Publier La Science - Numéro 07

Jeanine Martelli, Eric Lichtfouse, Marjolaine Hamelin, Virginie Lelièvre

► To cite this version:

Jeanine Martelli, Eric Lichtfouse, Marjolaine Hamelin, Virginie Lelièvre. Publier La Science - Numéro 07. , 11 p, 2015, Guy Richard. hal-03862608

HAL Id: hal-03862608

https://hal.inrae.fr/hal-03862608

Submitted on 21 Nov 2022

HAL is a multi-disciplinary open access
archive for the deposit and dissemination of sci-
entific research documents, whether they are pub-
lished or not. The documents may come from
teaching and research institutions in France or
abroad, or from public or private research centers.

L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est
destinée au dépôt et à la diffusion de documents
scientifiques de niveau recherche, publiés ou non,
émanant des établissements d'enseignement et de
recherche français ou étrangers, des laboratoires
publics ou privés.

<figure><img src="image_1.png" /></figure>

Distributed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License
publier
la science

<figure><img src="image_2.png" /></figure>

numéro 07 / mars 2015

- La fin du PDF

- Pourquoi les chercheurs tweetent

- Reconnaître les revues prédatrices
# PUBLIER LA SCIENCE

## Numéro 7, mars 2015

<table><tr><td>EDITORIAL</td><td>3</td></tr><tr><td>RESEAUX SOCIAUX</td><td>4</td></tr><tr><td>REDACTION</td><td>4</td></tr><tr><td>MÉTRIQUES ET IMPACT</td><td>5</td></tr><tr><td>LIBRE ACCES</td><td>6</td></tr><tr><td>EVALUATION</td><td>8</td></tr><tr><td>ETHIQUE</td><td>8</td></tr><tr><td>PROCESSUS DE PUBLICATION</td><td>9</td></tr><tr><td>DONNÉES DE LA RECHERCHE</td><td>9</td></tr><tr><td>COMMUNICATION SCIENTIFIQUE</td><td>10</td></tr><tr><td>OUTILS</td><td>11</td></tr><tr><td>HUMOUR</td><td>11</td></tr></table>

Numéros en accès libre à https://listes.inra.fr/sympa/d_read/veillecaps

Pour vous abonner : https://listes.inra.fr/sympa/subscribe/veillecaps

Pour vous désabonner : https://listes.inra.fr/sympa/sigrequest/veillecaps

**Directeur de la publication** : Guy Richard

**Editeur-en-chef** : Eric Lichtfouse

**Réalisation** : Jeanine Martelli (responsable de la veille), Eric Lichtfouse (animateur de la CAPS), Marjolaine Hamelin, Virginie Lelièvre

Cellule d'Assistance à la Publication Scientifique (CAPS)

Département Environnement et Agronomie (EA)

Institut National de la Recherche Agronomique

Contact : caps.departea@orleans.inra.fr, http://www.ea.inra.fr

Couverture : Guillaume Decaux – http://www.alcide.fr

ISSN 2269-7314

Publier la Science est une sélection d'informations sur la publication et la rédaction scientifique diffusée trimestriellement. Dans un souci de synthèse et de lisibilité, les informations diffusées sont parfois modifiées par rapport à leurs versions originales sans pour autant en dénaturer le sens. S'il s'avère toutefois que ce n'est pas le cas, les personnes et sources citées dans Publier la Science peuvent à tout moment, demander la rectification voire la suppression des informations diffusées les concernant en nous écrivant à caps.departea@orleans.inra.fr.
Le crowdfunding pour financer l'accès à la science ?

Le mouvement de l'open access, ou 'accès libre' des publications scientifiques, a été initié après 1970 par les physiciens pour communiquer rapidement leurs résultats<fnref n="1" />. En juin 2012, le rapport Finch propose la généralisation d'un modèle spécifique d'open access au Royaume-Uni, le gold open access<fnref n="2" />. Avec ce modèle ce ne sont plus les lecteurs qui paient l'accès aux articles par abonnement, mais les auteurs et leurs institutions. En outre, pour le gold open access c'est la version finale de l'article, c'est à dire le document mis en forme, qui est mis en accès libre immédiatement par l'éditeur, par opposition au green open access qui consiste pour l'auteur à publier une version préalable sur une archive libre et généralement après une période d'embargo. Les conséquences de cette transition d'un modèle lecteur-payeur vers un modèle auteur-payeur pour un organisme de recherche comme l'Inra ont été publiés<fnref n="3" />. Le modèle auteur-payeur pose en particulier le problème du financement des publications par les chercheurs dont les moyens varient très largement selon la discipline et le pays.

