# GT DCE mangrove. Rapport final Guadeloupe 2019-2022

Guillaume Dirberg, Cédric Hubas, Tony Robinet, Philippe Cuny, Cécile Militon, François Fromard, Françoise Gilbert, Romain Walcker, Emma Michaud, Maud Fiard, et al.

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To cite this version:

Guillaume Dirberg, Cédric Hubas, Tony Robinet, Philippe Cuny, Cécile Militon, et al. GT DCE mangrove. Rapport final Guadeloupe 2019-2022. Office Francais de la Biodiversite. 2022. hal-05480570

HAL Id: hal-05480570

https://ofb.hal.science/hal-05480570v1

Submitted on 27 Jan 2026

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# GT DCE mangroves

**Membres du Groupe de Travail DCE Mangrove impliqués dans la présente étude :**

- G. Dirberg, C. Hubas, T. Robinet (UMR BOREA/MNHN)

- P. Cuny, C. Militon (UMR MIO/AMU)

- F. Fromard, F. Gilbert, R. Walcker (UMR ECOLAB/CNRS)

- E. Michaud (UMR LEMAR/CNRS)

**Participants aux différentes études hors GT (Thèses, techniciens, CDD, collaborateurs) :**

- M. Fiard, L. Sylvi (UMR MIO/AMU)

- I. Bihannic, A. Spedicato, A. Tham-Vo (UMR LEMAR/CNRS)

- D. Zeppilli (UMR BEEP/Ifremer)

Rapport d'activités
Guadeloupe 2019-2022
# SOMMAIRE

## Table des matières

<table><tr><td>I.</td><td>Rappel des sites d'études et de la méthodologie employée</td><td>2</td></tr><tr><td>II.</td><td>Résultats</td><td>6</td></tr><tr><td>II.1</td><td>Caractéristiques forestières</td><td>6</td></tr><tr><td>II. 2</td><td>Caractéristiques physiques et chimiques du sédiment</td><td>13</td></tr><tr><td>II.2.1</td><td>pH et potentiel rédox</td><td>13</td></tr><tr><td>II.2.2</td><td>Carbone et azote particulaire dans les carottes sédimentaires de tous les sites</td><td>13</td></tr><tr><td>II.2.3</td><td>Granulométrie</td><td>14</td></tr><tr><td>II. 3</td><td>Niveau de contamination organiques et concentrations en éléments traces métalliques et métalloides (ETMM)</td><td>15</td></tr><tr><td>II.3.1</td><td>Teneurs en pesticides et en PolyBromoDiphénylÉthers (PBDEs)</td><td>16</td></tr><tr><td>II.3.2</td><td>Teneurs en Hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAPs) et PolyChloroBiphényles (PCBs)</td><td>16</td></tr><tr><td>II.3.3</td><td>Teneurs en Phtalates</td><td>18</td></tr><tr><td>II.3.4</td><td>Niveaux de concentrations sédimentaires en ETMM</td><td>19</td></tr><tr><td>II. 4</td><td>Microbiologie sédimentaire</td><td>20</td></tr><tr><td>II.4.1</td><td>Biomasse moléculaire microbienne (ADN sédimentaire total)</td><td>20</td></tr><tr><td>II.4.2</td><td>Abondance bactérienne et des archées (nombre de copies de gènes rrs 16S)</td><td>21</td></tr><tr><td>II.4.3</td><td>Diversité des bactéries et des archées</td><td>22</td></tr><tr><td>II. 5</td><td>Méiofaune, méso et macrofaune</td><td>26</td></tr><tr><td>II.5.1</td><td>Méiofaune des carottes sédimentaires</td><td>26</td></tr><tr><td>II.5.2</td><td>Méso et macrofaune : variabilité horizontale</td><td>30</td></tr><tr><td>II.5.2</td><td>Méso et macrofaune : variabilité verticale et remaniement sédimentaire</td><td>34</td></tr><tr><td>II. 6</td><td>Analyses acides gras et pigments sur litter-bags</td><td>40</td></tr><tr><td>II. 7</td><td>Acides gras et pigments sur sédiment</td><td>41</td></tr><tr><td>III.</td><td>CDD, stages et thèse adossés aux dernières analyses de Guadeloupe 2020-2022</td><td>41</td></tr></table>
# I. Rappel des sites d'études et de la méthodologie employée

En Guadeloupe, la zone intertidale propice au développement de la mangrove ne dépasse généralement pas quelques centaines de mètres de largeur. Elle correspond à des bassins sédimentaires côtiers en partie submergés par la mer et protégés de la houle du large. D'un point de vue floristique, la Guadeloupe partage 5 espèces de palétuviers avec les autres régions de la zone biogéographique Atlantique-Est-Pacifique. Les principales caractéristiques structurales de ces espèces sont rappelées en **Figure 1**. Trois de ces 5 espèces constituent l'essentiel des peuplements : *Rhizophora mangle* L. (rhizophoracées), *Avicennia germinans* (L.) Stearn (avicenniacées) et *Laguncularia racemosa* (L.) Gaertn. f. (combrétacées). *Avicennia schaueriana* Stapf & Leechman (avicenniacées) et *Conocarpus erectus* L. (combrétacées) sont assez rares. La zonation spatiale des espèces en faciès le long d'un gradient mer-terre est très marquée. Le front de mer ainsi que les berges basses des rivières et canaux sont généralement colonisés par le genre *Rhizophora*. Au-delà, hors d'atteinte des marées quotidiennes, *Avicennia* remplace *Rhizophora* et domine. Plus à l'intérieur, lorsque les bassins versants apportent de l'eau douce en quantité, de hauts peuplements mélangés sont dominés par *Rhizophora*. Enfin des tannes (plages sédimentaires sursalées) se retrouvent parfois en arrière mangrove lorsque l'eau douce vient à manquer.

Les mangroves des Petites Antilles font partie des mangroves ultramarines qui subissent les pressions anthropiques les plus fortes. En Guadeloupe, hormis les pressions naturelles (changement climatique, sécheresse, cyclones), les mangroves sont exposées à l'enrichissement en matière organique des eaux côtières (rejets d'eaux usées non-traitées, rejets industriels, agroalimentaires, décharges) et à des pollutions par des composés chimiques utilisés en agriculture, dans les zones urbaines et portuaires (pesticides, hydrocarbures, métaux lourds et métalloïdes). Ces pressions touchent principalement les mangroves situées à proximité des centres urbains et industriels (e.g. Pointe-à-Pitre, aéroport du Raizet, Marina de Pointe-à-Pitre, zone industrielle de Jarry, décharge de la Gabarre).

Une étude préliminaire en Guadeloupe a été faite en Juin 2019 (13-29 juin) sur **cinq sites d'études**, nommés « Goyave (GO) », Décharge (DE) », « Intermédiaire (IN) », « Babin (BA) » et « Fajou (FA) », ayant des conditions environnementales variables du fait de leur situation géographique spécifique (**Figures 2, 3**). Le site « Goyave » se situe sur la partie Ouest de l'île du côté de la Mer des Caraïbes sur Grande terre caractérisée par un fort relief et une importante circulation hydrologique, alors que l'ensemble des autres sites sont localisés sur Basse-Terre. Seul le site de « Fajou » est isolé sur un îlot au sein de la réserve naturelle appartenant au « Grand Cul de sac marin ». Les mangroves de ces différentes stations sont exposées à différents types de pressions d'intensité variable :

* Babin (BA) et Fajou (FA), considérées comme des stations de références, sont situées respectivement dans les zones côtières Sud et Nord du Grand Cul de Sac Marin ;

* Goyave (GO) est située à proximité d'habitations, d'un port, d'une STEP côtière (3000 à 10000 EH) et d'un bassin-versant agricole ;
* Décharge (DE) et Intermédiaire (IN) sont situées à proximité de la décharge de Gabarre, de l'aéroport du Raizet et d'espaces artificialisés.

