# Rapport final Projet FEADER 2018-2021 Pérennité et développement de la filière Cassis en Bourgogne

Marie-Charlotte Anstett, Nathalie Cayot, Cyrielle Denis, Maxime Duchet-Annez, Armelle Golotte, Marine Nars-Chasseray, Sandy Pagès-Hélary

Pagès-Hélary

► To cite this version:

Marie-Charlotte Anstett, Nathalie Cayot, Cyrielle Denis, Maxime Duchet-Annez, Armelle Golotte, et al.. Rapport final Projet FEADER 2018-2021 Pérennité et développement de la filière Cassis en Bourgogne. Association Les Acteurs du Cassis en Bourgogne. 2019. hal-05498204

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RÉGION
BOURGOCNE
FRANCHE
COMTE

avec le Fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER)
L'Europe investit dans les zones rurales.

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# Projet FEADER 2018-2021
## Pérennité et développement de la filière Cassis en Bourgogne

## RAPPORT D'ACTIVITE FINAL

### ANNEES 2018-2021

MONTANT FEADER : 390 320,64 € sur un montant total de 487 900,86 €

**Chef de File :**

- Les Acteurs du Cassis en Bourgogne Franche Comté

**Partenaires scientifiques :**

- Chambre d'Agriculture de la Côte d'Or

- S.A.T.T. SAYENS

- Laboratoires Lara SPIRAL

- L'INSTITUT AGRO DIJON, UMR PAM

- CNRS, Laboratoire Biogéosciences

**Appui technique :**

- Socofruits

- Coteaux Bourguignons

- Syndicat Interprofessionnel de défense du Cassis en Bourgogne

- Association Cassis de Dijon

**Appui scientifique**

- James Hutton Institut, Ecosse

- IBA : International Blackcurrant Association

- Filière Nationale Cassis AFIDEM

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BIOGÉSCIENCES
unité mixte de recherche CNRS / uib 6282

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S.I.D.C.B.
Syndicat Interprofessionnel
de Défense du Cassis en
Bourgogne

Association
Cassis de Dijon

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AGRO
SUP
DIJON
Institut national
supérieur
des sciences agronomiques
de l'agritement et de l'environnement

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# Table des matières

<table><tr><td>INTRODUCTION</td><td>5</td></tr><tr><td>Axe 1 : Lutte contre la cochenille et conduite de parcelles pilotes</td><td>7</td></tr><tr><td>Tâche 1. Conduite des parcelles pilotes</td><td>7</td></tr><tr><td>1. Mesures pour lutter contre la cochenille blanche du mûrier</td><td>7</td></tr><tr><td>2. Recherche de pistes pour réduire et optimiser la fertilisation sur la parcelle pilote « fertilisation »</td><td>13</td></tr><tr><td>3. Évaluation de l'impact de l'irrigation (pratique innovante en cassis) avec la parcelle pilote « irrigation »</td><td>16</td></tr><tr><td>4. Parcelle pilote « couvre-sol » : Évaluation de méthodes alternatives au désherbage chimique dans un objectif de réduction des herbicides</td><td>18</td></tr><tr><td>5. Mycorhizes</td><td>22</td></tr><tr><td>Tâche 2. Suivi et contrôle des populations de Pseudolacaspis pentagona en verger de cassis</td><td>24</td></tr><tr><td>1. Mesures en verger : distribution des cochenilles sur l'arbuste et en fonction de la variété, parasitisme</td><td>24</td></tr><tr><td>2. Mise en place d'un élevage de cochenilles en conditions contrôlées</td><td>25</td></tr><tr><td>3. Identification et tentative d'élevage de coccinelles prédatrices</td><td>26</td></tr><tr><td>4. Tests d'efficacité de traitements chimiques et physiques</td><td>27</td></tr><tr><td>Tâche 3. Restauration de populations de pollinisateurs</td><td>28</td></tr><tr><td>1. La faune auxiliaire locale.</td><td>28</td></tr><tr><td>2. Impact de la pollinisation sur le rendement</td><td>29</td></tr><tr><td>Axe 2 : Contrôle sanitaire et assainissement des plants de cassis</td><td>34</td></tr><tr><td>Tâche 4. Détection de virus et phytoplasmes</td><td>34</td></tr><tr><td>Axe 3 : Amélioration variétale du Noir de Bourgogne</td><td>37</td></tr><tr><td>Tâche 6. Caractérisation de la collection de cassissiers, des hybrides INRA et des différents clones de Noir de Bourgogne :</td><td>43</td></tr><tr><td>1. Recherche de variabilité génétique :</td><td>43</td></tr><tr><td>2. Génotypage :</td><td>44</td></tr><tr><td>3. Phénotypage :</td><td>50</td></tr><tr><td>Tâche 7. Mise au point de méthodes pour tester la descendance</td><td>55</td></tr><tr><td>1. Biologie florale : Recherche marqueur anatomique - capacité autopollinisation</td><td>55</td></tr><tr><td>2. Mise au point d'un test de résistance à la cochenille en conditions contrôlées</td><td>57</td></tr><tr><td>3. Volet organoleptique.</td><td>57</td></tr><tr><td>Tâche 7. Mise au point de méthodes pour tester la descendance : Volet Organoleptique</td><td>58</td></tr><tr><td>1. Synthèse bibliographique sur les composés volatils du cassis.</td><td>58</td></tr></table>
<table><tr><td>2.</td><td>Caractérisation de la fraction volatile des baies de cassis des variétés parentes</td><td>58</td></tr><tr><td>3.</td><td>Caractérisation de la fraction volatile des baies de cassis des variétés hybrides</td><td>62</td></tr><tr><td>4.</td><td>Caractérisation de l'odeur des baies de cassis des variétés parentes par olfactométrie</td><td>63</td></tr><tr><td>5.</td><td>Rôle de l'éthanol et du saccharose sur les composés volatils</td><td>64</td></tr><tr><td>6.</td><td>Conclusions et perspectives volet organoleptique:</td><td>66</td></tr><tr><td>Tâche 8</td><td>Démarrage du programme de sélection</td><td>68</td></tr><tr><td>1.</td><td>Création des hybrides F1</td><td>68</td></tr><tr><td>2.</td><td>Evaluation des hybrides F1</td><td>70</td></tr><tr><td>BILAN</td><td></td><td>72</td></tr><tr><td>REFERENCES BIBLIOGRAPHIQUES</td><td></td><td>75</td></tr><tr><td>LISTE DES LIVRABLES</td><td></td><td>77</td></tr><tr><td>ANNEXE 1- AFFICHE A3</td><td></td><td>82</td></tr><tr><td>ANNEXE 2- RECAPITULATIF DES PHOTOS DES REUNIONS ET EVENEMENTS</td><td></td><td>83</td></tr><tr><td>ANNEXE 3- FICHE INFRASTRUCTURES AGROECOLOGIQUES</td><td></td><td>96</td></tr><tr><td>ANNEXE 4- POSTER IBA</td><td></td><td>100</td></tr><tr><td>ANNEXE 5- POSTER JOURNEE DES DOCTORANTS</td><td></td><td>101</td></tr><tr><td>ANNEXE 6- PLAN ESSAI VARIETAL MERCEUIL</td><td></td><td>102</td></tr><tr><td>ANNEXE 7- GUIDE TECHNIQUE DES VERGERS</td><td></td><td>103</td></tr></table>
# INTRODUCTION

En Bourgogne, le cassis est cultivé pour ses fruits ou ses bourgeons. Ce double débouché a conduit à la structuration de deux filières de valorisation : le cassis à fruits, dont les baies sont principalement transformées en crème de cassis par l'industrie de la liquoristerie ; le cassis à bourgeons, destiné à la parfumerie et à la production d'arômes alimentaires. La filière rassemble aujourd'hui plus de **80 producteurs** qui produisent en moyenne **1500 tonnes de cassis** sur une surface de **900 hectares**. Les liquoristes quant à eux produisent plus de **16 millions de litres de Crème de Cassis**. Emblématique de la région, la **variété Noir de Bourgogne** cultivée pour ses fruits et ses bourgeons, représente près de 70 % des surfaces de cassis cultivées en Bourgogne alors qu'elle est très minoritaire dans les autres régions.

La production de cassis fruit Noir de Bourgogne donne des rendements hétérogènes de par sa faible fertilité, sa sensibilité aux stress biotiques (cochenille, oïdium, anthracnose) et abiotiques (gelées printanières). De plus, la filière fait face à un essoufflement de la production du fait d'un non-renouvellement des surfaces liées au vieillissement et à la diminution du nombre d'actifs. Ces faiblesses associées au **changement climatique** et au fort **développement des populations de cochenilles** blanches du mûrier (*Pseudaulacaspis pentagona*) de ces dernières années, suscitent beaucoup d'inquiétudes. Au cours des neuf dernières années, la Bourgogne a enregistré **sept années avec un rendement moyen inférieur ou égal au seuil de rentabilité** espéré. Les deux dernières années ont été marquées par de **fort gels printaniers** qui ont particulièrement impacté la production de cassis de la variété Noir de Bourgogne. Pourtant les vergers de cassis assurent une **diversification du système de production** et garantissent ainsi l'**équilibre économique des exploitations** en particulier pour les zones à faible potentiel.

La pérennité des approvisionnements locaux des industries de la liquoristerie est maintenant en jeu, tout particulièrement pour la variété Noir de Bourgogne. Cette variété emblématique, reconnue pour ses qualités organoleptiques est indispensable à l'élaboration de la crème de cassis des **deux indications géographiques régionales** : Cassis de Dijon et Cassis de Bourgogne. Cette filière qui concentre plus de **250 emplois directs** est source d'activité économique et d'emploi dans la région à travers un produit qui fait la renommée de la gastronomie Bourguignonne. Dans ce contexte, ce projet est indispensable pour que les producteurs et liquoristes reprennent confiance dans la production de Noir de Bourgogne.

Le **projet d'émergence** de groupe opérationnel, initié en 2016 par les acteurs de la filière (producteurs et transformateurs), a abouti à la **création d'une association interprofessionnelle** forte et unie qui porte aujourd'hui le projet de fonctionnement de groupe opérationnel. En parallèle, l'étude et l'analyse de l'ensemble des difficultés rencontrées pour la production de cassis Noir de Bourgogne ont fait ressortir trois axes de collaboration et de développements complémentaires dans le temps : **mesures agroécologiques** pour lutter contre la **cochenille** et favoriser la **pollinisation, assainissement des plants** et ** variétale**.

Pour assurer la pérennité de la filière cassis, les coopératives alertent sur la nécessité de mener des **actions concrètes et rapidement exploitables**. La présence de cochenilles, le changement climatique et les difficultés de pollinisation constituent un ensemble de facteurs responsables de la situation actuelle. Ainsi, les actions agroécologiques et de protections sanitaires des vergers constituent le premier levier permettant d'apporter des solutions immédiates pour stabiliser les rendements. **A long terme, l'amélioration de la variété Noir de Bourgogne** fait l'unanimité et est identifiée comme une
solution prometteuse. C'est pourquoi, il est indispensable d'engager les travaux de sélection variétale
qui se poursuivront au-delà de la fin du projet.

Ce programme d'actions piloté par les acteurs de la filière régionale répond donc à une nécessité d'adaptation immédiate de la production et d'innovation selon les principes de l'agroécologie face aux aléas climatiques et sanitaires, tout en préparant l'avenir de la filière. Enfin, cette démarche filière s'inscrit dans « la stratégie et le plan de la filière des fruits et légumes transformés » définie par le gouvernement à la suite des Etats Généraux de l'Alimentation (Comité Fruits & Légumes Transformés, octobre 2017).

Ce rapport présente les résultats obtenus lors des quatre années de réalisation, dans le cadre du projet FEADER 2018-2021 « Pérennité et développement de la filière Cassis en Bourgogne ».
# AXE 1 : LUTTE CONTRE LA COCHENILLE ET CONDUITE DE PARCELLES
PILOTES

Partenaires impliqués : CA21, CNRS Biogéosciences, Spiral, Coopératives de producteurs

## Tâche 1. Conduite des parcelles pilotes

Partenaires impliqués : CA21, CNRS Biogéosciences, Spiral, Coopératives de producteurs

### 1. Mesures pour lutter contre la cochenille blanche du mûrier

**a) Mise en œuvre d'un itinéraire technique adapté sur la parcelle pilote**

**< cochenille >**

**Objectif :**

Trouver un itinéraire technique capable d'empêcher ou fortement ralentir la contamination par la cochenille.

**Moyens/méthode mise en œuvre :**

Cette parcelle pilote est située à Saint-Loup-Géanges (21).

La parcelle, qui n'a jamais été implantée en cassis auparavant, a été plantée en Noir de Bourgogne début 2018. Les boutures proviennent d'un producteur concerné par des infestations de cochenilles : elles ont été trempées dans l'eau froide pendant 7 jours avant plantation. Ce protocole simple avait d'abord été imaginé et testé à petite échelle par la Chambre d'Agriculture de Côte-d'Or, avant le début du PEI 2019-2021. Les tests réalisés montraient des résultats satisfaisants ; la technique d'assainissement par trempage à l'eau froide (point clé de l'itinéraire technique anti-cochenille) a donc pu être mise en œuvre à grande échelle sur la parcelle pilote.

L'idée de cette parcelle pilote de 3 ha était de suivre un itinéraire technique spécifiquement orienté pour minimiser les infestations et favoriser les prédateurs naturels de ce ravageur (recherche de l'équilibre agroécologique).

Les grands axes détaillés de cet itinéraire sont présentés sur la page suivante.
### 1- Planter des boutures indemnes de femelles hivernantes. (Point clé)

Les boutures de la parcelle de Saint-Loup-Géanges proviennent d'un producteur concerné par des infestations de cochenilles : les boutures ont été trempées dans l'eau 7 jours avant plantation.

### 2- Adopter un programme de traitement tolérant davantage la présence des bio-agresseurs et prenant en compte la toxicité pour les auxiliaires.

Plusieurs parasitoïdes de la cochenille ont été recensés dans les parcelles de cassis en Bourgogne.

→ Choisir les produits les moins nocifs pour les auxiliaires contribue à l'équilibre ravageur/prédateurs.

→ Adapter le volume de bouillie et la dose au volume foliaire. Étant donné qu'en 2019 (2ème feuille) la parcelle a un volume de buisson réduit, il faut veiller à orienter les diffuseurs pour concentrer la pulvérisation sur le petit buisson, et diminuer d'au moins 1/3 le volume d'eau et ainsi diminuer d'autant la dose maximale homologuée à l'hectare des produits.

### 3- Préserver les pousses de renouvellement.

La cochenille du mûrier accélère le dépérissement des branches. Le buisson supporte mieux s'il se renouvèle bien. → Pas d'herbicides non sélectifs en dehors de la période 1er décembre – 20 janvier.

### 4- Contrôler le volume du buisson et maintenir ras l'enherbement entre rangs.

Les buissons denses et des entre-rangs non fauchés maintiennent davantage l'humidité, facteur qui semble favorable à la cochenille (vallées plus touchées, parcelles à forte réserve hydrique plus touchées).

→ Tailler davantage afin de diminuer le volume (taille mécanique latérale, coupe manuelle des charpentières).

→ Réduire et fractionner la fertilisation azotée.

### 5- Dans les parcelles à risque élevé, 1 application du produit spécifique anti-cochenille MOVENTO en 2ème et 3ème année, en mai avant essaimage.

L'objectif est de lutter contre une infestation précoce depuis le voisinage. La pousse active, le volume foliaire, les branches jeunes sont favorables à l'efficacité du spirotétramat (molécule systémique du MOVENTO).

### 6- Dès les premiers foyers de cochenilles repérés, adopter des mesures curatives.

• Raser le pied atteint et ses 1ers voisins

• Appliquer sur toute la parcelle des huiles de paraffine au débourrement (2 traitements espacés de 15 j, le 2ème avant le stade C3-D)

→ Perfectionner le matériel de pulvérisation (réglages, bacs récupérateurs...)

### 7- Éviter les passages de tracteur pendant l'essaimage.

C'est uniquement pendant le stade larves mobiles (mi-mai et début août) que la propagation est possible. Les passages de tracteur pour fauche des inter-rangs ou pulvérisation contribuent à la dissémination des larves.

→ Anticiper ou décaler la fauche

→ Traiter dans un ordre logique : commencer par les parcelles les plus saines pour finir par les plus infestées.

### 8- Rajeunir les buissons par un broyage très ras

Broyage toutes les 6 à 8 récoltes avant une trop forte infestation

Appliquer MOVENTO en mai, l'année de la repousse.
## Observations :

Au mois de septembre 2020, première année de récolte pour la parcelle, on compte déjà au moins une dizaine d'importants foyers de cochenilles par rang (330 m de long).

Pour tenter des comprendre la source de ces contaminations, des relevés de distribution des foyers de cochenilles ont été réalisés avec l'aide du CNRS. Ces données ont été croisées avec les pratiques de l'agriculteur (notamment le sens de travail des engins agricoles sur la parcelle) et le profil d'humidité de la parcelle. Une carte matérialisant ces données est disponible page suivante.

<figure><img src="image_11.png" /><figcaption>Figure 1. Important foyer de cochenilles repéré sur la parcelle pilote à l'automne 2020</figcaption></figure>

Des mesures ont été réalisées pour tenter de quantifier les dégâts qu'est capable d'occasionner la cochenille sur cassissier : la pousse de l'année sur rameaux très infestés présente un retard significatif de croissance de 5,3 cm en moyenne par rapport à celle des rameaux sains. Par ailleurs, on compte environ un quart de rameaux morts parmi ceux qui sont attaqués, pour des intensités d'attaque similaires.

Pendant les observations de terrain, des traces d'activité des auxiliaires prédateurs de cochenilles, bien qu'insuffisante pour la juguler, ont été relevées (indice de présence des mini-guêpes parasitoïdes, présence de coccinelles prédatrices). La parcelle pilote n'avait reçu aucun traitement insecticide depuis son implantation.

<figure><img src="image_12.png" /><figcaption>Figure 2. Trace de prédation sur cochenille</figcaption></figure>
<figure><img src="image_13.png" /><figcaption>Figure 3. Modélisation de la répartition des foyers de cochenilles sur la parcelle pilote.</figcaption></figure>

**Conclusions et perspectives :**

Le croisement des données laisse penser que la contamination s'est faite majoritairement par les boutures : **le trempage n'a donc pas été suffisant** (ce qui n'exclut pas des contaminations externes depuis des réservoirs de cochenilles présent dans l'environnement immédiat de la parcelle).

Ces relevés ont aussi permis de constater que la cochenille s'est beaucoup plus développée sur la partie humide de la parcelle. À première vue donc, des conditions plus séchantes freineraient son développement, ce qui est très probablement en lien avec la vigueur des plants de cassis soumis à ces conditions.
La technique du trempage à l'eau froide des boutures n'est pas efficace à 100%. D'autres producteurs ayant utilisé cette technique ont fait le même constat sur leurs parcelles.

► Le protocole de trempage doit donc être revu (nouveaux tests en conditions contrôlées pour vérifier son niveau d'efficacité réel, identification des potentielles failles de cette technique...) et l'améliorer si possible.

La présence des prédateurs de cochenille sur la parcelle pilote confirme que les populations restent présentes dans les vergers malgré les traitements phytosanitaires (fongicides et herbicides seulement ; aucun insecticide n'a été appliqué depuis la plantation). Ceci encourage, d'une part, à limiter le recours aux produits phytosanitaires, d'autre part, à développer des couverts pour l'inter-rang plus propice à leur reproduction, dans le but de faire remonter les niveaux de population à moyen/long terme.

► Des recherches plus poussées sur le cycle biologique de ces insectes et leur sensibilité aux pesticides utilisés sont nécessaires pour pouvoir à la fois adapter les traitements, et pour concevoir des dispositifs agro-écologiques adaptés. La suite logique serait de pouvoir installer ces dispositifs (bandes fleuries notamment) et d'effectuer un suivi de long terme pour vérifier qu'ils bénéficient effectivement aux auxiliaires cibles et que ceci contribue à la régulation des cochenilles.

<figure><img src="image_14.png" /><figcaption>Figure 4. Prédateur de cochenille</figcaption></figure>

Les solutions chimiques plus ou moins efficaces actuellement contre ce ravageur étant vouées à disparaître à court terme (non ré-approbation des molécules soumises au vote européen à la fin de leur période d'approbation), il semble urgent de creuser la piste des solutions alternatives à la chimie, notamment d'explorer la piste des « barrières physiques ».

## b) Test d'efficacité et de faisabilité de deux barrières physiques : huile et glu

En 2021, l'efficacité des huiles de paraffine et d'une solution à base de glu (produit non commercialisé) ont été testées chez un producteur situé à Saulon-la-Chapelle. Le mode d'action des huiles est d'étouffer les cochenilles présentes sur les bois. La glu, plus résistante dans le temps, permettrait en plus d'empêcher l'essaimage des larves baladeuses, les prenant au piège sous la couche de produit.

### Objectifs :

- Vérifier, dans un premier temps, si la glu est phyto-toxique pour le cassissier

- Mesurer le niveau d'efficacité des huiles de paraffine (soufrées ou non) sur les cochenilles

<figure><img src="image_15.png" /><figcaption>Figure 5. Application de la glu au pinceau avant débourrement du cassis, 2021</figcaption></figure>
## Moyens/méthode mise en œuvre :

L'essai est situé à Saulon-la-Chapelle (21). Pour la glu, 2 répétitions avec témoin ont pu être réalisées.

Les foyers de cochenilles ont d'abord été repérés en période de repos hivernal. Les branches infectées suivies pour l'essai ont été marquées à l'aide de rubalise et chacune a été notée en fonction de son niveau d'infection. Les traitements ont ensuite été appliqués sur les zones préalablement identifiées (cf. plan en annexe 2). La glu n'a pas été pulvérisée mais appliquée au pinceau. Après le premier essaimage, un opérateur est venu faire une nouvelle notation (1er juillet).

## Observations :

Pour les huiles, l'analyse statistique n'a pas révélé de différence significative entre les zones traitées et les témoins :

- l'évolution des foyers a été similaire entre les témoins non traités et les buissons traités aux huiles

- Les foyers ont eu tendance à progresser sur l'ensemble des rameaux suivis.

Après le 2nd essaimage d'août, la présence de cochenilles « fraîches » sur la quasi-totalité des pieds traités a été relevée lors d'un contrôle visuel en septembre. Après le 1er essaimage, les patchs de cocons mâles étaient présents sur la moitié des branches suivies.

Pour la glu, les résultats de ce premier test de phyto-toxicité laissent des doutes.

- *a priori* seulement, elle ne provoquerait pas de phytotoxicité mais trop peu de branches ont été testées pour pouvoir trancher

- à première vue, la glu semble freiner la progression des foyers mais les cochenilles colonisent la branche dès qu'il y a une zone non-engluée (cf. *photo ci-contre*)

- les auxiliaires type collemboles circulent librement sur la glu une fois sèche

- la glu était encore présente (mais craquelée) début août

<figure><img src="image_16.png" /><figcaption>Figure 6. Colonisation de la zone non-engluée par les cochenilles</figcaption></figure>

## Conclusions et perspectives :

Les huiles ont une efficacité faible à nulle contre la cochenille blanche du mûrier. Leur application n'est pas rentable pour le producteur. D'autres moyens de lutte sont donc à explorer.

La glu semble être une piste intéressante mais des doutes quant à sa phytotoxicité subsistent. Si une phytotoxicité existe, elle s'explique certainement par le blocage des échanges gazeux entre le bois et l'air extérieur, essentiels pour le métabolisme de la plante.

