# Inventaire des espèces de poissons et de bivalves dans les gorges de l'Ardèche à l'aide de l'ADN environnemental

Nicolas Roset, Frédéric Fromager

## ► To cite this version:

Nicolas Roset, Frédéric Fromager. Inventaire des espèces de poissons et de bivalves dans les gorges de l'Ardèche à l'aide de l'ADN environnemental. Syndicat de gestion des gorges de l'Ardèche; Office Français de la Biodiversité. 2024. hal-05051462

HAL Id: hal-05051462

https://hal.science/hal-05051462v1

Submitted on 29 Apr 2025

HAL is a multi-disciplinary open access
archive for the deposit and dissemination of sci-
entific research documents, whether they are pub-
lished or not. The documents may come from
teaching and research institutions in France or
abroad, or from public or private research centers.

L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est
destinée au dépôt et à la diffusion de documents
scientifiques de niveau recherche, publiés ou non,
émanant des établissements d'enseignement et de
recherche français ou étrangers, des laboratoires
publics ou privés.

Public Domain
# Inventaire des espèces de poissons et de bivalves dans les gorges de l'Ardèche à l'aide de l'ADN environnemental

## Résultats des prélèvements réalisés en 2023

<figure><img src="image_1.png" /></figure>

Crédit photo : Sebastien Lamy-OFB

Décembre 2024

**Rédaction** : Nicolas ROSET et Frédéric FROMAGER– OFB DR AURA

**Contribution technique** : Michael SADOT et Sandro PARUSSATTI (OFB) – Reyjade RENAULD, Johanne CHASSON et Romain FRANQUET (Syndicat de gestion des gorges de l'Ardèche)

**Financement** : Syndicat de gestion des gorges de l'Ardèche
# Inventaire des espèces de poissons et de bivalves dans les gorges de l'Ardèche à l'aide de l'ADN environnemental

## Résultats des prélèvements réalisés en 2023

### Résumé

Dans le cadre de ses inventaires de la biodiversité, le Syndicat de gestion des gorges de l'Ardèche a souhaité mettre à jour les connaissances sur les espèces de poissons et de bivalves présentes sur cette portion de rivière. Compte tenu de la configuration des lieux et des difficultés inhérentes pour mettre en œuvre des échantillonnages efficaces, la méthode de recherche par l'ADN environnemental a été privilégiée et appliquée au niveau de trois stations quadrillant le tronçon étudié. L'existence de suivis piscicoles réalisés régulièrement sur deux de ces stations depuis un certain nombre d'année a permis de valider les résultats d'ADNe et compléter l'inventaire.

En un prélèvement réalisé sur 3 stations, cette technique a permis de détecter 27 taxons de poissons et 3 taxons de bivalves de la famille des Unionidés. Pour les poissons, quinze taxons sont détectés dans tous les échantillons avec un nombre de réplicas très significatif, correspondant en premier lieu aux espèces de cyprinidés d'eau vive, relativement dominantes dans ce secteur, ainsi que des espèces plus ubiquistes.

Certaines espèces détectées ont un statut particulier et présente des enjeux associés, certaines, assez rares sur le territoire bénéficiant de mesures de protection et de conservation (ex. aprons et migrateurs amphihalins comme l'alose et l'anguille), d'autres figurant sur la liste des Espèces Exotiques Envahissantes comme le pseudorasbora ou la perche-soleil.

Mais certaines espèces d'intérêt ne sont pas différenciées (ex. toxostome) et des espèces capturées par pêche électrique ou connues par ailleurs, ne sont pas détectées (ex. silure, chevaine). De plus, la détection (présence) de certaines espèces mérite d'être discutée (ex. lamproie marine).

C'est pourquoi ces résultats doivent être validés et interprétés par des experts locaux et utilement combinés avec d'autres méthodes d'observation ou d 'échantillonnage. Et cette méthode, extrêmement prometteuse en termes d'inventaire floristique et faunistique, mériterait d'être appliquée plus systématiquement et à large échelle pour affiner son domaine d'application et contribuer à son amélioration.
**Abstract**

As part of its biodiversity inventories, the "Syndicat de gestion des gorges de l'Ardèche" wanted to update his knowledge about the fish and bivalve species present in this section of the river. Given the configuration of the site and the inherent difficulties in implementing effective samplings, the environmental DNA method was favored and applied at three sites crisscrossing the section studied. The existence of fish monitoring carried out regularly at two of these stations for a number of years made it possible to validate the eDNA results and complete the inventory.

Within a single sample taken from 3 sites, this technique made it possible to detect 27 fish taxa and 3 bivalve taxa from the *Unionidae* family. For fish, 15 taxa were detected in all the samples with a very significant number of replicates, corresponding primarily to the rheophilic cyprinid species, relatively dominant in this sector, as well as more ubiquitous species.

Some of the species detected have a special ecological status with associated issues, some of them are quite rare in the territory and benefit from protection and conservation measures (e.g. aprons and amphihaline migratory species such as shad and eel), others belong to the list of Invasive Exotic Species such as pseudorasbora or sunfish.

However, some species of interest are not taxonomically differentiated (e.g. toxostome) and species caught by electric fishing or known elsewhere are not detected (e.g., catfish, chub). In addition, the detection (presence) of certain species should be discussed (e.g., sea lamprey).

That's why such results must be validated and interpreted by local experts and usefully combined with other observation or sampling method. And this method, which is extremely promising in terms of flora and fauna inventory, deserves to be applied more systematically and on a large scale to refine its scope and contribute to its improvement.
# Table des matières

I. Introduction : contexte et objectifs de l'étude................................................................................ 7

II. Matériel et méthode.................................................................................................................... 9
II.1 Stations .................................................................................................................................................... 9
II.2 Prélèvements.................................................................................................................................. 10
II.3 Analyses ............................................................................................................................................ 13

III. Résultats .................................................................................................................................................. 16
III.1 Résultats globaux .................................................................................................................................. 16
III.2 Résultats ADNe par station .................................................................................................... 17
III.2.1 Poissons ........................................................................................................................................ 17
III.2.2 Bivalves ........................................................................................................................................ 23
III.3 Comparaison des stations........................................................................................................ 26
III.3.1 Poissons ........................................................................................................................................ 26
III.3.2 Bivalves ........................................................................................................................................ 30
III.4 Comparaison avec les résultats de pêches électriques........................................................ 31
III.4.1 Probabilités d'occurrence issues des modèles IPR ........................................................ 31
III.4.2 Comparaison avec les résultats de pêche électrique........................................................ 32

IV. Discussion .................................................................................................................................................. 36
IV.1 Bivalves.................................................................................................................................................. 36
IV.2 Poissons.................................................................................................................................................. 37
IV.2.1 Quelques absences remarquables .................................................................................... 37
IV.2.2 Quelques limites taxonomiques.................................................................................... 37
IV.2.3 La détection d'espèces rares et/ou d'intérêt patrimoniale ............................................ 38
IV.2.4 Niveau d'abondance............................................................................................................ 41
IV.2.5 Organisation spatiale............................................................................................................ 41

V. Conclusion .................................................................................................................................................. 44

Références bibliographiques .................................................................................................................. 46

ANNEXES.................................................................................................................................................. 48
Annexe 1 : Listes des taxons dont le niveau de détermination est moins précis que l'espèce 48
Annexe 2 : Résultats brutes par station.................................................................................... 49
A/ Poissons.................................................................................................................................................... 49
B/ Bivalves.................................................................................................................................................... 50
Annexe 3 : Nombre de réplicas........................................................................................................ 51
Par station.................................................................................................................................................... 51
Différences entre stations (nombre de réplicas et nombre de séquences)............................ 53
Annexe 4 : Résultats des pêches électriques.................................................................................. 54
## Liste des figures

Figure 1 Localisation des points de filtrations et des stations de suivi piscicole par pêche électrique : les rayures bleues correspondent au périmètre de la réserve ; les points verts aux prélèvements ADNe et le point bleu la station de suivi piscicole du réseau de contrôle de surveillance suivie par l'OFB..................10

Figure 2 Nombre de séquences par réplica de terrain (bleu clair et bleu foncé pour chacun des échantillons) et par taxon pour la station située en amont de Pont d'Arc..................................................17

Figure 3 Nombre de séquences par réplica de terrain (bleu clair et bleu foncé pour chacun des échantillons) et par taxon pour la station du rapide de Réavou (amont gorges)..................................................18

Figure 4 Nombre de séquences par réplica de terrain (bleu clair et bleu foncé pour chacun des échantillons) et par taxon pour la station intermédiaire située au niveau (gué de Guitard).................................20

Figure 5 Nombre de séquences par réplica de terrain (bleu clair et bleu foncé pour chacun des échantillons) et par taxon pour la station située en aval des gorges (grotte de Saint-Marcel).................................22

Figure 6 Nombre de séquences par réplica de terrain (vert clair et vert foncé pour chacun des échantillons) et par taxon pour la station du rapide de Réavou (amont gorges)..................................................23

Figure 7 Nombre de séquences par réplica de terrain (vert clair et vert foncé pour chacun des échantillons) et par taxon pour la station intermédiaire située au niveau du gué de Guitard.................................24

Figure 8 Nombre de séquences par réplica de terrain (vert clair et vert foncé pour chacun des échantillons) et par taxon pour la station située en aval des gorges (grotte de Saint-Marcel).................................25

Figure 9 Nombre de taxons par station (moyenne entre échantillons) .................................................................26

Figure 10 Nombre de séquences (moyenne par station) pour les taxons dominants/principaux..................27

Figure 11 Nombre de séquences (moyenne par station) pour les taxons « accessoires »/rares..........................28

Figure 12 Analyse en Composante Principale normée sur les données de nombre de séquence par prélèvement par espèce. A/ Graphe des valeurs propre et pourcentages d'inertie ; B/ Cercle des corrélations en taxons ; C/ Carte factorielle des prélèvements/stations..................................................................................29

Figure 13 Probabilité de présence des 34 espèces prises en compte dans l'indice poisson en rivière (IPR) calculée sur la station de l'Ardèche à Vallon Pont D'Arc sur la chronique 2007-2021 (les barres d'erreur en noir représente la variabilité interannuelle de la prédiction)........................................................................32

Figure 14 Comparaison des résultats de pêche électrique (moyenne interannuelle et année 2021) et d'ADNe (moyenne des deux réplicas) sur la station de Vallon-Pont-d'Arc pour les espèces principales (Sp ≥1% pour pêche électrique) : en bleu clair % de l'effectif total pour la pêche électrique de 2021 ; en bleu foncé : % de l'effectif total pour les pêches électriques ; en orange % du nombre total de séquences pour l'ADNe..................................................................................................................................................33

Figure 15 Comparaison des résultats de pêche électrique (moyenne interannuelle et année 2021) et d'ADNe (moyenne des deux réplicas) sur la station de Vallon-Pont-d'Arc pour les espèces secondaires/accessoires (Sp<1% pour Pelé) : en bleu clair % de l'effectif total pour la pêche électrique de 2021 ; en bleu foncé : % de l'effectif total pour les pêches électriques ; en orange % du nombre total de séquences pour l'ADNe..................................................................................................................................................34
# I. Introduction : contexte et objectifs de l'étude

Dans le cadre de ses travaux de mise à jour des connaissances sur la présence et la répartition des espèces qu'abrite la rivière Ardèche au sein de la Réserve Nationale des Gorges de l'Ardèche, l'OFB a été sollicité pour avis et contribution à l'utilisation de l'ADNe pour recenser les espèces de poissons et de bivalves présentes dans ce secteur. Cette méthode s'avère particulièrement intéressante dans ce type de milieu difficile, voire impossible à échantillonner efficacement par les méthodes habituelles ; à savoir la pêche électrique pour ce qui est des poissons, et l'échantillonnage ou l'observation directe pour ce qui concerne les bivalves.

