# Publier La Science - Numéro 13

Jeanine Martelli, Eric Lichtfouse, Marjolaine Hamelin, Virginie Lelievre

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Jeanine Martelli, Eric Lichtfouse, Marjolaine Hamelin, Virginie Lelievre. Publier La Science - Numéro 13. INRAE., 12 p, 2016, Guy Richard. hal-03864513

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publier
la science

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numéro 13 / octobre 2016

- Malscience: de la fraude dans les labos

- Thomson revend le Web of Science

- Une charte Inra pour le libre accès aux publications
# PUBLIER LA SCIENCE

## Numéro 13, octobre 2016

<table><tr><td>EDITORIAL</td><td>3</td></tr><tr><td>REDACTION</td><td>4</td></tr><tr><td>RESEAUX SOCIAUX</td><td>4</td></tr><tr><td>METRIQUES ET IMPACT</td><td>5</td></tr><tr><td>LIBRE ACCES</td><td>6</td></tr><tr><td>DROIT D'AUTEUR</td><td>7</td></tr><tr><td>EVALUATION</td><td>7</td></tr><tr><td>ETHIQUE ET FRAUDE</td><td>7</td></tr><tr><td>PROCESSUS DE PUBLICATION</td><td>8</td></tr><tr><td>DONNEES DE LA RECHERCHE</td><td>10</td></tr><tr><td>COMMUNICATION SCIENTIFIQUE</td><td>10</td></tr><tr><td>OUTILS</td><td>11</td></tr><tr><td>AGENDA</td><td>11</td></tr><tr><td>HUMOUR</td><td>12</td></tr></table>

Numéros en accès libre à http://www6.inra.fr/caps-publierlascience

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**Directeur de la publication** : Guy Richard

**Editeur-en-chef** : Eric Lichtfouse

**Réalisation** : Jeanine Martelli (responsable de la veille), Eric Lichtfouse (animateur de la CAPS), Marjolaine Hamelin, Virginie Lelièvre

Cellule d'Assistance à la Publication Scientifique (CAPS)

Département Environnement et Agronomie (EA)

Institut National de la Recherche Agronomique

Contact : ea-caps@listes.inra.fr, http://www.ea.inra.fr

Couverture : Guillaume Decaux – http://www.alcide.fr

ISSN 2269-7314

Publier la Science est une sélection d'informations sur la publication et la rédaction scientifique diffusée trimestriellement. Dans un souci de synthèse et de lisibilité, les informations diffusées sont parfois modifiées par rapport à leurs versions originales sans pour autant en dénaturer le sens. S'il s'avère toutefois que ce n'est pas le cas, les personnes et sources citées dans Publier la Science peuvent à tout moment, demander la rectification voire la suppression des informations diffusées les concernant en nous écrivant à ea-caps@listes.inra.fr.
## Recherche science reproductible désespérément...

Le 26 mai dernier<fnref n="1" />, la revue *Nature* publiait les résultats d'une enquête auprès de 1576 chercheurs ayant répondu à un questionnaire sur la reproductibilité en science, avec une conclusion forcément dérangeante : plus de 70 % d'entre eux n'avaient pas réussi à reproduire les expériences d'autres collègues et plus de la moitié d'entre eux leurs propres expériences ! Ce constat alarmant, qui laisse entendre un gaspillage certain des moyens dédiés à la recherche, concernerait à des degrés divers toutes les disciplines.

Ce constat n'est pas nouveau. On trouvera sur l'intéressant blog de la Rédaction Médicale et Scientifique<fnref n="2" /> la recension des travaux publiés sur la faible reproductibilité en recherche et quelques pistes pour y remédier : rigueur méthodologique et statistique à appliquer ; principes d'intégrité à mettre en œuvre ; modalités de l'évaluation à revoir... En vain ?

IS THERE A REPRODUCIBILITY CRISIS?

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

©nature

'Admettre comme vérité ce qui est conforme à la réalité impose que l'on regarde honnêtement les faits, et que l'on s'incline humblement s'ils sont en désaccord avec l'hypothèse avancée... Le bon chercheur est exigeant sur la qualité du travail fait pour tester ses hypothèses, il est conscient de ne plus chercher le vrai s'il abandonne cette exigence.' En relisant la réflexion stimulante d'Anne Fagot-Largeault<fnref n="3" /> sur l'honnêteté scientifique, on imagine que le respect des principes déontologiques permet de relever ce défi de partager une éthique de la connaissance et remédier à la faible reproductibilité des travaux de recherche. Déontologie ? Ce terme signifie étymologiquement 'ce qu'il convient de faire', mais est-ce suffisant pour avoir une science reproductible ? La plupart de nos collègues respectent ce qu'il convient de faire en termes de méthodes de recherche et d'humilité devant les résultats obtenus. Quoi d'autre serait-il nécessaire ?

