## MODELISATION DE LA DISTRIBUTION EN MER, CHEVAUCHEMENT AVEC LES AIRES MARINES PROTEGEES ET CONNECTIVITE AVEC LES HABITATS CONTINENTEAUX

Le modèle sélectionné (hSDM iCAR Site Occupancy), permettant de prendre en compte la détection imparfaite des engins et l'autocorrélation spatiale, a été appliqué à toutes les espèces de manière indépendante. Les variables environnementales suivantes ont été prises en compte : profondeur, distance à la côte, type de sédiments, salinité, production primaire nette, température de surface. Pour l'ensemble des espèces, des patrons similaires de distribution ont pu être observés (Fig. 12). Une préférence pour les eaux côtières peu profondes, à moins de 300km de la côte et 300m de profondeur, a été identifié. En plus de ces deux variables physiographiques, la salinité est apparue comme une des variables prédictives principales des habitats des poissons migrateurs amphihalins.

Un total de 482 Aires Marines Protégées (AMPs) de la Directive Habitats ont été répertoriées dans la zone où les espèces ont été modélisées (Fig. 12). Malgré les probabilités de présence en mer faibles de la plupart des espèces à l'échelle de la zone d'étude, un chevauchement important entre les zones de présence prédites (probabilité > 0,4) et les délimitations des AMPs est observé (Tableau 7 ; Fig. 12). Ces résultats soulignent le rôle que peut jouer le réseau actuel d'AMPs dans la protection des poissons amphihalins. Des analyses supplémentaires prenant en compte l'ensemble des catégories d'AMPs pertinentes pour ces espèces devront être mises en place afin de confirmer cela.

De plus, ces zones de relative forte présence en mer coïncident en majorité avec les zones de présence continentale établies via la base de données EuroDiad. Malgré les lacunes au sein de cette base de données, la connectivité entre habitats marins et continentaux semble être visible, mettant ainsi en évidence de possibles voies de migrations (Fig. 12). Dambrine et ses collaborateurs ont développé en 2023 une approche combinant ce modèle de distribution en mer avec l'adéquation des habitats continentaux et la fonctionnalité de ces populations afin d'apporter des éléments d'aide à la gestion de ces espèces. L'utilisation combinée de modèles a permis d'intégrer l'interdépendance mise en avant entre les habitats d'eau douce et marins ainsi que les impacts potentiels du changement climatique (Dambrine et al., 2023).

<table><caption>Tableau 7. Aires Marines Protégées (AMPs) de la Directive Habitats pertinentes (recouvrant les zones de probabilité de présence > 0,4) pour les poissons amphihalins (DF). Les poissons amphihalins listés par la Directive Habitats sont indiqués en gras.</caption><thead><tr><td>Espèces</td><td>Nombre d'AMPs pertinentes pour les DF</td><td>Proportion d'AMPs pertinentes pour les DF</td></tr></thead><tbody><tr><td><strong>A. Alosa</strong></td><td>35</td><td>0.08</td></tr><tr><td><strong>A. fallax</strong></td><td>60</td><td>0.13</td></tr><tr><td><strong>A. agone</strong></td><td>10</td><td>0.27</td></tr><tr><td><em>A. anguilla</em></td><td>19</td><td>0.04</td></tr><tr><td><strong>L. fluviatilis</strong></td><td>11</td><td>0.02</td></tr><tr><td><strong>P. marinus</strong></td><td>14</td><td>0.03</td></tr><tr><td><em>C. ramada</em></td><td>23</td><td>0.05</td></tr><tr><td><em>P. flesus</em></td><td>65</td><td>0.15</td></tr><tr><td><em>O. eperlanus</em></td><td>13</td><td>0.03</td></tr><tr><td><strong>S. salar</strong></td><td>17</td><td>0.04</td></tr><tr><td><em>S. trutta</em></td><td>28</td><td>0.06</td></tr></tbody></table>
<figure><img src="image_19.png" /></figure>

Figure 12. Probabilité de présence des espèces de poissons amphihalins. Nuances de bleu plus foncées = probabilité de présence SDM > 0.4, nuance de bleu clair=probabilité de présence SDM ≤ 0.4. Aires marines protégées (AMP) de la directive Habitat délimitées en noir. Les AMPs pertinentes pour la distribution centrale (probabilité de présence > 0,4) des poissons diadromes sont surlignées en rouge foncé. Les cellules rouges foncé sont plus grandes que les cellules quadrillées pour s'assurer que les zones centrales plus petites dans les AMPs soient visibles. Les zones terrestres en gris foncé représentent les bassins fluviaux dans lesquels les populations migrantes de poissons diadromes ont été observées (EuroDiad V.4). Remarque : aucune donnée n'était disponible dans la base de données EuroDiad pour les bassins fluviaux néerlandais.
<figure><img src="image_19.png" /></figure>

Figure 12. Probabilité de présence des espèces de poissons amphihalins. Nuances de bleu plus foncées = probabilité de présence SDM > 0.4, nuance de bleu clair=probabilité de présence SDM ≤ 0.4. Aires marines protégées (AMP) de la directive Habitat délimitées en noir. Les AMPs pertinentes pour la distribution centrale (probabilité de présence > 0,4) des poissons diadromes sont surlignées en rouge foncé. Les cellules rouges foncé sont plus grandes que les cellules quadrillées pour s'assurer que les zones centrales plus petites dans les AMPs soient visibles. Les zones terrestres en gris foncé représentent les bassins fluviaux dans lesquels les populations migrantes de poissons diadromes ont été observées (EuroDiad V.4). Remarque : aucune donnée n'était disponible dans la base de données EuroDiad pour les bassins fluviaux néerlandais.
## DETECTABILITE DES ENGINS DE PECHE

L'ensemble des espèces ont été capturées par toutes les catégories d'engins (senne, chaluts pélagiques et benthiques) avec un nombre d'individus plus élevé pour les chaluts mobiles démersaux (66% des présences) et le plus faible pour les types d'engins de pêche à ligne. Globalement une détectabilité plus faible a été observée pour les espèces rares (salmonidés et lamproies). Des patrons préférentiels ont pu être observés avec une plus grande capacité de détection des aloses par des filets statiques et mobiles démersaux, des lamproies par les chaluts mobiles, *P. flesus* et *O. Eperlanus* par des engins mobiles démersaux et benthiques, les salmonidés avec des filets statiques et des engins pélagiques et *A. anguilla* pour un grand nombre de types d'engins réduisant ainsi sa détectabilité (Fig. 13).

<figure><img src="image_20.png" /><figcaption>Figure 13. Détectabilité (la probabilité de détecter la présence d'une espèce lorsqu'elle est présente) des espèces amphihalines vis-à-vis des engins de pêche.</figcaption></figure>

## CONCLUSIONS

A travers cette étude et grâce à la mise en place de modèles de distribution d'espèces, des données indépendantes et dépendantes de la pêche ont pu être utilisées afin d'estimer, à notre connaissance, pour la première fois la distribution de poissons amphihalins à une échelle aussi importante. Les résultats démontrent que cette distribution est davantage côtière confirmant la dépendance des amphihalins à ces habitats et la nécessité d'étudier leur vulnérabilité face aux pressions anthropiques. Dans ce sens, l'évaluation de la détectabilité des engins de pêche a permis de fournir des informations clés pour évaluer le risque de prises accessoires en mer. Limiter l'accès des pêcheries à forte probabilité de capture aux zones de forte présence identifiées pourrait apporter une protection supplémentaire aux poissons migrateurs amphihalins. Les cartes de distribution obtenues ont permis de mettre en avant le chevauchement entre ces zones et de nombreuses AMPs indiquant le potentiel de ces dernières pour une protection et gestion efficace de ces espèces.
## DETECTABILITE DES ENGINS DE PECHE

L'ensemble des espèces ont été capturées par toutes les catégories d'engins (senne, chaluts pélagiques et benthiques) avec un nombre d'individus plus élevé pour les chaluts mobiles démersaux (66% des présences) et le plus faible pour les types d'engins de pêche à ligne. Globalement une détectabilité plus faible a été observée pour les espèces rares (salmonidés et lamproies). Des patrons préférentiels ont pu être observés avec une plus grande capacité de détection des aloses par des filets statiques et mobiles démersaux, des lamproies par les chaluts mobiles, *P. flesus* et *O. Eperlanus* par des engins mobiles démersaux et benthiques, les salmonidés avec des filets statiques et des engins pélagiques et *A. anguilla* pour un grand nombre de types d'engins réduisant ainsi sa détectabilité (Fig. 13).

<figure><img src="image_20.png" /><figcaption>Figure 13. Détectabilité (la probabilité de détecter la présence d'une espèce lorsqu'elle est présente) des espèces amphihalines vis-à-vis des engins de pêche.</figcaption></figure>

## CONCLUSIONS

A travers cette étude et grâce à la mise en place de modèles de distribution d'espèces, des données indépendantes et dépendantes de la pêche ont pu être utilisées afin d'estimer, à notre connaissance, pour la première fois la distribution de poissons amphihalins à une échelle aussi importante. Les résultats démontrent que cette distribution est davantage côtière confirmant la dépendance des amphihalins à ces habitats et la nécessité d'étudier leur vulnérabilité face aux pressions anthropiques. Dans ce sens, l'évaluation de la détectabilité des engins de pêche a permis de fournir des informations clés pour évaluer le risque de prises accessoires en mer. Limiter l'accès des pêcheries à forte probabilité de capture aux zones de forte présence identifiées pourrait apporter une protection supplémentaire aux poissons migrateurs amphihalins. Les cartes de distribution obtenues ont permis de mettre en avant le chevauchement entre ces zones et de nombreuses AMPs indiquant le potentiel de ces dernières pour une protection et gestion efficace de ces espèces.
### III.6. Prédire de manière précise l'habitat des espèces rares et difficilement détectables à des fins de protection spatiale Article en cours de révision, sujet à des modifications

Après une étude mettant en avant pour la première fois la distribution des poissons migrateurs amphihalins à l'échelle de l'Atlantique Nord-Est via la mise en place d'un cadre de modélisation bayésien (Elliott et al., 2023a), il semble primordial d'assurer la précision de ces prédictions à une fine échelle à des fins de gestion. La mise en place d'un cadre méthodologique permettant de s'assurer de la véracité des cartes de distributions conciliera une gestion et protection efficace des espèces et un impact limité sur les usagers de la mer. Une approche méthodologique intitulée « CMAP » (Combined Model for Accurate Prediction) combinant des modèles de distribution d'espèces (SDMs) a été développée afin d'assurer une précision optimale des prédictions. Cette approche permet d'utiliser les modèles les plus adaptées pour prédire les zones de forte probabilités de présence simultanément aux faibles probabilités de présence à une plus fine échelle. Cette étude a pu être réalisée sur 7 des 12 espèces de poissons migrateurs amphihalins présentes en France métropolitaine pour lesquelles les données étaient suffisantes. L'objectif principal était d'évaluer le rôle potentiel des aires marines protégées (AMPs) dans la protection des amphihalins en analysant la couverture des zones cœurs par le réseau actuel d'AMPs afin d'identifier des zones prioritaires en vue d'optimiser la protection. L'approche de modélisation combinée a permis d'identifier à la fois les habitats centraux (zones de forte probabilité de présence avec un niveau de confiance élevé) et les habitats inadaptés (zones de forte probabilité d'absence avec un niveau de confiance élevé) avec une grande précision. Sur les sept espèces modélisées, la plupart des AMPs désignées pour protéger les poissons migrateurs amphihalins se trouvaient en dehors des habitats centraux identifiés. De plus lorsque ces habitats se trouvait dans une AMP, seuls 50 % de ces aires étaient désignés pour les protéger. Ces résultats mettent en évidence la protection inadéquate du réseau actuel d'AMPs pour ces espèces.

**Merci de citer cette partie de la manière suivante :**

Elliott, S. A. M., Dubost, G., Rivot, E., Acou, A., Toison, V., Réveillac, E., Beaulaton, L. Accurately predicting rare and data-deficient species distribution for spatial protection. **In Review**, JAE.

## PREAMBULE

Les efforts de conservation visant à contrer la perte de biodiversité à l'échelle mondiale reposent principalement sur la création d'AMP, conjointement à la mise en place de mesures de gestion. Cependant, l'ensemble de ces dispositifs peut entraîner des conflits liés à l'exploitation des ressources. Il semble donc primordial d'utiliser des outils permettant de minimiser ces conflits tout en assurant une compréhension précise de la distribution des espèces. Dans ce sens, les SDMs sont apparus comme essentiels afin d'élaborer des stratégies de conservation adaptées pour une protection efficace. L'utilisation conjointe de plusieurs d'entre eux permet d'optimiser les résultats pour prédire simultanément et avec précision la présence et l'absence des poissons migrateurs amphihalins. Nous avons donc développé une méthode appelée "Combined Model for Accurate Prediction" (CMAP) pour relever ces défis et aider les gestionnaires à identifier plus facilement les habitats adaptés de ceux inadaptés à des fins de protection.
### III.6. Prédire de manière précise l'habitat des espèces rares et difficilement détectables à des fins de protection spatiale

Article publié dans *Journal of Applied Ecology*

Après une étude mettant en avant pour la première fois la distribution des poissons migrateurs amphihalins à l'échelle de l'Atlantique Nord-Est via la mise en place d'un cadre de modélisation bayésien (Elliott et al., 2023a), il semble primordial d'assurer la précision de ces prédictions à une fine échelle à des fins de gestion. La mise en place d'un cadre méthodologique permettant de s'assurer de la véracité des cartes de distributions conciliera une gestion et protection efficace des espèces et un impact limité sur les usagers de la mer. Une approche méthodologique intitulée « CMAP » (Combined Model for Accurate Prediction) combinant des modèles de distribution d'espèces (SDMs) a été développée afin d'assurer une précision optimale des prédictions. Cette approche permet d'utiliser les modèles les plus adaptées pour prédire les zones de forte probabilités de présence simultanément aux faibles probabilités de présence à une plus fine échelle. Cette étude a pu être réalisée sur 7 des 12 espèces de poissons migrateurs amphihalins présentes en France métropolitaine pour lesquelles les données étaient suffisantes. L'objectif principal était d'évaluer le rôle potentiel des aires marines protégées (AMPs) dans la protection des amphihalins en analysant la couverture des zones cœurs par le réseau actuel d'AMPs afin d'identifier des zones prioritaires en vue d'optimiser la protection. L'approche de modélisation combinée a permis d'identifier à la fois les habitats centraux (zones de forte probabilité de présence avec un niveau de confiance élevé) et les habitats inadaptés (zones de forte probabilité d'absence avec un niveau de confiance élevé) avec une grande précision. Sur les sept espèces modélisées, la plupart des AMPs désignées pour protéger les poissons migrateurs amphihalins se trouvaient en dehors des habitats centraux identifiés. De plus lorsque ces habitats se trouvait dans une AMP, seuls 50 % de ces aires étaient désignés pour les protéger. Ces résultats mettent en évidence la protection inadéquate du réseau actuel d'AMPs pour ces espèces.

**Merci de citer cette partie de la manière suivante :**

Elliott, S. A. M., Dubost, G., Rivot, E., Acou, A., Toison, V., Réveillac, E., Beaulaton, L. Accurately predicting rare and data-deficient species distribution for spatial protection. **In Review**, JAE.

## PREAMBULE

Les efforts de conservation visant à contrer la perte de biodiversité à l'échelle mondiale reposent principalement sur la création d'AMP, conjointement à la mise en place de mesures de gestion. Cependant, l'ensemble de ces dispositifs peut entraîner des conflits liés à l'exploitation des ressources. Il semble donc primordial d'utiliser des outils permettant de minimiser ces conflits tout en assurant une compréhension précise de la distribution des espèces. Dans ce sens, les SDMs sont apparus comme essentiels afin d'élaborer des stratégies de conservation adaptées pour une protection efficace. L'utilisation conjointe de plusieurs d'entre eux permet d'optimiser les résultats pour prédire simultanément et avec précision la présence et l'absence des poissons migrateurs amphihalins. Nous avons donc développé une méthode appelée "Combined Model for Accurate Prediction" (CMAP) pour relever ces défis et aider les gestionnaires à identifier plus facilement les habitats adaptés de ceux inadaptés à des fins de protection.
## LE ROLE DES AMPs DANS LA PROTECTION DES POISSONS MIGRATEURS AMPHIHALINS

La combinaison de trois modèles de distribution distincts selon l'approche CMAP a abouti à une précision significativement accrue par rapport à celle obtenue par chacun de ces modèles pris individuellement. Concernant les cartes de distribution, 89 AMPs sont présents dans la délimitation des prédictions. En moyenne, 55 % de l'habitat central des poissons diadromes se trouvait dans ces AMP. Cependant, parmi ces habitats centraux prédits au sein d'AMPs, seuls 50 % de ces aires étaient désignés avec des mesures spécifiques pour protéger les poissons amphihalins. De plus, 62 % des AMPs qui protègent spécifiquement les poissons diadromes se situent en dehors de leurs habitats centraux modélisés (Fig. 14 ; Tableau 8).

Pour les espèces listées dans la directive Habitat et OSPAR, le réseau d'AMP offre une couverture relativement satisfaisante. Pour *A. alosa* et *A. fallax*, 61 % et 72 % des habitats centraux se trouvent dans des AMPs. En revanche, la couverture est faible pour *A. agone* (50 % ; Fig. 14 ; Tableau 8). Pour les espèces non réglementaires, les résultats sont plus mitigés. Par exemple, la plupart des habitats centraux d*O. eperlanus* se trouvent dans des AMP (71 %), mais aucune de ces AMP n'est actuellement désignée pour protéger cette espèce. *C. ramada* est relativement bien protégé (97 %) dans les eaux atlantiques, mais il existe peu de protection pour cette espèce dans la mer Méditerranée actuellement (Fig. 14 ; Tableau 8).

<figure><img src="image_21.png" /></figure>

Figure 14. Probabilité de présence du modèle CMAP des poissons migrateurs amphihalins à l'intérieur (rouge foncé) et à l'extérieur (bleu foncé) des aires marines protégées (AMP). Les cellules en rouge foncé sont plus grandes que les cellules de base de la grille afin de garantir la visibilité des zones de présences prédites au sein d'AMPs. Une zone d'incertitude (jaune) est mise en avant lorsque les modèles ne convergent pas (BNiCAR < 0.4 et SOiCAR > 0.4). Les lignes en bleu turquoise représentent les AMPs désignées pour protéger les poissons amphihalins étudiées, les lignes noires représentent les AMPs n'étant pas spécifiquement désignées pour les protéger.
## LE ROLE DES AMPs DANS LA PROTECTION DES POISSONS MIGRATEURS AMPHIHALINS

La combinaison de trois modèles de distribution distincts selon l'approche CMAP a abouti à une précision significativement accrue par rapport à celle obtenue par chacun de ces modèles pris individuellement. Concernant les cartes de distribution, 89 AMPs sont présents dans la délimitation des prédictions. En moyenne, 55 % de l'habitat central des poissons diadromes se trouvait dans ces AMP. Cependant, parmi ces habitats centraux prédits au sein d'AMPs, seuls 50 % de ces aires étaient désignés avec des mesures spécifiques pour protéger les poissons amphihalins. De plus, 62 % des AMPs qui protègent spécifiquement les poissons diadromes se situent en dehors de leurs habitats centraux modélisés (Fig. 14 ; Tableau 8).

Pour les espèces listées dans la directive Habitat et OSPAR, le réseau d'AMP offre une couverture relativement satisfaisante. Pour *A. alosa* et *A. fallax*, 61 % et 72 % des habitats centraux se trouvent dans des AMPs. En revanche, la couverture est faible pour *A. agone* (50 % ; Fig. 14 ; Tableau 8). Pour les espèces non réglementaires, les résultats sont plus mitigés. Par exemple, la plupart des habitats centraux d*O. eperlanus* se trouvent dans des AMP (71 %), mais aucune de ces AMP n'est actuellement désignée pour protéger cette espèce. *C. ramada* est relativement bien protégé (97 %) dans les eaux atlantiques, mais il existe peu de protection pour cette espèce dans la mer Méditerranée actuellement (Fig. 14 ; Tableau 8).

<figure><img src="image_21.png" /></figure>

Figure 14. Probabilité de présence du modèle CMAP des poissons migrateurs amphihalins à l'intérieur (rouge foncé) et à l'extérieur (bleu foncé) des aires marines protégées (AMP). Les cellules en rouge foncé sont plus grandes que les cellules de base de la grille afin de garantir la visibilité des zones de présences prédites au sein d'AMPs. Une zone d'incertitude (jaune) est mise en avant lorsque les modèles ne convergent pas (BNiCAR < 0.4 et SOiCAR > 0.4). Les lignes en bleu turquoise représentent les AMPs désignées pour protéger les poissons amphihalins étudiées, les lignes noires représentent les AMPs n'étant pas spécifiquement désignées pour les protéger.
<table><caption>Tableau 8. Proportion des aires marines protégées (AMP) pertinentes pour les habitats des poissons amphihalins (si elles recouvrent des zones de présences prédites par le modèle CMAP) et si ces AMPs ont été désignées pour protéger les espèces amphihalins (DF).</caption><thead><tr><th>Espèces</th><th>Nombre d'AMPs<br>avec des<br>mesures de<br>protection<br>spécifiques</th><th>% d'habitats<br>centraux prédits<br>au sein d'AMPs</th><th>% d'habitats<br>centraux prédits<br>au sein d'AMPs<br>désignées pour<br>protéger les DF</th><th>% d'habitats non<br>centraux prédits au<br>sein d'AMPs<br>désignées pour<br>protéger les DF</th></tr></thead><tbody><tr><td>A. Alosa</td><td>24</td><td>61</td><td>94</td><td>56</td></tr><tr><td>A. fallax</td><td>29</td><td>72</td><td>100</td><td>60</td></tr><tr><td>A. agone</td><td>8</td><td>27</td><td>90</td><td>94</td></tr><tr><td>A. anguilla</td><td>5</td><td>69</td><td>9</td><td>51</td></tr><tr><td>C. ramada<br>Atlantique</td><td>4</td><td>72</td><td>97</td><td>48</td></tr><tr><td>C. ramada<br>Méditerranée</td><td>2</td><td>24</td><td>0</td><td>90</td></tr><tr><td>P. flesus</td><td>4</td><td>40</td><td>15</td><td>50</td></tr><tr><td>O. eperlanus</td><td>4</td><td>71</td><td>0</td><td>48</td></tr></tbody></table>

<figure><img src="image_22.png" /></figure>

## CONCLUSION

Les résultats obtenus démontrent que l'utilisation du CMAP a permis de prédire avec précision et à une échelle fine, les habitats "centraux" et "inadaptés" de diverses espèces rares. Cette méthodologie minimise les erreurs de Type I et de Type II afin d'éviter la mise en œuvre de mesures de conservation inadaptés. Plus précisément, elle permet de limiter les impacts sur les parties prenantes, tout en donnant aux gestionnaires une plus grande confiance dans les prédictions du modèle. La capacité à modéliser avec précision la distribution des espèces via la méthodologie CMAP est donc cruciale pour des évaluations fiables et transparentes de la biodiversité. Les mesures de conservation pourront cibler des zones spatiales spécifiques maximisant ainsi la protection des espèces rare et garantissant la viabilité de leurs populations. Enfin, notre étude souligne le rôle crucial que le réseau actuel d'AMP peut jouer et les axes d'améliorations afin d'optimiser la protection des poissons migrateurs amphihalins durant la phase marine de leur cycle de vie.
<table><caption>Tableau 8. Proportion des aires marines protégées (AMP) pertinentes pour les habitats des poissons amphihalins (si elles recouvrent des zones de présences prédites par le modèle CMAP) et si ces AMPs ont été désignées pour protéger les espèces amphihalins (DF).</caption><thead><tr><th>Espèces</th><th>Nombre d'AMPs<br>avec des<br>mesures de<br>protection<br>spécifiques</th><th>% d'habitats<br>centraux prédits<br>au sein d'AMPs</th><th>% d'habitats<br>centraux prédits<br>au sein d'AMPs<br>désignées pour<br>protéger les DF</th><th>% d'habitats non<br>centraux prédits au<br>sein d'AMPs<br>désignées pour<br>protéger les DF</th></tr></thead><tbody><tr><td><strong>A. Alosa</strong></td><td>24</td><td>61</td><td>94</td><td>56</td></tr><tr><td><strong>A. fallax</strong></td><td>29</td><td>72</td><td>100</td><td>60</td></tr><tr><td><strong>A. agone</strong></td><td>8</td><td>27</td><td>90</td><td>94</td></tr><tr><td><strong>A. anguilla</strong></td><td>5</td><td>69</td><td>9</td><td>51</td></tr><tr><td><strong>C. ramada</strong><br>Atlantique</td><td>4</td><td>72</td><td>97</td><td>48</td></tr><tr><td><strong>C. ramada</strong><br>Méditerranée</td><td>2</td><td>24</td><td>0</td><td>90</td></tr><tr><td><strong>P. flesus</strong></td><td>4</td><td>40</td><td>15</td><td>50</td></tr><tr><td><strong>O. eperlanus</strong></td><td>4</td><td>71</td><td>0</td><td>48</td></tr></tbody></table>

## CONCLUSION

Les résultats obtenus démontrent que l'utilisation du CMAP a permis de prédire avec précision et à une échelle fine, les habitats "centraux" et "inadaptés" de diverses espèces rares. Cette méthodologie minimise les erreurs de Type I et de Type II afin d'éviter la mise en œuvre de mesures de conservation inadaptés. Plus précisément, elle permet de limiter les impacts sur les parties prenantes, tout en donnant aux gestionnaires une plus grande confiance dans les prédictions du modèle. La capacité à modéliser avec précision la distribution des espèces via la méthodologie CMAP est donc cruciale pour des évaluations fiables et transparentes de la biodiversité. Les mesures de conservation pourront cibler des zones spatiales spécifiques maximisant ainsi la protection des espèces rare et garantissant la viabilité de leurs populations. Enfin, notre étude souligne le rôle crucial que le réseau actuel d'AMP peut jouer et les axes d'améliorations afin d'optimiser la protection des poissons migrateurs amphihalins durant la phase marine de leur cycle de vie.
# IV. Apport de la base de données MigrenMer pour les Directives

Les données bancarisées dans le cadre de l'action MigrenMer ont permis de combler certaines lacunes de connaissances des espèces amphihalines dans le milieu marin. Elles ont également vocation à répondre aux objectifs de surveillance et d'évaluation des directives européennes telles la DHFF et DCSMM. Dans cette partie nous développons dans quelle mesure les données et résultats obtenus peuvent être utiles, directement ou avec des analyses complémentaires, à la surveillance/évaluation de ces directives.

