<table><caption>Supplementary Table S1 Common partners in WT and Lgl1 knock out background</caption><thead><tr><th>Common IDs</th><th>emPAJ WT</th><th>emPAJ KO</th><th>emPAJ WT/emPAJ KO</th><th>log(emPAJ WT/emPAJ KO)</th><th>Description</th></tr></thead><tbody><tr><td>ADA22</td><td>0.323333333</td><td>0.113333331</td><td>2.852941176</td><td></td><td>0.055202811</td></tr><tr><td>DLG4</td><td>0.733333333</td><td>0.36</td><td>2.037057037</td><td></td><td>0.089898929</td></tr><tr><td>DLG1</td><td>0.72</td><td>0.4</td><td>1.8</td><td></td><td>0.255725053</td></tr><tr><td>DLG3</td><td>0.316666667</td><td>0.19</td><td>1.666666687</td><td></td><td>0.221848783</td></tr><tr><td>PSD1</td><td>0.216666667</td><td>0.153333333</td><td>1.625</td><td></td><td>0.210853336</td></tr><tr><td>AT8B2</td><td>0.08</td><td>0.05</td><td>1.6</td><td></td><td>0.204119983</td></tr><tr><td>ADDA</td><td>0.126666667</td><td>0.08</td><td>1.583333335</td><td></td><td>0.199572359</td></tr><tr><td>KCNA6</td><td>3.295333333</td><td>2.213333335</td><td>1.487951807</td><td></td><td>0.172588865</td></tr><tr><td>KPC8</td><td>0.11</td><td>0.09</td><td>1.444444444</td><td></td><td>0.195708043</td></tr><tr><td>PACS1</td><td>0.191666667</td><td>0.135</td><td>1.419755086</td><td></td><td>0.192212823</td></tr><tr><td>AT1A2</td><td>0.36</td><td>0.288333331</td><td>1.248554913</td><td></td><td>0.096407646</td></tr><tr><td>WNK2</td><td>0.21</td><td>0.173333333</td><td>1.211538462</td><td></td><td>0.083337206</td></tr><tr><td>EAA2</td><td>0.25</td><td>0.19</td><td>1.210526316</td><td></td><td>0.082974235</td></tr><tr><td>KIF2A</td><td>0.466666667</td><td>0.703333331</td><td>1.037191460</td><td></td><td>0.080551264</td></tr><tr><td>KCAB1</td><td>3.426666667</td><td>2.876666667</td><td>1.191193511</td><td></td><td>0.075992319</td></tr><tr><td>KCNA4</td><td>1.56</td><td>1.11</td><td>1.190839695</td><td></td><td>0.075853303</td></tr><tr><td>KCNA3</td><td>3.153333331</td><td>2.723333331</td><td>1.157894757</td><td></td><td>0.063696908</td></tr><tr><td>KCAB2</td><td>14.25333333</td><td>12.31333331</td><td>1.157552788</td><td></td><td>0.063548085</td></tr><tr><td>VAPB</td><td>0.366666667</td><td>0.34</td><td>1.078451775</td><td></td><td>0.051792513</td></tr><tr><td>YTHD2</td><td>0.313333331</td><td>0.293</td><td>1.062146983</td><td></td><td>0.026148581</td></tr><tr><td>EPMIP</td><td>3.326666667</td><td>3.14</td><td>1.059447983</td><td></td><td>0.025079630</td></tr><tr><td>KC1E</td><td>0.145</td><td>0.14</td><td>1.035714286</td><td></td><td>0.015239967</td></tr><tr><td>KCNA2</td><td>2.986666667</td><td>2.81</td><td>1.03084223</td><td></td><td>0.013192202</td></tr><tr><td>AP2A2</td><td>0.250</td><td>0.253333335</td><td>1.006578947</td><td></td><td>0.002847843</td></tr><tr><td>SEPTB</td><td>0.14</td><td>0.14</td><td>1</td><td></td><td>0.0048749</td></tr><tr><td>KCNA5</td><td>0.446666667</td><td>0.453333333</td><td>0.985294118</td><td></td><td>0.006643411</td></tr><tr><td>ASTRB</td><td>0.643333333</td><td>0.656666667</td><td>0.979695431</td><td></td><td>0.008908917</td></tr><tr><td>KCNA1</td><td>2.83</td><td>2.94</td><td>0.962585034</td><td></td><td>0.016560895</td></tr><tr><td>LARG1</td><td>0.496666667</td><td>0.516666667</td><td>0.961290325</td><td></td><td>-0.01715453</td></tr><tr><td>PSC5</td><td>0.42</td><td>0.44</td><td>0.954545455</td><td></td><td>0.020203386</td></tr><tr><td>TRPV2</td><td>0.36</td><td>0.44</td><td>0.886363636</td><td></td><td>0.025380806</td></tr><tr><td>AT1A1</td><td>0.27</td><td>0.366666667</td><td>0.880434783</td><td></td><td>0.055302806</td></tr><tr><td>DHB4</td><td>0.685</td><td>0.81</td><td>0.845679012</td><td></td><td>-0.072794447</td></tr><tr><td>WDR26</td><td>0.166666667</td><td>0.203333331</td><td>0.819672131</td><td></td><td>-0.086359831</td></tr><tr><td>SEPL1</td><td>0.14</td><td>0.775</td><td>0.8</td><td></td><td>-0.086900133</td></tr><tr><td>STX1B</td><td>0.21</td><td>0.27</td><td>0.77777777</td><td></td><td>0.019144469</td></tr><tr><td>PP2BA</td><td>0.245</td><td>0.31</td><td>0.742424242</td><td></td><td>-0.129347856</td></tr><tr><td>LRTM2</td><td>0.593333333</td><td>0.816666667</td><td>0.726530612</td><td></td><td>-0.138746082</td></tr><tr><td>AMPL</td><td>0.62</td><td>0.91</td><td>0.681318681</td><td></td><td>-0.166649706</td></tr><tr><td>143E</td><td>0.586666667</td><td>0.6</td><td>0.444444444</td><td></td><td>-0.190845153</td></tr><tr><td>VAPA</td><td>1.21</td><td>2.146666667</td><td>0.563645296</td><td></td><td>0.248972492</td></tr><tr><td>143G</td><td>0.325</td><td>0.74</td><td>0.439189189</td><td></td><td>-0.357348336</td></tr></tbody></table>
<table><caption>Supplementary Table S1 Common partners in WT and Lgl1 knock out background</caption><thead><tr><th>Common IDs</th><th>emPAJ WT</th><th>emPAJ KO</th><th>emPAJ WT/emPAJ KO</th><th>log(emPAJ WT/emPAJ KO)</th><th>Description</th></tr></thead><tbody><tr><td>ADA22</td><td>0.323333333</td><td>0.113333331</td><td>2.852941176</td><td></td><td>0.055292811</td></tr><tr><td>DLG4</td><td>0.733333333</td><td>0.36</td><td>2.037057037</td><td></td><td>0.089898929</td></tr><tr><td>DLG1</td><td>0.72</td><td>0.4</td><td>1.8</td><td></td><td>0.255725035</td></tr><tr><td>DLG3</td><td>0.316666667</td><td>0.19</td><td>1.666666687</td><td></td><td>0.221848785</td></tr><tr><td>PSD1</td><td>0.216666667</td><td>0.153333333</td><td>1.625</td><td></td><td>0.210853336</td></tr><tr><td>AT8B2</td><td>0.08</td><td>0.05</td><td>1.6</td><td></td><td>0.204119983</td></tr><tr><td>ADDA</td><td>0.126666667</td><td>0.08</td><td>1.583333335</td><td></td><td>0.199572359</td></tr><tr><td>KCNA6</td><td>3.295333333</td><td>2.213333335</td><td>1.487951807</td><td></td><td>0.172588865</td></tr><tr><td>KPCB</td><td>0.11</td><td>0.09</td><td>1.444444444</td><td></td><td>0.195708043</td></tr><tr><td>PACS1</td><td>0.191666667</td><td>0.135</td><td>1.419755086</td><td></td><td>0.192212824</td></tr><tr><td>AT1A2</td><td>0.36</td><td>0.288333331</td><td>1.248554913</td><td></td><td>0.096407646</td></tr><tr><td>WNK2</td><td>0.21</td><td>0.173333335</td><td>1.211538462</td><td></td><td>0.083337206</td></tr><tr><td>EAA2</td><td>0.25</td><td>0.19</td><td>1.210526316</td><td></td><td>0.082974235</td></tr><tr><td>KIF2A</td><td>0.466666667</td><td>0.703333331</td><td>1.03791460</td><td></td><td>0.080551265</td></tr><tr><td>KCAB1</td><td>3.426666667</td><td>2.876666667</td><td>1.191193511</td><td></td><td>0.075992319</td></tr><tr><td>KCNA4</td><td>1.56</td><td>1.11</td><td>1.190839695</td><td></td><td>0.075853303</td></tr><tr><td>KCNA3</td><td>3.153333331</td><td>2.723333335</td><td>1.157894757</td><td></td><td>0.063696908</td></tr><tr><td>KCAB2</td><td>14.25333333</td><td>12.31333331</td><td>1.157552788</td><td></td><td>0.063548085</td></tr><tr><td>VAPB</td><td>0.366666667</td><td>0.34</td><td>1.078451775</td><td></td><td>0.051792515</td></tr><tr><td>YTHD2</td><td>0.313333331</td><td>0.295</td><td>1.062146983</td><td></td><td>0.026148581</td></tr><tr><td>EPMIP</td><td>3.326666667</td><td>3.14</td><td>1.059447983</td><td></td><td>0.025079630</td></tr><tr><td>KC1E</td><td>0.145</td><td>0.14</td><td>1.035714286</td><td></td><td>0.015239967</td></tr><tr><td>KCNA2</td><td>2.986666667</td><td>2.81</td><td>1.03084223</td><td></td><td>0.013192202</td></tr><tr><td>AP2A2</td><td>0.250</td><td>0.253333335</td><td>1.006578947</td><td></td><td>0.002847843</td></tr><tr><td>SEPTB</td><td>0.14</td><td>0.14</td><td>1</td><td></td><td>0.008908917</td></tr><tr><td>KCNA5</td><td>0.446666667</td><td>0.453333333</td><td>0.985294118</td><td></td><td>-0.006434111</td></tr><tr><td>ASTRB</td><td>0.643333333</td><td>0.656666667</td><td>0.979695431</td><td></td><td>-0.008908917</td></tr><tr><td>KCNA1</td><td>2.83</td><td>2.94</td><td>0.962585034</td><td></td><td>-0.016560895</td></tr><tr><td>LARG1</td><td>0.496666667</td><td>0.516666667</td><td>0.961290325</td><td></td><td>-0.01715453</td></tr><tr><td>PSC5</td><td>0.42</td><td>0.44</td><td>0.954545455</td><td></td><td>0.020203336</td></tr><tr><td>TRPV2</td><td>0.36</td><td>0.44</td><td>0.886363636</td><td></td><td>0.025380806</td></tr><tr><td>AT1A1</td><td>0.27</td><td>0.306666667</td><td>0.880434783</td><td></td><td>-0.055308208</td></tr><tr><td>DHB4</td><td>0.685</td><td>0.81</td><td>0.845679012</td><td></td><td>-0.072794447</td></tr><tr><td>WDR26</td><td>0.166666667</td><td>0.203333331</td><td>0.819672131</td><td></td><td>-0.086359831</td></tr><tr><td>SEPL1</td><td>0.14</td><td>0.775</td><td>0.8</td><td></td><td>-0.096890013</td></tr><tr><td>STX1B</td><td>0.21</td><td>0.27</td><td>0.777777778</td><td></td><td>0.09711 OS-Mus musculus GN=Sept11</td></tr><tr><td>PP2BA</td><td>0.245</td><td>0.31</td><td>0.742424242</td><td></td><td>-0.109144466</td></tr><tr><td>LRTM2</td><td>0.593333333</td><td>0.816666667</td><td>0.726530612</td><td></td><td>-0.129347856</td></tr><tr><td>AMPL</td><td>0.62</td><td>0.91</td><td>0.681318681</td><td></td><td>-0.138746082</td></tr><tr><td>143E</td><td>0.586666667</td><td>0.6</td><td>0.444444444</td><td></td><td>-0.166649706</td></tr><tr><td>VAPA</td><td>1.21</td><td>2.146666667</td><td>0.563645296</td><td></td><td>0.248972492</td></tr><tr><td>143G</td><td>0.325</td><td>0.74</td><td>0.439189189</td><td></td><td>-0.357348336</td></tr></tbody></table>
