# CIRM-BIA : Plan de Gestion des Données

Anne-Sophie Bage, Florence Valence, Victoria Chuat, Lucas Jolivet

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Anne-Sophie Bage, Florence Valence, Victoria Chuat, Lucas Jolivet. CIRM-BIA : Plan de Gestion des Données. Inrae. 2022. hal-04967519v4

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# Plan de Gestion des Données
De Structure du CIRM-BIA

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LICENCE OUVERTE
OPEN LICENCE

Licence Ouverte Etalab V 2.0

DOI PGD : https://doi.org/10.15454/QCJ6SW

## PLAN DE GESTION DE DONNEES DE STRUCTURE DU CIRM-BIA

### TABLE DES MATIERES

<table><tr><td>Plan de Gestion des Données</td><td>1</td></tr><tr><td></td><td>1</td></tr><tr><td></td><td>1</td></tr><tr><td>PLAN DE GESTION DE DONNEES de structure DU CIRM-BIA</td><td>1</td></tr><tr><td>Table des matières</td><td>1</td></tr><tr><td>A. Renseignements sur le plan</td><td>1</td></tr><tr><td>B. Renseignement sur la structure</td><td>1</td></tr><tr><td>C. Budget</td><td>3</td></tr><tr><td>D. Produits de recherche</td><td>4</td></tr><tr><td>E. Contributeurs</td><td>5</td></tr><tr><td>I. Collecte de souches/Microbiologie/Préparation de l'échantillon (poudre ou fromage)</td><td>7</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>7</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>9</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>10</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>12</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>12</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>14</td></tr><tr><td>II. Collecte de souche/Microbiologie/Dénombrement non sélectif</td><td>16</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>16</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>18</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>19</td></tr></table>
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<table><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>20</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>20</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>20</td></tr><tr><td>III. Collecte de souches/Microbiologie/Dénombrement sélectif</td><td>21</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>21</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>23</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>24</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>25</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>25</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>25</td></tr><tr><td>IV. Collecte de souches/Dépôt de souches/Dépôt confidentiel de sécurité</td><td>26</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>26</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>28</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>29</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>30</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>30</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>30</td></tr><tr><td>V. Collecte de souches/Dépôt de souches/Dépôt ouvert</td><td>31</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>31</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>33</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>34</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>35</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>35</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>35</td></tr><tr><td>VI. Caractérisation de souches/Microbiologie/Antibiogramme par disques sur gélose</td><td>36</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>36</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>38</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>39</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>39</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>39</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>40</td></tr><tr><td>VII. Caractérisation de souches/Microbiologie/Galerie API</td><td>40</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>40</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>42</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>43</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>43</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>44</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>44</td></tr><tr><td>VIII. Caractérisation de souches/Microbiologie/Dégradation sucres</td><td>44</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>44</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>46</td></tr></table>
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<table><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>47</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>48</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>48</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>48</td></tr><tr><td>IX. Caractérisation de souches/Biologie moléculaire/Profil PFGE</td><td>48</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>48</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>50</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>51</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>52</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>52</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>52</td></tr><tr><td>X. Caractérisation de souches/Biologie moléculaire/Profil RAPD</td><td>52</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>52</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>54</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>55</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>55</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>56</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>56</td></tr><tr><td>XI. Caractérisation de souches/Biologie moléculaire/ARDRA</td><td>56</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>56</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>58</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>59</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>59</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>60</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>60</td></tr><tr><td>XII. Caractérisation de souches/Biologie moléculaire/Schéma MLST</td><td>60</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>60</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>62</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>63</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>63</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>64</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>64</td></tr><tr><td>XIII. Conservation de souches/Microbiologie/Congélation de souches</td><td>64</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>64</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>67</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>68</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>68</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>68</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>68</td></tr><tr><td>XIV. Conservation de souches/Microbiologie/Lyophilisation de souches</td><td>69</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>69</td></tr></table>
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<table><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>71</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>72</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>72</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>73</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>73</td></tr><tr><td>XV. Conservation de souches/Dépôt de souches/Dépôt confidentiel de sécurité</td><td>73</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>73</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>76</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>77</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>77</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>77</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>78</td></tr><tr><td>XVI. Conservation de souches/Dépôt de souches/Dépôt ouvert</td><td>78</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>78</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>81</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>82</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>82</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>82</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>83</td></tr><tr><td>XVII. Identification de souches/Biologie moléculaire/ Extraction ADN souche pure</td><td>83</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>83</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>85</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>86</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>86</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>86</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>87</td></tr><tr><td>XVIII. Identification de souches/Biologie moléculaire/ Extraction ADN microbiote</td><td>87</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>87</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>89</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>90</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>91</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>91</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>91</td></tr><tr><td>XIX. Identification de souches/Biologie moléculaire/Séquencage ARNr16S</td><td>91</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>91</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>94</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>95</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>95</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>95</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>96</td></tr><tr><td>XX. Identification de souches/Biologie moléculaire/PCR espèce spécifique</td><td>96</td></tr></table>
<table><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>96</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>98</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>99</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>99</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>99</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>100</td></tr><tr><td>XXI. Diffusion</td><td>100</td></tr><tr><td>1. Description des données et collecte ou réutilisation de données existantes</td><td>100</td></tr><tr><td>2. Documentation et qualité des données</td><td>102</td></tr><tr><td>3. Exigences légales et éthiques, code de conduite</td><td>103</td></tr><tr><td>4. Traitement et analyse des données</td><td>103</td></tr><tr><td>5. Stockage et sauvegarde des données pendant le processus de recherche</td><td>103</td></tr><tr><td>6. Partage des données et conservation à long terme</td><td>104</td></tr></table>
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## A. RENSEIGNEMENTS SUR LE PLAN

<table><tr><td>Titre du plan</td><td>DMP du projet "PGD de structure CIRM-BIA"</td></tr><tr><td>Livrable</td><td>Version 5</td></tr><tr><td>Domaines de recherche (selon classification de l'OCDE)</td><td><ul><li>Sciences de la terre et de l'environnement</li></ul></td></tr><tr><td>Langue</td><td>Français</td></tr><tr><td>Date de création</td><td>2023-07-13</td></tr><tr><td>Date de dernière modification</td><td>2023-07-20</td></tr><tr><td>Identifiant</td><td>https://doi.org/10.15454/QCJ6SW</td></tr><tr><td>Type d'identifiant</td><td>DOI</td></tr><tr><td>Licence</td><td>Licence Ouverte Etalab 2.0</td></tr></table>

## B. RENSEIGNEMENT SUR LA STRUCTURE

### 1. NOM DE LA STRUCTURE

* CIRM-BIA : Centre International des Ressources Microbiennes - Bactéries d'intérêt alimentaire

* UMR 1253 STLO : Unité Mixte de Recherche - Science et Technologie du Lait et de l'Œuf

### 2. TYPE DE STRUCTURE

* CRB : Centre de Ressources Biologiques

### 3. IDENTIFIANT DE LA STRUCTURE

Le CIRM est un Groupement d'Intérêt Scientifique (GIS) créé en 2004 par INRAE autour de ses collections de microorganismes (bactéries, levures et champignons filamenteux). Il est Coordonné par INRAE et est constitué de cinq centres de ressources biologique (CRB), tous certifiés ISO 9001. Ces CRB conservent plus de 22 000 souches de bactéries associées aux plantes, bactéries pathogènes, bactéries d'intérêt alimentaire, levures et champignons filamenteux. Le CIRM est labellisé « ISC », Infrastructure Scientifique de Recherche par l'IR RARE. Le CIRM-BIA est le CRB dédié aux bactéries d'intérêt alimentaire. Il est accueilli à l'UMR 1253 STLO.

* DOI ISC CIRM RARE : https://doi.org/10.15454/1.561378897481968E12

* DOI ISC CIRM-BIA : https://search.datacite.org/works/10.15454/g6v6-yn54

* Identifiant RNSN UMR 1253 STLO : 199117840K

### 4. RESPONSABILITES DANS LA STRUCTURE

* Responsable du CIRM-BIA : Florence Valence

* Responsable Qualité/Collection/Projet de recherche : Victoria Chuat

* Responsable Collection/Projet de recherche : Lucas Jolivet

* Data-Manager CIRM-BIA : Anne-Sophie Bage

* Data-Manager CIRM : Jonathan Mineau-Cesari

### 5. ETABLISSEMENT(S) TUTELLE(S)

* INRAE

* Institut Agro
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## 6. DEPARTEMENT DE RATTACHEMENT INRAE

* MICA : Microbiologie et chaîne alimentaire

## 7. FINANCEUR(S) (PERMETTANT L'ACQUISITION DES JEUX DE DONNEES - HORS PROJET)

* INRAE

## 8. INFORMATION GENERALE SUR LE TYPE DES DOCUMENTS UTILISES DANS LES PRODUITS DE RECHERCHE ET LEUR STOCKAGE.CES DOCUMENTS SONT ENREGISTRES DANS UN BASE DE DONNEES DOCUMENTAIRE INTERNE AU CIRM-BIA

### Guide de nomenclature des documents au sein du CIRM-BIA

**Processus (PS)** : « Ensemble d'activités corrélées ou interactives qui transforme des éléments d'entrées en élément de sortie » (ISO 9000 :2000).

**Procédure (PR)** : Document qui décrit dans ses grandes lignes une activité ou un processus en définissant son objet et son domaine d'application, les activités qui le constituent (qui, quoi, quand, où, comment). Le "comment" peut faire l'objet d'une instruction ou d'un mode opératoire; elle est alors citée dans la procédure.

**Mode opératoire (MO)** : Document qui décrit précisément la façon de réaliser une opération ou d'utiliser un matériel. Il précise le COMMENT de la procédure.

**Enregistrement (EN)** : Appelé formulaire quand il est vierge, il est associé aux processus, aux procédures et aux modes opératoires, il témoigne du bon déroulement des activités en faisant état des résultats obtenus et en apportant la preuve de la réalisation d'une activité. Il assure la traçabilité.

**Instruction (IN)** : Document synthétique qui décrit des consignes, des précautions à prendre pour la réalisation d'une activité.

<table><thead><tr><th>Type de document</th><th>Codification (XX)</th></tr></thead><tbody><tr><td>Processus</td><td>PS</td></tr><tr><td>Procédure</td><td>PR</td></tr><tr><td>Enregistrement</td><td>EN</td></tr><tr><td>Mode opératoire</td><td>MO</td></tr><tr><td>Instruction</td><td>IN</td></tr></tbody></table><table><thead><tr><th>Thème</th><th>Codification (XXX)</th></tr></thead><tbody><tr><td>Activité CIRM-BIA</td><td>ACT</td></tr><tr><td>Amélioration continue</td><td>AML</td></tr><tr><td>Informatique (base de données qualité, GISIL II, site WEB,...)</td><td>BDD</td></tr><tr><td>Maîtrise de la documentation</td><td>DOC</td></tr><tr><td>Gestion des ressources humaines</td><td>GRH</td></tr><tr><td>Gestion des ressources matérielles (achats équipement & consommables, maintenance équipements et locaux, surveillance des mesures)</td><td>MAT</td></tr><tr><td>Stratégie</td><td>STR</td></tr></tbody></table>
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## CI-DESSOUS LES PROCEDURES QUI DEFINISSENT LA GESTION DES DOCUMENTS AU SEIN DU CIRM-BIA:

**PR-DOC-01** : Cette procédure définit les conditions de gestion des documents qualité internes et externes et des enregistrements au CIRM-BIA. Elle a pour but de décrire les modalités pour élaborer, valider, harmoniser leur forme, actualiser leur contenu et assurer la disponibilité des documents internes et externes sur les lieux d'utilisation.

**PR-DOC-02** : Le CIRM BIA gère cette base documentaire à l'aide d'une application internet située sur un serveur WEB couplé à un gestionnaire de base de données.

A l'aide de cette application, le personnel du CIRM BIA alimente une base de données et déposent des documents sur ce serveur WEB.

Cet outil est hébergé sur le serveur interne de l'UMR STLO. Le maintien et la sauvegarde sont assurés par le responsable informatique de l'unité.

Ce serveur est automatiquement sauvegardé quotidiennement, ainsi que les bases de données. Un historique des modifications de 30 jours est conservé. Ces sauvegardes sont accessibles uniquement par le responsable information.

## 9. VOLUMETRIE DES DONNEES PRODUITES AU SEIN DU CIRM-BIA

Au niveau du serveur STLO nous avons 35 Go de données stockées liées à la Base de données. Nous disposons d'un disque dur externe de 2 To pour conserver les données génomes, il est actuellement utilisé à 50% et aussi de deux 2 disques durs de 2To pour réaliser les sauvegardes de ces données. Nous disposons d'un disque dur externe de 1 To pour créer une sauvegarde des données du CIRM-BIA, il est utilisé à 40%

Sur le Webdrive nous stockons nos archives, nous disposons de 1To en 2020 on a utilisé : 35Go

## C. BUDGET

<table><thead><tr><td>Type de coût (Titre)</td><td>Montant</td><td>Etape du cycle de vie</td></tr></thead><tbody><tr><td>Logiciel (Coûts de stockage et de partage de données)</td><td>4000 EUR</td><td>Coûts liés au stockage et à la sauvegarde des données</td></tr></tbody></table>

<table><thead><tr><td>Numéro de Version</td><td>Commentaires</td></tr></thead><tbody><tr><td>CIRM-BIA_V1</td><td>Version initiale</td></tr><tr><td>CIRM-BIA_V2</td><td>Ajout tableau produits de recherche, mise à jour des Responsabilités dans la structure</td></tr><tr><td>CIRM-BIA_V4</td><td>Suite à une erreur d'enregistrement sur entrepôt pas de modification pas de version3, juste changement de numéro de version pour être identique à celui de l'entrepôt</td></tr><tr><td>CIRM-BIA_V5</td><td>Ajout de l'audit PSSI et utilisation de l'outil OPIDOR Modèle structuré Europe pour actualiser le PGD</td></tr></tbody></table>
D. PRODUITS DE RECHERCHE

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E. CONTRIBUTEURS

<table><thead><tr><td>Nom</td><td>Affiliation</td><td>Rôles</td></tr></thead><tbody><tr><td>Valence Florence<br>https://orcid.org/0000-0002-4834-086X</td><td>INRAE</td><td><ul><li>Coordinateur de projet</li><li>Personne contact pour les données</li><li>Responsable de la conservation à long terme des données</li><li>Responsable de la production ou de la collecte des données</li><li>Responsable de la qualité des données</li><li>Responsable des questions éthiques</li><li>Responsable du dépôt et de la diffusion des données</li><li>Responsable du plan</li><li>Responsable du traitement et de l'analyse des données</li><li>Responsable juridique</li></ul></td></tr><tr><td>Chuat Victoria<br>https://orcid.org/0000-0003-1528-2680</td><td>INRAE</td><td><ul><li>Responsable de la documentation des données</li><li>Responsable de la production ou de la collecte des données</li><li>Responsable de la qualité des données</li><li>Responsable du dépôt et de la diffusion des données</li><li>Responsable du traitement et de l'analyse des données</li></ul></td></tr><tr><td>Lucas Jolivet</td><td>INRAE</td><td><ul><li>Responsable de la documentation des données</li><li>Responsable de la production ou de la collecte des données</li><li>Responsable de la qualité des données</li><li>Responsable du dépôt et de la diffusion des données</li><li>Responsable du traitement et de l'analyse des données</li></ul></td></tr><tr><td>Bage Anne-Sophie<br>https://orcid.org/0000-0002-8129-5503</td><td>INRAE</td><td><ul><li>Responsable de la conservation à long terme des données</li><li>Responsable de la documentation des données</li><li>Responsable de la protection des données</li><li>Responsable de la qualité des données</li><li>Responsable du dépôt et de la diffusion des données</li></ul></td></tr></tbody></table>
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<table><tr><td></td><td></td><td><ul><li>Responsable du stockage des données</li></ul></td></tr><tr><td>Le-Loir Yves<br><a href="https://orcid.org/0000-0002-0355-1065">https://orcid.org/0000-0002-0355-1065</a></td><td>INRAE</td><td><ul><li>Responsable des questions éthiques</li><li>Responsable juridique</li></ul></td></tr><tr><td>Mineau Jonathan<br><a href="https://orcid.org/0000-0003-4354-0819">https://orcid.org/0000-0003-4354-0819</a></td><td>INRAE</td><td><ul><li>Data Manager GIS CIRM</li></ul></td></tr></table>
# I. COLLECTE DE SOUCHES/MICROBIOLOGIE/PREPARATION DE L'ECHANTILLON (POUDRE OU FROMAGE)

## 1. DESCRIPTION DES DONNEES ET COLLECTE OU REUTILISATION DE DONNEES EXISTANTES

### 1.1 Description générale du produit de recherche

Ce produit est intégré dans les processus et procédure suivant:

**PR-ACT-01: ACQUISITION**

L'objectif de cette procédure est de définir les conditions d'acquisition des souches de micro-organismes d'intérêt alimentaire issues de collections déjà existantes (souches confiées par un déposant ou achetées dans d'autres collections internationales de référence) ou isolées par le CIRM-BIA à partir de biotopes pour pouvoir ensuite les intégrer à la collection CIRM-BIA.

**DOMAINE D'APPLICATION**

Cette procédure couvre l'ensemble des activités qui va de la réception des souches, qu'elles soient issues i) de collections déjà existantes que l'on rapatrie ou d'achat de souche de référence dans des collections internationales ii) ou isolées d'un biotope original ; à leur remise en culture pour s'assurer de leur viabilité et de leur pureté (caractérisation) jusqu'à la procédure d'identification et de conservation.

**PS-ACT-01 : ACQUERIR, IDENTIFIER ET CONSERVER DES SOUCHES DE BACTÈRIES D'INTERET ALIMENTAIRE**

**DOMAINE D'APPLICATION**

Ce processus s'applique à l'intégration au sein du CIRMBIA de bactéries d'intérêt alimentaire isolées à partir de biotopes variés, ou issues de collections établies d'organismes publics ou privés. Il concerne les activités de collecte et acquisition, d'identification, de conservation.

**FINALITES DU PROCESSUS**

Enrichir la collection CIRM-BIA, assurer et garantir la qualité des ressources hébergées (identification, pureté, viabilité) et garantir leur pérennité.

**PS-ACT-3 : REALISER DES PRESTATIONS DE SERVICE**

**DOMAINE D'APPLICATION**

Ce processus s'applique à la réalisation de prestations de service pour les communautés scientifiques académiques ou industrielle ainsi qu'à la réalisation de projets de recherche.

**FINALITES DU PROCESSUS**

Réaliser des prestations de services ou projets de recherche liés à l'activité de CRB et aux ressources BIA :
Caractérisation d'écosystèmes fermentaires alimentaires, Isolement, dénombrement des souches, mise en collection, Identification taxonomique (phénotypique et/ou moléculaire) de souches BIA ou de contaminants de produits alimentaires, Caractérisation de la diversité intra-spécifique de BIA, Lyophilisation, Caractérisation "à façon" de propriétés technologique de BIA, Dépôt fermé

**PS-DOC-1 : MAITRISE DE LA GESTION DES DONNEES ET DES MOYENS DE COMMUNICATION**

**DOMAINE D'APPLICATION**
Ce processus vient en support des processus opérationnels : la bonne gestion du système informatique et des outils dédiés garantissant la maîtrise des données, de l'information et de la documentation.

## FINALITES DU PROCESSUS

Maîtriser la documentation du système de management de la qualité, le stockage des données générées ou utilisées par les processus opérationnels ou support, les outils de communication du CIRM-BIA (http://www6.inra.fr/cirm) ainsi que les outils permettant la gestion des données associées aux souches et leur affichage sur le catalogue en ligne (Logiciel Stock, Base de données souches, ...).

## PS-MAT-1 : MAITRISER L'INFRASTRUCTURE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'ensemble des équipements (hors matériel informatique), des consommables, réactifs et milieux de culture mis en œuvre dans les activités telles que :

* La gestion des achats de consommables et équipement (identification du besoin), l'étude de marché et la mise en concurrence

* La gestion des stocks de consommables

* La fabrication des milieux de culture

* La maintenance et la métrologie des équipements

* L'entretien des locaux

* La gestion des déchets et des matériels hors service.

## FINALITES DU PROCESSUS

Venir en soutien des processus opérationnels en garantissant les moyens matériels pour assurer la conformité du produit et sa mise en œuvre efficace.

## PS-STR-01 : ETABLIR, FAIRE VIVRE LA STRATEGIE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus permet la coordination des processus opérationnels et supports ainsi que leur adéquation afin garantir le bon fonctionnement du CIRM-BIA dans sa globalité au travers des ressources allouées, de la communication, de la stratégie de recherche et de la bonne gestion du système de management de la qualité (SMQ).

## FINALITES DU PROCESSUS

* Garantir les ressources, allouer les moyens nécessaires et communiquer en interne (SMQ) et en externe (parties intéressées du CIRM).

* Orienter la politique qualité, planifier, surveiller et améliorer en continu l'ensemble du système de management de la qualité, pour assurer un fonctionnement optimal de l'entité.

