# Unité hydrographique Serein (Sam.5). Fiche de synthèse sur la flore et les végétations aquatiques

Romain Berger

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Romain Berger. Unité hydrographique Serein (Sam.5). Fiche de synthèse sur la flore et les végétations aquatiques. Conservatoire botanique national du Bassin parisien; Muséum national d'Histoire naturelle. Paris. 2019, 10 p. mnhn-05125912

HAL Id: mnhn-05125912

https://mnhn.hal.science/mnhn-05125912v1

Submitted on 23 Jun 2025

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# Unité hydrographique Serein (Sam.5)
## Présentation

<figure><img src="image_2.png" /><figcaption>Carte de présentation de l'UH du Serein</figcaption></figure>

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<table><tr><td rowspan="10">CARACTÉRISTIQUES DE L'UNITÉ</td><td>Superficie</td><td>1 365 km²</td></tr><tr><td>Population</td><td>31 000 hab.</td></tr><tr><td>Principaux cours d'eau</td><td>Serein</td></tr><tr><td>Source(s)</td><td>Beurey-Bauguay (21) pour le Serein</td></tr><tr><td>Linéaire de cours d'eau</td><td>807 km (dont 188 km pour le Serein)</td></tr><tr><td>Surface en eau</td><td>543 ha</td></tr><tr><td>Confluence</td><td>Avec l'Yonne à Bonnard (89)</td></tr><tr><td>Région(s) administrative(s)</td><td>Bourgogne (Bourgogne-Franche-Comté)</td></tr><tr><td>Département(s)</td><td>Côte-d'Or (21), Yonne (89)</td></tr><tr><td>SAGE</td><td>Non mis en œuvre</td></tr></table>

**Référence** : BERGER R. 2019. Unité hydrographique Serein (Sam.5). Fiche de synthèse sur la flore et les végétations aquatiques. CBNBP-MNHN / AESN, 10p.

Le rapport sur le protocole d'échantillonnage et la notice de lecture des fiches de synthèse du programme d'inventaire des macrophytes du bassin de la Seine sur le territoire du CBNBP sont consultables sur :
http://www.eau-seine-normandie.fr/domaines-d-actions/etudes/18ECOL01

Herbiers rhéophiles dans le Serein à Guillon (89)

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# Unité hydrographique Serein (Sam.5)
## Jeu de données aquatiques

<figure><img src="image_5.png" /><figcaption>Carte de répartition des zones prospectées</figcaption></figure>

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Avec 383 relevés pour 1302 données floristiques et 255 données de végétations, l'UH a été largement prospectée. L'échantillonnage est assez homogène hormis sur la partie centrale de l'UH dans le Tonnerrois, où les relevés sont essentiellement localisés dans le lit majeur du Serein. En 2018, les prospections se sont concentrées sur la partie icaunaise de l'UH afin de pallier le manque important de données pour les végétations aquatiques, alors que la partie côte-d'orienne disposait déjà de données récentes.

Les prospections de 2018 ont permis de compléter le jeu de données à hauteur de 180 relevés pour 774 données floristiques (59 % des données) et 183 données de végétations (72 % des données), avec 21 % d'espèces nouvelles et 39 % d'associations nouvelles pour l'UH. Les prospections infructueuses sont surtout dues à la non-accessibilité, en particulier des plans d'eau et à l'absence de taxons aquatiques dans les masses d'eau.

