# Manuels utilisateurs de l'Application APK Android
"Corebook Z3.5" pour alimenter le portail de la
Cyber-carothèque nationale (version 2022-10-18-ANF
CNRS Carottage Littoral)

Cécile Pignol, Bruno Galabertier, Fabien Arnaud

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To cite this version:

Cécile Pignol, Bruno Galabertier, Fabien Arnaud. Manuels utilisateurs de l'Application APK Android "Corebook Z3.5" pour alimenter le portail de la Cyber-carothèque nationale (version 2022-10-18-ANF CNRS Carottage Littoral). 2022. [hal-03829617v2](https://hal.science/hal-03829617v2)

HAL Id: hal-03829617

https://hal.science/hal-03829617v2

Preprint submitted on 2 Dec 2022

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# Le Corebook & La Cyber-Carothèque Nationale

## MANUEL UTILISATEUR

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https://www.cybercarotheque.fr/

Version Corebook : Z3.5

Manuel : 17 Octobre 2022

Rédacteur : Cécile Pignol
## Table des matières

<table><tr><td>Pour démarrer</td><td>3</td></tr><tr><td>Login / Mot de passe</td><td></td></tr><tr><td>Ouvrir un nouvelle mission</td><td></td></tr><tr><td>Le Readme d'ouverture d'une mission</td><td>4</td></tr><tr><td>Que peut-on faire avec le Corebook ?</td><td>5</td></tr><tr><td>Des carottages Single-run ou Multi-run (carottage Multi-run et/ou à recouvrement)</td><td></td></tr><tr><td>Naviguer dans le Corebook</td><td>6</td></tr><tr><td>Panneau latéral gauche</td><td></td></tr><tr><td>Fonction « Créer / Modifier une mission existante »</td><td></td></tr><tr><td>Fonction « Télécharger les référentiels de la Cyber-Carothèque » (Personnes, Outils, Carottes)</td><td></td></tr><tr><td>Fonction « Goto legacy cores » / Retourner carotter sur le site d'une carotte existante dans le legacy</td><td></td></tr><tr><td>Fonction « Anchoring » / Aide à l'ancrage d'un plateforme</td><td></td></tr><tr><td>Création d'un nouvelle mission</td><td>7</td></tr><tr><td>Nouvelle mission</td><td></td></tr><tr><td>Tools Configuration / Sélectionner des configurations de carottier</td><td>6</td></tr><tr><td>Notion de PI / Chef de Mission / Mission manager / Participants / Autres participants</td><td>7</td></tr><tr><td>Ajout de nouvelles personnes</td><td>6</td></tr><tr><td>1-MODE carottage Single-run</td><td>9</td></tr><tr><td>Formulaire Création d'un site de carottage</td><td>9</td></tr><tr><td>Formulaire Opération de saisie de carotte</td><td>10</td></tr><tr><td>CAS particulier d'abandon d'une opération de carottage : « HOLE FAILED »</td><td>11</td></tr><tr><td>MENU latéral gauche (sur 1 RUN)</td><td></td></tr><tr><td>2-MODE carottage Multi-run (séquences multi-étape)</td><td>12</td></tr><tr><td>1-Information générique sur la localisation du carottage</td><td></td></tr><tr><td>2-« NEW MULTI-RUN » Coring</td><td></td></tr><tr><td>3-« NEW PILOT » (optionel)</td><td>13</td></tr><tr><td>4-« NEW RUN 1 »</td><td>13</td></tr><tr><td>5-« NEW RUN ( RUN 1 to RUN 2) »</td><td>14</td></tr><tr><td>6-« NEW HOLE » / CHANGEMENT DE TROU pour assurer le recouvrement du carottage</td><td>15</td></tr><tr><td>7-« NEW MULTI-RUN CORING SITE ON SAME LOCATION / Nouveau SITE (SITE n+1) sur un même lieu</td><td></td></tr><tr><td>3-CORE Management</td><td>16</td></tr><tr><td>1-Cut a run</td><td></td></tr><tr><td>2-Page de liste des carottes de la mission</td><td>17</td></tr><tr><td>4-SAUVEGARDE de la tablette & SYNCHRONISATION des données vers le portail Cyber-Carothèque</td><td>18</td></tr><tr><td>1a-Sauvegarde en cours de mission</td><td></td></tr><tr><td>1b-Sauvegarde en fin de mission</td><td></td></tr><tr><td>2-Synchronisation du Corebook (en cours et à la fin de mission)</td><td>19</td></tr></table>
POUR DEMARRER :

1- Avez-vous bien la dernière version du Corebook ?

Seule la dernière version pourra être synchronisée. Allez vérifier sur
https://www.cybercarotheque.fr/

2- Entrer votre code UNITE

- vous avez un code unité (login) transmis par l'équipe projet : veuillez à l'écrire correctement.