* Définir la stratégie du CIRM-BIA au regard de l'activité collection et des ressources disponibles

* Communiquer

<table><tr><td>Type</td><td>jeu de données</td></tr><tr><td>Langue</td><td>Français</td></tr><tr><td>Contient des données personnelles ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Contient des données sensibles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Prend en compte des aspects éthiques ?</td><td>Oui</td></tr></table>
<table><tr><td>Mots clés</td><td><ul><li>microbiologie (thesaurus INRAE)</li><li>collecte des données (thesaurus INRAE)</li><li>préparation d'échantillon (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie alimentaire (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie (par type) (thesaurus INRAE)</li><li>fermentation (thesaurus INRAE)</li><li>produit animal (thesaurus INRAE)</li><li>produit végétal (thesaurus INRAE)</li><li>produit agroalimentaire (thesaurus INRAE)</li><li>produit laitier (thesaurus INRAE)</li><li>produit laitier fermenté (thesaurus INRAE)</li><li>aliment d'origine animale (thesaurus INRAE)</li><li>aliment d'origine végétale (thesaurus INRAE)</li><li>aliment fermenté (thesaurus INRAE)</li></ul></td></tr></table>

1.2 Est-ce que des données existantes seront réutilisées ? **paragraphe commun à d'autres produits de recherche**

## Les données d'origine de la souche

(Biotope d'origine, données géographiques du lieu de prélèvement, année d'isolement, personnes impliquées...) Elles sont collectées par la/les personne(s) (personnel CIRM-BIA ou déposant) qui prélève(nt) et isole(nt) la souche. Dans le cas d'un dépôt de souche (s) au CIRM, ces différentes données sont fournies au CIRM-BIA par le déposant lors du dépôt de la souche en collection (données passeport du contrat de dépôt). Dans le cas d'un dépôt, ces données appartiennent au déposant. Nous réalisons systématiquement une vérification des données d'identification au niveau de l'espèce des souches déposées en collection. Si l'identité trouvée diffère de celle annoncée par le déposant nous le recontactons pour lui faire part de la nouvelle identité de la souche et nous détenons les droits sur les données liées à cette réidentification taxonomique.

1.3 Comment seront produites/collectées les nouvelles données ? **paragraphe commun à d'autres produits de recherche**

Les méthodes de collecte ou d'acquisition des données sont décrites dans les processus nommés dans la partie 1.1.

## 2. DOCUMENTATION ET QUALITE DES DONNEES

### 2.1 Quelles métadonnées et quelle documentation (par exemple mode d'organisation des données) accompagneront les données ?

<table><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Microbiologie/Préparation de l'échantillon (poudre ou fromage)</td></tr><tr><td>Documents associés</td><td>La documentation nécessaire est listée dans l'onglet nommé documents associés qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Métadonnées accompagnant le jeu de données</td><td>Les métadonnées sont listées dans l'onglet nommé métadonnées qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr></table>
<table><tr><td>Mode d'acquisition de données</td><td>Manuel</td></tr><tr><td>Support</td><td>1- Enregistrements (Classeurs expérimentation)<br/>2- Cahiers de laboratoire nommé Collecte<br/>3- Tableaux Excel(transcription des données papiers)</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br/>2- Papier<br/>3-.pdf.csv.xls</td></tr><tr><td>Nomenclature des supports utilisés</td><td>1- Classeur nommé avec le numéro de l'activité - les 3 premières lettres de l'acronyme de l'activité XXX-VVV<br/>2- Cahiers d'analyses : sous chaque nouvelle date sera mentionné le numéro de l'activité - les 3 premières lettres de l'acronyme de l'activité XXX-VVV<br/>3- Informatique.xls fichier nommé avec le numéro de l'activité - les 3 premières lettres de l'acronyme de l'activité XXX-VVV- numéro du workpackage (si projet) - XXX-VVV-WP1-RawData</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Bureau CIRM-BIA<br/>3- Serveur/STLO/CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Outils nécessaires pour lire les données</td><td>1- /<br/>2- /<br/>3- Pack office</td></tr></table>

## 2.2 Quelles seront les méthodes utilisées pour assurer la qualité scientifique des données ?

<table><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Microbiologie/Préparation de l'échantillon (poudre ou fromage)</td></tr><tr><td>Processus de contrôle qualité des données</td><td>Métrologie, Mode opératoire rédigé...</td></tr><tr><td>Contrôle fiabilité des données</td><td>Curation des données par plusieurs membres de l'équipe CIRM-BIA</td></tr></table>

Les méthodes de collecte ou d'acquisition des données sont décrites dans les processus nommée dans la partie 1.1

## 3. EXIGENCES LEGALES ET ETHIQUES, CODE DE CONDUITE

### 3.1 Quelles seront les mesures appliquées pour assurer la protection des données à caractère personnel ?

<table><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Microbiologie/Préparation de l'échantillon (poudre ou fromage)</td></tr><tr><td>Contient des données à caractère personnelles</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Fiche référentielle INRAE RGPD</td><td>Organisation et Gestion de collections de ressources biologiques (matériel vivant ou inerte)</td></tr><tr><td>Lien Web RGPD</td><td>https://collection-cirmbia.fr/page/GDPR-RGPD</td></tr></table>
## 3.2 Comment les autres questions juridiques, comme la titularité ou les droits de propriété intellectuelle sur les données, seront-elles abordées ? Quelle est la législation applicable en la matière ? **paragraphe commun à d'autres produits de recherche**

### a. Les modalités de diffusion de l'information (RGPD)

Elles sont consultables sur l'interface web du CIRM-BIA (lien). Ce document est rédigé en français (et en anglais) et explique les modalités de diffusion de l'information des informations à caractère personnel. Le CIRM-BIA a choisi comme délégué à la protection des données la DPO INRAE (à travers le DU de l'UMR STLO).

Afin de diffuser d'une manière plus synthétisée les modalités de diffusion, le CIRM-BIA a apposé systématiquement sur ses documents (mail, devis, contrat, ...) le paraphe suivant :

> « Pour le suivi des commandes, des dépôts, des prestations, le CIRM-BIA a besoin de collecter certaines données personnelles non sensibles (état-civil, adresse électronique, adresse postale...) de ses clients. Conformément à la loi "Informatique et Libertés" du 6 janvier 1978 modifiée en 2004, le client bénéficie d'un droit d'accès et de rectification des informations qui le concernent pour plus d'information cliquer sur le lien suivant : https://collection-cirmbia.fr/page/GDPR-RGPD »

### b. Données issues de ressources génétiques

La diffusion et l'utilisation ainsi que la valorisation des organismes détenus au CIRM-BIA respectent la règlementation européenne en vigueur sur la gestion des ressources génétiques (mise en œuvre du protocole de Nagoya au travers de la réglementation APA, Accès et partage des Avantages.

Législation du pays fournisseur (lien)

Pour les souches qui proviennent de Pays qui n'ont pas ratifiés le protocole de Nagoya, la législation en vigueur du pays est appliquée.

### c. Qui détiendra les droits sur les données et les autres informations créées ?

Le CIRM-BIA dépend d'un organisme de recherche public (INRAE), les données qu'il produit doivent être communicables et accessibles à toute personne qui en fait la demande si elles n'entrent pas dans le cadre des exceptions légales (données confidentielles). Pour ce qui est des données non liées à un projet, Il n'y a pas de restriction d'accès aux données, néanmoins celles-ci ne sont pas partagées systématiquement leur diffusion est soumise à la validation du responsable du CIRM-BIA et du Directeur d'unité.

Concernant les données issues des projets, elles sont transmises aux responsables scientifiques du projet qui a en charge de les partager ou non en fonction des accords de consortium et du PGD du projet.

* Charte pour le libre accès aux publications et aux données : https://hal.inrae.fr/hal-02801732/document

* Charte de déontologie, d'intégrité scientifique et d'éthique : https://www.inrae.fr/sites/default/files/pdf/Charte-Deontologie_INRAE%5BFr%5D_Print_0.pdf

## 3.3 Quels sont les aspects éthiques à prendre en compte lors de la collecte des données ? **paragraphe commun à d'autres produits de recherche**

Les aspects éthiques seront pris en compte en suivant la charte INRAE:

> « La vocation d'INRAE est de produire et diffuser des connaissances pour répondre aux enjeux de société dans les domaines de l'alimentation, de l'agriculture et de l'environnement et de mobiliser ces connaissances au service de l'innovation, de l'expertise et de l'appui aux politiques publiques. Ces questions complexes, pour lesquelles la société est en attente de réponses, exigent, à chaque instant, de déployer une démarche scientifique rigoureuse au service de l'intérêt général et de s'interroger sur les enjeux éthiques des projets menés. INRAE, signataire de la Charte de déontologie des métiers de la recherche a réaffirmé son engagement au service de ces valeurs dans **sa charte de déontologie, d'intégrité scientifique et d'éthique**, ainsi que dans son document de politique d'Intégrité scientifique et a créé une Délégation placée auprès du Président Directeur Général de l'Institut pour promouvoir et garantir le respect de ces valeurs ».
<figure><img src="image_22.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAE

<figure><img src="image_23.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

* Charte de déontologie, d'intégrité scientifique et d'éthique : https://www.inrae.fr/sites/default/files/pdf/Charte-Deontologie_INRAE%5BFr%5D_Print_0.pdf

## 4. TRAITEMENT ET ANALYSE DES DONNEES

### 4.1 Comment et avec quels moyens seront traitées les données ? **paragraphe commun à d'autres produits de recherche**

#### Les données du CIRM-BIA

Elles sont associées à des souches Bactériennes ou du matériel biologique (ADN, échantillon alimentaire). Les données afférentes au matériel biologiques sont conservées au format papier et ou sur le serveur de partage de l'unité STLO. Leur lieu de stockage est renseigné sur le logiciel BioloMICS (logiciel décrit dans la partie 5.1). La première étape du processus de mise en collection consiste à attribuer un identifiant unique (N° CIRM-BIA) à chaque souche. C'est par cet identifiant unique que sont associées toutes les données à la souche. Les numéros CIRM-BIA sont enregistrés dans le système d'information BioloMICS

#### Les données recueillies et/ou produites

Elles sont d'abord déposées sur le serveur de partage de l'unité STLO et/ou archivées sous format papier puis elles sont intégrées dans BioloMICS (logiciel décrit dans la partie 5.1)

les données seront traitées en fonction des processus listés dans la partie 1.1 et du projet dans lequel elles seront produites.

## 5. STOCKAGE ET SAUVEGARDE DES DONNEES PENDANT LE PROCESSUS DE RECHERCHE

### 5.1 Comment les données seront-elles stockées et sauvegardées tout au long du projet ?

<table><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Microbiologie/Préparation de l'échantillon (poudre ou fromage)</td></tr><tr><td>Support</td><td>1- Enregistrements (Classeurs expérimentation)<br/>2- Cahiers de laboratoire nommé Collecte<br/>3- Tableaux Excel(transcription des données papiers)</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br/>2- Papier<br/>3-.pdf.csv.xls</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Bureau CIRM-BIA<br/>3- Serveur/STLO/CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Accès sécurité</td><td>1- Accès restreint badge<br/>2- Accès restreint badge<br/>3- Accès restreint (LDAP membre équipe CIRM-BIA)</td></tr></table>

Les Besoins de stockage et les mesures prises pour la sécurité des données **paragraphe commun à d'autres produits de recherche**

Le CIRM-BIA s'appuie sur le Système de Management de la Sécurité de l'Information (SMSI) à INRAE

Charte utilisateur pour l'usage des ressources informatiques de l'INRAE

Charte des administrateurs de ressources informatiques de l'INRAE

Procédures de contrôle relatives à l'utilisation des ressources informatiques
a. Focus sur le système d'information BioloMICS

https://hal.science/hal-03859206

Il a été convenu de demander une sauvegarde de la BDD BioloMICS tous les 4 mois qui sera stockée sur le serveur du STLO. Nous conserverons toujours les deux dernières sauvegardes.

L'accès à l'ensemble des données associées aux souches est limité aux membres du CIRM-BIA.

b. Les données numériques

Elles sont stockées sur le serveur de partage de l'unité STLO, avec une sauvegarde au data-center Ile de France (CEA) à une fréquence de 1 fois par jour et/ou dans notre base de données BioloMICS. Les données stockées sur le serveur de partage de l'unité STLO sont accessibles seulement aux membres du CIRM-BIA. Les données stockées dans notre base de données sont accessibles à tous ceux qui ont les droits. L'obtention des droits est gérée par L'administrateur de BioloMICS. Seuls les membres du CIRM-BIA ont accès à l'ensemble des données de la base de données. Cela se fait grâce à une connexion protégée par deux logins et mots de passe, un commun à toutes les personnes ayant les droits d'accès à notre base de données (environnement) et l'autre propre à chaque personne (connexion à la base de données proprement dite).

c. Les formats de conservation des documents.

Ils sont conservés dans les archives du CIRM-BIA et du STLO, dans des pièces possédant un accès restreint.

d. Les échantillons biologiques

Les échantillons collectés et les souches de bactéries qui n'ont pas encore intégrées la collection sont stockés dans un congélateur -80°C ou sous format lyophilisé dans un réfrigérateur à +12°C. Pour les souches entrées en collection, elles sont conservées sous deux modes de conservation : cryoconservation à -80°C et lyophilisation. Une sauvegarde de la collection, sous forme de lyophilisat, est localisée à Marseille au sein du CIRM-CF (Champignons Filamenteux).

e. Les données sur les lieux et les conditions de stockage de nos échantillons biologiques

Elles se situent sur BioloMICS dans un module de stockage. Les données stockées ce module sont accessibles à tous ceux qui ont les droits. L'obtention des droits est gérée par L'administrateur de BioloMICS. Seuls les membres du CIRM-BIA ont accès à l'ensemble des données du module. Cela se fait grâce à une connexion protégée par deux logins et mots de passe, un commun à toutes les personnes ayant les droits d'accès à notre base de données (environnement) et l'autre propre à chaque personne (connexion à la base de données proprement dite).

f. Données Détruites

Si le propriétaire d'une souche souhaite que celle-ci ne soit plus référencée dans la collection CIRM-BIA alors ses données personnelles pourront être aussi supprimées au niveau de la base de données du CIRM-BIA et de la fiche de vie papier de la souche. Les données sur les cahiers de laboratoire doivent être conservées minimum 25 ans et les données afférentes à ces personnes notées dans les cahiers de laboratoires seront alors supprimées dans un délai minimal de 25 ans. Les documents officiels (contrat, MTA...) eux ne seront pas détruits.

g. PSSI : Plan de sécurité du système d'information

Note de service qui décrit la politique générale de sécurité des systèmes d'information (PGSSI). Cette politique générale définit les objectifs et les principes en matière de sécurité du numérique sur les périmètres institutionnel et d'unité, elle explicite la gouvernance de la SSI et sa mise en œuvre dans les unités.

* Politique générale de sécurité des systèmes d'information (PGSSI) : https://intranet.inra.fr/NS/ns2023-31.pdf

Un audit sur la sécurité du système d'information du CIRM-BIA a été réalisé en 2022.
Un rapport d'analyse des risques a été édité par l'équipe cybersécurité de INRAE et celui-ci a été signé par le directeur de l'unité STLO. Un plan d'action a été mis en place pour résoudre certaine failles du système. Les différents document cités ci-dessus sont stockés sur le serveur INRAE, avec un accès restreint (accès équipe CIRM-BIA uniquement). A ce jour 75% du plan d'action est réalisé.

### Synthèse de l'audit :

Compte tenu des risques résiduels et du plan d'action associé, le niveau de risque associé au système d'information BioloMICS est proportionnel et nécessaire à l'activité de l'UMR STLO.

Le CIRM-BIA a été homologué en conformité avec le PSSI d'INRAE en date du 4 juillet 2022.

## 6. PARTAGE DES DONNEES ET CONSERVATION A LONG TERME

### 6.1 Comment les données seront-elles partagées ? paragraphe commun à d'autres produits de recherche

Charte pour le libre accès aux publications et aux données: https://hal.inrae.fr/hal-02801732/document

Le CIRM-BIA dépend d'un organisme de recherche public (INRAE), les données qu'il produit doivent être communicables et accessibles à toute personne qui en fait la demande si elles n'entrent pas dans le cadre des exceptions légales (données confidentielles).

Données détenues au CIRM-BIA – statut d'accessibilité des données

Les données détenues par le CIRM-BIA sont accessibles à travers le catalogue en ligne du CIRM-BIA, le catalogue de l'infrastructure RARE (Ressource agronomique pour la recherche), le catalogue de MIRRI (Microbial Resource Research Infrastructure), le DataMIRRI ainsi que sur la database d'Omnirobe.

Le CIRM est membre de l'infrastructure de recherche MIRRI (Microbial Resources Research Infrastructure) qui fédère 14 CRB microbiens de 10 pays de l'UE. C'est par cette structure que les données sont ouvertes. En effet, BioloMICS a aussi été choisi comme système d'information pour MIRRI. Comme les CRB ont construit leurs bases de données avec la même architecture que MIRRI, BioAware a déployé des outils automatiques d'exportation dans la base européenne pour les clients déjà équipé de BioloMICS. Dans sa structure même, BioloMICS ne répond pas aux exigences FAIR. Pour répondre à l'ouverture des données et dans le cadre du projet européen, le CIRM s'est vu octroyer un poste d'ingénieur informaticien CDD (2020-2022) financé par EOSC-LIFE pour développer et produire l'entrepôt DataMIRRI (solution Dataverse Harvard identique à celle de l'entrepôt Recherche Data Gouv). DataMIRRI est connecté au catalogue des ressources de MIRRI.

Exemple de la ressource (souche) CIRM-BIA1387 :

* Description dans le catalogue du CRB : lien

* Description dans le catalogue MIRRI : lien

* Dataset de la souche dans le dataverse avec le DOI https://doi.org/10.57907/MIRRI/QHYLT0

Score FAIR de la ressource via son DOI (outil F-UJI) :

<figure><img src="image_24.png" /></figure>

<table><thead><tr><th></th><th>Score earned:</th><th>Fair level:</th></tr></thead><tbody><tr><td>Findable:</td><td>7 of 7</td><td>advanced</td></tr><tr><td>Accessible:</td><td>2 of 3</td><td>moderate</td></tr><tr><td>Interoperable:</td><td>3 of 4</td><td>moderate</td></tr><tr><td>Reusable:</td><td>5 of 10</td><td>moderate</td></tr></tbody></table>
Le score est actuellement au maximum de ce que MIRRI et donc le CIRM peut produire en l'absence d'une ontologie du domaine. Celle-ci produite et les datasets mis à jour avec les nouvelles métadonnées, ce score se rapprochera de l'intégralité des exigences FAIR. En attendant et dans dataMIRRI, la description a été réalisée avec des concepts généraux issus du Thésaurus INRAE, de la taxonomie DSMZ et d'ontologies référencées dans Bioportal.

## 6.2 Comment les données seront-elles conservées à long terme ? **paragraphe commun à d'autres produits de recherche**

A ce jour pas de politique de conservation à long terme au CIRM-BIA (pas d'offre actuellement à INRAE).
## II. COLLECTE DE SOUCHE/MICROBIOLOGIE/DENOMBREMENT NON SELECTIF

### 1. DESCRIPTION DES DONNEES ET COLLECTE OU REUTILISATION DE DONNEES EXISTANTES

#### 1.1 Description générale du produit de recherche

Ce produit est intégré dans les processus et procédure suivant:

**PR-ACT-01: ACQUISITION**

L'objectif de cette procédure est de définir les conditions d'acquisition des souches de micro-organismes d'intérêt alimentaire issues de collections déjà existantes (souches confiées par un déposant ou achetées dans d'autres collections internationales de référence) ou isolées par le CIRM-BIA à partir de biotopes pour pouvoir ensuite les intégrer à la collection CIRM-BIA.

**DOMAINE D'APPLICATION :**

Cette procédure couvre l'ensemble des activités qui va de la réception des souches, qu'elles soient issues i) de collections déjà existantes que l'on rapatrie ou d'achat de souche de référence dans des collections internationales ii) ou isolées d'un biotope original ; à leur remise en culture pour s'assurer de leur viabilité et de leur pureté (caractérisation) jusqu'à la procédure d'identification et de conservation.

**PS-ACT-01 : ACQUERIR, IDENTIFIER ET CONSERVER DES SOUCHES DE BACTERIES D'INTERET ALIMENTAIRE**

**DOMAINE D'APPLICATION :**

Ce processus s'applique à l'intégration au sein du CIRMBIA de bactéries d'intérêt alimentaire isolées à partir de biotopes variés, ou issues de collections établies d'organismes publics ou privés. Il concerne les activités de collecte et acquisition, d'identification, de conservation.

**FINALITES DU PROCESSUS**

Enrichir la collection CIRM-BIA, assurer et garantir la qualité des ressources hébergées (identification, pureté, viabilité) et garantir leur pérennité.

**PS-ACT-3 : REALISER DES PRESTATIONS DE SERVICE**

**DOMAINE D'APPLICATION**

Ce processus s'applique à la réalisation de prestations de service pour les communautés scientifiques académiques ou industrielle ainsi qu'à la réalisation de projets de recherche.

**FINALITES DU PROCESSUS**

Réaliser des prestations de services ou projets de recherche liés à l'activité de CRB et aux ressources BIA :
Caractérisation d'écosystèmes fermentaires alimentaires, Isolement, dénombrement des souches, mise en collection, Identification taxonomique (phénotypique et/ou moléculaire) de souches BIA ou de contaminants de produits alimentaires, Caractérisation de la diversité intra-spécifique de BIA, Lyophilisation, Caractérisation "à façon" de propriétés technologique de BIA, Dépôt fermé

**PS-DOC-1 : MAITRISE DE LA GESTION DES DONNEES ET DES MOYENS DE COMMUNICATION**

**DOMAINE D'APPLICATION**

Ce processus vient en support des processus opérationnels : la bonne gestion du système informatique et des outils dédiés garantissant la maîtrise des données, de l'information et de la documentation.
FINALITES DU PROCESSUS

Maîtriser la documentation du système de management de la qualité, le stockage des données générées ou utilisées par les processus opérationnels ou support, les outils de communication du CIRM-BIA (http://www6.inra.fr/cirm) ainsi que les outils permettant la gestion des données associées aux souches et leur affichage sur le catalogue en ligne (Logiciel Stock, Base de données souches, ...).

PS-MAT-1 : MAITRISER L'INFRASTRUCTURE

DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'ensemble des équipements (hors matériel informatique), des consommables, réactifs et milieux de culture mis en œuvre dans les activités telles que :

* La gestion des achats de consommables et équipement (identification du besoin), l'étude de marché et la mise en concurrence

* La gestion des stocks de consommables

* La fabrication des milieux de culture

* La maintenance et la métrologie des équipements

* L'entretien des locaux

* La gestion des déchets et des matériels hors service.

