# Les populations de truites de la Garonne (affluents girondins) et de la Leyre : génétique et scalimétrie

Joëlle Chat, Marin Tetillon, Aurélie Manicki, Francois Gueraud, Olivier Lepais

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Joëlle Chat, Marin Tetillon, Aurélie Manicki, Francois Gueraud, Olivier Lepais. Les populations de truites de la Garonne (affluents girondins) et de la Leyre: génétique et scalimétrie. [Contrat] Fédération Départementale des Associations Agréées de Pêche et de Protection du Milieu Aquatique de la Gironde. 2018, 14 p. + annexes. hal-02025839

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# Les populations de truites de la Garonne (affluents girondins) et de la Leyre : génétique et scalimétrie

Rapport 2018

Joëlle Chat, Marin Tétillon, Aurélie Manicki, François Guéraud & Olivier Lepais
Contexte

Dans le cadre de son Plan Départemental pour la Protection des milieux aquatiques (PDPG), la Fédération des AAPPMAs de la Gironde a lancé deux actions prioritaires : améliorer sa connaissance des milieux et de la faune piscicole et mettre en cohérence la gestion piscicole locale avec le PDPG. Dans le but de récolter de nouveaux éléments de connaissance concernant la faune piscicole présente sur son territoire, la Fédération des AAPPMAs de la Gironde a souhaité s'associer avec l'INRA (UMR 1224 ECOBIOP de St Pée sur Nivelle) qui bénéficie d'une expertise reconnue sur les populations de salmonidés.

L'objectif de cette étude est de préciser l'origine (sauvage ou domestique) des truites échantillonnées par pêches électriques dans les petits cours d'eau girondins en s'appuyant sur des analyses génétiques et scalimétriques.

Les échantillons

Les échantillons de truite (Salmo trutta) prélevés et rassemblés par la Fédération de Pêche 33 en 2016 et 2017 ont été fournis à l'INRA en 2018. Le lot 1 était composé de 107 truitelles (Longueur <20cm) et le lot 2 de 17 truites (Longueur >20cm). Elles ont toutes été capturées dans le milieu naturel à l'occasion de pêches électriques réalisées sur les affluents aval de la Garonne (Saucats, Gât mort, Barbouse et Ciron) et sur la Leyre. La liste des échantillons est fournie en **Annexe 1**. L'origine géographique des truites capturées dans le milieu naturel est indiquée dans l'**Annexe 2**.

Deux piscicultures de repeuplement ont également été échantillonnées par la Fédération de Pêche de la Gironde lors d'une campagne précédente : la pisciculture Delataillade, située sur le bassin du Ciron à Allons (47420) et appartenant à M. Delataillade, et la pisciculture Villement, située à Ruelle sur Touvre (16600) et appartenant à M. Bellet. Les échantillons de ces piscicultures ont été fournis lors de la première étude (Rapport 2015). Dans la suite du document, ces deux piscicultures seront parfois désignées sous le nom de PiscD et PiscB pour alléger le texte. Par ailleurs, nous adopterons le terme générique de "truites domestiques" pour désigner les souches de pisciculture, passées et actuelles, utilisées localement pour le soutien aux populations de la Garonne ou de la Leyre ; il déborde possiblement le panel des six piscicultures sélectionnées pour cette étude.

Les échantillons de la Fédération de Pêche 33 ont été livrés sous la forme de fragments de nageoire, conservés dans des tubes remplis d'éthanol absolu fournis par l'INRA, accompagnés pour la plupart des individus par une pochette d'écaille.

Cet échantillonnage a été complété par d'autres échantillons de truite commune tirés d'une
collection détenue par l'INRA (Masson et al. 2018). Le nombre d'échantillons représentatifs de
chaque bassin dans la matrice des génotypes est indiqué entre parenthèses.
Etaient représentés :

* le bassin de la Garonne avec :

* la Neste d'Aure (31 juvéniles échantillonnés sur des pêches organisées par la Fédération de Pêche 65 et ECOGEA),

* la Garonne (24 smolts dévalant capturés au barrage de Pointis-de-Rivière par MIGADO),

* l'Arize à La Bastide de Sérou en Ariège (13 juvéniles échantillonnés par la Fédération de Pêche de l'Ariège),

* l'Arn au moulin de Vergougnac (8 juvéniles échantillonnés par la Fédération de Pêche du Tarn);

* au Sud,

* le bassin de la Leyre (14 truites échantillonnées grâce à la collaboration du Parc Naturel régional des Landes et de MIGADO),

* le bassin de l'Adour et les côtiers basques (120 truites au total échantillonnées grâce à la collaboration de la Fédération de Pêche 64 et 65; MIGRADOUR et l'INRA, puis tirées au sort à raison de 30 individus par bassin);

* au Nord,

* les bassins de la Loire (11),

* de la Sèvre Niortaise (10),

* de la Charente (21),

* de la Dordogne (19), échantillonnés grâce à des pêches AFB (ONEMA).

* enfin, quatre piscicultures de repeuplement opérant sur le sud-ouest ont été intégrées en complément des deux piscicultures déjà mentionnées (une trentaine d'individus par pisciculture, échantillonnés par l'INRA ou la Fédération de Pêche 64).
# Partie 1 : scalimétrie

## Ce qui a été fait :

Les écailles de 108 poissons, 92 poissons du lot 1 et 16 du lot 2, ont été nettoyées, montées, scannées et lues quand la qualité des écailles le permettait. L'estimation de l'âge du poisson s'est appuyée sur l'observation de l'écaille mais également sur les informations biométriques (taille et poids à la date de la capture) fournies par la Fédération de Pêche de la Gironde.

Quand les écailles disponibles étaient toutes régénérées (reconstituée de novo après une perte accidentelle), il n'a pas été possible de déterminer l'âge. Ce fut le cas pour quatre poissons (STPE1115-2547 du lot 1 et STPE1115-3256, STPE1115-2662 et STPE1115-2687 du lot 2). Dans la majorité des cas, les écailles disponibles ont permis de donner un âge au poisson (cf. **Annexe 1**). Sur certaines écailles, un doute persiste sur l'âge véritable et deux hypothèses mutuellement exclusives ont été conservées (hypothèse 1 plus vraisemblable que hypothèse 2). Ainsi, pour quinze des 107 truites du lot 1 dont douze capturées sur l'Hount Sorgente, on a noté la présence d'un anneau à proximité du focus de l'écaille après un nombre inhabituellement faible de circuli (**Figure 1-B**). Compte tenu de la taille du poisson, cet anneau a finalement été considéré comme artefactuel (possiblement provoqué par un stress lié à l'environnement intervenu en milieu naturel ou en condition d'élevage) et n'a pas été retenu pour le calcul de l'âge, le poisson étant finalement considéré comme un jeune de l'année.

Sans surprise, les truitelles du lot 1 (Longueur <20cm) sont majoritairement des juvéniles de l'année (0+, 73 cas sur 91 écailles lues, **Figure 1-A**). On a attribué un an révolu et deux ans révolus à, respectivement, 11 et 7 truites de ce même lot. Aucun des poissons du lot 1 ne présentait de marque de fraie.

Sur le lot 2 (17 individus au total), on a identifié deux truites 1+, neuf truites 2+, une truite 3+ (**Figure 1-C**) et une truite 4+ (**Figure 1-D**). Il subsiste un doute pour une truite (1+ ou 2+). Une seule des truites présentait une marques de fraie (**Figure 1-D**), il s'agit d'une truite de quatre ans révolus (STPE115-2683) de taille supérieure à 35 cm, capturée sur un des affluents de la Leyre et portant les marques d'une reproduction lors de sa deuxième année. Il est à noter cependant que les écailles étaient absentes chez trois truites parmi les plus grandes (taille de 276, 315 et 212 mm).

## Nos déductions :

Parmi les échantillons que nous avons eu à analyser, une seule truite témoigne par l'écaille d'une participation effective à la reproduction (marque de frai). Cependant, cette observation est à mettre en perspective avec les critères de sélection retenus par la Fédération de Pêche de la Gironde lors du choix des individus à analyser et à nuancer en fonction des résultats de l'étude génétique, notamment l'identification des fratries (cf. infra).
<figure><img src="image_2.png" /><figcaption>**Figure 1** : Ecaille annotées. **A** : juvénile de l'année sans anneau hivernal, **B** : juvénile de l'année avec anneau surnuméraire (point violet), **C** : STPE115-3249 (longueur 271 mm et poids 204 g) avec trois anneaux hivernaux (point bleus), **D** : STPE115-2683 (longueur 368 mm et poids 425 g) avec quatre anneaux hivernaux (point bleus) et une marque de fraie (flèche orange).</figcaption></figure>
# Partie 2 : génétique

## Les génotypages

Après extraction de l'ADN, les génotypes des individus ont été examinés au niveau de 10 régions réparties sur le génome et réputées très variables : les microsatellites.

Les marqueurs sont initialement amplifiés par PCR avec le kit Type-it Microsatellite PCR Kit (QIAGEN) au sein de deux multiplexes mis au point par notre laboratoire (Tableau I). Les volumes réactionnels des deux multiplexes sont ensuite mélangés. Les fragments amplifiés sont alors séparés en fonction de leur taille à l'aide d'un séquenceur multicapillaire ABI (Life Technologies). Les génotypes (tailles d'allèles en paires de bases) sont attribués à l'aide du logiciel STRAND (Toonen and Hughes 2001) et vérifiés sous R à l'aide du package MSATALLELE (Alberto 2009).

<table><caption>**Tableau I :** Liste des marqueurs génétiques utilisés et protocole d'amplification.</caption><thead><tr><th>Multiplex<br>Marqueur (Référence)</th><th>Groupe de<br>liaison</th><th>Programme PCR</th></tr></thead><tbody><tr><td colspan="3"><strong>Multiplex 1</strong></td></tr><tr><td>Ssa85 (O'Reilly et al. 1996)</td><td>4</td><td>Activation : 5' à 95°C</td></tr><tr><td>Str73INRA (Presa and Guyomard 1996)</td><td>27</td><td>Amplification : 35 cycles</td></tr><tr><td rowspan="2">Ssa410Uos (Cairney, Taggart and Høyheim 2000)</td><td>inconnu</td><td>30" à 95 °C</td></tr><tr><td>13</td><td>90" à 57°C</td></tr><tr><td>Ssa408Uos (Cairney et al. 2000)</td><td>10</td><td>30" à 72°C</td></tr><tr><td>MST60 (Presa and Guyomard 1996)</td><td>2</td><td>Elongation finale : 30' à 60°C</td></tr><tr><td>Str541 (Estoup et al. 1996)</td><td>inconnu</td><td></td></tr><tr><td>SsaD71 (King, Eackles and Letcher 2005)</td><td>28</td><td></td></tr><tr><td>OmyFGT2TUF (Sakamoto, Okamoto and Ikeda 1994)</td><td></td><td></td></tr><tr><td colspan="3"><strong>Multiplex 2</strong></td></tr><tr><td>SSOSL438 (Slettan, Olsaker and Lie 1996)</td><td>13</td><td>idem</td></tr><tr><td>Str543 (Presa and Guyomard 1996)</td><td>17</td><td></td></tr></tbody></table>

L'extraction de l'ADN a été effectuée sur la totalité des 124 individus remis par la Fédération de Pêche de la Gironde entre 2016 et 2017. Cependant, 4 individus ont été écartés de l'étude génétique *in silico* en raison d'un trop grand nombre de données manquantes (plus de 8 loci manquants sur les 10 que compte l'étude). Il s'agit de STP-E-1115-2700, STP-E-1115-3150, STP-E-1115-3162, STP-E-1115-3163.