<figure><img src="image_13.png" /><figcaption>**Figure 1** : Principales caractéristiques structurales des palétuviers de Guadeloupe (extrait de Spalding et al. 2010).</figcaption></figure>
<figure><img src="image_14.png" /><figcaption>**Figure 2** : Carte des sites d'études échantillonnés en Guadeloupe en Juin 2019 indiquant la différence de contexte environnemental sur l'ensemble de l'île (@ A. Dutrey, stagiaire en DUT au LEMAR)</figcaption></figure>

<figure><img src="image_15.png" /><figcaption>**Figure 3** : Emplacement des sites d'étude en Guadeloupe vis-à-vis des surfaces totales de mangroves.</figcaption></figure>
Dans le cadre du projet, des parcelles d'inventaire de la végétation ont été recensées sur chaque site d'étude sélectionné (Tableau 1), hormis la mangrove de Goyave qui ne présentait pas un peuplement suffisant mais seulement une étroite lisière en érosion. Il est important de noter que les sites d'étude ont été choisis à proximité des berges, là où Rhizophora domine habituellement. Des parcelles ont également été inventoriées dans les forêts marécageuses à Ptérocarpus de Goyave et Pointe Rose ? Ce point ne faisant pas l'objet de la présente convention n'est pas présenté ici dans le détail uniquement indiqué à titre d'informations. Des points de salinité des eaux de surface et interstitielles du sédiment ont été mesurés à l'aide d'un réfractomètre de terrain à Décharge (41 en surface et 29, 37.5, 52 dans les eaux interstitielles) et à Goyave (17 en surface et 23 dans les eaux porales). Des données géo-localisées quantitatives de densité (troncs/ha), diamètre des troncs (cm), surface terrière (m²/ha), mortalité (%) et régénérations (pousses/ha), ainsi que des données qualitatives sur la physionomie des peuplements ont été inventoriées dans chaque parcelle.

<table><caption>Tableau 1 : Coordonnées des sites d'étude.</caption><thead><tr><td>Site</td><td>Type</td><td>Date de l'échantillonnage</td><td>Lat. N (°d)</td><td>Long. E (°d)</td></tr></thead><tbody><tr><td>Fajou</td><td>Mangrove</td><td>19/06/2019</td><td>16.350842</td><td>-61.590678</td></tr><tr><td>Babin</td><td>Mangrove</td><td>17/06/2019</td><td>16.338629</td><td>-61.529162</td></tr><tr><td>Décharge</td><td>Mangrove</td><td>18/06/2019</td><td>16.259606</td><td>61.546769</td></tr><tr><td>Intermédiaire</td><td>Mangrove</td><td>19/06/2019</td><td>16.278011</td><td>-61.548541</td></tr><tr><td>Goyave 1</td><td>Mangrove</td><td>20/06/2019</td><td>16.140643</td><td>-61.570446</td></tr><tr><td>Goyave 2</td><td>Mangrove marécageuse (ptérocarpus)</td><td>20/06/2019</td><td>16.132019</td><td>-61.558007</td></tr><tr><td>Pointe Rose</td><td>Forêt marécageuse (ptérocarpus)</td><td>20/06/2019</td><td>16.149895</td><td>-61.574671</td></tr></tbody></table>

Sur chacun des sites, **une première caractérisation de la faune benthique en place** (méiofaune > 0,032 mm, mésofaune > 0,25 mm, macrofaune > 1 mm) **et de leurs activités de bioturbation** (ici étude du remaniement sédimentaire) a été faite au moyen de carottages sédimentaires. Sur chacun des sites, trois carottes sédimentaires ont été prélevées à l'aide d'un carottier en plexiglass de 10 cm de diamètre et 25 cm de hauteur. Une dizaine de jours avant le carottage, des microsphères (à des fins de mesures de remaniement sédimentaire), ont été déposées sur une surface matérialisée par un mini-carottiers de diamètre identique à l'autre, très légèrement enfoncé (~1cm) et maintenu en place par des tuteurs. Après 10 jours d'incubation sur site, les carottes ont été découpées tous les 0,5 cm entre 0 et 2 cm (horizon 1, H1), tous les 1 cm entre 2 et 10 cm (horizon 2, H2) et tous les 2 cm entre 10 et 18 cm (horizon 3, H3) (Figure 4).
<figure><img src="image_16.png" /><figcaption>**Figure 4** : plan de découpe et de sous-échantillonnage des carottes sédimentaires.</figcaption></figure>

Des sous-échantillons de sédiments homogénéisés ont été prélevés dans chacune de ces tranches pour les mesures de remaniement sédimentaire, de granulométrie, des analyses de génétique, de teneurs en contaminants organiques, éléments traces métalliques et métalloïdes (ETMM), en acides gras, en pigments, d'azote et carbone particulaires et de méiofaune benthique (organismes > 0,032 mm). Une partie de ces analyses a cependant été faite sur des horizons entiers (dites tranches « poolées »). Les sédiments prélevés ont été congelés immédiatement et maintenus congelés pendant leur transfert chez les différents partenaires jusqu'à leur analyse en laboratoire. Le volume restant de sédiment après prélèvements pour les analyses susmentionnées, a été tamisé sur 250 µm pour étudier la structure de la méso et macrofaune des sédiments de mangroves. Cette gamme de taille de la faune benthique étant plus importante que la méiofaune demande un volume de sédiment plus important pour pouvoir la caractériser correctement. Les sédiments contenant la méiofaune et les refus de tamis ont été fixés dans de l'éthanol 96% jusqu'à analyse ultérieure au laboratoire. Des carottes complémentaires non sujettes à l'expérimentation *in situ* ont aussi été réalisées afin de saturer au mieux l'échantillonnage pour la détermination de la diversité de la méso et macrofaune benthique. Des mesures de potentiel redox, proxy de l'état d'oxydation de la colonne sédimentaire, et de pH ont aussi été réalisées sur chaque tranche de sédiment pendant le découpage des carottes, tel qu'effectué précédemment pour les sites de Guyane.

## II. Résultats

### II.1 Caractéristiques forestières

Un élément remarquable issu de ces inventaires est que le site Décharge semble se démarquer des autres sites. Le taux de mortalité du site « Décharge » est 5 à 10 fois supérieur à celui observé sur les autres sites d'étude (Figure 10). La densité des peuplements y est aussi supérieure de 2 à 4 fois (Figure 5). Les diamètres des troncs sont plus faibles sur les sites Intermédiaires et Décharge que sur Fajou et Babin (Figure 6) et on trouve les 3 espèces principales de palétuvier, dont des *Laguncularia* assez larges en diamètre sur Décharge. Il est probable que ces différences de diamètres et de composition soient liées à la position riveraine VS océanique des sites et non pas au contexte sanitaire environnant.
<figure><img src="image_17.png" /></figure>

**Figure 5** : Densités des palétuviers par espèce Mortalité, régénérations et surfaces terrières par genre (Avicennia, Rhizophora, Lagoncularia) sur les parcelles étudiées de quatre stations en Guadeloupe (Fajou, Babin, Décharge, Intermédiaire).
<figure><img src="image_18.png" /></figure>

**Figure 6** : Diamètres moyen de troncs par parcelle. Diamètre moyen des troncs par genre (Avicennia, Rhizophora, Lagoncularia) sur les parcelles étudiées de quatre stations en Guadeloupe (Fajou, Babin, Décharge, Intermédiaire).
<figure><img src="image_19.png" /><figcaption>**Figure 7** : Répartition des diamètres chez *Rhizophora*. Répartition des diamètres moyen de troncs chez le genre *Rhizophora* sur les parcelles étudiées de quatre stations en Guadeloupe (Fajou, Babin, Décharge, Intermédiaire).</figcaption></figure>
<figure><img src="image_20.png" /><figcaption>**Figure 8** : Répartition des diamètres chez les genres *Avicennia* et *Lagoncularia* sur le site de Décharge.</figcaption></figure>

<figure><img src="image_21.png" /><figcaption>**Figure 9** : Surfaces terrières par genre (Avicennia, Rhizophora, Lagoncularia) sur les parcelles étudiées de quatre stations en Guadeloupe (Fajou, Babin, Décharge, Intermédiaire).</figcaption></figure>
<figure><img src="image_22.png" /><figcaption>**Figure 10** : Taux de mortalités des palétuviers (%) par genre (Avicennia, Rhizophora, Lagoncularia) sur les parcelles étudiées de quatre stations en Guadeloupe (Fajou, Babin, Décharge, Intermédiaire).</figcaption></figure>
<figure><img src="image_23.png" /><figcaption>**Figure 11** : Régénération des palétuviers (%) par genre (Avicennia, Rhizophora, Lagoncularia) sur les parcelles étudiées de quatre stations en Guadeloupe (Fajou, Babin, Décharge, Intermédiaire).</figcaption></figure>
## II. 2 Caractéristiques physiques et chimiques du sédiment

### II.2.1 pH et potentiel rédox

Les pH des cinq sites sont neutres à très légèrement acides (6,08 < pH < 7,11) (Tableau 2). Aucune différence significative n'a été trouvée entre les pH (ANOVA, F = 1,99, p = 0,17). La salinité de GO (18 < S < 20) est inférieure à celles des autres sites (37 < S < 44) (Tableau 1). Ces différences sont significatives (KW, $\chi^2$ = 13,39, p < 0,05).

