Publier La Science - Numéro 16

Jeanine Martelli, Eric Lichtfouse, Marjolaine Hamelin, Virginie Lelievre

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Jeanine Martelli, Eric Lichtfouse, Marjolaine Hamelin, Virginie Lelievre. Publier La Science - Numéro 16. INRAE., 14 p, 2017, Guy Richard. hal-03868210

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publier
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numéro 16 / juin 2017

* Peer Community In : publier autrement

* La Communauté Européenne, nouvel éditeur ?

* Ce que les relecteurs ne sont pas censés faire...
# PUBLIER LA SCIENCE

Numéro 16, juin 2017

<table><tr><td>EDITORIAL</td><td>3</td></tr><tr><td>REDACTION</td><td>5</td></tr><tr><td>RESEAUX SOCIAUX</td><td>6</td></tr><tr><td>METRIQUES ET IMPACT</td><td>6</td></tr><tr><td>LIBRE ACCES ET SCIENCE OUVERTE</td><td>7</td></tr><tr><td>ETHIQUE ET FRAUDE</td><td>10</td></tr><tr><td>DROIT D'AUTEUR</td><td>10</td></tr><tr><td>EVALUATION</td><td>11</td></tr><tr><td>PROCESSUS DE PUBLICATION</td><td>12</td></tr><tr><td>DONNEES DE LA RECHERCHE</td><td>13</td></tr><tr><td>COMMUNICATION SCIENTIFIQUE</td><td>14</td></tr><tr><td>OUTILS</td><td>14</td></tr><tr><td>HUMOUR</td><td>14</td></tr></table>

Numéros en accès libre à http://www6.inra.fr/caps-publierlascience

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Pour vous désabonner : https://listes.inra.fr/sympa/sigrequest/veillecaps

**Directeur de la publication** : Guy Richard

**Editeur-en-chef** : Eric Lichtfouse

**Réalisation** : Jeanine Martelli (responsable de la veille), Eric Lichtfouse (animateur de la CAPS),
Marjolaine Hamelin, Virginie Lelièvre

Cellule d'Assistance à la Publication Scientifique (CAPS)

Département Environnement et Agronomie (EA)

Institut National de la Recherche Agronomique

Contact : ea-caps@listes.inra.fr, http://www.ea.inra.fr

Couverture : Guillaume Decaux – http://www.alcide.fr

ISSN 2269-7314

Publier la Science est une sélection d'informations sur la publication et la rédaction scientifique diffusée trimestriellement. Dans un souci de synthèse et de lisibilité, les informations diffusées sont parfois modifiées par rapport à leurs versions originales sans pour autant en dénaturer le sens. S'il s'avère toutefois que ce n'est pas le cas, les personnes et sources citées dans Publier la Science peuvent à tout moment, demander la rectification voire la suppression des informations diffusées les concernant en nous écrivant à ea-caps@listes.inra.fr.
## Peer Community In, des communautés d'évaluation pour publier autrement et gratuitement

Le système actuel d'édition des journaux scientifiques est trop coûteux pour les institutions de recherches. Le montant cumulé des abonnements aux revues en accès restreint et des coûts de l'accès libre des revues en open access s'élève à environ 70 millions d'Euro pour les universités françaises, à peu près la même chose au CNRS, et environ 5 millions d'Euro à l'Inra. En plus des coûts d'abonnement et des frais de publication, le système actuel repose sur le travail gratuit des chercheurs comme auteurs, éditeurs et critiques des articles. Le système est aussi considéré comme trop opaque car les critiques et les correspondances éditoriales restent anonymes et sont rarement publiées. En outre, les critiques des relecteurs sont souvent beaucoup trop succinctes pour assurer un gain de qualité des écrits. Par ailleurs, le glissement vers le modèle économique de l'accès libre, payant pour les auteurs, en plus de coûter cher aux laboratoires, est intrinsèquement scientifiquement vicieux car les maisons d'édition ont économiquement intérêt à accepter le plus d'articles possible, et donc à se contenter d'évaluations légères voire inexistantes.

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L'internet met à disposition des outils libres de publication sur le web, qui permettent de publier à très grande échelle à des coûts minimes. De plus, les articles bruts non évalués, nommés preprints, sont de plus en plus couramment déposés directement par les chercheurs dans des archives ouvertes comme bioRxiv.org ou preprints.org, ce qui permet de rendre disponible rapidement et gratuitement les résultats de recherche. Cette mise à disposition immédiate permet également l'utilisation des réseaux sociaux pour commenter les résultats, favorisant ainsi le contact entre la science et le public. En revanche les preprints ne sont pas évalués et validés par la communauté scientifique et ceci constitue un problème. Nous proposons donc une solution, totalement gratuite pour les auteurs et pour les lecteurs, qui porte le nom de *Peer Community In* (PCI), https://peercommunityin.org.

