À l'échelle du sondage pédologique :

Conductivité hydraulique en profondeur sondage pédologique

$$
\begin{align*}
& h_{\text{Horizon sableux}} \times 1 + h_{\text{Horizon sablo-limoneux}} \times 1 + h_{\text{Horizon histiques}} \times 0,7 + \\
& h_{\text{Horizon limono-argileux}} \times 0,4 + h_{\text{Horizon limoneux}} \times 0,4 + h_{\text{Horizon limono-sableux}} \times 0,4 + \\
& \qquad h_{\text{Horizon argileux}} \times 0,1 + h_{\text{Horizon argilo-limoneux}} \times 0,1 \\
& = \frac{0,9}{0,9}
\end{align*}
$$

Où

$h_{\text{Horizon sableux}}$; l'épaisseur totale des horizons sableux en m entre 30 et 120 cm dans le sondage pédologique.

$h_{\text{Horizon sablo-limoneux}}$; l'épaisseur totale des horizons sablo-limoneux en m entre 30 et 120 cm dans le sondage pédologique.

$h_{\text{Horizon histiques}}$; l'épaisseur totale des horizons histique en m entre 30 et 120 cm dans le sondage pédologique.

$h_{\text{Horizon limono-argileux}}$; l'épaisseur totale des horizons limono-argileux en m entre 30 et 120 cm dans le
sondage pédologique.

$h_{\text{Horizon limoneux}}$; l'épaisseur totale des horizons limoneux en m entre 30 et 120 cm dans le sondage pédologique.

$h_{\text{Horizon limono-sableux}}$; l'épaisseur totale des horizons limono-sableux en m entre 30 et 120 cm dans le sondage pédologique.

$h_{\text{Horizon argilo-limoneux}}$; l'épaisseur totale des horizons argilo-limoneux en m entre 30 et 120 cm dans le
sondage pédologique.

$h_{\text{Horizon argileux}}$; l'épaisseur totale des horizons argileux en m entre 30 et 120 cm dans le sondage pédologique.

Les valeurs indiquent conductivité hydraulique décroissante selon le type de matériau qui constitue le sol (texture ou horizons histiques) (valeurs ordonnées vu les règles d'étalonnage choisies et d'après les valeurs proposées par Musy et Soutter 1991).

La valeur de 0,9 correspond à l'épaisseur de sol prise en compte pour calculer l'indicateur (entre 0,3 et 1,2 m).
Cette valeur permet d'avoir un indicateur dont la valeur n'excède pas 1.

**Question à laquelle répond l'indicateur** : quelle est la conductivité hydraulique entre 30 cm et 120 cm dans le sol du site ?

**Sous-fonction renseignée :** recharge des nappes.

Interprétation de l'indicateur et principales limites : quand la valeur de l'indicateur croît, le matériau entre 30 cm et 120 cm dans le sol est plus grossier, la conductivité hydraulique est plus importante et les conditions sont plus favorables à la recharge des nappes.

Comme limite à cet indicateur, on peut mentionner le fait qu'il ne tienne pas compte d'éventuelles
interactions avec d'autres paramètres qui peuvent affecter la conductivité hydraulique (par ex. charge en
cailloux dans le sol) et le fait qu'il ne tienne pas compte du degré de décomposition du matériau organique
dans les horizons histiques ; alors que cela affecte la conductivité hydraulique à saturation dans le sol.

-> voir page suivante.
Représentation simplifiée de l'indicateur et influence sur la sous-fonction :

<figure><img src="image_101.png" /></figure>
Définition des traits d'hydromorphie

L'occupation de toute la porosité de l'horizon d'un sol par l'eau est appelée engorgement ou saturation. La macroporosité est alors occupée par une eau « libre » qui chasse l'air. L'engorgement peut être temporaire (par ex. durant les précipitations hivernales et printanières) ou permanent (tout au long de l'année). **L'hydromorphie est une manifestation morphologique de l'engorgement. Elle apparaît sous la forme de traits d'hydromorphie (par ex. ségrégations, colorations ou décolorations, accumulation de matière organique) qui peuvent persister à la fois durant des périodes humides et sèches (Ministère de l'Écologie du Développement Durable et de l'Énergie et Groupement d'Intérêt Scientifique Sol 2013).** Des précautions sont néanmoins à prendre lorsqu'il s'agit d'établir un lien entre engorgement et hydromorphie (Encadré ci-après). **Les traits d'hydromorphie courants sont les horizons rédoxiques, réductiques et histiques.**

**Encadré 45** : Engorgement sans hydromorphie et hydromorphie sans engorgement (issu du (Ministère de l'Écologie du Développement Durable et de l'Énergie et Groupement d'Intérêt Scientifique Sol 2013).

Les traits classiques d'hydromorphie issus d'une ségrégation, d'une accumulation ou d'une perte en fer et manganèse sont fréquents. Toutefois, ils ne se forment que dans certains matériaux favorables (présence de fer mobile en abondance) et lorsque des processus d'oxydoréduction se développent. Il peut donc y avoir engorgement sans trait classique d'hydromorphie comme par exemple dans les matériaux contenant très peu de fer (sols sableux ou limoneux, blanchis), ceux contenant du fer sous forme peu mobile (sols très calcaires, sols très argileux) ou ceux ennoyés dans une nappe circulante bien oxygénée (sols alluviaux).

Inversement, les traits d'hydromorphie peuvent persister alors que l'engorgement est temporairement absent, ou lorsqu'il a disparu. C'est le cas des sols engorgés temporairement. Ils sont engorgés en hiver et au printemps et secs en été mais gardent leurs signes d'hydromorphie tout au long de l'année. C'est le cas aussi des sols drainés ou ayant subi un changement de pédoclimat. Leurs traits d'hydromorphie témoignent de régimes hydriques passés. Pour leur interprétation, les traits d'hydromorphie doivent ainsi être replacés dans le contexte général du sol et de son environnement afin de vérifier si les traits sont fonctionnels (engorgement actuel) ou plus exceptionnellement fossiles (engorgement passé). Pour distinguer certains cas, il est nécessaire de faire appel à un pédologue.

L'existence des horizons rédoxiques (codés g d'après Baize et Girard 2009 ; ou —g) résulte d'engorgements temporaires : alternance de phase de saturation (mobilisation du fer sous forme Fe²⁺- réduction) et de non-saturation (immobilisation du fer sous forme Fe³⁺- oxydation). Des trainées grises moins foncées que le fond matriciel de l'horizon, appauvries en fer et des tâches couleur rouille enrichies en fer caractérisent souvent ces horizons. La taille des tâches d'oxydation et/ou de réduction (de quelques mm à plus d'une dizaine de mm), leur couleur et leur abondance sont très variables. L'intensité de l'hydromorphie dans l'horizon rédoxique dépend de l'importance de ces tâches dans l'horizon et de la localisation de l'horizon (en surface ou en profondeur). La couleur plus claire des faces des unités structurales de l'horizon par rapport à l'intérieur de ces unités est due à la redistribution centripète du fer migrant en périodes de saturation vers l'intérieur des agrégats où il se fixe pendant le dessèchement. Cette forme de ségrégation du fer est permanente et donc visible quel
que soit l'état hydrique de l'horizon (Baize et Girard 2009). Selon le Ministère de l'Écologie du Développement Durable et de l'Énergie et Groupement d'Intérêt Scientifique Sol (2013), un horizon est qualifié de rédoxique quand les traits rédoxiques couvrent plus de 5 % de l'horizon sur une coupe verticale.

La réduction du fer (Fe²⁺) dans le sol est la conséquence d'engorgements quasi continus qui confèrent aux horizons réductiques (codés G d'après Baize et Girard 2009) une morphologie caractéristique (Baize et Girard 2009). L'aspect de ces horizons est relativement typique, puisque 95 % à 100 % de son volume présente une couleur uniforme verdâtre ou bleuâtre (Ministère de l'Écologie du Développement Durable et de l'Énergie et Groupement d'Intérêt Scientifique Sol 2013). Le fer est réparti de manière assez homogène dans les horizons réductiques. Il est possible de constater une déferrification complète et un blanchiment de ces horizons (horizon G albique) si la porosité et les conditions hydrologiques permettent un renouvellement de l'eau excédentaire. Les horizons G ont un aspect qui peut ne pas être permanent au cours de l'année, puisqu'il dépend de la persistance ou du caractère saisonnier de l'engorgement en eau. Il est donc possible de distinguer des horizons G entièrement réduits (Gr, complètement bleuâtres à verdâtres sur plus de 95 % de la surface ou complètement blancs à noirs ou grisâtres avec une chroma $\leq 2$ sur la charte des couleurs du Munsell) et des horizons G temporairement réoxydés (Go) où l'engorgement est régulièrement interrompu (tâches couleur rouille souvent pâles observables durant les périodes de non-saturation dans les vides, dans les conduits racinaires, sur les faces des agrégats). En période de non-saturation, le fer est redistribué de manière centrifuge, de l'intérieur vers la périphérie des agrégats (ségrégation de couleurs brève qui disparaît durant l'engorgement) (Baize et Girard 2009).

Les horizons histiques (codés H d'après Baize et Girard 2009) sont des horizons holorganiques formés de débris végétaux en milieux saturés par l'eau pendant de longues périodes (plus de la moitié de l'année). Au-delà de 20 % de matière minérale, l'horizon histique a pu recevoir des apports de matières minérales d'origine allochtone. Les horizons H sont parfois sur des matériaux minéraux (par ex. horizons G) et le substrat sur lequel ils reposent est souvent très profond. Ils flottent parfois sur l'eau. Différents types d'horizons H peuvent se superposer. Ils se différencient par leur taux de fibres frottées<fnref n="48" /> et le degré de décomposition du matériel végétal<fnref n="49" />. L'anoxie dans les réductisols et les histosols est une caractéristique qui leur est commune mais l'absence de constituants minéraux dans les histosols ne permet pas de redistribution du fer dans le solum et ne permet donc pas d'observer du fer réduit (sauf dans les matériaux terriques ou limniques). Il est important de noter que dans les réductisols où l'engorgement en eau a lieu de manière prolongée dès la surface, la matière organique évolue vers un anmoor, un hydromoder ou un hydromor, auquel cas la base des horizons O peut constituer un horizon histique. Les horizons histiques peuvent donc être situés sur des horizons réductiques (Baize et Girard 2009).

<footnote n="48">⁴⁸ Les débris organiques à structures végétales reconnaissables, retenus sur un tamis de 200 µm après tamisage sous un courant d'eau.</footnote>

<footnote n="49">⁴⁹ Le degré de décomposition du matériel s'apprécie sur le terrain par la couleur du liquide qui s'écoule quand on presse un échantillon (échelle de Von Post). Au laboratoire, on emploie l'« indice pyrophosphate ».</footnote>
## Propriétés des sols selon le niveau d'engorgement

L'engorgement du sol influence le cycle de l'azote, du phosphore et du carbone. **En effet, les phases aérobies et/ou anaérobies modifient le potentiel redox du sol et impactent la quantité d'ions en solution (voir Reddy et D'Angelo 1994 dans Mitsch et Gosselink 2007)<fnref n="50" />.**

Par exemple, l'engorgement au cours du temps tout comme l'apport azoté, la concentration en composés carbonés facilement métabolisables par les microorganismes, la température ou encore la texture du sol (Weitz et al. 2001, Florinsky et al. 2004, Hill et Cardaci 2004, Curie 2006), jouent un rôle clef dans le processus de dénitrification. En effet, la dénitrification est affectée par la quantité d'oxygène présente dans le sol et les sédiments (Kayranli et al. 2010). Les zones les plus propices à la dénitrification sont celles où des conditions d'anoxie apparaissent à la fois pendant une durée significative et à faible profondeur. Ainsi, plus un sol est engorgé – au moins temporairement, plus la dénitrification est efficace (Clément et al. 2008). À noter toutefois que les zones engorgées en permanence présentent en général des taux de dénitrification plus faibles que des zones caractérisées par des inondations intermittentes car la réoxygénation temporaire des sols favorisent la nitrification et donc l'apport en nitrates (Groffman et Tiedje 1988, Hefting et al. 2004). Clément et al. (2008) évoquent qu'en l'absence de données pédologiques, l'engorgement des sols peut être en partie évaluée par télédétection au travers d'indicateurs élémentaires de type surfacique (densité de végétation hygrophile, mode de gestion, composition de l'occupation du sol et des types de végétations).

En conditions anoxiques, la transformation des nitrates en N₂ constitue un des mécanismes prédominants en zones humides. Cependant, lorsque la concentration en oxygène est trop faible, la dénitrification peut être partielle donnant lieu au rejet de N₂O, un important gaz à effet de serre (Baize et Girard 2009, Gobat et al. 2010).

Dans le sol, les processus de décomposition de la matière organique varient selon le degré d'engorgement du sol. **Ainsi, un sol très hydromorphe inhibe la dégradation de la matière organique et favorise la constitution d'importants stocks de carbone (Collins et al. 2001, Mitra et al. 2005, Mitsch et al. 2013).**

En revanche, les fluctuations du niveau d'eau peuvent avoir des conséquences directes sur les processus méthanogéniques (anaérobies, formation de méthane CH₄ à partir du CO₂ ou des produits de fermentation de la matière organique du sol par les archéobactéries méthanogènes) et méthanotrophiques (aérobies, transformation du CH₄ en CO₂ par les bactéries méthanotrophes) (Kelley et al. 1995 dans Kayranli et al. 2010) entrainant malgré tout la libération de gaz à effet de serre (méthane ou CO₂). Pour rappel :

* La méthanotrophie. Elle résulte de la respiration par des bactéries méthanotrophes et donc de l'oxydation du méthane en CO₂ dans les horizons aérobies, quand le sol et les sédiments sont bien drainés et donc lorsque l'oxygène est disponible. Cela se déroule en dehors des périodes d'inondation et lorsque le niveau de la nappe s'abaisse (voir Kayranli et al. 2010).

<footnote n="50">⁵⁰ Le potentiel rédox est une grandeur thermodynamique qui évalue la capacité oxydante ou réductrice d'un système rédox. Le potentiel d'oxydoréduction est élevé quand un système est oxydant, son aptitude à se réduire en captant des électrons croît ; alors qu'il est réducteur et tend à céder des électrons quand son potentiel rédox est bas (Heller, 2015).</footnote>
et al. 2010). L'oxygène est utilisé pour oxyder le méthane et le transformer en dioxyde de carbone.

○ **La méthanogénèse.** Elle résulte de l'activité des archéobactéries méthanogènes dans les horizons anaérobies qui utilisent les produits de la fermentation de la matière organique carbonée en acétate et CO₂ pour former du CH₄, quand le sol et les sédiments sont soumis à des conditions d'anoxie durant les périodes d'inondation et lorsque le niveau de la nappe phréatique est élevé (voir Kayranli et al. 2010). Les conditions anaérobies associées à l'hydromorphie tendent à favoriser les flux de méthane contrebalançant dans certains cas le stockage du carbone (Mitra et al. 2005).

## Relations entre écoulements et hydromorphie

L'hydropériode est une caractéristique majeure du maintien de l'intégrité structurelle et donc de la réalisation des fonctions par une zone humide. Elle peut se définir par la fréquence, la durée, l'intensité (c'est-à-dire saturation partielle ou totale de tout le volume de sol) et la saisonnalité des variations du niveau d'eau au sein de la zone humide. Ces caractéristiques contrôlent la dynamique hydrologique de la zone humide en conditionnant les écoulements de surface, de subsurface et souterrains qui alimentent ou traversent la zone humide (Euliss et Mushet 1996, Nilsson et al. 2013, Rains et al. 2015). De ces caractéristiques découlent les conditions de saturation de la zone humide, sa capacité à stocker de l'eau évènementielle et à contribuer aux écoulements (Fossey et Rousseau 2016b). L'engorgement des sols et les traces d'hydromorphie observables rendent compte de cette dynamique hydrologique. Ainsi, un sol très hydromorphe, caractérisé par des horizons réductiques (G) est le signe d'un engorgement permanent s'accompagnant d'une très faible capacité de stockage de l'eau évènementielle de par la condition de saturation préexistante dans le sol. Ces conditions d'hydromorphie sont en revanche le signe d'une capacité de rétention pérenne permettant une mobilisation des eaux pour une contribution retardée aux écoulements. Un sol moyennement hydromorphe, caractérisé par des horizons rédoxiques (g ou -g) est le signe d'un engorgement temporaire et donc d'une capacité potentielle de stockage de l'eau évènementielle de par les conditions de saturation variable existantes. Cependant, il est à noter que dans certains contextes particuliers, dont les fluviosols développés dans des matériaux très pauvres en fer, le plus souvent calcaires ou sableux et en présence d'une nappe circulante ou oscillante très oxygénée, ou dans les podzols humiques et humoduriques, l'excès d'eau prolongée ne se traduit pas systématiquement par des traits d'hydromorphie ; impliquant donc des précautions dans l'interprétation de l'absence de traits d'hydromorphie lorsque ceux-ci doivent être mis en relation avec des modes de fonctionnement hydrologique et d'engorgement.

Le niveau d'engorgement a une influence importante sur la capacité du sol d'une zone humide à réaliser des fonctions hydrologiques et biogéochimiques. La présence de traits d'hydromorphie dans le sol, témoins de cet engorgement, est donc un paramètre pris en compte pour évaluer certaines fonctions.

En général, plus l'engorgement est important et permanent (traits d'hydromorphie de type réductique ou histique) plus les conditions sont vraisemblablement favorables à la séquestration du carbone. Au contraire, quand l'engorgement n'est pas permanent, tout en restant suffisant
(temporaire), les conditions sont favorables à la dénitrification<fnref n="51" />, au stockage évènementiel des eaux et donc à l'atténuation du débit de crue à l'aval. Ces conditions ne rendent pas compte de la saisonnalité des périodes d'engorgement et donc de l'adéquation entre eau stockable (période humide) et capacité de stockage de la zone humide dépendante des conditions préalables d'humidité des sols. Elles ne rendent pas non plus compte du rapport entre la capacité de stockage de la zone humide et le volume d'eau disponible (autrement dit le pourcentage que cela représente par rapport aux précipitations). Ainsi, l'effet sur la sous-fonction d'atténuation du débit de crue n'est que partiellement évalué et l'effet relatif d'un site (site impacté) par rapport à un autre (site de compensation) ne sera comparable que lorsque le principe de proximité géographique sera scrupuleusement respecté. Il est considéré que plus la capacité de stockage est importante et plus les conditions sont vraisemblablement favorables à l'atténuation du débit de crue (Encadrés ci-après).

<footnote n="51">⁵¹ La dénitrification est souvent favorisée par un engorgement temporaire (traits d'hydromorphie rédoxiques) car la réoxygénation temporaire des sols favorise la nitrification et donc l'apport en nitrates.</footnote>
## Encadré 46 : « Engorgement permanent »

**Paramètre à la base de l'indicateur** : les traits d'hydromorphie dans le sol selon la grille du GEPPA (voir Ministère de l'Écologie du Développement Durable et de l'Énergie et Groupement d'Intérêt Scientifique Sol 2013).

**Sources d'informations pour mesurer le paramètre** : informations à relever sur le terrain.

**Où est mesuré le paramètre ?** Dans le site.

**Indicateur** : intensité de l'engorgement dans le sol du site.

**Étalonnage de l'indicateur** : cas 2.1 de la section VI.1.3.3.

**Valeur octroyée à l'indicateur** :

SI aucun trait d'hydromorphie n'est détecté dans tous les sondages pédologiques d'au moins un sous-ensemble homogène<fnref n="52" />, ALORS aucune valeur n'est octroyée à l'indicateur **Engorgement permanent**.

SI au moins un trait d'hydromorphie est détecté dans au moins un sondage pédologique de chaque sous-ensemble homogène, ALORS

$$ \text{Engorgement permanent} = \sum_{i=1}^{N} \text{Engorgement permanent}_{\text{sous-ensemble homogène i}} $$

**Où**

i ; le nombre de sous-ensemble homogène dans le site compris entre 1 et N ; N étant le nombre total de sous-ensemble homogène dans le site.

L'indicateur **Engorgement permanent** est calculé à partir des informations relevées dans les sondages pédologiques et les sous-ensembles homogènes auxquelles ils correspondent.

**À l'échelle du sous-ensemble homogène** :

$$ \text{Engorgement permanent}_{\text{sous-ensemble homogène}} = \sum_{i=1}^{P} \text{Engorgement permanent}_{\text{sondage pédologique i}} \times \left( \frac{S_{\text{sous-ensemble homogène}}}{S_{\text{site}}} \right) $$

**Où**

i ; la valeur maximale relevée dans les sondages pédologiques d'un sous-ensemble homogène compris entre 1 et P.

$S_{\text{sous-ensemble homogène}}$ ; la superficie du sous-ensemble homogène en ha.

$S_{\text{site}}$ ; la superficie du site en ha.

<footnote n="52">⁵² Les sous-ensembles homogènes sont identifiés sur le terrain. Chaque sous-ensemble homogène dans le site est constitué de conditions géologiques, topographiques, d'habitats EUNIS niveau 3, pédologique, pratiques anthropiques... considérées comme relativement homogènes par l'observateur.</footnote>
À l'échelle du sondage pédologique :

$$ \text{Engorgement permanent}_{\text{sondage pédologique}} = h_{\text{Histique}} \times 1 + h_{\text{Réductique}} \times 0,55 + h_{\text{Rédoxique}} \times 0,1 $$

Où

$h_{\text{Histique}}$ ; égale à 1 si présence de traits d'hydromorphie histiques d'au moins 10 cm d'épaisseur. Soit principalement la classe d'hydromorphie H du GEPPA (1981). Alors que cette classe H du GEPPA (1981) semble requérir au moins 40 cm d'horizons histiques pour identifier un trait d'hydromorphie histique, dans cette méthode 10 cm suffisent. L'engorgement est considéré comme maximum (histosols).

$h_{\text{Réductique}}$ ; égale à 1 si présence de traits réductiques (G) qui débutent à une profondeur $\le 0,5$ m (réductisols). Soit principalement la classe d'hydromorphie VI'd du GEPPA (1981), sans traits d'hydromorphie histiques.

$h_{\text{Rédoxique}}$ ; égale à 1 si présence de traits rédoxiques (g ou -g) qui débutent à moins de 0,25 m de profondeur et se prolongent ou s'intensifient en profondeur ; ou présence de traits rédoxiques à moins de 0,5 m de profondeur, se prolongent ou s'intensifient en profondeur et des traits réductiques apparaissent entre 0,8 et 1,2 m. Soit principalement la classe d'hydromorphie Va, Vb, Vc, Vd et IVd du GEPPA (1981).

**Motifs justifiant un réétalonnage de l'indicateur par rapport à celui de la version 1 de la méthode :**

l'indicateur « hydromorphie » de la version 1 a été scindé en deux indicateurs distincts dans cette version 2 pour tenir compte de l'effet contrasté que peut avoir une même condition d'engorgement sur les fonctions de séquestration du carbone d'une part, et de dénitrification des nitrates et d'atténuation du débit de crue à l'aval d'autre part.

**Question à laquelle répond l'indicateur :** quelle est la fréquence des traits d'hydromorphie indiquant des conditions d'engorgement prolongées dans le site ?

**Sous-fonctions renseignées :** séquestration du carbone.

**Interprétation de l'indicateur et principales limites :** quand la valeur de l'indicateur croît, l'intensité de l'engorgement permanent croît et la séquestration du carbone est vraisemblablement plus importante dans le site.

Comme limite, on peut mentionner que cet indicateur ne distingue pas l'ensemble des processus associés à l'engorgement (par ex. méthanogénèse) et qui peuvent affecter la réalisation des sous-fonctions prises en compte (notamment le rôle du puits ou source de carbone). Cet indicateur ne distingue pas non plus des conditions d'engorgement plus fines.

Représentation simplifiée de l'indicateur et influence sur la sous-fonction :

<figure><img src="image_102.png" /></figure>
## Encadré 47 : « Engorgement temporaire »

**Paramètre à la base de l'indicateur** : les traits d'hydromorphie dans le sol selon la grille du GEPPA (voir Ministère de l'Écologie du Développement Durable et de l'Énergie et Groupement d'Intérêt Scientifique Sol 2013).