<table><caption>Tableau 2 : Moyenne du pH et de la salinité (± écart-type, n = 3) des horizons de surface (0 cm – 2 cm) des cinq sites étudiés.</caption><thead><tr><th></th><th>BA</th><th>DE</th><th>FA</th><th>GO</th><th>IN</th></tr></thead><tbody><tr><th>pH</th><td>6,63 ± 0,14</td><td>6,64 ± 0,45</td><td>6,53 ± 0,18</td><td>6,80 ± 0,39</td><td>6,18 ± 0,09</td></tr><tr><th>Salinité</th><td>40,33 ± 0,56</td><td>38,00 ± 1,00</td><td>43,00 ± 1,00</td><td>19,00 ± 1,00</td><td>39,00 ± 0,00</td></tr></tbody></table>

Le potentiel redox tend à baisser avec la profondeur (Figure 12), mais il n'y a pas de différence significative du potentiel redox selon la profondeur au sein d'une même carotte (SRH, H =13,08, p > 0,05). C'est au site GO qu'il est significativement le plus bas (Wilcoxon, p < 10⁻³), de -280,33 mV en surface à -359,5 mV à 8,5 cm de profondeur. FA présente des valeurs supérieures à GO (Wilcoxon, p < 0,5), de -82,40 mV en surface à -317,73 mV à 15 cm. Les potentiels redox des trois autres sites sont en moyenne supérieurs (Wilcoxon, p < 0.5) (-67,11 mV en surface et -221,22 mV à 8,5 cm de profondeur), et non différenciables les uns des autres (Wilcoxon, p > 0,2).

<figure><img src="image_24.png" /><figcaption>Figure 12 : Profils sédimentaires moyens des potentiels redox (Eh, en mV) des cinq sites étudiés (n = 3).</figcaption></figure>
## II.2.2 Carbone et azote particulaire dans les carottes sédimentaires de tous les sites

Les sédiments des stations Goyave et Babin présentent les teneurs en Carbone organique et total les moins élevées 12-15 % et 15-19 %, respectivement, alors que les stations DE, IN et FA sont significativement enrichies en Carbone organique et total (20-30 %). Pour toutes les stations, ces concentrations augmentent en profondeur. Le même schéma est observé pour les teneurs en azote total avec des valeurs assez faibles (<1 %). Les rapports C/N, avoisinent des valeurs de 20-25 en surface, les valeurs les plus fortes étant observées à la station Babin. Le rapport C/N augmente avec la profondeur dans toutes les stations, les valeurs les plus élevées se trouvent à la station Intermédiaire, suivie de Décharge et de Babin. Les stations Fajou et Goyave présentent les plus faibles rapports C/N (Figure 13).

<figure><img src="image_25.png" /><figcaption>**Figure 13** : Rapports molaires Corg/Ntotal sur la profondeur pour chacune des stations de Guadeloupe (moyenne ± ET; n=3).</figcaption></figure>

## II.2.3 Granulométrie

Les analyses de granulométrie effectuées indiquent que le sédiment est sableux/silteux avec un sable représentant d'un minimum de 57% à un maximum de 84%, alors que l'argile n'est que faiblement représentée à Goyave. Les sites les plus sableux sont Décharge et Intermédiaire. La granulométrie des sites de Guadeloupe pourrait refléter la proximité et l'exposition au front de mer et aux courants qui caractérise chaque site.
## II. 3 Niveau de contamination organiques et concentrations en éléments traces métalliques et métalloides (ETMM)

Les analyses de contaminants organiques et d'ETMM ont été effectuées sur les échantillons sédimentaires provenant des 3 horizons sédimentaires (100 : 0-2 cm ; 200 : 2-10 cm ; 300 : > 10 cm) issus de 3 carottes sédimentaires (A, B, C) prélevées au sein des 5 stations de mangrove étudiées en Guadeloupe (FA : Fajou, BA : Babin, GO : Goyave, IN : Intermédiaire, DE : décharge). Seuls les résultats relatifs aux contaminants organiques sont actuellement disponibles. Les données relatives aux ETMM devraient être disponibles courant octobre ou novembre 2022.

**Niveaux de contamination en contaminants organiques** : Les analyses de contaminants organiques (Tableau 3) ont été effectuées par le Cedre (Centre de documentation, de recherche et d'expérimentations sur les pollutions accidentelles des eaux - Brest) par extraction au solvant et passage aux ultrasons puis dosage par chromatographie en phase gazeuse couplée à la spectrométrie de masse à triple quadripôle (GC - MS/MS). Un sédiment de référence "NIST1941b" aux concentrations certifiées en contaminants a été intégré à la séquence d'analyse afin de confirmer les résultats obtenus.

<table><caption>Tableau 3 : Contaminants organiques analysés en GC-MS (Cedre, Brest).</caption><thead><tr><th>Hydrocarbures<br>aromatiques<br>polycycliques<br>(HAPs)</th><th>PolyChloroBiphényles<br>(PCBs)</th><th>Pesticides</th><th>PolyBromoDiphényléthers<br>(PBDEs)</th><th>Phtalates</th><th>Phénols</th></tr></thead><tbody><tr><td>naphtalène</td><td>PCB-7</td><td>héxachlorobenzène</td><td>BDE 28</td><td>DMP</td><td>4 nonylphénol</td></tr><tr><td>benzothiophène</td><td>PCB 28</td><td>aldrine</td><td>BDE 47</td><td>DEP</td><td>4-tert-<br>octylphénol</td></tr><tr><td>biphényle</td><td>PCB-52</td><td>isodrine</td><td>BDE 99</td><td>DBP</td><td></td></tr><tr><td>acénaphtylène</td><td>PCB 105</td><td>2-4-dde</td><td>BDE 100</td><td>BBP</td><td></td></tr><tr><td>acénaphtène</td><td>PCB 156</td><td>4-4-dde</td><td>BDE 154</td><td>DEHA</td><td></td></tr><tr><td>fluorène</td><td>PCB 169</td><td>2-4-ddd</td><td>BDE 153</td><td>DEHP</td><td></td></tr><tr><td>Dibenzothiophène</td><td></td><td>4-4ddd</td><td>BDE 183</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Phenanthrène</td><td></td><td>2,4-ddt</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>anthracène</td><td></td><td>4-4-ddt</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>fluoranthène</td><td></td><td>dieldrine</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>pyrène</td><td></td><td>endrine</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>benzoaanthracène</td><td></td><td>chlordécone</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>chrysène</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>benzobfluoranthène</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>benzokfluoranthène</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>benzo(ghi)péryléne</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>
II.3.1 Teneurs en pesticides et en PolyBromoDiphénylÉthers (PBDEs)

Les pesticides recherchés ainsi que les PBDEs bien que parfois détectables étaient toujours sous le seuil de quantification pour l'ensemble des échantillons analysés.