En effet en ce qui concerne les poissons, la configuration du site limite très fortement l'accès avec du matériel lourd, et l'utilisation de matériel de pêche électrique portatif, notamment sur batterie, peut s'avérer insuffisamment efficace dans des milieux larges et profonds, ce dernier type de faciès étant dans tous les cas inaccessibles avec ce type d'échantillonnage. En ce qui concerne les bivalves, les dimensions du site et notamment la profondeur, nécessiteraient la mise en œuvre de matériel lourd (drague...) et/ou des équipes de plongeurs.

L'ADNe est en effet une technologie assez récente qui connait depuis quelques années un développement et des résultats assez spectaculaires en matière d'inventaire de la biodiversité, en particulier dans les milieux aquatiques (voir par exemple Schenekar, 2023 pour revue). Développée et testée pour la première fois en France sur les amphibiens en plans d'eau (Dejean et al. 2012), elles s'est très rapidement étendue à d'autres groupes taxonomiques et types de milieux (marins, estuariens, lacs, retenues et étangs, rivières...). Un protocole pour l'inventaire des poissons en cours d'eau a fait l'objet de premiers tests en 2012 (Miaud et al. 2013) et s'est peu à peu affiné, notamment sur la base des travaux de Civade (2016) et d'un certain nombre d'études qui ont montré les intérêts et performances assez remarquables de cette technologie, en particulier sur les grands milieux (Civade et al., 2016 ; Pont et al. 2018...). A partir d'un protocole stabilisé et standardisé, la méthode est désormais de plus en plus mise en œuvre avec des objectifs et dans des contextes hydro-géographiques variés (Roset et al., 2022).

Ces premières études ont parfois permis l'amélioration de la méthode d'échantillonnage et du processus d'analyse et, en premier lieu, le référentiel génétique. Surtout elles permettent
progressivement de préciser les performances de la méthode, de fixer les bases d'analyse, de discussion et de validation des résultats et globalement de déterminer son domaine d'application.

De la même manière des tests et expérimentations ont été menés sur les bivalves (Prié et al. 2020 et 2021 a) avec comme résultats de très bonnes performances en termes d'inventaire de la biodiversité d'un groupe assez complexe au plan taxonomique et plutôt difficile à inventorier, en particulier sur des milieux larges et profonds.

Outre les performances globales de la méthode en termes de détection, notamment d'espèces rares (voir par ex. Machler et al. 2014) ? ou d'espèces récemment arrivées comme par exemple les Espèces Exotiques Envahissantes (EEE) (par ex. Morisette et al. 2021 ; Dali et al. 2023), cette technologie s'avère peu impactante pour le milieu et les organismes, relativement facile à mettre en œuvre et tout à fait rentable en termes de coûts.

Compte tenu des performances démontrées sur ces deux groupes taxonomiques, il a donc été décidé de l'appliquer dans le cadre de cette étude d'inventaire des poissons et bivalves des gorges de l'Ardèche situés dans le périmètre de la Réserve Nationale éponyme. Le Syndicat de gestion des Gorges de l'Ardèche a financé le matériel et les analyses et les équipes techniques de la réserve et de l'OFB se sont associées pour mettre au point le plan d'échantillonnage et réaliser les prélèvements.

L'objectif de l'étude est de déterminer la liste la plus fiable et complète des espèces de poissons et bivalves présents dans l'emprise de la réserve.
## II. Matériel et méthode

### II.1 Stations

En concertation avec les équipes techniques de la réserve et le syndicat, quatre stations de prélèvement ont été ciblées. Trois se situent dans la réserve elle-même :

- en amont des gorges au niveau du rapide de Révaou ;

- en position intermédiaire au niveau du Gué de Guitard ;

- en aval des gorges au niveau de la Grotte de Saint-Marcel.

Une station supplémentaire a également été positionnée en amont des gorges, en amont du Pont d'Arc, dans l'emprise de l'Espace Naturel Sensible. Cette station se situe géographiquement au niveau d'une station de suivi du réseau de surveillance de l'état des eaux, l'Ardèche à Vallon-Pont-d'Arc 2 (station codifiée SANDRE n° 06115090) appartenant au Réseau de Contrôle de Surveillance (RCS) de la Directive Cadre sur l'Eau (DCE), disposant ainsi d'une chronique de suivis piscicoles réalisés tous les deux ans depuis 2007 par les équipes de l'OFB ou ses prestataires.

A noter qu'une station de suivi piscicole historique appartenant au Réseau Hydrobiologique et Piscicole (RHP), l'Ardèche à Saint-Just d'Ardèche (06115700), existe également en aval des gorges et de la zone d'étude. Bien que située à quelques kilomètres de la station de prélèvement ADNe la plus aval, elle fournit une chronique longue de données annuelles qui permettra d'enrichir l'interprétation et la discussion des résultats d'ADNe.

La Figure 1 ci-dessous indique l'emplacement des différents points de prélèvement (ADNe, pêches électriques) ainsi que le périmètre de la réserve.
<figure><img src="image_2.png" /></figure>

Figure 1 Localisation des points de filtrations et des stations de suivi piscicole par pêche électrique : les rayures bleues correspondent au périmètre de la réserve ; les points verts aux prélèvements ADNe et le point bleu la station de suivi piscicole du réseau de contrôle de surveillance suivie par l'OFB

## II.2 Prélèvements

La méthode d'inventaire de la biodiversité en cours d'eau par l'ADNe développée par le laboratoire SPYGEN repose sur la réalisation de deux filtrations successives d'un volume d'eau défini, à l'aide d'une pompe péristaltique prévue à cet effet, en l'occurrence une perceuse transformée de type « Vampir » (Bürkle) (cf. Photos 1)
<figure><img src="image_3.png" /><figcaption>Photos 1 Dispositif de prélèvement manuel à l'aide d'une pompe péristaltique de type « vampir» (Burkel) – Crédits photo N. Roset -OFB-AURA</figcaption></figure>

Le protocole est décrit en détail dans différents documents (voir par exemple SPYGEN non daté, Pont et al. 2018, Bouchard & Roset 2023) dont on présente ci-après un résumé opérationnel.

Il a été démontré que la probabilité de détection d'une espèce augmentait globalement avec le volume filtré et donc le temps de filtration (RQ : cette augmentation est de type exponentiel ; soit très forte dans les 10-15 premières minutes, puis moins forte jusqu'à quasi stabilisation de la richesse taxonomique après une 20ème de minutes). En pratique, après identification d'un faciès approprié (de type plat-plat courant ou à défaut chenal lentique) situé de préférence à l'aval d'une zone de mélange plus turbulente (radier ou chenal lotique) et accessible en sécurité à pieds ou en bateau pour installer le dispositif fixe de filtration ; on vise une filtration d'une durée de 30 min., ce qui équivaut approximativement à un volume de 30 L d'eau (en moyenne).

Après filtration et purge de l'eau contenue dans la capsule, une solution tampon est ajoutée pour fixer l'échantillon et empêcher toute dégradation des différentes formes d'ADNe recueillies.

Deux filtrations sont réalisées de cette façon pour constituer des pseudo-réplicas, puis les deux capsules correspondantes sont correctement étiquetées (date, nom site, nom préleveur) et agitées avant stockage en vue de leur transport jusqu'au laboratoire d'analyse ou un lieu de stockage intermédiaire (tempéré et à l'abri de la lumière pour quelques jours / semaines) (Cf. Photos 2).
<figure><img src="image_4.png" /><figcaption>Photos 2 Echantillons fixés sur le terrain à l'aide d'une solution tampon et conditionné pour le transport/conservation (Crédit photo : OFB-SRC AURA)</figcaption></figure>

Les prélèvements ont été réalisés le 31 mai 2023 à des débits compris entre 10 et 11m³/s aux stations de Vallon-Pont d'Arc (V505401001) et de Saint-Martin-d'Ardèche/Sauze (V506401001), correspondant donc à des débits d'étiage. A noter que cette période de prélèvement coïncide avec la période de reproduction de nombreuses espèces de poissons susceptibles d'être observées sur le cours de l'Ardèche, ce qui optimise leur probabilité de détection. Il s'agit notamment des espèces de cyprinidés d'eau vive et également de l'alose feinte (Alosa feinte du Rhône – *Alosa agone* ex *A. fallax fallax - ALF*) particulièrement visée dans l'étude et de la lamproie marine (*Petromyzon marinus-LPM*), migrateurs amphihalins dont la présence à certaine période au moins est avérée à l'aval des gorges en ce qui concerne l'alose et nettement plus hypothétique pour ce qui est de la lamproie marine.

Les prélèvements se sont correctement déroulés sur 30 minutes par capsule (2 capsules par station), sans colmatage. Par précaution (validation, comparaison...), les volumes d'eau sont également mesurés à l'aide d'un seau gradué. Les volumes obtenus sur les différents prélèvements se situent entre 40 et 48 litres, donc nettement supérieurs aux 30 litres recherchés.

Les températures de l'eau au moment des prélèvements sont comprises entre 21 et 22°C.

L'ensemble des conditions de prélèvement est donc favorable pour obtenir un résultat fiable et représentatif.
## II.3 Analyses

Les analyses ont été réalisées par le laboratoire SPYGEN. Les trois stations situées dans la réserve ont fait l'objet d'une double analyse des poissons et des bivalves selon la technique dite du « metabarcoding », consistant à rechercher l'ensemble des taxons d'un groupe taxonomique déterminé à partir d'amorces génétiques appropriées, c'est-à-dire suffisamment spécifiques du groupe visé mais suffisamment larges pour détecter le maximum de taxons de ce groupe.

Pour les poissons, le protocole d'analyse en laboratoire et les traitements bio-informatiques sont décrits dans différentes publications (Ficetola et al. 2018 ; Valentini et al. 2016, Pont et al. 2018...). Pour l'identification des taxons, les bases de référence génétiques utilisées sont les bases SPYGEN et GENBANK ; mais tous les taxons qui sont ressortis positivement sont issus de la base SPYGEN. Les taxons sont le plus souvent référencés à l'espèce, mais parfois au genre notamment dans des groupes taxonomiques complexes et/ou dont la taxonomie a été récemment revue (notamment goujons-Gobio sp., loches-Barbatula sp., vandoises-Leuciscus sp. et vairons-Phoxinus sp.), codés respectivement GOX, LOFsp, LEUsp, PHX), ou encore sous forme de complexes indifférenciés (Cf. tableau en Annexe 1) décrits ci-dessous :

- CYP1 : *Cyprinidae* complexe 1 = *Chondrostoma nasus* (hotus-TOT), *Parachondrostoma toxostoma* (toxostome-TOX) ou *Telestes souffia* (blageon-BLN);

- CYP2 : *Cyprinidae* complexe 2 = *Ctenopharyngodon idella* (Carpe amour blanc, CTI) ou *Hypophthalmichthys molitrix* (Carpe argentée - CAR);

- CYP3 : *Cyprinidae* complexe 3 = *Abramis brama* (brème commune-BRE) ou *Blicca bjoerkna* (brème bordelière-BRB);

- CYP4 : *Cyprinidae* complexe 4 = *Alburnus alburnus* (ablette-ABL) ou *Scardinius erythrophthalmus* (rotengle-ROT).

Une fois les analyses génétiques et bio-informatiques réalisées, les résultats sont proposés dans un format standard présentant en ligne la liste des taxons détectés au niveau de précisions taxonomiques le plus fin (le plus souvent espèce ou genre) et en colonne deux types d'information par station (Cf. Annexe 2 A) :

- Le nombre de réplicas positifs sur les douze sous-échantillons de laboratoire, c'est à dire le nombre de fois que le taxon a été détecté dans douze sous-échantillons de la capsule de
filtration initiale. Il rend compte de la robustesse (fiabilité) des résultats : on s'attend en effet en premier lieu à ce que les résultats des deux capsules (réplicas) soient proches ou homogènes. Et plus le nombre de réplicas positifs est élevé, plus il y a de chance que la détection soit sûre et robuste et souvent cela correspond aussi au fait que l'espèce est assez abondante et fortement représentée dans le milieu.