## IV.1. Analyse Risque Pêche espèces dans le cadre de la DHFF

En cohérence avec les directives européennes dites « Nature », la directive « Oiseaux » (DO) et la directive 92/43/CEE « Habitat, Faune, Flore » (DHFF), le code de l'environnement (article L. 414-4) prévoit que les activité de pêche maritime professionnelle s'exerçant au sein d'un site Natura 2000 fassent l'objet d'une analyse visant à évaluer les risques de porter atteinte aux objectifs de conservation pour les espèces et habitats d'intérêt communautaire ciblées par les objectifs de conservation des sites Natura 2000. Cette évaluation doit être conduite à l'échelle de chaque site au moment de l'adoption ou de la révision du DOCOB.

Leur mise en œuvre contribue également à la réponse aux objectifs de protection des espèces strictement protégées par la DHFF (annexe IV) et la DO, aux objectifs d'atteinte du bon état écologique et des objectifs environnementaux fixés par la DCSMM et aux objectifs de minimisation des captures accidentelles prévus au sein du Règlement UE (2019/1241) dit « mesures techniques », adopté dans le cadre de la politique commune de la pêche (PCP).

Ces analyses concernent alors toutes les espèces d'intérêt communautaire au titre des deux directives « nature ». Pour le groupe d'espèces amphihalines, ce sont 9 espèces qui doivent être considérées à l'échelle des eaux métropolitaines : esturgeon européen, grande alose, aloses feintes atlantique et méditerranéenne, lamproies marine et fluviatile, saumon atlantique, truite de mer et anguille européenne (Toison et al., 2021).

Ces analyses sont réalisées successivement à deux échelles spatiales distinctes (échelles biogéographiques vs site Natura2000 ; Tableau 9) et ont démarré en 2021 par l'analyse à l'échelle biogéographique. Une synthèse bibliographique (étape 1.1) permet d'identifier les interactions inexistantes ou très peu probables puis une analyse spatiale et temporelle (étape 1.2) est réalisée pour identifier des secteurs à plus fort risque de capture accidentelle. Elle superpose les informations liées à la distribution des espèces et celles liées à l'effort de pêche par engin ou groupe d'engins. L'analyse spatiale concernant les espèces pour lesquelles il existe un modèle de distribution pertinent à cette échelle biogéographique.

La base de données MigrenMer a permis jusqu'à présent d'alimenter les étapes 1.1 et 1.2 de cette ARP à l'échelle biogéographique.
# IV. Apport de la base de données MigrenMer pour les Directives

Les données bancarisées dans le cadre de l'action MigrenMer ont permis de combler certaines lacunes de connaissances des espèces amphihalines dans le milieu marin. Elles ont également vocation à répondre aux objectifs de surveillance et d'évaluation des directives européennes telles la DHFF et DCSMM. Dans cette partie nous développons dans quelle mesure les données et résultats obtenus peuvent être utiles, directement ou avec des analyses complémentaires, à la surveillance/évaluation de ces directives.

## IV.1. Analyse Risque Pêche espèces dans le cadre de la DHFF

En cohérence avec les directives européennes dites « Nature », la directive « Oiseaux » (DO) et la directive 92/43/CEE « Habitat, Faune, Flore » (DHFF), le code de l'environnement (article L. 414-4) prévoit que les activité de pêche maritime professionnelle s'exerçant au sein d'un site Natura 2000 fassent l'objet d'une analyse visant à évaluer les risques de porter atteinte aux objectifs de conservation pour les espèces et habitats d'intérêt communautaire ciblées par les objectifs de conservation des sites Natura 2000. Cette évaluation doit être conduite à l'échelle de chaque site au moment de l'adoption ou de la révision du DOCOB.

Leur mise en œuvre contribue également à la réponse aux objectifs de protection des espèces strictement protégées par la DHFF (annexe IV) et la DO, aux objectifs d'atteinte du bon état écologique et des objectifs environnementaux fixés par la DCSMM et aux objectifs de minimisation des captures accidentelles prévus au sein du Règlement UE (2019/1241) dit « mesures techniques », adopté dans le cadre de la politique commune de la pêche (PCP).

Ces analyses concernent alors toutes les espèces d'intérêt communautaire au titre des deux directives « nature ». Pour le groupe d'espèces amphihalines, ce sont 9 espèces qui doivent être considérées à l'échelle des eaux métropolitaines : esturgeon européen, grande alose, aloses feintes atlantique et méditerranéenne, lamproies marine et fluviatile, saumon atlantique, truite de mer et anguille européenne (Toison et al., 2021).

Ces analyses sont réalisées successivement à deux échelles spatiales distinctes (échelles biogéographiques vs site Natura2000 ; Tableau 9) et ont démarré en 2021 par l'analyse à l'échelle biogéographique. Une synthèse bibliographique (étape 1.1) permet d'identifier les interactions inexistantes ou très peu probables puis une analyse spatiale et temporelle (étape 1.2) est réalisée pour identifier des secteurs à plus fort risque de capture accidentelle. Elle superpose les informations liées à la distribution des espèces et celles liées à l'effort de pêche par engin ou groupe d'engins. L'analyse spatiale concernant les espèces pour lesquelles il existe un modèle de distribution pertinent à cette échelle biogéographique.

La base de données MigrenMer a permis jusqu'à présent d'alimenter les étapes 1.1 et 1.2 de cette ARP à l'échelle biogéographique.
<table><caption>Tableau 9. Synthèse des objectifs des analyses risques pêche (ARP) concernant les espèces amphihalines listées dans l'objectif environnemental D01-PC-OE03 : Esturgeon européen, Aloses grande et feinte, lamproies marine et fluviatile, saumon atlantique, truite de mer et anguille européenne (adapté de Toison et al., 2021) :</caption><thead><tr><th></th><th>Espèces concernées</th><th>Pressions analysées</th><th>Objectifs</th></tr></thead><tbody><tr><td>Etape 1 – Analyse du risque de porter atteinte aux objectifs de conservation liés aux captures accidentelles à l'échelle biogéographique française (Manche-Atlantique et Méditerranée)</td><td>Espèces amphihalines</td><td>Captures accidentelles</td><td>Etape 1.1. : Identifier en l'état des connaissances, les risques de capture accidentelles nul/faibles, « à évaluer » et ceux dont l'impact sur la démographie est avéré.<br>Conclure au risque de porter atteinte aux objectifs de conservation nul/faible pour les couples engin – espèce concernés.<br>Etape 1.2. : Identifier les secteurs à risque de capture accidentelle via une analyse spatiale.<br>Etape 1.3. : Evaluation du risque de capture accidentelle à l'échelle des secteurs sur la base des connaissances ou le cas échéant via un programme d'acquisition de connaissance.<br>Etape 1.4. : Conclusion à l'absence de risque de porter atteinte aux objectifs de conservation, à l'existence d'un risque de porter atteinte aux objectifs de conservation avec un impact non quantifié sur la démographie ou avec un impact avéré sur la démographie, à l'échelle du secteur à risque.</td></tr><tr><td>Etape 2 – Analyse du risque de porter atteinte aux objectifs de conservation des sites Natura 2000 à l'échelle d'un site Natura 2000</td><td>Espèces amphihalines qui justifient la désignation des sites Natura 2000, mentionnées dans les FSD</td><td>Toutes les pressions</td><td>- Reprendre tels quels les niveaux de risque de porter atteinte aux objectifs de conservation identifiés à l'échelle biogéographique ou les affiner si nécessaire.<br>- Compléter pour les espèces non traitées à l'échelle précédente.<br>- Traiter, si nécessaire, les autres pressions générées par les activités de pêche.</td></tr></tbody></table>

IV.1.1. Matrice d'interaction entre espèces amphihalines et activité de pêche dans le milieu marin (étape 1.1.)

Les captures accidentelles par les activités de pêche constituent l'une des principales pressions qui pèsent sur ces espèces lors de leur phase marine (Thiriet et al., 2018). Deux évaluations du risque d'interactions entre les engins et les espèces amphihalines ont été réalisées jusqu'à présent. Il s'agit du travail de Drogou et al. (2008) réalisé à l'échelle nationale et celui mené dans le cadre du groupe de travail « CIEM/ICES WGBYC » (Working Group on Bycatch of Protected Species) se focalisant sur les espèces présentes en Baltique (ICES, 2019). Pour des raisons diverses, ces travaux n'étaient pas
<table><caption>Tableau 9. Synthèse des objectifs des analyses risques pêche (ARP) concernant les espèces amphihalines listées dans l'objectif environnemental D01-PC-OE03 : Esturgeon européen, Aloses grande et feinte, lamproies marine et fluviatile, saumon atlantique, truite de mer et anguille européenne (adapté de Toison et al., 2021) :</caption><thead><tr><th></th><th>Espèces concernées</th><th>Pressions analysées</th><th>Objectifs</th></tr></thead><tbody><tr><td><strong>Etape 1 – Analyse du risque de porter atteinte aux objectifs de conservation liés aux captures accidentelles à l'échelle biogéographique française (Manche-Atlantique et Méditerranée)</strong></td><td>Espèces amphihalines</td><td>Captures accidentelles</td><td><strong>Etape 1.1. :</strong> Identifier en l'état des connaissances, les risques de capture accidentelles nul/faibles, « à évaluer » et ceux dont l'impact sur la démographie est avéré.<br>Conclure au risque de porter atteinte aux objectifs de conservation nul/faible pour les couples engin – espèce concernés.<br><strong>Etape 1.2. :</strong> Identifier les secteurs à risque de capture accidentelle via une analyse spatiale.<br><strong>Etape 1.3. :</strong> Evaluation du risque de capture accidentelle à l'échelle des secteurs sur la base des connaissances ou le cas échéant via un programme d'acquisition de connaissance.<br><strong>Etape 1.4. :</strong> Conclusion à l'absence de risque de porter atteinte aux objectifs de conservation, à l'existence d'un risque de porter atteinte aux objectifs de conservation avec un impact non quantifié sur la démographie ou avec un impact avéré sur la démographie, à l'échelle du secteur à risque.</td></tr><tr><td><strong>Etape 2 – Analyse du risque de porter atteinte aux objectifs de conservation des sites Natura 2000 à l'échelle d'un site Natura 2000</strong></td><td>Espèces amphihalines qui justifient la désignation des sites Natura 2000, mentionnées dans les FSD</td><td>Toutes les pressions</td><td><ul><li>Reprendre tels quels les niveaux de risque de porter atteinte aux objectifs de conservation identifiés à l'échelle biogéographique ou les affiner si nécessaire.</li><li>Compléter pour les espèces non traitées à l'échelle précédente.</li><li>Traiter, si nécessaire, les autres pressions générées par les activités de pêche.</li></ul></td></tr></tbody></table>

IV.1.1. Matrice d'interaction entre espèces amphihalines et activité de pêche dans le milieu marin (étape 1.1.)

Les captures accidentelles par les activités de pêche constituent l'une des principales pressions qui pèsent sur ces espèces lors de leur phase marine (Thiriet et al., 2018). Deux évaluations du risque d'interactions entre les engins et les espèces amphihalines ont été réalisées jusqu'à présent. Il s'agit du travail de Drogou et al. (2008) réalisé à l'échelle nationale et celui mené dans le cadre du groupe de travail « CIEM/ICES WGBYC » (Working Group on Bycatch of Protected Species) se focalisant sur les espèces présentes en Baltique (ICES, 2019). Pour des raisons diverses, ces travaux n'étaient pas
adaptés aux besoins de l'ARP espèces amphihalines, ou a minima méritaient une mise à jour. Dans ce contexte, une analyse spécifique a été réalisée dans le cadre de l'action MigrenMer (cf. Acou et al. 2021 pour plus de détails) et a résulté en la publication d'une matrice d'interactions entre espèces amphihalins et activité de pêche dans le milieu marin. Cette analyse a consisté à réaliser, sur la base des meilleures données et connaissances disponibles, une matrice « théorique » de capturabilité qui définit si une interaction est possible quand une espèce (ou groupe d'espèces) et un engin particulier sont en contact. Cette matrice vise donc à hiérarchiser les niveaux d'interactions entre les espèces amphihalines et les activités de pêche, afin de mettre en évidence les espèces ou groupes d'espèces susceptibles d'être les plus impactées au regard des engins utilisés.

Pour les besoins de cette analyse ARP, une sélection du jeu de données Obsmer de 2009 à 2019 dans les sous-régions marines françaises (zones CIEM .c, 7.d, 7.e, 7.h, 8.a, 8.b, 8.d.2 ainsi que les données disponibles en Méditerranée occidentale) a été réalisée. Au total, ce sont 67 845 opérations de pêche réalisées par 30 engins différents qui ont été sélectionnées. La présence/absence, ainsi que le nombre de captures des espèces ou groupe d'espèces amphihalines pour chaque type d'engins ont été considérés. Compte-tenu du très faible nombre de captures d'esturgeons disponibles dans Obsmer, l'évaluation pour cette espèce a été basée sur le jeu de données « Sturwild » (déclaration volontaire de captures pour l'esturgeon pilotée par l'INRAE, EABX Bordeaux) (Charbonnel & Acolas., 2022). En estuaire et lagunes où les espèces peuvent faire l'objet d'une pêche ciblée, l'évaluation est basée sur une synthèse bibliographique la plus actuelle possible des pêches estuariennes. Elle prend en compte à la fois les articles scientifiques publiés, mais aussi la littérature grise (thèses, rapports d'étude, etc.). Les quatre niveaux d'interaction retenues dans l'analyse et les résultats des interactions engins/espèces (ou groupe d'espèces voire écophase d'espèces) sont présentés dans les tableaux ci-dessous (Tableaux 10 et 11).

<table><caption>**Tableau 10 :** Codes et définitions du risque de captures (adapté de Acou et al., 2021).</caption><thead><tr><td>Code du risque de captures</td><td>Définition</td></tr></thead><tbody><tr><td>1</td><td>Captures accidentelles a priori inexistantes ou exceptionnelles</td></tr><tr><td>2</td><td>Captures accidentelles rares ne devant pas faire l'objet a priori d'une évaluation</td></tr><tr><td>3</td><td>Captures accidentelles ou ciblées (*) devant faire l'objet d'une évaluation</td></tr><tr><td>4</td><td>Captures accidentelles devant faire l'objet d'une évaluation de façon prioritaire</td></tr><tr><td>N</td><td>Non déterminé</td></tr></tbody></table>

La note « 1 » a été attribuée aux interactions absentes et la note « 2 » aux interactions observées sporadiquement dans les bases de données ou la bibliographie. La note « 3 » a été attribuée aux interactions observées fréquemment dans les bases de données ou la bibliographie. Cette interaction peut néanmoins être restreinte dans l'espace (ne concerner que quelques estuaires par exemple) et ne concerner qu'une partie des engins de la famille. La note « 4 » n'a pas été attribuée à ce jour. L'identification de priorités en terme d'évaluation et/ou mesure de réduction nécessiterait une analyse plus fine des niveaux de captures et des tailles de populations concernées qui n'a pas été conduite pour le moment.
adaptés aux besoins de l'ARP espèces amphihalines, ou a minima méritaient une mise à jour. Dans ce contexte, une analyse spécifique a été réalisée dans le cadre de l'action MigrenMer (cf. Acou et al. 2021 pour plus de détails) et a résulté en la publication d'une matrice d'interactions entre espèces amphihalins et activité de pêche dans le milieu marin. Cette analyse a consisté à réaliser, sur la base des meilleures données et connaissances disponibles, une matrice « théorique » de capturabilité qui définit si une interaction est possible quand une espèce (ou groupe d'espèces) et un engin particulier sont en contact. Cette matrice vise donc à hiérarchiser les niveaux d'interactions entre les espèces amphihalines et les activités de pêche, afin de mettre en évidence les espèces ou groupes d'espèces susceptibles d'être les plus impactées au regard des engins utilisés.

Pour les besoins de cette analyse ARP, une sélection du jeu de données Obsmer de 2009 à 2019 dans les sous-régions marines françaises (zones CIEM .c, 7.d, 7.e, 7.h, 8.a, 8.b, 8.d.2 ainsi que les données disponibles en Méditerranée occidentale) a été réalisée. Au total, ce sont 67 845 opérations de pêche réalisées par 30 engins différents qui ont été sélectionnées. La présence/absence, ainsi que le nombre de captures des espèces ou groupe d'espèces amphihalines pour chaque type d'engins ont été considérés. Compte-tenu du très faible nombre de captures d'esturgeons disponibles dans Obsmer, l'évaluation pour cette espèce a été basée sur le jeu de données « Sturwild » (déclaration volontaire de captures pour l'esturgeon pilotée par l'INRAE, EABX Bordeaux) (Charbonnel & Acolas., 2022). En estuaire et lagunes où les espèces peuvent faire l'objet d'une pêche ciblée, l'évaluation est basée sur une synthèse bibliographique la plus actuelle possible des pêches estuariennes. Elle prend en compte à la fois les articles scientifiques publiés, mais aussi la littérature grise (thèses, rapports d'étude, etc.). Les quatre niveaux d'interaction retenues dans l'analyse et les résultats des interactions engins/espèces (ou groupe d'espèces voire écophase d'espèces) sont présentés dans les tableaux ci-dessous (Tableaux 10 et 11).

<table><caption>**Tableau 10 :** Codes et définitions du risque de captures (adapté de Acou et al., 2021).</caption><thead><tr><td>Code du risque de captures</td><td>Définition</td></tr></thead><tbody><tr><td>1</td><td>Captures accidentelles a priori inexistantes ou exceptionnelles</td></tr><tr><td>2</td><td>Captures accidentelles rares ne devant pas faire l'objet a priori d'une évaluation</td></tr><tr><td>3</td><td>Captures accidentelles ou ciblées (*) devant faire l'objet d'une évaluation</td></tr><tr><td>4</td><td>Captures accidentelles devant faire l'objet d'une évaluation de façon prioritaire</td></tr><tr><td>N</td><td>Non déterminé</td></tr></tbody></table>

