Seurinck, S., Defoirdt, T., Verstrate, W., Siciliano, S.D. (2004). Detection and quantification of the human-specific HF183 Bacteroides16S rRNA genetic marker with real-time PCR for assessment of human faecal pollution in freshwater. *Environmental Microbiology* 7(2), 249-259.
[doi.org/10.1128/AEM.66.10.4571-4574.2000](doi.org/10.1128/AEM.66.10.4571-4574.2000)

Shanks, O.C., Atokovic, E., Blackwwod, A.D., Lu, J., Noble, R.T., Santo Domingo, J., Seifring, S., Sivaganesan, M., Haugland, R.A. (2008). Quantitative PCR for Detection and Enumeration of Genetic Markers of Bovine Fecal Pollution. *Applied and Environmental Microbiology* 74(3), 745-752.
[doi.org/10.1128/AEM.01843-07](doi.org/10.1128/AEM.01843-07)
# ANNEXE 1 : Code “Campbell IGE” - déclenchement des échantillonneurs automatiques
ISCO (IGE)

Sub chypster

# MeanH est la variable pour le niveau d'eau

# variation_MeanH est la différence de niveau d'eau entre le pas de temps actuel et le pas de temps précédent

variation_MeanH = MeanH - Claduegne.MeanH(1)

# signe Clear est le signe attribué en fonction de la valeur de signe_MeanH

If signe_MeanH < -delta Clear Then

signe Clear = -1

Else signe_MeanH > delta Clear Then

signe Clear = 1

Else

signe Clear = 0

EndIf

# somme Clear est somme de signe Clear au pas de temps actuel, au pas de temps précédent et à l'avant-dernier pas de temps

sommation element = signe Clear + Claduegne.signe Clear(1) + Claduegne.signe Clear(2)

# critere variation niveau est le signe attribué en fonction de la valeur de somme alan

If somme alan >= 2 Then

critere variation niveau = -1

Else somme alan <= -2 Then

critere variation niveau = 1

Else

critere variation niveau = 0

EndIf

# delta temps isco est l'intervalle de temps depuis le dernier prélèvement

# limit crue vaut 50 min

# le prélèvement est commandé selon des conditions suivantes :

If delta temps isco >= limit crue Then

If signe variation niveau = -1 AND Claduegne.criteres variation niveau(1) = -1 Then

Prelevements chypster

delta temps isco = 0

Else signe variation niveau = 1 AND Claduegne.criteres variation niveau(1) = 1 Then

Prelevements chypster

delta temps isco = 0

EndIf

EndIf

# condition spécifique pour le prélèvement à l'étiage

If delta temps isco >= limit hebdo Then

If signe variation niveau = 1 AND Claduegne.criteres variation niveau(1) = 1 Then

Prelevements chypster

delta temps isco = 0

EndIf
EndIf

delta_tempis_isco = delta_tempis_isco + 1

EndSub
ANNEXE 2 : Extraction d'ADN : Dneasy Blood & Tissue, Qiagen

(Source : Laurence Marjolet - Vetagro Sup)

1- Vortexer pendant 30 secondes (s'assurer que le filtre est bien au contact du tampon GITC - Ne pas hésiter à déplier le filtre)

2- Ajouter 300 µL de tampon AL

3- Vortexer pendant 30 secondes

4- Ajouter 500 µL d'éthanol absolu

5- Vortexer pendant 30 secondes

6- Transférer 700 µL de lysat sur une colonne de centrifugation (Dneasy mini spin column)

7- Centrifuger 1 min à 13 000 rpm. Jeter le filtrat

8- Répéter les étapes 6 et 7 jusqu'à ce que tout le lysat soit passé sur la colonne

9- Placer la colonne sur un nouveau tube de collection

10- Ajouter 500 µL de tampon AW1

11- Laisser agir 5 min

12- Centrifuger 1 min à 13 000 rpm. Jeter le filtrat

13- Placer la colonne sur un nouveau tube de collection

14- Ajouter 700 µL de tampon AW2

15- Centrifuger 1 min à 13 000 rpm. Jeter le filtrat

16- Centrifuger 2 min à 13 000 rpm pour éliminer toute trace d'éthanol

17- Placer les colonnes dans un tube de 1.5 mL

18- Ouvrir les capuchons des colonnes et laisser 5 min à l'air pour permettre l'évaporation de l'éthanol résiduel

17- Ajouter 25 µL de tampon AE directement sur la silice et attendre 1 min

18- Centrifuger 1 min à 13 000 rpm pour éluer l'ADN

19- Répéter l'étape 17 et 18 (augmente le rendement)

20- Fermer les tubes et les conserver à -20°C