# Introduction à la science ouverte

Eva Legras, Gaëlle Jaouen, David Gasparotto, Grégoire Burgé, Mélanie Lavoignat

► To cite this version:

Eva Legras, Gaëlle Jaouen, David Gasparotto, Grégoire Burgé, Mélanie Lavoignat. Introduction à la science ouverte. Printemps de la Donnée 2024, INRAE; Université Haute-Alsace; Université de Strasbourg; INSA; PNDB; AgroParisTech; Université de Lille; Sorbonne Université; Data Terra, Mar 2024, Paris, France. **hal-04682008**

HAL Id: hal-04682008

https://hal.inrae.fr/hal-04682008v1

Submitted on 30 Aug 2024

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<figure><img src="image_1.png" /></figure>
25-26 mars 2024

# Formation
Introduction à la science
ouverte
# Programme

## Partie 1 : Définir une stratégie de science ouverte

* 14h-16h30 : implémenter une stratégie de science ouverte dans un projet de recherche, David Gasparotto, Gaëlle Jaouen, Eva Legras

* 16h30 : ouvrir la recherche au-delà du labo
  * Science ouverte et innovation-transfert, Grégoire Burgé
  * Science ouverte et sciences et société, Mélanie Lavoignat

## Partie 2 : La science ouverte en pratique

14h-14h40 : Comment développer de nouvelles modalités de publication ? L'exemple de Peer Community In. Rafael Muñoz-Tamayo (INRAE)

14h40-15h20 : Comment publier en accès ouvert des recherches impliquant des codes sources ? L'exemple de la revue Computo. Mathurin Massias (INRIA)

Pause

15h40-16h20 : Comment publier ses données de recherche ? L'exemple du dépôt dans Recherche Data Gouv. Améline Vallet (AgroParisTech)

16h20-17h : Comment ouvrir son processus de recherche à différents publics ? L'exemple d'un projet en sciences de la nutrition utilisant des méthodes de recherche participative. Nicolas Darcel (AgroParisTech)
Sondage !

<figure><img src="image_2.png" /></figure>

La science ouverte, qu'est ce que c'est pour vous ?
## Plan national pour la science ouverte v2 - MESRI (2021)

> «La science ouverte est la diffusion sans entrave des résultats, des méthodes et des produits de la recherche scientifique. Elle s'appuie sur l'opportunité que représente la mutation numérique pour développer l'accès ouvert aux publications et – autant que possible – aux données, aux codes sources et aux méthodes de la recherche. »

### CNRS

> « L'Open Science est une nouvelle approche transversale de l'accès au travail scientifique, des visées et du partage du résultat de la science mais aussi une nouvelle façon de FAIRE de la science, en ouvrant les processus, les codes et les méthodes. [...]

> L'Open Science, champ beaucoup plus profond que l'Open access limité à la seule publication, désigne tout l'éventail des voies et moyens d'enrichissement du travail scientifique apportés par le numérique. »

### AgroParisTech

> La science ouverte désigne l'ensemble des principes et des actions qui facilitent l'ouverture et la libre dissémination, à destination de l'ensemble de la société, des productions de la recherche scientifique, ainsi que la transparence et l'ouverture des processus de la recherche.

### INRAE

> La Science Ouverte (Open Science) est un mouvement qui consiste à ouvrir le processus de recherche à tous types d'acteurs (partenaires, citoyens) et à rendre accessibles et réutilisables les produits de la recherche (publications scientifiques, données, logiciels, etc.) par la communauté scientifique et la société. Partager les résultats de recherche, non seulement entre scientifiques, mais aussi avec la société, est en effet le meilleur moyen de faire progresser la connaissance et de développer des relations de confiance avec les différents acteurs.
# La science ouverte, une nouvelle approche de la recherche

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

Source: UNESCO, **Recommandation sur une science ouverte**, 2021
UNESCO, **Understanding open science**, 2022
La science ouverte, jusqu'où ?

« Aussi ouvert que possible, aussi fermé que nécessaire »

Une ouverture raisonnée, respectueuse des situations où la confidentialité est requise : secrets, accords avec des partenaires privés, données sensibles, dépôt de brevet, etc.

Une ouverture modulable, dès lors que la situation l'impose : confidentialité temporaire, accès à des utilisateurs spécifiques, etc.

Mais évolution vers un principe d'ouverture par défaut, où l'accessibilité et la réutilisabilité deviennent la norme et où les limites sont définies par des critères objectifs.
# La science ouverte, un principe soutenu par des politiques de plus en plus fermes

## › Article L112-1

Modifié par LOI n°2013-660 du 22 juillet 2013 - art. 16

La recherche publique a pour objectifs :

a) Le développement et le progrès de la recherche dans tous les domaines de la connaissance ;

b) La valorisation des résultats de la recherche au service de la société, qui s'appuie sur l'innovation et le transfert de technologie ;

c) Le partage et la diffusion des connaissances scientifiques en donnant priorité aux formats libres d'accès ;

c bis) Le développement d'une capacité d'expertise et d'appui aux associations et fondations, reconnues d'utilité publique, et aux politiques publiques menées pour répondre aux défis sociétaux, aux besoins sociaux, économiques et du développement durable ;

d) La formation à la recherche et par la recherche ;

e) L'organisation de l'accès libre aux données scientifiques.
## La science ouverte, un principe soutenu par des politiques de plus en plus fermes

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

- Politiques nationales

- Politiques des agences de financement publique

- Politiques institutionnelles
# Implémenter une stratégie de science ouverte dans un projet de recherche

David Gasparotto, Gaëlle Jaouen, Eva Legras
Formulation
d'une
hypothèse

Définition d'un
protocole de
recherche

Collecte de
données

Analyse des
données

Valorisation des résultats

Anticiper

Organiser, Documenter,
Contrôler, Collaborer

Publier
Archiver
Communiquer

Pairs
scientifiques

Partenaires
socio-
économiques

Décideurs
publics

Associations

Journalistes

Etc.
# Le nerf de la guerre : l'anticipation ! – Partie logistique et politique

⇒ Quelles ressources (humaines, financières, matérielles) seront nécessaires ?

- Prévoir des ETPs, un budget, du temps dédié aux différentes actions relatives à l'ouverture de la recherche

⇒ Quelles collaborations ? À quelles étapes du projet interviennent-elles le cas échéant ? Quelle gouvernance du projet ? Quelle audience ?

- S'entendre avec tous les partenaires est primordial pour éviter les déconvenues !

- Ouvrir sa recherche peut aussi impliquer de travailler avec des acteurs non-académiques : recherche participative

⇒ Quel cadre juridique et réglementaire s'applique à mon projet ?

- La science ouverte n'est pas en option ! En France, tenir compte des politiques nationales (Loi pour une république numérique), institutionnelles (AgroParisTech, INRAE, etc.), et des obligations contractuelles posées par les agences de financement publiques (ANR, Europe)
Le nerf de la guerre : l'anticipation ! – Partie scientifique

⇒ Quelles données ? **Existe-t-il déjà des données publiées utiles à mon projet ? La collecte de nouvelles données est-elle nécessaire ?**
# Définition des données de la recherche pour AgroParisTech

Les données de la recherche sont l'ensemble des enregistrements factuels (informations numériques, textuelles, visuelles ou sonores...) collectés, observés ou créés dans le cadre d'une activité de recherche.

Ces données sont nécessaires à la construction de la recherche, à l'établissement et à la validation des résultats de recherche.

Lorsque les données n'ont pas encore été traitées ou contextualisées, on parle de données brutes.

