Actes des Journées européennes de la science ouverte

Justine Fabre

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Justine Fabre. Actes des Journées européennes de la science ouverte. Académie des sciences; OpenEdition Press; EDP Sciences, 2022, 10.4000/books.oep.15822. http://hal.science/hal-04211365

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ACTES DES
JOURNÉES
EUROPÉENNES DE LA
SCIENCE OUVERTE

OPEN SCIENCE EUROPEAN
CONFERENCE - OSEC 2022
# Actes des Journées européennes de la science ouverte

## Open Science European Conference – OSEC 2022

## Open Science European Conference

DOI: 10.4000/books.oep.15822

Éditeur: OpenEdition Press, EDP Sciences, Académie des sciences

Lieu d'édition: Marseille

Année d'édition: 2022

Date de mise en ligne: 13 octobre 2022

Collection: Laboratoire d'idées

EAN électronique: 9791036525155

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https://books.openedition.org

### Édition imprimée

EAN (Édition imprimée): 9791036582707

Nombre de pages: 220

### Référence électronique

OPEN SCIENCE EUROPEAN CONFERENCE. *Actes des Journées européennes de la science ouverte: Open Science European Conference – OSEC 2022*. Nouvelle édition [en ligne]. Paris, Marseille: OpenEdition Press, 2022 (généré le 16 mai 2023). Disponible sur Internet : <http://books.openedition.org/oep/15822>. ISBN: 9791036525155. DOI: https://doi.org/10.4000/books.oep.15822.
## RÉSUMÉS

Depuis plus de vingt ans, la communauté scientifique internationale affirme son soutien à la science ouverte comme fondement d'une recherche plus collaborative, transparente, intègre et proche de la société. Cette orientation s'est notamment traduite en France par l'adoption de deux Plans nationaux pour la science ouverte, en 2018 et 2021.

Dans cette dynamique et à l'occasion de la présidence française du Conseil de l'Union européenne, la France a organisé les 4 et 5 février 2022 les Journées européennes de la science ouverte (OSEC). Cette conférence sur la transformation de l'écosystème de la recherche et de l'innovation en Europe a été l'occasion d'aborder en particulier la transparence des recherches en santé, l'avenir de l'édition scientifique et l'ouverture des codes et logiciels produits dans un contexte de recherche, mais aussi les transformations nécessaires de l'évaluation de la recherche, synthétisées dans l'Appel de Paris présenté lors de ces Journées et appelant à la création d'une coalition d'acteurs engagés pour une réforme du système actuel.

Cet événement international a été organisé avec le soutien de l'Académie des sciences, du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, du Centre national de la recherche scientifique (CNRS), de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM), du Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur (Hcéres), de l'Agence nationale de la recherche (ANR), de l'Université de Lorraine et de l'Université de Nantes.

## NOTE DE L'ÉDITEUR

L'ensemble du matériel associé à ces journées (captations vidéo, supports utilisés par les intervenants et dont sont extraites les illustrations de cet ouvrage, données complémentaires etc.) est disponible sur le site OSEC : https://osec2022.eu/fr/accueil/
ACTES DES
JOURNÉES
EUROPÉENNES DE LA
SCIENCE OUVERTE

OPEN SCIENCE EUROPEAN
CONFERENCE - OSEC 2022
# Actes des Journées européennes de la science ouverte

Open Science European Conference – OSEC 2022

Open Science European Conference

Éditeur : OpenEdition Press, EDP Sciences, Académie des sciences

Lieu d'édition : Marseille

Année d'édition : 2022

Collection : Laboratoire d'idées

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Édition imprimée

Nombre de pages : 220

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Référence électronique
## RÉSUMÉS

Depuis plus de vingt ans, la communauté scientifique internationale affirme son soutien à la science ouverte comme fondement d'une recherche plus collaborative, transparente, intègre et proche de la société. Cette orientation s'est notamment traduite en France par l'adoption de deux Plans nationaux pour la science ouverte, en 2018 et 2021.

Dans cette dynamique et à l'occasion de la présidence française du Conseil de l'Union européenne, la France a organisé les 4 et 5 février 2022 les Journées européennes de la science ouverte (OSEC). Cette conférence sur la transformation de l'écosystème de la recherche et de l'innovation en Europe a été l'occasion d'aborder en particulier la transparence des recherches en santé, l'avenir de l'édition scientifique et l'ouverture des codes et logiciels produits dans un contexte de recherche, mais aussi les transformations nécessaires de l'évaluation de la recherche, synthétisées dans l'Appel de Paris présenté lors de ces Journées et appelant à la création d'une coalition d'acteurs engagés pour une réforme du système actuel.

Cet événement international a été organisé avec le soutien de l'Académie des sciences, du ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche, du Centre national de la recherche scientifique (CNRS), de l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM), du Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur (Hcéres), de l'Agence nationale de la recherche (ANR), de l'Université de Lorraine et de l'Université de Nantes.

## NOTE DE L'ÉDITEUR

L'ensemble du matériel associé à ces journées (captations vidéo, supports utilisés par les intervenants et dont sont extraites les illustrations de cet ouvrage, données complémentaires etc.) est disponible sur le site OSEC : https://osec2022.eu/fr/accueil/
JOURNÉES
EUROPÉENNES DE LA
SCIENCE OUVERTE
Cet ouvrage a reçu le soutien de l'Académie des sciences, EDP Sciences et OpenEdition.

La conférence internationale dont il rend compte a été organisée par l'Académie des sciences, le Centre national de la recherche scientifique (CNRS), l'Institut national de la santé et de la recherche médicale (INSERM), le Haut Conseil de l'évaluation de la recherche et de l'enseignement supérieur (Hcéres), l'Agence nationale de la recherche (ANR), l'Université de Lorraine, l'Université de Nantes et le ministère de l'Enseignement supérieur et de la Recherche.

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EUROPÉENNES DE LA
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En couverture : *Toile de jute grossière*

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Conception graphique : Veronica Holguín

Suivi et coordination éditoriale : Justine Fabre (Académie des sciences) et OpenEdition Press
Mise en page grâce à Métopes. Méthodes et outils pour l'édition structurée.

Collection « Laboratoire d'idées », 2022

Cet ouvrage est en ligne en accès ouvert :

https://books.openedition.org/oep/15822

https://www.edp-open.org/books/edp-open-books/439-actes-des-journees-europeennes-de-la-science-ouverte

Texte : Licence Creative Commons Attribution – 4.0 International

https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.fr/

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ISBN papier : 979-10-365-827-07

ISBN électronique : 979-10-365-251-55
L'ensemble du matériel associé à ces journées (captations vidéo, supports utilisés par les intervenants et dont sont extraites les illustrations de cet ouvrage, données complémentaires etc.) est disponible sur le site OSEC : https://osec2022.eu/fr/accueil/
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Ouverture de la conférence
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# Premier discours inaugural

Frédérique Vidal

Ministre de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation

Qu'est-ce que la science ouverte ? C'est tout simplement la diffusion sans entrave des résultats, des méthodes et des produits de la recherche scientifique, notamment grâce au développement des technologies et des produits numériques. Pourquoi est-ce important ? Parce qu'elle favorise le progrès collectif, en permettant à la science d'intégrer des pratiques de reproductibilité et de collaboration. Aussi parce qu'elle induit une démocratisation de l'accès au savoir, en faisant sortir les publications et les méthodes scientifiques hors de leur champ traditionnel, et en exigeant davantage de transparence. Vous savez combien je suis attachée à ce que la culture scientifique, trop souvent appauvrie au sein de notre société, soit universellement partagée et puisse éclairer les décisions et les consciences des citoyens. Enfin, parce qu'elle favorise le plurilinguisme des connaissances scientifiques, qui n'est plus guère un obstacle grâce à la puissance croissante des logiciels de traduction en *deep learning* et la potentielle pluralité des éditions scientifiques. Et cette diversité, qui garantit la pluralité des modes de pensée, qui permet aussi un système d'évaluation plus juste, est le seul moyen de préserver l'intégrité scientifique et de produire une science à la hauteur des enjeux contemporains.

Ce n'est pas la première fois que nous avons voulu poser des actes politiques forts en faveur de la science ouverte en Europe, et cette conférence s'inscrit dans une lignée de jalons majeurs. Des jalons sur le plan européen d'abord, puisque dès 2012, la Commission européenne recommandait la généralisation de l'accès ouvert aux publications scientifiques¹. En 2016 était lancé l'Appel d'Amsterdam, invitant à agir pour la science ouverte dans tous les pays d'Europe². Les Journées européennes de la science ouverte que j'ai l'honneur d'inaugurer aujourd'hui, organisées dans le cadre de la présidence française de l'Union européenne, s'inscrivent dans cet héritage.

Mais nous avons aussi initié de grandes avancées à l'échelle nationale. Ensemble nous avons lancé un premier puis un deuxième Plan national pour la science ouverte en 2018³ et en 2021⁴, et les progrès sont déjà au rendez-vous. Notre Baromètre de la science ouverte⁵, qui est un outil précieux dont la dernière édition a été inaugurée la semaine dernière, affiche aujourd'hui près de 62 % d'accès ouvert, ce qui représente un progrès significatif. Pendant cette période, nous sommes parvenus à créer un Comité pour la science ouverte⁶, et un Fonds national pour la science ouverte⁷. Nous
avons intégré dans la Loi de programmation pour la recherche⁸ l'objectif d'amener à 100 % l'accès ouvert aux publications scientifiques. Nous avons également inscrit ces préoccupations dans le décret du 3 décembre 2021 sur l'intégrité scientifique⁹. Enfin, nous lancerons avant l'été la plateforme nationale des données de la recherche¹⁰, que j'avais annoncée en juillet dernier.

Sur le plan international, l'UNESCO a récemment émis une recommandation sur la science ouverte¹¹, rejoignant par beaucoup d'aspects les préoccupations que j'ai mentionnées tout à l'heure. Elle a montré que la science ouverte n'est pas affaire de convenance, n'est pas une option ou même une mode, mais bien une nécessité qui peut sauver des vies, et je souhaite ici rendre hommage à l'UNESCO et à tous les pays membres qui ont discuté les détails de ce beau texte, avec beaucoup de rigueur et toujours en faveur de l'intérêt collectif. Disposer désormais d'une recommandation mondiale sur la science ouverte confirme à bien des égards son importance universelle, et non seulement française ou européenne.

Évidemment, il reste encore beaucoup de chemin à parcourir, et c'est pour cela que des initiatives comme celles-ci sont importantes. Nous avons encore besoin d'échanger, de débattre, de trancher sur quelques sujets tels que la transparence des recherches en santé, l'évolution de l'évaluation de la recherche, ou encore la contribution essentielle des nouvelles technologies à la science ouverte. Le sujet de la santé en particulier, au milieu d'une pandémie mondiale, ne pouvait que s'imposer. Il est absolument nécessaire, à l'heure où de l'efficacité des solutions proposées peuvent dépendre des vies, d'identifier les voies d'amélioration des pratiques de communication des résultats, et le Baromètre français de la science ouverte a été un outil décisif pour évaluer la transparence des recherches en santé. Aujourd'hui encore, si le taux d'ouverture des publications en santé est supérieur à la moyenne nationale, les résultats des essais cliniques et des études observationnelles, en particulier ceux qui sont négatifs, ne sont toujours pas assez rendus publics. Ce problème n'est pas spécifiquement français, il se constate aussi à l'échelle européenne et internationale. Il nous faut nous améliorer collectivement sur ce point.

Un autre point d'amélioration possible, et je rejoins en cela la recommandation de l'UNESCO, c'est l'édition scientifique. Je soutiens fortement le principe de la bibliodiversité¹², et suis convaincue, comme beaucoup parmi vous, que la diversité éditoriale est un élément qui participe tant des libertés académiques que de la diffusion des connaissances dans la société et entre scientifiques. Le paysage éditorial pèche parfois par sa grande concentration et pourrait être plus divers et plus équilibré, et nous devons travailler en ce sens afin que chacun puisse trouver sa place.
Je voudrais aussi évoquer avec vous la réforme de l'évaluation de la recherche, une évaluation davantage recentrée sur la qualité, l'impact concret, que sur la quantité ou le support des publications. Avec l'Appel de Paris lancé aujourd'hui¹³, nous engagons dans le cadre de la présidence française de l'Union européenne la communauté scientifique à réfléchir à un mode d'évaluation de la recherche plus juste, plus pertinent, favorisant davantage la qualité des travaux de recherche. La recommandation de la Commission européenne vers une réforme du système d'évaluation de la recherche, publiée en novembre dernier¹⁴, va d'ailleurs aussi dans ce sens.

Enfin, cette diversité des activités de recherche qui nous est chère n'est rendue possible que grâce au rôle fondamental des technologies numériques dans le partage des connaissances pour tous. Pour cette raison, nous avons voulu mettre l'accent dans cette conférence sur des logiciels de recherche qui sont des contributions de première classe à la recherche, à la découverte, et à la connaissance, et nous avons tenu à récompenser leurs acteurs. Ainsi, la directrice générale de la Recherche et de l'Innovation, Madame Claire Giry, remettra demain en mon nom les six premiers prix science ouverte du logiciel libre de la recherche. Sans bien sûr dévoiler à l'avance les noms des lauréats, je voudrais leur rendre hommage et dire le privilège qui est le nôtre d'avoir dans nos universités, dans nos organismes de recherche, de tels talents qui ont choisi de développer leurs logiciels sous licence libre afin qu'ils puissent être utilisés, modifiés, améliorés par tous. C'était une contribution essentielle au patrimoine numérique de l'humanité.

Je vous souhaite donc collectivement pour ces jeux journées de pouvoir vous sensibiliser, repenser, trouver des solutions innovantes pour une science plus ouverte et plus universellement partagée. C'est l'avenir de la recherche européenne et mondiale, le seul qui pourra mettre cette recherche à la hauteur des défis qui nous attendent.

## Références

1. Commission européenne, « Recommandation de la Commission du 17 juillet 2012 relative à l'accès aux informations scientifiques et à leur conservation », Pub. L. No. 2012/417/EU (2012), http://data.europa.eu/eli/reco/2012/417/oj.

2. Gouvernement des Pays-Bas, « Amsterdam Call for Action on Open Science », 4 avril 2016, https://www.openaccess.nl/sites/www.openaccess.nl/files/documents/amsterdam-call-for-action-on-open-science.pdf.

3. Ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation « Plan national pour la science ouverte », *Ouvrir la Science* (blog), 4 juillet 2018, https://www.ouvrirlascience.fr/plan-national-pour-la-science-ouverte/.
4. Ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation, « Deuxième Plan national pour la science ouverte », *Ouvrir la Science* (blog), 29 juin 2021, https://www.ouvirlascience.fr/deuxième-plan-national-pour-la-science-ouverte.

5. Ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation, « Baromètre de la science ouverte », enseignementsup-recherche.gouv.fr, 28 janvier 2022, https://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/fr/barometre-de-la-science-ouverte-83405.

6. « Le Comité pour la science ouverte », *Ouvrir la Science* (blog), consulté le 16 mars 2022, https://www.ouvirlascience.fr/le-comité-pour-la-science-ouverte/.

7. « Le Fonds national pour la science ouverte », consulté le 16 mars 2022, https://www.ouvirlascience.fr/le-fonds-national-pour-la-science-ouverte/.

8. « Loi n° 2020-1674 du 24 décembre 2020 de programmation de la recherche pour les années 2021 à 2030 et portant diverses dispositions relatives à la recherche et à l'enseignement supérieur », Pub. L. No. 2020-1674 (2020), https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTEXT000042738027/.

9. « Décret n° 2021-1572 du 3 décembre 2021 relatif au respect des exigences de l'intégrité scientifique par les établissements publics contribuant au service public de la recherche et les fondations reconnues d'utilité publique ayant pour activité principale la recherche publique », Pub. L. No. 2021-1572 (2021), https://www.legifrance.gouv.fr/jorf/id/JORFTEXT000044411360.

10. « Recherche Data Gouv : plateforme nationale fédérée des données de la recherche », consulté le 24 mars 2022, https://www.ouvirlascience.fr/recherche-data-gouv-plateforme-nationale-féderee-des-donnees-de-la-recherche.

11. UNESCO, « Recommandation de l'UNESCO sur une science ouverte », 24 novembre 2021, https://unesdoc.unesco.org/ark:/48223/pf0000379949.

12. Voir aussi « Appel de Jussieu pour la science ouverte et la bibliodiversité », 10 octobre 2017, https://jussieucall.org/jussieu-call/.

13. Comité pour la science ouverte, « Appel de Paris sur l'évaluation de la recherche », OSEC 2022 (blog), février 2022, https://osec2022.eu/paris-call/.

14. Commission européenne, *Towards a Reform of the Research Assessment System: Scoping Report* (LU: Publications Office of the European Union, 2021), https://data.europa.eu/doi/10.2777/707440.
# Deuxième discours inaugural

Mariya Gabriel

Commissaire européenne à l'innovation,
la recherche, la culture, l'éducation et la jeunesse

Cette conférence sur la science ouverte couvre de nombreux aspects d'importance
stratégique pour la construction de l'avenir de l'Europe, un avenir fondé sur la
connaissance, qui offre aux jeunes générations davantage de possibilités d'exprimer
leur talent dans des carrières de recherche attrayantes, aussi bien dans les universi-
tés que dans les centres de recherche et l'industrie. Certaines sessions seront consa-
crées au débat sur l'évaluation de la recherche et des performances des chercheurs,
qui affecte leurs comportements. Ce débat est opportun et justifié.

La plupart des chercheurs ont l'habitude d'effectuer des mesures dans leur labora-
toire, lorsqu'ils collectent et traitent des données. Les scientifiques doivent réaliser
ces mesures avec précision pour produire des résultats robustes et reproductibles. Le
lauréat du prix Nobel Richard Feynman a commencé l'une de ses célèbres conférences
en interpellant ses étudiants sur la complexité introduite au fil des siècles par l'utilisation
de différentes unités de mesure. La mesure de la recherche et des performances
des chercheurs est d'une nature différente et plus complexe à bien des égards. Elle a
un impact direct sur les personnes, et une dimension politique de grande portée pour
l'espace européen de la recherche. Il est donc nécessaire de garantir l'objectivité et
l'équité comme principes directeurs, et nous pouvons mettre les méthodes d'évaluation
de la recherche au service d'objectifs politiques plus larges, en tenant compte
du fait que nous vivons une époque de changement, y compris dans les méthodes
scientifiques et la perception publique du rôle de la science.

Les processus de recherche sont en constante évolution, accélérée par la pandémie
actuelle et par la transition vers une économie résiliente, verte et numérique, et vers
une société inclusive. La diversité des activités qui font un usage accru des technolo-
gies de pointe nous place dans une situation où les résultats de la recherche sont
plus riches et ne se limitent pas à la production puis au décompte des publications.
La science moderne produit d'autres résultats, en grande partie digitaux, tels que
des ensembles de données, des algorithmes et logiciels, ou des protocoles, et elle
forme des personnes hautement qualifiées par le biais d'une formation et d'un enca-
drement spécialisés. Les collaborations multidisciplinaires sont nécessaires pour
répondre à de nouvelles questions scientifiques découlant d'une complexité accrue,
ce qui constitue un autre aspect de cette évolution. De plus en plus de chercheurs de domaines différents, de la biologie et la physique à l'économie, l'anthropologie ou les sciences humaines, travaillent ensemble, à la frontière entre les disciplines.

Ce genre de changements nous invite à remettre en question le système traditionnel de récompenses et d'incitations à la recherche, et il serait bon de bénéficier du retour de chacun sur des questions telles que celle de savoir si les chercheurs sont trop dépendants des publications, ne reflétant pas la raison d'être plus large et plus profonde de la mission scientifique, qui inclut la diffusion des connaissances et la formation des nouvelles générations. Existe-t-il une concurrence malsaine et disproportionnée entre chercheurs ? Nous dirigeons-nous vers un cercle vicieux, dans lequel plus de publications se traduisent par plus de financement, tout en pénalisant l'examen critique de leur teneur scientifique et en limitant l'accès des nouveaux venus aux carrières scientifiques ? Risquons-nous de manquer de rigueur, en empêchant un examen par les pairs pleinement opérationnel au profit de la commodité, et sommes-nous en train de sous-évaluer les résultats de la recherche autres que les publications et d'affaiblir la capacité et la volonté des chercheurs de collaborer ?

Ces questions existent depuis un certain temps, mais nous avons maintenant l'opportunité d'agir, grâce à la signature par les États membres du Pacte pour la recherche et l'innovation en Europe et la récente stratégie européenne pour les universités. L'occasion nous est donnée d'approfondir le débat et de commencer à agir au-delà des aspects culturels et méthodologiques. L'ouverture de la science et de l'innovation aux citoyens nécessite des infrastructures adéquates, telles que l'European Open Science Cloud, ainsi que de nouveaux ensembles de compétences pour les chercheurs et les organismes universitaires et de recherche. Nous avons des progrès à faire dans la conception d'un système d'évaluation des chercheurs, projets de recherche et institutions de recherche, plus favorable. Un système d'évaluation qui intègre des valeurs telles que l'éthique et l'intégrité, qui suppose l'excellence et qui ouvre de nouvelles possibilités à la communauté des chercheurs par le biais de collaborations.

