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# Retour sur le séquençage d'exome en prénatal au CHU d'Amiens : étude rétrospective

Marianne Perrière

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Marianne Perrière. Retour sur le séquençage d'exome en prénatal au CHU d'Amiens: étude rétrospective. Médecine humaine et pathologie. 2025. dumas-05471380

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UNIVERSITÉ DE PICARDIE JULES VERNE
UNITÉ DE FORMATION ET DE RECHERCHE DE
MÉDECINE D'AMIENS

THÈSE N° 2025 – 146

Thèse pour le diplôme d'État de Docteur en Médecine

Spécialité : Biologie Médicale

RETOUR SUR LE SÉQUENÇAGE D'EXOME EN PRÉNATAL
AU CHU D'AMIENS : ETUDE RETROSPECTIVE

Présentée et soutenue publiquement le 07 octobre 2025

Par Marianne PERRIERE

Président du Jury : Monsieur le Professeur Arthur FOULON

Membres du Jury : Monsieur le Professeur Henri COPIN

Monsieur le Professeur Romuald MENTAVERRI

Directeur de Thèse : Monsieur le Docteur Guillaume JEDRASZAK
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Monsieur le Professeur Arthur FOULON

Professeur des Universités – Praticien Hospitalier

Gynécologie

Chef du Service de Gynécologie, obstétrique, orthogénie

Je te remercie de me faire l'honneur de présider mon jury de thèse.

Plusieurs années après s'être rencontrés dans le même labo, toi en stage de Master 2, moi en
thèse de sciences, nous voilà à nouveau réunis autour d'un travail scientifique.

J'espère que ce travail saura retenir ton intérêt.

Sois assuré de ma plus sincère reconnaissance et de mon plus profond respect.
Monsieur le Professeur Henri COPIN

Professeur des Universités- Praticien Hospitalier

Histologie-Embryologie-Cytogénétique

Service de Médecine et Biologie de la Reproduction et CECOS de Picardie

Pôle « Femme-Couple-Enfant »

Responsable de l'UF de Cytogénétique du Laboratoire de Génétique Constitutionnelle

Pôle « Biologie, Pharmacie et Santé des Populations »

Chevalier dans l'Ordre des Palmes Académiques

Je suis honorée que vous ayez accepté de participer à mon jury de thèse et je vous en remercie.

J'ai pu bénéficier de vos enseignements pendant mes années de médecine et d'internat, ce qui a certainement contribué à développer mon intérêt pour la génétique. Je vous remercie sincèrement pour votre bienveillance et votre soutien.

Soyez assuré de ma reconnaissance et de mon profond respect.
Monsieur le Professeur Romuald MENTAVERRI

Professeur des Universités- Praticien Hospitalier

Biochimie-Biologie endocrinienne

Service de Biochimie-Centre de Biologie Humaine

Pôle « Biologie et Pharmacie » - CHU Amiens-Picardie

Responsable de l'UF de Biologie Endocrinienne et Osseuse

Tu me fais l'honneur de faire partie de mon jury de thèse.

Merci de m'avoir fait découvrir la BEO pendant mon semestre de Biochimie au cours duquel j'ai pu bénéficier de la richesse de tes connaissances, de ton enthousiasme et de ta positivité à toute épreuve. Je te remercie pour ta confiance et ton soutien.

Sois assuré de mon profond respect et de mes remerciements les plus sincères.
Monsieur le Docteur Guillaume JEDRASZAK

Maître de Conférences des Universités – Praticien Hospitalier

Génétique

Guillaume,

Tu m'as accompagnée depuis pratiquement la première année d'internat alors que je n'étais qu'en MPR.

Je te remercie pour ton soutien, ta bienveillance et ta disponibilité ces trois dernières années.

J'ai beaucoup appris à tes côtés et apprécié travailler avec toi.

Je te remercie d'avoir accepté d'encadrer ce travail. Ton énergie et ton soutien ont grandement contribué à l'aboutissement de ce travail.

Merci pour tout.
Il y a tellement de monde qui a fait partie de cette aventure, que j'ai même peur d'en avoir oublié ! Je tiens à remercier toutes les personnes qui de près ou de loin ont contribué à l'aboutissement de ce projet et mon épanouissement durant ces dernières années d'études. Je m'excuse par avance à toutes les personnes que j'aurais pu oublier ici et les remercie pour tout ce qu'elles ont fait.

A tous ceux qui ont marqué mes années de médecine,

*A Marylis et Nicolas*, une page entière ne suffirait probablement pas à écrire tout ce que l'on a été les uns pour les autres ces dernières années ; des amis, des confidents, des partenaires de galère, des bras grands ouverts plein d'amour, sans oublier nos vacances passées ensemble. Je vous souhaite une très longue vie à deux, remplie de bonheur.

*A Alice et Angélique*, mes deux co-internes de MPR de la team « Ohana » (pas besoin d'aller en ped pour connaitre Lilo et Stitch !) promo 2021. Nous sommes restées soudées, solidaires et inséparables depuis le début, et ce, malgré mon changement de spécialité. Merci d'avoir été là dans les moments pénibles, de m'avoir soutenue, entourée. Je ne serai sans doute pas arrivée là sans vous. J'espère que l'on aura encore tout plein de bons moments ensemble, à Amiens, à Caen, à Paris, en Auvergne, ou ailleurs !

*A Nagui*, présents l'un pour l'autre depuis l'externat. J'admire ton dévouement pour la médecine, pour tes patients, pour nous, les externes puis internes. Merci pour tout ce que tu as fait et tout ce que tu continues de faire. Continue d'être toi et garde confiance en la personne formidable que tu es.

*A Jérôme*, binôme de choc en validation de la BEO ! Merci de m'avoir « supportée » au quotidien pendant ces mois de coloc improvisée, dans un petit espace, qui ne devait pas durer, mais qui s'est finalement prolongée jusqu'en début de cette année. J'ai apprécié cette façon que l'on avait d'échanger sur nos journées, nos problématiques diverses, et de prendre soin l'un de l'autre lorsque l'un ou l'autre était malade. Je suis heureuse que tu continues à faire partie de ma vie, même si nous avons désormais chacun notre nid, certes, à deux rues l'un de l'autre... ! Merci pour tout.

*A Margaux et Guillaume*, je ne vous remercierais sans doute jamais assez de m'avoir accueillie avec une telle gentillesse et bienveillance. Margaux, je suis contente que tu aies enfin trouvé ta
voie, et je te soutiens à fond dans ton projet ! Je vous souhaite le meilleur pour la suite, dans vos vies professionnelles et personnelles à tous les deux.

*A Marie*, il a suffi d'une discussion « chons » pour nous rapprocher. Je me rappelle encore l'année des ECN comme si c'était hier. Nous avons vécu cette période de révisions interminable ensemble, avec de petites attentions quotidiennes qui faisaient un bien fou. Et depuis, on ne s'est plus quittées. Merci pour ton soutien, ta bonne humeur. Continue de rayonner !

*A Loriane et Romain*, merci à tous les deux pour ces instants partagés autour de la montagne, et du festival de Montagne en Scène. Vous saluerez les Alpes (et Benjamin Védrines) de ma part quand vous allez vous y installer, je vous souhaite le meilleur là-bas.

*A Erwan*, merci d'avoir été un super binôme pendant tout l'externat ! Ensemble dans les groupes, ensemble sur pas mal de gardes, notre soutien mutuel m'a beaucoup aidée. J'ai toujours plaisir à te retrouver.

Et à tous les autres que j'ai eu la chance de côtoyer en tant qu'externe et interne, Clémentine, Hugo, Sarah, Floriane et tant d'autres...

## A mes co-internes de MPR et de Bio,

J'ai eu cette chance de faire partie de deux familles formidables !

*A mes co-internes de MPR* notamment, Émilie, Camille, Arnaud, Akram qui m'ont accompagnée et fait aimer encore plus la spécialité. Enfin, même si elles ne sont plus internes depuis très longtemps, une pensée pour Sophie, Marie et notre aide-soignante préférée Sophie. Merci à toutes et tous pour votre soutien.

*A Ioana*, une pensée à toi et à notre semestre parsemé de difficultés duquel nous nous sommes très bien sorties. Je te souhaite de trouver le bonheur que tu mérites dans l'internat de psychiatrie !

*A mes co-internes de bio*, merci pour cet esprit de solidarité, d'entraide qui m'a beaucoup aidée. Vous avez été d'un immense soutien. Je tiens particulièrement à remercier Ajeeva, Tayaba, Jeanne, Kim pour ce premier semestre de biochimie, Ludivine, Camilia, Yael, Mamoune, Hugo (co-président de la team « vieux » qui font remonter la moyenne d'âge) pour le semestre d'hémato, et Julie, Loubna, Aya, Benoîte, Elissa et Baptiste pour le semestre de bactério. Je n'oublie pas Inès et PV avec qui j'ai passé ce dernier semestre en Génétique. J'espère avoir été
un « niveau 2 » à la hauteur de vos attentes et vous avoir accompagnés au mieux pendant ses 6 mois ensemble. Merci aux internes de bio de la promo que j’ai intégrée et que je n’ai pas cités plus haut, Marie, Olivier et Flo, Ibtissem.

*A Ornesta*, avec qui j’ai partagé de bons moments. J’admire la force avec laquelle tu as traversé ce début d’année. Je te souhaite tout ce qu’il y a de mieux pour la suite, et tu sais que tu pourras toujours compter sur moi, quoiqu’il arrive.

*A mes co-internes de génétique*, que je suis ravie d’avoir côtoyés, mais sur une bien trop courte période. A toi Luana, une co-interne et amie formidable, toujours pleine d’ondes positives et de projets. A Aurélien, pour ta positivité et ton enthousiasme communicatif. Je te souhaite le meilleur pour la suite de ton parcours pro, tu as tout mon soutien ! A Isaure, que je suis contente de d’avoir rencontrée ce semestre. J’ai découvert que nous avions en commun nos vies de baroudeuses, nos séjours en solo à l’étranger pour les études dans des colocs avec des étudiants des quatre coins du monde, dignes de « l’auberge espagnole », sans oublier notre âge avancé pour des internes... !

*A l'équipe de génétique côté labo*, avec qui j'éprouve beaucoup de plaisir à travailler. Merci à *Virginie*, d'avoir pris de ton temps et de ton énergie pour interpréter avec moi les analyses, de m'avoir appris la rigueur, d'avoir été là dans les périodes de difficulté et les nombreux instants de partage. Sache que tu pourras compter sur moi lorsque les temps seront durs. *A Marlène*, pour ta formation ultra précieuse sur le caryotype et la FISH, et nos discussions à propos de nos mésaventures scientifiques et personnelles. Garde ta belle énergie ! Merci à *Estelle* pour sa présence ; une pensée à *Valentin*, côté onco-hémato. A nos deux Docteurs Ingé les plus formidables qui soient, *Walaa et Kahia*. Un peu comme mes sœurs de labo, merci pour cette belle amitié qui m'apporte beaucoup au quotidien. Enfin un immense remerciement à tous les techniciens de cytogénétique et biologie moléculaire, côté onco-hémato et côté constitutionnel sans qui rien ne serait possible ; *Nath, Fred, Didier* (merci pour les kilos de marc de café que tu m'as donné pour éloigner les limaces ! Sans oublier les plusieurs dizaines de cartons mis de côté pour mon déménagement), *Florence* (merci pour tes petites attentions et ta patience à revoir mes caryotypes), *Eléonore* (merci pour ton aide sur les caryotypes), *Francis* (merci pour ton soutien), *Thibaud, Jorick, Elisa* mais aussi *Christelle* (j'espère ne pas avoir été trop envahissante avec mon bazar dans le bureau...), *Alizée, Maxime, Elise*. Merci pour cette ambiance dans la grande pièce de cyto à laquelle la petite touche « d'humour » et « d'humeur du
jour » de chacun contribue. Je pense que c'est ce qui m'a le plus manqué pendant mes stages obligatoires de bio, à n'en pas douter !

A l'équipe de génétique côté clinique, je remercie Mr Morin, Florence, Bénédicte, notre psychologue, nos infirmières et nos secrétaires ainsi que nos trois conseillères en génétique, Bénédicte, Florence et particulièrement Sarah avec qui j'ai aimé partager nos petites sorties !
Merci de m'avoir fait découvrir et aimer la génétique alors que je n'étais que deuxième semestre de MPR.

