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## Lu pour Vous
### Génétique

Tuy Nga Brignol

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AFM-Téléthon, Évry, France.

tnbrignol@afm-telethon.fr

# Apport du séquençage de nouvelle génération (NGS) dans le diagnostic des maladies neuromusculaires

## Résumé

Cet article de revue d'Éfthymiou et al. [1] fait partie d'un numéro spécial d'octobre 2016 de *Current Opinion in Neurology* sur les maladies neuromusculaires [2]. Les gènes des MNM, souvent de grande taille, contiennent de nombreux polymorphismes, rendant difficile l'identification des variants pathogènes. Cela est particulièrement vrai pour les gènes *DMD* de la dystrophine (> 2,3 Mb, 79 exons), *TTN* de la titine (> 100 kb, 363 exons) et *NEB* de la nébuline (183 exons). Dans le contexte d'une histoire familiale où frères et sœurs sont atteints, le diagnostic d'une MNM est en général évident. Toutefois, le mode de transmission reste souvent difficile à définir dans des petites familles où l'histoire de la famille fait défaut, ou chez des cas apparemment « sporadiques » pouvant prendre n'importe quel mode de transmission ou être de novo dominant.

L'utilisation du NGS permet de résoudre de plus en plus des cas difficiles mais l'analyse des données est loin d'être simple. L'absence d'histoire familiale en présence de phénotypes MNM peu spécifiques complexifie l'interprétation des données du NGS, nécessitant souvent l'étude d'autres membres sains de la famille et la poursuite d'analyses fonctionnelles. Une analyse clinique de qualité ainsi qu'une bonne collaboration entre généticiens et cliniciens sont essentiels pour parvenir à une interprétation correcte des résultats.

Cependant, le taux d'erreur avec le NGS reste élevé par rapport aux méthodes classiques de séquençage (type Sanger). Des mutations peuvent être artificiellement produites lors de l'amplification, source de résultats faussement positifs. Un autre défi est lié à la détection des répétitions d'expansions ou de variations structurelles. Ces mutations peuvent passer inaperçues si elles sont supérieures à une longueur de lecture de 150 paires de base, conduisant à des résultats faussement négatifs. Par ailleurs, parmi les nombreux variants détectés par le NGS, il est souvent difficile de faire la distinction entre les mutations authentiquement pathogènes et les variations individuelles rares sans signification clinique.

Une autre difficulté est la couverture incomplète des bibliothèques de capture disponibles dans le commerce. Bien que de nouvelles versions des kits de capture soient proposées de façon régulière, aucune capture de toutes les parties codantes de tous les gènes n'est actuellement disponible. Ceci peut être résolu par le séquençage ciblé de régions d'intérêt et par l'amélioration du processus de capture. L'augmentation de la couverture de la séquence, une longueur de lecture supérieure à 150 pb, l'amélioration des algorithmes vont également permettre de résoudre certaines limites du NGS. Une autre alternative est la combinaison des différentes méthodes de séquençage.

## Commentaire

Les maladies neuromusculaires sont d'une grande hétérogénéité clinique et génétique. Par exemple, pour les MNM à début précoce

<footnote>Vignette (© Wikipedia, By Abizar at en.wikipedia, CC BY-SA 3.0, - https://commons.wikimedia.org/w/index.php?curid=3800855)
https://en.wikipedia.org/wiki/DNA_sequencing#/media/File:Radioactive_Fluorescent_Seq.jpg</footnote>