Pour attirer davantage de personnes dans le monde de la science, en particulier les femmes et les jeunes, nous devons accroître la confiance des citoyens dans la science et trouver un bon équilibre entre la recherche motivée par la curiosité et la recherche plus appliquée. 2022 est l'Année européenne de la jeunesse. Nous devons éviter de mettre les jeunes générations dans une position vulnérable. Toute réforme des systèmes d'évaluation devrait avoir un impact positif sur la qualité de la recherche, améliorer l'attrait des carrières des chercheurs et rendre ces carrières plus accessibles.
L'une des actions incluses dans le premier agenda politique de l'espace européen de la recherche pour les trois prochaines années 2022-2024, est de progresser vers une réforme du système d'évaluation de la recherche, des chercheurs et des institutions, afin d'améliorer leur qualité, leurs performances et leur impact. Nous avons consulté divers acteurs en 2021, notamment des organismes représentant les chercheurs, des financeurs publics, des financeurs privés, des universités, des centres de recherche, des académies, des agences d'évaluation nationales et des décideurs politiques, et nous avons reçu un fort soutien en faveur de l'objectif consistant à garantir une combinaison d'indicateurs qualitatifs et quantitatifs pour évaluer la recherche et les chercheurs, sans renoncer à l'objectivité et à l'examen par les pairs.

La Commission européenne a commencé à fédérer plus de 150 organisations européennes intéressées par ce travail. Notre objectif est de progresser cette année sur la mise au point de principes d'évaluation communs, et de s'engager sur des délais concrets de mise en œuvre. Après cette phase initiale, le travail se poursuivra pour actualiser les critères d'évaluation et processus associés. Il est à espérer que les Universités Européennes, par exemple, apporteront leur contribution et testeront les réformes proposées sur le terrain.

Il est clair que ces transformations nécessiteront des changements systémiques et culturels et que nous ne pouvons dissocier ce travail de ce qui se passe dans le reste du monde étant donné les liens très forts qui unissent les chercheurs au niveau international. Je demande à tous les acteurs de la recherche de s'associer étroitement à la conception et à la mise en œuvre des changements proposés, et de se les approprier. Une bonne coordination des efforts sera cruciale. J'attends des résultats concrets et me réjouis de travailler avec vous, car nous partageons l'objectif commun de faire de la science un exemple de transparence, d'ouverture, d'intégrité et d'opportunité. Nous aspirons tous à une culture scientifique inclusive qui imprègne notre société par l'éducation et diffuse les connaissances et nos valeurs.
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# Troisième discours inaugural

Shamila Nair-Bedouelle

Sous-directrice générale pour le Secteur des sciences exactes et naturelles de
l'Unesco

L'édition parisienne des Journées européennes de la science ouverte intervient à un moment critique pour la science. Jamais auparavant la nécessité d'un accès universel à la science n'a semblé aussi évidente que pendant la pandémie actuelle. L'accès rapide à la science s'est avéré essentiel pour concevoir une réponse efficace à la COVID-19.

Plus généralement, nous savons que l'accès en temps voulu à la science est un facteur vital pour faire face à la myriade de problèmes environnementaux et médicaux auxquels le monde est confronté aujourd'hui. En réalité, l'accès à la connaissance scientifique et aux avantages qu'elle procure est un droit, consacré par l'article 27 de la Déclaration universelle des droits de l'homme. C'est aussi une question d'égalité, non seulement d'égalité entre les pays et au sein des pays, mais aussi d'égalité entre hommes et femmes. Pourtant, des fractures inexcusables subsistent. Nous sommes confrontés à une fracture numérique, une fracture technologique, une fracture du savoir, une fracture de la connaissance entre les pays et en leur sein même. Alors que les pays réclament avec une insistance toujours plus grande que ces fossés soient comblés, le passage à la science ouverte n'a jamais été aussi urgent. En effet, la science ouverte est l'un des outils de transformation à notre disposition pour réduire les inégalités en matière de science, de technologie et d'innovation, pour réaliser le droit humain à la science et pour progresser plus vite vers les objectifs de développement durable fixés par les Nations unies. La science ouverte améliore non seulement la qualité et l'efficacité du processus scientifique, mais elle rend ce processus plus transparent, plus inclusif et plus démocratique.

C'est en reconnaissance de ce pouvoir transformateur de la science ouverte que les 193 États membres de l'Unesco ont adopté le premier instrument normatif international sur la science ouverte en novembre 2021¹. Cette Recommandation de l'Unesco sur la Science Ouverte a vu le jour après deux ans de discussions entre des scientifiques, des bibliothécaires, des experts en données, des jeunes chercheurs, des codeurs, des éditeurs, des ingénieurs, des innovateurs, des décideurs et des populations autochtones du monde entier, qui ont travaillé main dans la main dans un véritable esprit de compromis pour élaborer un cadre international novateur
pour la science ouverte. Cette Recommandation tient compte des défis spécifiques auxquels les scientifiques et les autres acteurs sont confrontés dans les pays en développement, notamment en ce qui concerne l'adoption de la science ouverte, et cette recommandation fournit la première définition de la science ouverte convenue au niveau international. Elle propose des objectifs clés pour les facilitateurs de la science ouverte, mais tient compte du fait que la science ouverte ne saurait être mise en œuvre de manière juste et équitable dans le monde entier avec une stratégie unique.

S'appuyant sur les quatre piliers de la science ouverte, à savoir l'ouverture de la connaissance scientifique, l'ouverture des infrastructures scientifiques, l'engagement des acteurs sociétaux en faveur de la science ouverte et l'ouverture du dialogue avec d'autres systèmes de connaissance, cette Recommandation de l'Unesco sur la Science Ouverte, la toute première, définit la science ouverte par les différents mouvements et pratiques ayant pour objectif de rendre les connaissances scientifiques multilingues librement accessibles. Ils visent également à stimuler la collaboration scientifique et le partage de l'information au profit de la science et de la société, afin que personne ne soit laissé pour compte. Enfin, ils étendent les processus de connaissance, de création, d'évaluation et de communication scientifiques aux acteurs sociétaux qui opèrent au-delà de la communauté scientifique traditionnelle.

Pour la première fois dans l'histoire, nous disposons d'un texte qui présente un ensemble de valeurs et de principes partagés pour rendre la science ouverte opérationnelle. Cette Recommandation propose des approches innovantes à différentes étapes du cycle scientifique, et appelle donc à supprimer les obstacles à la science ouverte, en particulier ceux liés aux systèmes d'évaluation de la recherche et des carrières.

À l'Unesco, nous sommes convaincus que cette Recommandation permettra à la science ouverte de ne pas reproduire les erreurs des systèmes scientifiques fermés traditionnels, et de faire la différence pour la société tout entière. Nous sommes conscients des défis auxquels nos États membres seront confrontés dans la mise en œuvre de cette Recommandation, tels que la nécessité de comprendre pleinement les différents enjeux et avantages de la science ouverte pour tous ses différents acteurs, ainsi que de comprendre comment les pays peuvent développer des politiques, des stratégies, des infrastructures, des cadres de financement et de suivi appropriés pour la science ouverte, mais aussi financer et fournir des incitations à sa mise en œuvre.
La transition vers le modèle mondial de science ouverte ne fait que commencer. Les pays et scientifiques du monde entier auront besoin de soutien, de votre soutien, et de conseils à chaque étape du processus. La science est la plus grande entreprise de l'humanité et nous devons défendre un humanisme scientifique. Le rôle de l'Unesco et de ses programmes scientifiques internationaux et intergouvernementaux a consisté au cours des 75 dernières années à promouvoir l'accès aux bénéfices de la science et de la technologie afin de s'assurer que personne n'est laissé de côté, en vue d'un monde plus pacifique. Louis Pasteur, l'un de nos plus grands scientifiques de tous les temps, a déclaré : « La science n'a pas de patrie, car la connaissance est la patrie de l'humanité. » Ces conférences représentent une initiative d'une importance capitale dans ce sens.

Références

1. Unesco, « UNESCO Recommendation on Open Science », 2021, https://unesdoc.unesco.org/ark:/48223/pf0000379949.
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# Quatrième discours inaugural

Antoine Petit

Président-directeur général du Centre national de la recherche scientifique - CNRS

Cette conférence est la première d'une série d'événements qui vont être organisés par la France, dans le cadre de la présidence française de l'Union européenne, sur la recherche scientifique et l'innovation. Le Centre national de la recherche scientifique (CNRS), premier acteur de la recherche en Europe, se mobilisera durant ces six mois en organisant et en contribuant à de nombreux événements qui permettront de débattre et questionner cette Europe de la recherche scientifique et de l'innovation. Cette première journée pour la science ouverte s'illustre déjà par son nombre de participants, plus de 2 000, ce qui démontre l'importance de ce sujet. C'est une révolution nécessaire pour la recherche, dans laquelle le CNRS est inscrit de manière particulièrement volontariste. En novembre 2018, notre feuille de route pour la SO¹, mais aussi un an plus tard un plan pour les données de la recherche².

Les thèmes qui seront développés aujourd'hui sont particulièrement importants pour le CNRS, et je souhaite remercier les personnels du CNRS qui se sont impliqués dans l'organisation de cet événement. Les orateurs de ces journées viennent des quatre coins du monde, car cette question de la science ouverte ne peut s'appréhender correctement que dans une logique internationale.

Quelques actions phares du CNRS au service de la science ouverte :

- 100% des publications issues des unités du CNRS doivent être en accès ouvert. Grâce à l'implication des communautés scientifiques, cette action est petit à petit en train d'être réalisée. Un peu moins de 50 % de ces 45 000 publications étaient en accès ouvert en 2017. Aujourd'hui, c'est le cas pour presque 80 % d'entre elles, avec une progression particulière de 10 % en 2021, résultat d'une forte politique en faveur de l'archive ouverte nationale HAL³. Depuis 2019 en effet, chercheurs et chercheuses du CNRS se trouvent dans l'obligation de déposer leurs publications dans cette archive ouverte. Cette mesure a aussi eu un effet exemplaire si l'on en juge les derniers chiffres du Baromètre français pour la science ouverte⁴, déployé par les services du MESRI, qui fait état d'une progression de 10 points, avec un taux de 62 % des publications françaises en libre accès. Cela montre que l'ouverture de la science à toutes et à tous est possible.
Le CNRS soutient dans le même temps de nombreux modèles d'édition, tels que le modèle Diamant, qui sera au cœur des discussions de la conférence, avec des plateformes de grande qualité comme le centre Mersenne⁵, développé à Grenoble, OpenEdition⁶, essentiellement dans le domaine des SHS, ainsi que des épi-revues⁷, adossées aux archives ouvertes : à partir de manuscrits déposés dans HAL et examinés par les pairs, on sélectionne l'article pour une épi-revue. La montée en puissance de ces modèles d'édition est absolument indispensable.

Il faut néanmoins être vigilant : ces modèles doivent avoir un coût raisonnable, et être financés de façon centrale par la communauté académique : c'est ce qui va être discuté dans la session sur l'édition scientifique, qui démontrera qu'il y a une alternative au modèle dit Gold de publication avec paiement des frais de publication directement par les auteurs aux éditeurs. Ce modèle n'est pas soutenable, ni financièrement ni éthiquement. Publier en libre accès n'est pas synonyme de paiement de frais de publication, et le CNRS compte aller plus loin pour contrer la dérive que sont ces frais supplémentaires imposés par les éditeurs.

Afin de modifier profondément et durablement le paysage de l'édition scientifique, une étape indispensable est celle de la modification de nos pratiques d'évaluation individuelle. Le CNRS s'y attache dans un travail de longue haleine, qui suppose de convaincre les communautés de ne plus se fier systématiquement à des critères bibliométriques quantitatifs tels que le facteur d'impact des revues ou le h-index. Il est nécessaire de changer collectivement nos pratiques, et nos institutions, universités, organismes de recherche, agences de financement ou agences de moyens, doivent être volontaristes. C'est au prix de cet effort collectif que nous convaincrons les scientifiques de ne plus s'attacher à publier le plus possible et uniquement dans des revues à fort impact. Pour cela, au-delà de la DORA⁸, signée en 2018, le CNRS a proposé de nouveaux critères plus qualitatifs, qui visent à ne plus s'en remettre au classement des revues, et à mettre en avant le fait que nous avons besoin de scientifiques avec des profils diversifiés. Celles et ceux qui sont des champions en innovation, en interaction avec la société, en science ouverte, méritent également toute l'attention du CNRS, et une évaluation qui tienne compte de l'ensemble des métiers des chercheurs et chercheuses.

Pour que les pratiques d'évaluation individuelle évoluent, il est nécessaire d'avoir un consensus, et je salue l'effervescence actuelle autour des enjeux de l'évaluation, que ce soit au niveau national ou européen. Un texte intitulé Appel de Paris sur l'évaluation de la recherche scientifique⁹ a été préparé par le Comité pour la science ouverte et publié sur le site de la conférence OSEC. Cela fait suite à un texte proposé par la Commission européenne en décembre 2021¹⁰.
Le CNRS se veut partie prenante de la réflexion engagée par la communauté européenne. Ce sujet de l'évaluation est un autre sujet phare des journées OSEC, dans une conférence dédiée avec beaucoup d'intervenants d'horizons très différents.

Comme en témoigne cette conférence aujourd'hui, les enjeux de la science ouverte dépassent le périmètre national, et même le périmètre européen. Mais il revient particulièrement aux communautés européennes d'avoir un rôle d'exemple, et d'échanger davantage, de façon à faire valoir collectivement leur intérêt auprès des décideurs et auprès des acteurs de la recherche et de l'innovation.

C'est dans cet esprit que le CNRS a formé il y a quelques années le G6, un club informel européen qui réunit, outre le CNRS, le CNR italien¹¹, le CSIC¹² espagnol et la Max-Planck Society¹³, la Helmholtz Association¹⁴ et la Leibniz Association¹⁵ en Allemagne. Ce réseau rassemble quelque 135 000 personnels d'une recherche multidisciplinaire, et a pour objectif de faire valoir les intérêts des communautés de recherche auprès des décideurs européens à Bruxelles. La science ouverte et l'évaluation de la recherche sont un dossier important pour le G6, qui a récemment fait une déclaration en faveur de l'open science pour rappeler sa position commune et mettre l'accent sur six priorités qui permettront d'accélérer le mouvement en faveur de la science ouverte, et par conséquent l'excellence de la recherche :

1. L'accès ouvert aux publications scientifiques comme devant être le mode de publication académique par défaut ;

2. Les données de la recherche « ouvertes autant que possible, fermées autant que nécessaire », en accord avec les principes FAIR ;

3. L'extension des principes de la science ouverte aux logiciels de la recherche ;

4. De nouvelles procédures et des critères d'évaluation compatibles avec les principes de la science ouverte ;

5. Le développement de nouvelles compétences avec des formations adaptées ;

6. Des infrastructures et services appropriés et disponibles au sein de l'Europe et au niveau international.

Certaines de ces priorités sont au cœur des thèmes qui seront développés au cours de ces prochaines journées.
Références

1. « Feuille de route science ouverte du CNRS » (Centre national pour la recherche scientifique, 18 novembre 2019), https://www.science-ouverte.cnrs.fr/wp-content/uploads/2019/11/Plaquette_Science-Ouverte_18112019.pdf.

2. « Plan Données de la recherche du CNRS », novembre 2020, https://www.cnrs.fr/sites/default/files/pdf/Plaquette_PlanDDOR_Nov20.pdf.

3. « HAL Science Ouverte », consulté le 16 mars 2022, https://hal.archives-ouvertes.fr/.

4. Ministère de l'Enseignement supérieur, de la Recherche et de l'Innovation, « Baromètre de la science ouverte », enseignementsup-recherche.gouv.fr, 28 janvier 2022, https://www.enseignementsup-recherche.gouv.fr/fr/barometre-de-la-science-ouverte-83405.

5. « Centre Mersenne pour l'édition scientifique ouverte », consulté le 16 mars 2022, https://www.centre-mersenne.org/.

6. « OpenEdition », consulté le 16 mars 2022, https://www.openedition.org/.

7. « Épisciences », consulté le 16 mars 2022, https://www.episciences.org/.

8. American Society for Cell Biology, « Declaration on Research Assessment (DORA) », DORA, 2012, https://sfdora.org/.

9. French Open Science Committee, « Paris Call on Research Assessment », OSEC 2022 (blog), février 2022, https://osec2022.eu/paris-call/.

10. Commission européenne, *Towards a Reform of the Research Assessment System: Scoping Report* (LU: Publications Office of the European Union, 2021), https://data.europa.eu/doi/10.2777/707440.

11. « Consiglio Nazionale delle Ricerche », consulté le 16 mars 2022, https://www.cnr.it/.

12. « Consejo Superior de Investigaciones Científicas », consulté le 16 mars 2022, https://www.csic.es.

13. « Max-Planck-Gesellschaft », consulté le 16 mars 2022, https://www.mpg.de.

14. « Helmholtz Gemeinschaft », consulté le 16 mars 2022, https://www.helmholtz.de.

15. « Leibniz Gemeinschaft », consulté le 16 mars 2022, https://www.leibniz-gemeinschaft.de/.
# Cinquième discours inaugural

Patrick Flandrin
Président de l'Académie des sciences

Lorsque le projet d'organiser la conférence OSEC 2022 a été lancé, c'est avec enthousiasme que l'Académie des sciences a offert de l'accueillir au sein du Palais de l'Institut de France, dans son très bel auditorium André et Liliane Bettencourt. Nous avons longtemps espéré que cela soit possible, avec à la clé sa promesse d'échanges directs et de rencontres informelles. La prolongation de la pandémie de COVID-19 en a malheureusement décidé autrement et il a fallu nous résoudre à passer de présence à distance.

C'est évidemment avec regret que nous avons dû renoncer à nous rencontrer « dans la vraie vie » mais, pour voir le bon côté des choses, on peut se dire que, ce que nous perdons en convivialité, nous le gagnons en une participation plus grande que ce que permet notre capacité d'accueil sur place... Les chiffres des inscriptions – dépassant les 2 000 – sont éloquents à cet égard, soulignant si cela était encore nécessaire le grand intérêt que la communauté scientifique porte à l'ouverture de la science. Présence ou distance, l'Académie des sciences est heureuse et fière d'être co-organisatrice de l'événement qui nous rassemble durant ces deux journées et, en son nom, il m'est particulièrement agréable de vous souhaiter, à toutes et à tous, la bienvenue pour ce moment de partage !

Lorsque l'on parle de science ouverte, il y a de fait un long compagnonnage entre nombre de principes qui la sous-tendent et l'Académie des sciences. Depuis 2009, l'Académie s'est attachée à réfléchir d'une manière très générale aux questions touchant aux publications scientifiques. Sous l'impulsion en particulier de Jean-François Bach et de Denis Jérôme, elle a rendu en ce sens plusieurs avis et rapports, tant pour les conditions d'accès à la production scientifique¹ que pour les pratiques de publication et d'évaluation de la recherche².

Concernant l'accès tout d'abord, la science ouverte ambitionne de rendre « accessibles autant que possible et fermés autant que nécessaire » les produits et résultats de la recherche issus en majorité de fonds publics, afin de démocratiser les savoirs et de partager avec le plus grand nombre les avancées de la science. Cette volonté, rendue possible par les progrès du numérique, a été clairement affichée par l'Académie des sciences en 2018, dans un communiqué affirmant son soutien à l'accès gratuit
et universel aux publications scientifiques³. Elle a été renouvelée ensuite à l'occasion d'un colloque international sur la Prospective en science ouverte qu'elle a organisé au printemps 2019⁴, colloque au cours duquel ont pu être appréciées la diversité des coutumes disciplinaires et sa nécessaire prise en compte pour toute mise en place des principes d'ouverture.

Pouvoir accéder le plus librement possible au plus grand nombre de produits de la recherche est une chose, mais la production scientifique ne cesse de croître. On peut s'en réjouir pour l'accroissement de connaissances que cela représente, mais aussi s'en inquiéter pour la prolifération d'informations en tous genres que cela engendre, sous lesquelles on peut vite être submergé. Nul aujourd'hui ne peut plus espérer tout lire de ce qui s'écrit dans son domaine !

Comme dans toute jungle, il faut pour trouver son chemin avoir quelques repères aidant à démêler l'essentiel du superflu, à extraire l'information utile du bruit. Pour ce faire, la tentation est alors grande de s'en remettre à des indicateurs purement quantitatifs : combien de publications ? dans quels journaux ? combien de citations ? Si de tels critères peuvent avoir leur utilité, l'Académie des sciences a affiché à plusieurs reprises ses réserves quant à une approche trop comptable de l'évaluation, soulignant que, plus que quantitative, l'évaluation se doit d'être qualitative, de se baser sur la qualité intrinsèque de ce qui est au cœur du travail et non sur des chiffres issus de métriques réductrices et impersonnelles : l'excellence ne se lit pas dans un tableau Excel et il appartient aux chercheurs de se réapproprier l'activité d'évaluation !

Cette approche est exigeante pour les évaluateurs, mais elle devrait prévaloir de façon générale dans l'écosystème de l'enseignement supérieur et de la recherche. Privilégier le qualitatif sur le quantitatif est non seulement vertueux, c'est aussi un ressort essentiel pour inciter à publier moins mieux, au plus grand bénéfice de tous. C'est une position que l'Académie des sciences défend sans relâche, confiante en ce que des évolutions positives en ce sens sont possibles, et c'est en ce sens qu'elle a signé DORA, la déclaration de San Francisco sur l'évaluation de la recherche⁵.

Divers obstacles freinent néanmoins l'évolution de ce mouvement vertueux, ce qui s'explique pour partie par les coûts de diffusion très élevés du savoir scientifique et la préférence donnée à certaines revues fermées jugées très prestigieuses pour la valoration des carrières et des travaux de chercheurs. Pour passer cet obstacle, l'Académie insiste, dans un avis très récent qu'elle vient de diffuser⁶, sur la nécessaire évolution des pratiques de publication et des modes d'évaluation de la recherche. Elle préconise notamment d'améliorer le système de publication des produits de la
recherche et de favoriser la bibliodiversité, et reconnaît que la visibilité des résultats d'une recherche validée sur des serveurs institutionnels doit être prise en compte équitablement par les comités d'évaluation. À ce titre, il est naturel qu'elle accorde ses propres pratiques à ses recommandations. Ainsi, les *Comptes Rendus* de l'Académie des sciences, publication historique fondée par Arago en 1835, est depuis plus de deux ans accessible en ligne selon la formule du libre accès Diamant, qui rend disponibles en permanence tous les articles dans le monde entier, sans aucune charge financière, ni pour les lecteurs ni pour les auteurs. Cela n'est bien sûr possible que grâce à des soutiens institutionnels et j'en remercie le CNRS via le centre Mersenne⁷⁸.