Le projet a pour objectif de fonder des communautés de chercheurs (des *Peer Community In*) évaluant et recommandant des articles dans leur domaine scientifique. Cette initiative s'appuie d'abord sur le dépôt de preprints dans des archives ouvertes comme bioRxiv ou preprints.org. Les auteurs d'un preprint déposé dans ces archives pourront ensuite solliciter son évaluation par une *Peer Community In* disciplinaire compétente, par exemple *Peer Community in Evolutionary Biology*. La seule condition sera que ce preprint ne soit pas déjà publié ou en cours d'évaluation par une revue. Un chercheur de la *Peer Community In* sollicitée, s'il juge l'article intéressant, engagera alors un travail de relecture critique. Sur la base d'au moins deux rapports de relecteurs, le preprint - ou une version révisée si nécessaire - pourra être recommandé. Les rapports, les recommandations, les identifiants digitaux (DOI) des versions successives et corrigées des preprints, ainsi que les correspondances avec les auteurs seront visibles gratuitement par les lecteurs sur le site de la *Peer Community In* en question. Les recommandations elles-mêmes auront un DOI et pourront être citées. Point important, la recommandation d'un preprint par une *Peer Community In* n'empêchera pas la soumission ultérieure de l'article pour publication dans un journal.
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Ce nouveau système présente une certaine similitude avec les épirevues (www.ccsd.cnrs.fr/epi-revues). Toutefois, à la différence de ces épirevues, les *Peer Community In* ne seront pas des journaux qui publient des articles scientifiques. Elles ne feront que publier des recommandations et des commentaires critiques d'articles déposés dans des archives ouvertes, les preprints, ou déjà publiés, les postprints. Contrairement aux épirevues, les *Peer Community In* n'entrent donc pas en concurrence avec le système actuel des journaux, une propriété qui augmente les chances de réussite. En effet, la plupart des journaux acceptent aujourd'hui la soumission d'articles dont les preprints ont été déposés dans des archives ouvertes (http://www.sherpa.ac.uk/romeo/index.php). Ils devraient d'autant plus accepter et prendre en considération les preprints recommandés par les *Peer Community In*. Certains journaux de premier plan (eg Ecology Letters et Oikos dans le domaine de l'écologie) ont ainsi indiqué qu'ils accepteront non seulement la soumission de preprints recommandés par des *Peer Community In*, mais également de prendre en compte les rapports de relecteurs de ces *Peer Community In* pour accélérer/améliorer/compléter leur processus d'évaluation.

Une première communauté a été lancée en janvier 2017 : *Peer Community in Evolutionary Biology*. *PCI Evol Biol* regroupe actuellement 318 chercheurs parmi les plus éminents en biologie évolutive. Cette *Peer Community In* a déjà posté des recommandations de 21 postprints et de 3 preprints.

En conclusion, l'idée derrière le projet *Peer Community In* est d'établir un système de recommandation public et gratuit permettant de valider et de mettre en avant des articles preprints de très bonne qualité. L'objectif ultime est que les recommandations des *Peer Community In* soient reconnues par la communauté scientifique, y compris par les institutions de recherche et les agences de financement, comme un label de haute qualité, rendant ainsi inutiles les soumissions dans les journaux classiques. Notons que l'Inra, l'INEE du CNRS, la section 29 du CoNRS et plusieurs unités de recherche ont déjà réservé un accueil favorable au projet. *PCI Evol Biol* a par ailleurs reçu le soutien de sociétés savantes dont la société Français d'Ecologie (SFE) et la Society for the Study of Evolution (SSE), principale société savante en biologie évolutive.

De nouvelles *Peer Community in* devraient rapidement voir le jour avec le lancement envisagé, d'ici la fin de l'année 2017, de *PCI Paleontology*, *PCI Ecology* et *PCI Computational Statistics*.

Denis Bourguet
UMR CBGP, Inra Montpellier

Benoit Façon
UMR, PVBMT, La Réunion.

Thomas Guillemaud
UMR ISA, Inra Sophia Antipolis.

peercommunityin.org
evolbiol peercommunityin.org
https://www.youtube.com/watch?v=4PZhnc8wwo
# Rédaction

## Guide de rédaction d'une synthèse

Enago Blog, 17 avril 2017

Le blog Enago propose un guide de rédaction des synthèses ou "systematic reviews".

Les étapes suggérées sont les suivantes :

* Détermination de la question de recherche selon la structure PICO (Population, Intervention (or Exposure), Control/Comparator, Outcomes)

* Définition du cadre de l'analyse

* Cartographie des preuves : sélection des articles liés à la question de recherche

* Analyse critique pour déterminer si l'étude est de bonne qualité

* Synthèse des preuves : comparaison des études entre elles

D'autres étapes sont proposées pour les méta-analyses qui constituent un type particulier de synthèses :

* Contextualisation de la question

* Identification des publications pertinentes

* Evaluation de la qualité des études

* Synthèse des preuves

* Interprétation des résultats

https://www.enago.com/academy/systematic-review-structure-and-process/

## Rédiger son premier article scientifique

Enago Blog, 24 mars 2017

Ce billet propose des conseils pour la rédaction d'un premier article scientifique. Il faut avant tout viser la clarté, la simplicité et la précision; et s'adresser à ses pairs tout en étant lisible par un plus large public. L'article doit suivre la structure IMRAD, avec des spécificités pour chacune des sections. L'objectif de la publication doit être de communiquer un message. La clarté de la rédaction est essentielle, et dépend d'une bonne structuration des phrases et du bon usage de la langue et de la grammaire. Les auteurs doivent également veiller à bien gérer leur temps, à faire relire leur article par différentes personnes et à le retravailler plusieurs fois avant de le soumettre. Enfin, l'auteur doit toujours avoir à l'esprit le public qu'il cible.

