# Évaluation écologique des systèmes marins : comment conclure ? Méthode et application à la Méditerranée occidentale

Marc Igigabel, Olivier Laroussinie, Alan Quentric, Neil Alloncle, Fanny Châles, Sophie Rumin, Antonin Gimard, Maxime Jobin, Séverine Hallot

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## To cite this version:

Marc Igigabel, Olivier Laroussinie, Alan Quentric, Neil Alloncle, Fanny Châles, et al. Évaluation écologique des systèmes marins : comment conclure ? Méthode et application à la Méditerranée occidentale. 2025. hal-04999309

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Submitted on 20 Mar 2025

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# Évaluation écologique des systèmes marins : comment conclure ?
## Méthode et application à la Méditerranée occidentale

Marc Igigabel¹*, Olivier Laroussinie¹, Alan Quentric¹, Neil Alloncle¹, Fanny Châles¹, Sophie Rumin¹, Antonin Gimard², Maxime Jobin², Séverine Hallot³

¹ Cerema, Direction technique risques, eaux et mer, Technopôle Brest Iroise, 155 rue Pierre Bouguer, BP5, 29280 Plouzané, France

² Cerema, Direction Territoriale Normandie Centre, 10 chemin de la Poudrière, 76120 Le Grand-Quevilly

³ Cerema, Direction de la Strategie et de la Communication, 110 route de Paris, 77171 Sourdun, France

* Correspondance : [marc.igigabel@cerema.fr](mailto:marc.igigabel@cerema.fr)

## Highlights

* Une nouvelle méthode vise à synthétiser les évaluations intégrées des écosystèmes marins.

* Son principe directeur est de s'appuyer sur les connaissances générales de l'environnement marin.

* Les connaissances générales permettent de dépasser la juxtaposition des analyses sectorielles.

* Les composantes écologiques sont regroupées en compartiments pour appliquer sélectivement les descripteurs.

* Les compartiments sont les habitats pélagiques/benthiques/terre-mer ; les espèces protégées/commerciales.
Résumé

L'approche par écosystème est généralement considérée comme la meilleure façon de gérer les activités humaines ayant une incidence sur l'environnement marin. Cependant, plus de 20 ans après l'émergence de ce nouveau paradigme, alors que la gestion écosystémique est en théorie mise en œuvre par une approche essentiellement systémique, en pratique, il apparaît que l'application de normes et de critères et l'utilisation d'indicateurs conduisent à une prédominance des approches analytiques et à des formats de restitution inadaptés à la définition des programmes d'action. Le présent article propose un nouveau cadre méthodologique pour produire, sous une forme synthétique, des évaluations intégrées des écosystèmes qui dépassent la juxtaposition d'analyses sectorielles. Son principe directeur est d'utiliser les connaissances générales sur le milieu marin (compréhension de la dynamique du système et des interactions au sein du système par une approche systémique) pour remettre en perspective les résultats obtenus au travers des critères et normes méthodologiques (appréhension de l'état des composants écologiques et des pressions qui les affectent par des approches analytiques). Le nouveau cadre méthodologique comprend l'identification de typologies adaptées pour les activités et les pressions, ainsi que pour les composants écologiques. Un point essentiel consiste à regrouper les composants écologiques au sein des compartiments suivants : habitats pélagiques et réseaux trophiques ; habitats benthiques ; zones d'interface terre-mer ; espèces protégées ; et espèces commerciales. Sur chacun de ces compartiments, l'application d'une sélection de descripteurs est possible. Il en résulte une optimisation des analyses en comparaison de l'utilisation indiscriminée des descripteurs sur chacun des composants écologiques considérés séparément. Un cas d'étude est présenté sur la Méditerranée occidentale française.

**Mots-clés** : évaluation de l'état écologique, milieu marin, approche écosystémique, synthèse, méthodologie, étude de cas, Méditerranée occidentale

Liste des acronymes

C Critère

D descripteur

DCSMM Directive-Cadre « Stratégie pour le Milieu Marin »

DCE Directive-Cadre sur l'Eau

EFESE Évaluation Française des Écosystèmes et des Services Écosystémiques

ENI Espèces non indigènes

HAP Hydrocarbures Aromatiques Polycycliques

IEA Integrated Ecosystem Assessment (en français, évaluation intégrée des écosystèmes)

SES Social-Ecological System (en français, système socio-écologique)

SE Service Écosystémique
# 1 Introduction

Au XXIe siècle, l'humanité est confrontée à deux défis majeurs : le changement climatique (Bindoff et al., 2019 ; IPCC, 2021) et les pertes de biodiversité (IPBES ; 2019). Bien que les activités humaines, en affaiblissant sérieusement la résilience des écosystèmes marins (Folke et al., 2002 ; Folke et al., 2004), soient à l'origine de ces deux grands motifs de préoccupation (IPBES, 2018 ; Agence européenne pour l'environnement, 2019a), l'Organisation de coopération et de développement économiques (en anglais, *Organisation for Economic Co-operation and Development*) (OECD, 2016) estime qu'entre 2010 et 2030, l'économie océanique pourrait plus que doubler sa contribution à la valeur ajoutée mondiale, atteignant plus de 3 000 milliards de dollars par an (en 2010, 1 500 milliards de dollars américains par an représentaient environ 2,5 % de la valeur ajoutée brute mondiale). Dans ce contexte, les actes législatifs visent certes la préservation du milieu marin, mais également la croissance économique dans le domaine maritime. Par exemple, aux Etats-Unis, ces deux objectifs coexistent au sein de l'Oceans Act (2000). En Europe, l'objectif de préservation est exprimé par la Directive-Cadre « Stratégie pour le Milieu Marin » (DCSMM ; Commission européenne, 2008) ; et l'objectif de développement économique par les rapports sur l'économie bleue (Commission Européenne, 2014 ; 2019 ; 2021). La définition de ces politiques marines intégrées repose sur l'idée qu'une meilleure connaissance du milieu marin, une amélioration des pratiques et une meilleure coordination des activités permettraient sur le long terme de tirer davantage profit de l'espace maritime, tout en diminuant l'impact sur l'environnement (Commission Européenne, 2007 ; OECD, 2019). Pourtant, dans les deux premières décennies du XXIe siècle, les réglementations ne sont pas parvenues à arrêter la dégradation de l'environnement marin, que ce soit à l'échelle européenne (IPBES, 2018 ; European Environmental Agency, 2019a ; Commission Européenne, 2020a), ou à l'échelle planétaire (IPBES, 2019).

L'économie maritime inclut désormais un champ très large d'activités dans des secteurs traditionnels (p. ex., pêche, navigation et tourisme), des secteurs en plein essor (p. ex., énergies renouvelables offshore et aquaculture), et des secteurs émergents (p. ex, biotechnologie et exploitation minière des fonds marins). L'ensemble de ces activités tendent à exercer des pressions de plus en plus fortes sur les écosystèmes marins (Jackson et al., 2001 ; Millennium Ecosystem Assessment, 2005 ; IPBES, 2019 ; Puharinen, 2023). Il apparaît donc de plus en plus nécessaire de gérer les pressions cumulées et combinées dans le cadre d'une approche holistique (Jackson, 2008 ; Goulletquer et al., 2013 ; Korpinen et Andersen, 2016) et de ne plus se limiter à l'étude des relations pression-réponse uniques. Des méthodes ont ainsi été développées pour évaluer les impacts cumulatifs de pressions multiples sur plusieurs composantes de l'écosystème (Crain et al., 2008 ; Ban et al., 2010 ; Kaplan et al., 2012 ; Holsman et al., 2017). L'approche par écosystème, *procédure de gestion et de planification des ressources qui intègre la gestion des activités humaines et de leurs institutions avec la connaissance du fonctionnement des écosystèmes* (CBD, 2000), est généralement considérée comme la meilleure façon de gérer les activités humaines ayant une incidence sur l'environnement marin (Agardy et al., 2011). Cette approche est recommandée par les législations nationales ou supranationales qui visent à contrôler les impacts négatifs potentiels des activités marines : aux États-Unis, en Australie ou au Canada, les Oceans Acts ; en Europe, la Directive-Cadre sur l'Eau (Commission européenne, 2000) (DCE), la DCSMM (Commission européenne, 2008) et sa décision associée (Commission européenne, 2010) ; en Afrique du Sud, le National Water Act ; etc. (Enright et Boteler, 2020). Sa mise en œuvre consiste principalement à évaluer l'état des écosystèmes par rapport à des objectifs spécifiques de gestion et à déterminer en conséquence des stratégies de gestion (Levin et al., 2014). Dans cette perspective, les évaluations intégrées des écosystèmes (en anglais, *Integrated Ecosystem Assessments* (IEAs)) constituent le cadre méthodologique dominant de l'approche écosystémique. Les IEAs sont un processus par étapes qui consiste à établir des objectifs et des valeurs cibles, à définir des indicateurs,
à analyser l'état des composants, les tendances et les risques, pour parvenir à une évaluation de l'état général de l'écosystème (Levin et al., 2014). Cette démarche comprend normalement une première étape de cadrage (approche systémique) suivie de trois étapes (définition d'indicateurs, définition de niveaux de référence et évaluation des risques) correspondant principalement à une approche analytique (comparaison des indicateurs avec les niveaux de référence). Un intérêt majeur des IEAs devrait être de fournir une approche structurée à l'évaluation des écosystèmes pour servir de contrepartie intégrative aux évaluations d'une seule espèce et d'un seul secteur (Levin et al., 2009). Le passage en revue par Borja et al. (2016) de cinq méthodes d'évaluation globale et de suivi (dont l'une est destinée à la mise en œuvre de la DCSMM) confirme que les méthodes utilisées dans le monde entier ont en commun de décrire l'état de l'écosystème par rapport à un état souhaité. Cependant, dans ces méthodes, les analyses sont précédées, mais jamais suivies, d'une approche systémique. Les IEAs apparaissent donc en général comme une juxtaposition d'analyses sectorielles et ne favorisent pas l'émergence, sous une forme synthétique, de propositions transversales, alors même que les politiques traitant de ces problématiques doivent nécessairement être multi-objectifs. C'est ce qui peut expliquer qu'en pratique, utiliser les résultats des IEAs pour définir des mesures opérationnelles organisées dans un plan d'action global peut s'avérer difficile. Pour résoudre ces difficultés, des révisions législatives ont pu être engagées. Par exemple, la Commission européenne a révisé la DCSMM en 2017 (Commission européenne, 2017a, 2017b), pour « (3) [...] définir un ensemble plus clair, plus simple, plus concis, plus cohérent et comparable de critères et de normes méthodologiques concernant le bon état écologique ». Cependant, certaines difficultés méthodologiques demeurent (Puharinen, 2023) et la directive est actuellement en cours de révision par la Commission européenne (2020b)<fnref n="1" />. Ces difficultés peuvent être liées, comme le suggère Borja and Elliott (2013) dans le cas de l'Europe, au fait que la directive Habitats (1992) et la DCE ont imprimé dans nos cultures des approches structurelles (centrées principalement sur le suivi du nombre, de l'abondance et/ou de la répartition des espèces), tandis que la DCSMM correspond à une approche fonctionnelle qui nécessite, en plus des prérequis de l'approche structurelle, une bonne compréhension des relations entre les composantes du système.