Entre données brutes et résultats finaux, les transformations successives des données peuvent servir de base à d'autres travaux de recherche et peuvent donc, de ce fait, être également considérées comme données de la recherche.
# Le nerf de la guerre : l'anticipation ! – Partie scientifique

⇒ Quelles données ? **Existe-t-il déjà des données publiées utiles à mon projet ? La collecte de nouvelles données est-elle nécessaire ?**

- Produire de nouvelles données peut coûter cher

- Produire de nouvelles données peut poser d'importantes questions éthiques : expérimentation animale par exemple (principe de minimisation)
# Le nerf de la guerre : l'anticipation ! – Partie scientifique

⇒ **Quelles données ? Existe-t-il déjà des données publiées utiles à mon projet ? La collecte de nouvelles données est-elle nécessaire ?**

- Produire de nouvelles données peut coûter cher

- Produire de nouvelles données peut poser d'importantes questions éthiques : expérimentation animale par exemple (principe de minimisation)

⇒ **Quel protocole de recherche ? Existe-t-il déjà un protocole de recherche publié utile à mon projet ?**

- Très classique en médecine, en développement dans les autres domaines

- Permet la reproductibilité, la capitalisation de recherches existantes, facilite la comparaison/confrontation des recherches
# Le nerf de la guerre : l'anticipation ! – Partie scientifique

⇒ **Quelles données ? Existe-t-il déjà des données publiées utiles à mon projet ? La collecte de nouvelles données est-elle nécessaire ?**

- Produire de nouvelles données peut coûter cher

- Produire de nouvelles données peut poser d'importantes questions éthiques : expérimentation animale par exemple (principe de minimisation)

⇒ **Quel protocole de recherche ? Existe-t-il déjà un protocole de recherche publié utile à mon projet ?**

- Très classique en médecine, en développement dans les autres domaines

- Permet la reproductibilité, la capitalisation de recherches existantes, facilite la comparaison/confrontation des recherches

⇒ **Quelle bibliographie ? Existe-t-il des références scientifiques librement accessibles ?**

- Toute référence indiquée dans de futures publications doit pouvoir être accessible sans barrière à n'importe quel lecteur pour faciliter la relecture et la vérification des faits
# Outil : le Plan de Gestion des Données

**= Pense-bête synthétique, collaboratif et itératif pour la gestion des données** : production, documentation, organisation, stockage, partage, protection, ouverture, archivage, moyens humains et financiers

## Objectifs :

* Soulever les points à discuter pour le bon déroulement du projet

* Eviter les mauvaises surprises et les oublis

* Prévoir les moyens et ressources nécessaires, anticiper les coûts

* Se mettre d'accord au sein du projet, fixer les règles

Plusieurs trames disponibles (ANR, Horizon Europe, institutionnelles, Trames AgroParisTech Projet et Entité) rassemblées sur DMP Opidor

## Précautions :

* Lister les types de données et leur volume prévisionnel pour anticiper leurs particularités et les précautions à prendre (cadre juridique, infrastructures...)

* Désigner un/des responsable(s) du PGD dans le projet

Fiche pratique : Plan de gestion de données
Outil : le Protocole pré-enregistré

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

https://www.cos.io/initiatives/registered-reports

- Renforcer la robustesse des recherches publiées, réduire les biais favorisant les résultats positifs : résultats publiés quelle que soit l'issue de l'expérimentation, y compris les résultats négatifs

- Améliorer la qualité des protocoles de recherche

- Faciliter leur réutilisation par d'autres équipes de recherche

- Pour aller plus loin : [Center for Open Science](https://cos.io/center-for-open-science) ; [ressources complémentaires](https://cos.io/resources)
Sondage !

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

Avez-vous déjà réutilisé des données ou des protocoles produits par qqun d'autre ?
Formulation
d'une
hypothèse

Définition d'un
protocole de
recherche

Collecte de
données

Analyse des
données

Valorisation des résultats

Anticiper

Co-construction avec des acteurs non-académiques

Plan de gestion de données

Réutilisation d'un
protocole ouvert

Pré-enregistrement
du protocole

Organiser, Documenter,
Contrôler, Collaborer

Réutilisation de
données
ouvertes

Outils et
matériaux
ouverts

Publier
Archiver
Communiquer

Pairs
scientifiques

Partenaires
socio-
économiques

Décideurs
publics

Associations

Journalistes

Etc.
Formulation
d'une
hypothèse

Définition d'un
protocole de
recherche

Collecte de
données

Analyse des
données

Valorisation des résultats

Anticiper

Co-construction avec des acteurs non-académiques

Plan de gestion de données

Réutilisation d'un
protocole ouvert

Pré-enregistrement
du protocole

Organiser, Documenter,
Contrôler, Collaborer

Réutilisation de
données
ouvertes

Outils et
matériaux
ouverts

Publier
Archiver
Communiquer

Pairs
scientifiques

Partenaires
socio-
économiques

Décideurs
publics

Associations

Journalistes

Etc.
# Focus sur un enjeu clé : reproductibilité / réplicabilité en sciences expérimentales

## Plusieurs orientations possibles :

* Analyser les données et codes sources ouverts d'une étude
  Arrive-t-on aux mêmes conclusions ?

* Reproduire la méthode d'une étude dans les mêmes conditions
  Produit-on les mêmes résultats ?

* Reproduire la méthode d'une étude dans différents contextes

Exemple : initiative Agile Reproducibility

https://www.nature.com/articles/533452a

<figure><img src="image_7.png" /></figure>
# Focus sur un enjeu clé : reproductibilité / réplicabilité en sciences expérimentales

* Pas de définition consensuelle

* Sujet complexe ! Dépend des disciplines, des méthodes, etc.

* Mais de vrais enjeux autour de la qualité et de la « robustesse » des recherches menées
# Focus sur un enjeu clé : reproductibilité / réplicabilité en sciences expérimentales

## WHAT FACTORS CONTRIBUTE TO IRREPRODUCIBLE RESEARCH?

Many top-rated factors relate to intense competition and time pressure.

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

* **Selective reporting**

* **Pressure to publish**

* Low statistical power or poor analysis

* Not replicated enough in original lab

* Insufficient oversight/mentoring

* Methods, code unavailable

* Poor experimental design

* Raw data not available from original lab

* Fraud

* Insufficient peer review

* Problem with reproduction efforts

* Technical expertise required for reproduction

* Variability in standard reagents

* Bad luck
# Focus sur un enjeu clé : reproductibilité / réplicabilité en sciences expérimentales

## Bases de la reproductibilité :

- Matériel nécessaire à l'étude (dispositif expérimental, etc.)

- Démarche expérimentale précise (étapes à suivre, etc.) : enjeu de robustesse !

- Procédures transparentes de traitement et d'analyse des données ; indicateurs statistiques

- Accès à l'exhaustivité des données, positives et négatives : éviter les biais de confirmation

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

Méta-analyses : risques de biais renforcés !

## Pour aller plus loin :

La recherche en crise de reproductibilité ? EPRIST, 2020

Recherche reproductible : état des lieux, Institut Pasteur, séminaire 2023

## Zones grises et pratiques discutables

- « Cherry picking » : sélectionner abusivement des données

- HARking: formuler des hypothèses après la collecte de résultats

- P-hacking: orienter les données afin d'obtenir certains indicateurs statistiques (supprimer des données ou en arrêter la collecte en fonction de l'impact sur des indicateurs, etc.) ; arrondir des valeurs significatives ; etc.

