# Données de recherche : comment les plateformes définissent ensemble des solutions pour leurs usagers ?

Séverine Maire, Samir Rezki

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Séverine Maire, Samir Rezki. Données de recherche : comment les plateformes définissent ensemble des solutions pour leurs usagers ?. Université Paris-Saclay. 2025. hal-05425245

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# Données de recherche : comment les plateformes définissent ensemble des solutions pour leurs usagers ?

Compte rendu de l'événement satellite aux ANDOR dédié aux données issues des plateformes de recherche

Séverine Maire – Samir Rezki

Décembre 2025
# Données de recherche : comment les plateformes définissent ensemble des solutions pour leurs usagers ?

Compte rendu de l'événement satellite aux ANDOR dédié aux données issues des plateformes de recherche

Université Paris-Saclay

Séverine Maire

ID 0009-0004-4811-2711

Samir Rezki

DOI : 10.63999/QHET5558

HAL Id : hal-05425245

<figure><img src="image_2.png" /></figure>
# Table des matières

Table des matières 3

1 Résumé 5

2 Cadre et objectifs : un événement au service de la transformation des pratiques 6

2.1 Un événement co-construit par deux directions clés 6

2.2 Une semaine riche dédiée aux données de recherche 6

2.3 Des objectifs clairs pour une transformation concrète 6

2.4 Une mobilisation remarquable pour un sujet niche 6

3 Vision institutionnelle : les orientations de la gouvernance pour les données de recherche 9

3.1 Le Vice-Président délégué à la Science Ouverte : les plateformes, pivots de l'ouverture et de la mutualisation 10

3.2 La Directrice des Bibliothèques, de l'Information et de la Science Ouverte : accompagner la transformation des pratiques 10

3.3 Le Directeur de la Recherche et de la Valorisation : définir et soutenir les plateformes comme infrastructures stratégiques 11

4 Retours d'expérience : bonnes pratiques et défis des lauréats de l'AMI « Plateformes et Data Paper » 13

4.1 Cohorte Constances 14

4.2 NEUROSPIN / Imagerie chez l'homme en MEG et EEG 17

4.3 ECOSYS / Plateforme Biochem-Env 20

5 Les enseignements de la table ronde : Comment les plateformes UPSaclay relèvent le pari des données ouvertes et réutilisables ? 24

5.1 Introduction : état des lieux avec des plateformes déjà engagées 25

5.2 Planification : les obstacles à la planification collective 26

5.3 Collecte et Traitement : concilier rigueur scientifique et flux massifs de données 27

5.4 Stockage des données : allier pérennité, souveraineté et durabilité 27

5.5 Partage et valorisation : la visibilité, moteur de l'ouverture scientifique 28

5.6 Perspective et conclusion : des priorités claires pour une gestion durable et collaborative 29

5.7 Rapports d'étonnement : quand la propriété intellectuelle, les compétences et les outils redéfinissent les stratégies science ouverte des plateformes de recherche 29

6 Conclusion : vers une politique institutionnelle renforcée pour les données de recherche 32

6.1 Un rôle multidimensionnel pour les plateformes : qualité, outils et accompagnement 32
<table><tr><td>6.2</td><td>Un événement à la hauteur des ambitions institutionnelles</td><td>32</td></tr><tr><td>6.3</td><td>Une maturité suffisante pour passer à l'action</td><td>33</td></tr><tr><td>7</td><td>Annexes</td><td>34</td></tr><tr><td>7.1</td><td>Annexe 1 : Communication sur le site institutionnel</td><td>34</td></tr><tr><td>7.2</td><td>Annexe 2 : Typologie des données de recherche</td><td>36</td></tr><tr><td>7.3</td><td>Annexe 3 : Trame de la table ronde interactive</td><td>37</td></tr><tr><td>7.4</td><td>Annexe 4 : Programme de la matinée</td><td>38</td></tr></table>
# 1 Résumé

Ce compte rendu synthétise les échanges du premier événement dédié aux données de recherche collectées et générées par des plateformes de recherche<fnref n="1" /> de l'Université Paris-Saclay. Cet événement a été organisé pour donner de la visibilité aux bonnes pratiques et aux difficultés rencontrées par les plateformes de recherche dans la gestion de leurs données, tout en mesurant l'implication de la communauté scientifique sur ce sujet. L'objectif était également de fédérer les acteurs autour d'enjeux communs et de préparer des propositions concrètes pour faire évoluer les pratiques institutionnelles.

La gouvernance de l'Université Paris-Saclay (UPSaclay), représentée notamment par la Vice-présidente déléguée à la Science Ouverte et les directions centrales (DiReV et DiBISO), a souligné le rôle clé des plateformes dans l'ouverture des données de recherche, tout en insistant sur la nécessité de poursuivre la transformation des compétences. Ces interventions ont ancré les travaux de la journée dans une démarche stratégique en vue de la construction d'une politique d'établissement dédié aux plateformes, en lien direct le document unique Science Ouverte actualisé en 2026.

L'événement, structuré autour de présentations plénières et d'une table ronde, a permis de cartographier les défis (manque de standards, charge administrative, enjeux juridiques) et de mettre en lumière des solutions émergentes, notamment autour de la formalisation des data papers et de la mutualisation des ressources.

Trois évolutions majeures pour les plateformes ont été identifiées :

- Devenir garantes de la qualité des données, en standardisant les processus de documentation et de validation ;

- Jouer un rôle d'expert relais dans le choix des outils et dispositifs de traitement, d'analyse et de gestion des données, pour optimiser leur interoperabilité et leur sécurité ;

- S'imposer comme acteurs de premier plan dans la sensibilisation et l'accompagnement des usagers, afin de démocratiser les bonnes pratiques et de lever les réticences.

Les travaux de cette journée nourrissent directement les perspectives politiques de l'établissement, en dégagent deux priorités pour l'action publique interne, avec d'une part, doter les personnels de plateforme d'une culture métier commune, pour harmoniser les pratiques, et d'une autre part simplifier la collaboration entre structures, en clarifiant les rôles et les responsabilités.

Ce rapport, fruit d'une analyse croisée des retours d'expérience et des orientations institutionnelles, offre des pistes de réflexions pour renforcer la place des plateformes dans l'écosystème des données de recherche.

<footnote n="1">¹ Voir la définition donnée par Le Directeur de la Recherche et de la Valorisation : définir et soutenir les plateformes comme infrastructures stratégiques en page 11.</footnote>
## 2 Cadre et objectifs : un événement au service de la transformation des pratiques

### 2.1 Un événement co-construit par deux directions clés

Cet événement illustre la synergie opérationnelle entre la Direction de la Recherche et de la Valorisation (DiRev) et la Direction des Bibliothèques, de l'Information et de la Science Ouverte (DiBISO). Leur collaboration régulière, nourrie par la complémentarité de leurs expertises - des infrastructures de recherche à la valorisation des données - a permis d'organiser une journée à la fois ancrée dans les réalités des plateformes et alignée sur les ambitions stratégiques de l'établissement.

### 2.2 Une semaine riche dédiée aux données de recherche

Organisé en événement satellite des Assises Nationales des Données de Recherche, ce temps d'échange s'inscrit dans le continuum de la Semaine de la Donnée de Recherche (voir Annexe 1), marquant ainsi l'engagement de l'UPSaclay dans la dynamique nationale autour de la science ouverte et de la valorisation des données de recherche. Cette demijournée, qui s'est tenue le mercredi 3 décembre dans les locaux de la DiRev à Digiteo (Bâtiment 660 sur le campus Plateau), a réuni les acteurs de l'écosystème des données de recherche et des plateformes de l'UPSaclay.

### 2.3 Des objectifs clairs pour une transformation concrète

L'événement répondait à trois objectifs :

- Donner de la visibilité aux bonnes pratiques et aux difficultés rencontrées par les plateformes dans la gestion des données, afin de fédérer les acteurs dans l'exploration de solutions ;

- Mesurer l'implication de la communauté sur ces sujets, souvent perçus comme techniques mais en cohérence avec les missions du personnel des plateformes ;

- Alimenter l'évolution des services proposés par les plateformes et les directions, en s'appuyant sur les retours d'expérience et les besoins exprimés par les participants.

### 2.4 Une mobilisation remarquable pour un sujet niche

Les inscrits à cet événement incarnaient une représentativité des acteurs clés de l'écosystème des données de recherche à l'UPSaclay, avec une répartition révélatrice et équilibrée de leur implication collective :

- 22 personnels de plateformes, acteurs centraux de la production et de la gestion des données expérimentales et instrumentales ;

- 20 personnels issus d'unités de recherche, chercheurs et ingénieurs, directement confrontés aux enjeux de traitement, d'analyse et de valorisation des données ;

- 18 personnels de l'administration centrale et de services d'appui à la recherche, représentant les directions supports (recherche, bibliothèques, systèmes
d'information) et garantissant le lien avec les orientations stratégiques de l'établissement.

<figure><img src="image_3.png" /><figcaption>Figure 1: Répartition des missions des personnes inscrites à l'événement</figcaption></figure>

Cette diversité des profils – couvrant l'ensemble des métiers impliqués dans les données, de leur acquisition à leur archivage – a permis des échanges à la fois techniques et stratégiques, enrichis par des retours d'expérience variés. Elle témoigne également de l'adhésion large à ces enjeux, bien au-delà des cercles traditionnellement mobilisés sur les questions de gestion des données.

