# Qualité du signalement des publications dans l'archive ouverte HAL au sein de deux bibliothèques scientifiques d'unités mixtes de recherche

## Anaïs Durivault

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Anaïs Durivault. Qualité du signalement des publications dans l'archive ouverte HAL au sein de deux bibliothèques scientifiques d'unités mixtes de recherche. Sciences de l'environnement. 2020. hal-03882610

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Submitted on 2 Dec 2022

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INRAE- UMR EcoSys et Agronomie

Site AgroParisTech

78850 THIVERVAL-GRIGNON

Université Paris Ouest Nanterre La Défense

Institut Universitaire de Technologie de Ville d'Avray

Département Information-Communication

Pôle Métiers du Livre

11 Avenue Pozzo di Borgo

92210 SAINT-CLOUD

MEMOIRE DE STAGE DE 2ᵉ ANNEE

Du 18 mai au 24 juillet 2020

## QUALITE DU SIGNALEMENT DES PUBLICATIONS DANS L'ARCHIVE OUVERTE HAL AU SEIN DE DEUX BIBLIOTHEQUES SCIENTIFIQUES D'UNITES MIXTES DE RECHERCHE

### DURIVAULT Anaïs

2ᵉ année DUT Information-Communication

Option Métiers du Livre
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INRAE- UMR EcoSys et Agronomie

Site AgroParisTech

78850 THIVERVAL-GRIGNON

Université Paris Ouest Nanterre La Défense

Institut Universitaire de Technologie de Ville d'Avray

Département Information-Communication

Pôle Métiers du Livre

11 Avenue Pozzo di Borgo

92210 SAINT-CLOUD

MEMOIRE DE STAGE DE 2ᵉ ANNEE

Du 18 mai au 24 juillet 2020

## QUALITE DU SIGNALEMENT DES PUBLICATIONS DANS L'ARCHIVE OUVERTE HAL AU SEIN DE DEUX BIBLIOTHEQUES SCIENTIFIQUES D'UNITES MIXTES DE RECHERCHE

### DURIVAULT Anaïs

2ᵉ année DUT Information-Communication

Option Métiers du Livre
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Remerciements

Je souhaite remercier l'ensemble des équipes des UMR EcoSys et Agronomie du Centre de recherche INRAE de Versailles-Grignon, qui m'ont accueillie et accompagnée de leur mieux malgré les conditions sanitaires et l'obligation de télétravailler en début de stage.

Je remercie tout particulièrement Mme Pavlidès, mon maître de stage, et Mr Bône, qui a co-encadré le stage à ses côtés, pour leur soutien, leur présence et leurs conseils qui m'ont été d'une aide précieuse.

Je remercie également Mme Fanucci-Malacrida, gestionnaire à l'UMR Agronomie, qui a beaucoup œuvré pour l'avancement de mon dossier, qui a nécessité de nombreuses reprises et donc un suivi plus complexe.

Par ailleurs, merci aux Directrices des Unités EcoSys et Agronomie, Mmes Valentin-Morison et Houot, pour leur appui et pour m'avoir acceptée comme stagiaire au sein de leurs équipes.

Enfin, je souhaite remercier Mme Amar, ma tutrice du Pôle Métiers du Livre, pour son accompagnement et son écoute, qui a su tout particulièrement me rassurer quant à ce stage effectué dans des conditions quelque peu spéciales.
# Sommaire

Introduction 9

Partie I : L'environnement du stage 11

1. INRAE : une institution nouvelle, une histoire ancienne 11

1.1. Une structure issue de la fusion de deux organismes 11

1.2. L'INRA : une institution datant de 1946 11

1.3. L'IRSTEA 12

1.4. INRAE aujourd'hui : organisation et chiffres-clés 12

2. Focus sur l'Ile-de-France et le site de Grignon 13

2.1. Le Centre INRAE Versailles-Grignon 13

2.2. AgroParisTech et le campus de Grignon 13

2.3. Le futur déménagement au sein du site de Palaiseau 14

2.4. L'Université Paris-Saclay 15

3. Focus sur deux laboratoires de recherche, lieux de mon stage 15

3.1. Qu'est-ce qu'une UMR ? 15

3.2. EcoSys : une nouvelle Unité créée en 2015 16

3.3. L'UMR Agronomie 16

3.4. Le Département scientifique AgroEcosystem 17

3.5. Les bibliothèques de recherche d'EcoSys et d'Agronomie 17

PARTIE II : Mes activités au cours du stage, et leur contexte 21

1. La Qualité 21

1.1. Qu'est-ce qu'une démarche Qualité ? 21

1.2. La Qualité à INRAE 21

1.3. La Qualité dans le Département INRAE AgroEcosystem 22

1.4. La Qualité dans les UMR Agronomie et EcoSys 23

1.5. Mes activités dans le cadre de cette démarche Qualité des deux UMR 24

2. L'Information Scientifique et Technique (IST) 25

2.1. Qu'est-ce que l'IST ? 25

2.2. L'IST à INRAE et à AgroParisTech 25

3. Le Libre accès et les Archives ouvertes 28

3.1. Qu'est-ce que l'Open Access ? 28

3.2. HAL, une Archive Ouverte nationale 30
3.3. Qu'en est-il du libre accès à INRAE ? 32

3.4. Prodinra : une archive ouverte pour l'INRA (2006-2020) 34

3.5. Le nouveau portail HAL-INRAE 36

3.6. La migration de Prodinra vers HAL-INRAE 36

4. Les publications des UMR Agronomie et EcoSys 38

4.1. Les types de publications scientifiques 38

4.2. La collecte de nouvelles références : recherches et alertes 39

4.3. La gestion bibliographique des publications sous Zotero et EndNote 42

4.4. La valorisation : le signalement des publications dans HAL 44

4.5. La valorisation : d'autres signalements pour les publications EcoSys 47

4.6. Le bilan des publications récentes : quelques indicateurs 48

Bilan du stage 54

Pour conclure 55

Bibliographie 57

ANNEXES

Annexe 1 Planning du stage

Annexe 2 Fiche processus « Gérer les publications et documents externes » - UMR EcoSys

Annexe 3-1 Trame Fiche Matériels - UMR Agronomie

Annexe 3-2 Trame Fiche Mode opératoire - UMR Agronomie

Annexe 4-1 Fiche Comment Déposer dans HAL-INRAE ?

Annexe 4-2 Fiche Modifier un dépôt dans HAL

Annexe 5-1 Bilan des publications UMR Agronomie (2018-2020/07)

Annexe 5-2 Bilan des publications UMR EcoSys (2018-2020/07)

Annexe 6-1 Analyse des articles à comité de lecture UMR Agronomie (2018-2019)

Annexe 6-2 Analyse des articles à comité de lecture UMR EcoSys (2018-2019)

Annexe 7 Liste des articles à comité de lecture Agronomie (2018-2020/07)

Résumé
Introduction

Mon stage de fin de DUT Information-Communication option Métiers du Livre s'est
effectué au sein des bibliothèques scientifiques de deux Unités Mixtes de Recherche INRAE
à Thiverval-Grignon dans les Yvelines : l'UMR EcoSys, dont la bibliothèque est tenue par
Marina Pavlidès, et l'UMR Agronomie, dont Alain Bône dirige la bibliothèque. J'ai donc passé
dix semaines au sein de ces structures, une durée légèrement réduite au regard de ce qui
était prévu initialement, dont la moitié en télétravail à cause de la situation sanitaire du pays
pendant cette période. Après avoir contacté la responsable de la bibliothèque EcoSys en
juillet 2019, une réponse favorable de sa part m'est rapidement parvenue. Il fallait cependant
que le financement du stage soit validé, c'est pourquoi je n'ai eu la réponse définitive qu'en
janvier 2020.

Désirant découvrir une autre catégorie de bibliothèque et allier mon intérêt pour les
sciences à mon futur métier, ce stage s'est révélé être une très bonne opportunité pour
apprendre des méthodes de travail totalement différentes de celles qui ont cours en
bibliothèque municipale ou en médiathèque, ainsi que des outils informatiques qui me seront
très utiles par la suite (Zotero pour créer des bibliographies, Google Scholar pour effectuer
de la veille informationnelle...). L'objectif pour moi était donc essentiellement d'améliorer
mes compétences en informatique et d'acquérir des connaissances qui me paraissent
indispensables pour évoluer dans le monde de l'information actuel : Open Access et archives
ouvertes, gestion de bases de données...

Durant ce stage, j'ai donc eu l'occasion de réaliser une multitude de tâches. Effectué
principalement à distance, il m'a également permis de gagner énormément en autonomie et
en capacité d'organisation, bien que j'aie toujours pu compter sur l'aide de la documentaliste
qui m'encadrait principalement, qui était très disponible pour répondre à mes questions.

Mes tâches ont tourné en majorité autour de l'archive HAL et de la migration de
l'archive Prodinra au sein du portail HAL-INRAE : import de nouvelles références ; repérage
de doublons qui ont pu apparaître étant donné que des documents affiliés aux UMR EcoSys
et Agronomie étaient déjà présents dans le « HAL générique » ; rédaction de fiches
méthodes pour le dépôt, collecte de nouvelles références ; établissement de bilans en début
et fin de stage....
Il s'agissait d'une action de type Qualité mise en place autour des publications des UMR Agronomie et EcoSys, en se focalisant sur celles publiées entre 2018 et 2020. Les objectifs étaient multiples : signaler de façon accrue et de meilleure qualité ces publications, contribuer au développement de l'Open Access à travers HAL au sein des deux Unités et anticiper les évaluations des UMR de 2023.

J'ai voulu construire ce mémoire en deux parties distinctes :

Dans la première partie de ce rapport, je m'attache à présenter l'institution de recherche (l'INRA, devenu INRAE au 1er janvier 2020), le site de Grignon, les deux UMR et leurs bibliothèques au sein desquelles j'ai travaillé, l'environnement de mon stage.

Dans la deuxième partie, je décris le contexte de mon travail, quel a été mon rôle et comment j'ai rempli les missions qui m'ont été confiées. J'ai repris chacune de mes tâches et leur contexte, pour les rattacher à un cadre plus général : par exemple le fait de réaliser des fiches Qualité m'amène à traiter plus globalement du sujet de la démarche Qualité, de son histoire, de ce qui se fait à INRAE et dans les UMR où j'ai travaillé par rapport à cette question.

Quelques documents sont enfin présentés en Annexes (dont le planning du stage en Annexe 1), suite au bilan du stage et à la bibliographie.
# PARTIE I : L'environnement du stage

## 1. INRAE : une institution nouvelle, une histoire ancienne

### 1.1. Une structure issue de la fusion de deux organismes

En février 2018, l'INRA et l'IRSTEA ont été chargés par les Ministères chargés de l'agriculture et de la recherche de présenter un plan afin de rapprocher leurs deux instituts, ce qui a donné naissance le 1er janvier 2020 à INRAE : l'Institut National de Recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement.

### 1.2. L'INRA : une institution datant de 1946

L'INRA (Institut National de la Recherche Agronomique) est un EPST, ce qui signifie un Etablissement Public à caractère Scientifique et Technique. Cette institution est sous la double tutelle du Ministère chargé de la recherche et du Ministère chargé de l'agriculture. Créée en 1946, au lendemain de la Seconde Guerre mondiale, sa mission a évolué au cours du temps : initialement destinée à enrayer la pénurie alimentaire qui s'étend sur le territoire, en combinant science et technique, son objectif évolue lorsque la France se met à produire de la nourriture en excédent, dès le début des années 1970. Ainsi, au lieu de produire davantage, il faut songer à produire mieux : c'est pourquoi l'institut se concentre alors sur la qualité des aliments et leur valeur ajoutée, en vue notamment de l'exportation.

La dernière étape de l'évolution de l'INRA a lieu à la suite du choc pétrolier de 1973 et de la crise énergétique qui s'amorce. A ce moment-là, l'idée est d'avoir une agriculture autonome, économe, locale et respectueuse de l'environnement.

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

Le logo de l'INRA
de 2013 à 2019

L'INRA avait plusieurs grandes missions, reprises par INRAE : l'institut « Produit, publie et diffuse les connaissances scientifiques résultant de ses travaux de recherche et d'expertise ; Organise, en l'absence de dispositions ou clauses contraires, l'accès libre aux données scientifiques et aux publications ; Concourt à l'élaboration de la politique et de la stratégie nationale et européenne de recherche ; Apporte son concours à l'enseignement
supérieur et à la formation à la recherche et par la recherche dans ses domaines de compétence ; Etablit et met en œuvre des partenariats avec les établissements d'enseignement supérieur et de recherche ; Contribue, par la valorisation de ses compétences, de ses savoir-faire et des résultats de la recherche, à la conception d'innovations technologiques et sociales ; Contribue au développement de la capacité d'expertise scientifique et technologique, conduit des expertises et contribue aux activités de normalisation, en appui aux politiques publiques, aux fondations et associations reconnues d'utilité publique, pour répondre aux enjeux du développement durable ; Participe aux débats qui portent sur la place de la science et de la technologie dans la société ».

Les travaux de recherche de l'INRA se centrent autour de trois domaines interdépendants, que sont l'agriculture, l'alimentation et l'environnement.

En 2018, ce sont 5721 publications de rang A qui ont été produites par l'institut, qui sont des publications faites « dans une revue internationale avec comité de lecture ou « une revue considérée comme de très bon niveau par la communauté dans certaines disciplines ».

## 1.3. L'IRSTEA

De la même manière que l'INRA, l'IRSTEA (Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture) est un EPST spécialisé dans les domaines de l'environnement et de l'agriculture.

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

Anciennement nommé CEMAGREF (jusqu'en 2011), l'Institut est composé de trois Départements scientifiques (Eaux, Ecotechnologies et Territoires) et, comme l'INRA, de plusieurs centres régionaux et unités de recherche.

L'IRSTEA est un organisme beaucoup plus petit en effectif que l'INRA : il compte 1600 personnes, statutaires et contractuelles. Cet Institut produit 400 publications par an dans des revues à comité de lecture, dont 20% en collaboration avec des chercheurs étrangers Il est, comme l'INRA, éclaté en plusieurs centres régionaux et unités de recherche différents, répartis sur tout le territoire (Aix-en-Provence, Bordeaux, Lyon, Grenoble...).

## 1.4 INRAE aujourd'hui : organisation et chiffres-clés

Aujourd'hui, INRAE est le premier organisme mondial spécialisé dans les domaines de l'agriculture, de l'alimentation et de l'environnement. Son but est de les transformer durablement. Pour cela, l'institut peut compter entre autres sur l'appui de 8413 agents titulaires et de 3110 agents contractuels, sur ses 18 Centres et 14 Départements de
recherche, ses 450 partenaires socio-économiques, ses 5 instituts Carnot ou encore son
milliard d'euros de budget annuel. Les instituts Carnot sont des établissements ayant reçu le
label Carnot, organisés en réseaux selon leur spécialité (électronique, chimie et énergie...)
et qui ont la particularité d'effectuer des travaux de recherche scientifique en partenariat
public-privé.

## 2. Focus sur l'Ile-de-France et le site de Grignon

### 2.1. Le Centre INRAE Versailles-Grignon

Le Centre Ile-de-France Versailles-Grignon est donc l'un des 18 centres régionaux INRAE, spécialisé « dans les domaines de la biologie des plantes, de l'agriculture et de l'écologie, de l'alimentation et des aliments ». Ce centre est important car il ne comprend pas moins de 22 unités de recherche, de service ou d'appui et une unité expérimentale (UE) qui gère des parcelles. Ces unités sont établies dans deux sites majeurs, à savoir Versailles et Thiverval-Grignon, ainsi que sur d'autres sites comme Évry, Gif-sur-Yvette, Ivry-sur-Seine, Marne-la-Vallée, Massy et Paris. En tout, ce sont 1400 personnes qui travaillent au sein de ce centre.

95% des chercheurs du Centre INRAE de Versailles-Grignon sont rattachés académiquement à l'Université Paris-Saclay.

Le site de Grignon compte 7 Unités de recherche, dont l'UMR EcoSys et l'UMR Agronomie, qui ont encadré mon stage.

<figure><img src="image_6.png" /><figcaption>Le centre AgroParisTech-INRAE de Thiverval-Grignon
(Unité Agronomie : bâtiment EGER en bas à droite de la photographie)</figcaption></figure>

### 2.2. AgroParisTech et le campus de Grignon

AgroParisTech, « Institut des Sciences et industries du Vivant et de l'Environnement » est un Etablissement public à caractère scientifique, culturel et professionnel (EPCSCP). Cet Institut a 2 missions fondamentales :
- la formation d'ingénieurs agronomes ;

- la production et la diffusion de connaissances (recherche et développement) en partenariat avec des organismes de recherche tels qu'INRAE. AgroParisTech effectue des recherches dans les domaines des « enjeux agricoles, forestiers, alimentaires et environnementaux de demain ».

Il y a huit implantations, dont quatre en Ile-de-France : deux à Paris, une à Grignon, une à Massy.

AgroParisTech a une histoire très ancienne. Cette école est issue de la fusion de trois écoles préexistantes : l'INA P-G, Institut National Agronomique Paris-Grignon, créé en tant que tel en 1971 mais qui remonte dans les faits à 1826 (création de l'institut royal agronomique) ; l'ENGREF, Ecole Nationale du Génie Rural des Eaux et des Forêts, créée en 1965 et issu de la fusion de l'ENEF, Ecole Nationale des Eaux et des Forêts (créée en 1824) et de l'ENGR, Ecole Nationale du Génie Rural (créée en 1919) ; l'ENSIA, Ecole Nationale Supérieure des Industries Agricoles et Alimentaires, créée en 1893.

Le château, le parc et les terres de Grignon, avaient été acquis le 24 juin 1826 par le roi Charles X qui les mit à la disposition de la Société Royale Agronomique de Grignon, en vue d'y installer l'Institution royale Agronomique de Grignon. Cela fait donc deux siècles que l'agronomie est étudiée et fait l'objet de recherches à Grignon.

## 2.3. Le futur déménagement au sein du site de Palaiseau

A l'automne 2022, les quatre sites d'AgroParisTech situés en Ile-de-France (Paris, rue Claude Bernard et Avenue du Maine, Massy et Grignon) ainsi que les UMR INRAE qui leur sont associées à Grignon, Versailles, Paris et Ivry (dont les UMR EcoSys et Agronomie) seront regroupés sur un nouveau site de l'Université Paris-Saclay, à Palaiseau. Le futur campus AgroParisTech-INRA ne rassemblera pas moins de 3500 étudiants, enseignants-rechercheurs et salariés sur une surface d'environ 65000 m².

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

Le futur campus AgroParisTech-INRAE à Palaiseau. Le « Forum » à l'entrée du site, abritera un Learning Center. (Image du Cabinet d'architectes Mimram-Lacoudre).
Le déménagement était prévu à l'automne 2021, mais compte-tenu des intempéries début 2020 puis de l'épidémie à partir de mars, le déménagement et la rentrée des étudiants dans les nouveaux locaux ont été reportés d'un an.

## 2.4. L'Université Paris-Saclay

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

L'Université de Paris-Saclay « bénéficie d'une position géographique et socio-économique stratégiques que sa visibilité internationale contribue à renforcer » (elle s'étend de Paris à Orsay en passant par Evry et Versailles). Composée de cinq unités de formation en Sciences, Médecine, Pharmacie, Droit-Economie-Gestion, Sciences du Sport, de trois IUT dans les domaines scientifiques et techniques ainsi que d'une école d'ingénieur universitaire. Certains établissements, comme AgroParisTech, sont des composantes de cette université ; ainsi que des universités membres associées comme l'Unité de Versailles Saint-Quentin-en-Yvelines (UVSQ), et des organismes de recherche comme le CNRS, INRAE... L'Université Paris Saclay regroupe 275 laboratoires, soit environ 13% du potentiel de recherche français. En 2020, elle compte environ 48 000 étudiants, 9 000 enseignants et enseignants-chercheurs et 11 000 personnels techniques et administratifs.

# 3. Focus sur deux laboratoires de recherche, lieux de mon stage

## 3.1. Qu'est-ce qu'une UMR ?

UMR signifie Unité Mixte de Recherche. En France, le principe de ces unités remonte à 1966, date de la création des Laboratoires Associés au CNRS (Centre National de la Recherche Scientifique) par Pierre Jacquinot, alors directeur général du CNRS. Une UMR est une entité administrative, regroupement d'un ou de plusieurs laboratoires de recherche d'un établissement d'enseignement supérieur (notamment d'une université) ou d'un organisme avec le CNRS.

En France, ces unités constituent la base de l'organisation de la recherche : elles ont un budget propre, du personnel affecté par les partenaires comme le CNRS mais aussi une autonomie dans la définition de leur stratégie de recherche.

AgroParisTech et INRAE sont associés dans le cadre d'une collaboration au sein de 14 Unités de recherche en « cotutelle ». Ainsi, ces Unités sont non seulement rattachées au même centre INRAE Versailles-Grignon, mais sont également sous la cotutelle d'AgroParisTech. Des chercheurs, ingénieurs, et techniciens INRAE sont présents dans ces UMR, mais aussi des enseignants-chercheurs et des techniciens d'AgroParisTech.
## 3.2. EcoSys : une nouvelle Unité créée en 2015

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

L'UMR ECOSYS, Ecologie Fonctionnelle et Ecotoxicologie des Agroécosystèmes, a été créée en janvier 2015. Autrefois appelée unité EGC (Environnement et Grandes Cultures), elle a donc été restructurée et regroupe trois équipes de recherche (qui étaient auparavant des laboratoires indépendants), localisées à la fois sur les sites INRAE de Versailles et de Thiverval-Grignon.

Il y a tout d'abord l'équipe Eco&Phy (Écophysiologie et physico-chimie des interactions végétation-atmosphère) située au bâtiment Bioclimatologie à Grignon, puis l'équipe Sciences du sol, située au bâtiment EGER à Grignon également, et enfin l'équipe Ecotoxicologie, située sur le site INRAE à Versailles.

Au total, l'UMR EcoSys compte une centaine de permanents (INRAE et AgroParisTech) ainsi qu'une cinquantaine de non-permanents par an (stagiaires, CDD...). L'UMR EcoSys est principalement rattachée au Département INRAE AgroEcosystem. Quelques chercheurs sont cependant rattachés à un autre Département INRAE, le Département Santé des Plantes et Environnement (SPE).

Les principales thématiques de recherche de cette unité sont : la production de biomasse, la valorisation des PRO (=Produits Résiduaires Organiques, « toutes les matières résiduaires organiques pouvant être épandues en agriculture à l'état brut ou traitées. »), la biodiversité, la régulation du climat, la qualité des compartiments ainsi que les effets des pratiques agricoles. L'objectif, in fine, est énoncé ainsi : « prédire les performances agronomiques, environnementales et sanitaires des agroécosystèmes et évaluer des stratégies d'adaptation aux changements globaux (climat, usage des sols et pratiques, pollution) ».

## 3.3. L'UMR Agronomie

L'Unité d'Agronomie est pareillement composée de personnels ayant différents statuts. Il y a des chercheurs, des enseignants-chercheurs, des ingénieurs, des techniciens et des personnels d'appui à la recherche. Au total, l'effectif est de 65 personnes, dont 31 non-permanents (13 stagiaires, 18 techniciens et ingénieurs en CDD).

L'UMR Agronomie est rattachée au Département AgroEcoSystem.
Le travail de recherche se concentre sur deux axes principaux : D'une part « évaluer les impacts sur l'environnement et les services écosystémiques de systèmes de culture actuels et alternatifs » et d'autre part « accompagner les acteurs impliqués dans l'évolution des pratiques agricoles en concevant avec eux des ressources (connaissances, outils et méthodes) ».

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

# Agronomie

A l'horizon 2022, les Unités EcoSys et Agronomie rejoindront le nouveau campus AgroParisTech-INRAE de Saclay.

