# Plateforme bioinformatique MIGALE

Mouhamadou Ba, Hélène Chiapello, Christelle Hennequet-Antier, Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, Véronique Martin, Cédric Midoux, Aaron Millan-Oropeza, Axel Nsabiyumva, Olivier Rué, et al.

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## To cite this version:

Mouhamadou Ba, Hélène Chiapello, Christelle Hennequet-Antier, Valentin Loux, Mahendra Mariadassou, et al. Plateforme bioinformatique MIGALE. Journées Ouvertes Biologie Informatique Mathématique (JOBIM), Jun 2024, Toulouse, France. hal-04843798

HAL Id: hal-04843798

https://hal.inrae.fr/hal-04843798v1

Submitted on 17 Dec 2024

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INRAE

Mouhamadou Ba
Hélène Chiapello
Christelle Hennequet-Antier
Valentin Loux
Mahendra Mariadassou
Véronique Martin
Cédric Midoux
Aaron Millan-Oropeza
Axel Nsabiyumva
Olivier Rué
Sophie Schbath
Valérie Vidal
Mariène Wan

migale

# Plateforme bioinformatique MIGALE

Migale est une infrastructure scientifique collective INRAE ouverte à tous. Elle est membre de l'infrastructure de recherche INRAE BioinfOmics, de l'Institut Français de Bioinformatique et de France-Génomique. Ses activités sont certifiées ISO9001 depuis avril 2011.

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FRANCE
GENOMIQUE

**BioinfOmics**
INRAE RESEARCH INFRASTRUCTURE

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## Nos missions

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Déploiement d'une infrastructure de calcul scientifique

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Mise à disposition des collections de données publiques issues de travaux de génomique

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Analyse de données génomiques

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Déploiement sur la plateforme de logiciels d'analyses bioinformatiques et statistiques

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Conception et développement d'applications

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Formation des utilisateurs aux méthodologies de la bioinformatique et aux logiciels d'analyse

https://migale.inrae.fr/

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### Infrastructure de calcul scientifique

* Un **cluster de calcul** de **2436 cœurs**, 3 serveurs dédiés aux **bases de données**

* 22 serveurs physiques, 15 serveurs virtuels dédiés à des projets collaboratifs ou des outils

* Plus de **800 To** d'espace de stockage centralisé

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### Données et Outils

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PROJECT

bioMAJ

R Studio®

* ~400 **outils** mis à disposition

* 90 **banques de données**

* **Mises à jour régulières** des banques et outils

* Portail **Galaxy** : https://galaxy.migale.inrae.fr/ pour une utilisation conviviale

* RStudio Server : https://rstudio.migale.inrae.fr/

* **Hébergement d'applications shiny** : https://shiny.migale.inrae.fr/

* **Packaging** et **intégration d'outils** en protéomique, statistiques, ...

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Centre
Île-de-France - Jouy-en-Josas-Antony

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MaiAGE

Université Paris-Saclay, INRAE, MaiAGE, 78350, Jouy-en-Josas, France
INRAE, BioinfOmics, Migale, 78350, Jouy-en-Josas, France

## Analyses de données
### Bioinformatique et Statistique

#### Domaines d'expertise :

- Assemblage & annotation de génomes microbiens

- Génomique et génomique comparée

- Métagénomique, Métatranscriptomique

- Fouille de texte et données

#### Exemples de projets en métagénomique :

- **MetaPDO-Cheese** : Étude de la biodiversité des fromages AOP

- Ingénierie écologique de **communautés microbiennes** pour la valorisation de bio-déchets

Mise à disposition des analyses et résultats sous forme de **rapports web** reproductibles (Quarto)

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## Conception et développement

* **Ommicrobe** : base de données de phénotypes et habitats microbiens

* **Easy16S** : interface de visualisation de jeux de données métagénomiques 16S

* **Ferments du Futur** : entrepôt de données, workflows d'analyse sur les micro-organismes et consortia microbiens intervenant dans la fermentation des aliments

FERMENTS
DU
FUTUR

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## Formations

* 120 **personnes formées**/an en présence ou à distance

* 16 **modules** différents, dont :

- Initiation à R, ggplot2, tidyverse, shiny

- Linux, Galaxy

- Traitement primaire de données NGS

- Annotation automatique de génomes bactériens

- RNA-seq : bioinfo et statistiques

- Métagénomique 16S, Métagénomique shotgun

- Introduction au Text Mining