Les pratiques agropastorales présentent à la fois des effets positifs et négatifs sur la régénération des agroécosystèmes. Cette étude a pour objectif de déterminer l’effet des fèces de différents ruminants sur la dissémination et la germination des espèces en fonction de leurs traits fonctionnels. Ainsi, les fèces des bovins (Bos indicus), des caprins (Capra hircus) et des ovins (Ovis aries) ont été échantillonnées en 15 répétitions suivant trois périodes saisonnières de l’année dans 45 enclos en zone sahélienne du Burkina Faso. Le potentiel en semences et la capacité de germination de cinq espèces agroforestières (Balanites aegyptiaca, Faidherbia albida, Piliostigma reticulatum, Vachellia nilotica et Ziziphus mauritiana) et d’une espèce invasive (Senna obtusifolia) y ont été déterminés. Les résultats montrent que les fèces des caprins contiennent plus de semences des espèces agroforestières tandis que les ovins disséminent plus les semences de l’espèce invasive. Pour l’ensemble des six espèces, le potentiel séminal des fèces des caprins représente 64 %, contre 34 % pour les fèces des ovins et 2 % pour les fèces des bovins, de l’ensemble du potentiel séminal. Le potentiel séminal fluctue tout au long de l’année et est plus élevé en saison sèche et froide, soit 73 %, contre 21 % pour les fèces de la saison sèche et chaude et 6 % pour les fèces de la saison pluvieuse. Les semences témoins et celles issues des fèces des caprins ont les plus longs délais, durée, vitesse et forts taux de germination comparativement aux semences issues des fèces des ovins et des bovins. Les fèces assurent la dissémination et influencent les capacités germinatives des semences, d’où le rôle crucial des pratiques agropastorales dans les traits de régénération des agroécosystèmes.