https://www.enago.com/academy/writing-first-scientific-research-paper/

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## L'article du futur

Naturejobs Blog 01 Jun 2017

Selon C. Titus Brown, bioinformaticien à l'Université de Californie, l'article du futur existe déjà. Il prend pour exemple un article publié dans la revue Open Biology de l'éditeur Royal Society Publishing, et de l'analyse et de la vulgarisation de cet article dans un billet de blog. L'article de recherche primaire doit contenir les détails (données, code source, modèles, statistiques) nécessaires pour reproduire tout résultat. Il doit présenter le contexte de l'étude, et au moins une certaine interprétation des résultats. Il doit être archivable, afin que nous puissions revoir le document plusieurs années plus tard et le lire et le comprendre en détail. Pour lui, le peer-review, l'ouverture et la réutilisation sont des détails secondaires.

http://blogs.nature.com/naturejobs/2017/06/01/techblog-c-titus-brown-predicting-the-paper-of-the-future

## Le top 10 des erreurs à éviter pour un auteur

Editage insights, 24 mars 2017

Une infographie sur le site Editage présente les 10 erreurs que l'on peut éviter en tant qu'auteur :

1. Ne pas respecter les instructions aux auteurs

2. Présenter des données non valides

3. Ne pas appliquer le style de citation de la revue

4. Révéler l'identité des participants à une étude

5. Présenter des conclusions exagérées

6. Faire des erreurs de style et de ponctuation

7. Laisser des notes de bas de page inexpliquées

8. Soumettre des formulaires incomplets ou non correctement remplis

9. Soumettre à deux revues en même temps

10. Ne pas comprendre les corrections du copyeditor

http://www.editage.com/insights/top-10-avoidable-mistakes-as-an-author
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Ke Q, Ahn Y-Y, Sugimoto CR (2017) A systematic identification and analysis of scientists on Twitter. PLoS ONE 12(4): e0175368.

https://doi.org/10.1371/journal.pone.0175368

# Métriques et impact

## Métrique de l'ouverture

Marlene's corner, 11 avril 2017

L'open access est actuellement assez peu pris en compte dans les différentes mesures de l'activité de publication, qui restent souvent basées sur le volume de citations. Dans un article du Journal of the Association for Information Science and Technology, différents indicateurs des multiples facettes du libre accès et de la science ouverte sont proposés. En voici quelques-uns :

* **Practical openness index** : le nombre d'articles et de communications en accès ouvert d'un auteur divisé par le nombre d'articles et de communications publiés par cet auteur

* **Effective openness index** : celui-ci prend en compte les questions de copyright, qui font qu'un article ne peut pas être « libéré » en OA ; on déduit du nombre total de publications celles dont on est sûr que les conditions de copyright empêchent toute ouverture potentielle.

* **Acce$ index** : ici on mesure le coût d'accès à la production d'un auteur pour un lecteur lambda ; la difficulté est de déterminer le coût d'un article, sachant que celui-ci varie selon le tarif payé par l'établissement auquel le lecteur appartient

* **Openness cost index** : la mesure des coûts pour la mise en accès ouvert des documents prend en compte les article processing charges (APC), mais aussi, et c'est plus difficile à calculer, le temps et les efforts nécessaires pour y arriver : le temps de saisie (celui du chercheur ou celui d'une tierce personne), le temps de recherche de la bonne version à déposer, etc.

* **Illegality index** : combien d'articles sont accessibles librement au mépris des règles de copyright ?

Les auteurs rapportent un effet vertueux de ce type de métrique individuelle : l'envie de faire augmenter son score est motivante. Cependant une des difficultés réside dans le choix de l'outil de mesure.

https://marlenescorner.net/2017/04/11/des-metriques-pour-l-open-access/

# Réseaux sociaux

## Identification des scientifiques sur Twitter

PLOS One, 11 avril 2017

Un article publié dans PLOS One présente une méthode pour identifier les scientifiques sur Twitter. L'application de cette méthode révèle une utilisation importante de ce réseau dans les sciences sociales, les sciences de l'information et l'informatique, et une sous-représentation des mathématiciens, physiciens et scientifiques du vivant. Les scientifiques femmes sont également mieux représentées que dans les publications scientifiques.
Nichols, D. M., & Twidale, M. B. (2017). *Metrics for openness*. Journal of the Association for Information Science and Technology, 68(4), 1048–1060.
https://doi.org/10.1002/asi.23741

## Panorama des indicateurs de citation

Blog Scholarly Kitchen, 15 mai 2017

Le blog Scholarly Kitchen propose un petit inventaire des indicateurs de performance de citation :

Indicateurs basés sur les ratios :

* Impact factor : nombre total de citations pour une année donnée des articles publiés dans les 2 dernières années divisé par le nombre d'articles et de synthèses publiés dans les 2 dernières années

* Impact Factor (5-yr) : idem avec une fenêtre de citation de 5 ans au lieu de 2 ans

* CiteScore : nombre total de citations pour une année donnée des articles publiés les 3 dernières années divisé par le nombre total de documents publiés dans les 3 dernières années

* Impact per Publication (IPP) : identique au facteur d'impact mais avec une fenêtre de citation de 3 ans et basé sur les articles de recherche, les articles de conférences et les synthèses répertoriés dans Scopus.

* Source-Normalized Impact per Paper (SNIP) : identique à l'IPP mais normalisé selon le domaine scientifique

Indicateurs basés sur le portfolio :

* h-index : un auteur avec un index de h a publié h articles ayant été cités chacun au moins h fois

* h-5 : limitation du h-index aux articles publiés les 5 dernières années.

