CIRM-Levures : Plan de Gestion des Données

Cécile Grondin

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Cécile Grondin. CIRM-Levures : Plan de Gestion des Données. INRAE. 2022. hal-05015631

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Submitted on 1 Apr 2025

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# INRAE
## Plan de Gestion de Données
### Structure CIRM-Levures

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Licence CC-BY SA 4.0

DOI PGD : https://doi.org/10.15454/CO27HM,

# I. INFORMATIONS SUR LA STRUCTURE

## a. Nom de la structure

CIRM-Levures : Centre International des Ressources Microbiennes (CIRM) - Levures

UMR 1083 SPO : Unité Mixte de recherche Sciences pour l'Œnologie

## b. Type de structure

* CRB : Centre de ressources biologiques

## c. Identifiant de la structure

Le CIRM est un Groupement d'Intérêt Scientifique (GIS) créé en 2004 par l'INRA autour de ses collections de micro-organismes (bactéries, levures et champignons filamenteux). Il est coordonné par INRAE et est constitué de cinq CRB, tous certifiés ISO 9001. Ces CRB conservent plus de 22 000 souches de bactéries associées aux plantes, bactéries pathogènes, bactéries d'intérêt alimentaire, levures et champignons filamenteux. Le CIRM est labellisé « ISC », Infrastructure Scientifique de Recherche par l'IR RARe. Le CIRM-Levures est le CRB dédié aux ferments traditionnels français et aux levures impliquées dans les biotechnologies.

DOI ISC CIRM RARe : https://doi.org/10.15454/1.5613788897481968E12

DOI ISC CIRM-Levures : https://search.datacite.org/works?query=CIRM-Levures

Identifiant RNSN UMR 1083 SPO : 200117391D

## d. Responsabilités dans la structure

* Directeur : Jean-Luc Legras. – (ORCID)

* Responsable Collection/Qualité/Projet de recherche : Cécile Grondin – (ORCID)

* Responsable Collection/Projet de recherche : Angèle Thiriet

* Data-Manager : Jonathan Mineau-Cesari – (ORCID)
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e. **Etablissement(s) tutelle(s)**

* INRAE

* Université de Montpellier

* Institut Agro Montpellier

f. **Département de rattachement INRAE (ou anciens départements Inra)**

* MICA: Microbiologie et Chaîne Alimentaire

g. **Financeur(s) (permettant l'acquisition des jeux de données – hors projet)**

* INRAE

## II. INFORMATIONS SUR LE PLAN DE GESTION

**DOI (version publiée du plan de gestion)** : Dépôt au dataverse DATAINRAE en cours, responsable le Data-Manager.

**Historique des versions** : CIRM-L_V1_20200630_FR

**Rédigé par** : Cécile Grondin et data manager CIRM.

## III. PRÉSENTATION GÉNÉRALE DES DONNÉES

### a. Les données du CIRM-Levures

Les données du CIRM-Levures sont associées à des souches de levures ou du matériel biologique.

Les données afférentes au matériel biologique sont conservées au format papier et/ou sur le
sur un des serveurs de partage de l'unité SPO. Un identifiant unique (N° CLIB) est attribué à
chaque souche pour commencer le processus de mise en collection. C'est par cet identifiant
unique que sont associées toutes les données à la souche. Les numéros CLIB sont
enregistrés dans le système d'information (Fichier Suivi souches et BioloMICS) (Cf. V).

La production des données, leurs saisies, le suivi de la qualité des données ainsi que leur stockage et leur partage sont assurées par l'ensemble des membres du CIRM-Levures. Le contrôle de la qualité de la base de données est effectué par curation manuelle grâce à l'expertise du personnel du CIRM-Levures.

### b. Les données recueillies et/ou produites

Les données recueillies et/ou produites sont d'abord déposées sur le serveur SPO et/ou
archivées sous format papier puis pour certaines, elles sont intégrées dans BioloMICS (Cf.
V).

