# Les entrepôts de données de recherche

Sylvie Cocaud, Pascal Aventurier

► To cite this version:

Sylvie Cocaud, Pascal Aventurier. Les entrepôts de données de recherche. Participer à l'organisation du management des données de la recherche, gestion de contenu et documentation des données. Action Nationale de Formation organisée par les réseaux Renatis et Médici, Centre National de la Recherche Scientifique (CNRS). FRA., Jul 2017, Vandoeuvre-les-Nancy, France. pp.63 slides, 10.15454/1.4993537478868977E12 . hal-01595599

HAL Id: hal-01595599

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# Les entrepôts de données de recherche

Action Nationale de Formation RENATIS – MEDICI 2017 (3-6/07/2017) :
Participer à l'organisation du management des données de la recherche, gestion de contenu et documentation des données

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# Programme

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## Qu'est ce qu'un entrepôt ?

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## Quelques exemples

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

## Choisir un entrepôt

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

## Conclusion
# Qu'est ce qu'un entrepôt ?

Sylvie Cocaud

Les entrepôts de données de recherche
# Définition : Entrepôt de données de recherche

Service en ligne permettant la collecte, la description, la conservation, la recherche et la diffusion des jeux de données.

4TU.Centre for Research Data

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Portail des données marines

Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer

zenodo

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UNC Dataverse

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ARCHAEOLOGY
DATA SERVICE

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Data Access Portal

PDBe
Protein Data Bank in Europe

<figure><img src="image_16.png" /></figure>

ist@inra

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INRA
SCIENCE & IMPACT
<figure><img src="image_18.png" /></figure>
# Définition : données de la recherche (research data)

* « Les données de la recherche sont définies comme des enregistrements factuels (chiffres, textes, images et sons) utilisés comme sources principales pour la recherche scientifique et généralement reconnus par la communauté scientifique comme nécessaires à la validation des résultats de recherche » (OCDE, 2007)

* « Les données de la recherche sont l'ensemble des informations et matériaux produits et reçus par des équipes de recherche et des chercheurs. Elles sont collectées et documentées à des fins de recherche scientifique. À ce titre, elles constituent une partie des archives de la recherche » (Pomart, 2014)
# Définition : Données brutes - données élaborées
/raw data – processed data)

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> « Données brutes : recueillies sur un sujet à partir d'observations ou de mesures, et qui n'ont pas encore été traitées, validées ou triées. Sensées être neutres et objectives et ne dépendant pas de leur contexte de création, d'une analyse ou de leur producteur »
>(Thessen & Patterson, 2011)

<figure><img src="image_20.png" /></figure>

Données élaborées ou
dérivées : ayant subi des
opérations de nettoyage,
de sélection, de
traitement, d'analyse afin
de produire des résultats.

ist@inra

Relief avant après

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Géométrie éboulement

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3 m

Photos

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Traces sismiques

<figure><img src="image_24.png" /></figure>

(Amitrano, Lejeune, & Hobléa, 2017)

Simulation trajectographie

<figure><img src="image_25.png" /></figure>

Trajectoires

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Energie cinétique
# Définition : Métadonnée (metadata)

<figure><img src="image_27.png" /></figure>

Donnée qui renseigne sur la nature d'autres données et qui permet ainsi leur utilisation pertinente.

* Dans la perspective des entrepôts de données, les métadonnées sont un **élément primordial** et sont destinées à diverses catégories d'utilisateurs. Elles permettent notamment de connaître l'**origine et la nature des données** stockées dans l'entrepôt, de comprendre **comment elles sont structurées**, de savoir **comment y avoir accès** et **comment les interpréter**, de connaître les différents **modèles de données** en présence et les **règles de gestion** de ces données (Office québécois de la langue française, 2002).

* Certaines métadonnées sont générées dès la création des données, automatiquement ou manuellement. Fournir les métadonnées le plus rapidement possible après la création des données.

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ist @ inra
# Définition : Jeu de données (dataset)

* Agrégation, sous une forme lisible, de données brutes ou dérivées présentant une certaine "unité", rassemblées pour former un ensemble cohérent (Gaillard R., 2014).

* Certains entrepôts utilisent le terme « data package » plutôt que « dataset » pour désigner un ensemble constitué des fichiers de données et des métadonnées associées

* Le nombre de fichiers peut être très important dans un jeu de données

citable comme un objet unique
# Fonctionnalités des entrepôts : dépôt et conservation des données

## Téléchargement / import de fichiers :

* données + documents complémentaires

* Limites / taille des fichiers, Formats acceptés, données publiées...

* Via IU ou API

## Organisation des données en collections

<figure><img src="image_29.png" /></figure>

ist@inra

## Conservation (stockage sécurisé + archivage à long terme)

<table><tr><td>Intégrité</td><td><ul><li>sauvegarde</li><li>empreinte numérique</li></ul></td></tr></table>

<table><tr><td>Lisibilité</td><td><ul><li>veille sur l'évolution des technologies,</li><li>utilisation de formats durables (ou conversion), standards</li></ul></td></tr></table>

<table><tr><td>Intelligibilité</td><td><ul><li>métadonnées riches, standards</li><li>identification pérenne</li><li>contrôle des versions de jeux de données.</li></ul></td></tr></table>
# Fonctionnalités des entrepôts : identification pérenne des données

## Attribution d'un identifiant au moment du dépôt

* Au jeu dans son ensemble,

* +/- à chaque version du jeu de données

## Intégration possible d'identifiant préexistant chez certains entrepôts (ex : Zenodo)

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Données extraites de re3data le 19/05/2017
# Fonctionnalités des entrepôts : description des données

<figure><img src="image_31.png" /></figure>

## Métadonnées

* Schémas de métadonnées

* génériques

* spécifiques à un domaine

* Qualité des métadonnées

* vocabulaires contrôlés (import ou accès à des vocabulaires externes)

* Saisie import via IU vs API

<figure><img src="image_32.png" /></figure>

## Documentation complémentaire

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ist@inra

Données extraites de re3data le 19/05/2017

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INRA
SCIENCE & IMPACT

<figure><img src="image_36.png" /></figure>

<figure><img src="image_37.png" /></figure>
# Exemple de métadonnées

## Datacite v 4.0

* Identifier

* Creator

* Title

* Publisher

* Publication Year

* Resource Type

* Subject

* Contributor

* Date

* Language

* Alternate identifier

* Related identifier

* Size

* Format

* Version

* Rights

* Description

* GeoLocation

* Funding Reference

## CIF (cristallographie) : extrait, ex. de valeurs

<table><tr><td>a</td><td>10.4686 ± 0.0016 Å</td></tr><tr><td>b</td><td>11.9543 ± 0.0016 Å</td></tr><tr><td>c</td><td>5.9271 ± 0.0016 Å</td></tr><tr><td>α</td><td>102.365 ± 0.016°</td></tr><tr><td>β</td><td>92.12 ± 0.016°</td></tr><tr><td>γ</td><td>65.302 ± 0.015°</td></tr><tr><td>Cell volume</td><td>657.1 ± 0.2 Å³</td></tr><tr><td>Cell temperature</td><td>293 ± 2 K</td></tr><tr><td>Ambient diffraction temperature</td><td>293 ± 2 K</td></tr><tr><td>Number of distinct elements</td><td>4</td></tr><tr><td>Hermann-Mauguin symmetry space group</td><td>P-1</td></tr><tr><td>Hall symmetry space group</td><td>-P 1</td></tr><tr><td>Residual factor for all reflections</td><td>0.0727</td></tr><tr><td>Residual factor for observed reflections</td><td>0.0419</td></tr><tr><td>Weighted residual factors for the observed reflections</td><td>0.1149</td></tr><tr><td>Weighted residual factors for all reflections included in the refinement</td><td>0.1333</td></tr><tr><td>Goodness-of-fit parameter for observed reflections</td><td>1.05</td></tr><tr><td>Diffraction radiation wavelength</td><td>0.71069 Å</td></tr><tr><td>Diffraction radiation type</td><td>MoKα</td></tr><tr><td>Has coordinates</td><td>Yes</td></tr><tr><td>Has disorder</td><td>Yes</td></tr><tr><td>Has F<sub>obs</sub></td><td>No</td></tr></table>

<figure><img src="image_38.png" /></figure>
# Fonctionnalités des entrepôts : contrôle des droits d'accès aux données, conditions d'utilisation et licences

<figure><img src="image_39.png" /></figure>

## Droit d'accès aux données :

* téléchargement libre (open)

* embargo

* demande d'accès (restricted), guestbook

* pas de téléchargement possible (closed)

* Génération d'URL privé parfois proposé

<figure><img src="image_40.png" /></figure>

## Attribution d'une licence à chaque jeu de données

* Saisie libre vs liste fermée

* attention aux entrepôts qui imposent une licence unique

<figure><img src="image_41.png" /></figure>

ist @ inra
# Fonctionnalités des entrepôts : recherche, affichage, export des (méta)données

<figure><img src="image_42.png" /></figure>

## Recherche

* simple et/ou avancée : dans les métadonnées, parfois dans les données,

* Graphique (zone géographique, structure molécule...)

