonctionnel des variations faux-sens de *BARD1* qui, pour la plupart, sont des VSI et dont les études fonctionnelles sont limitées [126,128–130].

Sur le plan tumoral, à partir de l'étude de l'expression génique de 330 cancers du sein, Sabatier et al. ont identifié un cas de délétion complète homozygote du gène *BARD1* sur une tumeur présentant un profil d'expression génique similaire à celui des tumeurs liées à une inactivation de *BRCA1* ou *BRCA2*. Cette étude suggère une implication de *BARD1* dans l'oncogénèse de ces tumeurs selon le modèle de Knudson [131,132]. Plus récemment, Li et al. ont rapporté une LOH au locus *BARD1* et une altération de la RH sur des études *in vivo* et *in vitro* à partir de tumeurs d'une famille avec une histoire de cancers du sein et de l'ovaire [133]. Néanmoins, les études tumorales portant sur *BARD1* sont rares et l'implication de ses variants pathogènes dans la tumorigènèse mammaire est encore peu établie.

Des études se sont intéressées à l'implication de *BARD1* dans le cancer de l'ovaire mais ne semblent pas mettre en évidence de sur-risque particulier. La méta-analyse de Suszynska et al. rapporte un OR de 1,36, insuffisant pour classer *BARD1* comme gène mineur de prédisposition au cancer de l'ovaire [120]. Des cas isolés suggérant une implication de *BARD1* dans d'autres cancers ont aussi été rapportés, mais ces données restent très limitées [134,135].

Actuellement, la signification clinique de *BARD1* est encore incertaine. Ainsi, il n'y a pas de recommandation de surveillance mammaire spécifique pour les patientes porteuses. La surveillance est adaptée à l'histoire familiale selon les recommandations de la HAS ou suit le dépistage organisé en l'absence d'histoire familiale de cancer du sein.
### 1-3-3 Problématiques

La rareté des variants pathogènes retrouvés sur *BARD1* dans les cohortes ont pour conséquences des connaissances limitées sur le lien entre, d'une part, ses altérations constitutionnelles et le sur-risque de cancer du sein, et d'autre part, sur la contribution de l'inactivation de *BARD1* dans l'oncogénèse mammaire. Cette situation entraîne des problématiques sur le plan familial et thérapeutique :

- Chez les patientes porteuses de la famille : il n'est pas possible d'affirmer que le variant pathogène retrouvé est effectivement impliqué dans la survenue de leur cancer du sein. Il ne peut donc également pas impacter la décision thérapeutique.

- Chez les apparentées porteuses saines : il n'est pas possible de définir leur niveau de risque avec précision et donc de proposer des protocoles de surveillance plus spécifiques que ceux de la HAS. En outre, la mastectomie prophylactique ne peut pas être proposée *a priori*.

- Chez les apparentées non porteuses saines : l'absence du variant ne lève pas l'hypothèse d'un haut risque de cancer du sein et ne permet donc pas, d'une part, d'arrêter la surveillance rapprochée selon les recommandations de la HAS, et d'autre part, de garantir l'absence de transmission de ce risque à la descendance.

Une présentation évocatrice de l'implication de *BARD1* dans le cancer du sein est observée lorsqu'il y a une co-ségrégation dans la famille entre le cancer du sein et le fait d'être porteur du variant identifié. Cette situation, qui suggère fortement un lien de causalité entre les deux événements, a été rencontrée dans plusieurs familles à l'Institut Curie dans le cadre du projet national TUMOSPEC. Ce projet s'intéresse à la co-ségrégation familiale de variants de 24 gènes impliqués dans le cancer du sein, dont *BARD1*, afin d'améliorer les connaissances sur le spectre tumoral et la pénétrance de variants rares de prédisposition. C'est dans ce cadre que les premières « familles *BARD1* » ont été identifiées à l'Institut Curie.

Par ailleurs, sur le plan thérapeutique, préciser l'effet des altérations de *BARD1* sur le développement tumoral, notamment sur le statut HRD, pourrait permettre de poser l'hypothèse d'une sensibilité accrue aux inhibiteurs de PARP et d'orienter ces patientes vers une médecine personnalisée.
# 1-4 OBJECTIFS DE L'ETUDE

Ce travail a pour objectif d'étudier le lien entre les variants pathogènes (et probablement pathogènes) constitutionnels de *BARD1* et la survenue de cancer du sein, à l'échelle épidémiologique d'une part, en recherchant un enrichissement de ces variants chez des patientes atteintes de cancer du sein dans une large cohorte par rapport à une population contrôle ; et à l'échelle tumorale d'autre part, en recherchant d'éventuels stigmates de l'implication de *BARD1* dans l'oncogénèse mammaire chez ces patientes, qui pourraient être pertinents en tant que cible thérapeutique.

Ainsi, ce travail est constitué de deux parties (Figure 11) :

- **Première partie** : étude cas-témoins de l'association des variants pathogènes et probablement pathogènes, constitutionnels, de *BARD1* avec le cancer du sein, à partir d'une cohorte des patientes testées à l'Institut Curie, en comparaison à une population contrôle féminine.

- **Deuxième partie** : étude de l'implication de *BARD1* dans l'oncogénèse mammaire, par la recherche tumorale d'une inactivation bi-allélique de *BARD1* ainsi que la recherche d'une signature mutationnelle d'un Déficit de la Recombinaison Homologue, à partir des échantillons tumoraux des patientes de la première partie (atteintes d'un cancer du sein et porteuses de variants pathogènes ou probablement pathogènes de *BARD1*).

<figure><img src="image_12.png" /><figcaption>**Figure 11 : Objectifs de l'étude**</figcaption></figure>
# 2 MATERIEL ET METHODES

## 2-1 PREMIERE PARTIE : ETUDE DE L'ASSOCIATION ENTRE LES VARIANTS CONSTITUTIONNELS DE BARDI ET LA SURVENUE DE CANCER DU SEIN

Cette étape a pour but de rechercher un enrichissement en variants pathogènes et probablement pathogènes chez des patientes atteintes de cancer du sein suspectes de prédisposition, en comparaison à une population contrôle.

### 2-1-1 Sélection des patientes

Le recrutement des patientes a été réalisé de manière rétrospective à partir de la base de données du Laboratoire de Génétique constitutionnelle de l'Institut Curie. Celle-ci regroupe des patients et des apparentés ayant bénéficié d'une analyse génétique depuis novembre 2017 dans le cadre d'une suspicion de prédisposition au cancer du fait de leur histoire personnelle ou familiale. Les patientes ont été recrutées jusqu'à octobre 2022 de manière multicentrique, grâce au recrutement national de l'Institut Curie, partenaire de différents centres hospitaliers français.

Les critères d'inclusion ont été le diagnostic de cancer du sein, chez une femme, avec analyse d'un panel de gènes de prédisposition aux cancers, sans variant pathogène identifié sur les gènes diagnostiques.

Les patientes incluses avaient donné leur consentement de manière libre et éclairée pour l'utilisation de leurs prélèvements à des fins de recherche.

Nous avons également effectué un recueil des données cliniques et histologiques des patientes porteuses retenues afin d'établir d'éventuelles corrélations génotype-phénotype.

### 2-1-2 Séquençage et analyse bio-informatique

L'analyse a consisté en un séquençage à haut débit (NGS) à partir du panel de gènes de prédisposition aux cancers de l'Institut Curie. Le design de ce panel de 122 gènes a été développé par l'Institut Curie pour l'analyse constitutionnelle des altérations de gènes validés ou potentiellement impliqués dans les prédispositions aux cancers. Il contient donc des gènes diagnostiques mais aussi des gènes recherche qui participent directement ou indirectement à la régulation du cycle cellulaire et à la réparation de l'ADN, dont les données cliniques actuelles sont insuffisantes pour associer leur défaillance à de véritables prédispositions et par conséquent pour les inclure dans les panels diagnostiques prescrits en routine. Le gène *BARD1* est inclus
dans ce panel comme gène recherche en tant que participant à la réparation de l'ADN par recombinaison homologue *via* son lien fort avec *BRCA1* et des études l'ayant déjà impliqué dans la prédisposition génétique au cancer du sein.

L'analyse se fait sur ADN génomique purifié à partir de 1mL de sang total prélevé sur tube EDTA. L'extraction de l'ADN a été réalisée sur l'automate QIAsymphony avec le Kit QIAsymphony DSP DNA Midi (Qiagen) selon les instructions du fournisseur. L'ADN double-brin extrait a ensuite été quantifié par fluorimétrie sur le Qubit1.0 Fluorometer Invitrogen à l'aide du Kit Invitrogen QubitTM dsDNA BR Assay (ThermoFisher). La capture, l'enrichissement des régions d'intérêt et la préparation des banques ont été réalisés à l'aide du Kit SureSelect QXT (Agilent) sur l'ensemble des gènes du panel, permettant une couverture de toutes leurs régions exoniques et des jonctions intron-exon. Le séquençage a été réalisé sur le NextSeq500 (Ilumina) par série de 96 patients, selon les instructions du fournisseur.

L'analyse bio-informatique des données de séquençage a été réalisée sur le gène *BARD1*. Les données issues du séquençage sont prises en charge par le pipeline bio-informatique de l'Institut Curie, qui a été développé par l'unité de génétique constitutionnelle en collaboration avec l'unité de bio-informatique, basé sur des outils académiques. La première étape consiste en la génération des données brutes issues du séquençage (*base calling*) dans un fichier informatique .bcl. Le démultiplexage permet ensuite la séparation de ces données au sein d'un fichier .fastq généré pour chaque patient. Puis, l'alignement permet la comparaison de ces séquences à un génome de référence pour chaque patient au sein d'un fichier .bam, avec l'outil BWA (Burrows-Wheeler Alignment tool). Le génome de référence utilisé est le génome humain GRCh37. L'appel des variants (*variant calling*) est ensuite réalisé avec l'outil de détection Varscan2 qui génère ces données dans un fichier .vcf. Ces variants sont enfin annotés avec l'outil ANNOVAR selon la nomenclature du Human Genome Variation Society (HGVS).

2-1-3 Sélection et confirmation des variants d'intérêt

Compte-tenu de la grande quantité de données générées par le séquençage et issues de
l'analyse bio-informatique, la filtration des variants pertinents pour notre étude est une étape
clef. Cette sélection s'effectue selon des critères de qualité et de classification d'après les
recommandations de l'ACMG.
Nous souhaitons identifier les variants pathogènes ou probablement pathogènes de *BARD1* portés par la cohorte de patientes analysée, qui correspondent aux variants de classes 5 et 4 selon l'ACMG.

Pour obtenir la liste des variants d'intérêt, nous avons dans un premier temps retiré les probables polymorphismes, c'est-à-dire les variants d'occurrence strictement supérieure à 3 dans leur série de séquençage d'origine. Nous avons également retiré les variants de qualité insuffisante, caractérisée par une fréquence allélique (FA) < 15% ou par une profondeur d'analyse < 30X (probables faux-positifs).

Parmi les variants restants, nous avons retenu les types de variants suivants, qui sont les plus susceptibles d'être à la fois interprétables et pathogènes ou probablement pathogènes :

- Variants entraînant un décalage du cadre de lecture (*frameshift*) avec l'apparition d'un codon stop et sans effet prédit sur l'épissage, à l'exception des variants situés sur le dernier exon

- Variants non-sens entraînant un codon stop prématuré (*stop-gained*) et sans effet prédit sur l'épissage, à l'exception des variants situés sur le dernier exon

- Variants localisés sur un site donneur ou accepteur d'épissage (*splicing*, en position -1, -2, +1, +2), avec prédiction d'effet hors phase ou en phase dans un domaine fonctionnel.

Les variants faux-sens, introniques profonds et dans les régions 5' ou 3'UTR n'ont donc pas été retenus. Nous n'avons pas non plus mené notre étude sur les réarrangements de grande taille (*Copy Number Variants* = CNV).

La classification définitive des variants pour l'identification des variants de classe 4 et 5 a été réalisée à l'aide du logiciel Alamut (Interactive Biosoftware) qui permet la visualisation et l'interprétation des variants par rapport au génome de référence GRCh37. Cet outil a été utilisé pour déterminer si les variants tronquants étaient dans le dernier exon et, pour les variants d'épissage, s'ils étaient localisés près d'un exon hors phase ou en phase dans un domaine fonctionnel. Les outils de prédiction d'effet sur l'épissage SPiP et SpliceAI ainsi que les bases de données de variants Clinvar et de population générale gnomAD ont également aidé à l'interprétation.

Les variants de classe 4 et 5 finalement sélectionnés ont ensuite été confirmés par séquençage Sanger avec le kit BigDye Terminator v1.1 sur automate 3500XL (Applied Biosystems).
### 2-1-4 Sélection des témoins

Les caractéristiques des cas recrutés (sexe, type de cancer) a orienté le choix de la sélection des témoins, pour une meilleure comparabilité des deux groupes et une prévention, autant que faire se peut, des éventuels biais de sélection et de confusion. Ainsi, nous avons sélectionné des femmes saines en population générale parmi lesquelles nous avons identifié les porteuses de variants de classes 4 et 5 sur le gène *BARD1*. Ce recrutement a été réalisé à partir de la cohorte globale de la base de données gnomAD et la sélection des variants a été établie selon les mêmes critères de classification que pour les cas.