- Le nombre de séquences mesurées par taxon, relativement analogue à une concentration pour les analyses physico-chimiques et donnant donc une indication sur la quantité d'ADNe de l'espèce dans le milieu, pouvant être considéré comme un proxy du « niveau d'abondance » (nombre d'individus et/ou biomasse).

L'interprétation et la discussion des résultats et notamment les comparaisons avec les résultats de pêches électriques, portent non seulement sur la composition spécifique (liste des espèces capturées par pêche électrique versus détectées par ADNe), mais aussi éventuellement sur le lien entre le nombre de séquences d'ADNe et la densité et/ou la biomasse par espèce (proportion). En effet, même s'il est difficile de les généraliser (forte variabilité entre méthodes, milieux, espèces...), certaines études ont montré qu'il pouvait exister un lien entre le nombre de séquences et la densité ou la biomasse (Tsuji et al., 2022 ; Di Muri, C. et al., 2020 ; Laporte et al., 2022 ; Pont et al., 2022 ; Sepulveda et al., 2021) ; cette relation restant à établir et/ou préciser Dans l'analyse et la discussion des résultats, il convient donc en premier lieu de prendre en compte d'une part le nombre de réplicas positifs (/12), mais aussi et surtout le fait qu'une détection d'ADNe n'implique pas nécessairement la présence du taxon dans le milieu (cf. par exemple les artefacts liés à des espèces régulièrement ou massivement consommées par les populations humaines riveraines), ni forcément sa présence à l'échelle de la « station », ni même du tronçon comme c'est le cas pour les pêches électriques (i.e. sur plusieurs dizaines à quelques centaines de mètres). En effet, la puissance et la finesse de ce type d'analyse, permet potentiellement qu'une infime trace d'ADNe provenant d'organismes présents à plusieurs centaines de mètres, voire plusieurs kilomètres en amont sur le cours d'eau ou dans les affluents, soit détectée au niveau du point de filtration (ex. Civade et al., 2016 ; Pont et al., 2018).
Les résultats de l'ADNe seront d'abord analysés par station, avant de considérer les différences entre stations. Enfin les résultats de l'ADNe seront comparés aux résultats de pêches électriques disponibles en amont et en aval.
Pour les bivalves, le protocole d'analyse en laboratoire et les traitements bio-informatiques sont décrits notamment dans Prié *et al.* 2020 et 2021 a). Seul le nombre de séquences d'ADNe par taxon est fourni (Cf. Annexe 2-B)
# III. Résultats

## III.1 Résultats globaux

Pour les poissons, sur l'ensemble des stations et échantillons prélevés, 27 taxons ont été détectés, la plupart attribués au niveau « espèce », 6 au niveau « genre » et deux sous forme de complexes de taxons indifférenciés : *Cyprinidae* – Complexe-1 (CYP1) = hotu (*Chondrostoma nasus*) & toxostome (*Parachondrostoma toxostoma*) & blageon (*Telestes souffia*) et *Cyprinidae* – Complexe-3 = brème commune (*Abramis brama*) & brème bordelière (*Blicca bjoerkna*).

Quinze taxons sont détectés dans tous les échantillons avec un nombre de réplicas significatif, dont le complexe CYP1. Il s'agit en premier lieu d'espèces de cyprinidés d'eau vive relativement communes comme le spirlin (*Alburnoides bipunctatus-SPI*), CYP1, le goujon (*Gobio sp.*-GOX), le barbeau fluviatile (*Barbus barbus*-BAF), la loche franche (*Barbatula sp.*-LOFsp), le vairon (*Phoxinus sp.*-PHX), ainsi que des espèces plus ubiquistes comme la grémille (*Gymnocephalus cernua*-GRE), l'ablette (*Alburnus alburnus*-ABL), le gardon (*Rutilus rutilus*-GAR), et/ou d'eau calme comme la carpe commune (*Cyprinus carpio*-CCO). Certaines bénéficient de mesures de protection sur le territoire national comme la vandoise (*Leuciscus sp.*-LEUsp), la bouvière (*Rhodeus amarus*-BOU) et l'apron du Rhône (*Zingel asper*-APR). D'autres comme la perche soleil (*Lepomis gibbosus*-PES) et le pseudorasbora (*Pseudorasbora parva*-PSR) figurent sur la liste des Espèces Exotiques Envahissantes (EEE). D'autres encore présentent un intérêt particulier en matière de protection conservation comme la truite fario (*Salmo trutta fario*-TRF) et le barbeau méridional (*Barbus meridionalis*-BAM), tout comme les grands migrateurs amphihalins que sont des aloses sans précisions sur l'espèce (*Alosa sp.*-ALOsp), mais très probablement l'alose feinte de Méditerranée (*Alosa agone*) et l'anguille (*Anguilla anguilla*-ANG).

Les espèces sont pour beaucoup détectées avec un signal fort correspondant à une fréquence de 12 réplicas sur 12 par échantillon prélevé.

A noter l'absence remarquable de détection du chevaine (*Squalius cephalus-CHE*) dont la présence est pourtant attestée sur l'ensemble des tronçons étudiés (cf. paragraphe III.4).

Pour les bivalves, 3 taxons ont été détectés : *Corbicula sp.* (corbicules), nettement dominant, *Potomida littoralis* (mulette des rivières) en présence très significative et *Anodonta anatina* (anodonte des rivières) avec un très faible signal.
## III.2 Résultats ADNe par station

### III.2.1 Poissons

#### a. PONT D'ARC AMONT (amont des gorges)

Sur la station située en amont de la réserve, en amont de Pont d'arc, 26 taxons ont été détectés sur les 2 réplicas de terrain. Le nombre de réplicas positifs varie de 1 à 12 (médiane = 12) et le nombre de séquences de 15 (TAN) à 160 163 (SPI) (moyenne globale =13 800). A partir des proportions calculées sur la moyenne du nombre de séquences par espèce sur les deux réplicas de terrain, SPI (38%) et CYP1 (21%) dominent nettement, suivies de GOX (14%) puis BAF (6%), PSR (5%) et PES (4%), et GRE, LOFsp, CCO, ABL, BOU et GAR (entre 1 et 2%) et dans une moindre mesure PHX, ALOsp, LEUsp, TRF, PCH, BRE et TAN (entre 0.05 et 1%). Plusieurs espèces représentent moins de 0.05% du nombre total de séquences (APR, CYP3, BRO, PER, ANG, CASsp). Enfin une espèce (TAC) est détectée en dessous du seuil de quantification, ce qui doit conduire à une prudence supplémentaire dans l'analyse des résultats correspondants (absence, présence erratique et/ou éloignée ?).

<figure><img src="image_5.png" /><figcaption>Figure 2 Nombre de séquences par réplica de terrain (bleu clair et bleu foncé pour chacun des échantillons) et par taxon pour la station située en amont de Pont d'Arc</figcaption></figure>
b. <u>GORGES AMONT (rapide de Révaou)</u>

Sur la station située en amont des gorges au niveau du rapide de Réavou, 23 taxons ont été détectés sur les 2 réplicas de terrain. Le nombre de réplicas positif varie de 1 à 12 (médiane = 12) et le nombre de séquences de 15 (TAN) à 160 163 (SPI) (moyenne globale =138 000). A partir des proportions calculées sur la moyenne du nombre de séquences par espèce sur les deux réplicas de terrain, SPI (38%) et CYP1 (27%) dominent nettement, suivies de GOX (12%) et BAF (9%), puis PSR, GRE, LOFsp., PES et ABL (entre 2.7 et 1.2% respectivement) et dans une moindre mesure BOU, CCO, GAR et PHX (entre 0.8 et 0.4% respectivement). Plusieurs espèces représentent moins de 0.2% (VAN, ALOsp, APR, TRF, ANG, PCH, TAC, TAN, BRE, BRO).

<figure><img src="image_6.png" /><figcaption>Figure 3 Nombre de séquences par réplica de terrain (bleu clair et bleu foncé pour chacun des échantillons) et par taxon pour la station du rapide de Réavou (amont gorges)</figcaption></figure>

Même si le nombre de séquences est assez différent entre réplicas, les résultats sont cohérents entre prélèvements (valeurs pour SPY232953 presque supérieures proportionnellement à SPY232952, sauf pour BOU et GAR). De même si on considère les espèces détectées et leur fréquence de détection (nombre de réplicas / 12 sous-échantillons de laboratoire), les résultats sont très cohérents entre les deux prélèvements, en particulier pour les espèces dominantes. En effet, les écarts entre les fréquences de détection par espèces entre les deux prélèvements sont le plus souvent nuls (14 taxons sur 23) ou avec 1 point d'écart (5 taxons sur 23) ; le maximum
d'écart enregistré étant de 4 points (LEUSp.). Enfin les fréquences sont le plus souvent comprises entre 10 et 12, ce qui indique aussi une présence assez marquée et fiable de la plupart des espèces. Seule TAC, TAN, TRF et ANG ont des valeurs faibles, généralement synonymes de rareté, voire d'absence sur le cours d'eau ou à proximité. A fortiori, deux taxons (BRE et BRO) sont détectés en dessous du seuil de quantification, devant conduire à une prudence supplémentaire dans l'analyse des résultats (absence, présence erratique et/ou éloignée ?).
### c. INTERMEDIAIRE (Gué de Guitard)

Sur la station intermédiaire située au niveau du gué de Guitard, 19 taxons ont été détectés sur les 2 réplicas de terrain. Le nombre de réplicas positif varie de 2 à 12 (médiane = 12) et le nombre de séquences de 33 (TRF) à 141 476 (SPI) (moyenne globale = 18 967).

A partir des proportions calculées sur la moyenne du nombre de séquences par espèce sur les deux réplicas de terrain, SPI (44%) et CYP1 (29%) dominent nettement, suivis de BAF (10%), GOX (7%), LOFsp (4%) et GRE (2%), puis PES, CCO, ABL et PSR (entre 1.3 et 0.5 % respectivement) et dans une moindre mesure PHX, GAR, BOU (entre 0.3 et 0.1% respectivement).

<figure><img src="image_7.png" /><figcaption>Figure 4 Nombre de séquences par réplica de terrain (bleu clair et bleu foncé pour chacun des échantillons) et par taxon pour la station intermédiaire située au niveau (gué de Guitard)</figcaption></figure>

Plusieurs taxons représentent moins de 0.1% des séquences (APR, TRF, LEUsp) ou apparaissent en dessous du seuil de détection (TAC, ALOsp, BAM).

Même si pour les espèces dominantes (SPI, CYP1), le nombre de séquences peut être assez différent entre réplicas, les résultats sont globalement cohérents entre les prélèvements (valeurs pour SPY232949 toujours supérieures proportionnellement à SPY232951). De même si on considère les espèces détectées et leur fréquence de détection (nombre de réplicas / 12
sous-échantillons de laboratoire), les résultats sont très cohérents entre les deux prélèvements, en particulier pour les espèces dominantes. En effet, les écarts de fréquence de détection par espèces entre les deux prélèvements sont le plus souvent nuls (pour 12 taxons sur 19) ou de 1 point (1 taxon sur 19) ; le maximum d'écart enregistré étant de 3 points (BOU et GAR) ; ce qui témoigne d'une bonne robustesse globale des résultats. Enfin les fréquences sont le plus souvent de 11 ou 12 (/12), ce qui indique une présence très significative et fiable de la plupart des espèces. Seule TRF et dans une moindre mesure APR et LEUsp, ont des valeurs faibles à moyennes, généralement synonymes de rareté, voire d'absence sur le cours d'eau à proximité. A fortiori, trois taxons (TAC, ALOSsp, BAM) sont détectés en dessous du seuil de quantification, ce qui doit conduire à une prudence supplémentaire dans l'analyse des résultats correspondants (absence, présence erratique et/ou éloignée ?).
d. AVAL-GORGES (grotte de Saint Marcel)

Sur la station située en aval des gorges au niveau de la grotte Saint-Marcel, 21 taxons ont été détectés sur les 2 réplicas de terrain. Le nombre de réplicas positifs varie de 1 à 12 (médiane = 11) et le nombre de séquences de 14 (APR) à 92 900 (CYP1) (moyenne globale =10 900). A partir des proportions calculées sur la moyenne du nombre de séquences par espèce sur les deux réplicas de terrain, CYP1 (35%) et SPI (25%) dominent nettement, suivies de BAF (14%) puis GOX (6%), ABL (6%), LOFsp. (5%), et CCO (2%) et dans une moindre mesure GAR, GRE, ALOsp, PHX, PES, PSR, PCH, et LEUSP (entre 0.8 et 0.2% respectivement). Plusieurs espèces représentent moins de 0.2% (PER, TAC, BOU, APR, ANG, BAM).

