# Mettre à disposition et valoriser ses données de recherche via le portail dat@UBFC

Maélys Liseron-Monfils, Nadir Tabbou, Hélène Tisserand

► To cite this version:

Maélys Liseron-Monfils, Nadir Tabbou, Hélène Tisserand. Mettre à disposition et valoriser ses données de recherche via le portail dat@UBFC. Printemps de la Donnée 2024, INRAE; Université Haute-Alsace; Université de Strasbourg; INSA; PNDB; AgroParisTech; Université de Lille; Sorbonne Université; Data Terra, May 2024, Besançon, France. 10.5281/zenodo.11504193. hal-04680415

HAL Id: hal-04680415

https://hal.inrae.fr/hal-04680415v1

Submitted on 28 Aug 2024

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publics ou privés.

<figure><img src="image_1.png" /></figure>

Distributed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License
Mise à
disposition
des données
sur dat@UBFC

<figure><img src="image_2.png" /></figure>
# Plan

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

1 - Création d'une fiche de métadonnées

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

2 - Accès et droits

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

3 - Validation de la fiche

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

4 - Espace de stockage
# Page d'accueil dat@UBFC

## 1- Création de la fiche dans laquelle on souhaite déposer ses données

<figure><img src="image_7.png" /></figure>
# La fiche de métadonnées

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

**Note :**

Dans la section "Administratives" de la description de la fiche de métadonnées, vous trouverez la possibilité de gérer les accès aux données.
# Plan

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

1 - Création d'une fiche de métadonnées

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

2 - Accès et droits

<figure><img src="image_11.png" /></figure>

3 - Validation de la fiche

<figure><img src="image_12.png" /></figure>

4 - Espace de stockage
# Accès et droits

Le portail dat@UBFC offre uniquement deux types d'accès :

1. Accès libre (les données sont accessibles au grand public)

2. Accès restreint (les données sont privées)

<figure><img src="image_13.png" /></figure>
# Accès et droits : 1- Accès Libre

## 1 - Choisir le type d'accès aux données

<figure><img src="image_14.png" /></figure>

## 2 - Choisir l'espace de stockage (Espace de stockage dat@UBFC)

> Si la fiche n'est pas validée par les documentalistes, l'utilisateur ne peut pas accéder au service de stockage, même s'il a choisi "Espace de stockage dat@UBFC".
# Accès et droits : 1 - Accès Libre (2)

<figure><img src="image_15.png" /></figure>

Les données ne peuvent pas être stockées simultanément sur un autre entrepôt et sur dat@UBFC. Elles peuvent être déposées soit dans un autre entrepôt, soit sur dat@UBFC, mais pas dans les deux en même temps.
# Accès et droits - accès restreint

<figure><img src="image_16.png" /></figure>

L'utilisateur a aussi la possibilité de restreindre l'accès à sa fiche de métadonnées et de déposer ses données sur dat@UBFC.
# Plan

<figure><img src="image_17.png" /></figure>

1 - Création d'une fiche de métadonnées

<figure><img src="image_18.png" /></figure>

2 - Accès et droits

<figure><img src="image_19.png" /></figure>

3 - Validation de la fiche

<figure><img src="image_20.png" /></figure>

4 - Espace de stockage
Phase de validation de la fiche

<figure><img src="image_21.png" /></figure>
# Fiche de métadonnées validée

<figure><img src="image_22.png" /></figure>

"

Après la validation de la fiche de métadonnées par les documentalistes du portail, l'utilisateur est autorisé à déposer ses données sur dat@UBFC.

Cette action est soumise à la condition qu'il ait sélectionné "Espace de stockage dat@UBFC" dans la rubrique "Accès et droits", en cliquant sur l'icône située à droite.

<figure><img src="image_23.png" /></figure>

"
# Plan

<figure><img src="image_24.png" /></figure>

1 - Création d'une fiche de métadonnées

<figure><img src="image_25.png" /></figure>

2 - Accès et droits

<figure><img src="image_26.png" /></figure>

3 - Validation de la fiche

<figure><img src="image_27.png" /></figure>

4 - Espace de stockage
Espace stockage

<figure><img src="image_28.png" /></figure>

Note :

L'utilisateur peut
envoyer des données vers
notre espace de stockage
en cliquant sur le bouton
"Depuis mon ordinateur".
Chaque fichier envoyé peut
avoir une taille maximale
de 5 To.

Il est déconseillé d'envoyer des fichiers volumineux depuis des périphériques USB (clé USB, disque dur et SSD), les performances de lecture étant moins bonnes que depuis le disque dur de votre machine.
# Dépôt de données

<figure><img src="image_29.png" /></figure>

<figure><img src="image_30.png" /></figure>

L'utilisateur peut envoyer plusieurs fichiers simultanément en ouvrant plusieurs popups. Chaque popup prend en charge un seul fichier **pour le moment**, qu'il s'agisse d'un simple fichier ou d'un fichier compressé (zip, etc.).

