# Etude de l'arrivée d'une nouvelle espèce de poisson sur le bassin Adour-Garonne, le spirlin, et de son potentiel impact sur l'Indice Poissons Rivière

Nicolas Quoquillaud

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Nicolas Quoquillaud. Etude de l'arrivée d'une nouvelle espèce de poisson sur le bassin Adour-Garonne, le spirlin, et de son potentiel impact sur l'Indice Poissons Rivière. OFB, Office Français de la Bio-diversité; Paul Sabatier. Université Toulouse III - Paul Sabatier (UPS), Toulouse, FRA. 2022. hal-05354071

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Submitted on 7 Nov 2025

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## Mémoire de stage :

### Etude de l'arrivée d'une nouvelle espèce de poisson sur le bassin Adour-Garonne, le spirlin, et de son potentiel impact sur l'Indice Poissons Rivière

<figure><img src="image_1.png" /><figcaption>Photo : Opération de pêche à l'électricité dans le Tarn (crédit photo : DR Occitanie OFB)</figcaption></figure>

## Stage effectué à la Direction Régionale d'Occitanie (DR) de l'Office Français de la Biodiversité (OFB)

Soutenu le : 12 / 09 / 2022

Par : QUOQUILLAUD Nicolas

Encadré par :

BLANC Laurence : Cheffe du service connaissance de la DR Occitanie de l'OFB

SAINT-OLYMPE Lionel : Ingénieur Connaissance de la DR Occitanie de l'OFB

IRZ Pascal : Ingénieur Connaissance de la DR Bretagne de l'OFB

Enseignant référent :

LE DANTEC Valérie : Professeure à l'Université Toulouse 3
## Remerciements :

Je tiens tout particulièrement à remercier Yvain BENZENET, qui m'a permis de découvrir la structure, et sans lequel je n'aurais pas postulé à ce stage.

J'aimerais aussi remercier mes encadrants de stages Laurence BLANC et Lionel SAINT-OLYMPE, sans qui ce projet n'aurait pas vu le jour. Ils se sont rendus disponibles, m'ont consacré beaucoup de temps pour m'aider et me guider tout au long du stage, ont mis en place des bilans réguliers, où ils ont su être très pédagogues dans certains moments d'égarement et ont su me rassurer.

Mes remerciements particuliers à Pascal IRZ, sans qui je serais encore plongé dans les tréfonds de l'univers du codage et des statistiques. Son aide m'a été des plus précieuses et indispensables. Mes remerciements également à Lisa JACQUIN qui est venue m'apporter de l'aide quand je lui en ai demandé.

Merci à mes deux camarades de bureau Regis GOMES et Julien BARTHES, ainsi qu'à Mélanie TUAL sans qui le stage n'aurait pas eu la même saveur, mais aussi à toute l'équipe de la Direction Régionale Occitanie de l'OFB pour leur accueil chaleureux, leur bonne humeur et tous ces repas partagés ensemble.

Merci à Julien CUCHEROUSSET de l'université Paul Sabatier et Nicolas POULET de l'OFB qui se sont rendus disponibles pour répondre à mes questions, et m'ont permis de me diriger dans la bonne direction pour les analyses.

Sans oublier un remerciement particulier à Louis, Camille, Clara et Mathilde, qui ont toujours étés là pour m'épauler dans des moments où j'en avais besoin, qui m'entourent au quotidien et m'aident à surmonter les obstacles. Ainsi qu'à mes parents sans lesquels je ne serais pas là ou j'en suis aujourd'hui, merci du fond du cœur. Merci à Walid, qui a su me motiver et qui ne m'a pas lâché sur l'écriture du rapport. Mais aussi toutes les personnes que je ne peux pas citer ici, notamment mes camarades de promotion et mes amis qui rythment ma vie de bonne humeur et de joie.
Table des matières

<table><tr><td>1.</td><td>Introduction</td><td>1</td></tr><tr><td>1.1.</td><td>Présentation de l'OFB</td><td>1</td></tr><tr><td>1.2.</td><td>Contexte de l'étude</td><td>2</td></tr><tr><td>1.3.</td><td>Cahier des charges</td><td>2</td></tr><tr><td>1.4.</td><td>Le bassin Adour-Garonne</td><td>2</td></tr><tr><td>1.5.</td><td>Biologie et écologie du spirlin</td><td>3</td></tr><tr><td>2.</td><td>Aspects méthodologiques</td><td>4</td></tr><tr><td>2.1.</td><td>Données mobilisées</td><td>4</td></tr><tr><td>2.1.1.</td><td>Découpage du bassin</td><td>4</td></tr><tr><td>2.1.2.</td><td>Collecte des données Poissons</td><td>4</td></tr><tr><td>2.1.2.1.</td><td>Le réseau d'échantillonnage</td><td>4</td></tr><tr><td>2.1.2.2.</td><td>La pêche électrique</td><td>5</td></tr><tr><td>2.2.</td><td>Méthodes et outils employés</td><td>5</td></tr><tr><td>2.2.1.</td><td>L'Indice Poissons Rivières (IPR)</td><td>5</td></tr><tr><td>2.2.2.</td><td>Principaux indices de diversité</td><td>6</td></tr><tr><td>2.2.3.</td><td>Analyses spatiales</td><td>7</td></tr><tr><td>2.2.4.</td><td>Analyses statistiques</td><td>8</td></tr><tr><td>2.2.5.</td><td>Le modèle AS-ISK</td><td>8</td></tr><tr><td>2.2.6.</td><td>Logiciels utilisés</td><td>9</td></tr><tr><td>3.</td><td>Résultats</td><td>9</td></tr><tr><td>3.1.</td><td>Evolution du spirlin sur le bassin Adour-Garonne</td><td>9</td></tr><tr><td>3.1.1.</td><td>Répartition spatio-temporelle du spirlin</td><td>9</td></tr><tr><td>3.1.1.1.</td><td>Evolution du nombre de stations colonisées</td><td>9</td></tr><tr><td>3.1.1.2.</td><td>Evolution du linéaire colonisé</td><td>9</td></tr><tr><td>3.1.2.</td><td>Evolution des densités et abondances</td><td>11</td></tr><tr><td>3.1.3.</td><td>Evolution des classes de taille du spirlin</td><td>18</td></tr><tr><td>3.1.4.</td><td>Analyse des facteurs limitants à la dispersion</td><td>19</td></tr><tr><td>3.1.4.1.</td><td>Obstacles à l'écoulement</td><td>19</td></tr><tr><td>3.1.4.2.</td><td>Températures</td><td>21</td></tr><tr><td>3.1.5.</td><td>Prédiction de la dispersion du spirlin</td><td>23</td></tr><tr><td>3.1.6.</td><td>Caractère invasif de l'espèce</td><td>25</td></tr><tr><td>3.2.</td><td>Impact sur l'Indice Poissons rivière (IPR)</td><td>25</td></tr><tr><td>3.3.</td><td>Impact sur les peuplements</td><td>26</td></tr><tr><td>4.</td><td>Discussion</td><td>28</td></tr><tr><td>4.1.</td><td>Colonisation du spirlin</td><td>28</td></tr><tr><td>4.2.</td><td>Influence sur la note IPR</td><td>30</td></tr><tr><td>4.3.</td><td>Influence sur les indices de diversité</td><td>30</td></tr><tr><td>5.</td><td>Conclusion et perspectives</td><td>31</td></tr><tr><td>6.</td><td>Bibliographie</td><td>31</td></tr><tr><td>9.</td><td>Annexes</td><td></td></tr></table>
## Table des illustrations :

* **Tableaux**

* **Tableau 1** : Résumé par sous bassin et par couple d'années de l'évolution de la colonisation du spirlin

* **Tableau 2** : Sortie du modèle de l'impact de l'année, de la présence de spirlin sur la note IPR et les métriques qui la composent.

* **Tableau 3** : Tableau de sortie du modèle de l'impact de l'année et de la présence de spirlin sur les principaux indices biologiques.

* **Figures**

* **Figure 1** : Spirlin (*Alburnoides bipunctatus*)

* **Figure 2** : schéma récapitulatif du fonctionnement de la note IPR

* **Figure 3** : Evolution du nombre de stations contenant du spirlin sur le bassin Adour-Garonne

* **Figure 4** : Evolution des effectifs par classes de taille et par année sur la station du Touyre à Lagarde (Ariège)

* **Figure 5** : Evolution des populations de poissons sur la station de l'Ariège à Clermont le fort

* **Cartes**

* **Carte 1** : Linéaire probablement colonisé par le spirlin sur les sous-bassins de la Charente, de la Dordogne et du Lot

* **Carte 2** : Linéaire probablement colonisé par le spirlin sur les sous-bassins de la Garonne, de l'Ariège, du Tarn et de l'Aveyron

* **Carte 3** : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2004-2007.

* **Carte 4** : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2008-2009.

* **Carte 5** : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2010-2011.

* **Carte 6** : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2012-2013.

* **Carte 7** : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2014-2015.

* **Carte 8** : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2016-2017.

* **Carte 9** : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2018-2019.

* **Carte 10** : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2020-2021.

* **Carte 11** : Franchissabilité des obstacles à l'écoulement sur les sous bassins Charente et Dordogne

* **Carte 12** : Franchissabilité des obstacles à l'écoulement sur le sous bassin de la Garonne

* **Carte 13** : Répartition des stations de relevés de températures analysées.

* **Carte 14** : Potentiel de dispersion du spirlin sur les sous bassins de la Charente et de la Dordogne

* **Carte 15** : Potentiel de dispersion du spirlin sur le sous bassin de la Garonne
# 1. Introduction

Sur les cours d'eau, les communautés piscicoles suscitent un fort intérêt. En effet, les populations de poissons occupent toutes les niches écologiques des cours d'eau et la majorité des niveaux de la chaine trophique. Leur durée de vie relativement élevée et leur cycle de vie font d'eux de bons indicateurs de l'état écologique des cours d'eau. Le suivi des communautés piscicoles durant de longues périodes a permis de développer différents outils afin d'évaluer la qualité des cours d'eau.

Dans le cadre de la Directive Cadre sur l'Eau (DCE), l'Union Européenne (UE) a développé des protocoles communs à tous les pays de l'UE afin de permettre une gestion durable de la ressource en eau et des écosystèmes aquatiques. Un des principaux objectifs fixés par l'UE est notamment l'atteinte du bon état chimique et écologique de l'ensemble des eaux de surface et souterraine (Blanc et al. 2016) Afin d'évaluer cet état écologique, différents indices sont calculés, notamment l'Indice Poisson Rivières (IPR).

L'arrivée d'une nouvelle espèce sur un cours d'eau ou sur un bassin hydrographique pourrait alors venir perturber l'état écologique des eaux de surface. Plusieurs voies de dispersion d'une nouvelle espèce sont possibles. Dans un premier temps, une dispersion naturelle, par exemple directement au travers du réseau hydrographique. L'espèce peut aussi se disperser via des couloirs de propagations, créée au travers des infrastructures humaines, comme les canaux. Certaines espèces ont un mode de dispersion grandement favorisé par les flux de transports humains, comme des organismes fixés aux moyens de transports, de la marchandise transférée par des échanges commerciaux, contenant des espèces exotiques. Enfin, les deux derniers moyens d'invasion assez répandus sont la libération intentionnelle par l'homme d'espèces, directement dans le milieu naturel, ou encore la fuite d'animaux captifs (OFB).

Les invasions biologiques sont donc issues d'une introduction volontaire ou non de nouvelles espèces dans le milieu naturel, par le biais de l'homme, dans un milieu ou l'espèce était originellement absente. L'espèce peut alors avoir des effets délétères sur la biodiversité (Conservation Nature) en perturbant les niches écologiques occupées, et modifiant la structure et le fonctionnement des communautés en place. C'est pourquoi il est important de suivre l'arrivée d'une nouvelle espèce sur un bassin hydrographique, au risque de perturber le résultat des différents indices écologiques.

## 1.1. Présentation de l'OFB

L'Office français de la biodiversité (OFB) est depuis le 1er juillet 2020 un établissement public chargé de la protection et la restauration de la biodiversité. Il est placé sous la double-tutelle du ministère de la Transition écologique et de la Cohésion des territoires, et du ministère de l'Agriculture et de la Souveraineté alimentaire. L'établissement s'articule sur trois échelons un niveau national où se définissent et se pilotent la politique et la stratégie de l'OFB (directions et délégations nationales); un niveau régional où s'exercent la coordination et la déclinaison territoriale (Directions Régionales (DR)); et enfin une échelle départementale et/ou localisée, permettant la mise en œuvre opérationnelle et spécifique (Services Départementaux (SD)). Les missions de l'OFB sont diverses :

* Police de l'environnement et police sanitaire de la faune sauvage

* Connaissance des espèces et de leur fonctionnement, Recherche et Expertise sur les espèces, les milieux et leurs usages. C'est dans cet objectif général que se situe le cadre de ce stage.

* Appui à la mise en œuvre des politiques publiques

* Gestion et l'appui aux gestionnaires d'espaces naturels (Natura 2000, Réserves Naturelles Nationales (RNN), Arrêté de Protection de Biotope (APB)...)

* Appui aux acteurs et la mobilisation de la société

Le rôle de l'OFB est essentiel afin de préserver les milieux et les espèces, notamment au niveau de la biodiversité aquatique. Différentes stratégies de gestion des milieux sont mises en place, afin de lutter contre l'érosion de la biodiversité face aux pressions anthropiques comme la destruction et la fragmentation des milieux naturels, la pollution, la surexploitation des ressources, l'introduction d'espèces exotiques envahissantes ou encore le dérèglement climatique. Grâce aux différentes études menées par l'OFB, notamment par le biais des directions et des services « connaissance », des préconisations vont émaner afin de promouvoir les bonnes pratiques de restauration et de gestion des cours d'eau et orienter les politiques publiques.

Chaque année, l'OFB participe au recueil de nombreuses données piscicoles et astacicoles, sur des réseaux de suivis réglementaires et/ou patrimoniaux, ainsi qu'à la réalisation d'études ponctuelles. Ces données récoltées visent plusieurs objectifs, notamment répondre aux exigences de la Directive Cadre sur l'Eau (DCE) ou encore mettre en
évidence des tendances évolutives des peuplements à moyen et long terme, ou évaluer l'efficacité d'opérations de restauration. Ainsi, l'OFB est un acteur majeur dans l'acquisition de connaissances, pour la recherche, la surveillance, la gestion et l'évaluation des différents milieux.

## 1.2. Contexte de l'étude

Le spirlin *Alburnoides bipunctatus* (Bloch, 1782) est une espèce médio-européenne, historiquement présent dans tous les grands bassins hydrographiques français, sauf dans celui d'Adour-Garonne. Seuls quelques individus avaient été capturés ou observés ponctuellement dans ce dernier, notamment sur la rivière Aveyron ou encore la rivière Dordogne, tous deux affluents de la Garonne (Keith et al. 2020). Mais aucune mention de présence de l'espèce n'était encore faite sur la rivière Garonne ou encore sur le bassin de l'Ariège (affluent de la Garonne). Une proximité géographique entre le bassin Adour-Garonne et le bassin Rhône-Méditerranée-Corse (RMC) est cependant notable au niveau du département de l'Aude (pour rappel, le spirlin étant autochtone sur le bassin RMC).

Cependant, à travers les résultats des échantillonnages piscicoles des stations suivies par l'OFB, des captures de cette espèce ont été effectuées ces dernières années sur le bassin Adour-Garonne : depuis 2004, sur le sous-bassin de la Charente, et depuis 2012 sur le sous-bassin de la Garonne. Ces observations laissent supposer une colonisation actuelle du bassin Adour-Garonne par le spirlin, qui reste toutefois à ce jour absent de la frange atlantique.

L'arrivée de cette nouvelle espèce pourrait avoir un impact sur l'ichtyofaune du bassin, en modifiant les communautés ichtyologiques. Plusieurs pistes de réflexions sont alors explorées, afin de voir les potentielles conséquences de ce constat.

La DCE fixe un objectif d'atteinte du bon état écologique des cours d'eau pour 2027 au plus tard. Dans ce contexte, l'OFB participe à l'évaluation de l'état écologique des cours d'eau. Notamment à partir de l'Indice Poisson Rivière (IPR) qui permet de mesurer l'écart entre la composition d'un peuplement attendu en situation de référence donc en conditions peu anthropisées, avec le peuplement réellement observé sur une station donnée. L'arrivée du spirlin sur le bassin Adour-Garonne vient donc poser la problématique de la prise en compte nouvelle de cette espèce dans le calcul de l'IPR avec un impact possible sur les résultats de l'indice et donc sur l'évaluation de l'état écologique des cours d'eau.

## 1.3. Cahier des charges

Au début de cette étude, et après une analyse de la bibliographie existante, une première analyse spatio-temporelle de répartition du spirlin sur le bassin Adour - Garonne a permis de dresser un état de la situation. L'hypothèse principale posée était que le spirlin aurait un impact sur la note IPR, notamment en impactant les résultats des différentes métriques qui la compose. Cependant, une fois le jeu de données constitué, d'autres hypothèses ont été posées, notamment sur le fait que le spirlin vienne perturber la structure même des peuplements. Les différentes questions posées suite à l'arrivée du spirlin sur le bassin Adour-Garonne sont :

* Quelle est l'ampleur de la colonisation du spirlin sur le bassin Adour-Garonne ?

* Deux fronts de colonisations du spirlin ayant été détectés, il est alors intéressant de voir si la dynamique de colonisation du Spirlin sur le bassin Adour-Garonne est la même sur tout le bassin ou pas.

* Quels sont les freins à la dispersion de l'espèce ? Et peut-on prévoir les limites de propagation du spirlin sur le bassin ? Quels sont les facteurs de propagation de l'espèce ?

* L'espèce étant nouvelle sur le bassin Adour-Garonne, elle va alors être traitée dans cette étude comme une espèce exotique. Il est alors légitime de se demander quel est le potentiel invasif de l'espèce ?

* Le spirlin étant une espèce prise en compte dans le calcul de l'Indice Poisson Rivière (IPR), il est nécessaire de voir quel est l'impact de l'arrivée du spirlin sur les résultats IPR, ainsi que sur les scores des différentes métriques qui le constitue ?

* L'arrivée d'une nouvelle espèce peut aussi avoir un impact sur les communautés en place. Il est donc intéressant de voir quel impact cette espèce pourrait avoir sur les communautés en place, notamment à travers l'analyse d'indices de diversités biologiques.

