Depuis avril 2013, Chargé de projets scientifiques, Responsable de la thématique virologie dans l'Unité pathologie de l'abeille à l'Anses - Laboratoire de Sophia Antipolis :

* Missions de référence dans le cadre des mandats de Laboratoire de référence de l'union européenne et Laboratoire national de référence :

* Développement et validation de tests de diagnostic

* Diagnostic de première intention et de confirmation, sous accréditation Cofrac (norme ISO 17025)

* Organisation d'essais inter-laboratoires d'aptitude selon la norme ISO 17043

* Elaboration et distribution de matériaux de référence

* Missions de recherche :

* Eco-dynamique des virus de l'abeille

* 2018-2023 : Collaboration au projet européen H2020 « PoshBee » (Pan-european assessment, monitoring, and mitigation of stressors on the health of bees)

* 2014-2019 : Collaboration au projet européen FP7 « SmartBees » (Sustainable management of resilient bee populations)

- Encadrement scientifique de thèses d'université :

* 2014 à 2017, projet de thèse du Dr. Marianne Coulon (co-encadrement avec le Dr. Anne Dalmon ; Directeurs de thèse : Dr. R. Thiéry et Dr. Yves Le Conte), cofinancé Anses/INRA, de l'Université d'Avignon et soutenue le 21/12/2017 à l'Université d'Avignon et des Pays de Vaucluse : « Rôle des interactions virus/pesticides dans le déclin des abeilles »

* 2013 à 2016, thèse du Dr. Ibrahim Youssef (Directeurs de thèse : Dr. R. Thiéry et Professeur H. Darbon), cofinancée Anses/Région PACA et soutenue le 15/09/2016 à l'Université Aix Marseille : « Contribution à la mise en place d'un système de génétique inverse pour le virus de la paralysie chronique de l'abeille »

- Maître de stage :

* 2018, encadrant de Madame Marine Dardouri, Licence professionnelle biotechnologie : Génie biologique, histologie, qualité, Université Nice Sophia Antipolis : « Evaluation de la virulence du virus des ailes déformées chez l'abeille domestique (Apis mellifera) »
○ 2014, encadrant de Madame Caroline Reis, Licence Biologie-Environnement, Université Paul Sabatier, Toulouse III : « Distribution du virus de la paralysie chronique de l'abeille (CBPV) dans la ruche »

○ 2014, encadrant de Monsieur Nicolas Cheviron, BTS Biotechnologies, Lycée Jules Ferry à Cannes : « Validation d'une méthode PCR de détection et de quantification du virus de la cellule royale noire (BQCV) »

- Actions d'enseignement :

○ 2018 et 2020, Oniris, Nantes, DIE Apiculture – pathologie apicole : « Les virus et viroses de l'abeille mellifère *Apis mellifera* » (2 h)

○ 2018 et 2020, Oniris, Nantes, Formations supérieures et techniques en apidologie :
« Les virus et viroses de l'abeille mellifère *Apis mellifera* » (2 h)

○ Formation de membres du réseau européen de laboratoires nationaux de référence :

▪ 2017, PCR diagnosis methods for detection, identification and/or quantification of honey bee pathogens (1 jour)

▪ 2019, Honeybee viruses quantification by real-time PCR (5 jours)

- Expertise :

○ Depuis 2020, membre des groupes de suivi abeille de la Plateforme Epidémiosurveillance Santé Animale (ESA) :

▪ Varroa et virus associés

▪ Surveillance en toxicologie et co-facteurs

○ Depuis 2013, membre de la commission U47a « Santé animale » de l'Afnor

○ Depuis 2014, coordinateur du groupe de travail « Méthodes d'analyse en santé animale - Guide de bonnes pratiques pour la mise en œuvre de la PCR en biologie vétérinaire », Afnor :

▪ Norme publiée http://www.afnor.org/: NF U47-600-1 et 2 (7 février 2015)

○ 2016, membre de la commission d'évaluation de l'Unité expérimentale Entomologie, Station du Magneraud, Département Santé des plantes et environnement, INRA Poitou-Charentes, Surgères.
- Membre de jury :

o 2015, vice-président titulaire du jury pour l'examen professionnel d'avancement au grade de technicien de formation et de recherche de classe supérieure, Ministère de l'agriculture de l'agroalimentaire et de la forêt

