# Plan de Gestion des Données Structure UE1277 PFIE
## Plateforme d'Infectiologie Expérimentale

Olivier Boulesteix, Rodrigo Prado Martins

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Olivier Boulesteix, Rodrigo Prado Martins. Plan de Gestion des Données Structure UE1277 PFIE Plateforme d'Infectiologie Expérimentale. INRAE. 2025. hal-05242352

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# Plan de Gestion des Données Structure

## UE1277 PFIE
Plateforme d'Infectiologie Expérimentale

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Plan de gestion de données créé à l'aide de DMP OPIDOR

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Modèle du PGD : INRAE - Trame Structure

Créateurs : Olivier Boulesteix, Rodrigo Prado-Martins

Affiliation : Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement
# I. INFORMATIONS SUR LA STRUCTURE

## I.1. NOM DE LA STRUCTURE

UE1277 PFIE, Plateforme d'Infectiologie Expérimentale

## I.2. TYPE DE STRUCTURE

ISC (Infrastructure Scientifique Collective)

## I.3. DESCRIPTIF DE LA STRUCTURE

La Plateforme d'infectiologie expérimentale (PFIE) est une infrastructure scientifique collective d'INRAE (Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement) rattachée au département SA (santé animale).

Son cœur de métier est la réalisation *in vivo* d'expérimentation en infectiologie avec des agents pathogènes variés (virus, bactéries, parasites), sur les espèces de laboratoire, de rente ou de la faune sauvage. Ces expérimentations sont réalisées dans le cadre de recherches en infectiologie, immunologie, vaccinologie, microbiologie...

La seconde mission "cœur de métier" de la PFIE est la production d'animaux (souris, volaille et ovins) à statut **sanitaire et génétique** spécifiques, utilisés à des fins scientifiques.

La PFIE constitue un support aux recherches académiques, privés et industrielles.

Elle est membre de l'infrastructure nationale Emerg'In et des réseaux européens ISIDORé et Transvac2.

Toutes les activités de la PFIE sont incluses dans le périmètre de la certification ISO 9001 (norme de Système de Management de la Qualité - SMQ).

## I.4. IDENTIFIANT DE LA STRUCTURE

DOI ISC PFIE : https://doi.org/10.15454/1.5572352821559333E12

DOI IR EMERG'IN : https://doi.org/10.15454/90CK-Y371

## I.5. RESPONSABILITES DANS LA STRUCTURE

Directeur : Rodrigo Prado-Martins - https://orcid.org/0000-0002-8213-4015

Référent Données opérationnel PFIE : Olivier Boulesteix - https://orcid.org/0009-0007-1239-7462

Pilote du processus Expérimentation : Céline Barc - https://orcid.org/0000-0002-5912-4652

Pilote du processus Elevage : Nathalie Kasal-Hoc - https://orcid.org/0000-0002-4872-6578

## I.6. ETABLISSEMENT TUTELLE

INRAE, Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement

## I.7. DEPARTEMENT DE RATTACHEMENT INRAE

Santé Animale (SA)
## I.8. RESEAUX

La PFIE fait partie du réseau **Emerg'In**, Infrastructure nationale de recherche pour la lutte contre les maladies infectieuses animales émergentes ou zoonotiques par l'exploration in vivo, regroupant des plates-formes et des stations expérimentales de toute la France et de différentes tutelles (INRAE, CIRAD, ANSES, CNRS).
Au sein de ce réseau, il existe un groupe de travail **WP8 Système d'information**.

https://www.emergin.fr/emerg-in/groupes-de-travail/gt-8

Son objectif est de développer et d'harmoniser les dispositifs de stockage et de diffusion des données (Principe FAIR et données ouvertes). Il comprend 3 tâches :

- T8.1 : Travailler sur les plans de gestion des données et le stockage des données récoltées lors de l'élevage, des expérimentations et au cours des procédés d'imagerie ;

- T8.2 : Mettre à disposition des données non sensibles et non protégées par les commanditaires (données ouvertes) ;

- T8.3 : Assurer l'harmonisation progressive des dispositifs informatiques ou des logiciels afin de favoriser l'interopérabilité des données au sein des entités d'Emerg'In.

## I.9. FINANCEUR(S) (PERMETTANT L'ACQUISITION DES JEUX DE DONNEES – HORS PROJET)

INRAE, Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement

# II. INFORMATIONS SUR LE PLAN DE GESTION

DOI (version publiée du plan de gestion) : https://doi.org/10.57745/YWMMTQ

## II.1. HISTORIQUE DES VERSIONS

<table><thead><tr><td>Date</td><td>N° de version</td><td>Statut</td><td>Auteur</td><td>Affiliation de l'auteur</td><td>Validé par</td><td>Validé le</td></tr></thead><tbody><tr><td>30/01/2020</td><td>01</td><td>Non validé</td><td>E. Guitton</td><td>INRAE PFIE</td><td></td><td></td></tr><tr><td>10/11/2020</td><td>02</td><td>Non validé</td><td>E. Guitton</td><td>INRAE PFIE</td><td></td><td></td></tr><tr><td>10/02/2021</td><td>03</td><td>Validé</td><td>E. Guitton</td><td>INRAE Dept SA</td><td>S. Abrioux</td><td>10/02/2021</td></tr><tr><td>05/09/2025</td><td>04</td><td>Validé</td><td>O. Boulesteix</td><td>INRAE PFIE</td><td>R. Prado Martins</td><td>05/09/2025</td></tr></tbody></table>