* Navigation et affinage par facettes

<figure><img src="image_43.png" /></figure>

## Affichage

* des métadonnées

* Liens avec d'autres datasets, avec des publications

* Génération de la citation

* des données (prévisualisation, selon format)

<figure><img src="image_44.png" /></figure>

## Exports

* métadonnées (≠ formats),

* téléchargement des données

<figure><img src="image_45.png" /></figure>

## Génération de template de data papers à partir des métadonnées

<figure><img src="image_46.png" /></figure>

ist @ inra
# Fonctionnalités des entrepôts : exploration et visualisation des données

<figure><img src="image_47.png" /></figure>

## Outils d'analyse ou de visualisation

- TwoRavens,

- WorldMap,

- Mercury

- ...

<figure><img src="image_48.png" /></figure>
# Fonctionnalités des entrepôts : découverte, visibilité des données

* Exposition des métadonnées via OAI-PMH ou dans un triple store RDF (Linked data)

* API pour la recherche et l'accès

* Liaison avec d'autres ressources :

* Ex : IsCitedBy, Cites, ... qui sont les valeurs possibles de la propriété relationType de la métadonnée relatedIdentifier

* Statistiques d'usage de ses données

* nombre d'affichages et de téléchargements, datasets les + téléchargés, altmetrics, ...

<figure><img src="image_49.png" /></figure>

See more details

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Tweeted by 56

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ist @ inra
# Recherche à partir des métadonnées DataCite

DataCite propose une interface et une **API de recherche** : exploration des métadonnées possibles quand un DOI est attribué à un jeu de données
Exemple : chercher les ressources génétiques identifiées par l'INRA

https://search.datacite.org/api?&q=prefix:10.15454 AND resourceType:« Genetic Resource »
&fl=doi,creator,title,publicationYear,rights,resourceTypeGeneral,resourceType
&wt=csv
&rows=100

Tester

Texte libre vs vocabulaire

doi,creator,title,publicationYear,rights,resourceTypeGeneral,resourceType
10.15454/1.4938068803288916E12,GnpIS,INRA:Pinus pinaster:M421T-118,2017,CC BY,PhysicalObject,Genetic Resource
10.15454/1.4938068803342473E12,GnpIS,INRA:Pinus pinaster:M421T-119,2017,CC BY,PhysicalObject,Genetic Resource
10.15454/1.4938068803413174E12,GnpIS,INRA:Pinus pinaster:M421T-12,2017,CC BY,PhysicalObject,Genetic Resource
10.15454/1.493806880349478E12,GnpIS,INRA:Pinus pinaster:M421T-120,2017,CC BY,PhysicalObject,Genetic Resource

ist @ inra
# Fonctionnalités des entrepôts : gestion des utilisateurs et des droits

<figure><img src="image_52.png" /></figure>

## Authentification

* Intégration de systèmes externe (fédération d'identifié, comptes ORCID, GitHub...)

<figure><img src="image_53.png" /></figure>

## Gestion des utilisateurs et des droits

* Gestion de rôles (administrateur de collection, curateur...)

* Attribution de droits d'accès à des utilisateurs, à des groupes d'utilisateurs (collection, communautés, ...)

* Workflow de publication des données
# Quelques exemples

Pascal Aventurier

Les entrepôts de données de recherche

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<figure><img src="image_56.png" /></figure>

News

Webinar Registration Open: Tools and Strategies for Archiving Data

**June 12, 2017** - Sponsored by the Association of Polar Early Career Scientists (APECS), the Arctic Data Center are presenting a 1 hr webinar in which we will give a brief overview of the the Arctic Data Center; the history, infrastructure, and partnerships that support long-term preservation of data and metadata. We will highlight the many features and services offered by the Arctic Data Center before stepping through some best practices for working with data and guidance on how to archive data to with the Arctic Data Center. The NSF Arctic Data Center plays a critical support role in archiving and curating the data and software generated by Arctic ...

Read more »

Call for Applications: Data Science Training for Arctic Research

**May 22, 2017** - We are currently soliciting applications for a 2-day Data Science Training workshop, to be July 31st – August 1st. This workshop will provide researchers with an overview of best data management

* Créé en en 2007, entrepôt de la NSF depuis 2016

* Métadonnées : EML Ecological Metadata Language

* Description des différentes variables

* Entrepôt « Nœud » de DataOne pour la réplication des données

* Dépôt possible par une interface web ou par programme R/Matlab

<figure><img src="image_57.png" /></figure>

inra
<figure><img src="image_58.png" /><figcaption>Recherche</figcaption></figure>
<figure><img src="image_59.png" /></figure>

Home / Search / Metadata

Donatella Zona. 2017. Greenhouse gas flux measurements at the zero curtain, North Slope, Alaska, 2012-2016. Arctic Data Center. doi:10.18739/A26R0M.

<figure><img src="image_60.png" /></figure>

Copy Citation

<figure><img src="image_61.png" /></figure>

Quality report

Files in this dataset

Package: resource_map_doi:10.18739/A26R0M

<table><thead><tr><th></th><th>Name</th><th>File type</th><th>Size</th><th>Downloads</th><th>Download All</th></tr></thead><tbody><tr><td></td><td>Metadata: science_metadata.xml</td><td>EML v2.1.1</td><td>165 KB</td><td>28 views</td><td>Download</td></tr><tr><td></td><td>ATQ_fluxes_simplified.csv</td><td>More info text/csv</td><td>5 MB</td><td>3 downloads</td><td>Download</td></tr><tr><td></td><td>ATQ_meteo.csv</td><td>More info text/csv</td><td>14 MB</td><td></td><td>Download</td></tr><tr><td></td><td>BEO_fluxes_simplified.csv</td><td>More info text/csv</td><td>3 MB</td><td>1 download</td><td>Download</td></tr></tbody></table>

► Show 7 more items in this data set

General

Identifier doi:10.18739/A26R0M

Abstract Climate change is affecting the Arctic at an unprecedented rate, potentially releasing substantial amounts of greenhouse gases (CO2 and CH4) from tundra ecosystems. Measuring greenhouse gas emissions in the such as PNAS, and Nature Climate Change, in addition to five more in review and in preparation, and supported the research of seven PhD students, two master students, and ten undergraduate students.

Keywords None

<table><thead><tr><th>Keyword</th><th>Type</th></tr></thead><tbody><tr><td>carbon fluxes, methane fluxes</td><td></td></tr></tbody></table>

Publication Date 2017-05-17

Un dataset

Fichiers de données

Métadonnées 1

<figure><img src="image_62.png" /></figure>

<figure><img src="image_63.png" /></figure>
Data Table

<table><tr><td>Entity Name</td><td>ATQ_fluxes_simplified.csv</td></tr><tr><td>Description</td><td>Chemical flux measurements at the ATQ site.</td></tr><tr><td>Object Name</td><td>ATQ_fluxes_simplified.csv</td></tr><tr><td>Online Distribution Info</td><td>https://cn.dataone.org/cn/v2/resolve/urn:uuid:1dfb71e9-5936-4545-a639-df81df61fd9d</td></tr><tr><td>Size</td><td>5764828 bytes</td></tr><tr><td>Authentication</td><td>04f8f2ee3f9b373b03a133b49d96ef97b4c89ba5 Calculated By SHA1</td></tr><tr><td>Externally Defined Format</td><td>Format Name text/csv</td></tr></table>

Attribute Information

<table><tr><td>Variables</td><td>Name</td><td>timestamp</td></tr><tr><td>timestamp</td><td>Label</td><td></td></tr><tr><td>date</td><td>Definition</td><td>Name of file</td></tr><tr><td>time</td><td>Storage Type</td><td></td></tr><tr><td>DOY</td><td>Measurement Type</td><td>nominal</td></tr><tr><td>daytime</td><td>Measurement Domain</td><td>Definition Name of file</td></tr><tr><td>H</td><td>Missing Value Code</td><td></td></tr><tr><td>qc_H</td><td>Accuracy Report</td><td></td></tr><tr><td>LE</td><td>Accuracy Assessment</td><td></td></tr><tr><td>qc_LE</td><td>Coverage</td><td></td></tr><tr><td>co2_flux</td><td>Method</td><td></td></tr><tr><td>qc_co2_flux</td><td></td><td></td></tr><tr><td>h2o_flux</td><td></td><td></td></tr><tr><td>qc_h2o_flux</td><td></td><td></td></tr><tr><td>ch4_flux</td><td></td><td></td></tr><tr><td>qc_ch4_flux</td><td></td><td></td></tr><tr><td>co2_molar...</td><td></td><td></td></tr><tr><td>co2_mole_f...</td><td></td><td></td></tr><tr><td>co2_mixing...</td><td></td><td></td></tr><tr><td>air_tempera...</td><td></td><td></td></tr><tr><td>air{j pressure</td><td></td><td></td></tr></table>

# Métadonnées 2

## Métadonnées très détaillées
Avec les attributs du jeu de données
* Création Septembre 2014, par TGIR Huma-num

* Contenu. Fichiers texte, sons, images, vidéo, discipline SHS.