Indicateurs basés sur le réseau :

* Eigenfactor : indice reflétant l'influence d'une revue sur un réseau de citations

* SCImago Journal Rank (SJR) : Eigenfactor déterminé pour la base Scopus uniquement

* Relative Citation Ratio (RCR) : métrique basée sur la base PubMed

https://scholarlykitchen.sspnet.org/2017/05/15/citation-performance-indicators-short-introduction/

## Accéder au h-index d'un chercheur pour mesurer l'impact de ses publications

CoopIST, 20 juin 2017

Une nouvelle fiche du site CoopIST consacrée au h-index, indicateur d'impact des publications d'un chercheur qui prend en compte le nombre de publications d'un chercheur et le nombre de leurs citations.

Le h-index peut aussi être calculé pour une entité de recherche (institution, laboratoire...), ou pour une revue. Le h-index d'un chercheur est de plus en plus demandé dans les dossiers de soumission aux appels à projet ou dans le cadre d'évaluations de la recherche.

https://coop-ist.cirad.fr/actualites/acceder-au-h-index-d-un-chercheur-pour-mesurer-l-impact-de-ses-publications

## Libre accès et science ouverte

### Les tendances de l'Open science

Blog Wiley exchanges, 20 avril 2017

Wiley publie une infographie sur les tendances de l'open science, basée sur une enquête menée auprès de ses auteurs. Parmi les chiffres importants, on retiendra :

* 2/3 des auteurs ont publié un article selon le modèle hybride ou gold

* 44% des auteurs indiquent déposer leurs articles dans une archive institutionnelle

* 70 % des auteurs estiment partager leurs données d'une façon ou d'une autre.

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https://hub.wiley.com/community/exchanges/discover/blog/2017/04/19/open-science-trends-you-need-to-know-about? referrer=exchanges
## Diaporama pour comprendre l'Open Access

Rédaction Médicale et Scientifique, 14 avril 2017

Hervé Maisonneuve propose un diaporama pour mettre à jour ses connaissances sur le libre accès :

1. Les initiatives de Budapest, Berlin, Bethesda pour l'Open Access

2. Les revues ont vécu plus de 300 ans avec un modèle économique de type abonnement. En 2000, sont arrivées les revues électroniques d'accès gratuit, sans avoir eu de format 'papier', avec le groupe BMC (BioMedCentral à Londres)

3. Le modèle gold apparaît en 2002, et les auteurs payent un APC (Article Processing Charge) afin que l'article soit en accès libre; des revues hybrides pratiquent le double dipping: sur abonnement avec APC pour les articles en libre accès

4. Les universités, les institutions ont développé en parallèle la voie verte avec des archives comme HAL en France.

5. Gold et Green cohabitent, ou sont en compétition

6. Revues prédatrices: des informaticiens peu scrupuleux ont le droit de lancer des revues à bas prix pour les APC.

7. Les vraies revues font un travail important entre l'auteur et le lecteur, et cela prend plus de 6 mois.

8. Les prédateurs ont simplifié le circuit auteur / lecteur

http://www.h2mw.eu/redactionmedicale/open-access/

## Les mega-revues en open access

The Idealis, 27 mars 2017

Une synthèse publiée dans Journal of Documentation fait le point sur les mega-revues en open access. Ces revues, comme PLOS One, occupent une place de plus en plus importante dans le paysage de la publication scientifique. Leur scope est très large et leur modèle économique s'appuie sur des APC. Elles proposent un nouveau type de peer-review, qui se focalise sur la validité scientifique de l'étude et ne prend pas en compte sa nouveauté ni sa portée. Les méga-revues sont hétérogènes en termes de caractéristiques. Il est cependant difficile d'affirmer que cette forme de revue est celle qui dominera à l'avenir.

https://theidealis.org/discover/

Valerie Spezi, Simon Wakeling, Stephen Pinfield, Claire Creaser, Jenny Fry, Peter Willett. (2017) "Open-access mega-journals: The future of scholarly communication

or academic dumping ground? A review", Journal of Documentation, Vol. 73 Iss: 2, pp.263 - 283.

## Aperçu des politiques Open Data et Open Science en europe

Sparc Europe, 16 mars 2017

SPARC Europe et le Digital Curation Center (DCC) publient un rapport qui fournit une liste des politiques nationales de recherche en Europe. Il couvre les vingt-huit États membres de l'UE et les pays qui constituent l'Espace européen de la recherche. Il analyse les différences et les similitudes entre les différentes approches nationales individuelles et cherche à évaluer l'efficacité des politiques pour la préservation et l'ouverture des données de recherche déjà développées.

https://docs.google.com/document/d/1bC7EHsq6yplVKti6H MgKVhaR3T0qfRMwe2oSsej1xs0/edit

## Open Science Monitor : un site de suivi de l'open science

Blog AIMS, 30 mars 2017

Le nouveau site Open Science Monitor mis en place par la Commission Européenne permet de fournir aux décideurs et aux parties prenantes des données et des tendances sur l'open science au niveau international.

Use the wheel to explore open science characteristics and indicators.

