Publier La Science - Numéro 12

Jeanine Martelli, Eric Lichtfouse, Marjolaine Hamelin, Virginie Lelievre

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Jeanine Martelli, Eric Lichtfouse, Marjolaine Hamelin, Virginie Lelievre. Publier La Science - Numéro 12. INRAE., 13 p, 2016, Guy Richard. hal-03864506

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publier
la science

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numéro 12 / juin 2016

- Publier moins pour publier mieux

- Le côté obscur de l'open access

- L'édition scientifique en 2015
# PUBLIER LA SCIENCE

Numéro 12, juin 2016

<table><tr><td>EDITORIAL</td><td>3</td></tr><tr><td>REDACTION</td><td>5</td></tr><tr><td>RESEAUX SOCIAUX</td><td>5</td></tr><tr><td>METRIQUES ET IMPACT</td><td>6</td></tr><tr><td>LIBRE ACCES</td><td>6</td></tr><tr><td>EVALUATION</td><td>8</td></tr><tr><td>ETHIQUE ET FRAUDE</td><td>9</td></tr><tr><td>PROCESSUS DE PUBLICATION</td><td>9</td></tr><tr><td>DONNEES DE LA RECHERCHE</td><td>10</td></tr><tr><td>COMMUNICATION SCIENTIFIQUE</td><td>11</td></tr><tr><td>OUTILS</td><td>12</td></tr><tr><td>AGENDA</td><td>12</td></tr><tr><td>HUMOUR</td><td>13</td></tr></table>

Numéros en accès libre à http://www6.inra.fr/caps-publierlascience

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**Directeur de la publication** : Guy Richard

**Editeur-en-chef** : Eric Lichtfouse

**Réalisation** : Jeanine Martelli (responsable de la veille), Eric Lichtfouse (animateur de la CAPS), Marjolaine Hamelin, Virginie Lelièvre

Cellule d'Assistance à la Publication Scientifique (CAPS)

Département Environnement et Agronomie (EA)

Institut National de la Recherche Agronomique

Contact : ea-caps@listes.inra.fr, http://www.ea.inra.fr

Couverture : Guillaume Decaux – http://www.alcide.fr

ISSN 2269-7314

Publier la Science est une sélection d'informations sur la publication et la rédaction scientifique diffusée trimestriellement. Dans un souci de synthèse et de lisibilité, les informations diffusées sont parfois modifiées par rapport à leurs versions originales sans pour autant en dénaturer le sens. S'il s'avère toutefois que ce n'est pas le cas, les personnes et sources citées dans Publier la Science peuvent à tout moment, demander la rectification voire la suppression des informations diffusées les concernant en nous écrivant à ea-caps@listes.inra.fr.
## Introduction de l'Editeur-en-Chef

Paradoxalement, l'aspect novateur d'une étude est rarement bien expliqué dans les articles scientifiques, alors que c'est bien l'originalité qui fait avancer la recherche. Ce simple défaut d'explication entraine le rejet à la soumission par les éditeurs puisque les examinateurs n'ont pas de proclamation nouvelle à juger. Or, dans un contexte de surabondance des publications scientifiques, il est crucial pour un auteur que l'innovation apportée par ses travaux soit facilement identifiable par l'éditeur, les examinateurs et les lecteurs. Cela suppose aussi que l'innovation soit bien discernée par l'auteur. Comment innover ? Comment trouver la bonne idée ? Comment identifier le résultat nouveau après les expériences ? Bien qu'il existe quelques méthodes, elles restent très limitées en raison du caractère aléatoire de la découverte scientifique. Tous les savants en témoignent : il y a une large part de flair, d'intuition et de hasard dans l'innovation. Ceci s'explique par la démarche scientifique qui consiste, autant que possible, à explorer un territoire inconnu, qu'il soit matériel ou conceptuel. Par conséquent le chercheur ne sait pas, a priori, ce qu'il va découvrir. Faut-il alors par sécurité n'explorer que les domaines connus ? Certainement pas car c'est le meilleur moyen pour générer des résultats dits incrémentaux, c'est à dire de petites avancées par rapport à l'existant, certes publiables mais petites. On peut aussi s'interroger sur notre système de publication qui encourage les recherches rapides et incrémentales puisqu'un évaluateur serait en quelque sorte rassuré par un territoire connu. Je vous invite donc à déguster l'éditorial ci-dessous de Robin Prudent, présentant la vision d'Isaac Asimov sur l'innovation scientifique.

Eric Lichtfouse

## Editorial invité

### Les cinq commandements d'Isaac Asimov pour trouver une idée géniale

<figure><img src="image_3.png" /><figcaption>Isaac Asimov, en 1965 - Phillip Leonian/Wikimedia Commons/CC</figcaption></figure>

Qui ne rêve pas de trouver la bonne idée qui changera le cours de l'histoire ? Pour tenter de s'en approcher, les entreprises et les Etats multiplient les séances de brainstorming, sans pouvoir évaluer précisément leur efficacité. En 1959, l'écrivain de science-fiction Isaac Asimov avait participé à des recherches collectives à propos d'un bouclier antimissile pour l'armée américaine. C'est son ami, le scientifique Arthur Obermayer, qui l'avait invité à se joindre à des sessions de réflexions autour du projet militaire de l'Agence pour les projets de recherche avancée de défense. Asimov ne participa qu'à quelques réunions, de peur que sa liberté d'expression ne soit limitée par les informations confidentielles qu'il allait devoir traiter. Mais ce passage ne fut pas anodin, puisqu'il laissa derrière lui un texte en anglais sur la créativité. Plus d'un demi-siècle plus tard, son ami scientifique est retombé dessus et a décidé de le publier. Voici ses principaux conseils qu'il donne pour faire émerger une idée géniale.

