# Base de données de barcodes ADN de la Flore du Grand-Est dans POUNT

Armando Espinosa Prieto, Pieternel Verschuren, Jean-Nicolas Beisel, Laurent Hardion

► To cite this version:

Armando Espinosa Prieto, Pieternel Verschuren, Jean-Nicolas Beisel, Laurent Hardion. Base de données de barcodes ADN de la Flore du Grand-Est dans POUNT. Printemps de la Donnée 2024, INRAE; Université Haute Alsace; AgroParisTech; Université de Lille; Sorbonne université; Data Terra; PDNB, May 2024, Strasbourg, France. hal-04867083

HAL Id: hal-04867083

https://hal.inrae.fr/hal-04867083v1

Submitted on 6 Jan 2025

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Distributed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License
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FLORADNA

<table><tr><td></td><td>Plateforme OUverte Numérique Transdisciplinaire</td></tr><tr><td></td><td>Université de Strasbourg</td></tr></table>

# Base de données de barcodes ADN
de la Flore du Grand-Est dans POUNT

Pierkernel Verschuren, Armando Espinosa Prieto, Jean-Nicolas Beisel, Laurent Hardion

## Journée d'inauguration de POUNT, vendredi 31 mai 2024

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AGENCE
DE L'EAU
RHIN-MEUSE

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Interreg

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Oberrhein | Rhin Supérieur

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Laboratoire

image, ville, environnement | LIVE

de l'Université de Strasbourg

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<table><tr><td></td><td>Herbier</td></tr><tr><td>Q</td><td>D</td><td></td><td>Faculté des sciences de la vie</td></tr><tr><td></td><td></td><td></td><td>Université de Strasbourg</td></tr></table>

<table><tr><td>Direction</td></tr><tr><td>du numérique</td></tr><tr><td>Université de Strasbourg</td></tr></table>
# ADN environnemental

## Identifier les espèces à partir des traces d'ADN qu'elles laissent dans l'environnement

→ Besoin d'une base de données de référence de séquences ADN

* Bases de données génomiques internationales

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EMBL

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NCBI

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DDBJ

BOLD SYSTEMS

* Construction d'une base de données régionale

Sampling

Approach

Barcodes

Detection

Reference Database

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Biofilm

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Sediment

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Water

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Barcoding

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o/1 & quantitative

Metabarcoding

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o/1 & semi-quantitative

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nrDNA
ITS1 ITS2

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cpDNA
rbcL trnL matK

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& specific primers

& universal primers

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qPCR

ddPCR

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PCR

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Hybridisation

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HTS

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ATCSTAAGGG

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BLAST

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eDNA inventory

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Field inventory

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Public

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GenBank
BOLD
EMBL

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Custom

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Base de données de barcodes ADN

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FLORADNA en chiffres

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Base de données régionale Grand-Est de barcodes ADN de plantes

* Marqueur ADN ciblé : l'espaceur 2 de l'ADN nucléaire ribosomal (ITS2)

* Liste de ~ 1 000 espèces ciblées : les + communes en Grand-Est, invasives (EEE) ou bioindicatrices (IBMR)

* 890 spécimens d'herbier (STR), pour 662 taxons ciblés

* ~ 5 000 barcodes ADN pour ~500 taxons ciblés

* À venir : Characeae, Bryophytes, taxons protégés

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Espinosa Prieto et al. 2024
Molecular Ecology Resources

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Besoin d'un outil de Base de données

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FLORADNA / POUNT

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FLORADNA

Gestionnaires : Pieternel Verschuren, Laurent Hardion, Ana Schwartz, Armando Espinosa Prieto

Description

Base de données de codebarres ADN des espèces végétales de la Région Grand Est - DNA barcode database for the flora of the Grand Est Region

Ensembles

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Herbarium specimens

Echantillons d'herbier récoltés pour le projet FLORADNA, conservé à l'Herbier de l'Université de Strasbourg (STR) - Herbarium specimens collected for...

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DNA barcodes

Codebarres ADN des espèces végétales de la Région Grand Est (séquences non-visibles publiquement) - DNA barcodes for plant species of the Grand Est...

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<figure><img src="image_65.png" /><figcaption>FLORADNA / POUNT</figcaption></figure>

← Fiche
barcode

Fiche spécimen
d'herbier →

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Achmil_1

Déposé par : Pieternel Verschuren

Ensemble: Herbarium specimens

Description

Verschuren, "Achmil_1", University of Strasbourg, LIVE UMR 7362 CNRS ENGEES, 2024

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Métadonnées

**scientificName**
Achillea millefolium

**Titre**
Achmil_1

**family**
Asteraceae

**speciesCode**
Achmil

**Créateur**
Verschuren

**Editeur**
University of Strasbourg, LIVE UMR 7362 CNRS ENGEES

**Année de publication**
2024

**catalogNumber**
STR041815

**occurenceRemarks**
DEG1

**locality**
Site Ecoserv

**country**
France

**decimalLatitude**
49.0231

**decimalLongitude**
7.6068

**recordedBy**
A. Espinosa Prieto, L. Hardion, A. Muratet, E. Chanez, C. Gros

**date**
30/06/2020

**habitat**
Rivi◆re semi-ouverte ◆ lit sabloneux; rives rectilignes avec mousses;
## Points positifs

* **Outil de base de données, de saisi et de consultation**

* **Connecté** : consultation extérieure et collaborations

* **Solution institutionnelle** : e.g. lien avec l'Herbier

* **Outil en développement** : colle à nos besoins, besoins futurs

* **Travailler avec l'équipe CESAR**

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Remerciements

♦ Aux botanistes récolteurs :

- De l'UMR LIVE : Audrey Muratet, Etienne Chanez, Guillaume Jacek ...

- Du parcours de master PEnGE : Enzo Jugieau, Henri Delaunay ...

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♦ A l'Herbier de l'Université de Strasbourg : Gisèle Haan-Archipoff, Marion Martinez Martin

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♦ A l'équipe CESAR de la Direction du Numérique : Ana Schwartz, Virgile Jarrige ...

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♦ Aux financeurs de ce projet

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AGENCE
DE L'EAU
RHIN-MEUSE

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Observatoire
Hommes
Milieux
Fessenheim

Interreg

Oberrhein | Rhin Supérieur

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<table><tr><td>Université</td></tr><tr><td>de Strasbourg</td></tr></table>

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