# Découverte des APIs de l'entrepôt Recherche Data Gouv

Camille Desiles, Virgile Jarrige, Damien Sans, Dimitri Szabo

► To cite this version:

Camille Desiles, Virgile Jarrige, Damien Sans, Dimitri Szabo. Découverte des APIs de l'entrepôt Recherche Data Gouv. Printemps de la Donnée 2024, 2024, Paris, France. hal-04702528

HAL Id: hal-04702528

https://hal.inrae.fr/hal-04702528v1

Submitted on 19 Sep 2024

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Bonjour et bienvenue !

Cette classe virtuelle démarrera
à XX h

Le support est téléchargeable ici :

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# Découverte des APIs de l'entrepôt Recherche Data Gouv

## Sessions 2024

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Centre de ressources
entrepôt-catalogue

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Recherche Data Gouv

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LICENCE OUVERTE
OFPEN LICENCE

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@RechercheDataGv
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DANS CETTE PRÉSENTATION

• PRÉSENTATION GÉNÉRALE

• LES CONCEPTS CLÉS

• OUTILS COMPLÉMENTAIRES

• LES APIS

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@RechercheDataGv
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# PRÉSENTATION DU PROJET NATIONAL
RECHERCHE DATA GOUV

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LICENCE OUVERTE
OPEN LICENCE

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# Un projet national

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## Deuxième axe

Structurer, partager
et ouvrir les données
de la recherche

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Créer **Recherche Data Gouv** qui proposera une offre souveraine et certifiée (**Core trust seal**) de dépôt et de signalement des données de recherche ainsi qu'une offre d'accompagnement des chercheurs, à travers:

* un réseau territorial d'« ateliers de la donnée » labellisés, mobilisant une large palette de compétences et de métiers pour un accompagnement de proximité ;

* des **centres de référence thématiques** qui définissent les pratiques de gestion, de description et d'ouverture des données propres à une discipline ou un domaine de recherche.
# L'écosystème Recherche Data Gouv

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## 4 Modules d'accompagnement :

- Ateliers de la donnée

- Centres de référence établissement

- Centres de référence thématiques

- Centres de ressources

## 2 Modules de partage :

- Entrepôt

- Catalogue (à venir)
## L'entrepôt

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**Environnement de production**

https://entrepot.recherche.data.gouv.fr

**Environnement bac-à-sable**

https://demo.recherche.data.gouv.fr

* Documenter et partager tout type de données de recherche ;

* Rechercher, découvrir, accéder et réutiliser ;

* Toutes fonctionnalités accessibles via **interface web** ou **API**.
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# LES CONCEPTS CLÉS DE L'APPLICATION DATAVERSE

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LICENCE OUVERTE
OPEN LICENCE

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@RechercheDataGv
# Dataverse, moteur de l'entrepôt et du catalogue

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116 Installations

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Les objets

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* **collection** : contient des jeux de données et/ou des sous-collections

* **jeu de données** : rassemble les fichiers et la documentation

* **fichier** : Un **fichier** de données ou de documentation (e.g. README)
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Les métadonnées en bref

Identifiant pérenne

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doi:10.57745/PM55G5

Date de publication

<figure><img src="image_38.png" /></figure>

2023-01-26

Titre

<figure><img src="image_39.png" /></figure>

One-step synthesis of spin crossover nanoparticles using flow chemistry and supercritical CO2

Point de contact

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Utiliser le bouton de courriel ci-dessus pour joindre la personne-contact.
TOULIN, Stéphane (CNRS)

Auteur

<figure><img src="image_41.png" /></figure>

Daro, Nathalie (Univ. Bordeaux, CNRS, Bordeaux INP, ICMCB, UMR 5026, F-33600 Pessac, France) - ORCID: 0000-0002-3707-9686
Chastanet, Guillaume (Univ. Bordeaux, CNRS, Bordeaux INP, ICMCB, UMR 5026, F-33600 Pessac, France) - ORCID: 0000-0001-6829-4066
Marre, Samuel (Univ. Bordeaux, CNRS, Bordeaux INP, ICMCB, UMR 5026, F-33600 Pessac, France) - ORCID: 0000-0001-8889-187X
Aymonier, Cyril (Univ. Bordeaux, CNRS, Bordeaux INP, ICMCB, UMR 5026, F-33600 Pessac, France) - ORCID: 0000-0003-1775-0716
Vaudel, Tony (Univ. Bordeaux, CNRS, Bordeaux INP, ICMCB, UMR 5026, F-33600 Pessac, France)
Afindouli, Luc (Univ. Bordeaux, CNRS, Bordeaux INP, ICMCB, UMR 5026, F-33600 Pessac, France)

