## 4.3 Perspectives

### 4.3.1 Renforcement des moyens et de la préparation

Dans l'idéal, maintenir et développer la surveillance et les acteurs de terrain, les équipements et les laboratoires est une condition. Cinquante-sept pays, situés pour la plupart en Afrique et en Asie, sont confrontés à de graves pénuries en personnels de santé. Selon les estimations de l'OMS en 2006, il faudrait au moins 4 250 000 personnes pour satisfaire véritablement les besoins de santé. C'est l'Afrique subsaharienne qui connaît les plus grandes difficultés [266]. Mais les pays développés ne sont pas exempts d'une remise en question de leur politique de ressources humaines dans le domaine de la santé. Par exemple, au Canada, lors de l'épidémie de SRAS qui a particulièrement touché ce pays par des morts, une insuffisance d'infirmiers a été constatée.

Selon l'OMS, l'association avec le secteur privé, ainsi qu'avec d'autres sources d'information, tels que les laboratoires militaires et les laboratoires de recherche pourrait être renforcée. En France, les vétérinaires de l'armée préconisent de travailler en amont des épidémies au profit de la santé publique. Il serait alors possible de créer une cellule de détection des infections animales, qui collaborerait au sein d'un pôle de recherche tel que « l'Infectiopôle sud » de Marseille (voir 4.3.2. La recherche), et qui réunirait des médecins hospitaliers, des vétérinaires et des laboratoires de microbiologie performants [267].

Un rapport remis en juin 2007 par le professeur François Kourilsky préconise de créer un partenariat public/privé de très haut niveau, interdisciplinaire [268]. L'OMS insiste sur la sécurité sanitaire mondiale pour le XXIe siècle [264].

Un consortium international nommé Initiative globale pour le partage de l'information sur la grippe aviaire (GISAID), fonctionnant sur le modèle des groupements de recherche en génétique humaine a été créé pour pallier le manque de collaboration scientifique. La plate-forme d'échange de données est accessible en ligne depuis le 15 mai 2008. Elle permet l'accès libre et gratuit à la base de données EpiFlu (séquences génétiques des virus, données virologiques, épidémiologiques et cliniques). En France, en 2007, l'Eprus, « Etablissement de préparation et de réponse aux urgences sanitaires » a été créé pour riposter à toute crise. Il gère l'organisation et les stocks de matériels et de médicaments (masques, antiviraux). Le plan pandémie a été effectif en 2009-2010 (nouvelle grippe).

La restauration d'un enseignement sur les zoonoses et le bioterrorisme dans les cursus médicaux est un des souhaits de l'OMS, comme le renforcement de la recherche, sur les maladies transmissibles. Les thèmes émergents : l'interaction hôte-agent, l'immunité de l'hôte, les vaccins, les nouvelles thérapies, les nouvelles techniques de diagnostic.

### 4.3.2 Recherche scientifique

La recherche de nouveaux traitements et de nouveaux vaccins doit être continue, sans être effectuée dans l'empressement et la crainte si la maladie est cause d'une mortalité élevée [24]. Les antiviraux sont moins développés que les antibactériens. On recherche ceux qui pourraient être efficaces dans le SRAS.

En mars 2011, c'est contre les virus **Nipah** et **Hendra**, les deux Hénipavirus pouvant provoquer une encéphalite fatale (inflammation du cerveau) chez l'homme (analogie avec la rage) que les études sont innovantes : les auteurs des publications de « biologie synthétique » expliquent : « Les protocellules peuvent être considérées comme des cellules appâts car elles sont utilisées pour capturer les virus [269] ».

Pour le chikungunya, des avancées avaient été attendues sur les plans thérapeutique et préventif depuis 2007.
Plusieurs recherches ont été conduites conjointement : Curachik et Prévenchik, dès 2007. Le professeur Antoine Flahault, spécialiste français de la dengue et du Chikungunya, a organisé des missions en Guyane et à La Réunion sur ces thèmes. On note qu'il n'existe aucun vaccin commercialisé contre ces maladies, ni aucun traitement antiviral spécifique.

En 2009, Top Institute Pharma (TI Pharma), entreprise néerlandaise, déclare avoir le projet de développer un vaccin contre le chikungunya, menace européenne... Des équipes françaises prouvent la possibilité d'utilisation d'immunoglobulines humaines à partir de plasma filtré de personnes malades en automne 2009 ; un modèle animal murin permet ces recherches : le sérum de patients infectés fournit des anticorps utilisables pour les cas graves[270].

Aux États-Unis, on teste l'immunogénicité de l'injection de protéines de surface de cet alphavirus. Cette étude, selon les chercheurs, est prometteuse pour des vaccins contre les encéphalites virales, la fièvre d'O'nyong-nyong, l'arbovirose à virus Ross River, toutes à Alphavirus. On publie des résultats probants en mars 2010, pour le chikungunya chez des animaux[271].

L'Institut des maladies émergentes et thérapies innovante (Imeti) du Commissariat à l'énergie atomique (CEA) a été en première ligne pour décrypter certains mécanismes du Chikungunya et des traitements futurs pourraient voir le jour[68].

La recherche d'un traitement efficace et sans risque contre la maladie du sommeil est peu développée ; l'introduction de mouches stériles est une des voies alternatives qui fut choisie pour une île de la Tanzanie (Zanzibar), où l'éradication de ces vecteurs est aujourd'hui constatée[272].

Développer un antimicrobien est un processus long, difficile, coûteux et concurrentiel (quelque 500 millions d'euros pour une molécule)[273]. L'arrivée du sida a stimulé les recherches d'antiviraux. Des médicaments issus des biotechnologies, telles que les molécules antisens, destinées à réguler artificiellement des gènes viraux, sont en développement constant. Les efforts se concentrent sur les virus à ARN. Ils sont responsables, entre autres, des maladies endémiques comme la grippe ou les gastroentérites, de la rage, de la dengue, de la rougeole, des oreillons et des hépatites.

On peut citer à ce sujet le projet européen Vizier (Viral Enzymes Involved in Replication), issu du 6e Programme-Cadre de recherche et développement technologique (PCRDT). La compréhension de la nature des sécrétions de peptides antimicrobiens chez des insectes serait une piste de recherche pour parer les résistances aux antibactériens chez l'homme[274].

La connaissance des remèdes traditionnels est aussi une voie de recherche, c'est l'ethnopharmacologie. On isole en France une molécule antipaludique contenue dans une plante consommée en infusion par les Guyanais autochtones contre le paludisme, Quassia amara L. (Simaroubaceae), la simalikalactone D, qui est cependant très cytotoxique.

La mise en place d'un CTRS/RTRS (Centre et réseau thématique de recherche et de soins), nommé « Infectiopôle Sud » à Marseille, intégrant toutes les spécialités du domaine des maladies infectieuses, dont les maladies tropicales et émergentes fut porté par le professeur Didier Raoult. Il a débuté en 2007[275].

En juin 2006, l'Agence française de développement (AFD), établissement public, et l'Institut Pasteur, fondation privée, ont signé une convention de subvention visant à renforcer les laboratoires du réseau international des instituts Pasteur d'Asie du Sud-Est dans leur lutte contre les virus émergents.

Enfin, concernant un nouveau type de grippe issu du virus aviaire H5N1, après les vaccins prototypes, les essais cliniques s'accélèrent en 2007-2008 pour aboutir à la fabrication d'un vaccin prépandémique, puis pandémique119. Mais parce qu'une nouvelle pandémie est due à un virus

<footnote n="119">119 « Pandemrix » et « Prepandrix » en 2008.</footnote>
H1N1 d'un nouveau type, trois vaccins obtiennent tout d'abord l'autorisation de mise sur le marché (AMM) en 2009, fabriqués à partir des vaccins prototypes indiqués précédemment. Pourtant, l'OMS fut l'objet d'allégations de conflits d'intérêt avec l'industrie pharmaceutique. L'institution réagit en ces termes le 22 janvier 2010 : « Dire qu'il s'agit d'une fausse pandémie n'est pas juste et c'est irresponsable<fnref n="120" /> ». L'étude bénéfice-risque est prise au niveau européen. Mais l'AMM peut être nationale. Une recombinaison entre les virus A H3N2 (grippe commune) et H1N1 (le nouveau type) a été signalé au Canada en 2009 et au Cambodge en 2011 (sans suites...);

Une étude espagnole de grande ampleur (plus de 150 000 sujets) paraît en février 2011. L'efficacité de ce vaccin 2010-2011 fut modérée (comme chaque année). Pour prévenir la grippe au niveau individuel, la vaccination annuelle des sujets à haut risque - malades chroniques, femmes enceintes, obèses - est recommandée, si elle est couplée aux gestes d'hygiène et aux mesures d'éviction de base[276].

Mais les recherches portent surtout sur des vaccins grippaux dits « universels », qui ne cibleraient pas les protéines de surface mais des composants internes. Enfin, chaque année, la mise au point annuelle du vaccin contre la grippe est le fruit d'une collaboration réussie entre les secteurs public et privé. Des plans font face chaque année à la pandémie suivante de grippe.

Des controverses existent encore quant au prix d'un nouveau vaccin. Une commission d'enquête du Sénat en France dresse un bilan particulièrement exhaustif sur ce point dans son rapport paru en juillet 2010[277].

L'Institut Pasteur crée un nouveau centre de recherche sur les maladies émergentes en 2008 : « C'est seulement grâce à l'intégration des approches expérimentales et des approches dites in silico – modélisation, bioinformatique et calcul scientifique – que pourront être analysées les quantités considérables de données produites » déclare la direction générale de l'Institut Pasteur en septembre 2008, dans un communiqué de presse[278].

Un vaccin contre les *Rotavirus*, principaux agents viraux des gastroentérites, principale cause de mortalité infantile, se devait d'être efficace contre de nombreuses souches (sérotypes), notamment celles qui prédominent dans les pays en développement, d'où sa fabrication récente. Les vaccins ont obtenu une AMM en 2006, la vaccination des nourrissons en France n'est toujours pas universelle en 2009 (attente d'analyse des bienfaits). Ce vaccin n'est donc toujours pas remboursé.

Les recherches concernant la « vaccinologie reverse » représenteraient l'avenir. C'est par la bioinformatique que l'on décrypte les souches pathogènes. Contre le méningocoque B, la vaccination de masse expérimentale eut lieu en Afrique de l'Ouest, sur le trajet de la redoutée ceinture africaine de la méningite, en 2008-2009. Le résultat : on attend l'aboutissement de ces innovations et l'AMM pour le vaccin suisse Bexsero®.