<table><caption>Supplementary Table S2. Specific Kv₁₂ partners in WT background</caption><thead><tr><th>ID</th><th>emPAI</th><th>SEM</th><th>Description</th></tr></thead><tbody><tr><td>ACTC</td><td>2.12</td><td>0.00</td><td>Actin, alpha cardiac muscle 1 OS=Mus musculus GN=Actc1</td></tr><tr><td>AP3S1</td><td>0.255</td><td>0.00</td><td>AP-3 complex subunit sigma-1 OS=Mus musculus GN=Ap3s1</td></tr><tr><td>MYPR</td><td>0.23</td><td>0.00</td><td>Myelin proteolipid protein OS=Mus musculus GN=Plp1</td></tr><tr><td>PP2BB</td><td>0.22</td><td>0.02</td><td>Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit beta isoform OS=Mus musculus GN=Ppp3cb</td></tr><tr><td>AP1B1</td><td>0.195</td><td>0.04</td><td>AP-1 complex subunit beta-1 OS=Mus musculus GN=Ap1b1</td></tr><tr><td>ZC21A</td><td>0.155</td><td>0.00</td><td>Zinc finger C2HC domain-containing protein 1A OS=Mus musculus GN=Zc2hc1a</td></tr><tr><td>DLG2</td><td>0.15</td><td>0.02</td><td>Disks large homolog 2 OS=Mus musculus GN=DLg2</td></tr><tr><td>LGI1</td><td>0.135</td><td>0.02</td><td>Leucine-rich glioma-inactivated protein 1 OS=Mus musculus GN=Lgi1</td></tr><tr><td>VIME</td><td>0.13</td><td>0.00</td><td>Vimentin OS=Mus musculus GN=Vim</td></tr><tr><td>DTX1</td><td>0.125</td><td>0.02</td><td>E3 ubiquitin-protein ligase DTX1 OS=Mus musculus GN=Dtx1</td></tr><tr><td>AT2B4</td><td>0.12</td><td>0.02</td><td>Plasma membrane calcium-transporting ATPase 4 OS=Mus musculus GN=Atp2b4</td></tr><tr><td>RANB9</td><td>0.12</td><td>0.02</td><td>Ran-binding protein 9 OS=Mus musculus GN=Ranbp9</td></tr><tr><td>MYH10</td><td>0.115</td><td>0.02</td><td>Myosin-10 OS=Mus musculus GN=Myh10</td></tr><tr><td>GSK3B</td><td>0.115</td><td>0.00</td><td>Glycogen synthase kinase-3 beta OS=Mus musculus GN=Gsk3b</td></tr><tr><td>ASTRA</td><td>0.113333333</td><td>0.01</td><td>Protein Aster-A OS=Mus musculus GN=Gramd1a</td></tr><tr><td>CYFP2</td><td>0.11</td><td>0.00</td><td>Cytoplasmic FMR1-interacting protein 2 OS=Mus musculus GN=Cyfip2</td></tr><tr><td>GSDMA</td><td>0.105</td><td>0.00</td><td>Gasdermin-A OS=Mus musculus GN=Gsdma PE=2 SV=1</td></tr><tr><td>GIT1</td><td>0.08</td><td>0.00</td><td>ARF GTPase-activating protein GIT1 OS=Mus musculus GN=Git1</td></tr><tr><td>TGM1</td><td>0.076666667</td><td>0.01</td><td>Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase K OS=Mus musculus GN=Tgm1</td></tr><tr><td>NEB2</td><td>0.07</td><td>0.00</td><td>Neurabin-2 OS=Mus musculus GN=Ppp1r9b</td></tr><tr><td>CLAP2</td><td>0.06</td><td>0.01</td><td>CLIP-associating protein 2 OS=Mus musculus GN=Clasp2</td></tr><tr><td>NSF</td><td>0.06</td><td>0.00</td><td>Vesicle-fusing ATPase OS=Mus musculus GN=Nsf</td></tr><tr><td>FAS</td><td>0.04</td><td>0.01</td><td>Fatty acid synthase OS=Mus musculus GN=Fasn</td></tr></tbody></table>
<table><caption>Supplementary Table S2. Specific Kv₁₂ partners in WT background</caption><thead><tr><th>ID</th><th>emPAI</th><th>SEM</th><th>Description</th></tr></thead><tbody><tr><td>ACTC</td><td>2.12</td><td>0.00</td><td>Actin, alpha cardiac muscle 1 OS=Mus musculus GN=Actc1</td></tr><tr><td>AP3S1</td><td>0.255</td><td>0.00</td><td>AP-3 complex subunit sigma-1 OS=Mus musculus GN=Ap3s1</td></tr><tr><td>MYPR</td><td>0.23</td><td>0.00</td><td>Myelin proteolipid protein OS=Mus musculus GN=Plp1</td></tr><tr><td>PP2BB</td><td>0.22</td><td>0.02</td><td>Serine/threonine-protein phosphatase 2B catalytic subunit beta isoform OS=Mus musculus GN=Ppp3cb</td></tr><tr><td>AP1B1</td><td>0.195</td><td>0.04</td><td>AP-1 complex subunit beta-1 OS=Mus musculus GN=Ap1b1</td></tr><tr><td>ZC21A</td><td>0.155</td><td>0.00</td><td>Zinc finger C2HC domain-containing protein 1A OS=Mus musculus GN=Zc2hc1a</td></tr><tr><td>DLG2</td><td>0.15</td><td>0.02</td><td>Disks large homolog 2 OS=Mus musculus GN=Dlg2</td></tr><tr><td>LGI1</td><td>0.135</td><td>0.02</td><td>Leucine-rich glioma-inactivated protein 1 OS=Mus musculus GN=Lgi1</td></tr><tr><td>VIME</td><td>0.13</td><td>0.00</td><td>Vimentin OS=Mus musculus GN=Vim</td></tr><tr><td>DTX1</td><td>0.125</td><td>0.02</td><td>E3 ubiquitin-protein ligase DTX1 OS=Mus musculus GN=Dtx1</td></tr><tr><td>AT2B4</td><td>0.12</td><td>0.02</td><td>Plasma membrane calcium-transporting ATPase 4 OS=Mus musculus GN=Atp2b4</td></tr><tr><td>RANB9</td><td>0.12</td><td>0.02</td><td>Ran-binding protein 9 OS=Mus musculus GN=Ranbp9</td></tr><tr><td>MYH10</td><td>0.115</td><td>0.02</td><td>Myosin-10 OS=Mus musculus GN=Myh10</td></tr><tr><td>GSK3B</td><td>0.115</td><td>0.00</td><td>Glycogen synthase kinase-3 beta OS=Mus musculus GN=Gsk3b</td></tr><tr><td>ASTRA</td><td>0.113333333</td><td>0.01</td><td>Protein Aster-A OS=Mus musculus GN=Gramd1a</td></tr><tr><td>CYFP2</td><td>0.11</td><td>0.00</td><td>Cytoplasmic FMR1-interacting protein 2 OS=Mus musculus GN=Cyfip2</td></tr><tr><td>GSDMA</td><td>0.105</td><td>0.00</td><td>Gasdermin-A OS=Mus musculus GN=Gsdma PE=2 SV=1</td></tr><tr><td>GIT1</td><td>0.08</td><td>0.00</td><td>ARF GTPase-activating protein GIT1 OS=Mus musculus GN=Git1</td></tr><tr><td>TGM1</td><td>0.076666667</td><td>0.01</td><td>Protein-glutamine gamma-glutamyltransferase K OS=Mus musculus GN=Tgm1</td></tr><tr><td>NEB2</td><td>0.07</td><td>0.00</td><td>Neurabin-2 OS=Mus musculus GN=Ppp1r9b</td></tr><tr><td>CLAP2</td><td>0.06</td><td>0.01</td><td>CLIP-associating protein 2 OS=Mus musculus GN=Clasp2</td></tr><tr><td>NSF</td><td>0.06</td><td>0.00</td><td>Vesicle-fusing ATPase OS=Mus musculus GN=Nsf</td></tr><tr><td>FAS</td><td>0.04</td><td>0.01</td><td>Fatty acid synthase OS=Mus musculus GN=Fasn</td></tr></tbody></table>
<table><caption>Supplementary Table S3. Specific Kv₁.₂ partners in Lgi1 know out background</caption><thead><tr><th>ID</th><th>emPAI</th><th>SEM</th><th>Description</th></tr></thead><tbody><tr><td>G3P</td><td>1.638333333</td><td>0.34</td><td>Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase OS=Mus musculus GN=Gapdh</td></tr><tr><td>FABP7</td><td>0.81</td><td>0.15</td><td>Fatty acid-binding protein, brain OS=Mus musculus GN=Fabp7</td></tr><tr><td>VAMP2</td><td>0.475</td><td>0.00</td><td>Vesicle-associated membrane protein 2 OS=Mus musculus GN=Vamp2</td></tr><tr><td>MARCS</td><td>0.41</td><td>0.00</td><td>Myristoylated alanine-rich C-kinase substrate OS=Mus musculus GN=Marcks</td></tr><tr><td>PCMD2</td><td>0.3175</td><td>0.04</td><td>Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase domain-containing protein 2 OS=Mus musculus GN=Pcmtd2</td></tr><tr><td>VDAC1</td><td>0.31</td><td>0.05</td><td>Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 OS=Mus musculus GN=Vdac1</td></tr><tr><td>SEPT7</td><td>0.3</td><td>0.00</td><td>Septin-7 OS=Mus musculus GN=Sept7</td></tr><tr><td>CPNE6</td><td>0.285</td><td>0.05</td><td>Copine-6 OS=Mus musculus GN=Copne6</td></tr><tr><td>TCPD</td><td>0.27</td><td>0.00</td><td>T-complex protein 1 subunit delta OS=Mus musculus GN=Cct4</td></tr><tr><td>YTHD1</td><td>0.27</td><td>0.00</td><td>YTH domain-containing family protein 1 OS=Mus musculus GN=Ythdf1</td></tr><tr><td>ANXA2</td><td>0.238333333</td><td>0.05</td><td>Annexin A2 OS=Mus musculus GN=Anxa2</td></tr><tr><td>DCX</td><td>0.233333333</td><td>0.08</td><td>Neuronal migration protein doublecortin OS=Mus musculus GN=Dcx</td></tr><tr><td>SNG3</td><td>0.22</td><td>0.00</td><td>Synaptogyrin-3 OS=Mus musculus GN=Syngr3</td></tr><tr><td>LRC59</td><td>0.21</td><td>0.00</td><td>Leucine-rich repeat-containing protein 59 OS=Mus musculus GN=Lrrc59</td></tr><tr><td>STX1A</td><td>0.21</td><td>0.00</td><td>Syntaxin-1A OS=Mus musculus GN=Stx1a</td></tr><tr><td>SYN2</td><td>0.208333333</td><td>0.04</td><td>Synapsin-2 OS=Mus musculus GN=Syn2</td></tr><tr><td>LDHB</td><td>0.19</td><td>0.00</td><td>L-lactate dehydrogenase B chain OS=Mus musculus GN=Ldhb</td></tr><tr><td>KAPCB</td><td>0.16</td><td>0.02</td><td>cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit beta OS=Mus musculus GN=Prkacb</td></tr><tr><td>RACK1</td><td>0.155</td><td>0.00</td><td>Receptor of activated protein C kinase 1 OS=Mus musculus GN=Rack1</td></tr><tr><td>DYN3</td><td>0.153333333</td><td>0.01</td><td>Dynamin-3 OS=Mus musculus GN=Dnm3</td></tr><tr><td>SEPT6</td><td>0.14</td><td>0.00</td><td>Septin-6 OS=Mus musculus GN=Sept6</td></tr><tr><td>LANC2</td><td>0.1</td><td>0.00</td><td>LanC-like protein 2 OS=Mus musculus GN=Lancl2</td></tr><tr><td>RPN1</td><td>0.1</td><td>0.02</td><td>Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 OS=Mus musculus GN=Rpn1</td></tr><tr><td>KPCG</td><td>0.09</td><td>0.00</td><td>Protein kinase C gamma type OS=Mus musculus GN=Prkcg</td></tr><tr><td>MAP4</td><td>0.09</td><td>0.00</td><td>Microtubule-associated protein 4 OS=Mus musculus GN=Map4</td></tr><tr><td>PFKAM</td><td>0.08</td><td>0.00</td><td>ATP-dependent 6-phosphofructokinase, muscle type OS=Mus musculus GN=Pfkm</td></tr><tr><td>RHG26</td><td>0.07</td><td>0.00</td><td>Rho GTPase-activating protein 26 OS=Mus musculus GN=Arhgap26</td></tr><tr><td>EPHA4</td><td>0.06</td><td>0.00</td><td>Ephrin type-A receptor 4 OS=Mus musculus GN=Epha4</td></tr><tr><td>UH1BL</td><td>0.04</td><td>0.00</td><td>UHRF1-binding protein 1-like OS=Mus musculus GN=Uhrf1bp1l</td></tr></tbody></table>
<table><caption>Supplementary Table S3. Specific Kv₁.₂ partners in Lgi1 know out background</caption><thead><tr><th>ID</th><th>emPAI</th><th>SEM</th><th>Description</th></tr></thead><tbody><tr><td>G3P</td><td>1.638333333</td><td>0.34</td><td>Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase OS=Mus musculus GN=Gapdh</td></tr><tr><td>FABP7</td><td>0.81</td><td>0.15</td><td>Fatty acid-binding protein, brain OS=Mus musculus GN=Fabp7</td></tr><tr><td>VAMP2</td><td>0.475</td><td>0.00</td><td>Vesicle-associated membrane protein 2 OS=Mus musculus GN=Vamp2</td></tr><tr><td>MARCS</td><td>0.41</td><td>0.00</td><td>Myristoylated alanine-rich C-kinase substrate OS=Mus musculus GN=Marcks</td></tr><tr><td>PCMD2</td><td>0.3175</td><td>0.04</td><td>Protein-L-isoaspartate O-methyltransferase domain-containing protein 2 OS=Mus musculus GN=Pcmtd2</td></tr><tr><td>VDAC1</td><td>0.31</td><td>0.05</td><td>Voltage-dependent anion-selective channel protein 1 OS=Mus musculus GN=Vdac1</td></tr><tr><td>SEPT7</td><td>0.3</td><td>0.00</td><td>Septin-7 OS=Mus musculus GN=Sept7</td></tr><tr><td>CPNE6</td><td>0.285</td><td>0.05</td><td>Copine-6 OS=Mus musculus GN=Copne6</td></tr><tr><td>TCPD</td><td>0.27</td><td>0.00</td><td>T-complex protein 1 subunit delta OS=Mus musculus GN=Cct4</td></tr><tr><td>YTHD1</td><td>0.27</td><td>0.00</td><td>YTH domain-containing family protein 1 OS=Mus musculus GN=Ythdf1</td></tr><tr><td>ANXA2</td><td>0.238333333</td><td>0.05</td><td>Annexin A2 OS=Mus musculus GN=Anxa2</td></tr><tr><td>DCX</td><td>0.233333333</td><td>0.08</td><td>Neuronal migration protein doublecortin OS=Mus musculus GN=Dcx</td></tr><tr><td>SNG3</td><td>0.22</td><td>0.00</td><td>Synaptogyrin-3 OS=Mus musculus GN=Syngr3</td></tr><tr><td>LRC59</td><td>0.21</td><td>0.00</td><td>Leucine-rich repeat-containing protein 59 OS=Mus musculus GN=Lrrc59</td></tr><tr><td>STX1A</td><td>0.21</td><td>0.00</td><td>Syntaxin-1A OS=Mus musculus GN=Stx1a</td></tr><tr><td>SYN2</td><td>0.208333333</td><td>0.04</td><td>Synapsin-2 OS=Mus musculus GN=Syn2</td></tr><tr><td>LDHB</td><td>0.19</td><td>0.00</td><td>L-lactate dehydrogenase B chain OS=Mus musculus GN=Ldhb</td></tr><tr><td>KAPCB</td><td>0.16</td><td>0.02</td><td>cAMP-dependent protein kinase catalytic subunit beta OS=Mus musculus GN=Prkacb</td></tr><tr><td>RACK1</td><td>0.155</td><td>0.00</td><td>Receptor of activated protein C kinase 1 OS=Mus musculus GN=Rack1</td></tr><tr><td>DYN3</td><td>0.153333333</td><td>0.01</td><td>Dynamin-3 OS=Mus musculus GN=Dnm3</td></tr><tr><td>SEPT6</td><td>0.14</td><td>0.00</td><td>Septin-6 OS=Mus musculus GN=Sept6</td></tr><tr><td>LANC2</td><td>0.1</td><td>0.00</td><td>LanC-like protein 2 OS=Mus musculus GN=Lancl2</td></tr><tr><td>RPN1</td><td>0.1</td><td>0.02</td><td>Dolichyl-diphosphooligosaccharide--protein glycosyltransferase subunit 1 OS=Mus musculus GN=Rpn1</td></tr><tr><td>KPCG</td><td>0.09</td><td>0.00</td><td>Protein kinase C gamma type OS=Mus musculus GN=Prkcg</td></tr><tr><td>MAP4</td><td>0.09</td><td>0.00</td><td>Microtubule-associated protein 4 OS=Mus musculus GN=Map4</td></tr><tr><td>PFKAM</td><td>0.08</td><td>0.00</td><td>ATP-dependent 6-phosphofructokinase, muscle type OS=Mus musculus GN=Pfkm</td></tr><tr><td>RHG26</td><td>0.07</td><td>0.00</td><td>Rho GTPase-activating protein 26 OS=Mus musculus GN=Arhgap26</td></tr><tr><td>EPHA4</td><td>0.06</td><td>0.00</td><td>Ephrin type-A receptor 4 OS=Mus musculus GN=Epha4</td></tr><tr><td>UH1BL</td><td>0.04</td><td>0.00</td><td>UHRF1-binding protein 1-like OS=Mus musculus GN=Uhrf1bp1l</td></tr></tbody></table>