Les participants gèrent une large variété de types de données, comme en attestent les réponses issues du formulaire d'inscription (voir définitions en Annexe 2) avec en majorité des données expérimentales (30) et instrumentales (14), au cœur des activités des plateformes historiques de l'UPSaclay. On retrouve ensuite des données textuelles/documentaires (19) et d'enquête (10), reflétant une diversité des approches méthodologiques, en particulier dans le domaine des sciences humaines et sociales. Pour finir, les données de simulation (8), dérivées (6) et synthétiques (4), se retrouve à la marge mais illustre l'évolution de ce qui constitue une donnée de recherche en prenant en compte les données calculées, modélisées ou issues de transformation computationnelle.

Cette diversité souligne la diversité des types de données gérées par la communauté, démontrant le juste équilibre à trouver entre modularité et cadre commun pour identifier des synergies et mutualiser les bonnes pratiques.
<figure><img src="image_4.png" /><figcaption>Figure 2: Répartition de la typologie de données gérées par les inscrits. Réponses issues du formulaire d'inscription. Voir les définitions de chaque type de données en Annexe 2.</figcaption></figure>
## 3 Vision institutionnelle : les orientations de la gouvernance pour les données de recherche

L'ouverture de cet événement par la gouvernance de l'UPSaclay a clairement positionné les travaux de la journée dans une dynamique institutionnelle structurée et ambitieuse.

L'ouverture des données de recherche représente aujourd'hui un enjeu majeur pour l'excellence scientifique et la collaboration interdisciplinaire. Dans ce contexte, les plateformes de l'UPSaclay sont appelées à jouer un rôle pivot : non plus seulement comme des infrastructures techniques, mais comme des acteurs centraux de l'ouverture et de la valorisation des données. Cette évolution vise à en faire un levier d'excellence, en structurant les données pour les rendre plus accessibles, réutilisables et collaboratives, tout en renforçant l'attractivité des plateformes pour les partenaires académiques et industriels.

Parallèlement, la transformation des compétences s'impose comme une priorité stratégique. Il ne s'agit pas seulement de former les équipes et les chercheurs aux bonnes pratiques, mais de les intégrer durablement dans leurs routines de travail, afin que la gestion rigoureuse des données devienne une évidence métier. Cela passe par des accompagnements ciblés, des outils adaptés et une culture partagée, où chaque acteur devient un maillon actif de cette dynamique.

Les orientations ont été portées par trois figures clés de la stratégie scientifique et documentaire de l'UPSaclay.

### Etienne Augé

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

Vice-Président délégué à
la Science Ouverte

### Émilie Barthet

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

Directrice des
Bibliothèques, de
l'Information et de la
Science ouverte (DiBISO)

### Bruno Bost

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

Directeur de la Recherche
et de la Valorisation
(DiReV)

Leur intervention conjointe a illustré la cohérence des actions menées par les différentes directions, ainsi que leur complémentarité pour accompagner les plateformes et les chercheurs dans la transition vers une science plus ouverte et mieux structurée.
## 3.1 Le Vice-Président délégué à la Science Ouverte : les plateformes, pivots de l'ouverture et de la mutualisation

Etienne Augé a rappelé que l'excellence de la recherche dépend aujourd'hui de la capacité à mutualiser les équipements et les données, un modèle que l'UPSaclay construit depuis 15 ans autour de ses plateformes. La mutualisation représente un levier d'attractivité : « *Les arbitrages sur les investissements en équipements de pointe dépendent de la capacité des communautés à se structurer pour mutualiser leurs ressources* ». L'UPSaclay, avec son histoire ancrée dans les infrastructures mutualisées, est un acteur clé de cette dynamique.

L'ouverture des plateformes dans toutes leurs dimensions - de ses équipements à leurs données - contribue à la mise en visibilité, renforce leur attractivité, notamment auprès des PME et start-up, et donc agit comme un accélérateur de collaborations.

> « Les plateformes ne sont pas seulement des lieux d'accès à des équipements, mais des acteurs clés pour produire des données mieux structurées, plus visibles et réutilisables. »

Il a notamment été explicité la vision quant au positionnement des plateformes sur l'enjeu des données : « *Les plateformes ne sont pas seulement des lieux d'accès à des équipements, mais des acteurs clés pour produire des données mieux structurées, plus visibles et réutilisables* ». Les plateformes, en tant que lieux de production massive de données, ont un rôle central pour en garantir la qualité et l'exploitabilité. Leur rôle dans l'ouverture des données doit être renforcé, pour en faire un bénéfice collectif.

## 3.2 La Directrice des Bibliothèques, de l'Information et de la Science Ouverte : accompagner la transformation des pratiques

Émilie Barthet a présenté sa vision stratégique pour accompagner la transformation des pratiques autour des données de recherche. Son intervention a mis en lumière les actions concrètes déjà engagées par la DiBISO pour structurer, valoriser et ouvrir les données, tout en soulignant les défis à relever pour ancrer ces pratiques dans le quotidien des chercheurs et des plateformes.

Le document unique pour la Science Ouverte initié depuis 2020, mis à jour en 2026, incarne cette volonté de clarifier et d'harmoniser les attentes en matière de gestion et de partage des données. Élaboré de manière collaborative avec les référents science ouverte, les groupes de travail et les acteurs de la recherche, ce document vise à offrir un cadre commun, tout en laissant une marge d'adaptation aux spécificités disciplinaires et aux besoins des équipes.

La transformation des compétences représente un autre axe central de cette stratégie. Grâce à des initiatives comme l'action Springboard (PIA, action Science Ouverte), la DiBISO accompagne activement les projets pour ouvrir les données des chercheurs et intégrer
les bonnes pratiques dans leurs méthodes de travail. « *Il ne s'agit pas seulement de former, mais d'embarquer durablement ces compétences dans les métiers de la recherche* », a-t-elle insisté. L'enjeu est de faire en sorte que la gestion rigoureuse des données devienne une pratique naturelle, soutenue par des outils adaptés et un accompagnement personnalisé.

> « *Il ne s'agit pas seulement de former, mais d'embarquer durablement ces compétences dans les métiers de la recherche.* »

Enfin, les data papers ont été présentés comme un levier essentiel pour valoriser les jeux de données produits par les plateformes. L'Appel à Manifestation d'Intérêt (AMI) récent confirme d'ailleurs leur rôle clé dans la mise en valeur des données. Pour faciliter leur rédaction et leur publication, un accompagnement dédié sera proposé dès 2026, à travers l'Atelier de la donnée adossées aux Presses Universitaires de Paris-Saclay. Ces dispositifs permettront aux chercheurs et aux plateformes de décrire au sein d'une production scientifique leurs jeux de données de manière structurée et visible, renforçant ainsi leur impact scientifique et leur réutilisation par la communauté.

Cette approche globale, alliant cadre stratégique, transformation des compétences et valorisation des données, illustre la volonté de la DiBISO d'inscrire l'UPSaclay dans une dynamique de science ouverte durable.

### 3.3 Le Directeur de la Recherche et de la Valorisation : définir et soutenir les plateformes comme infrastructures stratégiques

Bruno Bost a rappelé avec précision le rôle structurant des plateformes au sein de l'écosystème scientifique de l'UPSaclay, en les définissant comme des infrastructures stratégiques au service de l'excellence et de l'innovation. Pour lui, une plateforme se caractérise avant tout par sa capacité à offrir un accès ouvert à des équipements scientifiques de pointe, couplé à une offre de service experte, sans que sa structuration administrative ne constitue un critère limitant. Cette définition large et inclusive permet d'englober une diversité d'acteurs, tout en recentrant l'attention sur l'essentiel : l'accès, la mutualisation et la qualité des services proposés.

> « *Une plateforme se définit comme une entité organisée qui donne un accès ouvert à un équipement scientifique et à une offre de service associée, sans critère de structuration administrative.* »

La DiReV joue un rôle clé dans le soutien et le développement de ces infrastructures. En tant qu'opérateur d'attribution de moyens, elle accompagne les plateformes dans l'acquisition d'équipements performants, tout en veillant à leur pérennité et à leur
intégration dans la politique scientifique globale. Le portail Plug In Labs, lancé en 2017, en est une illustration concrète : il offre une visibilité centralisée des plateformes, facilitant ainsi leur accès et leur utilisation par les chercheurs, les industriels et les partenaires académiques.

L'engagement de la DiReV se traduit également par des actions ciblées, comme le projet Springboard (PIA, action Plateformes), qui vise à renforcer la structuration, la visibilité et l'impact des plateformes. Trois priorités ont été mises en avant pour les années à venir :

- Une meilleure connaissance des plateformes, grâce à une cartographie détaillée de leurs forces, de leurs besoins et de leurs axes d'amélioration, afin d'orienter les actions futures de manière ciblée ;

- L'orientation des dispositifs de l'UPSaclay pour pérenniser ces structures, en les intégrant pleinement dans la politique d'établissement ;

- L'élaboration d'une politique dédiée, qui reconnaisse le rôle central des plateformes et leur apporte un cadre clair et ambitieux pour leur développement.

Pour le directeur, cet événement doit contribuer à alimenter cette réflexion en cours, en apportant des retours concrets et des propositions opérationnelles pour définir les actions et dispositifs futurs. En s'appuyant sur leur expertise, leur agilité et leur ancrage dans les communautés de recherche, les plateformes ont tout pour devenir des acteurs incontournables de l'innovation et de la collaboration.