<figure><img src="image_31.png" /></figure>
## Envoi des données

<figure><img src="image_32.png" /></figure>

Lors de l'envoi de données vers notre espace de stockage, dat@UBFC calcule et vérifie le nombre de blocs à transférer vers notre stockage S3. Une fois cette opération terminée, la barre de progression s'affichera. À partir de là, tous les envois seront effectués en une seule fois, ce qui signifie que si le processus prend trop de temps, il peut être interrompu et repris ultérieurement.
# Reprise de l'envoi de données après un arrêt

S'il y a une interruption lors de l'envoi de données, l'utilisateur a la possibilité de reprendre l'envoi du même fichier à partir du point d'arrêt, à condition que le fichier n'ait pas été modifié (par exemple renommé ou compressé).

<figure><img src="image_33.png" /></figure>

Le nom doit contenir des lettres, des chiffres, des tirets, des underscores et des points. Pour la partie après le dernier point (l'extension), seuls les lettres et les chiffres sont permis.
# Description des données

<figure><img src="image_34.png" /></figure>

<figure><img src="image_35.png" /></figure>

Sur dat@UBFC, vous pouvez ranger vos données facilement en les mettant dans l'une de ces catégories : données, code ou documentation.

De plus, vous avez la possibilité d'inclure une brève description pour expliquer comment ces données peuvent être utilisées.

<figure><img src="image_36.png" /></figure>
# Partager ses données

<figure><img src="image_37.png" /></figure>

<figure><img src="image_38.png" /></figure>

L'utilisateur peut partager ses données via un lien privé automatiquement généré pour une journée par défaut. Il peut également prolonger cette période jusqu'à sept jours, la limite de stockage correspond à celle de S3.

<figure><img src="image_39.png" /></figure>
# Modification des informations liées aux données

<figure><img src="image_40.png" /></figure>

"

L'utilisateur peut toujours modifier les informations liées à ses données sans aucune validation des documentalistes.

"
# Suppression des données

<figure><img src="image_41.png" /></figure>

Si un utilisateur souhaite supprimer des données déjà déposées sur dat@UBFC, une vérification supplémentaire (sous forme d'addition de 2 chiffres) est effectuée pour prévenir les suppressions accidentelles. Si la réponse est correcte, les données sont supprimées. Sinon, elles sont conservées.

Attention, dat@UBFC ne gère pas les sauvegardes, les sauvegardes sont gérées au niveau du datacenter par la DNUM.
<figure><img src="image_42.png" /><figcaption># Le fichier README.md</figcaption></figure>

<figure><img src="image_43.png" /></figure>

> Sur dat@UBFC, vous trouverez un modèle de README.md par défaut, conforme aux recommandations de Recherche Data Gouv. Bien que son utilisation ne soit pas obligatoire, elle est fortement recommandée. Vous pouvez le personnaliser selon vos besoins spécifiques.

> Lorsque vous saisissez du texte dans la partie gauche de l'espace README, vous pouvez voir en temps réel ce que vous avez saisi sur la partie droite.

> N'oubliez pas d'enregistrer une fois que vous avez terminé.

<figure><img src="image_44.png" /></figure>
# Téléchargement des données

<figure><img src="image_45.png" /></figure>

Les données apparaissent dans la fiche de métadonnées située en bas de la page. Seules les données accessibles au public sont visibles. L'utilisateur peut les télécharger un par un ou bien tous à la fois.
<figure><img src="image_46.png" /></figure>

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# Questions ?
4e PRINTEMPS de la DONNÉE en BFC :
Faites fleurir la science ouverte !

Jeudi 02 mai - 12h30

# METTRE A DISPOSITION et VALORISER SES DONNÉES
de recherche via le PORTAIL DAT@UBFC

Maélys Liseron-Monfils (documentaliste)

Nadir Tabbou (développeur)

Hélène Tisserand (documentaliste)

Atelier de la donnée dat@UBFC (Bourgogne-Franche-Comté)
# QUI SOMMES-NOUS ?