*Nous devons faire de cette décennie la décennie des vaccins*, a déclaré un célèbre donateur au Forum économique de Davos en janvier 2010¹²¹.

### 4.3.3 Communication

#### Le cas de la grippe

L'ONU dénonce au printemps 2008 le peu d'intérêt des médias dans le monde pour le risque d'une nouvelle pandémie de grippe. Pourtant, quand la pandémie de grippe A H1N1 survient en avril 2009, elle fait l'objet de toutes les émissions spéciales, au sein du service télévisuel public comme privé. L'absence de panique fut due à la relative rareté des morts en France en été/automne 2009. On a déploré des décès, notamment au Royaume-Uni et en Espagne durant l'été 2009. Pour ce qui concerne l'Europe, la volonté de communiquer d'une même voix fut proclamée par les représentants,

<footnote n="120">120 Voir le site de l'OMS : http://www.who.int/mediacentre/news/statements/2010/h1n1_pandemic_20100122/fr/index.html</footnote>

<footnote n="121">121 La fondation de Bill Gates, président de Microsoft, et de sa femme Melinda, a promis de verser 10 milliards de dollars dès 2010.</footnote>
ministres de la santé des 27 pays de l'Union, réunis en conseil extraordinaire pour faire face à la grippe, fin juillet 2009.

Un article historique rappelle combien le contexte de la pandémie de grippe 1918 était bien différent d'aujourd'hui : populations fragilisées, soins efficaces inexistants, pneumonies de surinfection bien avant l'ère des antibiotiques[279], malnutrition, et inexistence de certaines vaccinations. D'ailleurs, on ne connaissait pas le virus de la grippe, « identifié » en 1933, et « vu » bien plus tard.

La non mobilisation des populations vis-à-vis de la vaccination contre la grippe a surpris l'OMS et les gouvernements en 2009/2010, d'où les stocks importants fin janvier 2010 partout dans le monde. Les médecins eurent le devoir déontologique de se faire vacciner contre la grippe A H1N1 pdm. Extrait du code de déontologie médicale : *Le médecin doit apporter son concours à l'action entreprise par les autorités compétentes en vue de la protection de la santé et de l'éducation sanitaire*.

En 2010, l'Académie de médecine analyse le manque d'adhésion de la population française face à la campagne de vaccination contre la grippe A(H1N1v). Elle encourage a posteriori à une concertation idéale entre tous les acteurs, et demande de mieux associer les médecins libéraux. Les experts sont unanimes sur ce dernier point en juin 2010.

Et, comme conclut le Dr Gilles Haroche, sur le site Internet JIM.fr<fnref n="122" />, le 12 février 2010 : (...) *Il ne faut pas que lors de la prochaine alerte sanitaire qui ne manquera pas de survenir, les professionnels de santé et les populations désabusés se comportent comme dans la fable en se demandant si l'on ne crie pas (encore) au loup.*

Le thème de l'émergence est largement sujet à interprétation. Seule l'expertise de haut niveau, clinique et microbiologique, permet de caractériser ce qui distingue un épisode transitoire d'infections d'une vraie maladie émergente. La communication se fait par l'intermédiaire des médias. Elle peut contribuer à rassurer le public, en temps réel[264, 280]. Maîtriser rapidement sans bouleverser les sociétés est la ligne directrice de l'OMS qui a retenu les thèmes suivants en 2006[280-281].

* Confiance

* Annonce précoce

* Transparence

* Connaissance du public

* Intégration à la planification en santé publique

Et pourtant, en juin 2010, seule l'annonce précoce semble avoir été une promesse tenue. Le rapport parlementaire de juin 2010 en France critique l'OMS sur le plan de sa transparence[239]. Sont remis en cause la compréhension de ses décisions. La confiance du public fut mauvaise. Les définitions amenant aux plans furent critiquées : une pandémie devrait aujourd'hui, selon les observateurs, prendre en compte la gravité en temps réel des maladies. Ce qui est fait en partie par l'OMS, bien sûr ! « L'OMS considère la gravité comme un élément important d'une pandémie et comme un facteur essentiel lorsqu'il faut décider des mesures à prendre. Toutefois, l'OMS n'a pas exigé qu'un niveau déterminé de gravité figure parmi les critères de déclaration d'une pandémie. »[282]

L'Assemblée européenne entame une analyse fin juin 2010 dans le même sens.

### 4.3.4 Solidarité

La mobilisation politique internationale s'est constituée face au concept mondial de maladie émergente. Les maladies infectieuses furent l'un des thèmes de la réunion du G8 (les sept pays industrialisés et la Russie) en juillet 2006 à Saint-Pétersbourg. Le rapport de l'OMS sur la santé

<footnote n="122">122 http://www.jim.fr</footnote>
dans le monde 2007, intitulé « Un avenir plus sûr » s'attache à expliciter comment la maîtrise des événements à la source, *avant qu'ils ne constituent une menace de portée internationale* exige une solidarité mondiale nouvelle au XXIe siècle[264].

Répondre aux questions posées par des maladies réémergentes transmissibles curables a démontré combien les écarts actuels sur le plan santé dans le monde sont considérables. Par exemple, le **Fonds mondial de solidarité thérapeutique international pour le sida, le paludisme la tuberculose** est efficient. Un accord cadre avec l'OMS permet des coopérations sur le plan de l'accès aux médicaments. Cela demande la contribution des pays les plus riches. Devant les erreurs constatées dans la gestion du projet, ce fonds avait été interrompu dans certains pays d'Afrique (Ouganda, par exemple). La France, qui finance 10 % de ce fonds, a alors envisagé de diminuer son aide en 2008. L'arrivée de Carla Bruni-Sarkozy, femme du président de la République française, comme ambassadrice mondiale pour la protection des mères et des enfants contre le VIH/sida a relancé l'intérêt pour cette cause.

Au Cameroun, en 2009, une recrudescence de la fièvre jaune oblige les autorités à établir une campagne de vaccination de masse. Pour cela, comme dans les pays voisins, grâce au GAVI (Global Alliance for Vaccins and Immunisation), son financement est assuré. Dans le cas où cette solidarité n'existerait pas, l'OMS a calculé que cette maladie pourrait faire entre 1,5 et 2,7 millions de morts jusqu'en 2050...

En France, on a commandé près de 100 millions de doses de vaccin (en comptant les réserves) contre la nouvelle pandémie de grippe A H1N1 en 2009. La Société française de santé publique (SFSP) publie un communiqué de presse le 2 octobre 2009 intitulé : *Grippe A (H1N1) 2009 : la SFSP pour une mobilisation solidaire et une communication éducative*. La vaccination prévue a été collective. Les vaccins étant multidoses, l'immunisation fut d'abord faite dans des centres de vaccination. La population, parfois inquiète, devait adhérer à la stratégie mise en place car la perspective de santé publique, c'est instruire et mobiliser, selon la SFSP. Se posait aussi la question des personnes prioritaires.

Tous les États n'ont pas eu la même stratégie. Soignants, femmes enceintes et malades chroniques sont vaccinés en première intention en France ; on note que, outre les malades chroniques identifiés, les femmes enceintes et les obèses morbides sont parmi les plus vulnérables face aux complications de la nouvelle grippe A H1N1. On cite très justement l'entourage des nourrissons et des personnes malades. La solidarité, c'est à l'échelle d'une famille, par exemple, quand l'un des membres, fragile, est protégé par ses proches vaccinés ; c'est aussi à l'échelle du monde entier, pour aider les pays les plus pauvres à acquérir des biens et services de santé.

Les dirigeants du monde décident, en marge d'un sommet sur les **Objectifs du millénaire pour le développement de 2015** (assemblée générale de l'ONU créée en 2000) ont la volonté de sauver plus de quatre millions de vies humaines par une lutte accrue contre le paludisme, d'ici à 2015 (avec des fonds publics et privés). En novembre 2009, les statistiques sanitaires sont encourageantes : par exemple, 27 pays sur les 193 étudiés enregistrent une baisse de 50% de décès dus au paludisme[106]. Cependant, 2015 est une limite proche. Ainsi, l'idée d'Unitaid (lutte contre le sida), en collaboration avec des fondations privées, est d'instaurer le microdon sur tous les billets d'avion dans le monde, en un seul clic (2 euros, 2 dollars) : c'est la campagne *Massivegood*.

L'Académie des sciences publie en 2006 un rapport qui insiste sur la tendance interdisciplinaire de la lutte contre les maladies infectieuses émergentes. Elle réaffirme l'échelle planétaire et l'absence de frontières dans ce domaine[283].

Chaque crise a un coût. La plus-value socio-économique de l'amélioration de la santé des populations est cruciale, de même que les politiques à long terme. La responsabilité environnementale partagée est partie intégrante du « développement durable » dont on parle tant.

Charles Nicolle écrivait en 1930, à propos du combat contre les maladies infectieuses : « Quels résultats féconds quand les efforts des peuples s'unissent[284] ».
Conclusion

Y a-t-il plus d'émergences maintenant qu'avant ? Elles sont mieux reconnues, et les actions des hommes sur la nature comme les progrès techniques créent vraisemblablement des conditions propices à l'apparition de nouveaux agents, le plus souvent des virus. La majorité des problèmes émergents concernent donc des maladies infectieuses, avec une composante zoonotique ou iatrogène. Le corollaire à cette constatation est la naissance d'hypothèses infectieuses concernant les maladies chroniques « nouvelles ».

L'intégration de données environnementales ou animales à l'étude de la santé de l'homme est nécessaire à la compréhension de la transmission des infections. Elles seraient normales au sein d'un écosystème sain. L'homme explore depuis peu ce qu'on nomme la « virosphère ». L'étude de l'évolution des microorganismes viraux ou bactériens par la génétique est un sujet de recherche majeur. Le développement de nouveaux agents antimicrobiens à l'ère des maladies émergentes, réémergentes et des résistances accrues aux traitements est un défi.

L'Asie est le continent le plus souvent cité : accroissement de la population ou surpopulation, climat, élevage, modification des écosystèmes. La grippe A H1N1 pandémique de 2009-2010 aurait pris naissance en Amérique latine, zone également surveillée pour son environnement propice à l'émergence.

Les recherches pointent les inégalités en matière de santé, dans le monde et au sein même des métropoles occidentales. Les taux de létalité liés aux maladies négligées, parfois réémergentes, sont considérables dans certains pays tropicaux.