### 2-1-5 Analyse statistique

Pour comparer l'enrichissement en variants pathogènes et probablement pathogènes de *BARD1* chez les patientes atteintes de cancer du sein de notre cohorte en comparaison à la population contrôle de gnomAD, nous avons réalisé une comparaison de deux proportions observées par test de Fisher exact, en retenant 0,05 comme seuil de significativité. Ce test a été réalisé sur le site internet [www.biostatgv.sentiweb.fr](http://www.biostatgv.sentiweb.fr), qui indique également une estimation de l'odds ratio en cas de test positif.

## 2-2 DEUXIEME PARTIE : ETUDE DE L'IMPLICATION DU GENE *BARD1* DANS L'ONCOGENESE MAMMAIRE

Nous avons obtenu l'ADN provenant d'échantillons tumoraux des patientes lorsqu'ils étaient disponibles à l'Institut Curie : des échantillons de tissus fixés et inclus en paraffine (FFPE) du laboratoire d'anatomo-pathologie, ou des fragments de tumeurs congelées du Centre de Ressources Biologiques. Ces échantillons provenaient de pièces opératoires des patientes, celles-ci ayant toutes subi une chirurgie d'exérèse première ou après une chimiothérapie néoadjuvante.

### 2-2-1 Recherche de second *hit* tumoral

Chez les patientes porteuses d'une altération constitutionnelle de *BARD1*, l'identification d'une seconde altération au niveau somatique (« second *hit* » selon le modèle de Knudson) suggérerait une implication de *BARD1* dans l'oncogénèse chez ces patients. La recherche de second *hit* est réalisée par séquençage à haut débit de l'ADN tumoral à partir du panel de gènes DRAGON, développé à l'Institut Curie.
Le panel DRAGON a été conçu pour la réalisation d'analyses moléculaires tumorales
sur 571 gènes d'intérêt en oncologie, sur le plan diagnostic, pronostic et théranostique, et dont
fait partie BARD1. Il permet la détection de variants ponctuels, de réarrangements de grande
taille (variations du nombre de copies) sur l'ensemble de ces gènes, de même que la perte
d'hétérozygotie (LOH). Le panel permet également la détermination de l'instabilité des
microsatellites (MSI) et du Tumor Mutational Burden (TMB).

L'ADN tumoral provenant de tissus fixés et inclus en paraffine (FFPE) est extrait manuellement grâce au kit NucleoSpin Tissue de Macherey-Nagel. L'ADN tumoral des tissus congelés est extrait manuellement au phénol-chloroforme à l'aide de colonnes Phase Lock Gel. Une quantification des ADN est ensuite réalisée par Nanodrop® et Qubit. L'enrichissement et la préparation des banques est fait avec le kit SureSelect XT-HS (Agilent) qui permet, d'une part, le séquençage à partir d'ADN même dégradé ou en faible quantité, et d'autre part, la détection des faibles ratios alléliques tout en se préservant des bruits de fond grâce à l'utilisation de barcodes moléculaires. Le séquençage est réalisé sur l'automate NovaSeq (Illumina). L'alignement est réalisé avec l'outil Burrows-Wheeler Aligner (BWA). Seuls les lectures (reads) de haute qualité sont utilisées pour l'appel des variants avec l'outil Genome Analysis ToolKit (GATK) puis annotées selon la base de données *Catalogue Of Somatic Mutations in Cancer* (COSMIC) et la base de données de population générale 1000 Genome database.

Le statut LOH est déduit de la fréquence allélique au locus du gène étudié, en
l'occurrence, *BARD1* pour notre étude, ainsi que par l'analyse de sondes « backbone » réparties
uniformément sur le génome, permettant la détection des CNV par comparaison à un génome
de référence.

2-2-2 Recherche de signature tumorale de Déficit de la Recombinaison Homologue (HRD)

La recherche d'une telle signature est réalisée avec l'outil bio-informatique shallowHRD, développé récemment à l'Institut Curie, qui présente une sensibilité de 87,5% et une spécificité de 90,5% [136].

ShallowHRD repose sur le séquençage à haut débit du génome entier à faible couverture (shallow Whole Genome Sequencing = sWGS) d'ADN tumoral, pour détecter le nombre d'altérations génomiques à large échelle (Large-scale Genomic Alterations = LGA) qui sont de grandes cassures chromosomiques de plus de 10 Mb situées entre des segments génomiques
adjacents (à moins de 3 Mb l'un de l'autre). Le statut HRD de la tumeur est déterminé par un
score calculé à partir du nombre de LGA détectés.

Le séquençage de l'ADN tumoral est réalisé sur l'automate NovaSeq avec une
couverture à 1X. L'alignement utilise l'outil BWA-MEM et les données sont optimisées et
traitées par le pipeline bio-informatique shallowHRD pour l'identification des LGA. Les
échantillons présentant plus de 20 LGA sont classés comme présentant un déficit de la
recombinaison homologue (HRD), tandis que les échantillons présentant moins de 18 LGA sont
classés comme HRP (Homologous Recombination Proficiency, efficacité de la RH) [137]. Les
échantillons borderline (entre 18 et 20 LGA) ne permettent pas de déterminer le statut efficient
ou déficient de leur recombinaison homologue.
## 2-3 Synthèse : Implication du gène *BARD1* dans la prédisposition au cancer du sein ?

### Première étape :
Recherche d'association entre variants sur *BARD1* et cancer du sein

<figure><img src="image_13.png" /></figure>

### Deuxième étape :
Recherche tumorale de 2<sup>nd</sup> hit et de HRD sur le gène *BARD1*

<figure><img src="image_14.png" /><figcaption>**Figure 12 : Synthèse de la démarche de l'étude**</figcaption></figure>
# 3 RESULTATS

## 3-1 PREMIERE PARTIE : ETUDE DE L'ASSOCIATION DES VARIANTS CONSTITUTIONNELS DE BARD1 AVEC LE CANCER DU SEIN

### 3-1-1 Patientes et témoins retenus

Sur un total de 7309 patientes analysées en génétique constitutionnelle à l'Institut Curie pour un cancer du sein, nous avons identifié **25 patientes** (0,34%) porteuses d'un variant pathogène ou probablement pathogène sur *BARD1*, avec une moyenne d'âge au diagnostic de 47,1 ans, un âge minimal de 25 ans et un âge maximal de 81 ans. Parmi les patientes porteuses, 24% ont été atteintes avant l'âge de 40 ans et 64% avant 50 ans. Ces patientes avaient toutes bénéficié d'un panel HBOC, revenu négatif, et 5 d'entre elles sont également porteuses d'un VSI sur *BRCA2*, *PALB2*, *CDH1*, *RAD51C* ou *BRCA1*. Cinq patientes ont eu au moins 2 cancers du sein, et 3 ont aussi été atteintes d'autre cancers, dont :

- 1 patiente atteinte d'un carcinome papillaire de la thyroïde (CPT)

- 1 patiente atteinte d'un cancer de l'estomac (histologie non disponible)

- 1 patiente atteinte d'un adénocarcinome du pancréas

Les caractéristiques cliniques et moléculaires des patientes sont présentées dans le Tableau 2. La plupart des cancers du sein sont de type CCI TN (45%) devant le CCI hormono-dépendant (29%) dont 89% de CCI RH+ HER2- et 11% de statut HER2 inconnu. Les autres types histologiques retrouvés sont des CCIS (13%), des CCI RH- HER2+ (6%), un RH- de statut HER2 inconnu (3%), un carcinome métaplasique à composante canalaire triple-négative (3%) et un carcinome lobulaire infiltrant (3%). Deux tumeurs (6%) sont de type histologique et/ou moléculaire inconnus. Au total, le type histologique CCI représente 84% des cancers de la série.

Aucune patiente n'a reçu de sels de platine ni d'inhibiteur de PARP, à l'exception de deux d'entre elles. La Patiente 25 a reçu du Cisplatine au sein d'un protocole néoadjuvant ayant permis l'obtention d'une réponse quasi-complète avant la mastectomie. La patiente est actuellement en rémission et sous surveillance. La Patiente 22 a reçu de l'olaparib dans le cadre de l'essai de phase II MOST. La patiente a rapidement progressé, nécessitant le changement de cette molécule, et elle est décédée peu de temps après.

Les patientes incluses avaient bénéficié d'une analyse des gènes du panel HBOC sur la base de leur histoire personnelle et/ou familiale. Parmi les 25 patientes, il est retrouvé une
histoire familiale de cancer du sein chez 18 d'entre elles (72%), de cancer de l'ovaire chez 1 patiente (4%) et de cancers du sein et de l'ovaire chez 1 patiente (4%). Cinq patientes (20%) ne présentaient pas d'antécédent familial de cancer du sein ni de l'ovaire et avaient été orientées en consultation d'oncogénétique sur la base de leur seule histoire personnelle.

Concernant les témoins, sur 57681 femmes de la population de gnomAD, nous avons identifié **38 femmes** (0,066%) porteuses d'un variant de classe pathogène ou probablement pathogène sur *BARD1*.

### 3-1-2 Variants retenus

Les variants ont été obtenus à partir de données de séquençage à haut débit d'une profondeur minimale de 30X. Après l'application de l'analyse bio-informatique et de l'analyse biologique selon les critères expliqués précédemment (voir Matériel et Méthodes), nous avons retenu **18 variants** d'intérêt portés par les 25 cas de cancer du sein (Tableau 2), et **25 variants** portés par les 38 témoins (Tableau 3). Parmi ces variants, 5 sont portés à la fois par des patientes et des témoins. Au total, il est donc retrouvé 38 variants distincts.

Parmi les 18 variants portés par les patientes, 17 sont de classe 5 et 1 est de classe 4, avec des mécanismes variés de perte de fonction protéique : 7 variants décalant le cadre de lecture (indels *frameshift*), 7 variants non-sens et 4 variants introniques altérant l'épissage. Parmi les 25 variants portés par les témoins, 23 sont de classe 5 et 2 sont de classe 4, et il est distingué 14 variants non-sens, 9 indels *frameshift* et 2 variants introniques altérant l'épissage.

