# Les caféiers dans les systèmes agroforestiers haïtiens: mélanges variétaux complexes et diversité génétique dynamique

Patrick Millet Claude, Clémentine Allinne, Tram Vi, Pierre Marraccini, Lauren Verleysen, Marie Couderc, Tom Ruttink, Dapeng Zhang, William Solano-Sanchéz, Christine Tranchant, et al.

<figure><img src="image_1.png" /></figure>

## To cite this version:

Patrick Millet Claude, Clémentine Allinne, Tram Vi, Pierre Marraccini, Lauren Verleysen, et al. Les caféiers dans les systèmes agroforestiers haïtiens: mélanges variétaux complexes et diversité génétique dynamique. MARNDR-PITAG. Deuxièmes Journées Scientifiques du PITAG - Contribution de la recherche-développement-formation à la souveraineté alimentaire en Haïti, Dec 2023, Port-au-Prince, Haïti. hal-04544463

HAL Id: hal-04544463

https://hal.science/hal-04544463

Submitted on 12 Apr 2024

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# Les caféiers dans les systèmes agroforestiers haïtiens: mélanges variétaux complexes et diversité génétique dynamique

Patrick Millet Claude, Clémentine Allinne, Tram Vi, Pierre Marraccini, Lauren Verleysen, Marie Couderc, Tom Ruttink, Dapeng Zhang, William Solano-Sanchéz, Christine Tranchant, et al.

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## To cite this version:

Patrick Millet Claude, Clémentine Allinne, Tram Vi, Pierre Marraccini, Lauren Verleysen, et al. Les caféiers dans les systèmes agroforestiers haïtiens: mélanges variétaux complexes et diversité génétique dynamique. MARNDR-PITAG. 2. Journées Scientifiques du PITAG - Contribution de la recherche-développement-formation à la souveraineté alimentaire en Haïti, Dec 2023, Port-au-Prince, Haïti. hal-04544463

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émanant des établissements d'enseignement et de
recherche français ou étrangers, des laboratoires
publics ou privés.

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# Les caféiers dans les systèmes agroforestiers haïtiens mélanges variétaux complexes et diversité génétique dynamique

Millet Claude Patrick Allinne Clémentine, Vi Tram, Marraccini Pierre, Verleysen Lauren, Couderc Marie, Ruttink Tom, Zhang Dapeng, Solano-Sanchéz William, Tranchant Christine, Jeune Wesly, Poncet Valérie

<figure><img src="image_2.png" /></figure>

## Introduction

Coffea arabica L. (Rubiaceae): espèce amphidiploïde, allotetraploïde, autogame facultatif, originaire d'Ethiopie

* Lignées Bourbon et Typica propagées dès le XVIIème siècle

* **Typica introduite sur** Hispaniola au XVIIème siècle. Autres varietes introduites par après, mais peu d'informations existent

* Mélanges varietaux dan les systèmes agroforestiers caféicoles (SAFC), régénération par germination de la banque de graines du sol

* Nombreux services écosystémiques fournis par les SAFC

## Materiel et méthodes

* **Echantillonage:** 14 SAFC dans le Nord et la Grande-Anse chacuns, Soit 26. 20 individus représentatifs et 1-6 plantes « hors-type » échantillonnés poir capturer la diversité dans les parcelles (n=610)

* **Génotypage ciblé (KASP) de 89 SNP** avec polymorphisme entre les différentes variétés (Mérot-Anthoène et al. 2019, Zhang et al. 2021)

* 110 échantillons de référence de collections internationales (IRD, CATIE) pour assignation variétale

* Comparaison des résultats génétiques aux identifications et perceptions locales de la diversité

## Résultats

* 5 groupes variétaux principaux identifiés (sNMF) dans les SAFC Haïtiens: **Typica-like**, **Bourbon-like**, **Kent-like** (variété Indienne du Xxème siècle, CR95-like (Catimor), et un **Groupe Inconnu** (pas de référence). Un groupe d'accessions d'**Ethiopie** non représenté en Haïti à part dans des individus admixés

* **Beaucoup d'Admixture dans les parcelles.** Les **parcelles monovariétales** sont exclusivement Typica

* Les connaissances locales ont tendance à sous-estimer la diversité

* **Coffea canephora (Robusta) identifié dans une parcelle**

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

A. ACP avec individus Haïtiens (●) et de référence (□) de C. arabica

B. Dendrogramme (Unweighted neighbor-joining)
C. Analyse de structure sur C. arabica (sNMF, K=6).

Les individus sont colorés en fonction d'un seuil de 80% d'appartenance à un groupe varétal