L'accélération de la prise de conscience que les questions de santé publique doivent désormais être appréhendées au niveau mondial a stimulé les stratégies de riposte. La rapide mobilisation face au SRAS en 2003, ou récemment face à la nouvelle grippe de 2009 a montré que des instances du monde entier pouvaient collaborer face à une nouvelle menace, de l'information à l'analyse génétique virale rapide. Aujourd'hui, les biopuces permettent d'identifier tout phénomène infectieux émergent en moins de 24 h ! Ce fut le cas pour la grippe A H1N1 pandémique.

Les systèmes de surveillance primaire, c'est-à-dire sur le terrain, sont améliorés par des détections plus précoces et une communication en constante amélioration. Des informations globales sur l'environnement, y compris l'eau, les insectes vecteurs et les réservoirs animaux sont attendues grâce aux collaborations entre disciplines.

Pour le futur, l'OMS souhaite une augmentation des capacités en personnels et en laboratoires chargés de la surveillance, cette dernière étant étroitement dépendante de la possibilité économique de chaque pays à construire un système sanitaire efficace. La Banque mondiale, point d'accès financier pour les pays en développement, et l'OMS se sont alliés pour une meilleure utilisation des investissements et des résultats sanitaires probants.

Enfin, le chevauchement de déclarations rapides reprises par l'Internet laisse parfois le citoyen perplexe. On fustige encore les politiques concernant l'épisode de grippe A H1N1 pandémique de 2009 en France.

En santé publique, aucune commission, aucun rapport ne règlera un manque de confiance des populations vis-à-vis des décideurs.

Les effets de la communication, comme les infections, semblent difficilement prévisibles. La santé demeure une priorité des politiques et des philanthropes dans le monde.
Annexes
# Annexe 1 : Quelques définitions issues d'organismes scientifiques

## Institute of Medicine, (États-Unis)<fnref n="123" />

IOM Review propose la définition suivante pour les maladies infectieuses émergentes : des infections qui sont nouvellement apparues dans la population, cliniquement distinctes, ou ont existé, mais dont l'incidence augmente rapidement dans un territoire géographique donné ou dans une population donnée[285].

## Centers for Disease Control et Prévention (CDC), (États-Unis)

Sur le site de la revue Emerging Infectious Diseases, on trouve : Des maladies dont l'incidence a augmenté au cours des deux dernières décennies ou qui risque d'augmenter dans un avenir proche.

## Haut Conseil de la santé publique 2011 France

> « Il a été retenu une définition de l'émergence adoptée par la Cellule permanente des maladies infectieuses émergentes (CP-MIE) (ministère de la Recherche, 2006) : une maladie infectieuse émergente est un phénomène infectieux – ou présumé infectieux – inattendu (en référence à ses propriétés intrinsèques ou aux connaissances de sa biologie), touchant l'homme, l'animal ou les deux. »

## Institut national de la recherche agronomique (INRA), (France)

> « Une maladie émergente est une maladie dont le taux d'incidence a significativement augmenté dans les vingt dernières années (exemples : sida chez l'Homme, ESB chez l'animal), ou risque d'augmenter dans un avenir proche (selon les CDC américains).

## Organisation mondiale de la santé (OMS) (d'après Lederberg)

Les expressions maladies émergentes et maladies infectieuses émergentes sont utilisées indifféremment pour désigner les infections qui apparaissent pour la première fois dans une population ou ont existé mais augmentent (rapidement) en incidence ou gagnent en expansion géographique. Ainsi, elles comprennent les maladies dites nouvelles, les maladie réémergentes ou résurgentes connues et les maladies connues potentiellement épidémiques[262]. »

Nota bene : pour ce dossier, nous avons opté pour la définition des vétérinaires Bernard Toma et Etienne Thiry, voir page 3 : **Une maladie émergente est une maladie dont l'incidence réelle augmente de manière significative, dans une population donnée, d'une région donnée, par rapport à la situation habituelle de cette maladie.**

## Maladie infectieuse émergente :

Cellule permanente des maladies infectieuses émergentes (CP-MIE) (ministère de la Recherche, 2006) :

> « Une maladie infectieuse émergente est un phénomène infectieux – ou présumé infectieux – inattendu (en référence à ses propriétés intrinsèques ou aux connaissances de sa biologie), touchant l'homme, l'animal ou les deux. Il peut s'agir :

- d'une entité clinique d'origine infectieuse nouvellement apparue ou identifiée ;

- d'une maladie infectieuse connue, dont l'incidence augmente ou dont les caractéristiques (cliniques, évolutives...) se modifient dans un espace ou dans un groupe de population donné.

Elle peut résulter d'une modification qualitative ou quantitative des caractéristiques de l'agent infectieux, de la population touchée ou de son environnement.[6] »

<footnote n="123">123 Institute of Medicine Review.</footnote>
# Annexe 2 : Infections et repères historiques

## Préhistoire et antiquité

Il y a des millions d'années, certains primates ont certainement contaminé les premiers *Homo*. Plus tard, dans les premières cités, la transmission interhumaine des virus a pu s'effectuer. Les grands empires, égyptien, grec, romain ou arabe ont été victimes d'épidémies reconnues des historiens. Le concept de *maladie contagieuse* daterait de l'Antiquité. Le concept d'épidémie est largement décrit dans les textes anciens. L'idée d'agents contagieux invisibles serait parfois évoquée. Au IIe siècle av. J.-C : Marcus Terentius Varro y ferait allusion, ainsi que des écrivains grecs, arabes et romains[286].

## Moyen Age

On retrouve parfois le nom de Roger Bacon dans l'histoire des maladies infectieuses. Ce moine anglais du XIIIe siècle est célèbre pour avoir préconisé la science expérimentale. Dans un ouvrage intitulé « *De l'admirable pouvoir et puissance de l'art & de la nature* » [traduction en français par Jacques Girard de Tournus, 1557][287], on peut lire ceci : « Certes nous savons que l'homme de mauvaise complexion, et ayant maladie contagieuse comme lèpre [...] qu'il contamine et infecte les autres »[288]. Le Moyen Age est toutefois une période où ces malades sont impurs. Selon les historiens de la langue, le terme de contagion employé à cette époque est à conceptualiser avec précaution.

- 1492 : la découverte du Nouveau Monde a provoqué la destruction de civilisations amérindiennes précolombiennes. Le transfert rapide de virus à travers l'Atlantique, avec l'émergence de la fièvre jaune et la diffusion planétaire de la variole et de la rougeole est historiquement constaté. Les européens s'inquiètent de la syphilis et du typhus. La théorie selon laquelle la syphilis serait originaire du Nouveau Monde, amenée en Europe par les Espagnols à la fin du XVe siècle n'est qu'une hypothèse, mais on constate à cette époque une épidémie de très grande ampleur.

## Renaissance

- 1530 et 1546 : Girolamo Frascatoro étudie la Syphilis[286] et imagine que des semences sont transmises sexuellement. Il

publie un ouvrage sur les maladies contagieuses : « *De Contagio et contagiosis morbis* ».

- 1683 : Antonie van Leeuwenhoek décrit divers microorganismes qu'il a observés grâce au microscope de son invention. Ses travaux sont contestés.

## XVIIIe siècle

- 1768 : Lazzaro Spallanzani découvre qu'il n'y a pas de génération spontanée : les microbes « viennent » et peuvent être tués par ébullition.

- 1796-1798 : Edward Jenner utilise la vaccine contre la variole (la variolisation étant utilisée depuis des millénaires).

## XIXe siècle

- 1807 : Isaac Benedict Prevost découvre le microorganisme à l'origine d'une phytopathologie du blé (la carie du blé). D'autres recherches en phytopathologie amènent logiquement la théorie des germes, qui naîtra plus tard avec Pasteur[289].

- 1854 : au Venezuela, un médecin franco-vénézuélien, Louis Daniel Beauperthuy (1807-1871) avait attribué au moustique le rôle d'agent transmetteur de la fièvre jaune et recommandé l'utilisation de moustiquaires, la nuit.

- 1857 : Louis Pasteur publie Mémoire sur la fermentation appelée lactique, publication considéré comme fondatrice de la science dénommée aujourd'hui microbiologie (anciennement nommée microbie).

- 1859 : Louis Pasteur évoque le « Cercle indéfini de la vie et de la mort » : « C'est à des causes de cette nature que les maladies virulentes doivent leur existence ». En 1881, à propos de la virulence (le pouvoir pathogène) qu'il arrive à modifier expérimentalement « Et voilà que la virulence nous apparaît sous un jour nouveau qui ne laisse pas d'être inquiétant pour l'humanité à moins que la nature, dans son évolution, à travers les siècles passés, ait déjà rencontré toutes les occasions de production des maladies virulentes ou contagieuses, ce qui est fort invraisemblable »[224, 290].
- 1867 : Joseph Lister prévient les infections chirurgicales par la désinfection.

- 1870 : Louis Pasteur identifie la maladie des vers à soie.

- 1873-1875 : Harmauer Hansen découvre le bacille de la lèpre, bactérie qui portera le nom de ce Norvégien : « Bacille de Hansen ».

- 1878 : Louis Pasteur publie « La théorie des germes » (fin de la « génération spontanée » dans les mentalités et principes de l'asepsie).

- 1880 : Louis Pasteur invente le premier vaccin contre le « choléra des poules ».

- 1881 : L'équipe de Louis Pasteur entreprend une vaccination de moutons contre le Charbon (maladie bactérienne grave qui a fait l'actualité au début des années 2001, par crainte de bioterrorisme (appelée anthrax en anglais).

- 1882 : Robert Koch isole le bacille de la tuberculose Mycobactérium tuberculosis.

- 1883 : Robert Koch isole la bactérie du choléra Vibrio cholerae. On note que Robert Koch (prix Nobel 1905) a donc isolé deux bactéries à l'origine de nombreuses épidémies, toujours d'actualité.

- 1885 : Louis Pasteur, réussit (on dit « invente ») la première vaccination antirabique chez l'homme (vaccin contre la rage). Il acquiert une renommée internationale.

- 1888 : fondation de l'Institut Pasteur. Pierre Paul Emile Roux isole avec Alexandre Emile Jean Yersin la première toxine : celle de la diphtérie.

- 1892 : le virus de la mosaïque du tabac est le premier virus distingué et nommé : il n'était pas encore visible.

- 1894 : En poste en Asie, Yersin envoie à Paris pour analyse le bacille de la peste.

- 1897 : Ernest Duchesne décrit l'inhibition de la croissance des micro-organismes par une moisissure : un pénicillium.