#### 1. Rassembler des connaisseurs et des excentriques

Pour Isaac Asimov, le processus de créativité est similaire dans tous les domaines de recherche. La grande idée ne sort pas de nulle part, mais d'une connexion inattendue de plusieurs faits ou idées déjà étudiés. Pour faire émerger un concept inédit, il faut donc rassembler des personnes ayant des connaissances fines du sujet en question et d'autres qui n'ont pas peur de proposer des rapprochements un peu fous. Si cette connexion n'a pas nécessité d'audace, c'est qu'elle n'est qu'une idée corollaire à une idée plus ancienne. Une grande innovation ne devient raisonnable qu'après avoir émergé.

#### 2. Créer une ambiance de travail ouverte aux réflexions stupides

Une fois les bonnes personnes rassemblées autour d'une même table, rien n'est encore gagné. Isaac Asimov cherche alors le moyen de les persuader de laisser libre cours à leur imagination. Pour cela, il faut une grande liberté de ton et de propos. Le plus important est de laisser une certaine quiétude et permissivité. Le monde, en général, désapprouve la créativité, et être créatif en public est particulièrement mal vu. Même émettre une supposition en public semble inquiétant. En session de réflexion, les personnes doivent avoir le sentiment qu'on ne les désapprouvera pas. Ainsi, deux types de personnes doivent être écartés de ces sessions : ceux qui ne seraient pas prêts à entendre des idées stupides et déstabiliseraient ainsi les autres ; et ceux qui auraient une réputation à ne pas perdre ou une autorité trop forte et réduiraient l'assemblée à une obéissance passive. L'écrivain insiste : même si ces personnes sont individuellement très intéressantes, elles risquent de neutraliser les autres.

#### 3. Pas plus de cinq participants en même temps

Isaac Asimov met aussi en garde contre la volonté de multiplier les membres de ces sessions de réflexions. Le nombre optimal de personne dans chaque groupe ne doit pas être très élevé. Pas plus de cinq personnes ne sont nécessaires.
Un nombre plus élevé de personnes permettrait d'apporter davantage d'informations, mais la tension créée par l'attente de pouvoir s'exprimer peut devenir très frustrante. L'auteur préconise donc de faire varier les participants plutôt que d'imposer la venue de tout le monde, en même temps.

### 4. Cultiver l'informel et éliminer le sentiment de responsabilité

Malgré le caractère très sérieux des recherches militaires auxquels il participe, Isaac Asimov préconise de cultiver une certaine légèreté dans ces sessions de recherche : 'La jovialité, l'usage des prénoms, les blagues, sont – je pense – à l'origine des idées. Pas en eux-mêmes, mais parce qu'ils participent à l'enthousiasme qui doit accompagner de la folie créatrice.' Ainsi, il délaisse volontiers les salles de conférences austères pour réunir les groupes chez l'un des participants ou autour d'un dîner au restaurant. De plus, le fait de se sentir coupable de ne pas avoir eu une de bonne idée est la manière la plus sûr de ne jamais faire émerger cette bonne idée. 'La chose qui inhibe le plus cette créativité, est sûrement le sentiment de responsabilité. Les plus grandes idées des derniers siècles sont venues de personnes qui n'étaient pas payées pour avoir cette idée. Les idées sortent des portes secondaires.'

### 5. Trouver un psychanalyste et un arbitre

Pour faire émerger des idées enfouies profondément, il faut aider les participants à stimuler leur créativité. 'Il faut qu'une personne ait un rôle proche de celui du psychanalyste, c'est-à-dire poser les bonnes questions pour laisser les personnes parler de leur passé afin d'obtenir de nouvelles connaissances.' Les sessions de réflexions collectives ne doivent pas non plus être en dehors de toutes règles. Pour cela, un autre personnage clé doit être présent : l'arbitre. Selon Isaac Asimov, celui-ci doit poser des repères dans le débat et guider les réflexions vers le sujet central. Si vous respectez ces règles, les dispositifs artificiels pour stimuler la créativité ne vous seront plus être nécessaires selon l'auteur. Les idées ne devraient pas tarder à arriver.

Robin Prudent, Journaliste

Article reproduit avec l'aimable permission de l'auteur et de la rédaction de Rue89.