## Sur un plan plus personnel,

Je remercie tout particulièrement mes meilleurs amis, loin géographiquement mais toujours très proches malgré tout. A Morgan et Alex pour cette longue amitié qui me porte depuis des années.
A Jessy, pour tous ces moments, à la montagne, chez l'une, chez l'autre, à ton mariage, et à l'arrivée de Zac. Merci d'être vous, merci d'être là.

A Mathilde, c'est en vivant des galères similaires que nous nous sommes rapprochées. Je suis heureuse du lien que nous avons maintenant, et j'aime cette façon que l'on a de s'écouter et de pouvoir compter l'une sur l'autre. Et merci de m'éviter d'être la seule fille à la boxe thaï aux entrainements où tu arrives à venir, même si j'y suis habituée depuis un certain temps !

Et à Nicolas, merci d'être toujours là, présent, quoiqu'il arrive. Je n'oublierai jamais cette journée ensemble aux Paralympiques, inoubliable !

A mes anciens beaux-parents, merci pour votre gentillesse, merci d'être là, et de pouvoir compter sur vous dans toutes les situations.

Enfin, j'adresse mes derniers remerciements à ma famille, mes parents et ma sœur. Aucun mot n'est assez fort pour décrire tout ce que vous avez été. Vous avez été d'un soutien sans faille pendant ces années de médecine. Vous avez vécu les moments intenses et les difficultés avec moi. Vous avez été là, à m'encourager, à me freiner quand il le fallait (et c'était souvent), à m'aider à traverser les moments pénibles entourée d'amour. Pour toute cette force que vous m'avez apportée, je vous remercie.
TABLE DES MATIÈRES

INTRODUCTION .................................................................................................................. 13

I. GENERALITES.................................................................................................................. 13

II. ROLE DES CPDPN........................................................................................................ 13

III. ANALYSES GENETIQUES DANS LE CADRE DU DIAGNOSTIC PRENATAL................................ 15

1. Les différents types de prélèvements fœtaux à visée génétique.................................. 15

2. Analyses cytogénétiques.................................................................................................. 16

2.1 Caryotype fœtal.................................................................................................................. 16

2.2 Technique moléculaire d'amplification en chaîne par polymérase fluorescente quantitative, ou « Quantitative fluorescent polymerase chain reaction » (QF-PCR)................ 17

2.3 Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA) .................................................. 19

2.4 Technique d'hybridation fluorescente in situ (FISH).................................................. 20

2.5 Conclusion.......................................................................................................................... 22

3. Étude des gènes par biologie moléculaire : le séquençage d'exome................................ 22

3.1 Généralités sur la méthode.................................................................................................. 22

3.2 Intérêt de l'exome en post-natal et en pré-natal .......................................................... 23

3.2.1. L'exome en post-natal .................................................................................................. 23

3.2.2. L'exome en prénatal .................................................................................................. 24

3.3 Prescription de l'exome en prénatal ........................................................................ 24

OBJECTIFS DE TRAVAIL........................................................................................................ 27

MATÉRIEL ET MÉTHODES .................................................................................................... 28

I. COHORTE D'ETUDE........................................................................................................ 28

II. METHODE DU SEQUENÇAGE D'EXOME................................................................ 30

1. Extraction d'ADN génomique.................................................................................. 30

2. Préparation des libraires .................................................................................................. 30

3. Enrichissement .................................................................................................................. 31

4. Séquençage.......................................................................................................................... 31

5. Analyse bioinformatique .................................................................................................. 32

6. Interprétation clinico-biologique et classification des variants .................................. 33

RÉSULTATS.......................................................................................................................... 35

I. DONNEES GENERALES .................................................................................................... 35

1. Prescriptions de séquençage d'exome depuis 2021 .................................................... 35

2. Synthèse des indications du séquençage d'exome.................................................... 36

II. ANOMALIES GENIQUES IDENTIFIÉES AU SEQUENÇAGE D'EXOME .................................... 36

III. IMPACT DU RESULTAT D'EXOME SUR L'ISSUE DE LA GROSSESSE EN COURS.................. 38

DISCUSSION .......................................................................................................................... 46

I. RENDEMENT DIAGNOSTIC DE L'EXOME .................................................................... 46

II. IMPACT DU RESULTAT DU SEQUENÇAGE D'EXOME SUR LA DECISION D'IMG .................... 48
<table><tr><td>III. LIMITES</td><td>50</td></tr><tr><td>PERSPECTIVES</td><td>52</td></tr><tr><td>CONCLUSION</td><td>53</td></tr><tr><td>RÉFÉRENCES BIBLIOGRAPHIQUES</td><td>54</td></tr></table>
# INTRODUCTION

## I. Généralités

Des anomalies congénitales, qu'elles soient isolées ou multiples, surviennent pour 2-4% des grossesses [1]. L'échographie fœtale constitue un examen clé pour déceler ces anomalies. Leur sévérité est variable allant d'une discrète augmentation de la clarté nucale à des pathologies léthales à court terme. Elles peuvent avoir pour conséquences le développement d'un handicap après la naissance, un décès prématuré ou encore une mort fœtale *in utero*. Bien qu'une part importante de ces malformations congénitales demeure sans cause identifiée, plusieurs étiologies sont bien connues. Il est notamment retrouvé des causes infectieuses (cytomégalovirus (CMV), rubéole, toxoplasmose, syphilis, virus d'immunodéficience humaine (VIH)), maternelles (diabète, endocrinopathie), toxiques (médicaments, alcool), multifactorielles (interaction gènes-environnement). Cependant, ces anomalies congénitales sont principalement d'origine génétique [2].

En France, la gestion des grossesses avec anomalies congénitales est étroitement effectuée en lien avec les Centres Pluridisciplinaires de Diagnostic Prénatal (CPDPN), qui jouent un rôle clé dans la prise en charge.

## II. Rôle des CPDPN

Ces centres, constitués par la loi de bioéthique de 1994, fonctionnent depuis 1999, date de parution des décrets de d'application de cette loi. En 2022, le territoire français comptait 48 CPDPN autorisés par l'agence de la Biomédecine. Chaque centre requiert une équipe pluridisciplinaire de praticiens détenant des compétences cliniques et biologiques en contexte prénatal. Cette équipe doit au minimum inclure un obstétricien, un échographiste, un médecin généticien et un médecin spécialisé en pédiatrie/néonatologie. La présence d'un biologiste, d'un psychologue ou d'un psychiatre est optionnelle.

Le CPDPN a pour mission d'aider les équipes médicales, la femme, les couples dans l'analyse, la prise de décision et le suivi de la grossesse lorsqu'une anomalie fœtale est
objectivée ou suspectée, et lorsque le risque de transmission d'une maladie génétique conduit à
envisager un diagnostic prénatal ou préimplantatoire.

En France, trois échographies, soit une par trimestre, sont recommandées au cours de la grossesse et ont chacune des objectifs propres (tableau 1). Un avis consultatif auprès du CPDPN est sollicité par la sage-femme ou le médecin suivant la grossesse lorsqu'une anomalie fœtale est constatée lors du suivi échographique. Une échographie de référence est alors pratiquée par un échographiste expert du centre. Cet examen consiste en une analyse morphologique minutieuse afin de statuer sur la présence ou non de cette anomalie, d'en préciser la gravité, et de rechercher d'autres signes associés. Le dossier est ensuite présenté et examiné lors d'une réunion pluridisciplinaire, au cours de laquelle il est discuté la pertinence de réaliser des explorations biologiques (génétiques, infectieuses, biochimiques), d'éventuelles imageries complémentaires, et de façon plus globale, la conduite à tenir pour la suite de la grossesse jusqu'à l'accouchement. Les différents examens proposés ne sont réalisés qu'après information éclairée de la femme/du couple et le recueil de leur consentement.

<table><caption>**Tableau 1.** Échographies recommandées aux différents stades de la grossesse avec leurs objectifs respectifs.</caption><thead><tr><td>Age gestationnel</td><td>Echographie</td><td>Objectifs</td></tr></thead><tbody><tr><td>11 SA - 13 SA +6j</td><td>Echographie de datation</td><td><ul><li>Détermination de la date de début de grossesse et la localisation (grossesse intra ou extra-utérine)</li><li>Recherche d'une grossesse multiple, examen de la vitalité fœtale</li><li>Mesure de la clarté nucale (indicateur de risque d'anomalies chromosomiques)</li><li>Dépistage de certaines malformations fœtales précoces</li></ul></td></tr><tr><td>20 SA - 24 SA + 6j</td><td>Echographie morphologique</td><td><ul><li>Recherche de signes malformatifs</li><li>Biométries fœtales (BIP, PA, PC, DAT, LF)</li><li>Appréciation de la quantité de liquide amniotique et localisation du placenta</li></ul></td></tr><tr><td>30 SA - 34 SA + 6j</td><td>Echographie de croissance</td><td><ul><li>Recherche de signes malformatifs, et biométries fœtales</li><li>Appréciation de la quantité de liquide amniotique et localisation du placenta</li><li>Détermination de la présentation fœtale</li></ul></td></tr></tbody></table>

Abréviations : BIP, diamètre bipariétal ; PA, périmètre abdominal ; PC, périmètre crânien ; DAT, diamètre abdominal transverse, LF, longueur fémorale ; SA, semaines d'aménorrhée.

Par ailleurs, à la demande de la femme/du couple, le CPDPN évalue aussi la recevabilité d'une demande d'interruption médicale de grossesse (IMG). Le cadre législatif de l'IMG est défini par la loi de Bioéthique de 1994, révisée en 2004 puis en 2011 et l'article L2213-1 du Code de Santé Publique. La loi autorise cette procédure médicale après discussion
pluridisciplinaire, et l'accord de deux médecins du centre attestant par écrit « soit que la poursuite de la grossesse met en péril grave la santé de la femme, soit qu'il existe une forte probabilité que l'enfant à naître soit atteint d'une affection d'une particulière gravité reconnue comme incurable au moment du diagnostic ». Contrairement à l'interruption volontaire de grossesse légalement permise jusqu'à 16 SA, en France, l'IMG est recevable à tout moment de la grossesse.

Selon le dernier rapport de l'Agence de la Biomédecine, les IMG dans le cadre de pathologies fœtales représentent environ 9,4 grossesses pour 1000 naissances. Les malformations ou syndromes polymalformatifs (44,6%) et les indications chromosomiques (42,8%), sont les deux principales indications d'IMG pour motif fœtal [3]. Les autres indications, géniques (7,1%), infectieuses (0,5%), autres causes fœtales (4,9%), sont moins fréquentes.

### III. Analyses génétiques dans le cadre du diagnostic prénatal

#### 1. Les différents types de prélèvements fœtaux à visée génétique

Les examens génétiques peuvent être pratiqués sur plusieurs types de prélèvements fœtaux lorsque la grossesse est en cours. L'âge gestationnel détermine en partie le type de prélèvement envisagé. Préalablement au geste, la patiente doit être clairement informée du risque de fausse couche inhérent à la technique. L'âge gestationnel, les avantages et inconvénients de chacune des techniques sont décrits dans le tableau 2. Le prélèvement de sang fœtal ponctionné au cordon est peu pratiqué en cours de grossesse compte tenu de la morbidité importante du geste, mais plutôt effectué post-mortem (mort fœtale in utero, IMG). Il est à noter que les analyses sont également réalisables sur du tissu fœtal également recueilli post-mortem.
<table><caption>Tableau 2. Les différents prélèvements invasifs prénataux à visée génétique.</caption><thead><tr><td>Type de prélèvement</td><td>Age gestationnel</td><td>Estimation du risque de fausse couche</td><td>Avantages</td><td>Inconvénients</td></tr></thead><tbody><tr><td>Ponction de villosités choriales (PVC)<br/>- recueil de cellules trophoblastiques</td><td>11-14 SA</td><td>1-2%</td><td>Résultat précoce</td><td><ul><li>Risque de contamination maternelle du prélèvement (majoré par rapport à la ponction de liquide amniotique)</li><li>Détection de mosaïques confinées au placenta</li></ul></td></tr><tr><td>Ponction de liquide amniotique (PLA)<br/>- recueil d'amniocytes</td><td>À partir de 17-18 SA</td><td>0,5-1%</td><td>Risque de fausse couche le plus faible</td><td><ul><li>Risque de contamination maternelle du prélèvement</li></ul></td></tr><tr><td>Ponction de sang fœtal<br/>(sang du cordon ombilical)</td><td>À partir de 22 SA</td><td>3%</td><td>Résultat précoce, meilleure résolution du caryotype</td><td><ul><li>Morbidité importante</li></ul></td></tr></tbody></table>

Abréviation : SA, semaines d'aménorrhée

## 2. Analyses cytogénétiques

### 2.1 Caryotype fœtal

Cette analyse de cytogénétique permet de rechercher des anomalies de nombre et de structure des chromosomes. Historiquement, il s'agit de la première technique de cytogénétique utilisée en laboratoire.