Biolomics est un système de gestion de données dites -omics utilisé par de nombreux acteurs dans les domaines de la biotechnologie, de l'industrie pharmaceutique, de l'alimentation, des services de santé publique, des institutions académiques,
universités, collections et musées. C'est un logiciel commercial produit par la société Bio-Aware dont le siège est basé en Belgique.

Pour les données rentrées dans la base de données, le logiciel Biolomics enregistre tous les changements. Un historique des changements est consultable et toutes les actions n'entraînant pas de modifications de la structure de la base de données peuvent être annulées par le/les administrateur(s) de la base de données.

La database CIRM est sauvegardée automatiquement une fois par jour par la société Bioaware et la sauvegarde est conservée pendant deux mois sur des serveurs séparés. Si le CIRM-Levures rencontre un problème de version, Biolomics permet aux personnes administrateur de recharger une version antérieure de la base de données.

Si le problème n'a pu être réglé de cette manière, un signalement doit être fait au service technique de Bio-Aware qui procède à une restauration de la base de données complète.

De manière générale, les bonnes pratiques de terrain et de laboratoire seront suivies pour le contrôle et la qualité des données, que ce soit lors de la collecte d'échantillons sur le terrain ou bien en laboratoire. Nous serons vigilants au respect des législations.

## Type et Format de données

Pour le suivi de souches et aussi pour répondre aux demandes de nos clients, diverses données sont collectées et/ou générées par les membres du CIRM-Levures. Ces données sont sous différents formats :

<table><thead><tr><td>Type de données</td><td>Format</td></tr></thead><tbody><tr><td>Textuelle</td><td>Archive papier, .doc, .docx, .txt, .odt, .pdt</td></tr><tr><td>Tabulée</td><td>.xls, .xlsx, .csv, .txt, .odf</td></tr><tr><td>Base de données</td><td>.csv, .xml</td></tr><tr><td>Image</td><td>.jpeg, .jpg, .tiff, .png, .bmp, .pdf</td></tr><tr><td>Séquence</td><td>.ab1*, .pdf*, .bast*, .fastq*, .bam</td></tr></tbody></table>

La langue utilisée pour les données accessibles au public via notre catalogue en ligne est l'anglais pour une meilleure compréhension par nos clients internationaux et une plus grande réutilisation de ces données.

# IV. ORIGINE, MODE D'OBTENTION ET DROITS DE PROPRIÉTÉ INTELLECTUELLE DES DONNÉES

## a. Les données d'origine des souches

Les données d'origine de la souche (biotope, données géographiques du lieu de prélèvement, année d'isolement, personnes impliquées...) sont collectées par la/les personne(s) (personnel CIRM-Levures ou déposant) qui prélève(nt) et isole(nt) la souche. Dans le cas d'un dépôt de souche(s) ou de matériel(s) biologique(s) au CIRM, ces différentes données sont fournies au CIRM-Levures par le déposant lors du dépôt de la ressource biologique (données passeport du contrat de dépôt). Ce contrat est conservé sous format papier et numérique (sur le serveur de partage SPO). A terme, les contrats de dépôt

<footnote>* ces données sont souvent compressées en zip ou en tar.gz</footnote>
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seront associés aux souches dans Biolomics. Les données d'origine de la souche sont rentrées dans la BDD du CIRM-Levures et sont accessibles aux clients via le catalogue en ligne tout en respectant les législations (RGPD, Protocole de Nagoya, ...). Dans le cas d'un dépôt, ces données appartiennent au déposant. Nous réalisons systématiquement une identification au niveau de l'espèce des souches reçues pour un dépôt en collection ou collectées par le CIRM-Levures. Si l'identité trouvée diffère de celle annoncée par le déposant, nous le contactons pour lui faire part des résultats et voir avec lui si ce changement est possible ou si la souche envoyée n'est pas la bonne. Nous détenons les droits sur les données liées à cette ré-identification taxonomique. Pour les espèces encore non-déclarées et certaines espèces peu représentées en collection, les données taxonomiques sont envoyées à des bases de données publiques (NCBI, EBI, ...).

