# CIRM-CFBP : Plan de Gestion des Données

Perrine Portier

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Perrine Portier. CIRM-CFBP : Plan de Gestion des Données. INRAE. 2022. hal-05015613

HAL Id: hal-05015613

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Submitted on 1 Apr 2025

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INRAE
Plan de Gestion de Données
Structure CIRM-CFBP

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Licence CC-BY SA 4.0

DOI PGD : https://doi.org/10.57745/UBJE1O

# I. INFORMATIONS SUR LA STRUCTURE

## a. Nom de la structure

CIRM-CFBP : Centre International des Ressources Microbiennes - Bactéries d'intérêt alimentaire (https://cirm-cfbp.fr/)

UMR 1345 IRHS : Unité Mixte de Recherche – Institut de Recherche en Horticulture et Semences (https://www6.angers-nantes.inrae.fr/irhs)

## b. Type de structure

* CRB : Centre de Ressources Biologiques

## c. Identifiant de la structure

Le CIRM est un Groupement d'Intérêt Scientifique (GIS) créé en 2004 par INRAE autour de ses collections de micro-organismes (bactéries, levures et champignons filamenteux). Il est Coordonné par INRAE et est constitué de cinq CRB, tous certifiés ISO 9001. Ces CRB conservent plus de 22 000 souches de bactéries associées aux plantes, bactéries pathogènes, bactéries d'intérêt alimentaire, levures et champignons filamenteux. Le CIRM est labellisé « ISC », Infrastructure Scientifique de Recherche par l'IR RARE. Le CIRM-CFBP est le CRB dédié aux bactéries associées aux plantes. Il est accueilli à l'UMR 1345 IRHS.
DOI ISC CIRM RARe : https://doi.org/10.15454/1.5613788897481968E12

DOI ISC CIRM-CFBP : 10.15454/mhzw-8b32

Identifiant RNSR UMR 1345 IRHS : 201220383H

d. Responsabilités dans la structure

❖ Responsable CIRM-CFBP : Perrine Portier (ORCID 0000-0003-1033-6731)

Pour les responsabilités CIRM-CFBP : CF organigramme (revue de direction)

❖ Data-Manager CIRM: Jonathan Mineau-Cesari (ORCID)

e. Etablissement(s) tutelle(s)

❖ INRAE

❖ Institut Agro

❖ Université d'Angers

f. Département de rattachement INRAE

❖ SPE : Santé des Plantes et Environnement

g. Financeur(s) (permettant l'acquisition des jeux de données – hors projet)

❖ INRAE

II. INFORMATIONS SUR LE PLAN DE GESTION

DOI (version publiée du plan de gestion) : Dépôt au dataverse DATAINRAE en cours

Historique des versions : CIRM-CFBP_V1_FR

Rédigé par : CIRM-CFBP
# III. PRÉSENTATION GÉNÉRALE DES DONNÉES

## a. Les données du CIRM-CFBP

Elles sont associées à des souches Bactériennes ou du matériel biologique (ADN, microbiotes de plantes). Les données afférentes au matériel biologique sont conservées au format papier, sur le serveur de partage alloué à l'unité IRHS et dans la base de données Biolomics, instance du CIRM-CFBP. Un numéro unique est attribué à chaque accession du CIRM-CFBP qui permet d'associer toutes les informations.

La production des données, la saisie des données, le suivi de la qualité des données ainsi que leur stockage et leur partage sont assurées par l'ensemble des membres du CIRM-CFBP.

## b. Les données recueillies et/ou produites

Le CIRM-CFBP gère plusieurs types de données :

- Les données déposées avec la ressource biologique. Celles-ci sont acquises avant le transfert de la ressource au CIRM-CFBP. Le CIRM-CFBP est dépositaire de ces données. Ces données sont d'abord déposées sur le serveur de partage de l'unité IRHS, puis intégrées à Biolomics et archivées au format papier.

- Les données de caractérisation de la ressource, acquises par le CIRM-CFBP ou l'équipe EmerSys de l'IRHS. Le CIRM-CFBP et/ou l'équipe EmerSys est propriétaire de ces données. Ces données déposées sur les serveurs de l'unité IRHS et intégrées à Biolomics si nécessaire.