Le présent article propose un nouveau cadre méthodologique pour produire, sous une forme synthétique, des IEAs dans lesquelles les analyses sont encadrées par des approches systémiques. L'attention est portée d'abord sur la compréhension du fonctionnement des écosystèmes marins et littoraux. Les connaissances générales sont utilisées en amont pour organiser et orienter l'analyse, afin de tirer le meilleur bénéfice des investigations réalisées de longue date, ainsi que des investigations les plus récentes (notamment dans le cadre des évaluations périodiques de l'état écologique du milieu). Ce cadre méthodologique privilégie donc les approches systémiques, en portant une attention particulière au mode de description du milieu marin (typologie des composants écologiques et des pressions anthropiques, définition des périmètres géographiques et de la temporalité des analyses). Il vise aussi à améliorer le dialogue entre les scientifiques, les gestionnaires et les décideurs, en progressant sur la transparence de l'analyse (origine et traitement des données) et sur la communicabilité des conclusions. Pour cette raison, il est destiné aux scientifiques et doit renforcer leur capacité de mettre en exergue dans la littérature spécialisée les informations essentielles à la prise de décision, y compris l'identification des situations critiques. Ce nouveau cadre méthodologique a été expérimenté sur la Méditerranée occidentale française.

<footnote n="1">¹ MSFD Art 23; European Commission, The Review of the Marine Strategy Framework Directive (https://ec.europa.eu/environment/marine/eu-coast-and-marine-policy/review_of_the_directive.htm, accessed 27.10.2023).</footnote>
Cet article présente les types de données nécessaires à l'élaboration du cadre méthodologique et à sa mise en œuvre, la définition du cadre méthodologique et son application au cas d'étude. La discussion porte sur la contribution du cadre méthodologique à l'opérationnalisation de l'approche écosystémique et sur sa réplicabilité dans les cadres législatifs non européens.

## 2 Données

Les informations utilisées pour la définition et la mise en oeuvre du cadre méthodologique proposé peuvent être issues : (i) des connaissances générales du milieu marin, (ii) des actes législatifs et des normes méthodologiques associées et (iii) des investigations et analyses réalisées pour une IEA particulière.

### 2.1 Les connaissances générales du milieu marin

Étant donné la forte implication des communautés humaines dans les écosystèmes marins, nous considérerons qu'ils constituent ensemble un système intégré, couramment désigné sous le terme de système socio-écologique (en anglais, social-ecological systems (SES)). Les fonctions d'un tel système découlent des interactions et de l'interdépendance des sous-systèmes sociaux et écologiques (Berkes et Folke, 1998 ; Conseil de l'Arctique, 2016 ; IPBES, 2022). D'après Millenn. Ecosyst. Assess. (2005), les SES produisent un « faisceau » de services écosystémiques (SE), classés comme services de soutien (p. ex., pour les SES marins et côtiers, cycle des nutriments, production primaire), d'approvisionnement (p. ex., poisson, algues, sel), de régulation (p. ex., régulation des inondations et du climat) et services culturels (p. ex., loisirs et valeurs spirituelles). Dans le prolongement de cette idée essentielle, Biggs et al. (2012) définissent la résilience comme : « La capacité d'un SES à soutenir un ensemble désiré de SE face aux perturbations et aux évolutions et changements en cours ».

Le mode de sélection des connaissances est un point considéré comme essentiel dans la littérature scientifique consacrée au renforcement de la résilience des SES. Ainsi Weichselgartner et Kasperson (2010) insistent sur la nécessité d'intégrer différents types de connaissances et une variété d'expériences. A cette fin, les scientifiques, le public et les décideurs en charge de la définition et de la mise en œuvre des politiques doivent collaborer pour générer des connaissances non seulement scientifiquement fiables, mais aussi appropriées au contexte, socialement pertinentes et exploitables (Weichselgartner et Kelman, 2014). En cohérence avec ce principe, notre cadre méthodologique s'appuiera sur les résultats du programme de recherche EFESE (Évaluation française des écosystèmes et des services écosystémiques), dont la contribution sur les domaines côtiers et marins a été produite par l'Ifremer, l'Université de Bretagne Occidentale et l'Agence Française pour la Biodiversité (Mongruel et al., 2019). En effet, ce programme a consisté (i) en une synthèse des évaluations existantes, produites pour la plupart dans le cadre de dispositifs politiques ou de gestion (conventions de Mers Régionales, les directives européennes telles que la directive Habitats (Conseil européen, 1992), la DCE (Commission européenne, 2000), la DCSMM (Commission européenne, 2008), etc.), (ii) en la consultation des parties prenantes sur le sujet, permettant à la fois de capturer des points de vue complémentaires, voire différents, et de mesurer l'adéquation entre la perception des parties prenantes et l'état actuel des connaissances scientifiques (Scemama et al., 2022).

Le programme de recherche EFESE (Mongruel et al., 2019) présente une typologie des composants écologiques (principaux types d'écosystème, d'habitat ou de groupe d'espèces) et les services écosystémiques associés (cf. **Figure 1**).
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**Figure 1** : Typologie des composants écologiques et perception par des experts de l'importance des services écosystémiques associés (Mongruel et al., 2019 ; Scemama et al., 2022). Le symbole ⚠ signale une incohérence entre la perception des acteurs et les connaissances scientifiques disponibles : en rouge lorsque la perception va à l'encontre des connaissances scientifiques ; en bleu lorsque la confusion est plus légère.

Le programme de recherche EFESE (Mongruel et al., 2019) présente également des typologies des activités et des pressions, et précise les types de pressions exercées par chacune des activités (Tableau 1).

Cependant, un programme national de recherche tel qu'EFESE n'a pas vocation à produire directement des évaluations à l'échelle des régions marines et de leurs subdivisions, car il faut pour cela prendre en compte plus précisément les écosystèmes et les activités anthropiques de la zone considérée. Pour cette raison, notre méthode s'appuiera aussi sur les cadres réglementaires et normatifs consacrés à l'évaluation de l'état écologique du milieu marin, ainsi que sur les informations issues de leur application.
<table><caption>**Tableau 1 :** Activités à l'origine des pressions (typologies proposées par la directive 2017/845 modifiant la DCSMM). Adapté de Mongruel et al. (2019) et MTES (2025 ; Matrice 1) . **X** = contribution significative de l'activité à la pression ; **x** = contribution mineure à la pression.</caption><thead><tr><th></th><th>Transport maritime, défense, recherche campagne en mer</th><th>Pêche arts traînants de fonds</th><th>Pêche hors arts traînants de fonds</th><th>Agriculture et urbanisation</th><th>Industrie, habitation littorale</th><th>Nautisme, plaisance et activités balnéaires</th><th>Exploration pétrolière ou minière, exploitation EMR offshore et pose de câbles</th></tr></thead><tbody><tr><td>Pertes physiques d'habitats (étouffement, colmatage)</td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td></td><td>x</td></tr><tr><td>Dommages physiques (abrasion, extraction de matériaux)</td><td>x</td><td>X</td><td>x</td><td></td><td></td><td>x</td><td>x</td></tr><tr><td>Modification du sédiment, turbidité</td><td>x</td><td>X</td><td></td><td>x</td><td></td><td></td><td>x</td></tr><tr><td>Dérangements, collisions</td><td>X</td><td>x</td><td></td><td></td><td>x</td><td>X</td><td></td></tr><tr><td>Perturbations sonores sous-marines</td><td>X</td><td>x</td><td>x</td><td></td><td></td><td>x</td><td>X</td></tr><tr><td>Déchets marins</td><td>X</td><td>x</td><td>X</td><td>x</td><td>x</td><td>x</td><td>x</td></tr><tr><td>Modifications hydrologiques</td><td></td><td></td><td></td><td>x</td><td>x</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Contamination par des substances dangereuses</td><td>X</td><td>x</td><td></td><td>X</td><td>x</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Enrichissement excessif en nutriments et matière organique</td><td>X</td><td>x</td><td>x</td><td>X</td><td>x</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Introduction de pathogènes microbiens</td><td>x</td><td></td><td></td><td></td><td>X</td><td>x</td><td></td></tr><tr><td>Introduction d'espèces non indigènes</td><td>X</td><td></td><td>X (conchyli-culture)</td><td></td><td></td><td>x</td><td></td></tr><tr><td>Extraction d'espèces</td><td>x</td><td>X</td><td>X</td><td></td><td></td><td>x</td><td></td></tr></tbody></table>

## 2.2 Informations apportées par les actes législatifs et les normes méthodologiques associées

Notre cadre méthodologique est destiné à être mis en œuvre dans des contextes variés, en considérant toutefois que des normes méthodologiques ont déjà été définies en relation avec des descripteurs qualitatifs servant à définir le bon état écologique. Par exemple, pour la DCSMM, les descripteurs sont définis par la directive 2008/56 (Commission européenne, 2008) dans l'annexe I : 1. Diversité biologique ; 2. Espèces non indigènes (ENI) ; 3. Population de poissons et autres fruits de mer exploités ; 4. Réseaux trophiques marins ; 5. Eutrophisation d'origine humaine ; 6. Intégrité des fonds marins ; 7. Altération des conditions hydrographiques ; 8. Concentrations de contaminants ; 9. Contaminants dans les poissons et autres fruits de mer; 10. Déchets marins ; 11. Énergie et bruit sous-marin. Parmi ces descripteurs (D), certains portent sur l'état du milieu (D1, D3, D4 et D6), tandis que les autres portent sur les pressions et impacts. En complément, les critères et normes méthodologiques à utiliser
au titre des descripteurs sont présentés en annexe de la décision 2017/848 (Commission européenne, 2017b). Ces recommandations prévoient des références croisées entre les descripteurs d'état et les descripteurs de pression. Par exemple, pour les habitats pélagiques (au titre du descripteur 1), le critère D1C6 est le suivant : « Les caractéristiques du type d'habitat, notamment sa structure biotique et abiotique et ses fonctions [...], ne subissent pas d'effets néfastes dus à des pressions anthropiques. » Les spécifications associées font référence explicitement aux critères utilisés au titre des descripteurs de pression D2, D5, D7 et D8 : « Les évaluations des effets néfastes liés aux pressions, notamment sur la base des critères D2C3, D5C2, D5C3, D5C4, D7C1, D8C2 et D8C4, sont à prendre en considération dans les évaluations des habitats pélagiques réalisées au titre du descripteur 1. »

## 2.3 Informations apportées par les précédentes évaluations de l'état écologique du milieu marin

En application des actes législatifs et des normes méthodologiques associées, nous considérerons qu'au moins une évaluation de l'état écologique du milieu marin a déjà pu être entreprise sur la zone considérée.

Parmi les multiples défis associés à la production des IEAs, deux difficultés apparaissent de façon récurrente.

