# Import des données Znieff en lot : Notice d'utilisation –
Version 1

Mathieu Manceau, Fanny Lepareur

► To cite this version:

Mathieu Manceau, Fanny Lepareur. Import des données Znieff en lot : Notice d'utilisation – Version 1. Patrinat (OFB-MNHN-CNRS-IRD). 2023, 11 p. hal-04429020

HAL Id: hal-04429020

https://hal.science/hal-04429020v1

Submitted on 31 Jan 2024

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# Import des données
Znieff en lot
Notice d'utilisation
Version 1

Mathieu Manceau, Fanny Lepareur

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# PATRINAT

## Centre d'expertise et de données
sur le patrimoine naturel

Un service commun
de l'Office français de la biodiversité,
du Muséum national d'Histoire naturelle,
du Centre national de la recherche scientifique
et de l'Institut pour la recherche et le développement

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

OFB
OFFICE FRANÇAIS
DE LA BIODIVERSITÉ

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

IRD
Institut de Recherche
pour le Développement
FRANCE

Nom du Programme : Inventaire des Znieff

Responsable du programme : Fanny Lepareur

Rédacteur principal : Mathieu Manceau

Chefs des équipes en charge du programme : Yorick Reyjol et Maxime Cammas

Référence du rapport conseillée : Manceau, M. & Lepareur, F. 2023. Import des données Znieff en lot :
Notice d'utilisation – version 1. PatriNat (OFB -MNHN-CNRS-IRD), Paris. 11 pp.
# PatriNat

## Centre d'expertise et de données sur le patrimoine naturel

Dans une unité scientifique associant des ingénieurs, des experts et des spécialistes de la donnée, PatriNat rapproche les compétences et les moyens de ses quatre tutelles que sont l'OFB, le MNHN, le CNRS et l'IRD.

PatriNat coordonne des programmes nationaux d'acquisition de connaissance pour cartographier les écosystèmes, les espèces et les aires protégées, surveiller les tendances de la biodiversité terrestre et marine, répertorier les zones clefs pour la conservation de la nature (Znieff), et produire des référentiels scientifiques et techniques (TaxRef, HabRef, etc.). Ces programmes associent de nombreux partenaires et fédèrent les citoyens à travers des observatoires de sciences participatives (tels que Vigie-Nature, INPN espèces ou Vigie-terre).

PatriNat développe des systèmes d'information permettant de standardiser, partager, découvrir, synthétiser et archiver les données aussi bien pour les politiques publiques (SIB, SINP) que pour la recherche (PNDB) en assurant le lien avec les systèmes internationaux (GBIF, CDDA, etc.)

PatriNat apporte son expertise dans l'interprétation des données pour accompagner les acteurs et aider les décideurs à orienter leurs politiques : production d'indicateurs, notamment pour l'Observatoire national de la biodiversité (ONB) et des livrets de chiffres clés, élaboration des Listes rouges des espèces et écosystèmes menacés, revues systématiques, préparation des rapportages pour les directives européennes, élaboration d'outils de diagnostic de la biodiversité pour les acteurs des territoires, ou encore évaluation de l'efficacité des mesures de restauration. PatriNat organise également l'autorité scientifique CITES pour la France.

L'ensemble des informations (de la donnée brute à la donnée de synthèse) est rendu publique dans les portails NatureFrance, INPN et Compteur BIOM.

En savoir plus : www.patrinat.fr

Direction : Laurent PONCET et Julien TOUROULT
# SOMMAIRE

<table><tr><td>Objet du document</td><td>4</td></tr><tr><td>Contexte</td><td>4</td></tr><tr><td>Méthode pour la transmission des fichiers d'import</td><td>5</td></tr><tr><td>Spécifications</td><td>5</td></tr><tr><td>Informations importantes à considérer</td><td>5</td></tr><tr><td>Fichiers retours et codification des erreurs</td><td>7</td></tr></table>
# Objet du document

L'import des données impose la transmission des données selon un format prédéfini. Ce document spécifie les informations à transmettre.