► De nouveaux essais sont à réaliser, en condition contrôlée afin de suivre de manière continue l'évolution de l'état de santé des branches traitées. Il serait pertinent de diluer la glu avec des huiles végétales pour rendre la barrière moins « étouffante » et peut-être éliminer la phytotoxicité suspectée.
## 2. Recherche de pistes pour réduire et optimiser la fertilisation sur la parcelle pilote « fertilisation »

### Objectif :

Évaluer différentes stratégies de fertilisation azotée, en jouant sur les dates d'apport et les doses, tout en suivant l'impact qu'elles auront sur l'état général des buissons (état sanitaire, croissance) et les valeurs agronomiques (taux de coulure, rendement, indice réfractométrique).

### Moyens/méthode mise en œuvre :

<table><caption>Tableau 1. Stratégies d'apports d'azote sur la parcelle pilote de Cissey.</caption><thead><tr><th rowspan="2">Stade d'apport</th><th colspan="4">Apports azotés en unités/ha</th></tr><tr><th>Rang 3</th><th>Rang 2</th><th>Rang 1</th><th>Témoin</th></tr></thead><tbody><tr><td>Avant débourrement</td><td></td><td>20</td><td>40</td><td>0</td></tr><tr><td>Fin floraison</td><td>50</td><td></td><td></td><td>0</td></tr><tr><td>Fin nouaison</td><td></td><td>30</td><td>40</td><td>0</td></tr><tr><td>Véraison</td><td>30</td><td></td><td></td><td>0</td></tr><tr><td>Post récolte</td><td></td><td>30</td><td></td><td>0</td></tr></tbody></table>

Parcelle de Noir de Bourgogne localisée à Cissey (21). Le verger est âgé de 4 ans au démarrage de l'essai. 4 rangs sont fertilisés à l'ammonitrate (dosé à 27%), chacun selon une stratégie différente (voir tableau ci-contre). Chaque rang fait 100 mètres de long. La dernière année de l'essai, les doses d'apport du rang n°1 ont été modifiée en 60-20, dans une tentative d'accentuer le phénomène de coulure.

### Observations :

Sur 3 ans, au niveau du taux de nouaison, aucune différence significative n'a été mise en évidence entre les différentes stratégies de fertilisation :

<figure><img src="image_17.png" /><figcaption>Figure 7. Taux de nouaison selon le rang, sur 3 ans, parcelle pilote « azote », Cissey</figcaption></figure>
Des différences significatives ont été mesurées en 2021 au niveau de la croissance végétative annuelle :

<figure><img src="image_18.png" /><figcaption>Figure 8 Croissance végétative annuelle (cm) selon le rang, sur 3 ans, parcelle pilote « azote », Cissey</figcaption></figure>

Les rendements obtenus par modalité sont les suivants :

<figure><img src="image_19.png" /><figcaption>Figure 9. Rendements selon le rang, sur 3 ans, parcelle pilote « azote », Cissey</figcaption></figure>

Sur l'année 2021, alors que les taux de mycorhization sont inhibés sur les rangs 1 et 2, ils sont significativement stimulés sur le rang 3 par rapport au témoin (voir paragraphe dédié aux mycorhizes) :
La parcelle n'a jamais subi d'attaque fongique : la dynamique des maladies n'a donc pas pu être suivie.

**Conclusions et perspectives :**

Aucune différence significative au niveau de la coulure n'apparaît entre les différentes modalités en 3 ans. La fertilisation n'est donc pas un levier suffisamment intéressant aujourd'hui pour améliorer le taux de nouaison.

► Les leviers d'amélioration du taux de nouaison sont à rechercher ailleurs, notamment du côté de la qualité de pollinisation des fleurs de cassissier (voir les travaux réalisés par l'unité de recherche Biogéosciences/CNRS/UB sur ce projet)

Un fort apport d'azote avant débourrement a un impact négatif sur la mycorhization du cassissier. Le stade physiologique de la plante doit jouer un rôle et il se peut qu'en fin de floraison, l'apport d'azote
soit mieux utilisé par la plante. L'augmentation du taux de mycorhization pourrait en retour être bénéfique à la plante.

► Le fractionnement 20-30-30 est d'avantage compatible avec la mycorhization.

Les résultats obtenus sur la croissance végétative annuelle sont insuffisants et semblent contradictoires sur les 2 années de relevés. L'essai à son lancement ne prévoyant pas de répétition sur la parcelle, les résultats obtenus ne permettent pas de tirer des conclusions de manière certaine et définitive. Ces différences de pousse peuvent être simplement dues au hasard et nous ne pouvons donc pas trancher entre les 3 différentes stratégies.

La remarque est la même vis-à-vis des rendements relevés.

► Si l'on se risque néanmoins à une conclusion, le fractionnement 20-30-30 (apports avant débourrement, fin nouaison et post-récolte) semblerait à privilégier, en offrant un bon équilibre entre vigueur de la plante et grossissement des fruits. Cette stratégie de fertilisation est déjà largement connue et pratiquée par les producteurs, avec un apport post-récolte parfois facultatif (selon les conditions météos).

► S'il reste une marge de progrès à réaliser en termes de fertilisation, elle se situe plutôt sur le bon positionnement de l'apport en début de saison. En effet, les producteurs ont plutôt tendance à faire leur premier apport avant débourrement. Or, l'activité racinaire n'est pas encore à son maximum ; au débourrement, la plante puise théoriquement d'abord dans ses réserves avant de puiser les ressources nutritives présentent dans le sol. Il serait pertinent de relier précisément le niveau d'activité racinaire du cassissier à son stade physiologique observable en se servant des nouvelles technologies de pilotage de l'irrigation, de manière à pouvoir diminuer les pertes d'engrais par lixiviation. Le questionnement est le même en période de post-récolte : la plante est-elle capable de rentabiliser cette dernière fraction d'engrais alors que son activité racinaire ralentie et alors que les étés sont de plus en plus secs (dissolution et absorption compromises) ?
### 3. Évaluation de l'impact de l'irrigation (pratique innovante en cassis) avec la parcelle pilote « irrigation »

**Objectifs :**

Quantifier l'impact de l'irrigation en goutte-à-goutte sur une parcelle de cassis :

- déterminer si le stress hydrique est un des facteurs explicatifs de la coulure

- faire une première estimation du bénéfice d'une irrigation post-récolte au moment de l'induction florale (formation des fleurs de l'année suivante dans les bourgeons pendant la période estivale, avant l'entrée en dormance). D'après ce que nous savons sur la physiologie du cassissier, l'induction florale débute à peu près aux alentours de la récolte (à maturité complète des fruits), et la sécheresse estivale a un impact négatif sur la sortie de fleurs l'année suivante. Avec des étés qui sont déjà plus chauds et secs, le cassissier devrait réagir de manière très nette et positive à l'irrigation post-récolte.

**Moyens/méthode mise en œuvre :**

Irrigation goutte-à-goutte, sur 2 x 100 mètres de rang de cassis Noir de Bourgogne âgé de 17 ans en 2019, rabattus une fois en 2013. Parcelle située à Saulon-la-Chapelle.

Un des deux rangs irrigués sur toute la campagne en 2019 (du printemps à l'automne), n'a pas été irriguée en 2020 (autrement dit, il n'y a pas eu d'apport hydrique avant récolte) : le but étant d'observer si les bénéfices de l'irrigation en post-récolte 2019 s'expriment bien l'année suivante (en absence d'apport hydrique supplémentaire).

**Observations :**

Des comptages de coulure ont été réalisés en 2020 et 2021. Après analyse statistique, les taux de coulure ne sont pas significativement différents entre les modalités irriguées et le témoin non-irrigué. Le nombre de fleurs sorties en 2020 sur le rang irrigué en post-récolte 2019 n'est pas significativement différent de l'autre modalité et du témoin. Pas de différence significative également en 2021 entre rangs irrigués et témoin.

Les rendements obtenus en 2020 sont présentés dans le tableau suivant :

<table><caption>Tableau 2. Rendements, parcelle pilote « irrigation », Saulon la Chapelle.</caption><thead><tr><th></th><th>Témoin jamais irrigué</th><th>Modalité irriguée campagne 2019</th><th>Modalité irriguée campagne 2019 + printemps 2020</th></tr></thead><tbody><tr><td>Rendements 2020 obtenus sur 100m linéaires</td><td>65 kg</td><td>80 kg</td><td>100 kg</td></tr><tr><td>Equivalence / hectare</td><td>≈ 2,17 T/ha</td><td>≈ 2,67 T/ha</td><td>≈ 3,33 T/ha</td></tr></tbody></table>

<figure><img src="image_20.png" /></figure>

<figure><img src="image_21.png" /></figure>
À noter : étant donné les conditions climatiques très particulières de 2021 (gel tardif en début de floraison entraînant des chutes de fleurs, période de pluie continue 2 semaines avant récolte), les données sur la sortie de fleurs et le taux de coulure manquent de fiabilité, et les rendements n'ont pas été relevés.

## Conclusions et perspectives :

L'irrigation n'a pas d'effet significatif sur le taux de coulure. En revanche, il a un effet très positif dans l'établissement des rendements. Un apport hydrique, même faible, et discontinu (une année sur deux) est déjà bénéfique au cassissier.

Par manque de moyen humain, le PMB n'a pas pu être relevé sur cette parcelle pilote au moment des récoltes ; cependant, si le nombre de fleurs et le taux de nouaison sont les mêmes d'une modalité à l'autre, l'augmentation du rendement s'explique logiquement par une augmentation du PMB.

Le cassis réagit de manière nette et positive à l'irrigation. Ces résultats concordent avec ceux d'essais déjà menés entre 1985 et 1987 dans le secteur des Hautes-Côtes et qui ont mis en évidence des résultats similaires : sur trois ans, avec de l'irrigation au printemps et après récolte, les gains de rendements enregistrés sur sol peu profond allaient de +24,3% à +53,1% (moyenne de +39,3%) par rapport au témoin non irrigué, et sur sol profond, de +6,6% à +61,7% (moyenne de 33,5%).

Des apports hydriques réalisés sur une saison complète et jusqu'en post-récolte en année n a un impact sur les rendements de l'année n+1 (année n+1 sans irrigation).

► Ces résultats laissent penser que les vergers de cassis, sous le climat de Bourgogne, restent majoritairement en situation de stress hydrique, et qu'un apport d'eau, même faible, est immédiatement rentabilisé pour la plante.

Afin de déterminer quel serait le meilleur stade physiologique du cassissier pour réaliser des apports hydriques - toujours dans un souci d'économie et de préservation de la ressource en eau - il serait pertinent de suivre plus finement les besoins de la plante grâce aux nouvelles technologies de pilotage de l'irrigation.
## 4. Parcelle pilote « couvre-sol » : Évaluation de méthodes alternatives au désherbage chimique dans un objectif de réduction des herbicides

### Objectif :

Tester différentes solutions de couverture du sol dans la durée afin de déterminer si elles offrent une alternative satisfaisante au désherbage chimique sur le rang.

### Moyens/méthode mise en œuvre :

Parcelle pilote située à Saulon-la-Chapelle. 9 modalités différentes (cf. tableau récapitulatif en p. 15). Les couvre-sol sont installés sur 100 mètres de long et mesure 1 mètre en largeur. Sur ces 100 mètre, la moitié est irriguée en goutte-à-goutte (tuyau disposé au-dessus des couvre-sol). Les couvres-sol sont maintenus au sol grâce à des agrafes (2 tous les 10 mètres). La plantation est lancée à l'hiver 2018-2019 ; les boutures sont plantées à travers des fentes découpées dans les bâches.

La modalité « toile amidon Duravigne » est venue remplacer un film plastique spécial fraise qui s'était arraché et envolé en 2019.

### Observations :

<figure><img src="image_22.png" /><figcaption>Figure 10. Taux de mortalité des pieds mesurés sur le rang, par modalité, à l'été 2021</figcaption></figure>

La mortalité des plants a été systématiquement plus importante sur la partie non irriguée des modalités (différence significative). En revanche, il n'y a pas de différence significative de mortalité entre les cassis avec couvre-sol irrigués et les cassis conduits de manière traditionnelle (sans couvre-sol, sans irrigation, désherbés chimiquement)
Au printemps 2021, les couvertures en fibres de chanvre Herbichanvre et Géochanvre se sont presque complètement décomposées et les adventices ont de nouveau envahi le rang. Le film Cellobio est également très dégradé et ne remplit plus son rôle. Le couvert de Trèfle Blanc n'est plus présent que par patch sur le rang, qui est également envahi par les adventices.

Les autres couvre-sol Agrolys, Duravigne et Plantex Gold ne présentent quasiment aucune dégradation et continuent de jouer leur rôle de barrière contre l'installation de mauvaises herbes. Leurs faiblesses se situent au niveau des trous d'ouverture, où arrivent à se développer principalement des vivaces (chardon, chiendent surtout), ainsi qu'au niveau des bordures.

Certaines herbes arrivent à germer **sur** les toiles tissées et à s'enraciner à travers celle-ci, en particulier dans les zones où la poussière s'est accumulée (cf. photo ci-contre).

Au niveau de la croissance des plants, on note un retard marqué partout par rapport au témoin et la récolte 2021 n'a pas pu être faite mécaniquement à la vendangeuse en 3ème feuille.

En 2019 et 2020, aucune différence significative n'a été observée au niveau des taux de mycorhization des racines de cassissiers, quel que soit le traitement, avec ou sans couvre-sol.

<figure><img src="image_23.png" /><figcaption>Figure 11. Enracinement des adventices à travers les toiles tissées.</figcaption></figure>

## Conclusions et perspectives :

Les résultats obtenus sur la toile Duravigne sont discutables puisque ce couvre-sol est venu en remplacement d'une bâche imperméable (film plastique spécial fraise) en 2ème année d'essai. La forte mortalité des plants sur cette modalité peut être en partie due au film plastique.

Le retard de croissance observé sur cet essai entre en contradiction avec des observations réalisées sur un essai similaire mené par le CTIFL à la station expérimentale de la Morinière ; la nouvelle plantation avait tendance à mieux s'implanter, avec des buissons plus vigoureux en présence d'un couvre-sol.

► Ce retard de croissance observée sur la parcelle pilote de Saulon-la-Chapelle peut s'expliquer en partie par un effet précédent fort (cassis sur cassis). Toutefois, il est logique de penser que l'absorption des fertilisants minéraux **à travers** les bâches et les toiles tissées est fortement compromise (structure peu ou pas perméable, volatilisation de l'azote ammoniacale plus importante le temps qu'il soit absorbé dans le sol). De même, aux vues de la plus forte mortalité des jeunes plants sur les modalités non-irriguées, les toiles tissées et les bâches posent d'évident problèmes d'accès à la ressource en eau au démarrage de la plantation.

L'effet dépressif des couvre-sol (toiles tissées ou bâches) sur les cassissiers a été mis en évidence sur cette parcelle pilote. Une piste possible : réduire la largeur de la bâche à 50 cm pour, peut-être, permettre aux racines de capter plus facilement l'eau et les engrais.
Le rapport coût/durabilité est en faveur des toiles tissée Agrolys, Duravigne et de la nappe Plantex Gold. Elles assurent un bon contrôle des adventices mais ne sont pas sans faille : les mauvaises herbes se développent à la moindre perfusion et les couvres-sol doivent être entretenus pour empêcher l'installation des adventices qui germent au travers.

► Si les bordures ont pu être entretenues grâce à un passage de tondeuse, le nettoyage sur les bâches elles-mêmes est plus compliqué. Cet entretien est inévitable puisque, si les plantules posent peu de problème de concurrence et s'éliminent facilement en brossant la toile, elles pourraient, à long terme, la recouvrir et accélérer sa dégradation, en plus de faire de la concurrence aux cassissiers.

<figure><img src="image_24.png" /><figcaption>Figure 12. De gauche à droite : Toile Duravigne, Toile Agrolys, Toile Plantex Gold. Parcelle pilote de Saulon la Chapelle.</figcaption></figure>

Pour les toiles Agrolys et Plantex en polypropylène, la question de la pollution du sol à long terme par micro-plastiques (issus de la dégradation du produit) se pose légitimement. Ces dispositifs nécessitent d'être suivis sur le long terme pour pouvoir lever cette interrogation. Les couvre-sols en biopolymères Cellobio (norme EN 13432) et Duravigne (label « OK Compost ») présentées comme biodégradables ne le sont pas en conditions de terrain mais nécessitent un compostage industriel pour être éliminés. Seul le label « OK compost Home » permet d'identifier les bioplastiques compostables dans des conditions de compostage « à la maison ». Peu importe le matériau donc, les couvre-sol devront tous être retirés en fin de vie de la plantation.

► Si l'on souhaite s'inscrire dans une démarche durable, les solutions utilisant des matériaux biosourcés sont, logiquement, à privilégier (toile Duravigne, dans le cadre des essais menés). Toutefois, leur coût à l'installation (cf. tableau récapitulatif page suivante) reste encore prohibitif et très peu rentable pour un producteur de cassis à l'heure actuelle (marges brutes dégagées à l'hectare insuffisantes et trop variables d'une année à l'autre pour absorber l'investissement initial, l'entretien, les baisses de rendement...). Les solutions à base de plastique pétrolier restent les moins chères mais ne rejoignent pas les attentes en termes de durabilité (pour repère, 1 ha de cassis nécessiterait de dérouler un peu plus de 3 km linéaires de toile plastique).
<table><caption>Tableau 3. Récapitulatif des performances des différentes modalités testées dans l'essai pilote de Saulon-La-Chapelle</caption><thead><tr><th>Modalité</th><th>Type, matériau</th><th>Durée de vie annoncée</th><th>Maîtrise de la pression adventice</th><th>Coût du produit au m² (€HT)</th><th>Equivalence à l'ha (€HT)</th><th>Coût du dispositif rapporté à sa durée de vie (coût de l'installation comprises + agrafes quand nécessaire)</th><th>Points forts/points faibles</th></tr></thead><tbody><tr><td>Désherbage chimique</td><td>/</td><td>/</td><td>+++</td><td>/</td><td>/</td><td>115 €/ha/an</td><td>+ Rapport coût/efficacité<br/>+ Pas d'effet dépressif sur le cassis en comparaison avec les couvre-sol</td></tr><tr><td>Agrolys</td><td>Toile tissée, polypropylène</td><td>10 ans</td><td>++</td><td>0,64 €</td><td>2112 €</td><td>269 €/ha/an</td><td>+ Durabilité, résistance, prix<br/>- Pollution plastique ?</td></tr><tr><td>Plantex gold</td><td>Nappe non tissée, polypropylène</td><td>4 à 5 ans</td><td>++</td><td>0,82 €</td><td>2706 €</td><td>656 €/ha/an</td><td>+ Résistance<br/>- Pollution plastique ?</td></tr><tr><td>Géo chanvre Longprotect</td><td>Feutre en fibres de chanvre bio, renforcé par une nappe en PLA*</td><td>3 ans</td><td>-</td><td>1,82 €</td><td>6006 €</td><td>2193 €/ha/an</td><td>- Rapport coût/durabilité</td></tr><tr><td>Herbichanvre</td><td>Feutre en fibres de chanvre bio</td><td>1 à 2 ans</td><td>--</td><td>1,26 €</td><td>4158 €</td><td>2366 €/ha/an</td><td>- Rapport coût/durabilité</td></tr><tr><td>Duravigne</td><td>Toile tissée en amidon</td><td>10 ans</td><td>++</td><td>1,50 €</td><td>4785 €</td><td>536 €/ha/an</td><td>+ Durabilité, résistance</td></tr><tr><td>Cellobio</td><td>Nappe en bioplastique PLA*</td><td>2 ans</td><td>+</td><td>1,35 €</td><td>4455 €</td><td>2514 €/ha/an</td><td>- Fragile à l'étirement, dégradation rapide (2 ans)</td></tr><tr><td>Trèfle blanc nain</td><td>/</td><td>/</td><td>-</td><td>±6 €HT/kg de semences<br/>Densité de semis : 15 kg/ha</td><td>297 €</td><td>En pratique, le couvert n'a tenu que 1,5 ans en place avant de dégénérer. Un semis annuel est nécessaire.</td><td>- Concurrence forte avec le cassissier, non pérenne nécessaire.</td></tr><tr><td>Témoin non traité</td><td>/</td><td>/</td><td>---</td><td>/</td><td>/</td><td>/</td><td>/</td></tr></tbody></table>
## 5. Mycorhizes

Le développement d'une approche agroécologique de la culture du cassissier implique l'attraction d'insectes pollinisateurs et d'antagonistes des ravageurs. Mais il doit passer également par une activation de la vie des sols pour une meilleure croissance de la plante et une meilleure résistance face aux agresseurs. En particulier, les mycorhizes sont des associations symbiotiques entre les racines des plantes et des champignons naturellement présents dans les sols. Elles favorisent la croissance des plantes en améliorant l'absorption des éléments minéraux et de l'eau et les protègent contre les maladies racinaires (Gianinazzi et al. 2010). De plus, en modifiant la balance hormonale des plantes, leur émission de composés volatiles et leur floraison, les champignons mycorhiziens peuvent protéger les plantes contre certains insectes ravageurs tout en attirant les insectes pollinisateurs (Gange et Smith 2005, Heinen et al. 2018).

Par ailleurs, les champignons mycorhiziens interagissent positivement avec de nombreuses bactéries bénéfiques à la plante, des protistes et des invertébrés dans les sols (Hodge 2000, Jiang et al. 2020). Ainsi les mycorhizes constituent un marqueur intéressant de la vie des sols. Or en agriculture, les mycorhizes sont affectés par l'utilisation des engrais chimiques et des pesticides. Dans le cadre du développement de pratiques agroécologiques, il est donc intéressant d'identifier les pratiques culturales compatibles avec les mycorhizes.

Les Laboratoires SPIRAL ont d'abord montré en conditions contrôlées l'effet positif des mycorhizes sur la croissance des cassissiers (Figure 13).

<figure><img src="image_25.png" /><figcaption>Figure 13. Effet positif de la mycorhization sur la croissance végétative du cassissier Noir de Bourgogne en conditions contrôlées. NM : plants non mycorhizés (à droite) ; M : plants mycorhizés (à gauche)</figcaption></figure>

Les Laboratoires SPIRAL ont ensuite suivi les mycorhizes dans les vergers pilotes de Saulon-La-Chapelle et de Cissey. Pour cela, des racines ont été prélevées sur les deux parcelles et colorées à l'encre noire puis observées au microscope pour déterminer les taux de mycorhization selon la méthode de Trouvelot et al. (1986). Des exemples d'observations de mycorhizes sont présentés sur la figure 14.

Au total, 310 échantillons de racines ont été analysés. Les résultats les plus marquants ont été obtenus sur la parcelle de Cissey. Sur cette parcelle, des prélèvements de racines des cassissiers ont été effectués en juin 2020 et en juillet 2021 au moment de la récolte des baies. Les analyses montrent que
le fractionnement de l'apport d'azote de type 60-20 a un impact très négatif sur la mycorhization, avec un taux moyen de 6,5% contre 16,1% pour le reste de la parcelle (Figure 15). Ce traitement est caractérisé par un fort apport d'azote avant débourrement. En revanche, la modalité 20-30-30 qui donne les meilleurs résultats de rendements, ne montre pas d'effet nettement inhibiteur de la mycorhization par rapport au témoin. Il est donc intéressant d'utiliser ce type d'amendement qui permet à la fois un bon rendement et de maintenir la mycorhization des cassissiers.

<figure><img src="image_26.png" /><figcaption>Figure 14. Exemples d'observations microscopiques des mycorhizes des cassissiers sur les parcelles de Saulon-La-Chapelle (A) et Cissey (B). Les champignons mycorhiziens sont colorés en bleu foncé.</figcaption></figure>

<figure><img src="image_27.png" /><figcaption>Figure 15. Taux de mycorhization des racines de cassissiers dans la parcelle de Cissey en fonction de différents fractionnements d'apport d'azote. Moyenne ± SE de 60 échantillons pour les résultats cumulés de 2020 et 2021. Des lettres différentes indiquent des différences significatives d'après le test de Kruskal-Wallis (P<0,05).</figcaption></figure>

Dans le cadre du développement de pratiques agroécologiques, il pourrait être intéressant de réduire les quantités d'azote minéral apporté. Pour cela, des légumineuses pourraient être utilisées pour fixer l'azote atmosphérique et stimuler la mycorhization des cassissiers. Cependant, il faudra identifier une légumineuse qui ne concurrence pas le cassissier. Des tests seront réalisés par la suite avec de la luzerne lupuline.