<figure><img src="image_8.png" /><figcaption>Figure 5 Nombre de séquences par réplica de terrain (bleu clair et bleu foncé pour chacun des échantillons) et par taxon pour la station située en aval des gorges (grotte de Saint-Marcel)</figcaption></figure>
### III.2.2 Bivalves

Les analyses sur les bivalves ont été réalisées sur les trois stations incluses dans la réserve des gorges de l'Ardèche. Contrairement aux poissons, seul le nombre de séquences figure dans les résultats.

#### a. AMONT-GORGES (rapide de Révaou)

Sur la station située en amont des gorges, trois taxons ont été détectés. Deux sont très significativement détectés et dominent très largement le peuplement de bivalves : en premier lieu *Corbicula sp.* (238 854 séquences en moyenne sur les deux échantillons) puis *Potomida littoralis* (60 971 séquences en moyenne sur les deux échantillons). Un troisième taxon, *Anodonta anatina*, est également détecté, mais très faiblement (20 séquences) et uniquement sur l'un des deux réplicas ; ce qui indique un résultat peu robuste qui doit être interprété avec prudence.

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

Figure 6 Nombre de séquences par réplica de terrain (vert clair et vert foncé pour chacun des échantillons) et par taxon pour la station du rapide de Réavou (amont gorges)
b. <u>INTERMEDIAIRE (Gué de Guitard)</u>

Sur la station intermédiaire, trois taxons ont été détectés. Deux sont très significativement détectés et dominent très largement le peuplement de bivalves : en premier lieu *Corbicula sp.* (224 216 séquences en moyenne sur les deux échantillons) puis *Potomida littoralis* (113 206 séquences en moyenne sur les deux échantillons). Un troisième taxon, *Anodonta anatina*, est également détecté, mais très faiblement (27 séquences) et uniquement sur l'un des deux réplicas ; ce qui indique un résultat peu robuste qui doit être interprété avec prudence.

<figure><img src="image_10.png" /><figcaption>Figure 7 Nombre de séquences par réplica de terrain (vert clair et vert foncé pour chacun des échantillons) et par taxon pour la station intermédiaire située au niveau du gué de Guitard</figcaption></figure>

c. <u>AVAL-GORGES (Grotte de Saint Marcel)</u>

Sur la station la plus aval des gorges, trois taxons ont été détectés. Deux sont très significativement détectés et dominent très largement le peuplement de bivalves : en premier lieu *Corbicula sp.* (307 638 séquences en moyenne sur les deux échantillons) puis *Potomida littoralis* (113 967 séquences en moyenne sur les deux échantillons). Un troisième taxon, *Anodonta anatina*, est également détecté, mais très faiblement (23.5 séquences en moyenne sur les deux échantillons) ; ce qui doit conduire à une interprétation.
<figure><img src="image_11.png" /></figure>

Figure 8 Nombre de séquences par réplica de terrain (vert clair et vert foncé pour chacun des échantillons) et par taxon pour la station située en aval des gorges (grotte de Saint-Marcel)
### III.3 Comparaison des stations

#### III.3.1 Poissons

La richesse taxonomique détectée par ADNe varie en fonction des stations entre 18 pour la station du Gué de Guitard à 26 pour la station de Pont d'Arc (cf. Figure 9). Alors qu'on attend plus souvent une évolution inverse, on observe une diminution assez continue et significative de la richesse de l'amont vers l'aval, du moins jusqu'au Gué de Guitard, après quoi celle-ci augmente de nouveau, sans atteindre toutefois celle de Réavou et a fortiori celle de Pont d'Arc.

<figure><img src="image_12.png" /><figcaption>Figure 9 Nombre de taxons par station (moyenne entre échantillons)</figcaption></figure>

Si on considère les espèces dominantes ou principales, on observe différents patrons d'évolution du nombre de séquence entre stations :

- Pour SPI et CYP1, qui dominent nettement l'échantillon, le nombre de séquences augmente entre les deux stations les plus amont (maximum sur Réavou), avant de diminuer sur les deux stations les plus aval, avec un net décrochement entre Guitard et Saint-Marcel pour SPI.

- GOX, PSR, GRE, PES et dans une moindre mesure BOU, montrent une diminution
relativement régulière de l'amont vers l'aval (ou entre les deux stations amont et les deux stations aval).

- GAR et CCO montrent une évolution « en U » avec des valeurs plus élevées sur les stations amont et aval.

- Certaines espèces comme LOFsp et BAF augmentent entre tout ou partie des stations amont et aval.

- Enfin ABL montre une diminution progressive entre les 3 première stations avant d'augmenter très fortement sur la station la plus aval.

<figure><img src="image_13.png" /><figcaption>Figure 10 Nombre de séquences (moyenne par station) pour les taxons dominants/principaux</figcaption></figure>

Pour ce qui est des espèces rares ou moins représentées, les évolutions sont moins marquées ou régulières, mais on peut toutefois noter :

- Pour les aloses (ALOsp), une absence de détection sur la station Gué de Guitard et une présence significative, essentiellement à Saint-Marcel, station la plus aval. On retrouve plus ou moins ce mode d'évolution pour PCH et PER ; cette dernière est présente sur la station amont et plus significativement sur station aval.

- TRF diminue progressivement de l'amont vers l'aval (absence de détection à Saint-Marcel).

- APR est détecté sur les 3 stations les plus amont de façon assez équivalente, mais pas
à Saint-Marcel.

- LEUsP montre plutôt des fluctuations.

- Quelques espèces sont détectées principalement ou exclusivement en amont (TAN et ANG sur les deux plus amont ; BRE, CYP3 BRO et CASsp pour Pont d'Arc uniquement).

- BAM est très faiblement détecté uniquement au niveau du Gué de Guitard et de Saint-Marcel, mais en dessous du seuil de détection.

<figure><img src="image_14.png" /><figcaption>Figure 11 Nombre de séquences (moyenne par station) pour les taxons « accessoires »/rares</figcaption></figure>
<figure><img src="image_15.png" /><figcaption>Figure 12 Analyse en Composante Principale normée sur les données de nombre de séquence par prélèvement par espèce. A/ Graphe des valeurs propre et pourcentages d'inertie ; B/ Cercle des corrélations en taxons ; C/ Carte factorielle des prélèvements/stations</figcaption></figure>

Les axes 1 et 2 de l'ACP normée sur le nombre de séquences par espèce et par échantillon/station, représentant 68% de la variabilité dans les données, montrent une organisation selon un gradient amont et aval des peuplements de poissons entre stations ; mais avec toutefois un chevauchement important des échantillons entre les trois premières stations. Finalement c'est principalement la station la plus aval (Saint-Marcel) qui se distingue des autres, à la fois sur l'axe 1 et sur l'axe 2.

En effet, l'axe 1 différencie du côté positif, les stations caractérisées par un peuplement à plus forte richesse, dominées par la plupart des cyprinidés d'eau vive, des espèces plus « salmonicoles » comme VAI, GOX, TRF, mais aussi APR, ANG, et quelques espèces plus ubiquistes comme GRE, PES, PSR... L'axe 2 distingue assez nettement des autres la station de Saint-Marcel la plus aval du côté des valeurs positive et dans une moindre mesure la station la plus amont de Pont d'Arc, par la présence plus forte d'espèces d'eau calme comme ABL, PCH, PER et dans une moindre mesure CCO, et GAR.
### III.3.2 Bivalves

Les résultats ADNe enregistrés sur les trois stations situées dans les gorges de l'Ardèche dans le périmètre de la réserve sont identiques en termes de richesse et de liste taxonomique et même extrêmement similaires du point de vue du nombre de séquences par taxon, avec une dominance systématique de *Corbicula sp.*, une présence très significative de *Potomida littoralis* et un nombre de séquences très faible pour *Anodonta anatina*.
### III.4 Comparaison avec les résultats de pêches électriques

#### III.4.1 Probabilités d'occurrence issues des modèles IPR

L'Indice Poisson Rivière (IPR) a été construit à partir de modèles prédisant la présence des principales espèces de poissons en fonction des conditions environnementales décrites par quelques paramètres typologiques simples comme l'altitude, la pente, la surface du bassin versant, la température... (Oberdorff et al. 2001). On peut ainsi croiser les résultats d'ADNe avec les probabilités d'occurrence par espèce fournies par ces modèles sur les stations de suivi piscicole de l'Ardèche à Vallon-Pont-d'Arc et à Saint-Julien-de-Peyrolas. La question première étant de savoir si les espèces les plus attendues sont bien détectées par l'ADNe et dans un deuxième temps examiner si le nombre de séquence correspondant à l'échelle de probabilité (i.e. on peut s'attendre à ce que les espèces à plus forte probabilité d'occurrence soient les espèces avec le nombre de séquences le plus élevé).

On peut constater qu'en tenant compte des quelques imprécisions/regroupements taxonomiques (CYP1=TOX+BLN+HOT), les taxons systématiquement détectés par l'ADNe correspondent bien à celles ayant la probabilité d'occurrence théorique la plus élevée : ABL, GAR, BAF, GOU/GOX, SPI, TOX-HOT-BLN, LOF/LOFsp, CCO, VAN/LEUsp, VAI-PHX, PES et hormis VAI, PES et VAN, ces espèces sont également les espèces qui dominent en termes de nombre de séquences. Le CHE fait exception, car cette espèce qui a la plus forte probabilité d'occurrence, n'a pas du tout été détectée par l'ADNe dans cette étude.
<figure><img src="image_16.png" /><figcaption>Figure 13 Probabilité de présence des 34 espèces prises en compte dans l'indice poisson en rivière (IPR) calculée sur la station de l'Ardèche à Vallon Pont D'Arc sur la chronique 2007-2021 (les barres d'erreur en noir représentent la variabilité interannuelle de la prédiction)</figcaption></figure>

Inversement, des espèces comme la bouvière (BOU) et la grémille (GRE) qui ont une faible probabilité de présence selon ces modèles, sont bien représentées dans les résultats des prélèvements ADNe (tous les réplicas, avec un nombre de séquence souvent très significatif).

### III.4.2 Comparaison avec les résultats de pêche électrique

Pour aller plus loin dans l'analyse des résultats, on peut comparer les détections par l'ADNe avec les résultats de pêches électriques. On peut considérer le pourcentage des effectifs des différentes espèces l'année la plus récente (2021), mais surtout la moyenne des proportions des différentes espèces capturées sur l'ensemble de la chronique. Pour l'ADNe, on considère la moyenne des proportions du nombre de séquences par espèce dans les deux réplicas. Les figures 15 et 16 présentent cette comparaison respectivement pour les espèces dominantes/principales et les espèces secondaires/accessoires voire rares.
<figure><img src="image_17.png" /></figure>

Figure 14 Comparaison des résultats de pêche électrique (moyenne interannuelle et année 2021) et d'ADNe (moyenne des deux réplicas) sur la station de Vallon-Pont-d'Arc pour les espèces principales (Sp ≥1% pour pêche électrique) : en bleu clair % de l'effectif total pour la pêche électrique de 2021 ; en bleu foncé : % de l'effectif total pour les pêches électriques ; en orange % du nombre total de séquences pour l'ADNe
<figure><img src="image_18.png" /><figcaption>Figure 15 Comparaison des résultats de pêche électrique (moyenne interannuelle et année 2021) et d'ADNe (moyenne des deux réplicas) sur la station de Vallon-Pont-d'Arc pour les espèces secondaires/accessoires (Sp<1% pour Pelé) : en bleu clair % de l'effectif total pour la pêche électrique de 2021 ; en bleu foncé : % de l'effectif total pour les pêches électriques ; en orange % du nombre total de séquences pour l'ADNe</figcaption></figure>

Au-delà des constats déjà fait précédemment relatifs à la présence/absence (i.e. CHE et dans une moindre mesure ROT non détectés par ADNe ; ALOsp, TRF, APR, BRO et TAC non capturés par pêche électrique), la représentation des taxons les plus fréquents/dominants sur l'ensemble de la chronique de pêche électrique sur la station de Pont d'Arc, est bien décrite par l'ADNe, avec un classement des espèces quasi identique et des proportions très cohérentes pour les espèces les plus représentées : SPI est l'espèce dominante pour les deux méthodes, suivie de CYP1 pour ADNe (4ème rang si on cumule HOT, TOX et BLN dans les pêches électriques) ; puis GOU (équivalent à GOX pour ADNe), et enfin BAF et ABL qui ont des rangs qui coïncident également, ou sont proches (PSR, LOF/LOFsp, BOU, GAR...). Mais le classement présente aussi certaines discordances (par ex. VAI/PHX, PES).

