# Programme d'inventaire des macrophytes et des végétations associées du bassin de la Seine. Rapport de synthèse final

Thierry Fernez, Leslie Ferreira

► To cite this version:

Thierry Fernez, Leslie Ferreira. Programme d'inventaire des macrophytes et des végétations associées du bassin de la Seine. Rapport de synthèse final. Conservatoire botanique national du Bassin parisien; Muséum national d'Histoire naturelle. Paris. 2025, 89 p. + annexes. mnhn-05023108v2

HAL Id: mnhn-05023108

https://mnhn.hal.science/mnhn-05023108v2

Submitted on 1 Jul 2025

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Open licence - etalab
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cbn

CONSERVATOIRE
BOTANIQUE NATIONAL
BASSIN PARISIEN

MUSÉUM NATIONAL
D'HISTOIRE NATURELLE

# PROGRAMME D'INVENTAIRE DES MACROPHYTES ET DES VÉGÉTATIONS ASSOCIÉES DU BASSIN DE LA SEINE

## Rapport de synthèse final

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

eau
seine
NORMANDIE

Établissement public de l'État

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

PRÉFET
DE LA RÉGION
D'ÎLE-DE-FRANCE

Liberté
Égalité
Fraternité

Direction régionale et interdépartementale
de l'environnement, de l'aménagement
et des transports d'île-de-France

Région
îledeFrance

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

MINISTÈRE
DE LA TRANSITION
ÉCOLOGIQUE
ET DE LA COHÉSION
DES TERRITOIRES

Liberté
Égalité
Fraternité
17/02/2025

## Ce document a été réalisé par le CBN du Bassin parisien, sous la responsabilité de :

Frédéric HENDOUX, directeur du CBN du Bassin parisien
Sébastien FILOCHE, directeur scientifique du CBN du Bassin parisien
Muséum national d'Histoire naturelle, 61 rue Buffon CP 53, 75005 PARIS

**Inventaires de terrain** : Romain BERGER, Guillaume BILLOD, Adrien DELATTRE, Thierry FERNEZ, Leslie FERREIRA, Vincent LE GLOANEC, Maëlle RAMBAUD, Nastasia SURAND

**Cartographie** : Thierry FERNEZ, Leslie FERREIRA, Marlène TOULET

**Gestion des données et analyse** : Héléna BRESSAUD, Juliette DELIZY, Leslie FERREIRA, Jeanne VALLET

**Rédaction** : Thierry FERNEZ, Leslie FERREIRA

**Relecture** : Juliette DELIZY, Leslie FERREIRA, Sébastien FILOCHE, Jeanne VALLET

## Partenaires de cette étude :

Agence de l'eau Seine-Normandie (AESN)
51 rue Salvador Allende, 92027 NANTERRE Cedex

Direction régionale et interdépartementale de l'environnement, de l'aménagement et des transports (DRIEAT)
12 Cours Louis Lumière CS70027, 94307 VINCENNES Cedex

Conseil régional d'Île-de-France (CRIF)
2 rue Simone Veil, 93400 SAINT-OUEN

Ministère de la Transition Écologique et de la Cohésion des Territoires (MTE-MCT)
Hôtel de Roquelaure, 246 boulevard Saint-Germain, 75007 PARIS

## Référence bibliographique :

FERNEZ T. & FERREIRA L., 2025. Programme d'inventaire des macrophytes et des végétations associées du bassin de la Seine – Rapport de synthèse final. CBN Bassin parisien / AESN, DRIEAT, CRIF, MTECT. 89 p. + 9 annexes

## Date de réalisation :

Février 2025

## Photographies de couverture :

Haut : L'étang de la Benette à Senonches (28), un étang forestier du Perche © T. FERNEZ - CBN Bassin parisien | MNHN - Bas : Une végétation ciblée par le programme : les herbiers rhéophiles du *Sparganio simplicis-Ranunculetum fluitantis* dans l'Armançon à Argentenay (89) © R. BERGER - CBN Bassin parisien | MNHN - Médaillon : *Ranunculus penicillatus* subsp. *penicillatus* © R. BERGER - CBN Bassin parisien | MNHN.

## Photographies de quatrième de couverture :

Haut : Herbiers à *Nitella hyalina* de gravière alluviale en Bassée (Gouaix, 77) © T. FERNEZ - CBN Bassin parisien | MNHN - Bas : Mare prairiale à herbier printanier du *Ranuculetum peltati* dans le Massif de Rambouillet (Condé-sur-Vesgre, 78) © T. FERNEZ - CBN Bassin parisien | MNHN
# SOMMAIRE

<table><tr><td>RÉSUMÉ</td><td>4</td></tr><tr><td>INTRODUCTION</td><td>5</td></tr><tr><td>1. PRÉSENTATION GÉNÉRALE DU PROGRAMME</td><td>7</td></tr><tr><td>1.1. TERRITOIRE D'ÉTUDE</td><td>7</td></tr><tr><td>1.2. DURÉE DU PROGRAMME</td><td>8</td></tr><tr><td>1.3. RAPPEL DES OBJECTIFS</td><td>8</td></tr><tr><td>1.3.1. AMÉLIORATION DE LA CONNAISSANCE</td><td>9</td></tr><tr><td>1.3.2. BIO-ÉVALUATION DES COURS D'EAU ET DES PLANS D'EAU</td><td>9</td></tr><tr><td>1.3.3. ENJEUX DE CONSERVATION</td><td>10</td></tr><tr><td>1.3.4. ÉCHANGES ET FORMATION DES ACTEURS DU TERRITOIRE</td><td>10</td></tr><tr><td>1.4. RAPPELS MÉTHODOLOGIQUES</td><td>11</td></tr><tr><td>1.4.1. ESPÈCES ET VÉGÉTATIONS CIBLÉES</td><td>11</td></tr><tr><td>1.4.2. PROTOCOLE D'ÉCHANTILLONNAGE</td><td>11</td></tr><tr><td>1.4.3. BIO-INDICATION</td><td>13</td></tr><tr><td>2. BILAN DES CONNAISSANCES ACQUISES PAR LE PROGRAMME</td><td>15</td></tr><tr><td>2.1. CONNAISSANCE FLORISTIQUE</td><td>15</td></tr><tr><td>2.1.1. ASPECTS QUANTITATIFS</td><td>15</td></tr><tr><td>2.1.1.1. COMPILATION DES DONNEES ET APPORTS DU PROGRAMME</td><td>15</td></tr><tr><td>2.1.1.2. RESULTATS PAR GROUPE TAXONOMIQUE</td><td>19</td></tr><tr><td>2.1.2. ASPECTS QUALITATIFS</td><td>21</td></tr><tr><td>2.1.3. DÉCOUVERTES ET DISPARITIONS</td><td>22</td></tr><tr><td>2.2. CONNAISSANCE DES VÉGÉTATIONS</td><td>28</td></tr><tr><td>2.2.1. ASPECTS QUANTITATIFS</td><td>28</td></tr><tr><td>2.2.2. ASPECTS QUALITATIFS</td><td>33</td></tr><tr><td>2.3. BIO-ÉVALUATION DES COURS D'EAU ET DES PLANS D'EAU</td><td>35</td></tr><tr><td>2.3.1. ASPECTS QUANTITATIFS</td><td>35</td></tr><tr><td>2.3.1. ASPECTS QUALITATIFS</td><td>36</td></tr><tr><td>3. SYNTHÈSES DES ENJEUX</td><td>39</td></tr><tr><td>3.1. SYNTHÈSES PAR BASSIN VERSANT</td><td>39</td></tr><tr><td>3.2. COUCHES THÉMATIQUES DE SYNTHÈSE</td><td>42</td></tr><tr><td>3.2.1. CARTE D'ALERTE DES ENJEUX FLORE ET VÉGÉTATION</td><td>43</td></tr><tr><td>3.2.2. CARTES DES PLANTES EXOTIQUES ENVAHISSANTES AQUATIQUES</td><td>44</td></tr><tr><td>3.2.3. CARTE DE SYNTHÈSE DE BIO-ÉVALUATION DES COURS D'EAU</td><td>46</td></tr><tr><td>3.3. SECTEURS À ENJEUX DE CONSERVATION OU DE RESTAURATION</td><td>47</td></tr><tr><td>3.4. SECTEURS À ENJEUX ÉCOLOGIQUES</td><td>49</td></tr><tr><td>3.5. PLANS D'ACTION CONSERVATOIRE</td><td>51</td></tr><tr><td>4. ANALYSE CRITIQUE DES OUTILS EXISTANTS DE BIO-ÉVALUATION ET D'ÉVALUATION DES ENJEUX</td><td>54</td></tr><tr><td>4.1. INTERPRÉTATION DES IBMR ET COTATION SPÉCIFIQUE</td><td>54</td></tr><tr><td>4.2. RÉÉVALUATION DES CATALOGUES</td><td>58</td></tr><tr><td>4.2.1. FRÉQUENCE ET RARETÉ</td><td>58</td></tr><tr><td>4.2.2. STATUTS DE MENACE ET PATRIMONIALITÉ</td><td>65</td></tr></table>
<table><tr><td>4.2.3.</td><td>STATUTS D'ESPÈCES EXOTIQUES ENVAHISSANTES</td><td>69</td></tr><tr><td>5.</td><td>ÉCHANGES ET FORMATION DES ACTEURS DU TERRITOIRE</td><td>72</td></tr><tr><td>6.</td><td>COMMUNICATION ET VALORISATION DES RÉSULTATS</td><td>75</td></tr><tr><td>7.</td><td>POURSUITE DU PROGRAMME</td><td>77</td></tr><tr><td>7.1.</td><td>DÉPLOIEMENT AU RESTE DU BASSIN DE LA SEINE</td><td>77</td></tr><tr><td>7.2.</td><td>ACCOMPAGNEMENT ET TRAVAIL INTER-CBN</td><td>78</td></tr><tr><td>7.3.</td><td>TYPOLOGIE ET CLE DE DÉTERMINATION DES VÉGÉTATIONS AQUATIQUES</td><td>79</td></tr><tr><td colspan="2">CONCLUSION</td><td>80</td></tr><tr><td colspan="2">BIBLIOGRAPHIE</td><td>81</td></tr><tr><td colspan="2">ANNEXES</td><td>89</td></tr></table>
## RÉSUMÉ

La flore et les végétations liées au monde strictement aquatique sont relativement méconnues au regard de leur importance et du degré de menace pesant sur ces milieux. Pour combler ces lacunes, un programme d'étude a été mené entre 2016 et 2024 par le CBN du Bassin parisien sur le bassin Seine-Normandie avec comme missions principales l'amélioration, la validation et la centralisation des connaissances sur la flore (vasculaires, bryophytes, Characées et lichens) et les végétations aquatiques associées. L'amélioration des outils de bio-évaluation des écosystèmes aquatiques existants (IBMR) a aussi animé ce programme.

Le présent rapport dresse un bilan de l'étude de 30 unités hydrographiques (UH) parmi les 80 du bassin Seine-Normandie, soit celles qui croisent le territoire d'agrément du CBN du Bassin parisien. Pour chacune des unités hydrographiques étudiées, les données préexistantes ont été compilées et validées. Cela a permis de faire ressortir des secteurs ou des taxons lacunaires en connaissance ainsi que des secteurs insuffisamment couverts par le réseau des IBMR. Les inventaires de terrain se sont concentrés sur ces lacunes.

Différents outils de porter-à-connaissance ont été mis en place pour diffuser les résultats vers les acteurs du territoire concerné : fiches de synthèse des connaissances et enjeux par unité hydrographique et outils cartographiques restituant les enjeux par thématique. De façon globale, ce programme a permis de multiplier par près de trois le nombre de données sur les macrophytes et les végétations aquatiques. Quatre espèces ont été découvertes pour le territoire étudié, un lichen et trois espèces de flore vasculaire, dont une exotique envahissante, tandis que trois n'ont pu être retrouvées et sont considérées disparues. La connaissance de la distribution des taxons sur le territoire s'est grandement améliorée, se traduisant par un grand nombre de découvertes ou redécouvertes régionales ou départementales. Les notes IBMR ont été confrontées à d'autres indices de bioindication ainsi qu'à l'expérience de terrain acquise, ce qui permet de dégager des pistes pour améliorer cet outil.

Les résultats de ces travaux ont conduit dès 2023 au déploiement de ce programme sur le reste du bassin de la Seine mené par les autres conservatoires botaniques nationaux du territoire concerné. De plus, sur le territoire du CBN du Bassin parisien, le programme se poursuivra pour finaliser la couverture sur le territoire concerné mais aussi pour poursuivre les valorisations (par exemple, réalisation ou actualisation de listes rouges) et la communication autour de ce programme.

## Mots clés

Plantes et végétations aquatiques, Characées, bioindication, Indice biologique macrophytique en rivière, unité hydrographique, enjeux patrimoniaux, espèces exotiques envahissantes.
# INTRODUCTION

Depuis maintenant plus de 20 ans en Europe, les habitats naturels aquatiques se retrouvent au cœur de deux directives de première importance, la directive-cadre sur l'eau (DCE, 2000/60/CE) et la directive Habitats-Faune-Flore (DHFF, 92/43/CEE). L'objectif commun de ces deux directives est de pérenniser ou d'atteindre le bon état écologique ou le bon état de conservation des grandes masses d'eau européennes. Néanmoins, la flore et les végétations aquatiques associées sont encore prises en compte de manière très partielle dans les travaux de suivi et d'évaluation des habitats aquatiques. Elles constituent pourtant des outils remarquables pour suivre et évaluer la qualité des eaux courantes (fleuves, rivières, ruisseaux...), mais aussi stagnantes (étangs, lacs, mares...), naturelles comme artificielles (canaux, gravières, fossés...), temporaires à permanentes. En effet, les plantes, par leur fixation au milieu, sont capables d'intégrer durant leur croissance les effets des perturbations.

Jusqu'au début des années 1980, les habitats aquatiques d'eaux douces étaient peu étudiés et par conséquent mal connus. Une des causes de cette méconnaissance est liée à la faible superficie qu'ils occupent seulement 0,01 % des eaux mondiales et seulement 0,8 % de la surface terrestre (Gleick, 1996). Pourtant, en raison de leur grande diversité environnementale et de leur utilité pour l'homme, ils constituent des *hotspots* de diversité coïncidant souvent avec des *hotspots* de développement humain. En conséquence, les pertes de biodiversité y sont importantes, supérieures même à celles des habitats terrestres les plus menacés (Ricciardi & Rasmussen, 1999 ; Sala et al., 2000). Or les habitats aquatiques hébergent des espèces et des végétations très spécialisées, souvent rares et menacées. Les enjeux qui pèsent sur ces habitats patrimoniaux sont donc très élevés.

Les autres causes de méconnaissance de la flore vasculaire et des végétations sont liées aux difficultés d'identification, de prospections et aux bases de données incomplètes. En effet, les données restent souvent dispersées entre les structures et inhomogènes entre études, d'où la difficulté pour les compiler. Parallèlement à la flore vasculaire, les connaissances sur les plantes dites inférieures (bryophytes, algues, lichens, champignons) sont encore plus lacunaires, voire quasi-nulles pour certains groupes. Or, deux d'entre eux interagissent davantage avec la flore vasculaire et méritent d'être étudiés pour caractériser les végétations aquatiques : les Characées et les bryophytes aquatiques.

Depuis plus de 25 ans, le Conservatoire botanique national (CBN) du Bassin parisien orchestre des programmes d'inventaires, de suivis et de conservation de la flore et des habitats naturels de grande ampleur. Malgré cela, rares ont été les occasions d'étudier les habitats aquatiques sur l'ensemble de son territoire d'agrément. Quelques programmes spécifiques ont été conduits mais seulement à une échelle locale (lacs du Der et de la forêt d'Orient, rivières en zones spéciales de conservation du Loing, de l'Epte et du Petit Morin, etc.). Les habitats aquatiques sont par conséquent trop souvent sous-prospectés dans le cadre d'inventaires « classiques » à grande échelle (inventaires généraux de type
atlas, cartographie de végétations...), en raison de leur difficulté d'accès, des besoins en matériel spécifique et de la spécificité des protocoles à mettre en place.

En conséquence, un programme a été lancé en 2016 par le CBN du Bassin parisien sur le bassin Seine-Normandie, centré autour de quatre grands objectifs : amélioration de la connaissance, amélioration des outils de bio-évaluation, conservation des milieux aquatiques et formation des acteurs du territoire. Parallèlement, ce programme fournit un appui scientifique important au défi de préservation et de restauration des milieux aquatiques et humides et de retour au bon état écologique des masses d'eau du Schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) pour les périodes 2016-2021 (AESN, 2016a), puis 2022-2027 (AESN & PRIDF, 2022a).
# 1. PRÉSENTATION GÉNÉRALE DU PROGRAMME

Les éléments essentiels du rapport méthodologique du programme (Ferreira *et al.*, 2018a) sont ici brièvement rappelés.

## 1.1. TERRITOIRE D'ÉTUDE

Le territoire étudié concerne le territoire d'agrément du CBN du Bassin parisien qui croise celui de l'Agence de l'eau Seine-Normandie (AESN). Ce territoire correspond à 56 % de la surface totale du bassin de l'AESN, le reste du bassin se concentrant sur les territoires des CBN de Normandie pour l'essentiel des directions territoriales des Bocages Normands et de Seine-aval, de Bailleul pour celle des Vallées d'Oise, en Lorraine pour une petite partie de la Seine-amont et sur le territoire du CBN de Brest pour une petite partie de Bocages normands. Le territoire d'étude correspond également à près de la moitié (49 %) de la surface du territoire du CBN du Bassin parisien, le reste étant situé sur les bassins de la Loire (Centre-Val de Loire et ex-région Bourgogne), de Rhône-Méditerranée-Corse (ex-régions Bourgogne et Champagne-Ardenne) et de Rhin-Meuse (ex-région Champagne-Ardenne).

L'échelle de travail pour ce programme est celle de l'unité hydrographique (UH) qui est l'unité géographique des mesures d'action des orientations du SDAGE. La délimitation des UH s'appuie sur des critères de cohérence hydrographique. Elles sont définies dans le SDAGE, comme des sous-bassins, ou groupements de sous-bassins, pouvant faire l'objet d'une démarche pour un schéma de l'aménagement et de la gestion des eaux (SAGE). Néanmoins, cette délimitation peut être ajustée localement aux vues de certains enjeux et pressions du milieu.

Cette étude concerne 30 UH de l'AESN (sur 80) entièrement ou majoritairement comprises dans le territoire d'agrément du CBN du Bassin parisien, étudiées en deux phases et présentées en Annexe 1. Elles se répartissent sur quatre des six commissions territoriales de bassin (12 UH sur Rivières d'Île-de-France, 7 sur Seine-Amont, 6 sur Seine-Aval, 3 sur Vallées de Marne et 2 sur Vallées d'Oise). Elles croisent les directions territoriales suivantes (Figure 1) de manière légèrement différente par rapport aux commissions : 13 en majorité sur la Seine francilienne, 8 sur la Seine-Amont, 4 sur la Seine-Aval, 4 sur les Vallées de Marne et une seule principalement en Vallées d'Oise. Une UH initialement prévue au programme a été repoussée sur la phase III du programme (voir Chapitre 7 sur la Poursuite du programme). Il s'agit de Marne vignoble, UH à cheval sur l'Île-de-France, les Hauts-de-France (ex-Picardie) et le Grand Est (ex-Champagne-Ardenne), qui pourra être étudiée conjointement avec le CBN de Bailleul.
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<figure><img src="image_7.png" /><figcaption>Figure 1 : Carte des unités hydrographiques étudiées lors du programme</figcaption></figure>

## 1.2. DURÉE DU PROGRAMME

Le programme a bénéficié d'un plan de financement en deux phases de la part de l'AESN : une phase I triennale (2016-2018), poursuivie par une phase II quinquennale (2019-2024). Après la première année de test et de calage méthodologique sur une UH (Morins), la méthodologie a ensuite été déployée dès 2017 sur une moyenne de quatre UH par an, afin d'aboutir au bout des sept ans de prospections à une étude complète du territoire d'étude (30 UH). 12 UH ont ainsi été étudiées et prospectées sur la période 2016-2018 puis 18 sur la période 2019-2023. La dernière année, 2024, a été consacrée à la compilation des données, à l'analyse et à la synthèse des résultats.

## 1.3. RAPPEL DES OBJECTIFS

Le programme était centré autour de quatre grands objectifs : amélioration de la connaissance, amélioration des outils de bio-évaluation, conservation des milieux aquatiques et formation des acteurs du territoire.
### 1.3.1. AMÉLIORATION DE LA CONNAISSANCE

Ce programme visait à améliorer, centraliser les données existantes et valider les connaissances sur la flore aquatique (vasculaire, bryophytique et charophytique) et les végétations aquatiques associées du périmètre commun entre l'AESN et le CBN du Bassin parisien. L'objectif était de mieux cerner les enjeux autour de la flore et des végétations aquatiques de ce territoire, que ce soit en termes de taxons ou de syntaxons patrimoniaux ou d'espèces exotiques envahissantes.

Cet objectif de connaissance est passé par plusieurs phases :

- bancarisation des données existantes (contemporaines, historiques, herbiers...);

- acquisition de données floristiques sur le terrain, notamment sur les groupes mal connus de la flore vasculaire (potamots, callitriches, renoncules...) et les plantes inférieures (Characées, bryophytes aquatiques), à la fois pour améliorer la quantité et la qualité du jeu de données ;

- acquisition de données de végétation sur le terrain via des relevés phytosociologiques.

Cette phase d'acquisition et de bancarisation des données permet par la suite :

- d'établir ou actualiser les catalogues, les indices de rareté, les statuts de menace pour les espèces et les végétations des territoires concernés (bassins, départements, régions...);

- de mettre en évidence les espèces et les végétations rares et menacées (liste rouge), ou prioritaires, pour lesquelles la mise en place de mesures de protection ou de conservation sont nécessaires ;

- d'identifier des secteurs à enjeux patrimoniaux et/ou de qualité des eaux ;

- de mettre en évidence les espèces exotiques envahissantes pour lesquelles le suivi ou la mise en place de mesures de gestion seraient nécessaires ;

- de constituer une première typologie des végétations aquatiques du bassin de la Seine.

### 1.3.2. BIO-ÉVALUATION DES COURS D'EAU ET DES PLANS D'EAU

L'objectif était ici d'améliorer les outils de bio-évaluation des écosystèmes aquatiques existants basés sur les macrophytes. Ces derniers sont utilisés en bio-indication à travers la mise en place de deux indices : l'indice biologique macrophytique en rivière (IBMR) et celui en lac (IBML). Dans un premier temps, il a fallu compiler, confronter, valider et intégrer les relevés issus de ces indices au sein du territoire. Dans un second temps, des relevés IBMR complémentaires ont été réalisés sur des
stations vierges du réseau DCE pour le compléter et obtenir une couverture homogène du réseau des relevés IBMR sur le territoire étudié et un premier état de référence. Enfin, ces informations ont permis d'identifier les cortèges floristiques indicateurs de compartiments écologiques (trophie), des secteurs à enjeux et de faire une synthèse sur les relations entre les valeurs physico-chimiques des rivières et les valeurs des notes issues de l'IBMR.