Pour compléter ces travaux, une étude bibliographique a été menée concernant l'effet des produits phytosanitaires utilisés pour la culture du cassis sur les mycorhizes. Cela pourrait aider les producteurs intéressés dans une approche agroécologique à mieux choisir les produits de traitements, tout en sachant qu'il y a de moins en moins de produits disponibles.
# Tâche 2. Suivi et contrôle des populations de *Pseudolacaspis pentagona* en verger de cassis

Partenaires impliqués : CNRS Biogéosciences, CA21, Coopératives de producteurs

## 1. Mesures en verger : distribution des cochenilles sur l'arbuste et en fonction de la variété, parasitisme

Les producteurs de cassis sont confrontés à deux problèmes majeurs face à la cochenille du mûrier : la dynamique d'infestation sur les plans de cassis est difficile à quantifier (seules les larves sont mobiles, et difficilement piégées), et les insecticides autorisés semblent inefficaces (les adultes sont fixés aux rameaux, cachées sous un bouclier cireux, réduisant leur exposition aux pesticides). Le recours aux insectes parasitoïdes a été envisagé depuis longtemps (Kreiter et al., 2002) mais semble avoir été abandonné. Au moins deux genres d'insectes, potentiels ennemis naturels des cochenilles du mûrier, avaient pourtant été identifiés dans les cultures fruitières infestées en Italie et en Allemagne : *Aphytis et Encarsia sp.* (Pedata et al., 1995) (Rauleder, 2011). En raison de l'appauvrissement de la biodiversité locale et de l'absence d'élevages de masse de ces agents potentiels de lutte biologique, la biodiversité locale n'est actuellement pas exploitée dans un contexte de lutte intégrée contre la cochenille du mûrier.

En 2018, nous avons déterminé la répartition verticale des cochenilles (saines, mortes et parasitées) le long du rameau de cassis afin de comprendre comment les individus s'organisaient spatialement. Compte tenu de la faible capacité de dispersion des larves et du confinement du micro-habitat à la base des plants, il est attendu que la densité en cochenilles diminue le long du rameau mais cet effet pourrait être occulté par l'accumulation de boucliers chaque année. La deuxième étape a été de mesurer l'état d'infestation des plants de cassis (densité en cochenille, statut parasitaire des cochenilles) en fonction de la variété ('Noir de Bourgogne' vs. 'Royal de Naples') à l'échelle d'une parcelle infestée ainsi que certains traits d'histoire de vie des cochenilles (largeur du corps, surface du bouclier). Compte-tenu des différences entre les deux variétés de cassis (phénologie, reproduction), les cochenilles infestant l'une ou l'autre variété pourraient en effet présenter des caractéristiques différentes et un taux de parasitisme variable. Enfin, un échantillonnage de rameaux de cassis infestés dans plusieurs parcelles en Bourgogne a permis de caractériser la composition de la guilde des parasitoïdes de la cochenille du mûrier en Bourgogne.

Nous avons pu mettre en évidence 1) une distribution verticale des cochenilles le long des rameaux de cassis, avec une densité de femelles viables diminuant de la base vers l'apex 2) la variété de cassis influence la viabilité et les traits d'histoire de vie des cochenilles femelles 3) le taux de parasitisme dépend de la variété de cassis sur lesquelles se développent les cochenilles. Les deux principaux genres de parasitoïdes présents dans les parcelles sont *Encarsia* et *Aphytis*.

L'étude de la distribution verticale des cochenilles, montre que la densité de femelles de l'année (mortes, saines, parasitées) diminue avec la hauteur du rameau. La dispersion de *P. pentagona* sur les rameaux s'effectue au premier stade larvaire (stade « crawler »), seul le premier stade larvaire étant mobile. Elle se fait par migration à partir du lieu de ponte (sous les boucliers des femelles pondeuses) et est limitée dans le temps car elle s'effectue sur une durée relativement brève de quelques heures à une journée Par ailleurs, les températures de développement optimales des cochenilles se situent entre 20 et 30 °C avec une humidité relative de 60 % en laboratoire (Kreiter et al. 2002).
Les femelles saines sont significativement moins nombreuses et plus petites sur la variété 'Royal de Naples' vs « Noir de Bourgogne ». Ces variations de tailles et de survie des cochenilles, pourraient s'expliquer par une différence dans la qualité de la plante-hôte, en termes de nutriments, de composés secondaires, ou de nature des tissus végétaux entre les deux variétés. Les cochenilles s'alimentant sur la variété 'Noir de Bourgogne' semblent favorisées, avec une meilleure croissance, ainsi qu'une meilleure survie. De ce fait, elles doivent causer davantage de dégâts aux plants de la variété 'Noir de Bourgogne' en raison d'un prélèvement de sève plus important. Il est par ailleurs probable que ces femelles aient une meilleure fécondité étant donné leur taille plus importante.

D'un point de vue appliqué, nos résultats confirment que la variété emblématique de Bourgogne (le 'Noir de Bourgogne') est particulièrement exposée aux cochenilles. Les principaux genres de micro-hyménoptères parasitoïdes déjà révélés dans deux études précédentes en Italie et Allemagne (Pedata et al. 1995; Rauleder, 2011) ont également été identifiés dans les parcelles étudiées. En effet, les espèces du genre *Encarsia* sont des endoparasitoïdes dont certaines espèces spécifiques de la cochenille *P. pentagona* comme *Encarsia berlesei* ont suivi naturellement leur hôte depuis leur introduction en Italie en 1908 (Benassy 1958). Cette espèce possède un potentiel de contrôle des cochenilles élevé dans les milieux non perturbés (Collins & Whitcomb, 1975). Le genre dominant est Aphytis, un ectoparasitoïde retrouvé sur d'autres cochenilles de la famille des diaspididae qui pourrait s'avérer efficace dans le contrôle de la cochenille *P. pentagona*. Les cochenilles pourraient également présenter des défenses physiologiques modulées par la variété desquelles elles se nourrissent.

Les cochenilles femelles attirent les mâles en produisant une phéromone. Cette phéromone a été synthétisée avec succès dans les années 90 et est actuellement commercialisée en Italie par la société ISAGRO dans des pièges collants. Ces pièges attirent les mâles ce qui permet une estimation des tailles de population, mais n'ont que peu d'efficacité pour le contrôle des populations. Ces pièges attirent aussi les parasitoïdes ce qui pourrait avoir un effet négatif sur leurs populations. Nous avons donc décidé de ne pas poursuivre sur cet axe de recherches, déjà exploré par d'autres même si leurs résultats n'ont pas été publiés.

En conclusion, nos mesures montrent que les cochenilles sont plus nombreuses, plus grandes (potentiellement plus fécondes) et moins parasitées lorsqu'elles se développent sur la variété « Noir de Bourgogne ». Des parasitoïdes du genre *Encarsia* et *Aphytis* se développent sur les *P. pentagona* dans les différentes parcelles. Au début du XXème siècle, *Encarsia berlesii* a été introduit en Italie pour contrôler une invasion de *P. pentagona* sur mûrier blanc. Cette introduction a été couronnée de succès et les populations de *P. pentagona* limitées jusqu'aux années 50 où les insecticides se sont révélés plus efficaces à détruire les auxiliaires qu'à limiter les invasions de cochenilles (Collins & Whitcomb, 1975). Aujourd'hui les auxiliaires sont présents naturellement dans les parcelles mais leur efficacité est limitée par leur sensibilité aux insecticides utilisés.

## 2. Mise en place d'un élevage de cochenilles en conditions contrôlées

L'année 2019 a été marquée par une attaque relativement faible des cochenilles, nous n'avons pas pu mettre en place d'expérimentation au champ faute de ravageurs en quantité suffisante. Les causes de cette diminution n'ont pas pu être déterminées avec certitude. Nous avons mis en place un élevage de
cochenille au laboratoire afin de pouvoir travailler en conditions contrôlées. Différentes difficultés ont été rencontrées, invasion de l'élevage par *Encarsia* sp ; prouvant s'il était besoin de la grande capacité de contrôle de ce parasitoïde ; et difficulté de reproduction des cochenilles en dehors de périodes habituelles de reproduction. Après différents aléas, l'élevage a été stabilisé.

En 2020, de nouvelles méthodes d'élevage ont été testées (supports pour la fixation, méthodes d'infestations, température, hygrométrie et luminosité optimales pour le développement des différents stades). Le nombre de cochenilles a ainsi augmenté jusqu'à plusieurs milliers d'individus. Par la même occasion, de nombreuses observations ont pu être réalisées pour vérifier toutes les étapes du cycle de vie de ce ravageur (différences morphologiques entre les stades juvéniles mâles et femelles notamment).

### 3. Identification et tentative d'élevage de coccinelles prédatrices

En 2020, les populations de cochenilles ont été à nouveau suivies dans plusieurs vergers de cassis. Cochenilles prédateurs et parasitoïdes étant trop petits pour être correctement estimés à l'œil nu, nous avons mis en place des observations et comptages à l'aide d'un microscope de terrain. Avec ce nouveau matériel, deux espèces de coccinelles prédatrices de cochenilles sont observées facilement dans les parcelles : *Rhyzobius lophanthae* et *Chilocorus nigritus*. De petite taille, ces deux espèces sont difficilement observables à l'œil nu. Cependant, nos observations poussées avec le microscope ont permis d'établir qu'elles sont encore largement présentes dans les parcelles, malgré des tailles de populations suspectées faibles. Les pièces buccales de ces deux espèces leur permettent de se nourrir des stades juvéniles de cochenilles et même de percer les boucliers des stades adultes, ce qui pourrait en faire d'excellents auxiliaires.

<figure><img src="image_28.png" /><figcaption>Figure 16. Gauche : *Chilocorus nigritus*. Milieu : *Rhyzobius lophanthae*. Droite : Traces de prédation de coccinelles (photo CA21)</figcaption></figure>

Quelques individus de ces espèces de coccinelles ont été prélevés et mis en laboratoire pour voir si un élevage serait possible dans le but de les multiplier avant de les relâcher dans les parcelles pour augmenter les populations locales. Les deux espèces de sont montrées très efficaces pour la régulation des cochenilles. Un très petit nombre de coccinelles (stades larvaires et adultes confondus) étaient capables de nettoyer un milieu contenant une centaine de cochenilles (stades crawler et adultes confondus) en environ une semaine. Une fois à court de cochenilles pour se nourrir, le cannibalisme était de rigueur. L'élevage de coccinelles a dû être abandonné afin de garder suffisamment de cochenilles pour les autres expériences à venir (tests de résistance à l'infestation des différentes variétés de cassis et des hybrides produits par SAYENS; cf Tâche 7), mais il est tout de même envisageable.
Après avoir observé l'efficacité des coccinelles en laboratoire en 2020, des essais ont été réalisés en 2021, en plein champ, dans une parcelle pilote à Saint-Loup-Géanges où l'utilisation de pesticides est limitée. Des buissons de cassis infestés par la cochenille ont été repérés et des notations précises de leur infestation ont été réalisées (nombre de branches infestées, répartition des cochenilles sur les branches, estimation du nombre de cochenilles, ...). Ensuite, au moment de l'émergence des cochenilles, 25 coccinelles de chaque espèce ont été réparties au pied de 10 buissons (5 coccinelles par buisson) et contraintes de rester au contact des cochenilles à l'aide de voiles insect-proof placé sur les buissons. De la même manière, des hyménoptères parasitoïdes (Encarsia citrina et Aphytis melinus) ont également été testé, à la différence que 25 individus de chaque espèce ont été placés sous seulement deux buissons. Cinq buissons supplémentaires ont été suivis pour servir de témoin.

Trois semaines après la mise en place de cette expérience, la parcelle a été fortement grêlée, déchirant les voiles insect-proof et permettant la dispersion des auxiliaires. Les deux espèces de coccinelles ont chacune eu un impact positif : les rameaux des cassissiers fortement infestés au début de l'expérience ne l'étaient presque plus à la fin. De plus, le nombre de femelle fixée présentant des traces de prédation sur leur bouclier a globalement augmenté. Il faudra cependant attendre les suivis de la saison 2022 pour voir si l'impact des coccinelles a été significatif et durable. Pour ce qui est de l'efficacité des hyménoptères parasitoïdes, il faudra également attendre la saison 2022 et l'émergence de la 2e génération de ces espèces, pour avoir un réel résultat. En effet, leur mode d'action consiste à pondre des œufs dans les cochenilles adultes afin de se reproduire. Leur cycle de vie et donc leur mode d'action nécessite donc plusieurs années pour montrer des résultats, même si l'efficacité de tels parasitoïdes a déjà été largement montrée.

## 4. Tests d'efficacité de traitements chimiques et physiques

En collaboration avec UPL France et la Chambre d'Agriculture de Côte d'Or, des essais ont été menés dans une parcelle à Saulon-la-Chapelle dans le but d'acquérir des données sur l'efficacité de trois traitements pour lutter contre la cochenille : le polythiol, le polythiol mélangé avec de l'ovipron, et une glu arboricole modifiée pour éviter la phytotoxicité (cf Tâche 1).

### Pour résumer

- Test de résistance à la cochenille de différentes variétés de cassis à venir

- Présence d'auxiliaires dans les parcelles (coccinelles et guêpes parasitoïdes)
Mais peu d'individus qui subissent les traitements en même temps que les cochenilles

- Nécessité d'augmenter les tailles de populations locales
# Tâche 3. Restauration de populations de pollinisateurs

Partenaires impliqués : CNRS Biogéosciences, Coopératives de producteurs

## 1. La faune auxiliaire locale.

### a) Etat des lieux de la disponibilité en pollinisateurs dans les vergers de cassis

En 2018, pour répondre à l'interrogation des agriculteurs sur une possible limitation en pollinisateurs, nous avons réalisé un état des lieux de la disponibilité en pollinisateurs dans les vergers de cassis (Charlotte & Léon, 2019) (Anstett, Léon de Treveret & Louâpre, 2019). Grâce à d'anciens compte rendus de comptage de l'INRA, nous avons pu déterminer que le nombre de pollinisateurs dans les parcelles a chuté de près de 99% entre 1981 et 2018.

Les seuls pollinisateurs présents dans les parcelles sont les abeilles domestiques, différentes espèces de bourdons et quelques andrènes. *Andrena fulva*, considérée une bonne pollinisatrice des *Ribes* (cassis et groseilliers) a quasiment disparu des parcelles. Nous avons donc mis en évidence une quasi disparition des pollinisateurs sauvages dans les champs de cassis, entrainant probablement de fortes baisses de rendement pour cette espèce décrite comme entomophile.

### b) Implantation d'un essai de bandes fleuries

Nous avons réalisé en 2019 un premier essai d'implantation de bandes fleuries dans l'entre rang à partir d'un mélange de semence commercial. Nous avons profité de l'implantation d'un nouveau verger pour pouvoir semer facilement dans une terre travaillée. Sur cette parcelle nous avons réalisé 4 répétitions de l'implantation et suivi 4 placettes témoin en parallèle. Le suivi de ces bandes fleuries a montré : 1) une absence de compétition avec les jeunes plants 2) un problème dû à la trop grande hauteur et trop grande compétitivité de certaines espèces et 3) une augmentation importante du nombre d'insectes pollinisateurs au bout de 3 ans.

### c) Construction et implantation d'hôtels à insectes

Afin de compléter les observations visuelles et de déterminer la faune auxiliaire présente dans les parcelles de cassis, 12 hôtels à insectes ont été placé dans 6 parcelles en mars 2020. Ils ont été réalisés à partir de matériaux recyclés que les agriculteurs peuvent facilement se procurer (des caisses de récolte, des canisses, des bûches percées de trous de différents diamètres, des fagots de tiges à moelle de plantes présentes aux alentours des parcelles, des tuiles, des briques, des pots de fleurs retournés et enterrés, ...)

<figure><img src="image_29.png" /><figcaption>Figure 17. Photo d'un hôtel à insecte placé dans une parcelle</figcaption></figure>
de de fournir une diversité de site de nidification suffisantes pour attirer au maximum la faune auxiliaire locale afin de pouvoir l'identifier.

Début avril, les buches percées de trous avaient déjà été entièrement colonisés pour des abeilles solitaires (*Osmia sp*). La faune auxiliaire est donc présente, mais aurait tendance à quitter les parcelles, faute de site de nidification appropriés. Il faudra cependant attendre la fin du cycle de vie de ces abeilles, et donc l'hiver, pour les faire émerger et les identifier.

En Décembre 2020, différents éléments de ces hôtels à insectes ont pu être récupérés et placés en laboratoire, dans des caisses d'émergence. Ce sont des caisses transparentes mises dans une pièce en conditions contrôlée afin simuler les conditions de température et de luminosité du printemps. Deux espèces d'osmies majoritaires ont émergé des matériaux récupérés : l'osmie rousse (*Osmia bicornis*) et l'osmie cornue (*Osmia cornuta*) (figure 18).

Ce sont deux espèces d'abeilles solitaires dont l'émergence est assez précoce. Elles sont souvent utilisées en arboriculture pour polliniser les arbres fruitiers qui fleurissent très tôt dans la saison.

Leur phénologie coïncide donc avec la floraison du cassis et comme elles sont présentes localement dans

les parcelles, elles pourraient avoir un intérêt particulier dans la pollinisation des fleurs du cassissier. De plus, elles sont réputées pour être de meilleures pollinisatrices que l'abeille domestique (*Apis mellifera*), qui serait plus sensibles aux conditions climatiques. En effet, 750 osmies cornues seraient suffisantes pour polliniser 1 hectare d'amandier contre plusieurs milliers d'ouvrières pour les abeilles domestiques (Vicens & Bosch, 2000).

<figure><img src="image_30.png" /><figcaption>Figure 18. Photo d'une osmie rousse (à gauche) et d'une osmie cornue (à droite)</figcaption></figure>

## 2. Impact de la pollinisation sur le rendement

### a) Essais pollinisations manuelles

La quasi absence des pollinisateurs observée en 2018 étant en contradiction avec l'allopollinisation obligatoire communément acceptée pour le « Noir de Bourgogne », nous avons réalisé en 2019 des expériences de pollinisation contrôlée sur des fleurs ensachées : pollinisation au pinceau par du pollen de Royal de Naples, pollinisation par du pollen de Noir de Bourgogne, pollinisation naturelle, absence de pollinisation. Nous avons montré que 1) la réceptivité des fleurs est terminée par la pollinisation : une bonne pollinisation au champ permettrait de limiter la durée de floraison ; ce stade phénologique étant particulièrement sensible au gel, une meilleure pollinisation réduirait la probabilité de dégâts de gel. 2) une pollinisation en excès diminue significativement le taux d'avortement (47% pour le témoin contre 25% seulement pour l'ajout de pollen de RN et de BN) 3) la pollinisation par le Royal de Naples augmente significativement le poids des baies (45 g pour 100 baies par rapport à la pollinisation par le NB ou naturelle 35g pour 100 baies). L'absence de différence entre poids de baies en pollinisation naturelle et par le noir de bourgogne laisse penser que la pollinisation actuelle est principalement effectuée par auto pollinisation ce qui explique des rendements limités à la fois par 1) un taux
d'avortement énorme due à une trop faible quantité de pollen déposé sur les fleurs et par 2) un poids de baie très faible due à la faible qualité de l'auto pollen pour le développement des baies.

Ces résultats expérimentaux ont été obtenus sur une seule parcelle et un petit nombre de plantes. Ils demandent à être étendus sur d'autres parcelles et en situation agricole.

## b) Impact d'une pollinisation en excès de pollinisateurs (bourdons)

En 2019, l'impact d'une bonne pollinisation des fleurs sur le rendement a été montré.

En 2020, nous avons donc voulu tester l'impact d'une pollinisation « maximale », en excès de pollinisateur, afin de quantifier le potentiel manque à gagner pour les producteurs suite à la perte des pollinisateurs sauvages. Pour cela, des colonies de bourdons (Bombus terrestris) ont été achetées et placées sous de grands filets insect-proof avec 11 buissons de cassis (Figure 19) dans 6 parcelles en Côte d'Or et en Saone-et-Loire. Il y avait 1 buisson de Royal de Naples (donneur de pollen) au centre, et 5 buissons de Noir de Bourgogne de chaque côté, variété considérée comme autostérile. Les filets

<figure><img src="image_31.png" /><figcaption>Figure 19. Photo du plan expérimental mis en place avec une colonie de bourdons sous filet insect-proof</figcaption></figure>

insect-proof ont été laissés sur les buissons pendant la durée de la floraison (soit environ 3 semaines), avant d'être retirés pour libérer les bourdons. A environ 50m de ces placettes expérimentales avec les filets et les bourdons, une zone témoin, pollinisée par les auxiliaires locaux naturellement présents, était également suivie. Pour chaque répétition, les 20 centimètres à l'extrémité de 8 branches de Noir de Bourgogne et 5 branches de Royal de Naples ont été marquées à l'aide de ruban et suivis tout au long de la saison (figure 20).

<figure><img src="image_32.png" /><figcaption>Figure 20. Schéma d'une répétition avec l'emplacement du marquage des branches suivies</figcaption></figure>

Nous avons compté et mesuré : le nombre de fleurs maximal en début de saison, le nombre de fleurs ayant produit une baie, le nombre de baies étant arrivé à maturité, le masse des baies, le nombre de graines dans les baies, la quantité de sucre dans les baies, ... ainsi que la masse de toutes les baies récoltées sur un mètre linéaire de buisson, pour simuler le rendement général d'une parcelle en
situation d'excès de pollinisation. Ainsi, au cours de la saison, 12 393 fleurs ont été suivies pour la variété Noir de Bourgogne, et 8 517 pour le Royal de Naples.

<figure><img src="image_33.png" /><figcaption>Figure 21. Proportion de fruits récoltés et avortés entre les différents traitements</figcaption></figure>

Le taux de fructification est le nombre de fleurs qui vont former un fruit. Dans les zones témoin en pollinisation naturelle, seules 39% des fleurs ont donné un fruit récoltable en fin de saison. En présence de bourdons, c'est exactement le double, soit 78% des fleurs suivies qui ont donné un fruit (figure 21). Nous avons ensuite récolté l'ensemble des fruits produit sur un mètre de haie foliaire pour chacune des répétitions des deux traitements.

<figure><img src="image_34.png" /><figcaption>Figure 22. Poids des baies récoltées sur 1m linéaire de buisson en fonction des différents traitements</figcaption></figure>

La pollinisation en excès par les bourdons a permis aux buissons de cassis de produire deux fois plus de baies, mais ces baies étaient également plus grosses, ce qui a, au final, multiplié la récolte moyenne sur les 6 parcelles suivies par 3.5 (p < 10⁻¹⁶ avec un modèle linéaire généralisé suivant une distribution normale avec un effet aléatoire pour les parcelles) (figure 20). Pour avoir un ordre d'idée, 3.1 tonnes par hectare auraient pu être récoltées dans les zones témoin en pollinisation naturelle, ce qui correspond au rendement moyen récolté par les producteurs, contre presque 11 tonnes par hectare avec une pollinisation en excès par les bourdons.

Le taux de fructification a également été mesuré sur la variété Royal de Naples. Dans les zones en pollinisation naturelles, 54% des fleurs ont donné un fruit, alors qu'en situation d'excès de pollinisation, c'est 71% des fleurs qui ont donné un fruit.