Référence : http://rue89.nouvelobs.com/2014/10/21/les-cinq-commandements-dissac-asimov-trouver-idee-geniale-255610, publié le 21/10/2014 à 16h03
# Rédaction

## Uberisation des services de correction

@EricLichtfouse

Peerwith, c'est le blablacar de l'édition scientifique. Cette plateforme met en relation directe les auteurs avec des correcteurs et traducteurs, contrairement aux services classiques comme American Journal Experts, CoFactor, Edanz, Editage et MacMillian Science Communication où les manuscrits sont traités par un intermédiaire gestionnaire. L'auteur peut recevoir plusieurs devis de corrections de la part des experts de Peerwith. Il peut également négocier le prix directement avec l'expert, ce qui devrait baisser les coûts. Pour contrôler la qualité les auteurs notent les experts, et vice-versa.

http://www.nature.com/news/the-manuscript-editing-marketplace-1.19457

## Le SUCCES dans la rédaction d'articles

Methods blog, 15 mars 2016

Methods.blog, le blog officiel de la revue Methods in Ecology and Evolution, propose quelques règles de présentation et de structuration de l'information applicables à la rédaction d'articles de recherche, regroupées sous l'acronyme « SUCCES » :

* Simple: identifier le message principal et s'y tenir, de façon à rédiger un texte le plus simple possible

* Unexpected: accrocher l'attention du lecteur avec de l'inattendu (eg. a knowledge gap, conséquences insoupçonnées, ...)

* Concrete: le concept central doit être facile à comprendre et à retenir

* Credible: apporter des preuves pour soutenir l'interprétation et la discussion

* Emotional: stimuler l'intérêt du lecteur et souligner la portée de l'étude

* Story: un bon manuscrit doit raconter une histoire dont le lecteur peut suivre le déroulement logique et qu'il mémorisera plus facilement

https://methodsblog.wordpress.com/2016/03/15/writing-manuscripts/

## Conseils de rédaction de la section Résultats

American Journal Experts, Writing a manuscript, mai 2016

AJE propose un "white paper" qui fait le point sur l'objectif, la structure, l'information clef, le format, les statistiques et la conclusion d'une bonne section "Résultats":

* Cette section doit être « une histoire dans l'histoire » et suivre une présentation logique

* La rédaction doit être simple et directe

* Tous les résultats qui permettent de valider la conclusion doivent être présentés

* La notation et le format doivent être cohérentes et conformes aux conventions et aux instructions de la revue

* Le détail des tests statistiques doit être présenté dans le Matériel et méthodes, afin de laisser une place centrale aux données dans la partie Résultats

http://arc.aje.com/dist/docs/Reaping_the_Rewards.pdf

# Réseaux sociaux

## Doit-on diffuser la science dans les réseaux sociaux ?

Comets CNRS, 6 avril 2016

Le comité d'éthique du CNRS a analysé l'évolution rapide de la publication dans le contexte du mouvement Open Science de communication immédiate et gratuite des résultats dans les archives ouvertes, les revues en libre accès et les sites scientifiques. Il est d'avis que les réseaux sociaux scientifiques, ouverts à tous, faciles d'utilisation et interactifs, sont des sources d'information précieuses. Il suggère de stimuler la diffusion des résultats par tous les nouveaux moyens offerts par Internet, en particulier à travers l'archive ouverte HAL.

http://www.cnrs.fr/comets/spip.php?article137http://www.cnrs.fr/comets/IMG/pdf/mediaaviscometsavril16.pdf

## La place des algorithmes dans le savoir : #DeleteAcademiaEdu

LSE Media and Policy Project Blog, 25 avril 2016

Le réseau social Academia.edu fait l'objet d'une controverse dans le milieu universitaire. Le hashtag #DeleteAcademiaEdu a relayé sur Twitter les débats sur l'incompatibilité entre les valeurs des scientifiques et le prix à payer pour la visibilité. Ces débats ouvrent une réflexion sur l'utilisation des
algorithmes. D'un côté l'utilisation des algorithmes sur de telles plateformes permet d'offrir des services aux utilisateurs. Mais de l'autre, le manque de transparence dans la circulation des données scientifiques risque de compromettre l'intégrité des chercheurs. La controverse met en évidence les lacunes et les limites des infrastructures scientifiques existantes. Une approche axée sur les valeurs est nécessaire pour le développement de nouvelles plates-formes de réseautage et de partage des articles.

http://blogs.lse.ac.uk/impactofsocialsciences/2016/04/25/algorthmic-accountability-in-scholarship/

# Métriques et impact

## ImpacStory offre de nouveaux services

Blog ImpactStory, 8 avril 2016

ImpactStory est un outil en ligne qui permet d'obtenir les altmétrics pour différentes formes de publications (vidéos, présentations,...). La notoriété d'un auteur se mesure habituellement au nombre de citations

reçues par ses publications, les altmetrics sont des indicateurs complémentaires. Ils permettent d'estimer l'utilisation des résultats de recherche sur Internet, dans la presse et les médias sociaux (Twitter, Facebook).

Pour obtenir un profil ImpacStory il est nécessaire

de s'enregistrer avec son profil Orcid. Des améliorations ont été récemment apportées à l'application pour répondre aux attentes des utilisateurs. Entre autres, ImpactStory classe désormais les données recueillies en 3 catégories: "your buzz, engagement, and openness".

https://impactstory.org/

http://blog.impactstory.org/new-better-freer/

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Ethan White

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University of Florida Associate Professor

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OVERVIEW

ACHIEVEMENTS

MENTIONS

PUBL

ACHIEVEMENTS

view all

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Wikitastic

Your research is mentioned in 5 Wikipedia articles! Only 9% of researchers are this highly cited in Wikipedia.

Your Wikipedia titles include *Holocene extinction*, *Quaternary extinction event*, *Ingelfinger rule* and 2 more.

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Software Reuse

Your research software keeps on giving. Your software impact is in the top 60 percent of all research software creators on Depsy.

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Greatest Hit

Your most discussed publication has been mentioned online 1.3 thousand times. Only 1% of researchers get this much attention on a publication.