Pour certaines espèces au moins, la « corrélation » ou correspondance avec le nombre de séquences peut être davantage liée à la biomasse obtenue par pêche électrique (ex GRE, CCO...).

A noter que l'ADNe couvre en un prélèvement (2 échantillons) la quasi-totalité des espèces de
poissons capturées en plusieurs campagnes interannuelles de pêches électriques et surpasse
assez largement le résultat d'une seule campagne (la plus récente). Ce qui avait déjà été mesuré
sur un jeu de données plus large à l'échelle de la région AURA (Roset et al. 2022). De plus l'ADNe
permet en particulier la détection des espèces rares comme APR, TRF, ALOsp, BRO, TAC (BAM ?),
dont la présence est effective ou probable au moins à certaine période dans le secteur ou les
affluents, et qui ne sont pas capturées sur huit années de suivi par pêche électrique.
# IV. Discussion

L'utilisation de l'ADNe a permis un inventaire assez exhaustif des poissons et bivalves des gorges de l'Ardèche avec respectivement 27 et 3 taxons détectés.

En plus de la présence et de la fréquence des taxons dans les échantillons, l'ADNe fournit un évaluateur de « densité » qu'il convient d'interpréter avec prudence, mais qui semblerait assez bien décrire les proportions des différents taxons, en effectif ou en biomasse selon les cas. Au moins, la combinaison de la fréquence et du nombre de séquence permet *a minima* et avec peu de risque d'erreur, de classer les espèces selon une échelle de représentation qu'on peut qualifier ainsi : dominantes (plusieurs $10^{aines}$ voire $100^{aines}$ de séquences), principales (plusieurs centaines/milliers de séquences), secondaires (plusieurs $10^{aines}$/centaines de séquence), significativement présente (plusieurs $10^{aines}$ de séquences), rares et/ou douteuses (inférieurs à 100/50 séquences).

## IV.1 Bivalves

Pour les bivalves, les trois espèces sont présentes dans tous les échantillons : les corbicules (*Corbicula sp.*) dominent nettement, suivies de *Potamida littoralis* ou mulette des rivières également bien représentée et *Anodonta anatina* (anodonte des rivières) nettement plus faiblement présente. L'ADNe ne distingue pas les différentes espèces de corbicule, mais toutes sont originaires d'Asie et introduites. Ce sont des espèces prolifiques qui ont envahi progressivement tout le territoire national. La mulette des rivières (P. littoralis) a un caractère patrimonial à l'échelle française en ce sens qu'elle tend à se raréfier, étant en voie de disparition sur certains bassins-versants du nord du pays. Elle est classée en danger sur la liste rouge des mollusques bivalves en France au même titre que la mulette perlière (*Margaritifera margaritifera*). Elle est élective des milieux lotiques comme l'Ardèche et se trouve ici dans sa zone de répartition longitudinale. Le nombre de séquences conséquent sous-tend l'idée d'une bonne représentation de l'espèce. Les poissons hôte connus pour le cycle de l'espèce sont les barbeaux fluviatiles et les hotus, espèces très représentées sur l'Ardèche. La dernière espèce *Anodonta anatina* (anodonte des rivières) est très faiblement représentée en nombre de séquences et n'est pas détectée dans tous les échantillons, mais en revanche, sur toutes les stations ; en dehors de confirmation par observation directe, ce type de résultat doit être pris avec précaution. Elle est également présente sur la liste rouge des espèces menacées en France,
classée vulnérable.

## IV.2 Poissons

### IV.2.1 Quelques absences remarquables

Pour les poissons, en premier lieu l'absence de détection du chevaine (CHE) sur l'ensemble des échantillons interpelle. En effet, cette espèce ubiquiste est capturée systématiquement sur les chroniques de pêche électrique disponibles sur les stations réseaux de l'Ardèche à Salavas et Saint-Just, avec des abondances et biomasses significatives; ainsi que dans les pêches électriques réalisées par la fédération de pêche de l'Ardèche en 2013. A noter que le chevaine n'avait pas non plus été détecté lors de prélèvements ADNe opérés sur l'Ardèche à Saint-Just-d'Ardèche (lieu-dit Piboulette) par l'OFB en 2021. Les bonnes conditions de réalisation des prélèvements et l'absence de problème technique lors du traitement des échantillons en laboratoire, semblent écarter l'hypothèse d'erreur lors de l'échantillonnage et de l'analyse de l'ADNe. L'explication la plus probable serait plutôt à rechercher au niveau du référentiel génétique, avec plusieurs hypothèses qui mériteront d'être investiguer rapidement et précisément : un échantillon de référence trop éloigné des caractéristiques génétiques de la population locale, avec possibilité d'hybridation entre plusieurs souches/sp., et/ou les amorces utilisées qui ne seraient pas assez spécifiques par rapport à cette population ?

Le silure glane n'est détectée sur aucune des stations étudiées par ADNe. Or même s'il n'est pas capturé par pêche électrique sur la station de Salavas (Vallon-Pont-d'Arc), sa présence dans est attestée par des témoignages de pêcheurs autour de Vallon-Pont-d'Arc. De plus, nos services ont observé sa présence en amont du seuil de Saint-Martin d'Ardèche, à hauteur du débarcadère de Sauze, lors d'une prospection nocturne dédiée à la recherche de l'apron du Rhône le 22 août 2023 (Fromager com. pers.). Et l'espèce est bien détectée par l'ADNe sur l'Ardèche à Saint-Just d'Ardèche (Piboulette) en 2021, ce qui semble exclure un problème de référentiel génétique invoqué pour expliquer l'absence du chevaine. Mais la question de son absence du secteur d'étude ou en cours de colonisation débutante reste posée ?

### IV.2.2 Quelques limites taxonomiques

Rappelons également certaines limites actuelles de l'ADNe qui ne permet pas de différencier certains taxons regroupés au sein d'entités taxonomiques indéterminées, notamment CYP1 (blageon, hotus et toxostome), qui regroupe des espèces morphologiquement distinctes, ayant certaines caractéristiques biologiques et écologiques assez différentes et un statut de protection également différent.
De même plusieurs taxons sont affectés au niveau du « genre », en particulier pour des groupes
dont la taxonomie a récemment évolué (loches, goujons, vairons, vandoises), mais pour lesquels
la détermination sur le terrain n'est pas forcément aisée non plus.

Ces trois remarques montrent que les résultats de l'ADNe, notamment les listes taxonomiques,
ne peuvent être utilisés « à l'aveugle » ni traités automatiquement, mais doivent
systématiquement faire l'objet d'une expertise et de validations/discussions. Cette nécessité
est renforcée par l'échelle de détection nettement plus grande et complexe que pour la pêche
électrique, en lien avec la persistance et le transport de l'ADNe dans le milieu et les
interférences pouvant être apportées par les affluents (distance de détection).

Une fois ces limites identifiées, l'ADNe s'avère être une méthode extrêmement performante,
non seulement pour l'inventaire de la biodiversité mais aussi pour une connaissance
approfondie des peuplements.

IV.2.3 La détection d'espèces rares et/ou d'intérêt patrimonial

D'une part, cette méthode permet bien la détection d'espèces rares ou peu représentées (que
ce soit en termes de fréquence ou d'abondance). C'est notamment le cas d'espèces
particulièrement intéressantes du point de vue de la protection/conservation.

a. <u>L'apron</u>

En premier lieu, l'ADNe permet de mettre en évidence la présence de l'apron, espèce classée « En danger d'extinction » dans la liste rouge nationale de l'IUCN (« En danger critique » à l'échelle mondiale et régionale), protégée sur l'ensemble du territoire (Arrêté du 8 décembre 1988 fixant la liste des espèces de poissons protégées sur l'ensemble du territoire national) et listée au niveau international dans la convention de Berne et la Directive Habitat Faune Flore-Annexe IV. L'APR est détecté sur l'ensemble des stations étudiées avec toutefois une détection moindre sur le site des grottes de Saint-Marcel. Ceci concorde avec la présence avérée de l'espèce dans différents secteurs des gorges à partir des méthodes d'observations directes utilisées dans le cadre de l'observatoire du PNA-apron : présence continue de l'apron sur la station en aval du seuil de Salavas, à hauteur du bivouac de Gaud et plus aléatoirement sur la station de Sauze où des observations ne sont pas régulières ces dernières années.

b. <u>Migrateurs amphihalins</u>

L'ADNe a également permis de détecter deux espèces de grands migrateurs amphihalins :
l'alose (très probablement *Alosa agone*) et l'anguille européenne. La première fait partie de la
liste des espèces protégées (Arrêté du 8 décembre 1988 fixant la liste des espèces de poissons protégées sur l'ensemble du territoire national). Elle est classée « En danger critique d'extinction) sur la liste rouge de l'IUCN au niveau national et régional et est listée au niveau international dans la convention de Berne (1979) et la Directive Habitat Faune Flore-Annexe IV. La deuxième est classée « En danger critique d'extinction » dans la liste rouge de l'IUCN à l'échelle mondiale, nationale et régionale. Elle est listée dans l'annexe III de la convention de Barcelone (1995) et l'annexe II de la convention de Bonn (1979).

L'anguille suit un peu la même répartition mais le nombre de séquence est globalement faible et paradoxalement, elle est quasi absente à l'aval.

L'alose, elles détectée principalement sur 3 des 4 stations étudiées, à la fois en aval (Saint-Marcel) et en amont (Vallon Pont d'Arc et Réavou) et très faiblement sur Gué Guitard; traduisant sa présence très probable dans les Gorges en période de reproduction. Une certaine diminution du signal (nombre de séquences) vers l'amont pourrait traduire les difficultés de franchissement du seuil de Saint Martin d'Ardèche. En effet les conditions hydrologiques des mois d'avril et mai 2023 n'étaient pas favorables au franchissement de l'ouvrage par surverse (débit moyen journalier inférieur à 10m3/s sur l'ensemble de la période sauf pour les six premiers jours d'avril, pointe le 5 avril avec 19,6m3/s). Les signaux sont les plus forts sur le site des Grottes de Saint-Marcel (11 et 12 réplicas, 2086 et 827 séquences) ce qui tendrait à orienter les recherches de bulls en période de reproduction préférentiellement sur ce site-là dans les années à venir.

L'anguille ressort seulement sur les deux stations amont (Pont-d'Arc- et Révaou). La faiblesse du signal est relativement concordante avec les données des pêches électriques pour lesquelles l'espèce est détectée, en moyenne, une année sur deux à Vallon-Pont-D'arc. Mais l'absence de détection plus aval est étonnante, d'autant plus que l'étude ADNe de 2021 sur l'Ardèche à Saint-Just-d'Ardèche (Piboulette) indiquaient sa présence plus en aval, ce qui est corroboré par les données de pêches électriques réalisées sur cette station où l'espèce est régulièrement capturée.

