# Les Plans de Gestion des Données entités

Jean-François Dufayard, Paulette Lieby

► To cite this version:

Jean-François Dufayard, Paulette Lieby. Les Plans de Gestion des Données entités. Printemps de la Donnée 2024, INRAE; Université Haute-Alsace; Université de Strasbourg; INSA; PNDB; AgroParis-Tech; Université de Lille; Sorbonne Université; Data Terra, Jun 2024, Paris, France. 10.5281/zenodo.12205835. hal-04683415

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Submitted on 2 Sep 2024

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<figure><img src="image_1.png" /></figure>

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# Les Plans de Gestion des Données entités

Contribution aux supports: Paulette Lieby (IR)

Jean-François Dufayard (chercheur)

<figure><img src="image_2.png" /></figure>

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

cirad

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

IFB

INSTITUT FRANÇAIS DE BIOINFORMATIQUE

Infrastructure nationale en biologie et santé
Centre de référence thématique
pour Recherche Data Gouv
# De quoi parle-t-on ? Un peu de sémantique

<figure><img src="image_5.png" /></figure>
Un PGD, en bref

PGD :

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

Plan de Gestion des Données

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

Pour Générer du Dialogue © Frédéric de Lamotte

Définir une **stratégie concertée** de gestion des données, le long de leur **cycle de vie**, dans le cadre d'un **projet** ou d'une **entité pérenne** gérant des données.
# Ce que n'est pas un PGD

## Macro gouvernance

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

Les lois nationales, internationales

## Micro gouvernance

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

Politiques de données (des tutelles, des communautés identifiées)
# Ce que n'est pas un PGD

## Macro gouvernance

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

Les lois nationales, internationales

<figure><img src="image_11.png" /></figure>

## Micro gouvernance

<figure><img src="image_12.png" /></figure>

Politiques de données (des tutelles, des communautés identifiées)

<figure><img src="image_13.png" /></figure>
Ce qu'est un PGD et sa situation

<figure><img src="image_14.png" /></figure>

Méso gouvernance

<figure><img src="image_15.png" /></figure>

Le plan de gestion: notre degré de liberté

<figure><img src="image_16.png" /></figure>

Micro
## Ce qu'est un PGD et sa situation

<figure><img src="image_17.png" /></figure>

**Attention: parfois on veut forger l'enclume**

À la lumière des PGD entités, on veut éclairer la micro gouvernance
# PGD projet ? PGD structure ? PGD entité ????

**PGD projet** : une stratégie de gestion, sur la durée d'un projet, mais traitant aussi des données froides, voir de l'archivage... un plan de gestion à **durée déterminée**

**PGD entité (anciennement structure)** : une stratégie de gestion, sur une entité pérenne (plateforme, laboratoire...), un plan de gestion à **durée indéterminée**
# PGD entité ? Mais pour quelle entité ?

## Entité ?

* Plateforme ?

* Plateau ?

* Laboratoire / unité ?

* Institut ???

## Comment et pourquoi aborder l'exercice du PGD pour des entités aussi hétérogènes ?
La question ouverte du "sablier"

<figure><img src="image_18.png" /></figure>
La question ouverte du "sablier"

<figure><img src="image_19.png" /></figure>

Du document de
**politique**, au **PGD**, en
passant pas les
**recommandations** pour
les PGD
# PGD classique, PGD structuré

<figure><img src="image_20.png" /></figure>

Attention au gag de vocabulaire

Structure (entité) ≠ Structuré

**PGD classique** : ne contient que des réponses en texte libre

**PGD structuré** : une partie des réponses sont interprétables par une machine (chiffres, dates, choix multiples...)

Exemple: quel est la taille attendu d'un jeu de données ?

Simple: "oh ben ça dépend, sur les plantes ça peut monter à 40Go, mais sur des petits organismes on va pas dépasser les 10Go... Après on restera loin du To bien entendu".

Structuré: 25Go
Le premier pas est le plus difficile:
les produits de la recherche

<figure><img src="image_21.png" /></figure>
# Le nœud gordien : le produit de la recherche

**Produit de la recherche:** ensemble de données gérées de la même façon, dans le cadre d'un projet ou d'une entité

On **découpe** notre PGD en produits de la recherche

On répond aux **questions du PGD** pour chaque produit de la recherche

Il n'existe **jamais une seule solution** de découpage
# Le produit de la recherche - exemple projet

Classiquement, dans un projet, avec de multiples types de données

Par exemple, dans un même projet:

* Des données de bioimagerie

* Des données de séquençage

Produit de la recherche 1

Produit de la recherche 2

...

## Bioimagerie

Images brutes - images analysées - images annotées...

## Séquençage

Lectures brutes - assemblages - mappings - annotations...