- vous n'avez pas de code → demander un code par mail à climcorcyb@services.cnrs.fr

- autoriser l'usage du GPS et de l'appareil photo par le Corebook (première utilisation)

3 - Ouvrir une mission (existante sur cette tablette)

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

Possibilité de faire
FAIRE GLISSER
de menu
de gauche à droite

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

Si vous tapez un CODE ERRONE PAR INADVERTANCE
=> choisir « No, CORRECT my UnityCode

Si vous CREEZ VOTRE MISSION RATTACHEE A CE
CODE ERRONE (sans vous en apercevoir), alors :

1) LA MISSION NE POURRA PAS etre SYNCHRONISEES (code inconnu de la Cyber-C).

2) VOUS NE RETROUVEREZ PAS CETTE MISSION SOUS VOTRE CODE UNITE correct à la prochaine ouverture.
Celle-ci sera enregistrer sous le code erroné

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

Si une mission est déjà
ouverte alors le nom de
votre mission apparaît à
côté du nom de l'unité
## Le READ ME :

→ Page visible lors de l'ouverture de la fenetre
de nouvelle création de mission
**Merci de le lire attentivement AVANT chaque mission**

(pour la passer, appuyer sur le bouton « marche arriere de la tablette »)

<figure><img src="image_11.png" /></figure>

<figure><img src="image_12.png" /></figure>

STOP

IMPORTANT:
Before You Continue...

HELP!

In case of
problem or
question,
please contact

support@cyber
carothèque.fr

**USER ! Welcome in the Corebook***

The device to help you coring & collecting data directly from the field.

**TO USE THIS DEVICE**, follow the steps **before** and during the field-trip :

**STEP 1** : You need **your UNITY CODE** to start with this device. **At the end,** if you don't use your good unity code, **you could not upload & save** you data to the portal (1).

**STEP 2** : Don't forget **to create your 'tool's configuration' in the Portal** (2) and **select them** on the Corebook in **"Create & Modify Mission"**.

**STEP 3** : Always **verify** you have download the **LAST VERSION** on your device. If you don't use the right version, **you could not upload & save** you data on the portal (3).

**STEP 4** : **During the field-trip,** you can **saved your mission** only if you **press** on the button **" UPLOAD TO THE SERVER"** (do it as many time as you want).

<figure><img src="image_13.png" /></figure>

**FAQ :** *Please keep in mind that :*

✓ If you don't find your(s) old mission(s), **be careful when typing your register Unity code** (a mission is **always attached** with your register Unity Code)

✓ If you create your "tool's configuration" on the portal but you did not find them on Corebook, **please don't forget to actualize "Download unity referentiels"** (if Corebook already open) **AND** select them in "Create & Modify Mission"

✓ When synchronization is successful, this device **report a message "Successful synchronization to server"** (Step4) and Chief of Mission & PI & Core - curator will receive an e.mail with an URL of the mission

**Others important informations :**

The GPS **precision** of this device is around +/-4m. If you want a better precision, take point with a more precise GPS device and **report values in the Corebook** dedicated field (WGS84, Decimal Degrees).

On the **field**, data acquisition on **1 SINGLE MEDIA** (paper, tablet, GPS, echosounder, smartphone, ...) **does not guarantee** against information loss → the best way is to **get data on minimum 2 DIFFERENT MEDIA**

<figure><img src="image_14.png" /></figure>

<footnote>(1) Look in your registration Email or on the portal www.cybercarothèque.fr. (go to "Parameters -> Unity")</footnote>

<footnote>(2) On the portal www.cybercarothèque.fr. (go to "Parameters -> Tools")</footnote>

<footnote>(3) Control the version number on http://193.48.120.232:8080/corebook/</footnote>

<footnote>* Device develop by the French Equiper ANR-11-EgPK-0009-CLIMCOR</footnote>
Que peut-on faire avec le corebook ?

Une mission avec **differents types de prélèvements** (carottage ou échantillonnage

1

<figure><img src="image_15.png" /></figure>

SINGLE RUN CORING

Carotte composée d'un seul run en un point XY

Possibilité de carotter et visualiser spatialement la prise
d'une carotte sur un lieu, ou plusieurs lieux différents.

2

<figure><img src="image_16.png" /></figure>

MULTI RUNS CORING

Carotte composé de plusieurs runs en recouvrement

Carotte multi-run composé (ou pas) d'overlap multi-hole,
sur un ou plusieurs SITE d'un même lieu. Possibilité de

<figure><img src="image_17.png" /></figure>

SAMPLING

Echantillonnage discret lors de la mission

Collecte d'échantillons de type roche, sédiment, liquide, ...