FINALITES DU PROCESSUS

Venir en soutien des processus opérationnels en garantissant les moyens matériels pour assurer la conformité du produit et sa mise en œuvre efficace.

PS-STR-01 : ETABLIR, FAIRE VIVRE LA STRATEGIE

DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus permet la coordination des processus opérationnels et supports ainsi que leur adéquation afin garantir
le bon fonctionnement du CIRM-BIA dans sa globalité au travers des ressources allouées, de la communication, de la
stratégie de recherche et de la bonne gestion du système de management de la qualité (SMQ).

FINALITES DU PROCESSUS

* Garantir les ressources, allouer les moyens nécessaires et communiquer en interne (SMQ) et en externe (parties intéressées du CIRM).

* Orienter la politique qualité, planifier, surveiller et améliorer en continu l'ensemble du système de management de la qualité, pour assurer un fonctionnement optimal de l'entité.

* Définir la stratégie du CIRM-BIA au regard de l'activité collection et des ressources disponibles

* Communiquer
<figure><img src="image_25.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAE

<figure><img src="image_26.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

<table><tr><td>Type</td><td>jeu de données</td></tr><tr><td>Langue</td><td>Français</td></tr><tr><td>Contient des données personnelles ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Contient des données sensibles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Prend en compte des aspects éthiques ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Mots clés</td><td><ul><li>microbiologie (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie alimentaire (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie (par type) (thesaurus INRAE)</li><li>fermentation (thesaurus INRAE)</li><li>produit animal (thesaurus INRAE)</li><li>produit végétal (thesaurus INRAE)</li><li>produit agroalimentaire (thesaurus INRAE)</li><li>produit laitier (thesaurus INRAE)</li><li>produit laitier fermenté (thesaurus INRAE)</li><li>collecte des données (thesaurus INRAE)</li><li>comptage visuel (thesaurus INRAE)</li><li>comptage cellulaire (thesaurus INRAE)</li><li>identification morphologique (thesaurus INRAE)</li><li>échantillon (thesaurus INRAE)</li><li>aliment fermenté (thesaurus INRAE)</li><li>aliment d'origine végétale (thesaurus INRAE)</li><li>aliment d'origine animale (thesaurus INRAE)</li><li>phénotype (thesaurus INRAE)</li></ul></td></tr></table>

1.2 Est-ce que des données existantes seront réutilisées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

1.3 Comment seront produites/collectées les nouvelles données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 2. DOCUMENTATION ET QUALITE DES DONNEES

2.1 Quelles métadonnées et quelle documentation (par exemple mode d'organisation des données) accompagneront les données ?

<table><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Microbiologie/Dénombrement non sélectif</td></tr><tr><td>Documents associés</td><td>La documentation nécessaire est listée dans l'onglet nommé documents associés qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr></table>
<figure><img src="image_27.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAO

<figure><img src="image_28.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

<table><tr><td>Métadonnées accompagnant le jeu de données</td><td>Les métadonnées sont listées dans l'onglet nommé métadonnées qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Mode d'acquisition de données</td><td>Manuel</td></tr><tr><td>Support</td><td>1- Enregistrements (Classeurs expérimentation)<br/>2- Cahiers de laboratoire nommé Collecte<br/>3- Tableaux Excel (transcription des données papiers)</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br/>2- Papier<br/>3- .pdf.csv.xls</td></tr><tr><td>Nomenclature des supports utilisés</td><td>1- Classeur nommé avec le numéro de l'activité - les 3 premières lettres de l'acronyme de l'activité XXX-VVV<br/>2- Cahier d'analyses : sous chaque nouvelle date sera mentionné le numéro de l'activité - les 3 premières lettres de l'acronyme de l'activité XXX-VVV<br/>3- Informatique.xls fichier nommé avec le numéro de l'activité - les 3 premières lettres de l'acronyme de l'activité XXX-VVV- numéro du workpackage (si projet) - XXX-VVV-WP1-RawData</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Bureau CIRM-BIA<br/>3- Serveur/STLO/CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Outils nécessaires pour lire les données</td><td>1- /<br/>2- /<br/>3- Pack office</td></tr></table>

## 2.2 Quelles seront les méthodes utilisées pour assurer la qualité scientifique des données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Microbiologie/Dénombrement non sélectif</td></tr></thead><tbody><tr><td>Processus de contrôle qualité des données</td><td>Métrologie, Mode opératoire rédigé...</td></tr><tr><td>Contrôle fiabilité des données</td><td>Curation des données par plusieurs membres de l'équipe CIRM-BIA</td></tr></tbody></table>

Les méthodes de collecte ou d'acquisition des données sont décrites dans les processus nommée dans la partie 1.1

## 3. EXIGENCES LEGALES ET ETHIQUES, CODE DE CONDUITE

### 3.1 Quelles seront les mesures appliquées pour assurer la protection des données à caractère personnel ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Microbiologie/Dénombrement non sélectif</td></tr></thead><tbody><tr><td>Contient des données à caractère personnelles</td><td>Oui</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td>Fiche référentielle INRAE RGPD</td><td>Organisation et Gestion de collections de ressources biologiques (matériel vivant ou inerte)</td></tr><tr><td>Lien Web RGPD</td><td>https://collection-cirmbia.fr/page/GDPR-RGPD</td></tr></table>

3.2 Comment les autres questions juridiques, comme la titularité ou les droits de propriété intellectuelle sur les données, seront-elles abordées ? Quelle est la législation applicable en la matière ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

3.3 Quels sont les aspects éthiques à prendre en compte lors de la collecte des données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

4. TRAITEMENT ET ANALYSE DES DONNEES

4.1 Comment et avec quels moyens seront traitées les données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

5. STOCKAGE ET SAUVEGARDE DES DONNEES PENDANT LE PROCESSUS DE RECHERCHE

5.1 Comment les données seront-elles stockées et sauvegardées tout au long du projet ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Microbiologie/Dénombrement non sélectif</td></tr></thead><tbody><tr><td>Support</td><td>1- Enregistrements (Classeurs expérimentation)<br/>2- Cahiers de laboratoire nommé Collecte<br/>3- Tableaux Excel(transcription des données papiers)</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br/>2- Papier<br/>3- .pdf.csv.xls</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Bureau CIRM-BIA<br/>3- Serveur/STLO/CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Accès sécurités</td><td>1- Accès restreint badge<br/>2- Accès restreint badge<br/>3- Accès restreint (LDAP membre équipe CIRM-BIA)</td></tr></tbody></table>

Les Besoins de stockage et les mesures prises pour la sécurité des données

paragraphe commun voir le produit de recherche I

6. PARTAGE DES DONNEES ET CONSERVATION A LONG TERME

6.1 Comment les données seront-elles partagées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

6.2 Comment les données seront-elles conservées à long terme ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I
### III. COLLECTE DE SOUCHES/MICROBIOLOGIE/DENOMBREMENT SELECTIF

#### 1. DESCRIPTION DES DONNEES ET COLLECTE OU REUTILISATION DE DONNEES EXISTANTES

##### 1.1 Description générale du produit de recherche

Ce produit est intégré dans les processus et procédure suivant:

**PR-ACT-01: ACQUISITION**

L'objectif de cette procédure est de définir les conditions d'acquisition des souches de micro-organismes d'intérêt alimentaire issues de collections déjà existantes (souches confiées par un déposant ou achetées dans d'autres collections internationales de référence) ou isolées par le CIRM-BIA à partir de biotopes pour pouvoir ensuite les intégrer à la collection CIRM-BIA.

**DOMAINE D'APPLICATION**

Cette procédure couvre l'ensemble des activités qui va de la réception des souches, qu'elles soient issues i) de collections déjà existantes que l'on rapatrie ou d'achat de souche de référence dans des collections internationales ii) ou isolées d'un biotope original ; à leur remise en culture pour s'assurer de leur viabilité et de leur pureté (caractérisation) jusqu'à la procédure d'identification et de conservation.

**PS-ACT-01 : ACQUERIR, IDENTIFIER ET CONSERVER DES SOUCHES DE BACTERIES D'INTERET ALIMENTAIRE**

**DOMAINE D'APPLICATION**

Ce processus s'applique à l'intégration au sein du CIRMBIA de bactéries d'intérêt alimentaire isolées à partir de biotopes variés, ou issues de collections établies d'organismes publics ou privés. Il concerne les activités de collecte et acquisition, d'identification, de conservation.

**FINALITES DU PROCESSUS**

Enrichir la collection CIRM-BIA, assurer et garantir la qualité des ressources hébergées (identification, pureté, viabilité) et garantir leur pérennité.

**PS-ACT-3 : REALISER DES PRESTATIONS DE SERVICE**

**DOMAINE D'APPLICATION**

Ce processus s'applique à la réalisation de prestations de service pour les communautés scientifiques académiques ou industrielle ainsi qu'à la réalisation de projets de recherche.

**FINALITES DU PROCESSUS**

Réaliser des prestations de services ou projets de recherche liés à l'activité de CRB et aux ressources BIA :
Caractérisation d'écosystèmes fermentaires alimentaires, Isolement, dénombrement des souches, mise en collection, Identification taxonomique (phénotypique et/ou moléculaire) de souches BIA ou de contaminants de produits alimentaires, Caractérisation de la diversité intra-spécifique de BIA, Lyophilisation, Caractérisation "à façon" de propriétés technologique de BIA, Dépôt fermé

**PS-DOC-1 : MAITRISE DE LA GESTION DES DONNEES ET DES MOYENS DE COMMUNICATION**

**DOMAINE D'APPLICATION**

Ce processus vient en support des processus opérationnels : la bonne gestion du système informatique et des outils dédiés garantissant la maîtrise des données, de l'information et de la documentation.
<figure><img src="image_29.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAO

<figure><img src="image_30.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

FINALITES DU PROCESSUS

Maîtriser la documentation du système de management de la qualité, le stockage des données générées ou utilisées par les processus opérationnels ou support, les outils de communication du CIRM-BIA (http://www6.inra.fr/cirm) ainsi que les outils permettant la gestion des données associées aux souches et leur affichage sur le catalogue en ligne (Logiciel Stock, Base de données souches, ...).

PS-MAT-1 : MAITRISER L'INFRASTRUCTURE

DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'ensemble des équipements (hors matériel informatique), des consommables, réactifs et milieux de culture mis en œuvre dans les activités telles que :

* La gestion des achats de consommables et équipement (identification du besoin), l'étude de marché et la mise en concurrence

* La gestion des stocks de consommables

* La fabrication des milieux de culture

* La maintenance et la métrologie des équipements

* L'entretien des locaux

* La gestion des déchets et des matériels hors service.

FINALITES DU PROCESSUS

Venir en soutien des processus opérationnels en garantissant les moyens matériels pour assurer la conformité du produit et sa mise en œuvre efficace.

PS-STR-01 : ETABLIR, FAIRE VIVRE LA STRATEGIE

DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus permet la coordination des processus opérationnels et supports ainsi que leur adéquation afin garantir le bon fonctionnement du CIRM-BIA dans sa globalité au travers des ressources allouées, de la communication, de la stratégie de recherche et de la bonne gestion du système de management de la qualité (SMQ).

FINALITES DU PROCESSUS

* Garantir les ressources, allouer les moyens nécessaires et communiquer en interne (SMQ) et en externe (parties intéressées du CIRM).

* Orienter la politique qualité, planifier, surveiller et améliorer en continu l'ensemble du système de management de la qualité, pour assurer un fonctionnement optimal de l'entité.

* Définir la stratégie du CIRM-BIA au regard de l'activité collection et des ressources disponibles

* Communiquer

<table><tr><td>Type</td><td>jeu de données</td></tr><tr><td>Langue</td><td>Français</td></tr><tr><td>Contient des données personnelles ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Contient des données sensibles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Prend en compte des aspects éthiques ?</td><td>Oui</td></tr></table>
<table><tr><td>Mots clés</td><td><ul><li>microbiologie (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie (par type) (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie alimentaire (thesaurus INRAE)</li><li>échantillon (thesaurus INRAE)</li><li>aliment d'origine animale (thesaurus INRAE)</li><li>aliment d'origine végétale (thesaurus INRAE)</li><li>aliment fermenté (thesaurus INRAE)</li><li>collecte des données (thesaurus INRAE)</li><li>comptage cellulaire (thesaurus INRAE)</li><li>comptage visuel (thesaurus INRAE)</li><li>fermentation (thesaurus INRAE)</li><li>identification morphologique (thesaurus INRAE)</li><li>phénotype (thesaurus INRAE)</li><li>produit agroalimentaire (thesaurus INRAE)</li><li>produit animal (thesaurus INRAE)</li><li>produit laitier (thesaurus INRAE)</li><li>produit laitier fermenté (thesaurus INRAE)</li><li>produit végétal (thesaurus INRAE)</li></ul></td></tr></table>

1.2 Est-ce que des données existantes seront réutilisées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

1.3 Comment seront produites/collectées les nouvelles données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 2. DOCUMENTATION ET QUALITE DES DONNEES

2.1 Quelles métadonnées et quelle documentation (par exemple mode d'organisation des données) accompagneront les données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Microbiologie/Dénombrement sélectif</td></tr></thead><tbody><tr><td>Documents associés</td><td>La documentation nécessaire est listée dans l'onglet nommé documents associés qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Métadonnées accompagnant le jeu de données</td><td>Les métadonnées sont listées dans l'onglet nommé métadonnées qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Mode d'acquisition de données</td><td>Manuel</td></tr><tr><td>Support</td><td>1- Enregistrements (Classeurs expérimentation)<br/>2- Cahiers de laboratoire nommé Collecte</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td></td><td>3- Tableaux Excel(transcription des données papiers)</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br/>2- Papier<br/>3. pdf.csv.xls</td></tr><tr><td>Nomenclature des supports utilisés</td><td>1- Classeur nommé avec le numéro de l'activité - les 3 premières lettres de l'acronyme de l'activité XXX-VVV<br/>2- Cahier d'analyses : sous chaque nouvelle date sera mentionné le numéro de l'activité - les 3 premières lettres de l'acronyme de l'activité XXX-VVV<br/>3- Informatique.xls fichier nommé avec le numéro de l'activité - les 3 premières lettres de l'acronyme de l'activité XXX-VVV- numéro du workpackage (si projet) - XXX-VVV-WP1-RawData</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Bureau CIRM-BIA<br/>3- Serveur/STLO/CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Outils nécessaires pour lire les données</td><td>1- /<br/>2- /<br/>3- Pack office</td></tr></table>

## 2.2 Quelles seront les méthodes utilisées pour assurer la qualité scientifique des données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Microbiologie/Dénombrement sélectif</td></tr></thead><tbody><tr><td>Processus de contrôle qualité des données</td><td>Métrologie, Mode opératoire rédigé...</td></tr><tr><td>Contrôle fiabilité des données</td><td>Curation des données par plusieurs membres de l'équipe CIRM-BIA</td></tr></tbody></table>

Les méthodes de collecte ou d'acquisition des données sont décrites dans les processus nommée dans la partie 1.1

## 3. EXIGENCES LEGALES ET ETHIQUES, CODE DE CONDUITE

### 3.1 Quelles seront les mesures appliquées pour assurer la protection des données à caractère personnel ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Microbiologie/Dénombrement sélectif</td></tr></thead><tbody><tr><td>Contient des données à caractère personnelles</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Fiche référentielle INRAE RGPD</td><td>Organisation et Gestion de collections de ressources biologiques (matériel vivant ou inerte)</td></tr><tr><td>Lien Web RGPD</td><td>https://collection-cirmbia.fr/page/GDPR-RGPD</td></tr></tbody></table>

### 3.2 Comment les autres questions juridiques, comme la titularité ou les droits de propriété intellectuelle sur les données, seront-elles abordées ? Quelle est la législation applicable en la matière ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

### 3.3 Quels sont les aspects éthiques à prendre en compte lors de la collecte des données ?
paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 4. TRAITEMENT ET ANALYSE DES DONNEES

### 4.1 Comment et avec quels moyens seront traitées les données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 5. STOCKAGE ET SAUVEGARDE DES DONNEES PENDANT LE PROCESSUS DE RECHERCHE

### 5.1 Comment les données seront-elles stockées et sauvegardées tout au long du projet ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Microbiologie/Dénombrement sélectif</td></tr></thead><tbody><tr><td>Support</td><td>1- Enregistrements (Classeurs expérimentation)<br/>2- Cahiers de laboratoire nommé Collecte<br/>3- Tableaux Excel(transcription des données papiers)</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br/>2- Papier<br/>3. pdf.csv.xls</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Bureau CIRM-BIA<br/>3- Serveur/STLO/CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Accès sécurités</td><td>1- Accès restreint badge<br/>2- Accès restreint badge<br/>3- Accès restreint (LDAP membre équipe CIRM-BIA)</td></tr></tbody></table>

Les Besoins de stockage et les mesures prises pour la sécurité des données

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 6. PARTAGE DES DONNEES ET CONSERVATION A LONG TERME

### 6.1 Comment les données seront-elles partagées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

### 6.2 Comment les données seront-elles conservées à long terme ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I
# IV. COLLECTE DE SOUCHES/DEPOT DE SOUCHES/DEPOT CONFIDENTIEL DE SECURITE

## 1. DESCRIPTION DES DONNEES ET COLLECTE OU REUTILISATION DE DONNEES EXISTANTES

### 1.1 Description générale du produit de recherche

Ce produit est intégré dans les processus et procédures suivant:

#### PR-ACT-01: ACQUISITION

L'objectif de cette procédure est de définir les conditions d'acquisition des souches de micro-organismes d'intérêt alimentaire issues de collections déjà existantes (souches confiées par un déposant ou achetées dans d'autres collections internationales de référence) ou isolées par le CIRM-BIA à partir de biotopes pour pouvoir ensuite les intégrer à la collection CIRM-BIA.

#### DOMAINE D'APPLICATION

Cette procédure couvre l'ensemble des activités qui va de la réception des souches, qu'elles soient issues i) de collections déjà existantes que l'on rapatrie ou d'achat de souche de référence dans des collections internationales ii) ou isolées d'un biotope original ; à leur remise en culture pour s'assurer de leur viabilité et de leur pureté (caractérisation) jusqu'à la procédure d'identification et de conservation

#### PR-ACT-6: DEPOT DE SOUCHES AU SEIN DU CIRM-BIA

Cette procédure a pour but de décrire les différentes étapes d'un dépôt de souche au sein du CIRM-BIA.

#### DOMAINE D'APPLICATION

Cette procédure couvre l'ensemble des activités qui vont de la sollicitation par un tiers pour une demande de dépôt de souches jusqu'à l'entrée des dites souches en collection, finalisée par l'envoi d'un certificat de dépôt au déposant. Elle se décline selon les deux modalités de dépôt possible : dépôt ouvert et dépôt fermé.

#### PS-ACT-01 : ACQUERIR, IDENTIFIER ET CONSERVER DES SOUCHES DE BACTERIES D'INTERET ALIMENTAIRE

##### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'intégration au sein du CIRMBIA de bactéries d'intérêt alimentaire isolées à partir de biotopes variés, ou issues de collections établies d'organismes publics ou privés. Il concerne les activités de collecte et acquisition, d'identification, de conservation.

##### FINALITES DU PROCESSUS

Enrichir la collection CIRM-BIA, assurer et garantir la qualité des ressources hébergées (identification, pureté, viabilité) et garantir leur pérennité.

#### PS-ACT-2 : DIFFUSER DES SOUCHES A LA COMMUNAUTE SCIENTIFIQUE

##### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à la diffusion des souches de la collection CIRM-BIA à destination des communautés scientifiques et/ou industrielles.

##### FINALITES DU PROCESSUS
Diffuser les ressources bactériennes du CIRM-BIA en respectant le standard de qualité « CRB » tel que défini dans les prescriptions de l'OCDE avec le souci constant de satisfaction du client.

## PS-ACT-3 : REALISER DES PRESTATIONS DE SERVICE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à la réalisation de prestations de service pour les communautés scientifiques académiques ou industrielle ainsi qu'à la réalisation de projets de recherche.

### FINALITES DU PROCESSUS

Réaliser des prestations de services ou projets de recherche liés à l'activité de CRB et aux ressources BIA :
Caractérisation d'écosystèmes fermentaires alimentaires, Isolement, dénombrement des souches, mise en collection, Identification taxonomique (phénotypique et/ou moléculaire) de souches BIA ou de contaminants de produits alimentaires, Caractérisation de la diversité intra-spécifique de BIA, Lyophilisation, Caractérisation "à façon" de propriétés technologique de BIA, Dépôt fermé

## PS-DOC-1 : MAITRISE DE LA GESTION DES DONNEES ET DES MOYENS DE COMMUNICATION

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus vient en support des processus opérationnels : la bonne gestion du système informatique et des outils dédiés garantissant la maîtrise des données, de l'information et de la documentation.

### FINALITES DU PROCESSUS

Maîtriser la documentation du système de management de la qualité, le stockage des données générées ou utilisées par les processus opérationnels ou support, les outils de communication du CIRM-BIA (http://www6.inra.fr/cirm) ainsi que les outils permettant la gestion des données associées aux souches et leur affichage sur le catalogue en ligne (Logiciel Stock, Base de données souches, ...).

## PS-MAT-1 : MAITRISER L'INFRASTRUCTURE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'ensemble des équipements (hors matériel informatique), des consommables, réactifs et milieux de culture mis en œuvre dans les activités telles que :

* La gestion des achats de consommables et équipement (identification du besoin), l'étude de marché et la mise en concurrenc.

* La gestion des stocks de consommables

* La fabrication des milieux de culture

* La maintenance et la métrologie des équipements

* L'entretien des locaux

* La gestion des déchets et des matériels hors service.

### FINALITES DU PROCESSUS

Venir en soutien des processus opérationnels en garantissant les moyens matériels pour assurer la conformité du produit et sa mise en œuvre efficace.

## PS-STR-01 : ETABLIR, FAIRE VIVRE LA STRATEGIE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus permet la coordination des processus opérationnels et supports ainsi que leur adéquation afin garantir le bon fonctionnement du CIRM-BIA dans sa globalité au travers des ressources allouées, de la communication, de la stratégie de recherche et de la bonne gestion du système de management de la qualité (SMQ).