## 1.4. Le bassin Adour - Garonne

Le bassin Adour-Garonne est constitué de 2809 masses d'eau superficielles et 105 masses d'eau souterraines, couvrant une superficie de 117 650km², enclavés entre le massif central, les Pyrénées, la Méditerranée et la façade atlantique. Les principaux cours d'eau prennent leur source dans les massifs montagneux et viennent se jeter sur la façade
atlantique (Blanc *et al.* 2016). Il en résulte alors une grande richesse d'habitats et une diversité importante d'écosystèmes aquatiques.

Depuis plusieurs années, des déficits en eau se font ressentir, notamment sous l'influence du changement climatique. Le déficit est accentué par les pressions de prélèvement, avec 19% des masses d'eau en pression de prélèvement significatif en période d'étiage, ainsi que 11% des masses d'eau souterraines libres et 22% des nappes profondes considérées en état quantitatif médiocre (SDAGE 2022-2027). De plus, de nombreuses pressions physiques sont ajoutées au réseau hydrographique, telles que par exemple l'endigement contre les crues, les barrages hydroélectriques, les gravières. 38% des masses d'eau subissent une altération morphologique élevée (SDAGE 2022-2027). Ces pressions vont altérer les équilibres écologiques.

L'eau du bassin Adour Garonne est utilisée afin de soutenir l'industrie hydroélectrique, avec une production représentant 20% de la production hydroélectrique nationale. L'aquaculture d'eau douce est aussi très importante sur le secteur, représentant 40% de la production nationale (Blanc *et al.* 2016).

## 1.5. Biologie et écologie du spirlin

Le spirlin est un actinoptérygien appartenant à la famille des Leuciscidae. Sa taille peut atteindre 30cm, ses nageoires sont dépourvues de rayons épineux, ses écailles sont cycloïdes et minces. Ce sont des poissons grégaires, il n'est pas rare de les retrouver en banc plurispécifiques. L'espèce a une croissance assez lente, et une relativement grande longévité pouvant aller jusqu'à 5 ans. Des croisements entre espèces sont possibles et ont déjà été observés (Keith *et al.* 2020). Le spirlin est caractérisé par une bouche terminale et une tête fine, avec une nageoire anal ayant entre 14 et 15 rayons ramifiés, un corps assez haut et élancé, variant entre 10 et 12cm. La base des nageoires est orangée et une grande bande sombre le long du flanc. Le dos et la partie supérieure de la tête peuvent aller jusqu'au brun verdâtre métallique (Keith *et al.* 2020).

Son alimentation est principalement composée d'invertébrés apportés par le courant et parfois d'algues (Herold *et al.* 2019). Le spirlin est une espèce zoophage, ayant une alimentation principalement constituée de plancton et d'organismes benthiques (Treer *et al.* 2006).

<figure><img src="image_2.png" /><figcaption>**Figure 1 :** spirlin (*Alburnoides bipunctatus*), (crédit photo : DR Occitanie OFB)</figcaption></figure>

Sa période de reproduction est répartie d'avril (eau à 12°C) à juin (eau à 18°C) (Tissot *et al.* 2010). Les zones de reproduction du spirlin sont principalement des zones de radiers, composées de galets, avec un courant assez fort, allant jusqu'à 40cm/s. Chaque ponte est constituée de 100 à 200 ovules, relativement gros, pouvant faire jusqu'à 2,1mm. La fécondité totale du spirlin est composée de 1000 à 3000 ovules (Keith *et al.* 2020). Il a été montré que la taille des œufs varie en fonction de la longueur des femelles (Marszał *et al.* 2015).

Le spirlin étant un petit cyprinidé, la plage de températures optimales pour cette espèce est comprise entre 8 et 27°C. L'espèce supporte de fortes variations de température, on dit qu'elle est **Eurytherme**. Néanmoins, durant les stades juvéniles, les variations de température constituent un risque important de mortalité, ce qui est en partie dû à la disponibilité en oxygène dissous dans l'eau. Plus la température est élevée, mois l'oxygène est disponible (Tissot *et al.* 2010).

Le spirlin est un poisson rhéophile qui vit principalement au niveau de la zone à barbeau (Huet, 1949). Il va fréquenter préférentiellement le chenal principal ou les chenaux tressés à caractère lotique. Il est possible de le retrouver
sur des radiers, ou des eaux plus profondes, allant jusqu'à certains grands lacs alpins. Il apprécie les eaux courantes très oxygénées, en particulier durant les périodes de reproduction (Marszał *et al.* 2015).

On peut le retrouver en basse altitude comme dans des zones de plaines, mais aussi en moyenne montagne (Ruchin *et al.* 2007). Le spirlin affectionne des eaux de bonne qualité et est très sensible aux aménagements abusifs entrainant une dégradation de son habitat (Treer *et al.* 2006). C'est une espèce originaire de tous les bassins français, excepté celui de la Garonne. Elle est toutefois absente de la majorité des fleuves côtiers, excepté en Bretagne (où elle a été introduite), en Provence et sur la côte languedocienne (Keith *et al.* 2020).

Le spirlin est souvent accompagné d'autres espèces dans son habitat principal. Il peut vivre en bancs plurispécifiques et côtoie chevaines, ombres, hotus, vandoises, goujons, blageons, barbeaux et vairons, sans compétition importante démontrée entre ces espèces (Keith *et al.* 2020). Les principaux prédateurs du spirlin sont les carnassiers rhéophiles d'eau douce (truite, chevaine, perche et sandre).

## 2. Aspect méthodologique

### 2.1. Données mobilisées

#### 2.1.1. Découpage du bassin

Le bassin Adour-Garonne est constitué de 120000 km de cours d'eau, ce qui représente une densité de cours d'eau proche de 1km par km² de surface (Blanc *et al.* 2016). Le bassin est doté d'une grande hétérogénéité de cours d'eau avec des conditions climatiques et hydrologiques très différentes sur le territoire. Le bassin Adour-Garonne peut être divisé en 7 grands sous-bassins : le sous-bassin littoral (constituant le sous-bassin de la côte atlantique), le sous-bassin de l'Adour, celui de la Garonne, celui de la Dordogne, le sous-bassin de la Charente, celui du Lot et enfin le sous-bassin du Tarn Aveyron.

Un second critère utilisé dans cette étude est la taille du cours d'eau, à travers les rangs de Strahler. Cette classification consiste à donner le rang 1 aux cours d'eau situés en tête de bassin, puis selon un gradient amont-aval, chaque confluence de deux tronçons de même rang augmente le rang résultant d'une unité. Les rangs de Strahler ont étés utilisés ici afin pour la représentation cartographique. Seuls les cours d'eau de rangs 1 à 4 ont étés utilisés.

#### 2.1.2. Collecte des données poissons

Les données utilisées dans cette étude sont issues du réseau d'échantillonnage national mis en place par l'OFB. Les échantillonnages piscicoles sont mis en place dans le cadre de 3 principaux réseaux de suivi. Des protocoles standardisés sont utilisés notamment pour la pêche électrique, pour permettre une uniformité des données recueillies qui sont ensuite saisies sur une base de données interne à l'OFB.

##### 2.1.2.1. Le réseau d'échantillonnage

### Le Réseau Hydrobiologique et Piscicole (RHP) :

Mis en place en 1995, le RHP est un réseau patrimonial qui permet de caractériser les variations interannuelles des peuplements ichthyologiques, de dégager des tendances temporelles, et d'évaluer l'impact des évènements naturels, du changement climatique ou encore des activités humaines. Il est composé de plus de 371 stations sur le bassin Adour-Garonne qui sont suivies annuellement.

### Le réseau de contrôle et de surveillance (RCS) :

Imposé par la DCE, le RCS, dont la 1ère année de mise en œuvre est 2007, repose sur un suivi de sites pérennes, permettant l'évaluation de l'état général des eaux. Sur le bassin Adour-Garonne, il est constitué de 355 stations (1556 au niveau national). Les peuplements de poissons sont échantillonnés tous les deux ans par l'OFB.

### Le Réseau de Référence Pérenne (RRP) :

Autre réseau imposé par la DCE, le RRP, mis en œuvre depuis 2012, est composé de stations dites « de référence », c'est à dire exemptes au maximum d'impacts anthropiques. Son objectif est de suivre l'évolution des conditions de références dans un contexte de changement climatique. Sur le bassin Adour-Garonne, le RRP est composé de 64 stations. Un suivi piscicole annuel est assuré sur 62 d'entre elles par l'OFB. Il est à noter qu'une proportion importante de stations appartiennent à la fois aux 2 réseaux RCS et RHP et une dizaine de stations RRP sont aussi RHP ou RCS.
#### 2.1.2.2. La pêche électrique

La pêche électrique permet de déterminer les caractéristiques du peuplement ichthyologie sur une station représentative d'un tronçon du cours d'eau.

Pour une meilleure efficacité de mise en œuvre, la période d'échantillonnage doit se situer en période de basses eaux, et sur une période où les juvéniles sont identifiables. Il est aussi nécessaire que les températures soient optimales, que la visibilité du cours d'eau soit correcte et que le débit soit stabilisé.

Deux protocoles de pêches électriques peuvent être réalisés dans le cadre de la mise en œuvre des réseaux suivis par l'OFB : la **pêche complète** et la **pêche partielle par point** décrites dans un guide pratique (Belliard et al. 2012).

Les pêches complètes sont réalisées dans les cours d'eau de faible profondeur, prospectable à pied, avec une largeur moyenne en eau inférieure à 9 mètres. Elle consiste à réaliser un inventaire le plus exhaustif possible des communautés piscicoles, à l'aide d'une ou plusieurs électrodes. La prospection se déroule de l'aval vers l'amont. Ces pêches complètes permettent de calculer une densité des différentes espèces (2 passages minimum étant nécessaires pour une estimation statistique). Pour le calcul de l'IPR, seuls les résultats du 1er passage sont utilisés.

Lorsqu'une pêche complète n'est pas réalisable (largeur ou profondeur trop importantes), alors une pêche partielle par point sera réalisée, composée de 75 à 100 points d'échantillonnages régulièrement répartis selon les différents faciès pêchables du cours d'eau. Elles peuvent se réaliser à pied, en bateau ou en mixte. Ces pêches partielles ne permettent pas un calcul de la densité réelle des différentes espèces mais on obtient une bonne représentation de la proportion des différentes espèces qui composent le peuplement en place.

Le relevé sur le terrain ou le calcul a posteriori de certains paramètres abiotiques est indispensable pour pouvoir exploiter et interpréter les résultats ou pour le calcul de l'IPR. On peut citer notamment : le mode et le temps de pêche, la longueur et la largeur prospectée, la profondeur en eau moyenne, le nombre de points d'échantillonnages s'il s'agit d'une pêche partielle, et des variables environnementales comme la surface du bassin versant, l'altitude, la distance à la source, les températures ... (AFNOR 2008).

Lors d'une pêche électrique, différentes mesures sont faites sur les communautés ichthyologiques échantillonnées. Dans un premier temps, chaque espèce va être déterminée, et les individus dénombrés. Ensuite, les individus vont être pesés, mesurés et relâchés. Ils vont être triés par espèce et par classes de tailles pour faciliter les mesures. Lorsque les effectifs sont importants ou les individus trop petits, la mesure et la pesée peuvent être réalisés par lots.

### 2.2. Méthodes et outils employés

Dans un premier temps, une série d'analyses exploratoires a été réalisée à partir des données issues l'Application de Saisie des données Piscicoles et Environnementales (ASPE) de l'OFB. Cela a permis de visualiser les données mises à disposition. A l'aide de scripts préexistants, mis à disposition par Pascal IRZ (Ingénieur connaissance à la direction régionale de l'OFB Bretagne) et réadaptés à la problématique du spirlin. Une cartographie des stations contenant du spirlin a été réalisée, à l'aide du logiciel R-Studio. Des graphiques représentant l'évolution de la note IPR et des différentes métriques sur les stations contenant du spirlin ont été tracés. Cela a permis une première impression visuelle du comportement de la note IPR et des métriques en fonction de la présence ou non du spirlin.

Afin de répondre à la question de l'impact du spirlin sur la note IPR ainsi que sur les indices biologiques, les données ont été mises en forme, puis analysées à partir de modèles statistiques. Pour faciliter les analyses, les modèles statistiques ont étés créés de façon à ce qu'ils puissent être utilisés pour répondre aux deux problématiques, ainsi que mis à disposition pour une réutilisation ultérieure.

#### 2.2.1. L'Indice Poisson Rivière (IPR)

Les notes IPR utilisées ici sont directement extraites de la base ASPE. La note IPR mesure l'écart entre un peuplement théorique et le peuplement observé sur une station (Belliard et al. 2006). Il est calculé à partir d'un échantillon de peuplement de poissons, obtenu par pêche électrique. Seul le premier passage de pêche est pris en compte dans le cas de passages successifs. 34 espèces de poissons sont prises en compte dans le calcul, ce sont des espèces qui ont été choisi de par leurs caractéristiques, mais aussi de par leur répartition sur le territoire. Liste en annexe 1.
<figure><img src="image_3.png" /><figcaption>**Figure 2 :** Schéma récapitulatif du fonctionnement de la note IPR (d'après Blanc et al, 2016)</figcaption></figure>

Afin de calculer la note de l'IPR, la collecte de 9 caractéristiques environnementales liées au cours d'eau va être nécessaire : la surface du cours d'eau échantillonnée, la surface du bassin versant drainé, la distance à la source, la largeur moyenne de la station, la pente du cours d'eau, la profondeur moyenne de la station, l'altitude, la température moyenne de l'air en juillet et en janvier, et enfin l'unité hydrologique du cours d'eau (Belliard *et al.* 2006).

Ces caractéristiques vont permettre de calculer la probabilité théorique de présence des 34 espèces, ainsi que leurs abondances théoriques. A partir de ce peuplement théorique sont calculés les valeurs théoriques des 7 métriques utilisées dans le calcul de la note IPR. A savoir, 3 métriques d'occurrences : Nombre Total d'Espèces (NTE), Nombre d'Espèces Rhéophiles (NER), Nombre d'Espèces Lithophiles (NEL).

Et 4 métriques d'abondances : Densité d'Individus Invertivores (DII), Densité d'Individus Tolérants (DIT), Densité d'Individus Omnivores (DIO) et Densité Totale d'Individus (DTI). A partir des résultats d'échantillonnages de la pêche, vont être calculés les 7 métriques réellement observées, caractérisant le peuplement échantillonné. Puis un calcul des écarts entre les métriques théoriques et réelles va être effectué pour chaque métrique. La somme des écarts calculés donne alors la note IPR. La liste des métriques et leur influence sur la note IPR sont disponibles en annexe 2.

L'IPR constitue un outil global d'évaluation synthétique de l'état écologique du peuplement du cours d'eau (Belliard *et al.* 2006). Cependant il ne remplace pas une étude détaillée des résultats de la pêche. De plus, l'IPR n'est pas applicable dans certains cas très spécifique. Le calcul de l'indice ne prend en compte que les aspects trophiques et les guildes de reproduction, mais ne prend pas en compte les autres caractéristiques biologiques des espèces, il va donc être insensible à une modification de la structure de l'âge des poissons par exemple. Enfin, l'indice ne prend pas en compte toutes les espèces de poissons. Il faut donc faire attention à son interprétation quand une trop grande partie des espèces capturés ne rentrent pas en compte dans le calcul de la note (Blanc *et al.* 2016).

### 2.2.2. Principaux indices de diversité

Une analyse des principaux indices de diversité est effectuée afin de voir le potentiel impact du spirlin sur la structure des communautés. Seuls trois indices les plus couramment utilisés ont été étudiés ici. Ces indices permettent de mettre en évidence la dominance d'une espèce dans une communauté, ou encore la disparition de certaines espèces du cortège.

#### Calcul de l'indice de Shannon

L'indice de Shannon permet d'évaluer la diversité spécifique du peuplement. Si une seule espèce est présente dans le peuplement, alors l'indice de Shannon $H'=0$. Plus il y aura d'espèces présentes dans le milieu, plus l'indice va augmenter, de façon logarithmique. La valeur maximale que peut prendre l'indice est $H'_{max}=log2(S)$, ce qui correspond à une population où tous les individus appartiennent à une espèce différente. L'indice de Shannon se calcule de la manière suivante :

$$H' = \sum_{i=1}^{S} pi * \log 2(pi)$$

Avec :
Pi = abondance de l'espèce i

S = Richesse spécifique

Pour le calcul de l'indice, le package vegan a été utilisé sur R-Studio avec la fonction diversity.

* **Calcul de l'indice de Simpson**

L'indice de Simpson mesure la probabilité que deux individus pris au hasard dans la population appartiennent à la même espèce. La formule utilisée pour le calcul correspond à un tirage avec remise. Cet indice varie entre 0 et 1, avec la valeur 1 qui correspond à un peuplement homogène et 0 qui correspond à un peuplement hétérogène. La formule utilisée est donc la suivante :

$$L = \frac{\sum_{i=1}^{S} ni * (ni - 1)}{N * (N - 1)}$$

Avec :

Ni = nombre d'individus de l'espèce i

N = nombre total d'individus

S = Richesse spécifique

Pour le calcul de l'indice, le package vegan a été utilisé sur R-Studio avec la fonction diversity.

* **Calcul de l'indice de Pielou**

L'indice de Pielou correspond au rapport entre l'indice de Shannon H' et H'max. Soit E=H'/H'max.

De ce fait, cet indice varie entre 0 et 1, avec un indice de Pielou égal à 1 lorsque toutes les espèces sont représentées de façon identique, alors que si l'indice tend vers 0, alors une espèce domine les autres espèces. Lors de l'arrivée d'une espèce au caractère fortement invasif, les valeurs de H' et de E vont avoir tendance à diminuer drastiquement, alors que si la nouvelle espèce ne perturbe pas de manière notable le milieu, les indices vont rester plutôt élevés.

### 2.2.3. Analyses spatiales

Pour la réalisation des analyses spatiales, les données de la base SANDRE (Service d'Administration Nationale des Données et Référentiels sur l'Eau) ont été utilisées. Le but de la base sandre est d'établir et mettre à disposition le référentiel de données sur l'eau du Système d'Information sur l'Eau (SIE). Dans un premier temps, une extraction des données contenues dans la base ASPE de l'OFB a été réalisée, recoupée avec les flux WGS de la base SANDRE, afin de n'avoir que les points appartenant au bassin Adour-Garonne. Cette extraction sous format CSV a permis d'obtenir les informations de base afin de réaliser les cartographies exploratoires. Ensuite, une carte représentant les stations contenant du spirlin a été réalisée, en parallèle d'une carte contenant le réseau d'échantillonnage de l'OFB. Cela a permis de voir quelle était l'étendue de la colonisation du spirlin à travers le maillage de ces réseaux de suivis.