La note « 1 » a été attribuée aux interactions absentes et la note « 2 » aux interactions observées sporadiquement dans les bases de données ou la bibliographie. La note « 3 » a été attribuée aux interactions observées fréquemment dans les bases de données ou la bibliographie. Cette interaction peut néanmoins être restreinte dans l'espace (ne concerner que quelques estuaires par exemple) et ne concerner qu'une partie des engins de la famille. La note « 4 » n'a pas été attribuée à ce jour. L'identification de priorités en terme d'évaluation et/ou mesure de réduction nécessiterait une analyse plus fine des niveaux de captures et des tailles de populations concernées qui n'a pas été conduite pour le moment.
<table><caption>**Tableau 11 :** Résultats des interactions avec des activités de pêche par espèce, écophase d'espèce ou groupe d'espèces. Pour chaque cellule (interaction engin/espèce), une seule note signifie que le risque est équivalent entre Estuaire/Lagune et la Mer, deux notes signifient que le risque est différent (note Estuaire/Lagune | note Mer). * : existence de pêche ciblée. (adapté de Acou et al., 2021).</caption><thead><tr><th rowspan="2">CSITEP_1</th><th rowspan="2">CSITEP_2</th><th colspan="6">Espèce, stade d'espèce ou groupe d'espèces</th></tr><tr><th>Lamproies</th><th>Aloses</th><th>Salmo</th><th>Anguille (j&ag)</th><th>Civelle</th><th>Esturgeon</th></tr></thead><tbody><tr><td>01.Filets tournants</td><td>Filets tournants avec coulisse [PS]</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>02.Sennes</td><td>Sennes danoises [SDN]; Sennes manœuvrées par 2 bateaux [SPR]; sennes écossaises [SSC]</td><td>2</td><td>1</td><td>3</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>03.Chaluts</td><td>De fond à panneaux [OTB]; pélagiques à panneaux [OTM]; jumeaux à panneaux [OTT]; bœufs de fond [PTB]; bœufs pélagiques [PTM]; à perche [TBB]</td><td>2</td><td>2</td><td>3</td><td>2</td><td>3</td><td>2</td></tr><tr><td>04.Dragues</td><td>Remorquées par un bateau [DRB]</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>05.Filets soulevés</td><td>Fixes manœuvrés du rivage [LNS]; manœuvrés du bateau [LNB]</td><td>1</td><td>N</td><td>N</td><td>2</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>06.Engins retombants</td><td>Éperviers [FCN]; paniers coiffants filets lanternes [FCO]</td><td>N</td><td>N</td><td>N</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>07.Filets maillant et/ou emmêlant</td><td>filets maillants dérivants [GND]; filets flottants (maillants calés) [GNE]; filets maillants calés (ancrés) [GNS]; Trémails et filets maillants combinés [GTN]; Trémails [GTR]</td><td>3*</td><td>1</td><td>3</td><td>3</td><td>1</td><td>2</td></tr><tr><td rowspan="3">08.Pièges</td><td>Nasses (casiers) [FPO]</td><td>3*</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>3*</td><td>2</td></tr><tr><td>Barrages, parcs, bordigues, etc. [FWR]</td><td>N</td><td>N</td><td>1</td><td>1</td><td>3*</td><td>1</td></tr><tr><td>Verveux [FYK]</td><td>2</td><td>1</td><td>2</td><td>1</td><td>2</td><td>1</td></tr><tr><td>09.Lignes et hameçons</td><td>Lignes à main [LH]; Lignes à main et à cannes mécanisées [LHM] ou manuelles [LHP]; Palangres non spécifiées [LL], dérivantes [LLD], calées flottantes [LLF], calées [LLS]; lignes de traine [LTL]</td><td>2</td><td>1</td><td>2</td><td>2</td><td>1</td><td>3*</td></tr><tr><td>10. Engins divers</td><td>Epuisettes, salabardes [MSP]; Harpons [HAR]; filets de rabattage [MDR]; plongée [MDV]; Engins à main (pinces, râteaux, lances) [MHI]; Pompes [MPM], tamis à civelles à main [MSP] ou poussé [MPN]</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>3*</td></tr><tr><td>99. Engins inconnus</td><td>Engins inconnus ou non spécifiés [NK]</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td></tr></tbody></table>
<table><caption>**Tableau 11 :** Résultats des interactions avec des activités de pêche par espèce, écophase d'espèce ou groupe d'espèces. Pour chaque cellule (interaction engin/espèce), une seule note signifie que le risque est équivalent entre Estuaire/Lagune et la Mer, deux notes signifient que le risque est différent (note Estuaire/Lagune & note Mer). * : existence de pêche ciblée. (adapté de Acou et al., 2021).</caption><thead><tr><th rowspan="2">CSITEP_1</th><th rowspan="2">CSITEP_2</th><th colspan="6">Espèce, stade d'espèce ou groupe d'espèces</th></tr><tr><th>Lamproies</th><th>Aloses</th><th>Salmo</th><th>Anguille (j&ag)</th><th>Civelle</th><th>Esturgeon</th></tr></thead><tbody><tr><td>01.Filets tournants</td><td>Filets tournants avec coulisse [PS]</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>02.Sennes</td><td>Sennes danoises [SDN]; Sennes manœuvrées par 2 bateaux [SPR]; sennes écossaises [SSC]</td><td>2</td><td>1</td><td>3</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>03.Chaluts</td><td>De fond à panneaux [OTB]; pélagiques à panneaux [OTM]; jumeaux à panneaux [OTT]; bœufs de fond [PTB]; bœufs pélagiques [PTM]; à perche [TBB]</td><td>2</td><td>2</td><td>3</td><td>2</td><td>3</td><td>2</td></tr><tr><td>04.Dragues</td><td>Remorquées par un bateau [DRB]</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>05.Filets soulevés</td><td>Fixes manœuvrés du rivage [LNS]; manœuvrés du bateau [LNB]</td><td>1</td><td>N</td><td>N</td><td>2</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>06.Engins retombants</td><td>Éperviers [FCN]; paniers coiffants filets lanternes [FCO]</td><td>N</td><td>N</td><td>N</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>07.Filets maillant et/ou emmêlant</td><td>filets maillants dérivants [GND]; filets flottants (maillants calés) [GNE]; filets maillants calés (ancrés) [GNS]; Trémails et filets maillants combinés [GTN]; Trémails [GTR]</td><td>3*</td><td>1</td><td>3</td><td>3</td><td>1</td><td>2</td></tr><tr><td rowspan="3">08.Pièges</td><td>Nasses (casiers) [FPO]</td><td>3*</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>3*</td><td>2</td></tr><tr><td>Barrages, parcs, bordigues, etc. [FWR]</td><td>N</td><td>N</td><td>1</td><td>1</td><td>3*</td><td>1</td></tr><tr><td>Verveux [FYK]</td><td>2</td><td>1</td><td>2</td><td>1</td><td>2</td><td>1</td></tr><tr><td>09.Lignes et hameçons</td><td>Lignes à main [LH]; Lignes à main et à cannes mécanisées [LHM] ou manuelles [LHP]; Palangres non spécifiées [LL], dérivantes [LLD], calées flottantes [LLF], calées [LLS]; lignes de traine [LTL]</td><td>2</td><td>1</td><td>2</td><td>2</td><td>1</td><td>3*</td></tr><tr><td>10. Engins divers</td><td>Epuisettes, salabardes [MSP]; Harpons [HAR]; filets de rabattage [MDR]; plongée [MDV]; Engins à main (pinces, râteaux, lances) [MHI]; Pompes [MPM], tamis à civelles à main [MSP] ou poussé [MPN]</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>3*</td></tr><tr><td>99. Engins inconnus</td><td>Engins inconnus ou non spécifiés [NK]</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td></tr></tbody></table>
Ce travail méthodologique a permis d'identifier pour chaque couple engin/espèces les risques de capture accidentelles nuls/faibles (notées 1 ou 2) et ceux devant faire l'objet d'une évaluation (notées 3). Par exemple, excepté en lagunes/estuaires où elles peuvent faire l'objet d'une pêche ciblée aux pièges ou filets maillants, le risque d'interaction est inexistant à rare pour les deux espèces de lamproies. A l'opposé, le risques d'interactions entre l'esturgeon et les chaluts, filets maillants/emmêlant ainsi que lignes et hameçons doivent faire l'objet d'une évaluation dans le milieu marin. Les résultats de cette analyse ont été transmises à l'OFB pour permettre la mise en œuvre de l'étape suivante de cette ARP sur les espèces amphihalines.

IV.1.1. **Identifier les secteurs à risque de capture accidentelle via une analyse spatiale (étape 1.2.)**

La suite de l'ARP espèce amphihaline (étape 1.2.) consiste à identifier les secteurs à risque de capture accidentelle via une analyse spatiale (Tableau 9). Cette analyse, en cours, est pilotée par l'OFB ECUMM. Pour ce faire un croisement géomatique est réalisé en prenant en compte les données d'effort de pêche des engins ou familles d'engins pour lesquels des captures accidentelles ou ciblées doivent faire l'objet d'une évaluation (cf. note 3 de la matrice d'interaction engin/espèces) et les probabilités d'occurrence issues des modèles de distribution hiérarchique présentés dans les chapitres précédents. L'ensemble des résultats et des sorties des modèles de distribution ont été transmis à l'OFB ECUMM. Les conclusions de cette analyse spatiale pour les espèces amphihalines (comme pour les autres espèces d'intérêt communautaire : mammifères marins, tortues et oiseaux marins) sont attendues courant 2024.

Ainsi les résultats acquis lors de l'action MigrenMer ont largement contribué en 2022 à la mise en œuvre de cette ARP espèces amphihalines à l'échelle biogéographique qui est toujours en cours. Sans doute qu'ils permettront également d'alimenter les analyses à l'échelle locale (site Natura 2000) quand ils seront initiés.

IV.2. DCSMM

Les nouvelles connaissances acquises dans l'action Migrenmer permettront à terme de nourrir le développement d'indicateurs pour la DCSMM.

Pour chacune des composantes d'espèces mobiles – dont les poissons amphihalins du groupe des poissons côtiers – le descripteur 1 du Bon Etat Ecologique est défini comme suit : « la **diversité biologique** est conservée si la **qualité des habitats et leur nombre**, ainsi que la **distribution** et la **abondance** des espèces sont adaptées aux conditions physiographiques, géographiques et climatiques existantes ». Ce BEE doit être renseigné grâce à 5 critères (Tableau 12) évalués à l'échelle de l'espèce (ou des populations si pertinent). Parmi les 5 critères du D1, un même critère peut être primaire ou secondaire en fonction du statut réglementaire (e.g. directive 92/43/CEE) et commercial de l'espèce. Pour les espèces amphihalines, les critères primaires sont les critères D1C1, D1C2, D1C4 et D1C5 pour les espèces d'intérêt communautaire (esturgeon, aloses, lamproies et saumon). Pour l'anguille, les critères primaires sont le D1C1, D1C2 et D1C3.
Ce travail méthodologique a permis d'identifier pour chaque couple engin/espèces les risques de capture accidentelles nuls/faibles (notées 1 ou 2) et ceux devant faire l'objet d'une évaluation (notées 3). Par exemple, excepté en lagunes/estuaires où elles peuvent faire l'objet d'une pêche ciblée aux pièges ou filets maillants, le risque d'interaction est inexistant à rare pour les deux espèces de lamproies. A l'opposé, le risques d'interactions entre l'esturgeon et les chaluts, filets maillants/emmêlant ainsi que lignes et hameçons doivent faire l'objet d'une évaluation dans le milieu marin. Les résultats de cette analyse ont été transmises à l'OFB pour permettre la mise en œuvre de l'étape suivante de cette ARP sur les espèces amphihalines.

IV.1.1. **Identifier les secteurs à risque de capture accidentelle via une analyse spatiale (étape 1.2.)**

La suite de l'ARP espèce amphihaline (étape 1.2.) consiste à identifier les secteurs à risque de capture accidentelle via une analyse spatiale (Tableau 9). Cette analyse, en cours, est pilotée par l'OFB ECUMM. Pour ce faire un croisement géomatique est réalisé en prenant en compte les données d'effort de pêche des engins ou familles d'engins pour lesquels des captures accidentelles ou ciblées doivent faire l'objet d'une évaluation (cf. note 3 de la matrice d'interaction engin/espèces) et les probabilités d'occurrence issues des modèles de distribution hiérarchique présentés dans les chapitres précédents. L'ensemble des résultats et des sorties des modèles de distribution ont été transmis à l'OFB ECUMM. Les conclusions de cette analyse spatiale pour les espèces amphihalines (comme pour les autres espèces d'intérêt communautaire : mammifères marins, tortues et oiseaux marins) sont attendues courant 2024.

Ainsi les résultats acquis lors de l'action MigrenMer ont largement contribué en 2022 à la mise en œuvre de cette ARP espèces amphihalines à l'échelle biogéographique qui est toujours en cours. Sans doute qu'ils permettront également d'alimenter les analyses à l'échelle locale (site Natura 2000) quand ils seront initiés.

IV.2. DCSMM

Les nouvelles connaissances acquises dans l'action Migrenmer permettront à terme de nourrir le développement d'indicateurs pour la DCSMM.

Pour chacune des composantes d'espèces mobiles – dont les poissons amphihalins du groupe des poissons côtiers – le descripteur 1 du Bon Etat Ecologique est défini comme suit : « la **diversité biologique** est conservée si la **qualité des habitats et leur nombre**, ainsi que la **distribution** et la **abondance** des espèces sont adaptées aux conditions physiographiques, géographiques et climatiques existantes ». Ce BEE doit être renseigné grâce à 5 critères (Tableau 12) évalués à l'échelle de l'espèce (ou des populations si pertinent). Parmi les 5 critères du D1, un même critère peut être primaire ou secondaire en fonction du statut réglementaire (e.g. directive 92/43/CEE) et commercial de l'espèce. Pour les espèces amphihalines, les critères primaires sont les critères D1C1, D1C2, D1C4 et D1C5 pour les espèces d'intérêt communautaire (esturgeon, aloses, lamproies et saumon). Pour l'anguille, les critères primaires sont le D1C1, D1C2 et D1C3.
<table><caption>Tableau 12 : Définition des critères du descripteur 1 « Biodiversité » de la DCSMM.</caption><thead><tr><td>Critères</td><td></td><td>Priorité</td></tr></thead><tbody><tr><td>D1C1</td><td>Taux de mortalité par captures accidentelles<br/>Le taux de mortalité par espèce dû aux captures accidentelles est inférieur au niveau susceptible de constituer une menace pour l'espèce, de sorte que la viabilité à long terme de celle-ci est assurée</td><td>Primaire</td></tr><tr><td>D1C2</td><td>Abondance des populations<br/>Les pressions anthropiques n'ont pas d'effets néfastes sur l'abondance des populations des espèces concernées, de sorte que la viabilité à long terme de ces populations est garantie</td><td>Primaire</td></tr><tr><td>D1C3</td><td>Caractéristiques démographiques des populations<br/>Les caractéristiques démographiques (par exemple structure par taille ou par âge, répartition par sexe, taux de fécondité, taux de survie) des populations des espèces témoignent d'une population saine, qui n'est pas affectée par les pressions anthropiques</td><td>Primaire pour les poissons et céphalopodes exploités à des fins commerciales, secondaires pour les autres espèces</td></tr><tr><td>D1C4</td><td>Distribution spatiale des populations<br/>L'aire de répartition des espèces et, le cas échéant, leur schéma de répartition dans ladite aire, est conforme aux conditions physiographiques, géographiques et climatiques dominantes.</td><td>Primaire pour les espèces relevant des annexes II, IV ou V de la directive 92/43/CEE et secondaire pour les autres espèces</td></tr><tr><td>D1C5</td><td>Habitat des espèces<br/>L'habitat des espèces offre l'étendue et les conditions nécessaires pour permettre à celles-ci d'accomplir les différentes étapes de leur cycle biologique.</td><td>Primaire pour les espèces relevant des annexes II, IV ou V de la directive 92/43/CEE et secondaire pour les autres espèces</td></tr></tbody></table>
<table><caption>Tableau 12 : Définition des critères du descripteur 1 « Biodiversité » de la DCSMM.</caption><thead><tr><td>Critères</td><td></td><td>Priorité</td></tr></thead><tbody><tr><td>D1C1</td><td>Taux de mortalité par captures accidentelles<br/>Le taux de mortalité par espèce dû aux captures accidentelles est inférieur au niveau susceptible de constituer une menace pour l'espèce, de sorte que la viabilité à long terme de celle-ci est assurée</td><td>Primaire</td></tr><tr><td>D1C2</td><td>Abondance des populations<br/>Les pressions anthropiques n'ont pas d'effets néfastes sur l'abondance des populations des espèces concernées, de sorte que la viabilité à long terme de ces populations est garantie</td><td>Primaire</td></tr><tr><td>D1C3</td><td>Caractéristiques démographiques des populations<br/>Les caractéristiques démographiques (par exemple structure par taille ou par âge, répartition par sexe, taux de fécondité, taux de survie) des populations des espèces témoignent d'une population saine, qui n'est pas affectée par les pressions anthropiques</td><td>Primaire pour les poissons et céphalopodes exploités à des fins commerciales, secondaires pour les autres espèces</td></tr><tr><td>D1C4</td><td>Distribution spatiale des populations<br/>L'aire de répartition des espèces et, le cas échéant, leur schéma de répartition dans ladite aire, est conforme aux conditions physiographiques, géographiques et climatiques dominantes.</td><td>Primaire pour les espèces relevant des annexes II, IV ou V de la directive 92/43/CEE et secondaire pour les autres espèces</td></tr><tr><td>D1C5</td><td>Habitat des espèces<br/>L'habitat des espèces offre l'étendue et les conditions nécessaires pour permettre à celles-ci d'accomplir les différentes étapes de leur cycle biologique.</td><td>Primaire pour les espèces relevant des annexes II, IV ou V de la directive 92/43/CEE et secondaire pour les autres espèces</td></tr></tbody></table>
IV.2.1. D1C1 : Taux de mortalité par capture accidentelle

L'analyse de la base de données Obsmer dans le cadre de l'analyse risque pêche a permis de mieux comprendre la vulnérabilité des espèces amphihalines aux différents engins de pêche (Tableau 11). Les lamproies ne sont pas ou peu impactées par les captures accidentelles comme en témoignent les très faibles niveaux de captures de ces espèces observées dans le jeu de données Obsmer (Elliott et al., 2021). Pour les autres espèces (aloses, esturgeon, anguille, saumon), des captures accidentelles sont possibles quand elles sont en contact d'engins ou familles d'engins particuliers (Tableau 11 ; Acou et al., 2021). Pour autant, sur la base des données disponibles, le critère D1C1 relatif au taux de mortalité par captures accidentelles ne peut être renseigné quantitativement pour ces espèces amphihalines.

IV.2.2. D1C2 : Abondance des populations

La critère 'Abondance' est un des critères privilégiés pour estimer l'état écologique des populations de poissons du D1 (Biodiversité) ou du D3 (espèces commerciales) de la DCSMM. Par exemple, l'évaluation au titre du D1C2, du BEE pour les populations des espèces benthodémersales sensibles à la pêche repose sur l'analyse des séries temporelles des indices d'abondance en nombre d'individus (Brind'Amour et Delaunay, 2018), selon la méthodologie des points de rupture adaptée de celle de Probst et Stelzenmüller (2015). Cette approche consiste dans un premier temps à identifier des périodes de stabilité à moyen/long terme (minimum de 3 années consécutives) au sein d'une série temporelle. La période de stabilité la plus récente est alors comparée à celle du début de la série temporelle pour définir l'état de la population : ainsi, des valeurs d'indicateurs plus élevées sur la période de stabilité récente en comparaison à celles du début de série seront interprétées comme une atteinte du BEE par la population. Dans le cas où aucun point de rupture n'est détecté dans la série temporelle, une régression linéaire simple est ajustée sur l'ensemble de la série (moyen/long terme) afin de détecter une éventuelle tendance : une tendance positive significative indique une population atteignant le BEE, une tendance négative significative une population n'atteignant pas le BEE et, en l'absence de tendance significative, il est impossible de conclure sur l'état écologique de la population considérée.

Compte-tenu des données à disposition (espèces à occurrences rares), les développements de l'action MigrenMer ont porté majoritairement sur les occurrences (présence/absence) des espèces via les modèles hSDM et la méthodologie CMAP. Afin de renseigner le critère D1C2, la mise en place de modèle d'abondance est nécessaire. En partant de ce constat et sur la base des données déjà acquises, des analyses spécifiques ont été réalisé en choisissant *Alosa fallax* (1130 présences) comme modèle biologique car c'est l'EIC (espèce d'intérêt communautaire) pour laquelle nous possédons davantage de données de présence. Les résultats obtenus lors du développement d'un modèle d'abondance spatialisé n'ont pas été concluants car de l'overfitting et des variations d'abondance d'une cellule de prédiction à une autre qui ne sont pas écologiquement cohérente ont été observés (Fig. S77). Ces caractéristiques ne permettent pas l'interprétation des cartes d'abondance spatialisé de manière pertinente d'autant plus que ces prédictions sont liées à des
IV.2.1. <u>D1C1 : Taux de mortalité par capture accidentelle</u>

L'analyse de la base de données Obsmer dans le cadre de l'analyse risque pêche a permis de mieux comprendre la vulnérabilité des espèces amphihalines aux différents engins de pêche (Tableau 11). Les lamproies ne sont pas ou peu impactées par les captures accidentelles comme en témoignent les très faibles niveaux de captures de ces espèces observées dans le jeu de données Obsmer (Elliott et al., 2021). Pour les autres espèces (aloses, esturgeon, anguille, saumon), des captures accidentelles sont possibles quand elles sont en contact d'engins ou familles d'engins particuliers (Tableau 11 ; Acou et al., 2021). Pour autant, sur la base des données disponibles, le critère D1C1 relatif au taux de mortalité par captures accidentelles ne peut être renseigné quantitativement pour ces espèces amphihalines.

IV.2.2. <u>D1C2 : Abondance des populations</u>

La critère 'Abondance' est un des critères privilégiés pour estimer l'état écologique des populations de poissons du D1 (Biodiversité) ou du D3 (espèces commerciales) de la DCSMM. Par exemple, l'évaluation au titre du D1C2, du BEE pour les populations des espèces benthodémersales sensibles à la pêche repose sur l'analyse des séries temporelles des indices d'abondance en nombre d'individus (Brind'Amour et Delaunay, 2018), selon la méthodologie des points de rupture adaptée de celle de Probst et Stelzenmüller (2015). Cette approche consiste dans un premier temps à identifier des périodes de stabilité à moyen/long terme (minimum de 3 années consécutives) au sein d'une série temporelle. La période de stabilité la plus récente est alors comparée à celle du début de la série temporelle pour définir l'état de la population : ainsi, des valeurs d'indicateurs plus élevées sur la période de stabilité récente en comparaison à celles du début de série seront interprétées comme une atteinte du BEE par la population. Dans le cas où aucun point de rupture n'est détecté dans la série temporelle, une régression linéaire simple est ajustée sur l'ensemble de la série (moyen/long terme) afin de détecter une éventuelle tendance : une tendance positive significative indique une population atteignant le BEE, une tendance négative significative une population n'atteignant pas le BEE et, en l'absence de tendance significative, il est impossible de conclure sur l'état écologique de la population considérée.

Compte-tenu des données à disposition (espèces à occurrences rares), les développements de l'action MigrenMer ont porté majoritairement sur les occurrences (présence/absence) des espèces via les modèles hSDM et la méthodologie CMAP. Afin de renseigner le critère D1C2, la mise en place de modèle d'abondance est nécessaire. En partant de ce constat et sur la base des données déjà acquises, des analyses spécifiques ont été réalisé en choisissant *Alosa fallax* (1130 présences) comme modèle biologique car c'est l'EIC (espèce d'intérêt communautaire) pour laquelle nous possédons davantage de données de présence. Les résultats obtenus lors du développement d'un modèle d'abondance spatialisé n'ont pas été concluants car de l'overfitting et des variations d'abondance d'une cellule de prédiction à une autre qui ne sont pas écologiquement cohérente ont été observés (Fig. S77). Ces caractéristiques ne permettent pas l'interprétation des cartes d'abondance spatialisé de manière pertinente d'autant plus que ces prédictions sont liées à des incertitudes très élevées (Fig. S77). Afin de palier cela, il a été décidé de mettre en place des modèles
incertitudes très élevées (Fig. S77). Afin de palier cela, il a été décidé de mettre en place des modèles
binomiaux non spatialisés afin d'identifier des tendances par SRM (sous-région marine) au cours des
dernières années en prenant en compte les effets des engins de pêche. L'utilisation de modèle
d'occurrence comme proxy pour étudier les variations d'abondance est favorisé au vu de l'incapacité
des données disponibles à permettre la mise en place de tel modèle. Malgré la simplification des
modèles utilisés, l'obtention de prédictions renseignant les variations de probabilités de présences
selon les années reste complexe. Les capacités prédictives de ces modèles associés à nos données
sont limitées pour ladite étude. Les variances expliquées sont minimes (<5%) et les présences
prédites au cours du temps qui en découlent sont faibles (Fig S78.). Des développements
supplémentaires d'acquisition de données ou de levier méthodologique sont nécessaires afin de
pouvoir renseigner le critère D1C2 de la DCSMM pour les espèces migratrices amphihalins.

Dans ce sens, une avancée majeure a été réalisée pour les espèces patrimoniales telles les espèces
amphihalines vis-à-vis du développement des indicateurs BEE pour la DCSMM. L'indicateur « FC1 »
intitulé « rétablissement de l'abondance des populations d'espèces halieutiques sensibles » a été
développé dans le cadre de la convention des mers régionales OSPAR (Probst et al., 2023). Le calcul
de cet indicateur repose sur les données de captures par chalutage de fond réalisées par les
campagnes scientifiques européennes. Il s'agit de programmes de surveillance normalisés et
représentatifs, ayant lieu chaque année à la même époque. Les campagnes scientifiques françaises
contribuant au calcul de cet indicateur sont IBTS, CGFS et EVHOE. Les données sont bancarisées dans
la base de données DATRAS. L'approche, développée par le groupe de travail WKABSENS du CIEM
(ICES, 2021), est basée sur un modèle binomial à plusieurs pas de temps. Elle permet d'identifier les
phases de diminution, d'augmentation et de stabilité des occurrences, même pour les espèces les
plus rares ou pauvres en données ce que ne permettaient pas les méthodes basées sur les
estimations d'abondance du cycle précédent. Ainsi, quand les données sont suffisantes, cet
indicateur permet d'évaluer quantitativement le critère D1C2 dans les régions biogéographiques
OSPAR dans lesquelles on trouve les 3 SRM de la région marine Manche - Atlantique (Manche-Mer
du Nord, Mers Celtiques et Golfe de Gascogne et cote ibérique) voire en Méditerranée occidentale
(travail d'adaptation de l'Ifremer en cours sur le jeu de données MEDITS). Dans le cadre de
l'évaluation du BEE du D1PC cycle 3, des évaluations quantitatives du D1C2 basées sur cet indicateur
FC1 ont été produits pour l'esturgeon, les aloses, l'anguille européenne et la lamproie marine dans
par exemple la sous-région marine Manche - Mer du Nord (Delaunay et al., 2022).