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* These indicators are for both open access to publications and open scholarly communication.

http://AIMS.fao.org/activity/blog/open-science-monitor-access-data-and-trends-open-science

## Les bénéfices du libre accès

Infodoc Micro Veille, 9 juin 2017

Une étude récemment publiée identifie les bénéfices sociétaux de l'open access, vus par les éditeurs de revues, les décideurs et les chercheurs. Pour les éditeurs, les bénéfices du libre accès pour la
communauté scientifique concernent plutôt les chercheurs (citations, visibilité, conservation du copyright...). Du côté des décideurs, des avantages plus «abstraits» sont généralement perçus (mondialisation de la science, reproductibilité, transparence, etc...). Pratiquement tout le monde s'accorde sur le fait que les avantages du libre accès dépassent la communauté scientifique. Pourtant, il existe beaucoup de variations parmi les trois groupes dans la façon dont ils perçoivent l'étendue et la portée de ces avantages sociétaux.

http://microblogging.infodocs.eu/?p=5664

## OpenAIRE comme base pour la formation d'une plateforme européenne du libre accès

Blog LSE, 8 juin 2017

OpenAIRE a construit une infrastructure solide pour soutenir l'operérabilité des dépôts, des éditeurs, des systèmes d'information de recherche, des informations sur les financements, et plus encore. Cett infrastructure permet:

* l'agrégation de diverses sources de données

* un système participatif: guide pour les fournisseurs de données

* l'interconnexion : traitement et enrichissement de l'information

* le suivi : lien des publications avec les sources de financement

* l'innovation

* l'operérabilité

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OpenAIRE est donc idéalement placé pour constituer la base d'une plate-forme européenne d'accès libre. La gouvernance d'une telle plateforme devrait reposer sur une approche participative pour pouvoir fonctionner.

http://blogs.lse.ac.uk/impactofsocialsciences/2017/06/08/openaire-can-form-the-basis-for-a-truly-public-european-open-access-platform/

## La Communauté Européenne, nouvel éditeur ?

Blog EASE, 16 juin 2017

La Communauté Européenne envisage de créer une plateforme de publication open access pour les articles issus des projets financés par son programme H2020.

http://ese-bookshelf.blogspot.com/2017/06/b-european-commission-oa-publishing_16.html

http://iopscience.iop.org/article/10.1088/2058-7058/30/5/10/pdf

http://www.sciencemag.org/news/2017/03/european-commission-considering-leap-open-access-publishing

## La voie diamant de l'open access

Blog EASE, 4 avril 2017

Dans cet article de synthèse qui fait l'état des lieux de la publication scientifique, Karen Shashok explore les avantages et les inconvénients de la troisième voie de l'open access dite « diamond open access », dans laquelle les scientifiques et leurs institutions sont responsables de la publication des contenus qu'ils produisent, dans des revues institutionnelles ou sur des plateformes ouvertes.

http://ese-bookshelf.blogspot.com/2017/04/shashok-k.html

https://arxiv.org/abs/1701.02461

Shashok K. Can scientists and their institutions become their own open access publishers? arXiv:1701.02461

## Journée open science / open data à Agropolis

IST Agropolis international, 24 avril 2017

Les présentations et vidéos de la journée Open Science / Open Data du 28 mars sont consultables en ligne sur la page dédiée et sur la chaîne Vimeo opendatagropolis. Cette journée était organisée par la Commission IST Agropolis International, l'ADBS et Doccitanist, avec le soutien de Couperin.org.

Les présentations disponibles sont les suivantes :

* Les nouveaux modes de publications (O. Hologne, Inra)

* Présentation du projet « Peer community in evolutionary Biology » (D. Bourguet, Inra)

* Présentation du projet Numerev (L. Verlaet et J. Mary, MSH Sud)

* Retour d'expérience sur la revue REMVT (D. Bastianelli, Cirad)

* Open Data (O. Hologne, Inra)

* Les aspects juridiques des données de la recherche (C. Martin, Irstea)
* Retour d'expérience sur l'écriture d'un plan de gestion de données (S. Auzoux et S. Paradis, Cirad)

* Présentation du GBIF (S. Pamerlon, GBIF)

* Retour d'expérience sur la rédaction de data papers (R. Pélissier, IRD)

https://vimeo.com/channels/opendatagropolis

http://www.ist.agropolis.fr/les-formations/pour-les-
etudiants-enseignants-et-chercheurs/item/open-science-
open-data-28-mars-2017-a-agropolis-international

## Ethique et fraude

### Ce que j'ai appris des prédateurs, par Jeffrey Beall

Biochemia Medica, 8 mai 2017

Dans un article d'opinion publié dans la revue Biochemica Medica, Jeffrey Beall, bibliothécaire à l'université de Denver, fait le point sur son travail d'identification des éditeurs prédateurs conduit de 2012 à 2017. Les prédateurs utilisent le modèle d'open access auteur-payeur et cherchent à publier le maximum d'articles, au détriment du peer-review. J. Beall explique comment les prédateurs sont apparus, et comment ils ont été favorisés et entretenus par le mouvement du libre accès, l'industrie de l'édition, et les bibliothécaires universitaires. Il décrit les tactiques utilisées par les prédateurs pour être retirés de ses listes et les dommages qu'ils causent à la science.