Les inventaires réalisés dans le cadre de ces indices présentent l'avantage de récolter des informations pertinentes et homogènes sur l'environnement et sur la composition floristique. Ils permettent de répondre à plusieurs objectifs :

- mesurer le niveau trophique des milieux aquatiques ;

- identifier des cortèges floristiques indicateurs de l'état de conservation de ces milieux ;

- détecter des impacts physiques et/ou paysagers ;

- identifier des stations avec des enjeux ou dégradées potentiellement restaurables ;

- mieux comprendre le fonctionnement des milieux aquatiques en reliant les structures et fonctions à des cortèges floristiques et/ou des végétations.

### 1.3.3. ENJEUX DE CONSERVATION

Ce programme visait deux objectifs en termes d'enjeux de conservation :

- identifier les espèces et les végétations prioritaires pour lesquelles la mise en place de mesures de protection, de conservation ou de contrôle (plantes exotiques envahissantes) seraient nécessaires ;

- réaliser des plans de conservation sur les espèces ou végétations menacées à l'échelle du bassin et initier des actions de conservation et de gestion.

### 1.3.4. ÉCHANGES ET FORMATION DES ACTEURS DU TERRITOIRE

Dans le cadre de ce programme, des temps d'échanges ont eu lieu avec les nombreux acteurs locaux du territoire sur l'eau : syndicats de rivière, fédérations de pêche, laboratoires d'hydrobiologie de l'Office français de la biodiversité (OFB), ex-Direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement (DREAL), animateurs et gestionnaires de sites, bureaux d'études, Voies navigables de France (VNF)... L'intérêt était d'échanger sur le terrain pour accéder aux sites et repérer des secteurs intéressants, d'apporter des conseils de gestion et d'identifier leurs besoins.

En termes d'objectifs, le programme visait à rendre les données facilement accessibles et fournir un appui à l'identification des plantes aquatiques à enjeux (exotiques envahissantes, patrimoniales,
indicatrices de qualité ou de dégradation...) aux acteurs locaux. Il avait été notamment constaté que les résultats des IBMR restaient peu utilisés à l'échelle locale par les gestionnaires par manque de relevés à disposition sur le territoire. Le but était donc qu'ils puissent s'approprier les fiches de synthèse de données et d'enjeux pour l'évaluation des cours d'eau.

## 1.4. RAPPELS MÉTHODOLOGIQUES

### 1.4.1. ESPÈCES ET VÉGÉTATIONS CIBLÉES

Le référentiel taxonomique adopté dans le cadre de ce rapport est le référentiel taxonomique national pour la faune, la flore et la fonge de France métropolitaine et d'outre-mer, dit TAXREF v17.0, élaboré et diffusé par le MNHN (TAXREF, 2024). L'Annexe 2 présente une liste des taxons aquatiques à supra-aquatiques du territoire d'étude ciblés principalement par le programme. Le référentiel sur les végétations suit le référentiel phytosociologique du CBN du Bassin parisien (version du 03/06/2024). L'Annexe 3 présente la liste de végétations strictement aquatiques ciblées par le programme. Ces deux listes ont été actualisées par rapport à celles présentées dans le rapport méthodologique du programme (Ferreira et al., 2018a). Au total, la liste taxonomique comprend maintenant 344 taxons tous rangs taxonomiques confondus (contre 318 initialement) parmi lesquels 259 espèces ou hybrides dont 154 strictement aquatiques (contre 238 et 139 initialement). Cette liste d'espèce se décompose en 90 espèces de plantes vasculaires, 32 bryophytes, 28 algues (dont 26 Characées) et 4 lichens. La liste syntaxonomique, quant à elle, comprend 124 syntaxons tous rangs confondus parmi lesquels 5 classes, 8 ordres, 18 alliances et 88 associations ou groupements (contre 121 syntaxons et 86 associations initialement).

### 1.4.2. PROTOCOLE D'ÉCHANTILLONNAGE

Les unités hydrographiques ont toutes été étudiées suivant le même protocole standardisé (Figure 2) issu du rapport méthodologique du programme (Ferreira et al., 2018a) et dont sont rappelés ici les grandes lignes. En résumé, une phase de préparation permet de délimiter les secteurs en manque de connaissances. À partir des données disponibles en bases de données, une synthèse des données par UH peut être effectuée. La couche de données ainsi obtenue permet de préparer la phase de terrain et d'orienter les prospections en obtenant une liste de taxons de l'UH étudiée avec les taxons potentiellement rares, menacés, invasifs ou à vérifier. Elle permet également de délimiter les secteurs en déficit de connaissances à partir de cartes créées par UH du nombre de taxons et de syntaxons aquatiques par maille de 5 x 5 km. Enfin, elle permet de cerner les végétations potentielles à partir de la flore. Les prospections se font ensuite de manière orientée par maille sur des secteurs pauvres en
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données, potentiellement à enjeux ou avec des données douteuses ou des taxons d'identification délicate, dans le but d'obtenir un jeu de données le mieux réparti et le plus homogène possible sur le territoire (Figure 3). Tous les types de masses d'eau sont échantillonnés : cours d'eau permanents ou temporaires, bras morts, annexes, canaux, lacs, étangs, mares... Des relevés de non-observation sont effectués dans les cas de prospections infructueuses en précisant la raison (inaccessible, absence d'eau, absence de taxon aquatique...). Concernant les cours d'eau, un protocole spécifique d'évaluation du niveau trophique via l'IBMR est appliqué en complément du réseau actuel sur des stations DCE sans relevé IBMR pour obtenir une couverture homogène du réseau sur le bassin versant et un premier état de référence (Figure 32). Suite aux prospections, une fiche synthétique est réalisée pour chaque UH dont l'objectif est de fournir un bilan du jeu de données à disposition, une synthèse des connaissances et des enjeux liés à la flore et aux végétations aquatiques et une synthèse sur les indices IBMR de bio-indication en cours d'eau.

<figure><img src="image_8.png" /><figcaption>Figure 2 : Protocole d'inventaire des macrophytes et des végétations associées par unité hydrographique</figcaption></figure>
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<figure><img src="image_9.png" /><figcaption>Figure 3 : Exemple de carte de l'état du jeu de données aquatiques pour l'UH Eure amont (Sav.15)</figcaption></figure>

### 1.4.3. BIO-INDICATION

En rivière, l'IBMR désigne un protocole normalisé en France (AFNOR, 2003) pour déterminer le statut trophique des cours d'eau et répondre aux prescriptions de la DCE. Il permet d'évaluer la qualité du cours d'eau et plus particulièrement son degré de trophie lié aux teneurs en azote et en phosphore. Il prend également en compte les caractéristiques physiques du milieu comme l'intensité de l'éclairement et des écoulements. Cet indice est obtenu à partir de relevés *in situ* sur des stations DCE avec mesure de l'abondance de 208 taxons tous groupes confondus associés à l'IBMR. Son calcul prend en considération trois valeurs par taxon :

- sa cote spécifique (CSi) traduisant l'affinité pour les conditions trophiques du milieu, variant de 0 (dystrophe/hypereutrophe et pollution organique) à 20 (très oligotrophe) ;

- son coefficient de sténoécie (Ei) reflétant le degré de bio-indication, c'est-à-dire sa plasticité écologique, variant de 1 (euryèce ou ubiquiste) à 3 (sténoèce ou spécialisé) ;

- son coefficient d'abondance (Ki) qui reflète l'adaptation du taxon aux conditions particulières du milieu, variant de 1 à 5 par classe de recouvrement.

L'IBMR est calculé selon la formule : $IBMR = \Sigma i Ei * Ki * CSi / \Sigma i Ei * Ki$, avec i = espèces contributives, pour aboutir à une note allant de 0 à 20 (Tableau 1) qui évalue le niveau trophique de la station :
<table><caption>Tableau 1 : Classes de l'IBMR et signification en termes de trophie</caption><tr><td>Note IBMR</td><td>&gt; 14</td><td>12 &lt; X &le; 14</td><td>10 &lt; X &le; 12</td><td>8 &lt; X &le; 10</td><td>&le; 8</td></tr><tr><td>Niveau trophique</td><td>Très faible</td><td>Faible</td><td>Moyen</td><td>Élevé</td><td>Très élevé</td></tr><tr><td>Couleur</td><td>Bleu</td><td>Vert</td><td>Jaune</td><td>Orange</td><td>Rouge</td></tr></table>

Les règles d'évaluation de l'état des eaux de surface dans le cadre de la DCE sont définies au niveau national par un arrêté ministériel du 25 janvier 2010 relatif aux méthodes et critères d'évaluation de l'état écologique, de l'état chimique et du potentiel écologique des eaux de surface. Un guide technique (MTES, 2023) permet leur application à inclure dans les SDAGE et leurs programmes de mesures (PDM) en vigueur pour le cycle DCE 2028-2033. L'état écologique pour le paramètre « macrophytes » est évalué pour une partie des stations DCE en comparant l'état d'un milieu aquatique dans lequel il serait dans des conditions naturelles ou proches du naturel et la note obtenue par l'IBMR. Les valeurs de référence de l'IBMR pour les différents types de cours d'eau nationaux, sont listés dans l'annexe 3 de l'arrêté du 27 juillet 2018 (modifiant l'arrêté du 25 janvier 2010). Cet écart à la référence, ou EQR (ecological quality ratio), est déterminé de la manière suivante :

Note en EQR = (note observée) / (note de référence du type).

Son résultat est un ratio sur une échelle de 0 à 1. La classe d'état se détermine ensuite en comparant la note en EQR aux valeurs de classes d'état présentées dans le Tableau 2.

<table><caption>Tableau 2 : Valeurs inférieures des limites des classes d'état, exprimées en EQR, par type de cours d'eau pour l'IBMR</caption><thead><tr><th rowspan="2">Éléments de qualité</th><th colspan="4">Limites des classes d'état IBMR en EQR</th></tr><tr><th>[Très bon / Bon[</th><th>[Bon / Moyen[</th><th>[Moyen / Médiocre[</th><th>[Médiocre / Mauvais[</th></tr></thead><tbody><tr><td>Macrophytes</td><td>0,92</td><td>0,77</td><td>0,64</td><td>0,51</td></tr></tbody></table>

Concernant les plans d'eau, même si celui-ci n'a pas été appliqué lors du programme, l'IBML désigne un protocole normalisé en France (AFNOR, 2022) reposant sur les mêmes principes que l'IBMR. Il s'agit d'un indicateur du niveau trophique des plans d'eau dont l'amplitude du marnage annuel est inférieure ou égale à 2 m. Il est à ce jour constitué d'une métrique, la note de trophie allant de 0 à 1, intégrant à la fois l'abondance et la composition des macrophytes aquatiques. La méthode consiste en un relevé in situ des communautés macrophytiques, avec estimation de leur abondance à l'échelle d'unités d'observation, réparties sur l'ensemble du périmètre du plan d'eau et dont le nombre varie selon la superficie du plan d'eau.
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## 2. BILAN DES CONNAISSANCES ACQUISES PAR LE PROGRAMME

### 2.1. CONNAISSANCE FLORISTIQUE

#### 2.1.1. ASPECTS QUANTITATIFS

##### 2.1.1.1. COMPILATION DES DONNÉES ET APPORTS DU PROGRAMME

Le jeu de données sur la flore aquatique (sens stricto) a connu une augmentation considérable de 229 % depuis 2016, soit un jeu de données multiplié par trois, avec aujourd'hui près de 83 500 données compilées de flore aquatique sur le territoire étudié (Figure 4). Ces données représentent un peu plus de 1,5 % des données floristiques disponibles pour ce territoire contre 0,6 % en début de programme (25 360 données) pour ce groupe qui était alors considéré comme méconnu. Les données spécifiques issues du programme d'inventaire des macrophytes du bassin de la Seine ont contribué à hauteur d'un peu moins de 40 000 données soit près de 47 % du jeu de données final.

<figure><img src="image_10.png" /><figcaption>Figure 4 : Progression de l'acquisition des données sur les espèces aquatiques dans les bases de données du CBN du Bassin parisien depuis sa création (source : SI Lobelia au 10/12/2024)</figcaption></figure>

Le programme a permis de consolider le jeu de données sur les espèces aquatiques, mais également de le rafraîchir avec aujourd'hui plus de 89 % de données modernes (depuis 2000) dont 52 % depuis le début du programme en 2016. La répartition des données aquatiques en fonction de leur origine (Figure 5) montre ainsi l'importance des données issues du CBN du Bassin parisien depuis 2016 (41 % des données aquatiques) et du programme avec 27 % des données récoltées sur le terrain par les agents du CBN du Bassin parisien lors des deux phases du programme macrophytes (22 714 données). Mais la force de ce programme a également été la compilation et l'intégration de nombreuses données de bureaux d'études et de services de l'état issues des indices biologiques
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macrophytes en rivière (IBMR) et en lac (IBML). 28 723 données floristiques ont ainsi été bancarisées parmi lesquelles 14 588 données de flore aquatique (17 % du jeu de données). Le programme a également permis de compléter la saisie des données historiques (bibliographie et herbiers) dans la base de données du CBN avec près de 2 150 données supplémentaires saisies pour près de 140 références, soit 3 % du jeu de données et un peu plus du quart des données bibliographiques en base sur les aquatiques. Enfin, depuis 2016 un apport important de données s'est également produit hors programme via les autres organismes et botanistes bénévoles, 10 % des données contre seulement 4 % avant 2016. Cette forte augmentation des données extérieures est à mettre en relation avec la mise en place de plateformes régionales du Système d'information de l'inventaire du Patrimoine naturel (SINP), qui collectent les données opportunistes, bénévoles, associatives ou de bureaux d'études depuis une dizaine d'années, et la remontée progressive de ces données dans la base du CBN du Bassin parisien. Les résultats diffusés et la communication réalisée tout au long du programme ont également certainement contribué à inciter les correspondants bénévoles à remonter plus de données sur les aquatiques dans les bases de données qu'auparavant.

<figure><img src="image_11.png" /><figcaption>Figure 5 : Répartition des données aquatiques bancarisées selon leur origine et leur date (source : SI *Lobelia* au 10/12/2024)</figcaption></figure>

Ainsi, l'essentiel des données aquatiques existantes, aussi bien produites par le CBN qu'extérieures à celui-ci, historiques comme actuelles, sont compilées et disponibles dans une seule et même base de données accessible à tous, le système d'information (SI) *Lobelia* (https://lobelia-cbn.fr/). Cette centralisation des données est un enjeu important pour les analyses tant spatiales que diachroniques, afin de retracer l'historique de l'évolution des cortèges floristiques.
Un état des lieux spatialisé de la connaissance depuis 2000 avait été réalisé avant le début du programme (Ferreira et al., 2018a). Celui-ci (Figure 6) peut aujourd'hui être comparé à la carte actualisée de fin de programme (Figure 7) afin d'identifier l'évolution quantitative du jeu de données, sa complétude sur le territoire et les lacunes encore existantes. On peut remarquer que peu de secteurs bien pourvus en données ressortaient avant le début du programme (vallée du Loing aval, Massif de Rambouillet, Bassée, lacs-réservoirs du Der et de la forêt d'Orient, Puisaye...). Les territoires vierges ou très pauvres en données étaient plutôt dominants. Au contraire, en fin de programme de nombreux secteurs apparaissent désormais riches en données avec, toutefois, toujours une forte disparité territoriale. On peut effectivement noter un déséquilibre important entre régions, avec une pression de données beaucoup plus forte en Île-de-France que dans les trois autres régions couvertes par le territoire d'étude. Avec un peu plus de 32 000 données pour l'Île-de-France sur les 73 000 données géolocalisées de cette carte, la région est beaucoup mieux échantillonnée avec une moyenne de 2,7 données au km² que les trois autres régions concernées avec 0,9 à 1,2 données au km². Ce biais était déjà présent au départ du programme dans la base de données (effort de prospection global plus important dans cette région) mais s'est accentué au cours du programme en raison notamment d'une meilleure remontée des données SINP de naturalistes amateurs ou de structures extérieures.

<figure><img src="image_12.png" /><figcaption>Figure 6 : Carte de répartition du nombre de données floristiques aquatiques depuis 2000 par maille 5 x 5 km sur le territoire d'étude avant le début du programme (source : Flora au 01/04/2016)</figcaption></figure>
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<figure><img src="image_13.png" /><figcaption>Figure 7 : Carte de répartition du nombre de données floristiques aquatiques depuis 2000 par maille 5 x 5 km sur le territoire d'étude en fin de programme (source : SI Lobelia au 10/12/2024)</figcaption></figure>

On peut compléter cette carte des données par une seconde carte de répartition du nombre d'espèces recensées par maille (Figure 8), très fortement corrélée à la première. La combinaison des deux montre que les grandes vallées calcaires ressortent fortement, notamment en raison de leur diversité en masses d'eau mais aussi de leur pH et de leur trophie élevés, plus favorables à une diversité floristique importante : Marne moyenne et aval, Seine moyenne (de la Bassée aux boucles de la Seine), Aube, Loing, Aisne, Eure, Armançon et Serein. Le contraste de richesse de ces vallées est encore plus flagrant quand celles-ci entaillent de grands plateaux agricoles très pauvres en masses d'eau comme visible ici en Beauce, en Champagne crayeuse et sur les plateaux calcaires bourguignons. Hors des grandes vallées, d'autres zones ressortent également fortement en termes de données et de diversité floristique comme les lacs-réservoirs champenois, l'Hurepoix et le massif de Rambouillet, les Bries française, humide et boisée, le massif de Fontainebleau et la plaine de Bière ou encore la zone urbaine du grand Paris. Cette étonnante richesse urbaine parisienne comparée notamment aux plateaux agricoles vierges est sans doute en partie due à la présence de masses d'eau plus nombreuses et diversifiées et à une pression d'observation nettement supérieure. Certains secteurs ressortent mieux en termes de données que de diversité spécifique comme l'Yonne amont, le Perche (sources de l'Avre, l'Eure et la Blaise) ou la Puisaye (sources du Loing), qui sont toutes des têtes de bassins acides à dominante forestière et donc moins diversifiées. Ceci ne signifie cependant pas qu'elles sont dénuées
d'intérêt (voir chapitres 3.3 et 3.4). Le constat sur les têtes de bassin est encore plus flagrant sur celles présentant à la fois peu de données et peu d'espèces comme la Marne, l'Aube ou la Seine amont, toutes plutôt en terrain calcaire. Les raisons peuvent être ici être multiples : dégradation mais aussi diversité des niches écologiques plus faibles, ombrage important... Enfin, des lacunes de données plus étonnantes apparaissent sur la carte et sont sans doute plus imputables à des lacunes de prospections comme sur l'Yonne aval, la Seine supérieure ou l'Aisne moyenne.

<figure><img src="image_14.png" /><figcaption>Figure 8 : Carte de répartition du nombre d'espèces aquatiques observées depuis 2000 par maille 5 x 5 km sur le territoire d'étude en fin de programme (source : SI Lobelia au 10/12/2024)</figcaption></figure>

En complément, la fréquence en pourcentage de mailles 5 x 5 km de présence de chaque taxon a pu être calculée avant et après programme (Annexe 2) sur les 2288 mailles du territoire d'étude pour estimer l'évolution du jeu de données. Ces résultats seront détaillés par groupe taxonomique au paragraphe suivant et analysés au chapitre 4.2.1.

### 2.1.1.2. RÉSULTATS PAR GROUPE TAXONOMIQUE

Le programme a permis de contacter 127 espèces aquatiques sur le terrain lors des inventaires des 30 UH parmi les 154 ciblées par le programme (Annexe 2), soit dans le détail : 74 espèces de plantes
vasculaires, 28 bryophytes, 22 Characées, deux autres algues (ainsi que trois espèces d'algues non ciblées) et un lichen. Au total, **137 espèces présentent des données modernes depuis 2000** (dont 134 depuis 2016, avec 7 espèces contactées uniquement hors de ce programme) sur le territoire d'étude, tandis que trois sont considérées comme disparues du bassin de la Seine étudié. Quatorze espèces restent donc sans données : principalement des espèces suspectées dans les groupes méconnus (2 lichens et 7 hybrides) ou en limite de répartition (3 espèces vasculaires) et deux espèces dont les données ont été considérées comme non spontanées entre le début et la fin du programme. Au contraire, 15 espèces qui ne présentaient pas de données géolocalisées modernes avant le programme ont aujourd'hui une carte de répartition disponible sur le territoire : 4 vasculaires (dont 2 néophytes), 4 bryophytes, 3 Characées, 2 autres algues et 2 lichens.

Le constat d'augmentation des données est flagrant si on le détaille par groupe taxonomique (Figure 9). Le jeu de données a ainsi été **multiplié par 16 pour les bryophytes (+ 1 510 %) et par près de 6 pour les Characées (+ 483 %)**, groupes les plus méconnus, contre seulement **2,6 pour la flore vasculaire (+ 155 %)**, même si ce groupe reste encore largement dominant parmi les données de flore aquatique (près de 3/4 des données). Les connaissances sur les lichens et les autres algues partaient quant à elles quasiment de zéro donnée. Si les lichens strictement aquatiques restent très peu présents sur le bassin de la Seine (2 données), les données d'algues hors Characées ont beaucoup augmenté (5 925 données) mais avec essentiellement des données supraspécifiques (89 %).

<figure><img src="image_15.png" /><figcaption>Figure 9 : Progression de l'acquisition des données sur les espèces aquatiques par groupe taxonomique dans les bases de données du CBN du Bassin parisien depuis sa création (source : SI Lobelia au 10/12/2024)</figcaption></figure>

En détaillant par groupe taxonomique la consolidation du jeu de données (Figure 10), on peut remarquer que le rajeunissement des données est moins flagrant pour les phanérogames, déjà étudiés de longue date aussi bien au CBN du Bassin parisien qu'en dehors, avec moins de 50 % d'observations
depuis 2016 et plus de 10 % d'observations anciennes (avant 2000). Au contraire, pour les groupes plus méconnus, l'essentiel des données est aujourd'hui récent, comme pour les Bryophytes avec plus de 70 % des données depuis 2016. Toutefois, le programme a également permis l'intégration de données anciennes qui représentent aujourd'hui près de 10 % des données tous groupes confondus, avec un effort particulier de saisie de données bibliographiques historiques (avant 1950) concernant les Bryophytes et Characées. Seules les algues hors Characées et les quelques rares lichens aquatiques du territoire d'étude présentent encore des lacunes de connaissances historiques avec une quasi-absence de données antérieures à 2000 (0,07 % des données).

<figure><img src="image_16.png" /><figcaption>Figure 10 : Répartition temporelle des observations floristiques aquatiques par groupe taxonomique dans les bases de données du CBN du Bassin parisien (source : SI Lobelia au 10/12/2024)</figcaption></figure>

### 2.1.2. ASPECTS QUALITATIFS

Au niveau de la progression qualitative du jeu de données sur la flore, **2 132 données floristiques aquatiques ont pu être corrigées depuis le début du programme en 2016 soit 2,6 % des données.** Ces corrections concernent à la fois des données redéterminées (identification du taxon avec lequel il y a eu une confusion ou remontée de la donnée à un niveau taxonomique supérieur) et des données invalidées (données douteuses sans possibilité d'identifier le taxon avec lequel une confusion a pu avoir lieu). La proportion entre les deux est de l'ordre de deux tiers de données redéterminées pour un tiers de données invalidées. Ce travail contient également une part importante de validations issues des intégrations de données IBMR/IBML intégrées : 493 données concernant la flore aquatique, soit près du quart du travail de validation mené depuis 2016 (voir 2.3.1).