## 3.4. Le Département scientifique AgroEcosystem

Le Département AgroEcoSystem « Agronomie et sciences de l'environnement pour les agroécosystèmes » (auparavant Département Environnement et Agronomie de l'INRA), auquel sont rattachées les UMR EcoSys et Agronomie de Grignon, est l'un des plus gros départements scientifiques d'INRAE, avec une quarantaine d'Unités de recherche réparties sur toute la France. Sa direction est basée sur le centre de recherches INRAE d'Avignon. Il est chargé de concevoir et d'évaluer des agroécosystèmes, de comprendre leur fonctionnement et leur évolution « à différentes échelles d'organisation ».

## 3.5. Les bibliothèques de recherche d'EcoSys et d'Agronomie

### La bibliothèque Bioclimatologie, gérée par EcoSys

Cette bibliothèque, située dans le bâtiment Bioclimatologie à Grignon, dépend de l'UMR EcoSys. J'y ai effectué la majorité de mon stage en présentiel, car la documentaliste qui m'encadrait, Marina Pavlidès, y travaille. Cette bibliothèque comprend une salle de lecture, deux bureaux, et une salle d'archives.

La bibliothèque Bioclimatologie contient environ 3000 ouvrages. Il y a 100 collections de périodiques, mais il n'y a plus d'abonnement en format papier en cours car INRAE est abonné à un grand nombre de revues en ligne. Les archives contiennent aussi des thèses, des mémoires de stage, des actes de colloques, des rapports, et toutes les publications produites par l'Unité (articles de revues, thèses...). Une bonne partie des documents sont en anglais.
A propos du contenu de cette bibliothèque, les thèmes sont les suivants : la bioclimatologie, l'écophysiologie végétale, l'air et l'environnement.

<figure><img src="image_11.png" /><figcaption>La bibliothèque Bioclimatologie</figcaption></figure>

## La bibliothèque EGER, cogérée par les UMR EcoSys et Agronomie

La bibliothèque est située dans le bâtiment EGER « Environnement et Gestion de l'Espace Rural » sur le campus de Grignon, ce bâtiment abrite plusieurs laboratoires, dont l'UMR d'Agronomie et l'Equipe Sciences du Sol d'EcoSys.

Comme pour l'UMR EcoSys, un seul personnel permanent, Alain Bône, est présent au sein de la bibliothèque, il fait partie de l'UMR Agronomie.

Les types de documents contenus dans cette bibliothèque sont les mêmes que pour la bibliothèque Bioclimatologie, en revanche elle est de taille plus conséquente car il s'agit de la fusion de trois fonds (Agronomie, Systèmes Agraires, Sciences du Sol) provenant de trois laboratoires à l'origine. Elle comprend environ 5000 ouvrages et 150 collections de périodiques. Il n'y a plus qu'une dizaine de périodiques en cours, car INRAE est abonné globalement à plusieurs milliers de revues électroniques.

Une bonne partie des ouvrages sont signalés dans Bel-INRA, qui est la bibliothèque en ligne d'INRAE (voir la partie correspondante). Pour la majeure partie des publications scientifiques, la langue d'usage est l'anglais.

Une centaine de prêts est effectuée par an. La bibliothèque effectue des achats d'ouvrages, et reçoit également des dons (actes de colloques, thèses...). Comme pour la bibliothèque Bioclimatologie, deux bases locales sous EndNote permettent de gérer les acquisitions et les prêts et de faire le suivi du désherbage en cours.
<figure><img src="image_12.png" /><figcaption>La bibliothèque EGER</figcaption></figure>

## Le déménagement des bibliothèques – Le chantier de désherbage

Les documentalistes INRAE de Grignon préparent le déménagement à Palaiseau depuis une dizaine d'années. En effet 4 bibliothèques AgroParistech et 5 bibliothèques INRAE seront fusionnées dans un Learning Center situé à l'entrée du futur campus.

Le Learning Center est une bibliothèque (ouvrages et revues en libre accès en Open Space, salles de consultation électronique, espace « Recherche » avec accès réservé...) qui permet également de se former et d'apprendre (salles de travail, salle multimédia), ou de se détendre (salle de détente, espace presse...).

Pour cette fusion des fonds des bibliothèques, un chantier de désherbage est nécessaire, qui a véritablement débuté en 2018 avec les périodiques et qui se poursuit depuis 2019 avec les ouvrages.

A la Bibliothèque de Bioclimatologie, la documentaliste a par exemple reclassé les ouvrages : d'un côté de la salle de lecture, se trouvent les ouvrages qui seront effectivement transférés dans le Learning Center de Palaiseau (quelques-uns seront conservés dans l'UMR). De l'autre côté se trouvent ceux qui ne vont pas être conservés et qui vont partir dans diverses directions. Certains vont être donnés au CTLES (Centre Technique du Livre de l'Enseignement Supérieur), ce sont ceux qui ont une certaine valeur scientifique et qui méritent donc d'être conservés. Les ouvrages les plus abîmés seront jetés dans une benne à papier. Enfin, l'association Ammareal devrait récupérer le reste des livres, s'ils sont en bon état. Cette association travaille en coopération avec des organismes comme Bibliothèques sans Frontières, à qui des livres sont confiés afin d'être envoyés à l'étranger ou en France, dans diverses bibliothèques (bibliothèques d'universités à l'étranger, bibliothèques associatives en France...).
La bibliothèque Eger étant elle aussi concernée par le déménagement à Palaiseau, elle doit également réaliser un désherbage important. Celui-ci se fait selon plusieurs critères : si les ouvrages sont possédés ou non ailleurs en France (utilisation pour cela des catalogues du SUDOC, Bel-INRA, et AgroParisTech), s'ils sont trop anciens avec des connaissances obsolètes (par exemple des manuels techniques), s'ils sont en trop mauvais état...

## Les « moyens humains » dont disposent les bibliothèques des deux UMR

Chaque UMR Agronomie et EcoSys dispose donc d'un documentaliste : Alain Bône pour l'Agronomie et Marina Pavlidès pour EcoSys.

Il faut savoir qu'il existe trois types de documentalistes au sein d'INRAE : les documentalistes d'Unité, de Centre et de Département. Les documentalistes d'Unité et de Centre ont des bibliothèques à gérer, avec des fonds très spécialisés, sur les thèmes spécifiques de leur laboratoire ou de leur centre.

Depuis quelques années, les documentalistes d'Unité et de Centre sont moins nombreux. Beaucoup de bibliothèques sont fusionnées ou disparaissent, à la fois en raison de l'essor des documents électroniques, mais aussi par manque de moyens. Dans les bibliothèques de recherche, ce problème de moyens humains est récurrent : le dossier « Les bibliothèques au service des chercheurs : Anticiper, irriguer, accompagner » du numéro d'octobre-novembre-décembre 2019 de la revue professionnelle Arabesques l'évoque dans un article de Marie-Madeleine Géroudet.

Cependant les missions des documentalistes sont toujours nombreuses et « chronophages ». Ils sont aussi chargés de l'appui aux scientifiques (leur fournir des documents, les aider dans leur gestion ou leur recherche bibliographique, leur donner des informations sur les revues où publier, ...), de la gestion et du signalement des publications, cela en plus de la charge des bibliothèques.

Ainsi, en vue du déménagement à Saclay et pour soulager la charge de travail des documentalistes de Grignon, un technicien basé à l'UMR EcoSys a été recruté en renfort depuis le mois de juin 2019 et jusqu'à décembre 2020, grâce à un financement du Centre INRAE Versailles-Grignon. Il travaille donc pour cinq bibliothèques INRAE à désherber.
# PARTIE II : Mes activités au cours du stage, et leur contexte

## 1. La Qualité

### 1.1. Qu'est-ce qu'une démarche Qualité ?

> « Le concurrent le plus redoutable est celui qui ne se préoccupe jamais de vous, mais qui améliore sans cesse sa propre affaire. »

Henry FORD, célèbre industriel

Cette célèbre citation d'Henry Ford, industriel américain et fondateur du constructeur automobile du même nom, explique en partie ce qu'est une démarche Qualité. Il s'agit d'un outil stratégique qui permet une amélioration continue à la fois du fonctionnement de l'entreprise, de son organisation, de ses outils de production mais également une amélioration, un accroissement de la satisfaction des clients et du bien-être des employés. L'aspect de la maîtrise est également très important. Elle doit être totale : aussi bien celle des équipements que celle des méthodes utilisées au sein de l'entreprise.

L'histoire de la Qualité est très ancienne. Déjà, au temps de l'Egypte ancienne, des règles établies permettaient d'optimiser la fertilisation des sols. Beaucoup plus tard, au XXe siècle, un autre américain, William Edwards Deming a formalisé le concept d'amélioration continue dont il est devenu un grand théoricien. Puis les japonais, avec leur méthode « Kaizen » (à traduire par « le bon changement »), ont encore amélioré le concept : l'amélioration continue doit reposer sur de petites améliorations réalisées jour après jour au sein de l'entreprise.

### 1.2. La Qualité à INRAE

Un projet Qualité a été mis en place très tôt, dès 2000, au sein de ce qui était alors l'INRA, dans le but de « renforcer le professionnalisme des chercheurs et le niveau d'excellence des travaux de recherche menés à l'INRA ». Ce projet s'appuie sur la norme ISO 9001 version 2000, un système de management de la Qualité, et est formalisé au sein du Référentiel Qualité INRA. Le but de ce projet, depuis l'origine, est de satisfaire deux objectifs : d'une part assurer la fiabilité des résultats mesurables et d'autre part garantir la traçabilité des travaux de recherche.
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Schéma représentant l'organisation de la nouvelle politique
Qualité 2017-2021 d'INRAE (PF : Plan de Formation)

Source : https://intranet.inrae.fr/qualite/

## 1.3. La Qualité dans le Département INRAE AgroEcoSystem

Pour accompagner le personnel et les différentes Unités dans la mise en place d'une démarche Qualité, un bureau Qualité composé de 4 membres a été mis en place par le Département AgroEcoSystem. Il a quatre missions principales :

* développer et encourager la communication sur la démarche Qualité afin de la faire connaître,

* accompagner les unités dans leur démarche Qualité,

* les inciter à mener des actions dans différents domaines (amélioration continue, maîtrise des équipements, maîtrise des méthodes,...),

* réaliser un bilan annuel pour le Département.

Ce Département est donc très investi dans la Qualité, avec diverses actions à la fois pour la faire connaître mais aussi pour inciter les unités à mettre en place des projets Qualité : les « JQR » (Journées Qualité en Recherche du Département) organisées tous les deux ans, les appels d'offre Qualité annuels du Département, les formations, les enquêtes et la participation aux « J2M » (Journées de la Mesure et de la Métrologie, organisées chaque année par INRAE).
## 1.4. La Qualité dans les UMR Agronomie et EcoSys

L'UMR EcoSys, une des deux UMR où j'ai effectué mon stage, a été créée au 1er janvier 2015. Auparavant appelée EGC (Environnement et Grandes Cultures), elle a subi une restructuration qui a mis en exergue la nécessité d'harmoniser les manières de travailler.

L'année précédant la création de l'UMR EcoSys, une stagiaire, Nadia Archambault, a donc eu la mission d'aider à améliorer la démarche Qualité, dans le cadre du référentiel Qualité INRA. Elle a permis à tous les services de réfléchir sur les processus/les méthodes utilisées dans le cadre de leur travail, et de synthétiser cela sous forme de fiches présentées dans son rapport.

Par exemple, pour le service Documentation, une fiche Processus (cf Annexe 2) a été réalisée en 2014, à propos de la gestion des publications et des documents externes (acquisitions d'ouvrages, de thèses...). Cette fiche met en évidence, pour les publications produites par l'UMR, les processus de collecte, de gestion, de signalement, et de production d'indicateurs ; elle permet de synthétiser les moyens, les ressources, les objectifs à atteindre ainsi que les produits obtenus.

La Qualité est aussi prise en compte dans l'UMR depuis de nombreuses années, avec par exemple la métrologie (la fiabilité des mesures, le contrôle des appareils), ou encore avec la création et l'utilisation de trames Qualité (depuis 2000) pour harmoniser les documents utilisés (comptes rendus de réunion, demandes de déplacement, protocoles expérimentaux...).

La Qualité est également un sujet très important pour l'UMR Agronomie. Afin de répondre aux exigences du référentiel Qualité d'INRAE, là aussi des trames de documents ont été élaborées et sont utilisées quotidiennement, notamment pour les modes opératoires des techniques utilisées mais aussi pour l'utilisation des matériels (cf les Annexes 3-1 et 3-2 correspondantes). En revanche, il n'y en a pas pour les comptes rendus de réunion. Il y a aussi, comme dans tous les laboratoires de recherche, de la métrologie (vérification de la précision des appareils, par exemple des balances...).

Actuellement, des Référents Qualité sont en place. Il y en a 3 pour l'UMR EcoSys et 2 pour l'UMR Agronomie. Ils sont en relation directe avec leur direction et ont plusieurs missions, qui sont les mêmes que celles du bureau Qualité auquel ils sont rattachés. Les référents se situent à l'échelle des unités, au niveau des centres ce sont des correspondants Qualité centre qui accompagnent directement les référents Qualité des unités, et au niveau national ce sont trois éléments distincts qui assurent la bonne mise en place et le bon suivi de la politique Qualité: des qualiticiens territoriaux qui « assurent la coordination, l'appui méthodologique et technique sur leur territoire », une plateforme nationale d'appui à la certification qui aide les unités le souhaitant à obtenir « une reconnaissance nationale ou
internationale de leur système Qualité » et enfin un pôle APMQ (Aide au Pilotage par le Management Qualité) qui « coordonne la mise en place d'un réseau transversal de référents métiers dans le domaine de la mesure, de la métrologie et de la validation de méthodes ».

## 1.5. Mes activités dans le cadre de cette démarche Qualité des deux UMR

Mon stage était centré sur le sujet des publications scientifiques récentes (2018-2020) des deux UMR, et plus particulièrement sur les articles, ouvrages et chapitres d'ouvrages. Il y avait plusieurs objectifs « Qualité » à atteindre, en vue d'améliorer le signalement et la valorisation des travaux de recherche effectués au sein des deux UMR mais également d'anticiper leur évaluation de 2023 (amélioration du taux de signalement annuel des parutions de 2018 à 2020, détection d'erreurs...).

Mes missions étaient donc les suivantes :

- contribuer aux processus de collecte et de gestion de références manquantes dans les bases bibliographiques des documentalistes pour la période 2018-2020 ;

- après avoir vérifié leur absence dans l'Archive Ouverte HAL, y déposer des articles, des ouvrages et des chapitres d'ouvrages récents ;

- repérer des erreurs ou des doublons datant d'avant la migration de Prodinra vers le portail HAL-INRAE ou bien, créés en conséquence de cette migration ;

- rédiger deux « fiches Qualité » en suivant des trames Qualité préétablies, à destination, entre autres, des documentalistes, afin de résumer les procédures à respecter pour déposer dans HAL ou pour modifier un dépôt déjà réalisé.

- produire des bilans pour les publications récentes des deux UMR, dans le contexte de la migration de la base Prodinra vers HAL-INRAE.

Dans l'esprit d'une démarche Qualité, j'ai reçu dès le début du stage un Cahier Qualité qui m'a permis de suivre mon travail, de noter par exemple les références déposées dans HAL ou encore les dates des sauvegardes effectuées de mes fichiers et de mes bases bibliographiques.

Les tâches que j'ai effectuées et les résultats obtenus sont détaillés dans les parties suivantes.
## 2. L'information Scientifique et Technique (IST)

### 2.1. Qu'est-ce que l'IST ?

L'IST est l'ensemble de l'information à forte valeur ajoutée, nécessaire au, ou résultant du développement des activités de la recherche. Elle concerne tous les secteurs scientifiques et tous les acteurs de la recherche.

Il s'agit donc de l'ensemble de l'information produite par les activités de recherche, qui est nécessaire à la fois à l'activité scientifique (autres recherches...) et à l'industrie. On utilise parfois l'expression « information spécialisée ». Cette information pouvant être nécessaire à la recherche, elle doit donc être traitée avant d'être retransmise, ce qui nécessite un certain nombre d'activités documentaires : collecte d'information, traitement de cette information (catalogage, indexation, archivage...) puis exploitation de cette information (veille, analyse...).

Dans le contexte de compétition actuel, également au niveau de la recherche, l'IST permet de répondre à de nombreux besoins des chercheurs : réaliser une veille informationnelle permet notamment d'anticiper les avancées de la recherche et donc les actions à mener. L'IST permet également, par les activités documentaires qu'elle induit, d'accéder de façon toujours plus efficace à une information qui se doit d'être pertinente (parfois gestion d'une masse importante de données qu'il faut déblayer). Par des actions comme l'archivage, l'IST peut être une solution pour valoriser et améliorer la visibilité de certains résultats pertinents de la recherche.

Mon stage s'inscrit complètement dans ce cadre, puisqu'il consiste entre autres à réaliser les activités documentaires dont il est question ci-dessus : analyse des références reçues par des alertes (Google Scholar, Web of Science) pour déterminer si elles sont pertinentes, si elles correspondent en termes d'affiliation des auteurs, gestion de références bibliographiques sur EndNote et Zotero, auto-archivage dans HAL et signalement de publications, bilans de publications...

### 2.2. L'IST à INRAE et à AgroParisTech

Pour INRAE, c'est la Direction pour la Science ouverte (DIPSO) qui, par le biais d'un réseau de professionnels, œuvre pour « l'accès, la gestion, la diffusion, la valorisation et l'analyse de l'information et des connaissances. ». Les documentalistes, qui s'occupent de
ces tâches, sont organisés en réseau. Ils sont rattachés soit aux UMR (comme Mme Pavlidès et Mr Bône), soit aux Départements scientifiques ou encore aux Centres de recherche.

Cette équipe de professionnels met à jour et alimente un portail spécialement consacré à l'IST (https://ist.inrae.fr/) afin d'informer le personnel à la fois sur les produits et services disponibles en IST (par exemple des formations sur l'utilisation de logiciels comme Zotero ou EndNote) ou encore sur la question du libre accès. Une petite FAQ (rubrique « Vos besoins, nos réponses) est destinée à répondre au maximum de questions concernant l'IST, avec des liens vers des ressources organisées de manière thématique. Par ailleurs, un focus trimestriel sur l'actualité de l'IST nommé Activ'IST permet d'aborder, de façon succincte (2 pages), un sujet d'actualité afin de le rendre compréhensible (l'article 30 de la loi pour une République numérique, les éditeurs prédateurs...) à la fois pour les chercheurs et pour les documentalistes. Il est complété par une lettre d'information sous format électronique, appelée IST-Actu, diffusée au réseau des professionnels IST d'INRAE.

Par ailleurs, l'équipe HAL-INRAE met aussi en place de nombreuses choses pour la démarche Qualité, comme un Wiki HAL-INRAE pour expliquer comment mieux utiliser ce nouveau portail.

Des formations sont proposées aux chercheurs, en particulier aux doctorants : appelées les « Infodoc Express », elles permettent d'appréhender sur un temps relativement court (environ 2h) l'utilisation de logiciels de gestion bibliographique, de se former au dépôt dans une archive ouverte... J'ai moi-même participé à deux formations : une pour appréhender l'utilisation de l'outil Google Scholar et l'autre pour comprendre le fonctionnement d'HAL-INRAE (« Du dépôt à la modération ») ; j'ai eu l'opportunité de suivre cette deuxième formation juste avant le commencement de mon stage.

Le portail, et l'équipe de professionnels qui y est associée, sont aussi là pour aider à la publication : des informations sont disponibles pour se renseigner sur les droits d'auteurs, l'Open Access (afin de faire connaître de façon plus étendue ses résultats), sur les éditeurs prédateurs (qui cherchent simplement à faire grossir leur chiffre d'affaires...).

Plusieurs outils servent également à trouver un document, que ce soit sous forme électronique ou physique :

* Le portail Reselec des ressources électroniques propose des « plateformes éditoriales, des bases de données, des revues et des ouvrages électroniques mis à la disposition de la communauté scientifique d'INRAE ». Ce portail apporte un accès aux chercheurs à des ressources payantes, pour lesquelles INRAE souscrit des abonnements (par exemple afin de pouvoir accéder au PDF de certains articles qui ne sont pas en libre accès...).
* BeL-Inra, le catalogue des ressources documentaires électroniques ou imprimées disponibles à INRAE, permet en autres de localiser les documents présents dans les bibliothèques INRAE.

* DeDoc, un service gratuit, permet de localiser et de fournir des documents externes (absents des ressources INRAE), à la demande (sous réserve de faire partie d'INRAE).

Les professionnels de l'IST à INRAE proposent une large gamme de produits et services à destination de la communauté scientifique INRAE. Certains sont en accès libre, d'autres réservés aux agents de l'institut.

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Affiliation : Règles d'écriture INRAE

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Analyses bibliométriques

<figure><img src="image_16.png" /></figure>

Article 30 de la loi pour une République numérique

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Attribution de DOI

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Extrait du catalogue des produits de l'IST INRAE. Source : https://ist.inrae.fr/produits-services/

J'ai pu ainsi moi-même, utiliser la base du Web of Science (ressource payante) pour collecter et analyser des références, et accéder à des articles en ligne ; j'ai consulté aussi les pages Web INRAE dédiées à HAL et au libre accès, et des supports de formation (EndNote, Zotero, Google Scholar...).

De la même manière qu'INRAE, **AgroParisTech** met à disposition de ses membres un portail IST qui donne accès à des ressources (catalogue du fonds des bibliothèques, des ressources électroniques disponibles...).

Des formations sont également proposées, ainsi que des informations pratiques pour accéder aux bibliothèques, des fiches pratiques pour comprendre des sujets d'actualité en IST ; il existe aussi une page web sur HAL-AgroParisTech et sur les publications scientifiques, mise à jour par la documentaliste en charge des publications à AgroParisTech, Eva Legras.
Administratrice du portail HAL- AgroParisTech, elle a en effet mis en ligne, sur l'intranet d'AgroParisTech, plusieurs fiches et liens utiles afin d'aider les chercheurs et autres à débuter dans HAL, et pour les accompagner dans leur utilisation. Elle est disponible pour répondre aux questions, notamment par mail, quant aux problèmes ou aux difficultés qui peuvent se présenter. Par exemple, elle a répondu à une interrogation que j'avais en début de stage à propos du dépôt de PDF. Elle fait partie du réseau de correspondants HAL AgroParisTech, qui accompagne les utilisateurs sur chaque site. J'ai pu utiliser l'un de ses supports de formation, et des fiches sur le dépôt dans HAL et l'identifiant idHAL mises à disposition sur l'intranet AgroParisTech. Le personnel des Unités Mixtes de Recherche INRAE AgroParisTech a en effet accès aux ressources et aux intranets des deux organismes, ces ressources (bases, revues, informations sur HAL...) sont complémentaires.

# 3. Le Libre accès et les Archives ouvertes

## 3.1. Qu'est-ce que l'Open Access ?

L'Open Access (en français le « Libre Accès ») est un mouvement initié aux Etats-Unis en 1991 avec la création de ArXiv, première « archive ouverte ». En France, ce mouvement a débuté avec la création de HAL en 2001, devenue l'archive ouverte nationale. Cependant, cette tendance au partage des connaissances scientifiques a des origines bien plus anciennes. Pour prendre l'exemple du Muséum national d'histoire naturelle, « les échanges entre savants du pays et du monde entier ont toujours été des vecteurs essentiels de la production et de la diffusion de la connaissance scientifique. » Sans le savoir, ces savants, ainsi que les membres des premières sociétés savantes, ont posé les bases du partage d'idées, des premières archives rassemblant ce qui ne s'appelait pas encore données et qui était alors exempt de toute transaction financière. Le but de cette initiative de l'Open Access à vocation internationale est de « rendre accessible à tous, gratuitement, l'intégralité des publications scientifiques ».

Mouvement international car, à la suite de l'Appel d'Amsterdam de 2016, les pays membres de l'Union Européenne ont été fortement incités à se doter d'un Plan National pour la science ouverte, ce qui a été à ce jour réalisé par les Pays-Bas, la Finlande, l'Irlande et la France.