### FINALITES DU PROCESSUS
<figure><img src="image_31.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAE

<figure><img src="image_32.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

* Garantir les ressources, allouer les moyens nécessaires et communiquer en interne (SMQ) et en externe (parties intéressées du CIRM).

* Orienter la politique qualité, planifier, surveiller et améliorer en continu l'ensemble du système de management de la qualité, pour assurer un fonctionnement optimal de l'entité.

* Définir la stratégie du CIRM-BIA au regard de l'activité collection et des ressources disponibles

* Communiquer

<table><thead><tr><th>Type</th><th>Texte</th></tr></thead><tbody><tr><td>Langue</td><td>Français</td></tr><tr><td>Contient des données personnelles ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Contient des données sensibles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Prend en compte des aspects éthiques ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Mots clés</td><td><ul><li>microbiologie (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie (par type) (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie alimentaire (thesaurus INRAE)</li></ul></td></tr><tr><td>Mots libres</td><td><ul><li>contrat</li><li>dépôt</li><li>signature</li><li>droit</li><li>officiel</li><li>légal</li><li>confidentiel</li><li>fermé</li></ul></td></tr></tbody></table>

1.2 Est-ce que des données existantes seront réutilisées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

1.3 Comment seront produites/collectées les nouvelles données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 2. DOCUMENTATION ET QUALITE DES DONNEES

2.1 Quelles métadonnées et quelle documentation (par exemple mode d'organisation des données) accompagneront les données ?

<table><thead><tr><th>Produit de recherche</th><th>Collecte de souches/Dépôt de souches/Dépôt confidentiel de sécurité</th></tr></thead><tbody><tr><td>Documents associés</td><td>Contrat de dépôt</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td>Métadonnées accompagnant le jeu de données</td><td>Voir Mots clés 1.1</td></tr><tr><td>Mode d'acquisition de données</td><td>Manuel</td></tr><tr><td>Support</td><td>1- Enregistrement (Dossier Contrat Dépôt papier)<br/>2- Enregistrement informatique<br/>3- Biolomics</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br/>2- .pdf et .xls<br/>3- .pdf</td></tr><tr><td>Nomenclature des supports utilisés</td><td>1- Dossier avec N'incrémenté à partir du fichier Excel Synthèse Dépôt<br/>2- Fichier nommé avec le numéro attitré au dépôt - Année - Déposant<br/>Exemple : 95-2023-MICALIS<br/>3- Fichier nommé avec le numéro attitré au dépôt - Année - Déposant<br/>Exemple : 95-2023-MICALIS</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Serveur/STLO/CIRM-BIA<br/>3- Serveur Biolomics</td></tr><tr><td>Outils nécessaires pour lire les données</td><td>1- /<br/>2- Pack office<br/>3- Logiciel Biolomics</td></tr></table>

## 2.2 Quelles seront les méthodes utilisées pour assurer la qualité scientifique des données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Dépôt de souches/Dépôt confidentiel de sécurité</td></tr></thead><tbody><tr><td>Processus de contrôle qualité des données</td><td>Processus PS-STR-01</td></tr><tr><td>Contrôle fiabilité des données</td><td>Curation des données par plusieurs membres de l'équipe CIRM-BIA</td></tr></tbody></table>

Les méthodes de collecte ou d'acquisition des données sont décrites dans les processus nommée dans la partie 1.1

## 3. EXIGENCES LEGALES ET ETHIQUES, CODE DE CONDUITE

### 3.1 Quelles seront les mesures appliquées pour assurer la protection des données à caractère personnel ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Dépôt de souches/Dépôt confidentiel de sécurité</td></tr></thead><tbody><tr><td>Contient des données à caractère personnelles</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Fiche référentielle INRAE RGPD</td><td>Organisation et Gestion de collections de ressources biologiques (matériel vivant ou inerte)</td></tr></tbody></table>
3.2 Comment les autres questions juridiques, comme la titularité ou les droits de propriété intellectuelle sur les données, seront-elles abordées ? Quelle est la législation applicable en la matière ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

3.3 Quels sont les aspects éthiques à prendre en compte lors de la collecte des données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 4. TRAITEMENT ET ANALYSE DES DONNEES

4.1 Comment et avec quels moyens seront traitées les données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 5. STOCKAGE ET SAUVEGARDE DES DONNEES PENDANT LE PROCESSUS DE RECHERCHE

5.1 Comment les données seront-elles stockées et sauvegardées tout au long du projet ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Dépôt de souches/Dépôt confidentiel de sécurité</td></tr></thead><tbody><tr><td>Support</td><td>1- Enregistrement (Dossier Contrat Dépôt papier)<br/>2- Enregistrement informatique<br/>3- Biolomics</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br/>2- .pdf et .xls<br/>3- .pdf</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Serveur/STLO/CIRM-BIA<br/>3- Serveur Biolomics</td></tr><tr><td>Accès sécurités</td><td>1- Accès restreint badge<br/>2- Accès restreint (LDAP membre équipe CIRM-BIA)<br/>3- Accès restreint (2 mots de passe)</td></tr></tbody></table>

Les Besoins de stockage et les mesures prises pour la sécurité des données

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 6. PARTAGE DES DONNEES ET CONSERVATION A LONG TERME

6.1 Comment les données seront-elles partagées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

6.2 Comment les données seront-elles conservées à long terme ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I
# V. COLLECTE DE SOUCHES/DEPOT DE SOUCHES/DEPOT OUVERT

## 1. DESCRIPTION DES DONNEES ET COLLECTE OU REUTILISATION DE DONNEES EXISTANTES

### 1.1 Description générale du produit de recherche

Ce produit est intégré dans les processus et procédures suivant:

#### PR-ACT-01: ACQUISITION

L'objectif de cette procédure est de définir les conditions d'acquisition des souches de micro-organismes d'intérêt alimentaire issues de collections déjà existantes (souches confiées par un déposant ou achetées dans d'autres collections internationales de référence) ou isolées par le CIRM-BIA à partir de biotopes pour pouvoir ensuite les intégrer à la collection CIRM-BIA.

#### DOMAINE D'APPLICATION

Cette procédure couvre l'ensemble des activités qui va de la réception des souches, qu'elles soient issues i) de collections déjà existantes que l'on rapatrie ou d'achat de souche de référence dans des collections internationales ii) ou isolées d'un biotope original ; à leur remise en culture pour s'assurer de leur viabilité et de leur pureté (caractérisation) jusqu'à la procédure d'identification et de conservation.

#### PR-ACT-6: DEPOT DE SOUCHES AU SEIN DU CIRM-BIA

Cette procédure a pour but de décrire les différentes étapes d'un dépôt de souche au sein du CIRM-BIA.

#### DOMAINE D'APPLICATION

Cette procédure couvre l'ensemble des activités qui vont de la sollicitation par un tiers pour une demande de dépôt de souches jusqu'à l'entrée des dites souches en collection, finalisée par l'envoi d'un certificat de dépôt au déposant. Elle se décline selon les deux modalités de dépôt possible : dépôt ouvert et dépôt fermé.

#### PS-ACT-01 : ACQUERIR, IDENTIFIER ET CONSERVER DES SOUCHES DE BACTERIES D'INTERET ALIMENTAIRE

#### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'intégration au sein du CIRMBIA de bactéries d'intérêt alimentaire isolées à partir de biotopes variés, ou issues de collections établies d'organismes publics ou privés. Il concerne les activités de collecte et acquisition, d'identification, de conservation.

#### FINALITES DU PROCESSUS

Enrichir la collection CIRM-BIA, assurer et garantir la qualité des ressources hébergées (identification, pureté, viabilité) et garantir leur pérennité.

#### PS-ACT-2 : DIFFUSER DES SOUCHES A LA COMMUNAUTE SCIENTIFIQUE

#### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à la diffusion des souches de la collection CIRM-BIA à destination des communautés scientifiques et/ou industrielles.

#### FINALITES DU PROCESSUS

Diffuser les ressources bactériennes du CIRM-BIA en respectant le standard de qualité « CRB » tel que défini dans les prescriptions de l'OCDE avec le souci constant de satisfaction du client.

#### PS-ACT-3 : REALISER DES PRESTATIONS DE SERVICE
## DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à la réalisation de prestations de service pour les communautés scientifiques académiques ou industrielle ainsi qu'à la réalisation de projets de recherche.

## FINALITES DU PROCESSUS

Réaliser des prestations de services ou projets de recherche liés à l'activité de CRB et aux ressources BIA : Caractérisation d'écosystèmes fermentaires alimentaires, Isolement, dénombrement des souches, mise en collection, Identification taxonomique (phénotypique et/ou moléculaire) de souches BIA ou de contaminants de produits alimentaires, Caractérisation de la diversité intra-spécifique de BIA, Lyophilisation, Caractérisation "à façon" de propriétés technologique de BIA, Dépôt fermé

### PS-DOC-1 : MAITRISE DE LA GESTION DES DONNEES ET DES MOYENS DE COMMUNICATION

#### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus vient en support des processus opérationnels : la bonne gestion du système informatique et des outils dédiés garantissant la maîtrise des données, de l'information et de la documentation.

#### FINALITES DU PROCESSUS

Maîtriser la documentation du système de management de la qualité, le stockage des données générées ou utilisées par les processus opérationnels ou support, les outils de communication du CIRM-BIA (http://www6.inra.fr/cirm) ainsi que les outils permettant la gestion des données associées aux souches et leur affichage sur le catalogue en ligne (Logiciel Stock, Base de données souches, ...).

### PS-MAT-1 : MAITRISER L'INFRASTRUCTURE

#### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'ensemble des équipements (hors matériel informatique), des consommables, réactifs et milieux de culture mis en œuvre dans les activités telles que :

* La gestion des achats de consommables et équipement (identification du besoin), l'étude de marché et la mise en concurrence

* La gestion des stocks de consommables

* La fabrication des milieux de culture

* La maintenance et la métrologie des équipements

* L'entretien des locaux

* La gestion des déchets et des matériels hors service.

#### FINALITES DU PROCESSUS

Venir en soutien des processus opérationnels en garantissant les moyens matériels pour assurer la conformité du produit et sa mise en œuvre efficace.

### PS-STR-01 : ETABLIR, FAIRE VIVRE LA STRATEGIE

#### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus permet la coordination des processus opérationnels et supports ainsi que leur adéquation afin garantir le bon fonctionnement du CIRM-BIA dans sa globalité au travers des ressources allouées, de la communication, de la stratégie de recherche et de la bonne gestion du système de management de la qualité (SMQ).

#### FINALITES DU PROCESSUS

* Garantir les ressources, allouer les moyens nécessaires et communiquer en interne (SMQ) et en externe (parties intéressées du CIRM).
* Orienter la politique qualité, planifier, surveiller et améliorer en continu l'ensemble du système de management de la qualité, pour assurer un fonctionnement optimal de l'entité.

* Définir la stratégie du CIRM-BIA au regard de l'activité collection et des ressources disponibles

* Communiquer

<table><thead><tr><th>Type</th><th>Texte</th></tr></thead><tbody><tr><td>Langue</td><td>Français</td></tr><tr><td>Contient des données personnelles ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Contient des données sensibles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Prend en compte des aspects éthiques ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Mots clés</td><td><ul><li>microbiologie (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie (par type) (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie alimentaire (thesaurus INRAE)</li></ul></td></tr><tr><td>Mots libres</td><td><ul><li>contrat</li><li>dépôt</li><li>droit</li><li>signature</li><li>officiel</li><li>légal</li><li>ouvert</li></ul></td></tr></tbody></table>

1.2 Est-ce que des données existantes seront réutilisées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

1.3 Comment seront produites/collectées les nouvelles données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 2. DOCUMENTATION ET QUALITE DES DONNEES

2.1 Quelles métadonnées et quelle documentation (par exemple mode d'organisation des données) accompagneront les données ?

<table><thead><tr><th>Produit de recherche</th><th>Collecte de souches/Dépôt de souches/Dépôt ouvert</th></tr></thead><tbody><tr><td>Documents associés</td><td>Contrat de dépôt</td></tr><tr><td>Métadonnées accompagnant le jeu de données</td><td>Voir mots clés 1.1</td></tr><tr><td>Mode d'acquisition de données</td><td>Manuel</td></tr></tbody></table>
<figure><img src="image_33.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAE

<figure><img src="image_34.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

<table><tr><td>Support</td><td>1- Enregistrement (Dossier Contrat Dépôt papier)<br/>2- Enregistrement informatique<br/>3- Biolomics</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br/>2- .pdf et .xls<br/>3- .pdf</td></tr><tr><td>Nomenclature des supports utilisés</td><td>1- Dossier avec N'incrémenté à partir du fichier Excel Synthèse Dépôt<br/>2- Fichier nommé avec le numéro attitré au dépôt - Année - Déposant<br/>Exemple : 95-2023-MICALIS<br/>3- Fichier nommé avec le numéro attitré au dépôt - Année - Déposant<br/>Exemple : 95-2023-MICALIS</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Serveur/STLO/CIRM-BIA<br/>3- Serveur Biolomics</td></tr><tr><td>Outils nécessaires pour lire les données</td><td>1- /<br/>2- Pack office<br/>3- Logiciel Biolomics</td></tr></table>

## 2.2 Quelles seront les méthodes utilisées pour assurer la qualité scientifique des données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Dépôt de souches/Dépôt ouvert</td></tr></thead><tbody><tr><td>Processus de contrôle qualité des données</td><td>Processus PS-STR-01</td></tr><tr><td>Contrôle fiabilité des données</td><td>Curation des données par plusieurs membres de l'équipe CIRM-BIA</td></tr></tbody></table>

Les méthodes de collecte ou d'acquisition des données sont décrites dans les processus nommée dans la partie 1.1

## 3. EXIGENCES LEGALES ET ETHIQUES, CODE DE CONDUITE

### 3.1 Quelles seront les mesures appliquées pour assurer la protection des données à caractère personnel ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Dépôt de souches/Dépôt ouvert</td></tr></thead><tbody><tr><td>Contient des données à caractère personnelles</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Fiche référentielle INRAE RGPD</td><td>Organisation et Gestion de collections de ressources biologiques (matériel vivant ou inerte)</td></tr><tr><td>Lien Web RGPD</td><td>https://collection-cirmbia.fr/page/GDPR-RGPD</td></tr></tbody></table>

### 3.2 Comment les autres questions juridiques, comme la titularité ou les droits de propriété intellectuelle sur les données, seront-elles abordées ? Quelle est la législation applicable en la matière ?
paragraphe commun voir le produit de recherche I

3.3 Quels sont les aspects éthiques à prendre en compte lors de la collecte des données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 4. TRAITEMENT ET ANALYSE DES DONNEES

4.1 Comment et avec quels moyens seront traitées les données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 5. STOCKAGE ET SAUVEGARDE DES DONNEES PENDANT LE PROCESSUS DE RECHERCHE

5.1 Comment les données seront-elles stockées et sauvegardées tout au long du projet ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Collecte de souches/Dépôt de souches/Dépôt ouvert</td></tr></thead><tbody><tr><td>support</td><td>1- Enregistrement (Dossier Contrat Dépôt papier)<br/>2- Enregistrement informatique<br/>3- Biolomics</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br/>2- .pdf et .xls<br/>3- .pdf</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Serveur/STLO/CIRM-BIA<br/>3- Serveur Biolomics</td></tr><tr><td>Accès sécurité</td><td>1- Accès restreint badge<br/>2- Accès restreint (LDAP membre équipe CIRM-BIA)<br/>3- Accès restreint (2 mots de passe)</td></tr></tbody></table>

Les Besoins de stockage et les mesures prises pour la sécurité des données

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 6. PARTAGE DES DONNEES ET CONSERVATION A LONG TERME

6.1 Comment les données seront-elles partagées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

6.2 Comment les données seront-elles conservées à long terme ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I
# VI. CARACTERISATION DE SOUCHES/MICROBIOLOGIE/ANTIBIOGRAMME PAR DISQUES SUR GELOSE

## 1. DESCRIPTION DES DONNEES ET COLLECTE OU REUTILISATION DE DONNEES EXISTANTES

### 1.1 Description générale du produit de recherche

Ce produit est intégré dans les processus suivant:

#### PS-ACT-01 : ACQUERIR, IDENTIFIER ET CONSERVER DES SOUCHES DE BACTERIES D'INTERET ALIMENTAIRE

#### DOMAINE D'APPLICATION :

Ce processus s'applique à l'intégration au sein du CIRMBIA de bactéries d'intérêt alimentaire isolées à partir de biotopes variés, ou issues de collections établies d'organismes publics ou privés.

Il concerne les activités de collecte et acquisition, d'identification, de conservation.

#### FINALITES DU PROCESSUS

Enrichir la collection CIRM-BIA, assurer et garantir la qualité des ressources hébergées (identification, pureté, viabilité) et garantir leur pérennité.

#### PS-ACT-3 : REALISER DES PRESTATIONS DE SERVICE

#### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à la réalisation de prestations de service pour les communautés scientifiques académiques ou industrielle ainsi qu'à la réalisation de projets de recherche.

#### FINALITES DU PROCESSUS

Réaliser des prestations de services ou projets de recherche liés à l'activité de CRB et aux ressources BIA :

Caractérisation d'écosystèmes fermentaires alimentaires, Isolement, dénombrement des souches, mise en collection, Identification taxonomique (phénotypique et/ou moléculaire) de souches BIA ou de contaminants de produits alimentaires, Caractérisation de la diversité intra-spécifique de BIA, Lyophilisation, Caractérisation "à façon" de propriétés technologique de BIA, Dépôt fermé

#### PS-DOC-1 : MAITRISE DE LA GESTION DES DONNEES ET DES MOYENS DE COMMUNICATION

#### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus vient en support des processus opérationnels : la bonne gestion du système informatique et des outils dédiés garantissant la maîtrise des données, de l'information et de la documentation.

#### FINALITES DU PROCESSUS

Maîtriser la documentation du système de management de la qualité, le stockage des données générées ou utilisées par les processus opérationnels ou support, les outils de communication du CIRM-BIA (http://www6.inra.fr/cirm) ainsi que les outils permettant la gestion des données associées aux souches et leur affichage sur le catalogue en ligne (Logiciel Stock, Base de données souches, ...).

#### PS-MAT-1 : MAITRISER L'INFRASTRUCTURE

#### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'ensemble des équipements (hors matériel informatique), des consommables, réactifs et milieux de culture mis en œuvre dans les activités telles que :

* La gestion des achats de consommables et équipement (identification du besoin), l'étude de marché et la mise en concurrence

* La gestion des stocks de consommables
<figure><img src="image_35.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAE

<figure><img src="image_36.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

* La fabrication des milieux de culture

* La maintenance et la métrologie des équipements

* L'entretien des locaux

* La gestion des déchets et des matériels hors service.

## FINALITES DU PROCESSUS

Venir en soutien des processus opérationnels en garantissant les moyens matériels pour assurer la conformité du produit et sa mise en œuvre efficace.

## PS-STR-01 : ETABLIR, FAIRE VIVRE LA STRATEGIE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus permet la coordination des processus opérationnels et supports ainsi que leur adéquation afin garantir le bon fonctionnement du CIRM-BIA dans sa globalité au travers des ressources allouées, de la communication, de la stratégie de recherche et de la bonne gestion du système de management de la qualité (SMQ).

## FINALITES DU PROCESSUS

* Garantir les ressources, allouer les moyens nécessaires et communiquer en interne (SMQ) et en externe (parties intéressées du CIRM).

* Orienter la politique qualité, planifier, surveiller et améliorer en continu l'ensemble du système de management de la qualité, pour assurer un fonctionnement optimal de l'entité.

* Définir la stratégie du CIRM-BIA au regard de l'activité collection et des ressources disponibles

* Communiquer

<table><tr><td>Type</td><td>jeu de données</td></tr><tr><td>Langue</td><td>Français</td></tr><tr><td>Contient des données personnelles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Contient des données sensibles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Prend en compte des aspects éthiques ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Mots clés</td><td><ul><li>bactérie (par type) (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie alimentaire (thesaurus INRAE)</li><li>résistance aux antibiotiques (thesaurus INRAE)</li><li>microbiologie (thesaurus INRAE)</li></ul></td></tr><tr><td>Mots clés (texte libre)</td><td><ul><li>antibiogramme</li></ul></td></tr></table>

1.2 Est-ce que des données existantes seront réutilisées ?

Pas concerné

1.3 Comment seront produites/collectées les nouvelles données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I
<figure><img src="image_37.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAO

<figure><img src="image_38.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

## 2. DOCUMENTATION ET QUALITE DES DONNEES

### 2.1 Quelles métadonnées et quelle documentation (par exemple mode d'organisation des données) accompagneront les données ?

