collecte des souches de Salmonella d'origine non humaine adressées par les différents laboratoires partenaires pour une demande de typage (sérotypage et/ou typage moléculaire), ainsi que des informations sur les souches de Salmonella déjà sérotypées par les laboratoires partenaires.

Les informations collectées par le réseau portent sur les souches isolées dans 3 secteurs de la chaîne agro-alimentaire :

* Le secteur "Santé et production animales" qui comprend les souches isolées de prélèvements effectués sur l'animal et à partir de son environnement d'élevage immédiat ;

* Le secteur "Hygiène des aliments" qui comprend les souches isolées de l'alimentation humaine ou animale et celles provenant de l'environnement des ateliers de transformation et des abattoirs ;

* Le secteur "Ecosystème naturel" qui regroupe toutes les souches issues du milieu naturel.

L'un de ses principaux objectifs est de collecter et caractériser, au niveau national, les sérotypes de Salmonella d'origine non humaine isolés de la chaîne alimentaire afin d'en dégager des évolutions spatio-temporelles.

Il est, en particulier, une source d'information vis-à-vis des sérotypes rares ou non couverts par la réglementation. Par ailleurs, une partie des souches collectées par le réseau est analysée par le Laboratoire d'études et de recherches sur la qualité des aliments et sur les procédés agroalimentaires, pour caractériser leur sensibilité aux antibiotiques. Les mécanismes de résistance sont étudiés et une activité de vigilance est exercée vis-à-vis de phénotypes de résistance ayant un intérêt au regard de la santé publique.

## ✓ Plan de surveillance de la résistance des bactéries commensales et zoonotiques

Ce dispositif, rassemblé sous le vocable de « plan de surveillance », recouvre un ensemble d'analyses coordonnées par la Direction Générale de l'Alimentation, qui visent à documenter les niveaux de résistance aux antibiotiques chez des animaux sains (portage). Certaines d'entre elles sont mises en œuvre en droite ligne d'obligations règlementaires européennes (volaille et porcs, voir ci-dessous), d'autres le sont en complément des précédentes à l'initiative des états membres (chez les bovins par exemple, dont la surveillance n'est actuellement pas requise par l'UE). Pour les espèces animales à surveillance obligatoire, la recherche règlementaire de l'antibiorésistance porte sur quatre genres bactériens, dont deux identifiés comme zoonotiques et à transmission humaine par voie alimentaire (*Salmonella, Campylobacter*) et deux identifiés comme indicatrices du niveau global de résistance de la fore intestinale animale (*E. coli, Enterococcus* spp).

Concernant l'analyse de l'antibiorésistance portant sur des animaux sains, la collecte des prélèvements est réalisée à l'abattoir, et non en ferme. Chaque année, une note de service de la DGAl précise les conditions de réalisation des prélèvements en abattoir de poulets de chair ou de porcs par les services déconcentrés. Pour les espèces animales à surveillance non obligatoire (bovins par exemple), cette note de service est spécifiquement éditée au cours de l'année où une décision de surveillance aura été prise (2012, par exemple).

Ainsi, de 1999-2000 à 2013, environ 200 échantillons de *caeca* de poulets et autant de matières fécales de porcs ont été prélevés annuellement de manière aléatoire selon un plan d'échantillonnage représentatif des filières de production françaises. La prise d'échantillons est répartie sur huit mois et ils proviennent de huit départements pour la filière avicole et de dix départements pour la filière porcine représentant une part substantielle de la production nationale. Les espèces bactériennes isolées de ces échantillons sont *Campylobacter* spp., *E. coli* et *Enterococcus* spp.

Les souches de *Campylobacter* sont isolées par les laboratoires vétérinaires départementaux et transmises ensuite à l'Anses Ploufragan qui détermine l'espèce (*C. jejuni* ou *C. coli*) et la sensibilité des souches. Les CMI des souches sont déterminées par dilution en milieu liquide selon le référentiel M31-A3 du CLSI et les interprétations sont effectuées en utilisant les valeurs seuils épidémiologiques définies par l'EU-CAST (EFSA, 2011).

Les souches de *E. coli* et d'entérocoques sont isolées par les laboratoires vétérinaires départementaux et transmises ensuite à l'Anses Fougères qui détermine l'espèce des entérocoques (*E. faecium* ou *E. faecalis*) et la sensibilité des souches. Les CMI des souches sont déterminées par micro dilution en milieu liquide selon une méthode interne accréditée basée sur les normes CLSI et les interprétations sont effectuées en utilisant les seuils critiques épidémiologiques (EFSA, 2011).
La filière bovine a également fait l'objet d'une surveillance de la résistance aux antibiotiques chez *Salmonella*, *Campylobacter*, *E. coli* et *Enterococcus* à partir de la flore fécale saine de jeunes bovins de boucherie, de vaches allaitantes de réforme et de veaux. Cette surveillance a été conduite dans neuf départements pendant cinq ans (2002-2006), et a porté sur l'analyse de 2 255 échantillons bovins, répartis de façon égale entre les trois filières de production (Châtre et al., 2010). Les souches ont été isolées dans un seul laboratoire (Anses Lyon), puis l'espèce identifiée (C. jejuni / C. coli, E. coli, E. faecium).

### 3.3.3 Enquêtes d'investigation : Etudes de prévalence

En parallèle des dispositifs exposés précédemment (Résapath, plans de surveillance pérennes), des études ponctuelles de prévalence de l'antibiorésistance ont été réalisées en ferme ou à l'abattoir, à l'initiative d'acteurs variés et tant chez l'animal sain (portage) que chez l'animal malade.

La mesure de prévalence de certains couples (espèce bactérienne, phénotype de résistance) suppose alors des approches par enquête épidémiologique menée dans un cadre national ou européen.

Ces démarches d'enquêtes ont concerné ces dernières années la mesure de la prévalence :

* du SARM (*Staphylococcus aureus* résistant à la méticilline) chez le porc (initiative européenne) et les bovins (Haenni et al., 2011) ;

* des souches de *E. coli* résistantes aux céphalosporines de dernière génération chez la volaille (Chauvin et al., 2012; Girlich et al., 2007), le porc et les bovins (Madec et al., 2008; Meunier et al., 2006; Weill et al., 2004) ;

* de la résistance des bactéries responsables de mammites chez les bovins (Botrel et al., 2010).

## 3.4 Résultats des outils de suivi

### 3.4.1 Les résultats des dispositifs de suivis des ventes des antibiotiques

Toutes espèces animales confondues, le niveau d'exposition des animaux aux antibiotiques en 2012 revient à un niveau voisin de celui de 1999 (Figure 7), année de lancement du plan de surveillance (+1,1%) (Anses, 2013c). Depuis 2007, on observe une baisse continue. Ainsi, on observe en particulier une diminution globale de l'exposition de 10,9% sur les 5 dernières années. L'exposition globale en 2012 a diminué de 6,1% par rapport à l'année 2011.
<figure><img src="image_15.png" /><figcaption>Figure 7 : Evolution de l'exposition en fonction des voies d'administration (ALEA)</figcaption></figure>

Sur les 5 dernières années, l'exposition par voie orale a diminué de 21,7% alors que pour la voie injectable une augmentation de 8,6% est observée (non visible sur la figure). Cette diminution de l'exposition par voie orale est principalement liée à une diminution de l'utilisation de prémélanges médicamenteux (- 68,6% sur 5 ans) qui semble s'accélérer en 2012 (-28,6% par rapport à l'année 2011). Ces variations traduisent vraisemblablement une diminution des antibiotiques utilisés en prévention.

Cette évolution globale (toutes espèces confondues) doit être nuancée selon les espèces de destination et les familles de molécules.

Certaines filières animales ont initié des actions pour réduire l'utilisation des antibiotiques. C'est le cas en particulier de la filière cunicole qui a mis en place en décembre 2011 une charte interprofessionnelle.

Ainsi, en élevage cunicole, après une augmentation de l'exposition estimée aux antibiotiques entre 1999 et 2004, celle-ci a diminué de 29,9% sur les 5 dernières années et de 19,9% entre 2011 et 2012. L'exposition globale est inférieure en 2012 de 11,2% par rapport à celle mesurée en 1999 (à noter qu'il y a eu une augmentation de l'exposition entre 1999 et 2004 puis une baisse depuis).

## Céphalosporines de 3<sup>ème</sup> et 4<sup>ème</sup> génération et Fluoroquinolones

* ✓ Céphalosporines de 3<sup>ème</sup> et 4<sup>ème</sup> génération

Sur les 14 années de suivi (Figure 8), le niveau d'exposition des animaux aux Céphalosporines a été multiplié par 2,5. Sur les 5 dernières années, l'exposition aux Céphalosporines de 3<sup>ème</sup> et 4<sup>ème</sup> générations a augmenté de 24,9%. Depuis trois ans, on observe une relative stabilité de l'exposition des animaux à cette famille (+1,8% en 2012 par rapport à 2010).

Entre 2011 et 2012, toutes espèces confondues, l'exposition aux Céphalosporines de dernières générations est en légère augmentation (+1,5%, non visible sur la figure). Elle a augmenté chez les bovins (+3,5%), elle a diminué chez les chiens et les chats (-32,1%) et chez les porcs (-3,0%).

On observe une diminution importante de l'utilisation de ces antibiotiques critiques dans certaines filières animales ayant mis en place des actions spécifiques. Ainsi, suite à l'initiative de la filière porcine de restriction volontaire de l'utilisation des céphalosporines de dernières générations, l'exposition des porcs à cette famille a diminué de 62,1% entre 2010 et 2012, avec une chute brutale en 2011 et une diminution plus faible entre 2011 et 2012 (Anses, 2013c).
<figure><img src="image_16.png" /><figcaption>Figure 8 : Evolution de l'exposition des animaux aux Céphalosporines de 3ème et 4ème générations</figcaption></figure>

✓ Fluoroquinolones

Sur les 14 années de suivi (Figure 9), le niveau d'exposition des animaux aux Fluoroquinolones a été multiplié par 2. Sur les 5 dernières années, l'exposition aux Fluoroquinolones est restée quasiment stable (augmentation de 1,0 % sur les 5 dernières années, non visible sur la figure).

Toutes espèces confondues, entre 2011 et 2012, l'exposition aux Fluoroquinolones est en légère baisse (-0,9%). Elle a augmenté chez les porcins (+11,3%), elle a diminué chez les bovins (-3,3%), chez les chiens et les chats (-7,1%) et chez les volailles (-8,8%).

<figure><img src="image_17.png" /><figcaption>Figure 9 : Evolution de l'exposition des animaux aux Fluoroquinolones (augmentation de l'ALEA)</figcaption></figure>

Des données plus détaillées pour chaque espèce sont présentées au chapitre 3.
De plus, les enquêtes d'investigations menées dans les différentes filières animales donnent un éclairage sur certaines pratiques et leur évolution dans le temps lorsque ces études sont répétées. Elles peuvent être croisées avec celles de la surveillance nationale. Ces enquêtes ont par ailleurs été exploitées dans le recensement des pratiques du présent rapport.

### 3.4.2 Faits marquants sur l'évolution et l'état des lieux de l'antibiorésistance

#### 3.4.2.1 Exemples de faits marquants d'évolutions des résistances chez l'animal

L'évolution de la résistance aux antibiotiques est fonction de nombreux facteurs dépendant des bactéries, de l'hôte et de son environnement et des pratiques d'usage. La résistance aux antibiotiques est codée par des gènes de résistance présents dans le patrimoine génétique des bactéries. Sa dissémination est fonction des gènes associés, des clones bactériens, de l'espèce bactérienne et des relations entre espèces bactériennes au sein de chaque écosystème. L'évolution de la résistance dépend donc de nombreux évènements dont certains sont associés à l'usage des antimicrobiens (antibiotiques, biocides).

**✓ Réduction de la résistance chez Enterococcus faecium isolées du poulet ou du porc aux classes d'antibiotiques utilisés comme facteurs de croissance**

*Enterococcus faecium* et *Enterococcus faecalis* font partie du microbiote intestinal des animaux et de l'homme. Ces espèces bactériennes sont considérées comme des commensaux mais certaines souches peuvent être responsables d'infections chez l'homme (infections urinaires, septicémie, endocardite). Ces espèces bactériennes sont naturellement résistantes à différents antibiotiques incluant une résistance de bas niveau aux bétalactamines, aux céphalosporines et à la clindamycine et une résistance aux aminoglycosides. Ils peuvent acquérir des résistances aux autres familles d'antibiotiques incluant les fluoroquinolones, les macrolides, les tétracyclines, le linézolide, la daptomycine, les streptogramines et les glycopeptides. Le traitement des infections à entérocoques chez l'homme est le plus souvent réalisé avec une association d'un aminoglycoside (ex : gentamicine) avec une bétalactamine (pénicilline, ampicilline) ou un glycopeptide (vancomycine ou teicoplanine). Toutefois, en raison du développement de la résistance à ces molécules, d'autres antibiotiques peuvent être utilisés tels que le linézolide, la daptomycine ou la quinupristine/dalfopristine.

Les entérocoques ont été choisis dans les programmes de surveillance de la résistance aux antibiotiques comme étant des espèces bactériennes représentatives des bactéries Gram+ du microbiote.

L'étude du taux de résistance aux antibiotiques chez *Enterococcus faecium* et *E. faecalis*, à partir de souches isolées des animaux en élevage ou à l'abattoir, a été mise en place pour analyser l'effet des antibiotiques utilisés comme facteurs de croissance et l'influence des interventions sur ce niveau de résistance. L'avoparcine, de la famille des glycopeptides a été autorisée en 1975 comme additif à l'alimentation animale dans de nombreux pays pour le poulet de chair, la dinde, le porc, les bovins, ovins et caprins. En 1993, des souches d*E. faecium* résistantes à la vancomycine ont été détectées chez les animaux (Bates *et al.*, 1993). Les études chez le porc et le poulet ont montré la relation entre la présence des souches résistantes à la vancomycine et l'utilisation de l'avoparcine comme facteur de croissance dans les élevages. Ces souches résistantes à la vancomycine ont été détectées chez les animaux de compagnie et les animaux d'élevage, dans les effluents, dans le microbiote intestinal des éleveurs, chez les personnes non hospitalisées dans de nombreux pays à travers le monde (Hammerum *et al.*, 2010). La résistance à la vancomycine est codée par le gène vanA porté sur des éléments génétiques mobiles comme des transposons. A la suite de ces découvertes, l'utilisation de l'avoparcine a été bannie au Danemark et en Norvège en 1995, en Allemagne en 1996 et dans le reste de l'Union Européenne en 1997 sur la base du principe de précaution.

Il faut noter que la présence de souches d*E. faecium* résistantes à la vancomycine, a aussi été observée chez le porc aux Etats-Unis alors que l'avoparcine n'y a jamais été utilisée.

A la suite de l'arrêt de l'utilisation de l'avoparcine, la décroissance du pourcentage de résistance à la vancomycine a été observée dans de nombreux pays. Au Danemark où l'utilisation a été stoppée en
1995, le taux de résistance s'est d'abord maintenu autour de 20% jusqu'en 1997 puis a diminué régulièrement jusqu'à un taux de quelques pourcents en 2002 et au-delà. En France, le dispositif de surveillance a débuté en 1999 pour le poulet et 2000 pour le porc et indique les mêmes tendances (Figure 10). Cette réduction retardée est expliquée par le fait qu'il a fallu attendre l'arrêt de l'utilisation de la tylosine qui co-sélectionnait le gène erm(B) situé sur le même plasmide que le gène vanA (Aarestrup *et al.*, 2000). La persistance à faible niveau pourrait, quant à elle, être due au lien entre le transposon Tn1546 portant le gène vanA et le gène de la résistance au cuivre tcrB (Hasman et Aarestrup, 2005).

La virginiamycine a également été utilisée comme facteur de croissance dans de nombreux pays dans l'Union Européenne et aux Etats-Unis. Dans l'UE, elle a été utilisée chez la dinde, le poulet et la poule pondeuse, le porc et les bovins et son utilisation a été arrêtée en 1998. Le taux de résistance aux streptogramines chez le poulet en 1999 était de près de 50% et a été divisé par 2 au cours des deux années suivantes pour ensuite fluctuer en dessous de 10% les années suivantes (Figure 10). Chez le porc, la résistance aux streptogramines était de l'ordre de 20% en 2000, a augmenté puis a commencé à diminuer à partir de 2005 (Figure 11).

L'avilamycine a été également autorisée comme facteur de croissance en porcs et volailles. L'arrêt de son utilisation a été plus tardif (2004) dans de nombreux pays de l'Union Européenne et a été suivi d'une réduction du taux de résistance. L'utilisation de cet additif chez le poulet de chair en France était associée à l'observation d'un niveau de résistance élevé chez les souches d*Enterococcus faecium* isolées de caeca à l'abattoir (Chauvin *et al.*, 2005). Bien qu'autorisé, cet additif n'était pas utilisé chez le porc et le taux de résistance observé était inférieur à 5% pouvant résulter soit d'une dissémination de ces souches résistantes entre écosystèmes via l'environnement, de la présence d'une sous population résistante au sein du microbiote intestinal, d'une exposition accidentelle d'élevage de porcs par contamination croisée de l'aliment ou d'une combinaison de plusieurs de ces facteurs (Figure 11).

<figure><img src="image_18.png" /><figcaption>**Figure 10 :** Evolution de la résistance aux antibiotiques -facteurs de croissance -chez *Enterococcus faecium* isolé du poulet en France</figcaption></figure>
<figure><img src="image_19.png" /><figcaption>Figure 11 : Evolution de la résistance aux antibiotiques – facteurs de croissance chez *Enterococcus faecium* isolé du porc</figcaption></figure>

Augmentation de la résistance aux bétalactamines chez E. coli : une diversité de phénomènes

Les bétalactamines sont une famille d'antibiotiques comprenant plusieurs classes de molécules (pénicilline, céphalosporines, carbapénèmes, monobactames) dont les propriétés antibactériennes sont différentes en termes de spectre d'activité (espèces bactériennes naturellement sensibles) et de niveau de sensibilité.

Le mécanisme de résistance le plus courant chez les bactéries Gram-négatives est la dégradation de la bétalactamine par des enzymes (β-lactamases) hydrolysant le cycle β-lactame. Plus de 400 β-lactamases sont décrites et de nouvelles sont mises en évidence régulièrement. On peut en avoir une description détaillée sur le site http://www.lahey.org/studies/ et dans des revues scientifiques (Pfeifer et al., 2010; Smet et al., 2010b). L'augmentation de la prévalence de ces mécanismes de résistance dans les infections humaines est un sujet de santé publique préoccupant car les bétalactamines sont les antibiotiques les plus utilisés chez l'homme et la majorité des souches résistantes aux bétalactamines sont résistantes à d'autres antibiotiques (multi-résistance) (Savard et Perl, 2012).

Les bétalactamines sont utilisées comme médicaments vétérinaires et l'utilisation des céphalosporines s'est accrue régulièrement depuis leur mise sur le marché (Rapport ANMV). La détermination de la sensibilité aux céphalosporines des souches de E. coli et de Salmonella fait partie des dispositifs de surveillance de la résistance en production animale. Depuis 2002, le nombre de publications rapportant la présence et le développement rapide de la résistance aux céphalosporines s'est accru sur tous les continents. La production par les entérobactéries d'enzymes appelées bêta-lactamases à spectre étendu (BLSE) est le mécanisme le plus inquiétant, expliquant l'augmentation de leur résistance vis-à-vis des céphalosporines de troisième et quatrième générations (les céphalosporines de dernières générations utilisées en médecine vétérinaire sont le ceftiofur, la cefquinome et la céfovécine).

En France, dans le cadre des dispositifs de surveillance, la détection et l'augmentation de la résistance aux céphalosporines de dernières générations ont été observées à partir de 2005 chez les souches de E. coli pathogènes surveillées dans le cadre du réseau Resapath (Meunier et al., 2006) et pour les souches de E. coli isolées sur milieu sélectif à partir de caeca de poulet, prélevés dans le cadre du programme de surveillance à l'abattoir (Girlich et al., 2007). Des souches de salmonelles productrices de BLSE ont été également été observées, ces dernières années (Cloeckaert et al., 2010). Les enquêtes relatives à la résistance aux céphalosporines de 3ème et 4ème générations (C3-C4G) de la flore commensale des animaux de rente utilisant des milieux sélectifs (supplémentés en C3-C4G) ont permis de montrer que, pour les mêmes années, la prévalence du portage de E. coli
résistants aux C3-C4G était beaucoup plus élevée que ne le laissaient supposer à la fois les plans de surveillance à l'abattoir analysant des souches isolées de milieux non supplémentés, et les données issues du réseau de surveillance des bactéries pathogènes (Resapath). A titre d'exemple, les pourcentages de souches de *E. coli* pathogènes pour les poulets, le porc ou les bovins, non sensibles aux C3-C4G étaient en 2005-2006 inférieurs à 2% d'après Résapath ; les taux de *E. coli* de la flore commensale des poulets et des porcs résistants aux C3-C4G étaient respectivement de 1,4% et 0,8% d'après les plans de surveillance à l'abattoir, alors que des taux d'environ 30% et 14,5% de poulets et de porcs respectivement porteurs de *E. coli* résistants aux C3-C4G étaient détectés par les enquêtes utilisant des milieux sélectifs. Il faut cependant souligner que ces bactéries résistantes isolées sur milieux supplémentés ne constituaient qu'une population sous-dominante de la flore digestive (1 bactérie résistante pour 200 à 30 000 bactéries sensibles).

Plus récemment, une enquête a été conduite en 2011 dans la filière de production d'œufs de consommation (300 élevages de poulettes ou de poules pondeuses dans 67 départements). Parmi les 293 souches d'E. coli viables isolés sur milieux non supplémentés, 22 (7,5%) étaient résistantes aux céphalosporines de 3ème et 4ème générations, et la majorité des souches résistantes était productrice de BLSE. Les résultats de cette dernière enquête semblent en accord avec les pourcentages élevés d'E. coli pathogènes non sensibles relevés en 2009-2010 par le réseau Resapath chez le poulet ou la poule (Anses, 2011).

Les bêta-lactamases de type AmpC forment aussi un large groupe d'enzymes généralement chromosomiques, mais la fréquence de gènes AmpC mobilisés sur des plasmides s'est également accrue au cours du temps chez E. coli ou Salmonella. Ainsi, des souches de Salmonella produisant un variant CMY (cefamycinase) ont été identifiées dans différents sérovars (Arlet et al., 2006). Des plasmides codant pour CMY ont été également observés chez des souches de E. coli dans différentes espèces animales (Briñas et al., 2003; Donaldson et al., 2006).

La diversité des gènes codant des BLSE est plus importante que pour les gènes codant pour AmpC. La prévalence des gènes BLSE chez les entérobactéries commensales est très variable selon les contextes épidémiologiques (pays, espèces animales) (Smet et al., 2008). Certains mécanismes ne semblent détectés que dans certains pays tandis que d'autres sont plus largement disséminés. Ces gènes de résistance sont trouvés au sein d'éléments génétiques très mobiles tels que de grands plasmides transmissibles, des transposons et des intégrons favorisant leur mobilisation et transmission horizontale (Smet et al., 2008; Smet et al., 2010a; Stokes et Gillings, 2011).

Le phénomène d'émergence a été très rapide en production avicole avec la dissémination de souches BLSE au sein du microbiote intestinal des animaux. Les Pays-Bas (Dierikx et al., 2010) ont étudié plus particulièrement ce phénomène afin d'évaluer le risque pour la santé publique associé à la présence de BLSE sur des souches contaminant les denrées alimentaires. Ils ont observé que le phénomène de dissémination résultait de plusieurs niveaux d'interaction entre le gène de résistance, le support génétique mobile et la dissémination clonale des souches, rendant l'analyse de données en termes d'évaluation épidémiologique plus compliquée et nécessitant un recours à des outils de typage moléculaire (Leverstein-van Hall et al., 2011). Au Royaume-Uni, l'analyse de souches de E. coli productrices de BLSE (CTX-M-14) isolées de bovins, de dinde et chez l'homme montre qu'un tiers d'entre elles hébergent des plasmides de même type portant le gène de résistance. Des études épidémiologiques menées au niveau de l'élevage laitier ont été réalisées pour mieux comprendre les facteurs de risque.