## II.2. PRESENTATION DES DIFFERENTS MODES DE GESTION PROPOSES PAR LA STRUCTURE

* Expérimentation : Expérimentation in vivo (Jeu de données)

* Elevage : Production et entretien d'animaux utilisés à des fins scientifiques (Jeu de données)

## II.3. DROITS D'AUTEUR

Le(s) créateur(s) de ce plan accepte(nt) que tout ou partie du texte de ce plan soit réutilisé et personnalisé si nécessaire pour un autre plan. Vous n'avez pas besoin de citer le(s) créateur(s) en tant que source. L'utilisation de toute partie de texte de ce plan n'implique pas que le(s) créateur(s) soutien(nen)t ou ai(en)t une quelconque relation avec votre projet ou votre soumission.
# III. EXPERIMENTATION : EXPERIMENTATION IN VIVO

## III.1. PRESENTATION GENERALE DES DONNEES

Le plan de gestion s'appuiera sur les informations suivantes pour décrire les flux de données par mode de gestion :

* Flux-00 : Archivage des données papier en boîtes à archives.

* Flux-01 : Insertion dans le NAS des scans des feuilles de terrain.

* Flux-02 : Insertion dans le NAS des données issues des feuilles de terrain à partir d'un poste de travail.

* Flux-03 : Insertion dans le NAS des données saisies sur le terrain sur un poste de travail.

* Flux-04 : Insertion dans le NAS des données issues d'enregistreurs et d'automates de terrain à partir d'un poste de travail.

* Flux-05 : Insertion dans le NAS des données issues d'enregistreurs à partir d'un poste de travail via un serveur web externe.

* Flux-06 : Insertion dans le NAS des données issues des analyses de laboratoire réalisées en interne à partir d'un poste de travail.

* Flux-07 : Insertion dans le NAS des données issues des analyses externalisées à partir d'un poste de travail.

* Flux-08 : Export par la PFIE de fichiers issus du NAS au format demandé par les scientifiques.

### III.1.1 Mode d'obtention des données

* Données générées par la structure

* Données produites par un tiers

### III.1.2 Origine des données

Les données expérimentales produites à la PFIE sont majoritairement des données phénotypiques qui résultent d'expérimentations et principalement d'infections expérimentales in vivo en confinement sur espèces de laboratoire, de rente ou de la faune sauvage.

Les données produites par un tiers (laboratoires d'analyse, clients...) correspondent à des données qui résultent d'expérimentations ou de contrôles sanitaires (analyses bactériologiques, hématologiques, sérologiques, histologiques...).

### III.1.3 Type de données (PFIE et tiers)

* Dataset

* Text

* Image

* Video
### III.1.4 Nature des données (PFIE et tiers)

La nature des données est variable d'un projet à l'autre, d'une espèce à l'autre et d'un agent pathogène à l'autre : données biologiques, zootechniques et environnementales (température, hygrométrie).

* Animaux :

* Espèce

* Lignée / Race

* Statut génétique

* Statut sanitaire

* Stade physiologique

* Identification

* Sexe

* Age, date de naissance

* Agent pathogène :

* Identification

* Souche

* Voie d'inoculation

* Dose, quantité

* Enregistrement, mesure :

* Mortalité

* Poids

* Lésions

* Signes cliniques

* Evaluation du bien-être (grille de scoring)

* Virémie

* Bactériémie

* Analyses hématologiques : formule sanguine

* Analyses biochimiques

* ...

* Environnement :

* Type d'hébergement, mode de fonctionnement

* Niveau de confinement (décontamination)

* Température

* Hygrométrie

* ...

### III.1.5 Format des données (PFIE et tiers)

* Cahier de laboratoire

* Texte (.txt, .doc, .pdf, .pwp)

* Feuille de calcul, analyses statistiques (.csv, .xlsex, .pdf)

* Image (.jpeg, .tiff...)

* Vidéo (.mpeg...)
### III.2. PERIMETRE THEMATIQUE DES DONNEES

* Santé et pathologie humaine

* Santé et pathologie animale

### III.3. DROITS DE PROPRIETE INTELLECTUELLE

Les données expérimentales produites par la PFIE peuvent être issues soit :

* de collaborations de recherche incluant des partenaires publics et/ou privés ;

* de prestations de service pour des commanditaires publics ou privés ;

* de questions de recherche développées en propre par la PFIE.

Les droits sur les données et le matériel sont précisés dans l'accord de consortium ou dans le contrat de prestation de service quand ils existent, en relation avec les services juridiques des partenaires du projet.
En l'absence d'accord de consortium ou de contrat, les données issues de projets financés par des fonds publics, les droits sur les données et autres informations seront régis par la charte de la propriété intellectuelle d'INRAE.

https://label-hr-excellence.hub.inrae.fr/content/download/3554/34068?version=1

### III.4. CONFIDENTIALITE

La confidentialité de ces informations et des données pour les projets en collaboration, prestation sera garantie contractuellement et/ou par la signature d'un accord de confidentialité, encore appelé *non disclosure agreement* (NDA).