La gérer des carottes, runs, sections et échantillons (Core management)

3

<figure><img src="image_18.png" /></figure>

CORE MANAGEMENT

Gestion des run et des sections réalisées

Possibilité de découper de run ou section en gardant la traçabilité des métadonnées « parent »

Le transfert des données vers la base de données :

Synchroniser les données vers le serveur de la Cyber-carothèque en vue de : (connexion WIFI nécessaire)

↔ Sauvegarder les données en cours de mission

↔ Compléter des informations sur votre mission (texte complémentaire, documents à joindre, ... voir Manuel « Cyber-carothèque nationale »)

↔ Définir si cette mission est publique ou privée (visible sur le portail)

↔ Valider la mission : création d'un PDF avec un DOI est assigné, création d'un identifiant unique internationale (IGSN).

DOWNLOAD CURRENT MISSION TO SERVER

<figure><img src="image_19.png" /></figure>

French Marine, Ice, Continental's cores :

TYPOLOGY for SCIENTIFIC CORE operated

05/2017

<figure><img src="image_20.png" /></figure>

<figure><img src="image_21.png" /></figure>
## Naviguer dans le Corebook :

### PANNEAU MOBILE LATERAL GAUCHE :

Le panneau latéral mobile est accessible via la plupart des écrans du Corebook.
Les fonctionnalités spécifiques sont toujours liées à l'écran en cours.

<figure><img src="image_22.png" /></figure>

**New mission** : permet de déclarer une nouvelle mission.

**Open mission** : ouvrir une mission existante.

→ **Vous ne pourrez ouvrir que des missions déjà existantes sur CETTE TABLETTE.**

**Modify mission logistic** (activé que si une mission est ouverte)

→ **Permet de modifier des éléments basiques liées à l'organisation de la mission en cours**

**Take a photo** : prend des photos rattachées à l'écran en cours :

- si écran Mission => photo rattachée à la mission : Idéal pour des photos généralistes.

- si écran Single-run => photos rattachée à la carotte single run,

- si écran Multi-run => photo rattachée uniquement à la carotte « pilote » ou au « Run »

- si écran Sampling => photo rattachée à l'échantillon discret

**Download referentials** : liste de référentiels provenant du serveur Cyber-C (Connection WIFI obligatoire)

- Unity code & French's Researcher

- Physiographic feature : liste d'environnement de prélèvement (SESAR/C2FN)

- Legacy's national cores* : visualisation des carottes déjà existantes (inventaires transmis par les laboratoires) ou carottage réalisé via la Cyber-C

Coring's tools : bibliothèque nationale de type d'outil de carottage

* uniquement pour les unités françaises

**Goto legacy cores** : permet de retourner sur une carotte synchronisée avec le portail de la Cyber-C.
(Recherche sur les noms de carottes et de personne)

→ **Seule les carottes « PUBLIQUE » sont visibles** (l'option de visibilité « Public/Privé » se gère lors de la validation de la mission dans le portail de la Cyber-C.

**Anchoring** : Assistance à l'ancrage pour les plateformes (lacustre ou côtière)

**Quit Corebook** : Toutes les manipulations & saisie dans les cases de saisie sont enregistrées automatiquement. Pour cela il suffit de passer d'une case à une autre, d'une fenêtre à une autre.

**Cette remarque n'est pas valable pour la fenêtre « CREER ou MODIFIER une MISSION »**

→ il faut VALIDER en bas de la fenêtre

IMPORTANT
## 1-CREER UNE « NEW MISSION » :

Les différents « acteurs potentiels » autour du Corebook :

<figure><img src="image_23.png" /></figure>

Principal Investigator

<figure><img src="image_24.png" /></figure>

Mission Manager

<figure><img src="image_25.png" /></figure>

Chief corer

<figure><img src="image_26.png" /></figure>

Participants

<figure><img src="image_27.png" /></figure>

**Mission name** * : NOM DE LA MISSION

Donner un nom COURT le plus explicite possible : NOMLIEU_ACRONYME_ANNEE

**Project name** : Si votre mission est rattaché à un projet (ANR, ERC,...)

⇒ donner le nom du projet le plus précis : ANRXXXX-2017-2020

- la première fois, le projet est enregistré en local : il est possible de le reselectionner.

- si vous avez plusieurs tablettes en circulation, préférez nommer les projets de la même façon d'une tablette à une autre.

**Tools' configuration** * : Selection des configurations crées sur le portail de la Cyber-C (synchronisées dans le référentiel de la tablette). Cf page suivante

**Principal Investigator** * : la personne responsable du prélèvement sur du long terme. C'est elle qui est en **charge du Corebook sur le terrain**.

- L'application permet de déclarer 1 seul PI à partir du Corebook. Un second PI pourra être rattaché à partir du site Web de la Cyber-C lors de la validation du Rapport de Mission (ex : le doctorant, un chercheur)

**Mission Manager** * : la personne en charge du bon déroulement technique et logistique de la mission (1 seule personne).

