Quenouille B., Hubert N., Bermingham E. & Planes S. (2011) Speciation in tropical seas: allopatry followed by range change. *Molecular Phylogenetics & Evolution*, **58**, 546-552.

Rabosky D.L., Grundler M., Anderson C., Title P., Shi J.J., Brown J.W., Huang H. & Larson J.G. (2014) BAMMtools: an R package for the analysis of evolutionary dynamics on phylogenetic trees. *Methods in Ecology & Evolution*, **5**, 701-707.

Ricci M., Peona V., Guichard E., Taccioli C. & Boattini A. (2018) Transposable elements activity is positively related to rate of speciation in Mammals. *Journal of Molecular Evolution*, **86**, 303-310.

Ring J.-P. (2008) Le spectre maculaire, une autre approche de la taxonomie des *Ophrys*. Bulletin de la Société Française d'Orchidophilie Poitou-Charentes-Vendée (SFO PCV). 33 p.

Roma L., Cozzolino S., Schlüter P.M., Scopece G. & Cafasso D. (2018) The complete plastid genomes of *Ophrys iricolor* and *O. sphegodes* (Orchidaceae) and comparative analyses with other orchids *Plos ONE*, **13**, e204174.

Sacamoto G.A.T., Kielbassa J., Chikhi R., Uriacaru R., Antoniou P., Sagot P.-F., Peterlongo P. & Lacroix V. (2012) *BMC Bioinformatics*, **13**, S5.

Salvado P., Aymerich Boixader P., Perera J., Vila Bonfill A., Quélennec C., Lewin, J.-M., Delorme-Hinoux V. & **Bertrand J.A.M.** (2022) Little hope for the polyploid endemic Pyrenean Larkspur (*Delphinium montanum*): Evidences from population genomics and Ecological Niche Modeling. *Ecology & Evolution*, **12**, 8711.

Salvado P., Lauro C. Carpentier M.-C., Delorme-Hinoux V. & **Bertrand J.A.M.** (2022) Characterization of the complete plastome of *Delphinium montanum*, a polyploid, endemic and endangered Pyrenean Larkspur. *Mitochondrial DNA Part B*, **7**, 590-592.

Shafer A.B.A, Peart C.R., Tusso S. Maayan I., Brelsford A., Wheat C.W. & Wolf J.B.W. (2016) Bioinformatic processing of RAD-seq data dramatically impacts downstream population genetic inference. *Methods in Ecology & Evolution*, **8**, 907-917.

Schlüter P.M., Xu S., Gagliardini V., Whittle E., Shankin J., Grossniklaus B. & Schiestl F.P. (2011) Stearoyl-acyl carrier protein desaturases are associated with floral isolation in sexually deceptive orchids. Proceedings of the National Academy of Sciences of the U.S.A., **108**, 5696-5701.

Schlüter P.M. (2018) The magic of flowers or: speciation genes and where to find them. *American Journal of Botany*, **105**, 1957-1961.

Shrader L. & Smith J. (2018) The impact of transposable elements in adaptive evolution *Molecular Ecology*, **28**, 1537-1549.

Sedeek K.E.M., Qi W., Schauer M.A., Gupta A.K., Proveda L., Xu S., Liu Z.-J., Grossniklaus U., Schiestl F.P. & Schlüter P.M. (2013) Transcriptome and proteome data reveal candidate genes for pollinator attraction in sexually deceptive orchids. *PLoS One*, **8**, e64621.

Sedeek K.E.M., Scopece G., Staedler Y.M., Schönenberger J., Cozzolino S., Schiestl F.P. & Schlüter P.M. (2014) Genic rather than genome-wide differences between sexually deceptive *Ophrys* orchids with different pollinators. *Molecular Ecology*, **23**, 6192-6205.

Sedeek K.E.M., Whittle E., Guthörl, Grossniklaus U., Shanklin J. & Schlüter P.M. (2016) Amino acid change in an orchid desaturase enables mimicry of the pollinator's sex pheromone. *Current Biology*, **26**, 1505-1511.

