# Découverte de variants (SNPs) et génotypage à partir de données RNA-seq chez le peuplier noir

Odile Rogier, Souhila Amanzougarene, Marie-Claude Lesage Descauses, Sandrine Balzergue, Veronique Brunaud, José Caius, Ludivine Soubigou-Taconnat, Véronique Jorge, Vincent Segura

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## To cite this version:

Odile Rogier, Souhila Amanzougarene, Marie-Claude Lesage Descauses, Sandrine Balzergue, Veronique Brunaud, et al.. Découverte de variants (SNPs) et génotypage à partir de données RNA-seq chez le peuplier noir. Colloque EPGV 2016 "Détection, Gestion et Analyse du Polymorphisme des Génomes Végétaux", Oct 2016, Angers, France. hal-01603542

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Submitted on 5 Jun 2020

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# COLLOQUE EPGV_2016

## DETECTION, GESTION ET ANALYSE DU POLYMORPHISME DES GENOMES VEGETAUX

05 - 06 - 07 octobre, Angers

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12:45 Accueil des participants au Bon Pasteur, salle Notre-Dame

13:30 **Ouverture du Colloque**

Marie-Christine Le Paslier – INRA EPGV, Evry

Session I – Variants nucléotidiques

13:40 Polymorphisme de gènes candidats chez les rosiers sélectionnés au XIXe siècle en France

Jérémy Clotault – Université/INRA IRHS, Angers

14:00 Combining bulk segregant analysis with high-throughput sequencing to clone quantitative trait mutations: first results on early flowering F7p mutation

Stéphane Nicolas – INRA-GQE-Le Moulon, Gif sur Yvette

14:20 Découverte de variants (SNPs) et génotypage à partir de données RNA-seq chez le peuplier noir

Odile Rogier – INRA AGPF, Orléans

14:40 Apport du GBS chez les espèces fourragères

Philippe Barre – INRA URP3F, Lusignan

15:00 L'héritage napoléonien dans les populations de peuplier noir

Véronique Jorge – INRA AGPF, Orléans

15:20 **Discussion**

15:40 **Pause**

16:00 Densification du génotypage pour la sélection génomique chez le peuplier noir

Marie Pegard – INRA AGPF, Orléans

16:20 50K vs GBS vs 600K pour la détection de QTL par GWAS

Sandra Negro – AgroParisTech/INRA-GQE-Le Moulon, Gif sur Yvette

16:40 High-throughput genotyping in hexaploid wheat using the BreedWheat Axiom 420K SNP array

Jonathan Kitt – INRA GDEC, Clermont Ferrand

17:00 Génotypage SNP haut débit : retour d'expérience sur puces AXIOM 50k et 600k chez le tournesol

Nicolas Pouilly – INRA LIPM, Toulouse

17:15 Puce de génotypage Infinium multi-espèces vs mono-espèce : bilan

Aurélie Bérard – INRA EPGV, Evry

17:30 Seq vs puce: quels challenges aujourd'hui ?

Dominique Brunel/Patricia Faivre Rampant – INRA EPGV, Evry

17:40 **Discussion**

18:00 Clôture J1 - Temps libre

18:45 Autour de l'apéritif

19:30 Diner à l'Hostellerie
8:20 Accueil des participants

## Session II – Variants structuraux

8:30 CNV chez l'épicea : détections et conséquences évolutives

8:55 Deciphering the contribution of Present/Absent variants to genetic diversity and traits using a 100k maize high-throughput array

9:15 Characterization of large structural variations using large insert size Illumina mate-pair resequencing data

9:35 Genome-wide analysis of the maize FV2 inbred line Presence/Absence Variants and their implication in European maize genetic originality

9:55 Étude d'une famille de gènes R dans le genre Vitis par analyse de CNV

10:15
10:35

Discussion

Pause

John MacKay – University of Oxford, UK

Clément Mabire – INRA–GQE–Le Moulon, Gif sur Yvette

Guillaume Martin – CIRAD, Montpellier

Johann Joets – INRA–GQE–Le Moulon, Gif sur Yvette

Guillaume Barnabe – INRA SVQV, Colmar

## Session III – Epigénétique

10:55 Analyse du méthylome : retour d'expérience !

11:15 Variation du méthylome entre lignées de maïs

Stéphane Maury – LBLGC, Université, Orléans

Clémentine Vitte – CNRS–GQE–Le Moulon, Gif sur Yvette

## , Session IV – Hors sentiers battus

11:35 Développement de ressources moléculaires chez l'espèce orpheline *Lavandula angustifolia* (lavande fine) pour la mise en place de nouvelles stratégies de sélection

11:55 Le DNA barcoding : un outil à développer pour étudier les processus de pollinisation

12:15
12:30

Discussion

Déjeuner au self de l'Hostellerie

14:00 En route pour le centre INRA de Beaucouzé

## Session V – Découvertes angevines-IRHS

14:40 Présentation générale de l'IRHS (salle Authion, nouveau bâtiment)

15:00 Visite bâtiment recherche : Plateau ANAN/IMAC (60 min),

16:00 Visite UE : collection Pommiers (30 min)– Rosiers (20 min)

17:00 Visite INEM (45 min) Visite vente de pommes

17:45

Clôture j2 - Temps libre

18:30

Proposition de promenade/découverte sur Angers - RDV face au Château

19:30

Dîner Festif à la Galerie David d'Angers

Jean-Pierre Renou

Muriel Bahut

Arnaud Guyader, Laurence Feugey

Fabrice Foucher, Tatiana Thouroude, Alix Pernet

R.Gardet, Jean-Pierre Renou
8:50 Accueil des participants

## Session VI – Ciblage génomique

9:00 RenSeq : méthodologie et application chez le Blé

9:20 Vers une meilleure compréhension des génomes végétaux : d'une organisation globale à une région ciblée

Clémence Marchal – INRA IaM, Nancy/JIC, UK

Céline Chantry-Darmon – INRA CNRGV, Toulouse

## Session VII – Séquence de génomes

9:40 Séquençage de génome en 2017-2018

9:40 Oxford Nanopore Technology : Données et applications

Jean-Marc Aury – CEA-IG, Evry

10:10 Extraction ADN de haut poids moleculaire & SeQuel (PacBio)

Charles Poncet/Valérie Gautier– INRA Gentyane, Clermont Ferrand

10:30 Discussion

10:50 Pause

11:20 The apple reference genome and epigenome

Etienne Bucher – INRA IRHS, Angers

11:40 Séquençage *de novo* du génome du tournesol

Stéphane Muños – INRA LIPM, Toulouse

12:00 Bread Wheat Whole Genome Sequence Assembly

Frederic Choulet – INRA GDEC, Clermont-Ferrand

12:20 Stratégie de séquençage et de génotypage SNP haut débit du génome hautement polyploïde de la canne à sucre

Olivier Garsmeur – CIRAD, Montpellier

12:40 Discussion

13:00 Fin du Colloque

13:00 Paniers Pique-nique

Merci pour votre participation

A très bientôt !

L'unité EPGV