## XXe siècle

- 1878-1940 : les causes infectieuses de nombreuses maladies sont découvertes, naissance de l'hygiène, de vaccins. Au début du XXe siècle, la médecine préventive puis le développement de nouveaux outils épidémiologiques est un combat permanent. Viendront plus tard les progrès :

- de l'immunologie ;

- de la biologie moléculaire (étude des être vivants au plan des interactions chimiques et physiques de molécules biologiques) ;

- de la génomique (étude de l'ensemble des gènes d'un organisme vivant (structure, nature, fonction, interaction) ;

- et des techniques de diagnostic grâce à toutes ces découvertes.

- 1921 : Albert Calmette et Camille Guérin conçoivent le BCG.

- 1923 : Gaston Ramon met au point, avec Christian Zoeller, les anatoxines tétaniques et diphtériques.

- 1927 : isolement du virus amaril, responsable de la fièvre jaune.

- 1929 : action antibactérienne du penicillium (Alexander Fleming), voir la publication du début du XXe siècle, en ligne[291] :

- 1930 : Charles Nicolle, prix Nobel en 1928, publie : *Naissance vie et mort des maladies infectieuses*. Dans le titre même de son livre, l'idée actuelle d'émergence est déjà présente. Il écrit aussi : « *Les maladies infectieuses sont les compagnes fatales, constantes de notre vie...* », « *Une maladie infectieuse change, évolue sans cesse...* », « *il y aura donc des maladies nouvelles...* » « *La maladie infectieuse est un phénomène biologique comme les autres. Elle porte les caractères de la vie qui cherche à se perpétuer...* »[284]. Le lien vers ce document est à la Bibliothèque interuniversitaire de santé à Paris (BIU santé, ex-BIUM, Paris).

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- http://web2.bium.univ-paris5.fr/livanc/?p=2&cote=84184&do=pages%20
Maladies émergentes et réémergentes chez l'homme

- 1931 : Bodo von Borries et Ernst Ruska construisent en Allemagne le premier ultramicroscope commercial. Peu à peu, des images sont réalisées. C'est le premier microscope électronique, dont la résolution de 10 nanomètres permet de visualiser certains virus.

- 1932 : premier vaccin contre la fièvre jaune.

- 1935 : découverte des sulfamides (comme antibactériens contre la tuberculose).

- 1945 : premier vaccin contre la grippe, vaccin américain, administré aux troupes.

- 1947 : vaccin contre la grippe, Institut Pasteur.

Entre 1940 et 1970, la maîtrise des maladies infectieuses, la prévention et leur traitement semblent acquis. L'idée de les combattre avant l'an 2000 est un défi. La recherche d'antibiotiques et la mise en place d'un programme élargi de vaccination pour faire baisser la mortalité sont efficaces.

- 1941 : première utilisation de la pénicilline.

- 1948 : premier colloque international sur les virus.

- 1953 : Jonas Edward Salk invente le premier vaccin antipoliomyélitique.

- 1967 : l'OMS lance la campagne internationale d'éradication de la variole.

Entre 1975 et 1980, des événements majeurs et symboliques interviennent et modifient les pensées.

- 1976 : découverte de la maladie des légionnaires (une légionellose), de la maladie de Lyme (une borréliose), de la fièvre d'Ebola (une arbovirose)[292] (voir aussi Annexe 3).

- 1978 : les pays membres des Nations Unies signent l'accord intitulé La santé pour tous en l'an 2000.

- 1979 : l'éradication de la variole permet d'émettre l'hypothèse que les infections pourraient être vaincues ; proclamée en 1980, cet événement vient entretenir l'espoir de maîtriser les maladies infectieuses qui existe depuis le milieu du XXe siècle. Cette ambition est vite réfrénée par l'adaptation rapide des microorganismes pathogènes aux antimicrobiens, à leur environnement, à leurs hôtes et aux échanges mondiaux d'hommes et de produits.

Une diminution des budgets de recherche et de surveillance est constatée[32, 293].

C'est peu après cette période qu'on découvre de nombreux agents pathogènes, dont le VIH, les virus des hépatites B et C.

- 1980 : Eradication de la variole.

- 1981 : sida ; 1983 : découverte du VIH.

- 1988 : initiative pour l'éradication mondiale de la poliomyélite (OMS)(GPEI).

- 1989 : Isolement du VIH.

- 1995 : création par l'Organisation mondiale de la santé (OMS) de la division « Surveillance et contrôle des maladies émergentes et autres maladies transmissibles ».

- 1996 : hypothèse du lien entre encéphalopathie spongiforme bovine et nouvelle variante de la maladie de Creutzfeldt-Jakob (atteignant des sujets plus jeunes et durant plusieurs mois).

- 1997 : cas humains de grippe aviaire, souche H5N1.

- 1999 : l'encéphalite à virus Nipah émerge.

## XXe siècle

- 2003-2004 : épidémie de SRAS et découverte du Coronavirus SARS-CoV.

- L'OMS écrit en 2003 : « Le SRAS ne sera pas la dernière maladie à profiter des conditions du monde moderne pour faire son apparition. [...] Certaines apparaîtront, causeront une maladie chez l'homme puis disparaîtront pour éventuellement refaire surface plus tard. D'autres apparaîtront, causeront une maladie chez l'homme et se transmettront pendant plusieurs dizaines d'années, avant de s'atténuer et de disparaître elles aussi. D'autres encore surgiront, deviendront endémiques et occuperont une place importante dans l'écologie des maladies infectieuses humaines »[294].

- 2003 : découverte du plus grand virus connu à ce jour, nommé Mimivirus (Mimiviridae), qui bouleverse les idées[295]. De nombreux mégavirus peuplent la biosphère. De taille proche d'une amibe, de mécanisme pathogénique de type Legionella (bactérie intracellulaire, on rapporte des pneumonies dus à des virus « géants » chez l'homme[296].
- 2003-2006 : risque d'émergence d'une grippe humaine d'un nouveau sous-type, par réassortiment génétique entre virus humain et virus aviaire souche H5N1 hautement pathogène.

- Mai 2006 : adoption d'un nouveau Règlement sanitaire international (en avance par rapport à son entrée en vigueur définitive : 2007).

- Juillet 2008 : découverte en France (équipe de Didier Raoult) d'un *Virophage* (nommé *Spoutnik*) dans un virus géant (*Mamavirus*).

- Françoise Barré-Sinoussi et Luc Montagnier, codécouvreur du VIH, sont récompensés par le prix Nobel de médecine en 2008[297].

- Mars-Avril 2009 : la nouvelle pandémie de grippe A H1N1, avec une forte couverture médiatique en novembre 2009. Les spécialistes expliquent très clairement pourquoi une vaccination de masse ne doit absolument pas entraîner une défiance de la part de la population française.

## Quelques épidémies et pandémies historiques (seule la variole est éradiquée)

Parmi les épidémies historiques[163, 298], on peut citer :

- la peste noire du Moyen Age (XIVe siècle), importée et associée à l'augmentation du réservoir, le rat, au sein des villes grandissantes ;

- le choléra depuis l'antiquité, la syphilis, depuis le XVe siècle en Europe, suivant les mouvements des hommes (appelée le « mal de Naples », « mal des Anglais », ou « mal des Français » selon les pays, personne ne voulant en revendiquer la paternité) ;

- le paludisme, la typhoïde ;

- le typhus, pour lequel Charles Nicolle découvre en 1909 le rôle exclusif du pou (vecteur) dans sa transmission ;

- La tuberculose décimant les populations urbaines au XIXe siècle ;

- la variole, omniprésente, la scarlatine, la rougeole et la diphtérie, qui étaient des maladies infantiles normales, au XXe siècle en Europe ;

- la grippe espagnole du début du XXe siècle (quarante millions de morts dans le monde) ; décès par détresse respiratoire ou pneumonie, sur terrain individuel débilité,

à une époque sans ressources ni services sanitaires efficaces) ;

- la pandémie de sida depuis 1981.

- Cas particulier de la grippe H1N1

Le paragraphe suivant a été écrit suite à l'écoute attentive du professeur honoraire à l'Institut Pasteur Claude Hannoun, virologue, relatant dans une vidéo, sur le site professionnel Pratis.com<fnref n="124" />, la saga des virus grippaux, en octobre 2009.

Le virus H1N1 de 1918 fut seul virus de la grippe A jusqu'en 1957, devenu alors virus « saisonnier ». A cette date le virus H2N2 l'a complètement remplacé pour une dizaine d'années, avec des répliques. En 1968 apparut le « virus de Hong-Kong », H3N2, qui élimina le H2N2. Puis en 1977, environ dix ans plus tard, le virus H1N1, un peu différent du précédent, réapparut, « modestement » ; les individus de plus de 20-25 ans étaient immunisés, mais il n'a pas supplanté le virus H3N2. Deux virus Influenza A ont ensuite cohabité jusqu'en 2009 : le H1N1 (1977) et le H3N2 (1968). Le H3N2 a « tenu » ou « tient » depuis 40 ans. Désormais H1N1 et H3N2 donnent les grippes saisonnières jusqu'en 2009. Mais le H1N1 dit « saisonnier » n'a rien à voir avec le virus de la grippe A H1N1 dit « mexicain » de 2009. Les deux virus sont différents au niveau immunologique. Il n'y a pas de protection réelle par l'immunisation par le virus H1N1 saisonnier. On observera alors comment les virus vont se remplacer les uns et les autres. On fait le point en fin de saison, chaque année.

<footnote n="124">124 http://www.pratis.com</footnote>
Annexe 3 : Agents pathogènes nouveaux pour l'homme

Exemples d'agents pathogènes identifiés et/ou de maladies infectieuses nouvellement reconnues ou nouvelles depuis les années 1950 chez l'homme.

La littérature peut différencier date de découverte et investigations génétiques plus poussées. Ces données sont variables selon les auteurs. L'interrogation des bases de données permet parfois de retrouver les articles originaux, s'ils sont parus après 1950. Plus de 30 virus pathogènes pour l'homme ont été découverts ces trente dernières années.

Pour les mycoses, la liste des champignons opportunistes en cause en pathologie humaine ne cesse d'augmenter (dus à l'immunodéficience, comme *Cryptococcus neoformans*, connu depuis 100 ans, très fréquent dans ce contexte pathologique). Elles ne sont pas répertoriées ici (sauf les « microsporidioses » qui étaient considérées comme des protozooses jusqu'à une date récente). Pour en savoir plus, l'article consultable en ligne de Dominique Chabasse et de ses collaborateurs propose en 2009 une revue générale des maladies fongiques émergentes[299] : *Le nombre de champignons incriminés en pathologie humaine est passé de moins d'une trentaine d'espèces dans les années 1950 à plus de 400 aujourd'hui.* Il propose un tableau des grandes étapes de l'émergence des infections fongiques (montrant l'accélération des risques de les retrouver depuis 1990 : échanges intercontinentaux, diagnostic moléculaire, diversification des activités sportives et mucoviscidose (terrain particulier)).