**Sources d'informations pour mesurer le paramètre** : informations à relever sur le terrain.

**Où est mesuré le paramètre ?** Dans le site.

**Indicateur** : intensité de l'engorgement dans le sol du site.

**Étalonnage de l'indicateur** : cas 2.1 de la section VI.1.3.3.

**Valeur octroyée à l'indicateur** :

SI aucun trait d'hydromorphie n'est détecté dans tous les sondages pédologiques d'au moins un sous-ensemble homogène<fnref n="53" />, ALORS aucune valeur n'est octroyée à l'indicateur **Engorgement temporaire**.

SI au moins un trait d'hydromorphie est détecté dans au moins un sondage pédologique de chaque sous-ensemble homogène, ALORS

$$ \text{Engorgement temporaire} = \sum_{i=1}^{N} \text{Engorgement temporaire}_{\text{sous-ensemble homogène i}} $$

**Où**

i ; le nombre de sous-ensemble homogène dans le site compris entre 1 et N ; N étant le nombre total de sous-ensemble homogène dans le site.

L'indicateur **Engorgement temporaire** est calculé à partir des informations relevées dans les sondages pédologiques et les sous-ensembles homogènes auxquelles ils correspondent.

**À l'échelle du sous-ensemble homogène** :

$$ \text{Engorgement temporaire}_{\text{sous-ensemble homogène}} = \sum_{i=1}^{P} \text{Engorgement temporaire}_{\text{sondage pédologique i}} \times \left( \frac{S_{\text{sous-ensemble homogène}}}{S_{\text{site}}} \right) $$

**Où**

i ; la valeur maximale relevée dans les sondages pédologiques d'un sous-ensemble homogène compris entre 1 et P.

$S_{\text{sous-ensemble homogène}}$ ; la superficie du sous-ensemble homogène en ha.

$S_{\text{site}}$ ; la superficie du site en ha.

<footnote n="53">⁵³ Les sous-ensembles homogènes sont identifiés sur le terrain. Chaque sous-ensemble homogène dans le site est constitué de conditions géologiques, topographiques, d'habitats EUNIS niveau 3, pédologique, pratiques anthropiques... considérées comme relativement homogènes par l'observateur.</footnote>
À l'échelle du sondage pédologique :

$$ \text{Engorgement temporaire}_{\text{sondage pédologique}} = h_{\text{Histique}} \times 0,1 + h_{\text{Réductique}} \times 0,1 + h_{\text{Rédoxique}} \times 1 $$

Où

$h_{\text{Histique}}$ ; égale à 1 si présence de traits d'hydromorphie histiques d'au moins 10 cm d'épaisseur. Soit principalement la classe d'hydromorphie H du GEPPA (1981). Alors que cette classe H du GEPPA (1981) semble requérir au moins 40 cm d'horizons histiques pour identifier un trait d'hydromorphie histique, dans cette méthode 10 cm suffisent. L'engorgement est considéré comme maximum (histosols).

$h_{\text{Réductique}}$ ; égale à 1 si présence de traits réductiques (G) qui débutent à une profondeur $\le 0,5$ m (réductisols). Soit principalement la classe d'hydromorphie VIId du GEPPA (1981), sans traits d'hydromorphie histiques.

$h_{\text{Rédoxique}}$ ; égale à 1 si présence de traits rédoxiques (g ou -g) qui débutent à moins de 0,25 m de profondeur et se prolongent ou s'intensifient en profondeur ; ou présence de traits rédoxiques à moins de 0,5 m de profondeur, se prolongent ou s'intensifient en profondeur et des traits réductiques apparaissent entre 0,8 et 1,2 m. Soit principalement la classe d'hydromorphie Va, Vb, Vc, Vd et IVd du GEPPA (1981).

**Motifs justifiant un réétalonnage de l'indicateur par rapport à celui de la version 1 de la méthode :**

l'indicateur « hydromorphie » de la version 1 a été scindé en deux indicateurs distincts dans cette version 2 pour tenir compte de l'effet contrasté que peut avoir une même condition d'engorgement sur les fonctions de séquestration du carbone d'une part, et de dénitrification des nitrates et d'atténuation du débit de crue à l'aval d'autre part.

**Question à laquelle répond l'indicateur :** quelle est la fréquence des traits d'hydromorphie indiquant des conditions d'engorgement temporaires dans le site ?

**Sous-fonctions renseignées :** dénitrification des nitrates, atténuation du débit de crue à l'aval.

**Interprétation de l'indicateur et principales limites :** quand la valeur de l'indicateur croît, l'intensité de l'engorgement temporaire croît et la dénitrification des nitrates est vraisemblablement plus efficace dans le site.

Comme limite, on peut mentionner que cet indicateur ne distingue pas l'ensemble des processus associés à l'engorgement et qui peuvent affecter la réalisation des sous-fonctions prises en compte. Cet indicateur ne distingue pas non plus des conditions d'engorgement plus fines.

### Représentation simplifiée de l'indicateur et influence sur la sous-fonction :

<figure><img src="image_103.png" /></figure>
12. « Richesse en habitats », « Équipartition des habitats », « Habitats hygrophiles », « Habitats non hygrophiles », « Habitats halophiles », « Habitats non halophiles »

Définition des habitats

Plusieurs définitions sont proposées dans la littérature pour définir ce qu'est un habitat. Jeanmougin et al. (2014) expliquent les confusions sémantiques autour du terme habitat dans leur synthèse. **Diehl (2013) passe en revue brièvement les définitions qui mettent l'accent sur l'exigence écologique des espèces.** Si ce dernier mentionne que le concept est resté relativement inchangé au cours du temps (par ex. selon Odum et al. (1971) un habitat est simplement le lieu où un organisme vit) il souligne également que le concept a été enrichi en identifiant les raisons à l'origine de la présence d'un organisme et en particulier le rôle des ressources disponibles. Morrison et al. (2006) parlent ainsi d'habitat pour une aire où les ressources et les conditions environnementales favorisent la présence des individus d'une espèce donnée et leurs permettent d'y survivre et de s'y reproduire.

D'autres définitions sont proposées qui mettent davantage l'accent sur les structures végétales pour définir un habitat. Ainsi, d'après Noss (1983), un habitat est une petite étendue spatiale sur quelques hectares ou moins, dont la structure végétale est uniforme. Hall et al. (1997) contestent cette définition de l'habitat. Pour eux, un habitat est plus qu'une association végétale sur une étendue spatiale ou le potentiel d'une communauté végétale à atteindre un stade climacique spécifique. Ils recommandent alors de préférer le terme d'« association végétale » ou de « type de végétation ». À noter qu'au sens de la « Directive 92/43/CEE du conseil du 21 mai 1992 concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages », un habitat naturel est une zone terrestre ou aquatique « se distinguant par leurs caractéristiques géographiques, abiotiques et biotiques, qu'elles soient entièrement naturelles ou semi-naturelles ». Dans cette même directive, l'habitat d'une espèce se définit « par des facteurs abiotiques et biotiques spécifiques où vit l'espèce à l'un des stades de son cycle biologique ». C'est cette dernière définition qui sera retenue dans le cadre de la méthode.

Propriétés des habitats

Dans leur revue, Maciejewski et al. (2016) pointent trois principes essentiels à la définition des habitats à savoir la chorologie, le principe d'essences écologiques et celui de dynamique dans laquelle est inscrit tout habitat. « **L'objet habitat** » intègre donc une multitude d'espèces, leurs relations et également celles avec l'environnement (Maciejewski et al. 2016). La combinaison fonctionnelle de plusieurs habitats dans une mosaïque paysagère est vitale pour les animaux utilisant de multiples types d'habitats, incluant aussi les écotones. La combinaison de ces habitats doit donc être prise en compte dans les stratégies de conservation (Noss 1987). L'hétérogénéité spatiale (qui résulte de la diversité des habitats sur un site) peut avoir des conséquences variables sur la diversité biologique d'un site. En général, plus l'hétérogénéité spatiale est importante, plus la richesse spécifique croît et les espèces adaptées aux écotones sont favorisées. Il se peut cependant que les populations des espèces inféodées aux conditions spécifiques à l'« intérieur » d'un habitat soient défavorisées si la superficie de cette unité d'habitat se réduit. Alors les espèces opportunistes peuvent proliférer, les communautés peuvent être déstabilisées (Noss 1983). **En complément de l'identification des habitats, une série d'indices peuvent être utilisés à partir de cartes thématiques pour quantifier l'hétérogénéité spatiale des habitats.** La composition du site peut ainsi être décrite en recensant le nombre d'habitats, la proportion des habitats ou encore leur diversité (Gustafson 1998).
## Nomenclatures pour identifier les habitats

En France, les nomenclatures couramment utilisées pour identifier les habitats sont principalement CORINE Biotopes (Bissardon et al. 2003) ou EUNIS (Davies et al. 2004 traduite par Louvel et al. 2013a). Par ailleurs, le prodrome, qui est une nomenclature des communautés végétales est parfois utilisé (Bardat et al. 2004). Chaque nomenclature revêt certains avantages pour être utilisée sur les zones humides. Concernant CORINE Biotopes et le Prodrome des Végétations de France, ces nomenclatures ont une portée réglementaire pour identifier les zones humides contrairement à EUNIS. En revanche, EUNIS se présente sous une forme plus abordable que les deux autres nomenclatures pour qu'un non botaniste ou non phytosociologue puisse identifier les habitats EUNIS niveau 1 à 3 via des clefs de détermination. À noter, qu'une correspondance réciproque<fnref n="54" /> existe entre CORINE Biotopes et EUNIS (voir Louvel et al. 2013b).

## Caractérisation de propriétés des sols selon la présence d'habitats halophiles

La salinisation est un processus par lequel la solution du sol (fraction fluide contenant les éléments minéraux (ions ou molécules) qui circulent dans les espaces libres ou pores du sol) se minéralise sous l'action de mécanismes physiques (ex, évaporation, drainage, altération des minéraux de la roche mère ou encore accumulation) entraînant un enrichissement en sels solubles et conférant au profil de sol un caractère salé (Servant 1975, Cherbuy 1991). Ce caractère salé peut nuire à la végétation par les processus de stress osmotique (limitation de la quantité d'eau disponible) et de stress métabolique (toxicité de certains éléments) (Durand 1983, Levigneron et al. 1995). Deux types de salinisation existent, à savoir, une salinisation primaire, résultante de l'altération des roches formant le substrat et des apports externes naturels et une salinisation secondaire, résultante de l'activité humaine (Cherbuy 1991).

Les sels solubles composants la solution du sol regroupent des cations (ions chargés positivement) et des anions (ions chargés négativement). Les ions communs dans la solution du sol sont le calcium (Ca²⁺), le magnésium (Mg²⁺), le sodium (Na⁺) et le potassium (K⁺) pour les cations et le chlore (Cl⁻), le sulfate (SO₄²⁻), le carbonate (CO₃²⁻) et le nitrate (NO₃⁻) pour les anions (Keren 2000). **La conductivité électrique permet de mesurer la concentration en ions dans la solution du sol. En effet, celle-ci conduit d'autant mieux l'électricité que sa concentration en ions est élevées. La conductivité électrique est donc une mesure indirecte de la salinité.** Elle permet de mesurer le degré de salinisation d'un sol via sa concentration en sels solubles ; mais pas avec précision. En effet, étant donné qu'elle ne distingue pas précisément les sels solubles, une concentration mesurée peut être imputable à une concentration importante d'autres ions que Na⁺ et Cl⁻.

La conductivité électrique s'exprime en milli-siemens par centimètre (mS/cm) et a une gamme de valeur comprise entre 0 mS/cm (eau pure déminéralisée) et environ 50 mS/cm (eau de mer) à une température de 25°C<fnref n="55" />. Selon Calvet (2003), un sol est qualifié de salé quand sa conductivité électrique est supérieure à 4 mS/cm. Cependant, le caractère salé d'un sol doit être apprécié selon la sensibilité des espèces végétales qui le couvrent et qui varie grandement. Ainsi, un sol dont la conductivité

<footnote n="54">⁵⁴ https://inpn.mnhn.fr/accueil/index</footnote>

<footnote n="55">⁵⁵ La conductivité étant dépendante de la température. Toute mesure doit être corrigée selon cette dernière (Norme AFNOR NF en 2788). À noter que la plupart des sondes de mesure (conductimètres) font cette correction de manière automatique.</footnote>
électrique aurait une valeur inférieure à 4 mS/cm, mais supérieure à une valeur de référence pour un habitat donné (Durand 1983) pourrait être le signe d'une salinisation.

La valeur de la conductivité électrique renseigne sur une possible toxicité du sol, une baisse de la disponibilité des éléments nutritifs, ou encore une baisse de la perméabilité des sols et une altération de sa structure. De par leur rôle sur le pouvoir drainant du sol, la texture et la structure des sols agissent sur la salinisation. Ainsi, un sol à texture grossière, plus perméable, est peu affecté par la salinisation (Ltifi 2008). En revanche, un sol à texture fine et peu perméable tend au processus de salinisation. Selon Van Hoorn (1994), ce sont les sols limoneux, combinant des vitesses d'écoulement moyens et une forte amplitude de battement de nappe qui sont les plus propices au phénomène de salinisation. En effet, les importantes fluctuations de la nappe dans ces sols favorisent les phénomènes de lixiviation qui s'accompagnent de la migration des sels dans le profil de sol (Ltifi 2008). Les sols dits salés sont susceptibles de voir leur structure se dégrader (Aubert 1983) abaissant leur perméabilité en diminuant leur capacité de ralentissement des ruissellements et de rétention des sédiments et affectant négativement la croissance des végétaux (Ashraf et Harris 2004) soit par une toxicité directe due à l'accumulation excessive des ions, soit par déséquilibre nutritionnel provoqué par ce même excès (Levigneron et al. 1995).

La nutrition minérale des plantes est altérée par de forte valeur de salinité qui induit une compétition entre les éléments nutritifs pour leur capacité d'assimilation par la plante (Haouala et al. 2007). Une forte salinité (forte concentration en NaCl notamment) tend à réduire la capacité d'assimilation de l'azote (Levitt 1980), à inhiber l'absorption des nitrates ($NO_3^-$) (Smith 1973) ou encore à diminuer l'assimilation du phosphore (Piri 1991) dans le cas d'une accumulation de chlorures (Cl-). Les ions ne sont pas figés dans les sols et des fronts de migration peuvent apparaître dans le temps le long du profil de sol. Ces profils sont le résultat des phénomènes naturels tels que la lixiviation qui induit une migration des ions vers la zone profonde par infiltration d'eau (ex, précipitation, inondation). Selon Servant (1975) quatre profils types permettent de définir l'état de salinisation d'un sol :

* une diminution de la salinité du haut vers le bas indique une salinisation en cours ;

* une augmentation de la salinisation du haut vers le bas indique une désalinisation ;

* la présence d'un front de salinisation dans les horizons intermédiaires indique un processus de désalinisation en cours après une phase de salinisation plus ancienne temporaire (pic de salinisation dans les horizons intermédiaires) ;

* à l'inverse, une chute de salinisation dans les horizons intermédiaires indique une resalinisation en cours après une période de désalinisation (Servant 1976).

Les deux derniers profils peuvent suggérer un phénomène périodique.

Dans le cadre de cette méthode, le terme d'habitat est employé au sens de la définition de la « Directive 92/43/CEE du conseil du 21 mai 1992 concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages ». La composition des habitats dans le site est révélatrice de la composition des communautés végétales et animales qui l'occupent et de leurs interactions. Deux indicateurs en découlent : la richesse (nombre d'habitats) et l'équipartition des habitats EUNIS niveau 1 et 3.
La nomenclature EUNIS est préférée vu son aspect pratique pour des non spécialistes ; mais des informations existantes dans le site (par ex. identification des habitats avec CORINE Biotopes ou le Prodrome des Végétations de France) peuvent être exploitées étant donné qu'une correspondance réciproque<sup>56</sup> existe entre ces nomenclatures. La description des habitats est faite au niveau EUNIS niveau 3.

Il est considéré que plus la richesse et l'équipartition des habitats est importante dans le site, plus l'hétérogénéité des habitats est importante et plus les conditions sont favorables à l'accomplissement du cycle biologique de nombreuses espèces en général (Encadrés ci-après).

Quatre indicateurs supplémentaires sont fournis et indiquent un gradient hydrique dans le site et les conditions de salinité. Ils sont basés sur la composition et la structure des communautés végétales dans le site (habitats hygrophiles ou non hygrophiles, habitats halophiles ou non halophiles). Outre l'importance de ces indicateurs pour évaluer la fonction de support des habitats, l'indicateur « habitats non halophiles » est associé aux fonctions de rétention de sédiments et d'assimilation végétale de l'azote.

<footnote n="56">56 https://inpn.mnhn.fr/accueil/index</footnote>
## Encadré 48 : « Richesse en habitats »

**Paramètre à la base de l'indicateur** : les habitats au sens de la nomenclature EUNIS niveau 3 dans le site.

**Sources d'informations pour mesurer le paramètre** : l'observateur choisit une surface minimale cartographiable pour détecter la présence des habitats. Il repère d'abord les habitats EUNIS niveau 1 à partir de la BD ORTHO® la plus récente disponible. Lorsque des dossiers police de l'eau avec identification des habitats existent (CORINE biotopes ou Prodrome des Végétations de France), il est possible d'utiliser cette information en exploitant la correspondance réciproque avec EUNIS (voir correspondance de Louvel et al. 2013b). L'observateur identifie ensuite les habitats EUNIS au niveau 3 lors de la phase de terrain. D'éventuelles corrections peuvent alors être faites.

**Où est mesuré le paramètre ?** Dans le site.

**Indicateur** : nombre d'habitats EUNIS niveau 3 dans le site.

**Étalonnage** : autres cas. La gamme de variation et la distribution des mesures sur le paramètre sont connues suite aux phases de test effectuées.

**Examen de la gamme de variation et de la distribution des mesures sur le paramètre** :

Le nombre d'habitats EUNIS niveau 3 n'a pas été déterminé lors de la phase de test des prototypes 2014 et 2015 (traduction de la clef de détermination des habitats EUNIS niveau 3 non disponible durant les tests), sauf sur une trentaine de sites environ, où des observateurs ont fait l'identification des habitats EUNIS niveau 2 et 3. Quand ces observateurs ont fait l'identification des habitats EUNIS niveau 2 et 3, il y a eu très rarement des subdivisions d'un habitat EUNIS niveau 2 en plusieurs habitats EUNIS niveau 3.

Lors de la phase de test du prototype 2015, le nombre d'habitats EUNIS niveau 2 par site a été recensé dans les 163 sites tests. Le tableau ci-dessous présente le nombre de sites tests par nombre d'habitats EUNIS niveau 2 recensés. Le minimum est de 1, la valeur médiane est de 2 et la valeur maximale est de 6. À titre d'information, dans les sites dont la superficie est $\leq 5$ ha, un maximum de 4 habitats EUNIS niveau 2 a été recensé (n = 4 sites avec 4 habitats parmi les 106 sites tests).

<table><caption>**Tableau 11** : Nombre d'habitats EUNIS niveau 2 recensés dans les 163 sites tests de 2015.</caption><tr><td>Nombre d'habitats EUNIS niveau 2</td><td>1</td><td>2</td><td>3</td><td>4</td><td>5</td><td>6</td></tr><tr><td>Nombre de sites</td><td>66</td><td>50</td><td>34</td><td>9</td><td>3</td><td>1</td></tr></table>

Lors des phases de tests associées aux prototypes 2017 et 2018, le nombre d'habitats EUNIS niveau 3 (sans tenir compte des habitats entièrement anthropisés appartenant aux milieux EUNIS niveau 1 « I Cultures [...] » et « J Zones bâties [...] ») a été déterminé dans 204 sites tests, en utilisant une superficie minimale cartographiable de 2 500 m² pour détecter la présence d'un habitat. Le tableau ci-dessous présente le nombre de sites tests par nombre d'habitats EUNIS niveau 3 qui ne sont pas entièrement anthropisés recensés. Le minimum est de 0, la valeur médiane est de 1 et la valeur maximale est de $5^{57}$.

<table><caption>**Tableau 12** : Nombre d'habitats EUNIS niveau 3 recensés dans les 204 sites tests de 2017 et 2018, avec une superficie minimale cartographiable de 2 500 m². Les habitats appartenant aux milieux EUNIS niveau 1 « I Cultures [...] » et « J Zones bâties [...] » ne sont pas pris en compte.</caption><tr><td>Nombre d'habitats EUNIS niveau 3</td><td>1</td><td>2</td><td>3</td><td>4</td><td>5</td></tr><tr><td>Nombre de sites</td><td>34</td><td>91</td><td>15</td><td>6</td><td>2</td></tr></table>

<footnote n="57">57 À titre d'information, dans les sites d'une superficie $\leq 5$ ha, un maximum de 4 habitats EUNIS niveau 3 a été recensés (n = 3 sites avec 4 habitats parmi les 171 sites tests) ; et dans les sites dont la superficie est $> 5$ ha (30 sites ont une superficie comprise entre 5 - 20 ha)), un maximum de 5 habitats EUNIS niveau 3 a été recensés (n = 2 sites avec 5 habitats parmi les 33 sites tests).</footnote>
Valeur octroyée à l'indicateur :

La valeur de l'indicateur augmentera avec le nombre d'habitats EUNIS niveau 3 recensés dans le site. L'indicateur a été étalonné en tenant compte de trois informations : (1) le nombre maximal d'habitats recensés dans les sites tests des prototypes de 2017 et 2018 (5 habitats qui ne sont pas entièrement anthropisés détectés au maximum avec une superficie minimale cartographiable de 2 500 m²), (2) les retours d'expériences sur la version 1 de la méthode qui démontrent que les observateurs choisissent assez souvent une superficie minimale cartographiable inférieure à 2 500 m² et (3) que les observateurs appliquent la méthode sur des grands sites, c'est-à-dire largement supérieurs à 5 ha (par ex. 10 ou 20 ha). Avec des descriptions plus fines et/ou sur de sites vastes, les évaluations peuvent potentiellement conduire à détecter un nombre d'habitats plus important que celui indiqué par la valeur maximale observée durant les tests des prototypes 2017 et 2018.

Ainsi, le nombre maximal d'habitats qui ne sont pas entièrement anthropisés observés durant les tests des prototypes 2017 et 2018 est multiplié par 2 pour étalonner l'indicateur, soit 10 habitats. Le fait de multiplier par 2 le nombre d'habitats pour étalonner l'indicateur, tient compte du fait que la méthode peut être appliquée sur des sites relativement grands (d'une superficie supérieure à 5 ha), alors que le nombre maximal d'habitats qui ne sont pas entièrement anthropisés observés durant les tests des prototypes 2017 et 2018 a essentiellement été observé sur des sites de petite superficie, c'est-à-dire dont la superficie était inférieure à 5 ha.

La valeur de l'indicateur augmente avec le nombre d'habitats EUNIS niveau 3 non entièrement anthropisés recensés dans le site ; donc sans considérer :

> les habitats des catégories 1 et 2 mentionnés dans l'Encadré descriptif de l'indicateur « rareté de l'anthropisation de l'habitat » ;

> les « massifs » d'espèces végétales associées à des invasions biologiques.

Quand plusieurs habitats appartenant aux milieux F Landes, fourrés et toundras, mentionnés dans les catégories 3 et 4 de l'Encadré descriptif de l'indicateur « rareté de l'anthropisation de l'habitat » sont présents, ils sont considérés comme un seul habitat EUNIS niveau 3.

Par ex. il est considéré qu'un seul habitat est présent si le site est composé :

> de 40 % de FB.1 Plantations d'arbustes [...] sans strate arborescente avec un couvert herbacé ≥ 30 % monospécifique ou quasi-monospécifique et une très forte anthropisation de la strate arbustive ;

> et de 60 % de FB.4 Vignobles sans strate arborescente, avec un couvert herbacé ≥ 30 % ni monospécifique ni quasi-monospécifique et une très forte anthropisation de la strate arbustive.

