Le 23 juin 2011, une matinée de formation sur Zotero a été organisée à la MMSH, dans le cadre du Pôle image-son, pratiques du numériques en SHS. Les présentations avaient pour objectif de faire connaître de façon rapide et concrète les possibilités qu’offre ce logiciel de bibliographie pour les différentes disciplines des sciences humaines et sociales à une cinquantaine de chercheurs et de doctorants. C’est le compte-rendu de cette matinée que vous allez pouvoir parcourir, suivi d’une synthèse des réponses des formateurs aux questions de l’auditoire qui ont permis d’ouvrir largement ouvert les discussions..

Anne Mailloux, Maître de Conférences au département Histoire Université de Provence, LAMM, présentait la façon dont elle a intégré Zotero dans son travail de recherche. Lors du lancement d’un projet ANR, elle recherchait des outils électroniques facilitant ce travail collectif. Elle a ouvert un carnet de recherche conçu comme espace d’échange, Les carnets de Gouvaren, sur la plateforme Hypothèses, et elle s’est tournée vers Zotero, après avoir suivi une formation URFIST sur le thème “Gérer la bibliographie et la partager”. Selon elle, l’intérêt principal de ce gestionnaire (outre sa gratuité) est de pouvoir se dégager des contraintes du poste de travail fixe : à partir de son compte Zotero sur Firefox et n’importe où l’on se trouve, il est possible de se connecter et de récupérer ses données. Après deux ans de pratique intensive, et plus de 500 références bibliographiques, soit l’équivalent de 25 pages de bibliographie, elle a attiré l’attention de l’auditoire sur quelques points majeurs.

Tout d’abord, elle est revenue sur la fonction de synchronisation entre l’ordinateur et son espace sur le serveur Zotero qu’elle exploite systématiquement. Anne Mailloux a mis en garde l’auditoire sur l’ivresse de la récupération des notices : si simple qu’elle soit, elle ne doit pourtant pas occulter que l’espace en ligne affecté à chaque utilisateur de Zotero demeure limité. En effet, Zotero permet sans difficulté de télécharger le fichier PDF en ligne et de l’associer à la notice bibliographique. Le document est alors archivé dans le dossier Zotero sur son ordinateur ordinateur. Mais lors de la synchronisation en ligne les PDF sont copiés sur l’espace utilisateur qui est très vite saturé. S’il est possible d’acheter de l’espace mémoire supplémentaire, Anne Mailloux a préféré paramétrer les préférences Zotero pour exclure les documents joints de la synchronisation. Elle stocke cette bibliothèque numérique sur un disque externe qu’elle relie à sa machine personnelle et en donne le chemin précis dans un champ idoine de la notice. Cette solution nécessite cependant beaucoup de rigueur et d’organisation logistique.

Elle a présenté ensuite sa méthode de récupération de données en appelant à la plus grande vigilance sur la qualité des données. Ainsi, les récupérations de notices sur le Sudoc, la BnF et plusieurs bibliothèques universitaires allemandes (ici à Tübingen), bien qu’avantageuseS en termes de temps, ont révélé des incohérences dans le rapatriement et ont nécessité beaucoup de corrections. Par exemple, la référence bibliographique de l’enquête générale conduite par Leopardo da Foligno en Provence orientale au 14e siècle récupérée à partir de deux ressources différentes n’est pas intégrée de la même façon. Dans l’une, Leopardo da Foligno est enregistré comme auteur avec les éditeurs scientifiques du document ; dans l’autre, il est inclus avec l’éditeur dans le titre et le champ « Auteur » reste vide. Elle a donc dû corriger manuellement les notices et préciser les différentes fonctions des auteurs. Dans d’autres cas, c’est le type de document qui est différent alors que la référence décrit le même article. Si ces incohérences existent entre plusieurs réservoirs sans être trop choquantes, elles se retrouvent aussi au sein d’une même institution, résultats de l’histoire de la ressource et témoins du travail éventuel de plusieurs catalogueurs successifs. Il faudra alors choisir parmi toutes les versions possibles la plus complète ou la plus juste, quitte à compléter manuellement la notice bibliographique.

