# Introduction à eLabFTW

Tovo Rabemanantsoa

► To cite this version:

Tovo Rabemanantsoa. Introduction à eLabFTW. 2024. hal-04558353

HAL Id: hal-04558353

https://hal.inrae.fr/hal-04558353

Submitted on 24 Apr 2024

HAL is a multi-disciplinary open access
archive for the deposit and dissemination of sci-
entific research documents, whether they are pub-
lished or not. The documents may come from
teaching and research institutions in France or
abroad, or from public or private research centers.

L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est
destinée au dépôt et à la diffusion de documents
scientifiques de niveau recherche, publiés ou non,
émanant des établissements d'enseignement et de
recherche français ou étrangers, des laboratoires
publics ou privés.

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# Introduction à eLabFTW

Tovo Rabemanantsoa

► To cite this version:

Tovo Rabemanantsoa. Introduction à eLabFTW. 2024. hal-04558353

HAL Id: hal-04558353

https://hal.inrae.fr/hal-04558353v1

Submitted on 24 Apr 2024

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entific research documents, whether they are pub-
lished or not. The documents may come from
teaching and research institutions in France or
abroad, or from public or private research centers.

L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est
destinée au dépôt et à la diffusion de documents
scientifiques de niveau recherche, publiés ou non,
émanant des établissements d'enseignement et de
recherche français ou étrangers, des laboratoires
publics ou privés.

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ELABFTW
Séminaire RDO Transform 2024

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ELABFTW
Séminaire RDO Transform 2024

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> SOMMAIRE

## Rappels

- Les cahiers de laboratoire électroniques (ELN)

- Un ELN : eLabFTW

## Concepts

- Architecture

- Vocabulaire

- Fonctionnalités

## Quelques liens

## Démonstration

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> SOMMAIRE

## Rappels

- Les cahiers de laboratoire électroniques (ELN)

- Un ELN : eLabFTW

## Concepts

- Architecture

- Vocabulaire

- Fonctionnalités

## Quelques liens

## Démonstration

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> **RAPPELS**

Les cahiers de laboratoire électroniques (ELN)

☐ Version papier paraît de moins en moins adaptée (évolution de la nature et du volume des données produites, difficulté pour rechercher / partager / diffuser l'information)

☐ ELN = véritable outil scientifique, répond aux obligations légales et contractuelles en apportant la preuve de l'invention, de ses inventeurs

☐ Saisie des métadonnées nécessaires à la description des études, expérimentations, protocoles, dispositifs d'acquisition...

☐ Outil collaboratif et de partage par excellence

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> **RAPPELS**

Les cahiers de laboratoire électroniques (ELN)

☐ Version papier paraît de moins en moins adaptée (évolution de la nature et du volume des données produites, difficulté pour rechercher / partager / diffuser l'information)

☐ ELN = véritable outil scientifique, répond aux obligations légales et contractuelles en apportant la preuve de l'invention, de ses inventeurs

☐ Saisie des métadonnées nécessaires à la description des études, expérimentations, protocoles, dispositifs d'acquisition...

☐ Outil collaboratif et de partage par excellence

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Un ELN : eLabFTW (eLab For The World)

✓ Logiciel libre issu de l'ESR

✓ Répond aux principales caractéristiques attendues d'un ELN (rapport du GT du CoSO)

✓ Facile à prendre en main

✓ Potentiel évolutif (adaptation aux différentes disciplines scientifiques)

✓ Version 5.0.4 à ce jour

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Un ELN : eLabFTW (eLab For The World)

✓ Logiciel libre issu de l'ESR

✓ Répond aux principales caractéristiques attendues d'un ELN (rapport du GT du CoSO)

✓ Facile à prendre en main

✓ Potentiel évolutif (adaptation aux différentes disciplines scientifiques)

✓ Version 5.0.4 à ce jour

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# CONCEPTS

## Architecture

- Application web

- Langage PHP

- Base de données Mysql

- Déploiement avec Docker (Recommandé)

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> CONCEPTS

Architecture

Application web

Langage PHP

Base de données Mysql

Déploiement avec Docker (Recommandé)

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Utilisateur

→ Lié à un compte individuel

→ Différents profils

• Utilisateur simple

• administrateur d'équipe

• Signataire [Lock power]

• SysAdmin

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Utilisateur

→ Lié à un compte individuel

→ Différents profils

• Utilisateur simple

• administrateur d'équipe

• Signataire [Lock power]

• SysAdmin

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Équipe

→ Groupe d'utilisateurs

→ Un utilisateur peut faire partie de plusieurs équipes

→ L'équipe est géré par l'administrateur

→ Possibilité de créer des groupes composés d'utilisateurs issus de différentes équipes

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Équipe

→ Groupe d'utilisateurs

→ Un utilisateur peut faire partie de plusieurs équipes

→ L'équipe est géré par l'administrateur

→ Possibilité de créer des groupes composés d'utilisateurs issus de différentes équipes

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> CONCEPTS

Ressources

→ Anciennement connues comme base de données [database]

→ Classées dans des catégories

→ Utilisées dans les expériences

→ Gérées par l'administrateur d'équipe

→ Peut être rendue réservable

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Ressources

→ Anciennement connues comme base de données [database]