Parmi ces 18 variants, 4 (22%) sont d'occurrence ≥ 2 et portés par un total de 11 patientes de la série (soit 44% d'entre elles). Il s'agit des variants : p.(Gln564*), p.(Arg641*), p.(Glu652Valfs*69) et p.(Arg112*). Les 14 autres variants n'ont été retrouvés qu'une fois dans la série des cas et sont portés par les 14 autres patientes. Les caractéristiques des patientes de ces deux groupes de variants semblent similaires en terme d'âge et d'histologie : moyennes d'âge au diagnostic du premier cancer du sein : 45,5 vs 47,8 ans, avec un âge minimal de 25 vs 27 ans et un âge maximal de 61 vs 81 ans ; le type CCI TN représente 47% des tumeurs mammaires dans chacun des groupes, et 60% vs 50% des patientes de chacun des groupes ont eu un diagnostic de CCI de type TN.
<table><caption>Tableau 2 : Variants de BARD1 retenus portés par les patientes et corrélations génotype-phénotype</caption><thead><tr><th>Patientes</th><th>c.</th><th>p.</th><th>Classe</th><th>Effet</th><th>Cancers</th><th>Ages aux diagnostics (an)</th><th>Variants sur d'autres gènes*</th><th>ATCD familiaux sein/ovaire (S/O an)</th></tr></thead><tbody><tr><td>1</td><td>c.158+2T>G</td><td>p.?</td><td>5</td><td>Epissage</td><td>CCIS ; CCI RH+ HER2- ipsilatéral</td><td>27, 45</td><td>Non</td><td>S : GMM</td></tr><tr><td>2</td><td>c.176_177del</td><td>p.(Glu59Alafs*8)</td><td>5</td><td>Indel frameshift</td><td>CCI TN ; cancer de l'estomac**</td><td>47, 67</td><td>Non</td><td>Non</td></tr><tr><td>3</td><td>c.188T>G</td><td>p.(Leu63*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td><td>CIM avec composante canalaire TN</td><td>59</td><td>Non</td><td>S : TM 65, TM</td></tr><tr><td>4</td><td>c.248_249dup</td><td>p.(Pro84Valfs*13)</td><td>5</td><td>Indel frameshift</td><td>CCI RH+ HER2-</td><td>46</td><td>RAD51C : VSI</td><td>S : TM 80</td></tr><tr><td>5</td><td>c.334C>T</td><td>p.(Arg112*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td><td>CCI RH+ HER2- ; CLI RH+ HER2+ controlatéral</td><td>42, 53</td><td>Non</td><td>S : M 50, 60, GMM</td></tr><tr><td>6</td><td>c.334C>T</td><td>p.(Arg112*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td><td>CCI RH- HER2+</td><td>50</td><td>Non</td><td>S : GMP 61, TP 68</td></tr><tr><td>7</td><td>c.838_839del</td><td>p.(Leu280Thrfs*4)</td><td>5</td><td>Indel frameshift</td><td>CCI TN</td><td>31</td><td>Non</td><td>Non</td></tr><tr><td>8</td><td>c.959del</td><td>p.(Gly320Glufs*22)</td><td>5</td><td>Indel frameshift</td><td>CCI RH+ HER2-</td><td>49</td><td>Non</td><td>S : SR 58, SR 63</td></tr><tr><td>9</td><td>c.1216C>T</td><td>p.(Arg406*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td><td>CCI TN</td><td>41</td><td>Non</td><td>S : SR 42</td></tr><tr><td>10</td><td>c.1315-2A>T</td><td>p.?</td><td>5</td><td>Epissage</td><td>CCI TN</td><td>72</td><td>BRCA2 : VSI</td><td>S : F 46</td></tr><tr><td>11</td><td>c.1315-1G>C</td><td>p.?</td><td>5</td><td>Epissage</td><td>CCI TN</td><td>47</td><td>Non</td><td>Non</td></tr><tr><td>12</td><td>c.1349dup</td><td>p.(Asn450Lysfs*4)</td><td>5</td><td>Indel frameshift</td><td>CCI TN ; CCIS</td><td>37</td><td>CDH1 : VSI</td><td>S : M 62</td></tr><tr><td>13</td><td>c.1566del</td><td>p.(Val523Leufs*17)</td><td>5</td><td>Indel frameshift</td><td>CCIS ; adénocarcinome du pancréas</td><td>81, 81</td><td>Non</td><td>S : SR 55, N 40, N 47, N 63 ; O : SR 76</td></tr><tr><td>14</td><td>c.1652C>G</td><td>p.(Ser551*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td><td>CCI RH-</td><td>42</td><td>Non</td><td>S : M 75</td></tr><tr><td>15</td><td>c.1690C>T</td><td>p.(Gln564*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td><td>CCI TN</td><td>38</td><td>Non</td><td>S : M 36</td></tr><tr><td>16</td><td>c.1690C>T</td><td>p.(Gln564*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td><td>CCI TN</td><td>50</td><td>Non</td><td>Non</td></tr><tr><td>17</td><td>c.1690C>T</td><td>p.(Gln564*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td><td>CCI TN</td><td>46</td><td>Non</td><td>S : SR 46</td></tr><tr><td>18</td><td>c.1811-6_1812del</td><td>p.?</td><td>5</td><td>Epissage</td><td>CCI RH+ HER2-</td><td>52</td><td>PALB2 : VSI</td><td>S : SR 42, TM 40</td></tr><tr><td>19</td><td>c.1843C>T</td><td>p.(Gln615*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td><td>CCI RH+</td><td>38</td><td>Non</td><td>S : M 75</td></tr><tr><td>20</td><td>c.1921C>T</td><td>p.(Arg641*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td><td>CCI RH- HER2+ ; CCIS controlatéral</td><td>52, 62</td><td>Non</td><td>Non</td></tr><tr><td>21</td><td>c.1921C>T</td><td>p.(Arg641*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td><td>CCI RH+ HER2- ; récidive ; CCI TN controlatéral</td><td>61, 68, 71</td><td>Non</td><td>S : GM</td></tr><tr><td>22</td><td>c.1921C>T</td><td>p.(Arg641*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td><td>CCI TN</td><td>25</td><td>BRCA1 : VSI</td><td>O : TP 44</td></tr><tr><td>23</td><td>c.1935_1954dup</td><td>p.(Glu652Valfs*69)</td><td>4</td><td>Indel frameshift</td><td>CCI TN ; CPT ; CCI RH+ HER2- bilatéral</td><td>41, 50, 55</td><td>Non</td><td>S : TP 56, GMM 90</td></tr><tr><td>24</td><td>c.1935_1954dup</td><td>p.(Glu652Valfs*69)</td><td>4</td><td>Indel frameshift</td><td>CCI RH+ HER2-</td><td>46</td><td>Non</td><td>S : M 43, TM</td></tr><tr><td>25</td><td>c.1935_1954dup</td><td>p.(Glu652Valfs*69)</td><td>4</td><td>Indel frameshift</td><td>CCI TN</td><td>58</td><td>Non</td><td>S : S 50, TM 50</td></tr></tbody></table>

Transcrit de référence : NM_000465.2. CCI : carcinome canalaire infiltrant ; CCIS : carcinome canalaire *in situ* ; CIM : carcinome infiltrant métaplasique ; CLI : carcinome lobulaire infiltrant ; CPT : carcinome papillaire de la thyroide ; m : mois ; a : ans ; RP : récepteurs à la progestérone ; TN : triple négatif. ATCD familiaux : antécédents familiaux aux 1er et 2ème degrés ; M : mère ; F : fille ; GM : grand-mère ; GMM : grand-mère maternelle ; GMP : grand-mère paternelle ; N : nièce ; TM : tante maternelle ; TP : tante paternelle ; SR : sœur.

<footnote>* Variants pertinents sur d'autres gènes des panels diagnostics séquencés. ** Histologie non disponible. En gras, les variants retrouvés à la fois chez les cas et les témoins.</footnote>
<table><caption>Tableau 3 : Variants de *BARD1* retenus portés par les témoins</caption><thead><tr><th>Témoins</th><th>c.</th><th>p.</th><th>Classe</th><th>Effet</th></tr></thead><tbody><tr><td>1-4</td><td>c.55G&gt;T</td><td>p.(Glu19*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td></tr><tr><td>5-6</td><td>c.70_71insGT</td><td>p.(Pro24Argfs*35)</td><td>5</td><td>Indel frameshift</td></tr><tr><td>7</td><td>c.258T&gt;A</td><td>p.(Cys86*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td></tr><tr><td><b>8</b></td><td><b>c.334C&gt;T</b></td><td><b>p.(Arg112*)</b></td><td><b>5</b></td><td><b>Non-sens</b></td></tr><tr><td>9</td><td>c.448C&gt;T</td><td>p.(Arg150*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td></tr><tr><td>10-11</td><td>c.513dup</td><td>p.(Asp172Argfs*10)</td><td>5</td><td>Indel frameshift</td></tr><tr><td>12</td><td>c.547del</td><td>p.(Val183Phefs*29)</td><td>4</td><td>Indel frameshift</td></tr><tr><td>13</td><td>c.601del</td><td>p.(Arg201Aspfs*11)</td><td>5</td><td>Indel frameshift</td></tr><tr><td>14</td><td>c.623dup</td><td>p.(Lys209Glufs*5)</td><td>5</td><td>Indel frameshift</td></tr><tr><td>15</td><td>c.627_628del</td><td>p.(Lys209Asnfs*4)</td><td>5</td><td>Indel frameshift</td></tr><tr><td>16</td><td>c.659T&gt;G</td><td>p.(Leu220*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td></tr><tr><td>17</td><td>c.860_861del</td><td>p.(Glu287Valfs*5)</td><td>5</td><td>Indel frameshift</td></tr><tr><td>18</td><td>c.941T&gt;A</td><td>p.(Leu314*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td></tr><tr><td>19</td><td>c.1196T&gt;G</td><td>p.(Leu399*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td></tr><tr><td>20</td><td>c.1205C&gt;A</td><td>p.(Ser402*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td></tr><tr><td><b>21</b></td><td><b>c.1216C&gt;T</b></td><td><b>p.(Arg406*)</b></td><td><b>5</b></td><td><b>Non-sens</b></td></tr><tr><td>22</td><td>c.1338C&gt;A</td><td>p.(Tyr446*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td></tr><tr><td>23</td><td>c.1385G&gt;A</td><td>p.(Trp462*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td></tr><tr><td>24</td><td>c.1539dup</td><td>p.(Leu514Thrfs*11)</td><td>5</td><td>Indel frameshift</td></tr><tr><td>25-26</td><td>c.1652C&gt;G</td><td>p.(Ser551*)</td><td>5</td><td>Non-sens</td></tr><tr><td>27</td><td>c.1678-1G&gt;T</td><td>p. ?</td><td>5</td><td>Epissage</td></tr><tr><td><b>28-32</b></td><td><b>c.1690C&gt;T</b></td><td><b>p.(Gln564*)</b></td><td><b>5</b></td><td><b>Non-sens</b></td></tr><tr><td><b>33</b></td><td><b>c.1921C&gt;T</b></td><td><b>p.(Arg641*)</b></td><td><b>5</b></td><td><b>Non-sens</b></td></tr><tr><td><b>34-37</b></td><td><b>c.1935_1954dup</b></td><td><b>p.(Glu652Valfs*69)</b></td><td><b>4</b></td><td><b>Indel frameshift</b></td></tr><tr><td>38</td><td>c.2002-1G&gt;A</td><td>p. ?</td><td>5</td><td>Epissage</td></tr></tbody></table>

Transcrit de référence : NM_000465.2. En gras, les variants retrouvés à la fois chez les cas et les témoins.

### 3-1-3 Analyse statistique

La recherche d'enrichissement en variant pathogènes (et probablement pathogènes) de *BARD1* chez les patientes atteintes de cancer du sein avec le test exact de Fisher, apparaît en faveur d'une association caractérisée par un OR à 5,2 avec un intervalle de confiance à 95% [3 ; 8,9] et une significativité $p = 5,9 \cdot 10^{-9}$.

En excluant de la série les patientes 10, 12, 18 et 22 porteuses de VSI sur des gènes majeurs de prédisposition au cancer du sein (*BRCA2*, *CDH1*, *PALB2* et *BRCA1*, respectivement), le résultat apparaît toujours en faveur d'une association avec un OR à 4,4, un intervalle de confiance à 95% [2,4 ; 7,6] et une significativité $p = 8,2 \cdot 10^{-7}$.
## 3-2 DEUXIEME PARTIE : ETUDE DE L'IMPLICATION DE *BARD1* DANS L'ONCOGENESE MAMMAIRE

### 3-2-1 Caractéristiques génomiques des tumeurs mammaires analysées

Parmi les 25 patientes porteuses de l'étude, nous avons disposé des échantillons
tumoraux de 11 d'entre elles pour les analyses génomiques. Neuf d'entre elles ont pu être
analysées, les deux autres ayant présenté une cellularité tumorale insuffisante après l'extraction
de l'ADN. Parmi les 9 tumeurs analysées, 5 étaient des échantillons de tumeur congelée et 4 de
tissu FFPE. Les résultats des analyses sont résumés dans le Tableau 4.

Chacune des tumeurs analysées provenaient de la tumeur mammaire primitive. Huit tumeurs étaient de type canalaire infiltrant et une était un CCIS. Parmi les CCI, 5 étaient de type triple-négatif, 2 de type hormono-dépendant HER2- et une de type non-hormono-dépendant avec un statut HER2+.

<table><caption>Tableau 4 : Résumé des caractéristiques génomiques des tumeurs du sein analysées</caption><thead><tr><th>Patiente</th><th>P5</th><th>P6</th><th>P7</th><th>P10</th><th>P13</th><th>P18</th><th>P22</th><th>P23</th><th>P25</th></tr></thead><tbody><tr><th>Histologie</th><td>RH+<br>HER2-</td><td>RH-<br>HER2+</td><td>TN</td><td>TN</td><td>CCIS</td><td>RH+<br>HER2-</td><td>TN</td><td>TN</td><td>TN</td></tr><tr><th>Conservation</th><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><th>Variant<br>constitutionnel</th><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><th>LOH au locus<br><i>BARD1</i></th><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>X</td><td></td></tr><tr><th>Signature HRD</th><td></td><td></td><td></td><td>X</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

<figure><img src="image_15.png" /></figure>
Les variants constitutionnels de *BARD1* ont été retrouvés dans chaque tumeur. Concernant les patientes P23 et P25, porteuses de la même duplication d'un motif double en tandem, le variant constitutionnel a été détecté par le pipeline bio-informatique avec un faible ratio allélique suite à un défaut d'alignement des séquences.

La présence d'un second *hit* au locus *BARD1* de l'allèle sain a pu être étudiée dans 8 des 9 tumeurs (une analyse était non contributive). Il a ainsi été observé une LOH sur l'allèle sain dans 3 d'entre elles, et 5 ne présentaient pas de LOH. Aucun second *hit* par seconde mutation ponctuelle n'a été retrouvé. Le mécanisme moléculaire mis en évidence pour les 3 LOH est l'isodisomie.

Chez la patiente P25, l'analyse tumorale a révélé de manière fortuite un variant pathogène somatique de *BRCA1* accompagné d'une LOH sur l'allèle sain de ce gène.

La signature HRD a pu être recherchée dans 8 des 9 tumeurs (une analyse était non contributive). Un défaut de RH a été observé sur 2 tumeurs de type triple-négatif (Figure 13) et une absence de défaut de RH a été identifiée sur les 6 autres tumeurs (Figure 14). Au total, dans les tumeurs analysées de manière contributive, la mise en évidence d'un statut HRD est corrélée à la LOH et l'absence de statut HRD est corrélée à l'absence de LOH.