Un défi majeur est de considérer conjointement les informations relatives aux différents descripteurs. Par exemple, dans le contexte français, sur les deux premiers cycles d'évaluation DCSMM (2012-2018 et 2018-2024) les critères ont été appliqués sans référence croisée entre les descripteurs d'état et les descripteurs de pression, notamment parce que l'application de façon indistincte des normes et critères aux nombreux composants écologiques engendre déjà un degré de complexité très élevé, sans la mise en œuvre de ces références croisées. Cette difficulté peut être considérée comme majeure, car elle contribue à réduire notre comprehension globale de l'impact des activités humaines sur le milieu marin.

Un autre défi est l'obtention de résultats quantitatifs, surtout en l'absence de programmes d'observation à grande échelle (Claudet et Fraschetti, 2010 ; Borja et al., 2013 ; Micheli et al., 2013 ; Pandeya et al., 2016 et Gissi et al., 2021). Par exemple, dans le cadre d'une étude menée en Méditerranée, Fraschetti et al. (2022) concèdent que les résultats des évaluations de l'état écologique sont significativement affectés par l'hypothèse que des observations discontinues à petites échelles spatiales sont représentatives de la totalité de l'étendue étudiée.

Le cadre méthodologique proposé vise principalement à relever le premier défi, en offrant une meilleure compréhension du fonctionnement du système et des impacts des activités humaines. Il devrait également contribuer à progresser sur le long terme dans la résolution du second problème, en favorisant la définition de programmes d'observation basés sur cette compréhension améliorée.

## 3 Cadre méthodologique

Le nouveau cadre méthodologique proposé vise à produire, sous une forme synthétique, des évaluations intégrées des écosystèmes qui dépassent la juxtaposition d'analyses sectorielles. Il vise donc, d'une façon générale, à créer des conditions propices à la compréhension globale du système et, plus spécifiquement, à favoriser les références croisées entre les descripteurs d'état et les descripteurs de pression. Pour l'élaboration du cadre méthodologique, un protocole d'étude est défini pour assurer une utilisation maîtrisée des différents types de données précédemment identifiés.
## 3.1 Protocole d'étude

Notre cadre méthodologique, tant dans sa définition que dans sa mise en œuvre, doit utiliser de façon optimale les connaissances générales sur le milieu marin, le référentiel législatif et réglementaire, et les observations et analyses réalisées localement. Pour utiliser au mieux ces trois sources d'information et pour définir le rôle de chacune dans la conduite de l'évaluation, une distinction claire entre les approches systémiques et les approches analytiques est nécessaire.

Deux approches de compréhension des risques existent et ont en général vocation à se compléter : les approches « analytiques » et les approches « systémiques » (Puccia et Levins, 1985 ; Kay et al., 1999 ; Igigabel et al., 2021). Les approches analytiques, initialement décrites par Descartes (1637), s'appliquent préférentiellement aux systèmes stables, constitués par des éléments aux interactions dites linéaires, c'est-à-dire pouvant être décrites par des règles fixes ou par des lois mathématiques continues. Cependant les écosystèmes marins, en tant que systèmes adaptatifs complexes (Hagstrom et Levin, 2017), ne peuvent être compris par les seules approches analytiques. Contrairement à ce que supposent les approches analytiques, dans un processus d'agrégation d'un ensemble de situations maîtrisées localement, des risques peuvent émerger à un niveau supérieur (Kay et al., 1999). L'examen de processus linéaires et de paires de causes-effets est insuffisant pour comprendre le comportement dynamique de l'ensemble du système (Cassel-Gintz, 2001 ; Cassel et Hinsberger, 2017). En complément des approches analytiques, une approche systémique a vocation à définir « l'architecture d'un système » (Krob, 2008), c'est-à-dire sa partie invariante, celle que l'on peut raisonnablement considérer comme fixe au cours du temps<fnref n="2" />. Les approches systémiques et analytiques sont donc fondamentalement différentes, au point qu'elles correspondent à deux paradigmes distincts : une approche systémique vise une compréhension globale, s'applique à des systèmes hétérogènes, repose sur des points de vue exprimés dans un cadre collaboratif et produit des conclusions relatives qui tiennent compte des contraintes extérieures au système, en mobilisant la logique et des modes de représentation systémique ; une approche analytique vise une compréhension complète, s'applique à des systèmes homogènes, repose sur des modes de représentation détaillée, mobilise des experts et conclut avec certitude, en faisant appel à des disciplines scientifiques (Krob, 2008 ; Resilience Alliance, 2010).

Sur ces bases conceptuelles, il convient de reconnaître les types d'approches auxquelles correspondent les trois sources d'information identifiées, afin d'apprécier comment elles pourront être utilisées dans le cadre de notre méthodologie. De façon schématique, nous considérerons que les informations générales, issues d'investigations menées de longue date dans des contextes variés, aident à progresser dans la compréhension du fonctionnement des écosystèmes marins et littoraux. Par conséquent, il s'agit d'approches essentiellement systémiques. Le référentiel législatif et réglementaire fournit un cadrage général de la démarche d'évaluation des risques, en combinant l'approche systémique exprimée par la définition des principes généraux et les approches analytiques exprimée par la définition des normes et critères méthodologiques, ainsi que des indicateurs associés. Les observations et analyses particulières, produites en utilisant les critères et les indicateurs, fournissent des renseignements précis,

<footnote n="2">² Krob (2008) fait remarquer que cette manière d'étendre aux systèmes le concept d'architecture tel qu'il existe traditionnellement en urbanisme est parfaitement cohérente avec son acception usuelle. L'architecture d'un bâtiment n'est en effet autre que sa partie invariante, c'est-à-dire celle qui ne va pas changer quelle que soit la façon dont le bâtiment est occupé et évolue au cours du temps.</footnote>
correspondant en général à une mesure sur un territoire et une période donnée. Par conséquent, il s'agit d'approches essentiellement analytiques.

Pour utiliser au mieux ces informations, un protocole d'étude est adopté. Son objectif est de définir des lignes directrices pour la production d'IEAs synthétiques. Ces lignes directrices, qui ensemble constituent le « cadre méthodologique », doivent être applicables à différentes zones marines. Ce protocole comprend trois étapes dont la **Figure 2** donne une représentation graphique.

<figure><img src="image_4.png" /><figcaption>**Figure 2** : Définition de lignes directrices pour la production d'IEAs synthétiques sur différentes zones marines - Protocole d'étude.</figcaption></figure>

L'Étape 1 consiste à regrouper les composants écologiques en compartiments environnementaux. Cette étape est basée sur les typologies des composants écologiques, des activités et des pressions existant dans la littérature scientifique. Un des principes est de grouper les composants écologiques susceptibles d'être soumis aux mêmes types de pression. Cette étape utilise l'état des connaissances générales sur le milieu marin.

L'Étape 2 consiste à sélectionner des descripteurs pour chaque composant écologique. Une sélection rigoureuse des descripteurs d'état et de pression sera réalisée en utilisant les connaissances générales et le corpus réglementaire et normatif.

L'Étape 3 consiste à optimiser l'utilisation des descripteurs sélectionnés dans le cadre de la production d'une IEA appliquée au milieu marin sous une forme synthétique. Cette étape s'appuie sur les résultats des deux premières étapes.

Des trois types de données recensées, seuls les connaissances générales et le cadre réglementaire et normatif sont utilisés au cours de ces trois étapes de définition des lignes directrices adaptées à la
production d'IEAs synthétiques sur diverses zones marines. Le troisième type de données correspond aux dernières observations et analyses produites lors de la dernière IEA sur la zone étudiée (ou des dernières IEAs si plusieurs ont été menées et que des tendances sont recherchées). Ce troisième type de données ne sera utilisé que dans l'application du cadre méthodologique sur une zone d'étude precise. Un exemple d'une telle application sera présenté en partie 4.

## 3.2 Étape 1 : Regroupement des composants écologiques en compartiments

La première étape consiste à regrouper les composants écologiques en compartiments environnementaux, ce qui nécessite de disposer d'une typologie de composants écologiques et d'une typologie de types de pressions anthropiques et d'activités. Dans le cas présent, nous considérerons une zone marine située en climat tempéré. Une démarche équivalente peut être menée pour une zone située sous un autre climat.

Les typologies utilisées, tant pour les composants écologiques (Figure 1) que pour les pressions anthropiques et les activités (Tableau 1), sont empruntées au programme EFESE (Mongruel et al., 2019). Le choix de ces typologies est justifié par leur processus d'élaboration associant les scientifiques et les diverses parties prenantes et les avantages qui en résultent en matière de transparence dans la conduite des analyses et de lisibilité des résultats.

Il est à noter que la DCSMM impose dans son annexe I l'utilisation de descripteurs qualitatifs servant à définir le bon état écologique. Par contre, dans son annexe III, les caractéristiques du milieu, ainsi que les pressions et impacts ne font l'objet que de listes indicatives. Cette relative souplesse du cadre réglementaire européen a été maintenue dans la directive 2017/845 modifiant la directive initiale 2008/56/CE en ce qui concerne « les listes indicatives d'éléments à prendre en compte lors de la préparation des stratégies pour le milieu marin ». Sur ce point, la méthodologie proposée respecte donc le cadre réglementaire de la DCSMM.

Nous considérerons que les composants écologiques appartiennent à des types d'écosystèmes, d'habitats ou de groupes d'espèces. En cela, notre cadre méthodologique s'accorde également avec la DCSMM. Par la suite, nous désignerons par le terme commun de « compartiments environnementaux » les grandes catégories de composants écologiques : « habitats benthiques », « habitats pélagiques », « interfaces terre-mer », « espèces commerciales » et « espèces protégées », dont les définitions sont précisées ci-après.

Pour atteindre l'objectif d'une évaluation territorialisée, il est nécessaire d'apprécier comment attribuer les connaissances disponibles à des territoires délimités géographiquement. Classiquement, dans la description du milieu marin, il est fait une distinction entre compartiment pélagique et compartiment benthique au travers des différentes masses d'eau (cf. Figure 3). La plupart des chaînes alimentaires étant initiées dans la colonne d'eau à partir du phytoplancton, nous associerons par convention les réseaux trophiques aux habitats pélagiques.
<figure><img src="image_5.png" /></figure>

**Figure 3** : Schéma des composantes principales des habitats benthiques et pélagiques, selon un gradient côte-large et un zonage vertical. Crédit : Cerema, d'après l'arrêté du 17/12/12 relatif à la définition du bon état écologique des eaux marines.

Des habitats particuliers se développent sur les différents substrats et renvoient à des types d'écosystèmes caractérisés par un fonctionnement propre : herbiers, champs de macro-algues, coralligènes, récifs coralliens, estuaires, lagunes, marais littoraux, plages et cordons dunaires, mangroves, zones de production aquacoles extensives. Parmi ces milieux, nous attribuerons : (i) au compartiment des habitats benthiques : les composants écologiques qui appartiennent sans ambiguïté aux fonds marins, en particulier les herbiers, champs de macro-algues, communautés coralligènes et récifs coralliens ; et (ii) à un compartiment spécifique consacré aux « zones positionnées à l'interface terre-mer » : les estuaires et les zones de production aquacoles extensives, que nous qualifierons de « zones proches des côtes » ; et les lagunes, marais littoraux, les plages et cordons dunaires et les mangroves, que nous qualifierons de « zones côtières ». Ces milieux jouent un rôle essentiel dans les processus trophiques et fonctionnels des écosystèmes marins (Mongruel et al., 2019). La classification adoptée contribue à mettre en évidence les problématiques de ces zones soumises à des pressions souvent particulièrement intenses du fait des apports terrigènes et de la présence d'activités propres au littoral (par exemple, les activités portuaires, balnéaires et le nautisme). Ce choix méthodologique favorise une représentation cartographique cohérente, les habitats biogéniques du milieu marin s'intégrant naturellement dans la représentation détaillée des milieux benthiques et les interfaces "terre-mer" s'intégrant plus naturellement dans la représentation plus globale d'une aire marine et de ses abords.

