# Maladies émergentes et réémergentes chez l'Homme :
concepts, facteurs d'émergence, alertes, riposte
mondiale : dossier de synthèse

Hélène Fagherazzi-Pagel

► To cite this version:

Hélène Fagherazzi-Pagel. Maladies émergentes et réémergentes chez l'Homme : concepts, facteurs d'émergence, alertes, riposte mondiale : dossier de synthèse. [Rapport de recherche] Institut de l'Information Scientifique et Technique (INIST-CNRS). 2012, 98 p. hal-01457410

HAL Id: hal-01457410

https://hal-lara.archives-ouvertes.fr/hal-01457410v1

Submitted on 6 Feb 2017

HAL is a multi-disciplinary open access
archive for the deposit and dissemination of sci-
entific research documents, whether they are pub-
lished or not. The documents may come from
teaching and research institutions in France or
abroad, or from public or private research centers.

L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est
destinée au dépôt et à la diffusion de documents
scientifiques de niveau recherche, publiés ou non,
émanant des établissements d'enseignement et de
recherche français ou étrangers, des laboratoires
publics ou privés.

<figure><img src="image_1.png" /></figure>

Distributed under a Creative Commons CC BY 4.0 - Attribution - International License
# Maladies émergentes et réémergentes chez l'homme

Concepts

Facteurs d'émergence

Alertes

Riposte mondiale

## Dossier de synthèse

Rédigé par Hélène Fagherazzi-Pagel,

Docteur en médecine, Ingénieur de recherche CNRS

Dernière mise à jour : avril 2012 (première version en 2006)
## SOMMAIRE

INTRODUCTION.................................................................................................................. 4

FAITS MARQUANTS 2010-2011- 2012........................................................................ 5

1. CONCEPTS .................................................................................................................. 6

1.1 Histoire d'un concept..................................................................................................6

1.2 Définitions..................................................................................................................7

1.3 Classifications........................................................................................................8

1.3.1 Nouvelle maladie..................................................................................................8

1.3.2 Maladie connue..................................................................................................10

1.3.3 Vraies émergences ? ................................................................................................14

2. FACTEURS D'EMERGENCE...................................................................................... 17

2.1 Facteurs humains et environnementaux..................................................................17

2.2 Facteurs médicaux........................................................................................................19

2.2.1 Sécurité transfusionnelle et risques émergents..................................................19

2.2.2 Affections liées aux techniques médicales ..........................................................20

2.2.3 Programmes de prévention et surtout moindre vaccination..................................20

2.2.4 Lutte dans les pays en développement..................................................................21

2.3 Facteurs liés à l'agent..........................................................................................22

2.3.1 Apparition d'un nouvel agent................................................................................22

2.3.2 Modifications antigéniques..................................................................................23

2.3.3 Introduction dans une nouvelle région ..............................................................24

2.3.4 Expansion d'un agent ancien ................................................................................25

2.4 Facteurs liés aux vecteurs......................................................................................25

2.4.1 Nouveau vecteur pour la région........................................................................25

2.4.2 Vecteur avec des propriétés différentes ............................................................25

2.5 Facteurs liés à l'hôte vertébré..................................................................................26

2.5.1 Hôte réservoir ou amplificateur ........................................................................26

2.5.2 Propriétés de l'hôte..................................................................................................27

2.6 Facteur géographique....................................................................................................28

3. ALERTES ............................................................................................................................ 29

3.1 Maladies d'origine alimentaire ............................................................................29

3.2 Maniement des antimicrobiens ..................................................................................31

3.2.1 Résistance aux antimicrobiens ........................................................................31

3.2.2 Maladie nouvelle : Clostridium difficile ..............................................................34

3.2.3 Infections opportunistes ..................................................................................35

3.3 Viroses ..........................................................................................................................36

3.3.1 Arboviroses émergentes et réémergentes..........................................................36

3.3.2 Fièvres hémorragiques..................................................................................37

3.3.3 Risques d'émergence ..........................................................................................39

3.4 Bactérioses....................................................................................................................40

3.4.1 Zoonoses bactériennes ....................................................................................40

3.4.2 Bactérioses endémiques réémergentes ............................................................41

3.5 Parasitoses....................................................................................................................42

3.5.1 Protozooses............................................................................................................42

3.5.2 Helminthiases ........................................................................................................42

3.6 Autres maladies non infectieuses a priori..................................................................43
4. RIPOSTE MONDIALE .................................................................................................................. 45

4.1 Détecter le risque d’émergence .................................................................................. 45

4.1.1 Collaboration multisectorielle..................................................................................45

4.1.2 Les réseaux de veille épidémiologique ....................................................................46

4.1.3 Sources d'information ....................................................................................................48

4.1.4 Veille microbiologique et entomologique ....................................................................49

4.2 Riposte et action.................................................................................................................. 50

4.2.1 Droit international ................................................................................................................50

4.2.2 Déclaration obligatoire....................................................................................................51

4.2.3 Le Règlement sanitaire international ............................................................................51

4.2.4 Alerte et action : réseau mondial..................................................................................52

4.3 Perspectives .................................................................................................................. 53

4.3.1 Renforcement des moyens et de la préparation ..........................................................53

4.3.2 Recherche scientifique ....................................................................................................53

4.3.3 Communication ..................................................................................................................55

4.3.4 Solidarité..........................................................................................................................56

CONCLUSION ................................................................................................................................. 58

ANNEXES ................................................................................................................................. 59

WEBOGRAPHIE .......................................................................................................................... 78

BIBLIOGRAPHIE.................................................................................................................... 85
Introduction

Une maladie émergente est une maladie dont l'incidence réelle augmente de manière significative, d'une population donnée, dans une région donnée, par rapport à la situation habituelle de cette maladie[1].

Les instances officielles françaises (et les médias) abordent ce thème des « maladies émergentes » depuis moins de 10 ans<fnref n="2" />...

Les maladies émergentes chez l'homme seraient des zoonoses dans plus de 60 à 70 % des cas[2-3]³⁴. Le nombre d'espèces animales, sauvages ou d'élevage, d'agents pathogènes mieux différenciés sont les acteurs innombrables de l'écologie des maladies transmissibles à l'homme, homme indissociable de son écosystème[4].

Depuis les années 1980, des dizaines de microorganismes<fnref n="5" /> pathogènes nouveaux ont été isolés, des dizaines d'épidémies ont émergé ou réémergé.

Ces événements ont été plus ou moins médiatisés, selon la nature de l'agent (nouveau ou connu) et le territoire atteint : pays riches ayant une communication efficace ou pays pauvres où les maladies sont dites négligées[5]. Ces dernières suscitent depuis moins de 20 ans une mobilisation sans précédent (laboratoires, et philanthropes réunis dans des Fondations<fnref n="6" />). Dans le monde entier, la pauvreté et les mauvaises conditions d'hygiène, de même que les conflits armés font redouter des flambées de maladies infectieuses réémergentes. Sont en cause également la promiscuité, la richesse de vecteurs animaux dans des populations dites à risque. Les crises économiques mondiales successives depuis 2008 fragilisent les populations les plus pauvres des pays les plus développés. En France, mal-logés, sans-abri, immigrés payent en France un « lourd tribut » aux résurgences de maladies connues.

On constate aussi des zoonoses émergentes gravissimes pour l'homme, confinées à la lointaine île-
continent Australie, décrites en France dans des publications hautement spécialisées.

Le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS), dû à un « nouveau virus », en 2003 a permis de connaître la « problématique des risques infectieux émergents de novo », selon le Haut Conseil de la santé publique (HCSP) en 2011[6].

La structure sanitaire mondiale est organisée en conséquence : organisations mondiales de la santé humaine et animale (OMS et OIE<fnref n="7" />), réseaux internationaux, règlement sanitaire international (RSI<fnref n="8" />) [7-8]... La crainte de l'émergence d'un risque biologique intentionnel est moins médiatisée qu'elle ne l'a été au début des années 2000.

La veille microbiologique progresse (et pourrait même permettre un jour d'anticiper un événement épidémique ?). Les virologues réaffirmaient cependant en 2006 : « *La prédiction reste l'un des exercices scientifiques les plus difficiles*[9] »...

<footnote n="1">1 Voir aussi la définition du Haut Conseil de la santé publique en 2011, en Annexe 1.</footnote>

<footnote n="2">2 Présenté sous forme condensée, après cinq ans de mises à jour successives, ce dossier pourrait cependant contenir des imprécisions qui méritent de nous contacter directement par messagerieélectronique à cette adresse. : helene.fagherazzi/ainist.fr</footnote>

<footnote n="3">3 Les termes anthropozoonose et zooanthroponose, que l'on rencontre parfois pour désigner le sens de la transmission ne sont guère utilisés. Zoonoses : « maladies et infections qui se transmettent naturellement des animaux vertébrés à l'homme et réciproquement ».</footnote>

<footnote n="4">4 Concernant les aliments, le bilan de l'Union européenne est « excellent » depuis 2010, au prix d'une prévention drastique : seul un total de 25 décès liés à des zoonoses ont été enregistrés en 2010, dont la majorité en Espagne (sept cas) et en Grande-Bretagne (cinq cas), essentiellement à la suite de bactéries bien connues.</footnote>

<footnote n="5">5 Un microorganisme peut être une bactérie, un champignon, une levure, une moisissure, un protozoaire, un virus, une algue...</footnote>

<footnote n="6">6 Dernière minute le 10 avril 2012 : écoute attentive d'une émission de télévision Thema d'Arte intitulée « Grandes fortunes bon coeur » : http://www.dailyactu.com/culture/arte-thema-grandes-fortunes-bon-coeur-ce-10-avril-14870.html.</footnote>

<footnote n="7">7 L'Organisation mondiale de la santé animale (OIE) est l'ex-Office international des épizooties. Il a été créé en 1924, avant l'OMS (1948), dont c'était le soixantième anniversaire en 2008.</footnote>

<footnote n="8">8 Les procédures du nouveau règlement sanitaire mondial, entré en vigueur en 2007, a été évalué en 2010.</footnote>
Faits marquants 2010-2011- 2012...

En cette deuxième décennie du XXIe siècle, ce sont des infections nosocomiales - c'est-à-dire survenant à l'hôpital - dues à des bactéries multirésistantes aux antibiotiques qui suscitent une inquiétude mondiale constante. L'incitation au moindre usage des antibiotiques peut contribuer à la lutte contre les infections nosocomiales. Le **Plan national d'alerte sur les antibiotiques 2011-2016** paraît en France en novembre 2011[10].

Les vaccins n'ont certes plus la « popularité d'antan », selon les experts de la commission « Maladies transmissibles » du Haut Conseil de la santé publique[6]. Un précieux rapport a été remis par cette instance en mai 2011. Les anthropologues y analysent les résistances des populations vis-à-vis de la prévention vaccinale, et le chemin qu'elles parcourent jusqu'à l'acceptabilité sociale. Le traitement médiatique constant et glaçant d'événements de santé publique (notamment infectieux) est une donnée assez nouvelle durant l'année 2011. On peut citer que les dispositions de riposte face à la nouvelle grippe de 2009-2010 en France mais aussi dans le monde (OMS) se seraient révélées trop draconiennes après une sérieuse analyse politique.

Néanmoins, le Sénat a créé :"Un blog de la délégation à la prospective du Sénat" intitulé « Les nouvelles menaces des maladies infectieuses émergentes » au printemps 2012⁹. En 2012, un colloque médias/santé publique abordera certains de ces thèmes de santé publique : « polyphonie de discours publics », « cacophonie », à suivre<fnref n="10" />...

- La **rougeole** est une maladie réémergente en France depuis 2006. La flambée débute en 2008. De nouvelles recommandations vaccinales essayent d'enrayer cette épidémie. La France est, dans l'Europe, gravement touchée par l'insuffisance de vaccination, d'où une campagne à l'automne 2011. Le même scénario est fortement suspecté pour les **oreillons**.

Lorsque l'on envisage les flambées infectieuses en France, on dresse le plus souvent comme ci-dessous un catalogue de maladies connues : agent variant pathogène, apparition dans une nouvelle zone géographique.

- En mai 2011, il aura fallu quinze jours pour qu'une souche rare et très virulente de la bactérie **Escherichia coli** **entérohémorragique (ECEH)** d'origine bovine soit identifiée en Allemagne[11-13] ; de longues semaines pour déterminer la source de la contamination et enrayer l'épidémie parfois mortelle<fnref n="11" /> qui a terrorisé les Européens du Nord.

- Des cas groupés d'infections cutanées à staphylocoque doré sécréteur de la toxine **leucocidine de Panton-Valentine** (PVL) provoquent une anxiété des pouvoirs publics ; une de ses atteintes redoutables, la pneumonie, atteint plusieurs personnes « en bonne santé » en automne 2011...

- En Europe, des cas de **dengue** et de **chikungunya** apparaissent en France métropolitaine à la fin de l'été 2010 à cause du moustique vecteur installé dans la région Provence-Alpes-Côte d'Azur depuis quelques années ; de même la Nouvelle-Calédonie devient le nouveau territoire lointain lié à la France scruté pour ces deux arboviroses ; on y retrouve à proximité des Territoires d'Outre-mer (TOM), dont les îles du pacifique<fnref n="12" />... L'encéphalite à virus **West-Nile** cette maladie passant de l'Ancien Monde au « Nouveau » est désormais endémo épidémique en Europe de l'Est, et présente en Italie (Vénétie, Emilie-Romagne).

- Une épidémie inattendue de **paludisme** survient en Grèce en après 2010, comme dans un lointain passé. Le pays est très fragilisé sur le plan économique, et ceci explique certainement cela...

- La **tuberculose** frappe toujours des personnes mal logées ou sans-abri, particulièrement autour de Paris, de même que la gale, l'hépatite A, la coqueluche...

<footnote n="9">9 http://blogs.senat.fr/maladies-emergentes/documentation/votre-deuxième-categorie/#more-214</footnote>

<footnote n="10">10 Les 18 et 19 octobre 2012 à la Maison des sciences de l'homme d'Aquitaine (MSHA) à Pessac, Dordogne, France.</footnote>

<footnote n="11">11 Par insuffisance rénale, due à une complication : le syndrome hémolyse urémie (SHU).</footnote>

<footnote n="12">12 Voir ce bulletin de l'InVS, n° 285, http://www.invs.sante.fr/international/bhi/bhi_090311.pdf.</footnote>
# 1. CONCEPTS

## 1.1 Histoire d'un concept

Le terme est un concept que les professionnels comme le grand public éclairent à leur façon<fnref n="13" />.

L'idée d'émergence serait liée à la naissance de l'épidémiologie moderne au XIXe siècle. A cette époque, **John Snow**, un anglais, est considéré comme le précurseur dans cette discipline, en établissant pour la première fois des données chiffrées.

La première pandémie de choléra<fnref n="14" /> avance lentement vers l'Europe. Son apparition à Londres, puis à Paris en 1832, de même que sa propagation et sa contagion sont alors étudiées précisément[14] ; son agent est décrypté, bien qu'inconnu. Sept pandémies successives ont émergé et réémergé depuis 1817. Nous vivons la 7ᵉ pandémie depuis 1961.

En 1848, devant l'épidémie de Typhus<fnref n="15" /> qui ravage l'Allemagne, Rudolf Virchow prend en compte, dans sa lutte, l'interaction de l'homme avec son environnement ; le vecteur du typhus n'est pas encore identifié<fnref n="16" />.

En interrogeant les bases de données bibliographiques, on peut établir une progression.

Avant les années 1990, on parle de concepts pathogéniques émergents<fnref n="17" />[15]. Dès les années 1960, on décrit des maladies émergentes en médecine vétérinaire[16], mais aussi des « anthropozoonoses » émergentes[16-18]. Des agents, virus ou pathogènes émergents sont décrits dans la littérature au cours des années 1970[19]. Des épidémies émergentes inquiètent alors les observateurs[20]. **Stephen S. Morse** est l'un des premiers scientifiques à défendre cette notion au début des années 1990 ainsi que celle de réussite émergentielle[21].

Le concept de maladie émergente se serait réellement cristallisé aux États-Unis avec la publication d'un rapport officiel sur ce thème, en 1992[22]<fnref n="18" />. **Joshua Lederberg** y envisage les maladies émergentes sous ses aspects évolutionnistes<fnref n="19" />, environnementaux, sociaux et politiques[23-26]. Lederberg est biologiste, prix Nobel de physiologie en 1958 pour ses recherches sur la génétique bactérienne (recombinaison génétique), et co-auteur de ce rapport sur les maladies émergentes remis à la Maison Blanche.

C'est par un historien des sciences, spécialiste de l'histoire du sida<fnref n="20" />, **Mirko D. Gmerk**, que le concept de maladie infectieuse émergente entre dans la sphère publique. Il avait écrit l'histoire de cette maladie redoutable dans un livre célèbre paru en 1989 et introduit le terme de pathocénose pour définir les relations d'équilibre que les maladies infectieuses entretiennent les unes avec les autres, ce que les microbiologistes connaissent bien[27-28]. Les épidémiologistes insistent sur cet équilibre dynamique en 2009, démontrant théoriquement l'émergence d'agents cachés[29].

Ce terme s'est révélé utile dans les années 1990 pour attirer l'attention. Il permettait l'imagination et l'interprétation, par l'idée d'apparition menaçante qu'il véhiculait et la curiosité qu'il suscitait. Des expressions comme « les nouvelles menaces », « les nouveaux fléaux » en font encore aujourd'hui

<footnote n="13">13 Nous avons retrouvé : vétérinaires et médecins, agronomes et agriculteurs, épidémiologistes et statisticiens, microbiologistes et généticiens, anthropologues, ethnologues et sociologues, zoologues et conservateurs d'espèces, entomologistes experts, politiques et juristes, officiers de la biosécurité, hygiénistes, biogéographes et climatologues, chasseurs, historiens, informaticiens, journalistes...</footnote>

<footnote n="14">14 Son agent, *Vibrio cholerae*, a été identifié en 1883. Seules les souches fabriquant une toxine peuvent donner le choléra.</footnote>

<footnote n="15">15 Le typhus exanthématique (ou épidémique) est une bactériose (rickettiose à *Rickettsia prowazekii*), transmise par les poux du corps.</footnote>

<footnote n="16">16 Le vecteur est l'organisme hôte de l'agent susceptible de transmettre l'agent à un organisme différent. « Vecteur » se réfère au mode de transmission : piqûre d'insecte ou contact de sang, aérosol de rongeur, expositions aux sécrétions de l'hôte.</footnote>

<footnote n="17">17 Relatifs au mécanisme causal des maladies.</footnote>

<footnote n="18">18 Rapport de l'Institute Of Medicine (IOM) intitulé : *Emerging Infections: Microbial Threats to Health in the United States* (document non examiné).</footnote>

<footnote n="19">19 Evolutionnisme : théorie scientifique selon laquelle la vie se développe par l'évolution des espèces et la sélection naturelle.</footnote>

<footnote n="20">20 Syndrome d'immunodéficience acquise dû au virus de l'immunodéficience humaine (VIH) - (en anglais HIV, pour *Human Immunodeficiency Virus*).</footnote>
un concept médiatique. Son usage est cependant de plus en plus large. Le terme devient familier aux personnes qui travaillent dans le domaine de la santé, il a été utilisé facilement par les journalistes. Ce concept fut aussi largement utilisé pour d'autres maladies, non infectieuses et non transmissibles.

On compte près de 1 500 agents pathogènes<fnref n="21" /> connus pour l'homme, et, parmi eux, près de 180 sont considérés comme émergents ou réémergents[30]<fnref n="22" /> (voir Annexe 5). Ils présentent en général un faible risque d'épidémie, car ils restent pour la plupart des agents de zoonoses non humanisées.

## 1.2 Définitions

Pour tous les auteurs, l'augmentation de l'incidence est un préalable[31]<fnref n="23" />. D'autres scientifiques insistent sur l'incidence réelle. Certains y incluent le risque d'une augmentation d'incidence. Quelques définitions issues d'organismes scientifiques peuvent être proposées, voir Annexe 1.

En Europe, les vétérinaires Bernard Toma et Etienne Thiry émettent des critiques judicieuses sur ce vaste concept, critiques qu'on peut résumer et commenter de la façon suivante :

- « ne pas se limiter aux maladies transmissibles, ni infectieuses » (les scientifiques ne sont pas unanimes sur ce point) ; selon Mohamed M. Fassi-Fehri, vétérinaire, expert à l'Organisation mondiale de la santé animale (OIE) : « Il convient de souligner que les maladies d'origine toxique, nutritionnelle, métabolique ou immunologique ne font pas partie des maladies émergentes au sens strict du terme » ;

- « ne pas donner le qualificatif d'émergent à une maladie "nouvelle" dont l'incidence n'augmenterait pas de façon significative »<fnref n="24" /> (un pays évolué sur le plan sanitaire peut déceler une nouvelle maladie, et le faire savoir) ;

- « ne pas se limiter à l'homme » (d'autant qu'il existe des réservoirs animaux<fnref n="25" /> de maladies humaines, et que cette notion est issue de la médecine vétérinaire et de la phytopathologie<fnref n="26" /> ; par exemple, les maladies dites « émergentes » sont surveillées au niveau européen et mondial en aquaculture ou en élevage[32-33]) ;

- « ne pas considérer le "risque émergentiel" comme une maladie ». Sur ce risque de potentielle émergence, le bémol peut être apporté par les organismes de santé publique qui souhaitent prévenir les maladies, et qui développent des outils de prédiction ; la surveillance de la grippe aviaire chez l'homme entre dans ce cadre[34]. En Australie, on cite les virus *Murray Valley (Flavivirus)*, identifié en 1951, causant des épidémies depuis 1917, et le très proche virus *Kunjin (Flavivirus)*, identifié en 1960 ; ces virus sont très surveillés (moustiques vecteurs, poulets réservoirs) car ils sont réellement agents d'épidémies potentielles (1974 fut une année où tous les États d'Australie furent touchés). On cite aussi *Barmah* et

Les recommandations de Toma et Thiry[1] quant à l'emploi du terme sont les suivantes :

« Avant d'utiliser l'expression "maladie émergente", toujours essayer de vérifier si l'augmentation apparente de l'incidence de cette maladie n'est pas simplement due :

- à l'amélioration des outils de diagnostic et de dépistage de cette maladie au cours des dernières années ;

- ou/et à l'amélioration des modalités de son épidémio-surveillance (par exemple, création d'un réseau dédié à une maladie particulière ;

- ou/et au développement de sa médiatisation.

<footnote n="21">21 Qu'il s'agisse de virus, de bactéries, de fungi (champignons et levures), de parasites, de prions.</footnote>

<footnote n="22">22 Espèces d'agents (leurs souches et leurs sous-types étant bien plus nombreux) ; pour avoir un ordre d'idée, les espèces vivantes connues et décrites s'élèvent à près de deux millions, mais notre connaissance actuelle ne concernerait que 2 à 30 % des espèces.</footnote>

<footnote n="23">23 Pourcentage de cas dans une population par unité de temps.</footnote>

<footnote n="24">24 Qualificatif rétrospectif où l'évolution au cours du temps est constatée.</footnote>

<footnote n="25">25 Un réservoir est un animal ou un homme, hôte intermédiaire ou définitif, porteur de l'agent pathogène, malade ou non. L'absence de signes évolutifs chez un animal le désigne comme réservoir potentiel, par exemple : les carnivores pour l'echinococcose alvéolaire (à *Echinococcus multilocularis*).</footnote>

<footnote n="26">26 Etude des pathologies des végétaux.</footnote>
Dans la mesure du possible, réserver l'usage de l'expression "maladie émergente" à des maladies pour lesquelles l'augmentation réelle de l'incidence s'est faite de manière inhabituelle ». Ce n'est pas le cas par exemple de la grippe saisonnière, mais ce fut le cas de la première apparition de la grippe A H1N1v : l'augmentation réelle de l'incidence de la première se faisait de manière habituelle, chaque année, la deuxième entraîna une nouvelle pandémie.

« Ne jamais utiliser l'expression "maladie émergente" (ou maladie réémergente) sans préciser les caractéristiques de temps et d'espace correspondantes. »

Une classification possible des situations d'émergence ou de réémergence est envisagée, par Stephen S. Morse[13]. On trouve, parmi les maladies émergentes, réémergentes ou résurgentes, de nombreuses maladies infectieuses. Elles figurent parmi les premières causes de décès sur la planète, selon les dernières estimations publiées par l'OMS[35, 36, 37-38].