# Contexte

L'application Znieff permet de créer ou de modifier les informations attributaires des Znieff. Un point d'attention : l'application ne permet actuellement pas de gérer la création ou la modification les informations géographiques qui font l'objet d'une méthode spécifique.

Considérant que les données Znieff sont souvent saisies et bancarisées dans des bases de données externes (ex. BDD des CBN), l'INPN propose une fonction d'import en lot qui permet de transmettre les données sans avoir à les ressaisir et éviter la saisie formulaire par formulaire. Cette fonction d'import a ainsi vocation à simplifier la remontée des données Znieff vers l'application Znieff puis à l'INPN.

Schéma relationnel simplifié des fichiers de l'import :

<figure><img src="image_7.png" /></figure>
# Méthode pour la transmission des fichiers d'import

L'import en lot se déroule hors de l'application Znieff. Les fichiers sont transmis par mail à l'adresse znieff@mnhn.fr.

Suite à la réception, les fichiers vont passer des contrôles de conformités et de cohérences. Les résultats seront transmis par mail sous forme de fichiers CSV avec les données valides et invalides.

Un dernier mail devra nous être envoyé pour confirmer l'import dans la base de données.

# Spécifications

Afin d'optimiser la réussite du chargement des données, nous vous remercions de suivre ces quelques recommandations :

- Le nom du fichier doit être celui de la table à importer. Ex. : PROD_ESPECE.csv

- Les fichiers contenant les données à importer doivent être au format .csv :

- Un fichier csv par table à importer

- Séparateur ; (point-virgule)

- Délimiteur de texte "" (guillemet)

- La première ligne (entête) doit obligatoirement contenir le nom des colonnes en majuscule.

- Les chiffres décimaux sont à enregistrer avec un point et non une virgule

- Les champs obligatoires doivent être présents et remplis (la valeur nulle est acceptée pour les champs Nullable)

- Le type de données doit correspondre au type spécifié pour la colonne (un champ de type numérique ou entier ne pourra accepter de valeur de type texte (lettre ou ponctuation)).

- Numérique : Valeur numérique (Exemple : 10.5)

- Entier : Valeur numérique entier (Exemple : 9)

- Texte : Chaîne de caractères avec une taille prédéfinie spécifiée entre parenthèses.

- Les fichiers doivent être empaquetés dans un .zip portant le nom que vous souhaitez

# Informations importantes à considérer

Lorsqu'une donnée est présente dans la base de données, celle-ci sera alors mise à jour dans son intégralité, toutes les anciennes valeurs seront remplacées. Il est donc recommandé transmettre uniquement les lignes avec une modification.

Dans le cas où les champs facultatifs sont absents, la valeur en base de données sera conservée. Il est recommandé de fournir les champs facultatifs en cas de modification d'une valeur.

En cas d'absence du champ FG_SUPP (flag de suppression) ou de présence de la valeur nulle, la valeur false sera utilisé par défaut.

## Pour le fichier PROD_ZNIEFF

- Le volet (terrestre / marin), le type (1/2) et le code INSEE de la région de la Znieff ne sont pas modifiables par l'import. Ils sont utilisés uniquement pour la création d'une nouvelle Znieff.
- L'import permet la création de nouvelles Znieff avec le module d'import. Il est recommandé de choisir un code NM_SFFZN dans un format différent de celui généré par l'application. Les champs suivants sont obligatoires : VOLET_ZNIEFF, CODE_REG, LB_ZN, CD_METHODODO, TY_ZONE, LB_REDAC

## Pour le fichier PROD_SOURCE

- Seules les colonnes URL_SOURCE et NOM_FICHIER_ORIGINE sont modifiables.

- La modification des autres colonnes va créer une nouvelle source.

- Les corrections (orthographe, encodage...) de sources passent par des demandes dédiées.

## Pour le fichier PROD TYPO et PROD TYPO_INFO

- Les 2 fichiers sont demandés pour la modification ou l'ajout d'un habitat. L'ensemble des champs sont obligatoires.

- La clé de jointure entre les fichiers sur les habitats est l'identifiant de la Znieff (NM_SFFZN) et le champ CD_HAB_OB (correspondant au code de l'habitat obligatoire).