Enfin, la plupart des groupes d'espèces ne peuvent être rattachés à un seul type d'écosystème ou d'habitat. Notre typologie inclura donc deux compartiments supplémentaires : (i) les espèces protégées
rassemblant les oiseaux marins, les mammifères marins, les tortues et les espèces non commerciales de poissons, mollusques ou crustacés ; (ii) les espèces commerciales rassemblant l'ensemble des espèces prélevées intentionnellement dans le milieu marin ou littoral.

L'Office français de la Biodiversité (OFB, 2021, 2024) confirme que les composants écologiques peuvent être regroupés dans les compartiments identifiés. Le **Tableau 2** présente les types de composants écologiques du rapport EFESE associés à chacun de ces compartiments.

<table><caption>**Tableau 2 :** Compartiments environnementaux et types de composants associés.</caption><thead><tr><td>Compartiments environnementaux considérés pour notre méthode</td><td>Types de composants écologiques (EFESE)</td></tr></thead><tbody><tr><td>Habitats pélagiques et réseaux trophiques</td><td>Habitats pélagiques (y compris écosystèmes profonds) et réseaux trophiques (y compris le plancton)</td></tr><tr><td>Habitats benthiques</td><td>Fonds rocheux et fonds meubles, herbiers marins, champs de macro-algues, communautés coralligènes et récifs coralliens</td></tr><tr><td>Zones d'interface terre-mer</td><td>Estuaires, lagunes et marais salés littoraux, plages et dunes, zones de production aquacoles extensives, mangroves</td></tr><tr><td>Espèces protégées</td><td>Oiseaux marins, mammifères marins, tortues et espèces non commerciales de poissons, mollusques ou crustacés</td></tr><tr><td>Espèces commerciales</td><td>Espèces prélevées intentionnellement dans le milieu marin ou littoral</td></tr></tbody></table>

## 3.3 Étape 2 : Sélection des descripteurs pour chaque composant écologique

Afin d'assurer la parfaite compatibilité avec la DCSMM, nous ferons référence dans la suite aux 11 descripteurs qualitatifs servant à définir le bon état écologique figurant en annexe I de cette directive (descripteurs listés en section 2.1). Il est possible d'envisager l'utilisation de ces descripteurs de façon indistincte sur tous les composants écologiques. Cependant, l'application systématique du corpus de critères et de normes méthodologiques génère un grand nombre d'analyses. Ce constat a poussé la commission européenne dans sa décision 2017/848 à considérer que « (6) [...] le nombre de critères que les États membres doivent surveiller et évaluer devrait être réduit, en appliquant aux critères retenus une approche par le risque afin de permettre aux États membres de concentrer leurs efforts sur les principales pressions anthropiques ayant un impact dans leurs eaux. » Pour cette même raison, la synthèse de l'évaluation de l'état écologique du milieu marin devrait être organisée en veillant (i) à n'utiliser les descripteurs et les critères et indicateurs associés que lorsque cela est strictement nécessaire à l'évaluation d'un composant, et (ii) à éviter autant que possible la présentation redondante des analyses. Pour appliquer ces principes, les descripteurs applicables aux composants seront sélectionnés en exploitant la littérature scientifique, puis, dans l'étape 3, l'utilisation de ces descripteurs fera l'objet d'une recherche d'optimisation.

Les conséquences d'une dégradation du milieu peuvent être évaluées en considérant, pour chaque composant écologique, l'impact sur son état et ses fonctions, tout en étant attentif aux réductions ou aux pertes de services écosystémiques associés (Grizzetti et al., 2019). Dans un premier temps, cette analyse devrait être réalisée sur la base des connaissances générales, c'est-à-dire en exploitant les données scientifiques et la perception des parties prenantes. Le programme EFESE offre l'avantage de
combiner ces deux approches. Dans le cadre de cette approche systémique, l'intérêt porte d'abord sur le fonctionnement des écosystèmes, avant d'envisager une approche quantitative basée sur l'utilisation de critères et d'indicateurs. Pour mettre en œuvre cette approche, nous nous appuierons sur deux résultats synthétiques issus du programme EFESE : (i) la typologie des composants écologiques et des principaux services écosystémiques attendus (Figure 1) et (ii) la typologie des principales pressions et activités (Tableau 1).

Les descripteurs les plus pertinents sont identifiés en considérant conjointement les descriptions littérales des principales pressions et activités (également extraites du programme EFESE) avec les types de composants écologiques et les services écosystémiques associés. Le **Tableau Supplémentaire TS1** (cf. **Partie 12**) montre concrètement l'organisation et les résultats d'une telle analyse pour les composants écologiques d'une zone marine située en climat tempéré. Le même type d'analyse peut être conduit sur les mangroves et autres composants spécifiques aux climats tropicaux, équatoriaux ou polaires. A noter que dans cette analyse les services culturels et récréatifs n'ont pas été détaillés comme en **Figure 1** (C1 : Support d'activités récréatives et de loisirs ; C2 : Contribution à un paysage plaisant ; C3 : Contribution à la culture et à l'identité territoriale) mais ont été considérés ensemble. Étant donné que les niveaux d'importance des perceptions par les experts des trois services concernés sont en général assez proches (ce que montre la **Figure 1**), la perte d'information générée par cette agrégation peut être considérée comme acceptable.

## 3.4 Étape 3 : Recherche d'optimisation de l'utilisation des descripteurs sélectionnés

La troisième étape vise à optimiser l'utilisation des descripteurs sélectionnés dans le cadre de la production d'une IEA appliquée au milieu marin sous une forme synthétique.

L'attribution des descripteurs telle qu'opérée dans le **TS1** révèle que des analyses communes à plusieurs types de composants écologiques peuvent être présentées en exploitant leur regroupement au sein des compartiments environnementaux. En effet, il apparaît que les composants écologiques appartenant à un même compartiment sont caractérisés par un même jeu de descripteurs. Par exemple, les zones d'interface terre-mer, malgré leur grande diversité peuvent être décrites avec un jeu de descripteurs restreint (D1, D2, D5, D8 et D10). Ceci constitue une avancée significative pour organiser la synthèse de l'évaluation de l'état écologique du milieu marin. En considérant ce résultat, l'évaluation peut être organisée en trois sections (cf. **Figure 4**), la première consacrée aux habitats pélagiques et benthiques et aux réseaux trophiques, la deuxième aux zones d'interface terre-mer, et la troisième aux espèces protégées et commerciales.

Cette organisation, avec les ajustements que peuvent nécessiter les divers contextes, définit « l'architecture du système ». Présenter une évaluation en suivant cette organisation suppose une progression dans l'ordre des sections. Les lignes de force qui se dégagent sont les suivantes : (i) l'étude des pressions qui s'appliquent de façon transversale aux habitats et réseaux trophiques : altération des conditions hydrographiques principalement par les effets du changement climatique, pollution par les contaminants et les déchets, activités dégradant les fonds marins ; (ii) des investigations supplémentaires sur les zones d'interface terre-mer, zones essentielles pour le fonctionnement du milieu marin et exposées à des pressions supérieures à cause de leur proximité du littoral; (iii) l'étude des espèces protégées et commerciales particulièrement sensibles à certaines pressions générées par le changement climatique, les espèces non indigènes, les contaminations, les déchets marins, les énergies et les bruits sous-marins.
<figure><img src="image_6.png" /></figure>

**Figure 4** : Organisation générale de l'évaluation de l'état écologique pour une zone marine située en climat tempéré. En caractères gras sont indiqués les descripteurs de l'état du milieu marin.

Le **Tableau 3** présente une synthèse des impacts directs des différentes pressions sur chacun des compartiments écologiques. La composition de ce tableau est établie notamment en considérant l'objectif formulé par la Commission européenne à l'occasion de la révision de la DCSMM en 2017 (Commission européenne, 2017a) : « (4) [...] associer plus étroitement les éléments de l'écosystème et les pressions et impacts anthropiques sur le milieu marin aux descripteurs qualitatifs servant à définir le bon état écologique ». Pour favoriser les liens entre ces éléments, une ligne est attribuée à chaque compartiment environnemental et une colonne est attribuée aux principaux types d'activité. Le **Tableau 3** est renseigné sur la base des pressions identifiées dans le **Tableau 1**, et en utilisant les descripteurs qui ont été sélectionnés pour chaque compartiment environnemental (Figure 4).