Ouvrir la science et en faire l'ordinaire des pratiques scientifiques de demain est l'affaire de toutes et de tous, et en particulier des jeunes générations. Il faut sensibiliser le plus grand nombre des chercheurs aux avantages et aux modalités de la science ouverte et de l'évaluation dès les études doctorales. Former les étudiants à l'évaluation et à l'intégrité scientifique, et plus particulièrement encourager l'introduction de modules d'enseignement sur ces sujets dans toutes les écoles doctorales est primordial.

Les présentations et tables rondes de ces deux jours seront autant de témoignages sur ce qui existe que d'incitations à pousser plus avant les principes d'une science ouverte que nous appelons de nos vœux.

## Références

1. Jean-François Bach et Denis Jérôme, « Les nouveaux enjeux de l'édition scientifique », 24 juin 2014, https://www.academie-sciences.fr/pdf/rapport/rads_241014.pdf.

2. Académie des sciences, « L'évaluation individuelle des enseignants-chercheurs et des chercheurs en sciences exactes et expérimentales », 8 juillet 2009, https://www.academie-sciences.fr/fr/Rapports-ouvrages-avis-et-recommandations-de-l-Academie/evaluation-individuelle-chercheurs-enseignants-chercheurs-en-sciences-exactes-experimentales.html ; Académie des sciences, Leopoldina Akademie, et The Royal Society, « Déclaration de trois Académies nationales – Académie des sciences, Leopoldina et Royal Society – sur les bonnes pratiques en matière d'évaluation des chercheurs et des programmes de recherche », 27 octobre 2017, http://www.academie-sciences.fr/pdf/rapport/avis111217.pdf.

3. « L'Académie des sciences soutient l'accès gratuit et universel aux publications scientifiques », 3 octobre 2018, https://www.academie-sciences.fr/fr/Communiques-de-presse/acces-aux-publications.html.

4. « Prospective en science ouverte », 2 avril 2019, https://www.academie-sciences.fr/fr/Colloques-conferences-et-debats/foresighting-openscience.html.
5. American Society for Cell Biology, « Declaration on Research Assessment (DORA) », DORA, 2012, https://sfdora.org/.

6. Académie des sciences, « L'Académie des sciences confirme son engagement pour une science ouverte et vertueuse », 27 janvier 2022, https://www.academie-sciences.fr/fr/Communiques-de-presse/engagement-pour-une-science-ouverte-et-vertueuse.html.

7. « Centre Mersenne pour l'édition scientifique ouverte », consulté le 16 mars 2022, https://www.centre-mersenne.org/.

8. Six des sept séries disciplinaires des *Comptes Rendus* de l'Académie des sciences sont publiées avec l'aide du centre Mersenne. La série *Comptes Rendus Palevol* est quant à elle publiée avec l'aide du Muséum national d'histoire naturelle, en libre accès Diamant également. https://comptes-rendus.academie-sciences.fr/
Transparence des
recherches en santé
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# Transparence des recherches en santé

Isabelle Boutron
Cochrane/Inserm/Université de Paris

Je voudrais commencer cette présentation en faisant référence à un article publié par Alessandro Liberati¹, qui était un grand épidémiologiste, très impliqué dans la collaboration Cochrane, dans lequel il a rapporté son expérience en tant que patient atteint d'un myélome multiple. Lorsqu'il a rechuté de sa maladie, il a dû prendre une décision très difficile et décider si oui ou non il allait subir une deuxième transplantation. En tant que méthodologiste, il voulait fonder cette décision sur des preuves. Il a cherché des preuves, identifiant quatre essais contrôlés randomisés terminés. Cependant, aucun d'entre eux n'a fourni de résultats entièrement publiés. Par conséquent, il a été contraint de prendre sa décision en sachant que les informations étaient non disponibles et qu'il n'était pas en mesure de prendre une décision fondée sur des preuves.

L'accès aux informations sur les essais cliniques est essentiel et constitue en fait une exigence éthique. Dans la Déclaration d'Helsinki², qui énonce les principes éthiques de la recherche médicale impliquant des sujets humains, il est clairement indiqué que chaque étude doit être enregistrée, et que les auteurs ont le devoir de rendre publics les résultats de leurs recherches et sont responsables de l'exhaustivité et de l'exactitude de leurs rapports. Une législation a également été mise en place. Aux États-Unis, la FDA exige que tous les chercheurs dont les essais sont réalisés sur au moins un site américain publient les résultats de leurs essais au plus tard un an après la fin de l'étude³. Nous avons des exigences similaires en Europe avec la nécessité de publier les résultats sommaires des essais cliniques dans le Registre des essais cliniques de l'Union Européenne⁴.

Néanmoins, avons-nous bien accès aux informations relatives aux essais cliniques ? Une étude a été réalisée pour évaluer la disponibilité publique des résultats des essais évaluant les médicaments anticancéreux aux États-Unis⁵. Tous les essais sélectionnés étaient régis par le *FDA Amendments Act* et étaient censés publier leurs résultats. Cependant, trois ans après la fin de l'étude, 69 % des essais n'avaient pas de résultats affichés sur le registre ClinicalTrials.gov et la moitié d'entre eux n'avaient pas de résultats accessibles au public, c'est-à-dire aucun résultat affiché ou publié.
Nous avons également accès aux données pour la France grâce au Baromètre français de la science ouverte⁶, dont la dernière édition a été rendue publique fin janvier 2022. Il montre que seulement 57 % des essais cliniques ayant au moins un site en France ont leurs résultats disponibles, avec quelques différences selon le promoteur : 76 % pour les essais menés par l'industrie et 31 % pour les essais menés par des universitaires.

Une initiative et des outils très importants ont été développés par Ben Goldacre et son équipe à l'université d'Oxford⁷. Ils ont mis au point le TrialsTracker⁸, qui identifie toutes les études devant publier leurs résultats sur ClinicalTrials.gov et dans le Registre des essais cliniques de l'UE, et vérifie si elles respectent effectivement la loi. Le nombre d'essais en retard, c'est-à-dire qui auraient dû publier leurs résultats mais ne l'ont pas fait, augmente avec le temps. Le respect de ces obligations, c'est-à-dire la publication des résultats un an après la fin de l'étude, a légèrement augmenté, mais reste faible et stagne actuellement à 40 %. Quant au respect de l'obligation de publier les résultats au Registre des essais cliniques de l'UE, l'équipe a évalué 7 274 essais terminés et a constaté que seuls 49 % d'entre eux ont effectivement communiqué leurs résultats, et plus précisément 68 % pour les essais financés par l'industrie et seulement 11 % pour les essais universitaires.

Quelles en sont les conséquences ? Bien sûr, en premier lieu, il est impossible d'avoir accès aux résultats, et donc de prendre des décisions fondées sur des preuves. Cependant, on sait également que le fait que les résultats soient publiés dépend des résultats obtenus, et qu'il existe de réels biais de publication. C'est ce qu'a montré Erick Turner dans un article publié dans le New England Journal of Medicine⁹. Il a identifié 74 essais cliniques portant sur des traitements antidépresseurs et soumis par l'industrie pharmaceutique à la FDA en vue de l'obtention d'une autorisation de mise sur le marché. Il a recherché systématiquement les publications relatives à ces essais et a constaté que pour un tiers des essais, il n'y avait aucune publication subsequente. Il s'est ensuite penché sur les résultats de ces essais, et a découvert que lorsque les essais étaient positifs et prouvaient que le traitement était bénéfique, 97 % des essais étaient publiés. Lorsque les résultats étaient en demi-teinte, c'est-à-dire qu'il n'était pas vraiment possible de savoir si le traitement était bénéfique ou non, seule la moitié des essais a été publiée, mais avec une conclusion qui n'était pas conforme à la décision de la FDA. Lorsque les résultats étaient négatifs, c'est-à-dire qu'il n'y avait aucune preuve que le traitement avait un quelconque effet, 68 % des essais n'ont pas été publiés.

L'auteur s'est également efforcé de procéder à une méta-analyse, résumant toutes les données, en utilisant d'abord uniquement les données relatives aux essais publiés,
puis l'ensemble des données à sa disposition, que les essais aient été publiés ou non. Le fait de cantonner la méta-analyse aux données publiées a fait augmenter de 32 % l'importance de l'effet constaté, entre 11 % et 69 % selon le médicament évalué individuellement.

Que faire ? Les méta-chercheurs essaient toujours d'inventer des solutions faciles et peu coûteuses pour améliorer la recherche. En l'occurrence, nous avons proposé d'envoyer un courriel rappelant aux participants aux essais cliniques l'obligation légale d'en publier les résultats sur ClinicalTrials.gov.

Nous avons identifié 379 essais qui répondent aux exigences de la FDA mais n'ont pas publié leurs résultats sur le Registre un an après la fin des essais¹⁰. Ces essais étaient randomisés. La moitié d'entre eux n'a reçu aucune relance de notre part, et l'autre moitié a reçu un e-mail présenté comme une enquête pour essayer de comprendre pourquoi ils n'avaient pas publié leurs résultats. Dans l'enquête, il leur était rappelé qu'il s'agissait d'une obligation légale et qu'une amende de 10 000 dollars par jour de retard pouvait être infligée. L'étude à six mois du pourcentage d'études dont les résultats étaient affichés a montré une augmentation de ce pourcentage en lien avec la réception de l'e-mail. L'effet de cette relance est faible, avec une augmentation de seulement 10 %. On peut toutefois imaginer que l'effet serait plus important si l'e-mail était envoyé par la FDA et non par une équipe de recherche française.

Lorsque les résultats sont mis à disposition par le biais d'une publication, on peut se demander si le rapport est complet. Disposons-nous de suffisamment d'informations pour être en mesure d'évaluer de manière critique les essais, d'en utiliser et d'en interpréter les résultats ? Nous disposons de lignes directrices pour la rédaction des rapports, comme la déclaration CONSORT¹¹, qui consiste en une liste d'informations essentielles devant être systématiquement mentionnées dans le rapport d'un essai contrôlé randomisé. Ces directives sont largement approuvées par les rédacteurs en chef, qui exigent leur respect dans leurs recommandations aux auteurs.

Dans quelle mesure la littérature sur ce sujet est-elle complète ? Cet aspect a été évalué dans le cadre d'une très vaste étude portant sur plus de 20 000 essais décrits dans la base des revues systématiques Cochrane¹². Lorsque nous réalisons une revue systématique Cochrane, nous essayons toujours d'évaluer la qualité méthodologique de l'étude et nous évaluons le risque de biais. Mais pour cette étude particulière, il ne nous a pas été possible d'évaluer le risque de partialité d'un grand nombre d'essais, du fait du manque d'exhaustivité des rapports. Seul point positif, les rapports s'améliorent au fil du temps.
Nous sommes actuellement en train de réaliser une vaste étude systématique, dont l'évaluation porte sur tous les essais contrôlés randomisés impliquant des traitements potentiels pour la COVID-19¹³. Il s'agit d'une revue ouverte dont nous mettons tous les résultats en ligne. Nous nous efforçons ici d'évaluer les indicateurs de transparence et l'exhaustivité des rapports des premiers essais inclus dans la revue au cours des 17 premiers mois de la pandémie. Les résultats montrent que ces indicateurs de transparence ne sont pas bien remplis. Seuls 55 % des essais ont été enregistrés de manière prospective. Le protocole et les plans d'analyse statistique n'étaient disponibles que dans 39 % et 29 % des essais respectivement. Néanmoins, 68 % ont rapporté une déclaration de partage des données. En ce qui concerne l'exhaustivité des rapports, les résultats sont également très décevants. Seul un tiers des essais a fourni un rapport complet sur le résultat primaire. 58 % ont fourni des informations essentielles relatives à la conduite de l'étude. La moitié a rapporté les résultats de manière adéquate et seulement 15 % ont rapporté de manière adéquate les dommages en termes de sécurité du traitement.

Une question se pose : quel est le rôle du processus d'examen par les pairs ? Ce processus est-il en mesure d'améliorer la transparence des essais ? Cette question a été posée dans le cadre d'une étude portant sur 93 essais contrôlés randomisés publiés¹⁴, où il a été possible d'avoir accès aux premiers manuscrits soumis, aux rapports d'évaluation par les pairs et aux articles publiés, afin de comparer l'exhaustivité des rapports avant et après le processus d'examen par les pairs. On constate une relative amélioration de certains aspects méthodologiques, tels que la génération de séquences, la dissimulation de la répartition et l'aveuglement, mais d'autres aspects n'ont pas été améliorés du tout par le processus d'examen par les pairs et, dans l'ensemble, les rapports restent très médiocres, en ne fournissant des informations sur ces points importants que dans moins de 60 % des essais.

Que faire ? Nous avons essayé de proposer quelques outils. Tout d'abord, nous avons développé un outil d'aide à la rédaction en ligne intitulé COBWEB¹⁵. Cet outil vise à guider les auteurs lorsqu'ils rédigent la première version de leur manuscrit en fournissant les éléments CONSORT, des explications sur ces éléments et des exemples de rapports adéquats. Il a été prouvé par des essais contrôlés randomisés que lorsque les auteurs utilisaient l'outil d'aide à la rédaction, ils produisaient un manuscrit plus complet que lorsqu'ils n'avaient pas accès à l'outil. Nous avons également développé un outil d'évaluation par les pairs en ligne, dédié aux chercheurs en début de carrière et associé à un programme de formation. Nous avons montré que lorsque les chercheurs en début de carrière utilisaient cet outil, ils étaient plus susceptibles de détecter des rapports inadéquats au cours du processus d'examen par les pairs que lors du processus habituel.
L'exhaustivité des rapports est importante, mais ceux-ci doivent également être précis, notamment dans leur partie « Protocole » au sein de laquelle les chercheurs doivent préciser les résultats primaires et secondaires qui seront évalués et analysés dans leurs essais. Nous nous attendrions à ce que ces résultats soient systématiquement rapportés dans les rapports publiés. Malheureusement, le biais de sélectivité dans la publication des résultats est patent¹⁶. Ainsi, dans les études ayant systématiquement comparé les résultats publiés dans le Registre, qui sont les résultats prévus dans le protocole, aux résultats rapportés dans les articles, des différences sont apparues pour un tiers des essais contrôlés randomisés, et ces différences étaient au profit des résultats statistiquement significatifs.

Enfin, certains éléments indiquent que les publications sont soumises à des « effets de spin », qui se traduisent par une manière spécifique de présenter les résultats d'une étude pouvant fausser l'interprétation de ces derniers¹⁷. Les auteurs peuvent ainsi présenter des résultats de manière à convaincre le lecteur que le traitement est plus bénéfique que ne le montrent les résultats. Les preuves de ce genre de manipulations se retrouvent assez facilement dans les essais cliniques, les études d'observation et les examens systématiques, quel que soit le type d'étude. Cette situation est problématique, car les données montrent que ces manipulations peuvent avoir un impact sur la compréhension qu'ont les lecteurs de cette littérature clinique. Ce phénomène a été évalué dans le cadre d'essais contrôlés randomisés¹⁸, où nous avons demandé à des lecteurs de lire au hasard un résumé avec « effet de spin » ou le même résumé sans « effet de spin ». Nous avons constaté que les lecteurs étaient plus susceptibles de croire qu'un traitement serait bénéfique lorsqu'ils lisaient le résumé avec spin.

Un autre sujet important est l'accès aux données individuelles des patients, tout d'abord pour pouvoir reproduire les résultats, reproduire l'analyse et vérifier si nous pouvons faire confiance aux résultats. Il est également très important de développer d'autres types de recherche et d'inclure une synthèse des travaux liés à l'essai dans la méta-analyse des données individuelles des patients. Ces types d'analyse sont très utiles, notamment pour identifier les patients les plus susceptibles de bénéficier du traitement.

Certaines revues, telles que *The BMJ* et *PLOS Medicine*, ont une politique très ferme, en ce sens qu'elles exigent le partage des données comme condition de publication des essais cliniques dans leurs revues. Une étude dirigée par Florian Naudet, publiée dans *The BMJ* en 2018¹⁹, a cherché à savoir s'il était réellement possible d'avoir accès à ces données. Il a sélectionné 37 essais contrôlés randomisés publiés, a demandé
les données individuelles des patients à tous les auteurs, mais n'a pu accéder aux données que dans la moitié des essais.

Je voudrais terminer cette présentation par une citation du professeur Doug Altman, qui était professeur de statistiques à l'université d'Oxford, fondateur du réseau EQUATOR²⁰ et l'un des grands leaders dans le domaine de la transparence et de la méta-recherche. Il a écrit que la communauté scientifique et le grand public méritent un dossier précis et complet sur la recherche. Nous devons mettre en œuvre tous les changements nécessaires pour faire en sorte que ce soit le cas.

## Pour aller plus loin

« Du point de vue de la conformité aux textes de loi, les entreprises pharmaceutiques s'en sortent mieux que les personnels académiques parce que je pense que cela fait partie de leurs processus – il y a une loi et ils doivent la suivre – et ils ont probablement plus de personnel en interne pour pouvoir le faire. D'autre part, les chercheurs n'ont pas d'incitation à se conformer à l'obligation de publier les résultats. Cela est lié au fait qu'ils n'en voient pas l'intérêt et que certains d'entre eux estiment qu'il s'agit d'exigences administratives supplémentaires. Ils vont publier leurs résultats, alors pourquoi devraient-ils aussi les diffuser ? Il faut travailler à une meilleure compréhension au sein de la communauté et, a fortiori, proposer plus d'incitations et une plus grande reconnaissance des personnes qui se conforment effectivement à cette exigence. »

« Toutes les parties prenantes ont un rôle important à jouer. Les institutions ont un rôle énorme dans la prise de décision par l'intermédiaire des critères qu'elles utiliseront pour accorder des promotions à leurs chercheurs, or actuellement la transparence et la recherche de qualité ne font pas partie des critères qu'elles utilisent. Elles doivent également mettre en place de forts soutiens au partage des données individuelles des patients, car cela n'est actuellement pas du tout bien organisé. Les financeurs ont un rôle essentiel. Certains essaient de mettre en œuvre certaines actions. Par exemple, les NIH demandent que soit ouvert l'accès à toutes les données individuelles des patients, de même qu'au Royaume-Uni, mais nous avons besoin de plus de reconnaissance et de soutien de la part des financeurs. »

« Un point important à retenir est que les chercheurs veulent pratiquer une recherche de qualité. Il existe des leviers qui les encourageront à aller dans certaines directions plus que d'autres, et c'est sur ces leviers que nous devrions agir. Nous devons être très prudents dans la manière dont nous voulons changer le système et mettre en
œuvre ces changements. La façon dont les choses sont mises en œuvre, et dont nos motivations seront comprises, va être très importante pour obtenir un résultat positif. »

Références

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13. Philipp Kapp et al., « Transparency and Reporting Characteristics of COVID-19 Randomized Controlled Trials » (medRxiv, 4 février 2022), https://doi.org/10.1101/2022.02.03.22270357.

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15. Centre de Recherche en Épidémiologie, French Equator center, « Home », COBWEB Consort-based WEB tool, consulté le 16 mars 2022, https://cobweb.clinicalepidemio.fr/.

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18. Isabelle Boutron et al., « Impact of Spin in the Abstracts of Articles Reporting Results of Randomized Controlled Trials in the Field of Cancer: The SPIIN Randomized Controlled Trial », *Journal of Clinical Oncology: Official Journal of the American Society of Clinical Oncology* 32, n° 36 (20 décembre 2014) : 4120-26, https://doi.org/10.1200/JCO.2014.56.7503.

19. Florian Naudet et al., « Data Sharing and Reanalysis of Randomized Controlled Trials in Leading Biomedical Journals with a Full Data Sharing Policy: Survey of Studies Published in The BMJ and PLOS Medicine », *BMJ (Clinical Research Ed.)* 360 (13 février 2018): k400, https://doi.org/10.1136/bmj.k400.

20. « Enhancing the QUALITY and Transparency Of Health Research », The EQUATOR Network, consulté le 16 mars 2022, https://www.equator-network.org/.
# Comment la psychologie aborde la science ouverte.
## Principes et pratiques

Ioana Cristea
University of Pavia

Je vais commencer par faire référence à une étude de 2015 qui a suscité une grande attention et qui portait sur la reproductibilité de la science psychologique¹. Cent expériences dans trois revues de psychologie de premier plan ont été sélectionnées et il a été essayé de les reproduire avec des échantillons de plus grande taille tout en suivant la procédure aussi exactement que possible. La comparaison de la taille de l'effet original et de celle de la réplication montre que la taille de l'effet original était presque toujours supérieure, même beaucoup plus dans certains cas. En moyenne, la taille de l'effet de réplication était environ la moitié de celle de l'effet original. Cela a conduit à la question de savoir si nous savons vraiment dans quelle mesure la science de la psychologie est reproductible et si certains de nos résultats clés peuvent en fait être des artefacts ou des éléments qui n'étaient pas assez robustes dès le départ.

