23 * Cette UE vous a-t-elle permis de développer vos compétences en R ? (cochez une réponse)

○ Oui ○ Non ○ Ne se prononce pas

24 * Cette UE vous a-t-elle permis de développer vos compétences en programmation ? (cochez une réponse)

○ Oui ○ Non ○ Ne se prononce pas

25 * Cette UE vous a-t-elle permis de développer vos compétences en analyses de données multidimensionnelles ? (cochez une réponse)

○ Oui
○ Non
○ Ne se prononce pas

26 * Avant de suivre cette UE, comment jugeriez-vous votre niveau ? (cochez une réponse par ligne)

<table><thead><tr><th></th><th>ignorant</th><th>grand<br>débutant</th><th>débutant intermédiaire confirmé</th><th>expert</th><th>maître</th></tr></thead><tbody><tr><th>sur Unix</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>en R</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>en programmation</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>en analyse de données multidimensionnelles</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr></tbody></table>

27 * Après avoir suivi cette UE, comment jugeriez-vous votre niveau ? (cochez une réponse par ligne)

<table><thead><tr><th></th><th>ignorant</th><th>grand<br>débutant</th><th>débutant intermédiaire confirmé</th><th>expert</th><th>maître</th></tr></thead><tbody><tr><th>sur Unix</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>en R</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>en programmation</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>en analyse de données multidimensionnelles</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr></tbody></table>

28 * Pour chaque partie de l'enseignement de bioinformatique, comment jugez-vous l'utilité de cet enseignement?

<table><thead><tr><th></th><th>sans avis</th><th>inutile</th><th>un peu utile</th><th>tout à fait<br>utile</th><th>très utile</th></tr></thead><tbody><tr><th>initiation à Unix</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>Unix avancé</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>R programming</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>analyses de données multidimensionnées</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr></tbody></table>

29 * Dans le Syllabus de l'UE, les objectifs pédagogiques de l'enseignement sont annoncés. Avons-nous atteint ces objectifs? Comment jugez vous vos compétences à l'issue de cet enseignement? ((indiquez votre réponse sur l'échelle de aucune (-) à experte (++)))

<table><tbody><tr><th>Identifier, comprendre et maitriser les concepts fondamentaux de la génétique, biologie moléculaire et génomique dans les problématiques de la biologie moderne</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>Identifier, choisir et appliquer une combinaison d'outils expérimentaux et analytiques adaptés aux problématiques des sciences du vivant</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>Mobiliser les concepts et les outils des mathématiques et de l'informatique dans le cadre des problématiques des sciences du vivant</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>Utiliser des logiciels d'acquisition et d'analyse de données avec un esprit critique</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>Conduire de manière autonome les différentes étapes d'une démarche expérimentale et analytique sur des exemples concrets</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr></tbody></table>

<table><tbody><tr><th>Explorer en masse des fichiers selon les bonnes pratiques de stockage d'informations numériques en biologie</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>Analyser, représenter et interpréter les données expérimentales</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>Manier l'anglais écrit et oral dans un contexte scientifique</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr></tbody></table>

Page 4

Page 4 - Temps de travail, difficulté

30 * Globalement, pensez-vous que cette UE a nécessité plus d'effort de votre part que pour les autres enseignements de votre cursus ? (cochez une réponse)

○ ne se prononce pas

○ non

○

oui (indiquez une valeur numérique correspondant au facteur par rapport à une autre UE du M1, exemple : 2 si vous pensez que l'UE a nécessité deux fois plus d'effort)

<figure><img src="image_140.png" /></figure>

31 * Globalement, comment jugez-vous la difficulté de cet enseignement ? (cochez au moins une réponse)

○ trop difficile

○ difficile mais faisable avec des gros efforts

○ difficile mais faisable avec des efforts modérés

○ assez difficile mais faisable sans trop d'efforts

○ facile

○ très facile

○ autre, précisez :

32 * Positionnez à présent la difficulté de chaque UE, de la plus facile (1) à la plus difficile (8): (pour les UEs de TP, considérez la moyenne des deux UEs suivies)

<table><thead><tr><th></th><th>1</th><th>2</th><th>3</th><th>4</th><th>5</th><th>6</th><th>7</th><th>8</th></tr></thead><tbody><tr><th>UE1 Génomique fonctionnelle et Génétique Humaine</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>UE2 Régulation de l'expression génique et épigénétique</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>UE3 Génétique du développement</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>UE4 Biologie et pathologies moléculaires et cellulaires</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>UE5 Approches Génétiques et Génomiques à l'ère des données massives</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>UE6 Projet de recherche</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>UE7-8-9-10 TP</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>UE11 Communication scientifique</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr></tbody></table>

33 * Globalement, pensez-vous que la difficulté était nécessaire pour acquérir un minimum de compétences ? (indiquez votre réponse sur l'échelle)