Serrano-Serrano M.L., Marcionetti A., Perret M. & Salamin N. (2019) Convergent changes in gene expression associated with repeated transition between hummingbird and bee pollinators. *bioRxiv*, DOI:10.1101/701627.
Simon J., Bosch M., Molero J. & Blanché C. Conservation biology of the Pyrenean larkspur (*Delphinium montanum*): a case of conflict of plant versus animal conservation? *Biological Conservation*, **98**, 305-314.

Simonin K.A. & Roddy A.B. (2018) Genome downsizing, physiological novelty and the global dominance of flowering plants. *PLoS Biology*, **16**, e2003706.

Stankowski S., Sobel, J. & Streisfeld M.A. (2017) Geographic cline analysis as a tool for studying genome-wide variation: a case study of pollinator mediated divergence in a monkeyflower. *Molecular Ecology*, **26**, 107-122.

Triponez Y., Arrigo N., Pelissier L., Schatz B. & Alvarez N. (2013) Morphological, ecological and genetic aspects associated with endemism in the Fly Orchid group. *Molecular Ecology*, **22**, 1431-1446.

Valoroso M.C., De Paolo S., Lazetti G. & Aceto S. (2017) Transcriptome-wide identification and expression analysis of *DIVARICATA*- and *RADIALIS*-like genes of the Mediterranean Orchid *Orchis italica*. *Genome Biology & Evolution*, **9**, 1418-1431.

Van Belleghem SM, Papa R, Ortiz-Zuazaga H, Hendrickx F, Jiggins CD, McMillan WO & Counterman BA (2018) *patternize*: An R package for quantifying colour pattern variation. *Methods in Ecology Evolution*, **9**, 390-398.

Vereecken N.J., Cozzolino S. & Schiestl F.P. (2010) Hybrid floral scent novelty drives pollinator shift in sexually deceptive orchids *BMC Evolutionary Biology*, **10**, 103.

Vinogradov A.E. (2003) Selfish DNA is maladaptive: evidence from the plant Red List. *Trends in Genetics*, **19**, 609-614.

Vinogradov A.E. (2004) Genome size and extinction risk in vertebrates. *Proceedings of the Royal Society of London B*, **271**, 1701-1705.

Wang W., Schalamun M., Morales-Suarez A., Kainer D., Schwessinger B. & Lanfear R. (2018) Assembly of chloroplast genomes with long- and short-read data: a comparison of approaches using *Eucalyptus pauciflora* as a test case. *BMC Genomics*, **19**, 977.

Wang S.-L., Viswanath K.K., Tong C.-G., An H.R., Jang S. & Chen F.-C. (2019) Floral induction and flower development of Orchids. *Frontiers Plant Science*, **10**, 1258.

Warren B.H., Bermingham E., Prys-Jones R.P. & Thébaud C (2006) Immigration, species radiation and extinction in a highly diverse songbird lineage: white-eyes on Indian Ocean islands. *Molecular Ecology*, **15**, 3769-3786.

Weller H.I. & Westneat M.W. (2019) Quantitative color profiling of digital images with earth mover's distance using the R package *colordistance*. *Peer J*, **7**, e6398.

Whibley A.C. Langlade N., Andalo C., Hanna A.I., Bangham A., Thébaud C. & Coen E. (2006) Evolutionary paths underlying flower color variation in *Antirrhinum*. *Science*, **313**, 963-966.

Whitlock M.C. & Lotterhos K.E. (2015) Reliable detection of loci responsible for local adaptation: inference of a null model through trimming the distribution of $F_{ST}$. *American Naturalist*, **186**, S24-S36.

Wick R.R., Judd L.M., Gorrie C.L. & Holt K.E. (2017) Unicyler: resolving bacterial genome assemblies from short and long sequencing reads. *Plos Computational Biology*, **13**, e1005595.