Quand plusieurs habitats appartenant aux milieux G Boisements, forêts et autres habitats boisés, mentionnés dans les catégories 3 et 4 de l'Encadré descriptif de l'indicateur « rareté de l'anthropisation de l'habitat » sont présents, ils sont considérés comme un seul habitat EUNIS niveau 3.

Par ex. il est considéré qu'un seul habitat est présent si le site est composé :

> de 20 % de G1.C Plantations forestières très artificielles de feuillus caducifoliés avec (1) un couvert herbacé ≥ 30 % monospécifique ou quasi-monospécifique en phase de croissance végétative, le couvert arbustif est alors < 30 %, soit (2) un couvert arbustif ≥ 30 % monospécifique ou quasi-monospécifique, le couvert herbacé est alors < 30 % en phase de croissance végétative ;

> de 30 % de G1.D Vergers d'arbres fruitiers et d'arbres à noix avec (1) un couvert herbacé ≥ 30 % monospécifique ou quasi-monospécifique en phase de croissance végétative, le couvert arbustif est alors < 30 %, soit (2) un couvert arbustif ≥ 30 % monospécifique ou quasi-monospécifique, le couvert herbacé est alors < 30 % en phase de croissance végétative ;

> de 50 % de G3.F Plantations très artificielles de conifères avec (1) un couvert herbacé ≥ 30 % qui n'est ni monospécifique ni quasi-monospécifique en phase de croissance végétative et/ou (2) un couvert arbustif ≥ 30 % qui n'est ni monospécifique ni quasi-monospécifique.
S/ le nombre total d'habitats EUNIS niveau 3 est $\geq 10$, ALORS Richesse en habitats = 1.

S/ le nombre total d'habitats EUNIS niveau 3 est < 10, ALORS

Richesse en habitats

$$ = \frac{\text{nombre total d'habitats EUNIS niveau 3 recensés dans le site}}{10} \times \text{part relative du site en habitats naturels ou semi-naturels} $$

**Motifs justifiant un réétalonnage de l'indicateur par rapport à celui de la version 1 de la méthode :**
l'indicateur de la version 1 tenait aussi compte des habitats souvent fortement anthropisés pour calculer le nombre d'habitats. Il apparaissait nécessaire de se focaliser uniquement sur les habitats semi-naturels et naturels pour calculer cette richesse.

De plus, l'indicateur de la version 1 était étalonné pour tenir compte du nombre d'habitats souvent présents sur de petits sites (c'est-à-dire inférieur à 5 ha) ; et il atteignait donc sa valeur maximale dès que 6 habitats EUNIS niveau 3 étaient présents dans un site. Dans la pratique, la méthode a aussi été appliquée sur de grands sites, avec des chances plus importantes d'y observer un plus grand nombre d'habitats que sur des petits sites. Ainsi, il apparaissait nécessaire d'élever le seuil de plafonnement de l'indicateur pour aussi tenir compte de ces contextes écologiques.

**Question à laquelle répond l'indicateur :** quelle est la richesse en habitats qui ne sont pas entièrement anthropisés (EUNIS niveau 3) détectés dans le site ?

**Sous-fonction renseignée :** support des habitats.

**Interprétation de l'indicateur et principales limites :** quand la valeur de l'indicateur croît, le nombre d'habitats (EUNIS niveau 3) qui ne sont pas entièrement anthropisés croît dans le site et l'hétérogénéité des habitats augmente, ce qui est en général favorable à l'accomplissement du cycle biologique d'un plus grand nombre d'espèces. À noter cependant qu'une grande richesse en habitat peut traduire un niveau de fragmentation élevé potentiellement défavorable à certaines espèces spécialistes.

L'indicateur a été étalonné en tenant compte du fait que la méthode puisse être appliquée sur de grands sites (>5 ha) et avec une superficie minimale cartographiable plus fine que celle recommandée généralement pour une évaluation rapide. Étant donné que l'indicateur est basé sur un nombre absolu d'habitats observés dans un site, il est déconseillé de l'appliquer sur de vastes sites, par ex. un site de 50 ha pourrait facilement comporter plus de 10 habitats non entièrement anthropisés et des impacts sur ces habitats ne seraient alors pas révélés par cet indicateur. Plus largement, avec la méthode, il reste donc préconisé de réaliser des évaluations sur des sites d'une superficie modeste qui restent appréhendables durant une évaluation rapide pour les observateurs, quitte à éventuellement scinder un site vaste, en plusieurs sites, pour faire des évaluations distinctes.

À noter enfin que les habitats présentant une petite superficie risquent de ne pas être comptabilisés quand les observateurs choisissent une surface minimale cartographiable élevée. Pour autant, ces habitats peuvent jouer un rôle important pour certains groupes taxonomiques. Si ces habitats de petite superficie requièrent une vigilance particulière (par ex. habitat d'intérêt communautaire ou habitat permettant l'accomplissement du cycle biologique d'une espèce protégée), il peut alors être préconisé d'utiliser une superficie minimale cartographiable plus petite et/ou de vérifier que ces habitats feront l'objet d'évaluations complémentaires pour requérir éventuellement des mesures de compensation.

→ voir page suivante.
Représentation simplifiée de l'indicateur et influence sur la sous-fonction :

<figure><img src="image_104.png" /></figure>
## Encadré 49 : « Équipartition des habitats »

**Paramètre à la base de l'indicateur** : les habitats au sens de la nomenclature EUNIS niveau 3 dans le site.

**Sources d'informations pour mesurer le paramètre** : l'observateur choisit une surface minimale cartographiable pour détecter la présence des habitats. Il repère d'abord les habitats EUNIS niveau 1 à partir de la BD ORTHO® la plus récente disponible. Lorsque des dossiers police de l'eau avec identification des habitats existent (CORINE biotopes ou Prodrome des Végétations de France), il est possible d'utiliser cette information en exploitant la correspondance réciproque avec EUNIS (voir correspondance de Louvel et al. 2013b). L'observateur identifie ensuite les habitats EUNIS au niveau 3 lors de la phase de terrain. D'éventuelles corrections peuvent alors être faites. Finalement, il fait une estimation en pourcentage du recouvrement de chaque habitat dans le site.

**Où est mesuré le paramètre ?** Dans le site.

**Indicateur** : part relative des habitats EUNIS niveau 3 dans le site.

**Étalonnage de l'indicateur** : cas 2.3 de la section VI.1.3.3. La gamme de variation et la distribution des mesures sur le paramètre sont connues a priori et continue.

**Examen de la gamme de variation et de la distribution des mesures sur le paramètre** :

La part relative des habitats EUNIS niveau 3 dans les sites n'a pas été déterminée lors de la phase de test des prototypes 2014 et 2015 (traduction de la clef de détermination des habitats EUNIS niveau 3 non disponible durant les tests). Sur environ une trentaine de sites, des observateurs ont fait l'identification des habitats EUNIS niveau 2 et 3. Quand ces observateurs ont fait l'identification des habitats EUNIS niveau 2 et 3, il y a eu très rarement des subdivisions d'un habitat EUNIS niveau 2 en plusieurs habitats EUNIS niveau 3. Ainsi, il supposé qu'il est possible de se baser sur la gamme de variation de l'équitabilité des habitats EUNIS niveau 2 pour étalonner l'indicateur sur les habitats EUNIS niveau 3.

Lors de la phase de test du prototype 2015, la proportion des habitats EUNIS niveau 2 a été déterminée sur les 163 sites tests. L'équitabilité représente la distribution des habitats dans le site. Elle peut être définie comme le rapport entre la diversité mesurée grâce à l'indice de Shannon-Weaver (c'est-à-dire $-\sum pi \log_{10} pi$, où pi est la part relative du site occupée par l'habitat i, Shannon et Weaver 1949) et la diversité théorique maximale (c'est-à-dire $\sum_{1}^{N} \log_{10} N$ où N est le nombre d'habitats EUNIS niveau 2 dans le site) (Pielou 1966). La figure ci-après représente la distribution de l'indice d'équitabilité dans les sites tests. Le premier quartile est de 0, la médiane est de 0,426 et le troisième quartile de 0,802.

<figure><img src="image_105.png" /><figcaption>**Figure 53** : Indice d'équitabilité des habitats EUNIS niveau 2 dans 163 sites tests de 2015.</figcaption></figure>

**Valeur octroyée à l'indicateur** :

L'indicateur **Équipartition des habitats** est notamment basé sur l'indice d'équitabilité. Étant donné le mode de calcul de ce dernier, l'indice d'équitabilité varie entre 0 et 1. L'indice d'équitabilité est de 0 quand la totalité du site est occupée par un seul habitat EUNIS niveau 3. Il est de 1 lorsqu'il y a équipartition des habitats EUNIS
niveau 3 dans le site. La valeur de l'indicateur d'équipartition des habitats suivra donc la même variation que l'indice d'équitabilité, mais en tenant compte de l'emprise du site occupée par des habitats qui ne sont pas entièrement anthropisés.

$$ \text{Équipartition des habitats} = \left( - \sum \pi \log_{10} \pi \right) / \log_{10} N \times \\ \text{part relative du site sans habitat entièrement anthropisés} $$

Où

N ; est le nombre d'habitats EUNIS niveau 3 dans le site qui ne sont pas entièrement anthropisés ; donc sans considérer :

> les habitats des catégories 1 et 2 mentionnés dans l'Encadré descriptif de l'indicateur « rareté de l'anthropisation de l'habitat » ;

> les « massifs » d'espèces végétales associées à des invasions biologiques.

Quand plusieurs habitats appartenant aux milieux F Landes, fourrés et toundras, mentionnés dans les catégories 3 et 4 de l'Encadré descriptif de l'indicateur « rareté de l'anthropisation de l'habitat » sont présents, ils sont considérés comme un seul habitat EUNIS niveau 3.

Par ex. il est considéré qu'un seul habitat est présent si le site est composé :

> de 40 % de FB.1 Plantations d'arbustes [...] sans strate arborescente avec un couvert herbacé ≥ 30 % monospécifique ou quasi-monospécifique et une très forte anthropisation de la strate arbustive ;

> et de 60 % de FB.4 Vignobles sans strate arborescente, avec un couvert herbacé ≥ 30 % ni monospécifique ni quasi-monospécifique et une très forte anthropisation de la strate arbustive.

Quand plusieurs habitats appartenant aux milieux G Boisements, forêts et autres habitats boisés, mentionnés dans les catégories 3 et 4 de l'Encadré descriptif de l'indicateur « rareté de l'anthropisation de l'habitat » sont présents, ils sont considérés comme un seul habitat EUNIS niveau 3.

Par ex. il est considéré qu'un seul habitat est présent si le site est composé :

> de 20 % de G1.C Plantations forestières très artificielles de feuillus caducifoliés avec (1) un couvert herbacé ≥ 30 % monospécifique ou quasi-monospécifique en phase de croissance végétative, le couvert arbustif est alors < 30 %, soit (2) un couvert arbustif ≥ 30 % monospécifique ou quasi-monospécifique, le couvert herbacé est alors < 30 % en phase de croissance végétative ;

> de 30 % de G1.D Vergers d'arbres fruitiers et d'arbres à noix avec (1) un couvert herbacé ≥ 30 % monospécifique ou quasi-monospécifique en phase de croissance végétative, le couvert arbustif est alors < 30 %, soit (2) un couvert arbustif ≥ 30 % monospécifique ou quasi-monospécifique, le couvert herbacé est alors < 30 % en phase de croissance végétative ;

> de 50 % de G3.F Plantations très artificielles de conifères avec (1) un couvert herbacé ≥ 30 % qui n'est ni monospécifique ni quasi-monospécifique en phase de croissance végétative et/ou (2) un couvert arbustif ≥ 30 % qui n'est ni monospécifique ni quasi-monospécifique.

pi ; est la part relative du site occupée par l'habitat EUNIS niveau 3 i considéré comme « non entièrement anthropisé ». Quand plusieurs habitats appartenant aux milieux F Landes, fourrés et toundras, mentionnés dans les catégories 3 et 4 de l'Encadré descriptif de l'indicateur « rareté de l'anthropisation de l'habitat » sont présents, ils sont considérés comme un seul habitat EUNIS niveau 3. Quand plusieurs habitats appartenant aux milieux G Boisements, forêts et autres habitats boisés, mentionnés dans les catégories 3 et 4 de l'Encadré descriptif de l'indicateur « rareté de l'anthropisation de l'habitat » sont présents, ils sont considérés comme un seul habitat EUNIS niveau 3.

**Motifs justifiant un réétalonnage de l'indicateur par rapport à celui de la version 1 de la méthode :**
l'indicateur de la version 1 tenait aussi compte des habitats souvent fortement anthropisés pour calculer l'équipartition. Il apparaissait nécessaire de se focaliser uniquement sur les habitats semi-naturels et naturels pour calculer l'équipartition.
**Question à laquelle répond l'indicateur** : quelle est l'équipartition des habitats au sens de la nomenclature EUNIS niveau 3 détectés dans le site ?

**Sous-fonction renseignée** : support des habitats.

**Interprétation de l'indicateur et principales limites** : quand la valeur de l'indicateur croît, la part relative de chaque habitat EUNIS niveau 3 est de plus en plus similaire à celle des autres habitats dans le site. À l'inverse, quand la valeur de l'indicateur diminue, un type d'habitat EUNIS niveau 3 ou quelques habitats dominent de plus en plus les autres habitats du site.

Représentation simplifiée de l'indicateur et influence sur la sous-fonction :

<figure><img src="image_106.png" /></figure>
## Encadré 50 : « Habitats hygrophiles »

**Paramètre à la base de l'indicateur** : les habitats EUNIS niveau 3.

**Sources d'informations pour mesurer le paramètre** : l'observateur choisit une surface minimale cartographiable pour détecter la présence des habitats. Il repère d'abord les habitats EUNIS niveau 1 à partir de la BD ORTHO® la plus récente disponible. Lorsque des dossiers police de l'eau avec identification des habitats existent (CORINE biotopes ou Prodrome des Végétations de France), il est possible d'utiliser cette information en exploitant la correspondance réciproque avec EUNIS (voir correspondance de Louvel et al. 2013b). L'observateur identifie ensuite les habitats EUNIS au niveau 3 lors de la phase de terrain. D'éventuelles corrections peuvent alors être faites. Finalement, il fait une estimation en pourcentage du recouvrement de chaque habitat dans le site.

**Où est mesuré le paramètre ?** Dans le site.

**Indicateur** : part relative des habitats EUNIS niveau 3 considérés comme mésohygrophiles ou hygrophiles dans le site.

**Étalonnage de l'indicateur** : cas 2.3 de la section VI.1.3.3.

$$ \text{Habitats hygrophiles} = \frac{S_{\text{Catégorie méso-hygrophile}}}{S_{\text{site}}} $$

**Où**

$S_{\text{Catégorie méso-hygrophile}}$ ; la superficie totale (en ha) de tous habitats EUNIS niveau 3 considérés comme mésohygrophiles ou hygrophiles qui sont listés dans la catégorie 1 du tableau ci-après.

$S_{\text{site}}$ ; la superficie du site en ha.

<table><caption>**Tableau 13** : Catégorie d'habitats selon leur caractère hygrophile.</caption><thead><tr><th>Description</th><th>Habitats EUNIS niveau 3 correspondant</th></tr></thead><tbody><tr><td><strong>Catégorie 1</strong><br>Habitats mésohygrophiles ou hygrophiles</td><td>Les habitats EUNIS niveau 3 inclus dans les niveaux EUNIS niveau 1 : <strong>D Tourbières hautes et bas-marais.</strong><br>Les habitats EUNIS niveau 3 inclus dans les niveaux EUNIS niveau 2 : <strong>A1 Roche et autres substrats durs intertidaux, A2 Sédiment intertidal, E3 Prairies humides et prairies humides saisonnières et F9 Fourrés ripicoles et des bas-marais.</strong><br>Les habitats EUNIS niveau 3 : <strong>B1.1 Laisses de mer des plages sableuses, B1.2 Plages sableuses au-dessus de la laisse de mer, B1.8 Pannes dunaires mouilleuses et humides, B2.1 Laisses de mer des plages de galets, B2.2 Plages de galets mobiles sans végétation au-dessus du niveau des laisses de mer, C3.1 Formations à hélophytes riches en espèces, C3.2 Roselières et formations de bordure à grands hélophytes autres que les roseaux, C3.3 Formations riveraines à grandes Cannes, C3.4 Végétations à croissance lente, pauvres en espèces, du bord des eaux ou amphibies, C3.5 Berges périodiquement inondées à végétation pionnière et éphémère, C3.6 Berges nues ou à végétation clairsemée avec des sédiments meubles ou mobiles, E5.4 Lisières et prairies humides ou mouilleuses à grandes herbacées et à fougères, F4.1 Landes humides, G1.1 Forêts riveraines et forêts galeries, avec dominance d'Alnus, Populus ou Salix, G1.2 Forêts riveraines mixtes des plaines inondables et forêts galeries mixtes, G1.3 Forêts riveraines méditerranéennes, G1.4 Forêts marécageuses de feuillus ne se trouvant pas sur tourbe acide, G1.5 Forêts marécageuses de feuillus sur tourbe acide, G1.6 Aulnaies non riveraines, G3.1 Forêts de conifères des tourbières némorales, H3.4 Falaises continentales humides et I1.4 Cultures inondées ou inondables, y compris les rizières. Ces habitats ont été identifiés en s'appuyant notamment sur la correspondance entre les habitats CORINE Biotopes caractéristiques de zones humides, selon l'arrêté du 24 juin</td></tr></tbody></table>
2008 précisant les critères de définition et de délimitation des zones humides en application des articles L. 214-7-1 et R. 211-108 du code de l'environnement ; et la typologie EUNIS disponible sur le site de l'INPN, ainsi que Gayet et al. 2023d.

Les habitats EUNIS niveau 3 : **G1.C** Plantations forestières très artificielles de feuillus caducifoliés, **G1.D** Vergers d'arbres fruitiers et d'arbres à noix, **G2.8** Plantations forestières très artificielles de feuillus sempervirens, **G2.9** Vergers et bosquets sempervirens, **G3.7** Pinèdes méditerranéennes planitaires à montagnardes (hors *Pinus nigra*), **G3.F** Plantations très artificielles de conifères, **G5.2** Petits bois anthropiques de feuillus caducifoliés, **G5.3** Petits bois anthropiques de feuillus sempervirens, **G5.4** Petits bois anthropiques de conifères, **G5.5** Petits bois anthropiques mixtes de feuillus et conifères ; s'ils ont un couvert herbacé hygrophile ou arbustif hygrophile.

## Catégorie 2

Autres habitats

Tous les habitats non mentionnés ci-avant.

**Question à laquelle répond l'indicateur** : quelle est l'importance des habitats mésohygrophiles ou hygrophiles dans le site ?

**Sous-fonction renseignée** : support des habitats.

**Interprétation de l'indicateur et principales limites** : quand la valeur de l'indicateur croît, la part du site avec des habitats mésohygrophiles ou hygrophiles croît ; ce qui est en général favorable à la sous-fonction de support des habitats pour les espèces les plus inféodées aux habitats mésohygrophiles ou hygrophiles.

Comme limite à cet indicateur, on peut mentionner le fait qu'il est assez peu précis. Une description plus fine des habitats jusqu'au niveau EUNIS niveau 4 voire au-delà permettrait une description plus fine du caractère mésohygrophiles ou hygrophile d'un habitat (par ex. les peupleraies (G1.C) au niveau EUNIS 3 ne sont pas considérées comme humides, mais certains habitats infra-niveau 3 du G1.C, par ex. avec de la mégaphorbiaie en sous-bois, revêtissent un caractère mésohygrophile ou hygrophile flagrant). Cet indicateur ne permet pas de distinguer des habitats méso-hygrophiles de ceux plus nettement hygrophiles. Étant donné le niveau de description des habitats dans la méthode et les impératifs pour la concevoir, il n'a pas été possible d'aller plus dans le détail pour cet indicateur.

Cet indicateur doit impérativement être interprété avec l'indicateur « habitats non hygrophiles » en parallèle.

→ voir page suivante.
Représentation simplifiée de l'indicateur et influence sur la sous-fonction :

<figure><img src="image_107.png" /></figure>
## Encadré 51 : « Habitats non hygrophiles »

**Paramètre à la base de l'indicateur** : les habitats EUNIS niveau 3.

**Sources d'informations pour mesurer le paramètre** : l'observateur choisit une surface minimale cartographiable pour détecter la présence des habitats. Il repère d'abord les habitats EUNIS niveau 1 à partir de la BD ORTHO® la plus récente disponible. Lorsque des dossiers police de l'eau avec identification des habitats existent (CORINE biotopes ou Prodrome des Végétations de France), il est possible d'utiliser cette information en exploitant la correspondance réciproque avec EUNIS (voir correspondance de Louvel et al. 2013b). L'observateur identifie ensuite les habitats EUNIS au niveau 3 lors de la phase de terrain. D'éventuelles corrections peuvent alors être faites. Finalement, il fait une estimation en pourcentage du recouvrement de chaque habitat dans le site.

**Où est mesuré le paramètre ?** Dans le site.

**Indicateur** : part relative des habitats EUNIS niveau 3 naturels ou semi-naturels considérés le plus souvent comme non mésohygrophiles et non hygrophiles dans le site. Sont exclus les habitats présentant un caractère fortement anthropisé ainsi que l'emprise des espèces végétales associées à des invasions biologiques.

**Étalonnage de l'indicateur** :

$$ \text{Habitats non hygrophiles} = \frac{S_{\text{site}} - S_{\text{Catégorie méso-hygrophile}} - S_{\text{Catégorie artificielle}} - S_{\text{Invasion biol. vég.}}}{S_{\text{site}}} $$

**Où**

$S_{\text{Catégorie méso-hygrophile}}$ : la superficie totale (en ha) des habitats EUNIS niveau 3 naturels ou semi-naturels considérés le plus souvent comme mésohygrophiles ou hygrophiles le plus souvent sans un caractère entièrement anthropisé listés dans la catégorie « méso-hygrophile » du Tableau ci-avant dans l'Encadré précédent.

$S_{\text{Catégorie artificielle}}$ : la superficie totale (en ha) des habitats EUNIS niveau 3 considérés le plus souvent avec sans un caractère entièrement anthropisé ; et qui sont listés dans la catégorie « entièrement anthropisés » du tableau ci-après.

$S_{\text{Invasion biol. vég.}}$ : la superficie totale (en ha) de l'emprise occupée par des espèces végétales associées à des invasions biologiques.

$S_{\text{site}}$ : la superficie du site en ha.

## Tableau 14 : Catégorie d'habitats entièrement anthropisés.

Tous les habitats EUNIS niveau 3 inclus dans les niveaux EUNIS niveau 1 :

* J Zones bâties, sites industriels et autres habitats artificiels.

Tous les habitats EUNIS niveau 3 suivants :

* C3.3 Formations riveraines à grandes Cannes ;

* E1.6 Pelouses à annuelles subnitrophiles ;

* E1.B Pelouses des sols métallifères ;

* E1.C Habitats méditerranéens secs à végétation herbacée non-vernale inappétente ;

* E1.E Pelouses xériques piétinées à espèces annuelles ;

* E2.6 Prairies améliorées, réensemencées et fortement fertilisées, y compris les terrains de sport et les pelouses ornementales ;

* E2.8 Pelouses mésophiles piétinées à espèces annuelles ;

* E4.5 Prairies alpines et subalpines fertilisées ;

* E5.1 Végétations herbacées anthropiques ;

* FA.1 haies d'espèces non indigènes ;

* FB.1 Plantations d'arbustes pour la récolte de la plante entière, FB.2 Plantations d'arbustes pour la récolte de feuilles et de branches, FB.3 Plantations d'arbustes à des fins ornementales ou pour les
fruits, autres que les vignobles, **FB.4** Vignobles ; s'ils ont un couvert herbacé < 30 % en phase de croissance végétative.

