# Génétique et génomique du lapin

Hervé Garreau, Mélanie Gunia

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Hervé Garreau, Mélanie Gunia. Génétique et génomique du lapin. Master. Filières animales durables (Génétique & Amélioration Génétique des animaux), 2019. hal-02791649

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<figure><img src="image_1.png" /></figure>

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# Génétique et génomique du lapin

<figure><img src="image_2.png" /><figcaption>Hervé Garreau, Mélanie Gunia</figcaption></figure>

INRA Toulouse, GenPhySE
# Partie I : Présentation de la filière cunicole et des axes de recherches en génétique

* La filière cunicole

- Production dans le monde

- La filière française

- Maillon production

- Maillon sélection

- Systèmes de production bande unique

* Axes de recherche
# Partie II : Schémas d'amélioration du lapin de chair

* Définitions et déterminisme génétique des caractères pour le lapin de chair

- Les caractères de reproduction

- Les caractères de santé

- Les caractères de production

* Objectifs de sélection du lapin de chair: pondération des caractères

- Approche économique

- Approche gains désirés

* Organisation de la sélection du lapin de chair : Les schémas de sélection
# La production de lapin dans le monde

PRODUCTION MONDIALE en 2015
1,6 million de tonnes (+ 20 % depuis 2000)

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

Source : Estimation CLIPP 2015
# L'élevage français en quelques chiffres

- 1 200 éleveurs professionnels (+100 lapines)

- + 30 000 exploitations (élevages familiaux)

- Une filière très organisée : +90% des éleveurs en OP

- 40 millions de lapins élevés par an

- 79% de la production située dans le grand ouest

<figure><img src="image_4.png" /></figure>
## Profil de l'élevage

* 1/3 des élevages de lapins professionnels sont des exploitations spécialisées

* Les non spécialisés associent au lapin des cultures / bovin viande / VL / volaille

* Une parité presque parfaite : 42% de femmes et 58% d'hommes

* Age moyen : 48 ans

* Taille moyenne : 600 femelles en production

* Investissement moyen = 400 000 €

* Nombre de lots par an = 8,5
# Transformation – échanges - consommation

* 57 000 T de viande produite /an

* 12 sites abattent 90 % de la production

* Concentration des entreprises : 2 groupes ALPM et LDC

* Une balance commerciale excédentaire. En 2015 : 5700 T exportées – 2800 T importées

## Les débouchés à l'exportation en 2015

(source Douanes françaises)

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

## Provenance des importations en 2015

(source : Douanes françaises)

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

* 82% des français déclarent manger du lapin

* 38% de pénétration des foyers pour la consommation à domicile
# Consommation Française de lapin

Viandes totales consommées = 92,5 kg/hab./an

Consommation lapin = 0,7 kg par hab./an (1,0 %)

* porc = 36,7 kg par hab./an (39,7%)

* volaille = 26,2 kg par hab./an (28,3%)

* boeuf = 24,9 kg par hab./an (26,9%)

* ovin = 4,2 kg par hab./an (4,5%)
# Le maillon sélection

* HYPHARM (Groupe Grimaud) 75 % du marché, HYCOLE

## Diffusion du progrès génétique

<figure><img src="image_7.png" /></figure>
# Reproduction

- Espèce polytoque à ovulation provoquée par l'accouplement

IA : injection de GnRH

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

- Pseudogestation : si ovulation et non fécondation

Cours francophone de cuniculture – Module B

1er février 2011, Toulouse
Conduite en bande

<figure><img src="image_9.png" /></figure>
# Système bande unique

( 90 % de la production organisée source FENALAP)

* L'éleveur:

- dispose de deux cellules absolument identiques pouvant indifféremment accueillir les femelles et les animaux en croissance, les femelles en attente et les futures reproductrices

- insémine toutes les femelles un jour, tous les 42 jours, 11 jours après la mise bas

- sèvre les lapereaux à 36 jours en déplaçant les femelles

salle A

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

salle B

<figure><img src="image_11.png" /></figure>
cellule A

<figure><img src="image_12.png" /></figure>

Durée d'un cycle 84 jours

Nb: les femelles non allaitantes suivent le même cycle
Conduite de l'engraissement

☐ Vente les lapins de chair à 2,4 kg vif

☐ La croissance des lapins est primordiale

☐ Mais actuellement généralisation du rationnement en engraissement pour sécuriser le sanitaire suite à l'épidémie d'entérocolite => concerne aujourd'hui 90 % des élevages

☐ D'où développement de l'alimentation automatique

☐ Supplémentations médicamenteuses mais passage à un aliment blanc en finition (15 derniers jours)
<figure><img src="image_13.png" /><figcaption>Cages mixtes avec cloison BN retirable</figcaption></figure>

cuniculture.infos.fr

<figure><img src="image_14.png" /></figure>
<figure><img src="image_15.png" /></figure>

<figure><img src="image_16.png" /></figure>
Bâtiments
semi-plein air

<figure><img src="image_17.png" /></figure>

cuniculture.infos.fr

<figure><img src="image_18.png" /></figure>
Evolution de l'élevage vers le parc

<figure><img src="image_19.png" /></figure>

<figure><img src="image_20.png" /></figure>
# Thématiques des activités de recherche en génétique

CT2

Efficacité alimentaire

Résistance aux maladies

Gamètes et fécondité, réceptivité sexuelle

Longévité de la femelle, homogénéité du poids naissance

Qualité du pelage et de la toison

CT3

Amélioration génétique du lapin de chair et phanères

Caractérisation ressources génétiques - Etude de la domestication

2008

2013

2018
# Partie II : Schémas d'amélioration du lapin de chair

* Définitions et déterminisme génétique des caractères pour le lapin de chair

- Les caractères de reproduction

- Les caractères de santé

- Les caractères de production

* Objectifs de sélection du lapin de chair: pondération des caractères

- Approche économique

- Approche gains désirés

* Organisation de la sélection du lapin de chair : Les schémas de sélection
# Partie II : Schémas d'amélioration du lapin de chair