Les tumeurs des patientes P7 et P22 ont donc présenté à la fois une LOH au locus *BARD1* et un statut HRD. La patiente P7 a été atteinte à l'âge de 31 ans d'un CCI de type TN en l'absence d'histoire familiale de cancer du sein ou de l'ovaire. La patiente P22 a été atteinte à 25 ans d'un CCI de type TN, en contexte d'antécédent familial de carcinome séreux de haut grade chez sa tante maternelle à 44 ans. Cette patiente est également porteuse du VSI constitutionnel c.230C>T, p.(Thr77Met) à l'état hétérozygote sur l'exon 6 du gène *BRCA1*, prédit délétère par les outils de bio-informatiques (CADD: 32, SpliceAI: 0,31, SIFT: 0,0, Polyphen2: 0,998). Chez cette patiente, l'analyse tumorale a également permis d'identifier une LOH au locus de *BRCA1*, sur l'allèle sain.
A.

<figure><img src="image_16.png" /></figure>

B.

<figure><img src="image_17.png" /><figcaption>Figure 13 : Profil génomique de la tumeur mammaire CCI TN de la Patiente 7.</figcaption></figure>

A. Analyse des CNV par NGS tumoral à partir du panel DRAGON, montrant une LOH au locus *BARD1* par isodisomie

B. Analyse de la signature HRD compatible avec un défaut de recombinaison homologue (score HRD = 30)
A.

<figure><img src="image_18.png" /></figure>

B.

<figure><img src="image_19.png" /><figcaption>Figure 14 : Profil génomique de la tumeur mammaire CCI RH+ HER2- de la Patiente 18.</figcaption></figure>

A. Analyse des CNV par NGS tumoral à partir du panel DRAGON, montrant une absence de LOH au locus *BARD1*

B. Analyse de la signature HRD montrant une absence de défaut de recombinaison homologue (score HRD = 9)
### 3-2-2 Exemple d'une « famille BARD1 » de l'Institut Curie

Des variants pathogènes de *BARD1* ont été décrits dans des familles avec histoire de cancer du sein et/ou de l'ovaire, analysées à l'Institut Curie dans le cadre du protocole de recherche national TUMOSPEC, telle que la famille suivante (Figure 15) :

<figure><img src="image_20.png" /><figcaption>**Figure 15 :** Arbre généalogique d'une « famille BARD1 » de l'Institut Curie. L'individu 08 correspond à la patiente P13 de notre série.</figcaption></figure>

Il s'agit d'une famille présentant une histoire de cancer du sein et de l'ovaire. L'étude des gènes de prédisposition du panel HBOC, réalisée dans un premier temps chez la patiente index (individu 01), était revenue négative. Le démasquage des gènes du panel recherche de l'Institut Curie a ensuite permis de mettre en évidence le variant pathogène constitutionnel c.1566del du gène *BARD1*. Une co-ségrégation de ce variant au sein de la famille a énsuite été identifiée. Par ailleurs, les études tumorales ont mis en évidence une LOH au locus *BARD1* sur la tumeur mammaire de l'individu 02, une signature HRD sur celle de l'individu 01 et une absence de HRD sur les tumeurs mammaire et pancréatique de l'individu 08.

L'ensemble de ces résultats renforce l'idée que ce variant pathogène est impliqué dans la cancérogénèse de l'individu 01, de sa sœur et de ses cousines. Le dossier a été discuté en réunion de concertation pluridisciplinaire (RCP) pour orienter la prise en charge et il a été décidé que ce variant pouvait être partiellement « actionnable » dans cette famille, c'est-à-dire faire l'objet d'un test diagnostic chez les apparentées. Ainsi, sur le plan ovarien, l'annexectomie prophylactique a été recommandée uniquement chez les apparentées porteuses, dès l'âge de 45 ans. En revanche, sur le plan mammaire, la surveillance n'est pas devenue conditionnée par le test et resterait ainsi recommandée de manière annuelle par mammographie et échographie.
4 DISCUSSION

Nous rapportons les résultats d'une étude cas-témoin multicentrique portant sur 7309 patientes atteintes d'un cancer du sein et 57643 témoins, avec identification de 25 patientes et 38 témoins porteuses de variants pathogènes (et probablement pathogènes) de *BARD1*. Les statuts de LOH au locus *BARD1* et signature HRD ont pu être obtenus sur une série de 9 tumeurs mammaires analysées en génétique moléculaire. Depuis la découverte du gène *BARD1* en 1996, plusieurs études mettent en évidence un sur-risque modéré de cancer du sein, en particulier de type triple-négatif, mais les études sur ce gène sont limitées. Par conséquent, elles ne permettent pas de confirmer formellement l'implication de *BARD1* dans la survenue de ces cancers ni de statuer sur une prise en charge spécifique des familles concernées. Notre étude avait pour objectif d'apporter des données supplémentaires à cette problématique.

Sur le plan épidémiologique, nous retrouvons un enrichissement en variants pathogènes
et probablement pathogènes de *BARD1* chez les patientes atteintes de cancer du sein avec une
suspicion de prédisposition, par rapport à la population contrôle (OR = 5,2 ; IC95% [3 ; 8,9] ;
p = 5,9.10<sup>-9</sup>). Le résultat d'une association positive avec le cancer du sein est cohérent avec les
données de la littérature, bien que le risque associé dans notre étude soit plus élevé que le plupart
de ceux rapportés dans les études cas-témoin précédentes, portant souvent sur un nombre plus
limité de patients et qui identifient un risque modéré avec un OR d'environ 2 ou 3 [121,138].
Notre étude rejoint les résultats de Weber-Lassalle et al. qui ont rapporté un OR de 5,35,
première étude proposant *BARD1* comme gène majeur de prédisposition au cancer du sein
[117]. Si ce niveau de risque est confirmé, les mesures de prévention pourraient être les mêmes
que pour les patientes porteuses de variant pathogène *BRCA1/2*, avec mise en place d'une
surveillance mammaire annuelle à partir de 30 ans, par mammographie, IRM et échographie.

Parmi les cancers du sein de notre série, il est retrouvé une sur-représentation du type triple-négatif, qui en constitue 45%, ce qui est également concordant avec les données de la littérature [123,127,139]. Par exemple, à partir d'une cohorte de 680 CCI de type TN, Rofes et al. ont identifié dix patientes porteuses de variants pathogènes de *BARD1*, correspondant à un OR = 5,40 [123]. Shimelis et al. ont analysé 4090 patientes atteintes de CCI de type TN et ont ainsi identifié 25 porteuses de variants pathogènes de *BARD1*, obtenant ainsi un OR = 5,92 [140]. L'étude de Castéra et al, qui n'avait pas retrouvé d'association entre *BARD1* et le cancer du sein (tous types confondus), a pourtant retrouvé une association avec le cancer du sein de type TN avec un OR = 11,27 [121]. Enfin, l'étude cas-témoin multicentrique BRIDGES menée
par le Breast Cancer Association Consortium en 2022 a retrouvé une association significative entre les variants pathogènes constitutionnels de *BARD1* et le cancer du sein de type triple-négatif avec un OR = 10,05 [81].

Notre étude suggère également une précocité de survenue des cancers du sein en présence d'un variant pathogène (ou probablement pathogène) constitutionnel de *BARD1*, avec 24% et 64% des patientes de notre série atteintes avant 40 et 50 ans, respectivement. Ce résultat est cohérent avec l'étude à grande échelle de Weber-Lassalle et al., rapportant un OR particulièrement élevé de cancer du sein chez les patientes diagnostiquées avant 40 ans (OR = 12) et avant 50 ans (OR = 7,4), suggérant ainsi *BARD1* comme gène de prédisposition au cancer du sein précoce [120].

Du fait de la rareté des variants pathogènes de *BARD1*, les conclusions de ces études restent limitées. Afin d'avancer dans l'analyse de l'implication des variants constitutionnels de *BARD1* dans la survenue du cancer du sein, nous nous sommes intéressés aux arguments que pourrait apporter la génétique moléculaire tumorale.

Dans notre série, nous avons pu identifier deux sous-groupes de tumeurs : un sous-groupe majoritaire constitué des tumeurs sans inactivation bi-allélique de *BARD1* ni signature HRD, et un sous-groupe minoritaire de 2 tumeurs caractérisées par une inactivation bi-allélique de *BARD1* et un déficit de la RH. Notre étude va dans le sens des données de la littérature qui rapporte également des résultats hétérogènes. Par exemple, Srinivasan et al. ont retrouvé 2 tumeurs présentant une perte de l'allèle sauvage de *BARD1* sur les 3 composant leur série [141]. Li et al. ont rapporté une inactivation bi-allélique de *BARD1* en lien avec deux variants faux-sens constitutionnels en *cis* associés à une perte somatique de l'allèle sain, chez deux apparentées atteintes d'un cancer du sein et de l'ovaire, respectivement. L'étude fonctionnelle des variants avait confirmé la perte de fonction protéique caractérisée par un déficit de la RH [133]. Sabatier et al. ont rapporté une délétion complète homozygote de *BARD1* (une délétion constitutionnelle suivie de la délétion somatique du second allèle) chez une patiente atteinte d'un cancer du sein avec une histoire familiale évocatrice de prédisposition [131]. En revanche, d'autres études n'ont pas retrouvé de second *hit* ni d'altération de la RH sur certaines de ces tumeurs [75,142].

Parmi les tumeurs de notre série montrant une inactivation bi-allélique de *BARD1* associée à un défaut de la RH, il est important d'émettre une réserve concernant le cas de la patiente P22. Cette patiente était porteuse d'un VSI constitutionnel sur *BRCA1*, prédit délétère
par les outils bio-informatiques, et sa tumeur présentait une LOH au locus *BRCA1*. Il n'est donc pas possible d'exclure que le déficit de la RH et la survenue de son cancer du sein soient consécutifs à une inactivation bi-allélique de *BRCA1* et non de *BARD1*. Une étude de transcrit serait nécessaire pour déterminer l'implication de ce VSI dans le statut HRD de la tumeur. En revanche, concernant l'autre cas d'inactivation bi-allélique de *BARD1* de notre série, il est possible de suggérer que le déficit de la RH ait été consécutif à l'inactivation bi-allélique de *BARD1*, suggérant ainsi sa participation dans la tumorigénèse en tant que gène suppresseur de tumeur selon le modèle de Knudson. Ce résultat suggère l'existence d'un sous-groupe de patientes parmi les porteuses de variants de *BARD1*, qui pourraient bénéficier d'une thérapie ciblée par inhibiteur de PARP ou par chimiothérapie à base de Cisplatine. Dans ce sens, l'étude de Dillon et al. a retrouvé une sensibilité aux inhibiteurs de PARP dans des cellules de cancer de la prostate porteuses d'altérations de *BARD1* associées à un déficit de la RH [143]. L'essai de phase II de Tung et al., quant à lui, n'a pas retrouvé de réponse significative de l'olaparib chez la seule patiente de l'étude porteuse d'une altération constitutionnelle de *BARD1* et atteinte d'un cancer du sein métastatique [101]. Une absence de déficit de la RH dans la tumeur, qui n'a pas été recherchée dans cette étude, pourrait expliquer l'absence de réponse au traitement ciblé. La recherche systématique d'une signature HRD dans les essais cliniques incluant des patients porteurs de variants pathogènes de *BARD1* pourrait permettre de préciser les différents sous-groupes de patients qui pourraient être éligibles à un traitement ciblé. Des essais cliniques incluant un plus grand nombre de ces patients sont également nécessaires pour évaluer le bénéfice de ces traitements.

La majorité des tumeurs de notre série n'a pas présenté d'inactivation bi-allélique de *BARD1* ni de signature de déficit de la RH. L'étude prospective de Srinivasan et al., intégrant une analyse constitutionnelle et tumorale de 17 152 patients, a montré que la présence d'un second *hit* tumoral n'était pas systématique, même pour les variants pathogènes de gènes ayant une forte pénétrance, tels que *BRCA1* et *BRCA2*. Le taux de second *hit* était néanmoins corrélu au niveau de risque de cancer associé et il était plus élevé pour les gènes à forte pénétrance [141]. Pour les tumeurs ne présentant pas de perte de l'allèle sauvage, le variant constitutionnel pourrait ne pas avoir contribué à la cancérogénèse, ou pourrait y avoir contribué en créant un environnement favorable au développement tumoral *via* un mécanisme ne dépendant pas de la perte du second allèle. L'implication de *BARD1* dans de nombreuses fonctions cellulaires doit également permettre de poser l'hypothèse de son implication dans l'oncogénèse mammaire *via* d'autres voies que la RH et ne reposant pas sur la perte du second allèle.
Dans ce sens, des études ont proposé des mécanismes impliquant *BARD1* dans l'oncogénèse *via* d'autres voies que le déficit de la RH. Par exemple, Daza-Martin et al. ont identifié *in vitro* des altérations de *BARD1* à l'origine d'une instabilité génomique secondaire à des anomalies au niveau de la fourche de réplication et avec une RH préservée [112]. Pilyugin et al. ont montré que certains variants pathogènes constitutionnels de *BARD1* favorisaient l'épissage alternatif de ses ARNm entraînant la réduction de la protéine complète et la surexpression de protéines à effet dominant négatif oncogénique [144]. D'autres études ont confirmé un effet oncogénique associé à la perte d'expression de la protéine complète et à la surexpression de ses isoformes, notamment dans des tumeurs du sein et de l'ovaire de mauvais pronostic. L'isoforme *BARD1δ*, tronquée des exons 2 à 6, inhibe ainsi l'apoptose en raison de l'absence du domaine de fixation à la protéine p53. L'isoforme *BARD1ω*, quant à elle, n'est constituée que des exons 6 à 11 et est surexprimée dans les cellules de leucémie aigüe myéloïde où elle exerce des propriétés oncogéniques lors de la mitose *via* des défauts d'alignement des chromosomes lors de la métaphase et de l'anaphase [116]. D'autres études sont nécessaires pour préciser ces mécanismes dans le cas du cancer du sein.