II.3.2 Teneurs en Hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAPs) et
PolyChloroBiphényles (PCBs)

Les niveaux de contamination en HAPs sont très contrastés en fonction des stations étudiées (Figure 14). Les stations de Fajou, Babin et Goyave sont faiblement contaminées avec une somme des concentrations des 16 HAPs mesurées soit nulle soit inférieure à 70 ng/g sédiment sec. En revanche, les sédiments des stations "Intermédiaire" et surtout ceux de "Décharge" présentent, pour certains échantillons, des contaminations très élevées en HAPs avec une valeur maximale observée de 5488,56 ng/g sédiment sec pour DE B300. La somme des concentrations des 16 HAPs mesurés dépasse la valeur guide toxicologique TEL (Threshold Effect Level) pour les sédiments marins de la NOAA (National Oceanic and Atmospheric Administration, EU d'Amérique) pour un échantillon de la station "Intermédiaire" (IN C200) et pour 4 de "Décharge" (DE A200, DE B200, DE B300, DE C300). Un échantillon de la station "Décharge", DE B300, dépasse même largement la valeur guide toxicologique ERL (Effect Range Low) pour les sédiments marins de la NOAA. Les PCBs n'ont été quantifiables que dans 2 échantillons sédimentaires issus de la station Intermédiaire, IN B200 et IN C200 (*), avec une somme des concentrations des PCBs qui était respectivement de 12,56 et 44,43 ng/g.
<figure><img src="image_26.png" /></figure>

**Figure 14** : Somme des concentrations (ng/g sédiment sec) des 16 HAPs mesurés dans les différents échantillons sédimentaires provenant des 3 horizons sédimentaires (100 : 0-2 cm ; 200 : 2-10 cm ; 300 : > 10 cm) issus de 3 carottes prélevées (A, B et C) dans les différentes stations d'échantillonnage de Guadeloupe. Stations : BA, Babin ; DE, Décharge ; FA, Fajou ; GO, Goyave ; IN, Intermédiaire. Les PCBs n'ont été dosables que dans 2 échantillons sédimentaires issus de la station Intermédiaire, IN B200 et IN C200 (*), avec une somme des concentrations des PCBs qui était respectivement de 12,56 et 44,43 ng/g.

Par ailleurs, les HAPs majoritaires des stations "Intermédiaire" et "Décharge" sont de haut poids moléculaire (≥ 4 cycles aromatiques), la somme des concentrations de ces composés dépasse pour plusieurs échantillons la valeur guide toxicologique TEL voire ERL pour les sédiments marins de la NOAA (Figure 15).
<figure><img src="image_27.png" /></figure>

**Figure 15** : Concentrations individuelles (ng/g sédiment sec) des 16 HAPs mesurée dans les différents échantillons sédimentaires provenant des 3 horizons sédimentaires (100 : 0-2 cm ; 200 : 2-10 cm ; 300 : > 10 cm) issus de 3 carottes prélevées (A, B et C) dans les différentes stations d'échantillonnage de Guadeloupe. La ligne en rouge correspond à la somme des concentrations des HAPs de haut poids moléculaire (HMW ; HAPs ≥ 4 cycles cycles aromatiques). Les lignes en rose et en violet indiquent respectivement les limites guide réglementaires toxicologiques pour les sédiments marins correspondant à l'ERL (Effect Range Low) et au TEL (Threshold Effect Level) déterminés par la NOAA. Stations : BA, Babin ; DE, Décharge ; FA, Fajou ; GO, Goyave ; IN, Intermédiaire.

### II.3.3 Teneurs en Phtalates

Les phtalates sont couramment utilisés comme plastifiants des matières plastiques (e.g. PVC) et sont présents partout à des niveaux différents dans notre environnement quotidien : cosmétiques, nourriture, peintures, vêtements, jouets, etc. Les résultats obtenus pour ces contaminants sont très différents de ceux obtenus pour les HAPs (Figure 16). Toutes les stations présentent des échantillons contaminés par ces composés organiques à des niveaux parfois élevés. C'est notamment le cas de la station de l'îlet de Fajou qui fait partie de la Réserve naturelle du Grand Cul-de-sac marin avec un échantillon (FA B200) qui atteint une valeur très élevée de 7806,91 ng/g de la somme des concentrations des 6 phtalates mesurés.
<figure><img src="image_28.png" /><figcaption>Phtalates(ng/g) - Phthalic Acid Esters (PAEs) - Σ6PAEs</figcaption></figure>

<figure><img src="image_29.png" /></figure>

**Figure 16** : Somme des concentrations (ng/g sédiment sec) des 6 phtalates mesurés dans les différents échantillons sédimentaires provenant des 3 horizons sédimentaires (100 : 0-2 cm ; 200 : 2-10 cm ; 300 : > 10 cm) issus de 3 carottes prélevées (A,B et C) dans les différentes stations d'échantillonnage de Guadeloupe. Stations : BA, Babin ; DE, Décharge ; FA, Fajou ; GO, Goyave ; IN, Intermédiaire.

### II.3.4 Niveaux de concentrations sédimentaires en ETMM

Les analyses des ETMM ont été effectuées sur des échantillons sédimentaires provenant des mêmes horizons et carottes prélevées dans les mêmes stations que pour les autres analyses notamment de contaminants organiques. Après lyophilisation les échantillons ont été tamisés sur un tamis de 65 µm en inox puis envoyés pour analyse à la Plateforme " Analyses élémentaires " du laboratoire " Littoral ENvironnement et Sociétés " (LIENSs) - UMR 7266 de l'Université de La Rochelle. Les échantillons seront mesurés par spectrométrie de masse à plasma à couplage inductif haute résolution (HR – ICP-MS) pour l'ensemble des éléments suivants : Ag, Al, As, Ba, Be, Bi, Cd, Co, Cr, Cs, Cu, Fe, Li, Mn, Mo, Ni, Pb, Rb, Sb, Sn, Sr, Ti, Tl, U, V et Zn. L'analyse du mercure total sera réalisée par spectrophotométrie d'absorption atomique avec un Advanced Mercury Analyzer (HR ICP-MS, AMA ALTEC). Les résultats devraient être prochainement fournis par la plateforme (octobre/novembre 2022).
## II. 4 Microbiologie sédimentaire

### II.4.1 Biomasse moléculaire microbienne (ADN sédimentaire total)

Dans les sédiments des mangroves de Guadeloupe, les biomasses moléculaires moyennes varient entre 2,0 ± 3,8 µg ADN.g⁻¹ de sédiment (Décharge - DE) et 18,5 ± 20,6 µg ADN.g⁻¹ de sédiment (Intermédiaire - IN) dans les stations échantillonnées **(Figure 17)**. Si on considère ces valeurs par rapport au référentiel des BMM des sédiments de mangroves ultramarines qui est en cours de construction depuis le début du projet DCE mangroves, les valeurs mesurées dans les mangroves de la station Décharge (DE) sont les plus faibles mesurées quelque soit la station et le DROM considéré. Pour rappel, les valeurs de BMM mesurées dans les sédiments de surface (0-2 cm) dans les 17 stations de mangrove échantillonnées dans les 4 DROM varient entre 0,1 µg/g sédiment masse sèche (DE, Décharge, Guadeloupe) et 33,7 µg/g sédiment masse sèche (DP, Dembeni Propre, Mayotte). Nous pouvons noter qu'il existe une grande variabilité intra-site des BMM mesurées sauf pour le site de DE où hormis pour un échantillon, les biomasses sont très proches pour l'ensemble des échantillons.

**En synthèse.** Les quantités d'ADN mesurées sur le site Décharge (DE) sont très faibles suggérant des biomasses microbiennes très faibles parmi les plus faibles mesurées dans les stations de mangroves de Guadeloupe, mais aussi dans celles incluses dans le projet.