> Cet événement s'inscrit dans une démarche globale : celle de nourrir la réflexion sur la politique d'établissement. Les retours terrain, les débats et les propositions issues de cette journée alimenteront directement les dispositifs futurs, en offrant une base concrète et ancrée dans les réalités des acteurs. La gouvernance a exprimé une attente claire pour cet événement : démontrer comment les plateformes, fortes de leur visibilité et de leur capacité à fédérer les communautés scientifiques, peuvent devenir de véritables moteurs de l'ouverture des données, en structurant des écosystèmes où la production, le partage et la réutilisation des données s'inscrivent dans une dynamique collective et vertueuse.
## 4 Retours d'expérience : bonnes pratiques et défis des lauréats de l'AMI « Plateformes et Data Paper »

Les présentations plénières avaient pour objectif de mettre en lumière les lauréats de l'appel à manifestation d'intérêt « Plateformes et Data Paper ». L'enjeu est de s'appuyer sur ces plateformes qui se sont engagées dans une démarche de mise en qualité de leurs données afin de favoriser leur ouverture et leur accessibilité à la communauté. Cet AMI est une illustration d'un travail collaboratif DiRev et DiBISO et traduit la complémentarité des sujets traités par les deux directions.

### Intervenants

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

**Cohorte Constances**

- **Kab Sofiane**
  Responsable du pôle
  scientifique

ID 0000-0001-6041-9602

- **Duclos Antoine**
  Directeur associé de la
  plateforme

ID 0000-0002-8915-4203

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

**NEUROSPIN / Imagerie**
**chez l'homme en MEG**

- **Bordas Raphaël**
  Doctorant

ID 0009-0006-2243-5242

- **AZIZI Leila**
  Ingénieure de
  recherche

ID 0000-0003-1829-3713

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

**ECOSYS / Plateforme**
**Biochem-Env**

- **Mougin Christian**
  Directeur scientifique
  de la plateforme

ID 0000-0003-1333-9049

<figure><img src="image_11.png" /><figcaption>Figure 3 : Lauréats de l'AMI "Plateformes et Data Papers" - De gaude à droite : Etienne Augé, Raphael Bordas, Christiant Mougin, Antoine Duclos, Sofiane Kab et Séverine Maire</figcaption></figure>
## 4.1 Cohorte Constances

La cohortes CONSTANCES, présentée comme une Infrastructure Nationale Biologie Santé au service de la recherche et de la santé publique, illustre l'ambition d'un projet où la diversité des données et la rigueur de leur gestion se conjuguent pour éclairer des enjeux majeurs de santé. Sa mission, collecter de manière prospective et répétée des données multidimensionnelles, pour suivre sur le long terme l'évolution des déterminants et évènements de santé, des expositions environnementales et des trajectoires individuelles.

### 4.1.1 La plus grande cohorte générale en France, au cœur des enjeux de santé publique

CONSTANCES se distingue par la richesse et la variété des données qu'elle mobilise. Au cœur du dispositif, un suivi régulier de près de 220 000 volontaires âgés de 18 à 69 ans au moment de leur inclusion dans la cohorte. Ce suivi est constitué d'un questionnaire annuel complété par un examen de santé clinique et paraclinique tous les quatre ans, couplé à une biobanque (sang, ADN, urine) qui permet des analyses biologiques approfondies. Ces données sont enrichies par des appariements avec des sources externes, comme les bases de l'Assurance Maladie (SNDS) et de la CNAV, offrant ainsi une vision longitudinale des parcours de santé et des expositions professionnelles. Une plateforme environnementale complète ce dispositif, en intégrant des historiques professionnels, des matrices emploi-exposition et des géocodes sur l'ensemble de la vie des participants, permettant d'analyser finement les liens entre environnement et santé. Enfin, une plateforme de validation assure la bonne identification des événements de santé et des diagnostics, renforçant la justesse des analyses réalisées.

### 4.1.2 Une logistique de gestion intégrée et ambitieuse

Un tel projet ne va pas sans défis complexes. CONSTANCES repose sur une organisation étendue, mobilisant des profils multidisciplinaires (médecins et pharmaciens, épidémiologistes, spécialistes de la donnée, ingénieurs, statisticiens, informaticiens, juristes, etc.) et un réseau dense de partenaires intervenant à chaque étape du cycle de vie des données. La gestion de ce patrimoine, issu de sources multiples, exige des processus rigoureux, maîtrisés par des experts métiers, et un système d'information sécurisé et performant. La gouvernance des données, à la fois stricte et agile, est un pilier central pour garantir leur qualité, leur traçabilité et leur conformité aux exigences éthiques et réglementaires.

> « Finalement notre thématique de recherche, c'est la qualité de nos données »

### 4.1.3 Un processus d'accès structuré et sécurisé

Pour garantir un accès rigoureux et transparent aux données, CONSTANCES a mis en place un parcours encadré, depuis la première prise de contact jusqu'à la clôture du
projet. Les chercheurs intéressés commencent par un premier échange avec les responsables de la cohorte, suivi du dépôt d'une proposition de projet. Les demandes sont ensuite instruites et évaluées par le Conseil scientifique international de CONSTANCES, pour vérifier leur faisabilité technique, leur pertinence scientifique et leur conformité éthique. Une fois validées, les demandes doivent accomplir les démarches réglementaires requises pour obtenir un accès sécurisé aux données, via le CASD (Centre d'Accès Sécurisé aux Données) et la CNIL qui encadrent l'accès et la protection des données, dans le respect des règles les plus strictes. Ce processus, détaillé sur le site www.constances.fr/espace-scientifique/acces-a-constances, permet aux chercheurs d'accéder aux données, de mener leurs analyses et publications, avant la clôture administrative du projet. Cette approche assure à la fois la protection des données et un accompagnement continu des utilisateurs, depuis la soumission jusqu'à la valorisation des résultats.

### 4.1.4 Des outils et des pratiques exemplaires

La cohorte a également adopté les bonnes pratiques internationales en matière de gestion des données, avec un Plan de Gestion de Données (PGD) aligné sur les standards Horizon Europe. Elle applique les principes de manière exhaustive.

#### Facile à trouver

Grâce à des identifiants pérennes (DOI : doi.org/10.13143/insermTORNU), des catalogues en ligne détaillant les inclusions, les suivis et les enrichissements, et des applications dédiées comme AQUEDUC<fnref n="2" /> et STETHOSCOPA<fnref n="3" />. L'adoption progressive du standard DDI<fnref n="4" /> et son intégration partielle à la plateforme Maelstrom renforcent encore cette accessibilité.

#### Accessible

Via un accès sécurisé encadré par le CASD, soumis à une charte stricte et à l'aval d'un conseil scientifique.

#### Interopérable

Avec un catalogue de données et des codebooks standardisés (DICVAR), ainsi qu'une adoption partielle du standard DDI Lifecycle pour faciliter les échanges entre systèmes.

#### Réutilisable

Grâce à une documentation exhaustive (codebooks, provenance des données, algorithmes dérivés) et une gouvernance transparente, détaillée sur le site internet de la cohorte.

### 4.1.5 Une valorisation adaptée aux contraintes des données de santé

Si CONSTANCES a exploré la piste du data paper dans le cadre de l'AMI Paris-Saclay, la nature pseudonymisée de ses données de santé a rendu cette option incompatible avec les exigences d'ouverture du data paper et les restrictions du RGPD. Une alternative a été

<footnote n="2">² https://aqueduc.constances.fr/</footnote>

<footnote n="3">³ https://cesp-proxy2.vjf.inserm.fr/APPLICATION-CONSTANCES/</footnote>

<footnote n="4">⁴ La Data Documentation Initiative (DDI) est une norme internationale permettant de décrire les données issues d'enquêtes et d'autres méthodes d'observation en sciences sociales, comportementales, économiques et de la santé.</footnote>
trouvée avec le Data Resource Profile. Ce document offre une description complète de l'infrastructure : sa méthodologie, les flux de données disponibles, ses forces et ses limites, ainsi que les modalités d'accès. Il permet aux chercheurs d'évaluer rapidement la pertinence de la ressource pour leurs propres objectifs, tout en respectant les contraintes légales et éthiques.

### 4.1.6 Un modèle pour la recherche en santé publique

CONSTANCES incarne ainsi l'alliance entre ambition scientifique et rigueur méthodologique. En combinant richesse des données, gouvernance robuste et ouverture contrôlée, la cohorte se positionne comme un modèle pour les infrastructures de recherche en santé publique, capable de répondre aux défis actuels tout en anticipant ceux de demain. Son approche, à la fois collaborative et exigeante, montre comment une gestion stratégique et éthique des données peut devenir un levier majeur pour la recherche et l'innovation.

<figure><img src="image_12.png" /></figure>
## 4.2 NEUROSPIN / Imagerie chez l'homme en MEG et EEG

Le projet lauréat issue de la plateforme d'imagerie MEG et EEG se donne pour mission de construire une base de données multimodale ouverte, dédiée à l'étude de l'activité cérébrale humaine. En combinant des techniques complémentaires d'électrophysiologie, elle offre une fenêtre unique sur les mécanismes neuronaux, tant dans des conditions contrôlées qu'en situations écologique, comme la mobilité ou l'immersion en réalité virtuelle.

### 4.2.1 Des données multimodales pour une compréhension globale du cerveau

La plateforme s'appuie sur trois techniques d'enregistrement aux forces complémentaires.