<table><caption>Kv₁ partners (immunoprecipitation with anti Kv₁₂ from mouse brain homogenates of WT versus LGI1 knock out</caption><thead><tr><th>Only in WT</th><th>emPAI</th><th>Only in KO_LGI1</th><th>emPAI</th><th>Common WT/LGI1_KO; Increased in KO</th><th>Ratio_emPAI WT/KO</th><th>Common; Decreased in KO</th><th>Ratio_emPAI WT/KO</th><th>Common WT/LGI1_KO; Stable</th><th>Rattio_emPAI WT/KO</th></tr></thead><tbody><tr><td>ACTC part</td><td>2.12</td><td>Flgi</td><td>1.638333333</td><td>KCNA5 part</td><td>0.985294118</td><td>ADA22 part</td><td>2.852941176</td><td>SEPT8</td><td>1</td></tr><tr><td>AP3S1 part</td><td>0.255</td><td>FABP7 part</td><td>0.81</td><td>ASTRB part</td><td>0.979695431</td><td>DLG4 part</td><td>2.037037037</td><td>KCAB1 part</td><td>1.191193511</td></tr><tr><td>MYPR part</td><td>0.23</td><td>ATPB part</td><td>0.755</td><td>KCNA1 part</td><td>0.962585034</td><td>DLG1 part</td><td>1.8</td><td>KCNA4 part</td><td>1.190839695</td></tr><tr><td>PP2BB part</td><td>0.22</td><td>VAMP2 part</td><td>0.475</td><td>LARG1 part</td><td>0.961290323</td><td>DLG3 part</td><td>1.666666667</td><td>KCNA3 part</td><td>1.157894737</td></tr><tr><td>AP1B1 part</td><td>0.195</td><td>MARCS part</td><td>0.41</td><td>P5CS part</td><td>0.954545455</td><td>PSD1 part</td><td>1.625</td><td>KCAB2 part</td><td>1.157552788</td></tr><tr><td>DLG2 part</td><td>0.15</td><td>PCMD2 part</td><td>0.3175</td><td>TRPV2 part</td><td>0.886363636</td><td>AT2B2 part</td><td>1.6</td><td>VAPB part</td><td>1.078431373</td></tr><tr><td>LGI1 part</td><td>0.135</td><td>VDAC1 part</td><td>0.31</td><td>AT1A1 part</td><td>0.880434783</td><td>ADDA part</td><td>1.583333333</td><td>EPMIP part</td><td>1.059447983</td></tr><tr><td>VIME part</td><td>0.13</td><td>SEP part</td><td>0.3</td><td>DHB4 part</td><td>0.845679012</td><td>KCNA6 part</td><td>1.487951807</td><td>KC1E part</td><td>1.035714286</td></tr><tr><td>DTX1 part</td><td>0.125</td><td>CPNE6 part</td><td>0.29</td><td>WDR26 part</td><td>0.819672131</td><td>KPCB part</td><td>1.444444444</td><td>KCNA2 part</td><td>1.03084223</td></tr><tr><td>AT2B4 part</td><td>0.12</td><td>TCPD part</td><td>0.27</td><td>SEP11 part</td><td>0.8</td><td>PACS1 part</td><td>1.419753086</td><td>AP2A2 part</td><td>1.006578947</td></tr><tr><td>RANB9 part</td><td>0.12</td><td>ANXA2 part</td><td>0.24</td><td>STX1B part</td><td>0.777777778</td><td>AT1A2 part</td><td>1.248554913</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MYH10 part</td><td>0.115</td><td>DCX part</td><td>0.23</td><td>PP2BA part</td><td>0.742424242</td><td>WNK2 part</td><td>1.211538462</td><td></td><td></td></tr><tr><td>GSK3B part</td><td>0.115</td><td>SNG3 part</td><td>0.22</td><td>LRTM2 part</td><td>0.726530612</td><td>EAA2 part</td><td>1.210526316</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ASTRA part</td><td>0.1133</td><td>LRC59 part</td><td>0.21</td><td>AMPL part</td><td>0.681318681</td><td>KIF2A part</td><td>1.203791469</td><td></td><td></td></tr><tr><td>CYFP2 part</td><td>0.11</td><td>STX1A part</td><td>0.21</td><td>1433E part</td><td>0.644444444</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>GSDMA part</td><td>0.105</td><td>SYN2 part</td><td>0.21</td><td>VAPA part</td><td>0.563664596</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>TGM1 part</td><td>0.0766</td><td>LDHB part</td><td>0.19</td><td>1433G part</td><td>0.439189189</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>NEB2 part</td><td>0.07</td><td>KAPCB part</td><td>0.16</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CLAP2 part</td><td>0.06</td><td>RACK1 part</td><td>0.16</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>NSF part</td><td>0.06</td><td>DYN3 part</td><td>0.15</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>FAS part</td><td>0.04</td><td>SEP part</td><td>0.14</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>GIT1 part</td><td>0.008</td><td>LANC2 part</td><td>0.10</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>RPN1 part</td><td>0.10</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>KPCG part</td><td>0.09</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>MAP4 part</td><td>0.09</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>PFKAM part</td><td>0.08</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>RHG26 part</td><td>0.07</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>GRP75 part</td><td>0.07</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>EPHA4 part</td><td>0.06</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>UH1BL part</td><td>0.04</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>
<table><caption>Kv₁ partners (immunoprecipitation with anti Kv₁₂ from mouse brain homogenates of WT versus LGI1 knock out</caption><thead><tr><th>Only in WT</th><th>emPAI</th><th>Only in KO_LGI1</th><th>emPAI</th><th>Common WT/LGI1_KO; Increased in KO</th><th>Ratio_emPAI WT/KO</th><th>Common; Decreased in KO</th><th>Ratio_emPAI WT/KO</th><th>Common WT/LGI1_KO; Stable</th><th>Rattio_emPAI WT/KO</th></tr></thead><tbody><tr><td>ACTC part</td><td>2.12</td><td>Flgi</td><td>1.638333333</td><td>KCNA5 part</td><td>0.985294118</td><td>ADA22 part</td><td>2.852941176</td><td>SEPT8</td><td>1</td></tr><tr><td>AP3S1 part</td><td>0.255</td><td>FABP7 part</td><td>0.81</td><td>ASTRB part</td><td>0.979695431</td><td>DLG4 part</td><td>2.037037037</td><td>KCAB1 part</td><td>1.191193511</td></tr><tr><td>MYPR part</td><td>0.23</td><td>ATPB part</td><td>0.755</td><td>KCNA1 part</td><td>0.962585034</td><td>DLG1 part</td><td>1.8</td><td>KCNA4 part</td><td>1.190839695</td></tr><tr><td>PP2BB part</td><td>0.22</td><td>VAMP2 part</td><td>0.475</td><td>LARG1 part</td><td>0.961290323</td><td>DLG3 part</td><td>1.666666667</td><td>KCNA3 part</td><td>1.157894737</td></tr><tr><td>AP1B1 part</td><td>0.195</td><td>MARCS part</td><td>0.41</td><td>P5CS part</td><td>0.954545455</td><td>PSD1 part</td><td>1.625</td><td>KCAB2 part</td><td>1.157552788</td></tr><tr><td>DLG2 part</td><td>0.15</td><td>PCMD2 part</td><td>0.3175</td><td>TRPV2 part</td><td>0.886363636</td><td>AT2B2 part</td><td>1.6</td><td>VAPB part</td><td>1.078431373</td></tr><tr><td>LGI1 part</td><td>0.135</td><td>VDAC1 part</td><td>0.31</td><td>AT1A1 part</td><td>0.880434783</td><td>ADDA part</td><td>1.583333333</td><td>EPMIP part</td><td>1.059447983</td></tr><tr><td>VIME part</td><td>0.13</td><td>SEP part</td><td>0.3</td><td>DHB4 part</td><td>0.845679012</td><td>KCNA6 part</td><td>1.487951807</td><td>KC1E part</td><td>1.035714286</td></tr><tr><td>DTX1 part</td><td>0.125</td><td>CPNE6 part</td><td>0.29</td><td>WDR26 part</td><td>0.819672131</td><td>KPCB part</td><td>1.444444444</td><td>KCNA2 part</td><td>1.03084223</td></tr><tr><td>AT2B4 part</td><td>0.12</td><td>TCPD part</td><td>0.27</td><td>SEP11 part</td><td>0.8</td><td>PACS1 part</td><td>1.419753086</td><td>AP2A2 part</td><td>1.006578947</td></tr><tr><td>RANB9 part</td><td>0.12</td><td>ANXA2 part</td><td>0.24</td><td>STX1B part</td><td>0.777777778</td><td>AT1A2 part</td><td>1.248554913</td><td></td><td></td></tr><tr><td>MYH10 part</td><td>0.115</td><td>DCX part</td><td>0.23</td><td>PP2BA part</td><td>0.742424242</td><td>WNK2 part</td><td>1.211538462</td><td></td><td></td></tr><tr><td>GSK3B part</td><td>0.115</td><td>SNG3 part</td><td>0.22</td><td>LRTM2 part</td><td>0.726530612</td><td>EAA2 part</td><td>1.210526316</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ASTRA part</td><td>0.1133</td><td>LRC59 part</td><td>0.21</td><td>AMPL part</td><td>0.681318681</td><td>KIF2A part</td><td>1.203791469</td><td></td><td></td></tr><tr><td>CYFP2 part</td><td>0.11</td><td>STX1A part</td><td>0.21</td><td>1433E part</td><td>0.644444444</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>GSDMA part</td><td>0.105</td><td>SYN2 part</td><td>0.21</td><td>VAPA part</td><td>0.563664596</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>TGM1 part</td><td>0.0766</td><td>LDHB part</td><td>0.19</td><td>1433G part</td><td>0.439189189</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>NEB2 part</td><td>0.07</td><td>KAPCB part</td><td>0.16</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CLAP2 part</td><td>0.06</td><td>RACK1 part</td><td>0.16</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>NSF part</td><td>0.06</td><td>DYN3 part</td><td>0.15</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>FAS part</td><td>0.04</td><td>SEP part</td><td>0.14</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>GIT1 part</td><td>0.008</td><td>LANC2 part</td><td>0.10</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>RPN1 part</td><td>0.10</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>KPCG part</td><td>0.09</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>MAP4 part</td><td>0.09</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>PFKAM part</td><td>0.08</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>RHG26 part</td><td>0.07</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>GRP75 part</td><td>0.07</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>EPHA4 part</td><td>0.06</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td></td><td></td><td>UH1BL part</td><td>0.04</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>
Supplementary sheet 2/3