* Définitions et déterminisme génétique des caractères pour le lapin de chair

## - Les caractères de reproduction

• Reproduction femelle

- fertilité

- Prolificité

- Qualités maternelles

- Durée de la carrière reproductive

• Reproduction mâle

- Fertilité mâle

- Production de semence

• Résultats d'expériences de sélection

## - Les caractères de santé

• Résistance à la pasteurellose

• Résistance générale aux maladies

## - Les caractères de production

• Croissance

• Efficacité alimentaire

• Qualité de carcasse : rendement

• Résultats d'expériences de sélection
Caractères de reproduction femelles

Ensemble de caractères dont la résultante est le nombre de
lapereaux sevrés annuellement par la lapine (*Productivité*
*numérique* = *Pn*)
# Caractères de reproduction femelles

<figure><img src="image_21.png" /></figure>

Par rapport à la vie reproductive de la lapine (Pn')

<figure><img src="image_22.png" /></figure>
Caractères déterminant la prolificité

- taux d'ovulation

- taux de fertilisation des ovules

- survie embryonnaire

- survie périnatale

<figure><img src="image_23.png" /></figure>

$$Pn' = \frac{\text{Nb portées} * \text{NVIV/portée} * (1 - \text{TxMort NS}) * 365}{\text{Intervalle 1ere IA-Dernière MB}}$$
# Caractères d'aptitudes maternelles

<figure><img src="image_24.png" /></figure>

$$ Pn' = \frac{\text{Nb portées} * \text{NVIV/portée} * (1 - \text{TxMort NS}) * 365}{\text{Intervalle 1ere IA-Dernière MB}} $$
# Sélection pour les effets maternels du poids au sevrage

<figure><img src="image_25.png" /></figure>
# Sélection pour les effets maternels du poids au sevrage

## Le modèle à effet génétique maternel

$$ 
\text{Poids} = \text{valeur génétique directe} \\
+ \text{effets environnementaux du lapereau (1)} \\
+ \text{valeur génétique maternelle} \\
+ \text{effet environnemental de la mère}
$$

(1) : année-saison, rang et taille de portée de naissance

<figure><img src="image_26.png" /></figure>
# Niveau de performance de reproduction moyen
(résultats Renaceb 2017)

<table><thead><tr><td>Caractère</td><td>Valeur</td></tr></thead><tbody><tr><td>Nombre de portée / an</td><td>6,95</td></tr><tr><td>Taux de mise bas / IA (%)</td><td>82,7</td></tr><tr><td>Nombre de nés totaux / MB</td><td>10,8</td></tr><tr><td>Taux de mortinatalité (%)</td><td>6,6</td></tr><tr><td>Nombre de nés vivants / MB</td><td>10,2</td></tr><tr><td>Taux de mortalité Nais-Sevrage (%)</td><td>7,4</td></tr><tr><td>Nombre de sevrés / MB</td><td>8,6</td></tr><tr><td>Durée de la carrière reproductive (jours)</td><td>327</td></tr><tr><td>Taux de viabilité femelle par bande (%)</td><td>92,6</td></tr></tbody></table>
## Héritabilité des caractères de reproduction femelles

<table><thead><tr><td>Caractère</td><td>Valeur</td></tr></thead><tbody><tr><td>Fertilité (réussite à l'IA)</td><td>0,02</td></tr><tr><td>Taux d'ovulation</td><td>0,32</td></tr><tr><td>Survie embryonnaire</td><td>0,04</td></tr><tr><td>Nés totaux par portée</td><td>0,10</td></tr><tr><td>Nés vivants par portée</td><td>0,07</td></tr><tr><td>Sevrés par portée</td><td>0,04</td></tr><tr><td>Poids sevrage (effet maternel)</td><td>0,08</td></tr><tr><td>Durée de la carrière reproductive</td><td>0,12</td></tr></tbody></table>
# Hétérosis pour les caractères de reproduction femelles

Hétérosis = avantage d'un individu croisé par rapport à la moyenne des performances de ses parents

## Valeurs d'hétérosis moyennes pour le croisement Néo zélandais - Californien

<table><thead><tr><td></td><td>Hétérosis (%)</td></tr></thead><tbody><tr><td>Fertilité</td><td>8</td></tr><tr><td>nés totaux</td><td>12</td></tr><tr><td>nés vivants</td><td>15</td></tr><tr><td>nés vivants</td><td>6</td></tr><tr><td>Poids individuel sevrage</td><td>~ 0</td></tr></tbody></table>
# Caractères de reproduction mâles

<figure><img src="image_27.png" /></figure>
# Résultats d'expériences de sélection pour les caractères de reproduction femelle

* Sélection sur le poids au sevrage
(Garreau et al., 2005)

* Sélection sur l'homogénéité du poids naissance
(Bolet et al. 2007, Garreau et al. 2008)

* Sélection sur la longévité
(Garreau et al., 2008)
# Expérience de sélection pour les effets directs et maternels du poids au sevrage : La lignée INRA 1777

## Le modèle à effet génétique maternel

$$ 
\begin{aligned}
\text{Poids} = & \text{valeur génétique directe} (h^2 = 0,15) \\
& + \text{effets environnementaux du lapereau} (1) \\
& + \text{valeur génétique maternelle} (h^2 =0,08) \\
& + \text{effet environnemental de la mère}
\end{aligned}
 $$

(1) : année-saison, rang et taille de portée de naissance

* Ce modèle permet la sélection des valeurs laitières des femelles en ovins et bovins allaitants
# Expérience de sélection pour le poids au sevrage