→ Classées dans des catégories

→ Utilisées dans les expériences

→ Gérées par l'administrateur d'équipe

→ Peut être rendue réservable

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## Expérience

### Coeur du cahier de laboratoire

- Identifiant unique

- Datée (début et fin)

- Titre

- Catégorie

- État

- Étiquettes

- Permissions

L'expérience peut être issue d'un patron [template]

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## Expérience

### Coeur du cahier de laboratoire

- Identifiant unique

- Datée (début et fin)

- Titre

- Catégorie

- État

- Étiquettes

- Permissions

L'expérience peut être issue d'un patron [template]

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Identifiant

-> Unique chaque instance (exemple 20240422-eb8a348033989552886251e9841e966f535c3c87)

-> Immutable

-> Possibilité de créer un autre identifiant personnalisé numérique et incrémentable

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Identifiant

-> Unique chaque instance (exemple 20240422-eb8a348033989552886251e9841e966f535c3c87)

-> Immutable

-> Possibilité de créer un autre identifiant personnalisé numérique et incrémentable

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<figure><img src="image_135.png" /></figure>
Dates

-> Date de démarrage éditable (aujourd'hui par défaut)

-> Date de démarrage effective non éditable

-> Toutes les modifications sont horodatées

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Dates

-> Date de démarrage éditable (aujourd'hui par défaut)

-> Date de démarrage effective non éditable

-> Toutes les modifications sont horodatées

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<figure><img src="image_137.png" /></figure>
## Catégories

- Chaque expérience peut être assignée à une catégorie

- Seul un administrateur peut mettre une catégorie à disposition des équipes

- Peut correspondre à un projet ou à type d'expérience

- Permet un tri simplifié

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## Catégories

- Chaque expérience peut être assignée à une catégorie

- Seul un administrateur peut mettre une catégorie à disposition des équipes

- Peut correspondre à un projet ou à type d'expérience

- Permet un tri simplifié

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État

-> En cours (par défaut à la création) [Running]

-> Besoin d'être refait [Need to be redone]

-> Réussi [Success]

-> Raté [Fail]

-> Bloqué [Blocked]

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État

-> En cours (par défaut à la création) [Running]

-> Besoin d'être refait [Need to be redone]

-> Réussi [Success]

-> Raté [Fail]

-> Bloqué [Blocked]

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Étiquettes

-> Permet de regrouper des expériences

-> Une expérience peut avoir plusieurs étiquettes

-> Communes à une équipe

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Étiquettes

-> Permet de regrouper des expériences

-> Une expérience peut avoir plusieurs étiquettes

-> Communes à une équipe

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Fonctionalités 1/2

★ Système d'horodatage de confiance (standard RFC3161)

★ API REST

★ Import/export sur différents formats ouverts

★ Authentification LDAP/SAML2

★ Mécanisme de sauvegarde integré

<figure><img src="image_139.png" /></figure>

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Fonctionalités 1/2

★ Système d'horodatage de confiance (standard RFC3161)

★ API REST

★ Import/export sur différents formats ouverts

★ Authentification LDAP/SAML2

★ Mécanisme de sauvegarde integré

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# CONCEPTS

## Fonctionalités 2/2

* Gestion fine des droits

* Outils de dessin (molécule et main levée)

* Gestion enrichie des métadonnées

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# CONCEPTS

## Fonctionalités 2/2

* Gestion fine des droits

* Outils de dessin (molécule et main levée)

* Gestion enrichie des métadonnées

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> QUELQUES LIENS

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Gilles Mathieu, Dominique Pigeon, Tovo Rabemanantsoa, Christophe Chipeaux, Simon Duvillard, et al.
Rapport du groupe de travail sur les cahiers de laboratoires électroniques.

[Rapport de recherche] Comité pour la science ouverte.
2021, 68 p. (hal-03563244)

<figure><img src="image_145.png" /></figure>

Yaël Hersant, Nathalie Léon, Alain Rivet et Henri Valeins
Bonnes pratiques de mise en place d'un cahier de laboratoire électronique

CNRS, Mission pour les Initiatives Transverses et Interdisciplinaires, Cas d'eLabFTW

<figure><img src="image_146.png" /></figure>

https://doc.elabftw.net/index.html
Documentation eLabFTW

<figure><img src="image_147.png" /></figure>

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> QUELQUES LIENS

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Gilles Mathieu, Dominique Pigeon, Tovo Rabemanantsoa, Christophe Chipeaux, Simon Duvillard, et al.
Rapport du groupe de travail sur les cahiers de laboratoires électroniques.

[Rapport de recherche] Comité pour la science ouverte.
2021, 68 p. (hal-03563244)

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Yaël Hersant, Nathalie Léon, Alain Rivet et Henri Valeins
Bonnes pratiques de mise en place d'un cahier de laboratoire électronique

CNRS, Mission pour les Initiatives Transverses et Interdisciplinaires, Cas d'eLabFTW

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https://doc.elabftw.net/index.html
Documentation eLabFTW

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# Une démo ?

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CC BY-SA 4.0 DEED

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