A partir de ces cartes représentant les stations colonisées par le spirlin, une sélection des points par année de première apparition a été réalisée. Cela a alors permis de réaliser les cartes du linéaire colonisé par années. Pour leur réalisation, il a été décidé de faire l'hypothèse que lorsque le spirlin est présent sur deux stations, de proche en proche, alors il est présent sur le linéaire entre ces deux stations. Ensuite, à l'aide du logiciel R-studio ont été calculées les densités et abondances de spirlin, puis extraites au format CSV. Ces données ont comme précédemment été importées sur Q-Gis. Le choix a été fait de réaliser une carte pour deux années consécutives. La représentation des densités et abondances dépendent du type de protocole utilisé (Cf paragraphe 3.1.2). La réalisation de ces cartes a permis de voir l'évolution des proportions de spirlin dans les communautés piscicoles au cours du temps.

Afin de réaliser la carte des obstacles à l'écoulement, une première extraction des données de la base GEOBS Géoréférenceur des Obstacles) de l'OFB disponibles sur le service SANDRE a été réalisé. La base Geobs est une application de saisie et de consultation des Référentiels des Obstacles à l'Écoulement (ROE), mais aussi de l'Information sur la Continuité Ecologique (ICE). Les données ont été importées directement sur Q-Gis en flux WFS, et complétées par les données disponibles directement à l'OFB avec un fichier CSV. A l'aide des protocoles ICE (développé plus loin dans le paragraphe 3.1.4.1.1), une représentation cartographique les obstacles à l'écoulement ainsi que leur franchissabilité a été réalisée. Des cartes de prédiction sur la dispersion du spirlin ont été créés, en prenant en compte les facteurs température, dispersion de l'espèce, obstacles à l'écoulement.
### 2.2.4. Analyses statistiques

Pour les analyses statistiques, les deux ouvrages Poinsot (2004) et Hervé (2014) ont été utilisés.

Afin de voir l'impact de l'arrivée du spirlin sur le bassin Adour- Garonne sur les différents indices, plusieurs étapes ont été nécessaires. Dans un premier temps, une sélection et mise en forme des données extraites de la base ASPE ont été effectuées. Ce premier script est disponible sur ce lien : https://rpubs.com/kamoke/903189. Ce travail a permis d'extraire les données appartenant au réseau d'échantillonnage de l'OFB sur la période 1973 – 2021, avec 9009 opérations de pêches retenues entre ces dates, sur 2946 points de prélèvements sur la période.

Dans un second temps, une régression linéaire multiple a été réalisée afin d'analyser l'impact du spirlin sur la note IPR et ses métriques (TREDENNICK et al. 2021). Pour cela, seules les stations où le spirlin est présent au moins 1 an sur toute la période de relevés (de 2004 à 2021) ont été sélectionnées. Les effectifs de spirlin sont codés en présence / absence. Un passage au logarithme permet de transformer les données afin de les rapprocher de la loi normale. Le modèle de régression linéaire multiple créé considère le facteur « année » en plus de celui « présence de spirlin » pour étudier l'impact sur la note IPR et ses métriques. Cette première analyse ainsi que les scripts utilisés sont disponibles à l'adresse suivante : https://rpubs.com/kamoke/903197.

Pour les analyses de l'impact de l'arrivée du spirlin sur les indices de diversité, un regroupement préalable de certaines espèces ou sous-espèces (carassins, brèmes, vairons, goujons, carpes, vandoises, gambusies et black-Bass) a été effectué, avec la création d'un package. Il s'agit d'espèces pour lesquelles il peut y avoir des erreurs de détermination ou pour lesquelles une détermination au genre a été effectuée. De plus, les écrevisses n'étant pas prises en compte dans le calcul de la note IPR, le choix a été fait de les enlever de l'analyse et de ne se focaliser que sur les poissons. Les différents indices biologiques exposés dans la partie 2.3.2 ont étés calculés à partir d'un package. Puis ces indices ont été transformés à l'aide d'une fonction logarithmique comme précédemment. Le spirlin est là encore codé en présence / absence. Une régression linéaire multiple a été utilisée afin de voir l'impact du spirlin ainsi que de l'année, indépendamment sur ces différents indices.

### 2.2.5. Le modèle AS-ISK

Afin de prédire le potentiel invasif du spirlin, le modèle Aquatic Species Invasiveness Screening Kit (AS-ISK) a été utilisé. Le protocole AS-ISK est basé sur la création de deux modèles, le modèle FISK v1 et Fisk v2 (Cefas, 2022). Ces deux modèles ont eux-mêmes été créés à partir d'un autre modèle qui évalue le potentiel invasif des espèces utilisées en aquaculture (Copp et al. 2009). C'est un modèle qui a été appliqué dans 45 pays dont la France (Vilizzi et al 2019). Suite à plusieurs études, Il a été démontré que FISK permet de faire une distinction fiable entre les espèces potentiellement invasives et non invasives (Copp et al. 2009).

Ce modèle est basé sur une série de 52 questions, orientées selon 3 axes permettant de voir le potentiel impact de l'arrivée d'une nouvelle espèce dans le milieu. Le 1er axe se rapporte à la biogéographie et l'histoire de l'espèce, notamment avec la domestication de l'espèce, le climat et les risques d'introduction et son caractère invasif dans une autre région. Le second axe de questionnement repose sur la biologie et l'écologie de l'espèce, avec un questionnement sur les traits particuliers et indésirables de l'espèce, sur l'exploitation des ressources du milieu, sur sa reproduction, sur les mécanismes de dispersion, et la tolérance de l'espèce. Enfin, le 3ème axe concerne la réponse de l'espèce aux changements climatiques (Cefas, 2022).

Pour chacune des 52 questions, un choix de réponses est à faire parmi une liste de réponses préexistantes, à compléter avec un seuil de confiance et des justifications bibliographiques. A la fin du questionnaire, un score BRA (Basic Risk Assessment) est attribué à l'espèce, ainsi qu'une note CCA (Climate Change Assessment) correspondant respectivement au potentiel invasif de l'espèce et au potentiel impact du dérèglement climatique sur le caractère invasif de l'espèce. Le score BRA donné par le modèle varie de 20 à 68, et le score combiné BRA + CCA varie de 32 à 80 (Interesova et al. 2020).

Plusieurs études ont démontré que le modèle AS-ISK est en mesure de distinguer de façon fiable les poissons d'eau douce non invasifs (risque faible à moyen) et invasifs (risque élevé) (Copp et al. 2009). Les espèces ayant un score de BRA à l'intérieur de l'intervalle [1, 27.5[ sont classées comme posant un risque moyen de devenir envahissantes. Celles ayant un score dans l'intervalle ]27.5, 68] sont classées comme posant un risque élevé. Le seuil du score BRA + CCA permet de distinguer les espèces à risque moyen d'invasion (intervalle de score [1,0 ; 34,75[) et les espèces à risque élevé (intervalle de score ]34,75 ; 80]). A l'inverse, les espèces classées comme étant à faible risque sont celles dont les scores BRA se situent dans l'intervalle [1 ;20[ et avec une note BRA + CCA dans l'intervalle [1 ;32[ (Interesova et al. 2020).
### 2.2.6. Logiciels utilisés

Les prétraitements des données, les analyses et les graphiques ont été réalisées à l'aide du **logiciel R** ( Ihaka & Gentleman 1996) dans l'environnement de développement **RStudio** (RStudio Team, 2022). Dans un premier temps, une importation des données de la base ASPE a été réalisée, puis les coordonnées GPS des points a été recoupés à l'aide des flux WGS du service SANDRE, afin de ne garder que les points appartenant au bassin Adour-Garonne, à l'aide des packages tod et aspe. Puis une sélection des variables d'intérêt et agrégation des lots a été effectuée pour obtenir les effectifs par espèce pour chaque opération. Les données ont ensuite été rassemblées à l'opération.

Le code R a été déposé sur **Github**, avec un dépôt dédié à un package R développé pour réaliser nos analyses (https://github.com/NicolasQuoquillaud/AspeEEE) et un autre pour les analyses elles-mêmes (https://github.com/NicolasQuoquillaud/Spirlin-Adour-Garonne). GitHub est un service web collaboratif d'hébergement et de gestion de développement de logiciels. La synchronisation d'un dépôt avec des utilisateurs de R-Studio permet de travailler à plusieurs sur les mêmes fichiers. De plus les scripts ont été chargés sur un **R-pubs** afin de pouvoir les partager plus aisément, et de pouvoir les utiliser à nouveau lors de prochaines analyses. Une première étape de prétraitement (https://rpubs.com/kamoke/903189) suivie d'une étape de modélisation (https://rpubs.com/kamoke/903197)

Pour effectuer le traitement des données, différents logiciels ont été utilisés. Dans un premier temps, il a fallu récupérer les données sur la base **ASPE**. Pour ce faire, une extraction des données brutes était disponible sur les serveurs de l'OFB. Cette base de données est interne à l'OFB, elle n'est donc pas accessible sans les codes d'accès utilisateur. Les données brutes ont été ouvertes à l'aide du logiciel R-Studio. Depuis ce logiciel, afin d'effectuer un tri des données sur la zone d'étude, il a fallu récupérer des données géographiques (WFS) sur la base Sandre. Ceux-ci, grâce notamment à des coordonnées GPS ont permis de sélectionner les données appartenant au bassin Adour - Garonne.

Pour la partie cartographie, le logiciel **Q-Gis 3.16** a été utilisé. Les données ont été importées depuis la base ASPE, le logiciel R-Studio ou encore les flux WFS du service Sandre.

## 3. Résultats

### 3.1. Evolution du spirlin sur le bassin Adour-Garonne

#### 3.1.1. Répartition spatio-temporelle du spirlin

##### 3.1.1.1. Evolution du nombre de stations colonisées

<figure><img src="image_4.png" /><figcaption>**Figure 3** : Evolution du nombre de stations contenant du spirlin sur le bassin Adour - Garonne.</figcaption></figure>

La figure 3, représentant le nombre de stations contenant du spirlin sur le bassin Adour-Garonne, montre une première apparition ponctuelle du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pendant les années 1987 et 1992. Cependant, cette observation ne s'est faite que sur une seule station, et le spirlin ne semble ne pas s'être établi à ce moment là.

Ce n'est qu'en 2004 que le spirlin apparaît à nouveau sur le bassin Adour Garonne sur 3 stations. Puis, les effectifs fluctuent entre les années avec même aucune capture en 2008. Le spirlin réapparait ensuite progressivement dès l'année suivante en colonisant de plus en plus de stations. Une augmentation progressive mais rapide des stations contenant du spirlin est alors observable sur le bassin, avec plus de 21 stations colonisées en 2021.

##### 3.1.1.2. Evolution du linéaire colonisé

Sur les cartes 1 et 2 est représenté le linéaire de cours d'eau probablement colonisé par le spirlin en distinguant respectivement pour plus de visibilité les sous-bassin Charente-Dordogne et Garonne. Afin de tracer ce linéaire l'hypothèse a été faite que lorsque deux stations sont colonisées de proche en proche, sur le même afluent, alors le spirlin
est présent sur tout le linéaire entre ces deux stations. Un graphique représentant le cumul du linéaire probable de colonisation est inclus sur ces cartes.

## Sous bassin de la Charente et de la Dordogne
### Linéaire probablement colonisé par le spirlin par couple d'années

<figure><img src="image_5.png" /><figcaption>**Carte 1 :** Linéaire probablement colonisé par le spirlin sur les sous-bassins de la Charente et de la Dordogne</figcaption></figure>

## Sous bassin de la Garonne
### Linéaire probablement colonisé par le spirlin par couple d'années

<figure><img src="image_6.png" /><figcaption>**Carte 2 :** Linéaire probablement colonisé par le spirlin sur les sous-bassins de la Garonne</figcaption></figure>
La carte 1 montre une colonisation du sous-bassin de la Charente d'abord de manière très localisée. En effet, le spirlin est arrivé dès 2004, mais ce n'est qu'en 2008 qu'une réelle colonisation de l'espèce commence. Sur le sous-bassin de la Charente, l'espèce reste très localisée et se cantonne à seulement une station sur la rivière Charente. En revanche sur le sous-bassin de la Dordogne celle-ci colonise rapidement le linéaire. Au total, ce sont 242,21 km potentiels de cours d'eau qui ont étés colonisés en 18 ans sur les sous-bassins de la Charente et de la Dordogne.

La carte 2 montre que sur la partie sud-est du bassin Adour-Garonne, et en particulier sur le sous-bassin de la Garonne, la dynamique de la population assez différente. En effet, le spirlin n'est arrivé qu'en 2012 sur ce sous-bassin. Puis l'espèce a colonié rapidement l'axe Ariège - Garonne, avec un linaire colonisé égal à 302,31 km en seulement 10 ans.

Les vitesses de colonisation entre les deux parties Nord et Sud du bassin sont clairement différentes : Respectivement 21,24 km par an pour la moitié Nord du bassin à partir de 2008, et 30,23 km par an pour la moitié Sud à partir de 2012. Sur l'ensemble du bassin, la dispersion du spirlin se fait selon une dynamique amont-aval.

### En résumé :

Le linéaire de cours d'eau colonisé par le spirlin ne cesse d'augmenter, avec une dynamique de plus en plus rapide. La dispersion de l'espèce se fait plus rapidement sur le sous bassin de la Garonne, comparativement au sous-bassin Charente-Dordogne, où il trouve probablement des conditions plus favorables à son expansion, ce que nous analyserons au paragraphe 3.1.4.

### 3.1.2. Evolution des densités et abondances

Dans cette partie, les cartes 3 à 10 représentent les estimations de densités et d'abondances du spirlin, par période de 2 ans, depuis 2004. Ces cartes ont pour but d'illustrer l'expansion spatiale du spirlin sur le bassin Adour - Garonne, mais aussi l'évolution de population au sein d'une même station. Elles mettent en avant de fortes fluctuations des densités ou abondances au cours du temps. Avant 2004, aucun spirlin n'a été capturé sur le bassin Adour-Garonne, sauf une apparition sporadique de l'espèce dans les années 90, qui peut être due à une erreur d'identification ou alors à une apparition ponctuelle suivie d'une disparition (faute d'avoir trouvé de conditions favorables pour s'établir durablement).

Pour réaliser ces cartes, les 2 types de pêches (complètes et partielles) ont été distingués. En effet, les résultats des pêches complètes permettent de représenter des densités calculées statistiquement alors qu'avec ceux des pêches partielles par points il est préférable de s'intéresser à la proportion de spirlin au sein du peuplement échantillonné (car dans ce cas la surface d'échantillonnage retenue est la somme théorique des surfaces échantillonnées sur l'ensemble des points- grandeur restant approximative). Afin de mieux se repérer dans la description des cartes, une description du nord vers le sud du bassin sera effectuée, de même qu'une description amont - aval pour les différents cours d'eau. Une carte représentant la localisation des différents sous bassins est disponible en annexe 9.
Bassin Adour - Garonne

Répartition du spirlin de 2004 à 2007

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

Carte 3 : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2004-2007.

Carte 3 : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2004-2007.

Bassin Adour - Garonne

Répartition du spirlin en 2008 - 2009

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

Carte 4 : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2008-2009.

Carte 4 : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2008-2009.
Sur la carte 3 représentant la répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne, entre les années 2004 et 2007, il a été choisi de ne faire apparaitre que la présence/absence du spirlin (sans notion d'abondance ou de densité). En effet, le RCS n'a été mis en place qu'à partir de 2007, avec la mise en place de protocoles standardisés. De plus, en 2007, les densités et proportions de spirlin étaient trop faibles (de l'ordre de 3 individus pour 1000m²) pour être représentées ici.

Le spirlin est apparu sur le sous bassin de la Charente en 2004, puis celui de la Dordogne en 2005. Cependant, les méthodes d'échantillonnage utilisées à ces périodes étaient des échantillonnages « par ambiances », c'est-à-dire que l'effort d'échantillonnage était alors porté sur des habitats ciblés (donnant des résultats difficilement comparables avec ceux obtenus en appliquant les protocoles actuels). Durant les années 2006-2007, le spirlin est toujours présent sur les sous bassins de la Charente et de la Dordogne, il a de plus colonisé une seconde station sur le sous bassin de la Dordogne.

Sur la carte 4, une première représentation des densités et des abondances du spirlin peut être effectuée pour les années 2008 – 2009. Les populations de spirlin restent très localisées aux sous bassins de la Charente et de la Dordogne. Sur le sous bassin de la Charente, il est notable que c'est sur la première station où le spirlin est arrivé (dès 2004) que sa proportion est la plus élevée (le spirlin représentant 20,18% du nombre total d'individus capturés à cette occasion). Le spirlin apparaît également sur une autre station du sous-bassin de la Charente mais en plus faible proportion (4,31% des individus captures). Sur cette période, il est également recensé sur deux stations du sous-bassin de la Dordogne. Mais les densités capturées sur ces dernières sont assez faibles, avec 0,99 individus pour 1000 m² pour la station la plus en aval et 3,13 individus pour 1000 m² pour celle en amont.

<figure><img src="image_9.png" /><figcaption>Carte 5 : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2010-2011.</figcaption></figure>

Durant les années 2010 – 2011 (Carte 5), la colonisation des bassins de la Charente et de la Dordogne continue. Sur le sous bassin de la Charente, il est visible que les proportions de spirlin augmentent au cours du temps sur les stations déjà colonisées allant jusqu'à 21,1% de l'abondance totale. Sur le sous bassin de la Dordogne, quatre stations contenant du spirlin sont visibles dont une avec une assez forte densité de celui-ci de l'ordre de 50,83 spirlins pour 1000 m² soit 8,82% de la densité totale. Cependant, le spirlin disparait ici sur une station où il était présent en 2008 – 2009. Enfin, ce sont deux nouvelles stations qui sont apparues plus au sud du bassin de la Dordogne, mais là encore en assez faibles proportions.
<figure><img src="image_10.png" /><figcaption>Carte 6 : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2012-2013.</figcaption></figure>

<figure><img src="image_11.png" /><figcaption>Carte 7 : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2014-2015.</figcaption></figure>
Sur les années 2012 – 2013 (carte 6), on retrouve les mêmes stations qui contiennent du spirlin sur les bassins de la Charente et de la Dordogne. Il n'y a pas d'apparition de nouvelles populations. En revanche, les proportions de spirlin sur les différentes stations augmentent. Les deux premières stations colonisées sur le sous bassin de la Charente comportent des proportions de spirlin allant de 19,56% à 27,11% de l'abondance totale, soit une place très importante dans les peuplements.