En présence d'un excès de pollinisateurs, la production de la variété de cassis Noir de Bourgogne a été multipliée par 3.5 en moyenne en 2021. Ces résultats montrent bien que l'absence d'insectes pollinisateurs dans les parcelles provoque une diminution importante des rendements et donc un manque à gagner pour les producteurs. Par ailleurs, les résultats pour le Royal de Naples montrent que cette augmentation de rendement est aussi valable pour d'autres variétés de cassis, même si elles sont capables de s'autopolliniser.
### c) Essais de pollinisation en conditions réelles (bourdons et osmies)

En 2021, de nouveaux essais de pollinisation ont été mis en place, toujours avec des bourdons, mais cette fois ci, sans le filet insect-proof. Les bourdons ont été laissés en liberté et pouvaient se déplacer à leur guise. De plus, les osmies rousses et cornues ayant été observées dans les parcelles grâce aux hôtels à insectes, nous avons également voulu tester leur efficacité pour polliniser les fleurs de cassissier, toujours sans voile insect-proof.

La distance maximale de dispersion des bourdons pour aller chercher de la nourriture pouvant aller jusqu'à plusieurs kilomètres (Mola & Williams, 2019), nous avons privilégié des parcelles un peu isolées. A l'inverse, les osmies sont connues pour ne se déplacer que très peu autour du lieu où elles ont émergé, pouvant aller jusqu'à une centaine de mètres (Hofmann, Fleischmann & Renner, 2020). Cette faible distance de fouragement nous a permis de tester les 2 espèces d'osmies dans les mêmes parcelles, en plaçant nos répétitions dans différentes endroits de grandes parcelles.

Le protocole mis en place se rapproche de celui de 2020, mais seul le Noir de Bourgogne a été pris en compte. Ainsi, 13 branches ont été marquées pour chaque répétition utilisant des osmies et 17 branches ont été marquées pour les répétitions utilisant les bourdons, avec un gradient de distance allant jusqu'à 30m dans différentes directions. Les branches témoins étaient marquées le plus loin possible des placettes expérimentales.

#### Résultats

Pour les bourdons, nous n'avons trouvé aucune différence significative pour l'ensemble de nos parcelles (figure 23). Cette absence d'effet est sans doute due à leur forte distance de dispersion pour aller chercher de la nourriture. La présence d'un champ de colza ou autre culture ayant une fleur plus appétence que la fleur de cassis les aurait attirés et ils ne seraient pas restés dans les parcelles. Cependant, si on se penche sur certaines parcelles avec un contexte paysager spécifique (entourées de vigne ou aucune autre culture à perte de vue par exemple), les bourdons seraient restés dans les parcelles et auraient également pollinisé nos zones témoins, ce qui expliquerait l'absence d'effet significatif.

<figure><img src="image_35.png" /><figcaption>Figure 23. Masse des baies par mètre cube de buisson en fonction des différents traitements</figcaption></figure>
Les essais avec les deux espèces d'osmies ont été plus concluants. Dans un rayon de 30m autour de la ruche, nous avons pu constater une augmentation du rendement de 40% avec l'ajout d'osmies rousses (Osmia bicornis) et de 18% (Osmia cornuta) avec les osmies cornues (Figure 24).

<figure><img src="image_36.png" /><figcaption>Figure 24. Masse des baies par mètre cube de buisson en fonction des différents traitements</figcaption></figure>

Différentes observations du comportement des pollinisateurs sembleraient montrer que les osmies se nourriraient plus volontiers au centre du buisson alors que les bourdons eux resteraient plutôt sur l'extérieur. Ces données restent toutefois à confirmer, mais cela pourrait dire que pour une pollinisation optimale, il ne faudrait compter sur une diversité de pollinisateurs et non pas sur une seule espèce.

Pour résumer

- Diminution de plus de 99% de l'abondance des pollinisateurs dans les parcelles depuis les années 1980

- Multiplication théorique du rendement par 3.5 en cas de pollinisation en excès

- Augmentation du rendement de 20 à 40% dans un rayon de 30m avec l'ajout de 250 osmies

- Faune auxiliaire présente (bourdons, osmies, andrènes, ...)

- Mais peu nombreuse qui nécessite des aménagements pour recoloniser les parcelles (bandes fleuries, hôtels à insectes, bandes de terre argileuse ou sablonneuse, ...)
Partenaires impliqués : Spiral, CA21, SAYENS, Coopératives de producteurs

Tâche 4. Détection de virus et phytoplasmes

Partenaires impliqués : Spiral, CA21, SAYENS, Coopératives de producteurs

Depuis plus de 40 ans, les cassissiers sont multipliés en Bourgogne-Franche-Comté par bouturage classique, avec le risque de propagation de maladies. Certains virus et phytoplasmes présents dans les tissus végétaux peuvent induire des maladies ou des pertes de rendement (Islam et al. 2017, Namba 2019). On peut donc se demander si de tels organismes sont présents dans les cassissiers cultivés en Bourgogne-Franche-Comté et s'ils peuvent être en partie responsables des faibles rendements de la variété Noir de Bourgogne.

Dans la littérature internationale, 13 virus à ARN et 1 virus à ADN ont été identifiés chez le cassissier. Nous avons donc recherché ces virus par RT-PCR et PCR, respectivement grâce à des amorces PCR publiées. Nous avons également recherché la présence de 3 virus liés au framboisier. La présence de virus est révélée par des bandes après électrophorèse des produits PCR sur gel d'agarose, comme le montre un exemple en figure 25.

<figure><img src="image_37.png" /><figcaption>Figure 25. Détection du virus latent du cassissier par RT-PCR dans des feuilles de cassissier prélevées de la parcelle 1 (1, 2) et de la parcelle 2 (3, 4). Les bandes correspondant à un test positif sont indiquées par des flèches. E : Echelle de poids moléculaire, T : témoin négatif.</figcaption></figure>

Les tests ont été réalisés sur différents échantillons de feuilles prélevées sur deux parcelles ainsi que sur la collection de SAYENS située à Agronov et la collection de plants mères des Laboratoires SPIRAL cultivés sous serre (voir section suivante). Parmi ces échantillons, seuls des buissons situés sur la parcelle 2 présentent des symptômes pouvant indiquer la présence de virus (Figure 4). En particulier, on peut observer des jaunissements (Figure 4A) ou des décolorations (Figure 4B) de certaines zones des feuilles.
<figure><img src="image_38.png" /><figcaption>Figure 26. Symptômes observés sur la parcelle de cassissiers 2 pouvant être liés à la présence de virus, avec des jaunissements (A) ou des décolorations (B) de certaines zones des feuilles au niveau de la variété Noir de Bourgogne.</figcaption></figure>

Au total, sur les 17 virus testés, 5 ont donné une réponse positive :

- Un virus proche de la réversion du cassissier (BRV)

- Virus X du kiwi

- Virus de la chlorose foliaire du cassissier (BCLaV)

- Virus du rabougrissement du framboisier (RBDV)

- Virus latent du framboisier (RpLV)

Les virus sont essentiellement détectés dans les parcelles ainsi que sur certaines variétés ou clones des collections de SAYENS et des Laboratoires SPIRAL. Un lien semble exister entre les symptômes observés et la présence de certains virus, notamment le virus proche du BRV et le RBDV.

Ainsi, les résultats obtenus sur les parcelles et dans la collection de SAYENS indiquent bien que les variétés bourguignonnes sont infectées par des virus. Un séquençage complètera cette étude pour l'identification précise des virus impliqués. Cela montre que l'état sanitaire des plants n'est pas optimal et que l'assainissement des plants ne peut être que bénéfique.

En revanche, les phytoplasmes n'ont été détectés dans aucun échantillon en utilisant les amorces PCR définies par Christensen et al. (2013).
# Tache 5 Culture de méristèmes, régénération et contrôle des plants

Partenaires impliqués : Spiral, Coopératives de producteurs

Une collection de plants mères en pots a été établie sous serre aux Laboratoires SPIRAL à partir de boutures fournies par les producteurs. Cela inclut la variété Royal de Naples et quatre clones de Noir de Bourgogne. Des plants ont également été installés en pots à l'extérieur, représentant un total de 115 plants. En plus, 5 cassissiers sauvages ont été fournis par le CNRS.

L'assainissement des plants implique la désinfection de bourgeons, leur dissection pour l'isolement de méristèmes sous loupe binoculaire, la régénération et la multiplication des plants in vitro, leur enracinement in vitro et finalement leur acclimatation en serre (Figure 5). Les plants sont alors cultivés pour reconstituer des plants mères pour les pépiniéristes pour produire des boutures assainies.

<figure><img src="image_39.png" /><figcaption>Figure 27. Schéma d'assainissement des cassissiers par culture de méristèmes. Des bourgeons sont isolés à partir des plants mères de différentes variétés puis sont désinfectés et disséqués pour isoler des méristèmes. Les méristèmes sont ensuite mis en culture in vitro pour leur régénération et la multiplication des plants. Les plants sont ensuite enracinés in vitro puis acclimatés en serre pour constituer des plants mères pour les pépiniéristes producteurs de plants.</figcaption></figure>

Il a été nécessaire d'optimiser toutes les étapes du processus de production mais à la fin, il a été possible d'acclimater une trentaine de plants à partir des variétés Noir de Bourgogne et de Royal de Naples qui seront fournis à l'Association des Acteurs du Cassis courant 2022 pour la production de boutures saines. D'autres plants sont encore en multiplication in vitro pour une acclimatation au printemps 2022.

Des feuilles ont été prélevées sur deux jeunes plants après acclimatation. Les tests par RT-PCR ont montré l'absence de virus dans ces plants. Ces tests devront être réalisés sur l'ensemble des plants issus de l'acclimatation pour vérifier l'efficacité de l'assainissement.
# AXE 3 : AMÉLIORATION VARIETALE DU NOIR DE BOURGOGNE :

Partenaires impliqués : SAYENS, Spiral, L'Institut Agro Dijon, CNRS, CA21, Coopératives de producteurs, Liquoristes

L'un des axes de travail du projet PEI pour la pérennisation de la production du Noir de Bourgogne est la relance d'un programme d'amélioration variétale en vue de pallier les problématiques culturales régionales. Ses objectifs principaux sont, d'une part, la recherche et l'introduction de résistances aux maladies et ravageurs notamment la cochenille ainsi que l'amélioration de l'auto fertilité ; et d'autre part le maintien d'un rendement satisfaisant et des propriétés aromatiques et antioxydantes du cultivar. L'INRA d'Angers a longtemps travaillé sur la sélection variétale du cassis. Parmi les nouvelles variétés obtenues, certaines sont issues de croisements avec Noir de Bourgogne et beaucoup plus résistantes aux maladies. Elles ne sont toutefois pas adaptées à la fabrication de crème, ne possédant pas les qualités organoleptiques requises. L'INRA d'Angers a cessé les recherches sur le cassis depuis 2009 et sa collection de ressources génétiques de cassissiers (Ribes nigrum) et groseilliers (Ribes rubrum) a été transférée sur une parcelle au niveau de la technopole AgrOnov à Bretenière, sous l'égide de la SATT SAYENS.

Au total, ce conservatoire se compose de 84 variétés de cassis à fruits, 27 variétés de cassis à bourgeons et 36 variétés de groseillers (Tableau 4 et figure 28).

<figure><img src="image_40.png" /><figcaption>Figure 28. Cassissiers à fruits. Collection de cassissiers et groseillers de SAYENS. Agronov, Bretenière.</figcaption></figure>
<table><caption>Tableau 4. Liste des 84 variétés de cassissiers à fruits disponibles dans la collection d'AgrOnov. Sont aussi précisés les noms des clones correspondants, leur pedigree (ascendance) si connu et le pays d'origine. Les variétés génotypées durant le projet sont indiquées par un fond gris avec l'identifiant (ID) de leur ADN.</caption><thead><tr><th></th><th>Variété</th><th>Clone</th><th>ID</th><th>Pedigree</th><th>Pays d'origine</th></tr></thead><tbody><tr><td rowspan="21">VARIÉTÉS ANCIENNES</td><td>Coronet</td><td>N 020-1</td><td>01</td><td>R. ussuriense X Kerry (R. nigrum)</td><td>Canada</td></tr><tr><td>French</td><td>N 033-3 G</td><td>02</td><td></td><td>France</td></tr><tr><td>Merveille Gironde</td><td>N 051-3</td><td></td><td></td><td>France</td></tr><tr><td>Bang Up</td><td>N 081</td><td>03</td><td></td><td>Royaume-Uni</td></tr><tr><td>Mitchourin 164</td><td>N 128</td><td>04</td><td></td><td>Russie</td></tr><tr><td>Ontario Climax</td><td>N 129</td><td></td><td>Autofécondation Black Naples</td><td>Canada</td></tr><tr><td>Tenah</td><td>N 140</td><td></td><td>Sélection R. nigrum</td><td>Pays-Bas</td></tr><tr><td>Ben Lomond</td><td>N 156</td><td></td><td>(Consort × Magnus) X (Brodtorp × Jaslunda)</td><td>Ecosse</td></tr><tr><td>Blackdown</td><td>N 158</td><td>05</td><td>Baldwin X Brodtorp</td><td>Angleterre</td></tr><tr><td>Pobjeda</td><td>N 164</td><td>06</td><td>Goliath X Seyanec iz biiska</td><td>Russie</td></tr><tr><td>Lissil</td><td>N 173</td><td></td><td>Sélection R. nigrum</td><td>Allemagne</td></tr><tr><td>Bogatyr</td><td>N 197</td><td>07</td><td>Neosypayushchayasya X Goliath</td><td>Russie</td></tr><tr><td>Titania</td><td>N 227-1</td><td>08</td><td>Altayskaya Desertnaya X (Consort × Kajanin Musta)</td><td>Suède</td></tr><tr><td>Ben Tirran</td><td>N 245</td><td>09</td><td>Ben Lomond X (Seabrook's Black x Amos Black x Ribes sp)</td><td>Ecosse</td></tr><tr><td>Ben Alder</td><td>N 247</td><td>10</td><td>(Goliath × Ojebyn) X Ben Lomond</td><td>Ecosse</td></tr><tr><td>Noir de Bourgogne</td><td>N 365</td><td>11</td><td>Sélection R. nigrum</td><td>France</td></tr><tr><td>Raven</td><td>N 058-1</td><td>12</td><td>Sélection R. nigrum</td><td>Royaume-Uni</td></tr><tr><td>Roodnop</td><td>N 059-1</td><td></td><td></td><td>Pays-Bas</td></tr><tr><td>Rosenthal</td><td>N061-1</td><td>13</td><td>Sélection R. nigrum</td><td>Pays-Bas</td></tr><tr><td>Seabrook's Black</td><td>N 065-2D</td><td>14</td><td></td><td>Royaume-Uni</td></tr><tr><td>Tinker</td><td>N 069</td><td>15</td><td></td><td>Royaume-Uni</td></tr><tr><td>Champion</td><td>N 086</td><td></td><td>Sélection R. nigrum</td><td>Royaume-Uni</td></tr><tr><td>Tor Cross</td><td>N 090-2</td><td></td><td></td><td>Royaume-Uni</td></tr><tr><td>Royal de Naples</td><td>N 094</td><td>16</td><td>Sélection R. nigrum</td><td>France</td></tr><tr><td>Golubka</td><td>N 116</td><td>17</td><td>(Sanders X Primorskij Champion) ; dérivé de R. dikuscha</td><td>Russie</td></tr><tr><td>Pamjat Michurina</td><td>N 117</td><td></td><td></td><td>Russie</td></tr><tr><td>Coulter Mains</td><td>N 122</td><td>18</td><td></td><td>Royaume-Uni</td></tr><tr><td>Mitchourin 86</td><td>N 127</td><td></td><td></td><td>Russie</td></tr><tr><td>Mutant Noir</td><td>N 150</td><td>19</td><td>Mutant de Noir de Bourgogne</td><td>France</td></tr><tr><td>Delur</td><td>N 152</td><td>20</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Record</td><td>N 153</td><td></td><td></td><td>Roumanie</td></tr><tr><td>Nachoka</td><td>N 167</td><td></td><td></td><td>Russie</td></tr><tr><td>Invigo</td><td>N 172</td><td>21</td><td>Goliath en pollinisation libre</td><td>Allemagne</td></tr><tr><td>Meitgo</td><td>N 175</td><td></td><td></td><td>Allemagne</td></tr><tr><td>Ojebyn</td><td>N 181</td><td>22</td><td>Sélection R. nigrum</td><td>Suède</td></tr><tr><td>Stella 2</td><td>N 184</td><td>23</td><td>Erkheikki X Boskoop Giant</td><td>Suède</td></tr><tr><td>Barchatnaia</td><td>N 194</td><td>24</td><td></td><td>Russie</td></tr><tr><td>L Blaarodnaia</td><td>N 207</td><td>25</td><td></td><td>Russie</td></tr><tr><td>Lositkia</td><td>N 208</td><td>26</td><td></td><td>Hongrie</td></tr><tr><td>Silvergieter</td><td>N 212</td><td>27</td><td></td><td>Allemagne</td></tr><tr><td>Titania bis</td><td>N 227-1</td><td></td><td>Altayskaya Desertnaya X (Consort × Kajanin Musta)</td><td>Suède</td></tr><tr><td>Leandra</td><td>N 238</td><td>28</td><td></td><td>Pays-Bas</td></tr><tr><td>Ben Sarek</td><td>N 239</td><td>29</td><td>Goliath X Ojebyn en pollinisation libre</td><td>Ecosse</td></tr></tbody></table>
<table><tbody><tr><td rowspan="24">VARIETES INRA</td><td>88-10-075</td><td>N 585</td><td>Andega X (Noir de Bourgogne x Sunderbyn)</td><td>France</td></tr><tr><td>88-07-042</td><td>N 588</td><td>Royal de Naples X (Noir de Bourgogne x Synderbyn)</td><td>France</td></tr><tr><td>88-04-013</td><td>N 589</td><td>30 (Noir de Bourgogne x Sunderbyn) X Slitsa</td><td>France</td></tr><tr><td>88-04-181</td><td>N 595</td><td>31 (Noir de Bourgogne x Sunderbyn) X Slitsa</td><td>France</td></tr><tr><td>88-02-171</td><td>N 597</td><td>(Noir de Bourgogne x Sunderbyn) X Tenah</td><td>France</td></tr><tr><td>88-02-185</td><td>N 601</td><td>(Noir de Bourgogne x Sunderbyn) X Tsema</td><td>France</td></tr><tr><td>88-02-160</td><td>N 602</td><td>32 (Noir de Bourgogne x Sunderbyn) X Tsema</td><td>France</td></tr><tr><td>89-06-174</td><td>N 613</td><td>33 (hybride complexe x Sunderbyn) X Hybride complexe</td><td>France</td></tr><tr><td>89-06-142</td><td>N 616</td><td>34 (hybride complexe x Sunderbyn) X Hybride complexe</td><td>France</td></tr><tr><td>89-06-092</td><td>N 617</td><td>35 (Hybride complexe x Sunderbyn) X Hybride complexe</td><td>France</td></tr><tr><td>Andega</td><td>N 242</td><td>36 Noir de Bourgogne X Ojebyn</td><td>France</td></tr><tr><td>Andorine</td><td>N 261</td><td>37 Ojebyn X Blackdown en pollinisation libre</td><td>France</td></tr><tr><td>Andelène</td><td>N 380</td><td>38 Noir de Bourgogne X Hybride complexe</td><td>France</td></tr><tr><td>Oj 10-5</td><td>N 306</td><td></td><td>France</td></tr><tr><td>Oj 3-3</td><td>N 312</td><td></td><td>France</td></tr><tr><td>82-24-085</td><td>N 378</td><td>Ojebyn X Hybride complexe en pollinisation libre</td><td>France</td></tr><tr><td>88-07-087</td><td>N 517</td><td>Royal de Naples X (Noir de Bourgogne x Sunderbyn)</td><td>France</td></tr><tr><td>82-16-079</td><td>N 523</td><td>Noir de Bourgogne X Hybride complexe</td><td>France</td></tr><tr><td>Burga</td><td>N 185</td><td>39 Mutant de Noir de Bourgogne</td><td>France</td></tr><tr><td>Troll</td><td>N 240</td><td>40 Tsema X Blackdown</td><td>France</td></tr><tr><td>Tifon</td><td>N 241</td><td>41 Ojebyn X Tsema</td><td>France</td></tr><tr><td>Oj 5-3</td><td>N 276</td><td>42</td><td>France</td></tr><tr><td>Oj Oj 77</td><td>N 322</td><td>43</td><td>France</td></tr><tr><td rowspan="6">VARIETES SOUS LICENCE D'EXPERIMENTATION</td><td>Tiben</td><td>N 644</td><td>44 Titania X Ben Nevis</td><td>Pologne</td></tr><tr><td>Tisel</td><td>N 645</td><td>45 Autofécondation Titania</td><td>Pologne</td></tr><tr><td>PC 73</td><td>N 646</td><td>46</td><td>Pologne</td></tr><tr><td>PC 110</td><td>N 648</td><td>47</td><td>Pologne</td></tr><tr><td>Tines</td><td>N 649</td><td>48 Titania X Ben Nevis</td><td>Pologne</td></tr><tr><td>Viola</td><td>N 570</td><td>Silvergieter X Holandsky Cerny</td><td>Royaume-Uni</td></tr><tr><td rowspan="10">VARIETES CHAMBRE D'AGRICULTURE</td><td>Foxendown</td><td>N 637</td><td>Ben Lomond X (BC3 R. uva-crispa x BC2 R. glutinosum)</td><td>Angleterre</td></tr><tr><td></td><td>N 280</td><td></td><td>France</td></tr><tr><td></td><td>N 625</td><td></td><td>France</td></tr><tr><td></td><td>N 655</td><td></td><td>France</td></tr><tr><td></td><td>N 658</td><td></td><td>France</td></tr><tr><td></td><td>N 663</td><td></td><td>France</td></tr><tr><td></td><td>N 665</td><td></td><td>France</td></tr><tr><td></td><td>N 669</td><td></td><td>France</td></tr><tr><td></td><td>N 677</td><td></td><td>France</td></tr><tr><td></td><td>N 685</td><td></td><td>France</td></tr><tr><td rowspan="2">VARIETES POLONAISES</td><td></td><td>PC 173</td><td></td><td>Pologne</td></tr><tr><td></td><td>PC 425</td><td>Titania X Ben Hope</td><td>Pologne</td></tr></tbody></table>
Au niveau international, des équipes de recherche travaillent également sur la caractérisation
ou l'amélioration de variétés de Ribes sp., en Suède (Vagiri et al., 2013), en Italie (Cavanna et al., 2009
; Palmieri et al., 2013), en Pologne (Pluta et al., 2012), en Biélorussie (Mezhnina, Urbanovich, 2017),
en Russie (Pikunova et al., 2015). La sélection est notamment active au Royaume-Uni (Ecosse, James
Hutton Institute). Comme beaucoup d'espèces ligneuses pérennes, le temps de génération du
cassissier est long et le taux d'hétérozygotie est élevé, il est donc très important de développer des
outils de sélection assistée par marqueurs pour réduire le temps de développement de génotypes
d'intérêt. A l'instar des autres espèces du genre Ribes, le cassissier est diploïde (2n = 2x = 16) avec un
génome de taille avoisinant 950 Mb (Chiche et al., 2003) encore non séquencé. L'équipe écossaise
(Brennan et al., 2008) a publié pour la première fois une carte génétique de Ribes nigrum en utilisant
des marqueurs AFLP (107 positionnés), SSR (43 positionnés) et SNP (16 positionnés), avec une analyse
de liaison sur une population en ségrégation (SCRI 9328) issue du croisement de deux clones différents
de cassis. La même équipe (Russell et al., 2014) a amélioré la densité de la carte génétique par GbS
(Genotyping by Sequencing) et caractérisé 8 groupes de liaison (qui correspondraient aux 8
chromosomes du génome haploïde), contenant chacun jusqu'à 204 SNPs (figures 29 et 30).

