# Le transcriptome sanguin : un outil de caractérisation des races locales en réponse au stress environnemental?

Nausicaa Poullet, Alice Choury, David Beramice, Laurent Dantec, Yoann Félicité

Félicité

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Nausicaa Poullet, Alice Choury, David Beramice, Laurent Dantec, Yoann Félicité. Le transcriptome sanguin : un outil de caractérisation des races locales en réponse au stress environnemental?. Journées scientifiques du Département de Génétique Animale, Sep 2022, Bordeaux, France. hal-04147656

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Submitted on 30 Jun 2023

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# Le transcriptome sanguin : un outil de caractérisation des races locales en réponse au stress environnemental?

Poullet N. ¹, Choury A. ¹, Beramice D. ², Dantec L. ², Félicité Y. ¹, Feuillet D. ¹ & Gourdine J-L.¹

¹UR ASSET, ²UE PTEA

## Contexte

Avec le réchauffement climatique et l'augmentation de la production animale dans les pays tropicaux et subtropicaux, il y a un réel besoin de données sur les races locales et leur adaptation à des conditions environnementales non-optimales.

## Objectifs

1. Etudier l'effet d'une restriction alimentaire modérée suivie d'une réalimentation sur le transcriptome sanguin

2. Étudier la différence de réponse entre 2 races, la race Large White (LW), principalement sélectionnée pour ses performances de (re)production et la race Créole (CR), race tropicale caractérisée par sa bonne adaptation aux conditions difficiles (chaleur, restriction alimentaire).

## Design expérimental

<figure><img src="image_2.png" /></figure>

## Résultats

### 1. Performances zootechniques

<figure><img src="image_3.png" /><figcaption>FE</figcaption></figure>

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

Diminution du GMQ et de l'efficacité alimentaire moins importante pendant la restriction chez les CR

→ suggère une meilleure réponse adaptative des CR à la restriction

### 2. Expression différentielle des gènes

#### Comparaison Adlib. vs. Restriction

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

→ Après la restriction (J28) : nb(DEG CR) >> nb(DEG LW)

→ Après la réalimentation (J45) : nb(DEG LW) >> nb(DEG CR)

→ Peu de DEG en commun aux 2 races → suggère une réponse adaptative différente

### 3. GO et analyse de voies métaboliques

#### KEGG pathway analysis (ShinyGO)

<figure><img src="image_6.png" /><figcaption>LW J45 (après réalimentation)</figcaption></figure>

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

#### Ingenuity Pathway Analysis

#### Canonical pathways

Activation z-score
-3.578
2.440

Sirtuin Signaling Pathway
Synaptogenesis Signaling ...
Natural Killer Cell Signaling
Cardiac Hypertrophy Signal...
Neuroinflammation Signali...
fMLP Signaling in Neutrop...
Production of Nitric Oxide ...
Signaling by Rho Family GT...
G-Protein Coupled Recepto...
Phagosome Formation

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

#### Diseases and biological functions

Activation z-score
-4.562
4.966

Organismal death
Quantity of lymphocytes
Quantity of lymphatic syste...
Immune response of cells
Quantity of T lymphocytes
Anemia
Cell proliferation of tumor ...
Cell cycle progression
Polycythemia
Infection of mammalia

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

## Conclusions

→ En réponse à la restriction alimentaire, large surreprésentation des gènes liés à l'immunité dans le transcriptome sanguin

→ Mise en jeu de mécanismes différents entre LW et CR lors de la restriction et de la réalimentation en lien avec les différences de performances observées

→ Le transcriptome sanguin pourrait être un outil supplémentaire pertinent de caractérisation des races locales en réponse au stress environnemental