## La détection des familles de plein-frères

### Ce qui a été fait :

Nous avons utilisé le logiciel COLONY pour repérer les fratries (plein-frères) au sein des individus. Trois analyses successives ont été réalisées pour s'assurer de la convergence des résultats. Seules sont
listées ici les fratries repérées au sein des échantillons livrés par la Fédération de Pêche de la Gironde en 2016 et 2017 (d'où une incohérence qui n'est qu'apparente avec les chiffres indiqués dans la colonne N<sub>FS</sub> de l'Annexe 3 où les effectifs sont plus importants). Pour les fratries décrites ci-dessous, seuls les frères-sœurs identifiés comme tels sur au moins deux des trois analyses répétées sont mentionnés.

Nos déductions :

Quinze familles de plein-frères ont été identifiées au sein des échantillons transmis par la Fédération de Pêche de la Gironde en 2016-2017:

Bassin de la Leyre :

Famille 1 (Dubern ou esclaures, station DUBERN_05) : STP-E-1115-2658, STP-E-1115-2660,
STP-E-1115-2665, STP-E-1115-2666, STP-E-1115-2667

Famille 2 (Dubern ou esclaures, station DUBERN_05) : STP-E-1115-2668, STP-E-1115-2669,
STP-E-1115-2670

Famille 3 (Ruisseau du Lassieux, station LASS_01) : STP-E-1115-2661, STP-E-1115-2676

Famille 4 (Ruisseau du Lassieux, station LASS_01) : STP-E-1115-2677, STP-E-1115-2678, STP-E-1115-2679

Famille 5 (Ruisseau du Bouron, station BOURON_03) : STP-E-1115-2681, STP-E-1115-2682,

Bassin du Gât mort :

Famille 6 (station GATMORT_06): STP-E-1115-3139, STP-E-1115-3140,

Bassin de la Barbouse :

Famille 7 (station BARBOUSE_03 et _06) : STP-E-1115-2550, STP-E-1115-2653, STP-E-1115-2654, STP-E-1115-2656, STP-E-1115-3134, STP-E-1115-3135, STP-E-1115-3136

Famille 8 (station BARBOUSE_03 et _06) : STP-E-1115-2652, STP-E-1115-2655, STP-E-1115-2657, STP-E-1115-3161

Famille 9 (station BARBOUSE_07) : STP-E-1115-3128, STP-E-1115-3130, STP-E-1115-3131

Famille 10 (station BARBOUSE_07) : STP-E-1115-3126, STP-E-1115-3127

Famille 11 (station BARBOUSE_07) : STP-E-1115-3129, STP-E-1115-3132,

Bassin du Ciron :

Famille 12 (station CIRON_05) : STP-E-1115-2545, STP-E-1115-2692

Famille 13 (station ORIGNE_01) : STP-E-1115-3164, STP-E-1115-3166, STP-E-1115-3167

Famille 14 (station CIRON_05) : STP-E-1115-3172, STP-E-1115-3175, STP-E-1115-3176, STP-E-1115-3178, STP-E-1115-3180, STP-E-1115-3181, STP-E-1115-3182, STP-E-1115-3183, STP-E-1115-3184

Famille 15 (station CIRON_05) : STP-E-1115-3173, STP-E-1115-3179,

L'identification des familles est cohérente avec le lieu de capture et l'âge des membres de la fratrie.
Tous les membres d'une même famille ont été capturés à proximité les uns des autres : deux familles
au lieu-dit du Moulin de Debat et deux autres à Argilas sur le bassin de la Leyre, une famille au niveau
du seuil de Lusié sur le bassin du Gât mort, deux familles au niveau du pont de l'autoroute A62 et 3
familles au lieu-dit du Pas bordelais sur le bassin de la Barbouse, trois familles au voisinage de la
papeterie Castelnau et une famille au pied du moulin d'Origne sur le bassin du Ciron. Pour autant
que l'on puisse en juger lorsque les écailles étaient fournies, toutes les familles sont composées d'individus de la même cohorte, tous juvéniles de l'année sauf la famille 14 qui n'englobe que des individus 1+ (lecture des écailles de cinq des neufs membres de la famille).

Le Saucats n'a pas fait l'objet d'une recherche de fratrie car l'effectif était insuffisant.

Au final, la présence de fratries géographiquement localisée parmi les juvéniles indique que des évènements de reproduction ont lieu sur les trois affluents aval de la Garonne que sont le Gât mort, la Barbouse et le Ciron ainsi que sur la Leyre. Ces cours d'eau sont donc fréquentés par des géniteurs des deux sexes au moins à l'époque de la fraie.

Pour la suite des analyses génétiques, nous n'avons gardé qu'un membre de chaque famille choisi au hasard pour ne pas biaiser ou bruiter le signal « populationnel » par un signal familial.

# La diversité génétique

## Ce qui a été fait :

Nous avons utilisé les logiciels FSTAT, GENEPOP et GENETIX pour calculer divers indices de diversité :

* la diversité allélique (Â), correspondant au nombre moyen d'allèles observés par locus dans chaque échantillon,

* la richesse allélique (Ar), témoignant de la diversité allélique de chaque échantillon en s'affranchissant des différences d'effectifs,

* l'hétérozygotie observée (Ho) au sein de chaque échantillon

* l'hétérozygotie attendue (He) de chaque échantillon dans le cas théorique d'une population idéale où les croisements se font aléatoirement (loi de Hardy-Weinberg).

* l'indice de fixation (Fis) de chaque échantillon avec son intervalle de confiance, qui traduit un excès (valeur négative) ou un déficit (valeur positive) d'hétérozygotes par rapport à une population théorique idéale.

Le calcul a porté sur l'ensemble des individus, plein-frères exclus, sauf pour les deux échantillons de pisciculture qui ont été conservés intégralement.

## Nos déductions :

Les résultats complets sont donnés en **Annexe 3**. Trois échantillons s'écartent significativement de la population théorique idéale avec, les deux échantillons de l'Ariège (rivière Arize) et de la pisciculture B avec un excès d'hétérozygotes et la population de la Leyre avec un déficit d'hétérozygote. Pour le bassin de la Garonne, nous pouvons donc conclure qu'il y a un brassage génétique correct au sein des populations de truites échantillonnées par la Fédération de Pêche de la Gironde sur les affluents girondins de la Garonne (Gât mort, Barbouse et Ciron). Concernant la Leyre, la faible valeur de l'indice de fixation FIS résulte surement d'une forte consanguinité (croisements entre individus apparentés), comme en témoignent par ailleurs le nombre de fratries identifiées, possiblement renforcée par une situation de densité faible et d'habitat discontinu (populations en patchs).
# Les distances génétiques entre populations

## Ce qui a été fait :

Nous avons calculé la distance génétique entre les populations à l'aide du logiciel POPULATIONS. Cette distance traduit la proximité génétique entre des groupes d'individus définis a priori. Dans notre présente étude, nous avons utilisé la distance Dc de Cavalli-Sforza and Edwards (1967) couplée à la méthode d'agrégation « Neighbor Joining ». Ici, l'appartenance au groupe a été déterminée en fonction du lieu de la capture (pisciculture, rivière ou bassin). On représente classiquement les distances génétiques par un « arbre » composé de « branches », la longueur de(s) branche(s) reliant deux entités étant proportionnelle à la distance génétique séparant ces entités. Pour tester la solidité des nœuds de l'arbre, on utilise une technique de ré-échantillonnage appelée « bootstrap » (dans le cas présent appliqué 100 fois) pour calculer le nombre de fois où le nœud apparaît parmi les 100 arbres ainsi générés. Cette valeur de bootstrap est indiquée sur l'arbre à proximité immédiate du nœud.

## Nos déductions :

Globalement, l'arbre des distances (Figure 2) possède des branches peu solides (on considère classiquement qu'un nœud est solide lorsque la valeur du bootstrap dépasse 80%). L'arbre reconnait deux branches principales :

* une première branche située à droite de l'arbre sur laquelle se greffent, du nord au sud, la Loire, la Sèvre Niortaise, la Charente, la Dordogne et l'Arize ;

* une deuxième branche située à l'opposée sur laquelle se greffent les affluents avals de la Garonne, la Leyre, la Neste d'Aure ainsi que les deux souches domestiques.

<figure><img src="image_3.png" /><figcaption>**Figure 2** : Distances génétiques entre populations. Les nombres indiqués au cœur de l'arbre rendent comptent de la solidité des nœuds adjacents (échelle de 1 à 100).</figcaption></figure>
Comme lors de la précédente étude, tous les groupes sont relativement et uniformément distants les uns des autres, à l'exception de l'ensemble composé de la population du Ciron, des smolts dévalant de Pointis-de-Rivière et des géniteurs de la pisciculture Delataillade qui sont génétiquement plus proches les uns des autres qu'ils ne le sont des autres populations.

# L'appartenance des individus à des populations

## Ce qui a été fait :

Nous avons utilisé les génotypes de chaque individu échantillonné pour délimiter les populations en présence et assigner les individus échantillonnés à leur population d'origine. Pour ce faire, nous avons utilisé une méthode de « clustering » implémentée dans le logiciel STRUCTURE pour un nombre de K compris entre un et vingt, en réalisant cinq itérations pour chaque valeur de K. Contrairement au calcul des distances réalisé au chapitre précédent, l'analyse par « clustering » s'est faite en aveugle, aucune information géographique concernant l'origine des truites n'ayant été rentrée dans le logiciel préalablement à l'analyse. Des populations de l'Adour et de petits côtiers basques ont été ajoutées au jeu de données d'entrée de STRUCTURE afin de mieux contextualiser l'étude, notamment pour la zone méridionale.

## Préambules :

* Le cluster correspond à une population au sens génétique du terme, c'est-à-dire un groupe d'individus qui se sont échangés des gènes pendant plusieurs générations (=se sont préférentiellement reproduits ensemble) de telle sorte que ses membres se ressemblent et se distinguent des membres des autres groupes par un assemblage de gènes qui leur est propre.

* Les truites échantillonnées ont été capturées à un endroit, ici un point du réseau hydrographique. Ce dernier est organisé en ruisseau, rivière, lacs, sous bassins, bassins... A chacun de ces niveaux et de ces milieux peut être associée une population de truites (au sens écologique du terme). Le contour de la population peut, ou pas, se superposer avec celui du cluster.

