Publier La Science - Numéro 10

Jeanine Martelli, Eric Lichtfouse, Marjolaine Hamelin, Virginie Lelievre

► To cite this version:

Jeanine Martelli, Eric Lichtfouse, Marjolaine Hamelin, Virginie Lelievre. Publier La Science - Numéro 10. INRAE., 13 p, 2015, Guy Richard. hal-03864481

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numéro 10 / décembre 2015

* Can a researcher have too many publications?

* Open access is tiring out peer reviewers

* Premier facteur d'impact pour une revue de vidéos
# PUBLIER LA SCIENCE

## Numéro 10, décembre 2015

<table><tr><td>EDITORIAL</td><td>3</td></tr><tr><td>REDACTION</td><td>4</td></tr><tr><td>RESEAUX SOCIAUX</td><td>5</td></tr><tr><td>METRIQUES ET IMPACT</td><td>5</td></tr><tr><td>LIBRE ACCES</td><td>6</td></tr><tr><td>EVALUATION</td><td>6</td></tr><tr><td>ETHIQUE ET FRAUDE</td><td>8</td></tr><tr><td>PROCESSUS DE PUBLICATION</td><td>9</td></tr><tr><td>DONNEES DE LA RECHERCHE</td><td>10</td></tr><tr><td>COMMUNICATION SCIENTIFIQUE</td><td>12</td></tr><tr><td>HUMOUR</td><td>13</td></tr></table>

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**Directeur de la publication** : Guy Richard

**Editeur-en-chef** : Eric Lichtfouse

**Réalisation** : Jeanine Martelli (responsable de la veille), Eric Lichtfouse (animateur de la CAPS), Marjolaine Hamelin, Virginie Lelièvre

Cellule d'Assistance à la Publication Scientifique (CAPS)
Département Environnement et Agronomie (EA)
Institut National de la Recherche Agronomique

Contact : caps.departea@orleans.inra.fr, http://www.ea.inra.fr

Couverture : Guillaume Decaux – http://www.alcide.fr

ISSN 2269-7314

Publier la Science est une sélection d'informations sur la publication et la rédaction scientifique diffusée trimestriellement. Dans un souci de synthèse et de lisibilité, les informations diffusées sont parfois modifiées par rapport à leurs versions originales sans pour autant en dénaturer le sens. S'il s'avère toutefois que ce n'est pas le cas, les personnes et sources citées dans Publier la Science peuvent à tout moment, demander la rectification voire la suppression des informations diffusées les concernant en nous écrivant à caps.departea@orleans.inra.fr.
## Dixième numéro de Publier la Science !

Ce dixième numéro de PLAS est l'occasion de tirer un premier bilan de ce bulletin du département Environnement et Agronomie consacré à la publication scientifique : il est très positif au vu de l'intérêt des informations qui sont regroupées et des retours de ses abonnés. Il y a près de 250 abonnés, dont un peu moins de la moitié sont des collègues Inra et près de 20% des collègues étrangers. Le bulletin est également bien relayé sur Twitter. PLAS vient sans aucun doute à point nommé compte tenu des bouleversements en cours et à venir dans le monde de l'édition scientifique et dans l'acte de publication. Grâce à ses différentes rubriques (technique, éthique, réseaux, évaluation...), PLAS nous permet de prendre connaissance des multiples initiatives, conseils, ressources... et à réfléchir à un système de publication et d'évaluation qui est à refonder.

Félicitations aux collègues du département qui assurent la publication de ce bulletin: Marjolaine Hamelin, Virginie Lelievre, Jeanine Martelli, et Eric Lichtfouse.

Guy Richard

Chef du Département Environnement et Agronomie de l'INRA

### Votre avis sur PLAS

Etes-vous satisfait de Publier La Science ? DonnEZ-Nous votre avis sur notre bulletin et sur la publication scientifique en répondant à notre questionnaire en ligne. Les meilleurs commentaires et idées seront publiés dans les prochains numéros.
# Rédaction

## L'EASE pour les chercheurs et les éditeurs

@EricLichtfouse

Un document de synthèse d'octobre 2015 présente les activités de l'association européenne des éditeurs scientifiques, dont la mission est d'améliorer la qualité de l'édition en promouvant l'expertise des éditeurs et en contribuant au développement professionnel, à la recherche et aux collaborations. L'EASE publie la revue European Science Editing et des guides d'aide aux auteurs et éditeurs en plusieurs langues. A l'instar du blog Rédaction Scientifique et Médicale d'Hervé Maisonneuve, l'EASE est l'organisme incontournable pour améliorer la publication scientifique.

http://www.ease.org.uk/sites/default/files/ease-oct2015.pdf

## How to write an abstract for a scientific paper

Blog the Scientist Videograph, 3 septembre 2015

Writing a decent abstract is not difficult... If you know what information needs to be included and how to structure it. Knowing how to condense a scientific article into a short, coherent summary is a handy skill that all science professionals should attain. If you've never written an abstract before, this guide should make the task a bit easier.

http://thescientistvideographer.com/wordpress/how-to-write-an-abstract-for-a-scientific-paper/

## Dastardly common grammar mistakes

Enago Blog, 5 octobre 2015

English grammar is a tricky thing. Even people who consider themselves grammar pros find themselves questioning a punctuation, homonym, or word choice now and then.

