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# Rapport intermédiaire de la cartographie des produits de recherche de La Rochelle Université

Marine Régien

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Marine Régien. Rapport intermédiaire de la cartographie des produits de recherche de La Rochelle Université. Rapport intermédiaire (premier semestre), La Rochelle Université. 2025. hal-05369299

HAL Id: hal-05369299

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Submitted on 17 Nov 2025

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Open licence - etalab
# Rapport intermédiaire de la cartographie des produits de recherche de La Rochelle
Université

## Table des matières

<table><tr><td>Introduction & contexte</td><td>1</td></tr><tr><td>Bonnes pratiques ancrées dans des services dédiés : le LIENSs et le L3i</td><td>2</td></tr><tr><td>LIENSs et le Service d'Aide à la GEstion des DOnnées</td><td>2</td></tr><tr><td>L3i et Patrimoine Numérique</td><td>3</td></tr><tr><td>Bonnes pratiques installées mais un manque de moyens et d'organisation à l'échelle du laboratoire : le LaSie et Pelagis</td><td>3</td></tr><tr><td>Pelagis</td><td>3</td></tr><tr><td>LaSie</td><td>3</td></tr><tr><td>Peu de pratiques mais une volonté de construire un effort commun : NUDD, EOLE et le CEBC</td><td>4</td></tr><tr><td>NUDD</td><td>4</td></tr><tr><td>EOLE</td><td>4</td></tr><tr><td>CEBC</td><td>4</td></tr><tr><td>Laboratoires non rencontrés à ce jour : MIA, CRHIA, D2IA, POLICEMIES</td><td>4</td></tr><tr><td>Le cas particulier des codes et logiciels produits de recherche</td><td>4</td></tr><tr><td>Conclusion</td><td>5</td></tr></table>

## Introduction & contexte

La science ouverte s'impose progressivement comme un nouveau paradigme dans la production et la diffusion des connaissances scientifiques. Portée par des exigences de transparence, de reproductibilité et d'accessibilité, elle transforme en profondeur les pratiques de la recherche. En particulier avec les exigences croissantes des agences de financement (comme l'ANR ou Horizon Europe), qui conditionnent de plus en plus leurs soutiens à des engagements en matière d'ouverture des produits de recherche issus de ces projets. Si ces exigences visent à favoriser un meilleur partage des données, elles impliquent également une montée en compétences nécessaire pour les décrire et un investissement en temps qui ne sont pas toujours compatibles avec les réalités du terrain : manque de ressources humaines, de temps et une méconnaissance en début de projet qui entrainent des difficultés en clôture.

Les changements d'habitudes dans la recherche sont difficiles à ancrer durablement chez les personnels permanents déjà en place, mais avec la démocratisation progressive de la diffusion des publications (HAL...) le mouvement commence à s'enclencher, poussé par la nouvelle génération de chercheurs plus sensibilisés dès le début de leur carrière. C'est un bouleversement à monitorer sur le temps long avec des moyens techniques et humains, ce à quoi l'équipe UCLR travaille.

A l'inverse, cette transition vers le partage des produits de recherche se heurte encore à plusieurs obstacles. Le manque de formations dédiées, de connaissances sur les outils disponibles ou encore sur les régimes de licences applicables freinent l'adoption généralisée de ces nouvelles pratiques. À cela s'ajoute une
difficulté d'accès aux entrepôts de données et de publications, souvent perçus comme complexes ou peu intuitifs. Enfin, plusieurs verrous persistent : le manque de temps alloué à la gestion des données, la crainte liée à leur mauvaise réutilisation, ou encore les incertitudes juridiques et éthiques qui entourent leur diffusion. Ces facteurs alimentent des réticences légitimes qui doivent être prises en compte pour accompagner efficacement les équipes des laboratoires vers une science véritablement ouverte.

Le projet UCLR a développé un catalogue de produits de la recherche, illustration finale de cette cartographie, permettant également

L'outil de facilitation UCLR, lancé en avril 2025, permet de lever les verrous techniques liés au dépôt de produits de recherche : avec un formulaire simplifié et intuitif, un chercheur peut déposer en fonction de ses besoins : (i) une fiche de métadonnées simple pour informer la communauté sur son travail, sans rendre accessible les fichiers (secret industriel, financement privé...) (ii) une fiche de métadonnées et les fichiers directement dans un entrepôt de confiance de son choix dans la liste disponible dans l'outil. En complément, un groupe de travail sur la Gestion des données s'est également formé entre différentes entités de l'Université. De plus, le catalogue de produits de la recherche de La Rochelle Université, lancé en même temps, est l'objectif final de cette cartographie : pouvoir savoir « qui fait quoi » dans les laboratoires.

# Bonnes pratiques ancrées dans des services dédiés : le LIENSs et le L3i

Le LIENSs et le L3i sont les deux laboratoires les plus importants de LRU en termes de nombre de chercheurs et d'activité. De ce fait, l'ouverture des publications et des produits de recherche est bien avancée, si bien que des services dédiés ont vu le jour.