Le caryotype en prénatal peut s'effectuer sur plusieurs types de cellules, notamment des amniocytes ou des cellules trophoblastiques, respectivement obtenues après ponction de liquide amniotique ou de villosités choriales. Après 10-15 jours de culture, les cellules sont bloquées au stade métaphase par l'ajout de colchicine. Les cellules sont ensuite soumises à un choc hypotonique afin de fragiliser les membranes et obtenir un étalement optimal des chromosomes sur lame, puis fixées à l'aide d'un mélange méthanol-acide acétique, et étalées sur lame. Enfin, les lames sont dénaturées par la chaleur (obtention de bandes R), ou méthode enzymatique par la trypsine (obtention de bandes G) avant d'être colorées au Giemsa. Une quinzaine de métaphases sont analysées (figure 1).

La résolution du caryotype est d'environ 5-10 mégabases (Mb). Il a été montré qu'il pouvait déceler des anomalies chromosomiques chez environ 9% de fœtus présentant des anomalies échographiques [4].
Cependant, cette technique comporte des limites. En effet, les déséquilibres génomiques de petite taille, inférieurs à 5-10Mb, sont manqués. Aussi, le caryotype ne permet pas la recherche des variations géniques. Par ailleurs, la nécessité d'une culture cellulaire sur plusieurs jours entraine un long délai de rendu et expose à un risque d'échec de culture.

<figure><img src="image_4.png" /><figcaption>Figure 1. Caryotype de formule masculine sans anomalie notable.</figcaption></figure>

## 2.2 Technique moléculaire d'amplification en chaîne par polymérase fluorescente quantitative, ou « Quantitative fluorescent polymerase chain reaction » (QF-PCR)

La QF-PCR est une technique de biologie moléculaire utilisée dans le cadre du diagnostic prénatal pour évaluer la contamination maternelle du prélèvement fœtal et mettre en évidence une éventuelle aneuploïdie des chromosomes 13, 18, et 21 ou une dysgonosomie.

Cette technique est basée sur l'étude de marqueurs microsatellites, des séquences d'ADN non codantes constituées d'une répétition continue de motifs de plusieurs nucléotides. Ces régions hautement polymorphes varient en fonction des individus et de l'allèle étudié. Le polymorphisme de ces séquences permet, dans le contexte prénatal, de différencier l'ADN
maternel de l'ADN fœtal et ainsi d'estimer la contamination maternelle du prélèvement. Par ailleurs, les microsatellites étudiés sont localisés sur les chromosomes 13, 18, 21, X et Y, rendant possible le dénombrement des allèles pour ces cinq chromosomes, et par conséquent le dépistage d'une aneuploïdie (Figure 2). Il est à noter qu'une contamination maternelle du prélèvement fœtal >20% rend difficilement détectable une aneuploïdie et ne permet pas la poursuite d'analyses génétiques sur cet ADN, il devient alors nécessaire d'attendre la culture.

La QF-PCR se réalise sur de l'ADN extrait de prélèvements fœtaux, sans nécessité de culture cellulaire préalable. Les séquences d'intérêt sont amplifiées par PCR multiplex fluorescente puis les produits obtenus migrent sur un séquenceur capillaire, permettant une analyse des fragments.

Toutefois, cette technique ne permet pas de caractériser le mécanisme de survenue de cette aneuploïdie (via une translocation, ou libre et homogène) et n'exclue pas l'existence d'autres anomalies chromosomiques.

<figure><img src="image_5.png" /><figcaption>Figure 2. Résultat de QF-PCR mettant en évidence une trisomie 21.</figcaption></figure>
## 2.3 Analyse Chromosomique sur Puce à ADN (ACPA)

L'ACPA est une technique de cytogénétique moléculaire pangénomique qui permet de mettre en évidence des anomalies chromosomiques déséquilibrées, c'est-à-dire des gains (duplications) ou des pertes (délétions) de matériel chromosomique appelés CNV (Copy Number Variation), en comparaison avec un génome témoin.

Tout d'abord, une même quantité d'ADN témoin et d'ADN patient est marquée par deux fluorochromes de couleur différente, puis déposés sur une lame de verre où sont fixées des sondes d'oligonucléotides spécifiques de régions couvrant l'intégralité du génome. Les deux ADN vont entrer en compétition pour s'hybrider de manière complémentaire aux oligonucléotides simple brin présents sur la lame. Il est à noter que le nombre de sondes sur la lame varie selon la résolution de l'analyse voulue. Après hybridation, les lames sont lues à l'aide d'un scanner et un rapport d'intensité de fluorescence est établi pour chaque sonde. Les données obtenues sont traitées par un logiciel dédié et représentées sous forme de graphe. Les résultats sont exprimés, pour chacune des sondes, sous forme d'un log ratio dont la déviation permettra de mettre en évidence un déséquilibre génomique. Pour les régions dépourvues d'anomalie structurelle, les rapports d'hybridation sont proches de 0. En revanche, un log ratio de -1 suggère une délétion hétérozygote, tandis qu'un log ratio de 0,58 oriente plutôt vers une duplication (figure 3). Les CNV obtenus sont ensuite interprétés grâce aux bases de données dédiées et classés selon la classification de l'American College of Medical Genetics and Genomics (ACMG) en, bénin, probablement bénin, pathogène, probablement pathogène ou variation de signification incertaine.

Cette analyse détecte les remaniements avec une résolution très supérieure au caryotype, de l'ordre de 600 kilobases (kb), ce qui en fait désormais un examen génétique de première intention en prénatal, comme en post-natal. En prénatal, elle est prescrite après avis du CPDPN dans le cadre d'indications chromosomiques afin de caractériser un remaniement chromosomique identifié au caryotype (si celui-ci a été réalisé au préalable), de signes d'appels échographiques (clarté nucale ≥3,5mm, retard de croissance intra-utérin (RCIU) <3ème percentile sans étiologie, syndromes malformatifs, les signes isolés discutés au cas par cas). Elle se réalise directement sur l'ADN extrait du prélèvement foetal, sans nécessité de culture cellulaire, diminuant, par conséquent, le délai de rendu par rapport au caryotype conventionnel.
En prénatal, il a été décrit que l'ACPA permet d'objectiver des remaniements
génomiques chez 6% des fœtus présentant des signes d'appel échographiques avec un caryotype
sans anomalie. [4].

Toutefois, l'ACPA ne décèle pas les remaniements chromosomiques équilibrés telles
que les translocations équilibrées ou les inversions, et les anomalies en mosaïque faible. D'autre
part, cette technique ne permet pas détecter les variations ponctuelles dans une séquence
génique.

<table><thead><tr><th>Chr</th><th>Min Start-Stop(bp)<br>Max Start-Stop(bp)</th><th>Min Cytoband<br>Max Cytoband</th><th>Min Size(kb)<br>Max Size(kb)</th><th>#Probes</th><th>Amp/Gain/<br>Loss/Del</th><th>P-value</th></tr></thead><tbody><tr><td>chr14</td><td>22200973-22983018<br>22192402-22996301</td><td>q11.2<br>q11.2</td><td>782.046<br>803.9</td><td>70</td><td>0.213</td><td>NA</td></tr><tr><td>chr15</td><td>20432851-22558756<br>20190608-22765627</td><td>q11.1 - q11.2<br>q11.1 - q11.2</td><td>2,125.906<br>2,575.02</td><td>35</td><td>0.457</td><td>NA</td></tr><tr><td>chr16</td><td>32573808-34702366<br>32471685-34727291</td><td>p11.2 - p11.1<br>p11.2 - p11.1</td><td>2,128.559<br>2,255.607</td><td>43</td><td>0.256</td><td>NA</td></tr></tbody></table>

Amp=Amplification Del=Deletion

Total Amp/Gain/Loss/Del Intervals: 3

<figure><img src="image_6.png" /><figcaption>**Figure 3.** Résultat d'ACPA montrant trois potentielles duplications sur les chromosomes 14, 15, 16.</figcaption></figure>

## 2.4 Technique d'hybridation fluorescente in situ (FISH)

La technique de FISH permet d'étudier de manière ciblée des séquences
chromosomiques définies à la recherche d'anomalies de nombre ou de structure, avec une
meilleure résolution que le caryotype (100-500kb).
Cette analyse utilise des sondes d'ADN spécifiques de la région d'intérêt, marquées par un fluorochrome. Après dénaturation de l'ADN cible, les sondes également dénaturées s'hybrident par complémentarité à la séquence étudiée, et les préparations sont ensuite analysées en microscopie à fluorescence.

Elle s'effectue sur des chromosomes en métaphase, issus d'amniocytes ou cellules trophoblastiques cultivées. Néanmoins, elle se réalise aussi, particulièrement en contexte prénatal, sur des cellules en interphase (figure 4), permettant ainsi de s'affranchir de l'étape de culture cellulaire et de réduire de délai de rendu du résultat (24h-48h). Elle détecte les microdélétions récurrentes, les aneuploïdies et des mosaïcismes, selon la sonde utilisée.

Elle présente cependant des limites. Cette technique très spécifique se concentre uniquement sur une séquence chromosomique d'intérêt, ciblée par les sondes utilisées, et n'élimine pas l'existence d'une autre anomalie chromosomique. Par ailleurs, la contamination maternelle du prélèvement fœtal ne peut être évaluée.

<figure><img src="image_7.png" /><figcaption>**Figure 4.** FISH interphasique en faveur d'une trisomie 21. Elle met en évidence 3 chromosomes 21 (marquage rouge), 2 chromosomes 18 (marquage bleu), 2 chromosomes 13 (marquage vert).</figcaption></figure>
## 2.5 Conclusion

Les examens de cytogénétique ACPA/caryotype permettent de détecter des anomalies chromosomiques chez des fœtus présentant des signes d'appels échographiques. L'association de ces différentes techniques, présentant une approche pan-génomique, permet de détecter la très grande majorité des remaniements chromosomiques pathogènes. Cependant, dans plus de 80% des cas, la cause de la pathologie fœtale demeure non identifiée. C'est dans ce contexte qu'a été introduit en prénatal, l'étude des gènes à grande échelle, *via* le Séquençage Haut Débit (SHD).

# 3. Étude des gènes par biologie moléculaire : le séquençage d'exome

Plusieurs techniques de séquençage peuvent être utilisées dans le cadre du diagnostic prénatal notamment le séquençage Sanger, l'analyse de panels de gènes, le séquençage d'exome ou de génome. Ce dernier étant encore peu développé en prénatal, il ne sera pas évoqué dans cette partie du travail. Par ailleurs, les techniques de séquençage Sanger et d'analyse de panels de gènes sont des analyses ciblées, respectivement prescrites en cas de connaissance d'une variation intra-familiale ou d'une forte suspicion des pathologies génétiques bien connues, et ne seront pas traitées dans ce travail.

## 3.1 Généralités sur la méthode

Le séquençage d'exome est un type de SHD, c'est-à-dire une méthode qui permet de séquencer rapidement, massivement et simultanément des millions de fragments d'ADN.

Contrairement au séquençage de génome, l'exome cible exclusivement les séquences exoniques du génome. Les exons constituent la fraction du génome codant des protéines et en représente environ 1,5%. D'autre part, il est connu que 85% des pathologies génétiques causées par des anomalies géniques sont localisées dans les exons [5]. Cette approche présente donc un intérêt majeur dans l'exploration des maladies monogéniques à l'origine des signes d'appels échographiques fœtaux, pour lesquels les hypothèses diagnostiques peuvent être larges.
En prénatal et post-natal, le séquençage d'exome s'effectue généralement en trio (les deux parents biologiques et le cas index) afin de filtrer et de faciliter l'interprétation des variants obtenus. Ceci permet d'éliminer les variants non informatifs, d'identifier les variants de novo (présents chez le fœtus et absents chez les parents sains) et déterminer l'origine parentale des variants hétérozygotes. L'analyse du cas index seul est également réalisable mais offre un moins bon rendement diagnostic [6][7]. Le protocole de la technique est décrit dans la partie « matériel et méthodes ».

## 3.2 Intérêt de l'exome en post-natal et en prénatal

### 3.2.1. L'exome en post-natal

L'utilisation de l'exome dans le diagnostic des maladies génétiques est récente, avec des premières publications aux alentours des années 2010.