Sur le sous bassin de la Dordogne, pour les stations représentées par un triangle rouge, les densités de spirlin ont presque doublé en deux ans. Seule la station la plus en aval voit ses densités divisées par 5 par rapport à la période précédente. Les deux autres stations situées sur le sous bassin ont des proportions de spirlin en augmentation allant jusqu'à 10 fois plus de spirlin dans les communautés.

Les années 2012 et 2013 marquent aussi l'arrivée du spirlin sur le bassin de la Garonne, avec une forte densité de 125,18 individus pour 1000m² soit 6,86% de la densité totale sur la station Touyre en amont de l'Ariège accompagnée d'une seconde population plus en aval avec de faibles proportions de spirlin.

En 2014 et 2015 (carte 8), sur le bassin de la Charente et de la Dordogne, le nombre de stations colonisées par le spirlin ne change pas. Ainsi, sur le sous bassin de la Charente, les proportions de spirlin évoluent entre doublés, allant jusqu'à 52% des individus prélevés, toutes espèces confondues. Sur le sous bassin de la Dordogne, les densités sont assez importantes allant jusqu'à 246,25 individus pour 1000 m² soir 16,95% de la densité totale, soir une augmentation de 2%. Enfin, les proportions de spirlin sur les stations les plus au sud du sous bassin restent relativement stables.

Sur le sous-bassin de la Garonne, une nouvelle station est colonisée par le spirlin, plus en aval avec une proportion assez faible de spirlin. Les densités de spirlin ont en revanche drastiquement diminué sur la station en amont avec seulement 18,69 individus sur 1000 m² soit presque 10 fois moins d'individus. Sur les autres stations, les proportions de spirlin augmentent petit à petit.

### Bassin Adour - Garonne
Répartition du spirlin en 2016 - 2017

<figure><img src="image_12.png" /><figcaption>Carte 8 : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2016-2017.</figcaption></figure>

Sur les années 2016 – 2017 (carte 8), l'évolution des densités et proportions de spirlin sur le bassin de la Charente et de la Dordogne restent stable. Sur le sous bassin de la Dordogne, les densités de spirlin sur les deux stations représentées par des triangles rouges diminuent faiblement, avec des valeurs tout de même élevées de l'ordre de 109,64 à 134,616 individus pour 1000 m² soit 16,73 et 18,08 % de la densité totale.
Enfin, sur le sous bassin de la Garonne, il est notable que de plus en plus de stations contiennent du spirlin. Sur la station la plus au sud, identifiée par un triangle rouge, les densités atteignent 263,58 individus pour 1000m² soit une proportion de 16,79% de spirlin dans la communauté. De manière générale, les proportions de spirlin diminuent de l'amont vers l'aval allant de 10,25% en amont à 0,63% plus en aval. Cela s'explique par le fait que les stations nouvellement colonisées ont un faible effectif de spirlin, alors que celles colonisées précédemment voient les populations s'établir et augmenter.

## Bassin Adour - Garonne

### Répartition du spirlin en 2018 - 2019

<figure><img src="image_13.png" /><figcaption>Carte 9 : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2018-2019.</figcaption></figure>

Pour les années 2018 et 2019 (carte 9), sur le bassin de la Charente, une nouvelle station est colonisée. Les autres stations voient leurs proportions toujours en augmentation pour atteindre jusqu'à 44,11%. Sur le bassin de la Dordogne, les densités de spirlin sont assez élevées, avec des densités de spirlin allant jusqu'à 349,50 individus pour 1000 m² soit 24,20% de la densité totale ce qui représente une augmentation de 20% de la densité. Les populations de spirlin sur ces stations semblent donc bien établies. Une nouvelle station est colonisée, plus en amont. Sur les stations plus au sud sur l'Isle, les proportions de spirlin augmentent, allant jusqu'à 33,33% de spirlin pour la station amont et des proportion décroissantes vers l'aval avec 1,54% pour la station en aval.

Sur le bassin de la Garonne, le nombre de stations colonisées augmente vers l'aval. La station où le spirlin est apparu contient une densité importante de spirlin de 370,53 individus pour 1000 m² soit 38,46% de la densité totale ce qui représente une augmentation de 100 individus pour 1000 m². De nombreuses stations sont colonisées durant ces années sur le sous bassin, avec néanmoins encore de faibles proportions de spirlin. Les stations qui constituent l'épicentre de l'arrivée du spirlin ont des proportions croissantes par rapport aux années précédentes, pouvant tripler par rapport aux années précédentes, et atteindre jusqu'à 40% de l'abondance totale
## Bassin Adour - Garonne

### Répartition du spirlin en 2020 - 2021

<figure><img src="image_14.png" /><figcaption>Carte 10 : Répartition du spirlin sur le bassin Adour-Garonne pour les années 2020-2021.</figcaption></figure>

Sur la période 2020 et 2021 (carte 10), il est notable que les proportions de spirlin diminuent autour de 30% sur le sous bassin de la Charente. La station nouvellement apparue durant les années 2018-2019 sur le sous bassin voit sa densité de spirlin augmenter pour atteindre 11,22 individus pour 1000m².

Sur le sous bassin de la Dordogne, le spirlin a disparu d'une des deux stations les plus peuplées en 2018-2019. Cependant, de nouvelles stations sont apparues, colonisant les parties aval des cours d'eau, avec néanmoins de faibles proportions de spirlin. Les stations colonisées les plus anciennes contiennent des proportions de spirlin légèrement plus faibles de de l'ordre de 30%.

Sur le sous bassin de la Garonne les populations sont bien installées et continuent années après années à coloniser les cours d'eau de ce sous-bassins. La station historique contient une densité de spirlin de 619,05 individus pour 1000m² soit 31,65% de la densité totale et une augmentation de 249 individus pour 1000 m² par rapport à 2018-2019. La tendance principale est que sur un gradient amont - aval, les proportions et densités de spirlin diminuent en allant de l'amont vers l'aval en lien avec le front de colonisation du spirlin.

### En résumé :

Le spirlin est apparu en 2004 sur le sous bassin de la Charente et en 2005 sur le sous bassin de la Dordogne. La répartition de l'espèce reste localisée à ces deux sous-bassins jusqu'en 2012 où il apparaît aussi sur le sous bassin de la Garonne. Un résumé des résultats est visible dans le tableau 1. Les proportions et densités de spirlin ont une tendance à la hausse au fil du temps. Comme il est visible dans le tableau 1, lorsque le spirlin colonise de nouvelles stations, avec de faibles densités, alors la proportion moyenne de spirlin diminue sur la station.

Il est notable qu'il existe une certaine disparité avec une colonisation moins rapide dans la partie nord que dans la partie sud du bassin.

De manière générale, le front de colonisation se fait selon un gradient amont - Aval, avec des proportions et densités de spirlin qui diminuent de l'amont vers l'aval.
<table><thead><tr><th>Sous-Bassin</th><th>Année</th><th>Nombre de stations colonisées</th><th>Linéaire colonisée (km)</th><th>Proportion moyenne de spirlin (%)</th><th>Densité maximale de spirlin (individus pour 1000m²) (inventaire seulement)</th></tr></thead><tbody><tr><td rowspan="8">Charente</td><td>2004-2007</td><td>1</td><td>NA**</td><td>NA**</td><td>NA**</td></tr><tr><td>2008-2009</td><td>2</td><td>NA*</td><td>12,25</td><td>NA***</td></tr><tr><td>2010-2011</td><td>2</td><td>NA*</td><td>21,04</td><td>NA***</td></tr><tr><td>2012-2013</td><td>2</td><td>NA*</td><td>24,96</td><td>NA***</td></tr><tr><td>2014-2015</td><td>2</td><td>NA*</td><td>37,66</td><td>NA***</td></tr><tr><td>2016-2017</td><td>2</td><td>NA*</td><td>31,79</td><td>NA***</td></tr><tr><td>2018-2019</td><td>3</td><td>NA*</td><td>19,51</td><td>4</td></tr><tr><td>2020-2021</td><td>3</td><td>NA*</td><td>14,82</td><td>11</td></tr><tr><td rowspan="8">Dordogne</td><td>2004-2007</td><td>2</td><td>NA**</td><td>NA**</td><td>NA**</td></tr><tr><td>2008-2009</td><td>4</td><td>79</td><td>1,53</td><td>3</td></tr><tr><td>2010-2011</td><td>4</td><td>114</td><td>9,73</td><td>51</td></tr><tr><td>2012-2013</td><td>4</td><td>114</td><td>9,23</td><td>67</td></tr><tr><td>2014-2015</td><td>5</td><td>137</td><td>10,26</td><td>246</td></tr><tr><td>2016-2017</td><td>6</td><td>191</td><td>7,93</td><td>134</td></tr><tr><td>2018-2019</td><td>7</td><td>191</td><td>15,32</td><td>349</td></tr><tr><td>2020-2021</td><td>6</td><td>218</td><td>11,23</td><td>104</td></tr><tr><td rowspan="8">Garonne</td><td>2004-2007</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>2008-2009</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>2010-2011</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td><td>0</td></tr><tr><td>2012-2013</td><td>2</td><td>48</td><td>2,30</td><td>125</td></tr><tr><td>2014-2015</td><td>6</td><td>77</td><td>2,04</td><td>19</td></tr><tr><td>2016-2017</td><td>10</td><td>100</td><td>4,29</td><td>264</td></tr><tr><td>2018-2019</td><td>17</td><td>251</td><td>10,01</td><td>370</td></tr><tr><td>2020-2021</td><td>23</td><td>363</td><td>7,79</td><td>619</td></tr></tbody></table>

Tableau 1 : Résumé par sous bassin et par couple d'années de l'évolution de la colonisation du spirlin

* Les stations n'étaient pas situées de proche en proche, le linéaire colonisé probable n'a pas pu être calculé.

** Pour les années 2004 à 2007, le protocole de pêche était différent, empêchant le calcul des différents paramètres.

*** calcul des densités de spirlin pour les inventaires seulement.

### 3.1.3. Evolution des classes de taille du spirlin

Les densités ou les abondances ne rendant pas compte de la structure en classe d'âge d'une population, il nous a ainsi semblé intéressant d'analyser l'évolution des classes de taille sur la population de spirlin d'une station donnée. La station du Touyre à Lagarde (département de l'Ariège) a ainsi été choisie, cette station étant la première où le spirlin est apparu sur le sous bassin de la Garonne, et possédant une longue chronique de suivi. L'évolution des classes de tailles permet de donner une information sur la dynamique de l'espèce (notamment reproduction) par le biais de l'analyse des cohortes.

Sur la figure 4 représentant l'évolution des classes de taille du spirlin au cours du temps sur la station du Touyre à Lagarde, on observe qu'en 2012, tous les individus pêchés avaient une longueur totale comprise entre 56 et 80mm, correspondant à des individus adultes ou sub-adultes. En 2014, on constate que très peu d'individus ont été pêchés, mais avec cependant une gamme de tailles d'individus plus large (allant de 30mm à plus de 100mm), comprenant visiblement des individus nés dans l'année. En 2016, la même gamme de taille est observée, mais avec cependant des cohortes bien marqués chez les individus adultes.
<figure><img src="image_15.png" /><figcaption>**Figure 4 :** Evolution des effectifs par classes de taille et année sur la station du Touyre à Lagarde (Ariège)</figcaption></figure>

En 2018 et 2020, la population est toujours bien structurée (large gamme de tailles) mais beaucoup plus équilibrée que les années précédentes. En effet, les cohortes de juvéniles sont cette fois bien visibles et prépondérantes au sein de la population (résultat cohérent avec une structure de population que l'on pourrait qualifier de « classique »). L'analyse de ces graphiques a été réalisée pour toutes les stations ou le spirlin est apparu depuis plusielles années, afin de vérifier la pérenité de l'espèces sur les stations. Il s'avère alors que les classes de taille évoluent de la même façon sur les autres stations que sur le Touyre à Largarde.

### En résumé :

L'analyse de l'évolution temporelle de la population de spirlin sur la station du Touyre à Lagarde montre que l'espèce est bien établie et se reproduit sur la station. De plus, lorsque l'on regarde l'évolution des effectifs en spirlin sur la station, nous pouvons constater que ceux-ci ne cessent d'augmenter, passant d'une dizaine d'individus en 2014 à plus de 200 individus capturés en 2020. Ce phénomène d'établissement au cours du temps de la population du spirlin dans le peuplement est observée sur les autres stations colonisées sur le bassin Adour - Garonne. Dans un premier temps des individus adultes s'établissent sur la station, puis on observe l'apparition de nouvelles cohortes, dont celle de juvéniles, montrant qu'il y a reproduction.

### 3.1.4. Analyse des facteurs limitants à la dispersion

Les ouvrages transversaux érigés par l'homme au travers des cours d'eau contraignent les flux d'eau. De ce fait, l'hydromorphologie des cours d'eau est fortement impactée, ainsi que la continuité écologique. Les espèces animales et végétales vont alors rencontrer des barrières rendant alors plus difficile, voir impossible leur propagation ou migration. Ces obstacles à l'écoulement forment donc une barrière physique, limitant la continuité écologique des cours d'eau. En France, plus de 70000 obstacles ont étés recensés (Baudoin et al. 2014).

#### 3.1.4.1. Obstacles à l'écoulement

Les obstacles à l'écoulement vont avoir des effets directs sur l'ichtyofaune, avec des blocages de migration, ou encore de la mortalité (Sagnes et al. 2017). C'est pourquoi des dispositifs de franchissements permettant de rétablir partiellement la continuité écologique des cours d'eau sont créés. Mais ces ouvrages sont souvent sélectifs, avec une efficacité plus ou moins limitée et ne concernent pas forcément le transit sédimentaire. Il existe plusieurs types de dispositifs installés au niveau des ouvrages pour permettre la circulation des poissons (passes à ralentisseurs, passe à bassins successifs, prébarrage, passes « naturelles », ascenseur à poissons). Une carte reprenant la répartition des différents types de passes à poissons utilisables par le spirlin est disponible en annexe 8.

Les poissons peuvent franchir les obstacles à l'écoulement selon deux modalités. A la montaison, dans un sens aval vers amont, dans quel cas les obstacles à l'écoulement vont nécessiter des aménagements permettant aux poissons de remonter le cours d'eau, ou à la dévalaison dans le sens amont - aval. Lors d'aménagements permettant la dévalaison, certaines règles s'imposent, comme un arrêt ciblé des turbines, la mise en place de turbines ichtyo compatibles, des barrières comportementales, des barrières matérielles, ou encore des murs guideau.

Afin d'évaluer la franchissabilité des obstacles à l'écoulement par le spirlin, les informations données par le protocole sur l'Information sur la Continuité Ecologique (ICE) ont été utilisées. Le protocole ICE permet d'évaluer la franchissabilité des obstacles à l'écoulement par les poissons, à la montaison. Elles sont obtenues en croisant les caractéristiques physiques de l'ouvrage avec les capacités de franchissement de l'espèce étudiée (Baudoin et al 2014).
Dans le cadre de cette étude sur le spirlin, les obstacles sont considérés comme franchissables à la montaison, à partir du moment où celui-ci est inférieur à 1m de hauteur. En effet, selon l'ICE, le spirlin est capable en théorie de franchir des obstacles allant jusqu'à 1m de hauteur de chute. De plus, le spirlin n'utilise pas tous les types de passes à poissons. Les passes à poissons utilisables par le spirlin sont les passes à bassins successifs, les passes à ralentisseurs, les pré-barrages, les rivières de contournement, les ascenseurs à poissons et les rampes. C'est pourquoi une sélection des différents types de passes a été réalisée, et superposée à la franchissabilité des obstacles, ce qui permet alors d'obtenir des cartes de franchissabilité des obstacles pour le spirlin (cartes 11 et 12). Ces cartes seront utilisées ultérieurement afin de prédire la dispersion potentielle future de l'espèce. Deux cartes, représentant respectivement la répartition des obstacles à l'écoulement sur tout le bassin Adour-Garonne ainsi que la franchissabilité des obstacles sont disponibles en annexes 6 et 7.

## Bassin Charente - Dordogne

### Franchissabilité des obstacles par le spirlin selon l'ICE et le degré d'aménagement des obstacles

<figure><img src="image_16.png" /><figcaption>Carte 11 : Franchissabilité des obstacles à l'écoulement sur les sous bassins Charente et Dordogne</figcaption></figure>

Sur les sous-bassins de la Charente et de la Dordogne Carte 11, ce sont 1879,54km de cours d'eau qui sont analysés. Sur ces deux sous bassins, ce sont 985 obstacles à l'écoulement qui sont répertoriés, dont 60 équipés de passes à poissons et 434 ayant une hauteur de chute inférieure à 1 m, ce qui les rend alors théoriquement franchissables pour le spirlin. Ce qui laisse alors 487 obstacles considérés comme infranchissables. Les obstacles à l'écoulement sont donc répartis en moyenne tous les 1,91km sur les sous-bassins, avec un obstacle considéré comme infranchissable tous les 3,86km. Comme il est visible sur la carte, il existe une grande hétérogénéité de la distribution des obstacles à l'écoulement sur les sous bassins. Certains cours d'eau comprennent plus d'obstacles aménagés que d'autres et ont donc une meilleure continuité écologique.
## Bassin de la Garonne

### Franchissabilité des obstacles par le spirlin selon l'ICE et le degré d'aménagement des obstacles

<figure><img src="image_17.png" /><figcaption>Carte 12 : Franchissabilité des obstacles à l'écoulement sur le sous bassin de la Garonne</figcaption></figure>

Sur le sous-bassin de la Garonne, ce sont 849 obstacles à l'écoulement qui sont répertoriés, dont 147 sont équipés de passes à poissons et 271 qui ont une hauteur de chute inférieure à 1m et sont donc considérés comme franchissables par le spirlin, ce qui laisse alors 556 obstacles infranchissables par le spirlin sur le bassin. Le sous-bassin est plus grand et plus drainé que le bassin de la Charente-Dordogne, comptabilisant un linéaire analysé total de 8656,48km. Le linéaire comprend donc en moyenne un obstacle à l'écoulement tous les 10,19km, et un obstacle considéré comme infranchissable tous les 15,56km. Le fait que ce bassin soit moins fragmenté que le sous-bassin de la Charente-Dordogne permet alors théoriquement au spirlin de coloniser de plus grands tronçons du sous-bassin sans rencontrer d'obstacles. Il y a toutefois une hétérogénéité de la répartition des obstacles entre les cours d'eau d'un même sous-bassin. Certains cours d'eau peuvent avoir une grande quantité d'obstacles proches les uns des autres, et d'autre cours d'eau peu d'obstacles, ou éloignés. Les chiffres rapportés ici ne sont donc là que pour donner un ordre de grandeur de la répartition des obstacles sur le bassin.