* STRUCTURE fournit des sorties graphiques en barre qui permettent de croiser l'échelle individuelle et populationnelle, de matérialiser l'appartenance d'un individu à un ou plusieurs clusters (=son ascendance) et donc d'identifier les éventuels hybrides et migrants au sein des populations. Une couleur distincte est attribuée à chaque cluster détecté. Chaque individu est représenté par une barre verticale colorée indiquant à quel(s) cluster(s) appartient l'individu. Sur l'exemple fictif de la **Figure 3**, l'individu 1 est assigné à hauteur de 80% au cluster bleu et de 20% au cluster vert alors que l'individu 2 est assigné à 100% au cluster rouge.

<figure><img src="image_4.png" /><figcaption>**Figure 3** : Interprétation des sorties graphiques en barre du logiciel STRUCTURE.</figcaption></figure>
Nos déductions :

STRUCTURE estime que le nombre de clusters K le plus vraisemblable au vu des données est supérieur à 10 alors que la statistique delta K décrite par Evanno et al (2005) suggère K=4 comme le nombre optimal de clusters (Figure 4).

<figure><img src="image_5.png" /><figcaption>**Figure 4 :** Statistique Delta K sur l'intervalle [2;19].</figcaption></figure>

Nous avons choisi de représenter ici deux niveaux de complexité, K=2 et K=8. Au-dessus de K=8, le gain d'information ne nous paraissait pas flagrant au regard de l'objectif de l'étude et risquait de masquer les grandes tendances.

L'objectif principal de cette étude était de pouvoir distinguer les truites indigènes des truites issues de repeuplement. En Gironde, les gestionnaires pratiquent des repeuplements à partir des **souches Bellet et Delataillade**. Le grain correspondant à K=2 (première dichotomie révélée par STRUCTURE) est pertinent pour répondre à la question posée par la Fédération de Pêche de la Gironde (Figure 5).

<figure><img src="image_6.png" /><figcaption>**Figure 5 :** Résultats de l'analyse génétique réalisée par STRUCTURE sur la base de 2 clusters. Les individus capturés par pêche électrique sont regroupés par rivière puis par grand bassin hydrographique, les individus domestiques par pisciculture. A l'intérieur de ces groupes, les individus sont ordonnés en fonction de leur probabilité d'appartenance à l'un ou l'autre des clusters (paramètre Q).</figcaption></figure>
Le cluster gris est omniprésent au sein des six souches domestiques. A l'opposé, les populations de truites réputées en bonne santé (par exemple Gaves et Nive sur l'Adour, Nivelle, Neste d'Aure sur la Garonne) appartiennent au cluster noir. A quelques exceptions près, les truites des affluents de la Garonne en partie aval (Saucats, Gât mort, Barbouse, Ciron) et de la Leyre sont toutes d'ascendance domestique.

Le grain correspondant à K=8 permet d'affiner la réponse. Sur l'arbre des distances (Figure 6), on distingue :

* les clusters 1 et 8 de couleur verte présents au nord de notre site d'étude : bassins de la Loire, de la Sèvre Niortaise et, dans une moindre mesure, de la Dordogne, et au sud : amont des bassins de la Garonne et de l'Adour ;

* le cluster 4 de couleur bleue présent sur les côtiers basques, la Nive et le Gave d'Oloron ;

* les clusters 2, 3, 6 et 7, respectivement de couleur rouge, mauve, orange et rose, présents chez les populations domestiques mais également en mélange chez les sauvages capturées sur les affluents girondins de la Garonne et, dans une moindre mesure, de la Leyre ;

* le cluster 5 de couleur chair, présent surtout chez les truites de la Leyre, mais peu distants des clusters domestiques 3 et 7.

<figure><img src="image_7.png" /><figcaption>**Figure 6** : Arbre des distances entre les huit premiers clusters identifiés par STRUCTURE.</figcaption></figure>

L'assignation individuelle pour k=8 (Figure 7) permet de distinguer nettement quatre clusters au sein des souches domestiques de notre panel. Ces quatre clusters sont également largement présents chez les truites capturées sur les affluents aval de la Garonne. Pour les truites échantillonnées sur ces cours d'eau, les assignations à l'échelle individuelle (Annexe 4) témoignent d'un patron très lié à la rivière et au site de pêche. Il est probable que les structures locales en charge de la gestion piscicole
des cours d'eau girondins s'approvisionnent ou se sont approvisionnées auprès de différentes piscicultures pour mener à bien leurs opérations de repeuplement.

Le cas de la Leyre est plus complexe. Pour la Leyre, le cluster majoritaire est le cluster 5, peu présent chez les souches domestiques de notre panel mais présent de manière significative chez les truites du bassin de la Dordogne. La proximité génétique entre la Leyre et la Dordogne ne se vérifie cependant pas sur toutes les simulations obtenues avec STRUCTURE, plusieurs autres simulations assignent les individus de la Leyre à un cluster qui lui est propre. Le fait que l'embouchure de la Leyre se situe au fond du Bassin d'Arcachon, une zone sous influence maritime soumise à de forts courants, doit probablement limiter les flux géniques entre la Leyre et les fleuves voisins situés au sud comme au nord. Au vu des informations dont nous disposons aujourd'hui, l'hypothèse la plus parcimonieuse serait que la Leyre ait bénéficié d'un soutien aux populations à l'aide d'une souche de pisciculture que nous n'aurions pas échantillonnée.

En résumé, **pour les truites capturées sur les affluents girondins de la Garonne (Saucats, Gât mort, Barbouse et Ciron)**, il existe des indices convergents en faveur d'une **origine domestique**. Certaines d'entre elles portent la signature marquée de l'une des deux piscicultures Bellet (Barbouse, Gât mort) ou Delataillade (Barbouse, Ciron) mais il est probable que des repeuplements impliquant au moins une troisième pisciculture aient également eu lieu. Hormis pour le Saucats sur lequel nous ne pouvons nous prononcer en raison d'un effectif trop faible, nous avons relevé des évènements de reproduction sur l'ensemble des bassins cibles de l'étude, ce qui prouve qu'ils hébergent des géniteurs d'ascendance domestique en âge de se reproduire et que ces géniteurs contribuent effectivement au renouvellement des populations. Pour **les truites de la Leyre**, les résultats sont plus ambigus : il est vraisemblable que les truites de ce bassin soient d'ascendance domestique. Il semble néanmoins qu'un brassage génétique se soit opéré, possiblement accompagné par de possibles effets de fondation, dérive ou sélection, ayant conduit ultérieurement la population de truites de la Leyre à se différentier.
<figure><img src="image_8.png" /><figcaption>**Figure 7** : Résultats de l'analyse génétique réalisée par STRUCTURE sur la base de 8 clusters. Chaque individu est représenté par une barre verticale, les individus sont regroupés par site de pêche, rivière, bassin ou pisciculture. Les individus capturés dans le milieu naturel sont représentés sur le haut de la figure, les individus échantillonnés en pisciculture sont représentés au bas de la figure. Les cours d'eau cibles de la présente étude sont positionnés dans la partie médiane. En partie droite figure l'arbre des distances entre clusters repris de la **Figure 6**.</figcaption></figure>
Conclusions

Les six souches de pisciculture étudiées se distinguent génétiquement très clairement des truites sauvages capturées en milieu naturel, qu'il s'agisse des populations plus méridionales ou plus septentrionales. On peut ainsi affirmer sans trop de risque de se tromper que les truites capturées sur les affluents girondins de la Garonne sont exclusivement ou presque d'origine domestique. La présence de fratries détectée localement atteste que certaines d'entre elles atteignent l'âge adulte et se reproduisent.

Statuer définitivement sur une origine exclusivement domestique dans le cas de la Leyre est plus hasardeux. Les simulations ne convergent pas bien et les assignations génétiques sont ambigües. Le cluster majoritaire de la population de la Leyre ne concorde avec aucun des six souches domestiques de notre panel. A notre connaissance, il n'existe pas d'échantillons biologiques anciens de truites de la Leyre et l'historique des opérations de repeuplement qui y ont été pratiquées est peu documentée, ce qui limite considérablement les perspectives d'investigation.
# Annexes

**Annexe 1 :** Informations sur les individus échantillonnés par la Fédération de Pêche de la Gironde et lecture d'écailles (* : écailles régénérées)

**Annexe 2 :** Provenance des échantillons fournis par la Fédération de Pêche de la Gironde (X et Y, coordonnées géographiques RGF93).

**Annexe 3 :** Indices de diversité génétique.

**Annexe 4 :** Ascendance génétique des individus échantillonnés par la Fédération de Pêche de la Gironde déduite des analyses conduites avec STRUCTURE (les assignations dépassant le seuil de 10% sont surlignées en respectant le code couleur de la Figure 7).
Annexe 1 : Informations sur les individus échantillonnés par la Fédération de Pêche de la Gironde et lecture d'écaille (* : écailles régénérées). En cas de doute à l'issue de la lecture d'écaille, deux hypothèses alternatives sont conservées (hypothèse 1 plus vraisemblable qu'hypothèse 2).