Le travail de validation s'est notamment concentré pour améliorer les connaissances sur les groupes mal connus ou souvent sujets à erreurs de la flore vasculaire : callitriches (environ 250 données corrigées), renoncules aquatiques (près de 300 données corrigées), potamots (une centaine de données corrigées) ou encore utriculaires (une cinquantaine de données corrigées). Le travail de validation concernant les groupes inférieurs est encore balbutiant et le CBN manque parfois encore de
recul et de connaissances suffisamment solides sur la répartition des espèces pour effectuer un travail
de validation plus en profondeur : un peu moins d'une centaine de données corrigées sur les
bryophytes et une quarantaine pour les Characées.

Toutefois, ce travail de validation déjà conséquent reste encore perfectible car celui-ci a été limité
pendant la phase II du programme en raison principalement de l'évolution des outils à disposition. Le
changement de bases de données du CBN en 2021 avec des fonctionnalités encore manquantes et des
problèmes de migration d'historique de détermination n'a pas permis de réaliser toutes les validations
de données souhaitées.

2.1.3. DÉCOUVERTES ET DISPARITIONS

L'un des points forts du programme en termes de connaissances aura été la découverte ou la
redécouverte (non revues depuis 2000, date limite pour des données modernes), de nombreuses
espèces au niveau du bassin étudié, d'une région ou d'un département. Ces chiffres sont aussi à mettre
en parallèle avec le nombre d'espèces disparues aux mêmes échelles.

Sur les 137 espèces aquatiques observées depuis 2000, **cinq ont été découvertes sur le bassin depuis 2016** (Collema dichotomum, Hydropunctaria rheitrophila, Myriophyllum heterophyllum, Wolffia columbiana, Zannichellia obtusifolia) et **quatre autres redécouvertes** (Chara connivens, Cinclidotus aquaticus, Nitella confervacea, Scorpidium revolvens). Par exemple, le cas de la découverte de la Zannichellie à feuilles obtuses (Zannichellia obtusifolia) en 2021, quasi simultanée avec sa découverte sur le bassin de la Loire, a été relatée dans la rubrique « à la loupe » sur le site du CBN du Bassin parisien (Figure 11). Le cas du Myriophylle hétérophylle (Myriophyllum heterophyllum), espèce exotique envahissante identifiée pour la première fois en 2018 sur les canaux de Champagne-Ardenne (Figure 12), mais certainement présente depuis au moins 2013 (Le Gloanec et al., 2020), est également présenté. Au contraire, **trois espèces sont considérées comme disparues à cette échelle** (Chara fragifera, Utricularia intermedia et Zannichellia peltata) et deux autres n'ont pas été revues depuis 2016 (Chara denudata et Ranunculus rionii). Pour exemple, la Zannichellie peltée (Zannichellia peltata) est une espèce qui n'a été attestée du bassin que par une part d'herbier récoltée en 1827 par un anonyme dans la région de Fontainebleau (Figure 13, gauche) et redéterminée par un spécialiste européen du genre. Elle n'a jamais pu être réobservée depuis. La Renoncule de Rion (Ranunculus rionii), quant-à-elle, est une espèce médioeuropéenne signalée seulement en 2003 et 2004 aux alentours du lac du Der (51/52) (Le Gloanec et al., 2020). Méconnue et de détermination délicate (Figure 13, droite), celle-ci échappe probablement encore trop facilement à l'attention des botanistes.
<figure><img src="image_17.png" /></figure>

### Zannichellia obtusifolia Talavera, García-Mur. & H.Smit, 1986

(P. Fisson, T. Fernez & L. Ferreira, 77/91, juillet 2021)

## Découverte pour l'Île-de-France

La Zannichellie à feuilles obtuses (Zannichellia obtusifolia) est une espèce aquatique annuelle, discrète, à feuilles filiformes. Elle se distingue des autres zannichellies par ses étamines longuement pédonculées et ses feuilles plates à extrémité obtuse à mucronulée.

C'est une espèce que l'on pensait liée aux marais littoraux saumâtres et dont la limite de répartition nordique connue se situait au niveau de l'Andalousie il y a 20 ans, puis de la Camargue il y a 10 ans. Elle fut ensuite découverte sur le littoral atlantique puis, ces dernières années, dans plusieurs cours d'eau mésotrophes à eutrophes du Bassin parisien (Pas-de-Calais, Loir-et-Cher, Basse-Normandie). Jamais signalée en Île-de-France außeravant, elle a été d'abord observée en 2021 sur l'Yerres par Pierre Fisson du bureau d'études Aquascop puis ailleurs sur cette rivière, ses affluents, ainsi que sur un affluent de la Seine un peu plus au sud (Ru de Balory) par le CBNBP.

Facile à confondre avec sa proche cousine la Zannichellie des marais (Zannichellia palustris), assez fréquente en Île de France, la plupart des stations de cette dernière seraient à contrôler. La Zannichellie à feuilles obtuses est donc une espèce sans doute longtemps passée inaperçue, voire en expansion, et qui serait à rechercher partout dans la région.

**Figure 11 :** « À la loupe » sur la découverte de la Zannichellie à feuilles obtuses (Zannichellia obtusifolia Talavera, García-Mur. & H.Smit) sur le bassin de la Seine francilienne en 2021 © CBN du Bassin parisien

<figure><img src="image_18.png" /></figure>

### Myriophyllum heterophyllum Michx., 1803 (leg. E. Jungmann [VNF] & C. Pestellard [VNF], juin 2018; det. Pr. E. Gross [Université Lorraine], Champagne-Ardenne, juillet 2018)

## Nouveau pour le Territoire d'agrément

Espèce exotique envahissante sur le territoire métropolitain (Arrêté du 14 février 2018).

Le Myriophylle hétérophylle, originaire des Etats-Unis, est une plante aquatique identifiée pour la première fois sur le territoire métropolitain en 1999 dans le département des Pyrénées-Atlantiques (64), mais sa présence locale semble plus ancienne (fin 1980).

En Champagne-Ardenne, l'espèce a été déterminée par le professeur E. Gross (Univ. Lorr.) sur la base d'échantillons récoltés par E. Jungmann et C. Pestellard (VNF), en juin 2018, à Vitry-le-François (51). Cependant, un cliché pris en juillet 2013 à Joinville (52) par E. Jungmann, illustre ce qui semble être la première localité régionale identifiable.

M. heterophyllum n'a été observé pour le moment qu'au sein de canaux navigables, ce qui correspond à son écologie, l'espèce affectionnant les eaux peu courantes (ou stagnantes) eutrophes. Ainsi, sur le territoire régional, outre les localités citées précédemment, elle a également été recensée dans plusieurs communes de la Marne (51) en 2018 : entre Pargny-sur-Saulx et Etrepy (VNF), à Couvrot, Pogny et Soulanges (M. Saint-Val, CBNBP) ; et des Ardennes (08), à Château-Porcien, Blanzy-la-Salonnaise et Asfled (V. Le Gloanec, CBNBP).

Cette exotique, qui forme des herbiers étendus et denses, se distingue notamment des autres Myriophylles indigènes par la présence de tiges florifères émergées comprenant des bractées épaisses, entières (parfois pennatiséquées en phase de transition), denticulées et verticillées par 4-5.

**Figure 12 :** « À la loupe » sur la première identification du Myriophylle hétérophylle (Myriophyllum heterophyllum Michx.) sur le bassin de la Seine en Champagne-Ardenne en 2018 © CBN du Bassin parisien
<figure><img src="image_19.png" /><figcaption>Figure 13 : *Zannichellia peltata* Bertol., det. Talavera (1984), Fontainebleau (77), 17/06/1827, herbier Univ. Montpellier - Inst. de Botanique, MPU1400425 (https://science.mnhn.fr/institution/um/collection/mpu/item/mpu1400425?listIndex=47&listCount=249) (à gauche) et *Ranunculus rionii* Lagger © 2022, Konrad Lauber - Flora Helvetica - Haupt Verlag (à droite)</figcaption></figure>

Au niveau des quatre anciennes régions administratives couvertes par le territoire d'étude, les découvertes sont nombreuses depuis 2016 avec **16 espèces découvertes et neuf redécouvertes au niveau régional**. Si on ajoute les découvertes pour le bassin de la Seine qui sont aussi des découvertes régionales, cela représente par région : 16 espèces pour l'Île-de-France (soit 10 % des espèces aquatiques étudiées), huit en Champagne-Ardenne et en Centre-Val de Loire et deux en Bourgogne. L'exemple de la redécouverte du Callitriche des marais (*Callitriche palustris*) en Île-de-France à l'étang de Saint-Quentin en 2022 (Figure 14) et celui de la bryophyte *Jungermannia atrovirens* sur l'Éclimont, affluent de la Juine, en Île-de-France en 2018 (Figure 15) sont présentés à la suite. Au niveau des disparitions régionales, si l'on inclut les espèces disparues du bassin, ce sont **12 espèces qui n'ont pas été revues depuis 2000 en région** : sept en Île-de-France (Chara fragifera, Marsupella emarginata, Racomitrium aciculare, Scorpidium cossonii, S. scorpioides, Utricularia intermedia, Zannichellia peltata), quatre en Bourgogne (Callitriche truncata, Nitella tenuissima, Potamogeton alpinus, Scorpidium revolvens), deux en Champagne-Ardenne (Tolypella intricata, Utricularia intermedia) et une en Centre Val-de-Loire (Scorpidium revolvens). Sur ces 12 espèces disparues, quatre sont des espèces vasculaires dont la disparition est sans doute actée, mais huit sont des espèces cryptogames (trois Characées et cinq bryophytes) pour lesquelles des espoirs de redécouverte sont encore possibles en raison d'une connaissance plus récente et moins aboutie.
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<figure><img src="image_20.png" /></figure>

Figure 14 : « À la loupe » sur la redécouverte du Callitriche des marais (Callitriche palustris L.) en Île-de-France en 2022 © CBN du Bassin parisien

Figure 15 : « À la loupe » sur la redécouverte de la bryophyte Jungermannia atrovirens Dumort. en Île-de-France en 2018 © CBN du Bassin parisien
**Au niveau départemental**, les découvertes et redécouvertes sont extrêmement nombreuses avec **plus d'une centaine de découvertes et plus d'une cinquantaine de redécouvertes**. Cela démontre une amélioration de la connaissance de la distribution des taxons. Ces découvertes concernent beaucoup de cryptogames avec 26 % de découvertes départementales de Characées, 30 % de bryophytes, mais aussi 41 % de phanérogames. Ce dernier chiffre est toutefois à nuancer puisque près de la moitié des découvertes départementales de phanérogames concerne des espèces exotiques naturalisées en cours de colonisation du bassin, envahissantes ou non (Lemna turionifera, Wolffia columbiana, Myriophyllum aquaticum, Egeria densa, Cabomba caroliniana...). Trois exemples sont présentés à la suite : celui de la découverte départementale d'une Characée, la Tolypelle enchevêtrée (Tolypella intricata) en vallée de l'Essonne dans le département du même nom en 2017 (Figure 16), celui d'une espèce exotique, la Lentille d'eau à turions (Lemna turionifera), en vallée de l'Eure en Eure-et-Loir (Figure 17) et, enfin, celui de l'Œnanthe des rivières (Oenanthe fluviatilis) sur la rivière du Loing dans le Loiret en 2017 (Figure 18). Le nombre de **disparitions au niveau départemental d'espèces aquatiques est aussi important avec un peu plus de 130 disparitions** à ce niveau pour 55 % de cryptogames, groupe pour lequel on peut espérer que des prospections supplémentaires permettront d'en retrouver une partie non négligeable.

<figure><img src="image_21.png" /></figure>

Tolypella intricata (Trentep.) Leonh. (Thierry FERNEZ, Leslie

FERREIRA, Essonne, 09/04/2017)

Découverte en Essonne

Cette petite Characée vernale se singularise par ses ramifications fertiles en têtes longuement chevelues dont les cellules terminales sont aigües. Très rare en France et en Europe où elle est inscrite sur la liste rouge de nombreux pays, cette espèce n'a pas fait l'objet d'aucune observation récente sur le territoire d'agrément du CBNBP en dehors de l'île-de-France.

Des données seraient toutefois à confirmer sur les lacs champenois. En Île-de-France, elle n'était connue récemment que dans la Bassée et avait été signalée historiquement en vallée de la Marne. En 2017, elle a été découverte dans une prairie pâturée de la vallée de l'Essonne sur la commune d'Echarcon, gérée par le Conseil départemental de l'Essonne.

Cette espèce est principalement liée à des mares, ornières et dépressions temporaires dans des systèmes alluviaux alcalins bien éclairés où elle croit souvent en compagnie de Ranunculus trichophyllus.

Les prairies inondables particulièrement favorables à cette espèce sont au bord de l'extinction en Île-de-France et principalement menacées par la disparition du pâturage. Cette espèce est également menacée par l'eutrophisation des eaux et la fermeture des milieux. Cette nouvelle station bien que rencontrée sur une seule mare semble à l'abri de menaces à l'heure actuelle.

Figure 16 : « À la loupe » sur la découverte départementale de la Characée Tolypella intricata (Trentep. ex Roth) Leonh. en Île-de-France en 2017 © CBN du Bassin parisien
**Lemna turionifera** Landolt, 1975 : inédit (naturalisé, originale des zones tempérées froides de l'hémisphère nord), dans une anse calme vaseuse du plan d'eau d'Écluzelles à Mézières-en-Drouais, obs. Thierry FERNEZ (CBNBP) ; sur les berges calmes de l'Eure à Montreuil, obs. Thierry FERNEZ & Rémi DUPRÉ (CBNBP) et à Pontgouin, obs. Thierry FERNEZ (CBNBP).

La Lentille d'eau à turions est en pleine expansion en vallée de l'Eure. Elle ressemble beaucoup à la banale *Lemna minor* par sa forme mais présente une taille un peu inférieure. Elle se détecte, surtout à la saison estivale, par la présence d'une coloration rouge vineux plus ou moins apparente sur la face supérieure de la lame flottante mais souvent plus

marquée à la face inférieure, notamment au point d'insertion de la racine. La vallée de l'Eure constitue la seconde vallée où cette lentille est découverte en Centre-Val de Loire après la vallée du Loing dans le Loiret où elle avait été observée en abondance en 2017 tout le long de son cours (DUPRÉ & GAUTIER, 2018). Espèce à rechercher dans toutes les vallées de la région.

<figure><img src="image_22.png" /><figcaption>Lemna turionifera (1), Lemna minor (2), Spirodela polyrhiza (3).</figcaption></figure>

**Figure 17 :** Encart de présentation de la découverte départementale de la Lentille d'eau à turions (*Lemna turionifera* Landolt) en Eure-et-Loir dans le « Bilan des découvertes floristiques 2020 en Centre-Val de Loire » (Dupré, 2021)

<figure><img src="image_23.png" /><figcaption>Figure 12 : Œnanthe fluviatilis.</figcaption></figure>

Œnanthe fluviatilis

Après la redécouverte ces dernières années de l'Œnanthe des rivières (Œnanthe fluviatilis (Bab.) Coleman) sur plusieurs rivières franciliennes (Loing, Essonne et Ourcq), c'est dans le Loiret que cette espèce a été trouvée en 2017. Trois stations ont ainsi été rencontrées sur le Loing en aval de Montargis à l'occasion de prospections en canoë, dont une population très importante et florifère sur la commune de Fontenay-sur-Loing. Il s'agit de la troisième rivière connue en Centre-Val de Loire pour cette espèce rarissime en France, les deux autres, l'Avre et l'Aigre, étant situées en Eure-et-Loir. Dans le Loiret, l'espèce avait été signalée en 1964 par Henri BOUBY près du canal d'Orléans (BOUBY, 1964). Sur le Loing, elle n'avait été vue historiquement qu'en Seine-et-Marne à Moret-sur-Loing en 1931 par Paul DUCLOS (DUCLOS, 1931). Ce sont donc désormais cinq stations qui sont connues sur cette rivière à cheval entre Loiret et Seine-et-Marne.

Le plus souvent stérile et submergée, cette espèce ne fleurit que très rarement et passe facilement inaperçue. Elle se distingue de l'Œnanthe aquatique (Œnanthe aquatica (L.) Poir.), sa plus proche voisine, par des feuilles submergées cassantes à segments terminaux allongés-cunéiformes et des fruits un peu plus gros.

**Figure 18 :** Encart de présentation de la redécouverte départementale de l'Œnanthe des rivières (*Oenanthe fluviatilis* (Bab.) Coleman) dans le Loiret dans le « Bilan des découvertes floristiques 2017 en Centre-Val de Loire » (Dupré & Gautier, 2018)

De nombreuses autres découvertes floristiques sont détaillées dans les articles suivants parus au cours du programme :

- en Bourgogne, quelques découvertes sont présentées dans *Connaissance et enjeux sur la flore et les végétations des cours d'eau bourguignons du bassin de la Seine* (Fernez & Ferreira, 2023);

- en Centre-Val de Loire, un article fait la synthèse sur *La flore aquatique des bassins de l'Eure, de l'Avre et de la Blaise en Eure-et-Loir* (Fernez, 2023a), un autre détaille la *Découverte d'une station florifère d'Oenanthe fluviatilis* (Bab.) Coleman en vallée du Loing (Fernez, 2018). Enfin, on retrouve
les principales découvertes du programme dans les bilans floristiques annuels régionaux (Dupré, 2020 ; 2021 ; Dupré & Gautier, 2018) ;

- en Champagne-Ardenne, un article synthétise les *Observations récentes d'espèces aquatiques nouvelles ou remarquables pour la Champagne-Ardenne* (Le Gloanec et al., 2020) ;

- en Île-de-France, deux articles locaux détaillent quelques découvertes floristiques intéressantes pour l'étang de Saint-Quentin-en-Yvelines (Fernez, 2023b) et la redécouverte de l'Œnanthe des rivières dans la région (Fernez & Fichot, 2017).

## 2.2. CONNAISSANCE DES VÉGÉTATIONS

### 2.2.1. ASPECTS QUANTITATIFS

Le jeu de données sur les végétations aquatiques a connu une **augmentation considérable de 179 % depuis 2016, soit un jeu de données multiplié par un peu moins de trois,** avec aujourd'hui un peu plus de 12 500 données compilées de végétations aquatiques sur le territoire étudié (Figure 19). Ces données représentent 7,2 % des données de végétations disponibles pour ce territoire contre 4 % en début de programme (4 500 données). La proportion de données aquatiques est donc plus importante dans le jeu de données végétation que flore (1,5 % des données). Ceci peut s'expliquer par l'importance d'identifier ces végétations inscrites dans différentes législations ou zonages (loi zone humide, DCE, DHFF, zone naturelle d'intérêt écologique, faunistique et floristique [ZNIEFF]...) et donc des observations plus fréquentes par les phytosociologues que pour des végétations moins patrimoniales bien que plus fréquentes (friches, cultures, forêts...). Les données spécifiques récoltées sur le terrain par les agents du CBN issues du programme d'inventaire des macrophytes du bassin de la Seine ont contribué à hauteur de 5 300 données soit près de 41 % du jeu de données final.

<figure><img src="image_24.png" /><figcaption>Figure 19 : Progression de l'acquisition des données sur les végétations aquatiques dans les bases de données du CBN du Bassin parisien depuis sa création (source : SI Lobelia au 22/01/2025)</figcaption></figure>
Le programme a permis de consolider le jeu de données sur les végétations aquatiques, mais également de le rafraîchir avec aujourd'hui près de **64 % de données depuis le début du programme en 2016** (Figure 20 à gauche) et seulement 2 % de données avant 2008. La faiblesse de ces données avant 2008 s'explique par la diversité d'origine des données très limitée pour les végétations. En effet, l'essentiel des données provient du CBN, en dehors de quelques données bibliographiques (environ 200 pour 1,5 % des données) et le CBN du Bassin parisien s'est doté d'une base de données pour les végétations seulement à partir de 2006. Des efforts sont donc encore à fournir sur la compilation et la saisie de données bibliographiques phytosociologiques, qui existent sur le territoire d'étude mais sont dispersées, hétérogènes et de saisie plus compliquée que pour la flore. De même, la centralisation des données extérieures en provenance de bureaux d'étude, de partenaires ou même de bénévoles est aujourd'hui encore balbutiante avec l'absence de prise en compte de ces données dans les plateformes régionales du SINP, l'existence d'outils de gestion de ces données propres à chaque structure, l'absence de format d'échanges et la mise en place seulement depuis 2022 du SI *Lobelia*, qui permet à tous la saisie de données phytosociologiques. Pourtant, ces données extérieures, tant historiques qu'actuelles, sont essentielles pour pouvoir mieux comprendre l'évolution des cortèges floristiques des herbiers aquatiques et mieux identifier les végétations lors des analyses phytosociologiques. Le jeu de données est cependant déjà bien fourni en termes de relevés phytosociologiques aquatiques puisqu'il contient aujourd'hui 2 676 relevés phytosociologiques aquatiques sur le bassin qui pourront être mobilisés lors d'une future typologie des végétations (voir chapitre 7.3). Parmi ces relevés, 50 % ont été produits par le programme macrophytes depuis 2016.

Ces relevés phytosociologiques concernent cinq classes de végétations et sont à rapporter aux données produites (Figure 20 à droite) :

- classe des *Potametea pectinati*, large classe d'herbiers phanérogamiques enracinés des eaux douces : 1 842 relevés pour 7 986 données (63,5 %);

- classe des *Lemnetea minoris*, classe d'herbiers phanérogamiques flottants des eaux douces : 554 relevés pour 3 277 données (26,0 %);

- classe des *Charetea fragilis* d'herbiers pionniers de Characées des eaux peu polluées : 257 relevés pour 1 022 données (8,1 %);

- classe des *Plathypnidio-Fontinalietea antipyreticae* d'herbiers bryolichéniques des eaux courantes (hors alliances supra-aquatiques du *Pellion endiviifoliae* et du *Riccardio pinguis-Eucladion verticillati* non considérées ici) : 16 relevés pour 266 données (2,1 %);

- classe des *Utricularietea intermedio-minoris* restreinte aux herbiers à Utriculaires des gouilles tourbeuses : 7 relevés pour 35 données (0,3 %).
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<figure><img src="image_25.png" /><figcaption>**Figure 20 :** Répartition temporelle des observations de végétations aquatiques (à gauche) et proportion de données par classe phytosociologique aquatique (à droite) dans les bases de données du CBN du Bassin parisien depuis sa création (source : SI *Lobelia* au 22/01/2025)</figcaption></figure>

Le programme a permis de contacter 94 végétations aquatiques sur le terrain lors des inventaires des 30 UH parmi les 124 ciblées par le programme (Annexe 3), dont 17 alliances (sur 18 visées) et 65 associations ou groupements végétaux (sur 88 visées). Au total, **104 végétations, dont 17 alliances et 70 associations ou groupements végétaux, présentent des données modernes depuis 2000** (et 100 depuis 2016, dont 6 contactées hors programme) sur le territoire d'étude, mais aucune n'est considérée comme disparue du territoire étudié par manque de données historiques. La seule alliance sans donnée, le *Brachythecion rivularis*, végétations bryophytiques inondées des eaux rapides, est certainement non détectée par manque d'expertise sur cette classe des *Plathypnidio-Fontinalietea antipyreticae* encore méconnue et dont le programme constituait les premiers inventaires à l'échelle du territoire du CBN du Bassin parisien. Les **18 associations végétales sans données** concernent 8 associations de cette classe bryophytique, 5 des *Charetea fragilis* également encore mal connues et enfin 5 associations centrées sur des espèces vasculaires rares, dont certaines sans doute potentiellement disparues (notamment parmi les 3 associations de tourbières des *Utricularietea intermedio-minoris*). Au contraire, 27 végétations qui ne présentaient pas de données géolocalisées modernes avant le programme ont aujourd'hui une carte de répartition disponible sur le territoire : 19 associations, 5 alliances, 2 ordres et une classe, celle des *Plathypnidio-Fontinalietea antipyreticae* (11 nouveaux syntaxons en tout concernant cette classe).