## Index de la souche 1777

$$I_{glob} = 0.25 VG_{nés vifs} + 0.25 VG_{ps direct} + 0.50 VG_{psmater}$$

<figure><img src="image_28.png" /></figure>

<figure><img src="image_29.png" /></figure>
# Sélection sur la variabilité du poids des lapereaux à la naissance

## La sélection canalisante

<figure><img src="image_30.png" /></figure>

Sélection directionnelle

Sélection canalisante
# L'homogénéité intra-portée du poids des lapereau à la naissance

Intérêt : pour la filière

liaison homogénéité /viabilité et croissance

scientifique

démonstration de la faisabilité de la sélection canalisante

$$P = G + E$$

<figure><img src="image_31.png" /></figure>

$$P = Gm + Gv + E$$

<figure><img src="image_32.png" /></figure>

<figure><img src="image_33.png" /></figure>
Protocole de sélection divergente

<figure><img src="image_34.png" /></figure>

<figure><img src="image_35.png" /></figure>
# Résultats : évolution génétique de v

<figure><img src="image_36.png" /></figure>
# Résultats : écart type des poids

naissance

<figure><img src="image_37.png" /></figure>

sevrage

<figure><img src="image_38.png" /></figure>

<figure><img src="image_39.png" /></figure>
Résultats : poids individuels

<figure><img src="image_40.png" /></figure>

Poids naissance

hétérogène

homogène

<figure><img src="image_41.png" /></figure>

Poids sevrage

La sélection canalisante ne change pas la moyenne des poids
# Résultats : Mortalité

<figure><img src="image_42.png" /></figure>

Mortinatalité

<figure><img src="image_43.png" /></figure>

<figure><img src="image_44.png" /></figure>

Mortalité au nid
# Canals: Principaux résultats

## Longueur et capacité d'élongation des cornes utérines

<figure><img src="image_45.png" /></figure>

<figure><img src="image_46.png" /></figure>

<figure><img src="image_47.png" /></figure>
# Expérience de sélection pour la longévité de la femelle

* Sélection divergente

- L+ : Forte longévité

- L- : Faible longévité

<figure><img src="image_48.png" /></figure>

* Calcul des index pour la sélection

- A partir du nombre total d'IA (sans élimination) de l'analyse de survie (Kit de survie, Ducrocq et al.)

<figure><img src="image_49.png" /></figure>

* 2 sites expérimentaux

- EASM : Niveau de protection sanitaire élevé

- SAGA : Niveau de protection sanitaire modéré
# Résultats : survie des femelles de la G2

<figure><img src="image_50.png" /><figcaption>Taux de survie</figcaption></figure>

<figure><img src="image_51.png" /></figure>

Différence très significative de longévité : 39 jours

<figure><img src="image_52.png" /></figure>

+ 0,6 portée dans la lignée L +
# Réponse corrélée sur les caractères de reproduction

* Pas d'effet de la sélection sur :

– Fertilité (L+: 69 %, L-: 70 %)

– Taille de portée à la naissance, au sevrage

<figure><img src="image_53.png" /></figure>
# Partie II : Schémas d'amélioration du lapin de chair

* Définitions et déterminisme génétique des caractères pour le lapin de chair

- Les caractères de reproduction

* Reproduction femelle

- fertilité

- Prolificité

- Qualités maternelles

- Durée de la carrière reproductive

* Reproduction mâle

- Fertilité mâle

- Production de semence

* Résultats d'expériences de sélection

- Les caractères de santé

* Résistance à la pasteurellose

* Résistance générale aux maladies

- Les caractères de production

* Croissance

* Efficacité alimentaire

* Qualité de carcasse : rendement

* Résultats d'expériences de sélection
Pourquoi sélectionner sur la résistance aux maladies?

☐ Parce que c'est à la mode

☐ Parce qu'on s'ennuie

☐ Pour réduire l'utilisation de médicaments

☐ Pour réduire le risque d'antibio-resistance

☐ Parce que rien d'autre ne marche

☐ Parce que c'est l'unique solution possible

☐ Parce qu'on aime bien sélectionner plein de caractères en même temps
Pourquoi sélectionner sur la résistance aux maladies?

<figure><img src="image_54.png" /></figure>

Parce que c'est à la mode

<figure><img src="image_55.png" /></figure>

Parce qu'on s'ennuie

<figure><img src="image_56.png" /></figure>

Pour réduire l'utilisation de médicaments

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Pour réduire le risque d'antibio-resistance

<figure><img src="image_58.png" /></figure>

<figure><img src="image_59.png" /></figure>

Parce que rien d'autre ne marche

<figure><img src="image_60.png" /></figure>

Parce que c'est l'unique solution possible

<figure><img src="image_61.png" /></figure>

Parce qu'on aime bien sélectionner plein de caractères en même temps
# Sélection pour la résistance aux maladies

Inconvénients

Progrès long à mettre en place

Coût pour le sélectionneur

Equilibre Hôte/Pathogène plutôt qu'éradication de la maladie

Avantage

Progrès génétique cumulatif

Pas de temps de travail supplémentaire pour l'éleveur

Réduction de traitements vétérinaires

Meilleur bien-être des animaux
# Sélection pour la résistance aux maladies

## Approche station spatiale

*Phénotypage fin haut débit, excellence, fort impact, génomique*

<figure><img src="image_62.png" /></figure>

<figure><img src="image_63.png" /></figure>

## Approche visuelle

*low tech, low cost, facilement opérationnel*

> Bases de données préexistantes, mesures en routine
# Pasteurellose

## Maladie bactérienne la plus répandue

* Pasteurella multocida

* Rhinite, pneumonie, abcès, mammite, septicémie

* Maladie chronique, forte prévalence

## Pertes économiques

* Mortalité, baisse de croissance et de fertilité, réforme des femelles (50%)