Egalement au Royaume Uni, la circulation d'une BLSE (CTX-M 15) a été décrite dans un élevage laitier comprenant différents groupes d'animaux (vaches et veaux) et dans son environnement. La proportion des échantillons contenant des E. coli producteurs de CTX-M 15 était supérieure chez les vaches laitières. En 2008, 95,6% des veaux étaient positifs à l'âge de deux jours. En 2009, une étude plus détaillée montrait que les vaches et les primipares avaient 8 fois plus de chances d'être positives pour CTX-M15 dans les 10 jours qui suivaient le vêlage que dans les 9 jours le précédant. Les E. coli producteurs de CTX-M15 étaient aussi isolés dans l'environnement immédiat de la case de vêlage et dans l'abreuvoir. Un cycle était apparent avec une prévalence plus importante après le vêlage et pour les animaux forts producteurs suivie d'une réduction de la prévalence pendant la période du tarissement.

Ces données indiquent que plusieurs facteurs (conduite d'élevage, antibiothérapie, hygiène) ont un rôle sur l'épidémiologie de CTX-M15 dans les élevages laitiers (Watson et al., 2012).

En conclusion, si les dispositifs de surveillance mis en place ont permis de montrer l'existence de cette résistance, ils ont également suscité des enquêtes plus poussées qui ont démontré que cette
résistance est aujourd'hui élevée. Ces études récentes nous apprennent également que la résistance aux bétalactamines chez *E. coli* est liée à de nombreux gènes et qu'elle peut rapidement diffuser, engendrant une grande diversité de phénomènes selon les espèces animales hôtes. Ainsi, la connaissance de ces phénomènes est aujourd'hui en évolution permanente.

## ✓ Résistance au florfénicol chez *E. coli* : une émergence très étudiée

Le florfénicol est un analogue fluoré du chloramphénicol et du thiamphénicol, autorisé uniquement en médecine vétérinaire pour le traitement par voie injectable, des infections respiratoires chez les porcs et chez les bovins. Les bactéries pathogènes visées par ces traitements sont *Pasteurella multocida* et *Mannheimia haemolytica*. Le gène de résistance au florfénicol *floR* a été caractérisé sur différents éléments génétiques mobiles, sur l'ilot génomique de plusieurs sérotypes de *Salmonella* (SGI1) et chez *Proteus mirabilis* et sur des plasmides conjugatifs et non conjugatifs de salmonelles et de *E. coli* ainsi que sur le chromosome d'E. coli (Boyd et al., 2008; Mulvey et al., 2006). Ce gène a également été observé sur un transposon porté par un plasmide chez E. coli. La séquence d'insertion pourrait contribuer à la diffusion de ce gène sur différents plasmides et sur le chromosome (Doublet et al., 2005).

Dans le cadre de Résapath, en 2010, 100% des souches de *Pasteurella multocida* et *Mannheimia haemolytica* isolées chez les bovins étaient sensibles à cet antibiotique comme les souches de *Pasteurella multocida* et d'Actinobacillus pleuropneumoniae isolées de pathologie respiratoire chez le porc. En 2010, les taux de souches de *E. coli* sensibles au florfénicol étaient de 78% pour les isolats de pathologie digestive chez le veau ou le porc et de 96% pour les isolats de mammites bovines. Enfin, un développement de la co-résistance est observé chez les souches de *E. coli* isolées chez les bovins pour les souches classées R ou I pour le ceftiofur qui présentent également une résistance à l'association sulfamides/triméthoprime (84%), au florfénicol (47%), à la gentamicine (54%) ou aux fluoroquinolones (54%).

On constate donc l'émergence et la diffusion d'une résistance à un antibiotique (le florfénicol) chez une bactérie (*E. coli*) qui n'est pas la cible du traitement. Parfois, cette résistance est liée génétiquement à celle au ceftiofur (Meunier et al., 2010). Dans le même temps, la cible du traitement (*Pasteurella*, *Mannheimia*) ne devient pas résistante à cet antibiotique (une seule souche résistante identifiée en France à ce jour (Kehrenberg et al., 2006). Au final, cet exemple illustre les effets collatéraux (sur la flore commensale) de l'usage des antibiotiques.

## ✓ Augmentation de la résistance aux fluoroquinolones

L'autorisation d'utiliser les fluoroquinolones en médecine vétérinaire dans différents pays date de la fin des années 80 et du début des années 90. Leur introduction a été suivie rapidement de l'émergence de la résistance chez les bactéries animales et zoonotiques (Engberg et al., 2004) notamment chez les volailles pour lesquelles, les prévalences de *Campylobacter* et *E. coli* au niveau intestinal sont élevées. Durant le traitement d'infections bactériennes telles que les colibacilloses, des mutants résistants sont rapidement sélectionnés. La première étude réalisée aux Pays-Bas sur l'effet de l'administration par l'eau de boisson a montré une augmentation du taux de *Campylobacter* résistants aux fluoroquinolones chez les poulets et l'homme (Endtz Ph et al., 1991) alors qu'elle n'existait pas quatre années avant la mise sur le marché. Plusieurs études ont montré le même phénomène d'émergence rapide (Engberg et al., 2001). En Australie, où les fluoroquinolones n'ont pas été autorisées pour les volailles, les souches de *Campylobacter jejuni* sont restées sensibles aux fluoroquinolones (Obeng et al., 2012).

Des phénomènes similaires ont été mis en évidence pour différents sérovars de salmonelles. Peu de temps après l'autorisation de mise sur le marché vétérinaire des fluoroquinolones, des isolats de salmonelles, résistants à l'acide nalidixique ont été observés en Allemagne (Malorny et al., 1999), en France (Breuil et al., 2000), en Espagne (Marimón et al., 2004) ou au Royaume uni (Threlfall et al., 1997) avec une augmentation importante du taux de résistance pour certains sérovars.

Les études expérimentales montrent que la sélection, dans le microbiote intestinal, de mutants résistants aux fluoroquinolones de *Campylobacter* s'effectue très rapidement au cours du traitement (Delsol et al., 2004; Stapleton et al., 2010; Van Boven et al., 2003) chez le poulet ou le porc, en effet une seule mutation permet à une souche de *Campylobacter* de devenir hautement résistante aux fluoroquinolones. Pour *Salmonella*, le traitement aux fluoroquinolones sélectionne les mutants de premier niveau résistants aux quinolones (Wiuff et al., 2003). Pour *E. coli*, les études montrent que la
sélection de mutants résistants aux fluoroquinolones s'effectue par des étapes successives de sélection de mutants porteurs de mutations complémentaires donnant une résistance de haut niveau aux fluoroquinolones (Hooper, 2001) et retrouvant une bonne vitesse de croissance (Marcusson et al., 2009).

L'analyse des données cliniques et pharmacologiques disponibles chez l'homme pour les fluoroquinolones ainsi que les modèles expérimentaux a conduit à développer des concepts pharmacocinétiques/pharmacodynamiques pour prévenir la sélection au cours de traitement de ces mutants résistants chez les bactéries pathogènes ciblées (Drlica et Zhao, 2007). Toutefois, cette approche qui permet de prévenir la sélection de mutants résistants fait encore l'objet de travaux de recherches pour prévenir cette sélection de mutants au niveau du microbiote intestinal (Kesteman et al., 2010).

Les données de surveillance du Resapath de la résistance à la ciprofloxacine pour *E. coli*, montrent que le taux de résistance aux fluoroquinolones est proche de 30% pour les bovins et qu'il a augmenté régulièrement ces dernières années pour atteindre des valeurs proches de 15% en porc, dinde et poulets de chair, bien que les derniers résultats semblent montrer une évolution plus favorable (2011-2012). Les données issues de la surveillance en abattoir montrent que le taux de résistance à l'acide nalidixique atteint 30% chez la volaille et 2% chez le porc. Cette différence entre les taux de résistance selon l'espèce animale est observée dans les différents Etats-Membres réalisant cette surveillance (EFSA et ECDC, 2011).

## ✓ Résistance aux macrolides chez le porc pour *Campylobacter coli*

Les macrolides sont classés en fonction du nombre de carbone du cycle lactone. Ces antibiotiques inhibent la synthèse bactérienne par liaison sur l'ARNr 23S de la sous unité 50S du ribosome. Ces antibiotiques ont une activité bactériostatique. Les indications majeures de l'utilisation des macrolides sont les mycoplasmes et *Lawsonia intracellularis*. Les macrolides sont également actifs vis-à-vis des bactéries à Gram positif (*Streptococcus* spp., *Staphylococcus* spp., *Enterococcus* spp) et de bactéries à Gram négatifs tels que *Actinobacillus pleuropneumoniae*, *Histophilus somni*, *Mannheimia haemolytica*, *Pasteurella multocida* et *Campylobacter* sp. Plusieurs espèces anaérobies telles que *Brachyspira*, *Fusobacterium*, *Bacteroides* et *Clostridium* sont également sensibles.

De forts taux de la résistance aux macrolides de *Campylobacter coli* chez le porc ont été décrits dans plusieurs études à la fin des années 1990 (Aarestrup et al., 1997; Van Looveren et al., 2001) alors que les macrolides avaient été utilisés comme facteurs de croissance chez le porc pendant plusieurs années. Après l'arrêt de l'utilisation de la tylosine en tant que facteur de croissance, la réduction de la résistance à l'érythromycine chez *C. coli* a été initialement observée dans différents pays, dont par exemple la France (Afssa, 2009; Avrain et al., 2004), le Danemark (DANMAP, 2006) ou les Pays-Bas (MARAN, 2008).

## ✓ Résistance à la colistine chez *E. coli* : une nécessaire vigilance

La colistine (polymyxine E) est un antibiotique possédant une très bonne activité bactéricide sur un grand nombre de bactéries à Gram négatif (*Escherichia coli*, *Salmonella* spp et *Pseudomonas aeruginosa*) mais elle est très peu active sur les bactéries à Gram positif. Elle est utilisée depuis plusieurs décennies en médecine vétérinaire pour la prévention et le traitement des infections à bactéries sensibles, principalement par voie orale.

Du fait de sa toxicité (néphrotoxicité et neurotoxicité), l'usage de la colistine a été limité à des usages topiques chez l'homme. Elle peut être administrée sous forme de colistine sulfate ou colistine methane sulfonate (pro-drogue de la colistine) qui a une activité plus faible que celle obtenue avec la colistine sulfate mais qui est également moins toxique. Actuellement, l'utilisation chez l'homme est reconsidérée car il pourrait s'agir d'une des rares alternatives possibles pour le traitement des infections à bactéries à Gram négatif multi-résistantes et/ou productrices de carbapénèmases (Nasnas et al., 2009). L'agence européenne du médicament a récemment publié une opinion passant en revue l'usage vétérinaire de la colistine et l'impact potentiel sur la santé humaine, recommandant une surveillance de l'usage vétérinaire et de la résistance à cette molécule chez les bactéries d'origine animale (EMA, 2013).

En France, la méthodologie mise en œuvre pour la surveillance de la résistance à la colistine dans le cadre du réseau Resapath a été étudiée (Kempf et al., 2013). L'épidémiologie de cette résistance est
encore mal comprise car la méthode de détermination de la sensibilité à la colistine par la méthode de diffusion en gélose est peu appropriée et d'autres méthodes de mesure de la CMI sont recommandées par le comité européen de l'antibiogramme (European Committee on Antimicrobial Susceptibility Testing (EUCAST) ; http://www.srga.org/eucastwt/MICTAB/index.html]). Dans la même période, les vétérinaires ont été informés de l'intérêt croissant du monde médical pour cette molécule et d'une vigilance accrue sur le développement potentiel de la résistance. Cette démarche d'information semble avoir conduit à une prise de conscience par les prescripteurs de l'intérêt de cette molécule et une tendance à la baisse de son utilisation en médecine vétérinaire a été observée par l'ANMV.

### 3.4.3 Antibiorésistance et caractérisation moléculaire

Alors que les dispositifs de surveillance phénotypique présentés précédemment renseignent sur l'évolution des taux de résistance pour certaines bactéries chez certaines espèces animales, elles ne donnent pas d'information sur les mécanismes moléculaires responsables de ces phénotypes, ni sur la nature des clones bactériens qui les hébergent. Cette caractérisation moléculaire est néanmoins indispensable à la bonne compréhension des enjeux animal-Homme dans ce domaine, dans la mesure où elle fournit des enseignements précieux et objectifs à l'analyse de risque.

Un constat important est que les situations dans lesquelles les clones bactériens et/ou les mécanismes moléculaires responsables de l'antibiorésistance animale et humaine se superposent, sont, à ce stade des connaissances, plutôt limitées.

L'un des exemples les plus connus concerne les toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) qui, lorsque la bactérie en cause présente la particularité d'être résistante aux antibiotiques, conduisent à retrouver le même clone ou le même gène de résistance chez l'Homme. Le cas du SARM dit d'origine porcine appartenant au complexe clonal CC398, en est un autre exemple. Associé à des cas d'infections staphylococciques graves chez des éleveurs de porcs aux Pays-Bas en 2006, il témoigne d'une exposition professionnelle à un clone de *S. aureus* très prévalent dans la flore du porc sain. Des exemples inverses (transmission Homme-animal), qui ont été documentés pour une large part par les analyses moléculaires, illustrent aussi certaines situations ponctuelles où les bactéries résistantes en cause sont communes à l'Homme et l'animal. Ainsi, au cours d'un épisode de mammite dans une exploitation laitière, c'est l'analyse moléculaire des souches qui a montré qu'il s'agissait d'un clone de *S. aureus* bien connu en médecine humaine en France, le clone Géaldine (Haenni et al., 2011). De même, ce sont les données moléculaires qui montrent que le chien est à la fois victime et réservoir de SARM dont l'origine est la plus souvent humaine.

Néanmoins, dans la plupart des cas, les données moléculaires révèlent plutôt l'existence de populations bactériennes antibiorésistantes propres à chaque espèce animale (dont l'Homme). Parmi les clones de *E. coli* producteurs de BLSE, certains à distribution mondiale ont été identifiés chez l'Homme, notamment le clone ST131, qui produit très fréquemment l'enzyme CTX-M-15 (Nicolas-Chanoine et al., 2008). Ce clone ST131 constitue aussi la population dominante de *E. coli* d'environ 10% des sujets sains de la région parisienne, suggérant que l'Homme pourrait en être le réservoir principal (Leflon-Guibout et al., 2008). Chez les bovins en France, sur un échantillon de 204 souches de *E. coli* productrices de BLSE, aucune d'entre elles n'appartient au clone ST131 (Valat et al., 2012). En revanche, ce clone ST131 producteur de l'enzyme CTX-M-15 a été identifié chez des animaux de compagnie (Ewers et al., 2010). Certes, ces spécificités d'espèce ne sont pas absolues, et d'autres clones, comme le clone ST10, producteur ou non de BLSE, ont été identifiés dans divers types de prélèvements d'origines humaine ou animale, suggérant un partage de ces clones entre l'Homme et les animaux (Leverstein-van Hall et al., 2011; Nicolas-Chanoine et al., 2008; Overdevest et al., 2011).

Au final, les similitudes ou les différences entre animal et Homme, des clones résistants ou des mécanismes moléculaires de résistance, dépendent de la finesse avec laquelle on les analyse. Par exemple, chez l'animal comme chez l'Homme, l'analyse moléculaire montre, au sein des BLSE, une prédominance des gènes des groupes CTX-M par rapport à ceux des groupes TEM ou SHV. Pour autant, c'est le gène *bla*<sub>CTX-M-1</sub> qui est majoritairement identifié dans les souches isolées des filières animales. Le gène *bla*<sub>CTX-M-15</sub>, hautement fréquent dans les souches pathogènes d'origine humaine, est au contraire plus rarement identifié dans celles d'origine animale. Toutefois *bla*<sub>CTX-M-1</sub> est, avec *bla*<sub>CTX-M-15</sub>, le gène de BLSE le plus fréquent dans le microbiote digestif de sujets sains (Nicolas-Chanoine et al., 2013).

Egalement, certains plasmides codant des BLSE (le plasmide CTX-M-1/Incl1/ST3, par exemple) sont retrouvés chez des bactéries provenant d'animaux sans lien épidémiologique et appartenant à une
multitude d'espèces animales (chien, chat, vache, cheval, chèvre, poule, etc.) (Dahmen et al., 2012). Chez l'Homme, ce plasmide est, au contraire, plus rarement retrouvé. Le succès apparent de tels plasmides pose la question de leur aptitude à diffuser plus efficacement que d'autres au sein du monde animal, à la faveur des différentes pressions de sélection. Ces résultats pourraient aussi s'expliquer par une prévalence naturellement plus élevée de certains types et sous-types de plasmides au sein de la population animale d'E. coli (Incl1/ST3, par exemple), qui pourraient constituer de fait un réservoir d'accueil privilégié de gènes BLSE.

S'agissant de la transmission à l'Homme, si les données scientifiques plaident donc plutôt pour l'existence de deux réservoirs bactériens distincts, ce sont davantage les plasmides qui sont retrouvés identiques entre l'Homme et l'animal. Des plasmides codant pour des BLSE identiques porteurs du gène *bla*<sub>CTX-M-15</sub> ont été décrits chez l'Homme et les bovins (Madec *et al.*, 2012). Le même plasmide IncN porteur du gène *bla*<sub>CTX-M-1</sub> a été décrit chez des souches d'E. coli humaines et porcines au Danemark (Moodley et Guardabassi, 2009). Enfin, le plasmide d'origine animal Incl1/ST3 porteur du gène *bla*<sub>CTX-M-1</sub> cité précédemment a été décrit chez des souches de *Salmonella* humaines (Cloeckaert *et al.*, 2010; Dahmen *et al.*, 2012). Il reste néanmoins que les données moléculaires de la microbiologie, y compris celles de toute dernière génération (Mather *et al.*, 2011), permettent de documenter le lien Homme-animal de l'antibiorésistance mais ne suffisent pas forcément à identifier une causalité, qui requiert la contribution d'une approche épidémiologique. Il existe également des questions majeures insuffisamment documentées au plan moléculaire, comme l'importance (ou non) du réservoir animal et des risques (ou non) de diffusion à l'Homme pour des antibiotiques d'intérêt médical (carbapénèmes ou colistine, par exemple) (Fisher *et al.*, 2012).

### 3.4.4 Antibiorésistances et spécificités des productions animales

Une composante essentielle à prendre en compte dans l'analyse et la compréhension de l'antibiorésistance en médecine vétérinaire résulte de la complexité du système de production dans son ensemble. Cette complexité est consécutive à la multiplicité des espèces animales qui contribuent à la chaine alimentaire et dont la production est conduite selon des systèmes extrêmement variés. Ces systèmes sont également, la plupart du temps, propres à un Etat Membre donné, à la fois en matière de modes d'élevages proprement dits (extensif, intensif, production label, etc.), que de contributions de chaque espèce à la production animale nationale (prédominance de la production porcine au Danemark, par exemple).

Ainsi, les dénominations courantes de « filière volaille » ou de « filière bovine » qui sont parfois utilisées par certains observateurs, correspondent en fait à un ensemble de secteurs professionnels au sein desquels les usages d'antibiotiques et les niveaux de sélection et de dissémination de l'antibiorésistance répondent à des déterminants possiblement très différents. Connaitre cette complexité est indispensable à une bonne analyse du sens à donner aux proportions de résistance que l'on mesure, et par extension à la hiérarchisation des pratiques à risques et aux recommandations à formuler.

Des éléments transversaux peuvent néanmoins être mis en lumière. En particulier, quelle que soit l'espèce animale concernée, tout système de production comprenant des étapes de rassemblement d'un nombre important d'animaux au sein d'un espace confiné, répondant à des logiques de traitements de groupes et à un contexte de contraintes économiques fortes, constitue un lieu privilégié de sélection d'antibiorésistances.

Cette configuration concerne de nombreux contextes de production intensive (poulets de chair, veaux de boucherie, etc.), à toutes les étapes répondant à de telles contraintes (allottement d'animaux, conduite en bandes, etc.), en lien avec des maladies de groupe associées, récurrentes et bien identifiées (colibacilloses, bronchopneumopathies, ...).

Par extension également, et même s'il s'agit d'un contexte fondamentalement différent (hors chaine alimentaire), il convient de noter que des cliniques vétérinaires canines dont le fonctionnement peut être assimilé à celui d'hôpitaux chez l'Homme, obéissent également à ces logiques de sélection et de transmission d'antibiorésistances entre animaux en contact étroit en un même lieu. A ce titre, une infection nosocomiale vétérinaire liée à la dissémination du même clone d'entérobactéries producteur de BLSE a été rapportée récemment en France (Haenni *et al.*, 2012a).

La nature de l'espèce animale à traiter, associée au système de production dans lequel elle s'inscrit, conditionne également les voies d'administration des antibiotiques, et donc les modes de sélection de la résistance. Il est, par exemple, plus difficile d'envisager un traitement collectif par voie injectable
alors qu'une administration par voie orale (eau de boisson) sera plus adaptée. De telles contraintes peuvent être alors suffisamment fortes pour que d'autres conséquences du traitement antibiotique soient plus difficiles à prendre en compte, comme le niveau d'atteinte de la flore bactérienne commensale.

Egalement, à l'instar de l'Homme, chaque espèce animale possède une certaine spécificité de flore, dont l'impact sur la compréhension des enjeux possibles en santé publique est également majeur. A titre d'exemple, le staphylocoque doré (S. aureus) est faiblement prévalent chez le chien et les rares cas de SARM correspondent à des clones humains transmis au chien (Haenni et al., 2011). Au contraire, S. aureus est très prévalent en portage chez le porc, et l'enjeu du SARM dans cette espèce résulte de la description de cas de transmissions professionnelles animal-Homme d'un clone particulier (CC398) aux Pays-Bas en 2006. On comprend donc que l'enjeu porté par le SARM est très différent d'une espèce animale à l'autre.

Enfin, la diversité des espèces animales conduit à un inventaire riche de maladies, possiblement causées par des bactéries différentes selon les espèces animales. Ces maladies sont donc traitées avec des antibiotiques différents et conduisent différemment à la sélection de l'antibiorésistance. De plus, le choix de l'antibiotique s'inscrit aussi dans le cadre de contextes économiques variés dans lesquels le délai d'attente (après administration de l'antibiotique et avant abattage ou commercialisation) revêt une plus ou moins grande importance.

Au final, l'état des connaissances sur l'antibiorésistance animale issu des différents dispositifs en place en France ou en Europe souligne la nécessité d'une analyse de détail pour identifier les situations critiques et éviter le piège de la généralisation. A ce titre, cette démarche affinée sera celle suivie dans le reste de cette saisine.

## 3.5 Analyse des outils de suivi

### 3.5.1 Suivi des ventes d'antibiotiques

La surveillance de la consommation des antibiotiques au niveau national est basée sur le recueil annuel des ventes d'antibiotiques collectées via le SIMV auprès de ses adhérents. Les laboratoires fournissent également une estimation de la répartition de ces ventes par espèce animale. Ces données peuvent être croisées avec d'autres sources d'informations (chiffres d'affaires, enquêtes en élevage, etc.).

Les données de base sont les unités de produits vendus qui permettent de calculer la quantité d'antibiotiques par principe actif, par voie d'administration (orale, parentérale, intramammaire, etc.) et par espèce animale en tenant compte de chaque formulation et de la posologie définie par l'AMM. Pour des raisons de confidentialité sur les ventes par produit, ces données sont ensuite agrégées par famille d'antibiotiques et exprimées en quantité. Pour tenir compte de la diversité des posologies (dose en mg/kg, fréquence et durée d'administration) des indicateurs composites ont été développés pour assurer une comparaison de l'utilisation au cours des années en tenant compte de l'évolution de l'exposition pour différentes espèces.