Globalement, Anne Mailloux est plutôt satisfaite des fonctions d’affichage de Zotero qui lui permettent de trier sa bibliographie par nom d’auteur, par titre ou par tout autre champ dans les limites de visibilité données par la fenêtre centrale. Une limite du logiciel est que trier et éditer une bibliographie est actuellement le seul moyen d’identifier des doublons et les erreurs d’enregistrement toujours possibles. Il convient alors de supprimer ou de retravailler manuellement les notices erronées. Elle utilise les styles en usage dans les sciences historiques référencés par le site La boîte à outil des historiens. Au total, et malgré les réserves dues à la vérification des notices importées, Zotero permet à son avis de référencer de façon souple et rapide une grande masse de matériel bibliographique.

Après avoir présenté les grandes lignes du fonctionnement de Zotero, Jean-François Rivière, chargé d’édition au Cléo, a expliqué comment circulaient les données et le rôle essentiel des traducteurs dans ce logiciel. Il est, certes, toujours possible d’alimenter une bibliographie par saisie manuelle dans Zotero puisque le logiciel propose des grilles propre à chaque type de document mais son intérêt est d’offrir des solutions d’import de notices qui permettent un gain de temps appréciable.Jean-François Rivière a expliqué comment les traducteurs était au centre de la mécanique de circulation des données.

339 traducteurs différents sont livrés avec Zotero, il y en a par exemple pour Amazon, Archive.org, PubMedCentral… Ils sont développés par l’équipe de maintenance de Zotero ou par toute institution qui veut en créer un le plus adapté à la structure de ses propres données. Chaque nouveau traducteur est soumis à Zotero qui l’intègre après validation dans les mises à jour du logiciel. Au travers d’exemples Jean-François Rivière a démontré l’importance de ces traducteurs. Il est essentiel que les éléments de la description bibliographique soient structurés pour être repérées et lues par les traducteurs et finalement récupérées dans Zotero. Par défaut, Zotero exploite le traducteur élémentaire RDF1, c’est par exemple celui qu’a choisi la plateforme Cairn. La récupération d’informations bibliographiques depuis cette ressource offre des résultats variables selon que l’on rapatrie les données d’un article seul (la date n’est pas enregistrée) ou de plusieurs articles d’un même numéro de revue (avec le numéro de volume et sa pagination). Avec le traducteur COinS-ContextObjects in Spans, largement exploité par les catalogues de bibliothèques, Persée permet le téléchargement d’informations plus riches, sans toutefois donner d’informations périphériques à la référence bibliographique. Mais attention, le fichier PDF fourni est particulièrement lourd, et les fonctions des auteurs doivent être corrigées manuellement. De son côté, Revues.org a choisi de soigner tout particulièrement le développement de son traducteur. Basé sur le traducteur COinS, il s’enrichit des métadonnées ajoutées à la description élémentaire de l’article et offre ainsi des références importées très complètes. Des essais de récupération de références réalisés à partir d’articles de la Revue européenne des migrations internationales qui se trouve sur les trois plateformes Cairn, Persée et Revues.org démontrent l’efficacité du système : outre les éléments de base de la référence bibliographique, importés fort justement dans les champs correspondants (ce n’est pas le cas partout !), on importe les mots-clés, la langue, le sommaire de l’article dans les notes, plus une copie locale de l’article et une version en PDF.

Reste que l’outil pourrait encore être amélioré, notamment pour permettre de récupérer les informations relatives à un numéro de revue et pas seulement à ses articles. Un projet (un peu fou ) serait de sémantiser les bibliographies citées dans les articles pour les récupérer dans Zotero. En général, le temps de récupération des informations dépend de la richesse des données et de la présence ou non d’un fichier PDF.