Il faut dire que l'enjeu est de taille : un rapport de 2018 du STM (International Association of Scientific, Technical, and Medical Publishers, le syndicat professionnel des éditeurs scientifiques) indique que 4 articles scientifiques sur 5 sont publiés dans des revues non seulement payantes, mais également dépositaires des droits d'auteurs. Les auteurs qui
publient dans ces revues ne pouvaient donc pas diffuser librement leur production ! Enjeu de
taille également par la position de force occupée par les plus grands éditeurs de revues
scientifiques : les quatre plus grands que sont Springer-Nature, Elsevier, Taylor & Francis et
Wiley-Blackwell détiennent à eux seuls 40% du marché et apparaissent donc comme
incontournables. Aujourd'hui, les institutions et les bibliothèques doivent débourser des
sommes phénomènales pour avoir accès aux abonnements de certaines revues détenues
par ces « mastodontes » de l'édition scientifique.

Le désir partagé par tous ceux qui prônent le libre accès est donc d'accéder à des
ressources partagées, aux dernières connaissances disponibles dans tous les domaines
scientifiques mais aussi de pouvoir eux même déposer et partager leurs propres
contributions. Le DOAJ (Directory of Open Access Journals, ou « Répertoire des revues en
libre accès ») soutient cette volonté en donnant « accès à des revues de haute qualité, à
accès libre et à comité de lecture ». Il recense près de 15 000 revues, et permet aussi des
recherches sur 5 millions d'articles en texte intégral et en libre accès.

De même, il existe de plus en plus d'ouvrages et de chapitres d'ouvrages en libre accès ; le DOAB (Directory of Open Access Books) recense près de 30 000 ouvrages à comité de lecture en libre accès en 2020.

Certains chiffres sont encourageants : 41 % des 133 000 publications scientifiques publiées en 2017 l'ont été en libre accès, ce qui signifie que ce mouvement commence à prendre une ampleur certaine.

Pour conclure sur les généralités concernant l'Open Access, il faut savoir qu'il prend
quatre formes distinctes :

* Le « **Green Open Access** » est le libre accès par les archives ouvertes comme HAL.
  Cela représente l'auto-archivage réalisé par l'auteur lui-même, avant, pendant ou après
  la publication de sa production dans une revue. Cette pratique est donc complémentaire
  au mode de diffusion traditionnel par le biais d'un éditeur et permet d'augmenter la
  visibilité de la production de l'auteur et au-delà celle de l'institution à laquelle il est
  rattaché.

* Le « **Gold Open Access** » s'assimile davantage au modèle de la chaîne éditoriale traditionnelle. La différence est que les revues concernées, en open access dès leur publication, sont libres et gratuites d'accès pour le lecteur, ce qui fait apparaître un nouveau modèle économique : comme le lecteur ne paie pas d'abonnement, c'est l'auteur (qui devient un « auteur-payeur ») ou son institution qui doivent payer pour publier (paiement d'APC, ou « Article processing charges »).
* Le troisième modèle est le modèle « hybride » : l'accès ne se fait que par abonnement et l'auteur doit payer des APC pour publier librement. Ce modèle est donc très coûteux pour les institutions, qui paient à la fois l'abonnement à la revue et les APC.

* Enfin, il y a le modèle « bronze » : les auteurs ne paient pas d'APC et l'article est disponible gratuitement dans une revue sur abonnement. Il faut cependant faire attention, car cela peut être pour une durée limitée.

## 3.2. HAL, une Archive ouverte nationale

HAL (Hyper Articles en Ligne) est une Archive ouverte développée en 2001 par le CCSD (Centre pour la communication scientifique directe), un centre créé par le CNRS (Centre Nationale de la Recherche Scientifique). Le projet initial a été élaboré par le physicien Franck Laloë du CNRS.

Cette archive concerne toutes les disciplines et vient en complément de la publication dans des revues à comité de lecture. Peuvent y être déposés tous les types de documents différents, comme des articles (publiés ou non) ou encore des thèses. Elle est devenue archive ouverte nationale à la suite d'un accord signé en juin 2006 à l'Académie des sciences, suivi par une convention en 2013. C'est donc cette archive qui a été choisie « par les établissements français de recherche, les universités et les grandes écoles ».

HAL contient plus de 2 millions de références, et plus de 700 000 documents en texte intégral librement accessibles.

Au 31 mars 2020, environ la moitié des références contenues dans HAL correspondait à des articles de revue (49,1%) et un quart (25,6%) à des communications orales à des colloques. Ces chiffres n'ont que peu évolué depuis et suivent toujours cette même tendance dominante.

<figure><img src="image_22.png" /><figcaption>Répartition des dépôts dans HAL par types de publications au 31 mars 2020.</figcaption></figure>
L'archive fonctionne sur le principe de l'auto-archivage, c'est-à-dire que ce sont les auteurs eux-mêmes qui disposent le texte intégral des publications de recherche. Grâce à elle, les chercheurs peuvent donc diffuser leurs publications au-delà des revues commerciales de référence. HAL leur permet d'améliorer la dissémination de ces publications, d'améliorer leur visibilité et celle du laboratoire auquel ils appartiennent, de gérer leur propre bibliographie, d'assurer la pérennité de l'accès à leurs résultats de recherche et enfin de répondre aux exigences des financeurs de la recherche, qui demandent l'ouverture des publications.

HAL contient actuellement 130 portails institutionnels, comme HAL-INRAE ou HAL-AgroParisTech, qui permettent aux institutions et établissements comme les universités ou les grandes écoles de valoriser les publications et les données scientifiques produites par leurs chercheurs et enseignants-chercheurs.

La force de HAL est qu'il s'agit d'un travail collectif, des déposants de différents organismes peuvent intervenir sur la même publication, par exemple pour corriger des affiliations auteurs ou ajouter des domaines thématiques.

## Le portail HAL AgroParisTech :

Ce portail a été créé en 2011 et il « regroupe la production scientifique des 23 Unités de recherche dont AgroParisTech est tutelle ou cotutelle » (dont les UMR Agronomie et EcoSys de Grignon), ainsi que celle de chercheurs affiliés à AgroParisTech exerçant dans des Unités extérieures. A ce jour, ce portail recense 14 019 documents avec texte intégral et 33 707 références bibliographiques (notices seules). Le portail HAL-AgroParisTech est organisé en « collections », ce qui permet de visualiser facilement la production des Unités, telles que les UMR Agronomie et EcoSys.

## AURéHAL et idHAL :

HAL met à disposition AURéHAL, qui signifie « Accès Unifié aux Référentiels HAL ». C'est une plateforme de gestion de référentiels utilisée par HAL. Elle permet d'accéder à diverses informations qui peuvent être utiles, pour rechercher des références ou déposer dans HAL. Pour ce faire, elle héberge donc plusieurs référentiels : celui des « formes » auteurs, qui recense toutes les « formes » auteurs (ou écritures des noms) disponibles dans HAL ; le référentiel des structures de recherche, celui des disciplines, des revues, des projets ANR et enfin celui des projets européens.

Les auteurs peuvent posséder une ou plusieurs affiliations. Lors d'un dépôt, il faut utiliser de préférence les affiliations en vert ; qui sont celles validées par les organismes.
Cependant, il est nécessaire de vérifier, car les affiliations peuvent évoluer au cours du temps (changement de laboratoire...). Afin que les publications soient associées à leurs auteurs de façon correcte, il existe un outil proposé par HAL : l'idHAL. Cet identifiant, unique, permet à chaque auteur de rassembler les différentes formes auteurs qui lui appartiennent et qui existent dans HAL. Pour chaque forme auteur, la personne peut faire le tri dans les publications qui y sont associées. Il est possible de choisir une forme auteur « par défaut », qui sera celle proposée de préférence.

Cet identifiant a de nombreux avantages : il permet une meilleure attribution des publications mais aussi d'utiliser d'autres services proposés par HAL, comme un CV dynamique qui rassemble toute la production de l'auteur et qui se met à jour automatiquement au fil des dépôts réalisés et associés à son nom.

Suite à de nombreuses questions posées par rapport à l'idHal, de nombreux outils ont été mis en place par l'équipe HAL-INRAE, accessibles depuis le portail : une plaquette téléchargeable qui fait la promotion de HAL-INRAE et de ses services (dont l'idHal), une fiche pratique à l'intention des chercheurs intitulée « Comment créer son idHal ? », le PDF d'un atelier sur la création et la mise à jour de l'idHal (plus à destination de ceux qui accompagnent les chercheurs). La DipSo réalise régulièrement des communications afin que les DU (Directeurs d'Unité) soient au courant des dernières actualités concernant ces services.

### 3.3. Qu'en est-il du libre accès à INRAE ?

L'INRA a toujours encouragé et soutenu le libre accès. Institution pionnière en la matière, elle a signé la déclaration de Berlin en 2006 en compagnie de l'IRSTEA, déclaration « sur le libre accès à la connaissance en sciences exactes, sciences de la vie, sciences humaines et sociales ». S'en est suivie la création en 2006 de Prodinra, l'archive ouverte de l'INRA.

L'institut a par la suite continué d'affirmer l'importance accordée à ce sujet en publiant en 2016 sa « Charte pour le libre-accès aux publications et aux données », afin d'exposer clairement sa politique et ses ambitions en matière de libre-accès.

Enfin, le 23 mars 2020 s'est ouvert le portail HAL-INRAE, regroupant les notices issues de Prodinra et d'IRSTEA publication. INRAE attache donc une grande importance à la valorisation des résultats de ses recherches en s'associant à l'archive ouverte nationale qui permet d'augmenter de façon significative leur visibilité.

Ainsi, l'institut INRAE: « 1° Produit, publie et diffuse les connaissances scientifiques résultant de ses travaux de recherche et d'expertise ; 2° Organise, en l'absence de
dispositions ou clauses contraires, l'accès libre aux données scientifiques et aux publications ».

## Le rapport Couperin sur les pratiques de publication en libre accès et de dépôt des chercheurs

En janvier 2020, le Consortium Couperin, dont fait partie INRAE, a publié les résultats de son enquête réalisée en 2019 auprès de 11 658 répondants à propos de leurs pratiques de publications en libre accès et de dépôt en archives ouvertes.

Les chercheurs ont donc été invités à s'exprimer sur la fréquence de leurs publications dans des revues en libre accès. Ainsi, pour les disciplines Sciences du vivant et Physique-Sciences de la terre et de l'univers, ils sont respectivement 29% et 17% à avoir déclaré publier « très souvent » ou « souvent » dans ce type de revues. Le graphique suivant concerne donc tous les organismes de recherche qui font partie du Consortium Couperin (dont INRAE).

<figure><img src="image_23.png" /></figure>

Source : Collection « Les synthèses Couperin » n° 1 - 2020

Pour ce qui est des chercheurs d'INRAE, nous pouvons dire que leur pratique de publication en Open Access a nettement augmentée ces dernières années. Grâce à un questionnaire distribué au personnel de l'INRA en avril 2018, nous savons que beaucoup utilisent des revues du modèle « Gold Open Access », aussi appelées revues « hybrides ». Ceux qui ne le font pas ont expliqué le fait qu'ils étaient contre à cause des frais supplémentaires occasionnés.
Concernant la publication en libre accès, des chiffres sont donnés, pour les deux UMR Agronomie et EcoSys de Grignon, dans la partie « Bilan des publications » de ce rapport. Pour ces deux UMR EcoSys et Agronomie, les pratiques de publication en Open Access ont augmenté aussi depuis plusieurs années.

Les pratiques de dépôt en Open Access ont, elles aussi, augmenté ces dernières années même si le nombre de dépôts par les scientifiques reste faible : beaucoup de chercheurs INRAE ne déposent pas encore beaucoup dans HAL par exemple, même s'ils sont incités à le faire depuis la création du portail HAL-INRAE.

Certains déposent aussi dans l'Archive ouverte BioArxiv spécialisée en Sciences de la Vie (quelques auteurs de l'UMR d'Agronomie par exemple).

Par rapport à HAL, certains chercheurs, par exemple dans l'UMR EcoSys, lui préfèrent parfois **ResearchGate** pour signaler leurs nouvelles publications. Il s'agit d'un réseau social pour les chercheurs (avec un accès réservé : ce n'est pas une Archive ouverte !), qui permet de s'abonner à un profil et de suivre les publications de l'auteur concerné. Par ailleurs, ce site propose des statistiques afin de permettre aux auteurs de mesurer l'impact de leurs publications mais aussi de savoir qui les suit et les lit.

### 3.4. Prodinra : une archive ouverte pour l'INRA (2006-2020)

L'INRA a toujours été très engagé en faveur du libre accès, se montrant volontaire notamment avec la création de son archive ouverte institutionnelle, Prodinra, en 2006. Son principal objectif : valoriser et disséminer la production scientifique de l'INRA en couvrant ses trois domaines principaux de recherche, à savoir l'agriculture, l'alimentation et l'environnement. Disséminer car l'archive diffusait son contenu vers la communauté scientifique, les pouvoirs publics, les étudiants... mais également vers de nombreux portails, dont HAL, afin d'augmenter la visibilité de cette production.

ProdINRA
Archive ouverte des productions de l'INRA

Logo de ProdInra

L'engagement de l'INRA pour le libre accès s'est traduit, pour les chercheurs, par une forte incitation à déposer dans Prodinra et sur des supports de publication ouverts, tout en respectant le droit des auteurs et des maisons d'édition.

**Prodinra : près de 300 000 références et près de 30% de texte intégral :**
Au 29 mars 2020, Prodinra contenait 284 937 références pour 79 939 fichiers joints :
55 500 fichiers en libre accès et 27 000 à diffusion restreinte, c'est-à-dire accessibles
seulement au personnel de l'INRA.

La base Prodinra était assez exhaustive pour les années récentes (depuis vingt ans environ), beaucoup moins pour les publications plus anciennes.

Elle contenait des articles de revue et des ouvrages et chapitres d'ouvrages, mais aussi des références de littérature grise que l'on ne trouve pas, ou très peu, dans les bases payantes (des rapports, des communications à des colloques, des mémoires de stage...).

Comme dans d'autres bases et archives ouvertes, les articles et les ouvrages et chapitres d'ouvrages, plus important pour les évaluations et plus faciles à collecter, étaient mieux signalés que les communications à des colloques (si le signalement des colloques avait été plus complet, il aurait certainement été le type majoritaire dans la base).

<figure><img src="image_24.png" /><figcaption>Répartition des types de notices. Source : Archive ouverte Prodinra - 31/03/2020</figcaption></figure>

Comme HAL, Prodinra offrait de nombreux services à destination des chercheurs :
partage sur les réseaux sociaux, exports bibliographiques pour leurs évaluations, flux RSS...

## La fin de Prodinra :

La direction de l'IST de l'INRA a pris la décision, après avoir consulté le réseau de ses documentalistes lors d'une journée d'information, de transférer la base Prodinra vers l'Archive ouverte nationale HAL, comme d'autres organismes l'avaient déjà fait précédemment : ceci pour une meilleure visibilité principalement (dans les moteurs de recherche par exemple) et pour faciliter le dépôt par les scientifiques ; mais aussi pour
réduire les coûts, et parce que certains programmes de l'interface Prodinra risquaient de devenir obsolètes. De plus, avec la fusion de l'INRA et d'IRSTEA programmée pour 2020, il était important de transférer les deux bases de publications des deux organismes vers une seule ressource. La base de publications IRSTEA Publications a donc elle aussi été transférée vers HAL.

Ces deux migrations ont eu lieu au printemps 2020, pendant mon stage.

## 3.5. Le nouveau portail HAL-INRAE

Le portail HAL-INRAE a été créé le 23 mars 2020 ; la migration des données de Prodinra s'est faite après celles d'Irstea Publications, en juin 2020. L'archive Prodinra s'est donc définitivement arrêtée le 26 mai 2020.

Ce nouveau portail est destiné à ouvrir au dépôt et à la consultation l'ensemble des travaux scientifiques d'INRAE, à « ouvrir la science » sur les thématiques de recherche de l'institut.

HAL
INRAE

Le portail HAL-INRAE, avant la migration de Prodinra en son sein, n'était donc pas complet. Cependant, certaines publications avec une affiliation INRA/INRAE avaient été déposées dans HAL bien avant qu'il ne soit créé, généralement par des co-auteurs. En outre, depuis 2010, Prodinra proposait de cocher une case lors de la création d'une notice, qui permettait de transférer également la référence dans HAL.

## 3.6. La migration de Prodinra vers HAL-INRAE

<figure><img src="image_25.png" /></figure>

Les étapes de la migration. Source: https://hal.inrae.fr/page/lancement

### La préparation de la migration :

La migration de Prodinra dans HAL a nécessité une préparation minutieuse, un long travail préalable de 2 ans qui a mobilisé de nombreux acteurs : l'équipe du CCSD, les réseaux IST et les équipes DSI (Direction Systèmes d'Information) de l'INRA et de l'IRSTEA,
des prestataires extérieurs pour des tâches comme le codage ou la charte graphique du portail et enfin l'équipe de direction de la DIPSO (Direction pour la Science Ouverte) qui a apporté son soutien.

Tout d'abord, pour déposer dans HAL, il faut avoir un compte. Deux comptes ont donc été créés spécifiquement pour importer les données de Prodinra et d'Irstea Publications dans le portail HAL-INRAE : « Migration Irstea Publications » et « Migration Prodinra ». Par ailleurs, comme nous le voyons sur le schéma ci-dessus, il a fallu créer les structures et les « formes auteurs » dans les référentiels disponibles sur AuréHal, afin qu'ils soient reconnus lors de la migration.

Un cadre précis a été établi concernant la manière dont les références contenues dans Prodinra allaient être basculées dans HAL : aucune modification des données des dépôts existants, possibilité que ces dépôts soient complétés avec « une métadonnée renseignée par l'import » (comme un DOI) ou encore possibilité qu'un dépôt soit complété avec un fichier.

## La migration et son bilan :

Concernant la migration en elle-même, elle a été plus longue pour Prodinra, qui contenait davantage de références que pour Irstea Publications. Au 18 mai, les données de cette dernière base étaient importées, ce qui a duré 2,5 jours. La migration de Prodinra a donc commencé le 25 mai et s'est faite en deux étapes : premièrement la migration des articles, des communications à un congrès et des posters (143 761 articles migrés au 4 juin), deuxièmement la migration du reste des publications. Le 8 juin s'est achevée cette migration, pour une durée totale de 14 jours ; 207 877 notices ont été créées et 69 382 notices fusionnées avec des notices déjà existantes.

<table><thead><tr><td></td><td>Irstea Publications</td><td>ProdInra</td></tr></thead><tbody><tr><td>Durée de reprise des données</td><td>2,5 jours</td><td>14 jours</td></tr><tr><td>Création de notices</td><td>31 217</td><td>207 877</td></tr><tr><td>Fusion avec des notices déjà existantes dans HAL</td><td>4 693</td><td>69 382</td></tr><tr><td>Ajout de fichiers en libre-accès dans HAL</td><td>7 000</td><td>59 000</td></tr><tr><td>Ajout de liens vers des fichiers accessibles au personnel INRAE</td><td>29 000</td><td>27 000</td></tr></tbody></table>

Bilan de la migration réalisé par l'équipe HAL-INRAE.

Source : https://intranet.inrae.fr/ist/Reseau-IST/Pour-se-tenir-informe/IST-actu/Numeros-parus-de-la-lettre-electronique-IST-actu/IST-actu/2020/36/Vie-du-reseau/HAL-INRAE-fin-de-la-migration-des-donnees-de-ProdInra-et-Irstea-Publications.
## Vérifications suite à la migration – problèmes constatés :

Globalement, la migration semble s'être bien passée. L'équipe HAL-INRAE a signalé cependant quelques problèmes concernant les auteurs avec des homonymes, des publications ont pu être mal attribuées.

D'autre part, il a été demandé aux documentalistes, de signaler des doublons éventuels. A ce jour Mme Pavlidès et moi-même avons détecté une douzaine de doublons, ce qui est peu au regard du volume de données importées, mais cela traduit surtout le fait que peu de notices ont été contrôlées, par manque de temps. Ces doublons pouvaient être déjà présents dans Prodinra, ou être la conséquence de la migration.

Les vérifications dans HAL-INRAE effectuées pour l'UMR EcoSys après la migration, ont donné les résultats suivants : 9 erreurs d'affiliation, 1 disparition de notice à la suite de la migration (due à une affiliation INRA mal écrite), 1 doublon détecté, 5 erreurs d'année de publication dans HAL, 1 titre et 1 type de publication incorrects dans EndNote. J'ai aussi détecté 8 doublons pour l'UMR d'Agronomie.

Les erreurs d'affiliations sont assez fréquentes; des erreurs sur l'année de publication des articles ont aussi été constatées (par exemple la prépublication en ligne d'un article peut dater de fin 2019, puis la date de publication de l'article dans un « Issue » (numéro de revue) sera 2020, c'est en fait cette deuxième date qui est la « date de production »). Ces erreurs existaient parfois déjà dans Prodinra, ou bien elles viennent de notices déposées directement dans HAL.

# 4. Les publications des UMR Agronomie et EcoSys

## 4.1. Les types de publications scientifiques

Il y a donc différents types de publications, comme il est possible de le voir au sein du portail HAL-INRAE, qui recense les différents types de publications scientifiques produits par INRAE :

L'un des types les plus représentés est l'article de revue. Les revues peuvent être avec ou sans comité de lecture ; ce comité de lecture est constitué de scientifiques experts du domaine, qui lisent les articles et décident de leur intérêt scientifique et vérifient aussi s'ils correspondent ou pas aux critères de la revue (sujets traités). Les articles des revues à comité de lecture ont souvent un DOI ; ils sont très importants pour les évaluations des chercheurs.

Les revues techniques ou de vulgarisation n'ont pas de comité de lecture. Il y a par exemple les revues Perspectives Agricoles ou encore Innovations Agronomiques.
Lors d'un congrès ou d'une journée d'étude, les scientifiques présentent soient des communications orales, soit des posters, ce qui représente deux autres catégories de publications scientifiques.

Les chapitres d'ouvrage sont évidemment plus nombreux à être déposés que les ouvrages intégraux. En outre, il existe des Directions d'ouvrages ou d'actes : ce sont des ouvrages ou actes collectifs coordonnées par un ou plusieurs chercheurs. Pour ces ouvrages, il peut s'agir d'un rassemblement de chapitres de synthèse (ouvrages de synthèse) ou d'articles de recherche (actes de colloques) sur un thème donné.

Le type des travaux universitaires regroupe les thèses de doctorat, les mémoires d'habilitation à diriger des recherches (HDR), les mémoires d'étudiants (mémoires de stage...). L'HDR est, en France, la plus haute qualification universitaire qu'il est possible de recevoir, qui fait suite au doctorat ; elle donne lieu à la rédaction d'un mémoire, et permet d'encadrer des doctorants.

Les prépublications / documents de travail sont également déposés dans HAL: à savoir que pour une prépublication, il faut cocher la case « à paraître » lors du dépôt dans HAL. Ces types de publications font donc partie de la catégorie des documents non publiés (de façon définitive ou temporaire).

Il y a également les rapports de recherche. Parmi ces rapports, il y a les rapports de fin de contrats, notamment ceux concernant les projets financés par l'ANR (Agence Nationale de Recherche) ou par l'ADEME, ainsi que les rapports d'expertise.

Finalement, les autres types de publications scientifiques sont par exemple : des recommandations de livres, des fiches de synthèse, des bulletins de veille...

## 4.2. La collecte de nouvelles références : recherches et alertes

L'une de mes tâches principales, toujours dans le but d'améliorer la qualité du signalement et du référencement des publications des UMR, était donc de collecter les références manquantes, non encore recensées par les documentalistes.

Pour cela, j'ai utilisé principalement deux outils bien différents : Google Scholar et le Web of Science. J'ai également contacté directement les auteurs par mail.