Un nombre important d'études ont été menées sur des populations pédiatriques, plus rarement chez l'adulte, et ont fait l'objet de plusieurs méta-analyses [7][8][6][9]. Dans ces études, l'exome ou le génome, était prescrit en 1<sup>ère</sup> ou en 2<sup>ème</sup> intention après des examens de génétique conventionnels, c'est-à-dire l'ACPA, le caryotype et la QF-PCR. Il a été montré que les analyses de séquençage d'exome/génome fournissaient un meilleur rendement diagnostique que les examens génétiques conventionnels. Le rendement global de l'exome variait entre 23% et 38% selon la méta-analyse, avec un meilleur rendement lorsque l'indication était d'ordre neurologique [6]. Par ailleurs, le séquençage d'exome/génome présenterait un impact clinique majeur, puisqu'en établissant un diagnostic, la prise en charge serait optimisée, les hospitalisations et les tests inutiles réduits, limitant ainsi l'errance diagnostique.

En post-natal, l'ACMG recommande le séquençage d'exome/génome en 1<sup>ère</sup>, ou en 2<sup>ème</sup> intention après une ACPA ou un examen génétique ciblé négatif chez les enfants de moins de 1 an avec une anomalie congénitale ou plus, ou un retard développemental, une déficience intellectuelle pour les patients de moins de 18 ans [10]. Le séquençage d'exome a aussi été testé dans d'autres indications incluant les maladies cardiaques, rénales, ophtalmologiques, oncologiques, mitochondriales, les déficits immunitaires et la petite taille, et certaines pathologies aigues (défaillance respiratoire, épilepsie, maladies métaboliques, choc, altération de l'état mental, arrêt cardiaque) [11].
### 3.2.2. L'exome en prénatal

En prénatal, le séquençage d'exome n'est seulement intégré au diagnostic génétique que depuis les années 2018-2019. Plusieurs dizaines d'études d'effectif variable ont déjà été publiées et ont démontré son intérêt majeur en présence de signes d'appels échographiques. Elles ont fait l'objet d'une méta-analyse en 2021 [12], qui rapporte un rendement de 31%, chez des fœtus avec signes d'appel échographiques et ACPA/caryotype sans anomalie.

Encore peu d'études ont été réalisées sur l'impact clinique du résultat du séquençage d'exome [13][14][15][16][17][18]. Bien que les anomalies échographiques puissent être informatives sur le pronostic du fœtus, un diagnostic génétique établi est déterminant. Il a été montré qu'un résultat d'exome contributif aiderait à produire un conseil génétique précis et pertinent. Par ailleurs, qu'il soit positif ou négatif, le résultat influencerait la prise de décision parentale quant à l'issue de la grossesse en cours (poursuite de la grossesse ou IMG). Si elle est poursuivie, il guiderait l'équipe médicale et les parents sur la gestion de l'accouchement et des soins périnataux et néonataux en rendant possible une intervention précoce. D'autre part, il orienterait la gestion des grossesses futures notamment *via* la mise en place d'un diagnostic prénatal précoce ou d'un diagnostic pré-implantatoire. Enfin, dans quelques cas, la mise en évidence d'un variant pathogène chez le fœtus a permis d'établir le diagnostic génétique d'un des deux parents lorsqu'il s'agissait d'un variant hérité d'un parent affecté par une pathologie non diagnostiquée jusqu'alors.

## 3.3 Prescription de l'exome en prénatal

Malgré un nombre croissant d'études, il n'existe pas de recommandation nationale ou internationale claire, relative à la prescription de l'exome en prénatal. Les modalités de prescription sont donc hétérogènes et varient en fonction des centres. Néanmoins, il existe des « aides à la prescription » qui permettent d'orienter en fonction du phénotype et des examens de génétique déjà réalisés.
En 2018, l'International Society for Prenatal Diagnosis en lien avec deux autres groupes publie un article à propos de l'usage de l'exome dans le cadre d'un diagnostic fœtal [19]. Il est proposé de le réaliser dans ces situations :

* Le fœtus est porteur d'une anomalie échographique majeure ou des anomalies touchant plusieurs systèmes en faveur d'une étiologie génétique, avec une ACPA non contributive.

* En présence d'antécédents maternel ou paternel de fœtus/d'enfants avec une ou plusieurs anomalies faisant évoquer une pathologie génétique non explorée jusqu'alors, et des signes de récurrence pour la grossesse en cours avec une ACPA non contributive

* Un antécédent de fausses couches à répétition d'étiologie inconnue après caryotype et ACPA non contributifs, et une récurrence des anomalies lors de la grossesse en cours.

L'ACMG publie en 2020 un nouveau travail indiquant que cet examen doit être envisagé devant un fœtus avec anomalies échographiques et une ACPA ainsi qu'un caryotype sans anomalie [1]. Si les images échographiques sont fortement évocatrices d'un diagnostic génétique précis, un panel de gènes ou une analyse moléculaire ciblée doit précéder le séquençage d'exome. Compte tenu des données actuelles, l'ACMG ne conseille pas d'effectuer l'exome dans d'autres indications telles qu'un antécédent de fausses couches à répétition.

Au CHU d'Amiens, la prescription du séquençage d'exome est discutée en réunion pluridisciplinaire. De manière globale, il est indiqué en présence d'un fœtus avec certains signes d'appel échographiques lorsque les explorations cytogénétiques reviennent négatives et qu'une étiologie génétique est hautement suspectée (figure 5). Il n'est effectué qu'après information des parents, et recueil du consentement, rendu légalement obligatoire par le Code Santé Publique et la loi de Bioéthique.
<figure><img src="image_8.png" /><figcaption>Figure 5. Stratégie de prescription du séquençage d'exome au CPDPN du CHU d'Amiens.</figcaption></figure>
OBJECTIFS DE TRAVAIL

Dans le contexte prénatal, un diagnostic génétique peut permettre d'estimer le pronostic
du fœtus, d'aider la décision parentale et à la prise en charge en période péri-natale, ainsi qu'à
la gestion des grossesses futures.

Compte tenu de l'absence de recommandation nationale et de la relative hétérogénéité
dans la prescription du séquençage d'exome en prénatal selon les centres, les objectifs de ce
travail rétrospectif mené au CHU d'Amiens ont été les suivants :

1. Analyser les indications de prescription du séquençage d'exome depuis sa mise en place en prénatal au CHU d'Amiens-Picardie

2. Déterminer le rendement diagnostique du séquençage d'exome en fonction des indications.

3. Évaluer l'impact du résultat de cet examen génétique sur l'issue de la grossesse en cours (demande d'IMG ou poursuite de la grossesse)
# MATÉRIEL ET MÉTHODES

## I. Cohorte d'étude

Ce travail est une étude rétrospective monocentrique, menée au CHU Amiens-Picardie entre août 2021 et mai 2025. La population d'intérêt a été identifiée par le logiciel de gestion du laboratoire de génétique TD-Genet. Les fœtus sélectionnés ont fait l'objet d'un adressage au CPDPN d'Amiens pour présence d'un ou plusieurs signes d'appel échographiques, et qui ont motivé la réalisation de prélèvements à visée génétique.

Les données ont été recueillies à partir des dossiers médicaux informatisés du CHU Amiens-Picardie (logiciel DxCare) ainsi que de la base de données du laboratoire de génétique (TD-Genet).

### Critères d'inclusion :

* Grossesse suivie entre le 1er août 2021 et 31 mai 2025.

* Grossesse avec signe(s) d'appel échographique(s) nécessitant une expertise du CPDPN du CHU Amiens-Picardie.

* Patiente ayant bénéficié d'une échographie de référence au CHU Amiens-Picardie dans le cadre du diagnostic prénatal et éventuellement une IRM fœtale, identifiant une/des anomalie(s) fœtale(s).

* Patiente ayant bénéficié d'un prélèvement à visée génétique après discussion du dossier au CPDPN recueil du consentement parental.

* Patiente ayant bénéficié d'un séquençage d'exome en trio dont la réalisation a été validée au CPDPN, après une QF-PCR et une ACPA non contributives au diagnostic.

* Avoir à disposition les résultats du séquençage d'exome.

Tous les dossiers ne répondant pas aux critères d'inclusion ont été exclus de l'étude.

Pour chaque fœtus inclus, différents paramètres ont été recueillis notamment le(s) signe(s) d'appel échographique(s), la réalisation ou non d'une IMG, la date de signature d'attestation d'IMG, la date de prescription et de rendu du séquençage d'exome, la version de l'exome utilisée (v7 ou v8) le résultat d'exome ainsi que le type de variant obtenu.
Les anomalies fœtales ont été classées selon la classification exposée ci-après (tableau 3).

Un fœtus présentant un ou des signes d'appel regroupés dans une seule catégorie était considéré comme porteur d'un phénotype isolé. Un fœtus présentant des anomalies regroupées dans deux catégories ou plus, était considéré comme porteur d'un phénotype complexe.

<table><caption>Tableau 3 : Classification des signes d'appel échographiques.</caption><thead><tr><th colspan="3">Signes d'appel échographiques</th></tr></thead><tbody><tr><td rowspan="5">Liquide/mobilité</td><td>Hyperclarté nucale</td><td>Ascite</td></tr><tr><td>Hydramnios</td><td>Pieds bots</td></tr><tr><td>Oligoamnios</td><td>Arthrogrypose</td></tr><tr><td>Anasarque</td><td></td></tr><tr><td>Ventriculomégalie</td><td>Anomalies corticales</td></tr><tr><td rowspan="5">Système nerveux central</td><td>Microcéphalie</td><td>Anomalies cérébelleuses</td></tr><tr><td>Mégalencéphalie</td><td>Agénésie septale</td></tr><tr><td>Anomalies du corps calleux</td><td>Kyste cérébral</td></tr><tr><td>Encéphalocèle</td><td>Colpocéphalie</td></tr><tr><td>Fente palatine</td><td>Microptalmie</td></tr><tr><td rowspan="3">Face</td><td>Fente labiale/labio alvéolo palatine</td><td>Cataracte</td></tr><tr><td>Anomalies oreille externe</td><td>Rétrognathisme</td></tr><tr><td></td><td></td></tr><tr><td rowspan="7">Os/croissance</td><td>RCIU</td><td>Fractures</td></tr><tr><td>PAG</td><td>Fémurs incurvés</td></tr><tr><td>Macrosomie</td><td>Anomalies radiales</td></tr><tr><td>Os longs courts</td><td>Ectrodactylie</td></tr><tr><td>Craniosténose</td><td>Micromélie</td></tr><tr><td>Polydactylie</td><td>Anomalie segmentation vertébrale</td></tr><tr><td>Hypodactylie</td><td></td></tr><tr><td rowspan="4">Coeur</td><td>Hypertrophie ventriculaire</td><td>Hétérotaxie</td></tr><tr><td>Tumeur cardiaque</td><td>Canal interventriculaire</td></tr><tr><td>Transposition des gros vaisseaux</td><td>Canal atrioventriculaire</td></tr><tr><td></td><td>Tétralogie de Fallot</td></tr><tr><td rowspan="8">Thorax/abdomen/pelvis</td><td>Mégavessie</td><td>Dilatation digestive</td></tr><tr><td>Hernie diaphragmatique</td><td>Atrésie digestive</td></tr><tr><td>Malformations anorectales</td><td>Hypospade</td></tr><tr><td>Omphalocèle</td><td>Ectopie testiculaire</td></tr><tr><td>Colon hyperéchogène</td><td>Sténose duodénale</td></tr><tr><td>Rein kystique</td><td>Ambiguïté sexuelle</td></tr><tr><td>Rein bifide</td><td>Agénésie rénale</td></tr><tr><td>Rein atrophique</td><td></td></tr></tbody></table>

Abréviations : PAG, petit poids pour l'âge gestationnel ; RCIU, retard de croissance intra-utérin.
## II. Méthode du séquençage d'exome

### 1. Extraction d'ADN génomique

Les ADNs maternel et paternel sont extraits à partir des leucocytes présents dans l'échantillon de sang prélevé. Cette technique est automatisée et s'effectue sur l'automate EZ1 Advanced XL (Qiagen®) à l'aide du kit EZ1® DNA Blood 350µL QIAGEN.

L'ADN fœtal est extrait de PVC, PLA, tissu ou sang fœtal par deux méthodes différentes selon la taille du culot cellulaire recueilli après centrifugation. Lorsque que le culot cellulaire est de taille suffisante, l'extraction peut s'effectuer sur l'automate EZ1. Si le culot cellulaire s'avère faible, une extraction manuelle est privilégiée.