* Pertes ≈ 4 millions € pour l'élevage cunicole en France

## Utilisation des antibiotiques

* Peu efficaces, coûteux

* Bactéries porteuses de gènes d'antibiorésistance
# Le projet Relapa

* Poids, température,
* Mortalité, morbidité
* Numération bactérienne
* Réponse anticorps,
* Comptage cellules sanguines

60 ♂ (lignées maternelles)

<figure><img src="image_64.png" /></figure>

<figure><img src="image_65.png" /></figure>

<figure><img src="image_66.png" /></figure>

100 ♀

INRA
SCIENCE & IMPACT

<figure><img src="image_67.png" /></figure>

<figure><img src="image_68.png" /></figure>

<figure><img src="image_69.png" /></figure>

<figure><img src="image_70.png" /></figure>

X

<figure><img src="image_71.png" /></figure>

Inoculation de
955 lapins

<figure><img src="image_72.png" /></figure>

Réponse à l'infection étudiée pendant 14 jours

<figure><img src="image_73.png" /></figure>

<figure><img src="image_74.png" /></figure>

<figure><img src="image_75.png" /></figure>

<figure><img src="image_76.png" /></figure>

## Analyses des résultats

Jour 0

Jour 14:
autopsie

* Identification de critères de résistance et d'animaux résistants

* Détection de régions du génome associées à la résistance à la Pasteurellose
Description des caractères

<figure><img src="image_77.png" /><figcaption>Note d'abcès</figcaption></figure>

Pas d'abcès
→
Beaucoup d'abcès

<figure><img src="image_78.png" /><figcaption>Note de bactérie</figcaption></figure>

Pas de bactéries
→
Beaucoup de bactéries

<figure><img src="image_79.png" /><figcaption>Note de résistance</figcaption></figure>

Sensible
→
Résistant

<table><thead><tr><td>Caractères</td><td>Effectifs</td><td>Moyenne</td><td>Ecart-type</td></tr></thead><tbody><tr><td>GMQ Pre-sevrage Avant inoculation</td><td>980</td><td>27,14</td><td>4,27</td></tr><tr><td>GMQ-Post Inoculation Semaine 1</td><td>902</td><td>2,94</td><td>18,23</td></tr><tr><td>GMQ-Post Inoculation Semaine 2</td><td>852</td><td>19,76</td><td>17,89</td></tr></tbody></table>

Variabilité de la réponse à l'inoculation, animaux résistants et sensibles
<figure><img src="image_80.png" /></figure>

# Héritabilités

<figure><img src="image_81.png" /></figure>

Héritabilités faibles à modérées : caractères utilisables en sélection
# Corrélations génétiques

<table><thead><tr><th></th><th>Bactérie</th><th>Résistance</th><th>GMQ pré-sevrage</th><th>GMQ PI semaine 1</th><th>GMQ PI semaine 2</th></tr></thead><tbody><tr><td>Abcès</td><td>0,99</td><td>-0,99</td><td>-0,95</td><td>-0,99</td><td>-0,83</td></tr><tr><td>Bactérie</td><td></td><td>-0,98</td><td>-0,62</td><td>-0,97</td><td>-0,76</td></tr><tr><td>Résistance</td><td></td><td></td><td>0,79</td><td>0,98</td><td>0,70</td></tr><tr><td>GMQ pré-sevrage</td><td></td><td></td><td></td><td>0,49</td><td>0,45</td></tr><tr><td>GMQ PI semaine 1</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>0,46</td></tr></tbody></table>

## Corrélations génétiques élevées et « logiques »
# Utilisation de la génomique pour détecter des QTL ou gènes de résistance à la pasteurellose

<figure><img src="image_82.png" /></figure>

- Puce avec 200 000 marqueurs SNP depuis 2015

- Analyses en cours pour détecter des régions de l'ADN associées à la résistance à la pasteurellose

- => sélectionner des animaux résistants à la pasteurellose
# Caractères de santé

## Approche station spatiale

*Phénotypage fin haut débit, excellence, fort impact, génomique*

<figure><img src="image_83.png" /></figure>

<figure><img src="image_84.png" /></figure>

## Approche visuelle

*low tech, low cost, facilement opérationnel*

> Bases de données préexistantes, mesures en routine
<figure><img src="image_85.png" /></figure>

<figure><img src="image_86.png" /></figure>

INRA
SCIENCE & IMPACT

# UTILISATION D'UN DISPOSITIF CHALLENGE POUR LA SELECTION SUR LA RESISTANCE AUX MALADIES

Mélanie Gunia, Jacques Hurtaud, Mickaël Maupin, Hélène Gilbert, Hervé Garreau

<figure><img src="image_87.png" /></figure>

<figure><img src="image_88.png" /></figure>

<figure><img src="image_89.png" /></figure>

JRC 2017
# Enregistrements santé dans deux types d'élevage

<figure><img src="image_90.png" /><figcaption>## Bâtiments challenge (25% des animaux)</figcaption></figure>

<figure><img src="image_91.png" /></figure>
# Enregistrements sur le jeune en engraissement

<figure><img src="image_92.png" /></figure>

**Codes sanitaires enregistrés:** diarrhée, ballonnement, maux de pattes, torticolis, problèmes digestifs, problèmes respiratoires, coryza, conjonctivite, métrite, mammite...