### Le moteur de recherche Google Scholar

Google Scholar est un moteur de recherche spécialisé dans la « production académique », lancé en 2004 par Google. Ses performances sont variables selon les domaines scientifiques. Ainsi, si les sciences exactes et médicales sont plutôt bien référencées, ce n'est pas le cas des sciences humaines et sociales. Les sources de Google Scholar sont diverses et font partie de ce que l'on nomme le « Web invisible » : archives
ouvertes comme HAL, catalogues de bibliothèques comme celui du SUDOC, sociétés savantes et universités... De même, il est possible de trouver à peu près tous les types de documents dans Google Scholar, de la littérature grise, qui n'est pas publiée (thèses, rapports, brevets...) aux articles scientifiques et aux livres. Parfois, le texte intégral est disponible. De nombreux paramètres restent opaques : volume total de références, sources, période couverte et mises à jour sont inconnus. Cet outil est satisfaisant pour une première approche d'un sujet, mais son utilisation doit donc être complétée par celle d'une base de données bibliographique. L'avantage de Google Scholar est qu'il s'agit d'une ressource gratuite. J'ai ainsi pu l'utiliser dès le début de stage, alors que je n'avais pas encore de login INRAE donnant accès aux ressources payantes de l'intranet INRAE.

Grâce aux listes des auteurs des deux UMR (70 auteurs pour EcoSys et 38 pour l'Agronomie, que j'ai rentrés moi-même, ceux d'EcoSys avaient été listés par la documentaliste), j'ai donc effectué deux actions : d'une part une recherche avancée, pour chaque auteur, de sa production disponible dans Google Scholar pour les années 2018-2020, et donc un repérage de ce que les documentalistes et/ou HAL ne possédaient pas (en vérifiant bien les références : leur date de parution, l'affiliation de(s) auteur(s), la source...), et d'autre part la création d'alerte personnalisée pour chaque auteur en utilisant la recherche avancée et en enregistrant la recherche en alerte, dans le but de récupérer encore de nouvelles références. Je recevais donc par mail des alertes automatiques pour les auteurs des UMR, mail qui contient un lien permettant de retrouver la référence dans Google Scholar. En paramétrant les préférences de Google Scholar, je pouvais importer les références obtenues dans une base locale sous Zotero, au format BibTech. Cependant, les références de Google Scholar étant parfois incomplètes, je préférais aller, lorsque c'était un article de revue, sur le site de la revue, afin d'avoir des références de meilleure qualité, vraiment complètes.

Google Scholar

Le logo de Google Scholar

Les alertes auteurs, et l'alerte globale, créées pour l'UMR d'Agronomie sur Google Scholar me donnent assez fréquemment du « bruit », des résultats non pertinents : parfois il y a une homonymie des noms d'auteurs (nom de famille trop courant), mais parfois cela arrive aussi qu'il n'y ait aucune affiliation ou aucun lieu qui ne corresponde (cela vient probablement du nom du laboratoire « Agronomie », trop courant).
## La base de données Web of Science

Le deuxième outil que j'ai utilisé est donc le Web of Science™ (Clarivate Analytics). Comme Google Scholar, cette base de données bibliographique est multidisciplinaire, couvrant des champs aussi variés que les sciences, les sciences sociales, les arts et les sciences humaines. La langue prédominante est l'anglais, ce qui est généralement le cas pour la production scientifique. Le Web of Science (WoS) est un outil très complet puisque ce sont plus de 18 000 revues qui sont dépouillées, pour un total de 251 catégories disciplinaires. L'univers complet du WoS comprend 13 bases de données, 143 millions de notices et plus d'un milliard de références citées. INRAE est abonné au Web of Science, tout le personnel y a accès à partir du portail des ressources électroniques INRAE.

De même qu'avec Google Scholar, j'ai donc utilisé la recherche avancée proposée par le WoS, ainsi que la recherche Auteur « Author Search », pour consulter les références disponibles de chaque auteur et ainsi en récupérer de nouvelles, datées de 2018 à 2020. Cela était difficile pour les deux UMR, car Alain Bône ayant lui-même des alertes WoS, et le WoS ayant souvent quelques mois de retard par rapport à la date de parution (le temps de dépouiller les revues), la plupart des références étaient déjà présentes dans les bases EndNote et Zotero des documentalistes et parfois également dans HAL. Cependant cet outil, très fiable, m'a permis d'en trouver malgré tout quelques-unes, et de découvrir l'utilisation d'une telle base de données bibliographique.

<figure><img src="image_26.png" /></figure>

Clarivate
Analytics

WEB OF SCIENCE™

## Collecte de références par mail aux auteurs

A partir de fin juin, j'ai, en complément des deux méthodes précédentes, envoyé à chaque auteur des deux UMR, la liste de leurs publications 2018-2020, pour obtenir des références manquantes. Au total j'ai contacté 84 auteurs (chercheurs, ingénieurs, enseignants...), j'ai ainsi obtenu 38 réponses et collecté 130 nouvelles références (3 références ont, par ailleurs, été complétées). J'ai en particulier collecté 96 références supplémentaires pour l'UMR EcoSys où il y avait beaucoup de manques (la documentaliste les importait progressivement dans sa base EndNote). J'ai vérifié pour certaines références, si elles étaient présentes dans HAL-INRAE.

Même si tous les auteurs ne répondent pas, cette méthode permet de collecter de la littérature grise difficile à repérer car peu ou pas signalée dans les bases ou les moteurs de recherche (des colloques, des rapports, des mémoires de stage encadrés, des bulletins de veille...), ainsi que des nouvelles parutions très récentes (ou encore sous presse).
## Suivi du travail de collecte – Suivi des identifiants HAL :

J'ai travaillé sur un nombre d'auteurs importants pour ces 3 opérations de collecte, j'ai donc fait un suivi de mon travail avec le tableau Excel, que la documentaliste m'a proposé d'utiliser dès le début de mon stage. Plusieurs colonnes étaient à remplir dans ce tableau.

J'ai fait la liste des auteurs d'Agronomie (celle d'EcoSys était déjà faite), avec l'aide des documentalistes pour quelques cas particuliers. Pour certains auteurs, deux écritures sont possibles par exemple (nom de jeune fille/nom de femme mariée).

J'ai créé une colonne recensant les auteurs qui ont ou n'ont pas d'identifiant HAL idHal, et c'est pour augmenter la proportion de ceux qui en ont que j'ai préparé un texte et envoyé un mail aux équipes des deux UMR, pour inciter les chercheurs qui n'ont pas d'idHal à s'en créer un (un chercheur seulement l'a fait). En effet, cet identifiant permet de limiter les erreurs d'affiliations lors des dépôts par des personnes de divers organismes. Il est facile et rapide de le créer, mais seul le chercheur peut le faire. En fin de stage, seulement 13 auteurs EcoSys et 4 auteurs Agronomie, ont un identifiant idHAL, ce qui est peu.

Une autre colonne permet de savoir quels organismes préciser dans les alertes (Google Scholar, Web of Science...) pour limiter le bruit, c'est-à-dire les résultats non pertinents pour cause d'homonymie des noms d'auteurs notamment.

J'ai aussi noté dans ce tableau, les alertes et les recherches que j'avais effectuées.

Enfin, j'ai fait le suivi des réponses des chercheurs, en notant les personnes contactées, les réponses obtenues, combien de références supplémentaires (ou non) chaque auteur m'a apporté... Une colonne « Remarques » m'a permis de noter la raison pour laquelle je n'avais pas envoyé de mail à certains auteurs : adresse mail introuvable ou non valide...

## 4.3. La gestion bibliographique des publications sous Zotero et EndNote

Au sein des UMR EcoSys et Agronomie, trois logiciels de gestion bibliographique pour les scientifiques sont utilisés principalement par les chercheurs et les documentalistes : Zotero et EndNote principalement, et Mendeley (par quelques chercheurs d'EcoSys).

Auparavant le logiciel Cindoc était très utilisé à l'INRA par les documentalistes, mais il a été abandonné depuis une vingtaine d'années, et les documentalistes utilisent donc aussi ces logiciels bibliographiques de chercheurs pour gérer leurs bases locales. Dans cette partie, je vais évoquer les deux principaux logiciels, l'utilisation personnelle que j'en ai faite.

Pour gérer ses références bibliographiques, Alain Bône, le documentaliste de l'UMR Agronomie, utilise Zotero. Il s'agit d'un logiciel libre et gratuit, créé en 2006 par la George
Mason University (USA), qui est multiplateforme et peut donc s'utiliser sur tous les ordinateurs : Windows, Unix et Mac. Il est possible de le coupler avec des logiciels de traitement de texte comme Word et Libre Office mais aussi d'installer des connecteurs sur des navigateurs comme Firefox, Safari et Chrome.

Marina Pavlidès, la documentaliste de l'UMR EcoSys, utilise EndNote pour ses bases locales, ce logiciel comporte quelques différences avec Zotero. Elle utilise la version d'EndNoteX7. La différence principale d'avec Zotero, outre le fait que ce dernier soit Open Source et gratuit alors qu'EndNote est payant, est qu'EndNote permet de créer plusieurs bases de données bibliographiques indépendantes ; il permet aussi de créer et de modifier facilement des styles de présentation des références. Par ailleurs, EndNote permet de créer et personnaliser facilement des champs, par exemple pour noter l'équipe concernée par la publication, ce qui n'était pas possible avec Prodinra.

Cette gestion des publications dans une base locale, facilite le suivi en temps réel (publications soumises, puis sous presse,...), sachant que les UMR sont évaluées tous les cinq ans sur leurs publications, et l'impact qu'elles ont (facteurs d'impact, dans quelles revues elles sont publiées...). Ainsi, les documentalistes ont à charge de valoriser ces publications, de les conserver et de les classer (de façon papier et/ou électronique). Les chercheurs étant également évalués régulièrement de façon individuelle, les documentalistes sont également présents pour leur fournir une liste de leurs publications à jour dès lors qu'ils en manifestent le besoin.

Dès le début du stage, j'ai eu l'occasion de découvrir Zotero : en partant d'une copie de la base Zotero des publications de l'UMR d'Agronomie. Dans cette base, j'ai commencé par créer trois collections distinctes, afin d'intégrer les nouvelles références que je trouvais pour les deux UMR et de suivre quelles références je déposais dans HAL, mais aussi de rassembler les références à mettre potentiellement dans ma bibliographie de stage. En peu de temps j'ai réussi à prendre le logiciel en main, je l'ai trouvé assez intuitif et rapide à comprendre. Il m'est très utile également depuis que j'ai réussi à créer une « bibliothèque » (base) en réseau sur le serveur www.zotero.org, que nous partageons avec Mme Pavlidès et Alain Bône : je peux donc plus facilement leur signaler de nouvelles références, avec des « marqueurs » que l'on peut y associer, et eux peuvent suivre le travail que je fais sur les publications. Pour créer cette base en réseau, il m'a fallu installer la dernière version de Zotero sur mon ordinateur.

Un peu plus tard dans le stage, j'ai utilisé la base EndNote des publications Ecosys, et j'ai appris comment me servir des principales fonctionnalités, comme la recherche rapide (sur un nom de famille d'auteur par exemple) ou encore la création des « smart groups », dont la documentaliste m'a expliqué le fonctionnement. En paramétrant ces dossiers, les nouvelles références s'intègrent automatiquement dedans sans qu'aucune action ne soit
nécessaire, et les nombres de références évoluent au fur et à mesure. Il est ainsi possible de distinguer les types de publications, les années.... Depuis, je me sers davantage de ce logiciel pour faire des recherches, pour vérifier si une référence d'un auteur EcoSys que je trouve ou que l'on me signale, est déjà dans la base ou pas. Si j'ai de nouvelles références à signaler, je les importe dans notre bibliothèque Zotero en réseau, ainsi que dans ma base locale où j'ai créé une collection « Ajouts publis ecosys ANAIS », toujours dans l'optique de garder une trace de mon travail et de suivre une démarche Qualité.

Je pense donc que l'utilisation de Zotero est plus facile, que c'est un logiciel plus accessible à un débutant et qui offre un panel de fonctionnalités tout à fait satisfaisant. J'ai personnellement eu plus de difficultés à appréhender l'utilisation d'EndNote, qui est un logiciel plus complexe, proposant plus de possibilités. Cependant, lorsque l'on y est habitué, il permet selon moi un travail plus poussé et une gestion des publications facilitée et plus précise.

## 4.4. La valorisation : le signalement des publications dans HAL

Comme mon stage a commencé en télétravail, j'ai dû apprendre en échangeant par mail avec mon encadrante, ce qui n'a pas toujours été simple car je découvrais totalement l'outil HAL (que je ne connaissais que de nom).

HAL donne accès à certains privilèges, comme ceux de « patrouillage » et de « modération », accessibles ou non selon le rôle que l'on a par rapport à la structure à laquelle nous sommes affiliés : valideur technique, gestionnaire de collection, référent structure (rôle le plus important qui donne donc accès à tous ces privilèges), ce qui permet d'éditer ou de modifier un dépôt déjà présent dans l'archive. Personnellement, mon rôle était celui de « valideur technique », ce qui signifie que je pouvais tout faire sauf corriger des dépôts à posteriori, demander des modifications au déposant, demander une expertise, annoter un dépôt, le transformer en notice ou le refuser ; ces tâches étaient effectuées par mes encadrants, qui ont les privilèges de patrouilleur, référent structure et gestionnaire de collection (Marina Pavlidès pour l'UMR EcoSys, Alain Bône pour l'UMR Agronomie).

### Premiers dépôts dans Hal :

Dès le début de mon stage j'ai eu l'occasion de découvrir l'utilisation de HAL, l'archive ouverte nationale.

Les premiers dépôts que j'ai effectués, pour m'entraîner, concernaient l'UMR EcoSys, puis j'ai déposé aussi des publications de l'UMR Agronomie. Le plus difficile pour moi au départ était de distinguer correctement les différents types d'articles scientifiques : research article (article de recherche original), review article (article de synthèse), short article ou
letter... En début de stage j'ai eu aussi plusieurs problèmes de réseau, selon les heures il arrivait que le système soit trop lent à répondre lors du dépôt. Heureusement, par la suite, HAL et le réseau fonctionnait correctement, avec des temps de réaction normaux.

<figure><img src="image_27.png" /><figcaption>Première de couverture
Ouvrage paru en 2019
aux Editions Quae</figcaption></figure>

Un exemple de dépôt que j'ai effectué est celui du livre <u>Agriculture et qualité de l'air : comprendre, évaluer, agir</u>, paru fin 2019 aux Editions Quae. Cet ouvrage collectif coordonné par 4 scientifiques d'EcoSys, a représenté une quantité de 10 dépôts au total : le livre dans sa globalité et 9 chapitres, dont un qui comportait 25 auteurs pour lesquels il me fallait enregistrer chaque affiliation, ce qui m'a pris plus de 2 heures ! En outre je n'étais qu'au début de mon stage, pas encore très à l'aise avec l'outil HAL et cela a contribué à rallonger le temps de dépôt. Cet ouvrage était intéressant à déposer car il traite d'un sujet d'actualité. J'ai pu me rendre compte grâce à ce dépôt que HAL met à disposition deux zones pour renseigner le financement d'une production : une zone spécifique aux projets ANR et une autre pour les autres types de financement.

## L'interrogation de HAL avant de déposer :

Avant chaque dépôt dans HAL, j'ai systématiquement vérifié si la référence n'y était pas déjà. Pour cela, j'ai souvent utilisé la fonctionnalité de « Recherche Avancée », qui permet d'effectuer la recherche selon différents paramètres : le titre (dont il ne faut saisir que les premiers mots), le nom de l'auteur (nom de famille ou nom complet), le DOI de la référence ou encore son ISSN.

Si toutefois j'oubliais cette étape, pour un article de revue ayant un DOI : HAL prévient lorsque l'on commence un dépôt, par un message en rouge en bas de la page « Cette référence est peut-être déjà présente dans HAL », de la possibilité que la référence que l'on souhaite déposer soit déjà dans l'archive. Cela permet de ne pas créer de doublon, grâce à ce contrôle automatique sur le DOI de l'article.
## Le dépôt des articles en pièce jointe :

Pour le dépôt des articles, plusieurs paramètres étaient à considérer pour le dépôt : il faut savoir que l'article publié dans une revue a différentes versions et qu'il peut être ou pas en libre accès sur internet, selon si l'éditeur l'autorise ou non :

* Si l'article publié est sous licence Creative Commons, alors le dépôt peut se faire sans restriction et avec la version finale (ou PDF éditeur) de l'article, c'est-à-dire celle mise en page par l'éditeur, qui a la pagination et le logo de l'éditeur.

* Si l'article publié est en libre accès mais sans mention explicite d'une licence Creative Commons, alors c'est la version *postprint* qu'il est possible de déposer, c'est-à-dire la version révisée par les pairs et acceptée par l'éditeur, mais qui n'a pas la mise en page éditeur.

* Enfin, si l'article n'est pas en accès ouvert, le dépôt de la version *postprint* est tout de même possible dans une archive ouverte dans de nombreux cas, sous certaines conditions (financement de la recherche pour moitié au moins sur fonds publics, sinon La loi pour une République numérique ne s'applique pas à cette référence) en ajoutant une durée d'embargo si nécessaire (période pendant laquelle l'article ne sera pas visible). D'après les recommandations de la Loi numérique d'octobre 2016, l'embargo est de 6 mois pour les STEM (Sciences Techniques Ingénierie Médecine) et de 12 mois pour les SHS (Sciences Humaines et Sociales).

* Les articles existent également en version *preprint* (« prépublication » en français), c'est-à-dire la version que l'auteur soumet au comité de lecture de la revue.

Enfin, il faut savoir que lorsque l'on effectue un dépôt, il est définitif, une fois le document validé et en ligne : seules les notices sans document joint pourront être supprimées par la suite, dès qu'il y a un PDF ou un autre type de document joint, c'est impossible ! Il faut donc faire très attention à la politique de son éditeur en matière de libre accès et également à ne pas mettre de rapports ou de documents confidentiels !

## Le dépôt des notices seules (sans pièce jointe) :

Il est possible de déposer une notice seule, en complétant les métadonnées et les informations auteurs décrivant le document. Il sera possible plus tard, si on en a le droit, de déposer une pièce jointe associée à la notice, HAL permet de le faire en deux temps.

## Bilan des dépôts effectués :

Les dépôts que j'ai effectués pendant le stage concernaient des articles de revue à comité de lecture, des ouvrages et des chapitres d'ouvrages, car les métadonnées pour ces types de publications sont plus faciles à renseigner. De plus, lorsque la référence dispose d'un DOI (Digital Object Identifier), ce qui est le cas de la plupart des articles de revue, cela
permet le remplissage automatique d'un certain nombre de métadonnées (auteur année, titre de la revue,...), ce qui peut représenter un gros gain de temps.

Au cours du stage, j'ai déposé 50 notices de publications EcoSys et Agronomie récentes dans HAL. J'ai, de plus, déposé le texte intégral en pièce jointe (ce qui est plus long) pour quelques-unes de ces notices (lorsque la publication était sous licence Creative Commons). Le travail de dépôt est un travail collectif : j'ai déposé de mon côté, les documentalistes ou divers auteurs ont eux aussi déposé des références nouvelles (auteurs d'autres Unités INRAE ou de divers organismes, originaires de partout en France).

J'ai remarqué que dans Hal, le nombre de dépôts affiché pour chaque déposant ne prend en compte que les dépôts avec une pièce jointe, et pas les notices seules. Certains déposants totalisent plusieurs milliers de dépôts de pièces jointes dans HAL !

## La réalisation de deux fiches Qualité

Afin d'en faire profiter les déposants et documentalistes des deux UMR, j'ai été amenée à réaliser deux fiches Qualité (Annexes 4-1 et 4-2) récapitulant les étapes à suivre pour déposer dans HAL, et pour modifier un dépôt préexistant. Le but était de le faire de mon point de vue, ainsi que de celui de mon encadrante, en expliquant les difficultés auxquelles nous avons été confrontées, ce qui nous a posé problème dans notre apprentissage de l'outil. Pour réaliser ces fiches, j'ai donc noté à chaque fois que j'accomplissais un dépôt, les difficultés ou les interrogations que je pouvais avoir. A la fin de mon stage, après relecture par l'équipe HAL-INRAE et par la documentaliste responsable de HAL-AgroParisTech, ces fiches seront diffusées aux autres documentalistes INRAE de Grignon, ainsi qu'aux scientifiques des deux UMR, afin de leur faciliter les dépôts dans HAL.

## 4.5. La valorisation : d'autres signalements pour les publications EcoSys

En complément du dépôt de publications dans HAL, j'ai aussi effectué deux autres types de signalement, concernant les publications EcoSys uniquement :

* Deux envois de références par mail à la responsable Communication d'EcoSys, pour parution dans la lettre électronique EcoSys ; cette lettre est diffusée à tout le personnel de l'UMR ;

* Plusieurs signalements de nouvelles publications EcoSys datant de 2020 sur le site Web de l'UMR sur internet https://www6.versailles-grignon.inrae.fr/ecosys ; ce qui m'a permis de découvrir l'outil Easy-Publish ; cet outil est utilisé pour les sites Web INRAE (sites des Unités par exemple), il permet de mettre à jour assez facilement des pages Web.

Cela contribuait aussi à la qualité du signalement des publications, à leur « valorisation » en interne (diffusion au personnel) et en externe (diffusion sur internet).
## 4.6. Le bilan des publications récentes : quelques indicateurs

Mon stage contribuant au référencement et au signalement des publications 2018-2020 au sein des deux UMR, il était intéressant de faire des bilans en début et en fin de stage, du nombre de publications référencées, et de voir l'état d'avancement du nombre de publications signalées dans HAL. J'ai aussi analysé les articles de revue à comité de lecture, grâce à la base du Web of Science.

### Bilan des publications Agronomie et EcoSys - 2018-2020

Un bilan que j'ai réalisé est celui des productions pour chacune deux UMR entre 2018 et juillet 2020 (2017 étant l'année de référence) : pour l'UMR EcoSys, il s'agit de l'évolution du nombre de références présent dans EndNote entre le 25 mai et le 16 juillet 2020, et pour l'UMR Agronomie, il s'agit de même du bilan de ce qui est présent dans Zotero à la date du 16 juillet 2020, et de l'évolution depuis le 1er juin 2020.

J'ai donc produit deux tableaux (Annexes 5-1 et 5-2) qui récapitulent le nombre de références des deux UMR Agronomie et EcoSys par année et par type de publication. On peut voir combien de nouvelles références nous avons collectées ensemble, avec les documentalistes et grâce aux réponses des auteurs, au cours de ces deux mois.

Ainsi, pour les années 2018 à 2020, j'ai contribué à l'augmentation de 126 références EcoSys. Pour l'UMR Agronomie, on obtient 103 références nouvelles.

On compte une centaine d'articles à comité de lecture par an pour l'UMR EcoSys, c'est beaucoup mais en fait proportionnel à l'effectif de l'Unité qui est important. Pour l'UMR d'Agronomie, on a une trentaine d'articles publiés chaque année. : j'ai créé la liste de publications correspondante (2018-juillet 2020), présentée en Annexe 7. Sur les 2 années étudiées, on compte 6 articles en commun co-publiés par les deux UMR (ainsi que quelques chapitres d'ouvrages, colloques, ou rapports..., co-publiés).

Le nombre relativement élevé d'articles 2020 pour les deux Unités, alors qu'une demi-année seulement est écoulée (en comparaison des années 2018 et 2019 qui sont presque complètes) s'explique car les articles sont pré-publiés très tôt sur internet : on peut trouver dès le mois de juin des articles daté de fin 2020 ou même de 2021 ! C'est pour cela que les UMR EcoSys et Agronomie ont déjà autant d'articles datant de la fin de l'année 2020 voire de début 2021.

On peut voir aussi le **signalement dans HAL**, signalement auquel j'ai contribué par mes dépôts (tableaux en Annexes 5-1 et 5-2).
Par exemple, pour ce qui est des articles à comité de lecture EcoSys sur la période 2018-2020, en date du 16 juillet 2020 : 100% des articles de 2018 et 99% des articles 2019 sont dans HAL. 79% des articles de 2020 le sont également, tout en sachant que certaines des références restantes seront peut-être déposées dans HAL par d'autres laboratoires dont les chercheurs ont co-écrit les publications en question ; et tout en sachant qu'il en paraît de nouvelles au fil des semaines... Concernant les publications d'Agronomie, on a respectivement un pourcentage d'articles dans HAL de 90%, 74% et 61% pour 2018, 2019 et les 6 premiers mois de 2020.