IV.2.3. D1C3 : Caractéristiques démographiques

Ce critère n'est pas prioritaire pour les espèces amphihalines. Pour autant, dans le cadre de
l'action MigrenMer, le lien entre les structures de taille par espèce et les types d'engins a été exploré
dans les analyses exploratoires. Ces analyses permettent notamment d'évaluer les liens entre
capture des espèces à une taille donnée (e.g. à la taille à maturité) et des engins ou familles d'engins.
A ce stade, les données ne permettent pas de prendre en compte l'âge, la répartition par sexe, le
taux de fécondité et le taux de survie qui sont des éléments centraux afin d'évaluer le D1C3. Pour
toutes ces raisons, le critère D1C3 relatif aux caractéristiques démographiques ne peut être
binomiaux non spatialisés afin d'identifier des tendances par SRM (sous-région marine) au cours des dernières années en prenant en compte les effets des engins de pêche. L'utilisation de modèle d'occurrence comme proxy pour étudier les variations d'abondance est favorisé au vu de l'incapacité des données disponibles à permettre la mise en place de tel modèle. Malgré la simplification des modèles utilisés, l'obtention de prédictions renseignant les variations de probabilités de présences selon les années reste complexe. Les capacités prédictives de ces modèles associés à nos données sont limitées pour ladite étude. Les variances expliquées sont minimes (<5%) et les présences prédites au cours du temps qui en découlent sont faibles (Fig S78.). Des développements supplémentaires d'acquisition de données ou de levier méthodologique sont nécessaires afin de pouvoir renseigner le critère D1C2 de la DCSMM pour les espèces migratrices amphihalins.

Dans ce sens, une avancée majeure a été réalisée pour les espèces patrimoniales telles les espèces amphihalines vis-à-vis du développement des indicateurs BEE pour la DCSMM. L'indicateur « FC1 » intitulé « rétablissement de l'abondance des populations d'espèces halieutiques sensibles » a été développé dans le cadre de la convention des mers régionales OSPAR (Probst et al., 2023). Le calcul de cet indicateur repose sur les données de captures par chalutage de fond réalisées par les campagnes scientifiques européennes. Il s'agit de programmes de surveillance normalisés et représentatifs, ayant lieu chaque année à la même époque. Les campagnes scientifiques françaises contribuant au calcul de cet indicateur sont IBTS, CGFS et EVHOE. Les données sont bancarisées dans la base de données DATRAS. L'approche, développée par le groupe de travail WKABSENS du CIEM (ICES, 2021), est basée sur un modèle binomial à plusieurs pas de temps. Elle permet d'identifier les phases de diminution, d'augmentation et de stabilité des occurrences, même pour les espèces les plus rares ou pauvres en données ce que ne permettaient pas les méthodes basées sur les estimations d'abondance du cycle précédent. Ainsi, quand les données sont suffisantes, cet indicateur permet d'évaluer quantitativement le critère D1C2 dans les régions biogéographiques OSPAR dans lesquelles on trouve les 3 SRM de la région marine Manche - Atlantique (Manche-Mer du Nord, Mers Celtiques et Golfe de Gascogne et cote ibérique) voire en Méditerranée occidentale (travail d'adaptation de l'Ifremer en cours sur le jeu de données MEDITS). Dans le cadre de l'évaluation du BEE du D1PC cycle 3, des évaluations quantitatives du D1C2 basées sur cet indicateur FC1 ont été produits pour l'esturgeon, les aloses, l'anguille européenne et la lamproie marine dans par exemple la sous-région marine Manche - Mer du Nord (Delaunay et al., 2022).

IV.2.3. D1C3 : Caractéristiques démographiques

Ce critère n'est pas prioritaire pour les espèces amphihalines. Pour autant, dans le cadre de l'action MigrenMer, le lien entre les structures de taille par espèce et les types d'engins a été exploré dans les analyses exploratoires. Ces analyses permettent notamment d'évaluer les liens entre capture des espèces à une taille donnée (e.g. à la taille à maturité) et des engins ou familles d'engins. A ce stade, les données ne permettent pas de prendre en compte l'âge, la répartition par sexe, le taux de fécondité et le taux de survie qui sont des éléments centraux afin d'évaluer le D1C3. Pour toutes ces raisons, le critère D1C3 relatif aux caractéristiques démographiques ne peut être renseigné quantitativement pour ces espèces amphihalines.
renseigné quantitativement pour ces espèces amphihalines.

IV.2.4. D1C4 : Distribution spatiale des populations

Le D1C4 est généralement évalué selon 3 groupes d'indicateurs (Palialexis et al., 2021):

- Occupation de l'espace (pourcentage de présence, zone de distribution, inertie)

- Agrégation dans l'espace (Indexe d'agrégation, isotropie)

- Quantité dépendance (Niveau d'agrégation, coefficient/indice de dispersion, centre de gravité)

Pour les poissons démersaux et les poissons pélagiques par exemple, les campagnes scientifiques e.g. EVHOE (démersale) et PELGAS (pélagique) permettent d'obtenir suffisamment de données pour les 3 groupes d'indicateurs. Leur utilisation mène à la caractérisation de l'aire de distribution d'une population d'espèce et d'évaluer si le schéma de répartition dans ladite aire est conforme aux conditions physiographiques, géographiques et climatiques dominantes comme le demande la DCSMM via le D1C4. Cependant, il n'existe pas de campagnes scientifiques ciblant les espèces amphihalines. Par ailleurs les données disponibles pour ces espèces dans ces campagnes sont beaucoup plus rares que les espèces pélagiques ou démersales, rendant la mise au point de ces indicateurs complexe.

Il existe également, à l'image de l'indicateur OSPAR « FC1 » pour le D1C2, deux indicateurs OSPAR « FC7 : Distribution range » et « FC8 : Fish Distributional pattern » pouvant être utilisé pour renseigner le D1C4 à l'avenir (Palialexis et al., 2021). Deux méthodes peuvent être distingués pour ces critères :

- Les modèles de distribution des espèces (variables environnementales liées aux enregistrements des espèces, prédire la probabilité d'occurrence en fonction de la distribution, identifier les différences entre la prédiction et les données actuelles sur les espèces, l'utilisation de données historiques est possible)

- La méthode de distribution simplifiée (différences des données de présence-absence entre les périodes, basée sur la définition d'une période de référence appropriée, faible besoin de données, permet d'évaluer les espèces plus rares).

L'approche méthodologique utilisée pour la mise en place des modèles de distribution au sein du programme MigrenMer peut être valorisée directement dans le D1C4 pour le groupe d'indicateur « occupation de l'espace » via la zone de distribution (et le pourcentage de présence) si un état initial et des tendances peuvent être identifiées. Il peut également être directement utilisés pour les indicateurs OSPAR FC7/8 afin de renseigner l'aire et le schéma de distribution en se basant sur des données de présences/absence comme le préconise Palialexis et ses collaborateurs dans le JRC technical report de 2021 sur le descripteur 1 'diversité biologique' de la DCSMM.
IV.2.4. D1C4 : Distribution spatiale des populations

Le D1C4 est généralement évalué selon 3 groupes d'indicateurs (Palialexis et al., 2021):

- Occupation de l'espace (pourcentage de présence, zone de distribution, inertie)

- Agrégation dans l'espace (Indexe d'agrégation, isotropie)

- Quantité dépendance (Niveau d'agrégation, coefficient/indice de dispersion, centre de gravité)

Pour les poissons démersaux et les poissons pélagiques par exemple, les campagnes scientifiques e.g. EVHOE (démersale) et PELGAS (pélagique) permettent d'obtenir suffisamment de données pour les 3 groupes d'indicateurs. Leur utilisation mène à la caractérisation de l'aire de distribution d'une population d'espèce et d'évaluer si le schéma de répartition dans ladite aire est conforme aux conditions physiographiques, géographiques et climatiques dominantes comme le demande la DCSMM via le D1C4. Cependant, il n'existe pas de campagnes scientifiques ciblant les espèces amphihalines. Par ailleurs les données disponibles pour ces espèces dans ces campagnes sont beaucoup plus rares que les espèces pélagiques ou démersales, rendant la mise au point de ces indicateurs complexe.

Il existe également, à l'image de l'indicateur OSPAR « FC1 » pour le D1C2, deux indicateurs OSPAR « FC7 : Distribution range » et « FC8 : Fish Distributional pattern » pouvant être utilisé pour renseigner le D1C4 à l'avenir (Palialexis et al., 2021). Deux méthodes peuvent être distingués pour ces critères :

- Les modèles de distribution des espèces (variables environnementales liées aux enregistrements des espèces, prédire la probabilité d'occurrence en fonction de la distribution, identifier les différences entre la prédiction et les données actuelles sur les espèces, l'utilisation de données historiques est possible)

- La méthode de distribution simplifiée (différences des données de présence-absence entre les périodes, basée sur la définition d'une période de référence appropriée, faible besoin de données, permet d'évaluer les espèces plus rares).

L'approche méthodologique utilisée pour la mise en place des modèles de distribution au sein du programme MigrenMer peut être valorisée directement dans le D1C4 pour le groupe d'indicateur « occupation de l'espace » via la zone de distribution (et le pourcentage de présence) si un état initial et des tendances peuvent être identifiées. Il peut également être directement utilisés pour les indicateurs OSPAR FC7/8 afin de renseigner l'aire et le schéma de distribution en se basant sur des données de présences/absence comme le préconise Palialexis et ses collaborateurs dans le JRC technical report de 2021 sur le descripteur 1 'diversité biologique' de la DCSMM.

Malgré les modèles de distribution d'espèce obtenus et la disponibilité de carte de distribution pour une majorité de ces espèces, les analyses concernant certaines d'entre elles n'ont pu être
Malgré les modèles de distribution d'espèce obtenus et la disponibilité de carte de distribution pour une majorité de ces espèces, les analyses concernant certaines d'entre elles n'ont pu être développées. Pour ces taxons, comme les lamproies et les salmonidés, il ne semble pas envisageable d'utiliser la modélisation statistique pour renseigner ces critères dû aux manques important de données les concernant. Pour ces espèces des études utilisant des méthodes alternatives (ADNe, suivis spécifiques) seraient à privilégier. Le projet MigrenMer a donc également permis d'évaluer les possibilités futures (incapacité à utiliser des SDMs afin de répondre aux objectifs des directives pour certaines espèces, le cas échéant privilégier d'autres approches méthodologiques) selon les espèces afin de répondre aux exigences des directives européennes.

Concernant les espèces pour lesquelles les modèles de distribution ont pu être développés, les résultats de ces derniers peuvent, comme évoquer précédemment être exploités directement pour évaluer la possibilité de renseigner le critère D1C4. Pour ce faire, une analyse de la distribution spatiale au cours du temps sur la base des données déjà acquises a été effectué en choisissant *Alosa fallax* (1130 présences) comme modèle biologique car c'est l'EIC (espèce d'intérêt communautaire) pour laquelle nous possédons davantage de données de présence. Une analyse rétrospective par groupes d'années (2003-2007, 2008-2014, 2015-2019) avec des cycles de 6 ans correspondant aux exigences temporelles de la DCSMM et permettant d'établir une période de référence a été réalisée. La méthodologie CMAP a été réutilisé afin d'identifier de possible tendance dans la variation de la surface d'habitats centraux. Cependant à cause du faible nombre de présence au sein du jeu de données même pour *Alosa fallax*, diviser ce dernier en groupe d'années pénalise les performances des modèles. La précision des prédictions ne se retrouvent pas impactée (les présences prédites sont correctes) mais la capacité prédictive des modèles chute grandement (sous-prédiction importante des présences) engendrant un oubli possible d'une grande partie des habitats centraux. Plus précisément, la sensibilité (la proportion de présence correctement prédite) diminue proportionnellement au nombre de présences par groupes d'années passant largement en dessous du seuil de 0.5 (moins d'une présence sur deux prédite par le modèle est correcte ; Fig. S79). Ces résultats mettent en avant l'incapacité de décomposer par groupe d'années la base de données et d'appliquer la méthode CMAP dû au nombre d'occurrence trop faible. En l'état, il semble difficile d'établir une période de référence renseignant « l'occupation de l'espace » des espèces amphihalines afin d'identifier une période de stabilité ou une tendance à moyen/long-terme. Des développements supplémentaires d'acquisition de données ou de levier méthodologique sont nécessaires afin de pouvoir renseigner le critère D1C4 de la DCSMM pour les espèces migratrices amphihalines.

#### IV.2.5. D1C5 : Habitat des espèces

Selon ce critère, l'habitat des espèces doit offrir l'étendue et les conditions nécessaires pour permettre à celles-ci d'accomplir les différentes étapes de leur cycle biologique. Les développements menés dans le cadre de l'action MigrenMer n'ont pas à ce stade porté sur l'existence de zones fonctionnelles tels que par exemple des corridors migratoires. Il est peu probable que le critère D1C5 puisse être renseigné quantitativement pour ces espèces amphihalines sur la base des données (Obsmer et scientifiques) disponibles.
développées. Pour ces taxons, comme les lamproies et les salmonidés, il ne semble pas envisageable d'utiliser la modélisation statistique pour renseigner ces critères dû aux manques important de données les concernant. Pour ces espèces des études utilisant des méthodes alternatives (ADNe, suivis spécifiques) seraient à privilégier. Le projet MigrenMer a donc également permis d'évaluer les possibilités futures (incapacité à utiliser des SDMs afin de répondre aux objectifs des directives pour certaines espèces, le cas échéant privilégier d'autres approches méthodologiques) selon les espèces afin de répondre aux exigences des directives européennes.

Concernant les espèces pour lesquelles les modèles de distribution ont pu être développés, les résultats de ces derniers peuvent, comme évoquer précédemment être exploités directement pour évaluer la possibilité de renseigner le critère D1C4. Pour ce faire, une analyse de la distribution spatiale au cours du temps sur la base des données déjà acquises a été effectué en choisissant *Alosa fallax* (1130 présences) comme modèle biologique car c'est l'EIC (espèce d'intérêt communautaire) pour laquelle nous possédons davantage de données de présence. Une analyse rétrospective par groupes d'années (2003-2007, 2008-2014, 2015-2019) avec des cycles de 6 ans correspondant aux exigences temporelles de la DCSMM et permettant d'établir une période de référence a été réalisée. La méthodologie CMAP a été réutilisé afin d'identifier de possible tendance dans la variation de la surface d'habitats centraux. Cependant à cause du faible nombre de présence au sein du jeu de données même pour *Alosa fallax*, diviser ce dernier en groupe d'années pénalise les performances des modèles. La précision des prédictions ne se retrouvent pas impactée (les présences prédites sont correctes) mais la capacité prédictive des modèles chute grandement (sous-prédiction importante des présences) engendrant un oubli possible d'une grande partie des habitats centraux. Plus précisément, la sensibilité (la proportion de présence correctement prédite) diminue proportionnellement au nombre de présences par groupes d'années passant largement en dessous du seuil de 0.5 (moins d'une présence sur deux prédite par le modèle est correcte ; Fig. S79). Ces résultats mettent en avant l'incapacité de décomposer par groupe d'années la base de données et d'appliquer la méthode CMAP dû au nombre d'occurrence trop faible. En l'état, il semble difficile d'établir une période de référence renseignant « l'occupation de l'espace » des espèces amphihalines afin d'identifier une période de stabilité ou une tendance à moyen/long-terme. Des développements supplémentaires d'acquisition de données ou de levier méthodologique sont nécessaires afin de pouvoir renseigner le critère D1C4 de la DCSMM pour les espèces migratrices amphihalines.

#### IV.2.5. D1C5 : Habitat des espèces

Selon ce critère, l'habitat des espèces doit offrir l'étendue et les conditions nécessaires pour permettre à celles-ci d'accomplir les différentes étapes de leur cycle biologique. Les développements menés dans le cadre de l'action MigrenMer n'ont pas à ce stade porté sur l'existence de zones fonctionnelles tels que par exemple des corridors migratoires. Il est peu probable que le critère D1C5 puisse être renseigné quantitativement pour ces espèces amphihalines sur la base des données (Obsmer et scientifiques) disponibles.
IV.3. Les Objectifs Environnementaux de la DCSMM

Les objectifs environnementaux (OE) visent à ramener les pressions exercées par les activités humaines sur le milieu marin à des niveaux compatibles avec le maintien et l'atteinte du bon état écologique (BEE) des eaux marines à l'échéance du cycle en cours de la DCSMM (Delaunay et al., 2022).

Le 3ème Objectif Environnemental du Descripteur 1 pour les Poissons et Céphalopodes (DO1-PC-OE03) est intitulé « Adapter les prélèvements en aval de la limite de salure des eaux (LSE) d'espèces amphihalines de manière à atteindre ou à maintenir le bon état du stock et réduire les captures accidentelles des espèces amphihalines dont la capacité de renouvellement est compromise, en particulier dans les zones de grands rassemblements, les estuaires et les panaches estuariens identifiés par les PLAGEPOMI ». Le projet MigrenMer s'est particulièrement intéressé au D01-PC-OE03-indicateur1 centré sur le nombre de captures d'amphihalins déclarées par an par les pêcheurs professionnels dans les estuaires, les panaches estuariens et les graux à l'aval de la limite la salure des eaux (LSE). L'OE vise pour l'anguille 60% de réduction de mortalité par pêche entre les années de référence 2004-2008 (pêche maritime-pêche fluviale, pêche professionnelle-pêche récréative) et un maintien ou réduction pour les autres espèces.

Pour ce faire, les données déclaratives (SACROIS et SACAPT) ont été mobilisées avec les données d'immatriculations et de licence des pêcheurs CMEA et DPS (2013-2020). L'intervention du pôle MIAME a été motivée par l'important travail de nettoyage nécessaire (recoupement entre bases de données, corrections d'usage, etc.) afin de limiter les erreurs de saisies ou de mauvaises identifications possibles et les interprétations erronées pour les espèces à occurrences rares. La mise en place de procédures de qualification des données a été effectuées sur l'anguille et le saumon sur les années 2019 et 2020 (données les plus facilement disponibles) par Clarisse Boulanger.

L'analyse doit être poursuivie pour reconstituer des séries chronologiques robustes nécessaires à l'interprétation des résultats pour ces deux espèces. Elle doit également être étendue courant 2024 à l'ensemble des espèces amphihalines (aloses, lamproies, truite de mer et esturgeon) non considérées ici.
IV.3. Les Objectifs Environnementaux de la DCSMM

Les objectifs environnementaux (OE) visent à ramener les pressions exercées par les activités humaines sur le milieu marin à des niveaux compatibles avec le maintien et l'atteinte du bon état écologique (BEE) des eaux marines à l'échéance du cycle en cours de la DCSMM (Delaunay et al., 2022).

Le 3ème Objectif Environnemental du Descripteur 1 pour les Poissons et Céphalopodes (DO1-PC-OE03) est intitulé « Adapter les prélèvements en aval de la limite de salure des eaux (LSE) d'espèces amphihalines de manière à atteindre ou à maintenir le bon état du stock et réduire les captures accidentelles des espèces amphihalines dont la capacité de renouvellement est compromise, en particulier dans les zones de grands rassemblements, les estuaires et les panaches estuariens identifiés par les PLAGEPOMI ». Le projet MigrenMer s'est particulièrement intéressé au D01-PC-OE03-indicateur1 centré sur le nombre de captures d'amphihalins déclarées par an par les pêcheurs professionnels dans les estuaires, les panaches estuariens et les graux à l'aval de la limite la salure des eaux (LSE). L'OE vise pour l'anguille 60% de réduction de mortalité par pêche entre les années de référence 2004-2008 (pêche maritime-pêche fluviale, pêche professionnelle-pêche récréative) et un maintien ou réduction pour les autres espèces.

Pour ce faire, les données déclaratives (SACROIS et SACAPT) ont été mobilisées avec les données d'immatriculations et de licence des pêcheurs CMEA et DPS (2013-2020). L'intervention du pôle MIAME a été motivée par l'important travail de nettoyage nécessaire (recoupement entre bases de données, corrections d'usage, etc.) afin de limiter les erreurs de saisies ou de mauvaises identifications possibles et les interprétations erronées pour les espèces à occurrences rares. La mise en place de procédures de qualification des données a été effectuées sur l'anguille et le saumon sur les années 2019 et 2020 (données les plus facilement disponibles) par Clarisse Boulanger.

L'analyse doit être poursuivie pour reconstituer des séries chronologiques robustes nécessaires à l'interprétation des résultats pour ces deux espèces. Elle doit également être étendue courant 2024 à l'ensemble des espèces amphihalines (aloses, lamproies, truite de mer et esturgeon) non considérées ici.
# V. Perspectives

Grâce à la base de données unique compilée, le programme MigrenMer a permis des avancées importantes pour par exemple mieux connaitre la distribution spatiale des espèces en mer et caractériser les interactions engins/espèces dans le contexte de l'Analyse Risque Pêche. Mais les données acquises restent insuffisantes pour répondre à l'ensemble des besoins de gestion et d'évaluation notamment dans le cadre de la DCSMM. Le 13 Novembre 2023, un séminaire rassemblant une vingtaine de spécialistes/gestionnaires de l'OFB (DFM, Parcs Marins, Directions nationales), INRAE, PatriNat et Institut Agro a été organisé pour dresser le bilan de l'action et cibler/prioriser les besoins en terme de gestion de ces espèces dans le milieu marin (cf. tableau S3 pour plus de détails sur les participants). Dans la suite de cette section, nous présentons une synthèse des besoins qui ont été priorisés par l'ensemble des participants, et proposons en miroir quelques méthodes qui pourraient permettre d'y répondre. La pression grandissante des parcs éoliens offshores est une préoccupation importante qui nécessite de mieux comprendre les impacts sur les espèces amphihalines, c'est pourquoi ce besoin de connaissance a également été inclus. La manque de connaissance sur les migrateurs amphihalins en mer reste très important et les pistes évoquées ci-après ne sont pas exhaustives mais elles répondent, au moins en partie, au besoin des gestionnaires et pourront servir de piste de travail à privilégier dans les prochaines années. Un tableau rassemblant l'ensemble des besoins et perspectives identifiés est disponible à la fin de ce chapitre (tableau 13).

## V.1. Besoins

Le séminaire a permis de faire émerger 6 pistes de travail prioritaires qui concernent globalement :

i) l'amélioration des connaissances sur l'écologie des poissons migrateurs en mer

ii) des applications à la gestion qui permettraient d'aller vers une gestion plus écosystémique en intégrant les interactions entre l'ensemble des composantes de l'écosystèmes avec les pressions anthropiques de différentes natures en lien avec les questions de planification spatiale (de la pêche, de l'aménagement EMR ...).