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

Une solution serait le développement du crowdfunding, ou financement participatif. Par exemple, l'Inra participe au projet Numalire de financement participatif pour la numérisation de livres anciens<fnref n="4" />. Inspiré du modèle ancien de la souscription publique, il s'agit ici de proposer à des internautes de financer la numérisation d'un livre. Ainsi l'Inra ouvre sa politique documentaire aux amateurs, aux mécènes et aux investisseurs qui cherchent un retour en terme de trafic internet. Ce dispositif permet à l'argent public d'être mieux utilisé en se concentrant sur des documents patrimoniaux ou scientifiques qui ne sont pas pris en charge par le privé. D'autres initiatives existent comme le projet participatif unglue.it qui permet de 'décoller' des livres numériques pour les rendre accessibles au public. On pourrait par conséquent imaginer le financement des publications scientifiques en open access par les internautes, d'autant que l'argent public pour la recherche se raréfie. Les articles comporteraient la mention 'libéré' ainsi que les noms des mécènes.

Mathieu Andro

Ingénieur numérisation et text mining à l'Inra

mathieu.andro@versailles.inra.fr

<footnote n="1">¹ http://en.wikipedia.org/wiki/Open_access</footnote>

<footnote n="2">² Finch et al. 2012. Accessibility, sustainability, excellence: how to expand access to research publications. Report of the Working Group on Expanding Access to Published Research Findings, 140 p.</footnote>

<footnote n="3">³ Andro et al. 2014. Estimation des dépenses de publication de l'Inra dans un modèle théorique "gold open access". Documentaliste, Sciences de l'Information 51(4), 70-79.</footnote>

<footnote n="4">⁴ Andro et al. 2014. Numalire, une expérimentation de numérisation à la demande du patrimoine conservé par les bibliothèques sous la forme de financements participatifs (crowdfunding). Bulletin des Bibliothèques de France. 2 octobre, 9 p.</footnote>
# Réseaux sociaux

## Pourquoi tweeter quand on est chercheur ?

Blog Le Sense of Wonder, 18 janvier 2015.

Pourquoi utiliser Twitter lorsqu'on est chercheur ? Si vous pensez que vous n'avez rien à y gagner, voici quelques raisons qui pourraient vous faire changer d'avis :

* Peu d'efforts d'engagement : moins de 140 caractères suffisent.

* Un public large et varié : plus de 284 millions d'utilisateurs actifs mensuels en 2015.

* Une conversation, pas un cours : contrairement à un cours ou une conférence en amphi, votre public n'est pas passif. Les gens usent de leur anonymat pour poser spontanément et à tout moment les questions qui leur viennent à l'esprit. Leurs commentaires pourront aussi vous apprendre des choses.

* Un exercice de concision : être capable de communiquer autour de son travail en quelques phrases simples est en soi un formidable exercice de vulgarisation scientifique.

* Une source d'information sur l'actualité scientifique : il existe sur Twitter une véritable communauté autour de l'actualité scientifique.

* Un outil de suivi des événements scientifiques : de plus en plus d'événements proposent en effet un hashtag, un mot clé qui servira à en retrouver toutes les informations.

* Un outil de notoriété publique ET académique : un article de Shuai et al. paru en 2012 et étudiant près de 4600 articles scientifiques a montré que les articles mentionnés sur Twitter étaient en moyenne plus téléchargés et plus cités que les autres.

En direct du labo (@EnDirectDuLabo) est un compte twitter collaboratif qui invite chaque semaine des scientifiques à parler de leur travail et de leur vie. Les participants appartiennent à différents domaines scientifiques (ou liés à la science).

http://lesenseofwonder.blogspot.fr

http://endirectdulabo.tumblr.com/about

## Academia gets social

EASE Journal blog, 19 décembre 2014

The author examines the rise of academic social networking websites, such as Academia.edu and ResearchGate, and asks researchers how these sites are shaping their careers. These academic-focused social networks operate much like Facebook or LinkedIn. Researchers upload their latest research publications, and discuss the technical aspects of their work. The number of papers and datasets uploaded is mounting at an exponential rate. The rapid feedback metrics on the number of views and downloads of the papers can help researchers decide where to focus their efforts.