Récemment, Jean-Marc Sauvé, vice-président du Conseil d'Etat, intervenait à Strasbourg sur le nouveau contexte de l'exigence de déontologie dans la sphère publique<fnref n="4" />, en concluant notamment 'la déontologie n'a rien d'inné, elle est le fruit d'un partage d'expérience, d'une vigilance individuelle et collective de chaque instant; elle est affaire de réflexes professionnels, mais elle se méfie des automatismes appliqués perinde ac cadaver<fnref n="5" />; elle exige un exercice de conscience et un recul critique.' Bien entendu, il ne s'agissait pas de recherche, mais cet éclairage et la transposition de ces principes managériaux au sein des équipes de recherche et, plus généralement, dans les communautés scientifiques, permettraient de retrouver le sens, parfois disparu, du travail collectif de recherche, voire d'esquisser un possible remède pour réduire la faible reproductibilité en science.

Pierre-Henri Duée
Délégué à la déontologie de l'INRA

<footnote n="1">¹http://www.nature.com/polopoly_fs/1.19970!/menu/main/topColumns/topLeftColumn/pdf/533452a.pdf</footnote>

<footnote n="2">²http://www.h2mw.eu/redactionmedicale/</footnote>

<footnote n="3">³http://athensdialogues.chs.harvard.edu/cgi-bin/WebObjects/athensdialogues.woa/wa/dist?dis=44</footnote>

<footnote n="4">⁴http://www.conseil-etat.fr/Actualites/Discours-Interventions/Le-nouveau-contexte-de-l-exigence-de-deontologie-dans-la-sphere-publique</footnote>

<footnote n="5">⁵Littéralement : à la manière d'un cadavre ; autrement dit, exécuter sans discernement.</footnote>
# Rédaction

## Ces erreurs que le correcteur d'hortographe ne voit pas

Science Editing Experts, septembre 2016

L'utilisation du correcteur d'hortographe s'avère utile lors de la rédaction mais il laissera passer le mot mal hortographié s'il est très proche de celui que vous avez voulu utiliser, comme par exemple "Form et From". Une infographie récapitule les erreurs les plus courantes en anglais.

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

http://www.scienceeditingexperts.com/scientific-words-missed-spellcheck

## Les articles avec des figures ont plus d'influence

The Publication Plan, 24 juin 2016

Des chercheurs de l'Université de Washington ont conçu un algorithme informatique permettant de faire la distinction entre différents types de figures et ont ensuite scanné plus de 650.000 articles de PubMed Central pour quantifier le nombre et les

types de figures dans chaque article. L'influence de chaque article a été quantifiée par l'indicateur Eigenfactor (citations pondérées).

Ils ont constaté que les articles avec un plus grand nombre de diagrammes, et dans une moindre mesure, de graphiques, ont plus d'influence que ceux comportant moins de diagrammes ou de graphiques. Ils ont également constaté que les articles avec des photographies et des équations avaient moins d'influence.

Sur la base de ces résultats, cette équipe de chercheurs a créé Viziometrics, une base de données en ligne d'images scientifiques.

https://thepublicationplan.com/2016/06/24/are-papers-with-figures-more-widely-read-and-therefore-more-influential/

http://www.viziometrics.org/

# Réseaux sociaux

## #DeleteAcademicSocialNetworks ? Les réseaux sociaux académiques en 2016

Blog UrfistInfo, 30 août 2016

UrfistInfo propose une synthèse et une analyse très complète sur les réseaux sociaux académiques et sur leur place au sein d'un écosystème scientifique en mouvement. Cette année encore, on compte 41 millions d'inscrits pour Academia et 10 millions d'inscrits pour ResearchGate. Cependant, les usages réels sont beaucoup plus nuancés. Les fonctionnalités de profil en ligne et la diffusion des publications sont les plus utilisées. Mais, les réseaux commencent à gagner une vraie place dans le domaine de la veille et de la recherche d'informations. Les réseaux sociaux académiques ont une part croissante dans le paysage de la communication scientifique, et sont explicitement mentionnés dans les réflexions institutionnelles autour du projet de loi pour une République numérique. La synthèse revient sur les débats qui ont fait la une en 2015-2016 et qui ont concerné le modèle économique et les métriques. Enfin, elle s'interroge sur la place des réseaux sociaux académiques au sein de l'écosystème scientifique, en tant qu'outils de réputation ou de visibilité, en tant que prescripteurs, voire en tant qu'éditeurs. Elle conclue sur le fait que les réseaux sociaux sont les symptômes d'un modèle scientifique cassé, sur la vigilance dont doivent faire preuve les institutions et les communautés scientifiques.

http://urfistinfo.hypotheses.org/3033
## Les chercheurs commencent à adopter Twitter