- Soutien scientifique en transversalité :

o Depuis 2017, coordinateur du groupe de travail interne pour préparer la demande d'accréditation du laboratoire comme organisateur d'essais inter-laboratoires d'aptitudes selon la norme internationale ISO 17043

o 2014 à 2015, coordinateur du groupe de travail interne pour la rédaction du plan qualité d'organisation des essais inter-laboratoires d'aptitude selon la norme internationale ISO 17043

## Recherche et référence en virologie des ruminants

2005 à 2013, Virologiste dans l'Unité de pathologie des ruminants à l'Agence française de sécurité sanitaire de aliments (Afssa) devenue l'Anses - Laboratoire de Sophia Antipolis :

- 2007 à 2013, Responsable du Laboratoire national de référence sur la rhinotrachéite infectieuse bovine (IBR) :

o Missions de référence :

- Contrôles libératoires des réactifs de diagnostic sérologique

- Organisation du suivi de l'exactitude des tests de diagnostic

- Diagnostic sérologique de confirmation sous accréditation Cofrac (norme ISO 17025)

- Organisation d'essais inter-laboratoires d'aptitude

- Elaboration et distribution de matériaux de référence

o Missions de recherche :

- 2011 à 2013, co-coordinateur du projet transversal « Interférence du caprine herpesvirus dans le diagnostic de l'IBR » en collaboration Anses Niort

- 2008 à 2010, Responsable de la station expérimentale (Anses, Sclos-de-Contes) et des projets d'expérimentation sur les petits ruminants :

o Collaboration avec la Faculty of Infectious and Tropical Diseases (Grande-Bretagne) et UMR 1161 (Anses/INRA/ENVA) pour évaluer l'innocuité et l'efficacité
de nouveaux vaccins FCO par l'utilisation de VLP : 27 ovins (4 lots séparés) pendant 3 mois d'expérimentation

○ Collaboration avec le CODA-CERVA (Belgique) et l'UMR 1161 (Anses/INRA/ENVA) pour une tentative d'isolement sur « espèce cible » de la souche BTV-11 du virus de la fièvre catarrhale ovine (FCO), identifiée en Belgique : 2 ovins (1 lot), pendant 2 mois d'expérimentation

o Collaboration avec la Faculty of Infectious and Tropical Diseases (Grande-Bretagne) et UMR 1161 (Anses/INRA/ENVA) pour évaluer l'innocuité et l'efficacité de nouveaux vaccins FCO constitués de virus délétés : 14 ovins (3 lots séparés) pendant 3 mois d'expérimentation

o Collaboration au projet de thèse d'université du Docteur vétérinaire Coraline Bouet (UMR 1161) pour évaluer l'innocuité et l'efficacité d'une nouvelle approche vaccinale contre la FCO par l'utilisation de Cav-2 : 40 ovins (4 lots séparés) pendant 4 mois d'expérimentation

o Collaboration avec la Faculty of Infectious and Tropical Diseases (Grande-Bretagne) et UMR 1161 (Anses/INRA/ENVA) pour évaluer l'innocuité et l'efficacité de nouveaux vaccins FCO par l'utilisation de VLP : 17 ovins (3 lots séparés) pendant 2 mois d'expérimentation

- 2008 à 2010, Chef d'unité pathologie des ruminants (10 agents) :

o 3 équipes : Fièvre Q, Virologie des ruminants et Bactériologie de la mamelle

- 2005 à 2007, Chargé des projets de recherche et d'appui scientifique sur les pestivirus de ruminants :

o Etude de la diversité moléculaire des pestivirus de ruminants

o Diagnostic et organisation d'essais inter-laboratoires d'aptitude

- Encadrement scientifique d'une thèse d'université :

○ 2008 à 2011, thèse du Docteur vétérinaire Claire Martin (Directeurs de thèse : Dr. R. Thiéry, Professeur A. Cupo et Professeur C. Saegerman), cofinancée Afssa/Région PACA et soutenue le 20/12/2011 à l'Université de Nice Sophia-Antipolis - ED85 en cotutelle avec l'Université de Liège : "Pestivirus des ruminants sauvages et domestiques des alpages"
- Maître de stage :

○ 2013, encadrant de Monsieur Johnny Boisset, Licence professionnelle Génie Biologique, Université de Nice-Sophia-A : "Validation de la neutralisation virale croisée pour l'étude des infections à alphaherpesvirus chez la chèvre et le bovin"