#### III.4.1 Identification des jeux de données contenant des données confidentielles

Les formulaires de protocoles expérimentaux contiennent des données permettant d'identifier les élevages fournisseurs d'animaux et leur propriétaire ainsi que les opérateurs.

Les photos et vidéos réalisées en cours de projet peuvent permettre l'identification des opérateurs.

#### III.4.2 Mesures prises et normes auxquelles il est nécessaire de se conformer pour garantir cette confidentialité

Les protocoles expérimentaux et les données opérateurs ne sont pas diffusés en dehors des parties prenantes des projets.

#### III.4.3 Maintien de la confidentialité de données fournies par des personnes lorsque les données seront partagées ou rendues disponibles pour une analyse de second niveau

Les fichiers présentant des données individuelles seront anonymisés (retrait du nom et/ou acronymes des personnes citées, remplacement des numéros d'animaux avec tableau de corrélation). Les images et les vidéos seront réalisées sous contrôle des personnels de la PFIE et visionnées avant partage afin de garantir la confidentialité des intervenants (floutage des personnes et des boucles d'identification des animaux).

### III.5. SENSIBILITE DES DONNEES

Les données produites à la PFIE sont dans leur majorité à diffusion restreinte.

La PFIE héberge deux zones à régime restrictif (ZRR). De ce fait, les données relatives à ces zones sont des données sensibles. Pour les données non concernées par le régime restrictif, en fonction de l'engagement contractuel de production, elles peuvent être publiques, à diffusion limitée ou confidentielles.
### III.5.1 Mesures prises et normes appliquées pour garantir la sécurité des données sensibles et les données à caractère personnel au cours du projet ou dans le cadre d'une réutilisation

La sécurité des données sensibles produites ou collectées par la PFIE est garantie par le suivi de la politique Informatique et Libertés INRAE et les règles d'organisation permettant son application, notamment à travers la mise en place d'un système de management des données à caractère personnel (DCP).

https://www.inrae.fr/sites/default/files/pdf/PolitiqueProtectionDonnees_INRAE-Fr.pdf

## III.6. PARTAGE DES DONNEES

### III.6.1 Obligation de partage ou interdiction / restriction

Le partage des données expérimentales produites est soumis à conditions et évalué au cas par cas en appliquant les principes suivants :

* Lorsque la PFIE est porteuse de projets financés par des fonds publics, les données sont partagées. Pour cela, la PFIE utilise deux plates-formes d'entrepôts :

* Maggot pour référencer les métadonnées expérimentales
    http://138.102.159.126/maggot/

* DataGouv pour référencer les métadonnées mais aussi les jeux de données expérimentales
    https://entrepot.recherche.data.gouv.fr/dataverse/pfie

* Lorsque la PFIE est partenaire d'un projet, il convient, pour le porteur de projet, de réaliser un plan de gestion des données et d'en assurer le partage le cas échéant.

* Lorsque les données sont associées à une prestation de service, le partage des données est assujetti à l'accord de celui-ci et précisé dans le contrat de prestation.

### III.6.2 Réutilisations potentielles de ces données

Les données produites à la PFIE sont des données généralement rares issues de protocoles uniques. Elles peuvent être utiles pour le domaine vétérinaire, en particulier pour la communauté scientifique intéressée par les maladies infectieuses animales, les modèles de caractérisation et la production animale.

### III.6.3 Recours à un logiciel ou un outil spécifique

Les données sont essentiellement des feuilles de calcul (.xlsx, .csv), des fichiers texte (.doc, .txt, .pdf) ou des photographies (.jpeg), voire des vidéos lisibles par les logiciels bureautiques classiques.

### III.6.4 Mode de partage des données

En interne, les données sont partagées sur le NAS de l'unité vdl-pfie.

Pour des demandes externes, les données sont échangées dans la majorité des formats soit par messagerie lorsque le volume le permet, soit via l'outil sécurisé de partage des fichiers FileSender par Renater.

Les données issues de projets dont la PFIE est partenaire seront partagées conformément aux préconisations du plan de gestion de données du projet.

Les données sont partagées avec le(s) :

* Agents INRAE authentifiés ;

* Partenaire(s) identifié(s) ;

* Demandeur(s) authentifié(s).

### III.6.5 Licence

Licence ouverte : https://www.etalab.gouv.fr/licence-ouverte-open-licence (compatible CC-BY).
# III.7. ORGANISATION ET DOCUMENTATION DES DONNEES

## III.7.1 Méthodes et outils utilisés pour acquérir et traiter les données jusqu'à leur mise à disposition, leur archivage ou leur destruction

La collecte des données est assurée par le personnel de la PFIE. La saisie est également de leur ressort.

Les données collectées peuvent être multiples, variables d'un projet à l'autre ou spécifiques d'un modèle expérimental. Il est difficile d'être exhaustif dans leur description. En fonction du projet, de l'espèce animale ou du niveau de confinement, le mode d'acquisition et de traitement d'un même type de données peut être différent.