<figure><img src="image_141.png" /></figure>

34 * En moyenne, sur la période de cours jusque mi-novembre, vous diriez que votre travail personnel (relecture des cours, préparation/relecture TDs) pour la partie méthodologie était de: (cochez une réponse)

○ 0 à 30 minutes par semaine

○ 30 minutes à 1h par semaine

○ 1h à 2h par semaine
○ 2h à 3h par semaine

○ >3h par semaine

35* En moyenne, sur la période de cours jusque mi-novembre, vous diriez que votre travail personnel (relecture des cours, exercices, travaux) pour la partie Unix était de: (cochez une réponse)

○ 0 à 30 minutes par semaine

○ 30 minutes à 1h par semaine

○ 1h à 2h par semaine

○ 2h à 3h par semaine

○ >3h par semaine

36* En moyenne, sur la période de cours jusque mi-novembre, vous diriez que votre travail personnel (relecture des cours, exercices, travaux) pour la partie R était de: (cochez une réponse)

○ 0 à 30 minutes par semaine

○ 30 minutes à 1h par semaine

○ 1h à 2h par semaine

○ 2h à 3h par semaine

○ >3h par semaine

37* En moyenne, sur la période de cours jusque mi-novembre, vous diriez que votre travail personnel (relecture des cours, exercices, travaux) pour la partie "données multidimensionnelles" était de: (cochez une réponse)

○ 0 à 30 minutes par semaine

○ 30 minutes à 1h par semaine

○ 1h à 2h par semaine

○ 2h à 3h par semaine

○ >3h par semaine

38* En moyenne, sur la période après les cours, de mi-novembre à début janvier, vous diriez que votre travail personnel (relecture des cours, exercices, travaux) pour la partie "bioinfo" était de: (cochez une réponse)

○ 0 à 30 minutes par semaine

○ 30 minutes à 1h par semaine

○ 1h à 2h par semaine

○ 2h à 3h par semaine

○ >3h par semaine

39* Combien de temps vous a-t-il été nécessaire pour préparer votre compte-rendu de TP Unix (initiation)? (Indiquez une valeur numérique approchée, exemple : 20 pour 20 heures, indiquez une décimale après la virgule si besoin)

Ne pas utiliser de séparateur des milliers.

40* Combien de temps vous a-t-il été nécessaire pour préparer votre 1ère carte mentale Unix? (Indiquez une valeur numérique approchée, exemple : 20 pour 20 heures, indiquez une décimale après la virgule si besoin)

Ne pas utiliser de séparateur des milliers.

41* Combien de temps vous a-t-il été nécessaire pour préparer la partie Unix " workflow " du Fil Rouge ? (Indiquez une valeur numérique approchée, exemple : 20 pour 20 heures, indiquez une décimale après la virgule si besoin)

Ne pas utiliser de séparateur des milliers.

42* Combien de temps vous a-t-il été nécessaire pour préparer la partie "fusion des fichiers de RNASeq" du Fil Rouge? (Indiquez une valeur numérique approchée, exemple : 20 pour 20 heures, indiquez une décimale après la virgule si besoin)

Ne pas utiliser de séparateur des milliers.

43* Combien de temps vous a-t-il été nécessaire pour préparer la partie "statistiques descriptives" du Fil Rouge R RNASeq? (Indiquez une valeur numérique approchée, exemple : 20 pour 20 heures, indiquez une décimale après la virgule si besoin)

Ne pas utiliser de séparateur des milliers.

44* Combien de temps vous a-t-il été nécessaire pour préparer la partie "script d'analyse différentielle" du Fil Rouge R sur les puces? (Indiquez une valeur numérique approchée, exemple : 20 pour 20 heures, indiquez une décimale après la virgule si besoin)

Ne pas utiliser de séparateur des milliers.

45* Pour le dernier travail du Fil Rouge, quelle partie avez-vous rendue?

○ ACP

○ Normalisation-DGE

Page 5

46* Combien de temps vous a-t-il été nécessaire pour préparer la partie "ACP" du Fil Rouge R sur les puces? (Indiquez une valeur numérique approchée, exemple : 20 pour 20 heures, indiquez une décimale après la virgule si besoin)

Ne pas utiliser de séparateur des milliers.

Page 6

47* Combien de temps vous a-t-il été nécessaire pour préparer la partie "Normalisation et analyse différentielle" du Fil Rouge R sur le RNASeq? (Indiquez une valeur numérique approchée, exemple : 20 pour 20 heures, indiquez une décimale après la virgule si besoin)

Ne pas utiliser de séparateur des milliers.

Page 7

48* En quelques mots, pourquoi avez-vous choisi de rendre le travail sur l'ACP ou celui sur la normalisation/DGE?