### En résumé :

Sur les sous-bassins Charente-Dordogne et Garonne, les obstacles à l'écoulement empêchant la continuité écologique sont nombreux. De nombreux aménagements sont mis en place, mais certains affluents restent très peu aménagés, constituant alors un frein à la colonisation des cours d'eau par le spirlin. Le sous bassin de la Garonne contient plus d'obstacles aménagés que les sous-bassins de la Charente et de la Dordogne, ce qui pourrait expliquer en partie pourquoi la colonisation du spirlin est plus rapide sur cette partie du bassin.

### 3.1.4.2. Températures

La température du cours d'eau va déterminer les assemblages d'espèces capables de vivre sur une zone donnée. Elle va jouer sur différents paramètres tels que la physico-chimie de l'eau, la décomposition de la matière organique, la vitesse de recyclage des nutriments ou encore le métabolisme des poissons qui sont des poikilothermes. Les températures vont influencer le métabolisme, le taux d'ingestion et de digestion des espèces de poissons (Tissot et al. 2010). De plus, la température va avoir des conséquences directes sur la fécondité des femelles (Marszał et al. 2015). Le but de cette partie de l'étude est alors de vérifier si les plages de températures de l'eau, sur le bassin Adour - Garonne peuvent être un facteur limitant à la dispersion et à l'établissement de l'espèce.
Les températures optimales pour les larves de spirlin se situent entre 19°C et 24°C (Tissot et al. 2010). Pour les individus juvéniles, la gamme de températures idéale se situe entre 12°C et 24°C, ce qui montre alors une grande plage de températures où peuvent vivre cet écostade, par rapport au précédent. Pour les adultes, la plage de températures optimale se situe entre 12°C et 24°C (Tissot et al. 2010), comme pour les juvéniles, avec une limite de zone de résistance à 27°C (limite supérieure de température pouvant engendrer la mort des individus). Enfin, les températures optimales pour la reproduction se trouvent entre 14°C et 21°C.

Les données de températures de l'eau à l'échelle stationnelle ont été extraites du Réseau National de Températures (RNT) de l'OFB, sur la période 2008 – 2020, récupérées sur le site Naïades (https://naiades.eaufrance.fr). Cependant, de nombreuses données sont manquantes, ou n'ont pas été saisies. De ce fait, les données utilisées ont été limitées à la région Occitanie, pour laquelle une certaine quantité de données était disponible.

Le choix des stations à analyser a été fait selon deux critères :
Dans un premier temps, après une analyse de la franchissabilité des obstacles à l'écoulement (cf paragraphe précédent 3.1.4.1.1), une première zone arbitraire a été délimité comme étant potentiellement colonisable par le spirlin.
Dans un second temps, seules les stations du RNT contenues dans la zone potentiellement colonisable, ou situées sur le linéaire des cours d'eau appartenant à ces zones, ont été choisies.

Afin de vérifier si les températures peuvent constituer une barrière à la dispersion de l'espèce sur le bassin de la Garonne, une analyse des températures a été effectuée, afin de vérifier si les températures des stations choisies étaient bien comprises dans la gamme de températures favorables au cycle biologique de l'espèce. Un exemple de graphique obtenu après analyse est disponible en annexe 5. Le spirlin étant une espèce assez tolérante, l'espèce résiste à de grands écarts de température, et les eaux froides ne lui pose pas particulièrement de problèmes, le facteur limitant étant encore une fois l'oxygène dissous, qui ne manque généralement pas dans les eaux froides.

### Bassin de la Garonne
Stations de relevés de températures analysées

<figure><img src="image_18.png" /><figcaption>Carte 13 : Répartition des stations de relevés de températures analysées.</figcaption></figure>

Le spirlin trouve sur toutes les stations de relevés de températures des plages de températures idéales à chacun des stades de vie de l'espèce, et donc non limitantes à sa dispersion. Cependant, la limite de résistance thermique a déjà été atteinte durant quelques jours sur plusieurs stations ou le spirlin est présent, à savoir les stations sur la Garonne à Saint-Aignant, à Bourret, à Verdun-sur-Garonne et en Amont de l'Ariège. Et une station où celui-ci n'a jamais été encore recensée, qui est l'Agout à sainte Sulpice. Il est donc possible que l'espèce trouve des zones de refuge lui permettant de résister à ces vagues de chaleur, comme les affluents, les annexes fluviales ou les afférences phréatiques (Tissot et al.
2010). Le principal problème de la hausse de température des cours d'eau n'est pas uniquement la température, mais surtout le taux d'oxygène dissous dans l'eau qui diminue avec l'augmentation de la température, ce qui est alors un facteur limitant pour cette espèce.

En résumé :

L'analyse des températures sur les 14 stations sélectionnées montre que, sur le linéaire de cours d'eau que le spirlin est susceptible de coloniser, la gamme de températures observée reste favorable au bon développement des différents stades de vie du spirlin. Le facteur température ne semble donc pas a priori constituer un frein global et important à la dispersion du spirlin.

3.1.5. Prédiction de la dispersion du spirlin

Afin de réaliser les cartes de potentiel de dispersion du spirlin sur le bassin Adour Garonne, dans un premier temps, le linéaire colonisé probable a été tracé. Pour cela, l'hypothèse a été faite que lorsque deux stations sont colonisées de proche en proche, sur le même afluent, alors le spirlin est présent sur tout le linéaire entre ces deux stations. De plus, lorsque la population est enclavée entre deux obstacles à l'écoulement infranchissables, et qu'il n'y a aucune autre station de suivi entre le point d'observation et l'obstacle, il est considéré que le spirlin a colonisé le linéaire compris entre la station et l'obstacle infranchissable le plus proche.

Ensuite, avec l'observation de la dynamique de dispersion du spirlin vu sur le paragraphe 3.1.1.3, il a été constaté une dynamique de colonisation amont – Aval sur les cours d'eau. Cependant, sur certains cours d'eau, il est ponctuellement observé une colonisation aval vers amont comme sur la Dronne entre les années 2010-2011 et 2012-2013. A partir de ces résultats, et sur la base des données ICE, permettant d'évaluer la franchissabilité des obstacles à la montaison, développés dans le paragraphe 3.1.4.1.1, les cartes 14 et 15 ont été réalisées. L'hypothèse est faite que lorsque les obstacles sont considérés comme franchissables, le spirlin est capable de remonter le cours d'eau, jusqu'au prochain obstacle infranchissable. De plus, l'hypothèse a été faite que le spirlin est capable de se disperser à la dévalaison de manière active quand les conditions le permettent, ou de manière passive par exemple lors de périodes de crues. Seuls les paramètres exposés ici ont étés pris en compte, aucun autre paramètre biologique intrinsèque à l'espèce n'a été pris en compte.

Bassin Charente - Dordogne

Potentiel de dispersion du spirlin selon la répartition des obstacles à l'écoulement et les passes à poissons

<figure><img src="image_19.png" /><figcaption>Carte 14 : Potentiel de dispersion du spirlin sur les sous bassins de la Charente et de la Dordogne.</figcaption></figure>
Sur le sous-bassin Charente-Dordogne (Carte 14), le linéaire colonisé probable actuel par le spirlin est estimé à 242,21 km. Le linéaire potentiellement colonisable est estimé à un total de 530,44 Km. Le linéaire potentiellement colonisable représente alors plus du double du linéaire colonisé probable actuel. De plus, une dynamique de colonisation amont - aval est observée dans un cadre général. C'est ce qui ressort le plus de l'illustration du linéaire potentiellement colonisable. Cependant, sur la Dronne, l'Isle et la Charente, une colonisation dans l'autre sens est probable.

Pour le bassin de la Garonne, les données de températures vues dans le paragraphe précédent ont permis de vérifier si les températures seront un facteur limitant à la dispersion de l'espèce. Notamment avec des températures trop élevées, ne permettant pas l'établissement de l'espèce sur une station.

## Bassin de la Garonne

### Potentiel de dispersion du spirlin selon la répartition des obstacles à l'écoulement et des passes à poissons

<figure><img src="image_20.png" /><figcaption>**Carte 15 :** Potentiel de dispersion du spirlin sur le sous bassin de la Garonne</figcaption></figure>

Sur le sous-bassin de la Garonne, ce sont actuellement au total 302,307 km de linéaires colonisé probable qui sont estimés. La dynamique de dispersion observée est principalement une dynamique amont -aval, seul une station sur la Garonne à Capens Marquefave a été colonisée vraisemblablement selon une dynamique aval – amont. De plus, on observe sur la carte 16 que les trois quarts du linéaire sont encore potentiellement colonisables par le spirlin. En effet, le linéaire potentiellement colonisable, en violet sur la carte, est constitué de 905,539 Km de cours d'eau, soit 3 fois le linéaire colonisé probable actuel.

Cependant, les différents facteurs qui ont été pris en compte ici sont uniquement des facteurs physiques liés aux conditions de circulation dans les cours d'eau : obstacles à l'écoulement équipés ou pas de passe à poissons et franchissables ou pas par le spirlin le sens d'écoulement des cours d'eau et enfin la température. A aucun moment l'étude de la biologie de l'espèce n'a été prise en compte. De ce fait, il est fortement possible que les estimations soient vues à la hausse ou à la baisse dans cette étude. Cela reflète alors une idée générale des milieux que le Spirlin va pouvoir coloniser.

## En résumé :

Le linéaire probablement colonisable par le spirlin sur le sous bassin de la Charente et de la Dordogne reste relativement important. Au total, ce sont 530,44Km de cours d'eau probablement colonisables qui sont estimés sur ces sous bassins. Sur le sous bassin de la Garonne, c'est un total de 905,539Km de cours d'eau qui sont probablement colonisables. Sur les trois sous bassins où le spirlin est présent en Adour-Garonne, le spirlin a encore un potentiel de colonisation très élevé, et rencontre peu d'obstacles à sa dispersion.
### 3.1.6. Caractère invasif de l'espèce

Le modèle AS-ISK est un modèle permettant de prédire le potentiel invasif d'une espèce. Des premières réponses aux différentes questions du modèle ont été faites après discussion et concertation avec mes encadrants. Une consultation de la bibliographie existante mais peu nombreuse sur le spirlin, ainsi que des échanges mails et discussion avec des experts à l'OFB ou à l'université en complément ont permis de justifier les réponses. Les résultats bruts et justifications des réponses au modèle sont disponibles en annexe 10.

La note obtenue pour le BRA qui permet d'obtenir le potentiel invasif de l'espèce est égale à 24 et donc comprise dans l'intervalle [1, 27.5[, ce qui classe l'espèce comme ayant un risque moyen de devenir invasive dans la zone. Selon le modèle AS-ISK, le secteur commercial, c'est-à-dire les activités de pêche et d'élevage, va être très peu impacté par la présence du spirlin, et aura un impact environnemental assez faible, c'est-à-dire que l'espèce aura peu d'impact sur les autres espèces, notamment les espèces protégées. Vu que c'est une espèce que l'on retrouve avec les mêmes assemblages d'espèces dans d'autres bassins français, elle ne va pas perturber la chaîne trophique ou faire disparaitre d'autres espèces. Selon le modèle, la catégorie où le spirlin aura un impact le plus important est au niveau spécifique ou populationnel, le spirlin ne va pas engendrer la disparition d'espèces protégées dans le milieu, il ne va pas perturber drastiquement la chaîne trophique et il est peu probable que celui-ci soit vecteur de pathogènes.

En considérant l'impact dû au changement climatique la note BRA+CCA est égale à 34, ce qui est très proche du seuil de 34,75, mais reste inférieur. Le spirlin peut donc être considéré comme une espèce à caractère invasif modéré sur le bassin Adour-Garonne si on considère les changements climatiques. En effet, les zones qui ne permettent pas actuellement sa reproduction ou sa survie à long terme risquent de devenir favorables du fait du réchauffement des eaux. De plus, les zones où il est déjà installé resteront favorables, mêmes si celles-ci se réchauffent. En effet, il existe de nombreuses zones refuges dans les cours d'eau, que le spirlin pourra exploiter en cas d'eau trop chaude (Tissot et al. 2010). L'aire de répartition du spirlin risque donc au final d'être étendue suite au dérèglement climatique.

**En résumé :**

Selon le modèle AK-ISK, le spirlin peut être considéré sur le bassin Adour-Garonne comme une espèce ayant un potentiel invasif modéré. L'impact principal du spirlin risque d'être principalement des nuisances au niveau spécifique ou populationnel telles que de l'hybridation, ou sa prédominance dans les communautés déjà en place. Le dérèglement climatique peut aussi permettre à l'espèce d'étendre son territoire potentiellement colonisable, du fait du réchauffement des eaux de surface.

## 3.2. Impact sur l'Indice Poissons Rivières (IPR)

L'IPR est la somme de plusieurs métriques qui mesurent l'écart entre la structure du peuplement de poissons observé et un peuplement « de référence », attendu en l'absence de pressions anthropiques (Oberdorff et al. 2002). Comme la structure du peuplement répond à des gradients naturels (pente, température, etc.), la référence est modélisée en fonction des caractéristiques des stations. Plus la valeur de l'IPR est élevée, plus le milieu est dégradé. Un exemple d'évolution de la note IPR et des métriques est disponible en annexes 3 et 4.

Afin de tester le potentiel impact de l'apparition du spirlin sur les différentes métriques, celles-ci ont été modélisées en fonction de l'identifiant de la station, de la présence du spirlin, de l'année, et du terme d'interaction entre ces deux dernières variables. Le terme d'interaction vise à identifier de potentiels cas où la pente temporelle de la métrique changerait entre avant et après l'arrivée du spirlin. Les variables IPR ont subi une transformation logarithmique afin que leur distribution se rapproche de la normalité avant la modélisation par régression linéaire multiple.

Le jeu de données initial, extrait de la base ASPE de l'OFB, a été filtré pour ne retenir que les stations avec au moins une année de présence du spirlin et que les opérations pour lesquelles l'IPR avait été calculé. Le terme d'interaction *Année x spiPrésence* n'apportant pas d'information particulière, il a finalement été retiré pour simplifier les modèles. Les résultats du modèle sont exposés dans le tableau 2.

L'intercept du modèle est ici la constante. C'est la valeur que prendrait la métrique (ici le logarithme de la métrique) en l'an zéro, en l'absence de spirlin. Le coefficient associé à la variable *Année*, quantitative, est une pente. S'il est significatif (p<5%), la métrique subit une tendance temporelle linéaire.
<table><thead><tr><th>Métrique</th><th>Intercept</th><th>Année</th><th>spiPrésence</th></tr></thead><tbody><tr><td>ipr</td><td>14.27 (*)</td><td>-0.005 (NS)</td><td>-0.102 (*)</td></tr><tr><td>ner</td><td>-24.002 (NS)</td><td>0.011 (NS)</td><td>-0.975 (***)</td></tr><tr><td>nel</td><td>5.402 (NS)</td><td>-0.003 (NS)</td><td>-1.321 (***)</td></tr><tr><td>nte</td><td>4.231 (NS)</td><td>-0.001 (NS)</td><td>0.149 (NS)</td></tr><tr><td>dit</td><td>24.621 (**)</td><td>-0.012 (**)</td><td>0.195 (**)</td></tr><tr><td>dio</td><td>36.026 (***)</td><td>-0.017 (***)</td><td>0.186 (*)</td></tr><tr><td>dii</td><td>-0.949 (NS)</td><td>0 (NS)</td><td>-0.847 (***)</td></tr><tr><td>dti</td><td>-1.729 (NS)</td><td>0.002 (NS)</td><td>0.143 (NS)</td></tr></tbody></table>

**Tableau 2 :** Sortie du modèle de l'impact de l'année, de la présence de spirlin sur la note IPR et les métriques (ner (Nombre d'Espèces Rhéophiles), nel (Nombre d'Espèces Lithophiles), nte (Nombre Total d'Espèces), dit (Densité d'Individus Totale), dio (Densité d'Individus Omnivores), dii (Densité d'Individus Invertivores), dti (Densité Totale d'Individus) qui la composent. (NS) : Non Significatif, (*) : p<5%, (**) : p<1%, (***) : p<0.1%)

Les métriques **ner** et **nel** ont toutes deux un coefficient Année non significatif, elles ne suivent pas de tendance temporelle. Cependant, elles sont liées à la présence du spirlin avec un coefficient significatif (p<0.1%) respectivement de -0,975 et de -1,321. La présence du spirlin, en moyenne sur l'ensemble des stations, se traduit donc par une diminution de la valeur de ces métriques comparativement aux mêmes stations en l'absence de l'espèce.

Les métriques **dit** et **dio**, sont liées à un effet de l'année, avec un coefficient significatif (p<0.1%) respectivement de -0,012 et de -0,017. En moyenne sur l'ensemble des stations la valeur de ces métriques diminue en fonction de l'année. De plus, les métriques sont liées à la présence de spirlins avec un coefficient significatif (p<0.1%) respectif de 0,195 et de 0,186. La présence de spirlins, en moyenne sur l'ensemble des stations se traduit par une augmentation de la valeur de ces métriques comparativement aux mêmes stations en l'absence de l'espèce.

La métrique **dii**, avec un coefficient Année non significatif, ne subit pas de tendance temporelle. En revanche, elle est liée à la présence de spirlins avec un coefficient significatif (p<0.1%) de -0,847. La présence de spirlins, en moyenne sur l'ensemble des stations, se traduit par une diminution de la valeur de la métrique comparativement aux mêmes stations en l'absence de l'espèce.

Enfin, les métriques **nte** et **dti** ne sont influencées ni par l'année, ni par la présence de spirlins.

Trois des sept métriques diminuent significativement en présence du spirlin tandis que deux augmentent. La note IPR globale est impactée par la présence du spirlin avec un coefficient de -0,102, ce qui signifie que la présence du spirlin a tendance à faire diminuer la note IPR en moyenne, sur l'ensemble des stations où il est présent. Cette baisse s'interprète, selon la grille IPR, comme une amélioration de l'état du peuplement.

### En résumé :

L'arrivée du spirlin sur le bassin Adour-Garonne entrainerait donc une diminution de la note IPR prise en compte en particulier dans le cadre du calcul de l'état écologique des stations des réseaux de suivi DCE. Sa présence affecte directement les métriques Nombre d'Espèces Rhéophiles, Nombre d'Espèces Lithophiles, Densité d'Individus Invertivores en les faisant diminuer. Les métriques Densité d'Individus Totale, Densité d'Individus Omnivores ont tendance à augmenter lorsque le spirlin est présent. Seules les métriques Nombre Total d'Espèces et Densité Totale d'Individus ne sont pas impactées ni par l'effet année ni par la présence de spirlin.