Owens B. Academia gets social. The Lancet 2014;384:1834-1835

http://ese-bookshelf.blogspot.com/2014/12/b-academia-gets-social.html

http://www.thelancet.com/journals/lancet/article/PIIS0140-6736(14)62230-3/fulltext

# Rédaction

## Writing style: abstract thoughts

EASE Journal blog, 22 décembre 2014

A well-written abstract is essential to direct potential readers towards your research. Most readers use electronic searches or content lists from favoured journals to identify potentially interesting papers. Data dissemination and retrieval systems operate almost exclusively at the level of titles and abstracts. This article describes main elements for an informative and concise abstract. Some tips from the AMA Manual Style are also included. The author also published Writing style: what's in a title? BJD 2014;170:1003-1004

Anstey A. Writing style: abstract thoughts. British Journal of Dermatology 2014;171:205-206 (di: 10.1111/bjd.13181)

http://ese-bookshelf.blogspot.com/2014/12/b-writing-style-abstract-thoughts.html

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1111/bjd.13181/full

## Article introductions: more important than you thought!

Wiley exchanges blog, 5 mars 2015

Journal editors and reviewers are looking for novelty, significance and relevance to their readers when they read your submitted article. Your abstract can make claims about these features, but does not
provide space for the evidence to back them up. The
introduction is the place for that. 6 important
argument stages were identified :

1. Present the context or background to your study, claiming its importance to the field and to the interests of the journal's readers.

2. Lay a foundation of information already known by presenting findings of other researchers on aspects of the problem you addressed.

3. Indicate the need for more investigation by highlighting a gap in the existing work, showing a need for extension of the work, or creating a research 'niche' that your study fills.

4. 3 alternatives here, depending on your research field and the journal's conventions: a) state the purpose/objectives of your study; OR outline the main activity of the paper or study (e.g. 'here we analyze ... and investigate ...'); OR summarize the findings of the study (used in some fields/journals only).

5. Optionally, highlight a positive value or benefit of carrying out the study.

6. In some research fields only – include a ‘map’ of how the rest of the article is organized. You will know whether you need this stage from reading a selection of recent articles from your target journal.

http://exchanges.wiley.com/blog/2015/03/05/article-introductions-more-important-than-you-thought/

Elliptical constructions

American Journal Experts (AJE), Editing tip, janvier 2015

An elliptical construction is a sentence from which one or more words are omitted for the sake of conciseness. This act of omission is also called elision. One very common type of elision is omission of a verb-containing phrase. Example of revised sentences:

* The positive control **grew** by 4 cm, and the negative control **grew** by 1 cm.

* Elliptical construction: The positive control **grew** by 4 cm, and the negative control by 1 cm.

https://www.aje.com/en/author-resources/articles/editing-tip-elliptical-constructions

Not all punctuation is created equal

Blog Enago, Research Writing, 2 février 2015

Perfectly punctuated sentences of varying structures
help you engage and retain your reader's attention.

Poor punctuation can camouflage – or even entirely
deface – brilliant ideas. This article addresses three of
English's most troublesome marks:

* Comma: setting off an introductory phrase, listing, bracketing, omission

* Dash: advanced bracketing to set off emphatic content

* Parentheses: setting off inessential content

Perfectly punctuated sentences of varying structures
help you engage and retain your reader's attention.

http://www.enago.com/blog/punctuation-not-created-equal/#ixzz3Sex0AKqy

Métriques et impact

Newsflo joins Elsevier to track media coverage for researchers

Blog LaList, Inist-CNRS 13 janvier 2015

Newsflo was founded by two PhD students at
Imperial College London — Ben Kaube and Freddie
Witherden — who set out to build an intuitive
service to enable institutions to monitor their
research impact across a broad range of media
sources. (...) This innovative tool will integrate with
Mendeley to enhance altmetrics and measure
societal impact of research.