**Chief corer** : permet de déclarer 1 seul Chief corer à partir de l'annuaire synchronisé.

**Date of départure / Return date** : JJ et HH début et fin de la mission

**Participants** : Choisir dans l'annuaire

**Other participants** : Taper les informations manuelles OU si partage de connexion 4G, enregistrer-vous via le micro Google du clavier (transcription automatique)

**Remote Sensing / monitoring** : Indiquer si cette mission a fait l'objet d'autres activités connexes au carottage (Bathymétrie, SAR sonar, trappe à sédiment, sonde)

**AJOUT DE NOUVELLES PERSONNES** : les noms sont puisés dans l'annuaire synchronisé de la Cyber-C.

**Si vous ne trouvez pas la personne**, vous pouvez saisir un nouveau Nom/Prenom et Email (*)
=> une fenêtre de saisie apparaît lors de la validation d'un nom inconu

(*Email obligatoire)

<figure><img src="image_28.png" /></figure>
## 2- SELECTIONNER DES CONFIGURATIONS DE CAROTTIER

### ➔ Apres synchronisation du référentiel

- automatique à l'ouverture du Corebook (si wifi)

-ou via panneau latéral (« Download referentials » p 6)

**Note** : La création de carottier se fait exclusivement à partir du portail de la Cyber-C.

Pour créer des carottiers, des modules de carottiers et les configurations de carottier, CONSULTER le manuel spécifique :

« Démarrer la création de Carottiers sur la Cyber-C » LINK.

Les 3 modes de carottage
possible lors d'une mission
(page 4) :

- **-Single-run** (ou monorun) : souvent des carottiers gravitaire ne produisant qu'un seul run

- **-Multi-Run** : Carottage avec recouvrement

- **-Pilot** (pilotage d'un carottage multi-run)

Certaines configurations ne sont pas
adaptées à certain mode (en grisé)

<figure><img src="image_29.png" /></figure>

### Sélection des configurations nécessaire

à la mission **en cours** et pour chacun des modes de carottage.

(Ce choix permet la constitution de menu déroulant approprié dans les pages de carottage)

ENREGITREMENT

(en bas de page)
pour la mission en cours
<figure><img src="image_30.png" /></figure>

<figure><img src="image_31.png" /></figure>

# 1 CAS DU MODE DE CAROTTAGE « SINGLE RUN » :

<figure><img src="image_32.png" /></figure>

<figure><img src="image_33.png" /></figure>

**Location (coring site) :** nom du **lieu de carottage**.

Eléments textuel permettant d'identifier un lieu comme le nom d'un lac, un lieu-dit, un barrage ... **A définir par le PI**

Ex : - lac blanc du massif de Belledonne : BLANC BELLEDONNES

- lac blanc des Aiguilles Rouges : BLANC AIGUILLE ROUGE

- tourbière des Creusâtes : CREUSATES

Nb : Il peut y avoir plusieurs « location » différentes lors d'une même mission (cas de mission sur plusieurs jours en différents lieux. Lors des changements de lieu appuyer sur « NEW/CHANGE LOCATION » (réinitialisation du panneau « Create new singl-run »)

<figure><img src="image_34.png" /></figure>

**Location préfix code :** Code que portera en PEFIX toutes les carottes de cette location.

**A définir par le PI (code 6 LETTRES MAX)**

Ex : Lac du Bourget => BOURGET => prefix LDB

La rivière « La Leysse » => LEYSSE => LEY

Le Lac blanc du massif des Aiguilles Rouges => BLANC AIG ROUGE => BAR

La tourbière des Creusates => CREUSATES => CRE

<figure><img src="image_35.png" /></figure>

**Core number to create :** numéro **proposé** automatiquement en fonction des carottes portant déjà ce PREFIX dans la base Cyber-C dans **l'année en cours**. Dans l'exemple le carottage commencera par le single-run : XXX17-01.

Nb : Cette fonctionnalité d'assistance « à ne pas créer des carottes qui portent le même nom » est doublé par le fait qu'un ID interne à la BD et un IGSN (unique) seront assignés lors de la validation définitive de la mission pour chaque carotte dans le portail.

**Physiographic feature area :** Classification thématique du lieu en fonction d'où une opération est menée (classification SESAR et C2FN)

**Material :** Classification SESAR (sediment, Rock, soil, Ice, liquid,...)

**Repository :** Lieu prévisionnel de stockage pour les carottes prélevées dans cette « Location » au retour de cette mission ; remplir ces champs permet de remplir automatiquement pour chacune des carottes qui seront créés par la suite

Nb : possibilité de le changer manuellement ce 'repository', carotte par carotte si besoin.
## OPERATION DE CAROTAGE SINGLE-RUN :

Exemple d'un carottage au lieu dit 'La serraz' : le système renvoi qu'il existe déjà des carottes (2) avec le prefix SER en 2017 => il propose alors de commencer le carottage suivant à partir de la n°3.

Nb : le PI est libre de changer le nom complet si cela ne lui convient pas.