Afin de lancer le programme d'amélioration du cassis en Bourgogne, il est d'abord
indispensable de mieux caractériser la collection variétale présente sur le site d'AgrOnov et les
différents clones de Noir de Bourgogne existants chez les producteurs. Pour cela, des notations ont
été faites sur la collection, notamment la sensibilité aux maladies et ravageurs (oïdium, anthracnose,
rouille et cochenille), la phénologie, le phénomène de coulure, le rendement et les qualités
organoleptiques.
<figure><img src="image_41.png" /><figcaption>Figure 29. Carte génétique de Ribes nigrum établie par Russel et al. (2014) sur la population SCRI 9328. Groupes de liaison 1 à 4. Sont positionnés des marqueurs SNP, AFLP et microsatellites (SSR). Les 44 marqueurs SSR cartographiés sont encadrés en orange, les 11 marqueurs utilisés dans le projet PEI sont surlignés en jaune.</figcaption></figure>
<figure><img src="image_42.png" /></figure>

<figure><img src="image_43.png" /></figure>

<figure><img src="image_44.png" /></figure>

<figure><img src="image_45.png" /><figcaption>Figure 30. Carte génétique de Ribes nigrum établie par Russel et al. (2014) sur la population SCRI 9328. Groupes de liaison 5 à 8. Sont positionnés des marqueurs SNP, AFLP et microsatellites (SSR). Les 44 marqueurs SSR cartographiés sont encadrés en orange, les 11 marqueurs utilisés dans le projet PEI sont surlignés en jaune</figcaption></figure>
# Tâche 6. Caractérisation de la collection de cassissiers, des hybrides INRA et des différents clones de Noir de Bourgogne :

Partenaires impliqués : SAYENS, Spiral, CA21, CNRS, Coopératives de producteurs

## 1. Recherche de variabilité génétique :

### Matériel végétal

#### Collection de cassissiers de SAYENS :

Toute la collection de Ribes sp. (147 accessions) a été réimplantée en 2015 sur un autre emplacement au niveau du même site d'AgrOnov à Bretenières, suite à des travaux de viabilisation de l'emplacement de la collection de départ transférée par l'INRA d'Angers en 2009. Les variétés de cassis étudiées ici sont exclusivement celles à fruits et sont 84 au total au niveau du conservatoire d'AgrOnov (Tableau 4). Elles sont originaires de différents pays des quatre grandes régions de culture du cassis dans le monde : Europe de l'Ouest (60), Europe de l'Est (18), Scandinavie (4) et Amérique du Nord (2). Chaque accession est représentée par trois pieds (plants). Les variétés dites anciennes (dans le tableau) sont des cultivars traditionnels qui ne sont plus protégés aujourd'hui par un COV. Certaines variétés sont sous numéro provenant du programme de sélection de l'INRA d'Angers. La chambre d'agriculture régionale a aussi introduit des clones répertoriés chez les agriculteurs (Tableau II). Le génotypage a été effectué sur une sélection de 48 variétés de cassissiers à fruits de la collection, choisie notamment sur la base des notations de sensibilité aux maladies et à la cochenille et en veillant à inclure différents pays d'origine. Les analyses ont été faites sur deux réplicas biologiques (deux plants par variété). Trois bourgeons foliaires par plant ont été prélevés et conservés au congélateur à -20°C jusqu'à l'extraction d'ADN.

#### Cassis sauvage

Deux populations ont été herborisées par Armelle Gollotte (SPIRAL) et Marie-Charlotte Anstett (CNRS) en 2019 (Bourgogne Franche-Comté et Champagne ...) et l'extraction d'ADN a été réalisée par SAYENS. Ces cassis peuvent être intéressants pour apporter de la diversité génétique, en particulier pour la résistance aux maladies, en particulier fongiques (ils poussent en zones humides). La cochenille n'a pas été trouvée en milieu naturel. Ils sont mycorhizés. L'odeur de leurs feuilles est différente de celle des cassis cultivés, moins agréable, un peu « insecte écrasé ».

#### James Hutton Institute (Ecosse)

Un échange de variétés entre le James Hutton Institute (Dorota Jarret) et SAYENS a eu lieu avec l'envoi de boutures Noir de Bourgogne en Mars et la réception de 5 Variétés le 22 Novembre 2019 : 4 boutures de 5 variétés :

- Ben Finlay

- Ben Hope

- Hedda

- JHL S10-2-27/28

- JHL S36-1-100
Les deux dernières variétés sous numéros sont les parents de la carte génétique établie par le James Hutton Institut. Des dizaines de marqueurs sont connus pour ces parents et leur descendance. Nous espérons trouver un de ces parents sensible à la cochenille et l'autre résistant. Dans ce cas, nous pouvons espérer trouver un marqueur de résistance à la cochenille en étudiant conjointement la ségrégation des marqueurs et des notations de résistance à la cochenille dans la descendance d'un croisement entre ces deux variétés.

Ces variétés ont été rempotées et implantées sur la collection de SAYENS à Agronov, ainsi que chez Florent Baillard (Socofruits, Merceuil).

## 2. Génotypage :

### Méthodes

#### Extraction d'ADN

Tout d'abord, les écailles et la bourre des bourgeons prélevés ont été enlevées afin de ne conserver que les jeunes feuilles présentes à l'intérieur. Il est essentiel d'éliminer les parties riches en polyphénols situées sur les parties externes qui bloquent la réaction PCR. Toutes les extractions ont été réalisées avec le kit Dneasy (Miniplant kit, Qiagen, Venlo, Pays-Bas) selon le protocole recommandé par le fabricant. Les échantillons d'ADN ont été dilués pour obtenir une concentration finale de 10 ng/µL.

#### Amplification des SSR et électrophorèse capillaire

Onze paires d'amorces spécifiques de SSR disponibles sur http://www.fruitbreeding.co.uk/RibesGenomicsSSRs.asp ont été exploitées pour le génotypage de la collection (Tableau III).

<table><caption>Tableau 5. Liste des 11 marqueurs SSR génotypés chez 48 variétés de cassis de la collection. Sont précisés leurs groupes de liaison correspondants et les amorces pour l'amplification PCR</caption><thead><tr><td>SSR</td><td>Groupe de liaison</td><td>Amorce Forward (5'→3')</td><td>Amorce Reverse (5'→3')</td></tr></thead><tbody><tr><td>g1-K04</td><td>LG1</td><td>TGT TCC CTG TTT CCT TCA AAA</td><td>GGA CGT GGA CGA TGA GAG TT</td></tr><tr><td>e1-O20</td><td>LG1</td><td>CAT TGC TTG AAG TTG AAC ACA</td><td>CGA CAG GTT CTT GCC TTA GC</td></tr><tr><td>gr2-J05</td><td>LG1</td><td>CAA AAC TGA TTA GGG GAT CA</td><td>TTT GAA GAA GAG ATG GCG AAA</td></tr><tr><td>g2-J08 F</td><td>LG2</td><td>CGC CGA GCT CTA ATC ACT GT</td><td>ATA GCC CAT GCC CAT ATT CA</td></tr><tr><td>e4-D03</td><td>LG3</td><td>CCC AAA AGC AAA TTT AGG GT</td><td>GTG AGG CAT GGA ACC ACT TT</td></tr><tr><td>e1-O21</td><td>LG4</td><td>TCT CTC CAA CTG AGA AGG AAA A</td><td>GAT TTG TTC TTG TGC AGC GA</td></tr><tr><td>g2-L17</td><td>LG4</td><td>TTT GGA AAA CCT CCC CTT TT</td><td>GAG CTG TTG CTG TTG CCA TA</td></tr><tr><td>g2-H21</td><td>LG4</td><td>TGC CCT TTT TGG TCA TTT TC</td><td>CAA TCG TCG ATG AAG GTC TG</td></tr><tr><td>e3-B02</td><td>LG5</td><td>AAG ACG AAG ACG ACG AT</td><td>CTG ATC TTT GCC GAA TGG TT</td></tr><tr><td>g1-I02</td><td>LG6</td><td>TGA ATA TCA GAC CGC CAT CA</td><td>TCC AAG ATG AAG CTT CTC AAA TC</td></tr><tr><td>g2-G12</td><td>LG7</td><td>GTG ACC CAC CTA AAC CGT CC</td><td>GGA GTG GAG GGT TGG AAA AT</td></tr></tbody></table>

Des plaques PCR 96 puits (Applied Biosystems, Foster City, USA) ont été utilisées. 5µL d'ADN (10 ng/µL) ont été déposés par puits. Pour un volume final de 20 µL, le mélange réactionnel est composé de
15,85µL d'eau UHQ ; 2,5µL de tampon de réaction 10X NEB (New England Biolabs, Ipswich, MA, USA); 0,5 µL de dNTPs 10 mM (NEB) ; 0,5µL de chaque amorce 10 mM (forward et reverse) et 0,15µL de Taq Polymérase (NEB). Le programme PCR utilisé pour tous les SSR est: 95°C 5mn, 35 cycles de (95°C 30s, 52°C 45s, 68°C 1mn), 68°C 1mn. Une première PCR sur 6 échantillons d'ADN a été réalisée pour vérifier la qualité des amplifications par électrophorèse sur gel d'agarose 1,5% et révélation au gel GelRed® sous UV.

<figure><img src="image_46.png" /><figcaption>Figure 31. Résultats d'électrophorèses sur gels d'agarose des produits PCR avec 5 marqueurs SSR pour 6 échantillons d'ADN.</figcaption></figure>

Pour le génotypage par électrophorèse capillaire, une amorce forward marquée pour chaque SSR au 6-FAM (Eurofins Genomics, Ebersberg, Allemagne) a été utilisée en PCR. Cette étape d'électrophorèse capillaire a été effectuée au niveau de la plateforme GENTYANE rattachée au Département Biologie et Amélioration des Plantes (BAP) à l'INRA, centre Clermont-Theix. Les données alléliques ont été extraites et traitées par le logiciel GeneMapper 2.0 (Applied Biosystems). Les résultats du génotypage SSR ont été analysés avec le logiciel DARwin (http://darwin.cirad.fr/) afin de construire un phénogramme de la collection (48 variétés) par la méthode du Neighbor-Joining. Celle-ci est basée sur le calcul des distances de dissimilarité allélique (d) entre les accessions : $d_{ij} = 1 - (\frac{1}{L}\sum_{l=1}^{L}\frac{m_l}{\pi})$ avec d$_{ij}$: Dissimilarité entre les unités (variétés) i et j ; L: Nombre de loci (SSR) ; π: Ploïdie ; m$_{l}$: Nombre d'allèles similaires pour le locus l.

## Résultats

En 2018, 2 x 48 variétés présélectionnées dans la collection ont été génotypées par SAYENS avec 6 marqueurs microsatellites développés par le James Hutton Institut. Ces 6 marqueurs ont généré 40 bandes polymorphes. Une matrice d'absence/présence des bandes a été construite. Elle permet de différencier l'ensemble des variétés entre elles sauf un groupe de variétés sous numéros INRA. Un arbre de diversité génétique a été réalisé à partir de cette matrice (non présenté ici).

En 2019, la question est posée de savoir si le clone Noir de Bourgogne N365 et le même que le 53-1-G largement présent dans les exploitations bourguignonnes, Fabrice Ecalle (CA21) ayant ajouté cette année un panel de clones de Noir de Bourgogne à la collection, il est suggéré de génotyper également ces clones avec les marqueurs.
<table><caption>Tableau 6. Extrait de la matrice de présence/absence des bandes polymorphes des marqueurs SSR g2-J08, e3-B02, e4-D03 pour les variétés 'Noir de Bourgogne', 'French', 'Seabrock's black', 'Burga' ainsi que les 4 clones provenant de la collection de cassissiers.</caption><thead><tr><th rowspan="3">Variétés à comparer</th><th colspan="12">Marqueurs</th></tr><tr><th colspan="4">g2-J08</th><th colspan="4">e3-B02</th><th colspan="4">e4-D03</th></tr><tr><th>156 pb</th><th>158 pb</th><th>160 pb</th><th>162 pb</th><th>162 pb</th><th>164 pb</th><th>167 pb</th><th>196 pb</th><th>200 pb</th><th>202 pb</th><th>208 pb</th><th>210 pb</th><th>214 pb</th><th>216 pb</th><th>218 pb</th><th>220 pb</th><th>228 pb</th><th>238 pb</th><th>244 pb</th></tr></thead><tbody><tr><td>Noir de Bourgogne (365)</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>French (02)</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>Seabrock's Black (14)</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>Burga (39)</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>Clones</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>21-29 A</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>21-29 B</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>365 A</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>365 B</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>21-64 A</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>21-64 B</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>23-08 A</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>23-08 B</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr></tbody></table>

Le génotype de ces quatre clones provenant de la collection de cassissiers n'avait pas été déterminé car ils ont été ajoutés à la collection seulement fin 2018. Ils ont été comparés avec les variétés 'French', 'Seabrock's Black', 'Burga' et 'Noir de Bourgogne'. L'ensemble des clones présentent le même profil que le 'Noir de Bourgogne'. Il n'y a donc pas de diversité clonale avec ces marqueurs. La différence génotypique chez 'Burga', 'French' et 'Seabrock's' n'étant pas été détectée, de nouveaux marqueurs moléculaires seront utilisés.

En 2019, SAYENS a poursuivi l'étude de diversité génétique. Un nouvel arbre de diversité génétique a été obtenue, sur 48 variétés de la collection, grâce à 11 marqueurs microsatellite. Les variétés utilisées en croisement, résistantes à la cochenille, sont réparties sur des branches éloignées de celle du Noir de Bourgogne et ne sont donc pas très proches génétiquement.

<table><caption>Tableau 7. Synthèse des données alléliques issues du dénotypage de 48 variétés de cassissier de la collection, avec 11 marqueurs SSR.</caption><thead><tr><th>SSR</th><th>Groupe de liaison</th><th>Position (cM)</th><th>Nombre de génotypes</th><th>Hétérozygotie observée</th><th>Nombre d'allèles</th><th colspan="12">Allèles (pb)</th></tr></thead><tbody><tr><td>g1-K04</td><td>LG1</td><td>40</td><td>5</td><td>0.52</td><td>4</td><td>280</td><td>288</td><td>290</td><td>294</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>e1-O20</td><td>LG1</td><td>46</td><td>5</td><td>0.52</td><td>4</td><td>185</td><td>191</td><td>195</td><td>197</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>gr2-J05</td><td>LG1</td><td>47</td><td>4</td><td>0.57</td><td>4</td><td>157</td><td>177</td><td>181</td><td>187</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>g2-J08</td><td>LG2</td><td>55</td><td>5</td><td>0.58</td><td>4</td><td>156</td><td>158</td><td>160</td><td>162</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>e4-D03</td><td>LG3</td><td>0</td><td>18</td><td>0.79</td><td>13</td><td>196</td><td>198</td><td>200</td><td>202</td><td>208</td><td>210</td><td>214</td><td>216</td><td>218</td><td>220</td><td>228</td><td>238</td><td>244</td><td></td></tr><tr><td>e1-O21</td><td>LG4</td><td>62</td><td>4</td><td>0.42</td><td>3</td><td>284</td><td>287</td><td>290</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>g2-L17</td><td>LG4</td><td>62</td><td>9</td><td>0.42</td><td>7</td><td>142</td><td>144</td><td>150</td><td>156</td><td>162</td><td>164</td><td>166</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>g2-H21</td><td>LG4</td><td>64</td><td>3</td><td>0.29</td><td>2</td><td>241</td><td>243</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>e3-B02</td><td>LG5</td><td>7</td><td>6</td><td>0.58</td><td>3</td><td>162</td><td>164</td><td>166</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>g1-I02</td><td>LG6</td><td>17</td><td>4</td><td>0.83</td><td>4</td><td>198</td><td>200</td><td>202</td><td>204</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>g2-G12</td><td>LG7</td><td>69</td><td>15</td><td>0.85</td><td>9</td><td>166</td><td>172</td><td>176</td><td>180</td><td>182</td><td>184</td><td>186</td><td>188</td><td>190</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>Moyenne</td><td></td><td></td><td></td><td>0.59</td><td>6</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>
<figure><img src="image_47.png" /><figcaption>Figure 32. Arbre dissimilarité génétique, logiciel Darwin, méthode Neighbor Joining non pondérée. Février 2020. 48 variétés de la collection SAYENS + 6 Cassis sauvages (vert) + 5 nouvelles accessions écossaises rouge). Le Noir de Bourgogne est en violet, les variétés écossaises déjà présentes sur la collection en orange. Les variétés ayant servi de parents dans les croisements sont indiquées par une étoile.</figcaption></figure>
La recherche de marqueurs liés à des caractères agronomiques a montré qu'un marqueur e1021 pourrait être lié à la résistance à l'anthracnose.

<table><caption>Tableau 8. Répartition des différents allèles du marqueur SSR e1021 dans 48 variétés de la collection de cassissiers de SAYENS, en fonction de la note d'anthracnose (0 = pas de symptômes, 4 = sensibilité accrue à l'anthracnose, symptômes très importants).</caption><thead><tr><th>Unit</th><th>Anthracnose</th><th>e1021_284</th><th>e1021_287</th><th>e1021_290</th></tr></thead><tbody><tr><td>13A Rosenthal</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>24B Barchatnaia</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>26B Lositkia</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>40B Troll</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>48B Tines</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>9A Ben tirran</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>35B 89-06-192</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>23A Stella 2</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>10B Ben alder</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>1A Coronet</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>8B Titania</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>28B Leandra</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>29A Ben sarek</td><td>1</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>46A PC 73</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>47B PC 110</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>22B Ojebyn</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>25A L Blaarodnaia</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>43A Oj Oj 77</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td></tr><tr><td>34B 89-06-142</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>33A 89-06-174</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>42A Oj 5-3</td><td>1,5</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>36B Andega</td><td>1,5</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>15A Tinker</td><td>1,5</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>44A Tiben</td><td>2</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>2B French</td><td>2</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>14B Seabrook's black</td><td>2</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>17A Golubka</td><td>2</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>31A 88-04-181</td><td>2</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>7A Bogatyr</td><td>2</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>19A Mutant noir</td><td>2</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>37B Andorine</td><td>2</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>32B 88-02-160</td><td>2</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>20B Delur</td><td>2</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>27A Silvergieter</td><td>2</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>38B Andelène</td><td>2</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td></tr><tr><td>11A noir de B</td><td>3</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>4B Mitchourin 164</td><td>3</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>39B Burga</td><td>3</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>12B Raven</td><td>3</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>18B Coulter mains</td><td>3</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>41A Tifon</td><td>3</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>45A Tisel</td><td>3</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>3A Bank up</td><td>4</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>6B Podjeba</td><td>4</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>21A Invigo</td><td>4</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>5A Blackdown</td><td>4</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>16B Royal de Naples</td><td>4</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr><tr><td>30B 88-04-013</td><td>4</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td></tr></tbody></table>
Le marqueur g2G12 serait lié à la résistance à l'oïdium, ce qui sera à vérifier sur les descendances des croisements avec des parents possédant ces marqueurs.

<figure><img src="image_48.png" /><figcaption>Figure 33. Arbre dissimilarité génétique, logiciel Darwin, méthode Neighbor Joining non pondérée. Août 2019. 48 variétés de la collection SAYENS. Les variétés sont colorées selon leurs notes de sensibilité à l'oïdium de 2018.</figcaption></figure>

<table><caption>Tableau 9. Répartition des différents allèles du marqueur SSR g2G12 dans 17 variétés de la collection de cississiers de SAYENS, en fonction de la note d'oïdium (0 = pas de symptômes, 2.5= symptômes très importants).Sont confrontés les variétés de la grande branche résistante à l'oïdium du phénogramme aux variétés les plus sensibles.</caption><thead><tr><th>Variété</th><th>Oïdium</th><th>g2G12_172</th><th>g2G12_186</th><th>g2G12_188</th><th>g2G12_190</th></tr></thead><tbody><tr><td>36_Andega</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>08_Titania</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td></tr><tr><td>28_Leandra</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td></tr><tr><td>05_Blackdown</td><td>0</td><td>1</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>41_Tifon</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td></tr><tr><td>30_88-04-013</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td></tr><tr><td>33_89-06-174</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td></tr><tr><td>31_88-04-181</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td></tr><tr><td>32_88-02-160</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>1</td></tr><tr><td>11_Noir de Bourgogne</td><td>1.5</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td></tr><tr><td>12_Raven</td><td>1.5</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td></tr><tr><td>14_Seabrook's black</td><td>1.5</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td></tr><tr><td>20_Delur</td><td>1.5</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td></tr><tr><td>25_L_Blaarodnaia</td><td>1.5</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td></tr><tr><td>02_French</td><td>2</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td></tr><tr><td>19_Mutant noir</td><td>2</td><td>1</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>01_Coronet</td><td>2.5</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>1</td></tr></tbody></table>
## 3. Phénotypage :

### a) Dates de floraison, de fructification et récolte :

Les dates de floraison, la synchronie de la floraison et les dates de fructification ont été notées pour les 84 variétés de la collection de cassissiers à fruits en 2019. De grandes différences ont été notées avec des stades à 50 % floraison étalés entre le 20 avril et le 13 mai. Les arbustes étaient au stade 50% fruits formés entre le 27 avril et le 25 mai. Certaines variétés utilisées dans les croisements sont beaucoup plus précoces ou au contraire plus tardives que le Noir de Bourgogne. La variété idéale devrait fleurir au plus tard le 20 avril pour éviter les gelées de fin avril-début mai, être récoltée le plus tôt possible et avoir une floraison bien homogène. Le Noir de Bourgogne a sa floraison qui traîne en mai. Le Burga est plus précoce. C'est ce qui a été observé : Royal de Naples et Burga sont plus précoces que le Noir de Bourgogne avec une bonne synchronie de la floraison.

48 variétés ont été récoltées entre le 28 juin et le 15 juillet 2019. Le rendement par pied a été noté ainsi que le poids de mille baies. Des échantillons de baies ont été réalisés pour les tests du volet organoleptique sur une douzaine de variétés. Les variétés récoltées avant le coup de chaud du 29 juin 2019 ou bien après n'ont pas décroché au niveau du rendement

En 2019, les résultats de notation de l'ensemble des 48 variétés génotypées, concernant la floraison et la sensibilité aux maladies fongiques et à la cochenille, ont été synthétisés par une analyse ACP (Analyse en Composantes Principales). Une analyse en composantes principales (ACP) a été réalisée afin d'explorer et mieux visualiser les résultats de notation de 48 variétés de cassissiers à fruits de la collection, concernant la sensibilité à trois maladies fongiques (oïdium, anthracnose, rouille) et à la cochenille du mûrier ainsi que la floraison (précocité et synchronie) (Figure 34). Les deux premières dimensions du plan de l'ACP expliquent une part importante de l'inertie totale des données, 37,15% et 21,03% respectivement (en somme ~58%). L'analyse révèle une grande variabilité des accessions pour les critères agronomiques évalués. L'axe 1 (horizontal) du plan oppose vraisemblablement les variétés plus précoces et synchrones en floraison et plus sensibles à l'anthracnose (à droite du plan) aux variétés tardives et asynchrones en floraison et moins sensibles à l'anthracnose (à gauche du plan). L'axe 2 (vertical) oppose surtout les variétés les plus sensibles à l'oïdium et la cochenille (en haut du plan) aux variétés qui en sont moins sensibles (en bas du plan). Il n'y a pas de caractérisation agronomique évidente des variétés selon le pays d'origine qui apparaît.