### c. La bouvière

La bouvière (BOU) fait partie de la liste des espèces protégées (Arrêté du 8 décembre 1988 fixant la liste des espèces de poissons protégées sur l'ensemble du territoire national). Au niveau international, elle figure à l'annexe III de la convention de Berne (1979) et à l'Annexe II de la Directive Habitat-Faune-Flore. L'espèce étant plutôt élective des cours inférieurs des rivières,
on pourrait s'attendre à une augmentation de sa représentation vers l'aval (tendance observée par pêche électrique entre Salavas et Saint-Just d'Ardèche), mais ça n'est pas ce que traduit l'ADNe qui montre une tendance inverse de décroissance assez forte d'amont en aval, tant en en nombre de réplicas qu'en nombre de séquences ADNe (de 5800 séquences au Pont-d'Arc à 30 seulement aux Grottes de Saint-Marcel). On peut également faire le lien entre la présence de la bouvière et celle de bivalves généralement considérés comme nécessaires à sa reproduction, dont la mulette des rivières (*Potomida pectoralis*) et l'anodonte des rivières (*Anodonta anatina*), toutes deux détectées par l'ADNe.

### d. Le barbeau méridional

Le barbeau méridional (BAM) fait partie de la liste des espèces protégées (Arrêté du 8 décembre 1988 fixant la liste des espèces de poissons protégées sur l'ensemble du territoire national). Il est classé « En danger critique d'extinction » sur la liste rouge de l'IUCN au niveau mondial, national et régional et il est inscrit aux annexes II et IV de la Directive Habitats-Faune-Flore et à l'annexe II de la convention de Berne (1979). Il est détecté sur les deux stations les plus aval mais très faiblement (en dessous du seuil de détection). Cette information est donc à prendre avec beaucoup de précaution d'autant plus que l'espèce n'a jamais été observée/capturée sur l'Ardèche. La présence sporadique ou la source d'ADNe pourrait être le Tiourre (affluent en rive gauche) où la présence de l'espèce est connue par pêches électriques ; toutefois on ne détecte pas sa présence à la station de Réavou (à un niveau significatif). Cette absence/faible détection pourrait être expliquée par le fait que la filtration a été réalisée sur l'Ardèche dans le chenal au droit de la confluence, alors que les eaux du Tiourre ne se sont pas encore efficacement mélangées. En effet, ce type de résultat avait été constaté dans le cadre d'une autre étude comparant différents écoulements (Prié et al. 2021 b). Cette hypothèse expliquerait également le fait qu'on n'enregistre pas de gradient décroissant (de fréquence et ou nombre de séquences) entre Gué Guitard et Saint-Marcel.

### e. Espèces introduites ou exotiques

Des espèces introduites et/ou exotiques sont également détectées, certaines pouvant figurer parmi les espèces dominantes ou principales : la perche-soleil (*Lepomis gibbosus-PES*), le pseudorasbora (*Pseudorasbora parva-PSR*) et le poisson-chat (*Ameiurus melas-PCH*); de même que d'autres espèces introduites à des fins halieutiques comme la truite arc-en-ciel (*Oncorhynchus mykiss-TAC*) et plus erratiques.
#### IV.2.4 Niveau d'abondance

L'ADNe permet aussi de décrire le peuplement à travers la dominance des taxons/espèces et on retrouve logiquement les espèces électives de ce secteur de l'Ardèche, présentant des faciès principalement courants, à savoir en premier lieu les espèces rhéophiles comme le spirlin (*Alburnoides bipunctatus-SPI*); le barbeau commun (*Barbus barbus-BAF*), le goujon (*Gobio* sp., probablement assimilable à *Gobio gobio-GOU*), la loche franche (*Barbatula* sp., probablement *Barbatula barbatula-LOF*) et le vairon (*Phoxinus* sp., probablement *Phoxinus phoxinus-VAI*). CYP1 décrit aussi des espèces rhéophiles : hotus (*Chondrostoma nasus-HOT*), blageon (*Telestes souffia-BLN*) et toxostome (*Parachondrostoma toxostoma-TOX*) qui sont regroupés sous ce générique, mais on ne peut affirmer par ce résultat que chacune des trois espèces soient bien présentes. Sont aussi assez nettement détectées des espèces plus ubiquistes comme l'ablette (*Alburnus alburnus-ABL*), le gardon (*Rutilus rutilus-GAR*) et la grémille (*Gymnocephalus cernua-GRE*). Des espèces plus inféodées aux milieux lents et/ou profonds sont également détectées, mais généralement avec des fréquences/nb. séquences nettement plus faibles. On peut citer la bouvière (*Rhodeus amarus-BOU*), très représentée, la carpe (*Cyprinus carpio-CCO*), le brochet (*Esox lucius-BRO*), la brème (*Abramis brama-BRE*; mais doute sur la distinction correcte vis-à-vis de *Blicca bjoerkna-BRB*; cf. cyprinidés-complexe 3 représentant les deux espèces indistinctement), la perche commune (*Perca fluviatilis-PER*).

#### IV.2.5 Organisation spatiale

En ce qui concerne la comparaison entre stations, l'examen des résultats d'ADNe est plus confus que les analyses des pêches électriques, ces dernières faisant généralement apparaitre un gradient amont-aval assez net, même sur des distances de quelques dizaines de kilomètres, auquel se superposent des différences locales d'habitat naturel (faciès, abris, confluences...), ou d'influences anthropiques (rejets, aménagements...). Si on retrouve bien des caractéristiques d'habitat préférentiel pour certaines espèces (TRF, BRO, TAN...) ou l'influence de certains affluents (apport d'un signal TRF et surtout BAM), l'organisation du peuplement selon un gradient amont/aval est moins nette, voire contradictoire.

En premier lieu l'évolution de la richesse est plutôt inversée par rapport au gradient habituel : on détecte successivement 25, 21, 16 et 19 taxons d'amont en aval, alors que la richesse spécifique augmente généralement vers l'aval. A noter que, sur le site du Pont d'Arc, la détection de la brème commune mais aussi du complexe CYP3 (brème commune et brème
bordelière) surévalue le nombre de taxons (double comptage).

Certaines répartitions sont difficiles à expliquer : le brochet (BRO), la brème commune (BRE) et le carassin (espèce non différenciée – trois espèces présentes en France) ne sont détectées que sur le site du Pont d'Arc en amont de la réserve. Or, au regard de leur position typologique habituelle et de leurs caractéristiques écologiques, on pourrait légitimement penser que ces espèces soient présentes également, voire préférentiellement à l'aval. Néanmoins le contexte particulier des gorges (entonnement hydraulique, absence de végétaux aquatiques,) serait susceptible d'expliquer leur absence. A noter que le brochet n'a jamais été capturé en pêche électrique sur la station de suivi à Vallon-Pont-d'Arc, la brème et le carassin (espèce indéterminée) une seule fois sur 8 années de chronique.

Deux salmonidés sont rencontrés lors des prélèvements : la truite fario (Salmo trutta fario-TRF), espèce endémique, et la truite arc-en-ciel (TAC), espèce introduite pour le loisir pêche. Cette dernière ne se reproduit pas naturellement sur le cours de l'Ardèche, elle fait l'objet de déversements réguliers par les associations de pêche. La truite fario, jamais capturée en pêche électrique, est détectée en signaux faibles sur les trois stations amont, ce qui paraît être en phase avec les exigences de l'espèce, notamment vis-à-vis de la thermie. Sa présence doit être rendue possible principalement par l'arrivée d'eaux fraîches souterraines.

On peut essayer d'apporter certaines explications à ces discordances apparentes avec la pêche électrique notamment. En permettant moins l'échantillonnage des zones profondes, la pêche électrique dans les grands milieux fournit probablement une vision « tronquée » du peuplement au profit des espèces les plus rhéophiles. Ceci expliquerait les positions typologiques « partagées » des stations amont et aval pour certaines espèces (cf. position sur l'axe 2 de l'ACP) et des richesses globalement plus élevées, en particulier pour la station la plus amont. D'un autre côté, en plus de capacités de détection nettement plus élevées (au moins pour certains taxons), l'ADNe rend compte d'espèces présentes à une échelle spatiale supérieure (tronçon amont potentiellement de quelques kilomètres, à comparer aux quelques 10S/100aïnes de mètres pour la pêche électrique), ce qui a tendance à « déstructurer », du moins rendre plus complexe l'interprétation de la répartition des espèces. On peut notamment souligner l'influence des affluents typologiquement différents (cf. influence du Tiourre en RG pour TRF et surtout BAM dont le signal est perçu très faiblement plus en aval au niveau la station du gué de Guitard et la station de Saint-Marcel) et le fait que la quantité d'ADNe relâchée par chaque espèce est variable (pas strictement proportionnelle à l'effectif et/ou la biomasse mais aussi des caractéristiques anatomiques et physiologiques) et par conséquent que sa persistance
dans le milieu varie également entre espèces.

Ainsi pour certaines espèces rares, le résultat d'ADNe doit être considéré davantage comme un indice fort de présence potentielle, alors que la présence réelle, notamment dans le tronçon de cours d'eau étudié (et/ou le chenal principal), mérite d'être précisée ou discutée. En effet, on ne peut exclure que, du fait de la très forte amplification, un signal très faible soit artéfactuel. De même des taxons parfois détectés significativement ne sont pas du tout présents sur le tronçon ou même sur le cours d'eau, du fait de la persistance et du transport des fragments d'ADNe sur une certaine distance. La question des distances de détection, pourtant fondamentale pour l'interprétation des résultats, reste encore complexe et floue. En effet Civade et al. (2016) ont montré que la distance de détection d'une espèce était de quelques kilomètres en aval de la « source » sur un cours d'eau de faible gabarit. Ainsi le débit de l'Ardèche peut laisser supposer a minima la même échelle de transport, voire plus. Pont et al. (2018) avance même des distances de plusieurs 10'Aines de kilomètre pour le Rhône, en lien avec le débit du fleuve. Mais cette échelle semble contredite par certains résultats (Roset et al. 2022) et dans tous les cas, cette distance dépend au moins autant de l'intensité de la source (Pont, 2024). Ce point mérite une attention particulière dans de prochaines études.
## V. Conclusion

Dans un secteur difficile d'accès et où les méthodes d'investigation habituelles sont difficiles à mettre en œuvre ou potentiellement peu efficaces, l'ADNe a permis, en quelques prélèvements, d'établir un inventaire assez exhaustif des poissons et des bivalves sur un tronçon des gorges de l'Ardèche d'une trentaine de kilomètres. Ainsi 27 taxons de poissons et 3 taxons de bivalves ont été détectés, la très grande majorité affectée au niveau « espèce » (seulement 1 taxon de bivalve et 3 taxons de poissons affectés à un « genre » et 2 groupes taxonomiques de poissons regroupant plusieurs espèces indifférenciées).

Parmi les espèces remarquables détectées, on peut citer des espèces migratrices (alose, anguille) et d'autres espèces patrimoniales d'intérêt pour la conservation (apron, barbeau méridional, anodontes), ou la gestion halieutique (truite fario, brochet, carpe), de même que des espèces exotiques potentiellement envahissantes (perche-soleil, pseudorasbora, poisson-chat, corbicules). L'ADNe a ainsi montré ses grandes capacités de détection d'espèces rares ou faiblement représentées, confirmant un potentiel important et des perspectives intéressantes en matière d'inventaire de la biodiversité.

En plus de la présence et de la fréquence des taxons dans les échantillons, l'ADNe fournit un également un évaluateur (proxy) de « densité » (nombre de séquences) qu'il convient d'interpréter avec prudence, mais qui semblerait assez bien décrire globalement les proportions des principaux taxons (en effectif ou en biomasse selon les cas). En tout cas ces résultats présentent une grande cohérence avec les résultats obtenus par plusieurs années de pêche électrique.