<table><thead><tr><th></th><th>TOTAL FLORE</th><th>VASCULAIRES</th><th>BRYOPHYTES</th><th>CHAROPHYTES</th><th>VÉGETATIONS</th></tr></thead><tbody><tr><td>Espèces / associations observées</td><td>62</td><td>40</td><td>14</td><td>6</td><td>23</td></tr><tr><td>Espèces / associations nouvelles (2018)</td><td>13</td><td>7</td><td>2</td><td>3</td><td>9</td></tr><tr><td>Données d'espèces / associations</td><td>1259</td><td>910</td><td>300</td><td>40</td><td>153</td></tr><tr><td>Espèces / associations menacées ou patrimoniales</td><td>17</td><td>8</td><td>8</td><td>1</td><td>23</td></tr><tr><td>Espèces protégées</td><td>3</td><td>2 en Bou et 1 PN</td><td>-</td><td>-</td><td>-</td></tr><tr><td>Données d'espèces / végétations patrimoniales</td><td>94</td><td>23</td><td>68</td><td>3</td><td>224</td></tr><tr><td>Espèces exotiques envahissantes</td><td>2</td><td>2</td><td>-</td><td>-</td><td>-</td></tr><tr><td>Données d'espèces exotiques envahissantes</td><td>24</td><td>24</td><td>-</td><td>-</td><td>-</td></tr><tr><td>Relevés flore / végétation</td><td></td><td>297</td><td></td><td></td><td>86</td></tr></tbody></table>

Jeu de données basé sur des observations géolocalisées depuis 2000
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eau
seine
NORMANDIE

Agence de l'eau
Établissement public de l'Etat

# Unité hydrographique
## Serein (Sam.5)
### Synthèse floristique

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<figure><img src="image_13.png" /><figcaption>Carte de répartition du nombre de données aquatiques par maille 5 km x 5 km</figcaption></figure>

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Légende

Nombre de données aquatiques

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0

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1-20

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21-40

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41-60

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≥ 61

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Cours d'eau

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Plans d'eau

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Limite UH

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Limite départementale

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Limite régionale

Les secteurs les plus riches en espèces aquatiques sont répartis sur la vallée du Serein avec une plus grande diversité sur le tiers aval entre Noyers et Bonnard (89). Cette richesse est liée aux nombreuses annexes alluviales augmentant ainsi la diversité en habitats aquatiques. La partie amont de l'UH (Côte-d'Or) correspondant au Bas Morvan, à l'Auxois et à la Terre Plaine, reste assez riche en taxons grâce à la présence de nombreux plans d'eau (mares, étangs...).

Cependant, cette partie a été moins prospectée en 2018 notamment en raison de l'étiage sévère estival, qui explique ainsi le nombre de données plus faible que sur la partie aval. En dehors de ces secteurs, on observe une absence de taxons aquatiques sur le Plateau avallonnais, le Tonnerrois et le Chablisien qui sont essentiellement occupées par de grandes cultures et de la viticulture et dépourvus de milieux aquatiques.

<figure><img src="image_26.png" /><figcaption>Carte de répartition du nombre d'espèces aquatiques par maille 5 km x 5 km</figcaption></figure>

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Légende

Nombre d'espèces aquatiques

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0

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1-10

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11-20

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21-30

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Cours d'eau

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Plans d'eau

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Limite UH

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Limite départementale

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Limite régionale
# Unité hydrographique Serein (Sam.5)
## Flore patrimoniale