### 2. Préparation des libraires

La première étape consiste en une fragmentation de l'ADN en millions de fragments de 150 à 300 paires de bases.

Pour « l'exome v7 », il s'agit d'une fragmentation enzymatique manuelle avec le kit SureSelect XTHS Enzymatic Fragmentation (Agilent Technologies®). Pour « l'exome v8 », il s'agit d'une fragmentation automatisée sur Magnis NGS Prep System (Agilent Technologies®).

Des adapteurs sont ensuite ajoutés aux extrémités des fragments. Ils contiennent le site de liaison de l'amorce pour les réactions de PCR et le site de liaison à la plaque, ou « Flowcell ». Sur cette « Flowcell », sont fixées des séquences complémentaires des adaptateurs. Un codebarre spécifique de chaque patient, ou index, est également ajouté, rendant possible le mélange des patients sur une même plaque, puis leur distinction selon cet index.

Après ces étapes, une première amplification du génome par PCR est effectuée.
### 3. Enrichissement

Il s'agit d'une étape de sélections des fragments d'intérêt. Les régions exoniques sont capturées grâce au système biotine-streptavidine puis amplifiées par PCR (kit SureSelect Human all Exon v7, SureSelect Human all Exon v8 ; Agilent Technologies®) sur le système Magnis NGS Prep System (Agilent Technologies®).

Après un dosage de la quantité d'ADN amplifié, les ADN des patients sont poolés de façon équimolaire.

### 4. Séquençage

Le séquençage est réalisé sur le séquenceur NextSeq550 (Illumina®).

Les fragments précédemment amplifiés se fixent sur la « Flowcell » via leur adapteur et subissent une nouvelle amplification clonale en pont, formant ainsi des clusters (figure 6).

<figure><img src="image_9.png" /><figcaption>**Figure 6 : Amplification en pont et formation des clusters.** Source : Georget M, Pisan E. Approches diagnostiques basées sur le séquençage à haut débit [20]</figcaption></figure>

La réaction de séquençage proprement dite s'effectue par synthèse. Simultanément au sein de chaque cluster, des nucléotides fluorescents sont incorporés de façon complémentaire
au brin matrice. A chaque nucléotide ajouté, le signal fluorescent généré est lu, permettant de déterminer la séquence du fragment (figure 7).

<figure><img src="image_10.png" /><figcaption>**Figure 7 :** Identification de chaque nucléotide via la lecture du signal fluorescent émis après excitation par un laser. Source : Georget M, Pisan E. Approches diagnostiques basées sur le séquençage à haut débit [20]</figcaption></figure>

**5. Analyse bioinformatique**

Les analyses bio-informatiques sont réalisées à l'aide de la solution Alissa pour les exomes v7 et de la solution SeqOne pour les exomes v8.

La première étape consiste en un démultiplexage, c'est-à-dire l'attribution de chaque lecture au patient correspondant grâce à son index.

A partir des lectures de fluorescence, un fichier .fastq contenant les différentes séquences obtenues est créé. Les séquences sont alignées sur un génome de référence GRCh37/hg19, pour Genome Reference Consortium 37 ou Human Genome 19 (fichier .bam), puis les variations par rapport à la séquence de référence sont identifiées (fichier .vcf).

Deux paramètres analytiques permettent de s'assurer de la qualité du séquençage.

Tout d'abord, la profondeur (exprimée en X), correspondant au nombre de lectures pour un nucléotide donné, et la couverture, se référant à une fraction de séquence couverte avec une profondeur suffisante. La profondeur moyenne sur l'exome entier doit être supérieure à 100X et la couverture minimale admise est de 10X sur plus de 90-95% de la séquence, suivant les
recommandations établies par l'ACMG. Pour l'exome en trio, un seuil de profondeur plus bas (>70X) peut être accepté.

**6. Interprétation clinico-biologique et classification des variants**

Il s'agit ici de déterminer si les variations génomiques mises en évidence peuvent être responsables du phénotype du fœtus, un polymorphisme bénin présent dans la population générale, ou encore une erreur de séquençage.

Le caractère bénin ou pathogène d'une variation est estimé à partir d'un faisceau d'arguments incluant principalement, l'existence ou non du variant en population saine à l'aide de bases de données épidémiologiques, son effet sur l'ARNm et/ou la protéine, l'analyse de ségrégation de la pathologie, le caractère hérité ou de novo du variant, les scores de prédiction, la littérature scientifique, l'analyse des bases de données de variants, la corrélation avec le phénotype du fœtus. Le variant est ensuite classé selon la classification ACMG (figure 8), les recommandations d'homogénéisation d'interprétation des variants générés par analyse SHD (recommandations ACMG-AMP), et suivant la nomenclature *Human Genome Variation Society* (GRCh37-Hg19). Il est à noter que la classification du variant est susceptible d'être modifiée en fonction de l'évolution des connaissances.
<figure><img src="image_11.png" /><figcaption>**Figure 8 : Classification ACMG.** Source : Georget M, Pisan E. Approches diagnostiques basées sur le séquençage à haut débit [20]</figcaption></figure>

Ici sont présentés les arguments aidant à la caractérisation des variations identifiées. Ils permettent de
classer les variants en 5 classes : variant bénin (classe 1), probablement bénin (classe 2), probablement
pathogène (classe 4), pathogène (classe 5) ou variant de signification incertaine (classe 3).

Abréviations : BA, Benign stand-Alone ; BS, Benign Strong evidence ; BP, Benign Probably ; PP, Pathogenic Probably ; PM, Pathogenic Moderate evidence ; PS, Pathogenic Strong evidence ; PVS, Pathogenic Very Strong evidence.
# RÉSULTATS

## I. Données générales

Entre le 1er août 2021 et le 31 mai 2025, 68 fœtus ont bénéficié d'un séquençage d'exome dans le cadre du diagnostic prénatal, après identification de signes d'appel échographiques (tableau 4).

### 1. Prescriptions de séquençage d'exome depuis 2021

Depuis la mise en place de cette analyse en 2021, une augmentation croissante du nombre de prescriptions a été observée (figure 9), allant de 3 prescriptions en 2021, à 24 en 2024. Sur les 5 premiers mois de l'année 2025, 16 séquençages ont déjà été réalisés. En faisant une projection annuelle, il est estimé qu'environ 38 exomes pourraient être effectués sur l'année 2025.

<figure><img src="image_12.png" /><figcaption>Figure 9 : Évolution du nombre de prescriptions de séquençage d'exome en prénatal depuis 2021.</figcaption></figure>

Le point représente la projection annuelle 2025 en fonction du nombre d'exomes déjà prescrit sur des cinq premiers mois.
## 2. Synthèse des indications du séquençage d'exome

Parmi les 68 séquençages d'exome, 44 étaient dans le cadre de phénotypes isolés (65%) et 24 pour des phénotypes complexes (35%). Les anomalies neurologiques et cardiaques étaient les indications les plus représentées parmi les prescriptions pour phénotypes isolés (Figure 10). Il est à mentionner qu'aucun fœtus présentant une malformation faciale isolée n'a bénéficié de séquençage d'exome.

<figure><img src="image_13.png" /><figcaption>Figure 10 : Synthèse des indications du séquençage d'exome en prénatal.</figcaption></figure>

Abréviation : TAP, Thoraco-abdomino-pelvien.

## II. Anomalies géniques identifiées au séquençage d'exome

Le séquençage d'exome effectué chez les 68 fœtus a permis de détecter une/des variation(s) pathogènes(s) ou probablement pathogène(s) chez 22 d'entre eux. Le rendement diagnostique global était de 32% (tableaux 5). Le taux diagnostique chez les fœtus de phénotype isolé et de phénotype complexe était respectivement de 36 % et de 25%. Le rendement diagnostique le plus élevé était pour le sous-groupe des anomalies de croissance/anomalies osseuses, avec 71%. Pour les fœtus avec malformations neurologiques, cardiaques ou thoraco-abdomino-pelviennes, il était moins souvent retrouvé de variations pathogènes, avec un rendement diagnostique respectivement de 37%, 26% et 25%.
<table><thead><tr><th></th><th>Cas analysés</th><th>Rendement diagnostique</th></tr></thead><tbody><tr><td>Phénotype isolé</td><td>44</td><td>36%</td></tr><tr><td>Phénotype complexe</td><td>24</td><td>25%</td></tr><tr><td><strong>Total</strong></td><td><strong>68</strong></td><td><strong>32%</strong></td></tr></tbody></table>

<table><caption>Tableaux 5 : Rendement diagnostique du séquençage d'exome selon l'indication.</caption><thead><tr><th>Groupe phénotypique</th><th>Cas analysés</th><th>Rendement diagnostique</th></tr></thead><tbody><tr><td>Phénotype complexe</td><td>24</td><td>25%</td></tr><tr><td>Neurologique</td><td>16</td><td>37%</td></tr><tr><td>Cardiologique</td><td>15</td><td>26%</td></tr><tr><td>Os/croissance</td><td>7</td><td>71%</td></tr><tr><td>Liquide/mobilité</td><td>2</td><td>0%</td></tr><tr><td>Thoraco-abdomino-pelvien (TAP)</td><td>4</td><td>25%</td></tr><tr><td>Face</td><td>0</td><td>0%</td></tr></tbody></table>

Les variations pathogènes rapportées chez les 22 fœtus étaient principalement *de novo* (figure 11), c'est-à-dire une variation nouvellement apparue chez le fœtus et par conséquent, non héritée. Chez 6 fœtus, il a été retrouvé des variations pathogènes hétérozygotes composites responsables de maladies récessives, héritées de chacun des parents, eux-mêmes indemnes de la maladie.

Les pathologies génétiques les plus rencontrées étaient l'ostéogénèse imparfaite, le syndrome de Coffin-Siris et le syndrome de Kabuki (tableau 4).

Enfin, parmi les fœtus porteurs de malformations congénitales isolées avec un exome positif, plus de la moitié (62%) présentaient une/des variation(s) finalement à l'origine de maladies syndromiques (tableau 4).

<figure><img src="image_14.png" /><figcaption>Figure 11 : Types de variations pathogènes identifiées au séquençage d'exome.</figcaption></figure>
### III. Impact du résultat d'exome sur l'issue de la grossesse en cours

Pour cette partie du travail, une patiente a été écartée de l'analyse car le résultat d'exome n'était pas rendu au moment du recueil de données.

Le taux d'IMG dans le cadre d'une prescription d'exome était de 52% (tableau 6). Sur le plan des indications, 71% ont été réalisés pour des phénotypes considérés isolés, et 29% pour des phénotypes complexes.

Pour les grossesses avec un résultat d'exome positif, c'est-à-dire objectivant une/des variation(s) pathogène(s), une demande d'IMG était majoritairement sollicitée, avec un taux de 86%. Dans un contexte de résultat non conclusif, la grossesse était interrompue dans seulement 35% des cas.

<table><caption>Tableau 6 : Issue de grossesse selon le résultat de séquençage d'exome.</caption><thead><tr><td></td><td>Total des cas</td><td>Taux d'IMG</td><td>Poursuite de la grossesse</td></tr></thead><tbody><tr><td>Exome positif</td><td>22</td><td>86%</td><td>14%</td></tr><tr><td>Exome non conclusif</td><td>45</td><td>35%</td><td>65%</td></tr><tr><td>Total</td><td>67</td><td>52%</td><td>48%</td></tr></tbody></table>

Dans le but d'évaluer l'impact du résultat du séquençage d'exome sur la prise de décision d'IMG, la date de rendu du résultat et la date de prise de décision définitive d'IMG via la signature de l'attestation, ont été recueillies.

Le tableau 7 montre que, quel que soit le résultat d'exome, la décision d'IMG était plutôt prise avant le rendu du résultat. En effet, la décision était prise dans 58% des cas avant le rendu d'un résultat d'exome positif, et 62% dans le cas d'un résultat non conclusif.
<table><caption>Tableau 7 : Chronologie de la prise de décision d'IMG selon le résultat d'exome.</caption><thead><tr><td>IMG</td><td>Exome positif</td><td>Exome non conclusif</td></tr></thead><tbody><tr><td>Décision avant rendu du résultat d'exome</td><td>58%</td><td>62%</td></tr><tr><td>Décision après rendu du résultat d'exome</td><td>42%</td><td>38%</td></tr></tbody></table>

Pour les exomes positifs comme non conclusifs, l'IMG était sollicitée principalement dans un contexte de phénotype fœtal considéré isolé (tableau 8).