Fraser H, Parker T, Nakagawa S, Barnett A, Fidler F (2018) Questionable research practices in ecology and evolution. PLoS ONE 13(7): e0200303.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0200303
Formulation
d'une
hypothèse

Définition d'un
protocole de
recherche

Collecte de
données

Analyse des
données

Valorisation des résultats

Anticiper

Organiser, Documenter,
Contrôler, Collaborer

Publier
Archiver
Communiquer

Co-construction avec des acteurs non-académiques

Réutilisation de
données
ouvertes

Plan de gestion de données

Réutilisation d'un
protocole ouvert

Outils et
matériaux
ouverts

Pré-enregistrement
du protocole

Pairs
scientifiques

Partenaires
socio-
économiques

Décideurs
publics

Associations

Journalistes

Etc.
# Outil : les Principes FAIR

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

## Qu'est-ce que c'est ?

Encore un pense-bête! 4 ensembles de précautions à prendre pour que les DR soient **Faciles à trouver, Accessibles, Interopérables et Réutilisables** (utile à appliquer à tout élément de la recherche !)

## À quoi ça sert ?

**Standardiser** (formats libres et ouverts, vocabulaires, unités...), **documenter** (métadonnées), **tracer** (identifiant pérenne...)

<figure><img src="image_11.png" /></figure>

Principes FAIR ≠ ouverture obligatoire : des données FAIR peuvent être confidentielles

## Les gros avantages ?

Facilite la conservation, la traçabilité, la publication, les collaborations pour l'ouverture et même avant!

## Les précautions à prendre ?

Respecter les standards

Fiche pratique : Principes FAIR
# Bonnes pratiques de gestion des fichiers et des données

## Ensemble de règles et réflexes pour optimiser :

* La gestion des fichiers et des données à l'intérieur des fichiers

* La collaboration (formats ouverts, outils collaboratifs)

* La limitation des risques de confusions, d'erreurs, de pertes de données (sécurité du stockage, politique de sauvegardes)

**Gagner du temps et... éviter les catastrophes !**

## Les précautions à prendre :

* Rester **réalistes** et tenir compte des **moyens disponibles** (humains, techniques, financiers)

* Tous les membres du projet suivent **les mêmes règles** pour **que tout le monde se comprenne** !

* Documenter autant que possible pour être transparents et accessibles aux nouveaux collaborateurs
# Organisation des fichiers

## Bien organiser son arborescence

<figure><img src="image_12.png" /></figure>

<figure><img src="image_13.png" /></figure>

## Bien nommer ses fichiers de données

<figure><img src="image_14.png" /></figure>

PROTIP: NEVER LOOK IN SOMEONE ELSE'S DOCUMENTS FOLDER.

https://www.explainxkcd.com/wiki/index.php/1459: Documents

## Fiche pratique : Bonnes pratiques de gestion
# Métadonnées

Tous les éléments de description des DR = **Carte d'identité d'un jeu de données** :

* contexte d'acquisition (pourquoi, comment, auteur(s)...)

* unité de mesure

* dates de collecte, de révision

* format de fichier

* Etc.

Pour assurer la **compréhension** et la **réutilisabilité éclairée** des DR, **conserver les informations de genèse des DR, faciliter les collaborations**

**Les précautions à prendre :**

Choisir un **standard de métadonnées** (Dublin Core, Darwin core, EML, DataCite...) adapté au projet et à la communauté scientifique, avoir des **métadonnées les plus riches possibles**

**Ressources** : RDAlliance ; DCC ; FairSharing
# Contrôle qualité des données

* Quelles mesures de contrôle de la qualité des données ?

* Ne jamais modifier les données brutes!

* Standardiser, homogénéiser (unités, valeurs, notations...), compléter (valeurs nulles?)

* Contrôler les valeurs quantitatives (contrôles statistiques, bornes, réalisme, précision)

* Contrôler les variables qualitatives (uniformité des valeurs, des formats, contrôle logique, sémantique (référentiels/thésaurus/ontologies), liste bornée de valeurs)

<figure><img src="image_15.png" /></figure>

Globalement : Ecrire et partager toutes les conventions et règles choisies
# Outils : Documenter ses données au quotidien

## Fichier README:

* Document accompagnant à terme les jeux de données dans les entrepôts

* Description de tous éléments relatifs à leur contexte de production et leur organisation pour permettre leur réutilisation en confiance

* Complémentaire d'autres outils de documentation des données

```
(Les textes d'side sont écrits entre chevrons et sont destinds à être supprisés avant toute sauvegarde)
```

```
(UN README : Pourqu :
```

```
***la documentation d'un jeu de données doit être suffisante pour permettre à n'importe quel réutilisateur de comprendre et d'évaluer sa qualité. le README fournit des informations complémentaires et accessibles lorsqu'elles ne sont pas de présumés à disposition dans les répertoires du jeu de données, dans les répertoires des fichiers, etc./ou dans des fichiers associés, ou des fichiers accessibles à long terme sur des services d'abonnement (entrepôts de fichiers ou publication). Dans ce dernier cas, nous vous prions d'inclure les útis des documents en question ou leurs références***
```

```
(Privilégier les formats text document (.txt), ou markdown (.md))
```

```
Modèle de fichier README ... général ... version: 0.1 (2021-11-22)
```

```
Ce fichier README a été généré le [YYYY-MM-DD] par [NAME].
```

```
Dernière mise à-jour le : [YYYY-MM-DD].
```

```
# INFORMATION GENERALLES
```

```
# Titre du jeu de données :
```

```
# ODC:
```

```
# Adresse du contact :
```

```
(C)Sorbe suit une liste d'éléments suggérés pour vous aider à errir, si nécessaire, votre documentation. la pertinence de certains dépend de la discipline du jeu de données ou du contexte de production
```

```
(***supprimer toute section non-applicable***)
```

```
# INFORMATION METHODOLOGIQUES
```

```
# Conditions environnementales / experimentales :
```

```
# Description des sources et méthodes utilisées pour collecter et générer les données :
```

```
(Si applicable, décrire les standards, les informations de calibration, les instruments utilisés, etc.)
```

```
# Méthodes de traitement des données :
```

```
(Si applicable, décrire le traitement des données et inclure tout détail pouvant être important pour réutiliser ou reproduire les données. Commenter chaque étape.)
```

```
Par exemple, inclure les méthodes de nettoyage et d'analyse ; les codes et/ou algorithmes ; les procédés d'anonymisation ou de pseudonymisation pour les données sensibles concernant les humains ou des expériences manquantes;
```

```
# Procédures d'assurance-qualité appliquées sur les données :
```

```
# Autres informations contextuelles :
```

```
(Toute information que vous considérez importante pour évaluer la qualité du jeu de données ou pour sa réutilisation : par exemple, des informations concernant les logiciels nécessaires pour interpréter les données.
```

```
Si applicable et non-inclus préalablement, yjeuter les non complats et les versions de tous les logiciels, de tous les paquets et de toutes les libraries nécessaires pour lire et interpréter les données "e.g." pour compier les scripts.)
```

```
# APERCU DES DONNÉES ET FICHIERS
```

```
# Conversion de nommage des fichiers :
```
# Outils : Documenter ses données au quotidien

## Dictionnaire des données :

* Liste détaillée des données manipulées dans le projet avec leurs significations, leurs caractéristiques (unités, gamme de valeurs, format...), leur origine

* Toutes spécifications nécessaires à leur utilisation et leur compréhension

### Data dictionary

Each entry corresponds to a given tree at a given census year.