- Les données relatives à la gestion de la ressource biologique : stock, traçabilité des échanges. Ces données sont conservées dans la base Biolomics. Une partie des données de distribution est archivée en format papier. Les dossiers de distribution sont conservés en double sur le serveur de partage de l'unité IRHS.

### Type et Format de données

Les données du CIRM-CFBP sont sous différents formats :

<table><thead><tr><td>Type de données</td><td>Format</td></tr></thead><tbody><tr><td>Textuelle</td><td>Archive papier, .doc, .docx, .txt, .odt, .ppt</td></tr><tr><td>Tabulée</td><td>.xls, .xlsx, .csv, .txt, .odf</td></tr><tr><td>Base de données</td><td>.csv, .xml</td></tr><tr><td>Image</td><td>.jpeg, .jpg, .tiff, .png, .bmp, .pdf</td></tr><tr><td>Sequence</td><td>.ab1*, .pdf*, .bast*, .fastq*, .bam</td></tr></tbody></table>
La langue utilisée pour les données accessibles au public, via notre catalogue en ligne, est l'anglais pour une meilleure compréhension par nos clients internationaux et une plus grande réutilisation de ces données.

# IV. Origine, Mode d'obtention et Droits de propriété intellectuelle des données

## a. Les données d'origine de la souche

(Biotope d'origine, données géographiques du lieu de prélèvement, année d'isolement, personnes impliquées...)

Elles sont collectées avant la transmission de la ressource au CIRM-CFBP. Elles sont rassemblées au sein de la fiche d'entrée. Celle-ci, ainsi que les documents complémentaires éventuels sont déposés sur le serveur de l'unité IRHS, archivées sous format papier et intégrées à la base Biolomics. La base Biolomics intègrera à terme aussi les documents associés aux ressources biologiques (publications, fiche d'entrée, documents règlementaires...).

Le CIRM-CFBP est dépositaire et non pas propriétaire de ces données. Ces données ont vocation à être affichées publiquement sur notre catalogue pour les ressources publiques sauf sur demande express et légitime du déposant.

## b. Les données de distribution/stocks des souches

Les données de distribution des ressources sont stockées sur le serveur de l'unité IRHS, archivées au format papier et intégrées à la base Biolomics. A terme l'archivage papier va disparaître. Le droit sur ces données appartient au CIRM-CFBP et elles sont confidentielles et non diffusables en dehors du CIRM-CFBP, sauf sur demande pour des raisons liées à la législation sur les ressources.

Les données des stocks et des lieux de stockage des ressources sont intégrées à la base Biolomics. Elles ne sont pas diffusées en dehors du CIRM-CFBP.

## c. Les données issues de la caractérisation des souches en collection

(Données phénotypiques et données génomiques).

Ces données sont acquises par le CIRM-CFBP ou les utilisateurs.

Pour les données acquises en interne, elles sont la propriété du CIRM-CFBP et/ou l'équipe EmerSys de l'IRHS. Certaines ont vocation à devenir publiques (par ex : données MLSA associées aux ressources après publication).

Elles sont conservées sur le serveur de l'unité IRHS et dans la base de données Biolomics.
Les données de caractérisation acquises par les utilisateurs et transmises au CIRM-CFBP sont la propriété de la personne qui acquière les données. Celles-ci ont en général vocation à être affichées publiquement sur le catalogue en ligne.

d. Les modalités de diffusion de l'information (RGPD)

Elles sont consultables sur l'interface web du CIRM-CFBP (https://cirm-cfbp.fr/page/RGPD). Ce document est rédigé en français (et en anglais) et explique les modalités de diffusion de l'information des informations à caractère personnel. Le CIRM-CFBP a choisi comme délégué à la protection des données la DPO INRAE (à travers la DU de l'UMR IRHS).

L'ensemble des documents d'échange avec les utilisateurs (mails, MTA, lettre de commande etc...) intègre le lien vers la page RGPD du site internet.

V. Stockage, Archivage et Sécurité des données

a. Focus sur le système d'information BioloMICS

Il n'existe pas de système d'information (SI) unique au CIRM. Chaque CRB est responsable et libre quant à ce choix. Cependant, l'investissement financier et humain pour le développement et la maintenance d'un SI a décidé les CRB à fonctionner avec la même solution tierce : BioloMICS.net. C'est un système de gestion de données dites « omics » utilisé par de nombreux acteurs dans les domaines de la biotechnologie, de l'industrie pharmaceutique, de l'alimentation, des services de santé publique, des institutions académiques, universités, collections et musées.