Difficile de résumer l’intervention de Gabriel Gallezot, très pédagogique et constamment illustrée d’exemples, il conviendra de compléter ce bref résumé de son cours à l’URFIST. Il est d’abord revenu sur les grand principes de Zotero, soit sa facilité d’utilisation et sa facilité d’installation. Une fois installé sur sa machine, le logiciel se présente sous la forme d’une petite icône qui permet de s’ouvrir et de se fermer sous Firefox. Actuellement, c’est toujours sous ce navigateur que Zotero fonctionne mais une version « Stand alone » (indépendante du navigateur) est en cours de test.

Afin que chacun puisse se constituer sa propre méthodologie de travail pour la saisie des références bibliographiques, Gabriel Gallezot a proposé trois méthodes, fonctionnant par élimination qu’il suggère de sélectionner en fonction de la consultation des ressources :

- Dossier : un clic sur l’icône « dossier » dans la barre de navigation permet de récupérer un ensemble de notices issues d’une recherche (icône jaune « Enregistrer vers Zotero »)

- Réference : un clic sur l’icône « référence » dans la barre de navigation permet de récupérer une notice (icône bleue « Enregistrer vers Zotero »)

- Export : certains sites proposent des fonction d’export avec des formats spécifiques.

Des exemples ont été pris sur différents sites comme :

- le SUDOC : Il est possible de récupérer les notices par dossier, par référence mais pas par export.

- HAL SHS : Sur ce site, la récupération par dossier est impossible mais par contre elle l’est par référence et export (format Bibtech).

Quel que soit le choix de la méthode de récupération, il convient d’être vigilant sur les données engrangées, et ce quel que soit le système. En effet, suivant le soin apporté aux métadonnées des différents sites, les champs dans Zotero seront renseignés de façon plus ou moins « propre ». Par exemple, dans HAL, le résumé est récupéré dans le champ « Extra » ou encore, on note que pour CAIRN, même si la récupération par dossier est possible, il vaudra mieux utiliser la fonction d’export car la qualité des données sera meilleure. Une fois les références récupérées, il faudra manuellement les enrichir si il manque des informations.

En général, il conviendra dans la rubrique « Préférences » de décocher les case « Récupérer le PDF » ainsi que la capture d’écran. Il vaudra mieux choisir de le faire volontairement afin de permettre un enregistrement plus rapide des références (un PDF pèse entre 100Ko et 10Mo et sur un ensemble de référence cela peut interrompre le transfert) et de ne pas alourdir la synchronisation.

Gabriel Gallezot a repris toute la procédure de la saisie d’une notice avec l’auditoire en y ajoutant le nettoyage des données et les compléments que l’on peut lui ajouter (le PDF mais aussi les notes, les mots clés, les documents connexes, les liens entre les références bibliographiques …). Il a montré brièvement quelques astuces :

– comment utiliser l’espace central de tri sur la date d’ajout pour sélectionner les dernières intégrations ;

– savoir être vigilant sur la fenêtre de saisie souvent trop réduite qui ne permet pas de visualiser l’entrée prénom ;

– repérer où se trouve le fichier « zotero.sqlite » éminemment important puisqu’il contient l’essentiel de nos données (informations sur les items, notes, marque-pages) et pouvoir le lire avec un outil comme SQLite Browser ;

– repérer également le dossier « storage » qui contient les documents attachés (PDF, captures d’écran, fichiers audio ; en bref, tous les fichiers que l’on a pu importer) ;

– comprendre comment mettre en public et partager ou au contraire rendre privées sa bibliographie – et publier ou non ses notes ;

– permettre ou pas aux moteurs de recherche généraliste de référencer sa bibliographie en ligne.

Il a terminé sur l’importance de la sauvegarde de sa bibliographie, facilitée par la fonction d’export et la mise en partage. Il faudra régulièrement exporter ses références en zotero.rdf. Le fichier pourra alors être réimporté dans un autre Zotero pour partager des références bibliographiques.