## 3.3. Impact sur les peuplements

En complément de l'analyse de l'impact sur l'IPR, Il est intéressant de tester le potentiel impact de l'apparition du spirlin sur le fonctionnement global des peuplements. Pour cela, nous avons effectué une analyse des principaux indices de diversité écologiques, en fonction de l'identifiant de la station, de la présence du spirlin et de l'année.

Comme pour l'analyse sur l'IPR, les variables de ces différents indices ont subi une transformation logarithmique avant la modélisation par régression multiple afin que leur distribution se rapproche de la normalité. Et le jeu de données initial, extrait de la base Aspe de l'OFB, a été filtré pour ne retenir que les stations avec au moins une année de présence du spirlin.

Les résultats du modèle figurent sur le tableau 3.
<table><caption>**Tableau 3 :** Tableau de sortie du modèle de l'impact de l'année et de la présence de spirlin sur les principaux indices biologiques. (NS) : Non Significatif, (*) : p<5%, (**) : p<1%, (***) : p<0.1%</caption><thead><tr><th>Métrique</th><th>Intercept</th><th>Année</th><th>spiPrésence</th></tr></thead><tbody><tr><td>richesse</td><td>63.673 (**)</td><td>-0.026 (*)</td><td>2.04 (***)</td></tr><tr><td>shannon</td><td>4.511 (NS)</td><td>-0.001 (NS)</td><td>0.094 (**)</td></tr><tr><td>simpson</td><td>-1.236 (NS)</td><td>0.001 (NS)</td><td>0.015 (NS)</td></tr><tr><td>pielou</td><td>-5.086 (**)</td><td>0.003 (**)</td><td>-0.036 (*)</td></tr></tbody></table>

La richesse spécifique, correspondant au nombre d'espèces du peuplement, est liée au turnover des populations ichtyologiques. Les résultats montrent un effet de l'année, avec un coefficient significatif (p<0.1%) de -0,026. En moyenne sur l'ensemble des stations, la valeur de la richesse spécifique diminue donc en fonction de l'année. De plus, la richesse spécifique est liée à la présence de spirlins avec un coefficient significatif (p<0.1%) de 2,04. La présence du spirlin, en moyenne sur l'ensemble des stations, se traduit donc par une augmentation de la valeur de la richesse spécifique comparativement aux mêmes stations en l'absence de l'espèce.

L'indice de Shannon permettant de mesurer la diversité spécifique, a un coefficient Année non significatif. Il ne subit pas de tendance temporelle. En revanche, il est lié à la présence de spirlins avec un coefficient significatif (p<0.1%) de 0,094. La présence de spirlins, en moyenne sur l'ensemble des stations, se traduit donc par une augmentation de la valeur de l'indice de Shannon comparativement aux mêmes stations en l'absence de l'espèce.

L'indice de Simpson correspond à la probabilité que deux individus pris au hasard dans une population appartiennent à la même espèce. Les résultats du modèle (tableau 3) montrent que cet indice n'est influencé ni par l'année, ni par la présence de spirlins. La présence du spirlin ne va donc pas avoir d'impact direct sur la diversité de l'habitat et ne va donc pas affecter la probabilité de rencontre de deux individus de la même espèce.

L'indice de Pielou est le rapport entre la valeur maximale théorique que peut prendre l'indice de Shannon et la valeur calculée de l'indice de Shannon. Il représente alors le rapport entre le degré de diversité atteint par rapport au maximum théorique. L'indice de Pielou est notamment sensible aux espèces invasives en ayant tendance à diminuer la note. Les résultats du modèle (tableau 3) montrent un effet de l'année, avec un coefficient significatif (p<0.1%) de 0,003. En moyenne, sur l'ensemble des stations la valeur de l'indice de Pielou augmente donc en fonction de l'année. De plus, cet indice est lié à la présence de spirlins avec un coefficient significatif (p<0.1%) de -0,036. La présence de spirlins, en moyenne sur l'ensemble des stations, se traduit par une diminution de la valeur de l'indice de Pielou comparativement aux mêmes stations en l'absence de l'espèce.

<figure><img src="image_21.png" /><figcaption>**Figure 5 :** Evolution des populations de poissons sur la station de l'Ariège à Clermont le fort (● persistance de l'espèce, ▲ apparition de l'espèce, ▲ disparition de l'espèce)</figcaption></figure>
A titre d'illustration, la figure 5 représente l'évolution des populations capturées sur la station de l'Ariège à Clermont-le-Fort. On peut y observer la présence d'un peuplement de base composé de vairon, de loche franche, de goujon, de chevaine et de barbeau fluviatile. Toutes les autres espèces ne persistent pas ainsi sur cette station : présentes ou absentes selon les années, avec des effectifs plus ou moins importants. Cette variation interannuelle des effectifs de chaque espèce va pouvoir impacter le nombre d'espèces dans le milieu, et donc sur la richesse spécifique. Celle-ci varie entre 11 et 16 espèces sur la période 2008 – 2021, avec une richesse de 11 espèces en 2010, 16 en 2015 et 13 en 2020 et une richesse spécifique moyenne de 14 espèces. Pour le spirlin, on observe son apparition sur cette station en 2016, et sa persistance après cette date. La richesse spécifique est directement liée au turnover des populations ichtyologiques. Il est visible que le turnover est grand sur cette station, cependant, lors du calcul de la richesse spécifique moyenne entre les années sans spirlin et les années avec spirlin il est visible que celle-ci augmente légèrement passant de 13,625 à 13,66 espèces. De plus, sur les dernières années, il est visible que la richesse varie de manière moins importante, allant de 13 à 15 espèces de 2016 à 2021, contre 11 à 16 sur les années précédentes.

L'indice de Shannon varie ici de 1,26 à 2,29, pour un indice moyen de 1,65. Sachant qu'ici l'indice peut varier de 0, ce qui signifierait qu'une seule espèce est présente dans la population, à 2,61 (ce qui correspond au logarithme de la richesse) où le peuplement serait hétérogène. L'indice a ici tendance à augmenter avec des valeurs de 1,59 entre 2008 et 2015 et de 1,69 entre 2016 et 2021. Depuis l'arrivée du spirlin, l'indice de Shannon a donc augmenté sur cette station. Ce qui est en accord avec les résultats

L'indice de Simpson varie entre 0 peuplement hétérogène et 1 peuplement homogène. Sur la station de l'Ariège à Clermont le Fort, il a une valeur moyenne de 0,74 entre les années 2008 et 2015, contre une valeur de 0,75 de 2016 à 2021. La différence entre les deux années n'est pas assez importante pour en déduire une différence significative. Ce qui est alors en accord avec les résultats observés.

Dans l'exemple de l'Ariège, l'indice de Pielou moyen est de 0,62 avant l'arrivée du spirlin, contre 0,65 après. Ce qui n'est alors pas en accord avec les résultats qui montrent une diminution de l'indice. Cela peut alors s'expliquer par une richesse spécifique qui fluctue moins entre les années 2016 à 2021 que les années précédentes, et donc une probabilité de tirer au hasard un individus dans une population qui diminue.

En résumé :

La présence du spirlin vient impacter la richesse spécifique du fait de l'ajout d'une nouvelle espèce dans le milieu, en augmentant la richesse spécifique et ce malgré le turnover continu dans les communautés piscicoles. De plus la richesse spécifique a tendance à diminuer au fil du temps. Sa présence impacte également l'indice de Shannon, ce qui signifie que la diversité spécifique du peuplement augmente en présence de spirlin. L'indice de Pielou est aussi impacté mais de manière négative par la présence de spirlin. Cela signifie que la dominance des espèces est légèrement impactée par la présence du spirlin dans le milieu. De plus, l'indice de Pielou a tendance à être impacté positivement par l'effet de l'année.

En revanche, l'indice de Simpson n'est lui pas impacté, ce qui signifie que la probabilité que deux individus pris au hasard dans la population appartiennent à la même espèce reste inchangée.

4. Discussion

4.1. Colonisation du spirlin

Une des difficultés rencontrées au cours de cette étude est le manque de bibliographie sur le spirlin. En effet cette espèce est peu étudiée en France, et peu de données sont disponibles. Les conséquences de l'arrivée de celle-ci sur le milieu et les autres organismes sont d'autant plus complexes à déterminer.

Durant les 10 à 15 dernières années, sur certains cours d'eau européens, les populations de spirlin ont tendance à augmenter (Ruchin et al. 2009, Dortel et al. 2022). Cependant, aucune nouvelle colonisation n'avait encore été observée sur les Grands bassins Français (Keith et al. 2020). C'est en 2004 que le spirlin apparait dans le bassin Adour Garonne, plus précisément sur le sous bassin de la Charente puis en 2005 dans le sous bassin de la Dordogne et en 2012 où il apparait sur le sous bassin de la Garonne (Blanc et al. 2016). Les populations de spirlin dans la partie nord et sud du bassin semblent se développer indépendamment et l'espèce reste absente des zones côtières sur le bassin. C'est d'ailleurs ce qui est aussi observé au niveau national (Keith et al. 2020).
Les dates d'arrivée du spirlin sont obtenues ici grâce au réseau d'échantillonnage de l'OFB. Il est cependant possible que le spirlin soit arrivé avant ces dates, mais de façon très sporadique. De ce fait, les individus présents ont pu ne pas être recensés bien que présents, ou alors confondus lors de l'identification. Certains biais peuvent être liés à l'échantillonnage comme par exemple des biais d'identification. Lorsqu'une nouvelle espèce arrive sur un bassin hydrographique, les différents opérateurs ne sont pas forcément sensibilisés à cette espèce, et des confusions peuvent alors avoir lieu. Mais ce biais est tout de même limité par l'application de protocole standardisé (AFNOR), et aussi des erreurs d'identification sont peu probables sur le spirlin qui se reconnait bien, même au stade juvénile.

Une différence de dynamique de colonisation entre les sous bassin Charente-Dordogne et de la Garonne est observable. Au niveau de la Charente et de la Dordogne, le front de colonisation du spirlin est resté le même pendant quelques années. De 2004 à 2008, seules deux stations du réseau de surveillance de l'OFB ont été colonisées. Ce n'est qu'a partir de 2008 que l'espèce commence à s'étendre sur les sous bassins. Les obstacles infranchissables à proximité des stations colonisées pourraient expliquer la non dispersion de l'espèce. De plus, la politique de restauration de la continuité écologique a permis la mise en place d'aménagements tels que des passes à poissons, ou l'effacement de seuils, qui ont pu être réalisés au cours de la période d'étudiée, ce qui n'a pas été pris en compte ici. Mais cela pourrait alors expliquer pourquoi le spirlin a commencé à coloniser les sous bassins tardivement. Un autre phénomène explicatif serait l'absence de zones favorables à son installation, qui empêcherait alors sa propagation et sa reproduction, rendant sa présence, anecdotique sur les autres tronçons, jusqu'à ce qu'il trouve une zone favorable à son développement.

Le linéaire potentiellement colonisable par le spirlin sur le sous bassin de la Charente et de la Dordogne reste relativement important. Au total, ce sont 530 km de cours d'eau potentiellement colonisables soit le double de ce qui est déjà probablement colonisé. Sur le sous bassin de la Garonne, c'est un total de 905 km de cours d'eau qui sont potentiellement colonisables soir trois fois le linéaire colonisé probable. Les obstacles à l'écoulement font partie des éléments principaux qui empêchent la continuité écologique. De nombreux aménagements sont mis en place, mais certains axes restent très peu aménagés, constituant alors un frein à la colonisation des cours d'eau. Il est notable qu'il existe une certaine disparité avec une colonisation plus rapide sur le sous bassin de la Garonne, probablement dû à des habitats moins fragmentés. En effet, le sous bassin de la Garonne contient plus d'obstacles aménagés et une densité d'obstacles moindre que les sous-bassins de la Charente et de la Dordogne, ce qui pourrait alors expliquer la dispersion plus importante du spirlin sur le sous bassin de la Garonne. De plus, le spirlin est entrain de coloniser une grande partie du bassin Adour Garonne (principalement selon une dynamique amont - aval).

Sur les trois sous bassins cités, le spirlin est apparu sur des stations très en amont, ce qui rend alors sa dispersion plus aisée par dévalaison. Seuls quelques cas de dispersion par montaison ont été observés pour l'instant, mais ce mode de colonisation reste ponctuel et est beaucoup plus soumis aux obstacles. De plus, ce type de migration nécessite plus d'énergie, et un comportement migratoire d'exploration. Les facteurs limitants la dispersion de l'espèce sont bien entendus les obstacles à l'écoulement, mais aussi les températures qui pourrait constituer une barrière. Des températures trop froides bloqueraient la reproduction de l'espèce et donc ne lui permettrait pas de s'établir.

La température est une variable clé dans le fonctionnement des hydrosystèmes (Tissot et al. 2010). Elle agit sur la dynamique des populations et des communautés, en jouant sur le métabolisme des poissons et les cycles de reproduction (Tissot et al. 2010). Suite à l'analyse des températures sur les 14 stations sélectionnées, il a été montré que les températures ne constituent pas une barrière à la dispersion du spirlin sur le sous bassin de la Garonne. Sur les stations où le spirlin est déjà présent, même si les températures deviennent trop importantes, il sera capable de rechercher des zone refuges thermiques afin de persister dans le milieu (Tissot et al. 2010). De plus, avec le réchauffement des eaux de surface, dû au réchauffement climatique, il est possible que le spirlin étende son territoire potentiellement colonisable, (Poulet et al. 2013) en rendant des zones qui étaient jusqu'à lors trop froides plus propices.

Le spirlin est considéré sur le bassin Adour-Garonne comme une espèce ayant un potentiel invasif modéré. Le spirlin est par ailleurs devenu l'espèce la plus abondante, sur la station du Touyre à Lagarde en Ariège. Ce phénomène a déjà été observé comme par exemple sur la Volga (Ruchin et al. 2009). Le spirlin pourrait alors devenir une espèce abondante sur certains cours d'eau du bassin Adour-Garonne, notamment avec de grosses densités. Un des principaux impacts de l'espèce, d'après le modèle AS-ISK utilisé dans le cadre de cette étude, risque d'être des nuisances au niveau spécifique ou populationnel, avec occupation d'une grande place dans les communautés ou hybridation avec d'autres espèces (Ruchin et al. 2009), ce qui pourrait alors venir modifier le succès reproducteur de certaines espèces, présentes en plus faibles effectifs.
## 4.2. Influence sur la note IPR

Lors de la modélisation de l'impact du spirlin sur la note IPR ainsi que sur les indices de diversité écologique, plusieurs difficultés ont été rencontrées. L'utilisation d'une régression linéaire multiple est le choix qui a été effectué ici car la distribution des données n'était pas toujours répartie selon la loi normale. Après plusieurs essais, il en a été déduit que le modèle était assez robuste, et qu'il modélisait au mieux ce qui était observé. Une normalisation des données a été effectuée à l'aide de fonctions logarithmiques, mais cela n'a pas suffi pour toutes les métriques étudiées. Afin de pouvoir comparer le modèle qui a été réalisé dans cette étude avec un autre, il serait intéressant de faire un second modèle à l'aide de GLM (Modèle Linéaire Généralisé).

Cette étude a permis de démontrer que le spirlin a un impact sur une partie des métriques constituant l'IPR, mais aussi sur la note IPR. La présence de spirlin a tendance à diminuer légèrement la note, celui-ci améliore alors artificiellement l'état écologique du cours d'eau. C'est pourquoi, il est important d'accompagner la note IPR d'une expertise, permettant de nuancer la note ainsi que d'apporter une explication à l'amélioration ou la détérioration de l'état écologique d'un cours d'eau.

Le spirlin a un impact sur les métriques Nombre d'Espèces Rhéophiles (NER), Nombre d'Espèces Lithophiles (NEL), Densité Individus Invertivores (DII), ce qui semble alors cohérent, car le spirlin est pris en compte dans le calcul de ces métriques. Par contre, les métriques Densité d'individus Omnivores (DIO) et Densité d'Individus Tolérants (DIT) sont impactées, alors que le spirlin n'est pas pris en compte dans le calcul de ces métriques. Une des hypothèses principales qui pourrait répondre à l'augmentation de ces deux métriques serait alors l'augmentation des ressources alimentaires que constitue cette nouvelle espèce. En effet, le spirlin étant une espèce très abondante localement, lors de sa reproduction, la grande quantité d'œufs relâchés dans le milieu et d'alevins émergeants pourraient constituer une ressource alimentaire importante pour ces espèces. De plus, les espèces principalement retrouvées dans les cortèges d'espèces sont les ablettes et chevesnes, qui sont deux espèces prises en compte dans le calcul des métriques DIO et DIT. La loche est aussi susceptible d'être favorisée par ce phénomène étant une espèce prise en compte dans le calcul de la métrique DIT.

Les métriques Nombre Total d'Espèces (NTE) et Densité Totale d'Individus (DTI) ne sont pas impactées par la présence de spirlin dans le milieu. La métrique NTE correspond à la richesse spécifique du milieu, mais seulement en considérant le cortège des 34 espèces prises en compte dans le calcul de la note IPR. Cette métrique varie donc en fonction du turnover du milieu. Celui-ci étant très grand dans les milieux aquatiques, il est alors possible que la métrique soit plus influencée par le turnover d'espèces du milieu que par la présence de spirlin. La métrique DTI est impactée de la même manière que le nombre total d'espèces, avec des espèces qui sont très abondantes dans le milieu qui peuvent avoir des effectifs très fluctuants au cours du temps et alors ne rien changer à la note de la métrique.

## 4.3. Influence sur les indices de diversité

Durant les dernières années, il a été observé une augmentation de la richesse spécifique locale dans les cours d'eau français (Buisson et al. 2008). Cependant, à partir des résultats, sur le bassin Adour Garonne, il est constaté une diminution de la richesse spécifique au cours du temps. Cette diminution de la richesse spécifique pourrait s'expliquer par les turnovers de populations qui sont assez grands dans les communautés ichtyologiques. La présence du spirlin vient augmenter la richesse spécifique du fait de l'ajout d'une nouvelle espèce dans le milieu, malgré le turnover continu dans les communautés piscicoles. Le turnover dans les communautés piscicoles concerne uniquement les espèces déjà présentes sur le bassin. Cependant, l'ajout d'une nouvelle espèce augmente le nombre d'espèces général, ce qui impacte alors la richesse spécifique. Contrairement à la métrique NTE qui n'est pas impactée par la présence du spirlin, la richesse spécifique est impactée, du fait qu'elle prend en compte le nombre total d'espèces présentes dans le milieu (et seulement les espèces modélisées par l'IPR)

La présence de spirlin impacte également l'indice de Shannon, ce qui signifie que la diversité spécifique du peuplement augmente en présence de spirlin. En effet, l'ajout d'une nouvelle espèce dans les communautés augmente la diversité, ce qui semble alors en adéquation avec les résultats obtenus.