Les limites de cette démarche sont :

* L'estimation par famille d'antibiotiques. En effet, certaines familles d'antibiotiques sont composées de molécules ayant des spectres d'activité plus ou moins larges (ex : pénicillines) ou différents (polymyxines) et des posologies différentes (ex : macrolides, tétracyclines). Le dispositif a évolué pour surveiller des classes de molécules d'intérêt comme les céphalosporines de 3ème et 4ème génération mais ne permet pas d'étudier les variations d'usage en termes de molécules ou de formulations (ex : forme longue action). Ces analyses sont toutefois possibles au niveau de l'ANMV qui dispose des données par molécule et formulations comme l'a montré l'analyse de la mise sur le marché des génériques de fluoroquinolones ;

* Le regroupement par type d'animaux. Le dispositif ne permet pas d'analyser en détail l'évolution de l'utilisation d'antibiotiques pour certaines espèces animales. Ainsi, la dénomination volaille regroupe un grand nombre de productions (poulet de chair, poules pondeuses, dindes, etc.), la dénomination bovins recouvre l'utilisation des formulations parentérales à la fois pour les bovins adultes (vaches laitières et bovins à viande) et les veaux
de différents systèmes de production (laitier, veau en élevage intensif, veau sous la mère, ...). Les porcs couvrent tous les stades de la production (reproductrices, porcelets, porcs à l'engraissement). Le développement d'outils complémentaires de mesures à des stades critiques du système de production améliorerait la compréhension des évolutions ;

* La construction des indicateurs composites : le dispositif tient compte des posologies et du nombre d'animaux produits annuellement. Des changements de pratiques d'usage sont rapportés en termes de famille de molécules mais ne sont pas analysés en termes de changement de molécules au sein d'une famille ;

* L'impossibilité d'estimer la part des ventes et utilisations frauduleuses d'antibiotiques sur le territoire. Selon la Direction Générale des Douanes et des Droits Indirects, citée dans le rapport IGAS, rapport n° RM2013-078P/IGF2013-M-006-02/CGAAER n°13014 (http://agriculture.gouv.fr/IMG/pdf/Rapport_CGAAER_mai_2013_Rapport_base_cle4abf34.pdf), « le risque de voir de plus en plus d'agents économiques chercher hors des frontières des antibiotiques vétérinaires pour s'extraire de la réglementation française est réel. Le risque de trafic et d'automédication est d'autant plus grand que la réglementation semble moins restrictive dans certains pays limitrophes (Espagne, Belgique) et que le gain financier est important, tant au regard du prix d'achat des antibiotiques, que par l'avantage concurrentiel que représente l'absorption d'antibiotiques en termes de santé et de croissance du cheptel. Les services de la DGDDI ont récemment constaté une augmentation sensible du nombre de trafics relatifs aux antibiotiques vétérinaires. En 2011, trois enquêtes ont été diligentées par les services de la douane, le double en 2012, soit 10 % des enquêtes sur le médicament. Ils ont également mis en place une veille sur Internet pour contrôler les achats de médicaments vétérinaires hors de France. »

Les récentes affaires jugées en France (exemple : (Cour d'Appel de Poitiers, 2013) ont apporté la preuve que les volumes de médicaments importés par les éleveurs impliqués dans ces mouvements transfrontaliers de médicaments vétérinaires étaient très nettement supérieurs aux besoins réels d'un élevage correctement suivi sur le plan sanitaire et vétérinaire.

La part de ces importations frauduleuses pourrait donc ne pas être négligeable et échapper aux outils de suivi mis en place.

### 3.5.2 Suivi de la prescription et/ou de l'utilisation

Le suivi de la consommation d'antibiotiques est réalisé de manière pérenne par l'ANMV et permet de décrire des tendances macroscopiques en termes d'usage. Les équipes de l'Anses ont établi des indicateurs d'exposition au niveau des filières de production mais ne peuvent donner une indication d'usage, excepté lorsque la forme galénique correspond à un usage très précis comme dans le cas des pommades intra-mammaires en lactation et au tarissement.

Rappelons que la quantité totale d'antibiotique consommée est la somme des quantités prescrites dans différentes espèces animales, à différents stades de production de l'espèce ayant des poids vifs variant en fonction de l'âge, qui sont administrés par différentes voies (orale, parentérale) sous différentes formes galéniques avec des variations de posologie (dose et durée). Il s'agit de données agrégées sur une base annuelle qui ne permettent pas de visualiser des effets saisonniers.

Plusieurs enquêtes ponctuelles sur l'usage des antibiotiques tant au niveau des élevages que des prescripteurs ont permis de montrer l'existence de nombreux facteurs de variation en termes d'exposition. Ces enquêtes permettent à un instant T d'évaluer les facteurs de risques associés à de fortes consommations d'antibiotiques au niveau des élevages ou des variations de la prescription en fonction des vétérinaires et de leurs relations avec les propriétaires des animaux.

La mise en place d'outils de surveillance pérenne de l'utilisation des antibiotiques au sein d'élevages et d'études des modalités de prescription au sein des cabinets vétérinaires permettrait d'évaluer les variations consécutives à une augmentation de la demande (ex : épizootie, économie de l'élevage) ou à une offre attractive (introduction de nouvelle formulations, prix des médicaments).

De plus, la mise en place d'outils de surveillance pérenne au niveau d'un système d'élevage couplée au suivi de la prescription vétérinaire permet une analyse factuelle de la consommation d'antibiotiques. Associés à des outils d'analyse statistique, ces systèmes seraient utilisables pour développer un comportement d'utilisation responsable et durable :
- Pour l'éleveur, les données issues de cette surveillance lui permettraient de situer son élevage dans une cohorte de producteurs équivalents et de les analyser au regard d'autres informations pérennes sur son élevage (Gestion Technico-Economique en porc, productivité des lots, etc.) ;

- Pour le vétérinaire, cette analyse des données notamment si elle peut se faire dans une démarche d'auto-évaluation ou d'évaluation par les pairs, contribue à une gestion durable de l'efficacité de ces médicaments dans un cadre de santé globale. Elle s'apparente au concept « Antimicrobial Stewardship » existant dans le domaine médical (Edwards et Gould, 2012). En analysant les données par rapport à sa clientèle notamment en productions animales, cette démarche permettrait d'identifier les évolutions de sa prescription en fonction de l'incidence des maladies et de disposer d'un indicateur de l'état de santé de l'élevage.

Des pays comme le Danemark ont mis en place un outil de surveillance national et des démarches d'évaluation au niveau des élevages par les vétérinaires prescripteurs contribuant à l'application d'une politique de gestion responsable des antibiotiques par les parties prenantes (Stege et al., 2003). Ce type de surveillance permet d'étudier l'influence de facteurs tels que le statut sanitaire de l'élevage sur la consommation d'antibiotiques (ex : SDRP en élevage de porc) (Jensen et al., 2010).

Les Pays Bas ont mis en place une démarche de surveillance basée sur un échantillonnage d'élevages permettant d'estimer les usages par filière (http://www.wageningenur.nl/en/Research-Results/Projects-and-programmes/MARAN-Antibiotic-usage.htm).

Un outil d'évaluation des usages en élevage est aussi proposé pour une auto-évaluation en Belgique (http://www.abcheck.ugent.be) et peut être combiné à une analyse de la biosécurité (http://www.biocheck.ugent.be) sans toutefois permettre une analyse pérenne de ces usages.

Au plan européen, le programme de surveillance de l'usage des antibiotiques au niveau national est conforme aux besoins exprimés dans le cadre du programme ESVAC. A ce stade, il n'existe pas de recommandations européennes pour établir un programme de surveillance pérenne de l'utilisation des antibiotiques au niveau des filières de production.

### 3.5.3 Surveillance de la résistance

#### 3.5.3.1 Bactéries pathogènes animales.

Le dispositif de surveillance actuel (réseau Résapath) a une bonne couverture grâce à un réseau de laboratoires organisé, utilisant des méthodes standardisées et soumis à un contrôle de qualité externe. Cette surveillance passive fournit des données répétables dans le temps. Les limites de cette surveillance sont :

- L'absence de réelle surveillance des bactéries pathogènes chez le poisson qui nécessite un travail sur la standardisation technique des méthodes et le recueil d'un nombre de souches par espèce bactérienne et type de production aquacole plus important ;

- Le recueil d'informations plus détaillées au sein des systèmes de production (type de filière, historique de traitement, etc.), des régions de production (localisation des souches), dans le temps et dans l'espace. Cette approche nécessiterait un travail avec les membres du réseau, les éleveurs et les vétérinaires pour affiner le recueil d'informations ;

- L'absence de réseau européen de surveillance de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries pathogènes vétérinaires permettant une analyse comparative des niveaux de résistance aux antibiotiques. Peu d'états membres effectuent une surveillance de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries pathogènes des animaux. La mise en place d'une démarche européenne renforcerait la compréhension de l'épidémiologie de la résistance aux antibiotiques et favoriserait la création d'une banque de données sur les bactéries pathogènes animales. Ces données seraient utiles pour le développement d'outils de diagnostic, de moyens de traitement et de prévention vétérinaires.

#### 3.5.3.2 Bactéries zoonotiques et commensales

La mise en place d'un dispositif de surveillance européen basé sur l'isolement de *Salmonella* dans le cadre des plans de contrôle et de *Campylobacter* a contribué à standardiser l'échantillonnage et les méthodes microbiologiques. Pour *Salmonella*, la surveillance dans le cadre des plans de contrôle fournit un nombre limité de souches par sérovar mais permet d'évaluer l'évolution de la prévalence
dans les élevages. Le recours à des données complémentaires issues du réseau *Salmonella* complète ce dispositif et a une capacité de détection complémentaire d'émergence de résistance.

Les conditions de surveillance a minima de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries indicatrices (*E. coli*, *Enterococcus faecium* et *faecalis*) sont remplies au niveau national. Cette surveillance est efficace en termes de tendance mais elle est peu adaptée à la mise en évidence d'émergence. Combinée à des enquêtes mesurant la prévalence en élevage de nouvelles résistances (Entérocoques résistants à la vancomycine, BLSE) recourant à des outils de détection ciblés (milieu sélectif avec antibiotique, isolats multiples), elle permet d'évaluer le risque. Cette surveillance collecte également des informations sur l'utilisation des antibiotiques sur les lots prélevés afin d'analyser le lien entre usage et résistance. Cette analyse dépend de la qualité des informations transmises au LNR.

Le programme de surveillance national de la résistance aux antibiotiques est en adéquation avec les recommandations européennes. Le dispositif national est plus large que ces recommandations puisqu'il couvre également les bactéries pathogènes vétérinaires via le réseau « Resapath » et la surveillance de la résistance chez les salmonelles isolées en sécurité alimentaire. Des enquêtes ponctuelles et des investigations de cas complètent la surveillance pérenne. Ces démarches sont utiles pour caractériser un réservoir de gènes de résistance et pour fournir des informations épidémiologiques détaillées notamment par le recours au typage moléculaire tant des souches collectées, que des supports génétiques et des gènes de résistance (Dahmen et al., 2012). La coopération entre les CNR et l'Anses permet d'analyser les informations disponibles pour évaluer la circulation des gènes de résistance aux antibiotiques ou des souches bactériennes. L'analyse peut dans certains cas conduire à mieux comprendre des scénarios de transmission de l'animal vers l'homme et inversement comme le montrent des études récentes sur SARM chez l'animal de compagnie (Haenni et al., 2012b) ou chez les bovins (Haenni et al., 2011). Sous certaines conditions de collecte et d'analyse, ces données de surveillance chez l'homme, l'animal et les productions animales peuvent être utilisées dans des démarches d'évaluation de risques notamment via des démarches d'attribution (David et al., 2013).

L'expérience nationale en matière de surveillance de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries zoonotiques et indicatrices a montré que les recommandations européennes actuelles permettaient de suivre les tendances mais se révélaient peu sensibles aux émergences. En effet, les recommandations méthodologiques sont basées sur un isolement aléatoire donc représentatif de la flore dominante. La sensibilité peut être améliorée en recourant à des méthodes bactériologiques utilisant un milieu sélectif qui ciblent certains phénotypes de résistance (ex : résistance aux céphalosporines). Dans ce cas, on obtient une information sur la prévalence de souches résistantes à un antibiotique dans la flore dominée. Ce résultat est fonction de la méthode utilisée et suppose donc une standardisation technique (ex Enquête européenne SARM chez le porc) tant en terme de méthode d'échantillonnage que de méthodes d'isolement.

Une des difficultés de la surveillance de la résistance aux antibiotiques dans les fèces est associée à la variation de la sensibilité des souches d'une même espèce bactérienne portée par un animal et la variation de ce portage entre les animaux. La caractérisation de la prévalence de la résistance à différents antibiotiques au niveau d'un élevage nécessite pour une espèce bactérienne donnée, la caractérisation d'une centaine d'isolats (Bosman et al., 2012).

Le dispositif actuel surveille au stade de l'abattage, la prévalence de la résistance dans la flore dominante de *E. coli*, d'*Enterococcus faecium* et *faecalis* et de *Campylobacter jejuni* et *C. coli*. Il s'agit d'un indicateur d'exposition pour les professionnels des élevages producteurs de denrées alimentaires et les personnels au contact des animaux et d'un indicateur de la contamination des carcasses. Le dispositif ne collecte pas de données sur l'évolution de la résistance aux antibiotiques aux différents stades d'élevage ou aux différents stades des filières. Des enquêtes spécifiques sont dans ce cas nécessaires pour identifier les sources potentielles de contamination (Danan et al., 2010; Guillon et al., 2012).

Rappelons qu'à compter de 2014, le dispositif européen de surveillance évolue avec la mise en place d'une surveillance de la résistance bi-annuelle couvrant les espèces volailles (poulet de chair et dinde) les années paires et les porcs et les veaux les années impaires. Les espèces bactériennes dont la surveillance devient obligatoire sont Salmonella, *E. coli* et *Campylobacter jejuni* tandis que les espèces *Enterococcus faecium* et *faecalis* et *Campylobacter coli* sont facultatives. Le protocole de surveillance va évoluer pour mieux évaluer la prévalence de la résistance due aux bétalactamases à spectre étendue chez Salmonella et *E. coli*.

Enfin, un projet de recherches (EFFORT : Ecology of drug resistant bacteria and transfer of antimicrobial resistance throughout the food chain) financé par l'Union Européenne débute en 2014
pour explorer de nouvelles approches de surveillance, combinant surveillance de l'usage et surveillance de la résistance aux antibiotiques décrite d'un point de vue phénotypique et génotypique.
### 3.5.4 Récapitulatif des outils de suivis et recommandations

<table><caption>Tableau 3 : Outils de surveillance de l'utilisation et de la résistance aux antibiotiques en 2013</caption><thead><tr><th rowspan="2">Espèce animale</th><th colspan="2">Utilisation des antibiotiques</th><th colspan="2">Pathogènes vétérinaires</th><th colspan="2">Bactéries zoonotiques</th><th colspan="2">Bactéries indicatrices</th></tr><tr><th>National ANMV Pérenne</th><th>Enquêtes</th><th>Resapath Pérenne</th><th>Pérenne Salmonella</th><th>Pérenne Campylobacter</th><th>Enquêtes</th><th>Pérenne</th><th>Enquêtes</th></tr></thead><tbody><tr><td>Porc</td><td>X</td><td>X</td><td>E. coli<br>Streptococcus suis<br>Pasteurella multocida<br>Actinobacillus pleuropneumoniae</td><td>X</td><td>X Abattoir</td><td></td><td>E. coli<br>Enterococcus</td><td>BLSE<br>ERV<br>SARM</td></tr><tr><td>Poulet de chair</td><td></td><td></td><td></td><td>X<br>élevage</td><td>X Abattoir</td><td></td><td>E. coli<br>Enterococcus</td><td>BLSE<br>ERV</td></tr><tr><td>Poule pondeuse</td><td></td><td></td><td></td><td>X<br>élevage</td><td></td><td></td><td></td><td>BLSE</td></tr><tr><td>Dinde</td><td></td><td></td><td>E. coli<br>Ornithobacterium rhinotracheale</td><td>X<br>élevage</td><td>X<br>Campylobacter (élevage)</td><td></td><td>E. coli<br>Enterococcus</td><td>BLSE</td></tr><tr><td>Canard</td><td></td><td></td><td>E. coli<br>Riemerella anatipestifer</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Pintade</td><td></td><td></td><td>E. coli</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Lapin</td><td>X</td><td>X</td><td>E. coli<br>Pasteurella multocida<br>Staphylococcus aureus</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>E. coli</td></tr><tr><td>Vache laitière</td><td></td><td></td><td>E. coli<br>Staphylococques<br>Streptocoques</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Gros bovin de boucherie</td><td>X</td><td></td><td>E. coli<br>Salmonella<br>Pasteurella multocida<br>Mannheimia haemolytica</td><td>Réseau Salmonella</td><td></td><td></td><td></td><td>E. coli<br>Enterococcus</td></tr><tr><td>Veau</td><td></td><td>X</td><td>E. coli</td><td></td><td>Campylobacter</td><td></td><td></td><td>E. coli<br>Enterococcus</td></tr><tr><td>Bovin</td><td></td><td></td><td>Pasteurella multocida<br>Mannheimia haemolytica</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Ovin</td><td></td><td>X</td><td>E. coli</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Caprin</td><td></td><td></td><td>E. coli</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Equidé</td><td>X</td><td></td><td>Streptococcus<br>E. coli</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Chien</td><td>X<br>carnivores<br>domestiques</td><td></td><td>E. coli<br>Staphylococques coag +<br>Streptococcus<br>Pseudomonas</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Chat</td><td></td><td></td><td>E. coli<br>Staphylococques coag +</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Poisson</td><td>X</td><td>X</td><td>Aeromonas<br>Yersinia ruckeri<br>Vibrio</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

Le Tableau 3 est un tableau récapitulatif suivi fait apparaître les différents systèmes de surveillance chez les animaux aujourd'hui en France. Cette couverture correspond bien à la règlementation européenne et va au-delà de cette réglementation du fait de la surveillance des bactéries pathogènes chez les animaux.

* Concernant le suivi de l'utilisation des antibiotiques, un suivi pérenne en élevage fait aujourd'hui défaut : quels sont les antibiotiques utilisés et pour quelles raisons. Comme indiqué précédemment, la mise en place d'outils de surveillance pérenne au niveau d'un système d'élevage couplée au suivi de la prescription vétérinaire permettrait une analyse factuelle de la consommation d'antibiotiques. Associés à des outils d'analyse statistique, ces systèmes seraient utilisables pour développer un comportement d'utilisation responsable et durable.
* Concernant le suivi de l'antibiorésistance, plusieurs éléments ressortent de l'analyse des dispositifs :

* ✓ En santé animale

* o bactéries : absence de veille sur les mycoplasmes (cette veille nécessite un maintien de compétences spécifiques pour cet agent non comparable aux autres bactéries) ;

* o espèces : insuffisance des données de suivi en poissons (faible nombre de souches).

* o diversité d'approche de l'antibiogramme chez les chiens et les chats, des prélèvements étant traités par des laboratoires de santé humaine de proximité. Les résultats sont alors fournis sur la base d'antibiotiques utilisés en humaine, ce qui n'encourage pas la mise en œuvre de bonnes pratiques d'utilisation des antibiotiques en médecine vétérinaire.

* ✓ En santé publique

* o SARM : tenir compte de la sécurité du travailleur et du risque associé au contact des animaux de compagnie ;

* o Développer le typage des E. coli : pour anticiper les clones à haut risque, il faut renforcer l'information moléculaire. Le projet européen EFFORT s'engage dans cette voie pour améliorer les connaissances et développer de nouveaux outils de surveillance ;

* o Augmenter le nombre d'espèces de bactéries commensales à surveiller, en ciblant les entérobactéries autres qu'E. coli (Klebsiella, Enterobacter, Yersinia, ...), certaines bactéries anaérobies, Pseudomonas, Acinetobacter, ... Le choix de ces indicateurs implique aujourd'hui de s'interroger sur quels éléments porter et développer la surveillance, en s'appuyant sur des approches d'analyse des risques non seulement sanitaires, mais également économiques.

De cette analyse, il ressort également la nécessité d'encourager le développement d'un réseau de surveillance européen harmonisé, notamment pour les bactéries pathogènes vétérinaires (rappel des recommandations de la commission européenne).

Bon nombre des conclusions et recommandations exprimés dans le rapport de l'Afssa en 2006, portant sur les dispositifs de surveillance, restent d'actualité. Ces dernières sont reprises ci-après :

## Suivi de l'usage des antibiotiques vétérinaires

* S'appuyer sur au moins deux sources de données indépendantes pour la surveillance de l'usage des antibiotiques en élevage ;

* Etendre le recueil des usages des antibiotiques en élevages dans les filières animales encore non concernées et organiser la centralisation de l'information.

## Surveillance de la résistance aux antibiotiques

Les recommandations concernant la surveillance doivent se comprendre dans une perspective d'amélioration des deux principales dimensions nécessaires à un tel système : la sensibilité de l'alerte (capacité de détecter un phénomène émergent), la stabilité du suivi (indispensable à l'analyse sur le temps). Ce sont ces deux dimensions qu'il convient d'optimiser.

D'un point de vue épidémiologique, des indicateurs plus pertinents doivent être mis en place pour des triplés (bactérie, antibiotique, animal) nécessitant une investigation plus fine prenant en compte l'estimation du risque.

## Elargir la surveillance de la résistance et centraliser les données

Il est nécessaire de faire évoluer cette surveillance en accord avec la réglementation européenne en rendant obligatoire la participation aux réseaux de surveillance, de tous les laboratoires et systématiser la centralisation de l'analyse phénométrique des souches.

La mise en place du dispositif de vigilance sur les salmonelles et E. coli résistantes aux céphalosporines de troisième génération détectées dans le secteur agroalimentaire pourrait être élargie à d'autres bactéries résistantes aux antibiotiques. L'accumulation d'informations recueillies par de tels dispositifs pourrait constituer une aide à la décision, en cas où la situation épidémiologique se révèlerait modifiée (modification des usages des antibiotiques, des conditions
d'élevage, des échanges de produits alimentaires au niveau international, des flux de bactéries entre les différents écosystèmes homme-environnement-animal).

Par ailleurs, il est nécessaire de développer les aspects cinétiques de l'antibiorésistance au sein des populations bactériennes. Après l'arrêt d'un traitement antibiotique, l'évolution des sous-populations sensibles et résistantes au sein des flores commensales est peu étudiée, notamment les facteurs influant sur sa dynamique. Ils peuvent faire l'objet d'études destinées à faciliter la restauration rapide d'une flore majoritairement sensible.

## Association des données d'usage et de résistance

Lors de la mise en place des études d'association entre usage et résistance, il importe de définir clairement les objectifs et d'adapter les outils en fonction de ces objectifs.

* Renforcer la capacité de surveillance en matière d'utilisation des antibiotiques et de développement de la résistance, soit sur une base trimestrielle ou mensuelle. Développer l'étude des relations entre les données d'usage et les données de résistance dans un contexte d'appréciation des risques d'émergence et de diffusion de la résistance et d'identification des points d'action pour une réduction du risque. Intégrer, à terme, dans le dispositif de surveillance, des outils de modélisation des risques en fonction de la situation épidémiologique locale et des connaissances épidémiologiques générales.

## Conclusions du chapitre 3

Depuis plus de 30 ans, la France est dotée d'un dispositif de surveillance de la résistance aux antibiotiques chez les bactéries pathogènes des animaux, initié chez les bovins, et d'une surveillance des salmonelles isolées en production animale et dans les aliments, intégrant leur sensibilité aux antibiotiques. Ces dispositifs ont évolué à la fin des années 90 par un élargissement de la surveillance des bactéries pathogènes pour plusieurs autres espèces animales et par la mise en place de plans de surveillance à l'abattoir, de la résistance aux antibiotiques pour *Campylobacter, E. coli et Enterococcus*. Des études de prévalence ciblées ont également été initiées dans le cadre national et communautaire pour estimer la prévalence de certains phénomènes de résistance (Entérocoques résistant à la vancomycine, *Staphylococcus aureus* résistant à la méticilline, *E. coli* résistant aux céphalosporines). Ces dispositifs de surveillance contribuent à détecter des émergences et à déterminer les tendances en matière de pourcentage de résistance. Ils sont des instruments indispensables pour sensibiliser les décideurs sur la nécessité d'une politique d'usage prudent des antibiotiques et contribuent à la compréhension des phénomènes biologiques sous-jacents au développement de la résistance. Ils sont complétés par des enquêtes afin d'étudier les émergences et d'identifier les sources de contamination. Les nouveaux outils de typage moléculaire contribuent à renforcer la capacité de caractérisation des clones bactériens, des mécanismes et des supports de la résistance et améliorent les capacités d'évaluation du risque pour la santé animale et humaine.