Il est à noter que les conditions hydrographiques, notamment la température, l'acidité et la salinité, évoluent à une échelle globale principalement à cause du changement climatique (IPCC, 2019). Par conséquent les évolutions associées à ce descripteur ne peuvent être attribuées à des activités particulières. En outre, la multitude de contaminants ne permet pas une attribution uniforme des pressions aux activités, notamment pour les métaux lourds (Anh, 2023) et pour les hydrocarbures aromatiques polycycliques (HAP) (Mali et al., 2022). De même, l'attribution aux activités de la pollution par les déchets ne peut être présentée simplement dans un tableau, *a fortiori* lorsque les déchets sont fragmentés sous forme de méso ou micro-débris (de Scisciolo et al., 2016; Thushari et Senevirathna, 2020; Cowan et Tiller, 2021).
<table><caption>**Tableau 3** : Pressions induites directement par les activités humaines sur les compartiments environnementaux. Les principales pressions sont indiquées en caractères gras.</caption><thead><tr><th></th><th>Transport maritime, Défense, Recherche campagne en mer</th><th>Pêche arts traînants de fonds</th><th>Pêche hors arts traînants de fonds</th><th>Agriculture et urbanisation</th><th>Industrie, Habitation littorale</th><th>Nautisme, plaisance et activités balnéaires</th><th>Exploration pétrolière ou minière, exploitation EMR offshore et pose de câbles</th></tr></thead><tbody><tr><td>Habitats pélagiques et réseaux trophiques<br>Diversité biologique (D1)<br>Réseau trophique (D4)</td><td>Déchets marins (D10)</td><td>Déchets marins (D10)</td><td>Déchets marins (D10)</td><td></td><td>Déchets marins (D10)</td><td>Déchets marins (D10)</td><td></td></tr><tr><td>Habitats benthiques<br>Diversité biologique (D1)<br>Intégrité des fonds marins (D6)</td><td>Introduction d'ENI (D2)<br>Pertes et dommages physiques sur les fonds marins (D6)<br>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Pertes et dommages physiques sur les fonds marins (D6)<br>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Pertes et dommages physiques sur les fonds marins (D6)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Pertes et dommages physiques par augmentation de la turbidité (D6)<br>Contamination (D8)</td><td>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Introduction d'ENI (D2)<br>Pertes et dommages physiques sur les fonds marins (D6)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Pertes et dommages physiques sur les fonds marins (D6)</td></tr><tr><td>Zones d'interface terre-mer<br>Diversité biologique (D1)</td><td>Introduction d'ENI (D2)<br>Enrichissement excessif en nutriments et matière organique (D5)<br>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Enrichissement excessif en nutriments et matière organique (D5)<br>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Introduction d'ENI en conchyliculture (D2)<br>Enrichissement excessif en nutriments et matière organique (D5)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Enrichissement excessif en nutriments et matière organique (D5)<br>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Enrichissement excessif en nutriments et matière organique (D5)<br>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Déchets marins (D10)</td><td></td></tr><tr><td>Espèces protégées<br>Diversité biologique (D1)</td><td>Dérangement, collisions (D1)<br>Introduction de d'ENI (D2)<br>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)<br>Perturbations sonores (D11)</td><td>Extraction d'espèces (D1)<br>Dérangement, collisions (D1)<br>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)<br>Perturbations sonores (D11)</td><td>Extraction d'espèces (D1)<br>Déchets marins (D10)<br>Perturbations sonores (D11)</td><td>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Dérangement, collisions (D1)<br>Déchets marins (D10)<br>Perturbations sonores (D11)</td><td>Dérangement, collisions (D1)<br>Perturbations sonores (D11)</td></tr><tr><td>Espèces commerciales<br>Populations (D3)</td><td>Contamination (D9)</td><td>Extraction d'espèces (D3)<br>Contamination (D9)</td><td>Extraction d'espèces (D3)</td><td>Contamination (D9)</td><td>Contamination (D9)</td><td></td><td></td></tr></tbody></table>
Pour les ENI, s'il peut être possible dans certains cas d'identifier le vecteur d'introduction d'une espèce donnée, il n'est pas possible d'effectuer systématiquement un rattachement précis aux activités, d'autant plus que l'implantation des espèces est aussi favorisée par la dégradation des différents compartiments environnementaux, dont l'enrichissement excessif en nutriment et matière organique de la colonne d'eau, la dégradation des fonds marins, l'artificialisation des littoraux, la surpêche des espèces commerciales et les perturbations multiples des espèces protégées (Molnar et al., 2008 ; Stiger-Pouvreau et Thouzeau, 2015).

Enfin, pour les bruits sous-marins, qui figurent parmi les pressions les plus dommageables (Leaper et Renilson, 2012 ; Bittencourt et al., 2014 ; Borja et al., 2016 ; European Environmental Agency, 2019b), il peut également être difficile d'effectuer systématiquement un rattachement précis aux activités.

En définitive, le changement climatique, les pollutions par les divers contaminants et déchets marins, le développement des ENI et les bruits sous-marins ont des causes multiples. Ces pressions et leurs impacts doivent être décrits et mesurés. Néanmoins, sauf dans certains cas particuliers, il n'est pas possible à l'échelle d'une région marine d'effectuer une attribution à des activités particulières. Le traitement de ces problématiques nécessite la mise en œuvre de feuilles de route à des échelles nationales et internationales (Borja et al., 2016).

# 4 Application du cadre méthodologique sur la sous-région marine Méditerranée

En application des lignes directrices précédemment définies, un exemple d'IEA synthétique est présenté sur une zone d'étude correspondant à une sous-région marine<fnref n="3" />: la Méditerranée occidentale.

Les lignes directrices pour la synthèse d'une IEA proposées en partie 3 ont été établies en considérant les informations portant sur un périmètre englobant la Méditerranée. Par conséquent, leur application sera entreprise sans modification. Pour une application dans un contexte différent, notamment les milieux tropicaux ou polaires, des ajustements à ces lignes directrices pourront être réalisés en tenant compte des connaissances générales et du corpus réglementaire et normatif propres à la zone considérée.

Préalablement à la présentation synthétique de l'IEA, une présentation des données propres à la zone considérée est nécessaire, à savoir (i) une présentation sommaire des composants écologiques ; (ii) une présentation sommaire des activités humaines.

## 4.1 Composants écologiques

La carte de synthèse (Figure 5) présente les principales caractéristiques écologiques des groupes d'espèces et de leurs réseaux trophiques, des habitats et des conditions hydrographiques.

L'OFB (2021, 2024) présente une description détaillée des composants écologiques. Pour les besoins de notre étude, nous retiendrons plus particulièrement les éléments suivants.

<footnote n="3">³ Le terme « sous-région marine » est adopté ici en référence à la définition donnée dans l'article 4 de la DCSMM.</footnote>
<figure><img src="image_7.png" /><figcaption>**Figure 5** : Carte de synthèse des composants écologiques en Méditerranée occidentale (MTES, AFB, 2019)</figcaption></figure>

La Méditerranée française est particulièrement représentative des habitats sédimentaires ; ils occupent près de 99% du plateau et la quasi-totalité des abysses. Sur le plateau continental, les sédiments vaseux et détritiques recouvrent la quasi-totalité de l'étage circalittoral. Ces sédiments constituent des zones fonctionnelles primordiales pour nombre d'espèces halieutiques. Certains habitats biogéniques des fonds sédimentaires présentent également des biocénoses très diversifiées. L'habitat herbier à Posidonie est à l'étage infralittoral l'écosystème-pivot de la bande littorale méditerranéenne. Il occupe près de 900 km², soit 5% du plateau continental. Il offre de nombreuses fonctionnalités écologiques clefs : stabilisation et oxygénation des sédiments, lieux de frayères et nurseries, atténuation de l'hydrodynamisme, etc. Dans les zones plus abritées (lagunes et fonds de baie), des herbiers de cymodocées et de zostères peuvent se développer.

Le golfe du Lion est la principale zone de concentration de l'avifaune marine (puffins, sternes, océanites, mouettes et goélands) en été et dans une moindre mesure en hiver. Le large est moins fréquenté mis à part par les océanites et les mouettes pygmées en hiver. Les eaux françaises constituent une zone majeure à l'échelle de la Méditerranée pour les cétacés reconnue en tant que zone marine importante pour les mammifères marins. Sept espèces sont régulièrement recensées : deux grands plongeurs, à savoir le rorqual commun et le cachalot, la baleine à bec de Cuvier, le dauphin bleu et blanc, le dauphin de Risso, le grand dauphin et le globicéphale. Les zones de concentrations du grand dauphin, espèce principalement côtière, sont au niveau du golfe du Lion et au Nord et au Sud de la
Corse. La répartition et l'abondance des baleines à becs sont mal connues. Les eaux du large sont également fréquentées par les tortues caouannes en été.

Les lagunes, les îles et les îlots constituent des secteurs importants pour la nidification de l'avifaune marine. Ceci confère à la façade une responsabilité importante pour la conservation de huit espèces marines, à savoir l'océanite tempête, le puffin yelkouan, le puffin de Scopoli, les goélands d'Audouin, railleur et leucophée, la sterne hansel et le cormoran huppé, ainsi qu'en zone littorale du gravelot à collier interrompu. Le golfe du Lion est un secteur majeur au niveau de la Méditerranée pour les nourriceries et frayères de poissons pélagiques (p. ex., sprat, anchois, sardine, chinchard, merlu, thon) et démersaux (p. ex., sole, grondin, rouget). Les abords du talus présentent un intérêt particulier pour le merlu, le chinchard et les langoustines. En outre, plusieurs espèces d'élasmobranches, présentant des statuts de conservation très défavorables au niveau mondial, sont présentes sur la façade (p. ex., raie blanche, ange de mer et mante de Méditerranée, squale-chagrin, requin taupe, requin pèlerin et peau-bleue par exemple). Les eaux du large sont également fréquentées par les poissons pélagiques, dont le thon rouge et l'espadon.

## 4.2 Activités maritimes et littorales

Du fait de sa situation géographique, la mer Méditerranée est un espace à forts enjeux stratégiques et représente un support d'activités économiques sans égal au niveau mondial : 25 % du fret maritime, 30% du trafic pétrolier et 31 % du tourisme. Située dans le bassin occidental, la Méditerranée française n'échappe pas à cette dynamique qui se traduit par une augmentation démographique et un développement des activités économiques (MTES, 2019), causant potentiellement des augmentations de pressions anthropiques sur le milieu marin et littoral. La **Figure 6** présente ces activités en relation avec les enjeux internationaux, ainsi que les enjeux nationaux, y compris ceux de l'hinterland. Le port de Marseille, premier port de Méditerranée avec 75 millions de tonnes de trafic en 2021 (Observatoire Régional des Transports Provence - Alpes - Côte d'Azur, 2021) occupe une place centrale dans les échanges.

## 4.3 Evaluation de l'état écologique de la Méditerranée occidentale

Le cadre méthodologique exposé en partie 3 a été appliqué. En particulier, la **Figure 4** montre cette organisation où les composants écologiques sont regroupés en compartiments environnementaux, tout en précisant les descripteurs DCSMM les plus pertinents pour chacun de ces compartiments. En complément des données nécessaires à la construction de ce cadre, les études particulières menées sur le territoire considéré ont été utilisées, à savoir les références précédemment citées dans la présentation sommaire des composants écologiques (OFB, 2021, 2024) et des activités humaines (MTES, 2019). Enfin, le document stratégique de façade issu du deuxième cycle d'application de la DCSMM (MTES, 2019) comporte en annexe 2 la dernière IEA relative à la Méditerranée occidentale.