<figure><img src="image_142.png" /></figure>

49* Combien de temps vous a-t-il été nécessaire pour préparer votre carte mentale finale sur la partie bioinformatique? (Indiquez une valeur numérique approchée, exemple : 20 pour 20 heures, indiquez une décimale après la virgule si besoin)

Ne pas utiliser de séparateur des milliers.
Combien de temps vous a-t-il été nécessaire pour préparer le bonus du Fil Rouge si vous l'avez essayé, même sans le rendre?
(Indiquez une valeur numérique approchée, exemple : 20 pour 20 heures, indiquez une décimale après la virgule si besoin, ne pas répondre si vous ne l'avez pas tenté)

Ne pas utiliser de séparateur des milliers.

51 * Positionnez à présent la durée cumulée (relecture/approfondissement des cours, préparation des contrôles continus, travaux/projets, révision pour l'examen final) de votre temps de travail personnel pour chaque UE, de la plus courte (1) à la plus longue (8): (pour les UEs de TP, considérez la moyenne des deux UEs suivies)

<table><thead><tr><th></th><th>1</th><th>2</th><th>3</th><th>4</th><th>5</th><th>6</th><th>7</th><th>8</th></tr></thead><tbody><tr><td>UE1 Génomique fonctionnelle et Génétique Humaine</td><td>●</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><td>UE2 Régulation de l'expression génique et épigénétique</td><td>●</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><td>UE3 Génétique du développement</td><td>●</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><td>UE4 Biologie et pathologies moléculaires et cellulaires</td><td>●</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><td>UE5 Approches Génétiques et Génomiques à l'ère des données massives</td><td>●</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><td>UE6 Projet de recherche</td><td>●</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><td>UE7-8-9-10 TP</td><td>●</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><td>UE11 Communication scientifique</td><td>●</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr></tbody></table>

52 * Pensez-vous que les exercices pratiques de R vous ont aidés à assimiler les cours ? (cochez une réponse)

○ Je ne sais pas, je ne les ai pas faits

○ Pas du tout

○ Un peu

○ Oui

○ Ne se prononce pas

53 * Concernant les exercices pratiques de R, les avez-vous essayés : (cochez une réponse par ligne)

avant la diffusion de la correction

<table><thead><tr><th></th><th>tous</th><th>la majorité</th><th>seulement quelques-uns</th><th>aucun</th></tr></thead><tbody><tr><td>●</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><td>●</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr></tbody></table>

après la diffusion de la correction

54 * Les QCMs R étaient accessibles après vos évaluations. Les avez-vous refaits depuis pour vérifier vos connaissances ? (cochez une réponse)

○ oui

○ non

○ je ne savais pas qu'on pouvait les refaire

○ ne se prononce pas

55 * Pour R, pensez-vous que le contenu des cours et des exercices vous ont donné les bases nécessaires pour faire les projets ? (indiquez votre réponse sur l'échelle)

<table><tr><td>pas du tout</td><td>~</td><td>-</td><td>±</td><td>*</td><td>++</td></tr><tr><td></td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr></table>

56 * Pour le Fil Rouge R, avez-vous eu besoin de chercher des informations auprès d'autres sources ? (cochez une réponse)

○ ne se prononce pas

○ non

○ oui, pouvez-vous donner des exemples?

<figure><img src="image_143.png" /></figure>

57 * Après cette UE, que pensez-vous de la bioinformatique : (cochez une réponse)

○ j'ai adoré et je voudrais en faire plus

○ j'ai bien aimé, je compte m'améliorer par la pratique, mais je ne compte pas suivre des enseignements dédiés

○ j'ai peu aimé mais je suis convaincu que c'était nécessaire

○ j'ai compris que ce n'est définitivement pas pour moi

○ autre, merci de préciser en quelques mots

58 * Quel aspect de la bio-informatique avez-vous le plus apprécié ?

(réponse libre, exemples non exhaustifs : Unix, R, la manipulation de gros fichiers, faire un workflow de NGS, les exemples appliqués en génomique, la bio-analyse, la visualisation/représentation des données, les fonctions à coder...)

59 * Quel aspect de la bio-informatique avez-vous le moins apprécié ?

(réponse libre, exemples non exhaustifs : Unix, R, la manipulation de gros fichiers, faire un workflow de NGS, les exemples appliqués en génomique, la bio-analyse, la visualisation/représentation des données, les fonctions à coder...)