Les étapes antérieures décrites sont les suivantes :

- 1950 : l'avènement des antibiotiques, corticoïdes et premiers anticancéreux ;

- 1960 : chimiothérapies, cathéters, voies veineuses centrales ;

- 1970 : transplantation d'organes, immunosuppresseurs ;

- 1980 : sida/VIH, greffes de moelle osseuse, hospitalisations prolongées.

Les auteurs décrivent ainsi l'émergence de nouvelles familles de champignons au fur et à mesure des années.

La colonne « Type » ci-dessous comprend les virus (V), les bactéries (B), les parasites (P), ou agent transmissible non conventionnel ou prion (ATNC), fungi (F).

<table><thead><tr><td>Année</td><td>Microorganisme</td><td>Type</td><td>Maladie</td></tr></thead><tbody><tr><td>1951</td><td>Virus Murray Valley</td><td>V</td><td>Encéphalite Murray Valley (en général bénigne)</td></tr><tr><td rowspan="2">1952</td><td>Virus Mapucho</td><td>V</td><td>Fièvre hémorragique de Bolivie</td></tr><tr><td>Virus Zika</td><td>V</td><td>Fièvre type dengue</td></tr><tr><td>1957</td><td>Virus Kyasanur</td><td>V</td><td>Syndrome myalgique et hémorragique</td></tr><tr><td rowspan="2">1958</td><td>Virus Junin</td><td>V</td><td>Fièvre hémorragique d'Argentine</td></tr><tr><td>Virus Monkeypox</td><td>V</td><td>Variole du singe</td></tr><tr><td rowspan="3">1959</td><td>??</td><td>??</td><td>Fièvre hémorragique de Lassa (Nigeria)</td></tr><tr><td>Babesia microti</td><td>P</td><td>Babésiose américaine</td></tr><tr><td>Influenzavirus A H5N1 chez le poulet</td><td>V</td><td>Peste aviaire hautement pathogène</td></tr><tr><td>1960</td><td>Virus Kunjin</td><td>V</td><td>Fièvre et méningo-encéphalite bénigne</td></tr><tr><td rowspan="3">1961</td><td>Virus Chikungunya</td><td>V</td><td>Le chikungunya</td></tr><tr><td>Souche Vibrio cholerae 01</td><td>B</td><td>Choléra épidémique</td></tr><tr><td>Staphylococcus aureus (connu) résistant à la méticilline</td><td>B</td><td>Staphylococcie nosocomiale MRSA</td></tr></tbody></table>
Maladies émergentes et réémergentes chez l'homme

<table><thead><tr><td>Année</td><td>Microorganisme</td><td>Type</td><td>Maladie</td></tr></thead><tbody><tr><td>1964</td><td>Virus d'Epstein-Barr</td><td>V</td><td>Lymphome de Burkitt</td></tr><tr><td>1965</td><td>Virus de l'encéphalite japonaise</td><td>V</td><td>Encéphalite japonaise</td></tr><tr><td>1966</td><td>Virus Congo-Crimée</td><td>V</td><td>Fièvre hémorragique du Congo</td></tr><tr><td>1967</td><td>Virus Marburg</td><td>V</td><td>Fièvre hémorragique de Marburg</td></tr><tr><td>1969</td><td>Virus Lassa</td><td>V</td><td>Etiologie de la fièvre de Lassa</td></tr><tr><td>1970</td><td>Virus Monkeypox</td><td>V</td><td>Variole du singe chez l'homme</td></tr><tr><td>1971</td><td>Virus Ross River</td><td>V</td><td>Fièvre, arthralgies (bénignes)</td></tr><tr><td>1972</td><td>Virus de l'hépatite B<br/>Campylobacter jejuni (connu)</td><td>V<br/>B</td><td>Hépatite virale B<br/>Entérites</td></tr><tr><td>1973</td><td>Rotavirus</td><td>V</td><td>Diarrhées aiguës et gastroentérites infantiles (cause majeure)</td></tr><tr><td>1974</td><td>Babesia divergens (connu)</td><td>P</td><td>Premier cas humain décrit</td></tr><tr><td>1975</td><td>Parvovirus B19</td><td>V</td><td>Exanthème subit, arthrite, anémie aplasique (sujets prédisposés)</td></tr><tr><td>1976</td><td>Cryptosporidium parvum (connu)<br/>Virus Hantaan<br/>Virus Ebola<br/>Virus Séoul</td><td>P<br/>V<br/>V<br/>V</td><td>Cryptosporidioses chez l'homme (diarrhées)<br/>Fièvre hémorragique avec syndrome rénal<br/>Fièvre hémorragique à virus Ebola<br/>Fièvre hémorragique de Séoul</td></tr><tr><td>1977</td><td>Legionella (pneumophila)<br/>Virus de la fièvre de la vallée du Rift<br/>Cyclospora cayetanensis</td><td>B<br/>V<br/>P</td><td>Maladie des Légionnaires<br/>Fièvre hémorragique de la vallée du Rift<br/>Cyclosporidiose (diarrhées)</td></tr><tr><td>1980</td><td>Virus HTLV-1</td><td>V</td><td>Hémopathies malignes, myélopathie (paralysie)</td></tr><tr><td>1981</td><td>Toxine TSST-1, Staphylococcus aureus (connu)</td><td>B</td><td>Choc toxique staphylococcique (décrit dès 1978)</td></tr><tr><td>1982</td><td>Escherichia coli 0157:H7<br/>Borrelia burgdorferi<br/>Virus HTLV-2<br/>Acanthamoeba (plusieurs espèces)</td><td>B<br/>B<br/>V<br/>P</td><td>Syndrome hémolytique et urémique<br/>Maladie de Lyme<br/>Myéloneuropathies (rares)<br/>Kératites amibiennes chez les porteurs de lentilles</td></tr><tr><td>1983</td><td>HIV (HIV-1)<br/>Helicobacter pylori<br/>Virus Puumala</td><td>V<br/>B<br/>V</td><td>Sida<br/>Gastrite/ulcère gastroduodénal<br/>Fièvre hémorragique (Europe)</td></tr><tr><td>1985</td><td>HIV-2<br/>Salmonella enterica sérotype typhimurium DT104<br/>Enterocytozoon bieneusi</td><td>V<br/>B<br/>F</td><td>Sida<br/>Salmonellose multirésistante aux antibiotiques<br/>Microsporidioses chez l'immunodéprimé (diarrhées)<br/>Microorganisme en cause considéré antérieurement comme protozoaire</td></tr><tr><td>1986</td><td>Virus Barmah</td><td>V</td><td>Fièvre, arthralgie</td></tr><tr><td>1988</td><td>Virus de l'hépatite E<br/>Human Herpesvirus 6 (HHV6)</td><td>V<br/>V</td><td>Hépatite virale E<br/>Etiologie de la roséole et autres formes cliniques</td></tr></tbody></table>
Maladies émergentes et réémergentes chez l'homme

<table><thead><tr><td>Année</td><td>Microorganisme</td><td>Type</td><td>Maladie</td></tr></thead><tbody><tr><td>1989</td><td>Virus de l'hépatite C<br>??</td><td>V<br>??</td><td>Hépatite virale C<br>Fièvre hémorragique du Venezuela</td></tr><tr><td>1990</td><td>??</td><td>??</td><td>Fièvre hémorragique du Brésil</td></tr><tr><td rowspan="3">1991</td><td>Nouvelles espèces de Babesia<br>Encephalitozoon hellem</td><td>P<br>F</td><td>Babésioses atypiques<br>Kératoconjonctivites (microsporidiose chez l'immunodéprimé)</td></tr><tr><td>Ehrlichia chaffeensis<br>Virus Guanarito</td><td>B<br>V</td><td>Ehrlichiose monocytique humaine<br>Agent de la fièvre hémorragique du Venezuela</td></tr><tr><td>Vibrio cholerae 0139<br>Bartonella henselae</td><td>B<br>B</td><td>Choléra épidémique, nouvelle souche<br>Maladies des griffes du chat, angiomatose bacillaire</td></tr><tr><td rowspan="3">1993</td><td>Virus Sin nombre (Hantavirus)<br>Virus de l'hépatite delta<br>Encephalitozoon cuniculi</td><td>V<br>V<br>F</td><td>Syndrome cardiopulmonaire à Hantavirus<br>Hépatite virale D<br>Infection systémique</td></tr><tr><td>Virus Hendra<br>Virus Sabia<br>Virus de l'hépatite F</td><td>V<br>V<br>V</td><td>Paramyxovirose équine et encéphalite humaine<br>Fièvre hémorragique du Brésil<br>Hépatite virale F</td></tr><tr><td>Human Herpesvirus 8 (HHV8)<br>Virus Belgrade/Dobrava<br>Virus Alkhurma</td><td>V<br>V<br>V</td><td>Maladie de Kaposi<br>Fièvre hémorragique<br>Fièvre hémorragique à virus Alkhurma</td></tr><tr><td>1996</td><td>Australian bat lyssavirus<br>Hypothèse lien ESB et vMCJ<sup>125</sup></td><td>V<br>??</td><td>Encéphalite<br>Nouvelle variante de la maladie de Creutzfeldt-Jakob</td></tr><tr><td rowspan="2">1997</td><td>Tropherima whipplei<br>Virus de l'hépatite TT</td><td>B<br>V</td><td>Maladie de Whipple<br>Hépatite virale TT</td></tr><tr><td>Virus Nipah<br>Virus West Nile<br>Virus de l'hépatite G<br>Lien entre ESB et vMCJ : prion PrP mutée</td><td>V<br>V<br>V<br>ATNC</td><td>Paramyxovirose porcine et encéphalites chez l'homme<br>Encéphalite à virus du Nil occidental<br>Hépatite virale G<br>Etiologie de la nouvelle variante de la maladie de Creutzfeldt-Jakob</td></tr><tr><td>2001</td><td>Human Metapneumovirus</td><td>V</td><td>Bronchiolites (enfants)</td></tr><tr><td rowspan="2">2003</td><td>Coronavirus du SRAS : SARS-CoV<br>Mimivirus</td><td>V<br>V</td><td>Syndrome respiratoire aigu sévère<br>Pneumonies</td></tr><tr><td>HCoV-NL63<br>Human metapneumovirus</td><td>V<br>V</td><td>Syndrome respiratoire sans grande gravité<br>Bronchiolites, encéphalites (nourrisson)</td></tr><tr><td rowspan="3">2005</td><td>Virus HTLV-3 et HTLV-4<br>Human bocavirus (HboV)<br>Coronavirus HKU1</td><td>V<br>V<br>V</td><td>??<br>Infections respiratoires basses<br>Infections respiratoires basses</td></tr><tr><td>Virus Melaka</td><td>V</td><td>Insuffisance respiratoire<br>Première description d'une maladie symptomatique à orthoreovirus</td></tr><tr><td>Pour information : premier Virophage (parasite viral appelé Spoutnik dans un virus géant nommé Mamavirus (type de Mimivirus))</td><td>V</td><td>Découverte de possibilité de transfert de gènes...</td></tr></tbody></table>