En reprenant l'organisation du **Tableau 3** qui présente sur la base des connaissances générales les principales pressions induites directement par les activités humaines sur chacun des compartiments environnementaux, le **Tableau 4** présente, sur la base des données spécifiques à la zone considérée (OFB (2021, 2024) et MTES (2019)), une synthèse des pressions induites directement par les activités humaines sur chacun des compartiments écologiques en Méditerranée occidentale. En caractères gras sont indiquées les pressions dont l'origine peut clairement être attribuée à un ou plusieurs types d'activité. Les autres pressions, mentionnées en caractères ordinaires, sont observées en Méditerranée occidentale, mais leur attribution ne peut être effectuée que sur la base des connaissances générales.
<figure><img src="image_8.png" /></figure>

Sources: DIRM MED, Cerema, Shom - Réalisation: Cerema Normandie Centre - Date: 12/2024

<figure><img src="image_9.png" /><figcaption>**Figure 6 :** Les activités maritimes et littorales de la façade Méditerranée [MTES, 2019]</figcaption></figure>
<table><caption>**Tableau 4** : Pressions induites directement par les activités humaines sur les compartiments environnementaux en Méditerranée occidentale.</caption><thead><tr><th></th><th>Transport maritime, Défense, Recherche campagne en mer</th><th>Pêche arts traînants de fonds</th><th>Pêche hors arts traînants de fonds</th><th>Agriculture et urbanisation</th><th>Industrie, Habitation littorale</th><th>Nautisme, plaisance et activités balnéaires</th></tr></thead><tbody><tr><td>Habitats pélagiques et réseaux trophiques<br>Diversité biologique (D1)<br>Réseau trophique (D4)</td><td>Déchets marins (D10)</td><td>Déchets marins (D10)</td><td>Déchets marins (D10)</td><td></td><td>Déchets marins (D10)</td><td>Déchets marins (D10)</td></tr><tr><td>Habitats benthiques<br>Diversité biologique (D1)<br>Intégrité des fonds marins (D6)</td><td>Introduction d'ENI (D2)<br>Pertes et dommages physiques sur les fonds marins (D6)<br>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Perturbations physiques des habitats de type « circalittoral » et « bathyal » (D6)<br>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Pertes et dommages physiques sur les fonds marins (D6)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Dans le panache de dilution du Rhône, dégradation des habitats benthiques par particules fines et matière organique (D6)<br>Contamination (D8)</td><td>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Introduction d'ENI (D2)<br>Perturbations physiques des habitats de type « infralittoral » (D6)<br>Déchets marins (D10)</td></tr><tr><td>Zones d'interface terre-mer<br>Diversité biologique (D1)</td><td>Introduction d'ENI dans les ports (D2)<br>Contamination (D8)<br>Déchets marins en zone côtière (D10)</td><td>Contamination (D8)<br>Déchets marins en zone côtière (D10)</td><td>Introduction d'ENI dans les secteurs aquacoles (D2)<br>Déchets marins en zone côtière (D10)</td><td>Enrichissement excessif en nutriments et matière organique à l'embouchure du Rhône (D5)<br>Contamination (D8)</td><td>Contamination (D8)<br>Déchets marins en zone côtière. Sur les plages, déchets issus de l'assainissement (D10)</td><td>Déchets marins en zone côtière. Sur les plages, déchets issus du tourisme et des loisirs (D10)</td></tr><tr><td>Espèces protégées<br>Diversité biologique (D1)</td><td>Collisions avec le rorqual commun (D1)<br>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)<br>Perturbations sonores chez les mammifères marins (D11)</td><td>Populations de poissons en hausse pour 23 espèces et en baisse pour 10 (D1)<br>Collisions avec le rorqual commun (D1)<br>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Populations de poissons en hausse pour 23 espèces et en baisse pour 10 (D1)<br>Captures accidentelles sur grand dauphin, dauphin bleu et blanc et tortue caouanne (D1)<br>Ingestion de déchets et étranglements ou emmêlements chez les tortues et les oiseaux marins (D10)</td><td>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Contamination (D8)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Collisions avec le rorqual commun (D1)<br>Déchets marins (D10)<br>Perturbations sonores chez les mammifères marins (D11)</td></tr><tr><td>Espèces commerciales<br>Populations (D3)</td><td>Contamination (D9)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Sur 8 espèces, une seule (thon rouge) en augmentation entre 2012 et 2018 (D3)<br>Contamination (D9)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Sur 8 espèces, une seule (thon rouge) en augmentation entre 2012 et 2018 (D3)<br>Contamination (D9)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Contamination (D9)<br>Déchets marins (D10)</td><td>Contamination (D9)<br>Déchets marins (D10)</td><td></td></tr></tbody></table>
L'attribution des pressions aux activités ne peut en général être envisagée avec un degré de certitude élevé que dans le cas où les pressions se produisent sur le lieu où s'exerce l'activité. Dans le Tableau 4, les impacts les plus forts attribuables directement aux activités sont les suivants :

* Les perturbations physiques des habitats benthiques par les activités de pêche utilisant des arts traînants de fonds et les activités de plaisance utilisant des techniques d'ancrage par chaîne pour le mouillage. Les particules fines et la matière organique issues du panache de dilution du Rhône peuvent également contribuer à la dégradation des fonds marins.

* Concernant les espèces protégées, les collisions avec le rorqual commun et les perturbations sonores des mammifères marins sont attribuables aux diverses activités utilisant des moyens de navigation ; les captures accidentelles sur le grand dauphin, le dauphin bleu et blanc et la tortue caouanne, ainsi que les étranglements ou emmêlements sur les tortues et les oiseaux marins sont imputables aux activités de pêche hors arts traînants de fonds.

* Sur les espèces commerciales, la pression que la pêche fait subir aux populations étudiées est trop importante. Dans le cas des stocks pour lesquels des indicateurs sont disponibles avec leurs valeurs de référence (i.e., seuil du rendement maximum durable), la majorité présente une mortalité par pêche supérieure au seuil, et une quantité de reproducteurs inférieure au seuil.

En complément de cette attribution des impacts aux activités, il convient de préciser les pressions qui ne peuvent pas être attribuées à des activités particulières. Pour les effets du changement climatique, les causes sont globales. Pour le développement des ENI et pour les pollutions par les contaminants et les déchets marins, l'attribution des impacts est complexe et ne peut se faire qu'en fonction des types d'espèces, de contaminants et de déchets.

D'autres évolutions, comme celles relatives à l'abondance des oiseaux et des poissons (hors espèces affectées par la surpêche), ne peuvent en général pas être expliquées par des activités particulières. Il convient néanmoins d'intégrer dans l'évaluation la connaissance relative à l'état de ces composants écologiques, indépendamment des pressions à l'origine de l'évolution de cet état.

## Effets du changement climatique

L'évaluation de l'état écologique réalisée en Méditerranée occidentale (MTES, 2019) n'établit pas de liens directs entre les perturbations environnementales associées au changement climatique (notamment l'augmentation de la température et l'acidité de l'eau) et le fonctionnement perturbé des divers compartiments écologiques. Néanmoins :

* concernant les habitats biogéniques, la surface des écosystèmes côtiers végétalisés (herbiers et champs de macroalgues) a diminué, entre autres à cause des vagues de chaleur plus fréquentes et plus intenses résultant du changement climatique (Mongruel et al., 2019) ;

* concernant les réseaux trophiques : depuis 2008, des épisodes de bloom phytoplanctonique, y compris des proliférations d'espèces potentiellement nuisibles/toxiques, ont été mis en évidence, en lien ou non avec des perturbations anthropiques (MTES, 2019). Ces épisodes dont l'origine est mal expliquée auraient peut-être entraîné une chute importante des biomasses de petits pélagiques (OFB, 2021) ;

* concernant les espèces protégées et commerciales, le changement climatique va aboutir à une tropicalisation de la Méditerranée (Mongruel et al., 2019). Les espèces endémiques d'affinités d'eaux tempérées, actuellement confinées dans le Golfe du Lion et l'Adriatique, sont piégées dans ces zones sans repli possible vers des eaux plus froides et sont donc condamnées à disparaître (Ben Rais Lasram et al., 2010).
Développement des espèces non indigènes

394 ENI ont été identifiées en Méditerranée occidentale par un travail d'inventaire et de synthèse bibliographique (MTES, 2019). En particulier, sur la période 2012-2017 : 9 nouvelles ENI ont été observées et 11 nouvelles ENI ont été signalées. Les observations des ENI ont principalement été réalisées sur les habitats côtiers constitués de fonds rocheux, d'herbiers et de coralligènes. Néanmoins, des espèces ont aussi été observées sur des fonds meubles. C'est le cas par exemple de l'algue envahissante *Caulerpa taxifolia*.

Pollutions par les contaminants

Dans le sédiment, les résultats de l'évaluation pour la SRM MO ont mis en évidence des dépassements de seuils pour tous les métaux et PCB évalués, ainsi que pour la plupart des HAP (excepté le naphtalène) et le p,p'-DDE, métabolite du DDT (MTES, 2019). Ces contaminants peuvent être attribués principalement à l'industrie et à l'agriculture, mais les transports maritimes et autres activités employant des moyens nautiques peuvent également être à l'origine de certaines de ces pollutions, par des pertes de cargaisons, des fuites de carburants, le relargage dans le milieu de résidus de combustion ou de produits de carénage.

De même, pour les contaminants présents dans les espèces commerciales, sur les 11 groupes de contaminants étudiés, des dépassements relativement importants de la limite règlementaire sont mis en évidence pour les analyses en phycotoxines et pour deux éléments métalliques, le mercure et le plomb.

Pollutions par les déchets marins

Les déchets flottants sont majoritairement des débris de plastiques de petite taille. Les densités totales de déchets observés varient de 0 à 1 675 unités / km². L'analyse des données des campagnes associatives sur le long terme et des données issues de campagnes d'observation aérienne a permis d'identifier des zones d'accumulation près des grandes villes et des villes à forte fréquentation estivale (comme Marseille, Cassis, Toulon, Saint-Tropez et Nice). Le Golfe du Lion apparaît également comme une zone d'accumulation.

Concernant les micro-déchets flottants, les densités observées à proximité de fleuves, de rivières, d'étangs, de plans d'eau (p. ex., près de Montpellier, Marseille et Bonifacio) sont élevées, car l'abondance en micro-plastiques dépend fortement des conditions météorologiques, géomorphologiques ainsi que de l'hydrodynamisme de la zone. Les littoraux fortement urbanisés ou à forte fréquentation touristique sont aussi régulièrement impactés par les micro-déchets (p. ex. à Saint-Tropez, Sanary-sur-Mer, Nice, Antibes, Toulon et Villefranche-sur-Mer). Les côtes du Golfe du Lion présentent souvent des valeurs de densité en micro-plastiques moins importantes que celles observées sur la moitié est de la Méditerranée occidentale.

Les déchets sur les fonds recueillis au cours des campagnes halieutiques sont majoritairement des plastiques. Les catégories les plus fréquemment rencontrées après le plastique sont les métaux et le verre. Les activités à l'origine des déchets sont difficiles à déterminer précisément. Les densités (i.e., nombre de déchets collectés rapporté à la surface échantillonnée) présentent une forte variabilité spatiale, notamment sur le plateau continental du Golfe du Lion, avec une zone d'accumulation dans la partie ouest engendrée par les courants marins. Des zones d'accumulation sont aussi identifiées à proximité des grandes villes, des zones portuaires, des zones à fréquentation touristique et des embouchures de fleuve, en particulier le Rhône.
## Evolution des populations d'oiseaux et de poissons

Le nombre de couples nicheurs a augmenté pour 11 des 12 espèces surveillées entre 1988 et 2016. Seul l'océanite tempête a connu une baisse d'abondance sur cette période.

Une baisse est observée pour les populations de 6 espèces de poissons côtiers : le denté commun, le mérou brun, deux espèces d'hippocampes *Hippocampus guttulatus* et *H. hippocampus*, le labre vert et le corb commun. Les conclusions sont identiques pour les trois espèces amphihalines considérées : l'alose feinte, l'anguille européenne et la lamproie marine.

Les raisons de ces fluctuations ne sont pas connues.

# 5 Discussion

La pertinence du cadre méthodologique peut être évaluée au regard des deux critères suivants :

* sa contribution à la mise en œuvre de l'approche écosystémique ;

* sa transposabilité hors du contexte européen.