- Pour les Znieff continentales de métropole :

- La typologie EUNIS et Corine Biotope sont obligatoires (Nécessité applicative).

- La modification d'un habitat avec uniquement la typologie Corine Biotope comme typologie obligatoire en base demande l'ajout d'un CD_HAB de la typologie EUNIS et l'utilisation du CD_HAB de la typologie Corine Biotope comme CD_HAB_OB.

- L'ajout d'un habitat peut modifier la valeur de NB_PROSPECT de la table PROD_PROSPECTION à 1 (Faible) par défaut si cette dernière est égale à 0 (nulle) ou 4 (sans objet). Cette modification est réalisée lors de l'écriture en base. Il n'apparait pas dans le fichier retour.

- L'ajout d'un habitat déterminant peut ajouter (en cas d'absence en base) ou modifier (en cas de suppression FG_SUPP = true) un intérêt. Cette modification est réalisée lors de l'écriture en base. Il n'apparait pas dans le fichier retour.

L'import en lot ne gère pas la modification d'un CD_HAB et la suppression (FG_SUPP = true) d'un habitat ou d'une information en lien avec un habitat ne respectant pas la méthode. Il faut passer par des demandes dédiées pour réaliser la modification.

## Pour le fichier PROD_ESPECE / PROD_ESPECE_INFO

- La clé de jointure entre les fichiers sur les espèces est l'identifiant de la Znieff (NM_SFFZN) et le champ CD_NOM.

- Les 2 fichiers ne sont pas obligatoires sauf pour l'ajout d'une nouvelle espèce.

- Le contrôle méthodologique est le même pour les 3 flags : Espèces déterminantes, Autres espèces à enjeux et Autres espèces. Il est obligatoire d'avoir une source et une année d'observation pour valider une espèce.

- L'ajout d'une espèce peut modifier la valeur de NB_PROSPECT du groupe taxonomique de la table PROD_PROSPECTION à 1 (Faible) par défaut si cette dernière est égale à 0 (nulle) ou 4 (sans objet). Cette modification est réalisée lors de l'écriture en base. Il n'apparait pas dans le fichier retour.

- L'ajout d'une espèce déterminante peut ajouter (en cas d'absence en base) ou modifier (en cas de suppression FG_SUPP = true) un intérêt. Cette modification est réalisée lors de l'écriture en base. Il n'apparait pas dans le fichier retour.

L'import en masse ne gère pas la modification d'un CD_NOM et la suppression (FG_SUPP = true) d'une espèce ou d'une information en lien avec une espèce ne respectant pas la méthode. Il faut passer par des demandes dédiées pour réaliser la modification.

## Pour le fichier PROD_ESPECE TYPO

- Il y a un seul fichier.
- La clé de jointure avec le fichier ou la base de données sur les habitats est l'identifiant de la Znieff (NM_SFFZN) et le champ CD_HAB_OB (correspondant au code de l'habitat obligatoire).

- La clé de jointure avec le fichier ou la base de données sur les espèces est l'identifiant de la Znieff (NM_SFFZN), le champ CD_NOM et le champ STATUT_BIO_ESP.

## Pour le fichier PROD_ACTIVITE_HUMAINE

- Les valeurs 9 (Urbanisation discontinue, agglomération) et 10 (Urbanisation continue, centre urbain) du champ CD_ACTIVITE_HUMAINE ne sont pas compatibles. En cas de présence de l'une de ces valeurs en base et l'autre dans le fichier, la valeur en base est supprimée (FG_SUPP = true). Cette modification est réalisée lors de l'écriture en base. Il n'apparait pas dans le fichier retour.

- Les valeurs 9 et 10 sont considérées comme identiques pour le contrôle des doublons.

- C'est le même cas pour la valeur 0 (Pas d'activité marquante) qui n'est pas compatible avec les autres valeurs.

## Pour le fichier PROD_HYDROLOGIE

- Chaque catégorie est représentée qu'une seule fois avec une donnée non supprimée (FG_SUPP = false). Si une autre valeur est déjà en base alors cette dernière est supprimée (FG_SUPP = true). Cette modification est réalisée lors de l'écriture en base. Il n'apparait pas dans le fichier retour.