Your greatest hit online is *Best Practices for Scientific Computing*.

## Correlation entre le délai d'acceptation et le nombre de citations

Une étude publiée dans *Scientometrics* montre, sur la base d'articles publiés dans *Nature*, *Science* et *Physical Review Letters*, qu'en moyenne les articles rapidement acceptés ont plus de chance d'être très cités.

Lin, Z., Hou, S., & Wu, J. (2016). *The correlation between editorial delay and the ratio of highly cited papers in Nature, Science and Physical Review Letters*. *Scientometrics*, 1-8.

http://link.springer.com/article/10.1007%2Fs11192-016-1936-z

## Comment le facteur d'impact influence la recherche et la production de connaissances

LSE blog, 7 mars 2016

Malgré les multiples mises en garde contre l'utilisation des facteurs d'impact, les scientifiques eux-mêmes continuent, par prudence, de mentionner ces indicateurs dans les demandes de financement et les documents d'évaluation. Publier dans une revue à facteur d'impact élevé demeure un objectif prioritaire, et influence donc le choix des collaborations et le temps et les ressources nécessaires pour effectuer des expériences complémentaires.

http://blogs.lse.ac.uk/impactofsocialsciences/2016/03/07/accounting-for-impact-journal-impact-factor-research-knowledge-production/

# Libre Accès

## L'Australie donne accès libre à des millions d'articles

Blog The conversation, 27 avril 2016

Les organismes gouvernementaux australiens consacrent des milliards de dollars, chaque année, à des projets et programmes de recherche. 30 milliards sont consacrés à la production de littérature grise. L'Australie maitrise mal, aux regards de la concurrence internationale, les aspects de diffusion et de curation de cette production numérique. Bien qu'elle soit en accès libre, l'information est disséminée et les moteurs de recherche commerciaux sont indispensables pour y accéder. Les difficultés d'accès à l'information a un impact sur le développement des activités de recherche et développement du pays. L'Australie s'efforce d'y remédier. Parmi les développements récents, le
portail TIM2 permet d'accéder aux documents de la recherche financée par le gouvernement.

https://theconversation.com/how-australia-produces-30-billion-worth-of-grey-literature-that-we-cant-read-56584

## Rapprochement sciences et société grâce au libre accès

CNRS Le Journal, 4 mars 2015

Pour Marin Dacos, Directeur du Centre pour L'édition Electronique Ouverte (Cléo), les scientifiques ont de nouveaux lecteurs et ils sont nombreux. 40 % des lecteurs de PubMed Central sont des « citoyens ». Et les 48,5 millions de visiteurs des portails en accès ouverts en sciences sociales (Persée, Cairn ou OpenEdition) ne peuvent pas tous être des chercheurs. Dans les années 90, à la création du Web, les physiciens déposaient déjà les résultats de leurs recherches dans des archives ouvertes (ArXiv). Progressivement, les autres disciplines ont rejoint le mouvement pour le développement de l'Open Access. Cela a provoqué « un grand bouleversement du rapport au savoir des sociétés contemporaines». Aujourd'hui, « La véritable révolution de l'accès qui se produit, dépasse largement le seul public scientifique », cette ouverture est essentielle pour les scientifiques et utile à la société.

https://lejournal.cnrs.fr/billets/les-sciences-a-lage-du-libre-acces

## Elsevier, le plus grand éditeur open-access au niveau mondial

Sustaining knowledge commons, 13 mai 2016

Avec 511 revues en open access, Elsevier est le plus grand éditeur open access au niveau mondial, devant De Gruyter (435 revues) et Hindawi (405 revues).

https://sustainingknowledgecommons.org/2016/05/13/elsevier-now-the-worlds-largest-open-access-publisher/

## Introduction à l'Open access

Le Lab'UA propose la vidéo "Une introduction à l'Open access". 3 minutes 34 de stopmotion pour découvrir l'open access. Développé à l'Université d'Angers, Le lab'UA est une structure dédiée aux projets numériques innovants dans les domaines pédagogiques, de données et de publications de la recherche.

http://labua.univ-angers.fr/video/une-introduction-lopen-access#sthash.DoOj02Fr.dpuf

## Embargo de 6 mois pour les revues scientifiques

Archimag, 2 mai 2016

Les sénateurs ont voté le libre accès aux données de recherche scientifique publique après une durée d'embargo maximale de six mois pour le domaine STM (sciences, techniques, médecine) et douze mois pour les sciences humaines et sociales. Ce libre accès portera sur les articles financés sur fonds publics à hauteur d'au moins 50 %.

http://www.archimag.com/viewerisque/2016/05/02/s%C3%A9nateurs-confirmand%C3%A9lai-6-mois-acc%C3%A8s-revues-scientifiques

## Archives ouvertes et pérennité des revues

Libération, 28 mars 2016

En réponse à une tribune publiée dans le Monde le 17 mars, indiquant que les revues de SHS étaient mises en péril par l'obligation de dépôt des articles dans des archives ouvertes, les auteurs rappellent que les archives ouvertes ne se substituent pas à l'évaluation par les pairs. En outre, la direction et l'expertise des revues scientifiques est assurée par des agents publics non rémunérés par les éditeurs privés. Les auteurs soulignent que ce n'est donc pas l'open access qui menace les petites maisons d'édition universitaires et leur qualité de publication, mais plutôt l'oligopole des grands éditeurs. C'est en encourageant la diffusion de la connaissance scientifique qu'on sert le mieux l'intérêt général.