Parmi les exomes positifs chez les fœtus porteurs de malformations isolées ayant fait l'objet de cette procédure, 67% des exomes mettaient en évidence une/des variation(s) pathogène(s) responsables de maladies syndromiques (Figure 12). Dans ce scénario, les demandes d'IMG étaient autant formulées avant qu'après le rendu du résultat. Dans le cas de variations pathogènes à l'origine d'une pathologie affectant un seul système (33%), la décision d'IMG était prise avant le rendu du résultat. Quant aux fœtus présentant un phénotype complexe, l'IMG était principalement décidée après le rendu du résultat.

<table><caption>Tableau 8 : IMG dans un contexte d'exome positif ou non conclusif en fonction du phénotype fœtal.</caption><thead><tr><td></td><td>Exome positif</td><td>Exome non conclusif</td></tr></thead><tbody><tr><td>Phénotype isolé</td><td>79%</td><td>71%</td></tr><tr><td>Phénotype complexe</td><td>21%</td><td>29%</td></tr></tbody></table>
<figure><img src="image_15.png" /><figcaption>Figure 12 : Schéma montrant la répartition des fœtus avec exomes positifs ayant fait l'objet d'une IMG, selon le phénotype fœtal initial, le type de pathologie génétique associée au variant pathogène et la décision d'IMG par rapport au rendu du résultat.</figcaption></figure>
<table><thead><tr><th>Foetus</th><th>Année de prescription</th><th>Phénotype</th><th>Classification phénotypique</th><th>Version exome</th><th>Résultat d'exome</th><th>Gène affecté</th><th>Variation</th><th>Pathologie OMIM (numéro pathologie OMIM)</th><th>Issue de grossesse</th><th>Décision d'IMG par rapport au rendu d'exome</th></tr></thead><tbody><tr><td>1</td><td>2022</td><td>Encéphalocèle occipitale</td><td>Neurologique</td><td>v7</td><td>Positif</td><td>CPLANE1</td><td>Hétérozygote composite</td><td>Classe 5<br/>Classe 5</td><td>c.7399dupA<br/>c.5594dupA</td><td>Syndrome de Joubert / orofaciiodigital (614615/277170)</td><td>IMG</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>2</td><td>2022</td><td>Os longs courts, trapus avec déformation</td><td>Os/croissance</td><td>v7</td><td>Positif</td><td>COL1A1</td><td>Hétérozygote De novo</td><td>Classe 5</td><td>c.2480G&gt;A</td><td>Ostéogénèse imparfaite autosomique dominante (166200/166210/259420/166220)</td><td>IMG</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>3</td><td>2022</td><td>Os longs courts avec déformation, micromélie</td><td>Os/croissance</td><td>v7</td><td>Positif</td><td>COL1A1</td><td>Hétérozygote De novo</td><td>Classe 5</td><td>c.832G&gt;A</td><td>Ostéogénèse imparfaite autosomique dominante (166200/166210/259420/166220)</td><td>IMG</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>4</td><td>2022</td><td>Tumeur intra-cardiaque</td><td>Cardiologique</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>5</td><td>2022</td><td>Cardiopathie complexe</td><td>Cardiologique</td><td>v7</td><td>Positif</td><td>BICRA</td><td>Hétérozygote De novo</td><td>Classe 4</td><td>c.3783G&gt;A</td><td>Syndrome de Coffin Siris 12 (619325)</td><td>IMG</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>6</td><td>2024</td><td>Hernie diaphragmatique, pieds bots, canal atrioventriculaire</td><td>Phénotype complexe</td><td>v8</td><td>Positif</td><td>MED13L</td><td>Hétérozygote De novo</td><td>Classe 4</td><td>c.4387G&gt;A</td><td>Déficience intellectuelle syndromique (616789)</td><td>IMG</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>7</td><td>2022</td><td>Hyperclarté nucale, arthrogrypose</td><td>Liquide/mobilité</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>8</td><td>2025</td><td>RCIU, microcéphalie</td><td>Phénotype complexe</td><td>v8</td><td>Positif</td><td>GNAS</td><td>Hétérozygote De novo</td><td>Classe 4</td><td>c.575C&gt;T</td><td>Syndrome de McCune Albright (174800/166350)</td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>9</td><td>2023</td><td>Agénésie du corps calleux et septum</td><td>Neurologique</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td>IMG</td><td>Après rendu</td></tr><tr><td>10</td><td>2024</td><td>RCIU, microcéphalie</td><td>Phénotype complexe</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>11</td><td>2022</td><td>Hypertrophie bi-ventriculaire, épanchement péricardique</td><td>Cardiologique</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>12</td><td>2024</td><td>Agénésie du CC, ventriculomégalie</td><td>Neurologique</td><td>v8</td><td>Positif</td><td>ARID1B</td><td>Hétérozygote De novo</td><td>Classe 5</td><td>c.2572C&gt;T</td><td>Syndrome de Coffin-Siris 1 (135900)</td><td>IMG</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>13</td><td>2024</td><td>Transposition des gros vaisseaux</td><td>Cardiologique</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>14</td><td>2023</td><td>Cardiopathie, hypospade, ectopie testiculaire</td><td>Phénotype complexe</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>15</td><td>2024</td><td>Agénésie du CC, colpocéphalie, agénésie des bulbes olfactifs</td><td>Neurologique</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td>IMG</td><td>Avant rendu</td></tr></tbody></table>
<table><thead><tr><th>Foetus</th><th>Année de prescription</th><th>Phénotype</th><th>Classification phénotypique</th><th>Version exome</th><th>Résultat d'exome</th><th>Gène affecté</th><th>Variation</th><th>Pathologie OMIM (numéro pathologie OMIM)</th><th>Issue de grossesse</th><th>Décision d'IMG par rapport au rendu d'exome</th></tr></thead><tbody><tr><td>16</td><td>2025</td><td>Hernie diaphragmatique</td><td>TAP</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>17</td><td>2024</td><td>Kyste occipital</td><td>Neurologique</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>IMG</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>18</td><td>2024</td><td>Agénésie radiale droite, hydramnios, artère ombilicale unique</td><td>Phénotype complexe</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>IMG</td><td>Après rendu</td></tr><tr><td>19</td><td>2023</td><td>Dilatation digestive</td><td>TAP</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>20</td><td>2025</td><td>Dysplasie tricuspidale, CIV</td><td>Cardiologique</td><td>v8</td><td>Positif</td><td>CHD7</td><td>Hétérozygote De novo</td><td>Classe 5 c.3059T>G</td><td>Syndrome CHARGE (214800)</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>21</td><td>2021</td><td>Fente labiale, CAV</td><td>Phénotype complexe</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>22</td><td>2021</td><td>Hyperclarté nucale, anomalie de la segmentation vertébrale</td><td>Phénotype complexe</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>23</td><td>2025</td><td>RCIU, atrophie rénale</td><td>Phénotype complexe</td><td>v8</td><td>Positif</td><td>PAX2</td><td>Hétérozygote De novo</td><td>Classe 5 Délétation de 251.66kb en 10q24.31</td><td>Syndrome papilloréal (120330)</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>24</td><td>2025</td><td>Os longs courts, retard de croissance comparé au jumeau</td><td>Os/croissance</td><td>v8</td><td>Positif</td><td>LIFR</td><td>Hétérozygote composite</td><td>Classe 5 Classe 5 c.970G>T c.142_142+1del</td><td>Syndrome de Stüve- Widemann (601559)</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>25</td><td>2023</td><td>Dilatation bi-ventriculaire, anomalies vallées sylviennes avec retard de gyration, CC court</td><td>Neurologique</td><td>v7</td><td>Positif</td><td>TUBB</td><td>Hétérozygote De novo</td><td>Classe 4 c.364A>G</td><td>Dysplasie corticale complexe associée à d'autres malformations cérébrales (615771)</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>26</td><td>2024</td><td>Cardiopathie, syndactyliies bilatérale des mains, malposition du pied droit</td><td>Phénotype complexe</td><td>v8</td><td>Positif</td><td>MADD</td><td>Hétérozygote composite</td><td>Classe 4 Classe 5 c.1541G>C c.2087_2088insN [(300_400)]</td><td>DEEAH/NEDDISH Syndrome (619000/619005)</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>27</td><td>2023</td><td>Micromélie, déformations osseuses</td><td>Os/croissance</td><td>v7</td><td>Positif</td><td>P3H1</td><td>Hétérozygote composite</td><td>Classe 5 Classe 5 c.2055+18G>A c.1270del</td><td>Ostéogénèse imparfaite type 8 (610915)</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>28</td><td>2024</td><td>Lymphoédème avec logettes</td><td>Liquide/mobilité</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>IMG</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>29</td><td>2024</td><td>Microcéphalie</td><td>Neurologique</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>30</td><td>2025</td><td>Cardiopathie complexe</td><td>Cardiologique</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>IMG</td><td>Après rendu</td></tr></tbody></table>
<table><thead><tr><th>Foetus</th><th>Année de prescription</th><th>Phénotype</th><th>Classification phénotypique</th><th>Version exome</th><th>Résultat d'exome</th><th>Gène affecté</th><th>Variation</th><th>Pathologie OMIM (numéro pathologie OMIM)</th><th>Issue de grossesse</th><th>Décision d'IMG par rapport au rendu d'exome</th></tr></thead><tbody><tr><td>31</td><td>2024</td><td>Cardiopathie complexe</td><td>Cardiologique</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>IMG</td><td>Après rendu</td></tr><tr><td>32</td><td>2024</td><td>Microcéphalie, RCIU</td><td>Phénotype complexe</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>33</td><td>2024</td><td>Agénésie du CC, CAV</td><td>Phénotype complexe</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>IMG</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>34</td><td>2024</td><td>Craniosténose</td><td>Os/croissance</td><td>v8</td><td>Positif</td><td>FGFR3</td><td>Hétérozygote De novo</td><td>Classe 5 c.749C&gt;G</td><td>Syndrome de Couzon/Syndrome de Muenke (612247/602849)</td><td>Après rendu</td></tr><tr><td>35</td><td>2023</td><td>Os longs des membres supérieurs et inférieurs courts et incurvés</td><td>Os/croissance</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>IMG</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>36</td><td>2024</td><td>Agénésie du CC, ventriculomégalie, rein gauche bifide</td><td>Phénotype complexe</td><td>v8</td><td>Positif</td><td>SON</td><td>Hétérozygote De novo</td><td>Classe 4 c.965del</td><td>Syndrome Zhu-Tokita-Takenouchi-Kim (617140)</td><td>Grossesse poursuivie</td></tr><tr><td>37</td><td>2023</td><td>Agénésie rénale bilatérale</td><td>TAP</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>IMG</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>38</td><td>2024</td><td>Hypertrophie rénale, diminution de la différenciation cortico-médullaire</td><td>TAP</td><td>v8</td><td>Positif</td><td>PKHD1</td><td>Hétérozygote composite</td><td>Classe 3 c.5384C&gt;T<br>Classe 4 c.2978A&gt;G</td><td>Polykystose rénale type 4 (263200)</td><td>Grossesse poursuivie</td></tr><tr><td>39</td><td>2022</td><td>Retrognathisme, hypodactylie unilatérale, pied varus équin gauche, reins bifides</td><td>Phénotype complexe</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td></tr><tr><td>40</td><td>2023</td><td>Cardiopathie dilatée, anomalie valve mitrale</td><td>Cardiologique</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td></tr><tr><td>41</td><td>2024</td><td>Agénésie vermienne, hypoplasie cérébelleuse, fente labiale, anomalie des membres</td><td>Phénotype complexe</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>IMG</td><td>Après rendu</td></tr><tr><td>42</td><td>2023</td><td>Anomalies cérébrales complexes, mégalencéphalie, gyration anormale</td><td>Neurologique</td><td>v7</td><td>Positif</td><td>AKT1</td><td>Hétérozygote De novo</td><td>Classe 5 c.49G&gt;A</td><td>Syndrome de Proteus (176920)</td><td>Après rendu</td></tr><tr><td>43</td><td>2022</td><td>Hypoplasie arc aortique, CAV</td><td>Cardiologique</td><td>v7</td><td>Positif</td><td>KMT2D</td><td>Hétérozygote De novo</td><td>Classe 5 c.7966_7967del</td><td>Syndrome de Kabuki (147920)</td><td>Après rendu</td></tr><tr><td>44</td><td>2024</td><td>Microcéphalie, CC court</td><td>Neurologique</td><td>v8</td><td>Positif</td><td>WDR62</td><td>Hétérozygote composite</td><td>Classe 5 c.3462+1G&gt;A<br>Classe 5 c.2086del</td><td>Microcéphalie autosomique récessive (604317)</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>45</td><td>2024</td><td>Cardiopathie complexe</td><td>Cardiologique</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td></tr></tbody></table>
<table><thead><tr><th>Foetus</th><th>Année de prescription</th><th>Phénotype</th><th>Classification phénotypique</th><th>Version exome</th><th>Résultat d'exome</th><th>Gène affecté</th><th>Variation</th><th>Pathologie OMIM (numéro pathologie OMIM)</th><th>Issue de grossesse</th><th>Décision d'IMG par rapport au rendu d'exome</th></tr></thead><tbody><tr><td>46</td><td>2024</td><td>RCIU, microcéphalie</td><td>Phénotype complexe</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>47</td><td>2024</td><td>RCIU, microcéphalie, pieds bots bilatéraux</td><td>Phénotype complexe</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>48</td><td>2022</td><td>RCIU, os longs courts, hypospade, oligoamnios</td><td>Phénotype complexe</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>49</td><td>2023</td><td>Ventricule gauche unique</td><td>Cardiologique</td><td>v7</td><td>Positif</td><td>CDK13</td><td>Hétérozygote De novo</td><td>Classe 4 c.484dup</td><td>Déficience intellectuelle, dysmorphie faciale, cardiopathie congénitale associés à CDK13 (617360)</td><td>IMG</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>50</td><td>2024</td><td>Agénésie septale, agénésie du CC</td><td>Neurologique</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>51</td><td>2023</td><td>Agénésie du CC, ventriculomégalie, fente labiopatine, microptalmie</td><td>Phénotype complexe</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td>IMG</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>52</td><td>2025</td><td>RICU, microcéphalie</td><td>Phénotype complexe</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>53</td><td>2024</td><td>PAG, microcéphalie</td><td>Phénotype complexe</td><td>v8</td><td>Positif</td><td>KDM6A</td><td>Hétérozygote De novo</td><td>Classe 5 c.4055_4056del</td><td>Syndrome de Kabuki (147920)</td><td>IMG</td><td>Après rendu</td></tr><tr><td>54</td><td>2023</td><td>Agénésie du CC, ventriculomégalie</td><td>Neurologique</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td>IMG</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>55</td><td>2021</td><td>Hyperclarté nucale, dysplasie rénale kystique</td><td>Phénotype complexe</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td>IMG</td><td>Après rendu</td></tr><tr><td>56</td><td>2024</td><td>Ventriculomégalie</td><td>Neurologique</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td>IMG</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>57</td><td>2025</td><td>Agénésie septale, agénésie du CC, ventriculomégalie</td><td>Neurologique</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>58</td><td>2023</td><td>Cardiomyopathie hypertrophique</td><td>Cardiologique</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>59</td><td>2022</td><td>Cardiopathie, CAV, atrésie duodénale</td><td>Phénotype complexe</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>60</td><td>2023</td><td>Tétralogie de Fallot</td><td>Cardiologique</td><td>v7</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr></tbody></table>
<table><caption>Tableau 4 : Cohorte de fœtus inclus dans l'étude.</caption><thead><tr><th>Fœtus</th><th>Année de prescription</th><th>Phénotype</th><th>Classification phénotypique</th><th>Version exome</th><th>Résultat d'exome</th><th>Gène affecté</th><th>Variation</th><th>Pathologie OMIM (numéro pathologie OMIM)</th><th>Issue de grossesse</th><th>Décision d'IMG par rapport au rendu d'exome</th></tr></thead><tbody><tr><td>61</td><td>2025</td><td>Hypoplasie des deux os de l'avant bras, développement anormal des doigts, courbure anormale du coude</td><td>Os/croissance</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>62</td><td>2025</td><td>Microcéphalie</td><td>Neurologique</td><td>v8</td><td>Positif</td><td>PRKD1</td><td>Hétérozygote De novo</td><td>Classe 4 c.2334C&gt;G</td><td>Syndrome télangiectasies-dysplasie ectodermique-brachydactylie-atteinte cardiaque (617364)</td><td>IMG</td><td>Après rendu</td></tr><tr><td>63</td><td>2025</td><td>Microcéphalie, malformation de Dandy Walker, discordance de sexe, os longs courts, hyperéchogénicité intestinale</td><td>Phénotype complexe</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>IMG</td><td>Avant rendu</td></tr><tr><td>64</td><td>2025</td><td>Transposition des gros vaisseaux, CIV</td><td>Cardiologique</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>65</td><td>2025</td><td>Microcéphalie, hypoplasie du CC</td><td>Neurologique</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>66</td><td>2025</td><td>RCIU, microcéphalie</td><td>Phénotype complexe</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>67</td><td>2025</td><td>Ventriculomégalie, agénésie du CC et du septum</td><td>Neurologique</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Grossesse poursuivie</td><td></td></tr><tr><td>68</td><td>2025</td><td>Dextrocardie, CIV</td><td>Cardiologique</td><td>v8</td><td>Non conclusif</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>Résultat d'exome non rendu</td><td></td></tr></tbody></table>