○ 2012, encadrant du Dr. vétérinaire Abdenour Kaddour de l'Université Saad Sahlab de Blida (Algérie) : "Epidémiologie de l'IBR en Kabylie"

○ 2012, encadrant de Madame Laura Militano, Licence professionnelle Génie Biologique, Université de Nice-Sophia-A : "Développement et évaluation de la performance d'outils moléculaires de détection de l'herpesvirus caprin de type 1"

○ 2011, co-encadrant de Madame Précilla Nativel, Master 2 professionnel, Université Paul Sabatier, Toulouse III : "Développement d'outils moléculaires pour la caractérisation du virus de l'herpès bovin de type 1 en phase de latence"

○ 2007, encadrant de Madame Léa Carrère, BTSA en productions animales, Lycée agricole de Rodez : "Etude de deux souches de pestivirus (AV et Orlu) chez la brebis"

- Expertise :

○ 2010 à 2013, membre du Groupe de travail « Essais de contrôle des réactifs – Santé animale » de l'Association française pour la normalisation (Afnor)

▪ Normes publiées : NF U47-310 et 311

○ 2007 à 2013, membre du Comité de suivi et d'évaluation de l'Association pour la certification en santé animale (ACERSA)

▪ Participation au groupe de travail pour la rédaction du cahier des charges pour la qualification « BVD : bovin non IPI », de 2008 à 2011

▪ Co-animateur du groupe de travail sur les réactifs de diagnostic de l'IBR de 2007 à 2010

○ 2007 à 2014, membre du groupe de travail « Méthodes d'analyse en santé animale
- Guide de bonnes pratiques pour la mise en œuvre de la PCR en biologie vétérinaire », AFNOR

▪ Norme publiée : NF U47-600-1 et 2 (juin 2011)
- Membre de jury :

o 2012, rapporteur de la thèse de doctorat « Epidemiology of pestivirus infection in pyrenean chamois (Rupicapra pyrenaica pyrenaica) and other wild and domestic ruminants » de Laura Fernández Siera, Facultat de Veterinària – Universitat Autònoma de Barcelona.

o 2007, jury du BTS Biotechnologies dans le cadre de la validation des acquis de l'expérience, Lycée Jules Ferry Cannes

- Soutien scientifique en transversalité :

o 2005 à 2007, caractérisation moléculaire du virus de la paralysie chronique de l'abeille (CBPV)

o 2001, caractérisation moléculaire du virus de la FCO, isolé en Corse

## Recherche en virologie des aliments, de l'eau et de l'environnement

1997 à 2005 : Virologiste dans l'Unité de virologie des aliments et de l'eau au Centre national d'études vétérinaires et alimentaires (Cneva) devenu l'Afssa - Laboratoire de Maisons-Alfort :

- 2003 à 2005, Chef d'unité, fondateur de l'unité de virologie des aliments et de l'eau (7 agents)

- 1997 à 2005, Chargé des projets de recherche en virologie des aliments et de l'eau :

o Projets sous convention avec la Direction Générale de l'Alimentation (S97/21), Détection par PCR et caractérisation des virus entériques contaminant les coquillages

o Projet internes PR-2005-16, Evaluation d'une méthode alternative par filtration pour la recherche des entérovirus dans les eaux de consommation

o Coordinateur de projets scientifiques nationaux dans le cadre du programme «Aliment-Qualité-Sécurité» du ministère chargé de l'agriculture et de la pêche :

- Projet R98/18 "Bases méthodologiques de la surveillance des virus entériques contaminant les denrées végétales"

- Projet R01/04 "Contamination virale des denrées végétales : Evaluation du procédé de lavage des salades destinées à la fabrication des produits de 4ème gamme"
- Participation au projet européen Med-Vet-Net (network on foodborne zoonosis), Food-PCR
  2

- Maître de stage :

o Elèves Ingénieurs (2ème année ENSBANA de Dijon) :

■ 2005, Madame Stéphanie Deruelle : " Caractérisation du protocole de détection par RT-PCR en temps réel, du virus de l'hépatite A (VHA), artificiellement inoculé sur des fruits frais ou congelés"

■ 2004, Madame Nadia Hmila : "Caractérisation d'une méthode de détection et de quantification du génome de virus de l'hépatite A à partir d'eaux de consommation artificiellement contaminées"

■ 2003, Madame Marie Le Calvé : "Evaluation d'une méthode d'élution-concentration par filtration des virus à partir de salades"

o Maîtrise de l'Université de Caen :