A titre d'exemple :

**Température corporelle :**

Les données de température sont acquises de façon variable en fonction de l'espèce animale, de l'âge des individus et des dispositifs disponibles.

**Prise de température manuelle :**

La température rectale est mesurée à l'aide de thermomètre digital et notée sur des fiches de suivi clinique avant d'être retranscrite dans un tableur Excel en fin d'étude.

**Capteurs et enregistreurs de température :**

La température peut être mesurée en utilisant des capteurs ingérables ou implantables (Anipill®, Médria®, puce RFID). En fonction des dispositifs, les données peuvent être récupérées en temps réel sur le serveur du fournisseur (Médria®) ou sur un poste de travail en fin d'étude via une application fournie par le fournisseur (Anipill®). Dans tous les cas, des fichiers .csv de données brutes sont générés. Ces fichiers sont traités via des macros pour fournir des données « nettoyées » au commanditaire.

**Signes cliniques :**

Les données de suivi clinique sont enregistrées sur des formulaires papier avant d'être retranscrites dans un tableur en fin d'étude. Lorsque c'est possible (absence de risque biologique) les originaux des fiches de suivi sont transmis au commanditaire avec les fichiers Excel.

## III.7.2 Métadonnées utilisées pour accompagner les jeux de données (standards, vocabulaires, taxonomies...)

Les métadonnées et leur origine peuvent varier d'un projet à l'autre et sont étroitement liées à ceux-ci. La fiche protocole permet de formaliser les métadonnées correspondant aux données définies dans le projet.

<table><thead><tr><td>Métadonnées</td><td>Origine, mode de production des métadonnées</td><td>Standard, Vocabulaires associés</td></tr></thead><tbody><tr><td>Protocole</td><td>Saisie manuelle sur formulaire standard</td><td>Vocabulaire INRAE, Ontologie Bioportal...</td></tr></tbody></table>

Outils pour le vocabulaire :

https://vocabulaires-ouverts.inrae.fr/

https://consultation.vocabulaires-ouverts.inrae.fr/thesaurus-inrae/fr/

Lorsque nécessaire, un fichier « Read-me » peut être associé aux données.
### III.7.3 Organisation et gestion des fichiers de données : contrôle des versions, conventions de nommage des fichiers

Les données expérimentales et métadonnées des projets réalisés à la PFIE sont stockées sur le NAS de l'unité.

* Les fichiers protocoles sont nommés à partir des paraphes des demandeurs (XXX), de l'année de réalisation (AAAA), du N° d'ordre par demandeur (01, 02, 03...), de la version (A, B, C...) et de mots clés ;

Exemple : EG-2021-01-A-PDG PFIE

* Les fichiers de données associés reprennent les informations : paraphe, année, N° d'ordre.

### III.7.4 Procédure de contrôle qualité des données

La traçabilité et la qualité des données mesurées est assurée par le contrôle métrologique des outils de mesure (thermomètre, balance, enregistreur...), réalisé dans le cadre de la certification ISO 9001.
Un groupe de travail « Métrologie » a été formé pour réaliser ces contrôles et l'ensemble des documents explicatifs est référencé et disponible sous l'outil de gestion documentaire qualité **Aqrodoc**.

## III.8. STOCKAGE ET SECURITE DES DONNEES

### III.8.1 Analyse et homologation des systèmes d'informations

Dans le cadre de la Politique de Sécurité des Systèmes d'Information INRAE (PSSI), la PFIE a engagé en 2020 le processus d'**homologation des systèmes d'information**. La PFIE a fait l'objet d'une analyse des risques en partenariat avec l'équipe « Homologation SSI » du service « Stratégie Cybersécurité » (https://cybersecurite.intranet.inrae.fr/) de la Direction d'Appui au Pilotage INRAE (DIAGONAL).

### III.8.2 Flux empruntés par les données et supports utilisés pour les stocker.

La direction des services informatique d'INRAE (DSI) ainsi qu'une équipe d'informaticiens de proximité assurent toute la partie technique de ces supports et flux et la sauvegarde en interne.

**Les supports de données :**

* Papier : Données saisies sur papier ;

* Poste de travail : Ordinateurs de bureau ;

* Capteurs enregistreurs autonomes pour le suivi de différents paramètres (température, hygrométrie...);

* NAS : Espace partagé sur les datacenters administré par la DSI. Disponibilité : 900 Go ;

* Serveur de l'unité : données brutes volumineuses (vidéos, photos, enregistrements sonores...) issues de certains projets expérimentaux. Disponibilité : 48 To.
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RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAO

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EMERG'IN

Les flux de données expérimentales :

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### III.8.3 Mesures de sécurité mises en place lors des étapes de transfert des données

Le transfert des données est établi à l'avance avec le client et il peut se faire en cours de projet et/ou en fin de projet. Souvent trop volumineuses pour être envoyées par messagerie, les données sont transférées le plus souvent via l'outil sécurisé de partage des fichiers FileSender par Renater.

S'il est présent physiquement sur notre site, le client peut également récupérer ses données via un transfert sur un support sécurisé fourni par ses soins.

### III.8.4 Volumétrie actuelle et prévisionnelle

En raison de la nature des études, on s'attend à ce que des ensembles de données principalement de petite taille soient recueillis, à l'exception des photographies, vidéos et des fichiers d'imagerie.