## Analyse des articles à comité de lecture Agronomie et EcoSys 2018-2019

J'ai aussi analysé, pour les deux UMR, les articles de revue à comité de lecture grâce à la base du Web of Science (WOS).

### 1 / Analyse des articles Agronomie :

Dans la base WOS, il y a 31 articles de l'UMR Agronomie publiés dans des revues à comité de lecture en 2018, et 20 en 2019. Ces 51 articles sont un « corpus » d'articles que l'on peut analyser : en utilisant la fonction « Analyze Results » du WOS, j'ai obtenu des distributions pour différents champs : source (revue), langue, année, thématique...

J'ai donc analysé, pour ce corpus : les revues utilisées pour publier, les catégories thématiques de ces revues, et les collaborations étrangères (d'après les pays des affiliations des auteurs). J'ai exporté vers Excel les tableaux obtenus.

### Revues de publication

<table><thead><tr><td>Source Titles</td><td>records</td><td>% of 51</td></tr></thead><tbody><tr><td>AGRICULTURAL AND FOREST METEOROLOGY</td><td>3</td><td>5,9%</td></tr><tr><td>FIELD CROPS RESEARCH</td><td>3</td><td>5,9%</td></tr><tr><td>AGRONOMY FOR SUSTAINABLE DEVELOPMENT</td><td>2</td><td>3,9%</td></tr><tr><td>CAHIERS AGRICULTURES</td><td>2</td><td>3,9%</td></tr><tr><td>EUROPEAN JOURNAL OF AGRONOMY</td><td>2</td><td>3,9%</td></tr><tr><td>GEODERMA</td><td>2</td><td>3,9%</td></tr><tr><td>PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA</td><td>2</td><td>3,9%</td></tr><tr><td>SCIENTIFIC REPORTS</td><td>2</td><td>3,9%</td></tr></tbody></table>

Les 8 revues principales dans lesquelles l'UMR Agronomie a publié en 2018-2019
(occurrence supérieure ou égale à 2 articles).

Ces 8 revues représentent plus du tiers des articles publiés (35%).

La liste de toutes les revues de publication (42 titres) est présentée en Annexe 6-1.
## Articles publiés en Open Access :

Parmi les 8 principales revues utilisées le plus fréquemment, 2 sont des revues électroniques entièrement en Open Access (en gras dans le tableau ci-dessus).

Sur un total de 51 articles présents dans le Web of Science, 23 articles (45%) sont publiés en Open Access (soit dans des revues Open Access, soit avec le modèle hybride). Les publications en Open Access sont donc importantes, près de la moitié des articles de l'UMR Agronomie, en 2018-2019.

## Catégories thématiques

Le tableau ci-dessous présente les principales « WOS Categories » (occurrence supérieure ou égale à 3 articles). La liste complète est en Annexe 6-1.

<table><thead><tr><td>Web of Science Categories</td><td>records</td><td>% of 51</td></tr></thead><tbody><tr><td>AGRONOMY</td><td>19</td><td>37,3%</td></tr><tr><td>ENVIRONMENTAL SCIENCES</td><td>9</td><td>17,6%</td></tr><tr><td>MULTIDISCIPLINARY SCIENCES</td><td>8</td><td>15,7%</td></tr><tr><td>AGRICULTURE MULTIDISCIPLINARY</td><td>5</td><td>9,8%</td></tr><tr><td>ECOLOGY</td><td>4</td><td>7,8%</td></tr><tr><td>GREEN SUSTAINABLE SCIENCE TECHNOLOGY</td><td>4</td><td>7,8%</td></tr><tr><td>METEOROLOGY ATMOSPHERIC SCIENCES</td><td>4</td><td>7,8%</td></tr><tr><td>FOOD SCIENCE TECHNOLOGY</td><td>3</td><td>5,9%</td></tr><tr><td>FORESTRY</td><td>3</td><td>5,9%</td></tr><tr><td>PLANT SCIENCES</td><td>3</td><td>5,9%</td></tr><tr><td>SOIL SCIENCE</td><td>3</td><td>5,9%</td></tr></tbody></table>

Les onze principales catégories thématiques des revues de publication - 51 articles WoS à comité de lecture UMR Agronomie-2018-2019.

## Collaborations étrangères

L'UMR Agronomie collabore au total avec 32 pays différents, pour le corpus étudié. Sur les dix principaux pays, en nombre d'articles co-publiés (histogramme page suivante), 4 sont européens ; par rapport à l'ensemble des pays ayant collaboré avec l'UMR Agronomie en 2018-2019 (32 au total), 12 sont européens, soit plus du tiers (37,5%).
## 51noWoSAgro-2018-2019-Collaborations étrangères
(occurrence >2)

<figure><img src="image_28.png" /></figure>

Principales collaborations étrangères – Occurrence supérieure ou égale à 2

A partir du résultat de l'analyse WOS des pays d'affiliation de ces 51 articles, j'ai aussi créé une carte en utilisant le logiciel Cartes et Données : en important le résultat dans un document Excel à trois colonnes (nom du pays et nombre d'articles correspondant ; on ajoute le code ISO pour que le logiciel reconnaisse bien le pays), j'ai ensuite pu intégrer ce document dans le logiciel Cartes et Données et, après quelques manipulations, une carte avec des ronds de différentes tailles, proportionnelles au nombre d'articles, s'est affichée (Annexe 6-1 Carte « Articles de revue à comité de lecture 2018-2019 Agronomie Collaborations étrangères »). Cette carte représente la totalité des pays étrangers d'affiliation du corpus, pour ces deux années.

## 2 / Analyse des articles EcoSys :

Dans la base du Web of Science (WOS), il y a 105 articles dans des revues à comité de lecture publiés en 2018 et 77 en 2019, publiés par EcoSys.

J'ai donc analysé, pour ces 182 articles : les revues utilisées pour publier, les catégories thématiques de ces revues, et les collaborations étrangères.

### Revues de publication

On constate qu'il y a beaucoup de revues différentes utilisées, 87 au total (cf la liste complète des revues en Annexe 6-2). Cependant, quelques revues sont particulièrement utilisées : 30% environ des 182 articles publiés par l'UMR EcoSys entre 2018 et 2019 l'ont été dans 10 revues principalement.
<table><thead><tr><td>Source Titles</td><td>Nb d'articles</td><td>% of 182</td></tr></thead><tbody><tr><td>ENVIRONMENTAL SCIENCE AND POLLUTION RESEARCH</td><td>12</td><td>6,6%</td></tr><tr><td>SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT</td><td>10</td><td>5,5%</td></tr><tr><td>FRONTIERS IN ENVIRONMENTAL SCIENCE</td><td>8</td><td>4,4%</td></tr><tr><td>BIOGEOSCIENCES</td><td>7</td><td>3,8%</td></tr><tr><td>SOIL BIOLOGY BIOCHEMISTRY</td><td>7</td><td>3,8%</td></tr><tr><td>ANNALS OF BOTANY</td><td>6</td><td>3,3%</td></tr><tr><td>APPLIED SOIL ECOLOGY</td><td>6</td><td>3,3%</td></tr><tr><td>AGRONOMY (BASEL)</td><td>4</td><td>2,2%</td></tr><tr><td>ATMOSPHERIC ENVIRONMENT</td><td>4</td><td>2,2%</td></tr><tr><td>FRONTIERS IN MICROBIOLOGY</td><td>4</td><td>2,2%</td></tr></tbody></table>

Les dix revues principales dans lesquelles l'UMR EcoSys a publié en 2018-2019.

## Articles publiés en Open Access :

Parmi les 10 principales revues utilisées le plus fréquemment, 4 sont des revues électroniques entièrement en Open Access (en gras dans le tableau ci-dessus).

Sur un total de 182 articles présents dans le Web of Science, 48% sont publiés en Open Access (soit dans des revues Open Access, soit avec le modèle hybride). Les publications en Open Access sont donc importantes, près de la moitié des articles EcoSys, en 2018-2019. En guise de comparaison, le rapport d'évaluation de l'UMR EcoSys 2013-2018 indiquait que 23% des articles publiés sur la période 2013-2017 étaient en Open Access.

## Catégories thématiques

Le tableau ci-dessous présente les principales « WOS Categories » :

<table><thead><tr><td>Web of Science Categories</td><td>Nb d'articles</td><td>% of 182</td></tr></thead><tbody><tr><td>ENVIRONMENTAL SCIENCES</td><td>78</td><td>42,9%</td></tr><tr><td>SOIL SCIENCE</td><td>33</td><td>18,1%</td></tr><tr><td>ECOLOGY</td><td>23</td><td>12,6%</td></tr><tr><td>PLANT SCIENCES</td><td>18</td><td>9,9%</td></tr><tr><td>AGRONOMY</td><td>16</td><td>8,8%</td></tr><tr><td>GEOSCIENCES MULTIDISCIPLINARY</td><td>12</td><td>6,6%</td></tr><tr><td>ENGINEERING ENVIRONMENTAL</td><td>10</td><td>5,5%</td></tr><tr><td>METEOROLOGY ATMOSPHERIC SCIENCES</td><td>9</td><td>4,9%</td></tr><tr><td>MICROBIOLOGY</td><td>6</td><td>3,3%</td></tr><tr><td>MULTIDISCIPLINARY SCIENCES</td><td>6</td><td>3,3%</td></tr></tbody></table>

Les dix principales WOS categories ((occurrence supérieure ou égale à 6 articles) articles WoS à comité de lecture EcoSys 2018-2019
## Collaborations étrangères

L'histogramme suivant présente les principales collaborations étrangères d'EcoSys, avec au moins 3 occurrences (3 articles).

<figure><img src="image_29.png" /></figure>

La totalité des collaborations étrangères (pays d'affiliation) des 182 articles est présentée en annexe 6-2 sous forme de carte (logiciel Cartes et Données).
## Bilan du stage

Au cours de mon stage, j'ai pu réaliser différentes missions pour les UMR EcoSys et Agronomie, dans le cadre d'un chantier Qualité concernant principalement les publications des années 2018 à 2020. Malgré la durée non négligeable du stage passée en télétravail (plus de la moitié), j'ai eu l'occasion d'apprendre et de comprendre plein de choses et de me sentir utile. Je pense donc que ce stage m'aura beaucoup apporté et surtout qu'il m'aura permis d'élargir mes horizons et ma palette de compétences.

Certaines tâches effectuées pendant ces deux mois m'ont pris beaucoup de temps, et ont nécessité patience et concentration. La première situation que je citerai est la suivante : lorsque la migration de Prodinra vers HAL s'est terminée, j'ai fait des vérifications de ce qui était dans les bases EndNote et Zotero des documentalistes et qui n'était pas dans HAL, et inversement ; et j'ai eu l'occasion de repérer des doublons ou des références qui avaient disparues lors de la migration (très peu heureusement). Ce travail m'a pris environ trois jours : une journée pour l'UMR Agronomie et deux jours pour l'UMR EcoSys.

Une autre situation que je peux prendre en exemple : j'ai envoyé des mails aux chercheurs des deux UMR fin juin, avec la liste de leurs publications présentes dans EndNote (EcoSys) et Zotero (Agronomie) pour qu'ils m'indiquent s'il nous en manquait. Pour la liste de publications envoyée en réponse à ce mail par une chercheuse, 2 heures de vérifications m'ont été nécessaires, pour finalement récupérer 12 nouvelles références.

Il reste donc, à Marina Pavlidès et à Alain Bône, à poursuivre leur collecte des références de la période 2018-2022 manquantes dans leurs bases locales en vue de l'évaluation de 2023, leur signalement dans HAL, ainsi que le tri de leurs publications papier pour le déménagement à Saclay en septembre 2022. Ainsi, la base (le groupe) Zotero en réseau que j'ai créée pendant le stage continuera de leur servir, les alertes et les recherches sauvegardées également. Au sein des UMR Agronomie et EcoSys, cette migration est en effet l'occasion de collaborer davantage dans le travail effectué sur les publications : comme certains chercheurs des deux UMR travaillent en collaboration, il s'agit de constater ce qui est ou n'est pas dans HAL par rapport aux bases EndNote et Zotero, toujours dans un souci d'augmenter l'exhaustivité de ce référencement et donc sa Qualité, dans HAL comme dans les bases bibliographiques locales. Le but, à terme, est que 100% des publications récentes des deux UMR soient signalées dans HAL, avec le dépôt du texte intégral chaque fois que c'est possible. Cela s'inscrit donc bien dans la nouvelle politique Qualité 2017-2021 mise en place par INRAE, qui préconise entre autres la qualité des données et leur pérennité : la pérennité est garantie par HAL qui s'engage à conserver les données qu'elle reçoit, la qualité passe par l'exhaustivité et un meilleur signalement, avec des dépôts dans HAL réalisés en renseignant le plus de métadonnées possible.
Pour conclure

Au cours de mon stage, j'ai donc eu l'opportunité de découvrir un monde professionnel inconnu, celui de la recherche et des bibliothèques scientifiques, et donc de concilier deux de mes centres d'intérêts, à savoir les sciences et les publications, scientifiques ou non. J'ai découvert un monde fait de relations très riches entre les différents personnels, d'une grande solidarité et une volonté de progresser ensemble. De plus, j'ai eu l'occasion d'apprendre ce qu'est une démarche Qualité, concept qui m'était totalement inconnu, et j'ai donc pu répondre à la question suivante « Qu'est-ce que la Qualité dans un laboratoire ? ». Tout cela s'est révélé très instructif, j'en ressors grandie et différente.

Je pense que ce stage m'a permis de développer des capacités comme l'autonomie, la capacité d'adaptation, la compréhension rapide des choses nouvelles (comme l'utilisation de la base Zotero) et l'esprit d'initiative. J'ai beaucoup apprécié de collaborer avec les documentalistes des deux UMR et d'avoir pu les aider. Mon encadrante principale Mme Pavlidès a eu à cœur de m'apprendre beaucoup de choses, de m'apporter des explications claires, ce qui fut très enrichissant. Elle m'a fait confiance, en me confiant des tâches variées et en m'encourageant si besoin.

Au sein de mon travail, qui s'est effectué essentiellement par ordinateur, et sur les publications en général, le livre en tant que tel a tout de même été quelque peu présent. Les publications traitées sous forme électronique pouvaient être des ouvrages ou des chapitres d'ouvrages ; de même j'ai pu observer et manipuler quelques ouvrages scientifiques dans les deux bibliothèques. Cela m'a permis de découvrir de nouveaux types d'ouvrages, moi qui n'avais jamais eu l'occasion d'observer des actes de colloques notamment.

J'ai pu mettre en œuvre certaines connaissances acquises en DUT, comme l'utilisation des logiciels Word et PowerPoint, réactiver des savoirs comme ce qu'est un DOI, la « littérature grise » ou encore les licences Creative Commons.

Durant ce stage, j'ai eu l'occasion d'éprouver mes capacités d'adaptation : changement d'ordinateur, de messagerie (je n'avais jamais utilisé Outlook), situation de crise sanitaire à appréhender avec toutes ses conséquences : télétravail, puis travail en « présentiel » avec port du masque sur place...

J'ai pu m'imprégner de cette expérience professionnelle et en tirer des conclusions quant à mes projets d'avenir.
# Bibliographie

## Sites internet

AgroParisTech [en ligne], consulté le 23 juin 2020.

URL : http://www2.agroparistech.fr/.

DOAJ [en ligne], consulté le 16 juin 2020.

URL : https://doaj.org/

HAL AgroParisTech [en ligne], consulté le 1er juillet 2020.

URL : https://hal-agroparistech.archives-ouvertes.fr/.

HAL-Archives ouvertes [en ligne], consulté le 30 juin 2020.

URL : https://u-paris.fr/hal-archives-ouvertes/.

INRAE [en ligne], consulté le 5 juin 2020.

URL : https://www.inrae.fr/nous-connaitre.

INRAE information scientifique et technique [en ligne], consulté le 3 juin 2020.

URL : https://ist.inrae.fr/le-libre-acces-a-inrae/

INRAE Versailles-Grignon [en ligne], consulté le 18 juin 2020.

URL : https://www6.versailles-grignon.inrae.fr/green_chemistry_platform/Demarche-Qualite.

Intranet AgroParisTech-Se former à la science ouverte [en ligne], consulté le 7 juillet 2020.

URL : https://intra.agroparistech.fr/spip.php?article1858.

Intranet du Département AgroEcoSystem-Qualité [en ligne], consulté le 18 juin 2020.

URL : https://intranet.inrae.fr/environnement_agronomie/Qualite?ticket=ST-1174207-g1d5RVdzvcZrDphtunai-cas.

Portails institutionnels [en ligne], consulté le 1er juillet 2020.

URL : https://www.ccsd.cnrs.fr/portails-institutionnels/.

Qualité INRAE-Politique Qualité INRAE [en ligne], consulté le 18 juin 2020.

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Qualité Performance- Portail officiel de la Qualité et de la Performance en France [en ligne], consulté le 23 juin 2020.

URL : http://www.qualiteperformance.org/comprendre-la-qualite-0.

Qui sera un chercheur « publiant » ? Les réponses de l'AERES [en ligne], consulté le 27 juin 2020.

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Wikipedia-Publication scientifique [en ligne], consulté le 25 juin 2020.

URL : https://fr.wikipedia.org/wiki/Publication_scientifique .

Articles de presse

DAVID Bruno, « La science ouverte : refaire circuler le savoir librement », *The Conversation* [en ligne], 10 avril 2020, consulté le 16 juin 2020.

URL : https://theconversation.com/la-science-ouverte-refaire-circuler-le-savoir-librement-133408 .

Délégation à l'IST, « Publication scientifique-Que change l'article 30 de la loi pour une République numérique d'octobre 2016 ? », *Activ'IST, les focus de l'IST* [en ligne], juillet 2017, consulté le 30 juin 2020.

URL : https://ist.inrae.fr/produit/activist4/ .

DUQUESNES Nicolas, « Démarche qualité : Pourquoi la mettre en place ? », *Iterop* [en ligne], 13 septembre 2016, consulté le 18 juin 2020.

URL : https://www.iterop.com/pourquoi-mettre-en-place-une-demarche-qualite/ .

ROUSSEAU-HANS Françoise, OLLENDORFF Christine, « Pratiques de publications et d'accès ouvert des chercheurs français en 2019 », collection *Les Synthèses Couperin*, 2020 [en ligne], consulté le 3 juin 2020.

URL : https://hal.archives-ouvertes.fr/cea-02450327 .

VEYRIERAS Jean-Baptiste, « Science ouverte : la révolution nécessaire », *CNRS Le Journal* [en ligne], 8 janvier 2020, consulté le 16 juin 2020.

URL : https://lejournal.cnrs.fr/articles/science-ouverte-la-revolution-necessaire
## Mémoires de stage

ARCHAMBAULT Nadia, *Participation à la mise en place d'un nouvel outil de management de la Qualité : l'analyse processus*. Rapport de stage de 4ᵉ année, Institut Supérieur de l'Environnement de Trappes, UMR INRA Environnement et Grandes Cultures de Grignon, 2014, 46 p.

REBOUILLAT Violaine, *Archives ouvertes de la connaissance. Valoriser et diffuser les données de la recherche*. Mémoire de Master 2 Sciences de l'information et des bibliothèques, Spécialité Information Scientifique et Technique, Université Lyon 1, ENSSIB Lyon, 2015, 84 p. [https://www.enssib.fr/bibliothèque-numerique/notices/66039-archives-ouvertes-de-la-connaissance-valoriser-et-diffuser-les-donnees-de-recherche](https://www.enssib.fr/bibliothèque-numerique/notices/66039-archives-ouvertes-de-la-connaissance-valoriser-et-diffuser-les-donnees-de-recherche)

## Référentiel

INRA Mission Qualité. *Référentiel qualité INRA pour les unités de recherche et expérimentales*. INRA, version 2. mars 2013. 19 p.

## Revue professionnelle

GEROUDET Marie-Madeleine, « Qui, comment, combien ? Les services à la recherche au défi de l'organisation ». *Arabesques (Abes)*, no 95, octobre-décembre 2019, Dossier : Les bibliothèques au service des chercheurs - Anticiper, irriguer, accompagner, p. 4-5.

## Fiches, tutoriels

GOUZI Françoise, *Vademecum pour dépôt dans HAL, version 2*. Université Toulouse 2-Le Mirail, mars 2014. 30 diapos. [https://fr.slideshare.net/vincentbeche/vademecum-depot-halv2](https://fr.slideshare.net/vincentbeche/vademecum-depot-halv2)

LEGRAS Eva, *Aide-mémoire-Utilisation de HAL*. AgroParisTech, Direction de la recherche et de la valorisation, mai 2019. 7 p.
# Annexes

Annexe 1 Planning du stage

Annexe 2 Fiche processus « Gérer les publications et documents externes » - UMR EcoSys

Annexe 3-1 Trame Fiche Matériels - UMR Agronomie

Annexe 3-2 Trame Fiche Mode opératoire - UMR Agronomie

Annexe 4-1 Fiche Comment Déposer dans HAL-INRAE ?

Annexe 4-2 Fiche Modifier un dépôt dans HAL

Annexe 5-1 Bilan des publications UMR Agronomie (2018-2020/07)

Annexe 5-2 Bilan des publications UMR EcoSys (2018-2020/07)

Annexe 6-1 Analyse des articles à comité de lecture UMR Agronomie (2018-2019)

Annexe 6-2 Analyse des articles à comité de lecture UMR EcoSys (2018-2019)

Annexe 7 Liste des articles à comité de lecture Agronomie (2018-2020/07)
<figure><img src="image_30.png" /></figure>
Annexe 1 : Planning du stage.