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

Likes

85,334 (+68)

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

Views

102,110 (+110)

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

Talking

796 (+30)

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

Followers

33,294 (+14)

The Newsflo dashboard shows media coverage and
social media mentions of a research article.

http://lalist.inist.fr/?p=14046

http://www.elsevier.com/connect/newsflo-joins-elsevier-to-track-media-coverage-for-researchers

http://www.newsflo.net/
Le partage de publications entre scientifiques
inquiète les grands éditeurs

DISTinfo, CNRS, 10 frévrier 2015

L'association des éditeurs scientifiques (http://www.stm-assoc.org/) lance une consultation en ligne qui porte sur les logiques de partage et d'échange d'articles scientifiques. Cette consultation a pour but de mieux comprendre ces logiques non marchandes de partage, l'objectif étant de trouver un consensus entre éditeurs et communautés de recherche qui permettrait de "maximiser les bénéfices de partage". (...) La montée en puissance des réseaux sociaux de chercheurs menace les éditeurs d'une perte de contrôle de l'accès aux articles « et des royalties qui vont avec ».

Nature Publishing est l'un des premiers groupes d'édition à dévoiler sa stratégie pour reprendre la maitrise de ses contenus. Les pratiques collaboratives de ses abonnés seront uniquement possibles dans un cadre qui reposerait sur des outils et des règles qu'il aura définis. Selon la DIST, les environnements "propriétaires" des éditeurs permettront le partage des ressources documentaires de façon très encadrée et peut-être à terme la prise de contrôle des outils collaboratifs les plus utilisés par les chercheurs (Mendeley, ReadCube, Papers, Endnote). Les grands organismes de recherche, dans le cadre d'une coopération internationale, pourraient prendre la décision de publier les recherches qu'ils financent sous Creative Commons pour s'affranchir du Copyright qui est « le nœud gordien de cette affaire ».

http://www.cnrs.fr/dist/z-outils/documents/Distinfo2/Distinf10.pdf

Les éditeurs scientifiques et leur conversion à
l'Open Access Gold

Blog OpenNRA, IST Inra, 18 février 2015

La Direction de l'Information Scientifique du CNRS analyse les transformations en cours des grands éditeurs commerciaux qui ont maintenant tous défini des stratégies de basculement de leurs modèles économiques dans le Gold Open Access : annonces répétées en faveur de Gold Open Access payant via des Article Processing Charge (APC), regroupement des principaux éditeurs, rachat d'éditeurs de revue Open Access Gold et création de mégarevues type Plos One. Les revenus des éditeurs à partir des abonnements aux revues vont devenir négligeables d'ici 10 ans et les éditeurs auront du mal à justifier les marges opérationnelles de 35 % de

cet ancien modèle dans le modèle Gold Open Access.
« Le Gold OA payant est intrinsèquement porteur
d'une exigence de transparence sur la structure des
coûts de l'édition scientifique ».

http://www.cnrs.fr/dist/z-outils/documents/Distinfo2/Distinf8.pdf

http://ist.blogs.inra.fr/openinra/

Nouveau modèle pour les frais de publication

Inist, Libre accès à l'information scientifique et technique, T. Hameau, 13 janvier 2015

À l'occasion de la conférence FORCE2015, les Presses de l'université de Californie lancent officiellement une mégarevue, Collabra, librement accessible. Son modèle économique repose sur les frais de publication qui sont de 875 $ par article, mais dont 250 $ sont versés dans un fonds réservé aux « editors » et évaluateurs qui sont libres d'en choisir l'usage. Collabra couvre trois domaines : les sciences de la vie, l'écologie et l'environnement, et les sciences sociales. Une autre mégarevue est annoncée par Elsevier qui sera accessible en ligne et qui couvrira toutes les disciplines. Quelques caractéristiques de cette revue :

* La revue sera développée sur une plateforme qui évoluera en fonction des retours de la communication scientifique.

* Afin de raccourcir le temps de relecture, les données et la technologie derrière Scopus seront utilisés pour faire correspondre les articles aux éditeurs et relecteurs pertinents.

* Pour augmenter la visibilité des articles, Elsevier utilisera les technologies de Mendeley.

* Les auteurs auront le choix de publier sous licences Creative Commons CC-BY et CC-BY-NC-ND.

http://openaccess.inist.fr

Vers une loi open access

Sciences Communes, 5 janvier 2015

En juin 2013, l'Allemagne a adopté une loi open access. L'Italie a suivi de peu l'Allemagne. Une loi du 9 octobre 2013 établit que tout article publié dans une revue financé au moins par moitié pour l'État devra être publié en open access 18 mois après publication pour les documents en sciences naturelles, techniques et médecine et 24 mois pour les sciences humaines et sociales...