## Création de caractères de santé (binaires):

* Nouveau caractère « troubles infectieux »

* Binaire = 0 sain et vivant à la pesée
1 malade ou mort en engraissement
# Matériel et méthodes

Nés vivants (nombre) 9,9 ± 3,3

Poids sevrage 31 j (g) 664 ± 102

<figure><img src="image_93.png" /></figure>

<table><tr><td>Troubles infectieux</td><td>30 %</td></tr><tr><td>Troubles infectieux Sélection</td><td>26 %</td></tr><tr><td>Troubles infectieux Challenge</td><td>40 %</td></tr></table>
# Quelle différence entre les environnements?

<figure><img src="image_94.png" /></figure>

Sains

Malade

<figure><img src="image_95.png" /></figure>

Sains

Malade

Troubles infectieux
Sélection

$$h^2 = 0,05 \pm 0,01$$

Corrélation génétique

$$0,70 \pm 0,13$$

<figure><img src="image_96.png" /></figure>

Troubles infectieux
Challenge

$$h^2 = 0,10 \pm 0,02$$

Présence d'une interaction Génotype x Milieu
Conclusion

• Ce dispositif permet une meilleure prise de la santé dans différentes conditions

• Héritabilité faibles et significatives des troubles infectieux

• Corrélations nulles ou favorables avec les caractères de production
=> Amélioration possible de la santé des animaux grâce à la sélection
# Partie II : Schémas d'amélioration du lapin de chair

* Définitions et déterminisme génétique des caractères pour le lapin de chair

- Les caractères de reproduction

* Reproduction femelle

- fertilité

- Prolificité

- Qualités maternelles

- Durée de la carrière reproductive

* Reproduction mâle

- Fertilité mâle

- Production de semence

* Résultats d'expériences de sélection

- Les caractères de santé

* Résistance à la pasteurellose

* Résistance générale aux maladies

- Les caractères de production

* Croissance

* Efficacité alimentaire

* Qualité de carcasse : rendement

* Résultats d'expériences de sélection
# Caractères de production

## Quels caractères ?

Caractères économiquement importants que l'on souhaite améliorer à l'étage de production

### Objectif majeur :

- limiter les coûts de production du lapin de chair (efficacité alimentaire, vitesse de croissance, santé des animaux)

- augmenter la valeur de la production aspects quantitatifs (nombre de lapins engraisés, poids à âge fixe, rendement abattage) aspects qualitatifs (adiposité de la carcasse)
# Caractères de production

## 4 groupes de caractères

- **Croissance**

Poids à l'âge d'abattage (63 ou 70 jours)

Vitesse de croissance (GMQ 35-70 j ou GMQ 35-63 j)

- **Efficacité alimentaire**

Indice de consommation

Consommation résiduelle

- **Composition corporelle**

Rendement de carcasse

- **Résistance aux maladies infectieuses**

Survie

Absence de symptômes
# Les caractères de croissance

- Poids à 70 jours

le plus couramment mesuré

correspond à l'âge moyen à l'abattage en France

- Poids à 63 jours

mesuré dans une lignée du sélectionneur GFS

anticipation de la diminution de l'âge à l'abattage

- Gain Moyen Quotidien ou vitesse de croissance en engraissement

= Gain de poids sur la période / nb jours de la période

Plus héritable

Nécessite deux pesées (sevrage-fin d'engraissement)

Plus corrélée au poids final qu'au poids sevrage
# Les caractères d'efficacité alimentaire

## L'indice de consommation en engraissement

$$ = \frac{\text{Qté d'aliment ingérée sur la période}}{\text{Gain de poids sur la période}} $$

Couramment mesuré dans les autres espèces
Pas d'interprétation biologique

## La consommation résiduelle en engraissement

Quantité d'aliment ingérée corrigée pour les besoins métaboliques
et de croissance

<figure><img src="image_97.png" /></figure>
# Les caractères de carcasse

## - Rendement de carcasse

$$ = \frac{\text{Poids de carcasse ressuyée (sans manchons)}}{\text{Poids vif}} * 100 $$

Prime au rendement appliquée par certain abattoirs
Pas de découpe normalisée
# La résistance aux maladies infectieuses

## Index binaires (0,1) pour décrire la résistance

- **Index mortalité** : mort pendant engraissement = 1
  vivant en fin d'engraissement = 0

- **Index morbidité** : symptôme observé pendant engraissement = 1
  (animal vivant) aucun symptôme pendant engraissement = 0

- **Index résistance** : symptôme observé pendant engraissement = 1
  (animal vivant ou mort) aucun symptôme pendant engraissement = 0
Niveau de performance moyen pour les caractères de production

<table><thead><tr><td>Caractère</td><td>Valeur</td></tr></thead><tbody><tr><td>Poids 35 j (g)</td><td>910</td></tr><tr><td>Poids 70 j (g)</td><td>2510</td></tr><tr><td>GMQ (g/jour)</td><td>44</td></tr><tr><td>IC en engraissement</td><td>2,5</td></tr><tr><td>Rendement de carcasse (%)</td><td>58</td></tr></tbody></table>
## Héritabilité des caractères de production

<table><thead><tr><td>Caractère</td><td>Valeur</td></tr></thead><tbody><tr><td>Poids 63j /70 j (ad lib)</td><td>0,20</td></tr><tr><td>Poids 63j /70 j (rationnés)</td><td>0,30</td></tr><tr><td>GMQ (ad lib)</td><td>0,25</td></tr><tr><td>GMQ (rationnés)</td><td>0,30</td></tr><tr><td>IC</td><td>0,29</td></tr><tr><td>Consommation résiduelle</td><td>0,30</td></tr><tr><td>Rendement de carcasse</td><td>0,35</td></tr><tr><td>Mortalité (inoculation expé.)</td><td>0,05</td></tr><tr><td>Morbidité (inoculation expé.)</td><td>0,20</td></tr><tr><td>Index résistance (mort + vivants : contrôle en routine)</td><td>0,05 à 0,10</td></tr></tbody></table>
# Résultats d'expériences de sélection pour les caractères de production