La magnétoencéphalographie (MEG), une méthode non invasive mesurant les champs magnétiques infimes (~fT) générés par l'activité électrique du cerveau, allie une résolution temporelle de l'ordre de la millisecunde et une résolution spatiale millimétrique. Elle excelle dans la détection des sources d'orientation radiale, mais son usage reste souvent limité aux environnements contrôlés, comme ceux de NeuroSpin.

L'électroencéphalographie (EEG), plus flexible, permet des enregistrements en situation de mobilité (dans des trains, par exemple) ou en réalité virtuelle, ouvrant la voie à des études sur l'impact du mouvement (vitesse, accélération) sur les dynamiques cérébrales. Bien que moins sensible à l'orientation des sources que la MEG, son rapport signal/bruit plus faible est compensé par sa capacité à capturer l'activité cérébrale dans des contextes naturels. Un projet soutenu par l'ANR (2018-2023), en partenariat avec la SNCF et l'Université Gustave Eiffel, a ainsi permis d'enregistrer 87 participants en situation réelle dans des TGV, combinant données EEG et comportementales. Les résultats ont confirmé la robustesse de marqueurs neuronaux connus, même dans des conditions dynamiques, soulignant le potentiel de cette approche pour étudier le cerveau en action.

L'électroencéphalographie stéréotaxique (sEEG), enfin, offre une localisation spatiale précise, bien que sa couverture soit hétérogène selon les participants et les pathologies étudiées. Son utilisation permet d'affiner la caractérisation des états de repos et des mécanismes temporels, en particulier chez des populations spécifiques (patients, enfants).

### 4.2.2 Une approche écologique et intégrée

L'originalité du projet réside dans sa volonté de combiner ces méthodes pour mieux comprendre l'état de repos cérébral et la perception du temps, deux enjeux centraux en neurosciences. En croisant des enregistrements réalisés en laboratoire, en mobilité et en conditions cliniques, la plateforme vise à dépasser les limites des approches traditionnelles, souvent restreintes à des environnements statiques. Cette démarche écologique, qui intègre le contexte réel des participants, permet d'envisager des applications variées :

- À NeuroSpin : pour affiner les modèles d'apprentissage automatique grâce à des données contrôlées et riches.
- À l'extérieur : pour généraliser les résultats à des populations diversifiées (patients, enfants), et ainsi élargir l'impact des recherches en neurosciences cognitives et en psychologie expérimentale.

> « L'objectif est d'étudier si tous les résultats qu'on obtient classiquement en neuro-imagerie peuvent être informatifs de notre comportement. Quand le participant arrive en laboratoire et qu'il se retrouve dans des conditions extrêmement contrôlées, c'est finalement assez difficile de quantifier à quel point ça peut être le reflet de notre comportement de la vie quotidienne. »

### 4.2.3 Des outils et des pratiques pour une science ouverte et reproductible

Pour garantir la qualité, l'interopérabilité et la réutilisabilité des données, NeuroNeuro a adopté des standards rigoureux :

- Gestion de formats multiples : EEG (BrainVision), sEEG (Neuralynx), MEG (FIF), IRM anatomique (NIFTI), et données comportementales (Excel pour l'odométrie).

- Adoption du standard BIDS (Brain Imaging Data Structure) : pour une organisation normalisée des données, incluant une (pseudo-)anonymisation systématique, l'absence de données personnelles et la défiguration des IRM pour préserver la confidentialité.

- Compatibilité avec les outils open source de la communauté, comme MNE-Python, pour faciliter l'analyse et la réutilisation par les chercheurs.

<figure><img src="image_13.png" /></figure>

### 4.2.4 Un potentiel scientifique et collaboratif

Les jeux de données M/EEG associés à des enregistrements comportementaux et à des métadonnées détaillées, offrent une ressource précieuse pour les chercheurs en neurosciences cognitives, en psychologie expérimentale ou spécialistes de la perception du temps. Leur caractère écologique et leur accessibilité en font un outil idéal pour étendre les connaissances au-delà des cadres traditionnels.

### 4.2.5 Une plateforme tournée vers l'avenir

Avec ses partenariats multi-sites (NeuroSpin, ICM Paris, Universités de Caen et Toulouse), le projet incarne une démarche collaborative et innovante, où la complémentarité des techniques et la rigueur méthodologique ouvrent de nouvelles perspectives pour la recherche sur le cerveau. En alliant expertise technique, ouverture des données et
approche écologique, elle se positionne comme un acteur clé pour décrypter les mécanismes neuronaux, du laboratoire au monde réel.
## 4.3 ECOSYS / Plateforme Biochem-Env

La plateforme de recherche Biochem-Env s'est donnée pour mission de standardiser et faire évoluer les méthodes de mesure des indicateurs biochimiques, afin de fournir à la communauté scientifique, aux gestionnaires et aux décideurs des données fiables et comparables pour évaluer l'état des écosystèmes. En combinant partenariat de recherche, prestations analytiques et expertise, Biochem-Env se positionne comme un acteur clé dans la protection et la gestion durable des milieux naturels dans le contexte de santé unique, tout en s'inscrivant pleinement dans la dynamique de la science ouverte.

> « Sur les questions de surveillance de l'environnement, de compréhension du fonctionnement ou de dégradation de cet environnement, on s'est placé d'office dans le contexte de l'Open Science »

### 4.3.1 Des données au service de la connaissance et de l'action écologique

Biochem-Env produit et analyse des indicateurs biochimiques robustes, essentiels pour diagnostiquer la santé des écosystèmes, suivre l'impact des actions de conservation et guider les politiques environnementales. Avec plus de 1 600 points analysés pour une dizaine d'activités enzymatiques – dans le cadre de programmes comme le RMQS2 (Réseau de Mesure de la Qualité des Sols) – la plateforme génère un jeu de données unique, à la fois complet et représentatif des dynamiques de fonctionnement des sols. Ces données, essentielles pour diagnostiquer la santé des écosystèmes, permettent non seulement de caractériser leur état actuel, mais aussi d'éclairer les décisions en matière de conservation, de restauration ou d'aménagement des territoires.

Les enjeux portés par la plateforme sont multiples et interconnectés :

- Conduire des projets de recherche et réaliser des prestations d'analyse pour répondre aux besoins des scientifiques et des gestionnaires, dans un cadre ouvert et reproductible.

- Développer, valider et transférer des méthodes d'analyse, en s'appuyant sur des protocoles normalisés pour garantir la comparabilité et la fiabilité des résultats.

- Mettre à disposition des compétences, des équipements et des locaux dédiés, pour soutenir les analyses et les expérimentations.

- Assurer des missions d'expertise, de veille scientifique et de formation, afin de diffuser les bonnes pratiques et d'accompagner les acteurs du domaine.

### 4.3.2 Une infrastructure labellisée, au cœur d'un réseau national et international

Reconnue pour son excellence opérationnelle, Biochem-Env bénéficie de plusieurs labellisations et certifications qui attestent de sa rigueur et de son engagement qualité :
- Agrément pour la détention, la manipulation et le transport de matériaux de quarantaine depuis 2015, un atout majeur pour travailler sur des échantillons sensibles ou réglementés.

- Labellisation par le GIS IBiSA depuis 2017, qui souligne son rôle d'infrastructure de recherche ouverte et mutualisée.

- Certification ISO 9001:2015, obtenue la même année, qui couvre l'ensemble de ses activités et garantit un niveau d'exigence élevé dans la gestion des processus.

- Labellisation ISC INRAE depuis 2018, confirmant son ancrage dans les infrastructures scientifiques de référence selon le cadrage de l'INRAE.

Ces reconnaissances s'inscrivent dans un écosystème collaboratif, notamment grâce à son intégration au sein d'AnaEE-France, l'infrastructure de recherche nationale dédiée aux Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes continentaux, issue du PIA INBS 2011. Cette affiliation permet à Biochem-Env de bénéficier de synergies avec d'autres plateformes et de contribuer à des projets d'envergure, tout en partageant ses expertises et ses ressources.

Ses méthodes d'analyse, rigoureusement normalisées au plan international et national, s'appuient sur des standards internationaux (ISO20130:2018 pour les hydrolases, ISO23753-1 et 2:2019 pour l'activité déshydrogénase (ADH), ISO25672 pour les laccases, ISO25008-2 pour l'évaluation du stress chez les plantes). Ces modes opératoires de référence assurent la reproductibilité et la comparabilité des résultats, tout en facilitant leur intégration dans des études à grande échelle.

### 4.3.3 Une ouverture progressive et une valorisation des données exemplaire

Depuis 2013, Biochem-Env a élargi son accès à la communauté scientifique nationale et internationale, analysant plus de 10 000 échantillons de sols dans le cadre de grands programmes (Bioindicateurs, GISSOL RMQS, PIA AGRO-ECO SOL, INRAE SysSols, OFB Indiualsols...) ou de suivis expérimentaux (SOERE PRO, ACBB, unités expérimentales INRAE). Ces efforts ont permis de constituer des référentiels riches, regroupant plus de 75 000 données analytiques et des métadonnées détaillées (localisation, propriétés physico-chimiques, occupation des sols, pratiques agricoles).

Pour structurer et valoriser ces ressources, Biochem-Env s'appuie sur une approche sémantique développée avec AnaEE-France, facilitant l'interopérabilité et la réutilisation des données. Un DOI (10.15454/HA6V6Y) a été attribué à la plateforme pour garantir leur traçabilité et leur citabilité, renforçant ainsi leur visibilité et leur impact dans la communauté scientifique.