Beall, J. (2017). *What I learned from predatory publishers*. Biochemica Medica 27(2), 273-278.

https://doi.org/10.11613/BM.2017.029

### Les chercheurs ont-ils vraiment besoin d'une liste des revues prédatrices ?

Learned publishing, 3 avril 2017

Dans cet article, Pippa Smart, consultante et formatrice en édition porte un autre regard sur le phénomène des revues prédatrices. Elle fait le constat qu'un grand nombre de chercheurs se trouve exclu de ce qu'elle appelle « the western publishing elite », et qu'il n'est pas faisable ni durable sur le long terme de renforcer le modèle économique « classique » des revues. Selon elle, nous devrions nous préoccuper plus de la qualité de la recherche et de la formation dans les institutions plutôt que de lister les éditeurs prédateurs.

http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/leap.1101/full

Smart, P. (2017), *Predatory journals and researcher needs*. Learned Publishing, 30: 103–105. doi:10.1002/leap.1101

### Le Dr Fraude, accepté comme éditeur par de nombreuses revues prédatrices

Nature comment, 22 mars 2017

Des chercheurs ont créé un profil de chercheur factice (Dr Szust, « Fraude » en polonais) sur les réseaux sociaux ainsi qu'un faux CV, et l'ont envoyé au comité éditorial de 360 revues pour un poste d'éditeur. 33% des revues prédatrices ont accepté la candidature.

**WHO EMBRACED THE FAKE?**

Journals deemed predatory were much more likely to accept a fake, subpar candidate as an editor.

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**PREDATORY TITLES**

As assessed by librarian Jeffrey Beall

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**TITLES ON THE DIRECTORY OF OPEN ACCESS JOURNALS (DOAJ)**

A whitelist for open-access journals

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**TITLES INDEXED BY JOURNAL CITATION REPORTS (JCR)**

A whitelist that calculates impact factors

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©nature

http://www.nature.com/news/predatory-journals-recruit-fake-editor-1.21662

## Droit d'auteur

### Droit d'auteur pour les données

EASE blog, 13 juin 2017

Un article du New England Journal of Medicine propose que, à la fois pour une question d'éthique et pour inciter au partage de données, les personnes ayant initialement généré les données puissent être créditées et puissent valoriser cette utilisation de leurs données dans les dossiers d'avancement de carrière, dans les demandes de financement ou dans d'autres situations.

Bierer BE, Crosas M, Pierce HH. Data authorship as an incentive to data sharing. New England Journal of Medicine 2017;376:1684-1687. doi: 10.1056/NEJMsb1616595

http://www.nejm.org/doi/10.1056/NEJMsb1616595
## Le partage d'articles sous contrat de copyright

*Nature news, 10 mai 2017*

Selon une enquête récente, 21 % des chercheurs ne vérifient pas le copyright avant de partager des publications au sein des réseaux de communication scientifiques. 60 % pensent qu'ils devraient être autorisés à diffuser leurs articles indépendamment des politiques de copyright. Une autre étude conduite sur 500 articles pris au hasard dans Research Gate montre que plus de la moitié enfreint les règles du copyright des éditeurs. Face à ces constats, les éditeurs cherchent à mettre en place des solutions de partage légal des articles, tels que SharedIt mis en place par Springer Nature.

http://www.nature.com/news/science-publishers-try-new-tack-to-combat-unauthorized-paper-sharing-1.21959

# Evaluation

## Le peer-review en 2030

*The Scholarly Kitchen, 3 mai 2017*

BioMedCentral et Digital Science publient un rapport basé sur la conférence SpotOn de Londres de novembre 2016. Ce rapport fait 7 recommandations :

* Optimiser le choix des reviewers en améliorant leur identification

* Augmenter la diversité dans le pool de reviewers (chercheurs débutants, femmes, et diversité des origines géographiques)

* Expérimenter différents modèles d'évaluation, en particulier ceux qui augmentent la transparence

* Investir dans les programmes de formation des reviewers

* Trouvez des solutions transversales permettant d'améliorer l'efficacité et bénéfiques pour tous les protagonistes de l'édition, telles que le « peer-review portable »

* Améliorer la reconnaissance du travail de reviewer par les financeurs, les institutions et les éditeurs

* Utiliser la technologie pour soutenir et améliorer le processus de peer-review, y compris l'automatisation

https://scholarlykitchen.sspnet.org/2017/05/03/the-future-of-peer-review/

## Les barrières au peer-review post-publication

*Blog LSE, 12 avril 2017*

Jon Tennant, éditeur, auteur et directeur de la communication pour ScienceOpen liste les barrières à cette nouvelle forme de peer-review plus transparente :

* Le temps et l'effort requis... mais le peer-review sous sa forme actuelle est beaucoup plus chronophage et retarde la publication des articles

* Le manque de motivation et d'obligation... or cette pratique devrait être considérée comme un « contrôle qualité » par les institutions, les financeurs et les chercheurs

* Le grand nombre d'alternatives et de plateformes de communication... mais le peer-review post publication peut être intégré à différentes plateformes et couplé à CrossRef et ORCID

* La confrontation publique, ouverte, en particulier pour les jeunes chercheurs envers les seniors... mais les évaluations peuvent être courtoises et constructives

* Le manque de visibilité et de réutilisation des évaluations... mais les plateformes peuvent augmenter la visibilité et améliorer la présentation des évaluations

http://blogs.lse.ac.uk/impactofsocialsciences/2017/04/12/what-are-the-barriers-to-post-publication-peer-review/

## Le peer-review crowd-sourcé

*ArsTechnica, 8 juin 2017*

La revue Synlett a récemment testé le peer-review crowdsourcé ou « intelligent crowd reviewing ». Elle a recruté 100 reviewers et a mis en place un forum permettant de commenter les articles soumis de façon anonyme, mais également de commenter les commentaires. Les mêmes articles ont en parallèle suivi un circuit de peer-review « classique ». Les auteurs des articles et les éditeurs ont comparé les commentaires reçus par les deux circuits. Le forum de commentaires par les 100 reviewers s'est avéré plus efficace que l'évaluation traditionnelle. Les reviewers ont commenté l'article beaucoup plus rapidement et de façon plus pertinente via le forum.

https://arstechnica.com/science/2017/06/journal-tries-crowdsourcing-peer-reviews-sees-excellent-results/

https://www.nature.com/news/crowd-based-peer-review-can-be-good-and-fast-1.22072
## Ce que les reviewers ne sont pas censés faire...