Contributeur

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Data Collector : TOULIN, Stéphane (Univ. Bordeaux, CNRS, Bordeaux INP, ICMCB, UMR 5026, F-33600 Pessac, France) - ORCID: 0000-0002-2087-7403

Producteur

<figure><img src="image_43.png" /></figure>

Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS) https://www.cnrs.fr/

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Université de Bordeaux (UBX) https://www.u-bordeaux.fr/

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Bordeaux INP https://www.bordeaux-inp.fr/

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Localisation de la production

<figure><img src="image_47.png" /></figure>

Pessac

Distributeur

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Entrepôt-Catalogue Recherche Data Gouv

Description

<figure><img src="image_49.png" /></figure>

Data set and images from

- Publication : Daro N., Vaudel T., Afindouli L., Marre S., Aymonier C. and Chastanet G. One-step synthesis of spin crossover nanoparticles using flow chemistry and supercritical CO2. Chemistry - European Journal 2020 vol.26, n°69, p.16286-16290.
DOI : 10.1002/chem.202002322 / HAL : https://hal.science/hal-02945200

* Données décrivant les données

* Facilite la découverte

* Pour comprendre les données et les conditions de production

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# Blocs de métadonnées

* Métadonnées générales :

* 6 sont obligatoires : Titre, Auteur Nom, Point de contact Courriel, Description Texte, Sujet, Type de données

* liens avec d'autres objets (Lien vers les données, Autre identifiant, Publication associée, Jeu de données associé)

* etc.

* Métadonnées spécifiques :

* Métadonnées géospatiales

* Métadonnées de sciences humaines et sociales

* Métadonnées de science de la vie

* Métadonnées de revue

* Métadonnées de ressources sémantiques

* Métadonnées d'astronomie et astrophysique

* Métadonnées de workflow de calcul

Conformes aux standards
DDI, Dublin Core,
DataCite, ISA-TAB
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# LES OUTILS COMPLÉMENTAIRES

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LICENCE OUVERTE
OPEN LICENCE

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@RechercheDataGv
# Pour les site webs : les widgets

## Widget : Window gadget

* Permet d'afficher des éléments de Recherche Data Gouv dans un site web

* Contenu d'une collection

* Recherche dans une collection

* Contenu d'un jeu de données

* Citation d'un jeu de données

* Code à ajouter simplement dans une page web

* Récupérables sur l'interface dans le jeu de données ou la collection
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# Les widgets

La collection doit être publiée pour accéder aux widgets.

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Les widgets 1/4 : Contenu d'une collection

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Les widgets 2/4 : Recherche dans une collection

Search+my+dataverse... Find
# Les widgets 3/4 : Contenu d'un jeu de données

Recherche Data Gouv > Espace Générique >

## Données de réplication pour : Trait-environment associations diverge between native and alien breeding bird assemblages on the world's oceanic islands.

Version 1.0

<figure><img src="image_65.png" /></figure>

RAULT, Charlotte; LEPRIEUR, Fabien; BARBARO, Luc; KREFT, Holger; MOUQUET, Nicolas; PAPAIX, Julien; SEKERCIOGLU, CAGAN; VIOLLE, Cyrille; BARNAGAUD, Jean-Yves, 2023, "Données de réplication pour : Trait-environment associations diverge between native and alien breeding bird assemblages on the world's oceanic islands.", https://doi.org/10.57745/1B RHFC, Recherche Data Gouv, V1, UNF:6:kTrGqusY0zmC5asl9vB0Eg== [fileUNF]

Citer le jeu de données ▼

Pour en apprendre davantage sur le sujet, consulter le document Data Citation Standards [en].

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Les widgets 4/4 : Citation d'un jeu de données

<figure><img src="image_67.png" /></figure>

RAULT, Charlotte; LEPRIEUR, Fabien; BARBARO, Luc; KREFT, Holger; MOUQUET, Nicolas; PAPAIX, Julien; SEKERCIOGLU, CAGAN; VIOLLE, Cyrille; BARNAGAUD, Jean-Yves, 2023, "Données de réplication pour : Trait-environment associations diverge between native and alien breeding bird assemblages on the world's oceanic islands.", https://doi.org/10.57745/1B RHFC. Recherche Data Gouv V1 UNF6:kTrGousY07mC5asl9vB0Fq== ffilelJNFI

Les données sont archivées par : Recherche Data Gouv.