<figure><img src="image_36.png" /></figure>

<figure><img src="image_37.png" /></figure>

CAS particulier d'abandon d'une opération de carottage (cf page suivante)

**Name** : Proposition d'un nom automatique modifiable (Voir avec PI)

<figure><img src="image_38.png" /></figure>

## CODE NAME - YEAR - NUMERO

**Tool** : Liste des « configurations d'outil » choisi pour cette mission à partir de la liste e carottiers du référentiel OUTILS disponible dans le portail

**Outils dispo en oct 2017** : Uwitec gravitaire, Uwitec Piston, Russe 50/50, Russe 50/100, NesjeMALET. En prévision 'Cobra eijkelkamp' et 'Amaury'

Pour entrer un nouveau carottier, prendre contact avant la mission avec ups855.liste.climcorcyb@cnrs.fr

**Coordinates** : 2 possibilité pour entrer les points de coordonner des carottes :

* GPS Tablette, activer le GPS à l'avance afin de laisser le temps d'acquisition des positions satellites) +/-3 à 5m de précision selon les tablettes.

* ou saisir les points manuellement provenant d'un autre mode d'acquisition (Degré décimal WGS84)

<figure><img src="image_39.png" /></figure>

**Cap to cap lg** : Longueur du la carotte hors-tout (longueur du tube, bouchon compris)

<figure><img src="image_40.png" /></figure>

**Bathymetry (optionel)** : Profondeur bathymétrique à laquelle la carotte est prise (fond d'un lac, rivière, barrage, estuaire, ...)

**Repository** :

**Environnement zone** :

Remplissage AUTO en provenance écran précédent

⇒ Possibilité de le modifier au cas par cas selon les carottes

**Zone type** :

**Material** :
## CAS particulier d'abandon d'une opération de carottage :
« **HOLE FAILED** »

<figure><img src="image_41.png" /></figure>

Cas ou un carottier a été lancé est ou l'on s'aperçoit à la remontée

<figure><img src="image_42.png" /></figure>

### ➔ **En cas d'échec de carottage :**

Deux options :

○ le PI **ne souhaite pas** garder l'information d'échec : il change de secteur est reprend un point GPS dans le nouveau secteur sur le nom de carotte en cours.
=> Aucune trace de l'échec est gardé en mémoire.

○ le PI **souhaite garder l'information d'échec** (uniquement si point GPS est acquit) afin de garder par exemple un trace d'un secteur non carotable (ex tube cassée par le présence de cailloux).

Dans ce cas il peut :

- noter une remarque associé au run via le panneau mobile de gauche *

- appuyer sur **HOLE FAILED** : la carotte sera notée : **NOM CAROTTE-N°carotte-NUL**

↔ Elle apparaîtra dans la liste de carottage du Corebook, dans le rapport de mission.

↔ La carotte suivant portera le numéro précédant afin de ne pas créer des carottes fantômes dans la collecte

## MENU ACTION sur 1 RUN : Cliquer sur le nom d'un carotte OU sur le schéma d'un RUN pour l'ouverture du panneau latéral

<figure><img src="image_43.png" /></figure>

<figure><img src="image_44.png" /></figure>

- **Change location** : changer de lieu, revenir au menu de description générique des métadonnées du lieu de carottage pour un créer un nouveau

- **Edit remarks [0]** : saisie d'un commentaire rattaché au run sélectionné. Un commentaire par Run. Le **numéro** correspond on nombre de remarques enregistrées.

- **Record remarks [0]** : enregistrement vocal. Le **numéro** correspond on nombre d'enregistrements vocaux.

- **Take Photos [0]** : Prendre un photo rattachée au run. Le **numéro** correspond on nombre de photos prises.

- **Cut this run** : Cf §3 p15

- **Delete this RUN** : possibilité de supprimer le DERNIER RUN

- **Abord this Run** : Pour garder une trace de la tentative de carottage (sans pour autant obtenir une carotte)

- **Delete this RUN** : possibilité
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MULTI RUNS CORING

<figure><img src="image_46.png" /></figure>

## 2 CAS DU MODE DE CAROTTAGE en « MULTI-RUN »

en plusieurs étapes :

1. Information générique sur la localisation du carottage, code du site de carottage, ...

<figure><img src="image_47.png" /></figure>

- **Location name** : Nom explicite ou officielle du lieu de carottage (Consulter la base de lieu www.geonames.org)

(Voir avec PI)

- **Location Coordinates** : Appuyer pour collecter un point GPS automatique // OU // Saisir les valeurs Lat Long

<figure><img src="image_48.png" /></figure>

- **Location prefix code** : en LETTRE et/ou CHIFFRE, cela sera le prefixe automatique appliqué à chaque carotte

(NB : ne pas mettre l'année, elle sera automatique)

- **Coring Site** : c'est le numéro de SITE (en chiffre romain) sur la localisation défini ci-dessus. L'incrémentation du Site est faite automatiquement en fonction des sites (de cette localisation), déjà enregistrés dans la Cyber-C.