Le RMQS (Réseau de Mesure de la Qualité des Sols), avec ses 2 240 sites couvrant l'ensemble du territoire français, illustre l'ampleur de cette démarche, soutenue par le GISSOL. Avec une campagne tous les 15 ans (RMQS1 : 2000-2015 ; RMQS2 : 2016-2030), ce réseau permet de cartographier les propriétés des sols, de détecter leurs évolutions et d'alimenter une banque d'échantillons précieuse pour les recherches futures.
<figure><img src="image_14.png" /><figcaption>Figure 4: Le réseau RMQS en métropole et Outre-me, 2240 sites répartis uniformément sur le territoire français (2170 sites en métropole et 70 sites en Outre-mer) selon une maille carrée de 16 km de côté</figcaption></figure>

### 4.3.4 La conservation des échantillons : un défi clé pour la qualité des données

Un enjeu majeur soulevé par Biochem-Env concerne la conservation des échantillons de sols, une étape critique entre leur prélèvement et leur analyse. Dans certains contextes, comme les chantiers de grande ampleur menés par des bureaux d'études, le transfert rapide vers les laboratoires n'est pas toujours possible, ce qui peut altérer la qualité des analyses. La contamination chimique des sols, par exemple, est un facteur susceptible d'impacter les activités enzymatiques mesurées.

Pour répondre à ce défi, Biochem-Env a mené une étude comparative sur les méthodes de conservation, testant deux types de sols (contaminés ou non) et quatre modes de conservation (vs. sol frais). Les résultats, publiés sous forme de jeu de données et de data paper (Data in Brief), offrent des recommandations pratiques pour préserver l'intégrité des échantillons, même dans des conditions logistiques contraignantes.

### 4.3.5 Vers une valorisation accrue des jeux de données

Biochem-Env dispose aujourd'hui d'un patrimoine de données exceptionnel, fruit de plus d'une décennie de collecte et d'analyse. Ces jeux de données, structurés, documentés et accessibles, représentent une ressource précieuse pour la recherche en écologie, en agronomie et en sciences de l'environnement. Leur valorisation, via des publications, des collaborations et des outils de diffusion, est un levier majeur pour amplifier l'impact de la plateforme et contribuer à une gestion durable des écosystèmes.

En combinant rigueur méthodologique, ouverture collaborative et innovation, Biochem-Env incarne une approche intégrée de la mesure biochimique, où science, technique et action publique se renforcent mutuellement. À l'heure où les défis environnementaux
appellent des réponses fondées sur des données solides, la plateforme se positionne comme un acteur central pour éclairer les décisions et inspirer les pratiques.
# 5 Les enseignements de la table ronde : Comment les plateformes UPSaclay relèvent le pari des données ouvertes et réutilisables ?

Cette table ronde avait pour objectif d'explorer les défis et opportunités liés à la gestion des données tout au long de leur cycle de vie, en mettant particulièrement l'accent sur le rôle des plateformes de recherche.

L'enjeu était double :

- Identifier les bonnes pratiques permettant d'assurer la qualité, l'accessibilité et la pérennité des données produites au sein des infrastructures mutualisées ;

- Réfléchir aux synergies entre les acteurs impliqués (chercheurs, responsables de plateformes, services d'appui) pour renforcer la cohérence des dispositifs existants.

Cette discussion s'inscrivait dans une démarche visant à anticiper les évolutions de 2026 dans les diverses actions Springboard au sein de la DiReV et de la DiBISO, où les plateformes sont appelées à jouer un rôle croissant dans les politiques de science ouverte, et ce rôle sera rappelé dans la politique d'établissement dédiée aux plateformes.

## Intervenants

**Daniel Berveiller**
Directeur de la
plateforme

ID : 0000-0001-7461-6420

Station de
recherche forestière de
Barbeau / Laboratoire
Ecologie, Systématique,
Evolution (ESE)

**Nathalie Gagnaire**
Référente données
opérationnelles

ID : 0000-0003-2354-4089

Ecologie
fonctionnelle et
écotoxicologie des
agroécosystèmes
(ECOSYS)

**Audrey Solgadi**
Responsable de
plateforme de
spectrométrie de masse

ID : 0000-0002-6135-0050

IPSIT - Ingénierie et
Plateformes au Service
de l'Innovation
Thérapeutique

**Arnim Jenett**
Responsable de la
gestion des données
d'imagerie

ID : 0000-0003-3039-2060

TEFOR Paris-Saclay
(UMS TPS)

## Animateur

**Samir Rezki**
Chargé des données de recherche
en science de la vie à la DiBISO

<figure><img src="image_15.png" /><figcaption>Figure 5: Table ronde -
(De gauche à droite) Samir Rezki,
Arnim Jenett, Audrey Solgadi, Daniel
Berveiller et Nathalie Gagnaire.</figcaption></figure>
La table ronde a été organisée autour d'un questionnaire interactif, permettant aux participants d'échanger sur le rôle des plateformes à chaque étape du cycle de vie des données. Ce format a favorisé une réflexion collective sur les pratiques existantes, les défis rencontrés et les pistes d'amélioration, tout en mettant en lumière la diversité des approches selon les disciplines et les types de données.

Le fil conducteur suivait le parcours des données, de leur conception à leur publication, en passant par leur stockage, leur traitement et leur documentation. Chaque question soulevait des enjeux concrets et invitait les participants à partager leurs retours d'expérience, leurs bonnes pratiques et leurs besoins non couverts.

## 5.1 Introduction : état des lieux avec des plateformes déjà engagées

L'animation a débuté par un état des lieux des actions déjà déployées par les plateformes pour accompagner les chercheurs tout au long du cycle de vie des données. La première question, « Parmi ces activités, lesquelles sont déjà gérées par votre plateforme ? », a révélé une implication large et variée. Les réponses ont montré que les plateformes interviennent largement sur l'ensemble des propositions avec :

- La **planification** en accompagnant les chercheurs à anticiper l'organisation des données avant même leur collecte avec la rédaction d'un plan de gestion de données (PGD) entités<fnref n="5" /> par exemple ;

- Le **stockage** long terme, même non formalisé mais qui garantit effectivement l'exploitabilité des données dans la durée ;

- Le **nettoyage** et la transformation des données brutes d'un format fournisseur à un format exploitable et analysables par des logiciels open source ;

- La **documentation** pour rendre les données compréhensibles et exploitables par d'autres équipes avec un travail sur les règles de nommage des fichiers et l'intégration des métadonnées ;

- L'**ouverture** et le partage des jeux de données pour les mettre à disposition de la communauté scientifique).

La seconde question, « Quelles sont les données gérées par votre plateforme ? », a confirmé et illustré la diversité des types de données déjà identifiée au sein des personnes inscrites à l'événement (voir Figure 2 en page 8). Les intervenants à la table ronde, en écho aux réponses de l'auditoire, ont souligné que leurs plateformes gèrent des données omiques (génomique, transcriptomique, métabolomique), de l'imagerie scientifique (microscopie), ainsi que des données de capteurs en continu (mesures environnementales, monitoring). Cette diversité, représentative des activités de recherche menées à l'UPSaclay, a permis de montrer que les plateformes ne sont pas seulement des infrastructures techniques, mais bien des acteurs centraux dans la gestion de données variées et complexes. Elle a aussi rappelé que cette multiplicité des formats

<footnote n="5">⁵ Version du PGD spécifique aux données d'une structure, particulièrement adaptée aux plateformes de recherche</footnote>
et des usages renforce la nécessité d'adopter des approches adaptées, tout s'efforçant de rester dans un cadre commun pour généraliser ces bonnes pratiques.

## 5.2 Planification : les obstacles à la planification collective

La deuxième partie de la table ronde s'est concentrée sur la planification des données. La question « *Selon vous, quel est le principal frein à la mise en place d'un Plan de Gestion de Données (PGD) commun à une entité ?* » a révélé des défis partagés par la plupart des participants.

Si la méconnaissance du dispositif a été évoquée par certains, elle apparaît de moins en moins comme un obstacle majeur, grâce aux actions de sensibilisation menées par les cotutelles et les services centraux. En revanche, le manque de temps pour formaliser des processus communs et, surtout, la difficulté à identifier les données et métadonnées partagées entre projets ont été cités comme les freins les plus persistants. Ces défis reflètent la complexité des activités de recherche, où chaque projet peut générer des données aux formats et aux besoins spécifiques, rendant leur harmonisation délicate.

La résistance des chercheurs à adopter un cadre commun a été mentionnée, mais de manière plus marginale, suggérant que les réticences individuelles sont moins marquées que les contraintes structurelles.

Une question soulevée par l'assistance a élargi la réflexion vers un enjeu complémentaire : la gestion des échantillons eux-mêmes. Alors que les Plans de Gestion de Données (PGD) se concentrent sur les données numériques, certains participants ont évoqué des travaux en cours dans d'autres établissements pour structurer des Plans de Gestion des Échantillons (PGE). Ces démarches visent à standardiser la conservation, la traçabilité et l'accès aux échantillons physiques, en amont même de la collecte des données. L'idée d'une approche intégrée, où la gestion des échantillons et celle des données s'articuleraient de manière cohérente, a suscité un intérêt marqué. Bien que ces réflexions en soient encore à un stade exploratoire, elles ouvrent des perspectives prometteuses pour une gestion plus globale et plus rigoureuse des ressources de recherche, depuis leur origine matérielle jusqu'à leur valorisation numérique.