## L'ATELIER DE LA DONNÉ DAT@UBFC, c'est :

<figure><img src="image_48.png" /></figure>

En proximité, pour vous accompagner à la gestion de vos données de recherche une équipe de 5 personnes :
**4 documentalistes**
et **1 informaticien**

<figure><img src="image_49.png" /></figure>

Sur tout le territoire de
la Bourgogne-Franche-
Comté : un réseau de
référents et référentes
(relais dans les
laboratoires)

<figure><img src="image_50.png" /></figure>

**National :** dat@UBFC est membre de l'écosystème Recherche Data Gouv. Labellisé « atelier de la donnée » depuis 2022

<figure><img src="image_51.png" /></figure>

## Nos services :

<figure><img src="image_52.png" /></figure>

Portail d'exposition et de mise à disposition des données

<figure><img src="image_53.png" /></figure>

Accompagnement

<figure><img src="image_54.png" /></figure>

Actions de formation

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Actions de sensibilisation

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Diffusion d'informations
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# CONSTAT : les ATTENTES en matière d'OPEN SCIENCE

## Loi de 2016 dite « loi pour une République numérique »

* Institue le principe d'ouverture par défaut pour les données publiques

* Les chercheurs peuvent mettre en ligne en libre accès les résultats de leurs travaux de recherche financés à plus de 50% par des fonds publics après une période d'embargo de 6 ou 12 mois.

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## Deuxième Plan National Science ouverte :

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**Axe 2 :** Structurer, partager et ouvrir les données de recherche

**Axe 3 :** Ouvrir et promouvoir les codes sources pour la recherche

**Axe 4 :** Transformer les pratiques et faire de la Science ouverte le principe par défaut

## Code de la recherche (article L-533-4)

« II.-Dès lors que les données issues d'une activité de recherche financée au moins pour moitié par des dotations de l'Etat, des collectivités territoriales, des établissements publics, des subventions d'agences de financement nationales ou par des fonds de l'Union européenne ne sont pas protégées par un droit spécifique ou une réglementation particulière et qu'elles ont été rendues publiques par le chercheur, l'établissement ou l'organisme de recherche, leur réutilisation est libre. »

<figure><img src="image_60.png" /></figure>

Principes directeurs pour gérer les données de recherche et les codes sources, visant les rendre :

- FACILES à trouver

- ACCESSIBLES

- INTEROPÉRABLES

- RÉUTILISABLES

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<figure><img src="image_62.png" /></figure>

# CONSTAT : les EXIGENCES des FINANCEURS (concernant l'ouverture des données)

horizon
europe

Le programme européen
pour la recherche
et l'innovation

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## OBLIGATOIRE :

Gestion des données conforme aux principes FAIR

### Ouverture des données :

* dépôt dans un entrepôt de confiance

* attribution de licences

CC-BY et CC-BY NC/ND

Mise à disposition des métadonnées / informations nécessaires pour pouvoir utiliser les données et valider les résultats

anr®

<figure><img src="image_64.png" /></figure>

## OBLIGATOIRE :

Gestion des données conforme aux principes FAIR

<figure><img src="image_65.png" /></figure>

## RECOMMANDÉ :

Ouverture des données

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RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fédéralisme

ADEME

<figure><img src="image_67.png" /></figure>

AGENCE DE LA
TRANSITION
ECOLOGIQUE

anr

agence nationale
de la recherche

anrs

MALADIES INFECTIEUSES EMERGENTES Inserm

<figure><img src="image_68.png" /></figure>

anses

<figure><img src="image_69.png" /></figure>

INSTITUT
NATIONAL
DU CANCER

## SCIENCE OUVERTE : **feuille de route COMMUNE** au réseau des AGENCES de FINANCEMENT françaises
<figure><img src="image_70.png" /></figure>

# CONSTAT : les BESOINS sur le TERRAIN

<figure><img src="image_71.png" /></figure>

**2013**
Lancement du projet
dat@OSU

<figure><img src="image_72.png" /></figure>

<figure><img src="image_73.png" /></figure>

**2016**
Lancement du portail
de métadonnées
dat@OSU

<figure><img src="image_74.png" /></figure>

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**2019**
Passage du projet à
l'échelle UBFC –
dat@UBFC

<figure><img src="image_76.png" /></figure>

Sur le terrain, la majorité des chercheurs/euses souhaitant ouvrir leurs données de recherche, ne disposent pas de solutions techniques.

<figure><img src="image_77.png" /></figure>

La description des données reste possible
mais **quelle solution pour les mettre à disposition ?**
<figure><img src="image_78.png" /></figure>

# SOLUTIONS : les RECOMMANDATIONS sur le CHOIX d'un ENTREPÔT

## Entrepôt disciplinaire

<figure><img src="image_79.png" /></figure>

<figure><img src="image_80.png" /></figure>

PANGAEA.

<figure><img src="image_81.png" /></figure>

nakala

<figure><img src="image_82.png" /></figure>

DRYAD

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<figure><img src="image_84.png" /></figure>

<figure><img src="image_85.png" /></figure>

DATA::
TERRA

## Entrepôt institutionnel

<figure><img src="image_86.png" /></figure>

<figure><img src="image_87.png" /></figure>

Software Heritage

<figure><img src="image_88.png" /></figure>

Data INRAO

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SEANCE

<figure><img src="image_90.png" /></figure>

## Recommandations financeur

<figure><img src="image_91.png" /></figure>

Ex : attentes de l'Europe → Les données doivent être déposées un **entrepôt de confiance** et un **identifiant persistant unique** (tel qu'un DOI) doit leur être attribué.