Site Sciences et Avenir, 20 juin 2016

En 2014, un directeur de recherche du CNRS, s'étonnait du faible nombre de scientifiques sur Twitter. Plus de deux ans après, il constate que l'oiseau bleu "entre dans les mœurs"... Le CNRS forme même ses chercheurs aux réseaux sociaux. Mais la communauté scientifique tout entière a beau adopter ce nouvel outil, des inégalités se creusent. Sur Twitter, certains domaines de la recherche comme la génomique sont mieux représentés que d'autres, comme la chimie. Les tweets des scientifiques semblent d'abord s'adresser aux autres chercheurs. Un public de niche : serait-ce la raison pour laquelle les scientifiques les plus populaires sur Twitter sont ceux qui se consacrent à la vulgarisation grand public ?

http://www.sciencesetavenir.fr/high-tech/web/20160607.OBS2071/les-chercheurs-commencent-enfin-a-adopter-twitter.html?xtor=RSS-12

# Métriques et impact

## Thomson revend le Web of Science à des fonds de placement privés

Nature News, 12 juillet 2016

Thomson Reuters se sépare du Web of Science pour se recentrer sur ses activités d'information financière, commerciale et réglementaire. Le Web of Science va être vendu à des fonds de placement privés affiliés à Onex Corporation, basée à Toronto, et Baring Private Equity Asia, basée à Hong Kong. Mais les observateurs de l'industrie s'attendent à ce que les nouveaux propriétaires le revendent ensuite à leur tour. David Worlock, un consultant de l'édition britannique indépendante, spécule que Springer Nature pourrait être un prétendant potentiel.

http://www.nature.com/news/web-of-science-to-be-sold-to-private-equity-firms-1.20255

## Augmentation du biais du facteur d'impact lié à l'autocitation

Une étude portant sur 3 décennies de données de citations de différents domaines scientifiques a évalué le biais du facteur d'impact lié à l'auto-citation. La part des revues présentant un fort biais est restée stable entre les années 1980 et le début des années 2000, mais a depuis fortement augmenté dans tous les domaines de la science. Cette observation concorde avec celle de l'utilisation

croissante du facteur d'impact comme indicateur de qualité des revues depuis une décennie. Il en découle une augmentation des mauvaises pratiques d'incitation à l'autocitation par les revues, et des valeurs artificiellement gonflées de facteurs d'impact et de classement des revues.

Chorus, C. and L. Waltman (2016). "A Large-Scale Analysis of Impact Factor Biased Journal Self-Citations." PLoS One 11(8): e0161021.
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/27560807

## Pourquoi le classement de Shanghaï n'est pas un exercice sérieux

Le Monde, le 16 août 2016

Créé en 2003, ce classement annuel des 500 «meilleures» universités mondiales est établi d'une façon qui souffre de nombreux problèmes méthodologiques qui en limitent grandement la pertinence. La première critique de ce classement est qu'il favorise les grandes universités. Des biais importants existent également dans la mesure du nombre de publications scientifiques qui constitue un des critères du classement. Enfin, Les chercheurs pointent également le rythme annuel de publication, qui, s'il convient pour maximiser la portée médiatique d'un tel classement, ne permet pas sérieusement de mettre en évidence les changements structurels propres aux établissements, à leur environnement légal et à leur pays. A noter que le classement de Shanghaï avait été établi à l'origine afin de comprendre ce qui différenciait les universités chinoises des meilleures universités internationales, afin de fournir un outil d'évaluation pour celles-ci.

http://www.lemonde.fr/les-decodeurs/article/2016/08/16/universites-le-classement-de-shanghai-fortement-discute_4983511_4355770.html

## Identifiant auteur, identifiant chercheurs

Information Scientifique et Technique (IST) de l'InSHS-CNRS, 1er juillet 2016

Un identifiant chercheur ou identifiant auteur est un code numérique permanent permettant d'identifier de façon unique ce chercheur et/ou auteur dans un environnement numérique donné (Web of Science, Scopus mais aussi HAL, Sudoc, etc.). Il permet d'attribuer à ce chercheur les produits dont il est l'auteur (publications, données scientifiques, etc.) en évitant les confusions liées à l'homonymie et en associant les différentes identités du chercheur (nom avec une ou plusieurs initiales de prénoms, changement de nom pour les femmes). Il évite au
chercheur de ressaisir les informations le concernant en lui permettant d'exporter et d'importer les références d'une base à l'autre si elles sont interconnectées et il constitue une clé unique qui facilite la recherche d'information. Des liens d'information sur les identifiants chercheurs sont rassemblés sur cette page.

http://corist-shs.cnrs.fr/ID Chercheurs_2016

## Libre Accès

### Le projet de loi pour une République numérique adopté

Blog Couperin Open Access, 15 juillet 2016

Le projet de loi pour une République numérique a été adopté le 29 juin par la Commission mixte paritaire, après de nombreux mois de discussions passionnées. Dans cette loi, deux articles concernent particulièrement les chercheurs : l'article 17, qui légalise l'accès ouvert aux publications scientifiques, et l'open data, et l'article 18 bis qui autorise la fouille de texte (Text and Data Mining) dans des conditions qui seront précisées par décret.