<table><thead><tr><th rowspan="2">Envoi</th><th rowspan="2">Code station FD33</th><th rowspan="2">Code_espèce</th><th rowspan="2">Taille (mm)</th><th rowspan="2">Poids (g)</th><th rowspan="2">Code Nageoire</th><th rowspan="2">N° Qualité INRA</th><th rowspan="2">Ecaille (oui/non)</th><th rowspan="2">Dossier photo</th><th rowspan="2">N° photos</th><th colspan="4">Lecture d'écaille</th></tr><tr><th>Hypothèse 1 Age total</th><th>MF</th><th>Hypothèse 2 Age total</th><th>MF</th></tr></thead><tbody><tr><td>1</td><td>BROU_02</td><td>TRF</td><td>85</td><td>5.5</td><td>62</td><td>STPE1115-3170</td><td>oui</td><td>23</td><td>4715</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BROU_02</td><td>TRF</td><td>130</td><td>19</td><td>61</td><td>STPE1115-3171</td><td>oui</td><td>23</td><td>4714</td><td>0</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>1</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>TRF</td><td>64</td><td>2.5</td><td>49</td><td>STPE1115-3145</td><td>oui</td><td>18</td><td>4652</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>TRF</td><td>70</td><td>4.5</td><td>41</td><td>STPE1115-3146</td><td>oui</td><td>18</td><td>4644</td><td>0</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>1</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>TRF</td><td>72</td><td>5.5</td><td>43</td><td>STPE1115-3147</td><td>oui</td><td>18</td><td>4646</td><td>0</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>1</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>TRF</td><td>74</td><td>4.5</td><td>46</td><td>STPE1115-3148</td><td>oui</td><td>18</td><td>4649</td><td>0</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>1</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>TRF</td><td>77</td><td>4</td><td>45</td><td>STPE1115-3149</td><td>oui</td><td>18</td><td>4648</td><td>0</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>1</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>TRF</td><td>79</td><td>5</td><td>50</td><td>STPE1115-3150</td><td>oui</td><td>18</td><td>4653</td><td>0</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>1</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>TRF</td><td>80</td><td>5.5</td><td>44</td><td>STPE1115-3151</td><td>oui</td><td>18</td><td>4647</td><td>0</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>1</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>TRF</td><td>80</td><td>5.5</td><td>48</td><td>STPE1115-3152</td><td>oui</td><td>18</td><td>4651</td><td>0</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>1</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>TRF</td><td>81</td><td>6</td><td>37</td><td>STPE1115-3153</td><td>oui</td><td>18</td><td>4639</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>TRF</td><td>82</td><td>5</td><td>36</td><td>STPE1115-3154</td><td>oui</td><td>18</td><td>4638</td><td>0</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>1</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>TRF</td><td>83</td><td>5.5</td><td>38</td><td>STPE1115-3155</td><td>oui</td><td>18</td><td>4640</td><td>0</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>1</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>TRF</td><td>86</td><td>8</td><td>35</td><td>STPE1115-3156</td><td>oui</td><td>18</td><td>4637</td><td>0</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>1</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>TRF</td><td>89</td><td>8</td><td>42</td><td>STPE1115-3157</td><td>oui</td><td>18</td><td>4645</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>TRF</td><td>91</td><td>7</td><td>40</td><td>STPE1115-3158</td><td>oui</td><td>18</td><td>/</td><td>0</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>1</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>TRF</td><td>108</td><td>13</td><td>47</td><td>STPE1115-3159</td><td>oui</td><td>18</td><td>4650</td><td>0</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>1</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>TRF</td><td>198</td><td>72.5</td><td>39</td><td>STPE1115-3160</td><td>oui</td><td>18</td><td>4641</td><td>2</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>GATMORT_06</td><td>TRF</td><td>45</td><td>1</td><td>29</td><td>STPE1115-3137</td><td>non</td><td>17</td><td>4609</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>GATMORT_06</td><td>TRF</td><td>58</td><td>2</td><td>34</td><td>STPE1115-3138</td><td>non</td><td>17</td><td>4614</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>GATMORT_06</td><td>TRF</td><td>66</td><td>2.5</td><td>31</td><td>STPE1115-3139</td><td>oui</td><td>17</td><td>4611</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>GATMORT_06</td><td>TRF</td><td>68</td><td>2.5</td><td>32</td><td>STPE1115-3140</td><td>oui</td><td>17</td><td>4612</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>GATMORT_06</td><td>TRF</td><td>70</td><td>3</td><td>30</td><td>STPE1115-3141</td><td>oui</td><td>17</td><td>4610</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>GATMORT_06</td><td>TRF</td><td>88</td><td>5.5</td><td>28</td><td>STPE1115-3142</td><td>oui</td><td>17</td><td>4608</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>GATMORT_06</td><td>TRF</td><td>89</td><td>6</td><td>27</td><td>STPE1115-3143</td><td>oui</td><td>17</td><td>4607</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>GATMORT_06</td><td>TRF</td><td>92</td><td>7.5</td><td>33</td><td>STPE1115-3144</td><td>oui</td><td>17</td><td>4613</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>GATMORT_09</td><td>TRF</td><td>88</td><td>6.5</td><td>51</td><td>STPE1115-3162</td><td>oui</td><td>19</td><td>4669</td><td>0</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_03</td><td>TRF</td><td>64</td><td>2.5</td><td></td><td>STPE1115-2550</td><td>oui</td><td>15</td><td>4556</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_03</td><td>TRF</td><td>66</td><td>2.5</td><td></td><td>STPE1115-2655</td><td>oui</td><td>15</td><td>4560</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_03</td><td>TRF</td><td>71</td><td>3.5</td><td>1</td><td>STPE1115-3161</td><td>oui</td><td>15</td><td>4563</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_03</td><td>TRF</td><td>74</td><td>3.5</td><td></td><td>STPE1115-2653</td><td>oui</td><td>15</td><td>4558</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_03</td><td>TRF</td><td>76</td><td>4</td><td></td><td>STPE1115-2652</td><td>oui</td><td>15</td><td>4557</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_03</td><td>TRF</td><td>79</td><td>5</td><td></td><td>STPE1115-2657</td><td>oui</td><td>15</td><td>4562</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_03</td><td>TRF</td><td>83</td><td>6.5</td><td></td><td>STPE1115-2656</td><td>oui</td><td>15</td><td>4561</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_03</td><td>TRF</td><td>90</td><td>6.5</td><td></td><td>STPE1115-2654</td><td>oui</td><td>15</td><td>4559</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_06</td><td>TRF</td><td>79</td><td>4</td><td>3</td><td>STPE1115-3134</td><td>oui</td><td>16</td><td>4565</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_06</td><td>TRF</td><td>76</td><td>5</td><td>4</td><td>STPE1115-3135</td><td>oui</td><td>16</td><td>4566</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_06</td><td>TRF</td><td>78</td><td>4</td><td>2</td><td>STPE1115-3136</td><td>oui</td><td>16</td><td>4564</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_07</td><td>TRF</td><td>64</td><td>3</td><td>5</td><td>STPE1115-3124</td><td>oui</td><td>14</td><td>4570</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_07</td><td>TRF</td><td>57</td><td>2</td><td>6</td><td>STPE1115-3125</td><td>oui</td><td>14</td><td>4571</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_07</td><td>TRF</td><td>60</td><td>2.5</td><td>7</td><td>STPE1115-3126</td><td>oui</td><td>14</td><td>4572</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_07</td><td>TRF</td><td>62</td><td>3</td><td>8</td><td>STPE1115-3127</td><td>oui</td><td>14</td><td>4573</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_07</td><td>TRF</td><td>64</td><td>2.5</td><td>9</td><td>STPE1115-3128</td><td>oui</td><td>14</td><td>4574</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_07</td><td>TRF</td><td>63</td><td>2</td><td>10</td><td>STPE1115-3129</td><td>oui</td><td>14</td><td>4575/4576</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_07</td><td>TRF</td><td>60</td><td>2</td><td>12</td><td>STPE1115-3130</td><td>oui</td><td>14</td><td>4578</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_07</td><td>TRF</td><td>61</td><td>2</td><td>13</td><td>STPE1115-3131</td><td>oui</td><td>14</td><td>4579</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_07</td><td>TRF</td><td>62</td><td>2.5</td><td>14</td><td>STPE1115-3132</td><td>oui</td><td>14</td><td>4580</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BARBOUSE_07</td><td>TRF</td><td>155</td><td>35</td><td>15</td><td>STPE1115-3133</td><td>oui</td><td>14</td><td>4581/4582</td><td>1</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>
<table><thead><tr><th rowspan="2">Envoi</th><th rowspan="2">Code station FD33</th><th rowspan="2">Code espèce</th><th rowspan="2">Taille (mm)</th><th rowspan="2">Poids (g)</th><th rowspan="2">Code Nageoire</th><th rowspan="2">N° Qualité INRA</th><th rowspan="2">Ecaille (oui/non)</th><th rowspan="2">Dossier photo</th><th rowspan="2">N° photos</th><th colspan="4">Lecture d'écaille</th></tr><tr><th>Hypothèse 1 Age total</th><th>MF</th><th>Hypothèse 2 Age total</th><th>MF</th></tr></thead><tbody><tr><td>1</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>120</td><td>18</td><td></td><td>STPE1115-2700</td><td>oui</td><td>3</td><td>1883-1884</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>124</td><td>22</td><td></td><td>STPE1115-2692</td><td>oui</td><td>3</td><td>1886-1887</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>125</td><td>22</td><td></td><td>STPE1115-2545</td><td>oui</td><td>3</td><td>1882</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>122</td><td>15.5</td><td>103</td><td>STPE1115-3172</td><td>oui</td><td>24</td><td>4865</td><td>1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>126</td><td>24</td><td>110</td><td>STPE1115-3173</td><td>non</td><td>24</td><td>4884</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>133</td><td>25</td><td>109</td><td>STPE1115-3174</td><td>non</td><td>24</td><td>4883</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>136</td><td>20</td><td>100</td><td>STPE1115-3175</td><td>oui</td><td>24</td><td>4858</td><td>1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>142</td><td>29</td><td>101</td><td>STPE1115-3176</td><td>oui</td><td>24</td><td>4863</td><td>1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>143</td><td>31</td><td>105</td><td>STPE1115-3177</td><td>oui</td><td>24</td><td>4879</td><td>1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>143</td><td>30</td><td>107</td><td>STPE1115-3178</td><td>oui</td><td>24</td><td>4881</td><td>1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>148</td><td>34</td><td>108</td><td>STPE1115-3179</td><td>non</td><td>24</td><td>4882</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>150</td><td>36</td><td>111</td><td>STPE1115-3180</td><td>non</td><td>24</td><td>4885</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>153</td><td>38</td><td>106</td><td>STPE1115-3181</td><td>oui</td><td>24</td><td>4880</td><td>1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>155</td><td>41</td><td>112</td><td>STPE1115-3182</td><td>non</td><td>24</td><td>4886</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>161</td><td>44</td><td>113</td><td>STPE1115-3183</td><td>non</td><td>24</td><td>4887</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>165</td><td>50</td><td>114</td><td>STPE1115-3184</td><td>non</td><td>24</td><td>4888</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>CIRON_22</td><td>TRF</td><td>75</td><td>3</td><td></td><td>STPE1115-2699</td><td>oui</td><td>4</td><td>1946-1947</td><td>0</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>1</td><td>ORIGNE_01</td><td>TRF</td><td>55</td><td>1</td><td>56</td><td>STPE1115-3163</td><td>oui</td><td>20</td><td>4679</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>ORIGNE_01</td><td>TRF</td><td>57</td><td>1.5</td><td>55</td><td>STPE1115-3164</td><td>oui</td><td>20</td><td>4678</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>ORIGNE_01</td><td>TRF</td><td>59</td><td>1.5</td><td>54</td><td>STPE1115-3165</td><td>oui</td><td>20</td><td>4677</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>ORIGNE_01</td><td>TRF</td><td>66</td><td>2.5</td><td>53</td><td>STPE1115-3166</td><td>oui</td><td>20</td><td>4675</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>ORIGNE_01</td><td>TRF</td><td>67</td><td>2.5</td><td>52</td><td>STPE1115-3167</td><td>oui</td><td>20</td><td>4674</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>NERE_03</td><td>TRF</td><td>71</td><td>3</td><td>59</td><td>STPE1115-3168</td><td>oui</td><td>21</td><td>4702</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BALL_01</td><td>TRF</td><td>107</td><td>13.5</td><td>60</td><td>STPE1115-3169</td><td>oui</td><td>/</td><td>pas de