Pour suivre l'exemple de l'Allemagne et de l'Italie,
l'auteur de ce billet fait une proposition de loi visant
à faciliter la diffusion des connaissances scientifiques et à encourager le développement du libre accès : un article L952-15 pourrait être ajouté à la section 1, chapitre II, titre V, livre IX de la 4e partie du code de l'éducation nationale définissant les dispositions générales du statut d'enseignement chercheur...

http://scoms.hypotheses.org/391

http://openaccess.inist.fr/?Point-sur-le-Libre-Acces-en

http://merlinobs.coe.int/iris/2014/1/article32.en.html

## Fake journals: their features and some viable ways to distinguishing them

The fake publishers or journals generally have the following features:

1. They publish the papers without any revision or peer-revision process.

2. They have weak websites with a simple submission format.

3. Generally, they have no specific scientific scope and work in a multidisciplinary way.

4. The period between submitting and publishing the papers is very short.

5. They never mention the requested fee in order to publish the papers on their sites, and notify the authors privately in a separate letter.

6. Mainly, they attach themselves to Europe and the West.

7. Commonly, they publish repetitive papers or even papers from other journals.

8. They have a broad advertisement plan in the form of spam E-mails.

9. The names of such journals commonly contain grand adjectives e.g. world, international and global

To make sure of the journals' precision, researchers and students must pay careful attention to the following terms during the submission process:

1. Sending the paper to journals that are recommended by an expert in the field.

2. Sending the paper to the journals that have a special scope.

3. Sending the articles to the well-known publishers.

4. Checking the presence of articles published by this journal in data bases such as Science Direct or Pubmed.

5. Checking the presence of the journal in Thomson Reuters's website.

6. Confirming the uniformity of the website's address of the journal.

Hemmat Esfe M., Wongwises S., Asadi A., et al. (2014), *Fake Journals: Their Features and Some Viable Ways to Distinguish Them*. *Science and Engineering Ethics*, pp. Doi:10.1007/s11948-014-9608-y

## Hijacked journals

Blog Scholarly Open Access, Hijacked Journals, mise à jour 12 février 2015

Sometimes someone will create a counterfeit website that pretends to be the website of a legitimate scholarly journal. The website creators then solicit manuscript submissions for the hijacked version of the journal, pocketing the money... A list of the hijacked and authentic journals is available on the Scholarly open access blog.

http://scholarlyoa.com/other-pages/hijacked-journals/

Jalalian, Mehrdad & Mahboobi, Hamidreza (2014). *Hijacked journals and predatory publishers: Is there a need to re-think how to assess the quality of academic research?* *Walailak Journal of Science and Technology* 11(5), 389-394.

## Publisher uses fake LinkedIn identities to attract submissions

Blog Scholarly Open Access, 10 février 2015

"Hi, Ali, I'd like to connect with you on LinkedIn," the invitation reads, accompanied by a picture of a young and pretty female named "Margaret Harold." The picture and the identity are fake, however, and they function as bait for potential paying authors for a predatory publisher. The publisher creating and using the fake LinkedIn profile is called E-Cronicon.

http://scholarlyoa.com/other-pages/hijacked-journals/

## Criteria for determining predatory open

Jeffrey Beall, auteur du blog Scholarly OA met en ligne la 3ème édition de son guide qui propose aux auteurs une liste de critères pour identifier de potentiels éditeurs prédateurs en OA. Les critères sont regroupés dans les 5 catégories suivantes :

* Editor and Staff

* Business management

* Integrity

* Poor journal standards / practice

* Other

https://scholarlyoa.files.wordpress.com/2015/01/criteria-2015.pdf
## The DOAJ, white list for open access journals

*EASE Journal blog, 6 février 2015*

The Directory of Open Access Journals (DOAJ) is fully functional since 2015-01-23. DOAJ's aim is to become the White List for Open Access journals and to end the present dominance of the legally questionable practice of blacklisting Open Access journals. DOAJ is especially keen on six Open Access characteristics:

1. Archiving (Portico, ...)

2. Article identifier (DOI, ...)

3. Delivery of metadata to DOAJ

4. Machine-readable CC licensing information

5. Either CC BY, CC BY-SA, or CC BY-NC

6. To have the deposit policy registered (Sherpa/Romeo, ...)

http://ese-bookshelf.blogspot.fr/2015/02/n-doaj-fully-functional-now-for.html

## Evaluation

### Nature journals to allow authors to opt for double-blind peer review

*Blog Editage, 19 février 2015*

From March 2015, authors submitting to Nature and the monthly Nature research journals will be able to opt for double-blind peer review at the time of submission. The decision is based on one of the largest international and cross-disciplinary studies on peer review conducted in 2009 in which 76% of the respondents indicated that double blind was an effective peer-review system. Those in favor of double-blind peer review opine that it eliminates personal biases based on gender, seniority, reputation, and affiliation. Some critics of this decision feel that making the double-blind review method optional might not provide an accurate picture of how effective this form of peer review is.

http://www.editage.com/insights/nature-journals-to-allow-authors-to-opt-for-double-blind-peer-review

http://www.nature.com/news/nature-journals-offer-double-blind-review-1.16931

## An Editor's guide to peer review best practice

*Blog Wiley Exchanges, 12 février 2015*

Brian Johnson, managing editor of The Chemical Record addresses some of the issues faced by reviewers, from the perspective of an editor's seat:

* *Considering the journal level:* assessment of the article's suitability for a journal, normally based on the level of the journal and on the target audience.

* *Having to decline:* a simple reply saves everyone time and especially benefits the author.

* *Improving the manuscript:* comments should point out unclear assertions or holes in the article's argumentation and then offer constructive ways to better communicate the findings in the article.

* *"One-liners":* Even a positive one-liner such as "Nice article, should be published as is" deserves some supporting statements.

* *Science vs. Language:* if the article is incomprehensible, there is not much a reviewer can do but suggest rejection on that basis. However, if you can understand the basic message, see if you can guide the authors on what improvements are needed.

* *Literature citations:* every article should contain a well-balanced list of references that is helpful to the reader, is fair to competing authors, and gives due recognition to the initial discoveries and related work that led to the work under assessment.

* *To delegate or not to delegate:* you should either notify the editor or decline and nominate a colleague for the editor to invite directly.

* *Conflict of interest:* any significant conflict of interest should be revealed to the editor.

* *Personal criticism:* reviewers should judge the article content and not the person who wrote it.

* *Anonymity:* for most journals, it is acceptable to reveal your identity voluntarily within the report itself. Otherwise, your identity is kept completely anonymous.

* *Plagiarism ?:* simply notify the editor of your suspicion even if you are not 100% sure.

* Ask the editor to supply missing info for manuscript peer-review.

http://exchanges.wiley.com/blog/2015/02/12/across-the-desk-an-editors-guide-to-peer-review-best-practice/

## Ethique

### PLOS statement on peer review manipulation

*Plos, 23 janvier 2015*

Biomed Central recently uncovered attempts to deceive editors and undermine the peer review process of papers at several of their journals. The reviewers suggested by authors of these papers were
fraudulent, with either seemingly valid names but fabricated email addresses or with completely fictional names. In response, the Committee on Publication Ethics (COPE), Biomed Central and a range of other publishers, including PLOS, are collaborating to investigate the extent to which this practice has affected submissions to their journals. COPE has issued a statement outlining the action that each publisher will take [...] Peer review manipulation is an industry issue and all scientific publishers have a responsibility to reinforce and strengthen pre-publication review and their quality assurance processes.

http://www.plos.org/plos-statement-on-peer-review-manipulation/

# Processus de publication

## Optimizing the submission decision process

How do scientists decide where to submit manuscripts? Many factors influence this decision, including prestige, acceptance probability, turnaround time, target audience, fit, and impact factor. Here, we present a framework for evaluating where to submit a manuscript based on the theory of Markov decision processes. We derive two models, one in which an author is trying to optimally maximize citations and another in which that goal is balanced by either minimizing the number of resubmissions or the total time in review. We parameterize the models with data on acceptance probability, submission-to-decision times, and impact factors for 61 ecology journals. We find that submission sequences beginning with *Ecology Letters*, *Ecological Monographs*, or *PLOS ONE* could be optimal depending on the importance given to time to acceptance or number of resubmissions. This analysis provides some guidance on where to submit a manuscript given the individual-specific values assigned to these disparate objectives.

