# Interekt (INTERactive Exploration of Kinematics and Tropisms) : logiciel dédié au phénotypage semi-automatique de la croissance et/ou des mouvements tropiques d'organes de plantes

Félix Hartmann, Hugo Chauvet-Thiry, Bastien Pouget, Nicole Brunel-Michac, Jérôme Franchel, Bruno Moulia, Valérie Legué

► To cite this version:

Félix Hartmann, Hugo Chauvet-Thiry, Bastien Pouget, Nicole Brunel-Michac, Jérôme Franchel, et al. Interekt (INTERactive Exploration of Kinematics and Tropisms) : logiciel dédié au phénotypage semi-automatique de la croissance et/ou des mouvements tropiques d'organes de plantes. 1eres rencontres du réseau Rhizophiles-INRAE, INRAE, Nov 2024, Dijon, France. hal-04906257

HAL Id: hal-04906257

https://uca.hal.science/hal-04906257v1

Submitted on 22 Jan 2025

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Distributed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License
# INTERactive Exploration of Kinematics and Tropisms

F. Hartmann, H. Chauvet-Thiry,

B. Pouget,

N. Brunel-Michac, J. Franchel, B. Moulia and V. Legué
Téléchargeable :

https://forgemia.inra.fr/felix.hartmann/interekt

Methods for a Quantitative Comparison of Gravitropism and
Posture Control Over a Wide Range of Herbaceous and
Woody Species. In *Plant Gravitropism*, Humana, New York.

Hartmann F.P., Chauvet-Thiry H. *et al.*, 2022.

https://hal.inrae.fr/hal-03400916
# Quelques mots sur la genèse du logiciel

* **Compréhension des mécanismes de réponse gravitropique et de proprioception :** Difficulté de définir des mesures quantitatives en vue de la comparaison des réponses (espèces, phénotypages)

➤ Nécessité de définir une méthode d'analyse : orientation, la courbure et la croissance

- Analyse d'images

- Intégration dans un modèle

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* Réponse des racines à un changement d'impédance du milieu

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Roué et al., 2019 (Arabidopsis)

Current projects: poplar
Bastien Pouget's PhD
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Ten steps...

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Step 1: Import the sequence of images generated
from the experiment

The software automatically stores the images into a single archive file

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Step2: Select the steady-state image

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Step 3: Start the extraction of organ shapes by adding a base

Une « base » : objet qui indique le début de l'organe et sa direction

<figure><img src="image_15.png" /><figcaption>Obtention d'une série de squelettes des racines</figcaption></figure>

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Step 4: Set the image scale

All distances in pixels will be converted into cm using this ratio

<figure><img src="image_17.png" /></figure>
Step 5: Organ shape extraction....may take some time

<figure><img src="image_18.png" /></figure>

➤ Obtention d'une série de squelettes des racines
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Interakt | ['MASK_STACK-1-20065.tif']

Exporter

Tracés

Options

Modèle

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Lis

Extraire le temps des photos

Angle modulo 360 (0->360)

Lissage des squelettes par splines

Échelle

Taille du pas de détection des squelettes

Sélectionner l'image à l'état stationnaire

bases

Traiter

Ajouter une marque

Supprimer les marques

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Interakt | ['MASK_STACK-1-20065.tif']

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# Geometric quantities obtained from the skeleton of an organ ?

<figure><img src="image_33.png" /><figcaption>► Time-lapse description of the tropic movement</figcaption></figure>
Step 6: Estimating the growth rate of an organ (dL/dt)

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Step 7: Estimating the angle

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Step 8: Estimating the intensity and location of curvature through a heatmap

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An example of heatmap: gravitropic response

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Réponse des racines à un changement d'impédance du milieu

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Roué et al., 2019 (Arabidopsis)
Step 9: Export the results into an output CSV file.

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Step 10: be happy to do it!
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F. Hartmann, H. Chauvet-Thiry,
B. Pouget (PhD), J. Roué (PhD), M. Lebourg (M2 internship)
V. Audimar, N. Brunel-Michac, J. Franchel,
B. Moulia and V. Legué

IUSTI
LABORATOIRE
AIX MARSEILLE UNIVERSITÉ
CNRS

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amU
Aix
Marseille
Université

Y. Forterre and O. Pouliquen