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<table><thead><tr><th>Taxon</th><th>Nom français</th><th>Fréq. %</th><th>LRR</th><th>Prot.</th><th>Dernière mention</th><th>Écologie locale</th><th>Répartition UH</th></tr></thead><tbody><tr><td colspan="8" style="text-align: center; font-weight: bold;">VASCULAIRES</td></tr><tr><td>Luronium natans</td><td>Flûteau na-geant</td><td>1,5</td><td>CR</td><td>PN</td><td>2011</td><td>Eaux stagnantes oligotrophes, tourbeuses, acides</td><td>Saulieu (21)</td></tr><tr><td>Utricularia minor</td><td>Petite utriculaire</td><td>0,3</td><td>CR</td><td></td><td>1977</td><td>-</td><td>La Roche-en-Brenil (21)</td></tr><tr><td>Utricularia vulgaris</td><td>Utriculaire vulgaire</td><td>2,1</td><td>CR</td><td></td><td>1910</td><td>-</td><td>Saulieu, Vic-sous-Thil (21)</td></tr><tr><td>Potamogeton acutifolius</td><td>Potamot à feuilles aiguès</td><td>0,6</td><td>EN</td><td></td><td>2018*</td><td>Eaux stagnantes ou faiblement courantes, mésotrophes, légèrement basiques en contexte alluvial</td><td>Disséminé</td></tr><tr><td>Myriophyllum alterniflorum</td><td>Myriophylle à feuilles alternes</td><td>0,9</td><td>EN</td><td>PR Bou</td><td>2013</td><td>Eaux stagnantes, oligotrophes à mé-sotrophes, acides en contexte forestier</td><td>La Roche-en-Brenil (21)</td></tr><tr><td>Potamogeton obtusifolius</td><td>Potamot à feuilles obtuses</td><td>1,0</td><td>EN</td><td></td><td>2003</td><td>Eaux stagnantes peu profondes, oligotrophes à mé-sotrophes, légèrement acides</td><td>La Roche-en-Brenil (21)</td></tr><tr><td>Potamogeton gramineus</td><td>Potamot à feuilles de gra-minée</td><td>1,2</td><td>EN</td><td></td><td>1910</td><td>-</td><td>Liernais (21)</td></tr><tr><td>Lemna gibba</td><td>Lentille d'eau bossue</td><td>1,9</td><td>VU</td><td></td><td>2018</td><td>Eaux stagnantes, peu profondes, eutrophes en cours d'eau et mares</td><td>Saint-André-en-Terre-Plaine, Beau-mont (89)</td></tr><tr><td>Potamogeton lucens</td><td>Potamot luisant</td><td>6,8</td><td>VU</td><td></td><td>2018</td><td>Eaux stagnantes à peu courantes, plus ou moins profondes, méso-eutrophes à eutrophes</td><td>Disséminé</td></tr><tr><td>Wolfia arrhiza</td><td>Lentille d'eau sans racine</td><td>0,7</td><td>VU</td><td></td><td>2018*</td><td>Eaux stagnantes peu profondes, eutrophes à hyper-eutrophes, en contexte alluvial</td><td>Trévilly (89)</td></tr><tr><td>Hottonia palustris</td><td>Hottonie des marais</td><td>4,2</td><td>LC</td><td>PR Bou</td><td>2012</td><td>Eaux stagnantes à exondation estivale, dans une mare prairie ombragée</td><td>Chablis (89)</td></tr></tbody></table>
# Unité hydrographique
## Serein (Sam.5)
### Flore patrimoniale

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<table><thead><tr><th>Taxon</th><th>Nom français</th><th>Fréq. %</th><th>Dernière mention</th><th>Écologie locale</th><th>Répartition UH</th></tr></thead><tbody><tr><td colspan="6"><strong>BRYOPHYTES</strong></td></tr><tr><td>Cinclidotus danubicus</td><td></td><td>0.2</td><td>2018</td><td>Rochers et substrats artificiels longuement immergés des eaux courantes, mésotrophes à eutrophes, neutres à basiques</td><td>Fréquent sur la moitié aval du Serein (89). Rare en 21</td></tr><tr><td>Cinclidotus riparius</td><td></td><td>0.3</td><td>2018</td><td>Rochers longuement immergés des eaux courantes, mésotrophes à eutrophes, neutres à basiques</td><td>Assez fréquent sur la moitié aval du Serein (89). Rare en 21</td></tr><tr><td>Fissidens fontanus</td><td></td><td>0.1</td><td>2018</td><td>Rochers et substrats artificiels toujours immergés des eaux courantes, eutrophes, basiques</td><td>Assez fréquent sur la partie aval du Serein (89)</td></tr><tr><td>Hygroamblystegium fluviatile</td><td></td><td>0.3</td><td>2018</td><td>Rochers et racines d'arbres partiellement immergés des eaux courantes, mésotrophes</td><td>Disséminé</td></tr><tr><td>Hygroamblystegium tenax</td><td></td><td>0.2</td><td>2018</td><td>Rochers et racines d'arbres partiellement immergés des eaux courantes ou de sources, oligomésotrophes à mésotrophes</td><td>Thoste (21). Saint-André-en-Terre-Plaine (89)</td></tr><tr><td>Porella cordaeana</td><td></td><td>0.0</td><td>2018*</td><td>Rochers et racines d'arbres partiellement immergés des eaux courantes, oligotrophes, acides</td><td>Thoisy-la-Berchère (21)</td></tr><tr><td>Porella pinnata</td><td></td><td>0.1</td><td>2018*</td><td>Rochers immergés des eaux courantes, mésotrophes, acides</td><td>Sincey-lès-Rouvray (21)</td></tr><tr><td>Fontinalis squamosa</td><td></td><td>0.2</td><td>2010</td><td>Rochers immergés des eaux courantes, mésotrophes, acides</td><td>Courcelles-Frémoy (21)</td></tr><tr><td>Racomitrium aciculare</td><td></td><td>0.2</td><td>1952</td><td>-</td><td>Saulieu (21)</td></tr><tr><td>Cinclidotus aquaticus</td><td></td><td>-</td><td>1898</td><td>-</td><td>Saulieu (21)</td></tr><tr><td colspan="6"><strong>CHAROPHYTES</strong></td></tr><tr><td>Nitella capillaris</td><td>Nitelle capillaire</td><td>0.2</td><td>2018</td><td>Eaux stagnantes, peu profondes, mésotrophes, basiques</td><td>Chablis, La Chapelle-Vaupelteigne (89)</td></tr></tbody></table>