## Recommandations partenaire

<figure><img src="image_92.png" /></figure>

Ex : dans le cadre d'un projet avec un partenaire privé, consulter l'accord de consortium pour savoir si un entrepôt en particulier est recommandé.

## Recherche Data Gouv

Si aucun entrepôt disciplinaire ou institutionnel ne convient, **Recherche Data Gouv** permet de déposer vos données de manière **fiable et pérenne**.

<figure><img src="image_93.png" /></figure>

Où déposer vos données ?
(DoRANnum)
Entrepôt/Stockage
.dat@UBFC)

<figure><img src="image_94.png" /></figure>

Vous n'avez pas trouvé d'entrepôt ? Recherchez dans un **annuaire d'entrepôts** :

CAT
OPIDOR

<figure><img src="image_95.png" /></figure>

<figure><img src="image_96.png" /></figure>

DataCite

Commons

re3data.org
REGISTRY OF RESEARCH DATA REPOSITORIES
<figure><img src="image_97.png" /></figure>

# SOLUTIONS : DAT@UBFC le PORTAIL dédié en BOURGOGNE-FRANCHE-COMTÉ

## OBJECTIFS PRINCIPAUX :

<figure><img src="image_98.png" /></figure>

- Décrire finement, exposer et mettre à disposition les jeux de données produits par la recherche dans les établissements de BFC

<figure><img src="image_99.png" /></figure>

- Permettre la recherche et la consultation de fiches de métadonnées et donc la réutilisation et la citation de jeux de données → **doi**

## ENJEUX :

<figure><img src="image_100.png" /></figure>

- Participer à la visibilité de la recherche en BFC

<figure><img src="image_101.png" /></figure>

- Respecter les exigences des financeurs de la recherche publique en termes de Science ouverte, y compris pour les jeux de données qui ne peuvent pas être ouverts

<figure><img src="image_102.png" /></figure>

- Encourager la documentation des données et le respect des principes FAIR :

- Respect des standards **Dublin Core** et **Data Cite**

- Attribution de **DOI**

- Alignement sur des référentiels reconnus et qui font l'objet de curation

- Saisie normalisée pour les dates, les lieux, les langues

- Homogénéisation de la saisie

https://search-data.ubfc.fr/

<figure><img src="image_103.png" /></figure>

## CONDITIONS D'UTILISATION DU SERVICE :

<figure><img src="image_104.png" /></figure>

- Réservé aux chercheur.se.s de Bourgogne-Franche-Comté ayant préalablement décrit leurs données sur le portail

<figure><img src="image_105.png" /></figure>

- Réservé aux données de recherche :

- Finalisées (≠ service de cloud)

- En accès ouvert (non protégées par un droit spécifique)
<figure><img src="image_106.png" /></figure>

## SOLUTIONS : DAT@UBFC le PORTAIL dédié en BOURGOGNE-FRANCHE-COMTÉ

<figure><img src="image_107.png" /></figure>
<figure><img src="image_108.png" /></figure>

Nouveau service de **MISE A DISPOSITION**
des données sur le **PORTAIL DAT@UBFC**
<figure><img src="image_109.png" /></figure>

MERCI
pour votre écoute !

<figure><img src="image_110.png" /></figure>

Nous CONTACTER

dataubfc-doc@ubfc.fr

<figure><img src="image_111.png" /></figure>

Point d'entrée UNIQUE sur les
DONNÉES de la recherche à UBFC

https://data.ubfc.fr/

<figure><img src="image_112.png" /></figure>

Nous SUIVRE

Atelier de la donnée dat@UBFC

<figure><img src="image_113.png" /></figure>

CATALOGUE des DONNÉES de la
RECHERCHE en Bourgogne
Franche-Comté

https://search-data.ubfc.fr/

<figure><img src="image_114.png" /></figure>

COMPRENDRE les ARCHIVES : vers
de nouvelles interfaces de recherche
reposant sur l'annotation
sémantique des documents
Nicolas Guterhlé

Jeudi 23 mai 2024 -12h30
En visioconférence

<figure><img src="image_115.png" /></figure>

Optimiser la gestion des données
de votre structure avec le DMP
ENTITÉ
Léna Bouillard, Rachel Prost,
Pauline Jobard

Vendredi 24 mai 2024 - 12h30
En visioconférence

<figure><img src="image_116.png" /></figure>

Source des PICTOGRAMMES
utilisés :

https://iconmonstr.com/