<table><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Microbiologie/Antibiogramme par disques sur gélose</td></tr><tr><td>Documents associés</td><td>La documentation nécessaire est listée dans l'onglet nommé documents associés qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Métadonnées accompagnant le jeu de données</td><td>Les métadonnées sont listées dans l'onglet nommé métadonnées qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Mode d'acquisition de données</td><td>Manuel</td></tr><tr><td rowspan="3">Support</td><td>1- Cahier de laboratoire nommé Collection ou cahier de laboratoire affilié à un projet</td></tr><tr><td>2- Biolomics</td></tr><tr><td>3- Tableau Excel (transcription des données papiers)</td></tr><tr><td rowspan="3">Format</td><td>1- Papier</td></tr><tr><td>2- .xls.csv.pdf</td></tr><tr><td>3- .xls</td></tr><tr><td rowspan="3">Nomenclature des supports utilisés</td><td>1- Cahier d'analyses : sous chaque nouvelle date sera mentionné le numéro de l'activité - les 3 premières lettres de l'acronyme de l'activité XXX-VVV. puis N°CIRM_nom ATB_résultat obtenu</td></tr><tr><td>Exemple: CARACTERISATION-ATB-CIRM-BIA1-Amoxicilline-RESISTANT</td></tr><tr><td>2- /</td></tr><tr><td></td><td>3- Informatique.xls fichier nommé avecle numéro de l'activité - les 3 premières lettres de l'acronyme de l'activité XXX-VVV- numéro du workpackage (si projet) - .XXX-VVV-WP1-RawData</td></tr><tr><td></td><td>Exemple: 26-018_YOUI WP3_ATB ou CARACTERISATION_ATB_CIRM-BIA1_Résultat brut?</td></tr><tr><td rowspan="3">Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA</td></tr><tr><td>2- Serveur Biolomics</td></tr><tr><td>3- Serveur STLO/ CIRM-BIA</td></tr><tr><td rowspan="3">Outils nécessaires pour lire les données</td><td>1- /</td></tr><tr><td>2- Logiciel Biolomics</td></tr><tr><td>3- Pack office</td></tr></table>

### 2.2 Quelles seront les méthodes utilisées pour assurer la qualité scientifique des données ?

<table><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Microbiologie/Antibiogramme par disques sur gélose</td></tr></table>
<table><tr><td>Processus de contrôle qualité des données</td><td>Métrologie, Mode opératoire rédigé...</td></tr><tr><td>Contrôle fiabilité des données</td><td>Curation des données par plusieurs membres de l'équipe CIRM-BIA</td></tr></table>

Les méthodes de collecte ou d'acquisition des données sont décrites dans les processus nommée dans la partie 1.1

### 3. EXIGENCES LEGALES ET ETHIQUES, CODE DE CONDUITE

3.1 Quelles seront les mesures appliquées pour assurer la protection des données à caractère personnel ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Microbiologie/Antibiogramme par disques sur gélose</td></tr></thead><tbody><tr><td>contient des données à caractère personnelles</td><td>Non</td></tr></tbody></table>

3.2 Comment les autres questions juridiques, comme la titularité ou les droits de propriété intellectuelle sur les données, seront-elles abordées ? Quelle est la législation applicable en la matière ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

3.3 Quels sont les aspects éthiques à prendre en compte lors de la collecte des données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

### 4. TRAITEMENT ET ANALYSE DES DONNEES

4.1 Comment et avec quels moyens seront traitées les données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

### 5. STOCKAGE ET SAUVEGARDE DES DONNEES PENDANT LE PROCESSUS DE RECHERCHE

5.1 Comment les données seront-elles stockées et sauvegardées tout au long du projet ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Microbiologie/Antibiogramme par disques sur gélose</td></tr></thead><tbody><tr><td>Support</td><td>1- Cahier de laboratoire nommé Collection ou cahier de laboratoire affilié à un projet<br>2- Biolomics<br>3- Tableau Excel (transcription des données papiers)</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br>2- .xls.csv.pdf<br>3- .xls</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br>2- Serveur Biolomics<br>3- Serveur STLO/ CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Accès sécurités</td><td>1- Accès restreint badge<br>2- Accès restreint (2 mots de passe)<br>3- Accès restreint (LDAP membre équipe CIRM-BIA)</td></tr></tbody></table>
Les Besoins de stockage et les mesures prises pour la sécurité des données

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# 6. PARTAGE DES DONNEES ET CONSERVATION A LONG TERME

## 6.1 Comment les données seront-elles partagées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 6.2 Comment les données seront-elles conservées à long terme ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# VII. CARACTERISATION DE SOUCHES/MICROBIOLOGIE/GALERIE API

## 1. DESCRIPTION DES DONNEES ET COLLECTE OU REUTILISATION DE DONNEES EXISTANTES

### 1.1 Description générale du produit de recherche

Ce produit est intégré dans les processus suivant:

**PS-ACT-01 : ACQUERIR, IDENTIFIER ET CONSERVER DES SOUCHES DE BACTÉRIES D'INTERET ALIMENTAIRE**

**DOMAINE D'APPLICATION**

Ce processus s'applique à l'intégration au sein du CIRMBIA de bactéries d'intérêt alimentaire isolées à partir de biotopes variés, ou issues de collections établies d'organismes publics ou privés.
Il concerne les activités de collecte et acquisition, d'identification, de conservation.

**FINALITES DU PROCESSUS**

Enrichir la collection CIRM-BIA, assurer et garantir la qualité des ressources hébergées (identification, pureté, viabilité) et garantir leur pérennité.

**PS-ACT-3 : REALISER DES PRESTATIONS DE SERVICE**

**DOMAINE D'APPLICATION**

Ce processus s'applique à la réalisation de prestations de service pour les communautés scientifiques académiques ou industrielle ainsi qu'à la réalisation de projets de recherche.

**FINALITES DU PROCESSUS**

Réaliser des prestations de services ou projets de recherche liés à l'activité de CRB et aux ressources BIA :
Caractérisation d'écosystèmes fermentaires alimentaires, Isolement, dénombrement des souches, mise en collection, Identification taxonomique (phénotypique et/ou moléculaire) de souches BIA ou de contaminants de produits alimentaires, Caractérisation de la diversité intra-spécifique de BIA, Lyophilisation, Caractérisation "à façon" de propriétés technologique de BIA, Dépôt fermé

**PS-DOC-1 : MAITRISE DE LA GESTION DES DONNEES ET DES MOYENS DE COMMUNICATION**
<figure><img src="image_39.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAO

<figure><img src="image_40.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

## DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus vient en support des processus opérationnels : la bonne gestion du système informatique et des outils dédiés garantissant la maîtrise des données, de l'information et de la documentation.

## FINALITES DU PROCESSUS

Maîtriser la documentation du système de management de la qualité, le stockage des données générées ou utilisées par les processus opérationnels ou support, les outils de communication du CIRM-BIA (http://www6.inra.fr/cirm) ainsi que les outils permettant la gestion des données associées aux souches et leur affichage sur le catalogue en ligne (Logiciel Stock, Base de données souches, ...).

## PS-MAT-1 : MAITRISER L'INFRASTRUCTURE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'ensemble des équipements (hors matériel informatique), des consommables, réactifs et milieux de culture mis en œuvre dans les activités telles que :

* La gestion des achats de consommables et équipement (identification du besoin), l'étude de marché et la mise en concurrence

* La gestion des stocks de consommables

* La fabrication des milieux de culture

* La maintenance et la métrologie des équipements

* L'entretien des locaux

* La gestion des déchets et des matériels hors service.

### FINALITES DU PROCESSUS

Venir en soutien des processus opérationnels en garantissant les moyens matériels pour assurer la conformité du produit et sa mise en œuvre efficace.

## PS-STR-01 : ETABLIR, FAIRE VIVRE LA STRATEGIE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus permet la coordination des processus opérationnels et supports ainsi que leur adéquation afin garantir le bon fonctionnement du CIRM-BIA dans sa globalité au travers des ressources allouées, de la communication, de la stratégie de recherche et de la bonne gestion du système de management de la qualité (SMQ).

### FINALITES DU PROCESSUS

* Garantir les ressources, allouer les moyens nécessaires et communiquer en interne (SMQ) et en externe (parties intéressées du CIRM).

* Orienter la politique qualité, planifier, surveiller et améliorer en continu l'ensemble du système de management de la qualité, pour assurer un fonctionnement optimal de l'entité.

* Définir la stratégie du CIRM-BIA au regard de l'activité collection et des ressources disponibles

* Communiquer

<table><tr><td>Type</td><td>jeu de données</td></tr><tr><td>Langue</td><td>Français</td></tr><tr><td>Contient des données personnelles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Contient des données sensibles ?</td><td>Non</td></tr></table>
<figure><img src="image_41.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAE

<figure><img src="image_42.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

<table><tr><td>Prend en compte des aspects éthiques ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Mots clés</td><td><ul><li>identification d'espèce (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie (par type) (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie alimentaire (thesaurus INRAE)</li><li>caractère physiologique (thesaurus INRAE)</li><li>identification de souche (thesaurus INRAE)</li><li>fermentation (thesaurus INRAE)</li><li>sucre (thesaurus INRAE)</li><li>microbiologie (thesaurus INRAE)</li></ul></td></tr><tr><td>Mots clés (texte libre)</td><td><ul><li>Galerie API (Appareils et Procédés d'Identification)</li></ul></td></tr></table>

1.2 Est-ce que des données existantes seront réutilisées ?

Pas concerné

1.3 Comment seront produites/collectées les nouvelles données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 2. DOCUMENTATION ET QUALITE DES DONNEES

2.1 Quelles métadonnées et quelle documentation (par exemple mode d'organisation des données) accompagneront les données ?

<table><thead><tr><th>Produit de recherche</th><th>Caractérisation de souches /Microbiologie/Galerie API</th></tr></thead><tbody><tr><td>Documents associés</td><td>La documentation nécessaire est listée dans l'onglet nommé documents associés qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Métadonnées accompagnant le jeu de données</td><td>Les métadonnées sont listées dans l'onglet nommé métadonnées qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Mode d'acquisition de données</td><td>Manuel</td></tr><tr><td>Support</td><td>1- Cahier de laboratoire nommé Collection ou cahier de laboratoire affilié à un projet<br>2- Biolomics<br>3- Tableau Excel (transcription des données papiers)</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br>2- .xls.csv.pdf<br>3- .xls</td></tr><tr><td>Nomenclature des supports utilisés</td><td>1- Cahier d'analyses : sous chaque nouvelle date sera mentionné le numéro de l'activité - les 3 premières lettres de l'acronyme de l'activité XXX-VVV. puis N°CIRM_resultat galerie obtenu<br>Exemple: CARACTERISATION-API-CIRM-BIA1-Resultat brut</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td></td><td>2- /<br/>3- Informatique.xls fichier nommé avecle numéro de l'activité - les 3 premières lettres de l'acronyme de l'activité XXX-VVV- numéro du workpackage (si projet) - . XXX-VVV-WP1-RawData<br/>Exemple: 26-018_YOUI WP3_ATB ou CARACTERISATION_API_CIRM-BIA1 Resultat brut?</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Serveur Biolomics<br/>3- Serveur STLO/ CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Outils nécessaires pour lire les données</td><td>1- /<br/>2- Logiciel Biolomics<br/>3- Pack office</td></tr></table>

## 2.2 Quelles seront les méthodes utilisées pour assurer la qualité scientifique des données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Microbiologie/Galerie API</td></tr></thead><tbody><tr><td>Processus de contrôle qualité des données</td><td>Métrologie, Mode opératoire rédigé...</td></tr><tr><td>Contrôle fiabilité des données</td><td>Curation des données par plusieurs membres de l'équipe CIRM-BIA</td></tr></tbody></table>

Les méthodes de collecte ou d'acquisition des données sont décrites dans les processus nommée dans la partie 1.1

# 3. EXIGENCES LEGALES ET ETHIQUES, CODE DE CONDUITE

## 3.1 Quelles seront les mesures appliquées pour assurer la protection des données à caractère personnel ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Microbiologie/Galerie API</td></tr></thead><tbody><tr><td>Contient des données à caractère personnelles</td><td>Non</td></tr></tbody></table>

## 3.2 Comment les autres questions juridiques, comme la titularité ou les droits de propriété intellectuelle sur les données, seront-elles abordées ? Quelle est la législation applicable en la matière ?

### paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 3.3 Quels sont les aspects éthiques à prendre en compte lors de la collecte des données ?

### paragraphe commun voir le produit de recherche I

# 4. TRAITEMENT ET ANALYSE DES DONNEES

## 4.1 Comment et avec quels moyens seront traitées les données ?

### paragraphe commun voir le produit de recherche I
# 5. STOCKAGE ET SAUVEGARDE DES DONNEES PENDANT LE PROCESSUS DE RECHERCHE

## 5.1 Comment les données seront-elles stockées et sauvegardées tout au long du projet ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Microbiologie/Galerie API</td></tr></thead><tbody><tr><td>Support</td><td>1- Cahier de laboratoire nommé Collection ou cahier de laboratoire affilié à un projet<br>2- Biolomics<br>3- Tableau Excel (transcription des données papiers)</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br>2- .xls.csv.pdf<br>3- .xls</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br>2- Serveur Biolomics<br>3- Serveur STLO/ CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Accès sécurités</td><td>1- Accès restreint badge<br>2- Accès restreint (2 mots de passe)<br>3- Accès restreint (LDAP membre équipe CIRM-BIA)</td></tr></tbody></table>

Les Besoins de stockage et les mesures prises pour la sécurité des données

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# 6. PARTAGE DES DONNEES ET CONSERVATION A LONG TERME

## 6.1 Comment les données seront-elles partagées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 6.2 Comment les données seront-elles conservées à long terme ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# VIII. CARACTERISATION DE SOUCHES/MICROBIOLOGIE/DEGRADATION SUCRES

## 1. DESCRIPTION DES DONNEES ET COLLECTE OU REUTILISATION DE DONNEES EXISTANTES

### 1.1 Description générale du produit de recherche

Ce produit est intégré dans les processus suivant:

**PS-ACT-01 : ACQUERIR, IDENTIFIER ET CONSERVER DES SOUCHES DE BACTERIES D'INTERET ALIMENTAIRE**

**DOMAINE D'APPLICATION**

Ce processus s'applique à l'intégration au sein du CIRMBIA de bactéries d'intérêt alimentaire isolées à partir de biotopes variés, ou issues de collections établies d'organismes publics ou privés.

Il concerne les activités de collecte et acquisition, d'identification, de conservation.
FINALITES DU PROCESSUS

Enrichir la collection CIRM-BIA, assurer et garantir la qualité des ressources hébergées (identification, pureté, viabilité) et garantir leur pérennité.

PS-ACT-3 : REALISER DES PRESTATIONS DE SERVICE

DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à la réalisation de prestations de service pour les communautés scientifiques académiques ou industrielle ainsi qu'à la réalisation de projets de recherche.

FINALITES DU PROCESSUS

Réaliser des prestations de services ou projets de recherche liés à l'activité de CRB et aux ressources BIA :
Caractérisation d'écosystèmes fermentaires alimentaires, Isolement, dénombrement des souches, mise en collection, Identification taxonomique (phénotypique et/ou moléculaire) de souches BIA ou de contaminants de produits alimentaires, Caractérisation de la diversité intra-spécifique de BIA, Lyophilisation, Caractérisation "à façon" de propriétés technologique de BIA, Dépôt fermé

PS-DOC-1 : MAITRISE DE LA GESTION DES DONNEES ET DES MOYENS DE COMMUNICATION

DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus vient en support des processus opérationnels : la bonne gestion du système informatique et des outils dédiés garantissant la maîtrise des données, de l'information et de la documentation.

FINALITES DU PROCESSUS

Maîtriser la documentation du système de management de la qualité, le stockage des données générées ou utilisées par les processus opérationnels ou support, les outils de communication du CIRM-BIA (http://www6.inra.fr/cirm) ainsi que les outils permettant la gestion des données associées aux souches et leur affichage sur le catalogue en ligne (Logiciel Stock, Base de données souches, ...).

PS-MAT-1 : MAITRISER L'INFRASTRUCTURE

DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'ensemble des équipements (hors matériel informatique), des consommables, réactifs et milieux de culture mis en œuvre dans les activités telles que :

* La gestion des achats de consommables et équipement (identification du besoin), l'étude de marché et la mise en concurrence

* La gestion des stocks de consommables

* La fabrication des milieux de culture

* La maintenance et la métrologie des équipements

* L'entretien des locaux

* La gestion des déchets et des matériels hors service.

FINALITES DU PROCESSUS

Venir en soutien des processus opérationnels en garantissant les moyens matériels pour assurer la conformité du produit et sa mise en œuvre efficace.

PS-STR-01 : ETABLIR, FAIRE VIVRE LA STRATEGIE

DOMAINE D'APPLICATION
Ce processus permet la coordination des processus opérationnels et supports ainsi que leur adéquation afin garantir le bon fonctionnement du CIRM-BIA dans sa globalité au travers des ressources allouées, de la communication, de la stratégie de recherche et de la bonne gestion du système de management de la qualité (SMQ).

## FINALITES DU PROCESSUS

* Garantir les ressources, allouer les moyens nécessaires et communiquer en interne (SMQ) et en externe (parties intéressées du CIRM).

* Orienter la politique qualité, planifier, surveiller et améliorer en continu l'ensemble du système de management de la qualité, pour assurer un fonctionnement optimal de l'entité.

* Définir la stratégie du CIRM-BIA au regard de l'activité collection et des ressources disponibles

* Communiquer

<table><tr><td>Type</td><td>jeu de données</td></tr><tr><td>Langue</td><td>Français</td></tr><tr><td>Contient des données personnelles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Contient des données sensibles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Prend en compte des aspects éthiques ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Mots clés</td><td><ul><li>sucre (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie (par type) (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie alimentaire (thesaurus INRAE)</li><li>caractère physiologique (thesaurus INRAE)</li><li>identification de souche (thesaurus INRAE)</li><li>identification d'espèce (thesaurus INRAE)</li><li>microbiologie (thesaurus INRAE)</li></ul></td></tr></table>

## 1.2 Est-ce que des données existantes seront réutilisées ?

Pas concerné

## 1.3 Comment seront produites/collectées les nouvelles données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 2. DOCUMENTATION ET QUALITE DES DONNEES

### 2.1 Quelles métadonnées et quelle documentation (par exemple mode d'organisation des données) accompagneront les données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Microbiologie/ Dégradation sucrès</td></tr></thead><tbody><tr><td>Documents associés</td><td>La documentation nécessaire est listée dans l'onglet nommé documents associés qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td>Métadonnées accompagnant le jeu de données</td><td>Les métadonnées sont listées dans l'onglet nommé métadonnées qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Mode d'acquisition de données</td><td>Manuel</td></tr><tr><td>Support</td><td>1- Cahier de laboratoire nommé Collection ou cahier de laboratoire affilié à un projet<br/>2- Biolomics<br/>3- Tableau Excel (transcription des données papiers)</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br/>2- .xls.csv.pdf<br/>3- .xls</td></tr><tr><td>Nomenclature des supports utilisés</td><td>1- Cahier d'analyses : sous chaque nouvelle date sera mentionné le numéro de l'activité - les 3 premières lettres de l'acronyme de l'activité XXX-VVV. puis N°CIRM_sucre testé_resultat brut<br/>Exemple: CARACTERISATION-SUCRE-CIRM-BIA1-Resultat brut<br/>2- /<br/>3- Informatique.xls fichier nommé avecle numéro de l'activité - les 3 premières lettres de l'acronyme de l'activité XXX-VVV- numéro du workpackage (si projet) - .XXX-VVV-WP1-RawData<br/>Exemple: 26-018_YOUI_WP3_SUCRE ou CARACTERISATION_SUCRE_CIRM-BIA1 Resultat brut?</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Serveur Biolomics<br/>3- Serveur STLO/ CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Outils nécessaires pour lire les données</td><td>1- /<br/>2- Logiciel Biolomics<br/>3- Pack office</td></tr></table>

## 2.2 Quelles seront les méthodes utilisées pour assurer la qualité scientifique des données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Microbiologie/ Dégradation sucres</td></tr></thead><tbody><tr><td>Processus de contrôle qualité des données</td><td>Métrologie, Mode opératoire rédigé...</td></tr><tr><td>Contrôle fiabilité des données</td><td>Curation des données par plusieurs membres de l'équipe CIRM-BIA</td></tr></tbody></table>

Les méthodes de collecte ou d'acquisition des données sont décrites dans les processus nommée dans la partie 1.1

## 3. EXIGENCES LEGALES ET ETHIQUES, CODE DE CONDUITE

### 3.1 Quelles seront les mesures appliquées pour assurer la protection des données à caractère personnel ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Microbiologie/ Dégradation sucres</td></tr></thead><tbody><tr><td>Contient des données à caractère personnelles</td><td>Non</td></tr></tbody></table>

### 3.2 Comment les autres questions juridiques, comme la titularité ou les droits de propriété intellectuelle sur les données, seront-elles abordées ? Quelle est la législation applicable en la matière ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

### 3.3 Quels sont les aspects éthiques à prendre en compte lors de la collecte des données ?
paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 4. TRAITEMENT ET ANALYSE DES DONNEES

### 4.1 Comment et avec quels moyens seront traitées les données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 5. STOCKAGE ET SAUVEGARDE DES DONNEES PENDANT LE PROCESSUS DE RECHERCHE

### 5.1 Comment les données seront-elles stockées et sauvegardées tout au long du projet ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Microbiologie/ Dégradation sucres</td></tr></thead><tbody><tr><td>Support</td><td>1- Cahier de laboratoire nommé Collection ou cahier de laboratoire affilié à un projet<br/>2- Biolomics<br/>3- Tableau Excel (transcription des données papiers)</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br/>2- .xls.csv.pdf<br/>3- .xls</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Serveur Biolomics<br/>3- Serveur STLO/ CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Accès sécurités</td><td>1- Accès restreint badge<br/>2- Accès restreint (2 mots de passe)<br/>3- Accès restreint (LDAP membre équipe CIRM-BIA)</td></tr></tbody></table>

Les Besoins de stockage et les mesures prises pour la sécurité des données

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 6. PARTAGE DES DONNEES ET CONSERVATION A LONG TERME

### 6.1 Comment les données seront-elles partagées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

### 6.2 Comment les données seront-elles conservées à long terme ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# IX. CARACTERISATION DE SOUCHES/BIOLOGIE MOLECULAIRE/PROFIL PFGE

## 1. DESCRIPTION DES DONNEES ET COLLECTE OU REUTILISATION DE DONNEES EXISTANTES

### 1.1 Description générale du produit de recherche

Ce produit est intégré dans les processus suivant:
# PS-ACT-01 : ACQUERIR, IDENTIFIER ET CONSERVER DES SOUCHES DE BACTÈRIES D'INTERET ALIMENTAIRE

## DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'intégration au sein du CIRMBIA de bactéries d'intérêt alimentaire isolées à partir de biotopes variés, ou issues de collections établies d'organismes publics ou privés.
Il concerne les activités de collecte et acquisition, d'identification, de conservation.