> Processed data

<table><thead><tr><th>Variable Name</th><th>Data Type</th><th>Description</th></tr></thead><tbody><tr><td>Forest</td><td>Text</td><td>Forest name</td></tr><tr><td>Plot</td><td>Text</td><td>Plot name or number</td></tr><tr><td>PlotArea</td><td>Real</td><td>Plot area (hectare)</td></tr><tr><td>GeoIPlot</td><td>Text</td><td>Geological substrate of the plot, from the BRGM geological map of French Guiana (2001), 2<sup>nd</sup> edition (2017)</td></tr><tr><td>Subplot</td><td>Integer</td><td>Subplot number</td></tr><tr><td>TreeFieldNum</td><td>Real</td><td>Tree number within a subplot (matching the tag number in the field). NB: Several trees from different plots or subplots have the same TreeFieldNum</td></tr><tr><td>idTree</td><td>Integer</td><td>Unique tree identifier in the database</td></tr><tr><td>Xfield</td><td>Real</td><td>Euclidean position (in m) of the tree relative to the reference corner of the subplot (in most cases the southwest corner, see Table 1 below)</td></tr><tr><td>Yfield</td><td>Real</td><td>Euclidean position (in m) of the tree relative to the reference corner of the subplot (in most cases the southwest corner, see Table 1 below)</td></tr><tr><td>Xutm</td><td>Real</td><td>Tree coordinate (UTM 22N (EPSG: 32 622))</td></tr><tr><td>Yutm</td><td>Real</td><td>Tree coordinate (UTM 22N (EPSG: 32 622))</td></tr><tr><td>Lat</td><td>Real</td><td>Tree latitude (WGS 84, EPSG: 4326)</td></tr><tr><td>Lon</td><td>Real</td><td>Tree longitude (WGS 84, EPSG: 4326)</td></tr></tbody></table>

G. Jaouen (UMR EcoFoG - AgroParisTech), A. Dourdain (UMR EcoFoG - CIRAD), G. Derroire (UMR EcoFoG - CIRAD)

August 2022

Jaouen, Gaëlle; Dourdain, Aurélie; Derroire, Géraldine, 2021, "Guyafor Data Dictionary", https://doi.org/10.18167/DVN1/B8FHHA, CIRAD Dataverse, V7
# Outils : Documenter ses données au quotidien

## Outils de rédaction dynamique / « carnets de code » :

* Rédaction basée sur du code intégrant les analyses de données

* Quelques exemples : R markdown, Jupyter notebook etc.

<figure><img src="image_16.png" /></figure>

<figure><img src="image_17.png" /></figure>
# Outils : Documenter ses données au quotidien

## Cahier de laboratoire électronique :

* Répertoire de toutes les manipulations et des paramétrages utilisés dans les manips

* Facilite l'attribution de métadonnées

* Permet une conservation et un partage plus aisés que leur équivalent papier

* Peut servir de base pour le Plan de Gestion de Données

<figure><img src="image_18.png" /></figure>
Sondage !

<figure><img src="image_19.png" /></figure>

Avez-vous déjà produit des données que vous ne pouvez plus réutiliser (perte, difficulté à comprendre un fichier, etc.)?
Formulation
d'une
hypothèse

Définition d'un
protocole de
recherche

Collecte de
données

Analyse des
données

Valorisation des résultats

Anticiper

Co-construction avec des acteurs non-académiques

Plan de gestion de données

Réutilisation d'un
protocole ouvert

Pré-enregistrement
du protocole

Organiser, Documenter,
Contrôler, Collaborer

Réutilisation de
données
ouvertes

Outils et
matériaux
ouverts

Plan d'organisation
des dossiers et
fichiers

Règles de nommage

Description des
données

Description des
métadonnées

Protocole de contrôle
qualité des données

Publier
Archiver
Communiquer

Pairs
scientifiques

Partenaires
socio-
économiques

Décideurs
publics

Associations

Journalistes

Etc.
Formulation
d'une
hypothèse

Définition d'un
protocole de
recherche

Collecte de
données

Analyse des
données

Valorisation des résultats

Anticiper

Co-construction avec des acteurs non-académiques

Plan de gestion de données

Réutilisation d'un
protocole ouvert

Pré-enregistrement
du protocole

Organiser, Documenter,
Contrôler, Collaborer

Réutilisation de
données
ouvertes

Outils et
matériaux
ouverts

Plan d'organisation
des dossiers et
fichiers

Règles de nommage

Description des
données

Description des
métadonnées

Protocole de contrôle
qualité des données

Publier
Archiver
Communiquer

Pairs
scientifiques

Partenaires
socio-
économiques

Décideurs
publics

Associations

Journalistes

Etc.
<figure><img src="image_20.png" /></figure>

Publier : quoi ?

<figure><img src="image_21.png" /></figure>
# Publier ses résultats : quelques éléments de paysage

## Modèle historique :

- Importance de la publication en revues scientifiques (résultats positifs)

- Situation d'oligopole

- Abonnements : « lecteur-payeur »

- Accroissement continu des tarifs : augmentation moyenne de 5 à 15% par an

- Marges commerciales pouvant atteindre 40%

<figure><img src="image_22.png" /></figure>

Springer

<figure><img src="image_23.png" /></figure>

<figure><img src="image_24.png" /></figure>

ACS Publications

Most Trusted. Most Cited. Most Read.

<figure><img src="image_25.png" /></figure>

ELSEVIER

THE
ROYAL
SOCIETY
PUBLISHING

<figure><img src="image_26.png" /></figure>

WILEY
Publishers Since 1807
8

# Publier ses résultats : les voies de l'accès ouvert

⇒ **Voie dorée** = revues ou ouvrages directement en accès ouvert – **différents modèles économiques** : APC (Article Processing Charges), Freemium, etc.

⇒ **Voie diamant** = variante de la voie dorée. Revues ou ouvrages **publiés par des structures non-commercialles** : publication et consultation gratuite, différents modèles économiques possibles (subventions académiques, etc.)

Directory of Open Access Journals: https://doaj.org/
Directory of Open Access Books: https://www.doabooks.org/

⇒ **Voie verte** = dépôt des publications dans une **archive ouverte**, qui garantissent la **pérennité** et l'**access libre** et gratuit au contenu du fichier, avec la possibilité d'ajouter un embargo de durée variable à partir de la date de diffusion par la revue.

Au moment de la publication dans une revue

Avant ou après la publication dans une revue
## Dépôt et versions de fichier

Dépôt en archive ouverte
avant publication/peer review

<figure><img src="image_27.png" /></figure>

Writing

Submission

Peer
Reviewing
Modifications

bioRxiv
THE PREPRINT SERVER FOR BIOLOGY

arXiv.org

<figure><img src="image_28.png" /></figure>

HAL
science ouverte

<figure><img src="image_29.png" /></figure>

HAL
science ouverte

Dépôt en archive ouverte
de la version finale

<figure><img src="image_30.png" /></figure>

Postprint

Acceptance
Corrections
Final version

Publisher's PDF

Formating =
Publisher
Publication

PUBLISHING CONTRACT

Loi pour une
république
numérique
De l'importance de bien archiver ses publications même quand elles sont publiées en accès ouvert ...

NEWS · 10 SEPTEMBER 2020

# More than 100 scientific journals have disappeared from the Internet

Researchers have identified dozens of open-access journals that went offline between 2000 and 2019, and hundreds more that could be at risk.

https://www.nature.com/articles/d41586-020-02610-z
# Publier ses résultats : un droit français protecteur !

<figure><img src="image_31.png" /></figure>

REPUBLIQUE
NUMÉRIQUE

Loi pour une République numérique, art. 30 (8/10/2016)

https://scienceouverte.couperin.org/la-loi-numerique/

Si :

- Votre recherche est financée à **au moins 50%** par des fonds publics

- Vous soumettez votre écrit à une **publication périodique** (au moins une fois par an)

Alors :

- Le dépôt du **manuscrit auteur accepté pour publication (postprint)** en archive ouverte est autorisé ...

... avec un **embargo maximum** de :

- 6 mois pour les **STEM** (Sciences, Technologie, Ingénierie, Mathématiques)

- 12 mois pour les **SHS** (Sciences Humaines et Sociales)

Pour une utilisation **sans exploitation commerciale**.

Si votre éditeur demande un embargo inférieur ou publie directement en Open Access, n'attendez pas le délai indiqué dans la loi !