**b. Les données de distribution des souches**

Les données de distribution sont sous format papier (MTA : Material Transfert Agreement, signer par les différents partis) et archivées informatiquement sur le serveur SPO. Ces données ont vocation à être stockées dans notre base de données pour faciliter la traçabilité des données associées à chaque souche. Le droit sur ces données appartient au CIRM-Levures et elles sont confidentielles et non diffusables en dehors du CIRM-Levures.

**c. Les données issues de la caractérisation des souches en collection**

D'autres données sont obtenues grâce à des caractérisations de souches en collection (données physiologiques et données génomiques).

Les données physiologiques sont stockées sous format papier et dans BioloMICS. Ces données sont accessibles aux clients via le catalogue en ligne.

Pour les données sur les génomes, les données brutes sont stockées sur le serveur SPO. Ces données sont analysées par le CIRM-Levures ou par les bio-informaticiens de SPO en utilisant les serveurs de l'unité. Ces données peuvent être aussi être déposées sur des bases de données publiques internationales (EMBL-EBI, NCBI,...). Dans notre base de données, c'est le numéro d'accession qui est rentré quand les données génomiques ont été déposées dans une banque de données et qui est accessible aux clients. Lorsque la souche a été séquencée par le CIRM-Levures les droits sur ces données lui appartiennent. Dans le cas où le génome d'une des souches au catalogue a été séquencé par un tiers et déposé sur les bases de données publiques internationales, un lien via le numéro d'accession de la séquence est affiché sur notre catalogue en ligne. Les droits de ces données appartiennent au tiers qui a déposé les données sur la base de données publique.

Les séquences de marqueurs taxonomiques sont accessibles directement via le catalogue en ligne. Les droits sur ces données appartiennent à celui qui les a générés.

**d. Les données associées au matériel biologique**

Les données associées au matériel biologique (origine, nature, date de collecte, de réception, ...) sont stockés sous format papier (contrat de dépôt ou autorisation de collecte) et/ou sur le serveur de SPO. A terme, les contrats de dépôt et les autorisations de collecte seront associés aux souches dans BioloMICS pour faciliter la traçabilité des données associées à chaque souche.
### e. Les protocoles liés à la collecte

Les protocoles liés à la collecte des données - qu'il s'agisse des données collectées sur le terrain, des données collectées en laboratoire (identification taxonomique, caractérisation phénotypique, ...) ou données administratives - seront tous conservés sous forme papier et/ou au format électronique. Les droits sur ces données appartiennent au CIRM-Levures pour les souches du CIRM-Levures. Pour celles provenant d'un dépôt, les données peuvent appartenir aux déposants et/ou au CIRM-Levures en fonction des conditions du contrat de dépôt ou de l'autorisation de collecte, surtout quand des données personnelles leurs sont associées.

Un document formalisera **les informations de base sur les souches et sur l'ensemble des données associées aux souches** (nom de la source, format de fichier, identifiant, description du contenu, ...) à rentrer dans la base de données et leurs convention d'appellation et la manière de les rentrer. Ce document sera répertorié sur la liste des documents avec une référence propre. Ce document permettra de conventionner l'appellation des différentes données et la disponibilité de ces données aux différents acteurs.

## V. CADRE JURIDIQUE

### a. Les modalités de diffusion de l'information (RGPD)

Elles sont consultables sur l'interface web du CIRM-Levures (lien). Ce document sera rédigé en anglais et expliquera les modalités de diffusion de l'information des informations à caractère personnel. Le CIRM-Levures a choisi comme délégué à la protection des données la DPO INRAE (à travers le DU de l'UMR SPO).