Blog Wiley Exchanges, 20 avril 2017

Le blog Wiley Exchanges publie une liste des quelques corrections que les reviewers ne sont pas supposés faire :

* Le formatage de l'article selon les instructions aux auteurs

* Les corrections d'orthographe, de ponctuation et de grammaire

* La recherche du plagiat

* La vérification du respect des règles d'éthique dans la conduite de la recherche

* La reproduction des expérimentations !

* La prise de décision finale concernant l'article

https://hub.wiley.com/community/exchanges/discover/blog/2017/04/19/what-reviewers-are-not-expected-to-do?elq_mid=9422&elq CID=8278944

## Publons racheté par le Web of Science

Nature news, 1er juin 2017

Clarivate analytics, nouveau propriétaire du WOS, vient de racheter la plateforme Publons, start-up néozélandaise, qui encourage les scientifiques à enregistrer leur activité de peer-review en ligne pour les aider à valoriser ce travail et obtenir une reconnaissance pour cette activité. Plus de 150 000 chercheurs se sont déjà inscrits sur Publons et ont partagé des informations sur quelques 800 000 peer-reviews.

Cette acquisition pourrait permettre à Clarivate de développer d'autres services, par exemple des outils d'identification de reviewers.

http://www.nature.com/news/web-of-science-owner-buys-up-booming-peer-review-platform-1.22094

## Partage des données de peer-review

Nature, 14 juin 2017

Le projet COST PEERE (New Frontiers of Peer Review) qui rassemble des chercheurs et les éditeurs Springer Nature, Elsevier et Wiley teste un protocole de partage des données de peer-review entre les revues. Les chercheurs, éditeurs et maisons d'édition souhaitant participer à ce projet sont invités à contacter les responsables de PEERE.

https://www.nature.com/nature/journal/v546/n7658/full/546352a.html

# Processus de publication

## Accès à ORCID, compte personnel et compte institutionnel

Service Question/Réponse en IST, INRA. 6 mars 2017

Question: L'accès au profil ORCID peut se faire selon un compte personnel (Personal account) ou un compte institutionnel (Institutional account)... Quelle est la différence entre les 2 types d'accès et que faut-il privilégier ?

Réponse: S'identifier à ORCID avec un compte institutionnel est possible si l'Institution à laquelle on appartient, est membre des fédérations (SURFconext, eduGAIN interfederation service). L'utilisation du compte institutionnel facilite l'enregistrement dans ORCID. Si vous avez déjà un compte personnel, lors de la première utilisation de l'identification institutionnelle, il faut lier l'identifiant ORCID préalablement créé, à son compte institutionnel.

http://ist.blogs.inra.fr/questionreponses/2017/03/06/4847/

## Les preprints, nouveau mode de publication

The Scholarly Kitchen, 18 avril 2017

Les preprints jouent un rôle de plus en plus important dans le paysage de l'édition scientifique. De nouveaux développements liés aux DOIs, le changement des exigences des financeurs et le lancement de nouveaux services liés aux preprints en indiquent que ce mode de publication n'est plus limité aux sciences « dures » et aux sciences sociales. Le nombre de preprints en sciences du vivant est en très forte progression depuis 2014.

<figure><img src="image_15.png" /></figure>

https://scholarlykitchen.sspnet.org/2017/04/18/stars-aligning-preprints/

## Papr, le Tinder pour les preprints

Nature news, 16 juin 2017

Inspirée par l'application de rencontre Tinder, qui demande aux utilisateurs de faire glisser sur la droite
de l'écran du smartphone les contacts potentiels que l'on souhaite approuver, une application appelée Papr invite les scientifiques à « approuver » de la même façon les preprints qui leur sont suggérés. Et comme d'autres algorithmes de recommandation, Papr s'engage également à apprendre des choix des chercheurs afin de pouvoir suggérer des préprints susceptibles de les intéresser.

https://www.nature.com/news/swipe-right-for-science-papr-app-is-tinder-for-preprints-1.22163

## Les NIH encouragent la diffusion des preprints

Open access Inist-CNRS, 07 avril 2017

Les National Institutes of Health (NIH) encouragent les chercheurs à utiliser les interim research products, tels que les preprints, pour accélérer la diffusion et améliorer la rigueur des travaux de recherche qu'ils financent. Ils autorisent ainsi la citation des prépublications dans les demandes de subvention et les rapports...