Un état des lieux spatialisé de la connaissance depuis 2000 avait été réalisé avant le début du programme (Ferreira et al., 2018a). Celui-ci (Figure 21) peut aujourd'hui être comparé à son actualisation en fin de programme (Figure 22) afin d'identifier l'évolution quantitative du jeu de données, sa complétude sur le territoire et les lacunes encore existantes. L'essentiel des données avant le programme macrophytes était principalement lié à deux grandes campagnes de prospections du
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CBN : la typologie des zones humides du territoire Seine amont de l'AESN mené entre 2011 et 2021 (Weber et al., 2019) et le programme de cartographie des végétations naturelles et semi-naturelles d'Île-de-France mené entre 2006 et 2015 (Azuelos & Renault, 2013 ; Ferreira et al., 2015). On peut ainsi remarquer une carte très contrastée avant le programme où seuls l'île-de-France et certains territoires du bassin Seine amont ressortaient (Bassée, Châtillonnais, plateau de Langres, Champagne humide, Puisaye...), alors que les territoires vierges de données étaient dominants. En fin de programme, ces mêmes secteurs ressortent toujours fortement mais de nouveaux sont apparus (vallées de la Marne, de l'Eure, de l'Armançon, du Serein, du Loing, Perche, Morvan...). Cependant, on peut remarquer que comparé à la flore (Figure 7), de nombreux territoires restent vierges ou pauvres en données. Cela peut s'expliquer par la grande difficulté à identifier des végétations dans des secteurs pauvres en masses d'eau, dégradés et avec des cortèges floristiques très réduits. Comme pour la flore, l'île-de-France est la région la mieux échantillonnée avec plus de 50 % des données de végétation pour une moyenne de 0,5 donnée au km² contre seulement 0,1 à 0,2 données au km² pour les trois autres régions concernées.

<figure><img src="image_26.png" /><figcaption>Figure 21 : Carte de répartition du nombre de données de végétations aquatiques depuis 2000 par maille 5 x 5 km sur le territoire d'étude avant le début du programme (source : Flora au 01/04/2016)</figcaption></figure>
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<figure><img src="image_27.png" /><figcaption>Figure 22 : Carte de répartition du nombre de données de végétations aquatiques depuis 2000 par maille 5 x 5 km sur le territoire d'étude en fin de programme (source : SI Lobelia au 22/01/2025)</figcaption></figure>

On peut compléter cette carte des données par une seconde carte de répartition du nombre d'associations végétales recensées par maille (Figure 23), très fortement corrélée à la première. La combinaison des deux montre mieux les secteurs qui ressortent en termes de diversité en Île-de-France : Massif de Rambouillet, Hurepoix, vallées de la Marne, du Loing, de la Seine en amont de Paris, Bassée, Brie boisée. Globalement, la diversité des végétations est moins orientée sur les grandes vallées calcaires que pour la flore, même si quelques-unes ressortent avec une diversité importante (Marne moyenne et aval, Armançon, Bassée, Loing...), tout comme quelques têtes de Bassin (Aube amont, Puisaye, Massif de Rambouillet, Perche). Toutefois, des lacunes de données semblent apparaitre sur la carte et sont sans doute imputables à des lacunes de prospections sur des UH très grandes qui partaient de très peu de données de végétations initialement. C'est le cas autant sur des têtes de bassin (Marne amont, Yonne amont, Seine amont, Orléanais forestier) que sur des grandes vallées calcaires (Aube entre l'amont et la Bassée, Vesle, Suippe, Loing entre Montargis et l'amont, Yonne aval), logiquement riches en végétations diversifiées. L'analyse de ces résultats mérite donc d'être relativisée par manque de données complémentaires.
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<figure><img src="image_28.png" /><figcaption>Figure 23 : Carte de répartition du nombre d'associations végétales aquatiques observées depuis 2000 par maille 5 x 5 km sur le territoire d'étude en fin de programme (source : SI Lobelia au 22/01/2025)</figcaption></figure>

En supplément, la fréquence en pourcentage de mailles 5 x 5 km de présence de chaque syntaxon a pu être calculée avant et après programme (Annexe 3) sur les 2288 mailles du territoire d'étude pour estimer l'évolution du jeu de données. Ces résultats seront analysés au chapitre 4.2.1.

### 2.2.2. ASPECTS QUALITATIFS

Au niveau de la validation du jeu de données sur les végétations, **718 données de végétation ont pu être corrigées depuis 2016 soit un peu moins de 6 % des données.** L'essentiel de ces corrections concerne des redéterminations, la fonction d'invalidation (23 données) n'étant que d'apparition récente dans la base de données du CBN. Toutefois, ce travail de validation déjà conséquent reste encore très largement perfectible car celui-ci a été limité pendant la phase II du programme en raison de l'évolution des outils à disposition. Le changement de bases de données du CBN en 2021 avec des fonctionnalités encore manquantes et des problèmes de migration d'historique de détermination n'a pas permis de réaliser toutes les validations de données souhaitées.
De plus, ces travaux de validation phytosociologique des données nécessitent une phase de synthèse sur la connaissance avec la production d'une typologie, qui devrait être menée prochainement (voir paragraphe 7.3) et donc conduire à la validation de nouvelles données et l'amélioration de la qualité du jeu de données.

En termes d'amélioration de la précision du jeu de données sur les végétations (Figure 24), on se rend compte qu'il aura été difficile de faire progresser qualitativement la donnée lors du programme. Les données produites avant 2010 restent globalement assez faibles (7,5 %) et plutôt imprécises avec seulement 22 % de données au moins à l'association végétale et 15 % à un niveau supérieur à l'alliance. L'amélioration de la précision des données s'est opérée à partir des années 2010 avec l'amélioration des référentiels et la production plus systématique de données phytosociologiques, accompagnées bien souvent de relevés phytosociologiques, par le CBN. L'effort de prospection et d'amélioration de la connaissance amorcé en 2016 avec le programme macrophytes n'a pas permis d'augmenter la précision des données produites avec globalement **entre 50 et 55 % de données produites au moins au niveau de l'association végétale depuis 2010** et moins de 10 % de données produits à un niveau supérieur à l'alliance. Cette stagnation peut s'expliquer par la qualité globale assez faible des milieux aquatiques et leur anthropisation conduisant à des végétations aquatiques rarement bien exprimées, avec des cortèges floristiques difficilement saturés, et qui ne permettent donc pas aux phytosociologues de descendre au niveau de l'association végétation. On note cependant une diminution des données de niveau classe et ordre entre la période 2010-2015 et depuis 2016, sans doute en raison de passages à des périodes plus favorables pour relever ces végétations et un matériel plus adapté.

<figure><img src="image_29.png" /><figcaption>Figure 24 : Évolution temporelle de la précision des données de végétations aquatiques dans les bases de données du CBN du Bassin parisien (source : SI Lobelia, janvier 2025)</figcaption></figure>
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## 2.3. BIO-ÉVALUATION DES COURS D'EAU ET DES PLANS D'EAU

### 2.3.1. ASPECTS QUANTITATIFS

Le CBN du Bassin parisien a pu réaliser 167 IBMR complémentaires depuis le début du programme (Figure 25). De plus, 972 relevés IBMR et 362 relevés IBML extérieurs (bureaux d'étude, DREAL...) ont pu être bancarisés sur 307 stations entre 2005 et 2021, avec 6 stations avec des relevés en doublon entre le CBN et d'autres structures (en raison de certaines données extérieures arrivées tardivement à la connaissance du CBN). L'ensemble de ces données représente un total de **431 stations DCE en cours d'eau suivies par au moins un IBMR et 37 suivies par au moins un IBML** sur le territoire d'étude.

<figure><img src="image_30.png" /><figcaption>Figure 25 : Stations du réseau DCE présentant au moins un relevé IBMR bancarisé sur le territoire d'étude</figcaption></figure>

Le nombre de stations du réseau DCE présentant au moins un relevé IBMR est présenté par UH étudiée en Annexe 1, soit 412 relevés IBMR sur ces 30 UH avec une moyenne de 14 stations DCE avec au moins un relevé IBMR par UH. Les UH étant de taille très hétérogène, le nombre d'IBMR par UH est très variable lui aussi allant d'un IBMR pour une petite UH comme le Croult qui présente très peu de cours d'eau, qui plus est souvent couverts, busés ou fortement rectifiés, à 37 sur l'Yonne amont, l'une des UH les plus grandes du territoire étudié et parmi les mieux conservées avec une note moyenne des IBMR de 11,5 (meilleure note moyenne pour les 30 UH étudiées).
### 2.3.1. ASPECTS QUALITATIFS

Sur les 431 stations suivies en cours d'eau par au moins un relevé IBMR (Figure 26), **la note moyenne obtenue est de 9,48**, correspondant à un niveau trophique élevé, niveau dominant des stations du territoire d'étude avec 43,3 % des données. Les notes s'échelonnent de 5 sur le ru Maldroit à Beynes (78) sur l'UH Mauldre et Vaucouleurs à 15,5 sur le ruisseau de la combe de Ribevaux à Vignory (52) sur l'UH Marne amont. **62,2 % des stations présentent un niveau trophique élevé à très élevé (≤ 10) contre seulement 5,3 % avec un niveau trophique faible à très faible (> 12).** Ces dernières sont de plus très localisées et limitées à quatre bassins versants (Yonne amont et aval, Marne amont, Morins). Dans un contexte où le bassin étudié est dans un état écologique globalement dégradé, ces stations de référence (témoins) sont primordiales et à préserver en priorité. Elles peuvent servir de comparaison avec des sites dégradés afin de détecter les changements floristiques associés à des dégradations de la qualité de l'eau.

<figure><img src="image_31.png" /><figcaption>Figure 26 : Notes IBMR obtenues lors du passage le plus récent sur les stations suivies du réseau DCE du territoire d'étude</figcaption></figure>

Au niveau des moyennes par direction territoriale (DT) (Figure 27), les écarts sont modérés (inférieurs à 2 points) avec quatre directions présentant un niveau trophique en moyenne élevé (Vallées de Marne et d'Oise, Seine-aval et Seine francilienne). Logiquement, la Seine francilienne plus
anthropisée présente la note trophique moyenne la plus basse avec 8,35. Seule la DT Seine-amont présente un niveau trophique moyen avec une note trophique de 10,07. Enfin, concernant les moyennes par UH (Figure 28), si on exclut les relevés IBMR sur des UH non étudiées à cheval sur le territoire d'étude, **l'Yonne amont ressort comme celle présentant le niveau trophique le plus faible avec une moyenne de 11,5. Suivent l'Avre et la Marne amont avec respectivement des notes moyennes de 10,7 et 10,4.** Il s'agit dans ces trois cas de bassins dont les têtes sont forestières (Morvan, Perche, Barrois et plateau de Langres), moins impactées par les intrants agricoles et donc mieux préservées. À l'autre extrémité de l'échelle, on retrouve **6 UH franciliennes (Seine parisienne, Mauldre et Vaucouleurs, Croult, Seine Mantoise, Orge et Yvette, Yerres) avec des niveaux trophiques très élevés (< 8)** assez proches de 7,4 à 7,7. Celles-ci ont une composante urbaine importante avec des cours d'eau en partie fortement artificialisés et le reste de l'UH, souvent assez fortement agricole (hormis Orge et Yvette). Sur l'ensemble des 30 UH étudiées lors du programme, 6 UH présentent un niveau trophique moyen, 18 un niveau trophique élevé et 6 un niveau trophique très élevé.

<figure><img src="image_32.png" /><figcaption>Figure 27 : Proportion de notes IBMR obtenues lors du passage le plus récent par classe de niveau trophique selon les directions territoriales</figcaption></figure>
<figure><img src="image_33.png" /><figcaption>Figure 28 : Proportion de notes IBMR obtenues lors du passage le plus récent par classe de niveau trophique pour les 30 unités hydrographiques étudiées</figcaption></figure>

Au niveau de la validation des données floristiques des IBMR et des IBML intégrés, ce sont **623 données qui ont été corrigées soit 2 % du jeu de données intégré** (sur 28 723 données bancarisées). 479 données corrigées concernent les IBMR et 144 les IBML, soit respectivement 2,4 % et 1,6 % des données de chaque lot et donc une meilleure qualité des données pour les IBML, en raison principalement de biais plus faibles avec un seul organisme habilité et compétent pour les IBML (Aquascop). De plus, parmi ces corrections ce sont 456 données qui ont pu être redéterminées tandis que 167 ont été invalidées. Pour ce faire, une analyse qualitative des relevés IBMR et IBML a eu lieu avec une évaluation des biais : date d'observation (phénologie), observateurs (plusieurs passages par des organismes différents), évaluation de la crédibilité chorologique et écologique de présence des espèces... Ces validations pourront bien évidemment se poursuivre dans les bases de données avec la progression de la connaissance des taxons. Se pose aujourd'hui la question de comment corriger ces données dans les relevés IBMR ou IBML car ces changements peuvent potentiellement avoir des impacts importants sur les notes. Il est cependant impossible de retourner manuellement dans chaque fichier source pour relancer le calcul pour autant de données, bien que celui-ci reste globalement faible par rapport au volume total de données bancarisées.
# 3. SYNTHÈSES DES ENJEUX

## 3.1. SYNTHÈSES PAR BASSIN VERSANT

Parmi les livrables produits au cours de ce programme, le principal concerne la restitution des résultats sous forme de fiches de synthèse par unité hydrographique (UH) à destination des acteurs locaux du monde de l'eau du bassin de la Seine. 30 UH entièrement ou essentiellement sur le territoire du CBN du Bassin parisien parmi les 80 du bassin Seine-Normandie ont ainsi été inventoriées au cours des deux premières phases du programme et bénéficient de fiches de synthèse téléchargeables sur le site de l'AESN dans la fiche résumé 18-ECOL-01 : http://www.eau-seine-normandie.fr/domaines-d-actions/etudes/18ECOL01. Celles-ci présentent pour la flore et la végétation aquatiques l'état du jeu de données (Figure 3), l'état de la connaissance (répartition, richesse, diversité...) (Figure 29) et des enjeux sur les différents groupes, en particulier les éléments rares, menacés ou exotiques envahissants (Figure 31), les secteurs à enjeux (Figure 30) et l'état trophique des cours d'eau via les IBMR (Figure 32). Ces fiches sont accompagnées d'une notice de lecture, également téléchargeable sur la page de l'AESN et déjà présentée lors du rapport méthodologique (Ferreira et al., 2018b).
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Rapport de synthèse final

<figure><img src="image_34.png" /><figcaption>Figure 29 : Exemples de cartes de synthèse du nombre de données floristiques (en haut) et du nombre d'associations végétales (en bas) pour l'UH Yonne amont (Sam.6)</figcaption></figure>
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<figure><img src="image_35.png" /><figcaption>Figure 30 : Exemple de carte de synthèse des secteurs à enjeux pour l'UH Seine supérieure (Sam.4)</figcaption></figure>

<figure><img src="image_36.png" /><figcaption>Figure 31 : Exemple de carte de synthèse de la présence de flore exotique envahissante pour l'UH Seine parisienne (IF.11)</figcaption></figure>
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<figure><img src="image_37.png" /><figcaption>Figure 32 : Exemple de carte de synthèse de l'état trophique des cours d'eau via les notes IBMR pour l'UH Marne Blaise (VM.2)</figcaption></figure>

## 3.2. COUCHES THÉMATIQUES DE SYNTHÈSE

Le CBN du Bassin parisien a mis en ligne des couches d'information thématiques spécifiques à la flore et aux végétations aquatiques à l'échelle du territoire d'étude du programme (CBNBP, 2024b). Ces couches ont vocation à restituer les résultats du programme mené entre 2016 et 2024 et à compléter le rapport de synthèse en offrant une visualisation cartographique des différents enjeux du territoire. Ces couches d'information comportent trois grandes thématiques avec plusieurs sous-thématiques :

- carte d'alerte flore et végétation aquatiques ;

- carte des plantes exotiques envahissantes aquatiques ;

- carte de bioindication.

Ces couches sont diffusées *via* des flux WMS/WFS (https://cartes.lobelia-cbn.fr/?map=/var/mapserver/mapfiles/cbnsa/wms/mapfile/cbnbpCartes_thematiques.map) pour utilisation dans des logiciels de SIG ainsi que directement dans le module consultation de la plateforme du SI *Lobelia* en se connectant avec un compte (https://lobelia-cbn.fr/consulter/carte). Elles sont également téléchargeables en enregistrant les couches depuis le projet QGis. Les informations
détaillées pour consulter ces couches et les documents associés sont disponibles à cette page :
https://cbnbp.mnhn.fr/cbnbp/observatoire/cartes.jsp#CA.

### 3.2.1. CARTE D'ALERTE DES ENJEUX FLORE ET VÉGÉTATION

Ces couches d'information thématique ont vocation à alerter rapidement l'utilisateur sur l'existence de données d'inventaire révélant la présence d'un enjeu flore ou végétation dans un secteur particulier, concerné par un projet d'aménagement, une mesure de conservation ou toute autre opération vis-à-vis de laquelle la question de la présence éventuelle de plantes ou de végétations protégées et/ou menacées est posée. Ces couches d'information (Figure 33) présentent pour les inventaires contemporains, c'est-à-dire réalisés depuis 2000 et cartographiés, les informations suivantes :

- la couche « alerte flore vasculaire aquatique » concerne la flore vasculaire (plantes à fleurs, fougères et plantes alliées). La catégorie 'espèce(s) vasculaire(s) protégée(s) [ou protégée(s) et menacée(s)]' signale l'existence d'un enjeu réglementaire. La catégorie 'espèce(s) vasculaire(s) menacée(s)' signale la présence d'une ou plusieurs espèces menacées d'extinction mais non protégées réglementairement inscrites à une liste rouge régionale (Île-de-France : Auvert et al., 2011 et Auvert & Filoche, 2014 ; Bourgogne : Bardet & Auvert, 2014 ; Centre-Val de Loire : Nature Centre & CBNBP, 2014 ; Champagne-Ardenne : Amblard et al., 2020) ou de la liste rouge nationale (UICN France et al., 2018). Cette couche donne priorité à l'aspect réglementaire ; aussi, si un secteur héberge une espèce à la fois protégée et menacée ou une protégée et une espèce menacée, il apparaîtra en rouge ;

- la couche « alerte flore cryptogame aquatique » concerne les taxons patrimoniaux de la flore cryptogamique aquatique (bryophytes et Characées). Faute de l'existence de listes de référence *adhoc*, ceux-ci ont été sélectionnés à dire d'expert avec une liste de taxons commune à l'ensemble du territoire étudié ;

- la couche « alerte végétation aquatique » concerne les végétations considérées comme patrimoniales en Bourgogne, Centre-Val-de-Loire et Île-de-France sur la base de la liste régionale des végétations déterminantes de ZNIEFF de chacune des régions (Filoche et al., 2021 en Île-de-France, Bellenfant et al., 2014 en Bourgogne ; DREAL Centre, 2012 en Centre-Val de Loire). En Champagne-Ardenne, c'est la liste rouge des habitats de Champagne-Ardenne (Didier et al., 2007) qui fait office de liste des habitats déterminants de ZNIEFF. Figurent sur cette couche les syntaxons déterminants ainsi que ceux potentiellement déterminants (pour partie ou sous conditions) ;

- la couche des « zones prospectées sans flore aquatique détectée » indique que le CBN du Bassin parisien a tenté de réaliser des prospections spécifiquement sur la zone lors du programme mais celles-ci se sont révélées infructueuses. Les raisons de ces prospections infructueuses se rangent
principalement dans trois grandes catégories détaillées dans les champs de la couche d'information (inaccessibilité, absence d'eau et absence de taxons aquatiques). Cela ne signifie cependant pas que la présence de flore aquatique est impossible sur la zone (accessibilité, météorologie annuelle, phénologie...). Toutes les autres masses d'eau sans couleur sur la carte n'ont soit fait l'objet d'aucun inventaire, soit ne présentent pas d'enjeux floristiques.

<figure><img src="image_38.png" /><figcaption>Figure 33 : Extrait des couches thématiques du CBN du Bassin parisien concernant les cartes d'alerte flore et végétation aquatiques sur le secteur de la basse vallée du Loing en Île-de-France</figcaption></figure>

### 3.2.2. CARTES DES PLANTES EXOTIQUES ENVAHISSANTES AQUATIQUES

Cette couche d'information a vocation à signaler à l'utilisateur la présence de plantes exotiques envahissantes (PEE) aquatiques. Elle se base sur les listes régionales de plantes exotiques envahissantes ayant une incidence négative sur l'environnement établies et mises à jour régulièrement par le CBN du Bassin parisien (Île-de-France : Wegnez, 2022 ; Centre-Val de Loire : Desmoulins & Emeriau, 2022 ; Champagne-Ardenne : Duval et al., 2020). En Bourgogne, une cotation a été réalisée suivant la méthode de Lavergne (Bardet, 2015 ; CBNBP, 2020a) mais n'a pas été actualisée depuis 2012 ; celle-ci a été reprise et légèrement amendée avec la liste d'espèces exotiques envahissantes préoccupantes pour l'Union européenne en date du 19 juillet 2022 (https://especies-exotiques-envahissantes.fr/base-documentaire/liste-despecies/) dans le cadre de ce programme.
Cette carte thématique (Figure 34) présente pour les inventaires contemporains, c'est-à-dire réalisés depuis 2000 et cartographiés, par catégorie auxquelles peuvent être associée une stratégie de lutte :

- les plantes exotiques envahissantes avérées émergentes (= avérée prioritaire) : une lutte et une veille assidue doivent être engagées rapidement en vue de contenir l'expansion et la prolifération de ces espèces. Une éradication de certaines de ces espèces est encore envisageable.

- les plantes exotiques envahissantes avérées largement implantées (= avérée secondaire) : Une lutte systématique de ces espèces apparaît dès à présent inenvisageable au regard de leur répartition. Des actions ciblées, restent cependant nécessaires dans les localités à fort enjeu.

- les plantes exotiques potentiellement envahissantes largement implantées (= liste d'observation) : le comportement actuel de ces espèces n'est pas reconnu comme problématique mais pourrait le devenir. Une veille attentive doit donc être dévolue à ces espèces en vue d'identifier un éventuel changement de comportement.