<table><caption>Functional properties of candidate proteins classified using the pantherdb web site (www.pantherdb.org)</caption><thead><tr><th></th><th>Ion / Amino acid transport</th><th>Enzyme</th><th>Molecular motor</th><th>Cell membrane</th><th>Golgi</th><th>Lipid binding / transport / metabolism</th><th>Extracellular</th><th>Cytoskeletal / cytoskeletal organisation</th><th>Adaptor protein</th><th>Cytoplasmic</th><th>Pore forming activity</th><th>Chaperone</th><th>Axon guidance</th><th>Catabolic process</th><th>Axonal and dendritic morphogenesis</th><th>Endocytosis</th><th>Exocytosis</th><th>Receptor clustering</th><th>Raft assembly</th><th>PDZ interaction</th><th>Phospholipid binding</th></tr></thead><tbody><tr><td></td><td>emPAI</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td rowspan="15">Associated with Kv1 only in WT mice</td><td>ACTC MOUSE</td><td>2.12</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>AP3S1MOUSE</td><td>0.255</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>MYPRMOUSE</td><td>0.23</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>PP2BBMOUSE</td><td>0.22</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>AP1B1MOUSE</td><td>0.195</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>DLG2MOUSE</td><td>0.15</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td></tr><tr><td>LGI1MOUSE</td><td>0.135</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>VIMEMOUSE</td><td>0.13</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>DTX1MOUSE</td><td>0.125</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>AT2B4MOUSE</td><td>0.12</td><td>Y</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RANB9MOUSE</td><td>0.12</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>MYH10MOUSE</td><td>0.115</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>GSK3BMOUSE</td><td>0.115</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td>Y</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ASTRAMOUSE</td><td>0.1133</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CYFP2MOUSE</td><td>0.11</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td>Y</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>GSDMAMOUSE</td><td>0.105</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>TGM1MOUSE</td><td>0.0766</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>NEB2MOUSE</td><td>0.07</td><td>Y</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CLAP2MOUSE</td><td>0.06</td><td></td><td></td><td>Y</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>NSFMOUSE</td><td>0.06</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td>Y</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>FASMOUSE</td><td>0.04</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>GIT1MOUSE</td><td>0.008</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td rowspan="20">Associated with Kv1 only in LGI1</td><td>emPAI</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>G3PMOUSE</td><td>1.638333333</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>FABP7MOUSE</td><td>0.81</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ATP8MOUSE</td><td>0.755</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td></tr><tr><td>VAMP2MOUSE</td><td>0.475</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td></tr><tr><td>MARCSMOUSE</td><td>0.41</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td></tr><tr><td>PCMD2MOUSE</td><td>0.3175</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>VDAC1MOUSE</td><td>0.31</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td></tr><tr><td>SEP7MOUSE</td><td>0.3</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td></tr><tr><td>CPNE6MOUSE</td><td>0.29</td><td></td><td></td><td>Y</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td></tr><tr><td>TCPDMOUSE</td><td>0.27</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td>Y</td><td>Y</td><td></td><td>Y</td></tr><tr><td>ANXA2MOUSE</td><td>0.24</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td>Y</td><td>Y</td><td>Y</td><td></td><td>Y</td></tr><tr><td>DCKMOUSE</td><td>0.23</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>SNG3MOUSE</td><td>0.22</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>LRC59MOUSE</td><td>0.21</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>STX1AMOUSE</td><td>0.21</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>SYN2MOUSE</td><td>0.21</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>LDHBMOUSE</td><td>0.19</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>KAPCBMOUSE</td><td>0.16</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RACK1MOUSE</td><td>0.16</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>DYN3MOUSE</td><td>0.15</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>SEP6MOUSE</td><td>0.14</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>LANC2MOUSE</td><td>0.10</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RPN1MOUSE</td><td>0.10</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>KPCGMOUSE</td><td>0.09</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>MAP4MOUSE</td><td>0.09</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>PFKAMMOUSE</td><td>0.08</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RHG26MOUSE</td><td>0.07</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td></tr><tr><td>GRP75MOUSE</td><td>0.07</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>EPHA4MOUSE</td><td>0.06</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td>Y</td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>UH1BLMOUSE</td><td>0.04</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>
Supplementary sheet 2/3