...

Fil narratif de la stratégie, dans le PGD projet

<figure><img src="image_22.png" /></figure>
# Le produit de la recherche - exemple entité

Dans le cas d'une plateforme de production et d'analyse de données

Par exemple, pour une plateforme de séquençage:

* Des données brutes

* Des données analysées (mappings, assemblages)

* Des données valorisées (génomes annotés, génotypage, phylogénies...)

Produit de
la recherche 1

Données
brutes

PacBio, SOLiD,
Illumina, 454...

Produit de
la recherche 2

Données
analysées

Mappings,
assemblages...

Produit de
la recherche 3

Données
valorisées

Annotations,
génotypage,
phylogénies...

Fil narratif
de la
stratégie,
dans le
PGD
entité
# Le produit de la recherche - exemple entité

Dans le cas d'une plateforme de production et d'analyse de données

Par exemple, pour une plateforme de séquençage:

* Des données brutes

* Des données analysées (*mappings*, assemblages)

* Des données valorisées (génomes annotés, génotypage, phylogénies...)

Produit de
la recherche 1

Données
brutes

PacBio, SOLiD,
Illumina, 454...

Produit de
la recherche 2

Données
analysées

*Mappings,*
assemblages...

Produit de
la recherche 3

Données
valorisées

Annotations,
génotypage,
phylogénies...

Nouvelle notion :
produit de
service ?

Fil narratif
de la
stratégie,
dans le
PGD
entité
# Et c'est grave ?
Un peu, si on raisonne sur le long terme
Parlons d'avenir

<figure><img src="image_23.png" /></figure>
# Les PGD entités et les PGD projets en synergie

Ce qu'on aimerait dans l'avenir, des PGD opérationnels, dits **"machine actionable"**

PGD entité

PGD projet
# Les PGD entités et les PGD projets en synergie

Ce qu'on aimerait dans l'avenir, des PGD opérationnels, dits **"machine actionable"**

Quels sont les prochains projets à émarger ?

Quelle évolution des besoins pour mon collectif ?

Combien de nouveaux utilisateurs, quels groupes de travail à administrer ?

Quel est le futur plan de charge du collectif ?

## PGD entité

## PGD projet

Quel matériel pour produire les données ?

Quel matériel pour stocker et analyser les données ?

Quels tarifs ?

Comment renseigner mon PGD projet avec l'ensemble de ces informations ?

<figure><img src="image_24.png" /></figure>

<figure><img src="image_25.png" /></figure>
# Les PGD entités et les PGD projets en synergie

Ce qu'on aimerait dans l'avenir, des PGD opérationnels, dits "machine actionable"

Quels sont les prochains projets à émarger ?

Quelle évolution des besoins pour la plateforme ?

Combien de nouveaux utilisateurs, quels groupes de travail à administrer ?

Quel est le futur plan de charge de la plateforme ?

## PGD entité

<figure><img src="image_26.png" /></figure>

Spécifications techniques
(matériel de production,
stockage,
sécurité...)
Modèle économique
...

<figure><img src="image_27.png" /></figure>

Besoins en stockage
Besoins en calcul
Durée du projet
Comptes utilisateurs
...

## PGD projet

Quel matériel pour produire les données ?

Quel matériel pour stocker et analyser les données ?

Quels tarifs ?

Comment renseigner mon PGD projet avec l'ensemble de ces informations ?

<figure><img src="image_28.png" /></figure>

<figure><img src="image_29.png" /></figure>
# Les PGD entités et les PGD projets en synergie

Mais dans la vraie vie... Rien n'est aussi simple

<figure><img src="image_30.png" /></figure>
# Les PGD entités et les PGD projets en synergie

Mais dans la vraie vie... Rien n'est aussi simple

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# Les PGD entités et les PGD projets en synergie

Mais dans la vraie vie... Rien n'est aussi simple

<figure><img src="image_32.png" /></figure>
# Qui réfléchit à tout ça ?
<figure><img src="image_33.png" /></figure>

RESEARCH DATA ALLIANCE

Structuration / réflexion
internationale

<figure><img src="image_34.png" /></figure>

MINISTÈRE
DE L'ENSEIGNEMENT
SUPÉRIEUR
ET DE LA RECHERCHE

Liberté
Egalité
Fraternité

anr

agence nationale
de la recherche

CoSO

Comité pour la science ouverte

<figure><img src="image_35.png" /></figure>

CoSIN

Comité aux services et
infrastructures numériques

Réseau des ADAC

Administrateur des données et
codes sources de la recherche

DipSOINRAE

cnrs DDOR ...

eosc

Huma-Num

Infrastructures
européennes

HN

<figure><img src="image_36.png" /></figure>

<figure><img src="image_37.png" /></figure>

EMPHASIS

EUROPEAN INFRASTRUCTURE FOR PLANT PHENOTYPING

...