Depuis 1999, la France dispose d'un outil de surveillance national de l'utilisation des antibiotiques en médecine vétérinaire mis en place par l'Agence nationale du médicament vétérinaire. Cet outil a évolué dans sa capacité à estimer l'utilisation par espèce animale. Il fournit une analyse des tendances en matière d'usage. Des enquêtes sur la prescription par les vétérinaires et les conditions d'utilisation au sein des élevages ont permis de mieux caractériser les périodes d'exposition, d'étudier l'évolution des pratiques et de mettre en évidence la variété des profils d'utilisation.

Les deux dispositifs sont complémentaires et ont contribué à la sensibilisation des prescripteurs et des utilisateurs sur la nécessité de faire évoluer les pratiques vers un moindre usage des antibiotiques.

Désormais, afin de préserver l'efficacité de l'arsenal thérapeutique disponible et d'optimiser son usage, il est recommandé de mettre en place des outils de surveillance pérennes et évolutifs de l'usage et de la résistance aux antibiotiques par espèce animale, par filière, type de production et d'affiner la connaissance jusqu'au niveau de l'élevage. Le but est d'adapter et de faire évoluer les prescriptions vétérinaires, les mesures de prévention et de protection sanitaire afin de permettre un usage thérapeutique optimisé
des antibiotiques.

Les outils actuels doivent évoluer pour accompagner les efforts des professionnels qui visent à mieux et moins utiliser les antibiotiques :

- Concernant le suivi de l'utilisation des antibiotiques : la mise en place d'outils de surveillance pérennes au niveau d'un système d'élevage couplée au suivi de la prescription vétérinaire, permet une analyse factuelle de la consommation d'antibiotiques. Associés à des outils d'analyse statistique, ces systèmes seraient utilisables pour développer un comportement d'utilisation responsable et durable. Ainsi, il est recommandé de mettre en place un outil de traçabilité de toutes les prescriptions et délivrances des médicaments anti-infectieux, dans toutes les productions animales. Le programme d'analyse de données, attaché à cet outil de traçabilité, doit permettre d'établir un tableau de bord de l'utilisation d'antibiotiques au niveau de chaque élevage, fournissant ainsi à l'éleveur et au vétérinaire une base d'évaluation et de mise en application de mesures correctives, lorsque nécessaire. Au-delà, un tel dispositif doit permettre la mise en place d'un suivi vétérinaire renforcé et régulier des élevages ayant une forte utilisation d'antibiotiques, dans l'objectif d'y instaurer des mesures préventives.

Les experts soulignent par ailleurs le risque de voir se développer des circuits de vente parallèles et illicites, qu'il est nécessaire aussi de surveiller.

- Concernant le suivi de la résistance des bactéries pathogènes : il est nécessaire d'étendre ces outils aux espèces animales actuellement non renseignées (poissons notamment) et aux bactéries peu étudiées (mycoplasmes). Il est également recommandé d'affiner le recueil des informations au sein des systèmes de production et des régions de production. Il faut en outre encourager la mise en place d'un tel outil au niveau européen.

- Le suivi de la résistance des bactéries commensales est tout aussi important que celui des bactéries pathogènes en médecine vétérinaire. Les experts recommandent que cette surveillance soit étendue à plus de bactéries indicatrices. Il est également souhaitable d'améliorer la sensibilité de ce dispositif aux émergences. L'intérêt de disposer d'éléments d'information sur l'évolution de la résistance à d'autres stades de production que le stade final de l'abattage est également souligné. Enfin, les experts notent l'intérêt de l'exploration de nouvelles approches de surveillance au niveau du génome en vue de renforcer l'information moléculaire.

- Compte tenu de l'importance des échanges de denrées alimentaires au niveau international, une surveillance de la sensibilité des bactéries portées par les produits animaux importés est recommandée.

Enfin, le Groupe de Travail souligne l'importance de bien connaître la complexité du système des productions animales, consécutive à la multiplicité des espèces animales qui contribuent à la chaîne alimentaire et dont la production est conduite selon des systèmes très variés. A ces espèces, s'ajoutent également les animaux élevés à d'autres fins que l'alimentation, pour lesquels les acteurs présentent des spécificités différentes. Ainsi, seule une analyse de détail permet d'identifier les situations critiques et éviter le piège de la généralisation. Cette démarche affinée sera celle suivie dans le reste de la saisine.
# 4 Recensement des pratiques d'antibiothérapie dans les différentes filières animales

## 4.1 Méthodologie

### 4.1.1 Un regard sociologique sur le protocole d'expertise

Une expertise scientifique et technique se base généralement sur un vaste corpus de données permettant aux experts d'objectiver les risques qu'ils sont sensés évaluer. Le protocole d'expertise dépend ainsi du type de données à disposition, ainsi, bien sûr, que d'un certain nombre de contraintes sur lesquelles les experts ont plus ou moins prise comme la composition du groupe de travail, le contenu de la saisine, l'état des connaissances et des savoirs disponibles, le contexte politique et institutionnel, etc. Cette expertise sur les risques d'antibiorésistance présente à cet égard plusieurs caractéristiques assez singulières qu'il peut être utile de souligner afin de mettre en exergue son intérêt et son originalité, sans éluder, toutefois, certaines limites qu'il faut aussi prendre en compte pour bien délimiter la portée de ses résultats.

Il existe aujourd'hui une palette assez large d'outils de suivi permettant de mesurer les phénomènes d'antibiorésistance dans le monde animal. Ces outils s'inscrivent dans un ensemble complexe et hétérogène de dispositifs permettant de produire des données sur l'utilisation des antibiotiques en médecine vétérinaire et sur l'évolution des résistances bactériennes à ces antibiotiques. C'est sur la base de ces nombreuses données que les scientifiques et les experts évaluent régulièrement les risques d'antibiorésistance afin que les décideurs politiques et administratifs, ainsi que les parties prenantes, puissent adopter des mesures visant à gérer ces risques. Néanmoins, l'Anses a décidé de recourir à une méthode d'évaluation des risques faisant également appel à des experts « praticiens », autrement dit des vétérinaires de terrain qui connaissent parfaitement les multiples pratiques d'utilisation des antibiotiques dans les différentes filières dont ils sont spécialistes. En effet, les données produites par les outils de suivi n'étaient ni infaillibles ni exhaustives, les experts ont estimé que pour répondre totalement à la saisine qui leur était adressée, il était nécessaire d'articuler une expertise scientifique et technique classique avec une expertise « pratique » (ou « professionnelle »), c'est-à-dire une connaissance fine et précise des pratiques concrètes d'utilisation des antibiotiques dont les outils de suivi ne rendent pas toujours compte. Dès lors, il devient intéressant de se pencher sur cette méthode particulière afin de comprendre dans quelle mesure l'état des données, et donc des connaissances, disponibles impacte le protocole qu'un groupe d'experts est susceptible de mettre en œuvre dans son travail d'évaluation des risques et, en conséquence, les résultats de cette expertise. On expose ainsi dans un premier temps les difficultés auxquelles a dû faire face le groupe d'expert et les démarches mises en œuvre pour tenter de les lever. Dans un second temps, on fait part de quelques réflexions visant à repenser plus globalement le travail d'expertise sur une question aussi complexe – et sensible – que l'évaluation des risques d'antibiorésistance dans le monde animal. En revanche, on n'abordera pas ici le contexte politique et institutionnel dans lequel s'inscrit cette expertise, bien qu'il en constitue, d'un point de vue sociologique, une dimension importante, notamment à l'heure où le problème de l'antibiorésistance et de la régulation des usages d'antibiotiques (humains comme vétérinaires) représentent des enjeux de santé publique particulièrement saillants.

#### 4.1.1.1 La difficulté à expertiser les pratiques d'utilisation des antibiotiques

**Des dispositifs producteurs d'ignorances...**

Il s'agit tout d'abord de se demander dans quelles mesures certains aspects de l'utilisation des antibiotiques en élevage échappent aux outils de suivi, et pourquoi seule l'expérience pratique des vétérinaires de terrain permettait ici de « rendre visible » ces dimensions, ou pour le dire autrement, de les « mettre en données » et de les rendre saisissables par les experts (Jouzel et Dedieu, 2013). En réalité, le fait que les différents dispositifs de production de données ne parviennent pas à objectiver l'ensemble des risques et des pratiques à risques n'est pas propre au suivi des antibiotiques et à la surveillance des bactéries résistantes en médecine vétérinaire. Il s'agit au contraire d'une dimension inhérente à la plupart des outils d'évaluation des risques
sanitaires et environnementaux (Frickel et Edwards, 2014). La sociologie des sciences et des techniques (STS) a en effet montré que de tels dispositifs ne produisaient pas seulement des connaissances sur un risque donné mais qu'ils étaient également producteurs d'« ignorances » (Kleinman et Suryanarayanan, 2013) ou, pour le dire autrement, de phénomènes d'« invisibilisation » des risques (Décosse, 2013; Torny, 2013). Cela signifie qu'en dépit de techniques, d'indicateurs et d'instruments de mesure extrêmement sophistiqués, les dispositifs de suivi et de surveillance ne peuvent pas saisir toute la complexité sociale, économique et même technique qui préside à l'existence d'un risque (ou d'une pratique à risque). Mieux encore, c'est parfois la façon dont ces outils sont conçus qui conduit à la production d'ignorances plutôt, ou en même temps, que de connaissances (Frickel S. et Vincent, 2007). Dans le cas des risques d'antibiorésistance, un certain nombre de biais et de limites ont déjà été pointés du doigt : la multiplicité des dispositifs, à l'échelle nationale comme européenne, dont les instruments de mesure ne sont pas toujours identiques ; les indicateurs utilisés, qui construisent les données en fonction de certains critères et qui, de surcroît, ne sont pas toujours compatibles les uns avec les autres (problème de la non-cumulativité des données) ; la difficulté d'accès aux données privées (des éleveurs, des vétérinaires, de l'industrie) qui permettraient pourtant d'assurer une meilleure représentativité et exhaustivité ; les pratiques qui ne sont pas répertoriées, comme les usages hors AMM et les usages illégaux ; la surreprésentation de certaines bactéries qui font plus systématiquement l'objet d'un prélèvement que d'autres ; le déficit d'informations sur les commémoratifs qui permettraient de restituer le contexte sanitaire d'un prélèvement et rapporter la donnée ainsi « prélevée » à un ensemble de pratiques afférentes ; la faible attention portée aux bactéries commensales ainsi qu'aux caractéristiques moléculaires des bactéries résistantes, pourtant essentielles à une juste évaluation des risques ; la non-prise en compte des facteurs économiques et sociaux qui encadrent l'utilisation des antibiotiques ; etc.

## ... mais un protocole d'expertise qui cherche à les lever

C'est pour lever ces ignorances, ne serait-ce qu'en partie, que le groupe de travail a été composé de sorte à ce qu'une diversité d'expertises puisse s'exprimer et combler au maximum ces lacunes. Le protocole qui a été mis en œuvre a ainsi eu pour objectif d'établir un nouveau recensement des pratiques d'utilisation des antibiotiques, permettant de compléter les données disponibles, puis d'identifier, parmi ces pratiques, celles que l'on pouvait qualifier « à risque », au regard des connaissances disponibles sur les phénomènes d'antibiorésistance. Les deux chapitres suivants présentent les résultats de cette méthodologie singulière (chapitre 4 sur le recensement et chapitre 5 sur les pratiques à risque). Celle-ci se rapproche d'une méthode semi-quantitative visant à objectiver et articuler les connaissances pratiques des experts « praticiens » et des professionnels auditionnés avec celles des experts « scientifiques et techniques » et des données disponibles. On ne s'étend pas ici sur les avantages et les inconvénients de cette méthode qui est exposée ci-après, mais on notera que son efficacité repose en grande partie sur le mode de fonctionnement du groupe d'experts et les difficultés « protocolaires » auxquelles il doit faire face : représentativité et légitimité des divers points de vue ; division du travail scientifique et rédactionnel ; modes de mobilisation des différents savoirs et compétences ; maîtrise de la controverse et production du consensus ; organisation de la « collégialité » mais aussi de la « multiplexité » ; gestion du temps et prise en compte plus ou moins implicite du contexte politique et institutionnel ; etc. (Granjou et Barbier, 2010). Même si un tel protocole ne peut sans doute prétendre à lever l'intégralité des biais évoqués, il apporte néanmoins une importante plus-value au regard des multiples données existantes. La notion de « pratiques à risques » permet en effet de décrire de manière plus fine les formes concrètes d'utilisation du médicament en santé animale, en rapportant les connaissances fournies par les outils de suivi à l'expérience « de terrain » des experts « praticiens ». Finalement, dans le notion de « pratiques à risques », c'est davantage l'entrée par les « pratiques » (plutôt que par les « risques ») qui offre un regard plus précis sur les usages « réels » des antibiotiques en médecine vétérinaire.

Nous voudrions par ailleurs insister sur deux problématiques latentes, qui se situent certes en dehors du périmètre de l'actuelle saisine, mais pourraient faire l'objet d'une réflexion plus approfondie dans les années à venir tant elles paraissent fondamentales en matière de gestion et d'évaluation des risques d'antibiorésistance. La première concerne la prise en compte des facteurs économiques et sociaux qui encadrent les pratiques d'utilisation des antibiotiques ; la seconde renvoie au mode de fonctionnement et à la finalité des outils de suivi et de surveillance de l'antibiorésistance.
### 4.1.1.2 Intégrer les enjeux socioéconomiques et professionnels dans le travail d'expertise

#### La délicate prise en compte des facteurs économiques et sociaux

Les différents dispositifs de production de connaissances (suivi de la consommation d'antibiotiques et surveillance des bactéries résistantes) ne sont pas adaptés pour mesurer les facteurs économiques et sociaux qui président à l'utilisation des antibiotiques, si ce ne sont certaines enquêtes ponctuelles et localisées. Or, il paraît évident que ces éléments jouent un rôle non seulement sur l'existence (ou non) des risques d'antibiorésistance mais également sur l'efficacité des diverses mesures et recommandations que les décideurs pourront émettre. Qu'il s'agisse de la structure économique des filières et des marchés agro-alimentaires, du système de production lui-même, des relations socioéconomiques entre les acteurs du médicament, voire d'un ensemble de contraintes règlementaires, techniques et professionnelles qui pèsent sur les décisions des utilisateurs des antibiotiques, tous ces facteurs impactent ce que l'on pourrait appeler l' « organisation sociale du médicament vétérinaire » et, par conséquent, les pratiques à risques que les acteurs adoptent parfois. Si ces éléments ne sont pas essentiels à une évaluation quantitative du risque, ils le deviennent lorsqu'il s'agit de mener une évaluation qualitative, s'attachant à comprendre les raisons d'un mésusage et cherchant à identifier les leviers d'un changement de pratiques. D'ailleurs, bien qu'en dehors de l'actuelle saisine, certains de ces facteurs économiques et sociaux ont parfois « surgi » au cœur de l'expertise, notamment grâce à la connaissance du terrain des experts « praticiens », cela pose néanmoins la question d'une évaluation des risques qui n'intègre pas explicitement l'analyse socio-économique dans son périmètre et s'en remet sur ce point à des connaissances professionnelles implicites plutôt que disciplinaires. On peut ainsi raisonnablement supposer, qu'à l'avenir, l'apport des sciences sociales sur une question aussi complexe que l'utilisation des antibiotiques permettrait une évaluation plus transversale des risques.

#### Faire évoluer les dispositifs de production des connaissances

Concernant l'encadrement des pratiques d'utilisation des antibiotiques et l'accompagnement vers le changement pour les pratiques étant considérées comme « à risque », une réflexion pourrait être engagée sur les outils de suivi et de surveillance. On a évoqué en creux les formes d'ignorance que pouvaient produire ces dispositifs dans la mesure où un certain nombre d'informations (en particulier socio-économiques) sur les pratiques recensées n'étaient pas « mises en données ». Or, cette « organisation fortuite de l'ignorance » (Frickel S. et Vincent, 2007) découle en grande partie du fait que ces dispositifs, d'abord pensés dans une finalité de santé publique (évaluation des risques), reposent en réalité sur un ensemble de pratiques professionnelles qui relèvent avant tout d'une finalité clinique, à savoir prévenir et soigner les maladies animales. Ce constat n'est d'ailleurs pas propre au problème de l'antibiorésistance. Il s'agit au contraire d'une dimension inhérente à toute activité de surveillance que l'on retrouve par exemple dans le cas de l'ESB (Barbier, 2006), de la brucellose bovine (Bronner, 2013) ou encore pour les dispositifs qui concernent la santé des plantes (Prete, 2008) ou la santé humaine, en particulier la santé au travail (Jouzel et Dedieu, 2013). Dès lors se pose la question de repenser la finalité des outils de surveillance de telle sorte qu'ils permettent une meilleure articulation entre gestion et évaluation des risques, un meilleur couplage, en somme, entre les objectifs pratiques/cliniques sur lesquels ils reposent et les objectifs de santé publique qu'on leur assigne. A l'avenir, une réflexion sur le mode de production et de diffusion de telles connaissances pourrait non seulement contribuer à réduire les zones d'ignorances et d'incertitudes qui caractérisent encore la question de l'antibiorésistance, mais également servir à la fois à la gestion technico-économique et sanitaire d'une exploitation agricole, à une meilleure maîtrise de l'utilisation des antibiotiques au niveau des filières et des territoires, et, in fine, à l'évaluation des risques en matière de santé publique.

### 4.1.2 Méthode de recensement

Le recensement des pratiques d'antibiothérapie a été réalisé par le groupe de travail, d'une part sur la base des résultats d'enquêtes terrain réalisées par l'Anses dans les différentes filières animales et d'autre part, sur la base des connaissances des experts dans ce domaine et à partir d'auditions d'un grand nombre de représentants vétérinaires spécialisés dans les différentes espèces animales, dont la liste figure en début du présent rapport.
Ce recensement a été réalisé sur une période donnée de référence (2010-2011) et s'est appuyé en grande partie sur les informations recueillies des pratiques connues. En effet, hormis les rapports sur le suivi des ventes d'antibiotiques et les résultats des enquêtes de pharmaco-épidémiologie, publiés par l'ANMV et par les laboratoires de l'Anses, il ressort que très peu de données bibliographiques sont disponibles sur les modalités d'utilisation des antibiotiques en médecine vétérinaire.

En l'absence d'enquêtes chiffrées sur les modalités d'utilisation des antibiotiques pour toutes les espèces animales ciblées par la saisine, les données de ce recensement sont essentiellement qualitatives.

Compte tenu des modalités de sa réalisation, ce recensement ne peut donc prétendre à une parfaite exhaustivité.

### 4.1.2.1 Les tableaux de recensement : un outil de travail pour le GT

Ce recensement a été dans un premier temps présenté sous forme de tableaux (Tableau 4) par espèce animale contenant les informations suivantes :

* L'espèce animale ;

* Le stade de production ;

* L'appareil ciblé par la pratique (respiratoire, digestif, systémique, etc.) ;

* Type de traitement (préventif, métaphylactique, curatif) ;

* La motivation du choix de l'antibiotique : traitement en première intention (ou probabiliste)<fnref n="5" /> ou en seconde intention<fnref n="6" />

* La voie d'administration (orale, parentérale, locale, intra-mammaire, autres) ;

* Les familles ou sous-familles d'antibiotiques ;

* La durée du traitement ;

* La fréquence d'utilisation.

Ces tableaux de recensement ont été réalisés dans l'objectif de constituer l'outil de travail du GT tout au long du traitement de la saisine. Ceux-ci ont notamment été utilisés pour l'évaluation des pratiques à risque par filière (cf chapitre 5).

<footnote n="5">⁵ Choix de traitement reposant sur des données épidémiologiques et cliniques</footnote>

<footnote n="6">⁶ Choix de traitement reposant sur des données analytiques comme par exemple la mise en évidence de l'agent causal et l'établissement d'un antibiogramme</footnote>
<table><caption>Tableau 4 : En-tête des tableaux de recensement des modalités d'utilisation des antibiotiques en médecine vétérinaire</caption><thead><tr><th rowspan="2">Stade de production</th><th rowspan="2">Noms des molécules</th><th colspan="9">USAGE</th><th rowspan="2">Fréquence d'utilisation</th><th rowspan="2">critères de choix</th><th rowspan="2">alternatives</th><th rowspan="2">Commentaires libres</th></tr><tr><th>Indication / Pathologie</th><th>Voie d'admission</th><th>Préventif</th><th>Métaphylaxie</th><th>Curatif</th><th>1ère ou 2ème intention (1 ou 2)</th><th>après examen clinique (rarement, svt, tjs)</th><th>recours à un antibiogramme (rarement, svt, ...)</th><th>Posologie</th><th>ancienneté d'utilisation dans la filière (années)</th><th>Durée du traitement</th></tr></thead><tbody></tbody></table>

Le renseignement systématique de ces tableaux pour toutes les espèces animales visées par l'autosaisine, par type de production, stade de production et par affection, a permis d'identifier, toutes espèces et toutes molécules rassemblées, 750 modalités d'utilisation d'antibiotiques (lignes de tableaux).
* Comme indiqué au chapitre 2, les **types de traitement** ont été définis par le Groupe de Travail de la manière suivante :

**Préventif** : traitement prophylactique appliqué à des animaux sains, exposés à un facteur de risque pour la maladie infectieuse. Le traitement préventif peut être individuel ou collectif ;

**Métaphylactique** : traitement des animaux cliniquement malades et des autres animaux d'un même groupe qui sont encore cliniquement sains mais avec une forte probabilité d'être infectés à cause du contact étroit avec les animaux malades (EMEA, 2013) ;

**Curatif** : traitement individuel ou collectif des seuls animaux présentant les symptômes d'une maladie.

* Les **voies d'administration** ont été définies comme suit :

* **Prémélange médicamenteux** : administration de l'antibiotique *via* l'aliment (PM) ;

* **Voie orale hors prémélange** : administration de l'antibiotique par la bouche *via* l'eau de boisson, les *bolus*, le top feeding<fnref n="8" /> ;

* **Voie locale** : voie intramammaire, voie cutanée (pommades, spray, etc.), *in utero* ;

* **Voie parentérale** : injection ;

* **Autres voies** : administration de l'antibiotique *via* l'environnement proche des animaux (pulvérisation, nébulisation, poudre au nid, pédiluve, balnéation, etc.). Les cartographies précisent, lorsque cela est nécessaire, la nature de la - ou des - voies.