http://www.senat.fr/leg/pjl15-744.html

http://openaccess.couperin.org/la-loi-pour-une-republique-numerique-enfin-adoptee/

### Les articles en libre accès sont plus cités

INIST- Cnrs, Libre accès à l'information scientifique, 18 août 2016

Les articles scientifiques librement accessibles sur internet sont plus souvent cités que ceux pour lesquels l'accès est payant. Ceci a toujours été considéré comme une caractéristique assez évidente bien que rarement démontrée. Les résultats d'une récente étude, basée sur l'analyse des citations de 2007 jusqu'à aujourd'hui, classés en 22 grandes disciplines scientifiques (modèles green et gold et revues hybrides), montrent que globalement les articles en libre accès reçoivent 52% plus de citations que les autres.

http://openaccess.inist.fr/?Etude-sur-les-citations-l-avantage

http://www.1science.com/oanumbr.html

### L'open science est bénéfique pour les chercheurs

eLife, 7 juillet 2016

L'Open access, open data, open source et les autres pratiques de science ouvertes sont de plus en plus

populaires et nécessaires. Cependant leur pratique n'est pas encore généralisée. En cause : l'incertitude des chercheurs quant à l'incidence sur leur carrière du partage de leur travail. Mc Kiernan et al. ont publié une synthèse des articles montrant que la recherche ouverte permet d'augmenter les citations, l'attention médiatique, les collaborations potentielles, ainsi que les possibilités d'emploi et de financement. Ils montrent ainsi que les pratiques d'open science sont bien plus bénéfiques aux chercheurs que les pratiques traditionnelles plus "fermées".

McKiernan, E. C., P. E. Bourne, C. T. Brown, S. Buck, A. Kenall, J. Lin, D. McDougall, B. A. Nosek, K. Ram, C. K. Soderberg, J. R. Spies, K. Thaney, A. Updegrove, K. H. Woo and T. Yarkoni (2016). "How open science helps researchers succeed." eLife 5: e16800. DOI: http://dx.doi.org/10.7554/eLife.16800

### Une charte Inra pour le libre accès aux publications

Septembre 2016

La charte que vient de publier l'Inra réaffirme l'engagement de l'institut pour un libre accès. Outre le libre accès aux publications, l'engagement de l'Inra en faveur de l'ouverture des données de la recherche s'inscrit dans une double dynamique pour l'institut :

1. La mise à disposition des données dans un objectif de transparence et de preuve (en appui aux publications scientifiques, pour les citoyens, les journalistes, les acteurs de la société civile, les ONG, ou dans un contexte de recherche participative...);

2. La réutilisation des données, dans un objectif de création de valeur et d'accélération de l'innovation...

http://prodinra.inra.fr/?locale=fr#!ConsultNotice:365234

### Le greenwashing sur Sherpa-Romeo

Marlène's corner, 2 août 2016

Un article du Journal of Librarianship and Information Science intitulé « What does 'green' open access mean? Tracking twelve years of changes to journal publisher self-archiving policies », présente l'évolution sur 12 ans des politiques des éditeurs en matière d'auto-archivage, référencées sur Sherpa/Romeo. Ce que l'on peut en retenir :

- Les couleurs de Sherpa/Romeo ne reflètent plus la diversité des politiques éditoriales en matière d'auto-archivage, qui se sont complexifiées au cours des dernières années.
- L'attribution de la couleur ne prend pas en compte la totalité des critères entrant dans les politiques des éditeurs (embargos, le lieu de dépôt, les conditions annexes...)

- Les restrictions imposées par les éditeurs augmentent

- Globalement, on constate une augmentation des revues green (+4%), et une baisse des revues white (défavorables à l'auto-archivage). Mais si l'on se base sur les revues autorisant un OA immédiat, dans une archive institutionnelle ou thématique, sans obligation d'en informer l'éditeur, les revues green baissent de 35%...

- Paradoxalement, les revues acceptant le dépôt du pdf éditeur sont en augmentation

Il y a indéniablement un effet de « greenwashing » : les éditeurs passent pour favorables à l'OA green en affichant l'aval de Sherpa/Romeo, alors qu'ils imposent en fait de plus en plus de contraintes au dépôt.