Abréviations : CAV, communication atrio-ventriculaire ; CC, corps calleux ; CIV, communication inter-ventriculaire ; IMG, interruption médicale de grossesse ; PAG, petit poids pour l'âge gestationnel ; RCIU, retard de croissance intra-utérin.
# DISCUSSION

## I. Rendement diagnostique de l'exome

Cette étude a été menée sur 68 fœtus porteurs de malformations congénitales qui ont bénéficié d'un séquençage d'exome prescrit après ACPA/caryotype sans anomalie, et discussion au CPDPN d'Amiens. Cet examen a mis en évidence une/des variation(s) pathogène(s) ou probablement pathogène(s) chez 22 d'entre eux, soit un rendement diagnostique global de 32%. Ce résultat est comparable avec la méta-analyse d'envergure publiée en 2021 incluant 66 études, soit 4350 fœtus qui ont fait l'objet d'un séquençage d'exome [12]. Dans cette étude, malgré une hétérogénéité importante des travaux (taille des effectifs variables, pré-sélection des cas différente à l'appréciation de chacun des centres, classification en groupes phénotypiques différents), limitant la précision des comparaisons entre études, les auteurs ont estimé un rendement global de 31% chez des fœtus avec signe(s) d'appel échographique(s) et ACPA/caryotype sans anomalie. Ce rendement varie de 5% à 89% en fonction notamment de l'existence et de la stringence des critères de sélection des fœtus. En effet, parmi les études analysées, la plupart n'ont seulement sélectionné, souvent après discussion pluridisciplinaire, que les fœtus avec un pattern de malformations hautement suspect de pathologie monogénique, menant à un rendement global de 42%. En revanche, d'autres travaux incluaient des fœtus avec anomalies structurelles décelées à l'échographie sans évaluer préalablement le risque d'étiologie monogénique, aboutissant à un rendement global de 15%.

Ces données suggèrent qu'une pré sélection des cas, comme cela a été réalisé dans notre travail, maximise le rendement diagnostique. Cette démarche optimise également le temps d'analyse (ressources humaines et bioinformatiques uniquement déployées sur des cas « pertinents »), la rentabilité de l'analyse et facilite la classification des variants *via* la description précise et structurée d'un phénotype discuté en réunion pluridisciplinaire.

Ce travail a montré une variabilité du taux diagnostique selon le phénotype fœtal. Alors que les malformations isolées d'ordre neurologiques ou cardiologiques présentaient un rendement respectivement de 37% et 26%, les anomalies osseuses/de croissance détectées à l'échographie conduisaient à un diagnostic après séquençage d'exome dans 71% des cas. Il
s'agit du phénotype offrant le taux diagnostic le plus élevé. Ce résultat corrobore la méta-analyse précédemment citée, qui rapporte un meilleur taux pour les anomalies squelettiques (53%) comparé aux autres indications [12]. Dans notre travail, les signes d'appels échographiques retrouvés pour cette catégorie de malformations étaient principalement les os longs courts, mais aussi, présence d'une incurvation ou d'une déformation osseuse, d'une micromélie, ou d'une craniosténose. Ces différents phénotypes étaient associés à des variations pathogènes dans les gènes *COL1A1* (à l'origine d'une ostéogénèse imparfaite), *LIFR* (responsable du syndrome de Stüve-Widemann), *P3H1* (à l'origine d'une ostéogénèse imparfaite), *FGFR3* (responsable d'un syndrome de Couzon ou de Muenke). Une méta-analyse récente incluant 10 études a rapporté un taux diagnostique total de 69% dans les dysplasies squelettiques [21]. Les os longs courts présentaient un haut rendement diagnostique (74,9%), de même que les anomalies de courbures (76,3%) et les malformations crâniennes (83%). Par ailleurs dans plus de 70% des cas, une variation pathogène était identifiée dans un des quatre gènes suivants, dont deux sont retrouvés dans notre étude : *FGFR3*, *COL1A1*, *COL1A2*, *COL2A1*. Ce rendement diagnostique important peut s'expliquer par le fait que beaucoup de dysplasies squelettiques ou troubles de croissance sévères ont des tableaux échographiques typiques qui orientent facilement vers une origine génétique. Ces pathologies sont causées par des variations monogéniques dans des gènes bien caractérisés et donc facilement identifiables à l'exome. Ces données soulignent une nouvelle fois l'importance d'une sélection pertinente des cas éligibles au séquençage d'exome.

Par ailleurs, de manière intéressante, le rendement diagnostique associé aux phénotypes complexes n'est que de 25%, le plaçant après les malformations cardiaques. Ce taux intermédiaire a également été décrit par les auteurs de la méta-analyse de 2021 (29%) [12]. Or, il est bien décrit en post-natal que le pourcentage d'analyses génétiques conclusives, et notamment d'exome, est plus élevé en cas de maladies affectant plusieurs systèmes. Deux études ont d'ailleurs montré que le rendement de l'exome dans la déficience intellectuelle était nettement majoré lorsque celle-ci était associée à d'autres symptômes tels que l'épilepsie ou des signes dysmorphiques [22][23]. Toutefois, en contexte prénatal, une distinction phénotype isolé/phénotype syndromique (ou complexe) parait finalement moins pertinente pour envisager la prescription de l'exome. En effet, en prénatal, le phénotype fœtal est souvent incomplet (signes cliniques non visibles à l'échographie) et ne prend pas en compte le caractère évolutif du phénotype après la naissance (par exemple, l'apparition d'un retard développemental, d'une
épilepsie ou l'évolution de traits faciaux vers une dysmorphie faciale typique) qui rajouterait un/des symptôme(s) supplémentaire(s) à un tableau clinique initialement considéré isolé en prénatal. Ainsi, un signe d'appel échographique isolé peut parfaitement s'intégrer dans une maladie syndromique en post-natal. Ceci est d'ailleurs illustré par la cohorte de ce travail, dans laquelle plus de la moitié des fœtus porteurs de malformations isolées présentaient une/des variation(s) pathogène(s) finalement à l'origine de maladies syndromiques. Aussi, dans cette situation, le séquençage d'exome permettant de prédire l'évolution vers une maladie syndromique avec un retentissement clinique significatif, il apparaît comme un examen clé pour affiner le pronostic du fœtus. Par conséquent, compte tenu de l'impact diagnostique et pronostique important, une malformation fœtale isolée et sévère à l'échographie prénatale justifie tout à fait de discuter la réalisation de cet examen.

## II. Impact du résultat du séquençage d'exome sur la décision d'IMG

Notre travail a montré que le séquençage présentait une utilité diagnostique significative chez les fœtus porteurs de malformations congénitales avec ACPA/caryotype non conclusifs. Néanmoins, nous nous sommes demandés si le diagnostic établi par le séquençage d'exome avait un impact pronostique sur l'issue de la grossesse en cours.

Deux situations peuvent être distinguées lors de la prescription d'un séquençage d'exome en prénatal en fonction de l'apport attendu (par les parents et le clinicien) du résultat :

1. Séquençage d'exome à visée diagnostique. Dans la majorité des cas, la gravité des anomalies fœtales permet à elle seule d'établir un pronostic péjoratif. Les parents et les cliniciens considèrent alors que les images échographiques sont suffisantes pour interrompre la grossesse. Puisque l'exome n'intervient pas dans la prise de décision, il peut être effectué sans urgence, après la procédure d'IMG. Cette situation a l'avantage de rendre possible un examen foetopathologique et donc de mieux caractériser le phénotype fœtal.