### V.1.1. Identifier et caractériser les zones fonctionnelles marines des espèces amphihalines

Les zones fonctionnelles sont définies au sens large comme des habitats essentiels à l'accomplissement d'au moins une étape clé du cycle de vie des espèces (Régimbart et al., 2018). Même si d'autres rôles fonctionnels (e.g. abri, refuge ; Lasne et al., 2011) ne sont pas à exclure, elles se déclinent en trois catégories majeures: les frayères, les nourriceries et les voies de migration. Concernant les espèces amphihalines, les frayères des espèces potamotoques (salmonidés, aloses, lamproies, etc.) sont localisées en eau douce, tandis que la reproduction de l'anguille européenne intervient loin des eaux marines françaises, dans la mer des Sargasses (Wright et al., 2022). Ainsi, seules les frayères d'espèces thalassotoques tels que le flet ou le mulet porc sont localisées dans les eaux côtières françaises (Borcier 2019, Peireira et al., 2023), mais ces espèces ne font pas à l'heure
# V. Perspectives

Grâce à la base de données unique compilée, le programme MigrenMer a permis des avancées importantes pour par exemple mieux connaitre la distribution spatiale des espèces en mer et caractériser les interactions engins/espèces dans le contexte de l'Analyse Risque Pêche. Mais les données acquises restent insuffisantes pour répondre à l'ensemble des besoins de gestion et d'évaluation notamment dans le cadre de la DCSMM. Le 13 Novembre 2023, un séminaire rassemblant une vingtaine de spécialistes/gestionnaires de l'OFB (DFM, Parcs Marins, Directions nationales), INRAE, PatriNat et Institut Agro a été organisé pour dresser le bilan de l'action et cibler/prioriser les besoins en terme de gestion de ces espèces dans le milieu marin (cf. tableau S3 pour plus de détails sur les participants). Dans la suite de cette section, nous présentons une synthèse des besoins qui ont été priorisés par l'ensemble des participants, et proposons en miroir quelques méthodes qui pourraient permettre d'y répondre. La pression grandissante des parcs éoliens offshores est une préoccupation importante qui nécessite de mieux comprendre les impacts sur les espèces amphihalines, c'est pourquoi ce besoin de connaissance a également été inclus. La manque de connaissance sur les migrateurs amphihalins en mer reste très important et les pistes évoquées ci-après ne sont pas exhaustives mais elles répondent, au moins en partie, au besoin des gestionnaires et pourront servir de piste de travail à privilégier dans les prochaines années. Un tableau rassemblant l'ensemble des besoins et perspectives identifiés est disponible à la fin de ce chapitre (tableau 13).

## V.1. Besoins

Le séminaire a permis de faire émerger 6 pistes de travail prioritaires qui concernent globalement :

i) l'amélioration des connaissances sur l'écologie des poissons migrateurs en mer

ii) des applications à la gestion qui permettraient d'aller vers une gestion plus écosystémique en intégrant les interactions entre l'ensemble des composantes de l'écosystèmes avec les pressions anthropiques de différentes natures en lien avec les questions de planification spatiale (de la pêche, de l'aménagement EMR ...).

### V.1.1. Identifier et caractériser les zones fonctionnelles marines des espèces amphihalines

Les zones fonctionnelles sont définies au sens large comme des habitats essentiels à l'accomplissement d'au moins une étape clé du cycle de vie des espèces (Régimbart et al., 2018). Même si d'autres rôles fonctionnels (e.g. abri, refuge ; Lasne et al., 2011) ne sont pas à exclure, elles se déclinent en trois catégories majeures: les frayères, les nourriceries et les voies de migration. Concernant les espèces amphihalines, les frayères des espèces potamotoques (salmonidés, aloses, lamproies, etc.) sont localisées en eau douce, tandis que la reproduction de l'anguille européenne intervient loin des eaux marines françaises, dans la mer des Sargasses (Wright et al., 2022). Ainsi, seules les frayères d'espèces thalassotoques tels que le flet ou le mulet porc sont localisées dans les eaux côtières françaises (Borcier 2019, Peireira et al., 2023), mais ces espèces ne font pas à l'heure
actuelle d'une réglementation particulière. Ainsi les espèces amphihalines vont principalement
exploiter les eaux marines françaises comme zones de croissance (ou nourricerie) et corridors
migratoires à différents stades de leur cycle de vie (juvéniles et adultes principalement). A noter que
pour le saumon atlantique, la principale zone d'engraissement intervient en milieu océanique au
large du Groenland et des îles Féroé pour les populations françaises (Holm 2000 ; Haugland et al.,
2006 ; Dadswell et al., 2010).

Les développements réalisés dans le cadre de l'action MigrenMer n'ont pas porté sur la
caractérisation de telles zones. En effet, l'approche généralement utilisée pour modéliser des
habitats fonctionnellement distincts consiste généralement à décomposer les occurrences
d'espèces par stades de vie et saisons car la dépendance d'un stade de vie à un habitat particulier
varie généralement au cours de la saison (Frans et al., 2018). Les données d'occurrences des espèces
amphihalines disponibles étaient insuffisantes pour permettre un tel découpage et l'identification
ou la caractérisation des ces zones dans le milieu marin restent encore un enjeu majeur de
connaissance et de gestion pour ces espèces. Par exemple, identifier des zones qui accueillent une
forte concentration d'individus à un stade de vie donné et à une saison donnée permettrait de
mettre en place des mesures de gestion adaptées, et/ou de permettre de renseigner le critère
abondance D1C2 de la DCSMM grâce à la mise en place de suivis spécifiques adaptés et à long-terme
pour évaluer la variabilité interannuelle des abondances d'un stade d'espèces.

En fonction des besoins, l'identification de ces zones devra être réalisée à différents niveaux de
résolution spatiale (de quelques mètres à plusieurs dizaines de kilomètres) et temporelle (heure du
jour au mois/saison). Par exemple, au regard des objectifs nationaux de protection forte (10% du
territoire national – Objectif 1 Mesure 2 de la Stratégie nationale des aires protégées), l'estuaire de
la Gironde apparaît comme le secteur le plus stratégique en France pour la mise en place d'une zone
de protection forte compte tenu notamment de son rôle clé de corridor migratoire pour les espèces
amphihalines (Lobry et al., 2023). Lors d'un récent atelier, des experts scientifiques ont récemment
recommandé la mise en protection forte d'un couloir de migration qui devra « couvrir la longueur
de l'estuaire et a minima une largeur suffisante pour maximiser le transit des espèces et la fonction
de nourricerie » (Lobry et al., 2023). La caractérisation de cet habitat fonctionnel requiert donc un
niveau de finesse élevé qui ne pourra être investigué que par des méthodes spécifiques (télémétrie
acoustique haute résolution notamment) qui jusqu'à présent n'ont pas ou peu été déployées en
estuaire ou en mer (Trancart et al., 2019). A l'inverse, des approches par microchimie des otolithes
et/ou analyses isotopiques pourraient être suffisantes pour identifier des zones de nourricerie plus
grossières à l'échelle des façades.

V.1.2. Evaluer les abondances des populations sur le continuum terre/mer

Les données disponibles dans la base MigrenMer se sont révélées insuffisantes pour analyser
l'évolution temporelle des abondances (et occurrences) des espèces amphihalines dans le milieu
marin, et renseigner ainsi le critère D1C2 « Abondance des populations » de la DCSMM. Si le réseau
de stations de contrôle des Migrations (STACOMI) permet d'estimer les flux de migrants d'un
actuelle d'une réglementation particulière. Ainsi les espèces amphihalines vont principalement
exploiter les eaux marines françaises comme zones de croissance (ou nourricerie) et corridors
migratoires à différents stades de leur cycle de vie (juvéniles et adultes principalement). A noter que
pour le saumon atlantique, la principale zone d'engraissement intervient en milieu océanique au
large du Groenland et des îles Féroé pour les populations françaises (Holm 2000 ; Haugland et al.,
2006 ; Dadswell et al., 2010).

Les développements réalisés dans le cadre de l'action MigrenMer n'ont pas porté sur la
caractérisation de telles zones. En effet, l'approche généralement utilisée pour modéliser des
habitats fonctionnellement distincts consiste généralement à décomposer les occurrences
d'espèces par stades de vie et saisons car la dépendance d'un stade de vie à un habitat particulier
varie généralement au cours de la saison (Frans et al., 2018). Les données d'occurrences des espèces
amphihalines disponibles étaient insuffisantes pour permettre un tel découpage et l'identification
ou la caractérisation des ces zones dans le milieu marin restent encore un enjeu majeur de
connaissance et de gestion pour ces espèces. Par exemple, identifier des zones qui accueillent une
forte concentration d'individus à un stade de vie donné et à une saison donnée permettrait de
mettre en place des mesures de gestion adaptées, et/ou de permettre de renseigner le critère
abondance D1C2 de la DCSMM grâce à la mise en place de suivis spécifiques adaptés et à long-terme
pour évaluer la variabilité interannuelle des abondances d'un stade d'espèces.

En fonction des besoins, l'identification de ces zones devra être réalisée à différents niveaux de
résolution spatiale (de quelques mètres à plusieurs dizaines de kilomètres) et temporelle (heure du
jour au mois/saison). Par exemple, au regard des objectifs nationaux de protection forte (10% du
territoire national – Objectif 1 Mesure 2 de la Stratégie nationale des aires protégées), l'estuaire de
la Gironde apparaît comme le secteur le plus stratégique en France pour la mise en place d'une zone
de protection forte compte tenu notamment de son rôle clé de corridor migratoire pour les espèces
amphihalines (Lobry et al., 2023). Lors d'un récent atelier, des experts scientifiques ont récemment
recommandé la mise en protection forte d'un couloir de migration qui devra « couvrir la longueur
de l'estuaire et a minima une largeur suffisante pour maximiser le transit des espèces et la fonction
de nourricerie » (Lobry et al., 2023). La caractérisation de cet habitat fonctionnel requiert donc un
niveau de finesse élevé qui ne pourra être investigué que par des méthodes spécifiques (télémétrie
acoustique haute résolution notamment) qui jusqu'à présent n'ont pas ou peu été déployées en
estuaire ou en mer (Trancart et al., 2019). A l'inverse, des approches par microchimie des otolithes
et/ou analyses isotopiques pourraient être suffisantes pour identifier des zones de nourricerie plus
grossières à l'échelle des façades.

V.1.2. Evaluer les abondances des populations sur le continuum terre/mer

Les données disponibles dans la base MigrenMer se sont révélées insuffisantes pour analyser
l'évolution temporelle des abondances (et occurrences) des espèces amphihalines dans le milieu
marin, et renseigner ainsi le critère D1C2 « Abondance des populations » de la DCSMM. Si le réseau
de stations de contrôle des Migrations (STACOMI) permet d'estimer les flux de migrants d'un
certains nombres de populations en milieu continental (Legrand et al., 2020), l'abondance de
certains nombres de populations en milieu continental (Legrand et al., 2020), l'abondance de
certaines espèces (e.g. aloses feintes, qui peuvent ne pas remonter jusqu'à ces stations de comptage)
reste aussi encore mal connue y compris en eau douce. Cette lacune de connaissance est un frein
important pour une gestion intégrée des espèces sur l'ensemble du continuum terre/mer.

L'évaluation détaillée de l'abondance des populations de poissons migrateurs amphihalins tant en milieu marin que continental est cruciale pour plusieurs facettes de la conservation et de la gestion durable de ces espèces. En premier lieu, évaluer les abondances est essentielle pour comprendre la dynamique de ces populations, offrant des indications précieuses sur leur viabilité à long terme. Une évaluation approfondie de l'abondance des poissons amphihalins migrateurs est également cruciale pour anticiper et atténuer les impacts des activités humaines. Une compréhension fine de l'abondance permet d'ajuster la gestion de la pêche de manière à garantir une exploitation durable et à minimiser les captures accidentelles pour une certaine zone ou période. Afin d'assurer une gestion adéquate, il est essentiel de lier l'évaluation d'abondance à des objectifs de gestion spécifiques. Cela pourrait inclure le maintien d'un niveau d'abondance minimum nécessaire pour le maintien des fonctions écologiques ou la fixation d'objectifs spécifiques de restauration pour les populations qui sont en déclins. Des approches adaptatives de gestion, basées sur la surveillance régulière de l'abondance, permettent d'ajuster les stratégies en fonction des variations observées. La mise en relation de cette évaluation et la quantification des prélèvements déterminera si ces derniers ont des répercussions significatives sur les populations migratrices.

V.1.3. Quantifier les prélèvements en mer

Les niveaux de prélèvements d'espèces amphihalines en mer restent à ce jour très largement méconnus et ce pour l'ensemble des activités concernées. Il convient de plus de différencier les prélèvements effectués à des fins récréatives de ceux réalisés par la pêcherie professionnelle.

La pêche de loisir peut être subdivisée en plusieurs catégories. Tout d'abord, la pêche à pied, pour laquelle les données sur les amphihalins sont limitées (Sarraj, 2018). Ensuite, la pêche du bord, impliquant l'utilisation de filets fixes, de cannes ou de casiers. Dans le cas des filets fixes, des déclarations auprès des Directions Départementales des Territoires et de la Mer et Directions Inter-Régionales de la Mer (DDTM/DML) sont obligatoires pour obtenir l'autorisation de pêche. Cependant, les informations ne sont pas bancarisées, ni harmonisées entre les départements côtiers, rendant impossible leur exploitation. Pour la pêche embarquée, des informations sur les captures sont probablement recensées par la Fédération Nationale des pêcheurs de plaisanciers et sportifs de France (FNPPSF), mais ces données ne sont pas toujours valorisées. A noter qu'une étude sur l'évaluation de l'activité de pêche de loisir en France métropolitaine a été réalisée en 2018 (Boria, 2017) mais celle-ci n'est pas assez fine pour tirer des conclusions sur les espèces amphihalines.

Les seuls pêcheurs professionnels autorisés à prélever des espèces amphihalines dans la limite des eaux territoriales sont ceux détenteurs d'une licence CMEA (Commission pour le Milieu Estuarien et les poissons Amphihalins). Ils ciblent donc spécifiquement les espèces amphihalines, principalement en estuaire et parfois en mer. Ces navires, de moins de 12 mètres (sans AIS), ont
certaines espèces (e.g. aloses feintes, qui peuvent ne pas remonter jusqu'à ces stations de comptage) reste aussi encore mal connue y compris en eau douce. Cette lacune de connaissance est un frein important pour une gestion intégrée des espèces sur l'ensemble du continuum terre/mer.

L'évaluation détaillée de l'abondance des populations de poissons migrateurs amphihalins tant en milieu marin que continental est cruciale pour plusieurs facettes de la conservation et de la gestion durable de ces espèces. En premier lieu, évaluer les abondances est essentielle pour comprendre la dynamique de ces populations, offrant des indications précieuses sur leur viabilité à long terme. Une évaluation approfondie de l'abondance des poissons amphihalins migrateurs est également cruciale pour anticiper et atténuer les impacts des activités humaines. Une compréhension fine de l'abondance permet d'ajuster la gestion de la pêche de manière à garantir une exploitation durable et à minimiser les captures accidentelles pour une certaine zone ou période. Afin d'assurer une gestion adéquate, il est essentiel de lier l'évaluation d'abondance à des objectifs de gestion spécifiques. Cela pourrait inclure le maintien d'un niveau d'abondance minimum nécessaire pour le maintien des fonctions écologiques ou la fixation d'objectifs spécifiques de restauration pour les populations qui sont en déclins. Des approches adaptatives de gestion, basées sur la surveillance régulière de l'abondance, permettent d'ajuster les stratégies en fonction des variations observées. La mise en relation de cette évaluation et la quantification des prélèvements déterminera si ces derniers ont des répercussions significatives sur les populations migratrices.

### V.1.3. Quantifier les prélèvements en mer

Les niveaux de prélèvements d'espèces amphihalines en mer restent à ce jour très largement méconnus et ce pour l'ensemble des activités concernées. Il convient de plus de différencier les prélèvements effectués à des fins récréatives de ceux réalisés par la pêcherie professionnelle.

La pêche de loisir peut être subdivisée en plusieurs catégories. Tout d'abord, la pêche à pied, pour laquelle les données sur les amphihalins sont limitées (Sarraj, 2018). Ensuite, la pêche du bord, impliquant l'utilisation de filets fixes, de cannes ou de casiers. Dans le cas des filets fixes, des déclarations auprès des Directions Départementales des Territoires et de la Mer et Directions Inter-Régionales de la Mer (DDTM/DML) sont obligatoires pour obtenir l'autorisation de pêche. Cependant, les informations ne sont pas bancarisées, ni harmonisées entre les départements côtiers, rendant impossible leur exploitation. Pour la pêche embarquée, des informations sur les captures sont probablement recensées par la Fédération Nationale des pêcheurs de plaisanciers et sportifs de France (FNPPSF), mais ces données ne sont pas toujours valorisées. A noter qu'une étude sur l'évaluation de l'activité de pêche de loisir en France métropolitaine a été réalisée en 2018 (Boria, 2017) mais celle-ci n'est pas assez fine pour tirer des conclusions sur les espèces amphihalines.

Les seuls pêcheurs professionnels autorisés à prélever des espèces amphihalines dans la limite des eaux territoriales sont ceux détenteurs d'une licence CMEA (Commission pour le Milieu Estuarien et les poissons Amphihalins). Ils ciblent donc spécifiquement les espèces amphihalines, principalement en estuaire et parfois en mer. Ces navires, de moins de 12 mètres (sans AIS), ont obligation de déclarer leurs captures à la DPMA/DGAMPA via des applications (récemment
obligation de déclarer leurs captures à la DPMA/DGAMPA via des applications (récemment Visiocapture). L'analyse de ces données de déclaration est délicate et doit être réalisée finement, compte tenu de possibles erreurs de saisie, de taille ou de poids qui pourraient avoir des répercussions sur des espèces à faibles tonnages. L'analyse de ces données a été initiée, se concentrant initialement sur l'anguille et le saumon dans le cadre de la DCF, et cette analyse se poursuivra en 2024 pour d'autres espèces afin d'informer l'OE de la DCSMM (cf. I.1.2.1 Analyse des données déclaratives : SACROIS-SACAPT-VisioCApture). Toutes les captures effectuées sans licence CMEA sont considérées comme des prises accessoires. Le programme Obsmer vise à estimer ces quantités grâce à des observateurs embarqués sur des navires généralement supérieurs à 12 mètres (avec AIS qui fournissent la localisation GPS des captures). Cependant, Obsmer ne représente que 3 à 4% des marées annuelles, rendant les extrapolations difficiles.

Ainsi, il apparaît que la quantification des prélèvements d'espèces amphihalines en mer demeure complexe et incomplète avec des données souvent fragmentaires et des systèmes de déclaration qui ne sont pas encore parfaitement harmonisés.

Quantifier les captures de migrateurs amphihalins en milieu marin est essentiel pour évaluer l'impact réel des activités humaines, pour éclairer la gestion des pêches et la conservation de ces espèces. Ces informations peuvent être corrélées avec les connaissances existantes sur les zones fonctionnelles. L'identification spécifique des corridors migratoires utilisés par ces espèces amphihalines offre une perspective cruciale pour évaluer la sensibilité de ces zones aux prélèvements accidentels. Cette avancée permettrait d'identifier les espèces les plus touchées et d'élaborer des stratégies de gestion adaptées pour minimiser les impacts négatifs sur ces populations dans les zones à risque. La modification des zones de pêche, l'établissement de périodes de fermeture pendant les migrations, ou l'adoption de technologies de pêche plus sélectives dans les corridors migratoires critiques peuvent être envisagés. Pour certaines espèces, la quantification des captures accessoires en mer est aussi une des composantes clé permettant d'améliorer l'estimation de l'abondance des populations. Par exemple, si les passes à poissons ou d'autres dispositifs de comptage permettent d'évaluer les abondances de saumons adultes à la remontée dans les cours d'eau, l'évaluation de l'abondance des retours à la côte après les migrations marines nécessite de connaître le niveau de prélèvements en mer dans les zones côtières (Lebot et al., 2023).

### V.1.4. Identifier l'origine des individus capturés ou observés en mer

L'identification de l'origine des individus capturés en mer est un élément de connaissance essentiel pour garantir une gestion intégrée et ciblée des espèces et de leurs populations. Cette information peut venir compléter d'autres méthodes pour confirmer l'identification des zones fonctionnelles tels que les corridors migratoires ou zones de nourricerie. Elle est également essentielle pour évaluer la contribution d'une zone de croissance côtière pour une population en particulier. Dans le cas d'individus prélevés par la pêcherie, c'est une information également fondamentale qui est nécessaire pour évaluer la part de prélèvement acceptable en mer par rapport à un stock de reproducteurs (dans le cas des espèces potamotoques) issus d'un bassin versant particulier. Avec
Visiocapture). L'analyse de ces données de déclaration est délicate et doit être réalisée finement, compte tenu de possibles erreurs de saisie, de taille ou de poids qui pourraient avoir des répercussions sur des espèces à faibles tonnages. L'analyse de ces données a été initiée, se concentrant initialement sur l'anguille et le saumon dans le cadre de la DCF, et cette analyse se poursuivra en 2024 pour d'autres espèces afin d'informer l'OE de la DCSMM (cf. I.1.2.1 Analyse des données déclaratives : SACROIS-SACAPT-VisioCApture). Toutes les captures effectuées sans licence CMEA sont considérées comme des prises accessoires. Le programme Obsmer vise à estimer ces quantités grâce à des observateurs embarqués sur des navires généralement supérieurs à 12 mètres (avec AIS qui fournissent la localisation GPS des captures). Cependant, Obsmer ne représente que 3 à 4% des marées annuelles, rendant les extrapolations difficiles.

Ainsi, il apparaît que la quantification des prélèvements d'espèces amphihalines en mer demeure complexe et incomplète avec des données souvent fragmentaires et des systèmes de déclaration qui ne sont pas encore parfaitement harmonisés.

Quantifier les captures de migrateurs amphihalins en milieu marin est essentiel pour évaluer l'impact réel des activités humaines, pour éclairer la gestion des pêches et la conservation de ces espèces. Ces informations peuvent être corrélées avec les connaissances existantes sur les zones fonctionnelles. L'identification spécifique des corridors migratoires utilisés par ces espèces amphihalines offre une perspective cruciale pour évaluer la sensibilité de ces zones aux prélèvements accidentels. Cette avancée permettrait d'identifier les espèces les plus touchées et d'élaborer des stratégies de gestion adaptées pour minimiser les impacts négatifs sur ces populations dans les zones à risque. La modification des zones de pêche, l'établissement de périodes de fermeture pendant les migrations, ou l'adoption de technologies de pêche plus sélectives dans les corridors migratoires critiques peuvent être envisagés. Pour certaines espèces, la quantification des captures accessoires en mer est aussi une des composantes clé permettant d'améliorer l'estimation de l'abondance des populations. Par exemple, si les passes à poissons ou d'autres dispositifs de comptage permettent d'évaluer les abondances de saumons adultes à la remontée dans les cours d'eau, l'évaluation de l'abondance des retours à la côte après les migrations marines nécessite de connaître le niveau de prélèvements en mer dans les zones côtières (Lebot et al., 2023).

### V.1.4. Identifier l'origine des individus capturés ou observés en mer

L'identification de l'origine des individus capturés en mer est un élément de connaissance essentiel pour garantir une gestion intégrée et ciblée des espèces et de leurs populations. Cette information peut venir compléter d'autres méthodes pour confirmer l'identification des zones fonctionnelles tels que les corridors migratoires ou zones de nourricerie. Elle est également essentielle pour évaluer la contribution d'une zone de croissance côtière pour une population en particulier. Dans le cas d'individus prélevés par la pêcherie, c'est une information également fondamentale qui est nécessaire pour évaluer la part de prélèvement acceptable en mer par rapport à un stock de reproducteurs (dans le cas des espèces potamotoques) issus d'un bassin versant particulier. Avec les niveaux de prélèvement en mer et la taille des populations, cette information est nécessaire pour identifier les priorités en termes d'évaluation et calibrer d'éventuelles mesures de réduction.
les niveaux de prélèvement en mer et la taille des populations, cette information est nécessaire pour identifier les priorités en termes d'évaluation et calibrer d'éventuelles mesures de réduction.

