Conclusion

Edmond Ricard, Bernadette Urban

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Edmond Ricard, Bernadette Urban. Conclusion. Cahier des Techniques de l'INRA, 2018, pp.183-184.
hal-02618180

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Submitted on 25 May 2020

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Conclusion

Ce numéro spécial du Cahier des Techniques se devait de commencer par mettre en évidence les enjeux du phénotypage animal dans le cadre plus général de l'élevage au niveau national et européen. Nous avons essayé de décrire le rôle et la diversité des principaux intervenants du phénotypage réalisé à l'Inra dans des unités des productions animales. Ce numéro spécial est loin d'être exhaustif et il ne prétend pas présenter tout l'éventail de ce qui se fait en matière de phénotypage animal dans l'Institut ; il nous a bien fallu en limiter le périmètre et la portée en précisant l'étendue des collaborations nécessaires à sa réalisation. Ainsi vous y trouvez principalement des réalisations et des retours d'expériences des équipes de recherche et d'expérimentation des Départements GA (Génétique Animale) et Phase (Physiologie Animale et Systèmes d'Élevage) mais également d'autres Départements comme SA (Santé Animale) ou Sad (Sciences pour l'Action et le Développement) avec qui nous avons collaboré.

Dans le contexte fluctuant des réorganisations et restructurations que chacun vit au quotidien, il nous a aussi paru important de rappeler la volonté des Départements GA et Phase de fédérer et mutualiser leurs ressources et moyens de développement. Nous avons ainsi voulu montrer l'organisation mise en place par les deux Départements et le Cati Sicpa pour répondre aux demandes des utilisateurs, en dressant une sorte de panorama des outils et méthodes mis en œuvre dans les UE/IE (Unités Expérimentales et Installations Expérimentales) et UR (Unités de Recherche).

L'informatique est assurément un maillon essentiel pour réaliser, stocker et restituer des mesures phénotypiques. Mais un nouvel outil informatique de phénotypage ne peut être que l'aboutissement d'une collaboration étroite entre les scientifiques, qui sont à l'initiative des projets, les utilisateurs (UR et UE/IE) et les informaticiens. Nous avons donc tenu à rendre visible l'implication et la complémentarité des différentes composantes qui sont partie prenante du phénotypage animal à l'Inra, à souligner la richesse actuelle du dispositif et l'importance de le conserver pour aboutir à des réalisations spécifiques et novatrices qui répondent aux besoins de l'Institut dans le respect de la règlementation et des normes du bien-être animal.

Pour que les outils proposés soient les plus efficaces possible, il est nécessaire que les informaticiens s'organisent en collectifs au service d'une communauté scientifique : les Catis ont pleinement leur rôle à jouer dans la mise en œuvre des projets de recherches impliquant les UE/IE. L'intensification des collaborations et la coordination de différents types d'équipes informatiques sur certains projets transverses laisse entrevoir des perspectives intéressantes. Aujourd'hui les outils proposés aux UE/IE s'appuient notamment sur des infrastructures réseau dont il faudra absolument garantir l'évolution sur l'ensemble des UE/IE pour éviter les risques de ruptures technologiques inhérentes aux nouveaux modes d'acquisition des données. Le développement du numérique dans les dispositifs expérimentaux n'est toutefois pas qu'une question de technologie, l'usage et l'humain constituent des éléments essentiels à prendre en compte pour que les outils proposés soient pleinement opérationnels et fonctionnels.

La maîtrise des nouvelles technologies apparaît désormais comme une nouvelle compétence du métier d'animalier devenu plus technique ; son activité se trouve par voie de conséquence plus dépendante de la qualité des infrastructures et des dispositifs ; il a de plus un rôle souvent actif dans les développements, mises au point et évolutions des outils. Ces nouveaux savoir-faire demandent une formation et un accompagnement plus complets qu'il ne faut pas sous-estimer.

L'utilisation d'automatismes permet d'améliorer les conditions de travail des animaliers en diminuant la pénibilité du travail, de gagner en performance grâce à l'utilisation de capteurs, de bénéficier d'une restitution rapide d'informations utiles au technicien animalier pour l'aider dans sa prise de décision. Si elle peut induire des
gains de temps lors de certaines activités ou mesures, elle demande aussi plus de vigilance et d'interven-
tions annexes pour garantir la qualité des données et soulève des questions sur l'amélioration des relations
homme/animal ou le respect du bien-être animal. Parmi ces automatismes, on peut distinguer les outils du
commerce qui, même s'ils ne répondent pas entièrement aux besoins des chercheurs, car plus souvent
conçus pour l'élevage que pour l'expérimentation, permettent cependant de bénéficier des compétences et
services des sociétés qui les commercialisent. Les informaticiens de l'Inra peuvent ainsi se consacrer au
développement de dispositifs originaux dont la maîtrise offre l'avantage de répondre parfaitement aux besoins
des utilisateurs, d'avoir un accès total aux données enregistrées et de décider des évolutions possibles de
l'outil. S'il est indéniable que l'arrivée des outils connectés va permettre aux scientifiques de mesurer plus
de phénotypes sur un plus grand nombre d'animaux sans intervention humaine, l'intégration, dans nos SI,
des données issues de tous ces automatismes, de plus en plus nombreux, sera un des défis des années à
venir. Le Cati a déjà entamé une réflexion sur le stockage et la mise à disposition de ces gros volumes de
données mais il devra se donner les moyens de répondre aux besoins émergeant notamment au travers de
collaborations avec d'autres Catis.

Différents articles soulignent le volume grandissant des données collectées et l'implication des informaticiens sur le volet « production de données », mais leur engagement va se poursuivre et devenir plus actif dans les années à venir sur le volet « valorisation des données ». Ils vont devoir aussi s'approprier progressivement la démarche de l'Institut sur l'ouverture et le partage des données, et mettre en œuvre les conditions de cette ouverture au travers des ontologies, de l'exploitation conjointe d'informations issues de sources de données hétérogènes, du référencement des SI et des données, de la gestion des accès avec ses notions de confidentialité et de sécurité.

Cette réflexion va se poursuivre avec les Départements et les autres structures Inra en charge de ces
questions car l'ouverture vers l'extérieur ne doit pas se faire sans concertation des différents acteurs. Il faut
avancer de façon coordonnée, cohérente et raisonnée.

Au final, l'ensemble des articles de ce numéro spécial du Cahier des Techniques reflète l'étendue des inves-
tissements consentis par tous les acteurs du phénotypage animal et leur motivation. Le nombre important
d'auteurs montre leur enthousiasme à partager leur passion des animaux et à échanger leur savoir-faire.
Ce numéro spécial du Cahier des Techniques traduit la logique du dispositif scientifique et expérimental des
Départements GA et Phase dédié au phénotypage animal. Dans son avant-propos, Jean-Louis Peyraud parle
d'un système d'informations et c'est bien l'orientation que l'on souhaite donner aux travaux du Cati Sicpa depuis
sa création : au-delà de la multiplicité des outils, proposer un ensemble cohérent en organisant, facilitant et
fiabilisant la collecte de données depuis des sources de plus en plus variées, leur stockage et leur mise à
disposition pour répondre aux besoins des chercheurs, tout en assurant aussi un retour d'information aisément
utilisable par les personnels en charge de la conduite de l'expérimentation et de la gestion des troupeaux.

Edmond Ricard et Bernadette Urban
co-animateurs du Cati Sicpa