* Sélection sur l'efficacité alimentaire

* Résistance aux troubles infectieux (analyse)
**Objectif :1)** Etudier la réponse à la selection pour 2 caractères d'efficacité alimentaire:

- Residual Feed Intake: Feed intake corrected for growth and maintenance needs (RFI = FI - α₁ADG - α(Mean weight)⁰,⁷⁵)

- ADG under restricted feeding (80 %)

Method 1)

<figure><img src="image_98.png" /></figure>

300 rabbits/line/generation in individual cages
From weaning (30 days) to 63 days

Measures: individual feed intake, BW30, BW63
→ Growth rate, feed conversion ratio (FCR), RFI
**Objectif :2)** Etudier les consequences de la selection sur les caractères de production, de digestibilité, excretion de N et P

<figure><img src="image_99.png" /></figure>
**Objectif :3)** Etudier les effets directs et maternels de l'efficacité alimentaire

Method 3)

<figure><img src="image_100.png" /></figure>

- Contenu caecal

- Sang (ADN)

- Caractères :

- Gain de poids, ingéré,
**Objectif :4) Etudier les relations entre la composition du microbiote (transmission maternelle) et l'efficacité alimentaire**

Feed-a-Gene

<figure><img src="image_101.png" /></figure>

H2020 project

<figure><img src="image_102.png" /></figure>

☐ Recherche de QTL de l'efficacité alimentaire

☐ Part relative de la variabilité de l'efficacité alimentaire

❖ Composition du microbiote

❖ Génome du lapin

☐ Interactions génome de l'hôte/métagénome

☐ Sélection conjointe de l'hôte et de son microbiote

<figure><img src="image_103.png" /></figure>

Table d'OTUs
# Résultats: 1) Etudier la réponse à la selection pour 2 caractères d'efficacité alimentaire: évolutions génétiques sur 9 générations de sélection

<figure><img src="image_104.png" /></figure>

<figure><img src="image_105.png" /></figure>

* Same genetic response on FCR for both criteria (-0,2 pts)

* Different responses on growth and feed intake

* **RFI:** lower feed intake (-511 g), no increase of growth

* **ADGr:** Higher growth (+2 g/day), no reduction of feed intake
# Résultats: 2) Comparaison des lignées pour feed intake, growth et feed conversion ratio

## Feed intake

<figure><img src="image_106.png" /></figure>

Line (***)

## Average daily gain

<figure><img src="image_107.png" /></figure>

Line (***), NA (***), interaction (*)

## Feed conversion ratio

<figure><img src="image_108.png" /></figure>

Line (***)
# Résultats: 2) comparaison des lignées pour la digestibilité 42-46 days

Organic matter digestibility 42-46 days

<figure><img src="image_109.png" /></figure>

Line effect: *P*=0,020

Crude protein digestibility

<figure><img src="image_110.png" /></figure>

Line effect: +1 pt, *P*=0,042
# Résultats: 2) Comparaison des lignées pour l'excrétion N et P 29-63 jours

## Nitrogenous excretion

g N/rabbit Line effect: -12 %,
*P<0,01*

<figure><img src="image_111.png" /></figure>

## Phosphorus excretion

Line effect: NS P= 0,07

<figure><img src="image_112.png" /></figure>
# Résultats: 3) Effets directs et maternels pour la croissance

<figure><img src="image_113.png" /></figure>

LS means of the kit line effect : direct effect

g Weight at 32 days

<figure><img src="image_114.png" /></figure>

g Weight at 63 days

<figure><img src="image_115.png" /></figure>

g/d ADG
Significant for all growth
and FE traits

<figure><img src="image_116.png" /></figure>
# Résultats: 3) Effets directs et maternels pour l'efficacité alimentaire

<figure><img src="image_117.png" /></figure>

LS means of the kit line effect : direct effect

Feed intake

<figure><img src="image_118.png" /></figure>

Feed conversion ratio

<figure><img src="image_119.png" /></figure>

RFI

<figure><img src="image_120.png" /></figure>

Significant for all growth
and FE traits
# Résultats: 3) Effets directs et maternels pour l'efficacité alimentaire

<figure><img src="image_121.png" /></figure>

LS means of the kit and dam line effect on FCR

<figure><img src="image_122.png" /></figure>

* Negative maternal effect of the selected line G10 on feed efficiency $\Delta = 0.06$, $P = 0.04$
# Résultats: 4) Composition du microbiote: Effet de la lignée du lapereau et de la lignée de la mère (transmission)

<figure><img src="image_123.png" /></figure>

<figure><img src="image_124.png" /></figure>

Zemb and al., in prep.

→DAPC projection: The kit line and the dam line separates the individuals

Zemb et al., in prep
# Partie II : Schémas d'amélioration du lapin de chair

* Définitions et déterminisme génétique des caractères pour le lapin de chair

- Les caractères de reproduction

- Les caractères de production

* Objectifs de sélection du lapin de chair: pondération des caractères

- Approche économique

- Approche gains désirés

* Organisation de la sélection du lapin de chair : Les schémas de sélection
# Evolution des caractères dans les objectifs de sélection

50-70

* Croissance

* Conformation

80

* Taille de portée

* Reproduction

2000

* Rendement carcasse

* Efficacité alimentaire

* Qualité des produits

2010

* Résistance aux maladies

* Longévité

* Adaptation à un environnement moins maitrisé

<figure><img src="image_125.png" /></figure>

<figure><img src="image_126.png" /></figure>

<figure><img src="image_127.png" /></figure>

<figure><img src="image_128.png" /></figure>

Adapté pour le lapin à partir de Phocas et al. 2011. Animal
# Concepts

## Objectif de sélection H→ Equation théorique, les aptitudes que l'on souhaite améliorer dans une population. Exprimé en €

$$H = v_1A_1 + v_2A_2 + v_3A_3 + v_4A_4 + ...$$

$$H = 10 * A_{\text{Poids vif}} + 30 * A_{\text{Rendement carcasse}} + 100 * A_{\text{Résistance maladies}}$$