Il est bien sûr très difficile de connaître les étiologies des décès dans le monde (systèmes administratifs étatiques variables). L'OMS dégage des catégories. Plus elles sont larges, plus il est probable qu'elles figurent parmi les toutes premières cause de mortalité sur la planète. En 2004, ces causes ont été : les maladies cardiaques et cérébrales vasculaires, les maladies pulmonaires chroniques et les infections pulmonaires, puis les cancers. Pour la première fois, en France, le nombre de décès par cancers se situe juste avant les maladies cardiovasculaires en 2007.

## 1.3 Classifications

### 1.3.1 Nouvelle maladie

#### 1.3.1.1 Maladie inconnue

**On ne connaissait pas l'agent pathogène, ou bien encore les conditions environnementales n'existaient pas avant les premières manifestations cliniques détectées.**

Des fièvres hémorragiques nouvelles sont régulièrement découvertes ; par exemple, on peut évoquer dans le passé l'épidémie de syndromes cardio-pulmonaires à Hantavirus (virus **Sin nombre**<fnref n="27" />) aux États-Unis en 1993 (voir Annexes 3 et 4), virus retrouvés dans les échantillons de sérum humain des années 1970. Ces maladies sont dues à des virus à ARN ayant un taux de mutation rapide.

Le sida[39] est emblématique des années 1980, le syndrome respiratoire aigu sévère (SRAS) du début du XXe siècle, la pandémie de grippe A/H1N1 de la fin de cette décennie.

Le VIH, pour virus de l'immunodéficience humaine, aurait réellement franchi la barrière d'espèces et se serait humanisé[40]<fnref n="28" />. Il est la première cause de décès par maladie infectieuse dans le monde. La tuberculose est la maladie opportuniste par excellence associée à l'immunodéficience du sida dans le monde pauvre. En 2006, l'Onusida déclare que l'incidence la plus élevée a été atteinte à la fin des années 1990... Les chercheurs en paléovirologie situent au début des années 1900 sa première apparition chez l'homme[41]. Il est retrouvé sur des échantillons humains datant de 1959.

Le virus responsable du SRAS (SARS-CoV, pour Severe Acute Respiratory Syndrome-Coronavirus), aurait vu sa virulence tout à coup amplifiée[42-43] ; la sélection du virus chez l'animal, provoquant une souche plus virulente est une hypothèse sérieuse. La présence vraisemblable du SRAS, sporadiquement, avant la pandémie de 2003 était passée inaperçue, car sa gravité était sans doute moindre. Des situations à « très

<footnote n="27">27 Ce qui, en espagnol, signifie le virus sans nom.</footnote>

<footnote n="28">28 Ce qu'à expliqué Benoit Delaporte, co-auteur de l'article en source : ce sont les analyses des fécès animaux et les progrès de la génétique qui ont permis ces recherches. En effet, les singes, protégés, n'ont, dit-il, jamais été utilisés à des fins expérimentales (France Inter, le 8 février 2011, émission la « La tête au carré », animée par Mathieu Vidard). Il y a des singes qui vivent bien avec des rétrovirus. Mais il a été démontré que certains chimpanzés peuvent développer la maladie.</footnote>
haut potentiel de contagiosité » ont existé. Le rôle des sujets qui ont été des super-contaminateurs serait fondamental dans la compréhension de la transmission du SRAS.

La nouvelle variante (le nouveau variant du prion) de la maladie de Creutzfeldt-Jakob (vMCJ et l'anglais vCJD) a émergé en 1995. Des modèles mathématiques estimaient l'incidence future de cette maladie, en fonction d'hypothèses de durées d'incubation variables[44-45]. Jusqu'en 2007, on compte 150 morts survenues par vMCJ au Royaume-Uni. Les prédictions sont rassurantes en 2007-2008[46]. Les modèles mathématiques sont constamment « pris en défaut »[9]... Le modèle ne fonctionne qu'en fonction des connaissances déjà acquises... Evidemment, les chiffres sont fournis par l'humain, scientifique, au modèle informatique. Dans le monde, on décrit moins de quelques cas de vMCJ ces dernières années. En France : « vingt-cinq cas de vMCJ certains ou probables ont été identifiés en France. Tous sont décédés à ce jour », selon l'Institut de veille sanitaire (InVS)<fnref n="29" />.

**La rage et ses maladies apparentées sont des zoonoses à Paramyxovirus.** De nouveaux virus ont été identifiés durant les années 1990 à l'origine d'encéphalites humaines, parfois mortelles : virus *Nipah* et *Hendra*. L'Australian bat lyssavirus (ABLV) (*Lyssavirus, Paramyxoviridae*) a été la cause d'encéphalites sévères, transmises par des chauves-souris, en 1996 et 1998. Les deux nouveaux virus décrits depuis les années 1990 sont proches de ces virus de la rage : *Nipah* et *Hendra* déterminent un nouveau genre, les *Henipavirus (Paramyxoviridae)*.

La première épidémie à virus Hendra (cas humains mortels). Deux cas à virus Hendra chez l'homme furent constatés après des épizooties équines parfois fatales, dans l'État du Queensland (2008 et 2009).

Le virus Nipah a été à l'origine d'une importante épidémie en Malaisie en 1999 (environ 100 cas humains mortels), après épizootie porcine. L'épidémie à virus Nipah[47] en Australie, à Singapour, au Bangladesh (2001) et en Inde (pays frontalier) représente un risque émergent, en particulier chez les éleveurs de ces régions. L'intensification de l'élevage porcin est mise en cause dans la survenue de ces épidémies répétées (douze en 2008)[48]. Mais les neuf épidémies au virus Nipah qui ont eu lieu au Bangladesh depuis 2001, dont la dernière en 2011, sont hélas attendues chaque année.... Le dernier mécanisme connu : des chauves-souris contaminant des dattes, et transmission par le jus de datte puis transmission interhumaine par contact rapproché. Cet agent est par ailleurs classé dans la catégorie des germes présentant un danger biologique, c'est-à-dire des microorganismes devant être manipulés dans un laboratoire P4 de haute sécurité biologique (haute dangerosité de ce virus, Pathogène classe 4).

Le 29 juin 2007, on a identifié en Malaisie un nouveau réovirus (Orthoreovirus) : le virus Melaka, transmis par une chauve-souris, et de transmission interhumaine limitée (le premier cas à l'origine de la transmission d'homme à homme, dit cas index, est identifié en 2006)[48]. Ce virus est à l'origine de symptômes respiratoires non mortels à ce jour.

#### 1.3.1.2 Maladie nouvelle pour l'espèce humaine

**Maladie qui n'a jamais existé dans une population humaine mais seulement chez l'animal, et qui se transmet en général difficilement d'homme à homme.**
On peut citer par exemple l'épizootie actuelle<fnref n="30" /> de grippe aviaire souche H5N1, hautement pathogène, qui atteint l'homme. Dernière minute, février 2012 : la peste aviaire revient en force dans certains pays.

<footnote n="29">29 Voir le dossier thématique au 1er février 2012 sur son site : http://www.invs.sante.fr/fr/Dossiers-thematiques/Maladies-infectieuses/Risques-infectieux-d-origine-alimentaire/Maladie-de-Creutzfeldt-Jakob/Donnees-epidemiologiques/Maladie-de-Creutzfeldt-Jakob.-Nombre-de-cas-deces-certains-ou-probables-en-France.-Donnees-mises-a-jour-au-31-janvier-2012.</footnote>

<footnote n="30">30 Un nouveau variant apparaît actuellement, résistant aux vaccins donnés aux volailles qui s'en trouvent plus souvent affectées (Chine, Vietnam), selon la FAO (Food and Agriculture Organisation) des Nations Unies en août 2011. ISID Avian Influenza, Human (57) : Alert. ProMEDmail, publiée le 29 août 2011. Archive Number 20110829.2654, OMS Global Alert and Response. http://www.who.int/csr/don/2011_08_19/en/index.html</footnote>
Une vingtaine de vingt pays sont touchés en 2011 et 2012. Si les cas humains de grippe aviaire rapportés se multiplient depuis les années 1990, aux virus H7N7, H9N2, H7N3 et H7N2 (grippe bénigne), la grippe aviaire H5N1 a fait aujourd'hui des victimes dans de nombreux pays. Avant 1995, seule la souche de virus de la grippe aviaire H7N7 aurait contaminé l'homme accidentellement (meilleure détection ce jour, cependant). La grippe aviaire H5N1, qui reste une maladie animale devient grave ou mortelle quand elle atteint l'homme. Le virus déclencherait une réaction immunitaire violente. De 2003 au 13 mars 2012, les cas humains confirmés biologiquement et notifiés à l'OMS étaient de 596 cas, 350 décès31, selon le Bulletin Hebdomadaire International (BHI) n°337, en ligne. On discerne un pourcentage de décès très important (« létalité » de près de 60 % déclarée) ? Cependant, les formes cliniques bénignes seraient peut-être très fréquentes et les estimations du taux de létalité se situeraient entre 14 % et 33 %. L'Egypte, pays en pleine crise politique, voit son nombre de cas humains augmenter (2011-2012).

C'est en effet une nouvelle « grippe du poulet » internationale... Asie (épizootie au Bhoutan en 2010). Le Népal en 2012. Ces flambées surviennent de façon habituelle partout dans le monde (sauf dans les pays où la vaccination est répandue).

La fièvre **Ebola**, en partie responsable de la raréfaction des grands singes d'Afrique, a provoqué des épidémies humaines identifiées depuis 1976[49-50]. On reconnaît aujourd'hui l'immunité innée de certains sujets, selon l'Institut de recherche pour le développement (IRD), qui a mené des enquêtes sérologiques au Gabon (contact avec la maladie dans le passé [51] ?).

Beaucoup d'infections qualifiées de nouvelles pour l'espèce humaine auraient en fait un long passé de zoonose. C'est par exemple le cas du **sida**[40]. L'accès à un nouvel hôte est souvent le résultat de facteurs d'émergence, que nombre d'activités humaines favorisent[13, 52].

### 1.3.2 Maladie connue

#### 1.3.2.1 Maladie sans entité nosologique connue

La maladie a vraisemblablement existé avant qu'elle ne soit différenciée et reconnue comme entité nosologique<fnref n="32" />.

C'est le cas le plus fréquent de maladie qualifiée de nouvelle : une maladie existante nouvellement mise en évidence chez l'homme. Classiquement, on cite les légionelloses et la maladie de Lyme<fnref n="33" />, qui sont en émergence depuis les années 1970, aux États-Unis et en Europe.

L'extension de zones urbaines très peuplées aux frontières de forêts, fragmentant les écosystèmes, semble être la cause principale de la borréliose de Lyme aux États-Unis, car la pullulation d'un petit rongeur, réservoir apte à transmettre facilement la maladies aux tiques a été prouvée. L'homme peut être un hôte lors d'une simple morsure de cet acarien.

Les immeubles collectifs climatisés ont fait croître les légionelloses. Cependant, leur accroissement est parallèle aux progrès diagnostiques. De même, les hépatites virales B et C sont maintenant diagnostiquées et deviennent un problème mondial de santé publique.

La maladie existait sans être liée à un agent infectieux.

Ces maladies sont parfois qualifiées d'émergentes, alors qu'elles ne le sont pas. En réponse à la question 1 de Toma et Thiry : « La reconnaissance récente de leur cause infectieuse a-t-elle été faite grâce aux progrès des outils diagnostiques ? », la cause infectieuse des maladies suivantes a

<footnote n="31">31 Bulletin Hebdomadaire International N°336 http://www.invs.sante.fr/Publications-et-outils/Bulletin-hebdomadaire-international/Tous-les-numeros/2012/Bulletin-hebdomadaire-international-du-29-fevrier-au-6-mars-2012 (ce document est mis en référence ici, du fait de la mise à jour dudossier « Maladies émergentes » en continu).</footnote>

<footnote n="32">32 Nosologie : classification et distinction des maladies.</footnote>

<footnote n="33">33 Bactériose (borréliose, spirochétose) responsable de manifestations neurologiques chroniques sans traitement, due à certaines bactéries spirochètes du complexe *Borrelia burgdorferi*.</footnote>
en effet été faite grâce aux progrès des outils diagnostiques : **Helicobacter pylori** et gastrite et/ou ulcère gastroduodénal, **Tropherima whipplei** et maladie de Whipple, **Bartonella henselae** et maladie des griffes du chat ; les bartonelloses différenciées sont de plus en plus nombreuses, comme leurs hôtes (chats, chiens comme hôtes accidentels) ou leurs vecteurs (puces, tiques et mouches). Huit d'entre elles (espèces ou sous-espèces) sont qualifiées de zoonoses émergentes - **Bartonella henselae** peut être aussi cause d'angiomatose bacillaire et/ou de péliose hépatique chez l'immunodéprimé.

Les cancers d'origine infectieuse en font partie, comme ceux du col de l'utérus (le vaccin est sur le marché) et, décrit récemment, de l'oropharynx (**Human papillomavirus**), mais aussi du nasopharynx (**virus d'Epstein-Barr**, **Herpesviridae**), du foie (hépatites virales), le sarcome de Kaposi dans le sida (**Human Herpesvirus 8**) et certains lymphomes (**virus HTLV-1**¹³). On parle dans les médias médicaux sur Internet de **Fusobacterium** dans les cancers du colon, en octobre 2011.

#### 1.3.2.2 Changements significatifs qualitatifs ou quantitatifs

##### Changements qualitatifs

Il peut s'agir de l'émergence d'agents infectieux variants qui induisent :

- une **moindre sensibilité** aux agents antimicrobiens (gènes de résistance, par exemple) ;

- un **échappement aux vaccins utilisés** ; ce phénomène potentiel est discuté pour le vaccin contre l'hépatite B (seule infection sexuellement transmissible (IST) évitable par la vaccination), la coqueluche et une nouvelle grippe, provoquée par **Influenzavirus A H1N1v** en 2009 (le vaccin fut rapidement sur le marché, englobant cette grippe dès 2010).

- une **moins bonne sensibilité** des tests de dépistage ;

- des **modifications de pathogénie** (plus haute virulence, production de toxines nouvelles), nouvelle forme clinique)

On peut citer des mutations chez des **Norovirus** (par exemple le virus Hunter, identifié en 2005), et chez certains **Rotavirus**<fnref n="35" />. Ces virus sont les agents principaux des épidémies de gastroentérites

Par exemple, la « maladie de la vache folle » aurait induit une nouvelle forme d'encéphalopathie spongiforme chez l'homme : après l'épizootie d'encéphalopathie spongiforme bovine (ESB) au Royaume-Uni en 1986, on signale de façon sûre en 1996 une nouvelle variante de la maladie de Creutzfeldt-Jakob (vMCJ) - maladie décrite au début du siècle. Dès 1991, des auteurs publient sur ce sujet, selon un rapport en 2008[53]. C'est la nouvelle variante de l'une des cinq encéphalopathies spongiformes subaiguës transmissibles chez l'homme (ESST). Le prion PrP-P, agent de cette nouvelle variante, différait de celui des formes habituelles de la maladie, mais correspondait à celui observé chez les bovins. Vingt-cinq cas de vMCJ certains ou probables ont été identifiés en France depuis le début des années 1990 jusqu'en 2009. Au niveau européen, les autorités verraient la fin de cette maladie en juillet 2010...

- La réémergence de fièvres **Ebola** en Ouganda en automne 2007 fut due à une nouvelle souche dont la létalité était grande. La dernière épidémie en Ouganda remontait à 2000 et avait fait près de 200 morts. Il faut garder à l'esprit que ce n'est pas seulement le contrôle des malades qui fait s'éloigner ce type d'épidémies mais que les virus responsables de zoonoses deviennent moins virulents en se transmettant d'homme à homme.

La nouvelle grippe à **Influenzavirus A H1N1v**, dont la virulence s'atténua au fil des mois, était due à un virus étudié depuis avril 2009[54]. Elle a entraîné une pandémie selon la définition de l'OMS en 2009 : atteinte de deux régions du monde en moins de deux mois ; les pandémies précédentes

<footnote n="34">³⁴ Human T cell leukemia/lymphoma virus type 1</footnote>

<footnote n="35">³⁵ Virus contre lesquels un vaccin existe depuis 2006, et n'est pas présent dans le calendrier vaccinal, donc n'est pas encore remboursé en France. Un avis défavorable du Haut conseil de la santé publique (HCSP) est paru en septembre 2010.</footnote>
avaient mis plusieurs mois à se constituer. Plutôt bénigne, elle restait une grippe, qui pouvait être gravissime en cas de pneumopathie virale. Les premières estimations donnent le chiffre de un cas sur 10 000, soit cent fois plus de formes graves que dans la grippe saisonnière[55]. Mais la rareté des cas graves en France et la relative immunité des anciens, la fit surnommer « grippette ». Les études des tissus pulmonaires faits a posteriori notent toutefois en janvier 2010 que nombre de surinfections bactériennes, passées inaperçues, avaient affecté les sujets morts de la grippe en hiver 2009-2010[56]. Faute de vaccination des personnes fragiles (maladies intercurrentes, grossesse débutante, obésité), ce type de complication est attendu en 3010-2011.

## Changements quantitatifs

Des épidémies ou des cas groupés peuvent être nouvellement détectés ; c'est le cas par exemple des maladies bactériennes à tiques[57-58] et des maladies transmises par des aliments. Par exemple, la tique Ornithodoros sonrai transmet une maladie due à la bactérie Borrelia crocidurae : la **fièvre récurrente d'Afrique de l'Ouest**, bénigne[58] ; après exploration, sa fréquence chez le vecteur et l'incidence de la borréiose qu'elle induit dans la population générale s'est révélée énorme : 1re bactériose et 2e cause de maladie infectieuse derrière le paludisme dans les pays d'Afrique étudiés...

Certaines zooparasitoses connues depuis 150 ans comme la **trichinose** resurgissent régulièrement malgré les tentatives d'éradication.

La dissémination délibérée de bacilles du **charbon**<fnref n="36" /> aux États-Unis en 2001 fut largement médiatisée. On surveille de très près : le charbon, la peste, la variole mais aussi le botulisme ou le choléra.

Par ailleurs, parmi les flambées très inquiétantes : la **rougeole** dans les pays développés. Après 44 cas déclarés en 2006, 40 en 2007, 566 en 2008, on dénombre des milliers de cas dès 2010 en France. L'épidémie s'intensifie en 2010-2011 (plus de 20 000 cas certains en 2010, et peut-être 30 000 cas en 2011[59]. On déplore des morts d'enfants non vaccinés par encéphalite en Europe, dont plusieurs en France. La vaccination fut accusée à tort en 1998, par une étude médicale frauduleuse, de provoquer l'autisme... dans une revue à fort Impact Factor (traduit par facteur d'impact). Cette défiance envers la vaccination fut immédiate.

Les flambées d'oreillons débutent en France en 2011.

Enfin, en cas de bioterrorisme, des émergences intentionnelles pourraient voir le jour.

### 1.3.2.3 Changement de territoire géographique

**C'est une maladie qui a existé dans une région particulière du monde avant son introduction dans d'autres régions.**

- L'apparition de l'encéphalite à virus **West Nile** (*Alphavirus, Togaviridae*) dans le Nouveau Monde en 1999 est un mystère et un danger (les oiseaux migrateurs sont toutefois une hypothèse de propagation de cette maladie sur ce continent. L'Ancien Monde est désormais en alerte sérieuse : Europe de l'Est, et surtout bassin méditerranéen, si proche de la France.

- La « minivariole » due au virus **Monkeypox** (*Poxvirus*) aux États-Unis est expliquée par l'apport de réservoirs animaux depuis l'Afrique. Depuis les années 2000, le nombre d'épidémies signalées en Afrique (République démocratique du Congo (RDC)).est en hausse, qu'on expliquerait par l'interruption de la vaccination antivariolique qui assurait une protection croisée contre ce virus[60].

- On doit citer aussi l'arbovirose<fnref n="37" /> due au virus **Chikungunya** (*Alphavirus, Togaviridae*), endémique en Afrique (et dans le Sud-Est asiatique), frappant l'Océan indien (Madagascar, îles des Comores, dont Mayotte, Seychelles...) et l'Inde en 2005 et 2006 (populations non immunisées)[61-63]. L'endémicisation de cette virose à Madagascar, Mayotte, La Réunion est observée aujourd'hui.

<footnote n="36">36 Bactériose à *Bacillus anthracis*.</footnote>

<footnote n="37">37 Le préfixe « arbo » signifie « arthropode borne ». Les arboviroses peuvent donner classiquement et cliniquement trois grands syndromes : fébriles aigus (**dengue-like**), hémorragiques, encéphalitiques (neurologique).</footnote>
Après une période inter-épidémique, le chikungunya revient aux printemps 2010, 2011,2012 à La Réunion, sous forme de redémarrage épidémique (quoique si 35 % de la population avait été atteinte de fin 2005 à printemps 2007, on n'attend plus la même proportion de malades). La présence d'un vecteur adéquat dans les zones géographiques touchées fut le facteur d'émergence du chikungunya. On comprend le facteur socio-spatial à surveiller[63] : « un Réseau de surveillance et d'investigation des épidémies (RSIE) » a été lancé en 2009 entre les membres de la Commission de l'océan Indien (COI<fnref n="38" />).

On signale en 2011 une épidémie au Yemen. Vu la létalité observée, une infection associée à cette maladies virale est soupçonnée (50 % de cas positifs pour le chikungunya),

Le moustique vecteur est désormais installé dans le sud de l'Europe (et de la France). L'est de l'Italie a connu une petite épidémie (300 cas maximum) en 2007 (un patient porteur revenait d'Inde).

Les femmes enceintes représentent une population à risque, du fait des séquelles neurologiques, non connues jusqu'alors, qui ont « émergé » chez le fœtus. Cette extrême virulence, constatée sous les tropiques par des formes graves et inhabituelles non décrites dans la littérature jusqu'à ce jour, pourrait amener à conclure à une « modification de pathogénie »[64]. Une souche plus virulente contenant une mutation dans la protéine d'enveloppe a été isolée.

Durant l'été et l'automne, des épidémies émergent depuis 2007[65]. On décrit en Inde des manifestations oculaires variées (iridocyclite, uvéite, neuropathie, etc.), et réversibles[66]. En France, au plus fort de l'épidémie à La Réunion (2006), 254 certificats de décès mentionnant le chikungunya ont été comptés, concernant en majorité des personnes âgées[67].

Classiquement, c'est une fièvre dite algo-éruptive (douleur + éruption cutanée) qui atteint les victimes. Un pourcentage de chronicisation existe, car le virus resterait tapi dans les macrophages, cellules des défenses immunitaires de l'hôte, selon la découverte d'une équipe française en 2010[68].

Le déclenchement de polyarthrites rhumatoïdes - ou plutôt de manifestations articulaires ? - et de maladies auto-immunes à distance de cette virose sont décrits.

En Australie, le virus *Ross River*, cousin du *Chikungunya*, est désormais endémique[69].

#### 1.3.2.4 Maladies infectieuses réémergentes

Ce sont d'une part des maladies transmissibles connues qui réapparaissent, souvent sous une forme différente, plus sévère, avec par exemple des microorganismes multirésistants aux anti-infectieux. C'est le cas des mycobactérioses comme la tuberculose (*Mycobacterium tuberculosis*) et la lèpre (*Mycobacterium leprae*). La prévalence récente de la tuberculose au Japon se situe parmi les plus fortes des pays développés. En France, c'est en Guyane, en Île-de-France (surtout dans le département de Seine-Saint-Denis) que l'incidence est la plus élevée (jusque trois fois plus que la moyenne nationale). Une épidémie survient à Clichy-sous-Bois à l'été 2011².

Les maladies réémergentes peuvent revêtir une forme clinique plus alarmante (dengue hémorragique<fnref n="39" />, manifestations pédiatriques du chikungunya, telles que des atteintes graves cardiaques, neurologiques et dermatologiques (épidermolyse bulleuse) connues depuis 2005)[62, 70] ; les exemples abondent dans les pays tropicaux. La dengue hémorragique est une forme sévère due à certains sérotypes, à des infections consécutives (pas d'immunité croisée) ou encore à l'immunité innée. Du fait de « l'installation » de moustiques vecteurs près de l'homme, on craint à juste titre de plus grosses épidémies de dengue (aux quatre sérotypes présents) dans les Caraïbes après les ouragans.

On peut citer une autre arbovirose : après 35 années d'absence, la fièvre d'O'nyong-nyong (*Flavivirus, Togaviridae*) est réapparue en Afrique Noire en 1997[71].

<footnote n="38">38 Organisation intergouvernementale qui regroupe cinq îles de l'Océan indien (Comores, Madagascar, Maurice, Seychelles, La Réunion (France))</footnote>

<footnote n="39">39 La dengue (*Flaviridae*) est une maladie virale transmise par les moustiques (quatre sérotypes : DEN-1, -2, -3 et -4).</footnote>
Ce sont d'autre part des maladies connues qui sortent plus ou moins rapidement des fluctuations moyennes habituelles (recrudescence d'infections sexuellement transmissibles (IST)) On peut citer parmi ces dernières la gonococcie<fnref n="40" /> ou la syphilis<fnref n="41" />, quand il y a persistance d'une prise de risque sexuel[72]. Le Japon est touché par des gonococcies résistantes aux traitements classiques. Le Québec constate une forte recrudescence de cette IST, en particulier chez les jeunes.