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Palamogeton obtusifolius © S. FILOCHE / MNHN-CENBP

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Luronium natans © F. PERRIAT / MNHN-CENBP

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Cinclidotus danubicus © R. BERGER / MNHN-CENBP
# Unité hydrographique Serein (Sam.5)
## Synthèse sur les végétations

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<figure><img src="image_46.png" /><figcaption>Carte de répartition du nombre de données de végétations aquatiques par maille 5 km x 5 km</figcaption></figure>

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Le Serein est une unité hydrographique hétérogène au niveau de sa diversité en végétations aquatiques. Elle comprend des secteurs riches en végétations aquatiques avec des communautés bien développées sur le lit majeur du Serein, mais également dans les secteurs avec d'importants réseaux de mares et d'étangs comme en

Champagne humide, en Terre Plaine et dans le Bas Morvan. En dehors des vallées alluviales, la diversité en végétations aquatiques chute fortement jusqu'à devenir inexistante ; les plateaux étant occupés par de grandes cultures et les versants des collines du Chablisien par de la viticulture, et où les eaux de surfaces sont naturellement absentes.

<figure><img src="image_49.png" /><figcaption>Carte de répartition du nombre d'associations aquatiques par maille 5 km x 5 km</figcaption></figure>
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# Unité hydrographique Serein (Sam.5)
## Végétations patrimoniales