Afin de diffuser d'une manière plus synthétisée les modalités de diffusion, le CIRM-Levures a apposé systématiquement, en français ou anglais, sur ses documents (mail, devis, contrat, ...) le paraphe suivant :

> « Pour le suivi des commandes, des dépôts, des prestations, le CIRM-Levures a besoin de collecter certaines données personnelles non sensibles (état-civil, adresse électronique, adresse postale...) de ses clients. Conformément à la loi "Informatique et Libertés" du 6 janvier 1978 modifiée en 2004, le client bénéficie d'un droit d'accès et de rectification des informations qui le concernent. Pour exercer ces droits ou pour toute question sur le traitement de vos données dans ce dispositif ou pour plus d'information cliquer sur le lien suivant : https://cirm-levures.bio-aware.com/page/GDPR»

> "For the following up of orders, deposits, services, CIRM-Levures needs to collect some non sensitive personal data (civil status, e-mail address, postal address...) of its customers. In accordance with the law "Informatique et Libertés" of January 6, 1978 modified in 2004, the customer benefits from a right of access and of correction of the information which concerns him. To exercise these rights or if you have any questions about the processing of your data in this device or for more information click on the following link: https://cirm-levures.bio-aware.com/page/GDPR"

### b. Données issues de ressources génétiques

La diffusion et l'utilisation ainsi que la valorisation des souches détenues au CIRM-Levures respectent la réglementation européenne en vigueur sur la gestion des ressources génétiques (mise en œuvre du protocole de Nagoya au travers de la réglementation APA, Accès et Partage des Avantages).
Pour les souches qui proviennent de pays qui n'ont pas ratifié le protocole de Nagoya, la législation en vigueur du pays est appliquée.

Législation du pays fournisseur (lien)

# VI. STOCKAGE, ARCHIVAGE ET SÉCURITÉ DES DONNÉES

## a. Focus sur le système d'information BioloMICS

Il n'existe pas de système d'information (SI) unique au CIRM. Chaque CRB est responsable et libre quant à ce choix. Cependant, l'investissement financier et humain pour le développement et la maintenance d'un SI a décidé les CRB à fonctionner avec la même solution tierce : BioloMICS.net. C'est un système de gestion de données biologiques utilisé par de nombreux acteurs dans les domaines de la biotechnologie, de l'industrie pharmaceutique, de l'alimentation, des services de santé publique, des institutions académiques, universités, collections et musées.

Ce logiciel commercial est produit par la société BioAware dont le siège est basé en Belgique. C'est un « software as a service » (SaaS) ou logiciel en tant que service, c'est à dire qu'il est installé sur des serveurs distants plutôt que sur la machine de l'utilisateur. L'accès au logiciel en version desktop se fait en utilisant l'est basé sur la solution le protocol RDP (Remote Desktop Protocol). La licence (annuelle) est réservée à un compte utilisateur pour une et une seule connexion à la fois. L'interface utilisateur de BioloMICS desktop est « user-friendly » et inspirée de l'environnement Microsoft permettant ainsi à toute personne, informaticienne ou non, de s'approprier le logiciel. BioloMICS enrichi son offre avec BioloMICS.web qui permet le déploiement d'une interface web à partir de la base de données. Pour le CIRM-Levures, cette interface est disponible à l'adresse suivante (lien). Cette fonctionnalité permet de sélectionner et de rendre disponible en ligne les ressources souhaitées au client d'une manière sécurisée et à jour.

Pour les aspects sécurité des données, l'entreprise sous-traite des tests de pénétrations à EASI, une société experte en audit sécurité des infrastructures informatiques. Tous les serveurs sont protégés par la solution SentinelOne. Les serveurs sont sauvegardés intégralement tous les jours et les copies conservées une semaine. Tout le système est dupliqué ce qui garantit une haute disponibilité. Une version de sauvegarde activable en 2 heures maximum en cas de désastre sur le site principal (Site Recovery option) est également disponible dans un autre datacenter du groupe Microsoft (North Europe). Une archive de chaque database client est créée journellement et sauvegardée sous format compressée (backup MySql) pendant une période de 30 jours sur les serveurs de BioAware mais est également déposée quotidiennement dans un DropBox et mis à la disposition du client (dans DropBox, les 5 versions les plus récentes sont gardées). Si le partenariat s'arrête, la société s'engage à restituer l'intégralité des données sous format ouvert (json/csv/Excel/MySQL/MongoDB) ou bien dans le format demandé pour exportation dans une autre base de données (avec schéma de l'architecture.)