Wood J.J. (1983) Eine neue subspecies von *Ophrys sphegodes* Mill. aus Süden Zentralfrankreichs: *Ophrys sphegodes* Mill. subsp. *aveyronensis*. *Die Orchidee*. **34**, 105-109.

Yardeni G., Viruel J., Paris M., Hess J., Groot Crego C., de La Harpe M., Rivera N., Barfuss M.H.J., Till W., Guzmán-Jacob V., Krömer T.,ojer C., Paun O. & Leroy T. (2021) Taxon or
universal? Using target capture to study the evolutionary history of rapid radiations.

*Molecular Ecology Resources*, **22**, 927-945.
# Annexe 1

<figure><img src="image_37.png" /><figcaption>PCA - Biplot</figcaption></figure>

**Figure 1** Analyse en Composante Principale (ACP) réalisée sur 11 variables morphométriques sur 109 individus du complexe *O. aveyronensis*

<figure><img src="image_38.png" /></figure>

**Figure 2** Distribution des valeurs de 11 variables morphométriques et comparaison entre les deux taxons du complexe *O. aveyronensis*
# Annexe 2

J'ai effectué des enseignements à l'Université Paul Sabatier Toulouse III en tant que Doctorant Chargé d'Enseignement sur la période 2009-2012 puis en tant qu'ATER (½ poste) sur la période 2012-2013 (total de 329,5 h soit 306,5 h éq. TD). Ces enseignements sont détaillés dans les tableaux ci-après :

## 2009 - 2010 (71,5 h) :

<table><thead><tr><th>Formation</th><th>Libellé de l'U.E</th><th>Code UE</th><th>TD/TP</th><th>Volume</th></tr></thead><tbody><tr><td>L1</td><td>Organisation du monde vivant</td><td>DL1T461</td><td>TD</td><td>8 h</td></tr><tr><td>L1 (BBcP)</td><td>Biologie animale</td><td>DL2T931</td><td>TD</td><td>6 h</td></tr><tr><td>L1 (BG)</td><td>Biologie animale</td><td>DL2T811</td><td>TP</td><td>2,5 h</td></tr><tr><td>L1 (PCAg)</td><td>Biologie animale</td><td>DC2T731</td><td>TP</td><td>15 h</td></tr><tr><td>L1 (PCAg)</td><td>Biologie végétale</td><td>DL2T932B</td><td>TP</td><td>12 h</td></tr><tr><td>L2 (BOPE)</td><td>Traitement des données biologiques – méthodologie expérimentale</td><td>3L3BP04M</td><td>TD</td><td>4 h</td></tr><tr><td>L3 (BOPE)</td><td>Diversité, écologie et évolution des oiseaux</td><td>3L6UO6M</td><td>TP</td><td>12 h</td></tr><tr><td>L3 (BOPE)</td><td>Biologie évolutive et génomique</td><td>3L5EB1M</td><td>TD</td><td>6 h</td></tr><tr><td>M1 (Écologie)</td><td>Écologie évolutive</td><td>3M7EL4M</td><td>TP</td><td>4 h</td></tr><tr><td>M1 (Écologie)</td><td>Génétique & dynamique des populations</td><td>3M7EL2M</td><td>TD</td><td>2 h</td></tr></tbody></table>

Abréviations : BBcP (Biologie, Biochimie et Physiologie), BG (Biologie Générale), PCAg (Préparation aux concours « B » type Agro), BOPE (Biologie des Organismes des Populations et des Écosystèmes)