**Et ce, quelle que soit la politique de votre éditeur !**
# Dépôt des publications en accès ouvert : des financeurs exigeants

<figure><img src="image_32.png" /></figure>

<figure><img src="image_33.png" /></figure>

* Engagement contractuel des auteurs : Accès ouvert immédiat, sous licence libre CC-BY

* Dépôt du fichier dans HAL _quelle que soit la voie choisie_ au plus tard au moment de la mise en ligne de la publication par l'éditeur.

* Deux voies de publication possibles :

- Dépôt en archive ouverte du manuscrit auteur sous licence CC-BY dès publication de la version finale dans la revue si elle n'est pas nativement en accès ouvert.

- Publication en accès ouvert sous licence CC-BY de la version finale par la revue :

* Revue nativement en accès ouvert

* Revue « transformante » : revue officiellement engagée dans une évolution de son modèle vers de l'accès ouvert natif. _En savoir plus._

<figure><img src="image_34.png" /></figure>

<figure><img src="image_35.png" /></figure>
<figure><img src="image_36.png" /></figure>

https://journalcheckertool.org/

> "This research was funded, in whole or in part, by [Organisation name, Grant #]. A CC BY or equivalent licence is applied to [the AAM/ the VoR] arising from this submission, in accordance with the grant's open access conditions".
Publier ses résultats : définir son budget en une image

<figure><img src="image_37.png" /></figure>

Fiche pratique : Définir sa stratégie de publication
# Publier ses résultats : L'évolution des structures et des services

## Acteurs commerciaux : de l'édition scientifique à une offre de services englobante

<figure><img src="image_38.png" /></figure>

Source : Alejandro Posada, George Chen. Inequality in Knowledge Production: The Integration of Academic Infrastructure by Big Publishers. ELPUB 2018, Jun 2018, Toronto, Canada. (10.4000/proceedings.elpub.2018.30). (hal-01816707) CC-BY
# Publier ses résultats : L'évolution des structures et des services

## Acteurs à but non lucratif : le développement d'un écosystème ouvert de la publication

PCI

peercommunityin.org

## How does it work?

<figure><img src="image_39.png" /></figure>

Bourguet, Denis, Facon, Benoit, Guillemaud, Thomas, & Hamelin, Marjolaine. (2020, May 4). Peer Community in one slide. Zenodo.

https://doi.org/10.5281/zenodo.5764565

## Fate of PCI recommended preprints

PCI-recommended

<figure><img src="image_40.png" /></figure>

Final, citable
article hosted
by preprint
server

Author's
choice to
submit to

OR

OR

Peer Community Journal

Direct publication in diamond open access

PCI-friendly journals

- accept with no further peer review

OR

- fast response (≤ 5 days) to presubmission enquiry

OR

- use of PCI evaluation if appropriate

If not satisfied by
the decision

Other journals

If not satisfied by
the decision

https://peercommunityin.org/
# Publier ses résultats : L'évolution des structures et des services

## Acteurs à but non lucratif : le développement d'un écosystème ouvert de la publication

<figure><img src="image_41.png" /></figure>

<figure><img src="image_42.png" /></figure>
# Publier ses résultats : L'évolution des structures et des services

## Acteurs à but non lucratif : le développement d'un écosystème ouvert de la publication

université
de BORDEAUX

Plateforme de revues scientifiques en accès ouvert

OJS
Open Journal Systems

<figure><img src="image_43.png" /></figure>

Université
Paris Cité

OPUS

À PROPOS

PUBLIER AVEC OPUS •

SCIENCE OUVERTE •

PARTENAIRESI

Se connecter

<figure><img src="image_44.png" /></figure>

<figure><img src="image_45.png" /></figure>

OPUS
Open Publishing Services
# Publier ses résultats : L'évolution des structures et des services

## Acteurs à but non lucratif : le développement d'un écosystème ouvert de la publication

<figure><img src="image_46.png" /></figure>

<figure><img src="image_47.png" /></figure>

Bosman, Jeroen, Frantsvåg, Jan Erik, Kramer, Bianca, Langlais, Pierre-Carl, & Proudman, Vanessa. (2021). OA Diamond Journals Study. Part 1: Findings. Zenodo.

https://doi.org/10.5281/zenodo.4558704

Becerril, Arianna, Bosman, Jeroen, Bjørnshauge, Lars, Frantsvåg, Jan Erik, Kramer, Bianca, Langlais, Pierre-Carl, Mounier, Pierre, Proudman, Vanessa, Redhead, Claire, & Torny, Didier. (2021). OA Diamond Journals Study. Part 2: Recommendations. Zenodo.

https://doi.org/10.5281/zenodo.4562790
# Publication des données

## Entrepôts de données

Outils clés en main pour **publier ses données** = base de données en ligne + principes FAIR

<figure><img src="image_48.png" /></figure>

Publier ≠ Partager

**Publier** = **Ouvrir durablement, efficacement et de façon juridiquement cadrée** ses DR à une communauté ciblée ou plus large

Tout est **guidé et cadré** : grilles de métadonnées, formatage des données, attribution d'identifiants pérennes (DOI, PURL...), outils de recherche et de découverte...

**Annuaires d'entrepôts** : re3data, FairSharing, OAD, EOSC, OpenDOAR, MESRI...

**Exemples d'entrepôts** : disciplinaires : GBIF (biodiversité), GenBank (génétique), Nakala (SHS) ; généralistes : Recherche Data Gouv

## Data Paper

**Article qui décrit précisément un jeu de données** : genèse précise et complète, potentiel de réutilisation, accès aux données. MAIS pas de résultats scientifiques, d'analyses ou d'interprétations ; peut être publié en association avec un article scientifique classique pour cela.

* **Informe la communauté** de l'existence et de la valeur de ces données

* **Synthétise et simplifie** la communication des données

* **Complète le dépôt** en entrepôt, connectable à un article scientifique

* **Valorise** le temps passé à gérer les données
# Entrepôts de Données et financeurs

<figure><img src="image_49.png" /></figure>

* Ouverture des données = principe par défaut ; justifier les cas de non-ouverture (exceptions autorisées, à préciser dans le PGD)

* Licence CC-BY ou CC-0 (ou équivalent)

* Demande de dépôt des données dans un entrepôt de confiance, en précisant dans les métadonnées les outils nécessaires à la réutilisation/validation des données (logiciels, etc.)

* Accès numérique ou physique obligatoire pour les données nécessaires à la validation des conclusions présentées dans des publications.

* Coûts relatifs à la gestion des données éligibles.

<figure><img src="image_50.png" /></figure>

* Ouverture des données = recommandation, pas d'obligation à ce stade. Application du principe « aussi ouvert que possible, aussi fermé que nécessaire ».

* Coûts relatifs à la gestion des données éligibles.

Plus d'informations :
Europe
ANR
# Outil : les Licences de Diffusion

## Qu'est-ce que c'est ?

Outil juridique pour spécifier publiquement les **formes de diffusion et de réutilisation autorisées** par le détenteur des droits d'un contenu

## À quoi ça sert ?

A **choisir ce qu'on autorise** une fois pour toutes avec les DR publiées (reproduction, réutilisation, transformation...)

## Les gros avantages ?

**Synthétise les conditions**, gratuit, facile d'utilisation. Protège les producteurs de données.

## Les précautions à prendre ?

**Vérifier les particularités des DR, les accords des partenaires, les conditions demandées par les financeurs du projet et les journaux de DataPapers**

**Licences courantes : [Creative Commons](https://creativecommons.org/licenses/by//by/SA) (ex: ).**

<figure><img src="image_51.png" /></figure>

**Pour le droit français : https://www.data.gouv.fr/fr/licences**

Fiche pratique : Licences de diffusion
# Publier ses résultats : L'évolution des structures et des services

## Elargissement du périmètre de la publication scientifique

<figure><img src="image_52.png" /></figure>

Identifiants
uniques

ORCID

Connecting Research
and Researchers

doi
Sondage !