photo</td><td>1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>GOUANEYRE_02</td><td>TRF</td><td>69</td><td>3</td><td></td><td>STPE1115-2543</td><td>non</td><td>5</td><td>1220-1221</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBE_04</td><td>TRF</td><td>162</td><td>46</td><td></td><td>STPE1115-2533</td><td>oui</td><td>1</td><td>1584</td><td>2</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBE_04</td><td>TRF</td><td>172</td><td>45</td><td></td><td>STPE1115-2542</td><td>oui</td><td>1</td><td>1582-1583</td><td>2</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBE_04</td><td>TRF</td><td>191</td><td>80</td><td></td><td>STPE1115-2547</td><td>oui</td><td>1</td><td>1585-1586</td><td>≥2, *</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBE_04</td><td>TRF</td><td>192</td><td>75</td><td></td><td>STPE1115-2548</td><td>oui</td><td>1</td><td>1588</td><td>2</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBE_04</td><td>TRF</td><td>64</td><td>2</td><td></td><td>STPE1115-2673</td><td>oui</td><td>11</td><td>4391</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBE_04</td><td>TRF</td><td>68</td><td>2</td><td></td><td>STPE1115-2675</td><td>oui</td><td>11</td><td>4393</td><td>1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBE_04</td><td>TRF</td><td>74</td><td>3</td><td></td><td>STPE1115-2674</td><td>oui</td><td>11</td><td>4392</td><td>1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBE_04</td><td>TRF</td><td>70</td><td>3</td><td></td><td>STPE1115-2672</td><td>oui</td><td>11</td><td>4390</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBE_04</td><td>TRF</td><td>82</td><td>4</td><td></td><td>STPE1115-2671</td><td>oui</td><td>11</td><td>4389</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBE_04</td><td>TRF</td><td>88</td><td>4</td><td></td><td>STPE1115-2534</td><td>oui</td><td>11</td><td>4388</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBERN_05</td><td>TRF</td><td>53</td><td>1.5</td><td></td><td>STPE1115-2658</td><td>non</td><td>10</td><td>4418</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBERN_05</td><td>TRF</td><td>57</td><td>2</td><td></td><td>STPE1115-2659</td><td>non</td><td>10</td><td>4417</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBERN_05</td><td>TRF</td><td>66</td><td>3</td><td></td><td>STPE1115-2660</td><td>non</td><td>10</td><td>4416</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBERN_05</td><td>TRF</td><td>75</td><td>6</td><td></td><td>STPE1115-2670</td><td>non</td><td>13</td><td>4415</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBERN_05</td><td>TRF</td><td>84</td><td>5.5</td><td></td><td>STPE1115-2665</td><td>non</td><td>13</td><td>4408</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBERN_05</td><td>TRF</td><td>84</td><td>6</td><td></td><td>STPE1115-2669</td><td>oui</td><td>13</td><td>4413</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBERN_05</td><td>TRF</td><td>86</td><td>6</td><td></td><td>STPE1115-2668</td><td>oui</td><td>13</td><td>4412</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBERN_05</td><td>TRF</td><td>93</td><td>7.5</td><td></td><td>STPE1115-2666</td><td>oui</td><td>13</td><td>4410</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>DUBERN_05</td><td>TRF</td><td>94</td><td>9</td><td></td><td>STPE1115-2667</td><td>oui</td><td>13</td><td>4411</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>LASS_01</td><td>TRF</td><td>191</td><td>70</td><td></td><td>STPE1115-2546</td><td>oui</td><td>2</td><td>1767-1768</td><td>2</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>LASS_01</td><td>TRF</td><td>71</td><td>3</td><td></td><td>STPE1115-2661</td><td>oui</td><td>12</td><td>4399</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>LASS_01</td><td>TRF</td><td>66</td><td>2.5</td><td></td><td>STPE1115-2676</td><td>oui</td><td>12</td><td>4394</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>LASS_01</td><td>TRF</td><td>69</td><td>3</td><td></td><td>STPE1115-2678</td><td>oui</td><td>12</td><td>4396</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>LASS_01</td><td>TRF</td><td>69</td><td>3</td><td></td><td>STPE1115-2679</td><td>oui</td><td>12</td><td>4397</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>LASS_01</td><td>TRF</td><td>76</td><td>4</td><td></td><td>STPE1115-2677</td><td>oui</td><td>12</td><td>4395</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>LASS_01</td><td>TRF</td><td>77</td><td>4</td><td></td><td>STPE1115-2680</td><td>oui</td><td>12</td><td>4398</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>MOULETTE_01</td><td>TRF</td><td>155</td><td>37</td><td></td><td>STPE1115-2690</td><td>oui</td><td>9</td><td>23819/23820</td><td>1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>MOULETTE_01</td><td>TRF</td><td>199</td><td>73</td><td></td><td>STPE1115-2688</td><td>oui</td><td>9</td><td>23500/23503</td><td>2</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BOURON_03</td><td>TRF</td><td>62</td><td>3</td><td></td><td>STPE1115-2681</td><td>oui</td><td>6</td><td>4375</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BOURON_03</td><td>TRF</td><td>75</td><td>4.5</td><td></td><td>STPE1115-2682</td><td>oui</td><td>6</td><td>4376</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BOURON_03</td><td>TRF</td><td>80</td><td>4</td><td></td><td>STPE1115-2694</td><td>oui</td><td>6</td><td>4374</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BOURON_03</td><td>TRF</td><td>166</td><td>48</td><td></td><td>STPE1115-2696</td><td>oui</td><td>6</td><td>4370</td><td>2</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BOURON_04</td><td>TRF</td><td>77</td><td>4</td><td></td><td>STPE1115-2685</td><td>oui</td><td>8</td><td>/</td><td>0</td><td></td><td></td></tr><tr><td>1</td><td>BOURON_05</td><td>TRF</td><td>68</td><td>2</td><td></td><td>STPE1115-2686</td><td>oui</td><td>7</td><td>/</td><td>0</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>
<table><thead><tr><th rowspan="2">Envoi</th><th rowspan="2">Code station FD33</th><th rowspan="2">Code_espèce</th><th rowspan="2">Taille (mm)</th><th rowspan="2">Poids (g)</th><th rowspan="2">Code Nageoire</th><th rowspan="2">N° Qualité INRA</th><th rowspan="2">Ecaille (oui/non)</th><th rowspan="2">Dossier photo</th><th rowspan="2">N° photos</th><th colspan="4">Lecture d'écaille</th></tr><tr><th>Hypothèse 1 Age total</th><th>MF</th><th>Hypothèse 2 Age total</th><th>MF</th></tr></thead><tbody><tr><td>2</td><td>GATMORT_04</td><td>TRF</td><td>271</td><td>204</td><td>21</td><td>STPE1115-3249</td><td>oui</td><td></td><td>4601</td><td>3</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2</td><td>GATMORT_06</td><td>TRF</td><td>260</td><td>167</td><td>22</td><td>STPE1115-3250</td><td>oui</td><td></td><td>4602</td><td>2</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2</td><td>GATMORT_06</td><td>TRF</td><td>298</td><td>232</td><td>23</td><td>STPE1115-3251</td><td>oui</td><td></td><td>4603</td><td>2</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2</td><td>GATMORT_06</td><td>TRF</td><td>269</td><td>176</td><td>24</td><td>STPE1115-3252</td><td>oui</td><td></td><td>4604</td><td>2</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2</td><td>GATMORT_06</td><td>TRF</td><td>275</td><td>205</td><td>25</td><td>STPE1115-3253</td><td>oui</td><td></td><td>4605</td><td>2</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>272</td><td>225</td><td>102</td><td>STPE1115-3254</td><td>oui</td><td></td><td>4864</td><td>1</td><td></td><td>2</td></tr><tr><td>2</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>210</td><td>12</td><td>104</td><td>STPE1115-3255</td><td>oui</td><td></td><td>/</td><td>1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2</td><td>CIRON_05</td><td>TRF</td><td>276</td><td>222</td><td>115</td><td>STPE1115-3256</td><td>non</td><td></td><td>4889</td><td>*</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2</td><td>ILE_02</td><td>TRF</td><td>212</td><td>122</td><td>2651</td><td>STPE1115-2651</td><td>oui</td><td></td><td>1566-1568</td><td>1</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2</td><td>DUBERN_05</td><td>TRF</td><td>315</td><td>302</td><td>2662</td><td>STPE1115-2662</td><td>oui</td><td></td><td>4403</td><td>*</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2</td><td>DUBERN_05</td><td>TRF</td><td>281</td><td>205</td><td>2663</td><td>STPE1115-2663</td><td>oui</td><td></td><td>4404</td><td>2</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2</td><td>DUBERN_05</td><td>TRF</td><td>282</td><td>238</td><td>2664</td><td>STPE1115-2664</td><td>oui</td><td></td><td>4405</td><td>2</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2</td><td>MOULETTE_01</td><td>TRF</td><td>212</td><td>195</td><td>2687</td><td>STPE1115-2687</td><td>oui</td><td></td><td>23303/23301</td><td>*</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2</td><td>MOULETTE_01</td><td>TRF</td><td>230</td><td>121</td><td>2689</td><td>STPE1115-2689</td><td>oui</td><td></td><td>23701/23704</td><td>2</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2</td><td>BOURON_02</td><td>TRF</td><td>368</td><td>425</td><td>2683</td><td>STPE1115-2683</td><td>oui</td><td></td><td>/</td><td>4</td><td>2</td><td></td></tr><tr><td>2</td><td>BOURON_02</td><td>TRF</td><td>264</td><td>155</td><td>2684</td><td>STPE1115-2684</td><td>oui</td><td></td><td>/</td><td>2</td><td></td><td></td></tr><tr><td>2</td><td>BOURON_03</td><td>TRF</td><td>255</td><td>177</td><td>2695</td><td>STPE1115-2695</td><td>oui</td><td></td><td>4372</td><td>2</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>
<table><caption>Annexe 2 : Provenance des échantillons fournis par la Fédération de Pêche de la Gironde (X et Y, coordonnées géographiques RGF93).</caption><thead><tr><th>CodeStation FD</th><th>Bassin versant</th><th>Affluent</th><th>Cours d'eau</th><th>Lieu-dit</th><th>X</th><th>Y</th><th>Date Pêche</th><th>Commentaires</th><th>Effectif</th></tr></thead><tbody><tr><td>BROU_02</td><td>Garonne</td><td>Saucats</td><td>Brousteyrot</td><td>Aval cascade</td><td>419494</td><td>6403518</td><td>01/08/2017</td><td></td><td>2</td></tr><tr><td>GATMORT_04</td><td>Garonne</td><td>Gât mort</td><td>Gât mort</td><td>Aval Pont de l'A62</td><td>424211</td><td>6403613</td><td>26/07/2017</td><td>Alevinage régulier</td><td>1</td></tr><tr><td>GATMORT_06</td><td>Garonne</td><td>Gât mort</td><td>Gât mort</td><td>Aval seuil de lusié</td><td>421240</td><td>6399445</td><td>26/07/2017</td><td>Alevinage régulier</td><td>12</td></tr><tr><td>GATMORT_09</td><td>Garonne</td><td>Gât mort</td><td>Gât mort</td><td>Aval confluence Hount Sorgente</td><td>420661</td><td>6397808</td><td>28/07/2017</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>HTSORGENTE_01</td><td>Garonne</td><td>Gât mort</td><td>Hount-Sorgente</td><td>Amont Confluence Gât mort</td><td>420661</td><td>6397808</td><td>28/07/2017</td><td></td><td>16</td></tr><tr><td>BARBOUSE_03</td><td>Garonne</td><td>Barbouse</td><td>Barbouse/Rieuffret</td><td>Aval Pont de l'A62</td><td>428665</td><td>6398888</td><td>24/07/2017</td><td></td><td>8</td></tr><tr><td>BARBOUSE_06</td><td>Garonne</td><td>Barbouse</td><td>Barbouse/Rieuffret</td><td>Amont Pont de l'A62</td><td>428592</td><td>6399207</td><td>24/07/2017</td><td></td><td>3</td></tr><tr><td>BARBOUSE_07</td><td>Garonne</td><td>Barbouse</td><td>Barbouse/Rieuffret</td><td>Pas bordelais</td><td>426139</td><td>6395723</td><td>24/07/2017</td><td></td><td>10</td></tr><tr><td>CIRON_05</td><td>Garonne</td><td>Ciron</td><td>Ciron</td><td>Papeterie Castelnau</td><td>450079</td><td>6359281</td><td>29/07/2016</td><td>Alevinage sur le Ciron sur le secteur</td><td>19</td></tr><tr><td>CIRON_22</td><td>Garonne</td><td>Ciron</td><td>Ciron</td><td>Pichegarie</td><td>452652</td><td>6357348</td><td>01/08/2016</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>ORIGNE_01</td><td>Garonne</td><td>Ciron</td><td>Origne</td><td>Aval moulin d'Origne</td><td>421535</td><td>6383015</td><td>31/07/2017</td><td></td><td>5</td></tr><tr><td>NERE_03</td><td>Garonne</td><td>Ciron</td><td>Nère</td><td>Station pompage eau potable</td><td>426517</td><td>6381804</td><td>31/07/2017</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>BALL_01</td><td>Garonne</td><td>Ciron</td><td>Ballion</td><td>Aval Pont D3</td><td>430128</td><td>6378822</td><td>31/07/2017</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>GOUANEYRE_02</td><td>Garonne</td><td>Ciron</td><td>Gouaneyre</td><td>Font du moulin</td><td>440015</td><td>6365167</td><td>21/10/2016</td><td></td><td>1</td></tr><tr><td>ILE_02</td><td>Leyre</td><td></td><td>Ile</td><td>Aval piste cyclable</td><td>388656</td><td>6496353</td><td>07/07/2016</td><td>aucun alevinage sur le cours d'eau ni sur le confluent (Leyre en 2004)</td><td>1</td></tr><tr><td>DUBE_04</td><td>Leyre</td><td></td><td>Dubern ou esclaires</td><td>Fachat</td><td>395326</td><td>6393044</td><td>08/07/2016</td><td></td><td>10</td></tr><tr><td>DUBERN_05</td><td>Leyre</td><td></td><td>Dubern ou esclaires</td><td>Amont moulin de Debat</td><td>392503</td><td>6393361</td><td>12/07/2017</td><td>aucun alevinage sur le cours d'eau depuis 2013 ni sur le confluent (Leyre en 2004)</td><td>12</td></tr><tr><td>LASS_01</td><td>Leyre</td><td></td><td>Lassieux</td><td>Argilas</td><td>394195</td><td>6394581</td><td>20/07/2016</td><td></td><td>7</td></tr><tr><td>MOULETTE_01</td><td>Leyre</td><td></td><td>Moulette</td><td>Moulin de la Moulette</td><td>397959</td><td>6388035</td><td>10/07/2017</td><td>aucun alevinage sur le cours d'eau ni sur le confluent (Leyre en 2004)</td><td>4</td></tr><tr><td>BOURON_02</td><td>Leyre</td><td></td><td>Bouron</td><td>Pont du Boutox</td><td>399986</td><td>6381157</td><td>10/07/2017</td><td>aucun alevinage sur le cours d'eau ni sur le confluent (Leyre en 2004)</td><td>2</td></tr><tr><td>BOURON_03</td><td>Leyre</td><td></td><td>Bouron</td><td>Amont moulin du Bouron</td><td>401236</td><td>6381025</td><td>10/07/2017</td><td>aucun alevinage sur le cours d'eau ni sur le confluent (Leyre en 2004)</td><td>5</td></tr><tr><td>BOURON_04</td><td>Leyre</td><td></td><td>Bouron</td><td>Pont du Boutox</td><td>399986</td><td>6381157</td><td>10/07/2017</td><td>aucun alevinage sur le cours d'eau ni sur le confluent (Leyre en 2004)</td><td>1</td></tr><tr><td>BOURON_05</td><td>Leyre</td><td></td><td>Bouron</td><td>Pont du Boutox</td><td>399986</td><td>6381157</td><td>10/07/2017</td><td>aucun alevinage sur le cours d'eau ni sur le confluent (Leyre en 2004)</td><td>1</td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>124</td></tr></tbody></table>
Annexe 3 : Indices de diversité génétique.