* **G1.C** Plantations forestières très artificielles de feuillus caducifoliés (sans communauté méso-hygrophile en sous-bois), **G1.D** Vergers d'arbres fruitiers et d'arbres à noix, **G2.8** Plantations forestières très artificielles de feuillus sempervirents, **G2.9** Vergers et bosquets sempervirents, **G3.7** Pinèdes méditerranéennes planitaires à montagnardes (hors *Pinus Nigra*), **G3.F** Plantations très artificielles de conifères, **G5.2** Petits bois anthropiques de feuillus caducifoliés, **G5.3** Petits bois anthropiques de feuillus sempervirents, **G5.4** Petits bois anthropiques de conifères, **G5.5** Petits bois anthropiques mixtes de feuillus et conifères ; s'ils ont un couvert herbacé < 30 % en phase de croissance végétative et un couvert arbustif < 30 %.

* **H5.4** Substrats organiques secs avec peu ou pas de végétation ;

* **H5.5** Zones incendiées avec peu ou pas de végétation ;

* **H5.6** Zones piétinées ;

* **I1.1** Monocultures intensives ;

* **I1.2** Cultures mixtes des jardins maraichers et horticulture ;

* **I1.4** Cultures inondées ou inondables, y compris les rizières ;

* **I1.5** Friches, jachères ou terres arables récemment abandonnées ;

* **I2.1** Grands jardins ornementaux ;

* **I2.2** Petits jardins ornementaux et domestiques ;

* **I2.3** Zones de jardins abandonnées récemment.

**Question à laquelle répond l'indicateur :** quelle est l'importance des habitats naturels ou semi-naturels qui ne sont ni méso-hygrophiles ni hygrophiles dans le site ?

**Sous-fonction renseignée :** support des habitats.

**Interprétation de l'indicateur et principales limites :** quand la valeur de l'indicateur croît, la part du site avec des habitats naturels ni méso-hygrophiles ni hygrophiles croît ; ce qui est en général favorable à la sous-fonction de support des habitats pour les espèces inféodées à ces habitats.

Étant donné le niveau de précision modéré attendu dans la méthode concernant la description des habitats, il n'a pas été possible d'aller plus dans le détail pour cet indicateur (par ex. niveau 4 ou 5 d'EUNIS).

Cet indicateur doit impérativement être interprété avec l'indicateur « habitats hygrophiles » en parallèle.

**Représentation simplifiée de l'indicateur et influence sur la sous-fonction :**

<figure><img src="image_108.png" /></figure>
## Encadré 52 : « Habitats halophiles »

**Paramètre à la base de l'indicateur** : les habitats EUNIS niveau 3.

**Sources d'informations pour mesurer le paramètre** : l'observateur choisit une surface minimale cartographiable pour détecter la présence des habitats. Il repère d'abord les habitats EUNIS niveau 1 à partir de la BD ORTHO® la plus récente disponible. Lorsque des dossiers police de l'eau avec identification des habitats existent (CORINE biotopes ou Prodrome des Végétations de France), il est possible d'utiliser cette information en exploitant la correspondance réciproque avec EUNIS (voir correspondance de Louvel et al. 2013b). L'observateur identifie ensuite les habitats EUNIS au niveau 3 lors de la phase de terrain. D'éventuelles corrections peuvent alors être faites. Finalement, il fait une estimation en pourcentage du recouvrement de chaque habitat dans le site.

**Où est mesuré le paramètre ?** Dans le site.

**Indicateur** : part relative des habitats EUNIS niveau 3 considérés comme halophiles dans le site.

**Étalonnage de l'indicateur** : cas 2.3 de la section VI.1.3.3.

SI le site n'est pas dans un système hydrogéomorphologique estuarien, côtier, de panne dunaire ou péri-lagunaire, ALORS aucune valeur n'est octroyée à l'indicateur **Habitats halophiles**.

SI le site est dans un système hydrogéomorphologique estuarien, côtier, de panne dunaire ou péri-lagunaire, ALORS

$$ \text{Habitats halophiles} = \frac{S_{\text{Catégorie 1}}}{S_{\text{site}}} $$

Où

$S_{\text{Catégorie 1}}$ ; la superficie totale (en ha) de tous les habitats EUNIS niveau 3 considérés comme halophiles qui sont listés dans la catégorie 1 du tableau ci-après.

$S_{\text{site}}$ ; la superficie du site en ha.

<table><caption>**Tableau 15** : Catégorie d'habitats selon leur caractère halophile.</caption><thead><tr><th>Description</th><th>Habitats EUNIS niveau 3 correspondant</th></tr></thead><tbody><tr><td><strong>Catégorie 1</strong></td><td></td></tr><tr><td>Habitats halophiles</td><td>Les habitats EUNIS niveau 3 inclus dans les unités EUNIS niveau 2 : A1, A2, D6, E6.<br>Les habitats EUNIS niveau 3 : F6.8.</td></tr><tr><td><strong>Catégorie 2</strong></td><td></td></tr><tr><td>Autres habitats</td><td>Tous les habitats non mentionnés ci-avant.</td></tr></tbody></table>

**Question à laquelle répond l'indicateur** : quelle est l'importance de l'emprise des habitats halophiles dans le site ?

**Sous-fonction renseignée** : support des habitats.

**Interprétation de l'indicateur et principales limites** : quand la valeur de l'indicateur croît, la part du site avec des habitats halophiles croît ; ce qui est en général favorable à la sous-fonction de support des habitats pour les espèces les plus inféodées aux zones humides salées ou saumâtres.

Comme limite à cet indicateur, on peut mentionner le fait qu'il est assez peu précis. Une description plus fine des habitats jusqu'au niveau EUNIS niveau 4 voire au-delà permettrait une description plus fine du caractère halophile d'un habitat. Cet indicateur ne permet pas de distinguer des habitats méso-halophiles de ceux plus nettement halophiles. Étant donné le niveau de description des habitats dans la méthode et les impératifs pour la concevoir, il n'a pas été possible d'aller plus dans le détail pour cet indicateur. De plus, comme
l'indicateur est calculé uniquement sur les zones humides du littoral marin, il ne soulignera pas de gain ou perte éventuels en dehors du littoral marin ; toutefois ces zones humides sont rares en dehors du littoral marin ; et lorsqu'elles sont présentes (par ex. **D6.1 Marais salés continentaux**), leur caractère patrimonial est si fort, qu'une vigilance sera émise par ailleurs sur leur intérêt patrimonial.

Représentation simplifiée de l'indicateur et influence sur la sous-fonction :

<figure><img src="image_109.png" /></figure>
Encadré 53 : « Habitats non halophiles »

Paramètre à la base de l'indicateur : les habitats EUNIS niveau 3.

**Sources d'informations pour mesurer le paramètre** : l'observateur choisit une surface minimale cartographiable pour détecter la présence des habitats. Il repère d'abord les habitats EUNIS niveau 1 à partir de la BD ORTHO® la plus récente disponible. Lorsque des dossiers police de l'eau avec identification des habitats existent (CORINE biotopes ou Prodrome des Végétations de France), il est possible d'utiliser cette information en exploitant la correspondance réciproque avec EUNIS (voir correspondance de Louvel et al. 2013b). L'observateur identifie ensuite les habitats EUNIS au niveau 3 lors de la phase de terrain. D'éventuelles corrections peuvent alors être faites. Finalement, il fait une estimation en pourcentage du recouvrement de chaque habitat dans le site.

Où est mesuré le paramètre ? Dans le site.

Indicateur : part relative des habitats EUNIS niveau 3 considérés comme halophiles dans le site.

Étalonnage de l'indicateur : cas 2.3 de la section VI.1.3.3.

SI le site n'est pas dans un système hydrogéomorphologique estuarien, côtier, de panne dunaire ou péri-lagunaire, ALORS aucune valeur n'est octroyée à l'indicateur **Habitats non halophiles**.

SI le site est dans un système hydrogéomorphologique estuarien, côtier, de panne dunaire ou péri-lagunaire, ALORS

$$ \text{Habitats non halophiles} = \frac{S_{\text{Catégorie 2}} - S_{\text{Catégorie artificielle}}}{S_{\text{site}}} $$
Où

$S_{Catégorie 2}$; la superficie totale (en ha) de tous les habitats EUNIS niveau 3 qui ne sont pas considérés comme halophiles et qui sont listés dans la catégorie 2 du tableau ci-après.

<table><caption>**Tableau 16 :** Catégorie d'habitats selon leur caractère halophile.</caption><thead><tr><th>Description</th><th>Habitats EUNIS niveau 3 correspondant</th></tr></thead><tbody><tr><td><strong>Catégorie 1</strong></td><td></td></tr><tr><td>Habitats halophiles</td><td>Les habitats EUNIS niveau 3 inclus dans les unités EUNIS niveau 2 : A1, A2, D6, E6.<br>Les habitats EUNIS niveau 3 : F6.8.</td></tr><tr><td><strong>Catégorie 2</strong></td><td></td></tr><tr><td>Autres habitats</td><td>Tous les habitats non mentionnés ci-avant.</td></tr></tbody></table>

$S_{Catégorie artificielle}$ : la superficie totale (en ha) des habitats EUNIS niveau 3 considérés le plus souvent avec sans un caractère entièrement anthropisé ; et qui sont listés dans la catégorie « entièrement anthropisés » du tableau ci-après.

<caption>**Tableau 17 :** Catégorie d'habitats entièrement anthropisés.</caption>

Tous les habitats EUNIS niveau 3 inclus dans les niveaux EUNIS niveau 1 :

* J Zones bâties, sites industriels et autres habitats artificiels.

Tous les habitats EUNIS niveau 3 suivants :

* C3.3 Formations riveraines à grandes Cannes ;

* E1.6 Pelouses à annuelles subnitrophiles ;

* E1.B Pelouses des sols métallifères ;

* E1.C Habitats méditerranéens secs à végétation herbacée non-vernale inappétente ;

* E1.E Pelouses xériques piétinées à espèces annuelles ;

* E2.6 Prairies améliorées, réensemencées et fortement fertilisées, y compris les terrains de sport et les pelouses ornementales ;

* E2.8 Pelouses mésophiles piétinées à espèces annuelles ;

* E4.5 Prairies alpines et subalpines fertilisées ;

* E5.1 Végétations herbacées anthropiques ;

* FA.1 haies d'espèces non indigènes ;

* FB.1 Plantations d'arbustes pour la récolte de la plante entière, FB.2 Plantations d'arbustes pour la récolte de feuilles et de branches, FB.3 Plantations d'arbustes à des fins ornementales ou pour les fruits, autres que les vignobles, FB.4 Vignobles ; s'ils ont un couvert herbacé < 30 % en phase de croissance végétative.

* G1.C Plantations forestières très artificielles de feuillus caducifoliés (sans communauté méso-hygrophile en sous-bois), G1.D Vergers d'arbres fruitiers et d'arbres à noix, G2.8 Plantations forestières très artificielles de feuillus sempervirents, G2.9 Vergers et bosquets sempervirents, G3.7 Pinèdes méditerranéennes planitiaires à montagnardes (hors Pinus Nigra), G3.F Plantations très artificielles de conifères, G5.2 Petits bois anthropiques de feuillus caducifoliés, G5.3 Petits bois anthropiques de feuillus sempervirents, G5.4 Petits bois anthropiques de conifères, G5.5 Petits bois anthropiques mixtes de feuillus et conifères ; s'ils ont un couvert herbacé < 30 % en phase de croissance végétative et un couvert arbustif < 30 %.

* H5.4 Substrats organiques secs avec peu ou pas de végétation ;

* H5.5 Zones incendiées avec peu ou pas de végétation ;

* H5.6 Zones piétinées ;

* I1.1 Monocultures intensives ;

* I1.2 Cultures mixtes des jardins maraichers et horticulture ;

* I1.4 Cultures inondées ou inondables, y compris les rizières ;

* I1.5 Friches, jachères ou terres arables récemment abandonnées ;

* I2.1 Grands jardins ornementaux ;

* I2.2 Petits jardins ornementaux et domestiques ;

* I2.3 Zones de jardins abandonnées récemment.
$S_{site}$ ; la superficie du site en ha.

**Question à laquelle répond l'indicateur** : quelle est l'importance de l'emprise des habitats non halophiles dans le site ?

**Sous-fonction renseignée** : rétention des sédiments, assimilation végétale de l'azote, support des habitats.

**Interprétation de l'indicateur et principales limites** : quand la valeur de l'indicateur croît, la part du site avec des habitats non halophiles croît ; ce qui est en général favorable aux sous-fonctions de rétention des sédiments, d'assimilation végétale de l'azote, de support des habitats pour les espèces les moins inféodées aux zones humides salées ou saumâtres.

Comme limite à cet indicateur, on peut mentionner le fait qu'il est assez peu précis. Une description plus fine des habitats jusqu'au niveau EUNIS niveau 4 voire au-delà permettrait une description plus fine du caractère non halophile d'un habitat. Étant donné le niveau de description des habitats dans la méthode et les impératifs pour la concevoir, il n'a pas été possible d'aller plus dans le détail pour cet indicateur.

Représentation simplifiée de l'indicateur et influence sur la sous-fonction :

<figure><img src="image_110.png" /></figure>
Définition des perturbations anthropiques

Dans un écosystème, une perturbation peut être qualifiée comme la perte soudaine et discrète de biomasse, de structure (composition physique d'une population, d'une communauté ou d'un écosystème) ou de fonctions (processus qui interviennent dans le fonctionnement d'un écosystème) d'après Walker (2011). De nombreux processus comme l'hétérogénéité spatio-temporelle dépendent de l'intensité d'une perturbation et du régime des perturbations (régime des perturbations) (Walker 1999 dans Walker 2011). Les perturbations anthropiques résultent directement ou indirectement de l'activité anthropique (Walker 2011). Par exemple, dans les zones humides, elles peuvent résulter de pratiques telles que la mise en culture, le piétinement, les apports de pesticides et de fertilisants, le pâturage, la taille, l'exploitation forestière, le relargage de métaux lourds, l'introduction d'espèces allochtones (par ex. semis, plantations).

Quelques propriétés des perturbations associées aux activités anthropiques

Dans sa synthèse, Walker (2011) affirme qu'il est possible d'étudier les perturbations en
analysant leurs causes, leurs caractéristiques et leurs conséquences. Il est essentiel de comprendre
les conséquences des perturbations car elles sont omniprésentes et déterminent les tendances
observées sur les écosystèmes et les processus (Pickett et White 1985 dans Walker 2011). Si les
perturbations accroissent souvent l'hétérogénéité spatiale sur de très larges échelles, en raison de
leurs effets inégaux dans l'espace, elles peuvent parfois réduire l'hétérogénéité biotique à une échelle
plus fine. La plupart des processus écologiques sont également affectés par les perturbations, y
compris le cycle biologique des espèces, la dynamique temporelle des successions et le cycle des
éléments nutritifs (Walker 2011). La discussion réalisée porte uniquement sur les conséquences des
perturbations anthropiques sur les pertes de structures et de fonctions associées (causées
directement ou indirectement par l'activité humaine) ; et l'appauvrissement biotique qui peut en
résulter.

Pour une même pratique, l'intensité des perturbations peut varier d'une perturbation dont les effets sont relativement limités (par ex. culture extensive, pâturage extensif, exploitation forestière extensive) comparé à des effets beaucoup plus importants (par ex. culture intensive, surpâturage, exploitation forestière intensive). À noter qu'on parle souvent d'hémérobie (inverse de la naturalité) pour apprécier la somme des effets des perturbations sur les communautés. L'hémérobie peut d'ailleurs être évaluée en déterminant la composition des espèces dans un habitat (voir Battisti et Fanelli 2016). Il existe d'ailleurs des classifications permettant de distinguer les communautés végétales selon leur degré d'hémérobie (par ex. Catteau et Duhamel 2010, 2014).

La très forte homogénéisation d'une strate végétale par des perturbations anthropiques a en général pour conséquence un appauvrissement biotique souvent défavorable à l'accomplissement du cycle biologique des espèces autochtones. Il s'agit d'évaluer l'homogénéisation des habitats par les activités anthropiques grâce à un paramètre qui repose essentiellement sur les habitats EUNIS niveau 3 et le type de communauté végétale dans les habitats du site en distinguant :

(1) les habitats où les communautés végétales sont complètement ou quasiment complètement détruites par des perturbations anthropiques extrêmement intenses ;
(2) les habitats où les communautés végétales sont très simplifiées par des perturbations anthropiques. Une seule strate végétale est présente avec un couvert significatif, elle est souvent monospécifique ou quasiment monospécifique (du fait des perturbations anthropiques), composée le plus souvent d'espèces introduites allochtones (semées ou plantées). Les autres strates sont absentes ou très réduites (très réduites : couvert < 30 % ; valeur attribuée en s'inspirant du critère de Davies et al. (2004) pour distinguer les habitats EUNIS niveau 1 avec un couvert clairsemé).

(3) les autres habitats.

Plus les habitats fortement affectés par des perturbations anthropiques occupent une faible part du site, plus l'appauvrissement biotique est réduit et plus les conditions sont en général favorables à la réalisation de la sous-fonction de support des habitats pour les espèces autochtones (Encadré ci-après).
## Encadré 54 : « Rareté de l'anthropisation de l'habitat »

**Paramètre à la base de l'indicateur** : les habitats EUNIS niveau 3 et le type de communauté végétale dans ces habitats.

**Sources d'informations pour mesurer le paramètre** : l'observateur choisit une surface minimale cartographiable pour détecter la présence des habitats. Il repère d'abord les habitats EUNIS niveau 1 à partir de la BD ORTHO® la plus récente disponible. Lorsque des dossiers police de l'eau avec identification des habitats existent (CORINE biotopes ou Prodrome des Végétations de France), il est possible d'utiliser cette information en exploitant la correspondance réciproque avec EUNIS (voir correspondance de Louvel et al. 2013b). L'observateur identifie ensuite les habitats EUNIS au niveau 3 lors de la phase de terrain. D'éventuelles corrections peuvent alors être faites. Finalement, il fait une estimation en pourcentage du recouvrement de chaque habitat dans le site.

**Où est mesuré le paramètre ?** Dans le site.

**Indicateur** : part relative des habitats EUNIS niveau 3 dans le site et types de communauté végétale dans ces habitats.

**Étalonnage de l'indicateur** : cas 2.3 de la section VI.1.3.3.

Rareté de l'anthropisation de l'habitat =

$$ \frac{S_{\text{Catégorie 1}} \times 0 + S_{\text{Catégorie 2}} \times 0,225 + S_{\text{Catégorie 3}} \times 0,45 + S_{\text{Catégorie 4}} \times 0,675 + S_{\text{Catégorie 5}} \times 0,9}{S_{\text{site}}} $$

Où

$S_{\text{Catégorie 1}}$ ; la superficie totale (en ha) de tous habitats EUNIS niveau 3 et des types de communautés végétales associées qui sont listés dans la catégorie 1 du tableau ci-après.

$S_{\text{Catégorie 2}}$ ; la superficie totale (en ha) de tous habitats EUNIS niveau 3 et des types de communautés végétales associées qui sont listés dans la catégorie 2 du tableau ci-après.

$S_{\text{Catégorie 3}}$ ; la superficie totale (en ha) de tous habitats EUNIS niveau 3 et des types de communautés végétales associées qui sont listés dans la catégorie 3 du tableau ci-après.

$S_{\text{Catégorie 4}}$ ; la superficie totale (en ha) de tous habitats EUNIS niveau 3 et des types de communautés végétales associées qui sont listés dans la catégorie 4 du tableau ci-après.

$S_{\text{Catégorie 5}}$ ; la superficie totale (en ha) de tous habitats EUNIS niveau 3 et des types de communautés végétales associées qui sont listés dans la catégorie 5 du tableau ci-après.

$S_{\text{site}}$ ; la superficie du site en ha.

Les valeurs de 0, 0,225, 0,45, 0,675 et 0,9 sont attribuées à chaque type d'habitats EUNIS niveau 3 pour indiquer un niveau décroissant de perturbations anthropiques et éventuellement du type de communautés végétales associées à ces habitats (Tableau ci-après). Notez que la valeur de 1 n'est pas attribuée car il est peu probable qu'un habitat ne soit pas du tout soumis à des pressions anthropiques en France métropolitaine (c'est-à-dire aucune anthropisation actuelle ou passée).

<table><caption>**Tableau 18** : Catégorie d'habitats et communautés végétales associées selon leur anthropisation.</caption><thead><tr><th>Description</th><th>Habitats EUNIS niveau 3 correspondant et complément d'information à éventuellement relever sur les types de communautés végétales</th></tr></thead><tbody><tr><td><strong>Catégorie 1 :</strong><br>Habitats pour lesquels il n'y a pas ou quasiment pas de communauté végétale du fait d'une activité anthropique extrêmement intense.</td><td>Les habitats EUNIS niveau 3 : <strong>J1.6</strong> Sites de construction et de démolition en zones urbaines et suburbaines, <strong>J2.7</strong> Sites ruraux de construction et de démolition, <strong>J3.1</strong> Mines souterraines en activité, <strong>J3.2</strong> Sites d'extraction minière à ciel ouvert en</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td></td><td>activité, y compris les carrières, J3.3 Zones de surface récemment abandonnées de sites industriels d'extraction, J6.1 Déchets provenant de la construction et de la démolition de bâtiments, J6.2 Déchets ménagers et sites d'enfouissement, J6.3 Déchets organiques non agricoles, J6.4 Déchets agricoles et horticoles, J6.5 Déchets industriels.<br/>Également l'emprise des espèces végétales associées à des invasions biologiques.</td></tr><tr><td><b>Catégorie 2 :</b><br/>Habitats sans strate arbustive ou arborescente et avec une très forte artificialisation de la strate herbacée : communauté monospécifique ou quasiment monospécifique composées d'espèces plantées le plus souvent (semées); communauté composée principalement d'espèces allochtones.</td><td>Les habitats EUNIS niveau 3 : C3.3 Formations riveraines à grandes Cannes, E1.6 Pelouses à annuelles subnitrophiles, E1.B Pelouses des sols métallifères, E1.C Habitats méditerranéens secs à végétation herbacée non-vernale inappétente, E1.E Pelouses xériques piétinées à espèces annuelles, E2.6 Prairies améliorées, réensemencées et fortement fertilisées, y compris les terrains de sport et les pelouses ornementales, E2.8 Pelouses mésophiles piétinées à espèces annuelles, E4.5 Prairies alpines et subalpines fertilisées, E5.1 Végétations herbacées anthropiques, FA.1 haies d'espèces non indigènes, H5.4 Substrats organiques secs avec peu ou pas de végétation, H5.5 Zones incendiées avec peu ou pas de végétation, H5.6 Zones piétinées, I1.1 Monocultures intensives, I1.2 Cultures mixtes des jardins maraichers et horticulture, I1.4 Cultures inondées ou inondables, y compris les rizières, I1.5 Friches, jachères ou terres arables récemment abandonnées, I2.1 Grands jardins ornementaux, I2.2 Petits jardins ornementaux et domestiques, I2.3 Zones de jardins abandonnées récemment.</td></tr><tr><td>Habitats sans strate arborescente, avec un couvert herbacé &lt; 30% en phase de croissance végétative et une très forte anthropisation de la strate arbustive : communauté de la strate arbustive souvent monospécifique ou quasiment monospécifique composées d'espèces introduites le plus souvent (plantées), communauté de la strate arbustive composée principalement d'espèces allochtones.</td><td>Les habitats EUNIS niveau 3 : FB.1 Plantations d'arbustes pour la récolte de la plante entière, FB.2 Plantations d'arbustes pour la récolte de feuilles et de branches, FB.3 Plantations d'arbustes à des fins ornementales ou pour les fruits, autres que les vignobles, FB.4 Vignobles ; s'ils ont un couvert herbacé &lt; 30% en phase de croissance végétative.</td></tr><tr><td>Habitats avec un couvert herbacé &lt; 30% en phase de croissance végétative, un couvert arbustif &lt; 30% et une très forte anthropisation de la strate arborée : communauté de la strate arborée souvent monospécifique ou quasiment monospécifique composées d'espèces introduites le plus souvent (plantées), communauté de la strate arborée composée principalement d'espèces allochtones.</td><td>Les habitats EUNIS niveau 3 : G1.C Plantations forestières très artificielles de feuillus caducifoliés, G1.D Vergers d'arbres fruitiers et d'arbres à noix, G2.8 Plantations forestières très artificielles de feuillus sempervirens, G2.9 Vergers et bosquets sempervirens, G3.7 Pinèdes méditerranéennes planitaires à montagnardes (hors Pinus Nigra), G3.F Plantations très artificielles de conifères, G5.2 Petits bois anthropiques de feuillus caducifoliés, G5.3 Petits bois anthropiques de feuillus sempervirens, G5.4 Petits bois anthropiques de conifères, G5.5 Petits bois anthropiques mixtes de feuillus et conifères ; s'ils ont un couvert herbacé &lt; 30% en phase de croissance végétative et un couvert arbustif &lt; 30%.</td></tr><tr><td><b>Catégorie 3 :</b><br/>Habitats sans strate arborescente, avec un couvert herbacé ≥ 30% monospécifique ou quasi-</td><td>Les habitats EUNIS niveau 3 : FA.1 haies d'espèces non indigènes, FB.1 Plantations d'arbustes pour la</td></tr></table>
monospécifique et une très forte anthropisation de la strate arbustive : communauté de la strate arbustive souvent monospécifique ou quasiment monospécifique composées d'espèces introduites le plus souvent (plantées) ; communauté de la strate arbustive composée principalement d'espèces allochtones.