<footnote n="125">125 ESB : encéphalopathie spongiforme bovine.</footnote>
Maladies émergentes et réémergentes chez l'homme

<table><thead><tr><td>Année</td><td>Microorganisme</td><td>Type</td><td>Maladie</td></tr></thead><tbody><tr><td>2009</td><td>Virus Lujo</td><td>V</td><td>Fièvre hémorragique de type Fièvre d'Ebola</td></tr><tr><td>2009</td><td>Pour information : le virus de la grippe A/H1N1v qui est responsable d'une pandémie est un variant non détecté jusqu'alors, ce n'est pas un nouveau virus.</td><td>V</td><td>Syndrome grippal</td></tr><tr><td>2010</td><td>Coronavirus NL63 Sung JY et coll. : Role of human coronavirus NL63 in hospitalized children with croup. Pediatr Infec Dis J., 2010; 29: 822-26</td><td>V</td><td>Laryngites du nourrisson</td></tr></tbody></table>
Annexe 4 : Fièvres hémorragiques émergentes et réémergentes

<table><thead><tr><th>Famille</th><th>Virus</th><th>Maladie</th><th>Date</th><th>Date maladie</th><th>Réservoir/ Vecteur</th><th>Processus</th><th>Epidémies</th><th>Taux de létalité</th></tr></thead><tbody><tr><td colspan="9">Bunyaviridae</td></tr><tr><td>Phlébovirus</td><td>Rift</td><td>Fièvre de la vallée du Rift, mort du bétail</td><td>1931</td><td>1970</td><td>Moustiques, mouches hématophages</td><td>Mise en eau des barrages, pullulation de vecteurs, piqûre</td><td>Afrique (1977, 1987, 1993, 1997)<br/>Yemen (2000)<br/>Arabie saoudite (2000), Egypte (2003)<br/>Kenya (2006-2007)<br/>Mayotte (2007, 2009)</td><td>5 à 25 % (dernière épidémie, mortalité en hausse)</td></tr><tr><td>Nairovirus</td><td>Congo-Crimée</td><td>Fièvre hémorragique de Congo-Crimée « La mort noire » Epidémies nosocomiales<br/>Personnel d'abattoirs</td><td>1966</td><td>Ile siècle AV-JC</td><td>Lièvres, oiseaux/tiques</td><td>Piqûre</td><td>Crimée (1945)<br/>Kosowo (2001-2002)<br/>Albanie, Iran, Pakistan,<br/>Afrique du Sud (2001)<br/>Mauritanie (2001-2002)<br/>Russie (2007 et 2008),<br/>Bulgarie (2008) ; Grèce (un décès en 2008)</td><td>De 28 % à 2-6 % en 2008 (létalité inférieure à celle initialement décrite)</td></tr><tr><td>Hantavirus</td><td>Hantaan</td><td>f. hém. avec syndrome rénal</td><td>1976</td><td>Il y 1000 ans (traité de médecine chinoise)</td><td>Rongeurs (mulot)</td><td>Conditions de vie (militaires américains), rizières, aérosols</td><td>Corée (1951-1953)<br/>Corée du Sud (1986)<br/>Endémique : ex-URSS, Chine, Corée (2006)</td><td>10 %</td></tr><tr><td>Hantavirus</td><td>Séoul</td><td>f. hém. avec syndrome rénal</td><td>1976</td><td>Années 1970</td><td>Rongeurs (rat)</td><td>Aérosols</td><td>Endémique en Corée, Japon, Corée du sud, Chine (2006)</td><td>Faible : 0 à 0,4 %</td></tr></tbody></table>
Maladies émergentes et réémergentes chez l'homme

<table><thead><tr><th>Famille</th><th>Virus</th><th>Maladie</th><th>Date</th><th>Date maladie</th><th>Réservoir/ Vecteur</th><th>Processus</th><th>Epidémies</th><th>Taux de létalité</th></tr></thead><tbody><tr><td>Hantavirus</td><td>Puumala (le plus fréquent en France)</td><td>f. hém. avec syndrome rénal</td><td>1980</td><td>Années 1930</td><td>Rongeurs (campagnol)</td><td>Aérosols</td><td>Suède (1934)<br>Europe (1939-1945)<br>Europe du nord et France (1985, 1990, 1991, 1993, 1996, 1999, 2007)</td><td>Plutôt bénin<br>Séquelles possibles</td></tr><tr><td>Hantavirus</td><td>Belgrade/Dobrava (virus proches ou semblables)</td><td>f. hém. avec syndrome rénal</td><td>Années 1990</td><td>Années 1990</td><td>Rongeurs (mulot)</td><td>Guerre, moins de prédateurs, rongeurs, conditions de vie, aérosols</td><td>Bosnie-Herzégovine (1995)</td><td>10 à 20 % ??</td></tr><tr><td>Hantavirus</td><td>Sin nombre et apparentés</td><td>Syndrome cardio-pulmonaire à Hantavirus</td><td>1993</td><td>Années 1970 (par étude rétrospective sur des séums conservés)</td><td>Rongeurs (souris)</td><td>Pluie, pignons de pin (nourriture pour souris), aérosols</td><td>États-Unis (indiens Navajos) (1993). Cas notifiés fréquents États-Unis, et pédiatriques (2010)</td><td>30 à 50 % (36 % depuis 1995)</td></tr><tr><td colspan="9"><strong>Arenaviridae</strong></td></tr><tr><td>Arenavirus</td><td>Junin</td><td>F. hém. d'Argentine</td><td>1958</td><td>1953</td><td>Rongeurs (souris des champs)</td><td>Culture du maïs intensive, aérosols (amplifiés avec le broiement de rongeurs porteurs)</td><td>Argentine (années 1940, 1964)<br>Endémique (printemps et été) Un vaccin existe</td><td>5 à 30 %</td></tr><tr><td>Arenavirus</td><td>Machupo</td><td>F. hém. de Bolivie</td><td>1952</td><td>1952</td><td>Rongeurs (souris anthropophile)</td><td>Conditions de vie (forêt), souris pénétrant dans maisons</td><td>Bolivie (1952, 1963-1964, 1994, (7 cas), endémique (printemps et été), mars 2007.</td><td>18 %</td></tr><tr><td>Arenavirus</td><td>Guanarito</td><td>F. hém. du Venezuela</td><td>1989</td><td>1989</td><td>Rongeurs</td><td>Déforestation, aérosols</td><td>Vénérzuela (1989)</td><td>25 %</td></tr></tbody></table>
Maladies émergentes et réémergentes chez l'homme

<table><thead><tr><th>Famille</th><th>Virus</th><th>Maladie</th><th>Date</th><th>Date maladie</th><th>Réservoir/ Vecteur</th><th>Processus</th><th>Epidémies</th><th>Taux de létalité</th></tr></thead><tbody><tr><td>Arenavirus</td><td>Lassa</td><td>F. hém. de Lassa (Nigeria)</td><td>1969</td><td>1959</td><td>Rongeurs</td><td>Contact avec rongeurs</td><td>Nigeria (1969)<br>Nigeria (1970)<br>Sierra Leone (1993)<br>Endémique (Guinée, en Sierra Leone, Liberia, Nigeria)<br>Epidémie : Libéria (2006)<br>Europe, États-Unis (cas d'importation)</td><td>15 % (Ribavirine efficace)</td></tr><tr><td>Arenavirus</td><td>Sabia</td><td>F. hém. du Brésil</td><td>1994</td><td>1990</td><td>Rongeurs</td><td>Quelques cas travail agricole</td><td>Non</td><td>10 à 15 %</td></tr><tr><td>Arenavirus</td><td>Nouveau</td><td>Nouvelle maladie</td><td>2008</td><td>2008</td><td>Rongeurs ?</td><td>Cinq cas</td><td>Afrique du Sud (cas index venu de Zambie), guide de safari, octobre 2008</td><td>Très pathogène 4 morts sur cinq cas</td></tr><tr><td colspan="9"><strong>Filoviridae</strong></td></tr><tr><td>Filovirus</td><td>Ebola Z, S, R, CI (c'est à dire : Zaïre Soudan Reston (États-Unis) Côte d'Ivoire)</td><td>Fièvre d'Ebola<br>Tue les singes</td><td>1976</td><td>1976</td><td>Inconnu (singes ?)</td><td>Contact avec carcasses de singes</td><td>Afrique du Sud (1976)<br>Gabon (1994)<br>République du Congo (RDC) (1995)<br>Gabon, Afrique du Sud (1996)<br>Gabon, RDC (2001-2002)<br>RDC (2003)<br>États-Unis (1996),<br>souche Reston (non pathogène pour l'homme) : Congo et Ouganda (2007)</td><td>50 à 80 % (souche Zaïre)</td></tr></tbody></table>
<table><thead><tr><th>Famille</th><th>Virus</th><th>Maladie</th><th>Date</th><th>Date maladie</th><th>Réservoir/ Vecteur</th><th>Processus</th><th>Epidémies</th><th>Taux de létalité</th></tr></thead><tbody><tr><td>Filovirus</td><td>Marburg</td><td>Maladie de Marburg</td><td>1967</td><td>1967</td><td>Chauves-souris frugivores</td><td></td><td>Allemagne (1967)<br>Afrique du Sud (1975)<br>Zimbabwe et Kenya (1980, 1987)<br>1998-1999 épidémie à Durba, en République Démocratique du Congo ; un cas en Ouganda en juillet 2007</td><td>30 %</td></tr><tr><td colspan="9"><strong>Flaviridae<sup>126</sup></strong></td></tr><tr><td>Flavivirus</td><td>Amaril</td><td>Fièvre jaune, vomi noir</td><td>1883</td><td>XVe siècle (Europe)</td><td>Singe, moustique</td><td>Endémique</td><td>Chaque année</td><td>70 à 80 %</td></tr><tr><td>Flavivirus</td><td>Virus d'Omsk</td><td>Fièvre hémorragique d'Omsk</td><td>Avant 1960</td><td>1945</td><td>Chasse au rat musqué, tiques, contact direct</td><td>Endémique (épidémie en 1944 et 1945)</td><td>Période hivernale propice</td><td>10 %</td></tr><tr><td>Flavivirus</td><td>Dengue 1, 2, 3, 4</td><td>Dengue hémorragique</td><td>1931 mais filtré en 1907</td><td>1779</td><td>Singe, homme, moustique</td><td>Endémique</td><td>Chaque année</td><td>Cas mortels, en augmentation depuis les années 1990</td></tr></tbody></table>