De là sont nées deux idées principales. La première est l'idée d'une science ouverte², ce qui signifie généralement que tout doit être transparent et accessible, tant en ce qui concerne le contenu des preuves que vous avez produites que le processus par lequel vous les avez produites. Le concept de reproductibilité³ est lié à cette idée et peut s'appliquer à différents paramètres : vos méthodes sont-elles reproductibles ? Quelqu'un peut-il refaire exactement la même étude et obtenir les mêmes résultats ? Vos résultats sont-ils reproductibles ? Si je réalise une nouvelle étude et que je suis exactement vos méthodes, est-ce que je vais obtenir les mêmes résultats ou des résultats très proches ? Enfin, la question la plus difficile, vos conclusions sont-elles reproductibles ? Est-ce que je tire les mêmes conclusions si je suis la même méthodologie et que j'obtiens les mêmes résultats que vous ?

L'article explorant ces idées est un manifeste. Que devrions-nous faire pour rendre la science, et en particulier la science psychologique, plus ouverte et plus reproductible ? Tout d'abord, les auteurs ont identifié ce qu'ils appellent les menaces pour la science reproductible. Plusieurs de ces menaces sont connues depuis des années. Comment expliquer des résultats tels que le document sur la collaboration
scientifique ouverte dont j'ai parlé en début d'exposé ? Pourquoi avons-nous tant de recherches en psychologie qui ne s'avèrent pas reproductibles ?

L'une des idées étudiées depuis un certain temps est celle du biais de publication, c'est-à-dire le fait que vous réalisez plus d'expériences que vous n'en publiez et que vous en gardez quelques-unes dans ce que l'on appelle le « tiroir à dossiers ». Personne ne sait que vous avez mené ces expériences et personne ne sait quels résultats vous avez obtenus, de sorte qu'ils n'alimentent pas la littérature. Un autre phénomène très connu qui a été beaucoup étudié en psychologie est que vous regardez vos données et vous voyez quels modèles vous avez dans vos données, puis vous modifiez et trafiquez votre hypothèse de sorte que votre hypothèse soit soutenue par vos données. Vous pouvez également appliquer une sorte de filtre à vos données, en utilisant différents outils d'analyse de données, pour que les données correspondent à votre hypothèse. C'est ce qu'on appelle le p-hacking et le HARKing⁴. Il existe d'autres biais, que je n'aborderai pas en raison des contraintes de temps.

Il y a aussi le côté positif. Une série de propositions et d'initiatives ont été suggérées autour de cinq thèmes principaux : les méthodes, le rapport et la diffusion, la reproducibility, l'évaluation et les incitations. Que pourrions-nous faire pour progresser dans ce domaine ? Le reste de ma présentation portera sur certaines de ces initiatives et je présenterai toujours deux choses : tout d'abord, l'initiative et ensuite les évaluations qui examinent si elle fonctionne ou non. Il s'agit d'un point clé de ma présentation car, en tant que méta-chercheur, je souhaite que la science s'améliore, mais je veux aussi m'assurer que les initiatives et les outils que nous utilisons sont efficaces à coup sûr. Parfois, les choses semblent être une très bonne idée, mais elles se révèlent ensuite moins efficaces voire nuisibles.

La première chose dont je vais parler est bien sûr l'enregistrement. Le professeur Boutron a parlé de l'enregistrement des essais cliniques, appelé enregistrement prospectif, obligatoire dans les revues affiliées à l'International Committee of Medical Journal Editors depuis 2005. En gros, cela signifie que vous devez documenter publiquement votre protocole d'essai avant même de recruter le premier patient. Il existe une chose très similaire en psychologie⁵. Avant l'enregistrement, vous déclarez votre plan d'étude, donc votre hypothèse, vos méthodes et votre analyse, dans un registre public, quelque chose qui peut être consulté par le public, avant de commencer l'étude. La définition est très similaire. Nous utilisons juste un nom différent.

Quelle fonction cela remplirait-il ? Comme je l'ai dit précédemment, il existe deux façons de faire correspondre vos résultats et votre hypothèse. Il existe ce que l'on appelle des degrés de liberté probatoires, ce qui signifie que vous pouvez prendre
de nombreuses décisions dans l'analyse des données et ainsi faire en sorte que vos résultats correspondent à votre hypothèse. Par exemple, vous pouvez exclure des participants pour que vos résultats soient plus probants ou vous pouvez appliquer votre procédure statistique de différentes manières, etc. Vous pouvez également adapter votre hypothèse. Vous regardez vos données, vous voyez le schéma qu'elles montrent et vous dites : « En fait, c'est exactement ce que nous attendions pour telle et telle raison. »

Les déclarations préalables à l'enregistrement seraient utiles dans ces deux cas, car elles permettraient de prendre des décisions indépendantes sur ce que vous faites avec vos données avant de voir les résultats. Par conséquent, si vous voulez, par exemple, exclure un certain type de participant, vous devez le dire avant de regarder vos données, et si vous avez certaines hypothèses, vous devez les déclarer avant de regarder vos données. Cela permettrait également de calibrer la confiance, car les personnes qui viennent après, les méta-chercheurs comme moi, auraient la possibilité d'évaluer ce que vous aviez prévu initialement et ce que vous avez décidé de faire par la suite.

Bien sûr, tout cela dépend de la mesure dans laquelle vous avez complètement intégré toutes ces décisions dans votre pré-enregistrement. Les évaluations des pré-inscriptions se sont également penchées sur cette question. Je voudrais présenter deux exemples. Le premier est celui de notre groupe, qui a examiné les traitements psychologiques de la dépression dans le cadre d'essais dont l'inscription a commencé après que le mandat ait été rendu obligatoire⁶. Les résultats ont montré que seuls 40 % de ces essais étaient enregistrés de manière prospective, mais que même parmi ceux-ci, 15 % ne spécifiaient pas d'informations utiles dans l'enregistrement. Ils mentionnaient par exemple : « Nous allons mesurer la dépression », sans préciser l'échelle ou le calendrier d'évaluation, etc. Une autre évaluation s'est penchée sur le phénomène en psychologie⁷. Elle a pris des études qui avaient été vérifiées pour être préenregistrées. Elle a montré que seules deux études sur 27 ne présentaient aucune déviation, mais, plus inquiétant encore, une seule étude a divulgué toutes les déviations. Il y avait beaucoup de déviations non divulguées en termes d'analyse.

Le pré-enregistrement ne semble donc pas fonctionner très bien pour l'instant, car lorsque les auteurs le font, ceci est fait de manière sommaire, superficielle. Une solution qui a été proposée est d'avoir un ensemble particulier de publications empiriques. Il s'agirait d'évaluer et d'accepter les propositions d'étude avant que la recherche ne soit entreprise⁸. Le protocole serait soumis à un examen par les pairs et, s'il est accepté, les données seraient collectées et le rapport rédigé, qui serait alors accepté indépendamment de la nature des données si vous respectiez
le protocole. Cela devrait contribuer à réduire le biais de publication, car il n'y aurait plus de pression pour ne publier que des résultats positifs. Nous avons récemment proposé une version de ce système qui s'appliquerait à l'approbation des médicaments. Nous avons proposé que tout essai soumis pour un essai de médicament soit ensuite publié dans un rapport enregistré et que l'ensemble du processus suive les règles du rapport enregistré⁹.

<figure><img src="image_20.png" /><figcaption>Fig. 1 : Aperçu de la procédure d'approbation des médicaments enregistrés</figcaption></figure>

Source : Naudet et al., « An Open Science Pathway for Drug Marketing Authorization—Registered Drug Approval », PLOS Medicine 18, n° 8 (9 août 2021): e1003726, https://doi.org/10.1371/journal.pmed.1003726. CC BY 4.0.

Comment fonctionnent les rapports enregistrés ? Permettent-ils d'accroître la transparence ? Une première évaluation, menée en 2018¹⁰, a montré que même si leur nombre augmente, ce qui semble être le cas, c'est que dans un pourcentage important, environ un tiers, le protocole initial, donc le protocole qui a été accepté, n'est pas disponible publiquement. Cela signifie principalement que nous, les lecteurs ou les chercheurs, n'avons aucun moyen d'évaluer si effectivement la publication finale a suivi un protocole déclaré ou non, car nous n'avons pas accès à ce qui a été déclaré en premier. D'une certaine manière, cela résout un problème, à savoir que le protocole devient plus complet parce qu'il est évalué par des pairs, mais cela laisse un inconvénient dans un autre, à savoir que le protocole n'est pas public.

Une autre série d'études¹¹ a examiné une autre question importante : les rapports enregistrés sont-ils meilleurs en termes de qualité méthodologique que les rapports standards¹² ? Cette question est importante car tous ces efforts d'examen par les pairs sont consacrés à l'évaluation des protocoles. Cela augmente-t-il la tension associée à une meilleure qualité ? Il semble que oui. La comparaison entre les rapports
enregistrés et les rapports non enregistrés a montré qu'à tous les égards, en ce
qui concerne la rigueur méthodologique et la qualité des méthodes, les rapports
enregistrés semblent être meilleurs. Bien sûr, il s'agit d'une étude d'observation qui
présente de nombreuses limites, mais même avant de voir les résultats, les méthodes
sont toujours décrites comme meilleures.

Une autre étude intéressante a tenté de répondre à la question de savoir si les rap-
ports enregistrés réduisaient le biais de publication d'une manière qui, puisque vous
n'êtes plus contraint de rendre vos résultats positifs, attractifs ou intéressants, vous
conduit à publier davantage d'études où le résultat de votre hypothèse principale
n'est pas confirmé, et il semble que ce soit le cas.

Enfin, en termes d'incitations, que pouvons-nous faire pour que les chercheurs
appliquent davantage ces pratiques de science ouverte ? L'une de ces idées a pris
la forme très simple de badges¹³ qui reconnaîtraient que le chercheur a suivi les pra-
tiques de la science ouverte dans un article donné. Parmi les badges proposés, on
trouve ceux qui concernent le pré-enregistrement, l'enregistrement préalable d'un
protocole, le partage des données, le partage du matériel, etc. C'est comme au jardin
d'enfants, lorsque les enfants font quelque chose de bien, ils obtiennent un point. Il
s'agit du même principe très simple.

Les badges fonctionnent-ils ? Une première étude d'observation sur la question a montré qu'avec l'introduction des badges, le pourcentage d'articles partageant des données, qui était la variable d'intérêt de l'étude, a beaucoup augmenté. Cela semble donc indiquer que cela fonctionne. Cependant, plus tard, alors que les chercheurs ont mené un essai randomisé dans un journal qui a une politique demandant le partage des données mais ne l'impose pas – il demande de discuter si vous partagez vos données ou non et pourquoi – ils avaient deux conditions. Dans l'une, on se contenant de donner l'étendue des informations et dans l'autre, il y avait la possibilité d'obtenir ce badge de données ouvertes avec votre article. Ce résultat n'a été considéré comme atteint que si vous avez réellement partagé les données, c'est-à-dire si vous ne vous êtes pas contenté de dire qu'elles étaient disponibles sur demande ou de nous contacter pour obtenir les données, mais si vous avez réellement dit où elles se trouvaient et vérifié si vous pouviez les trouver. Les résultats ont été très décevants, car sur 160 articles, 80 dans chaque groupe, seuls deux ensembles de données ont été partagés dans chaque groupe, donc très, très peu et aucune différence¹⁴.

À ce propos, et c'est mon dernier point, l'importance de toujours évaluer les ini-
tiatives et les propositions – nous devons rendre la science plus reproductible –
et il y a un dernier exemple. Il n'a pas encore été étudié dans le cadre d'un essai
randomisé. Il s'agit d'un outil appelé *Discrepancy Review*¹⁵. Il s'agit d'une intervention d'examen par les pairs qui tenterait de réduire les divergences non divulguées entre les enregistrements et les publications. Il existe une série de directives et un examinateur distinct vérifie tous ces aspects. Ils ne feraient rien d'autre. Ils n'examinent pas le reste du document. Ils se contentent de vérifier si l'article révèle ou non des écarts par rapport à la publication finale dans le registre. Pour l'instant, l'auteur n'a réalisé qu'une étude de faisabilité, mais il s'agit d'un exemple d'outil qui pourrait être testé dans le cadre d'un futur essai randomisé.

Pour aller plus loin

« Beaucoup de travail a été accompli pour faire fonctionner ClinicalTrials.gov, mais ce qui semble être le problème crucial, c'est que même lorsque les auteurs sont mandatés pour enregistrer leur essai ou leur étude et ainsi de suite, vous devez également avoir une sorte de contrôle pour savoir si oui ou non ils donnent toutes les informations nécessaires. Par exemple, disent-ils exactement quand ils vont mesurer ce qu'ils vont mesurer ? Disent-ils comment ? Disent-ils, parmi les dix outils, lequel est le principal ? ClinicalTrials.gov s'améliore à cet égard dans le sens où les enregistrements récents sont meilleurs, mais il y a encore des problèmes. »

« En ce qui concerne le partage des données, là encore, les plateformes d'essais cliniques seraient un outil formidable, au moins pour le partage de données agrégées, où, bien qu'il ne s'agisse pas de données individuelles sur les patients, elles restent crucales pour la méta-analyse et les examens. Cependant, même là, il faut toujours garder à l'esprit qu'il ne suffit pas d'avoir un registre. Il faut une certaine forme de surveillance. Il existe de nombreux exemples, tirés de ClinicalTrials.gov, de chercheurs ou de personnes qui remplissent le dossier d'étude en fournissant des informations inadéquates, incomplètes, inutilisables, etc. Je pense que l'outil pourrait être utilisé, mais encore une fois, ce que nous devons régler, c'est le problème de savoir comment nous offrons un soutien pour la mise en œuvre et de qui. C'est la même chose pour les journaux. Qui vérifie que vous avez fait ce qui est requis ? »

« En psychologie clinique expérimentale, la première étape d'un doctorat consiste à essayer d'obtenir des résultats similaires, dans la même fourchette, que les études séminales qui vous ont inspiré. Pendant mon propre doctorat, ce n'était pas le cas. J'obtenais en fait des résultats opposés. C'est l'une des premières choses qui a attiré mon attention. J'ai commencé à chercher des explications. J'ai remarqué que beaucoup de paramètres n'étaient pas vraiment restitués dans les articles originaux que j'utilisais, il m'était donc impossible de savoir ce que je faisais mal ou différemment
parce qu'il n'y avait pas assez d'informations. Puis, en travaillant sur mes propres données, j'ai remarqué qu'il existait de nombreuses possibilités en termes de choix d'analyse des données, des choix justifiés, qui ne consistent pas à dire « ces participants ont l'air mauvais, je vais les exclure », mais à exclure certaines valeurs aberrantes. Il existe plusieurs méthodes possibles. Si vous en choisissez une pour réaliser votre étude, les résultats de l'analyse sembleront plus significatifs sur le plan statistique. Il y a tellement de choses en notre pouvoir pour changer l'apparence des résultats... Bien sûr, mon travail s'effectuait à très petite échelle, mais j'ai commencé à me demander combien des articles que nous lisons sont en fait le résultat de telles pratiques, et si vous commencez à vous interroger là-dessus, vous commencez à remarquer, même avec le peu d'informations qui sont données, qu'il y a beaucoup de ce genre de décisions idiosyncratiques ou de décisions qui sont clairement post hoc. Cela a créé une sorte de crise de confiance pour moi. Plus tard, en discutant avec d'autres méta-chercheurs, j'ai constaté que beaucoup d'entre nous avaient des histoires similaires. Nous voulions obtenir des résultats en béton et révolutionner notre domaine, puis nous avons réalisé que tout cela n'était peut-être qu'un grand château de cartes. »

« Les jeunes chercheurs et les étudiants en master doivent être formés aux pratiques de la science ouverte afin d'en faire un comportement par défaut, et dans de nombreux programmes de psychologie, c'est ce qui se passe actuellement. La reproducingibilité, en particulier, est considérée comme un élément vital. Je constate un changement de perspective et de formation à tous les niveaux, y compris au niveau du premier cycle et des études supérieures. La jeune génération est très favorable à la science ouverte. En psychologie, les projets de réplication deviennent la norme en tant que projets étudiants. Beaucoup de choses se passent en termes de formation dans cet espace et j'ai bon espoir que cette nouvelle direction soit la bonne.

## Références

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Biais de publication et de
reporting : un long chemin vers la
science ouverte

Tianjing Li
University of Colorado

Les deux orateurs précédents ont utilisé à plusieurs reprises les termes « biais d'information » et « biais de publication ». J'espère donc les replacer dans le contexte historique et vous donner un panorama de l'histoire de la recherche sur les biais d'information.

Le problème des rapports sélectifs est reconnu depuis des centaines d'années. Le biais de compte rendu se réfère à ou se produit lorsque la direction et la nature des résultats de la recherche exercent une influence sur la façon dont ils sont diffusés. Au début du XVIIe siècle, Francis Bacon notait que « l'intellect humain est plus sensible aux affirmations qu'aux négations ». Le chimiste Robert Boyle a déploré la tendance commune des scientifiques à ne pas publier leurs résultats avant d'avoir mis au point un système, avec pour conséquence que « de nombreuses notions ou expériences excellentes sont supprimées par des hommes sobres et modestes ». Au fil des ans, de nombreux autres scientifiques dans des domaines très différents ont reconnu le problème de la publication sélective¹.

Plus récemment, en 1956, le père des statistiques médicales en Grande-Bretagne, Austin Bradford Hill², a écrit : « Un résultat négatif peut être déprimant, mais souvent il n'est pas moins important qu'un résultat positif et, compte tenu de cette importance, il doit certainement être établi par une publication adéquate des preuves ». Le psychiatre américain Seymour Kety³ a écrit : « Un résultat positif est excitant et intéressant et est publié rapidement. Un résultat négatif ou un résultat qui ne correspond pas à l'opinion courante n'est pas excitant ou est attribué à une erreur et n'est pas publié, de sorte qu'au début, dans le cas d'une nouvelle thérapie, il y a une concentration de résultats positifs et moins de résultats négatifs sont publiés. Puis une âme courageuse, naïve ou non conformiste, comme le petit enfant qui disait que l'empereur n'avait pas de vêtements, présente un résultat négatif qu'il ose publier. Le pendule se met alors à osciller dans l'autre sens et les résultats négatifs deviennent populaires et importants. »
Ces citations historiques vous donnent une idée du contexte et de l'ancienneté de ce problème. La recherche systématique sur les rapports sélectifs a commencé dans les années 1950 dans les domaines de l'éducation et de la psychologie. Le signalement sélectif des recherches sur les soins de santé a été identifié au début des années quatre-vingt, mais son importance et ses conséquences n'ont été reconnues qu'une décennie plus tard. Elle a pris beaucoup d'importance en raison du développement rapide des méthodes de synthèse de la recherche, telles que l'examen systématique. Les examens systématiques sont basés sur une étude complète de la littérature sur un sujet donné. Ils éclairent les décisions et les politiques en matière de soins de santé. Lorsque les examens systématiques se fondent sur un sous-ensemble sélectif d'études plutôt que sur l'ensemble des études existantes, les conclusions peuvent être biaisées. La nécessité d'avoir accès à des informations complètes sur les méthodes et les résultats de la recherche est une forte motivation pour l'étude de la communication sélective.

Il y a biais de déclaration lorsque la diffusion de la recherche est influencée par la nature et l'orientation des résultats⁴. La nature et la direction des résultats font référence à la signification statistique des résultats, à l'ampleur de l'effet et au fait que les résultats sont en faveur d'une hypothèse particulière. Les résultats statistiquement significatifs sont des résultats qui ont peu de chances d'être dus au hasard. Au contraire, une cause quelconque est plus probable. Les rapports sélectifs peuvent se manifester de différentes manières. Pour vous donner un classement général, ces rapports sélectifs recouvrent : le fait de ne pas rapporter du tout les études, également connu sous le nom de biais de publication ; le fait de rapporter les études en partie, également connu sous le nom de rapport sélectif sur les résultats ; le fait de rapporter d'une manière qui est difficile d'accès pour les autres ou le fait de rapporter sans transparence, comme la publication en double ou le détournement, qui renvoie au fait de minorer ou au contraire surestimer certains résultats.

Le terme « biais de publication » a probablement été mentionné pour la première fois par Mary Lee Smith dans un manuscrit⁵ où elle comparait les résultats d'une méta-analyse basée sur des études publiées à ceux d'études non publiées. Une comparaison des protocoles des études avant leur lancement effectif avec la publication – nous appelons cela des études de cohorte initiales – fournit une estimation fiable de l'association entre la nature et la direction des résultats avec le statut de publication. Sur la base de deux études de cohorte approuvées par les comités d'éthique de la recherche ou incluses dans les enregistrements d'essais, seuls 49 % à 60 % des essais randomisés ont été publiés et les conclusions avaient trois fois plus de chances d'être publiées lorsque les résultats étaient statistiquement significatifs⁶. C'est un problème capital.
Quelles sont les conséquences du biais de publication ? Tout d'abord, il n'est pas scientifique. Il peut modifier les preuves sur les avantages et inconvénients du traitement. Un exemple est une comparaison de la reboxétine avec un placebo⁷. Si vous comparez les résultats publiés avec ce qui ne l'ont pas été, pour ce qui concerne l'efficacité et l'innocuité du traitement, les résultats publiés ont surestimé l'effet bénéfique de la reboxétine, qui peut ne pas exister du tout, et ont sous-estimé les effets nocifs de la reboxétine. Par exemple, en ce qui concerne la rémission, seul un essai publié a démontré que la reboxétine était 2,5 fois plus susceptible de réduire la rémission, alors que six autres essais qui n'ont jamais été publiés ne montrent aucune preuve d'efficacité. En d'autres termes, les résultats publiés ont plus de deux fois plus de chances de démontrer une efficacité de la reboxétine, qui est en réalité inexistante.