<table><thead><tr><th>Origine</th><th>Rivière(s)</th><th>S</th><th>N<sub>ech</sub></th><th>N<sub>NA&gt;2</sub></th><th>N<sub>FS</sub></th><th>N'</th><th>Â</th><th>Ar</th><th>He</th><th>Ho</th><th>Fis</th><th>(Fis IC 95%)</th></tr></thead><tbody><tr><td>Loire</td><td>Bouleure, Thouet</td><td>2</td><td>28</td><td>1</td><td>16</td><td>11</td><td>4.8</td><td>4.5</td><td>0.67</td><td>0.59</td><td>0.121</td><td>(-0.047 - 0.165)</td></tr><tr><td>Sèvre Niortaise</td><td>Sèvre Niortaise</td><td>1</td><td>12</td><td>0</td><td>2</td><td>10</td><td>4.8</td><td>4.5</td><td>0.60</td><td>0.59</td><td>0.023</td><td>(-0.257 - 0.182)</td></tr><tr><td>Charente</td><td>Bonnieure, Touvre, Viville</td><td>3</td><td>25</td><td>2</td><td>2</td><td>21</td><td>4.3</td><td>3.3</td><td>0.48</td><td>0.47</td><td>0.026</td><td>(-0.145 - 0.125)</td></tr><tr><td>Dordogne</td><td>Auvezere, Cole, Ruchalet</td><td>3</td><td>28</td><td>4</td><td>5</td><td>19</td><td>7.6</td><td>5.6</td><td>0.70</td><td>0.66</td><td>0.066</td><td>(-0.047 - 0.114)</td></tr><tr><td rowspan="4">Garonne</td><td>Gât mort</td><td>6</td><td>37</td><td>2</td><td>5</td><td>30</td><td>6.6</td><td>4.8</td><td>0.64</td><td>0.63</td><td>0.010</td><td>(-0.077 - 0.057)</td></tr><tr><td>Barbouse</td><td>3</td><td>21</td><td>0</td><td>13</td><td>8</td><td>3.1</td><td>3.1</td><td>0.45</td><td>0.40</td><td>0.115</td><td>(-0.186 - 0.199)</td></tr><tr><td>Ciron</td><td>10</td><td>44</td><td>2</td><td>17</td><td>25</td><td>7.6</td><td>5.3</td><td>0.67</td><td>0.63</td><td>0.063</td><td>(-0.055 - 0.133)</td></tr><tr><td>Garonne<sup>smolts</sup></td><td>1</td><td>26</td><td>2</td><td>0</td><td>24</td><td>8.5</td><td>5.7</td><td>0.70</td><td>0.62</td><td>0.110</td><td>(-0.002 - 0.176)</td></tr><tr><td rowspan="2">Leyre</td><td>Neste d'Aure</td><td>2</td><td>32</td><td>0</td><td>1</td><td>31</td><td>8.2</td><td>5.3</td><td>0.64</td><td>0.62</td><td>0.031</td><td>(-0.040 - 0.070)</td></tr><tr><td>Arize</td><td>1</td><td>14</td><td>0</td><td>1</td><td>13</td><td>5.0</td><td>4.4</td><td>0.59</td><td>0.62</td><td><strong><u>-0.053</u></strong></td><td><strong>(-0.201 - -0.009)</strong></td></tr><tr><td>Pisciculture</td><td>Ile, Esclaures, Moulette, Calette, Bouron</td><td>12</td><td>67</td><td>1</td><td>20</td><td>46</td><td>7.8</td><td>5.1</td><td>0.65</td><td>0.58</td><td><strong>0.103</strong></td><td><strong>(0.013 - 0.171)</strong></td></tr><tr><td></td><td>Pisciculture B</td><td>-</td><td>30</td><td>1</td><td>-</td><td>29</td><td>3.8</td><td>3.2</td><td>0.56</td><td>0.60</td><td><strong>-0.074</strong></td><td><strong>(-0.187 - -0.001)</strong></td></tr><tr><td></td><td>Pisciculture D</td><td>-</td><td>30</td><td>4</td><td>-</td><td>26</td><td>6.4</td><td>4.6</td><td>0.63</td><td>0.64</td><td>-0.016</td><td>(-0.109 - 0.033)</td></tr></tbody></table>