## 5.1 Contribution à la mise en œuvre de l'approche écosystémique

L'approche écosystémique a été initialement définie par douze principes inscrits dans la convention sur la diversité biologique (CBD, 2000). Sur les douze principes édictés par cette convention, quatre principes sont particulièrement importants au stade de l'évaluation. Les apports de notre cadre méthodologique peuvent être précisés en relation avec ces principes. Les autres principes concernent la gestion des écosystèmes au-delà de l'évaluation de son état écologique.

*Principe 5 : Conserver la structure et la dynamique de l'écosystème, pour préserver les services qu'il assure, devrait être un objectif prioritaire de l'approche écosystémique.*

Par ce principe, l'approche écosystémique dépasse la notion d'utilisation durable de chacune de ses ressources. Par exemple, l'utilisation d'espèces dans le cadre des activités de pêche ne devrait pas seulement être durable au niveau des populations ou des espèces : elle ne devrait affaiblir en aucune façon l'écosystème (Vasconcellos et Unal, 2021). Si les approches analytiques, par construction, apportent des éclairages séparément sur les diverses composantes de l'écosystème, le cadre méthodologique proposé contribue à croiser les résultats des analyses, ce qui peut conduire à améliorer le diagnostic.

*Principe 7 : L'approche par écosystème ne devrait être appliquée que selon des échelles spatiales et temporelles appropriées.*

Le cadre méthodologique proposé prévoit des analyses à l'échelle nationale ou supranationale, en particulier par des analyses bibliographiques, suivies d'autres analyses sur des périmètres géographiques plus réduits. Son application sur un cas concret montre qu'il permet d'établir un diagnostic de l'état des connaissances et d'identifier les domaines dans lesquels la connaissance devrait encore progresser, en précisant l'échelle à laquelle les investigations supplémentaires devraient être menées. Il est à noter que les périmètres géographiques sur lesquels s'appliquent les critères et indicateurs devraient dans certains cas être redéfinis pour mieux correspondre aux conditions biophysiques, socio-économiques et de gestion (Pınarbaşı et al., 2020 ; Jarníková et al., 2022). De plus,
l'étendue spatiale et la complexité des systèmes côtiers et marins demeurent des difficultés majeures malgré les progrès réalisés dans les techniques de surveillance (Borja and Elliott, 2013 ; Rayner et al., 2019). Le développement des techniques d'investigation du milieu marin utilisant des outils génomiques, de télédétection, des dispositifs acoustiques et des modélisations devrait néanmoins contribuer à améliorer la connaissance de l'ensemble des compartiments environnementaux du milieu marin, y compris le plancton et le réseau trophique (Borja et al., 2016).

En ce qui concerne les échelles temporelles, le cadre méthodologique proposé a vocation à être mis en œuvre en accompagnement des méthodes d'évaluation existantes, c'est-à-dire sur une base régulière. La transparence et la reproductibilité de l'évaluation est garantie par des typologies relativement stables sur les composants écologiques, les pressions et les activités, et par des critères et indicateurs bien définis.

**Principe 8 : Compte tenu de la variabilité des échelles temporelles et des effets de décalage qui caractérisent les processus écosystémiques, les objectifs de gestion écosystémique devraient être fixés à long terme.**

La reproductibilité du cadre méthodologique proposé contribue à apprécier globalement l'évolution des écosystèmes au fil des cycles d'évaluation, ce qui favorise la prise de recul, l'apprentissage et l'adaptation. Ceci contribue à fixer des objectifs de gestion sur le long terme. A titre d'exemple, il est remarquable que le changement climatique n'apparaisse pas dans les critères et normes méthodologiques applicables pour la mise en œuvre de la DCSMM (Commission européenne, 2017b), alors que cette directive (Commission européenne, 2008) précise bien au point 34 que : « Compte tenu du caractère dynamique des écosystèmes marins et de leur variabilité naturelle, et étant donné que les pressions et impacts auxquels ils sont soumis peuvent varier en fonction de l'évolution des activités humaines et de l'incidence des changements climatiques, il importe de reconnaître que la définition du bon état écologique pourrait devoir être adaptée au fil du temps. » Dans ces conditions, étant donné les multiples effets du changement climatique, il est clair que, malgré les recommandations en faveur d'une approche écosystémique de la DCSMM, une étude restreinte à l'application stricte des critères et normes méthodologiques dérive inévitablement vers une approche principalement analytique, dans laquelle les effets du changement climatique sont invisibilisés. Le cadre méthodologique proposé, en attirant régulièrement l'attention sur l'altération des conditions hydrographiques, ce que montre la **Figure 4**, au niveau de la quasi-totalité des compartiments environnementaux, contraint en phase de synthèse à réintégrer ces évolutions de long terme.

**Principe 12 : L'approche par écosystème devrait impliquer tous les secteurs sociaux et toutes les disciplines scientifiques concernés.**

Le cadre méthodologique proposé facilite les échanges avec un large public en favorisant la production d'éléments de synthèse sous forme de textes concis, de tableaux et de cartes. En particulier, il favorise l'appropriation des résultats de l'IEA par un public non spécialiste, grâce aux choix effectués sur les différentes typologies. Par exemple, les zones situées à l'interface terre-mer (i.e., estuaires, zones de production aquacoles extensives, lagunes et marais salés littoraux, plages et dunes associées) sont définies sur la base de critères géographiques et géomorphologiques. Un autre choix aurait été possible mais n'aurait pas présenté les mêmes avantages, notamment en matière de représentation cartographique. Ainsi, la typologie proposée par l'OFB (2021, 2024) classe les zones fonctionnelles en fonction des groupes d'espèces : halieutiques (par exemple, frayères et nourriceries), amphihalins et élasmobranches, grands dauphins, phoques et marsouins, oiseaux marins, limicoles et oiseaux d'eau. Etant donné le grand nombre d'espèces considérées dans une IEA, cette typologie convient davantage
à l'étude de chacune des espèces qu'à la production d'une évaluation synthétique de l'état du milieu marin.

## 5.2 Transposabilité du cadre méthodologique hors du contexte européen

Le cadre méthodologique proposé a été élaboré dans le contexte européen, et l'exemple d'application demeure sur ce même périmètre géographique. En particulier, nous avons adopté comme référence le cadre législatif européen défini par la DCSMM et les textes réglementaires associés. Il est donc nécessaire d'apprécier la possibilité de transposer cette démarche à d'autres contextes. Trois arguments, portant respectivement sur sa finalité, les concepts sous-jacents et les principes opérationnels, tendent à montrer que cette transposition est possible :

* concernant la finalité de la méthode : les espaces maritimes doivent relever, à des degrés divers, les mêmes défis liés notamment aux multiples effets du changement climatique, à l'intensification d'activités bien établies et au développement de nouveaux usages, à l'introduction massive de contaminants et de déchets dans le milieu marin et à l'urbanisation rapide des littoraux (IPBES; 2019). Le cadre méthodologique proposé vise à améliorer l'évaluation des conséquences de ces évolutions majeures sur le milieu marin et à mieux communiquer les résultats de ces évaluations à un public large incluant les décideurs. Sa finalité est donc bien adaptée aux principales problématiques apparaissant actuellement dans la plupart des espaces maritimes ;

* concernant les concepts sous-jacents : les législations nationales ou supranationales qui visent à contrôler les impacts négatifs potentiels des activités marines (p. ex., Oceans Act aux États-Unis, en Australie ou au Canada, National Water Act en Afrique du Sud) recommandent l'approche écosystémique. Le cadre méthodologique proposé, en respectant les principes de cette approche, favorise la compatibilité sur le plan conceptuel avec les lois des pays cités. Dans le cadre de la rédaction du présent article, les investigations n'ont pas été étendues à d'autres pays, cependant les conventions internationales favorisent aussi l'homogénéité des principes de gestion du milieu marin ;

* Sur le plan opérationnel, il doit être rappelé que le cadre méthodologique proposé ne se substitue pas aux méthodes d'évaluation existantes, mais vise à les compléter. Pour sa mise en œuvre, il est nécessaire de s'appuyer sur des connaissances générales relatives à l'état du milieu marin et aux pressions qu'il subit. Pour la définition du cadre méthodologique et son application au cas de la Méditerranée, il a été fait référence au rapport français EFESE (Mongruel et al., 2019). Pour d'autres cas d'étude, il est possible de procéder à des ajustements en utilisant d'autres évaluations menées à l'échelle des continents (p. ex., en Europe, European Environment Agency (2019a; Chapitre 6)) et/ou à l'échelle de la planète (p. ex., Millennium Ecosystem Assessment, 2005; IPBES, 2019). En plus des connaissances générales, les données utilisées sont issues d'investigations locales portant sur l'état du milieu et les pressions auxquelles il est exposé. Ces investigations visent principalement à renseigner sur l'atteinte du bon état écologique, en s'appuyant sur des critères et des normes méthodologiques définis réglementairement au niveau national ou supranational. Ce protocole est mis en œuvre en particulier pour les IEAs, qui constituent le cadre méthodologique dominant de l'approche écosystémique (Agardy et al., 2011; Levin et al., 2014; Borja et al., 2016). Le cadre méthodologique proposé est donc susceptible d'être transposé à la plupart des contextes réglementaires actuels.
# 6 Conclusion

Les cadres législatifs et normatifs exigent, en Europe et dans d'autres régions du monde, des évaluations de l'état écologique du milieu marin. La segmentation des études scientifiques aboutit souvent à un ensemble de résultats disjoints, volumineux et peu lisibles par un public non scientifique. Le nouveau cadre méthodologique proposé apparaît pertinent pour produire des évaluations intégrées des écosystèmes qui dépassent la juxtaposition d'analyses sectorielles. Il vise notamment à alerter sur les situations critiques observées et à identifier dans la mesure du possible les causes des dommages constatés. Les évaluations, produites sous une forme synthétique, peuvent contribuer à faire émerger des propositions transversales répondant aux objectifs, nécessairement multiples, des politiques publiques. Son application régulière, au fil des cycles d'évaluation et de mise en œuvre des programmes de mesure et de surveillance, conduirait à confronter les connaissances générales aux observations réalisées dans chacune des zones d'étude. L'application de ce nouveau cadre méthodologique pourrait également contribuer à établir un ensemble plus clair, plus simple et plus cohérent de critères et de normes. Enfin, ces nouveaux apports méthodologiques pourraient aussi renforcer le socle sur lequel sont bâties les programmes de recherche. Les améliorations pourraient notamment porter sur l'organisation des investigations aux échelles spatiales et temporelles les plus pertinentes, selon un découpage géographique défini en fonction des caractéristiques biophysiques du milieu et des usages. Inversement, les progrès dans la connaissance pourraient enrichir les évaluations de l'état écologique du milieu marin.

# 7 Déclaration de disponibilité des données

Les auteurs confirment que les données étayant les résultats de cette étude sont disponibles dans l'article.

# 8 Conflit d'intérêts

Les auteurs déclarent que la recherche a été menée en l'absence de toute relation commerciale ou financière pouvant être interprétée comme un conflit d'intérêts potentiel.

# 9 Financements

Cette recherche n'a reçu aucune subvention particulière d'organismes de financement des secteurs public, commercial ou sans but lucratif.