Ainsi, il n'est pas exclu que *BARD1* ait participé à l'oncogénèse des tumeurs n'ayant pas présenté d'inactivation bi-allélique ni de déficit de la RH, dans notre série. D'autres techniques d'évaluation telles que le dosage de l'expression tumorale des isoformes de *BARD1* seraient nécessaires pour évaluer plus largement son implication dans l'oncogénèse.

Les variants pathogènes de *BARD1* sont décrits dans des familles avec une histoire de cancers du sein et de l'ovaire, malgré l'absence d'association significative dans les études cas-témoins entre les variants de *BARD1* et le cancer du l'ovaire. A l'Institut Curie, des études de co-ségrégation intégrant des analyses tumorales ont parfois permis de rendre le variant identifié partiellement « actionnable » au sein de la famille, en autorisant le diagnostic chez les apparentées et en n'indiquant pas de chirurgie ovarienne chez les non-porteuses (la surveillance mammaire étant maintenue comme pour les femmes à haut risque). Cette situation illustre l'importance de poursuivre les études de co-ségrégation dans les familles où il a été identifié un variant pathogène de *BARD1* afin d'évaluer leur pénétrance et préciser les recommandations de prise en charge spécifiques. Le projet national TUMOSPEC est dédié à cet objectif en améliorant les connaissances sur les spectres tumoraux des variants rares des gènes de prédisposition.

Par ailleurs, dans notre étude, les résultats tumoraux d'une patiente (P11) ont mis en évidence une corrélation entre l'inactivation bi-allélique de *BARD1* et la survenue précoce d'un
cancer du sein de type TN, et ce malgré l'absence d'histoire familiale de cancer du sein ou de l'ovaire. Même si ce résultat ne permet pas de conclure à lui seul sur un risque majoré de cancer du sein associé à *BARD1*, cela met en évidence la nécessité d'une évaluation prospective de ce risque, même chez les apparentées de patientes sans antécédent familial.

Notre étude comporte des limites. Tout d'abord, dans notre étude cas-témoins, nous avons inclus uniquement les patientes porteuses de variants ponctuels ou de petites tailles entraînant une perte de fonction protéique (variants non-sens, indels *frameshift*, variants d'épissage). Les variants faux-sens et les CNV n'ont pas été analysés du fait de leur difficulté d'interprétation, ce qui a pu sous-estimer le calcul de l'OR. Des études se sont pourtant intéressées à ces variants et ont montré leur intérêt dans la compréhension du lien entre *BARD1* et le cancer du sein. Plusieurs CNV pathogènes ont en effet été rapportés chez des patientes atteintes de cancer du sein avec une histoire familiale évocatrice de prédisposition [123]. Des études familiales ont également rapporté une co-ségrégation de variants faux-sens dans des familles de cancer du sein [120]. En outre, des études fonctionnelles ont étudié les effets de variants faux-sens sur les fonctions protéiques. Toh et al. a ainsi montré que trois variants faux-sens à l'intérieur ou à proximité des domaines ANK et BRCT de BARD1 étaient associés à un défaut de l'apoptose dépendante de p53. La liaison de BARD1 avec BRCA1, qui se fait, pour rappel, au niveau de leur domaine RING, était en revanche préservée en présence de ces altérations [126]. Une autre étude a montré que le variant pathogène constitutionnel faux-sens c.247A>C dans le domaine RING de BARD1 était associé à une altération de l'interaction du complexe BRCA1-BARD1 avec le nucléosome et en particulier à l'ubiquitination de l'histone H2A dans l'initiation de la RH [130]. La présence de ces quatre variants faux-sens a été recherchée spécifiquement dans la base de données associée à notre cohorte de patientes, et n'a pas été retrouvée. Ces études demeurent néanmoins peu nombreuses et toutes ne retrouvent pas de défaillance protéique en lien avec des variants faux-sens dans ces *hotspots* mutationnels. Au total, les variants faux-sens ne représentent que 2% des variants de *BARD1* rapportés dans les études cas-témoins [120]. D'autres études sont nécessaires pour préciser leurs effets afin de les intégrer, le cas échéant, dans les études épidémiologiques et tumorales.

Une autre limite était la non-disponibilité d'un grand nombre d'échantillons pour l'analyse tumorale. En effet, nous avons disposé de seulement 13 tumeurs des 29 patientes de l'étude, qui n'a donc pas pu être réalisée de manière exhaustive. Notre étude a également été restreinte du fait d'analyses non contributives. Cette situation souligne, d'une part, l'importance de réaliser des études tumorales sur un plus grand nombre d'échantillons, et d'autre part,
l'importance de l'amélioration des techniques de détection de LOH et de signature HRD. De plus, afin de consolider la validité des échantillons inclus dans notre série, il serait intéressant de réaliser des études de transcrits chez les patientes porteuses de VSI sur les gènes majeurs de prédisposition au cancer du sein ou encore la recherche d'une hyperméthylation du promoteur de *BRCA1*.

Au total, notre étude suggère que *BARD1* pourrait être associé à un risque élevé de cancer du sein chez les femmes porteuses de variants pathogènes et probablement pathogènes constitutionnels. Les rôles multiples de *BARD1* dans les fonctions cellulaires font de lui un gène central pour la compréhension des mécanismes de l'oncogénèse mammaire chez ces patientes. Dans certains cas, semblant minoritaires, *BARD1* semble répondre au modèle de Knudson et participer à l'oncogénèse mammaire *via* une instabilité génomique du fait d'une altération de la RH. L'identification de ces sous-groupes de patientes avec la génétique moléculaire tumorale semble fondamentale dans les essais cliniques pour l'orientation du choix thérapeutique.
# 5 CONCLUSION

Note étude apporte des éléments supplémentaires pour la compréhension de l'implication des variants pathogènes (et probablement pathogènes) de *BARD1* dans la survenue du cancer du sein. A l'échelle épidémiologique, notre étude suggère un lien fort entre les variants constitutionnels de *BARD1* et la prédisposition au cancer du sein, notamment de type triple-négatif, proposant *BARD1* comme gène de prédisposition au cancer du sein avec un risque élevé contrairement à la plupart des études précédentes suggérant un risque modéré. En revanche, à l'échelle tumorale, les résultats obtenus sont hétérogènes et seule une minorité de tumeurs semble induite par l'inactivation bi-allélique de *BARD1*. Il a été observé une corrélation entre la LOH au locus *BARD1* et le statut HRD. Des études complémentaires sont nécessaires afin de savoir si *BARD1* participe également à l'oncogénèse mammaire *via* d'autres voies que la RH. Compte-tenu de la rareté des variants pathogènes de *BARD1*, des études portant sur de plus grandes séries de patients et de tumeurs sont nécessaires pour explorer ces questions. L'amélioration des techniques de détection de la LOH et de la signature HRD devraient également permettre de préciser ces résultats et d'identifier les sous-groupes de patientes et de familles qui pourraient bénéficier d'une prise en charge spécifique à la fois sur le plan de la prévention et du choix de traitement.
REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES

1. Cowppli-Bony A, Colonna M, Ligier K, Jooste V, Defossez G, Monnereau A, et al. Épidémiologie descriptive des cancers en France métropolitaine : incidence, survie et prévalence. Bull Cancer (Paris). 2019 Jul 1;106(7):617-34.

2. Lapôtre-Ledoux B. Incidence des principaux cancers en France métropolitaine en 2023 et tendances depuis 1990

3. SPF. Estimations nationales de l'incidence et de la mortalité par cancer en France métropolitaine entre 1990 et 2018 - Tumeurs solides : Étude à partir des registres des cancers du réseau Francim [Internet]. [cited 2023 Jul 29]. Available from: https://www.santepubliquefrance.fr/import/estimations-nationales-de-l-incidence-et-de-la-mortalite-par-cancer-en-france-metropolitaine-entre-1990-et-2018-tumeurs-solides-etude-a-partir

4. Sung H, Ferlay J, Siegel RL, Laversanne M, Soerjomataram I, Jemal A, et al. Global Cancer Statistics 2020: GLOBOCAN Estimates of Incidence and Mortality Worldwide for 36 Cancers in 185 Countries. CA Cancer J Clin. 2021;71(3):209-49.

5. Dépistage du cancer du sein en France : identification des femmes à haut risque et modalités de dépistage [Internet]. Haute Autorité de Santé. [cited 2023 Aug 15]. Available from: https://www.hassante.fr/jcms/c_1741170/fr/depistage-du-cancer-du-sein-en-france-identification-des-femmes-a-haut-risque-et-modalites-de-depistage

6. Frikha N, Chlif M. Un aperçu des facteurs de risque du cancer du sein. Bull Académie Natl Médecine. 2021 May 1;205(5):519-27.

7. Baldi I, Bard D, Barouki R, Benhamou S, Bénichou J, Bernier MO, et al. Cancer et environnement: expertise collective.

8. Cancer du sein et facteurs de risque • Cancer Environnement [Internet]. Cancer Environnement. [cited 2023 Aug 15]. Available from: https://www.cancer-environnement.fr/fiches/cancers/cancer-du-sein/

9. Boyle P, Boniol M, Koechlin A, Robertson C, Valentini F, Coppens K, et al. Diabetes and breast cancer risk: a meta-analysis. Br J Cancer. 2012 Oct 23;107(9):1608-17.

10. Collaborative Group on Hormonal Factors in Breast Cancer. Breast cancer and hormonal contraceptives: collaborative reanalysis of individual data on 53 297 women with breast cancer and 100 239 women without breast cancer from 54 epidemiological studies. Lancet Lond Engl. 1996 Jun 22;347(9017):1713-27.

11. Writing Group for the Women's Health Initiative Investigators. Risks and Benefits of Estrogen Plus Progestin in Healthy Postmenopausal WomenPrincipal Results From the Women's Health Initiative Randomized Controlled Trial. JAMA. 2002 Jul 17;288(3):321-33.

12. Clavel-Chapelon F, E3N Study Group. Cohort Profile: The French E3N Cohort Study. Int J Epidemiol. 2015 Jun;44(3):801-9.

13. Fournier A, Touillaud M, Clavel-Chapelon F. Facteurs de risque de cancer du sein. 2008;

14. Dehmani I. Épidémiologie des cancers du sein entre 40 et 49 ans pris en charge au CHU Amiens Picardie: éléments de réponse quant à l'intérêt d'un dépistage du cancer du sein plus précoce.

15. Namer M, Luporsi E, Gligorov J, Lokiec F, Spielmann M. L'utilisation de déodorants/antitranspirants ne constitue pas un risque de cancer du sein. 2008;95.

16. CSET 2627 [Internet]. Gustave Roussy. [cited 2023 Aug 13]. Available from: https://www.gustaveroussy.fr/fr/cset-2627

17. Tan PH, Ellis I, Allison K, Brogi E, Fox SB, Lakhani S, et al. The 2019 World Health Organization classification of tumours of the breast. Histopathology. 2020;77(2):181-5.

18. Prise en charge du carcinome canalaire in situ – Questions d’actualité – Rapport intégral [Internet]. [cited 2023 Aug 15]. Available from: https://www.e-cancer.fr/Expertises-et-publications/Catalogue-des-publications/Prise-en-charge-du-carcinome-canalaire-in-situ-Questions-d-actualite-Rapport-integral

19. Cutuli B. [Ductal carcinoma in situ in 2019: Diagnosis, treatment, prognosis]. Presse Medicale Paris Fr 1983. 2019 Oct;48(10):1112-22.

20. Erbas B, Provenzano E, Armes J, Gertig D. The natural history of ductal carcinoma in situ of the breast: a review. Breast Cancer Res Treat. 2006 May;97(2):135-44.
21. MJ van de V., SR L, IO E, SJ S, PH T, WHO Classification of Tumours of the Breast [Internet]. [cited 2023 Aug 15]. Available from: https://publications.iarc.fr/Book-And-Report-Series/Who-Classification-Of-Tumours/WHO-Classification-Of-Tumours-Of-The-Breast-2012

22. Tsang JYS, Tse GM. Molecular Classification of Breast Cancer. Adv Anat Pathol. 2020 Jan;27(1):27-35.

23. Weigelt B, Geyer FC, Reis-Filho JS. Histological types of breast cancer: how special are they? Mol Oncol. 2010 Jun;4(3):192-208.