S = nombre de sites de pêches électriques, Nech = nombre d'individus échantillonnés, N<sub>NA&gt;2</sub> = nombre d'individus écartés car possédant plus de 2 loci manquants N<sub>FS</sub> = nombre d'individus frère-sœurs écartés, N' = nombre d'individus conservés pour les analyses génétiques, Â = nombre moyen d'allèles observés par locus, Ar = estimation du nombre d'allèles obtenue avec la méthode de raréfaction sur la base d'un effectif de 8, He = taux d'hétérozygotie théorique en situation d'équilibre de Hardy-Weinberg, Ho = taux d'hétérozygotie observée, F<sub>IS</sub> = indice de fixation ou écart à la panmixie.
<table><caption>**Annexe 4** : Ascendance génétique des individus échantillonnés par la Fédération de Pêche de la Gironde déduite des analyses conduites avec STRUCTURE (les assignations dépassant le seuil de 10% sont surlignées en respectant le code couleur de la Figure 7).</caption><thead><tr><th>Label</th><th>Bassin</th><th>Rivière</th><th>Site</th><th>cluster 1</th><th>cluster 2</th><th>cluster 3</th><th>cluster 4</th><th>cluster 5</th><th>cluster 6</th><th>cluster 7</th><th>cluster 8</th></tr></thead><tbody><tr><td>STPE1115-1122</td><td>Saucats</td><td>Brousteyrot</td><td>BROU_02</td><td>0.01</td><td style="background-color: #C71585;">0.22</td><td>0.21</td><td>0.02</td><td>0.03</td><td>0.06</td><td style="background-color: #F47721;">0.36</td><td>0.09</td></tr><tr><td>STPE1115-2271</td><td>Saucats</td><td>Brousteyrot</td><td>BROU_02</td><td>0.01</td><td style="background-color: #C71585;">0.17</td><td>0.49</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.03</td><td style="background-color: #F47721;">0.26</td><td>0.02</td></tr><tr><td>STPE1115-2274</td><td>Gât mort</td><td>Gât mort</td><td>GATMORT_04</td><td>0.07</td><td style="background-color: #C71585;">0.14</td><td>0.62</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.05</td><td>0.06</td><td>0.05</td></tr><tr><td>STPE1115-2275</td><td>Gât mort</td><td>Gât mort</td><td>GATMORT_06</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.07</td><td>0.01</td><td style="background-color: #F47721;">0.65</td><td>0.08</td><td>0.03</td><td style="background-color: #90EE90;">0.14</td></tr><tr><td>STPE1115-2280</td><td>Gât mort</td><td>Gât mort</td><td>GATMORT_06</td><td>0.04</td><td style="background-color: #C71585;">0.12</td><td>0.19</td><td>0.01</td><td style="background-color: #F47721;">0.33</td><td style="background-color: #F47721;">0.15</td><td style="background-color: #F47721;">0.13</td><td>0.04</td></tr><tr><td>STPE1115-2281</td><td>Gât mort</td><td>Gât mort</td><td>GATMORT_06</td><td>0.05</td><td style="background-color: #C71585;">0.75</td><td>0.11</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.04</td><td>0.03</td><td>0.02</td></tr><tr><td>STPE1115-2283</td><td>Gât mort</td><td>Gât mort</td><td>GATMORT_06</td><td>0.00</td><td style="background-color: #C71585;">0.69</td><td>0.03</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td style="background-color: #F47721;">0.20</td><td>0.04</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2284</td><td>Gât mort</td><td>Gât mort</td><td>GATMORT_06</td><td>0.02</td><td style="background-color: #C71585;">0.64</td><td>0.09</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td style="background-color: #F47721;">0.15</td><td>0.04</td><td>0.04</td></tr><tr><td>STPE1115-2452</td><td>Gât mort</td><td>Gât mort</td><td>GATMORT_06</td><td>0.01</td><td style="background-color: #C71585;">0.36</td><td>0.12</td><td>0.01</td><td>0.04</td><td style="background-color: #F47721;">0.38</td><td>0.07</td><td>0.02</td></tr><tr><td>STPE1115-2458</td><td>Gât mort</td><td>Gât mort</td><td>GATMORT_06</td><td>0.02</td><td style="background-color: #C71585;">0.72</td><td>0.08</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td style="background-color: #F47721;">0.12</td><td>0.03</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2460</td><td>Gât mort</td><td>Gât mort</td><td>GATMORT_06</td><td>0.03</td><td>0.01</td><td>0.63</td><td>0.01</td><td>0.10</td><td>0.01</td><td style="background-color: #F47721;">0.11</td><td style="background-color: #90EE90;">0.12</td></tr><tr><td>STPE1115-2461</td><td>Gât mort</td><td>Gât mort</td><td>GATMORT_06</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.56</td><td>0.01</td><td style="background-color: #F47721;">0.21</td><td>0.09</td><td>0.06</td><td>0.06</td></tr><tr><td>STPE1115-2462</td><td>Gât mort</td><td>Gât mort</td><td>GATMORT_06</td><td>0.02</td><td>0.06</td><td>0.46</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.03</td><td>0.02</td><td style="background-color: #90EE90;">0.38</td></tr><tr><td>STPE1115-2467</td><td>Gât mort</td><td>Hount Sorgente</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>0.01</td><td>0.03</td><td>0.11</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td style="background-color: #F47721;">0.74</td><td>0.08</td><td>0.02</td></tr><tr><td>STPE1115-2468</td><td>Gât mort</td><td>Hount Sorgente</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.05</td><td>0.02</td><td style="background-color: #F47721;">0.57</td><td style="background-color: #F47721;">0.27</td><td>0.02</td><td>0.05</td></tr><tr><td>STPE1115-2469</td><td>Gât mort</td><td>Hount Sorgente</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.00</td><td>0.01</td><td style="background-color: #F47721;">0.95</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2470</td><td>Gât mort</td><td>Hount Sorgente</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.05</td><td>0.01</td><td>0.04</td><td style="background-color: #F47721;">0.82</td><td>0.03</td><td>0.03</td></tr><tr><td>STPE1115-3170</td><td>Gât mort</td><td>Hount Sorgente</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td style="background-color: #F47721;">0.91</td><td>0.02</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-3171</td><td>Gât mort</td><td>Hount Sorgente</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td style="background-color: #F47721;">0.93</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2539</td><td>Gât mort</td><td>Hount Sorgente</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td style="background-color: #F47721;">0.93</td><td>0.02</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2540</td><td>Gât mort</td><td>Hount Sorgente</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.10</td><td>0.02</td><td>0.08</td><td style="background-color: #F47721;">0.74</td><td>0.02</td><td>0.03</td></tr><tr><td>STPE1115-3249</td><td>Gât mort</td><td>Hount Sorgente</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.05</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td style="background-color: #F47721;">0.91</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-3137</td><td>Gât mort</td><td>Hount Sorgente</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td style="background-color: #F47721;">0.52</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td style="background-color: #F47721;">0.39</td><td>0.01</td><td>0.05</td></tr><tr><td>STPE1115-3138</td><td>Gât mort</td><td>Hount Sorgente</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.04</td><td style="background-color: #F47721;">0.86</td><td>0.03</td><td>0.02</td></tr><tr><td>STPE1115-3139</td><td>Gât mort</td><td>Hount Sorgente</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>0.06</td><td>0.02</td><td>0.04</td><td>0.01</td><td>0.04</td><td style="background-color: #F47721;">0.78</td><td>0.03</td><td>0.02</td></tr><tr><td>STPE1115-3141</td><td>Gât mort</td><td>Hount Sorgente</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>0.01</td><td>0.03</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td style="background-color: #F47721;">0.88</td><td>0.02</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-3142</td><td>Gât mort</td><td>Hount Sorgente</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td style="background-color: #F47721;">0.90</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.04</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-3143</td><td>Gât mort</td><td>Hount Sorgente</td><td>HTSORGENTE_01</td><td>0.04</td><td>0.02</td><td style="background-color: #F47721;">0.27</td><td>0.01</td><td style="background-color: #F47721;">0.52</td><td>0.05</td><td>0.03</td><td>0.06</td></tr></tbody></table>
<table><thead><tr><th>Label</th><th>Bassin</th><th>Rivière</th><th>Site</th><th>cluster 1</th><th>cluster 2</th><th>cluster 3</th><th>cluster 4</th><th>cluster 5</th><th>cluster 6</th><th>cluster 7</th><th>cluster 8</th></tr></thead><tbody><tr><td>STPE1115-3144</td><td>Barbouse</td><td>Barbouse Rieuffret</td><td>BARBOUSE_03</td><td>0.01</td><td>0.04</td><td>0.86</td><td>0.03</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.03</td></tr><tr><td>STPE1115-3250</td><td>Barbouse</td><td>Barbouse Rieuffret</td><td>BARBOUSE_03</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.71</td><td>0.02</td><td>0.12</td><td>0.06</td><td>0.05</td><td>0.03</td></tr><tr><td>STPE1115-3251</td><td>Barbouse</td><td>Barbouse Rieuffret</td><td>BARBOUSE_07</td><td>0.00</td><td>0.61</td><td>0.30</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.02</td><td>0.03</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-3252</td><td>Barbouse</td><td>Barbouse Rieuffret</td><td>BARBOUSE_07</td><td>0.00</td><td>0.40</td><td>0.40</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.15</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-3145</td><td>Barbouse</td><td>Barbouse Rieuffret</td><td>BARBOUSE_07</td><td>0.01</td><td>0.87</td><td>0.07</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-3146</td><td>Barbouse</td><td>Barbouse Rieuffret</td><td>BARBOUSE_07</td><td>0.00</td><td>0.49</td><td>0.40</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.05</td><td>0.02</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-3147</td><td>Barbouse</td><td>Barbouse Rieuffret</td><td>BARBOUSE_07</td><td>0.01</td><td>0.09</td><td>0.82</td><td>0.01</td><td>0.04</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-3148</td><td>Barbouse</td><td>Barbouse Rieuffret</td><td>BARBOUSE_07</td><td>0.01</td><td>0.27</td><td>0.64</td><td>0.02</td><td>0.03</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-3155</td><td>Ciron</td><td>Ciron</td><td>CIRON_05</td><td>0.00</td><td>0.01</td><td>0.94</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-3125</td><td>Ciron</td><td>Ciron</td><td>CIRON_05</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.03</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.11</td><td>0.81</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-3126</td><td>Ciron</td><td>Ciron</td><td>CIRON_05</td><td>0.01</td><td>0.03</td><td>0.53</td><td>0.01</td><td>0.06</td><td>0.10</td><td>0.25</td><td>0.03</td></tr><tr><td>STPE1115-3128</td><td>Ciron</td><td>Ciron</td><td>CIRON_05</td><td>0.01</td><td>0.04</td><td>0.28</td><td>0.01</td><td>0.09</td><td>0.51</td><td>0.05</td><td>0.03</td></tr><tr><td>STPE1115-3129</td><td>Ciron</td><td>Ciron</td><td>CIRON_05</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.59</td><td>0.01</td><td>0.03</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.32</td></tr><tr><td>STPE1115-3133</td><td>Ciron</td><td>Ciron</td><td>CIRON_05</td><td>0.02</td><td>0.02</td><td>0.84</td><td>0.01</td><td>0.06</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.02</td></tr><tr><td>STPE1115-2545</td><td>Ciron</td><td>Ciron</td><td>CIRON_05</td><td>0.01</td><td>0.06</td><td>0.19</td><td>0.03</td><td>0.13</td><td>0.36</td><td>0.17</td><td>0.06</td></tr><tr><td>STPE1115-3097</td><td>Ciron</td><td>Ciron</td><td>CIRON_05</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.80</td><td>0.04</td><td>0.07</td><td>0.01</td><td>0.03</td><td>0.03</td></tr><tr><td>STPE1115-3098</td><td>Ciron</td><td>Ciron</td><td>CIRON_22</td><td>0.01</td><td>0.15</td><td>0.74</td><td>0.02</td><td>0.02</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.03</td></tr><tr><td>STPE1115-3107</td><td>Ciron</td><td>Origne</td><td>ORIGNE_01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.34</td><td>0.01</td><td>0.03</td><td>0.15</td><td>0.44</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-3117</td><td>Ciron</td><td>Origne</td><td>ORIGNE_01</td><td>0.03</td><td>0.01</td><td>0.69</td><td>0.01</td><td>0.04</td><td>0.06</td><td>0.13</td><td>0.04</td></tr><tr><td>STPE1115-3120</td><td>Ciron</td><td>Nère</td><td>NERE_03</td><td>0.02</td><td>0.03</td><td>0.67</td><td>0.02</td><td>0.07</td><td>0.05</td><td>0.05</td><td>0.10</td></tr><tr><td>STPE1115-3121</td><td>Ciron</td><td>Ballion</td><td>BALL_01</td><td>0.10</td><td>0.07</td><td>0.20</td><td>0.03</td><td>0.02</td><td>0.03</td><td>0.47</td><td>0.08</td></tr><tr><td>STPE1115-3122</td><td>Ciron</td><td>Gouaneyre</td><td>GOUANEYRE_02</td><td>0.01</td><td>0.07</td><td>0.39</td><td>0.01</td><td>0.21</td><td>0.09</td><td>0.05</td><td>0.17</td></tr><tr><td>STPE1115-2533</td><td>Leyre</td><td>Ile</td><td>ILE_02</td><td>0.11</td><td>0.02</td><td>0.13</td><td>0.02</td><td>0.58</td><td>0.09</td><td>0.03</td><td>0.02</td></tr><tr><td>STPE1115-2534</td><td>Leyre</td><td>Dubern ou Esclaures</td><td>DUBE_04</td><td>0.02</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.89</td><td>0.03</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2542</td><td>Leyre</td><td>Dubern ou Esclaures</td><td>DUBE_04</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.07</td><td>0.01</td><td>0.25</td><td>0.65</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2546</td><td>Leyre</td><td>Dubern ou Esclaures</td><td>DUBE_04</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.04</td><td>0.03</td><td>0.88</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2547</td><td>Leyre</td><td>Dubern ou Esclaures</td><td>DUBE_04</td><td>0.02</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.90</td><td>0.03</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2548</td><td>Leyre</td><td>Dubern ou Esclaures</td><td>DUBE_04</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.90</td><td>0.03</td><td>0.02</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2651</td><td>Leyre</td><td>Dubern ou Esclaures</td><td>DUBE_04</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.04</td><td>0.03</td><td>0.84</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.04</td></tr><tr><td>STPE1115-2658</td><td>Leyre</td><td>Dubern ou Esclaures</td><td>DUBE_04</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.24</td><td>0.06</td><td>0.29</td><td>0.35</td><td>0.04</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2659</td><td>Leyre</td><td>Dubern ou Esclaures</td><td>DUBE_04</td><td>0.00</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.93</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2661</td><td>Leyre</td><td>Dubern ou Esclaures</td><td>DUBE_04</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.57</td><td>0.03</td><td>0.14</td><td>0.05</td><td>0.17</td><td>0.01</td></tr></tbody></table>
<table><thead><tr><th>Label</th><th>Bassin</th><th>Rivière</th><th>Site</th><th>cluster 1</th><th>cluster 2</th><th>cluster 3</th><th>cluster 4</th><th>cluster 5</th><th>cluster 6</th><th>cluster 7</th><th>cluster 8</th></tr></thead><tbody><tr><td>STPE1115-2662</td><td>Leyre</td><td>Dubern ou Esclaures</td><td>DUBE_04</td><td>0.00</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.89</td><td>0.04</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2663</td><td>Leyre</td><td>Dubern ou Esclaures</td><td>DUBERN_05</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.95</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2664</td><td>Leyre</td><td>Dubern ou Esclaures</td><td>DUBERN_05</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.79</td><td>0.13</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2668</td><td>Leyre</td><td>Dubern ou Esclaures</td><td>DUBERN_05</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.94</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2671</td><td>Leyre</td><td>Dubern ou Esclaures</td><td>DUBERN_05</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.89</td><td>0.06</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2672</td><td>Leyre</td><td>Dubern ou Esclaures</td><td>DUBERN_05</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.07</td><td>0.01</td><td>0.82</td><td>0.04</td><td>0.02</td><td>0.02</td></tr><tr><td>STPE1115-2673</td><td>Leyre</td><td>Dubern ou Esclaures</td><td>DUBERN_05</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.93</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2674</td><td>Leyre</td><td>Lassieux</td><td>LASS_01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.05</td><td>0.01</td><td>0.88</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.02</td></tr><tr><td>STPE1115-2675</td><td>Leyre</td><td>Lassieux</td><td>LASS_01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.03</td><td>0.87</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.05</td></tr><tr><td>STPE1115-2677</td><td>Leyre</td><td>Lassieux</td><td>LASS_01</td><td>0.03</td><td>0.08</td><td>0.04</td><td>0.02</td><td>0.44</td><td>0.35</td><td>0.03</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2680</td><td>Leyre</td><td>Lassieux</td><td>LASS_01</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.92</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2681</td><td>Leyre</td><td>Moulette</td><td>MOULETTE_01</td><td>0.02</td><td>0.20</td><td>0.36</td><td>0.04</td><td>0.34</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.02</td></tr><tr><td>STPE1115-2683</td><td>Leyre</td><td>Moulette</td><td>MOULETTE_01</td><td>0.02</td><td>0.01</td><td>0.41</td><td>0.01</td><td>0.54</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.01</td></tr><tr><td>STPE1115-2684</td><td>Leyre</td><td>Moulette</td><td>MOULETTE_01</td><td>0.01</td><td>0.36</td><td>0.37</td><td>0.02</td><td>0.16</td><td>0.03</td><td>0.03</td><td>0.02</td></tr><tr><td>STPE1115-2685</td><td>Leyre</td><td>Bouron</td><td>BOURON_02</td><td>0.01</td><td>0.24</td><td>0.23</td><td>0.01</td><td>0.03</td><td>0.41</td><td>0.05</td><td>0.02</td></tr><tr><td>STPE1115-2686</td><td>Leyre</td><td>Bouron</td><td>BOURON_02</td><td>0.02</td><td>0.07</td><td>0.68</td><td>0.01</td><td>0.12</td><td>0.05</td><td>0.02</td><td>0.04</td></tr><tr><td>STPE1115-2687</td><td>Leyre</td><td>Bouron</td><td>BOURON_03</td><td>0.01</td><td>0.03</td><td>0.06</td><td>0.01</td><td>0.04</td><td>0.21</td><td>0.62</td><td>0.02</td></tr><tr><td>STPE1115-2689</td><td>Leyre</td><td>Bouron</td><td>BOURON_03</td><td>0.02</td><td>0.07</td><td>0.18</td><td>0.16</td><td>0.17</td><td>0.13</td><td>0.03</td><td>0.24</td></tr><tr><td>STPE1115-2690</td><td>Leyre</td><td>Bouron</td><td>BOURON_03</td><td>0.01</td><td>0.11</td><td>0.10</td><td>0.02</td><td>0.21</td><td>0.01</td><td>0.49</td><td>0.05</td></tr><tr><td>STPE1115-2694</td><td>Leyre</td><td>Bouron</td><td>BOURON_03</td><td>0.07</td><td>0.08</td><td>0.15</td><td>0.01</td><td>0.55</td><td>0.01</td><td>0.10</td><td>0.05</td></tr><tr><td>STPE1115-2695</td><td>Leyre</td><td>Bouron</td><td>BOURON_04</td><td>0.01</td><td>0.40</td><td>0.07</td><td>0.03</td><td>0.28</td><td>0.10</td><td>0.07</td><td>0.03</td></tr><tr><td>STPE1115-2696</td><td>Leyre</td><td>Bouron</td><td>BOURON_05</td><td>0.01</td><td>0.01</td><td>0.41</td><td>0.01</td><td>0.53</td><td>0.01</td><td>0.02</td><td>0.01</td></tr></tbody></table>
## Citations