* Les **molécules d'antibiotiques ont été regroupées par famille**, en distinguant toutefois quelques sous-familles en raison de mécanismes d'antibiorésistance ou d'évolution de l'antibiorésistance différents (Tableau 5) :

<table><caption>Tableau 5 : Classification des molécules par famille ou sous-famille</caption><thead><tr><td>Famille d'antibiotique ou sous-famille</td><td>Molécules citées dans le recensement (non exhaustif)</td></tr></thead><tbody><tr><td>Aminoglycosides 1</td><td>Streptomycine, spectinomycine, dihydrostreptomycine</td></tr><tr><td>Aminoglycosides 2</td><td>Gentamicine, apramycine, néomycine, kanamycine</td></tr><tr><td>Bétalactamines 1</td><td>Pénicillines, amoxicilline, ampicilline, cloxacilline, nafcilline</td></tr><tr><td>Bétalactamines 2</td><td>Céphalosporines 1-2<sup>ème</sup> générations</td></tr><tr><td>Bétalactamines 3</td><td>Céphalosporines 3-4<sup>ème</sup> générations</td></tr><tr><td>Quinolones</td><td>Fluméquine, acide oxolinique</td></tr><tr><td>Quinolones 2<sup>ème</sup> et 3<sup>ème</sup> générations</td><td>Fluoroquinolones</td></tr><tr><td>Lincosamides</td><td></td></tr><tr><td>Macrolides 1</td><td>Spiramycine, tylosine, érythromycine</td></tr><tr><td>Macrolides 2</td><td>Tulathromycine, tilmicosine, gamithromycine, tylvalosine, tidiprosine</td></tr><tr><td>Autres Sulfamides</td><td>Sulfamides</td></tr><tr><td>Polypeptides</td><td>Bacitracine, colistine</td></tr><tr><td>Phénicolés</td><td></td></tr><tr><td>Pleuromutilines</td><td>Tiamuline</td></tr><tr><td>Rifampicine</td><td></td></tr><tr><td>Tétracyclines</td><td>Tétracycline, chlortétracycline, doxycycline, oxytétracycline</td></tr><tr><td>Triméthoprime-sulfamide (ou sulfamide-TMP)</td><td></td></tr></tbody></table>

<footnote n="7">⁷ Grosse pilule que l'on administre à un animal par voie orale à l'aide d'un pistolet</footnote>

<footnote n="8">⁸ Saupoudrage sur l'aliment de prémélange médicamenteux</footnote>
<table><tr><td>Furanes</td><td></td></tr><tr><td>Spécialités humaines</td><td>divers (nitro-imidazoles, etc.)</td></tr></table>

* **Durée du traitement** : le groupe de Travail s'est accordé pour entendre comme « traitement long » une durée d'administration de plus de 14 jours. L'objectif de cette précision était en effet d'identifier les traitements longue action ou les durées longues de traitement, tout en les distinguant des traitements par aliments médicamenteux (généralement de 2 semaines, correspondant à l'autonomie d'un silo d'aliment en élevage) ; ces traitements par aliments médicamenteux étant identifiés par ailleurs (voie d'administration).

Cette définition adoptée par le Groupe de Travail pour les besoins de l'évaluation se distingue d'une définition plus classique : en effet, au travers des AMM, les traitements courts habituels sont de l'ordre de 5 jours et ne dépassent pas une semaine. Ainsi, a contrario, le traitement long classique est d'une durée d'une semaine et plus.

* **Fréquence d'utilisation** : il a été demandé aux experts d'estimer qualitativement la fréquence d'utilisation, selon la grille suivante :

* 'exceptionnel' → +

* 'rare' → ++

* 'occasionnel' → +++)

* 'fréquent' → +++)

* 'très fréquent' → +++)

Cette estimation a été conduite par consensus d'experts au sein des sous-groupes d'espèces.

#### 4.1.2.2 Les cartographies : une visualisation globale des usages par filière

Au-delà de l'objectif « outil de travail », le recensement effectué au travers du traitement de cette saisine a également fait l'objet d'une représentation graphique, sous forme de cartographie, permettant d'avoir une vision globale et générale des utilisations majoritaires recensées dans les différentes filières (cf infra).

Ainsi, ces cartographies ne prétendent pas à l'exhaustivité. Les pratiques plus occasionnelles mais néanmoins d'intérêt au regard du risque de développement d'antibiorésistances, ont été analysées et prises en compte dans les textes descriptifs accompagnant les cartographies.

En outre, ces cartographies ne reprennent pas l'ensemble des informations recueillies au cours du recensement pour chaque modalité d'utilisation, pour des raisons de lisibilité du graphique. Le type de traitement (préventif, métaphylactique, curatif) notamment n'y est pas précisé. Cette modalité fait l'objet d'une analyse approfondie lors de l'évaluation des modalités d'utilisation à risque, au chapitre 5.

Cette visualisation globale et synthétique a ensuite eu pour objet principal d'être mise en parallèle avec les résultats, sur 10 ans, des outils de suivi des ventes d'antibiotiques et de la résistance des pathogènes, voire des flores commensales lorsqu'une telle information était disponible. Les présentations suivantes illustrent ces éléments pour chaque filière (ou type d'animaux).
## 4.2 Filière avicole

### 4.2.1 Organisation de la filière

La majorité des informations de ce paragraphe est issue des données de l'ITAVI et du SCEES (source Agreste).

L'aviculture regroupe les productions de volailles de chair de différentes espèces : poulets, dindes, canards, pintades notamment, ainsi que la production d'œufs de consommation et de foie gras.

L'activité volailles de chair française figure au 1er rang des pays européens avec environ 1850 milliers de tonnes annuellement produites, dont une forte proportion sous signe de qualité (23%). La viande de volaille est la seconde consommée en France avec 25 kg par personne et par an.

En 2012, la production de volailles de chair représentait 50 000 emplois directs répartis sur l'ensemble des maillons de la filière. Soixante couvoirs assurent la production de poussins mis en place dans les élevages (13 500 élevages de production) dont les animaux sont abattus dans les abattoirs (76 établissements contrôlés) puis transformés au sein des 400 entreprises nationales de découpe et transformation. L'alimentation des volailles est assurée par 340 usines d'alimentation animale.

Les filières avicoles sont organisées selon une pyramide (Anses, 2012). Un petit nombre de troupeaux de reproducteurs dits de « sélection », en haut de la pyramide, génère un nombre plus important de troupeaux dits de « multiplication », qui sont eux-mêmes à l'origine des troupeaux « de production », constitués de volailles de chair qui sont abattues pour la production de viande (filières dinde ou Gallus chair), ou de poules pondeuses qui produisent les œufs de consommation. Seuls les étages de « sélection » et de « multiplication » contiennent des lots de reproducteurs qui produisent des œufs à couver (OAC).

Les poules pondeuses d'œufs de consommation ne sont pas considérées comme des volailles reproductrices, puisque les œufs pondus ne sont pas fertiles. Pour chaque troupeau de volailles reproductrices, on distingue la période dite de préponte (correspondant à la phase d'élevage des animaux jusqu'à la maturité sexuelle et l'entrée en ponte) et la phase dite de « ponte », durant laquelle sont produits les OAC.

Le mode principal d'élevage est dit « tout plein tout vide », les poussins âgés de quelques heures à 2 jours sont livrés simultanément dans un bâtiment d'élevage et constitueront un lot unique. Le départ pour l'abattoir peut être unique ou fractionné. A l'issue du départ de tous les animaux, il est procédé à l'enlèvement de la litière et au nettoyage et désinfection du matériel et du bâtiment, un vide sanitaire est pratiqué avant la remise en place de poussins.

L'élevage des volailles de chair « standard » est réalisé en France en bâtiments clos d'une surface moyenne de 1170 m² (Agreste, 2011). Ce type de production représente environ 30% des exploitations et regroupe les productions de poulets lourds (poulets destinés à la transformation vendus entre 40 et 50 jours), légers (poulets destinés à l'exportation de moins de 1, 6 kg et 31 à 35 jours), standards (poulets vendus entre 37 et 44 jours), coquelets (poulets de 3 à 5 semaines) et certifiés CCP (poulets produits dans le cadre d'un cahier des charges, de 56 jours minimum) ; tandis que les productions de « qualité » regroupent les poulets avec accès à un parcours des productions plein air, Label Rouge (poulets de souches et cahier des charges particuliers de 81 jours au moins), bio, AOC et autres. La production de dindes de chair correspond pour plus de 80% du tonnage à une production de type standard (animaux de 91 jours pour les femelles et 105 jours pour les mâles), le tonnage complémentaire étant représenté par des productions de type certifiées, fermières et label (animaux de plus de 140 jours). La production de pintades de type standard (animaux de 77 jours) représente quant à elle deux tiers de la production de cette espèce, tandis que la production label (animaux de 98 jours) représente presque un tiers et la production certifiée quelques pourcents.

L'organisation nationale est structurée autour de quelques grands groupes qui intègrent complètement ou partiellement l'amont (aliments et poussins) et l'aval des filières (abattage, transformation). Les éleveurs détenteurs des exploitations agricoles sont à plus de 90% intégrés ou sous contrat coopératif. Les plannings (enlèvement des animaux en fin de production, mise en place des poussins) sont gérés par l'aval. L'appui technique est assuré par les organisations de production.

Au cours de la dernière décennie, une diminution de la production nationale a été enregistrée. L'excédent des échanges a enregistré un repli constant en raison d'une augmentation des
importations et d'une diminution des exportations, particulièrement vers les pays tiers. Corollaire de ce déclin d'activité, les investissements se sont ralentis, avec un vieillissement des outils de production.

L'activité ponte correspond à une production de 12,5 milliards d'œufs en 2012, réalisée au sein de 1700 élevages, par un cheptel de 48 millions de poules pondeuses dont 30% élevées en système alternatif (plein air, label rouge, biologique avec également accès à un parcours extérieur). La France se place ainsi au second rang européen des pays producteurs derrière l'Allemagne mais au 1er rang des pays producteurs d'ovoproduits (56 établissements). Ces ovoproduits représentent plus d'un tiers de la consommation française qui s'élève à 210 œufs équivalents œufs coquilles par an et par personne.

### 4.2.2 Principales maladies bactériennes rencontrées dans la filière et modalités d'utilisation des antibiotiques

Chaque filière, représentée par des espèces différentes, possède ses pathogènes spécifiques notamment viraux ou parasitaires qui jouent souvent un rôle déterminant dans l'expression des maladies bactériennes.

Les pathogènes communs s'expriment différemment selon l'espèce et le maillon de la filière. Organisées en étages: sélection, multiplication, élevage deproduction, les filières volailles ont su gérer et parfois maitriser certains pathogènes majeurs comme *Salmonella* Gallinarum Pullorum ou *Mycoplasma gallisepticum* avec des impacts déterminants sur l'économie de la filière et l'utilisation d'antibiotiques.

Parmi les pathogènes communs à plusieurs filières de volailles, à l'origine d'une part importante de l'utilisation des antibiotiques, on trouve *Escherichia coli* et *Mycoplasma* (autre que *gallisepticum*) pour les affections systémiques et respiratoires, et *Clostridium perfringens* pour les affections digestives.

* *Escherichia coli* est une entérobactérie qui, dans certaines conditions et pour certaines souches pathogènes, peut être à l'origine de formes septicémiques aigües, d'omphalite chez les jeunes, d'ovarites ou d'arthrites chez les adultes, les sérotypes les plus fréquents étant O78K80, O2K1, O1K1. Le traitement repose sur l'utilisation de plusieurs familles d'antibiotiques dont le choix est souvent déterminé par la connaissance de l'épidémiologie de la bactérie dans l'élevage ou dans la filière et la réalisation d'antibiogrammes. La colistine, les quinolones et l'association triméthoprime-sulfamides sont les plus utilisés. On ne note cependant aucune baisse de sensibilité sur la colistine. La prévention repose sur la maîtrise des conditions d'élevage, des affections virales majeures et dans certains cas l'utilisation de vaccins ou d'autovaccins.

* Les mycoplasmes sont à l'origine de maladie respiratoire, articulaire ou génitale. *Mycoplasma gallisepticum* (MG), le plus pathogène est pratiquement éradiqué en France, *Mycoplasma synoviae* (MS) reste fréquent sur *Gallus gallus*, où l'infection est le plus souvent asymptomatique, hormis l'apparition récente d'une forme spécifique aux pondeuses avec fragilisation de l'apex de l'œuf. Chez la dinde, il provoque de la mortalité et des lésions articulaires à l'origine de cachexie. Le traitement repose sur l'utilisation séquentielle de cyclines et de macrolides. La prévention passe par la biosécurité, et l'utilisation de vaccins et d'autovaccins.

* Clostridioses : dans les phases de forte croissance, toute variation de l'ingestion alimentaire ou toute pression virale ou coccidienne peut provoquer un déséquilibre de la flore digestive au profit de *Clostridium perfringens* dont certaines souches produisent des toxines attaquant les muqueuses digestives. Le contrôle repose sur l'utilisation des bétalactamines de première génération et des macrolides. La prévention passe par la sécurisation des formules alimentaires, la gestion des transitions alimentaires et de l'ambiance, le contrôle des affections digestives intercurrentes. Il n'existe pas de vaccin autorisé en France.

Les filières Gallus sont de plus en plus impactées par *Enterococcus* :

* *Enterococcus faecalis* pour la filière ponte est la principale bactérie impliquée dans l'arthrite amyloïdienne. Le traitement repose sur l'utilisation des bétalactamines. La prévention passe par des mesures d'hygiène drastiques au couvoir notamment lors de l'injection du vaccin contre la maladie de Marek.

* *Enterococcus faecium* est de plus en plus impliqué dans les maladies articulaires du poulet de chair en association avec *Staphylococcus* et *Escherichia coli*. Le traitement repose sur l'utilisation des bétalactamines, la prévention passe par l'hygiène du couvoir et de l'élevage
et la gestion de l'ossification résultant de l'accroissement des masses musculaires pectorales.

**La filière dinde** est fortement impactée par *Ornithobacterium rhinotracheale* et les parasites flagellés :

* *Ornithobacterium rhinotracheale* est une bactérie gram négatif à l'origine de maladies respiratoires aiguës ou chroniques et parfois de téno-synovite conduisant à l'élimination des animaux. Le traitement fait appel aux macrolides et aux cyclines, la prévention aux mesures d'hygiène et aux autovaccins.

* Les pathologies digestives récurrentes provoquées par les parasites flagellés pour lesquels plus aucun traitement spécifique n'est autorisé participent au déséquilibre de la flore digestive et augmente l'utilisation d'antibiotiques à visée digestive sans toutefois supprimer l'impact de ces affections avec une issue souvent fatale dans le cas de l'histomonose.

**Les filières canard** sont fortement impactées par *Pasteurella multocida* et *Riemerella* :

Ces deux bactéries provoquent des maladies respiratoires graves avec une mortalité importante. Le traitement repose sur l'usage des bétalactamines, des quinolones, des cyclines et des macrolides. La prévention passe par l'utilisation de vaccins pour *Pasteurella* et d'autovaccins pour *Riemerella*.

## Le portage salmonellique chez les volailles

Si la pathologie liée à S. Gallinarum Pullorum, sérotype pathogène spécifique des filières *Gallus*, a pratiquement disparu des élevages, d'autres sérotypes ubiquistes tels S. Typhimurium, S. Enteritidis..., peuvent être présents dans le tractus digestif des animaux et ainsi sources de contamination des produits d'origine avicole, viandes et œufs. Ce portage est un portage sain, asymptomatique et les cas cliniques observables chez les poussins et les pigeons restent rares.

Des programmes de lutte au niveau des animaux reproducteurs ont été mis en place depuis environ deux décennies en France puis dans l'U.E afin de réduire ce portage. Ils sont basés sur le dépistage et l'élimination des animaux porteurs, ainsi que sur le traitement thermique de l'aliment pour éviter la contamination des élevages. Ces méthodes efficaces et réglementées ont conduit progressivement à un faible pourcentage d'animaux porteurs sains observé actuellement, notamment en France.

Ces méthodes de prophylaxie sanitaire ont exclu l'usage des antibiotiques, supprimant ainsi toute pression de sélection directe sur les salmonelles.

Les cartographies 1 à 4 synthétisent les principales pratiques d'utilisation des antibiotiques dans la filière avicole. Elles présentent une spécificité au regard des cartographies d'autres filières car elles précisent les principales bactéries pathogènes concernées par ces traitements. Cette possibilité vient du faible nombre de ces agents pathogènes dans les filières volailles, ce qui n'est pas toujours le cas dans les autres filières.

Sur ces cartographies, la voie orale* regroupe les administrations per os autres que via les prémélanges médicamenteux.
Cartographie 1: Poulets

<figure><img src="image_20.png" /></figure>
<figure><img src="image_21.png" /><figcaption>Cartographie 2 : Reproducteurs toutes productions et ponte d'œufs de consommation</figcaption></figure>
Cartographie 3 : Dindes
<figure><img src="image_22.png" /></figure>

<figure><img src="image_23.png" /></figure>
Cartographie 4 : Espèce canard*

<figure><img src="image_24.png" /></figure>

<footnote>*Le Groupe d'experts disposait d'une expertise limitée sur la filière canard gras. Il ne lui a pas été possible d'être plus précis sur cette filière qui pourrait faire l'objet d'une étude plus approfondie en tenant compte des recommandations du présent rapport.</footnote>
### 4.2.3 Evolution des ventes d'antibiotiques en volailles sur 10 ans

Les données d'exposition présentées ci-dessous sont obtenues à partir des déclarations des ventes d'antibiotiques (cf 3.2.2.3).

En 2012, les volailles sont traitées essentiellement avec des polypeptides et des tétracyclines, viennent ensuite les traitements à base de pénicillines, de sulfamides et triméthoprime.

Les volailles sont rarement traitées par voie parentérale, les traitements sont principalement collectifs et administrés par l'aliment ou l'eau de boisson.

Sur les 5 dernières années, les traitements à base de fluoroquinolones, de pénicillines, de polypeptides, de sulfamides et triméthoprime ont augmenté. Les traitements avec les autres familles ont diminué.

Compte tenu des variations de la masse de volailles potentiellement consommatrices d'antibiotiques, l'exposition des volailles aux antibiotiques a augmenté de 48,3% sur les 14 années de suivi, mais elle a diminué de 4,9% sur les 5 dernières années et de 5,6% entre 2011 et 2012.

L'exposition des volailles aux fluoroquinolones a augmenté de 54% sur les 14 années de suivi, de 10,6% sur les 5 dernières années et a diminué de 8,8% entre 2010 et 2011 (Figure 12).

<figure><img src="image_25.png" /><figcaption>Figure 12 : Evolution de l'exposition des volailles aux différentes familles d'antibiotiques entre 2003 et 2012</figcaption></figure>

### 4.2.4 Principales résistances aux antibiotiques

Entre 2003 et 2012, 40110 antibiogrammes relatifs aux volailles ont été enregistrés par l'Anses via le réseau Résapath. Ils ont été transmis par 61 laboratoires, dont dix représentaient 92% des données. Parmi la volaille, le groupe des poules pondeuses et des poulets de chair (Gallus gallus) ainsi que la dinde représentent la majorité des antibiogrammes réalisés avec respectivement 43% et 35% des données.

#### 4.2.4.1 E. coli

Chez ces espèces animales, E. coli a fait l'objet de la majorité des antibiogrammes : 79% chez Gallus gallus ainsi que chez la dinde. L'analyse de l'évolution de l'antibiorésistance de cette bactérie a été réalisée pour les antibiotiques les plus fréquemment testés : l'amoxicilline, le ceftiofur, la néomycine, la gentamicine, l'acide oxolinique, la fluméquine, l'enrofloxacine, la tétracycline et l'association triméthoprime-sulfamide. La Figure 13 et la Figure 14 présentent les proportions d'E. coli sensibles aux différents antibiotiques précités.
Entre 2003 et 2010, les analyses statistiques (Chi-2 de tendance, p<0,05) ont mis en évidence une diminution de la proportion des *E. coli* sensibles à l'ensemble de ces antibiotiques, à l'exception de la gentamicine pour *Gallus gallus*, de la tétracycline pour la dinde et, pour ces deux espèces, de la néomycine et de l'association triméthoprime-sulfamide. Cette diminution était particulièrement marquée pour le ceftiofur (céphalosporine de 3ème génération) chez *Gallus gallus* : de 94% en 2008 (n = 793) à 88% en 2009 (n = 1612) puis 78% en 2010 (n = 1890). Parmi 149 souches non sensibles au ceftiofur analysées à l'Anses, 82% possédaient un gène codant pour une bêta-lactamase à spectre étendu CTX-M du groupe 1 (cf 2.4.2.1).

Pour les antibiotiques vis-à-vis desquels les taux d'E. coli sensibles ont diminué entre 2003 et 2010, les données 2011 et 2012 montrent une inversion de tendance, que ce soit chez *Gallus gallus* ou chez la dinde, ce qui doit être considéré comme un résultat positif (Anses, 2013b). Seule la néomycine testée vis-à-vis des E. coli isolés chez la dinde échappe à ce constat.
Les données de l'année 2013 seront particulièrement importantes pour confirmer l'évolution vers la récupération de sensibilité, notamment pour *Gallus gallus* où la très forte augmentation du nombre d'antibiogrammes sur la période étudiée (+262%, n=593 à 2856) pourrait partiellement influencer les taux de souches sensibles.

<figure><img src="image_26.png" /><figcaption>Figure 13 : Evolution de la proportion des *E. coli* sensibles aux antibiotiques les plus fréquemment testés dans les antibiogrammes chez *Gallus gallus*, tout âges et infections confondus (Données Résapath)</figcaption></figure>
<figure><img src="image_27.png" /><figcaption>Figure 14 : Evolution de la proportion de E. coli sensibles aux antibiotiques les plus fréquemment testés dans les antibiogrammes chez la dinde, tous âges et infections confondus (Données Résapath)</figcaption></figure>

#### 4.2.4.2 Autres bactéries

Les autres bactéries qui font l'objet d'antibiogrammes sont peu représentées en comparaison à E. coli. Ainsi chez *Gallus gallus*, parmi les données colligées par le Résapath, les deux espèces bactériennes qui suivent quantitativement E. coli en 2012 sont S. aureus (4% des antibiogrammes) et *Enterococcus cecorum* (2%). Chez la dinde, c'est *Ornithobacterium rhinotracheale* qui arrive en seconde position (5%). *Pasteurella multocida*, autre bactérie d'intérêt en pathologie infectieuse animale, ne fait l'objet que de très peu d'antibiogrammes pour ces productions avicoles majeures puisque, pour chacune d'entre elles, moins de 30 isolats ont été enregistrés par le Résapath en 2012.

#### 4.2.4.3 *Gallus gallus* et *S. aureus*

Plus de 96% des isolats de S. aureus provenant de poules et poulets sont sensibles à la néomycine, la gentamicine ou à l'association triméthoprime-sulfamide.

Plus de 86% des S. aureus sont sensibles aux antibiotiques de la famille des macrolides-lincosamides et une majorité (76%) reste sensible à la pénicilline G.

Parmi les 149 souches de S. aureus testées vis-à-vis de la céfoxitine, indicatrice de la présence possible du gène *mecA* (méticillino-résistance : SARM), 3% ont été retrouvés intermédiaires ou résistants (Tableau 6).
<table><caption>Tableau 6 : Sensibilité (% S) de *Staphylococcus aureus* (N = 285) aux antibiotiques les plus fréquemment testés chez *Gallus gallus* en 2012 (Données Résapath)</caption><thead><tr><td>Antibiotique</td><td>Total (N)</td><td>% S</td></tr></thead><tbody><tr><td>Pénicilline G</td><td>101</td><td>76</td></tr><tr><td>Céfoxitine</td><td>149</td><td>97</td></tr><tr><td>Néomycine</td><td>180</td><td>99</td></tr><tr><td>Gentamicine 10 UI</td><td>198</td><td>96</td></tr><tr><td>Tétracycline</td><td>228</td><td>54</td></tr><tr><td>Erythromycine</td><td>230</td><td>88</td></tr><tr><td>Spiramycine</td><td>210</td><td>91</td></tr><tr><td>Lincomycine</td><td>232</td><td>86</td></tr><tr><td>Tylosine</td><td>180</td><td>93</td></tr><tr><td>Tiamuline</td><td>190</td><td>97</td></tr><tr><td>Enrofloxacine</td><td>284</td><td>89</td></tr><tr><td>Triméthoprime-Sulfamides</td><td>242</td><td>99</td></tr></tbody></table>

#### 4.2.4.4 *Gallus gallus* et *E. cecorum*

La quasi-totalité des *E. cecorum* est sensible à l'amoxicilline. La famille des macrolides-lincosamides est en revanche moins fréquemment active avec 47% d'isolats sensibles. Seulement 7% des *E. cecorum* sont sensibles à la tétracycline (Tableau 7).