Habitats constitués d'une strate arborée fortement artificialisée (communauté monospécifique ou quasiment monospécifique, composées d'espèces introduites le plus souvent plantées) à laquelle s'ajoute soit (1) un couvert herbacé ≥ 30 % monospécifique ou quasi-monospécifique en phase de croissance végétative, le couvert arbustif est alors < 30 %, soit (2) un couvert arbustif ≥ 30 % monospécifique ou quasi-monospécifique, le couvert herbacé est alors < 30 % en phase de croissance végétative.

récolte de la plante entière, **FB.2** Plantations d'arbustes pour la récolte de feuilles et de branches, **FB.3** Plantations d'arbustes à des fins ornementales ou pour les fruits, autres que les vignobles, **FB.4** Vignobles ; s'ils ont un couvert herbacé ≥ 30 % monospécifique ou quasi-monospécifique en phase de croissance végétative.

Les habitats EUNIS niveau 3 : **G1.C** Plantations forestières très artificielles de feuillus caducifoliés, **G1.D** Vergers d'arbres fruitiers et d'arbres à noix, **G2.8** Plantations forestières très artificielles de feuillus sempervirents, **G2.9** Vergers et bosquets sempervirents, **G3.7** Pinèdes méditerranéennes planitaires à montagnardes (hors *Pinus Nigra*), **G3.F** Plantations très artificielles de conifères, **G5.2** Petits bois anthropiques de feuillus caducifoliés, **G5.3** Petits bois anthropiques de feuillus sempervirents, **G5.4** Petits bois anthropiques de conifères, **G5.5** Petits bois anthropiques mixtes de feuillus et conifères ; s'ils ont :

* un couvert herbacé ≥ 30 % monospécifique ou quasi-monospécifique en phase de croissance végétative et un couvert arbustif < 30 % ;

* un couvert herbacé < 30 % en phase de croissance végétative et un couvert arbustif ≥ 30 % monospécifique ou quasi-monospécifique ;

* un couvert herbacé et arbustif tous deux ≥ 30 % et tous deux monospécifiques ou quasi-monospécifiques en phase de croissance végétative.

## Catégorie 4 :

Habitats sans strate arborescente, avec un couvert herbacé ≥ 30 % ni monospécifique ni quasi-monospécifique et une très forte anthropisation de la strate arbustive : communauté de la strate arbustive souvent monospécifique ou quasiment monospécifique composées d'espèces plantées le plus souvent ; communauté de la strate arbustive composée principalement d'espèces allochtones.

Habitats constitués d'une strate arborée fortement artificialisée (communauté monospécifique ou quasiment monospécifique, composées d'espèces introduites le plus souvent plantées) à laquelle s'ajoute (1) un couvert herbacé ≥ 30 % qui n'est ni monospécifique ni quasi-monospécifique en phase de croissance végétative et/ou (2) un couvert arbustif ≥ 30 % qui n'est ni monospécifique ni quasi-monospécifique.

Les habitats EUNIS niveau 3 : **FA.1** haies d'espèces non indigènes, **FB.1** Plantations d'arbustes pour la récolte de la plante entière, **FB.2** Plantations d'arbustes pour la récolte de feuilles et de branches, **FB.3** Plantations d'arbustes à des fins ornementales ou pour les fruits, autres que les vignobles, **FB.4** Vignobles ; s'ils ont un couvert herbacé ≥ 30 % ni monospécifique ni quasi-monospécifique en phase de croissance végétative.

Les habitats EUNIS niveau 3 : **G1.C** Plantations forestières très artificielles de feuillus caducifoliés, **G1.D** Vergers d'arbres fruitiers et d'arbres à noix, **G2.8** Plantations forestières très artificielles de feuillus sempervirents, **G2.9** Vergers et bosquets sempervirents, **G3.7** Pinèdes méditerranéennes planitaires à montagnardes (hors *Pinus Nigra*), **G3.F** Plantations très artificielles de conifères, **G5.2** Petits bois anthropiques de feuillus caducifoliés, **G5.3** Petits bois anthropiques de feuillus sempervirents, **G5.4** Petits bois anthropiques de conifères, **G5.5** Petits bois anthropiques mixtes de feuillus et conifères ; s'ils ont (1) un couvert herbacé ≥ 30 % qui est ni monospécifique ni quasi-monospécifique en phase de croissance végétative et/ou (2) un couvert arbustif ≥ 30 % qui est ni monospécifique ni quasi-monospécifique.

Les habitats EUNIS niveau 3 : **G1.C** Plantations forestières très artificielles de feuillus caducifoliés, **G1.D** Vergers d'arbres fruitiers et d'arbres à noix,
**G2.8** Plantations forestières très artificielles de feuillus sempervirens, **G2.9** Vergers et bosquets sempervirens, **G3.F** Plantations très artificielles de conifères, **G5.2** Petits bois anthropiques de feuillus caducifoliés, **G5.3** Petits bois anthropiques de feuillus sempervirens, **G5.4** Petits bois anthropiques de conifères, **G5.5** Petits bois anthropiques mixtes de feuillus et conifères ; s'ils ont un couvert herbacé ou arbustif hygrophile.

### Catégorie 5 :

Autres habitats.

Tous les habitats qui ne correspondent pas aux descriptions mentionnées ci-avant.

**Motifs justifiant un réétalonnage de l'indicateur par rapport à celui de la version 1 de la méthode :** quelques ajustements ont été réalisés sur les habitats identifiés par classe d'anthropisation dans le tableau ci-avant, pour tenir compte de particularités écologiques de certains habitats.

**Question à laquelle répond l'indicateur :** quelle est l'ampleur de l'anthropisation des habitats dans le site ?

**Sous-fonction renseignée :** support des habitats.

**Interprétation de l'indicateur et principales limites :** quand la valeur de l'indicateur croît, l'anthropisation des habitats dans le site est moins forte ; ce qui est en général favorable à la sous-fonction de support des habitats pour les espèces autochtones du site.

Comme limite à cet indicateur, on peut mentionner le fait qu'il est assez peu précis. L'anthropisation des habitats n'est prise en compte qu'au sens de l'homogénéisation quasiment complète de strates de végétation dans les habitats, principalement du fait de l'activité anthropique (au moins une strate est artificielle). Cet indicateur ne permet pas de distinguer des habitats soumis à des pressions anthropiques variables modérées à nulles (par ex. pressions de pâturage variables) qui peuvent aussi affecter les fonctions dans le site. Une description plus détaillée des habitats (EUNIS niveau 4 ou 5) aurait permis de faire cette distinction. Mais étant donné le niveau de description des habitats dans la méthode et les impératifs pour la concevoir, il n'a pas été possible d'aller plus dans le détail pour cet indicateur. Il permet surtout de distinguer des habitats extrêmement artificiels, très artificiels de ceux avec une anthropisation modérée à quasi absente.

### Représentation simplifiée de l'indicateur et influence sur la sous-fonction :

<figure><img src="image_111.png" /></figure>
Quelques éléments de définition d'une invasion biologique

Une espèce est en général qualifiée d'invasive, quand elle est allochtone, introduite dans un habitat et qu'elle impacte négativement le fonctionnement d'un écosystème (Colautti et Maclsa a 2004). D'autres définitions existent, par exemple selon Valéry et al. (2008), une invasion biologique survient dans les écosystèmes quand une barrière géographique ou un facteur biotique limitant l'extension de l'aire de répartition d'une espèce disparaît, permettant la colonisation de nouveaux espaces et à un stade ultime de cette colonisation la dominance de l'espèce dans l'écosystème récepteur. Même si le phénomène d'invasion est souvent associé à la dispersion des espèces allochtones, il est à noter que certains auteurs considèrent que le processus associé à des invasions biologiques peut également concerner des espèces autochtones (voir Valéry et al. 2008, 2009). Les définitions sur les invasions biologiques sont encore sujettes à débat dans la communauté scientifique.

De nombreuses définitions (non passées en revue ici) existent et des synthèses telle que celle de Thévenot (2013) en donnent un aperçu. De nombreuses listes qui ne sont pas citées ici de manière exhaustive ont été produites de l'échelle mondiale (IUCN 2015) à l'échelle locale (par ex. Thevenot 2014, European Commission 2015, Invasions Biologiques en Milieux Aquatiques 2015) pour recenser les espèces dont la présence est considérée comme une invasion biologique. Aucune liste nationale ne fait autorité en la matière aujourd'hui ; mais un projet mené conjointement par le MNHN et la Fédération des Conservatoires Botaniques Nationaux vise à établir une telle liste prochainement. Par ailleurs, la réglementation européenne évolue à ce sujet et une liste des espèces qui sont associées à des invasions biologiques est parue récemment.

Propriétés associées aux invasions biologiques

L'invasion biologique est un cas particulier de colonisation. Pour prendre la pleine mesure de ses effets sur les communautés autochtones, il convient d'être vigilant avant d'interpréter ses conséquences, notamment en veillant à identifier les covariables qui peuvent être associées à ses effets (Didham et al. 2005). Par des effets de compétition, de parasitisme, de modification de la structure des habitats, ou de pollution génétique, le processus d'invasion conduit souvent à une chute de la biodiversité et une altération des fonctions des zones humides (Zedler 2004). **Les effets sur les communautés autochtones suite à une invasion biologique sont donc variés : introgression (par ex. Munoz-Fuentes et al. 2006, Plénet 2006), exclusion des espèces autochtones (par ex. Dandelot et al. 2005)... allant jusqu'à leur extinction (Mooney et Cleland 2001).**

Les espèces associées à des invasions biologiques ont une influence majeure sur la fonction de support des habitats et l'accomplissement du cycle biologique des espèces autochtones dans le site. Vu la diversité des définitions sur les invasions biologiques et le grand nombre de listes au sujet des espèces dont la présence est considérée comme une invasion biologique ; les observateurs qui appliqueront la méthode utiliseront la liste qui leur paraît la plus pertinente pour identifier les espèces associées à des invasions biologiques dans le site. L'indicateur associé aux invasions biologiques portera sur l'emprise des espèces végétales associées à des invasions biologiques en période de croissance végétative. En effet, vu les impératifs pour concevoir la méthode, il paraît possible d'évaluer cette emprise. Cependant, il ne paraît pas possible de proposer un indicateur pour les espèces animales. Il est considéré que plus la part du site occupée par des espèces végétales associées à des invasions biologiques en période de croissance végétative est importante, plus les
habitats sont homogénéisés et moins les conditions sont favorables à la fonction de support des habitats dans le site (Encadré ci-après).
## Encadré 55 : « Rareté des invasions biologiques végétales »

**Paramètre à la base de l'indicateur** : les espèces végétales associées à des invasions biologiques d'après la référence choisie par l'observateur.

**Sources d'informations pour mesurer le paramètre** : informations à relever sur le terrain lorsque l'observateur s'estime capable de reconnaître les espèces et que la prospection est réalisée durant la période de croissance végétative. Les informations présentes dans les dossiers « police de l'eau » peuvent aussi être mobilisées.

**Où est mesuré le paramètre ?** Dans le site.

**Indicateur** : part relative du site sans espèces végétales associées à des invasions biologiques en période de croissance végétative.

**Étalonnage de l'indicateur** : autres cas.

**Examen de la gamme de variation et de la distribution des mesures sur le paramètre** :

Lors de la phase de test du prototype 2015, la part relative des sites occupée par des espèces végétales associées à des invasions biologiques a été déterminée sur 88 sites parmi les 163 sites tests. Sur les 75 sites restants, aucune information ne permettait de renseigner cette information. Le tableau ci-dessous présente les valeurs de la part relative du site occupée par des espèces végétales associées à des invasions biologiques (c'est-à-dire la superficie du site occupée par des espèces végétales associées à des invasions biologiques en ha / superficie du site en ha). Des espèces végétales associées à des invasions biologiques végétales sont présentes dans 10 sites sur les 88 sites tests de 2015, avec une part relative maximale de 0,07.

<table><caption>**Tableau 19** : Part relative des sites occupée par des espèces végétales associées à des invasions biologiques en période de croissance végétative sur 88 sites tests de 2015 où l'information était renseignée.</caption><thead><tr><th></th><th>Part relative du site occupée par des espèces végétales associées à des invasions biologiques</th></tr></thead><tbody><tr><td>Minimum</td><td>0</td></tr><tr><td>Maximum</td><td>0,07</td></tr><tr><td>Moyenne</td><td>0,002</td></tr><tr><td>Érreur standard</td><td>0,001</td></tr></tbody></table>

Les tests de 2015 ont donc permis de relever que la part maximale du site occupée par des espèces végétales associées à des invasions biologiques en période de croissance végétative était de 7 %. Cependant, cela semble être extrêmement faible étant donné les observations réalisées par ex. sur le littoral marin, avec de vastes étendues de zones humides monospécifiques ou quasiment monospécifiques, occupées par ex. par la paspale à deux épis (*Paspalum distichum* L. 1759) ou l'amorpha (*Amorpha fruticosa* L. 1753). Une valeur seuil de 100 % est fixée pour étalonner l'indicateur. Ainsi, la valeur de l'indicateur sera donc de 0 quand la part relative du site occupée par espèces végétales associées à des invasions biologiques en période de croissance végétative sera égale à 100 %. La valeur de l'indicateur sera de 1 lorsqu'il n'y aura pas d'espèce végétale associée à des invasions biologiques en période de croissance végétative dans le site. La valeur de l'indicateur diminuera donc quand l'emprise des espèces végétales associées à des invasions biologiques en période de croissance végétative augmentera dans le site.

**Valeur octroyée à l'indicateur** :

SI l'observateur n'a pas d'information sur la part du site occupée par des espèces végétales associées à des invasions biologiques en période croissance végétative OU il n'est pas capable de reconnaître ces espèces durant une prospection de terrain réalisée durant la période de croissance végétative OU les prospections de terrain ne sont pas réalisées durant la période de croissance végétative, ALORS aucune valeur n'est octroyée à l'indicateur **Rareté des invasions biologiques végétales**.
SI l'observateur a une information sur la part du site occupée par des espèces végétales associées à des invasions biologiques en période croissance végétative OU s'il peut reconnaître ces espèces et estimer leur emprise sur le site durant une prospection de terrain réalisée durant la période de croissance végétative, ALORS

$$ \text{Rareté des invasions biologiques végétales} = \frac{\text{superficie du site occupée par des espèces végétales associées à des invasions biologiques durant la période de croissance végétative en ha}}{\text{superficie du site en ha}} $$

**Motifs justifiant un réétalonnage de l'indicateur par rapport à celui de la version 1 de la méthode :**
l'indicateur de la version 1 était étalonné en tenant notamment compte des emprises des espèces végétales associées à des invasions biologiques observées dans les sites tests de 2015 (dans la version 1 - valeur de l'indicateur = 0 si l'emprise $\ge$ 30% - l'indicateur avait donc été seuillé au-delà des observations de terrain avec les emprises maximales d'espèces associées à des invasions biologiques, soit 7%). Il apparaissait nécessaire de réétalonner cet indicateur pour tenir compte notamment des particularités écologiques des zones humides littorales où les emprises de ces espèces peuvent couramment être largement supérieures à 30 % voire occuper 100 % d'un site.

**Question à laquelle répond l'indicateur :** quelle est la part relative du site sans espèces végétales associées à des invasions biologiques en période de croissance végétative ?

**Sous-fonction renseignée :** support des habitats.

**Interprétation de l'indicateur et principales limites :** quand la valeur de l'indicateur croît, la part relative du site sans des espèces végétales associées à des invasions biologiques croît, l'homogénéisation des habitats par ces espèces est moins importante et les conditions dans le site sont plus favorables à l'accomplissement du cycle biologique des espèces autochtones.

Comme limite, on peut mentionner le fait que l'indicateur n'est pas modulé selon l'impact potentiel des espèces associées à des invasions biologiques recensées.

### Représentation simplifiée de l'indicateur et influence sur la sous-fonction :

<figure><img src="image_112.png" /></figure>
Définition de la lisière

La lisière d'une unité d'habitat est constituée par sa bande extérieure qui est au contact d'un environnement différent de celui de l'unité d'habitat en question (Forman et Godron 1981). L'effet de la lisière a pour conséquence une composition et une abondance en espèces dans la bande extérieure de l'unité d'habitat qui diffèrent de celles observées à l'intérieur de l'unité d'habitat.

Propriétés des lisières

Les lisières sont des aires avec des gradients écologiques abruptes, qui modifient, ralentissent, restreignent voire stoppent les flux écologiques et redirigent les flux d'organismes, de matières ou d'énergie entre les unités d'habitat (Puth et Wilson 2001). **Comme les lisières sont des interfaces entre les unités d'habitat dans le paysage et le lieu d'interactions biotiques et abiotiques importantes, elles ont une influence disproportionnée sur les fonctions dans le paysage (par ex. population, communauté, processus dans les écosystèmes) comparé à la superficie qu'elles occupent.** La zone composée des bandes extérieures de deux unités d'habitat adjacentes autour de la lisière constitue l'écotone, qui peut être perçue à l'échelle de la plante, de l'unité d'habitat, du paysage jusqu'au biome (Gosz 1993). L'écotone peut être étroit et les lisières peuvent être nettes, ce qui est fréquent dans les paysages anthropisés ; ou au contraire être graduel et étendu, ce qui est plus fréquent dans les paysages peu anthropisés (Forman et Godron 1981). Ce sont aussi des habitats d'espèces spécialistes des écotones ; c'est le cas par exemple de nombreux papillons liés aux plantes-hôtes et aux lisières entre les forêts et les prairies.

Dans un paysage, les lisières et les écotones associés croissent avec la fragmentation des habitats. La probabilité que les individus quittent l'habitat pour pénétrer dans la matrice est alors plus forte. Il s'agit d'un deux principaux effets négatifs de la fragmentation avec le fait qu'au-delà d'un seuil, une unité d'habitat devient trop petite pour accueillir une population ou permettre à un individu d'y accomplir son cycle de biologique. Dans ce cas, les espèces qui ne sont pas capables de traverser le « non-habitat » du paysage (matrice) peuvent être particulièrement affectées (risque de réduction de la population et de la probabilité de persistance) (Fahrig 2003). **Les groupes d'organismes répondent différemment à l'effet de la lisière selon leurs propres exigences écologiques et les propriétés de l'écotone (par ex. Pasitschniak-Arts et al. 1998, Reino et al. 2009, Youngquist et Boone 2014).** Ainsi Noss (1987) évoque que la combinaison fonctionnelle d'habitats dans une mosaïque paysagère est indispensable pour les espèces animales qui utilisent des habitats multiples, incluant des écotones et pour les communautés animales qui évoluent le long de gradients environnementaux. Cependant, pour d'autres espèces l'effet peut être dommageable (par ex. Tabarelli et al. 1999, Lienert et Fischer 2003). Par exemple, l'effet de la lisière peut avoir des effets positifs sur la densité des nids de certaines populations d'oiseaux bien que le succès de reproduction soit moindre sur les écotones que dans les écosystèmes attenants (notion de trappe écologique) (Flaspohler et al. 2001, voir Lahti 2001 pour une revue). Dans les écotones, la structure des communautés végétales (couvert de la canopée en forêt, densité d'individus, biomasse primaire), la productivité primaire, la mortalité des individus peuvent être différentes de celles dans les écosystèmes qui les bordent (Chen et al. 1992). Des synthèses bibliographiques telle que celle de Sordello et al. (2013) peuvent accompagner une interprétation plus poussée de l'effet variable des lisières selon les espèces considérées.
Les lisières ont un effet majeur sur les flux écologiques dans le paysage. Elles sont des interfaces entre les habitats qui peuvent accueillir une richesse biologique importante influencée par les caractéristiques propres des habitats situés de part et d'autre de la lisière. Ce sont également des interfaces qui peuvent particulièrement perturber les flux écologiques et être défavorables aux espèces inféodées aux caractéristiques intrinsèques des habitats situés de part et d'autre de la lisière. Dans le cadre de la méthode, l'effet des lisières sera discuté en rapport avec ce second effet. La densité de lisière entre les unités d'habitat EUNIS niveau 3 sera donc évaluée à l'intérieur du site (Encadré ci-après). Plus la densité de lisière croît, plus la fragmentation des habitats est importante et plus les conditions sont en général défavorables à l'accomplissement du cycle biologique des espèces inféodées aux caractéristiques intrinsèques des habitats.
## Encadré 56 : « Rareté de la fragmentation »

**Paramètre à la base de l'indicateur** : les limites entre les unités d'habitat EUNIS niveau 3 dans le site.

**Sources d'informations pour mesurer le paramètre** : l'observateur identifie les habitats EUNIS niveau 3. Il choisit une surface minimale cartographiable pour détecter la présence des habitats. Sur les sites avec des dossiers police de l'eau où l'identification des habitats a été réalisée (CORINE biotopes ou Prodrome des Végétations de France), il est possible d'utiliser cette identification en exploitant le tableau de correspondance<fnref n="58" /> proposé sur le site de l'INPN (voir correspondance de Louvel et al. 2013b).

**Où est mesuré le paramètre ?** Dans le site.

**Indicateur** : densité de limites entre les unités d'habitat EUNIS niveau 3 dans le site.

**Étalonnage de l'indicateur** : cas 3 de la section VI.1.3.3. La gamme de variation du paramètre n'est pas connue a priori et le linéaire total des limites entre unités d'habitat EUNIS niveau 3 n'a pas été déterminé lors de la phase de test. Seul le linéaire de limites entre unités d'habitat EUNIS niveau 2 a été déterminé. Sur environ 30 sites, quand des observateurs ont fait l'identification des habitats EUNIS niveau 2 et 3, il y a eu très rarement des subdivisions d'une unité d'habitat EUNIS niveau 2 en plusieurs unités habitat EUNIS niveau 3. Ainsi, il apparaît possible de se baser sur la gamme de variation et la distribution de la densité de limites entre les habitats EUNIS niveau 2 pour étalonner l'indicateur sur la densité de limites entre les habitats EUNIS niveau 3. L'indicateur est donc étalonné en fonction des résultats obtenus durant la phase de test du prototype 2015 en considérant les mesures faites sur les limites entre les unités d'habitat EUNIS niveau 2, mais l'indicateur proposé reposera bien sur la mesure des limites entre unités d'habitat EUNIS niveau 3.

**Examen de la gamme de variation et de la distribution des mesures sur le paramètre** :

Lors de la phase de test du prototype 2015, la densité de limites pour les habitats EUNIS niveau 2 dans le site a été déterminée sur les 163 sites tests. La figure ci-dessous représente la distribution des valeurs de la densité de limites (c'est-à-dire le linéaire total des limites entre unités d'habitat EUNIS niveau 2 en km / superficie du site en ha) dans les 163 sites tests. Le premier quartile est de 0,187 km/ha, la médiane est de 0,303 km/ha et le troisième quartile de 0,467 km/ha. La valeur extrême supérieure (Q3 + 1,5 × étendue interquartile) est de 0,882 km/ha avec 2 sites ayant une densité de limites supérieure à cette valeur.