* Ouvert en dépôts aux unités de recherche qui en font la demande

* Outil pour déposer, documenter et Diffuser les données de la recherche

* Fonctionnalités intéressantes

* pas d'interface de recherche dédiée

* Possibilité de connecter les métadonnées à d'autres entrepôts existants, et de les rendre moissonnables par des services spécialisés comme [ISIDORE](https://isidore.inra.fr/).

* Diffusion des données vidéos, images dans les carnets hypothèses*

* Exposition des données ou des métadonnées

* Sparql Endpoint pour interroger les métadonnées

* Création de collection

* Identifiant handle peut être adressé dans le web

* accompagnement aux chercheurs via les consortiums HumaNum

<footnote>*https://humanum.hypotheses.org/774</footnote>
# Dépôt dans Nakala

<figure><img src="image_64.png" /></figure>

COLLECTIONS

<table><thead><tr><th>ID</th><th>Titre</th><th>Créateur</th></tr></thead><tbody><tr><td>11280/65d4e3fd</td><td>[Diapositive]</td><td>Clarisse Sa</td></tr><tr><td>11280/2dee9e0b</td><td>[Test Joachim]</td><td>Joachim Do</td></tr><tr><td>11280/bf77aee5</td><td>[Fichiers TIFF]</td><td></td></tr><tr><td>11280/a2e1f9b5</td><td>[Cahier de AOUMEYESSI Michel-Ange]</td><td>Clarisse Sa</td></tr><tr><td>11280/8ae78a3e</td><td>[Jus de pomme]</td><td></td></tr><tr><td>11280/c168bb02</td><td>[Logo]</td><td></td></tr><tr><td>11280/5b97cdca</td><td>[Item à transcrire]</td><td></td></tr><tr><td>11280/1fae9b54</td><td>[Test donnees]</td><td></td></tr><tr><td>11280/46e134ac</td><td>[Test donnees]</td><td></td></tr><tr><td>11280/7260b37c</td><td>[Film-portrait de Jean-Didier Hoareau]</td><td></td></tr><tr><td>11280/b14739c1</td><td>[Film-portrait de Lansiné Diabaté]</td><td></td></tr><tr><td>11280/35390b83</td><td>[Concurrences, conf. rouenni]</td><td></td></tr><tr><td>11280/a9f54894</td><td>[Schéma simplifié de Saint-Barthélemy dar</td><td></td></tr><tr><td>11280/114714e0</td><td>[test p]</td><td></td></tr><tr><td>11280/1f4a1123</td><td></td><td></td></tr><tr><td>11280/3f676497</td><td>[Test numer]</td><td></td></tr><tr><td>11280/6c6d528b</td><td>[Test]</td><td></td></tr><tr><td>11280/c571bc9d</td><td>[Une image seule]</td><td></td></tr><tr><td>11280/56526f48</td><td>[Notice]</td><td></td></tr></tbody></table>

<table><thead><tr><th>ID</th><th>Titre</th><th>Créateur</th></tr></thead><tbody><tr><td>11280/65d4e3fd</td><td>[Diapositive]</td><td>Clarisse Sa</td></tr><tr><td>11280/2dee9e0b</td><td>[Test Joachim]</td><td>Joachim Do</td></tr><tr><td>11280/bf77aee5</td><td>[Fichiers TIFF]</td><td></td></tr><tr><td>11280/a2e1f9b5</td><td>[Cahier de AOUMEYESSI Michel-Ange]</td><td>Clarisse Sa</td></tr><tr><td>11280/8ae78a3e</td><td>[Jus de pomme]</td><td></td></tr><tr><td>11280/c168bb02</td><td>[Logo]</td><td></td></tr><tr><td>11280/5b97cdca</td><td>[Item à transcrire]</td><td></td></tr><tr><td>11280/1fae9b54</td><td>[Test donnees]</td><td></td></tr><tr><td>11280/46e134ac</td><td>[Test donnees]</td><td></td></tr><tr><td>11280/7260b37c</td><td>[Film-portrait de Jean-Didier Hoareau]</td><td></td></tr><tr><td>11280/b14739c1</td><td>[Film-portrait de Lansiné Diabaté]</td><td></td></tr><tr><td>11280/35390b83</td><td>[Concurrences, conf. rouenni]</td><td></td></tr><tr><td>11280/a9f54894</td><td>[Schéma simplifié de Saint-Barthélemy dar</td><td></td></tr><tr><td>11280/114714e0</td><td>[test p]</td><td></td></tr><tr><td>11280/1f4a1123</td><td></td><td></td></tr><tr><td>11280/3f676497</td><td>[Test numer]</td><td></td></tr><tr><td>11280/6c6d528b</td><td>[Test]</td><td></td></tr><tr><td>11280/c571bc9d</td><td>[Une image seule]</td><td></td></tr><tr><td>11280/56526f48</td><td>[Notice]</td><td></td></tr></tbody></table>

<figure><img src="image_65.png" /></figure>

ist @

<figure><img src="image_66.png" /></figure>

INRA
SCIENCE & IMPACT

Opération terminée avec succès !

Son ID Handle : 11280/e659fd25

Téléchargez le paquet de réponse:

https://www.nakala.fr/nakala/xml/11280/e6

Le paquet de réponse a été envoyé à : pascal.venturier@inra.fr

Créer nouveau

<figure><img src="image_67.png" /></figure>

<figure><img src="image_68.png" /></figure>

Ajout de métadonnées
* Création

* Projet EU-H2020 créé en 2011, 2ème phase EUDAT2020 jusqu'en 2018

* Contenu

Plus de 500 jeux de données, moissonne pus de 450 000 métadonnées.

* Fonctionnalités intéressantes

* Des outils de dépôt dédiés

* Moissonne les données d'autres entrepôts de données
<figure><img src="image_69.png" /></figure>

EUDAT

# Dépôt et recherche dans la suite B2

## Dépôt de données

<figure><img src="image_70.png" /></figure>

B2DROP
Sync and Exchange Research Data

20 Gb système de gestion de
fichier

Permet de définir avec qui
échanger les données et de gérer
les permissions

<figure><img src="image_71.png" /></figure>

B2SHARE
Store and Share Research Data

jeux de données
volumineux

## Archiver les données

<figure><img src="image_72.png" /></figure>

B2SAFE
Replicate Research Data Safely

## Chercher les données

<figure><img src="image_73.png" /></figure>

B2FIND
Find Research Data

<figure><img src="image_74.png" /></figure>

Network of trust among authentication
and authorization actors

<figure><img src="image_75.png" /></figure>

<figure><img src="image_76.png" /></figure>

Identity

Integrity

Authenticity

Locations

<figure><img src="image_77.png" /></figure>

<figure><img src="image_78.png" /></figure>

<figure><img src="image_79.png" /></figure>

B2DROP
Sync and exchange

<figure><img src="image_80.png" /></figure>

B2SHARE
Store and share

B2SAFE
Data curation and
access optimization

<figure><img src="image_81.png" /></figure>

B2STAGE
Dynamic replication to
HPC workspace
for processing

<figure><img src="image_82.png" /></figure>

External
community
data
repository

<figure><img src="image_83.png" /></figure>

<figure><img src="image_84.png" /></figure>

<figure><img src="image_85.png" /></figure>

<figure><img src="image_86.png" /></figure>

B2FIND

Aggregated EUDAT metadata domain
Data inventory

<figure><img src="image_87.png" /></figure>

<figure><img src="image_88.png" /></figure>

Data

<figure><img src="image_89.png" /></figure>

Metadata

<figure><img src="image_90.png" /></figure>

External community
metadata store

ist@inra

https://www.digitalinfrastructures.eu/sites/default/files/EUDAT_B2FIND_DIR2016_final_0.pptx

<figure><img src="image_91.png" /></figure>

INRA
SCIENCE & IMPACT

CC

<figure><img src="image_92.png" /></figure>

BY
# B2FIND MD Catalogue

## Ingestion status

Humanities

Social Sciences

Natural Sciences

Cross Discipline

<figure><img src="image_93.png" /></figure>

* 17 communities

* > 450000 MD records

<figure><img src="image_94.png" /></figure>
# B2FIND Discovery Portal

## recherche par facette et accès aux données

Texte libre

Facettes pour :

* Geo spatial

* Couverture temporelle

* Année de publication

* Facettes "texte"

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862 datasets found

Order by: Relevance

Universitat de València, Colecciones de Criptógamas: VAL_Lich

4259 datos, 28 % de los datos totales de la colección de líquenes y hongos líquenícolas, entre los cuales se incluyen 6 holotipos, 2 isotipos y 1 epítipo. La mayoría proceden de...