- les plantes exotiques potentiellement envahissantes émergentes ou susceptibles d'arriver sur le territoire (= liste d'alerte) : cette liste regroupe des espèces dont le risque de prolifération est jugé important. Une veille assidue de ces espèces doit donc être apportée et par précaution, des actions de lutte peuvent être engagées.

<figure><img src="image_39.png" /><figcaption>Figure 34 : Extrait des couches thématiques du CBN du Bassin parisien concernant les plantes exotiques envahissantes aquatiques sur le secteur de la vallée de la Marne moyenne en aval de Châlons-en-Champagne en Champagne-Ardenne</figcaption></figure>
### 3.2.3. CARTE DE SYNTHÈSE DE BIO-ÉVALUATION DES COURS D'EAU

Cette couche d'information a vocation à donner les résultats compilés des dernières notes IBMR disponibles par station DCE du territoire d'étude pour déterminer le statut trophique des cours d'eau. Il permet d'évaluer son degré de trophie lié aux teneurs en azote et en phosphore dans l'eau. Il prend également en compte les caractéristiques physiques du milieu comme l'intensité de l'éclairement et des écoulements. Cette carte thématique (Figure 33) présente les notes en cinq classes de niveau trophique :

- note > 14 : niveau trophique très faible ;

- 12 < Note ≤ 14 : niveau trophique faible ;

- 10 < Note ≤ 12 : niveau trophique moyen ;

- 8 < Note ≤ 10 : niveau trophique élevé ;

- note ≤ 8 : niveau trophique très élevé.

Les cartes de répartition des notes IBMR ne présentent que la note obtenue lors du dernier passage sur ces stations DCE dans le cas où plusieurs inventaires ont été réalisés à différentes années.

<figure><img src="image_40.png" /><figcaption>Figure 35 : Extrait des couches thématiques du CBN du Bassin parisien concernant les notes IBMR par station DCE sur le secteur de la confluence entre l'Yonne, l'Armançon et le Serein en Bourgogne</figcaption></figure>
### 3.3. SECTEURS À ENJEUX DE CONSERVATION OU DE RESTAURATION

Une compilation et une actualisation des cartes issues des fiches par UH (voir chapitre 3.1) des secteurs à enjeux (Figure 30) et de présence de flore exotique envahissante (Figure 31) est ici proposée afin d'avoir une vision d'ensemble sur le bassin et d'identifier les secteurs à enjeux à la fois de conservation et de restauration. Ces atlas cartographiques par maille 1 x 1 km, proposés en Annexe 4 et Annexe 5, doivent permettre d'orienter les stratégies de gestion, de conservation et de restauration des écosystèmes aquatiques concernés.

Ces cartes ont été actualisées avec les dernières évaluations de listes rouges et d'espèces exotiques envahissantes disponibles dans les catalogues floristiques régionaux du CBN du Bassin parisien (CBNBP, 2016 ; 2020a ; 2022 ; 2024a) pour la flore vasculaire, ainsi que la réévaluation de la liste de patrimonialité pour les cryptogames en fin de programme (voir Annexe 2). Cette dernière liste, basée sur le dire d'expert et les retours d'expérience du programme, a toutefois peu évolué entre 2016 et 2024 car elle comprend seulement une espèce en moins (*Fissidens fontanus*) et trois espèces en plus (*Chara aculeolata*, *Collema dichotomum*, *Nitella translucens*).

Concernant la flore patrimoniale et les secteurs à enjeux de conservation (Annexe 4), ces cartes font ressortir un nombre important de secteurs à conserver prioritairement, dispersés sur les différents départements :

- des têtes de bassins : l'Yonne amont (58/89), le massif de Rambouillet (78), l'Aube amont (52) ou encore la rivière de Druyes et le secteur de la vallée de l'Yonne attenant (89/58);

- des secteurs de grandes vallées alluviales : la vallée de la Seine en Bassée (77/10/51), la vallée du Loing en aval de Montargis (45/77), les vallées de l'Armançon et du Serein (89), les boucles de la Marne entre Meaux et Paris (77/93), la vallée de la Marne autour d'Épernay (51), la vallée de l'Essonne aval (91) et autour de Malesherbes (45/77);

- des lacs et grands étangs : principalement en Champagne-Ardenne avec le lac du Der et les étangs d'Outines (51/52), les lacs de la forêt d'Orient (10), l'étang de la Horre (10/52) ou ceux de la Forêt de Vassy (51), ailleurs quelques rares étangs en bordure du massif de Lorris (45) ou l'étang de Saint-Quentin (78);

- quelques grands massifs forestiers : le Massif de Fontainebleau (77), les forêts de Notre-Dame (94/77), de Sénart (91), de Villefermoy (77) et de Bréviande (77/91) ou les Pâtis d'Oger et du Mesnil-sur-Oger (51).

Concernant la flore exotique envahissante et les secteurs dégradés à enjeux de restauration (Annexe 5), on peut remarquer que des secteurs identifiés comme très riches floristiquement (voir chapitre 2.1.1.1) et riches en flore et végétation patrimoniales, ressortent également pour leur flore exotique envahissante. Ce sont quasi exclusivement des secteurs alluviaux riches et diversifiés en
masses d'eau (cours d'eau, annexes, plans d'eau, gravières) et en voies de communication aquatiques (canaux, confluences). On retrouve ainsi la Bassée (77/10/51), la vallée du Loing en aval de Montargis et le canal du Loing (45/77), les boucles de la Marne aval et le canal de l'Ourcq (77/93), la vallée de la Marne entre Vitry-le-François et Châlons-en-Champagne avec le canal de la Marne (51), la vallée de l'Yonne entre Auxerre et la confluence avec le Serein ainsi que l'aval de la vallée du Serein avec le canal du Nivernais (89), la confluence Yonne-Cure (89), les boucles de la Seine en aval de Paris et la dernière boucle de l'Oise avant sa confluence avec la Seine (78/95) et, enfin, la vallée de l'Epte (78/95).

La superposition de secteurs à enjeux de conservation et de restauration est aujourd'hui difficile à analyser mais il faut bien différencier une dynamique actuelle très différente entre milieux lentiques et lotiques, parfois dans les mêmes secteurs, par une analyse plus fine. En effet, aujourd'hui les milieux courants bénéficient de meilleures pratiques de gestion qui se généralisent *via* les syndicats de rivière :

- disparition progressive des faucardages qui limitaient l'expression des plantes aquatiques ;

- désartificialisation des berges et suppression des ouvrages qui favorisaient l'envasement des cours d'eau ;

- projets de reméandrement ou de renaturation des cours d'eau dégradés *via* des politiques européennes incitatrices ;

- amélioration des systèmes de traitement des eaux en stations d'épuration et diminution des rejets sauvages en milieu naturel ;

- eutrophisation des cours d'eau (notamment par l'agriculture intensive ou le milieu urbain) qui, même s'il banalise les cortèges, n'est pas un frein à la diversité aquatique tant que l'oxygénation et donc la circulation de l'eau est active.

Pour les milieux lentiques, principalement en propriétés privées, de nombreux facteurs défavorables à l'expression d'une diversité végétale sont actuellement à l'œuvre :

- la gestion des plans d'eau à des fins piscicoles intensives (poissons fouisseurs notamment) ou de loisirs ;

- la colonisation par une faune exotique envahissante qui consomme ou détruit les herbiers (ragondins, écrevisses...);

- l'échauffement estival des eaux liée aux changements climatiques provoquant des explosions d'algues filamentues s'été et une disparition des macrophytes ;

- la disparition des annexes alluviales de type bras morts et leur absence de gestion à des fins écologiques, à l'exception de quelques projets de frayères piscicoles.
## 3.4. SECTEURS À ENJEUX ÉCOLOGIQUES

Un des objectifs du programme était d'identifier les cortèges floristiques indicateurs de compartiments écologiques (oxygénation, eutrophisation, pollution, envasement...) via les traits de vie des taxons dans les bases de données existantes (nutriments, lumière, température, pH, continentalité, humidité...). Il a été possible de s'appuyer sur deux grandes bases de traits de vie récentes, *Ecological Indicator Values for Europe* (EIVE) pour les plantes vasculaires (Dengler *et al.*, 2023) et *Bryophytes of Europe Traits* (BET) pour les bryophytes (Van Zuijlen *et al.*, 2023). Malheureusement, la version 1.5 d'EIVE qui devrait intégrer les algues, les bryophytes et les lichens ne verra le jour que dans les prochains mois. Très peu d'informations sont actuellement disponibles pour les algues et les lichens hormis les cotations spécifiques et coefficients de sténoécie des normes IBMR et IBML (AFNOR, 2003 ; 2022), ainsi que leur proposition de modifications pour les Characées (Boutry *et al.*, 2013), plus complet et plus pertinent qui sera utilisé ici. Toutefois, cette cote spécifique ne permet d'avoir qu'une indication sur la trophie. Seuls deux critères utilisables et pertinents ont été retenus : la trophie (liée à l'eutrophisation et à la pollution) et la température (liée à l'oxygénation et au changement climatique). Il a également été ajouté une part de dire d'expert pour quelques rares espèces non cotées dans les bases de traits de vie utilisées (*Wolffia columbiana*, *Zannichellia obtusifolia*, *Chara connivens* et *Nitella tenuissima*), en se basant sur des espèces écologiquement proches.

Les bornes utilisées pour la trophie sont celles d'un niveau considéré comme oligotrophe à mésotrophe : *indicator value nitrogen N* (EIVE) ≤ 5 sur 10 pour les vasculaires, *indicator value nutrients N* (BET) ≤ 5 sur 9 pour les bryophytes, cote spécifique ≥ 10 sur 20 pour les algues et les lichens (Characées, *Collema dichotomum*, *Hildenbrandia rivularis* et *Thorea hispida*). Ces critères ont permis de retenir 72 taxons de rang au moins spécifique listés en Annexe 2. Cette liste présente toutefois quelques incohérences qu'il n'a pas été possible de gommer. Par exemple, *Ranunculus penicillatus* (3,5 à 4,8 en fonction des sous-espèces) est mieux notée que *R. fluitans* (7,7), alors que la première est en train de supplanter la seconde dans la plupart des rivières méso-eutrophes du bassin (voir photo de couverture du rapport, bas) et que la seconde se cantonne à quelques rares secteurs en tête de bassin. De même, les Characées les plus communes et les plus ubiquistes comme *Chara vulgaris* et *C. globularis* se rencontrent dans des eaux eutrophes malgré leur cote spécifique de 12 (13 dans la version officielle de la norme). Un atlas cartographique du nombre de données d'espèces indicatrices de faible trophie par maille 1 x 1 km est présenté pour le territoire d'étude en Annexe 6. Ces cartes font ressortir un nombre assez important de secteurs préservés à protéger dispersés sur les différents départements et qui doivent pouvoir servir de référence (souvent en commun avec les secteurs à enjeux de patrimonialité) :

- des têtes de bassins : le Perche (28) pour les UH de l'Avre, de la Blaise et l'Eure amont, le Morvan (58/89) pour l'Yonne amont (ce qui correspond aussi aux notes des IBMR), le marais de Saint-Gond
(51) pour les Morins, le massif de Rambouillet (78) pour la Vesgre, la Drouette, l'Orge et l'Yvette, la Puisaye (89/58) pour le Loing, le plateau de Langres (52) pour l'Aube ;

- des secteurs de grandes vallées alluviales : la vallée de la Seine en Bassée (77/10/51), la vallée du Loing en aval de Montargis (45/77), la vallée de l'Armançon en aval de Montbard (89) ;

- des lacs et grands étangs : principalement en Champagne-Ardenne avec le lac du Der et les étangs d'Outines (51/52), les lacs de la forêt d'Orient (10), l'étang de la Horre (10/52) ou ceux d'Igny-Comblizy (51), ailleurs quelques rares étangs avec l'étang de la Noue Mazone (45) ou celui de Saint-Quentin (78) ;

- quelques grands massifs forestiers : outre ceux qui servent aussi de tête de bassin (Rambouillet, Perche, Puisaye...), le Massif de Fontainebleau (77), les forêts de Notre-Dame (94/77), de Sénart (91) et de Villefermoy (77), les buttes de l'Aulnoye (93), les massifs de Champagne humide (10/89) ou les Pâtis d'Oger et du Mesnil-sur-Oger (51).

Il est plus difficile de dégager des secteurs d'intérêt trophique dans l'agglomération parisienne (92 et 75 notamment), ce qui semble assez logique. Plus étonnement, c'est aussi le cas dans les Ardennes même s'il manque encore des prospections sur les UH en tête de bassin de l'Oise amont et de la Serre dans ce département. Il en est de même sur la Côte-d'Or et, dans une moindre mesure, la Haute-Marne, où les têtes de bassin (Marne amont, Seine amont) ne ressortent pas, alors que ces deux UH apparaissent avec des moyennes de trophie pour les IBMR parmi les meilleures du bassin (respectivement 10,4 et 10,1, voir chapitre 2.3.1). Ces résultats sont sans doute à mettre en relation avec les lacunes de données identifiées au chapitre 2.2.1 sur ces deux secteurs.

Les bornes utilisées pour la température sont celles d'un niveau froid à frais : *indicator value temperature T* (EIVE) ≤ 4 sur 10 pour les vasculaires et *indicator value temperature T* (BET) ≤ 4 sur 9 pour les bryophytes, mais rien d'utilisable pour les algues. Ces critères ont permis de retenir 28 taxons de rang au moins spécifique listés en Annexe 2. Cette sélection plus restrictive que pour la trophie a été obligatoire en raison de la présence d'espèces beaucoup trop abondantes et ne semblant pas indicatrices de faibles températures parmi les vasculaires pour des notes entre 4 et 5 (*Lemna minor* à 4,2 et *Lemna minuta* à 4,7 notamment), alors qu'elle ne change rien pour les bryophytes (aucune espèce à 5). Cette liste présente toutefois d'autres incohérences qu'il n'a pas été possible de gommer. Par exemple, *Groenlandia densa* (4,1), *Lemna trisulca* (4,4) et *Potamogeton coloratus* (4,8), espèces réputées liées à des zones phréatiques ou de résurgence en homéostasie thermique et que les inventaires du programme ont pu largement confirmer, présentent des notes aussi élevées voire plus élevées que *Lemna minor* et n'ont donc pu être sélectionnées dans la liste. Un atlas cartographique du nombre de données d'espèces indicatrices de faible température par maille 1 x 1 km est présenté pour le territoire d'étude en Annexe 7. Ces cartes sont plus difficiles à analyser que celles de la trophie car les secteurs avec une forte concentration de données sont rares (vallées du Loing, du Serein et de l'Armançon, Morvan, Pâtis d'Oger) tandis que ceux riches en mailles avec une faible concentration de données sont nombreux (Bassée, Rambouillet, Perche, Champagne humide, lacs-réservoirs
champenois...), sans faire ressortir de secteurs qui n'ont pas déjà été identifiés pour la trophie. Ces cartes seraient donc à affiner où à croiser avec d'autres paramètres (lumière notamment).

Cette première tentative de repérer des secteurs préservés à enjeux en termes de trophie et de température serait à améliorer aux vues des incohérences repérées. Les pistes d'amélioration seraient de rajouter plus de dire d'expert, de jouer sur l'amplitude et la sténoécie des différents paramètres (absent dans BET) en ne gardant que les espèces de faible amplitude ou d'utiliser d'autres indicateurs comme ceux d'Europe centrale (Ellenberg et al., 1991), de *Flora indicativa* (Landolt et al., 2010) ou pour la France de *Baseflor* (Julve, 2024), tous en principe synthétisés par EIVE. Toutefois, il n'était pas souhaitable pour cette première version d'apporter trop de dire d'expert et il a été fait le choix de s'appuyer sur des bases européennes existantes et reconnues. La version 1.5 d'EIVE devrait également possiblement pouvoir venir combler ces lacunes.

## 3.5. PLANS D'ACTION CONSERVATOIRE

L'un des objectifs de ce programme était d'identifier les espèces et les végétations prioritaires pour lesquelles la mise en place de mesures de conservation seraient nécessaires après avoir évalué leur statut de menace et de patrimonialité avec les résultats du programme (voir chapitre 4.2.2). Toutefois, deux espèces avaient rapidement été identifiées au cours du programme comme nécessitant un plan de conservation : la Petite Utriculaire (*Utricularia minor*) et l'Œnanthe des fleuves (*Oenanthe fluviatilis*).

Le CBN du Bassin parisien a donc réalisé deux « Vers un Plan de Conservation sur la portion du Bassin versant de la Seine située sur le territoire du CBN du Bassin parisien » au cours de la phase II de ce programme en se basant sur les données récoltées sans repasser par l'étape d'un bilan stationnel fastidieux qui aurait nécessité des moyens supplémentaires.

Il s'agit de deux espèces à l'écologie très spécialisée et emblématiques de ce territoire :

- la Petite Utriculaire (*Utricularia minor*) (Potier, 2024b), espèce des gouilles de tourbières alcalines et acides, considérée en danger critique d'extinction en Bourgogne, Île-de-France et Champagne-Ardenne, en danger en Centre-Val de Loire et protégée en Centre-Val de Loire, Île-de-France, et Champagne-Ardenne. Cette espèce est aujourd'hui en très forte régression avec seulement sept stations encore présentes sur le territoire concerné (Figure 36) et dont seulement quatre ont pu être revues depuis le début du programme macrophytes malgré des recherches orientées (sans aucune nouvelle station découverte). Les menaces qui pèsent sur cette espèce sont principalement la modification du régime hydrologique et de la qualité de l'eau des tourbières ou des plans d'eau, la destruction et dégradation du milieu, la fermeture et le boisement des marais... Ces milieux sont également particulièrement sensibles au changement climatique actuel ;
17/02/2025

- l'Œnanthe des fleuves (*Oenanthe fluviatilis*) (Potier, 2024a), espèce des cours d'eau bien oxygénés, considérée encore comme disparue en Île-de-France jusqu'en 2014 et en Champagne-Ardenne jusqu'en 2018, en danger critique d'extinction en Centre-Val de Loire et en Bourgogne (stations hors bassin de la Seine pour cette dernière) et vulnérable en France. 33 stations ont pu être identifiées sur le bassin de la Seine contre seulement sept avant le début du programme (Figure 37). Celles-ci se situent sur les cours d'eau suivants : Avre, Eure, Loing, Essonne, Rognon, Bassée (Seine) et sur le canal de l'Ourcq (dans la rivière Ourcq uniquement en Picardie). Les principales menaces qui pèsent sur cette espèce sont l'eutrophisation, la pollution et l'aménagement des cours d'eau, ainsi que l'installation d'espèces exotiques envahissantes.

<figure><img src="image_41.png" /><figcaption>Figure 36 : Répartition communale de la Petite Utriculaire sur la portion du Bassin versant de la Seine située sur le territoire d'agrément du Bassin parisien (sources : SI Lobelia, IGN, 2022)</figcaption></figure>
<figure><img src="image_42.png" /><figcaption>Figure 37 : Répartition communale de l'Œnanthe des rivières sur la portion du Bassin versant de la Seine située sur le territoire d'agrément du CBN du Bassin parisien (sources : SI Lobelia, IGN, 2022)</figcaption></figure>

Sept autres espèces vasculaires identifiées comme pouvant prétendre à un plan de conservation à l'échelle du bassin sont présentées dans le Tableau 8 du chapitre 4.2.2. Malheureusement, concernant les cryptogames et les végétations, le manque de listes rouges régionales et nationales actuelles ne permet pas encore de dresser de telles listes de priorité de conservation.
17/02/2025

# 4. ANALYSE CRITIQUE DES OUTILS EXISTANTS DE BIO-ÉVALUATION ET D'ÉVALUATION DES ENJEUX

## 4.1. INTERPRÉTATION DES IBMR ET COTATION SPÉCIFIQUE

Les résultats du niveau trophique donnés par les IBMR au paragraphe 2.3.1 sont à mettre en parallèle avec ceux de l'état écologique de ces stations dans le cadre de la DCE. L'écart à la référence, calculé par l'EQR (Tableau 2) pour le paramètre « macrophytes », donne des résultats sensiblement différents. En effet, avec près de **80 % des stations qualifiées dans un état écologique bon à très bon** (38,8 % en très bon) et seulement 3,5 % en médiocre à mauvais, les résultats sont beaucoup plus favorables avec une moyenne de 0,87 (état bon). Cependant, avec 71 stations (16 %) dépassant l'état de référence attendu (et donc un EQR supérieur à 1), ces résultats sont à interpréter avec précaution et possiblement surévalués. Dans ce contexte, les notes de trophie IBMR paraissent plus pertinentes et représentatives de la réalité écologique du bassin.

<figure><img src="image_43.png" /><figcaption>Figure 38 : Notes EQR obtenues à partir du passage IBMR le plus récent sur les stations suivies du réseau DCE du territoire d'étude</figcaption></figure>

L'analyse spatiale de ces résultats (Figure 38) montre des notes moyennes d'EQR bonnes sur toutes les DT, avec toutefois une tendance plus basse pour la Seine francilienne (0,78) que pour les autres DT (0,88 à 0,91). Au niveau des résultats par UH, seules neuf UH présentent un état écologique moyen,
toutes en Île-de-France hormis la Voise dont toutes les stations sont en Centre-Val de Loire, tandis que cinq UH atteignent le niveau écologique très bon, l'Avre dépassant même la note moyenne de 1 (1,11). Les autres UH de très bon état écologique sont toutes situées sur la partie orientale en amont du bassin (Marne amont, Yonne amont, Seine supérieure et Marne craie), ce qui a tendance à corroborer les résultats de trophie, même si les seuils semblent nettement sous-évalués.

Concernant la fiabilité des notes IBMR, comme discuté au paragraphe 2.3.1, la validation des données floristiques des IBMR et des IBML au moment de leur intégration a montré un taux d'erreur d'au minimum 2 % dans les données. Ce taux correspond à ce qui était détectable a posteriori en analysant uniquement la cohérence phénologique, chorologique et écologique des données, ainsi que la variabilité inter-opérateur pour une même station. Or, ces corrections même si elles restent faibles ont une importance non négligeable sur la fiabilité de la note obtenue lors des IBMR et des IBML. Des études récentes (Chauvin et al., 2018 ; Wach & Chauvin, 2018 ; Wach et al. 2019 ; Wiedderkehr et al., 2015) ont déjà montré l'impact de ces incertitudes taxonomiques et d'autres biais (date de passage, variation inter-opérateur, fluctuation des communautés...) sur les notes obtenues lors des IBMR. L'écart moyen sur un site par l'incertitude taxonomique a été évalué à ±0,57 pour l'IBMR mais avec une fourchette pouvant aller de 0 et 3 points (Wach et al., 2019), notamment pour les sites à faible richesse taxonomique. Ces décalages conduisent à une mauvaise catégorisation de classe de trophie pour 24 % des relevés (Wach & Chauvin, 2018), ce qui soulève l'importance de la validation des données mais aussi de limiter les relevés IBMR aux stations présentant une richesse taxonomique suffisante (au moins 10 taxons).