(NB : L'année est automatique)

- **Physiographic feature area** : 2 niveaux de description générique de la localisation (vocabulaire contrôlé)

- **Material** : nature du matériel prélevé (vocabulaire contrôlé)

- **Repository** : code unité (login) par defaud mais celui-ci peut être modifié par un autre code unité (officiel Cyber-c) ou un nom de laboratoire

- **Bathymetry (m)** : saisir la valeur de la profondeur (en mètre) à laquelle la future carotte multirun du site en cours va être réalisée
# PLAN OF CORING

## Create a "Pilot core" to drive a Multi-Run sequence

<figure><img src="image_49.png" /></figure>

### 3- NEW PILOT (optionel) =

Création de la carotte d'interface « pilote » pour « piloter » le 1er RUN d'un Trou.

Nb : Utiliser principalement pour les carottages avec les outils « Uwitec ».

<figure><img src="image_50.png" /></figure>

- Top_top_sedi_to wire * (cm) : Distance allant du sommet du sédiment dans la carotte pilote à la jonction entre le carottier et le câble. Cette distance est mesurée lors de la sortie de l'eau de la carotte pilote et servira à calculer le décalage du câble pour le premier run.

- Sediment Lenght * (cm) : saisir la longueur du sédiment dans le tube

- Cap to Cap lenght * (cm) : saisir la Longueur du tube (run) hors-tout en cm (mousse et bouchons compris)

<figure><img src="image_51.png" /></figure>
### 4- NEW RUN = Création d'un nouveau Run dans un MEME TROU

<figure><img src="image_52.png" /></figure>

MENU ACTION sur 1 RUN :
Cliquier sur le nom d'un carotte
OU sur le schéma d'un RUN
pour l'ouverture du panneau latéral

- Edit remarks [0] : saisie d'un commentaire rattaché au run sélectionné. Un commentaire par Run. Le [numéro] correspond on nombre de remarques enregistrées.

- Record remarks [0] : enregistrement vocal. Le [numéro] correspond on nombre d'enregistrements vocaux.

- Take Photos [0] : Prendre un photo rattachée au run. Le [numéro] correspond on nombre de photos prises.

- Cut this run : Cf §3 p15

- Delete this RUN : possibilité de supprimer le DERNIER RUN

- Abord this Run : Pour garder une trace de la tentative de carottage (sans pour autant obtenir une carotte)

<table><tr><td>suggested_shift *</td><td>Proposition dépendant du carottier choisi. Il est calculé automatiquement à partir des variables fixes du carottier choisi pour le run N (et des valeurs saisies caractérisant le run N-1 à partir du Run 2).<br/>Le "shift" désigne le décalage du répère de déroulement du câble du piston par rapport à sa position lors du prélèvement (appelé "run") précédent. Le shift suggéré, ou "suggested shift", est proposé à l'opérateur pour l'aider à positionner le piston pour réaliser un run.</td></tr><tr><td>shift *</td><td>(Saisie libre) Le "shift" désigne le décalage du répère de déroulement du câble du piston par rapport à sa position lors du prélèvement (appelé "run") précédent. Par défaut, il s'agit du "suggested shift", mais la case "shift" peut être modifiée par l'opérateur si le "suggested shift" ne convient pas (ie décalage du run si nécessaire) ou n'a pas pu être calculé.</td></tr><tr><td>l_water *</td><td>Distance, généralement remplie d'eau, entre le sommet du tube de carottage et l'interface eau-sédiment (1er run seulement, après 0) / (Multirun exclusivement)</td></tr><tr><td>l_lost_bottom *</td><td>Longueur de la perte de sédiment dans le bas du tube, correspond à la distance entre la base du sédiment et la base du tube (Multirun exclusivement)</td></tr><tr><td>L Material (CB) = l_sedi (XML) *</td><td>Longueur du sédiment effectivement présent dans le tube lors de son extraction. Elle est calculée à partir des paramètres fixes du carottier auxquelles sont retranchées les pertes liées à la présence d'eau au sommet (lost water) et à la fuite de sédiment à la base du tube (Multirun exclusivement)</td></tr><tr><td>CapToCap (CB) = l_final (XML) *</td><td>Longueur du tube (run) hors-tout en cm (mousse et bouchons compris)</td></tr><tr><td>Z Top material (CB) = z_top_sedi</td><td>Distance séparant in-situ le sommet de l'échantillon de l'interface eau-sédiment (Multirun exclusivement). Profondeur "top" sediment (champ calculé automatiquement)</td></tr><tr><td>Z Bot material (CB) = z_bottom_sedi</td><td>Distance séparant in-situ la base de l'échantillon de l'interface eau-sédiment (Multirun exclusivement) Profondeur du "bottom" sediment (champ calculé automatiquement)</td></tr><tr><td>z_bottom_liner</td><td>Distance séparant in-situ la base du tube de récupération de la carotte (souvent appelé "liner") de l'interface eau-sédiment à la fin de la réalisation d'un run de prélèvement. (champ calculé automatiquement)</td></tr><tr><td>z_bottom_run</td><td>Distance séparant in-situ la base du carottier de l'interface eau-sédiment à la fin de la réalisation d'un run de prélèvement. (champ calculé automatiquement)</td></tr><tr><td>z_piston</td><td>Distance séparant in-situ la base du piston de l'interface eau-sédiment au cours de la réalisation d'un run de prélèvement. (champ calculé automatiquement)</td></tr><tr><td>CoreCatcher Sample</td><td>Case à cocher si on prélève le sédiment dans le CoreCatcher du dernier RUN du trou</td></tr></table>
5- NEW RUN = Passage du RUN 1 au RUN 2