Collection of Coleoptera

Five well documented collections: R. Scholz's, W. Kolbe's and G. Polentz's total colls of beetles from Sillesia (over 400 000 specimens), J. Pluciński's coll. of world...

Fungal Specimens collected by HabitatVision (Jacob Heilmann-Clausen)

Data provided by HabitatVision (http://www.habitatvision.dk/). Consultants in biological and environmental issues. Specimens of fungi collected by Jacob Heilmann-Clausen. The...

Collection Brachiopoda fossil SMF

fossil Brachiopoda of the world

Collection of Hymenoptera

Hymenopteran collections are of J. L. C. Gravenhorst (Iohneumonidae, including types of ca. 1 000 species), J. Noskiewicz (30 000 specimens including numerous types of Apidae)...

inatura - Erlebnis Naturschau Dornbirn

Aranzadi Zientzi Elkartea

Aranzadi Zientzi Elkartea. Donostia-San Sebastián. ARAN Herbarioa GBIF-Spain

European Moth Nights

The main goal of the European Moth Night (EMN) events is to establish contacts between moth collectors in Europe, to create a geographically wide-ranging snapshot of moths...

Jardín Botánico Atlántico, Gijón: JBAG

NOTE field includes references to derived material stored in the Banco de Germoplasma Vegetal del Principado de Asturias (BGVPA). Accesion numbers are noted using the form:...

ZFMK Coleoptera collection
<figure><img src="image_97.png" /></figure>

/ Datasets / Collection of Hymenoptera

Extention
spatiale

<figure><img src="image_98.png" /></figure>

<figure><img src="image_99.png" /></figure>

métadonnées

<figure><img src="image_100.png" /></figure>

Lien vers les sources

<figure><img src="image_101.png" /></figure>
* Création

Depuis 2006, reprise d'un projet plus ancien. Harvard, Alfred P. Sloan Foundation, National Science Foundation, National Institutes of Health, ...

* Contenu

+ de 74 000 datasets de 2171 Dataverse pour 24 installations

* Fonctionnalités intéressantes

* Outil open source - chaque installation est indépendante. Le Dataverse « Harvard » regroupe tous (ou énormément) de Dataverses de chaque installation

* Lien entre le journal et le jeux de données

* Modèle de données

* S'appuie sur DDI (Data Document Initiative)

* Personnalisable pour chaque Dataverse
24 Installations

2,172 Dataverses

48,944 Datasets

2,542,191 Downloads

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# Dataverse : Outils intégrés

CURRENT INTEGRATIONS

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**Two Ravens**
Pls: James Honaker (Harvard University), Vito D'Orazio (University of Texas at Dallas)

TwoRavens is a system of interlocking statistical tools for data exploration, analysis, and
meta-analysis. [Read More](#)

<figure><img src="image_104.png" /></figure>

**World Map**
Collaborators: [Boston Area Research Initiative (BARI)], [The Center for Geographic Analysis (CGA)](#)

WorldMap with Dataverse provides support for geospatial visualization. [Read More](#)

<figure><img src="image_105.png" /></figure>

**Open Science Framework**
The Center for Open Science's Open Science Framework (OSF) is an open source software project that facilitates open collaboration in science research across the lifespan of a scientific project. [Read More](#)

<figure><img src="image_106.png" /></figure>

**Open Journal Systems**
Open Journal Systems (OJS) is a journal management and publishing system that has been developed by the Public Knowledge Project through its federally funded efforts to expand and improve access to research. [Read More](#)

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**Dataverse package for R on rOpenSci Project**
Developed by [Thomas Leeper](https://www.giscan.com/leeper) (Department of Government, LSE)

The Dataverse package for R, part of the rOpenSci Project, integrates public data sharing into the reproducible research workflow. [Read More](#)

FUTURE INTEGRATIONS

ALE DE FORMATI

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EZID

EZID (easy-eye-dee) makes it easy to create and manage long-term, globally unique identifiers for your data and sources, ensuring their future discoverability. [Read More](#)

<figure><img src="image_109.png" /></figure>

DataCite

DataCite is a leading global non-profit organisation that provides persistent identifiers (DOIs) for research data. [Read More](#)

<figure><img src="image_110.png" /></figure>

SHARE

SHARE is building a free, open, data set about research and scholarly activities across their life cycle. [Read More](#)

<figure><img src="image_111.png" /></figure>

Piwik

Piwik is a free and open source web analytics application that tracks online visits to one or more websites and displays reports on these visits for analysis. [Read More](#)

<figure><img src="image_112.png" /></figure>

RSpace

RSpace is an affordable and secure enterprise grade electronic lab notebook (ELN) for researchers to capture and organize data. [Read More](#)

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Intégrations futures

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DataTags

DataTags

PIs: Latanya Sweeney, Mercè Crosas, Michael Bar-Sinaj, David O'Brien, Alexandra Wood and Urs Gasser (Berkman Center), Steve Chong (SEAS), and Micah Altman (MIT).

DataTags will provide dataset owners with simple data handling prescriptions that comply with the numerous regulations that apply to datasets, as well as with data use agreements that may apply to them. Read More...

<figure><img src="image_117.png" /></figure>

Archivematica

Archivematica is a free and open-source digital preservation system that is designed to maintain long-term access to digital memory. Read More...

<figure><img src="image_118.png" /></figure>

ORCID

ORCID

ORCID provides a persistent digital identifier that distinguishes you from every other researcher ensuring that your work is recognized. Read More...

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Altmetric

Altmetric

Thousands of conversations about scholarly content happen online every day. Altmetric tracks a range of sources to capture and collate this activity, helping you to monitor and report on the attention surrounding the work you care about. Read More...

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STARFISH

Starfish

A digital library enabling end-to-end life cycle management, Starfish provides control of unstructured files with complete visibility from creation to publication. Read More...

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DMPTool

DMPTool

The DMPTool is a free service that helps researchers and institutions to create high-quality data management plans that meet funder requirements. Read More...

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Dataverse

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Harvard Dataverse

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Dataverses (2,171)

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Datasets (74,005)

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Files (344,611)

## Dataverse Category

Research Project (641)

Researcher (613)

Organization or Institution (175)

Journal (119)

Research Group (43)

## Metadata Source

Harvested (51,644)

Harvard Dataverse (24,532)

## Publication Date

2015 (15,576)

2011 (9,627)

2012 (8,152)

2016 (4,876)

2009 (4,020)

## Subject

Social Sciences (32,299)

Medicine, Health and Life Sciences (1,511)

Earth and Environmental Sciences (768)

Arts and Humanities (605)

Other (582)

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## 1 to 10 of 76,176 Results

Data from the Arizona FACE Experiments on Wheat at Ample and Limiting Levels of Water and Nitrogen

Jun 21, 2017 - ODjAR Dataverse

<figure><img src="image_138.png" /></figure>

<figure><img src="image_139.png" /></figure>

Bruce A. Kimball; Paul J. Pinter Jr.; Robert L. LaMorte; Steven W. Leavitt; Douglas J. Hunsaker; Gerard W. Wall; Frank Wechsung; Arnold J. Bloom; Jeffrey W. White, 2016, "Data from the Arizona FACE Experiments on Wheat at Ample and Limiting Levels of Water and Nitrogen", doi:10.7910/DVN/YRTQ3Z, Harvard Dataverse, V5

Four free-air CO2 enrichment (FACE) experiments were conducted on wheat (Triticum aestivum L. cv. Yecora Rojo) at Maricopa, Arizona, U.S.A. from December, 1992 through May, 1997. The first two were conducted at ample and limited (50% of ample) supplies of water, and second two at...