- Adjectives and Hyphens: African American or African-American? Actually, both! Here's the rule: if both words are acting as adjectives, then hyphenate them. If the first word is an adjective and the second is acting as a noun, then no hyphen

- Affect or Effect: Here's a good rule of thumb: you are more likely to be correct if you always use "affect." Affect is always a verb

- Which or That: This is a tricky one because the difference between the two is very slight and in some cases negotiable. Both "that" and "which" generally begin phrases that act like adjectives. The difference is that "that" restricts the object

of the sentence. "Which," however, doesn't necessarily restrict the object

http://www.enago.com/blog/dastardly-common-grammar-mistakes/

## La prose scientifique et le choix des mots

Blog de la Rédaction Médicale et Scientifique, 12 octobre 2015

Le chapitre 7 de la 8ème édition du livre "Scientific Style and Format" est consacré à la prose scientifique et au choix des mots :

- Les erreurs grammaticales : noms latins, noms collectifs...

- Les confusions de mots, les imprécisions ;

- Les expressions trop longues ;

- Les biais divers concernant le genre et le sexe, l'ethnie et la race, la nationalité ;

- Les abréviations inutiles et confuses ;

- Les phrases et mots inutiles avec 2 pages d'exemples ;

- Remplacer les mots terminés par 'ion' par des verbes en réécrivant la phrase ;

- Privilégier la voie active ;

- Eviter le jargon... Trop fréquent...

http://www.h2mw.eu/redactionmedicale/2015/10/manuel-de-style-7-la-prose-scientifique-et-le-choix-des-mots.html
http://www.scientificstyleandformat.org/Home.html

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## Peaufiner votre lettre de couverture

Blog Rédaction Médicale et Scientifique, 13 octobre 2015

C'est simple, mais trop d'auteurs ne savent pas comment l'écrire. Deux points doivent être clairs :

- Le message de mon article (voire le résultat principal) et les forces de mon travail ;

- Pourquoi j'ai choisi votre revue, en montrant que je connais la revue.

Les autres éléments que peut contenir cette lettre : article non soumis à d'autres revues, non publié ailleurs, conflits d'intérêts si besoin, suggestions de relecteurs, ou relecteurs à éviter, présentation dans un congrès...

http://www.h2mw.eu/redactionmedicale/2015/10/peaufiner-votre-letterde-couverture-car-cest-l%C3%A9%C3%A9ment-de-d%C3%A9cision-entre-rejet-et-envoi-en-relecture.html
# Réseaux sociaux

## Réseaux sociaux et libre accès

Blog C'est pas demain la veille, Université de Lille 2, 22 octobre 2015

Dans un monde pressé, on renoncera très facilement à se procurer un article qui n'est pas immédiatement accessible. Désormais, c'est l'accès restreint qui devient un handicap pour la visibilité des articles... Les chercheurs qui veulent être visibles déposent plutôt leurs articles sur ResearchGate ou Academia.edu. Attention !

- ces réseaux sociaux ne doivent pas être confondus avec de l'open access ni des archives ouvertes. Les articles sont susceptibles d'être supprimés du jour en lendemain

- ce sont des systèmes fermés qui ont pour objectif de générer du profit en générant du trafic interne et non pas de s'ouvrir au public

- contrairement aux archives ouvertes, ces réseaux sont fermés et concurrents.

L'idéal serait de coupler les deux : déposer ses publications sur une archive ouverte publique, et les signaler dans les réseaux sociaux avec un simple lien qui pointe vers le texte intégral en accès libre.

http://cestpasdemainlaveille.com/2015/10/22/oaweek-quels-sont-les-avantages-de-lopen-access-pour-un-auteur/#more-706

# Métriques et impact

## Web of Science: Emerging Sources Citation Index

This year, Thomson Reuters is launching the Emerging Sources Citation Index, which will extend the universe of publications in Web of Science to include high-quality, peer-reviewed publications of regional importance and in emerging scientific fields. ESCI will also make content important to funders, key opinion leaders, and evaluators visible in Web of Science even if it has not yet impacted an international audience...