## FINALITES DU PROCESSUS

Enrichir la collection CIRM-BIA, assurer et garantir la qualité des ressources hébergées (identification, pureté, viabilité) et garantir leur pérennité.

# PS-ACT-3 : REALISER DES PRESTATIONS DE SERVICE

## DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à la réalisation de prestations de service pour les communautés scientifiques académiques ou industrielle ainsi qu'à la réalisation de projets de recherche.

## FINALITES DU PROCESSUS

Réaliser des prestations de services ou projets de recherche liés à l'activité de CRB et aux ressources BIA :
Caractérisation d'écosystèmes fermentaires alimentaires, Isolement, dénombrement des souches, mise en collection, Identification taxonomique (phénotypique et/ou moléculaire) de souches BIA ou de contaminants de produits alimentaires, Caractérisation de la diversité intra-spécifique de BIA, Lyophilisation, Caractérisation "à façon" de propriétés technologique de BIA, Dépôt fermé

# PS-DOC-1 : MAITRISE DE LA GESTION DES DONNEES ET DES MOYENS DE COMMUNICATION

## DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus vient en support des processus opérationnels : la bonne gestion du système informatique et des outils dédiés garantissant la maîtrise des données, de l'information et de la documentation.

## FINALITES DU PROCESSUS

Maîtriser la documentation du système de management de la qualité, le stockage des données générées ou utilisées par les processus opérationnels ou support, les outils de communication du CIRM-BIA (http://www6.inra.fr/cirm) ainsi que les outils permettant la gestion des données associées aux souches et leur affichage sur le catalogue en ligne (Logiciel Stock, Base de données souches, ...).

# PS-MAT-1 : MAITRISER L'INFRASTRUCTURE

## DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'ensemble des équipements (hors matériel informatique), des consommables, réactifs et milieux de culture mis en œuvre dans les activités telles que :

* La gestion des achats de consommables et équipement (identification du besoin), l'étude de marché et la mise en concurrence

* La gestion des stocks de consommables

* La fabrication des milieux de culture

* La maintenance et la métrologie des équipements

* L'entretien des locaux

* La gestion des déchets et des matériels hors service.

## FINALITES DU PROCESSUS

Venir en soutien des processus opérationnels en garantissant les moyens matériels pour assurer la conformité du produit et sa mise en œuvre efficace.
# PS-STR-01 : ETABLIR, FAIRE VIVRE LA STRATEGIE

## DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus permet la coordination des processus opérationnels et supports ainsi que leur adéquation afin garantir le bon fonctionnement du CIRM-BIA dans sa globalité au travers des ressources allouées, de la communication, de la stratégie de recherche et de la bonne gestion du système de management de la qualité (SMQ).

## FINALITES DU PROCESSUS

* Garantir les ressources, allouer les moyens nécessaires et communiquer en interne (SMQ) et en externe (parties intéressées du CIRM).

* Orienter la politique qualité, planifier, surveiller et améliorer en continu l'ensemble du système de management de la qualité, pour assurer un fonctionnement optimal de l'entité.

* Définir la stratégie du CIRM-BIA au regard de l'activité collection et des ressources disponibles

* Communiquer

<table><tr><td>Type</td><td>jeu de données</td></tr><tr><td>Langue</td><td>Français</td></tr><tr><td>Contient des données personnelles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Contient des données sensibles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Prend en compte des aspects éthiques ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Mots clés</td><td><ul><li>identification d'espèce (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie (par type) (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie alimentaire (thesaurus INRAE)</li><li>identification de souche (thesaurus INRAE)</li><li>identification moléculaire (thesaurus INRAE)</li><li>biologie moléculaire (thesaurus INRAE)</li><li>extraction d'ADN (thesaurus INRAE)</li></ul></td></tr><tr><td>Mots clés (texte libre)</td><td><ul><li>pulsotypage (PFGE: Pulsed-Field Gel Electrophoresi)</li></ul></td></tr></table>

## 1.2 Est-ce que des données existantes seront réutilisées ?

Pas concerné

## 1.3 Comment seront produites/collectées les nouvelles données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# 2. DOCUMENTATION ET QUALITE DES DONNEES

## 2.1 Quelles métadonnées et quelle documentation (par exemple mode d'organisation des données) accompagneront les données ?
<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Biologie moléculaire/Profil PFGE</td></tr></thead><tbody><tr><td>Documents associés</td><td>La documentation nécessaire est listée dans l'onglet nommé documents associés qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Métadonnées accompagnant le jeu de données</td><td>Les métadonnées sont listées dans l'onglet nommé métadonnées qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Mode d'acquisition de données</td><td>Manuel</td></tr><tr><td>Support</td><td>1- Photo .tiff ou .jpg<br/>2- Cahier de laboratoire nommé BMOL ou cahier de laboratoire affilié à un projet</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- .tiff ou .jpeg<br/>2- Papier</td></tr><tr><td>Nomenclature des supports utilisés</td><td>1- N°Gel Date<br/>2- N°Gel Date</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Serveur STLO/ CIRM-BIA<br/>2- Bureau CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Outils nécessaires pour lire les données</td><td>1- Pack office<br/>2- /</td></tr></tbody></table>

2.2 Quelles seront les méthodes utilisées pour assurer la qualité scientifique des données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Biologie moléculaire/Profil PFGE</td></tr></thead><tbody><tr><td>Processus de contrôle qualité des données</td><td>Métrologie, Mode opératoire rédigé...</td></tr><tr><td>Contrôle fiabilité des données</td><td>Curation des données par plusieurs membres de l'équipe CIRM-BIA</td></tr></tbody></table>

Les méthodes de collecte ou d'acquisition des données sont décrites dans les processus nommée dans la partie 1.1

## 3. EXIGENCES LEGALES ET ETHIQUES, CODE DE CONDUITE

3.1 Quelles seront les mesures appliquées pour assurer la protection des données à caractère personnel ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Biologie moléculaire/Profil PFGE</td></tr></thead><tbody><tr><td>Contient des données à caractère personnelles</td><td>Non</td></tr></tbody></table>

3.2 Comment les autres questions juridiques, comme la titularité ou les droits de propriété intellectuelle sur les données, seront-elles abordées ? Quelle est la législation applicable en la matière ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

3.3 Quels sont les aspects éthiques à prendre en compte lors de la collecte des données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I
# 4. TRAITEMENT ET ANALYSE DES DONNEES

## 4.1 Comment et avec quels moyens seront traitées les données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# 5. STOCKAGE ET SAUVEGARDE DES DONNEES PENDANT LE PROCESSUS DE RECHERCHE

## 5.1 Comment les données seront-elles stockées et sauvegardées tout au long du projet ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Biologie moléculaire/Profil PFGE</td></tr></thead><tbody><tr><td>Support</td><td>1- Photo .tiff ou .jpg<br/>2- Cahier de laboratoire nommé BMOL ou cahier de laboratoire affilié à un projet</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- .tiff ou .jpeg<br/>2- Papier</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Serveur STLO/ CIRM-BIA<br/>2- Bureau CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Accès sécurités</td><td>1- Accès restreint (LDAP membre équipe CIRM-BIA)<br/>2- Accès restreint Badge</td></tr></tbody></table>

Les Besoins de stockage et les mesures prises pour la sécurité des données

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# 6. PARTAGE DES DONNEES ET CONSERVATION A LONG TERME

## 6.1 Comment les données seront-elles partagées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 6.2 Comment les données seront-elles conservées à long terme ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# X. CARACTERISATION DE SOUCHES/BIOLOGIE MOLECULAIRE/PROFIL RAPD

## 1. DESCRIPTION DES DONNEES ET COLLECTE OU REUTILISATION DE DONNEES EXISTANTES

### 1.1 Description générale du produit de recherche

Ce produit est intégré dans les processus suivant:

PS-ACT-01 : ACQUERIR, IDENTIFIER ET CONSERVER DES SOUCHES DE BACTERIES D'INTERET ALIMENTAIRE

DOMAINE D'APPLICATION
Ce processus s'applique à l'intégration au sein du CIRM-BIA de bactéries d'intérêt alimentaire isolées à partir de biotopes variés, ou issues de collections établies d'organismes publics ou privés.
Il concerne les activités de collecte et acquisition, d'identification, de conservation.

FINALITES DU PROCESSUS

Enrichir la collection CIRM-BIA, assurer et garantir la qualité des ressources hébergées (identification, pureté, viabilité) et garantir leur pérennité.

PS-ACT-3 : REALISER DES PRESTATIONS DE SERVICE

DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à la réalisation de prestations de service pour les communautés scientifiques académiques ou industrielle ainsi qu'à la réalisation de projets de recherche.

FINALITES DU PROCESSUS

Réaliser des prestations de services ou projets de recherche liés à l'activité de CRB et aux ressources BIA :
Caractérisation d'écosystèmes fermentaires alimentaires, Isolement, dénombrement des souches, mise en collection, Identification taxonomique (phénotypique et/ou moléculaire) de souches BIA ou de contaminants de produits alimentaires, Caractérisation de la diversité intra-spécifique de BIA, Lyophilisation, Caractérisation "à façon" de propriétés technologique de BIA, Dépôt fermé.

PS-DOC-1 : MAITRISE DE LA GESTION DES DONNEES ET DES MOYENS DE COMMUNICATION

DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus vient en support des processus opérationnels : la bonne gestion du système informatique et des outils dédiés garantissant la maîtrise des données, de l'information et de la documentation.

FINALITES DU PROCESSUS

Maîtriser la documentation du système de management de la qualité, le stockage des données générées ou utilisées par les processus opérationnels ou support, les outils de communication du CIRM-BIA (http://www6.inra.fr/cirm) ainsi que les outils permettant la gestion des données associées aux souches et leur affichage sur le catalogue en ligne (Logiciel Stock, Base de données souches, ...).

PS-MAT-1 : MAITRISER L'INFRASTRUCTURE

DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'ensemble des équipements (hors matériel informatique), des consommables, réactifs et milieux de culture mis en œuvre dans les activités telles que :

* La gestion des achats de consommables et équipement (identification du besoin), l'étude de marché et la mise en concurrence

* La gestion des stocks de consommables

* La fabrication des milieux de culture

* La maintenance et la métrologie des équipements

* L'entretien des locaux

* La gestion des déchets et des matériels hors service.

FINALITES DU PROCESSUS

Venir en soutien des processus opérationnels en garantissant les moyens matériels pour assurer la conformité du produit et sa mise en œuvre efficace.

PS-STR-01 : ETABLIR, FAIRE VIVRE LA STRATEGIE
<figure><img src="image_43.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAE

<figure><img src="image_44.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

## DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus permet la coordination des processus opérationnels et supports ainsi que leur adéquation afin garantir le bon fonctionnement du CIRM-BIA dans sa globalité au travers des ressources allouées, de la communication, de la stratégie de recherche et de la bonne gestion du système de management de la qualité (SMQ).

## FINALITES DU PROCESSUS

* Garantir les ressources, allouer les moyens nécessaires et communiquer en interne (SMQ) et en externe (parties intéressées du CIRM).

* Orienter la politique qualité, planifier, surveiller et améliorer en continu l'ensemble du système de management de la qualité, pour assurer un fonctionnement optimal de l'entité.

* Définir la stratégie du CIRM-BIA au regard de l'activité collection et des ressources disponibles

* Communiquer

<table><tr><td>Type</td><td>jeu de données</td></tr><tr><td>Langue</td><td>Français</td></tr><tr><td>Contient des données personnelles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Contient des données sensibles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Prend en compte des aspects éthiques ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Mots clés</td><td><ul><li>identification d'espèce (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie (par type) (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie alimentaire (thesaurus INRAE)</li><li>identification de souche (thesaurus INRAE)</li><li>biologie moléculaire (thesaurus INRAE)</li><li>extraction d'ADN (thesaurus INRAE)</li></ul></td></tr><tr><td>Mots clés (texte libre)</td><td><ul><li>RAPD (random amplified polymorphic DNA)</li></ul></td></tr></table>

### 1.2 Est-ce que des données existantes seront réutilisées ?

Pas concerné

### 1.3 Comment seront produites/collectées les nouvelles données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 2. DOCUMENTATION ET QUALITE DES DONNEES

### 2.1 Quelles métadonnées et quelle documentation (par exemple mode d'organisation des données) accompagneront les données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Biologie moléculaire/Profil RAPD</td></tr></thead><tbody><tr><td>Documents associés</td><td>La documentation nécessaire est listée dans l'onglet nommé documents associés qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr></tbody></table>
<figure><img src="image_45.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAO

<figure><img src="image_46.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

<table><tr><td>Métadonnées accompagnant le jeu de données</td><td>Les métadonnées sont listées dans l'onglet nommé métadonnées qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Mode d'acquisition de données</td><td>Manuel</td></tr><tr><td>Support</td><td>1- Photo .tiff ou .jpg<br/>2- Cahier de laboratoire nommé BMOL ou cahier de laboratoire affilié à un projet</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- .tiff ou .jpeg<br/>2- Papier</td></tr><tr><td>Nomenclature des supports utilisés</td><td>1- N°PCR Date<br/>2- N°PCR Date</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Serveur STLO/ CIRM-BIA<br/>2- Bureau CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Outils nécessaires pour lire les données</td><td>1- Pack office<br/>2- /</td></tr></table>

## 2.2 Quelles seront les méthodes utilisées pour assurer la qualité scientifique des données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Biologie moléculaire/Profil RAPD</td></tr></thead><tbody><tr><td>Processus de contrôle qualité des données</td><td>Métrologie, Mode opératoire rédigé...</td></tr><tr><td>Contrôle fiabilité des données</td><td>Curation des données par plusieurs membres de l'équipe CIRM-BIA</td></tr></tbody></table>

Les méthodes de collecte ou d'acquisition des données sont décrites dans les processus nommée dans la partie 1.1

# 3. EXIGENCES LEGALES ET ETHIQUES, CODE DE CONDUITE

## 3.1 Quelles seront les mesures appliquées pour assurer la protection des données à caractère personnel ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Biologie moléculaire/Profil RAPD</td></tr></thead><tbody><tr><td>Contient des données à caractère personnelles</td><td>Non</td></tr></tbody></table>

## 3.2 Comment les autres questions juridiques, comme la titularité ou les droits de propriété intellectuelle sur les données, seront-elles abordées ? Quelle est la législation applicable en la matière ?

### paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 3.3 Quels sont les aspects éthiques à prendre en compte lors de la collecte des données ?

### paragraphe commun voir le produit de recherche I

# 4. TRAITEMENT ET ANALYSE DES DONNEES

## 4.1 Comment et avec quels moyens seront traitées les données ?

### paragraphe commun voir le produit de recherche I
# 5. STOCKAGE ET SAUVEGARDE DES DONNEES PENDANT LE PROCESSUS DE RECHERCHE

## 5.1 Comment les données seront-elles stockées et sauvegardées tout au long du projet ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Biologie moléculaire/Profil RAPD</td></tr></thead><tbody><tr><td>Support</td><td>1- Photo .tiff ou .jpg<br/>2- Cahier de laboratoire nommé BMOL ou cahier de laboratoire affilié à un projet</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- .tiff ou .jpeg<br/>2- Papier</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Serveur STLO/ CIRM-BIA<br/>2- Bureau CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Accès sécurités</td><td>1- Accès restreint (LDAP membre équipe CIRM-BIA)<br/>2- Accès restreint Badge</td></tr></tbody></table>

Les Besoins de stockage et les mesures prises pour la sécurité des données

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# 6. PARTAGE DES DONNEES ET CONSERVATION A LONG TERME

## 6.1 Comment les données seront-elles partagées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

Données détenues au CIRM-BIA - droits d'accessibilité

## 6.2 Comment les données seront-elles conservées à long terme ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# XI. CARACTERISATION DE SOUCHES/BIOLOGIE MOLECULAIRE/ARDRA

## 1. DESCRIPTION DES DONNEES ET COLLECTE OU REUTILISATION DE DONNEES EXISTANTES

### 1.1 Description générale du produit de recherche

Ce produit est intégré dans les processus suivant:

PS-ACT-01 : ACQUERIR, IDENTIFIER ET CONSERVER DES SOUCHES DE BACTERIES D'INTERET ALIMENTAIRE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'intégration au sein du CIRMBIA de bactéries d'intérêt alimentaire isolées à partir de biotopes variés, ou issues de collections établies d'organismes publics ou privés. Il concerne les activités de collecte et acquisition, d'identification, de conservation.

### FINALITES DU PROCESSUS
Enrichir la collection CIRM-BIA, assurer et garantir la qualité des ressources hébergées (identification, pureté, viabilité) et garantir leur pérennité.

## PS-ACT-3 : REALISER DES PRESTATIONS DE SERVICE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à la réalisation de prestations de service pour les communautés scientifiques académiques ou industrielle ainsi qu'à la réalisation de projets de recherche.

### FINALITES DU PROCESSUS

Réaliser des prestations de services ou projets de recherche liés à l'activité de CRB et aux ressources BIA : Caractérisation d'écosystèmes fermentaires alimentaires, Isolement, dénombrement des souches, mise en collection, Identification taxonomique (phénotypique et/ou moléculaire) de souches BIA ou de contaminants de produits alimentaires, Caractérisation de la diversité intra-spécifique de BIA, Lyophilisation, Caractérisation "à façon" de propriétés technologique de BIA, Dépôt fermé

## PS-DOC-1 : MAITRISE DE LA GESTION DES DONNEES ET DES MOYENS DE COMMUNICATION

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus vient en support des processus opérationnels : la bonne gestion du système informatique et des outils dédiés garantissant la maîtrise des données, de l'information et de la documentation.

### FINALITES DU PROCESSUS

Maîtriser la documentation du système de management de la qualité, le stockage des données générées ou utilisées par les processus opérationnels ou support, les outils de communication du CIRM-BIA (http://www6.inra.fr/cirm) ainsi que les outils permettant la gestion des données associées aux souches et leur affichage sur le catalogue en ligne (Logiciel Stock, Base de données souches, ...).

## PS-MAT-1 : MAITRISER L'INFRASTRUCTURE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'ensemble des équipements (hors matériel informatique), des consommables, réactifs et milieux de culture mis en œuvre dans les activités telles que :

* La gestion des achats de consommables et équipement (identification du besoin), l'étude de marché et la mise en concurrence

* La gestion des stocks de consommables

* La fabrication des milieux de culture

* La maintenance et la métrologie des équipements

* L'entretien des locaux

* La gestion des déchets et des matériels hors service.

### FINALITES DU PROCESSUS

Venir en soutien des processus opérationnels en garantissant les moyens matériels pour assurer la conformité du produit et sa mise en œuvre efficace.

## PS-STR-01 : ETABLIR, FAIRE VIVRE LA STRATEGIE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus permet la coordination des processus opérationnels et supports ainsi que leur adéquation afin garantir le bon fonctionnement du CIRM-BIA dans sa globalité au travers des ressources allouées, de la communication, de la stratégie de recherche et de la bonne gestion du système de management de la qualité (SMQ).
<figure><img src="image_47.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAE

<figure><img src="image_48.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

FINALITES DU PROCESSUS

* Garantir les ressources, allouer les moyens nécessaires et communiquer en interne (SMQ) et en externe (parties intéressées du CIRM).

* Orienter la politique qualité, planifier, surveiller et améliorer en continu l'ensemble du système de management de la qualité, pour assurer un fonctionnement optimal de l'entité.

* Définir la stratégie du CIRM-BIA au regard de l'activité collection et des ressources disponibles

* Communiquer

<table><tr><td>Type</td><td>jeu de données</td></tr><tr><td>Langue</td><td>Français</td></tr><tr><td>Contient des données personnelles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Contient des données sensibles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Prend en compte des aspects éthiques ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Mots clés</td><td><ul><li>identification d'espèce (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie (par type) (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie alimentaire (thesaurus INRAE)</li><li>identification de souche (thesaurus INRAE)</li><li>biologie moléculaire (thesaurus INRAE)</li><li>extraction d'ADN (thesaurus INRAE)</li><li>ADN ribosomique (thesaurus INRAE)</li></ul></td></tr><tr><td>Mots clés (texte libre)</td><td><ul><li>ARDRA (amplified ribosomal DNA restriction analysis)</li></ul></td></tr></table>

1.2 Est-ce que des données existantes seront réutilisées ?

Pas concerné

1.3 Comment seront produites/collectées les nouvelles données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

2. DOCUMENTATION ET QUALITE DES DONNEES

2.1 Quelles métadonnées et quelle documentation (par exemple mode d'organisation des données) accompagneront les données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Biologie moléculaire/ARDRA</td></tr></thead><tbody><tr><td>Documents associés</td><td>La documentation nécessaire est listée dans l'onglet nommé documents associés qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr></tbody></table>
<figure><img src="image_49.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAO

<figure><img src="image_50.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

<table><tr><td>Métadonnées accompagnant le jeu de données</td><td>Les métadonnées sont listées dans l'onglet nommé métadonnées qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Mode d'acquisition de données</td><td>Manuel</td></tr><tr><td>Support</td><td>1- Photo .tiff ou .jpg<br/>2- Cahier de laboratoire nommé BMOL ou cahier de laboratoire affilié à un projet</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Informatique .tiff ou .jpeg<br/>2- Papier</td></tr><tr><td>Nomenclature des supports utilisés</td><td>1- N°PCR Date<br/>2- N°PCR Date</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Serveur STLO/ CIRM-BIA<br/>2- Bureau CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Outils nécessaires pour lire les données</td><td>1- Pack office<br/>2- /</td></tr></table>

## 2.2 Quelles seront les méthodes utilisées pour assurer la qualité scientifique des données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Biologie moléculaire/ARDRA</td></tr></thead><tbody><tr><td>Processus de contrôle qualité des données</td><td>Métrologie, Mode opératoire rédigé...</td></tr><tr><td>Contrôle fiabilité des données</td><td>Curation des données par plusieurs membres de l'équipe CIRM-BIA</td></tr></tbody></table>

Les méthodes de collecte ou d'acquisition des données sont décrites dans les processus nommée dans la partie 1.1

## 3. EXIGENCES LEGALES ET ETHIQUES, CODE DE CONDUITE

### 3.1 Quelles seront les mesures appliquées pour assurer la protection des données à caractère personnel ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Biologie moléculaire/ARDRA</td></tr></thead><tbody><tr><td>Contient des données à caractère personnelles</td><td>Non</td></tr></tbody></table>

### 3.2 Comment les autres questions juridiques, comme la titularité ou les droits de propriété intellectuelle sur les données, seront-elles abordées ? Quelle est la législation applicable en la matière ?