* v = pondération, souvent économique (€/unité du caractère)

* A = valeur génétique vraie (inconnue) des caractères à améliorer

## Index de sélection, Index de synthèse I → Outil, note donnée à un animal

$$I = b_1X_1 + b_2X_2 + b_3X_3 + b_4X_4 + ...$$

* b = pondérations calculées à partir de v et des matrices de variance covariance génétiques et phénotypiques pour maximiser H

* X = Index élémentaire = Valeur génétique estimée de chaque critère de sélection mesurable
# Exemple de différence entre caractère de l'objectif de sélection et critère de sélection

**Objectif de sélection :** Caractère => ce qu'on souhaite améliorer

Ex: le rendement carcasse (poids carcasse/poids vif).

Héritabilité = 0,17

:Mort de l'animal

:@Donnée difficile à récupérer en abattoir

**Index de sélection :** Critère de sélection => mesurable facilement

Surface du *Longissimus dorsi* (muscle du dos) mesurée par tomographie.

Héritabilité = 0,20. Corrélation génétique avec le rendement carcasse= 0,74

:) Mesurable précocement

:) Animal vivant

:) Héritabilité supérieure et bonne corrélation avec le rendement
# Concepts

- Si la sélection basée sur des Valeurs Génétiques Estimées (EBV) avec des modèles multicaractères

- Si caractères dans l'objectif = critères de sélection de l'Index

- b = v

$$ \text{Objectif} \quad H = v_1A_1 + v_2A_2 + v_3A_3 + v_4A_4\dots $$

$$ \text{Index} \quad I = b_1X_1 + b_2X_2 + b_3X_3 + b_4X_4\dots $$

↓

$$ I = v_1X_1 + v_2X_2 + v_3X_3 + v_4X_4\dots $$
# Calcul des pondérations « v » dans les objectifs de sélection

Objectif de sélection ⇔ Equation théorique, les aptitudes que l'on souhaite améliorer dans une population

H = v₁A₁ + v₂A₂ + v₃A₃ + v₄A₄...

## 1) Méthodes économique
La pondération économique représente le gain marginal de profit apportée par l'amélioration d'une unité du caractère

## 2) Méthode technique
- = méthode du gain désiré
- = pondération attribuée en fonction du gain génétique souhaité

## 3) Méthodes non marchandes
- consentement à payer
- gain génétique désiré sur les caractères non marchands
- perte acceptée sur les caractères de production

<figure><img src="image_129.png" /></figure>

<figure><img src="image_130.png" /></figure>

<figure><img src="image_131.png" /></figure>
<figure><img src="image_132.png" /></figure>

Calcul des pondérations de l'objectif de sélection
1) économique

* On calcule une valeur économique pour chaque critère à partir d'une fonction de profit (€ femelle/an) avec les valeurs moyennes de la filière

Marge Brute =

Produit de l'activité (tx de mise bas, prolificité, mortalité, poids vendu, prix de vente ...)

- Coût de l'activité (aliment consommé, fluides, Véto ...)

* L'augmentation de la prolificité de 1 lapin sevré entraîne une augmentation de la marge brute de 16 €

v = 16 €/lapin sevré

H = 16*A Nombre de lapereaux sevrés + v₂A₂ + v₃A₃ + ...
# Pondérations économiques

<table><thead><tr><td>Caractère</td><td>Écart type phénotypique</td><td>Pondération économique =gain en € pour l'amélioration d'une unite du caractère</td><td>Pondération économique relative = gain en € pour l'amélioration d'un écart-type</td></tr></thead><tbody><tr><td>Sevrés par portée (nbre)</td><td>2,7</td><td>16,8</td><td>45,5</td></tr><tr><td>GMQ (g/jour)</td><td>4,2</td><td>2,8</td><td>11,8</td></tr><tr><td>Indice de Consommation</td><td>0,2</td><td>51,3</td><td>10,3</td></tr><tr><td>Résistance aux troubles digestifs</td><td>0,27</td><td>16,3</td><td>4,4</td></tr><tr><td>Longévité femelle (jours)</td><td>93</td><td>0,03</td><td>2,4</td></tr></tbody></table>
<figure><img src="image_133.png" /></figure>

# Calcul des pondérations de l'objectif de sélection
## 2) Méthode du gain désiré

* On choisit la pondération v en fonction du Progrès génétique qu'on souhaite sur chaque caractère

* Méthode basée sur les équations de prédiction du progrès génétique

<figure><img src="image_134.png" /></figure>
# Calcul des pondérations de l'objectif de sélection
## 2) Méthode du gain désiré

* Exemple fictif:

$$H_1 = 30 \cdot A_{pd63 j} + 60 \cdot A_{rdt} - 10 A_{tx_gras}$$

$$H_2 = 40 \cdot A_{pd63 j} + 50 \cdot A_{rdt} - 10 A_{tx_gras}$$

$$H_3 = 50 \cdot A_{pd63 j} + 30 \cdot A_{rdt} - 20 A_{tx_gras}$$

<table><thead><tr><th></th><th>H1</th><th>H2</th><th>H3</th></tr></thead><tbody><tr><td>Poids 63 jours</td><td>60 g</td><td>70 g</td><td>75 g</td></tr><tr><td>Rendement carcasse</td><td>0.20</td><td>0.15</td><td>0.08</td></tr><tr><td>Taux de gras</td><td>-0.002</td><td>0.006</td><td>-0.05</td></tr></tbody></table>
# Partie II : Schémas d'amélioration du lapin de chair

