# Transfert d'annotation dans des graphes de pangénome

Nina Marthe

► To cite this version:

Nina Marthe. Transfert d'annotation dans des graphes de pangénome. Journées 2024 du PEPR Agroécologie et Numérique, Jan 2024, Rennes, France. hal-04490524v2

HAL Id: hal-04490524

https://hal.science/hal-04490524v2

Submitted on 23 Jul 2025

HAL is a multi-disciplinary open access
archive for the deposit and dissemination of sci-
entific research documents, whether they are pub-
lished or not. The documents may come from
teaching and research institutions in France or
abroad, or from public or private research centers.

L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est
destinée au dépôt et à la diffusion de documents
scientifiques de niveau recherche, publiés ou non,
émanant des établissements d'enseignement et de
recherche français ou étrangers, des laboratoires
publics ou privés.

<figure><img src="image_1.png" /></figure>
<figure><img src="image_2.png" /></figure>

# Transfert d'annotations dans des graphes de pangénome

Nina Marthe, 1ère année de thèse

Encadrement par François Sabot et Matthias Zytnicki

INRAO

La génomique cherche à élucider le fonctionnement des génomes pour mieux comprendre le vivant. Elle s'appuie classiquement sur le génome d'un individu unique, appelé génome de référence, qui est utilisé comme point de comparaison pour les données génétiques à analyser.

Cependant l'utilisation d'un génome de référence présente de nombreuses limites, et en particulier entrave l'étude des parties du génome qui ne sont pas présentes chez tous les individus, donc qui peuvent être absentes de la référence. Or ces régions peuvent contenir de nombreux gènes liés à l'adaptation des espèces à leur milieu, et il est donc important de les prendre en compte.

Le pangénome, qui contient l'information génétique de toute une population, est un outil prometteur pour répondre à cette problématique.

Afin d'exploiter plus facilement les informations contenues dans les pangénomes, je vais travailler durant ma thèse sur leur annotation, qui consiste à localiser les gènes présents et à leur attribuer une fonction et qui permet de donner un sens biologique à une séquence d'ADN.

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

L'utilisation de pangénome permet de mieux représenter la diversité génétique au sein des espèces que l'on étudie. L'essor de la pangénomique étant relativement récent, il est nécessaire de créer des outils adaptés aux pangénomes afin de faciliter leur usage et de mieux exploiter leur potentiel.

L'annotation des pangénomes est une information très utile pour comprendre et interpréter les variations qu'ils contiennent. Mon travail servira donc à améliorer la compréhension des pangénomes et de la diversité génétique qui est présente.