La validation de près de 30 000 données avant intégration dans le SI *Lobelia* a aussi montré que les données plus anciennes étaient plus souvent erronées et qu'il y avait eu une progression de la qualité de la donnée avec le temps : **2,5 % d'erreurs sur les données intégrées datant d'avant 2015 contre 1,8 % depuis 2015**. L'identification et la quantification des facteurs clés contribuant à une classification potentiellement erronée des IBMR menés par les différentes études de l'Institut national de recherche en sciences et technologies pour l'environnement et l'agriculture (IRSTEA) entre 2015 et 2019 ont finalement permis de proposer des recommandations afin de minimiser les principales sources d'erreur (Wach *et al.*, 2019). Celles-ci semblent aujourd'hui appliquées et efficaces pour baisser le taux d'erreur, comme la formation des personnels, l'évolution du protocole et l'accréditation des organismes et laboratoires.

Toutefois, les incertitudes liées à la détermination et au biais opérateur ne sont pas les seules raisons de catégorisations de trophie erronées, voire parfois aberrantes, obtenues par les IBMR. En effet, les cotes spécifiques des taxons, censées traduire l'affinité pour les conditions trophiques du milieu, n'ont pas évolué depuis la création de la norme (AFNOR, 2003), la norme IBML n'ayant apporté que des cotes supplémentaires pour des espèces non cotées (Boutry et al., 2015 ; AFNOR, 2022). Elles semblent pourtant être potentiellement un biais important des notes attribuées aux cours d'eau avec une évolution des connaissances significatives depuis 2003, notamment pour les cryptogames.
Ainsi, pour les vasculaires, groupe le mieux connu, la cote spécifique peut être comparée aux valeurs données par l'indicateur de trophie d'EIVE (Dengler et al., 2023 ; voir paragraphe 3.4). Si on transforme la cote spécifique suivant le même barème que cet indicateur (note sur 10, inversée allant de 0 le plus oligotrophe à 10 le plus eutrophe), **dix espèces aquatiques ressortent avec une différence significative d'au moins deux points** (Tableau 3). Trois espèces (Najas minor, Stuckenia pectinata et Potamogeton nodosus) sont surcotées par les cotes spécifiques, classées comme très eutrophes et avec une sténoécie élevée alors qu'elles ont une palette de trophie très large et une spécialisation moindre. Au contraire, sept espèces sont sous-évaluées par les cotes spécifiques, parfois même très largement comme le Potamot coloré (Potamogeton coloratus) qui est une espèce à largeur de niche trophique plus importante que ce que la cote spécifique laisse entendre (note maximale d'oligotrophie et spécialisation maximale). Encore une fois, les largeurs de niche trophique de ces espèces ne semblent pas avoir été assez prises en compte par les cotes spécifiques.

<table><caption>Tableau 3 : Espèces vasculaires présentant une différence d'au moins deux points entre leur cote spécifique (Boutry et al., 2015), rapportée à 10 et inversée, et l'indicateur de trophie moyenne EIVE (Dengler et al., 2023) (cote spécifique : de 0 [hypereutrophe] à 20 [très oligotrophe] ; sténoécie : de 1 [ubiquiste] à 3 [spécialisé] ; indicateur de trophie EIVE : de 0 [hyperoligotrophile] à 10 [dystrophile] ; largeur de niche trophique EIVE : de 0 [faible] à 10 [large])</caption><thead><tr><th rowspan="2">Espèce</th><th colspan="2">IBMR</th><th colspan="2">EIVE</th><th rowspan="2">Différence rapportée</th></tr><tr><th>Cote spécifique</th><th>Sténoécie</th><th>Indicateur trophie</th><th>Largeur niche trophique</th></tr></thead><tbody><tr><td>Callitriche platycarpa</td><td>10</td><td>1</td><td>7,2</td><td>3,5</td><td>-2,2</td></tr><tr><td>Hydrocharis morsus-ranae</td><td>11</td><td>3</td><td>6,9</td><td>5,1</td><td>-2,4</td></tr><tr><td>Myriophyllum verticillatum</td><td>12</td><td>3</td><td>6,9</td><td>6,1</td><td>-2,9</td></tr><tr><td>Najas minor</td><td>6</td><td>3</td><td>4,3</td><td>4,7</td><td>2,7</td></tr><tr><td>Oenanthe fluviatilis</td><td>10</td><td>2</td><td>7,2</td><td>3,1</td><td>-2,2</td></tr><tr><td>Potamogeton coloratus</td><td>20</td><td>3</td><td>4,6</td><td>7,8</td><td>-4,6</td></tr><tr><td>Potamogeton nodosus</td><td>4</td><td>3</td><td>5,6</td><td>4,5</td><td>2,4</td></tr><tr><td>Ranunculus fluitans</td><td>10</td><td>2</td><td>7,7</td><td>5,9</td><td>-2,7</td></tr><tr><td>Stuckenia pectinata</td><td>2</td><td>2</td><td>6,9</td><td>6,2</td><td>2,1</td></tr><tr><td>Trapa natans</td><td>10</td><td>3</td><td>7,8</td><td>5,3</td><td>-2,8</td></tr></tbody></table>

Concernant les bryophytes, la même méthode est appliquée avec l'indicateur de trophie de BET (Van Zuijlen et al., 2023 ; voir paragraphe 3.4). On transforme la cote spécifique suivant le même barème que cet indicateur (note sur 10, inversée allant de 0 le plus oligotrophe à 10 le plus eutrophe). Le résultat est alors encore plus marquant avec **14 espèces sur les 25 bryophytes aquatiques cotées par les deux indices avec une différence significative d'au moins deux points** (Tableau 4). Ici, toutes les espèces ont été surcotées et classées comme de milieux à tendance fortement oligotrophe alors qu'elles semblent avoir une palette de trophie plus large, certaines étant même courantes en milieu eutrophe (Rhynchostegium riparioides, Fissidens crassipes Cinclidotus fontinaloides, C. riparius...).
<table><caption>Tableau 4 : Espèces de bryophytes présentant une différence d'au moins deux points entre leur cote spécifique (Boutry et al., 2015) et l'indicateur de trophie moyenne BET (Van Zuijlen et al., 2023) (cote spécifique : de 0 [hypereutrophe] à 20 [très oligotrophe]; sténoécie : de 1 [ubiquiste] à 3 [spécialisé]; indicateur de trophie BET : de 1 [plus pauvre en nutriment] à 9 [plus riche en nutriment])</caption><thead><tr><th rowspan="2">Espèce</th><th colspan="2">IBMR</th><th>BET</th><th rowspan="2">Différence rapportée</th></tr><tr><th>Cote spécifique</th><th>Sténoécie</th><th>Indicateur trophie</th></tr></thead><tbody><tr><td>Brachythecium rivulare</td><td>15</td><td>2</td><td>7</td><td>-4,5</td></tr><tr><td>Chiloscyphus polyanthos</td><td>15</td><td>2</td><td>5</td><td>-2,5</td></tr><tr><td>Cinclidotus danubicus</td><td>13</td><td>3</td><td>7</td><td>-3,5</td></tr><tr><td>Cinclidotus fontinaloides</td><td>12</td><td>2</td><td>6</td><td>-2</td></tr><tr><td>Cinclidotus riparius</td><td>13</td><td>2</td><td>6</td><td>-2,5</td></tr><tr><td>Drepanocladus aduncus</td><td>15</td><td>3</td><td>6</td><td>-3,5</td></tr><tr><td>Fissidens crassipes</td><td>12</td><td>2</td><td>6</td><td>-2</td></tr><tr><td>Fontinalis hypnoides</td><td>14</td><td>3</td><td>6</td><td>-3</td></tr><tr><td>Fontinalis squamosa</td><td>16</td><td>3</td><td>5</td><td>-3</td></tr><tr><td>Hygroamblystegium tenax</td><td>15</td><td>2</td><td>6</td><td>-3,5</td></tr><tr><td>Jungermannia atrovirens</td><td>19</td><td>3</td><td>4</td><td>-3,5</td></tr><tr><td>Marsupella emarginata</td><td>19</td><td>2</td><td>3</td><td>-2,5</td></tr><tr><td>Racomitrium aciculare</td><td>18</td><td>3</td><td>5</td><td>-4</td></tr><tr><td>Rhynchostegium riparioides</td><td>12</td><td>1</td><td>6</td><td>-2</td></tr></tbody></table>

Concernant les algues, même s'il n'existe pas de base européenne comme EIVE ou BET, les cotations des Characées peuvent être comparées avec Basealg pour la France (Julve, 2025) qui présente un indice de trophie de 1 à 9 du plus oligotrophe au plus eutrophe comme BET. Le constat est similaire aux bryophytes avec **15 espèces sur les 26 Characées aquatiques cotées par les deux indices avec une différence d'au moins deux points** (Tableau 5), et des taxons nettement surcotées et classés comme de milieux à tendance fortement oligotrophe. Enfin, pour les autres algues, il apparaît clairement, même sans données chiffrées, que les genres *Hildenbrandia* (cotation de 15) et *Batrachospermum* (cotation de 16) sont largement surcotées. Ces deux genres assez communs sur le territoire d'étude ne semblent pas être des bons indicateurs de faible trophie et augmentent considérablement les notes des IBMR par leur présence. Le premier est un genre plutôt lié à des eaux bien oxygénées courantes mais de large gamme trophique tandis que le second tolère des niveaux trophiques faibles à moyens mais est surtout lié à des températures faibles (Laplace-Treyture et al., 2014). Ce dernier genre a de plus été divisé en plusieurs nouveaux genres depuis la norme IBMR (AFNOR, 2003), supposant une potentielle large gamme écologique (Vis & Necchi Jr, 2021).

<table><thead><tr><th rowspan="2">Espèce</th><th colspan="2">IBMR</th><th>Basealg</th><th rowspan="2">Différence rapportée</th></tr><tr><th>Cote spécifique révisée</th><th>Sténoécie</th><th>Indicateur trophie</th></tr></thead><tbody><tr><td>Chara aculeolata</td><td>18</td><td>2</td><td>4</td><td>-3</td></tr><tr><td>Chara aspera</td><td>14</td><td>2</td><td>5</td><td>-4</td></tr><tr><td>Chara braunii</td><td>16</td><td>2</td><td>3</td><td>-3</td></tr><tr><td>Chara contraria</td><td>12</td><td>1</td><td>5</td><td>-4</td></tr></tbody></table>
<table><thead><tr><th rowspan="2">Espèce</th><th colspan="2">IBMR</th><th>Basealg</th><th rowspan="2">Différence rapportée</th></tr><tr><th>Cote spécifique révisée</th><th>Sténoécie</th><th>Indicateur trophie</th></tr></thead><tbody><tr><td>Chara denudata</td><td>16</td><td>3</td><td>5</td><td>-5</td></tr><tr><td>Chara fragifera</td><td>16</td><td>3</td><td>4</td><td>-4</td></tr><tr><td>Chara hispida</td><td>16</td><td>2</td><td>5</td><td>-2,5</td></tr><tr><td>Chara papillosa</td><td>15</td><td>2</td><td>5</td><td>-4</td></tr><tr><td>Chara virgata</td><td>14</td><td>2</td><td>3</td><td>-3</td></tr><tr><td>Nitella capillaris</td><td>16</td><td>3</td><td>3</td><td>-3</td></tr><tr><td>Nitella confervacea</td><td>16</td><td>2</td><td>4</td><td>-4</td></tr><tr><td>Nitella hyalina</td><td>14</td><td>2</td><td>4</td><td>-4</td></tr><tr><td>Nitella syncarpa</td><td>16</td><td>1</td><td>4</td><td>-4</td></tr><tr><td>Nitellopsis obtusa</td><td>14</td><td>2</td><td>4</td><td>-4</td></tr><tr><td>Tolypella intricata</td><td>15</td><td>3</td><td>5</td><td>-5</td></tr></tbody></table>

Tableau 5 : Espèces de Characées présentant une différence d'au moins deux points entre leur cote spécifique révisée (Boutry et al., 2013) et l'indicateur de trophie moyenne Basealg (Julve, 2025) (cote spécifique : de 0 [hypereutrophe] à 20 [très oligotrophe] ; sténoécie : de 1 [ubiquiste] à 3 [spécialisé] ; indicateur de trophie Basealg : de 1 [hyperoligotrophile] à 9 [hypereutrophile])

Une possibilité d'amélioration de ces méthodologies de bio-évaluation serait donc de réévaluer les cotations spécifiques des espèces (et de rajouter les cotations manquantes pour des espèces aquatiques) en réactivant le Groupement d'intérêt scientifique (GIS) « Macrophytes des eaux continentales » ou un groupe d'experts spécialisé en botanique aquatique et en écologie.

## 4.2. RÉÉVALUATION DES CATALOGUES

### 4.2.1. FRÉQUENCE ET RARETÉ

La fréquence en pourcentage de mailles 5 x 5 km de présence de chaque taxon (Annexe 2) et syntaxon (Annexe 3) a pu être calculée avant et après programme sur les 2288 mailles du bassin pour estimer l'évolution de leur rareté. Ces données ont alimenté la mise à jour des indices de rareté des catalogues floristiques vasculaires régionaux du CBN du Bassin parisien en Bourgogne (CBNBP, 2020a), Champagne-Ardenne (CBNBP, 2022) et Île-de-France (CBNBP, 2024a), ainsi que le catalogue de la flore vasculaire de France métropolitaine en préparation. Seul le catalogue de la région Centre-Val de Loire n'a pas été actualisé récemment (CBNBP, 2016), mais les données ont alimenté l'atlas régional de la flore vasculaire (Cordier et al., 2021). Il en va de même pour l'alimentation des catalogues régionaux de bryophytes, maintenant disponibles pour les quatre régions du territoire d'agrément (Amblard & Lanfant, 2022 ; CBNBP, 2020b ; Dupré, 2022 ; Filoche, 2022), ainsi que d'un catalogue national avec la publication récente d'un atlas des bryophytes de France métropolitaine par département (Celle et al., 2024). Concernant les Characées, seul un catalogue d'Île-de-France est pour le moment disponible (Fernez & Ferreira, 2019) et de grosses lacunes existent encore dans les régions non entièrement
couvertes par le bassin Seine-Normandie (Centre-Val de Loire et Bourgogne principalement). Enfin, concernant les végétations, les données ont permis d'alimenter les catalogues régionaux récemment mis à jour (Causse, 2024), même si les informations restent encore principalement en présence/absence départementale et régionale, sans actualisation récente des indices de rareté pour les régions en disposant (Bourgogne et Île-de-France).

Au niveau des espèces, le programme a permis **d'obtenir des données géolocalisées modernes sur le bassin pour 15 espèces qui n'en présentaient pas avant le programme.** Parmi celles-ci, on retrouve évidemment les neuf découvertes ou redécouvertes pour le bassin (voir paragraphe 2.1.3), dont la plus spectaculaire en termes de progression est le Myriophylle hétérophylle (*Myriophyllum heterophyllum*). Cette espèce exotique envahissante des eaux peu courantes des canaux et bras lents est présente sur le territoire d'étude depuis 2013, mais n'a été identifiée formellement qu'en 2018 (Le Gloanec et al., 2020). Elle occupe aujourd'hui 37 mailles avec une fréquence de 1,6 % (Figure 39). Elle progresse cependant tellement vite que les inventaires réalisés pour les synthèses d'UH sont déjà caducs. En effet sur les canaux du nord-est de la France (Figure 40), sa présence a augmenté de 25 % en 3 ans, passant de 600 km en 2020 à plus de 800 km en 2023 (VNF & OFB, 2024), et sa progression a été mesurée d'environ 30 cm/semaine. Hormis ces découvertes, on retrouve également parmi ces 15 espèces des espèces pour lesquelles la bancarisation des données IBMR et la saisie de données bibliographiques ont permis d'obtenir des données précises (*Chara aspera*, *Fissidens rufulus*, *Fontinalis hypnoides*, *Ranunculus rionii...*), voire de faire un bon spectaculaire de connaissance, comme les algues *Hildenbrandia rivularis* (253 mailles, fréquence de 11 %) ou *Thorea hispida* (29 mailles pour une fréquence de 1,3 %).
17/02/2025

<figure><img src="image_44.png" /><figcaption>Figure 39 : Répartition du Myriophylle hétérophylle sur la portion du Bassin versant de la Seine située sur le territoire d'agrément du CBN du Bassin parisien (source : SI Lobelia au 10/12/2024) (photo en haut à gauche : © L. FERREIRA - CBN Bassin parisien | MNHN)</figcaption></figure>

<figure><img src="image_45.png" /><figcaption>Figure 40 : Répartition du Myriophylle hétérophylle sur les canaux du nord-est de la France gérés par VNF (source : VNF & OFB, 2024)</figcaption></figure>
Les actualisations de calculs de fréquence pour la flore et leur comparaison entre 2016 et 2024 ont également permis de dégager des tendances. Seulement neuf espèces (Tableau 6) sont en baisse sur les 137 espèces aquatiques présentant des données depuis 2000, mais sept espèces sont aussi en stagnation ou en très légère augmentation (0 à 2 mailles en plus par rapport à 2016, hors espèces sans données en début de programme) malgré l'intense effort de prospection et un jeu de données multiplié par trois. On peut remarquer que la plupart des baisses sont en réalité dues à des validations de données pour des groupes vasculaires complexes (Ranunculus, Potamogeton, Callitriche, Utricularia), avec des espèces qui apparaissent finalement plus rares que présumées initialement (Ranunculus fluitans, Utricularia vulgaris) ou des espèces déjà rares et souvent sujettes à confusion chez les botanistes (Potamogeton compressus, P. friesii, Ranunculus ololeucos, R. tripartitus). On retrouve également des espèces déjà bien connues (Luronium natans, Utricularia minor, Potamogeton alpinus, Trapa natans...) pour lesquelles le programme n'a pas permis de faire progresser la connaissance et dont le niveau de rareté se confirme. Enfin, les vasculaires sont largement dominantes parmi ces 16 espèces, avec seulement une bryophyte (Scorpidium scorpioides) et deux Characées (Tolypella intricata, Chara papillosa), taxons dont la rareté déjà présumée se confirme ici.

<table><caption>Tableau 6 : Espèces aquatiques en régression ou en stagnation en termes de fréquence sur le territoire d'étude entre 2016 (début programme) et 2024 (fin programme) en nombre de mailles 5 x 5 km</caption><thead><tr><td>Espèce</td><td>Nb Maille 5k (début programme)</td><td>Nb Maille 5k (fin programme)</td><td>Différence</td></tr></thead><tbody><tr><td>Ranunculus fluitans</td><td>154</td><td>66</td><td>-88</td></tr><tr><td>Utricularia vulgaris</td><td>49</td><td>39</td><td>-10</td></tr><tr><td>Potamogeton compressus</td><td>8</td><td>4</td><td>-4</td></tr><tr><td>Ranunculus tripartitus</td><td>10</td><td>6</td><td>-4</td></tr><tr><td>Luronium natans</td><td>34</td><td>31</td><td>-3</td></tr><tr><td>Ranunculus ololeucos</td><td>10</td><td>7</td><td>-3</td></tr><tr><td>Stratiotes aloides</td><td>7</td><td>5</td><td>-2</td></tr><tr><td>Potamogeton alpinus</td><td>5</td><td>4</td><td>-1</td></tr><tr><td>Utricularia minor</td><td>8</td><td>7</td><td>-1</td></tr><tr><td>Tolypella intricata</td><td>4</td><td>4</td><td>0</td></tr><tr><td>Callitriche palustris</td><td>7</td><td>7</td><td>0</td></tr><tr><td>Chara papillosa</td><td>4</td><td>5</td><td>1</td></tr><tr><td>Scorpidium scorpioides</td><td>2</td><td>3</td><td>1</td></tr><tr><td>Potamogeton friesii</td><td>3</td><td>4</td><td>1</td></tr><tr><td>Callitriche truncata</td><td>1</td><td>3</td><td>2</td></tr><tr><td>Trapa natans</td><td>23</td><td>25</td><td>2</td></tr></tbody></table>

Au contraire, les tendances d'espèces en forte augmentation sont beaucoup plus nombreuses avec **deux tiers d'espèces (90) en augmentation d'au moins 50 % et un peu plus de la moitié des espèces (72) dont la fréquence a été multipliée par deux entre 2016 et 2024**. Si l'on exclut les espèces à moins de 5 mailles de présence avant le programme, cela représente toujours 55 espèces dont le nombre de
mailles sur le bassin a au moins doublé en huit ans. L'un des cas les plus parlants de progression est celui de *Fissidens fontanus*, bryophyte des rochers et blocs immergés des bords de cours d'eaux lents, considérée comme patrimoniale au début du programme (voir paragraphe 4.2.2). Cette espèce n'était connue que de cinq données dans la base de données du CBN en 2016 pour 3 mailles de présence (0,13 %). Aujourd'hui, ce sont 363 données d'observations sur le bassin qui sont présentes dans le SI *Lobelia*, dont 265 depuis 2016, pour 152 mailles de présence et une fréquence de 6,64 % (Figure 41), soit une augmentation de près de 5000 %. 85 des 87 données sur la période 2000-2015 ont notamment été apportées par l'intégration des données IBMR durant le début du programme. Ces résultats montrent que cette espèce, alors méconnue, semble liée principalement à des grands cours d'eau eutrophes (Seine, Marne aval, Eure, Oise, Yerres, Serein...) ce qui correspond à sa cote spécifique de 7. Elle ne mérite donc plus d'être considérée comme patrimoniale.

<figure><img src="image_46.png" /><figcaption>Figure 41 : Répartition de *Fissidens fontanus* sur la portion du Bassin versant de la Seine située sur le territoire d'agrément du CBN du Bassin parisien (source : SI Lobelia au 10/12/2024) (photo en haut à gauche : © L. FERREIRA - CBN Bassin parisien | MNHN)</figcaption></figure>

Toutefois, ces résultats ne doivent pas occulter que les macrophytes restent liés à des milieux rares dans les paysages actuels, les masses d'eau ne représentant qu'une surface très faible sur le territoire (par exemple 1,2 % du territoire francilien, source : ECOMOS 2000, © IAU îdF, 2007). Cela se retrouve dans les indices de fréquence des macrophytes sur le bassin, avec un tiers des espèces avec une fréquence inférieure à 1 % (45 espèces), deux tiers avec une fréquence inférieure à 5 % (85 espèces), pour seulement 10 espèces avec une fréquence supérieure au quart du territoire et une seule présente
sur plus de la moitié des mailles du territoire (*Lemna minor*, 65 % de fréquence).

Au niveau des végétations, le programme a permis **d'obtenir des données géolocalisées modernes sur le bassin pour 27 végétations qui n'en présentaient pas avant le programme**, soit 19 associations, cinq alliances, deux ordres et une classe. Si l'on met de côté la classe d'herbiers bryolichéniques des eaux courantes des *Plathypnidio-Fontinalietea antipyreticae* dont le programme constituait les premiers inventaires à l'échelle du territoire, cela concerne 15 associations nouvelles et une nouvelle alliance, celle du *Scorpidio scorpioidis-Utricularion minoris* des gouilles de tourbières alcalines à Petite utriculaire (*Utricularia minor*). Parmi ces nouvelles associations, on retrouve principalement des végétations méconnues avec cinq associations à Characées ou des végétations rares marquées par des espèces elles-même rares sur le territoire. Le cas d'une de ces végétations rares, le *Ranunculo tripartiti-Callitrichetum brutiae*, est présenté en Annexe 9 dans un modèle de fiche typologique pour la phase III du programme. On retrouve également parmi ces 15 associations une végétation initialement méconnue mais qui a connu une progression de connaissance spectaculaire depuis 2016 : le *Potamo nodosi-Vallisnerietum spiralis*, herbier eutrophile et thermophile des eaux stagnantes à faiblement courantes des canaux et plans d'eau alluviaux. Aujourd'hui présent sur 108 mailles pour une fréquence de 4,7 %, sa répartition suit globalement les grandes vallées lentes riches en plans d'eau : Seine, Loing, Marne, Yonne, Serein et Oise (Figure 42).