24. Li C, Anderson B, Daling J, Moe R. Trends in incidence rates of invasive lobular and ductal breast carcinoma. JAMA J Am Med Assoc. 2003 Apr 1;289:1421-4.

25. Classification TNM pour le cancer du sein (8e édition) | Pr Frédérique PENAULT-LLORCA, Dr Magali LACROIX-TRIKI [Internet]. [cited 2023 Aug 15]. Available from: https://www.edimark.fr/revues/correspondances-en-onco-theranostic/n-3-septembre-2017-copy/classificationtnm-pour-le-cancer-du-sein-8e-edition

26. Elston CW, Ellis IO. Pathological prognostic factors in breast cancer. I. The value of histological grade in breast cancer: experience from a large study with long-term follow-up. Histopathology. 1991 Nov;19(5):403-10.

27. Gutierrez C, Schiff R. HER2: biology, detection, and clinical implications. Arch Pathol Lab Med. 2011 Jan;135(1):55-62.

28. Perez EA, Romond EH, Suman VJ, Jeong JH, Sledge G, Geyer CE, et al. Trastuzumab plus adjuvant chemotherapy for human epidermal growth factor receptor 2-positive breast cancer: planned joint analysis of overall survival from NSABP B-31 and NCCTG N9831. J Clin Oncol Off J Am Soc Clin Oncol. 2014 Nov 20;32(33):3744-52.

29. Cancer du Sein - Traitement [Internet]. Gustave Roussy. [cited 2023 Aug 13]. Available from: https://www.gustaveroussy.fr/fr/cancer-sein/traitement

30. Wang LH, Wu CF, Rajasekaran N, Shin YK. Loss of Tumor Suppressor Gene Function in Human Cancer: An Overview. Cell Physiol Biochem. 2018 Dec 12;51(6):2647-93.

31. Takahashi KK, Innan H. Frequent somatic gene conversion as a mechanism for loss of heterozygosity in tumor suppressor genes. Genome Res. 2022 Jun;32(6):1017-25.

32. Les causes des tumeurs au cerveau – ARTC [Internet]. [cited 2023 Aug 15]. Available from: https://artc-asso.fr/les-tumeurs-cerebrales/les-causes-des-tumeurs-au-cerveau-sur-le-plan-genetique/

33. Knudson AG. Mutation and cancer: statistical study of retinoblastoma. Proc Natl Acad Sci U S A. 1971 Apr;68(4):820-3.

34. Carné Trécesson S de. RAS Oncogene and Colorectal Cancer: Study of the Oncogenic Stress Response and Senescence Bypass. 2010 Nov 15;

35. Yoshimura A, Imoto I, Iwata H. Functions of Breast Cancer Predisposition Genes: Implications for Clinical Management. Int J Mol Sci. 2022 Jul 5;23(13):7481.

36. Toss A, Tomasello C, Razzaboni E, Contu G, Grandi G, Cagnacci A, et al. Hereditary ovarian cancer: not only BRCA1 and 2 genes. BioMed Res Int. 2015;2015:341723.

37. Foulkes WD. Inherited susceptibility to common cancers. N Engl J Med. 2008 Nov 13;359(20):2143-53.

38. Moretta J, Berthet P, Bonadona V, Caron O, Cohen-Haguenauer O, Colas C, et al. Recommandations françaises du Groupe Génétique et Cancer pour l'analyse en panel de gènes dans les prédispositions héréditaires au cancer du sein ou de l'ovaire. Bull Cancer (Paris). 2018 Oct 1;105(10):907-17.

39. Richards S, Aziz N, Bale S, Bick D, Das S, Gastier-Foster J, et al. Standards and Guidelines for the Interpretation of Sequence Variants: A Joint Consensus Recommendation of the American College of Medical Genetics and Genomics and the Association for Molecular Pathology. Genet Med Off J Am Coll Med Genet. 2015 May;17(5):405-24.

40. Golmard L. Voie de réparation de l'ADN par recombinaison homologue et prédisposition génétique aux cancers du sein et de l'ovaire [Internet] [These de doctorat]. Sorbonne Paris Cité; 2015 [cited 2023 Aug 15]. Available from: https://www.theses.fr/2015USPCC252

41. Synthèse - Femmes porteuses d'une mutation de BRCA1 ou BRCA2 / Détection précoce du cancer du sein et des annexes et stratégies de réduction du risque - [Internet]. [cited 2023 Aug 15]. Available from: https://www.e-cancer.fr/Expertises-et-publications/Catalogue-des-publications/Synthese-Femmes-porteuses-d-une-mutation-de-BRCA1-ou-BRCA2-Detection-precoce-du-cancer-du-sein-et-des-annexes-et-strategies-de-reduction-du-risque
42. Bouras A, Guidara S, Leone M, Buisson A, Martin-Denavit T, Dussart S, et al. Overview of the Genetic Causes of Hereditary Breast and Ovarian Cancer Syndrome in a Large French Patient Cohort. Cancers. 2023 Jun 29;15(13):3420.

43. Kuchenbaecker KB, Hopper JL, Barnes DR, Phillips KA, Mooij TM, Roos-Blom MJ, et al. Risks of Breast, Ovarian, and Contralateral Breast Cancer for BRCA1 and BRCA2 Mutation Carriers. JAMA. 2017 Jun 20;317(23):2402-16.

44. Tai YC, Domchek S, Parmigiani G, Chen S. Breast cancer risk among male BRCA1 and BRCA2 mutation carriers. J Natl Cancer Inst. 2007 Dec 5;99(23):1811-4.

45. Oh M, Alkhushaym N, Fallatah S, Althagafi A, Aljadeed R, Alsowaida Y, et al. The association of BRCA1 and BRCA2 mutations with prostate cancer risk, frequency, and mortality: A meta-analysis. The Prostate. 2019 Jun;79(8):880-95.

46. Nyberg T, Tischkowitz M, Antoniou AC. BRCA1 and BRCA2 pathogenic variants and prostate cancer risk: systematic review and meta-analysis. Br J Cancer. 2022 Apr;126(7):1067-81.

47. Iqbal J, Ragone A, Lubinski J, Lynch HT, Moller P, Ghadirian P, et al. The incidence of pancreatic cancer in BRCA1 and BRCA2 mutation carriers. Br J Cancer. 2012 Dec 4;107(12):2005-9.

48. Aslanian HR, Lee JH, Canto MI. AGA Clinical Practice Update on Pancreas Cancer Screening in High-Risk Individuals: Expert Review. Gastroenterology. 2020 Jul;159(1):358-62.

49. Canto MI, Harinck F, Hraban RH, Offerhaus GJ, Poley JW, Kamel I, et al. International Cancer of the Pancreas Screening (CAPS) Consortium summit on the management of patients with increased risk for familial pancreatic cancer. Gut. 2013 Mar;62(3):339-47.

50. Chappuis PO, Nethercot V, Foulkes WD. Clinico-pathological characteristics of BRCA1- and BRCA2-related breast cancer. Semin Surg Oncol. 2000 Jun;18(4):287-95.

51. Lakhani SR, Gusterson BA, Jacquemier J, Sloane JP, Anderson TJ, van de Vijver MJ, et al. The pathology of familial breast cancer: histological features of cancers in families not attributable to mutations in BRCA1 or BRCA2. Clin Cancer Res Off J Am Assoc Cancer Res. 2000 Mar;6(3):782-9.

52. Foulkes WD, Stefansson IM, Chappuis PO, Bégin LR, Goffin JR, Wong N, et al. Germline BRCA1 mutations and a basal epithelial phenotype in breast cancer. J Natl Cancer Inst. 2003 Oct 1;95(19):1482-5.

53. Foulkes WD, Smith IE, Reis-Filho JS. Triple-negative breast cancer. N Engl J Med. 2010 Nov 11;363(20):1938-48.

54. Mavaddat N, Pharoah PD, Blows F, Driver KE, Provenzano E, Thompson D, et al. Familial relative risks for breast cancer by pathological subtype: a population-based cohort study. Breast Cancer Res BCR. 2010;12(1):R10.

55. Cohen-Haguenauer O. Prédisposition héréditaire au cancer du sein (1) - Génétique. médecine/sciences. 2019 Feb 1;35(2):138-51.

56. Lee YC, Lee YL, Li CY. BRCA Genes and Related Cancers: A Meta-Analysis from Epidemiological Cohort Studies. Med Kaunas Lith. 2021 Aug 30;57(9):905.

57. Lakhani SR, Van De Vijver MJ, Jacquemier J, Anderson TJ, Osin PP, McGuffog L, et al. The pathology of familial breast cancer: predictive value of immunohistochemical markers estrogen receptor, progesterone receptor, HER-2, and p53 in patients with mutations in BRCA1 and BRCA2. J Clin Oncol Off J Am Soc Clin Oncol. 2002 May 1;20(9):2310-8.

58. Bane AL, Beck JC, Bleiweiss I, Buys SS, Catalano E, Daly MB, et al. BRCA2 mutation-associated breast cancers exhibit a distinguishing phenotype based on morphology and molecular profiles from tissue microarrays. Am J Surg Pathol. 2007 Jan;31(1):121-8.

59. Agnarsson BA, Jonasson JG, Björnsdottir IB, Barkardottir RB, Egilsson V, Sigurdsson H. Inherited BRCA2 mutation associated with high grade breast cancer. Breast Cancer Res Treat. 1998 Jan;47(2):121-7.

60. Palacios J, Robles-Frías MJ, Castilla MA, López-García MA, Benítez J. The molecular pathology of hereditary breast cancer. Pathobiol J Immunopathol Mol Cell Biol. 2008;75(2):85-94.

61. Robson M, Im SA, Senkus E, Xu B, Domchek SM, Masuda N, et al. Olaparib for Metastatic Breast Cancer in Patients with a Germline BRCA Mutation. N Engl J Med. 2017 Aug 10;377(6):523-33.

62. Décision n°2023.0130/DC/SEM du 30 mars 2023 du collège de la Haute Autorité de santé portant renouvellement de l'autorisation d'accès précoce de la spécialité LYNPARZA [Internet]. Haute Autorité de Santé. [cited 2023 Aug 15]. Available from: https://www.has-sante.fr/jcms/p_3425529/fr/decision-n2023-0130/dc/sem-
du-30-mars-2023-du-college-de-la-haute-autorite-de-sante-portant-renouvellement-de-l-autorisation-d-acces-
precoce-de-la-specialite-lynparza

63. Sonnenblick A, de Azambuja E, Azim HA, Piccart M. An update on PARP inhibitors--moving to the adjuvant setting. Nat Rev Clin Oncol. 2015 Jan;12(1):27-41.

64. Antoniou AC, Casadei S, Heikkinen T, Barrowdale D, Pylkäs K, Roberts J, et al. Breast-cancer risk in families with mutations in PALB2. N Engl J Med. 2014 Aug 7;371(6):497-506.

65. Groupe Génétique et Cancer [Internet]. La Recherche Unicancer. [cited 2023 Aug 15]. Available from: https://recherche.unicancer.fr/fr/les-groupes-d-experts/groupe-genetique-et-cancer/

66. Hansford S, Kaurah P, Li-Chang H, Woo M, Senz J, Pinheiro H, et al. Hereditary Diffuse Gastric Cancer Syndrome: CDH1 Mutations and Beyond. JAMA Oncol. 2015 Apr;1(1):23-32.

67. Gamble LA, Heller T, Davis JL. Hereditary Diffuse Gastric Cancer Syndrome and the Role of CDH1: A Review. JAMA Surg. 2021 Apr 1;156(4):387-92.

68. Tischkowitz M, Colas C, Pouwels S, Hoogerbrugge N, PHTS Guideline Development Group, European Reference Network GENTURIS. Cancer Surveillance Guideline for individuals with PTEN hamartoma tumour syndrome. Eur J Hum Genet EJHG. 2020 Oct;28(10):1387-93.

69. Tinat J, Bougeard G, Baert-Desurmont S, Vasseur S, Martin C, Bouvignies E, et al. 2009 version of the Chompret criteria for Li Fraumeni syndrome. J Clin Oncol Off J Am Soc Clin Oncol. 2009 Sep 10;27(26):e108-109; author reply e110.

70. Bougeard G, Renaux-Petel M, Flaman JM, Charbonnier C, Fermey P, Belotti M, et al. Revisiting Li-Fraumeni Syndrome From TP53 Mutation Carriers. J Clin Oncol Off J Am Soc Clin Oncol. 2015 Jul 20;33(21):2345-52.

71. Hu C, Hart SN, Gnanaolivu R, Huang H, Lee KY, Na J, et al. A Population-Based Study of Genes Previously Implicated in Breast Cancer. N Engl J Med. 2021 Feb 4;384(5):440-51.