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<table><thead><tr><td>Alliance phytosociologique</td><td>Nom français</td><td>Fréq. %</td><td>Stat.</td><td>Répartition UH</td></tr></thead><tbody><tr><td>Nitellion syncarpo - tenuissimae</td><td>Herbiers de characées des eaux douces neutres à neutro-alcalines</td><td>0.4</td><td>ZNIEFF Bou, DHFF</td><td>Chablis (89)</td></tr><tr><td>Charion fragilis</td><td>Herbiers de characées des eaux douces permanentes carbonatées</td><td>1.1</td><td>ZNIEFF Bou, DHFF</td><td>La Chapelle-Vaupelteigne, Ligny-le-Châtel (89)</td></tr><tr><td>Lemno trisulcae - Salvinion natantis</td><td>Herbiers aquatiques mésotrophiles à lentilles d'eau</td><td>2.1</td><td>ZNIEFF Bou, DHFF</td><td>Disséminé</td></tr><tr><td>Charion vulgaris</td><td>Herbiers de characées des eaux douces temporaires carbonatées</td><td>2.5</td><td>ZNIEFF Bou, DHFF</td><td>Assez fréquent</td></tr><tr><td>Hydrocharition morsus-ranae</td><td>Herbiers aquatiques de grandes plantes flottantes</td><td>4.4</td><td>ZNIEFF Bou, DHFF</td><td>Champagne humide (89)</td></tr><tr><td>Ranunculion aquatilis</td><td>Herbiers des eaux calmes peu profondes</td><td>5.3</td><td>ZNIEFF Bou</td><td>Assez fréquent</td></tr><tr><td>Batrachion fluitantis</td><td>Herbiers des eaux courantes</td><td>8.8</td><td>ZNIEFF Bou, DHFF</td><td>Fréquent sur le Serein (89/21) mais surtout sous forme dégradée</td></tr><tr><td>Nymphaeion albae</td><td>Herbiers évolués à plantes à feuilles flottantes des eaux calmes et stagnantes mésotrophes à eutrophes</td><td>9.3</td><td>ZNIEFF Bou</td><td>Fréquent sur le Serein (89/21)</td></tr><tr><td>Potamion pectinati</td><td>Herbiers pionniers de plantes immergées des eaux calmes mésotrophes à eutrophes</td><td>10.1</td><td>ZNIEFF Bou, DHFF</td><td>Assez fréquent</td></tr><tr><td>Lemnion minoris</td><td>Herbiers aquatiques eutrophiles à lentilles d'eau</td><td>10.2</td><td>ZNIEFF Bou, DHFF</td><td>Assez fréquent</td></tr></tbody></table>

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Nymphaeetum albo-luteae, association du Nymphaeion albae, sur le Serein à Vic-de-Chassenay (21)

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Sparganio simplicis - Ranunculetum fluitantis, association du Batrachion fluitantis, sur le Serein à Vieux-Château (21)

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# Unité hydrographique Serein (Sam.5)
## Secteurs à enjeux

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### Carte de répartition du nombre d'espèces et d'alliances patrimoniales par maille 1 km x 1 km

N

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BOURGOGNE

Légende

Nombre d'espèces et d'alliances patrimoniales

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Cours d'eau

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Plans d'eau

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Limite UH

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Limite départementale

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Limite régionale

©IGN *BDTopo 2014 © AESN
©CBNBP/MNHN - Février 2019

Les secteurs à fort enjeu sur l'unité se concentrent principalement sur le tiers aval du Serein et ses annexes, entre Annay-sur-Serein et Beaumont (89), ainsi qu'à l'extrémité sud de l'UH, dans l'Auxois, correspondant à un réseau de mares prairiales. Aucun ne semble bénéficier d'un statut de gestion ou de protection.

Sur le reste de l'unité, quelques autres secteurs ressortent avec une importance modérée, se situant majoritairement sur le lit majeur des cours d'eau sur l'ensemble de l'UH ou dans des réseaux de mares prairiales hors système alluvial principalement dans le Bas Morvan et la Terre Plaine.

Un des principaux secteurs à enjeux de l'UH, vue d'ensemble d'un méandre du Serein avec ses annexes alluviales (La Chapelle-Vaupelteigne, 89)

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# Unité hydrographique Serein (Sam.5)
## Flore exotique envahissante

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<table><thead><tr><th>Taxon</th><th>Nom français</th><th>Fréq. %</th><th>Inv.</th><th>Dernière mention</th><th>Écologie locale</th><th>Répartition UH</th></tr></thead><tbody><tr><td colspan="7" style="text-align: center; font-weight: bold;">VASCULAIRES</td></tr><tr><td>Elodea canadensis</td><td>Élodée du Canada</td><td>11.7</td><td>Avérée II</td><td>2018</td><td>Eaux stagnantes à peu courantes, eutrophes, en contexte alluvial</td><td>Disséminé sur le Serein (89/21), mais plus fréquent en aval</td></tr><tr><td>Lemna minuta</td><td>Lentille d'eau minuscule</td><td>8.3</td><td>Avérée II</td><td>2018</td><td>Eaux stagnantes, mésotrophes à eutrophes, en contexte prairial</td><td>Héry (89)</td></tr></tbody></table>

