# Diversité et dynamique temporelle à long terme des microsporidies dans le lac d'Aydat par une approche de paléogénomique

Léa Combes, Marina Chauvet, Arthur Monjot, Anne Mone, Caroline Pont, Carol Moreau, Frédéric Delbac, Marie Diogon, Cécile Lepère

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## ► To cite this version:

Léa Combes, Marina Chauvet, Arthur Monjot, Anne Mone, Caroline Pont, et al.. Diversité et dynamique temporelle à long terme des microsporidies dans le lac d'Aydat par une approche de paléogénomique. AFEM 2025 : 12ème colloque de l'Association Francophone d'Écologie Microbienne, Nov 2025, Beaune (Côte d'or, France), France. hal-05364950

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Submitted on 14 Nov 2025

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# Diversité et dynamique temporelle à long terme des microsporidies dans le lac d'Aydat par une approche de paléogénomique

Léa COMBES<fnref n="1" />, Marina CHAUVET<fnref n="2" />, Arthur MONJOT<fnref n="2" />,<fnref n="3" />, Anne-Isabelle MONÉ<fnref n="1" />, Caroline PONT⁴, Carol MOREAU⁴, Frédéric DELBAC<fnref n="1" />, Marie DIOGON<fnref n="1" />, Cécile LEPÈRE<fnref n="1" />

## Introduction

**Contexte** : Les microsporidies sont des parasites intracellulaires obligatoires affiliés aux champignons. Elles infectent une large gamme d'hôtes, allant des protistes aux vertébrés. Malgré leur présence ubiquitaire, une grande partie de leur diversité environnementale et de leurs associations avec les hôtes reste encore méconnue (Chauvet et al. 2022, 2023).

**Objectif** : Explorer la diversité et la dynamique temporelle des microsporidies dans un lac soumis à des pressions anthropiques en utilisant une approche de paléogénomique.

## Dynamique de la diversité des microsporidies sur ~ 130 ans

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* Grande diversité : 1976 OTUs répartis en 17 genres.
* Genres identifiés similaires à ceux retrouvés dans la colonne d'eau du même lac (Chauvet et al. 2022).
* 54 % des OTUs ne sont pas affiliés à un genre.
* 3 genres majoritaires : *Crispospora*, *Pseudoberwaldia*, *Vittaforma*.

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### Affiliation des OTUs de microsporidies détectés dans l'ensemble de la carotte sédimentaire

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### Dynamique de la diversité des microsporidies au cours du temps

* Augmentation du nombre d'OTUs affiliés à *Crispospora* et *Pseudoberwaldia* au cours des ~30 dernières années.

* Pic d'OTUs affiliés à *Vittaforma* entre 1985 et 1995.

## Une diversité insoupçonnée : l'exemple du genre Vittaforma

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### Phylogénie des OTUs affiliés au genre Vittaforma (parasite humain)

* Chacun des 3 genres majoritaires ne comprend qu'une seule espèce décrite, ce qui suggère que les nombreux OTUs qui leur sont affiliés correspondent à de nouvelles espèces.

## Identification d'hôtes potentiels ?

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### Co-occurrences positives entre les OTUs de microsporidies (affiliés aux 3 genres majoritaires) et les OTUs d'eucaryotes

* Confirmation d'interactions connues (Rotifera, Arthropoda).

* Nouvelles interactions (Chrysophyceae, Dinophyceae).

## Conclusion

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* Grande diversité de microsporidies aquatiques avec de nombreuses espèces et genres encore à identifier.

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* Variation temporelle des microsporidies probablement liée à celle de leurs hôtes.

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* Les microsporidies, comme d'autres parasites eucaryotes, pourraient exercer une influence considérable sur le fonctionnement des réseaux trophiques aquatiques.

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<footnote n="1">¹) CNRS/UCA, UMR 6023 Laboratoire Microorganismes : Génome et Environnement, Université Clermont Auvergne, 63000 Clermont-Ferrand, France</footnote>

<footnote n="2">²) Ifremer, DYNECO, 29280 Plouzané, France</footnote>

<footnote n="3">³) Ifremer/UBO/CNRS/UBS, UMR 6538 Geo-Ocean, 29290 Plouzané, France (4) INRAE/UCA, UMR 1095 GDEC, PALÉOEVO, 63000 Clermont-Ferrand, France</footnote>