La volumétrie n'est pour le moment pas un problème car il ne s'agit pratiquement que de données textuelles (peu d'images, très peu de vidéos...).

Le volume actuel des données expérimentales stockées représente :

* Environ 400 Go sur le NAS (datacenter) sur les 900 Go disponibles

* Environ 3 To sur le serveur d'unité (données brutes d'un projet expérimental) sur les 48 To disponibles.

### III.8.5 Politique de sécurité de l'unité hébergeant physiquement les données pour son système d'information

INRAE dispose d'un système de management de la sécurité de l'information (SMSI).

https://cybersecurite.intranet.inrae.fr/service-et-document/en-savoir-plus/dans-l-institut/organisation-et-feuille-de-route-ssi/la-feuille-de-route

La sécurité des données est aussi incluse dans la charte des infrastructures de recherche INRAE.

https://www.inrae.fr/sites/default/files/charte.ir.pdf

Tous les agents de l'unité ont été invités à suivre la formation en e-learning « Cybersécurité : sensibilisation et bonnes pratiques ». A ce jour, 56% des agents de la PFIE ont suivi cette formation.

https://elearning.formation-permanente.inrae.fr/course/view.php?id=693

### III.8.6 Sécurité - Confidentialité : Modalités d'échange ou de partage avec des tiers acteurs et détermination des droits d'accès aux données avant leur publication

Seuls les agents de la PFIE et les administrateurs informaticiens INRAE (informaticiens de proximité, SIIRGO et administrateurs du datacenter) ont accès aux données expérimentales stockées sur les datacenter. Chaque utilisateur a son propre login et mot de passe.

Les scientifiques porteurs de projet ont accès aux données sur les entrepôts qu'ils ont la capacité de créer pour leurs projets. Dans le cas contraire, les données leur sont transmises soit par messagerie lorsque le volume le permet, soit via l'outil sécurisé de partage des fichiers FileSender par Renater.

## III.9. ARCHIVAGE ET CONSERVATION DES DONNEES

### III.9.1 Données à conserver sur le moyen ou le long terme / à détruire

Toutes les données expérimentales produites par la PFIE sont uniques et difficilement reproductibles ; de ce fait, toutes les données sont conservées sur le long terme. Ces données sont stockées sur le datacenter Île de France avec un doublon sur le datacenter de Toulouse.

Les données produites dans le cadre de projets ou de collaborations de recherche seront archivées sur les plateformes définies dans le PGD du projet.
### III.9.2 Durée de conservation des données

Les métadonnées sont conservées sans limitation de durée.

Les durées de stockage des données volumineuses sont définies contractuellement.

### III.9.3 Financement des coûts associés à la conservation à long terme

Le financement de la conservation des métadonnées est assuré par la PFIE sur fonds propre.

Le financement de la conservation à long terme sera défini contractuellement.
# IV. ELEVAGE : PRODUCTION ET ENTRETIEN D'ANIMAUX UTILISES A DES FINS SCIENTIFIQUES

## IV.1. PRESENTATION GENERALE DES DONNEES

### IV.1.1 Mode d'obtention des données

* Données générées par la structure

* Données produites par un tiers

Ce mode de gestion décrit les données d'élevage d'animaux (Souris : Specific and Opportunistic Pathogen Free SOPF, Volailles : Exempt d'Organismes Pathogènes Spécifiques EOPS, et ovins) pour la réalisation d'expérimentations. Il inclut des données zootechniques, sanitaires et des paramètres environnementaux.

### IV.1.2 Origine des données

Elevages (souris SOPF, volailles EOPS et ovins)

### IV.1.3 Type de données

* Dataset

* Texte

* Images

### IV.1.4 Nature des données

La nature des données peut être variable d'une espèce à l'autre mais comprennent classiquement :

* Zootechnie :

* Identification

* Lignée, race

* Statut génétique

* Statut sanitaire

* Stade physiologique

* Sexe

* Date de naissance, âge

* Fertilité, fécondité, prolificité

* Alimentation

* ...

* Sanitaire :

* Prophylaxie

* Evènements sanitaires (maladie, blessure...)

* Traitements

* ...

* Environnement :

* Température

* Hygrométrie

* ...
#### IV.1.5 Format des données

* Cahier de laboratoire

* Texte (.txt, .doc, .pdf, .pwp)

* Feuilles de calcul (.csv, .xlsex)

* image (.jpeg, .tiff...)

### IV.2. PERIMETRE THEMATIQUE DES DONNEES

* Elevage d'animaux et produits animaux

### IV.3. DROITS DE PROPRIETE INTELLECTUELLE

Les données d'élevage sont la propriété d'INRAE et seront régis par la charte de la propriété intellectuelle d'INRAE.

https://label-hr-excellence.hub.inrae.fr/content/download/3554/34068?version=1

### IV.4. CONFIDENTIALITE

Seules des données professionnelles non confidentielles sont contenues dans les fichiers de suivi d'élevage.

### IV.5. SENSIBILITE DES DONNEES

Les données d'élevage produites à la PFIE sont dans leur majorité à diffusion restreinte.