Dans les pays développés, et en Europe en particulier, certaines **shigelloses** sont sexuellement transmissibles par voie anal. Elles sont considérées comme réémergentes quand elles provoquent des épidémies[73].

Les infections à *Mycoplasma genitalium*, provoquant des urétrites non gonococciques (UNG) chez l'homme sont considérées comme émergentes aux États-Unis[74].

### 1.3.3 Vraies émergences ?

Selon Toma et Thiry, on doit se poser la question de la médiatisation de certaines maladies. S'agit-il de fausses émergences, d'une amplification médiatique, ou bien encore d'un vrai risque d'émergence ?

#### 1.3.3.1 Légionelloses ou amplification médiatique ?

On a dit que certaines maladies, connues et stables, voire en diminution, sont perçues comme émergentes.

La **maladie des légionnaires**, légionellose grave, a été une maladie émergente dans les années 1970, lorsque l'on découvre la pullulation de bactéries du genre *Legionella* dans les environnements urbains humides (systèmes de climatisation). Elle tire son nom du fait qu'elle est observée pour la première fois chez les participants d'un congrès de la Légion américaine atteints d'une forme de pneumopathie nouvelle. Le sérogroupe le plus pathogène est : *Legionella pneumophila* sérogroupe 1, responsable de la maladie dans 85 % des cas. Certaines autres espèces de *Legionella* sont peu ou pas pathogènes. La contamination de l'homme se fait par inhalation d'aérosols ou de microgouttelettes. On supposera des échanges de matériel génétique entre les ancêtres des bactéries intracellulaires (*Rickettsia*, *Legionella*) et les amibes vivant dans l'eau. Depuis l'an 2000, les cas déclarés en France ont été multipliés par six (progrès du diagnostic, dosage de l'antigène urinaire, renforcement de la surveillance dans les circuits d'eau par biologie moléculaire), jusqu'en 2007. [75-76]. En 2007, il y eut une incidence de 2,3 nouveaux cas par 100 000 habitants (stable depuis 2005, environ 1000-1500 cas par an). Dès 2008, elle décroît (du fait d'une surveillance accrue ?). La réduction de l'incidence de cette infection est un objectif réalisable grâce au renforcement des contrôles. Elle reste vraiment redoutée du fait du haut taux de létalité chez les personnes fragiles (malades âgés, bien sûr, ou bien patients hospitalisés, soit 10-11 % de létalité). Quatre cas groupés à Paris en 2008 ont déclenché la désinfection de quatre-vingt-huit tours aéroréfrigérantes dans le 8e arrondissement. Neuf ans après les cas mortels survenus dans le nouvel hôpital Georges Pompidou, l'Assistance publique-Hôpitaux de paris (AP-HP) est poursuivie pénalement (homicide involontaire, etc.) D'autres cas groupés en 2009 témoignent de la nécessité de rester vigilants en ville.

#### 1.3.3.2 Listériose et méningites : émergences ?

### Listériose

L'incidence de la listériose (à *Listeria monocytogenes*) décroissait puis se stabilisait depuis peu en France en 2004⁴²[77]. Pourtant, une augmentation brusque de l'incidence toute récente, pour atteindre 5 cas/million d'habitants témoigne d'une recrudescence (parmi les plus de 60 ans) : les

<footnote n="40">⁴⁰ Dues à *Neisseria gonorrhoeae*.</footnote>

<footnote n="41">⁴¹ Due à la bactérie *Treponema pallidum*, réémergente au Royaume-Uni entre 1997 et 2001.</footnote>

<footnote n="42">⁴² La listériose est due à la bactérie *Listeria monocytogenes*, qui se manifeste par des méningites, encéphalites, septicémies, infections périnatales (avortement).</footnote>
modes de conservation alimentaire (la date limite de conservation (DLC), la teneur réduite en sel, la consommation de nouveaux produits contaminants sont seulement des hypothèses concernant cette hausse, prouvée en 2008[78]). C'est une maladie dont on parle parce qu'elle est grave.

Les bactéries du genre *Listeria* sont présentes partout, dans l'environnement, chez les animaux et chez l'homme. Pourquoi une telle bactérie, saprophyte, devient-elle pathogène ? C'est une donnée élucidée en 2009 par une équipe de l'Institut Pasteur, qui a démontré la modulation du génome de cette bactérie vers la virulence, une fois la barrière intestinale franchie[79]. Présence de *Listeria* ne signifie pas risque de listériose, mais la confusion peut être faite.

Les épidémies sont détectées de plus en plus tôt. Le système français d'épidémio-surveillance est très au point[2] : déclaration à la Direction départementale des affaires sanitaires et sociales (DDASS), enquête de l'Institut de veille sanitaire (InVS), détermination de la souche par le Centre national de référence (CNR), alerte si trois cas génétiquement identiques (identifiés par des puces à ADN). L'articulation entre différents organismes entraîne alerte et investigation agroalimentaires. Les derniers cas dits « groupés » remontent à l'an 2000. Aujourd'hui, en France, on arrive souvent à détecter un phénomène inhabituel dès les premiers cas, et l'alerte est répercutée vers toute l'Europe. Par exemple, un lot de saucisses fumées est retiré du marché en avril 2010.

La listériose atteint les âges extrêmes et fragiles de la vie, ainsi que les personnes immunodéprimées (une équipe française publie dans le célèbre magazine scientifique Nature en juin 2010 quel est le cœur de la cible de la bactérie infectante[80]). Le mécanisme de franchissement du placenta, qui met en danger le fœtus, a été élucidé également par une équipe française en 2008. Ces publications pourraient un jour conduire à de nouveaux traitements, en particulier chez la femme enceinte[81]. Toutefois la forme materno-fœtale est évitée grâce aux mesures de prévention (hygiène alimentaire) délivrées durant la grossesse en France (cette forme de listériose a été divisée par 12 en 20 ans, de 1986 à 2006, et on compte quelques dizaines de cas par an[82]). On rappelle fin février 2011 des salades à base de surimis et d'œufs de truite fumés « toutes prêtes », fournies dans des collectivités, pour un taux anormalement élevé de bactéries.

Les méningites à méningocoques<fnref n="43" /> seraient plutôt rares en France. Des porteurs sains véhiculent la bactérie, logée dans leur oropharynx. Les infections méningococciques sont endémiques dans le monde. On connaît de nombreux sérogroupes, mais on cite en particulier les groupes : A en Afrique et Asie, B et C en Occident et en Asie, et depuis moins longtemps, W135 en Arabie Saoudite en particulier (pèlerinage de La Mecque) et en Afrique. W135 et Y se retrouvent sporadiquement en France (personnes âgées).

Cette maladie parfois mortelle nous sensibilise par la couverture médiatique des cas rapportés : ils ont pour but l'information des sujets contacts. Les dernières alertes en France concernant les années 2008 et 2009 révèlent une présence de cas groupés de méningites du groupe B en Haute-Normandie (Seine-Maritime) et dans la Somme ; ces « hyperendémies » régionales conduisent d'ailleurs à une vaccination élargie efficace (MenCevax®), s'il s'agit de méningocoques de groupe A, C, Y ou W135. Cette vaccination est recommandée jusque l'âge de 24 ans.

Depuis mai 2008, on a annoncé la vaccination contre le groupe B, sérogroupe pathogène le plus fréquent en France, à l'origine des cas groupés dans notre pays décans les Landes en 2009. En 2009, on importe un vaccin de Norvège, nommé MenBvac®, qui présente des virus ayant une homologie de souche avec celle qui circulait durant l'hiver 2009 (la souche B :14:P1.7,16)<fnref n="44" />.

#### 1.3.3.3 Echec d'émergence

A titre d'exemple, le virus Hendra a tout d'abord provoqué trois flambées d'épizootie en Australie en 1994, 1995 et 1999. La connaissance du génome de ce virus a stimulé les recherches en phylogénie

<footnote n="43">43 *Neisseria meningitidis* (ou méningocoque) est un pathogène humain.</footnote>

<footnote n="44">44 En mars 2010, le vaccin Menveo® vaccin tétravalent aux sérotypes A, C, Y, W135 obtient l'autorisation de mise sur le marché (AMM) en Europe. Il est destiné à vacciner des sujets à risque.</footnote>
virale<fnref n="45" />. Quatre cas survenus chez l'homme, ayant entraîné deux décès, ont été notifiés au cours des flambées de 1994 et de 1995. Le virus réapparaît périodiquement chez les chevaux et deux cas humains sont de nouveau surveillés de près en 2008-2009 (une importante épizootie équine en 2004 n'a pas provoqué de contamination humaine) ; l'identification de cas humains symptomatiques témoigne d'une bonne pratique de surveillance plutôt que d'une situation alarmante, selon l'Institut de veille sanitaire (InVS)[83]. On se situe en Australie. Mais la maladie due au virus Hendra, du syndrome grippal à l'encéphalite, resterait encore actuellement en échec d'émergence chez l'homme[84]. Cependant, face à la forte présence de la chauve-souris (la roussette), vectrice de ce virus, dans tout le pacifique, l'InVS alerte devant tout nouveau cas équin. Au 27 août 2009 sont rapportés sept cas humains dont deux fatals. Des avancées majeures sont attendues grâce à des anticorps spécifiques contre le virus Hendra, sujet de recherche depuis dix ans, et testés chez l'animal.

#### 1.3.3.4 Réémergence d'un risque connu

La réémergence de l'encéphalite à virus West Nile dans le bassin méditerranéen en 2000-2001, puis en 2010, 2011 et 2012 : cas humains en Europe de l'Est ; et dans des villes touristiques d'Italie, provoquant quelques décès, épidémie en Turquie (septembre 2011) puis quelques cas en Espagne au même moment. C'est une préoccupation majeure en terme de santé publique[85].

En août 2010 et 2011, des cas humains apparaissent pour la première fois en Grèce (Macédoine Centrale)

L'encéphalite du Nil occidental chez l'homme (West Nile) est donc maladie émergente aux États-Unis depuis 1999, puis au Canada (grosse épidémie en 2003, la province du Saskatchewan étant la plus touchée). Cette maladie est réémergente chez l'animal dans le bassin méditerranéen depuis 2000 (par exemple, cas aviaires en Espagne, cas équins en France). Le risque d'émergence subsiste en France.

Par exemple, plusieurs cas chez des chevaux, dans les Pyrénées-Orientales, ont été surveillés de près. Le virus s'est installé en Italie où des cas humains, symptomatiques et asymptomatiques, signent une résurgence depuis 2008, depuis que la maladie est apparue en 1998 en Toscane (cas humains). En septembre 2010, l'étendue des pays touchés révèle une émergence en Europe ; deux personnes âgées en meurent en Roumanie, les cas équins se multiplient en Europe du Sud.

Un exemple de zoonose pouvant avoir un impact sur la santé de l'homme : l'accroissement de la prévalence<fnref n="46" /> de la rage selvatique<fnref n="47" /> en Europe de l'Est[86] Au mois d'août 2011, en Meurthe-et-Moselle, on signale une chauve-souris atteinte d'un virus de la rage, comme en 2009, ce qui est somme toute assez peu inquiétant (assez régulièrement constaté), selon la chef du service Santé, protection animale et environnement de la Direction départementale de protection des populations (DDPP), Catherine Nicoley<fnref n="48" />. Les chauves-souris malades du vieux continent sont insectivores et inoffensives.

Des dizaines de milliers de personnes meurent chaque année de cette maladie redoutable dans le monde. Les États-Unis se montrent inquiets en 2010 : les ratons laveurs (petits carnivores de la famille de la belette) de Central Park seraient touchés et mourraient de cette maladie. Dans le reste du pays, deux ou trois cas humains sont signalés chaque année. En Russie, des chiens enragés menacent de contaminer la population, selon les Center for Disease Control and Prevention (CDC) étatsuniens (http://www.cdc.gov/rabies/epidemiology.html)

<footnote n="45">45 Sorte d'histoire familiale des microorganismes.</footnote>

<footnote n="46">46 La prévalence est le nombre de cas d'une maladie, ou de tout autre problème de santé, dans une population définie à un moment donné. Voir le Glossaire européen mul tilingue sur le site de la BDSP (http://bdsp.ehesp.fr).</footnote>

<footnote n="47">47 Rage « selvatique » signifie que des animaux « sauvages » sont atteints.</footnote>

<footnote n="48">48 http://www.republicain-lorrain.fr/actualite/2011/08/03/chauve-souris-enragee</footnote>
# 2. FACTEURS D'EMERGENCE

## 2.1 Facteurs humains et environnementaux

La transmission est au centre de la triade : agent, hôte et environnement[87]. Ce « triangle » prend en compte les aspects sociaux et économiques[13, 22, 88].

Nous assisterions à une troisième transition épidémiologique, après la première, concomitante à l'avènement de l'agriculture il y a 10-15 000 ans – où l'on suppose l'émergence de nouvelles maladies – et la deuxième, il y a un siècle – où l'on constate un effondrement progressif de la mortalité par maladies infectieuses[89]. La complexité des interactions entre les agents pathogènes (virus, bactéries, parasites), leurs vecteurs et l'homme reste à décrypter. L'Institut Pasteur en France compte les meilleurs spécialistes mondiaux et devrait se doter de tous les « moyens de calcul » nécessaires d'ici 2010.

### Changements climatiques et atmosphériques, réchauffement de la planète[90-92] ?

Le réchauffement climatique comme les événements climatiques (catastrophes météorologiques, changements soudains de la pluviométrie, le courant chaud El Niño) sont décrits comme cause de pullulation de certains réservoirs ou certains vecteurs. Des experts en biogéographie modèrent ce propos : il serait peu probable que des espèces strictement tropicales colonisent les zones tempérées.

- En octobre 2008, une ONG reconnue historiquement pour sa lutte pour la conservation des espèces, la Worldlife Conservation Society, tire la sonnette d'alarme. Son président, très « communicant », déclare : « La plus grande menace du changement climatique est peut-être la propagation de maladies émergentes ». Il dresse une liste : « Les douze meurtrières » (The Deadly Dozen) ; elle recense plusieurs maladies dont les réservoirs sont dans la faune sauvage, maladies potentiellement mortelles pour l'homme : la grippe aviaire, la fièvre Ebola, la peste, le choléra, la maladie de Lyme, etc. Une hausse des températures et des précipitations pourrait devenir le facteur clé de leur propagation[93]. Ce politique explique que les phénomènes climatiques comme les sécheresses peuvent perturber les mouvements normaux des oiseaux sauvages, porteurs de grippe aviaire, et les amener au contact d'oiseaux d'élevage, afin d'accéder à un point d'eau...

- Un rapport de l'ambassade de France à Washington dresse un panorama très complet de cette problématique potentielle aux États-Unis en novembre 2009. Sont citées les maladies à transmission vectorielle suivantes : l'encéphalite du Nil occidental, la maladie de Lyme et les fièvres hémorragiques à Hantavirus (virus Sin Nombre ?), transmises respectivement par moustiques, tiques et rongeurs. Il y est ajouté qu'en raison de facteurs modérateurs tels que la qualité de l'habitat, les programmes de contrôle des nuisibles et l'infrastructure de santé publique, leur développement à grande échelle n'est pas envisagé[92]. En définitive, l'augmentation des maladies d'origine alimentaire et hydrique, comme les pathologies induites par les catastrophes naturelles semblent bien plus visibles.

- En décembre 2009, le séminaire SEARCH 2009 (pour Seminar for European and American Research on Climate and Health) a porté sur l'étude des impacts du changement climatique sur les maladies infectieuses et a réuni une trentaine d'experts français et américains. Leurs conclusions concernant la difficulté de tenir compte de l'ensemble des variables et facteurs évidemment complexes furent bénéfiques aux débats sur le climat.

- Les effets des changements environnementaux sur l'émergence des maladies à vecteur en Europe, c'est le thème d'EDEN (pour Emerging vector-borne Diseases in a changing European enviroNment), qui organise des conférences et totalise 200 années de recherche... Mais les données manquent en effet sur le long terme. Pour des raisons obscures, les épidémies de grippe saisonnière seraient dépendantes d'El Niño. Certains modèles en tiennent compte pour prédire leur intensité.
## Modifications de la diversité biologique

La « biodiversité » englobe la diversité génétique spécifique et écosystémique, érodée par la destruction des habitats. Mais une zoonose émergente peut aussi décimer une population animale !

## Mondialisation et démographie

La population en zone tropicale a doublé depuis 1950.

## Comportements, voyages et transports internationaux[2]

L'accroissement des mouvements de personnes et de biens, les échanges commerciaux de denrées alimentaires ou d'animaux favorisent la diffusion rapide de pathogènes, potentiellement sur de grandes distances. Par exemple, aux États-Unis, des rongeurs importés ont amené le virus *Monkeypox*, gros problème de santé publique dans ce pays.

C'est par voie sexuelle que le virus du sida s'est propagé en Afrique comme en Haïti, mais sa virulence s'est vue tout à coup amplifiée sur cette île selon des études parues en 2007[94].

C'est par le biais de voyages aériens que l'épidémie de SRAS s'est répandue rapidement sur toute la planète en 2003. En quelques mois, plus de 8 400 personnes en ont été atteintes dans une trentaine de pays, dont plusieurs centaines en décédèrent.

On a remarqué l'extension de la grippe aviaire en 2005 en Turquie le long des voies ferrées, fait témoignant du commerce de volailles infectées.

La grippe dite « espagnole » aurait réussi, en 1918-1919, à faire cinq fois le tour du monde en l'espace de dix-huit mois (avec des modifications de pathogénie ?).

## Migrations humaines et animales

On s'est intéressé de près aux oiseaux sauvages lors de l'alerte pandémique de grippe aviaire.

## Urbanisation et climatisation

Des mégapoles sans infrastructures correctes, telles qu'il en existe beaucoup dans les pays pauvres créent une concentration humaine, un manque d'hygiène, ainsi qu'une promiscuité avec certains animaux. La climatisation demande alors des prélèvements bactériens.

## Activités en plein air, retour à la nature [95-96]

On pense bien sûr dans ce cas que les bénéfices l'emportent sur les risques, à l'échelle d'une population !

## Déforestation et occupation des sols

La déforestation a été prouvée cause d'épidémies pour certaines fièvres hémorragiques : un des modes de transmission les plus fréquents dans ce cas est l'exposition aux aérosols de rongeurs (excrétions de l'animal inhalées par le sujet). De même, la pullulation d'arthropodes ou de rongeurs près des habitations peut être conséquente de l'élimination de leur habitat naturel.

## Gestion des eaux

La mise en eau du barrage d'Assouan en Egypte, en 1977, a favorisé la pullulation des moustiques vecteurs du virus de la fièvre de la vallée du Rift, faisant prendre conscience du risque d'épidémie lié à ce type de construction. L'irrigation et ses canaux sont également décrits comme un risque de maladie émergente au sein de cultures intensives. Des moustiques pulluleraient près des puits maraîchers en Afrique...Elevages intensifs, densité d'animaux fragilisés et contact avec l'homme[37]

Les porcs et les volailles sont en cause dans la grippe mais les virus grippaux ont toujours muté... Les élevages porcins en Asie furent la cause reconnue d'épidémies à virus Nipah.

## Technologies de l'agrotaire
Les modifications concernant l'élevage et l'industrie agroalimentaire peuvent sélectionner ou favoriser l'émergence de nouvelles formes d'organismes pathogènes (par des pratiques à risque ou technologies nouvelles).

## Pression insecticide et adaptation des vecteurs

Les insecticides sont largement utilisés (santé publique, agriculture, usage domestique). Les vecteurs de certaines maladies mettent en œuvre divers mécanismes de défense pour s'adapter à cette « pression insecticide », voir chapitre 2.4.2.

## Guerres, déplacements de population, camps de réfugiés, désinvestissement national

Dans les situations de drames humanitaires, on observe par exemple des flambées épidémiques graves de dysenterie bacillaire (à *Shigella*) pour lesquelles un espoir de vaccin naît en 2009.

## 2.2 Facteurs médicaux

### 2.2.1 Sécurité transfusionnelle et risques émergents

L'agence française de sécurité sanitaire des produits de santé (Afssaps), dans son bulletin intitulé « Hémovigilance » d'août 2011, signale comment en 2010, la (récente) cellule inter-institutionnelle « éléments et produits du corps humain » (EPCH) a géré des « alertes pour quatre types d'agents émergents [6, 97] :

- Coxiella Burnetii (fièvre Q) en Hollande ;

- Le virus West Nile[98], présent en Amérique du Nord depuis 2003, et très récemment en Euro0pe[99], notamment en Grèce et en Espagne ;

Elle ajoute : la **dengue** et le **Chikungunya**, puis l'épidémie récente de syndrome Hémolyse-urémie à Escherichia coli producteurs de shiga-toxines **STEC** en France en 2011.

Plus généralement, on rencontre les suspicions concernant :

- les **prions**, dont celui de la vMCJ, en Europe, qui n'est plus un souci de santé publique [46, 100] de la même manière que dans les années 2000 ; des cas de patients ayant présenté une vMCJ six à huit ans après transfusion sanguine existent ; ces rares observations expliquent en partie que le débat persiste sur le nombre de futures victimes de cette maladie (les articles scientifiques s'en font l'écho) ;

- les nouveaux virus d'hépatites ; le virus G (G/GBV-C) est détecté chez 2 à 4 % des donneurs de sang. Le virus TT à ADN, dont l'agressivité n'est pas démontrée, présente une distribution mondiale, sa prévalence étant très variable (2 à 80 % selon les pays...);

- l'**Human Herpesvirus 8** ; aucun cas de sarcome de Kaposi, lié à ce virus, n'a encore été rapporté après une transfusion de produits sanguins ; néanmoins, on s'attend à ce que le sérodiagnostic du HHV-8 soit ajouté à la longue liste des dépistages effectués systématiquement chez les donneurs de sang ;

- **Trypanosoma cruzi** ; agent de la trypanosomiase américaine, protozoaire ; cette protozoose est transmise par une punaise ; l'insuffisance cardiaque qu'elle induit fait sa gravité ; son émergence dans le département français de la Guyane est surveillée ;

- **Babesia microti**, agent de la babésiose américaine ; cette protozoose est due à un piroplasme et a été reconnue responsable, aux États-Unis, d'affections chez des personnes non immunodéprimées (*Babesia divergens*, agent des babésioses en Europe, est particulièrement connu pour provoquer une maladie fulminante chez les immunodéprimés).

- On peut aussi penser à l'hépatite E, en augmentation, dont le porc est l'un des hôtes. Les produits biologiques utilisés en santé humaine d'origine porcine ne sont pas une source de contamination connue.
Toutefois les vétérinaires émettent l'hypothèse de recombinaisons virales d'espèces différentes, qui pourraient peut-être émerger[101].

Dans le même temps, **se faire transfuser est de plus en plus sûr** (dépistages virologiques croissants chez les donneurs).

On parle en janvier 2010 de la possibilité de dépister un jour l'ARN du virus de l'hépatite B, à son tout début, dans les dons du sang...

Le risque existe de la même façon pour les receveurs de greffons hématopoïétiques.

### 2.2.2 Affections liées aux techniques médicales

Outre les résistances aux antimicrobiens, on peut définir plusieurs types de facteurs.

On a fait le lien entre les infections à *Clostridium difficile* et les **sondes gastriques**.

Les cas de bronchiolites à virus respiratoire syncytial chez les nouveau-nés dans les services de néonatologie (soins intensifs) seraient plus fréquents qu'on ne le supposait. Aujourd'hui, on s'intéresse aux **biofilms**, agglomérats de bactéries adhérant aux surfaces, par exemple celles des cathéters, et aux molécules capables d'empêcher ce processus.

Toutes les techniques représentent une voie de transmission des infections nosocomiales émergentes. Cela a été démontré pour les hépatites virales B et C (VHB et VHC). Par exemple, on a prouvé entre 1984 et 1995 la corrélation entre VHB et **aérosols de sang** lors de biopsies cardiaques, et dans les années 1980 et 1990, la contamination par le VHC lors de **transfusions** - qui a touché presque 100 % des hémophiles en France avant l'inactivation virale, **auto-piqueurs** et **endoscopie**[87]. Aujourd'hui, la plupart des sujets infectés ont eu des comportements à risque (consommation de drogues illicites, pratiques sexuelles) ; dans le passé, la voie de contamination était plutôt inconnue ou hospitalière.