Le fait de ne pas publier est également contraire à l'éthique. Les participants s'engagent dans des études de recherche en sachant que leur participation contribuera à générer de nouvelles connaissances et à la science. La non-publication rompt la confiance des participants. Enfin, la non-publication des études de recherche constitue un gaspillage de la recherche. Elles ne sont pas informatives, car elles ne sont jamais tombées dans le domaine public. On estime qu'en moyenne, environ 12 000 essais contrôlés randomisés qui auraient dû être publiés chaque année ne le sont pas.

La deuxième forme de biais de déclaration concerne la déclaration des résultats. Ce biais se manifeste sous différentes formes lorsque la déclaration des résultats est influencée par la nature et la direction des conclusions. An Wen Chan et ses collègues ont mené un certain nombre d'études⁸ qui caractérisent clairement le biais de communication des résultats dans la recherche sur les soins de santé. Ce biais se manifeste sous différentes formes, par exemple, en ne rapportant pas les résultats prédéfinis dans les protocoles, en rapportant les résultats primaires comme des résultats secondaires et vice versa, en introduisant de nouveaux résultats ou en rapportant les résultats de manière à ce qu'ils soient accessibles de manière différentielle. En d'autres termes, il y a biais dans la présentation des résultats lorsque les auteurs choisissent ce qu'ils veulent montrer au public.

J'ai participé à une étude portant sur le biais dans la communication des résultats lors d'essais de gabapentine parrainés par l'industrie pour une utilisation non indiquée. Nous avons eu accès aux documents internes de l'entreprise ainsi qu'aux documents accessibles au public pour 21 essais randomisés comparant la gabapentine à des placebos pour une utilisation non indiquée. Nous avons comparé le protocole à la publication pour l'énoncé du résultat primaire⁹. Nous avons identifié 21 résultats
primaires dans le protocole. Il s'agit de résultats primaires pré-spécifiés. Onze ont été rapportés sans changement dans la publication finale. Dix n'ont pas été rapportés ou ont été rapportés comme résultats secondaires. En outre, 17 nouveaux résultats primaires ont été introduits. En ce qui concerne les valeurs-p pour les résultats primaires définis par le protocole dans ces rapports de recherche, presque tous sont non statistiquement significatifs au niveau de signification de 0,05. Cependant, du fait de la présentation sélective des résultats, en changeant de résultats, en introduisant de nouveaux résultats ou en omettant des résultats, dans les publications primaires, la valeur-p est devenue statistiquement significative. En d'autres termes, concernant l'efficacité de la gabapentine, selon l'endroit où vous regardez, vous pouvez trouver des résultats très différents.

C'était une étude de cas. Il existe de nombreuses études de ce type. Lorsque vous rassemblez toutes les études dans un examen systématique¹⁰, vous obtenez des preuves empiriques de biais de publication des études et de biais de déclaration des résultats. En résumé, les résultats statistiquement significatifs étaient plus susceptibles d'être rapportés dans leur intégralité, tant pour l'efficacité que pour les dommages. Dans environ 40 à 62 % des études, au moins un résultat primaire a été modifié, nouvellement introduit ou omis lorsque les publications des essais ont été comparées aux protocoles.

La troisième forme de rapport sélectif est le rapport d'une manière qui est difficile d'accès pour les autres. Une étude réalisée par un de mes collègues¹¹ a porté sur la publication intégrale de résultats initialement présentés dans des résumés de conférence. Nous allons tous à des conférences. La diffusion de vos résultats lors de conférences est un excellent moyen d'atteindre un large public. Cependant, les résumés de conférences sont généralement limités par le nombre de mots et ne donnent pas une description complète des méthodes d'étude ou des résultats. Cette étude systématique a examiné plus de 307 000 résumés présentés lors de conférences et les auteurs ont constaté que seuls 37% d'entre eux étaient ensuite publiés dans leur intégralité, par exemple dans un article de journal, et que ce nombre était légèrement supérieur pour les essais randomisés, ce qui constitue là encore une preuve évidente de biais dans la communication des résultats et la publication. Les résultats significatifs avaient 1,3 fois plus de chances d'être publiés dans leur intégralité. Les résultats positifs, définis comme un résultat favorisant le traitement expérimental, avaient 1,2 fois plus de chances d'être publiés dans leur intégralité.

Vous commencez certainement à vous demander qui est concerné par ce problème. Qui contribue à la publication biaisée des essais cliniques¹² ? De nombreuses enquêtes et autres types d'études menées auprès des chercheurs ont révélé que le fait que
les chercheurs ne soumettent pas leurs résultats pour publication était la principale raison des essais cliniques non publiés. Les raisons fréquemment citées sont qu'ils ne sont pas intéressés par les résultats et qu'ils n'ont pas le temps. Les raisons de la communication sélective des résultats reflètent celles du biais de publication. L'idée erronée des investigateurs selon laquelle les résultats positifs sont favorisés par les rédacteurs en chef est la principale raison pour laquelle les résultats ne sont pas publiés. En outre, il y a une méconnaissance de la gravité de la sous déclaration. Par ailleurs, rien ne prouve que les suggestions des pairs évaluateurs ou les décisions des rédacteurs en chef soient influencées par la nature et l'orientation des résultats. En résumé, le problème vient principalement des chercheurs. Nous devrions toujours soumettre nos résultats pour publication, quelles que soient l'orientation et la nature de nos découvertes.

Pour terminer sur une note positive, comment aborder les biais de déclaration ? Les deux intervenants ont évoqué l'enregistrement des essais et une base de données des résultats. Je vais aborder le partage des données et l'accès aux documents d'étude. Il existe également des lignes directrices en matière de rapports et des ensembles de résultats de base que les gens peuvent suivre. En commençant par les premières études, il est apparu clairement que pour lutter contre les biais de déclaration et de publication, il fallait disposer d'un compte rendu complet de toutes les études dès le début. L'étude des biais dans les rapports de publication et de leurs conséquences a conduit à l'adoption de lois et de politiques rendant obligatoire l'enregistrement des essais.

<figure><img src="image_21.png" /><figcaption>Fig. 2 : Chronologie des événements marquants sur l'enregistrement des essais cliniques</figcaption></figure>

Source : Li, « Publication and reporting bias: a long history towards open science ». Support utilisé lors de la présentation (disponible sur le site web de la conférence).
En 1997, la loi sur la modernisation de l'administration des denrées alimentaires et des médicaments a exigé que tous les essais de médicaments portant sur des maladies graves et potentiellement mortelles soient enregistrés. En conséquence, en réponse à cette législation, la National Library of Medicine des National Institutes of Health aux États-Unis a lancé ClinicalTrials.gov, la base de données d'enregistrement des essais, en 2000. Toutefois, le nombre d'enregistrements n'a pas significativement augmenté, jusqu'à ce que le Comité international des rédacteurs de revues médicales (ICMJE) exige l'enregistrement prospectif des essais avant que les résultats des essais puissent être publiés par les revues de l'ICMJE.

En 2006, l'Organisation mondiale de la santé a lancé une initiative internationale visant à établir la plateforme internationale de registres d'essais cliniques. Cette plateforme fournit un point d'accès unique à différents registres à travers le monde. En 2007, la loi d'amendement de la FDA (FDAAA) a étendu les exigences en matière d'enregistrement. Ainsi, pour tous les médicaments, produits biologiques et dispositifs soumis à la réglementation de la FDA, le FDAAA exige que l'enregistrement soit effectué dès le début de l'essai et que les résultats soient publiés dans les 12 mois suivant la fin de l'essai ou dans le mois suivant l'approbation du produit. En réponse à cette exigence, en 2008 et 2009 respectivement, ClinicalTrials.gov a publié la base de données des résultats et a également ajouté un module d'événements indésirables.

Dans l'Union européenne (UE), l'Agence européenne des médicaments (EMA) a adopté une politique plus ouverte que celle de la FDA. En 2011, l'EMA a exigé que tous les essais menés dans l'UE soient enregistrés et que leurs résultats soient disponibles dans les 12 mois. Comme mentionné précédemment, les journaux jouent également un rôle très important dans la transparence de la recherche sur les essais cliniques. En 2013, *The British Medical Journal* a mis en place une exigence de déclaration sur la disponibilité des données anonymisées au niveau des participants au moment de la soumission du manuscrit. En 2016, la règle finale établie par le ministère américain de la Santé et des Services sociaux clarifie davantage les types d'essais qui doivent être enregistrés sur ClinicalTrials.gov et les Instituts américains de la santé (NIH) ont également publié une politique visant à promouvoir le partage des données des essais cliniques, exigeant que tout essai ayant reçu un financement entièrement ou partiellement d'un NIH soit enregistré avant le début de l'essai et que ses résultats soient publiés en temps opportun.

L'accès aux documents de l'étude est également très important. Dans une étude consacrée aux effets indésirables de la gabapentine¹³, nous avons comparé le nombre de différents types d'événements indésirables apparus dans le domaine public avec
le nombre de différents types d'événements indésirables dans les documents cachés, les documents non accessibles au public, comme les rapports d'études cliniques. Dans le premier essai¹⁴, seuls sept types différents d'événements indésirables ont été mentionnés dans la publication, alors que 100 types différents d'événements indésirables ont été mentionnés dans ces documents cachés. La situation ne semble pas meilleure pour ce qui concerne les événements indésirables graves. L'accès public aux protocoles, y compris le plan d'analyse statistique et le rapport d'étude clinique, est essentiel pour préserver la valeur sociétale des essais cliniques.

La publication était traditionnellement le moyen de partager les résultats des essais cliniques. De plus en plus, l'essai clinique accroît nos connaissances et influence notre prise de décision par le biais des données de synthèse comme des données individuelles des participants, qui sont partagées et réutilisées par le public. Le partage des données augmente la valeur scientifique. Il a également été prouvé qu'il augmente les citations. En outre, il existe une obligation morale de partager les données. Les participants aux essais cliniques se font de plus en plus entendre et demandent que leurs données soient partagées avec la communauté scientifique au sens large et réutilisées, afin d'exploiter les données pour maximiser les connaissances et la valeur qui peuvent être tirées de leurs contributions aux essais. Les enquêtes menées auprès des patients montrent également que la plupart d'entre eux accueillent favorablement l'idée du partage des données si des garanties sont mises en place pour assurer la sécurité de leurs données¹⁵.

De plus en plus de bailleurs de fonds exigent le partage des données. Par exemple, la Fondation Gates et le Wellcome Trust exigent de leurs boursiers qu'ils partagent les données de leurs essais cliniques et les données individuelles des participants. Les revues exigent également de faire une déclaration sur la disponibilité et le partage des données au moment de l'enregistrement de l'essai, et ces déclarations seront publiées lorsque les rapports d'essai seront acceptés pour publication.

En résumé, l'évolution vers le partage des données d'essais cliniques fait partie d'un mouvement plus large vers une science ouverte. Les rapports de recherche médicale sont biaisés lorsqu'ils sont influencés par la nature et l'orientation des résultats. C'est la définition du biais de publication et du biais de compte rendu des résultats. Ils peuvent prendre de nombreuses formes différentes. Le biais de compte rendu implique généralement une exagération fallacieuse des effets bénéfiques et une suppression des effets nocifs des interventions. L'enregistrement des essais cliniques, l'accès aux protocoles et aux plans d'analyse statistique, les lignes directrices pour un compte rendu transparent et complet, l'adoption d'ensembles de résultats de base et le partage des données sont essentiels pour prévenir les biais de compte rendu.
Pour aller plus loin

« Dans plusieurs études, dont l'une des nôtres, nous avons constaté que les données collectées dans ClinicalTrials.gov constituent une exigence minimale et qu'elles ne permettent pas de saisir tout ce que l'on veut savoir sur l'essai, notamment en ce qui concerne la méthodologie et toutes les données relatives aux résultats. Il s'agit sans aucun doute d'un premier pas, et la fiabilité de leur utilisation pour l'analyse des données dans le cadre d'un examen systématique et d'une méta-analyse me semble être un long chemin à parcourir, mais au moins nous connaissons l'existence des essais, et nous savons donc que si nous manquons des résultats ou la publication de certains résultats, nous avons un endroit où chercher. Nous y arrivons. »

« Les financeurs ont un rôle très important. Aux États-Unis, par exemple, lorsque vous demandez une nouvelle subvention, si vos publications précédentes ne sont pas dans le domaine public, vous ne pouvez même pas soumettre votre dossier. Tout dépend de la façon dont les différentes parties prenantes s'organisent ensemble. L'institution a un rôle énorme à jouer. Les bailleurs de fonds ont un rôle énorme à jouer. Le public doit s'impliquer et exiger la transparence de la recherche et une science ouverte. Tous les acteurs doivent travailler ensemble dans ce but. »

« Les résultats négatifs sont aussi importants, sinon plus, que les résultats positifs dans le sens où s'ils sont cachés, l'information qui se retrouve dans le domaine public est biaisée. Le paysage semble plus positif que ce qu'il est réellement, ce qui est très problématique. Les résultats négatifs nous aideront à utiliser moins de médicaments. »

« La plupart des gens sont d'accord pour dire que la science ouverte est une excellente idée, mais il faut des ressources pour y arriver. La plupart des financeurs de la recherche incitent à intégrer le partage des données dans le chiffrage d'une étude, il y a donc des ressources disponibles pour que les chercheurs partagent leurs données avec le public. »

Références

1. The James Lind Initiative, « Reporting Bias », *The James Lind Library*, consulté le 16 mars 2022, https://www.jameslindlibrary.org/research-topics/biases/reporting-bias/.

2. Austin Bradford Hill, « Discussion of a paper by DJ Finney », *Journal of the Royal Statistical Society* 119 (1956): 19-20.
3. Seymour Kety, « Comment », in *Psychopharmacology. Problems in Evaluation*, par JO Cole et RW Gerard, 583 (Washington DC: National Academy of Sciences, 651).

4. S. Swaroop Vedula, Asbjørn Hrøbjartsson, et Matthew J. Page, « Section 8. Introduction to Systematic Reviews », in *Principles and Practice of Clinical Trials*, éd. par Steven Piantadosi et Curtis L. Meinert, 1st ed. (Springer, 2022).

5. Mary Lee Smith, « Responses of counselors to case materials of clients differentiated by gender and ethnic group » (Thèse de doctorat (inédite), University of Colorado, 1970).

6. Christine Schmucker et al., « Extent of Non-Publication in Cohorts of Studies Approved by Research Ethics Committees or Included in Trial Registries », *PLOS ONE* 9, n° 12 (23 décembre 2014): e114023, https://doi.org/10.1371/journal.pone.0114023.

7. Dirk Eyding et al., « Reboxetine for Acute Treatment of Major Depression: Systematic Review and Meta-Analysis of Published and Unpublished Placebo and Selective Serotonin Reuptake Inhibitor Controlled Trials », *BMJ* 341 (12 octobre 2010): c4737, https://doi.org/10.1136/bmj.c4737.

8. See for example An-Wen Chan et al., « Empirical Evidence for Selective Reporting of Outcomes in Randomized Trials: Comparison of Protocols to Published Articles », *JAMA* 291, n° 20 (26 mai 2004): 2457-65, https://doi.org/10.1001/jama.291.20.2457 ; An-Wen Chan et Douglas G. Altman, « Identifying Outcome Reporting Bias in Randomised Trials on PubMed: Review of Publications and Survey of Authors », *BMJ (Clinical Research Ed.)* 330, n° 7494 (2 avril 2005): 753, https://doi.org/10.1136/bmj.38356.424606.8F.

9. S. Swaroop Vedula et al., « Outcome Reporting in Industry-Sponsored Trials of Gabapentin for Off-Label Use », *New England Journal of Medicine* 361, n° 20 (12 novembre 2009): 1963-71, https://doi.org/10.1056/NEJMsa0906126.

10. Kerry Dwan et al., « Systematic Review of the Empirical Evidence of Study Publication Bias and Outcome Reporting Bias - An Updated Review », *PLOS ONE* 8, n° 7 (5 juillet 2013): e66844, https://doi.org/10.1371/journal.pone.0066844.

11. Roberta W. Scherer et al., « Full Publication of Results Initially Presented in Abstracts », *The Cochrane Database of Systematic Reviews* 11 (20 novembre 2018): MR000005, https://doi.org/10.1002/14651858.MR000005.pub4.

12. Kay Dickersin et al., « Publication Bias and Clinical Trials », *Controlled Clinical Trials* 8, n° 4 (décembre 1987): 343-53, https://doi.org/10.1016/0197-2456(87)90155-3 ; Kay Dickersin, Yuan-l. Min, et Curtis L. Meinert, « Factors Influencing Publication of Research Results. Follow-up of Applications Submitted to Two Institutional Review Boards », *JAMA* 267, n° 3 (15 janvier 1992): 374-78 ; Kay Dickersin et Yuan-l. Min, « NIH Clinical Trials and Publication Bias », *The Online Journal of Current Clinical Trials Doc* n° 50 (28 avril 1993) ; Kay Dickersin et Iain Chalmers, « Recognizing, investigating and dealing with incomplete and biased reporting of clinical research: from Francis Bacon to the WHO », *Journal of the Royal Society of Medicine* 104, n° 12 (décembre 2011): 532-38, https://doi.org/10.1258/jrsm.2011.11k042 ; Marc Mehu et Klaus R. Scherer, « The Appraisal Bias Model of Cognitive Vulnerability to Depression », *Emotion Review* 7, n° 3 (1 juillet 2015): 272-79, https://doi.org/10.1177/1754073915575406.

13. Evan Mayo-Wilson et al., « Harms Are Assessed Inconsistently and Reported Inadequately Part 2: Nonsystematic Adverse Events », *Journal of Clinical Epidemiology* 113
(septembre 2019): 11-19, https://doi.org/10.1016/j.jclinepi.2019.04.020.

14. M. Backonja et al., « Gabapentin for the Symptomatic Treatment of Painful Neuropathy in Patients with Diabetes Mellitus: A Randomized Controlled Trial », JAMA 280, n° 21 (2 décembre 1998): 1831-36, https://doi.org/10.1001/jama.280.21.1831.

15. Center for Global Clinical Research Data, « Why Share Your Clinical Research Data », Vivli, consulté le 16 mars 2022, https://vivli.org/why-share-your-clinical-research-data/ ; Institute of Medicine of the National Academies, *Sharing Clinical Trial Data: Maximizing Benefits, Minimizing Risk* (Washington DC: The National Academies Press, 2015), https://doi.org/10.17226/18998.
Conférence conclusive : Ouvrir
et transformer la recherche
biomédicale

Ulrich Dinargl
Charité University of Medicine of Berlin

Mon intervention portera sur la nécessité de transformer la recherche biomédicale. Mon argument principal sera que les institutions ont un rôle clé à jouer dans cette transformation. Je l'illustrerai par trois exemples concrets de la manière dont une telle réforme pourrait réussir à l'échelle institutionnelle.

Tout d'abord, pourquoi devrions-nous transformer la recherche biomédicale ? Comme les orateurs précédents ont déjà longuement abordé ce sujet, permettez-moi de l'illustrer à l'aide de quelques exemples. Les chercheurs sont en fait parfaitement conscients que la recherche universitaire pose problème. Selon une enquête menée par *Nature* auprès de chercheurs dans de nombreux domaines¹, 90 % d'entre eux estiment que nous vivons actuellement une véritable crise de reproductibilité. Cela signifie que nous avons des problèmes pour reproduire le travail des autres ou même notre propre travail. Isabelle Boutron a déjà mentionné la série de publications très influentes parues dans *The Lancet*². Un de ces articles affirmait que jusqu'à 85 % de la recherche en santé pourrait être gaspillée. Je ne suis pas sûr que ce chiffre soit exact, mais il est clair qu'il y a un énorme gâchis dans ce domaine.

Permettez-moi de vous donner deux autres exemples qui, selon moi, illustrent bien le problème. Le premier concerne la recherche préclinique. Ioana Cristea vous a parlé d'une étude collaborative à grande échelle qui a tenté de reproduire les principaux résultats de la recherche en psychologie. Dans le même ordre d'idées, le *Centre for Open Science* a récemment entrepris un vaste projet visant à reproduire 50 articles fondamentaux très cités dans le domaine de la recherche sur le cancer³. Les résultats ont été très similaires à ceux de l'étude de psychologie : l'ampleur de l'effet des études de réplication était beaucoup plus faible, jusqu'à 85% de l'original, et seulement moins de 40 % des études ont été en mesure de reproduire ces résultats à un niveau statistiquement significatif.
Ce que montre également cette publication séminale, c'est que le problème est bien plus profond. En fait, ils ont essayé de reproduire, comme je l'ai déjà mentionné, 50 études et, en fin de compte, ils n'ont pu le faire qu'avec 23 d'entre elles parce que les données n'avaient pas été mises à disposition, parce que le rapport des détails, par exemple des statistiques, n'était pas approprié, que le code analytique n'était pas disponible, que les réactifs clés n'étaient pas partagés ou que les clarifications des protocoles n'étaient pas disponibles. Ces résultats mettent en lumière l'importance de la transparence et de l'ouverture de la recherche.

Un deuxième exemple, qui va tout à fait dans le sens de ce que vient de dire Isabelle Boutron, nous vient d'Allemagne et de nos propres études. Daniel Strech et son groupe du Centre QUEST ont étudié de manière systématique la communication en temps utile des résultats des essais cliniques dans les centres médicaux universitaires allemands. Nous avons entendu parler des exigences dans ce domaine. Je voudrais porter à votre attention une autre exigence, celle de l'Organisation mondiale de la santé, selon laquelle les résultats sommaires des essais cliniques doivent être téléversés dans les registres dans les 12 mois qui suivent la fin de l'étude, et une publication complète doit être disponible dans les deux ans. L'étude concernant les centres médicaux universitaires allemands montre que les chiffres sont tout à fait conformes à ceux qu'Isabelle a évoqués. Environ 60 % de ces études ne sont pas disponibles dans les deux ans, et cela n'a pas évolué au fil des ans. Je pense que c'est contraire à l'éthique.