http://wokinfo.com/media/pdf/S024651_Flyer.pdf

## New CWTS blog

Blog The Citation Culture, 04 novembre 2015

The CWTS blog brings together ideas, commentary, and reviews about the latest developments in scientometrics, research evaluation, and research management. It is written for those interested in

bibliometric and scientometric indicators and tools, implications of monitoring, measuring, and managing research, and the potential of quantitative and qualitative methods for understanding the dynamics of scientific research.

www.cwts.nl/blog

https://citationculture.wordpress.com/2015/11/04/new-cwts-blog/

## Evaluation scientifique : qui croire et pourquoi ?

Doccitanist, 10 novembre 2015

Le réseau Doccitanist avec le soutien du Centre de Documentation de l'Observatoire Midi-Pyrénées et LAAS de Toulouse a organisé le 8 octobre 2015 une demi-journée d'étude consacrée à l'évaluation scientifique. Depuis plusieurs années, l'évaluation scientifique se complexifie avec l'émergence de nouveaux indicateurs, mesurant les performances insoupçonnées des chercheurs et des institutions. Comment y voir plus clair ? Quel est l'impact de ces indicateurs alternatifs qui tiennent compte des nouveaux médias sociaux et des nouvelles pratiques de diffusion des résultats de la recherche ? Comment visualiser ces données afin de prendre les bonnes décisions ?

Les vidéos des interventions sont disponibles en ligne :

- Mesurer, compter, évaluer : qui croire et pourquoi ?

- Les altmetrics : estimer l'engouement pour la recherche sur les médias sociaux

- La visualisation de données : analyse, compréhension et aide à la décision

http://doccitanist.lirmm.fr/spip.php?article273

https://www.youtube.com/ playlist?list=PL9DfQHR8PDWnJ8wWrUi m_eRk-r37fo6zM

## Science papers rarely cited in negative ways

Has a research paper just criticized your work? Take it as a compliment. This kind of formally-expressed disagreement is rare and only the more highly-cited studies tend to attract it, according to the first large-scale effort to analyse 'negative citations' and their effects.

http://www.nature.com/news/science-papers-rarely-cited-in-negative-ways-1.18643
# Libre Accès

## FOSTER : formations en ligne Open Access & Open Science

horizon2020.gouv.fr website, 01 octobre 2015

Le projet européen FOSTER organise des formations en ligne sur l'Open Access et l'Open Science. Le projet présente, via son site internet, une plateforme d'apprentissage en ligne rassemblant des ressources et supports de formation pour en savoir plus sur l'Open Science et être à même de développer des stratégies et des compétences pour la mise en œuvre de pratiques liées à l'Open Science au quotidien.

Les formations en ligne actuellement proposées sont les suivantes :

- making your Repository or Open Access Journal OpenAIRE compatible with OA Horizon 2020 requirements ;

- open Science to Scientific Research ;

- introduction to Reuse of Open Access Content.

http://www.horizon2020.gouv.fr/cid93794/formations-en-ligne-du-projet-europeen-foster-open-access-open-science.html

https://www.fosteropenscience.eu/

## Retour sur la conférence Agropolis Open access et open data – projet FOSTER

IST Agropolis, 23 octobre 2015

Les interventions de cette conférence « Open access et open data pour la communauté scientifique » sont en ligne.

Liste des interventions :

- Open Access et Open Data dans la communauté scientifique Agropolis

- Les recommandations H2020 et OpenAIREplus

- Table-ronde 1 : Publier et diffuser en Open Access : retour d'expériences de scientifiques

- Plaidoyer pour la science ouverte

- Table-ronde 2 : Déposer et partager les données : retour d'expériences

http://www.ist.agropolis.fr/les-formations/pour-les-etudiants-enseignants-et-chercheurs/item/open-access-et-open-data-pour-la-communaute-scientifique-agropolis-projet-europeen-foster

## Will RIO Journal be the most open of its kind?

Opensource.com, 19 octobre 2015

The RIO journal is a new journal launched recently with the goal of going beyond traditional scientific publishing by encompassing all outputs of the research cycle, and publishing a number of things not currently

published. This includes things such as project proposals, data, methods, workflows, software, project reports, and research articles. It is also offering the capability to publish immediately with peer-review/validation taking place after the fact. This ensures work can be shared as soon as you publish it, and the platform will clearly indicate whether work has been reviewed.

http://opensource.com/education/15/10/what-if-scientists-published-everything

Research Ideas and Outcomes (RIO) http://riojournal.com/

## Making open science a reality

OECD Science, Technology and Industry Policy Papers, 15 octobre 2015

Open science commonly refers to efforts to make the output of publicly funded research more widely accessible in digital format to the scientific community, the business sector, or society more generally. This report reviews the progress in OECD countries in making the results of publicly funded research, namely scientific publications and research data openly accessible to researchers and innovators alike. The report i) reviews the policy rationale behind open science and open data; ii) discusses and presents evidence on the impacts of policies to promote open science and open data; iii) explores the legal barriers and solutions to greater access to research data; iv) provides a description of the key actors involved in open science and their roles; and finally v) assesses progress in OECD and selected non-member countries based on a survey of recent policy trends

