Le microbiologiste peut être confronté à la prise en charge età la gestion d’échantillons contenant ou susceptibles de contenirdes micro-organismes potentiellement utilisables dans le cadred’actions bioterroristes ou militaires mais aussi ceux prélevés chezdes patients atteints d’un pathogène émergent. Une liste des 12principaux agents utilisables dans le contexte du risque biologiquea été établie par le G7 lors d’une réunion en décembre 2004 etcomprend Bacillus anthracis, Yersinia pestis, Francisella tularensis,Brucella spp., Burkholderia mallei, Coxiella burnetti, les toxinesde Clostridium botulinum, l’entérotoxine B de Staphylococcusaureus, la ricine extraite de Ricinus communis, le virus de la variole(Variola major), les Alphavirus des encéphalites équines et lesvirus des fièvres hémorragiques (virus Ebola, virus de la fièvrede Lassa…). A ces micro-organismes s’ajoutent certains pathogènes émergents susceptibles de provoquer des maladies gravesou de se propager dans la collectivité et nécessitant des mesuresde confinement adaptées, comme les Coronavirus responsablesdu SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) et du MERS-Cov(Middle East Respiratory Syndrom-Coronavirus). Au cours desquinze dernières années, les alertes sanitaires successives liées auSRAS, au charbon, à la grippe pandémique de 2009, au MERSCoronavirus, à la maladie à virus Ebola en 2014-2015 ont soulignéla nécessité d’un travail de coopération entre les microbiologistes,qu’ils soient bactériologistes ou virologistes, les spécialistes dela biosécurité et les hygiénistes afin de garantir un dispositif deréponse adaptée permettant une réponse analytique fiable et rapide,mais également une organisation et une logistique compatibles avecles règles de biosécurité et la prise en charge rapide des patients