Questions / réponses

Peut-on récupérer les références bibliographies dans les articles en ligne ?

Récupérer des références bibliographiques saisies dans un article publié en ligne n’est possible que si des métadonnées ont été insérées dans le corps du texte, encapsulées dans la bibliographie avec des balises RDF. Le « traducteur » pourra alors récupérer la bibliographie de l’article. Nous entrons là dans les méthodes de ce qui est appelé aujourd’hui le « web sémantique » qui utilise des micro formats ou des micro datas. Actuellement, Revues.org travaille avec un laboratoire d’informatique de l’université d’Avignon sur du data minning. L’objectif est d’extraire du texte des références bibliographique à partir d’algorithmes qui parcourent le texte et essaient d’en extraire les différentes parties. Pour cela, les algorithmes ont besoin d’interroger une base de connaissance (de type Crossref) et de récupérer les DOI . Un autre type de développement envisagé est de rajouter des balises RDFA.

Jusqu’ici j’ai saisi ma bibliographie dans un traitement de texte, est-ce que je peux la récupérer facilement avec Zotero ?

Cette question inévitable dans les formations Zotero est particulièrement récurrente chez le doctorant de 3e année… Hélas, récupérer des références bibliographiques saisies dans un traitement de texte n’est pas possible simplement, c’est finalement le même problème que la récupération des références dans les articles publiés en ligne. Il faudrait que des métadonnées aient été insérées dans le corps du texte, encapsulées dans la bibliographie avec des balises RDF. Si ce n’est pas le cas, une solution peut-être de trouver des parseurs, des filtres, bref des outils qui soient capables de détecter un titre, un auteur., un éditeur… L’outil magique n’existe pas et à l’heure actuelle aucun n’est fiable à 100%. Le meilleur moyen est encore de s’organiser pour tout reprendre : coller un titre dans Google Scholar et le récupérer de façon automatique dans Zotero. Il existe un outil en ligne, wizfolio qui permet d’importer des bibliographies formatées, en fonction du style choisi et surtout en fonction de la régularité du style bibliographique ; une seule erreur et le parseur dysfonctionne. Pour préparer l’import d’une bibliographie la fonction chercher/remplacer peut être intéressante pour intégrer des balises qui peuvent améliorer le passage du parseur. Beaucoup s’y sont cassés le nez.

Peut-on générer automatiquement une bibliographie à partir d’un PDF ?

Le problème est toujours le même que pour les précédentes questions, cela dépend de la qualité des métadonnées du PDF mais dans ce cas, pour le vérifier il faudra avoir installé pdffulltext et pdf info.

Qu’est-ce qu’un DOI ?

DOI signifie digital object identifier (http://www.doi.org/). Le DOI est né d’une question récurrente : comment gérer les changements d’URL ? En effet, il y a un problème avec les URL (Uniform Resource Locator) des ressources électroniques, car elles ont plusieurs fonctionnalités qui entraînent des confusions. En effet, l’URL est une adresse qui à la fois localise une ressource mais aussi l’identifie. Pourtant, si une revue change de plateforme, les articles changent d’URL alors que les contenus vont rester les mêmes. Le problème se complexifie si un article est diffusé sur plusieurs plateformes. Avec le DOI, bien que diffusé sur plusieurs plateformes, un document aura toujours un seul identifiant mais autant d’URL que de plateforme de consultation.Des agences d’enregistrement se sont créées de type Crossref, permettant d’enregistrer des DOI. Un DOI pour un article récent vaut 1 dollar, si l’article a plus de deux ans, il coûtera 20 cents. Une revue ou une plateforme fait une demande de DOI auprès de Crossref et un identifiant est ainsi rattaché à plusieurs localisations. Le Cléo assure l’acquisition de DOI pour les articles des revues hébergées sur sa plateforme Revues.org qui en font la demande. C’est sur le site http://www.doi.org que se résolvent les DOI. Ainsi, pour un article sont indiquées les différentes URL où il pourra être lu. Cette mécanique a pour objectif de garantir une pérennité des références. Revues.org le fait pour les revues qui le demandent. Le DOI devrait améliorer la recherche dans les bibliographies grâce au crosslinking qui permet de compter les références, se transformant ainsi en un outil de bibliométrie. En effet, Crossref impose aux éditeurs qu’un article qui possède un DOI est tenu de donner un DOI à toutes les références bibliographiques citées. Le projet de sémantisation des références lancé par Revues.org est donc très important puisque apparaîtrait un lien cliquable vers les DOI, donc vers la citation des articles.