72. Masciari S, Dillon DA, Rath M, Robson M, Weitzel JN, Balmana J, et al. Breast cancer phenotype in women with TP53 germline mutations: a Li-Fraumeni syndrome consortium effort. Breast Cancer Res Treat. 2012 Jun;133(3):1125-30.

73. Li J, Meeks H, Feng BJ, Healey S, Thorne H, Makunin I, et al. Targeted massively parallel sequencing of a panel of putative breast cancer susceptibility genes in a large cohort of multiple-case breast and ovarian cancer families. J Med Genet. 2016 Jan;53(1):34-42.

74. Breast Cancer Association Consortium, Dorling L, Carvalho S, Allen J, González-Neira A, Luccarini C, et al. Breast Cancer Risk Genes - Association Analysis in More than 113,000 Women. N Engl J Med. 2021 Feb 4;384(5):428-39.

75. Thery JC. Détection et contribution de variants rares constitutionnels dans les formes précoces de cancer du sein: Apports du Séquençage de Nouvelle Génération.

76. Chae HD, Jeon CH. Peutz-Jeghers syndrome with germline mutation of STK11. Ann Surg Treat Res. 2014 Jun;86(6):325-30.

77. Boardman LA, Thibodeau SN, Schaid DJ, Lindor NM, McDonnell SK, Burgart LJ, et al. Increased risk for cancer in patients with the Peutz-Jeghers syndrome. Ann Intern Med. 1998 Jun 1;128(11):896-9.

78. Lim W, Olschwang S, Keller JJ, Westerman AM, Menko FH, Boardman LA, et al. Relative frequency and morphology of cancers in STK11 mutation carriers. Gastroenterology. 2004 Jun;126(7):1788-94.

79. van Lier MGF, Mathus-Vliegen EMH, van Leerdam ME, Kuipers EJ, Looman CWN, Wagner A, et al. Quality of life and psychological distress in patients with Peutz-Jeghers syndrome. Clin Genet. 2010 Sep;78(3):219-26.

80. Yang X, Song H, Leslie G, Engel C, Hahnen E, Auber B, et al. Ovarian and Breast Cancer Risks Associated With Pathogenic Variants in RAD51C and RAD51D. J Natl Cancer Inst. 2020 Dec 14;112(12):1242-50.

81. Breast Cancer Association Consortium, Mavaddat N, Dorling L, Carvalho S, Allen J, González-Neira A, et al. Pathology of Tumors Associated With Pathogenic Germline Variants in 9 Breast Cancer Susceptibility Genes. JAMA Oncol. 2022 Mar 1;8(3):e216744.

82. INCa. Les prédispositions génétiques - Oncogénétique et plateformes de génétique moléculaire [Internet]. [cited 2023 Aug 29]. Available from: https://www.e-cancer.fr/Professionnels-de-sante/L-organisation-de-l-offre-de-soins/Oncogenetique-et-plateformes-de-genetique-moleculaire/Les-predispositions-genetiques
83. Eguchi H, Kumamoto K, Suzuki O, Kohda M, Tada Y, Okazaki Y, et al. Identification of a Japanese Lynch syndrome patient with large deletion in the 3' region of the EPCAM gene. Jpn J Clin Oncol. 2016 Feb;46(2):178-84.

84. Win AK, Lindor NM, Jenkins MA. Risk of breast cancer in Lynch syndrome: a systematic review. Breast Cancer Res BCR. 2013 Mar 19;15(2):R27.

85. Thompson D, Duedal S, Kirner J, McGuffog L, Last J, Reiman A, et al. Cancer risks and mortality in heterozygous ATM mutation carriers. J Natl Cancer Inst. 2005 Jun 1;97(11):813-22.

86. Renwick A, Thompson D, Seal S, Kelly P, Chagtai T, Ahmed M, et al. ATM mutations that cause ataxia-telangiectasia are breast cancer susceptibility alleles. Nat Genet. 2006 Aug;38(8):873-5.

87. Meijers-Heijboer H, van den Ouweland A, Klijn J, Wasielewski M, de Snoo A, Oldenburg R, et al. Low-penetrance susceptibility to breast cancer due to CHEK2(*)1100delC in noncarriers of BRCA1 or BRCA2 mutations. Nat Genet. 2002 May;31(1):55-9.

88. Damiola F, Pertesi M, Oliver J, Le Calvez-Kelm F, Voegele C, Young EL, et al. Rare key functional domain missense substitutions in MRE11A, RAD50, and NBNcontribute to breast cancer susceptibility: results from a Breast Cancer Family Registry case-control mutation-screening study. Breast Cancer Res. 2014 Jun 3;16(3):R58.

89. Stronach EA, Paul J, Timms KM, Hughes E, Brown K, Neff C, et al. Biomarker Assessment of HR Deficiency, Tumor BRCA1/2 Mutations, and CCNE1 Copy Number in Ovarian Cancer: Associations with Clinical Outcome Following Platinum Monotherapy. Mol Cancer Res. 2018 Jul 1;16(7):1103-11.

90. Quesada Stanislas EM. Déficit de la recombinaison homologue dans les cancers épithéliaux de l'ovaire : de la caractérisation moléculaire au parcours des patientes [Internet]. EM-Consulte. [cited 2023 Aug 18]. Available from: https://www.em-consulte.com/article/1575755

91. Niu L, Ni H, Hou Y, Du Q, Li H. miR-509-3p enhances platinum drug sensitivity in ovarian cancer. Gene. 2019 Feb 20;686:63-7.

92. Yamamoto H, Hirasawa A. Homologous Recombination Deficiencies and Hereditary Tumors. Int J Mol Sci. 2021 Dec 29;23(1):348.

93. Shrivastav M, De Haro LP, Nickoloff JA. Regulation of DNA double-strand break repair pathway choice. Cell Res. 2008 Jan;18(1):134-47.

94. Pfister SX, Ahrabi S, Zalmas LP, Sarkar S, Aymard F, Bachrati CZ, et al. SETD2-dependent histone H3K36 trimethylation is required for homologous recombination repair and genome stability. Cell Rep. 2014 Jun 26;7(6):2006-18.

95. Robbe J, Moretta J, Vicier C, Sabatier R, Noguès C, Gonçalves A. Inhibiteurs de PARP dans les cancers du sein : développement clinique actuel et perspectives. Bull Cancer (Paris). 2020 Oct 1;107(10):1024-41.

96. Glodzik D, Bosch A, Hartman J, Aine M, Vallon-Christersson J, Reuterswärd C, et al. Comprehensive molecular comparison of BRCA1 hypermethylated and BRCA1 mutated triple negative breast cancers. Nat Commun. 2020 Jul 27;11(1):3747.

97. Xu QF, Tang YX, Wang X. LncRNA EBIC promoted proliferation, metastasis and cisplatin resistance of ovarian cancer cells and predicted poor survival in ovarian cancer patients. Eur Rev Med Pharmacol Sci. 2018 Jul;22(14):4440-7.

98. Robson ME, Tung N, Conte P, Im SA, Senkus E, Xu B, et al. OlympiAD final overall survival and tolerability results: Olaparib versus chemotherapy treatment of physician's choice in patients with a germline BRCA mutation and HER2-negative metastatic breast cancer. Ann Oncol. 2019 Apr 1;30(4):558-66.

99. Tutt ANJ, Garber JE, Kaufman B, Viale G, Fumagalli D, Rastogi P, et al. Adjuvant Olaparib for Patients with BRCA1- or BRCA2-Mutated Breast Cancer. N Engl J Med. 2021 Jun 24;384(25):2394-405.

100. Geyer CE, Garber JE, Gelber RD, Yothers G, Taboada M, Ross L, et al. Overall survival in the OlympiA phase III trial of adjuvant olaparib in patients with germline pathogenic variants in BRCA1/2 and high-risk, early breast cancer. Ann Oncol. 2022 Dec 1;33(12):1250-68.

101. Tung NM, Robson ME, Ventz S, Santa-Maria CA, Nanda R, Marcom PK, et al. TBCRC 048: Phase II Study of Olaparib for Metastatic Breast Cancer and Mutations in Homologous Recombination-Related Genes. J Clin Oncol Off J Am Soc Clin Oncol. 2020 Dec 20;38(36):4274-82.

102. Patsouris A, Diop K, Tredan O, Nenciu D, Gonçalves A, Arnedos M, et al. Rucaparib in patients presenting a metastatic breast cancer with homologous recombination deficiency, without germline BRCA1/2 mutation. Eur J Cancer Oxf Engl 1990. 2021 Dec;159:283-95.
103. Gruber JJ, Afghahi A, Timms K, DeWees A, Gross W, Aushev VN, et al. A phase II study of talazoparib monotherapy in patients with wild-type BRCA1 and BRCA2 with a mutation in other homologous recombination genes. Nat Cancer. 2022;3(10):1181-91.

104. Wu LC, Wang ZW, Tsan JT, Spillman MA, Phung A, Xu XL, et al. Identification of a RING protein that can interact in vivo with the BRCA1 gene product. Nat Genet. 1996 Dec;14(4):430-40.

105. Tarsounas M, Sung P. The antitumorigenic roles of BRCA1-BARD1 in DNA repair and replication. Nat Rev Mol Cell Biol. 2020 May;21(5):284-99.

106. Hu Q, Botuyan MV, Zhao D, Cui G, Mer E, Mer G. Mechanisms of BRCA1-BARD1 nucleosome recognition and ubiquitylation. Nature. 2021 Aug 1;596(7872):438-43.

107. Nakamura K, Saredi G, Becker JR, Foster BM, Nguyen NV, Beyer TE, et al. H4K20me0 recognition by BRCA1-BARD1 directs homologous recombination to sister chromatids. Nat Cell Biol. 2019 Mar;21(3):311-8.

108. Hawsawi YM, Shams A, Theyab A, Abdali WA, Hussien NA, Alatwi HE, et al. BARD1 mystery: tumor suppressors are cancer susceptibility genes. BMC Cancer. 2022 Jun 1;22(1):599.

109. Densham RM, Garvin AJ, Stone HR, Strachan J, Baldock RA, Daza-Martin M, et al. Human BRCA1-BARD1 ubiquitin ligase activity counteracts chromatin barriers to DNA resection. Nat Struct Mol Biol. 2016 Jul;23(7):647-55.

110. Deng M, Hou J, Lou Z. Bivalent recognition of histone marks by BARD1. Trends Cell Biol. 2021 Sep 1;31(9):703-4.

111. Zhao W, Steinfeld JB, Liang F, Chen X, Maranon DG, Jian Ma C, et al. BRCA1-BARD1 promotes RAD51-mediated homologous DNA pairing. Nature. 2017 Oct;550(7676):360-5.

112. Daza-Martin M, Starowicz K, Jamshad M, Tye S, Ronson GE, MacKay HL, et al. Isomerization of BRCA1-BARD1 promotes replication fork protection. Nature. 2019 Jul 5;571(7766):521-7.

113. Hawsawi YM, Shams A, Hawsawi YM, Shams A. The Fundamental Role of BARD1 Mutations and Their Applications as a Prognostic Biomarker for Cancer Treatment. In: BRCA1 and BRCA2 Mutations - Diagnostic and Therapeutic Implications [Internet]. IntechOpen; 2022 [cited 2023 Aug 15]. Available from: https://www.intechopen.com/chapters/83591

114. Savage KI, Harkin DP. BRCA1, a 'complex' protein involved in the maintenance of genomic stability. FEBS J. 2015 Feb;282(4):630-46.

115. Alenezi WM, Fierheller CT, Recio N, Tonin PN. Literature Review of BARD1 as a Cancer Predisposing Gene with a Focus on Breast and Ovarian Cancers. Genes. 2020 Jul 27;11(8):856.

116. Cimmino F, Formicola D, Capasso M. Dualistic Role of BARD1 in Cancer. Genes. 2017 Dec 8;8(12):375.

117. Weber-Lassalle N, Borde J, Weber-Lassalle K, Horváth J, Niederacher D, Arnold N, et al. Germline loss-of-function variants in the BARD1 gene are associated with early-onset familial breast cancer but not ovarian cancer. Breast Cancer Res BCR. 2019 Apr 29;21(1):55.

118. Couch FJ, Shimelis H, Hu C, Hart SN, Polley EC, Na J, et al. Associations Between Cancer Predisposition Testing Panel Genes and Breast Cancer. JAMA Oncol. 2017 Sep 1;3(9):1190-6.

119. Slavin TP, Maxwell KN, Lilyquist J, Vijai J, Neuhausen SL, Hart SN, et al. The contribution of pathogenic variants in breast cancer susceptibility genes to familial breast cancer risk. NPJ Breast Cancer. 2017;3:22.

120. Suszynska M, Kozlowski P. Summary of BARD1 Mutations and Precise Estimation of Breast and Ovarian Cancer Risks Associated with the Mutations. Genes. 2020 Jul 15;11(7):798.