<table><caption>Functional properties of candidate proteins classified using the pantherdb web site (www.pantherdb.org)</caption><thead><tr><th></th><th>Ion / Amino acid transport</th><th>Enzyme</th><th>Molecular motor</th><th>Cell membrane</th><th>Golgi</th><th>Lipid binding / transport / metabolism</th><th>Extracellular</th><th>Cytoskeletal / cytoskeletal organisation</th><th>Adaptor protein</th><th>Cytoplasmic</th><th>Pore forming activity</th><th>Chaperone</th><th>Axon guidance</th><th>Catabolic process</th><th>Axonal and dendritic morphogenesis</th><th>Endocytosis</th><th>Exocytosis</th><th>Receptor clustering</th><th>Raft assembly</th><th>PDZ interaction</th><th>Phospholipid binding</th></tr></thead><tbody><tr><td></td><td colspan="21">emPAI</td></tr><tr><td rowspan="16">Associated with Kv1 only in WT mice</td><td>ACTC MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>AP3S1MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>MYPRMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>PP2BBMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>AP1B1MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>DLG2MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>LGI1MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>VIMEMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>DTX1MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>AT2B4MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RANB9MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>MYH10MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>GSK3BMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ASTRAMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CYFP2MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>GSDMAMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>TGM1MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>NEB2MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CLAP2MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>NSFMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>FASMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>GIT1MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td rowspan="24">Associated with Kv1 only in LGI1<sup>c</sup></td><td>G3PMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>FABP7MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ATP8MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>VAMP2MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>MARCSMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>PCMD2MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>VDAC1MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>SEP7MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>CPNE6MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>TCPDMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ANXA2MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>DCKMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>SNG3MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>LRC59MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>STX1AMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>SYN2MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>LDHBMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>KAPCBMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RACK1MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>DYN3MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>SEP6MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>LANC2MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RPN1MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>KPCGMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>MAP4MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>PFKAMMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>RHG26MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>GRP75MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>EPHA4MOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>UH1BLMOUSE</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>
Supplementary sheet 3/3