On découvre que la chirurgie récente de la myopie et de l'hypermétropie par le **LASIK** (instrument signifiant *Laser in Situ Keratomileusis*) entraînerait au Canada une maladie émergente : la kératite lamellaire diffuse dont la cause exacte est encore inconnue[102].

### 2.2.3 Programmes de prévention et surtout moindre vaccination

La prévention peut induire de nouveaux risques réémergents. Ces résurgences sont liées à la moindre circulation des microorganismes, limitant les possibilités d'immunisation des sujets non vaccinés, et de stimulation de l'immunité des sujets vaccinés.

Il n'y a plus d'obligation vaccinale depuis 2007 contre la **tuberculose** en France, du fait des données de prévalence (et non de l'arrêt de commercialisation de la bague facilitant l'acte). La politique vaccinale est aujourd'hui différente selon la région d'exercice du médecin : vaccination systématique en Île-de-France ou en Guyane, ou bien vaccination ciblée. Des difficultés existent sur le plan éthique (origine géographique et ethnique de jeunes patients en ligne de mire). On pointe du doigt en juin 2010 le manque de dépistage de sujets contacts... La levée de la vaccination systématique a, selon les experts, désengagé l'État aux yeux de tous, mais aurait une justification scientifique.

La variole<fnref n="49" /> pourrait ainsi, si elle était réintroduite de façon malveillante, se diffuser dans le monde entier. Son éradication n'a été possible que par absence de réservoir sauvage. Les Poxvirus de ce type peuvent avoir une diffusion mondiale, contrairement à des fièvres hémorragiques qui restent

<footnote n="49">49 Virus de la variole : genre *orthopoxvirus*, famille des *Poxviridae*.</footnote>
géographiquement très localisées. Dans un cas de réémergence, les stocks de vaccins seraient alors renouvelés.

Des épidémies de **rubéole**<fnref n="50" />, **coqueluche**<fnref n="51" />, **oreillons**<fnref n="52" />, **rougeole** (Allemagne en 2006, Suisse en 2008)<fnref n="53" /> sont observées dans les pays riches, dans des populations adultes après plusieurs décennies de campagnes de vaccination. Une impossibilité de **booster** l'immunité par absence de virus circulant (vaccin, maladie) est aussi l'un des mécanismes de ces flambées[103].

L'OMS en 2009 a révélé que la flambée de rougeole en Allemagne durant 2006 ayant entraîné deux décès par encéphalite et 95 hospitalisations concernait des enfants non vaccinés pour au moins 80% des 614 cas notifiés. En mars 2009, profitant de la conférence nationale allemande sur les vaccinations, la ministre fédérale chargée de la santé a appelé tous ses concitoyens à se faire vacciner contre les maladies dangereuses. Au Japon, la vaccination n'était plus obligatoire depuis 1994... Ainsi, seuls 50% des enfants japonais reçoivent la double vaccination et 11 000 cas d'infection rougeoleuse ont été comptés en 2008 ! En Europe, la rougeole est devenue un problème de santé publique à propos duquel l'OMS se doit de communiquer : l'interruption de la circulation « endémique » de cette maladie - qui avait quasiment disparu à la fin du XXe siècle - est souhaitée. Les modifications concernant la vaccination contre la rougeole constituent l'essentiel des nouvelles recommandations vaccinales 2011 en France : tous les sujets nés depuis 1980 non vaccinés sont invités à recevoir deux doses de vaccin. « Jeunes » et « jeunes parents » sont invités à vérifier leur statut vaccinal !

Des épidémies de **rougeole** sont survenues en France en 2007, 2008, et 2009. La rougeole fut choisie comme thème national français de la Semaine européenne des vaccinations en 2009[104]. Des milliers de décès sont évités depuis trente ans grâce à l'immunisation (décès par pneumopathies aiguës, et surtout encéphalite rougeoleuse). La maladie peut être éradiquée en France si on vaccine 95 % de la population avec deux doses. Les spécialistes alertent sur la faible couverture vaccinale vis-à-vis de certaines maladies infectieuses, véritable retour vers le passé, et le gouvernement français lance en 2009 une campagne de promotion de la santé sur ce sujet.

Les oreillons réémergent en France, à Marseille, en 2003. Ils sont à l'origine d'épidémies spectaculaires, au Royaume-Uni en 2004-2005 (près de 60 000 victimes) et aux États-Unis, dans l'Iowa, en 2006 (près de 5 000 victimes).

Le virus de la **poliomyélite** s'éloigne et revient En 2010, quatre pays ont vu se rétablir la transmission du virus sauvage en Afrique. Cependant, on peut lire : une réduction (record) de « 94 % des cas au Nigéria et en Inde, l'extinction des épidémies survenues en 2009, et la quasi-extinction de celles déclarées en 2010 ».[105].

Enfin, on appelle « pression vaccinale » l'émergence de souches vaccinales de virus pathogènes ou bien encore les changements de l'écologie microbienne d'une espèce sous l'effet de vaccins circulants. C'est le cas de la poliomyélite, due à des virus recombinants entre des souches de **poliovirus vaccinal** et d'autres entérovirus circulants.

En 1996, des cas mortels de **fièvre jaune** ont été importés aux États-Unis d'Amérique et en Suisse par des touristes qui avaient voyagé dans des régions où cette fièvre est endémique, sans avoir été vaccinés...

### 2.2.4 Lutte dans les pays en développement

L'insuffisance des vaccinations et de la lutte antivectorielle dans certains pays est dénoncée. On découvre cependant en 2011 un nouveau moustique vecteur de la fièvre jaune, qui piquerait à

<footnote n="50">50 Virus de la rubéole : genre *Rubivirus*, *Togaviridae*.</footnote>

<footnote n="51">51 Bactériose due à *Bordetella pertussis* (*Bordetella parapertussis* donne une infection similaire).</footnote>

<footnote n="52">52 Virus des oreillons : genre *Rubulavirus*, *Paramyxoviridae*.</footnote>

<footnote n="53">53 Virus de la rougeole : genre *Morbillivirus*, *Paramyxoviridae*.</footnote>
l'extérieur des habitations, ce qui expliquerait l'échec des tentatives d'éradication des vecteurs. Le paludisme, la maladie du sommeil ou trypanosomiase africaine, la maladie de Chagas ou trypanosomiase américaine, la fièvre jaune, les leishmanioses, sont, selon les années, considérées comme des maladies réémergentes<fnref n="54" />.

Le **paludisme** est la parasitose endémique en zone tropicale la plus fréquente, de plus en plus résistante aux traitements. Il est dû à des protozoaires du genre *Plasmodium* et ferait de 400 000 à 600 000 nouvelles victimes et peut-être trois millions de morts par an en 2004. Les chiffres semblent meilleurs depuis 2007[106]. La mortalité palustre peut être évitée grâce à la lutte intense menée contre la maladie : antipaludiques, moustiquaires imprégnées d'insecticide. En juin 2008, quasiment tous les pays et territoires « supportant une forte charge de morbidité », ont adopté un traitement de première intention comportant de l'artémisinine (paludisme à *Plasmodium falciparum*), un véritable espoir d'améliorer les résultats sanitaires à court terme[106]. En 2011, une équipe internationale démontre l'origine du paludisme chez le gorille (zoonose qu'on ignorait[107]) (?!). Un vaccin serait à 50 % efficace (est-ce un vaccin ?) en octobre 2011, selon un article très médiatisé, paru dans *Le New England Journal of Medicine*[108].

La **trypanosomiase africaine** est due à des protozoaires du genre *Trypanosoma brucei* (rhodesiense et gambiense), transmis par la mouche tsé-tsé ou glossine (genre de mouche). Dans les années 1920, l'épidémie a été si meurtrière que la lutte contre son vecteur fut une priorité des colonisateurs en Afrique. Aujourd'hui, on assiste à sa résurgence, faute de prévention par moustiquaires et lutte sanitaire. Son diagnostic est complexe, il n'existe ni traitement sans risque, ni vaccin. C'est une maladie dite « négligée » qui toucherait environ 500 000 personnes et ferait plus de 100 000 morts par an dans le monde. L'OMS constate cependant une diminution du nombre de cas déclarés en 2006.

La **fièvre jaune** fut maîtrisée dans le passé grâce à un vaccin efficace, obligatoire depuis 1941 dans certains pays. Cette maladie réémerge en Afrique, faute de prévention par vaccination, comme en : Côte d'Ivoire (Abidjan, 2008), Cameroun (2009 - et revaccination à l'échelle du pays), Ouganda (2010).

Les **leishmanioses** sont des zoonoses qui constituent un groupe de maladies dues à différentes espèces de protozoaires du genre *Leishmania*. Elles présentent diverses formes cliniques, tégumentaires ou viscérales - ou Kala-azar, dont un réservoir urbain est le chien. Transmises par des insectes (phlébotomes<fnref n="55" />), les changements climatiques influeraient sur leur distribution géographique, mais la lutte contre les insectes est primordiale.

## 2.3 Facteurs liés à l'agent

### 2.3.1 Apparition d'un nouvel agent

#### 2.3.1.1 Non connu

Des virus comme **Hendra** en 1994, **Nipah** en 1999 et **SARS-CoV** en 2003 ont pu être différenciés grâce aux nouvelles techniques de biologie[47, 109].

#### 2.3.1.2 Nouveau variant pathogène

Le virus grippal H1N1v ou H1N1 pdm (pour « pandémie») de 2009 est un nouveau variant, résultant d'un réassortiment entre les *Influenzavirus A* porcin, aviaire et humain. Il est différent. Il devient l'un des virus provoquant « la » grippe, « englobé » dans des vaccins avec différentes autres souches, dès 2010.

<footnote n="54">54 On note que des parasitoses endémiques (filarioses, schistosomiases) sont toujours à l'origine d'une morbidité et d'une mortalité importantes.</footnote>

<footnote n="55">55 Egalement agent mais de Bunyaviridae : phlebovirus Toscana (méningite – virale bien sûr, sud de la France).</footnote>
La contamination par un nouveau variant pathogène d'*Escherichia coli* a paralysé l'Europe d'effroi en 2011 quand la toxine mortelle fut isolée...

L'épidémie de gastroentérite qui atteint chaque année plus de 260 millions de personnes dans le monde aurait été due depuis deux ans à un *Norovirus* hydrique plus agressif et plus contagieux : le **génotype II/4**. Ce fut le cas aux États-Unis, en Grande-Bretagne et au Japon en 2008[110].

La **dengue hémorragique** est une arbovirose transmise par des moustiques, décelée en 1956, qui augmente de façon menaçante depuis dix ans ; elle est devenue ces dernières années un réel sujet de préoccupation (30 000 décès par an)[62]. Depuis le milieu des années 2000, les données de surveillance épidémiologique montrent une augmentation régulière du nombre de cas, signalés chaque semaine dans les Antilles françaises[111]. Parallèlement, l'expansion des moustiques vecteurs (*Aedes aegypti*) est démontrée. *Aedes albopictus* est également un moustique considéré comme « expansionniste » ; on cite le commerce des pneus et des plantes d'ornement, gîtes de prédilection pour ces vecteurs[112]. Aux Pays-Bas, *Aedes albopictus* est découvert comme « passager » de la « canne chinoise » depuis 2005. Aucun des quarante-six employés, en contact avec cette plante décorative, examinés lors d'une étude spécifique en 2009 n'était atteint d'infection à *Flavivirus* [113].

Des sérotypes de méningocoques, plus virulents qu'on ne le pensait, émergent dans certaines parties du monde depuis les années 1980. **Neisseria meningitidis** sérotype **W135** provoque des épidémies de grande magnitude en Afrique ; des sérotypes hyper virulents sont décrits au Brésil.

La protéine prion pathogène **PrP**, responsable de la vMCJ, a été individualisée en 1999.

La production de toxines nouvelles est largement décrite chez des bactéries : la **leucocidine de Panton-Valentine (PVL)**, par exemple, est l'une des nombreuses toxines produites par la bactérie *Staphylococcus aureus*. Elle est découverte en 1936. Pourtant, ce sont trois nouveaux syndromes graves provoqués par cette leucocidine qui ont été reconnus : purpura fulminant, infection profonde des tissus cutanés (en milieu précaire), pneumonie nécrosante chez des sujets jeunes et en bonne santé, sportifs, depuis 1997. Des cas groupés, cutanés, surviennent en France en 2010-2011. Quelques pneumonies sont à déplorer en octobre 2011. Des souches, à la fois résistantes à la méticilline (**MRSA**) et sécrétrices de cette toxine, émergent depuis 2000 en Europe.

Le Bulletin de veille sanitaire de mai 2011 titre : *Staphylococcus aureus résistant à la méticilline (MRSA)* : une pathologie émergente aux Antilles françaises[114] ?

### 2.3.2 Modifications antigéniques

Les **pandémies de grippe du XXe siècle** sont dues à des modifications antigéniques de souches de l'*Influenzavirus A*.

Récapitulatif pour la France :

- 1918, (**H1N1**) grippe « espagnole », **pandémie** ;

- 1948 (H1N1), grippe « italienne », suites de 1918, glissement antigénique, pandémie, souche en définitive identique ;

- 1957 (**H2N2**), grippe « asiatique », H2N2, **pandémie** ;

- 1968 (**H3N2**), grippe de « Hong-Kong », H3N2, **pandémie** ;

- 1977 (H1N1), pseudopandémie, grippe « russe », n'atteignant que les sujet de moins de 25 ans (virus circulant certaines années depuis 1918) ;
Trois virus majeurs ont donc atteint l'homme. Seules les hémagglutinines H1, H2, H3, et les neuraminidases N1, N2 et N8 (grippe équine, au XIXe siècle et en 1900) ont été identifiés à ce jour chez les virus humanisés[1]<fnref n="56" />.

La **grippe A/H1N1** fut la cinquième pandémie<fnref n="57" /> connue, qui débuta donc au XXe siècle, en 2009[115]. On a donc constaté *a posteriori* l'importance étonnante des formes asymptomatiques[117,118].

Le paragraphe en note a été écrit suite à l'écoute attentive du professeur honoraire à l'Institut Pasteur Claude Hannoun, virologue, relatant dans une vidéo, sur le site professionnel Pratis.com<fnref n="58" />, la saga des virus grippaux, en octobre 2009.

Le virus **H5N1**, connu comme hautement pathogène[116], a émergé en Asie en 1997 et provoque depuis 2003 une **panzootie aviaire** d'importance économique (plusieurs centaines de millions de volailles ont été sacrifiées pour protéger les hommes). Sa transmission à l'homme a été confirmée en 1997, puis depuis 2003 jusqu'aujourd'hui (2012). Une transmission interhumaine très limitée à quelques familles dans la promiscuité aurait été prouvée (?).

Les virus grippaux ont la capacité de muter très rapidement, ils sont en continuelle émergence... Les oiseaux sont considérés comme les hôtes naturels principaux du virus *Influenza A*.

Des variants peuvent ne pas être détectés par les tests de dépistage (on en parle pour un nouveau **VIH** potentiel, pour certains virus des **hépatites B** et C).

Ces variants peuvent induire une **résistance** nouvelle aux traitements.

La population âgée de plus de 25 ans était cependant moins encline à contracter la grippe A H1N1 pdm de 2009/2010, du fait de la rencontre de virus similaires dans le passé[117]. Toute nouvelle grippe échappe, du moins en partie, aux vaccins. Pour mettre au point un vaccin chaque année contre une grippe saisonnière, il faut examiner ce qui se passe dans l'hémisphère sud[118] et connaître les agents en cause : quatre à six mois sont nécessaires. La coexistence de trois types de souches de grippe est réelle en 2011. La grippe B fut étonnamment et particulièrement sévère en 2009-2010.

Les recommandations suivantes : celle de vacciner les femmes enceintes durant toute leur grossesse et les personnes obèses, plus systématiquement, est un fait nouveau. La protection de l'enfant à naître s'en trouve plus généralisée, la fragilité induite par le surpoids est prévenue, ceci en 2012, en toute sécurité, au regard du « médicament vaccinal »<fnref n="59" /> !

### 2.3.3 Introduction dans une nouvelle région

**Introduction par l'homme** : atteint de paludisme, par exemple. Alors que le paludisme avait disparu d'Arménie depuis 1960, il est réapparu en 1994. Cette région correspond aux anciennes zones endémiques du paludisme d'Eurasie du Nord et de la Méditerranée. Un cas non importé fut

<footnote n="56">56 On a identifié, pour *Influenza A*, 16 types antigéniques différents d'hémagglutinine (H) et neuf types de Neuraminidase (N) (définissant les sous-types de souche virale).</footnote>

<footnote n="57">57 L'épidémiologie » est née au 19ᵉ siècle. On décrit cependant des épidémies ou pandémies depuis le Moyen Age. L'année 1890 est marquée par une grippe très meurtrière suite à une grippe nouvelle (1899-1891) ; l'année 1900 fut l'année d'une pandémie moins grave. Le document en ligne cité ici est celui du professeur Jacques Bertillon de 1892.</footnote>

<footnote n="58">58 http://www.pratis.com : « Le virus H1N1 de 1918 fut seul virus de la grippe A jusqu'en 1957, devenu alors virus « saisonnier ». A cette date le virus H2N2 l'a complètement remplacé pour une dizaine d'années, avec des répliques. En 1968 apparut le « virus de Hong-Kong », H3N2, qui élimina le H2N2. Puis en 1977, environ dix ans plus tard, le virus H1N1, un peu différent du précédent, réapparut, « modestement » ; les individus de plus de 20-25 ans étaient immunisés, mais il n'a pas supplanté le virus H3N2. Deux virus Influenza A ont ensuite cohabité jusqu'en 2009 : le H1N1 (1977) et le H3N2 (1968). Le H3N2 a « tenu » ou « tient » depuis 40 ans. Désormais H1N1 et H3N2 donnent les grippes saisonnières jusqu'en 2009. Mais le H1N1 dit « saisonnier » n'a rien à voir avec le virus de la grippe A H1N1 dit « mexicain » de 2009. Les deux virus sont différents au niveau immunologique. Il n'y a pas de protection réelle par l'immunisation par le virus H1N1 saisonnier. On observera alors comment les virus vont se remplacer les uns et les autres (...) »</footnote>

<footnote n="59">59 Avis relatif à l'actualisation de la vaccination contre la grippe saisonnière dans certaines populations (femmes enceintes et personnes obèses), 16 février 2012, : http://www.hcsp.frdocspdf/avisrapports/hcspr20120216_grippesaisonfemencobes.pdf</footnote>
découvert durant l'été 2006 en Corée[119])... **La Grèce, pays instable sur le plan social**, présente une épidémie en selon le Bulletin hebdomadaire international (BHI) n° 314 en septembre 2011.

**Introduction par des animaux domestiques et sauvages** (la grippe aviaire, par exemple).

### 2.3.4 Expansion d'un agent ancien

Nous avons cité les bactérioses à tiques, comme la borréliose de **Lyme**, vraisemblablement plus anciennes que leur découverte.

Le cas le plus spectaculaire est celui du **VIH** qui, resté localisé en Afrique depuis le début du siècle (dans l'ex-Zaïre), fut transmis par les rapports sexuels et le sang dans le monde entier. Les études récentes stipulent que sa virulence fut amplifiée en Haïti (voir aussi chapitre 2.1).

On peut d'ailleurs parfois détecter la présence antérieure des microorganismes grâce à des sérums humains stockés pour d'autres raisons (cas du virus **Sin nombre**)[120].

## 2.4 Facteurs liés aux vecteurs

### 2.4.1 Nouveau vecteur pour la région

#### Mécanisme naturel

Les vents, le climat et le déplacement des réservoirs animaux constituent un risque de modification géographique des maladies à transmission vectorielle. Par exemple, l'épidémie à *Hantavirus* aux États-Unis en 1993 (*Sin nombre*) aurait eu comme cause l'explosion des populations d'un petit rongeur, réservoir du virus, à la suite d'une augmentation de la **pluviométrie** due à El Niño, favorisant la pousse d'aliments pour ces rongeurs...

Autre exemple, le moustique **Aedes albopictus**, nommé « moustique tigre », vecteur de plusieurs arboviroses et du chikungunya en particulier s'est fixé en Europe du Sud[121] ; depuis l'Asie, il a beaucoup voyagé et touche désormais tous les continents[122-124], même en zone tempérée ; il vit près des habitations mais à une densité moindre que dans les zones tropicales. Il pique le jour. Quelques cas sont apparus en France (cas autochtones).

#### Mécanisme anthropique

Les vecteurs du paludisme (moustiques piquant la nuit) – affection humaine ? – ont suivi les mouvements des hommes ; on a assisté dans le passé à l'introduction d'un vecteur du **paludisme, Anopheles gambiae**, dans les îles Mascareignes au XIXe siècle, en Egypte et au Brésil au XXe siècle[125]. On signale périodiquement en France des cas de paludisme autochtone dit « d'aéroport ». La cause probable est un vecteur importé d'un pays impaludé via l'aéroport, près duquel des personnes séjournent... Dans les années 1990, environ 10 000 cas de paludisme étaient importés dans la Communauté européenne, dont un quart avaient été déclarés au Royaume-Uni. Sans vecteur adéquat, la maladie ne se transmet pas sous les climats tempérés. Le Haut Conseil de la santé publique, dans ses recommandations aux voyageurs, met chaque année en garde contre les moustiques et affirme la nécessité des traitements prophylactiques.

### 2.4.2 Vecteur avec des propriétés différentes

Qu'est-ce qu'un vecteur ?
Parmi les animaux, les insectes sont de nombreux vecteurs : moustiques (genre *Anopheles*, *Culex et Aedes*), la mouche tsé-tsé ou *Glossina morsitans morsitans*, des phlébotomes, puces, poux, punaises (de type réduve comme le triatome). On trouve aussi des acariens (tiques). Salive, sang et déjections sont le mécanisme de transmission, le grattage chez l'homme constituant une porte d'entrée.

## La résistance aux pesticides

Le paludisme et l'encéphalite du Nil occidental inquiètent aujourd'hui les spécialistes de la lutte antivectorielle. Un gène commun aux différentes espèces de moustiques étudiés, issu de la pression de sélection opérée par l'environnement toxique (insecticides), est identifié par l'équipe de recherche menée par Mylène Weil au CNRS[119]. Elle explique : « Il est important de comprendre que le moustique ne mute pas pour résister aux insecticides ! (...) les moustiques qui ont des mutations favorables à leur survie se reproduisent et les transmettent ainsi à leurs descendants, alors que les moustiques sensibles aux toxiques meurent. [...] les moustiques résistants ne sont pas en grande forme ».

En septembre 2006, l'OMS recommande de réutiliser le DDT (dichlorodiphényltrichloroéthane) – délaissé du fait de son éventuelle toxicité – parce qu'il pourrait réduire de 90 % la transmission du paludisme. L'OMS refait volte face en 2010 ! Le DDT favoriserait, selon de nouvelles recherches, des cancers du foie et du sein...

## La virulence.

Les invertébrés pourraient jouer un rôle non seulement comme réservoirs et/ou vecteurs mais aussi dans la modification de la virulence[126].

# 2.5 Facteurs liés à l'hôte vertébré

## 2.5.1 Hôte réservoir ou amplificateur

Les sauts hétérospécifiques d'agents pathogènes sont rares. On se rend compte que la maladie de Creutzfeldt-Jakob (à prion) est, elle-aussi, très peu transmissible à l'homme, au fur et à mesure que le temps passe, bien que la durée d'incubation pourrait durer 50 ans...

Le franchissement de la barrière d'espèce serait favorisé par l'évolution de facteurs écologiques, socio-économiques, sanitaires, etc. Les **lentivirus**, par exemple, sont des agents infectieux isolés chez l'homme et chez de nombreuses espèces animales. Ils sont dotés d'une grande capacité à passer cette barrière, caractéristiques qui ont permis l'émergence du lentivirus VIH, responsable du sida. Ce qui caractérise les « anthropozoonoses » émergentes, c'est la grande diversité des réservoirs animaux retrouvés, et, pour certains agents, un spectre plus large qu'il n'était supposé[127]. On a dénombré 288 espèces d'animaux porteurs du *West Nile*, les oiseaux étant un réservoir permanent. La bactérie de la maladie de Lyme a de nombreux réservoirs animaux.

