# BReIF: une e-infrastructure pour accélérer l'utilisation de ressources biologiques diversifiées

Anne-Françoise Adam-Blondon, Christine Gaspin, Michèle Tixier-Boichard, Hélène Chiapello, Frédéric Choulet, Frédéric de Lamotte, Raphaël Flores, Christophe Kropp, Pierre Larmande, Fabrice Legeai, et al.

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## To cite this version:

Anne-Françoise Adam-Blondon, Christine Gaspin, Michèle Tixier-Boichard, Hélène Chiapello, Frédéric Choulet, et al. BReIF: une e-infrastructure pour accélérer l'utilisation de ressources biologiques diversifiées. Trans Numériques 2026, Feb 2026, Rennes, France. . hal-05514911

HAL Id: hal-05514911

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Submitted on 17 Feb 2026

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# BReIF : Une e-Infrastructure pour accélérer l'utilisation de ressources biologiques diversifiées

Projet du 01/01/2023 au 31/12/2027

Contact : breif_wpl@groupes.renater.fr

https://www.pepr-agroeconum.fr/les-projets-finances/traitement-de-donnees-et-modelisation/infrastructures/breif

La caractérisation des ressources génétiques génère des quantités massives de données de nature très diverses qu'il faut analyser, gérer, rendre réutilisable et intégrer pour les transformer en connaissances mobilisables.

## Objectifs

BReIF développe des **services numériques** en s'appuyant sur le projet AgroDiv comme cas d'usage pour :

* une **gestion des données** conforme aux normes FAIR et Open Science,

* un **portail de données** sur les ressources biologiques durable

* une **analyse reproductible de données**

* des ressources de formation.

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## Contribution au continuum numérique

* **Ressource en données FAIR** bien sauvegardées et archivées

* Développement de graphes de connaissances -> vers des données lisibles par les machines

* Offre de **services hybrides (cluster + GPU)** pour des pipelines d'analyse reproductibles

* **Containérisation** des pipelines d'analyse

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Napkin.ai

## Trois infrastructures de recherche nationales mobilisées :

* **AgroBRC-RARe:** gestion de ressources biologiques

* **IFB/BioinfOmics:** gestion, analyse et intégration de données, infrastructures numériques

* **France Génomique/INRAE Genomics:** séquençage et génotypage à haut débit

## Avancées et Perspectives

* **Ressources support à la gestion de données FAIR :** https://hal.science/hal-04932327v1

* **Automatisation des flux de données vers les catalogues de ressources biologiques via une API standard (brapi.org)**

* **Intégration et interrogation de données dans des graphes de connaissances**

* **Benchmark et déploiement dans des environnements d'analyse reproductibles de pipelines** pour l'assemblage & l'annotation de génomes complexes et la construction de pangénomes.

* **Dissémination des outils et bonnes pratiques** à la communauté nationale via des animations et des formations.