Peut-on générer des listes d’auteurs ou des listes de périodiques à partir de ses références bibliographiques ?

Zotero ne permet pas spécialement d’effectuer ce type de manipulation mais il est toujours possible d’exporter un catalogue de ses références bibliographiques en sélectionnant des tris de données différents.

Vous avez signalé que Zotero était compatible avec Jstor et Muse, qu’en est-il de Science Direct ?

Science direct est compatible avec Zotero même si ce n’est pas automatique. Un test rapide montre qu’il est possible de récupérer des notices ou des sélections de résultats (par lots de 50 notices) sous plusieurs formats (RIS, REFWORKS, ASCII, Bibtech). Une fois le fichier exporté et enregistré sur sa machine, il convient de les importer dans Zotero (fonction « importer »).

Dans le cas de ScienceDirect, les métadonnées et les balises de description de la ressource (RDF-Resource Description Framework) sont encapsulées, rendant impossible toute extraction d’information.

Est-il possible d’effectuer des corrections par lot ?

Non, et c’est un des défauts de Zotero, la fonctionnalité « corrections par lot » n’existe pas. Par contre il est toujours possible d’extraire des sélections de références, de les copier dans un fichier excel, de les corriger puis de les réimporter.

En tant qu’éditeur d’une revue électronique, doit-je proposer une feuille de style spécifique à laquelle on renvoie les auteurs des articles pour leurs références bibliographiques ?

Les revues qui souhaitent proposer un style spécifique doivent fabriquer et maintenir leur feuille de style. En juin 2011, 1 606 CSL (creating_citation_styles) étaient accessibles sur la pagehttp://www.zotero.org/styles.Le conseil des formateurs est plutôt de se rapprocher le plus près d’un standard, ne pas chercher à se différencier mais renvoyer vers le style qui convient le mieux à la revue en le citant avec précision. Certaines revues choisissent un style puis le renomment, mais cela ne permettra pour autant de le faire évoluer avec les mises à niveau de Zotero2. Un autre conseil, est de sélectionner un style qui existe à la fois sur endnote et sur Zotero pour faciliter le travail des auteurs qui ont tous des usages différents. Il est bien sûr toujours possible de créer ses propres styles…, Zotero donne des indications sur la façon de les créer sur sa page styles de citation. A noter, lorsque l’internaute passe la souris sur un style il peut visualiser le genre du style, une astuce bien pratique…

L’éditeur de la revue donnera alors un fichier formaté qui s’intégrera directement dans Zotero. L’ajout d’un style supplémentaire se fait simplement par glisser/déposer du nouveau style dans une fenêtre ouverte de Zotero.

Parmi toutes les feuilles de style, une d’entre elles devrait intéresser la communauté des chercheurs francophones en SHS : récemment été créée par et pour les historiens français, elle est signalée sur La boîte à outils de l’historien http://www.boiteaoutils.info/2011/06/styles-francais-de-citation-sous-zotero.html

Et si je me suis trompé dans le choix du style de bibliographie ou de mes notes, puis-je facilement le modifier ?