Niveau International

Niveau national

Niveau régional
Exemple à Montpellier

<figure><img src="image_38.png" /></figure>

CENTRES DE RESSOURCES

Un accompagnement technique sur le dépôt de données sur Recherche Data Gouv

<figure><img src="image_39.png" /></figure>

<figure><img src="image_40.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Egalité
Fraternité

<figure><img src="image_41.png" /></figure>

Un écosystème au service du partage
et de l'ouverture des données de recherche

<figure><img src="image_42.png" /></figure>

CENTRES DE RÉFÉRENCES
THÉMATIQUES

Un spectre de compétences fondamentales relatives à
la donnée et propre à chaque discipline

<figure><img src="image_43.png" /></figure>

ATELIERS DE LA DONNÉE

Des experts de la donnée à disposition
et à proximité des chercheurs

<figure><img src="image_44.png" /></figure>

MUSE

<figure><img src="image_45.png" /></figure>

MONTPELLIER UNIVERSITÉ D'EXCELLENCE

ISDM

INSTITUT DE SCIENCE DES DONNÉES
MONTPELLIER

ECODOR

<figure><img src="image_46.png" /></figure>

Huma-Num

la TGIR des humanités numériques

Infrastructures
nationales

<figure><img src="image_47.png" /></figure>

IFB

INSTITUT FRANÇAIS DE BIOINFORMATIQUE

<figure><img src="image_48.png" /></figure>

RARe

Ressources agroponiques
pour la recherche
<figure><img src="image_49.png" /></figure>

RESEARCH DATA ALLIANCE

Structuration / réflexion
internationale

Groupe de travail
“PGD thématiques”

eosc

Huma-Num

Infrastructures
européennes

HN

<figure><img src="image_50.png" /></figure>

<figure><img src="image_51.png" /></figure>

EMPHASIS

...

Réseau des
"research data
managers"

https://www.youtube.com/watch?v=SzHfUethWcg

Niveau International

Niveau national

Niveau régional
Exemple à Montpellier

<figure><img src="image_52.png" /></figure>

MINISTÈRE
DE L'ENSEIGNEMENT
SUPÉRIEUR
ET DE LA RECHERCHE

Liberté
Egalité
Fraternité

anr®

agence nationale
de la recherche

CoSO

Comité pour la science ouverte

<figure><img src="image_53.png" /></figure>

CoSIN

Comité aux services et
infrastructures numériques

Réseau des ADAC

Administrateur des données, des
algorithmes et des codes sources

<figure><img src="image_54.png" /></figure>

CENTRES DE RESSOURCES

Un accompagnement technique sur le dépôt de données sur Recherche Data Gouv

<figure><img src="image_55.png" /></figure>

Groupe de travail
“PGD entités”

<figure><img src="image_56.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Egalité
Fraternité

recherche.data.gouv.fr

<figure><img src="image_57.png" /></figure>

Un écosystème au service du partage
et de l'ouverture des données de recherche

<figure><img src="image_58.png" /></figure>

CENTRES DE RÉFÉRENCES
THÉMATIQUES

Un spectre de compétences fondamentales relatives à
la donnée et propre à chaque discipline

<figure><img src="image_59.png" /></figure>

ATELIERS DE LA DONNÉE

Des experts de la donnée à disposition
et à proximité des chercheurs

<figure><img src="image_60.png" /></figure>

MUSE

<figure><img src="image_61.png" /></figure>

MONTPELLIER UNIVERSITÉ D'EXCELLENCE

ISDM

INSTITUT DE SCIENCE DES DONNÉES
MONTPELLIER

ECODOR

HN

Huma-Num

la TGIR des humanités numériques

Infrastructures
nationales

<figure><img src="image_62.png" /></figure>

IFB

INSTITUT FRANÇAIS DE BIOINFORMATIQUE

<figure><img src="image_63.png" /></figure>

RARe

Ressources agronomiques
à la recherche

Groupe de travail
“Super-PGD de
demain”

Groupe de travail
“Modèles thématiques
de PGD entités”

DipSO

INRAO

cnrs

DDOR

...
Et si on veut faire un PGD entité...
Maintenant ?
# Quel modèle ?

**Modèle de PGD** : la série de questions à laquelle on répond lors de la rédaction.

Il existe de nombreux modèles de PGD :

* Spécifiques à des guichets de financement (ANR, H2020...)

* Spécifiques à des instituts (INRAE, CIRAD, CNRS...)

* Spécifiques à des centres (GENCI...)