<figure><img src="image_53.png" /></figure>

Avez-vous déjà été empêché.e de consulter une publication en raison du coût ?

Avez-vous déjà été empêché.e de publier une recherche dans la revue de votre choix en raison du coût ?
Formulation
d'une
hypothèse

Définition d'un
protocole de
recherche

Collecte de
données

Analyse des
données

Valorisation des résultats

Pairs
scientifiques

Partenaires
socio-
économiques

Décideurs
publics

Associations

Journalistes

Etc.

Anticiper

Organiser, Documenter,
Contrôler, Collaborer

Publier
Archiver
Communiquer

Co-construction avec des acteurs non-académiques

Plan de gestion de données

Réutilisation de
données
ouvertes

Plan d'organisation
des dossiers et
fichiers

Règles de nommage

Description des
données

Description des
métadonnées

Protocole de contrôle
qualité des données

Réutilisation d'un
protocole ouvert

Pré-
enregistrement
du protocole

Outils et
matériaux
ouverts

Préprint

Open Peer
Review

Article

Data Paper

Method/Pro
tocol Paper

Ouvrage

Acte de
colloque

Etc.

Données

Codes
sources,
algorithmes

Résultats
positifs

Résultats
négatifs

Méthodes,
modèles,
protocoles

Open Peer
Review
Formulation
d'une
hypothèse

Définition d'un
protocole de
recherche

Collecte de
données

Analyse des
données

Valorisation des résultats

Anticiper

<figure><img src="image_54.png" /></figure>

<figure><img src="image_55.png" /></figure>

HAL
science ouverte

<figure><img src="image_56.png" /></figure>

Organiser, Documenter,
Contrôler, Collaborer

re3data.org
REGISTRY OF RESEARCH DATA REPOSITORIES

<figure><img src="image_57.png" /></figure>

Seafile™

<figure><img src="image_58.png" /></figure>

R Markdown

from R Studio

<figure><img src="image_59.png" /></figure>

Publier
Archiver
Communiquer

bioRxiv
THE PREPRINT SERVER FOR BIOLOGY

<figure><img src="image_60.png" /></figure>

HAL
science ouverte

PCI

peercommunity.in.org

re3data.org
REGISTRY OF RESEARCH DATA REPOSITORIES

<figure><img src="image_61.png" /></figure>

Software Heritage
THE CREAT LIBRARY OF SOURCE CODE

DOAJ

DIRECTORY OF
OPEN ACCESS
JOURNALS

<figure><img src="image_62.png" /></figure>

EPI sciences

<figure><img src="image_63.png" /></figure>

NEGATIVE RESULTS
SCIENTIFIC JOURNAL

Introducing
Open Research Europe

<figure><img src="image_64.png" /></figure>

<figure><img src="image_65.png" /></figure>

Powered by
F1000 Research

<figure><img src="image_66.png" /></figure>

nature
methods
Techniques for life scientists and chemists

<figure><img src="image_67.png" /></figure>

natureprotocols
## La science ouverte, quelques enjeux

**Pratique de la recherche** : construction d'hypothèses, collecte de données, évaluation par les pairs ... Au-delà de la diffusion de résultats, **qu'implique concrètement la prise en compte de l'ouverture dans la construction de la recherche et ses méthodes** ? Quelles déclinaisons dans les différentes spécificités disciplinaires ?

**Evaluation de la recherche et construction de carrière** : comment passer d'un modèle valorisant des métriques quantitatives de publications et de citations à un modèle valorisant davantage la collaboration et le partage de ses résultats ?

⇒ Cf. les travaux de COARA (coalition for advancing research assessment)

**Quel écosystème de science ouverte** ? Différents acteurs, différentes stratégies. Question des **modèles économiques** et de la **gouvernance** des **infrastructures** construisant l'écosystème de la SO.

**Recherche et attentes de la société** : quelle place pour la recherche publique face aux grands enjeux du XXe siècle (santé, environnement, etc.), et au paysage informationnel actuel (traitement de la science dans les médias, désinformation/fake news, figure de l'expert dans l'espace public, etc.) ?
AgroParisTech

Eva Legras, chargée de mission science ouverte et données de la recherche

Direction de la recherche de l'innovation et du transfert technologique, eva.legras@agroparistech.fr

Gaëlle Jaouen, chargée de mission données de la recherche

UMR EcoFoG, DRITT gaëlle.jaouen@agroparistech.fr

David Gasparotto, direction de la documentation et du

patrimoine culturel, david.gasparotto@agroparistech.fr
# Lectures complémentaires
La science ouverte s'entend comme un concept inclusif qui englobe différents mouvements et pratiques visant à rendre les connaissances scientifiques multilingues, librement accessibles à tous et réutilisables par tous, à renforcer la collaboration scientifique et le partage des informations au profit de la science et de la société, ainsi qu'à ouvrir les processus de création, d'évaluation et de diffusion des connaissances scientifiques aux acteurs de la société au-delà de la communauté scientifique traditionnelle. Elle inclut toutes les disciplines scientifiques et tous les aspects des pratiques savantes, y compris les sciences fondamentales et appliquées, les sciences naturelles et les sciences sociales et humaines, et repose sur les piliers essentiels suivants : les connaissances scientifiques ouvertes ; les infrastructures de la science ouverte ; la communication scientifique ; la participation ouverte des acteurs de la société ; et le dialogue ouvert avec les autres systèmes de connaissances.

UNESCO, [Recommandation sur une science ouverte](#), 2021

unesco

<figure><img src="image_68.png" /></figure>

**Recommandation de l'UNESCO**
**sur une science ouverte**
# La science ouverte, quelles valeurs ?

<figure><img src="image_69.png" /></figure>
# Quelques politiques dans l'écosystème de recherche d'AgroParisTech

## AgroParisTech :

* Politiques science ouverte (2020) et données de la recherche (2021)

https://www.agroparistech.fr/recherche/science-ouverte

https://www.agroparistech.fr/recherche/donnees-recherche

* 10 orientations pour une recherche plus ouverte et accessible à la société

* Chargée de mission SO, deux chargées de mission DR

* Dépôt dans HAL requis dès lors que le cadre juridique l'autorise (Loi république numérique notamment)

* Accompagnement et formation

## Université Paris-Saclay :

* Politique science ouverte (2022)

https://www.universite-paris-saclay.fr/recherche/science-ouverte

* 8 objectifs pour l'ouverture de la science

* VP adjoint science ouverte, comité de pilotage, DiBiSO

* Dépôt des publications dans HAL

* Atelier de la donnée

* Accompagnement et formation

## INRAE :

* Politiques science ouverte et données de la recherche

https://www6.inrae.fr/dipso/La-science-ouverte-a-INRAE

https://www.inrae.fr/actualites/plan-donnees-pour-la-science

* Direction dédiée à la SO : la DipSO

* Dépôt des publications dans HAL depuis la migration de ProdInra achevée en 2020

* Entrepôt de données : Data Inrae (désormais Recherche Data Gouv)

* Accompagnement et formation

## CNRS :

* Feuilles de route science ouverte (2019) et données de la recherche (2020)

https://www.cnrs.fr/sites/default/files/press_info/2019-11/Plaquette_ScienceOuverte.pdf

https://www.cnrs.fr/sites/default/files/pdf/Plaquette_PlanDDOR_Nov20.pdf

* Direction des données ouvertes de la recherche (DDOR)

* Dépôt des publications dans HAL requis, lien au CRAC

* Services : https://www.inist.fr/
# Objectif final : interoperabilité et moissonnage