<figure><img src="image_113.png" /><figcaption>**Figure 54** : Densité de limites (en km/ha) entre les habitats EUNIS niveau 2 dans les 163 sites tests de 2015.</figcaption></figure>

**Valeur octroyée à l'indicateur** :

La valeur de l'indicateur est de 1 lorsqu'il n'y a pas de limites entre les unités d'habitat EUNIS niveau 3 présentes dans le site. La valeur de l'indicateur diminue avec l'augmentation de la densité de limites. La valeur de l'indicateur est de 0 lorsque la densité de limites atteint la valeur maximale recensée lors de la phase de test du prototype 2015 avec les unités d'habitat EUNIS niveau 2, soit la valeur de 0,882 km/ha. La densité des limites dans le site est donc multipliée par $1/0,882 = 1,1334842$ et retranchée à une valeur de 1 afin que

<footnote n="58">58 https://inpn.mnhn.fr/accueil/index</footnote>
l'indicateur augmente avec la diminution de la densité de limites. Dans des cas exceptionnels où la densité de limites est $\ge$ 0,882 km/ha, le résultat du calcul est corrigé à une valeur de 0.

SI la densité des limites entre les unités d'habitat EUNIS niveau 3 est $\ge$ 0,882 km/ha, ALORS **Rareté de la fragmentation = 0**.

SI la densité des limites entre les unités d'habitat EUNIS niveau 3 est < 0,882 km/ha, ALORS

$$ \text{Rareté de la fragmentation} = 1 - \frac{\text{linéaire totale des limites en km} \times 1,133}{\text{superficie du site en ha}} $$

**Question à laquelle répond l'indicateur** : quelle est la densité de limites entre les unités d'habitat EUNIS niveau 3 dans le site ?

**Sous-fonction renseignée** : support des habitats.

**Interprétation de l'indicateur et principales limites** : plus la valeur de l'indicateur croît, moins la densité de limites entre les unités d'habitat EUNIS niveau 3, c'est-à-dire le niveau de fragmentation, est importante dans le site ; ce qui est favorable à l'accomplissement du cycle biologique des espèces inféodées à des habitats spécifiques(espèces spécialistes en général).

### Représentation simplifiée de l'indicateur et influence sur la sous-fonction :

<figure><img src="image_114.png" /></figure>
Définition de l'isolement des habitats

L'isolement d'une unité d'habitat peut résulter de processus naturels ou non, qui fragmentent les habitats et génèrent des unités d'habitat dispersées dans le paysage (Fahrig 2003, Jaeger 2000). **L'isolement d'une unité d'habitat donnée dépend donc de la présence d'unités d'habitat similaires à celle-ci dans le paysage qui l'environne (Fahrig 2003).** Ainsi, pour un habitat donné, plus un paysage contient des unités d'habitat similaires, moins elles sont isolées et vice versa (Tischendorf et Fahrig 2000b). On admet que la connectivité d'une unité d'habitat est l'inverse de son isolement (Fischer et Lindenmayer 2007).

Une multitude d'indicateurs existent pour mesurer l'isolement d'une unité d'habitat (voir Hargis et al. 1998, Bender et al. 2003). Il existe des mesures basées sur le calcul de la distance entre les unités d'habitat combinée à la superficie des unités d'habitat dans le paysage environnant (Fahrig 2003). **La mesure la plus commune de l'isolement d'une unité d'habitat est la distance à l'unité d'habitat la plus proche.** Dans la plupart des cas, les unités d'habitat les moins isolées sont celles dont la distance avec une unité d'habitat similaire est la plus faible. **Une autre mesure courante de l'isolement est l'inverse de la part d'habitat à une distance donnée de l'unité d'habitat en question (Fahrig 2003).** Pour mesurer la fragmentation, il convient de veiller à tenir compte du fait que les limites prises en compte par l'observateur peuvent fragmenter une unité d'habitat (Moser et al. 2007b).

Propriétés associées à l'isolement des habitats

L'isolement varie à la fois selon la structure du paysage et la réponse des organismes à cette **structure**. Il est déterminé par le taux d'immigration des individus dans l'unité d'habitat. Plus le taux d'immigration est important, moins l'unité d'habitat est isolée (Tischendorf et Fahrig 2000a). **Les matrices structurellement similaires à une unité d'habitat sont en général d'une plus grande qualité pour les organismes de cette unité d'habitat puisqu'elles permettent d'assurer une certaine connectivité fonctionnelle de l'unité d'habitat avec le paysage (Prevedello et Vieira 2010).** L'isolement peut engendrer une baisse de la richesse des communautés (par ex. Lehtinen et al. 1999, Wettstein et Schmid 1999), une raréfaction de la présence des individus ou une réduction de la taille des populations (par ex. Lienert et Fischer 2003, Gayet et al. 2011), une baisse du taux de reproduction (par ex. Robinson et al. 1995, Smith et Hellmann 2002) ou encore des changements dans la structure des communautés (par ex. Tabarelli et al. 1999) y compris au niveau génétique (augmentation du taux de consanguïté, Keller et Waller 2002). Toutefois, il convient de noter que la fragmentation de l'habitat peut aussi s'accompagner d'effets positifs sur les individus et les populations de certaines espèces (voir Fahrig 2003) et que la sensibilité des espèces à la fragmentation de l'habitat dans le paysage est idiosyncrasique (par ex. Rizkalla et Swihart 2006). Des synthèses bibliographiques telle que celle de Sordello et al. (2013) peuvent accompagner une interprétation plus poussée sur l'effet variable de l'isolement des unités d'habitat selon les espèces considérées.

La distance des unités d'habitat dans le site avec des unités d'habitat similaires dans le paysage a une influence vraisemblablement importante sur les communautés présentes dans le site et la connectivité (inverse de l'isolement). Dans le cadre de la méthode, cette connectivité est mesurée en évaluant la similarité entre la composition des milieux EUNIS niveau 1 dans le site et la
composition des milieux EUNIS niveau 1 dans le paysage (Encadré ci-après). Le niveau de description EUNIS niveau 1 est préféré dans cette méthode pour faire cette évaluation. Ce niveau de description reste assez peu précis, puisque des milieux très variables (par ex. milieux humides et milieux non humides) peuvent être à l'intérieur d'un même type de milieu EUNIS niveau 1. Cependant, vu les impératifs pour concevoir la méthode il paraît irréaliste de demander une description plus détaillée des milieux dans le paysage. Quand la ressemblance entre la composition des milieux dans le site et dans le paysage augmente, les conditions sont plus favorables à la connectivité des milieux du site en général.
## Encadré 57 : « Similarité avec le paysage »

**Paramètre à la base de l'indicateur** : les unités de milieux EUNIS niveau 1 dans le site et dans son paysage.

**Sources d'informations pour mesurer le paramètre** : l'observateur estime la part des milieux EUNIS niveau 1 dans le site et dans le paysage à partir de la BD ORTHO® la plus récente disponible et des SCAN 25®. À partir de ces supports, les tests réalisés sur le terrain ont révélé ponctuellement des problèmes pour faire la distinction entre les milieux « D Tourbières hautes et bas-marais », « E Prairies et terrains dominés par des herbacées non graminoïdes, des mousses ou des lichens » et parfois les milieux « F Landes, fourrés et toundras ». Les tests réalisés sur le terrain ont aussi révélé des problèmes pour distinguer les milieux « A Habitats marins », « B Habitats côtiers » avec les autres milieux naturels ou semi-naturels sur le rivage marin. Il est donc préconisé lorsque des doutes existent de se tourner vers d'éventuelles informations à l'échelle locale (par ex. inventaires des tourbières, informations dans les zones naturelles d'intérêt écologiques faunistique et floristique, les arrêtés préfectoraux de protection de biotope, les sites du réseau Natura 2000) ou encore d'aller faire des vérifications rapides sur le terrain. Les informations dans les dossiers de police de l'eau sont également des sources d'informations potentielles. L'observateur choisit une surface minimale cartographiable pour détecter la présence des milieux dans le site.

**Où est mesuré le paramètre ?** Dans le site et dans le paysage, mais la mesure se rapporte aux unités d'habitat dans le site.

**Indicateur** : similarité entre la part relative des milieux EUNIS niveau 1 dans le site et la part relative des milieux EUNIS niveau 1 dans le paysage.

**Étalonnage de l'indicateur** : cas 2.3 de la section VI.1.3.3. La gamme de variation et la distribution des mesures sur le paramètre sont connues a priori et continue.

**Examen de la gamme de variation et de la distribution des mesures sur le paramètre** :

Lors de la phase de test du prototype 2015, les proportions des milieux EUNIS niveau 1 dans le site et dans le paysage ont été déterminées sur les 163 sites tests. La figure ci-après représente la distribution du coefficient de Steinhaus (c'est-à-dire $2 \times$ somme des minimums de part relative de chaque milieu EUNIS niveau 1 dans le site ou dans le paysage / (part relative de tous les milieux dans le site + part relative de tous les milieux dans le paysage). Notez que dans ce calcul la part des milieux dans le paysage et estimée sans prendre en compte les milieux dans le site. Le premier quartile est de 0,08, la médiane est de 0,25, le troisième quartile est de 0,44. La valeur extrême supérieure ($Q3 + 1,5 \times (Q3-Q1)$) est de 0,87.

<figure><img src="image_115.png" /></figure>

**Figure 55** : Coefficient de Steinhaus - Similarité entre la part des milieux EUNIS niveau 1 dans le site et dans son paysage sur les 163 sites tests de 2015.

Notez que dans ce calcul la part des milieux dans le paysage et estimée sans prendre en compte les milieux dans le site.

**Valeur octroyée à l'indicateur** :
$$ \text{Similarité avec le paysage} = \frac{2W}{(A + B)} $$

W est la somme estimée par l'observateur des minimums de proportion de chaque milieu EUNIS niveau 1 dans le site ou dans le paysage qui ne sont pas entièrement anthropisés ; donc sans considérer :

> les habitats des catégories 1 et 2 mentionnés dans l'Encadré descriptif de l'indicateur « rareté de l'anthropisation de l'habitat » ;

> les « massifs » d'espèces végétales associées à des invasions biologiques ;

> les habitats appartenant aux milieux I Habitats agricoles, horticoles et domestiques régulièrement ou récemment cultivés, J Zones bâties, sites industriels et autres habitats artificiels.

A est la somme de la proportion de tous les milieux qui ne sont pas entièrement anthropisés dans le site.

B est la somme de la proportion de tous les milieux qui ne sont pas entièrement anthropisés dans le paysage.

La somme de A et B est donc égale à 200.

Il s'agit d'utiliser le coefficient de Steinhaus $S_{17}$ (attribué par Motyka et al. 1950). De par son mode de calcul l'indicateur est déjà étalonné entre 0 (aucune similarité) et 1 (similarité parfaite entre milieux naturels ou semi-naturels). Le coefficient est calculé à partir de la proportion des milieux EUNIS niveau 1 dans le site ou dans le paysage (en %). La proportion des milieux du site est retranchée de celle du paysage (pour déterminer la composition du paysage sans les milieux présents dans le site).

**Question à laquelle répond l'indicateur** : quelle est la ressemblance entre la composition des milieux EUNIS niveau 1 dans le site et dans le paysage ?

**Sous-fonction renseignée** : connexion des habitats.

**Interprétation de l'indicateur et principales limites** : quand la valeur de l'indicateur croît, la ressemblance entre la composition des milieux EUNIS niveau 1 dans le site et la composition des milieux EUNIS niveau 1 dans le paysage croît et la connectivité est de plus en plus importante.

On peut mentionner comme limite que cet indicateur ne pondère pas la proximité entre les unités milieux similaires selon le type de milieux qui s'intercalent entre. Or cela peut aussi affecter la connectivité.

### Représentation simplifiée de l'indicateur et influence sur la sous-fonction :

<figure><img src="image_116.png" /></figure>
Sur un site, la fluctuation de la valeur d'un indicateur au cours du temps indique l'évolution du paramètre associé et donc vraisemblablement de la sous-fonction associée. Lorsque la valeur de l'indicateur augmente, la sous-fonction associée est vraisemblablement plus importante et inversement lorsque la valeur de l'indicateur diminue. Une précaution majeure à prendre est de toujours interpréter la réalisation d'une sous-fonction au regard de l'ensemble des indicateurs la renseignant et non pas au regard d'un seul indicateur. Il convient dans ce cas de veiller à ne pas considérer les indicateurs associés à une sous-fonction comme ayant une influence égale. À titre d'exemple, pour une sous-fonction donnée, ce n'est pas parce qu'un indicateur a une valeur deux fois plus importante qu'un autre indicateur, qu'il a une influence deux fois plus importante sur cette même sous-fonction.

Par ailleurs, il convient de souligner que l'intensité d'une sous-fonction est corrélée à la valeur d'un indicateur associé, mais que son intensité n'est pas proportionnelle à la valeur d'un indicateur associé. Ainsi, si la valeur d'un indicateur est multipliée par deux sur un site entre un instant t et t+1, cela signifie que le paramètre a varié et donc que l'intensité de la sous-fonction associée a vraisemblablement augmenté sur le site au regard de ce paramètre, mais cela ne signifie pas nécessairement que l'intensité de la sous-fonction sous-jacente a doublé (par ex. la sous-fonction liée à la dénitrification n'est pas forcément deux fois plus importante parce que la valeur des indicateurs associés à cette sous-fonction a doublé). En effet, des relations multiples sont possibles entre la valeur d'un indicateur et l'intensité de la sous-fonction associée et ne sont pas forcément linéaires (Figure ci-après). À noter, que seules des relations positives sont vraisemblables en général entre la valeur d'un indicateur est l'intensité d'une sous-fonction. À titre d'exemple, des relations de type exponentielles négatives ou gaussiennes ne sont pas vraisemblables car elles ont été évitées lors de la conception des indicateurs.

<figure><img src="image_117.png" /></figure>

**Figure 56** : Exemples de quatre relations possibles entre la valeur d'un indicateur et l'intensité probable d'une sous-fonction associée à l'indicateur. Chaque courbe indique un exemple de relation possible (issue de Gayet et al. 2016b). Seules des relations positives sont vraisemblables ; c'est-à-dire que lorsque la valeur l'indicateur augmente l'intensité de la sous-fonction augmente vraisemblablement.
## VI.2. Principales informations relevées en complément des indicateurs

Le diagnostic fonctionnel est complété par des informations narratives relevées sur le site ou dans son environnement qui participent à la compréhension du fonctionnement global du site (par ex. exposition du site à l'ensoleillement, présence de pertes karstiques ou de sources dans le site) ou qui sont simplement des compléments d'information qu'il a été jugé intéressant de renseigner. Il n'a pas été possible de concevoir d'indicateurs à partir de ces informations vu le champ d'application de la méthode, les impératifs opérationnels à respecter pour concevoir la méthode et les critères qui doivent être réunis pour retenir un paramètre dans la méthode. Ces informations portent sur :

* La présence de fosses d'extraction de tourbe dans le site et dans sa zone tampon, pour les sites où au moins un sondage pédologique aurait révélé la présence d'un horizon histique.

* La présence de puits de captage pour l'alimentation en eau potable ou pour toute autre activité dans le site ou à proximité. Le pompage de l'eau en profondeur a notamment pour effet de générer un cône de rabattement sur la nappe phréatique qui peut potentiellement affecter le fonctionnement des écosystèmes.

* La présence de pertes et de sources dans le site et dans sa zone tampon.

* L'endiguement du cours d'eau auquel est associé un site inscrit dans un système hydrogéomorphologique alluvial. Il peut avoir pour effet de créer un isolement relatif entre le site et le cours d'eau (par ex. crues moins fréquentes dans le site, apports de sédiments par le cours d'eau et connexion du cours d'eau avec le lit majeur moins importante).

* La dérivation partielle du cours d'eau hors du talweg pour un site inscrit dans un système hydrogéomorphologique alluvial. Cette pratique peut être notamment observée en amont d'installations qui visent à exploiter l'énergie hydraulique (par ex. scierie en montagne, moulin dans des zones de plaine). L'écoulement est alors partiellement dérivé vers un canal en amont de l'installation ce qui peut réduire l'écoulement dans le lit mineur du cours d'eau.

* L'imperméabilisation des berges du cours d'eau pour un site inscrit dans un système hydrogéomorphologique alluvial. L'imperméabilisation peut être partielle comme avec des enrochements, ou plus importante via des pale-planches par exemple. Cela peut avoir pour effet de diminuer les échanges entre la zone humide et le cours d'eau, notamment en diminuant substantiellement les échanges via la zone hyporhéïque.

* La présence d'aménagements sur le cours d'eau auquel un site inscrit dans un système hydrogéomorphologique alluvial est associé (par ex. barrage, seuils). Ces aménagements peuvent moduler les écoulements dans le cours d'eau et affecter le niveau de la nappe à laquelle est associé le site.

* La présence d'aménagements sur les fossés (par ex. vannes). Ces aménagements peuvent moduler les écoulements dans le fossé et affecter le niveau de la nappe à laquelle est associé le site.

* L'exposition du site lorsqu'il est sur un versant. L'exposition peut moduler l'effet de l'altitude sur les conditions thermiques dans le site.

* La présence de lignes à haute tension dans le paysage du site. Ces infrastructures ont des effets néfastes sur certaines espèces animales.
* La présence de parc éolien dans le paysage du site. Ces infrastructures ont des effets néfastes sur certaines espèces animales.

* La présence de passage faune sauvage (par ex. crapauduc) dans le paysage du site. Ils peuvent limiter les effets néfastes des infrastructures de transport sur certaines communautés.

* La biodiversité protégée ou menacée dont la présence est attestée dans le site. Le croisement entre les inventaires naturalistes dans le site et les espèces présentes dans les textes réglementaires de l'échelle départementale à l'échelle internationale (par ex. liste rouge de l'IUCN, annexes de la Directive Faune Flore Habitats, arrêtes départementaux, disponibles en ligne sur le site INPN) servent de base pour identifier les espèces au statut de conservation défavorable dont la présence est connue dans le site.

* La liste des espèces végétales et animales associées à des invasions biologiques dans le site. Le croisement entre les inventaires naturalistes dans le site et les listes d'espèces associées à des invasions biologiques servent de base pour identifier les espèces associées à des invasions biologiques dont la présence est connue dans le site. L'observateur choisit la liste de référence qui lui paraît la plus appropriée sur son territoire pour identifier les espèces associées à des invasions biologiques.

* ...
VII. **Gain fonctionnel, perte fonctionnelle et équivalence fonctionnelle**
**évalués avec les indicateurs**

Consultez le Guides et protocoles dédié à la méthode pour connaître comment sont calculés les gains fonctionnels, les pertes fonctionnels et les équivalences fonctionnelles avec les indicateurs (voir partie A. « Gain fonctionnel, perte fonctionnelle et équivalence fonctionnelle avec les indicateurs et précautions » et « 3.4 Conclusion sur l'équivalence fonctionnelle »).
VIII. L'interprétation du résultat pas à pas

Consultez le Guides et protocoles dédié à la méthode pour avoir des repères afin d'analyser pas à par le résultat de la méthode (voir partie A. « 5 Aide à l'interprétation »).
# IX. Documents et outils mis à disposition pour l'évaluation

## IX.1. Déjà disponibles !

La mise en œuvre de la méthode est permise grâce à des supports complémentaires :

* **Le présent document.** Il décrit le contenu théorique, scientifique et technique de la méthode. Lire en détails ce document n'est pas indispensable pour appliquer la méthode. L'observateur peut se tourner vers cette référence lorsqu'il a une question sur le contenu précis de la méthode.

* **La « notice ».** Elle est disponible dans le Guides et protocoles dédié à la méthode (voir partie B. Notice pour renseigner le tableur). Elle permet d'appliquer la méthode pas à pas, avec des explications détaillées sur comment répondre à chaque question. Il est impératif de suivre scrupuleusement les instructions mentionnées dans la notice lors de l'application de la méthode. La notice est principalement organisée en deux parties distinctes : partie 1 – Informations à renseigner au bureau avant les prospections sur le terrain, partie 2 – Informations à renseigner sur le terrain. Les réponses données aux questions permettent de renseigner le diagnostic de contexte du site, d'alimenter l'interface de dimensionnement pour le site de compensation seulement et de renseigner le diagnostic fonctionnel du site. Des questions complémentaires complètent ces diagnostics. Ces dernières permettent notamment de suivre l'application de la méthode par l'observateur et de récolter des informations qui peuvent avoir une influence sur les fonctions mais sur lesquelles il n'a pas été possible de concevoir d'indicateurs. L'évaluation des fonctions sur le site impacté avant et après impact et sur le site de compensation avant et après action écologique est réalisée en répondant aux questions de la notice.

* **Un tableur.** Ce tableur est utilisable sur Microsoft Excel® 2019 ou Libre Office. Il n'y a aucune garantie sur le résultat fourni après une évaluation en cas d'utilisation du tableur avec un autre logiciel. Il contient des onglets à utiliser successivement :

* **Un onglet pour évaluer les fonctions du site impacté et du site de compensation.** Il permet de répondre aux questions de la notice. L'impression sur papier de cet onglet permet de disposer d'une fiche de terrain lors de la phase 2 d'application de la méthode (phase de terrain);

* **Un onglet pour dimensionner la mesure de compensation écologique sur le site de compensation.** Une fois la méthode appliquée et toutes les informations renseignées sur le site impacté (dans les deux onglets précités), il est possible de dimensionner la mesure de compensation écologique grâce à l'interface de dimensionnement présente dans cet onglet (déterminer le ratio fonctionnel attribué au projet d'aménagement).

* **Des onglets de restitution du résultat du projet d'aménagement.** Avec ces onglets il est possible de consulter le diagnostic de contexte et le diagnostic fonctionnel d'un site impacté et d'un site de compensation; pour notamment évaluer si une équivalence fonctionnelle est vraisemblable à l'issue de la mise en œuvre des mesures de compensation (en tenant compte du ratio fonctionnel). En complément, il est possible de vérifier que les fonctions sur le site de compensation après action écologique correspondent à ce qui était envisagé avant leur mise en œuvre (ressemblance (1) du diagnostic des fonctions sur le site de compensation avec action
écologique envisagée et (2) sur le site de compensation après action écologique). Consultez le Guides et protocoles dédié à la méthode pour connaître les onglets contenus dans ces tableurs (voir partie A. Utilisation des outils pour évaluer les mesures de compensation).

À noter, qu'un outil est actuellement développé par le Cerema et les partenaires associés à l'élaboration de la méthode. Il sera utilisable sur un navigateur internet.

* **Extension Qgis.** Le Cerema a développé une extension sur QGIS qui automatise l'essentiel des requêtes SIG en particulier pour évaluer l'environnement du site ; sauf la délimitation de la zone contributive qui doit être faite au préalable par l'observateur.

## IX.2. À venir !

Durant l'année 2023, le tableur pour évaluer les fonctions des zones humides sera progressivement remplacé par un outil sur internet, en accès libre, conçu par le Cerema. Cela permettra de palier à plusieurs inconvénients liés à l'utilisation du tableur développé sur Microsoft Excel (par ex. risque de suppression par inadvertance d'infos à remplir par l'utilisateur, tous les utilisateurs potentiels n'ont pas accès à ce logiciel).

### IX.2.1. Objectifs et enjeu de l'outil internet

Les objectifs de l'outil internet, connecté à une base de donnée, sont de :

* disposer d'une saisie ergonomique des données pour évaluer les fonctions des zones humides ;

* visualiser et interroger simplement les données (à travers une interface graphique, géographique et alphanumérique) associées à chaque site ;

* comparer les différents sites étudiés et visualiser les résultats obtenus sous formes des tableaux et de graphiques ;

* stocker, structurer, homogénéiser et intégrer les données dans un seul système ;

* disposer d'un historique de l'ensemble des projets et des sites associés.