#### IV.5.1 Mesures prises et normes appliquées pour garantir la sécurité des données sensibles et les données à caractère personnel au cours du projet ou dans le cadre d'une réutilisation

La sécurité des données sensibles produites ou collectées par la PFIE est garantie par le suivi de la politique Informatique et Libertés INRAE et les règles d'organisation permettant son application, notamment à travers la mise en place d'un système de management des données à caractère personnel (DCP).

### IV.6. PARTAGE DES DONNEES

#### IV.6.1 Obligation de partage ou interdiction / restriction

Les données publiques financées par des fonds publics ont vocation à être partagées.

#### IV.6.2 Réutilisation potentielle de ces données

Les données d'élevage sont fournies à la demande aux expérimentateurs utilisateurs des animaux.

#### IV.6.3 Recours à un logiciel ou un outil spécifique

Une partie des données est sur support physique (fiches d'enregistrement papier). Lorsqu'elles sont numériques, les données sont essentiellement des feuilles de calcul (.xlsex, .csv) des fichiers texte (.doc, .txt) lisibles par les logiciels bureautiques classiques.

Pour l'élevage souris, la majorité des données sont gérées par le logiciel de gestion d'animalerie ENOS et elles peuvent être exportées sous format .csv.

#### IV.6.4 Mode de partage des données

En interne, les données sont partagées sur le NAS de l'unité.

Pour des demandes externes, les données sont fournies dans la majorité des formats, par messagerie.
Les données sont partagées avec le(s) :

* Agents INRAE authentifiés ;

* Partenaire(s) identifié(s) ;

* Demandeur(s) authentifié(s).

#### IV.6.5 Licence

Licence ouverte : https://www.etalab.gouv.fr/licence-ouverte-open-licence (compatible CC-BY).

### IV.7. ORGANISATION ET DOCUMENTATION DES DONNEES

#### IV.7.1 Méthodes et outils utilisés pour acquérir et traiter les données jusqu'à leur mise à disposition, leur archivage ou leur destruction

La collecte des données est assurée par le personnel de la PFIE. La saisie est également de leur ressort.

#### Souris à statut sanitaire SOPF :

Toutes les données zootechniques (reproduction, fertilité, alimentation, mortalité...), d'hébergement, de mouvements sont enregistrées et archivées directement dans le logiciel ENOS https://poweredbyenos.com/fr.

Les données liées aux maladies / anomalies / bien-être sont collectées manuellement sur des formulaires standardisés et archivées physiquement dans les installations.

Les résultats de contrôles sanitaires externalisés sont reçus par mail, intégrés au logiciel ENOS et archivés dans l'espace de la PFIE sur les datacenters.

Les résultats de contrôles sanitaires externalisés sont reçus par mail et archivés dans l'espace de la PFIE sur les datacenters et en version papier dans un classeur dans l'animalerie.

Les entretiens et les interventions dans les zones d'élevages sont enregistrés dans des cahiers de suivi physique. Ces cahiers sont archivés dans les locaux de l'élevage souris.

#### Volailles à statut sanitaire EOPS :

Toutes les données zootechniques (reproduction, ponte, fertilité, alimentation, mortalité...), d'hébergement, de mouvements sont collectées sur des formulaires de saisie papier avant d'être retranscrites dans des formulaires Excel.

Pour chaque lot, il existe également dans la cellule d'hébergement, un cahier retraçant les évènements quotidiens réalisés (insémination, prélèvements des coqs, prises de sang, changement des filtres, lavage du sol...). Ce cahier est sorti de la cellule à la fin du lot et archivé dans un local dédié.

Les résultats des contrôles sanitaires et génétiques sont présentés dans des formulaires Excel standardisés.

Les données numériques sont archivées dans l'espace de la PFIE sur les datacenters.

#### Ovins :

Toutes les données zootechniques (reproduction, fertilité, alimentation, mortalité...), d'hébergement, de mouvements sont collectées manuellement sur des formulaires standardisés et sont soit archivées physiquement dans les installations, soit retranscrites dans des formulaires Excel standardisés.

Les données numériques sont archivées dans l'espace de la PFIE sur les datacenters.
## IV.7.2 Organisation et gestion des fichiers de données : contrôle des versions, conventions de nommage des fichiers

Les données d'élevage souris sont en grande majorité centralisées dans la base de données du logiciel ENOS mais aussi gérées dans l'espace dédié à cette activité du serveur informatique.

Les fichiers de suivi des élevages volailles et ovins sont gérés dans l'espace dédié à cette activité du serveur informatique.

## IV.7.3 Procédure de contrôle qualité des données

L'ensemble des modes opératoires et procédures régissant cette activité est disponible dans la base documentaire Aqrodoc afin de décrire et de préciser les modes d'obtention des données d'élevage.

La qualité des données mesurées est assurée par le contrôle métrologique des outils de mesure (thermomètre, balance, enregistreur...) dans le cadre de la certification ISO 9001.

# IV.8. STOCKAGE ET SECURITE DES DONNEES

## IV.8.1 Flux empruntés par les données et les supports utilisés pour les stocker

La direction des services informatique d'INRAE (DSI) ainsi qu'une équipe d'informaticiens de proximité assurent toute la partie technique de ces supports et flux et la sauvegarde en interne.