OECD (2015), "Making Open Science a Reality", OECD Science, Technology and Industry Policy Papers, No. 25, OECD Publishing, Paris. DOI: 10.1787/5jrs2f963zs1-en

# Evaluation

## Vigilante Science

Dans un éditorial intitulé « Vigilante science », le rédacteur en chef de Plant Physiology, Michael Blatt, affirme que l'examen par les pairs post-publication de PubPeer représente aujourd'hui une grave menace pour le processus scientifique. Les discussions, pour la majorité anonymes, ne permettent pas de faire avancer la science par des échanges constructifs, elles sont plutôt une invitation à se défouler ou saper le travail des chercheurs concurrents.

Blatt M. R. (2015), Vigilante Science. Plant Physiology, 169, 2, pp. 907-909. DOI. 10.1104/pp.15.01443
## Quel crédit accorder aux résultats d'une publication médiocre ?

AgroParisTech, Départements de formation et de recherche, octobre 2015

Pour des raisons innombrables, parmi lesquelles peut-être l'incitation à publier beaucoup, nombre d'articles scientifiques sont mauvais... La question s'impose : que retenir de tels articles ? Que faire des résultats publiés ? Les jeter purement et simplement au panier ? La récente publication, par l'Académie des sciences, de recommandations aux évaluateurs de ne pas juger les scientifiques sur le facteur d'impact des revues où les articles sont publiés est importante, mais il faut aller plus loin : il faut inciter les scientifiques à publier lentement. Certes les indicateurs de productivité des institutions scientifiques baisseront, mais si le socle des connaissances en sort plus ferme, quel avantage pour tous !

http://www.agroparistech.fr/Quel-credit-accorder-aux-resultats.html

## Peer review in 2015: a global view

Taylor & Francis, Authorservice, octobre 2015

In a white paper called *Peer review in 2015: a global view*, Taylor and Francis gathers opinions from those who author research articles, those who review them, and the journal editors who oversee the process. Among the key findings of this survey:

* Researchers thought there was a low prevalence of gender bias but higher prevalence of regional and seniority bias – and suggest that double blind peer review is most capable of preventing reviewer discrimination where it is based on an author's identity

* Respondents are close to neutral on whether underlying data should be reviewed alongside the article

* There are balanced views across the options of open, open and published, and post-publication review. Editors and reviewers are less supportive than authors of an open and published review model.

http://authorservices.taylorandfrancis.com/peer-review-in-2015/

## Les parades au vol des bonnes idées

@EricLichtfouse

Cette question revient souvent lors de mes ateliers de communication scientifique : quel est le risque d'emprunt des bonnes idées par les évaluateurs anonymes lors de l'examen des articles ? Il est clair que ce risque existe, notamment dans les disciplines où les expériences peuvent être reproduites très rapidement, comme en chimie ou microbiologie. Il y a plusieurs

parades : tout d'abord, bien garder les documents de soumission pour pouvoir éventuellement contester la publication plus rapide de l'évaluateur concurrent. Puis, si l'évaluation de votre article traine, vous êtes en droit de contacter l'éditeur en chef de la revue pour accélérer le processus, voire de retirer l'article pour le soumettre à une revue plus rapide. La meilleure solution est probablement de publier dans une revue au modèle alternatif 'publier d'abord, évaluer ensuite', comme F1000 Research, car la version soumise est immédiatement publiée avec un identifiant digital citable (DOI), faisant date. Il y a néanmoins actuellement très peu de revues fonctionnant avec ce modèle. A noter que le risque de vol d'idées est également fort dans les colloques, donc il convient de publier très rapidement vos résultats brulants après le colloque, voire avant...

## Open access is tiring out peer reviewers

EASE blog, 21 septembre 2015

As numbers of published articles rise, the scholarly review system must adapt to avoid unmanageable burdens and slipping standards. The migration of scholarly journals from print to digital increases the burden on reviewers. The increased pressure means that papers are assigned to reviewers who are not experts in the area. They might have the technical ability to evaluate methods and results sections but lack the expertise to evaluate a full paper, including introduction and discussion. In his article published in Nature, the author suggests a two-tier system, in which some papers are not reviewed before publication at all and are instead subject to a post-publication peer review.

http://ese-bookshelf.blogspot.com/2015/09/b-open-access-and-peer-review-system.html

Arns M. Open access is tiring out peer reviewers. Nature 2014;515:467.

## How editors use peer reviews

Wiley exchanges blog, 5 novembre 2015

Picture this. The same article receives these three reviewer recommendations:

* Reviewer #1: Recommends rejecting the manuscript for publication.