Nous avons tous entendu parler de ces problèmes. Nous disposons de littérature sur ces questions. Toutes les grandes revues publient des articles à ce sujet. J'ai cessé de collecter des extraits de ce genre d'articles car, pratiquement chaque semaine, de nouveaux articles évoquent ces problèmes dont nous parlons. Ces questions ont également percolé dans le grand public, qui peut en prendre connaissance dans divers journaux et magazines. En fait, on peut supposer que cela a contribué à une certaine méfiance à l'égard des résultats scientifiques et de la façon dont ils sont appliqués à l'élaboration des politiques en période de pandémie. Il s'agit d'un grave problème.

Comment pouvons-nous améliorer la situation ? Ce que je veux dire ici, c'est que si les bailleurs de fonds et les chercheurs sont des acteurs importants, le rôle clé doit être joué par les institutions⁴. Celles-ci peuvent et doivent disposer de politiques et de lignes directrices internes sur tous ces points, inspirées, par exemple, de DORA⁵ et des Principes de Hong Kong⁶. Elles devraient être beaucoup plus transparentes sur la manière dont elles agissent pour accroître la transparence, la fiabilité et l'ouverture de leur recherche. Nous avons entendu parler du suivi externe assuré par le UK Trials Tracker⁷, par exemple, mais les institutions doivent aussi s'en charger
elles-mêmes. Les institutions doivent également aider les chercheurs à adopter des pratiques de recherche ouvertes, car elles sont exigeantes et nécessitent beaucoup de ressources. Un bon exemple est celui des « gestionnaires de données », qui peuvent aider les scientifiques à partager leurs données de manière FAIR, c'est-à-dire en les rendant Faciles à trouver, Accessibles, Interopérables et Réutilisables. Le plus important est peut-être que les institutions doivent encourager et récompenser les pratiques ouvertes lors des recrutements, titularisations et promotions, ainsi que dans les programmes intra-muros.

En substance, je pense que nous devons passer d'une situation où les chercheurs sont essentiellement évalués et récompensés sur la base de l'endroit où ils publient – très souvent, il s'agit simplement du facteur d'impact, un chiffre très abstrait, ou de l'indice h – et de la somme des financements tiers qu'ils apportent, à une situation où nous valorisons, au moins en complément, les pratiques ouvertes et responsables. Nous en avons entendu parler au cours de cette journée : je pense ici aux pré-enregistrements, aux études de réplication, à la publication en libre accès, à tous ces éléments inclus dans le concept général de « science ouverte et responsable ».

Il y a déjà beaucoup de connaissances sur ce sujet. En fait, il existe de nombreux manifestes, principes, cadres et déclarations. Nous connaissons tous la Déclaration de San Francisco sur l'évaluation de la recherche⁸, qui a été à l'un des points de départ de ce mouvement. Je dois également mentionner que l'Union européenne a été très proactive ces dernières années, en présentant des enquêtes et des recommandations au sujet de nouveaux paramètres et indicateurs, et en réclamant que la science soit plus ouverte. Ce qui vient d'être publié dans le cadre de cette conférence, l'Appel de Paris sur l'évaluation de la recherche⁹, devrait, je pense, être approuvé par tous. Ces déclarations sont très importantes.

J'ai été impliqué dans l'une d'entre elles, qui a été produite de manière participative, et j'en sais donc un peu plus, mais elles sont toutes très similaires, et je peux donc mentionner simplement ce qui est communément recommandé. Les Principes de Hong Kong¹⁰ appellent typiquement à évaluer les chercheurs sur des pratiques responsables, à valoriser des rapports précis et transparents, à valoriser des pratiques de science ouverte, à valoriser de larges gammes de recherche et d'érudition, ce qui inclut, par exemple, les réplications et la méta-recherche, ainsi qu'à valoriser d'autres contributions de la recherche responsable, comme le mentorat, la vulgarisation et l'échange de connaissances.

Comment faire pour que ces recommandations deviennent une réalité ? Que peuvent faire les institutions à cet égard ? J'aimerais partager avec vous quelques exemples
tirés d'une institution où je travaille, l'hôpital universitaire de la Charité et l'Institut de la santé de Berlin. Il est remarquable que la Charité ait récemment élaboré une stratégie pour les dix prochaines années environ¹¹, et que nous y ayons ancré des pratiques responsables en matière de recrutement, de transparence, d'ouverture de la recherche, etc. Il me semble que de telles stratégies et politiques institutionnelles constituent une première étape importante pour une institution.

À quoi cela ressemble-t-il ? Que pouvons-nous faire ? J'aimerais vous parler d'un changement qui s'est produit dans la manière dont nous recrutons les professeurs. Notre doyen, Axel Pries, est un véritable champion de ce projet. Si vous postulez pour un poste de professeur à la Charité, vous devez maintenant vous rendre sur un portail où l'on vous pose de nombreuses questions¹². Vous devez téléverser votre CV et toutes les choses auxquelles vous vous attendez, mais il y a aussi des choses auxquelles vous ne vous attendez pas et qui sont, selon moi, très importantes. Cela commence généralement par une explication, du genre : « La Charité attache une grande importance à la transparence de la recherche reproductible et soutient les objectifs de la science ouverte. » Cela inclut l'enregistrement des études dans des registres, la publication des résultats négatifs et en série, toutes les choses que nous avons entendues dans les exposés précédents. Il s'agit simplement d'expliquer à nos candidats ce qui nous intéresse. Vient ensuite la question intéressante et pertinente : « Comment avez-vous poursuivi ces objectifs jusqu'à présent et quels sont vos projets pour l'avenir ? » Bien entendu, nous utilisons également d'autres critères, mais je pense que ces récits sont très importants pour que les commissions de recrutement et de titularisation puissent se faire une idée complète des candidats et procéder à une sélection équitable.

Le deuxième exemple dont je voudrais vous parler est un tableau de bord en ligne des pratiques ouvertes et responsables que la Charité a développé pour sa propre évaluation comparative¹³. D'une certaine manière, il est très similaire au Baromètre de la science ouverte que les Français viennent de mettre en place, et je trouve formidable que ce genre d'outil soit mis en place au niveau national. Ici, nous travail-lons au niveau institutionnel. Les institutions doivent montrer comment elles s'en sortent. Elles doivent assurer un suivi. Elles doivent être transparentes à ce sujet. Notre tableau de bord est constamment mis à jour pour suivre l'évolution de nos pro-grès en matière d'accès ouvert, de partage des données ouvertes, de code ouvert, de pré-enregistrements, de publications en temps voulu. Tout cela est visualisé depuis les années passées jusqu'à aujourd'hui, pour voir si ces éléments augmentent ou diminuent, ce qui permet essentiellement de voir si nous réalisons vraiment quelque chose. Cela permet notre propre évaluation comparative ainsi que l'évaluation com-parative au sein d'un pays ou entre institutions similaires.
Mon dernier exemple est une intervention car, comme l'ont dit d'autres orateurs, nous devons nous assurer que les choses que nous changeons – et nous avons souvent de brillantes idées sur ce qui peut être fait – sont changées pour le mieux et que ces idées fonctionnent vraiment et qu'elles ne font pas que consommer des ressources ou qu'elles ont des conséquences involontaires. Par conséquent, nos activités doivent être complétées par une recherche sur la mise en œuvre et par une métarecherche.

À titre d'exemple, j'ai choisi le projet de Daniel Strech et de son groupe¹⁴, en particulier Maia Salholz Hillel et Delwen Franzen, qui est financé par le Wellcome Trust. Dans le cadre de ce projet, nous nous adressons aux cliniciens et aux chercheurs qui réalisent des essais cliniques pour leur montrer comment ils se débrouillent dans leurs études. Ils reçoivent une sorte de « carte de transparence » contenant des informations sur un certain nombre de points, notamment la publication en temps voulu, un lien vers les registres, le pré-enregistrement, etc., pour mettre en lumière la façon dont ils se débrouillent sur une étude particulière. Cependant, cela ne s'arrête pas là: ils reçoivent ensuite une carte complémentaire, qui leur présente des conseils spécifiques quant à la façon dont ils peuvent améliorer le rapport de cette étude spécifique. Nous allons vérifier après six mois si cela a changé les pratiques et si cela a un sens, ou si notre approche peut être améliorés.

<figure><img src="image_22.png" /><figcaption>Fig. 3 : Améliorer la communication en temps opportun et la transparence des résultats des essais cliniques</figcaption></figure>

Source : Dirnagl, « Opening and Transforming Biomedical Research ». Support utilisé lors de la présentation (disponible sur le site web de la conférence). CC BY 4.0.
En conclusion, le thème général de cette session est que nous avons désespérément besoin de réduire le gaspillage et d'augmenter la valeur de la recherche biomédicale. Je pense que les institutions ont un rôle très important à jouer dans tout cela, et que la clé du succès pourrait être de modifier les incitations et les récompenses. Nous devons également permettre à nos scientifiques de s'épanouir en leur fournissant des outils, des ressources et des possibilités d'appliquer des pratiques scientifiques ouvertes. Nous avons également besoin de plus de méta-recherches pour déterminer ce qui fonctionne vraiment et ce qui ne fonctionne pas, et comment nos ressources sont le mieux utilisées. Mon dernier point est le suivant : oui, je pense que c'est possible. Nous recevons beaucoup de mauvaises nouvelles, mais ceci est une bonne nouvelle. C'est possible, et je pense que cette conférence est un très bon exemple de la manière dont les choses évoluent dans ce domaine.

## Pour aller plus loin

« L'un des problèmes dans tout cela, c'est que si une institution change ses pratiques comme cela, si les autres ne suivent pas, cela peut être un problème pour ceux qui travaillent dans l'institution parce que nous pouvons les juger avec des critères différents qui ne seraient plus valables dans le monde extérieur et qui pourraient même les désavantager. C'est pourquoi il faut du courage. Il faut aussi du courage parce que cela nécessite des ressources et des investissements. Je pense donc qu'il est très important qu'il y ait une pression extérieure de l'Union européenne pour le faire, ce qui pourrait amener de nombreuses institutions à se réunir pour le faire conjointement. »

« Il y a des résistances dans la communauté scientifique contre ce que nous proposons, et une partie de cette résistance est compréhensible car le fait est que le système fonctionne tel qu'il est. Prenez la COVID-19 : nous avons un vaccin, nous sauvons les vies de patients dans des états critiques. Donc le système fonctionne. Certaines personnes ont peur qu'en le modifiant, nous risquons d'aggraver la situation. Ce qu'il faut comprendre, c'est que oui, nous avons un système qui fonctionne en principe, mais il pourrait fonctionner beaucoup mieux et nous devons être conscients du gaspillage que nous opérons. C'est pour cela qu'il est important de réfléchir à la conduite du changement, car nous devons convaincre ces personnes, et en partie aussi nous-mêmes, que ces évolutions ont du sens et améliorent la science. Nous devons convaincre les sceptiques par des preuves réelles, et pas seulement des opinions. »
« Les études observationnelles peuvent apporter de grandes contributions et les obligations de pré-enregistrement et de diffusion des résultats en temps voulu devraient être étendues à ces études. Quant à la question de savoir si ces actions devraient également être rendues obligatoires pour la recherche préclinique, c'est certainement plus difficile. Par exemple, les études thérapeutiques confirmatoires, qui ont vocation à devenir de plus en plus nombreuses, gagneraient beaucoup à avoir toutes ces qualités, ce qui signifie qu'elles devraient être préenregistrées, diffuser leurs rapports en temps opportun, etc. Nous avons de bons exemples à cet égard. »

Références

1. Monya Baker, « 1,500 Scientists Lift the Lid on Reproducibility », *Nature News* 533, n° 7604 (26 mai 2016): 452, https://doi.org/10/gdgzjx.

2. « Research: Increasing Value, Reducing Waste », *The Lancet*, 8 janvier 2014, https://www.thelancet.com/series/research.

3. Center for Open Science, « Reproducibility Project: Cancer Biology », 2020, https://www.cos.io/rpcb; Timothy M Errington et al., « Investigating the replicability of preclinical cancer biology », éd. par Renata Pasqualini et Eduardo Franco, *eLife* 10 (7 décembre 2021) : e71601, https://doi.org/10.7554/eLife.71601 ; Timothy M Errington et al., « Challenges for Assessing Replicability in Preclinical Cancer Biology », *ELife* 10 (7 décembre 2021): e67995, https://doi.org/10.7554/eLife.67995.

4. C. Glenn Begley, Alastair M. Buchan, et Ulrich Dirnagl, « Robust Research: Institutions Must Do Their Part for Reproducibility », *Nature* 525, n° 7567 (septembre 2015): 25-27, https://doi.org/10.1038/525025a.

5. American Society for Cell Biology, « Declaration on Research Assessment (DORA) », DORA, 2012, https://sfdora.org/.

6. David Moher et al., « The Hong Kong Principles for Assessing Researchers: Fostering Research Integrity », *PLOS Biology* 18, n° 7 (16 juillet 2020): e3000737, https://doi.org/10.1371/journal.pbio.3000737.

7. The Evidence-Based Medicine Data Lab, University of Oxford, « Who's Not Sharing Clinical Trial Results? », *EU Trials Tracker*, consulté le 16 mars 2022, http://eu.trialstracker.net/.

8. American Society for Cell Biology, « Declaration on Research Assessment (DORA) ».

9. Comité pour la science ouverte, « Appel de Paris sur l'évaluation de la recherche », *OSEC 2022* (blog), février 2022, https://osec2022.eu/paris-call/.

10. Moher et al., « The Hong Kong Principles for Assessing Researchers ».

11. Charité-Universitätsmedizin Berlin, « Rethinking Health - Charité 2030, strategic orientation », novembre 2021, https://www.charite.de/fileadmin/user_upload/portal_relaunch/die-charite/Strategie-2030/Charite2030_Strategie_11_2021_engl.pdf.
Avenir de l'édition scientifique
<figure><img src="image_23.png" /></figure>
# L'édition scientifique et la science ouverte – Où en sommes-nous ?

Pierre Mounier
OpenEdition/OPERAS

Vingt ans après les déclarations de Budapest¹, Bethesda² et Berlin³ (dites Déclarations B), le libre accès ne semble plus être une question d'activisme, controversée, marginale ou même politique. Le libre accès a atteint son point de bascule il y a plusieurs années et est entré dans une nouvelle phase de développement en tant que pratique courante, presque comme la manière par défaut de publier les résultats de la recherche. En guise d'introduction, je propose de jeter un coup d'œil à cette dynamique après et peut-être au-delà de ce point de bascule.

En 2013, la Commission européenne a publié un communiqué de presse⁴ présentant les résultats de trois études de Science Metrix⁵, montrant qu'en Europe, plus de 50 % des articles publiés deux ans auparavant étaient en accès libre. Dix ans après avoir atteint ce point de bascule, il pourrait être utile d'évaluer où nous en sommes et ce qu'il est advenu de la dynamique qui avait été identifiée.

Il y a quelques jours, le ministère français de la Recherche a publié une nouvelle version de son Baromètre de la science ouverte⁶ basée sur diverses sources, telles que Unpaywall⁷, le Répertoire des revues en libre accès (Directory of Open Access Journals, DOAJ⁸) et divers entrepôts. Je vous encourage à jeter un coup d'œil à cet instrument intéressant développé par Éric Jeangirard et son équipe avec une technologie open source, des données ouvertes et beaucoup de résultats pour alimenter la réflexion. En particulier, le baromètre met en évidence une forte dynamique globale de l'adoption de l'accès ouvert par l'ensemble de la communauté de recherche française, avec 62 % des articles rédigés par au moins un chercheur affilié à une institution française publiés en accès ouvert. Bien sûr, l'adoption de l'accès ouvert est différente d'une discipline à l'autre et l'importance de cette adoption peut être différente, mais de manière générale, elle est clairement présente et élevée.
<figure><img src="image_24.png" /><figcaption>Fig. 4 : 62 % et au-delà</figcaption></figure>

Source : P. Mounier, «L'édition scientifique et la science ouverte : où en sommes-nous ?», support utilisé lors de la présentation (disponible sur le site web de la conférence). Source des données : Unpaywall, MESRI.

La même dynamique peut être observée dans d'autres pays européens, comme en Allemagne grâce à l'Open Access Monitor⁹ financé par la Fondation allemande pour la recherche (Deutsche Forschungsgemeinschaft, DFG¹⁰). Les données fournies par l'OAM allemand ne sont bien sûr pas comparables avec celles du BSO français, car elles ne procèdent pas de la même méthodologie. Cependant, certaines données indiquent par exemple qu'une proportion de 61,4 % d'articles rédigés par des chercheurs affiliés à une institution allemande est publiée en accès libre en 2020.

La plateforme openaccess.nl¹¹ a proposé une autre méthodologie pour suivre l'adoption du libre accès parmi les chercheurs affiliés à des universités néerlandaises, et là encore la dynamique est cohérente avec les autres pays, avec un seuil de 62 % déjà atteint l'année dernière. En conclusion, même s'il n'est pas pertinent de comparer précisément des données qui ne procèdent pas de la même méthodologie, il est intéressant de constater que même avec trois méthodologies différentes, on observe une même dynamique dans trois pays européens différents.

Toutefois, au-delà de cette dynamique globale, il est nécessaire de s'attarder sur certains détails et d'essayer d'identifier la logique des modèles qui soutiennent ce mouvement. En particulier, plusieurs voies ont été identifiées assez tôt dans l'histoire de l'accès ouvert, et notamment une différence entre le dépôt des articles dans des archives ouvertes, ce qu'on appelle la voie Verte de l'accès ouvert, et les articles nativement publiés en libre accès sur la plateforme de l'éditeur, ce qu'on
appelle la voie Dorée. Le paysage est devenu encore plus complexe lorsque le concept d'hybride est apparu, faisant référence aux articles publiés en libre accès dans des revues qui ne le sont pas. Par ailleurs, il existe également le modèle Diamant, qui fait référence aux revues en libre accès, gratuites pour les lecteurs et les auteurs, c'est-à-dire sans frais de publication (*Article Processing Charges*, APC) ni coût d'abonnement.

Quelles sont les dynamiques respectives de ces modèles d'accès ouvert ? L'opposition traditionnelle entre la voie Verte et la voie Dorée, théorisée par Stevan Harnad il y a 20 ans, est de moins en moins pertinente dans le contexte actuel. Suite à la multiplication des politiques et des stratégies institutionnelles, on constate un nombre croissant d'articles mis à disposition en libre accès à la fois sur la plate-forme de l'éditeur et dans une archive ouverte. Cette évolution, due en partie mais pas seulement au rôle de PubMed Central¹², rend quelque peu obsolète le débat de longue date entre les deux voies du libre accès. Elle permet de considérer les deux voies non pas comme concurrentes, mais plutôt comme complémentaires l'une de l'autre. Chaque voie apporte en effet sa propre contribution aux pratiques de publication en libre accès, et ce type d'évolution est avant tout un signe de maturité de la communauté en matière d'accès ouvert.

D'un autre côté, malgré les multiples avertissements des financeurs et des consortiums de bibliothèques qui considèrent que la publication selon le modèle hybride perpétue le statu quo et introduit un risque de double tarif dans le financement du libre accès, ce modèle est toujours présent dans le paysage, comme en témoigne un tableau de bord proposé par Najko Jahn¹³. La publication hybride est en effet un modèle flexible qui s'adapte bien aux exigences contradictoires exprimées par les obligations institutionnelles de publication en libre accès d'un côté, et le besoin des chercheurs de publier dans les revues existantes reconnues de leur discipline, de l'autre. En fait, la publication hybride n'est pas un modèle à proprement parler. C'est plutôt une adaptation temporaire à une période de transition, ce qui est probablement la raison de son importance actuelle.

En parallèle, la multiplication des accords dits transformants donne une solide impulsion à cette voie hybride¹⁴. Le Registre dans lequel l'ESAC consigne la plupart de ces accords transformants¹⁵ témoigne de cette croissance. Il s'agit vraiment d'un changement important dans le paysage, avec selon les chiffres de l'ESAC une augmentation considérable des articles ouverts en vertu d'accords de ce type. Cependant, une étude récente portant sur 197 accords transformants a conclu que, globalement, ces derniers ne transforment pas réellement le modèle économique des revues, et qu'ils n'ont pas non plus contribué à faire basculer ces revues
vers le libre accès. C'est principalement parce que ce n'est en fait pas l'intention première des signataires de ces contrats.

Quel modèle survivra et éliminera les autres du marché ? De ce qui précède, il est déjà évident que chaque modèle a son succès propre et répond à un besoin spécifique, même temporaire. Mais ce n'est pas tout, car ces dernières années ont mis en lumière d'autres modèles de publication en libre accès qui étaient jusqu'à présent passés inaperçus. Le premier est bien sûr le modèle Diamant, qui désigne les publications gratuites pour les lecteurs et les auteurs. En d'autres termes, celles qui ne font pas payer les auteurs pour publier leurs articles en libre accès. Une étude récente a mis en lumière l'importante contribution de ce modèle au développement global du libre accès dans le monde.

Là encore, la réalité est plus complexe que ce que l'on pourrait croire, et ce serait une erreur de considérer le Diamant et les revues Diamant comme la spécialité exclusive de l'Amérique latine et des sciences humaines et sociales, où il est effectivement extrêmement répandu. En fait, ce qu'une étude révèle¹⁶, c'est que le modèle Diamant est répandu dans de nombreuses disciplines et dans la plupart des régions du monde, y compris en Europe. En d'autres termes, alors que la plupart des discussions sur le libre accès se concentrent sur le modèle le plus prestigieux du paysage de l'édition, la voie Dorée avec paiement de frais de publication, la grande majorité des revues en libre accès se tournent résolument vers un autre modèle, dont l'impact et l'importance sont à tort négligés par la plupart des observateurs.