http://www.liberation.fr/debats/2016/03/28/publications-scientifiques-on-vaut-mieux-que-ca_1442009

## Le côté obscur de l'open access

Blog Rédaction Médicale et Scientifique, 4 mars 2016

La publication en accès libre change vite pour rendre les articles 'gratuits', mais c'est en fait les auteurs qui payent pour publier... Cela a des effets très pervers car tout un marché parallèle s'est constitué : revues prédatrices, revues piratées, facteurs d'impact truandés, services de réécriture bidons, fausses références... Et payer un service, est-ce influencer la décision d'acceptation d'un manuscrit ? Selon Jeffrey Beall, auteur de la liste des éditeurs prédateurs, le financement de la publication par les auteurs a corrompu la communication scientifique. D'accord, mais comment le remplacer ? Le modèle ancien sur abonnement ne semble pas être une solution quand le public veut tout gratuit, à tout moment, n'importe où... Les archives ouvertes publiques seraient-elle une solution ? Pas encore, car les institutions ne savent pas faire le métier des maisons d'édition... Les
modèles eLife, voir PeerJ seraient-ils des voies d'avenir ?

http://www.h2mw.eu/redactionmedicale/2016/03/le-mod%C3%A8le-%C3%A9conomique-des-revues-ne-trouve-pas-ses-marques.html

## Webinar OpenAIRE sur le programme de financement de l'open access « FP7 post-grant pilot »

Le 12 mai 2016, a eu lieu un webinar présentant le programme européen destiné d'une part à financer les publications en open access des projets européens FP7 terminés, et d'autre part à financer les revues ou plates-formes éditoriales fonctionnant sur le modèle du diamond open access où les articles post-projet sont publiés. Les enregistrements de ce webinar sont disponibles

http://wwwinstantpresenter.com/eifl/EB57D6828147

## Les revues de l'INRA dans HAL

Centre pour la Communication scientifique Directe (CCSD), 24 mars 2016

Fin 2012, l'INRA a fait le choix de HAL pour archiver et diffuser les revues qu'il édite ou a éditées. HAL permet ainsi à l'INRA de répondre à la fois à sa volonté de promouvoir le libre accès et aux nécessités d'une conservation pérenne : la diffusion des revues est en effet soumise aux marchés avec les éditeurs. Une collection générique pour toutes les revues a été créée et chaque revue constitue une sous-collection. 25 collections ont ainsi été créées par le CCSD ; leur personnalisation a été assurée par le Pôle Publication et Communication Scientifique de l'INRA.

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http://blog.ccsdn.cnrs.fr/2016/03/focus-sur-les-revues-de-l-inra-hebergees-par-hal/?utm_medium=social&utm_source=twitter

# Evaluation

## Evaluation par les pairs : entre pratiques, expérimentations et controverses

Hypothèses, 9 mai 2016

Comment juger objectivement un article scientifique ?

1. Anonymiser les auteurs ? C'est la solution opposée qui a été retenue majoritairement, notamment parce que la pratique de l'auto-citation complique l'anonymisation du manuscrit.

2. Rendre publique l'identité des reviewers ? L'anonymat peut induire des comportements causant du tort à des auteurs pressentis comme « rivaux », ou conduire à des évaluations peu sérieuses. A l'opposé, révéler l'identité des reviewers fait courir le risque de disputes ouvertes avec les auteurs et d'un rabaissement des jugements d'évaluation au statut de simples opinions personnelles.

3. Double blind ? C'est le cas dans la majeure partie des revues de SHS. Cependant les moteurs de recherche, tel Google, permettent aux reviewers d'identifier rapidement et facilement les auteurs d'un article. Par ailleurs se pose la question de la subjectivité du rédacteur en chef, lequel dispose bien souvent d'un pouvoir décisionnel supérieur à ceux des reviewers.

4. L'évaluation ouverte ? L'évaluation ouverte minimise le pouvoir décisionnel du rédacteur en chef et privilégie l'évaluation par les lecteurs scientifiques ou non-scientifiques. Cependant elle n'est pas la solution idéale, en particulier en SHS où l'anonymat est un point important.

Les processus d'anonymisation et d'ouverture sont particulièrement ambivalents, et le débat sur ces questions est loin d'être clos.

https://openarchiv.hypotheses.org/3528

## Entrainement au peer-review avec ScienceOpen

Blog ScienceOpen.com, 21 avril 2016

Une centaine de commentaires sur des articles publiés sont disponibles sur le site Science Open. La plateforme regroupant plus de 12 millions d'articles en open access invite les lecteurs à consulter ces commentaires et à en publier d'autres, de façon à s'entraîner à pratiquer le peer-review. Les consignes : être, minutieux, constructif, juste et objectif.

http://blog.scienceopen.com/2016/04/honing-your-peer-review-skills-with-scienceopen/#more-2140
# Ethique et fraude

## Comment rendre la science publiée plus rigoureuse ?

Un article publié dans *Nature* relève différents obstacles actuels à la rigueur : le manque d'actions appropriées de la part des éditeurs, la réticence des revues à rétracter des articles, la responsabilité des auteurs dans la correction des erreurs, et le fait qu'aucune procédure standardisée n'existe pour demander les données brutes.