<table><caption>Functional properties of candidate proteins classified using the pantherdb web site (www.pantherdb.org)</caption><thead><tr><th></th><th></th><th>Ion / Amino acid transport</th><th>Enzyme</th><th>Molecular motor</th><th>Cell membrane</th><th>Golgi</th><th>Lipid binding / transport / metabolism</th><th>Extracellular</th><th>Cytoskeletal / cytoskeletal organisation</th><th>Adaptor protein</th><th>Cytoplasmic</th><th>Pore forming activity</th><th>Chaperone</th><th>Axon guidance</th><th>Catabolic process</th><th>Axonal and dendritic morphogenesis</th><th>Endocytosis</th><th>Exocytosis</th><th>Receptor clustering</th><th>Raft assembly</th><th>PDZ interaction</th><th>Phospholipid binding</th></tr></thead><tbody><tr><td rowspan="15">Common partners decreased in Lg1/-</td><td>emPAI WT/KO</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ADA22</td><td>2.852941176</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td></tr><tr><td>DLG4 t</td><td>2.037037037</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>DLG1 t</td><td>1.8</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>DLG3 t</td><td>1.666666667</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>PSD1 t</td><td>1.625</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>AT2B2 t</td><td>1.6</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td></tr><tr><td>ADDA t</td><td>1.583333333</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>KCNA6 t</td><td>1.487951807</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td></tr><tr><td>KPCB t</td><td>1.444444444</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>PACS1 t</td><td>1.419753086</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>AT1A1 t</td><td>1.248554913</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>WNK2 t</td><td>1.211538462</td><td></td><td>Y</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>EAA2 t</td><td>1.210526316</td><td>Y (Slc1a2)</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>KIF2A t</td><td>1.203791469</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