## Interopérabilité (capacité de systèmes à opérer ensemble)

- Favoriser les échanges des métadonnées à différents niveaux

Ex : métadonnées descriptives des entrepôts, des structures des jeux de données

- formats d'échanges /standards (disciplinaires) ouverts

## Moissonnage (OAI-PMH : Open Archive Initiative – Protocol for Metadata Harvesting)

- Automatisation de l'échange de métadonnées via des protocoles. Mise à disposition d'entrepôt de métadonnées

- Permet le signalement secondaire des métadonnées

(exemple pour les métadonnées d'une thèse : [ADUM](https://www.cnrs.fr/en/research-websites/adum) / Star -> [SUDOC](https://www.sudoc.fr/) / [theses.fr](https://www.theses.fr/) / [tel](https://www.tel-C.fr/) , etc.)
# Sélectionner une revue : critères usuels et premiers points d'attention

<table><thead><tr><td>Quelle est la cible attendue ?</td><td>Généraliste ? Disciplinaire ?</td></tr></thead><tbody><tr><td>Cette revue est-elle reconnue dans ma communauté proche ?</td><td>Attention à l'utilisation des indicateurs métriques (type IF etc.). Cf. COARA.</td></tr><tr><td>La qualité de cette revue est-elle reconnue ? Comment est géré le système de relecture ?</td><td>Attention aux délais trop réduits de publication : la qualité de relecture prend du temps</td></tr><tr><td>Quel est le modèle économique ?</td><td>Est-il demandé aux auteurs de payer des frais de publication ? (soumission, figures couleur, etc.)<br/>Est-il demandé de payer des frais de publication pour de l'accès ouvert ?</td></tr><tr><td>Quels seront mes droits après publication ?</td><td>Il faut penser aux licences creative commons ou ne pas hésiter à négocier ses droits.</td></tr></tbody></table>
# Stratégie de non-cession des droits : les recommandations du MESR

<figure><img src="image_70.png" /></figure>

MINISTÈRE
DE L'ENSEIGNEMENT
SUPERIEUR
ET DE LA RECHERCHE

Liberté
Égalité
Fraternité

<figure><img src="image_71.png" /></figure>

Ouvrir
la science !

<figure><img src="image_72.png" /></figure>

## Mettre en œuvre
la stratégie de non-cession
des droits sur les
publications scientifiques

GUIDE POUR LES CHERCHEUSES
ET LES CHERCHEURS

<figure><img src="image_73.png" /></figure>

https://www.ouvrirlascience.fr/me
etre-en-oeuvre-la-strategie-de-
non-cession-des-droits-sur-les-
publications-scientifiques/
# Publier ses résultats : L'évolution des structures et des services

## Au-delà de la revue : le développement des plateformes de publication par les financeurs

<figure><img src="image_74.png" /></figure>

<figure><img src="image_75.png" /></figure>
ORCID
Connecting Research and Researchers

# Outil : les identifiants chercheurs

## Indépendamment de toute plateforme : créer son ORCID

⇒ Identifiant unique et pérenne, qui permet de vous identifier de manière unique et de vous différencier d'éventuels homonymes.

⇒ Peut être déclaré auprès d'éditeurs ou d'agences de financement, parfois obligatoire.

⇒ Permet d'identifier sur son profil ORCID ses publications, projets, affiliations, etc. ; peut être alimenté avec les dépôts de HAL

⇒ Identifiant demandé par le Ministère de l'Agriculture.

## Sur HAL : créer son idHAL

⇒ Identifiant unique et pérenne, qui permet de vous identifier de manière unique et de vous différencier d'éventuels homonymes sur HAL

⇒ Rassemble les différentes « formes auteurs » qui font référence à vous

⇒ Permet de raccrocher ensemble toutes vos publications, sans en manquer et sans risquer de confusion avec un éventuel homonyme

⇒ Mise à jour manuelle dans son espace personnel HAL.

⇒ Identifiant spécifique à HAL.

<figure><img src="image_76.png" /></figure>
# Pour aller plus loin

## Ressources AgroParisTech :

* Science ouverte : https://seafile.agroparistech.fr/d/6e3e8dee462f4cdea7f7/

* Données de la recherche : ressources et informations globales

## Lectures complémentaires :

* UNESCO, Recommandation sur une science ouverte, 2021

* MESRI, Deuxième plan national pour la science ouverte, 2021

* MESRI, Série « Passeport : initiation à la science ouverte », 2023 https://www.ouvrirlascience.fr/serie-passeport-initiation-a-la-science-ouverte/

* San Francisco Declaration on Research Assessment (DORA): https://sfdora.org/

* Coalition for the Advancement of Research Assessment (COARA): https://coara.eu/
Des questions ?

eva.legras@agroparistech.fr

gaelle.jaouen@agroparistech.fr

david.gasparotto@agroparistech.fr
# Ouvrir la science au-delà du labo

Science ouverte et
innovation-transfert

AgroParisTech

<figure><img src="image_77.png" /></figure>

Dr. Grégoire Burgé
Directeur Adjoint en charge de l'Innovation
Coordinateur du réseau des InnLabs
Direction Recherche, Innovation et Transfert Technologique
gregoire.burge@agroparistech.fr
# Contexte général et définitions
# Définition(s) de la valorisation de la recherche (1/3)

> « La valorisation de la recherche est une activité qui consiste à augmenter la valeur des résultats de R&D »

> « La valorisation est le moyen de rendre utilisables ou commercialisables les résultats, les connaissances et les compétences de la recherche »

La mission première de la valorisation passe par la mise en relation du monde de la recherche avec le monde socioéconomique avec comme point central les équipes de recherche

> Le but de la valorisation est, littéralement, de donner de la valeur aux résultats de la recherche
# Définition(s) de la valorisation de la recherche (3/3)

<figure><img src="image_78.png" /></figure>
# Définition(s) de la valorisation de la recherche (3/3)

<figure><img src="image_79.png" /></figure>
# Innovation-transfert : un problème d'interface

<figure><img src="image_80.png" /></figure>
Protection ?
Confidentialité ?
Ouverture ?
# Deux branches de la propriété intellectuelle

<figure><img src="image_81.png" /></figure>

Exemples d'objets de droits de propriété intellectuelle issus de la recherche publique et concernés par la Loi pour une République numérique

Zone de flou

<figure><img src="image_82.png" /></figure>
# Pourquoi protéger/breveter mon invention ?

- Stratégie offensive : breveter pour défendre un monopole

- Stratégie d'image : breveter pour montrer qu'on est innovant

- Stratégie partenariale : breveter pour collaborer

- Stratégie marchande : breveter pour vendre des technologies

- Stratégie défensive : breveter pour miner le terrain

- Stratégie ouverte : breveter pour libérer des technologies

- Stratégie interne : motivation, articulation...
# Une (plus grande) ouverture est-elle possible ? (1/3)

## Les choses avancent...

- En 2016, le CNRS a publié un livre blanc intitulé « *Une Science ouverte dans une République numérique* » très clairement en faveur de l'Open Access, de l'Open Source et de l'Open Data.

- Publication récente d'une fiche INRAE « *Donnée, partenariat et innovation dans un contexte de science ouverte* »

- open data = levier d'une nouvelle forme de valorisation économique des données publiques, en permettant leur mise à disposition gratuite

- La protection des résultats n'empêche pas l'ouverture des données

- Adoption d'une politique d'établissement en matière de science ouverte (2020) et pour la gestion et l'ouverture des données de la recherche (2021) à AgroParisTech
# Une (plus grande) ouverture est-elle possible ? (2/3)

...mais la question des brevets/de la PI reste délicate :

→ L'open science et l'open data n'éteignent pas les possibilités de protection et de valorisation des données et résultats de recherche et ne doivent pas faire obstacle aux enjeux économiques de la recherche

→ La mise à disposition des données scientifiques sur des plateformes open science ne doit pas aller à l'encontre de la valorisation des données notamment par brevet ; du respect des secrets et des règles contractuelles de confidentialité.