<figure><img src="image_47.png" /><figcaption>**Figure 42 :** Répartition du *Potamo nodosi-Vallisnerietum spiralis* sur la portion du Bassin versant de la Seine située sur le territoire d'agrément du CBN du Bassin parisien (source : SI Lobelia au 22/01/2025) (photo en haut à gauche : © A. DELATTRE - CBN Bassin parisien | MNHN)</figcaption></figure>
Les actualisations de calculs de fréquence pour les végétations et leur comparaison entre 2016 et 2024 ont également permis de dégager des tendances. Une seule baisse concerne une végétation initialement surestimée (Ceratophylletum demersi avec 21 mailles en moins), dont de nombreuses données ont été revalidées et correspondaient plutôt à des communautés basales appauvries. Aucune végétation n'est en stagnation et seulement trois végétations sont en très légère augmentation (1 à 2 mailles en plus par rapport à 2016, hors végétations sans données en début de programme), malgré l'intense effort de prospection et un jeu de données multiplié par presque trois. Il s'agit de trois végétations qui restent très rares sur le bassin avec moins de cinq mailles en fin de programme (Nitelletum syncarpo-tenuissimae, Nitellopsio obtusae-Nitelletum mucronatae et Limnanthemetum nymphoidis).

Au contraire, les tendances de végétations en forte augmentation sont très nombreuses avec **70 % d'associations (49 sur 70) en augmentation d'au moins 50 % et 44 associations dont la fréquence a été multipliée par deux entre 2016 et 2024**, hors associations sans données en début de programme. Si l'on exclut les associations à moins de cinq mailles de présence avant le programme, cela représente toujours 22 associations dont le nombre de mailles sur le bassin a au moins doublé en huit ans. Au niveau des alliances, sur les 12 alliances qui présentaient des données avant le début du programme, leur fréquence a pour toutes été au moins multipliée par deux. En prenant pour exemple les herbiers des eaux courantes du *Batrachion fluitantis*, cette alliance a vu son nombre de mailles sur le territoire d'étude tripler en huit ans et présente aujourd'hui une fréquence d'un peu plus du quart du territoire (27,5 %). Sa répartition (Figure 43) suit les principales vallées du territoire et montre les grandes lacunes qui ont pu être comblées pour cette végétation sur le territoire : vallées de Champagne-Ardenne (Marne, Aisne, Aube...) et de Centre-Val-de-Loire (Eure, Avre, Blaise, Essonne, Loing, Ouanne...) notamment, mais avec toutefois encore des lacunes à combler (Yonne aval, Seine supérieure, Aisne amont...). Cette alliance est cependant souvent présente sous une forme appauvrie, un tiers des données restant ainsi à ce niveau sans pouvoir descendre à l'une des neuf associations végétales identifiée sur le territoire.
17/02/2025

<figure><img src="image_48.png" /><figcaption>Figure 43 : Répartition du *Batrachion fluitantis* sur la portion du Bassin versant de la Seine située sur le territoire d'agrément du CBN du Bassin parisien (source : SI Lobelia au 22/01/2025) (photo en haut à gauche : © T. FERNEZ - CBN Bassin parisien | MNHN)</figcaption></figure>

Toutefois, ces résultats ne doivent pas occulter que les végétations aquatiques restent liées à des milieux rares dans les paysages actuels et sont encore largement sous-prospectées comme le montre la carte de répartition des données (Figure 22). Cela se retrouve dans les indices de fréquence des alliances sur le bassin, avec aucune alliance qui ne dépasse une fréquence de 32 % et 10 des 17 alliances dont la fréquence reste inférieure à 10 %. Ces résultats sont encore plus flagrants pour les associations avec 69 des 70 associations qui ont une fréquence inférieure à 10 % sur le territoire et un peu plus de la moitié (37 associations) une fréquence inférieure à 1 %. La seule association avec une fréquence supérieure à 10 % (11,2 %) est le *Spirodelo polyrhizae-Lemnetum minoris*, végétation ubiquiste de voile de lentilles en surface des eaux eutrophes et abritées de marges de cours d'eau et de plans d'eau.

### 4.2.2. STATUTS DE MENACE ET PATRIMONIALITÉ

Concernant les statuts de menace des plantes vasculaires, même si le programme n'a pas encore pu contribuer aux listes rouges régionales d'espèces vasculaires, toutes réalisées avant le lancement ou au début du programme, les résultats devraient être pris progressivement en compte lors des
prochaines actualisations pour ce groupe largement menacé actuellement. En effet, 40 % des plantes vasculaires aquatiques sont actuellement considérées comme menacées dans les listes rouges régionales. Cette mise à jour devrait débuter par la mise à jour de la liste rouge régionale de la flore vasculaire d'Île-de-France, en cours de réalisation. Les nombreuses découvertes réalisées (voir chapitre 2.1.3) devraient permettre d'actualiser les statuts d'espèces considérées comme disparues régionalement au moment de leur rédaction (comme l'Œnanthe des rivières en Île-de-France), de rehausser ou rabaisser les statuts grâce aux données acquises et compilées et à la validation effectuée, mais aussi de pouvoir donner un statut à de nombreuses espèces méconnues (DD : données insuffisantes dans les listes rouges), tant au niveau régional que national. 16 espèces aquatiques sont ainsi concernées sur le territoire d'étude (Tableau 7), auxquelles on peut rajouter *Ranunculus rionii*, non cotée dans les listes rouges, par manque d'information à ce moment-là, mais vulnérable au niveau national. On y retrouve évidemment en priorité des genres considérés comme de détermination difficile sur lesquels le programme a essayé de se focaliser (*Callitriche*, *Ranunculus*, *Potamogeton*).

<table><caption>Tableau 7 : Espèces vasculaires aquatiques considérées en manque de données dans les listes rouges (LR) régionales du territoire étudié (Bou : Bourgogne, Bardet & Auvert, 2014 ; CA : Champagne-Ardenne, Amblard et al., 2020 ; CVL : Centre-Val de Loire, Nature Centre & CBNBP, 2014 ; IDF : Île-de-France, Auvert & Filoche, 2014) et nationale (LRN, UICN France et al., 2018) (RE : disparue ; CR : en danger critique d'extinction ; EN : en danger d'extinction ; VU : vulnérable ; NT : quasi menacée ; LC : préoccupation mineure ; DD : données insuffisantes ; NA : non applicable [taxons non indigènes])</caption><thead><tr><td>Espèce</td><td>LR Bou</td><td>LR CA</td><td>LR CVL</td><td>LR IdF</td><td>LRN</td></tr></thead><tbody><tr><td>Callitriche brutia</td><td>LC</td><td>DD</td><td>DD</td><td>EN</td><td>LC</td></tr><tr><td>Callitriche hamulata</td><td>LC</td><td>DD</td><td>DD</td><td>LC</td><td>LC</td></tr><tr><td>Callitriche obtusangula</td><td>LC</td><td>LC</td><td>DD</td><td>LC</td><td>LC</td></tr><tr><td>Callitriche palustris</td><td>VU</td><td>CR</td><td>DD</td><td>NA</td><td>LC</td></tr><tr><td>Callitriche platycarpa</td><td>LC</td><td>LC</td><td>DD</td><td>LC</td><td>LC</td></tr><tr><td>Callitriche truncata</td><td>RE</td><td>.</td><td>DD</td><td>DD</td><td>LC</td></tr><tr><td>Potamogeton acutifolius</td><td>EN</td><td>VU</td><td>VU</td><td>DD</td><td>NT</td></tr><tr><td>Potamogeton pusillus</td><td>EN</td><td>DD</td><td>DD</td><td>DD</td><td>LC</td></tr><tr><td>Potamogeton trichoides</td><td>DD</td><td>DD</td><td>DD</td><td>EN</td><td>LC</td></tr><tr><td>Potamogeton x angustifolius</td><td>DD</td><td>NA</td><td>NA</td><td>NA</td><td>.</td></tr><tr><td>Ranunculus aquatilis</td><td>LC</td><td>LC</td><td>DD</td><td>LC</td><td>LC</td></tr><tr><td>Ranunculus fluitans</td><td>LC</td><td>DD</td><td>NE</td><td>VU</td><td>DD</td></tr><tr><td>Ranunculus penicillatus</td><td>LC</td><td>LC</td><td>DD</td><td>DD</td><td>LC</td></tr><tr><td>Stratiotes aloides</td><td>CR ?</td><td>NA</td><td>.</td><td>NA</td><td>DD</td></tr><tr><td>Utricularia vulgaris</td><td>CR</td><td>EN</td><td>VU</td><td>VU</td><td>DD</td></tr><tr><td>Zannichellia obtusifolia</td><td>.</td><td>.</td><td>.</td><td>.</td><td>DD</td></tr></tbody></table>

Ces listes rouges permettent de mettre en évidence une liste d'espèces prioritaires pour la mise en place de mesures de protection ou de conservation à l'échelle du bassin. Les espèces les plus menacées ont été ici sélectionnées, c'est-à-dire au moins en danger critique d'extinction (CR) ou présumées disparues (RE) dans deux des quatre régions du territoire d'étude (aucune espèce CR ou RE au niveau
national dans la liste) et présentant des données modernes sur le bassin. Il aurait pu être utile d'y coupler la responsabilité territoriale du bassin Seine-Normandie pour la conservation de ces espèces au niveau national ou européen, élément malheureusement indisponible. Cette **liste d'espèces de conservation prioritaire (Tableau 8) contient neuf espèces**, dont les deux pour lesquelles un plan de conservation a été lancé sur le bassin (voir chapitre 3.5) et une ayant bénéficié d'un Plan national d'action (Bardin, 2012), le Flûteau nageant (*Luronium natans*). Parmi celles-ci, une espèce est au moins CR sur les quatre régions, le Potamot à feuilles mucronées (*Potamogeton friesii*), et deux le sont sur trois régions, l'Œnanthe des rivières (*Oenanthe fluviatilis*) et le Faux-nénuphar (*Nymphoides peltata*).

<table><caption>Tableau 8 : Espèces vasculaires considérées les plus menacées dans les listes rouges (LR) régionales du territoire étudié (Bou : Bourgogne, Bardet & Auvert, 2014 ; CA : Champagne-Ardenne, Amblard et al., 2020 ; CVL : Centre-Val de Loire, Nature Centre & CBNBP, 2014 ; IDF : Île-de-France, Auvert & Filoche, 2014) (RE : disparue ; CR : en danger critique d'extinction ; EN : en danger d'extinction ; VU : vulnérable ; NT : quasi menacée ; LC : préoccupation mineure ; DD : données insuffisantes ; NA : non applicable [taxons non indigènes])</caption><thead><tr><td>Espèce</td><td>LR Bou</td><td>LR CA</td><td>LR CVL</td><td>LR IdF</td><td>LRN</td></tr></thead><tbody><tr><td>Luronium natans</td><td>CR</td><td>CR</td><td>VU</td><td>EN</td><td>LC</td></tr><tr><td>Nymphoides peltata</td><td>EN</td><td>CR</td><td>CR</td><td>CR</td><td>NT</td></tr><tr><td>Oenanthe fluviatilis</td><td>CR</td><td>.</td><td>CR</td><td>RE</td><td>VU</td></tr><tr><td>Potamogeton alpinus</td><td>RE</td><td>VU</td><td>CR</td><td>.</td><td>NT</td></tr><tr><td>Potamogeton compressus</td><td>CR ?</td><td>VU</td><td>RE</td><td>.</td><td>VU</td></tr><tr><td>Potamogeton friesii</td><td>CR</td><td>RE</td><td>CR</td><td>CR</td><td>NT</td></tr><tr><td>Ranunculus ololeucos</td><td>CR</td><td>.</td><td>VU</td><td>CR</td><td>LC</td></tr><tr><td>Ranunculus tripartitus</td><td>CR ?</td><td>RE</td><td>EN</td><td>EN</td><td>LC</td></tr><tr><td>Utricularia minor</td><td>CR</td><td>CR</td><td>EN</td><td>CR</td><td>NT</td></tr></tbody></table>

Cette liste sera bien sûr à réévaluer à mesure de l'actualisation des listes rouges. Certaines espèces montrent des tendances à la baisse en nombre de données sur le bassin qui devront être confirmées, mais conduiront certainement à voir leur statut de menace réhaussé dans plusieurs régions. Parmi ces 17 espèces (Tableau 9) présentant une baisse d'au moins un tiers des données sur la période moderne entre les périodes 2000-2015 et 2016-2024, on peut citer à titre d'exemple, en plus des espèces déjà listées dans le Tableau 8 : *Utricularia vulgaris*, *Groenlandia densa*, *Ceratophyllum submersum* ou encore *Trapa natans*. On peut remarquer aussi la baisse de données sur quelques espèces exotiques envahissantes (*Elodea canadensis*, *Myriophyllum aquaticum), en perte de vitesse ou rapidement éradiquées.

<table><thead><tr><td>Espèce</td><td>Nb données avant 2000</td><td>Nb données 2000-2015</td><td>Nb données ≥ 2016</td><td>Baisse relative (%)</td></tr></thead><tbody><tr><td>Callitriche hamulata</td><td>60</td><td>130</td><td>84</td><td>-35,38</td></tr><tr><td>Callitriche truncata</td><td>7</td><td>3</td><td>1</td><td>-66,67</td></tr><tr><td>Ceratophyllum submersum</td><td>83</td><td>142</td><td>75</td><td>-47,18</td></tr><tr><td>Elodea canadensis</td><td>133</td><td>640</td><td>421</td><td>-34,22</td></tr><tr><td>Groenlandia densa</td><td>56</td><td>232</td><td>137</td><td>-40,95</td></tr><tr><td>Luronium natans</td><td>227</td><td>144</td><td>35</td><td>-75,69</td></tr></tbody></table>
<table><caption>Tableau 9 : Espèces vasculaires présentant le différentiel négatif le plus important en nombre de données sur le territoire d'étude entre la période 2000-2015 et depuis 2016</caption><thead><tr><th>Espèce</th><th>Nb données<br>avant 2000</th><th>Nb données<br>2000-2015</th><th>Nb données<br>≥ 2016</th><th>Baisse relative<br>(%)</th></tr></thead><tbody><tr><td>Myriophyllum aquaticum</td><td>1</td><td>58</td><td>37</td><td>-36,21</td></tr><tr><td>Potamogeton compressus</td><td>7</td><td>13</td><td>1</td><td>-92,31</td></tr><tr><td>Potamogeton polygonifolius</td><td>217</td><td>313</td><td>183</td><td>-41,53</td></tr><tr><td>Ranunculus fluitans</td><td>28</td><td>96</td><td>14</td><td>-85,42</td></tr><tr><td>Ranunculus ololeucos</td><td>80</td><td>33</td><td>14</td><td>-57,58</td></tr><tr><td>Ranunculus rionii</td><td>0</td><td>2</td><td>0</td><td>-100,00</td></tr><tr><td>Ranunculus tripartitus</td><td>86</td><td>63</td><td>35</td><td>-44,44</td></tr><tr><td>Stratiotes aloides</td><td>38</td><td>11</td><td>6</td><td>-45,45</td></tr><tr><td>Trapa natans</td><td>90</td><td>38</td><td>24</td><td>-36,84</td></tr><tr><td>Utricularia minor</td><td>115</td><td>43</td><td>25</td><td>-41,86</td></tr><tr><td>Utricularia vulgaris</td><td>157</td><td>63</td><td>37</td><td>-41,27</td></tr></tbody></table>

Concernant les statuts de menace de cryptogames, le programme a pu alimenter les données pour la réalisation de la première liste rouge régionale des bryophytes de Bourgogne (Bardet, 2021). Il s'agit de la seule liste rouge régionale actuellement disponible pour ce groupe sur le territoire d'étude. Le programme va servir de socle principal à la production de la liste rouge régionale et à la liste de déterminante ZNIEFF des Characées d'Île-de-France, en cours de réalisation et qui sera la première du territoire. De plus, aucune liste rouge nationale n'existe pour ces groupes taxonomiques.

Pour combler ces absences de listes rouges, une liste de patrimonialité des cryptogames avait été créée au début du programme (Ferreira et al., 2018a) pour identifier les secteurs à enjeux au niveau des UH. Cette sélection réalisée à dire d'expert des taxons les plus rares, menacés ou indicateurs de milieux préservés sur le territoire d'étude était basée sur les données et synthèses existantes à l'époque. Cette liste a pu être actualisée (Annexe 2), toujours basée sur le dire d'expert et les retours d'expérience du programme. Elle a toutefois peu évolué entre 2016 et 2024 car elle comprend seulement une espèce en moins (Fissidens fontanus, voir paragraphe 4.2.1) et trois espèces en plus (Chara aculeolata, Collema dichotomum, Nitella translucens).

Enfin, concernant les végétations, seule une liste rouge régionale avec cotation de niveau de menace existe sur les quatre régions du territoire d'étude. Cette liste rouge des végétations menacées d'Île-de-France (Détrée & Ferreira 2019) est cependant basée sur des données avant le début du programme. Tout le travail d'évaluation des statuts de menace des végétations aquatiques reste donc encore à faire et la plupart des listes de patrimonialité se basent aujourd'hui sur les habitats déterminants de ZNIEFF ou d'intérêt européen (DHFF).
### 4.2.3. STATUTS D'ESPÈCES EXOTIQUES ENVAHISSANTES

Le programme a permis de grandement améliorer et de mettre à jour les cartes de répartition des PEE. Deux nouvelles espèces potentiellement invasives ont même été découvertes pour le bassin durant ces années de prospection (voir chapitre 2.1.3) : le *Myriophyllum heterophyllum* et la *Wolffia columbiana*.

Les statuts des PEE aquatiques ont pu être mis à jour régulièrement depuis le début du programme dans les listes régionales du territoire d'agrément (voir chapitre 3.2.2) grâce aux données récoltées lors du programme. Ainsi, depuis 2016, les liste des PEE ont été actualisées :

- en Centre-Val de Loire en 2017, 2020 puis en 2022 pour la dernière version à jour (Desmoulins & Emeriau, 2022);

- en Île-de-France en 2018 puis en 2022 (Wegnez, 2022);

- en Champagne-Ardenne, en 2017 puis en 2020 (Duval et al., 2020);

- en Bourgogne, la liste n'a pas été actualisée depuis 2012 (Bardet, 2015) mais une actualisation pour l'ensemble de la région Bourgogne-Franche-Comté est en cours de finalisation et devrait sortir début 2025 (Nicod & Planquais, in prep.).

Il est proposé dans le Tableau 10 une **liste de huit PEE pour lesquelles la mise en place de mesures prioritaires de gestion, de surveillance et d'éradication des nouvelles stations serait nécessaire sur l'ensemble du bassin**. Il s'agit d'espèces pour la plupart en plein essor, considérées comme préoccupantes par l'Union européenne (hormis *Egeria densa*) et présentant un développement rapide et un impact potentiellement fort pour la biodiversité. Certaines de ces espèces comme le *Myriophyllum heterophyllum*, l'**Hydrocotyle fausse-renoncule** (*Hydrocotyle ranunculoides*) ou les Jussies (*Ludwigia sp.pl.*) peuvent former des tapis denses dans les canaux, les bras lents de cours d'eau et les plans d'eau alluviaux et leur élimination nécessite alors des mesures lourdes d'intervention (voir à ce propos la stratégie offensive récente conjointe de VNF et de l'OFB : https://www.vnf.fr/vnf/app/uploads/2024/02/DP-plantes-exotiques-envahissantes-2024.pdf).

<table><thead><tr><td>Espèce</td><td>Prioritaire</td><td>PEE UE</td><td>PEE BOU</td><td>PEE CA</td><td>PEE CVL</td><td>PEE IDF</td></tr></thead><tbody><tr><td>Azolla filiculoides</td><td></td><td></td><td>Avérée prioritaire</td><td>Avérée prioritaire</td><td>Obs</td><td>Avérée secondaire</td></tr><tr><td>Cabomba caroliniana</td><td>X</td><td>X</td><td>Alerte</td><td></td><td>Avérée prioritaire</td><td>Avérée prioritaire</td></tr><tr><td>Egeria densa</td><td>X</td><td></td><td>Avérée prioritaire</td><td>Avérée prioritaire</td><td>Avérée prioritaire</td><td>Avérée prioritaire</td></tr><tr><td>Elodea canadensis</td><td></td><td></td><td>Avérée secondaire</td><td>Avérée secondaire</td><td>Obs</td><td>Avérée secondaire</td></tr><tr><td>Elodea nuttallii</td><td></td><td>X</td><td>Avérée prioritaire</td><td>Avérée secondaire</td><td>Avérée secondaire</td><td>Avérée secondaire</td></tr></tbody></table>
<table><caption>Tableau 10 : Plantes exotiques envahissantes (PEE) aquatiques présentes sur le territoire d'étude, nécessitant des mesures de gestion prioritaires sur le bassin Seine-Normandie (prioritaire) et statut actuel dans chaque région du territoire d'agrément du CBN du Bassin parisien (Bou : Bourgogne, CA : Champagne-Ardenne, CVL : Centre-Val de Loire, IDF : Île-de-France) et dans l'Union européenne (UE)</caption><thead><tr><th>Espèce</th><th>Prioritaire</th><th>PEE UE</th><th>PEE BOU</th><th>PEE CA</th><th>PEE CVL</th><th>PEE IDF</th></tr></thead><tbody><tr><td>Hydrocotyle ranunculoides</td><td>X</td><td>X</td><td></td><td>Alerte</td><td>Avérée prioritaire</td><td>Avérée prioritaire</td></tr><tr><td>Lagarosiphon major</td><td>X</td><td>X</td><td>Avérée prioritaire</td><td>Avérée prioritaire</td><td>Avérée prioritaire</td><td>Avérée prioritaire</td></tr><tr><td>Lemna minuta</td><td></td><td></td><td>Avérée prioritaire</td><td>Avérée secondaire</td><td>Obs</td><td>Avérée secondaire</td></tr><tr><td>Lemna turionifera</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Alerte</td><td>Alerte</td></tr><tr><td>Ludwigia grandiflora</td><td>X</td><td>X</td><td>Avérée secondaire</td><td>Avérée prioritaire</td><td>Avérée secondaire</td><td>Avérée prioritaire</td></tr><tr><td>Ludwigia peploides</td><td>X</td><td>X</td><td>Avérée prioritaire</td><td></td><td>Avérée secondaire</td><td>Avérée prioritaire</td></tr><tr><td>Myriophyllum aquaticum</td><td>X</td><td>X</td><td>Alerte</td><td>Avérée prioritaire</td><td>Avérée prioritaire</td><td>Avérée prioritaire</td></tr><tr><td>Myriophyllum heterophyllum</td><td>X</td><td>X</td><td>Alerte</td><td>Alerte</td><td>Alerte</td><td>Avérée prioritaire</td></tr><tr><td>Pistia stratiotes</td><td></td><td>X</td><td></td><td></td><td>Alerte</td><td></td></tr><tr><td>Vallisneria spiralis</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Avérée secondaire</td></tr><tr><td>Wolffia columbiana</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Alerte</td></tr></tbody></table>

À titre d'exemple, il est présenté ici un cas de progression rapide de la colonisation d'une espèce sur le territoire d'étude et de sa politique de lutte mise en place. L'Hydrocotyle fausse-renoncule (Figure 44) a été découverte en 1987 à Étampes en vallée de la Juine (91) sur le bassin Juine-Essonne-École. Elle a connu une augmentation fulgurante de sa répartition aux cours des années 2000 et 2010 sur les rivières de la Louette, de la Juine et de l'Essonne après la confluence avec la Juine. Elle a également commencé à coloniser la vallée de la Seine dès 2009 à Draveil, en aval de sa confluence avec l'Essonne, mais n'a pas continué sa progression se cantonnant toujours autour de Draveil et des communes avoisinantes 15 ans après. Une première station sur l'École a également été découverte en 2018 avant d'être immédiatement éradiquée par le Syndicat intercommunal d'aménagement de la rivière École (SIARE). Ainsi, les données récoltées dans ce programme sont précieuses en termes d'application directe par les acteurs de terrain.
17/02/2025

Rapport de synthèse final

<figure><img src="image_49.png" /><figcaption>**Figure 44 :** Progression de l'Hydrocotyle fausse-renoncule (*Hydrocotyle ranunculoides*) sur l'UH Juine-Essonne-École entre 1990 et 2018
(Source : Flora, 2018)</figcaption></figure>

Considérée comme encore non impactante par Jauzein (2011), cette espèce très compétitive et qui se multiplie par reproduction végétative a depuis asphyxiée bon nombre de milieux humides de la basse vallée de l'Essonne (Lheureux, 2021). Le Département de l'Essonne a ainsi engagé en 2020 une politique de lutte en partenariat avec la FREDON Île-de-France (réseau Référent-Sentinelle 91, https://www.essonne.fr/cadre-de-vie-environnement/environnement/lair-1) pour préserver ses ENS et les deux sites Natura 2000 (ZSC et ZPS) dont il est l'animateur en basses vallées de l'Essonne et de la Juine.
## 5. ÉCHANGES ET FORMATION DES ACTEURS DU TERRITOIRE

En termes d'accompagnement aux études scientifiques, de nombreuses aides à la détermination et échanges informels ont également eu lieu avec des structures locales, conduisant parfois à des partenariats plus formalisés comme une convention d'échange de données avec le Syndicat intercommunal d'aménagement, de rivière et du cycle de l'Eau (SIARCE) de l'Essonne (signée le 1/06/2018). Le CBN du Bassin parisien a aussi ponctuellement ou plus régulièrement procédé à des aides à la détermination pour les partenaires suivants (vérification d'échantillons, partage de matériel...) : Office national des forêts (ONF), Société nationale de protection de la nature (SNPN), Syndicat de l'Orge, NaturEssonne, Amis naturalistes des coteaux d'Avron (ANCA), Fédération de pêche d'Eure-et-Loir ...