<table><thead><tr><td>Dates</td><td>Missions</td><td>nouveaux outils ou ressources</td><td>formations suivies, démos, supports</td></tr></thead><tbody><tr><td>avant le stage</td><td>Quelques copies d'écran Prodinra, HAL avant migration. Recherche de biblio pour le stage Installation Zotero (ordi perso)</td><td>HAL</td><td>formation virtuelle Hal-INRAE - 30 avril 1/2 journée - Visio Prévention EcoSys sur le déconfinement - 15 mai (2h)</td></tr><tr><td>18-22 mai</td><td>Bilans début stage : Prodinra, UMR Agro, UMR EcoSys... Import base publis Agro sous Zotero ; imports ou création de de refs pour la biblio du stage ; Dépot HAL : différents dépôts avec plusieurs types de documents.</td><td>Zotero, HAL-INRAE</td><td>Environnement stage : sites web UMR... Zotero : support, aide en ligne HAL et HAL-INRAE : supports, tutoriels</td></tr><tr><td>25-29 mai</td><td>Suite des Bilans. Tableau Excel Auteurs Agro/EcoSys : suivi des alertes et recherches, des identifiants HAL Collecte Google Scholar de refs : recherches auteurs ; alerte globale sur affiliation UMR Agro Imports Agro ou Ecosys dans Zotero HAL : quelques dépôts - Création de 2 fiches Qualité sur le dépôt et la modification du dépôt</td><td>Google Scholar</td><td>Google Scholar : démonstration (visio) 20 mai matin, et support</td></tr><tr><td>1er-5 juin</td><td>Ordi portable EcoSys, prise en main, transferts fichiers et base Zotero Collecte G. Scholar : Alertes et recherches. Recherches (auteurs Agro : et alertes globales Umr Agro et Ecosys) terminées pour 2018-2020. Import nouvelles refs détectées dans Zotero, signalées aux documentalistes. Consultation, vérification des refs Ecosys existantes sous Endnote. HAL : quelques dépôts. Travail sur les deux fiches Qualité au fur et à mesure des dépôts.</td><td>EndNote, Outlook</td><td>EndNote : support</td></tr><tr><td>8-12 juin</td><td>Bilan publis EcoSys sous EndNote (smart groups). Collecte WOS : recherche auteurs et création alertes Ecosys ; import nouvelles refs détectées dans Zotero, signalées aux documentalistes. Signalement nouvelles refs : lettre électronique EcoSys-Hebdo. HAL : quelques dépôts. Travail sur la 2e fiche Qualité. Modifier un dépôt. Comparaisons de refs HAL et Zotero/Endnote (détection nouvelles refs ou erreurs...): Agro, Ecosys Point sur le Rapport : annexes, biblio.</td><td>Web of Science</td><td>Web of Science : support</td></tr><tr><td>15-19 juin</td><td>Collecte et imports de refs Agro / Ecosys. Signalement publis Lettre électronique Ecosys-Hebdo. HAL : quelques dépôts. Travail sur la 2e fiche Qualité. Modifier un dépôt. Comparaisons de refs HAL et Zotero/Endnote (détection nouvelles refs ou erreurs...): Agro / Ecosys Point sur le Rapport : annexes, biblio.</td><td></td><td></td></tr><tr><td>22-26 juin</td><td>HAL : quelques dépôts. Comparaisons avec les bases EcoSys / Agro. Création d'un tableau recensant les doublons détectés dans HAL. Collecte de refs par mails aux auteurs, impor de refs Agro sous Zotero. Création de la base Zotero en ligne. Point sur le Rapport : 1e partie</td><td></td><td>formation Google Scholar 23 juin matin</td></tr><tr><td>29 juin-3 juillet</td><td>Bilan publis fin de stage. Collecte par mails : ajout de refs à la base Zotero en ligne. HAL : quelques dépôts. Vérifications. Signalement publis : lettre électronique EcoSys-Hebdo. Impression et classement d'articles EcoSys</td><td></td><td>Démonstration EzPublish</td></tr><tr><td>6-10 juillet</td><td>HAL : quelques dépôts. Analyse WOS - indicateurs : UMR EcoSys. Liste publis UMR Agro. Point sur le Rapport : 2e partie, résumé</td><td></td><td>Démonstration WOS-Analyze Results, logiciel « Cartes et Données ». Cartes et Données : Support</td></tr><tr><td>13-17 juillet</td><td>Analyse WOS - indicateurs, UMR Agro. Rédaction finale du Rapport : production des annexes : mises à jour des bilans chiffres (nb publis, nb dépôts...). Signalement publis sur le site Web EcoSys</td><td>EzPublish</td><td></td></tr><tr><td>20-24 juillet</td><td>Dépôts dans HAL. Signalement de publis sur le site Web EcoSys. Sauvegarde des chiers et bases utilisés.</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>
<figure><img src="image_31.png" /></figure>
Annexe 2 : Fiche processus « Gérer les publications et documents externes ».

UMR EcoSys (Page 1/2)

UMR 1402 EcoSys

Versailles-Grignot

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INRA
Soutien-techn

Fiche Processus

Nom du fichier: PS_documentation-gererDOC_20190911

Version : 3

Date de création: 24/06/14, Dates de mise à jour : 13/02/15,

11/09/2019

Gérer les publications et documents externes

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Informations sur ce document

Liste des destinataires : animateurs Qualité ; personnel Ecosys via intranet Web EcoSys

Où trouver ce document :

Sommaire :

<table>
   <tr>
    <td>
     Constitution du groupe de travail
    </td>
    <td>
     1
    </td>
   </tr>
   <tr>
    <td>
     Réunions du groupe
    </td>
    <td>
     1
    </td>
   </tr>
   <tr>
    <td>
     Activités du processus
    </td>
    <td>
     2
    </td>
   </tr>
  </table>

Composition du groupe de travail :

Marina PAVLIDES,
Valérie BERGHEAUD, cellule Qualité,
Nadia ARCHAMBAULT, Stagiaire « Qualité »,

Groupe doc Ecosys-Eger [Frédérique ANGEVIN (Ecolanov), Carole BEDOS (EGC), Alain BONE (Agronomie), Philippe CAMBIER (EGC), Claudine LAURANSOT (EGC), Chantal LOYCE (Agronomie), Nicole NOË (Pessac), Marina PAVLIDES (EGC), Cornelia RUMPELL (Bioemco), Christine SIREYJOL (Pessac)]

Réunions du groupe :

24/06/2014 14h30 Travail sur la fiche processus

01/07/2014 9h30 Réunion du groupe : regard sur la fiche

Processus page suivante
Annexe 2 : Fiche processus « Gérer les publications et documents externes ».

UMR EcoSys (Page 2/2)

<figure><img src="image_33.png" /></figure>

UMR 1402 EcoSys

Versailles Cognac

<figure><img src="image_34.png" /></figure>

INRA
Agrifam Tech

Nom du fichier: PS_documentation-gerer-DOC_20190911

Version : 3

Date de création: 24/06/14, Dates de mise à jour : 13/02/15,

11/09/2019

Page 2 sur 2
<figure><img src="image_35.png" /></figure>

Enregistrement

Unité ...

Fiche signalétique d'équipement n°

Ref : E-MAT-03

Version 1

Date : 17/07/2020

page : 1/2

Identification

Nom – type d'équipement :

Marque :

Modèle :

N° de série :

Fiche de vie n°

N° d'identification interne :

N° inventaire :

Tests de mise en marche

Date de réception :

Date de mise en marche :

, par :

Succès de la mise en marche : favorable – moyen - retour au fournisseur (souligner la réponse)

Localisation

Bâtiment :

Pièce :

Responsable d'équipement

Nom du responsable :

N° poste :

Nom du suppléant :

N° poste :
<figure><img src="image_36.png" /></figure>

INRA

Unité ...

Enregistrement

Fiche signalétique d'équipement n°

Ref : E-MAT-03

Version 1

Date : 17/07/2020

page 2/2

Caractéristiques techniques

Tension d'alimentation : V

Fluides nécessaires :

Puissance : W

Caractéristiques spécifiques diverses :

Emplacement de la documentation de l'équipement (mode d'emploi) :

Caractéristiques administratives

Fournisseur ou fabriquant :

N° facture :

Valeur d'achat (HT) en euros :

Date de l'achat :

Date de fin de garantie :

N° contrat d'entretien/maintenance/vérification :

Adresse du réparateur :

N° téléphone :

Recommandations particulières (sécurité, etc, ...)

Procédures d'utilisation

Tests de fiabilité

Procédures de rangement et de nettoyage
<figure><img src="image_37.png" /></figure>

INRA
Unité

MODE OPÉRATOIRE

Réf : E-DOC-03

Version 1

date : 17/07/2020

page 69

1. Objet et domaine d'application

2. Documents de référence

3. Nom du responsable

4. Le mode opératoire

a - principe de la méthode

b - détail de la manipulation

c - calculs et interprétation des résultats

5. Matériels et réactifs (chimiques et biologiques) nécessaires

6. Hygiène et sécurité (Précautions à prendre)

7. Contraintes de la méthode (de timing, de fiabilité ...)

8. Procédures de rangement et de nettoyage
<figure><img src="image_38.png" /></figure>
Annexe 4-1 : Fiche mémo « Comment déposer dans HAL-INRAE ? » (4 pages)

INRAO

AgroParisTech

université
PARIS-Saclay

UMR 1402 ECOSYS

Enregistrement

Comment déposer dans HAL-INRAE ?
Fiche memo n°1

Nom du fichier: Depot-Hal-INRAE-Durivault-E-V1-20200520
Version : v1
Date de création : 20/05/2020
Date de mise à jour :15 juillet 2020
4 pages

Informations sur ce document

Objet : fiche memo dépôts de publications INRAE dans HAL, via le portail HAL-INRAE.

Domaine d'application : dépôt dans HAL INRAE par les documentalistes INRAE.

Personne(s) référente(s) : Marina Pavlidès (UMR INRAE AgroParisTech EcoSys Grignon)

Liste des destinataires : équipe HAL-INRAE, Eva LEGRAS (HAL-AgroParisTech), Sandra Dominique (AgroParisTech Grignon), documentalistes INRAE Grignon.

Où trouver ce document : Annexe du Rapport de stage d'Anaïs Durivault (rapport de stage, Juillet 2020). Contact M. Pavlidès UMR EcoSys Grignon.

Document associé : Modifier un dépôt dans HAL. Fiche mémo no 2 (A. Durivault, juillet 2020. Annexe du rapport de stage).

Sommaire :

I- PROCEDURE A SUIVRE

II- A SAVOIR

III- QUESTIONS/REPONSES

IV- LIENS UTILES – SUPPORTS, FICHES

Contenu de l'enregistrement :

A SAVOIR : se connecter (compte HAL), de préférence sur le portail HAL-INRAE -> davantage de métadonnées proposées.

I- PROCEDURE A SUIVRE

1er étape : Déposer le fichier

↔ Cocher « Afficher la vue détaillée » pour plus de possibilités.

DOI-> permet de préremplir un certain nombre de métadonnées et de retrouver directement le fichier.

<table><thead><tr><td></td><td>Rédacteur(s)</td><td>Vérificateur(s) éventuel(s)</td><td>Approbateur(s) éventuel(s)</td></tr></thead><tbody><tr><td>Nom :</td><td>DURIVAULT Anaïs</td><td></td><td>PAVLIDES Marina,</td></tr><tr><td>Fonction :</td><td>Stagiaire</td><td></td><td>Documentaliste, encadrante</td></tr><tr><td>Date du visa :</td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>
### **Article de revue :**

- Si l'article est en libre accès et sous licence Creative Commons, on peut joindre le PDF (version finale éditeur) dans tous les cas.

- Si l'article est en libre accès mais pas sous licence CC, joindre la version postprint de l'auteur mais pas la version finale éditeur (sauf si celui-ci l'autorise).

- Si l'article n'est pas en libre accès : Dépôt version auteur (postprint) possible dans certains cas (cf la Loi numérique : au moins 1 auteur français, la moitié du financement au moins sur fonds publics, embargo 6 mois en sciences exactes, 12 mois en SHS...).

Dépôt de preprint (article soumis): non - ne pas le faire en tant que documentaliste (version non corrigée). Certains auteurs déposent des preprints, ce doit être leur choix.

Préciser le type de fichier (auteur = postprint ou preprint, ou bien éditeur = version finale) et son origine. Pour une licence CC, choisir « j'ai vérifié que l'éditeur autorise... sur une archive ouverte»

↔ Par simplicité : on peut créer une notice sans joindre de fichier : il suffit d'aller directement à la 2e étape. Le dépôt pourra être effectué (ou pas) dans un 2e temps, par l'auteur ou la documentaliste, après avoir vérifié le droit de déposer ou non (Loi numérique), et quelle version de fichier est déposable.

### **Pour ne pas créer de doublon :**

Avant de déposer, vérifier que la publication n'est pas déjà dans HAL en faisant une recherche sur l'Archive ouverte totale HAL (et pas seulement sur HAL-INRAE car une erreur d'affiliation peut empêcher une publication d'être identifiée comme INRAE).

## 2ᵉ étape : Compléter les métadonnées du document

→ **Type de document** : articles-> « Research article » en général (90% des cas). Autres types possibles : Letter, Review... Le type Editorial n'a pas été prévu, noter Editorial entre parenthèses en fin de titre pour l'indiquer.

→ **Domaine** : Environnement OU Sciences du vivant (sauf exceptions).
**ATTENTION** : penser à réduire le(s) domaine(s) après avoir sélectionné le(s) domaine(s) souhaités. Sinon cela peut être bloquant.

→ **Résumé** : possible de le rajouter sans problème (accessible sur les sites éditeurs).

→ **Mots-clés auteur** : à récupérer sur le site de la revue (parfois absents).

→ ** pagination** : mettre les pages des articles (ex : 75-78) ; à défaut un nombre de pages ex 20 p.

→ **Numéro d'article** : remplace souvent la pagination (à distinguer du DOI).

↔ **Cocher** « Afficher la liste complète des métadonnées » : plus on en met mieux c'est !

Indiquer le financement si possible (cf. en 1ᵉ page ou fin d'article), projet ANR...

Indiquer l'identifiant WOS si possible : Identifiant → menu déroulant → choisir WOS.

## 3ᵉ étape : Compléter les données auteur(s)

**ATTENTION** : Privilégier la forme acceptée et actuelle (en vert) pour noms+affiliations des auteurs !

**Exception** : articles avant 2020 : affiliation rouge (INRA et non INRAE) car périmée.
↔ Cocher « Afficher toutes les options ».

## 4ᵉ étape : Valider le dépôt

**ATTENTION** : pas de transfert vers PubMed/ArXiv... en tant que documentaliste (car nécessite accord auteurs, c'est leur choix).

## II A SAVOIR

1. Vérification manuelle systématique des dépôts avant leur mise en ligne -> Mon espace > Mes dépôts > Documents en attente de vérification. Possibilité consulter/supprimer MAIS PAS de modifier (si l'on a le rôle de patrouilleur technique).

2. **ATTENTION** aux règles de nommage pour les fichiers joints : Année_Nom du 1er auteur_Titre revue OU Année_Nom du 1er auteur_Editeur.

3. **Métadonnée « infrastructure » (spécifique INRAE) :** ne s'applique qu'aux Unités Expérimentales (« UE ») ou plateformes techniques d'INRAE -> NE RIEN METTRE en général, sauf si la publication cite une UE, une plateforme ex Biochem-Environnement,...

4. **Cas des chapitres d'ouvrage :** pagination-> champ « page/identifiant ».

5. **Annulation d'un dépôt :** En cas d'erreur dans un dépôt, si vous souhaitez l'annuler, revenir en arrière avec la flèche « Back » ou sélectionner un autre formulaire que celui de dépôt (« Recherche » ou « Accueil »...) -> un message « Vous vous apprêtez à quitter le formulaire, voulez-vous conserver les données saisies ? » apparaît. Cliquer sur « non » et quitter le dépôt.

**ATTENTION** : Lorsque vous revenez dans la rubrique « dépôt », pensez à bien **effacer** les données restantes du précédent dépôt. Dans tous les cas : **bien vérifier toutes les données renseignées avant de valider un dépôt !**

↔ Pour que les données du dépôt annulé ne persistent pas, ouvrir un **nouvel onglet**, ouvrir HAL-INRAE (normalement vous serez toujours connecté) et **retourner** dans dépôt.

## III QUESTIONS/REPONSES

- Peut-on déposer un article sous presse ? oui, il suffit de cocher la case « à paraître ».

- Pages ou identifiant ? mettre la plage de pages de l'article si on l'a.
Sinon mettre l'identifiant/n° de l'article (souvent en haut à côté du titre) dans le champ « numéro d'article » (et non dans la pagination).

**ATTENTION** car il y a aussi le champ « numéro (numéro de la revue), « numéro spécial de la revue » ...ne pas confondre.

On peut ne rien mettre-> page/identifiant n'est pas un champ obligatoire (astérisque rouge).

- Difficultés à trouver un auteur ? Essayer de rechercher par la structure ou de changer l'orthographe du nom (essayer sans accent par exemple...). Rechercher **Prénom Nom**.

- Faut-il remplir le champ « sous-titre » ? articles/chapitres d'ouvrages = PAS de sous-titre ; monographies= sous-titre POSSIBLE.

- Faut-il toujours privilégier les affiliations vertes ? **Cas des auteurs INRAE**

* Références datées de 2020 : choisir l'affiliation INRAE **verte**.

* Références datées d'avant 2020 : choisir l'affiliation INRAE **rouge** (rouge = périmée).
- Comment trouver le bon domaine ? trouver un mot-clé décrivant le sujet de la référence et le renseigner dans la section « Filtrer par nom ». (Exemple Sol ou Environnement...).

- Quand faut-il remplir le champ « Licence » ? Si la référence est sous licence CC (Creative Commons), le renseigner. Le type de licence CC est indiqué en 1e ou dernière page de l'article.

IV LIENS UTILES – SUPPORTS, FICHES

- Distinguer un fichier auteur d'un fichier éditeur :

https://doc.archives-ouvertes.fr/tutoriels/comment-distinguer-un-fichier-auteur-dun-fichier-editeur/

Comment qualifier mon fichier : fichier auteur ou fichier éditeur ? https://doc.archives-ouvertes.fr/tutoriels/comment-qualifier-mon-fichier/

- Modifier/supprimer immédiatement un dépôt qui vient d'être effectué :

https://doc.archives-ouvertes.fr/gerer-ses-depots/

- Tutoriels HAL :

https://www.ccsd.cnrs.fr/tutoriel-video-le-depot-dans-hal/.

- Supports de formation – fiches :

https://doc.archives-ouvertes.fr/deposer/.

https://hal.inrae.fr/page/a-lattention-du-deposant.

HAL-INRAE. « Quelques conseils et précisions pour bien débuter dans HAL», 2020, 2 p. (pdf).

https://hal.sorbonne-universite.fr/public/Deposer_en_Sciences.pdf.

Gouzi, Françoise. « Vademecum pour dépôt dans HAL », 2014, Université Toulouse II, 30 p.

https://fr.slideshare.net/vincentbeche/vademecum-depot-halv2

Legras, Eva. Atelier HAL : Débuter dans HAL et apprendre à déposer. Support de formation, Grignon, janvier 2020, HAL-AgroParisTech, powerpoint.

Maleyran-Reymond Marie-Pierre, Massart Isabelle, Tang Cathy. « HALINRAE : Du Dépôt à la Modération», support de formation, mars 2020, 71 p. https://ist.inrae.fr/produit/hal-inrae-formation/

Maleyran-Reymond Marie-Pierre, Massart Isabelle, Tang Cathy. « Extraits- HALINRAE : Du Dépôt à la Modération ». Support de formation, 2020, 8 p.
# Annexe 4-2 : Fiche mémo « Modifier un dépôt dans HAL » (4 pages)

INRAE

AgroParisTech

université
PARIS-SACLAY

UMR 1402 ECOSYS

Enregistrement

Modifier un dépôt dans HAL

Fiche mémo n°2

Nom du fichier : Modifier-Depot-

Hal-Durivault-E-V1-20200529

Version : v1

Date de création : 29/05/2020

Date de mise à jour : 15 juillet
2020

4 pages

## Informations sur ce document

**Objet** : fiche mémo Modifier un dépôt enregistré dans HAL / apporter des corrections ultérieures.

**Domaine d'application** : modification d'un dépôt dans HAL par les documentalistes INRAE « patrouilleurs techniques ».

**Personne(s) référente(s)** : Marina Pavlidès (UMR INRAE AgroParisTech EcoSys Grignon)

**Liste des destinataires** : équipe HAL-INRAE, Eva LEGRAS (HAL-AgroParisTech), Sandra Dominique (AgroParisTech Grignon), documentalistes INRAE Grignon.

**Où trouver ce document** : Annexe du Rapport de stage d'Anaïs Durivault (rapport de stage, Juillet 2020). Contact M. Pavlidès UMR EcoSys Grignon.

**Document associé** : Comment déposer dans HAL-INRAE ? Fiche mémo no 1 (A. Durivault, juillet 2020. Annexe du rapport de stage).

## Sommaire :

- I- MODIFIER UNE NOTICE SEULE : PATROUILLAGE

- II- MODIFIER UNE NOTICE A LAQUELLE EST LIE UN FICHIER JOINT : MODERATION

- III- CORRIGER UNE REFERENCE (AVEC OU SANS FICHIER JOINT) DEJA PRESENTE DANS HAL

- IV- CAS DU PATROUILLEUR + REFERENT STRUCTURE

- V- LIENS UTILES – SUPPORTS, FICHES

## Contenu de l'enregistrement :

### I- MODIFIER UNE NOTICE SEULE : PATROUILLAGE

#### Procédure à suivre

1- Se connecter à HAL-INRAE.

2- Aller dans l'onglet « Privilèges ».

3- Choisir l'option « Patrouillage ».

4- Est alors visible la **liste des notices** en attente de patrouillage (avec au moins une affiliation de la structure où travaille le patrouilleur).

<table><thead><tr><td></td><td>Rédacteur(s)</td><td>Vérificateur(s) éventuel(s)</td><td>Approbateur(s) éventuel(s)</td></tr></thead><tbody><tr><td>Nom :</td><td>DURIVAULT Anaïs</td><td></td><td>PAVLIDES Marina,</td></tr><tr><td>Fonction :</td><td>Stagiaire</td><td></td><td>Documentaliste, encadrante</td></tr><tr><td>Date du visa :</td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>
5- Cliquer sur la notice que l'on souhaite vérifier.

6- Relire la notice et repérer les erreurs éventuelles.

7- Si pas de modifications à faire-> cliquer sur « patrouiller » (= notice considérée comme vue, validée qui disparaît donc de l'espace « patrouillage »).

8- Si modifications à faire-> cliquer sur « Editer » en bas de la page.

- Corriger les métadonnées **successivement** (ajouter/enlever un domaine, une affiliation...).

**ATTENTION :** pour enregistrer ces corrections, cliquer sur le bouton « **Modifier le dépôt** » (=le bouton « Valider le dépôt » est inopérant, ne pas en tenir compte) !

→ Cette opération « Editer » > « **Modifier le dépôt** » peut être répétée plusieurs fois.

9- Les modifications peuvent se faire à la fois sur les **métadonnées** du document et sur la partie des données auteur(s).

10- Modifications de la partie « compléter les données auteur(s) » : possibilité de faire glisser l'auteur pour le déplacer entre deux autres -> **bouton devant le nom !**

11- Relire une dernière fois. Si tout est bon -> « **Patrouiller** ».

12- La notice devient une « **notice patrouillée** » et disparaît de son espace « patrouillage » mais aussi des espaces patrouillages de ceux qui l'avaient -> **elle est alors en ligne sur HAL** !

## II- MODIFIER UNE NOTICE A LAQUELLE EST LIE UN FICHIER JOINT : MODERATION

### Procédure à suivre

→ Se connecter à HAL-INRAE.

→ Aller dans l'onglet « Privilèges ».

→ Choisir l'option « Modération » puis « vérifier ».

→ Est alors visible la **liste des notices** avec pièce jointe à vérifier, avec le **nom** du déposant, la **date** du dépôt, le **type** de document (au moins une affiliation de la structure où travaille le patrouilleur).

**Comment sait-on qu'une pièce jointe (PDF ou image) est attachée à la référence ?**
Présence d'un **symbole** devant le titre.

→ Cliquer sur **Editer** pour effectuer des modifications (sur les **informations** du dépôt du fichier joint et/ou sur les **métadonnées** de la notice).

→ Choisir « **Transformer en notice** » si l'on a besoin d'annuler la pièce jointe (ex : l'article n'est pas sous licence CC).

→ Cliquer sur **Enregistrer** (de même si l'on revérifie, si l'on édite à nouveau...).

→ Cliquer sur « **mettre en ligne** » -> la notice est alors validée ainsi que la pièce jointe associée.

### ATTENTION :

- Comme il y a un fichier joint, la notice + le fichier ne sont **pas immédiatement visibles** dans HAL !

- Si le fichier joint est un **article sous licence CC** = vérifier qu'il n'y a pas d'embargo, et sélectionner « J'ai vérifié que cet éditeur fait partie de ceux qui autorisent le dépôt des fichiers éditeurs sur une **archive ouverte** ».
<figure><img src="image_39.png" /></figure>

**Article sous licence Creative Commons :**

→ Vérifier le bon nommage du fichier : **Année Auteur Revue en abrégé (+ Pages ou 1<sup>e</sup> mot du titre si plusieurs articles dans le même cas).**

→ Dans la case « Visibilité/Embargo » : choisir **immédiatement** (=pas d'embargo).

→ Choisir « j'ai vérifié que cet éditeur fait partie de ceux qui autorisent le dépôt des fichiers éditeurs sur 1 archive ouverte » ou « les fichiers que je dépose sont des fichiers produits par l'auteur ».

→ Dans la métadonnée licence, indiquer le **type** de licence. Ex : CC BY NC ND.

**ATTENTION** : si un fichier joint est rajouté dans un deuxième temps, à une notice déjà validée (patrouillée) dans HAL : la notice et le fichier joint se retrouvent alors dans l'espace « **modération** » pour vérification du fichier.

### III- CORRIGER UNE REFERENCE (AVEC OU SANS FICHIER JOINT) DEJA PRESENTE DANS HAL

**Procédure à suivre**

→ Se **connecter** avec son compte HAL.