■ 2001, Madame Catherine Roquier : "Etude comparative de deux méthodes de purification des virus entériques humains contaminant des huîtres"

o DUT de l'Université Paris XII, IUT génie biologique de Créteil/Vitry :

■ 2004, Monsieur Sébastien Dolphin : "Recherche de contaminations virales sur les salades de 4ème gamme"

■ 2003, Monsieur Jonathan Aboiron : "Recherche de prévalence des marqueurs viraux dans l'eau industrielle de lavage de salades de 4ème gamme"

- Actions d'enseignement :

o 2005, Université de Nantes, Diplôme Inter-Universitaire "Les techniques de génétique moléculaire appliquées à la détection et au typage des microorganismes" : « *Biologie moléculaire et virologie des aliments* » (3 h)

o 2004, Institut Pasteur de Lille, Journée d'actualité en sécurité sanitaire des aliments, le point sur la virologie alimentaire : « *Les méthodes de détection des virus dans les aliments* » (45 min) et « *Vers une réglementation et une normalisation* » (45 min)

o 1999 à 2004, Ecole Nationale Vétérinaire d'Alfort, Certificat d'études approfondies vétérinaires de Gestion de la sécurité et de la qualité des denrées alimentaires, module microbiologie : « *Les virus transmissibles par les aliments* » (3 h/an)
○ 2000 et 2002, Institut National Agronomique Paris-Grignon, Cours supérieur d'alimentation et nutrition humaine "Microbiologie et sécurité des aliments" : « *Virus et aliments* » (2 h/an)

○ 2000, formation continue destiné aux agents des services vétérinaires "Harmonisation des procédures d'inspection des produits de la pêche et des coquillages" : « *Virologie des aliments* » (45 min)

○ 1998, Commission Internationale des Industries Agricoles et Alimentaires, formation continue "Produits de la pêche, maîtrise de l'hygiène et de la sécurité" : « *Les rotavirus et le risque de transmission par les coquillages* » (45 min)

- Expertise :

○ 2007 à 2009, membre du Comité scientifique d'organisation des Journées Francophones de Virologie

○ 2004 à 2007, participation aux travaux du Comité européen de normalisation (Detection of viruses in food) et co-animation d'un Groupe de travail miroir à l'AFNOR

○ 2003 à 2006, membre du groupe d'investigation des toxi-infections alimentaires collectives associées à la contamination virale des denrées et de l'eau de l'Institut de Veille Sanitaire

○ 2000 à 2006, membre du Comité d'experts spécialisé « Microbiologie » de l'Afssa (2 mandats de 3 ans)

▪ 2003 à 2006, membre du groupe de travail "Virus transmissibles à l'homme par voie orale". Rapport d'expertise : « Bilan des connaissances relatives aux virus transmissibles à l'homme par voie orale », février 2007, éditeur Afssa.

▪ 2002 à 2003, participation au groupe de travail "Agriculture biologique". Rapport d'expertise « Evaluation nutritionnelle et sanitaire des aliments issus de l'agriculture biologique », juillet 2003, éditeur Afssa.

○ 2001 à 2005, membre du groupe de travail « Mise en œuvre des mesures de confinement des poliovirus en France, en application de la résolution WHA.52.22 de l'OMS »

1996, Ingénieur contractuel au Laboratoire de Microbiologie Pharmaceutique, Université de Rennes I (post-doctorant) :

- Impact des rejets continentaux sur les gisements de coquillages

- Efficacité du traitement UV sur la contamination virale des eaux épurées
1992 à 1995, Doctorant au Laboratoire de Microbiologie, IFREMER de Nantes :

- Sujet de thèse « Contamination de l'environnement littoral par les rotavirus du groupe A »
(encadrante : Dr. Soizick Le Guyader)

## Recherche en microbiologie de la viande

1991, Stagiaire DEA dans l'Unité de Recherches de Microbiologie, INRA Saint-Genes-de-Champanelle :

- Sujet de stage « Effet de la croissance à basse température sur la composition protéique de *Pseudomonas fragi* K1 » (encadrant : Dr. Michel Hébraud)
Dr. Eric Dubois

Anses, Laboratoire de Sophia Antipolis
105 route des Chappes - CS 20111

06902 Sophia Antipolis

Tél. : 04.92.94.37.00 ; email : eric.dubois@anses.fr

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