- Le contrôle des doublons se base sur les catégories.

## Pour le fichier PROD_PROSPECTION

- En cas de modification du champ NB_PROSPECT avec la valeur de 0 alors que le groupe taxinomique ou l'habitat sont présents (en base ou dans les fichiers PROD_ESPECE / PROD TYPO) alors la modification n'est pas prise en compte. Cette modification est réalisée lors de l'écriture en base. Il n'apparait pas dans le fichier retour.

## Pour le fichier PROD_INTERET

- Un intérêt ne peut pas être supprimé (FG_SUPP = true) si un habitat déterminant ou une espèce déterminante sont renseignés dans le formulaire. Cette modification est réalisée lors de l'écriture en base. Il n'apparait pas dans le fichier retour.

L'import ne permet pas l'ajout ou la mise à jour de la table HABSP.

# Fichiers retours et codification des erreurs

En retour des demandes d'intégration, une archive vous sera retournée avec les champs d'origine, les champs créés pendant le processus et les résultats des contrôles.

Ils seront accompagnés d'un fichier IMPORT.CSV. Il indique l'état des différents fichiers transmis (Contrôle terminé / Import bloqué) et le résumé des contrôles (Nombre de données valides/invalides).
Codes erreurs

<table><thead><tr><th>Champ</th><th>Description</th><th>Code</th><th>Détail</th></tr></thead><tbody><tr><td rowspan="2">ST_VALIDE</td><td rowspan="2">Statut de validité de la ligne</td><td>10</td><td>La donnée est valide</td></tr><tr><td>20</td><td>La donnée est invalide</td></tr><tr><td rowspan="2">CT_CONF_OBLIGATOIRE</td><td rowspan="2">Contrôle de la présence des champs obligatoires</td><td>10</td><td>Tous les champs sont présents</td></tr><tr><td>20</td><td>Absence d'au moins un champ</td></tr><tr><td rowspan="2">CT_NM_SFFZN ou CT_NM_SFFZN...</td><td rowspan="2">Contrôle de l'identifiant de la Znieff dans la base de données ou dans le fichier PROD_ZNIEFF</td><td>10</td><td>L'identifiant est valide</td></tr><tr><td>20</td><td>L'identifiant n'a pas été trouvé</td></tr><tr><td rowspan="2">CT_NM_SFFZN PARENT</td><td rowspan="2">Contrôle de l'identifiant parent de la Znieff dans la base de données ou dans le fichier PROD_ZNIEFF</td><td>10</td><td>L'identifiant est valide</td></tr><tr><td>20</td><td>L'identifiant parent n'a pas été trouvé, la Znieff parente n'est pas de type 2 ou la Znieff n'est pas de type 1</td></tr><tr><td rowspan="2">CT_SOURCE</td><td rowspan="2">Contrôle de l'identifiant de la source dans la base de données ou dans le fichier PROD_SOURCES</td><td>10</td><td>L'identifiant est valide</td></tr><tr><td>20</td><td>L'identifiant n'a pas été trouvé</td></tr><tr><td rowspan="2">CT_CONF_SOURCE</td><td rowspan="2">Contrôle de conformité de la source :<br/>- Pour les sources de type bibliographique (B), l'auteur, le libellé et l'année de publication sont obligatoires<br/>- Pour les autres types de sources, l'auteur est obligatoire et l'année et le libellé doivent être nuls</td><td>10</td><td>La règle est respectée</td></tr><tr><td>20</td><td>La règle n'est pas respectée</td></tr><tr><td rowspan="2">CT_DOUBLON</td><td rowspan="2">Contrôle de présence de doublons dans le fichier</td><td>10</td><td>La donnée est unique</td></tr><tr><td>20</td><td>La donnée est en double</td></tr><tr><td rowspan="2">CT_TAILLE_... (Nom du champ contrôlé)</td><td rowspan="2">Contrôle du nombre de caractères des valeurs du champ</td><td>10</td><td>Le nombre de caractères est inférieur à la limite du champ</td></tr><tr><td>20</td><td>Le