Concernant l'hébergement des serveurs et donc des données, BioAware utilise les solutions Microsoft-Azure. La zone géographique de résidence est située en Europe (« West Europe - Netherlands).

Pour les aspects d'administration, le SI BioloMICS enregistrant tous les changements, un historique est consultable et toutes les actions, y compris celles entraînant des modifications de la structure de la base de données peuvent être annulées par les administrateurs de la
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Base de données. Si le CIRM-Levures rencontre un problème au niveau de la base, BioAware résout le(s) problème(s). Dans certains cas rares ou très compliqués, la restauration de la base à une date précise est possible en utilisant les sauvegardes disponibles. Il a été convenu de demander une sauvegarde de la BDD BioloMICS tous les 6 mois qui sera stockée sur le serveur de SPO. Nous conserverons toujours les deux dernières sauvegardes.

L'accès à l'ensemble des données associées aux souches est limité aux membres du CIRM-Levures.

b. Les données numériques

Les données numériques sont stockées sur le serveur de partage de l'unité SPO et/ou dans notre base de données BioloMICS.

Pour le serveur de partage SPO, une sauvegarde incrémentielle est réalisée à une fréquence de 1 fois par jour et une copie complète est envoyée sur le serveur NextCloud (un logiciel libre de site d'hébergement de fichiers et une plateforme de collaboration recommandé par INRAE) une fois par semaine.

Les données stockées sur le serveur SPO sont accessibles seulement aux membres du CIRM-Levures par le biais d'une connexion protégée par un login et un mot de passe personnels. Les données stockées dans notre base de données sont accessibles à tous ceux qui ont les droits. L'obtention des droits est gérée par l'administrateur de BioloMICS. Seuls les membres du CIRM-Levures ont accès à l'ensemble des données de la base de données. Cela se fait grâce à une connexion protégée par deux logins et mots de passe, un commun à toutes les personnes ayant les droits d'accès à notre base de données (connexion Remote Destop) et l'autre propre à chaque personne (connexion à la base de données proprement dite).

c. Les formats de conservation des documents

Pour les documents sous format papier, ils sont conservés dans les locaux du CIRM-Levures et dans les archives de SPO.

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## d. Les échantillons biologiques

Les échantillons environnementaux collectés et les souches de levures qui n'ont pas encore intégrées la collection sont stockés dans un congélateur -80°C. Pour les souches entrées en collection, elles sont conservées sous deux modes de conservation : cryoconservation en vapeur d'azote et lyophilisation. Les deux pièces dans lesquelles les souches sont conservées ont un accès restreint aux membres du CIRM-Levures. Une sauvegarde de la collection, sous forme de lyophilisat, est localisée à Gruissan au sein de l'unité expérimentale Pech Rouge dans un réfrigérateur sécurisé.

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Les données sur les lieux et les conditions de stockage des souches en collection sont stockées dans un fichier Excel sur le serveur SPO.

Le CIRM-Levures a pleinement intégré le principe d'interopérabilité et l'importance de la diffusion des données, notamment dans le but de tendre vers les principes FAIR. C'est pour cela que les données associées aux souches sont, autant que faire se peut, en accès libre pour nos clients via le catalogue en ligne du CIRM-Levures.

## e. Données détruites

Si le propriétaire d'une souche souhaite que celle-ci ne soit plus référencée dans la collection CIRM-Levures alors ses données personnelles pourront être aussi supprimées au niveau de la base de données du CIRM-Levures et des documents de dépôt associés à cette souche. Les données sur les cahiers de laboratoire doivent être conservées minimum 25 ans et les données afférentes à ces personnes notées dans les cahiers de laboratoires seront alors supprimées dans un délai de 25 ans. Les documents officiels (contrat, MTA, ...) eux ne seront pas détruits.

