# Une base de données pour évaluer la persistance du SARS-CoV-2 dans les ateliers de transformation des aliments

Ngoc-Du Martin Luong, Sandra Martin-Latil, Christophe Batéjat, India Leclercq, Christine Druesne, Moez Sanaa, Laurent Guillier, Estelle Chaix

► To cite this version:

Ngoc-Du Martin Luong, Sandra Martin-Latil, Christophe Batéjat, India Leclercq, Christine Druesne, et al. Une base de données pour évaluer la persistance du SARS-CoV-2 dans les ateliers de transformation des aliments. John Libbey Eurotext. XXVIes Journées francophones de virologie, Apr 2024, Bruxelles, Belgique., Virologie, 28 (2), 2024. anses-04574016

HAL Id: anses-04574016

https://anses.hal.science/anses-04574016

Submitted on 13 May 2024

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# Une base de données pour évaluer la persistance du SARS-CoV-2 dans les ateliers de transformation des aliments

Ngoc-Du Martin LUONG<fnref n="1" />, Sandra MARTIN-LATIL<fnref n="2" />, Christophe BATEJAT<fnref n="3" />, India LECLERCQ<fnref n="3" />, Christine DRUESNE<fnref n="4" />, Moez SANAA<fnref n="1" />, Laurent GUILLIER<fnref n="1" /> & Estelle CHAIX<fnref n="1" />

<figure><img src="image_1.png" /></figure>

## Un enjeu de santé publique

Le SARS-CoV-2, responsable de la pandémie de Covid-19, peut se propager, comme d'autres coronavirus, via des aérosols, des fomites, des mains ou encore des surfaces contaminées. Étudier la persistance de ces virus dans différentes conditions environnementales permet de mieux comprendre leur transmission, notamment dans les milieux où les activités étaient considérées comme essentielles durant la pandémie comme les usines agro-alimentaires. Ce travail visait à collecter des données quantitatives pertinentes à partir de la littérature scientifique permettant de caractériser cette persistance dans différents milieux.

## Une démarche reproductible

<figure><img src="image_2.png" /></figure>

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

### COLLECTE DE DONNEES QUANTITATIVES

Approche reproductible de digitalisation de figures

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

Extraction et harmonisation de tableaux de données

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

### ESTIMATION DE PARAMETRES D'INACTIVATION

Estimation de la réduction de l'infectiosité par modèle de microbiologie prévisionnelle

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

### NOTATION DES CINETIQUES

Scores sur plusieurs critères pour évaluer la qualité des données collectées

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

## Une base de données harmonisée

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

<figure><img src="image_11.png" /></figure>

### VALIDATION TECHNIQUE

Tests par plusieurs utilisateurs pour évaluer la répétabilité et reproductibilité de la démarche

<figure><img src="image_12.png" /></figure>

## Un accès ouvert

<figure><img src="image_13.png" /></figure>

https://doi.org/10.5281/zenodo.6572947

<figure><img src="image_14.png" /></figure>

<figure><img src="image_15.png" /></figure>

Données quantitatives harmonisées prêtes à exploiter (Excel, RData)

<figure><img src="image_16.png" /></figure>

Données brutes (figures, tableaux), références bibliographiques (RIS, BIB) et scripts R retraçant les étapes de la démarche

<figure><img src="image_17.png" /></figure>

### Multiples perspectives

Modélisation et préiction de la transmission

Traçabilité et réutilisations facilitées

Pour savoir plus sur le projet ANR SACADA ANR-21-CO13-0001

<figure><img src="image_18.png" /></figure>

### Références

Luong et al. Database of SARS-CoV-2 and coronaviruses kinetics relevant for assessing persistence in food processing plants. Scientific Data 9 (1), 654 (2022). https://doi.org/10.1038/s41597-022-01763-y

<footnote n="1">¹ Anses - Direction de l'Evaluation des Risques</footnote>

<footnote n="2">² Anses - Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort</footnote>

<footnote n="3">³ Institut Pasteur - Cellule d'Intervention Biologique d'Urgence (Centre National de Référence)</footnote>

<footnote n="4">⁴ Anses - Direction du financement de la Recherche et Veille scientifique</footnote>
# Une base de données pour évaluer la persistance du SARS-CoV-2 dans les ateliers de transformation des aliments

Ngoc-Du Martin LUONG<fnref n="1" />, Sandra MARTIN-LATIL<fnref n="2" />, Christophe BATEJAT<fnref n="3" />, India LECLERCQ<fnref n="3" />, Christine DRUESNE<fnref n="4" />, Moez SANAA<fnref n="1" />, Laurent GUILLIER<fnref n="1" /> & Estelle CHAIX<fnref n="1" />

<figure><img src="image_2.png" /></figure>

## Un enjeu de santé publique

Le SARS-CoV-2, responsable de la pandémie de Covid-19, peut se propager, comme d'autres coronavirus, via des aérosols, des fomites, des mains ou encore des surfaces contaminées. Étudier la persistance de ces virus dans différentes conditions environnementales permet de mieux comprendre leur transmission, notamment dans les milieux où les activités étaient considérées comme essentielles durant la pandémie comme les usines agro-alimentaires. Ce travail visait à collecter des données quantitatives pertinentes à partir de la littérature scientifique permettant de caractériser cette persistance dans différents milieux.

## Une démarche reproductible

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

### COLLECTE DE DONNEES QUANTITATIVES

Approche reproductible de digitalisation de figures

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

Extraction et harmonisation de tableaux de données

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

### ESTIMATION DE PARAMETRES D'INACTIVATION

Estimation de la réduction de l'infectiosité par modèle de microbiologie prévisionnelle

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

### NOTATION DES CINETIQUES

Scores sur plusieurs critères pour évaluer la qualité des données collectées

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

## Une base de données harmonisée

<figure><img src="image_11.png" /></figure>

<figure><img src="image_12.png" /></figure>

### VALIDATION TECHNIQUE

Tests par plusieurs utilisateurs pour évaluer la répétabilité et reproductibilité de la démarche

<figure><img src="image_13.png" /></figure>

## Un accès ouvert

<figure><img src="image_14.png" /></figure>

https://doi.org/10.5281/zenodo.6572947

<figure><img src="image_15.png" /></figure>

<figure><img src="image_16.png" /></figure>

Données quantitatives harmonisées prêtes à exploiter (Excel, RData)

<figure><img src="image_17.png" /></figure>

Données brutes (figures, tableaux), références bibliographiques (RIS, BIB) et scripts R retraçant les étapes de la démarche

<figure><img src="image_18.png" /></figure>

### Multiples perspectives

Modélisation et prédiction de la transmission

Traçabilité et réutilisations facilitées

Pour savoir plus sur le projet ANR SACADA ANR-21-CO13-0001

<figure><img src="image_19.png" /></figure>

### Références

Luong et al. Database of SARS-CoV-2 and coronaviruses kinetics relevant for assessing persistence in food processing plants. Scientific Data 9 (1), 654 (2022). https://doi.org/10.1038/s41597-022-01763-y

<footnote n="1">¹ Anses - Direction de l'Evaluation des Risques</footnote>

<footnote n="2">² Anses - Laboratoire de sécurité des aliments de Maisons-Alfort</footnote>

<footnote n="3">³ Institut Pasteur - Cellule d'Intervention Biologique d'Urgence (Centre National de Référence)</footnote>

<footnote n="4">⁴ Anses - Direction du financement de la Recherche et Veille scientifique</footnote>