## 2010 - 2011 (64 h) :

<table><thead><tr><th>Formation</th><th>Libellé de l'U.E</th><th>Code UE</th><th>TD/TP</th><th>Volume</th></tr></thead><tbody><tr><td>L1</td><td>Organisation du monde vivant</td><td>DL1T461</td><td>TD</td><td>34 h</td></tr><tr><td>L1 (PCAg)</td><td>Biologie végétale</td><td>DL2T932B</td><td>TP</td><td>12 h</td></tr><tr><td>L3 (BOPE)</td><td>Diversité, écologie et évolution des oiseaux</td><td>3L6UO6M</td><td>TP</td><td>3 h</td></tr><tr><td>L3 (BOPE)</td><td>Biologie évolutive et génomique</td><td>3L5EB1M</td><td>TD</td><td>6 h</td></tr><tr><td>L3 (BOPE)</td><td>Biogéographie évolutive</td><td>3L5UO1M</td><td>TD</td><td>9 h</td></tr></tbody></table>

Abréviations : PCAg (Préparation aux concours « B » type Agro), BOPE (Biologie des Organismes des Populations et des Écosystèmes)

## 2011 - 2012 (71 h) :

<table><thead><tr><th>Formation</th><th>Libellé de l'U.E</th><th>Code UE</th><th>TD/TP</th><th>Volume</th></tr></thead><tbody><tr><td>L1 (PCAg)</td><td>Biologie végétale</td><td>EDS2BPC2</td><td>TD/TP</td><td>12 h</td></tr><tr><td>L1</td><td>Biodiversité 1</td><td>EDST1BBM</td><td>TD</td><td>8 h</td></tr><tr><td>L2/L3 (BOPE)</td><td>Biogéographie évolutive</td><td>ED4BOPJ2</td><td>TP</td><td>6 h</td></tr><tr><td>L3 (BOPE)</td><td>Biologie évolutive et génomique</td><td>EL5BOPAM</td><td>TD</td><td>6 h</td></tr><tr><td>L3 (BOPE)</td><td>Diversité, écologie et évolution des oiseaux</td><td>EL6BOPT1</td><td>TD/TP</td><td>8 h</td></tr><tr><td>L3 (MABS)</td><td>Biologie des populations</td><td>EL6BIOJ12</td><td>TD</td><td>12 h</td></tr><tr><td>M1 (MABS)</td><td>Évolution moléculaire</td><td>EM7BMAAM</td><td>TP</td><td>8 h</td></tr><tr><td>M1 (Écologie)</td><td>Introduction à la génétique des populations</td><td>EM7BECBM</td><td>TD</td><td>10 h</td></tr><tr><td>M1 (Écologie)</td><td>Phylogénie et méthodes comparatives</td><td>EM7BECGM</td><td>TD</td><td>1 h</td></tr></tbody></table>

Abréviations : PCAg (Préparation aux concours « B » type Agro), BOPE (Biologie des Organismes des Populations et des Écosystèmes), MABS (Microbiologie-Agrobiosciences Bioinformatiques et Biologie des Systèmes)