<figure><img src="image_53.png" /></figure>

→ Création d'un nouveau Run dans un **MEME TROU** : schéma ci-contre

<figure><img src="image_54.png" /></figure>

<figure><img src="image_55.png" /></figure>

Panneau latéral gauche

CoreBook Z3.5

UMR5204 : Mission TEST LAU

<figure><img src="image_56.png" /></figure>

Change Location

<figure><img src="image_57.png" /></figure>

New hole (overlap of previous)

<figure><img src="image_58.png" /></figure>

New coring site on same location

<figure><img src="image_59.png" /></figure>

Record sample(s)

<figure><img src="image_60.png" /></figure>

Single run menu

<figure><img src="image_61.png" /></figure>

Goto legacy core

<figure><img src="image_62.png" /></figure>

Anchoring

6- **CHANGEMENT DE TROU** pour assurer le recouvrement du carottage

<figure><img src="image_63.png" /></figure>

→ Création d'un **nouveau TROU** (menu éphémère indiquant le changement

de trou)

7- **CHANGEMENT DE SITE** sur un même lieu

→ Création d'un nouveau site de carottage sur un même lieu géographique (un lac, un estuaire, ...) : **SITE II**

<figure><img src="image_64.png" /></figure>

→ Nouveau Point GPS :
lors du 1er RUN du TROU A

<figure><img src="image_65.png" /></figure>

NB :

-REPOSITRORY : non modifiable

-BATHYMETRIE : pas possible de saisir

=> saisir la nouvelle valeur en REMARQUE du RUN 1

<figure><img src="image_66.png" /></figure>

CNRS

PLAN OF CORING

UWITEC Niederreiter
Piston Corer

Same HOLE
RUN 1 to RUN 2

<figure><img src="image_67.png" /></figure>

<figure><img src="image_68.png" /></figure>
# 3 CORE MANAGEMENT

<figure><img src="image_69.png" /></figure>

CORE MANAGEMENT

## 1-CUT A RUN : découpe d'un Run ➔ Section

* **Bonnes raisons de découper un run :**

- faciliter le transport des carottes sur le terrain

- faciliter le stockage des carottes à la cartothèque

- permettre leurs analyses sur des instruments

* **Quand le faire ?** La découpe de Run intervient en cours de mission ou en fin de mission selon la logistique ou la difficulté du carottage

* **Qui le fait ?** C'est toujours le PI de la carotte qui décide de la profondeur de découpe d'un run

* **Pourquoi le faire à partir du Corebook (avant de finaliser la mission) ?**
  Afin d'avoir la liste exhaustive de tous les prélèvements, leurs profondeurs, des codifications correctes et l'ensemble des métadonnées de carottage rattachées à chaque run et section

<figure><img src="image_70.png" /></figure>

Run decoupé
dans le HOLE A →

Carotte
précédente dans
le recouvrement
(HOLE B)

Pour les Run long, possibilité
de découper à longueur fixe
## 2-LISTE DES CAROTTES (Menu Multi-Run)

Liste de l'ensemble des carottes avec leurs découpes.

- Tout les sites d'un même lieu sont listés

- Tout les lieux différents d'une même mission sont listés

<figure><img src="image_71.png" /></figure>
# 4 Sauvegarde et Synchronisation vers le serveur Cyber-C

## 1-a : Sauvegarde en cours de mission (COPIE/COLLER) :

Sauvegarde du dossier RM DATA sur votre tablette vers votre PC **en fin de journée** de terrain.

* En cas de perte/casse de la tablette lors de votre mission, la réinstallation du dossier RMDATA permet de **réouvrir la mission en cours** sur une autre tablette.

* Qui est responsable de cette opération ?

<figure><img src="image_72.png" /></figure>

## 1-b : Sauvegarde en fin de mission (COPIE/COLLER) :

Archiver votre dossier RM DATA **régulièrement** vers un serveur sauvegardé au long des années.

* En cas de perte/casse de la tablette au cours des années a venir, la réinstallation du dossier RMDATA permet **de ré-ouvrir toutes les missions présentes sur la tablette perdue** vers la nouvelle tablette.