La variété Noir de Bourgogne (11) se distingue bien en haut du plan de l'ACP avec notamment une sensibilité élevée à l'oïdium et la cochenille ainsi qu'à l'anthracnose. Sa floraison est relativement tardive et asynchrone. Dix variétés de différentes origines ont été choisies et croisées durant l'année 2018 avec Noir de Bourgogne dans le cadre du programme d'amélioration. Elles se trouvent toutes en bas à gauche du plan de l'ACP. D'abord, parmi celles-ci, il y a 3 variétés françaises, développées par l'INRA d'Angers, possédant déjà du fond génétique de Noir de Bourgogne: Andega, Oj 5-3 et 88-04-181. Elles ont aussi l'avantage d'être beaucoup moins sensibles à l'oïdium et la cochenille. Deux variétés Barchatnaia (originaire de Russie) et Lositkia (originaire de Hongrie) se distinguent particulièrement par leur résistance aux trois maladies fongiques évaluées et à la cochenille à la fois. Deux variétés polonaises (Tiben et PC110) ainsi que deux variétés néerlandaises (Rosenthal et Leandra) semblent peu sensibles aux stress biotiques. Enfin, une variété écossaise (Ben Tirran) a été choisie à la fois pour sa résistance aux stress et pour sa bonne autofertilité avérée ainsi que sa floraison très tardive.
<figure><img src="image_49.png" /><figcaption>Figure 34. Analyse en composantes principales des notations de caractérisation agronomique de 48 variétés de cassissiers de la collection SAYENS. Sont représentés les deux premiers axes en plan factoriel, représentant 58 % de la variabilité totale. (A). Projection des variétés sur ce plan, coloration selon le pays d'origine. Les Noir de Bourgogne et les variétés parentales du programme d'amélioration variétale sont entourées. (B) Cercle des corrélations représentant les variables mesurées projetées sur le plan factoriel.</figcaption></figure>

Les notations ont été poursuivies en 2020 et 2021 sur la collection. Certains résultats concernant surtout les variétés parentales utilisées dans les croisements sont présentées dans les graphiques suivants. Les variétés de la collection ont été récoltées par le personnel de SAYENS et d'L'Institut Agro Dijon alloué au projet.
En 2020, les variétés Burga, Royal de Naples et PC110 ont fleuri plus précocement que le Noir de Bourgogne. Les variétés Ben Tirran, OJ5-3 et Tiben sont beaucoup plus tardives. Ces écarts de précocité se retrouvent à tous les stades phénologiques.

<figure><img src="image_50.png" /><figcaption>Figure 35. Notations des stades de développement chez 13 variétés de cississiers, durant la saison 2020</figcaption></figure>

<figure><img src="image_51.png" /><figcaption>Figure 36. Dates de récolte pour 13 variétés de cississiers présentes sur la collection de SAYENS, pour les années 2019, 2020 et 2021.</figcaption></figure>

Les dates de récoltes sont représentées dans le tableau suivant, pour les 3 années 2019, 2020, 2021. Andega et PC110 sont récoltées toujours plus tôt que le Noir de Bourgogne. Ben Tirran est une variété très tardive, quel que soit l'année de récolte. Les variétés OJ5-3 et Tiben ont une mauvaise synchronie, c'est-à-dire que des fruits mûrs et des fruits encore verts sont présents en même temps sur l'arbuste. En 2020, beaucoup de baies sont tombées avant la récolte pour les variétés Léandra, Tiben et Blackdown.
Le poids de mille baies et le rendement estimé à l'hectare des variétés témoins et parentales sont présentées dans les graphiques suivants. La variété Rosenthal a un poids de mille baies très faible, le seul inférieur à celui du Noir de Bourgogne. Les variétés Barchatnaia, Lositkia et Rosenthal ont des rendements très faibles sur les 3 années, alors que les variétés Tiben, 88-04-181 et PC110 ont les plus forts rendements.

<figure><img src="image_52.png" /><figcaption>Figure 37. Rendement estimé à l'hectare pour 12 variétés (3 buissons récoltés/variété) présentes sur la collection.</figcaption></figure>

<figure><img src="image_53.png" /><figcaption>Figure 38. Poids de mille baies (kg) pour 12 variétés (3 buissons récoltés/variété) présentes sur la collection.</figcaption></figure>
# Tâche 7. Mise au point de méthodes pour tester la descendance

## 1. Biologie florale : Recherche marqueur anatomique - capacité autopollinisation

Partenaires impliqués : SAYENS, CNRS

Concernant l'auto fertilité, en 2019, des mesures d'anatomie florale sous loupe binoculaire, équipée d'une caméra monture DS-Fi2 (Nikon Corp. Tokyo, Japan) reliée à un logiciel sur ordinateur "NIS-Elements", sur des fleurs à trois stades (bouton, jeune fleur, fleur âgée) de Noir de Bourgogne, Burga et Royal de Naples, ont été réalisées. Les mesures ont été faites sur 6 fleurs par modalité (stade + variété).

Il a été trouvé que distance style - filet est plus faible chez les fleurs (jeunes et âgées) de Royal de Naples que chez les fleurs de Burga et Noir de Bourgogne, du fait d'une longueur du filet plus importante chez le Royal de Naples.

<figure><img src="image_54.png" /><figcaption>Figure 39. Ecart entre la hauteur du style et celle du filet calculé pour les trois variétés et stades étudiés. Différentes lettres montrent des différences significatives entre les stades floraux au sein de la même variété (p-value < 0,05). Les valeurs sont exprimées en moyenne de six répétitions biologiques ± SEM</figcaption></figure>

<figure><img src="image_55.png" /><figcaption>Figure 40. Aperçu des mesures effectuées chez trois variétés de cassis sous loupe binoculaire concernant la morphologie florale. Les distances mesurées sont indiquées en traits noirs. (A): Ouverture de la fleur (diamètre de la corolle) et plus courte distance anthère-stigmate. (B): Après coupe longitudinale; Hauteur du style, Hauteur du filet et des anthères</figcaption></figure>

Cette étude a été reconduite en 2020 sur 10 fleurs de 12 variétés. Les résultats sont présentés dans le graphique ci-dessous. En bleu, sont représentées les variétés dont les anthères sont plus hautes que le style (filet long), en rouge celles dont les anthères sont plus basses que le style (filet court)
<figure><img src="image_56.png" /><figcaption>Figure 41. Distance Anthère/Style pour 12 variétés de cassissiers de la collection de SAYENS.</figcaption></figure>

Le Royal de Naples, Burga et le Noir de Bourgogne ont des filets plus courts que le style, tout comme Barchatnaïa, Lositkia et Rosenthal, 3 variétés utilisées dans les croisements.

Ces données sont comparées aux estimations de rendement chez les variétés utilisées comme parents dans les croisements. **Les trois variétés parentales à filet court présentent également de mauvais rendements, contrairement au Royal de Naples et à Burga.**

En 2021, le taux de nouaison de 6 variétés parentales a été mesuré et comparé aux données de microscopie florale. Une tendance se dessine avec taux de nouaison plus important pour les variétés à filets longs.

<figure><img src="image_57.png" /><figcaption>Figure 42. Taux de nouaison et distance anthère – sommet style chez 6 variétés parentales de la collection.</figcaption></figure>
## 2. Mise au point d'un test de résistance à la cochenille en conditions contrôlées

Partenaires impliqués : SAYENS, CNRS,

### Mise au point d'un test de résistance à la cochenille en conditions contrôlées

En lien avec l'amélioration variétale, il est nécessaire de tester la résistance à la cochenille des différents hybrides produits afin de limiter le développement de ce ravageur dans les parcelles. Différentes méthodes ont été testées. Dans un 1er temps, des crawlers (stade larvaire de la cochenille) ont été récupéré dans l'élevage et ont été déposé sur des boutures. Cette méthode s'est révélée être très chronophage et pas très efficace. Nous avons donc décidé de placer une collerette de papier à mi-hauteur des boutures et d'y déposer une centaine d'œufs. La collerette disposait toutefois d'une ouverture permettant aux crawlers d'aller se fixer plus bas. Le but de cette expérience sera triple :

- Tester la résistance à l'infestation : est ce que les cochenilles vont se fixer ou non en fonction des variétés ?

- Tester la résistance au développement : est ce que les cochenilles vont mieux se développer sur certaines variétés

- En apprendre plus sur le comportement de la cochenille : est ce que les cochenilles se fixent à la base ou au sommet de la bouture, ...

En attendant de pouvoir tester les variétés hybrides, les premiers résultats sur les variétés existantes ont montré que, comme attendu, le Noir de Bourgogne est plus sensible à la cochenille que les autres variétés (figure 32).

<figure><img src="image_58.png" /><figcaption>Figure 43. Fixation des femelles de cochenilles sur des boutures de 5 variétés de cassissiers. Eté 2021.</figcaption></figure>

## 3. Volet organoleptique

Partenaires impliqués : L'Institut Agro Dijon, SAYENS et liquoristes

Ce volet est détaillé dans le prochain paragraphe.
# Tâche 7. Mise au point de méthodes pour tester la descendance : Volet Organoleptique

Partenaires impliqués : L'Institut Agro Dijon, SAYENS et liquoristes

## Objectifs de départ

L'objectif principal de ce volet du projet était de caractériser l'odeur de la variété Noir de Bourgogne au niveau olfactif et chimique (composition en molécules volatiles odorantes), afin de trouver une autre variété de cassis avec des qualités organoleptiques assez proches de celle du Noir de Bourgogne pour pouvoir la remplacer ou la compléter dans la crème de cassis de Dijon et de Bourgogne.

Par conséquent, l'autre objectif qui découle du premier était de caractériser l'odeur d'autres variétés de cassis (variétés parentes), ainsi que celles d'hybrides issus de croisements entre le Noir de Bourgogne et une autre variété de cassis plus favorable sur le plan agronomique. Après identification d'une variété de cassis ou d'un hybride suffisamment proche organoleptiquement parlant du Noir de Bourgogne, il sera nécessaire de faire valider la variété ou hybride de remplacement par l'INAO, afin de garder les appellations « crème de cassis de Dijon » et « crème de cassis de Bourgogne » (IG). Des données scientifiques seront surement nécessaires, pour attester et prouver la validité de ce remplacement.

Il était aussi prévu de caractériser l'odeur de crèmes de cassis expérimentales réalisées à partir des variétés et hybrides de cassis étudiées, afin de voir si la présence d'éthanol et sucre ne modifiait pas l'odeur initialement observée pour les baies de cassis.

Un objectif indirect de ce projet était aussi de faire connaître au grand public, l'engagement des producteurs de cassis et des liquoristes pour maintenir une filière de qualité, et ceci au travers d'animations, conférences, congrès, publications etc.

## 1. Synthèse bibliographique sur les composés volatils du cassis

Le travail a débuté par une synthèse bibliographique des données publiées à travers le monde concernant les composés volatils retrouvés dans les baies de cassis. Cette méta-analyse des données bibliographiques a confirmé la nécessité de caractériser la fraction volatile des variétés incluses dans l'étude, et notamment le Noir de Bourgogne.

## 2. Caractérisation de la fraction volatile des baies de cassis des variétés parentes

### Méthodologie

Un temps non négligeable a été consacré à la mise au point méthodologique (figure 44), à la fois pour l'analyse chimique des composés et pour l'analyse statistique des données obtenues (figure 45). En effet, l'analyse chromatographie permet de détecter un grand nombre de molécules qu'il faut ensuite trier.
Nous avons adopté les règles suivantes pour élaborer la liste finale des composés identifiés dans chaque échantillon :

- Répétabilité de l'identification : seuls les composés qui apparaissent au moins deux fois sur les trois répétitions d'un même essai sont conservés.

- Impact sur l'odeur : l'hypothèse faite, est qu'un composé sans odeur connue aura peu d'impact sur l'odeur globale de l'échantillon. Par conséquent, les composés volatils n'ayant pas d'odeur répertoriée et/ou rapportés dans la littérature scientifique, sont supprimés.

- Importance du profil global des volatiles : on ne garde que les composés ayant une qualité d'identification supérieure à 80% et des aires sous pics supérieures à 100 000 u.a.

Puis, afin de mettre en évidence les molécules volatiles potentiellement caractéristiques de l'odeur globale des baies de cassis pour chacune des variétés, plusieurs étapes ont été suivies :

- Etape 1 : classement des molécules odorantes, retrouvées dans les différents échantillons analysés, selon leur abondance mesurée. Classement de la molécule la plus abondante à celle la moins présente dans l'échantillon.

- Etape 2 : Pour chaque échantillon, les 25 molécules les plus abondantes ont été relevées et mises en commun. Ce choix de 25 molécules a été décidé au vu des abondances des différentes molécules (abondance passant en dessous du seuil des 1000000 u.a à partir de la 26ème) et par rapport aux molécules elles-mêmes peu ou pas retrouvées dans la littérature.

- Etape 3 : seules les molécules retrouvées simultanément dans tous les échantillons analysés (toutes variétés et tous lieux de culture confondus) sont retenues.

- Etape 4 : le calcul de la moyenne et de l'écart-type sur l'ensemble des 'abondances/masse de baies' de chaque échantillon est effectué et les résultats sont reportés sous forme de graphique.

Enfin, des méthodes d'analyse statistiques multivariées ont été appliquées. Il est à noter que le nombre de variétés analysées a été beaucoup plus conséquent que ce qui était initialement prévu. Au final, parmi les objectifs de départ, certains ont été réalisés entièrement ou partiellement, suivant le temps imparti et les verrous scientifiques rencontrés.

<figure><img src="image_59.png" /><figcaption>Figure 44. Méthodologie retenue pour l'analyse de la fraction volatile des baies.</figcaption></figure>
<figure><img src="image_60.png" /><figcaption>Figure 45. Méthodologie retenue pour l'analyse des données chromatographiques</figcaption></figure>

## Matériel

Quinze variétés ont été cultivées dans des conditions identiques dans la collection de cassissiers de SAYENS à Bretenière. Les baies de ces 15 variétés ont été récoltées en 2019, 2020 et 2021.

<figure><img src="image_61.png" /><figcaption>Figure 46. Localisation des variétés étudiées sur la collection de cassissiers de Bretenière. (a) Photographie aérienne ; (b) Plan avec les 15 variétés parentes étudiées.</figcaption></figure>

## Résultats

L'odeur des baies de la variété Noir de Bourgogne, ainsi que celle des autres variétés, ont été caractérisées pour les années 2019 et 2020. Parmi les 109 composés initialement identifiés dans les baies, nous en avons retenu 27 comme caractéristiques et discriminants entre les variétés. Les
composés les plus présents dans les baies de cassis de la variété Noir de Bourgogne et l'association qui peut être faite avec leurs descripteurs sensoriels est visible en figure 47.

<figure><img src="image_62.png" /></figure>

**Figure 47.** Composition en composés volatils des baies de la variété Noir de Bourgogne issues de la récolte 2020. Plus la valeur du nombre indiqué pour chaque molécule est élevée, plus celle-ci est abondante dans l'odeur dégagée par les baies de cassis. Légende : (aPin) α-pinène ; (Camp) camphène ; (bPin) β-pinène ; (Sab) sabinène ; (3Car) 3-carène ; (aPhe) α-phellandrène ; (Lim) limonène ; (bPhe) β-phellandrène ; (t2hx) trans-2-hexénol ; (Ocim) ocimène ; (aTerno) α-terpinolène ; (4Aromad) 4-aromadendrène ; (cbTerno) cis-β-terpinolène ; (Lin) linalol ; (BorA) bornylène acétate ; (Cary) caryophyllène ; (Aromad) aromadendrène ; (gEle) g-elemène ; (aCary) α-caryophyllène ; (Muu) muurolène ; (GermD) germacrène D ; (Bicy) bicyclène ; (Msal) méthyl acétate ; (Citro) citronellol ; (pCym8) p-cymène-8-ol ; (Dend) dendrolasin ; (Spat) spathulénol.

Les différences entre variétés ont pu être caractérisées (figure 37).

<figure><img src="image_63.png" /></figure>

**Figure 48.** Représentation de l'analyse en composantes principales réalisée sur les composés volatils des baies des variétés parentes issues de la récolte 2020.

Certaines variétés ont également été récoltées chez des producteurs de l'association « Les Acteurs du Cassis ». La caractérisation de l'odeur des baies de cassis de différentes variétés cultivées sur le même site, ainsi que d'une même variété cultivée à deux endroits différents sur différentes années, nous a permis de mettre en évidence un impact du lieu de culture et du millésime sur l'odeur des baies de cassis (en plus de l'impact de la variété).
### 3. Caractérisation de la fraction volatile des baies de cassis des variétés hybrides

Différents croisements ont été opérés entre les variétés. Parmi ceux-ci, le volet organoleptique a été focalisé sur 7 croisements. Pour ces 7 croisements, nous avons récoltés les baies de 68 pieds hybrides F1 en 2020 et 103 pieds hybrides F1 en 2021. La caractérisation des composés volatils a pu être partiellement réalisée dans le temps imparti. Nous avons concentré notre analyse sur les hybrides des croisements Andéga x Noir de Bourgogne et 88-04-181 x Noir de Bourgogne.

<figure><img src="image_64.png" /><figcaption>Figure 49. Résultats obtenus pour proximité entre les variétés parentes Noir de Bourgogne et 88-04-181 et leurs hybrides.</figcaption></figure>

Les hybrides F1 88-04-181 x Noir de Bourgogne semblent avoir un profil aromatique proche de celui du 88-04-181, ou totalement différent des deux parents. C'est également le cas pour les autres croisements testés jusqu'alors. On note également qu'il y a des variations entre hybrides F1 issus d'un même croisement (figure 53).

<figure><img src="image_65.png" /><figcaption>Figure 50. Comparaison entre les profils en composés volatils obtenus pour les variétés parentes Noir de Bourgogne et 88-04-181 et pour les baies de deux hybrides F1 différents issus du croisement</figcaption></figure>
## 4. Caractérisation de l'odeur des baies de cassis des variétés parentes par olfactométrie

Sur le temps consacré à ce projet, il a aussi pu être réalisé (par sous-traitance auprès de la société Aromalyse) l'analyse olfactométrique par GC-O-MS de quatre variétés de cassis (Noir de Bourgogne, Ben Tiran, Barchatnaia, Lositkia).

Cette étude a souligné la cohérence entre les résultats obtenus à l'UMR PAM et ceux obtenus par Aromalyse, en termes de composés volatils identifiés. Ils montrent une similarité odorante plus importante entre la variété Noir de Bourgogne et celle Ben Tiran, avec une puissance aromatique légèrement supérieure pour la variété Noir de Bourgogne (comme attendu).

Ces deux variétés sembleraient avoir des notes majoritairement florale, fraîche et sous-bois, avec un côté animal plus important pour la variété Noir de Bourgogne et un côté sous-bois plus important pour la variété Ben Tiran. La variété Lositkia semble avoir aussi une puissance aromatique assez élevée, avec de fortes notes animales et sous-bois. En revanche la variété Barchatnaia, semble avoir une odeur moins forte que les trois autres variétés, avec tout de même une démarcation pour des notes animales et florales (Figure 49 page suivante).

L'analyse olfactométrique des quatre échantillons de baies de cassis des variétés Noir de Bourgogne, Ben Tiran, Barchatnaia, et Lositkia a permis de mettre en évidence de potentielles notes odorantes pouvant caractériser ces variétés de cassis, ainsi qu'une odeur globale de celles-ci. De même il a pu être observé des caractères odorants communs entre la variété Noir de Bourgogne et celle Ben Tiran (ce à quoi nous nous attendions), qui se trouveraient en opposition avec les deux autres variétés. Ces différences sont reportées dans le Tableau 10 récapitulatif.

<table><caption>Tableau 10. Tableau récapitulatif des molécules et odeurs caractérisant les 4 variétés de cassis analysées dans cette étude.</caption><thead><tr><th>Composés volatils odorants</th><th>Linalol</th><th>Sabinène</th><th>β-pinène</th><th>Ocimène</th><th>p-cymèn-8-ol</th></tr></thead><tbody><tr><td>Odeur globale</td><td>Floral</td><td>Animal</td><td>Animal</td><td>Fruit rouge</td><td>Floral</td></tr><tr><td>Noir de Bourgogne</td><td>-</td><td>-</td><td>-</td><td>+++</td><td>+</td></tr><tr><td>Ben Tiran</td><td>-</td><td>-</td><td>-</td><td>+</td><td>+++</td></tr><tr><td>Barchatnaia</td><td>++</td><td>+++</td><td>++</td><td>-</td><td>-</td></tr><tr><td>Lositkia</td><td>++</td><td>++</td><td>+++</td><td>-</td><td>-</td></tr></tbody></table>
<figure><img src="image_66.png" /><figcaption>Figure 51. Profils olfactifs globaux des quatre variétés de cassis analysées en GC-O-MS.</figcaption></figure>

**5. Rôle de l'éthanol et du saccharose sur les composés volatils**

Les « vierges mélanges » issus de macérations expérimentales à partir des baies de cassis des 15 variétés initialement étudiées ont aussi été réalisées (figure 50), mais leur odeur n'a pas encore été analysée en raison de la présence de la forte concentration en éthanol qui fausse l'analyse.

<figure><img src="image_67.png" /><figcaption>Figure 52. Photographie d'une préparation de vierge mélange expérimental</figcaption></figure>
En effet, l'étude que nous avons menée sur un mélange modèle de composés volatils (tableau 11) a montré un impact fort de la teneur en sucres et éthanol sur la libération des molécules volatils dans l'espace de tête (figure 51). Ceci constitue un verrou analytique qui n'a pas encore pu être levé.

<table><caption>Tableau 11. Composition de la solution modèle utilisée pour tester l'influence du saccharose et de l'éthanol sur l'analyse des composés volatils</caption><thead><tr><th>Composés</th><th>Classe chimique</th><th>Concentration</th></tr></thead><tbody><tr><td>Limonène</td><td>terpène</td><td rowspan="7">100µg/L<br>dans l'eau</td></tr><tr><td>Nonanal</td><td>aldéhyde</td></tr><tr><td>Alpha-Pinène</td><td>terpène</td></tr><tr><td>Hexanoate d'éthyle</td><td>ester</td></tr><tr><td>Hexanol</td><td>alcool</td></tr><tr><td>Butanoate de méthyle</td><td>aldéhyde</td></tr><tr><td>Linalol</td><td>terpénoïde</td></tr></tbody></table>

<figure><img src="image_68.png" /><figcaption>Figure 53 exemple de résultats obtenus pour la détection de l'hexanoate d'éthyle en présence d'éthanol.Trois degrés d'alcool sont testés dans cette étude : 10° (essai E1), 20° (essai E2) et 30° (essai E3), sachant que le degré de la crème de cassis est de l'ordre de 20°.</figcaption></figure>
# 6. Conclusions et perspectives volet organoleptique :

Les résultats de l'analyse de ces données expérimentales et de la méta-analyse des données
recueillies lors d'une synthèse bibliographique ont été publiées dans des journaux scientifiques
internationaux :

- Pagès-Hélary, Sandy, Laurence Dujourdy, and Nathalie Cayot. 2021. "Identification of Volatile Compounds in Blackcurrant Berries: Differences among Cultivars". Molecules 26, no. 20: 6254. https://doi.org/10.3390/molecules2606254;

- Sandy Pagès-Hélary, Laurence Dujourdy, Nathalie Cayot, 2022. Flavor compounds in blackcurrant berries: multivariate analysis of datasets obtained with natural variability and various experimental parameters. LWT – Food Science and Technology. 153, 112425. Doi: https://doi.org/10.1016/j.lwt.2021.112425).

En outre, les résultats obtenus ont pu être présentés lors de deux congrès internes (Forum des jeunes chercheurs de l'université Bourgogne Franche Comté de 2019 et 2020).

Le temps consacré à ce projet nous a permis d'obtenir plusieurs résultats qui nécessiteront d'être complétés et confirmés par la suite si ce projet trouve une continuation (annexe).

Il serait notamment intéressant de s'associer à d'autres régions (françaises et/ou étrangères), productrices elles aussi de cassis, afin d'avoir plus de moyens et de temps pour mener les recherches sur le cassis.