Salinas S, Munch SB (2015) *Where Should I Send It? Optimizing the Submission Decision Process*. PLoS ONE 10(1):e0115451. doi:10.1371/journal.pone.0115451

## La fin du pdf

### Blog Rédaction médicale, 1er mars 2015

Un article du Guardian le 11 février 2015 intitulé "Researchers: it's time to ditch the pdf" indique que 'le pdf, c'est comme le tiroir de votre bureau : un endroit où les données scientifiques sont difficiles à trouver et vite oubliées'. Les arguments de cet article : le pdf rend la lecture de la recherche plus difficile ; c'est une

conversation en sens unique ; la recherche est perdue et oubliée. Cette idée est déjà défendue par Hervé Maisonneuve dans ses cours, avec les arguments suivants:

1. depuis longtemps les vidéos ont remplacé les photos;

2. les liens des références à leur source (crossref), les liens à l'article valide (crossmark) sont indispensables pour bien lire);

3. un article doit se lire avec le protocole disponible en un clic;

4. les données sources doivent être accessibles (avec ou sans codes) et des liens à des registres de type dryad, figshare sont exigés par des revues;

5. dans certaines disciplines des sciences de la terre, la carte de géographie a disparu, remplacée par google maps... logique;

6. en chimie, les scientifiques scannent régulièrement les cahiers de laboratoires et feuilles de paillasse, pour les rendre accessibles;

7. je veux avoir accès aux avis des reviewers et à toutes les versions du manuscrit avant acceptation;

8. le post-publication peer-review va devenir la norme avec les réseaux sociaux de type pubpeer, et avec l'intervention de PubMed Commons;

9. bientôt les frontières avec tous les réseaux sociaux de type Research Gate vont s'estomper...

Oui, le pdf va mourir car "je veux tout, tout de suite, n'importe où, et gratuitement..." Nous y serons bientôt...

http://www.h2mw.eu/redactionmedicale/2015/03/la-lente-agonie-du-pdf-l'article-du-futur-est-bien-sup%C3%A9rieur.html

# Données de la recherche

## Developing a guideline to standardize the citation of bioresources in journal articles (CoBRA)

Many biomedical publications refer to data obtained from collections of biosamples. Sharing such bioresources (biological samples, data, and databases) is paramount for the present governance of research. Recognition of the effort involved in generating, maintaining, and sharing high quality bioresources is poorly organized, which does not
encourage sharing. At publication level, the
recognition of such resources is often neglected
and/or highly heterogeneous. This is a true handicap
for the traceability of bioresource use. The aim of this
article is to propose, for the first time, a guideline for
reporting bioresource use in research articles, named
CoBRA: Citation of BioResources in journal Articles.

Developing a guideline to standardize the citation of
bioresources in journal articles (CoBRA). Bravo,E.;
Calzolari,A.; De Castro,P & Al. BMC Medicine, 17
February 2015. doi:10.1186/s12916-015-0266-y

http://www.biomedcentral.com/1741-7015/13/33

Data and scholarly publishing: the transforming
landscape

EASE Journal Blog, 22 décembre 2014

Research data has become an increasingly critical
issue for publishers. Introducing a Learned
Publishing special issue on research data and
publishing, the author outlines some recent
initiatives that are responding to policy directives,
particularly the Project ODE (Opportunities for Data
Exchange), funded by the European Union. She also
considers how publishers are working with data and
integrating their practices with other collaborative
efforts.

Murphy F. Data and scholarly publishing: the transforming landscape. Learned Publishing 2014;27:S3-S7 (doi: 10.1087/20140502)

http://ese-bookshelf.blogspot.fr/2014/12/b-research-data-and-publishing.html

GigaScience

Cofactor Science, 3 mars 2015

GigaScience is an open access journal that publishes
‘big data’ studies in the life and biomedical sciences.
Papers in the journal are all linked to a database that
hosts all associated data (linked with doi numbers)
and provides data analysis tools, which can enable
more interactive papers. Fields covered include
genomics, bioinformatics, imaging, neuroscience,
ecology, cohort data, systems biology and more. The
journal requires that all supporting data and source
code be publically available. It is co-published by
BioMed Central and the Chinese genomics
organisation BGI.

http://www.gigasciencejournal.com/

http://cofactorscience.com/blog/helps-journals

Communication
scientifique

Histoire d'une publication en vidéo

Scoop.it, Le fil d'Ariane, février 2015

Le chercheur et son article : une aventure en trois
acte. Un film en stop-motion pour comprendre
comment les chercheurs publient leurs découvertes.