* Définitions et déterminisme génétique des caractères pour le lapin de chair

- Les caractères de reproduction

- Les caractères de production

* Objectifs de sélection du lapin de chair: pondération des caractères

- Approche économique

- Approche gains désirés

* Organisation de la sélection du lapin de chair : Les schémas de sélection
# Production de lapin de chair

Lignées pures:
sélection et progrès
génétique

<figure><img src="image_135.png" /></figure>

Croisés 2 voies

<figure><img src="image_136.png" /></figure>

Croisés 4 voies

Insémination artificielle

<figure><img src="image_137.png" /></figure>

Chez l'éleveur
# Organisation de la sélection

<figure><img src="image_138.png" /></figure>
# Sélection des lignées paternelles et maternelles

<table><thead><tr><td>Lignée</td><td>Demande</td><td>Caractères en sélection</td></tr></thead><tbody><tr><td>Maternelles</td><td>Eleveurs</td><td>Prolificité (lapereaux vivants/portée)<br/>Croissance des lapereaux<br/>Homogénéité du poids lapereau<br/>Longévité de la femelle<br/>Nombre de mamelles</td></tr><tr><td>Paternelles</td><td>Abattoirs<br/>Distributeurs<br/>(consommateur)</td><td>GMQ 35j-70j<br/>Rendement de carcasse<br/>Adiposité de la carcasse<br/>Efficacité alimentaire<br/>Santé digestive</td></tr></tbody></table>
# Organisation de la sélection

## Produits des sélectionneurs français

<table><thead><tr><th></th><th></th><th>Type</th><th>Hypharm</th><th>Eurolap</th><th>Hycole</th></tr></thead><tbody><tr><td rowspan="4">Lignées pures</td><td rowspan="2">Femelle</td><td>Néo-zélandais</td><td>AGP77</td><td>GPD</td><td>GPC</td></tr><tr><td>Californien</td><td>AGP22</td><td>GPC</td><td>GPD</td></tr><tr><td rowspan="3">Mâle</td><td>Medium</td><td>AGP39</td><td>GPA<br>GPB</td><td>Medium</td></tr><tr><td>Géant</td><td>AGP59</td><td></td><td>XXL</td></tr><tr><td>Coloré</td><td>AGP119</td><td>H</td><td>Médium Coloré</td></tr><tr><td rowspan="5">Lignées parentales</td><td rowspan="2">Femelle<br>Parentale</td><td>Métisse NZ-Ca</td><td>PS 19 Hyplus<br>(22 x 77)</td><td>HylaNG<br>(C x D)</td><td>Parentale Hycole<br>(C x D)</td></tr><tr><td>Médium</td><td>PS39</td><td>HylaMax (AxB)</td><td>Médium</td></tr><tr><td rowspan="3">Mâle<br>parental</td><td>Médium/Géant</td><td>PS40 (39 x 59)</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Géant</td><td>PS59</td><td></td><td>XXL</td></tr><tr><td>Coloré</td><td>AGP119</td><td>H</td><td>Médium Coloré</td></tr></tbody></table>
# Organisation de la sélection

## Principales lignées étrangères

<table><thead><tr><th>Pays</th><th>Lignée</th><th>Type</th><th>Critère</th></tr></thead><tbody><tr><td rowspan="5">Espagne<br>(UPV, IRTA)</td><td>A</td><td>Femelle</td><td>Sevrés/portée</td></tr><tr><td>V</td><td>Femelle</td><td>Sevrés/portée</td></tr><tr><td>Prat</td><td>Femelle</td><td>Sevrés/portée</td></tr><tr><td>R</td><td>Mâle</td><td>GMQ 28-63j</td></tr><tr><td>Caldes</td><td>Mâle</td><td>GMQ 28-63j</td></tr><tr><td rowspan="3">Brésil</td><td rowspan="3">Botucatu</td><td rowspan="3">Synthétique<br>(utilisation Pure)</td><td>Sevrés/portée</td></tr><tr><td>Poids 28j</td></tr><tr><td>Poids 70j</td></tr><tr><td rowspan="3">Algérie</td><td rowspan="3">ITELV</td><td rowspan="3">Synthétique<br>Pop. Locale x<br>INRA 2666</td><td>Nés vifs/portée</td></tr><tr><td>Poids 63 j</td></tr><tr><td></td></tr></tbody></table>
# Organisation de la sélection

## • Part de marché des sélectionneurs

<table><thead><tr><th></th><th>France</th><th>Espagne</th><th>Italie</th></tr></thead><tbody><tr><td>Firmes françaises</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Hypharm</td><td>70 %</td><td>50 %</td><td>80 %</td></tr><tr><td>Hycole</td><td>30 %</td><td>10 %</td><td>10 %</td></tr><tr><td>Firmes espagnoles</td><td></td><td>40 %</td><td></td></tr><tr><td>(Université de Valence, IRTA Barcelona)</td><td>—</td><td></td><td>—</td></tr></tbody></table>
L'activité : la génétique française s'exporte partout dans le monde

- 100% en France

- 65% en Espagne / Italie / Belgique / Hollande / Portugal

- 80% Europe centrale

- Développement en Chine et en Russie

- Présente sur les 5 continents

→ Équivalent à 200 - 250 000 TEC de lapins

→ Soit ¼ de la production mondiale

→ Soit les ¾ de la production organisée qui utilise de la génétique française

<figure><img src="image_139.png" /></figure>

<figure><img src="image_140.png" /></figure>
C'est fini !!!

<figure><img src="image_141.png" /><figcaption>Géant des Flandres de 10 kg et Polonais de 0,5 kg
Photo AFFYOSHIKAZU TSUNO</figcaption></figure>