### V.1.5. Mieux connaître les traits de vie et leur évolution (survie, croissance), et le régime trophique

La connaissance des traits de vie des poissons migrateurs amphihalins fournit des données scientifiques solides pour orienter les décisions stratégiques, minimiser les impacts anthropiques, et assurer la conservation à long terme de ces acteurs clés des écosystèmes aquatiques. En facilitant l'acquisition de connaissance sur leur écologie en mer, elle permet de mieux comprendre la réponse des individus et des populations aux variations de l'environnement en lien notamment avec les pressions anthropiques. La capture d'individus en mer permet ainsi d'avoir accès à des stades de vies entre les juvéniles et les adultes qui vont offrir des perspectives uniques.

La dispersion et la survie des amphihalins sont des indicateurs clés influençant la connectivité entre les habitats d'eau douce et salée. Une analyse approfondie de ces traits permet d'identifier les corridors migratoires cruciaux, d'évaluer la viabilité des populations, et de guider les interventions pour la préservation et la restauration des habitats nécessaires à la reproduction. La croissance des amphihalins constitue un indicateur sensible de la qualité environnementale et de la disponibilité des ressources alimentaires. Des études approfondies de la croissance permettent de détecter des variations potentielles liées à des changements environnementaux, offrant ainsi des informations précieuses pour adapter la gestion aux changements environnementaux en cours. L'évaluation de l'état physiologique des amphihalins, incluant des paramètres tels que les taux métaboliques et les indicateurs de stress, fournit des indications sur la santé des individus et in fine sur la réponse de populations. Ces données sont crucales pour anticiper les impacts des perturbations environnementales et concevoir des stratégies de gestion adaptées aux changements environnementaux. Une meilleure connaissance des régimes trophiques des amphihalins s'avère indispensable pour comprendre leur place dans les réseaux trophiques (Acou et al., 2013 ; Lizé et al, 2023). Cette connaissance peut permettre de nourrir des approches écosystémiques de la gestion en intégrant les interactions trophiques avec d'autres compartiments des écosystèmes.

### V.1.6. Evaluer l'impact des énergies marines renouvelables

En raison de vents plus forts et plus réguliers, et d'éoliennes plus grandes et plus puissantes, l'éolien en mer (vs terre) à une très forte potentialité de production d'énergie. Bien qu'en retard par rapport à d'autres pays voisins (Royaume-Uni, Allemagne, Pays-Bas, etc.), la France a pour objectif de produire 40% d'électricité d'origine renouvelable d'ici 2030 (19.1% en 2022). Cela se traduit par un investissement massif dans éolien offshore qui permettra de passer d'une production actuelle de 2,4 GW à environ 6 GW en 2028 (https://www.eoliennesenmer.fr). Dans le milieu marin, les poissons migrateurs utilisent des stimuli environnementaux (courants, gradients de température, champs magnétiques, terrestres, son, etc.) pour s'orienter et naviguer (Davidsen, 2010 ; Chaparro-Pedraza & de Roos, 2019 ; Merg et al., 2020). Les impacts que présentent ces installations sur les espèces amphihalines restent largement méconnus et sont probablement variables entre les
### V.1.5. Mieux connaître les traits de vie et leur évolution (survie, croissance), et le régime trophique

La connaissance des traits de vie des poissons migrateurs amphibalins fournit des données scientifiques solides pour orienter les décisions stratégiques, minimiser les impacts anthropiques, et assurer la conservation à long terme de ces acteurs clés des écosystèmes aquatiques. En facilitant l'acquisition de connaissance sur leur écologie en mer, elle permet de mieux comprendre la réponse des individus et des populations aux variations de l'environnement en lien notamment avec les pressions anthropiques. La capture d'individus en mer permet ainsi d'avoir accès à des stades de vies entre les juvéniles et les adultes qui vont offrir des perspectives uniques.

La dispersion et la survie des amphibalins sont des indicateurs clés influençant la connectivité entre les habitats d'eau douce et salée. Une analyse approfondie de ces traits permet d'identifier les corridors migratoires cruciaux, d'évaluer la viabilité des populations, et de guider les interventions pour la préservation et la restauration des habitats nécessaires à la reproduction. La croissance des amphibalins constitue un indicateur sensible de la qualité environnementale et de la disponibilité des ressources alimentaires. Des études approfondies de la croissance permettent de détecter des variations potentielles liées à des changements environnementaux, offrant ainsi des informations précieuses pour adapter la gestion aux changements environnementaux en cours. L'évaluation de l'état physiologique des amphibalins, incluant des paramètres tels que les taux métaboliques et les indicateurs de stress, fournit des indications sur la santé des individus et in fine sur la réponse de populations. Ces données sont cruciales pour anticiper les impacts des perturbations environnementales et concevoir des stratégies de gestion adaptées aux changements environnementaux. Une meilleure connaissance des régimes trophiques des amphibalins s'avère indispensable pour comprendre leur place dans les réseaux trophiques (Acou et al., 2013 ; Lizé et al, 2023). Cette connaissance peut permettre de nourrir des approches écosystémiques de la gestion en intégrant les interactions trophiques avec d'autres compartiments des écosystèmes.

### V.1.6. Evaluer l'impact des énergies marines renouvelables

En raison de vents plus forts et plus réguliers, et d'éoliennes plus grandes et plus puissantes, l'éolien en mer (vs terre) à une très forte potentialité de production d'énergie. Bien qu'en retard par rapport à d'autres pays voisins (Royaume-Uni, Allemagne, Pays-Bas, etc.), la France a pour objectif de produire 40% d'électricité d'origine renouvelable d'ici 2030 (19.1% en 2022). Cela se traduit par un investissement massif dans éolien offshore qui permettra de passer d'une production actuelle de 2,4 GW à environ 6 GW en 2028 (https://www.eoliennesenmer.fr). Dans le milieu marin, les poissons migrateurs utilisent des stimuli environnementaux (courants, gradients de température, champs magnétiques, terrestres, son, etc.) pour s'orienter et naviguer (Davidsen, 2010 ; Chaparro-Pedraza & de Roos, 2019 ; Merg et al., 2020). Les impacts que présentent ces installations sur les espèces amphibalines restent largement méconnus et sont probablement variables entre les espèces, les phases du projet (prospection, construction, exploitation et démantèlement) et leur localisation sur les routes migratoires. Dans le cadre d'un référentiel technique de l'Office Français de la Biodiversité (OFB), une première analyse des risques d'interactions entre espèces et pressions
espèces, les phases du projet (prospection, construction, exploitation et démantèlement) et leur localisation sur les routes migratoires. Dans le cadre d'un référentiel technique de l'Office Français de la Biodiversité (OFB), une première analyse des risques d'interactions entre espèces et pressions émises par les différentes phases d'activité d'un parc éolien en mer a récemment été réalisée sur la base de dire d'experts. Les éléments présentés ci-dessous s'appuient largement sur ces travaux (Miquerol et al., 2023).

Tout d'abord, la phase de prospection génère des bruits sous-marins (battages de pieux, activité maritime accrue, etc.). Ces sons se situent dans la gamme de fréquences détectées par les espèces migratrices amphihalines. Cela peut altérer leur comportement migratoire en induisant des réactions d'aversion ou en créant des barrières. Par exemple, les aloses et l'anguille européenne, qui ont une vessie natatoire proche ou reliée à l'oreille interne, pourraient être particulièrement vulnérables aux barotraumatismes. La phase de construction du parc éolien peut engendrer des perturbations physiques des habitats marins qui peuvent être des zones fonctionnelles vis-à-vis des amphihalins. Les espèces encouruent un risque d'exposition à la remise en suspension des sédiments et les conséquences de cette exposition dépendront de divers facteurs, tels que la concentration et la durée d'exposition, ainsi que le stade de vie des individus. Par exemple, les jeunes anguilles vivant dans les zones côtières peuvent être plus vulnérables que les individus plus âgées. Cette remise en suspension des sédiments peut également exposer les poissons à plusieurs contaminants, surtout pour les poissons anadromes, qui sont en phase de croissance et sujets à la bioaccumulation. De plus, l'exposition aux émissions de lumière artificielle la nuit pourrait influencer le comportement des lamproies (attraction/aversion), de l'anguille européenne (évitement des zones éclairées), et de l'esturgeon d'Europe (attiré par les émissions lumineuses de faible intensité). Ces espèces, principalement actives la nuit, pourraient voir leur comportement modifié par ces nouvelles sources lumineuses. Ces phases sont relativement courtes (de quelques mois à jusqu'à 2 ans) mais peuvent localement avoir un impact important sur les espèces amphihalines.

Pendant la phase d'exploitation (de 15 à 25 ans), un aspect important à considérer est l'impact potentiel du magnétisme généré par les câbles sous-marins de raccordement qui ramène l'électricité produite à terre. Les champs électromagnétiques générés peuvent potentiellement impacter l'anguille européenne, le saumon atlantique, les lamproies et l'esturgeon notamment. Ces espèces utilisent les champs magnétiques terrestres pour s'orienter grâce à des particules magnétiques (magnétite) logée dans leur oreille interne. Les champs électromagnétiques des parcs éoliens peuvent donc potentiellement perturber leur comportement (direction) de nage. Bien d'autres effets décrits pour d'autres espèces existent (effet barrière, effet réserve, effet récif, etc.). Cependant, il est essentiel de noter que les recherches sur ce sujet sont encore au tout début, et qu'il est à ce jour impossible d'évaluer l'impact d'un parc éolien, et encore moins d'une succession de parcs, situés sur les routes migratoires des espèces amphihalines.

Dans ce contexte, il est crucial de confirmer que ces espèces utilisent des zones fonctionnelles bien caractérisées. Si c'est le cas, leur identification est nécessaire pour orienter le développement des parcs éoliens de manière à éviter ces zones sensibles. Une planification minutieuse permettra de
émises par les différentes phases d'activité d'un parc éolien en mer a récemment été réalisée sur la base de dire d'experts. Les éléments présentés ci-dessous s'appuient largement sur ces travaux (Miquerol et al., 2023).

Tout d'abord, la phase de prospection génère des bruits sous-marins (battages de pieux, activité maritime accrue, etc.). Ces sons se situent dans la gamme de fréquences détectées par les espèces migratrices amphihalines. Cela peut altérer leur comportement migratoire en induisant des réactions d'aversion ou en créant des barrières. Par exemple, les aloses et l'anguille européenne, qui ont une vessie natatoire proche ou reliée à l'oreille interne, pourraient être particulièrement vulnérables aux barotraumatismes. La phase de construction du parc éolien peut engendrer des perturbations physiques des habitats marins qui peuvent être des zones fonctionnelles vis-à-vis des amphihalins. Les espèces encourent un risque d'exposition à la remise en suspension des sédiments et les conséquences de cette exposition dépendront de divers facteurs, tels que la concentration et la durée d'exposition, ainsi que le stade de vie des individus. Par exemple, les jeunes anguilles vivant dans les zones côtières peuvent être plus vulnérables que les individus plus âgées. Cette remise en suspension des sédiments peut également exposer les poissons à plusieurs contaminants, surtout pour les poissons anadromes, qui sont en phase de croissance et sujets à la bioaccumulation. De plus, l'exposition aux émissions de lumière artificielle la nuit pourrait influencer le comportement des lamproies (attraction/aversion), de l'anguille européenne (évitement des zones éclairées), et de l'esturgeon d'Europe (attiré par les émissions lumineuses de faible intensité). Ces espèces, principalement actives la nuit, pourraient voir leur comportement modifié par ces nouvelles sources lumineuses. Ces phases sont relativement courtes (de quelques mois à jusqu'à 2 ans) mais peuvent localement avoir un impact important sur les espèces amphihalines.

Pendant la phase d'exploitation (de 15 à 25 ans), un aspect important à considérer est l'impact potentiel du magnétisme généré par les câbles sous-marins de raccordement qui ramène l'électricité produite à terre. Les champs électromagnétiques générés peuvent potentiellement impacter l'anguille européenne, le saumon atlantique, les lamproies et l'esturgeon notamment. Ces espèces utilisent les champs magnétiques terrestres pour s'orienter grâce à des particules magnétiques (magnétite) logée dans leur oreille interne. Les champs électromagnétiques des parcs éoliens peuvent donc potentiellement perturber leur comportement (direction) de nage. Bien d'autres effets décrits pour d'autres espèces existent (effet barrière, effet réserve, effet récif, etc.). Cependant, il est essentiel de noter que les recherches sur ce sujet sont encore au tout début, et qu'il est à ce jour impossible d'évaluer l'impact d'un parc éolien, et encore moins d'une succession de parcs, situés sur les routes migratoires des espèces amphihalines.

Dans ce contexte, il est crucial de confirmer que ces espèces utilisent des zones fonctionnelles bien caractérisées. Si c'est le cas, leur identification est nécessaire pour orienter le développement des parcs éoliens de manière à éviter ces zones sensibles. Une planification minutieuse permettra de limiter le risque d'interactions entre les EMR et les espèces amphihalines. En complément, il est crucial d'examiner la façon dont la sensibilité de ces espèces peut dépendre de divers facteurs, tels que leur stade de développement et leur capacité à s'adapter à des conditions environnementales
limiter le risque d'interactions entre les EMR et les espèces amphihalines. En complément, il est crucial d'examiner la façon dont la sensibilité de ces espèces peut dépendre de divers facteurs, tels que leur stade de développement et leur capacité à s'adapter à des conditions environnementales modifiées (Acou et al., 2022). La gestion des EMR doit ainsi intégrer cette double perspective, en mettant en œuvre des mesures d'atténuation ciblées qui tiennent compte des caractéristiques propres aux espèces amphihalines et à leurs habitats clés. En intégrant cette approche par le risque dans les stratégies de planification, les décideurs peuvent élaborer des solutions afin de concilier le développement des EMR avec la conservation de ces espèces migratrices.

## V.2. Méthodes

### V.2.1. Modèles de distribution

Les avancées réalisées dans le cadre du programme MigrenMer ne permettent pas de renseigner les critères d'états de la DCSMM nécessaire à l'évaluation du BEE en utilisant les modèles de distribution actuellement développés. La complétion de la base de données actuelles semble une des priorités afin de développer davantage les modèles de distribution employées au cours de cette action R&D. Le programme Interreg DiadSea initié début 2024 s'inscrit directement dans cet objectif en permettant l'apport de données complémentaires provenant de collaborateurs européens. Cette nouvelle opportunité devrait permettre d'étendre les prédictions des modèles à une plus large échelle et de compléter les données dans les eaux françaises métropolitaines en augmentant la densité des échantillonnages dans nos eaux. L'apport de DiadSea dans la continuité du volet modélisation statistique porté par le programme MigrenMer permettra in fine de statuer sur les limites de ces méthodologies pour répondre aux besoins des gestionnaires et aux exigences des directives européennes. Les modèles de distribution développés ont mis en avant la distribution des poissons migrateurs amphihalins à l'échelle de l'atlantique nord-est mais visent également à répondre à différents besoins identifiés par les gestionnaires. Les prédictions renseignant des données de présence/absence pourront être mobilisées pour l'identification des zones fonctionnelles et par conséquent également l'évaluation de l'impact des EMR sur ces espèces. Cependant, au vu de l'échelle des prédictions et étant donné que la composante saisonnière des migrations n'est pas prise en compte dans ces modèles faute de données, ils ne pourront pas permettre une identification à des échelles spatiale et temporelle fines, mais plutôt apporter des premiers éléments de réponse aux besoins identifiés. Les sorties des modèles permettent également, à l'image de l'analyse risque pêche réalisée dans le cadre de la DHFF, de contribuer à identifier les zones comportant un risque d'interaction entre activités de pêche et espèces amphihalines afin d'estimer les risques de capture dans le cadre de la quantification des prélèvements en mer. Dans le cas où les limites pour renseigner les critères d'état de la DCSMM et l'incapacité des modèles à répondre aux besoins des gestionnaires sont confirmés, la mise en place de suivis de programme de surveillance et de dispositifs dédiées aux poissons migrateurs amphihalins peut être envisagé notamment pour évaluer le niveau d'abondance des populations en ne se cantonnant plus à des modèles de distribution de présence/absence mais bien d'abondance. Cependant au vu des coûts importants de telles opérations, il sera primordial d'évaluer la balance
modifiées (Acou et al., 2022). La gestion des EMR doit ainsi intégrer cette double perspective, en mettant en œuvre des mesures d'atténuation ciblées qui tiennent compte des caractéristiques propres aux espèces amphihalines et à leurs habitats clés. En intégrant cette approche par le risque dans les stratégies de planification, les décideurs peuvent élaborer des solutions afin de concilier le développement des EMR avec la conservation de ces espèces migratrices.

## V.2. Méthodes

### V.2.1. Modèles de distribution

Les avancées réalisées dans le cadre du programme MigrenMer ne permettent pas de renseigner les critères d'états de la DCSMM nécessaire à l'évaluation du BEE en utilisant les modèles de distribution actuellement développés. La complétion de la base de données actuelles semble une des priorités afin de développer davantage les modèles de distribution employées au cours de cette action R&D. Le programme Interreg DiadSea initié début 2024 s'inscrit directement dans cet objectif en permettant l'apport de données complémentaires provenant de collaborateurs européens. Cette nouvelle opportunité devrait permettre d'étendre les prédictions des modèles à une plus large échelle et de compléter les données dans les eaux françaises métropolitaines en augmentant la densité des échantillonnages dans nos eaux. L'apport de DiadSea dans la continuité du volet modélisation statistique porté par le programme MigrenMer permettra in fine de statuer sur les limites de ces méthodologies pour répondre aux besoins des gestionnaires et aux exigences des directives européennes. Les modèles de distribution développés ont mis en avant la distribution des poissons migrateurs amphihalins à l'échelle de l'atlantique nord-est mais visent également à répondre à différents besoins identifiés par les gestionnaires. Les prédictions renseignant des données de présence/absence pourront être mobilisées pour l'identification des zones fonctionnelles et par conséquent également l'évaluation de l'impact des EMR sur ces espèces. Cependant, au vu de l'échelle des prédictions et étant donné que la composante saisonnière des migrations n'est pas prise en compte dans ces modèles faute de données, ils ne pourront pas permettre une identification à des échelles spatiale et temporelle fines, mais plutôt apporter des premiers éléments de réponse aux besoins identifiés. Les sorties des modèles permettent également, à l'image de l'analyse risque pêche réalisée dans le cadre de la DHFF, de contribuer à identifier les zones comportant un risque d'interaction entre activités de pêche et espèces amphihalines afin d'estimer les risques de capture dans le cadre de la quantification des prélèvements en mer. Dans le cas où les limites pour renseigner les critères d'état de la DCSMM et l'incapacité des modèles à répondre aux besoins des gestionnaires sont confirmés, la mise en place de suivis de programme de surveillance et de dispositifs dédiées aux poissons migrateurs amphihalins peut être envisagé notamment pour évaluer le niveau d'abondance des populations en ne se cantonnant plus à des modèles de distribution de présence/absence mais bien d'abondance. Cependant au vu des coûts importants de telles opérations, il sera primordial d'évaluer la balance entre l'apport potentiel de ces suivis ciblant les migrateurs amphihalins, les couts de ces suivis et l'impact potentiel de cette méthodologie invasive sur les espèces étudiées.
entre l'apport potentiel de ces suivis ciblant les migrateurs amphihalins, les couts de ces suivis et
l'impact potentiel de cette méthodologie invasive sur les espèces étudiées.

V.2.2. <u>Collecte et Bancarisation d'échantillons biologiques</u>

Une autre piste de travail consisterait à développer et coordonner la collecte d'échantillons biologiques (otolithes, écailles, nageoires) de migrateurs en mer, assurer leur bancarisation en vue d'analyses ultérieures. Les échantillons biologiques donnent accès à un grand nombre d'informations sur le poisson ou l'environnement qu'il fréquente (ou fréquentait) grâce à diverses méthodes : étude structurale, chimique, génétique, etc. Au plan scientifique, ils contribuent à la caractérisation actuelle et rétrospective des individus ou des populations de poissons, au regard des traits de vie, de l'évolution ainsi que de la diversité génétique de ces populations et des modifications des conditions environnementales dans lesquelles elles évoluent. Sur le plan opérationnel, ils participent à la définition des opérations de protection et de gestion des espèces.

Dans le cadre du programme MigrenMer, la collecte d'échantillons biologiques a été initiée. Elle a été opportuniste et s'est basée sur des projets déjà existants (programme ARPEGI dans le Parc Naturel Marin Estuaire de la Gironde et de la mer des Pertuis, programme de connaissance COMIMER en Aquitaine, ou programme d'embarquement dans le Parc Naturel d'Iroise). Depuis 2022, des échantillons d'une soixantaine d'individus (principalement des aloses et truites de mer) ont été récoltés selon un protocole de prélèvement biologiques rédigé pour l'occasion (Koubaa et al., 2023). Il précise comment réaliser les prélèvements des échantillons biologiques (écailles, nageoires et otolithes) des espèces amphihalines. Des kits de prélèvements ont été distribués aux partenaires et pêcheurs volontaires. Cette récolte nécessite une approche méthodique et rigoureuse pour garantir la préservation optimale des échantillons et la qualité des données archivées. Tout d'abord, lors de la collecte sur le terrain, il est essentiel de mettre en œuvre des protocoles normalisés en veillant à minimiser les contaminations croisées entre échantillons pour les analyses génétiques futures. Une fois collectés, les échantillons sont labélisés, en enregistrant des informations crucales telles que l'espèce, la date, le lieu de prélèvement, la taille du poisson, et d'autres paramètres pertinents pour les futures études. Ensuite, les échantillons ont intégré et été bancarisés dans la base de données COLISA (Collection of Ichthyological Sample ; https://www.colisa.fr/) qui permet la préservation à long terme des prélèvements et facilite leur exploitation ultérieure. Il semble utile d'étendre et officialiser la collecte à de nouveaux programmes (campagnes Ifremer, Interreg DIADSEA à venir, etc.) et nouvelles zones (autres parcs marins ou AMP). Mais pour cela, il convient de s'assurer que cette collecte respecte les aspects réglementaires (collecte et transport d'espèces menacées) et que les ressources humaines sont suffisantes pour coordonner ce travail.
V.2.2. <u>Collecte et Bancarisation d'échantillons biologiques</u>

Une autre piste de travail consisterait à développer et coordonner la collecte d'échantillons biologiques (otolithes, écailles, nageoires) de migrateurs en mer, assurer leur bancarisation en vue d'analyses ultérieures. Les échantillons biologiques donnent accès à un grand nombre d'informations sur le poisson ou l'environnement qu'il fréquente (ou fréquentait) grâce à diverses méthodes : étude structurale, chimique, génétique, etc. Au plan scientifique, ils contribuent à la caractérisation actuelle et rétrospective des individus ou des populations de poissons, au regard des traits de vie, de l'évolution ainsi que de la diversité génétique de ces populations et des modifications des conditions environnementales dans lesquelles elles évoluent. Sur le plan opérationnel, ils participent à la définition des opérations de protection et de gestion des espèces.