L'enjeu est de faciliter le partage de la connaissance. Chaque utilisateur disposera d'un outil internet et d'une base de donnée en local dans un premier temps. À moyen terme, l'outil et la base pourraient être centralisés sur un serveur national et intégreront les données dans un seul système national. Cette intégration nationale pourrait permettre une remontée facilitée, de l'ensemble des projets mise en place dans les territoires et pourraient éventuellement constituer une connaissance nationale sur les zones humides.

### IX.2.2. Principe général de l'outil internet

L'outil internet est développé avec la technologie (Framework Web) Django et est connecté à une base de donnée PostgreSQL-PostGIS. Concrètement cela signifie que les données sont saisies via un formulaire internet interactif et qu'elles sont stockées, ainsi que les indicateurs associés, dans une
base de données. L'utilisateur peut alors visualiser, utiliser, supprimer, interroger les données de tous ses projets et sites à n'importe quel moment et à partir d'un seul médium, l'outil internet.

### IX.2.3. Présentation de l'outil et de ses fonctionnalités

#### IX.2.3.1. Création d'un compte : onglet « Connexion »

Lors de sa première utilisation, l'utilisateur doit d'abord créer un compte pour accéder à l'application.

<figure><img src="image_118.png" /></figure>

#### IX.2.3.2. Authentification : onglet « Connexion »

Une fois son compte créé, l'utilisateur doit s'authentifier avec son nom d'utilisateur et son mot de passe choisis lors de la création de son compte pour accéder au système.

<figure><img src="image_119.png" /></figure>
Après la saisie des identifiants de connexion et la vérification par le système, l'utilisateur accède directement à la page d'accueil.

<figure><img src="image_120.png" /></figure>

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La page d'accueil contient différents onglets :

o **Accueil** : pour consulter les derniers projets évalués et accéder aux différentes fonctionnalités de l'application ;

o **Liste des projets** : pour accéder à la liste des projets qu'ils ont créés, ainsi que les sites pour chaque projet ;

o **Créer un projet** : pour créer des projets ;

o **Créer un site** : pour créer un site en plusieurs étapes. Si l'utilisateur ne dispose pas de toutes les informations pour remplir tous les champs requis il peut enregistrer le site en tant que brouillon et revenir plus tard pour renseigner les champs vides ;

o **Comparator** : pour comparer les différents sites impactés avant impact, avec impact envisagé et après impact et les sites de compensation avant action écologique, avec écologique envisagé et après action écologique ;

o **« Nom d'utilisateur connecté »** : pour consulter leurs profils ;

o **Déconnexion** : pour se déconnecter de l'application.
### IX.2.3.4. Créer un Projet

La création d'un projet est un prérequis : il permettra ensuite de créer autant de sites voulus à associer au projet. Seul un nom et une date sont demandés

<figure><img src="image_121.png" /></figure>

### IX.2.3.5. Liste des Projets

Après avoir créé un ou plusieurs projets, l'utilisateur peut visualiser la liste de ses projets et le nombre de sites associés. En cliquant sur le nom du projet souhaité, l'utilisateur est redirigé vers la liste des sites du projet.

<figure><img src="image_122.png" /></figure>
### IX.2.3.6. Créer un site

Créer un site via l'application internet est ce qui correspond le plus au tableur Excel actuel. C'est dans cet onglet que l'utilisateur renseigne l'ensemble des données nécessaires à l'évaluation des fonctions des zones humides. L'utilisateur remplit le formulaire découpé en 14 étapes avant d'enregistrer les données du site. Une fonctionnalité « brouillon », permet à l'utilisateur d'enregistrer ses sites en tant que brouillons sans avoir besoin de renseigner tous les champs en une seule connexion.

<figure><img src="image_123.png" /></figure>

### IX.2.3.7. La liste des sites par projets

Après avoir créé un ou plusieurs sites l'utilisateur peut visualiser la liste de ses sites (par projet). Cette liste donne le nom de chaque site, le type de site, l'état du site et s'il est en brouillon, c'est-à-dire à compléter. En cliquant sur le nom du site souhaité, l'utilisateur est redirigé vers la page du site.

<figure><img src="image_124.png" /></figure>
IX.2.3.8. La page du site

La page du site présente (sous forme textuelle, cartographique, graphique) toutes les informations renseignées par l'utilisateur ainsi que les indicateurs (calculés automatiquement à partir des données d'entrées). La page du site permet aussi de modifier les informations, ou de supprimer le site. Si l'utilisateur souhaite renseigner un site presque identique en modifiant quelques informations, il a la possibilité de dupliquer le site : il sera redirigé vers un formulaire pré-rempli à l'identique du site dupliqué.

<figure><img src="image_125.png" /></figure>
### IX.2.3.9. Comparaison des sites

Avec l'onglet « Comparer », l'utilisateur pourra comparer les indicateurs des 3 sites impactés et des 3 sites de compensation entre eux. La comparaison se lit sous forme de graphiques. Il est possible d'afficher les indicateurs d'un seul site, ou de 2 sites : l'utilisateur peut choisir librement le nombre de site à comparer.

<figure><img src="image_126.png" /></figure>

### IX.2.4. Langages de programmation et Frameworks

L'outil internet a été développé avec un certain nombre de technologies qui sont présentées ici.

#### IX.2.4.1. Le Front-End

**HTML** (acronyme de HyperText Mark-up Language), langage de balisage pour créer l'interface internet de l'application.
**CSS** (Cascading Style Sheets) pour définir la structure et la présentation du contenu du site internet.

**JavaScript**, langage de programmation de scripts, pour créer l'interface internet interactive, l'insertion des cartes et des graphiques.

**Bootstrap** pour développer des interfaces avec un design responsive, qui s'adapte à tout type d'écran et pour créer des boutons, interfaces de navigation.

### IX.2.4.2. Le Back-end

**Python** (associé à Django) comme langage de programmation.

**Django** comme Framework Web Python (gratuit et open source de haut niveau) ; il permet un développement rapide et une conception propre et pragmatique. Django utilise l'architecture MVT (modèle-vue-template) (voir figure ci-dessous) :

* Le **modèle** interagit avec une base de données via un ORM ; c'est une couche d'accès aux données qui gère les données ;

* La **vue** est utilisée pour exécuter la logique métier et interagir avec un modèle pour transporter des données et restituer un modèle ; elle reçoit **une requête HTTP** et renvoie une réponse HTTP convenable (par ex. si la requête est une interaction avec une base de données, la vue appelle un modèle pour récupérer les items demandés) ;

* Le **template** est une couche de présentation qui gère complètement la partie interface utilisateur, c'est un fichier **HTML** récupéré par la vue et envoyé au visiteur avec les données des modèles.

<figure><img src="image_127.png" /><figcaption>**Figure 57** : Le modèle modèle-vue-template MVT.</figcaption></figure>

**Plotly**, librairie python, pour créer des graphiques simples, efficaces et visuellement attrayants.

**Chart.js**, bibliothèque JavaScriptChart Js, pour créer des visualisations de données graphiques et interactives, pour lier ces données à un objet et les afficher dans des graphiques ou tableaux afin de les rendre plus facilement compréhensibles et analysables.

**Leaflet**, bibliothèque JavaScript opensource de référence, pour la création de cartes interactives.
IX.2.4.3. Logiciels et Systèmes de gestion de base de données

PostgreSQL, puissant système de base de données relationnelle objet open source avec une solide réputation de fiabilité, de robustesse des fonctionnalités et de performances.

PostGIS extension spatiale de PostgreSQL permettant la prise en charge et la manipulation, via des requêtes SQL, des objets géographiques.
# X. Vérification du respect des exigences de conception de la méthode et principales modifications apportées aux prototypes pour parvenir à la version finale

Les impératifs à respecter pour concevoir la méthode sont présentées dans les sections 7. Impératifs opérationnels et scientifiques dans l'introduction générale du Guides et protocoles dédié à la méthode. Il s'agit ici de vérifier qu'elles ont été respectées lorsque les prototypes de méthode ont été appliqués sur un échantillon de sites et de présenter les principales améliorations effectuées en réponse aux problèmes rencontrés pour tendre vers la version finale de la méthode.

Cette vérification a principalement été réalisée au moment de concevoir la version 1 de cette méthode. Lorsque des compléments ont été apportés, surtout grâce aux tests entre les versions 1 et 2 ; cela est précisé.
## X.1. Pragmatisme : clarté des instructions pour appliquer la méthode et justesse des informations obtenues

### X.1.1. Utilisation de la clef de détermination des systèmes hydrogéomorphologiques

La détermination des systèmes hydrogéomorphologiques repose sur l'analyse croisée d'une clef de détermination et d'une description narrative des caractéristiques géomorphologiques et hydrologiques du site. Pour la plupart des observateurs qui ont testé les prototypes de méthode, le choix du système hydrogéomorphologique du site restait délicat durant l'application des prototypes de méthode. Le principal problème rencontré résidait dans le manque d'informations claires et faciles à relever sur le site.

Durant l'application des prototypes de méthode, des aller-retours entre les auteurs de la méthode et les observateurs qui ont testé les prototypes ont permis d'améliorer considérablement la clef de détermination des systèmes hydrogéomorphologiques. Des informations détaillées sur les caractéristiques le plus souvent typiques de chaque système hydrogéomorphologique ont été ajoutées et la dénomination des systèmes hydrogéomorphologiques a évolué pour être moins trompeuse et aussi évocatrice que possible. Le résultat final présent dans cette méthode (clef de détermination des systèmes hydrogéomorphologiques et description narrative ; voir section IV.3.1) est apparu acceptable pour les observateurs qui ont testé les prototypes de méthode.

### X.1.2. Délimitation de la zone contributive

La zone contributive correspond à toute l'étendue spatiale où les écoulements superficiels et les écoulements souterrains connus convergent temporairement ou en permanence vers le site (section III.2.1.). Elle est principalement délimitée en analysant le relief en amont du site. Plusieurs problèmes peuvent être rencontrés : les écoulements sont parfois plus complexes que ce que peut laisser présager une simple analyse du relief (par ex. système karstique) et les aménagements anthropiques (par ex. réseaux de collecte des eaux pluviales et domestiques) peuvent modifier les écoulements dans la zone contributive. Ces aspects constituent des limites sur lesquels peu de progrès ont pu être réalisés entre les prototypes de méthode et la version finale.

Par ailleurs, les procédures proposées dans la notice pour délimiter la zone contributive sont manuelles (utilisation des courbes de niveau du SCAN 25®) ou automatique (utilisation de la BD ALTI®, modèle numérique de terrain maillé à une résolution de 250 m). Durant les tests sur les prototypes de méthode, pour plusieurs observateurs, la BD ALTI® - 250 m permet un pré-repérage de la zone contributive des sites alluviaux et riverains des étendues d'eau mais ne permet pas une délimitation précise de la zone contributive et le contour de celle-ci doit être repris à la main après une délimitation automatisée (Juhel 2015). Il est proposé d'utiliser éventuellement d'autres MNT plus précis en libre accès pour faire des délimitations automatisées des zones contributives plus précises. Il est également proposé dans la version finale de la méthode de vérifier les délimitations automatisées pour y apporter ensuite des corrections.

Bien que la procédure pour délimiter la zone contributive en amont d'un site alluvial avec un MNT soit clairement expliquée dans la notice, elle peut rester complexe et exiger un niveau de compétences sur SIG relativement important. Des observateurs ont proposé d'utiliser le fichier
« ZONE_HYDROGRAPHIQUE.shp » de la base de données CARTHAGE® pour réaliser une délimitation plus facile, en particulier pour les sites dans des systèmes hydrogéomorphologiques alluviaux ou riverains des étendues d'eau. L'emploi de cette source d'information est désormais inclus dans une des procédures préconisée dans la méthode pour délimiter la zone contributive des sites dans ces systèmes hydrogéomorphologiques.

### X.1.3. Photo-interprétation sur la BD ORTHO®

Durant l'application de la méthode, la BD ORTHO® est utilisée pour estimer la part relative des habitats EUNIS niveau 1 dans le paysage ; et elle permet de faire un pré-repérage des habitats EUNIS niveau 3 dans le site avant les prospections de terrain. Dans le paysage, les observateurs ont ponctuellement rencontré des difficultés de photo-interprétation, en particulier lorsqu'il s'agit de distinguer les habitats « D Tourbières hautes et bas-marais » et « E Prairies ; terrains dominés par des herbacées non graminoïdes, des mousses ou des lichens ». Dans les prototypes de méthode, la visite de terrain permettait de vérifier les habitats dans le site, mais il n'était pas proposé de faire ce type de vérification sur les secteurs du paysage qui pouvaient poser problème. Dans la version finale de la méthode, il est préconisé de compléter les observations dans le paysage par photo-interprétation avec d'autres informations (par ex. inventaires ZNIEFF, formulaire de données ou DOCOB Natura 2000) et éventuellement par de rapides visites sur le terrain qui peuvent être effectuées ponctuellement là où un doute subsiste.

Des instructions complémentaires ont été apportées pour plus facilement aborder la description du paysage sur ortho photo sur le littoral marin (plus grande difficulté à identifier les milieux sur ortho photo dans certains cas).

### X.1.4. Informations collectées sur les sondages pédologiques

Durant l'application des prototypes de méthode, la représentativité des sondages pédologiques était discutable dans les sous-ensembles homogènes, puisqu'un seul sondage pédologique était préconisé dans des sous-ensembles homogènes d'une superficie < 1 ha. Dans la version finale de la méthode, il est proposé d'effectuer un minimum de deux sondages pédologiques afin d'avoir un échantillon plus représentatif de chaque sous-ensemble homogène. Des recommandations sont fournies dans la notice pour réviser la délimitation des sous-ensembles homogènes si plusieurs sondages pédologiques réalisés dans un même sous-ensemble sont très différents.

Concernant les modes opératoires de terrain liés à la pédologie, les observateurs ont rencontré des difficultés pour déterminer l'épaisseur de l'épisolum humifère avec le prototype de méthode en 2014. Il a donc été proposé dans le prototype de méthode de 2015 d'utiliser la charte Munsell® pour faire une mesure plus objective de l'épaisseur de l'épisolum humifère. Par ailleurs, il est également proposé dans la version finale de la méthode d'humidifier légèrement le sondage pédologique avant d'évaluer l'épaisseur de l'épisolum humifère afin d'avoir une coloration relativement constante du sondage pédologique dans le temps.
## X.2. Rapidité de mise en œuvre

Le temps nécessaire pour appliquer la méthode est un critère essentiel pour son utilisation future. En effet, les méthodes les plus utilisées sont celles qui requièrent le moins de temps sur le terrain (Carletti *et al.* 2004).

L'application du prototype de méthode 2015 sur les sites a duré en moyenne 4 h 28 min (n = 163) avec un minimum de 1 h 17 min et un maximum de presque 14 h. Ce temps est équitablement réparti entre la phase de bureau (parties 1 et 3, moyenne : 2 h 19 min ; minimum : 57 min ; maximum : 7 h 44 min) et la phase de terrain (partie 2, moyenne : 2 h 6 min ; minimum : 10 min ; maximum : 9 h) (Figure ci-après). L'évaluation a duré plus de 12 h sur deux sites dont la superficie était de 81 ha (13 h 54 min passées à appliquer la méthode) et 18 ha (12 h 05 min). Ce temps a essentiellement été passé sur le terrain avec 8 h sur le premier site et 9 h sur le second site. Le temps passé au bureau est > 4 heures pour 14 sites. Il s'agit généralement de sites dont la délimitation de la zone contributive et la collecte des informations sur cette zone (par ex. superficie des milieux agricoles dans la zone contributive) ont pris plus d'une heure. Ce sont principalement des zones contributives de grande superficie qui s'étendent sur plusieurs départements. Vu le caractère non discriminant de l'occupation du sol sur de grandes zones contributives pour un site impacté et un site de compensation ; il n'est désormais plus nécessaire de renseigner l'occupation du sol pour les sites alluviaux et riverains des étendues d'eau en aval de grand cours d'eau.

Lorsqu'on considère uniquement les sites $\leq 5$ ha$^{59}$, le temps total nécessaire pour appliquer la méthode est en moyenne de 3 h 53 min (maximum de 9 h 29 min) (n = 106). Le temps passé au bureau est en moyenne de 2 h 11 min (maximum de 7 h 44 min) et celui passé sur le terrain est en moyenne de 1 h 42 min (maximum 4 h) (Figure ci-après). La méthode peut donc généralement être mise en œuvre en une demi-journée sur un site dont la superficie est $\leq 5$ ha. La méthode peut donc largement être considérée comme rapide selon les critères de Fennessy *et al.* (2007) sur les sites de moins de 5 ha puisque le temps total mobilisé par deux personnes pour l'appliquer est au maximum d'une demi-journée sur le terrain et d'une demi-journée au bureau. À noter que le temps d'application de la méthode ne prend pas en compte le temps de sa prise en main (installation du logiciel SIG, récupération des bases de données) et le temps de l'analyse des résultats.

<footnote n="59">59 Bien qu'il n'y ait pas de base de données ou de recensement national des dossiers instruits dans le cadre de réalisations d'installations, ouvrages, travaux ou activités (IOTA), qui peuvent avoir un effet sur la ressource en eau ou les écosystèmes aquatiques, (nomenclature « eau et milieux aquatiques » - Art. R. 214-1 du code de l'environnement), la plupart des projets faisant l'objet de procédure environnementale d'instruction « Loi sur l'eau », au titre de la nomenclature 3310 sur l'assèchement, le remblai ou la mise en eau en marais et zone humide, sont sur des sites d'une superficie inférieure à 5 ha. Cependant selon les territoires, les projets « classiques » police de l'eau peuvent porter sur des superficies bien supérieures, pouvant atteindre jusqu'à 50 ha (information du Ministère de l'écologie en date du 28/09/2015).</footnote>
<figure><img src="image_128.png" /></figure>

**Figure 58** : Temps passé à appliquer le prototype de méthode 2015 par partie sur l'ensemble des sites (A) et sur les sites ≤ 5 ha (B).

Les questions qui exigent le plus de temps durant l'application du prototype de méthode 2015 sont celles liées à la délimitation de la zone contributive (17 min en moyenne) (sous-partie 1.2. La zone contributive), au calcul des superficies de haies (11 min en moyenne) et à l'évaluation de la proportion des habitats dans le paysage et dans le site (7 min en moyenne) (sous-partie 1.4. Le paysage) (Figure ci-après). Concernant la zone contributive, la principale difficulté est le niveau relativement élevé de connaissances en SIG requis pour une des procédures qui était préconisée. Dans la version finale de la méthode une procédure plus simple a été incluse sur proposition des partenaires qui ont testé la méthode (utilisation du fichier « ZONE_HYDROGRAPHIQUE.shp » de la base de données CARTHAGE®). Dans la méthode d'évaluation finalisée, il est possible dans certains cas de calculer des superficies de haies à l'aide de la BD TOPO®, ce qui devrait réduire le temps passé à renseigner cette information.
<figure><img src="image_129.png" /></figure>

**Figure 59** : Temps passé à appliquer le prototype de méthode 2015 par sous-partie sur l'ensemble des sites. La dénomination des sous-parties a pu évoluer durant la rédaction de la version finale de la méthode.

Le temps total passé à appliquer le prototype de méthode 2015 sur un site est particulièrement affecté par la superficie du site, le nombre d'habitats dans le site et le nombre d'habitats dans le paysage. Plus le site est grand ou plus les habitats sont nombreux dans le site ou dans le paysage, plus le temps passé est important.

Le temps passé au bureau est influencé par la superficie de la zone contributive, le linéaire de haies dans le paysage et le système hydrogéomorphologique du site. Le temps passé est plus long pour les sites alluviaux en raison de zones contributives souvent plus grandes et donc plus longues à délimiter.

Le temps passé sur le terrain est influencé par le nombre de sous-ensembles homogènes et le nombre de sondages pédologiques dans le site. L'expérience de l'observateur (nombre de sites réalisés durant les tests/observateur), la période à laquelle a été réalisée la phase de terrain (phase de test entre mai et août 2015) n'ont pas d'influence évidente sur le temps nécessaire pour appliquer le prototype de méthode 2015 (Annexe 10 et Figure ci-après).
<figure><img src="image_130.png" /><figcaption>**Figure 60** : Influence des caractéristiques du site et de son environnement sur le temps (total, au bureau et sur le terrain) nécessaire pour appliquer le prototype de méthode 2015.</figcaption></figure>

Certaines améliorations sur les prototypes de méthode (par ex. délimitation de la zone contributive, mesure des haies dans le paysage) laissent entrevoir un gain de temps potentiel pour appliquer la version finale de la méthode. D'autres améliorations laissent entrevoir un temps un peu plus important pour traiter certaines questions de la méthode (par ex. augmentation du nombre de sondages pédologiques pour augmenter la représentativité de l'échantillonnage). **Dans l'ensemble, le temps nécessaire pour appliquer le prototype de méthode 2015 doit vraisemblablement être représentatif du temps nécessaire pour appliquer la version finale de la méthode.**

Le temps nécessaire pour appliquer la méthode, en particulier au bureau, est vraisemblablement nettement plus faible avec la version 2 qu'avec la version 1. En effet, cette version 2 contient moins de questions et surtout, l'extension QGIS réalisée par le Cerema automatise les réponses données à bon nombre de questions (sans réaliser manuellement toutes les requêtes pas à pas, manuellement, sur Système d'information géographique).

Il est à noter que le temps pour mettre en œuvre la méthode dépend également de la fréquence de son utilisation par un observateur, c'est-à-dire qu'une évaluation rigoureuse des fonctions des zones humides en utilisant régulièrement la méthode sur divers projets d'aménagement est de nature à réduire le temps pour la mettre en œuvre (prise en main améliorée).
De plus il convient de rappeler que ce temps pour mettre en œuvre la méthode porte sur une
évaluation à l'intérieur d'un site impacté ou d'un site de compensation. Par ex. dans le cas où un site
de compensation ne satisfait pas aux engagements qui doivent être pris par le maître d'ouvrage après
l'évaluation des fonctions des zones humides avec la méthode, il est alors nécessaire de répéter en
partie l'utilisation de la méthode pour revoir le programme de mesure de compensation écologique
ou de faire une autre évaluation des fonctions avec la méthode sur un autre site de compensation. Ce
temps de prospectives n'est pas pris en compte car c'est un temps qui est inhérent à la conception de
programme d'aménagement, avec ou sans évaluation par la méthode.
### X.3. Reproductibilité

La reproductibilité interindividuelle du prototype de la méthode 2015 a été évaluée en comparant les résultats de 10 sites évalués par 2 observateurs à l'Irstea (Buelhoff et Jaymond 2015). Sur ce prototype, les paramètres les moins reproductibles étaient ceux liés à la pédologie (texture du sol, épaisseur de l'épisolum humifère notamment), à la délimitation de la zone contributive et aux habitats (notamment la somme des distances entre chaque unité d'habitat EUNIS niveau 1 dans le site et l'unité d'habitat EUNIS niveau 1 similaire la plus proche dans la paysage). Des améliorations ont été proposées dans la version finale pour limiter les biais observateur. Dans le futur, il serait intéressant d'évaluer la reproductibilité de la méthode en sélectionnant un petit nombre de sites et des opérateurs plus nombreux ayant des compétences variables. Cela permettrait de vérifier que la méthode ne requiert pas d'expertise particulière.

Les tests avec les prototypes de méthode en 2014 et 2015 ont bien révélé à quel point il est crucial qu'un observateur qui applique la méthode suive scrupuleusement les indications dans la notice pour appliquer la méthode. En effet, bon nombre de biais s'expliquent par une lecture trop rapide de la notice par les observateurs.