<table><caption>Tableau 7 : Sensibilité (% S) d'Enterococcus cecorum (N = 162) aux antibiotiques les plus fréquemment testés dans les antibiogrammes chez Gallus gallus en 2012 (Données Résapath)</caption><thead><tr><td>Antibiotique</td><td>Total (N)</td><td>% S</td></tr></thead><tbody><tr><td>Amoxicilline</td><td>161</td><td>98</td></tr><tr><td>Tétracycline</td><td>126</td><td>6</td></tr><tr><td>Erythromycine</td><td>121</td><td>47</td></tr><tr><td>Lincomycine</td><td>121</td><td>47</td></tr><tr><td>Triméthoprime-Sulfamides</td><td>137</td><td>72</td></tr></tbody></table>
## 4.3 Filière porcine

### 4.3.1 Organisation de la filière

La production porcine française, 7ème en volume en Europe, est relativement stable, fluctuant faiblement autour de 2,3 millions de tonnes. Cette stabilité masque en fait une réduction du nombre d'animaux, aussi bien des truies que des porcs charcutiers, car il est compensé par l'amélioration de la prolificité des truies, qui produisent davantage de porcelets et par l'alourdissement du poids des carcasses. La consommation est un peu inférieure à la moyenne européenne avec 2,2 millions de tonnes. Elle est globalement stable, avec une tendance à la réduction de la consommation par habitant, qui est passée de 34,5 kg en 1980 à 33,8 kg en 2010 (Calvar, 2009). Les importations et les exportations sont peu significatives, bien qu'économiquement intéressantes, de l'ordre de 600 000 tonnes pour les premières, 740 000 pour les secondes, essentiellement sous forme de carcasses et pièces de boucherie.

Le cheptel français est le 3ème d'Europe, avec 14 millions de têtes, loin derrière l'Allemagne (près de 27 millions) et l'Espagne (près de 26 millions). La production est très majoritairement localisée dans le grand ouest, qui totalise 70% du cheptel national, dont 58% en Bretagne et 12% dans les Pays de la Loire. Les autres grands bassins de production européens sont localisés en Europe du Nord (Pays Bas, Danemark, Basse Saxe, Flandres), ainsi qu'en Espagne (Catalogne).

L'organisation des élevages français est majoritairement de type « naisseur engraisseur », ce type de production représentant 83% des truies et 62% des porcs charcutiers (données IFIP 2007⁹), avec une taille moyenne de 164 truies présentes. Ce sont des entreprises familiales, de plus en plus organisées sous forme sociétaire, assurant une meilleure protection à l'exploitant en cas de difficulté financière et facilitant la transmission des biens (Massabie et Martin Houssard, 2010). Particularité française, la plupart des élevages adhère à un groupement de producteurs qui leur assure une plage plus ou moins large de services : mise en marché des porcs charcutiers, conseils techniques, fourniture de l'aliment, des reproducteurs, voire d'une partie des médicaments, etc.

La taille moyenne des élevages augmente depuis quelques années, l'élevage de moins de 100 truies ne permettant pas à une famille de vivre de ce seul revenu, en production conventionnelle. Soit par regroupement, soit par extension, la taille des élevages s'établit aujourd'hui autour d'un effectif de 200 truies, qui permet de faire vivre deux personnes et de dégager du temps libre par l'embauche d'un salarié.

Cette restructuration fait aussi émerger des structures plus importantes, souvent par la reprise de petites structures lorsque les propriétaires cessent leur activité et ne trouvent pas de repreneurs, car il est très difficile d'obtenir des autorisations administratives d'extension. C'est ainsi que depuis 2005, seuls les élevages de plus de 500 truies voient leur nombre et leurs cheptels augmenter. Il leur est en effet plus facile d'assumer les investissements nécessaires à la mise aux normes, en particulier pour le traitement du lisier et la rénovation du logement des truies.

Cette évolution s'accompagne de plus en plus d'une séparation des sites de « naissance » (maternité) et d'engraissement : des engraisseurs s'associent pour construire une maternité collective de plusieurs centaines de truies et sécuriser leur approvisionnement en porcelets présentant de bonnes garanties sanitaires.

Les engraisseurs représentent le tiers des élevages. Une autre spécificité française est que la structure familiale reste très forte, avec un financement quasi-exclusif par des capitaux familiaux. Cette situation est très différente de ce qui existe dans les autres pays producteurs, en Amérique, en Asie, mais aussi en Europe où se développent des élevages en multi-sites hébergeant plusieurs milliers de truies, financés par de grosses sociétés, voire des fonds de pension. On constate depuis 2001 une croissance du nombre d'élevages fabriquant l'aliment à la ferme, qui concerne désormais 31% des places de truies et 29% des places de porcs à l'engraissement.

A côté de ces élevages organisés, les productions alternatives de « Porc Label Rouge » et « Porc Bio » se développent régulièrement (Calvar, 2009). La proportion de ces productions reste faible :

- les Porcs Label Rouge ne représentant que 3,5% de la production porcine française, pour 40% localisée en Bretagne, les deux autres régions productrices étant l'Aquitaine et le Limousin. Néanmoins, cette production a bondi en deux ans, passant de 300 000 têtes en 2005 à 750 000 à partir de 2007. Elle représente 1% du marché de la charcuterie-salaison.

<footnote n="9">⁹ Dernier recensement disponible, source IFIP.</footnote>
Parallèlement, l'organisation de ces élevages évolue : 80% des élevages « Label » sont actuellement en bâtiment alors que les élevages plein air et sur paille n'en représentent chacun que 10%. En 2005, les trois types d'élevage étaient équitablement représentés.

- la production issue de l'agriculture biologique représente 0,4% du cheptel reproducteur, avec 5 000 truies réparties dans 251 élevages. La production a fortement augmenté en 2006 et 2007 (+17%) mais se tasse depuis. Les élevages sont de petites structures, avec des effectifs inférieurs en moyenne à 20 truies. Dans les grosses régions productrices, respectivement les Pays de la Loire (22% de la production nationale) et la Bretagne (15%), les effectifs sont un peu supérieurs, la taille moyenne des troupeaux se situant respectivement aux alentours de 40 et 25 truies.

En outre, de nombreux groupements de producteurs, d'abatteurs et de distributeurs ont établi des cahiers des charges en vue d'obtenir la certification de conformité pour leurs produits (CCP) : en février 2011, selon l'inventaire du ministère de l'agriculture, il en existait 6 pour des porcs, 29 pour de la viande de porc, 2 pour des truies et 4 pour de la viande de coche, et 12 pour de la charcuterie (dont 3 pour du jambon sec) (CGAAER, 2012).

Toutes productions confondues, la production française peut être considérée comme très performante, à la fois en termes de nombre de porcs produits par portée, mais aussi de croissance et de qualité de la viande. Le coût alimentaire qui représente 60% du prix de revient en moyenne est le premier poste de dépense. Il a atteint un pic de près de 68% en 2008, pour redescendre sensiblement depuis mais reste toujours le premier poste pesant sur le prix de revient. Les dépenses de santé tendent à diminuer, avec une augmentation de la part des vaccins et une réduction des anti-infectieux (0,41 euros pour 100 kg de carcasse) (Correge et al., 2012). L'abattage est concentré sur les zones de forte production, pour réduire les frais de transport et rationaliser la transformation.

Avec 34 kg par an et par habitant, le porc est la première viande consommée en France. Les trois quarts étant dégustés sous la forme de produits de charcuterie, un quart sous la forme de viande fraîche<fnref n="10" />. La charcuterie compte plus de 400 produits différents (rillettes, andouille, boudin, jambon sec ou à l'os, petit salé...).

Cette filière emploie environ 106 000 personnes, en emplois directs et indirects, dont : éleveurs (13 000 emplois), aliment du bétail, groupements de producteurs et autres services (6 400 emplois), abattage-découpe et salaisons (54 000 emplois), distribution spécialisée et part dévolue au porc dans la grande distribution (33 000 emplois) (IFIP et INAPORC communications personnelles). Pour la seule Bretagne, la filière porcine représente 30670 emplois directs (CRAB, 2011).

### 4.3.2 Principales maladies bactériennes rencontrées dans la filière et modalités d'utilisation des antibiotiques

Prises sous l'angle de leur impact sur le nécessaire recours aux antibiotiques, les maladies infectieuses du porc, essentiellement bactériennes, peuvent être inventoriées par stade physiologique. En effet, le choix des traitements, à la fois en termes de molécule et de voie d'administration, dépend largement de l'âge des animaux. Les infections virales et les infestations parasitaires pourront être mentionnées pour mémoire du fait de leur effet potentialisateur sur les infections bactériennes.

#### 4.3.2.1 La truie

* Appareil urogénital

Les infections urogénitales sont très fréquentes et pèsent lourdement sur la reproduction. Elles débutent en général par une infection vulvaire et vaginale à partir des souillures de l'environnement : souches banales d'Escherichia coli le plus souvent, *Trueperella pyogenes* (anciennement *Arcanobacterium pyogenes*), *Proteus*, entérocoques... Ces infections nécessitent un traitement local et général sur environ 15% des truies à la mise-bas pour éviter des métrites et des infertilités ultérieures. Elles se compliquent souvent d'une infection urinaire ascendante et provoquent des cystites banales qui ne doivent cependant pas être négligées car elles peuvent induire des néphrites et pyélonéphrites. Le diagnostic est précisé par l'analyse d'urine, en particulier la mise en évidence de nitrites qui peut se faire dans l'élevage sans examen complémentaire et doit déclencher des

<footnote n="10">¹⁰ http://www.leporc.com/economie/consommation.html (consulté le 16 décembre 2013)</footnote>
mesures préventives et curatives appropriées. Le plus souvent, une amélioration de l'hygiène du sol, l'acidification de l'urine par le biais de l'alimentation, l'ajustement de la consommation d'eau permettent de contrôler la situation. Les cas plus graves nécessitent le recours à l'antibiothérapie.

L'infection bactérienne spécifique qui mérite sans doute la plus grande attention est la leptospirose. Provoquée par la consommation d'eau ou d'aliments souillés par un des différents sérovars pathogènes de bactéries du genre *Leptospira*, elle peut provoquer des retours en chaleurs, des avortements à différents stades de gestation ou des métrites. C'est une infection enzootique qui persiste dans les élevages car le réservoir naturel est régulièrement enrichi à la fois par les rongeurs et les porcins eux-mêmes. La confirmation du diagnostic est difficile et elle est sans doute sous-évaluée. Elle nécessite des traitements anti-infectieux réguliers, le plus souvent des tétracyclines par voie orale, à posologie élevée et pendant au moins une semaine qui permettent de contrôler les manifestations cliniques sans supprimer le portage. Il n'existe pas de vaccin disponible en France.

La brucellose à *Brucella suis* provoque des avortements mais elle est très rare, hormis dans les élevages plein-air susceptibles d'être contaminés par les sangliers. C'est une zoonose. La maladie appartient à la liste des maladies de catégorie 2. La réglementation prévoit l'élimination (dans les 30 jours pour les reproducteurs, après engraissement éventuel pour les autres sujets) du troupeau.

Le rouget, dû à *Erysipelothrix rhusiopathiae*, une bactérie très répandue dans l'environnement, qui provoque des septicémies accompagnées d'une fièvre intense et des avortements. L'infection déclarée répond très bien à l'antibiothérapie, mais est surtout prévenue par la vaccination systématique des truies dès la mise à la reproduction.

* Appareil respiratoire

Les infections respiratoires bactériennes sont relativement rares chez la truie, et compliquent souvent une infection virale aiguë, en particulier par un virus grippal (N1N1, H2N3, H1N2). Dans la plupart des cas, la bactérie en cause est *Pasteurella multocida*, qui provoque l'apparition de lésions de broncho-pneumonie plus ou moins étendues, localisées sur les parties craniales des poumons. La cochette future reproductrice mérite une mention particulière car elle est mal immunisée lorsqu'elle est introduite dans un troupeau conventionnel de statut microbien différent de son troupeau d'origine et peut présenter des manifestations assez sévères, dues à des bactéries beaucoup plus souvent impliquées chez le porcelet, sur lesquelles nous reviendrons (*Mycoplasma hyopneumoniae*, *Actinobacillus pleuropneumoniae*, *Haemophilus parasuis*, *Pasteurella multocida*, etc.). Le choix du traitement doit bien évidemment être adapté à la bactérie en cause, administré par voie orale ou, de préférence, parentérale : macrolide pour les mycoplasmes, amoxicilline ou sulfamides-triméthoprime pour *Actinobacillus* et/ou *Haemophilus*, tétracyclines ou sulfamides-triméthoprime pour *Pasteurella*.

* Appareil locomoteur

Les arthrites sont classiques et peuvent être dues à une infection spécifique par *Mycoplasma hyosynoviae*, nécessitant une antibiothérapie individuelle parentérale à l'aide d'un macrolide ou apparenté (tiamuline), ou à des infections non spécifiques consécutives à des lésions cutanées ou des ulcères de la sole, qui feront aussi l'objet d'un traitement individuel parentéral, mais avec un antibiotique à large spectre.

### 4.3.2.2 Le porcelet sous la mère

* Appareil digestif

Chez le porcelet sous la mère, on rencontre surtout des **entérites**, d'autant plus graves qu'elles sont plus précoces puisque le porcelet se défend très mal contre la déshydratation et la sous-nutrition. Les entérites bactériennes les plus fréquentes sont dues à des colibacilles pathogènes pourvus de facteurs d'attachement (F5, F6, 987p, F41) et produisant des entérotoxines. A leur côté, peuvent intervenir des bactéries à Gram positif, *Clostridium perfringens* type A toxinogènes, *Clostridium difficile* et *Enterococcus durans*, *hirae* ou *villorum*. Ces infections diffèrent peu cliniquement, mais leur sensibilité aux antibiotiques est très différente et peut conduire à des échecs thérapeutiques. La
vaccination des truies protège très efficacement le porcelet par l'intermédiaire du colostrum mais les vaccins disponibles ne concernent qu'*Escherichia coli* et *Clostridium perfringens*.

**Les infestations parasitaires** provoquent des diarrhées faiblement contagieuses, souvent bénignes, mais à l'origine de retards de croissance. La plus fréquente est la **coccidiose**, qui survient vers l'âge de 10 jours et se traduit par une diarrhée de consistance et de couleur « mayonnaise ». Il est important de la diagnostiquer car le traitement est spécifique (toltrazuril). Le recours aux antibiotiques est totalement inutile, voire dangereux du fait de la sélection de bactéries résistantes.

* Appareil locomoteur

Les autres infections fréquentes à ce stade de l'élevage sont les **arthrites**. Elles sont dues à des infections diverses où prédominent divers sérotypes de streptocoques et de staphylocoques et leur cause primaire se trouve dans des fautes d'hygiène lors des interventions banales : injections de fer, coupe des dents, des queues, castration. Elles peuvent être également liées à des infections ombilicales, à des morsures et à des excoriations sur les aspérités du sol et du matériel. Une stricte hygiène des locaux et des interventions permettent de les éviter. Dans les élevages vétustes, des injections préventives d'un antibiotique à large spectre sont réalisées afin de limiter le développement ultérieur de lésions graves, incurables et très douloureuses pour les animaux.

* Dermatologie

*Staphylococcus hyicus*, agent de l'épidermite exsudative, provoque une atteinte cutanée superficielle généralisée, le plus souvent sous forme de cas isolés. Elle peut être préoccupante par son caractère répétitif dans certains élevages et nécessiter un traitement antibiotique, de préférence après réalisation d'un antibiogramme car cette bactérie est parfois très résistante. Dans tous les cas une hygiène stricte est indispensable.

#### 4.3.2.3 Le sevrage et le post-sevrage

* Appareil digestif

Les infections dominantes sont là encore les infections colibacillaires, avec deux formes cliniques : la forme entéritique et la maladie de l'œdème, qui peuvent d'ailleurs coexister dans le même élevage. Les sérotypes sont différents de ceux qui sont rencontrés en maternité, mais les souches sont elles aussi porteuses de facteurs d'attachement : F104, F18, et produisent des entérotoxines et une vérotoxine dans le cas de la maladie de l'œdème.

Il n'est pas possible de vacciner contre les colibacilloses du sevrage. Le contrôle des colibacilloses s'appuie sur des mesures diététiques et sur l'application de mesures d'hygiène rigoureuses. Dans une majorité de cas, malgré la correction de différents facteurs favorisants, la sévérité et l'incidence élevée de la maladie imposent la mise en place de traitements préventifs. Un antibiotique par voie orale (le plus souvent colistine, parfois aminosides) après le sevrage ou après la transition alimentaire 1er-2ième âge, via l'aliment ou l'eau de boisson est prescrit.

Lorsque la situation est plus complexe, d'autres molécules doivent être utilisées, sur la base d'un examen bactériologique et d'un antibiogramme. Le choix de l'antibiotique sera conditionné par les données de l'antibiogramme mais aussi par les propriétés pharmacocinétiques, le mode d'administration et la tolérance locale et générale de la spécialité (Anses, 2013a).

A noter que de nombreux pays européens peuvent utiliser l'oxyde de zinc en prévention dans l'aliment de sevrage, ce qui n'est pas le cas en France.

* Systémique

La streptococcie chez le porcelet au sevrage est due à l'un des nombreux sérotypes pathogènes de *Streptococcus suis* : parmi 35 types capsulaires, les plus fréquents sont les types 1 à 8, le 2 étant le plus souvent isolé en France. On trouve aussi le 1 sur les porcelets et le 9 dans des cas d'arthrites.

En post-sevrage, deux formes cliniques peuvent être rencontrées : une forme septicémique, et une forme nerveuse évoluant rapidement vers la mort si on n'intervient pas très rapidement. La mortalité préoccupante dans certains élevages est en général de l'ordre de 5%, et réapparaît régulièrement quelques semaines après le sevrage.
#### 4.3.2.4 L'engraissement

* Appareil digestif

Les infections digestives sont fréquentes, mais *Escherichia coli* n'est que rarement en cause et ne provoque pas de troubles aussi graves qu'en maternité et en post-sevrage. On rencontrera surtout *Lawsonia intracellularis*, l'agent du « complexe adénomatose intestinale » et des spirochètes. *Lawsonia intracellularis* est sensible aux macrolides par voie orale, les formes aiguës nécessitant un traitement individuel par voie parentérale. Il existe un vaccin, administré par voie orale au moment du sevrage. Il est très efficace, à condition de ne pas donner en même temps un traitement antibiotique par la même voie.

Les spirochétoses sont dues à deux sortes de spirochètes : *Brachyspira pilosicoli*, un spirochète faiblement hémolytique, et *Brachyspira hyodysenteriae*. Tous les spirochètes sont sensibles aux macrolides.

* Appareil respiratoire

Les infections respiratoires sont très fréquentes chez le porc à l'engraissement. Le plus souvent chroniques, elles sont multifactorielles. Les conditions d'élevage et en particulier de ventilation, interviennent de façon cruciale sur l'apparition, l'évolution et la gravité des troubles.

- La rhinite atrophique est une affection chronique qui se développe progressivement, induisant une destruction plus ou moins sévère des cornets nasaux. Elle est due soit à *Bordetella bronchiseptica* (rhinite régressive), soit à l'association d'une souche de *Pasteurella multocida* produisant une toxine dermo-nécrotique et de *Bordetella bronchiseptica* (rhinite progressive). L'évolution peut être stoppée par un traitement antibiotique approprié, mais le meilleur moyen de contrôle consiste en la vaccination des truies en fin de gestation pour prévenir la colonisation des cavités nasales du porcelet à partir des bactéries portées par la truie.

- Les pneumonies sont beaucoup plus lourdes de conséquences. L'agent infectieux majeur est *Mycoplasma hyopneumoniae*, agent de la pneumonie enzootique. Le suivi des lésions à l'abattoir permet d'évaluer la prévalence et la gravité de l'infection. Non compliquée, la pneumonie enzootique peut être traitée avec des antibiotiques de la famille de macrolides ou des tétracyclines. La vaccination est très efficace, à condition de bien connaître la cinétique d'infection pour choisir des modalités de vaccination bien adaptées. La bactérie étant transmise de la truie au porcelet, il est important de connaître le degré de contamination des reproducteurs pour bien maîtriser l'infection sur les issus, même si la clinique est quasi-inexistante chez la truie.

L'infection par *Mycoplasma hyopneumoniae* est souvent compliquée par d'autres infections virales ou bactériennes: les virus grippaux, SDRP, PCV2, ainsi que le coronavirus respiratoire porcin (CVRP) assurent le déclenchement d'une infection aiguë très contagieuse et aggravent également l'évolution. Une circulation mal contrôlée des virus SDRP et PCV2 est particulièrement délétère, ces deux virus étant immunodépresseurs, en plus de leur effet direct sur les poumons. Il est alors difficile de contrôler la situation avec la seule vaccination assortie de mesures sanitaires. Des traitements antibiotiques lourds sont alors nécessaires. *Pasteurella multocida*, *Haemophilus parasuis*, *Trueperella pyogenes*, *Streptococcus suis* aggravent les lésions et nécessitent un ajustement des traitements. Les lésions prennent alors une allure exsudative avec parfois des abcès pulmonaires.

- L'actinobacillose à *Actinobacillus pleuropneumoniae* est certainement la plus sévère des infections respiratoires. Les coûts directs et indirects de cette maladie sont considérables. Elle peut être contrôlée par la vaccination, qui, réalisée sur le porcelet évite les pertes les plus importantes, mais ne supprime pas le portage, l'infection étant transmise par les reproducteurs qui font l'objet d'une infection asymptomatique et contaminent très tôt leur progéniture. Les mesures sanitaires et les conditions d'élevage, en particulier les conditions de ventilation, jouent un rôle majeur dans la maîtrise de l'expression clinique, mais l'infection est très difficile à éradiquer du fait de son mode de transmission. Le recours aux antibiotiques est souvent indispensable, en particulier lorsque la maladie explose en fin d'engraissement.
* Appareil locomoteur

Enfin, on observe parfois des **arthrites** en engraissement. Outre les séquelles d'arthrites non spécifiques contractées en maternité, il faut signaler les infections par *Mycoplasma hyorhinis*, *Mycoplasma hyosynoviae*, ou *Haemophilus parasuis* ; des arthrites peuvent être également dues au bacille du rouget. Elles sont rares car la vaccination des truies permet en général de protéger les porcs charcutiers jusqu'à l'abattage, mais dans certains élevages, elles peuvent revêtir une allure contagieuse et nécessiter un traitement spécifique, par voie parentérale. La bactérie est peu résistante, mais la localisation articulaire des lésions rend la guérison difficile.

Les cartographies 5 à 11 synthétisent les principales pratiques d'utilisation des antibiotiques dans la filière porcine.

Sur ces cartographies, la voie orale* regroupe les administrations *per os* autres que *via* les prémélanges médicamenteux.

Le colibacille, principalement dans ses implications dans les troubles digestifs, est le premier contributeur à l'utilisation d'anti-infectieux en pathologie porcine.

L'utilisation d'anti-infectieux en pathologie respiratoire, grâce au développement de la vaccination contre les mycoplasmes tend à diminuer. Néanmoins, de nombreuses utilisations en pathologie respiratoire, sont effectuées à mauvais escient lors de passages viraux en engraissement qui, le plus souvent, ne nécessitent pas de faire appel à des anti-infectieux. Des outils de diagnostic rapide pourraient pallier ces mauvaises et inutiles utilisations thérapeutiques.
<figure><img src="image_28.png" /><figcaption>Cartographie 5: Porcelets sous la mère</figcaption></figure>
<figure><img src="image_29.png" /><figcaption>Cartographie 6 : Porcs post sevrage- Digestif, respiratoire, systémique</figcaption></figure>
Cartographie 7 : Porcs post sevrage - locomoteur, dermatologique

<figure><img src="image_30.png" /></figure>

Cartographie 8 : Porcs engraissement – digestif, respiratoire, systémique

<figure><img src="image_31.png" /></figure>
<figure><img src="image_32.png" /><figcaption>Cartographie 10 : Reproducteurs– respiratoire, systémique</figcaption></figure>

<figure><img src="image_33.png" /></figure>
<figure><img src="image_34.png" /><figcaption>Cartographie 11 : Reproducteurs – locomoteur, uro-génital, dermatologie</figcaption></figure>
### 4.3.3 Evolution des ventes d'antibiotiques en production porcine sur 10 ans

Les données d'exposition présentées ci-dessous sont obtenues à partir des déclarations des ventes d'antibiotiques (cf 3.2.2.3).