## LIENSs et le Service d'Aide à la GEstion des DOnnées

Le LIENSs est un laboratoire pluridisciplinaire qui combine des expertises disciplinaires pointues sur un large spectre disciplinaire allant des sciences de l'environnement aux sciences humaines en passant par la chimie et les biotechnologies, et la capacité à aborder les problématiques de façon globale au-delà des frontières disciplinaires. Composé de 6 équipes de recherche, de deux pôles et de plusieurs plateformes et plateaux logistiques, analytiques et techniques, il héberge de nombreux projets financés aux niveau national et UE, ce qui favorise une large diffusion des produits de recherche. Les entrepôts data.Indores, celui interne au LIENSs via Sextant, Nakala et ODATIS sont les plus fréquemment utilisés, avec pour type de produits déposés en majorité : des jeux de données, des données géoréférencées, des codes et des logiciels.

Le Service d'Aide à la GEstion des DOnnées (SAGEDO) du LIENSs est un service proposé à l'ensemble du personnel de recherche du laboratoire. Actuellement composé des ingénieurs Cécilia Pignon-Mussaud et Elodie Pétorin sous la responsabilité de Nathalie Long, il propose une variété d'ateliers (les cafés data par exemple) et d'accompagnement au cas par cas notamment sur les plans de gestion de données (une dizaine de demande de travaux par an).

Le LIENSs possède ainsi, par le biais du SAGEDO, l'administration de collections de données dans 3 entrepôts de recherche couvrant des thématiques clés : data.Indores (biodiversité), ODATIS (littoral) et le catalogue interne du LIENSs. L'objectif à court terme pour UCLR est de moissonner ces collections déjà existantes pour enrichir le catalogue LRU, mais reste secondaire dans les interventions et la communication directe aux chercheurs. L'équipe se concentre sur une relation rapprochée avec le SAGEDO pour progressivement inclure les outils UCLR aux pratiques du LIENSs.

Le laboratoire produit également du code et des logiciels. Ceux-ci sont principalement édités sur des solutions de versionnage git (GitHub ou GitLab La Rochelle Université). Si la deuxième option est celle à privilégier et dont la communication est en bonne voie, l'objectif reste avant tout la bonne documentation des codes et leur mise à disposition publique.
## L3i et Patrimoine Numérique

Le L3i est un laboratoire d'informatique dont les spécialités s'articulent autour de l'IA, de la reconnaissance d'images et de documents. Composé de 3 équipes, le principal type de produits de recherche du laboratoire est représenté par les codes et les logiciels, mais également les jeux de données tests utilisés pour les calculs.

L'équipe Patrimoine Numérique (PN) composée de Muzzamil Luqman, Dominique Limousin et d'Axel-Jean Caurant permet la mutualisation et l'archivage des documents et produits du laboratoire. Par exemple, lors d'une demande de mission pour une conférence ou un colloque, le support de présentation et ou le produit présenté doit obligatoirement être transmis à PN, qui s'occupe ensuite d'archiver localement dans le serveur interne.

Le premier objectif d'UCLR a été d'identifier les archives publiques présentes sur ce serveur et de copier ces informations dans le catalogue. L'habitude d'utiliser des outils de versionnage git pour les codes et les logiciels est une évidence au L3i, et la majorité de ces dépôts sont publiques. L'objectif est donc de sensibiliser les chercheurs à décrire leurs git dans le catalogue UCLR, mais également de décrire et de diffuser, quand cela est possible, les jeux de données, eux souvent oubliés dans les ressources accessibles.

## Bonnes pratiques installées mais un manque de moyens et d'organisation à l'échelle du laboratoire : le LaSie et Pelagis

Le LaSie et Pelagis sont des laboratoires majeurs de La Rochelle Université par leur activité, avec des élans individuels et collectifs remarquables pour une science plus ouverte. Néanmoins, les équipes de ces laboratoires rencontrent des difficultés.

### Pelagis

Pelagis est composé de 2 équipes de recherche spécialisées dans l'étude, le suivi des mammifères marins et des échouages. Elles produisent principalement des jeux de données, des données géoréférencées et des codes / logiciels de lecture / traitement de données. La base de données PelaObs possède un outil de visualisation en ligne.

Cependant, le départ de l'ingénieur en charge de la mise à jour de la base de données, a entrainé une perte de compétences en gestion de données. Face à la surcharge des autres chercheurs, le partage des données est devenu très difficile.

Déjà épaulés par leur entrepôt de référence data.Indores, ils possèdent déjà une collection qui sera moissonnée par UCLR pour enrichir directement le catalogue LRU.

Des ateliers de formation aux dépôts sont prévus pour la rentrée 2025, avec l'ajout d'Indores dans la liste des entrepôts disponibles dans le facilitateur UCLR.

### LaSie

Le LaSie est composé de 5 équipes dont le Rupeelab, associée avec Tipee, une start-up rochelaise. Ce dernier produit notamment des données de température, mais également des données liées à la plateforme de simulation urbaine située à Orbigny.

Les produits de recherche de RupeeLab sont compilés dans des git publics et sont très bien documentés. Ils ont été ajoutés manuellement au catalogue LRU.