**paragraphe commun voir le produit de recherche I**

### 3.3 Quels sont les aspects éthiques à prendre en compte lors de la collecte des données ?

**paragraphe commun voir le produit de recherche I**

## 4. TRAITEMENT ET ANALYSE DES DONNEES

### 4.1 Comment et avec quels moyens seront traitées les données ?

**paragraphe commun voir le produit de recherche I**
# 5. STOCKAGE ET SAUVEGARDE DES DONNEES PENDANT LE PROCESSUS DE RECHERCHE

## 5.1 Comment les données seront-elles stockées et sauvegardées tout au long du projet ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Biologie moléculaire/ARDRA</td></tr></thead><tbody><tr><td>Support</td><td>1- Photo .tiff ou .jpg<br/>2- Cahier de laboratoire nommé BMOL ou cahier de laboratoire affilié à un projet</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Informatique .tiff ou .jpeg<br/>2- Papier</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Serveur STLO/ CIRM-BIA<br/>2- Bureau CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Accès sécurités</td><td>1- Accès restreint (LDAP membre équipe CIRM-BIA)<br/>2- Accès restreint Badge</td></tr></tbody></table>

Les Besoins de stockage et les mesures prises pour la sécurité des données

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# 6. PARTAGE DES DONNEES ET CONSERVATION A LONG TERME

## 6.1 Comment les données seront-elles partagées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 6.2 Comment les données seront-elles conservées à long terme ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# XII. CARACTERISATION DE SOUCHES/BIOLOGIE MOLECULAIRE/SCHEMA MLST

## 1. DESCRIPTION DES DONNEES ET COLLECTE OU REUTILISATION DE DONNEES EXISTANTES

### 1.1 Description générale du produit de recherche

Ce produit est intégré dans les processus suivant:

PS-ACT-01 : ACQUERIR, IDENTIFIER ET CONSERVER DES SOUCHES DE BACTERIES D'INTERET ALIMENTAIRE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'intégration au sein du CIRMBIA de bactéries d'intérêt alimentaire isolées à partir de biotopes variés, ou issues de collections établies d'organismes publics ou privés. Il concerne les activités de collecte et acquisition, d'identification, de conservation.

### FINALITES DU PROCESSUS
Enrichir la collection CIRM-BIA, assurer et garantir la qualité des ressources hébergées (identification, pureté, viabilité) et garantir leur pérennité.

## PS-ACT-3 : REALISER DES PRESTATIONS DE SERVICE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à la réalisation de prestations de service pour les communautés scientifiques académiques ou industrielle ainsi qu'à la réalisation de projets de recherche.

### FINALITES DU PROCESSUS

Réaliser des prestations de services ou projets de recherche liés à l'activité de CRB et aux ressources BIA :
Caractérisation d'écosystèmes fermentaires alimentaires, Isolement, dénombrement des souches, mise en collection, Identification taxonomique (phénotypique et/ou moléculaire) de souches BIA ou de contaminants de produits alimentaires, Caractérisation de la diversité intra-spécifique de BIA, Lyophilisation, Caractérisation "à façon" de propriétés technologique de BIA, Dépôt fermé.

## PS-DOC-1 : MAITRISE DE LA GESTION DES DONNEES ET DES MOYENS DE COMMUNICATION

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus vient en support des processus opérationnels : la bonne gestion du système informatique et des outils dédiés garantissant la maîtrise des données, de l'information et de la documentation.

### FINALITES DU PROCESSUS

Maîtriser la documentation du système de management de la qualité, le stockage des données générées ou utilisées par les processus opérationnels ou support, les outils de communication du CIRM-BIA (http://www6.inra.fr/cirm) ainsi que les outils permettant la gestion des données associées aux souches et leur affichage sur le catalogue en ligne (Logiciel Stock, Base de données souches, ...).

## PS-MAT-1 : MAITRISER L'INFRASTRUCTURE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'ensemble des équipements (hors matériel informatique), des consommables, réactifs et milieux de culture mis en œuvre dans les activités telles que :

* La gestion des achats de consommables et équipement (identification du besoin), l'étude de marché et la mise en concurrence

* La gestion des stocks de consommables

* La fabrication des milieux de culture

* La maintenance et la métrologie des équipements

* L'entretien des locaux

* La gestion des déchets et des matériels hors service.

### FINALITES DU PROCESSUS

Venir en soutien des processus opérationnels en garantissant les moyens matériels pour assurer la conformité du produit et sa mise en œuvre efficace.

## PS-STR-01 : ETABLIR, FAIRE VIVRE LA STRATEGIE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus permet la coordination des processus opérationnels et supports ainsi que leur adéquation afin garantir le bon fonctionnement du CIRM-BIA dans sa globalité au travers des ressources allouées, de la communication, de la stratégie de recherche et de la bonne gestion du système de management de la qualité (SMQ).

### FINALITES DU PROCESSUS
* Garantir les ressources, allouer les moyens nécessaires et communiquer en interne (SMQ) et en externe (parties intéressées du CIRM).

* Orienter la politique qualité, planifier, surveiller et améliorer en continu l'ensemble du système de management de la qualité, pour assurer un fonctionnement optimal de l'entité.

* Définir la stratégie du CIRM-BIA au regard de l'activité collection et des ressources disponibles

* Communiquer

<table><tr><td>Type</td><td>jeu de données</td></tr><tr><td>Langue</td><td>Français</td></tr><tr><td>Contient des données personnelles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Contient des données sensibles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Prend en compte des aspects éthiques ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Mots clés</td><td><ul><li>identification d'espèce (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie (par type) (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie alimentaire (thesaurus INRAE)</li><li>identification de souche (thesaurus INRAE)</li><li>biologie moléculaire (thesaurus INRAE)</li><li>séquence d'ADN (thesaurus INRAE)</li><li>séquençage MLST (thesaurus INRAE)</li></ul></td></tr><tr><td>Mots clés (texte libre)</td><td><ul><li>MLST (MultiLocus Sequencing Typing)</li></ul></td></tr></table>

## 1.2 Est-ce que des données existantes seront réutilisées ?

Pas concerné

## 1.3 Comment seront produites/collectées les nouvelles données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# 2. DOCUMENTATION ET QUALITE DES DONNEES

## 2.1 Quelles métadonnées et quelle documentation (par exemple mode d'organisation des données) accompagneront les données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Biologie moléculaire/Schéma MLST</td></tr></thead><tbody><tr><td>Documents associés</td><td>La documentation nécessaire est listée dans l'onglet nommé documents associés qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Métadonnées accompagnant le jeu de données</td><td>Les métadonnées sont listées dans l'onglet nommé métadonnées qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Mode d'acquisition de données</td><td>Automatique</td></tr></tbody></table>
<figure><img src="image_51.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAO

<figure><img src="image_52.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

<table><tr><td>Support</td><td>1- Interface prestataire séquençage<br/>2- Logiciel analyse séquence<br/>3- Disque dur de sauvegarde</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- .txt .ab1<br/>2- .xls .doc<br/>3- .ab1</td></tr><tr><td>Nomenclature des supports utilisés</td><td>1- N° CIRMBIA de la souche - Amorce (Forward ou Reverse)<br/>2- N°CIRM-BIA - Sequence de nucléotides<br/>3- N° CIRMBIA de la souche - Amorce (Forward ou Reverse)</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Serveur du prestataire<br/>2- serveur/STLO/CIRM-BIA<br/>3- Bureau CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Outils nécessaires pour lire les données</td><td>1- Code accès au compte<br/>2- Pack office<br/>3- Pack office</td></tr></table>

2.2 Quelles seront les méthodes utilisées pour assurer la qualité scientifique des données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Biologie moléculaire/Schéma MLST</td></tr></thead><tbody><tr><td>Processus de contrôle qualité des données</td><td>Métrologie, Mode opératoire rédigé...</td></tr><tr><td>Contrôle fiabilité des données</td><td>Curation des données par plusieurs membres de l'équipe CIRM-BIA</td></tr></tbody></table>

Les méthodes de collecte ou d'acquisition des données sont décrites dans les processus nommée dans la partie 1.1

### 3. EXIGENCES LEGALES ET ETHIQUES, CODE DE CONDUITE

3.1 Quelles seront les mesures appliquées pour assurer la protection des données à caractère personnel ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Biologie moléculaire/Schéma MLST</td></tr></thead><tbody><tr><td>Contient des données à caractère personnelles</td><td>Non</td></tr></tbody></table>

3.2 Comment les autres questions juridiques, comme la titularité ou les droits de propriété intellectuelle sur les données, seront-elles abordées ? Quelle est la législation applicable en la matière ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

3.3 Quels sont les aspects éthiques à prendre en compte lors de la collecte des données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

### 4. TRAITEMENT ET ANALYSE DES DONNEES

4.1 Comment et avec quels moyens seront traitées les données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I
# 5. STOCKAGE ET SAUVEGARDE DES DONNEES PENDANT LE PROCESSUS DE RECHERCHE

## 5.1 Comment les données seront-elles stockées et sauvegardées tout au long du projet ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Caractérisation de souches /Biologie moléculaire/Schéma MLST</td></tr></thead><tbody><tr><td>Support</td><td>1- Interface prestataire séquençage<br/>2- Logiciel analyse séquence<br/>3- Disque dur de sauvegarde</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- .txt .ab1<br/>2- .xls .doc<br/>3- .ab1</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Serveur du prestataire<br/>2- serveur/STLO/CIRM-BIA<br/>3- Bureau CIRM-BIA</td></tr><tr><td>Accès sécurités</td><td>1- Compte prestataire<br/>2- Accès restreint (LDAP membre équipe CIRM-BIA)<br/>3- Accès restreint Badge</td></tr></tbody></table>

Les Besoins de stockage et les mesures prises pour la sécurité des données

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# 6. PARTAGE DES DONNEES ET CONSERVATION A LONG TERME

## 6.1 Comment les données seront-elles partagées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 6.2 Comment les données seront-elles conservées à long terme ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# XIII. CONSERVATION DE SOUCHES/MICROBIOLOGIE/CONGELATION DE SOUCHES

## 1. DESCRIPTION DES DONNEES ET COLLECTE OU REUTILISATION DE DONNEES EXISTANTES

### 1.1 Description générale du produit de recherche

Ce produit est intégré dans les processus et la procédure suivant:

### PR-ACT-02: CONSERVATION

L'objectif de cette procédure est de garantir la pérennité de la collection CIRM-BIA, à savoir : maintenir l'intégrité des microorganismes conservés (viabilité) et garantir le maintien de leurs propriétés physiologiques, métaboliques et technologiques.

### DOMAINE D'APPLICATION

Cette procédure couvre l'ensemble des activités et l'organisation nécessaire à la conservation du matériel biologique appartenant à la collection CIRM-BIA et à la vérification de l'intégrité de ce matériel biologique.
# PS-ACT-01 : ACQUERIR, IDENTIFIER ET CONSERVER DES SOUCHES DE BACTÉRIES D'INTERET ALIMENTAIRE

## DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'intégration au sein du CIRMBIA de bactéries d'intérêt alimentaire isolées à partir de biotopes variés, ou issues de collections établies d'organismes publics ou privés. Il concerne les activités de collecte et acquisition, d'identification, de conservation.

## FINALITES DU PROCESSUS

Enrichir la collection CIRM-BIA, assurer et garantir la qualité des ressources hébergées (identification, pureté, viabilité) et garantir leur pérennité.

# PS-ACT-2 : DIFFUSER DES SOUCHES A LA COMMUNAUTE SCIENTIFIQUE

## DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à la diffusion des souches de la collection CIRM-BIA à destination des communautés scientifiques et/ou industrielles.

## FINALITES DU PROCESSUS

Diffuser les ressources bactériennes du CIRM-BIA en respectant le standard de qualité « CRB » tel que défini dans les prescriptions de l'OCDE avec le souci constant de satisfaction du client.

# PS-ACT-3 : REALISER DES PRESTATIONS DE SERVICE

## DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à la réalisation de prestations de service pour les communautés scientifiques académiques ou industrielle ainsi qu'à la réalisation de projets de recherche.

## FINALITES DU PROCESSUS

Réaliser des prestations de services ou projets de recherche liés à l'activité de CRB et aux ressources BIA :
Caractérisation d'écosystèmes fermentaires alimentaires, Isolement, dénombrement des souches, mise en collection, Identification taxonomique (phénotypique et/ou moléculaire) de souches BIA ou de contaminants de produits alimentaires, Caractérisation de la diversité intra-spécifique de BIA, Lyophilisation, Caractérisation "à façon" de propriétés technologique de BIA, Dépôt fermé

# PS-DOC-1 : MAITRISE DE LA GESTION DES DONNEES ET DES MOYENS DE COMMUNICATION

## DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus vient en support des processus opérationnels : la bonne gestion du système informatique et des outils dédiés garantissant la maîtrise des données, de l'information et de la documentation.

## FINALITES DU PROCESSUS

Maîtriser la documentation du système de management de la qualité, le stockage des données générées ou utilisées par les processus opérationnels ou support, les outils de communication du CIRM-BIA (http://www6.inra.fr/cirm) ainsi que les outils permettant la gestion des données associées aux souches et leur affichage sur le catalogue en ligne (Logiciel Stock, Base de données souches, ...).

# PS-MAT-1 : MAITRISER L'INFRASTRUCTURE

## DOMAINE D'APPLICATION
<figure><img src="image_53.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAE

<figure><img src="image_54.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

Ce processus s'applique à l'ensemble des équipements (hors matériel informatique), des consommables, réactifs et milieux de culture mis en œuvre dans les activités telles que :

* La gestion des achats de consommables et équipement (identification du besoin), l'étude de marché et la mise en concurrence

* La gestion des stocks de consommables

* La fabrication des milieux de culture

* La maintenance et la métrologie des équipements

* L'entretien des locaux

* La gestion des déchets et des matériels hors service.

## FINALITES DU PROCESSUS

Venir en soutien des processus opérationnels en garantissant les moyens matériels pour assurer la conformité du produit et sa mise en œuvre efficace.

## PS-STR-01 : ETABLIR, FAIRE VIVRE LA STRATEGIE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus permet la coordination des processus opérationnels et supports ainsi que leur adéquation afin garantir le bon fonctionnement du CIRM-BIA dans sa globalité au travers des ressources allouées, de la communication, de la stratégie de recherche et de la bonne gestion du système de management de la qualité (SMQ).

## FINALITES DU PROCESSUS

* Garantir les ressources, allouer les moyens nécessaires et communiquer en interne (SMQ) et en externe (parties intéressées du CIRM).

* Orienter la politique qualité, planifier, surveiller et améliorer en continu l'ensemble du système de management de la qualité, pour assurer un fonctionnement optimal de l'entité.

* Définir la stratégie du CIRM-BIA au regard de l'activité collection et des ressources disponibles

* Communiquer

<table><tr><td>Type</td><td>jeu de données</td></tr><tr><td>Langue</td><td>Français</td></tr><tr><td>Contient des données personnelles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Contient des données sensibles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Prend en compte des aspects éthiques ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Mots clés</td><td><ul><li>bactérie (par type) (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie alimentaire (thesaurus INRAE)</li><li>conservation biologique (thesaurus INRAE)</li><li>conservation de souches (thesaurus INRAE)</li><li>conservation des collections (thesaurus INRAE)</li><li>conservation par le froid (thesaurus INRAE)</li><li>microbiologie (thesaurus INRAE)</li></ul></td></tr><tr><td>Mots clés (texte libre)</td><td><ul><li>cryoconservation</li></ul></td></tr></table>
## 1.2 Est-ce que des données existantes seront réutilisées ?

Pas concerné

## 1.3 Comment seront produites/collectées les nouvelles données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# 2. DOCUMENTATION ET QUALITE DES DONNEES

## 2.1 Quelles métadonnées et quelle documentation (par exemple mode d'organisation des données) accompagneront les données ?

<table><thead><tr><th>Produit de recherche</th><th>Conservation de souches/Microbiologie/Congélation de souches</th></tr></thead><tbody><tr><td>Documents associés</td><td>La documentation nécessaire est listée dans l'onglet nommé documents associés qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Métadonnées accompagnant le jeu de données</td><td>Les métadonnées sont listées dans l'onglet nommé métadonnées qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Mode d'acquisition de données</td><td>Manuel</td></tr><tr><td>Support</td><td>1- Cahier de laboratoire<br>2- Biolomics</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br>2- .pdf.csv.xls</td></tr><tr><td>Nomenclature des supports utilisés</td><td>1- Cahier d'analyse, sous chaque nouvelle date sera mentionné le numéro de l'activité - les 3 premières lettres de l'acronyme de l'activité XXX-VVV, puis le numéro CIRM-BIA des souches concernées<br>Exemple: 10/01/2023 Conservation-CONG CIRM-BIA1, CIRM-BIA2, ...<br>2- Pour une souche, il sera indiqué les emplacements des cryotubes et la date de congélation.<br>Exemple: CIRM-BIA1; S148-A1 à A8, 10/01/2023.</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br>2- Serveur Biolomics</td></tr><tr><td>Outils nécessaires pour lire les données</td><td>1-/<br>2- Logiciel Biolomics</td></tr></tbody></table>

## 2.2 Quelles seront les méthodes utilisées pour assurer la qualité scientifique des données ?

<table><thead><tr><th>Produit de recherche</th><th>Conservation de souches/Microbiologie/Congélation de souches</th></tr></thead><tbody><tr><td>Processus de contrôle qualité des données</td><td>Processus PS-STR-01</td></tr><tr><td>Contrôle fiabilité des données</td><td>Curation des données par plusieurs membres de l'équipe CIRM-BIA</td></tr></tbody></table>

Les méthodes de collecte ou d'acquisition des données sont décrites dans les processus nommée dans la partie 1.1
### 3. EXIGENCES LEGALES ET ETHIQUES, CODE DE CONDUITE

3.1 Quelles seront les mesures appliquées pour assurer la protection des données à caractère personnel ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Conservation de souches/Microbiologie/Congélation de souches</td></tr></thead><tbody><tr><td>Contient des données à caractère personnelles</td><td>Non</td></tr></tbody></table>

3.2 Comment les autres questions juridiques, comme la titularité ou les droits de propriété intellectuelle sur les données, seront-elles abordées ? Quelle est la législation applicable en la matière ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

3.3 Quels sont les aspects éthiques à prendre en compte lors de la collecte des données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

### 4. TRAITEMENT ET ANALYSE DES DONNEES

4.1 Comment et avec quels moyens seront traitées les données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

### 5. STOCKAGE ET SAUVEGARDE DES DONNEES PENDANT LE PROCESSUS DE RECHERCHE

5.1 Comment les données seront-elles stockées et sauvegardées tout au long du projet ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Conservation de souches/Microbiologie/Congélation de souches</td></tr></thead><tbody><tr><td>support</td><td>1- Cahier de laboratoire<br/>2- Biolomics</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br/>2- .pdf.csv.xls</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Serveur Biolomics</td></tr><tr><td>Accès sécurités</td><td>1- Accès restreint badge<br/>2- Accès restreint (2 mots de passe)</td></tr></tbody></table>

Les Besoins de stockage et les mesures prises pour la sécurité des données

Le CIRM-BIA s'appuie sur le Système de Management de la Sécurité de l'Information (SMSI) à INRAE

paragraphe commun voir le produit de recherche I

### 6. PARTAGE DES DONNEES ET CONSERVATION A LONG TERME

6.1 Comment les données seront-elles partagées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I
## 6.2 Comment les données seront-elles conservées à long terme ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# XIV. CONSERVATION DE SOUCHES/MICROBIOLOGIE/LYOPHILISATION DE SOUCHES

## 1. DESCRIPTION DES DONNEES ET COLLECTE OU REUTILISATION DE DONNEES EXISTANTES

### 1.1 Description générale du produit de recherche

Ce produit est intégré dans les processus et la procédure suivant:

#### PR-ACT-02: CONSERVATION

L'objectif de cette procédure est de garantir la pérennité de la collection CIRM-BIA, à savoir : maintenir l'intégrité des microorganismes conservés (viabilité) et garantir le maintien de leurs propriétés physiologiques, métaboliques et technologiques.

#### DOMAINE D'APPLICATION

Cette procédure couvre l'ensemble des activités et l'organisation nécessaire à la conservation du matériel biologique appartenant à la collection CIRM-BIA et à la vérification de l'intégrité de ce matériel biologique.

#### PS-ACT-01 : ACQUERIR, IDENTIFIER ET CONSERVER DES SOUCHES DE BACTERIES D'INTERET ALIMENTAIRE

#### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'intégration au sein du CIRMBIA de bactéries d'intérêt alimentaire isolées à partir de biotopes variés, ou issues de collections établies d'organismes publics ou privés. Il concerne les activités de collecte et acquisition, d'identification, de conservation.

#### FINALITES DU PROCESSUS

Enrichir la collection CIRM-BIA, assurer et garantir la qualité des ressources hébergées (identification, pureté, viabilité) et garantir leur pérennité.

#### PS-ACT-2 : DIFFUSER DES SOUCHES A LA COMMUNAUTE SCIENTIFIQUE

#### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à la diffusion des souches de la collection CIRM-BIA à destination des communautés scientifiques et/ou industrielles.

#### FINALITES DU PROCESSUS

Diffuser les ressources bactériennes du CIRM-BIA en respectant le standard de qualité « CRB » tel que défini dans les prescriptions de l'OCDE avec le souci constant de satisfaction du client.