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

http://hebergement.u-
psud.fr/supraconductivite/stopmotion.html

L'INRA partie prenante de Science & You

Le colloque "Journées Hubert Curien" se déroulera
Du 2 au 5 juin 2015 au Centre Prouvé de Nancy. Le
Forum "Science & You", lieu complémentaire du
colloque mêlant théorie et pratique, permettra de
débattre des enjeux et de l'avenir de la médiation
scientifique. Quel rôle peuvent jouer les
technologies du numérique dans la médiation
scientifique ? Comment les citoyens sont-ils
informés des dernières avancées en sciences ? Les
chercheurs communiquent-ils de façon efficace sur
leurs travaux ? Quel rôle jouent les médias dans ces
débats ?... Des questions qui vont réunir plusieurs
centaines de spécialistes internationaux de la
communication des sciences. Des chercheurs et
doctorants du centre INRA de Nancy-Lorraine
animeront un stand et interviendront dans 2 ateliers
du colloque.

http://www.science-and-you.com/fr
# Outils

## Scientific writing tools

Slideshare, 18 février 2015

"Research Tools" can be defined as vehicles that broadly facilitate research and related activities. "Research Tools" enable researchers to collect, organize, analyze, visualize and publicize research outputs. Dr. Nader has collected over 700 tools that enable researchers to follow the correct path in research and to ultimately produce high-quality research outputs with more accuracy and efficiency. It is assembled as an interactive Web-based mind map, titled "Research Tools", which is updated periodically.

http://fr.slideshare.net/NaderEbrahim/scientific-writing-tools-by-dr-nader-ale-ebrahim

## Taylor & Francis Editing Services

English Language Editing, Translation, Manuscript Formatting, and Figure Preparation from Taylor & Francis. Make the process of preparing and submitting a manuscript easier with Taylor & Francis' suite of editing services, provided by Research Square.

http://www.tandfeditingservices.com/en/

# Humour

@EricLichtfouse

## Cinq tasses pour un miracle

Un article très pédagogique de News.Mic explique en 14 points les effets de la caféine. On y apprend qu'il ne sert à rien de prendre un café avant 9h30 le matin ; qu'il suffit de 10 minutes après ingestion pour ressentir les effets ; qu'il vaut mieux boire de la bière pour être créatif ; que l'addiction à la caféine est due au cerveau qui s'adapte en surproduisant de l'adénosine ; et que la dose léthale est de 100 tasses pour l'homme. Des expériences montrent également des altérations remarquables de toiles tissées par des araignées sous l'emprise de la caféine ou d'autres psychotropes comme la marijuana ou le diéthylamide de l'acide lysergique (LSD). La courbe de la caféine suggère des révélations divines après 5 tasses... What else ?

## Top 15 heaviest coffee drinkers

<table><tr><td>1</td><td>Scientist/Lab Technician</td></tr><tr><td>2</td><td>Marketing/PR Professional</td></tr><tr><td>3</td><td>Education Administrator</td></tr><tr><td>4</td><td>Editor/Writer</td></tr><tr><td>5</td><td>Healthcare Administrator</td></tr><tr><td>6</td><td>Physician</td></tr><tr><td>7</td><td>Food Preparer</td></tr><tr><td>8</td><td>Professor</td></tr><tr><td>9</td><td>Social Worker</td></tr><tr><td>10</td><td>Financial Professional</td></tr><tr><td>11</td><td>Personal Caretaker</td></tr><tr><td>12</td><td>Human Resources Benefits Coordinator</td></tr><tr><td>13</td><td>Nurse</td></tr><tr><td>14</td><td>Government Professional</td></tr><tr><td>15</td><td>Skilled Tradesperson</td></tr></table>

## THE CAFFEINE CURVE

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

http://mic.com/articles/84925/14-surprising-facts-about-caffeine-explained-by-science

### Crédit photo :

http://en.ilovecoffee.jp/posts/view/23, https://www.flickr.com/photos/emdot/9938521/