<table><thead><tr><th></th><th></th><th>emPAI</th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th></tr></thead><tbody><tr><td rowspan="15">Common partners increased in Lg1/-</td><td>KCNA5 t</td><td>0.985294118</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td></tr><tr><td>ASTRB t</td><td>0.979695431</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td></tr><tr><td>KCNA1 t</td><td>0.962585034</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>LARG1 t</td><td>0.961290323</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td></tr><tr><td>P5CS t</td><td>0.954545455</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>TRPV2 t</td><td>0.886363636</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>AT1A1 t</td><td>0.880434783</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>DHB4 t</td><td>0.845679012</td><td></td><td>Y</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>WDR26 t</td><td>0.819672131</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>SEP11 t</td><td>0.8</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>STX1B t</td><td>0.777777778</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td></tr><tr><td>PP2BA t</td><td>0.742424242</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>LRTM2 t</td><td>0.726530612</td><td></td><td>Y</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>AMPL t</td><td>0.681318681</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1433E t</td><td>0.644444444</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>VAPA t</td><td>0.563664596</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td></tr><tr><td>1433G t</td><td>0.439189189</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>
Supplementary sheet 3/3

Functional properties of candidate proteins classified using the pantherdb web site (www.pantherdb.org)

<table><thead><tr><th></th><th></th><th>Ion / Amino acid transport</th><th>Enzyme</th><th>Molecular motor</th><th>Cell membrane</th><th>Golgi</th><th>Lipid binding / transport / metabolism</th><th>Extracellular</th><th>Cytoskeletal / cytoskeletal organisation</th><th>Adaptor protein</th><th>Cytoplasmic</th><th>Pore forming activity</th><th>Chaperone</th><th>Axon guidance</th><th>Catabolic process</th><th>Axonal and dendritic morphogenesis</th><th>Endocytosis</th><th>Exocytosis</th><th>Receptor clustering</th><th>Raft assembly</th><th>PDZ interaction</th><th>Phospholipid binding</th></tr></thead><tbody><tr><td rowspan="15">Common partners decreased in Lg1/-</td><td>emPAI WT/KO</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>ADA22</td><td>2.852941176</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td></tr><tr><td>DLG4 t</td><td>2.037037037</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>DLG1 t</td><td>1.8</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>DLG3 t</td><td>1.666666667</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>PSD1 t</td><td>1.625</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>AT2B2 t</td><td>1.6</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td></tr><tr><td>ADDA t</td><td>1.583333333</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td></tr><tr><td>KCNA6 t</td><td>1.487951807</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>KPCB t</td><td>1.444444444</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>PACS1 t</td><td>1.419753086</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>AT1A1 t</td><td>1.248554913</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>WNK2 t</td><td>1.211538462</td><td></td><td>Y</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>EAA2 t</td><td>1.210526316</td><td>Y (Slc1a2)</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>KIF2A t</td><td>1.203791469</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