Les revues en Diamant représentent une partie négligée du paysage du libre accès car, par nature, elles ne sont pas impliquées dans les débats les plus enflammés au sujet de la mainmise des éditeurs commerciaux sur la communication savante. La plupart du temps, les sites de publication en libre accès Diamant appartiennent aux chercheurs par l'intermédiaire de leurs universités, organismes de recherche et sociétés savantes. En fait, ils représentent une adaptation discrète à l'ère numérique d'une longue tradition de publication savante. Ils constituent un modèle remarquablement pérenne de publication en libre accès, avec un nombre stable d'articles publiés au fil des ans, et en ce sens, la comparaison avec l'évolution des articles publiés en libre accès en échange du paiement d'APC est frappante.
<figure><img src="image_25.png" /><figcaption>Fig. 5 : Part des modèles d'accès libre OA Diamond et APC dans les revues listées par le DOAJ</figcaption></figure>

Source : Jeroen Bosman et al., « OA Diamond Journals Study. Part 1: Findings » (Zenodo, 9 mars 2021), https://doi.org/10.5281/zenodo.4558704. Source des données : DOAJ.

Le modèle de publication en libre accès Diamant se situe en dehors de l'économie capitaliste de l'édition à but lucratif et est donc insensible aux incitations du marché. En outre, ce modèle ne se contente pas de répondre aux besoins des chercheurs, mais il donne également à voir leurs capacités d'autonomie et d'autogestion dans le nouveau contexte numérique.

L'un des joyaux mis au jour par l'étude citée est la capacité d'innovation continue mise en œuvre dans l'ensemble du secteur, à travers une importante diversité d'initiatives dans différentes disciplines, langues et pays, par des communautés savantes qui s'efforcent constamment d'inventer et d'adapter leurs pratiques de communication à leurs besoins, en tirant pleinement parti des possibilités offertes par le web ouvert. Dans l'étude, une série de questions ouvertes sur leurs motivations ont été soumises à près de 1 200 éditeurs de revues en libre accès. Les valeurs éthiques et politiques sont apparues comme les principaux moteurs de leur investissement professionnel et personnel dans le libre accès. J'aimerais partager avec vous l'une des réponses les plus convaincantes que nous avons reçues dans le cadre de cette étude : « Notre philosophie de vie ouverte ne se limite pas à l'accès ouvert, aux logiciels ouverts et à l'évaluation ouverte. Nous nous sommes engagés à vivre, discuter, décider et échouer en public. Nous discutons et développons les valeurs et les politiques de notre projet ouvertement dans notre communication publique. »
Au-delà de la nécessaire complémentarité des différentes voies du libre accès, de nouveaux types de débats ont émergé ces dernières années autour du concept de diversité dans le mouvement du libre accès. Un certain nombre de voix dans la communauté ont appelé à prendre du recul et à essayer de réfléchir davantage au pourquoi du libre accès et pas seulement au comment. Elles soulignent que, en se retrouvant inclus dans des politiques institutionnalisées de science ouverte, le mouvement du libre accès pourrait passer à côté de son objectif initial, au moment même où il semble l'atteindre.

Il est vrai que, sous l'impulsion de l'innovation, l'adoption de la science ouverte a entraîné une forte diversification des technologies, des formats et des flux de travail dans l'édition universitaire, du moins en apparence. Le nombre de nouveaux acteurs proposant de nouvelles façons de créer, d'évaluer, de diffuser, de découvrir et d'examiner les résultats de la recherche est stupéfiant. Il y a 20 ans, la modeste proposition de Stevan Harnad¹⁷ de transformer radicalement la communication universitaire en plaçant la recherche sur Internet a eu de nombreux rejetons : preprints, méga revues, éditions électroniques, épi-revues, entrepôts nouvelle génération, plateformes d'édition, articles de données, livres vivants, micropublications et, bien sûr, 50 nuances d'évaluation ouverte par les pairs. Nos collègues Jeroen Bosman et Bianca Kramer de l'université d'Utrecht ont merveilleusement bien décrit ce monde fascinant de l'innovation dans la communication savante dans leur projet 101 Innovations¹⁸.

Cependant, dans le même temps, nous avons compris que la science ouverte et son puissant élan de diversification par l'innovation n'empêchent pas la concentration du pouvoir par l'écosystème de l'édition scientifique académique. D'une certaine manière, tout comme l'utopie cyberlibertarienne du web ouvert a soudainement abouti au terrible contrôle de tous les moyens de communication par les GAFAM, de nombreux articles ont montré qu'un nombre limité de sociétés à but lucratif contrôlent l'ensemble du flux de production des connaissances scientifiques grâce à des fusions et acquisitions stratégiques dans le contexte de la science ouverte. Cela a conduit à un certain nombre de prises de position et d'initiatives, comme l'appel publié par Kathleen Shearer l'année dernière¹⁹ et qui fournit un certain nombre de recommandations pour favoriser la bibliodiversité dans la communication savante.

Cela nous amène à considérer l'édition universitaire sous un angle différent. Notre collègue Leslie Chan a récemment fait une présentation saisissante lors de la conférence FORCE2021²⁰ pour nous encourager à remettre en question le racisme structurel et les préjugés systématiques dans la production de connaissances. Dans son exposé, il a montré comment les coûts d'accès ne sont que la partie la plus visible d'une lutte de pouvoir au sein de la production de connaissances qui empêche la
pleine adoption de pratiques de science ouverte. En d'autres termes, il encourage à
regarder au-delà des différentes voies du libre accès, au-delà des modèles commer-
ciaux qui le sous-tendent, au-delà des publications elles-mêmes, et à commencer à
remettre en question l'ensemble de l'infrastructure de la connaissance, y compris les
pratiques d'examen par les pairs, les pratiques éditoriales, ou encore la façon dont
les normes, les outils et la technologie nourrissent une unique culture de la pensée
dans le monde universitaire et étouffent la diversité des courants de pensée qui sont
essentiels dans une véritable science ouverte.

Comme Leslie le souligne à juste titre, les infrastructures jouent un rôle crucial dans la défense de la diversité au sein de la communication savante, ou, à l'opposé, dans celle de stratégies monopolistiques conduisant à l'exclusion épistémique. Ces dernières années, le rôle des infrastructures à tous les niveaux de la science ouverte est devenu de plus en plus évident. Parce que l'édition en libre accès est avant tout une édition électronique, avant même d'être ouverte, la question de la durabilité est de la plus haute importance, mais la question de l'ouverture s'applique ici aussi pour s'assurer notamment que l'infrastructure ne recrée pas des silos derrière la porte ouverte. Geoffrey Bilder, Jennifer Lin et Cameron Neylon, les auteurs des *Principles of Open Scholarly Infrastructure*²¹, l'ont bien dit : « Tout ce que nous avons gagné en ouvrant le contenu et les données sera menacé si nous permettons la fermeture des infrastructures savantes. »

Où en sommes-nous après 30 ans de développement du libre accès, 20 ans après les Déclarations B, 10 ans après le point de bascule ? Un observateur se penchant à nouveau sur le domaine après 30 ans d'absence serait probablement horrifié par le niveau de complexité qu'il a atteint depuis. La multiplication des modèles économiques, la création continue de nouveaux formats, de nouveaux outils, de nouvelles plateformes, conséquence d'une innovation permanente, et la complexité des services numériques interagissant entre eux semblent avoir transformé l'édition scientifique en un labyrinthe où il est facile de se perdre.

Pour mieux appréhender la situation et identifier les défis qui se présentent à nous, j'aimerais proposer, pour finir, de prendre à nouveau du recul et de considérer l'édition scientifique sous un angle différent. Tout d'abord, je voudrais faire référence à un livre publié par une de mes collègues de l'EHESS, Valérie Tesnière. Son livre *Au Bureau de la revue*²² raconte la longue histoire de l'édition scientifique en France au cours des xIXe et XXe siècles. Cette longue histoire, constituée d'anecdotes diverses et extraordinaires, illustre parfaitement la véritable nature de l'édition scientifique dans toute sa diversité, avec un nombre incroyablement élevé de formats, de pratiques et de produits différents, constamment renouvelés au fil des décennies. C'est une
histoire d'innovation et de créativité constantes en lien avec l'évolution des besoins de la communauté scientifique et de la société elle-même. Cette histoire nous rappele que donner accès à la connaissance par le biais de publications est un effort de longue haleine qui a commencé bien avant le mouvement du libre accès lui-même. L'histoire relativement courte du libre accès doit être placée dans la continuité de l'histoire plus longue de la communication savante.

Deuxièmement, je voudrais faire référence à un autre livre²³ publié par un autre de mes collègues à l'EHESS, Christian Jacob. Dans ses recherches, Christian étudie ce qu'il appelle les lieux de savoir, les lieux de connaissance de tous ces objets, outils, cadres, instruments qui soutiennent la création et la circulation du savoir dans diverses cultures et époques. Christian considère qu'un lieu de savoir est intimement lié à son contexte social et à d'autres lieux de savoir. Selon lui, la connaissance ne peut être considérée indépendamment de la culture et de la société dont elle est issue et devrait toujours être comprise comme faisant partie du tissu social où elle a un sens. Je vous propose de considérer l'édition universitaire comme un réseau de lieux de savoir, un jardin public de la connaissance avec de nombreux chemins de bifurcation, des carrefours et des lieux de rencontre qui doivent être compris comme tels.

La situation singulière que nous vivons actuellement de manière collective a conduit nombre d'entre nous à nous interroger sur le sens de nos activités. Que faisons-nous exactement ? Pourquoi le faisons-nous ? Qu'est-ce qui est important ? En tant qu'activité sociale, la production de connaissances n'est pas exempte de ce genre de questions. Nos collègues responsables des revues interrogées dans le cadre de notre étude sur le libre accès Diamant ont répondu, à mon avis, très simplement à cette question : « Le libre accès à l'information scientifique est un élément essentiel du développement économique et social. Nous avons à l'esprit notre engagement ferme en faveur de la démocratisation de la connaissance. Les idées et le savoir public n'ont pas de prix. » Le défi à relever est donc assez facile à comprendre. Il ne s'agit pas de deviner ce que sera l'avenir de l'édition. Il ne s'agit pas de parier sur le futur vainqueur de la course entre les modèles OA et les nouvelles technologies. Il ne s'agit pas de déclarer obsolètes les formes traditionnelles de communication scientifique qui sont essentielles pour les communautés savantes.

À mon avis, le défi à venir consiste plutôt à soutenir efficacement tous ces lieux de savoir et à continuer à tous les ouvrir, au profit de la société. Nous avons besoin de politiques et de stratégies intelligentes qui soutiennent les sciences, techniques et médecine et les sciences humaines et sociales, les revues, les livres et les comptes rendus, ainsi que les différentes langues dans lesquelles les chercheurs
communiquent avec leurs pairs et avec la société. Nous devons soutenir les lieux d'édition traditionnels dans leur cheminement vers le libre accès, et mais également soutenir ceux qui sont nativement ouverts. Nous devons soutenir ceux qui veulent expérimenter au-delà des formats traditionnels, ainsi que ceux qui continuent à travailler sur des collections éditoriales historiques. Nous devons soutenir la diversité et la préserver des pratiques prédatrices. En d'autres termes, nous devons coordonner encore plus et encore mieux les disciplines, les communautés et les pays. Nous devons nous considérer comme des partenaires plutôt que des concurrents, nous soutenir mutuellement, apprendre les uns des autres et nous envisager comme au service du même objectif, chacun à sa manière.

Enfin, je pense que nous avons besoin d'un écosystème scientifique ouvert coordonné, dans lequel les différentes pratiques de publication académique sont encouragées de manière égale, tant qu'elles sont éthiques et durables, car elles sont toutes des éléments constitutifs d'une infrastructure de la connaissance, et nous n'en sommes pas encore là.

## Pour aller plus loin

« Le modèle économique du libre accès Diamant repose sur trois piliers :

* le bénévolat des chercheurs eux-mêmes, qui investissent beaucoup de temps et d'énergie dans la gestion de leurs revues, car c'est très important pour la communauté scientifique ;

* le soutien institutionnel souvent important représenté par les personnels détachés dans les centres d'édition scientifique publique par les institutions et les organismes de recherche ;

* et bien sûr les financements proprement dits, provenant notamment de subventions.

Le libre accès Diamant fait donc bel et bien l'objet d'un modèle économique. Ce dernier est resté plus ou moins invisible jusqu'à présent, et l'un des résultats de notre étude a été de le mettre en lumière. Ce dont nous avons besoin maintenant, c'est de stratégies et de politiques institutionnelles meilleures et plus efficaces pour soutenir plus efficacement et de manière plus durable ce type de modèle économique. »

« Le temps passé par les chercheurs à gérer une revue scientifique est nécessairement du temps perdu pour la recherche sur le terrain. C'est pourquoi il est fondamental que ce travail éditorial soit reconnu comme du travail de recherche. »
« Les chercheurs sont sans aucun doute au cœur du libre accès Diamant, en tant que pilotes, mais ils ne sont pas seuls. Ils sont accompagnés et soutenus dans leurs activités éditoriales par des infrastructures robustes et diversifiées, dont il est parfois compliqué de parler en raison de leur technicité. Il est nécessaire de mieux comprendre et valoriser ces infrastructures et le rôle indispensable qu’elles jouent dans la diffusion des connaissances, de les soutenir financièrement et d’être attentif à leur gouvernance, afin qu’elles répondent au mieux aux besoins des chercheurs. »

Références

1. Leslie Chan et al., « Initiative de Budapest pour l'accès ouvert », 14 février 2002, https://www.budapestopenaccessinitiative.org/read/french-translation/.

2. Peter Suber, « Bethesda Statement on Open Access Publishing », 20 juin 2003, http://legacy.earlham.edu/~peters/fos/bethesda.htm.

3. Martin Stratmann, « Déclaration de Berlin sur le libre accès à la connaissance en Sciences exactes, Sciences de la vie, Sciences humaines et sociales », 22 octobre 2003, https://openaccess.mpg.de/Berlin-Declaration.

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5. « Science Metrix », consulté le 16 mars 2022, https://www.science-metrix.com/.

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7. « Unpaywall », consulté le 16 mars 2022, https://unpaywall.org.

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14. Quentin Dufour, David Pontille, et Didier Torny, « Contracter à l’heure de la publication en accès ouvert. Une analyse systématique des accords transformants »,
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17. Stevan Harnad, « A Subversive Proposal », in *Scholarly Journals at the Crossroads: A Subversive Proposal for Electronic Publishing*, éd. par A. Okerson et J. O'Donnell (Scholarly Journals at the Crossroads; A Subversive Proposal for Electronic Publishing (01/01/95), Association of Research Libraries, 1995), https://eprints.soton.ac.uk/253351/.

18. Bianca Kramer et Jeroen Bosman, « Innovations in Scholarly Communication - Changing Research Workflows », Innovations in Scholarly Communication, consulté le 16 mars 2022, https://101innovations.wordpress.com/.

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20. Leslie Chan, « Beyond Diversity and Inclusion: Challenging Structural Racism and Systemic Biases in Academic Knowledge Production », 7 décembre 2021, https://doi.org/10.5281/ZENODO.5763937.

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22. Valérie Tesnière, *Au bureau de la revue : une histoire de la publication scientifique (xix-xxe siècle)*, En temps & lieux, Vol. 103 (Paris : EHESS. École des hautes études en sciences sociales, 2021).

23. Christian Jacob, *Qu'est-ce qu'un lieu de savoir ?*, Encyclopédie numérique (Marseille : OpenEdition Press, 2014), http://books.openedition.org/oep/423.
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# Nouvelles formes de publication.
Pourquoi ? Comment ?
Jusqu'où ?

Jessica Polka
ASAPbio

Je vais aborder la question des nouvelles formes de publications du point de vue des sciences de la vie, mais je pense que la citation que je vais partager s'applique à toutes les disciplines scientifiques : « La science, ce n'est pas que des articles » (Louise Page, anciennement éditrice chez PLoS). Il me semble que pendant des siècles, nous avons contraint la science à adopter des formats pouvant être reproduits par des presses d'imprimerie puis envoyés par la poste à des bibliothèques, pour ensuite reposer sur des étagères. Je reconnais, comme Pierre l'a souligné, qu'il y a certainement des situations dans lesquelles ce mode opératoire est vraiment robuste et puissant, mais la connaissance scientifique peut également être assez ramifiée, en évolution, et elle peut également encapsuler des codes, des données et de nombreux autres types de médias.

Toutes ces caractéristiques peuvent être valorisées par la publication électronique. Le web permet de copier, d'échanger et de diffuser des informations à très faible coût. Il permet à un plus grand nombre de personnes d'être co-créateurs des connaissances et co-propriétaires des structures qui permettent cette co-création. Il permet à la communauté de produire de nouvelles versions de ces connaissances, de suivre ces versions dans le temps et d'échanger dans un dialogue ouvert, de manière synchrone ou asynchrone. Les textes peuvent également être intégrés à d'autres types d'objets, comme des données ou du code, et je voudrais souligner le fait que c'est précisé-ment cela qui en permet une diffusion libre et rapide.

Même si nous disposons de moyens à la fois nombreux et étonnants pour assurer cette diffusion rapide, la communication de certaines formes de science prend plus de temps que jamais. Si l'on examine les données d'un programme d'études supé-rieures en sciences de la vie aux États-Unis, on constate que les étudiants mettent désormais un an de plus à publier leur premier article en tant que premier auteur¹. Cette situation ne freine pas seulement les carrières des jeunes scientifiques, mais aussi la découverte en général. Puisque la science s'appuie sur les connaissances
antérieures créées par autrui, ces retards de publication n'affectent pas seulement l'article en question, mais aussi tous les articles ultérieurs qui le référencent. Pourquoi cela se produit-il ? L'une des raisons possibles est que, sur la même période, le nombre de visualisations (je ne parle pas ici des figures mais bien des visualisations) au sein de nombreuses revues a augmenté de façon spectaculaire, même sans tenir compte du nouveau phénomène des données supplémentaires. Ce constat est généralisé.

Nous recueillons plus de données, mais nous publions moins vite. Pourquoi cela se produit-il ? Je pense que la réponse réside dans le fait que l'édition traditionnelle cumule trois fonctions différentes : la diffusion de la science, l'examen par les pairs et la conservation. Une revue ne diffuse pas un travail avant de l'avoir fait examiner par des experts et d'avoir décidé qu'il mérite, en un sens, d'être diffusé sous son intitulé et de profiter du prestige qui lui est associé. De ce fait, les auteurs sont incités à ne pas partager leurs travaux tant qu'ils n'ont pas mis au point une histoire prestigieuse, qui sera publiée dans une revue à fort impact.

Le besoin de cumuler ces trois fonctions, en particulier le prestige qui permettra d'obtenir financements et emplois, est compréhensible dans un monde où il est nécessaire d'avoir recours à l'impression physique et à l'expédition de volumes, mais ce modèle est actuellement en train de changer. Il existe pour cela quatre approches différentes, la première étant la micro-publication. Il s'agit d'une forme de publication par nature très courte. L'exemple le plus connu est probablement microPublication.org, qui compte plus de 400 publications, mais d'autres expériences comme PLOS Currents² et Science Matters³ entrent également dans cette catégorie. Dans ce modèle, les chercheurs sont explicitement encouragés à soumettre des travaux courts. Ceux-ci sont examinés par des pairs et publiés de manière assez standard. Il n'est pas nécessaire de réunir ses nombreuses découvertes au sein d'une théorie globale, et ces résultats sont indexés dans des bases de données comme PubMed et Europe PMC.

Une deuxième innovation est le pré-enregistrement et les rapports enregistrés. Le pré-enregistrement consiste à publier dans un registre en libre accès la conception d'une future étude, en en partageant à l'avance protocoles et méthodes. Les rapports enregistrés⁴ vont un peu plus loin : dans ce cas de figure, les revues (plus de 300) acceptent d'évaluer et de publier des articles en se basant uniquement sur la conception de l'étude et sa méthodologie, et non sur ses futurs résultats. Cela permet d'éviter un biais de sélectivité en faveur des résultats positifs et fait reposer la publication de l'article, et donc son prestige ou son apparence de prestige, sur la conception, et non sur les résultats. Cette pratique ne convient cependant pas à tous
les types de résultats, notamment ceux pour lesquels le passage de l'hypothèse à l'expérience est très rapide.

Une troisième innovation fait évoluer l'article au-delà du format PDF, car les chercheurs partagent sur le web des données, des codes et des visualisations qui ne peuvent pas être imprimés dans un article traditionnel. De nombreuses revues hébergent depuis de nombreuses années du matériel supplémentaire aux articles, mais certaines vont encore plus loin. eLife a ainsi lancé une fonction appelée « articles exécutables⁵ », construite avec Jupyter Notebooks et R Markdown, qui permet aux lecteurs de manipuler du code et de générer des figures pendant qu'ils lisent l'article lui-même. De nombreuses revues ne prennent pas directement en charge ce type d'objets, de sorte que les chercheurs doivent les publier séparément et éventuellement les lier à la publication. Certains chercheurs créent alors des sites web personnalisés pour héberger et donner à voir leurs données complexes, qui sont ensuite publiées en même temps que l'article associé, ou bien en amont dans certains cas.