<figure><img src="image_30.png" /></figure>

**Figure 17** : Boîtes à moustache des biomasses moléculaires microbiennes (µg/g) mesurées au sein des sédiments des 5 stations d'échantillonnage. Stations : BA, Babin ; DE, Décharge ; FA, Fajou ; GO, Goyave ; IN, Intermédiaire.
* différence significative p. ajustée < 0,05.
II.4.2 Abondance bactérienne et des archées (nombre de copies de gènes rrs 16S)

Les abondances en bactéries et en archées dans les sédiments des stations ont été estimées grâce au nombre de copies de gènes rrs codant pour l'ARNr 16S (Figure 18). Les abondances bactériennes moyennes dans les sédiments des mangroves varient entre 4,5x10⁷ ± 7,6x10⁶ copies de 16S pour le site Décharge (DE) et 5,3x10⁸ ± 4,1x10⁸ copies de 16S pour le site Goyave (GO). Les abondances archéennes moyennes varient entre 5,3x10⁵ ± 6,9x10⁵ copies de 16S pour le site Décharge (DE) et 1,2x10⁷ ± 7,0x10⁶ copies de 16S pour le site Goyave (GO). L'analyse multivariée de la variance par permutations (permanova) montre qu'il existe de différences significatives des abondances bactériennes (p<0.01) et archéennes (p<0.001) entre stations. Comme observé pour les BMM, les abondances des bactéries et des archées mesurées sur le site Décharge (DE) sont inférieures à celles mesurées sur les sites de Fajou (FA) et de Goyave (GO) (Figure 18).

En synthèse. A l'échelle de la Guadeloupe, les abondances bactériennes et archéennes mesurées dans la station Décharge (DE) sont significativement plus faibles que celles mesurées dans les stations Fajou (FA) et Goyave (GO). Les valeurs mesurées dans l'horizon de surface dans la station Goyave (GO) font partie des valeurs les plus fortes du référentiel inter-DROM. Les valeurs mesurées dans la station Décharge (DE) font partie des valeurs les plus faibles du référentiel.

<figure><img src="image_31.png" /></figure>

**Figure 18** : Abondances bactériennes (gauche) et archéenne (droite) exprimées en nombre de copies de gènes 16S mesurées dans les 5 sites d'étude de Guadeloupe au sein des 3 horizons sédimentaires analysés (0-2 cm ; 2-10 cm ; > 10 cm). Stations : BA, Babin ; DE, Décharge ; FA, Fajou ; GO, Goyave ; IN, Intermédiaire. * différence significative p. ajustée < 0,05, ** différence significative p. ajustée < 0,01, *** différence significative p. ajustée < 0,001.
II.4.3 Diversité des bactéries et des archées

Afin de réaliser une analyse plus fine de la composition et de la diversité des communautés microbiennes présentes dans les sédiments de mangroves de Guadeloupe, une approche de métagénomique ciblée a été entreprise. Au cours de cette analyse, 3,4 millions de lectures ont été produites (en moyenne 49423 séquences par échantillon). Ces séquences ont été traitées afin d'éliminer les séquences contenant des erreurs. Ce nettoyage des données a éliminé 66 % des séquences. A partir des séquences restantes, 15081 variantes génétiques (ASVs) ont été identifiées. Afin de vérifier si le nombre de séquences est suffisant pour avoir une bonne estimation de la biodiversité des microbiotes des sédiments de mangroves, des courbes de raréfaction ont été réalisées (Figure 19). Elles montrent que **le nombre de séquences échantillonnées est suffisant pour observer l'ensemble des variantes génétiques (ASVs) présentes dans les échantillons de sédiments.**

<figure><img src="image_32.png" /><figcaption>**Figure 19** : Courbes de raréfaction des échantillons issus des différentes stations d'échantillonnage de Guadeloupe. Stations : BA, Babin ; DE, Décharge ; FA, Fajou ; GO, Goyave ; IN, Intermédiaire.</figcaption></figure>
Afin de pouvoir comparer l'alpha diversité des échantillons (richesse spécifique, indices de Shannon et Simpson), un sous-échantillonnage des données a été réalisé, conservant 7024 séquences par échantillon. L'analyse multivariée de la variance par permutations (permanova) montre qu'il n'existe pas de différence significative de la richesse en variantes génétiques entre les stations (704 ± 214 ASVs en moyenne). En ce qui concerne les indices de diversité, seul l'indice de Simpson présente une différence significative entre les stations (p<0,05). **Ici encore, les différences observées concernent les stations Décharge (DE), Fajou (FA) et Goyave (GO) avec des valeurs de diversité supérieures pour les microbiotes de la mangrove de la station Goyave (Figure 20).** Comme observé pour les mesures de BMM et d'abondances bactériennes et archéennes, il existe une forte variabilité de la diversité des microbiotes intra-site, particulièrement dans la station de décharge (DE). Ceci peut expliquer qu'il n'existe pas de différence significative de la richesse spécifique en nombre d'ASVs ni de l'indice de Shannon entre les 5 stations échantillonnées.

Afin d'explorer les structures des communautés microbiennes (*Bacteria* et *Archaea*), une analyse multidimensionnelle non-métrique (nMDS), basée sur les distances de Bray-Curtis entre les échantillons, a été réalisée (**Figure 21**). Après une ordination initiale sur 2 dimensions, la valeur de stress de 0,07 indique que la représentation des données dans ces deux dimensions est de bonne qualité.

<figure><img src="image_33.png" /><figcaption>**Figure 20** : Boîtes à moustache de l'indice de Simpson des différentes stations d'échantillonnage de Guadeloupe. Stations : BA, Babin ; DE, Décharge ; FA, Fajou ; GO, Goyave ; IN, Intermédiaire. * différence significative p. ajustée < 0,05, ** différence significative p. ajustée < 0,01, *** différence significative p. ajustée < 0,001.</figcaption></figure>
<figure><img src="image_34.png" /></figure>

**Figure 21** : Non-metric multidimensional scaling (NMDS) des structures des communautés de bactéries et d'archées dans les stations de mangroves de Guadeloupe du projet DCE mangroves. Stations : BA, Babin ; DE, Décharge ; FA, Fajou ; GO, Goyave ; IN, Intermédiaire. L'ordination est basée sur la matrice des coefficients de Bray-Curtis. Les lettres indiquent les replicats biologiques (carotte de sédiment) et les chiffres l'horizon échantillonné (ici 100 correspond à l'horizon 0-2 cm).

L'analyse de la **Figure 21** montre que les échantillons sédimentaires sont bien séparés selon leur station d'origine hormis pour les échantillons provenant des stations Décharge (DE) et Intermédiaire (IN) qui sont situées toutes les deux au niveau de la Rivière Salée. Les échantillons provenant des mangroves des stations Fajou (FA) et Babin (BA), situées toutes deux dans le Grand Cul-de-Sac Marin (dans la Parc National de Guadeloupe), présentent des microbiotes qui sont relativement proches. Enfin, on peut observer que les communautés microbiennes des sédiments de la mangrove de la station Goyave (GO) présentent des différences marquées vis à vis des autres microbiotes des autres stations. Située dans le Petit Cul-de-Sac Marin, cette mangrove est sous influence des eaux de l'Océan Atlantique, des rejets d'eaux usées traitées (comme le montre la salinité relativement faible de ses eaux) et très probablement des pressions exercées par les échouages de sargasses. Afin de déterminer la composition des communautés microbiennes, une affiliation taxinomique de chaque variante génétique a été réalisée. Des histogrammes mettant en évidence les abondances relatives de chaque taxon en fonction de la station échantillonnée et du réplicat biologique ont été générés. La **Figure 22** présente les abondances relatives des phyla affiliés aux variantes génétiques les plus abondantes. Les taxons les plus abondants dans les sédiments des mangroves étudiées étaient principalement affiliés aux Proteobacteria (21,9 - 81,7 %), Actinobacteria (2,7 -
28,7 %), Calditrichaeota (0 - 6,3 %), Chloroflexi (0 - 19,9 %), Acidobacteria (0 - 3,6 %), Cyanobacteria (0 - 40,2 %), Bacteroidetes (2,2 - 45,7 %), Planctomycetes (0 - 20,4 %), Epsilonbacteraeota (0 - 9,6 %), Gemmatimonadetes (0 - 3,4 %) et Tennericutes (0 - 15,9 %). Certains de ces phyla sont classiquement dominants dans les mangroves et semblent constituer le microbiome central des mangroves (Andreote et al., 2012 ; Haldar & Nazareth, 2018 ; Santana et al., 2019 ; Fiard et al., 2022). Il est à noter que les Firmicutes (principalement représentée par le genre *Staphylococcus*, bactéries commensales des humains et animaux) et les Tenericutes (phylum regroupant des bactéries commensales ou parasites obligatoires des humains, animaux domestiques, plantes et d'insectes ; principalement représentée par le genre *Mycoplasma*) ne sont retrouvées que dans les sédiments des mangroves de la Rivière Salée (**Figures 22 & 23**). De même, les Epsilonbacteraeota ne sont présentes que dans les mangroves de la station Goyave. Ces bactéries appartiennent principalement au genre *Sulfurovum* identifié dans des environnements dominés par l'oxydation et la réduction des composés sulfureux (Zouch et al., 2017). Même si les données produites montrent déjà des résultats intéressants, il est à noter que la majorité des variantes génétiques sont affiliées aux rangs taxonomiques supérieurs mais ne le sont partiellement au niveau du genre (environ 50%). Avec la démocratisation des technologies de séquençage de 3e génération, le GT envisage pour ses prochaines missions d'exploration l'utilisation de ces stratégies qui permettront d'obtenir des lectures beaucoup plus longues (plusieurs kb) d'obtenir le signal nécessaire à une assignation taxinomique plus résolutive. Cette augmentation du niveau d'information rendra possible l'affiliation des séquences au niveau taxonomique de l'espèce, voire même au niveau de la souche permettant l'identification de la présence de pathogènes dans les mangroves.