Cela va des **singes** (Virus *Ebola* et *Chikungunya*), aux **chauves-souris** (*Henipavirus*) [30, 50] aux **oiseaux** (*West Nile*), en passant par des **rongeurs** (peste, certaines fièvres hémorragiques virales) et d'autres mammifères. Les **ongulés**<fnref n="60" />[128] et les rongeurs sont en première ligne. On peut citer des **carnivores** (*Bartonella*, *SARS-CoV*, *Echinococcus multilocularis*). Par exemple, la variabilité génétique des souches de coronavirus retrouvées chez les chiropètes (chauves-souris) sont donc étudiées pour comprendre la raison du franchissement de la barrière d'espèce du coronavirus responsable du SRAS. La civette, carnivore, fut d'abord considérée comme réservoir de la « Première maladie émergente du XXIe siècle » - selon l'expression de l'OMS - avant que l'on ne s'intéresse aux chauves-souris.

<footnote n="60">60 « Ongulé » est un terme vague selon la taxonomie moderne (superordre des mammifères marchant sur le bout des doigts ou « ongle »). Il permet toutefois de regrouper à la fois le bétail tel que les vaches, les moutons et les porcs, les chevaux, et les animaux sauvages comme les cervidés et les sangliers. Les ongulés ne joueraient cependant plus le rôle majeur qu'on leur donnait dans le passé pour la borréliose de Lyme. Les cerfs sont cependant des réservoirs de maladies à tiques.</footnote>
Les **chauves-souris** sont un ordre majeur des mammifères, avec 1 000 espèces différentes (elles occupent la deuxième place après les rongeurs et sont retrouvées partout, sauf en Antarctique) ; elles seraient des réservoirs des microorganismes suivants : SARS-CoV (Asie), *Lyssavirus* (tous les continents<fnref n="61" />), Hendra (Australie), Nipah (Asie), Hantaan (Corée), Ebola et Chikungunya (Afrique), Kasoreko (Ouganda), virus de l'encéphalite japonaise, Melaka (Asie), Marburg et Ebola (Afrique)...

Les **mammifères marins** ont été très récemment reconnus réservoirs de certaines brucelloses<fnref n="62" /> et de la tuberculose ; des **reptiles** et **amphibiens**, animaux de compagnie, sont en cause dans des cas groupés de salmonelloses aux États-Unis ; 90 % des reptiles seraient porteurs de salmonella et excréteurs temporaires[129] (exploration bactériologique des vivariums et aquariums).

Enfin, des tatous ont été mis en cause dans des cas de lèpre aux Etats-Unis (150 cas par an). Ces petits échidnés (leur famille) d'Amérique tropicale et subtropicale sont porteurs de *Mycobacterium leprae*. D'ailleurs, ces animaux sont des modèles pour les chercheurs. Il s'agit plutôt de l'explication des 150 cas de lèpre par an aux Etats-Unis plutôt que d'une maladie émergente proprement dite !

Ce que les vétérinaires appellent NAC (Nouveaux animaux de compagnie) regroupe tous les animaux qui ne sont ni chiens ni chats (lapins, rongeurs, furets, oiseaux, reptiles – mais ces derniers sont ils vraiment des animaux de compagnie ?). Les animaux plus rarement retrouvés chez nos concitoyens (félins, kangourous, voire crustacés (!)) sont désignés NAC à proprement parler). Contact cutané, inhalation des sécrétions sont des modes de contamination. Les rats sont porteurs de Streptobacillus moniliformis dans leur cavité buccale ; en cas de morsure, l'homme peut développer une septicémie (écoute du Dr Didier Boussarie, vétérinaire consultant NAC, sur le site Web professionnel Pratis.com, en août 2010).

D'ailleurs, tous les animaux de compagnie (chiens, chats, rongeurs, oiseaux (psittacidés comme les perroquets), poissons et reptiles) sont régulièrement incriminés dans la survenue de bactérioses et parasitoses humaines[96].

Des recherches poussées ne peuvent être effectuées que rarement sur la faune sauvage[130]. Par ailleurs, des études virologiques sur des primates (singes) vivant par tradition à proximité des hommes en Inde sont inquiétantes[131]...

L'amplification se produit lorsqu'un virus s'adapte parfaitement à une nouvelle espèce et s'y multiplie. Les virus **Nipah** et **Hendra** ont émergé chez l'homme à partir des porcs et des chevaux amplificateurs qui le côtoyaient. Toutes les nouvelles grippes humaines résultent de l'interaction et de la transmission réussies entre la faune sauvage, les animaux d'élevage et l'homme, c'est le cas de la grippe A H1N1 pdm.

### 2.5.2 Propriétés de l'hôte

- **Sujets non immunisés dans une zone d'endémie.** On redoute dans le Pacifique une épidémie possible à DEN-4, sur une population non exposée à ce sérotype, nouveau pour la région ;

- **sous-groupes de la population susceptibles** : modifications démographiques, sujets âgés, survie de patients porteurs de maladies chroniques, traitements immunosuppresseurs, VIH/sida et baisse de l'immunité, dénutrition et malnutrition ; le personnel soignant peut contaminer des nouveau-nés non immunisés à l'hôpital, si une épidémie débute parmi eux (par exemple la coqueluche au Texas en 2004). La vaccination contre la grippe A/H1N1 pdm a été très largement proposée en France en 2009, du fait du risque non

<footnote n="61">61 On surveille en Europe et en France, les cas potentiels de rage à EBLV-1 et l'EBLV-2 (pour European Bat Lyssavirus), rage des choléoptères).</footnote>

<footnote n="62">62 Maladies contagieuses chroniques dues à des Brucella, affectant l'homme et divers animaux, notamment les bovins (Brucella melitensis).</footnote>
négligeable de pneumopathie virale (en **nombre de sujets susceptibles** et non pas en pourcentage), entraînant une détresse respiratoire brutale chez des jeunes auparavant en bonne santé.

- **comportements et nouveaux modes de transmission** : épidémies d'hépatites A et E chez les homosexuels, de syphilis, de gonococcies ; épidémie d'hépatite C chez les toxicomanes (des ulcérations rectales en faisant aussi une infection sexuellement transmissible[132]) ;

- **hôte prédisposé** (concept vraisemblablement général) : par exemple, toutes les formes de la maladie de Creutzfeldt-Jakob, dont la nouvelle variante, qui frapperait des sujets génétiquement susceptibles, et qui pourraient être « présente » chez des porteurs sains[45] ; ou bien le virus West Nile, qui toucherait aussi plus volontiers certaines personnes[133], de même que la dengue hémorragique (macrophages cutanés – immunité cellulaire de la peau piquée par le moustique)[111].

## 2.6 Facteur géographique

Le virus grippal *Influenzavirus A* H1N1v (pour variant) de 2009 aurait pris naissance au Mexique...

Des chercheurs ont cartographié en 2008 les **335 maladies émergentes entre 1940 et 2004**. Ils ont étudié leurs relations avec la population, la géographie, le climat et la biodiversité. Les lieux de naissance de futures zoonoses sont pour eux des points chauds à surveiller (Asie du Sud-Est, Afrique)[134]. Par exemple, la Chine comprend 1,33 milliards d'individus. C'est un pays en transition sur le plan économique mais comparable aux pays en développement sur le plan infectieux. Lors de la première épidémie de SRAS<fnref n="63" /> en 2002-2003, plus de 7 700 cas furent déclarés dans ce pays. Ces chercheurs de tous horizons ont tenté pour la première fois en 2008 de construire une carte prédictive localisant les futures zones géographiques sensibles[134]. Ils préconisaient une réallocation des ressources pour une surveillance intelligente en Afrique tropicale, en Amérique latine et en Asie.

Le consortium déjà ancien « Surveillance spatiale des épidémies » (S2E) élargit la surveillance sanitaire des maladies émergentes aux paramètres environnementaux et climatiques grâce aux satellites[135].

<footnote n="63">63 Plusieurs coronavirus pathogènes pour l'homme sont connus : SARS-CoV (2003), HoCV-229E, HCoV-OC43H, CoV-NL63 (2004)...</footnote>
# 3. ALERTES

## 3.1 Maladies d'origine alimentaire

Les flambées d'infections d'origine alimentaire sont un problème mondial. Le bilan en Europe est excellent, nous l'avons dit. Depuis les années 1980, des bactérioses et parasitoses émergentes étaient décrites comme certaines salmonelloses (diminution en Europe en 2010⁶⁴), shigelloses, la listériose, des yersinioses, des campylobactérioses (en hausse en 2010[136]<fnref n="65" />)[136]. C'est le cas de certaines colibacilloses ou bien de la « bénigne » giardiase, maladie des mains sales, liée au péril fécal[2, 137].

Les trois principales zoonoses bactériennes alimentaires (listériose, salmonellose, campylobactériose) sont à l'origine de plus de 350 000 contaminations dans l'Union européenne en 2007, selon un communiqué de l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA)[138].

- **Shigellose** : le Danemark, la Suède et la Norvège ont connu des épidémies de shigellose en 2009, du fait de l'importation de pois mange-tout depuis l'Afrique (Kenya)... Les scandinaves consomment ces aliments plutôt crus, et la contamination par voie fécale existe.

- **Typhoïde** : la fièvre typhoïde à *Salmonella enterica* sérotype Typhi est une maladie réémergente au Maghreb. Ce sérotype a un spectre d'hôtes limité : les primates.

- **Yersiniose** : Yersinia enterocolitica prolifère dans les aliments réfrigérés.

- **Campylobactériose** : dues au genre *Campylobacter* (C. Jejuni), c'est la première cause d'infections intestinales bactériennes, devant les infections à Salmonelles, notamment dans les pays développés où leur incidence augmente.

- **Giardiase** : parasite fréquent à transmission féco-orale.

- **Colibacilloses** : Des viandes hachées en France ont été à l'origine d'infections par *Escherichia coli* O157:H7, en mars 2008 puis en juillet 2011⁶⁶. Les aliments en cause contaminateurs de cette bactérie redoutable sont très divers dans le monde.
I'E. Coli O104:H4 (E.coli entérohémorragique (Eceh)) est une autre souche, redoutable, décelée en juin 2011, jugulée en juillet, 2011, décelée en Europe du Nord - Allemagne)<fnref n="67" />, puis en France.

> Ces **colibacilloses** donnent en effet dans certains cas **le syndrome hémolyse urémie**<fnref n="68" />, suite aux diarrhées sanglantes. En définitive, des graines germées (graines de fénugrec non germées en provenance d'Egypte) se révèlent être la source de contamination par cet *Escherichia coli* entérohémorragique (ECEH) encore plus dangereuse que celles déjà connues dans ces pays d'Europe.

On cite aussi les **trématodoses** : la cysticercose - ou bien la téniasse à *Taenia solium* - est une maladie réémergente, surtout en Asie à ce jour. La neurocysticercose est une des maladies

<footnote n="64">⁶⁴ Selon l'Autorité européenne de sécurité des aliments (EFSA).</footnote>

<footnote n="65">⁶⁵ Ibid.</footnote>

<footnote n="66">⁶⁶ Des enfants originaires du Nord et de l'Oise de moins de 18 ans ont été atteints en juin 2011 de diarrhées sanglantes et d'un syndrome hémolyse urémie dus à la consommation de steaks hachés surgelés contaminés par une bactérie E.coli. Les analyses conduites sur deux enfants hospitalisés à Lille ont montré que le syndrome dont ils souffraient était conséquent à la souche E.Coli 0157.</footnote>

<footnote n="67">⁶⁷ Une de ses complications gravissime est un syndrome hémolyse urémie (SHU) (anémie, insuffisance rénale, diminution des plaquettes – thrombocytopénie - et problèmes cérébraux parfois irréversibles.On a rapporté en 2011 3 254 cas d'infection à E. Coli entero-hémorragique (ECEH) O104:H4, dont 601 cas de SHU confirmés (et 183 cas de SHU suspects), et des dizaines de décès.</footnote>

<footnote n="68">⁶⁸ Pour en savoir plus, voir ce site Web du ministère chargé de la santé, France : http://www.sante.gouv.fr/syndrome-hemolytique-et-uremique-shu.html</footnote>
émergentes et ré-émergentes les plus graves dans le monde : 50 000 personnes par an en meurent (OMS)<fnref n="69" />.

Parmi les **helminthiases** émergentes, celles liées à la consommation d'invertébrés crus (plats exotiques au cours de voyages) sont fréquemment décrites.

**Le nombre d'individus n'ayant pas accès à l'eau potable est désormais inférieur à un milliard, l'Afrique restant à la traîne, selon l'OMS en 2008.** La déclinaison des causes agroalimentaires montre une imbrication des différentes situations qui suivent [2].

## Elevages intensifs :

- promiscuité (induisant la fragilité des animaux d'élevage) ;

- utilisation d'antimicrobiens (provoquant l'apparition de bactéries résistantes).

## Industrialisation de la chaîne alimentaire :

- transports d'aliments et importation d'aliments non conformes ;

- chaîne du froid et rupture de la chaîne du froid (par exemple, l'agent de la listériose est capable de se multiplier à de très basses températures (jusqu'à 2°C).

## Restauration collective :

- changements des modes de vie (les repas pris à l'extérieur du domicile multiplient le risque, notamment lors de voyages) ;

- mauvaise hygiène, surtout en ce qui concerne les pays en développement ; on note que le choléra a été émergent en 1991 en Amérique latine, transmis par des aliments contaminés par l'homme en zone côtière (glaces et fruits de mer) ; après une longue absence, il a pu se propager par les systèmes existants d'assainissement et de distribution d'eau, faisant plus de 3 000 victimes ; concernant cette maladie en particulier, les bilans sont incertains ; le nombre de morts déclarés reste en deçà de la réalité ; sa réémergence au Pérou est expliquée par la contamination des zones côtières, favorisée par le courant chaud El Niño ; depuis, propagation à 14 pays d'Amérique latine et atteinte de plusieurs centaines de milliers de personnes.

- eau contaminée ; l'épidémie de choléra de grande ampleur en 2010-2011, suite au tremblement de terre un an auparavant, était prévisible... La létalité, relativement faible grâce aux traitements<fnref n="70" />, fut de moins de 2 % (sur plus de 220 000 personnes atteintes).

## Contamination à grande échelle de produits manufacturés

Un pathogène émergent, appelé récemment *Cronobacter sakazakii*, serait impliqué dans des infections sévères en néonatologie (infection « nosocomiale », c'est-à-dire survenant à l'hôpital), comme la redoutée entérocolite nécrosante (cette maladie serait-elle dans ce cas d'origine alimentaire ?).

Les toxi-infections alimentaires collectives (TIAC) apparaissent en augmentation en France, du fait de leur surveillance exemplaire par la direction départementale des affaires sanitaires et sociales (DDASS), la direction départementale des services vétérinaires (DDSV), les Centres nationaux de référence (CNR). Certaines bactéries de l'espèce *Salmonella*, *S. enterica* subsp. *enterica* (sous-espèces seules pathogènes pour l'homme), appelées *Salmonella enterica*, sont connues pour les poussées épidémiques de plus en plus fréquentes qu'elles provoquent, suite en particulier à

<footnote n="69">69 Voir ce cours de médecine tropicale : http://medecinetropicale.free.fr/cours/cysticercose.pdf</footnote>

<footnote n="70">70 Le choléra, rapidement pris en charge (boisson, perfusion, voire antibiothérapie dans les cas extrêmes), est une maladie relativement bénigne, en particulier chez un individu en bonne santé.</footnote>
l'ingestion de volaille et d'œufs – et, en 2008, de tomates aux États-Unis (600 000 morts par an dans le monde)[139] ! Plus de 2 000 sérotypes sont identifiés.

En Occident, les sérotypes *Entéritidis* et *Typhimurium* sont devenus les souches prédominantes, depuis leur émergence dans les années 1980 ; les serovar. *Hadar*, *Heidelberg* et *Virchow* suivent. On enquête pour retrouver de quel ingrédient alimentaire provient la souche à l'origine de l'épidémie au sérotype rare *Wandsworth* aux États-Unis en 2009 (près de vingt États atteints). C'était de la poudre de brocolis chinoise qui avait contaminé après cuisson des aliments préparés salés, consommés le plus souvent par des nourrissons et des enfants[140].

Les **hépatites** à transmission entérique, c'est-à-dire dont le virus passe au niveau de l'intestin suite à l'ingestion d'aliments contaminés sont particulièrement surveillées en France. L'hépatite virale E est une zoonose transmise par l'ingestion de certaines viandes crues (saucisses à base de foie de porc comme dans les régions Provence-Alpes-Côte-d'Azur et Corse en 2009).

La **mycobactériose à Mycobacterium bovis**, une sorte de tuberculose affectant l'homme par le lait, émergerait dans certains pays d'Europe de l'Est[141]. Régulièrement depuis 2001, on identifie l'infection chez des ongulés sauvages en France[142]. Des cas groupés de transmission interhumaine ont été observés au Royaume-Uni en 2007.

La **cyclosporose** (protozoose) causée par *Cyclospora cayetanensis* est émergente dans les pays développés ou non (hygiène). Elle est méconnue.

La **Toxoplasmose** (protozoose) causée par *Toxoplasma gondii* liée à la consommation de viande d'agneau peu cuite devrait être mieux connue, selon les experts de l'Institut de veille sanitaire (InVS)[143].

## 3.2 Maniement des antimicrobiens

### 3.2.1 Résistance aux antimicrobiens

#### 3.2.1.1 Résistance aux antibactériens

Dès l'apparition des premiers antibactériens, on constate des souches résistantes aux antimicrobiens[144-145]. En 1945, lors de la remise de son prix Nobel, Alexander Fleming avait mis en garde dans son discours des risques liés à une mauvaise utilisation de sa découverte. On peut retrouver sur l'Internet ce document : « Penicillin, Nobel Price Lecture, 194571 ». Son idée était qu'il fallait tuer les microbes, et donc prendre la juste dose de pénicilline, afin de ne pas « éduquer » les germes à être résistants. On note que la résistance naturelle et innée est un autre versant, compliquant bien sûr les traitements.

Les mécanismes de résistance font l'objet de publications dès 1940[146]. Les premières alertes sont lancées dans les années 1960 et 1970. Les conséquences de maladies non curables par des molécules classiques sont lourdes, d'une part sur la santé des individus, d'autre part sur le plan économique (surcoût lié au développement de nouveaux médicaments)[147]. La France reste en 2006 parmi les nations grosses consommatrices d'antibiotiques antibactériens en Europe[148], mais les efforts entrepris depuis la campagne « Les antibiotiques, c'est pas automatique » ont porté leurs fruits. Le troisième plan interviendra en 2011 pour « Préserver l'efficacité des antibiotiques » (usage moindre).

Depuis 30 ans, seules deux classes d'antibiotiques nouvelles ont été découvertes (famille chimique) : le Linézolid, classe des oxazolidinones, et la Télithromycine, classe des kétolides.

<footnote n="71">71 http://nobelprize.org/nobel_prizes/medicine/laureates/1945/fleming-lecture.pdf</footnote>
Aucune innovation n'est donc attendue dans les 10 ans à venir (recherche longue, qui ne semble pas prioritaire). Les nouveaux antiviraux sont récents, alors que des résistances apparaissent. Il n'existe pas réellement d'armes thérapeutiques efficaces et sans risque pour les champignons ou les levures.

### Les facteurs incriminés par l'OMS sont :

- usage non contrôlé (la France a réduit de 1/4 sa consommation d'antibiotiques depuis 2005 !);

- élevage et pisciculture (traitements préventifs des animaux);

- milieu hospitalier (infections nosocomiales);

- mauvais suivi;

- traitement empirique;

- automédication dans les pays pauvres.

### Les mécanismes de résistance acquise décrits sont de plusieurs types :

- sélection de mutations (verticale);

- transfert génétique (horizontal).

On peut noter que la relation causale entre antibactérien et résistance n'a été démontrée que très récemment : on a enfin prouvé scientifiquement l'émergence de souches résistantes, in vivo, chez des sujets soumis à des macrolides[149].

Par ailleurs, une équipe française démontre en 2009 comment une bactérie pathogène détourne les acides gras, nutriments pour leur membrane cellulaire, du sang circulant, chez l'homme : serait-ce un mécanisme de résistance ? La remise en question des tests de sensibilité médicamenteuse, qui ne sont pas faits en présence de sérum humain, compromettrait-elle le développement de nouveaux antibiotiques[150] ?

Utilisation du téléphone portable par les soignants : cas particulier...

Cette voie de transmission, évidente mais mesurée (contamination des appareils par des bactéries, et parfois par des bactéries résistantes), va obliger les professionnels de santé, médicaux et paramédicaux, à adopter dans un avenir immédiat des changements de comportement par rapport à l'hygiène. En effet, les mains devraient être lavées juste avant le soin ou l'examen clinique. Les anglais mettent en garde contre cette voie de transmission depuis quelques années[151].

### Parmi les bactéries résistantes émergentes, celles entraînant la plus haute morbidité dans les pays développés, avec des infections invasives<sup>72</sup> sont décrites ci-dessous.

Le *Staphylococcus aureus* (staphylocoque doré) résistant à la Méticilline<sup>73</sup> (MRSA ou SARM) ; l'infection à SARM est à la fois une infection nosocomiale émergente très grave depuis 60 ans et une infection communautaire (c'est-à-dire dans la population générale) depuis les années 1990 ; les sportifs seraient des groupes de sujets à risque[152] ; aux États-Unis, les dialysés et les patients grippés sont plus vulnérables[153-154] ; on note toutefois une décroissance en France[155], sinon que la proportion d'infections à staphylocoque doré résistantes reste élevée en France au regard d'autres pays, notamment d'Europe du Nord. C'est pourquoi les efforts entrepris ces dernières années doivent être poursuivis, selon un récent colloque en novembre 2008 à la Direction générale de la santé. Les CDC américains ont lancé sur leur site une campagne d'information pour tous extrêmement complète en février 2009 : brochures, posters, algorithmes thérapeutiques, photos (documents multiformats, multisupports)...

Le *S. Aureus* résistant à la Vancomycine (autre classe d'antibactérien), appelé **VRSA**, émerge depuis la fin des années 1990.

D'autres bactéries comme *Enterococcus faecalis* et *Enterococcus faecium* sont des pathogènes émergents, parfois résistants chez les patients fragiles (hôpital, chirurgie). Ces entérocoques résistants à la Vancomycine (**EVR**) et à d'autres glycopeptides sont d'actualité (**ERG**) ; une étude

<footnote n="72">72 Dissémination de microorganismes pathogènes à partir d'un foyer infectieux primitif.</footnote>

<footnote n="73">73 La Méticilline est une sorte de pénicilline.</footnote>
faite à Nancy en 2007 montre que les patients porteurs (au niveau rectal) ont été contaminés par une même souche à l'origine d'une épidémie affectant toute la région Lorraine[156] ; ces bactéries multirésistantes sont sous haute surveillance dans les unités de soins intensifs. On craint surtout que le staphylocoque doré, à son contact, déjà très bien armé contre les antibiotiques, ne se mette à résister plus fréquemment à la Vancomycine. Le transfert d'un gène (vanA) peut s'observer des EVR aux MRSA[157]. Par ailleurs, l'évaluation du portage digestif d'entérocoques résistants à la vancomycine fut seulement de 0,3 % en Lorraine en 2006[158].

Les entérobactéries sécrétrices de bêta-lactamase à spectre étendu (ESBLs ou EBLSE) sont très préoccupantes par leur fréquence, en particulier les *Escherichia coli* [155] ; on peut citer *Klebsiella pneumoniae*, agent de pneumonies, résistante à toutes les bêta-lactamines, y compris à l'Imipénème<sup>74</sup> en région Île-de-France (2004). Les imipénémases ont d'abord été décrites en 1999 en Italie chez *Pseudomonas aeruginosa* puis ultérieurement chez des entérobactéries (comme les klebsiella). Des abcès au foie à **Klebsiella pneumoniae** résistantes apparaissent en Irlande au début de l'année 2011, ce qui n'avait pas été décrit en Europe mais en Asie dans les années 1980...iL s'agit donc d'un nouveau risque en Europe. D'autres parties du corps peuvent être atteintes chez les sujets fragiles.

Le *Streptococcus pneumoniae*, agent des otites aiguës et des pneumonies graves résiste à la pénicilline (pneumocoque de sensibilité diminuée à la pénicilline **PSDP**), aux carbapèmes, aux fluoroquinolones, aux macrolides (Erythromycine), mais aussi à la nouvelle classe des Kétolides (Télithromycine). Le sérotype K, (avec sécrétion de bêta-lactamases) serait en cause dans des endophtalmies<sup>75</sup> compliquées. Le vaccin est un grand progrès.

Le groupe des bactéries gram négatif<sup>76</sup> hospitalières, nommées (**ESCaPPM**)<fnref n="77" />[159], cause fréquente d'infections nosocomiales avec émergence de résistances durant le traitement par bêta-lactamines est constatée. En définitive, régulièrement, des études démontrent les résistances bactériennes. La diminution de consommation des antibiotiques en France en 2007-2009, grâce à une campagne de la Caisse nationale d'assurance maladie (CNAM), fait espérer des progrès sur ce plan.