Les contacts avec les autres équipes du LaSie sont prévus pour la rentrée 2025.
# Peu de pratiques mais une volonté de construire un effort commun : NUDD, EOLE et le CEBC

NUDD et EOLE sont deux laboratoires récents de LRU avec un nombre de chercheurs plus petit que d'autres laboratoires, leur structuration autour de la science ouverte est donc juvénile.

Le CEBC, quant à lui, commence à structurer ses pratiques pour répondre aux exigences des financeurs et labélisation.

## NUDD

Les chercheurs du NUDD sont intéressés par le partage de leurs produits de recherche, mais manque de connaissances et de formation à ce sujet. Avec une approche axée sur les sciences humaines et sociales, un démarrage avec de bonnes pratiques est prometteur. L'entrepôt ciblé par UCLR pour les produits issus du laboratoire est principalement Nakala. De plus, de nombreux codes (traitement, analyse) sont édités par les chercheurs. L'utilisation du GitLab LRU est recommandée.

## EOLE

Les chercheurs d'EOLE, également en sciences humaines et sociales ne se sentent pas pleinement concernés par la notion de « partage de jeux de données ». A la suite d'une première rencontre, il a été décidé d'aborder le sujet progressivement vers les équipes d'EOLE ultérieurement. L'entrepôt principalement ciblé par UCLR est Nakala.

## CEBC

Le CEBC, dans le cadre de la labélisation de plusieurs de leurs suivis à long terme par CNRS Ecologie et Environnement (labélisations SEE-Life), un ingénieur data, Samuel Peroteau, a été recruté afin de suivre les dépôts selon les principes FAIR dans data. Indores. Tout comme Pelagis, la communication sur l'outil UCLR prendra sens quand data. Indores fera partie des entrepôts ciblés (en production). Cet ajout est prévu avant la fin de l'année 2025.

# Laboratoires non rencontrés à ce jour : MIA, CRHIA, D2IA, POLICEMIES

Les laboratoires dont le projet UCLR n'a aucune cartographie des pratiques à ce jour sont MIA (mathématiques & applications, IA), CRHIA (histoire Atlantique), D2IA (Dynamiques, Interactions, Interculturalité Asiatiques conjoint avec Université Bordeaux Montaigne), et PoLiCÉMIES (Politique, littérature culture).

Les chercheurs du MIA ne se sentent pas concernés par l'initiative UCLR, estimant que la réutilisation des données ne permet pas leur partage, et que les produits de recherche (codes...) ne sont pas partageables. Un changement de paradigme de la communication UCLR est envisagée pour à la rentrée 2025.

Aucun retour des autres laboratoires contactés.

# Le cas particulier des codes et logiciels produits de recherche

Aujourd'hui le dépôt des codes et logiciels dans des entrepôts de données de recherche traditionnels est très peu utilisé, car non adapté au cycle de vie de ces produits. Les dépôts dans des plateformes de versionnage de type git sont majoritairement utilisés car ces plateformes répondent à un cahier des charges nécessaire au suivi et à l'interopérabilité des codes et logiciels.
Aujourd'hui le catalogue UCLR , permet aux dépositaires de produits de recherche d'associer leur fiche métadonnées au lien de dépôt git de leurs produits, permettant ainsi leur référencement dans la plateforme sans doubler le dépôt.

Néanmoins, cette exclusion des codes et logiciels des voies de dépôts traditionnelles freine les efforts de communication de l'équipe UCLR pour le catalogage de ces produits.

L'initiative national menée par HAL en lien avec Software Heritage, l'une des seules plateformes d'archivage et d'identification pérenne spécialisée dans les codes et logiciels, est un grand pas en avant dans ce sens.

L'organisation d'une journée thématique avec Software Heritage mais aussi l'INRIA permettra de faire émerger les besoins et les recommandations pour un partage plus large de ce type de produit de recherche à LRU, prévue pour décembre 2025.

Conclusion

Aujourd'hui, les différents laboratoires rencontrés sont tous à des étapes différentes dans l'ouverture
de leurs produits de recherche. Même si les efforts sont plus ou moins forts, la tendance montre que le
développement d'un outil de facilitation au dépôt agit comme catalyseur, favorisant l'adoption des principes de
la science ouverte.

A La Rochelle Université, la communication autour de cet outil est cruciale pour que chaque chercheur se sente concerné par la démarche quelques soit son domaine ou ses types de productions.

Une fois l'outil pris en main, les retours sont positifs et permettent un catalogage efficace des produits dans un premier temps, et un accès aux entrepôts de données dans un second. En effet, selon les laboratoires et l'organisation des équipes, la mise à disposition des produits de recherche est à différents niveaux de progression et l'objectif d'UCLR est clair : ne pas entraver les bonnes pratiques existantes mais les mutualiser tout en accompagnant progressivement tout le monde vers un standard commun.

C'est pour cela que les efforts du second semestre 2025 vont s'orienter dans l'accompagnement des laboratoires en recherche d'organisation, tout en restant en veille pour recueillir les besoins en termes de formation, d'accès à des entrepôts et de moissonnage pour enrichir le catalogue de manière durable.

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