<figure><img src="image_35.png" /></figure>

**Figure 22** : Abondance relative (contribution en % du nombre de séquences à chaque phylum par rapport au nombre total de séquences obtenues) des taxons microbiens dans l'horizon sédimentaire de surface ("100" correspond à l'horizon 0-2 cm) des mangroves des stations Babin (BA), Décharge (DE), Fajou (FA), Goyave (GO)
et Intermédiaire (IN). Les réplicats biologiques sont présentés (carotte A, B et C).

<figure><img src="image_36.png" /></figure>

**Figure 23** : Abondance relative (contribution en % du nombre de séquences à chaque genre par rapport au nombre total de séquences obtenues) des taxons microbiens dans l'horizon sédimentaire de surface ("100" correspond à l'horizon 0-2 cm) des mangroves des stations Babin (BA), Décharge (DE), Fajou (FA), Goyave (GO) et Intermédiaire (IN). Les réplicats biologiques sont présentés (carotte A, B et C).

Dans le cadre de ce projet, les prochaines activités porteront sur l'identification des facteurs expliquant les différences observées entre les stations (effet des différents types de pression anthropiques identifiés). Les mêmes outils analytiques utilisés sur les jeux de données produits en Guyane et en Martinique seront déployés pour rechercher de bioindicateurs microbiens des pressions anthropiques identifiées.

## II. 5 Méiofaune, méso et macrofaune

### II.5.1 Méiofaune des carottes sédimentaires

Les premiers résultats acquis en Guadeloupe montrent que la densité (nombre ind/10cm²) et la richesse (nombre de taxa) de la méiofaune ne sont pas significativement différentes entre les sites (Babin, Fajou, Intermédiaire, Décharge, et Goyave). Le site "Décharge" présente les plus fortes densité et richesse en taxa de méiofaune, tandis que le site "Goyave" présente les plus faibles valeurs pour ces variables (Figure 24). Globalement, pour tous les
sites, il y a une forte différence de densités entre les couches de surface (H100) et les couches profondes (H200) (Figure 25). Les couches profondes des sites "Intermédiaire" et "Décharge" gardent une richesse taxonomique comparable aux couches de surface ; par contre, "Babin" et "Fajou" perdent les deux tiers de la richesse taxonomique entre les sédiments de surface et en profondeur. Pour tous les sites, les nématodes constituent entre 70 % et 90 % de la densité totale ; ils sont suivis en densité par les copépodes et les nauplii, puis par les polychètes et les oligochètes, et *in fine* par les taxa rares qui ne comptent que quelques individus par échantillon (Figure 25).

<figure><img src="image_37.png" /></figure>

**Figure 24** : Richesse taxonomique et Densité (ind/10cm2) totale de la communauté de la méiofaune dans les différents sites de Guadeloupe (GO : Goyave ; DE : Décharge ; IN : Intermédiaire ; FA : Fajou ; BA : Babin).
<figure><img src="image_38.png" /></figure>

**Figure 25** : Densité (ind/10cm2) et composition de communauté de la méiofaune dans les différents sites et horizons (100 et 200) des sédiments de cinq sites de Guadeloupe (GO : Goyave ; DE : Décharge ; IN : Intermédiaire ; FA : Fajou ; BA : Babin).

La densité des nématodes ne montre pas de différence significative entre les sites, tandis que la richesse en genres est significativement différente entre les sites "Goyave" et "Décharge" (p value < 0,02). Le site de Décharge présente la majeure densité de nématodes, tandis que la majeure richesse est rencontrée sur "Intermédiaire", ce qui indique une divergence des tendances d'abondance et richesse, qui est encore plus évidente quand on compare les couches de surface et profondes séparément.

L'Analyse de Redondance (Figure 26) faite sur la diversité des nématodes contraint par les variables environnementales et avec un facteur site a mis en évidence les spécificités des différents genres par rapport aux caractéristiques propres à chaque site. Babin est dominé par *Gomphionema*, *Terschellingia* et *Metacyatholaimus*, qui sont des genres récurrents dans les sédiments vaseux fins pas impactés ou perturbés. Leur stratégie de vie est "persistante" (long cycle de vie, faible taux de reproduction, mouvements lents, croissance lente) et ils se nourrissent essentiellement de micro-algues et de bactéries. « Fajou » est dominé par *Marylynnia* et *Chromadora*, qui ont plutôt une stratégie de vie "opportuniste" (forts taux de reproduction,
croissance rapide, court cycle de vie, capacité de coloniser des milieux perturbés). Ce changement dans la composition de communauté pourrait être dû à la forte contamination de « Fajou » par les phtalates, des plastifiants toxiques. « Décharge » est dominé par la famille des Desmodoridae (genres *Desmodora*, *Perspiria* et *Paradesmodora*), qui semble être fortement lié à l'enrichissement en matière organique (MO) et à la présence d'Hydrocarbures Polycycliques Aromatiques (HAP) caractérisé ce site. « Intermédiaire » est également enrichi en MO, mais il n'est pas autant pollué par les HAP, ce qui est reflété par la dominance de *Anoplostoma*, *Linhomoeus* et *Haliplectus* et par un équilibre entre nématodes colonisateurs et persistants et une présence plus forte de nématodes détritivores. « Goyave » est dominé par la famille des Monhysteridae (genres *Monhystrella*, *Thalassomonhystera* et *Theristus*), qui est typiquement opportuniste et reportée dans la littérature comme la seule famille qui persiste après des fortes perturbations.

<figure><img src="image_39.png" /></figure>

**Figure 26** : Analyse de Redondance (RDA) des genres de nématodes contraint par les variables environnementales et un facteur site. Le premier axe explique le 19.48% de la variance, tandis que le deuxième explique le 11.61% de la variance. Les sites sont représentés.
Les conclusions de ces résultats sont :

* la caractérisation environnementale scrupuleuse des sites est fondamentale pour instaurer un rapport causal entre la composition de communauté des nématodes et les paramètres physico-chimiques du sédiment ;

* les nématodes montrent un changement des rapports de dominance et de présence/absence spécifique, qui dépend des conditions environnementales propres à chaque site ;

* la stratégie de vie est un trait fonctionnel plus sensible que le groupe trophique quand il s'agit de différencier entre les sites.

Ces premiers résultats ont été présentés à la conférence internationale en écologie tropicale à Montpellier en juin 2022 (Spedicato A. et al. Environmental filters and pollution drive patterns of Nematodes structural and functional diversity in *Rhizophora* mangroves of Guadeloupe (France). *European Conference of Tropical Ecology*, Montpellier, 7-9 juin 2022).