121. Castéra L, Harter V, Muller E, Krieger S, Goardon N, Ricou A, et al. Landscape of pathogenic variations in a panel of 34 genes and cancer risk estimation from 5131 HBOC families. Genet Med Off J Am Coll Med Genet. 2018 Dec;20(12):1677-86.

122. Lu HM, Li S, Black MH, Lee S, Hoiness R, Wu S, et al. Association of Breast and Ovarian Cancers With Predisposition Genes Identified by Large-Scale Sequencing. JAMA Oncol. 2019 Jan 1;5(1):51-7.

123. Rofes P, Del Valle J, Torres-Esquius S, Feliubadaló L, Stradella A, Moreno-Cabrera JM, et al. BARD1 Pathogenic Variants are Associated with Triple-Negative Breast Cancer in a Spanish Hereditary Breast and Ovarian Cancer Cohort. Genes. 2021 Jan 23;12(2):150.

124. Lee A, Mavaddat N, Cunningham A, Carver T, Ficorella L, Archer S, et al. Enhancing the BOADICEA cancer risk prediction model to incorporate new data on RAD51C, RAD51D, BARD1 updates to tumour pathology and cancer incidence. J Med Genet. 2022 Dec;59(12):1206-18.
125. Møller NB, Boonen DS, Feldner ES, Hao Q, Larsen M, Lænkholm AV, et al. Validation of the BOADICEA model for predicting the likelihood of carrying pathogenic variants in eight breast and ovarian cancer susceptibility genes. Sci Rep. 2023 May 26;13(1):8536.

126. Toh MR, Chong ST, Chan SH, Low CE, Ishak NDB, Lim JQ, et al. Functional analysis of clinical *BARD1* germline variants. Mol Case Stud. 2019 Aug;5(4):a004093.

127. Couch FJ, Hart SN, Sharma P, Toland AE, Wang X, Miron P, et al. Inherited mutations in 17 breast cancer susceptibility genes among a large triple-negative breast cancer cohort unselected for family history of breast cancer. J Clin Oncol Off J Am Soc Clin Oncol. 2015 Feb 1;33(4):304–11.

128. Ghimenti C, Sensi E, Presciuttini S, Brunetti IM, Conte P, Bevilacqua G, et al. Germline mutations of the BRCA1-associated ring domain (BARD1) gene in breast and breast/ovarian families negative for BRCA1 and BRCA2 alterations. Genes Chromosomes Cancer. 2002 Mar;33(3):235–42.

129. Ishitobi M, Miyoshi Y, Hasegawa S, Egawa C, Tamaki Y, Monden M, et al. Mutational analysis of BARD1 in familial breast cancer patients in Japan. Cancer Lett. 2003 Oct 8;200(1):1–7.

130. Stewart MD, Zelin E, Dhall A, Walsh T, Upadhyay E, Corn JE, et al. BARD1 is necessary for ubiquitylation of nucleosomal histone H2A and for transcriptional regulation of estrogen metabolism genes. Proc Natl Acad Sci U S A. 2018 Feb 6;115(6):1316–21.

131. Sabatier R, Adélaïde J, Finetti P, Ferrari A, Huiart L, Sobol H, et al. BARD1 homozygous deletion, a possible alternative to BRCA1 mutation in basal breast cancer. Genes Chromosomes Cancer. 2010;49(12):1143–51.

132. Atchley DP, Albarracin CT, Lopez A, Valero V, Amos CI, Gonzalez-Angulo AM, et al. Clinical and pathologic characteristics of patients with BRCA-positive and BRCA-negative breast cancer. J Clin Oncol Off J Am Soc Clin Oncol. 2008 Sep 10;26(26):4282–8.

133. Li W, Gu X, Liu C, Shi Y, Wang P, Zhang N, et al. A synergetic effect of BARD1 mutations on tumorigenesis. Nat Commun. 2021 Feb 23;12(1):1243.

134. Federico S, Cupit-Link M, Hagiwara K, Zhang J. Clinical Response to a PARP Inhibitor and Chemotherapy in a Child with BARD1-Mutated Refractory Neuroblastoma: A Case Report. Res Sq. 2023 Aug 16;rs.3.rs-3250117.

135. Randall MP, Egolf LE, Vaksman Z, Samanta M, Tsang M, Groff D, et al. *BARD1* germline variants induce haploinsufficiency and DNA repair defects in neuroblastoma [Internet]. Genetics; 2023 Feb [cited 2023 Sep 4]. Available from: http://biorxiv.org/lookup/doi/10.1101/2023.01.31.525066

136. Eeckhoutte A, Houy A, Manié E, Reverdy M, Bièche I, Marangoni E, et al. ShallowHRD: detection of homologous recombination deficiency from shallow whole genome sequencing. Bioinforma Oxf Engl. 2020 Jun 1;36(12):3888–9.

137. ter Brugge P, Moser SC, Bièche I, Kristel P, Ibadioune S, Eeckhoutte A, et al. Homologous recombination deficiency derived from whole-genome sequencing predicts platinum response in triple-negative breast cancers. Nat Commun. 2023 Apr 7;14(1):1958.

138. Thompson ER, Rowley SM, Li N, McInerny S, Devereux L, Wong-Brown MW, et al. Panel Testing for Familial Breast Cancer: Calibrating the Tension Between Research and Clinical Care. J Clin Oncol Off J Am Soc Clin Oncol. 2016 May 1;34(13):1455–9.

139. De Brakeleer S, De Grève J, Loris R, Janin N, Lissens W, Sermijn E, et al. Cancer predisposing missense and protein truncating BARD1 mutations in non-BRCA1 or BRCA2 breast cancer families. Hum Mutat. 2010;31(3):E1175–85.

140. Shimelis H, LaDuca H, Hu C, Hart SN, Na J, Thomas A, et al. Triple-Negative Breast Cancer Risk Genes Identified by Multigene Hereditary Cancer Panel Testing. J Natl Cancer Inst. 2018 Aug 1;110(8):855–62.

141. Srinivasan P, Bandlamudi C, Jonsson P, Kemel Y, Chavan SS, Richards AL, et al. The context-specific role of germline pathogenicity in tumorigenesis. Nat Genet. 2021 Nov;53(11):1577–85.

142. Thai T. Mutations in the BRCA1-associated RING domain (BARD1) gene in primary breast, ovarian and uterine cancers. Hum Mol Genet. 1998 Feb 1;7(2):195–202.

143. Dillon KM, Bekele RT, Sztupinszki Z, Hanlon T, Rafiei S, Szallasi Z, et al. PALB2 or BARD1 loss confers homologous recombination deficiency and PARP inhibitor sensitivity in prostate cancer. NPJ Precis Oncol. 2022 Jun 29;6(1):49.

144. Pilyugin M, André PA, Ratajska M, Kuzniacka A, Limon J, Tournier BB, et al. Antagonizing functions of BARD1 and its alternatively spliced variant BARD1δ in telomere stability. Oncotarget. 2016 Dec 21;8(6):9339–53.
# RESUME

**Introduction** : Les variants pathogènes constitutionnels de *BARD1* ont principalement été associés à un risque faible à modéré de cancer du sein mais leur rareté ne permet pas de préciser ce risque ni de définir des recommandations de suivi spécifiques. Notre objectif est d'étudier l'association de ces variants avec le cancer du sein dans une étude cas-témoins, et de rechercher des arguments tumoraux en faveur de l'implication de *BARD1* dans l'oncogénèse mammaire.

**Matériel et méthodes** : A partir de la base de données de Génétique constitutionnelle de l'Institut Curie, nous avons inclus des patientes atteintes d'un cancer du sein sans variant pathogène identifié sur les gènes diagnostiques, et porteuses d'un variant pathogène (et probablement pathogène) de *BARD1*. Sur le plan tumoral, il a été recherché une inactivation bi-allélique de *BARD1* ainsi qu'un déficit de la recombinaison homologue (HRD).

**Résultats** : Sur 7309 patientes analysées, 25 étaient porteuses d'un variant sur *BARD1*. Parmi elles, 45% étaient atteintes d'un cancer du sein de type triple-négatif. L'analyse retrouve une association entre les variants de *BARD1* et le cancer du sein avec un *odd ratio* = 5,2, IC95% [3 ; 8,9] ; p = 5,9.10⁻⁹. Les analyses moléculaires, réalisées sur 9 tumeurs, ont montré une perte d'hétérozygotie (LOH) au locus *BARD1* dans 3 tumeurs, toutes de type triple négatif, et 2 d'entre elles étaient associées à une signature HRD, la troisième étant ininterprétable. Les tumeurs sans second *hit* *BARD1* ne présentaient pas de signature HRD.

**Conclusion** : Notre étude suggère que les variants pathogènes constitutionnels de *BARD1* sont associés à un risque élevé de cancer du sein, notamment de type triple-négatif. A l'échelle tumorale, seule une minorité de tumeurs a présenté un second *hit* associé à un statut HRD, et la présence d'une LOH sur *BARD1* était associée à un statut HRD. Des études complémentaires sont nécessaires afin de préciser si la présence de variant pathogène constitutionnel de *BARD1* pourrait conduire à une prise en charge spécifique pour le cancer du sein et pour savoir si *BARD1* participe à l'oncogénèse mammaire *via* d'autres voies que la RH.

**Mots clefs** : cancer du sein, phénotype triple négatif, *BARD1*, prédisposition, recombinaison homologue.
# ABSTRACT

**Introduction:** Constitutional pathogenic variants in *BARD1* have been mainly associated with a low to moderate risk of breast cancer but their rarity hinders precise risk estimation and the establishment of specific patient and family monitoring recommendations. Our objective is to investigate the association of these variants with breast cancer by a case-control study, and to search for biological evidence supporting the involvement of *BARD1* in mammary oncogenesis.

**Materials and Methods:** Using the Constitutional Genetics database of the Institut Curie, we included breast cancer patients who had no identified pathogenic variant on diagnostic genes but carried a pathogenic (or likely pathogenic) variant in *BARD1*. Tumors were analyzed to investigate bi-allelic inactivation of *BARD1* as well as a homologous recombination deficiency (HRD).

**Results:** A total of 7,309 patients were analyzed and 25 were found to carry a variant in *BARD1*. Among these, 45% had triple-negative breast cancer. The analysis revealed an association between *BARD1* variants and breast cancer with an odds ratio of 5.2, 95%-CI [3; 8,9], p = 5.9·10⁻⁹. Molecular analyses, performed on 9 tumors, showed loss of heterozygosity (LOH) at the *BARD1* locus in 3 tumors, all of which were triple-negative, and 2 of which were associated with an HRD signature (the third tumor had no interpretable HRD score). The tumors with no second hit did not present an HRD signature.

**Conclusion:** Our study suggests that *BARD1* constitutional pathogenic variants are associated with a high risk of breast cancer, particularly the triple-negative subtype. On a tumor scale, only a minority of tumors had a second hit, and *BARD1* LOH was correlated with HRD signature. Further studies are needed to determine whether the presence of *BARD1* constitutional pathogenic variants should result in specific breast cancer management and whether *BARD1* contributes to mammary oncogenesis through pathways other than homologous recombination.

**Keywords:** breast cancer, triple-negative phenotype, *BARD1*, predisposition, homologous recombination.
# Serment d'Hippocrate

## Version révisée par l'Ordre des médecins en 2012.

Au moment d'être admis à exercer la médecine, je promets et je jure d'être fidèle aux lois de l'honneur et de la probité.

Mon premier souci sera de rétablir, de préserver ou de promouvoir la santé dans tous ses éléments, physiques et mentaux, individuels et sociaux.

Je respecterai toutes les personnes, leur autonomie et leur volonté, sans aucune discrimination selon leur état ou leurs convictions. J'interviendrai pour les protéger si elles sont affaiblies, vulnérables ou menacées dans leur intégrité ou leur dignité. Même sous la contrainte, je ne ferai pas usage de mes connaissances contre les lois de l'humanité.

J'informerai les patients des décisions envisagées, de leurs raisons et de leurs conséquences.

Je ne tromperai jamais leur confiance et n'exploiterai pas le pouvoir hérité des circonstances pour forcer les consciences.

Je donnerai mes soins à l'indigent et à quiconque me les demandera. Je ne me laisserai pas influencer par la soif du gain ou la recherche de la gloire.

Admis dans l'intimité des personnes, je tairai les secrets qui me seront confiés. Reçu à l'intérieur des maisons, je respecterai les secrets des foyers et ma conduite ne servira pas à corrompre les mœurs.

Je ferai tout pour soulager les souffrances. Je ne prolongerai pas abusivement les agonies. Je ne provoquerai jamais la mort délibérément.

Je préserverai l'indépendance nécessaire à l'accomplissement de ma mission. Je n'entreprendrai rien qui dépasse mes compétences. Je les entretiendrai et les perfectionnerai pour assurer au mieux les services qui me seront demandés.

J'apporterai mon aide à mes confrères ainsi qu'à leurs familles dans l'adversité.

Que les hommes et mes confrères m'accordent leur estime si je suis fidèle à mes promesses ; que je sois déshonoré et méprisé si j'y manque.