### Les supports de données :

- Papier : Données saisies sur papier

- Poste de travail : Ordinateurs de bureau

- Capteurs enregistreurs autonomes de différents paramètres (température, hygrométrie...)

- NAS : Espace partagé sur les datacenters administré par la DSI.
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RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

INRAO

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EMERG'IN

Les flux de données d'élevage :

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### IV.8.2 Volumétrie actuelle et prévisionnelle

La volumétrie n'est pour le moment pas un problème car il ne s'agit pratiquement que de données textuelles (peu d'images, très peu de films...). Le volume actuel des données d'élevage produites chaque année est estimé à moins de 10 Go.

### IV.8.3 Politique de sécurité de l'entité hébergeant physiquement les données pour son système d'information

INRAE dispose d'un système de management de la sécurité de l'information (SMSI).

#### Cybersécurité INRAE - la feuille de route SSI

La sécurité des données est aussi incluse dans la charte des infrastructures de recherche INRAE.

#### Charte des infrastructures de recherche à Inrae

### IV.8.4 Sécurité - Confidentialité : Modalités d'échange ou de partage avec des tiers acteurs et détermination des droits d'accès aux données avant leur publication

Seules les personnes concernées de la PFIE ont accès aux données d'élevage stockées sur les datacenters. Chaque utilisateur a son propre login et mot de passe.

En cas de demande par un tiers, les données sont transmises soit par messagerie lorsque le volume le permet, soit via l'outil sécurisé de partage des fichiers FileSender par Renater.

## IV.9. ARCHIVAGE ET CONSERVATION DES DONNEES

### IV.9.1 Données à conserver sur le moyen ou le long terme / à détruire

Toutes les données d'élevage produites par la PFIE sont conservées sur le long terme. Ces données sont stockées sur le datacenter Île de France avec un doublon sur le datacenter de Toulouse.

### IV.9.2 Durée de conservation des données

Les données sont conservées sans limitation de durée.

### IV.9.3 Financement des coûts associés à la conservation à long terme

Le financement de la conservation des données est assuré par la PFIE sur fonds propre.
V. Table des matières