Allison, D. B., Brown, A. W., George, B. J., & Kaiser, K. A. (2016). *Reproducibility: A tragedy of errors*. *Nature*, **530**, 27-29.

http://www.nature.com/news/reproducibility-a-tragedy-of-errors-1.19264

## Le site pirate Sci-Hub fait augmenter le plagiat

*Scholarly Open Access blog, 12 mai 2016*

Selon Jeffrey Beall, l'ajout rapide et continu d'articles dans Sci-Hub alimente le plagiat, tout comme la publication de thèses dans les archives ouvertes.

https://scholarlyoa.com/2016/05/12/sci-hub-will-increase-academic-plagiarism/#more-7438

## Le coût des mauvaises conduites en recherche

*Wiley Exchanges, 11 mai 2016*

Wiley estime à 110 millions de dollars le coût induit par les erreurs, le plagiat, la fabrication et la falsification de résultats dans les publications scientifiques.

https://hub.wiley.com/community/exchanges/discover/blog/2016/05/11/the-costs-of-research-misconduct

## Tout le monde télécharge des articles piratés

*Blog Science-AAAS, Community, 28 avril 2016*

Tout le monde utilise SciHub. Durant les 6 mois précédant mars 2016, 28 millions d'articles ont été téléchargés depuis ce site. L'origine des téléchargements indique qu'y compris dans les universités bénéficiant d'un grand nombre d'abonnements à des revues, Sci-Hub est devenu un portail privilégié de recherche d'articles. Même les articles en open access de PLOS sont téléchargables sur SciHub.

http://www.sciencemag.org/news/2016/04/whos-downloading-pirated-papers-everyone

# Processus de publication

## F1000 Research Channel: the future of scholarly publishing

La revue F1000 Research propose un regroupement d'articles sur le thème de l'édition scientifique du futur. Les articles concernent entre autre le peer-review, l'utilisation des métriques dans l'évaluation de la recherche, la reproductibilité, la culture scientifique et les mécanismes de dissemination et d'évaluation des connaissances.

http://f1000research.com/channels/futscipub

## 35 trucs et astuces pour être publié

Un groupe de post-docs en biologie végétale propose, dans la revue Frontiers in Plant Science, 35 trucs et astuces pour être publié, à l'attention des jeunes chercheurs. Entre autres : bien choisir ses collaborations, la revue cible, soigner les relations avec l'éditeur et comprendre le processus éditorial afin de bien mettre en avant son article.

Glover NM, Antoniadi I, George GM, Götzenberger L, Gutzat R, Koorem K, Liancourt P, Rutowicz K, Saharan K, You W and Mayer P (2016) *A Pragmatic Approach to Getting Published: 35 Tips for Early Career Researchers*. *Front. Plant Sci.* 7:610. doi: 10.3389/fpls.2016.00610

http://journal.frontiersin.org/article/10.3389/fpls.2016.00610/full

## Publier moins pour publier mieux

Dans un article publié dans Nature, Daniel Sarewitz, co-directeur du Consortium for Science, Policy and Outcomes à l'Arizona State University dénonce l'obsession de la productivité et des indicateurs de visibilité des articles, et le fait que la recherche de qualité est de plus en plus masquée par le nombre croissant d'articles présentant des études mal conduites.

Sarewitz, D. (2016). *The pressure to publish pushes down quality*. *Nature*, **533**(7602), 147-147.

http://www.nature.com/news/the-pressure-to-publish-pushes-down-quality-1.19887

## L'édition scientifique en 2015

*American Journal Experts, mai 2016*

AJE propose, sous forme d'une infographie, un tour d'horizon de la publication scientifique en 2015 :
* Près de 2 millions d'articles ont été publiés

* Les 5 premiers pays publiants sont, dans l'ordre, les USA, la Chine, le Royaume-Uni, l'Allemagne, et l'Inde

* Le premier domaine de publication est de très loin la médecine (526150 articles), suivie par l'ingénierie (261613), la génétique, biochimie et biologie moléculaire (242159), la physique et l'astronomie (205354), puis la chimie (198842)

* PLOS One est la première revue de publication

* 3 universités chinoises font partie des 5 premières institutions les plus publiantes

<figure><img src="image_11.png" /></figure>

http://arc.aje.com/dist/docs/AJE_Annual_Publishing_Review_2015.pdf

## Comment la communauté scientifique a perdu le contrôle de ses revues

Microblogging infodoc, avril 2016

L'auteur de cet article publié dans la revue *MediaTropes* montre comment l'ère du numérique, plutôt que de libérer l'accès à l'information académique, a permis à un petit nombre de maisons d'édition d'en prendre le contrôle. Alors que la plupart des revues à l'ère du papier appartenaient à des institutions de recherche ou à des sociétés savantes, la majorité des articles scientifiques sont actuellement publiés par 5 maisons d'édition dont les marges se situent souvent entre 30 et 40%.

http://microblogging.infodocs.eu/wp-content/uploads/2016/04/26422-59469-1-PB.pdf

## Résultats financiers 2015 de l'édition scientifique

EPRIST, mars 2016

Les six premiers éditeurs scientifiques mondiaux réalisent un chiffre d'affaires cumulé de 7,5 Milliards d'Euros et captent 65% des profits générés globalement par l'édition scientifique, grâce à des taux de marge opérationnelle hors-norme de plus de 36% sur CA. Ce niveau de profit et cette captation (qui s'accentue au fil des ans) par seulement 6

acteurs des surplus économiques générés par l'édition scientifique mondiale pose le problème du « juste prix » de la prestation éditoriale.