Au-delà de la phase de test des prototypes de méthode, il est important de souligner qu'un des points forts de la méthode réside dans la mobilisation du SIG et de référentiels nationaux qui permettent de limiter les biais observateurs avec des mesures qui sont reproductibles d'un observateur à l'autre. Même si un observateur venait à commettre une erreur avec les référentiels sur SIG lors d'une évaluation, un autre observateur a quasiment toujours la possibilité de vérifier l'information relevée puis de la corriger via ces référentiels nationaux.
### X.4. Indépendance maximale à la phénologie et aux variations saisonnières

La méthode doit pouvoir être appliquée à toute période de l'année. Cependant, les caractéristiques pédologiques peuvent être influencées par la saison. **Dans la version finale de la méthode, il est donc recommandé d'effectuer la phase de terrain en dehors des périodes de sécheresse et/ou en dehors des périodes peu après des sécheresses ou de fortes intempéries.**
### X.5. Accessibilité et fiabilité des données utilisées : indépendance aux informations des documents de police de l'eau

Les informations utilisées dans le cadre de la méthode sont en libre accès (RPG de l'ASP, hydro écorégions de l'Irstea, Masses d'eau superficielles et souterraines du SANDRE et des Agences de l'Eau, Carte géologique du BRGM, Geofla®) ou accessibles pour les organismes chargés d'une mission de service public (BD ORTHO® et BD TOPO®) ou par conventionnement auprès de ces organismes. L'accès aux informations sur la superficie du site et de la zone tampon artificiellement drainée par des drains souterrains est difficile à obtenir et l'indicateur est, par conséquent, rarement calculé. Les démarches qui peuvent être suivies pour obtenir ces informations devraient être renseignées. L'accès aux informations est également difficile lorsque les zones contributives s'étendent sur un espace transfrontalier, notamment dans le cas de l'évaluation de zones humides alluviales de la Garonne, du Rhin ou du Rhône (Giraud 2015). Ces aspects sont donc pris en compte dans la version finale de la méthode.

Les éventuelles limites à la fiabilité des données concernent l'utilisation du Registre Parcellaire Graphique (RPG) de l'Agence de services et de paiement (ASP) pour déterminer les superficies des milieux agricoles et la BD TOPO® pour déterminer les linéaires de cours d'eau. Les données du RPG sont issues des déclarations de la politique agricole commune (PAC) et constituent sans doute la meilleure représentation géolocalisée de l'espace agricole français (Cantelaube et Carles 2014). Cependant, certaines surfaces agricoles non déclarées ne sont pas recensées (par ex. certaines prairies permanentes) et les limites de polygones sont tracés par les exploitants.

La mesure du linéaire de cours d'eau repose sur la BD TOPO® de 2012. Il existe cependant trois référentiels du réseau hydrographique en France : BD CARTHAGE® produit conjointement par les Agences de l'Eau et l'IGN, la couche hydrographique de la BD TOPO® et le trait bleu continu ou discontinu des cartes SCAN 25® 1/25 000. La mise en œuvre de la méthode a révélé que les données issues de ces référentiels sont parfois incohérentes : cours d'eau référencés inexistants (par ex. enterrement de cours d'eau en tête de bassin versant, reméandrage) ou cours d'eau existants non référencés. À terme, la BD TOPAGE®, nouveau référentiel hydrographique coproduit par l'IGN, l'Onema, le SANDRE et les Agences de l'Eau pourrait être utilisée. En partant de la BD CARTHAGE®, cette nouvelle base de données vise à être compatible avec la BD TOPO® et à être plus fiable (précision, continuité du réseau) sur l'ensemble du territoire nationale.
## X.6. Résultat fondé scientifiquement, synthétique et compréhensible par des publics techniques et non techniques

Lors des phases de tests, les observateurs ont été satisfaits par la clarté de la notice et par la praticité de la fiche d'évaluation où le calcul des indicateurs est intégré et automatisé. Cependant, ils ont indiqué la nécessité de créer un lien entre le présent document, la notice et le tableur du prototype 2015 pour permettre une meilleure compréhension et appropriation de la méthode dans son ensemble par un observateur occasionnel. **La parution d'un Guides et protocoles dans les collections de l'Onema, spécifiquement dédié à la méthode (Gayet et al. 2023a) répond à ce besoin.**

Les résultats de la méthode ont également été comparés avec ceux obtenus lors d'une évaluation plus poussée des fonctions et avec un classement « à dire d'experts » (Buelhoff et Jaymond 2015). La boîte à outils RhoMéO de l'Agence de l'eau Rhône-Méditerranée-Corse contient treize indicateurs qui visent à évaluer l'hydrologie, la biogéochimie, la biologie et les pressions d'artificialisation et agricoles d'un site sur la base de mesures sur plusieurs années (Collectif RhoMéO 2014). Pour les indicateurs se rapportant à l'environnement du site, une cohérence entre les différents résultats (méthode développée ici, programme RhoMéO, classement à dire d'experts) a été observée. Pour les fonctions hydrologiques, une cohérence a également été observée. En revanche, les indicateurs des fonctions biogéochimiques testés ne présentent pas de correspondance, ni avec RhoMéO, ni avec le dire d'experts et il en est de même pour ceux en rapport avec les fonctions d'accomplissement des cycles biologiques (approche différente de la présente méthode, RhoMéO exige de relever des informations faisant souvent appel à des compétences naturalistes). L'étalonnage des indicateurs et les paramètres mesurés ont donc pu être révisés sur la base des comparaisons réalisées.

Dans l'ensemble, des améliorations ont été incluses dans cette version de la méthode en révisant les terminologies (par ex. nom des indicateurs, nom des systèmes hydrogéomorphologiques), les formules employées pour calculer les indicateurs, l'interprétation des indicateurs et en améliorant la mise en forme du résultat de l'évaluation pour qu'un public technique et non technique ait facilement accès aux réponses à la question à laquelle doit répondre la méthode.
XI. **Principales limites de la méthode**

Consultez le Guides et protocoles dédié à la méthode pour connaître ses limites (voir partie A. section 6. Limites non exhaustives de la méthode).
## XII. Autres applications éventuelles de la méthode

Consultez le Guides et protocoles dédié à la méthode pour connaître ses autres applications possibles (voir partie A. section 8. Autres utilisations possibles de la méthode).
### XIII. **Principales perspectives**

Consultez le Guides et protocoles dédié à la méthode pour connaître les principales perspectives à l'issue de ce travail (voir partie A. section 7. Perspectives).
**Annexe 1:** Interdépendance entre les fonctions<fnref n="60" /> réalisées par les zones humides et prédisposition de différents types de zones humides à les réaliser

<table><caption>Extrait du tableau sur des interactions entre quelques fonctions dans une même zone humide (d'après Adamus et al. 1991).</caption><thead><tr><th></th><th>GWR</th><th>GWD</th><th>FFA</th><th>SS</th><th>S/TR</th><th>NR/T</th></tr></thead><tbody><tr><td>Recharge en eaux souterraines (GWR)</td><td></td><td>0</td><td>*</td><td>0</td><td>X</td><td>0</td></tr><tr><td>Décharge en eaux souterraines (GWD)</td><td>0</td><td></td><td>0</td><td>X</td><td>X</td><td>0</td></tr><tr><td>Altération du débit de crue (FFA)</td><td>*</td><td>X</td><td></td><td>*</td><td>0</td><td>*</td></tr><tr><td>Stabilisation des sédiments (SS)</td><td>0</td><td>X</td><td>*</td><td></td><td>*</td><td>0</td></tr><tr><td>Rétention des sédiments toxiques (S/TR)</td><td>0</td><td>0</td><td>*</td><td>*</td><td></td><td>*</td></tr><tr><td>Élimination, transformation des nutriments (NRT)</td><td>*</td><td>0</td><td>*</td><td>*</td><td>*</td><td></td></tr></tbody></table>

*

Compatible

X

Conflit probable

0

Pas d'interactions importantes ou effets inconnus

<table><caption>Croisement et interactions entre fonctions des zones humides (adaptée de Adamus et al. 1983).</caption><thead><tr><th></th><th>Recharge de nappes</th><th>Décharge eaux souterraines</th><th>Stabilisation des rivages</th><th>Dissipation des forces érosives</th><th>Contrôle des crues</th><th>Rétention des sédiments</th><th>Rétention, élimination nutriments</th><th>Support chaînes trophiques</th><th>Habitat : poissons</th><th>Habitat : faune sauvage</th><th>Récréation active</th><th>Valeur patrimoniale</th></tr></thead><tbody><tr><td>Recharge de nappes</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>++</td><td></td><td>++</td><td>l</td><td>l</td><td>l</td><td></td></tr><tr><td>Décharge eaux souterraines</td><td></td><td>l</td><td></td><td>l</td><td>l</td><td>++</td><td>++</td><td>l</td><td>l</td><td>l</td><td></td></tr><tr><td>Stabilisation des rivages</td><td>±</td><td>l</td><td>++</td><td>++</td><td>++</td><td>±</td><td>±</td><td>±</td><td>±</td><td>++</td><td>++</td></tr><tr><td>Dissipation des forces érosives</td><td></td><td></td><td>++</td><td>++</td><td>++</td><td>++</td><td>±</td><td>±</td><td>±</td><td>++</td><td>++</td></tr><tr><td>Contrôle des crues</td><td>++</td><td>±</td><td>++</td><td>++</td><td>++</td><td>++</td><td>±</td><td>±</td><td>++</td><td>±</td><td></td></tr><tr><td>Rétention des sédiments</td><td>l</td><td>l</td><td>++</td><td>++</td><td>±</td><td>++</td><td>±</td><td>±</td><td>±</td><td>l</td><td>l</td></tr><tr><td>Rétention, élimination nutriments</td><td></td><td></td><td>++</td><td>++</td><td>++</td><td>++</td><td>±</td><td>±</td><td>±</td><td>±</td><td></td></tr><tr><td>Support chaînes trophiques</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>l</td><td>l</td><td>l</td><td>l</td><td>l</td><td></td></tr><tr><td>Habitat : poissons</td><td></td><td>l</td><td>l</td><td>l</td><td>l</td><td>±</td><td>l</td><td>l</td><td>l</td><td>l</td><td></td></tr><tr><td>Habitat : faune sauvage</td><td></td><td>l</td><td>l</td><td>l</td><td>l</td><td></td><td>l</td><td>l</td><td>l</td><td>l</td><td></td></tr><tr><td>Récréation active</td><td></td><td>l</td><td>l</td><td>l</td><td>l</td><td></td><td>l</td><td>l</td><td>l</td><td>l</td><td></td></tr><tr><td>Valeur patrimoniale</td><td>++</td><td>++</td><td>++</td><td>++</td><td>++</td><td>++</td><td>++</td><td>++</td><td>++</td><td>l</td><td>l</td></tr></tbody></table>

- - Incompatible

- Parfois incompatible

± Effets très variable

++ Amplification

+ Parfois amplification

Case vide, pas d'interaction ou effet connu

<footnote n="60">⁶⁰ Notez que la définition des fonctions dans les documents cités dans l'Annexe diffère parfois de celle adoptée dans cette méthode (voir la définition adoptée par la méthode dans la section I.5). Dans les documents présentés dans l'Annexe, les « fonctions » comme les nomment les auteurs cités incluent parfois les aspects relatifs aux dommages et bénéfices pour la société associés aux zones humides.</footnote>
Fonctions et valeurs associées à différents types de milieux humides (d'après Dugan 1990).

<table><thead><tr><th></th><th>Estuaires</th><th>Mangroves</th><th>Côtes ouvertes</th><th>Plaines inondables</th><th>Marais d'eau douce</th><th>Lacs</th><th>Tourbières</th><th>Forêts marécageuses</th></tr></thead><tbody><tr><td colspan="9">Fonctions</td></tr><tr><td>Alimentation des eaux souterraines</td><td>Ο</td><td>Ο</td><td>Ο</td><td>■</td><td>■</td><td>■</td><td>●</td><td>●</td></tr><tr><td>Émergence des eaux souterraines</td><td>●</td><td>●</td><td>●</td><td>●</td><td>■</td><td>●</td><td>●</td><td>■</td></tr><tr><td>Prévention des inondations</td><td>●</td><td>■</td><td>Ο</td><td>■</td><td>■</td><td>■</td><td>●</td><td>■</td></tr><tr><td>Stabilisation du littoral/lutte contre l'érosion</td><td>●</td><td>■</td><td>●</td><td>●</td><td>■</td><td>Ο</td><td>Ο</td><td>Ο</td></tr><tr><td>Rétention des sédiments/produits toxiques</td><td>●</td><td>■</td><td>●</td><td>■</td><td>■</td><td>■</td><td>■</td><td>■</td></tr><tr><td>Rétention d'éléments nutritifs</td><td>●</td><td>■</td><td>●</td><td>■</td><td>■</td><td>●</td><td>■</td><td>■</td></tr><tr><td>Stabilisation de microclimats</td><td>Ο</td><td>●</td><td>Ο</td><td>●</td><td>●</td><td>●</td><td>Ο</td><td>●</td></tr><tr><td>Voie de communication</td><td>●</td><td>●</td><td>Ο</td><td>●</td><td>Ο</td><td>●</td><td>Ο</td><td>Ο</td></tr><tr><td>Activités récréatives/touristiques</td><td>●</td><td>●</td><td>■</td><td>●</td><td>●</td><td>●</td><td>●</td><td>●</td></tr><tr><td colspan="9">Produits</td></tr><tr><td>Ressources forestières</td><td>Ο</td><td>■</td><td>Ο</td><td>●</td><td>Ο</td><td>Ο</td><td>Ο</td><td>■</td></tr><tr><td>Ressources en espèces sauvages</td><td>■</td><td>●</td><td>●</td><td>■</td><td>■</td><td>●</td><td>●</td><td>●</td></tr><tr><td>Ressources halieutiques</td><td>■</td><td>■</td><td>●</td><td>■</td><td>■</td><td>■</td><td>Ο</td><td>■</td></tr><tr><td>Ressources fourragères</td><td>●</td><td>●</td><td>Ο</td><td>■</td><td>■</td><td>Ο</td><td>Ο</td><td>Ο</td></tr><tr><td>Ressources agricoles</td><td>Ο</td><td>Ο</td><td>Ο</td><td>■</td><td>●</td><td>●</td><td>●</td><td>Ο</td></tr><tr><td>Alimentation en eau</td><td>Ο</td><td>Ο</td><td>Ο</td><td>●</td><td>●</td><td>■</td><td>●</td><td>●</td></tr><tr><td colspan="9">Attributs</td></tr><tr><td>Diversité biologique</td><td>■</td><td>●</td><td>●</td><td>■</td><td>●</td><td>■</td><td>●</td><td>●</td></tr><tr><td>Originalité/patrimoine culturel</td><td>●</td><td>●</td><td>●</td><td>●</td><td>●</td><td>●</td><td>●</td><td>●</td></tr></tbody></table>

Ο = absente ou exceptionnelle

● = présente

■ = fréquente et importante

Intérêt de différents types de zones humides pour réaliser les fonctions hydrologiques et biogéochimiques selon le (Forum des Marais Atlantiques 2014).

<table><thead><tr><th>Typologie SDAGE</th><th>Régulation des inondations</th><th>Protection contre les intrusions marines</th><th>Soutien des étages, recharge des nappes d'eau</th><th>Ralentissement des ruissellements et dissipation des forces érosives</th><th>Rétention des matières en suspension</th><th>Régulation des nutriments</th><th>Stockage du carbone</th></tr></thead><tbody><tr><td>1 et 2 : baies et estuaires</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>3 : marais et lagunes côtiers</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>4 : marais saumâtres aménagés</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>5 et 6 : bordures de crs d'eau et plaine allu.</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>7 : ZH de bas fonds en tête de bassin</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>8 : région d'étangs</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>9 : bordures de plans d'eau</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>10 : marais et landes humides</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>11 : ZH liées à un plan d'eau ponctuel</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>12 : marais agricoles aménagés</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>13 : zones humides aménagées diverses</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td></tr></tbody></table>

Vert : Intérêt important | Jaune : Intérêt moyen | Orange : Intérêt négatif | Gris : Pas d'intérêt avéré
**Annexe 2 : Superficie des sites tests de 2015 et de leurs zones contributives par système hydrogéomorphologique**

Tous les systèmes hydrogéomorphologiques sont représentés dans l'échantillon de sites tests de 2015. Les sites tests sont majoritairement des zones humides de « versant et bas-versant » (n = 61 sites), de « plateau » (n = 41 sites) ou « alluviaux » (n = 32 sites) (section IV.3.1., classification de Brinson 1993a et Brinson 1993b). Seuls quelques sites sont localisés dans des dépressions (n = 10 sites) et en bordure de plans d'eau (n = 6 sites). Des sites mixtes (par ex. alluvial/versant et bas-versant, alluvial/riverain des étendues d'eau ou versant et bas-versant/riverain des étendues d'eau) ont également été évalués. L'importance des zones humides de versant et bas-versant peut être liée à la stratégie d'échantillonnage à l'échelle du territoire. Le nombre de zones humides de versant et bas-versant est particulièrement important en région Rhône-Alpes (n = 29 sites/75 évalués), en région Midi-Pyrénées (n = 9/18 sites) et en région Lorraine (n = 6/16 sites). Ces régions comprennent des massifs montagneux tels que les Alpes, les Pyrénées ou les Vosges où les zones humides de versant et bas-versant sont vraisemblablement nombreuses.

<figure><img src="image_131.png" /></figure>

La superficie (moyenne ± erreur standard) des sites tests de 2015 est de 5,41 ± 0,61 ha. La superficie moyenne des zones contributives est de 28 113 ± 15 637 ha et la superficie moyenne des paysages est de 424,4 ± 6,8 ha. L'altitude des sites tests est de 692 ± 59m. La superficie moyenne élevée des zones contributives est liée à l'existence de sites (n = 8) ayant une zone contributive de plus de 50 000 ha tandis que la majorité des sites (n = 109) ont des zones contributives d'une superficie inférieure à 500 ha. Les zones contributives les plus vastes sont mesurées pour les sites alluviaux tandis que les sites de plateau ou de versants et bas-versants ont des zones contributives de faible superficie. Les paysages des sites tests ont des superficies peu variables en lien avec leur définition (c'est-à-dire le paysage du site est constitué par une zone tampon dont le rayon est de 1 km autour de son périmètre qui inclut le site).
<table><thead><tr><th></th><th>Superficie du site (ha)</th><th>Superficie du paysage (ha)</th><th>Superficie de la zone contributive (ha)</th></tr></thead><tbody><tr><td>Valeur minimale :</td><td>0,41</td><td>333,98</td><td>1,25</td></tr><tr><td>Valeur maximale :</td><td>80,67</td><td>1101,45</td><td>2447770,77</td></tr><tr><td>Premier quartile :</td><td>1,53</td><td>377,13</td><td>24,59</td></tr><tr><td>Médiane :</td><td>3,40</td><td>406,57</td><td>146,07</td></tr><tr><td>Troisième quartile :</td><td>6,50</td><td>450,00</td><td>925,55</td></tr><tr><td>Valeur moyenne :</td><td>5,41</td><td>424,44</td><td>28113,27</td></tr><tr><td>Écart-type :</td><td>7,81</td><td>87,45</td><td>199636,53</td></tr><tr><td>Écart-type standard :</td><td>0,61</td><td>6,85</td><td>15636,74</td></tr></tbody></table>

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<figure><img src="image_133.png" /></figure>
**Annexe 3 :** Méthodologie utilisée pour la typologie des sites en fonction de leurs caractéristiques ou des caractéristiques de leur environnement

La typologie des sites (n individus) en fonction de leurs caractéristiques telles que les proportions des habitats EUNIS niveau 1 dans le site (p variables) est réalisée à l'aide d'une analyse en composantes principales (ACP) suivie d'une classification hiérarchique appliquée aux résultats de l'ACP et d'un partitionnement des sites en classes. Le logiciel R et le package « FactoMineR » ont été utilisés pour l'analyse de données (Husson et al. 2010).

L'ACP est une méthode descriptive qui permet de décrire le jeu de données (n individus, p variables) et de résumer l'information contenue dans le tableau de données, non directement interprétable. L'ACP permet également de réduire le tableau de données et le « bruit », préalablement à la CAH. L'ACP consiste à transformer les p variables d'origine, souvent liées entre elles, en nouvelles variables décorrélées les unes des autres, appelées composantes principales, ou axes factoriels. Le logiciel renvoie ainsi p composantes principales ordonnées par pourcentage d'information totale initiale restituée. Le résultat graphique de l'ACP est un plan factoriel défini par deux axes qui sont les deux composantes principales de l'analyse où sont représentés les variables et les individus. La fonction PCA permet de réaliser l'analyse en composantes principales.

La CAH à partir d'une ACP est une méthode de classification statistique qui rassemble les individus selon un critère de ressemblance défini au préalable qui s'exprime sous la forme d'une matrice des distances entre les individus pris deux à deux. La partition et la CAH sont fondées sur la méthode de Ward (Husson et al. 2010). La CAH est dite « ascendante » car elle part des observations individuelles et « hiérarchique » car elle produit des classes de plus en plus vastes. Deux observations identiques auront une distance nulle. Plus les deux observations seront dissemblables, plus la distance sera importante. La CAH va ensuite rassembler les individus de manière itérative afin de produire un dendrogramme ou arbre de classification. En découpant cet arbre à une certaine hauteur choisie, on produira la partition désirée. Les classes peuvent ensuite être décrites par les p variables, les p axes factoriels ou les n individus. La fonction HCPC (Classification Hiérarchique sur Composantes Principales) permet de réaliser une classification non supervisée des individus et combine les facteurs principaux, la classification hiérarchique et le partitionnement pour mieux visualiser et mettre l'accent sur les similarités entre individus (Husson et al. 2010).
**Annexe 4 : Description et typologie des habitats EUNIS niveau 1 dans les sites tests**

À l'exception des habitats marins (A) et côtiers (B), tous les habitats EUNIS niveau 1 sont représentés dans les sites tests de 2015. L'absence d'habitats marins et côtiers dans les sites tests est cohérente avec le champ d'application de la méthode puisque les milieux littoraux saumâtres et salés sont exclus de son champ d'application. La figure ci-dessous présente le nombre de sites où ont été observés les habitats EUNIS niveau 1. Les tourbières hautes et bas-marais (D), les bois, forêts et autres terrains boisés (G) et les prairies ; terrains dominés par des herbacées non graminoïdes, mousses ou des lichens (E) sont les plus représentés. Les habitats agricoles, horticoles et domestiques régulièrement ou récemment cultivés (I) et les zones bâties, sites industriels et autres habitats artificiels (J) ne sont présents que sur quelques sites. La typologie des sites en fonction de la proportion des habitats EUNIS niveau 1 présents à l'intérieur du site a été construite par ACP/CAH comme décrit dans l'Annexe 4.

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La Figure ci-après présente les résultats de l'ACP. Le diagramme (A) présente le pourcentage d'information porté par chaque axe de l'ACP. Les pourcentages d'information portés par chaque axe sont respectivement de 19, 17, 14, 14 et 13 % pour les cinq premières composantes principales. Les cinq premiers axes portent ainsi 76 % de l'information et ont été conservés pour le reste de l'analyse. Le diagramme des variables (B) présente les corrélations entre variables et axes. Le premier axe est positivement corrélé avec la proportion de prairies dans le site et négativement corrélé avec la proportion de tourbières. Le second axe est fortement corrélé avec la proportion de forêts et boisements et négativement corrélé avec la proportion de tourbières. Le diagramme des individus (C) présente les relations entre individus et axes factoriels. Il est difficile de conclure quant aux similarités entre individus sur le seul plan factoriel (1,2). Le dendrogramme issu de la CAH et le partitionnement en classes permettent de visualiser et de caractériser les similarités entre sites.

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La figure et le tableau ci-après présentent les résultats de la CAH et du partitionnement des sites tests en classes en fonction de la proportion des habitats EUNIS niveau 1. Le diagramme A présente l'arbre hiérarchique où les 6 classes sont matérialisées par des rectangles de couleur. Le niveau de coupure « optimal » en 6 classes est proposé sur la base d'une partition ayant la plus grande perte relative d'inertie (diagramme B). Le diagramme C présente le plan factoriel (1,2) où les sites sont coloriés en fonction de la classe à laquelle ils appartiennent. Le diagramme D est une représentation en 3 dimensions de l'arbre hiérarchique sur le premier plan factoriel.

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