A tout moment, il est possible de changer de style c’est un des principaux intérêts de ce logiciel : les changement de styles sont possibles à tout moment, qu’il s’agisse de l’affichage de la bibliographique comme de l’appel de citation puisque le logiciel le gère automatiquement. Pour l’utiliser, il faudra d’abord installer zotero word processor plugin en ayant pris soin de fermer son traitement de texte et en conservant son navigateur Firefox ouvert. Ce plugin permet d’aller chercher des références bibliographiques dans la base de données (sous réserve que Firefox et donc Zotero soit ouverts, mais il est possible de travailler en mode non connecté), et selon le style choisi, de générer automatiquement les appels à citation, éventuellement des références abrégées en notes de bas de page, puis d’élaborer la liste complète des référence. Le style pourra être modifié à la demande, avec facilité sans intervenir dans le texte, pour répondre aux contraintes des éditeurs et des revues.

Lorsque l’on synchronise sa bibliographie, synchronise-t-on en même temps les PDF joints ?

Oui, au moment de la synchronisation, tout est accessible en ligne. Aussi, il faut être vigilant sur les droits liés aux PDF. Rares sont ceux qui peuvent être librement diffusés. Cela dit, seul 100Mo sont gratuits, l’espace supplémentaire est payant : il est donc impossible d’accumuler les PDF sans s’en rendre compte rapidement.

Zotero permet-il de saisir des données audiovisuelles ?

Oui. La liste des types de documents audiovisuels permet de sélectionner plusieurs termes : podcast, émission de TV, émission de radio, vidéo, film, interview, enregistrement audio, enregistrement vidéo.

Peut-on récupérer des bibliographies depuis Endnote ?

Il était auparavant possible de récupérer des bibliographies depuis EndNote. Toutefois, depuis le procès (perdu) de la société qui développe EndNote contre Zotero parce qu’il permettait de lire le format propriétaire de ses fichiers, l’intégration est devenu impossible.

Zotero permet-il de saisir des références dans des langues non latines ?

Oui, Zotero est développé en unicode et il permet donc récupérer des notices dans toutes les langues. Toutefois, si la page la web depuis laquelle on récupère la référence bibliographique n’est pas encodée en unicode, cela ne pourra pas fonctionner. Parfois, il y a des soucis ponctuels. Par exemple sur CAIRN il y a longtemps eu des problèmes avec les accents qui semblent s’être résolus récemment.

Zotero est-il compatible avec Calames ?

Actuellement, Zotero n’est pas compatible mais il faut le demander à l’ABES qui fait constamment évoluer Calames.

Doit-on toujours être connecté pour utiliser Zotero ?

Pas du tout, il suffit d’ouvrir son navigateur en mode « non connecté ». Le lien avec les fichiers textes ou PDF se fera mais pas la synchronisation qui ne peut se mettre en route qu’avec la connexion.

Peut-on choisir son export en XML ?

Oui, plusieurs choix d’exports sont possibles, dont la DTD de MODS.

Peut-on afficher en ligne son paramétrage ?

Non ni le paramétrage ni le mode recherche ne sont accessibles en ligne. C’est un des défauts de Zotero qui sur ce plan a un concurrent d’importance avec le logiciel Mendeley, bien meilleur sur l’interface web. A noter, le dédoublonage n’est pas non plus automatisé. C’est aussi un défaut important qui n’est actuellement pas prévu sur la roadmap du logiciel à brève échéance.

Compte-rendu rédigé par Blandine Nouvel et Véronique Ginouvès.

Crédits photographiques : Femme portant un diadème, photographie peinte à la main sur plaque de verre par Serge Vargassoff (1906-1965), image prise entre 1910 et 1940. Collection du musée Powerhouse (Australie). Don de Vera Vargassoff en 2010. Pas de restrictions de droit connues. Permalien : www.powerhousemuseum.com/collection/database/?irn=415100

- RDF, ou Ressource Description Framework, développé par le consortium W3C, est un langage de base du web sémantique. Son objectif est de décrire de façon formelle les ressources Web et leurs métadonnées. []

- L’usage semble pourtant courant puisque sur les 1 606 styles, seuls 384 sont uniques – Pour les visualiser, sélectionner « Show only unique styles ». []