Enfin, la question « *Comment votre plateforme pourrait-elle s'organiser pour surmonter ces freins ? Avez-vous déjà commencé à structurer un PGD commun à votre entité ?* » a révélé que deux des plateformes représentées ont d'ores et déjà engagé cette démarche, l'une ayant finalisé son PGD, l'autre étant en cours de rédaction. Les échanges ont rappelé que les PGD, bien que structurants, restent des documents cadres caractérisés par leur flexibilité et leur caractère évolutif. Cette adaptabilité en fait des outils modulables, capables de s'ajuster à l'évolution des projets et à la diversité des données, tout en offrant un cadre commun pour en garantir la qualité et la pérennité. Ces retours montrent que, malgré les obstacles, des avancées concrètes sont possibles avec un accompagnement de proximité et des outils adaptés.
## 5.3 Collecte et Traitement : concilier rigueur scientifique et flux massifs de données

La troisième partie de la table ronde a porté sur les défis liés à la collecte et au traitement des données, une étape centrale dans le cycle de vie des données, où se joue leur qualité et leur utilité future. Les participants ont souligné plusieurs enjeux majeurs, reflétant à la fois la complexité technique des infrastructures et la nécessité d'un accompagnement humain rigoureux.

Un premier défi concerne le bon renseignement des métadonnées par les utilisateurs. Malgré les efforts de sensibilisation, cette étape reste souvent sous-estimée ou mal maîtrisée, alors qu'elle est essentielle pour garantir la traçabilité et la réutilisation des données. Par ailleurs, la production de données en continu, notamment dans les plateformes équipées de capteurs ou d'instruments, pose la question du suivi en temps réel de leur qualité. Les intervenants ont insisté sur l'importance de mettre en place des procédures robustes pour détecter et corriger les anomalies dès leur apparition, afin d'éviter que des erreurs ne se propagent dans les analyses ultérieures.

Un autre point clé abordé est le suivi des utilisateurs après la collecte. Une fois les analyses réalisées, un contrôle qualité systématique s'impose pour s'assurer que les données produites sont non seulement conformes aux attentes, mais aussi exploitables sur le long terme. Ce processus exige une collaboration étroite entre les plateformes et les chercheurs, ainsi qu'une formation continue pour que chacun puisse jouer pleinement son rôle dans la chaîne de valeur des données.

Ces échanges ont mis en lumière que la collecte et le traitement ne se limitent pas à une question technique : ils nécessitent une organisation rigoureuse, des outils adaptés et une culture partagée de la qualité, où chaque acteur – des techniciens aux chercheurs – est impliqué dans la préservation de l'intégrité des données.

## 5.4 Stockage des données : allier pérennité, souveraineté et durabilité

La quatrième partie de la table ronde a abordé la question cruciale du stockage des données, un sujet où se croisent pérennité, accessibilité et responsabilité. Les participants ont partagé leurs pratiques et leurs défis, révélant une diversité de solutions – parfois subies plutôt que choisies – et des points de vigilance récurrents.

Les outils de stockage utilisés varient selon les contraintes techniques et organisationnelles des plateformes. Si certains recourent encore à des disques durs internes ou externes, souvent par nécessité immédiate, d'autres privilégient des serveurs locaux ou institutionnels, plus sécurisés et mieux adaptés à une gestion collective. Les solutions de type "Drive" ont, quant à elles, été unanimement critiquées, en raison de leurs limites en termes de souveraineté et de maîtrise des lieux d'hébergement – un enjeu majeur pour des données souvent sensibles ou stratégiques.

Un défi récurrent souligné par les participants concerne l'intégration des équipements scientifiques, dont les ordinateurs dédiés – fréquemment fournis par des prestataires
externes - ne sont pas toujours compatibles avec les infrastructures de stockage institutionnelles. Cette contrainte technique oblige souvent à recourir à des solutions intermédiaires, multipliant les risques de perte, de fragmentation ou de manque de traçabilité des données. La multiplication de ces supports pose la question de leur durabilité et de leur coût caché – tant sur le plan financier (achat, maintenance, sauvegardes) qu'écologique (consommation énergétique, obsolescence des supports).

Ces échanges ont rappelé que le stockage ne se réduit pas à une question de capacité : il engage aussi la souveraineté des données, leur accessibilité sur le long terme et leur empreinte environnementale. Pour y répondre, les plateformes doivent anticiper leurs besoins, s'appuyer sur des infrastructures fiables et sécurisées, et intégrer ces enjeux dans leur gouvernance – tout en sensibilisant les utilisateurs aux bonnes pratiques et aux impacts de leurs choix. Une approche équilibrée, où technique, économie et écologie sont pensées conjointement, semble ainsi indispensable pour garantir un stockage pérenne, responsable et maîtrisé.

## 5.5 Partage et valorisation : la visibilité, moteur de l'ouverture scientifique

La cinquième partie de la table ronde a exploré les leviers pour encourager le partage des données, un pilier de la science ouverte mais encore trop souvent perçu comme une contrainte. Parmi les arguments proposés – obligations des financeurs, collaborations futures, réutilisation par les pairs – c'est l'augmentation de la visibilité et des citations qui a émergé comme l'argument le plus convaincant pour les chercheurs. Ce constat reflète une réalité simple : dans un environnement académique où la reconnaissance passe avant tout par les publications, la perspective d'un impact accru – via une meilleure diffusion et une citation plus fréquente de leurs travaux – s'avère bien plus mobilisatrice que les injonctions réglementaires ou les promesses de collaborations potentielles.

Ce constat rejoint les données présentées lors des Assises Nationales des Données de la Recherche (ANDOR), où il a été démontré que les publications associées à des jeux de données ouvertement accessibles – et non simplement disponibles sur demande – bénéficient d'un niveau de citation significativement plus élevé. Les participants ont souligné que cet impact tangible, mesurable et documenté, constitue un levier puissant pour convaincre les chercheurs réticents. Dans un contexte où la reconnaissance académique reste largement indexée sur les indicateurs bibliométriques, l'ouverture des données n'est plus perçue comme un simple impératif éthique ou réglementaire, mais comme une stratégie gagnante pour maximiser la portée de ses travaux.

Les échanges ont également mis en lumière que ce bénéfice en termes de visibilité ne se limite pas à une question de signalement, mais également de reconnaissance. Bien que ce soit pas la motivation principale, il néanmoins été mentionné qu'une meilleure diffusion des données permet aussi d'élargir les réseaux de collaboration, d'attirer des partenaires industriels ou académiques, et in fine, de renforcer l'influence scientifique des équipes et des plateformes.
Cette discussion a confirmé que la clé pour généraliser le partage des données réside dans la démonstration de son utilité immédiate : en mettant en avant des preuves tangibles de son impact sur la carrière et la reconnaissance des chercheurs.

## 5.6 Perspective et conclusion : des priorités claires pour une gestion durable et collaborative

La dernière partie de la table ronde a invité les participants à se projeter vers l'avenir en identifiant les chantiers prioritaires pour améliorer la gestion des données au sein de leurs plateformes. Les retours ont convergé vers des axes concrets révélant à la fois des besoins immédiats et des défis structurels à relever collectivement.

Un premier enjeu majeur concerne la formalisation et l'actualisation des PGD. Plusieurs plateformes disposent déjà d'un, mais celui-ci doit évoluer pour refléter les pratiques actuelles et intégrer les nouvelles exigences en matière d'ouverture et de traçabilité. Pour celles qui n'en ont pas encore, sa rédaction s'impose comme une priorité absolue pour structurer durablement la gestion des données au sein de l'entité.

Au-delà du cadre documentaire, la sensibilisation des chercheurs reste un chantier permanent. Lorsque les usagers gèrent leurs propres données, il est essentiel de les accompagner et de les inciter à adopter les bonnes pratiques via une charte claire, rappelée systématiquement aux utilisateurs des plateformes. Cette démarche, déjà en place dans certaines structures, doit être renforcée et généralisée, pour garantir que chaque projet accueilli s'inscrive dans une logique de qualité, de partage et de pérennité.

Enfin, la question du stockage fiable et durable est revenue comme une préoccupation centrale. Les plateformes doivent pouvoir garantir la pérennité des données, y compris pour les chercheurs non permanents, dont les travaux risquent autrement de se perdre. Cela passe par des solutions techniques robustes, mais aussi par une sensibilisation dès l'arrivée des nouveaux utilisateurs, pour ancrer ces réflexes dès le début de leur parcours.

Ces échanges ont montré que les prochaines étapes sont déjà tracées : finaliser les PGD, poursuivre la formation et l'accompagnement, et sécuriser le stockage pour assurer la durabilité des données. Des actions qui, mises en œuvre de manière coordonnée, permettront aux plateformes de jouer pleinement leur rôle dans l'écosystème de la recherche.

## 5.7 Rapports d'étonnement : quand la propriété intellectuelle, les compétences et les outils redéfinissent les stratégies science ouverte des plateformes de recherche

### 5.7.1 Des leviers d'action différenciés selon la détention des droits

Les échanges ont permis d'identifier que les défis liés à la gestion des données de recherche et à l'accompagnement des usagers varient considérablement selon qui détient la propriété intellectuelle (PI) des données. Cette distinction fondamentale influence non seulement les marges de manœuvre des plateformes, mais aussi les dispositifs les plus adaptés pour structurer, ouvrir et valoriser les données.
Les intervenants ont souligné que lorsque la PI est détenue par la plateforme, celle-ci dispose d'une latitude accrue pour agir directement sur la structuration et la mise à disposition des données. Dans ce cas, les outils comme les Plans de Gestion de Données (PGD), les dispositifs de stockage ou les formats standardisés (métadonnées imbriquées, pipelines interopérables) peuvent être déployés plus aisément. La plateforme peut alors concevoir des solutions "FAIR by design", à condition de disposer des moyens adaptés pour gérer les volumes et la diversité des données générées. Cette configuration permet une approche proactive, où la structuration des données devient un levier stratégique pour en maximiser l'impact et la réutilisation.