nombre de caractères est supérieur à la limite du champ</td></tr><tr><td rowspan="2">CT_NOTNULL_... (Nom du champ contrôlé)</td><td rowspan="2">Contrôle de la présence des valeurs du champ</td><td>10</td><td>La valeur n'est pas nulle</td></tr><tr><td>20</td><td>La valeur est nulle</td></tr><tr><td>CT_NOMEN_... (Nom du champ contrôlé)</td><td>Contrôle de la valeur du champ par rapport à la nomenclature associée</td><td>0</td><td>Le contrôle n'est pas réalisable (Voir le champ de contrôle de l'identifiant de la Znieff - CT_NM_SFFZN)</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td></td><td></td><td>10</td><td>La valeur est présente dans la nomenclature</td></tr><tr><td></td><td></td><td>20</td><td>La valeur n'est pas présente dans la nomenclature</td></tr><tr><td>CT_INT_... (Nom du champ contrôlé)</td><td>Contrôle si le type est un entier pour la valeur du champ</td><td>10</td><td>La valeur est un entier</td></tr><tr><td></td><td></td><td>20</td><td>La valeur n'est pas un entier</td></tr><tr><td>CT_CONF_ALT_...</td><td>Contrôle de conformité des champs de l'altitude</td><td>10</td><td>La valeur est valide</td></tr><tr><td></td><td></td><td>20</td><td>La valeur est invalide (Présence d'une valeur pour une Znieff marine)</td></tr><tr><td>CT_CONF_PROF_...</td><td>Contrôle de la non présence de valeurs pour les champs de la profondeur pour le volet terrestre des Znieff</td><td>10</td><td>La valeur est valide</td></tr><tr><td></td><td></td><td>20</td><td>La valeur est invalide (Présence d'une valeur pour une Znieff terrestre)</td></tr><tr><td>CT_COH_ALT ou CT_COH_PROF</td><td>Contrôle de la cohérence entre les valeurs d'altitude ou de profondeur</td><td>10</td><td>Les valeurs sont cohérentes entre elles</td></tr><tr><td></td><td></td><td>20</td><td>Les valeurs ne sont pas cohérentes entre elles</td></tr><tr><td>CT_CONF_DELIMITATION</td><td>Contrôle de la présence d'au moins l'une des valeurs suivantes : 1 et 2 dans le fichier ou dans la base</td><td>0</td><td>Le contrôle n'est pas réalisable (Voir le champ de contrôle de l'identifiant de la Znieff - CT_NM_SFFZN)</td></tr><tr><td></td><td></td><td>10</td><td>Présence d'au moins l'une des valeurs</td></tr><tr><td></td><td></td><td>20</td><td>Absence des 2 valeurs</td></tr><tr><td>CT_ANNEE_... (Nom du champ contrôlé)</td><td>Contrôle si la valeur du champ est bien une année</td><td>10</td><td>La valeur est une année</td></tr><tr><td></td><td></td><td>20</td><td>La valeur n'est pas une année</td></tr><tr><td>CT_COH_ANNEE</td><td>Contrôle de la cohérence entre les années</td><td>10</td><td>Les années sont cohérentes entre elles</td></tr><tr><td></td><td></td><td>20</td><td>Les années ne sont pas cohérentes entre elles</td></tr><tr><td>CT_COH_ANNEE_BASE</td><td>Contrôle de l'année supérieure par rapport à celle en base de données</td><td>10</td><td>L'année supérieure est égale ou supérieure à celle de la base de données</td></tr><tr><td></td><td></td><td>20</td><td>L'année supérieure est inférieure à celle de la base de données</td></tr><tr><td>CT_TAXREF_CD_NOM</td><td>Contrôle du CD_NOM par rapport à la version en cours de TaxRef</td><td>10</td><td>La valeur est présente dans TaxRef</td></tr><tr><td></td><td></td><td>20</td><td>La valeur n'est pas présente dans TaxRef</td></tr></table>