## 2012 - 2013 (100 h) :

<table><thead><tr><th>Formation</th><th>Libellé de l'U.E</th><th>Code U.E</th><th>TD/TP</th><th>Volume</th></tr></thead></table>
<table><tr><td>M1 (Écologie)</td><td>Phylogénie & méthode comparative</td><td>EM7BECGM</td><td>TD</td><td>2 h</td></tr><tr><td>M1 (Écologie)</td><td>Introduction à la dynamique des populations</td><td>EM7BECCM</td><td>TP</td><td>20 h</td></tr><tr><td>M1 (Écologie)</td><td>Biodiversité et dynamique des écosystèmes tropicaux, ethnoécologie</td><td>EM7BECFM</td><td>TD/TP</td><td>6 h</td></tr><tr><td>M1 (Écologie)</td><td>Introduction à la génétique des populations</td><td>EM7BECBM</td><td>TD</td><td>8 h</td></tr><tr><td>M1 (Écologie)</td><td>Phylogénie & méthode comparative</td><td>EM7BECGM</td><td>TD</td><td>1 h</td></tr><tr><td>M1 (Écologie)</td><td>Génétique des populations (avancé)</td><td>EM7BECPM</td><td>TD</td><td>4 h</td></tr><tr><td>L3</td><td>Zoologie</td><td>EL5BOPBM</td><td>TP</td><td>12 h</td></tr><tr><td>L2</td><td>Biologie animale</td><td>ED3BOPC1</td><td>TP</td><td>15 h</td></tr><tr><td>L1</td><td>Biodiversité 1</td><td>EDST1BBM</td><td>TD</td><td>8 h</td></tr><tr><td>M1 (Écologie)</td><td>Macroécologie et Biogéographie</td><td>EM7BECMM</td><td>TD</td><td>2 h</td></tr><tr><td>L1 (PCAg)</td><td>Biologie Animale</td><td>EDS2BPC1</td><td>TP</td><td>4 h</td></tr><tr><td>L3 (BOPE)</td><td>Diversité, évolution et écologie des oiseaux</td><td>EL6BOPT1</td><td>TP</td><td>2 h</td></tr><tr><td>L1</td><td>Approches expérimentales en biodiversité</td><td>EDST2BHM</td><td>TD/TP</td><td>8 h</td></tr><tr><td>M1 (Écologie)</td><td>Génomique des populations & Évolution moléculaire</td><td>EM8BECFM</td><td>TP</td><td>4 h</td></tr><tr><td>L2/L3 (BOPE)</td><td>Biogéographie évolutive de terrain</td><td>ED4BOPJ2</td><td>TD</td><td>6 h</td></tr><tr><td>L3 (BOPE)</td><td>Diversité, évolution et écologie des oiseaux - Terrain</td><td>EL6BOPT2</td><td>TD</td><td>12 h</td></tr></table>

Abréviations : PCAg (Préparation aux concours « B » type Agro), BOPE (Biologie des Organismes des Populations et des Écosystèmes)

Tuteur pédagogique: Alexandre RIBÉRON, Maître de Conférences à l'Université Paul Sabatier, Toulouse III

Les enseignements en lien avec la première maquette d'enseignement sur laquelle je suis intervenu en tant que Maître de Conférences de l'année universitaire 2017-2018 à 2020-2018 sont détaillés ci-après :

2017-2018 (122,5 h)

<table><thead><tr><td>Formation</td><td>Libellé de l'U.E</td><td>Code U.E</td><td>CM/TD/TP</td><td>Volume</td></tr></thead><tbody><tr><td>L1 Biologie Écologie</td><td>Biologie moléculaire 1 : Concepts et Méthodes</td><td>TLSV2BM1</td><td>CM/TP</td><td>56,25 h</td></tr><tr><td>L2 Biologie Écologie</td><td>Biologie Moléculaire 2 : Méthodes et Techniques</td><td>TLBI4MO1</td><td>TP</td><td>15 h</td></tr><tr><td>L3 Biologie Écologie</td><td>Dynamique des Populations</td><td>TLSV6DP1</td><td>CM/TD/TP</td><td>31,5 h</td></tr><tr><td>L3 Biologie Écologie</td><td>Génétique des Populations</td><td>TLSV6GP1</td><td>TD/TP</td><td>19,5 h</td></tr></tbody></table>

2018-2019 (173,75 h)

<table><thead><tr><td>Formation</td><td>Libellé de l'U.E</td><td>Code U.E</td><td>CM/TD/TP</td><td>Volume</td></tr></thead><tbody><tr><td>L1 Biologie Écologie</td><td>Biologie moléculaire 1 : Concepts et Méthodes</td><td>TLSV2BM1</td><td>CM/TP</td><td>56,25 h</td></tr><tr><td>L2 Biologie Écologie</td><td>Biologie Moléculaire 2 : Méthodes et Techniques</td><td>TLBI4MO1</td><td>TP</td><td>15 h</td></tr><tr><td>L3 Biologie Écologie</td><td>Dynamique des Populations</td><td>TLSV6DP1</td><td>CM/TD/TP</td><td>22,5 h</td></tr><tr><td>M1 Biodiversité & Développement Durable</td><td>Outils moléculaires d'analyse de la biodiversité 1</td><td>TSBE1OM1</td><td>TP</td><td>24 h</td></tr><tr><td>M1 Biodiversité & Développement Durable</td><td>Modélisation des Systèmes Biologiques</td><td>TSBE1MS1</td><td>CM/TP</td><td>52,5 h</td></tr><tr><td>M1 Biodiversité & Développement Durable</td><td>Immersion en milieu professionnel</td><td>TSBE2ST1</td><td>TP</td><td>2 h</td></tr><tr><td>M1 Biodiversité & Développement Durable</td><td>Préparation au stage 2</td><td>TSBE4PS1</td><td>TD</td><td>1,5 h</td></tr></tbody></table>
2019-2020 (182,25 h)

