# Décrypter les changements de communautés biologiques le long du littoral breton au cours de l'Anthropocène par paléogénomique

Arthur Monjot, Dimitra-Ioli Skouroliakou, Mathisse Meyneng, Thomas Haize, Joanna Pawlowska, Paola Bertucci, Aurélie Penaud, Raffaele Siano

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Arthur Monjot, Dimitra-Ioli Skouroliakou, Mathisse Meyneng, Thomas Haize, Joanna Pawlowska, et al. . Décrypter les changements de communautés biologiques le long du littoral breton au cours de l'Anthropocène par paléogénomique. AFEM 2025 : 12ème colloque de l'Association Francophone d'Écologie Microbienne, Nov 2025, Beaune, France. hal-05367812

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Submitted on 16 Nov 2025

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# Décrypter les changements de communautés biologiques le long du littoral breton au cours de l'Anthropocène par paléogénomique

A. Monjot<fnref n="1" />,<fnref n="2" />, D-I. Skouroliakou<fnref n="2" />, M. Meyneng<fnref n="2" />, T. Haize³, J. Pawłowska<fnref n="4" />, P. Bertucci⁵, A. Penaud<fnref n="1" />, R. Siano<fnref n="2" /> et le consortium du projet TREC-Paleocore

## Introduction

**Contexte** : L'Anthropocène, définie comme la période au cours de laquelle l'impact des activités humaines est devenu significatif à l'échelle planétaire, se caractérise par de profondes altérations de la biodiversité. L'étude de l'ADN ancien extrait des sédiments permet une évaluation fine et exhaustive de ces dynamiques.

**Objectif** : Afin d'évaluer l'impact des pressions anthropiques (aquaculture, agriculture intensive, urbanisation et industrialisation, accélérées après la seconde guerre mondiale) mais également climatiques sur la biodiversité au cours des 100 dernières années en Bretagne, nous avons initié une étude de paléogénomique.

TREC Expedition

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## Méthodes

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### Analyses génomiques

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Sequençage
d'amplicons
Génoscope,
NovaSeq6000
(18S-V4, 18S-V9,
16S-V4V5)

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DATAHUB
(EMBL)

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**SAMBA (v4)**
Filtres qualité — cutadapt
Inférence d'ASVs — figaro, DADA2
Clusterisation — dbOTU3
Classification taxonomique — Qiime

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Analyses de
diversité

## Résultats (18S-V4)

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## Conclusion

Bien que les trois sites soient relativement proches à l'échelle européenne, leur localisation géographique apparaît comme le principal facteur structurant la diversité des communautés d'eucaryotes unicellulaires (cf. PCoA), traduisant une variabilité environnementale significative. Par ailleurs, les trois sites ont connu des pressions locales spécifiques (e.g. catastrophe pétrolière au large de Roscoff, remembremment en Rade de Brest) qui ont fortement impacté ces communautés (e.g. richesse spécifique variant d'un facteur 2).

Ce travail a été soutenu par le projet ISblue "Interdisciplinary graduate school for the blue planet" co-financé par une aide de l'Etat gérée par l'Agence Nationale de la Recherche au titre du programme « Investissements d'avenir » intégré à France 2030, portant la référence ANR-17-EURE-0015.

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<footnote n="1">¹ Université de Bretagne Occidentale, CNRS, IRD, Ifremer, UBS, UMR6538 Geo-Ocean, Plouzané, 29280, France</footnote>

<footnote n="2">² Ifremer, DYNECO, 29280 Plouzané, France — ³ EMBL, Heidelberg, 69117, Germany</footnote>

<footnote n="4">⁴ Institute of Oceanology PAN, Powstancow Warszawy 55, 81-712, Sopot, Poland — ⁵ EMBL, Barcelona, 08003, Spain</footnote>