> Principe du « aussi ouvert que possible, aussi fermé que nécessaire »
# Une (plus grande) ouverture est-elle possible ? (3/3)

## Le contexte actuel met la question sur la table !

### Course au vaccin : la propriété intellectuelle, c'est le "vol" qui freine l'innovation

Par Michel Ferry (†) | 18/03/2021, 8:05 | 1448 mots

Lecture 8 min.

SOCÉTÉ, POLITIQUE, POLÉMISE, SANTE PUBLIQUE

### Vaccins : La levée des brevets, en option ?

<figure><img src="image_83.png" /></figure>

Covid-19 : lever les brevets sur les vaccins, "un impératif moral, éthique et sanitaire", plaide un économiste

Pour Lucas Chancel, lever les droits de propriété sur les vaccins, comme le demandant les pays émergents, protégerait les Européens contre la menace de nouveau variants.

<figure><img src="image_84.png" /></figure>

franceinfo

RADIO FRANCE

TOUTE-PUISANCE DES LABORATOIRES

### Les brevets, obstacle aux vaccins pour tous

Bien qu'elles aient mis au point les vaccins anti-Covid-19 avec des flots d'argent public, les compagnies pharmaceutiques les vendent aux plus offrants. Tout au plus acceptent-elles d'en garder des doses dans leurs nations d'origine. Et si les gouvernements imposaient la levée du droit de propriété intellectuelle, afin que les pays qui le peuvent produisent pour les autres ?

ACTUALITÉS | DÉCEMBRE 14-15 CET

### Pour libérer les brevets des vaccins, médecins, ONG et syndicats lancent un "appel de Paris"

Parmi les signataires, l'ex-ministre et directrice générale d'Oxfam Cécile Duflot invite la population à s'emparer de cette "question éminemment démocratique".

Le vaccin doit être un bien public mondial : exigeons la levée des brevets !

manifestation

partis

TRIBUNE

### Levez les brevets sur les vaccins contre le Covid

### COVID19 - Il est urgent de lever les brevets sur les vaccins et les médicaments à l'OMC

jeudi 11 mars 2021, par Collectif Stop CETA/Mercosur

Vaccins : faut-il réquisitionner les brevets ?

Lecture 1 min

Accueil • Santé • Covid

### Covid-19 : faut-il lever les brevets pour augmenter la production des vaccins ?

### Covid-19 : le chef de l'OMS demande aux pays de soutenir la levée des brevets sur les vaccins à l'OMC

### Vaccins anti Covid-19 : faut-il rendre gratuits les brevets des laboratoires pharmaceutiques ?

Faut-il contraindre les laboratoires pharmaceutiques à livrer leurs brevets pour permettre aux pays de produire leurs propres vaccins contre le Covid-19 ? Des arguments existent dans les deux sens.

Pierre-Laurent Flamen | Public le 12/03/2021

<figure><img src="image_85.png" /></figure>

<figure><img src="image_86.png" /></figure>

<figure><img src="image_87.png" /></figure>
# Quelques exemples inspirants et idées
Tesla : l'open source pour accélérer l'accès marché

- Application de la philosophie *Open source* au domaine des brevets pour stimuler l'innovation dans le secteur des voitures électriques et accélérer leur développement

Danemark : création d'une plateforme d'open innovation

- Ni l'université ni les entreprises impliquées dans les projets ne peuvent breveter les découvertes effectuées au cours du processus de recherche

- Les résultats sont mis à la disposition de tous – même à d'autres entreprises – sur une plateforme sans restriction liée à la propriété industrielle

Time for the planet : l'open source au coeur

- Rendre toutes les innovations open Source Monter une unique entreprise pour développer une invention ne suffira pas : il y a trop de risques qu'elle échoue, qu'elle reste petite trop longtemps, et qu'en conservant le secret de ses découvertes, elle ne puisse pas atteindre assez vite la dimension mondiale qu'elle doit avoir pour que son impact soit maximale

<figure><img src="image_88.png" /></figure>
25 mars 2024

# Ouvrir la science au-delà du labo

## Science ouverte - Sciences et Société

AgroParisTech

Mélanie Lavoignat, chargée de mission Sciences et Société
# 1. Continuum Science ouverte – Sciences et Société

<figure><img src="image_89.png" /></figure>

<figure><img src="image_90.png" /></figure>

<figure><img src="image_91.png" /></figure>

<figure><img src="image_92.png" /></figure>

Pairs

## Vulgarisation
## Médiation scientifique

<figure><img src="image_93.png" /></figure>

Public averti

(communauté AgroParisTech, public institutionnel, politiques publiques etc.)

<figure><img src="image_94.png" /></figure>

Scolaires
Etudiants

<figure><img src="image_95.png" /></figure>

Grand public
## 2. Vulgarisation et Médiation scientifique

**Vulgarisation** : rendre un contenu expert accessible au plus grand nombre

**Médiation scientifique** : moins dans une information descendante, davantage d'interaction.

≠ communication !

<figure><img src="image_96.png" /></figure>

Cécile Michaut, EDPSciences 2023

### Parlons Sciences

Un podcast d'AgroParisTech

Le podcast d'AgroParisTech, à la rencontre des scientifiques engagés pour le monde de demain

Débats

Séminaires

Fête de la Science

Visites de labo, accueil de scolaires

Livres BD

Articles de vulgarisation scientifique

Etc.
# 3. Sciences participatives

* Faire participer des non-scientifiques à des projets de recherche – différents niveau d'implication de la société

<figure><img src="image_97.png" /></figure>

## Open data et propriété intellectuelle

Acquisition d'images, quel type de licence ? Quelle diffusion ?

→ utiliser des licences du type Creative Commons

## Qualité et fiabilité des données

La société peut-elle collecter des données fiables ? Peut-elle intentionnellement ou non influencer les résultats ? Mesure-t-on réellement ce qu'on souhaite mesurer ?

→ Question de la complexité du protocole

→ Tester le protocole de collecte des données, former les participants, définir de critères de validation des données, process de vérification des données

## Gestion des données

Une plateforme en ligne est-elle nécessaire pour la collecte, l'analyse, la visualisation de données ?

Un exemple : https://www.zooniverse.org/
## 3. Un accompagnement dédié S&S à AgroParisTech

* Un soutien financier dans le cadre de l'appel à projets Sciences et Société

Fil de l'eau ouvert jusqu'au 31 mai 2024

Financement jusqu'à 2 000 €

* Deux formations proposées en 2024

Vulgariser pour tous les publics – 1j

Médiatraining – 2j

* A votre disponibilité pour accompagner vos initiatives de vulgarisation, médiation scientifique...
Une question ?

Pour plus d'informations

contactez nous :

Melanie.lavoignat@agroparistech.fr
## Contacts

**AgroParisTech :**

- Montage projets européens :
  elodie.popenda@agroparistech.fr

- Montage projets nationaux :
  simon.teinturier@agroparistech.fr

- Science ouverte / données de la recherche :
  eva.legras@agroparistech.fr &
  gaelle.jaouen@agroparistech.fr

- Cellule d'appui données de la recherche :
  donnees-recherche@agroparistech.fr

- Cellule d'appui HAL : hal@agroparistech.fr

- Sciences et société :
  melanie.lavoignat@agroparistech.fr

- Innovation : gregoire.burge@agroparistech.fr & charlotte.gaultierboulle@agroparistech.fr

**Université Paris-Saclay :**

- Science ouverte :
  science.ouverte@universite-paris-saclay.fr

- Données de la recherche (atelier de la donnée) :
  donnees-recherche@universite-paris-saclay.fr

**Université de Lorraine :**

- Données de la recherche (atelier de la donnée) :
  donnees-recherche@univ-lorraine.fr