Les auteurs préconisent donc une révision du système de couleurs de Romeo et la mise en place d'un nouveau système d'évaluation du niveau d'open access des revues, prenant en compte toutes les spécificités de l'accès, sur le modèle de l'OA Spectrum établi par SPARC.

https://marlenescorner.net/2016/08/02/true-colors/

## Droit d'auteur

### L'Europe propose une exception du copyright pour les chercheurs

Nature news 15 septembre 2016

La Commission européenne propose de réformer le copyright afin de faciliter la fouille massive (text mining) d'articles et de données scientifiques. La Commission suggère d'exempter ces pratiques du copyright, mais seulement pour les organismes de recherche "agissant dans l'intérêt public", comme les universités et centres de recherche, et seulement concernant le contenu auquel ils ont déjà un accès légal.

http://www.nature.com/news/europe-proposes-copyright-reform-to-help-scientists-mine-research-papers-1.20606?WT.mc_id=TWT_NatureNews

## Evaluation

### Sommes nous prêts à accepter l'open peer review?

Blog The Publication Plan, 23 juin 2016

L'adoption généralisée de l'open peer-review est freinée par un certain nombre de facteurs : le refus de certaines communautés scientifiques, une absence d'information sur l'efficacité de l'open peer review, et l'absence de consensus sur la définition exacte de cette notion.

https://thepublicationplan.com/2016/06/23/are-we-ready-to-accept-open-peer-review/

## Ethique et fraude

### Identifier les conférences prédatrices

Blog Scholarly Open Access, 23 juin 2016

Après les revues prédatrices, Jeffrey Beall propose une liste de critères pour identifier les conférences prédatrices.

Parmi ces critères :

- Conférence prétendant être à but non lucratif alors que l'organisateur est une société à but lucratif.

- Conférence cachant ses relations avec des entreprises à but lucratif partenaires.

- Fausses listes de comités d'organisation

- Faux partenaires ou sponsors

- Adresse et téléphone de contact manquants ou erronés

- Conférence utilisant dans son intitulé un terme indiquant qu'elle est basé dans un pays donné, alors qu'elle est basée dans un autre pays

- Manque de transparence sur le comité d'organisation

- Conférence attribuant de faux titres universitaires aux organisateurs

A ces signes « évidents » s'ajoutent une absence de peer-review, des frais de participation très élevés, un scope très large, une acceptation très rapide des soumissions, et des connexions avec des revues prédatrices.

https://scholarlyoa.com/2016/06/23/proposed-criteria-for-identifying-predatory-conferences/
## Lutte contre la fraude scientifique : le retard français

EducPros.fr, 30 juin 2016

Pierre Corvol, professeur honoraire au Collège de France, dans son rapport sur « l'intégrité scientifique en France » souligne le retard des institutions françaises sur le sujet. Ce rapport contient 16 propositions dont les principales sont :

* Créer un Office français d'intégrité scientifique

* Établir une nomenclature nationale des inconduites et un vade-mecum juridique national des typologies de sanctions

* Former les doctorants à l'intégrité scientifique

* Conditionner les financements publics (ANR) à l'existence d'une politique d'intégrité scientifique des établissements dont dépendent les projets.

http://www.letudiant.fr/educpros/actualite/lutte-contre-la-fraude-scientifique-le-retard-francais.html

## Malscience: de la fraude dans les labos - ouvrage

Editions du seuil, septembre 2016

Alerte ! La malscience se répand aussi vite que la malbouffe ! D'apparence de plus en plus sophistiquée mais produite en masse, de plus en plus vite et de moins en moins fiable. Interrogés de manière anonyme, 2 % des scientifiques reconnaissent avoir inventé ou falsifié des données. Soit pas moins de 140 000 chercheurs fraudeurs de par le monde. Biologie et médecine sont, de loin, les plus touchées. Et ces fraudes manifestes ne sont rien à côté des petits arrangements avec la rigueur devenus fréquents dans les laboratoires. Ce livre revient sur une série de scandales internationaux et se propose de réfléchir aux causes d'une telle dérive et aux moyens d'y remédier.

Son auteur, Nicolas Chevassus-au-Louis, docteur en biologie et historien, est journaliste, collaborateur régulier de Mediapart.

http://www.seuil.com/ouvrage/malscience-nicolas-chevassus-au-louis/9782021175950

## Il se vante d'avoir plus de 1500 publications en 1er auteur

Blog Rédaction Médicale et Scientifique, 22 juin 2016

Les auteurs prolifiques sont nombreux et utilisent en général le plagiat, l'auto-plagiat et l'autoritarisme en mettant leur nom sur tous les articles du labo ! Ce

chercheur publie des lettres, éditoriaux ou articles courts. Par exemple un éditorial de 9 lignes dans une revue d'escrocs 'Journal of Emerging Infectious Diseases', dont il est le rédacteur. Mais il a publié dans des revues correctes qui devraient refuser ses articles.

http://www.h2mw.eu/redactionmedicale/2016/06/un-escroc-qui-se-vante-davoir-plus-de-1500-publications.html

## L'autoplagiat: mauvaises pratiques de publication scientifique

Blog Manuscriptedit, 20 juin 2016

L'auto-plagiat conduit à deux problèmes majeurs : les publications en double (« duplicate publication ») et publications simultanées. La publication en double est la publication d'un document qui présente des similitudes importantes avec un article déjà publié dans une autre revue, sans en mentionner la référence, sans indiquer dans le texte par des guillemets qu'il s'agit d'une citation, et si cette citation dépasse largement les quelques phrases.