En 2012, les porcs sont traités principalement avec des polypeptides, des tétracyclines, puis avec des pénicillines et des macrolides, viennent ensuite les traitements à base de sulfamides et triméthoprime, et les traitements à base d'aminoglycosides.

Les porcs sont principalement traités par la voie orale, les traitements antibiotiques *via* les prémélanges médicamenteux ont diminué au cours des dernières années, alors que les traitements sous forme de poudres ou solutions orales ont été de plus en plus utilisés.

Compte tenu des variations de la masse de porcs potentiellement consommateurs d'antibiotiques, l'exposition des porcs aux antibiotiques a diminué de 26,2% sur les 5 dernières années et entre 2011 et 2012, l'exposition a diminué de plus de 10%.

Après avoir fortement augmenté entre 2002 et 2007, l'exposition aux céphalosporines de dernières générations a stagné entre 2007 et 2010, et a diminué de 62,1% entre 2010 et 2012 suite à la limitation de l'utilisation du ceftiofur et du cefquinome par la filière porcine. L'exposition aux fluoroquinolones a diminué de 24,7% sur les 5 dernières années mais a augmenté de 11,3% entre 2011 et 2012 (Figure 15).

<figure><img src="image_35.png" /><figcaption>Figure 15 : Evolution de l'exposition des porcs aux différentes familles d'antibiotiques entre 2003 et 2012</figcaption></figure>

### 4.3.4 Principales résistances aux antibiotiques

Entre 2003 et 2012, 24058 antibiogrammes relatifs aux porcs ont été enregistrés par l'Anses. Ils ont été transmis par 56 laboratoires, dont dix représentaient 94% des données. Toutes maladies confondues, les antibiogrammes concernant *E. coli* étaient majoritaires (59%).

#### 4.3.4.1 *E. coli*

* L'analyse de l'évolution de l'antibiorésistance d'E. coli a été réalisée pour les antibiotiques les plus fréquemment testés : l'amoxicilline, le ceftiofur, la néomycine, la gentamicine, l'acide oxolinique, l'enrofloxacine, la tétracycline et l'association triméthoprime-sulfamide. Entre 2003 et 2010, les analyses statistiques (Chi-2 de tendance, p<0,05) ont mis en évidence une diminution de la proportion des E. coli sensibles à l'ensemble de ces antibiotiques, à l'exception de la tétracycline et de l'association triméthoprime-sulfamide.
Néanmoins, les données 2011 et 2012 montrent un arrêt de cette diminution sauf pour la gentamicine et l'amoxicilline (Figure 16).

<figure><img src="image_36.png" /><figcaption>Figure 16 : Evolution de la proportion d'E. coli sensible aux antibiotiques les plus fréquemment testés chez le porc, tous âges et infections confondus (Données Résapath)</figcaption></figure>

* Résistance à la colistine

En Europe, il ressort des données de la littérature que les taux de résistance observés sur les E. coli digestifs d'animaux sains sont inférieurs à 1%, lorsque la sensibilité est évaluée par détermination des CMI. Chez les souches de porcs malades, le pourcentage est supérieur (3% en Croatie, 9,6% en Belgique) (Boyen et al., 2010; Habrun et al., 2011). Les données Résapath font état en France d'un taux de résistance inférieur à 1% chez les truies et de 2% chez les porcelets en 2012, après une variation de 5 à 10% entre 2007 et 2011 (Anses, 2013b). En Asie, des pourcentages plus élevés sont enregistrés pour les souches d'animaux sains (3% en Corée)(Byun et al., 2012), et surtout sur des porcs présentant de la diarrhée (plus de 30% au Japon ou en Chine) (Harada et al., 2005; Lu et al., 2010). Une vaste enquête concernant plus de 40000 bacilles à Gram négatif (Gales et al., 2011) issus de différentes régions du monde, rapporte qu'il n'y a pas d'augmentation de la résistance vis-à-vis de la colistine parmi les souches humaines d'E. coli ou de Pseudomonas aeruginosa.

En conclusion, ces données sont convergentes et montrent un faible taux de résistance malgré une forte utilisation de la colistine chez le porc. Cependant, il convient de rappeler que la mesure de la résistance à la colistine rencontre des difficultés techniques liées à la méthode de détermination de la sensibilité à cet antibiotique par la diffusion en gélose, méthode utilisée en routine dans les laboratoires (cf § 2.4.2). Les résultats sont donc à prendre avec précaution.

### 4.3.4.2 Autres bactéries

Trois autres espèces bactériennes représentent chacune plus de 5% des antibiogrammes enregistrés par Résapath en 2012 pour le porc : *Streptococcus suis* (12%), *Pasteurella multocida* (6%) et *Actinobacillus pleuropneumoniae* (6%).

#### 4.3.4.2.1 Streptococcus suis

Depuis 2002, le CA-SFM ne donne plus de diamètre critique pour l'amoxicilline vis-à-vis des streptocoques en raison du choix de l'oxacilline comme marqueur le plus fiable de la résistance aux bétalactamines. Néanmoins, cet antibiotique reste fréquemment testé par les laboratoires d'analyses en raison de son utilisation pour lutter contre les infections dues à cette bactérie. Les diamètres critiques utilisés sont alors ceux édités en 2001 (14 et 21 mm) et qui sont à nouveau édités en 2013 par le CA-SFM. En 2012, aucun S. suis n'a été détecté résistant à l'amoxicilline.
Plus de 90% des *S. suis* sont sensibles aux aminosides (disques hautement chargés). Peu de *S. suis* sont sensibles aux cyclines et aux macrolides-lincosamides (25% et 24 à 29% respectivement). Pour ce dernier groupe d'antibiotiques, le phénotype $MLS_B$ constitutif est majoritaire (Tableau 8).

<table><caption>Tableau 8 : Sensibilité (% S) de *Streptococcus suis* (N = 329) aux antibiotiques les plus fréquemment testés chez le porc en 2012 (Données Résapath)</caption><thead><tr><th>Antibiotique</th><th>Total (N)</th><th>% S</th></tr></thead><tbody><tr><td>Amoxicilline</td><td>287</td><td>100</td></tr><tr><td>Tétracycline</td><td>248</td><td>25</td></tr><tr><td>Doxycycline</td><td>133</td><td>28</td></tr><tr><td>Erythromycine</td><td>255</td><td>29</td></tr><tr><td>Spiramycine</td><td>294</td><td>26</td></tr><tr><td>Lincomycine</td><td>315</td><td>24</td></tr><tr><td>Tylosine</td><td>301</td><td>25</td></tr><tr><td>Triméthoprime-Sulfamides</td><td>315</td><td>87</td></tr><tr><td>Streptomycine 500 µG</td><td>187</td><td>94</td></tr><tr><td>Kanamycine 1000 µG</td><td>122</td><td>90</td></tr><tr><td>Gentamicine 500 µG</td><td>188</td><td>99</td></tr></tbody></table>

#### 4.3.4.2.2 Pasteurella multocida

Les *P. multocida* isolées dans la filière porcine sont majoritairement sensibles aux antibiotiques les plus fréquemment testés. Aucun antibiogramme ne présente de résistance à l'association amoxicilline-acide clavulanique, au ceftiofur ou à l'enrofloxacine en 2012 (Tableau 9).

<table><caption>Tableau 9 : Sensibilité de *Pasteurella multocida* (N = 163) aux antibiotiques les plus fréquemment testés chez le porc en 2012 (Données Résapath)</caption><thead><tr><th>Antibiotique</th><th>Total (N)</th><th>% S</th></tr></thead><tbody><tr><td>Amoxicilline</td><td>155</td><td>99</td></tr><tr><td>Amoxicilline-Ac. clavulanique</td><td>134</td><td>100</td></tr><tr><td>Ceftiofur</td><td>161</td><td>100</td></tr><tr><td>Florfénicol</td><td>150</td><td>99</td></tr><tr><td>Tétracycline</td><td>153</td><td>95</td></tr><tr><td>Tilmicosine</td><td>145</td><td>99</td></tr><tr><td>Triméthoprime-Sulfamides</td><td>163</td><td>80</td></tr><tr><td>Enrofloxacine</td><td>160</td><td>100</td></tr><tr><td>Marbofloxacine</td><td>143</td><td>99</td></tr></tbody></table>

#### 4.3.4.2.3 Actinobacillus pleuropneumoniae

Plus de 94% des *A. pleuropneumoniae* sont sensibles à la majorité des antibiotiques testés, à l'exception de la tétracycline (89%) (Tableau 10).
<table><caption>Tableau 10 : Sensibilité d'Actinobacillus pleuropneumoniae (N = 160) aux antibiotiques les plus fréquemment testés chez le porc en 2012 (Données Résapath)</caption><thead><tr><td>Antibiotique</td><td>Total (N)</td><td>% S</td></tr></thead><tbody><tr><td>Amoxicilline</td><td>159</td><td>97</td></tr><tr><td>Amoxicilline-Ac. clavulanique</td><td>140</td><td>100</td></tr><tr><td>Ceftiofur</td><td>160</td><td>99</td></tr><tr><td>Florfénicol</td><td>159</td><td>99</td></tr><tr><td>Tétracycline</td><td>160</td><td>89</td></tr><tr><td>Tilmicosine</td><td>159</td><td>94</td></tr><tr><td>Enrofloxacine</td><td>160</td><td>99</td></tr><tr><td>Marbofloxacine</td><td>149</td><td>99</td></tr><tr><td>Triméthoprime-Sulfamides</td><td>159</td><td>96</td></tr></tbody></table>
## 4.4 Filières ruminants

La majorité des informations de ce paragraphe sont issues des informations fournies par l'Institut de l'Elevage, le CNIEL, Agreste et l'Office de l'élevage (Agreste, 2006; CNIEL, 2012; Institut de l'Elevage, 2008; Institut de l'Elevage, 2011; Institut de l'Elevage, 2013a; Institut de l'Elevage, 2013b; Office de l'Elevage, 2006; Prache et al., 2013).

### 4.4.1 Organisation de la filière bovine

La France est le premier producteur de bovins de l'Union européenne. Elle produit plus de 20 % de la viande bovine européenne et sa production est diversifiée : viande de vache, mais également viande de jeune bovin, de bœuf et de veau. C'est aussi le premier consommateur européen de viande bovine, avec 1.6 millions de tonnes équivalent carcasse (tec) consommés sur 7.5 millions pour toute l'Union Européenne et 25 kg consommés par habitant et par an.

En ce qui concerne la production laitière, la France se classe au 2ème rang européen derrière l'Allemagne. Le lait est un produit à 90% transformé et les français sont les premiers consommateurs de beurre et les deuxièmes consommateurs de fromages d'Europe.

#### 4.4.1.1 **Production de viande bovine**

* Diversité des types de production de viande bovine

La production bovine française est caractérisée par la diversité des types et système de productions, conduisant à différents types de bovins en France (On peut structurer les exploitations de production de viande bovine selon 3 grands types d'élevage : les élevages 'naisseurs' réalisant la vente d'animaux nés sur leurs exploitations et qui seront engraisSED à l'extérieur: les élevages 'engraisseurs' qui achètent des animaux maigres et les engraissent; les élevages 'naisseurs-engraisseurs qui effectuent l'engraissement des animaux nés sur leurs exploitations. En terme de type d'animal produit, de façon simplifiée, on trouve des bovins de moins d'un an (dont les veaux de boucherie), les jeunes bovins (taurillons) de 1 à 2 ans d'âge, les taureaux (non castrés de plus de 2ans), les génisses (jeunes femelles n'ayant pas encore vêlé), les vaches (de type laitier ou allaitant).

Les systèmes de productions associés à ces différents types d'animaux sont caractérisés par des pratiques alimentaires et d'élevages variées en relation avec des objectifs de production différents:

* ✓ Pour les veaux de boucherie, il s'agit d'une production en ateliers spécialisés, essentiellement intégrée, à partir de veaux de races majoritairement laitières. Les animaux, sevrés de leur mère, sont transportés à l'âge de dix jours vers un atelier d'engraissement;

* ✓ Pour les jeunes bovins (taurillons) issus des troupeaux laitiers, une alimentation fortement concentrée du point de vue énergétique et protéique (association d'ensilage de maïs, de céréales et de soja) permet une croissance rapide pour un âge d'abattage vers 15-18 mois (poids de carcasse aux alentours de 350 kg);

* ✓ Pour les jeunes bovins (taurillons) issus des races à viande, leur abattage vers 15-18 mois conduit à des poids d'abattage un peu plus élevés (400 kg), généralement après une phase de pâturage jusqu'à 10 mois suivie d'une phase d'engraissement comparable à celle des taurillons laitiers;

* ✓ Les bœufs (animaux mâles castrés) permettent pendant leur phase d'élevage la valorisation des surfaces herbagères au sein des systèmes herbagers spécialisés. Leur mise à l'engraissement tardive conduit à des poids de carcasse moyen de 320 à 380 kg pour les animaux de type laitier et de 450 kg pour les races à viande, et correspondent à un âge d'abattage moyen de 36 mois (26-46 mois);

* ✓ Les vaches de réforme constituent un groupe hétérogène en termes d'âge et de poids d'abattage, résultant de la diversité des races, des effectifs disponibles pour chaque race et des pratiques d'élevage.

* Concentration et spécialisation de la production de viande de bovins

Le nombre total d'élevages produisant des bovins a été réduit de près d'un quart durant les 6 dernières années (235000 élevages produisaient des bovins en 2010), du fait d'une réduction forte des petits élevages sur cette période (-36% sur 5 ans) et des élevages laitiers (-25%) alors que les élevages mixtes (bovins lait + viande ou allaitant) ne régressaient que de 15% environ ; quant aux
effectifs des élevages spécialisés (produisant un seul type de bovins), ils n'ont régressé que de 7%. Cette variation des effectifs d'élevage s'est accompagnée d'un accroissement de la taille des ateliers d'animaux élevés, quel que soit le type de production.

* Tonnage et effectifs bovins abattus

Depuis les années 2000 on constate, tous types de bovins confondus, une lente érosion (-5%) des effectifs abattus (un peu plus de 5 millions de bovins abattus en 2010. Le tonnage de bovins abattus représente en 2010 environ 1,35 millions de tonnes équivalent carcasse (TEC), dont 35% sont issus des réformes des vaches laitières en fin de carrière et 65% sont issus des troupeaux 'spécialisés viande'.

### 4.4.1.2 Systèmes de production laitière

En 2011, la France a produit environ 24 millions de tonnes de lait et constitue le deuxième pays producteur d'Europe (production totale UE de 138 millions de tonnes). Cette production est assurée par un nombre toujours plus faible d'éleveurs laitiers : la réduction du nombre d'éleveurs, initiée à partir des quotas laitiers instaurés au milieu des années 80, continue de s'effectuer au rythme de 3% par an depuis 2000 : aujourd'hui mois de 75000 éleveurs laitiers elèvent un total de 3,7 millions de vaches.

Cette production est essentiellement assurée dans les zones 'Grand Ouest', 'Normande', 'Nord-Picardie' et 'Grand-Est' qui représentent plus de 70% de la collecte nationale. La localisation de l'essentiel de cette production dans ces zones est largement due à la dépendance de ce type de production vis à vis des surfaces herbagères qui constituent une part majoritaire de l'alimentation des vaches laitières.

### 4.4.1.3 Systèmes de production de veaux de boucherie

La France est le premier producteur et le premier consommateur de veau en Europe devant les Pays Bas et l'Italie (IDELE, 2012). L'Hexagone produit 30% du tonnage européen et en consomme 37%. L'élevage français se caractérise par une production de veaux à 80% laitiers (race Prim'Holstein prédominante). La production des veaux de boucherie est essentiellement localisée dans le Grand Ouest et le Sud-Ouest (3/4 de la production française), le Centre-Est étant, quant à lui, grand pourvoyeur de veaux nouveau-nés.

Les veaux de boucherie laitiers sont en grande majorité des mâles qui représentent en moyenne 85% des abattages.

La taille des élevages de veaux de boucherie laitiers est relativement faible en France par rapport à ce qui est observé aux Pays Bas et en Italie, avec en moyenne 400 veaux livrés par an (chiffre 2011), selon la Base de Données Nationale d'Identification (BDNI).

L'immense majorité des élevages travaille dans le cadre d'une intégration, avec une société livrant les veaux et l'alimentation à l'éleveur.

## 4.4.2 Systèmes de production ovins

### 4.4.2.1 Les filières de production

Le cheptel ovin français se caractérise par deux spécialisations : vocation viande ou vocation laitière. Depuis 2000, le cheptel allaitant est en constante régression, passant de 5 millions de brebis allaitantes en 2000 pour atteindre 3,8 millions en 2011. A l'inverse, le troupeau laitier est resté relativement stable autour de 1,8 millions de brebis durant cette même période. En ajoutant à cet ensemble les ovins mâles, l'effectif total d'ovins est de 7,5 millions de têtes en 2012.

Bien que la répartition des zones de production s'effectue sur l'ensemble du territoire national, les cheptels allaitants sont surtout localisés dans le sud de la France, les cheptels laitiers sont quant à eux essentiellement localisés dans le Sud-ouest (Région Midi-Pyrénées, puis l'Aquitaine), et pour une part plus faible dans le sud-est de la France. Au sein de l'Europe, la France est le cinquième pays pour le cheptel allaitant (environ de 7% de l'effectif total européen, soit 24,7 millions de têtes), et le troisième pour le cheptel laitier (environ 11% de l'effectif total européen de 39,3 millions de têtes). Cette répartition majoritaire des ovins à viande par rapport aux ovins laitiers est proche du
ratio observé au niveau européen (2/3 pour le cheptel allaitant pour 1/3 concernant le troupeau laitier).

Le nombre total d'élevages produisant des ovins a fortement régressé de près de 40% entre 2000 et 2010 (56000 élevages en 2010), essentiellement dû à une réduction des élevages d'ovins allaitants (-42%), alors que les élevages laitiers étaient moins impactés (-8% sur la même période). Cette régression des élevages d'ovins allaitants est essentiellement due à celle des exploitations mixtes exploitant ovins et bovins à viande simultanément, et représente donc une spécialisation partielle des troupeaux.

### 4.4.2.2 Types de production d'agneau

Dans les élevages à vocation viande, il est possible de définir des types spécialisés et des types mixtes. Dans les élevages dits mixtes, les ovins sont souvent associés à des productions de céréales, ou à des bovins viande ou enfin à des bovins laitiers. Dans ces systèmes, les ovins sont essentiellement destinés à valoriser les surfaces à faibles potentiels de rendement, les zones humides ou difficilement mécanisables. Dans les systèmes dits spécialisés, on distingue les systèmes associés aux cultures de vente, les systèmes à base d'herbe (intensifs ou non), les systèmes pastoraux, et enfin les systèmes de montagne.

La production d'agneaux pour la boucherie peut se faire soit en bergerie, soit à l'herbe, même si également dans ce dernier cas, une part importante de l'alimentation s'effectue à base d'aliments concentrés pour des objectifs économiques. L'élevage d'agneau de bergerie est particulièrement adapté aux régions ou la disponibilité en céréales est élevée, ainsi que dans celles où la disponibilité fourragère est faible ; ces agneaux sont élevés durant 120 à 150 jours pour des poids de carcasse de moins de 18 kg. Des agneaux de type 'léger' peuvent être produits en 70 jours, avec un poids de carcasse de moins de 12 kg. A l'inverse les agneaux d'herbe sont produits en système où la disponibilité en herbe est plus régulière et plus importante, bien qu'il faille parfois complémenter leur ration avec des céréales ; ces agneaux sont élevés durant 120 à 180 jours pour des poids de carcasse de 18 à 20 kg.

Les abattages d'ovins sont structurellement en diminution depuis plus de 10 ans, avec près de 4 millions d'agneaux et 0,7 millions de brebis abattus en 2011, ce qui représente un ensemble d'environ 120000 TEC (tonnes équivalent carcasse) produites, soit 13% de la production de la CE (900 milliers de tonnes). La France est le second consommateur de viande ovine (214000 TEC, soit 3,3 kg/habitant/an) en Europe dont la consommation totale dépasse 1 million de tonnes. Cette consommation supérieure à la production est assurée par une importation de viande ovine en provenance de Nouvelle-Zélande sous forme congelée, et du Royaume Uni sous forme fraîche.

### 4.4.2.3 Production de lait

En termes de collecte, la France produit en 2011 près de 260 000 tonnes de lait, en constante augmentation depuis 2000 (+10%). La France est ainsi le 4ème pays producteur dans l'UE.

Cette production laitière est essentiellement consommée sous forme de fromage (56 000 tonnes en 2011) dont 2/3 sont réalisés dans le rayon de Roquefort. La consommation de fromage de brebis en France stagne néanmoins aux alentours de 25 000 tonnes par an depuis 10 ans.

### 4.4.3 Systèmes de production caprins

Cette filière est entièrement dédiée à la production laitière. La France a produit près de 640 mille tonnes de lait de chèvre en 2012, en croissance continue de plus de 60% depuis 2000: elle est ainsi la première collectrice en Europe qui a réalisé un total de 2,2 millions de tonnes. La production est livrée à 80%, et 20% sont transformés ou autoconsommés sur les exploitations. Cette production est assurée par un nombre toujours plus réduit d'exploitations dont l'effectif atteint 5300 en 2012, soit une réduction de plus de 30% par rapport à 2000 : cette réduction s'est accompagnée d'un accroissement total du nombre de chèvres laitières (880000 chèvres en 2012) et de l'effectif moyen des troupeaux. Ainsi, la part des troupeaux de grande taille (+ de 200 chèvres) a ainsi été quasiment multipliée par 3, et celle des petites exploitations (- de 50 chèvres) a été réduite de moitié entre 2000 et 2012.

Comme pour les ovins, la consommation s'effectue essentiellement sous forme de fromage, avec une production de 93000 tonnes et une consommation continûment croissante depuis 2001 qui s'établit à près de 51000 tonnes en 2012, soit environ 2,3 kg / ménage.
La production de lait de chèvre est très régionalisée, le Centre ouest (Centre, Pays de Loire, Poitou-Charentes) représentant à lui seul près de 60% de la collecte nationale, les autres régions étant principalement Midi-Pyrénées et Rhône-Alpes.

### 4.4.4 Principales maladies bactériennes rencontrées dans les filières de ruminants et modalités d'utilisation des antibiotiques

#### 4.4.4.1 Filière bovine

Dans le cadre de la saisine et comme pour les autres espèces, nous nous sommes limités ici aux maladies susceptibles d'engendrer des traitements antibiotiques, à savoir les maladies d'étiologie bactérienne. Notons toutefois que nous avons inclus dans les affections digestives justifiant d'un traitement antibiotique (sans les développer) les coccidioses car ces dernières peuvent entrainer un recours aux sulfamides.

Les principales affections à étiologie bactérienne touchant les bovins et pouvant régulièrement justifier une prescription antibiotique sont,

* d'une part, les mammites et les affections relevant de la reproduction (incluant ici notamment les métrites, les avortements et la prévention des complications des césariennes), ainsi que les affections locomotrices, qui concernent des vaches adultes ;

* d'autre part, les affections à tropisme digestif et respiratoire, qui concernent essentiellement des jeunes animaux (veaux, génisses et taurillons).

### Les affections des adultes

#### Les mammites

Les agents responsables de mammites chez les bovins sont très majoritairement des bactéries, au 1er rang desquelles on retrouve des streptocoques (Streptococcus uberis, S. dysgalactiae, S. agalactiae), des staphylocoques (Staphylococcus aureus mais aussi des staphylocoques à coagulase négative) et des bactéries Gram-négatives (E. coli, Klebsiella...).