<footnote n="126">126 Remarque : les agents du groupe des encéphalites à tiques et l'encéphalite West-Nile sont aussi des infections à Flavivirus, mais ne sont pas notées ici car ne provoquent pas de fièvres hémorragiques.</footnote>
Maladies émergentes et réémergentes chez l'homme

<table><thead><tr><td>Famille</td><td>Virus</td><td>Maladie</td><td>Date</td><td>Date maladie</td><td>Réservoir/ Vecteur</td><td>Processus</td><td>Epidémies</td><td>Taux de létalité</td></tr></thead><tbody><tr><td>Flavivirus</td><td>Virus Alkhurma[300]</td><td>Fièvre ou Méningo-encéphalite d'Alkurma</td><td>1995</td><td>1995</td><td>Singe, Homme musaraigne, tique</td><td>Emergence au Moyen Orient</td><td>Epidémie Arabie Saoudite (1995) Plusieurs cas dans différentes provinces. Quelques cas en 2000, quatre cas en janv. 2010 dans le district d'Alkurma, province de Makkah (où se trouve La Mecque).</td><td>25 %</td></tr><tr><td>Flavivirus</td><td>Virus de la forêt de Kasyanur (parent du virus Alkurma)</td><td>Fièvre et encéphalite de la forêt de Kasyanur (Inde), nommée « la maladie des singes », qui se rapproche davantage du groupe des encéphalites à tiques)</td><td>1957</td><td>1957</td><td>Chameau, mouton, tique</td><td>Homme hôte accidentel (déforestation)</td><td>Inde (1982-1983)</td><td>5 à 10 %</td></tr></tbody></table>
Annexe 5 : 177 pathogènes émergents (2005)

Les listes ci-dessous sont recopiées depuis une annexe de l'article de Mark E.J. Woolhouse et Sonya Gowtage-Sequeria, décembre 2005 [30].

Ces auteurs définissent cinq groupes d'agents pathogènes : les virus et les prions, les bactéries et les rickettsies, les fungi, les protozoaires et les helminthes.

<table><thead><tr><th>Viruses and prions</th><th>Bacteria and rickettsia</th><th>Helminths</th></tr></thead><tbody><tr><td>Andes</td><td>Aeromonas caviae</td><td>Anisakis simplex</td></tr><tr><td>Australian bat lyssavirus</td><td>A. hydrophila</td><td>Echinococcus granulosus</td></tr><tr><td>B19</td><td>A. veronii (var. sobria)</td><td>Loa loa</td></tr><tr><td>Bagaza</td><td>Anaplasma phagocytophila</td><td>Metorchis conjunctus</td></tr><tr><td>Banna</td><td>Bacillus anthracis</td><td>Onchocerca volvulus</td></tr><tr><td>Barmah Forest</td><td>Bordetella pertussis</td><td>Schistosoma mansoni</td></tr><tr><td>California encephalitis</td><td>Borrelia burgdorferi</td><td>Strongyloides stercoralis</td></tr><tr><td>Cercopithecine herpes</td><td>Brucella melitensis</td><td>Taenia solium</td></tr><tr><td>Chikungunya</td><td>Campylobacter fetus</td><td>Trichinella spiralis</td></tr><tr><td>Crimean-Congo hemorrhagic fever</td><td>C. jejuni</td><td>Wuchereria bancrofti</td></tr><tr><td>Eastern equine encephalitis</td><td>Clostridium botulinum</td><td></td></tr><tr><td>Tickborne encephalitis</td><td>C. difficile</td><td>Protozoa</td></tr><tr><td>Guama</td><td>Corynebacterium amycolatum</td><td>Babesia microti</td></tr><tr><td>Guanarito</td><td>C. diphtheriae</td><td>Cryptosporidium hominis</td></tr><tr><td>Hantaan</td><td>Ehrlichia chaffeensis</td><td>C. parvum</td></tr><tr><td>Hendra</td><td>E. ewingii</td><td>Cyclospora cayetanensis</td></tr><tr><td>Hepatitis A</td><td>Enterococcus faecalis</td><td>Giardia duodenalis</td></tr><tr><td>Hepatitis B</td><td>E. faecium</td><td>Isospora belli</td></tr><tr><td>Hepatitis C</td><td>Escherichia coli</td><td>Leishmania donovani</td></tr><tr><td>Hepatitis E</td><td>Francisella tularensis</td><td>L. infantum</td></tr></tbody></table>
<table><thead><tr><td>Viruses and prions</td><td>Bacteria and rickettsia</td><td>Protozoa</td></tr></thead><tbody><tr><td>Hepatitis G</td><td>Haemophilus ducreyi</td><td>Plasmodium falciparum</td></tr><tr><td>Human astrovirus</td><td>H. influenzae</td><td>P. vivax</td></tr><tr><td>Human enterovirus B</td><td>Klebsiella pneumoniae</td><td>Toxoplasma gondii</td></tr><tr><td>Human herpesvirus 1</td><td>Legionella pneumophila</td><td>Trichomonas vaginalis</td></tr><tr><td>Human herpesvirus 2</td><td>Leptospira interrogans</td><td>Trypanosoma brucei</td></tr><tr><td>Human herpesvirus 3</td><td>Listeria monocytogenes</td><td>T. cruzi</td></tr><tr><td>Human herpesvirus 5</td><td>Mycobacterium avium</td><td></td></tr><tr><td>Human herpesvirus 8</td><td>M. bovis</td><td></td></tr><tr><td>Human immunodeficiency virus 1</td><td>M. fortuitum</td><td></td></tr><tr><td>Human immunodeficiency virus 2</td><td>M. haemophilum</td><td></td></tr><tr><td>Human papillomavirus</td><td>M. leprae</td><td></td></tr><tr><td>Human T-lymphotropic virus 1</td><td>M. marinum</td><td></td></tr><tr><td>Human T-lymphotropic virus 2</td><td>M. tuberculosis</td><td></td></tr><tr><td>Influenza A</td><td>M. ulcerans</td><td></td></tr><tr><td>Japanese encephalitis</td><td>Neisseria gonorrhoeae</td><td></td></tr><tr><td>Kyasanur Forest disease</td><td>Pseudomonas aeruginosa</td><td></td></tr><tr><td>Laguna Negra</td><td>Rickettsia prowazekii</td><td></td></tr><tr><td>Lassa</td><td>Salmonella enteritidis</td><td></td></tr><tr><td>Machupo</td><td>S. typhi</td><td></td></tr><tr><td>Marburg virus</td><td>S. typhimurium</td><td></td></tr><tr><td>Mayaro</td><td>Serratia marcescens</td><td></td></tr><tr><td>Measles</td><td>Shigella dysenteriae</td><td></td></tr><tr><td>Menangle</td><td>Staphylococcus aureus</td><td></td></tr><tr><td>Monkeypox</td><td>S. epidermidis</td><td></td></tr><tr><td>Murray Valley encephalitis</td><td>Streptococcus pneumoniae</td><td></td></tr></tbody></table>
<table><thead><tr><th>Viruses and prions</th><th>Bacteria and rickettsia</th></tr></thead><tbody><tr><td>Nipah</td><td>S. pyogenes</td></tr><tr><td>Norwalk</td><td>Treponema pallidum</td></tr><tr><td>O'nyong-nyong</td><td>Vibrio cholerae</td></tr><tr><td>Oropouche</td><td>V. parahaemolyticus</td></tr><tr><td>Picobirnavirus</td><td>V. vulnificus</td></tr><tr><td>Poliovirus</td><td>Yersinia enterocolitica</td></tr><tr><td>Puumala</td><td>Y. pestis</td></tr><tr><td>Rabies</td><td></td></tr><tr><td>Reston Ebola</td><td>Fungi</td></tr><tr><td>Rift Valley fever</td><td></td></tr><tr><td>Ross River</td><td>Aspergillus fumigatus</td></tr><tr><td>Rotavirus A</td><td>Blastomyces dermatitidis</td></tr><tr><td>Rotavirus B</td><td>Candida albicans</td></tr><tr><td>Rotavirus C</td><td>Candida glabrata</td></tr><tr><td>Sabia</td><td>C. krusei</td></tr><tr><td>Salehabad</td><td>Coccidioides immitis</td></tr><tr><td>Sandfly fever Naples</td><td>Cryptococcus neoformans</td></tr><tr><td>Severe acute respiratory syndrome coronavirus</td><td>Fusarium moniliforme</td></tr><tr><td>Seoul</td><td>F. oxysporum</td></tr><tr><td>Sin Nombre</td><td>F. solani</td></tr><tr><td>Sindbis</td><td>Histoplasma capsulatum</td></tr><tr><td>St. Louis encephalitis</td><td>Malassezia pachydermatis</td></tr><tr><td>Venezuelan equine encephalitis</td><td>Penicillium marneffei</td></tr><tr><td>Wesselsbron</td><td>Pneumocystis carinii</td></tr><tr><td>West Nile</td><td>Scedosporium prolificans</td></tr></tbody></table>
<table><thead><tr><th>Virus</th><th>Fungi</th></tr></thead><tbody><tr><td>Western equine encephalitis</td><td>Trichosporon beigelii</td></tr><tr><td>Yellow fever</td><td>Encephalitozoon cuniculi</td></tr><tr><td>Zaire Ebola</td><td>E. hellem</td></tr><tr><td>Zika</td><td>E. intestinalis</td></tr><tr><td>Bovine spongiform encephalopathy agent</td><td>Enterocytozoon bieneusi</td></tr><tr><td></td><td>Nosema connori</td></tr><tr><td></td><td>Trachipleistophora hominis</td></tr></tbody></table>
# Webographie