## II.5.2 Méso et macrofaune : variabilité horizontale

Les résultats issus de l'analyse de toutes les carottes échantillonnées pour l'étude de la méso et macrofaune indiquent une forte hétérogénéité intra et inter-site. Goyave est le moins peuplé (en moyenne 0,14 ind.cm⁻³), suivi de Babin, Fajou, Intermédiaire, et Décharge possède la plus forte densité (en moyenne 2,34 ind.cm⁻³) (figure 27). D'une manière générale, la densité de la macrofaune est inférieure à celle de la mésofaune (Figure 27). Les différences de densité entre les sites sont significatives (SRH : H = 19,08 ; p = 0,0008), sauf entre Goyave et Babin (Wilcoxon : p = 0,656). La mésofaune est significativement plus dense que la macrofaune (SRH : H = 12,43 ; p = 0,0004). Il n'y a pas d'effet significatif de l'interaction classe-site (SRH : H = 1,74 ; p = 0,78). Les taxons les plus importants sont les Nématodes (dominants sur Décharge et Fajou) et les Oligochètes (dominants sur Babin, Goyave, et Intermédiaire) (Figure 28). On note quelques taxons caractéristiques à Goyave (larves d'Insectes et crabes), Décharge et Fajou (Bivalves et Prolecithophora).
<figure><img src="image_40.png" /><figcaption>**Figure 27** : Densité relative moyenne (%) des différents taxons des communautés de la méso et macrofaune dans les différents sites de Guadeloupe (GO : Goyave ; DE : Décharge ; IN : Intermédiaire ; FA : Fajou ; BA : Babin).</figcaption></figure>
De même que pour la densité, on note une forte variabilité de biovolume à tous les niveaux. Le site Goyave présente un biovolume moyen plus de quatre fois supérieur aux autres sites (plus de 1 mm³.cm⁻³) (Figure 27). Cependant, c'est sur ce site que l'hétérogénéité est la plus forte. Le biovolume ne varie pas selon le site (SRH : H = 5,85 ; p = 0,21), ni selon la classe de taille (SRH : H = 2,02 ; p = 0,15). On note la dominance en biovolume des Décapodes (ici des crabes) dans les sites où ils sont présents (Goyave et Babin) (Figure 28). Les autres taxons les plus importants sont les Polychètes (dominants à Décharge et Fajou), Oligochètes (dominants à Intermédiaire), et Bivalves (présents notamment à Décharge) (Figure 28).

<figure><img src="image_41.png" /></figure>

**Figure 28** : Biovolume relatif moyen (%) des différents taxons des communautés de la méso et macrofaune dans les différents sites de Guadeloupe (GO : Goyave ; DE : Décharge ; IN : Intermédiaire ; FA : Fajou ; BA : Babin).
Goyave présente une richesse en OTUs significativement plus faible avec 3 à 7 OTU (Tukey HSD : p < 0,03), alors que Décharge possède une diversité (12 à 16 OTU) significativement plus importante (Tukey HSD : p < 0,05). Seul le site Intermédiaire ne se différencie pas des autres sites (Figure 29).

<figure><img src="image_42.png" /><figcaption>**Figure 29** : Richesse en OTU mesurée à chacun des sites de Guadeloupe.</figcaption></figure>

L'indice de diversité de Shannon est compris entre 0,28 (Goyave, carotte 3) et 1,97 (Décharge, carotte A). Cependant, du fait de la grande hétérogénéité au sein de chaque site, aucune différence significative n'a été trouvée (ANOVA : F = 0,97 ; p = 0,45). Les valeurs d'équitabilité varient entre 0,18 (Goyave, carotte 3) et 0,94 (Goyave, carotte B). De même que pour l'indice de Shannon, l'indice de Piélou ne varie pas significativement entre les sites (ANOVA : F = 0,41 ; p = 0,80).

Les résultats de l'ACP sur les densités en OTUs des échantillons des carottes totales (après transformations Hellingher) sont donnés ci-dessous (Figure 30). Les deux premiers axes représentent 34 % de la variabilité totale (20,1 % et 13,7 % respectivement pour les axes 1 et 2). À partir des densités des OTUs, trois groupes peuvent être discriminés : le groupe DE (Harpacticoida, Prolecithophora, Orbiniidae, Pilargidae, Mytilidae, Acari), le groupe GO (Insectes, Ocypodidae, *Namalycastis sp.*) et le groupe BA (Cirratulidae, Cyclopoida, Paraonidae sp1, Sternaspidae, Panopeidae).
<figure><img src="image_43.png" /></figure>

Figure 30 : Analyse en composante principale (ACP) basée sur la transformation de Hellinger des abondances des différents taxons composants la méso et macrofaune des cinq stations de Guadeloupe.

## II.5.2 Méso et macrofaune : variabilité verticale et remaniement sédimentaire

Sur les résultats ci-dessous, les biovolumes de la mésofaune sont légèrement sous-estimés : les volumes des Nématodes, Ostracodes, et Harpacticoïdes n'ont pas été calculés. Les deux premiers cm présentent des valeurs significativement plus grandes de densité (SRH : H = 8,55 ; p = 0,003) et de biovolume (SRH : H = 13,17 ; p = 0,0003). La densité est significativement plus basse à Goyave qu'à Intermédiaire (Wilcoxon : p = 0,04). Les autres différences de densité entre les sites ne sont pas significatives (Wilcoxon : p > 0,05). Le biovolume ne varie pas significativement selon le site (SRH : H = 2,43 ; p = 0,66). Le Particle Displacement Coefficient (PDC) qui caractérise le remaniement sédimentaire est significativement plus grand à Goyave qu'à IN (Tukey HSD : p = 0,006). Il n'y a pas d'autre différence significative de PDC (TukeyHSD : p > 0,1) (tableau x).

Le site de Babin (BA) (Figure 31) est dominé par les Oligochètes sur toute la colonne, accompagnés de Polychètes (Cirratulidae, Paraonidae, Sternaspidae) en H1 et de Copépodes (Cyclopoida) en H2. Les biovolumes dans les carottes A et B sont dominées par les Décapodes (Crabes) en surface. Entre 2 et 10 cm, les Copépodes occupent une place assez importante. La fluorescence est légèrement descendue, jusqu'à 2 cm. La carotte B présente un pic vers 4 cm, sûrement causé par un crabe.
<figure><img src="image_44.png" /></figure>

**Figure 31** : Profils verticaux de densités totales, relatives, biovolumes normalisés, biovolume relatif de la méso et macrofaune et de fluorescence des trois carottes expérimentales du site de Babin (n=3).
Le site de Fajou (Figure 32) est dominé par les Nématodes et les Oligochètes en densité, et les Polychètes (Paraonidae, *Exogone* sp., *Capitella* sp.) en biovolume. La faune est majoritairement concentrée dans les deux premiers cm, la fluorescence aussi (peu de mouvement). Après comptage de la macrofaune dans l'horizon 3 de la carotte C (9 Oligochètes et 1 Copépode), aucun animal de grande taille ne semble pouvoir expliquer le pic à 10 cm (Lucinidae ?).

<figure><img src="image_45.png" /><figcaption>**Figure 32** : Profils verticaux de densités totales, relatives, biovolume normalisés, biovolume relatif de la méso et macrofaune et de fluorescence des trois carottes expérimentales du site de Fajou (n=3).</figcaption></figure>
Le site de décharge (Figure 33) est dominé par les Nématodes. On y retrouve de fortes densités (sauf pour la carotte A entre 2 et 10 cm). Les biovolumes totaux restent faibles (Nématodes et Harpacticoïdes non mesurés), mais on y note l'importance des Polychètes (Orbiniidae, Pilargidae, *Notomastus sp.*, Fabriciidae). La fluorescence est majoritairement en surface, ce qui traduit un faible remaniement. La descente de fluorescence en subsurface de la carotte A ne semble pas explicable par les animaux retrouvés.