Fourni par

The
Dataverse®
Project
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# Pour déposer des fichiers : DV Uploader

Outil de dépôt de fichiers en ligne de commande.

Permet de téléverser :

* un grand nombre de fichiers (>1000)

* à partir d'un répertoire de dossier sous-dossiers

* de façon récursive, en reproduisant l'arborescence

Plus d'informations
<figure><img src="image_69.png" /></figure>

# Pour explorer les données : prévisualisation & outils externes

## Prévisualisations existantes

* Tableaux (.csv, .tab*, .tsv)
* Texte brut (. fasta, .fastq, .txt,)
* Audio (.mp3, .mpeg, .ogg, .wav)
* Markdown (.md)

* Image (.gif, .jpeg, .png)
* Video (.mp4, .ogg, .quicktime)
* Page web (.html)

* PDF (.pdf)
* Archive (.zip)

## Condition d'ajout

* Accessible via a webapp

* Récupération des informations via une URL de Dataverse

* Plus d'informations

## Les outils externes (Data Explorer, JupyterHub, Binder)

* Seul Data Explorer (tableaux) installé

* Documentation
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<figure><img src="image_71.png" /></figure>

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# LES APIs : POUR QUOI FAIRE ?

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LICENCE OUVERTE
OPEN LICENCE

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@RechercheDataGv
Les différentes APIs

* Search API : Recherche

* Native API : Fonctionnalités principales

* ⚠ Direct Upload/Replace : Téléversement des fichiers

* Data Access API : Téléchargement de fichiers

* Metrics API : Statistiques d'utilisation

* SWORD API : Dépôt de fichiers et jeux de données

* MyData API ⚠ non documentée
## Rechercher des jeux de données

API = Search ou MyData

Cas d'usage :

* Recherche simple ou avancée, avec ou sans authentification

* Récupérer les données d'un utilisateur (MyData)

Points importants à l'usage :

* Pour rechercher sur des métadonnées spécifiques, voir le schéma **diapo 13**

* Peu de métadonnées renvoyées : si besoin, utiliser l'API Native ensuite

* Attention à la pagination : tous les résultats ne sont pas renvoyés
<figure><img src="image_76.png" /></figure>

# Gérer une collection

## API = Native

Cas d'usage :

* Créer, modifier et publier une collection

* Gérer les informations, droits et autres possibilités du portail

* Supprimer la collection

* Récupérer les données des Registres des visiteurs

Point d'attention à l'usage :

* Authentification généralement nécessaire

* CORS (certaines commandes non utilisables en frontend web)
<figure><img src="image_77.png" /></figure>

# Gérer un jeu de données

## API = Native ou SWORD

## Cas d'usage

* Créer, modifier et publier un jeu de données

* Gérer les métadonnées, droits et autres possibilités du portail

* Supprimer le jeu de données

## Point d'attention à l'usage :

* Authentification généralement nécessaire

* CORS (certaines commandes non utilisables en frontend web)

<figure><img src="image_78.png" /></figure>
<figure><img src="image_79.png" /></figure>

# Gestion des fichiers

## API = Native ou Data Access

### Cas d'usage

* Créer, remplacer, modifier et supprimer des fichiers

* Administrer (et demander) l'accès

* Télécharger des fichiers ou certaines de leurs variables

### Point d'attention à l'usage :

* Authentification généralement nécessaire

* CORS (certaines commandes non utilisables en frontend web)
<figure><img src="image_80.png" /></figure>

# Métriques

## API = Metrics

### Cas d'usage

* Récupérer des métriques sur le portail (créations, téléchargements...)

* Récupérer des métriques pour une collection

* Récupérer des métriques d'utilisation pour un jeu de données

### Point d'attention à l'usage :

* Données de bac à sable pas forcément renseignées
<figure><img src="image_81.png" /></figure>

# API MyData : Documentation

* Endpoint : {serveur}/api/mydata/retrieve

* Paramètres :

* Key = Jeton de l'utilisateur; pour cette API il ne doit pas être passé dans le header

* role_ids = Rôles de l'utilisateur, plusieurs valeurs possibles parmi :

* 1 = Admin

* 2 = File Downloader

* 3 = Dataverse + Dataset Creator

* 4 = Dataverse Creator

* 5 = Dataset Creator

* 6 = Contributor

* 7 = Curator

* 8 = Member

* dvobject_types = Type d'objet, plusieurs valeurs possibles parmi :

* DataFile

* Dataset

* Dataverse

* published_states = Etat de l'objet, plusieurs valeurs possibles parmi :

* Published

* Unpublished

* Draft

* Deaccessioned

* In+Review

* per_page = Nombre de résultats renvoyés par page
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<figure><img src="image_83.png" /></figure>

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# LES APIS : QU'EST-CE QUE C'EST ?