À l'inverse, lorsque la PI appartient aux usagers (chercheurs, équipes projets), la plateforme se trouve dans une posture d'accompagnement et de facilitation. Son rôle ne consiste plus à imposer des cadres, mais à sensibiliser, former et proposer des services innovants pour encourager les bonnes pratiques. Dans ce contexte, l'offre de service peut inclure :

- Un soutien à la transition des jeux de données, depuis des formats propriétaires vers des standards open source, en accompagnant les chercheurs dans l'évaluation des pertes d'information potentielles.

- L'intégration d'espaces de stockage différenciés (données "chaudes", "tièdes" ou "froides") dans les prestations, pour répondre aux besoins variés des projets.

- Une sensibilisation accrue à la visibilité des travaux, via des formations mettant en avant les bénéfices d'un partage structuré des données (citation, réutilisation, collaboration).

### 5.7.2 Investir dans les compétences, dans les outils et anticiper leurs déploiements : une démarche progressive pour la science ouverte

Pour que les services proposés par les plateformes soient efficaces et durables, une approche globale est nécessaire, articulée autour de trois leviers indissociables : la montée en compétence des équipes, l'anticipation des déploiements, et la mise en place d'outils adaptés. Les échanges ont révélé que ces dimensions, bien que distinctes, se renforcent mutuellement pour garantir une transition réussie vers la science ouverte.

Les échanges ont confirmé que les équipes des plateformes doivent acquérir de nouvelles expertises, notamment via des dispositifs comme l'Atelier de la Donnée ou les actions SPRINGBOARD. Ces services d'appui à la recherche proposent des ressources pour répondre aux enjeux liées aux évolutions métiers des plateformes. Ces formations, couplées à l'appui de réseaux métiers, permettraient de maîtriser les outils émergents et les méthodes de gestion des données.

Une convergence forte autour de la montée en compétence a été exprimé, qu'elle se fasse par des actions de sensibilisation ou par du temps dédié en interne pour explorer les besoins et les outils existants au sein des réseaux métiers. Cette unanimité confirme le besoin d'un parcours de formation dédié aux personnels de plateformes. Il faut créer des espaces d'échanges spécifiques pour ces métiers, dont les approches diffèrent de celles d'une équipe de recherche.
Cependant, cette montée en compétence ne suffit pas : elle doit s'accompagner d'une temporalité réaliste. Le déploiement de nouveaux dispositifs – qu'il s'agisse de Plans de Gestion de Données (PGD), de systèmes LIMS ou d'espaces de stockage différenciés – exige un accompagnement progressif. L'objectif est d'assurer que ces outils répondent aux besoins concrets des usagers, sans bouleverser leurs habitudes de travail, mais en les intégrant de manière fluide et pertinente.

Au-delà des compétences et du temps, les participants ont insisté sur l'importance de dispositifs transversaux, capables de répondre aux besoins partagés par l'ensemble des plateformes. Parmi ceux-ci, un Système de Gestion de l'Information de Laboratoire (LIMS) émerge comme une solution centrale. Cet outil permettrait de centraliser, tracer et automatiser les flux de données, tout en s'intégrant harmonieusement dans l'organisation globale des plateformes et de l'activité de recherche. En facilitant la traçabilité, l'interopérabilité et la sécurité des données, un LIMS deviendrait un levier clé pour une gestion efficace, collaborative et pérenne.
# 6 Conclusion : vers une politique institutionnelle renforcée pour les données de recherche

## 6.1 Un rôle multidimensionnel pour les plateformes : qualité, outils et accompagnement

Les échanges ont permis de confirmer et préciser le rôle central des plateformes dans la transformation des pratiques autour des données de recherche, en agissant simultanément sur trois leviers.

D'abord, les plateformes sont des garantes de la qualité des données. Leur expertise technique et leur positionnement au cœur des processus de recherche leur permettent d'assurer la fiabilité, la traçabilité et la cohérence des jeux de données produits. Que ce soit par la standardisation des protocoles, la validation des métadonnées ou la détection des biais, elles jouent un rôle clé pour que les données soient robustes, réutilisables et conformes aux exigences scientifiques.

Ensuite, elles sont des actrices clés dans le choix et le déploiement des outils et dispositifs adaptés aux besoins des communautés. Leur connaissance fine des workflows de recherche, des contraintes techniques et des enjeux disciplinaires leur permet de sélectionner, configurer et promouvoir des solutions qui répondent aux attentes des usagers. Leur rôle ne se limite pas à une offre technique : elles orientent les pratiques vers des outils interopérables, durables et alignés sur les principes de la science ouverte.

Enfin, les plateformes ont un rôle pédagogique et accompagnateur auprès des usagers. Au-delà de la simple mise à disposition d'équipements et de services, elles sont en position pour sensibiliser les chercheurs aux bonnes pratiques (FAIR, gestion des métadonnées, partage), pour les former aux outils et pour les accompagner dans la transition vers des méthodes plus collaboratives et plus vertueuses. Leur place centrale dans l'écosystème de la recherche en fait des facilitatrices naturelles pour ancrer durablement une culture de la donnée au sein de l'établissement.

## 6.2 Un événement à la hauteur des ambitions institutionnelles

Cet événement a marqué une étape clé dans la mobilisation des communautés scientifiques et techniques de l'UPSaclay autour des enjeux des données de recherche générées au sein des plateformes. En réunissant pour la première fois chercheurs, personnels de plateformes et services d'appui, il a pleinement répondu à son objectif initial : fédérer les acteurs, faire émerger des propositions concrètes et confirmer l'engagement des plateformes dans une démarche collective de structuration et d'ouverture des données.

Les échanges ont révélé que certaines plateformes, représentées par les lauréats de l'Appel à Manifestation d'Intérêt (AMI) ou les intervenants lors de la table ronde, sont déjà fortement engagées dans cette transformation. Leur niveau de maturité et leur capacité
à proposer des solutions innovantes témoignent d'une dynamique bien amorcée, où chaque acteur contribue à définir les bonnes pratiques et à lever les freins identifiés.

Les discussions ont mis en lumière l'émergence de solutions collectives, portées par une volonté partagée de progresser vers une gestion plus structurée et ouverte des données. Cependant, pour que ces avancées se concrétisent, deux conditions apparaissent essentielles :

- Des outils standardisés et modulaires, capables de s'adapter à la diversité des plateformes et des disciplines, tout en garantissant l'interopérabilité et la pérennité des données.

- Un accompagnement adapté, pour permettre aux équipes de monter en compétence et de déployer ces outils de manière progressive, sans perturber les workflows existants.

## 6.3 Une maturité suffisante pour passer à l'action

L'événement a confirmé que les plateformes et les communautés sont prêtes à s'engager dans des actions d'ampleur. Le niveau de mobilisation observé, couplé à la qualité des propositions formulées, crée un contexte favorable pour initier des chantiers structurants. Les réflexions issues de cet événement dépassent le simple constat : elles tracent une feuille de route concrète pour une transformation durable des pratiques. En alignant les ambitions de l'établissement avec les attentes des communautés scientifiques, elles ouvrent la voie à une gestion des données plus collaborative, plus ouverte et plus efficace.

La réussite de cette démarche dépendra désormais de l'engagement collectif – chercheurs, plateformes, gouvernance – et de l'intégration de ces enjeux dans les politiques institutionnelles. Avec des plateformes déjà engagées, des solutions identifiées et une communauté mobilisée, toutes les conditions sont réunies pour faire de cet événement le point de départ d'une dynamique pérenne, au service de l'excellence scientifique et de l'innovation.
# 7 Annexes

## 7.1 Annexe 1 : Communication sur le site institutionnel

<figure><img src="image_16.png" /></figure>
<figure><img src="image_17.png" /></figure>

## Eugloh Research data days - Mercredi 3 et jeudi 4 décembre 2025

Dans la continuité des ANDOR, ce rendez-vous propose de souligner l'importance de l'utilisation des données de recherche au sein de l'alliance EUGLOH (European university alliance for global health).

Cat d'ivènement salutaire permettra l'access au l'importance des travaux et problématiques des « districtes couvertes et de la transparence des résultats scientifiques » dans EUGLOH (à谁 que dans le cimetière international).

L'événement satellite de ces deux jours sera coorganisé au Lumen, consiparément par l'Université Paris-Saclay et l'UPT - Université antique de Nortrage à Toulouse. Cat événement sera l'occasion de mettre en évidence 16 étudiants et étudiates internationaux en master et en doctorat de EUGLOH venus par le programme Trauma, et de visiter le campus, les laboratoires, les infrastructures de données et les expositions hébergées au Lumen (Data Art Work, poster des étudiants EUGLOH sur les données de recherche, etc.).

Dans ce cadre, trois collègues de la bibliothèque de l'Université de Toulouse viennent à l'Université Paris-Saclay pour travailler ensemble avec les collègues de la DABSO pour consacrer un atelier d'une journée (de 4 décembre) au Lumen et initière « Data Stewardship » qui sera destiné à ces jeunes étudiants, chercheurs sur les diverses questions de gestion de données de recherche et de la science ouverte.