L'indice de Simpson n'est lui pas impacté, ce qui signifie alors que la probabilité que deux individus pris au hasard dans une population appartiennent à la même espèce reste inchangée, ce qui peut s'expliquer par le fait que les densités de poissons augmente de manière générale dans les cours d'eau français durant les dernières décennies (Poulet et al. 2011) : l'arrivée du spirlin ajoute certes une nouvelle espèce dans le milieu, cependant, la densité des autres espèces augmente en parallèle. De plus, avec l'augmentation des densités de spirlin, il est possible qu'une augmentation de la compétition intraspécifique entre en jeu et vienne réguler les populations (Urvoy, 2017).
Enfin, l'indice de Pielou est impacté de manière négative par la présence de spirlin. Cela signifie alors que la dominance des espèces diminue avec la présence du spirlin dans le milieu. Cela semble alors cohérent, car l'arrivée d'une nouvelle espèce comme le spirlin qui forme des populations assez conséquentes, vient modifier la dominance des espèces. Peut-être à terme, le spirlin pourra « prendre la place » d'autres espèces dans le peuplement piscicole. De plus, l'indice de Pielou augmente en fonction de l'année, avec un coefficient assez proche de celui de la diminution de l'indice par le biais du spirlin. Il se pourrait alors que les deux effets se contre balancent et qu'il n'y ait pas d'effet visible au final.

## 5. Conclusion et perspectives

Sur le bassin Adour - Garonne, le spirlin est apparu en 2004 sur le sous bassin de la Charente, puis en 2005 sur le sous bassin de la Dordogne et en 2012 sur le sous bassin de la Garonne. La colonisation du bassin se fait avec une dynamique générale amont - aval. Il est notable que l'arrivée du spirlin fait diminuer la note IPR, notamment en modifiant les métriques. De plus, l'arrivée du spirlin a un impact sur la richesse spécifique, sur l'indice de Shannon et sur l'indice de Pielou. Il n'a cependant pas d'impact sur l'indice de diversité écologique de Simpson.

Il serait intéressant de compléter le jeu de données analysé ici avec les données des partenaires du bassin (les fédérations de pêche, les facultés, les conseils départementaux, les DREAL etc). Cela permettrait d'aller plus loin dans la constatation des modèles et analyses, et de préciser les résultats. De plus, faire une analyse de l'historique des aménagements permettant le passage des poissons sur les obstacles à l'écoulement permettrait d'expliquer les différents scénarios de dispersion de l'espèce.

Il serait intéressant de voir si l'arrivée du spirlin a un impact sur les autres indices biologiques pris en compte dans le cadre de la DCE. Le spirlin étant une nouvelle espèce sur le bassin, sa présence pourrait alors impacter d'autres communautés que celles piscicoles. L'espèce étant invertivore, il se pourrait qu'elle impacte les communautés d'invertébrés, notamment pris en compte dans le calcul de l'Indice Invertébrés Multi-Métrique (I2M2) ou encore l'Indice biologique diatomées (IBD).

Le spirlin est présent sur le bassin Rhône Méditerranée Corse (RMC), présent dans une partie de l'Aude, à quelques dizaines de kilomètres du bassin Adour-Garonne où celui-ci n'était pas présent. Une des hypothèses les plus probables pour expliquer cette apparition serait alors une introduction accidentelle lors de pêche de loisir au vif, avec notamment du spirlin qui aurait été pêché sur le bassin RMC, puis utilisé comme vif sur le bassin Adour - Garonne. Les vifs non utilisés auraient alors été déversés dans le Touyre, zone où le spirlin est apparu sur le bassin de la Garonne. Afin de confirmer cette hypothèse, il serait alors intéressant d'effectuer des études génétiques, pouvant montrer la proximité génétique entre les individus présents sur le bassin RMC et Adour-Garonne situés tous deux à proximité.

De plus, une analyse des niches écologiques serait intéressante, par comparaison avec les populations de spirlin d'autres bassins. En effet, les niches des bassins où le spirlin est natif pourraient être comparées avec les niches occupées sur le bassin Adour-Garonne, afin de voir si les comportements sont les mêmes et s'il existe une concurrence entre les espèces, suite à l'occupation de niches vacantes ou non.

## 6. Bibliographie

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# 7. Annexes

## Liste des annexes :

* Annexe 1 : Liste des espèces prises en compte dans le calcul de la note IPR

* Annexe 2 : Liste des métriques et de leur influence sur la note IPR

* Annexe 3 : Exemple d'évolution de l'Indice Poisson Rivière (IPR) au cours du temps pour la station de l'Ariège à Clermont le Fort.

* Annexe 4 : Exemple d'analyse exploratoire sur les métriques de la note IPR sur la station de l'Ariège à Clermont-le-Fort.

* Annexe 5 : Graphique du référendum thermique du spirlin adulte sur la station de l'Ariège à Clermont-le-Fort.

* Annexe 6 : Répartition des obstacles à l'écoulement sur le Bassin Adour-Garonne

* Annexe 7 : Franchissabilité des obstacles à l'écoulement sur le Bassin Adour-Garonne

* Annexe 8 : Répartition des passes à poissons utilisables par le spirlin sur le bassin Adour-Garonne

* Annexe 9 : Répartition des sous bassins hydrographiques sur le bassin Adour-Garonne

* Annexe 10 : Résultats bruts de sortie du modèle AS-ISK
## Liste des espèces intervenant dans le calcul des différentes métriques

<table><thead><tr><th>Famille</th><th>Nom commun</th><th>Code</th><th>NTE</th><th>NER</th><th>NEL</th><th>DIT</th><th>DII</th><th>DIO</th><th>DTI</th></tr></thead><tbody><tr><td colspan="10"><strong>Espèces</strong></td></tr><tr><td colspan="10"><strong>Petromyzontidae</strong></td></tr><tr><td>• Lampetra planeri</td><td>lamproie de Planer</td><td>LPP</td><td>I</td><td></td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td colspan="10"><strong>Anguillidae</strong></td></tr><tr><td>• Anguilla anguilla</td><td>anguille</td><td>ANG</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td>I</td><td></td><td>I</td></tr><tr><td colspan="10"><strong>Salmonidae</strong></td></tr><tr><td>• Salmo trutta fario</td><td>truite</td><td>TRF</td><td>I</td><td>I</td><td>I</td><td></td><td>I</td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Salmo salar</td><td>saumon</td><td>SAT</td><td>I</td><td>I</td><td>I</td><td></td><td>I</td><td></td><td>I</td></tr><tr><td colspan="10"><strong>Thymallidae</strong></td></tr><tr><td>• Thymallus thymallus</td><td>ombre commun</td><td>OBR</td><td>I</td><td>I</td><td>I</td><td></td><td>I</td><td></td><td>I</td></tr><tr><td colspan="10"><strong>Esocidae</strong></td></tr><tr><td>• Esox lucius</td><td>brochet</td><td>BRO</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td colspan="10"><strong>Cyprinidae</strong></td></tr><tr><td>• Phoxinus phoxinus</td><td>vairon</td><td>VAI</td><td>I</td><td></td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Gobio gobio</td><td>goujon</td><td>GOU</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td>I</td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Leuciscus leuciscus</td><td>vandoise</td><td>VAN</td><td>I</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td>I</td><td>I</td></tr><tr><td>• Leuciscus cephalus</td><td>chevaine</td><td>CHE</td><td>I</td><td></td><td></td><td>I</td><td></td><td>I</td><td>I</td></tr><tr><td>• Leuciscus souffia</td><td>blageon</td><td>BLN</td><td>I</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Chondrostoma nasus</td><td>hotu</td><td>HOT</td><td>I</td><td>I</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Chondrostoma toxostoma</td><td>toxostome</td><td>TOX</td><td>I</td><td>I</td><td>I</td><td></td><td></td><td>I</td><td>I</td></tr><tr><td>• Barbus barbus</td><td>barbeau</td><td>BAF</td><td>I</td><td>I</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Barbus meridianalis</td><td>barbeau méridional</td><td>BAM</td><td>I</td><td>I</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Cyprinus carpio</td><td>carpe</td><td>CCO</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Carassius sp.</td><td>carassins</td><td>CAS</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Tinca tinca</td><td>tanche</td><td>TAN</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Bicca bjoerkna et Abramis brama</td><td>brèmes</td><td>BBB</td><td>I</td><td></td><td></td><td>I</td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Rutilus rutilus</td><td>gardon</td><td>GAR</td><td>I</td><td></td><td></td><td>I</td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Scardinius erythrophthalmus</td><td>rotengle</td><td>ROT</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Rhodeus amorus</td><td>bouvière</td><td>BOU</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Albumoides bipunctatus</td><td>spirlin</td><td>SPI</td><td>I</td><td>I</td><td>I</td><td></td><td>I</td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Albumus albumus</td><td>ablette</td><td>ABL</td><td>I</td><td></td><td></td><td>I</td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td colspan="10"><strong>Cobitidae</strong></td></tr><tr><td>• Barbatula barbatula</td><td>loche franche</td><td>LOF</td><td>I</td><td></td><td></td><td>I</td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td colspan="10"><strong>Ictaluridae</strong></td></tr><tr><td>• Ictalurus melas</td><td>poisson-chat</td><td>PCH</td><td>I</td><td></td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td colspan="10"><strong>Gadidae</strong></td></tr><tr><td>• Lota lota</td><td>lote</td><td>LOT</td><td>I</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td colspan="10"><strong>Gasterosteidae</strong></td></tr><tr><td>• Gasterosteus aculeatus</td><td>épinoche</td><td>EPI</td><td>I</td><td></td><td></td><td>I</td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Pungitius pungitius</td><td>épinochette</td><td>EPT</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td colspan="10"><strong>Centrarchidae</strong></td></tr><tr><td>• Lepomis gibbosus</td><td>perche soleil</td><td>PES</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td>I</td><td></td><td>I</td></tr><tr><td colspan="10"><strong>Percidae</strong></td></tr><tr><td>• Percus fluviatilis</td><td>perche</td><td>PER</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Stizostedion lucioperca</td><td>sandre</td><td>SAN</td><td>I</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td>• Gymnocephalus cernuus</td><td>grémille</td><td>GRE</td><td>I</td><td></td><td></td><td>I</td><td></td><td></td><td>I</td></tr><tr><td colspan="10"><strong>Cottidae</strong></td></tr><tr><td>• Cottus gobio</td><td>chabot</td><td>CHA</td><td>I</td><td>I</td><td>I</td><td></td><td>I</td><td></td><td>I</td></tr></tbody></table>

Annexe 1 : Liste des espèces prises en compte dans le calcul de la note IPR

Source : Belliard et Roset 2006
<table><caption>Liste des métriques intervenant dans le calcul de l'IPR</caption><thead><tr><th>Métrique</th><th>Abréviation</th><th>Réponse à l'augmentation des pressions humaines</th></tr></thead><tbody><tr><td>Nombre total d'espèces</td><td>NTE</td><td> ou </td></tr><tr><td>Nombre d'espèces rhéophiles</td><td>NER</td><td>3</td></tr><tr><td>Nombre d'espèces lithophiles</td><td>NEL</td><td>3</td></tr><tr><td>Densité d'individus tolérants</td><td>DIT</td><td>3</td></tr><tr><td>Densité d'individus invertivores</td><td>DII</td><td>3</td></tr><tr><td>Densité d'individus omnivores</td><td>DIO</td><td>3</td></tr><tr><td>Densité totale d'individus</td><td>DTI</td><td>3 ou 4</td></tr></tbody></table>

Annexe 2 : Liste des métriques et de leur influence sur la note IPR

Source : Belliard et Roset 2006

Evolution de l'indice IPR

<figure><img src="image_22.png" /></figure>

Annexe 3 : Exemple d'évolution de l'Indice Poisson Rivière (IPR) au cours du temps pour la station de l'Ariège à Clermont le Fort.
<figure><img src="image_23.png" /></figure>

Annexe 4 : Exemple d'analyse exploratoire sur les métriques de la note IPR sur la station de l'Ariège à Clermont-le-Fort.

<figure><img src="image_24.png" /></figure>

Annexe 5 : Graphique du référendum thermique du spirlin adulte sur la station de l'Ariège à Clermont-le-Fort.
## Bassin Adour - Garonne

### Répartition des obstacles à l'écoulement

<figure><img src="image_25.png" /><figcaption>Annexe 6 : Répartition des obstacles à l'écoulement sur le Bassin Adour-Garonne</figcaption></figure>

## Bassin Adour - Garonne

### Franchissabilité des obstalces à l'écoulement (selon l'ICE, franchissable par le spirlin si hauteur de chute inférieur à 1m).

<figure><img src="image_26.png" /><figcaption>Annexe 7 : Franchissabilité des obstacles à l'écoulement sur le Bassin Adour-Garonne</figcaption></figure>
Bassin Adour - Garonne

Aide à la franchissabilité des obstacles pour le spirlin

<figure><img src="image_27.png" /><figcaption>Annexe 8 : Répartition des passes à poissons utilisables par le spirlin sur le bassin Adour-Garonne</figcaption></figure>

Bassin Adour - Garonne

Les sous bassins hydrographiques

<figure><img src="image_28.png" /><figcaption>Annexe 9 : Répartition des sous bassins hydrographiques sur le bassin Adour-Garonne</figcaption></figure>
AS-ISK v2

<table><thead><tr><th colspan="4">Informations sur le taxon et l'évaluateur</th></tr></thead><tbody><tr><td>Catégorie</td><td colspan="3">Poissons et lamproies (eaux douces)</td></tr><tr><td>Nom taxon</td><td colspan="3">Spirlin</td></tr><tr><td>Nom commun</td><td colspan="3">alburnoides</td></tr><tr><td>Évaluateur</td><td colspan="3">Nicolas Laurence Lionel</td></tr><tr><th colspan="4">Contexte de l'évaluation des risques</th></tr><tr><td>Motif et avantages socio-économiques</td><td colspan="3"></td></tr><tr><td>Aire d'évaluation des risques</td><td colspan="3">Bassin Adour Garonne</td></tr><tr><td>Taxinomie</td><td colspan="3"></td></tr><tr><td>Aire native</td><td colspan="3">Tout le reste de la France</td></tr><tr><td>Aire d'introduction</td><td colspan="3">Bassin Adour Garonne</td></tr><tr><td>URL</td><td colspan="3"></td></tr></tbody></table>

<table><thead><tr><th>Colonne 1</th><th>Colonne 2</th><th>Colonne3</th><th>Colonne4</th><th>Colonne5</th><th>Colonne6</th></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td>Réponse</td><td>Justification (référence et/ou autre information)</td><td>Confiance</td></tr></thead><tbody><tr><td colspan="6"><strong>A. Biogéographie/Historique</strong></td></tr><tr><td colspan="6"><strong>1. Domestication/Élevage</strong></td></tr><tr><td>1</td><td>1,01</td><td>Le taxon a-t-il fait l'objet d'une domestication (ou d'un élevage) pendant au moins 20 générations ?</td><td>Non</td><td>Pas de domestication</td><td>Élevé</td></tr><tr><td>2</td><td>1,02</td><td>Le taxon est-il capturé dans la nature et vraisemblablement vendu ou utilisé sous sa forme vivante ?</td><td>Oui</td><td>Utilisation comme vif</td><td>Moyen</td></tr><tr><td>3</td><td>1,03</td><td>Le taxon a-t-il des races, variétés, sous taxons ou congénères invasifs ?</td><td>Non</td><td>Biblio</td><td>Élevé</td></tr><tr><td colspan="6"><strong>2. Climat, distribution et risque d'introduction</strong></td></tr><tr><td>4</td><td>2,01</td><td>Quel est le niveau de similarité entre les conditions climatiques de l'aire d'évaluation des risques et celles de l'aire native du taxon ?</td><td>Moyen</td><td>Climat méditerranéen vs atlantique vs continental</td><td>Élevé</td></tr><tr><td>5</td><td>2,02</td><td>Quelle est la qualité (exhaustivité) des jeux de données climatiques correspondantes ?</td><td>#N/A</td><td>Existe données météo mais pas utilisées ici</td><td>Faible</td></tr><tr><td>6</td><td>2,03</td><td>Le taxon est-il déjà présent en liberté (hors captivité) dans l'aire d'évaluation des risques ?</td><td>Non applicable</td><td>pas un poisson d'élevage</td><td>Très élevé</td></tr><tr><td>7</td><td>2,04</td><td>Combien de vecteurs d'introduction potentiels le taxon peut-il utiliser pour pénétrer dans l'aire d'évaluation des risques ?</td><td>&gt;1</td><td>Utilisation comme vif, déversement accidentel, migration...</td><td>Très élevé</td></tr><tr><td>8</td><td>2,05</td><td>Le taxon est-il actuellement observé à proximité de l'aire d'évaluation des risques, avec une probabilité élevée d'entrer dans l'aire d'évaluation des risques dans un futur proche (e.g. introductions intentionnelles et accidentelles) ?</td><td>Oui</td><td>Réseau de surveillance</td><td>Très élevé</td></tr><tr><td colspan="6"><strong>3. Caractère invasif dans une autre région</strong></td></tr><tr><td>9</td><td>3,01</td><td>Le taxon est-il déjà naturalisé (populations établies viables) en dehors de son aire native ?</td><td>Oui</td><td>Reproduction sur le bassin</td><td>Très élevé</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td>10</td><td>3,02</td><td>Dans l'aire d'introduction du taxon, montre-t-il des effets négatifs connus sur des populations sauvages ou taxons à usage commercial ?</td><td>Non applicable</td><td>Démonstration pas flagrante</td><td>Faible</td></tr><tr><td>11</td><td>3,03</td><td>Dans l'aire d'introduction du taxon, montre-t-il des effets négatifs connus sur les activités aquacoles ?</td><td>Non</td><td>Pas d'effet montré sur les piscicultures</td><td>Très élevé</td></tr><tr><td>12</td><td>3,04</td><td>Dans l'aire d'introduction du taxon, montre-t-il des effets négatifs connus sur les services écosystémiques ?</td><td>Non</td><td>Pas démontré mais d'après expertise effet négatif peu probable</td><td>Faible</td></tr><tr><td>13</td><td>3,05</td><td>Dans l'aire d'introduction du taxon, montre-t-il des effets négatifs connus sur les activités socio-économiques ?</td><td>Non</td><td>Pas démontré</td><td>Faible</td></tr></table>