La publication simultanée du même article à plusieurs revues est également une pratique contraire à l'éthique... Dans les deux cas, outre le rejet immédiat, les auteurs encourront le risque d'être « blacklistés » par les revues et les éditeurs.

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

http://blog.manuscriptedit.com/self-plagiarism/

## Processus de publication

### Rédiger un policy brief

CoopIST, Cirad, 01 juillet 2016

Un policy brief est une publication argumentée, facile à lire et courte. Il s'adresse à des décideurs. Le
site CoopIST propose une fiche pratique, récemment
mise à jour, à l'usage des chercheurs:

1 - Qu'est-ce qu'un policy brief ?

2 - Vérifier la pertinence de la question

3 - Préciser les publics cibles

4 - Définir le message

5 - Faire valider le policy brief par l'institution

6 - Rédiger de manière claire et précise

7 - Faciliter l'identification et la reconnaissance du policy brief

8 - S'impliquer dans la diffusion

9 - L'impact d'un policy brief

10 - Quelques exemples de policy briefs

http://coop-ist.cirad.fr/aide-a-la-publication/rediger/autres-documents/rediger-un-policy-brief/1-qu-est-ce-qu-un-policy-brief

Un nouveau type d'article: le rapport de reproductibilité

Ease journal blog, 03 août 2016

La revue d'Elsevier Information Systems a créé un nouveau type d'article intitulé «invited reproducibility paper». Destiné à répondre au manque de reproductibilité en science, la revue invite les lecteurs à reproduire les résultats expérimentaux publiés dans Information Systems. L'article décrivant l'effort de reproductibilité est co-signé par les auteurs d'origine, et par le ou les reviewers ayant vérifié la reproductibilité.

http://www.journals.elsevier.com/information-systems/

http://ese-bookshelf.blogspot.fr/2016/08/n-invited-reproducibility-paper.html

Augmentation massive des synthèses et des méta-analyses

Nature, 21 septembre 2016

La publication de méta-analyses et articles de synthèse de piètre qualité augmente drastiquement dans le domaine biomédical et pourrait diminuer la visibilité des bons articles et désorienter les scientifiques. Entre 1991 et 2014, le nombre de ce type d'articles indexés dans PubMed a augmenté de plus de 2600 %, alors que le nombre total d'articles dans PubMed n'augmentait, lui, que de 153 %.

META MASS PRODUCTION

The number of systematic reviews and meta-analyses published each year has proliferated since 1986.

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

A systematic review analyses and compiles all papers, and sometimes unpublished work, on a topic.
A meta-analysis is a systematic review that combines data from multiple papers.

©nature

http://www.nature.com/news/mass-production-of-review-articles-is-cause-for-concern-1.20617

Infographie sur le processus de publication scientifique

Site de l'AAP, 5 août 2016

L'Association of American Publishers (AAP) publie une infographie pour promouvoir le rôle des éditeurs dans la qualité, l'intégrité, la dissémination et la préservation de la recherche scientifique.

The quality, integrity, dissemination and preservation of scholarly research depends on publishers.

Once the research is done, publishers are engaged to review, improve and contribute to the communication of research. Publishers do numerous things in the service of the research community. Highlights of these investments and their role in the research process are below. For more detail:
http://bit.ly/2aehKGu

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

2.5 million articles published/year

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

5 million drafts submitted/year

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

28,000 journals

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

40,000 U.S. scholarly
publishing employees

<figure><img src="image_11.png" /></figure>

3% annual growth globally in
number of active researchers and
number of articles published

Research Process

Research Process Outputs

• Experiments

• Data collection

• Simulations &
computations

• Analysis

• Literature review

• Data sets

• Synthesized
research data

• Grand funded
reports

• Conference
presentations

• Draft articles

• Data sets

Editorial Process

Initial Investment

• Create and
promote journal
for communicating
research

• Form editorial board
• Peer review

• Develop manuscript
tracking system

Initial Review

• Journal receives
& processes draft

• Editorial
determination

Publisher-Supported

Peer Review

• Reviewer selection

• Peer review

• Editorial synthesis
of review(s)

• Author revisions

• Editorial and
reviewer assessment

• Assess for ethical
considerations

• Compilation of
materials needed
for publication

Publication Process

Publisher
Preparation for
Final Publication

• Assign digital
article identifier

• Copy editing

• Layout and design

• Verify references

• Graphic preparation

• Plagiarism check

• Proof PDF & version
of record

• Multimedia
integration

• Links to
supplementary
material

• XML tagging &
metadata of full text

• Search engine
optimization

• Submit to:
abstracting, indexing
& discovery services

• Publish article
(online & print)