Ce logiciel commercial est produit par la société BioAware dont le siège est basé en Belgique. C'est un « software as a service » (SaaS) ou logiciel en tant que service, c'est à dire qu'il est installé sur des serveurs distants plutôt que sur la machine de l'utilisateur. Il est basé sur la solution Citrix XenApp. La licence (annuelle) est réservée à un compte utilisateur pour une et une seule connexion à la fois. L'interface utilisateur de BioloMICS/desktop est « user-friendly » et inspirée de l'environnement Microsoft permettant ainsi à toute personne, informaticienne ou non, de s'approprier le logiciel. BioloMICS enrichi son offre avec BioloMICS.web qui permet le déploiement d'une interface web à partir de la base de données. Pour le CIRM-CFBP, cette interface est disponible à l'adresse suivante (https://cirm-cfbp.fr/). Cette fonctionnalité permet de sélectionner et de rendre disponible en ligne les ressources souhaitées au client d'une manière sécurisé et à jour.

Pour les aspects sécurité des données, l'entreprise sous-traite des tests de pénétrations à EASI, expert en audit sécurité des infrastructures informatiques. Concernant les serveurs et surtout ceux exposés, ils sont protégés par la solution SentinelOne (serveur Web, serveur Citrix, Serveur DB, Terminal Servers, Development Server). Les serveurs sont sauvegardés intégralement tous les jours et les copies conservées une semaine. Tout le système est dupliqué ce qui garantit une haute disponibilité. Une archive est créée sous format compressée (backup MySql) et déposée dans un DropBox quotidiennement et mis à la disposition du client. Si le partenariat s'arrête, la société s'engage à restituer l'intégralité des données sous format
ouvert (json/csv) ou bien dans le format demandé pour exportation dans une autre base de données (avec schéma de l'architecture.)

Concernant l'hébergement et utilisant l'offre OVH (datacenters de Strasbourg), l'incendie du 10 mars 2021 a forcé BioAware à changer de prestataire. Depuis cette date, BioAware utilise les solutions Microsoft-Azure. La zone géographique de résidence (« West Europe - Netherlands) est compatible avec l'application des lois européennes et notamment celle du RGPD.

Pour les aspects d'administration, le SI BioloMICS enregistrant tous les changements, un historique est consultable et toutes les actions n'entraînant pas de modifications de la structure de la base de données peuvent être annulées par l'administrateur de la Base de données. Si le CIRM-CFBP rencontre un problème au niveau de la base dans son entier, Bio-aware procède à sa restauration complète (à la date de sauvegarde souhaitée).

## L'accès à l'ensemble des données associées aux souches est limité aux membres du CIRM-CFBP.

### b. Les données numériques

Elles sont stockées sur le serveur de partage de l'unité IRHS hébergé sur le data-center Ile de France (CEA) (répliqué sur le data-center de Toulouse) à une fréquence de 1 fois par jour et/ou dans notre base de données BioloMICS. Les données stockées sur le serveur de partage de l'unité IRHS sont accessibles seulement aux membres de l'équipe EmerSys (qui héberge le CIRM-CFBP). Les données stockées dans notre base de données sont accessibles à tous ceux qui ont les droits. L'obtention des droits est gérée par L'administrateur de BioloMICS. Seuls les membres du CIRM-CFBP ont accès à l'ensemble des données de la base de données. Cela se fait grâce à une connexion protégée par deux logins et mots de passe, un commun à toutes les personnes ayant les droits d'accès à notre base de données et l'autre propre à chaque personne (connexion à la base de données proprement dite).

Les données brutes de séquençage de génomes et leurs métadonnées associées sont stockées sur BARIC-archive (https://bipaa.genouest.org/archive/web/index.html).

Les données d'assemblage sont stockées sur les serveurs de l'IRHS hébergés sur le data-center de l'université d'Angers et répliqués sur un serveur hébergé dans la salle serveur du site INRAE d'Angers.

### c. Volumétrie des données produites

* Sur l'espace pnas de l'IRHS nous avons 50 Go de données.