<table><thead><tr><th></th><th></th><th>emPAI</th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th><th></th></tr></thead><tbody><tr><td rowspan="15">Common partners increased in Lg1/-</td><td>KCNA5 t</td><td>0.985294118</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td></tr><tr><td>ASTRB t</td><td>0.979695431</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td></tr><tr><td>KCNA1 t</td><td>0.962585034</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>LARG1 t</td><td>0.961290323</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td></tr><tr><td>P5CS t</td><td>0.954545455</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>TRPV2 t</td><td>0.886363636</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>AT1A1 t</td><td>0.880434783</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>DHB4 t</td><td>0.845679012</td><td></td><td>Y</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>WDR26 t</td><td>0.819672131</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>SEP11 t</td><td>0.8</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>STX1B t</td><td>0.777777778</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td></tr><tr><td>PP2BA t</td><td>0.742424242</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>LRTM2 t</td><td>0.726530612</td><td></td><td>Y</td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>AMPL t</td><td>0.681318681</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td></tr><tr><td>1433E t</td><td>0.644444444</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>VAPA t</td><td>0.563664596</td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Y</td></tr><tr><td>1433G t</td><td>0.439189189</td><td>Y</td><td></td><td></td><td>Y</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>
Whole brain

<figure><img src="image_31.png" /></figure>

Composite_GAPDH_red

<figure><img src="image_32.png" /></figure>

Composite_Kvl-1_green

Hippocampus

<figure><img src="image_33.png" /></figure>

Composite_GAPDH_red

<figure><img src="image_34.png" /></figure>

Composite_Kvl-1_green
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Composite_GAPDH_red

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Composite_Kvl-1_green

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Composite_GAPDH_red

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Composite_Kvl-1_green
<figure><img src="image_35.png" /><figcaption>Hippocampus</figcaption></figure>

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<figure><img src="image_35.png" /><figcaption>Hippocampus</figcaption></figure>

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<figure><img src="image_37.png" /><figcaption>Whole brain</figcaption></figure>

<figure><img src="image_38.png" /><figcaption>Hippocampus</figcaption></figure>

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<figure><img src="image_37.png" /><figcaption>Whole brain</figcaption></figure>

<figure><img src="image_38.png" /><figcaption>Hippocampus</figcaption></figure>

<figure><img src="image_39.png" /></figure>

<figure><img src="image_40.png" /></figure>
Whole brain

<figure><img src="image_41.png" /></figure>

Composite_red_GAPDH

<figure><img src="image_42.png" /></figure>

Composite_green_Kv2.1

Hippocampus

<figure><img src="image_43.png" /></figure>

Composite_red_GAPDH

<figure><img src="image_44.png" /></figure>

Composite_green_Kv2.1
Whole brain

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Composite_red_GAPDH

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Composite_green_Kv2.1

Hippocampus

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Composite_red_GAPDH

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Composite_green_Kv2.1
<figure><img src="image_45.png" /></figure>

Somatodendritic compartment

<figure><img src="image_46.png" /></figure>

<figure><img src="image_47.png" /></figure>

AP =
Action
potential

PSP=
Postsynaptic
potential

<figure><img src="image_48.png" /></figure>

Synaptic terminals

<figure><img src="image_49.png" /></figure>

<figure><img src="image_50.png" /></figure>

Lgi1-/-
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Somatodendritic compartment

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AP =
Action
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PSP=
Postsynaptic
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Synaptic terminals

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Lgi1-/-

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