Dans les pays en développement, on peut surtout citer : *Haemophilus influenzae*, *Neisseria meningitidis*, agents de méningites, mais aussi *Streptococcus pneumoniae*, *Neisseria gonorrhoea*, *Salmonella* serotype Typhi, les *Shigella* et *Vibrio cholerae*<sup>78</sup>.

Parmi les multirésistances, on peut citer :

- **Salmonella** sérotype Typhi (fièvre typhoïde) multirésistante ; on a relevé la propagation à l'échelle mondiale, chez l'homme et certains animaux, d'une souche de *S. Typhimurium* multirésistante définitive phage type 104 (DT 104)<fnref n="79" /> ;

- *Mycobactérium tuberculosis* (ou bacille de Koch), agent de la **tuberculose** : selon l'OMS, une recherche récente portant sur la tuberculose à bacilles ultrarésistants (UR) montre que ces bacilles résistent à tout antituberculeux actuel, dans toutes les régions du monde. Cette tuberculose est fréquente en Asie, mais aussi en Afrique du Sud, où la survenue d'une épidémie pourrait tuer un grand nombre de séropositifs. Mais, c'est dans la région Europe de l'OMS, et notamment dans les pays de l'ex-URSS, que 70 000 personnes meurent chaque année (14 pays sur 20 sont très exposés).

Un fait positif : les cas déclarés de tuberculose diminuent en France[160]. De plus, on annonce en 2009 qu'une classe d'antibiotiques inédits, les nitro-benzothiazinones modifiés structurellement, pourraient limiter l'apparition de bacilles résistants par inhibition du système de régulation du bacille face aux antibiotiques[161]. Toujours en 2009, une étude préliminaire met en évidence l'intérêt des fluoroquinolones

<footnote n="74">74 Classe des carbapèmes (bêta-lactamines).</footnote>

<footnote n="75">75 Inflammation et/ou infection du contenu oculaire</footnote>

<footnote n="76">76 La coloration de Gram est un facteur déterminant dans la taxinomie (classification) bactérienne (Gram négatif et positif).</footnote>

<footnote n="77">77 Pour *Enterobacter spp*, *Serratia marcescens*, *Citrobacter freundii*, indole-positive *Proteus spp*., *Providencia spp*.* et *Morganella morganii*.</footnote>

<footnote n="78">78 Agent du choléra, retrouvé dans l'environnement aquatique au sein d'organismes vivants.</footnote>

<footnote n="79">79 Eurosurveillance, Volume 2, Issue 20, 14 May 1998 : p://www.eurosurveillance.org/ViewArticle.aspx?ArticleId=1216</footnote>
(classe d'antibiotiques) en première intention, dans toute tuberculose[162]...

Dans le même temps, on comprend mieux les lieux cellulaires des mécanismes de latence (ou de dormance), expliquant le possible réveil de cette infection chez un individu[163-164]. Le but de l'OMS est de faire cependant que cette maladie ne soit plus un problème de santé publique en 2050. Le plan mondial de l'OMS intitulé « Halte à la tuberculose » 2006-2015 lutte contre la tuberculose ultra-résistante (UR).

- Août 2010 : NDM-1, pour New Delhi metallo-beta-lactamase 1 (NDM-1) ; une infection nosocomiale majeure sur le plan du risque pour la santé publique mondiale est détectée au Royaume Uni : des entérobactéries gram négatives multirésistantes, et notamment aux carbapèmes, porteuses du gène NDM-1 en Inde et au Pakistan entraîne des cas groupés au Royaume Uni[12]. Tous les patients avaient en commun d'avoir subi une intervention chirurgicale en Inde (ce qu'on désigne par tourisme médical). La vente libre d'antibiotiques dans ces pays semble être la cause de cette sélection dangereuse.

- Février 2011 :- mais anciennement 2003 - Acinetobacter baumanii, bactérie nosocomiale, inquiète les observateurs des maladies nosocomiales à Marseille.

Ces alertes ont été médiatiquement trop couvertes selon des spécialistes<fnref n="80" />, elles ne devraient pas : « revêtir le caractère d'une information engendrant la peur au niveau national (...) ». Les personnes touchées, en état de faiblesse sur le plan immunitaire, étaient hospitalisées dans des services lourds.

### 3.2.1.2 Résistance aux antipaludiques

Parmi les parasitoses, **Plasmodium falciparum**, agent du paludisme le plus grave, développait rapidement des résistances à la Chloroquine au début des années 1950, d'abord en Asie puis en Afrique, d'où l'échec de son éradication. Certains pays connaissent des taux de 100 % de résistance à ce médicament avec des multirésistances. Une réémergence de la sensibilité peut survenir après arrêt de la Chloroquine à l'échelle d'un pays[165].

Ce qui est nouveau, c'est que **Plasmodium vivax** devient résistant à ce médicament dans les années 1990 (premier cas décrit en 1989), plus particulièrement en Indonésie et Papouasie-Nouvelle-Guinée[166].

Ce paludisme relativement bénin menacerait plus d'un milliard d'individus dans le monde !

### 3.2.1.3 Résistance aux antiviraux

Parmi les virus, ceux des **hépatites B et C** émergent comme résistants aux antiviraux (Lamivudine, et plus récemment Entecavir). Les échecs thérapeutiques concernant le **sida** en Occident ont été attribués pour un tiers des cas aux phénomènes de résistances virales

### 3.2.2 Maladie nouvelle : Clostridium difficile

Il est connu que la prise d'antibactériens modifie la flore digestive. On peut citer la maladie émergente décrite dans les années 1970, due à certaines souches de **Clostridium difficile**, bactérie habituellement commensale de l'intestin. Commensal signifie « qui vit avec un autre organisme, d'une espèce différente, et qui se nourrit des surplus de ce dernier sans lui nuire »...

La colite pseudomembraneuse est la forme la plus sévère de l'infection. Selon une recherche effectuée au Canada, en collaboration avec les Centers for Disease Control and Prevention (CDC) des États-Unis, la souche de C. difficile qui a infesté certains hôpitaux du Québec et qui arrive en Europe (souche dite « 027 »), est vingt fois plus toxique que la plupart des souches de cette bactérie.

<footnote n="80">80 L'Institut de veille sanitaire (InVS) crée le dispositif de télédéclaration de signalement d'une infection nosocomiale en 2011.</footnote>
Cette bactérie peut se développer et sécréter des toxines, surtout chez des patients sous toute thérapie altérant la microflore intestinale, en particulier sous antibiotique. Une souche très toxique s'étend dans tous les pays industrialisés, en milieu hospitalier face aux actes de soins ou de chirurgie digestive. Cette infection provoque actuellement chez les patients canadiens plus de 200 décès par an[167]. Elle est apparue en 2005 en Europe[168-169].

Les décès sont en majorité recensés chez les sujets âgés (mégacôlon toxique)[170]. Elle serait aussi cause de symptômes digestifs graves aux États-Unis chez des nouveau-nés et nourrissons, constatation faite depuis peu. On décrit un nombre croissant de cas non hospitaliers. La prise de médicaments anti-acides serait l'un des facteurs de risque[171]. Parce que des traitements antibiotiques itératifs peuvent créer la sélection de souches redoutables, telle la souche hypervirulente BI/NAP1/027, de même qu'un risque de récidive, l'arrivée d'anticorps monoclonaux ciblés contre les toxines (sérothérapie) est une avancée majeure en 2010[172]. En 2011, on commence avec succès en Norvège les instillations de selles fraîches dans le duodénum de patients gravement atteints (Fecal Donor Instillation Therapy (FDIT))[173]81. Jusqu'à cette date, la bactériothérapie fécale consistait en une extraction de bactéries de selles de donneurs (amenées par sonde gastrique).

### 3.2.3 Infections opportunistes

Elles sont surtout la conséquence du sida et des traitements immunodépresseurs (après greffes d'organes), ou myélosuppresseurs (en particulier avant greffe de moelle).

Dans le cas du sida : outre les infections opportunistes bien connues, on peut citer l'émergence inquiétante de tuberculoses, d'amibiases, de leishmanioses avec localisations inhabituelles traduisant la diffusion polyviscérale du parasite, de syphilis, de gonococcies. Toujours chez les sidéens, sont décrites comme émergentes des infections à certains fungi, mais aussi la poliomyélite antérieure aiguë vaccinale en Afrique.

Par ailleurs, certaines maladies, infectieuses ou non, ont comme complication l'immunodépression ; c'est le cas de la mucoviscidose, de l'hépatite virale A ou des ehrlichioses (dues à des bactéries intracellulaires qui détruisent des globules blancs, d'où une leucopénie). Dans la mucoviscidose, sont étudiées des bactéries opportunistes du complexe Burkholderia cepacia, un phytopathogène (c'est-à-dire connu comme pathogène des plantes) ; le pronostic des transplantations pulmonaires peut en dépendre. Un antiseptique contenant ce pathogène bénin pour les individus sains a été retiré du marché aux États-Unis en 2008.

**Parmi les bactérioses, il faut noter, par exemple, les formes cliniques sévères des bartonelloses.**

**Parmi les protozooses**, on peut citer la cryptosporidiose<fnref n="82" />, maladie émergente depuis sa découverte (!). Elle est habituellement asymptomatique chez le patient immunocompétent, et très grave chez l'immunodéprimé. On estime que 80 % de la population américaine a été à ce jour infectée. L'amibiase invasive, dans ses zones d'endémie (en Asie), est une maladie émergente chez les personnes malades du sida[174]. Des cas d'isosporoses<fnref n="83" /> et de cyclosporidioses<fnref n="84" /> sévères sont observés chez d'autres patients immunodéprimés. Elles sont spontanément résolutes chez l'immunocompétent.

**Parmi les viroses**, dans le Nouveau Monde, on note des cas de plus en plus fréquents de méningo-encéphalites au virus de la chorioméningite lymphocytaire (LCMV, Arenavirus, Arenaviridae). Cette maladie peut être grave chez les transplantés ; elle peut aussi être cause d'infection

<footnote n="81">81 Selles d'un proche sans maladie contagieuse transmissible détectable, et non sans en avoir averti les patients, précisent les auteurs.</footnote>

<footnote n="82">82 Due à *Cryptosporidium parvum*, découvert en 1976 chez l'homme.</footnote>

<footnote n="83">83 Due à *Isospora belli*.</footnote>

<footnote n="84">84 Due à *Cyclospora cayetanensis*, notamment.</footnote>
néonatale. Le nombre de cas augmente, elle est émergente aux États-Unis. Le plus souvent, ce sont des rongeurs, animaux de compagnie du donneur d'organe, qui constituent la source de contamination. On décrit de plus en 2007 en Australie un nouveau virus, provisoirement décrit comme virus CML-like, découvert chez trois receveurs du même donneur d'organe - à suivre, donc. La virose à Human **Cytomegalovirus** est une maladie émergente chez les patients greffés et ceux victimes de sida. La néphropathie associée au **Polyomavirus hominis de type I** (ou virus BK) est une maladie émergente atteignant les receveurs d'allogreffes ; c'est aussi le cas de l'**Herpesvirus 6**, agent de la roséole infantile, bénigne chez l'enfant immunocompétent.

**Parmi les mycoses**, toujours chez les transplantés sous immunodépresseurs, on décrit des épidémies récentes de fungémies à un probiotique (supplément alimentaire constitué de bactéries), largement utilisé (**Saccharomyces cerevisiae** sous-type **boulardii** (Ultra-levure®)[175-176]. Les personnes immunodéprimées et les cathéters contaminés en sont la cause. Ce qu'on appelle une « fungémie » ou « fongémie » est la mise en évidence (en culture), d'un fungus dans le sang du patient.

On décrit l'émergence de fungémies à *Fusarium spp.*<sup>85</sup> Nombre de levures, sous leur forme mycélienne, sont cause d'infections invasives chez ces patients fragilisés.

La prévalence des mycoses endémiques est en augmentation chez les immunodéprimés, comme celles à *Penicillium marneffei* – le sida provoquant des pénicillioses graves dans le Sud-Est asiatique – *Coccidioides immitis*, et *Histoplasma capsulatum* [177], de même que les microsporidioses à *Encephalitozoon* et *Enterocytozoon*, les plus courantes d'entre elles<sup>86</sup>.

L'aspergillose ou la candidose sont des maladies bien connues[178]. Mais des mycoses nouvelles émergeraient chez des immunocométents. D'autres infections à champignons filamenteux, comme les phaeohyphomycoses disséminées augmentent en nombre[179] ; des colonisations émergentes mettent en danger les voies respiratoires des patients atteints de mucoviscidose (multiplication de germes habituellement saprophytes comme *Scedosporium apiospermum* forme asexuée d'un champignon connu sous le nom de *Pseudallescheria boydii* (*Ascomycota* ou ascomycète)[180].

## 3.3 Viroses

L'alerte la plus proche concerne la toute nouvelle grippe A H1N1 pdm de 2009-2010, virus humain, résultant d'un triple réassortiment génétique (virus humain, virus aviaire, virus porcin). Les virus grippaux des mammifères sont issus de virus aviaires

Les alertes récentes ont concerné des zoonoses virales, dont le franchissement de la barrière d'espèce est un frein, qui les empêchent le plus souvent d'être transmissibles entre humains[181]...

On peut citer, parmi ces maladies virales, des arboviroses ou des fièvres hémorragiques (que nous écrirons dans ce document sous la forme « f. hém. »), parfois elles-mêmes des arboviroses (voir Annexe 4).

### 3.3.1 Arboviroses émergentes et réémergentes

On connaît une cinquantaine « d'arbovirus » pathogènes pour l'homme, provoquant en général une infection fébrile bénigne. Seuls quelques uns sont responsables d'affections graves. La piqûre d'un arthropode hématophage dans lequel le virus se multiplie est le mécanisme de leur pouvoir infectant.

La **dengue** est endémique dans une centaine de pays et réémerge en zone tropicale, particulièrement en Asie (Sri Lanka et Inde depuis 1989), et en France, en 2004, à La Réunion.

<footnote n="85"><sup>85</sup> Spp. signifie qu'il est fait référence aux autres espèces de cette bactérie.</footnote>

<footnote n="86"><sup>86</sup> L'ingestion de spores de ces « parasites » intracellulaires (espèces très nombreuses) entraîne une diarrhée. Leur appartenance aux fungi est désormais établie (voir Annexes 3 et 5).</footnote>
Durant l'été 2010, ce sont toutes les Antilles qui sont concernées. Le pic épidémique qui a débuté tôt (fin 2009, début 2010) est encore plus fort qu'en 2009 (en France : Martinique, Guadeloupe, île Saint-Martin). Même la Floride voit des cas autochtones de dengue depuis 2009. Des épidémies majeures ont eu lieu en 2007 en Asie du Sud-Est, et on a craint une flambée particulière en 2008 aux Philippines, du fait d'un typhon, pouvant favoriser la multiplication des vecteurs (cyclone tropical). Elle devient un problème sanitaire grave par l'augmentation des formes hémorragiques, survenant aussi bien dans les Antilles françaises et en Guyane qu'en Polynésie (depuis 2007/2008).

En automne 2009, la confirmation de cas de dengue (sérotype DEN-3) au Cap-Vert, inquiète les épidémiologistes. Aucune épidémie de dengue n'avait été décrite jusqu'à ce jour dans cet État insulaire lusophone de l'Afrique de l'Ouest. Il s'agit du virus circulant en Côte d'Ivoire depuis 2007. Il n'existe pas de système de surveillance spécifique dans ces régions.

La circulation du virus de la dengue serait largement sous-estimée, mais on peut aussi connaître des épidémies « dengue-like », par exemple celle à virus **Oropouche** au Pérou, en juin 2010, selon le *Bulletin Hebdomadaire International* du n°248, publié par l'Institut de veille sanitaire (voir aussi ce virus signalé dans le tableau des 177 maladies émergentes, en annexe).

La **fièvre jaune**, gravissime, est en réémergence faute de programme de vaccination systématique. On distingue la fièvre jaune urbaine, en Amérique latine (au Paraguay en mars 2008), qui constitue un risque épidémique au sein d'une population non immunisée, et pour laquelle l'homme est l'hôte vertébré et *Aedes aegypti*, le moustique vecteur.

L'encéphalite à Virus **West Nile** a fait 600 morts, entre 1999 et 2003, depuis son émergence en 1999 en Amérique du Nord, au plus fort de l'épidémie. On la redoute en France, sachant qu'elle est déjà présente en Europe de l'Est et en Italie, faisant des victimes en octobre 2010 (par exemple à Venise, ville touristique). En août 2011, la Grèce et Israël comptent des épidémies majeures.

En Australie, le virus **Barmah** a provoqué des épidémies en 2006 et 2008 (réémergence d'un virus identifié chez l'homme en 1986, connu chez le moustique depuis 1974)[48].

Au printemps et été 2007, un virus proche de la dengue, le virus **Zika** (*Flavivirus*), auparavant connu en Ouganda (Afrique) et île de Java (Indonésie), a provoqué une épidémie sans gravité en Micronésie.

L'encéphalite **japonaise**, parfois meurtrière, continue de provoquer des craintes dans les pays de l'Asie de l'Est et du Sud-Est. Des épidémies se succèdent en Inde du nord depuis les années 1990. La zone d'endémie s'étend dans le monde. Une vaccination existe. Elle est proposée plus largement aux voyageurs. Cette arbovirose est favorisée par la mousson.

L'encéphalite de **Saint Louis**, maladie le plus souvent bénigne, due à un flavivirus, est endémique dans toute l'Amérique. On signale cependant des cas groupés début 2010, pour la première fois, en milieu urbain à Buenos Aires (capitale de l'Argentine). La lutte antivectorielle est en marche (il n'existe pas de vaccination). La concentration humaine urbaine fait redouter une épidémie.

Le Brésil, territoire immense, réunit beaucoup des conditions environnementales, climatiques et humaines optimales pour l'émergence ou la réémergence d'arboviroses. L'exemple type est le virus de la dengue, mais d'autres virus, comme celui de la fièvre à virus **Mayaro** - quelques cas en Guyane française en 2010[182]. Les virus **Rocio** et **Ilheus** (causes d'encéphalites) sont surveillés dans ce pays où « se côtoient » : climat tropical, moustiques et humidité, déforestation, bouleversement des écosystèmes, surpopulation et surtout, pauvreté[183].

### 3.3.2 Fièvres hémorragiques

#### Emergences
- Des fièvres hémorragiques (f. hém.) virales peuvent être transmises par des arthropodes ou par des rongeurs (voir Annexe 4).

- F. hém. émergentes, dues à des **Hantavirus** (*Bunyaviridae*), vecteurs rongeurs :

- f. hém. avec syndrome rénal à virus **Puumula** (FHSR), France, émergence (1985), réémergence (années 1990, années 2000), grande recrudescence de cas dans l'Est de la France et les pays avoisinants (18 cas de FHSR ont été notifiés à l'InVS par le Centre national de référence des fièvres hémorragiques virales pour le seul premier trimestre 2007) ; Ce nombre augmente encore début 2010 ; le quart Nord-Est de la France est surveillé de près par une communication auprès des médecins en juillet 2010.

- f. hém. avec syndrome rénal à virus **Belgrade/Dobrava** émergeant dans les Balkans (guerre, 1995) ;

- syndrome pulmonaire à virus **Sin Nombre**, émergeant aux États-Unis (1993) ;

- f. hém. du Venezuela (1989).

## Exemples de f. hém. réémergentes

On peut citer quelques f. hém. devenues endémiques dans certains pays : f. hém. avec syndrome rénal à Hantavirus (**Hantaan**) en ex-URSS, Chine, Corée (2006), f. hém. avec syndrome rénal à virus **Séoul**, en Corée du Sud, Japon, Chine (2006). Deux syndromes différents sont associés aux hantavirus : « rénal » (en Europe) et « pulmonaire » (dans le Nouveau Monde).

- **Fièvre de la vallée du Rift** (*Phlebovirus*, *Bunyaviridae*, vecteur arthropode), réémergente en Afrique (Soudan en 2007, Afrique du Sud en 2010, etc.) ; un cas en France à Mayotte en 2007 puis plusieurs cas en 2009 (maladie qui y sévirait à bas bruit depuis 2006). Au printemps 2009, une coopération exemplaire Sénégal/France : le Centre de suivi écologique (CSE) de Dakar, au Sénégal, collabore avec le Centre national d'études spatiales (CNES) de Toulouse, pour obtenir des images satellitaires des petites mares temporaires ; celles-ci sont les gîtes larvaires de *Aedes vexans* et *Culex poicilipes*, principaux vecteurs de la cette maladie. Les cartes dressent un état des « Zones potentiellement occupées par les moustiques » (ZPOM). Les premiers cas 2011 sont signalés en Tunisie en novembre (Institut Pasteur de Tunis<fnref n="87" />).

On peut citer aussi :

- maladie de **Marburg** (*Filoviridae*), dont la roussette d'Egypte, chauve-souris frugivore, est vecteur *et* réservoir (fait découvert en 2007[184]) ; cette maladie réémerge en République démocratique du Congo en 1998 et 1999 ; un seul cas est signalé en Ouganda en juillet 2007 ; un cas importé de ce pays chez une femme survient aux Pays-Bas en juin 2008 ;

- fièvre à virus **Ebola**, virus « cousin » du Marburg (*Filoviridae*), les vecteurs et réservoirs vraisemblables étant les carcasses de grands singes et les chauves-souris, réémergente en République démocratique du Congo (2007, 2009), en Ouganda (2007) ; une alerte a concerné les États-Unis en 1996, chez des singes importés des Philippines ; cette souche nommée Reston était et reste bénigne pour l'homme : elle est la cause d'une épidémie aux Philippines en 2009 ;

- f. hém. de **Crimée-Congo** (*Nairovirus*, *Bunyaviridae*, vecteur acarien (tique *Hyalomma marginatum*), réémergente en 2001 en Afrique et flambées constatées en ex-URSS et Turquie depuis 1999 (Bulgarie en 2008). une personne en est morte en Grèce en 2008 ; on la détecte en 2011 au Pakistan ; selon le docteur Jean-Claude George, médecin en Lorraine, mettant à jour en continu un site de référence sur les maladies à tiques en France (Voir Webographie, http://www.maladies-a-tiques.com) : « Le changement climatique et l'importation aviportée régulière d'espèces de Hyalomma en Europe occidentale nous exposent à leur naturalisation et au risque émergentiel » ;

- f. hém. de **Lassa** (*Arenavirus*) : cette maladie à Arenavirus est endémique au Libéria par exemple, mais une épidémie a été décrite en 2006 dans ce pays. Les morts sont attribuées en grande partie à la guerre

<footnote n="87">87 Bulletin hebdomadaire inyernational (BHI), n°320 – Mercredi 9 novembre 2011</footnote>
civile passée (1989-2003) ; elle a entraîné une pénurie des services de soins, des médecins et des médicaments (et donc de l'antiviral ribavirine). Elle fait des milliers de morts par an en Afrique.

- Et puis, un **nouvel arenavirus** pathogène (?) pour l'homme aurait été découvert en Afrique du Sud en automne 2008, à l'origine de cinq cas et quatre décès[185]...

### 3.3.3 Risques d'émergence

**On peut citer des virus, causes de ces risques :**

- le virus de l'hépatite E (VHE), dont le porc (ou le sanglier) sont des réservoirs, représente un danger potentiel de par sa distribution planétaire ; c'est un virus de génotype 3 qui représente les cas autochtones humains et porcins en Amérique et en Occident ; sa survenue chez la femme enceinte est dangereuse (bien que les hommes âgés soient le plus souvent atteints) ; la France est le pays où la proportion de VHE constatée parmi les cas d'hépatite aiguë est l'une des plus élevée d'Europe[186] ;

- le **métapneumovirus humain** qui est la cause d'une maladie émergente respiratoire basse (type bronchiolite) chez des nourrissons et des enfants[187-189], et qui provoque des encéphalites avec convulsions[190] ;

- des **coronavirus** (HcoV, HKU1) et un **parvovirus**, le *Human bocavirus* (HboV) qui seraient des agents d'infections respiratoires basses chez les tout-petits durant les mois froids[191] ;

- la grippe aviaire chez l'homme, **souche H5N1** hautement pathogène risque d'émergence chez l'homme dans des pays jusqu'alors exempts d'une transmission animal homme ;

- le syndrome respiratoire aigu sévère (**SRAS**) émergeant en 2002-2003 dans le monde ;

- la variole du singe (**Monkeypox**) chez l'homme, cause d'épidémie aux États-Unis depuis 2003, due à l'importation aux États-Unis de rats et d'écureuils d'Afrique Noire (maladie endémique en Gambie et au Ghana) ; les chiens de prairie (rongeurs américains comme leur nom ne l'indique pas) en sont des réservoirs potentiels[192] ;

- d'autres zoonoses comme la rage et ses apparentés, depuis que les chauves-souris ont été identifiées comme réservoir, peuvent être mentionnées ; les encéphalites à virus **Nipah** et **Hendra** en font partie[98] ; nous avons rapporté que la réussite émergentielle du virus *Hendra* serait à nuancer. Le virus *Nipah* est un danger plus redouté en cas de tentative bioterroriste.