L'hypothèse que l'odeur des baies de cassis d'une variété assez proche de celle du Noir de Bourgogne puisse s'éloigner de l'odeur de la crème de cassis de Dijon et de Bourgogne, une fois transformée en crème, n'est pas à exclure. Aussi, une analyse organoleptique des crèmes de cassis expérimentales et industrielles serait à envisager, pour vérifier qu'il n'y ait pas de dérive de l'odeur des baies de cassis en présence d'éthanol et de sucre. Ceci permettrait de confirmer le choix de la variété parente de cassis ou hybride pour remplacer la variété Noir de Bourgogne.

Il serait de même intéressant de vérifier que les effets « millésime » et « terroir » ne soient pas prédominants sur l'effet « variété »x pour l'odeur des baies de cassis. Ceci pourra être réalisé en partie grâce à l'analyse des baies de cassis issues de la récolte 2021.

Ces résultats pourraient être complétés par une analyse sensorielle des baies de cassis de plusieurs variétés parentes et hybrides de cassis, afin de comparer ces résultats sensoriels au données expérimentales.

Une fois tous ces résultats obtenus, il sera encore nécessaire de faire valider par l'INAO la nouvelle variété de cassis retenue pour remplacer celle Noir de Bourgogne dans la crème de cassis de Dijon et de Bourgogne, afin d'en garder l'appellation (Indication Géographique).

Au vu des objectifs de départ et de ceux atteints, il est clair qu'un temps supplémentaire serait nécessaire pour l'aboutissement de ces recherches. Le tableau 12 récapitule l'avancement global du projet. Néanmoins les résultats actuellement obtenus donnent déjà des indices et hypothèses par rapport aux questions initialement posées.
<table><caption>Tableau 12. Etat des lieux des travaux de recherche engagés dans le projet</caption><thead><tr><td>Objectifs</td><td>Atteints</td><td>En cours</td><td>En perspective</td></tr></thead><tbody><tr><td>Récoltes 2019 des variétés parentes</td><td>X</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Récoltes 2020 des variétés parentes et hybrides</td><td>X</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Récoltes 2021 des variétés parentes et hybrides</td><td>X</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Caractérisation de l'odeur de la variété Noir de Bourgogne</td><td>X</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Caractérisation de l'odeur des variétés parentes récolte 2019</td><td>X</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Caractérisation de l'odeur des variétés parentes récolte 2020</td><td>X</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Caractérisation de l'odeur des variétés parentes récolte 2021</td><td></td><td></td><td>X</td></tr><tr><td>Caractérisation de l'odeur des hybrides récolte 2020</td><td></td><td>X</td><td></td></tr><tr><td>Caractérisation de l'odeur des hybrides récolte 2021</td><td></td><td></td><td>X</td></tr><tr><td>Analyse olfactométrique de quatre variétés parentes récolte 2020</td><td>X</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Publication des résultats obtenus (deux publications et 2 congrès)</td><td>X</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Réalisation des vierges mélanges expérimentaux issue de 15 variétés de cassis récolte 2020</td><td>X</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Analyse des vierges mélanges expérimentaux</td><td></td><td></td><td>X</td></tr><tr><td>Analyse sensorielle des baies de cassis des variétés et hybrides étudiés</td><td></td><td></td><td>X</td></tr><tr><td>Identification d'une variété de cassis capable de remplacer celle Noir de Bourgogne dans les crèmes de cassis de Dijon et de Bourgogne</td><td></td><td></td><td>X</td></tr><tr><td>Validation par l'INAO de la variété de cassis de remplacement dans la crème de cassis de Dijon et de Bourgogne</td><td></td><td></td><td>X</td></tr></tbody></table>
# Tâche 8 Démarrage du programme de sélection

Partenaires impliqués : SAYENS, Spiral, L'Institut Agro Dijon, Coopératives de producteurs

## 1. Création des hybrides F1

Partenaires impliqués : SAYENS, Spiral

Les croisements entre la variété Noir de Bourgogne (N365) et 10 variétés sélectionnées pour leur résistance à la cochenille ont été effectués en avril 2018. Les autres critères de sélections sont la tolérance aux maladies (anthracnose, oïdium et rouille), leur origine géographique ainsi que leur position sur l'arbre de diversité génétique. Les variétés parentales sont les suivantes : Andega, Barchatnaia, Lositkia, Rosenthal, Tiben, OJ 5-3, Ben Tirran, PC 110, 88-04-181 et Leandra. Les graines ont été extraites des graines, lavées, séchées, ensachées et conservées au frigo.

<figure><img src="image_69.png" /><figcaption>Figure 54. Croisements, obtentions des graines, germinations. Photos SAYENS.</figcaption></figure>

Des tests de germinations ont été effectués par SAYENS et Spiral. Certains croisements ont donné des graines germant facilement. D'autres nécessitent un passage en culture in vitro pour germer. Les graines de cassis ont besoin du froid hivernal pour germer. Pour accélérer le processus de sélection variétale, les Laboratoires SPIRAL ont travaillé sur la levée de dormance des graines issues des croisements. Un protocole a permis de faire germer les graines de façon reproductible. Les plants ont été rempotés et fournis à SAYENS pour leur installation au niveau de la plateforme à Agronov. Les plants ont d'abord été maintenus en serre en godets, puis pots de 7 litres pour être finalement rempotés en pots de 30 litres sur une plateforme extérieure par SAYENS. 316 hybrides sont actuellement sur cette plateforme, 222 issus des germinations 2018, 94 des germinations 2019.

Début 2019, les plantes de 5 croisements ont été testées avec des marqueurs moléculaires afin de vérifier qu'elles étaient bien issues des croisements. Les plantes des 5 croisements restants ont été testées en 2020. Des prélèvements de feuilles ont été effectués pour extraction d'ADN (vérification du succès des croisements par marquage moléculaire en 2019). Les variétés utilisées en croisement n'étant pas homozygotes pour l'ensemble de leurs gènes, les arbustes issus d'un croisement seront tous différents.
<figure><img src="image_70.png" /><figcaption>Figure 55. Plateforme de sélection cassis de SAYENS. Hybrides F1. AgrOnov, Bretenière. 2020</figcaption></figure>

Trois boutures par plant de 2018 ont été coupées en décembre 2019 pour être implantées sur une parcelle de Florent Baillard (Merceuil, plaine), qui accueille également les boutures des variétés écossaises. Les hybrides F1 des croisements avec Barchatnaia et Rosenthal ont été implantés en coteaux chez Jacques Brocard (Coteaux Bourguignons, La Buissière sur Ouche). Les hybrides F1 du croisement avec Lositkia ont été implantés à L'Institut Agro Dijon, en plots pleine terre sous irrigation.

Les plants sélectionnés seront recroisés avec la variété Noir de Bourgogne jusqu'à ce que le patrimoine génétique à l'origine de la qualité organoleptique du Noir de Bourgogne soit retrouvé.

Au printemps 2021, 24 hybrides F1 ont été recroisés avec du Noir de Bourgogne. De nouveaux croisements entre le Noir de bourgogne et Blacdown et entre le Noir de Bourgogne et la variété N280 (collection) ont également été réalisés. Les graines ont été confiées aux laboratoires Spiral pour germination.

<figure><img src="image_71.png" /><figcaption>Figure 56. Hybrides F1 implantés à Merceuil. 2021.</figcaption></figure>
## 2. Evaluation des hybrides F1

Partenaires impliqués : SAYENS, CNRS, L'Institut Agro Dijon, Coopératives de producteurs

En 2021, des notations des stades de développement ont été faites sur l'ensemble des essais variétaux. Pour exemple, la répartition des hybrides dans 4 familles, selon la date à laquelle le stade 50% floraison a été atteint est présenté dans la figure suivante.

<figure><img src="image_72.png" /><figcaption>Figure 57. Répartition des hybrides F1 au sein de 4 familles en fonction de la date à laquelle ils ont atteint le stade 50% floraison. Merceuil, 2021.</figcaption></figure>

Sur la plateforme en pots, des notations des maladies fongiques ont été faites, les fruits ont été récoltés (SAYENS, L'Institut Agro), comptés, pesés et confiés à L'Institut Agro Dijon pour l'analyse organoleptique (voir volet organoleptique).

Les fleurs des hybrides ont été prélevées et stockées dans de l'alcool à 80% afin de débuter des observations d'anatomie florale (SAYENS + CNRS). La distance anthère-stigmate (ASD) a pu être mesurée pour 3 familles d'hybrides (6 fleurs mesurées par plante) : F1 Ben Tirran x Noir de Bourgogne, F1 Lositkia x Noir de Bourgogne et F1 Andega x Noir de Bourgogne. Les résultats sont présentés dans les graphiques suivants.

<figure><img src="image_73.png" /><figcaption>Figure 58. Distance Anthère-stigmate. F1 Ben Tirran (245) x Noir de Bourgogne (365). Les parents sont indiqués en rouge.</figcaption></figure>
<figure><img src="image_74.png" /><figcaption>Figure 59. Distance Anthère-stigmate. F1 Lositkia (208) x Noir de Bourgogne (365). Les parents sont indiqués en rouge</figcaption></figure>

<figure><img src="image_75.png" /><figcaption>Figure 60. Distance Anthère-stigmate. F1 Andega (242) x Noir de Bourgogne (365). Les parents sont indiqués en rouge</figcaption></figure>

Nous avons mesuré en 2021 le taux de nouaison sur 10 hybrides Andega x Noir de Bourgogne (3 branches par plante). En reliant ces données avec la distance anthère-stigmate et le stade phénologique au moment des gelées (15 avril 2021), il semble que ce taux de nouaison soit impacté par le stade phénologique et par l'ASD. Les stades 1er bouton et 1ère fleur semblent plus impactés. Des mesures plus poussées devront être reconduites sur un plus grand nombre d'individus les années suivantes.

<figure><img src="image_76.png" /><figcaption>Figure 61. Distance Anthère-stigmate (moyenne 6 fleurs), stade phénologique au 15 avril 2021 et Taux de nouaison (moyenne 3 branches) pour 10 hybrides F1 Noir de Bourgogne x Andega. Merceuil. 2021</figcaption></figure>

En décembre 2021, 48 hybrides ont été présélectionnés à partir de toutes les données récoltées. Ils seront implantés sur la collection en 2022 et bouturés pour être également implantés en plaine (producteur Henri-Jean Giboulot, Combertault) et en coteaux (producteur Romain Dureuil, Chaux).
# BILAN

Ce projet de 4 ans financé par le Fonds Européen Agricole pour le Développement Rural a grandement participé à la création et diffusion de connaissances sur la culture du cassissier, les causes des pertes de rendements observées ces dernières années, la diversité génétique des cassissiers ainsi que la caractérisation organoleptique du Noir de Bourgogne. Les principales conclusions de ce projet sont les suivantes :

* Les résultats obtenus sur une parcelle pilote « irrigation » a démontré l'importance des apports hydriques pour les rendements, et ce, de la floraison jusqu'à la fin de l'induction florale après-récolte (rendement multiplié par 1,5 sur Noir de Bourgogne).

* Le protocole de trempage des boutures doit être revu (nouveaux tests en conditions contrôlées pour vérifier son niveau d'efficacité réel, identification des potentielles failles de cette technique...).

* Le fractionnement d'apport azoté 20-30-30 est d'avantage compatible avec la mycorhization. Le fractionnement 20-30-30 (apports avant débourrement, fin nouaison et post-récolte) semblerait à privilégier, en offrant un bon équilibre entre vigueur de la plante et grossissement des fruits. Cette stratégie de fertilisation est déjà largement connue et pratiquée par les producteurs, avec un apport post-récolte parfois facultatif (selon les conditions météos).

* L'effet dépressif des couvre-sol (toiles tissées ou bâches) sur les cassissiers a été mis en évidence. Une piste possible est de réduire la largeur de la bâche à 50 cm pour, peut-être, permettre aux racines de capter plus facilement l'eau et les engrais. Le rapport coût/durabilité est en faveur des toiles tissée Agrolys, Duravigne et de la nappe Plantex Gold. Elles assurent un bon contrôle des adventices mais ne sont pas sans faille : les mauvaises herbes se développent à la moindre perfusion et les couvres-sol doivent être entretenus pour empêcher l'installation des adventices qui germent au travers. Un entretien des bâches est nécessaire. Si l'on souhaite s'inscrire dans une démarche durable, les solutions utilisant des matériaux biosourcés sont, logiquement, à privilégier (toile Duravigne, dans le cadre des essais menés). Toutefois, leur coût à l'installation (cf. tableau récapitulatif page suivante) reste encore prohibitif et très peu rentable pour un producteur de cassis à l'heure actuelle. Les solutions à base de plastique pétrolier restent les moins chères mais ne rejoignent pas les attentes en termes de durabilité.

* Nous avons montré que: i) près de 99% des pollinisateurs ont disparu des champs de cassis ces 40 dernières années (Anstett et al. 2018), ii) le taux de nouaison augmente quand on pollinise manuellement, iii) le poids d'une baie augmente quand le pollen père provient de la variété Royal de Naples, et enfin, iv) une pollinisation optimale au champ augmente le rendement moyen de 350% permettant de renouer avec les rendements observés dans les années 80. Les importantes chutes de fleurs observées juste après la floraison sont donc dues avant tout à une mauvaise pollinisation.

* L'efficacité des bourdons et des osmies, comme pollinisateur alternatif du cassissier, a été testé. Ces petites abeilles ont une distance de dispersion d'une centaine de mètres, et
contrairement aux abeilles domestiques et aux bourdons, pourraient rester sur le cassissier pour le polliniser. Ces osmies ont aussi colonisé les hôtels à insectes que nous leur avions proposés, à proximité des parcelles, ce qui ouvre la possibilité de mesures agroécologiques renforçant leurs populations naturelles.

* Les essais montrent que les bandes fleuries entre rang, installées au moment de la plantation, n'entrent pas en compétition avec les jeunes plants de cassis. L'intérêt, en termes de pollinisation et de résistance à la cochenille devra être déterminé.

* Les prédateurs de la cochenille ont été observés sur le terrain. Des coccinelles prédatrices et des parasitoïdes sont naturellement présents dans les parcelles de cassis, mais en densité trop faible pour limiter les pullulations. D'autre part, nous avons mis au point un élevage de *P. pentagona* qui permet de tester différentes hypothèses au laboratoire et donc de gagner du temps par rapport aux expérimentations de terrain (tests de la résistance des variétés, test d'efficacité des auxiliaires).

* Un protocole d'assainissement des plants par culture de méristèmes a été développé et des plants ont été obtenus pour les 4 clones de Noir de Bourgogne et le Royal de Naples. L'absence de virus dans ces plants a été validée par biologie moléculaire.

* Les études menées ont permis de mieux caractériser le matériel végétal disponible. Un phénotypage de la collection de cassissiers à fruits a été réalisé : maladies fongiques, présence de cochenille, phénologie, rendement, avec de grandes disparités observées. Une étude de l'anatomie florale a montré que des filets d'anthère dépassant le stigmate pouvaient être considérés comme un marqueur de l'auto fertilité. Un test de résistance à la cochenille sur boutures a été développé.

* Parallèlement, une étude de caractérisation génétique de 55 variétés a abouti à la réalisation de codes-barres génétiques et d'un arbre de diversité génétique. Des liens entre marqueurs et tolérance à l'oïdium, à l'anthracnose et précocité ont pu être établis. Le cassis Noir de Bourgogne et le cassis sauvage ont des profils génétiques semblables, ce qui fait penser qu'il serait issu d'une sélection ancestrale à partir des populations sauvages locales.

* Un nouveau programme de création variétale a débuté. Des croisements ont été effectués par SAYENS entre le Noir de Bourgogne et 10 variétés résistantes aux cochenilles, tolérantes aux maladies, avec des précocités différentes et éloignées génétiquement. SPIRAL et SAYENS ont travaillé sur la levée de dormance des graines. Plus de 300 hybrides F1 pu être générés puis installés sur une plateforme à AgrOnov. En 2020, les premières baies ont été récoltées pour des tests organoleptiques (L'Institut Agro Dijon). Des F1 ont été implantés en situation de plaine, dans une zone propice au développement de la cochenille, et de coteaux.

* Une méta-analyse des données publiées depuis 50 ans sur les composés volatils odorants des baies de cassis a révélé une grande diversité de molécules retrouvées, notamment en fonction des variétés. Plus de 300 composés d'arômes ont été identifiés. Une vingtaine de composés,
présents en plus grande quantité et retrouvés plus fréquemment dans les baies, ont été mis en évidence comme le butanoate de méthyle, le 3-carène et l'alpha-pinène.

* Nous avons mis au point l'extraction et le dosage des composés volatils. Cette étude a mis en évidence la spécificité organoleptique du Noir de Bourgogne. Ce résultat nous a permis de confirmer l'importance de cette variété pour les liquoristes. L'étude a également montré qu'aucune des autres variétés étudiées n'avait le même profil en composés volatils. Les molécules traceuses à suivre pour chacune des variétés ont été identifiées. L'ensemble des données récoltées lors de cette étude a donné lieu à la rédaction d'une publication.

Ce travail a nécessité l'implication de l'ensemble des partenaires scientifiques, des producteurs et des liquoristes.
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LISTE DES LIVRABLES

Etant donné le nombre très important de livrables et le caractère confidentiel de certains, nous ne pouvons pas tous les mettre en annexes à la suite de ce rapport d'exécution. La liste des livrables obligatoires, prévus et supplémentaires sont disponibles dans les tableaux ci-dessous.

Seuls les livrables cités ci-dessous sont présentés en annexe :

- Affiche A3

- Récapitulatif des photos des réunions et événements

- fiche infrastructures agroécologiques

- poster IBA

- poster Journée des Doctorants

- Plan Essai variétal Merceuil

- Guide technique des vergers
## Livrables prévus :

<table><thead><tr><td>Type de livrable</td><td>Nombre d'exemplaires prévus</td><td>Modalités de diffusion</td><td>Date / fréquence de livraison</td><td>Livrables Obtenus</td><td>N° livrable</td></tr></thead><tbody><tr><td>Preuves publicités FEADER</td><td></td><td></td><td></td><td>- Affiche A3</td><td>1</td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td></td><td>- Récapitulatif des photos</td><td>2</td></tr><tr><td>Synthèse annuelle des actions menées et des résultats</td><td></td><td>Réunions de groupes producteurs, Assemblée Générales de la filière</td><td>1 fois par an</td><td>- Rapports intermédiaires et réunions producteurs :<ul><li>Rapport Intermédiaire 2018-2019</li><li>Newsletter 2020</li><li>Réunion producteurs 2021</li></ul>- AG et CA des Acteurs du Cassis<ul><li>AG du 22/06/2018</li><li>AG + CA du 25/06/2019</li><li>AG du 18/09/2020</li><li>CA du 29/11/2019</li><li>Réunion de Bureau 25/02/2020</li><li>AG du 30/06/2021</li></ul>- Réunions Suivi de projet<ul><li>08/11/2018</li><li>13/12/2018</li><li>7/02/2019</li><li>9/03/2021</li></ul></td><td><ul><li>3a</li><li>3b</li><li>3c</li><li>4a</li><li>4b</li><li>4c</li><li>4d</li><li>4e</li><li>4f</li><li>5a</li><li>5b</li><li>5c</li><li>5d</li></ul></td><td></td></tr><tr><td>Conseils techniques aux producteurs, visite des parcelles pilotes</td><td></td><td>Réunion technique dans les vergers</td><td>2019 - 2020</td><td>- réunion technique 28/04/2021<br>- réunion technique 30/06/2021</td><td>6a<br>6b</td></tr><tr><td>Guide technique de vergers</td><td>100 exemplaires</td><td>Réunions de producteurs et Journées techniques producteurs</td><td>2020</td><td>- guide technique des vergers</td><td>7</td></tr><tr><td>Fiches pratiques d'aménagements d'infrastructures agroécologiques pour les auxiliaires</td><td></td><td>Journées techniques</td><td>2020</td><td>- fiche pratique d'aménagements pour les auxiliaires</td><td>8</td></tr><tr><td>Thèse entomologie</td><td>1</td><td></td><td>2020</td><td>Thèse abandonnée en 2019 remplacée par l'article en cours de publication dans la case suivante</td><td>-</td></tr><tr><td>Publications scientifiques</td><td>3</td><td>Revues scientifiques</td><td>2020</td><td>- article publié dans le journal « Molecules »<br>- article publié dans le journal « LWT - Food Science and Technology »<br>- article publié dans la « Revue scientifique Bourgogne-France-Comté Nature »<br>- article publié dans le journal « Entomologia Generalis »</td><td>9a<br>9b<br>9c<br>9d</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td></td><td></td><td></td><td></td><td><strong>+ 1 article soumis non encore publié :</strong><br>Duchet Anez, M., Denis, C.<br>Anstett, MC. Projet Cassis : Approche pluridisciplinaire pour des mesures agro-écologiques. Soumis à Bourgogne-Franche-Comté Nature, Maison du Parc naturel régional du Morvan</td><td></td></tr><tr><td>Conférence internationale sur le biocontrôle</td><td>Poster et/ou présentation orale</td><td>Présentation résultats</td><td>2020</td><td><strong>1 présentation orale</strong><br>Vanwymeersch N., Kuzmin, R., Anstett MC, Louapre P. Ecology of the white peach scale <em>Pseudaulacaspis pentagona</em> (Hemiptera: Diaspididae) in blackcurrant orchards and its biocontrol by releasing local parasitoids. Oral Com. XVth International symposium on scale insect studies. 17-20 June 2019, Zagreb Croatia.</td><td>10</td></tr><tr><td>Conférence internationale, présentation du projet</td><td>1 Diaporama de présentation</td><td>IBA : International Blackcurrant Association</td><td>2018 et 2020</td><td>Conférence IBA prévue en Ukraine annulée 3 années de suite (covid +guerre)<br>- Poster IBA prévu par SAYENS</td><td>11</td></tr><tr><td>Méthodes et protocoles de croisements variétaux et d'évaluation du matériel végétal (qualité organoleptique)</td><td>1</td><td></td><td>2020</td><td>- Bilan croisements<br>- Diapositive Morphologie florale<br>- Diapositive Test Infestation cochenille en laboratoire<br>- Comptes rendus volet organoleptique :<ul><li>Analyse bibliographique</li><li>Analyse composés volatiles par chromatographie</li><li>Analyse olfactométrique</li></ul></td><td>12a<br>12b<br>12c<br><ul><li>12d</li><li>12e</li><li>12f</li></ul></td></tr><tr><td>Plants issus de la création variétale</td><td>90 plants</td><td></td><td>2020</td><td>Plus de 300 hybrides créés.<br>- Bilan des croisements<br>- Plateforme Agronov 2019<br>- Plateforme Agronov 2020<br>- Plateforme Agronov + croisements 2021<br>- Plan Essai variétal Merceuil 2020</td><td>13a<br>13b<br>13c<br>13d<br>13e</td></tr><tr><td>Plants issus de l'assainissement</td><td>1000 à 2000 plants</td><td>Mise à disposition des producteurs</td><td>2020</td><td>- Bilan Spiral<br>- Rapport Spiral <strong>confidentiel</strong></td><td>14a<br>14b</td></tr><tr><td>Présentation du projet et de son avancée à la filière cassis nationale</td><td></td><td>Filière cassis national, Réunions du groupe Cassis AFIDEM</td><td>1 fois par an</td><td>- Invitation AFIDEM aux différents évènements<br>- Visite AFIDEM le 28/01/2021<br>- Conférence AFIDEM le 07/12/2021 :<ul><li>Présentation</li><li>Compte-rendu</li><li>Photo présentation CNRS</li></ul></td><td>15a<br>15b<br><ul><li>15c</li><li>15d</li><li>15e</li></ul></td></tr></table>
<table><tr><td>Projet (Travaux pratiques) ou présentations à visées pédagogiques</td><td>1 à 2 par ans</td><td>Etablissements d'enseignement, L'Institut Agro DIJON</td><td>2018-2020</td><td>- Module filière 2018<br>- Module filière 2019<br>- Module filière 2021<br>- Module filière 2022</td><td>16a<br>16b<br>16c<br>16d</td></tr><tr><td>Poster de vulgarisation à destination du grand public</td><td>1 poster</td><td>Foire gastronomique, fête de la science</td><td>2018-2020</td><td>- poster : Vanwymeersch N. Pseudaulacaspis pentagona, la cochenille du mûrier. Journées des doctorants de l'Université de Bourgogne. Dijon 2019.<br>- poster + présentation du volet organoleptique. Journées des doctorants de l'Université de Bourgogne. 2021<br>- photos + poster Ferme Côte d'Or (foire gastronomique) 2021</td><td>17a +<br>17b<br>17c +<br>17e</td></tr><tr><td>Page internet dédié au projet sur le site de Welience Agro-Environnement</td><td>1 page web</td><td>Web</td><td>2018 mise à jour bisannuelle</td><td>- page internet SAYENS<br>- page internet SPIRAL<br>- page Internet L'INSTITU Agro Dijon</td><td>18a<br>18b<br>18c</td></tr><tr><td>Format commun</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>19</td></tr></table>