La pathologie rencontrée et sa sévérité varient en fonction des modèles épidémiologiques rencontrés (réservoir environnemental ou réservoir mammaire) et des facteurs de risque présents sur l'élevage. Une forte proportion des vaches laitières est traitée au moins une fois par an par antibiothérapie afin de soigner les mammites en lactation ou au moment du tarissement. Cependant, de grandes disparités entre les élevages existent dans ces pratiques.

#### Les affections de l'appareil génital

Dans cet ensemble assez hétérogène, on trouve les non délivrances, les métrites puerpérales, les endométrites et les avortements.

Les rétentions placentaires peuvent résulter de placentites associées aux avortements, ou de défaut d'apport alimentaire (complément en minéraux et oligoéléments en période sèche). Elles font le lit des métrites.

Les métrites puerpérales (infections utérines intervenant dans les 3 premières semaines post partum) sont causées par des bactéries environnementales classiques en règle générale. Ces affections sont fréquemment traitées au moyen d'antibiotiques par voie générale et plus rarement par voie intra-utérine.

Les endométrites (affections utérines intervenant plus de 3 semaines post partum, à composante bactérienne et/ou inflammatoire) sont traitées au moyen d'antibiotiques par voie locale, intra-utérine.

Métrites et endométrites peuvent également être dues à des champignons (rarement), à des virus (qui coopèrent avec les bactéries présentes) et à des bactéries spécifiques (Coxiella par ex).

Les avortements bovins peuvent avoir une étiologie bactérienne, incluant des agents zoonotiques majeurs tels que Brucella, Salmonella, Listeria ou Coxiella burnetii. Lors d'apparition de flambée de cas d'avortements en élevages, dus à Coxiella burnetii ou Chlamydia abortus, une antibiprévention à l'aide de tétracyclines était pratiquée au cours du tarissement pour diminuer la pression infectieuse dans l'élevage, mais elle se trouve aujourd'hui de plus en plus remplacée par la vaccination contre Coxiella burnetii. Enfin des césariennes sont parfois effectuées et peuvent justifier une antibiothérapie.
## Les affections locomotrices

Les bovins adultes peuvent présenter assez souvent dans les conditions d'élevage habituelles des affections locomotrices. C'est la 3ème cause de réforme des vaches laitières. C'est également une cause fréquente de recours aux antibiotiques.

Ces affections sont le plus souvent des affections du pied des bovins, qui regroupent des maladies variées. Les principales sont la fourbure (d'étiologie multifactorielle mais essentiellement métabolique), et trois affections à étiologie bactérienne : le fourchet dont les agents sont *Dichelobacter nodosus* et *Fusobacterium necrophorum*, la dermatite digitale ou maladie de Mortellaro dans laquelle interviennent des spirochètes, et enfin le panaris interdigité (en réalité un phlegmon de la couronne) impliquant des bactéries banales. Seule, la dernière entité nosologique relève en principe d'un traitement antibiotique par voie générale ; pour les autres, la réalisation d'un parage préventif et, à défaut, curatif et la correction des facteurs de risque, éventuellement associée à un traitement local (antiseptique +/- antibiotique pour le fourchet et la maladie de Mortellaro), est à privilégier. Le recours aux traitements antibiotiques non justifié par défaut de diagnostic est relativement fréquent pour traiter ces affections.

## Les affections du jeune

Deux groupes d'affections sont responsables chez les jeunes bovins de la majorité des pertes tant directes (avec la mortalité induite) qu'indirectes (pertes de production...). Ces affections relèvent le plus souvent d'une étiologie bactérienne, et sont couramment à l'origine d'une prescription antibiotique.

## Les affections digestives

Les principales affections digestives induisant des traitements antibiotiques sont les gastro-entérites néonatales. Leur étiologie est très variée, comprenant des virus (rotavirus, coronavirus pour ne citer que les plus importants), des parasites (les cryptosporidies au 1er chef, les coccidies n'intervenant qu'à partir de 3 semaines d'âge) et des bactéries. Parmi ces dernières, la plus importante est *Escherichia coli*, responsable des colibacilloses surtout dans la première semaine de vie, voire dans les semaines suivantes (*E. coli* de types entéropathogènes). D'autres bactéries peuvent être retrouvées, mais moins fréquemment comme les salmonelles (responsables de formes graves et variées également chez les adultes) et les clostridies. Il est notable que des colibacilles sont également les principaux agents de septicémie du veau, au cours de cette même période de vie.

Sur les diarrhées des veaux, le 1er traitement à mettre en œuvre est le nursing (attention et soin portés au veau au moment de la naissance) et la fluidothérapie et l'antibiothérapie doit être raisonnée. Un effort particulier doit être porté sur le confort du veau et sur la qualité du transfert de l'immunité colostrale. Cependant, dans les ateliers de veaux de boucherie allotés dans des conditions à risque sanitaire maximal, une antibioprévention systématique visant les principaux pathogènes digestifs est souvent mise en place.

## Les affections respiratoires

Comme pour les affections digestives, les affections respiratoires sont à la fois variées dans leur expression clinique et dans leur étiologie. Toutefois, les principales affections respiratoires du jeune sont représentées par ce qu'on appelle les bronchopneumonies infectieuses enzootiques (BPIE) dont l'étiologie est multifactorielle. Elle comprend en effet à la fois des agents physiques (poussières, gaz irritants) et des agents pathogènes : des virus comme le VRSB (virus respiratoire syncytial bovin), le BoHV1 (rhinotrachéite infectieuse bovine due à l'herpesvirus bovin de type 1), le PI3B (virus para-influenza 3 bovin), des champignons et surtout des bactéries. Les principales bactéries sont, d'une part des pasteurellacées (*Pasteurella multocida*, *Mannheimia haemolytica* voire *Histophilus somni*) et, d'autre part, des mycoplasmes (*Mycoplasma bovis*).

Les animaux regroupés en ateliers d'engraissement sont particulièrement exposés à ces affections du fait de leurs conditions de transport et de la promiscuité d'animaux issus de multiples élevages.
La contagiosité par voie aérienne est élevée.

Des facteurs de risque zootechniques (densité animale, courants d'air...) sont présents dans les élevages atteints, et leur correction doit accompagner les mesures médicales souvent mises en œuvre lors de l'allottement : antibiothérapie « à la demande », ou antibioprévention systématique.
La vaccination peut être pratiquée dans la mesure où les animaux sont en capacité d'acquérir une immunité.
## Maladies intercurrentes

Chez les bovins, la maladie des muqueuses (due au virus de la BVD) est une maladie intercurrente qui favorise et aggrave l'ensemble des maladies d'origine infectieuse. Par exemple, l'infection par le virus de la BVD peut augmenter l'incidence des diarrhées néonatales ou des pneumonies.

### 4.4.4.2 Filière « petits ruminants »

On retrouve chez les ovins et les caprins les mêmes agents étiologiques que ceux décrits chez les bovins, et ce pour toutes les maladies évoquées ci-dessus. Quelques particularités méritent cependant d'être soulignées :

* ✓ La fréquence, notamment chez les caprins, des infections d'origine mycoplasmique, qui s'expriment le plus souvent par des manifestations respiratoires et mammaires, parfois par des atteintes articulaires sous la forme de polyarthrites essentiellement chez les jeunes. Seuls ou associés avec des *Pasteurellaceae*, les mycoplasmes peuvent être responsables d'affections graves sur le plan médical (jusqu'à 40-50% de mortalité), et très contagieuses. Ces infections nécessitent la mise en œuvre de traitements antibiotiques et conduisent fréquemment à une antibioprévention systématique dans certains élevages. De nombreux antibiotiques sont employés dans le cas de mycoplasmoses (tylosine, marbofloxacine, danofloxacine, enrofloxacine, tetracycline, tulathromycine, gamithromycine, tilmicosine, lincomycine, florfénicol, etc.) ;

* ✓ La fréquence de *Chlamydia* dans les processus abortifs, particulièrement chez les ovins. Ces affections conduisent régulièrement à la mise en place d'une antibioprévention à l'aide de tetracyclines administrées en fin de gestation ;

* ✓ La faible incidence des affections locomotrices nécessitant le recours à l'antibiothérapie sauf lors de polyarthrites mycoplasmiques. Dans ce cas, chez les jeunes non sevrés, l'antibiothérapie est à la fois réalisée par voie parentérale et par voie orale ;

* ✓ Une connaissance restreinte des agents responsables de diarrhées néonatales, qui se traduit le plus souvent par une antibioprévention systématique par voie orale, notamment en filières d'engraissement (y compris avec des fluoroquinolones et des céphalosporines de 3ème et 4ème générations).

Deux points méritent d'être soulignés sur le plan de l'utilisation des antibiotiques en filière « petits ruminants » :

* ✓ La raréfaction des spécialités à usage vétérinaire disposant d'une AMM pour ovins ou caprins, ce qui conduit à l'utilisation de molécules selon le principe de la cascade, sans connaissance de particularités physiologiques susceptibles de justifier d'une adaptation sur le plan de la posologie ;

* ✓ Le faible recours aux examens complémentaires en raison d'un coût trop élevé au regard de la valeur économique de ces types d'animaux. Ceci a pour conséquences l'utilisation en aveugle de molécules à large spectre et sans données relatives à la fréquence des antibiorésistances pour orienter le choix des molécules.

Les cartographies 12 à 22 synthétisent les principales pratiques d'utilisation des antibiotiques dans la filière ruminant.

Il faut distinguer deux grands profils d'utilisation d'antibiotiques chez les ruminants, liés au type de production.

- Les animaux en élevage « conventionnel » (adultes, nouveau-nés et pré-troupeau pour les bovins laitiers et allaitants, les ovins laitiers et allaitants et les caprins) reçoivent dans la majorité des cas des traitements individuels, principalement curatifs, et bien que les traitements préventifs ou métaphylactiques individuels ou collectifs soient aussi possibles, ils sont moins fréquents ;

- Les animaux engraisssés en lots (veaux de boucherie, jeunes bovins en engraissement, chevreaux en engraissement, agneaux viande en engraissement) reçoivent des traitements collectifs (prévention ou métaphylaxie) principalement, auxquels s'ajoutent des traitements curatifs individuels.

La voie parentérale et la voie intra-mammaire sont majoritaires chez les ruminants. La voie orale est minoritaire et utilisée chez les jeunes animaux. Les veaux de boucherie, les agneaux et
chevreaux en engraissement sont principalement traités par voie orale *via* l'aliment d'allaitement pour les traitements collectifs.

L'arsenal thérapeutique disponible est large chez les bovins, mais bien plus restreint chez les petits ruminants. Pour ces derniers le recours au hors AMM dans le cadre de la cascade est donc fréquent.

A signaler certaines pratiques qui pourraient nécessiter, bien que non systématiquement répertoriées, une évaluation vis-à-vis du risque de développement de l'antibiorésistance :

- la distribution aux veaux, du lait de vaches traitées notamment pour mammites

- l'utilisation du ceftiofur en élevage laitier en raison de l'existence de spécialités à temps d'attente nul.
<figure><img src="image_37.png" /><figcaption>Cartographie 12 : Bovins allaitant adultes</figcaption></figure>
<figure><img src="image_38.png" /><figcaption>Cartographie 14 : Jeunes bovins en engraissement</figcaption></figure>

<figure><img src="image_39.png" /></figure>
Cartographie 15 : Pré-troupeau laitier et allaitant

<figure><img src="image_40.png" /></figure>

Cartographie 16 : Veaux de boucherie

<figure><img src="image_41.png" /></figure>
Cartographie 17: Veaux d'élevage

<figure><img src="image_42.png" /></figure>

Cartographie 18 : Chevreaux d'engraissement

<figure><img src="image_43.png" /></figure>
<figure><img src="image_44.png" /><figcaption>Cartographie 19: Chèvres</figcaption></figure>
<figure><img src="image_45.png" /><figcaption>Cartographie 20: Nouveau-nés et chevrettes de plus de 2 mois</figcaption></figure>
<figure><img src="image_46.png" /><figcaption>Cartographie 21 : Ovins lait</figcaption></figure>
<figure><img src="image_47.png" /><figcaption>Cartographie 22 : Ovins viande</figcaption></figure>
#### 4.4.5 Evolution des ventes d'antibiotiques en production bovine sur 10 ans

Les données d'exposition présentées ci-dessous sont obtenues à partir des déclarations des ventes d'antibiotiques (cf 3.2.2.3).

Il est important de préciser que l'analyse globale telle que réalisée par l'Anses-ANMV ne permet pas de faire la part de l'utilisation des antibiotiques entre les différentes catégories de bovins. Il est notamment particulièrement délicat, à travers ces chiffres, d'apprécier l'utilisation des antibiotiques dans les élevages de veaux de boucherie.

Par ailleurs, dans la détermination de l'ALEA lié aux antibiotiques administrés en intramammaire, il est difficile d'attribuer une valeur de poids vif traité, élément pourtant indispensable au calcul de cet indicateur d'exposition. Cette voie n'est donc pas prise en compte dans l'expression des résultats en ACDkg et ALEA pour la filière bovine (Figure 17). Il est en revanche plus aisé que pour les autres voies d'estimer le nombre de traitements administrés (sous l'hypothèse du respect de la posologie de l'AMM).

Compte tenu du nombre de vaches laitières et du nombre de traitements intra-mammaires, en 1999, il a été vendu l'équivalent de 1,68 traitements intramammaires par vache laitière et en 2012, l'équivalent de 1,58 traitements par vache laitière, soit une diminution de 6,5% du nombre de traitements par vache laitière.

Compte tenu des variations de la masse de bovins, l'exposition des bovins aux antibiotiques, toutes familles confondues, a augmenté de 22,7% sur la période de suivi. L'exposition a diminué de 4,6% sur les 5 dernières années.

En 2012, les bovins sont traités majoritairement avec des pénicillines, puis avec des tétracyclines, des macrolides, des aminoglycosides, viennent ensuite les traitements à base de céphalosporines de dernières générations et de fluoroquinolones.

Entre 2008 et 2012, l'exposition aux céphalosporines de dernières générations, aux macrolides et aux fluoroquinolones a augmenté respectivement de 36,3%, de 20,2% et de 13,1%.

<figure><img src="image_48.png" /><figcaption>Figure 17 : Evolution de l'exposition des bovins aux différentes familles d'antibiotiques entre 2003 et 2012</figcaption></figure>
### 4.4.6 Evolution des ventes d'antibiotiques en productions ovine et caprine sur 10 ans

Compte tenu des variations de la masse d'ovins et de caprins potentiellement consommateurs d'antibiotiques, l'exposition de ces animaux aux antibiotiques reste stable sur les 10 dernières années. En 2010, l'exposition a atteint un niveau très bas non expliqué et en 2011 et 2012, l'exposition atteint un niveau voisin de celui de 2007 (Figure 18).

Les injectables et les prémélanges médicamenteux sont de moins en moins utilisés pour traiter les ovins et les caprins. En 2012, les ovins et caprins sont traités majoritairement avec des tétracyclines, puis avec des polypeptides, viennent ensuite les traitements à base de sulfamides et triméthoprime. Aucune exposition aux céphalosporines ou des fluoroquinolones n'est observée en raison de la non autorisation de ces antibiotiques sous forme orale ou injectable dans la production d'ovins et de caprins.

<figure><img src="image_49.png" /><figcaption>Figure 18 : Evolution de l'exposition des ovins et caprins aux différentes familles d'antibiotiques entre 2003 et 2012</figcaption></figure>

### 4.4.7 Principales résistances aux antibiotiques

L'ensemble des données de résistance chez les bactéries pathogènes animales est disponible dans le rapport annuel du réseau Résapath (Anses, 2013b). Chez les ruminants, une tendance majeure domine, celle de l'augmentation de la résistance aux céphalosporines de troisième et quatrième générations, représentées par le ceftiofur et la cefquinome.

Les premières observations de résistance à ces molécules en élevage bovin en France ont été faites en 2005 (Meunier et al., 2006), et correspondaient à la diffusion de gènes BLSE (voir définition précédemment). Depuis 2006, le nombre de souches d'E. coli bovines résistantes aux céphalosporines de 3ème et 4ème générations ne cesse d'augmenter (Figure 19). Au contraire, la résistance aux céphalosporines de 3ème et 4ème générations chez Salmonella reste marginale (Madec et al., 2011).

#### 4.4.7.1 Entérobactéries

Les différents stades de production sont très différemment concernés. La résistance aux céphalosporines de 3ème et 4ème générations est quasi-exclusivement retrouvée chez les souches d'E. coli isolées de gastro-entérites néo-natales et atteint des niveaux proches de 10% (Valat et al., 2012). Au contraire, une étude récente chez les entérobactéries responsables de mammites bovines (E. coli très majoritaire) montre une prévalence de BLSE de 0,4% (Dahmen et al., 2013). En 2010, le Résapath a également identifié la première souche d'E. coli productrice de BLSE chez
un chevreau (Dahmen et al., 2012). Ce résultat montre que les petits ruminants ne sont pas épargnés, en particulier au même stade de production que chez les bovins (veaux). Le gène BLSE (bla<sub>CTX-M-1</sub>) était, en outre, porté par un plasmide conjugatif (Incl1/ST3) abondamment décrit en France chez des souches d'E. coli aviaires et de Salmonella Typhimurium bovines, aviaires et humaines.

<figure><img src="image_50.png" /><figcaption>Figure 19 : Evolution des proportions de souches d'E. coli non-sensibles au ceftiofur (I+R) chez les bovins (2006-2011).</figcaption></figure>

La notion de multi-résistance doit également être prise en compte chez les entérobactéries, dans la mesure où plusieurs gènes de résistance sont souvent co-localisés génétiquement, et donc que l'usage de certaines molécules permet de co-sélectionner la résistance à d'autres molécules. Le tableau ci-dessous (Tableau 11), (Anses, 2013b) rappelle l'importance quantitative des co-résistances chez les bovins. Sur le plan qualitatif, (toutes maladies confondues), par exemple parmi les souches résistantes au ceftiofur, 95% le sont aussi à la tétracycline (vs 73% de résistance à la tétracycline pour l'ensemble des souches), et 57% le sont aussi aux fluoroquinolones (vs 26% pour l'ensemble des souches). De plus, 74% des souches résistantes au ceftiofur et à la tétracycline le sont aussi à l'association triméthoprime-sulfamides (vs 33% de résistance à l'association pour l'ensemble des souches)

<table><caption>Tableau 11 : Nombre et proportions de souches résistantes (R+I) parmi une liste de 5 antibiotiques chez E. coli pour les bovins</caption><thead><tr><th rowspan="2">Nombre de résistance(s) (R+I)</th><th colspan="2">Bovins</th></tr><tr><th>N</th><th>%</th></tr></thead><tbody><tr><td>0</td><td>753</td><td>22,8</td></tr><tr><td>1</td><td>1158</td><td>35,0</td></tr><tr><td>2</td><td>624</td><td>18,9</td></tr><tr><td>3</td><td>411</td><td>12,4</td></tr><tr><td>4</td><td>285</td><td>8,6</td></tr><tr><td>5</td><td>73</td><td>2,2</td></tr><tr><td>Total</td><td>3304</td><td>100</td></tr></tbody></table>

Par ailleurs, si la résistance aux céphalosporines de 3<sup>ème</sup> et 4<sup>ème</sup> génération des entérobactéries pathogènes bovines (dont principalement E. coli) évolue clairement à la hausse, d'autres situations sont beaucoup plus stables, tout en présentant des taux élevés. C'est le cas pour l'amoxicilline,
pour laquelle les proportions de souches d'E. coli résistantes issues de gastro-entérites néo-natales atteignent chaque année le taux d'environ 85 % des souches testées. C'est également le cas au sein des autres familles d'antibiotiques. Ainsi, depuis 2006, les taux de résistance aux fluoroquinolones, aux sulfamides ou aux tétracyclines apparaissent constants, et respectivement de l'ordre de 25-28% (fluoroquinolones), et de 80-85% (sulfamides et tétracyclines) (Anses, 2013b).

### 4.4.7.2 Salmonelles

En parallèle, le genre *Salmonella*, peu responsable d'infections chez les bovins, affiche depuis plusieurs années une tendance constante à la réduction de son niveau de résistance aux antibiotiques, en cohérence avec la fin de l'épisode lié à la diffusion massive du clone de *Salmonella* Typhimurium DT104. Ce clone épidémique a émergé au cours des années 1990 chez les bovins et chez l'homme, et présentait un phénotype de penta-résistance généralement uniforme, conférant la résistance à cinq familles d'antibiotiques (phénicolés, aminosides, béta-lactamines, sulfamides, tétracyclines). Les gènes responsables étaient portés par une structure génomique appelée *Salmonella Genomic Island* (SGI1), essentiellement transmise par diffusion des souches bactériennes elles-mêmes, plutôt que par échange de matériel génétique entre souches différentes. Un état des lieux récent en filière bovine a montré que les souches de salmonelles sont, aujourd'hui, principalement sensibles aux antibiotiques et que, dans le cas contraire, ces souches portent l'ilôt SGI1 dans sa forme la plus classique, dans une tendance résiduelle de fin d'épidémie (Targant et al., 2010a). Quelques variants moléculaires de SGI1 sont parfois observés, au hasard des évènements de recombinaisons génétiques, mais ce phénomène reste rare (Targant et al., 2010b).

### 4.4.7.3 Pasteurelles

De même, les bactéries du groupe des pasteurelles au sens large (*Pasteurella*, *Mannheimia*) conservent encore un très haut niveau de sensibilité aux antibiotiques. Les premières béta-lactamases hébergées par ces espèces bactériennes et décrites dans la fin des années 80, pouvaient faire craindre une évolution comparable à celle observée aujourd'hui chez *E. coli*. Cette situation n'a pas été constatée. La sensibilité au florfénicol est également restée quasi-complète, malgré l'usage important de cette molécule depuis sa mise sur le marché en 1995 pour lutter contre les infections respiratoires en élevage. A ce titre, la première (et la seule) pasteurelle bovine française hébergeant un gène de résistance au florfénicol (le gène *floR*) a été décrite en 2006 dans l'espèce *Pasteurella trehalosi* à partir d'une souche isolée d'une infection respiratoire bovine, montrant par là la dimension marginale de ce cas (Kehrenberg et al., 2006). En revanche, la résistance au florfénicol est détectable chez environ 23% des souches d'E. coli isolées de gastro-entérites néo-natales, malgré une absence d'indication de cette molécule pour cette affection.

### 4.4.7.4 Staphylocoques et streptocoques

S'agissant des pathogènes majeurs à Gram positif des bovins (staphylocoques, streptocoques), la tendance est également très stable. Le staphylocoque à coagulase positive pathogène des bovins est très essentiellement représenté par le staphylocoque doré (*Staphylococcus aureus*), qui reste majoritairement sensible à la plupart des antibiotiques. Environ 40% des souches de *S. aureus* possèdent néanmoins le gène *blaZ*, qui leur confère la résistance à la pénicilline G. La résistance à la méticilline est exceptionnelle et l'un des seuls clones de *S. aureus* résistant à la méticilline (SARM) isolé en France d'une infection bovine (mammite clinique) s'est révélé être un clone épidémique humain (clone Géraldine) (Haenni et al., 2011). Le clone CC398, très prévalent chez le porc, est quasi absent chez les bovins en France. Très récemment (juin 2011), une étude a décrit, au Royaume-Uni et au Danemark, des souches de SARM d'origines bovine et humaine présentant un nouveau variant du gène *mecA* (dénommé *mecC*), localisé au sein d'une nouvelle cassette SSC*mec* de type XI. Ces souches ont la particularité de présenter une résistance phénotypique à la méticilline ne pouvant être confirmée par l'amplification spécifique du gène *mecA*. Par ailleurs multi-sensibles aux autres classes d'antibiotiques, ces souches peuvent être considérées à tort comme n'étant pas des SARM, et donc être traitées avec des béta-lactamines, risquant ainsi de conduire à un échec thérapeutique. Deux souches bovines provenant du même département ont été identifiées fin 2011 en France par le Résapath (Laurent et al., 2012), et des études se poursuivent sur la distribution de ces clones chez l'animal en France.