* Reviewer #2: Recommends that the authors revise and resubmit.

* Reviewer #3: Recommends that the editor accept the paper.

As editor of a research journal, if I receive the three hypothetical reviews summarized above, should I focus on the confidential recommendations regarding acceptance or on the review content? Should I rescind
one if I find it completely inaccurate or unnecessarily hurtful? What action is best for the journal? What is best for the state of knowledge in the field? What is best for the author?

Editors balance these questions daily as they make final decisions on manuscripts submitted for publication. Their decisions are shaped by the journal and its audience, the nature of the writing talent available, the level of competition for acceptance and page space, and many other factors, but some common principles can be found.

http://exchanges.wiley.com/blog/2015/11/05/its-not-a-vote-how-editors-use-peer-reviews/

## Appeals in peer-reviewed publications

Wiley exchanges blog, 30 octobre 2015

Getting rejected stinks. Wouldn't it be great if we could appeal people's decisions in life? Imagine asking someone on a date and getting rejected. What if you could submit an appeal letter explaining your argument with data to back it up? If only. Well, in science, you can. Editors and reviewers are people just like authors. In other words, they make mistakes. Sometimes, they miss a point and an appeal gives the author an opportunity to expand upon that point.

http://exchanges.wiley.com/blog/2015/10/30/so-youve-been-rejected-now-what-on-appeals-in-peer-reviewed-publications/

# Ethique et fraude

## Le plagiat académique

LaLIST, 26 octobre 2015

Le traitement du plagiat dans l'univers académique paraît insurmontable car il renvoie l'académique et le juridique dos à dos. Un ouvrage récemment paru propose une méthodologie concrète de compréhension et d'action tant pour les acteurs, plagiés et plagieurs, que pour les institutions et associations. Chercheurs, étudiants, directeurs de revues et d'établissement ou autres acteurs des domaines scientifiques, politiques et juridiques sont concernés par cet ouvrage.

Bergadaò, Michelle. Le plagiat académique : comprendre pour agir. Paris : L'Harmattan, 2015. 234 p. ISBN : 978-2-343-07531-0

## La fraude scientifique - podcast

France Inter, La tête au carré, 22 septembre 2015

La fabrication, la falsification ou la manipulation des données sont considérées comme des pratiques extrêmes dans le domaine de la recherche

fondamentale. A côté de cette fraude, rare, on retrouve d'autres comportements plus courants, qui vont à l'encontre de la déontologie du chercheur : publier ses résultats sans les avoir vérifié, ne pas donner le détail de sa méthode de peur d'être copié, avoir une faiblesse statistique dans ses données...

http://www.franceinter.fr/player/reecouter?play=1157125#

## Plant paper pulled when authors can't pay fees

Blog Retraction Watch, 8 Septembre 2015

A paper on chicory plants — also known as “blue daisies” — won’t get its moment in the sun. The “accepted author version” was published online in June, in *Plant Signaling & Behavior*. But before the so-called “version of record” could make it into an official issue of the journal — which is online-only — it was retracted. Why? The authors apparently couldn’t pay the fees required to publish the paper...

http://retractionwatch.com/2015/09/08/cant-pay-the-page-charge-this-journal-will-retract-your-paper/

## "Predatory" open access - A study

Blog InfoDoc Micro veille, 3 octobre 2015

A negative consequence of the rapid growth of scholarly open access publishing funded by article processing charges is the emergence of publishers and journals with highly questionable marketing and peer review practices. These so-called predatory publishers are causing unfounded negative publicity for open access publishing in general. Reports about this branch of e-business have so far mainly concentrated on exposing lacking peer review and scandals involving publishers and journals.

There is a lack of comprehensive studies about several aspects of this phenomenon, including extent and regional distribution. After an initial scan of all predatory publishers and journals included in the so-called Beall's list, a sample of 613 journals was constructed using a stratified sampling method from the total of over 11,000 journals identified. Over the studied period, predatory journals have rapidly increased their publication volumes from 53,000 in 2010 to an estimated 420,000 articles in 2014, published by around 8,000 active journals. Early on, publishers with more than 100 journals dominated the market, but since 2012 publishers in the 10–99 journal size category have captured the largest market share. The regional distribution of both the publisher's country and authorship is highly skewed, in particular Asia and Africa contributed three quarters of authors. Authors paid an average article processing charge of 178 USD per article for articles typically published within 2 to 3 months of submission.
"Predatory" Open Access – A longitudinal study of article volumes and market characteristics. Cenyu Shen and Bo Christer Björk. BMC Medicine 2015, DOI: 10.1186/s12916-015-0469-2

## How to identify predatory or fake journals

Enago Blog, 25 septembre 2015

Simple warning signs that will help:

- The journal has no address or contact information other than an email address listed.

- There are articles listed but no evidence of an editorial board to review those articles.