Publisher
Stewardship of
Published Article

• Deposit to digital
archives

• Update articles-
corrections and
addenda

• Update links to
future published
articles

• Usage counting,
citation and other
metrics

• Research promotion
and author and
reviewer recognition

• Ensure utility and
discoverability of
published works

• Copyright and
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# Données de la recherche

## Une formation en ligne à l'open data

Archimag, 3 août 2016

Le Portail européen de données recueille les métadonnées des informations du secteur public disponibles sur les portails de données publics - dit Portails 'Open Data' - des différents pays européens. Il comprend également des informations concernant la publication de données et les avantages offerts par leur réutilisation. La formation en e-learning est sous la forme d'un environnement d'apprentissage interactif qui se divise en plusieurs thématiques pour en savoir plus sur les données ouvertes et découvrir des détails techniques avancés. Elle comporte 13 modules en anglais et en français:

- L'open data, c'est quoi ?

- Générer de la valeur à partir de l'open data

- L'open data. Agent de changement

- Quelle est l'importance d'une licence ?

- Comment évaluer la qualité de l'open data ?

- Mesurer le succès d'open data

- Pourquoi se préoccuper de la durabilité ?

- Maîtriser les plateformes d'open data

- Choisir le bon format pour l'open data

- À quel point mes données sont-elles utilisables?

- Comment nettoyer les données

- Trouver les données cachées sur le Web

- Lier le Web des données

http://www.europeandataportal.eu/elearning/fr/#/id/co-01

http://www.archimag.com/univers-data/2016/08/03/13-cours-gratuits-tout-savoir-open-data

## Politique de Springer Nature concernant les données

EASE Journal blog, 2 août 2016

Le groupe Springer Nature présente sa politique en matière de données de la recherche, qui comporte 4 niveaux :

1. L'encouragement au partage des données

2. L'incitation à fournir la preuve du partage des données

3. L'obligation de déclaration de partage des données

4. L'obligation de partage et de peer-review des données.

http://blogs.springeropen.com/springeropen/2016/07/05/promoting-research-data-sharing-springer-nature/

http://ese-bookshelf.blogspot.com/2016/08/n-springernature-research-data-policies.html

## Informations sur la disponibilité des données obligatoire pour des revues de Nature.

Nature news, 7 septembre 2016

A partir de janvier 2017, tous les articles publiés dans Nature et dans 12 autres titres de cet éditeur devront comporter un "Data availability statement", paragraphe situé à la fin de la partie "Methods", et informant les lecteurs de l'accessibilité ou non des données. Plusieurs exemples d'articles publiés comportant ces indications sont disponibles sur la fiche d'information de Nature à ce sujet. Cette fiche comporte également des indications et un exemple de format de référence à un jeu de données publié.

http://www.nature.com/authors/policies/data/data-availability-statements-data-citations.pdf

http://www.nature.com/news/announcement-where-are-the-data-1.20541?WT.mc_id=TWT_NatureNews

## Communication scientifique

### Une thèse en BD

The Conversation, 26 mai 2016

À l'occasion du concours « Ma thèse en 180 secondes 2016 », l'Université de Lorraine propose une adaptation en bande-dessinée des travaux de recherche de ses 11 doctorants finalistes. Commandée à un duo de dessinateurs, ce recueil porte un regard teinté d'humour sur une sélection de recherches qui reflètent la diversité des travaux réalisés par les laboratoires lorrains. Les vidéos des prestations des finalistes sont disponibles en ligne.

<figure><img src="image_12.png" /></figure>

Thomas Perrot, « L'arbre, le meilleur ami du bois », PRCAT, Université de Lorraine

https://theconversation.com/ma-these-en-bd-larbre-le-meilleur-ami-du-bois-59944
## Comment vulgariser sans dénaturer - Vidéo

Université de Poitiers, juin 2016

Comment parler de son travail scientifique au grand public ? Comment vulgariser sans dénaturer la finesse et le sens de la science dont on parle ? Cette vidéo tournée lors d'une conférence de l'Université de Poitiers permet trouver quelques éléments de réponse.