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LICENCE OUVERTE
OPEN LICENCE

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@RechercheDataGv
API

**Application Programming Interface**

<figure><img src="image_88.png" /></figure>

Mon script, logiciel, etc.

Application

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## API

<figure><img src="image_90.png" /><figcaption>## Application Programming Interface</figcaption></figure>
## API

<figure><img src="image_91.png" /><figcaption>## Application Programming Interface</figcaption></figure>
## Analogie

Un **annuaire téléphonique** permet à un **humain**, de demander une information à un autre **humain**, par téléphone.

Une **API**, permet à un **ordinateur** de demander une information à un autre **ordinateur**, par internet.

Source : api.gouv.fr, consultation le 18/10/2021
# Votre premier appel API

Vous l'avez fait sans le savoir !

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<figure><img src="image_94.png" /></figure>

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<figure><img src="image_96.png" /></figure>

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# Votre premier appel API vers l'entrepôt

Dans votre navigateur, tapez :

https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/api/metadatablocks

et voilà !

Bonus : Si votre navigateur affiche plusieurs onglets, ouvrir l'onglet "Raw Data"

{json}
<figure><img src="image_98.png" /></figure>

Un peu de vocabulaire

https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/api/v1/search?q=*&fq=publicationStatus:Published

1. protocole

2. serveur

3. version

4. endpoint
5. paramètres

1. Protocole : par quoi on échange

2. Serveur : avec qui/quoi on échange

3. Version : permet d'utiliser l'ancienne version d'une API si elle change

4. Endpoint : point d'entrée, quelle commande on effectue

5. Paramètres : avec quelles spécificités
## Quelques commandes supplémentaires

Pour obtenir le schéma du bloc de métadonnées Générales :

https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/api/metadatablocks/citation

Tester de réaliser l'appel avec un autre bloc :

https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/api/metadatablocks/{bloc}

Tester une recherche :

https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/api/search?q=banana
# Tester les paramètres pour une recherche

## Tester une nouvelle recherche :

https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/api/search?q=tree

## Filtrer sur un champ de métadonnées :

https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/api/search?q=tree&fq title:tree

## Limiter le nombre de résultats par page :

https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/api/search?per_page=1&q=tree&fq=tree
<figure><img src="image_99.png" /></figure>

## Les méthodes :

* Verbes HTTP correspondant à 4 opérations (CRUD)

<table><thead><tr><td>Opération</td><td>Traduction</td><td>Verbe</td></tr></thead><tbody><tr><td>Create</td><td>Créer</td><td>POST</td></tr><tr><td>Read</td><td>Afficher</td><td>GET</td></tr><tr><td>Update</td><td>Mettre à jour</td><td>PUT</td></tr><tr><td>Delete</td><td>Supprimer</td><td>DELETE</td></tr></tbody></table>

* Les exemples précédents sont en réalité des GET implicites :
GET
https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/api/metadatablocks
<figure><img src="image_100.png" /></figure>

<figure><img src="image_101.png" /></figure>

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# LES APIS : EN PRATIQUE

<figure><img src="image_102.png" /></figure>

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LICENCE OUVERTE
OPEN LICENCE

<figure><img src="image_104.png" /></figure>

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@RechercheDataGv
<figure><img src="image_106.png" /></figure>

# Les bibliothèques

Des bibliothèques dans différents langages de programmation pour construire des programmes.

* R : [atom4R](https://atom4r.com), ⚠ [dataverse](https://dataverse.org)

* Python : [pyDataverse](https://pydataverse.org)

* Java : [Java](https://java.com)

* Javascript : [javascript](https://javascript.com)

* Ruby : [ruby](https://ruby.org)

Si le client n'existe/ne convient pas, utiliser des bibliothèques génériques comme « curl » !