- The website has an overwhelming number of images from major publishers who would have no reason to partner with this journal.

- The editorial board seems to contain very prominent researchers who would be too busy to work with an unknown journal.

- There is no mention of an APF, which means you'll likely receive an outrageous bill after your article has been rapidly accepted for publication.

- There is no mention of a peer review process or basic submission requirements.

http://www.enago.com/blog/how-to-identify-predatory-fake-journals/

## Quelle place dans la liste des auteurs ?

Blog Rédaction médicale, 23 octobre 2015

Sur ce sujet brulant Hervé Maisonneuve, expert ès publication, nous livre quelques astuces pour éviter de se retrouver en troisième position, voire de disparaître de la liste... Tout document, depuis le protocole, doit mentionner les futurs auteurs, et vous vous mettez toujours en premier ; vous vous chargez de la soumission et des correspondances avec la revue : ne déléguez pas car c'est l'auteur correspondant qui peut changer les auteurs, etc.

http://www.h2mw.eu/redactionmedicale/2015/10/thésards-ne-vous-faites-pas-baiser-en-douceur.html

## Can a researcher have too many publications?

EASE Blog, 6 octobre 2015

Most prolific researchers may not be adhering to authorship guidelines. In a recent publication, the author argues that very high publication rates should be seen as indicating poor authorship practices and should be discounted in evaluating track record.

http://ese-bookshelf.blogspot.com/2015/10/b-can-medical-researcher-have-too-many.html

Jorm AF. Can a medical researcher have too many publications? The Medical Journal of Australia 2015;203(5):230-1. doi: 10.5694/mja15.00194)

## Processus de publication

### How to pitch to a science editor – guide

AuthorAID, Resources, 10 octobre 2015

How to Pitch to a Science Editor is a SciDev.Net practical guide which provides guidance on proposing articles to editors of magazines and other publications.
In short:

- Editors want to know you've researched the topic and their outlet

- Keep pitch short, accurate, simple, and suitable for the article type

- Be friendly and flexible with the editor, and respect their guidance

This guide is based on advice from several editors and includes a checklist.

http://www.authoraid.info/en/resources/details/1266/

http://www.scidev.net/global/publishing/practical-guide/pitch-science-editor-journalism.html

### Trop de défauts dans les soumissions

Blog rédaction médicale, 23 septembre 2015

On apprend de ses erreurs... Une analyse de 52 articles soumis conclue qu'il y a trop d'auteurs ignorant les règles de rédaction, sur le fond et la forme. Une liste de défauts rencontrés permet de corriger le tir : purement descriptif, pas d'objectif précis, mal structuré, introduction vague, surévaluation des résultats, mauvaise orthographe, non-respect des consignes de la revue, etc.

http://www.h2mw.eu/redactionmedicale/2015/09/bravo-aux-annales-dorl-et-de-pathologie-cervico-faciale-mais-la-marge-damélioration-est-importante.html

Laccourreye O, et al. Annales d'ORL et de pathologie cervico-faciale 2015;132:178-183.

### Publier des résultats négatifs

Service Question/Réponse en IST - INRA, 22 octobre 2015

Les résultats négatifs en science sont plus rarement publiés. Parmi les raisons, on peut citer :

- l'attrait humain pour le positif, les résultats positifs sont jugés plus excitants, les résultats négatifs étant (involontairement) jugés non fiables,

- les conflits d'intérêt, notamment dans le domaine pharmaceutique,
-l'effet « troupeau » qui pousse les individus à la conformité sociale.

Il existe toutefois des journaux spécialisés dans la publication de résultats négatifs, par exemple :

- Journal of Negative results in Biomedecine

- Journal of Negative results – Ecology and Evolutionary Biology

- Journal of Pharmaceutical Negative Results

- Journal of Articles in Support of the Null Hypothesis

- Journal of Interesting Negative Results in Natural Language Processing and Machine Learning

D'autres journaux, non spécialisés, publient aussi ce type d'articles comme PLoS ONE qui affiche une collection dédiée ou PeerJ. Enfin, il est toujours possible de déposer son manuscrit dans une archive ouverte comme ArXiv.

http://ist.blogs.inra.fr/questionreponses/2015/10/22/publier-des-resultats-negatifs/

## Negative results

EASE blog, 6 octobre 2015

Negative results are an important building block in the development of scientific thought, primarily because most likely the vast majority of data is negative, i.e., there is not a favorable outcome. Only very limited data is positive, and that is what tends to get published, albeit alongside a sub-set of negative results to emphasize the positive nature of the positive results. Yet, not all negative results get published. Part of the problem lies with a traditional mind-set and rigid publishing framework that tends to view negative results in a negative light, or that only tends to reward scientists primarily for presenting positive findings. This opinion piece indicates that in addition to a deficient mind-set, there are also severe limitations in the availability of publishing channels where negative results could get published.

http://ese-bookshelf.blogspot.com/2015/10/b-negative-results.html

Teixeira da Silva JA (2015). *J Negat Results Biomed.* 14:12. doi: 10.1186/s12952-015-0033-9.