https://grants.nih.gov/grants/guide/notice-files/NOT-OD-17-050.html

http://openaccess.inist.fr/?NIH-et-prepublications

# Données de la recherche

## Le manque de partage des données

Données de la recherche, 10 avril 2017

D'après le rapport Open Data: The Research Perspective, les chercheurs reconnaissent les avantages des données ouvertes, mais les pratiques de partage de données sont encore limitées. Parmi les raisons mentionnées, la formation insuffisante dans le partage des données, l'absence de reconnaissance ou de récompense pour le partage, les problèmes de gestion des données de recherche de confidentialité, de droit, et d'éthique. 34% des chercheurs interrogés ne partagent pas leurs données. Les incitations au partage de données par les financeurs (ou les éditeurs) ne suffisent pas pour augmenter leurs pratiques de partage de données.

http://www.donneesdelarecherche.fr/spip.php?article1017

## Le projet DoRANum version 2

INIST, 19 mai 2017

Le projet DoRANum (Données de la Recherche : Apprentissage NUMérique à la gestion et au partage) propose un dispositif de formation à distance, intégrant différentes ressources d'auto-formation sur la gestion et le partage des données de la recherche.

Les ressources pédagogiques multimédias conçues, réalisées et mises en ligne par l'Inist et l'Urfist de Nice avec des partenaires, portent sur le dépôt des données de recherche et le plan de gestion de données ou DMP. Plusieurs parcours et modalités d'apprentissage complémentaires sont ainsi proposés aux utilisateurs afin de répondre aux attentes et usages des publics visés : chercheurs, enseignants-chercheurs, doctorants et professionnels de l'information des établissements d'enseignement supérieur et de recherche.
Cinq thématiques sont d'ores et déjà accessibles :

* Dépôts – Entrepôts

* Plan de Gestion des Données (PGD) – DMP

* Data papers – Data journals

* Aspects juridiques et éthiques

* Identifiants pérennes

http://www.doranum.fr/

http://www.inist.fr/?DoRANum-version-2-Apprentissage

## Inventaires des services de gestion de données en France

LaLIST, 12 juin 2017

Le groupe de travail "Données de la recherche" de la Bibliothèque Scientifique Numérique (BSN10) lance un inventaire des services de gestion de données en France, à la demande du Ministère de l'Enseignement supérieur et de la recherche. Cet inventaire couvre tous les services gérés par des institutions et infrastructures françaises et dédiés aux équipes publiques de recherche de tous les domaines. 60 services, fournis par 45 structures, ont déjà été identifiés et analysés. Un article récemment publié décrit la méthodologie utilisée pour effectuer l'inventaire et analyse ces premiers résultats par type de service, portée et domaine de recherche. Il souligne également la nature hétérogène et émergente des services inventoriés.

http://lalist.inist.fr/?p=24872

Rebouillat V (2017). Inventory of Research Data Management Services in France. Proceedings of the 21st International Conference on Electronic Publishing, 174-181. http://dx.doi.org/10.3233/978-1-61499-769-6-174
# Communication scientifique

## Pourquoi apprendre à expliquer son travail de thèse en trois minutes

The conversation, 6 juin 2017

L'entretien d'embauche est un exercice qui concernera un grand nombre de doctorants. Une brève présentation de leur travail permet de révéler à l'employeur des capacités de synthèse, de mise à distance et d'esprit critique. Savoir expliquer à un public de non-initiés son travail de thèse facilite et ouvre le dialogue avec ses proches, sa famille, avec ses amis. Un doctorant sachant s'exprimer sera mieux écouté. Il éveillera naturellement une curiosité qui en retour lui donnera de la confiance, de l'estime de soi et de son travail, bref de la motivation. Il faut transmettre aux doctorants l'idée qu'un bon vulgarisateur est un bon chercheur. Par ailleurs, cette capacité à présenter son activité de recherche permet de mieux situer son travail lors d'une introduction à un article scientifique, une demande de financement, une présentation lors d'une conférence. C'est aussi un outil qui facilite l'échange interdisciplinaire entre collègues. Enfin, l'exercice de la diffusion des connaissances scientifiques, et plus précisément ici celui de leur travail de recherche, est une des missions statutaires de l'Université française.

https://theconversation.com/pourquoi-apprendre-a-expliquer-son-travail-de-these-en-trois-minutes-78770

## Outils

AnyStyle.io crée des références bibliographiques à partir de listes

L'observatoire des technologies, IST Inra, 13 mars 2017

Qui ne s'est pas demandé un jour comment importer ses listes bibliographiques depuis Word vers Zotero ou Endnote sans passer par de multiples copier/coller ?

Anystyle.io est un service web au code source libre, qui permet de créer des références bibliographiques pour Zotero et Endnote à partir de listes bibliographiques en mode texte (Word par exemple).

http://ist.blogs.inra.fr/technologies/2017/03/13/

## Unpaywall cherche la version gratuite des articles

Open access INIST, 26 avril 2017

Unpaywall est un nouvel outil mis à disposition des internautes qui leur permet de trouver la version en libre accès des articles scientifiques. Il s'agit d'une extension disponible pour les navigateurs Chrome et Firefox qui utilise l'API oaDOI. Celle-ci indexe 90 millions d'articles et repère les versions des articles en libre accès grâce notamment aux DOAJ, CrossRef et DataCite, à des archives ouvertes et à BASE. Il suffit de copier-coller le DOI d'un document et oaDOI recherche une éventuelle version en libre accès. Unpaywall et oaDOI sont développés par Impactstory, une organisation à but non lucratif, soutenu par la National Science Foundation et l'Alfred P. Sloan Foundation.

http://unpaywall.org/

## Humour

https://theupturnedmicroscope.com

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