<table><thead><tr><td>Formation</td><td>Libellé de l'U.E</td><td>Code U.E</td><td>CM/TD/TP</td><td>Volume</td></tr></thead><tbody><tr><td>L1 Biologie Écologie</td><td>Biologie moléculaire 1 : Concepts et Méthodes</td><td>TLSV2BM1</td><td>CM/TP</td><td>56,25 h</td></tr><tr><td>L1 Biologie Écologie</td><td>La cellule : division et différenciation</td><td>TLSV1CE1</td><td>TP</td><td>6h</td></tr><tr><td>L1 Biologie Écologie</td><td>Introduction à l'Écologie et à l'Évolution</td><td>TLSC2IE1</td><td>TD</td><td>9h</td></tr><tr><td>L2 Biologie Écologie</td><td>Biologie Moléculaire 2 : Méthodes et Techniques</td><td>TLBI4MO1</td><td>TP</td><td>30 h</td></tr><tr><td>L3 Biologie Écologie</td><td>Dynamique des Populations</td><td>TLSV6DP1</td><td>CM/TD/TP</td><td>24 h</td></tr><tr><td>L3 Biologie Écologie</td><td>Génétique des Populations</td><td>TLSV6GP1</td><td>TP</td><td>27 h</td></tr><tr><td>M1 Biodiversité & Développement Durable</td><td>Systèmes d'Information Géographique (SIG)</td><td>TSBE1MS1</td><td>CM/TP</td><td>28,5 h</td></tr><tr><td>M1 Biodiversité & Développement Durable</td><td>Préparation au stage 2</td><td>TSBE4PS1</td><td>TD</td><td>1,5h</td></tr></tbody></table>

2020-2021 (192,25 h)

<table><thead><tr><td>Formation</td><td>Libellé de l'U.E</td><td>Code U.E</td><td>CM/TD/TP</td><td>Volume</td></tr></thead><tbody><tr><td>L1 Biologie Écologie</td><td>Biologie moléculaire 1 : Concepts et Méthodes</td><td>TLSV2BM1</td><td>CM/TP</td><td>44,25 h</td></tr><tr><td>L2 Biologie Écologie</td><td>Biologie Moléculaire 2 : Méthodes et Techniques</td><td>TLBI4MO1</td><td>TP</td><td>30 h</td></tr><tr><td>L3 Biologie Écologie</td><td>Dynamique des Populations</td><td>TLSV6DP1</td><td>CM/TD/TP</td><td>31,5 h</td></tr><tr><td>M1 Biodiversité & Développement Durable</td><td>Systèmes d'Information Géographique (SIG)</td><td>TSBE1OM1</td><td>TP</td><td>28,5 h</td></tr><tr><td>M1 Biodiversité & Développement Durable</td><td>Modélisation des Systèmes Biologiques</td><td>TSBE1MS1</td><td>CM/TP</td><td>52,5 h</td></tr><tr><td>M1 Biodiversité & Développement Durable</td><td>Immersion en milieu professionnel</td><td>TSBE2ST1</td><td>TP</td><td>2h</td></tr><tr><td>M1 Biodiversité & Développement Durable</td><td>Préparation au stage 2</td><td>TSBE4PS1</td><td>TD</td><td>1,5h</td></tr></tbody></table>