Alberto, F. (2009) MsatAllele 1.0: An R Package to Visualize the Binning of Microsatellite Alleles. *Journal of Heredity*, 100, 394-397.

Cairney, M., J. B. Taggart & B. Høyheim (2000) Characterization of microsatellite and minisatellite loci in Atlantic salmon (*Salmo salar* L.) and cross-species amplification in other salmonids. *Molecular Ecology*, 9, 2175-2178.

Estoup, A., C. R. Largiader, E. Perrot & D. Chourrout (1996) Rapid one-tube DNA extraction for reliable PCR detection of fish polymorphic markers and transgenes. *Molecular Marine Biology and Biotechnology*, 5, 295-298.

Evanno, G., S. Regnaut & J. Goudet (2005) Detecting the number of clusters of individuals using the software STRUCTURE: a simulation study. *Molecular Ecology*, 14, 2611-2620.

King, T. L., M. S. Eackles & B. H. Letcher (2005) Microsatellite DNA markers for the study of Atlantic salmon (*Salmo salar*) kinship, population structure, and mixed-fishery analyses. *Molecular Ecology Notes*, 5, 130-132.

Masson, S., O. Lepais, A. Manicki, E. Prévost & J. Chat (2018) Disentangling individual movement between populations from effective dispersal in the facultative anadromous *Salmo trutta* L. *Ecology of Freshwater Fish*, 27, 323-338.

O'Reilly, P. T., L. C. Hamilton, S. K. McConnel & J. M. Wright (1996) Rapid analysis of genetic variation in Atlantic salmon (*Salmo salar*) by PCR multiplexing of dinucleotide and tetranucleotide microsatellites. *Canadian Journal of Fisheries and Aquatic Sciences*, 53, 2292-2298.

Presa, P. & R. Guyomard (1996) Conservation of microsatellites in three species of salmonids. *Journal of Fish Biology*, 49, 1326-1329.

Sakamoto, T., N. Okamoto & Y. Ikeda (1994) Rapid Communication - Dinucleotide Repeat Polymorphism of Rainbow-Trout, Fgt2. *Journal of Animal Science*, 72, 2765-2765.

Slettan, A., I. Olsaker & O. Lie (1996) Polymorphic Atlantic salmon, *Salmo salar* L., microsatellites at the SSOSL438, SSOSL439 and SSOSL444 loci. *Animal Genetics*, 27, 57-8.

Toonen, R. J. & S. Hughes (2001) Increased throughput for fragment analysis on an ABI PRISM (R) automated sequencer using a membrane comb and STRand software. *Biotechniques*, 31, 1320-1324.

## Remerciements

Les auteurs remercient l'Installation expérimentale IE ECP de l'UMR Ecobiop pour sa contribution à la lecture et la numérisation des écailles de truites. Les génotypages microsatellites des échantillons de truites capturées en 2016 et 2017 par la Fédération de Pêche de la Gironde ont été réalisés sur la Plate-forme GENTYANE du centre INRA de Clermont-Theix labellisée IBISA et certifiée ISO 9001 et NF-X 50 900.