Dans le cadre du programme MigrenMer, la collecte d'échantillons biologiques a été initiée. Elle a été opportuniste et s'est basée sur des projets déjà existants (programme ARPEGI dans le Parc Naturel Marin Estuaire de la Gironde et de la mer des Pertuis, programme de connaissance COMIMER en Aquitaine, ou programme d'embarquement dans le Parc Naturel d'Iroise). Depuis 2022, des échantillons d'une soixantaine d'individus (principalement des aloses et truites de mer) ont été récoltés selon un protocole de prélèvement biologiques rédigé pour l'occasion (Koubaa et al., 2023). Il précise comment réaliser les prélèvements des échantillons biologiques (écailles, nageoires et otolithes) des espèces amphihalines. Des kits de prélèvements ont été distribués aux partenaires et pêcheurs volontaires. Cette récolte nécessite une approche méthodique et rigoureuse pour garantir la préservation optimale des échantillons et la qualité des données archivées. Tout d'abord, lors de la collecte sur le terrain, il est essentiel de mettre en œuvre des protocoles normalisés en veillant à minimiser les contaminations croisées entre échantillons pour les analyses génétiques futures. Une fois collectés, les échantillons sont labélisés, en enregistrant des informations crucales telles que l'espèce, la date, le lieu de prélèvement, la taille du poisson, et d'autres paramètres pertinents pour les futures études. Ensuite, les échantillons ont intégré et été bancarisés dans la base de données COLISA (Collection of Ichthyological Sample ; https://www.colisa.fr/) qui permet la préservation à long terme des prélèvements et facilite leur exploitation ultérieure. Il semble utile d'étendre et officialiser la collecte à de nouveaux programmes (campagnes Ifremer, Interreg DIADSEA à venir, etc.) et nouvelles zones (autres parcs marins ou AMP). Mais pour cela, il convient de s'assurer que cette collecte respecte les aspects réglementaires (collecte et transport d'espèces menacées) et que les ressources humaines sont suffisantes pour coordonner ce travail.
V.2.3. **_Télémétrie Acoustique_**

Comme évoqué précédemment, l'identification des zones fonctionnelles sur la base des données de captures disponibles issues de suivis professionnels et/ou scientifiques (Cf. I.1.1 Identifier et caractériser les zones fonctionnelles marines des espèces amphihalines) semble un objectif impossible à atteindre. Des méthodes alternatives doivent être utilisées et la télémétrie acoustique semble désormais une bonne candidate (Lasne et al., 2011 ; Lennox et al., 2023).

La télémétrie acoustique consiste à équiper des poissons de petits émetteurs acoustiques dotés d'une batterie interne à autonomie limitée (quelques semaines à quelques mois). Ces marques émettent à intervalle régulier, des signaux acoustiques individuels qui peuvent être interceptés activement lors de suivis par bateau et/ou passivement à l'aide d'un réseau d'hydrophones fixes disposés dans la zone d'étude. La distance de détection ne dépassant pas quelques centaines de mètres, cette technique a plus facilement été utilisée pour étudier le comportement des espèces amphihalines au sein de zones spatiales limitées telles que les rivières (Trancart et al., 2018), lacs (Trancart et al., 2017), estuaires (Bultel et al., 2014) ou lagunes et ciblant des individus de grande taille (adulte) en lien avec la taille importante des émetteurs. Cette technique a été utilisée avec succès pour caractériser les patrons de dévalaison et estimer les domaines vitaux de l'esturgeon dans l'estuaire de la Gironde (Acolas et al., 2012). De même, dans l'estuaire de la Loire, la télémétrie acoustique a permis de cerner le rôle fonctionnel de l'influence du bouchon vaseux sur la dynamique migratoire de la grande alose (Tétard et al., 2016).

Les avancées technologiques (miniaturisation des émetteurs) et l'existence de réseaux d'hydrophones déployés à large échelle sont deux éléments qui favorisent son utilisation pour les espèces amphihalines en mer. Les marques acoustiques actuelles permettent par exemple d'équiper des juvéniles de saumons (post-smolt de 15 cm en moyenne) et d'étudier leur patron de migration dans les zones côtières de la mer d'Irlande (Lily et al., 2023). De nombreux hydrophones sont actuellement déployés dans les rivières et eaux marines européennes et sont mutualisés au sein d'un réseau européen appelé ETN (European Tracking Network). ETN permet des synergies entre les différents réseaux de suivi acoustique (du suivi local au suivi à large échelle) en favorisant l'utilisation d'équipements compatibles et le partage des données. Ces réseaux permettent de mieux comprendre les mouvements et l'utilisation de l'habitat des espèces marines mobiles (Lennox et al., 2023). Par exemple, les projets Fish INTEL (https://fishintel.ifremer.fr/) ou encore Fish OWF (https://www.france-energies-marines.org/projets/fishowf/) sont des projets ambitieux qui visent à mieux comprendre les mouvements à large échelle et au sein des parcs éoliens offshores d'espèces sédentaires (homard, raies, roussette), mobiles ou migratrices (bar, lieu jaune, dorade grise, émissole, etc.). Ces projets se basent sur des réseaux de télémétrie acoustique installés spécifiquement dans les parcs éoliens en mer et ceux disponibles plus largement dans le cadre d'ETN. Ces réseaux actuellement déployés ont permis par exemple de détecter des aloses feintes marquées en Belgique dans le parc éolien de Saint Brieuc (Côtes d'Armor), ou d'anguilles argentées marquées en Suède dans le parc éolien de Courseulles-sur-Mer (Calvados) (France Energie Marine,
V.2.3. **_Télémétrie Acoustique_**

Comme évoqué précédemment, l'identification des zones fonctionnelles sur la base des données de captures disponibles issues de suivis professionnels et/ou scientifiques (Cf. I.1.1 Identifier et caractériser les zones fonctionnelles marines des espèces amphihalines) semble un objectif impossible à atteindre. Des méthodes alternatives doivent être utilisées et la télémétrie acoustique semble désormais une bonne candidate (Lasne et al., 2011 ; Lennox et al., 2023).

La télémétrie acoustique consiste à équiper des poissons de petits émetteurs acoustiques dotés d'une batterie interne à autonomie limitée (quelques semaines à quelques mois). Ces marques émettent à intervalle régulier, des signaux acoustiques individuels qui peuvent être interceptés activement lors de suivis par bateau et/ou passivement à l'aide d'un réseau d'hydrophones fixes disposés dans la zone d'étude. La distance de détection ne dépassant pas quelques centaines de mètres, cette technique a plus facilement été utilisée pour étudier le comportement des espèces amphihalines au sein de zones spatiales limitées telles que les rivières (Trancart et al., 2018), lacs (Trancart et al., 2017), estuaires (Bultel et al., 2014) ou lagunes et ciblant des individus de grande taille (adulte) en lien avec la taille importante des émetteurs. Cette technique a été utilisée avec succès pour caractériser les patrons de dévalaison et estimer les domaines vitaux de l'esturgeon dans l'estuaire de la Gironde (Acolas et al., 2012). De même, dans l'estuaire de la Loire, la télémétrie acoustique a permis de cerner le rôle fonctionnel de l'influence du bouchon vaseux sur la dynamique migratoire de la grande alose (Tétard et al., 2016).

Les avancées technologiques (miniaturisation des émetteurs) et l'existence de réseaux d'hydrophones déployés à large échelle sont deux éléments qui favorisent son utilisation pour les espèces amphihalines en mer. Les marques acoustiques actuelles permettent par exemple d'équiper des juvéniles de saumons (post-smolt de 15 cm en moyenne) et d'étudier leur patron de migration dans les zones côtières de la mer d'Irlande (Lily et al., 2023). De nombreux hydrophones sont actuellement déployés dans les rivières et eaux marines européennes et sont mutualisés au sein d'un réseau européen appelé ETN (European Tracking Network). ETN permet des synergies entre les différents réseaux de suivi acoustique (du suivi local au suivi à large échelle) en favorisant l'utilisation d'équipements compatibles et le partage des données. Ces réseaux permettent de mieux comprendre les mouvements et l'utilisation de l'habitat des espèces marines mobiles (Lennox et al., 2023). Par exemple, les projets Fish INTEL (https://fishintel.ifremer.fr/) ou encore Fish OWF (https://www.france-energies-marines.org/projets/fishowf/) sont des projets ambitieux qui visent à mieux comprendre les mouvements à large échelle et au sein des parcs éoliens offshores d'espèces sédentaires (homard, raies, roussette), mobiles ou migratrices (bar, lieu jaune, dorade grise, émissole, etc.). Ces projets se basent sur des réseaux de télémétrie acoustique installés spécifiquement dans les parcs éoliens en mer et ceux disponibles plus largement dans le cadre d'ETN. Ces réseaux actuellement déployés ont permis par exemple de détecter des aloses feintes marquées en Belgique dans le parc éolien de Saint Brieuc (Côtes d'Armor), ou d'anguilles argentées marquées en Suède dans le parc éolien de Courseulles-sur-Mer (Calvados) (France Energie Marine,
com. pers.). Ces informations sont précieuses pour renseigner les voies de migration, améliorer notre compréhension des mouvements et de la connectivité au sein des écosystèmes aquatiques.

Les avancées techniques de la méthode laissent entrevoir la possibilité d'étudier les comportements des espèces amphihalines, voire d'identifier des zones fonctionnelles dans le milieu marin. Mais le programme doit être ambitieux, déployé au sein de plusieurs sites tests de façades différentes, pour permettre des synergies avec les réseaux en place ou à venir. Des réseaux denses d'hydrophones peuvent être déployés localement pour renseigner précisément (à quelques mètres près ; Trancart et al., 2019) les couloirs de migration privilégiés, profondeurs de nage et période au sein d'estuaires et/ou d'aires marines protégées. Et les réseaux d'hydrophones en place dans le cadre d'ETN, ou qui seront déployés au sein des parcs éoliens, seront utiles pour renseigner les déplacements potentiels à plus large échelle des individus marqués. Ce programme nécessite également une collaboration entre plusieurs établissements. Avec l'Ifremer et France Energie Marine qui déploient des réseaux d'hydrophones en milieux estuarien et côtier, l'INRAE et les associations de migrateurs qui grâce à leurs stations de comptage de poissons migrateurs peuvent fournir les individus, l'OFB qui précisent les besoins de connaissance au niveau local (estuaire, AMP ou parcs marins), le MNHN (BOREA) qui maitrise cette technologie. Ces collaborations sont nécessaires pour sélectionner les espèces (et stades), sites d'intérêt et mutualiser les parcs d'hydrophones. Une collaboration avec des pêcheurs professionnels semble également indispensable pour notamment cibler les zones connues d'agrégation d'espèces (e.g. aloses) en mer et identifier des zones fonctionnelles potentielles. Bien évidemment, ce programme devra être co-construit avec tous ces partenaires et être coordonné à l'échelle nationale possiblement dans le cadre du PNMA.

Comme toute méthode, la télémétrie acoustique présente des limites (Wright et al., 2022). L'une des principales limites réside dans la portée des signaux acoustiques sous l'eau qui peut être réduite par des obstacles physiques, le bruit des navires, la nature des sédiments, ou même la topographie du fond marin. Pour maximiser les détections, le nombre d'hydrophones à déployer doit donc être important ce qui rend le projet onéreux. Mais les instituts (Ifremer, INRAE, MNHN, etc.) possèdent des parcs d'hydrophones qui pourraient être mutualisés. A titre d'exemple, plus de 300 hydrophones ont été déployés dans le cadre de l'étude de Lily et al. (2023) en mers celtiques. En milieu profond et ouvert, des hydrophones spécifiques (e.g. TBR 800 de ®ThelmaBiotel) qui disposent d'une fonction de déclenchement motorisée et télécommandée sont à privilégier pour faciliter les opérations de pose ou de relargage (pour la collecte des données enregistrées). Cela représente également un coût supplémentaire qu'il faut prendre en compte. Enfin, la taille des émetteurs acoustiques peut limiter leur utilisation chez les espèces ou individus de petite taille. Mais comme évoqué précédemment, les progrès de la technologie permettent de marquer des saumons juvéniles de 15 cm en moyenne (Lily et al., 2023). Et des émetteurs encore plus petits (type V4 chez ® VEMCO) sont actuellement disponibles. La durée de vie des émetteurs est évidemment proportionnelle à leur taille, et un compromis devra être trouvé pour chaque espèce (ou stade d'espèces) entre la taille minimum des individus à marquer et la durée d'émission des signaux acoustiques souhaitée. Malgré ces contraintes, la télémétrie acoustique demeure une méthode
com. pers.). Ces informations sont précieuses pour renseigner les voies de migration, améliorer notre compréhension des mouvements et de la connectivité au sein des écosystèmes aquatiques.

Les avancées techniques de la méthode laissent entrevoir la possibilité d'étudier les comportements des espèces amphihalines, voire d'identifier des zones fonctionnelles dans le milieu marin. Mais le programme doit être ambitieux, déployé au sein de plusieurs sites tests de façades différentes, pour permettre des synergies avec les réseaux en place ou à venir. Des réseaux denses d'hydrophones peuvent être déployés localement pour renseigner précisément (à quelques mètres près ; Trancart et al., 2019) les couloirs de migration privilégiés, profondeurs de nage et période au sein d'estuaires et/ou d'aires marines protégées. Et les réseaux d'hydrophones en place dans le cadre d'ETN, ou qui seront déployés au sein des parcs éoliens, seront utiles pour renseigner les déplacements potentiels à plus large échelle des individus marqués. Ce programme nécessite également une collaboration entre plusieurs établissements. Avec l'Ifremer et France Energie Marine qui déploient des réseaux d'hydrophones en milieux estuarien et côtier, l'INRAE et les associations de migrateurs qui grâce à leurs stations de comptage de poissons migrateurs peuvent fournir les individus, l'OFB qui précisent les besoins de connaissance au niveau local (estuaire, AMP ou parcs marins), le MNHN (BOREA) qui maitrise cette technologie. Ces collaborations sont nécessaires pour sélectionner les espèces (et stades), sites d'intérêt et mutualiser les parcs d'hydrophones. Une collaboration avec des pêcheurs professionnels semble également indispensable pour notamment cibler les zones connues d'agrégation d'espèces (e.g. aloses) en mer et identifier des zones fonctionnelles potentielles. Bien évidemment, ce programme devra être co-construit avec tous ces partenaires et être coordonné à l'échelle nationale possiblement dans le cadre du PNMA.

Comme toute méthode, la télémétrie acoustique présente des limites (Wright et al., 2022). L'une des principales limites réside dans la portée des signaux acoustiques sous l'eau qui peut être réduite par des obstacles physiques, le bruit des navires, la nature des sédiments, ou même la topographie du fond marin. Pour maximiser les détections, le nombre d'hydrophones à déployer doit donc être important ce qui rend le projet onéreux. Mais les instituts (Ifremer, INRAE, MNHN, etc.) possèdent des parcs d'hydrophones qui pourraient être mutualisés. A titre d'exemple, plus de 300 hydrophones ont été déployés dans le cadre de l'étude de Lily et al. (2023) en mers celtiques. En milieu profond et ouvert, des hydrophones spécifiques (e.g. TBR 800 de ®ThelmaBiotel) qui disposent d'une fonction de déclenchement motorisée et télécommandée sont à privilégier pour faciliter les opérations de pose ou de relargage (pour la collecte des données enregistrées). Cela représente également un coût supplémentaire qu'il faut prendre en compte. Enfin, la taille des émetteurs acoustiques peut limiter leur utilisation chez les espèces ou individus de petite taille. Mais comme évoqué précédemment, les progrès de la technologie permettent de marquer des saumons juvéniles de 15 cm en moyenne (Lily et al., 2023). Et des émetteurs encore plus petits (type V4 chez ® VEMCO) sont actuellement disponibles. La durée de vie des émetteurs est évidemment proportionnelle à leur taille, et un compromis devra être trouvé pour chaque espèce (ou stade d'espèces) entre la taille minimum des individus à marquer et la durée d'émission des signaux acoustiques souhaitée. Malgré ces contraintes, la télémétrie acoustique demeure une méthode
précieuse et puissante pour comprendre les mouvements des poissons migrateurs amphihalins et
semble prête à être testée dans le milieu marin pour les espèces amphihalines.

V.2.4. Marquage-Recapture

Les méthodes de marquage-recapture se révèlent d'une forte utilité pour répondre aux besoins
spécifiques identifiés dans l'étude et la gestion des poissons migrateurs amphihalins. Ces approches,
fondées sur des modèles bien éprouvés ont le potentiel pour fournir une panoplie d'informations
indispensables pour éclairer divers aspects, allant de la dispersion et de la survie à la quantification
des prélèvements et à l'évaluation de l'abondance des populations. En marquant individuellement
des poissons et en suivant leurs mouvements entre les habitats continentaux et marin, il est possible
de cartographier les voies migratoires. De même, l'estimation des taux de survie obtenue par le biais
du marquage-recapture, est cruciale pour évaluer la viabilité des populations amphihalines. Ces
données permettent d'identifier les périodes et les habitats critiques où des mesures de
conservation doivent être ciblées pour maintenir des populations robustes. Cependant, la
probabilité de recapturer l'individu marqué reste très faible et est un des principaux points de
blocages à l'application de ces méthodes au poissons migrateurs amphihalins en milieu ouvert.
Fournir le matériel nécessaire à la lecture des tags à l'ensemble des professionnelles susceptibles
de recapturer les individus est également complexe et dans le cas contraire compter uniquement
sur les campagnes scientifiques semble utopiste. L'efficacité de cette méthode risque donc d'être
entravé par la rareté de ces espèces en milieu marin, rendant difficile la capture et le suivi individuel
à des niveaux suffisamment représentatifs.

Si l'utilisation de méthode de marquage recapture classique s'avère être compromis, les techniques
de close-kin mark-recapture permettant d'évaluer le niveau d'abondance des populations sur la
base de l'estimation des liens de parenté semble être une solution pour les espèces à faible
occurrence (Hillary et al., 2018). En analysant les relations génétiques entre les individus, il est
possible d'estimer la taille effective de la population (Ruzzante et al., 2019). Cette information est
cruciale pour évaluer la santé globale des populations amphihalines en mer et en milieu continental,
offrant ainsi des données précieuses pour la gestion. Étant une méthodologie récemment
développée, son utilité potentielle pour le suivi des amphihalins reste à être confirmée. Il est
impératif d'évaluer la probabilité de parenté entre deux individus au sein de l'échantillon afin de
déterminer la taille d'échantillon nécessaire et de prendre en considération des facteurs tels que le
mélange complet ou partiel des géniteurs, une fécondité constante avec l'âge, etc. Le potentiel
prometteur de la close-kin mark-recapture doit motiver des travaux futurs visant à surmonter les
limites identifiées dans son application.

En somme, les méthodes de marquage-recapture se positionnent comme des outils polyvalents et
indispensables pour répondre aux besoins variés liés à l'étude et à la gestion des amphihalins. Leur
application judicieuse permet d'obtenir des données riches et spécifiques, contribuant ainsi de
manière significative à la conservation et à la gestion durable de ces espèces emblématiques.
Néanmoins, l'ensemble de ces techniques exigent des ressources continues pour un suivi à long
précieuse et puissante pour comprendre les mouvements des poissons migrateurs amphihalins et
semble prête à être testée dans le milieu marin pour les espèces amphihalines.

V.2.4. Marquage-Recapture

Les méthodes de marquage-recapture se révèlent d'une forte utilité pour répondre aux besoins
spécifiques identifiés dans l'étude et la gestion des poissons migrateurs amphihalins. Ces approches,
fondées sur des modèles bien éprouvés ont le potentiel pour fournir une panoplie d'informations
indispensables pour éclairer divers aspects, allant de la dispersion et de la survie à la quantification
des prélèvements et à l'évaluation de l'abondance des populations. En marquant individuellement
des poissons et en suivant leurs mouvements entre les habitats continentaux et marin, il est possible
de cartographier les voies migratoires. De même, l'estimation des taux de survie obtenue par le biais
du marquage-recapture, est cruciale pour évaluer la viabilité des populations amphihalines. Ces
données permettent d'identifier les périodes et les habitats critiques où des mesures de
conservation doivent être ciblées pour maintenir des populations robustes. Cependant, la
probabilité de recapturer l'individu marqué reste très faible et est un des principaux points de
blocages à l'application de ces méthodes au poissons migrateurs amphihalins en milieu ouvert.
Fournir le matériel nécessaire à la lecture des tags à l'ensemble des professionnelles susceptibles
de recapturer les individus est également complexe et dans le cas contraire compter uniquement
sur les campagnes scientifiques semble utopiste. L'efficacité de cette méthode risque donc d'être
entravé par la rareté de ces espèces en milieu marin, rendant difficile la capture et le suivi individuel
à des niveaux suffisamment représentatifs.

Si l'utilisation de méthode de marquage recapture classique s'avère être compromis, les techniques
de close-kin mark-recapture permettant d'évaluer le niveau d'abondance des populations sur la
base de l'estimation des liens de parenté semble être une solution pour les espèces à faible
occurrence (Hillary et al., 2018). En analysant les relations génétiques entre les individus, il est
possible d'estimer la taille effective de la population (Ruzzante et al., 2019). Cette information est
cruciale pour évaluer la santé globale des populations amphihalines en mer et en milieu continental,
offrant ainsi des données précieuses pour la gestion. Étant une méthodologie récemment
développée, son utilité potentielle pour le suivi des amphihalins reste à être confirmée. Il est
impératif d'évaluer la probabilité de parenté entre deux individus au sein de l'échantillon afin de
déterminer la taille d'échantillon nécessaire et de prendre en considération des facteurs tels que le
mélange complet ou partiel des géniteurs, une fécondité constante avec l'âge, etc. Le potentiel
prometteur de la close-kin mark-recapture doit motiver des travaux futurs visant à surmonter les
limites identifiées dans son application.

En somme, les méthodes de marquage-recapture se positionnent comme des outils polyvalents et
indispensables pour répondre aux besoins variés liés à l'étude et à la gestion des amphihalins. Leur
application judicieuse permet d'obtenir des données riches et spécifiques, contribuant ainsi de
manière significative à la conservation et à la gestion durable de ces espèces emblématiques.
Néanmoins, l'ensemble de ces techniques exigent des ressources continues pour un suivi à long
terme, impliquant des coûts et des efforts considérables. L'estimation de la survie des amphihalins
terme, impliquant des coûts et des efforts considérables. L'estimation de la survie des amphihalins en mer peut être entravée par la difficulté à distinguer les causes spécifiques de mortalité. De plus, l'abondance et la capturabilité en mer relativement très faible des amphihalins par rapport aux autres espèces marines ayant fait l'objet d'études semblable ne facilite pas la mise en place de telles méthodes.

### V.2.5. Suivis ADNe

Le développement très rapide des méthodes basées sur l'analyse de l'ADN environnemental (ADNe), notamment à travers le métabarcoding et la ddPCR, représente une avancée significative pour l'identification des zones fonctionnelles des poissons et l'évaluation de leur niveau d'abondance au sein de ces zones (Ratcliffe et al., 2021; Atkinson et al., 2022). Le métabarcoding, basé sur l'analyse de l'ADNe extrait de l'eau, permet une détection rapide et non invasive des espèces présentes dans un environnement. Le métabarcoding est une approche qui consiste à séquencer simultanément de multiples échantillons d'ADN à partir d'un mélange complexe (Harper et al., 2018). L'idée principale est d'amplifier une région spécifique de l'ADN, appelée "barcode" ou "métabarcode", qui varie entre les espèces. En séquençant ces métabarcodes, on peut identifier les différentes espèces présentes dans un échantillon en fonction de leurs séquences uniques. En utilisant ces marqueurs spécifiques (amorces 12S-V5 chez les poissons; Miya et al., 2020), la présence des amphihalins à différentes échelles spatiales peut être étudiée, offrant une vision holistique de leur aire de distribution (Wood et al., 2019). Cette approche est particulièrement pertinente pour les poissons migrateurs amphihalins (Fraija-Fernandez et al., 2020; Barco et al., 2022; Veron et al., 2023), et autre espèces à occurrence rares et cryptiques qui sont peu capturés, car elle permet d'obtenir des informations complémentaires avec les techniques de modélisation (Wang et al., 2021). Des limites dans l'interprétation des résultats sont à prévoir entre les deux méthodologies distinctes (échelles temporelles entre les prélèvements et données de captures) mais elles restent complémentaires afin de contrôler de possibles oublis. Cette approche non intrusive offre une solution innovante pour surveiller les populations de poissons migrateurs sans perturber leur habitat ou leur comportement (Bylemans et al., 2017).