# Données de la recherche

## Changes in data sharing and data reuse practices

Site données de la recherche, 21 septembre 2015

The incorporation of data sharing into the research lifecycle is an important part of modern scholarly debate. In this study, the DataONE Usability and Assessment working group addresses two primary goals: To examine the current state of data sharing and reuse perceptions and practices among research scientists as they compare to the 2009/2010 baseline study, and to examine differences in practices and perceptions across age groups, geographic regions, and subject disciplines. We distributed surveys to a multinational sample of scientific researchers at two different time periods (October 2009 to July 2010 and October 2013 to March 2014) to observe current states of data sharing and to see what, if any, changes have occurred in the past 3-4 years. Results point to increased acceptance of and willingness to engage in data sharing, as well as an increase in actual data sharing behaviors. However, there is also increased perceived risk associated with data sharing, and specific barriers to data sharing persist. There are also differences across age groups, with younger respondents feeling more favorably toward data sharing and reuse, yet making less of their data available than older respondents. Geographic differences exist as well

http://www.donneesdelarecherche.fr/spip.php?article698

Tenopir C, Dalton ED, Allard S, Frame M, Pjesivac I, Birch B, et al. (2015) *Changes in Data Sharing and Data Reuse Practices and Perceptions among Scientists Worldwide*. PLoS ONE 10(8): e0134826. DOI: 10.1371/journal.pone.0134826

## La gestion des données dans Horizon 2020

Le réseau Archives Ouvertes Toulouse, Hypotheses, 30 octobre 2015

Une traduction française du document Guidelines on Data Management in Horizon 2020, publié par la Commission européenne pour aider les porteurs de projet du Programme-cadre Horizon 2020 a été réalisée par l'INIST-CNRS et mise en ligne sur le site openaccess.inist.fr.

http://openaccess.inist.fr/IMG/pdf/14081_lignes_directrices_pgd_horizon_2020_tr_fr_versionavril2015-2.pdf
# Partager des données sous-jacentes à une publication sans demander l'avis de la revues ?

Service Question/Réponse en IST, INRA, 30 octobre 2015

Le fait que les données soient gratuites ne change rien au fait de pouvoir, ou pas, les partager. Les données produites par les EPST dans le cadre de leur mission de service public sont concernées par la loi dite "CADA» doivent être rendues publiques, sauf exceptions :

- les données sont organisées en base de données...

- les données proviennent d'un tiers ou d'un partenariat...

- les données proviennent d'un laboratoire ou une unité protégée, la diffusion peut porter atteinte à la sûreté de l'état, aux secrets industriels et commerciaux, à la vie privée...

- Les données comportent des éléments textuels ou audiovisuels soumis au droit d'auteur.

Les conditions de leur réutilisation peuvent être fixées par l'utilisation d'une licence :

Licences gratuites

- licence ODBL (l'open data base license) si l'on souhaite pouvoir contrôler les redistributions et les travaux dérivés ;

- licence Etalab si l'on n'a pas besoin d'un suivi sur le devenir des données et que ces dernières sont essentiellement distribuées en France ;

- une des licences Creative Commons (CC 4.0).

Licences payantes : utiliser un des deux modèles de licence élaborés par l'APIE (Agence du patrimoine immatériel de l'état).

http://ist.blogs.inra.fr/questionreponses/2015/10/30/partager-des-donnees-sous-jacentes-a-une-publication-faut-il-demander-lavis-delediteur/

# Open Journal Systems et Dataverse pour déposer les données de la recherche

Blog Observatoire des Technologies - INRA, 22 octobre 2015

Cet article signale un nouvel outil libre pour la publication des données en "open data" dans le processus de soumission d'un article scientifique à un journal. Il comprend un plugin pour Open Journal Systems (OJS) qui supporte la soumission de données, la citation, l'évaluation et le processus de publication et fonctionne comme une extention du Dataverse Systems qui fournit une API standard de dépôt.

Open Journal Systems (OJS) https://pkp.sfu.ca/ojs/

Dataverse Systems http://dataverse.org/

Altman M., Castro E., Crosas M., Durbin P., Garnett A., and Whitney J. (2015). Open Journal Systems and Dataverse Integration– Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research.

http://journal.code4lib.org/articles/10989

# Reproduire la science

Dans les articles de recherche ordinaires, tout n'est pas écrit, loin de là : des connaissances sont présupposées, des détails techniques sont omis. Depuis quelques années, des chercheurs ont entrepris de publier des articles qui, en plus du contenu scientifique classique, contiennent toute l'information nécessaire à la reproduction de celui-ci, une fois les données acquises. Des logiciels spécifiques ont été mis au point pour rendre aisée la production de tels articles. Les chercheurs ont intérêt à en profiter, car les revues scientifiques et les agences de financement de la recherche leur demandent de plus en plus d'adopter ce genre de pratiques.