## B. Biologie/Écologie

### 4. Traits particuliers indésirables (ou persistance)

<table><tr><td>14</td><td>4,01</td><td>Est-il probable que le taxon soit toxique ou pose d'autres risques pour la santé humaine ?</td><td>Non</td><td>Comestible</td><td>Très élevé</td></tr><tr><td>15</td><td>4,02</td><td>Est-il probable que le taxon contraigne (réduise, déplace, etc.) un ou plusieurs taxons natifs (qui ne soient pas menacés ou protégés) ?</td><td>Oui</td><td>Démonstration pas flagrante, influence significative sur l'IPR</td><td>Faible</td></tr><tr><td>16</td><td>4,03</td><td>Y a-t-il des taxons menacés ou protégés de l'aire d'évaluation des risques qui pourraient être parasités par le taxon exotique ?</td><td>Non</td><td>Aucun parasitisme connu</td><td>Élevé</td></tr><tr><td>17</td><td>4,04</td><td>Le taxon peut-il s'adapter à de nouvelles conditions climatiques ou autres conditions environnementales, et ainsi augmenter sa persistance potentielle, s'il a ou pouvait envahir l'aire d'évaluation des risques ?</td><td>Oui</td><td>Arrivée sur le bassin Adour Garonne et se développe (nouveau climat)</td><td>Élevé</td></tr><tr><td>18</td><td>4,05</td><td>Est-il probable que le taxon perturbe la structure/fonctionnement de la chaîne trophique au sein de l'écosystème, s'il a ou va probablement envahir l'aire d'évaluation des risques ?</td><td>Oui</td><td>Effet montré sur l'IPR</td><td>Faible</td></tr><tr><td>19</td><td>4,06</td><td>Est-il probable que le taxon impacte négativement les services écosystémiques de l'aire d'évaluation des risques ?</td><td>Non</td><td>Pas de biblio connue</td><td>Faible</td></tr><tr><td>20</td><td>4,07</td><td>Est-il probable que le taxon soit hôte ou vecteur d'agents infectieux ou de 'pestes', endémiques de l'aire d'évaluation des risques ?</td><td>Oui</td><td>On ne sait jamais</td><td>Faible</td></tr><tr><td>21</td><td>4,08</td><td>Est-il probable que le taxon soit hôte ou vecteur d'agents infectieux ou de 'pestes', absents (nouveaux) de l'aire d'évaluation des risques ?</td><td>Oui</td><td>On ne sait jamais</td><td>Faible</td></tr><tr><td>22</td><td>4,09</td><td>Est-il probable que le taxon atteigne une taille qui facilite son échappement d'élevage ?</td><td>Non applicable</td><td>Pas d'élevage de spi</td><td>Élevé</td></tr><tr><td>23</td><td>4,10</td><td>Le taxon peut-il se maintenir dans des conditions variées de vitesses de courants (e.g. versatile dans l'utilisation de son habitat) ?</td><td>Oui</td><td>Espèce rhéophile, retrouvée sur d'autres faciès</td><td>Élevé</td></tr><tr><td>24</td><td>4,11</td><td>Est-il probable que le mode de vie du taxon (e.g. excrétion de substances) ou ses comportements (e.g. alimentation) réduisent la qualité de l'habitat pour les espèces natives ?</td><td>Oui</td><td>À vérifier avec l'ablette et goujon, impact sur l'IPR</td><td>Faible</td></tr><tr><td>25</td><td>4,12</td><td>Est-il probable que le taxon maintienne une population viable, même à de faibles densités (ou persiste dans des conditions défavorables sous une forme dormante) ?</td><td>Oui</td><td>Résultats réseau de surveillance</td><td>Élevé</td></tr></table>

### 5. Exploitation de la ressource

<table><tr><td>26</td><td>5,01</td><td>Est-il probable que le taxon consomme des espèces natives protégées ou menacées dans l'aire d'évaluation des risques ?</td><td>Oui</td><td>Voir consommation d'œufs de poissons, macro invertébrés</td><td>Faible</td></tr><tr><td>27</td><td>5,02</td><td>Est-il probable que le taxon détourne des ressources nutritives (incluant les nutriments) au détriment des espèces natives dans l'aire d'évaluation des risques ?</td><td>Oui</td><td>Voir autres espèces invertivores, démontré sur l'IPR</td><td>Faible</td></tr></table>

### 6. Reproduction
<table><tbody><tr><td>28</td><td>6,01</td><td>Est-il probable que le taxon prodigue des soins parentaux ou/et qu'il réduise l'âge à maturité en réponse aux conditions environnementales ?</td><td>Non</td><td>Biblio</td><td>Très élevé</td></tr><tr><td>29</td><td>6,02</td><td>Est-il probable que le taxon produise des gamètes ou propagules viables (dans l'aire d'évaluation des risques) ?</td><td>Oui</td><td>Reproduction connue</td><td>Très élevé</td></tr><tr><td>30</td><td>6,03</td><td>Est-il probable que le taxon s'hybride naturellement avec les espèces natives ?</td><td>Oui</td><td>Hybridation connue de nombreux cyprinidés entre eux</td><td>Faible</td></tr><tr><td>31</td><td>6,04</td><td>Est-il probable que le taxon soit hermaphrodite ou montre une reproduction asexuée ?</td><td>Non</td><td>Biblio</td><td>Très élevé</td></tr><tr><td>32</td><td>6,05</td><td>Le taxon est-il dépendant de la présence d'un autre taxon (ou de caractéristiques d'habitats spécifiques) pour compléter son cycle de vie ?</td><td>Non</td><td>Biblio</td><td>Très élevé</td></tr><tr><td>33</td><td>6,06</td><td>Est-il connu (ou probable) que le taxon produise une large quantité de propagules ou de juvéniles en un temps réduit (e.g. &lt; 1 an) ?</td><td>Oui</td><td>Plage de reproduction assez large, donc plusieurs plages de reproduction possibles dans l'année</td><td>Moyen</td></tr><tr><td>34</td><td>6,07</td><td>Quelle durée (jours, mois, années) le taxon requiert-il pour atteindre son âge de première reproduction ?</td><td>2</td><td>Comparé aux autres cyprinidés</td><td>Faible</td></tr><tr><td colspan="6"><b>7. Mécanismes de dispersion</b></td></tr><tr><td>35</td><td>7,01</td><td>Combien de voies/vecteurs internes potentiels le taxon peut-il utiliser pour se disperser dans l'aire d'évaluation des risques (avec des conditions d'habitats proches appropriées)?</td><td>&gt;1</td><td>Pêche au vif, écoulement, déversements</td><td>Très élevé</td></tr><tr><td>36</td><td>7,02</td><td>L'une de ces voies (ou vecteurs) peut-elle conduire le taxon à proximité d'un ou de plusieurs habitats protégés (e.g. Zones de conservation marines, Aire marine protégée, Site d'Intérêt Spécial)?</td><td>Oui</td><td>Zones Natura 2000...</td><td>Très élevé</td></tr><tr><td>37</td><td>7,03</td><td>Le taxon a-t-il la capacité à se fixer activement sur des substrats durs (e.g. coque de bateaux, pieux, bouées) de sorte que cela accroît sa probabilité de dispersion ?</td><td>Non</td><td>Biblio</td><td>Très élevé</td></tr><tr><td>38</td><td>7,04</td><td>La dispersion naturelle du taxon pourrait-elle s'effectuer sous la forme d'œufs (pour les animaux) ou de propagules (pour les plantes : graines, spores) dans l'aire d'évaluation des risques ?</td><td>Oui</td><td>Probabilité très faible</td><td>Faible</td></tr><tr><td>39</td><td>7,05</td><td>La dispersion naturelle du taxon pourrait-elle s'effectuer sous la forme de larves/juvéniles (pour les animaux) ou sous forme de fragments/jeunes plants (pour les plantes) dans l'aire d'évaluation des risques ?</td><td>Oui</td><td>Juvéniles dévalant</td><td>Moyen</td></tr><tr><td>40</td><td>7,06</td><td>Est-il probable que des stades de vie plus âgés du taxon migrent dans l'aire d'évaluation des risques pour se reproduire ?</td><td>Oui</td><td>cf. réseau de surveillance</td><td>Élevé</td></tr><tr><td>41</td><td>7,07</td><td>Est-il probable que propagules ou œufs du taxon soient dispersés dans l'aire d'évaluation des risques par d'autres animaux ?</td><td>Non</td><td>Très peu probable</td><td>Faible</td></tr><tr><td>42</td><td>7,08</td><td>Est-il probable que la dispersion du taxon par l'une des voies (ou vecteurs) mentionnées dans les sept questions précédentes (35-41 ; i.e. de façon intentionnelle ou accidentelle) soit rapide ?</td><td>Oui</td><td>Crues, écoulement</td><td>Très élevé</td></tr><tr><td>43</td><td>7,09</td><td>La dispersion du taxon est-elle densité dépendante ?</td><td>Oui</td><td>Logiquement</td><td>Faible</td></tr><tr><td colspan="6"><b>8. Caractéristiques de tolérance</b></td></tr><tr><td>44</td><td>8,01</td><td>Le taxon est-il capable de subir de longues périodes hors de l'eau (e.g. minimum d'une ou plusieurs heures) à un de ses stades de vie ?</td><td>Non</td><td>Biblio</td><td>Très élevé</td></tr><tr><td>45</td><td>8,02</td><td>Le taxon est-il tolérant à une large gamme de conditions de qualité d'eau le concernant ? [Dans le champ Justification, indiquer la (les) variable(s) de qualité d'eau considérée(s).]</td><td>Non</td><td>Biblio</td><td>Moyen</td></tr><tr><td>46</td><td>8,03</td><td>Le taxon peut-il être maîtrisé ou éradiqué en milieu ouvert aux moyens de substances chimiques, biologiques ou autres agents ?</td><td>Non</td><td>Expérience autres espèces invasives aquatiques</td><td>Élevé</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td>47</td><td>8,04</td><td>Est-il probable que le taxon tolère ou bénéficie des perturbations d'origine environnementale ou anthropique ?</td><td>Oui</td><td>Pêche au vif, crues,</td><td>Très élevé</td></tr><tr><td>48</td><td>8,05</td><td>Le taxon est-il capable de tolérer des niveaux de salinité qui soient plus élevés ou plus faibles que ceux trouvés dans son environnement habituel ?</td><td>Non</td><td>Biblio</td><td>Très élevé</td></tr><tr><td>49</td><td>8,06</td><td>Des ennemis naturels effectifs du taxon (prédateurs) sont-ils présents dans l'aire d'évaluation des risques ?</td><td>Oui</td><td>Carnassiers</td><td>Très élevé</td></tr></table>

## C. Changement climatique

### 9. Changement climatique

<table><tr><td>50</td><td>9,01</td><td>Selon les prévisions sur les conditions climatiques futures, les risques d'arrivée du taxon dans l'aire d'évaluation des risques vont-ils augmenter, diminuer, ou ne pas changer ?</td><td>Augmentation</td><td>Augmentation de la température favorable dans les zone apicales</td><td>Faible</td></tr><tr><td>51</td><td>9,02</td><td>Selon les prévisions sur les conditions climatiques futures, le risque d'établissement des populations posé par le taxon vont-ils augmenter, diminuer, ou ne pas changer ?</td><td>Augmentation</td><td>Augmentation de la température favorable dans les zone apicales</td><td>Faible</td></tr><tr><td>52</td><td>9,03</td><td>Selon les prévisions sur les conditions climatiques futures, les risques de dispersion du taxon au sein de l'aire d'évaluation des risques vont-ils augmenter, diminuer, ou ne pas changer ?</td><td>Augmentation</td><td>Augmentation de la température favorable dans les zone apicales</td><td>Faible</td></tr><tr><td>53</td><td>9,04</td><td>Selon les prévisions sur les conditions climatiques futures, quelle est l'amplitude probable des impacts futurs potentiels sur la biodiversité et/ou l'intégrité/statut écologique ?</td><td>Plus élevé</td><td>Impact sur l'IPR à l'heure actuelle</td><td>Faible</td></tr><tr><td>54</td><td>9,05</td><td>Selon les prévisions sur les conditions climatiques futures, quelle est l'amplitude probable des impacts futurs potentiels sur la structure de l'écosystème et/ou son fonctionnement ?</td><td>Plus élevé</td><td>Impact démontré sur l'IPR</td><td>Faible</td></tr><tr><td>55</td><td>9,06</td><td>Selon les prévisions sur les conditions climatiques futures, quelle est l'amplitude probable des impacts futurs potentiels sur les services écosystémiques et/ou facteurs socio-économiques ?</td><td>Sans changement</td><td>Pas de services écosystémiques</td><td>Faible</td></tr></table>

## Statistiques

Notes

BRA 24,0

Résultat BRA Moyen

BRA+CCA 34,0

Résultat BRA+CCA Moyen

## Répartition notation

A. Biogéographie/Historique 1,0

1. Domestication/Élevage 0,0

2. Climat, distribution et risque d'introduction 1,0

3. Caractère invasif dans une autre région 0,0

B. Biologie/Écologie 23,0

4. Traits particuliers indésirables (ou persistance) 8,0

5. Exploitation de la ressource 7,0

6. Reproduction 3,0

7. Mécanismes de dispersion 5,0

8. Caractéristiques de tolérance 0,0

C. Changement climatique 10,0

9. Changement climatique 10,0
<table><thead><tr><th colspan="2">Questions répondues</th></tr></thead><tbody><tr><td><strong>Total</strong></td><td><strong>55</strong></td></tr><tr><td><strong>A. Biogéographie/Historique</strong></td><td><strong>13</strong></td></tr><tr><td>1. Domestication/Élevage</td><td>3</td></tr><tr><td>2. Climat, distribution et risque d'introduction</td><td>5</td></tr><tr><td>3. Caractère invasif dans une autre région</td><td>5</td></tr><tr><td><strong>B. Biologie/Écologie</strong></td><td><strong>36</strong></td></tr><tr><td>4. Traits particuliers indésirables (ou persistance)</td><td>12</td></tr><tr><td>5. Exploitation de la ressource</td><td>2</td></tr><tr><td>6. Reproduction</td><td>7</td></tr><tr><td>7. Mécanismes de dispersion</td><td>9</td></tr><tr><td>8. Caractéristiques de tolérance</td><td>6</td></tr><tr><td><strong>C. Changement climatique</strong></td><td><strong>6</strong></td></tr><tr><td>9. Changement climatique</td><td>6</td></tr><tr><th colspan="2">Activités sectorielles impactées</th></tr><tr><td>Commerciale</td><td>4</td></tr><tr><td>Environnementale</td><td>12</td></tr><tr><td>Nuisance au niveau spécifique ou populationnel</td><td>22</td></tr></tbody></table>

<table><thead><tr><th colspan="2">Seuils</th></tr></thead><tbody><tr><td>BRA</td><td>27,5</td></tr><tr><td>BRA+CCA</td><td>34,75</td></tr></tbody></table><table><thead><tr><th colspan="2">Confiance</th></tr></thead><tbody><tr><td>BRA+CCA</td><td>0,60</td></tr><tr><td>BRA</td><td>0,65</td></tr><tr><td>CCA</td><td>0,25</td></tr></tbody></table>

<table><thead><tr><th>Date et horaire</th></tr></thead><tbody><tr><td>30/06/2022 10:32:27</td></tr></tbody></table>

Annexe 10 : Résultats bruts de sortie du modèle AS-ISK
Résumé :

Dans le cadre de la Directive Cadre sur l'Eau (DCE), l'Union Européenne (UE) a développé des protocoles communs à tous les pays de l'UE afin de permettre une gestion durable de la ressource en eau et des écosystèmes aquatiques. Un des principaux objectifs fixés est notamment l'atteinte du bon état chimique et écologique de l'ensemble des eaux de surface et souterraines. Afin d'évaluer cet état écologique, différents indices sont calculés, notamment l'Indice Poisson Rivières (IPR). L'arrivée d'une nouvelle espèce sur un cours d'eau ou sur un bassin hydrographique pourrait alors venir perturber l'état écologique des eaux de surface.

En 2004, le spirlin apparu sur le bassin Adour -Garonne. Dans un premier temps sur les sous bassins de la Charente (2004) et de la Dordogne (2005), et depuis 2012 sur le sous-bassin de la Garonne. Les résultats montrent que cette espèce se propage assez rapidement, avec une progression plus rapide sur le sous bassin de la Garonne. Les populations de spirlin sont restées plutôt stables sur les sous bassins de la Charente et de la Dordogne jusqu'en 2008 ou le front de colonisation commence à avancer. La dynamique de dispersion de l'espèce se fait selon un gradient amont-aval de manière générale. Cependant, quelques cas de colonisation dans le sens aval – amont ont été observés. Il a été estimé que sur le sous bassin de la Garonne, 302,31km de cours d'eau ont été colonisés en 10 ans, contre 242,21km en 18 ans sur les sous bassins de la Charente et de la Dordogne. Une prédiction du potentiel de colonisation de l'espèce sur ces sous bassins a été effectuée, en prenant en compte les températures et les obstacles à l'écoulement. Le linéaire probablement colonisable est alors estimé à 530,44km sur les sous bassins de la Charente et de la Dordogne, et 905,54km sur le sous bassin de la Garonne.

Le spirlin n'étant naturellement pas présent sur le bassin Adour - Garonne il est intéressant de voir si son arrivée a un impact sur la note IPR. Après analyses statistiques, il est notable que l'arrivée de cette nouvelle espèce sur le bassin Adour - Garonne a tendance à diminuer la note IPR, notamment en modifiant les métriques dans lesquelles il est pris en compte pour le calcul de l'Indice. De plus, l'arrivée du spirlin a un impact sur la richesse spécifique, du fait de l'ajout d'une nouvelle espèce dans le milieu. Sur l'indice de Shannon, ce qui signifie que la diversité spécifique du peuplement augmente en présence de spirlin. L'indice de Pielou est aussi impacté mais de manière négative par la présence de spirlin. Cela signifie que la dominance des espèces est légèrement impactée par la présence du spirlin dans le milieu. Il n'a cependant pas d'impact significatif sur l'indice de diversité écologique de Simpson ce qui signifie que la probabilité que deux individus pris au hasard dans la population appartiennent à la même espèce reste inchangée.

Mots-clés : Poissons, IPR, Indices de diversité, spirlin, Adour-Garonne.