## SANTE PUBLIQUE

### Sites officiels, monde

**OMS, Maladies émergentes**
http://www.who.int/topics/emerging_diseases/fr

**Mediterranean Zoonoses Control Programme**
http://www.mzcp-zoonoses.gr

**Atlas OMS**
http://www.who.int/globalatlas/DataQuery/default.asp

**Epidemic and Pandemic Alert and Response (EPR), OMS**
http://www.who.int/csr

**Organisation mondiale de la santé animale (OIE)**
http://www.oie.int/eng/publicat/rt/2302/A_R23023.htm

**FluNet**
http://gamapserver.who.int/GlobalAtlas/home.asp

**Promedmail**
http://www.promedmail.org

**TravelMed**
http://www.travelmedicineweb.org

**The International Society of Travel Medicine**
http://www.istm.org

**GeoSentinel**
http://www.istm.org/geosentinel/main.html

**Global Outbreak Alert and Response Network (GOARN)**
http://www.who.int/csr/sars/goarn

**Réseau scientifique mondial conjoint OIE/FAO pour le contrôle de l'influenza aviaire**
http://www.offlu.net

**Déclaration commune des académies des sciences, Juin 2006, grippe aviaire et maladies infectieuses**
http://www.academie-sciences.fr/actualites/textes/G8_aviaire_fr.pdf

**Global Health Cluster**
http://www.who.int/hac/global_health_cluster

### Sites informels internationaux

**Google Flu Trends**
http://www.google.org/flutrends
Health Map - Global Disease Alert Map
http://healthmap.org/outbreaksnearme

## Sites officiels, France

Institut de veille sanitaire (InVS.)
http://www.invs.sante.fr

Eprus
http://www.eprus.fr/home.html

Liste et coordonnées des CNR 2006-2010
http://www.invs.sante.fr/surveillance/cnr/liste_cnr_03032010.pdf

BEHWeb de l'Institut de veille sanitaire (complément du Bulletin épidémiologique hebdomadaire (BEH))
http://www.invs.sante.fr/beh/actualite_epidemiologique/r-1.html

Institut de veille sanitaire détection et réponse aux risques infectieux émergents en France
24 avril 2007 Maison de la Chimie, Paris
http://www.invs.sante.fr/publications/2007/colloque%5Femergences

Agence française de sécurité sanitaire des aliments (Afssa)
http://www.afssa.fr

SentiWeb
http://www.sentiweb.org

Organize and Promote Epidemiological Networks. Réseaux d'observation des maladies et des épidémies (Open-Rome)
http://www.openrome.org

Service médical international voyage santé
http://www.smi-voyage-sante.com

grippenet.fr
https://www.grippenet.fr

Un blog de la délégation à la prospective du Sénat : Les nouvelles menaces des maladies infectieuses émergentes
http://blogs.senat.fr/maladies-emergentes/documentation/votre-deuxième-categorie/#more-214

## Sites officiels, Europe

Annonce de congrès de l'European Society for Emerging Infections (ESEI), 2007, 2008
http://www.esei2007.com/

European Food Safety Authority (EFSA)
http://www.efsa.europa.eu

European Centre for Disease Prevention and Control (ECDC)
http://ecdc.europa.eu/

Surveillance des maladies transmissibles et intervention
http://www.euro.who.int/surveillance/NewsArchive?language=French
European Network for Diagnostics of "Imported" Viral Diseases (ENIVD)

http://enivd.de

Inventory of Resources for Infectious Diseases in Europe (IRIDE)

http://iride.cineca.org

Network for Prevention and Control of Zoonoses (MED-VET-NET)

http://www.medvetnet.org/cms/

European Working Group for Legionella Infection (EWGLI)

http://www.ewgli.org/data/monthly_reports.htm#pdf

EpiSouth Project

http://www.episouth.org/relevant_documents.html

Epiwork

http://www.epiwork.eu

Influenzanet

http://www.influenzanet.eu

## Sites officiels, États-Unis

DoD Global Emerging Infections System

http://www.geis.fhp.osd.mil

National Institute of Allergy and Infectious Disease (NIAD). Emerging Infectious Diseases

http://www.niaid.nih.gov/dmid/eid/

Institute Of Medicine (IOM)

http://www.iom.edu/CMS/3783/3924/4572.aspx

CDC About the Emerging Infections Programs

http://www.cdc.gov/ncidod/osr/site/eip

FoodNet

http://www.cdc.gov/foodnet

## Sites officiels, Canada

IRSC CIHR, Les maladies émergentes

http://www.cihr-irsc.gc.ca/f/28897.html

Global Public Health Intelligence Network (GPHIN)

http://www.phac-aspc.gc.ca/media/nr-rp/2004/2004_gphin-rmispbk_e.html

## ORGANISMES DE RECHERCHE

### Groupements de recherche, France

Recherche sur les maladies vectorielles émergentes (IRD, Institut Pasteur, CIRAD)

http://www.ird.fr/fr/actualites/communiques/2002/ird_cirad_pasteur.htm
L'Action Transversale INRA EpiEmerge - Epidémiologie & risques émergents
http://jjchevaugeon.cirad.fr/jjc2004/resumescomm/resumesache.html

Base de données CRORA sur les arbovirus africains
http://www.pasteur.fr/recherche/banques/CRORA

Institut de médecine tropicale du service de santé des armées (IMTSSA)
(Ecole du Pharo)
http://www.actu-pharo.com/

Centre de recherche et de veille sur les maladies émergentes dans l'Océan indien
http://www.crvoi.org

## Instituts Pasteur

Réseau international des instituts Pasteur
http://www.pasteur-international.org

Epidémiologie des maladies émergentes
http://www.pasteur.fr/recherche/RAR/RAR2004/Epimal.html

Pasteur Shangaï
http://www.pasteur.fr/pasteur/international/Dai/shanghai.html

RFI actualités
http://www.rfi.fr/actufr/articles/058/article_30990.asp

## Autres organismes officiels France

Agence nationale de la recherche (ANR) 2007 : Microbiologie immunologie et maladies émergentes
http://www.agence-nationale-recherche.fr/documents/aap/2007/selection/MIME_2007.pdf

Institut de recherche pour le développement (IRD)
http://www.ird.fr/fr/institut/champs
http://www.mpl.ird.fr/suds-en-ligne/fr/virales/histoire/histoir3.htm

Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement (Cirad)
http://www.cirad.fr/fr/index.php

Agence Française de Développement (AFD)
http://www.afd.fr

Intitut national de recherche agronomique (INRA) : coordination des recherches sur la maladie de Chikungunya
http://www.inra.fr/presse/inra_recherches_Chikungunya_la_reunion

INRA-Système de détection et de recherche épidémiologique sur les maladies émergentes animales
http://www2.clermont.inra.fr:8080/emrge/index.jsp

INRA. Département santé animale - Maladies émergentes
http://www.inra.fr/sante_animale/en_savoir_PLUS/maladies_emergentes

Zoopôle
http://www.zoopole.com
Entente Rage et zoonoses (ERZ)

http://www.ententeragezoonoses.com

## Autres organismes officiels, États-Unis

International Society for Infectious Diseases

http://www.isid.org

Interscience Conference on Antimicrobial Agents and Chemotherapy (ICAAC)

http://www.icaac.org

## Autres organismes officiels, Monde

Plate forme GISAID

http://platform.gisaid.org

Réseau SAGIR : Office national de la chasse et de la faune sauvage

http://www.oncfs.gouv.fr/recherch/reseaux/sagir.php

Wildlife Conservation Society

http://www.wcs.org/

# SITES DIDACTIQUES FRANÇAIS

## Cours

Médecine tropicale

http://medecinetropicale.free.fr

## Site d'actualité Inist-CNRS

La grippe aviaire chez l'homme

http://grippeaviaire.veille.inist.fr

## Site spécialisé

Les maladies liées aux morsures de tiques en France

http://www.maladies-a-tique

## Liste hygiène

Forum « liste-hygiène »

http://www.liste-hygiene.org/arcnipah.htm

Dengue

http://www.liste-hygiene.org/arcdengue.htm

Hantavirus

http://www.liste-hygiene.org/archantavirus.htm

Virus Ebola

http://www.liste-hygiene.org/arcebola.htm
SRAS

http://www.liste-hygiene.org/arcsars.htm

Paludisme

http://www.liste-hygiene.org/arcpaludisme.htm

Variole du singe

http://www.liste-hygiene.org/arcvariolesinge.htm

L'encéphalite japonaise

http://www.liste-hygiene.org/arcencephalitejaponaise.htm

Encéphalomyélite équine du Venezuela

http://www.liste-hygiene.org/arcencephalvene.htm

Le virus Nipah

http://www.liste-hygiene.org/arcnipah2.htm

Chikungunya

http://www.liste-hygiene.org/arcChikungunya.htm

Rickettsioses

http://www.liste-hygiene.org/arcrickettsia.htm

La maladie de Lyme

http://www.liste-hygiene.org/arclyme.htm

Fièvre de la vallée du Rift

http://www.liste-hygiene.org/arcrift.htm

La santé animale et les épizooties

http://www.liste-hygiene.org/arcsantan.htm

## Institut Pasteur

Fiches « Maladies infectieuses »

http://www.pasteur.fr/ip/easysite/go/03b-00000j-0ep/presse/fiches-sur-les-maladies-infectieuses

## Divers (sciences humaines)

Une généalogie des grandes épidémies : site du quotidien québécois Le Devoir

http://www.ledevoir.com/2003/05/10/27342.html

Plate-forme veille & réflexion "pandémie grippale, éthique, société"

http://www.espace-ethique.org/fr/grippe.php

Rare books on plague, smallpox and epidemiology

http://libdoc.who.int/rare%2Dbooks

Le Blog d'Antoine Flahault, directeur de l'Ecole des hautes études en santé publique (EHESP)

http://blog.ehesp.fr
# JOURNAUX SCIENTIFIQUES

## Épidémiologie et Santé Animale

http://aeema.vet-alfort.fr/public/html/publications/revue.html

## Emerging Infectious Diseases

http://www.cdc.gov/ncidod/EID

## Société de pathologie exotique

http://www.pathexo.fr

## Emerging infectious diseases

http://www.cdc.gov/ncidod/eid

## Prévalence

http://www.invs.sante.fr/publications/prevalence

## Eurosurveillance

http://www.eurosurveillance.org/index-01.asp

## OMS : Weekly Epidemiological Record (WER)

http://www.who.int/wer/en/index.html

## ESCIMD News

http://www.escmid.org/sites/index_f.aspx?par=3.1.6

## Pandémies, Ethique, Société (PandEmiqueS)

http://www.espace-ethique.org/fr/grippe.php
Bibliographie

Les URL indiquées ont été testées le en mars 2012. Tout lien rompu peut nous être signalé : helene.fagherazzi[a]inist.fr

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