Toutefois ils doivent faire l'objet d'une expertise assez systématique et complète pour une bonne interprétation. Certaines espèces dont la présence est avérée (silure), voire très largement représentée dans ce tronçon comme le chevaine, ne sont pas détectée. Ces absences de détection feront l'objet de réflexions approfondies pour identifier les causes précises et si possible apporter des améliorations (base de référence). En effet, pour le chevaine par exemple, l'espèce aurait été détectée sur 2 réplicas, mais supprimée dans les résultats finaux par les traitements bio-informatiques et l'application de seuils de décision définis par défaut (Furnari et Valentini, com pers).
Certains taxons d'intérêt dans ce secteur, comme le toxostome, ne sont pas différenciés. D'autres affectés au niveau taxonomique « genre » ne peuvent être assimilés qu'avec précaution à des espèces. Enfin la présence ou la répartition de certains taxons doivent aussi être discutées car la détection de traces d'ADNe n'implique pas nécessairement une présence « physique » sur la station ou même le tronçon étudié, du fait que l'ADNe peut se conserver et être transporté sur une certaine distance.

L'utilisation de l'ADNe mérite donc d'être généralisée, d'une part pour apporter une vision complémentaire de l'inventaire de la biodiversité et d'autre part pour mieux définir son domaine d'application et des pistes d'amélioration.
Références bibliographiques

Bouchard, J. & N. Roset (2023). *Vers une standardisation des protocoles de pêche électrique en Nouvelle-Calédonie*. Rapport de Mission 2022. OFB - OEIL. 164p + annexes

Civade, R. (2016). *L'ADN environnemental, méthode moléculaire d'étude de la biodiversité aquatique. Une approche innovante*. Thèse de Doctorat Sciences de l'environnement.

Civade, R. et al. (2016). *Spatial representativeness of environmental DNA metabarcoding signal for fish biodiversity assessment in a natural freshwater system*. PLoS ONE 11(6)

Clark, D.E., Pilditch, C.A., Pearman, J.K., Ellis J.I. & A. Zaiko (2022). *Environmental DNA metabarcoding reveals estuarine benthic community response to nutrient enrichment - Evidence from an in-situ experiment*. Environmental Pollution 267: 115472

Dejean, T. et al. (2011). Persistence of environmental DNA in freshwater ecosystems. Plos ONE 6(8), 23398

Dejean T et al. (2012). *Improved detection of an alien invasive species through environmental DNA barcoding: the example of the American bullfrog Litho-bates catesbeianus*. Journal of Applied Ecology, 49, 953–959

Di Muri, C. et al. (2020). *Read counts from environmental DNA (eDNA) metabarcoding reflect fish abundance and biomass in drained ponds*. Metabarcoding and Metagenomics 4: 97–112

Ficetola, G.F., Miaud, C., Pompanon, F. & P. Taberlet (2008). *Species detection using environmental DNA from water samples*. Biological Letters 4: 423–425

Juhel, J., Utama, R.S., Marques, V., Vimono, I.B., Sugeha, H.Y., Kadarusman, Pouyaud, L., Dejean, T., Mouillot, D. & R. Hocdé (2020). *Accumulation curves of environmental DNA sequences predict coastal fish diversity in the coral triangle*. Proceedings of the Royal Society
87–110

Laporte, M., Berger, C.S., García-Machado E., Cot, G., Morissette, O. & L. Bernatchez (2022). *Cage transplant experiment shows weak transport effect on relative abundance of fish community composition as revealed by eDNA metabarcoding*. Ecological Indicators 137: 108785

Machler, E., Deiner, K., Steinmann, P. & F. Altermatt (2014). *Utility of environmental DNA for monitoring rare and indicator macroinvertebrate species*. Freshwater Science 33(4): 1174–1183

Miaud, C., Dejean, T. & N. Roset (2013). *Développement méthodologique de la technique de l'ADN environnemental pour les inventaires de poissons d'eau douce*. Rapport final. SPYGEN-ONEMA. 29 p

Nagarajan, R.P. et al. (2022). *Environmental DNA Methods for Ecological Monitoring and Biodiversity Assessment in Estuaries*. Estuaries and Coasts 45: 2254–2273

Pont, D., Rocle, M., Valentini, A., Civade, R., Jean, P., Maire, A., Roset, N., Schabuss, M., Zornig, H. & Dejean, T. (2018). *Environmental DNA reveals quantitative patterns of fish biodiversity in large rivers despite its downstream transportation*. Scientific Reports 8: Article number 10361

Pont, D. et al. (2022). *Quantitative monitoring of diverse fish communities on a large scale combining eDNA metabarcoding and qPCR*. Molecular Ecology Resources 23-2: 396-409

Pont, D. (2024) *Predicting downstream transport distance of fish eDNA in lotic environments*. Molecular Ecology Resources 00:e13934

Prié, V., Valentini, A., jean, P., Decotte, J.-B., Breugnot, E., Couprie, S., Jardin, G., Lamand, F., Roset, N., Vigneron, T., Rocle, M., Cucherat, X., Dejean, T. & P. Taberlet (2020). *Cinq ans d'inventaires des Bivalves de France par analyse de l'ADN environnemental : quelles conclusions, quelles perspectives ?*. *Naturae* 8: 91-114
Prié, V., Valentini, A., Lopes-Lima, M., Froufe, E., Rocle, Poulet, N., Taberlet, P. & T. Dejean (2021) a. *Environmental DNA metabarcoding for freshwater bivalves biodiversity assessment: methods and results for the Western Palearctic (European sub-region). Hydrobiologia* 848: 2931-2950

Prié, V., Valentini, A., Jean, P., Dejean, T., Breugnot, E., Brejoux, E., Couprie, S., Irz, P., Jardin, G., Nowak, C., Roset, N., Thierry, E., Vigneron, T. & N. Poulet (2021) b. *Surveillance des espèces exotiques envahissantes en milieu aquatique (bivalves et poissons) - Identification de la stratégie d'échantillonnage optimale pour un suivi par l'ADN environnemental*. OFB - SPYGEN, 53 pp. + annexes

Rees, H. C., Maddison, B. C., Middleditch, D. J., Patmore, J. R. M. & Gough, K. C. (2014). *The detection of aquatic animal species using environmental DNA – a review of eDNA as a survey tool in ecology*. *J. Appl. Ecol.* 51: 1450–145AF

Roset, N., Fromager F., Olivier, G., Parussatti, S. Sadot, M. & N. Poulet (2022). *Suivi des peuplements de poissons en cours d'eau. Comparaison ADNe vs pêches électriques sur un échantillon de stations en région AURA. Actes de la 8ème RIF -Rencontre de l'Ichtyologie en France* - Session 1: Génétique des populations, ADN environnemental. Paris, 14-18 mars 2022

Sepulveda, A.J. et al. (2021). *It's complicated ... environmental DNA as a predictor of trout and char abundance in streams*. *Can. J. Fish. Aquat. Sci.* 78-4: 422-432

Schenekar, T. (2023) *The current state of eDNA research in freshwater ecosystems: are we shifting from the developmental phase to standard application in biomonitoring*. *Hydrobiologia* 850, 1263-1282

SPYGEN (non daté) https://www.spygen.com/fr/technologies/echantillonnage-adne/

SPYGEN (2019). *Base de références génétiques des Poissons dulçaquicoles de Nouvelle-Calédonie*

Taberlet, P., Coissac, E., Hajibabaei, M. & L. H. Rieseberg (2012a). *Environmental DNA*. *Molecular Ecology* 21: 1789-1793

Taberlet, P., Coissac, E., Pompanon, F., Brochmann, C. & E. Willerslev (2012). *Towards next-generation biodiversity assessment using DNA metabarcoding*. *Molecular Ecology* 21: 2045-2050

Tsuji, S., Inui, R., Nakao, R., Miyazono, S., Saito, Kono, M. T. & Y. Akamatsu (2022). *Quantitative environmental DNA metabarcoding shows high potential as a novel approach to quantitatively assess fish community*. *Scientific Reports* 12: 21524

Valentini, A. et al. (2016). *Next-generation monitoring of aquatic biodiversity using environmental DNA metabarcoding*. *Molecular Ecology* 25(4): 929-942

Yao, M, Zhang, S., Lu, Q., Chen, X., Zhang, S.-Y., Kong, Y. & J. Zhao (2022). *Fishing for fish environmental DNA: Ecological applications, methodological considerations, surveying designs, and ways forward*. *Molecular Ecology* 31: 5132-5164
# ANNEXES

## Annexe 1: Listes des taxons dont le niveau de détermination est moins précis que l'espèce

<table><thead><tr><td>Nom scientifique affiché sur les rapports</td><td>Nom scientifique du(des) espèce(s) associée(s)</td><td>Nom vernaculaire</td></tr></thead><tbody><tr><td>Alosa sp.</td><td>Alosa alosa ou Alosa fallax</td><td>-</td></tr><tr><td>Ammodytidae</td><td>Ammodytes marinus, Ammodytes tobianus ou Hyperoplus lanceolatus</td><td>-</td></tr><tr><td>Barbatula sp.</td><td>Barbatula barbatula ou Barbatula quignardi</td><td>-</td></tr><tr><td>Carassius sp.</td><td>Carassius carassius ou Carassius gibelio ou Carassius auratus</td><td>-</td></tr><tr><td>Coregonus sp.</td><td>Coregonus lavaretus ou Coregonus oxyrinchus</td><td>-</td></tr><tr><td>Cottus sp.</td><td>Cottus aturi, Cottus duranii, Cottus gobio, Cottus hispaniolensis, Cottus perifretum, Cottus petiti ou Cottus rhenanus</td><td>-</td></tr><tr><td>Cyprinidae - Complexe 1</td><td>Chondrostoma nasus, Parachondrostoma toxostoma ou Telestes souffia</td><td>Hotu &amp; Toxostome &amp; Blageon</td></tr><tr><td>Cyprinidae - Complexe 2</td><td>Ctenopharyngodon idella ou Hypophthalmichthys molitrix</td><td>Amour blanc &amp; Carpe argentée</td></tr><tr><td>Cyprinidae - Complexe 3</td><td>Abramis brama ou Blicca bjoerkna</td><td>Brème commune &amp; Brème bordelière</td></tr><tr><td>Cyprinidae - Complexe 4</td><td>Alburnus alburnus ou Scardinius erythrophthalmus</td><td>Ablette &amp; Rotengle</td></tr><tr><td>Gobio sp.</td><td>Gobio alverniae, Gobio gobio, Gobio lozanol ou Gobio occitaniae</td><td>-</td></tr><tr><td>Lampetra sp.</td><td>Lampetra fluviatilis ou Lampetra planeri</td><td>-</td></tr><tr><td>Leuciscus sp.</td><td>Leuciscus idus ou Leuciscus leuciscus</td><td>-</td></tr><tr><td>Phoxinus sp.</td><td>Phoxinus bigerri, Phoxinus phoxinus ou Phoxinus septimaniae</td><td>-</td></tr><tr><td>Pleuronectidae - Complexe 1</td><td>Platichthys flesus ou Pleuronectes platessa</td><td>Flet d'Europe &amp; Plie d'Europe</td></tr><tr><td>Pleuronectidae - Complexe 2</td><td>Hippoglossoides platessoides ou Limanda limanda</td><td>Balai &amp; Limande</td></tr><tr><td>Pomatoschistus sp.</td><td>Pomatoschistus microps ou Pomatoschistus minutus</td><td>-</td></tr><tr><td>Salvelinus sp.</td><td>Salvelinus fontinalis ou Salvelinus alpinus</td><td>-</td></tr><tr><td>Squalius sp.</td><td>Squalius cephalus ou Squalius laietanus</td><td>-</td></tr></tbody></table>
# Annexe 2 : Résultats brutes par station

## A/ Poissons

<figure><img src="image_19.png" /></figure>

Analyses VigiDNA M pour l'inventaire des Poissons en milieu aquatique courant

Syndicat de gestion des Gorges de l'Ardèche - DE230277 - Septembre 2023

Les gorges de l'Ardèche

Certaines taxons sont identifiés au quorum au la famille avec le bar de référence SPYGEN (cf. feuillet "Exception bar de référence").

\*\*\* : Quantité d'ADN insuffisante pour certifier la détection du taxon dans l'écarteril.