* Au niveau des serveurs de l'IRHS, nous avons 200 Go de données (génomes...)

* Sur BARIC archive, nous utilisons environ 1 To pour le stockage des données brutes de génomique.

### d. Coûts de stockage et de partage de données
Pour les serveurs de l'IRHS hébergés sur le data-center de l'université d'Angers et sauvegardés dans la salle serveur INRAE, ainsi que pour l'espace pnas de de l'unité hébergé au data-center Île-de-France et sauvegardé au data-center de Toulouse, les coûts de fonctionnement et de maintenance sont pris en charge par l'unité. Pour la base de données et le catalogue en ligne géré par la société Bio-Aware, la licence a un coût de 4000€ annuel environ. Cette base de données est partagée (ainsi que les couts) avec l'équipe FungiSem de l'IRHS. Nos recettes via les prestations et les ventes de souches couvrent très largement le montant et en cas de souci financier l'assurance d'une aide de l'unité est assurée. Le risque de devoir changer d'outils pour un problème de coût est limité. Le coût du stockage sur BARIC-archive est pris en charge par le département SPE via le soutien au fonctionnement du CATI.

## VI. Partage et réutilisation des données

L'Europe a décidé de faciliter l'accès aux données générées par la recherche qu'elle génère, et a créé EOSC le cloud Européen. Le projet EOSC-Life, a été financé pour rendre accessibles les données associées à la biologie. Ce projet implique 13 infrastructures de recherche, soutenu par ESFRI (Health and Food Research Infrastructure), dont une dédiée aux ressources biologiques microbiennes : MIRRI (Microbial Ressources Research Infrastructure). Le projet IS-MIRRI-21 (démarré en février 2020) fédère 14 CRB microbiens de 10 pays Européens (dont la France représentée par INRAE-CIRM et l'Institut Pasteur). L'objectif d'EOSC-Life est d'exposer les données des infrastructures de recherche participantes et de rendre ces données interopérables pour les valoriser et construire l'Europe de la recherche. Pour atteindre cet objectif, le système d'information MIRRI-IS devant intégrer la globalité des données des collections participantes a été construit. Le CIRM est impliqué dans tous les work-packages (WP) d'EOSC-LIFE et d'IS-MIRRI-21 dont elle pilote le WP2 (« Research Strategy »). Dans ce cadre, il lui a été demandé de répondre aux exigences d'EOSC-LIFE pour rendre les données de IS-MIRRI-21 compatibles avec les principes FAIR. Cette demande a pris la forme du financement d'un CDD IE de data-manager (2020-2022) accueilli au CIRM-Levures.

La FAIRisation des données du CIRM passera par le projet européen IS-MIRRI-21. En effet, la solution choisie par les partenaires européens est aussi BioloMICS. De plus, l'intégralité des données publiées dans les interfaces Web des collections des CRB sont/seront exportées dans le SI européen. Comme les CRB ont construit leurs bases de données avec la même architecture que MIRRI, BioAware® a déployé des outils automatiques d'exportation pour les clients déjà équipés de BioloMICS. Pour la volumétrie, on estime à 500 000 souches à déclarer dans le système (et leur données associées). Au fil du temps, les nouvelles souches seront intégrées automatiquement grâce au pipeline d'exportation. Le CIRM a proposé à MIRRI de s'appuyer sur la solution Dataverse Project portée par l'université d'Harvard. Ce choix est aussi conforté par son utilisation par d'autres instituts comme INRAE (dataINRAE), le CIRAD (DataCIRAD) ou l'IRD (DataSUD). Le dataverse de MIRRI (dataMIRRI) sera connecté à sa base de données (MIRRI-IS) et fera remonter automatiquement et d'une manière unique et pérenne (DOI) les informations des souches. La solution Dataverse Harvard permettra aux DOI et aux métadonnées associées d'être diffusée dans DataCite. En Juin 2021, le POC de
dataMIRRI est en cours de développement. Il est hébergé dans les datacenters INRAE et sera
a terme (2022) hébergé en Espagne au CECT, partenaire MIRRI.

Les données du CIRM-CFBP sont donc actuellement consultables dans le système européen MIRRI-IS (https://catalog.mirri.org/page/Strains catalogue_query) et à moyen terme connectées à son dataverse suivant le droit d'accessibilité attribué pour chacune.