En complément la ddPCR permet, en mesurant la concentration absolue de séquences spécifiques, d'estimer le niveau d'abondance des populations de manière quantitative (Capo et al., 2019). Cette technique permet la détection d'ADN en faibles concentrations, ce qui est particulièrement pertinent dans des environnements marins où la dilution peut être importante (Hestetun et al., 2023). Cependant, cette méthodologie nécessite des fréquences d'échantillonnage élevées dans le temps et l'espace, entraînant des coûts importants, et son application à des espèces à occurrence rare en mer doit encore être éprouvée.

L'utilisation de l'ADNe pour les poissons migrateurs amphihalins, bien que prometteuse, présente également des limites inhérentes à la technique. Tout d'abord, la variabilité de la qualité et de la quantité de l'ADN extrait de l'eau peut influencer la précision des résultats (Wang et al., 2021). Le respect strict des protocoles de prélèvements et de stockage est crucial pour éviter toute
en mer peut être entravée par la difficulté à distinguer les causes spécifiques de mortalité. De plus, l'abondance et la capturabilité en mer relativement très faible des amphihalins par rapport aux autres espèces marines ayant fait l'objet d'études semblable ne facilite pas la mise en place de telles méthodes.

### V.2.5. Suivis ADNe

Le développement très rapide des méthodes basées sur l'analyse de l'ADN environnemental (ADNe), notamment à travers le métabarcoding et la ddPCR, représente une avancée significative pour l'identification des zones fonctionnelles des poissons et l'évaluation de leur niveau d'abondance au sein de ces zones (Ratcliffe et al., 2021; Atkinson et al., 2022). Le métabarcoding, basé sur l'analyse de l'ADNe extrait de l'eau, permet une détection rapide et non invasive des espèces présentes dans un environnement. Le métabarcoding est une approche qui consiste à séquencer simultanément de multiples échantillons d'ADN à partir d'un mélange complexe (Harper et al., 2018). L'idée principale est d'amplifier une région spécifique de l'ADN, appelée "barcode" ou "métabarcode", qui varie entre les espèces. En séquençant ces métabarcodes, on peut identifier les différentes espèces présentes dans un échantillon en fonction de leurs séquences uniques. En utilisant ces marqueurs spécifiques (amorces 12S-V5 chez les poissons; Miya et al., 2020), la présence des amphihalins à différentes échelles spatiales peut être étudiée, offrant une vision holistique de leur aire de distribution (Wood et al., 2019). Cette approche est particulièrement pertinente pour les poissons migrateurs amphihalins (Fraija-Fernandez et al., 2020; Barco et al., 2022; Veron et al., 2023), et autre espèces à occurrence rares et cryptiques qui sont peu capturés, car elle permet d'obtenir des informations complémentaires avec les techniques de modélisation (Wang et al., 2021). Des limites dans l'interprétation des résultats sont à prévoir entre les deux méthodologies distinctes (échelles temporelles entre les prélèvements et données de captures) mais elles restent complémentaires afin de contrôler de possibles oublis. Cette approche non intrusive offre une solution innovante pour surveiller les populations de poissons migrateurs sans perturber leur habitat ou leur comportement (Bylemans et al., 2017).

En complément la ddPCR permet, en mesurant la concentration absolue de séquences spécifiques, d'estimer le niveau d'abondance des populations de manière quantitative (Capo et al., 2019). Cette technique permet la détection d'ADN en faibles concentrations, ce qui est particulièrement pertinent dans des environnements marins où la dilution peut être importante (Hestetun et al., 2023). Cependant, cette méthodologie nécessite des fréquences d'échantillonnage élevées dans le temps et l'espace, entraînant des coûts importants, et son application à des espèces à occurrence rare en mer doit encore être éprouvée.

L'utilisation de l'ADNe pour les poissons migrateurs amphihalins, bien que prometteuse, présente également des limites inhérentes à la technique. Tout d'abord, la variabilité de la qualité et de la quantité de l'ADN extrait de l'eau peut influencer la précision des résultats (Wang et al., 2021). Le respect strict des protocoles de prélèvements et de stockage est crucial pour éviter toute contamination externe, assurant ainsi l'intégrité des échantillons en vue d'analyses futures (Clarke et al., 2021). Les échantillons d'ADN collectés peuvent être soumis à la dégradation, aux
contamination externe, assurant ainsi l'intégrité des échantillons en vue d'analyses futures (Clarke et al., 2021). Les échantillons d'ADN collectés peuvent être soumis à la dégradation, aux mouvements de la mer, aux fluctuations des marées ou aux prédateurs ciblant l'espèce étudiée (Rourke et al., 2021). Ainsi, la simple présence d'ADN ne garantit pas la détection de l'espèce, et la précision de sa distribution à une échelle fine demeure difficile à établir. De plus, bien que l'ADNe soit une méthode non intrusive, elle ne permet pas d'obtenir des informations détaillées sur les caractéristiques individuelles des poissons migrateurs. Par exemple, elle ne fournit pas d'indications sur l'âge, la taille, la condition physique ou d'autres paramètres spécifiques à chaque individu, ce qui peut être crucial pour comprendre les variations au sein des populations. Les poissons migrateurs amphihalins présentent une complexité supplémentaire, car les fragments d'ADN ne permettent généralement pas de distinguer les différents stades de vie de ces espèces vies (Clarke et al., 2021). L'ADNe peut également présenter des défis dans la distinction des espèces très proches sur le plan génétique. Dans le cas des amphihalins, où des espèces apparentées peuvent coexister, la résolution taxonomique peut être limitée, affectant la précision de l'identification des espèces et la compréhension des interactions écologiques spécifiques. Ces limitations soulignent l'importance de combiner les approches moléculaires avec d'autres méthodes de collecte de données, notamment des techniques plus traditionnelles afin d'obtenir une image complète et fiable des populations d'amphihalins.

### V.2.6. Valorisation du réseau de stations de contrôle des Migrations (STACOMI)

Le réseau des stations de contrôle des migrations (STACOMI) est une base de données qui regroupe l'ensemble des suivis du nombre de migrateurs amphihalins utilisant les passes à poissons en montaison et dévalaison en France métropolitaine. La quantification des flux de migrants en milieu continental (également via le comptage des frayères et la pêche scientifique à l'électricité) peut compléter l'évaluation des populations en mer cité précédemment afin de mettre en parallèle l'état des stocks de poissons migrateurs amphihalins avec la quantification et la détermination de l'origine des prélèvements de ces derniers. Cependant, l'exploitation des STACOMI présente des limites, notamment liées au comportement de migration de certaines espèces amphihalines et à la répartition non aléatoire des stations. Par exemple, l'alose feinte, connue pour ne pas remonter suffisamment dans les cours d'eau, pose un défi pour un suivi aisé en milieu continental. Dans de tels cas, il peut être préférable de privilégier les méthodes de suivi en mer/estuaire, mettant en évidence la nécessité de combiner différentes approches pour obtenir une image complète et précise des déplacements des poissons migrateurs amphihalins.

### V.2.7. Valorisation des suivis réalisés lors suivis environnementaux dans le milieu marin

La mobilisation et transmission des suivis environnementaux dans le milieu marin est une obligation réglementaire qui permet potentiellement d'acquérir des données spatiales et temporelles additionnelles. Ces données versées dans DEPOBIO (https://depot-legal-biodiversite.naturefrance.fr/) et visualisables dans OPENOBS (https://openobs.mnhn.fr/) ne vise
mouvements de la mer, aux fluctuations des marées ou aux prédateurs ciblant l'espèce étudiée (Rourke et al., 2021). Ainsi, la simple présence d'ADN ne garantit pas la détection de l'espèce, et la précision de sa distribution à une échelle fine demeure difficile à établir. De plus, bien que l'ADNe soit une méthode non intrusive, elle ne permet pas d'obtenir des informations détaillées sur les caractéristiques individuelles des poissons migrateurs. Par exemple, elle ne fournit pas d'indications sur l'âge, la taille, la condition physique ou d'autres paramètres spécifiques à chaque individu, ce qui peut être crucial pour comprendre les variations au sein des populations. Les poissons migrateurs amphihalins présentent une complexité supplémentaire, car les fragments d'ADN ne permettent généralement pas de distinguer les différents stades de vie de ces espèces vies (Clarke et al., 2021). L'ADNe peut également présenter des défis dans la distinction des espèces très proches sur le plan génétique. Dans le cas des amphihalins, où des espèces apparentées peuvent coexister, la résolution taxonomique peut être limitée, affectant la précision de l'identification des espèces et la compréhension des interactions écologiques spécifiques. Ces limitations soulignent l'importance de combiner les approches moléculaires avec d'autres méthodes de collecte de données, notamment des techniques plus traditionnelles afin d'obtenir une image complète et fiable des populations d'amphihalins.

### V.2.6. Valorisation du réseau de stations de contrôle des Migrations (STACOMI)

Le réseau des stations de contrôle des migrations (STACOMI) est une base de données qui regroupe l'ensemble des suivis du nombre de migrateurs amphihalins utilisant les passes à poissons en montaison et dévalaison en France métropolitaine. La quantification des flux de migrants en milieu continental (également via le comptage des frayères et la pêche scientifique à l'électricité) peut compléter l'évaluation des populations en mer cité précédemment afin de mettre en parallèle l'état des stocks de poissons migrateurs amphihalins avec la quantification et la détermination de l'origine des prélèvements de ces derniers. Cependant, l'exploitation des STACOMI présente des limites, notamment liées au comportement de migration de certaines espèces amphihalines et à la répartition non aléatoire des stations. Par exemple, l'alose feinte, connue pour ne pas remonter suffisamment dans les cours d'eau, pose un défi pour un suivi aisé en milieu continental. Dans de tels cas, il peut être préférable de privilégier les méthodes de suivi en mer/estuaire, mettant en évidence la nécessité de combiner différentes approches pour obtenir une image complète et précise des déplacements des poissons migrateurs amphihalins.

### V.2.7. Valorisation des suivis réalisés lors suivis environnementaux dans le milieu marin

La mobilisation et transmission des suivis environnementaux dans le milieu marin est une obligation réglementaire qui permet potentiellement d'acquérir des données spatiales et temporelles additionnelles. Ces données versées dans DEPOBIO (https://depot-legal-biodiversite.naturefrance.fr/) et visualisables dans OPENOBS (https://openobs.mnhn.fr/) ne vise pas nécessairement à améliorer les modèles statistiques existants, mais plutôt à obtenir des informations supplémentaires sur la saisonnalité des occurrences des espèces amphihalines dans
pas nécessairement à améliorer les modèles statistiques existants, mais plutôt à obtenir des informations supplémentaires sur la saisonnalité des occurrences des espèces amphihalines dans les zones priorisées pour l'implantation des EMR. A ce jour, aucune analyse spécifique de ces données n'a été menée pour vérifier si certaines espèces amphihalines sont présentes dans les jeux de données. Avec la multiplication d'études dans le contexte du déploiement des EMR, un examen de ces jeux de données s'avère nécessaire pour évaluer leur intérêt vis-à-vis des espèces amphihalines et leur complémentarité éventuelle par rapport aux données scientifique et issues des suivis professionnels compilées dans la base MigrenMer.

### V.2.8. Valorisation des données issues du suivi des captures

#### V.2.8.1. Analyse Risque Pêche

Une des premières solutions pour quantifier les prélèvements en milieu marin serait d'ajouter une composante quantitative à l'analyse risques pêche réalisée dans le cadre de la DHFF. Cela permettrait, en croisant le nombre d'individus par marée observée et le nombre total de marées, d'estimer les prélèvements sur les populations dans des zones à risque identifiées localement. Dans le cas des aloses et des salmonidés notamment, une telle estimation de l'ordre de grandeur des volumes capturés accidentellement serait nécessaire afin d'éclairer les décisions de gestion. La valorisation de l'analyse de risque spatialisée par l'identification des secteurs de plus forte co-occurrence permettrait de circonscrire les estimations quantitatives à ces zones où les captures pour ces espèces sont plus fréquentes. Cela contribuerait à réduire les fortes incertitudes liées à cette méthodologie, qui constituent le principal frein à son utilisation.

#### V.2.8.2. Analyse des données déclaratives

Afin de quantifier les prélèvements à la mer, une seconde approche concernant cette fois ci les activités de pêche professionnelles ciblées va être réalisée pour renseigner l'objectif environnemental (OE) D01-PC-OE03-ind1 de la DCSMM. Cet OE consiste à évaluer « le nombre de captures d'amphihalins déclarées/an par les pêcheurs professionnels dans les estuaires, les panaches estuariens et les graux à l'aval de la limite la salure des eaux (LSE) ». Pour l'anguille, la cible à atteindre est fixée à « -60% de mortalité par pêche par rapport à une période de référence (2004-2008) qui correspond à la mise en place du Plan de Gestion Anguille (PGA) ». Pour les autres espèces (esturgeon européen, grande alose et aloses feintes atlantiques et méditerranéennes, lamproies marines et fluviatiles, saumon atlantique et truite de mer), la cible fixée est « un maintien ou une réduction de cette mortalité par pêche », la période de référence restant à fixer. Cette action qui débutera en 2024 vise à reconstituer des séries chronologiques robustes nécessaire à l'interprétation des résultats pour l'ensemble des EIC, l'anguille et la truite de mer en mobilisant les données déclaratives ainsi que sur un ensemble de jeux de données permettant la mise en qualité de ces données. Un OE avec des indicateurs opérationnels est donc attendu pour fin 2024.
les zones priorisées pour l'implantation des EMR. A ce jour, aucune analyse spécifique de ces données n'a été menée pour vérifier si certaines espèces amphihalines sont présentes dans les jeux de données. Avec la multiplication d'études dans le contexte du déploiement des EMR, un examen de ces jeux de données s'avère nécessaire pour évaluer leur intérêt vis-à-vis des espèces amphihalines et leur complémentarité éventuelle par rapport aux données scientifique et issues des suivis professionnels compilées dans la base MigrenMer.

### V.2.8. Valorisation des données issues du suivi des captures

#### V.2.8.1. Analyse Risque Pêche

Une des premières solutions pour quantifier les prélèvements en milieu marin serait d'ajouter une composante quantitative à l'analyse risques pêche réalisée dans le cadre de la DHFF. Cela permettrait, en croisant le nombre d'individus par marée observée et le nombre total de marées, d'estimer les prélèvements sur les populations dans des zones à risque identifiées localement. Dans le cas des aloses et des salmonidés notamment, une telle estimation de l'ordre de grandeur des volumes capturés accidentellement serait nécessaire afin d'éclairer les décisions de gestion. La valorisation de l'analyse de risque spatialisée par l'identification des secteurs de plus forte co-occurrence permettrait de circonscrire les estimations quantitatives à ces zones où les captures pour ces espèces sont plus fréquentes. Cela contribuerait à réduire les fortes incertitudes liées à cette méthodologie, qui constituent le principal frein à son utilisation.

#### V.2.8.2. Analyse des données déclaratives

Afin de quantifier les prélèvements à la mer, une seconde approche concernant cette fois ci les activités de pêche professionnelles ciblées va être réalisée pour renseigner l'objectif environnemental (OE) D01-PC-OE03-ind1 de la DCSMM. Cet OE consiste à évaluer « le nombre de captures d'amphihalins déclarées/an par les pêcheurs professionnels dans les estuaires, les panaches estuariens et les graux à l'aval de la limite la salure des eaux (LSE) ». Pour l'anguille, la cible à atteindre est fixée à « -60% de mortalité par pêche par rapport à une période de référence (2004-2008) qui correspond à la mise en place du Plan de Gestion Anguille (PGA) ». Pour les autres espèces (esturgeon européen, grande alose et aloses feintes atlantiques et méditerranéennes, lamproies marines et fluviatiles, saumon atlantique et truite de mer), la cible fixée est « un maintien ou une réduction de cette mortalité par pêche », la période de référence restant à fixer. Cette action qui débutera en 2024 vise à reconstituer des séries chronologiques robustes nécessaire à l'interprétation des résultats pour l'ensemble des EIC, l'anguille et la truite de mer en mobilisant les données déclaratives ainsi que sur un ensemble de jeux de données permettant la mise en qualité de ces données. Un OE avec des indicateurs opérationnels est donc attendu pour fin 2024.

#### V.2.8.3. Caméras embarquées, contrôle et observation des professionnelles
### V.2.8.3. Caméras embarquées, contrôle et observation des professionnelles

La mise en place des caméras sur les fileyeurs est à ce jour sur la base du volontariat et pourra se généraliser dans le cadre de l'ARP DHFF pour la surveillance des captures de mammifères et oiseaux marins. Ces suivis pourront également permettre d'évaluer les mortalités liées aux prélèvements des poissons migrateurs amphihalins identifiables sur caméra (esturgeon, saumon, ...) à l'image des embarquements effectués dans le cadre du programme COMIMER et ainsi compléter les données déclaratives. L'efficacité de ces méthodes dépendront directement du caractère obligatoire ou non de la surveillance et de l'acceptation par les professionnelles afin de garantir un suivi continu dans l'espace et le temps. L'aspect volontaire de la surveillance actuelle souligne la nécessité d'une démarche plus systématique et normalisée pour assurer la fiabilité et la cohérence des données recueillies.

### V.2.9. Synthèse bibliographique & Analyse expérimentale ex-situ

Une consolidation des ressources bibliographiques et une programmation de synthèses régulières sur des questions ciblées se révèle indispensable.

Par exemple il serait utile d'engager une synthèse bibliographique plus systématique sur les risques associés au bruit sous-marin pendant la construction et l'exploitation des EMR, ainsi que sur le magnétisme généré par les câbles électriques et leur dissémination. Des travaux étant déjà réalisé par France Energies Marine sur les espèces d'intérêts communautaires et dans le cadre du référentiel technique de l'OFB plus généralement sur les EMR, un croisement de l'ensemble de ressources disponibles sur les espèces amphihalines en mer à ce sujet est nécessaire avant de conduire à des expérimentations en milieu contrôlé. La priorisation de ces analyses expérimentales pourra s'appuyer sur la hiérarchisation des impacts, en se basant sur les connaissances scientifiques actuelles, et sur les espèces identifiées comme présentant un risque d'interaction selon les données de télémétrie acoustique et les études d'impact. Ce processus assure une approche ciblée, orientant les efforts vers les questions les plus critiques pour éclairer les décisions de gestion des EMR tout en préservant les populations amphihalines
La mise en place des caméras sur les fileyeurs est à ce jour sur la base du volontariat et pourra se généraliser dans le cadre de l'ARP DHFF pour la surveillance des captures de mammifères et oiseaux marins. Ces suivis pourront également permettre d'évaluer les mortalités liées aux prélèvements des poissons migrateurs amphihalins identifiables sur caméra (esturgeon, saumon, ...) à l'image des embarquements effectués dans le cadre du programme COMIMER et ainsi compléter les données déclaratives. L'efficacité de ces méthodes dépendront directement du caractère obligatoire ou non de la surveillance et de l'acceptation par les professionnelles afin de garantir un suivi continu dans l'espace et le temps. L'aspect volontaire de la surveillance actuelle souligne la nécessité d'une démarche plus systématique et normalisée pour assurer la fiabilité et la cohérence des données recueillies.

### V.2.9. Synthèse bibliographique & Analyse expérimentale ex-situ

Une consolidation des ressources bibliographiques et une programmation de synthèses régulières sur des questions ciblées se révèle indispensable.

Par exemple il serait utile d'engager une synthèse bibliographique plus systématique sur les risques associés au bruit sous-marin pendant la construction et l'exploitation des EMR, ainsi que sur le magnétisme généré par les câbles électriques et leur dissémination. Des travaux étant déjà réalisé par France Energies Marine sur les espèces d'intérêts communautaires et dans le cadre du référentiel technique de l'OFB plus généralement sur les EMR, un croisement de l'ensemble de ressources disponibles sur les espèces amphihalines en mer à ce sujet est nécessaire avant de conduire à des expérimentations en milieu contrôlé. La priorisation de ces analyses expérimentales pourra s'appuyer sur la hiérarchisation des impacts, en se basant sur les connaissances scientifiques actuelles, et sur les espèces identifiées comme présentant un risque d'interaction selon les données de télémétrie acoustique et les études d'impact. Ce processus assure une approche ciblée, orientant les efforts vers les questions les plus critiques pour éclairer les décisions de gestion des EMR tout en préservant les populations amphihalines
<table><caption>**Tableau 13.** Besoins décelés à la suite du Programme MigrenMer et méthodes à privilégier pour y répondre. Méthodes non considérées : Bio-acoustique, Caméras optiques</caption><thead><tr><th>Méthodes\Besoins</th><th>Identifier et caractériser les zones fonctionnelles marines</th><th>Evaluer les abondances des populations sur le continuum terre/mer</th><th>Quantifier les prélèvements en mer</th><th>Identifier l'origine des individus capturés ou observés en mer</th><th>Mieux connaître les traits de vie et leur évolution (survie, croissance), et le régime trophique</th><th>Evaluer l'impact des énergies marines renouvelables</th></tr></thead><tbody><tr><td>Modèles de distribution</td><td>X</td><td>Dispositifs de suivis dédiés aux amphihalins</td><td>Contribution par l'estimation du risque de captures</td><td></td><td></td><td>X</td></tr><tr><td>Collecte et Bancarisation d'échantillons biologiques</td><td>Microchimie et isotopie sur les tissus durs (otolithes, écailles ...): histoire de vie, occupation de l'espace, régimes trophiques</td><td>Données génétiques pour Close-Kin Mark-Recapture</td><td></td><td>Microchimie et génétique</td><td>Croissance par l'analyse des tissus durs (Scalimétrie ...) Régimes trophiques (isotopes sur divers tissus mou ou dur pour archives) Etat physiologique (stress ...)</td><td></td></tr><tr><td>Télémétrie Acoustique</td><td>Corridor migratoire à fine échelle en zones côtières et grands estuaires</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Interaction parcs/espèces à large échelle le long des côtes françaises</td></tr><tr><td>Marquage-Recapture</td><td></td><td>Close-Kin Mark-Recapture (évaluation de l'abondance sur la base de l'estimation des liens de parenté))</td><td>Quantifier la probabilité de recapture (nécessite retour des marques capturées)</td><td>X</td><td>Estimation de la dispersion et de la survie</td><td></td></tr><tr><td>Suivis ADNe</td><td>Métabarcoding (P/A)</td><td>DDPCr</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Valorisation du réseau de stations de contrôle des Migrations (STACOMI)</td><td></td><td>X</td><td></td><td></td><td>Accès au poissons</td><td></td></tr><tr><td>Valorisation des suivis réalisés lors des études d'impacts</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Présence des espèces dans les zones d'EMR ; Métadonnées versées dans DEPOBIO</td></tr><tr><td rowspan="3">Valorisation des données issues du suivis des captures</td><td>Analyse Risque Pêche</td><td></td><td>Croisement nombre d'individus capturés par marées x nombre de marées</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Analyse des données déclaratives : SACROIS-SACAPT-VisioCapture</td><td>Par grandes zones</td><td>OE D01-PC-OE03-ind1</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Caméras embarquées, contrôle et observation des professionnelles</td><td>Marginalement/localement (sauf si généralisée)</td><td>Périodes de migration au niveau des embouchures</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Synthèse bibliographique & Analyse expérimentale ex-situ</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>x</td><td>Hiérarchisation des impacts des pressions spécifiques par espèce</td></tr></tbody></table>