Programme disponible en cliquant sur ce lien

## Journée d'étude sur les sciences participatives - Vendredi 5 décembre 2025 au Lumen

Cette journée d'étude sur les sciences participatives est à destination des chercheurs et chercheuses, enseignants-chercheurs et enseignantes-chercheuses, doctorant(e)s et étudiant(e)s en master.

La journée a pour objectif de rassemble des chercheurs et chercheuses souhaitant neutraliser des pistes pour se lancer dans un projet de science participative, et pouvoir échanger autour de retours d'expérience et de bonnes pratiques.

Lien d'inscription

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3 rue Joliot Curie, Bâtiment
Breguet, 91190 Gif-sur-Yvette

Accueil du public

1 rue Joliot Curie, Bâtiment
Bougies, 91190 Gif-sur-Yvette

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L'Université Paris-Saclay coordonne l'Alliance européenne EUGLOH et est membre des réseaux européens et internationaux CESAER, EUA, EUF, LERU et U2U.

Tous droits réservés Université Paris-Saclay

Accesubiel : partiellement conforme

<figure><img src="image_18.png" /></figure>
## 7.2 Annexe 2 : Typologie des données de recherche6

* **Les données d'expérimentation** sont issues de dispositifs sur lesquels le chercheur intervient de manière active, en contrôlant certaines variables dans le cadre d'un protocole défini. Ces données permettent de tester des hypothèses dans un environnement contrôlé, notamment en laboratoire ou dans le cadre d'essais cliniques.

* **Les données issues de capteurs ou d'instruments scientifiques** sont recueillies automatiquement grâce à des dispositifs techniques : données GPS, images satellites, IRM, relevés de capteurs environnementaux notamment.

* **Les données d'enquête** sont produites par l'intermédiaire de questionnaires ou d'entretiens. Ce type de données est particulièrement utilisé dans les sciences humaines et sociales, car il permet d'accéder directement aux représentations, opinions, comportements ou expériences des personnes interrogées.

* **Les données synthétiques** sont des données artificiellement créées par des algorithmes pour reproduire les caractéristiques statistiques de données réelles, sans en copier les valeurs exactes. Elles sont utilisées pour protéger la confidentialité, tester des outils ou simuler des scénarios, tout en restant proches des conditions réelles.

* **Les données de simulation**, générées par des modèles mathématiques ou informatiques, reproduisent artificiellement un phénomène réel ou théorique. Ces données sont précieuses notamment pour la compréhension des phénomènes climatiques ou économiques.

* **Les données textuelles ou documentaires**, telles que les textes littéraires, les documents administratifs, les contenus numériques, les corpus historiques, des compte-rendus d'entretiens d'enquête..., sont souvent explorées dans des recherches qualitatives ou en sciences humaines.

* **Les données dérivées** ne sont pas collectées directement mais construites à partir de données brutes préexistantes. Ce sont, par exemple, les données issues d'analyse statistique, les visualisations, les données issues du text and data mining, les synthèses ou les transcriptions d'entretiens, des données issues de simulation... Ces données sont le fruit d'un travail de traitement, de sélection ou d'analyse, et elles peuvent parfois servir à d'autres recherches que celle pour laquelle elles ont été initialement produites.

<figure><img src="image_19.png" /></figure>

<footnote n="6">⁶ Isabelle Blanc, Anne Laurent. Données de recherche : caractérisation des fonctions clés liées à leur gestion, leur exploitation, leur diffusion et leur utilisation. Ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche. 2025. (hal-05265596) / DOI 10.52949/83</footnote>
## 7.3 Annexe 3 : Trame de la table ronde interactive

Questions Wooclap

Propositions éventuelles

### Introduction

Parmi ces activités, lesquelles sont déjà gérées par votre plateforme ?

- Aider les chercheurs à prévoir comment organiser leurs données avant même de les collecter.

- Stocker des données sur le long terme et s'assurer qu'elles restent exploitables.

- Nettoyer ou transformer des données brutes pour les rendre analysables.

- Documenter et rendre les données réutilisables par d'autres équipes ou projets.

- Publier des jeux de données pour qu'ils soient accessibles par d'autres équipes.

Quelles sont les données gérées par votre plateforme ?

### Planification

Selon vous, quel est le principal frein à la mise en place d'un PGD entité ?

- Méconnaissance du dispositif

- Manque de temps pour formaliser les processus communs

- Difficulté à identifier les données et métadonnées communes à tous les projets

- Absence de modèle ou de référentiel adapté aux infrastructures

- Résistance des chercheurs à adopter un cadre commun

Comment votre plateforme pourrait-elle s'organiser pour surmonter ces freins ?
Avez-vous déjà commencé à structurer un PGD entité ?

### Collecte et traitement

Quels sont les challenges liés à la collecte et au traitement des données générées ?

### Stockage

Quels outils de stockage utilisez-vous pour vos données ?

- Disque dur interne (sur ordinateur)

- Disque dur externe

- Serveur local

- Serveur institutionnel

- Drive

### Partage et valorisation

Quel argument est, selon vous, le plus convaincant pour inciter les chercheurs à partager leurs données ?

- Obligation des financeurs (ANR, Horizon Europe)

- Augmentation de la visibilité et des citations

- Possibilité de collaborations futures

- Réutilisation par d'autres chercheurs

### Conclusion et perspective

Quelle est selon vous le prochain chantier majeur pour améliorer la gestion des données dans votre plateforme ? quelles compétences vous manquent ?
<figure><img src="image_20.png" /></figure>
8H30-9H00

Accueil café

9H00-9H15

## Introduction

**Etienne Augé**
VP délégué
Science Ouverte

ID 0000-0002-7328-7829

**Émilie Barthet,**
Directrice des Bibliothèques, de
l'Information et de la Science ouverte

ID 0009-0006-2442-1290

**Bruno Bost,**
Directeur de la Recherche et
de la Valorisation (DiReV)

ID 0000-0002-5508-8551

9H15-10H40

## Lauréats de l'AMI Plateformes et Data Paper

Découvrez les plateformes lauréates de l'Appel à Manifestation d'Intérêt (AMI) et explorez leurs jeux de données emblématiques.

<figure><img src="image_21.png" /></figure>

### Cohorte Constances

- **Kab Sofiane**
  Responsable du pôle
  scientifique

ID 0000-0001-6041-9602

- **Duclos Antoine**
  Directeur associé de la
  plateforme

ID 0000-0002-8915-4203

<figure><img src="image_22.png" /></figure>

### NEUROSPIN / Imagerie chez l'homme en MEG

- **Bordas Raphaël**
  Doctorant

ID 0009-0006-2243-5242

- **AZIZI Leila**
  Ingénieure de recherche

ID 0000-0003-1829-3713

<figure><img src="image_23.png" /></figure>

### ECOSYS / Plateforme Biochem-Env

- **Mougin Christian**
  Directeur scientifique de la
  plateforme

ID 0000-0003-1333-9049

10H40-10H50

### Pause-café

10H50-12H10

## Table ronde

Les données de recherche - bonnes pratiques et défis : Comment les plateformes UPSaclay relèvent le pari des données ouvertes et réutilisables ?

### INTERVENANTS

**Daniel Berveiller**
Directeur de la
plateforme

ID : 0000-0001-7461-6420

ID : Station de
recherche forestière de
Barbeau / Laboratoire
Ecologie, Systématique,
Evolution (ESE)

**Nathalie Gagnaire**
Référente données
opérationnelles

ID : 0000-0003-2354-4089

ID : Ecologie
fonctionnelle et
écotoxicologie des
agroécosystèmes
(ECOSYS)

**Audrey Solgadi**
Responsable de
plateforme de
spectrométrie de masse

ID : 0000-0002-6135-0050

ID : IPSIT - Ingénierie et
Plateformes au Service
de l'Innovation
Thérapeutique

**Arnim Jenett**
Responsable de la
gestion des données
d'imagerie

ID : 0000-0003-3039-2060

ID : TEFOR Paris-Saclay
(UMS TPS)
## ANIMATEUR

### Samir Rezki

Chargé des données de recherche
en science de la vie à la DiBISO

## TABLE RONDE DYNAMIQUE

* Allez sur wooclap.com et entrez le code d'événement dans le bandeau supérieur

* Code d'événement : PAEPNB

* Ou scanner le QR code

<figure><img src="image_24.png" /></figure>

<figure><img src="image_25.png" /></figure>

12H10 - 12H30

## De la gestion à la valorisation, comment l'UPSaclay soutient ses plateformes ?

### PRESENTATION DE L'ATELIER DE LA DONNEE

Découvrez les missions et les ressources de l'Atelier de la donnée, un réseau d'experts (bibliothécaires, informaticiens, personnels d'appui, juriste, etc), chargé d'accompagner l'ensemble de la communauté scientifique de l'Université Paris-Saclay, dans la gestion et l'ouverture de leurs données de recherche.

### Samir Rezki

Chargé des données de recherche en science de la vie à la DiBISO

### PRESENTATION DE PLUG IN LABS

Découvrez le portail unique retenu par l'Université Paris-Saclay, pour la mise en valeur des compétences, expertises et technologies des laboratoires et plateformes de son territoire.

### Carlos Andres Lievano Taborda

Doctorant-conseil Plug in Labs

ID 0000-0002-2043-4987