Replication Data for: Aiming at the Wrong Targets: The Domestic Consequences of International Efforts to Build Institutions

Jun 20, 2017 - Mark Buntaine Dataverse

<figure><img src="image_140.png" /></figure>

<figure><img src="image_141.png" /></figure>

Buntaine, Mark, 2017, "Replication Data for: Aiming at the Wrong Targets: The Domestic Consequences of International Efforts to Build Institutions", doi:10.7910/DVN/6GPLRU, Harvard Dataverse, V1, UNF:6:CMDcdX5izxS8U6VGHWTGNg==

Dataset, code, metadata, and supporting information needed to replicate all analyses, tables, and figures in the associated publication.

CCES 2014 University of Colorado-Boulder Dataverse

Jun 20, 2017

<figure><img src="image_142.png" /></figure>

<figure><img src="image_143.png" /></figure>

CCES 2014 Harvard University (HUA) Dataverse

Jun 20, 2017

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<figure><img src="image_145.png" /></figure>

CCES 2014 Duke University (DKU) Dataverse

Jun 20, 2017

<figure><img src="image_146.png" /></figure>

<figure><img src="image_147.png" /></figure>

Un jeu de données

Un dataverse
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<figure><img src="image_150.png" /></figure>

Data from the Arizona FACE Experiments on Wheat at Ample

Version 5.0

Bruce A. Kimball; Paul J. Pinter Jr.; Robert L. LaMorte; Steven W. Leavitt; Douglas J. Hunsaker; Geert Wechsung; Arnold J. Bloom; Jeffrey W. White, 2016, "Data from the Arizona FACE Experiments on Limiting Levels of Water and Nitrogen", doi:10.7910/DVN/YRTQ3Z, Harvard Dataverse, V5

Description

Four free-air CO2 enrichment (FACE) experiments in Arizona, U.S.A. from December, 1992 through May, supplies of water, and second two at ample (350 kg than 50 scientists participated, and they collected a elevated CO2 and its interactions with the water and including management, soils, weather, physiology, plant balance, soil moisture, nitrogen assimilation, and other

Subject

Earth and Environmental Sciences

Keyword

Weather, canopy temperature, soil heat flux, ozone, balance, Reflectance and NDVI, Root biomass

Files

Metadata

Terms

Versions

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<figure><img src="image_151.png" /></figure>

Find

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25 Files

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15826_Creators_Datafiles.docx

MS Word (docx) - 14.7 KB - Jun 13, 2017 - 1 Download

MD5: 5b5544be1f9fb2f0976782c70d8290b

Les données

<figure><img src="image_156.png" /></figure>

Download

<figure><img src="image_157.png" /></figure>

15826_dataset_description.url

Unknown - 150 bytes - Jun 21, 2017 - 0 Downloads

MD5: 2937348eb4dd9e4080ef1280dd55d3be

Link to the description of the data set in the Open Data Journal for Agricultural Research:
http://library.wur.nl/ojs/index.php/ODJAR/article/view/15826

<figure><img src="image_158.png" /></figure>

Download

<figure><img src="image_159.png" /></figure>

Biomass Yield Area Phenology Management Weather Soil Moisture.ods

application/vnd.oasis.opendocument.spreadsheet - 781.4 KB - Jun 12, 2017 - 0 Downloads

MD5: 5ca916cc0e6177e79b0144229cd8daff

Main spreadsheet with biomass growth, leaf area, growth stage, yield, daily weather, management, soil moisture, and other data generally used for plant growth model validation.

<figure><img src="image_160.png" /></figure>

Download

<figure><img src="image_161.png" /></figure>

Canopy Leaf Soil Temperatures from Hand-held Infrared Thermometers
1993.ods

application/vnd.oasis.opendocument.spreadsheet - 85.0 KB - Jun 12, 2017 - 0 Downloads

MD5: f73b5d7b9ff552cb51c4520c658a3556

Canopy, soil surface, and leaf temperatures determined near mid-day on many days per season at various view angles with portable hand-held infrared thermometers for 1992-3.

<figure><img src="image_162.png" /></figure>

Download

<figure><img src="image_163.png" /></figure>

Canopy Leaf Soil Temperatures from Hand-held Infrared Thermometers
1994.ods

application/vnd.oasis.opendocument.spreadsheet - 50.10 KB - Jun 12, 2017 - 0 Downloads

MD5: 8eed3d8136c9c913c69447e864465470

Canopy, soil surface, and leaf temperatures determined near mid-day on many days per season at various view angles with portable hand-held infrared thermometers for 1993-4.

<figure><img src="image_164.png" /></figure>

Download

<figure><img src="image_165.png" /></figure>

Canopy Leaf Soil Temperatures from Hand-held Infrared Thermometers
1996.ods

application/vnd.oasis.opendocument.spreadsheet - 51.9 KB - Jun 12, 2017 - 0 Downloads

MD5: 69a1326ee34a25e97817d178559558be

Canopy, soil surface, and leaf temperatures determined near mid-day on many days per season at various view angles with portable hand-held infrared thermometers for 1995-6.

<figure><img src="image_166.png" /></figure>

Download

<figure><img src="image_167.png" /></figure>

Canopy Leaf Soil Temperatures from Hand-held Infrared Thermometers
1997.ods

application/vnd.oasis.opendocument.spreadsheet - 46.7 KB - Jun 12, 2017 - 0 Downloads

MD5: 7d11f27675345c272a4035d214fd9260

Canopy, soil surface, and leaf temperatures determined near mid-day on many days per season at various view angles with portable hand-held infrared thermometers for 1996-7.

<figure><img src="image_168.png" /></figure>

Download

<figure><img src="image_169.png" /></figure>

TA-AF: Interaction Absorbed Photosynthetically Active Radiation.ods

application/vnd.oasis.opendocument.spreadsheet - 168.4 KB - Jun 12, 2017 - 0 Downloads

MD5: 82ff17fdc1a37e9f4c485c9ce6338dc

Fraction of absorbed photosynthetically active radiation

<figure><img src="image_170.png" /></figure>

Download
* Création : mai 2013, Créé par le projet Openaire (UE) et le CERN

* Contenu
tous types de documents, volumétrie

* Fonctionnalités intéressantes

* Lien direct (signalement et création du rapport) avec le projet Openaire pour le partage des données « Horizon 2020 ». Identification du n° du projet

* Possibilité de créer des communautés et de définir des droits dans ses communautés.

* Gestion des accès par dépôt : ouverte, restreinte à une communauté, déposant

* Embargo possible

* Créer un DOI pour chaque version du jeu de données

* API qui permettent d'utiliser Zenodo comme outil de stockage des données

* Intégration avec Github

* Altmetrics

* Lien avec Datacite
Recent uploads

June 15, 2017 (v1)

Dataset

Open Access

View

US Water Network Observed and Inferred Flows

Rising, James

This dataset provides a synthesized national record of river gauges. It includes inferred flows which are based on the structure of the river network and empirical flow relationships. In total, the network contains 22619 gauges (or virtual junction gauges) and over 1 million years of monthly...

Uploaded on June 15, 2017

June 15, 2017 (v7)

Software

Open Access

View

PCMDI/pcmdimetrics: PMP 1.1.2

Charles Doutriaux; Paul J. Durack; gleckler1; Zeshawn Shaheen; Jeffrey Painter; Jiwoo Lee; jservonnat; John Krasting

You can install this release via conda either from the environment file conda env create -f pmp-1.1.2.yml or regular conda
conda create -n pmp-1.1.2 -c conda-forge -c uvcdat -c pmcdi

Uploaded on June 15, 2017

6 more version(s) exist for this record

June 15, 2017 (v2)

Software

Open Access

View

stan-dev/math v2.16.0

Daniel Lee; Bob Carpenter; Peter Li; Michael Betancourt; maverickg; Rob Trangucci; Marcus Brubaker; Marco Inacio; Alp Kucukelbir; Mitzi Morris; Krzysztof Sakrejda; seantalts; Charles Margossian; Jeffrey Arnold; bgoodri; wds15; Matt Hoffman; thelseraphim; Avraham Adler; Dustin Tran; Alexey Stukalov; Rob J Goedman; Kevin S. Van Horn; Ben Bales; Juan Sebastián Casallas; Mike Lawrence; Brian Bloniarz; Seth Flaxman; Michael Shvartsman; Amos Waterland

v.2.16.0 (15 June 2017) New Features New append_array function Add categorical_logit_rng function Bug Fixes Align gamma_* function parameter names with documentation Other Update to Eigen 3.3.3 Support g++ 4.9 Fix overload logic in mdivide_left_tri_low so that it calls the var version of...