http://www.eprist.fr/wp-content/uploads/2016/03/I-IST_16_R%C3%A9sultatsFinanciers2015EditionScientifique.pdf

## Pré-publication : le réveil des biologistes

Science presse, 17 mars 2016

Un quart de siècle après les physiciens, les biologistes sont-ils en train de se convertir à la publication directement en ligne, sans le filtre des revues? Ils sont pour l'instant peu nombreux, mais ils se font plus bruyants. Créé il y a trois ans, le serveur de pré-publication bioRxiv vient de passer le cap des 2000 recherches mises en ligne. Une misère, à côté du million que compte l'ancêtre, ArXiv, né en 1992, surtout en physique et en mathématiques. Mais l'ambition est la même : offrir aux chercheurs en sciences de la vie un lieu où déposer directement leurs recherches, avant qu'elles n'aient été formellement relues et approuvées.

http://www.sciencepresse.qc.ca/actualite/2016/03/17/pre-publication-reveil-biologistes

## Données de la recherche

### Différences disciplinaires pour l'ouverture des données de la recherche

Pasteur4OA, avril 2016

Il n'existe pas d'approche "universelle" à l'ouverture des données de la recherche. Chaque discipline produit des types de données différents et a des façons très diverses de les gérer, de les publier, et de les analyser. Cet article de Pasteur4OA fait le point sur l'état de l'open data dans les différentes disciplines, et sur les spécificités freinant l'ouverture, le cas échéant. Il présente également les stratégies et politiques des institutions en matière de données.

http://www.pasteur4oa.eu/resources/209#.VynCXHoc6U9

### Publier des données négatives est important

Enago Blog, 13 avril 2016

La plupart des recherches basiques et pré-cliniques ne sont pas reproductibles; cependant, puisqu'elles sont publiées, de nombreux chercheurs perdent du temps et de l'argent à tenter d'en reproduire les résultats. La publication de données négatives est donc très importante, puisqu'elle permettrait aux scientifiques d'éviter ce gaspillage en de se consacrer
à des methodologies plus efficaces et novatrices. De
nouveaux modèles de publication tels que Faculty of
1000 Research sont nécessaires.

http://www.enago.com/blog/experts-take-why-it-is-important-to-publish-negative-results/

Thèses et données

Une keynote sur les données de la recherche générées par les doctorants a été rédigée dans le cadre de la conférence internationale sur la littérature grise. Cette keynote se base sur l'évaluation de 864 thèses en sciences exactes et SHS déposées entre 1987 et 2015 dans les universités de Lille et de Ljubljana, et sur une étude sur la gestion de données en SHS à l'Université de Lille. Après une introduction sur les données en général, les pratiques de gestion des données des doctorants sont présentées, ainsi que l'analyse quantitative des données produites. La discussion porte sur les aspects réglementaires du partage, de la réutilisation et de la dissémination des données.

Joachim Schopfel, Juznic Primoz, Helene Prost, Cecile Malleret, Ana Cesarek et al. Dissertations and Data GL17 International Conference on Grey Literature, Dec 2015, Amsterdam, Netherlands. <hal-01285304>

http://hal.univ-lille3.fr/hal-01285304/document

Publier un datapaper - Vidéos

CoopIST, 21 avril 2016

Vidéos des interventions de la session d'information sur les data papers du CIRAD, le 22 mars 2016 : une introduction, une présentation de 20 min sur le contenu et les objectifs des datapapers, les revues qui publient des datapapers et les entrepôts pour déposer des données, et deux retours d'expériences de chercheurs.

http://coop-ist.cirad.fr/actualites/publier-un-datapaper-des-videos-pour-mieux-comprendre

Peer-review des données de la recherche

Comment vérifier et assurer la qualité des données
publiées alors que le système de peer-review est déjà
saturé ? Un article publié dans *Learned Publishing* fait
le point sur les initiatives et pistes possibles pour
l'évaluation des données.

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/leap.1005/full

Communication
scientifique

Comment les lecteurs découvrent le contenu
des publications

Une enquête de grande ampleur sur la découverte du contenu des revues et des ouvrages a été menée par une société de consultants entre septembre et décembre 2015. Plus de 40000 chercheurs, étudiants, enseignants, professeurs, journalistes, managers, documentalistes, ingénieurs et personnels gouvernementaux ont participé à cette enquête soutenue par Annual Reviews, American Theological Library Association (ATLA), The Bone & Joint Journal, Brill, Cambridge University Press, The IET, ingentaconnect, The JAMA Network/American Medical Association (AMA), OECD, SAGE, et Wiley. Il ressort de cette étude, entre autres, que :

* Les versions gratuites des articles via PubMedCentral ou les réseaux sociaux représentent plus de la moitié de la livraison de contenu

* Les bases de données bibliographiques sont en déclin, mais demeurent le point de départ principal des recherches. Les bibliothèques sont des portes d'entrée importantes dans les pays à revenu élevé

* Les moteurs de recherche scientifiques sont plus importants que les moteurs généralistes dans les pays à haut revenu.