## Discussion

* Introductions historiques et récentes diverses, reflétées dans les compositions variétales: Typica (époque coloniale), Bourbon et Kent-like (XXème siècle?), Catimors suite aux épidémies de rouille

* Forte diversité génétique représentée en Haïti, même comparée aux collections internationales

* Certaines fermes sont des **conservatoires de la variété traditionnelle historique** (Typica) tandis que de nombreuses autres sont génératrices de diversité par brassage génétique

* Certaines erreurs d'identifications locales ont été détectées

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

Nombre de groupes vernaculaires à dires de cultivateurs (c) et de groupes génétiques identifiés par genotypage (●). Individus admixés présents dans toutes les fermes sauf celles indiquées par *

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

## Conclusion

Diversité inattendue, sous-estimée, avec un brassage génétique dynamique et fréquent dans les parcelles haïtiennes. Cela suggère un potentiel d'adaptation locale et pourrait constituer un levier pour l'amélioration des SAFC. Plus d'études requises en ce sens
# Les caféiers dans les systèmes agroforestiers haïtiens mélanges variétaux complexes et diversité génétique dynamique

Millet Claude Patrick Allinne Clémentine, Vi Tram, Marraccini Pierre, Verleysen Lauren, Couderc Marie, Ruttink Tom, Zhang Dapeng, Solano-Sanchéz William, Tranchant Christine, Jeune Wesly, Poncet Valérie

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

## Introduction

Coffea arabica L. (Rubiaceae): espèce amphidiploïde, allotetraploïde, autogame facultatif, originaire d'Ethiopie

* Lignées Bourbon et Typica propagées dès le XVIIème siècle

* **Typica introduite sur Hispaniola** au XVIIème siècle. Autres varietes introduites par après, mais peu d'informations existent

* Mélanges varietaux dan les systèmes agroforestiers caféicoles (SAFC), régénération par germination de la banque de graines du sol

* Nombreux services écosystémiques fournis par les SAFC

## Materiel et méthodes

* **Echantillonage:** 14 SAFC dans le Nord et la Grande-Anse chacuns, Soit 26. 20 individus représentatifs et 1-6 plantes « hors-type » échantillonnés poir capturer la diversité dans les parcelles (n=610)

* **Génotypage ciblé (KASP) de 89 SNP** avec polymorphisme entre les différentes variétés (Mérot-Anthoène et al. 2019, Zhang et al. 2021)

* 110 échantillons de référence de collections internationales (IRD, CATIE) pour assignation variétale

* Comparaison des résultats génétiques aux identifications et perceptions locales de la diversité

## Résultats

* 5 groupes variétaux principaux identifiés (sNMF) dans les SAFC Haïtiens: **Typica-like**, **Bourbon-like**, **Kent-like** (variété Indienne du Xxème siècle, CR95-like (Catimor), et un **Groupe Inconnu** (pas de référence). Un groupe d'accessions d'**Ethiopie** non représenté en Haïti à part dans des individus admixés

* **Beaucoup d'Admixture** dans les parcelles. Les parcelles monovariétales sont exclusivement Typica

* Les connaissances locales ont tendance à sous-estimer la diversité

* **Coffea canephora (Robusta) identifié** dans une parcelle

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

A. ACP avec individus Haïtiens (●) et de référence (○) de C. arabica

B. Dendrogramme (Unweighted neighbor-joining)

C. Analyse de structure sur C. arabica (sNMF, K=6).

Les individus sont colorés en fonction d'un seuil de 80% d'appartenance à un groupe varétal

## Discussion

* Introductions historiques et récentes diverses, reflétées dans les compositions variétales: Typica (époque coloniale), Bourbon et Kent-like (XXème siècle?), Catimors suite aux épidémies de rouille

* Forte diversité génétique représentée en Haïti, même comparée aux collections internationales

* Certaines fermes sont des **conservatoires de la variété traditionnelle historique** (Typica) tandis que de nombreuses autres sont génératrices de diversité par brassage génétique

* Certaines erreurs d'identifications locales ont été détectées

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

Nombre de groupes vernaculaires à dires de cultivateurs (●) et de groupes génétiques identifiés par genotypage (■). Individus admixés présents dans toutes les fermes sauf celles indiquées par *

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

## Conclusion

Diversité inattendue, sous-estimée, avec un brassage génétique dynamique et fréquent dans les parcelles haïtiennes. Cela suggère un potentiel d'adaptation locale et pourrait constituer un levier pour l'amélioration des SAFC. Plus d'études requises en ce sens