# FAIR data PLANT PHENO 2023

Accueil

/ Cours

/ Formations IFB sur le thème du FAIR

/ FAIR-DATA

/ FAIR data PLANT

<figure><img src="image_1.png" /></figure>

## Généralités

Tout replier

Tiny URL pour accéder à ce moodle

https://tinyurl.com/plant-pheno-forma-2023

<figure><img src="image_2.png" /></figure>

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

## Présentation de la formation

Marqué

### Présentation de la formation

Le but de cette formation est double :

* diffuser auprès des Référents Données Opérationels (RDO) les bonnes pratiques pour une gestion FAIR des données de phénotypage de plantes

* consolider et préparer la diffusion d'une formation modulaire adaptée à un maximum de besoins, du débutant qui souhaite partager des données standardisées dans Recherche Data Gouv, à l'utilisateur avancé qui souhaite faire de la sémantique ou utiliser des portails de données fédérés.

La formation se déroulera sur 2 jours avec une alternance de présentations générales et techniques et d'ateliers pratiques.

### Objectifs pédagogiques

A la fin de cette formation, les participants auront acquis des connaissances théoriques et pratiques sur :

* la gestion de données de phénotypage de plantes respectant les principes FAIR

* l'utilisation des standards de (méta)données de la communauté plante

* l'écosystème des systèmes d'informations utilisés par les unités INRAE et au-delà

Ils auront également standardisé un jeu de données au format MIAPPE et identifié des pistes d'amélioration pour la gestion de leus données.

Cette formation est organisée par la plateforme PlantBioinfoPF.

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

## Informations pratiques

La formation aura lieu en présentiel à Paris, à l'hôtel Provinces Opéra
Adresse : 36, rue de l'Echiquier, 75010 Paris (cf. plan d'accès).
Accueil et déjeuner : jeudi 15 juin 2023 à partir de 12h

Début de la formation : jeudi 15 juin 2023 à 13h30

Fin de la formation : vendredi 16 juin 2023 à 16h30

La formation est financée par Phenome Emphasis.

L'URGI prend en charge l'organisation et les paiements.

## Prérequis

Chaque participant doit venir équipé d'un ordinateur portable.

Il vous est fortement conseillé d'apporter l'un de vos jeux de données de phénotypage pour la partie pratique, qui consistera à standardiser votre dataset.

## Equipe pédagogique

### Formateurs

Célia Michotey

Cyril Pommier

### Orateur invité

Isabelle Alic

## Programme et supports

<table><thead><tr><th>Horaire</th><th>Titre</th><th>Orateur</th><th>Support</th></tr></thead><tbody><tr><td><strong>JOUR 1</strong></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>12h - 13h30</td><td>Accueil et déjeuner</td><td>-</td><td>-</td></tr><tr><td>13h30 - 14h30</td><td>Introduction</td><td>Célia Michotey<br>Cyril Pommier</td><td>Module0.1_IntroFormation.pptx<br>Module0.2-PlantBioinfoPF-nutshell.pptx</td></tr><tr><td>14h30 - 16h</td><td>Module 1 : Données FAIR</td><td>Célia Michotey</td><td>Module1_FAIR_Data.pptx</td></tr><tr><td>16h - 16h30</td><td>Pause</td><td>-</td><td>-</td></tr><tr><td>16h30 - 17h</td><td>Module 2 : Environnement et outils de travail</td><td>Cyril Pommier</td><td>Module2_EnvTravail.pptx<br>Module3.1_metadata.pptx</td></tr><tr><td>17h - 18h30</td><td>Module 3 : Standards de (méta)données</td><td>Cyril Pommier</td><td>Module3.2_MIAPPE.pptx</td></tr><tr><td>20h</td><td>Diner</td><td>-</td><td>-</td></tr><tr><td><strong>JOUR 2</strong></td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td>9h - 10h30</td><td>Module 4 : TP MIAPPE</td><td>Célia Michotey<br>Cyril Pommier</td><td>Module4_HandsOn.pptx</td></tr><tr><td>10h30 - 11h</td><td>Pause</td><td>-</td><td>-</td></tr><tr><td>11h - 12h30</td><td>Module 5 : Partage &amp; Ecosystème SI</td><td>Célia Michotey</td><td>Module5.1_PartageValo.pptx<br>Module5.2_EcosystemeSI.pptx</td></tr><tr><td>12h30 - 13h30</td><td>Déjeuner</td><td>-</td><td>-</td></tr><tr><td>13h30 - 14h</td><td>Module 6 : Présentation de SI - FAIDARE</td><td>Cyril Pommier</td><td>Module6.2_FAIDARE-overview.pptx</td></tr><tr><td>14h - 15h15</td><td>Module 6 : Présentation de SI - OpenSilex</td><td>Isabelle Alic</td><td>GDrive ou ppt</td></tr><tr><td>15h15 - 15h45</td><td>Module 6 : Présentation de SI - RDG MIAPPE</td><td>Cyril Pommier</td><td>Module6.3_RDG-MIAPPE.pptx</td></tr><tr><td>15h45 - 16h</td><td>Pause</td><td>-</td><td>-</td></tr><tr><td>16h - 16h30</td><td>Bilan et Conclusions</td><td>Célia Michotey<br>Cyril Pommier</td><td>-</td></tr></tbody></table>

### Ressources

Pendant la formation, écrivez vos questions et remarques sur le slido dédié : [slido.com, code #2847487](https://slido.com/code/2847487)

Nous utiliserons également les outils d'animation suivants :

* scrivér :

* https://scrivér.ethibox.fr/fair (module 1 - FAIR)
* https://postit.colibris-outilslibres.org/a1j7pheno-rdo-2023-standard-c-quoi (module 3 - standard de données)

○ Slido : https://www.slido.com, code #2847487 (modules 1 et 5)

o Mentimeter :

* https://www.menti.com/alomgvao7pwn (module 3 - expérience phénotypage)

* https://www.menti.com/ale1bo7kkijz (module 3 - matériel biologique)

Data Sharing and Management Snafu in 3 Short Acts
by Karen Hanson, Alisa Surkis & Karen Yacobucci
NYU Health Sciences Libraries
August 3, 2012 (Last Update: December 12, 2012)

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

xtranormal

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

URL
what-is-datastandard

Marquer comme terminé

Module3.2_MIAPPE slide 13

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

DOSSIER
Dataset exemple maïs (DROPS)

Marquer comme terminé

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

DOSSIER
Dataset exemple peuplier (POPYOMICS)

Marquer comme terminé

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

DOSSIER
Supports de formation

Marquer comme terminé

Vous êtes connecté anonymement (Connexion)

Accueil

Cours

Tous les cours

Recherche de cours

Français (fr)

English (en)

Français (fr)

Résumé de conservation de données

Obtenir l'app mobile