# Plateforme bioinformatique MIGALE

Mouhamadou Ba, Hélène Chiapello, Christelle Hennequet-Antier, Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Véronique Martin, Cédric Midoux, Olivier Rué, Sophie Schbath, Valérie Vidal

► To cite this version:

Mouhamadou Ba, Hélène Chiapello, Christelle Hennequet-Antier, Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, et al. Plateforme bioinformatique MIGALE. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2021, Paris, France. 2021. [hal-04176768](https://hal.inrae.fr/hal-04176768)

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https://hal.inrae.fr/hal-04176768

Submitted on 3 Aug 2023

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INRAE

Mouhamadou Ba
Hélène Chiapello
Christelle Hennequet-Antier
Valentin Loux
Mahendra Mariadassou
Véronique Martin
Cédric Midoux
Olivier Rué
Sophie Schbath
Valérie Vidal

migale

# Plateforme bioinformatique MIGALE

Migale est une infrastructure scientifique collective INRAE ouverte à tous. Elle est membre de l'infrastructure de recherche INRAE Bioinfomics, de l'Institut Français de Bioinformatique et de France-Génomique. Ses activités sont certifiées ISO9001 depuis avril 2011.

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ifb
INSTITUT FRANÇAIS
DE BIOINFORMATIQUE

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FRANCE
GENOMIQUE

**BioinfOmics**
INRAE RESEARCH INFRASTRUCTURE

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## Nos missions

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Déploiement d'une infrastructure de calcul scientifique

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Mise à disposition des collections de données publiques issues de travaux de génomique

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Analyse de données génomiques

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Déploiement sur la plateforme de logiciels d'analyses bioinformatiques et statistiques

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Conception et développement d'applications

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Formation des utilisateurs aux méthodologies de la bioinformatique et aux logiciels d'analyse

https://migale.inrae.fr/

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## Infrastructure de calcul scientifique

* Un **cluster de calcul** de **2436cœurs**, 3 serveurs dédiés aux **bases de données**

* 22 serveurs physiques, 15 serveurs virtuels dédiés à des projets collaboratifs ou des outils

* Plus de **800 To** d'espace de stockage centralisé

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## Données et Outils

* ~400 **outils** mis à disposition

* 90 **banques de données**

* **Mises à jour régulières** des banques et outils

* Portail **Galaxy** : https://galaxy.migale.inrae.fr/ pour une utilisation conviviale

* **Packaging** et **intégration d'outils** en protéomique, statistiques, ...

BIOCONDA
bioMAJ

Galaxy
PROJECT

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Centre
Île-de-France - Jouy-en-Josas-Antony

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MaiAGE

Université Paris-Saclay, INRAE, MaiAGE, 78350, Jouy-en-Josas, France
Université Paris-Saclay, INRAE, BioinfOmics, Migale, 78350, Jouy-en-Josas, France

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## Analyse de données

### Domaines d'expertise :

* Assemblage & annotation de génomes microbiens

* Génomique et génomique comparée

* Métagénomique, Métatranscriptomique

* Statistiques

* Fouille de texte et données

### Exemples de projets en métagénomique :

* **MetaPDO-Cheese** : Étude de la biodiversité des fromages AOP

* Ingénierie écologique de **communautés microbiennes** pour la valorisation de bio-déchets

Mise à disposition des analyses et résultats sous forme de **rapports web** (Rmd)

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## Conception et développement

* **Ommicrobe** : base de données de phénotypes microbiens

* **Easy16S** : interface de visualisation de jeux de données métagénomiques 16S

* **ProteoRE** : interprétation et exploration de données protéomiques

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## Formations

* 120 **personnes formées**/an en présence ou à distance

* 14 **modules** différents, dont :

* Initiation à R, ggplot2

* Galaxy

* Traitement primaire de données NGS (Galaxy / ligne de commande)

* Annotation automatique de génomes bactériens RNA-seq : bioinfo et statistiques

* Métagénomique 16S, Métagenomique shotgun

* Modélisation 3D de protéines