Uploaded on June 15, 2017

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Zenodo in a nutshell

* **Research. Shared.** — all research outputs from across all fields of research are welcome! Sciences and Humanities, really!

* **Citeable. Discoverable.** — uploads gets a Digital Object Identifier (DOI) to make them easily and uniquely citeable.

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* **Funding** — identify grants, integrated in reporting lines for research funded by the European Commission via OpenAIRE.

* **Flexible licensing** — because not everything is under Creative Commons.

* **Safe** — your research output is stored safely for the future in the same cloud infrastructure as OERN's own LHC research data.
# US Water Network Observed and Inferred Flows

Rising, James

This dataset provides a synthesized national record of river gauges. It includes inferred flows which are based on the structure of the river network and empirical flow relationships. In total, the network contains 22619 gauges (or virtual junction gauges) and over 1 million years of monthly data.

The dataset is provided as a saved data file for R, flowdata.RData, containing two variables: nodes and allflow.

`nodes` describes each gauges or virtual junction gauge in the water flow network, representing a combination of gauges from multiple sources. The source is specified by the `collection` column, as follows:

* `rivdis`: From the RivDIS dataset, at http://iridl.Ideo.columbia.edu/SOURCES/.UNH/.CSRC/.RivDIS/index.html?Set-Language=en

* `usgs`: GAGES II river gauge

* `reservoir`: National Inventory of Dams reservoir

* `usgsres`: USGS gauged reservoir

* `canal`: Canal cross county boundaries

* `junction`: Junction node added to capture the structure of rivers from HydroSHEDS

The `colid` specifies the ID of the gauge within its collection, and combined `collection` and `colid` are unique. The location of the gauge is specified by the latitude `lat` and longitude `lon`. The elevation is provided in meters in column `elev`.

The flow data is contained in the `allflow` matrix. This matrix has a column for each node (as many columns as there are rows in `nodes`), and a row for each month starting from Jan. 1915. All the flows are in units of m³ / s.

Files (68.7 MB)

<figure><img src="image_173.png" /></figure>

Name

Size

flowdata.RData
md5:00111afd2fa7c3e704d184cbb18d3782

68.7 MB

<figure><img src="image_174.png" /></figure>

Download

Indexed in

OpenAIRE

Publication date:

June 15, 2017

DOI:

DOI 10.5281/zenodo.809469

Keyword(s):

streamflow, gap-filling, gauges

Communities:

Zenodo

License (for files):

<figure><img src="image_175.png" /></figure>

Creative Commons Attribution 4.0

Versions

Version 1 10.5281/zenodo.809469

Jun 15, 2017

Cite all versions? You can cite all versions by using the DOI 10.5281/zenodo.809468. This DOI represents all versions, and will always resolve to the latest one. Read more.

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Cite as

Rising, James. (2017). US Water Network Observed and Inferred Flows [Data set]. Zenodo. http://doi.org/10.5281/zenodo.809469
# Dépôt dans Zenodo

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## New upload

Instructions: (i) Upload minimum one file or fill-in required fields (marked with a red star). (ii) Press "Save" to save your upload for editing later. (iii) When ready, press "Publish" to finalize and make your upload public.

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## Type de Données

## Métadonnées 1
<figure><img src="image_179.png" /></figure>

Description *

<figure><img src="image_180.png" /></figure>

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<figure><img src="image_192.png" /></figure>

<figure><img src="image_193.png" /></figure>

<figure><img src="image_194.png" /></figure>

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Source

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ceci est une description

Required.

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Keywords

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Additional notes

Optional.

License

required

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Access right *

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Open Access

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Embargoed Access

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Restricted Access

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Closed Access

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Conditions

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Source

<figure><img src="image_227.png" /></figure>

WORKING GROUP

Métadonnées
Licences
<figure><img src="image_228.png" /><figcaption>## Métadonnées Recommandées/optionnelles</figcaption></figure>

<figure><img src="image_229.png" /></figure>

Jeu de données final

2017

<figure><img src="image_230.png" /></figure>

INRA
SCIENCE & IMPACT

Pascal Aventurier – (DIST Inra). ACTI-
# Choisir un entrepôt

Sylvie Cocaud

Les entrepôts de données de recherche

<figure><img src="image_231.png" /></figure>
# Choisir un entrepôt : prendre en compte les recommandations...

<figure><img src="image_232.png" /></figure>

## de la discipline dont relève la recherche

* [Genbank](https://www.genbank.org), [UniProtKB](https://wwwUniProt.org), [Protein Data Bank in Europe (PDB)](https://www.pdb.org), ...etc

<figure><img src="image_233.png" /></figure>

## des tutelles

* Inra : code sources : forge logicielle [SourceSup](https://sourceup.inra.fr); données n'ayant pas vocation à aller dans un entrepôt disciplinaire : communauté Inra Zenodo puis futur portail datainra.fr

<figure><img src="image_234.png" /></figure>

## des financeurs

* Wellcome Trust Data repositories ([13 entrepôts recommandés](https://www.wellcome trust.org/data-repositories/))

* H2020 : **entrepôt garantissant la gratuité de l'accès**, de l'extraction, de l'exploitation, de la reproduction et de la dissémination.

<figure><img src="image_235.png" /></figure>

## des revues pour les données qui seront publiées

* Recommandent de + en + le dépôt dans un entrepôt disciplinaire (ou à défaut généraliste), voire intègrent un entrepôt dans le processus de publication (Nature + Figshare, Open Journal System + Dataverse...)

* Nature : [+90 entrepôts recommandés](https://www.nature.com/naturedata)

* CellPress : [liste par type de données](https://www.cellpress.org)

<figure><img src="image_236.png" /></figure>

ist @ inra

<figure><img src="image_237.png" /></figure>

INRA
SCIENCE & IMPACT

<figure><img src="image_238.png" /></figure>
# Choix d'un entrepôt :
les critères qui entrent en
jeu dans la publication
des données de recherche

## Licences

- Terms of use pour le dépôt

- Choix des licences

- Embargo, accès contrôlé

## Formats acceptés

- Formats des fichiers

- Organisation du contenu

- Prévisualisation selon formats

- Limites de volumétrie

## Documentation des données

- Minimum de métadonnées standards (DC, Datacite), méta de provenance

- Métadonnées de domaine riches

- Description et métadonnées au niveau du jeu + au niveau file

## Coûts de la publication et de l'accès

- Garantir accès libre

## Validation des données

- Avant publication (checksum, contrôle méta obligatoires)

- Worflow de curation

- Après publication (stats d'usage, popularité)

## Disponibilité présente et future des données

- Archivage pérenne

- Certification de l'entrepôt

- Ressources, financement pérennes

## Découverte et accès

- Recherche (keywords, navigation, facettes, localisation, proximité...)

- Recommandations

- OAI-PMH

- API

- Linked data

- Visibilité de l'entrepôt, Intégration dispositifs [inter]nationaux

- Optimisation pour les moteurs de recherche

## Citation

- Identification unique pérenne (données, chercheurs)

- Affichage, export dans ≠ formats, intégration dans site Web

- Partage sur les réseaux sociaux

- Citation au niveau version

- Lien avec publi, avec datasets

- Génération datapaper, Intégration dans processus de publication
**F1** Les données et les métadonnées sont identifiées par un identifiant global unique et pérenne

FINDABLE

<figure><img src="image_239.png" /></figure>

ACCESSIBLE

<figure><img src="image_240.png" /></figure>

**A4** Les métadonnées sont accessibles même quand les données ne le sont plus

**I2** Les données et les métadonnées utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR

INTEROPERABLE

<figure><img src="image_241.png" /></figure>

RE-USABLE

<figure><img src="image_242.png" /></figure>

**R3** Les données et les métadonnées sont associées à leur provenance.

**R4** Les données et les métadonnées correspondent aux standards des communautés indiquées.

(Dunning, de Smaele, & Böhmer, 2017) 37 entrepôts
# Les principes FAIR

<figure><img src="image_243.png" /></figure>

## Faciles à trouver

* F1 Les données et les métadonnées sont identifiées par un identifiant global unique et pérenne.

* F2 Les métadonnées décrivant les données sont riches.

* F3 Les données et les métadonnées sont enregistrées et indexées dans un dispositif permettant de les rechercher.

* F4 Les métadonnées spécifient l'identifiant de la donnée. F1 (meta)data are assigned a globally unique and eternally persistent identifier

<figure><img src="image_244.png" /></figure>

## Accessibles

* A1 Les données et les métadonnées sont accessibles par leur identifiant via un protocole de communication standardisé.