* Qui est responsable de cette opération ?

<figure><img src="image_73.png" /></figure>

<figure><img src="image_74.png" /></figure>

**Responsable de SA/LA tablette :**
PI (si tablette perso)
ou
Curateur ou Responsable « Plateforme Terrain »
(si tablette collective)
## 2- Synchronisation de la tablette en court de mission (WIFI) :

### ➔ 1- Envoi des données de la mission en fin de chaque journée
Réception d'un mail de confirmation pour chaque synchronisation réussie
(aux PI, Chef Mission et Curateur de votre unité)

<figure><img src="image_75.png" /></figure>

When synchronization is successful, this device report a message "Successful synchronization to server" (Step4) and Chief of Mission & PI & Core - curator will receive an e.mail with an URL of the mission

Last succesfull upload : 2021/09/09 16:59.

Upload mission to server ?

CANCEL YES

### ➔ 2- les données sont immédiatement visibles sur le portail
- en consultation sur le portail cartographique
- sur votre Tableau bord dans « MES MISSIONS »
 login et mots passe nécessaire).

Toutes les synchronisations apparaissent sur votre tableau de bord. Elles portent le même nom mais on des heures différentes de synchronisation.

### ➔ 3- En fin de mission, le PI SUPPRIME les synchronisations antérieures à la dernière version synchronisée (complète)
pour ne garder qu'une seule mission visible
Nb : le curateur de votre unité peut intervenir sur cette action

**STEP 4 : During the field-trip, you can saved your mission only if you press on the button " UPLOAD TO THE SERVER" (do it as many time as you want).**

(1) Look in your registration Email or on the portal www.cybercarothèque.fr (go to "Parameters -> Unity")

(2) On the portal www.cybercarothèque.fr (go to "Parameters -> Tools")

(3) Control the version number on http://193.48.120.232:8080/corebook/

<figure><img src="image_76.png" /></figure>

<figure><img src="image_77.png" /></figure>

<figure><img src="image_78.png" /></figure>

Modifier ma mission
(non fonctionnel en 2021)

Afficher sa
mission

Supprimer
cette mission
## **RECAPITULATIF**
pour le bon démarrage de
l'utilisation du **Corebook**

<figure><img src="image_79.png" /></figure>

<figure><img src="image_80.png" /></figure>

<figure><img src="image_81.png" /></figure>

Read
Me

<figure><img src="image_82.png" /></figure>

**IMPORTANT:**
Before You Continue...

**HELP!**

In case of
problem or
question,
please contact

support@cyber
carothèque.fr

**USER ! Welcome in the Corebook***

The device to help you coring & collecting data directly from
the field.

**TO USE THIS DEVICE**, follow the steps **before** and during
the field-trip :

**STEP 1** : You need **your UNITY CODE** to start with this device. **At the end**, if you don't use your good unity code, **you could not upload & save** you data to the portal (1).

**STEP 2** : Don't forget **to create your 'tool's configuration' in the Portal** (2) and **select them** on the Corebook in **"Create & Modify Mission"**.

**STEP 3** : Always **verify** you have download the **LAST VERSION** on your device. If you don't use the right version, **you could not upload & save** you data on the portal (3).

**STEP 4** : **During the field-trip**, you can **saved your mission** only if you **press** on the button **"** **DOWNLOAD TO THE SERVER**"** (do it as many time as you want).

**FAQ : Please keep in mind that :**

✓ If you don't find your(s) old mission(s), **be careful when typing your register Unity code** (a mission is **always attached** with your register Unity Code)

✓ If you create your "tool's configuration" on the portal but you did not find them on Corebook, **please don't forget to actualize "Download unity referentiels"** (if Corebook already open) **AND** select them in "Create & Modify Mission"

✓ When synchronization is successful, this device **report a message "Successful synchronization to server"** (Step4) and Chief of Mission & PI & Core - curator will receive an e.mail with an URL of the mission

<figure><img src="image_83.png" /></figure>

**Others important informations :**

The GPS **precision** of this device is around +/-4m. If you want a better precision, take point with a more precise GPS device and **report values in the Corebook** dedicated field (WGS84, Decimal Degrees).

✓ On the **field**, data acquisition on **1 SINGLE MEDIA** (paper, tablet, GPS, echosounder, smartphone, ...) **does not guarantee** against information loss → the best way is to **get data on minimum 2 DIFFERENTS MEDIA**

<figure><img src="image_84.png" /></figure>

<footnote>(1) Look in your registration Email or on the portal www.cybercarothèque.fr (go to "Parameters -> Unity")</footnote>

<footnote>(2) On the portal www.cybercarothèque.fr (go to "Parameters -> Tools")</footnote>

<footnote>(3) Control the version number on http://193.48.120.232:8080/corebook/</footnote>

<footnote>* Device develop by the French Equipex ANR-11-EPX-0009-CLIMCOR</footnote>