<table><thead><tr><th rowspan="3">Nom scientifique</th><th rowspan="3">Nom vénéraculaire</th><th rowspan="3">Bare de référence</th><th colspan="4">Gratte St Marcel d'Ardèche</th><th colspan="4">Gut de Guiterd</th><th colspan="4">Pant D'Arc</th><th colspan="4">Rapide de Révénu</th></tr><tr><th colspan="2">SPT232950</th><th colspan="2">SPT232954</th><th colspan="2">SPT232949</th><th colspan="2">SPT232951</th><th colspan="2">SPT232947</th><th colspan="2">SPT232948</th><th colspan="2">SPT232952</th><th colspan="2">SPT232953</th></tr><tr><th>Mètre de réplicats paritifs</th><th>Mètre de réquascos ADM</th><th>Mètre de réplicats paritifs</th><th>Mètre de réquascos ADM</th><th>Mètre de réplicats paritifs</th><th>Mètre de réquascos ADM</th><th>Mètre de réplicats paritifs</th><th>Mètre de réquascos ADM</th><th>Mètre de réplicats paritifs</th><th>Mètre de réquascos ADM</th><th>Mètre de réplicats paritifs</th><th>Mètre de réquascos ADM</th><th>Mètre de réplicats paritifs</th><th>Mètre de réquascos ADM</th><th>Mètre de réplicats paritifs</th><th>Mètre de réquascos ADM</th></tr></thead><tbody><tr><td>Alburni brama</td><td>Brémo commune</td><td>BRE</td><td>SPYGEN</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Allura rufipes punctatus</td><td>Spirin</td><td>SP1</td><td>SPYGEN</td><td>12</td><td>63 457</td><td>11</td><td>40 295</td><td>12</td><td>141 476</td><td>12</td><td>123 104</td><td>12</td><td>160 163</td><td>12</td><td>101 611</td><td>12</td><td>120 939</td><td>12</td><td>163 829</td></tr><tr><td>Allura eiluver</td><td>Ablatta</td><td>ABL</td><td>SPYGEN</td><td>12</td><td>17 802</td><td>11</td><td>8 895</td><td>12</td><td>2 572</td><td>12</td><td>1661</td><td>12</td><td>6 950</td><td>12</td><td>3 742</td><td>12</td><td>3 207</td><td>12</td><td>6 024</td></tr><tr><td>Alburnus</td><td>Alura fimbriata</td><td>ALO</td><td>SPYGEN</td><td>12</td><td>2 084</td><td>11</td><td>927</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>5</td><td>510</td><td>6</td><td>113</td><td>6</td><td>98</td><td>4</td><td>459</td></tr><tr><td>Alburnus melanicus</td><td>Poisson-chât</td><td>PCH</td><td>SPYGEN</td><td>11</td><td>460</td><td>11</td><td>730</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>5</td><td>288</td><td>5</td><td>111</td><td>2</td><td>31</td><td>3</td><td>78</td></tr><tr><td>Aquille univille</td><td>Anville d'Europe</td><td>ANG</td><td>SPYGEN</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>2</td><td>70</td><td>3</td><td>47</td><td>2</td><td>23</td><td>4</td><td>105</td></tr><tr><td>Barbus ototilus</td><td>Lacha franche &amp; Lacha de Languedoc</td><td>LOF</td><td>SPYGEN</td><td>12</td><td>17 665</td><td>11</td><td>4 542</td><td>12</td><td>15 001</td><td>12</td><td>10 507</td><td>12</td><td>11 072</td><td>12</td><td>5 202</td><td>12</td><td>5 303</td><td>12</td><td>8 905</td></tr><tr><td>Barbus barbus</td><td>Barba au fluviatilo</td><td>BAF</td><td>SPYGEN</td><td>12</td><td>39 181</td><td>11</td><td>22 819</td><td>12</td><td>37 435</td><td>12</td><td>24 830</td><td>12</td><td>26 169</td><td>12</td><td>17 206</td><td>12</td><td>25 118</td><td>12</td><td>39 923</td></tr><tr><td>Barbus meridionalis</td><td>Barba au méridional</td><td>BAM</td><td>SPYGEN</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Carassius</td><td>Carazzin commun &amp; Carazzin daré &amp; Carazzin agent</td><td>CAS</td><td>SPYGEN</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Cyprinoides - Complexe 1</td><td>Haty &amp; Taxartom &amp; Blagou</td><td>CYP1</td><td>SPYGEN</td><td>12</td><td>92 900</td><td>11</td><td>52 504</td><td>12</td><td>105 729</td><td>12</td><td>70 722</td><td>12</td><td>91 961</td><td>12</td><td>52 122</td><td>12</td><td>92 702</td><td>12</td><td>132 258</td></tr><tr><td>Cyprinoides - Complexe 2</td><td>Brémo commune &amp; Brémo bardelikre</td><td>CYP2</td><td>SPYGEN</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Cyprinus carpio</td><td>Carpe commune</td><td>CCO</td><td>SPYGEN</td><td>12</td><td>5 380</td><td>11</td><td>3 213</td><td>12</td><td>2 666</td><td>12</td><td>1 899</td><td>12</td><td>11 264</td><td>12</td><td>3 007</td><td>12</td><td>2 819</td><td>12</td><td>3 441</td></tr><tr><td>Diavulius</td><td>Brachot aquitain</td><td>BR0</td><td>SPYGEN</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Gobio</td><td>Goujan</td><td>GOX</td><td>SPYGEN</td><td>12</td><td>17 048</td><td>11</td><td>9 753</td><td>12</td><td>22 566</td><td>12</td><td>17 429</td><td>12</td><td>60 231</td><td>12</td><td>32 866</td><td>12</td><td>34 520</td><td>12</td><td>51 152</td></tr><tr><td>Gymnæsophthalur cornua</td><td>Grémille</td><td>GRE</td><td>SPYGEN</td><td>12</td><td>1547</td><td>11</td><td>1340</td><td>12</td><td>8 601</td><td>12</td><td>4 441</td><td>12</td><td>12 095</td><td>12</td><td>7 411</td><td>12</td><td>6 659</td><td>12</td><td>11 043</td></tr><tr><td>Leucorhynchus</td><td>Perche-zéail</td><td>PEZ</td><td>SPYGEN</td><td>12</td><td>1355</td><td>11</td><td>462</td><td>12</td><td>6 858</td><td>12</td><td>647</td><td>12</td><td>13 684</td><td>12</td><td>11 526</td><td>12</td><td>3 222</td><td>12</td><td>7 199</td></tr><tr><td>Leucorhynchus</td><td>Vandaire</td><td>LEU</td><td>SPYGEN</td><td>9</td><td>402</td><td>10</td><td>447</td><td>4</td><td>142</td><td>6</td><td>124</td><td>7</td><td>400</td><td>4</td><td>111</td><td>6</td><td>156</td><td>10</td><td>748</td></tr><tr><td>Coarachynchus mykior</td><td>Truite arc-on-ciel</td><td>TAC</td><td>SPYGEN</td><td>1</td><td>82</td><td>4</td><td>85</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Crystafluvialis</td><td>Perche commune</td><td>PER</td><td>SPYGEN</td><td>9</td><td>336</td><td>10</td><td>341</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Flavinus</td><td>Vairera</td><td>PHX</td><td>SPYGEN</td><td>12</td><td>896</td><td>10</td><td>1154</td><td>12</td><td>1108</td><td>11</td><td>588</td><td>12</td><td>1776</td><td>12</td><td>691</td><td>12</td><td>1298</td><td>12</td><td>1737</td></tr><tr><td>Procerias</td><td>Pseudarbarus</td><td>PSR</td><td>SPYGEN</td><td>11</td><td>1134</td><td>11</td><td>764</td><td>12</td><td>1847</td><td>12</td><td>1334</td><td>12</td><td>23 875</td><td>12</td><td>13 016</td><td>12</td><td>7 248</td><td>12</td><td>13 038</td></tr><tr><td>Rhodius</td><td>Bauvière</td><td>BOU</td><td>SPYGEN</td><td>2</td><td>50</td><td>2</td><td>30</td><td>5</td><td>440</td><td>8</td><td>233</td><td>12</td><td>5 813</td><td>12</td><td>2 869</td><td>12</td><td>2 501</td><td>11</td><td>3 925</td></tr><tr><td>Rutilius rotulus</td><td>Gardan</td><td>GAR</td><td>SPYGEN</td><td>12</td><td>1954</td><td>11</td><td>1446</td><td>8</td><td>632</td><td>11</td><td>531</td><td>12</td><td>5 013</td><td>12</td><td>2 491</td><td>12</td><td>1472</td><td>12</td><td>1715</td></tr><tr><td>Solmo trutta</td><td>Truite commune</td><td>TRF</td><td>SPYGEN</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Tinca tinca</td><td>Tanche</td><td>TIN</td><td>SPYGEN</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Zingiber</td><td>Apran du Rhône</td><td>APR</td><td>SPYGEN</td><td>4</td><td>63</td><td>1</td><td>14</td><td>6</td><td>294</td><td>5</td><td>87</td><td>7</td><td>255</td><td>4</td><td>70</td><td>9</td><td>162</td><td>5</td><td>210</td></tr></tbody></table>
B/Bivalves

<figure><img src="image_20.png" /></figure>

Analyses VigiDNA M pour l'inventaire des Bivalves en milieu aquatique courant
Syndicat de gestion des Gorges de l'Ardèche - DE230277 - Septembre 2023
Les gorges de l'Ardèche

Les espèces *Corbicula fluminalis*, *Corbicula fluminea* et *Corbicula leana* ne peuvent pas être différenciées et sont notées au genre (*Corbicula* sp.).

<table><thead><tr><th rowspan="2">Ordre</th><th rowspan="2">Taxon</th><th rowspan="2">Base de référence</th><th>Grotte St Marcel d'Ardèche</th><th>Grotte St Marcel d'Ardèche</th><th>Gué de Guitard</th><th>Gué de Guitard</th><th>Rapide de Révaou</th><th>Rapide de Révaou</th></tr><tr><th>SPY232950</th><th>SPY232954</th><th>SPY232949</th><th>SPY232951</th><th>SPY232952</th><th>SPY232953</th></tr><tr><th></th><th></th><th></th><th>Nombre de séquences ADN</th><th>Nombre de séquences ADN</th><th>Nombre de séquences ADN</th><th>Nombre de séquences ADN</th><th>Nombre de séquences ADN</th><th>Nombre de séquences ADN</th></tr></thead><tbody><tr><td>Unionida</td><td>Anodonta anatina</td><td>SPYGEN</td><td>13</td><td>34</td><td></td><td>27</td><td>20</td><td></td></tr><tr><td>Unionida</td><td>Potomida littoralis</td><td>SPYGEN</td><td>127 199</td><td>100 736</td><td>154 370</td><td>72 043</td><td>67 582</td><td>54 361</td></tr><tr><td>Venerida</td><td>Corbicula sp.</td><td>SPYGEN</td><td>346 221</td><td>269 055</td><td>280 139</td><td>168 293</td><td>200 835</td><td>276 873</td></tr></tbody></table>
# Annexe 3 : Nombre de réplicas

## Par station

### a. Pont D'Arc

<figure><img src="image_21.png" /></figure>

### b. Rapide de Révaou

<figure><img src="image_22.png" /></figure>
c. <u>Gué de Guitard</u>

<figure><img src="image_23.png" /></figure>

d. <u>Grotte de Saint-Marcel</u>

<figure><img src="image_24.png" /></figure>
Différences entre stations (nombre de réplicas et nombre de séquences)

<figure><img src="image_25.png" /></figure>
# Annexe 4 : Résultats des pêches électriques

## Abondance (CPUE) des espèces détectées par pêche électrique sur la station de l'Ardèche à Saint-Just d'Ardèche entre 1998 et 2021

<figure><img src="image_26.png" /></figure>
Abondance (CPUE) des espèces détectées par pêche électrique sur la station de l'Ardèche à Salavas (Vallon Pont d'Arc) entre 2007 et 2021

<figure><img src="image_27.png" /></figure>