<figure><img src="image_50.png" /><figcaption>Figure 45 : Prospections mutualisées en canoë sur la vallée de la Marne (UH Marne aval) en 2020 avec l'AVEN du Grand Voyeux © L. FERREIRA - CBN Bassin parisien | MNHN (à gauche) et sur la vallée de l'Essonne (UH Juine Essonne École) en waders en 2018 avec le SIARCE © A. MOLLEREAU - CBN Bassin parisien | MNHN (à droite)</figcaption></figure>

Le CBN du Bassin parisien a aussi échangé avec de nombreux acteurs locaux du territoire pour mutualiser ses connaissances, partager du terrain et du matériel et accéder à des sites non ouverts au public ou méconnus. En voici une liste quasi-exhaustive :

- syndicats de rivière : Syndicat de l'Orge, SIARCE, SIARE, Syndicat mixte de l'Œuf, de la Rimarde et de l'Essonne (SMORE), Syndicat mixte pour l'aménagement et l'entretien de la rivière la Juine et de ses affluents (SIARJA), Syndicat mixte pour l'Assainissement et la Gestion des Eaux du bassin versant de l'Yerres (SYAGE), Syndicat intercommunal pour l'assainissement de la vallée de la Bièvre (SIAVB), Syndicat mixte d'aménagement, de gestion et d'entretien des berges de la Seine et de l'Oise (SMSO), Syndicat mixte pour l'aménagement de la vallée de la Viosne (SMAVV) ;

- parcs naturels régionaux (Haute vallée de Chevreuse, Gâtinais, Vexin) ;

- réserves naturelles régionales et nationales (Bassée, Limay, Etangs et Rigoles d'Yveline)
17/02/2025

Rapport de synthèse final

- associations locales : Initiatives et Actions pour la Sauvegarde de l'Environnement et des Forêts (IASEF), NaturEssonne, Centre permanent d'initiative à l'environnement (CPIE) des Boucles de la Marne/AVEN du Grand Voyeux ;

- agence des espaces verts de la région Île-de-France (AEV), département de l'Essonne, Ligue pour la protection des oiseaux (LPO), Conservatoire d'espaces naturels (CEN) Centre-Val de Loire Antenne Eure-et-Loir (28), Domaine de Grosbois, fondation Chambrun...

Enfin, le CBN du Bassin parisien a aussi beaucoup échangé avec le bureau d'études AQUASCOP, l'un des bureaux d'études les plus dynamiques en France sur l'étude des macrophytes, d'abord pour des échanges méthodologiques sur le terrain : mise en application de l'IBML sur les étangs de Saint-Hubert et Corbet (78) et de l'IBMR en grand cours d'eau sur l'Yonne à Montereau-Fault-Yonne (77). Le CBN et AQUASCOP ont ensuite échangé tout au long du programme pour du partage de données, des vérifications d'échantillons et des validations de données.

Parallèlement au programme Macrophytes, le CBN du Bassin parisien a également travaillé sur la connaissance des macrophytes sur le bassin Seine-Normandie via d'autres programmes qui sont venus alimenter la base de données, les connaissances et les actions de restauration de ces milieux. Ces programmes multi-partenariaux sont les suivants :

- le programme régional d'action mares Grand Est lancé en 2016 et animé par le CPIE Pays de Soulaines pour la partie Champagne-Ardenne (http://www.pram-grandest.fr/). Il réunit 31 structures, dont les objectifs sont de préserver le réseau de mares, sauvegarder la biodiversité spécifique à ces milieux et impulser une dynamique régionale de protection. Le CBN a travaillé sur la flore et les végétations aquatiques dans le cadre de ce programme (Delattre et al., 2020; Hendoux & Equille, 2018);

- le plan régional d'action « végétations des mares » en Grand-Est porté par le CBN du Bassin parisien dans le cadre du programme LIFE Biodiv'Est (https://biodiversite.grandest.fr/life-biodivest/) ayant cours de 2022 à 2031 pour la restauration et la préservation de la biodiversité dans la région avec 14 partenaires (Murgier, 2023);

- le plan d'action pour les mouillères d'Île-de-France lancé en 2020 avec NaturEssonne et les PNR du Gâtinais et de la Haute vallée de Chevreuse, pour lequel le CBN travaille sur la connaissance et la conservation de la flore et des végétations de ces milieux depuis 2021 (Lebourg, 2024);

- la déclinaison régionale du Plan national d'actions sur le Fluteau nageant (*Luronium natans*) pour la région Centre-Val de Loire entre 2015 et 2018 (Mondion, 2019) portée par le CBN du Bassin parisien en association avec les acteurs locaux (PNR, ONF, animateurs Natura 2000, CEN, CRPF, ONCFS...).

Concernant les actions de formations sur la flore aquatique, les laboratoires d'hydrobiologie de l'OFB sollicitent le CBN du Bassin parisien depuis 2019 en Île-de-France et Champagne-Ardenne et
depuis 2014 en Centre-Val de Loire afin de consolider la formation des agents à la reconnaissance des taxons aquatiques sur le terrain, mais également d'aider à la détermination en laboratoire et de valider ensuite leurs échantillons récoltés servant de preuve pour les audits d'accréditation du laboratoire. En 2019, une formation sur les Characées a également été organisée auprès des agents de la direction territoriale Seine-Nord de l'ONF sur 2 jours ainsi qu'une formation sur les plantes exotiques envahissantes (à dominante aquatique) sur une journée en vallée de la Marne en Île-de-France en partenariat avec Électricité de France (EDF). Le CBN du Bassin parisien a, enfin, formé en 2020 et 2021 les agents du Syndicat de l'Orge aux IBMR et en botanique (bryophytes et algues).

<figure><img src="image_51.png" /><figcaption>Figure 46 : Appui sur le terrain au laboratoire d'hydrobiologie de l'OFB (Direction régionale Île-de-France) sur la reconnaissance des espèces aquatiques lors d'un IBMR en 2023 sur la Sarce en Champagne-Ardenne (UH Seine supérieure) © A. BILLON - CBN Bassin parisien | MNHN</figcaption></figure>
## 6. COMMUNICATION ET VALORISATION DES RÉSULTATS

Un poster de présentation du programme a été créé et déployé lors des différentes interventions de communication du CBN du Bassin parisien autour du programme (Annexe 8 ; Ferreira et al., 2022). Le projet et ses objectifs ont ainsi d'abord été présentés au colloque international sur « *La cartographie de la flore, un outil au service des politiques publiques de la biodiversité* » à Nantes le 07/06/2019 sous la forme d'un poster et d'une présentation-éclair. Puis les premiers résultats du programme ont été présentés progressivement en région :

- présentation du programme aux jeudis de l'Observatoire Grand Est de la Biodiversité (OGEB) dans le cadre d'un webinaire "Quelle est la biodiversité des cours d'eau et comment évolue-t-elle ?" le 25/11/2021 ;

- présentation sur « *La flore aquatique des vallées de l'Eure, de l'Avre et de la Blaise en Eure-et-Loir* » aux 10e rencontres botaniques de la région Centre-Val de Loire à Orléans le 20/11/2021 ;

- présentation sur la « *Connaissance et enjeux sur la flore et les végétations des cours d'eau bourguignons du bassin de la Seine* » et poster du programme Macrophytes aux 18e Rencontres scientifiques Bourgogne-Franche-Comté Nature sur le thème « *Les cours d'eau de Bourgogne-Franche-Comté... 48 000 km vivants ?* » à Saint-Brisson le 23/09/2022 (Figure 47) ;

<figure><img src="image_52.png" /><figcaption>Figure 47 : Présentation du programme Macrophytes aux 18e Rencontres scientifiques Bourgogne-Franche-Comté Nature © Bourgogne-Franche-Comté Nature</figcaption></figure>

- présentation sur la « *Connaissance et enjeux sur la flore et les végétations aquatiques en Île-de-France* » aux rencontres botaniques d'Île-de-France à Paris le 23/03/2023 ;
- présentation sur le « *Retour sur près de 10 ans d'inventaire des macrophytes du bassin de la Seine en Île-de-France* » et poster du programme Macrophytes aux 16ᵉ rencontres naturalistes d'Île-de-France à Paris le 30/11/2024.

Certaines de ces présentations ont été suivies d'articles dans des revues régionales comme celui sur *La flore aquatique des bassins de l'Eure, de l'Avre et de la Blaise en Eure-et-Loir* (Fernez, 2023a) ou celui sur *Connaissance et enjeux sur la flore et les végétations des cours d'eau bourguignons du bassin de la Seine* (Fernez & Ferreira, 2023). Mais le programme a aussi été l'occasion de réaliser quelques articles sur des observations locales marquantes depuis 2016 :

- découverte d'une station florifère d'Oenanthe fluviatilis (Bab.) Coleman en vallée du Loing (Fernez, 2018) ;

- observations récentes d'espèces aquatiques nouvelles ou remarquables pour la Champagne-Ardenne (Le Gloanec et al., 2020) ;

- quelques découvertes floristiques intéressantes pour l'étang de Saint-Quentin-en-Yvelines (Fernez, 2023b).

La suite de la valorisation et de la communication autour des résultats est prévue pour 2025. La phase III du programme (voir chapitre 7) sera l'occasion de mieux faire connaître les résultats des deux premières phases avec, au printemps 2025, l'animation d'un webinaire d'une demi-journée à destination des acteurs du monde de l'eau du bassin de la Seine pour les aider à s'approprier les données et les résultats. Cela concernera notamment toutes les données déjà diffusées et accessibles sur le SI *Lobelia*, les plateformes régionales du SINP, *via* les flux des couches d'informations thématiques (paragraphe 3.2) ou via la base de données *Naiades* (https://naiades.eaufrance.fr/) pour les données IBMR. La valorisation des résultats se fera également en 2025 sous la forme de la rédaction d'un article de vulgarisation dans la revue *Confluence* de l'AESN, d'un article scientifique sur les résultats du programme (sans doute *Naturae*, revue du MNHN) et, enfin, d'une communication orale lors d'un colloque national de botanique. Une proposition a d'ores-et-déjà été faite en ce sens avec une intervention sur le « *Retour sur 10 ans d'inventaire des macrophytes et des végétations aquatiques du bassin Seine-Normandie* » pour les 6ᵉ *Convergences botaniques*, rendez-vous national annuel des botanistes, prévue à Toulouse en septembre 2025.
# 7. POURSUITE DU PROGRAMME

## 7.1. DÉPLOIEMENT AU RESTE DU BASSIN DE LA SEINE

Après huit ans d'inventaires et de synthèse des connaissances menés en deux phases (2016-2018 et 2019-2024) sur 30 UH croisant le territoire du CBN du Bassin parisien, le programme se déploie depuis 2023 au reste du bassin Seine-Normandie. Après une première phase de tests menée en 2023 sur trois UH par les CBN de Normandie (ex-Brest) et de Bailleul (Buchet et al., 2024), appuyés par le CBN du Bassin parisien (Figure 49), ces deux premiers ont lancé sur leur territoire respectif en 2024 un programme d'étude des macrophytes. Prévus sur deux conventions successives de 4 ans jusqu'en 2031 (2024-2027 et 2028-2031), ce programme visera l'étude de 57 UH dont 21 intersectant le territoire du CBN de Bailleul et 39 celui du CBN de Normandie (Figure 48).

<figure><img src="image_53.png" /><figcaption>Figure 48 : Carte des unités hydrographiques concernées par le programme d'étude des macrophytes et des végétations associées sur les territoires des CBN de Normandie (ex-Brest) et de Bailleul (source : Buchet et al., 2024)</figcaption></figure>
<figure><img src="image_54.png" /><figcaption>Figure 49 : Journée de calage méthodologique en vallée de l'Andelle menée par les CBN de Bailleul, de Brest et du Bassin parisien le 10 mai 2023 sur © J. Buchet - CBN Bailleul</figcaption></figure>

## 7.2. ACCOMPAGNEMENT ET TRAVAIL INTER-CBN

De son côté, le CBN du Bassin parisien proposera une phase III au programme qui vise à accompagner le déploiement du programme sur le territoire des CBN de Normandie et de Bailleul en travaillant spécifiquement sur les unités hydrographiques à cheval entre les territoires des trois CBN. Ce travail s'étendra sur la période 2025-2028 et concernera 15 UH du bassin de la Seine à cheval entre le territoire du CBN du Bassin parisien et l'un des deux autres CBN avec l'inventaire de terrain pour neuf UH et la reprise de fiches de synthèse avec les données des autres CBN pour six UH. Le CBN du Bassin parisien ne réalisera donc pas de nouvelles fiches de synthèse lors de ce programme. Ceci permettra in fine d'avoir une vue d'ensemble des enjeux sur les bassins concernés d'ici 2028 pour le territoire d'agrément du CBN du Bassin parisien et 2031 pour l'ensemble du bassin Seine-Normandie.

Cette phase permettra également l'actualisation chaque année jusqu'en 2028 des couches d'informations thématiques sur les espèces et végétations aquatiques du territoire d'agrément du CBN du Bassin parisien avec les données les plus récentes.
17/02/2025

## 7.3. TYPOLOGIE ET CLE DE DÉTERMINATION DES VÉGÉTATIONS AQUATIQUES

Enfin, une synthèse sur la connaissance des végétations des phases I et II du programme avec la production d'une typologie et d'une clé de détermination à destination des partenaires techniques travaillant sur les milieux aquatiques est prévue au cours de la phase III du programme (début 2028). Elle devra également faire le lien avec les référentiels sur les végétations utilisés par les deux autres CBN travaillant sur le programme. Il pourra ensuite être envisagé la publication d'un guide des végétations aquatiques sur l'ensemble du bassin de la Seine à la fin du programme conjoint aux trois CBN (après 2031) pour ainsi servir d'outil de diagnostic des habitats aquatiques dans le cadre des principaux programmes nationaux concernés (DCE, DHFF, Trame verte et bleue...). Un modèle de fiche de végétation au niveau association est présenté en Annexe 9 pour les herbiers des eaux calmes peu profondes du *Ranunculo tripartiti - Callitrichetum brutiae*.
## CONCLUSION

Comme évoqué au chapitre 7, ce programme ne s'arrête pas là et ce rapport ne constitue donc qu'un bilan intermédiaire près de dix ans après la conceptualisation de ce projet. Les résultats obtenus suite à ces huit années d'inventaire sont aujourd'hui accessibles à tous et doivent désormais être valorisés et diffusés (carte thématiques, fiches, présentations, formations, consultation...) pour que les acteurs locaux puissent se les approprier et les utiliser dans leur gestion des sites (objectifs, mesure de gestion). Les données obtenues permettent d'apporter des informations précieuses aux gestionnaires du monde aquatique pour les aider à mieux orienter les travaux en rivières ou en plans d'eau.

À une échelle plus globale, ces résultats devront être utilisés dans l'accompagnement des prochains SDAGE et SAGE du bassin Seine-Normandie. Le CBN du Bassin parisien peut apporter ses connaissances pour la rédaction de leurs mises à jour, des programmes de mesures, pour hiérarchiser les enjeux et pour leur mise en œuvre territorialisée à l'UH. Un rapprochement entre les données produites et les politiques publiques de protection d'espaces naturels (Natura 2000, réserves naturelles, espaces naturels sensibles...) doit également être envisagé notamment via la stratégie nationale des aires protégées. Enfin, ces données doivent pouvoir être mobilisées pour les deux grandes politiques européennes, DCE et DHFF, qui depuis maintenant plus de 20 ans visent à pérenniser ou atteindre le bon état écologique des masses d'eau ou de conservation des habitats aquatiques.

Si plusieurs biais et lacunes ont pu être identifiés au cours de ce rapport, il est prévu de les combler en partie par la phase III du programme. Il est cependant d'ores et déjà possible d'envisager quelques thématiques vers lesquelles le programme pourrait ensuite conduire :

- finalisation de l'inventaire des 80 UH du bassin Seine-Normandie avec les deux dernières UH frontalières entre la Champagne-Ardenne et la Lorraine par une collaboration avec le Conservatoire botanique d'Alsace-Lorraine ;

- mise en place d'une formation à la reconnaissance des macrophytes sur le bassin Seine-Normandie certifiée Qualiopi ;

- application et suivi des plans de conservation sur des espèces et des végétations cibles ;

- amélioration des méthodologies de bio-évaluation en réévaluant les cotations spécifiques des espèces *via* l'animation d'un groupe d'experts spécialisé en botanique aquatique et en écologie ;

- lien entre les macrophytes et les changements climatiques ou anthropiques dont le programme pourrait constituer un état zéro. L'utilisation des traits biologiques des espèces pour analyser les régressions et progressions pourrait permettre de dégager des tendances.
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VIS M.L. & NECCHI JR O., 2021. *Freshwater Red Algae - Phylogeny, Taxonomy and Biogeography.* Springer, XII + 338 p.

VOIES NAVIGABLES DE FRANCE (VNF) & OFFICE FRANÇAIS DE LA BIODIVERSITE (OFB), 2024. *Plantes exotiques envahissantes aquatiques : L'urgence de maîtriser leur prolifération sur les voies navigables.* Dossier de presse, Assises nationales « plantes exotiques envahissantes : des solutions à long terme », 19 p.

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WEBER E., HENDOUX F., MENARD O. & FRANÇOIS R., 2019. Guide des végétations des zones humides et aquatiques du bassin Seine amont de l'Agence de l'Eau Seine-Normandie. Version provisoire mars 2019. CBNBP-MNHN / AESN, 294 p. + 4 annexes.

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17/02/2025

# ANNEXES

Annexe 1 : Liste des unités hydrographiques du territoire d'étude

Annexe 2 : Liste actualisée des taxons aquatiques (à supra-aquatiques) du bassin de la Seine présents sur le territoire du CBN du Bassin parisien

Annexe 3 : Liste actualisée des syntaxons aquatiques du bassin de la Seine présents sur le territoire du CBN du Bassin parisien

Annexe 4 : Atlas cartographique de la richesse en espèces et en alliances patrimoniales par maille 1 x 1 km sur le territoire d'étude

Annexe 5 : Atlas cartographique de la richesse en espèces invasives par maille 1 x 1 km sur le territoire d'étude

Annexe 6 : Atlas cartographique des secteurs à enjeux trophiques par maille 1 x 1 km sur le territoire d'étude

Annexe 7 : Atlas cartographique des secteurs à enjeu de température par maille 1 x 1 km sur le territoire d'étude

Annexe 8 : Poster de présentation du programme

Annexe 9 : Modèle de fiche typologique sur les végétations aquatiques du bassin de la Seine
# Annexe 1 : Liste des unités hydrographiques du territoire d'étude

## Légende :

* COMITER : commission territoriale à laquelle appartient l'unité hydrographique (UH) (IF : Rivières d'Île-de-France, Sam : Seine-Amont, Sav : Seine-Aval, VM : Vallées de Marne, VO : Vallées d'Oise);

* Code UH : code de l'UH;

* Nom UH : nom de l'UH;

* Surface UH : surface de l'unité hydrographique exprimée en kilomètres carrés (km²);

* Surface eau : somme de toutes les surfaces en eau exprimée en hectares (ha) de l'UH au sein du territoire du CBN du Bassin parisien ; toutes les pièces d'eau à ciel ouvert de plus de 10 m par 5 m ainsi que les cours d'eau de plus de 7,5 m de large sont pris en compte;

* Linéaire cours d'eau : somme des linéaires des cours d'eau exprimée en kilomètres (km) de l'UH;

* Phase : phase du programme Macrophytes (I : 2016-2018 ; II : 2019-2024) au cours de laquelle le CBN du Bassin parisien a étudié l'UH;

* Année prospection : année de prospection de l'UH pour le programme Macrophytes;

* Nb données flore : nombre de données floristiques compilées sur l'UH pour la fiche de synthèse;

* Nb données végétation : nombre de données de végétations compilées sur l'UH pour la fiche de synthèse;

* Stations IBMR : nombre de stations DCE comprenant au moins un relevé IBMR sur l'UH;

* Moyenne IBMR : moyenne des notes de la dernière année de passage pour les IBMR réalisés sur des stations DCE de l'UH au sein du territoire du CBN du Bassin parisien;

* Référence fiche : référence bibliographique de la fiche de synthèse de l'UH (la référence complète est en bibliographie du rapport).