Pouzat C., Davison A, Hinsen K. (2015). La recherche reproductible : une communication scientifique explicite. Statistique et société, Vol. 3, No 1.

http://publications-sfds.fr/index.php/stat soc/article/view/448/422

# 100 free data science books

LearnDataSci.com, octobre 2015

Pulled from the web, here is a collection of free books on Data Science, Big Data, Data Mining, Machine Learning, Python, R, SQL, NoSQL and more. The electronic version is free, and it is possible to purchase a hardcopy.

These books cover various topics among which :

- Data Science in General

- Interviews with Data Scientists

- Forming Data Science Teams

- Data analysis

http://www.learndatasci.com/free-books/

# Starting something new – the beginnings of peer review of data

Wiley Exchanges blog, 8 octobre 2015

Peer review is widely considered to be the best way to check the validity and correctness of a piece of published research. It's unsurprising then, that there is a drive to apply the principles of peer review to other research outputs, such as software, workflows, and of course data. Peer review of data will require different skills than peer review of articles. One way to deal with this is to split the review into different types, each asking different questions, for example:
- Editorial review – “Does the dataset have a permanent identifier?” “Is the dataset stored in a trusted repository?” “Are the access conditions clearly laid out and following journal guidance?”

- Technical review – “Is the data in an appropriate, community standard, format?” “Are tools and services provided to facilitate visualisation and manipulation of the data?” “Is there enough metadata so that non specialist users can understand what the data is and how it was collected?”

- Scientific review – “Is the metadata provided accurate?” “Are there suspicious values in the data that shouldn’t be (e.g. are there negative values for rain rate)?” “Is the dataset fit for the purpose it was collected for?” “Is the dataset suitable for any other uses?”

http://exchanges.wiley.com/blog/2015/10/08/starting-something-new-the-beginnings-of-peer-review-of-data/

## Communication scientifique

### Premier facteur d'impact pour une revue de vidéos

@EricLichtfouse

Jove, une revue publiant des vidéos présentant les méthodes de recherche, vient d'obtenir son premier facteur d'impact, de 1,325, dans l'édition 2015 du Journal Citation Reports. Les vidéos sont indexées dans PubMed et citées dans des revues d'excellence comme Nature, Science et Cell. Plus de 4000 vidéos provenant de 16000 auteurs ont été publiés depuis 2006. Ce succès s'explique par le fait qu'une vidéo permet de reproduire aisément les expériences, alors que les méthodes des articles classiques sont souvent obscures.

http://www.jove.com

### Science in the age of digital networking

Today, the world is moving fast, but we do not know exactly where this leads yet. As the economy of knowledge inevitably extends its tentacles on the realm of science, what are we scientists going to do? These changes are very likely associated with the sheer size of a global science system, and to the growing connectivity of scientists, that corresponds to very fast mutations operated in society by the omnipresence of the Internet. The complex processes of scientific peer

review and publishing of scientific papers are reduced to a matter of weeks. Dissemination takes an instant. Is speed the main criterion for the evolution of knowledge?

Bisquert J, Hagfeldt A, De Angelis F (2015). *Science in the Age of Digital Networking* The Journal of Physical Chemistry Letters 6 (15), 2900-2901 DOI: 10.1021/acs.jpclett.5b01310.

### The scientist Videograph

The Scientist Videograph est un blog conçu pour informer et aider les scientifiques à utiliser la vidéo afin de transmettre des informations sur leur travail. Des didacticiels permettent à quiconque équipé d'une tablette ou d'un smartphone de réaliser et d'éditer très facilement des vidéos. Celles-ci peuvent être utilisées pour différents objectifs y compris la publication scientifique.

http://thescientistvideographer.com/wordpress/

### Publier un koob !

@EricLichtfouse

Koober, une petite entreprise française impulsée par l'Université Paris Dauphine, propose la vente de résumés d'ouvrages à 2 Euro. L'initiative est à la fois originale et surprenante puisque la pensée commune voudrait qu'un ouvrage littéraire, notamment un roman, ne puisse être véritablement résumé comme pourrait l'être un ouvrage scientifique. Koober justifie cette démarche par l'émergence d'un lectorat souhaitant saisir rapidement l'essentiel d'une oeuvre. Les internautes peuvent proposer des résumés de 10-20 pages, nommés 'koobs', qui sont évalués par un comité de rédaction et rémunérés. Des conseils de rédaction sont prodigués sur le site.

http://koober.com