2. Séquençage d'exome à visée pronostique. Dans les cas où le souhait d'interrompre la grossesse n'est pas formulé après l'échographie de référence et où le résultat d'exome parait nécessaire pour affiner le pronostic du fœtus, le séquençage d'exome
devrait être réalisé pendant la grossesse. Afin de limiter l'anxiété parentale, les résultats du séquençage d'exome devraient être rendus au plus vite. Le contexte urgent de la grossesse impose une mobilisation rapide, à la fois humaine et matérielle, et un travail d'interprétation rendu difficile par le caractère souvent incomplet du phénotype fœtal.

Dans notre étude, plus d'une grossesse sur deux était interrompue après demande parentale, ce qui témoigne de la particulière gravité des signes fœtaux expertisés au CPDPN dans ce contexte. Lorsque l'exome concluait à l'existence d'une/des variation(s) pathogène(s), l'IMG était sollicitée dans 86% des cas, contre seulement 35% pour un résultat non conclusif. Le résultat d'exome semble donc avoir un impact sur la prise de décision parentale, puisque l'annonce d'une maladie sévère d'étiologie génétique a finalement conduit à une IMG pour la majorité des grossesses avec un exome positif.

Nos résultats montrent que l'IMG était demandée dans environ 70% des cas pour des phénotypes isolés, dans les situations d'exome positifs comme non conclusifs. Parmi les fœtus porteurs de malformations isolées avec exome positif ayant fait l'objet d'IMG, dans plus de la moitié des cas une/des variation(s) pathogène(s) responsables de maladies syndromiques étaient mises en évidence. Dans un cas sur deux seulement, la décision d'IMG était prise après le rendu d'exome avec un impact de ce dernier dans le choix d'interrompre la grossesse.

Nos analyses révèlent que, quel que soit le résultat d'exome, le souhait d'IMG était plutôt formulé avant le rendu du résultat. En effet, dans un certain nombre de cas, il a été montré que les principaux déterminants, suffisants pour s'orienter vers une interruption, étaient la perception parentale de la sévérité des malformations congénitales et le conseil génétique délivré par les spécialistes en fonction du pronostic fœtal [17][16]. Dans la situation d'un rendu de résultat effectué après la décision d'IMG, la confirmation d'une maladie génétique venait conforter alors la décision des parents et du clinicien [17][15]. Dans la mesure où le résultat d'exome n'intervient pas ici dans le choix d'interrompre la grossesse, l'exome est plutôt effectué à visée diagnostique et pourra être utile notamment pour le conseil génétique des futures grossesses. Toutefois, il est à noter que dans la majorité de ces cas, l'exome est en réalité réalisé en amont de l'examen fœtopathologique, dans un cadre « urgent » entrainant une mobilisation de ressources humaines et matérielles pour un résultat rapide. Si cela permet l'obtention rapide du résultat, il y a en parallèle une potentielle perte de chance d'identifier un
variant causal. En effet, il a été montré que l’autopsie fœtale fournissait des informations supplémentaires dans 25% des cas [24]. Par conséquent, adapter le timing de prescription du séquençage d’exome en prénatal pourrait contribuer à améliorer les résultats afin d’optimiser la prise en charge des grossesses futures.

### III. Limites

En raison de sa nature rétrospective et monocentrique, notre étude peut présenter des biais, notamment un biais de sélection, d’information et de classement.

La taille modeste de la cohorte constitue également une limite. La formation de sous-groupes composés de quelques fœtus dans certaines parties du travail empêche de dresser des conclusions robustes.

D'autres limites sont inhérentes à la technique du séquençage d'exome. Comme détaillé dans la partie « Matériel et méthodes », cet examen se limite au séquençage des régions codantes du génome et n'analyse pas les parties non-codantes qui contiennent entre autres, des séquences régulatrices. D'autre part, certaines régions codantes sont couvertes de manières incomplètes, limitant ainsi la mise en évidence de variants dans ces zones. C'est particulièrement le cas des séquences riches en GC et des séquences répétées. Aussi, le séquençage d'exome ne permet pas la détection fiable de l'ensemble des indels (insertions et délétions de petites taille entre 100 et 100 000 paires de bases), de variants structuraux (réarrangements et translocations) de variants associés à des maladies à expansion de triplets (comme la maladie de Huntington), ni de CNV avec une bonne fiabilité. Enfin, cet examen ne permet pas l'analyse de la méthylation de l'ADN, connue pour réguler l'expression des gènes.

Des limites résident également dans son interprétation. En effet, l'interprétation des variants s'effectue dans l'état des connaissances à l'instant où le séquençage est effectué. Certains gènes encore peu étudiés ou non connus en pathologie, pourraient l'être à l'avenir, et permettre de reclasser un variant initialement de signification inconnue (non rendus en prénatal pour des considérations éthiques) en variant pathogène. Pour finir, la dernière limite dans son interprétation est liée aux enjeux du diagnostic prénatal. Le caractère incomplet du phénotype fœtal, et des pathologies post-natales mal caractérisées en prénatal, rendent difficiles l'interprétation des variants. Ainsi, si une étiologie génétique est fortement suspectée il pourrait
être pertinent de réanalyser un exome non conclusif plusieurs mois/années après l'IMG ou la naissance. Cette réanalyse permettrait d'une part d'enrichir le phénotype, tant sur le plan malformatif que développemental, et d'autre part de bénéficier de la publication de nouveaux variants dans l'intervalle de temps, afin d'affiner l'interprétation. Dans un contexte de déficience intellectuelle et/ou d'anomalies congénitales multiples, Ewans et al. ont d'ailleurs montré que la réinterprétation 12 mois après de cet examen à l'origine non conclusif, augmentait le taux diagnostique de 11% [25].
PERSPECTIVES

Les examens génétiques actuels réalisés en prénatal contribuent à établir un diagnostic génétique mais la majorité des fœtus avec signes d'appel échographiques demeurent sans diagnostic. Le développement récent du SHD a permis d'envisager du séquençage à grande échelle, notamment du séquençage de génome entier. De plus en plus prescrit chez l'enfant, mais aussi l'adulte, le séquençage de génome entier en prénatal constitue une perspective intéressante. Il offrirait l'avantage d'analyser les séquences exoniques et introniques, d'identifier les CNV, les variants structuraux et les séquences courtes répétées en tandem. De plus, il permettrait de dépasser d'autres limites de l'exome notamment la couverture insuffisante de certaines régions (exons avec séquence riche en GC) et ainsi détecter des variants dans des régions codantes manqués par l'analyse d'exome.

En prénatal, il existe assez peu de littérature sur le séquençage de génome. Les quelques études publiées concluent à un gain diagnostique par rapport à l'ACPA, au caryotype et au séquençage d'exome [26][27][28][29][30]. En plus de déceler des variants structuraux, des CNV de petite taille (sous le seuil de détection de l'ACPA), des variations intragéniques non vues par les analyses actuelles, le séquençage de génome nécessiterait moins d'ADN et réduirait le délai de rendu par rapport aux techniques combinées (ACPA, exome, QF-PCR) intégrées à la démarche diagnostique en prénatal. Même si ces premiers travaux sont prometteurs, le génome n'est pas encore intégré dans les examens de routine courants en prénatal en France, comme dans le reste du monde. En France, depuis 2016, le séquençage de génome est réalisé en lien avec le Plan France Médecine Génomique 2025 (PFMG 2025) qui vise à développer le séquençage de génome notamment pour le diagnostic de maladies rares. Il existe deux plateformes nationales : SEQOiA en Ile de France et AURAGEN pour la région Auvergne-Rhône-Alpes. Actuellement, un travail coordonné par le CHU de Dijon portant sur « l'intérêt du séquençage rapide du génome en première intention pour le diagnostic prénatal des malformations congénitales en comparaison avec l'ACPA et l'exome » est en cours, et devrait s'achever en 2026.

Malgré les problématiques actuelles de coût très élevé et des difficultés à l'interprétations des variations introniques, le séquençage de génome pourrait devenir à l'avenir un examen de première intention en post-natal comme en prénatal.
CONCLUSION

Depuis son introduction au CHU d'Amiens en 2021, le séquençage d'exome a été prescrit de manière croissante dans le cadre de grossesses avec signes d'appel échographiques et en l'absence d'anomalie chromosomique décelée par les examens de cytogénétique.

Cet examen a permis d'identifier des anomalies pathogènes chez des fœtus présentant une ou des malformations avec un rendement diagnostique de 32%. Plus de la moitié des fœtus avec malformation congénitale isolée présentaient une/des variation(s) pathogène(s) finalement responsables de maladies syndromiques, soulignant l'impact pronostic majeur de cet examen dans les anomalies fœtales isolées.

Même si le résultat de cet examen semble avoir une influence sur l'issue de la grossesse en cours, notre étude montre que dans plus de la moitié des cas, il n'a pas été déterminant dans la décision d'IMG suggérant une portée essentiellement diagnostique plutôt que pronostique.

A l'avenir, le séquençage de génome pourrait permettrait une meilleure et plus large détection des variants pathogènes, améliorant ainsi la prise en charge des grossesses présentant des signes d'appel échographiques.
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# RETOUR SUR LE SÉQUENÇAGE D'EXOME EN PRÉNATAL AU CHU D'AMIENS : ETUDE RETROSPECTIVE.

**Introduction.** Des anomalies congénitales décelées à l'échographie surviennent pour approximativement 2-4% des grossesses. Les examens de cytogénétique permettent de détecter des anomalies chromosomiques mais la majorité des fœtus demeurent sans diagnostic. C'est dans le but d'élucider ces cas que le séquençage d'exome a été introduit en médecine prénatale. L'objectif de cette étude est d'analyser les indications de cet examen, d'en déterminer le rendement diagnostique et l'impact sur l'issue des grossesses.

**Matériel et méthodes.** Une étude rétrospective a été réalisée sur des grossesses suivies entre 2021 et 2025 avec signes d'appel échographiques fœtaux nécessitant une expertise du CPDPN d'Amiens, et ayant bénéficié d'un séquençage d'exome après QF-PCR et ACPA non contributives au diagnostic.

**Résultats.** Parmi les 68 fœtus inclus, le séquençage d'exome a mis en évidence une /des variation(s) pathogènes(s) chez 22 d'entre eux, soit un rendement diagnostic global de 32%. Lorsque l'exome était positif, l'IMG était sollicitée dans 86% des cas, contre seulement 35% pour un résultat non conclusif. Toutefois, dans plus de la moitié des cas, le résultat n'a pas conditionné la décision d'interrompre.

**Discussion/Conclusion.** Cette étude montre que le séquençage d'exome optimise le diagnostic des anomalies fœtales dans le cadre du diagnostic prénatal et parait avoir un impact sur l'issue de la grossesse en cours. Dans le but de maximiser le rendement diagnostique, le séquençage de génome pourrait constituer une nouvelle approche prometteuse dans le cadre du diagnostic prénatal.

**Mots-clés.** Malformations congénitales, diagnostic prénatal, anomalies géniques, séquençage d'exome, interruption médicale de grossesse

# REVIEW OF PRENATAL EXOME SEQUENCING AT AMIENS UHC : A RETROSPECTIVE STUDY.

**Introduction.** Congenital anomalies detected by ultrasound occur in approximately 2-4% of pregnancies. Cytogenetic testing allows for the detection of chromosomal abnormalities, but the majority of fetuses remain without a diagnosis. It is with the aim of elucidating these cases that exome sequencing was introduced into prenatal medicine. The objective of this study was to analyze the indications for this test, to determine its diagnostic yield, and to assess its impact on the outcome of the ongoing pregnancy.

**Material and methods.** A retrospective study was carried out on pregnancies monitored between 2021 and 2025, with fetal ultrasound findings requiring expertise from CPDPN of Amiens, and underwent exome sequencing following non-diagnostic QF-CPR and CMA results.

**Results.** Among the 68 fetuses included, exome sequencing identified pathogenic variant(s) in 22 cases, corresponding to an overall diagnostic yield of 32%. When the exome result was positive, termination of pregnancy was requested in 86% of cases, compared to only 35% when the result was inconclusive. However, in more than half of the cases, the result did not influence the decision to terminate.

**Discussion/Conclusion.** This study shows that exome sequencing optimizes the diagnosis of fetal anomalies in the context of prenatal diagnosis and appears to have an impact on the outcome of the ongoing pregnancy. In order to maximize diagnostic yield, genome sequencing could represent a new and promising approach in the field of prenatal diagnosis.

**Keywords.** Congenital malformations, prenatal diagnosis, gene abnormalities, exome sequencing, medical termination of pregnancy