<figure><img src="image_46.png" /></figure>

**Figure 33** : Profils verticaux de densités totales, relatives, biovolume normalisés, biovolume relatif de la méso et macrofaune et de fluorescence des trois carottes expérimentales du site de Décharge (n=3).
Le site Intermédiaire (figure 34) est constitué de très fortes densités, en majorité des Oligochètes et des Nématodes, quelques Copépodes (Harpacticoida) entre 2 et 10 cm. Les biovolumes sont très faibles et la fluorescence ne dépasse pas 2 cm : très faible remaniement sédimentaire.

<figure><img src="image_47.png" /><figcaption>**Figure 34** : Profils verticaux de densités totales, relatives, biovolume normalisés, biovolume relatif de la méso et macrofaune et de fluorescence des trois carottes expérimentales du site Intermédiaire (n=3).</figcaption></figure>
Le site de Goyave (Figure 35) est caractérisé par les plus faibles densités. On y retrouve les plus grandes densités de crabes et de larves de Diptères. C'est ici que les plus gros animaux sont retrouvés : principalement des crabes (carottes B et C) ou des Polychètes (Namalycastis sp.). Le remaniement est le plus important, avec de gros pics en subsurface, notamment dans les carottes comportant des crabes.

<figure><img src="image_48.png" /></figure>

**Figure 35** : Profils verticaux de densités totales, relatives, biovolume normalisés, biovolume relatif de la méso et macrofaune et de fluorescence des trois carottes expérimentales du site Goyave (n=3).
Associé à un mode transport biodiffusif en surface, l'ensemble des sites étudiés présentent des profils de répartition des traceurs caractérisés par la présence d'un ou plusieurs pics de sub-surface plus ou moins importants, indiquant également la présence d'un mode de transport non-local (Figure 35). Le mode biodiffusif est prédominant sur le site Intermédiaire (IN) qui présente également l'intensité de remaniement le plus faible (Tableau 3). Sur ce site la tourbe était la plus dense (observation qualitativement, non mesurée). On peut imaginer qu'elle forme une barrière physique au remaniement. Le site Goyave (GO) présente le remaniement le plus important (Tableau 3). C'est sur ce site que les plus grandes densités de crabes en surface ont été observées, et la tourbe y était très peu dense, voire absente. Les trois autres sites montrent des valeurs intermédiaires d'intensité de remaniement sédimentaire : - le site Babin (BA) présentait également quelques crabes, et une tourbe légèrement plus dense qu'à Goyave (GO) ; - sur les sites Fajou (FA) et Décharge (DE) une densité de tourbe légèrement inférieure à celle du site Intermédiaire (IN) a été observée. La prise en compte ultérieure des résultats complets de la composition des communautés macrobenthiques présentes sur les différents sites est indispensable afin de formuler des hypothèses et/ou conclusions plus définitives quant aux différences de motifs et d'intensité de remaniement sédimentaire observées entre les sites.

<table><caption>**Tableau 3** : Intensité de remaniement sédimentaire (Particle Displacement Coefficient, PDC ; Capowiez et al., 2021) au sein des différents sites, après 10 jours d'incubation.</caption><thead><tr><th rowspan="2">SITE</th><th colspan="3">PDC (10<sup>-3</sup> cm<sup>2</sup>.j<sup>-1</sup>)</th></tr><tr><th>Moyenne</th><th>Etype</th><th>n</th></tr></thead><tbody><tr><td>DECHARGE</td><td>88,55</td><td>53,42</td><td>3</td></tr><tr><td>BABIN</td><td>119,11</td><td>12,95</td><td>3</td></tr><tr><td>INTERMEDIAIRE</td><td>38,63</td><td>22,33</td><td>2</td></tr><tr><td>FAJOU</td><td>104,03</td><td>38,86</td><td>3</td></tr><tr><td>GOYAVE</td><td>169,61</td><td>42,32</td><td>3</td></tr></tbody></table>

## II. 6 Analyses acides gras et pigments sur litter-bags

En raison d'un problème de conservation des échantillons de litterbags, les pigments des échantillons de Guadeloupe n'ont pas été analysés et il ne sera pas possible d'effectuer une comparaison inter-DROM. Des analyses de diversités génétiques ont cependant été menées avant la détérioration des échantillons. L'analyse des données de Guadeloupe suggère qu'une durée de 10 j n'est malheureusement pas suffisante pour avoir une idée des processus de dégradation dans les sacs à litière. Les litterbags avaient, en effet, été laissés 10 jours sur site pour des raisons de contraintes liées au terrain (idem Martinique et Mayotte). Par comparaison avec les données de Guyane (où les litterbags avaient été laissés plus longtemps sur site - i.e. 27j) nous préconisons une durée minimale de 30j afin de mettre en évidence les changements de communautés microbiennes en lien avec l'activité de dégradation de la matière organique. Les pigments lipophiles et notamment le % de phéopigments pouvant alors être un bon proxy de l'état de dégradation des feuilles de palétuviers. Ces résultats font l'objet d'une publication scientifique qui est actuellement en cours de rédaction.
## II. 7 Acides gras et pigments sur sédiment

L'extraction et l'analyse du contenu en acides gras et en pigments des différents horizons de la carotte ont été réalisées. Tous les échantillons d'acides gras ont été traités et injectés en GC-MS et tous les échantillons de pigments ont été traités et injectés en HPLC. Cependant, suite à l'arrêt du contrat du principal porteur du projet au MNHN et au manque de ressources humaines chez ce partenaire, l'analyse des chromatogrammes n'a pas été terminée. Des stagiaires ont été recrutés pour effectuer une partie du travail restant (notamment pour la préparation et l'injection en HPLC des échantillons de pigments) mais les choses ont mis du temps à se mettre en place. Les données issues de ces premières analyses ne sont pas disponibles.

## III. CDD, stages et thèse adossés aux dernières analyses de Guadeloupe 2020-2022

**CDD : Alexis Tham Vo, Ingénieur d'études CNRS** (Sept 2021-Mars 2022)

### STAGES

**Guerric Barriere** (janvier-Mars 2022), Université de Bretagne Occidentale, Mention sciences de la mer et du littoral, Parcours Biologie des Populations. **Encadrant** : E. Michaud et A. Spedicato. **Sujet** : « Mesure de la biomasse des nématodes de mangroves Guadeloupéennes dans un contexte de perturbations variables »

**Alexis Tham Vo** (Janvier-Juillet 2021), Université d'Aix Marseille, Master Sciences de la mer, Parcours Océanographie Biologique, Écologie Marine. **Encadrement** : E Michaud (LEMAR). **Sujet** : « Variabilité spatiale de la diversité des communautés benthiques et de leurs activités de bioturbation dans les mangroves de Guadeloupe »

**Adrien Dutrey** (avril-juillet 2021), DUT La Roche sur Yon. **Encadrant** : E. Michaud. **Sujet** : « Étude préliminaire de la variabilité spatiale de la macrofaune benthique des mangroves de Guadeloupe »

**Pauline Lecoq** (Avril-Juin 2021), Université d'Aix Marseille, Master Sciences de la mer, 1ère année Parcours Océanographie Biologique, Écologie Marine. **Encadrement** : C Militon (MIO). **Sujet** : « Caractérisation des communautés microbiennes de mangroves de Guadeloupe »

**Steven Zehnacker** (Avril-Juin 2020), Université d'Aix Marseille, Licence SVT, 3ème année **Encadrement** : C Militon (MIO). **Sujet** : « Analyse d'indicateurs biologiques pour caractériser les sédiments de mangroves guadeloupéennes : la biomasse moléculaire microbienne comme bioindicateur pour la DCE ?”

### THESES

**Thèse d'Adriana Spedicato** (UBO, 2020-2023), **Directeurs de thèse** : E. Michaud, G. Thouzeau et D. Zeppilli. **Sujet** : « Variabilité spatiale et temporelle de la diversité fonctionnelle de la méiofaune des mangroves Outre-Mer ». (Financement Office de l'eau Guyane et Région Bretagne)

**Thèse de Maud Fiard** (2019-2022), Université d'Aix Marseille **Directeurs de thèse** : P Cuny (MIO) et C Militon (MIO). **Sujet** : « Caractérisation des communautés microbiennes de mangroves de Guadeloupe » (bourse MENRT)