<table><tr><td>CT_COH_ESPECE</td><td>Contrôle de l'existence du couple NM_SFFZN et CD_NOM<br/>- Pour le fichier PROD_ESPECE, le contrôle se fait par rapport au fichier PROD_ESPECE_INFO et la base de données<br/>- Pour le fichier PROD_ESPECE_INFO, le contrôle se fait par rapport au fichier PROD_ESPECE et la base de données<br/>Pour le fichier PROD_ESPECE_TYPO le contrôle se fait par rapport au fichier PROD_ESPECE et la base de données</td><td>10<br/>20</td><td>Le couple est valide<br/>Le couple est invalide</td></tr><tr><td>CT_CONF_ESPECE</td><td>Contrôle de conformité de l'espèce<br/>Présence de l'année supérieure et de la source pour les A : autre espèce ; E : autre espèce à enjeux ; D : déterminante ; C : confidentielle.</td><td>10<br/>20</td><td>La règle est respectée<br/>La règle n'est pas respectée</td></tr><tr><td>CT_HABREF_CD_HAB_OB</td><td>Contrôle du CD_HAB obligatoire par rapport à la version en cours de HabRef</td><td>10<br/>20</td><td>La valeur est présente dans HabRef<br/>La valeur n'est pas présente dans HabRef</td></tr><tr><td>CT_HABREF_CD_HAB</td><td>Contrôle des autres CD_HAB par rapport à la version en cours de HabRef</td><td>10<br/>20</td><td>La valeur est présente dans HabRef<br/>La valeur n'est pas présente dans HabRef</td></tr><tr><td>CT_HABREF_CD_TYPO_OB</td><td>Contrôle de la présence des 2 typologies obligatoires (EUNIS et Corine biotope) pour les Znieff terrestres de métropole</td><td>0<br/>10<br/>20</td><td>Le contrôle n'est pas réalisable (Voir le champ de contrôle de l'identifiant de la Znieff - CT_NM_SFFZN)<br/>Les 2 typologies sont présentes<br/>Au moins l'une des typologies est absente</td></tr><tr><td>CT_HABREF_CD_HAB_OB_COH</td><td>Contrôle de la cohérence entre le champ CD_HAB_OB et le champ CD_HAB</td><td>0<br/>10<br/>20</td><td>Le contrôle n'est pas réalisable (Voir le champ de contrôle de l'identifiant de la Znieff - CT_NM_SFFZN)<br/>La valeur du CD_HAB_OB est présent dans le champ CD_HAB<br/>La valeur du CD_HAB_OB est absent dans le champ CD_HAB</td></tr><tr><td>CT_COH_TYPO</td><td>Contrôle de l'existence du couple NM_SFFZN et CD_HAB_OB</td><td>10</td><td>Le couple est valide</td></tr></table>
<table><tr><td></td><td>- Pour le fichier PROD TYPO, le contrôle se fait par rapport au fichier PROD TYPO INFO<br/>- Pour le fichier PROD TYPO INFO, le contrôle se fait par rapport au fichier PROD TYPO<br/>- Pour le fichier PROD ESPECE TYPO le contrôle se fait par rapport au fichier PROD TYPO et la base de données</td><td>20</td><td>Le couple est invalide</td></tr><tr><td>CT_CONF TYPO</td><td>Contrôle de conformité de l'habitat<br/>- Présence de l'année supérieure et de la source pour les A : autre habitat ; D : déterminant ; P : périphérique</td><td>10<br/>20</td><td>La règle est respectée<br/>La règle n'est pas respectée</td></tr><tr><td>CT_HABREF CD HAB G</td><td>Contrôle de l'absence d'erreurs pour un habitat par rapport aux différentes typologies</td><td>0<br/>10<br/>20</td><td>Le contrôle n'est pas réalisable (Voir le champ de contrôle de l'identifiant de la Znieff - CT NM SFFZN)<br/>L'ensemble de typologie de l'habitat est valide<br/>L'ensemble de typologie de l'habitat est invalide</td></tr></table>
<figure><img src="image_8.png" /></figure>
PatriNat (OFB-MNHN-CNRS-IRD)
Centre d'expertise et de données sur le patrimoine naturel

Jardin des Plantes
CP41 - 36 rue Geoffroy Saint-Hilaire
75005 Paris

www.patrinat.fr

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Droit et Justice

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OFB
OFFICE FRANÇAISE
DE LA BIOMÉDÉXITE

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