## Patient/Sample information

ABL/TE ID

Patient name

Patient birth date

Patient viral load Missing_data

Your sample ID 203530875

Your patient ID

Analysis RT-PROT-INT

Clinician name

Genotyping method DeepChek® SingleRound

Type of sample Plasma

Date of sample

Date of sequencing

Type of report Corrected

Data report edition 14/06/2021, 14:36:38

Data report version 12.4

### Subtype:

Reverse transcriptase

C (90 % similarity) Protease

02_AG (*count legend_subtyping*) ( 100 Integrase % similarity)

G (check for 02_AG) ( 98 % similarity)

All Mutations Detected (HXB2 reference Sequence) Resistance mutations in bold based on ANRS 31

Reverse transcriptase

V35T, T39N/D, E40D, K49R, V60I, D123S, I135R, S162A, E169D, R172K, Q174K, D177E, I178M, Y181C, M184V, G196E, T200A, E203wt/G, Q207D, L214F, H221D/Y/wt/N, V245Q, E248D, P272A, R277K, T286A, E291D, V292I, 293insV, P313A/wt, H315D/wt

Protease

V3I, I13V, K14R, G17E, K20I, M36I, S37N, K43R, L63S, H69K, L89M

Integrase

del33, A33wt/G, del34, del35, del36, del37, S39H/R/N/wt, L63I, L74I, I84M, A91E, Q95K, L101I, T112I, S119P, T122I, G123S, T125A, R127K, G134N, K136T, V201I, T206S, K215N, T218I, N232D, L234I, A265V, D278A, C280S

### Genotypic interpretation (ANRS-31)

<table><thead><tr><th>Class</th><th>Drug</th><th>ANRS 31<br>12-2020</th></tr></thead><tbody><tr><td rowspan="8">NRTI</td><td>Zidovudine</td><td>S</td></tr><tr><td>Lamivudine</td><td>R</td><td>M184V</td></tr><tr><td>Emtricitabine</td><td>R</td><td>M184V</td></tr><tr><td>Abacavir</td><td>I</td><td>M184V</td></tr><tr><td>Tenofovir</td><td>S</td></tr><tr><td>Islatavir</td><td>R</td><td>M184V</td></tr><tr><td>Nevirapine</td><td>R</td><td>Y181C</td></tr><tr><td>Efavirenz</td><td>R</td><td>Y181C</td></tr><tr><td rowspan="4">NNRTI</td><td>Etravirine</td><td>R</td><td>Y181C, H221Y</td></tr><tr><td>Rilpivirine</td><td>R</td><td>Y181C, H221Y</td></tr><tr><td>Doravirine</td><td>I</td><td>Y181C, H221Y</td></tr><tr><td>Lopinavir/r</td><td>S</td></tr><tr><td rowspan="5">PI</td><td>Atazanavir/r</td><td>S</td></tr><tr><td>Tipranavir/r *</td><td>R</td><td>M36I, H69K, L89M</td></tr><tr><td>Darunavir/r 600/100 mg BID</td><td>S</td></tr><tr><td>Darunavir/r 800/100 mg QD</td><td>S</td></tr><tr><td>Raltegravir</td><td>S</td></tr><tr><td rowspan="5">II</td><td>Elvitegravir</td><td>S</td></tr><tr><td>Dolutegravir 50mg BID</td><td>S</td></tr><tr><td>Dolutegravir 50mg QD</td><td>S</td></tr><tr><td>Cabotegravir</td><td>S</td></tr><tr><td>Bictegravir</td><td>S</td></tr></tbody></table>

S

ANRS

Sensible
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LHOSSEIN Thomas

# Thèse d'exercice pour le diplôme d'Etat de Docteur en Pharmacie

- Université de Picardie Jules Verne

## Séquençage du VIH: Apport du NGS en routine et comparaison avec la méthode Sanger

### Résumé :

Le thème principal de ce travail est l'approche NGS dans un contexte où les avancées technologiques dans le domaine de la biologie moléculaire sont en perpétuelle évolution. Le kit Viroseq®, actuellement utilisé au CHU d'Amiens va subir un arrêt programmé. Il est alors nécessaire de trouver une solution pour pouvoir continuer le séquençage du VIH. Dans un premier temps, le but sera d'évaluer la technique NGS via la technologie Illumina® que ce soit sur le plan technique ou analytique, puis dans un second temps, de comparer les résultats en termes de mutations d'intérêt pour les 3 principales cibles du VIH ainsi que la détection de sous-types avec les 2 autres techniques Sanger évaluées (ABL® et ANRS). L'ensemble des données analysées seront discutées pour permettre la prise de décision au sein du laboratoire de virologie du CHU d'Amiens.

**Mots clés :** VIH, NGS, Illumina, Sanger, bio-informatique, Mutations d'intérêts.