60 * Êtes-vous convaincus de la pertinence d'utiliser Unix (awk par exemple), mais aussi la communication via ssh ou la gestion d'empreinte de fichiers (md5sum par exemple) pour la gestion et la manipulation de données provenant de séquençage haut débit ? (cochez une réponse)

○ oui

○ non

○ ne se prononce pas

61 * Êtes-vous convaincus de la pertinence d'utiliser R pour visualiser et analyser des données de génomique ? (cochez une réponse)

○ oui

○ non

○ ne se prononce pas

62 * Concernant la partie R, comment jugez-vous l'utilité des supports pour faciliter votre apprentissage guidé de R : (indiquez vos réponses sur l'échelle de inutile (–) à parfaitement adapté (++))

les diapositives de cours

<table><thead><tr><th></th><th>-</th><th>-</th><th>±</th><th>+</th><th>++</th></tr></thead><tbody><tr><td>●</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><td>●</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><td>●</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><td>●</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><td>●</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><td>●</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><td>●</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr></tbody></table>

le terminal/la console

les scripts .R bruts

les vidéos d'initiation

les notebooks jupyter sur le jupyterlab

les notebooks jupyter convertis en html

les notebooks en Rmd sur Rstudio
Page 6 - Vos évaluations

63 * L'évaluation sous forme de contrôle continu était-elle motivante ? (cochez une réponse)

○ oui ○ non ○ ne se prononce pas

64 * Pour la partie méthodo, voudriez-vous un contrôle continu intégral plutôt qu'un contrôle continu + examen final ? (cochez une réponse)

○ oui
○ non
○ ne se prononce pas

65 * Pour la partie bioinformatique, voudriez-vous un examen final au lieu de projets ?

○ oui
○ non
○ un mix des 2
○ ne se prononce pas

66 * Pensez-vous que les notes finales obtenues soient justes par rapport au travail que vous avez fourni ? (texte libre)

Page 10

Page 7 - Utilisation des connaissances acquises

67 * Pensez-vous que vous serez amenés à faire de la bioinformatique pour analyser vos données dans votre futur parcours ? (cochez une réponse)

○ oui ○ non ○ ne se prononce pas

68 * A votre avis, les cours Unix vous seront-ils utiles pour votre stage ? (cochez une réponse)

○ oui ○ non ○ ne se prononce pas

69 * A votre avis, les cours R vous seront-ils utiles pour votre stage ? (cochez une réponse)

○ oui ○ non ○ ne se prononce pas

70 Quel aspect n'a pas été abordé dans l'enseignement de bioinformatique dont vous pensez que vous pourriez en avoir besoin dans la suite de votre parcours ? (réponse libre en 5 lignes max)

Page 11

Page 8 - Pistes pour améliorer l'enseignement

Cette UE doit en principe être dispensée en anglais.

71 Comment jugez vous sur une échelle de 1 (mauvais, pas du tout d'accord) à 5 (excellent, tout à fait d'accord) les points suivants:

l'anglais était-il présent?
quand les supports étaient fournis en anglais, quelle était leur qualité?

l'anglais était-il un obstacle?
souhaiteriez-vous que tous les cours de méthodo soient dispensés en anglais?

souhaiteriez-vous que tous les cours de bioinfo soient dispensés en anglais?

<table><thead><tr><th></th><th>-</th><th>-</th><th>+/+</th><th>+</th><th>++</th></tr></thead><tbody><tr><th>●</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>●</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>●</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr><tr><th>●</th><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td><td>○</td></tr></tbody></table>

72 Pensez-vous que l'enseignement de la partie bioinformatique devrait démarrer dès la L3 pour acquérir le langage Unix et R de base (en dehors des statistiques), pour laisser plus de temps à la bioanalyse des données en M1 ? Dans ce cas, pour les nouveaux entrants, une mise à niveau de 1 ou 2 jours pourrait être proposée avant la rentrée.

○ tout à fait
○ plutôt oui
○ plutôt non
○ pas du tout
○ sans avis

73 Souhaiteriez-vous que la partie bioinfo de l'UE5, à contenu équivalent, s'étale sur les deux semestres?

○ oui
○ non
○ sans avis

74 L'UE consacre actuellement 26h à l'apprentissage de la bioinformatique. Quel volume horaire vous paraît-il nécessaire pour acquérir un niveau suffisant en bioinformatique dans votre cursus ? (indiquez une valeur numérique)

Ne pas utiliser de séparateur des milliers.

75 Souhaiteriez-vous que tous vos travaux Unix et R soient réalisés en binôme?

○ oui
○ non
○ mélange
○ indifférent

76 Dans la formation du magistère, pensez-vous que tout ou partie de cette UE devrait être optionnelle ? (cochez une réponse)

○ oui ○ non ○ ne se prononce pas

77 Si vous avez répondu oui à la question précédente, merci de préciser ce qui vous semblerait obligatoire et ce qui serait optionnel (texte libre, max 10 lignes)

78 Si vous le souhaitez, en quelques mots et de façon constructive, proposez-nous des pistes pour améliorer cette UE sans heure supplémentaire (texte libre, max 25 lignes)
79

Avez-vous un dernier commentaire? (texte libre, 30 lignes max)

Merci beaucoup d'avoir pris le temps de répondre à cette enquête !

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