* A1.1 Le protocole utilisé est ouvert, libre et peut être implémenté de manière universelle.

* A1.2 Le protocole utilisé permet l'authentification et l'autorisation si besoin.

* A2 Les métadonnées sont accessibles même quand les données ne le sont plus

<figure><img src="image_245.png" /></figure>

## Interopérables

* I1 Les données et les métadonnées utilisent un langage formel, accessible, partagé et largement applicable pour la représentation des connaissances.

* I2 Les données et les métadonnées utilisent des vocabulaires qui respectent les principes FAIR.

* I3 Les données et les métadonnées incluent des liens vers d'autres (méta)données

<figure><img src="image_246.png" /></figure>

## Ré-utilisables

* R1 Les données et les métadonnées ont des attributs multiples et pertinents.

* R1.1 Les données et les métadonnées sont mises à disposition selon une licence explicite et accessible.

* R1.2 Les données et les métadonnées sont associées à leur provenance.

* R1.3 Les données et les métadonnées correspondent aux standards des communautés indiquées.

<figure><img src="image_247.png" /></figure>
# Choisir un entrepôt : les répertoires d'entrepôts

* re3data.org (1859 entrepôts répertoriés) tous domaines

* bioSharing (917 bases de données répertoriées) domaines des sciences de la vie, de l'environnement, de la biomédecine

* OpenDOAR (178 entrepôts de données sur 3344 répertoriés)

* OpenAIRE Locate data provider
## Number of data repositories

This visualisation shows the number of data repositories recorded in re3data.org. Repositories can cover multiple subjects, and be run from multiple countries.

Focus on one or more countries or subjects by selecting them on the barcharts. The CTRL key can be used to select multiple bars.

To reset, use the reset button in the bar below.

<figure><img src="image_248.png" /></figure>

<figure><img src="image_249.png" /></figure>

<figure><img src="image_250.png" /></figure>

# Choix d'un entrepôt : le répertoire re3data

It is part of DataCite
Updates are provided by re3data.org and through community contributions (...) it is not fully complete

<figure><img src="image_251.png" /></figure>

<figure><img src="image_252.png" /></figure>
# Choix d'un entrepôt : re3data

Repository details

<figure><img src="image_253.png" /></figure>

NSF Arctic Data Center

<figure><img src="image_254.png" /></figure>

## Accès aux données :
open / restricted / closed

<figure><img src="image_255.png" /></figure>

## Conditions d'usage et licenses liées
aux données fournies par l'entrepôt

<figure><img src="image_256.png" /></figure>

## L'entrepôt décrit sa politique

<figure><img src="image_257.png" /></figure>

## Identification des jeux de données par un identifiant persistant, unique et citable (DOI, URN, ARK, Handle, Purl)

<figure><img src="image_258.png" /></figure>

## Entrepôt certifié ou utilisant un standard

General

Institutions

Terms

Standards

Name of repository

NSF Arctic Data Center

Repository URL

https://arcticdata.io

Subject(s)

<figure><img src="image_259.png" /></figure>

Description

The Arctic Data Center is the primary data and software repository for the Arctic section of NSF Polar Programs. The Center helps the research community to reproducibly preserve and discover all products of NSF-funded research in the Arctic, including data, metadata, software, documents, and provenance that links these together. The repository is open to contributions from NSF Arctic investigators, and data are released under an open license (CC-BY, CC0, depending on the choice of the contributor). All science, engineering, and education research supported by the NSF Arctic research program are included, such as Natural Sciences (Geoscience, Earth Science, Oceanography, Ecology, Atmospheric Science, Biology, etc.) and Social Sciences (Archeology, Anthropology, Social Science, etc.). Key to the initiative is the partnership between NCEAS at UC Santa Barbara, DataONE, and NOAA's NCEI, each of which bring critical capabilities to the Center. Infrastructure from the successful NSF-sponsored DataONE federation of data repositories enables data replication to NCEI, providing both offsite and institutional diversity that are critical to long term preservation.

Contact

support@arcticdata.io

info@arcticdata.io

https://arcticdata.io/team/

Content type(s)

<figure><img src="image_260.png" /></figure>

Keyword(s)

<figure><img src="image_261.png" /></figure>

Repository size

The Arctic Data Center holds over 4.8TB of data in > 3800 data sets comprised of over 480,000 data files.

Repository type(s)

disciplinary

<figure><img src="image_262.png" /></figure>

ist@inra

<figure><img src="image_263.png" /></figure>

INRA
SCIENCE & IMPACT

Sylvie Cocaud – (DIST Inra). ACTION NATIONALE
# NSF Arctic Data Center

<figure><img src="image_264.png" /></figure>

General

Institutions

Terms

Standards

Persistent identifier system(s)

<figure><img src="image_265.png" /></figure>

Name of the repository
software

other

Versioning

yes

Author identifier system(s)

<figure><img src="image_266.png" /></figure>

ORCID

Enhanced Publication

unknown

Quality management

yes

## Application programming interfaces (2)

API type

REST

URL

https://arcticdata.io/catalog/#api

API type

NetCDF

URL

https://arcticdata.io/submit/#license

## Metadata standards (6)

Metadata standard name

EML - Ecological Metadata Language

Metadata standard scheme

DCC

Metadata standard URL

http://www.dcc.ac.uk/resources/metadata-standards/eml-ecological-metadata-language

Metadata standard name

ISO 19115

Metadata standard scheme

DCC

Metadata standard URL

http://www.dcc.ac.uk/resources/metadata-standards/iso-19115

Metadata standard name

CF (Climate and Forecast) Metadata Conventions

Metadata standard scheme

DCC

Metadata standard URL

http://www.dcc.ac.uk/resources/metadata-standards/cf-climate-and-forecast-metadata

Metadata standard name

PROV

Metadata standard scheme

DCC

Metadata standard URL

http://www.dcc.ac.uk/resources/metadata-standards/prov

Metadata standard name

FGDC/CSDGM - Federal Geographic Data Committee Content Standard for Digital Geospatial Metadata

Metadata standard scheme

DCC

Metadata standard URL

http://www.dcc.ac.uk/resources/metadata-standards/fgdccsdgm-federal-geographic-data-committee-content-standard-digital-ge

Metadata standard name

DataCite Metadata Schema

Metadata standard scheme

DCC

Metadata standard URL

http://www.dcc.ac.uk/resources/metadata-standards/datacite-metadata-schema
# Choix d'un entrepôt : la certification

<figure><img src="image_267.png" /></figure>

<figure><img src="image_268.png" /></figure>

ICSU
WORLD DATA SYSTEM

<figure><img src="image_269.png" /></figure>

Le réseau européen "European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories" créé en 2010 constitue un cadre pour l'audit et la certification des entrepôts numériques.

3 niveaux de certification :

1. **certification de base** accordée aux entrepôts ayant obtenu le Data Seal of Approval (procédure d'autoévaluation).

2. **certification étendue** basée sur les normes ISO 16363 ou DIN 31644 en Allemagne (**autoévaluation** validée par un tiers) ;

3. **certification formelle** ISO 16363 ou DIN 31644 réalisée par des experts accrédités.

<figure><img src="image_270.png" /></figure>

ist @ inra

<figure><img src="image_271.png" /></figure>

INRA
SCIENCE & IMPACT

<figure><img src="image_272.png" /></figure>
# Place de l'entrepôt dans le cycle du projet de recherche

Avant le projet

* Réfléchir aux données produites, à leur diffusion et aux **entrepôts** concernés, aux coûts de préservation des données

* Commencer à rédiger un plan de gestion des données

Pendant le projet

* Stocker les données dans différents supports et lieux sécurisés

* Déposer dans un **entrepôt** les données à partager avec des tiers identifiés (si peer review nécessaire par ex.)

A la fin du projet

* Déposer en open access, dans un **entrepôt**, toutes les données qui peuvent l'être

* Déposer les données à archiver sur une plateforme d'archivage

<figure><img src="image_273.png" /></figure>

<figure><img src="image_274.png" /></figure>

zenodo

<figure><img src="image_275.png" /></figure>

<figure><img src="image_276.png" /></figure>

PANGAEA.