- On note la réémergence de la **rage** chez les animaux dans le monde depuis le début des années 1990 (parfois cinq animaux différents contaminés dans certains pays, notamment les ratons-laveurs (petits carnivores, atteints du génotype 1). Des morts humaines surviennent ; en Amérique du Nord, deux épidémies de cas humains dus à des variants viraux habituellement isolés chez la chauves-souris vampire (c'est-à-dire hématophage) *Desmodus rotundus* ont été constatées en Arizona. Des mouffettes, petits carnivores de la famille des emphatisés, proches des mustélidés (et donc de la belette), ont hérité de l'un de ces virus de chiroptère, qui s'est adapté à cette espèce de façon inquiétante[193].

- En mars 2008, en France métropolitaine, trois cas de **rage d'importation** chez des chiens ont été déplorés et un cas humain de rage confirmé en Guyane (premier cas français depuis 1924) ; la source de contamination est activement recherchée (animal domestique ou chauve-souris hématophage ?) De très nombreuses espèces animales propagent cette maladie mortelle - si les premiers symptômes apparaissent en l'absence du traitement : le fameux vaccin thérapeutique rabique de Louis Pasteur..

On assiste à Madagascar à des émergences depuis 2001 de souches de poliovirus recombinantes entre souches vaccinales et souches d'entérovirus circulants. C'est la **poliomyélite vaccinale**. Ces souches dérivées de la vaccination orale rendent les stratégies d'éradication de la poliomyélite plus complexes[194].
On peut citer aussi l'**herpès** génital - et oculaire chez le nouveau-né - dû aux *Herpesvirus hominis* 1 et 2 (Herpesviridae) qui inquiète les observateurs des pays développés depuis les années 1970[195].

Le syndrome mains-pieds-bouches à **Enterovirus Ev71** – avec une létalité faible mais entraînant parfois des séquelles – envahit l'Asie en 2008 (épidémie très intense)[196].

## 3.4 Bactérioses

### 3.4.1 Zoonoses bactériennes

De nombreux pathogènes zoonotiques, transmis à l'homme par des tiques, des puces, des poux ou par aérosols de vecteurs sont décrits comme émergents ou réémergents.

Des maladies transmises par des tiques (*Ixodidae*), comme les **borrélioses**, dont celle de Lyme, certaines **rickettsioses**[197]<fnref n="88" />, les **ehrlichioses**<fnref n="89" />[198], dont l'anaplasmose humaine, (anciennement appelée **ehrlichiose granulocytique** humaine[199]), ou bien encore la **babésiose américaine** sont considérées comme des maladies émergentes en zone tempérée dans le monde (Canada, États-Unis, Europe) depuis les années 1980. L'**ehrlichiose américaine** est parfois citée dans les médias comme le prototype de maladie émergente, due aux modifications de l'environnement.

D'autres bactérioses, transmises par des arthropodes, sont en augmentation. Une haute prévalence de sérologies positives à **Borrelia recurrentis Rickettsia conorii** et **Rickettsia prowazekii** et la présence de **Bartonella quintana**<fnref n="90" /> est remarquée en France chez des personnes sans logis[200-201]. La promiscuité avec certains animaux (chiens), une mauvaise hygiène corporelle et un mauvais terrain immunitaire sont en cause.

La découverte de co-infections, transmises par une même tique, et aggravant la symptomatologie chez un même patient, est une donnée scientifique assez nouvelle[202].

Des maladies transmises par des ectoparasites (puces, poux) sont réémergentes, comme la **peste** ; des formes multirésistantes en sont décrites à Madagascar ; transmise par des puces de rongeurs, cette bactériose n'a jamais pu être éradiquée [203]<fnref n="91" />; elle sévit en Asie (Mongolie et Chine), en Afrique et en Amérique. La peste est transmise aux rongeurs par piqûre de puce dans sa forme bubonique. La forme pulmonaire (par inhalation d'aérosols issus de rongeurs ou de sujets infectés) est mortelle si elle n'est pas traitée (elle est sensible aux antibiotiques). Cette bactérie est potentiellement utilisable pour le bioterrorisme. Une épidémie récente de peste bubonique a été maîtrisée en Algérie en 2003.

On peut citer aussi **Pyemotes ventricosus**, un acarien parasitant un coléoptère xylophage (*Anobium punctatum*), en cause dans une épidémie de dermatite atypique dans le sud-est de la France en 2006[204] ; cette ectoparasitose, qualifiée *a posteriori* d'émergente en 2008, avait en fait déjà été décrite dans les siècles passés (manipulation professionnelle en milieu agricole).

<footnote n="88">88 La fièvre boutonneuse méditerranéenne due à *Rickettsia conorii* est restée longtemps la seule rickettsiose connue en Europe. Cinq rickettsies du groupe boutonneux y ont été décrites comme pathogènes émergents dans la dernière décennie. Sur les 15 agents pathogènes du genre *Rickettsia*, 11 sont transmis par des tiques. On note l'émergence d'une maladie qui guérit spontanément dans les Bouches-du-Rhône, due à la tique *Rickettsia sibirica mongolotimonae* : le LAR (*Lymphangitis-Associated Rickettsiosis*).</footnote>

<footnote n="89">89 Les **ehrlichioses** sont des maladies animales et humaines. Les plus connues sont, chez l'homme, l'**ehrlichiose monocytique** humaine américaine (*Ehrlichia chaffeensis*), et l'anaplasmose humaine (*Anaplasma phagocytophilæ*).</footnote>

<footnote n="90">90 Agents respectifs de : la fièvre récurrente (borréliose), de la fièvre boutonneuse méditerranéenne en France (rickettsiose), du typhus exanthématique - ou historique, ou épidémique - (rickettsiose), de la fièvre des tranchées - et de bactériémies et septicémie, d'endocardites et d'angiomatose bacillaire - chez les immunodéprimés (bartonellose). Le typhus réémerge donc au sein de populations ou nations défavorisées (Afrique et ex-Yougoslavie).</footnote>

<footnote n="91">91 Le bacille de la peste est *Yersinia pestis*.</footnote>
### 3.4.2 Bactérioses endémiques réémergentes

**Les grandes pandémies du passé refont surface.**

La **tuberculose** est une maladie réémergente, du fait de l'augmentation des personnes immunodéprimées et de l'apparition de résistances[205]. Cependant, en France, la distinction entre une réémergence dans les populations à risque et une décroissance dans le reste de la population doit toutefois être faite[87]. La résurgence n'existe que dans des lieux géographiques particuliers (quartiers démunis des grandes villes)[206].

La **lèpre** resurgit à Madagascar.

Le **choléra** est réémergent en Afrique, du fait des conflits, des problèmes d'accès à l'eau potable et des carences politiques sur le plan sanitaire – le Zimbabwe a été montré du doigt fin 2008, la Côte d'Ivoire et ses problèmes politiques fin 2010. Au Cameroun, on dénombre plus de 150 morts en août 2010 (moins de 10 % de décès) et l'épidémie s'intensifie durant l'hiver 2011, du fait de pluies torrentielles qui avaient atteint le nord du pays. La souche qui y circule aujourd'hui et qui provoque des épidémies est due à *Vibrio cholerae* O1, biotype El Tor[207]. Des flambées épidémiques en Asie font craindre une huitième pandémie au nouveau *Vibrio cholerae* O 139 (cas signalés dans le monde jusqu'en 1996 en Inde et au Bangladesh).

L'épidémie de choléra en Haïti (biotype *El Tor*, classique) en 2010-2011 reste très préoccupante, vu les condition de la reconstruction de l'île après le désastre, et son potentiel de diffusion internationale[208]. Ce sont des militaires népalais qui seraient à l'origine de l'épidémie qui y a sévit (2010-2011).

**En Europe, on assiste à des réémergences, à des risques d'émergence, et à des résurgences.**

La **coqueluche** est souvent diagnostiquée chez des adultes.

La **rougeole** atteint de nouveau les enfants qui n'ont pas été vaccinés.

La **brucellose** est notifiée chez du bétail en Croatie, d'où un risque accru en Europe.

La **tularémie**92, endémique, a provoqué une grave épidémie au Kosovo pendant la période de l'après-guerre (1999-2000) ; les derniers cas groupés en France remontent à 2004 ; avec le risque possible de bioterrorisme, elle est inscrite sur la liste des maladies à déclaration obligatoire depuis 2002.

La **fièvre Q** a provoqué une remarquable épidémie aux Pays-Bas en 2007-2008. La dernière flambée a eu lieu en France en 1998-1999 et 2002[209]93. Cette maladie transmise par inhalation d'aérosols infectés, endémique dans les zones montagneuses dans le monde, peut donc parfois être considérée comme réémergente. Des facteurs météorologiques comme le vent sont parfois mis en évidence[210]94.

En Europe (France, Pays-Bas, Espagne), la résurgence de maladies de Nicolas-Favre ou **lymphogranulomatoses vénériennes** (LGV) se manifeste dans la communauté homosexuelle, en particulier sous forme d'anorectites (à *Chlamydia trachomatis*). Des rapports sexuels anaux non protégés représentent le risque de contracter cette infection sexuellement transmissible[35-36, 211].

Une bactériose est qualifiée de « maladie émergente négligée ». En pleine expansion sous les tropiques, l'**ulcère de Buruli** est la troisième mycobactériose la plus répandue après la tuberculose et la lèpre[212]. Des lésions mutilantes handicapantes en font sa gravité. Son agent, *Mycobacterium*

<footnote n="92">92 Son agent est la bactérie *Franciscella tularensis*.</footnote>

<footnote n="93">93 Bactériose due à *Coxiella burnetti* (rickettsiaceae) transmise par des bovins, donnant un syndrome pseudogrippal.</footnote>

<footnote n="94">94 On peut citer aussi un cas très particulier en février 2009 : une épidémie dans une usine de traitement de viande dans le Maine-et-Loire, selon l'Institut de veille sanitaire (InVS) :
http://www.invs.sante.fr/publications/2010/fievre_q_maine_loire/rapport_fievreQ_maine_et_loire.pdf?</footnote>
ulcerans, serait peut être transmis par un insecte aquatique, selon une étude parue en mars 2008[213]. On peut citer le Bénin en Afrique de l'Ouest, où la surveillance est efficace grâce au formulaire *Buruli Ulcer N°2* (BU02), créé par l'OMS, et son recueil informatisé (depuis 2002-2003)[214]. Un traitement antibiotique s'est révélé efficace en janvier 2011, grâce à une équipe française de l'Inserm<sup>95</sup>[215].

## 3.5 Parasitoses

### 3.5.1 Protozooses

Sont réémergentes depuis les années 1990, mais en extinction grâce aux dons aux pays « pauvres », la trypanosomiase africaine (maladie du sommeil), transmise par une mouche, et la trypanosomiase américaine, transmise par une punaise, infestante par ses déjections.

La pandémie de paludisme est préoccupante, de par les voyages aériens des moustiques vecteurs, la forme à *Plasmodium falciparum* de plus en plus étendue géographiquement, et les résistances accrues aux traitements. La France reste le premier pays d'Europe pour les cas de paludisme d'importation (départements de la Guyane et La Réunion), en diminution cependant depuis les années 2000, selon l'Institut de veille sanitaire.

Les giardiases (dues au genre Giardia) et les cryptosporidioses (à Cryptosporidium parvum) sont émergentes dans tous les pays où on les recherche[216-217] ; le rôle des animaux de compagnie et de l'eau de consommation<sup>96</sup> est également évoqué dans des pays développés ; la malabsorption et/ou les diarrhées chroniques qu'elles provoquent sont relativement bénignes si elles sont traitées. Une grosse épidémie de cryptosporiodiose a eu lieu en Finlande en 2009, la cause étant la salade en sachet importée... Ainsi, la leçon est : il faut aussi rechercher ces parasitoses devant un symptôme de diarrhée chronique inexpliquée en occident.

### 3.5.2 Helminthiases

Dans les années 1990 en Europe, l'échinococcose alvéolaire<sup>97</sup> et la trichinose<sup>98</sup> sont citées parmi les maladies réémergentes[218]. L'homme en est un hôte accidentel, parfois atteint d'une parasitose grave.

Les mesures de prévention existent. Leur incidence diminue chez l'homme en France. Cependant, la présence d'Echinococcus multilocularis est constatée chez le renard, en Europe centrale, là où il n'existait pas[219] ; sa surveillance conclut aujourd'hui à une extension géographique des animaux porteurs du parasite aux confins des villes françaises, le plus souvent dans l'Est, comme à Nancy, selon les résultats présentés en France à l'Académie nationale de médecine en juin 2008[220]. Les carnivores domestiques transmettent ce parasite par leurs selles.

La trichinose, à potentiel épidémique, a connu ses derniers cas groupés en France en 1998 puis en 2005, par hippophagie de viande importée. Cinq cas français d'importation ont été constatés en 2009[221].

On s'est penché en 2000 sur la recrudescence de cas de dirofilarioses<sup>99</sup>.

<footnote n="95">95 Institut national de la santé et de la recherche médicale.</footnote>

<footnote n="96">96 Les oocystes du *Cryptosporidium* pourraient survivre plusieurs mois dans l'eau contaminée par des excréments animaux.</footnote>

<footnote n="97">97 Parasitose d'évolution lente et pouvant même être fatale en l'absence de traitement, due à un cestode : *Echinococcus multilocularis*, après consommation de baies sauvages (ou légumes de potager), du fait de leur contamination par des carnivores, chiens et chats compris.</footnote>

<footnote n="98">98 Parasitose domestique ou sauvage due à des nématodes, genre *Trichinella*, après ingestion de gibier ou de cheval (Serbie : épidémie en 2001).</footnote>
## 3.6 Autres maladies non infectieuses a priori

Ce chapitre tente de faire le point de ce qu'on trouve dans la littérature sous le vocable « maladie émergente ».

Les maladies cardiovasculaires dont l'incidence augmente depuis les années 1950, « l'épidémie » d'obésité et « diabésité<fnref n="100" /> » de la fin du XXe siècle, dont le « syndrome métabolique » et ses complications cardiovasculaires<fnref n="101" />[222] [223] peuvent être qualifiées d'émergentes.

On peut signaler aussi dans ce cadre de nouvelles entités nosologiques comme la **stéatohépatite non alcoolique**<fnref n="102" />, la fibromyalgie<fnref n="103" /> ou un syndrome comme celui de la guerre du Golfe<fnref n="104" />. Des controverses existent pour la sensibilité chimique multiple<fnref n="105" />[224].

La myofasciite à macrophage, entité émergente depuis 1999, aurait disparu par la « démonstration de son inexistence », selon nos lectures... En revanche, on surveille de près la **stéatose hépatique** méconnue évoluant vers la cirrhose chez les patients traités par antirétroviraux [225], comme certains **cancers professionnels**. Les **glomérulopathies chroniques** semblent affecter un nombre croissant d'obèses en Chine [226].

La **démence à corps de Lewy**, différenciée en 1984, est la deuxième cause de démence selon les anatomopathologistes (une démence sur cinq ?). Il faut garder à l'esprit que l'étiologie d'une démence n'est en définitive vraiment certaine que post-mortem même si on peut tout à fait préjuger de la présence d'une maladie d'Alzheimer en 2011... On lit que la démence à corps de Lewy serait une maladie émergente (?).

Lorsque les conditions de vie sont précaires, des réémergences surviennent. Des carences vitaminiques, entraînant le **scorbut** ou le **rachitisme**<fnref n="106" />, chez les sans-abri<fnref n="107" /> des pays riches et les populations malnutries des pays pauvres sont des maladies anciennes qui réapparaissent. Ce sont donc des maladies métaboliques : peuvent-elles pour autant être qualifiées d'émergentes ? Voir le paragraphe 1.2. Définitions.

L'allure épidémique de toute maladie non considérée comme infectieuse fait que les chercheurs se penchent sur une étiologie microbienne [227]. Récemment, des microorganismes (des bactéries et l'Adénovirus 36) sont de nouveau mis en cause dans l'inflammation au cœur du tissu adipeux, ou bien dans la cavité buccale, en lien avec l'**obésité** et le **diabète de type 2**[228-230].

Les relations entre des infections et/ou des états inflammatoires chroniques, l'**athérosclérose**, sont depuis longtemps une piste de recherche. Les bactéries *Chlamydophila pneumophila*, *Helicobacter pylori* et le virus *Human Cytomegalovirus*, ont été recherchés dans la pathogénie des **maladies cardiovasculaires**[227]. Les souches d'*Helicobacter pylori* « cagA positives » (*cytotoxin-associated gene A*), exprimant une protéine cytotoxique de surface (Protéine CagA), seraient préférentiellement associées aux **ischémies cérébrales** ou **cardiaques**[231].

Une hypothèse infectieuse existe depuis les années 1960 pour la **maladie de Crohn**, entérite liée dans la littérature à *Mycobacterium avium* subsp. *Paratuberculosis*. Plus récemment, un déficit du genre *Clostridium leptum* dans la microflore pourrait avoir été lié à une carence bactérienne en *Faecalibacterium prausnitzii*, à l'origine de la maladie. Cette bactérie anti-inflammatoire absente, la

<footnote n="99">99 Parasitose (filariose due au genre *Dirofilaria*) du chien transmise accidentellement à l'homme.</footnote>

<footnote n="100">100 Association d'obésité et de diabète de type 2 (dû dans ce cas à la surcharge pondérale) dont l'incidence croît de façon exponentielle aux États-Unis.</footnote>

<footnote n="101">101 Le syndrome métabolique (syndrome construit artificiellement à partir de maladies connues) associe une altération du métabolisme du glucose et de l'insuline, un surpoids avec distribution abdominale prépondérante et une dyslipidémie et/ou une hypertension artérielle (risque coronarien et risque de diabète). Le risque cardiovasculaire irait au delà du risque cumulé des différents facteurs composants ce syndrome.</footnote>

<footnote n="102">102 Maladie du foie associée au diabète, appelée aussi stéatohépatite métabolique (STHEM).</footnote>

<footnote n="103">103 Le syndrome de fatigue chronique est une autre entité médicaled'origine inconnue.</footnote>

<footnote n="104">104 Syndrome imprécis, désigne l'ensemble des symptômes ressentis par des anciens combattants après cette guerre.</footnote>

<footnote n="105">105 Le syndrome de sensibilité chimique multiple (SSCM) serait une réponse (?) aux expositions chimiques toxiques.</footnote>

<footnote n="106">106 Carences en vitamines C et D ; le scorbut (carence en vitamine C) a une évolution mortelle.</footnote>

<footnote n="107">107 En France, selon l'Insee, 133 000 personnes sont « sans domicile ».</footnote>
rupture d'un équilibre pourrait-elle être contrecarrée par un probiotique[232] ? On parle aussi en 2009 du *Human cytomegalovirus*, puis d'un *Norovirus*, déclencheur, en 2010...

Un lien serait retrouvé entre les diarrhées à Rotavirus dans l'enfance et la survenue d'une **maladie cœliaque** (intolérance au gluten). En 2009, le rétrovirus xénotropique de la leucémie murine (XMRV) est étudié dans le syndrome de fatigue chronique (SFC)[233]. Est-il de passage chez des sujets fragilisés ? En définitive, la circulation des virus et des bactéries est citée comme facteur de risque environnemental ou bien encore on détecte la présence de microorganismes dans la plupart des maladies chroniques !

On recherche aussi en 2008 la bactérie *Chlamydophila pneumoniae* dans le cerveau des malades atteints de démence de type **Alzheimer**... Certaines souches de *Nocardia* (bactéries pouvant provoquer des nocardioses), semblent de moins en moins rares et sont étudiées dans la survenue de maladies de **Parkinson**[234]...

On peut citer aussi, de façon anecdotique, une affection qualifiée d'émergente dans la littérature scientifique, nommée en anglais **endotipsitis**<fnref n="108" />[235]. Certaines autres entités connues rencontrent un regain d'intérêt, comme l'œsophagite à éosinophiles[236]<fnref n="109" />...

<footnote n="108">108 Ce néologisme non retrouvé en français est issu de la technique chirurgicale appelée TIPS, pour « *Transjugular Intrahepatic Portosystemic Shunt* » (shunt portosystémique intrahépatique en français), traitement de l'hypertension portale, elle-même complication de la cirrhose hépatique, qui soulage la circulation dans ce territoire ; avec quelques cas décrits, l'**endotipsite**, infection, ne saurait constituer une menace pour la santé publique.</footnote>

<footnote n="109">109 Inflammation de l'œsophage (d'origine inconnue) dont l'incidence serait sous-estimée.</footnote>
# 4. RIPOSTE MONDIALE

## 4.1 Détecter le risque d'émergence

### 4.1.1 Collaboration multisectorielle

**Organismes institutionnels**

Depuis le sida et le SRAS en 2002-2003, l'émergence/réémergence de l'encéphalite à virus du Nil occidental et le danger du bioterrorisme dans certains pays, riposter à ces menaces sont une évidence[237].

Mais dès 1995, les « Centers for Disease Control and Prévention » américains (CDC) élaborent un plan stratégique pour lutter contre les maladies infectieuses émergentes. La société savante *Infectious Diseases Society of America (IDSA)* a été chargée de développer un réseau. C'est durant le premier trimestre 1995 que paraît le premier numéro du périodique *Emerging Infectious Diseases*. Le réseau de surveillance active des maladies transmises par les aliments était déjà opérant aux États-Unis (**FoodNet** pour « *Foodborne Diseases Active Surveillance Network* »). La même année, l'Organisation mondiale de la santé (OMS) adopte une résolution afin de détecter les maladies réémergentes et d'identifier les maladies nouvelles<fnref n="110" />[238]

En Europe, les institutions nationales et internationales se dotent de programmes spécifiques sur ce thème. Les réseaux sur les maladies transmissibles sont restructurés en 2003, suite à l'épidémie de SRAS. Enfin, le Centre européen de prévention et de contrôle des maladies, *European Centre for disease Prevention and Control* (ECDC) fut opérationnel fin 2005[138].

En France, une réflexion stratégique sur les maladies émergentes et la « grippe aviaire » a lieu au ministère français chargé de la recherche en 2005. On installe le 20 février 2006, le « Comité de coordination de lutte contre les maladies émergentes et, en particulier, le chikungunya ». Le ministère chargé de la santé propose que tout citoyen accède à l'information sur le **site interministériel traitant des menaces pandémiques grippales** (site proposant toute l'information et le plan pandémie, depuis 2004 (virus H5N1), rebaptisé en 2009 : **Info'pandémie grippale** (grippe A H1N1 en 2009), puis **Portail interministériel de prévention des risques majeurs** en 2011. la flexibilité et l'information en temps réel furent exemplaires pour cette nouvelle grippe.

Les critiques persistent cependant, et l'OMS fait une sorte d'autocritique au printemps 2010. Après une commission d'enquête au Parlement, le rapport préconise en juin 2010 différentes mesures pour le futur : implication immédiate des généralistes, vaccins unidoses[239]. L'OMS fut montrée du doigt et son auto-analyse, argumentée de données fiables, fut l'objet d'une énième vague de critiques en été 2010 dans les médias français.

**Disciplines scientifiques**

L'étude des émergences et réémergences rassemble les recherches en santé publique (épidémiologie, modélisation mathématique et environnementale, sociologie de la santé), en microbiologie (dont en phylogénie pour mieux connaître les ancêtres des souches retrouvées) et en écologie[31, 240].

Des recherches sur la dynamique des maladies infectieuses se font grâce aux modèles mathématiques toujours plus élaborés, en passant par la génétique et les satellites de surveillance, pour surveiller climat, points d'eau, oiseaux migrateurs (c'est la télé-épidémiologie, c'est-à-dire l'épidémiologie à distance)... Les deux espèces de virus HIV (1 et 2) menant au sida ont eu un

<footnote n="110">110 Résolution WHA48.7, 1995.</footnote>
parcours spatial dans les années 1970 mieux connu : les résultats d'études géographiques couplées aux études génétiques virales déterminent un paysage phylogénétique.

Des chercheurs de l'Institut Pasteur développent avec succès une puce à ADN (biopuce), permettant de détecter tout phénomène émergent[241].

