# Evolution rapide des structures de populations de Botrytis cinerea révélée par génotypage SSR en culture de tomate sous serre, suite à l'introduction de souches "marquées"

Véronique Decognet, Philippe C. Nicot, Marc Bardin, Yannie Trottin-Caudal

<figure><img src="image_1.png" /></figure>

## To cite this version:

Véronique Decognet, Philippe C. Nicot, Marc Bardin, Yannie Trottin-Caudal. Evolution rapide des structures de populations de Botrytis cinerea révélée par génotypage SSR en culture de tomate sous serre, suite à l'introduction de souches "marquées". 6. Rencontres de phytopathologie/mycologie de la Société Française de Phytopathologie, Jan 2006, Aussois, France. hal-05097084

HAL Id: hal-05097084

https://hal.inrae.fr/hal-05097084v1

Submitted on 4 Jun 2025

HAL is a multi-disciplinary open access archive for the deposit and dissemination of scientific research documents, whether they are published or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers.

L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d'enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés.

<figure><img src="image_2.png" /></figure>

Distributed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License
# Evolution rapide des structures de populations de *Botrytis cinerea* révélée par génotypage SSR en culture de tomate sous serre, suite à l'introduction de souches "marquées"

Véronique Decognet (1), **Philippe Nicot** (1), Marc Bardin (1), Yannie Trottin (2)

(1) INRA Centre d'Avignon, Unité de Pathologie Végétale, Domaine Saint Maurice, BP 94, 84143 MONTFAVET Cedex; (2) CTIFL Centre de Balandran, BP 32, 30127 BELLEGARDE

*Botrytis cinerea* peut produire rapidement des quantités massives d'inoculum secondaire sur les plantes malades et des méthodes de lutte visent à limiter sa sporulation. Cependant, l'inoculum aérien présent au dessus d'une culture peut également inclure des spores "exogènes" de diverses provenances (géographique et plante hôte). La proportion relative de chacun des deux types d'inoculum peut affecter l'efficacité de méthodes de lutte, ainsi que l'impact de la pression sélective que celles-ci exercent sur les populations de l'agent pathogène.

Un essai en serre expérimentale a été mis en place pour quantifier l'impact de l'inoculum endogène sur le développement de la maladie et sur la structure de population dans quatre compartiments permettant la culture de tomate en conditions quasi-commerciales. Des échantillonnages ont été réalisés sur la sporée aérienne 4 jours avant et 14 jours après l'inoculation (JApI) localisée de 6 plantes par compartiment avec deux souches "marquées" de Bc (présentant des profils SSR et des niveaux d'agressivité sur tomate connus). Des isolats (90 par compartiment) ont également été prélevés sur des lésions sur plantes 60 jours après inoculation, et l'ensemble de la collection a été génotypé à l'aide de 9 marqueurs microsatellites décrits par E. Fournier (INRA Versailles).

Les 80 isolats prélevés dans la sporée aérienne avant inoculation présentaient 63 profils SSR distincts, dont aucun ne ressemble aux deux souches de référence. Un développement de symptômes et une sporulation abondante ont été observés sur les points d'inoculation. Après 14 jours, des profils SSR identiques aux deux souches de référence ont été trouvés dans 63% des 360 isolats prélevés dans la sporée aérienne. La maladie s'est ensuite propagée à des plantes non inoculées. Parmi les isolats prélevés sur plantes malades 60 JApI, 61% et 30% correspondaient aux profils des souches de référence d'agressivité forte et moyenne sur tomate, respectivement.

Ces résultats montrent une structuration temporelle très marquée des populations et contrastent fortement avec ceux d'études précédentes de la diversité génotypique de *B. cinerea*. Ils sont compatibles un développement polycyclique de la maladie sous serre et illustrent l'importance de l'inoculum endogène dans ce système de production. Le remplacement rapide des isolats initialement présents dans la sporée aérienne est concomitant avec leur très faible contribution au déroulement de l'épidémie, et pose la question de la spécificité d'hôte chez ce champignon supposé très polyphage.