#### PS-ACT-3 : REALISER DES PRESTATIONS DE SERVICE

#### DOMAINE D'APPLICATION
Ce processus s'applique à la réalisation de prestations de service pour les communautés scientifiques académiques ou industrielle ainsi qu'à la réalisation de projets de recherche.

## FINALITES DU PROCESSUS

Réaliser des prestations de services ou projets de recherche liés à l'activité de CRB et aux ressources BIA :
Caractérisation d'écosystèmes fermentaires alimentaires, Isolement, dénombrement des souches, mise en collection, Identification taxonomique (phénotypique et/ou moléculaire) de souches BIA ou de contaminants de produits alimentaires, Caractérisation de la diversité intra-spécifique de BIA, Lyophilisation, Caractérisation "à façon" de propriétés technologique de BIA, Dépôt fermé.

# PS-DOC-1 : MAITRISE DE LA GESTION DES DONNEES ET DES MOYENS DE COMMUNICATION

## DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus vient en support des processus opérationnels : la bonne gestion du système informatique et des outils dédiés garantissant la maîtrise des données, de l'information et de la documentation.

## FINALITES DU PROCESSUS

Maîtriser la documentation du système de management de la qualité, le stockage des données générées ou utilisées par les processus opérationnels ou support, les outils de communication du CIRM-BIA (http://www6.inra.fr/cirm) ainsi que les outils permettant la gestion des données associées aux souches et leur affichage sur le catalogue en ligne (Logiciel Stock, Base de données souches, ...).

# PS-MAT-1 : MAITRISER L'INFRASTRUCTURE

## DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'ensemble des équipements (hors matériel informatique), des consommables, réactifs et milieux de culture mis en œuvre dans les activités telles que :

* La gestion des achats de consommables et équipement (identification du besoin), l'étude de marché et la mise en concurrence

* La gestion des stocks de consommables

* La fabrication des milieux de culture

* La maintenance et la métrologie des équipements

* L'entretien des locaux

* La gestion des déchets et des matériels hors service.

## FINALITES DU PROCESSUS

Venir en soutien des processus opérationnels en garantissant les moyens matériels pour assurer la conformité du produit et sa mise en œuvre efficace.

# PS-STR-01 : ETABLIR, FAIRE VIVRE LA STRATEGIE

## DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus permet la coordination des processus opérationnels et supports ainsi que leur adéquation afin garantir le bon fonctionnement du CIRM-BIA dans sa globalité au travers des ressources allouées, de la communication, de la stratégie de recherche et de la bonne gestion du système de management de la qualité (SMQ).

## FINALITES DU PROCESSUS

* Garantir les ressources, allouer les moyens nécessaires et communiquer en interne (SMQ) et en externe (parties intéressées du CIRM).

* Orienter la politique qualité, planifier, surveiller et améliorer en continu l'ensemble du système de management de la qualité, pour assurer un fonctionnement optimal de l'entité.

* Définir la stratégie du CIRM-BIA au regard de l'activité collection et des ressources disponible.
<figure><img src="image_55.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAE

<figure><img src="image_56.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

* Communiquer

<table><tr><td>Type</td><td>jeu de données</td></tr><tr><td>Langue</td><td>Français</td></tr><tr><td>Contient des données personnelles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Contient des données sensibles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Prend en compte des aspects éthiques ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Mots clés</td><td><ul><li>bactérie (par type) (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie alimentaire (thesaurus INRAE)</li><li>conservation biologique (thesaurus INRAE)</li><li>conservation de souches (thesaurus INRAE)</li><li>conservation des collections (thesaurus INRAE)</li><li>conservation par le froid (thesaurus INRAE)</li><li>lyophilisation (thesaurus INRAE)</li><li>microbiologie (thesaurus INRAE)</li></ul></td></tr></table>

1.2 Est-ce que des données existantes seront réutilisées ?

Pas concerné

1.3 Comment seront produites/collectées les nouvelles données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 2. DOCUMENTATION ET QUALITE DES DONNEES

2.1 Quelles métadonnées et quelle documentation (par exemple mode d'organisation des données) accompagneront les données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Conservation de souches/Microbiologie/Lyophilisation de souches</td></tr></thead><tbody><tr><td>Documents associés</td><td>La documentation nécessaire est listée dans l'onglet nommé documents associés qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Métadonnées accompagnant le jeu de données</td><td>Les métadonnées sont listées dans l'onglet nommé métadonnées qui se situe dans le fichier nommée "XXX-VVV-RawData" voir ligne du tableau " nomenclature des supports utilisés".</td></tr><tr><td>Mode d'acquisition de données</td><td>Manuel</td></tr><tr><td>Support</td><td>1- Cahier de laboratoire nommé Lyophilisation<br>2-Tableau suivi Lyophilisation<br>3- Biolomics</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br/>2-.xls<br/>3-.pdf.csv.xls</td></tr><tr><td>Nomenclature des supports utilisés</td><td>1- Dans le cahier d'analyse, sous chaque nouvelle date sera mentionné le numéro de l'activité - les 3 premières lettres de l'acronyme de l'activité XXX-VVV, puis le numéro CIRM-BIA des souches concernées<br/>Exemple: 10/01/2023 Conservation-LYOPH CIRM-BIA1, CIRM-BIA2, ...<br/>2- Numéro de la souche<br/>3- Module stock</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Serveur/STLO/CIRM-BIA<br/>3- Serveur Biolomics</td></tr><tr><td>Outils nécessaires pour lire les données</td><td>1-/<br/>2- pack office<br/>3- Logiciel Biolomics</td></tr></table>

## 2.2 Quelles seront les méthodes utilisées pour assurer la qualité scientifique des données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Conservation de souches/Microbiologie/Lyophilisation de souches</td></tr></thead><tbody><tr><td>Processus de contrôle qualité des données</td><td>Processus PS-STR-01</td></tr><tr><td>Contrôle fiabilité des données</td><td>Curation des données par plusieurs membres de l'équipe CIRM-BIA</td></tr></tbody></table>

Les méthodes de collecte ou d'acquisition des données sont décrites dans les processus nommée dans la partie 1.1

## 3. EXIGENCES LEGALES ET ETHIQUES, CODE DE CONDUITE

### 3.1 Quelles seront les mesures appliquées pour assurer la protection des données à caractère personnel ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Conservation de souches/Microbiologie/Lyophilisation de souches</td></tr></thead><tbody><tr><td>Contient des données à caractère personnelles</td><td>Non</td></tr></tbody></table>

### 3.2 Comment les autres questions juridiques, comme la titularité ou les droits de propriété intellectuelle sur les données, seront-elles abordées ? Quelle est la législation applicable en la matière ?

**paragraphe commun voir le produit de recherche I**

### 3.3 Quels sont les aspects éthiques à prendre en compte lors de la collecte des données ?

**paragraphe commun voir le produit de recherche I**

## 4. TRAITEMENT ET ANALYSE DES DONNEES

### 4.1 Comment et avec quels moyens seront traitées les données ?

**paragraphe commun voir le produit de recherche I**
# 5. STOCKAGE ET SAUVEGARDE DES DONNEES PENDANT LE PROCESSUS DE RECHERCHE

## 5.1 Comment les données seront-elles stockées et sauvegardées tout au long du projet ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Conservation de souches/Microbiologie/Lyophilisation de souches</td></tr></thead><tbody><tr><td>Support</td><td>1- Cahier de laboratoire nommé Lyophilisation<br/>2-Tableau suivi Lyophilisation<br/>3- Biolomics</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br/>2-.xls<br/>3-.pdf.csv.xls</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Serveur/STLO/CIRM-BIA<br/>3- Serveur Biolomics</td></tr><tr><td>Accès sécurités</td><td>1- Accès restreint badge<br/>2- Accès restreint (LDAP membre équipe CIRM-BIA)<br/>3- Accès restreint (2 mots de passe)</td></tr></tbody></table>

Les Besoins de stockage et les mesures prises pour la sécurité des données

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# 6. PARTAGE DES DONNEES ET CONSERVATION A LONG TERME

## 6.1 Comment les données seront-elles partagées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 6.2 Comment les données seront-elles conservées à long terme ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# XV. CONSERVATION DE SOUCHES/DEPOT DE SOUCHES/DEPOT CONFIDENTIEL DE SECURITE

## 1. DESCRIPTION DES DONNEES ET COLLECTE OU REUTILISATION DE DONNEES EXISTANTES

### 1.1 Description générale du produit de recherche

Ce produit est intégré dans les processus et la procédure suivant:

### PR-ACT-02: CONSERVATION

L'objectif de cette procédure est de garantir la pérennité de la collection CIRM-BIA, à savoir : maintenir l'intégrité des microorganismes conservés (viabilité) et garantir le maintien de leurs propriétés physiologiques, métaboliques et technologiques.
## DOMAINE D'APPLICATION

Cette procédure couvre l'ensemble des activités et l'organisation nécessaire à la conservation du matériel biologique appartenant à la collection CIRM-BIA et à la vérification de l'intégrité de ce matériel biologique.

## PS-ACT-01 : ACQUERIR, IDENTIFIER ET CONSERVER DES SOUCHES DE BACTERIES D'INTERET ALIMENTAIRE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'intégration au sein du CIRMBIA de bactéries d'intérêt alimentaire isolées à partir de biotopes variés, ou issues de collections établies d'organismes publics ou privés. Il concerne les activités de collecte et acquisition, d'identification, de conservation.

### FINALITES DU PROCESSUS

Enrichir la collection CIRM-BIA, assurer et garantir la qualité des ressources hébergées (identification, pureté, viabilité) et garantir leur pérennité.

## PS-ACT-3 : REALISER DES PRESTATIONS DE SERVICE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à la réalisation de prestations de service pour les communautés scientifiques académiques ou industrielle ainsi qu'à la réalisation de projets de recherche.

### FINALITES DU PROCESSUS

Réaliser des prestations de services ou projets de recherche liés à l'activité de CRB et aux ressources BIA :
Caractérisation d'écosystèmes fermentaires alimentaires, Isolement, dénombrement des souches, mise en collection, Identification taxonomique (phénotypique et/ou moléculaire) de souches BIA ou de contaminants de produits alimentaires, Caractérisation de la diversité intra-spécifique de BIA, Lyophilisation, Caractérisation "à façon" de propriétés technologique de BIA, Dépôt fermé.

## PS-DOC-1 : MAITRISE DE LA GESTION DES DONNEES ET DES MOYENS DE COMMUNICATION

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus vient en support des processus opérationnels : la bonne gestion du système informatique et des outils dédiés garantissant la maîtrise des données, de l'information et de la documentation.

### FINALITES DU PROCESSUS

Maîtriser la documentation du système de management de la qualité, le stockage des données générées ou utilisées par les processus opérationnels ou support, les outils de communication du CIRM-BIA (http://www6.inra.fr/cirm) ainsi que les outils permettant la gestion des données associées aux souches et leur affichage sur le catalogue en ligne (Logiciel Stock, Base de données souches, ...).

## PS-MAT-1 : MAITRISER L'INFRASTRUCTURE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'ensemble des équipements (hors matériel informatique), des consommables, réactifs et milieux de culture mis en œuvre dans les activités telles que :

* La gestion des achats de consommables et équipement (identification du besoin), l'étude de marché et la mise en concurrence

* La gestion des stocks de consommables

* La fabrication des milieux de culture
<figure><img src="image_57.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAE

<figure><img src="image_58.png" /></figure>

Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

* La maintenance et la métrologie des équipements

* L'entretien des locaux

* La gestion des déchets et des matériels hors service.

## FINALITES DU PROCESSUS

Venir en soutien des processus opérationnels en garantissant les moyens matériels pour assurer la conformité du produit et sa mise en œuvre efficace.

## PS-STR-01 : ETABLIR, FAIRE VIVRE LA STRATEGIE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus permet la coordination des processus opérationnels et supports ainsi que leur adéquation afin garantir le bon fonctionnement du CIRM-BIA dans sa globalité au travers des ressources allouées, de la communication, de la stratégie de recherche et de la bonne gestion du système de management de la qualité (SMQ).

## FINALITES DU PROCESSUS

* Garantir les ressources, allouer les moyens nécessaires et communiquer en interne (SMQ) et en externe (parties intéressées du CIRM).

* Orienter la politique qualité, planifier, surveiller et améliorer en continu l'ensemble du système de management de la qualité, pour assurer un fonctionnement optimal de l'entité.

* Définir la stratégie du CIRM-BIA au regard de l'activité collection et des ressources disponibles

* Communiquer

<table><tr><td>Type</td><td>jeu de données</td></tr><tr><td>Langue</td><td>Français</td></tr><tr><td>Contient des données personnelles ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Contient des données sensibles ?</td><td>Non</td></tr><tr><td>Prend en compte des aspects éthiques ?</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Mots clés</td><td><ul><li>bactérie (par type) (thesaurus INRAE)</li><li>bactérie alimentaire (thesaurus INRAE)</li><li>conservation biologique (thesaurus INRAE)</li><li>conservation de souches (thesaurus INRAE)</li><li>conservation des collections (thesaurus INRAE)</li><li>conservation par le froid (thesaurus INRAE)</li><li>microbiologie (thesaurus INRAE)</li><li>lyophilisation (thesaurus INRAE)</li><li>identification de souche (thesaurus INRAE)</li></ul></td></tr><tr><td>Mots clés (texte libre)</td><td><ul><li>confidentialité,</li><li>contrat</li></ul></td></tr></table>
## 1.2 Est-ce que des données existantes seront réutilisées ?

les données existantes sur la traçabilité de souches détenues par le déposant ainsi que les données de caractérisation de celles-ci pourront être réutilisées

## 1.3 Comment seront produites/collectées les nouvelles données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 2. DOCUMENTATION ET QUALITE DES DONNEES

### 2.1 Quelles métadonnées et quelle documentation (par exemple mode d'organisation des données) accompagneront les données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Conservation de souches/Dépôt de souches/Dépôt confidentiel de sécurité</td></tr></thead><tbody><tr><td>Documents associés</td><td>Contrat de dépôt et contrat de prestation</td></tr><tr><td>Métadonnées accompagnant le jeu de données</td><td>Voir mots clés 1.1</td></tr><tr><td>Mode d'acquisition de données</td><td>Manuel</td></tr><tr><td>Support</td><td>1- Enregistrement (Dossier Contrat Dépôt papier)<br/>2- Enregistrement informatique<br/>3- Biolomics</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier<br/>2- .pdf et .xls<br/>3- .pdf</td></tr><tr><td>Nomenclature des supports utilisés</td><td>1- Dossier avec N'incrémenté à partir du fichier Excel Synthèse Dépôt<br/>2- Fichier nommé avec le numéro attitré au dépôt - Année - Déposant<br/>Exemple : 95-2023-MICALIS<br/>3- Fichier nommé avec le numéro attitré au dépôt - Année - Déposant<br/>Exemple : 95-2023-MICALIS</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Serveur/STLO/CIRM-BIA<br/>3- Serveur Biolomics</td></tr><tr><td>Outils nécessaires pour lire les données</td><td>1-/<br/>2- Pack office<br/>3- Logiciel Biolomics</td></tr></tbody></table>
<figure><img src="image_59.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAE

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Cirm

Bactéries d'intérêt alimentaire

## 2. Quelles seront les méthodes utilisées pour assurer la qualité scientifique des données ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Conservation de souches/Dépôt de souches/Dépôt confidentiel de sécurité</td></tr></thead><tbody><tr><td>Processus de contrôle qualité des données</td><td>Processus PS-STR-01</td></tr><tr><td>Contrôle fiabilité des données</td><td>Curation des données par plusieurs membres de l'équipe CIRM-BIA</td></tr></tbody></table>

Les méthodes de collecte ou d'acquisition des données sont décrites dans les processus nommée dans la partie 1.1

## 3. EXIGENCES LEGALES ET ETHIQUES, CODE DE CONDUITE

### 3.1 Quelles seront les mesures appliquées pour assurer la protection des données à caractère personnel ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Conservation de souches/Dépôt de souches/Dépôt confidentiel de sécurité</td></tr></thead><tbody><tr><td>Contient des données à caractère personnelles</td><td>Oui</td></tr><tr><td>Fiche référentielle INRAE RGPD</td><td>Organisation et Gestion de collections de ressources biologiques (matériel vivant ou inerte)</td></tr><tr><td>Lien Web RGPD</td><td>https://collection-cirmbia.fr/page/GDPR-RGPD</td></tr></tbody></table>

### 3.2 Comment les autres questions juridiques, comme la titularité ou les droits de propriété intellectuelle sur les données, seront-elles abordées ? Quelle est la législation applicable en la matière ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

### 3.3 Quels sont les aspects éthiques à prendre en compte lors de la collecte des données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 4. TRAITEMENT ET ANALYSE DES DONNEES

### 4.1 Comment et avec quels moyens seront traitées les données ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 5. STOCKAGE ET SAUVEGARDE DES DONNEES PENDANT LE PROCESSUS DE RECHERCHE

### 5.1 Comment les données seront-elles stockées et sauvegardées tout au long du projet ?

<table><thead><tr><td>Produit de recherche</td><td>Conservation de souches/Dépôt de souches/Dépôt confidentiel de sécurité</td></tr></thead><tbody><tr><td>Support</td><td>1- Enregistrement (Dossier Contrat Dépôt papier)<br/>2- Enregistrement informatique<br/>3- Biolomics</td></tr><tr><td>Format</td><td>1- Papier</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td></td><td>2-.pdf et .xls<br/>3-.pdf</td></tr><tr><td>Lieu de stockage</td><td>1- Bureau CIRM-BIA<br/>2- Serveur/STLO/CIRM-BIA<br/>3- Serveur Biolomics</td></tr><tr><td>Accès sécurités</td><td>1- Accès restreint badge<br/>2- Accès restreint (LDAP membre équipe CIRM-BIA)<br/>3- Accès restreint (2 mots de passe)</td></tr></table>

Les Besoins de stockage et les mesures prises pour la sécurité des données

paragraphe commun voir le produit de recherche I

## 6. PARTAGE DES DONNEES ET CONSERVATION A LONG TERME

### 6.1 Comment les données seront-elles partagées ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

### 6.2 Comment les données seront-elles conservées à long terme ?

paragraphe commun voir le produit de recherche I

# XVI. CONSERVATION DE SOUCHES/DEPOT DE SOUCHES/DEPOT OUVERT

## 1. DESCRIPTION DES DONNEES ET COLLECTE OU REUTILISATION DE DONNEES EXISTANTES

### 1.1 Description générale du produit de recherche

Ce produit est intégré dans les processus et la procédure suivant:

#### PR-ACT-02: CONSERVATION

L'objectif de cette procédure est de garantir la pérennité de la collection CIRM-BIA, à savoir : maintenir l'intégrité des microorganismes conservés (viabilité) et garantir le maintien de leurs propriétés physiologiques, métaboliques et technologiques.

#### DOMAINE D'APPLICATION

Cette procédure couvre l'ensemble des activités et l'organisation nécessaire à la conservation du matériel biologique appartenant à la collection CIRM-BIA et à la vérification de l'intégrité de ce matériel biologique.

#### PS-ACT-01 : ACQUERIR, IDENTIFIER ET CONSERVER DES SOUCHES DE BACTÉRIES D'INTERET ALIMENTAIRE

#### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'intégration au sein du CIRMBIA de bactéries d'intérêt alimentaire isolées à partir de biotopes variés, ou issues de collections établies d'organismes publics ou privés. Il concerne les activités de collecte et acquisition, d'identification, de conservation.

#### FINALITES DU PROCESSUS
Enrichir la collection CIRM-BIA, assurer et garantir la qualité des ressources hébergées (identification, pureté, viabilité) et garantir leur pérennité.

## PS-ACT-2 : DIFFUSER DES SOUCHES A LA COMMUNAUTE SCIENTIFIQUE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à la diffusion des souches de la collection CIRM-BIA à destination des communautés scientifiques et/ou industrielles.

### FINALITES DU PROCESSUS

Diffuser les ressources bactériennes du CIRM-BIA en respectant le standard de qualité « CRB » tel que défini dans les prescriptions de l'OCDE avec le souci constant de satisfaction du client.

## PS-ACT-3 : REALISER DES PRESTATIONS DE SERVICE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à la réalisation de prestations de service pour les communautés scientifiques académiques ou industrielle ainsi qu'à la réalisation de projets de recherche.

### FINALITES DU PROCESSUS

Réaliser des prestations de services ou projets de recherche liés à l'activité de CRB et aux ressources BIA :
Caractérisation d'écosystèmes fermentaires alimentaires, Isolement, dénombrement des souches, mise en collection, Identification taxonomique (phénotypique et/ou moléculaire) de souches BIA ou de contaminants de produits alimentaires, Caractérisation de la diversité intra-spécifique de BIA, Lyophilisation, Caractérisation "à façon" de propriétés technologique de BIA, Dépôt fermé

## PS-DOC-1 : MAITRISE DE LA GESTION DES DONNEES ET DES MOYENS DE COMMUNICATION

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus vient en support des processus opérationnels : la bonne gestion du système informatique et des outils dédiés garantissant la maîtrise des données, de l'information et de la documentation.

### FINALITES DU PROCESSUS

Maîtriser la documentation du système de management de la qualité, le stockage des données générées ou utilisées par les processus opérationnels ou support, les outils de communication du CIRM-BIA (http://www6.inra.fr/cirm) ainsi que les outils permettant la gestion des données associées aux souches et leur affichage sur le catalogue en ligne (Logiciel Stock, Base de données souches, ...).

## PS-MAT-1 : MAITRISER L'INFRASTRUCTURE

### DOMAINE D'APPLICATION

Ce processus s'applique à l'ensemble des équipements (hors matériel informatique), des consommables, réactifs et milieux de culture mis en œuvre dans les activités telles que :

* La gestion des achats de consommables et équipement (identification du besoin), l'étude de marché et la mise en concurrence

* La gestion des stocks de consommables

* La fabrication des milieux de culture

* La maintenance et la métrologie des équipements

* L'entretien des locaux

* La gestion des déchets et des matériels hors service.