* Certains modèles sont en partie structurés (Science Europe structuré)

* Certains modèles sont adaptés aux entités (Science Europe structuré, INRAE structure)

* Certains sont les deux

* Certains sont compatibles avec le RDA DMP common standard

**Le modèle entité n'est pas toujours très différent du modèle projet !**
# Quel modèle ?

Les modèle entité n'est pas toujours très différent du modèle projet !

<table><thead><tr><th>Le projet / la structure</th><th>Obtention des données</th><th>Documentation des données</th><th>Stockage et sécurité des données</th></tr></thead><tbody><tr><td><ul><li>Présentation du projet / de la structure</li><li>Partenaires</li><li>Politique en matière de gestion des données</li></ul></td><td><ul><li>Quelles données seront produites (type, format, volume...)</li><li>Comment seront-elles produites ?</li><li>Des données existantes seront-elles réutilisées ?</li></ul></td><td><ul><li>Quelle documentation et quelles métadonnées accompagneront les données ?</li><li>Quelles procédures contrôlent la qualité des données ?</li><li>Comment les données seront-elles organisées ?</li></ul></td><td><ul><li>Comment, où, par qui, seront stockées, sauvegardées et sécurisées les données ?</li></ul></td></tr><tr><th>Exigences légales et éthiques</th><th>Accès et partage des données</th><th>Archivage des données</th><th>Responsabilités et ressources</th></tr><tr><td><ul><li>Droit applicable aux données produites</li><li>Données à caractère personnel, respect du RGPD</li><li>Données sensibles</li><li>Prise en compte des questions éthiques</li></ul></td><td><ul><li>Quelles données seront partagées ou publiées ?</li><li>Comment ? Avec qui ? Dans quel délai ?</li><li>Quelle licence sera associée aux données ?</li><li>Comment les données produites pourraient-elles être réutilisées ?</li></ul></td><td><ul><li>Comment les données seront-elles sélectionnées pour une préservation à long terme ? Y a t'il un plan d'archivage ?</li></ul></td><td><ul><li>Qui est responsable de la gestion des données ?</li><li>Quelles sont les ressources dédiées à la gestion et à l'ouverture des données ?</li></ul></td></tr></tbody></table>
# Besoin de modèles thématiques

Préparer les PGD *machine actionable* avec des questions précises et adaptées

* Demande de nombreuses infrastructures nationales :

**France Génomique, France Biolmaging, MetaboHUB, ProFi, ACF, EMBR-FR**

→ Groupe de travail

(Animation Paulette Lieby, Frédéric Brau)

IFB

INSTITUT FRANÇAIS DE BIOINFORMATIQUE

* Groupe de travail, PGD thématiques (entité et projet)

(Animation Françoise Genova)

<figure><img src="image_64.png" /></figure>

RESEARCH DATA ALLIANCE

* DMP-OPIDOR, par le biais de formulaires spécialisés
# Quels outils ?

Nombreux outils sur la place internationale:

argos

<figure><img src="image_65.png" /></figure>

DMP Tool +

<figure><img src="image_66.png" /></figure>

=

roadmap

<figure><img src="image_67.png" /></figure>

DSW

DATA STEWARDSHIP WIZARD

<figure><img src="image_68.png" /></figure>

Deux focus stratégiques:

## DMP-OPIDoR:

* outil favorisé au national

* évolution constante (fonctionnalités *machine actionable*, ergonomie...)

* nombreux modèles académiques, génériques

## DSW (Data Stewardship Wizard)

* outil favorisé au niveau Européen (ELIXIR)

* édition libre et collaborative des modèles
# Quels outils ?

Nombreux outils sur la place internationale:

argos

DMP Tool + DMP =

<figure><img src="image_69.png" /></figure>

roadmap

DSW
DATA STEWARDSHIP WIZARD

<figure><img src="image_70.png" /></figure>

Deux focus stratégiques:

## DMP-OPIDOR:

* outil favorisé au national

* nombreux modèles académiques, génériques

<figure><img src="image_71.png" /></figure>

Besoin stratégique : interoperabilité

<figure><img src="image_72.png" /></figure>

IFB
INSTITUT FRANÇAIS DE BIOINFORMATIQUE

<figure><img src="image_73.png" /></figure>

## DSW (Data Stewardship Wizard)

* outil favorisé au niveau Européen (ELIXIR)

* édition libre et collaborative des modèles

DSW
DATA STEWARDSHIP WIZARD
Conclusion, sur les aspects théoriques

* Le PGD n'est pas un exercice à maturité

* Le PGD est un exercice clivant

* Le PGD incite à une étape de dialogue cruciale

* Le PGD recèle des informations "exclusives"

* Les différents PGD

* Projets,

* Plateformes,

* Unités,

* Établissements,

contiennent les mêmes questions, mais des réponses très différentes