Le Plus : intégration

* ✓ Correspond le plus souvent à l'usage final

<figure><img src="image_107.png" /></figure>

<figure><img src="image_108.png" /></figure>
## Le terminal

<figure><img src="image_109.png" /></figure>

* Prérequis : curl

* Comment y accéder (Windows) : chercher “ Invite de commande ” ou Win + r , taper “ cmd ” puis entrée

Le Plus : découvrir

✓ Correspond à la documentation Dataverse

Le Moins : praticité

- Connaissance console et autres outils (ex.jq) vite nécessaire
<figure><img src="image_110.png" /></figure>

## Les Clients API

<figure><img src="image_111.png" /></figure>

Nécessaire pour la
classe virtuelle
« Utilisation des APIs »

Plateforme d'APIs. Permet des requêtes plus modulaires qu'avec la console

* Outil à installer depuis https://insomnia/rest/download par exemple

**Le Plus : User Friendly**

* ✓ Distinction et configuration des variables, environnements, sauvegarde...

**Le Moins : automatisation**

—Outil séparé d'une potentielle chaîne de traitement
<figure><img src="image_112.png" /></figure>

## Commandes terminal : pour aller plus loin

Utiliser des variables...

* sous Windows :

```
SET SERVER=https://demo.recherche.data.gouv.fr
```

```
curl %SERVER%/api/metadatablocks
```

* sous Linux ou macOS :

```
SERVER=https://demo.recherche.data.gouv.fr
```

```
curl $SERVER/api/metadatablocks
```

Sauvegarder le résultat :

```
curl https://demo.recherche.data.gouv.fr/api/metadatablocks -o {dir}/resultat.json
```

Récupérer les valeurs contrôlées des métadonnées :

```
curl https://nextcloud.inrae.fr/s/DG4SnAGB2JAgkNw/download/datainraeControlledVocabularies.json
```

```
-o {dir}/controlledValues.json
```

<figure><img src="image_113.png" /></figure>

<figure><img src="image_114.png" /></figure>
## Commandes terminal : au secours, ma commande ne marche pas !

Quelques solutions courantes testables :

* Mettre entre guillemets les URLs

* Que disent l'erreur et la documentation ?

* Si variables, tester le texte de la commande avec : `echo {la_commande}`

* Vérifier avec une durée plus importante entre appels APIs
# Les autres formations et guides Recherche Data Gouv

* Guide DV Uploader

* Formation : Utiliser les APIs Recherche Data Gouv
# La documentation des APIs

## Guide Dataverse :

https://guides.dataverse.org/en/5.14/api/

<figure><img src="image_115.png" /></figure>

▲ bien préciser la version de Dataverse utilisée.

Les différentes APIs y sont documentées séparément
(cf. section "Pour quoi faire")
Comment tester ?

* Pour les tests et d'autant plus en écriture :
  **Utiliser le bac à sable !**

* Pour tester la publication, utiliser si possible toujours le même jeu de données

* Si possible, supprimer les tests au fur et à mesure

Attention !

Ne mets pas tes mains
dans la prod, tu risques
de te faire pincer très fort.

<figure><img src="image_116.png" /></figure>

LAP03-2014 03
Merci
pour votre écoute
<figure><img src="image_117.png" /></figure>

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# Classe Virtuelle : Découverte des APIs

<figure><img src="image_118.png" /></figure>

Centre de ressources
entrepôt-catalogue

<figure><img src="image_119.png" /></figure>

Recherche Data Gouv

support-recherchedatagouv@inrae.fr

<figure><img src="image_120.png" /></figure>

<figure><img src="image_121.png" /></figure>

LICENCE OUVERTE
OPEN LICENCE

Support réalisé par : Camille Desiles (CNRS-INIST) ; Virgile Jarrige (Unistra) ; Damien Sans (INRAE) ; Dimitri Szabo (INRAE)
<figure><img src="image_122.png" /></figure>

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Les institutions membres

<figure><img src="image_123.png" /></figure>

MINISTÈRE
DE L'ENSEIGNEMENT
SUPÉRIEUR,
DE LA RECHERCHE
ET DE L'INNOVATION

Liberté
Égalité
Fraternité

En partenariat avec :

INRAO
la science pour la vie, l'humain, la terre

UGA
Université

Grenoble Alpes

<figure><img src="image_124.png" /></figure>

UNIVERSITÉ
DE LORRAINE

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Université
de Lille

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Université
de Paris

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Université
Paris Nanterre

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UNIVERSITÉ TOULOUSE
Jean Jaurès

université
PARIS-SACLAY

université
BORDEAUX

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