## f. Volumétrie des données produites et coûts de stockage

Il est difficile d'anticiper précisément le volume de données du CIRM-Levures, surtout avec les nouvelles approches de haut débit, mais il ne devrait pas dépasser le seuil maximum de 500 Go/an. Actuellement, les données liées à la base de données ne dépassent pas 10 Go et celles sur le serveur partagé 100 Go. Cependant, le séquençage d'une centaine de souches par an, devrait amener à une augmentation significative du volume de ces données pouvant aller jusqu'à 0.5T par an.

Concernant les coûts de stockage et de partage de données, nous utilisons le serveur de partage de SPO dont les coûts de fonctionnement et de maintenance sont pris en charge par l'unité. Pour la base de données et le catalogue en ligne géré par la société BioAware, la licence a un coût de 4000€ annuel. Nos recettes via les prestations couvrent plus de quatre
fois le montant et en cas de souci financier l'assurance d'une aide de l'unité est assurée. Le risque de devoir changer d'outils pour un problème de coût est limité.

## VII. PARTAGE ET RÉUTILISATION DES DONNÉES

L'Europe a décidé de faciliter l'accès aux données générées par la recherche et pour cela a créé EOSC, le cloud européen. Le projet EOSC-Life a été financé pour rendre accessibles les données associées à la biologie. Ce projet implique 13 infrastructures de recherche, soutenu par ESFRI (Health and Food Research Infrastructure), dont une dédiée aux ressources biologiques microbiennes : MIRRI (Microbial Resources Research Infrastructure). Le projet IS-MIRRI-21 (démarré en février 2020) fédère 14 CRB microbiens de 10 pays européens (dont la France représentée par INRAE-CIRM et l'Institut Pasteur). L'objectif d'EOSC-Life est d'exposer les données des infrastructures de recherche participantes et de rendre ces données interopérables pour les valoriser et construire l'Europe de la recherche. Pour atteindre cet objectif, le système d'information MIRRI-IS devant intégrer la globalité des données des collections participantes a été construit. Le CIRM est impliqué dans tous les work-packages (WP) d'EOSC-LIFE et d'IS-MIRRI-21 dont le WP2 (« Research Strategy ») piloté par le CIRM. Dans ce cadre, il lui a été demandé de répondre aux exigences d'EOSC-LIFE pour rendre les données d'IS-MIRRI-21 compatibles avec les principes FAIR.

La FAIRisation des données du CIRM passera par le projet européen IS-MIRRI-21. En effet, la solution choisie par les partenaires européens est aussi BioloMICS. De plus, certaines des données publiées dans les interfaces Web des collections des CRB sont/seront exportées dans le SI européen. Comme les CRB ont construit leurs bases de données avec la même architecture que MIRRI, BioAware a déployé des outils automatiques d'exportation pour les clients déjà équipés de BioloMICS. Pour la volumétrie, on estime à 500 000 souches à déclarer dans le système (et leur données associées). Au fil du temps, les nouvelles souches seront intégrées automatiquement grâce au pipeline d'exportation. Le CIRM a proposé à MIRRI de s'appuyer sur la solution Dataverse Project portée par l'université d'Harvard. Ce choix est aussi conforté par son utilisation par d'autres instituts comme INRAE (dataINRAE), le CIRAD (DataCIRAD) ou l'IRD (DataSUD). Le dataverse de MIRRI (dataMIRRI) sera connecté à sa base de données (MIRRI-IS) et fera remonter automatiquement et d'une manière unique et pérenne (DOI) les informations des souches. La solution Dataverse Harvard permettra aux DOI et aux métadonnées associées d'être diffusée automatiquement dans DataCite, l'entrepôt européen de métadonnées. Le dataverse MIRRI sera livré courant 2022.

Les données du CIRM-Levures que l'on a choisi de transférer dans le système européen MIRRI-IS (lien) sont consultables en ligne et à moyen terme seront connectées à son dataverse suivant le droit d'accessibilité attribué pour chacune.