Les espèces exotiques envahissantes sont peu fréquentes sur l'UH et sont principalement concentrées sur la moitié aval du Serein et ses annexes alluviales. Le faible nombre de données sur la partie en Côte-d'Or (deux stations) est à relativiser puisque l'amont de l'UH a été peu prospecté en 2018. Seules deux espèces ont été identifiées, dont l'Élodée du Canada qui est l'espèce la plus largement observée (plus de 95 % des données). Au contraire, la Lentille d'eau minuscule n'a été observée qu'une seule fois dans une mare prairiale en 2018 et serait à surveiller.

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Elodea canadensis © S. FILOCHE / MNHN-CBNBP

## Carte de répartition du nombre d'espèces exotiques envahissantes par maille 1 km x 1 km

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### Légende

Nombre d'espèces exotiques envahissantes

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1-2

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Cours d'eau

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Plans d'eau

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Limite UH

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Limite départementale

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Limite régionale

©IGN *BDTopo 2014 © AESN
©CBNBP/MNHN - Février 2019
# Unité hydrographique Serein (Sam.5)
## IBMR

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<table><tr><td>Nombre de stations DCE comprenant au moins un relevé IBMR</td><td>19</td></tr><tr><td>Nombre de relevés IBMR sur l'UH</td><td>22</td></tr><tr><td>Nombre de relevés IBMR nouveaux (2018)</td><td>11</td></tr><tr><td>Nombre de taxons compris dans les relevés IBMR</td><td>98 dont 70 contribuant au calcul de l'IBMR</td></tr><tr><td>Diversité floristique moyenne par IBMR</td><td>23</td></tr><tr><td>Notes IBMR</td><td>746 à 11,54/20</td></tr></table>

Les relevés IBMR sont distribués sur l'ensemble de l'unité, avec 15 stations sur le Serein et quatre sur ses principaux affluents (Argentalet, Baigne et ru de Marmeaux). Aucun IBMR n'a pu être réalisé sur les petits affluents du Serein (ru de Vaucharme, l'Ouevre, ru de Crioux...) en raison de situations trop ombragées empêchant l'installation d'une flore aquatique et d'étiages sévères liés à la sécheresse de 2018.

Au niveau des résultats, les stations DCE inventoriées témoignent d'un niveau trophique à dominante élevée (9,5 en moyenne). La partie amont de l'UH (Côte-d'Or), où se trouve entre autres le Serein, l'Argentalet et la Baigne, présente un niveau trophique moyen (10,8 en moyenne). Le niveau trophique se dégrade à la frontière entre la Côte-d'Or et l'Yonne du fait de la modification de la géologie et de l'hydrogéologie (roche mère imperméables en Côte-d'Or / roche perméable et phénomènes karstiques dans l'Yonne), passant d'un niveau trophique moyen à élevé (oscillant entre 9,88

à 746 en aval de l'UH). La différence de note entre la dernière station (note de 9,4) et celle précédente de Pontigny (note de 746) s'explique, en partie, par la différence de physionomie du Serein qui est très élargi et lentique dans un méandre à Pontigny, alors que plus rectiligne avec la présence d'une zone lotique pour la station DCE la plus en aval.

Ce niveau trophique élevé est corrélaté au paramètre « nitrates » (élevages bovins et surtout grandes cultures) ainsi qu'au paramètre chimique avec des pollutions agricoles importantes sur la partie icaunaise du Serein de Môlay à Beaumont (89). Dans le Chablisien, où la viticulture est prépondérante, les herbicides entrainent une raréfaction des végétations aquatiques et des taxons vasculaires associés. Une autre raison expliquant les indice IBMR élevés est la structuration naturelle du Serein formé de méandres et la présence de nombreux ouvrages hydrauliques, entrainant une disparition des faciès lotiques, favorables à l'expression des communautés aquatiques.

## Carte de répartition des notes IBMR sur les stations DCE

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