Ce qui m'amène à la quatrième innovation dont je veux parler aujourd'hui, à savoir le modèle « Publier d'abord, réviser ensuite », qui dissocie les deux missions de la publication. Les chercheurs mettent à disposition leurs travaux avant l'examen par les pairs, puis les étapes de l'examen par les pairs et de la conservation pérenne sont réalisées dans un deuxième temps. Cette mise à disposition peut prendre la forme d'un code sur GitHub, de données dans un entrepôt, de carnets de laboratoire ouverts ou de prépublications (*preprints*), largement répandues ces dernières années et qui sont des articles diffusés sur un serveur en libre accès dès avant l'examen par les pairs. Un serveur de preprints, plutôt que de procéder à un réel examen par les pairs, se contente de manière assez souple de vérifier que le manuscrit est bien un travail scientifique. Bien que ce ne soit pas forcément le cas, ce manuscrit est souvent le même que celui qui passe ensuite au crible de l'évaluation par les pairs au sein d'une revue. Alors que cet article subit de multiples cycles de relecture pendant des mois, voire des années, le manuscrit déposé sur le serveur de preprints peut être mis à jour avec de nouvelles versions, et est ouvert à l'ensemble de la communauté pour qu'elle puisse en discuter et en fournir des commentaires. Il est librement accessible à tous dans le monde entier.

La plupart des gens partagent leur prépublication en même temps qu'ils soumettent leur article à une revue, mais le recours au versionnage permet d'utiliser les preprints d'une manière nouvelle, en en partageant le contenu bien avant la soumission à une revue. Toutes ces raisons expliquent pourquoi, au cours des huit dernières années environ, près de 400 000 preprints ont été publiés dans le domaine des sciences de la vie. Les chercheurs en sciences de la vie ne sont pourtant pas les plus en avance :
les preprints existent depuis plus de trente ans en physique et en mathématiques, et les spécialistes des sciences sociales et les économistes y ont également large- ment recours. Le ralliement des sciences de la vie à cette pratique a été largement favorisé par les bailleurs de fonds privés et publics, qui ont adopté des politiques de reconnaissance officielle des preprints. La Fondation Simons⁶ a été la première à le faire en 2016, suivie par de nombreux autres organismes. Récemment, les preprints traitant de la COVID-19 ont été disséminés via PubMed, en parallèle d'un fantastique chantier d'inclusion des preprints au sein d'Europe PMC. L'année dernière, la revue eLife a annoncé qu'elle passerait à une forme de publication basée sur les preprints, dans laquelle elle n'examinera que les manuscrits ayant été préalablement diffusés sous cette forme.

Il est également important de noter que, contrairement à ce qui se passe en physique et en mathématiques, les preprints en sciences de la vie sont hébergés sur des ser- veurs qui offrent différentes fonctionnalités et qui appartiennent à différents types d'entités, notamment des institutions scientifiques, des sociétés savantes et des éditeurs commerciaux. La participation de ces derniers acteurs est susceptible de convertir de nouveaux auteurs au système des preprints quand ceux-ci se retrouvent invités par les éditeurs à partager leurs manuscrits, mais elle soulève également la question de la mainmise des éditeurs sur ces pratiques, de la gouvernance globale de ces serveurs de preprints d'un point de vue politique, et du libre accès aux méta- données.

Les preprints ne sont pas adoptés de la même manière dans toutes les disciplines et dans tous les pays du monde. Selon des données antérieures à la pandémie⁷, il exis- tait de grandes disparités dans la proportion de preprints par rapport à la production scientifique totale de différents pays, certains étant très sur-représentés et d'autres sous-représentés. Bien sûr, étant donné leur capacité à communiquer rapidement les nouvelles données scientifiques, il n'est pas surprenant que les preprints aient été lar- gement utilisés au début de la pandémie de COVID-19⁸, mais leur proportion par rapport à l'ensemble des publications scientifiques a diminué au fil du temps. Comment cela s'explique-t-il ? Un indice pourrait venir d'une petite enquête que nous avons menée en 2020⁹, dans laquelle nous avons demandé aux chercheurs et à d'autres personnes de nous faire part de leurs préoccupations concernant les prépublications. Je ne pense pas que cette question aurait soulevé autant d'inquiétude si nous l'avions réalisée un an plus tard, mais la principale préoccupation que nous avons constatée concernait la couverture médiatique prématurée donnée aux preprints. Les chercheurs sont proba- blement sensibles au fait que l'attention du public et des médias sur ces publications est plus importante que jamais, et que l'information qu'elles contiennent peut parfois être sortie de son contexte ou amplifiée de manière contreproductive.
Prenons l'exemple d'un preprint publié au début de la pandémie, qui faisait état d'un lien entre COVID-19 et VIH¹⁰, et qui montre combien faire apparaître publiquement les réactions, commentaires et rapports d'expertise des pairs à propos des preprints est une bonne solution pour contrecarrer ces dérives potentielles. Dans les heures qui ont suivi la publication de ce preprint, des dizaines de chercheurs ont publié des commentaires sur bioRxiv¹¹ et se sont exprimés sur Twitter, ces réactions étant toutes référencées dans la notice du preprint. Influencés par ces commentaires, les auteurs ont retiré leur preprint dans les 48 heures et, comme le souligne STAT News¹², c'est beaucoup plus rapide que ce qui aurait pu être réalisé dans un flux de travail traditionnel. C'est un exemple de la façon dont les réactions des lecteurs peuvent conduire à une auto-correction rapide. Bien que les commentaires de lecteurs soient beaucoup plus nombreux sur les preprints que sur les articles publiés dans les revues, une grande partie de ces commentaires se fait en privé, d'une manière qui n'est pas vraiment visible et utile pour les lecteurs. À l'heure actuelle, seuls 6 % des preprints bioRxiv font l'objet de commentaires publics sur le serveur.

Comment pouvons-nous encourager cette importante activité qu'est l'expertise des preprints ? Un changement culturel est nécessaire pour favoriser ce dialogue public. Je pense qu'il y a trois ingrédients pour cela. Il faut qu'il y ait des communautés, que ces communautés soient visibles et qu'elles soient reconnues. Heureusement, il existe déjà de nombreuses communautés d'évaluation par les pairs dans les sciences de la vie qui, ensemble, ont rédigé plus de 3 000 évaluations à partir de prépubli-cations déposées sur bioRxiv, et je dois mentionner que certaines revues publient également ces évaluations directement dans les preprints, comme la revue eLife, spécialisée dans les sciences de la vie, qui l'a fait des milliers de fois. Ces com-mentaires commencent également à être plus visibles. Sur bioRxiv, certaines cri-tiques sont visibles aux côtés du preprint, et il existe deux initiatives, eLife's Sciety¹³ et EMBO's Early Evidence Base¹⁴, qui agissent comme des agrégateurs pour ce type d'informations.

Il est important d'utiliser une terminologie précise et de comprendre la différence entre ces différents modèles, car ils mettent en œuvre énormément d'innovations et d'expérimentations. Ces modèles s'intègrent de différentes manières dans le modèle « Publier d'abord, réviser ensuite ». Par exemple, Review Commons, que nous avons lancé avec l'EMBO, effectue un seul cycle d'évaluation, puis transmet le preprint accompagné de ses rapports à des revues affiliées, qui acceptent de ne pas recommencer le processus d'examen par les pairs depuis le début. Ces revues terminent ensuite le processus d'évaluation, en faisant généralement appel aux mêmes experts, et décident de publier l'article, assurant enfin sa curation selon un mode plus traditionnel. Autre exemple, Peer Community In¹⁵, qui est soutenu par le
Fonds national français pour la science ouverte, pilote des communautés dans de nombreuses disciplines différentes et effectue l'ensemble du processus d'évaluation par les pairs. Il est également compatible avec le système traditionnel, car les revues peuvent choisir de publier l'article ou non et les revues jouent également un rôle de curation. Cependant, PCI émet aussi sa propre recommandation pour l'article, ce qui constitue une forme intrinsèque de curation, qui commence à être officiellement reconnue. Dix-huit écoles doctorales françaises reconnaissent ainsi les articles vali-dés par PCI comme équivalents aux articles publiés dans des revues¹⁶.

À l'avenir, que pouvons-nous faire pour aider cet écosystème à se développer ? Je pense que nous devons inviter explicitement les chercheurs à mentionner dans leurs CV leurs résultats non encore évalués par les pairs, comme preuve de productivité. Beaucoup de soutien est d'ores et déjà accordé aux preprints, mais le code, les don-nées et les carnets ouverts doivent également être reconnus. En outre, nous devons accorder du crédit à l'évaluation de ces preprints et d'autres résultats, et soutenir de nouveaux modèles d'échange scientifique et de curation, ce qui implique de parvenir à une sorte d'accord sur ce qu'il faut reconnaître officiellement et comment.

Pour aller plus loin

« Il arrive fréquemment que diverses informations concernant le protocole, les don-nées ou les résultats d'une étude soient publiés en libre accès sur des plateformes et sous des formes variées. Un objectif crucial pour valoriser ces différents travaux est de parvenir à les associer, et les serveurs de preprints jouent un rôle fondamental dans cette direction. La plateforme OpenScience Framework, par exemple, propose aux auteurs une interface très intuitive lors de la soumission d'un preprint, afin de leur permettre d'inclure des liens vers tous les travaux associés à leur manuscrit. Ce genre de liens réciproques gagnerait énormément à être généralisé à toutes les bases de données bibliographiques. »

« Les micropublications sont surtout utiles aux communautés scientifiques dans les- quelles le dépôt des données de recherche dans des entrepôts disciplinaires est déjà une pratique courante. Les micropublications associées à ces dépôts permettent de les valoriser en leur donnant plus ou moins la forme d'articles scientifiques, ce qui leur permet d'être mieux connues. »
Références

1 Ronald D. Vale, « Accelerating Scientific Publication in Biology », Proceedings of the National Academy of Sciences 112, n° 44 (3 novembre 2015): 13439-46, https://doi.org/10.1073/pnas.1511912112 ; see also Radames J. B. Cordero et al., « Life Science's Average Publishable Unit (APU) Has Increased over the Past Two Decades », PLOS ONE 11, n° 6 (16 juin 2016): e0156983, https://doi.org/10.1371/journal.pone.0156983.

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3. « Science Matters », consulté le 16 mars 2022, https://www.science-matters.eu/.

4. Centre for Open Science, « Registered Reports », consulté le 16 mars 2022, https://www.cos.io/initiatives/registered-reports.

5. eLife, « Executable Research Articles », eLife (eLife Sciences Publications Limited, 29 juin 2021), https://elifesciences.org/collections/d72819a9/executable-research-articles.

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7. John P.A. Ioannidis, « Meta-research to transform science », https://drive.google.com/file/d/1mRxiAepW3nJfbKsggWprqOyo0r85vBCK/view.

8. Ludo Waltman et al., « Scholarly Communication in Times of Crisis: The Response of the Scholarly Communication System to the COVID-19 Pandemic », report (Research on Research Institute, 6 décembre 2021), https://doi.org/10.6084/m9.figshare.17125394.v1.

9. ASAPbio, « Preprint Authors Optimistic about Benefits: Preliminary Results from the #bioPreprints2020 Survey », ASAPbio (blog), 27 juillet 2020, https://asapbio.org/biopreprints2020-survey-initial-results.

10. Prashant Pradhan et al., « Uncanny Similarity of Unique Inserts in the 2019-NCoV Spike Protein to HIV-1 Gp120 and Gag » (bioRxiv, 31 janvier 2020), https://doi.org/10.1101/2020.01.30.927871. Cet article a été rétracté.

11. « bioRxiv », consulté le 16 mars 2022, https://www.biorxiv.org.

12. Ivan Oransky et Adam Marcus, « Quick Retraction of a Faulty Coronavirus Paper Was a Good Moment for Science », STAT (blog), 3 février 2020, https://www.statnews.com/2020/02/03/retraction-faulty-coronavirus-paper-good-moment-for-science/.

13. eLife, « Home », Sciety, consulté le 16 mars 2022, https://sciety.org/groups/elife/lists.

14. EMBO, « Early Evidence Base », consulté le 16 mars 2022, https://eeb.embo.org/refereed-preprints/review-commons.

15. « Peer Community In », consulté le 16 mars 2022, https://peercommunityin.org.

16. « PCI Network », consulté le 16 mars 2022, https://peercommunityin.org/pci-network.
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# L'édition scientifique et l'Amérique latine

Arianna Becerril-García

Universidad Autónoma del Estado de México/Redalyc

Il est bien connu que l'Amérique du Sud bénéficie d'un écosystème plus solide et plus cohérent autour de la publication scientifique non commerciale. Je souhaite mentionner quelques points importants concernant cet écosystème, ses réseaux, les défis auxquels nous sommes confrontés et l'avenir que nous envisageons pour tout cela dans le cadre de notre travail.

Avant tout, je voudrais parler de ce que signifie la publication scientifique en Amérique latine, au-delà des chiffres, des modèles commerciaux et des modèles durables. Je voudrais que nous ayons bien tous à l'esprit qu'en Amérique latine, l'édition scientifique fait l'objet de recherches, de réflexions, et qu'il existe une communauté dynamique. Ces objectifs, qui sont ardemment recherchés au niveau international, sont déjà atteints en Amérique latine. Nous organisons des congrès et des conventions annuelles sur le sujet de l'édition, nous faisons preuve d'innovation, nous encourageons des développements. Il existe des défis et des opportunités, mais aussi des menaces pour ce système. Cependant, il s'agit d'un système très particulier qui existe depuis un certain temps déjà et qui possède une durabilité que les autres modèles de publication scientifique n'ont pas.

Il s'agit en effet d'un écosystème mis en place par la communauté scientifique où les revues sont développées par les chercheurs, les professeurs et le personnel universitaire et académique, mais avec la particularité très importante qu'il ne s'agit pas uniquement d'un travail bénévole, mais d'un travail prestigieux, large-ment reconnu. Les revues les plus prestigieuses sont dirigées par les chercheurs les plus éminents. Ce travail d'édition fait partie d'un écosystème de recherche, qui permet de générer plus de connaissances. Bien sûr, les jeunes chercheurs en cours d'études y participent aussi, ainsi que tous ceux qui souhaitent se former en participant à cet écosystème, afin que la connaissance puisse être transférée grâce à cet échange entre générations. Ces liens sont très intriqués et complexes, mais indispensables au maintien de cet écosystème.
La particularité intéressante de l'Amérique latine est que nous ne sommes pas
passés de l'édition académique à l'édition commerciale. Cela ne s'est pas encore
produit, bien que cette tendance se dessine pour certains projets. La plateforme
Latindex¹ héberge actuellement plus de 30 000 revues, dont plus de 11 000 sont
actives en ligne. Environ 2 000 d'entre elles sont des revues dont la haute qualité a
été reconnue par toutes sortes de critères sur différentes plateformes. Autour de la
publication scientifique, il y a beaucoup de travail, comme l'a mentionné Pierre Mou-
nier à propos des trois piliers qui soutiennent l'accès ouvert, mais en Amérique latine,
c'est beaucoup plus complexe que cela. La publication scientifique ne mobilise pas
uniquement les chercheurs, les personnels universitaires et les organismes natio-
naux, même si leur soutien est indispensable au système. Elle mobilise également
différentes organisations, plateformes et infrastructures qui complètent l'action des
universités. Nous avons des plateformes comme Latindex, Redalyc² et SciELO³ qui
examinent la qualité des revues scientifiques et suggèrent des axes d'amélioration
de leur qualité éditoriale pour répondre aux normes internationales, sans que ce soit
vécu comme une surcharge de travail pour les revues. Il existe également des organ-
isations comme CLACSO⁴ qui ont créé des communautés autour de l'accès ouvert
et ont travaillé à l'intégrer dans les politiques nationales, notamment dans le cadre
des évaluations scientifiques. Il s'agit d'un écosystème très complexe dans lequel les
rôles sont bien répartis, de façon à générer des avantages pour tous. Il faut entendre
par là des avantages pour les chercheurs d'Amérique latine, mais également pour le
monde entier. Les revues latino-américaines publient de plus en plus d'articles prove-
nant de nombreux pays étrangers, le tout gratuitement.

Il est donc d'autant plus important que ce système soit reconnu à sa juste valeur, car
il est géré de manière totalement gratuite, avec un accès ouvert immédiat et sans but
lucratif, par des acteurs qui appartiennent en grande majorité au monde académique.
On compte parmi eux une centaine d'universités et des dizaines de plateformes, ce
qui implique un certain nombre de défis en termes de collaboration, notamment au
niveau des accords qui doivent être conclus pour soutenir cet écosystème. Il est donc
particulièrement important que ce travail et cette implication soient reconnus.

Contrairement à d'autres régions, l'édition en libre accès (LA) Diamant en Amérique
latine fait l'objet d'un écosystème très cohérent, où la publication scientifique n'est
pas seulement un moyen de communiquer sur la science, mais également un objet
de recherche en tant que tel, entouré d'attention et auquel de nombreux individus,
plateformes et institutions consacrent leur énergie.

La communication scientifique peut ainsi être considérée comme un vrai bien com-
mun, et pas seulement à l'échelle de l'Amérique latine prise isolément. L'écosystème
que nous avons mis en place peut aussi agir en faveur du plurilinguisme, de la bibliodiversité, du libre accès immédiat, de l'implication immédiate de la communauté universitaire. Tout le monde peut avoir l'opportunité de participer aux débats, de s'informer, de façon à travailler en faveur d'une plus grande justice épistémique, de l'inclusion, d'une participation accrue et d'une plus grande équité, car il n'y a ni obstacle à la lecture, ni obstacle à la publication.

La technologie est un axe central important pour entraîner la publication scientifique vers un meilleur niveau de maturité. En cela, la publication en LA Diamant nous invite à réfléchir au meilleur moyen d'éviter que la science ne devienne une simple marchandise commerciale. Le premier accord transformant latino-américain vient d'être conclu en Colombie : il faut garder à l'esprit que ces accords ne transforment pas uniquement la publication scientifique, mais bien la science elle-même, en la faisant passer d'un bien commun à un objet mercantile. Ils transforment également la façon que nous avons de dépenser des ressources limitées, en remplaçant des dépenses d'investissement par des dépenses ponctuelles dans le cas des APC, par exemple. Ils transforment aussi ce que nous estimons valable et important, ce que nous tenons à contrôler. Qui va contrôler la communication scientifique ? À qui vont appartenir les données publiées dans les revues scientifiques ? Tous ces aspects sont véritablement transformés par les accords transformants.

Cette transformation touche également ce que nous pouvons considérer comme ouvert. En Amérique latine, nous considérons comme ouvert tout ce qui est partagé de manière publique, dans le cadre d'investissements communs, d'une coopération globale en vue d'une même cause. Les accords transformants nous incitent à penser que l'accès ouvert doit être payant. Pourtant, le LA Diamant permet à la communauté scientifique de posséder, contrôler et piloter la recherche scientifique. Il n'oblige pas à lutter contre l'élimination de la stratégie de rétention des droits d'auteur, car il n'y a pas de paiement préalable de ces droits. Le LA Diamant n'impose aucune des restrictions imposées de manière parfois dissimulée ou rétroactive par l'accès ouvert commercial, telles que des embargos, des contraintes portant sur le choix du lieu de dépôt (notamment pour le dépôt des preprints dans des répertoires institutionnels) ou sur la fouille de textes et de données, etc. Il arrive en effet fréquemment que des ressources disponibles en accès ouvert avec APC ne puissent pas en fait être fouillées librement, alors que ces méthodes sont indispensables à l'élaboration de nouvelles métriques et de nouveaux points de vue sur l'évaluation de la recherche.

Le LA Diamant piloté par la communauté académique permet également d'améliorer l'operérabilité et l'exécutabilité des ressources, de façon à proposer de nouveaux outils pour la découverte et l'exploration de l'information, pour l'optimisation des
flux éditoriaux, pour l'évaluation de la recherche, pour l'interconnexion des données ouvertes aux publications, etc. Tous ces bénéfices ne se retrouvent pas dans les autres modèles de communication scientifique.

Il importe de souligner que ce modèle n'est pas réservé à l'Amérique latine, mais est en train de s'étendre à d'autres pays. La collaboration de ces pays avec diverses institutions et infrastructures latino-américaines leur permet justement de faire émerger un libre accès qui reste fermement ancré dans la communauté académique, sans dériver du côté commercial de cette activité.

On peut citer par exemple une coopération lancée entre le Mexique et l'Angola autour du LA Diamant, qui oblige à se demander comment un État aux ressources limitées peut investir au mieux dans ses universités pour créer des mécanismes appropriés de communication scientifique et encourager la création de plateformes et d'entrepôts nationaux, ainsi que, surtout, comment soutenir à long terme et renforcer un travail collectif autour de cet écosystème de l'accès ouvert non commercial.

Il est important de reconnaître que d'une région à l'autre, il existe différents niveaux de maturité du LA Diamant. Le système latino-américain est robuste, cohérent et dynamique, grâce à la participation de tout le système académique : chercheurs, éditeurs de revues scientifiques, gouvernements, institutions, infrastructures ouvertes, entrepôts, bibliothèques, réseaux nationaux et régionaux (qui imposent souvent le dépôt en libre accès), etc. En Amérique latine, tout ce système s'est créé avant même l'apparition du concept d'« accès ouvert ». Ainsi, les obligations en faveur du libre accès n'ont donc exercé aucune coercition, puisque l'accès ouvert coulait déjà parfaitement de source.

L'évolution de la communication scientifique en direction de l'accès ouvert commercial dans d'autres pays du monde nous a cependant contraints à imposer explicite-ment à la communauté des chercheurs de publier en libre accès, alors que c'était en fait notre façon naturelle de faire les choses. À l'heure des APC ou de l'accès ouvert commercial, de telles obligations servent principalement à faire en sorte que les cher-cheurs optent pour un accès ouvert non commercial.

Il est important de comprendre qu'il est possible d'agir différemment, et de repartir de ce qui est à la base de la publication scientifique et de ses besoins. Dans d'autres régions du monde, le LA Diamant est moins robuste, plus dispersé, dans lesquelles créer une revue scientifique est avant tout une question de volonté individuelle et moins de soutien institutionnel, contrairement à l'Amérique latine.