<figure><img src="image_277.png" /></figure>

Centre Informatique National
de l'Enseignement Supérieur

ist @ inra
# Intégration entrepôt – workflow de publication

<figure><img src="image_278.png" /></figure>

Lifecycle of an automated and integrated journal and data publishing workflow
(Altman et al., 2015)

<figure><img src="image_279.png" /></figure>

Open Journal Systems
+ Dataverse

<figure><img src="image_280.png" /></figure>

data2paper

Database
Linking Tool
(Elsevier)

<figure><img src="image_281.png" /></figure>

Data Literature
Interlinking Service
# En conclusion

Sylvie Cocaud

Les entrepôts de données de recherche

<figure><img src="image_282.png" /></figure>
# Partager ses données vs publier ses données

SHARED

<figure><img src="image_283.png" /></figure>

<figure><img src="image_284.png" /></figure>

AVAILABLE

<figure><img src="image_285.png" /></figure>

<figure><img src="image_286.png" /></figure>

AVAILABLE

<figure><img src="image_287.png" /></figure>

DOCUMENTED

<figure><img src="image_288.png" /></figure>

PUBLISHED

<figure><img src="image_289.png" /></figure>

CITABLE

<figure><img src="image_290.png" /></figure>

VALIDATED

<figure><img src="image_291.png" /></figure>

(Kratz & Strasser, 2014)
# Déposer ses données dans un entrepôt facilite la découverte et la réutilisation des données

<figure><img src="image_292.png" /></figure>

Les entrepôts sont scannés par des outils de recherche spécifiques

- Datacite search

- Data Citation Index (Thomson Reuters)

- Data search (Elsevier)

- ...

<figure><img src="image_293.png" /></figure>

DataCite
FIND, ACCESS, AND REUSE DATA

<figure><img src="image_294.png" /></figure>

Beta

DataSearch

<figure><img src="image_295.png" /></figure>

<figure><img src="image_296.png" /></figure>

et moissonnés par des catalogues, intégrateurs, infrastructures européennes de données... de plus en plus nombreux

DataONE
Data Observation Network for Earth

<figure><img src="image_297.png" /></figure>

<figure><img src="image_298.png" /></figure>

ORCID

<figure><img src="image_299.png" /></figure>

DataCite

<figure><img src="image_300.png" /></figure>

EMBL-EBI

<figure><img src="image_301.png" /></figure>

<figure><img src="image_302.png" /></figure>

<figure><img src="image_303.png" /></figure>

<figure><img src="image_304.png" /></figure>

<figure><img src="image_305.png" /></figure>

<figure><img src="image_306.png" /></figure>

PLOS

30 month project funded by the
European Commission under the
Horizon 2020 programme.

- aim to establish seamless integration
  between articles, data, and researchers
  across the research lifecycle.

- create a wealth of open resources
  and foster a sustainable international e-
  infrastructure.

- reduced duplication, economies of
  scale, richer research services, and
  opportunities for innovation.

THOR is funded by the European Commission under call H2020-EINFRA-2014-2, project number 654039

<figure><img src="image_307.png" /></figure>

PLOS

<figure><img src="image_308.png" /></figure>

<figure><img src="image_309.png" /></figure>

EOSC pilot
The European Open Science
Cloud for Research Pilot Project

CLARIN
CENTRE B

<figure><img src="image_310.png" /></figure>

<figure><img src="image_311.png" /></figure>

**Research Data Shared Service**

(JISC)
# Utilisation des entrepôts par les scientifiques

<figure><img src="image_312.png" /></figure>

Les entrepôts sont largement et depuis longtemps utilisés dans les domaines qui produisent de grands volumes de données :

* astronomie, physique des particules,

* génétique, sciences de l'environnement.

<figure><img src="image_313.png" /></figure>

L'usage des entrepôts est moins ancré dans la "longue traine" de la science

Humphrey (2014)
# Références

* Altman, M., Castro, E., Crosas, M., Durbin, P., Garnett, A., & Whitney, J. (2015). Open Journal Systems and Dataverse Integration– Helping Journals to Upgrade Data Publication for Reusable Research. *The Code4Lib Journal*, (30). Consulté à l'adresse https://journal.code4lib.org/articles/10989

* Amitrano, D., Lejeune, S., & Hobléa, F. (2017, mars). Données d'observation des falaises, comment partager des données hétérogènes. Les cas du St Eynard et du Mont Granier | UMS GRICAD. Présenté à Datalabo 2017. Gérer les données de la recherche : partage de bonnes pratiques, Grenoble. Consulté à l'adresse https://datalabo2017.sciencesconf.org/142248

* Castro, E. (2016, 25/02). Dataverse: Helping Researchers Publish Their Data Through Automation. Data & Analytics présenté à 11th International Digital Curation Conference. Visible data, invisible infrastructure, Amsterdam. Consulté à l'adresse https://www.slideshare.net/EleniCastro/dataverse-helping-researchers-publish-their-data-through-automation

* Dojat, M. (2017, mars). FLI-IAM : Une infrastructure nationale pour la gestion des données et des outils en imagerie in vivo | UMS GRICAD. Présenté à Gérer les données de la recherche: partage de bonnes pratiques - Sciencesconf.org, Grenoble. Consulté à l'adresse https://gricad.univ-grenoble-alpes.fr/video/fli-iam-infrastructure-nationale-gestion-donnees-et-outils-en-imagerie-vivo

* Dunning, A., de Smaele, M., & Böhmer, J. (2017, 23/02). Are the FAIR Data Principles fair? Présenté à IDCC2017. 12th International Digital Curation Conference. Upstream, Downstream: embedding digital curation workflows for data science, scholarship and society, Edinburgh. Consulté à l'adresse http://www.dcc.ac.uk/webfm_send/2480

* Hagstrom, S. (2014, septembre 3). The FAIR Data Principles. Consulté 30 juin 2017, à l'adresse https://www.force11.org/group/fairgroup/fairprinciples

* Jones, S. (2017). EUDAT, OpenAIRE & DMPs. https://doi.org/10.23728/b2share.49c690be738743aebec8be39413bd672

* Kratz, J., & Strasser, C. (2014). Data publication consensus and controversies. F1000Research. https://doi.org/10.12688/f1000research.3979.1

* OCDE, Caruso, J., Nicol, A., & Archambault, É. (2007). Principes et lignes directrices de l'OCDE pour l'accès aux données de la recherche financée sur fonds publics (p. 29). Consulté à l'adresse http://recolecta.fecyt.es/sites/default/files/contenido/documentos/Third%20report_OA_Data_Policies.pdf

* Office québécois de la langue française. (2002). métadonnée. Consulté 30 juin 2017, à l'adresse http://www.granddictionnaire.com/ficheOqlf.aspx?Id_Fiche=8869869

* Pomart, J. (2014, juillet 18). AAF / Section Aurore: Un groupe de travail sur les données de la recherche [Billet]. Consulté 30 juin 2017, à l'adresse http://archivesfmsh.hypotheses.org/1209

* Thessen, A. E., & Patterson, D. J. (2011). Data issues in the life sciences. ZooKeys, (150), 15-51. https://doi.org/10.3897/zookeys.150.1766

<figure><img src="image_314.png" /></figure>
# Sites

* biosharing https://biosharing.org/

* Data Seal of Approval https://www.datasealofapproval.org/

* DataCite search https://search.datacite.org/

* Data Citation Index http://wokinfo.com/products_tools/multidisciplinary/dci/

* Data Literature Interlinking Service https://dliservice.research-infrastructures.eu/#/

* Data2paper https://www.data2paper.org/

* DataSearch https://datasearch.elsevier.com/#/

* Dataverse https://dataverse.harvard.edu/

* Disciplinary Metadata (DCC) http://www.dcc.ac.uk/resources/metadata-standards

* Eudat https://www.eudat.eu/

* FACILE - Service de validation de formats (CINES) https://facile.cines.fr/

* Licence Ouverte etalab version 2.0 https://www.etalab.gouv.fr/wp-content/uploads/2017/04/ETALAB-Licence-Ouverte-v2.0.pdf

* Nakala https://www.nakala.fr/

* NSF Arctic Data Center https://arcticdata.io/

* Open Data Commons Open Database License (ODbL) https://opendatacommons.org/licenses/odbL/

* OpenAIRE https://www.openaire.eu/

* OpenDOAR http://www.opendoar.org/

* re3data http://www.re3data.org/

* European Framework for Audit and Certification of Digital Repositories TrustedDigitalRepository.eu

* Sustainability of Digital Formats: Planning for Library of Congress Collections https://www.loc.gov/preservation/digital/formats/fdd/descriptions.shtml

* Zenodo https://zenodo.org/

<figure><img src="image_315.png" /></figure>
Merci pour votre attention

sylvie.cocaud@inra.fr et pascal.aventurier@inra.fr
INRA (DIST)

ist @ inra

INRA
SCIENCE & IMPACT