→ Aller sur la **notice** avec le n<sup>o</sup> HAL (ou avec le n<sup>o</sup>DOI en faisant « recherche avancée »).

→ Cliquer sur **afficher** la liste complète des métadonnées.

→ Cliquer sur le bouton « **Modifier les métadonnées** ».

→ Effectuer les **corrections** nécessaires.

→ Enregistrer en cliquant sur le bouton « **Modifier le dépôt** » en bas de page (et non pas sur le bouton « Valider le dépôt » inopérant).

**ATTENTION** : en effet un patrouilleur peut **corriger** 1 fiche après coup, à condition que 1 des auteurs soit de la **même structure** que le patrouilleur.

## IV CAS DU PATROUILLEUR + REFERENT STRUCTURE

→ Lorsqu'on est patrouilleur-valideur technique pour une Unité : on peut modifier les dépôts faits par soi-même ou par des auteurs de son Unité.

→ Lorsqu'on est patrouilleur-valideur technique + **référent structure de son Unité**, on peut modifier **tous les dépôts avec au moins un auteur affilié** à son unité (quel que soit le déposant et son organisme et laboratoire d'origine), pour corriger la totalité de la production de son Unité dans HAL.

**Cas d'une personne qui est patrouilleur+ référente structure**

Possibilité de :

* Mettre en **ligne** (tout est correct, aucune erreur).

* **Editer** (modifier les métadonnées).

* Transférer en **modération** dans HAL.

* Demander des **modifications** au déposant.

* Demander une **expertise**.

* **Annoter**.
* **Transformer** en notice (enlever la pièce jointe).

* Refuser.

* **Supprimer** (effacer la notice et le doc joint, par exemple s'il y a un doublon).

# V LIENS UTILES. SUPPORTS, FICHES

HAL Documentation : Pages Web et petites videos :

- **Modifier/supprimer un dépôt qui vient d'être effectué, avant mise en ligne** :

https://doc.archives-ouvertes.fr/deposer/completer-le-depot/

https://doc.archives-ouvertes.fr/gerer-ses-depots/

https://doc.archives-ouvertes.fr/tutoriels/modifier-suite-a-une-demande-de-la-moderation/

https://doc.archives-ouvertes.fr/tutoriels/mon-espace-de-gestion/

- **Modifier un dépôt que l'on avait effectué soi-même, après mise en ligne** :

https://doc.archives-ouvertes.fr/tutoriels/modifier-un-depot-deja-en-ligne/

## SUPPORTS et WIKI HAL-INRAE :

https://sites.inra.fr/site/reseau-ist/halinrae/wikihalinrae/Pages/PatrouillageDepots.aspx

Maleyran-Reymond Marie-Pierre, Massart Isabelle, Tang Cathy. « HALINRAE : Du Dépôt à la Modération», support de formation, mars 2020, 71 p. https://ist.inrae.fr/produit/hal-inrae-formation/

Maleyran-Reymond Marie-Pierre, Massart Isabelle, Tang Cathy. « Extraits- HALINRAE : Du Dépôt à la Modération ». Support de formation, 2020, 8 p.
Annexe 5-1 : Bilan des publications Agronomie 2018-2020/07

(nombre de références dans la base Zotero, et pourcentage dans Hal)

<table><caption>Bilan des publications Agronomie - 16 juillet 2020 (nombre de références et pourcentage dans Hal)</caption><thead><tr><th rowspan="2">UMR AGRONOMIE</th><th>2017 pour mémoire</th><th>2017 pour mémoire</th><th>2017 pour mémoire</th><th>2018</th><th>2018</th><th>2018</th><th>2019</th><th>2019</th><th>2019</th><th>2020/07</th><th>2020/07</th><th>2020/07</th></tr><tr><th>total dans Zotero</th><th>Nb dans HAL</th><th>% dans HAL</th><th>total dans Zotero</th><th>Nb dans HAL</th><th>% dans HAL</th><th>total dans Zotero</th><th>Nb dans HAL</th><th>% dans HAL</th><th>total dans Zotero</th><th>Nb dans HAL</th><th>% dans HAL</th></tr></thead><tbody><tr><td>ARTICLES CL avec comité de lecture</td><td>41</td><td>39</td><td>95%</td><td>31 (+2)</td><td>28</td><td>90%</td><td>23 (+2)</td><td>17</td><td>74%</td><td>18 (+13)</td><td>11</td><td>61%</td></tr><tr><td>ARTICLES sans comité (techniques ou vulgarisation)</td><td>15</td><td>8</td><td>53%</td><td>7 (+3)</td><td>4</td><td>57%</td><td>11 (+6)</td><td>10</td><td>91%</td><td>2 (+0)</td><td>1</td><td>50%</td></tr><tr><td>OUVRAGES et DIRECTION D'OUVRAGES</td><td>0</td><td>0</td><td></td><td>7 (+5)</td><td>5</td><td>71%</td><td>3 (+1)</td><td>3</td><td>100%</td><td>0</td><td>0</td><td></td></tr><tr><td>CHAPITRES D'OUVRAGES</td><td>2</td><td>2</td><td>100%</td><td>7 (+1)</td><td>2</td><td>29%</td><td>4 (+1)</td><td>2</td><td>50%</td><td>4 (+1)</td><td>1</td><td>25%</td></tr><tr><td>RAPPORTS et chapitres de rapports</td><td>0</td><td>0</td><td></td><td>3 (+2)</td><td>3</td><td>100%</td><td>8 (+5)</td><td>7</td><td>88%</td><td>5 (+0)</td><td>4</td><td>80%</td></tr><tr><td>COLLOQUES (communication orales, posters)</td><td>6</td><td>1</td><td>17%</td><td>58 (+41)</td><td>&gt;=35</td><td>&gt;=60%</td><td>32 (+19)</td><td>&gt;=12</td><td>&gt;=38%</td><td>1 (+0)</td><td>0</td><td>0%</td></tr><tr><td>THESES encadrées ou co-encadrées</td><td>1</td><td>0</td><td>0%</td><td>0</td><td>0</td><td></td><td>3 (+2)</td><td>1</td><td>33%</td><td>1 (+0)</td><td>0</td><td>0%</td></tr><tr><td>RAPPORTS DE STAGE encadrés ou co-encadrés</td><td>0</td><td>0</td><td>non signalés</td><td>0</td><td>0</td><td>non signalés</td><td>1 (+0)</td><td>0</td><td>non signalés</td><td>0</td><td>0</td><td>non signalés</td></tr><tr><td>MEMOIRES DE HDR</td><td>0</td><td>0</td><td></td><td>0</td><td>0</td><td></td><td>0</td><td>0</td><td></td><td>0</td><td>0</td><td></td></tr><tr><td>TOTAL Publications Agronomie (sauf autres productions diverses) - au 16 juillet 2020</td><td>65</td><td>50</td><td>77%</td><td>113 (+53)</td><td>&gt;=77</td><td>&gt;=68%</td><td>85 (+36)</td><td>&gt;=52</td><td>&gt;=61%</td><td>31 (+14)</td><td>17</td><td>55%</td></tr></tbody></table>

Le nombre entre parenthèses indique le nombre de références collectées entre le 1er juin et le 16 juillet 2020
<figure><img src="image_40.png" /></figure>
Annexe 5-2 : Bilan des publications EcoSys 2018-2020/07

(nombre de références dans la base EndNote, et pourcentage dans Hal)

<table><caption>Bilan des publications EcoSys - 16 juillet 2020 (nombre de références et pourcentage dans Hal)</caption><thead><tr><th rowspan="2">UMR ECOSYS</th><th>2017 pour mémoire</th><th>2017 pour mémoire</th><th>2017 pour mémoire</th><th>2018</th><th>2018</th><th>2018</th><th>2019</th><th>2019</th><th>2019</th><th>2020/07</th><th>2020/07</th><th>2020/07</th></tr><tr><th>total dans EndNote</th><th>Nb dans HAL</th><th>% dans HAL</th><th>total dans EndNote</th><th>Nb dans HAL</th><th>% dans HAL</th><th>total dans EndNote</th><th>Nb dans HAL</th><th>% dans HAL</th><th>total dans EndNote</th><th>Nb dans HAL</th><th>% dans HAL</th></tr></thead><tbody><tr><td>ARTICLES CL avec comité de lecture</td><td>104</td><td>104</td><td>100%</td><td>109 (+0)</td><td>109</td><td>100%</td><td>85 (+1)</td><td>84</td><td>99%</td><td>75 (+26)</td><td>59</td><td>79%</td></tr><tr><td>ARTICLES sans comité (techniques ou vulgarisation)</td><td>12</td><td>10</td><td>83%</td><td>5 (+1)</td><td>5</td><td>100%</td><td>5 (+0)</td><td>5</td><td>100%</td><td>2 (+1)</td><td>1</td><td>50%</td></tr><tr><td>OUVRAGES et DIRECTION D'OUVRAGES</td><td>5</td><td>4</td><td>80%</td><td>1 (+1)</td><td>1</td><td>100%</td><td>3 (+0)</td><td>3</td><td>100%</td><td>1 (+1)</td><td>0</td><td>0%</td></tr><tr><td>CHAPITRES D'OUVRAGES</td><td>15</td><td>9</td><td>60%</td><td>21 (+3)</td><td>19</td><td>90%</td><td>20 (+3)</td><td>15</td><td>75%</td><td>5 (+3)</td><td>1</td><td>20%</td></tr><tr><td>RAPPORTS et chapitres de rapports</td><td>16</td><td>3</td><td>19%</td><td>6 (+1)</td><td>2</td><td>33%</td><td>3 (+0)</td><td>1</td><td>33%</td><td>2 (+1)</td><td>2</td><td>100%</td></tr><tr><td>COLLOQUES (communication orales, posters)</td><td>195</td><td>&gt;=141</td><td>&gt;=72%</td><td>120 (+22)</td><td>&gt;=69</td><td>&gt;=57%</td><td>160 (+54)</td><td>&gt;=74</td><td>&gt;=46%</td><td>7 (+5)</td><td>2</td><td>29%</td></tr><tr><td>THESES encadrées ou co-encadrées</td><td>6</td><td>5</td><td>83%</td><td>5 (+0)</td><td>1</td><td>20%</td><td>3 (+1)</td><td>2</td><td>67%</td><td>1 (+0)</td><td>0</td><td>0%</td></tr><tr><td>RAPPORTS DE STAGE encadrés ou co-encadrés</td><td>29</td><td>5</td><td>non signalés</td><td>6 (+0)</td><td>0</td><td>non signalés</td><td>17 (+2)</td><td>0</td><td>non signalés</td><td>1 (+0)</td><td>0</td><td>non signalés</td></tr><tr><td>MEMOIRES DE HDR</td><td>2</td><td>1</td><td>50%</td><td>1</td><td>1</td><td>100%</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>TOTAL Publications EcoSys (sauf autres productions diverses) - au 16 juillet 2020</td><td>384</td><td>&gt;=282</td><td>&gt;=73%</td><td>274 (+28)</td><td>&gt;=207</td><td>&gt;=75%</td><td>296 (+61)</td><td>&gt;=184</td><td>&gt;=62%</td><td>94 (+37)</td><td>65</td><td>69%</td></tr></tbody></table>

Le nombre entre parenthèses indique le nombre de références collectées entre le 25 mai et le 16 juillet 2020
<figure><img src="image_41.png" /></figure>
# Annexe 6-1 : Analyse des articles à comité de lecture Agronomie 2018-2019 présents dans le Web of Science.

51 articles - Années : 2018 (31 articles) et 2019 (20 articles).

Langue : 49 articles en anglais, 2 articles en français.

## 1 / Liste complète des revues de publication :

<table><thead><tr><td>Source Titles</td><td>records</td><td>% of 51</td></tr></thead><tbody><tr><td>AGRICULTURAL AND FOREST METEOROLOGY</td><td>3</td><td>5,9%</td></tr><tr><td>FIELD CROPS RESEARCH</td><td>3</td><td>5,9%</td></tr><tr><td>AGRONOMY FOR SUSTAINABLE DEVELOPMENT</td><td>2</td><td>3,9%</td></tr><tr><td>CAHIERS AGRICULTURES</td><td>2</td><td>3,9%</td></tr><tr><td>EUROPEAN JOURNAL OF AGRONOMY</td><td>2</td><td>3,9%</td></tr><tr><td>GEODERMA</td><td>2</td><td>3,9%</td></tr><tr><td>PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA</td><td>2</td><td>3,9%</td></tr><tr><td>SCIENTIFIC REPORTS</td><td>2</td><td>3,9%</td></tr><tr><td>AGRICULTURAL SYSTEMS</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>AGRICULTURE ECOSYSTEMS ENVIRONMENT</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>AGRONOMY BASEL</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>AGRONOMY JOURNAL</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>ANIMAL</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>BIOMASS BIOENERGY</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>CEREAL CHEMISTRY</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>COMPUTERS AND ELECTRONICS IN AGRICULTURE</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>CROP PROTECTION</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>DATA IN BRIEF</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>ECOGRAPHY</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>ECOLOGICAL MODELLING</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>ENVIRONMENTAL CHEMISTRY LETTERS</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>ENVIRONMENTAL HEALTH PERSPECTIVES</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>ENVIRONMENTAL RESEARCH LETTERS</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>EUROPEAN JOURNAL OF PLANT PATHOLOGY</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>FOOD AND BIOPROCESS TECHNOLOGY</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>FRONTIERS IN SUSTAINABLE FOOD SYSTEMS</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>GLOBAL CHANGE BIOLOGY</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>INDUSTRIAL CROPS AND PRODUCTS</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>JOURNAL OF CLEANER PRODUCTION</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>JOURNAL OF ENVIRONMENTAL MANAGEMENT</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>JOURNAL OF PEST SCIENCE</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>LAND USE POLICY</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>NATURE COMMUNICATIONS</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>NUTRIENT CYCLING IN AGROECOSYSTEMS</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td>OCL OILSEEDS AND FATS CROPS AND LIPIDS</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>PEST MANAGEMENT SCIENCE</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>PHYTOPATHOLOGY</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>RESEARCH SYNTHESIS METHODS</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>SCIENTIFIC DATA</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>SUSTAINABILITY</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr></table>

## 2 / Catégories thématiques (Wos Categories) :

<table><thead><tr><td>Web of Science Categories</td><td>Nb d'articles</td><td>% of 51</td></tr></thead><tbody><tr><td>AGRONOMY</td><td>19</td><td>37,3%</td></tr><tr><td>ENVIRONMENTAL SCIENCES</td><td>9</td><td>17,6%</td></tr><tr><td>MULTIDISCIPLINARY SCIENCES</td><td>8</td><td>15,7%</td></tr><tr><td>AGRICULTURE MULTIDISCIPLINARY</td><td>5</td><td>9,8%</td></tr><tr><td>ECOLOGY</td><td>4</td><td>7,8%</td></tr><tr><td>GREEN SUSTAINABLE SCIENCE TECHNOLOGY</td><td>4</td><td>7,8%</td></tr><tr><td>METEOROLOGY ATMOSPHERIC SCIENCES</td><td>4</td><td>7,8%</td></tr><tr><td>FOOD SCIENCE TECHNOLOGY</td><td>3</td><td>5,9%</td></tr><tr><td>FORESTRY</td><td>3</td><td>5,9%</td></tr><tr><td>PLANT SCIENCES</td><td>3</td><td>5,9%</td></tr><tr><td>SOIL SCIENCE</td><td>3</td><td>5,9%</td></tr><tr><td>AGRICULTURAL ENGINEERING</td><td>2</td><td>3,9%</td></tr><tr><td>BIODIVERSITY CONSERVATION</td><td>2</td><td>3,9%</td></tr><tr><td>ENGINEERING ENVIRONMENTAL</td><td>2</td><td>3,9%</td></tr><tr><td>ENTOMOLOGY</td><td>2</td><td>3,9%</td></tr><tr><td>ENVIRONMENTAL STUDIES</td><td>2</td><td>3,9%</td></tr><tr><td>AGRICULTURE DAIRY ANIMAL SCIENCE</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>BIOTECHNOLOGY APPLIED MICROBIOLOGY</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>CHEMISTRY APPLIED</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>CHEMISTRY MULTIDISCIPLINARY</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>COMPUTER SCIENCE INTERDISCIPLINARY APPLICATIONS</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>ENERGY FUELS</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>HORTICULTURE</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>MATHEMATICAL COMPUTATIONAL BIOLOGY</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>PUBLIC ENVIRONMENTAL OCCUPATIONAL HEALTH</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>TOXICOLOGY</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr><tr><td>VETERINARY SCIENCES</td><td>1</td><td>2,0%</td></tr></tbody></table>

Les « WOS categories » sont des domaines dans lesquelles sont classées les revues de publication des articles.

Une revue peut appartenir à plusieurs catégories.
## 3 / Collaborations étrangères :

Lorsqu'on a 1 ou plusieurs affiliations d'un même pays dans un article, on compte 1 collaboration de ce pays.

La carte (réalisée avec le logiciel « Cartes&Données ») présente la totalité des collaborations étrangères du corpus des 51 articles 2018-2019 de l'UMR d'Agronomie.

<figure><img src="image_42.png" /><figcaption>Carte « 51noWoSAgro-2018-2019-Collaborations étrangères »
(logiciel « Cartes et Données »)</figcaption></figure>
<figure><img src="image_43.png" /></figure>
Annexe 6-2 : Analyse des articles à comité de lecture EcoSys 2018-2019
présents dans le Web of Science.

182 articles Années : 2018 (105 articles) et 2019 (77 articles).

Langue : 179 articles en anglais, 3 en français.

1 / Liste complète des revues de publication :

<table><thead><tr><td>Source Titles</td><td>Nb d'articles</td><td>% of 182</td></tr></thead><tbody><tr><td>ENVIRONMENTAL SCIENCE AND POLLUTION RESEARCH</td><td>12</td><td>6,6%</td></tr><tr><td>SCIENCE OF THE TOTAL ENVIRONMENT</td><td>10</td><td>5,5%</td></tr><tr><td>FRONTIERS IN ENVIRONMENTAL SCIENCE</td><td>8</td><td>4,4%</td></tr><tr><td>BIOGEOSCIENCES</td><td>7</td><td>3,8%</td></tr><tr><td>SOIL BIOLOGY BIOCHEMISTRY</td><td>7</td><td>3,8%</td></tr><tr><td>ANNALS OF BOTANY</td><td>6</td><td>3,3%</td></tr><tr><td>APPLIED SOIL ECOLOGY</td><td>6</td><td>3,3%</td></tr><tr><td>AGRONOMY BASEL</td><td>4</td><td>2,2%</td></tr><tr><td>ATMOSPHERIC ENVIRONMENT</td><td>4</td><td>2,2%</td></tr><tr><td>FRONTIERS IN MICROBIOLOGY</td><td>4</td><td>2,2%</td></tr><tr><td>GEODERMA</td><td>4</td><td>2,2%</td></tr><tr><td>AGRONOMY FOR SUSTAINABLE DEVELOPMENT</td><td>3</td><td>1,6%</td></tr><tr><td>CHEMOSPHERE</td><td>3</td><td>1,6%</td></tr><tr><td>ENVIRONMENTAL MODELLING SOFTWARE</td><td>3</td><td>1,6%</td></tr><tr><td>ENVIRONMENTAL POLLUTION</td><td>3</td><td>1,6%</td></tr><tr><td>EUROPEAN JOURNAL OF SOIL SCIENCE</td><td>3</td><td>1,6%</td></tr><tr><td>FIELD CROPS RESEARCH</td><td>3</td><td>1,6%</td></tr><tr><td>JOURNAL OF ENVIRONMENTAL MANAGEMENT</td><td>3</td><td>1,6%</td></tr><tr><td>SCIENTIFIC REPORTS</td><td>3</td><td>1,6%</td></tr><tr><td>AGRICULTURAL AND FOREST METEOROLOGY</td><td>2</td><td>1,1%</td></tr><tr><td>AGRICULTURE ECOSYSTEMS ENVIRONMENT</td><td>2</td><td>1,1%</td></tr><tr><td>AGROFORESTRY SYSTEMS</td><td>2</td><td>1,1%</td></tr><tr><td>ECOLOGICAL ENGINEERING</td><td>2</td><td>1,1%</td></tr><tr><td>ECOTOXICOLOGY AND ENVIRONMENTAL SAFETY</td><td>2</td><td>1,1%</td></tr><tr><td>ENVIRONMENTAL EVIDENCE</td><td>2</td><td>1,1%</td></tr><tr><td>FRONTIERS IN ECOLOGY AND EVOLUTION</td><td>2</td><td>1,1%</td></tr><tr><td>GLOBAL CHANGE BIOLOGY</td><td>2</td><td>1,1%</td></tr><tr><td>INRA PRODUCTIONS ANIMALES</td><td>2</td><td>1,1%</td></tr><tr><td>JOURNAL OF AGRICULTURAL BIOLOGICAL AND ENVIRONMENTAL STATISTICS</td><td>2</td><td>1,1%</td></tr></tbody></table>
<table>
  <tr>
    <td>JOURNAL OF CLEANER PRODUCTION</td>
    <td>2</td>
    <td>1,1%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>JOURNAL OF CONTAMINANT HYDROLOGY</td>
    <td>2</td>
    <td>1,1%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>JOURNAL OF SOILS AND SEDIMENTS</td>
    <td>2</td>
    <td>1,1%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>NUTRIENT CYCLING IN AGROECOSYSTEMS</td>
    <td>2</td>
    <td>1,1%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>PLANT METHODS</td>
    <td>2</td>
    <td>1,1%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>REMOTE SENSING</td>
    <td>2</td>
    <td>1,1%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>SOIL SYSTEMS</td>
    <td>2</td>
    <td>1,1%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>SOIL TILLAGE RESEARCH</td>
    <td>2</td>
    <td>1,1%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>WATER</td>
    <td>2</td>
    <td>1,1%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>2018 6TH INTERNATIONAL SYMPOSIUM ON PLANT GROWTH MODELING SIMULATION VISUALIZATION AND APPLICATIONS PMA</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>ADVANCES IN CLIMATE CHANGE RESEARCH</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>AIR QUALITY ATMOSPHERE AND HEALTH</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>ANALYTICAL AND BIOANALYTICAL CHEMISTRY</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>ANIMAL</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>ANTIOXIDANTS REDOX SIGNALING</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>APPLIED AND ENVIRONMENTAL MICROBIOLOGY</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>ATMOSPHERIC CHEMISTRY AND PHYSICS</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>BASIC AND APPLIED ECOLOGY</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>BIOENERGY RESEARCH</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>BIOGEOCHEMISTRY</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>BIOLOGY AND FERTILITY OF SOILS</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>CHEMISTRY CENTRAL JOURNAL</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>COMPUTERS GEOSCIENCES</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>DATA IN BRIEF</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>EARTH SYSTEM SCIENCE DATA</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>ECOLOGICAL INDICATORS</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>ECOLOGICAL MODELLING</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>ECOLOGY OF FRESHWATER FISH</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>ECOTOXICOLOGY</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>ENERGIES</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>ENVIRONMENTAL GEOCHEMISTRY AND HEALTH</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>ENVIRONMENTAL MONITORING AND ASSESSMENT</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>ENVIRONMENTAL SCIENCE TECHNOLOGY</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>FOURRAGES</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>FRONTIERS IN PLANT SCIENCE</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>FRONTIERS IN SUSTAINABLE FOOD SYSTEMS</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>FUNCTIONAL ECOLOGY</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>INTERNATIONAL JOURNAL OF APPLIED EARTH OBSERVATION AND GEOINFORMATION</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>JOURNAL OF ANALYTICAL AND APPLIED PYROLYSIS</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>JOURNAL OF APPLIED ECOLOGY</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>JOURNAL OF ENVIRONMENTAL QUALITY</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>JOURNAL OF GEOCHEMICAL EXPLORATION</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>MICROBIAL ECOLOGY</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
  <tr>
    <td>NATURE</td>
    <td>1</td>
    <td>0,5%</td>
  </tr>
</table>
<table><tr><td>PEDOBIOLOGIA</td><td>1</td><td>0,5%</td></tr><tr><td>PEDOSPHERE</td><td>1</td><td>0,5%</td></tr><tr><td>PLANT AND SOIL</td><td>1</td><td>0,5%</td></tr><tr><td>PLANT DISEASE</td><td>1</td><td>0,5%</td></tr><tr><td>PLANT PATHOLOGY</td><td>1</td><td>0,5%</td></tr><tr><td>PLANT PHYSIOLOGY</td><td>1</td><td>0,5%</td></tr><tr><td>PROCEEDINGS OF THE NATIONAL ACADEMY OF SCIENCES OF THE UNITED STATES OF AMERICA</td><td>1</td><td>0,5%</td></tr><tr><td>REGIONAL ENVIRONMENTAL CHANGE</td><td>1</td><td>0,5%</td></tr><tr><td>REMOTE SENSING OF ENVIRONMENT</td><td>1</td><td>0,5%</td></tr><tr><td>RESOURCES CONSERVATION AND RECYCLING</td><td>1</td><td>0,5%</td></tr><tr><td>SENSORS</td><td>1</td><td>0,5%</td></tr><tr><td>URBAN ECOSYSTEMS</td><td>1</td><td>0,5%</td></tr><tr><td>VADOSE ZONE JOURNAL</td><td>1</td><td>0,5%</td></tr></table>

## 2 / Principales catégories thématiques (Wos Categories) :

### 182 articles WoS à comité de lecture 2018-2019-EcoSys
Les dix principales catégories

<figure><img src="image_44.png" /></figure>

Les « WOS categories » sont des domaines dans lesquelles sont classées les revues de publication des articles.