* La recherche de contenu sur les sites web des éditeurs augmente

* Google Scholar est plus utilisé que Google dans le milieu scientifique mais pas dans les autres secteurs

* L'accès au contenu par téléphone mobile ne représente que 10% des usages.

http://www.simoningerconsulting.com/papers/How%20Readers%20Discover%20Content%20in%20Scholarly%20Publications.pdf
http://www.researchinformation.info/news/news_story.php?news_id=2110
# Outils

## OpenDataSoft, 2500 portails Open Data

La plateforme OpenDataSoft permet d'accéder à plus de 2500 portails de données ouvertes dans le monde. Cette startup française propose une solution intégrée pour la valorisation de données structurées: acquisition, transformation, préparation, diffusion. La plateforme permet de fédérer les données pour les distribuer aux bons utilisateurs dans l'écosystème. Elle intensifie ses moyens pour garantir la sécurité, la confidentialité des données et la protection de la vie privée des utilisateurs.

https://www.opendatasoft.fr/

## Crossref va permettre d'associer des DOI spécifiques aux préprints

Blog Observatoire des Technologies, Inra IST, 09 mai 2016

A partir du mois d'août 2016, Crossref va modifier sa politique d'enregistrement des documents auprès de ses membres et va permettre d'assigner des Digital Object Identifiers (DOIs) à des "duplicative works." La nouvelle politique signifie que les préprints auront des DOIs séparés des versions ultérieures et pourront être enregistrés auprès de Crossref. Les différentes versions seront ensuite reliées.

http://ist.blogs.inra.fr/technologies/

## 17 outils gratuits de mise en forme de données

econsultancy.com, février 2015

Le site econsultancy propose une liste d'outils utiles pour faire des graphiques interactifs, des infographies et des nuages de mots: Infogr.am, Google Fusion Tables, Piktochart, Dygraphs, Timeline, Leaflet, D3JS, Tagxedo, Easel.ly, Creately, Sisense, Nuvi, Bime, Color brewer, iCharts, Better world flux, Visual.ly.

https://econsultancy.com/blog/66131-17-visualisation-tools-to-make-your-data-beautifull

## Exposer ses données avec Nakala

Carnet de recherche du réseau Archives Ouvertes Toulouse, 22 mars 2016

NAKALA propose deux grands types de services pour les données numériques de la recherche en sciences humaines et sociales. : Des services d'accès aux

données et des services de présentation des métadonnées.

## Les services proposés par NAKALA

<figure><img src="image_12.png" /></figure>

Services d'accès aux données

<figure><img src="image_13.png" /></figure>

Services interopérables de présentation des métadonnées

Ces services sont proposés en partenariat avec le CC-IN2P3.

https://www.nakala.fr/

https://openarchiv.hypotheses.org/3503

# Agenda

## Colloque Open access et évaluation de la recherche

openarchiv.hypotheses.org, 25 février 2016

Le colloque « Open Access et évaluation de la Recherche : vers un nouvel écosystème ? Organisé par le Réseau Archives ouvertes Toulouse se déroulera à Toulouse, les 13 et 14 octobre 2016 à la Maison de la Recherche et de la Valorisation, Université Toulouse 3 – Paul Sabatier.

L'objet de ce colloque est de proposer un aperçu des pratiques en la matière, en examinant dans quelle mesure les évolutions observables (au sein de certaines disciplines, de groupes de pairs ou de la part de certains chercheurs), des évolutions législatives ou encore la production de recommandations ayant pour objet l'open access, sont susceptibles de reconfigurer de manière significative les modalités d'évaluation des travaux de recherche et de leurs auteurs

http://openarchiv.hypotheses.org/3370

## Séminaire IST Inria 2016 : Publier, éditer, éditorialiser

Fabrica INRIA, 4 avril 2016

Les inscriptions au prochain séminaire IST Inria qui se tiendra du 18 au 22 septembre 2016 à Marseille sont ouvertes. Le programme portera sur la publication et plus particulièrement son modèle qui s'est transformé en profondeur avec le numérique, avec les interventions de :
* Ghislaine Chartron (INTD - CNAM) : Publication et édition des contenus : regard transversal sur la transformation des modèles

* Laurent Romary (Inria) : Éléments d'une communication scientifique ouverte et publique

* Nicolas Kayser-Bril (Journalism++) : Informer avec des données structurées

* Vincent Puig (IRI) : Organologie de la publication contributive

* Lionel Maurel (Université Paris Lumières) : Que restera-t-il des notions d'auteur, d'oeuvre et d'éditeur dans le web de demain ?

* Jean-Michel Gascuel (Googtime) : Où en étions nous demain ?

http://www.inria.fr/ist2016

## Un MOOC sur l'écriture et la publication d'un article scientifique

Polytechnique.edu, 8 mars 2016

Comment rédiger un article pour qu'il soit édité dans Nature ou Science ? C'est tout l'objet du MOOC (Massive Open Online Courses) en anglais "How to write a scientific paper" élaboré par six doctorants de l'École polytechnique lancé fin février sur la plateforme américaine Coursera.

https://www.polytechnique.edu/fr/content/lx-lance-un-mooc-sur-lecriture-et-la-publication-dun-article-scientifique#sthash.p9RWDCrd.dpuf

## Humour

<figure><img src="image_14.png" /></figure>

http://www.redbubble.com/people/hagen/works/2005113-please-cite-my-papers