<table><tr><td>I. Informations sur la structure</td><td>2</td></tr><tr><td>I.1. Nom de la structure</td><td>2</td></tr><tr><td>I.2. Type de structure</td><td>2</td></tr><tr><td>I.3. Descriptif de la structure</td><td>2</td></tr><tr><td>I.4. Identifiant de la structure</td><td>2</td></tr><tr><td>I.5. Responsabilités dans la structure</td><td>2</td></tr><tr><td>I.6. Etablissement tutelle</td><td>2</td></tr><tr><td>I.7. Departement de rattachement INRAE</td><td>2</td></tr><tr><td>I.8. Réseaux</td><td>3</td></tr><tr><td>I.9. Financeur(s) (permettant l'acquisition des jeux de données – hors projet)</td><td>3</td></tr><tr><td>II. Informations sur le plan de gestion</td><td>3</td></tr><tr><td>II.1. Historique des versions</td><td>3</td></tr><tr><td>II.2. Présentation des différents modes de gestion proposés par la structure</td><td>3</td></tr><tr><td>II.3. Droits d'auteur</td><td>3</td></tr><tr><td>III. Expérimentation : Expérimentation in vivo</td><td>4</td></tr><tr><td>III.1. Présentation générale des données</td><td>4</td></tr><tr><td>III.1.1 Mode d'obtention des données</td><td>4</td></tr><tr><td>III.1.2 Origine des données</td><td>4</td></tr><tr><td>III.1.3 Type de données (PFIE et tiers)</td><td>4</td></tr><tr><td>III.1.4 Nature des données (PFIE et tiers)</td><td>5</td></tr><tr><td>III.1.5 Format des données (PFIE et tiers)</td><td>5</td></tr><tr><td>III.2. Périmètre thématique des données</td><td>6</td></tr><tr><td>III.3. Droits de propriété intellectuelle</td><td>6</td></tr><tr><td>III.4. Confidentialité</td><td>6</td></tr><tr><td>III.4.1 Identification des jeux de données contenant des données confidentielles</td><td>6</td></tr><tr><td>III.4.2 Mesures prises et normes auxquelles il est nécessaire de se conformer pour garantir cette confidentialité</td><td>6</td></tr><tr><td>III.4.3 Maintien de la confidentialité de données fournies par des personnes lorsque les données seront partagées ou rendues disponibles pour une analyse de second niveau</td><td>6</td></tr><tr><td>III.5. Sensibilité des données</td><td>6</td></tr><tr><td>III.5.1 Mesures prises et normes appliquées pour garantir la sécurité des données sensibles et les données à caractère personnel au cours du projet ou dans le cadre d'une réutilisation</td><td>7</td></tr><tr><td>III.6. Partage des données</td><td>7</td></tr><tr><td>III.6.1 Obligation de partage ou interdiction / restriction</td><td>7</td></tr><tr><td>III.6.2 Réutilisations potentielles de ces données</td><td>7</td></tr><tr><td>III.6.3 Recours à un logiciel ou un outil spécifique</td><td>7</td></tr><tr><td>III.6.4 Mode de partage des données</td><td>7</td></tr><tr><td>III.6.5 Licence</td><td>7</td></tr><tr><td>III.7. Organisation et documentation des données</td><td>8</td></tr><tr><td>III.7.1 Méthodes et outils utilisés pour acquérir et traiter les données jusqu'à leur mise à disposition, leur archivage ou leur destruction</td><td>8</td></tr><tr><td>III.7.2 Métadonnées utilisées pour accompagner les jeux de données (standards, vocabulaires, taxonomies...)</td><td>8</td></tr></table>
<table><tr><td>III.7.3 Organisation et gestion des fichiers de données : contrôle des versions, conventions de nommage des fichiers</td><td>9</td></tr><tr><td>III.7.4 Procédure de contrôle qualité des données</td><td>9</td></tr><tr><td>III.8. Stockage et sécurité des données</td><td>9</td></tr><tr><td>III.8.1 Analyse et homologation des systèmes d'informations</td><td>9</td></tr><tr><td>III.8.2 Flux empruntés par les données et supports utilisés pour les stocker</td><td>9</td></tr><tr><td>III.8.3 Mesures de sécurité mises en place lors des étapes de transfert des données</td><td>11</td></tr><tr><td>III.8.4 Volumétrie actuelle et prévisionnelle</td><td>11</td></tr><tr><td>III.8.5 Politique de sécurité de l'entité hébergeant physiquement les données pour son système d'information</td><td>11</td></tr><tr><td>III.8.6 Sécurité - Confidentialité : Modalités d'échange ou de partage avec des tiers acteurs et détermination des droits d'accès aux données avant leur publication</td><td>11</td></tr><tr><td>III.9. Archivage et conservation des données</td><td>11</td></tr><tr><td>III.9.1 Données à conserver sur le moyen ou le long terme / à détruire</td><td>11</td></tr><tr><td>III.9.2 Durée de conservation des données</td><td>12</td></tr><tr><td>III.9.3 Financement des coûts associés à la conservation à long terme</td><td>12</td></tr><tr><td>IV. Elevage : Production et entretien d'animaux utilisés à des fins scientifiques</td><td>13</td></tr><tr><td>IV.1. Présentation générale des données</td><td>13</td></tr><tr><td>IV.1.1 Mode d'obtention des données</td><td>13</td></tr><tr><td>IV.1.2 Origine des données</td><td>13</td></tr><tr><td>IV.1.3 Type de données</td><td>13</td></tr><tr><td>IV.1.4 Nature des données</td><td>13</td></tr><tr><td>IV.1.5 Format des données</td><td>14</td></tr><tr><td>IV.2. Périmètre thématique des données</td><td>14</td></tr><tr><td>IV.3. Droits de propriété intellectuelle</td><td>14</td></tr><tr><td>IV.4. Confidentialité</td><td>14</td></tr><tr><td>IV.5. Sensibilité des données</td><td>14</td></tr><tr><td>IV.5.1 Mesures prises et normes appliquées pour garantir la sécurité des données sensibles et les données à caractère personnel au cours du projet ou dans le cadre d'une réutilisation</td><td>14</td></tr><tr><td>IV.6. Partage des données</td><td>14</td></tr><tr><td>IV.6.1 Obligation de partage ou interdiction / restriction</td><td>14</td></tr><tr><td>IV.6.2 Réutilisation potentielle de ces données</td><td>14</td></tr><tr><td>IV.6.3 Recours à un logiciel ou un outil spécifique</td><td>14</td></tr><tr><td>IV.6.4 Mode de partage des données</td><td>14</td></tr><tr><td>IV.6.5 Licence</td><td>15</td></tr><tr><td>IV.7. Organisation et documentation des données</td><td>15</td></tr><tr><td>IV.7.1 Méthodes et outils utilisés pour acquérir et traiter les données jusqu'à leur mise à disposition, leur archivage ou leur destruction</td><td>15</td></tr><tr><td>IV.7.2 Organisation et gestion des fichiers de données : contrôle des versions, conventions de nommage des fichiers</td><td>16</td></tr><tr><td>IV.7.3 Procédure de contrôle qualité des données</td><td>16</td></tr><tr><td>IV.8. Stockage et sécurité des données</td><td>16</td></tr><tr><td>IV.8.1 Flux empruntés par les données et les supports utilisés pour les stocker</td><td>16</td></tr><tr><td>IV.8.2 Volumétrie actuelle et prévisionnelle</td><td>18</td></tr></table>
<table><tr><td>IV.8.3 Politique de sécurité de l'entité hébergeant physiquement les données pour son système d'information</td><td>18</td></tr><tr><td>IV.8.4 Sécurité - Confidentialité : Modalités d'échange ou de partage avec des tiers acteurs et détermination des droits d'accès aux données avant leur publication</td><td>18</td></tr><tr><td>IV.9. Archivage et conservation des données</td><td>18</td></tr><tr><td>IV.9.1 Données à conserver sur le moyen ou le long terme / à détruire</td><td>18</td></tr><tr><td>IV.9.2 Durée de conservation des données</td><td>18</td></tr><tr><td>IV.9.3 Financement des coûts associés à la conservation à long terme</td><td>18</td></tr></table>