Une revue peut appartenir à plusieurs catégories.
## 3 / Collaborations étrangères :

Lorsqu'on a 1 ou plusieurs affiliations d'un même pays dans un article, on compte 1 collaboration de ce pays.

La carte (réalisée avec le logiciel « Cartes&Données ») présente la totalité des collaborations étrangères du corpus (182 articles 2018-2019 – UMR EcoSys).

<figure><img src="image_45.png" /><figcaption>Carte « Articles de revue à CL 2018-2019 EcoSys Collaborations étrangères » (logiciel « Cartes et Données »).</figcaption></figure>
# Annexe 7 : Liste des articles dans des revues à comité de lecture (2018-juillet 2020) - UMR Agronomie

## Articles à comité de lecture 2018

1. Andriamampianina, Landy, Ludovic Temple, Hubert de Bon, Eric Malézieux, et David Makowski. « Évaluation pluri-critères de l'agriculture biologique en Afrique subsaharienne par élicitation probabiliste des connaissances d'experts - "Multi-criteria evaluation of organic agriculture in sub-Saharan Africa using probabilistic elicitation of expert knowledge" ». *Cahiers Agricultures* 27, n° 4 (juillet 2018): 45002. https://doi.org/10.1051/cagri/2018030.

2. Ballot, Rémy, Chantal Loyce, Marie-Hélène Jeuffroy, Aïcha Ronceux, Julie Gombert, Claire Lesur-Dumoulin, et Laurence Guichard. « First Cropping System Model Based on Expert-Knowledge Parameterization ». *Agronomy for Sustainable Development* 38, n° 3 (juin 2018). https://doi.org/10.1007/s13593-018-0512-8.

3. Barbu, Corentin M., Karthik Sethuraman, Erica M. W. Billig, et Michael Z. Levy. « Two-Scale Dispersal Estimation for Biological Invasions via Synthetic Likelihood ». *Ecography* 41, n° 4 (avril 2018): 661-72. https://doi.org/10.1111/ecog.02575.

4. Beillouin, D., R. Trépos, A. Gauffreteau, et M-H. Jeuffroy. « Delayed and Reduced Nitrogen Fertilization Strategies Decrease Nitrogen Losses While Still Achieving High Yields and High Grain Quality in Malting Barley ». *European Journal of Agronomy* 101 (novembre 2018): 174-82. https://doi.org/10.1016/j.eja.2018.09.001.

5. Beillouin, Damien, Marie-Hélène Jeuffroy, et Arnaud Gauffreteau. « Characterization of Spatial and Temporal Combinations of Climatic Factors Affecting Yields: An Empirical Model Applied to the French Barley Belt ». *Agricultural and Forest Meteorology* 262 (novembre 2018): 402-11. https://doi.org/10.1016/j.agrformet.2018.07.029.

6. Beillouin, Damien, Margot Leclère, Corentin M. Barbu, Maud Bénézit, Ronan Trépos, Arnaud Gauffreteau, et Marie-Hélène Jeuffroy. « Azodyn-Barley, a Winter-Barley Crop Model for Predicting and Ranking Genotypic Yield, Grain Protein and Grain Size in Contrasting Pedoclimatic Conditions ». *Agricultural and Forest Meteorology* 262 (novembre 2018): 237-48. https://doi.org/10.1016/j.agrformet.2018.06.002.

7. Ben-Ari, Tamara, Julien Boé, Philippe Ciais, Remi Lecerf, Marijn Van der Velde, et David Makowski. « Causes and Implications of the Unforeseen 2016 Extreme Yield Loss in the Breadbasket of France ». *Nature Communications* 9, n° 1 (décembre 2018). https://doi.org/10.1038/s41467-018-04087-x.

8. Borg, J.; Kiaer, L.P. ; Lecarpentier, C. ; Goldringer, I. ; Gauffreteau, A., Saint-Jean, S., Barot, S., Enjalbert, J. 2018. Unfolding the potential of wheat cultivar mixtures: A meta-analysis perspective and identification of knowledge gaps. Field Crops Research, 221, 298-313. https://doi.org/doi:10.1016/j.fcr.2017.09.006

9. Cantalapiedra-Hijar, G., R. J. Dewhurst, L. Cheng, A. R. J. Cabrita, A. J. M. Fonseca, P. Nozière, D. Makowski, H. Fouillet, et I. Ortigues-Marty. « Nitrogen Isotopic Fractionation as a Biomarker for Nitrogen Use Efficiency in Ruminants: A Meta-Analysis ». *Animal* 12, n° 9 (septembre 2018): 1827-37. https://doi.org/10.1017/S1751731117003391.

10. Cernay, Charles, David Makowski, et Elise Pelzer. « Preceding Grain Legumes Increases Cereal Yields under Low Nitrogen Input Conditions ». *Environmental Chemistry Letters* 16, n° 2 (juin 2018): 631-36. https://doi.org/10.1007/s10311-017-0698-z.

11. El Akkari, M., O. Réchauchère, A. Bispo, B. Gabrielle, et D. Makowski. « A Meta-Analysis of the Greenhouse Gas Abatement of Bioenergy Factoring in Land Use Changes ». *Scientific Reports* 8, n° 1 (décembre 2018). https://doi.org/10.1038/s41598-018-26712-x.

12. Gardarin, Antoine, Manuel Plantegenest, Armin Bischoff, et Muriel Valentin-Morison. « Understanding Plant-Arthropod Interactions in Multitrophic Communities to Improve Conservation Biological Control: Useful Traits and Metrics ». *Journal of Pest Science* 91, n° 3 (juin 2018): 943-55. https://doi.org/10.1007/s10340-018-0958-0.

13. Gauffreteau, Arnaud. « Using ideotypes to support selection and recommendation of varieties ». *OCL* 25, n° 6 (novembre 2018): D602. https://doi.org/10.1051/ocl/2018042.

14. Hossard, L., V. Souchere, et M.H. Jeuffroy. « Effectiveness of Field Isolation Distance, Tillage Practice, Cultivar Type and Crop Rotations in Controlling Phoma Stem Canker on Oilseed Rape ». *Agriculture, Ecosystems & Environment* 252 (janvier 2018): 30-41. https://doi.org/10.1016/j.agee.2017.10.001.

15. Karp, Daniel S., Rebecca Chaplin-Kramer, Timothy D. Meehan, Emily A. Martin, Fabrice DeClerck, Heather Grab, Claudio Gratton, et al. « Crop Pests and Predators Exhibit Inconsistent Responses to Surrounding Landscape
Composition ». *Proceedings of the National Academy of Sciences* 115, n° 33 (14 août 2018): E7863-70.
https://doi.org/10.1073/pnas.1800042115.

16. Leclère, Margot, Chantal Loyce, et Marie-Hélène Jeuffroy. « Growing Camelina as a Second Crop in France: A Participatory Design Approach to Produce Actionable Knowledge ». *European Journal of Agronomy* 101 (novembre 2018): 78-89. https://doi.org/10.1016/j.eja.2018.08.006.

17. Leenaars, Johan G. B., Lieven Claessens, Gerard B. M. Heuvelink, Tom Hengl, Maria Ruiperez González, Lenny G. J. van Bussel, Nicolas Guilpart, Haishun Yang, et Kenneth G. Cassman. « Mapping Rootable Depth and Root Zone Plant-Available Water Holding Capacity of the Soil of Sub-Saharan Africa ». *Geoderma* 324 (15 août 2018): 18-36. https://doi.org/10.1016/j.geoderma.2018.02.046.

18. Lesur-Dumoulin, C., A. Laurent, R. Reau, L. Guichard, R. Ballot, M.H. Jeuffroy, et C. Loyce. « Co-Design and Ex Ante Assessment of Cropping System Prototypes Including Energy Crops in Eastern France ». *Biomass and Bioenergy* 116 (septembre 2018): 205-15. https://doi.org/10.1016/j.biombioe.2018.06.013.

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28. Richard, Annabelle, Marion Casagrande, Marie-Hélène Jeuffroy, et Christophe David. « An Innovative Method to Assess Suitability of Nitrate Directive Measures for Farm Management ». *Land Use Policy* 72 (mars 2018): 389-401. https://doi.org/10.1016/j.landusepol.2017.12.059.

29. Schauberger, Bernhard, Tamara Ben-Ari, David Makowski, Tomomichi Kato, Hiromi Kato, et Philippe Ciais. « Yield Trends, Variability and Stagnation Analysis of Major Crops in France over More than a Century ». *Scientific Reports* 8, n° 1 (décembre 2018). https://doi.org/10.1038/s41598-018-35351-1.
30. Vogel, L.E., V. Pot, D. Makowski, P. Garnier, et P.C. Baveye. « To What Extent Do Uncertainty and Sensitivity Analyses Help Unravel the Influence of Microscale Physical and Biological Drivers in Soil Carbon Dynamics Models? » *Ecological Modelling* 383 (sept. 2018): 10-22. https://doi.org/10.1016/j.ecolmodel.2018.05.007.

31. Zhu, Peng, Zhenong Jin, Qianlai Zhuang, Philippe Ciais, Carl Bernacchi, Xuhui Wang, David Makowski, et David Lobell. « The Important but Weakening Maize Yield Benefit of Grain Filling Prolongation in the US Midwest ». *Global Change Biology* 24, n° 10 (octobre 2018): 4718-30. https://doi.org/10.1111/gcb.14356.

## Articles à comité de lecture 2019

1. Albert, Isabelle, et David Makowski. « Ranking Crop Species Using Mixed Treatment Comparisons ». *Research Synthesis Methods* 10, n° 3 (septembre 2019): 343-59. https://doi.org/10.1002/jrsm.1328.

2. Autret, Bénédicte, Nicolas Beaudoin, Lucia Rakotovololona, Michel Bertrand, Gilles GrandEAU, Eric Gréhan, Fabien Ferchaud, et Bruno Mary. « Can Alternative Cropping Systems Mitigate Nitrogen Losses and Improve GHG Balance? Results from a 19-Yr Experiment in Northern France ». *Geoderma* 342 (mai 2019): 20-33. https://doi.org/10.1016/j.geoderma.2019.01.039.

3. Béfort, Nicolas, Florence de Fouchécour, Aliénor de Rouffignac, Christopher A. Holt, Margot Leclère, Teddy Loth, Roman Moscoviz, Florian Pion, Jean-François Ruault, et Marina Thierry. « Toward a European bioeconomic transition: is a soft shift enough to challenge hard socio-ecological issues? » *Natures Sciences Societes* 27, n° 4 (2019): 438-44.

4. Beillouin, Damien, Tamara Ben-Ari, et David Makowski. « A Dataset of Meta-Analyses on Crop Diversification at the Global Scale ». *Data in Brief* 24 (juin 2019): 103898. https://doi.org/10.1016/j.dib.2019.103898.

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11. Juhel, Amandine S, Corentin M Barbu, Muriel Valentin-Morison, et al. « Limited Genetic Structure and Demographic Expansion of the *Brassicogethes Aeneus* Populations in France and in Europe: Genetic Structure and Demographic Expansion of *Brassicogethes Aeneus* Populations in France and Europe ». *Pest Management Science* 75, n° 3 (mars 2019): 667-75. https://doi.org/10.1002/ps.5162.

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14. Magrini, Marie-Benoît, Guillaume Cabanac, Matteo Lascialfari, Gael Plumecocq, Marie-Josephe Amiot, Marc Anton, Gaelle Arvisenet, et al. « Peer-Reviewed Literature on Grain Legume Species in the WoS (1980-2018): A Comparative Analysis of Soybean and Pulses ». *Sustainability* 11, n° 23 (2 décembre 2019): 6833. https://doi.org/10.3390/su11236833.
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16. Monnet, Anne-Flore, Alexandre Eurieult, Sophie Berland, Giana Almeida, Marie-Hélène Jeuffroy, et Camille Michon. « Damaged Starch in Pea versus Wheat Flours: Fragmentation Behavior and Contribution of Fine and Coarse Fractions ». *Cereal Chemistry* 96, n° 3 (mai 2019): 465-77. https://doi.org/10.1002/cche.10146.

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18. Ndo, Eunice Golda Danièle, Etienne Akoutou Mvondo, Zachée Ambang, Bella Manga, Christian Cilas, Lucien Bidzanga Nomo, Cynthia Gidoin, et Marie-Ange Ngo Bieng. « Spatial Organisation Influences Citrus *Pseudocercospora* Leaf and Fruit Spot Disease Severity in Cocoa-Based Agroforestry Systems ». *American Journal of Plant Sciences* 10, n° 01 (2019): 221-35. https://doi.org/10.4236/ajps.2019.101017.

19. Ramanantenasoa, Maharavo Marie Julie, Sophie Génermont, Jean-Marc Gilliot, Carole Bedos, et David Makowski. « Meta-Modeling Methods for Estimating Ammonia Volatilization from Nitrogen Fertilizer and Manure Applications ». *Journal of Environmental Management* 236 (avril 2019): 195-205. https://doi.org/10.1016/j.jenvman.2019.01.066.

20. Soulignac, Vincent, François Pinet, Eva Lambert, Laurence Guichard, Luce Trouche, et Sophie Aubin. « GECO, the French Web-Based Application for Knowledge Management in Agroecology ». *Computers and Electronics in Agriculture* 162 (juillet 2019): 1050-56. https://doi.org/10.1016/j.compag.2017.10.028.

21. Wohlfahrt, J., F. Ferchaud, B. Gabrielle, C. Godard, B. Kurek, C. Loyce, et O. Therond. « Characteristics of Bioeconomy Systems and Sustainability Issues at the Territorial Scale. A Review ». *Journal of Cleaner Production* 232 (septembre 2019): 898-909. https://doi.org/10.1016/j.jclepro.2019.05.385.

22. Zahm, Frédéric, Adeline Alonso Ugaglia, Jean-Marc Barbier, Héloïse Boureau, Bernard Del'homme, Mohamed Gafsi, Pierre Gasselin, et al. « Évaluer la durabilité des exploitations agricoles. La méthode IDEA v4, un cadre conceptuel combinant dimensions et propriétés de la durabilité ». *Cahiers Agricultures* 28 (2019): 5. https://doi.org/10.1051/cagri/2019004.

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## Articles à comité de lecture 2020

1. Bastos, A., M. O'Sullivan, P. Ciais, D. Makowski, S. Sitch, P. Friedlingstein, F. Chevallier, et al. « Sources of Uncertainty in Regional and Global Terrestrial CO2 Exchange Estimates ». *Global Biogeochemical Cycles* 34, n° 2 (2020): e2019GB006393. https://doi.org/10.1029/2019GB006393.

2. Chen, Mathilde, François Brun, Marc Raynal, et David Makowski. « Delaying the First Grapevine Fungicide Application Reduces Exposure on Operators by Half ». *Scientific Reports* 10, n° 1 (avril 2020): 6404. https://doi.org/10.1038/s41598-020-62954-4.

3. Chen, Mathilde, François Brun, Marc Raynal, et David Makowski. « Forecasting Severe Grape Downy Mildew Attacks Using Machine Learning ». *PLOS ONE* 15, n° 3 (mars 2020): e0230254. https://doi.org/10.1371/journal.pone.0230254.

4. Colas, F., S. Cordeau, S. Granger, M.-H. Jeuffroy, O. Pointurier, W. Queyrel, A. Rodriguez, J. Villerd, et N. Colbach. « Co-Development of a Decision Support System for Integrated Weed Management: Contribution from Future Users ». *European Journal of Agronomy* 114 (mars 2020): 126010. https://doi.org/10.1016/j.eja.2020.126010.

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6. Griese, Eddie, Ana Pineda, Foteini G. Pashalidou, Eleonora Pizarro Iradi, Monika Hilker, Marcel Dicke, et Nina E. Fatouros. « Plant Responses to Butterfly Oviposition Partly Explain Preference-Performance Relationships on Different Brassicaceous Species ». *Oecologia* 192, n° 2 (1 février 2020): 463-75. https://doi.org/10.1007/s00442-019-04590-y.

7. Lázaro, Elena, David Makowski, Joaquín Martínez-Minaya, et Antonio Vicent. « Comparison of Frequentist and Bayesian Meta-Analysis Models for Assessing the Efficacy of Decision Support Systems in Reducing Fungal Disease Incidence ». *Agronomy* 10, n° 4 (avril 2020): 560. https://doi.org/10.3390/agronomy10040560.

8. Li, Wei, Philippe Ciais, Elke Stehfest, Detlef van Vuuren, Alexander Popp, Almut Arneth, Fulvio Di Fulvio, et al. « Mapping the Yields of Lignocellulosic Bioenergy Crops from Observations at the Global Scale ». *Earth System Science Data* 12, n° 2 (avril 2020): 789-804. https://doi.org/10.5194/essd-12-789-2020.

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11. Ouattara, Malick S., Anabelle Laurent, Corentin Barbu, Magali Berthou, Elsa Borujerdi, Arnaud Butier, Pierre Malvoisin, Dominique Romelot, et Chantal Loyce. « Effects of Several Establishment Modes of Miscanthus × Giganteus and Miscanthus Sinensis on Yields and Yield Trends ». *GCB Bioenergy* n/a, n° n/a (26 mai 2020). https://doi.org/10.1111/gcbb.12692.

12. Pashalidou, Foteini G., Lisa Eyman, James Sims, James Buckley, Nina E. Fatouros, Consuelo M. De Moraes, et Mark C. Mescher. « Plant Volatiles Induced by Herbivore Eggs Prime Defences and Mediate Shifts in the Reproductive Strategy of Receiving Plants ». *Ecology Letters* 23, n° 7 (1 juillet 2020): 1097-1106. https://doi.org/10.1111/ele.13509.

13. Pashalidou, Foteini G., Harriet Lambert, Thomas Peybernes, Mark C. Mescher, et Consuelo M. De Moraes. « Bumble Bees Damage Plant Leaves and Accelerate Flower Production When Pollen Is Scarce ». *Science* 368, n° 6493 (22 mai 2020): 881-84. https://doi.org/10.1126/science.aay0496.

14. Pelzer, Elise, Mathilde Bonifazi, Marion Soulié, Laurence Guichard, Maude Quinio, Remy Ballot, et Marie-Hélène Jeuffroy. « Participatory Design of Agronomic Scenarios for the Reintroduction of Legumes into a French Territory ». *Agricultural Systems* 184 (1 septembre 2020): 102893. https://doi.org/10.1016/j.agsy.2020.102893.

15. Précigout, Pierre-Antoine, David Claessen, David Makowski, et Corinne Robert. « Does the Latent Period of Leaf Fungal Pathogens Reflect Their Trophic Type? A Meta-Analysis of Biotrophs, Hemibiotrophs, and Necrotrophs ». *Phytopathology* 110, n° 2, Février 2020 345-61. https://doi.org/10.1094/PHYTO-04-19-0144-R.

16. Rodriguez, Carolina, Georg Carlsson, Jan-Eric Englund, Adam Flöhr, Elise Pelzer, Marie-Hélène Jeuffroy, David Makowski, et Erik Steen Jensen. « Grain Legume-Cereal Intercropping Enhances the Use of Soil-Derived and Biologically Fixed Nitrogen in Temperate Agroecosystems. A Meta-Analysis ». *European Journal of Agronomy* 118 (1 août 2020): 126077. https://doi.org/10.1016/j.eja.2020.126077.

17. Schuster, Mauricio Zanovello, François Gastal, Diana Doisy, Xavier Charrier, Anibal de Moraes, Safia Médiène, et Corentin Mario Barbu. « Weed Regulation by Crop and Grassland Competition: Critical Biomass Level and Persistence Rate ». *EUROPEAN JOURNAL OF AGRONOMY* 113 (2020): 125963.

18. Verret, Valentin, Elise Pelzer, Laurent Bedoussac, et Marie-Hélène Jeuffroy. « Tracking On-Farm Innovative Practices to Support Crop Mixture Design: The Case of Annual Mixtures Including a Legume Crop ». *European Journal of Agronomy* 115 (avril 2020): 126018. https://doi.org/10.1016/j.eja.2020.126018.
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Résumé

Mon stage de deux mois s'est effectué à Grignon, au sein de deux Unités Mixtes de Recherche INRAE, Agronomie et EcoSys, en télétravail puis en bibliothèque. J'ai travaillé sur les publications électroniques des deux UMR, notamment en réalisant des recherches et des dépôts dans l'Archive ouverte HAL, ainsi que des vérifications de notices. En parallèle, j'ai collecté des publications, avec des recherches et des alertes, puis en envoyant des mails aux scientifiques avec leurs listes de publications récentes afin de recevoir des mises à jour. J'ai géré les nouvelles références obtenues dans une base Zotero. En outre, j'ai produit des bilans de publications (2018-2020) pour les deux Unités. J'ai également eu l'occasion d'imprimer et classer des articles récents, et de signaler des publications sur le site Web EcoSys.

Mon travail a ainsi contribué au recensement des publications des UMR Agronomie et EcoSys pour les années 2018 à 2020, et à leur valorisation en les diffusant dans HAL-INRAE. Les processus sur lesquels j'ai travaillé, et les résultats produits, contribuent à améliorer la Qualité dans la gestion des publications des deux UMR. Mon travail amorce un rapprochement des deux Unités pour la gestion de leurs publications, notamment par la création d'une base Zotero en réseau pour le signalement mutuel de nouvelles références.

Mots-clés : INRAE, AgroParisTech, Université Paris-Saclay, Qualité, Information Scientifique et Technique, Publication scientifique, Libre Accès, Archive Ouverte, HAL-INRAE.

Summary

My two months internship has been done in Grignon, in the two Joint Research Units (UMR) INRAE Agronomie and INRAE EcoSys, by teleworking and then in the library. I have worked on the electronical publications of the two UMR, particularly by realizing researches and deposits in the Open Archive HAL, along with verifications of notices. At the same time, I have collected some publications, with researches and alerts, and I have sent some emails to the scientists with their recent publication list to receive updates. I have managed the new references collected in a Zotero database. Furthermore, I produced publication assessments (2018-2020) for the two Units. I also had the occasion to print and classify recent articles, and to report publications for the EcoSys website.

My work has also contributed to the census of the publications of the UMR Agronomie and EcoSys for the years 2018 to 2020, and to their valorization by diffuse them in HAL-INRAE. The process I have worked on, and the results produced, contribute to improve the Quality in the managing of their publications, especially by the creation of an online Zotero base for the mutual report of new references.

Keywords: INRAE, AgroParisTech, University Paris-Saclay, Quality, Scientific and Technical Information, Scientific publication, Open Access, Open Archive, HAL-INRAE.
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