## Livrables supplémentaires :

<table><thead><tr><th>Type de livrable</th><th>N° livrables</th></tr></thead><tbody><tr><td>Presse locale :</td><td></td></tr><tr><td>Article du Bien public du 10 septembre 2021</td><td>20a</td></tr><tr><td>Article du Journal du Centre du 11 juillet 2021</td><td>20b</td></tr><tr><td>Visite des GO du PEI allemands le 28 novembre 2019. Présentation en salle + visite parcelles de Bretenière.</td><td></td></tr><tr><td>- Extrait site web du Réseau Rural</td><td>21a</td></tr><tr><td>- Présentation faite par les partenaires PEI Cassis</td><td>21b</td></tr><tr><td>- Programme</td><td>21c</td></tr><tr><td>Participation au Comité Régional Innovation-Coopération 05/06/2019. Présentation.</td><td>22</td></tr><tr><td>Extrait Livret des PEI Bourgogne Franche Comté de 2019</td><td>23</td></tr><tr><td>Réunions scientifiques</td><td></td></tr><tr><td>- 8/10/2020</td><td>24a</td></tr><tr><td>- 26/11/2019</td><td>24b</td></tr><tr><td>- 21/03/2019</td><td>24c</td></tr><tr><td>- 4/04/2019</td><td>24d</td></tr><tr><td>Rapports et présentations de stage :</td><td></td></tr><tr><td>- Rapport Manon LEON DE TREVERRET, stagiaire M1 CNRS 2018 (avant acceptation officielle du projet)</td><td>25a</td></tr><tr><td>- Rapport Ruddy KUZMIN, stagiaire M1 CNRS 2018 (avant acceptation officielle du projet)</td><td>25b</td></tr></tbody></table>
<table><tbody><tr><td>- Rapport Elias BIZET, stagiaire M1 CNRS 2019</td><td>25c</td></tr><tr><td>- Rapport + présentation Cécile TRUCHOT, stagiaire M1 SAYENS 2019</td><td>25d</td></tr><tr><td>- Rapport + présentation Jugurta BOUIDGHAGHEN, stagiaire M1 SAYENS 2019</td><td>25e</td></tr><tr><td>- Rapport Charly JACQUOT, stagiaire M2 CA21 2019</td><td>25f</td></tr><tr><td>- Rapport + présentation Lucas BROWET, stagiaire M1 SAYENS + CNRS 2020</td><td>25g</td></tr><tr><td>- Poster + rapport Cécile DESBOIS, stagiaire M1 SAYENS 2020</td><td>25h</td></tr><tr><td>- Rapport Delphine PETERMAN, stagiaire Ingénieur 2ème année (M1) CNRS 2020</td><td>25i</td></tr><tr><td>- Rapport Maëlis GIRARD, stagiaire L1 CNRS 2021</td><td>25j</td></tr><tr><td>- Rapport Laura GREGOIRE, stagiaire M2 SAYENS + CNRS 2021</td><td>25k</td></tr><tr><td colspan="2">Autres étudiants encadrés par le CNRS dans le cadre du projet</td></tr><tr><td colspan="2">- Stage Louis SIEBERT, L1 Université de Bourgogne 5 semaines. 2020</td></tr><tr><td colspan="2">- Stage Valentine ANSTETT, L3 Université Orsay 2 semaines. 2021</td></tr><tr><td>Communications nationales (partenaire CNRS)</td><td>26</td></tr><tr><td>Anstett MC, Léon de Treveret M, Louapre, P. La pollinisation du cassis : État des lieux dans un contexte de changements anthropiques. 15èmes rencontres Bourgogne Franche Comté Nature. 6 et 7 Novembre 2021. Saint Brisson France</td><td></td></tr><tr><td>Anstett MC. A la recherche des pollinisateurs perdus : comment recréer un service écosystémique de pollinisation pour le cassis « Noir de Bourgogne » Les rencontres du végétal. Transition agroécologique 30-31 Mars 2021 Agrocampus Ouest, Anger France (distanciel) https://www.rencontres-du-vegetal.fr/edition-2021/programme/la-recherche-des-pollinisateurs-perdus-comment-recreer-un-service</td><td></td></tr><tr><td>Anstett MC, Duchet-Annez M. Le coût des pollinisateurs perdus : exemple du cassis » Noir de Bourgogne » 3ème réunion annuelle du GDR Pollinéco 16-18 novembre 2021 Toulouse (distanciel)</td><td></td></tr><tr><td>Duchet M, Petermann D, Anstett MC. Le prix de l'absence: disparition des pollinisateurs sauvages du cassis et baisse de rendement. 17 èmes rencontres Bourgogne Franche Comté Nature. 6 et 7 Novembre 2021. Saint Brisson France https://www.youtube.com/watch?v=gUHHihRuTOk</td><td></td></tr><tr><td>Anstett MC. Conférence AFIDEM. 7 décembre 2021. Paris.</td><td></td></tr><tr><td>Pod cast Sciences en lumière</td><td></td></tr><tr><td>https://podcasts-francais.fr/podcast/sciencesenlumiere/lumiere-sur-l-erosion-de-la-biodiversite-avec-mari</td><td></td></tr></tbody></table>
# L'Europe s'engage en Bourgogne-Franche-Comté

Ici, l'Union européenne cofinance un projet pour : Soutenir la filière Cassis en Bourgogne

NOM DU PROJET : Pérennité et développement de la filière Cassis en Bourgogne

PORTEUR DE PROJET : Association les Acteurs du Cassis

MONTANT FEADER : 390 320,64 € pour un coût total du projet de 487 900,86 €

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En Bourgogne, 80 producteurs produisent en moyenne 1500 tonnes de cassis chaque année et les liquoristes plus de 16 millions de litres de Crème de Cassis. Embématique de la région, la variété Noir de Bourgogne, cultivée pour ses fruits et ses bourgeons, représente près de 70 % des surfaces de cassis cultivées en Bourgogne. Elle est reconnue pour ses qualités organoleptiques et est indispensable à l'élaboration de la crème de Cassis des deux indications géographiques régionales : Cassis de Dijon et Cassis de Bourgogne.

Cependant, la production de cassis fruit Noir de Bourgogne donne des rendements hétérogènes de par sa faible fertilité, sa sensibilité aux stress biotiques (cochenille, oidium, anthrac nose) et abiotiques (gelées printanières). Ces faiblesses, associées au changement climatique et au fort développement des populations de cochenilles ces dernières années, susciten beaucoup d'inquiétudes. Au cours des 9 dernières années, la Bourgogne a enregistré 7 années avec un rendement moyen inférieur ou égal au seuil de rentabilité espéré.

Le projet d'émergence de groupe opérationnel, initié en 2016 par les acteurs de la filière (producteurs et transformateurs), a abouti à la création d'une association interprofessionnelle forte et unie qui porte aujourd'hui le projet de pérennité et développement de la filière Cassis en Bourgogne. Cette association, les Acteurs du Cassis, s'est entourée de plusieurs partenaires techniques et scientifiques afin de trouver ensemble des solutions concrètes aux difficultés rencontrées.

Des actions agroécologiques et de protections sanitaires des vergers constituent ainsi le 1er levier permettant d'apporter des solutions immédiates pour stabiliser les rendements. A long terme, l'amélioration de la variété Noir de Bourgogne par des travaux de sélection variétale est identifiée comme une solution prometteuse.

Ce programme d'action, piloté par les acteurs de la filière régionale, répond donc à une nécessité d'adaptation immédiate de la production et d'innovation selon les principes de l'agroécologie face aux aléas climatiques et sanitaires, tout en préparant l'avenir de la filière.

<figure><img src="image_79.png" /></figure>

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S.I.D.C.B.
Syndicat
Interprofessionnel de
Défense du Cassis en
Bourgogne

Association
Cassis de Dijon

<figure><img src="image_87.png" /></figure>

UNION EUROPEENNE

REGION
BOURGOGNE
FRANCHE
COMTE

avec le Fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER)
L'Europe investit dans les zones rurales.
ANNEXE 2- RECAPITULATIF DES PHOTOS DES REUNIONS ET
EVENEMENTS

<figure><img src="image_88.png" /></figure>

PEI 2018-2021 Pérennité et Développement de la
Filière Cassis en Bourgogne. Photos réunions et
evènements. **Affiche A3 et/ou logo FEADER**
**indiqués par des flèches rouges.**

Réunion du groupe opérationnel 8/11/2018. Lancement du programme. Chambre d'Agriculture.

<figure><img src="image_89.png" /></figure>

COPIL. 13/12/2018. Locaux de SUPREX, L'Héritier Guyot.

<figure><img src="image_90.png" /></figure>
Module filière 2019 à AgroSup Dijon. 6/02/2019. Présentation par Marine Nars Chasseray (SAYENS) et Sandy Pages Hélary (AgroSup Dijon)

<figure><img src="image_91.png" /></figure>

<figure><img src="image_92.png" /></figure>
Réunion COPIL 7/02/2019. Locaux de Suprex, L'Héritier Guyot. Avec Fiona Bouvet Agnelli, Région Bourgogne Franche Comté.

<figure><img src="image_93.png" /></figure>

Réunion scientifique. 21/03/2019. Locaux de Suprex, l'Héritier Guyot

<figure><img src="image_94.png" /></figure>
<figure><img src="image_95.png" /><figcaption>AG Acteurs du Cassis. Chambre d'Agriculture de la Côte d'Or. 25/06/20219.</figcaption></figure>

<figure><img src="image_96.png" /></figure>
<figure><img src="image_97.png" /><figcaption>CA des Acteurs du Cassis. Chambre d'Agriculture de la Côte d'Or. 29/11/2019</figcaption></figure>

<figure><img src="image_98.png" /></figure>
<figure><img src="image_99.png" /><figcaption>Bureau de Cyrielle Denis avec Affiche A3 affichée. 25/02/2020. CA21</figcaption></figure>

<figure><img src="image_100.png" /></figure>
<figure><img src="image_101.png" /><figcaption>AG des Acteurs du Cassis. 18/09/2020. CA21</figcaption></figure>

<figure><img src="image_102.png" /></figure>
<figure><img src="image_103.png" /><figcaption>Affiche A3</figcaption></figure>

<figure><img src="image_104.png" /></figure>
<figure><img src="image_105.png" /><figcaption>Affiche A3</figcaption></figure>

<figure><img src="image_106.png" /></figure>

<figure><img src="image_107.png" /></figure>
Ferme Côte d'Or. 6/11/2021 au 9/11/2021. Foire gastronomique de Dijon. Affiche A3 + poster avec logo FEADER

<figure><img src="image_108.png" /></figure>

<figure><img src="image_109.png" /></figure>
La filière cassis en Bourgogne
- en quelques chiffres -

<figure><img src="image_110.png" /></figure>
<figure><img src="image_111.png" /></figure>

<figure><img src="image_112.png" /></figure>
<figure><img src="image_113.png" /></figure>
<figure><img src="image_114.png" /><figcaption>ANNEXE 3- FICHE INFRASTRUCTURES AGROECOLOGIQUES</figcaption></figure>
<figure><img src="image_115.png" /><figcaption>Figure 2. Photos (4) d'un forficule et (5) d'une coccinelle (Chilocorus nigritus)</figcaption></figure>

Dans le but d'attirer efficacement les auxiliaires de culture et de leur permettre de se développer correctement, les hôtels à insectes doivent cependant respecter quelques règles. Ils doivent :

- Etre constitués de matériaux non traités

- Etre protégés des intempéries (pluie, vent dominant, ...)

- Etre surélevé d'au moins 30cm pour éviter l'humidité du sol et les possibles colonisations par d'autres espèces comme les fourmis

- Etre orienté au Sud - Sud-Est dans le cas des pollinisateurs

Ainsi, en fonction des auxiliaires que l'on souhaite attirer, les hôtels à insectes peuvent être plus ou moins complexes (figure 3). De simples tiges creuses placées dans une canette ou une bouteille en plastique coupée sont suffisantes pour attirer des abeilles solitaires par exemple.

<figure><img src="image_116.png" /><figcaption>Figure 3. Photos d'hôtels à insectes constitués de différents matériaux</figcaption></figure>

D'autres auxiliaires peuvent également nicher dans le sol. L'ajout de carrés de sol contenant un mélange de terre et de sable ou de terre et d'argile sur une profondeur d'environ 50cm peut fournir un bon gîte aux andrènes, qui sont des abeilles terricoles (figure 4). Des pots retournés et enterrés avec un tapis de foin ou de la mousse peuvent également permettre d'attirer des reines bourdons en début de saison pour qu'elles y fondent une nouvelle colonie (figure 5).

<figure><img src="image_117.png" /><figcaption>Figure 5. Photo d'une andrène (Andrena cineraria) a la sortie de son terrier (à gauche) et en train de butiner (à droite)</figcaption></figure>

<figure><img src="image_118.png" /><figcaption>Figure 4. Pot retourné pouvant servir de nid à bourdon</figcaption></figure>
En plus de ces différents aménagements qui vont venir fournir le gîte aux auxiliaires, il est également important de fournir de la diversité alimentaire aux pollinisateurs. En effet, la floraison du cassissier ne s'étale que sur une durée d'environ 3 semaines à compter de la mi-avril, donc hors de cette période, les pollinisateurs ne trouvent plus de quoi se nourrir au sein des parcelles et risquent de les quitter. L'implantation de bandes fleuries dans les inter-rangs (figure 6) permet de fournir cette diversité de ressource alimentaire et donc d'augmenter les chances que les pollinisateurs restent dans les parcelles d'une année sur l'autre. Par ailleurs, le fait d'ajouter de la diversité florale va permettre d'augmenter la diversité d'insectes et donc celle des auxiliaires en général.

Un mélange classique pour les inter-rangs serait par exemple constitué de 45% de graminées sauvages (brome, fétuques ovines et rouges) afin de stabiliser le mélange et d'assurer la portance des sols, associé avec 55% de fleurs sauvages (cf liste ci-dessous). Un tel mélange permettrait aux pollinisateurs de pouvoir se nourrir tout au long de la saison, jusqu'à la fin de leur cycle de vie, même lorsque que la floraison du cassissier est terminée.

<figure><img src="image_119.png" /><figcaption>Figure 6. Photo d'une bande fleurie semée en inter-rang</figcaption></figure>

<figure><img src="image_120.png" /><figcaption>*Bromus erectus*
Brome dressé</figcaption></figure>

<figure><img src="image_121.png" /><figcaption>*Festuca ovina*
Fétuque ovine</figcaption></figure>

<figure><img src="image_122.png" /><figcaption>*Festuca rubra*
Fétuque rouge</figcaption></figure>

<figure><img src="image_123.png" /><figcaption>*Achillea millefolium*
Achilée millefeuille</figcaption></figure>

<figure><img src="image_124.png" /><figcaption>*Anthemis tinctoria*
Anthémis des teinturiers</figcaption></figure>

<figure><img src="image_125.png" /><figcaption>*Anthyllis vulneraria*
Anthyllide vulnéraire</figcaption></figure>
<figure><img src="image_126.png" /><figcaption>*Borago officinalis*
Bourrache</figcaption></figure>

<figure><img src="image_127.png" /><figcaption>*Centaurea cyanus*
Bleuet des champs</figcaption></figure>

<figure><img src="image_128.png" /><figcaption>*Centaurea jacea*
Centaurée jacée</figcaption></figure>

<figure><img src="image_129.png" /><figcaption>*Echium vulgare*
Vipérine commune</figcaption></figure>

<figure><img src="image_130.png" /><figcaption>*Fagopyrum esculentum*
Sarrasin</figcaption></figure>

<figure><img src="image_131.png" /><figcaption>*Leucanthemum vulgare*
Marguerite</figcaption></figure>

<figure><img src="image_132.png" /><figcaption>*Sanguisorba minor*
Petite pimprenelle</figcaption></figure>

<figure><img src="image_133.png" /><figcaption>*Silene vulgaris*
Silène</figcaption></figure>

<figure><img src="image_134.png" /><figcaption>*Lotus corniculatus*
Lotier corniculé</figcaption></figure>

<figure><img src="image_135.png" /><figcaption>*Onobrychis viciifolia*
Sainfoin cultivé</figcaption></figure>

<figure><img src="image_136.png" /><figcaption>*Trifolium incarnatum*
Trèfle rouge</figcaption></figure>
# ANNEXE 4- POSTER IBA

<figure><img src="image_137.png" /></figure>

## VARIETAL IMPROVEMENT OF THE BLACKCURRANT « NOIR DE BOURGOGNE ».
### ASSESSMENT OF AVAILABLE GENETIC DIVERSITY.

Cécile DESBOIS¹, Marine NARS-CHASSERAY¹, Jugurta BOUIDGHAGHEN¹, Cécile TRUCHOT¹, Najoi EL AZHARI¹

1: SAYENS Dijon, AgrOnov, 3 rue des coulots, 21110 Bretenière

<figure><img src="image_138.png" /></figure>

UNION EUROPÉENNE

REGION
BOURGOCHE
FRANCHE
COMTE

avec le Fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER)
L'Europe investit dans les zones rurales.

<figure><img src="image_139.png" /></figure>

## INTRODUCTION

Blackcurrant (Ribes nigrum) is used in therapy, perfumery, aromatics and fruit production. The variety Noir de Bourgogne is the most cultivated in Burgundy (France), to make blackcurrant liquor, because of its organoleptic qualities. However, these 9 past years, growers have known 7 years below breakeven. This is due to its low fertility, its sensibility of biotic stress (White mulberry scale (Pseudaulocaspis pentagona) and diseases like powdery mildew or anthracnose) and abiotic stress (spring frosts). SAYENS has a collection of blackcurrant since 2009, and take part in an European innovation project (EIP). This project is about growing management, control of the white mulberry scale populations, rehabilitation of pollinators populations and conservation of organoleptic qualities. A breeding program started in 2018, using the genetic diversity present in the collection. The varieties of the collection are evaluated at genetic, agronomic and organoleptic levels. The Noir de Bourgogne has been crossed with other blackcurrant varieties which are resistant to these stresses. F1 hybrids will be backcrossed up to 5 to 7 times with Noir de Bourgogne in order to get the genetic heritage that brings its organoleptic qualities which are essential to produce blackcurrant liquor.

In parallel, Scottish varieties of blackcurrant have been sent to SAYENS by the James Hutton Institute to enrich the collection and to test them for white mulberry scale resistance. New unlisted blackcurrant accessions have been harvested in wild blackcurrant populations in Jura (France) to be analyzed.

<figure><img src="image_140.png" /></figure>

## OBJECTIVES

Evaluate the genetic material available in the SAYENS collection :

- Genetic link building between 6 wild blackcurrants (CS) plants from two different populations and the Noir de Bourgogne.

- Establishment of the genetic profile of 5 varieties of Scottish blackcurrants (Hedda, Ben Finlay, S36/1/100, S10/2/27/28 and Ben Hope).

- Research of linkage between markers and agronomics traits of interest (resistance, precocity, etc.) with the use of microsatellite markers.

## RESULTS

### GENETIC DIVERSITY

<figure><img src="image_141.png" /><figcaption>Dendrogram showing genetic diversity in 59 blackcurrant accessions, assessed with 8 microsatellites markers: e1-O21, g1-K04, g2-G12, g2-J08, e3-B02, e4-D03, g2-L17 et e1-O20 (46 polymorphic bands) provided by the James Hutton Institute.</figcaption></figure>

Green : New accessions of wild blackcurrant populations from Jura

Purple : Noir de Bourgogne

Red : New Scottish blackcurrant varieties sent by the James Hutton Institute

Orange : Scottish varieties already present in the SAYENS collection

It can be noticed that :

- New Scottish varieties are close to other Scottish varieties already studied by SAYENS (Ben Alder, Ben Sarek, Ben Tirran).

- The wild blackcurrants are very close to each other except the CS1_2 which is different for 5 of the 8 markers used.

- The Noir de Bourgogne is very close to all of the CS (except CS1_2) : hypothesis of ancestral breeding from those endemics populations, several centuries ago ?

### SPECIFIC ALLELE DETERMINATION OF RESISTANCE OR SUSCEPTIBILITY TO ANTHRACNOSE

Anthracnose resistance screening and genotyping with the e1-O21 SSR marker of 48 blackcurrant varieties from SAYENS collection. Anthracnose : green (0) = no symptom to red (4) = very susceptible. Genotyping with e1-O21 : 0 = absence and 1 = presence.

<figure><img src="image_142.png" /></figure>

It is suspected that the e1-O21_284 bp allele may be linked to anthracnose resistance and that the e1-O21_290 bp allele may be linked to anthracnose susceptibility.

<table><caption>Percentage of the presence of markers according to their grade of floral precocity and ripening precocity. Grade: 1 = strong earliness to 7: strong lateness</caption><thead><tr><th rowspan="2">Grade</th><th colspan="3">Marker</th></tr><tr><th>Early flowering</th><th>Early ripening</th><th>Late ripening</th></tr></thead><tbody><tr><td>1 to 2</td><td>50%</td><td>0%</td><td>17%</td></tr><tr><td>3 to 7</td><td>0%</td><td>62%</td><td>0%</td></tr></tbody></table>

The g2-G12_166 bp allele may be linked to precocity traits.

## CONCLUSIONS / PERSPECTIVES

- Check if the hybrids which have the e1-O21_284 bp allele or the e1-O21_290 bp allele will be resistant or sensitive respectively to anthracnose.

- Check the offspring genetic profiles to see if plants got the organoleptics qualities from the Noir de Bourgogne and the good agronomics traits from the second parental variety.

- New accessions of blackcurrant may be part of the breeding program of SAYENS.

- In collaboration with the James Hutton Institute, a study population will be developed (sensitive parent x resistant parent) to find a marker for resistance to the white mulberry scale.

<figure><img src="image_143.png" /></figure>
<figure><img src="image_144.png" /><figcaption>ANNEXE 5- POSTER JOURNEE DES DOCTORANTS</figcaption></figure>
<figure><img src="image_145.png" /></figure>

<figure><img src="image_146.png" /></figure>

AGRICULTURES
&TERRITOIRES

CHAMBRE D'AGRICULTURE
CÔTE-D'OR

GUIDE TECHNIQUE DES
VERGERS DE CASSIS

Ce guide vous est proposé suite aux travaux menés dans le cadre du PEI : « Pérennité et développement de la filière Cassis en Bourgogne-Franche Comté ». Il contient 3 fiches techniques sur : les moyens de lutte contre la cochenille blanche du mûrier ; la stratégie de fertilisation sur cassissier ; les possibilités et limites des couvre-sol pour le contrôle des mauvaises herbes sur les rangs.

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UNION EUROPÉENNE

RECION
BOURCOCHE
FRANCHE
COMTE

avec le Fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER)
L'Europe investit dans les zones rurales.

Projet FEADER 2018-2021 — Pérennité et développement de la filière Cassis en Bourgogne Franche Comté — Fonds européens FEADER 390 320,64 € — Coût total du projet 487 900,86 €