Comment vulgariser sans dénaturer Initiation à la vulgarisation scientifique. Cécile Michaut, Scientifique, journaliste et formatrice. Filmé le 01/06/2016. Durée: 02h 22m 26s

http://uptv.univ-poitiers.fr/program/initiation-a-la-vulgarisation-scientifique/video/5177/initiation-a-la-vulgarisation-scientifique/index.html

## Outils

### Scholix : lier les données de la recherche et la littérature scientifique

Blog Observatoire des Technologies de l'IST, 16 août 2016

Scholix (Scholarly Link Exchange) lancé au mois de juin 2016 par la Research Data Alliance (RDA) et le International Council for Science World Data System (ICSU-WDS), rendra plus facile le partage et l'échange des données agrégées de la recherche. L'objectif principal est de soutenir un écosystème de l'information scientifique mondiale, autour de liens entre la littérature et les données de recherche. Il offre une interoperabilité déjà performante, avec des acteurs mondiaux de l'information scientifique: Crossref, DataCite, OpenAIRE, PANGAEA, International STM Association, Australian National Data Service, et Elsevier.

http://www.scholix.org/home

http://ist.blogs.inra.fr/technologies/2016/08/16/scholix-liers-donnees-de-la-recherche-et-la-litterature-scientifique/

## Agenda

### Action Nationale de Formation « Édition académique : comprendre les processus de publication et de diffusion »

8 novembre 2016, Lyon

Cette journée de formation est destinée aux nouveaux arrivants des métiers de l'édition, aux personnels de l'IST souhaitant mieux comprendre les

problématiques éditoriales pour favoriser l'accompagnement des chercheurs, et aux chercheurs eux-mêmes.

Elle sera structurée autour de trois grands axes :

- Les acteurs de l'édition : dans le monde, en France, en SHS et en sciences dures ;

- La fabrication : la chaîne éditoriale du peer reviewing au prêt à tirer ;

- La diffusion : être lu (et pas seulement publié).

https://anf-publi2016.sciencesconf.org/

### Open access week

http://www.openaccessweek.org/

A l'occasion de l'open access week qui aura lieu du 24 au 30 octobre 2016, plusieurs journées sont organisées en lien avec cette thématique :

#### Journée open access week -24 octobre 2016, Avignon

Une journée "L'open access en action : dispositifs de valorisation de la recherche " est organisée à Avignon. Intervenants :

- Julien Gilet (responsable de l'offre Freemium d'OpenEdition);

- Christine Ollendorff (directrice de la bibliothèque des Arts et Métiers et responsable du GTAO Couperin);

- Diane Le Hénaff (responsable de ProdInra).

https://oaw2016avignon.sciencesconf.org

#### Journée open access week – 25 octobre 2016, Lyon

Une journée "Open Access Week Lyon 2016: pour une science ouverte et éthique" aura lieu à Lyon. Intervenants :

- Lionel Maurel (Conservateur des bibliothèques, Université Paris Lumières)

- Chérifa Boukacem-Zeghmouri (Laboratoire Elico, Urfist de Lyon)

- Emilie Masson (Mission Informatique et libertés, CNRS)

- Alain Gay (ISARA)

- Yan Bergheaud (responsable du pôle d'Accompagnement à la Pédagogie Numérique, Lyon 3)

- Marilou Pain (CCSD)

- Sarah Carvallo (MCF en philosophie à Ecole Centrale, Lyon)

- Isabelle VON BUELTZINGSLOEWEN (Vice-présidente Recherchen Lyon 2)

- Eric Lichtfouse (Direction d'équipes éditoriales de revues scientifiques, INRA)

https://oawlyon2016.sciencesconf.org/resource/page/i/d/3
## Ig Nobel 2016

### Blog Improbable Research, septembre 2016

Les prix Ig Nobel, la science qui fait rire puis réfléchir, viennent d'être attribués à Harward. Dans la discipline reproduction le prix récompense une étude égyptienne des effets de pantalons en laine, polyester ou coton sur la vie sexuelle des rats. En économie des chercheurs nouveaux zélandais ont étudié la personnalité des cailloux de différentes formes avec une théorie de la personnalité des marques. Un groupe de chercheurs internationaux remporte le prix de physique pour avoir démontré que les chevaux blancs sont mieux protégés des mouches et que les libellules étaient attirées par les pierres tombales. Le prix de chimie pour la mise au point d'un système électromécanique diminuant la pollution automobile a été décerné à Volkswagen. En psychologie des scientifiques ont demandés à 1000 menteurs s'ils mentent, et ont décidé de les croire. En biologie des anglais ont étudié le comportement des animaux en les imitant en milieu naturel, en portant notamment des prothèses pour vivre avec les chèvres. En littérature un suédois a publié trois volumes sur le plaisir de collectionner des mouches vivantes ou mortes. Enfin le prix de la perception revient à des japonais pour avoir étudié si les objets apparaissent différents quand on se penche et que l'on regarde entre ses jambes.

http://www.improbable.com/ig/winners/#ig2016

<figure><img src="image_13.png" /><figcaption>Fig. 1. The underpant worn by the rat.</figcaption></figure>

Shafik A. Effect of different types of textiles on sexual activity. Experimental study. Eur Urol. 1993;24(3) 375-380. PMID: 8262106

https://www.quora.com/What-are-the-most-amusing-figures-or-images-from-academic-journals-and-articles