Pour le SRAS, des modèles pronostiques issus des observations permettraient de faire face à sa réémergence. Les épidémies peuvent en effet toucher l'ensemble de la planète (pandémies, comme celle de la grippe A H1N1 PDM). Leur propagation au niveau mondial est déterminée essentiellement par les déplacements à grande échelle, que l'on tente de modéliser pour en prédire l'expansion[242].

## Sciences humaines

Les experts réclament la collaboration de spécialistes en sciences humaines et sociales. En France, une nouvelle revue en ligne paraît en 2007 : *Pandémiques, Pandémies, Ethique et Société* (les comportements humains face à une menace épidémique seraient assez mal connus[2].

En 2007, en France, on s'intéresse aux craintes et aux attitudes de la population ; la relative sérénité constatée à distance de toute crise réelle intéresse les recherches futures dans ce domaine[243]. Les désordres inhérents aux modifications sociales demandées par le niveau 6 du plan pandémie sont assez bien expliqués aux concitoyens français. Mais entre la connaissance, les attitudes et les comportements, les spécialistes font bien la différence. La fin de la pandémie de grippe H1N1 le 10 août 2010 ne fait plus de bruit dans les médias et suscite des moqueries quant au traitement politique de cette maladie infectieuse nouvelle.

Une grande étude sur l'acceptabilité sociale des vaccinations eut lieu durant plusieurs années en France, ouvrant de nouvelles perspectives quant aux stratégies de prévention des individus et aux attitudes à l'égard des vaccinations[244].

Une étude historique sur les troubles psychiatriques liés à la pandémie de grippe de 1918 aux Pays-Bas (grippe dite espagnole), ne révèle aucune crise sur le plan de la santé mentale à l'échelle de ce pays[245]... Récemment, on a montré que si les survivants du SRAS récupéraient correctement sur le plan respiratoire, ils gardent des symptômes sur le plan psychologique [246-247].

On assistait, selon des rumeurs, à un phénomène « psychosociologique » effarant dès l'épidémie de grippe A H1N1 : les « Swine flu parties » dans les pays anglo-saxons. Les plus jeunes profitaient de la relative bénignité du virus pour tenter d'être contaminés, et donc immunisés, au cas où le virus serait devenu plus virulent, lors de fêtes organisées par des personnes anti-vaccinations... L'effet recherché était celui du vaccin, mais avec les risques de contracter... une infection grave !v On ferait même des « Pox party » pour faire contracter les différentes maladies virales infantiles aux enfants. Rougeole, oreillons, rubéole, coqueluche. On démantèle même un trafic de sucettes « contaminées » en 2011¹¹¹.

### 4.1.2 Les réseaux de veille épidémiologique

#### Santé humaine

Les réseaux en matière de santé humaine sont nombreux. En France, l'Institut de veille sanitaire (InVS) est le cœur du dispositif de surveillance. Il repose sur un grand nombre de laboratoires ou d'hôpitaux qui, sous forme de réseaux, travaillent en coordination avec l'InVS, tels que les réseaux Sentinelles (et l'Inserm).

Après l'épidémie de chikungunya, la France a décidé de mettre en place un centre de recherches spécialisé dans les maladies tropicales basé dans l'océan Indien, le Centre de recherche et de veille de l'Océan Indien (CRVOI).

<footnote n="111">111 Entendu sur France 5, émission « C'est à vous », le 22 novembre 2011.</footnote>
Depuis 1984, les **GROG** (Groupes régionaux d'observation de la grippe) surveillent l'arrivée et la circulation des virus grippaux sur le territoire français.

Les membres du réseau Sentinelles et l'Institut de veille sanitaire (InVS) en France lancent en janvier 2012 le site, **grippenet.fr**, qui s'insère dans **influenza.net** européen (et **Epiwork**, projet européen de surveillance des épidémies). Les Internautes peuvent se connecter pour décrire leurs symptômes. Ce site vise à améliorer en temps et en données la surveillance de la grippe.

Dans les pays en développement, il s'agit donc de détecter suffisamment tôt les flambées de maladies, d'éviter les épidémies et/ou l'endémisation de certaines maladies.

Une surveillance mondiale s'impose, mais les écarts entre les systèmes nationaux de surveillance et les systèmes internationaux sont grands. On peut citer le **Système des trois réseaux** en Chine, efficient dans certaines provinces : le médecin « de village » déclare toute maladie infectieuse menaçante au Réseau de déclaration. Ce dernier demande au Réseau de services d'organiser une intervention clinique, et enfin le Réseau gouvernemental coordonne le tout au niveau administratif[248].

## Santé animale

En matière de santé animale, les réseaux de vétérinaires (et notamment ceux de l'armée française), de laboratoires, sont aussi des interventions de terrain. L'Organisation mondiale de la santé animale (OIE, 167 pays membres) fournit également ses compétences dans la lutte menée à l'échelle internationale contre les zoonoses émergentes et réémergentes comme la peste aviaire, la rage et la détection d'épizooties.

La **FAO**, avec le concours de l'OMS et de l'OIE, a lancé un système mondial d'alerte rapide et d'intervention (**GLEWS**) qui suit les animaux et les maladies « transfrontières » émergentes ainsi qu'un projet de suivi par satellite des oiseaux sauvages migrateurs[249]. Les questions des normes nécessaires pour assurer la sécurité sanitaire du commerce international des produits d'origine aviaire, par exemple, sont de son ressort.

On peut citer aussi le réseau international **Infosan**[250], regroupant les autorités de sécurité sanitaire des aliments. Ce réseau est intervenu concernant l'ingestion de volailles dans la grippe aviaire, l'ingestion de porc dans la nouvelle grippe A H1N1 (et elle était encore appelée en avril 2009 : grippe porcine²²).

## Réseaux spécifiques

Il existe des réseaux spécifiques, par exemple sur la grippe aviaire. Un nouveau réseau scientifique mondial fut créé en 2005 pour le soutien aux services vétérinaires dans la surveillance de l'influenza aviaire (**OFFLU**); il réunit des laboratoires de la FAO et de l'OIE. En 1995, un accord sanitaire et phytosanitaire leur permet de manipuler les souches, avant qu'elles ne soient transférées à l'OMS.

Le réseau **ENIVD** (*European Network for diagnosis of Imported Viral Diseases*) rassemble 44 laboratoires dans plus de vingt pays de l'Union européenne. Ces laboratoires sont chargés de surveiller la circulation des agents, notamment de maladies virales aiguës importées hautement contagieuses, depuis 1998[251-252].

Le réseau **Euvac** regroupe les principaux centres nationaux européens qui centralisent les données épidémiologiques pour les maladies transmissibles qui peuvent être prévenues par des vaccins.

Le risque biologique bioterroriste est un cas particulier, des plans lui sont dédiés (en France : **Boito**).

Sur le territoire, un protocole national standardisé, des réseaux et des centres spécialisés permettent de surveiller et prévenir les infections nosocomiales (**BMR-Raisin**)[155].
Un exemple qui fonctionnerait très bien : la surveillance mondiale de la grippe (Fluent) ; elle a été mise en place en 1948 (aujourd'hui 110 laboratoires collaborateurs dans 82 pays occupés à surveiller continuellement les virus grippaux).

### 4.1.3 Sources d'information

#### 4.1.3.1 Sources officielles

Issus du secteur public dans leur majorité, ces organismes comportent des lacunes géographiques et de population[253] :

- les CDC (Centers for Disease Control and Prevention), basés à Atlanta (Géorgie, États-Unis), au cœur de cette approche ;

- le CDC européen, appelé l'ECDC, opérationnel depuis fin 2005 ;

- les autres États et les centres universitaires d'excellence spécialisés dans les maladies transmissibles (réseau des instituts Pasteur français, par exemple) ;

- les centres collaborateurs de l'OMS (CCOMS) ; ils contribuent aux activités de surveillance mondiale parallèlement aux réseaux de notification d'autres organismes des Nations unies comme le HCR<fnref n="112" /> et l'Unicef<fnref n="113" /> ;

- WHONET<fnref n="114" />, créé par l'OMS pour la surveillance des résistances aux antimicrobiens ;

- le réseau mondial des écoles de santé publique et le réseau de formation en épidémiologie et d'intervention en santé publique (Tephinet<fnref n="115" />) ;

- des réseaux militaires internationaux comme le US Department of Defense Global Emerging Infections System (DoD-GEIS), réseau d'observatoires répartis dans le monde, s'appuyant sur des technologies d'analyse ultrarapides et donc de détections précoces ; au cours de l'épidémie de grippe aviaire à virus H5N1 de l'hiver et du printemps 2004, le DoD-GEIS, partenaire du réseau international de l'OMS, a fourni une assistance au Plan de préparation à la pandémie de grippe ;

- des dispensaires privés, des scientifiques et des praticiens de santé publique complètent le réseau des sources officielles d'information.

#### 4.1.3.2 Sources dites « informelles » d'information

Web

**Google**, moteur de recherche sur l'Internet, a proposé de détecter les premières requêtes des internautes concernant les syndromes grippaux (quelle que soit la maladie). C'est Google Flu Trends (évolution de la grippe). Certains termes de recherche semblent réellement être de très bons indicateurs de la propagation de la grippe. Ainsi, Google envoie ses données aux Centers for Disease Control and Prevention (CDC), centres nationaux de surveillance sanitaire et d'épidémiologie étatsuniens.

**HealthMap** de Google est un autre concept : cette cartographie mondiale d'alertes épidémiques a même une application i-phone ! Il s'agit de l'agrégation de diverses sources d'information : de la presse à l'OMS. C'est une base de données alimentée par les flux d'actualité. Il est aussi possible, en interactivité, de signaler une épidémie non signalée sur la carte mondiale.

Comme nous le notions, c'est très récemment que le moteur de recherche sur Internet **Google** permet d'observer en direct l'ampleur de toute nouvelle épidémie, voire de pandémie. **HealthMap** complète ce tableau.

<footnote n="112">112 Le Haut Commissariat des Nations Unies pour les réfugiés (HCR).</footnote>

<footnote n="113">113 United Nations Children's Fund.</footnote>

<footnote n="114">114 Système d'information mondial sur les résistances aux antimicrobiens.</footnote>

<footnote n="115">115 Training Programs in Epidemiology and Public Health Interventions.</footnote>
Les sites **Influenzanet.eu** européen et **grippenet.fr** français naissent respectivement en 2003 et 2012. Ces sites demandent aux internautes de participer aux recueils de données cliniques.

Le réseau mondial d'information en santé publique (GPHIN<fnref n="116" />) est un système de veille électronique « de deuxième génération », c'est-à-dire du Web 2, mis au point et géré par Santé Canada. Des puissants moteurs de recherche balayent le Web à la recherche de notifications de cas et de syndromes de maladies transmissibles.

On peut citer aussi les sites nationaux comme **SentiWeb** ou le Réseau d'observation des maladies et des épidémies (**OpenRome**) en France. Ces sources sont parfois très réactives[254].

## Forums

On peut citer les sites de discussions électroniques internationaux comme **ProMed** (sur l'apparition de cas de maladies transmissibles), **TravelMed** ou **Edisan** spécialisés en médecine des voyages (Travelmed de l'**International Society of Travel Medicine** (ISTM)), **PACNET** dans la région Pacifique.

## Associations

Des associations humanitaires jouent un grand rôle (Croix-Rouge et Croissant-Rouge, Médecins sans frontières (MSF), Medical Emergency Relief International (Merlin)). Vétérinaires et agronomes sans frontières ainsi que des missions religieuses mènent aussi des campagnes d'information et de recueil de situations. On dispose, grâce à *The Global Health Cluster*, sous l'égide de l'OMS, des données collectées par une trentaine d'organisations humanitaires internationales. Sur l'île d'Haïti, siège d'un tremblement de terre catastrophique début 2010 (plus de 200 000 morts), ce mode de détection d'une épidémie naissante est primordial.

## 4.1.4 Veille microbiologique et entomologique

### 4.1.4.1 Veille microbiologique

#### Centre nationaux de référence en France

En France, les CNR ont été institués en 1972. Une cinquantaine de CNR et leurs laboratoires associés, hospitaliers et/ou de recherche, experts dans leur domaine, comme ceux des centres hospitaliers universitaires (CHU) et de l'Institut Pasteur, sont désignés pour quatre ans par le ministre chargé de la santé sur proposition de l'Institut veille sanitaire (InVS). Régulièrement, de nouveaux centres sont choisis par le ministère.

L'aspect juridique est basé sur le dernier « **Arrêté du 26 décembre 2011 fixant la liste des centres nationaux de référence pour la lutte contre les maladies transmissibles et des laboratoires associés** »<fnref n="117" />. La modification précédente datait de 2009 (et antérieurement de 2006 et 2002). On y trouve depuis 2002 : ceux qui étudient les virus **Influenzae** (grippe), les arbovirus de la région Antilles-Guyane (**dengue**, **chikungunya**), les agents transmissibles non conventionnels (maladies à prion), les fièvres hémorragiques virales[255]. Parmi les CNR nouveaux en 2009 : un CNR sur les papillomavirus humains, créé en janvier 2009 pour surveiller l'impact des nouvelles vaccinations recommandées chez les jeunes filles. En 2009, la liste désigne le laboratoire responsable du CNR Rougeole et **Paramyxoviridae** respiratoires (la rougeole est devenue maladie à déclaration obligatoire en 2005), et le laboratoire responsable du CNR **Haemophilus influenzae** (infections ORL, méningites, pneumonies). Ensuite, en 2011 : Arbovirus, Borrelia, Charbon, mais aussi : « Resistance aux antibiotiques » !

Ces laboratoires mettent au point des tests compliqués. Des exemples en médecine vétérinaire montrent combien le manque de spécificité de tests diagnostiques peut entraîner des alertes

<footnote n="116">116 Global Public Health Intelligence Network.</footnote>

<footnote n="117">117 http://www.legifrance.gouv.fr/affichTexte.do?cidTexte=JORFTEXT000025055544&dateTexte=&categorieLien=id.</footnote>
inutiles[32] (faux positifs). Une trop forte sensibilité pourrait nuire au diagnostic. Les progrès dans les méthodes de génotypage sont essentiels. Biodétecteurs et appareils portatifs se développent.

Singapour, Cité-État autonome situé en Asie, annonce en juillet 2011 un diagnostic de la dengue non invasif, par kit : un simple frottis buccal[256].

L'Institut Pasteur a, de plus, mis sur pied une Cellule d'intervention biologique d'urgence (CIBU) en cas d'épidémie, dans un contexte naturel ou de malveillance ; l'objectif est d'épauler les laboratoires spécialisés, en France (CNR) ou à l'étranger. Le CNR de l'Institut Pasteur fait partie du **Comité de lutte contre la grippe**, constitué au niveau national - et présidé par le responsable de la Cellule d'intervention biologique d'urgence (CIBU) de l'Institut Pasteur. Leur mission d'expertise des souches s'accompagne d'analyse épidémiologique (répartition géographique des souches, renseignements divers si la souche est hospitalière), d'alerte si des cas groupés sont constatés.

Il faut savoir que la grippe est une maladie qui tue de façon sûre quelques centaines de milliers de sujets chaque année dans le monde.

## Les centres collaborateurs de l'OMS

Certains laboratoires sont choisis par l'Organisation mondiale de la santé (OMS) pour apporter leur expertise au sein d'un réseau international de laboratoires qui joue le rôle de référence et de conseil pour cette organisation : les centres collaborateurs de l'OMS (CCOMS). Le réseau des instituts Pasteur, situés en France et dans le monde, joue un grand rôle dans ce dispositif international. Ils participent à la **définition de cas** et aux **prélèvements d'isolats cliniques**.

### 4.1.4.2 Veille entomologique

La prévention des maladies infectieuses à transmission vectorielle repose sur différentes mesures sanitaires de lutte, mais surtout sur la vaccination, quand elle existe. L'exemple de la **fièvre jaune** illustre bien cette priorité. Mais la veille entomologique considère que les arthropodes sont des outils épidémiologiques. On surveille aussi les pathogènes émergents dans les tiques (acariens), par exemple.

L'organisation de la lutte contre les **arboviroses émergentes** passe par une surveillance accrue de la circulation des virus en zone tropicale, surveillance qui de nos jours serait insuffisante ; le réseau des **instituts Pasteur** et l'Institut de recherche pour le développement (IRD, ex-ORSTOM) sont précurseurs dans le monde. En effet, ils ont des laboratoires situés en zone tropicale depuis le début du XXe siècle.

Pour l'épidémie de chikungunya sur le territoire français insulaire, selon les experts, il existait « un déficit massif de connaissances dans les domaines de la biologie des vecteurs », en 2006[257].

## 4.2 Riposte et action

### 4.2.1 Droit international

Le droit international s'exerce sur un monde fragmenté en États souverains qui interagissent. Depuis la première conférence sanitaire internationale au XIXe siècle jusqu'aux actuels règlements sanitaires internationaux, le droit international se penche sur les maladies transmissibles. Devant la troisième pandémie de choléra, le gouvernement français prit l'initiative de réunir à Paris, en 1851, une conférence sanitaire internationale, première du genre, où douze pays se firent représenter. Certains décrets de l'époque sur « La police sanitaire » en découlent. Il y a donc aussi obligation du respect des Droits de l'homme, parce que la confidentialité et les libertés peuvent être éprouvées par des mesures autoritaires[258].

Les armes biologiques font aussi l'objet d'une convention mondiale depuis 1972.
Le Codex alimentarius est un programme commun entre l'OMS et la FAO : c'est un travail sur les agents pathogènes animaux. Les mesures sanitaires et phytosanitaires de l'Organisation mondiale du commerce (OMC) et la Commission du Codex Alimentarius sont donc, elles aussi, étroitement liées à la santé.

### 4.2.2 Déclaration obligatoire

Aujourd'hui, la plupart des pays possèdent ce principal instrument. Seuls les pays développés complètent ce dispositif par une veille sanitaire organisée et active (suivi des tendances). Les déclarations obligatoires concernent aussi bien des maladies animales que des maladies humaines.

En France, la déclaration obligatoire, qui s'impose à tout professionnel de santé est faite selon une liste de 30 maladies[259]. Il y a notification de la fiche de déclaration et de recueil des données pour analyse, puis prises de décisions de santé publique (conseil). Seul le Saturnisme (intoxication par le plomb) n'est pas une maladie infectieuse.

Ses rénovations récentes ont eu lieu en 2003 (réponse au risque biologique intentionnel, notification « anonymisée » - pour le VIH/sida)[260], puis en avril 2006 (le chikungunya et la dengue en font désormais partie, dans les départements où ces maladies ne sont pas encore surveillées).

La déclaration de la rougeole est obligatoire depuis 2005, la dengue depuis 2006.

Il faut garder à l'esprit que tous les systèmes ne font qu'estimer des incidences, et que d'autres données d'analyses faites a posteriori (sorties hospitalières, par exemple) peuvent conduire à réviser les chiffres à la hausse. Pour toutes les maladies, l'InVS coordonne des enquêtes qui permettent de suivre l'évolution de la prévalence de certaines infections (recherche en épidémiologie). En 2007, des auteurs allemands constataient que la prévalence de l'infection par le virus de la dengue chez les voyageurs pourrait être fausse, ou tout au moins gravement sous-estimée[261]. De plus, les notifications sont parfois faites plusieurs semaines après le début des symptômes, suivant la forme clinique que prend la maladie. Enfin, des vérifications microbiologiques ne sont pas systématiquement pratiquées dans tous les pays.

Par exemple, le constat d'une réémergence de la coqueluche en France a conduit les autorités sanitaires à modifier la politique vaccinale vis-à-vis de cette maladie. Pour avoir un ordre d'idée, l'incidence de cette maladie s'est multipliée par soixante-dix aux États-Unis. Seules des recommandations de vaccination chez les adolescents et les adultes pourraient renverser cette tendance.

La rougeole est très surveillée.

Les grippes ne sont pas des maladies à déclaration obligatoire : la maladie ne doit pas être trop fréquente pour être notifiée, et la grippe est surveillée spécifiquement par des réseaux.

### 4.2.3 Le Règlement sanitaire international

Le Règlement sanitaire international (RSI) est un instrument juridique, un cadre légal qui fait obligation aux États membres de l'OMS (193 membres) de déclarer les maladies revêtant une importance internationale. Face aux menaces épidémiques, l'OMS a élaboré en 2005 un nouveau Règlement sanitaire international[262]. Il est entré peu à peu en vigueur à partir de 2007, avec 2012 comme année butoir. Le RSI datait de 1969 et ne faisait mention que de trois maladies à déclaration obligatoire (le choléra, la peste et la fièvre jaune)[2]. Il ne couvrait plus les risques multiples et variés pour la santé publique[67, 263, 264, OMS, 2007 #314].

Désormais, le nouveau RSI prend en compte les maladies existantes, émergentes ou résurgentes, ainsi que les situations d'urgence associées à la salubrité alimentaire ou aux zoonoses[238]. Ce nouveau dispositif, avec notification électronique, facilite une mise en alerte rapide et une réponse
internationale appropriée en attendant les vérifications en laboratoire. Tout pays doit déclarer une urgence de santé publique pouvant concerner d'autres nations. Ces urgences de santé publique de portée internationale (USPPI) ou Public Health Event of International Concern (PHEIC) signalent à l'OMS qu'un pays est en difficulté pour détecter ou notifier une USPPI. La grippe émergente H1N1 fut signalée ainsi dans le monde, suivant le règlement. Il existe plusieurs listes. Un seul cas de variole, de SRAS, de poliomyélite à virus sauvage<fnref n="118" />, d'une nouvelle grippe doit être notifié immédiatement à l'OMS. Une deuxième liste de maladies existe, pour lesquelles un algorithme décisionnel modère l'alerte obligatoire.

Devant un cas de peste pulmonaire, de choléra, de fièvre hémorragique virale (Ebola, Lassa, Marburg), d'encéphalite à virus West Nile, de fièvre jaune, de dengue hémorragique ou de méningite à méningocoque, la situation est évaluée en analysant le risque pour la santé internationale.

Suite à la pandémie de grippe A H1N1, en avril 2010, durant trois jours, s'est tenue la première réunion du Comité d'examen du Règlement sanitaire international. Selon Margaret Chan, directrice générale de l'OMS, il était utile « d'évaluer dans quelle mesure un instrument international comme le RSI se révèle performant lorsqu'il doit subir l'épreuve extrême d'une pathologie infectieuse généralisée et étroitement suivie ».

Dans la cadre de la mise en œuvre du RSI en France, le Haut conseil de la santé publique (HCSP) a remis un document synthétique à la direction générale de la santé en novembre 2010, après avis du Comité des maladies liées aux voyages et des maladies d'importation (CMVI) concernant : « les maladies transmissibles et leurs agents dont les zoonoses et les maladies vectorielles » (ainsi que la « contamination de produits importés d'origine naturelle ou anthropique »)[265].

### 4.2.4 Alerte et action : réseau mondial

L'Organisation mondiale de la santé (OMS) organise l'alerte et l'action au niveau mondial (Global Alert and Response (GAR). Elle coordonne un réseau mondial d'alerte et d'action (anciennement Global Outbreak Alert and Response Network (GOARN)), qui s'appuie sur environ 120 institutions (dont l'Institut Pasteur, l'InVS et le Pharo en France) [145]. L'Institut de médecine tropicale du service de santé des armées (IMTSSA) (avec l'Ecole du Pharo) est un institut militaire, unique en Europe pour sa spécialisation dans le domaine de la médecine tropicale.

Des réseaux supplémentaires ont été spécialement conçus pour repérer des événements habituels, qu'ils soient naturels, accidentels ou délibérés (armes biologiques, bioterrorisme).

Il existe un dispositif d'alerte et d'action en cas d'épidémie et de pandémie pour : le charbon, la grippe aviaire, la fièvre hémorragique de Crimée-Congo, la dengue/dengue hémorragique, la fièvre à virus Ebola, les hépatites virales, la grippe saisonnière et la grippe A H1N1 pdm en 2009-2010, la fièvre de Lassa, la maladie de Marburg, les méningococcies, l'infection à virus Nipah, la peste, la fièvre de la vallée du Rift, le SRAS, la variole, la tularémie, la fièvre jaune.

Dès qu'une flambée de cas de maladie transmissible est confirmée, des informations pertinentes sont diffusées sur le Web et peuvent être consultées par le grand public (Disease Outbreak News). Une équipe de l'OMS arrive sur les lieux dans les 24 heures qui suivent la confirmation de la flambée pour procéder à une première évaluation, prendre des mesures de lutte immédiates et préparer au besoin une intervention internationale plus vaste. On parle alors de cas notifiés par l'OMS.

<footnote n="118">118 Des cas de poliomyélite à virus sauvage surviennent encore périodiquement dans certains pays alors surveillés de près (2011 : Congo, et Chine, où elle n'était pas réapparu depuis 1994).</footnote>