# Plateforme bioinformatique MIGALE

Hélène Chiapello, Sandra Dérozier, Olivier Inizan, Mahendra Mariadassou, Véronique Martin, Cédric Midoux, Olivier Rué, Sophie Schbath, Valérie Vidal

► To cite this version:

Hélène Chiapello, Sandra Dérozier, Olivier Inizan, Mahendra Mariadassou, Véronique Martin, et al. Plateforme bioinformatique MIGALE. Journées Ouvertes de Biologie, Informatique et Mathématique (JOBIM), Jul 2019, Nantes, France. 2019. [hal-04176805](https://hal.inrae.fr/hal-04176805)

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https://hal.inrae.fr/hal-04176805

Submitted on 3 Aug 2023

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INRA
SCIENCE & IMPACT

migale

# Plateforme bioinformatique MIGALE

MaiAGE, INRA, Université Paris-Saclay, 78350, Jouy-en-Josas, France

## Nos missions

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Déploiement d'une infrastructure de calcul scientifique

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Mise à disposition des collections de données publiques issues de travaux de génomique

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Analyse de données génomiques

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Déploiement sur la plateforme de logiciels d'analyses bioinformatiques et statistiques

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Conception et développement d'applications

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Formation des utilisateurs aux méthodologies de la bioinformatique et aux logiciels d'analyse

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https://migale.inra.fr/

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## Infrastructure de calcul scientifique

* Un **serveur frontal** (migale) de 40 cœurs et de 196 Go de mémoire

* Un **cluster de calcul** de 1081 cœurs, 3 serveurs dédiés aux **bases de données**

* 22 serveurs physiques, 14 serveurs virtuels dédiés à des projets collaboratifs ou des outils

* Plus de **300 To** d'espace de stockage

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## Collections génériques

* Environ 80 **banques de données** publiques sont mises à jour automatiquement avec l'outil **bioMAJ**

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## Analyse de données

### Domaines d'expertise:

- Assemblage & annotation de génomes microbiens

- Génomique (RNA-seq, DNA-seq)

- Génomique comparée

- Métagénomique (gène marqueur, shotgun)

- Métatranscriptomique

- Statistiques

### Services proposés :

- Conseil en stratégie de séquençage

- Collaboration

- Accompagnement

- Formation (NGS, métagénomique, ...)

Migale est labellisée ISC, fait partie de BioinfOmics, la nouvelle Infrastructure de Recherche en Bioinformatique de l'INRA et de l'**Institut Français de Bioinformatique** et **France-Génomique**. Elle est certifiée ISO9001 depuis avril 2011.

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ifb
INSTITUT FRANÇAIS
DE BIOINFORMATIQUE

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FRANCE
GENOMIQUE

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## Déploiement logiciel

* Plus de 150 outils installés et mis à disposition

* Mises à jour régulières

* Portail **Galaxy** : https://galaxy.migale.inra.fr/ pour une utilisation conviviale

* Packaging et intégration d'outils en protéomique, statistiques, ...

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Galaxy
PROJECT

## Conception et développement

Développement d'applications pour répondre aux besoins des utilisateurs:

* **FoodMicrobiomeTransfert** : interface d'exploration de métagénomes alimentaires

* **Florilège** : base de données de phénotypes microbiens

* **Easy16S** : interface de visualisation de jeux de données métagénomiques 16S

* **MetaFoldScan** : identification de structures protéiques dans des données métagénomiques

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## Formations

* ~120 personnes formées/an

* 14 **modules** différents

- Initiation à Perl, Perl avancé

- Initiation à Python, Python avancé

- Initiation à R

- **Galaxy**

- Traitement primaire de données NGS (Galaxy / ligne de commande)

- Annotation automatique de génomes bactériens

- Traitement bioinformatique et statistique des données RNASeq

- Métagénomique 16S

- Modélisation 3D de protéines

- ...

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INRA
SCIENCE & IMPACT

Plateforme Migale
MaiAGE, INRA,
Université Paris-Saclay,
78350, Jouy-en-Josas, France

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MATHÉMATIQUES ET INFORMATIQUE APPLIQUÉES

MaiAGE

DU GÉNOME À L'ENVIRONNEMENT

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