# 10 Remerciements

Les auteurs souhaitent remercier Céline Jacob et Rémi Mongruel de l'Institut français de recherche pour l'exploitation de la mer (Ifremer) pour leurs commentaires sur le manuscrit.

# 11 Références

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## 12 Documents supplémentaires
<table><caption>**Tableau Supplémentaire TS1:** Pour chaque type de composant écologique, identification des services écosystémiques et des principales pressions ou activités humaines. En considérant ces deux derniers éléments, la dernière colonne identifie les descripteurs DCSMM les plus pertinents. Les principaux services (dans la deuxième colonne) et les descripteurs d'état (dans la dernière colonne) sont en gras.</caption><thead><tr><th>Type de composant écologique</th><th>Principaux services écosystémiques</th><th>Principales pressions et activités (extraits du programme EFESE)</th><th>Principaux descripteurs</th></tr></thead><tbody><tr><td rowspan="4">Habitats pélagiques et réseaux trophiques</td><td>Production de biens alimentaires</td><td>Des apports terrigènes excessifs peuvent modifier les peuplements phytoplanctoniques et par suite limiter le service de régulation de la qualité de l'eau. En modifiant les conditions du milieu et la base des réseaux trophiques, ces modifications de la production primaire impactent l'ensemble de l'écosystème, avec des conséquences directes sur les chaînes alimentaires et les pêcheries.</td><td>D1 (diversité biologique)</td></tr><tr><td>Production de matériel biogénique</td><td>Le réchauffement et l'acidification des océans auront probablement des impacts importants sur le phytoplancton et la fixation du carbone par les océans.</td><td>D4 (réseau trophique marin)</td></tr><tr><td>Régulation de la qualité de l'eau</td><td>Le bilan du second cycle de la DCSMM montre une augmentation généralisée de la quantité de déchets flottants.</td><td>D7 (Altération des conditions hydrographiques)</td></tr><tr><td>Régulation du climat</td><td>Sur les fonds, les déchets proviennent essentiellement des sources plastiques et des activités de la pêche (Gerigny et al., 2017).</td><td>D10 (déchets marins)</td></tr><tr><td rowspan="2">Fonds rocheux</td><td>Production de biens alimentaires</td><td>Les destructions et dégradations provoquées par la pêche professionnelle (engins traînants et chalutage profond) ont des impacts durables (jusqu'à 15 ans) sur le fonctionnement de ces habitats particuliers (habitats biogéniques, récifs côtiers et bancs de maërl, récifs de coraux profonds et d'éponges dressées).</td><td>D1 (diversité biologique)</td></tr><tr><td>Services culturels et récréatifs</td><td>Sur les fonds, les déchets proviennent essentiellement des sources plastiques et des activités de la pêche (Gerigny et al., 2017).</td><td>D6 (intégrité des fonds marins)</td></tr><tr><td rowspan="4">Fonds meubles</td><td rowspan="2">Production de biens alimentaires</td><td>Les destructions et dégradations croissantes sont dues à la pêche (arts traînants et chalutage) et, sur des surfaces moindres, à l'exploitation des granulats marins. En conséquence, sont observées une augmentation de la fréquentation des espèces opportunistes et une diminution de la diversité fonctionnelle.</td><td>D1 (diversité biologique)</td></tr><tr><td>La grande majorité des contaminants métalliques (en particulier le mercure et le plomb) et organiques mesurés dans les sédiments dépassent les seuils fixés, sur l'ensemble des façades de la métropole.</td><td>D6 (intégrité des fonds marins)</td></tr><tr><td>Régulation de la qualité de l'eau</td><td>Sur les fonds, les déchets proviennent essentiellement des sources plastiques et des activités de la pêche (Gerigny et al., 2017).</td><td>D8 (concentration de contaminants)</td></tr><tr><td>Protection côtière</td><td>La grande majorité des contaminants métalliques (en particulier le mercure et le plomb) et organiques mesurés dans les sédiments dépassent les seuils fixés, sur l'ensemble des façades de la métropole.</td><td>D10 (déchets marins)</td></tr><tr><td rowspan="3">Herbiers marins</td><td rowspan="2">Production de biens alimentaires</td><td>Sur les fonds, les déchets proviennent essentiellement des sources plastiques et des activités de la pêche (Gerigny et al., 2017).</td><td>D1 (diversité biologique)</td></tr><tr><td>Régulation de la qualité de l'eau</td><td>D2 (espèces non indigènes)</td></tr><tr><td>Protection côtière</td><td>Les espèces exotiques envahissantes impactent particulièrement la végétation benthique en Méditerranée.</td><td>D6 (intégrité des fonds marins)</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td></td><td>Régulation du climat<br>Services culturels et récréatifs</td><td>Les écosystèmes côtiers végétalisés (herbiers et champs de macroalgues) ont vu leur surface diminuer, entre autres à cause du changement climatique (vagues de chaleur).<br>Sur les fonds, les déchets proviennent essentiellement des sources plastiques et des activités de la pêche (Gerigny et al., 2017).</td><td>D7 (Altération des conditions hydrographiques)<br>D10 (déchets marins)</td></tr><tr><td>Écosystèmes profonds</td><td>Production de matériel biogénique<br>Régulation de la qualité de l'eau<br>Régulation du climat</td><td>Les écosystèmes profonds sont particulièrement sensibles à la destruction et la dégradation du fait du cycle de vie généralement lent des espèces qu'ils abritent (longue durée de vie, faibles taux de croissance, reproduction tardive...).<br>Sur les fonds, les déchets proviennent essentiellement des sources plastiques et des activités de la pêche (Gerigny et al., 2017).</td><td>D1 (diversité biologique)<br>D6 (intégrité des fonds marins)<br>D10 (déchets marins)</td></tr><tr><td>Estuaires</td><td>Production de biens alimentaires<br>Régulation de la qualité de l'eau<br>Services culturels et récréatifs</td><td>La dégradation de la biodiversité et de la qualité de l'eau (micropolluants et déchets), en particulier dans le Delta du Rhône, est fortement influencée par les activités industrialsoportuaires.<br>Les zones sous l'influence du panache du Rhône (principalement de Fos à Sète) sont potentiellement sensibles à l'eutrophisation.<br>Zones d'accumulation de déchets flottants à proximité de grandes villes ou de villes à fortes activités industrielles ou portuaires.</td><td>D1 (diversité biologique)<br>D5 (eutrophisation d'origine humaine)<br>D8 (concentration de contaminants)<br>D10 (déchets marins)</td></tr><tr><td>Zones de production aquacoles extensives</td><td>Production de biens alimentaires<br>Services culturels et récréatifs</td><td>La détérioration de la qualité de l'eau est générée par les pollutions chimiques et microbiologiques d'origine terrestre (bactéries, virus et parasites intestinaux), l'eutrophisation et les risques d'efflorescences d'algues toxiques.<br>Les littoraux, en particulier les zones artificialisées (ports, marinas) et les écosystèmes ciblés par la conchyliculture, sont beaucoup plus touchés par les espèces envahissantes que les écosystèmes du large.</td><td>D2 (espèces non indigènes)<br>D5 (eutrophisation d'origine humaine)<br>D8 (concentration de contaminants)</td></tr><tr><td>Lagunes et marais salés littoraux</td><td>Production de biens alimentaires<br>Régulation de la qualité de l'eau<br>Protection côtière<br>Régulation du climat<br>Services culturels et récréatifs</td><td>L'eutrophisation et la pollution aux micropolluants (herbicides) dégradent les écosystèmes et la qualité des eaux de baignade (questions sanitaires).</td><td>D1 (diversité biologique)<br>D5 (eutrophisation d'origine humaine)<br>D8 (concentration de contaminants)<br>D10 (déchets marins)</td></tr><tr><td>Plages et cordons dunaires associés</td><td>Protection côtière<br>Services culturels et récréatifs</td><td>La qualité des eaux de baignade est dégradée notamment par les déchets et les bactéries, virus et parasites intestinaux introduits dans le milieu marin.</td><td>D8 (concentration de contaminants)<br>D10 (déchets marins)</td></tr></table>
<table><tr><td rowspan="10">Espèces protégées</td><td rowspan="10">Services culturels et récréatifs</td><td>Les habitats sont dégradés par les niveaux de captures accidentelles, qui affectent la dynamique des populations de deux espèces de petits odontocètes (marsouin commun et dauphin commun); les collisions, qui affectent les oiseaux marins et les mammifères dans les eaux côtières; le dérangement lié à la présence physique des personnes et des navires.</td><td>D1 (diversité biologique)</td></tr><tr><td>Les espèces exotiques envahissantes impactent particulièrement les substrats rocheux en milieu littoral et concernent principalement les invertébrés benthiques.</td><td>D2 (espèces non indigènes)</td></tr><tr><td>La Méditerranée est une mer qui se réchauffe plus vite que les océans. Le changement climatique va aboutir à une tropicalisation de cette mer et les espèces endémiques d'affinités d'eaux tempérées, actuellement confinées dans le Golfe du Lion et l'Adriatique, sont piégées dans ces zones sans repli possible vers des eaux plus froides et sont donc condamnées à disparaître (Ben Rais Lasram et al., 2010).</td><td>D7 (Altération des conditions hydrographiques)</td></tr><tr><td>Les pollutions par les résidus non éliminés par les stations d'épuration (molécules médicamenteuses et cosmétiques), les substances synthétiques (pesticides) et les pollutions par les métaux lourds sont des enjeux croissants pour les milieux marins et littoraux. Concernant les poissons du large, les niveaux de contaminations sont plus importants en Méditerranée (Mauffret et al., 2018).</td><td>D8 (concentration de contaminants)</td></tr><tr><td>Les déchets de nature plastique sont retrouvés dans tous les milieux, depuis la côte jusqu'aux abysses (Barnes et al. 2009). La quantité de déchets est en augmentation partout (Gerigny et al., 2017). Il en résulte un risque écologique lié à l'ingestion de déchets, notamment par les oiseaux de mer et les tortues marines.</td><td>D10 (déchets marins)</td></tr><tr><td>Le transport maritime et le tourisme balnéaire, l'exploitation offshore de gaz et de pétrole, les activités militaires et les campagnes scientifiques (cartographie acoustique) induisent de fortes perturbations sonores sous-marines.</td><td>D11 (énergie et bruit sous-marin)</td></tr><tr><td>La contamination des milieux naturels et de certaines espèces par les plastiques en phase de fragmentation induit un risque sanitaire lié à la contamination de la chaîne alimentaire.</td><td>D3 (Population poissons et autres fruits de mer exploités)</td></tr><tr><td>Bien que certains grands pélagiques soient en voie de restauration, les stocks de petits pélagiques (sardines et anchois) diminuent, sans que les causes soient complètement imputées à la surexploitation (influence possible de la pollution et du changement climatique).</td><td>D7 (Altération des conditions hydrographiques)</td></tr><tr><td></td><td>D9 (Contaminants dans les poissons et autres fruits de mer)</td></tr><tr><td></td><td>D10 (déchets marins)</td></tr><tr><td rowspan="2">Espèces commerciales</td><td>Production de biens alimentaires</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Services culturels et récréatifs</td><td></td><td></td></tr></table>