Publier La Science - Numéro 11

Jeanine Martelli, Eric Lichtfouse, Marjolaine Hamelin, Virginie Lelievre

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To cite this version:

Jeanine Martelli, Eric Lichtfouse, Marjolaine Hamelin, Virginie Lelievre. Publier La Science - Numéro 11. INRAE., 12 p, 2016, Guy Richard. hal-03864498

HAL Id: hal-03864498

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publier
la science

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numéro 11 / mars 2016

* Le pirate d'articles Sci-Hub est de retour

* Does it take too long to publish research?

* How to build a Twitter following
# PUBLIER LA SCIENCE

Numéro 11, mars 2016

<table><tr><td>EDITORIAL</td><td>3</td></tr><tr><td>REDACTION</td><td>4</td></tr><tr><td>RESEAUX SOCIAUX</td><td>4</td></tr><tr><td>LIBRE ACCES</td><td>5</td></tr><tr><td>EVALUATION</td><td>6</td></tr><tr><td>DROIT D'AUTEUR</td><td>8</td></tr><tr><td>ETHIQUE ET FRAUDE</td><td>8</td></tr><tr><td>PROCESSUS DE PUBLICATION</td><td>9</td></tr><tr><td>DONNEES DE LA RECHERCHE</td><td>11</td></tr><tr><td>OUTILS</td><td>11</td></tr><tr><td>HUMOUR</td><td>12</td></tr></table>

Numéros en accès libre à http://www6.inra.fr/caps-publierlascience

Pour vous abonner : https://listes.inra.fr/sympa/subscribe/veillecaps

Pour vous désabonner : https://listes.inra.fr/sympa/sigrequest/veillecaps

**Directeur de la publication** : Guy Richard

**Editeur-en-chef** : Eric Lichtfouse

**Réalisation** : Jeanine Martelli (responsable de la veille), Eric Lichtfouse (animateur de la CAPS), Marjolaine Hamelin, Virginie Lelièvre

Cellule d'Assistance à la Publication Scientifique (CAPS)
Département Environnement et Agronomie (EA)
Institut National de la Recherche Agronomique

Contact : ea-caps@listes.inra.fr, http://www.ea.inra.fr

Couverture : Guillaume Decaux – http://www.alcide.fr

ISSN 2269-7314

Publier la Science est une sélection d'informations sur la publication et la rédaction scientifique diffusée trimestriellement. Dans un souci de synthèse et de lisibilité, les informations diffusées sont parfois modifiées par rapport à leurs versions originales sans pour autant en dénaturer le sens. S'il s'avère toutefois que ce n'est pas le cas, les personnes et sources citées dans Publier la Science peuvent à tout moment, demander la rectification voire la suppression des informations diffusées les concernant en nous écrivant à ea-caps@listes.inra.fr.
## Data publishing

Joachim Schöpfel, Maître de conférences, GERiiCO, Université de Lille 3 - https://fr.linkedin.com/in/schopfel

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Source: Wikimedia<fnref n="1" />

Vous publiez ? Oubliez les articles. Dépassés. Trop longs. Trop lents. Trop consommateur de temps. En plus, la moitié des manuscrits sont rejetés. Et même si votre article est accepté – sérieusement, qui aura le temps de le lire ? Tout le monde vous le dira : il y a trop de revues, il y a trop d’articles, tout cela coûte cher, la qualité n’est pas toujours au rendez-vous ; et ne parlons pas des failles du facteur d’impact. Oubliez donc les articles. Ce qui compte aujourd’hui, ce sont les données. Vous avez entendu parler de l’Open Data, de l’ouverture des données publiques. Vous avez du entendre promouvoir le Big Data comme nouveau challenge et eldorado de l’économie numérique. Et à coup sûr, quelqu’un – votre Vice Président recherche, votre directeur IST, votre Ministère, la Commission Européenne – vous a fait remarquer récemment qu’il faut mettre les résultats bruts à la disposition de tout le monde dans la mesure où votre recherche est payée par les contribuables. Et ceci dans un régime aussi libéral que possible, pour stimuler la recherche et l’économie. Open science oblige.

Les précurseurs de l'eScience l'avaient annoncé: la science de l'avenir est faite de données, pas de publications<fnref n="2" />. Les uns, plus sceptiques, affirmaient que les données allaient juste compléter le rôle traditionnel des publications<fnref n="3" />. Les autres, visionnaires, pressentirent qu'elles se substitueraient aux revues et aux livres: "In the age of genomic-sized datasets, the biomedical literature is increasingly archaic as a form of transmission of scientific knowledge for computers"<fnref n="4" />. Certes, le 4ᵉ paradigme de la découverte scientifique<fnref n="5" /> ne transformera pas toutes les disciplines en même temps et au même rythme, et certains domaines sont plus exposés que d'autres. Mais même les sciences humaines et les arts s'y mettent aujourd'hui.

Archaïque, la littérature scientifique – le ton est donné. Qui a envie d'être archaïque ? Oubliez donc les articles et publiez vos données. Mais comment ? Publier ses données, cela ne s'invente pas. Il faut y penser dès le début – l'organisation des données, leur description, leur mise en forme et présentation, leur lisibilité, leur format et les éventuels problèmes de droit<fnref n="6" />. D'autres questions se poseront par la suite : où faut-il publier les données ? Vous pouvez déposer vos données dans une archive de données. Il y en a dans toutes les disciplines. Le répertoire re3data.org en recense plus de 1300 dont 64 en France ; HAL<fnref n="7" /> à Lyon se positionne comme la future archive de données nationale. Mais vous pouvez aussi préparer un petit data paper pour l'une des nouvelles « revues de données » dont le nombre ne cesse de croître, comme par exemple Data in Brief, Genomics Data, Scientific Data, GigaScience ou Research Data Journal for the Humanities and Social Sciences.

En fait, ces data papers sont un compromis avec les articles traditionnels car ils contiennent, outre une description précise des données, une analyse avec discussion des résultats. Mais ils sont bien plus courts, souvent seulement deux à trois pages. Et très bien structurés, c'est-à-dire « machine-readable » et exploitables par des outils du text and data mining (TDM). Publier la science, oui, mais sous forme de données. C'est l'avenir de la science, et cet avenir commence sous nos yeux.

PS. Vous pensez que j'exagère ? Vous avez raison. Quoique...

<footnote n="1">¹ https://commons.wikimedia.org/wiki/File:To_deposit_or_not_to_deposit,_that_is_theocaQuestion_-_journal.pbio.1001779.g001.png</footnote>

<footnote n="2">² Hey, T., Trefethen, A. E., 2005. Cyberinfrastructure for e-Science. Science 308 (5723), 817-821. URL http://dx.doi.org/10.1126/science.1110410</footnote>

<footnote n="3">³ Borgman, C. L., Wallis, J. C., Enyedy, N., 2007. Little science confronts the data deluge: habitat ecology, embedded sensor networks, and digital libraries. International Journal on Digital Libraries 7 (1-2), 17-30. http://escholarship.org/uc/item/6fs4559s</footnote>

<footnote n="4">⁴ Blake, J. A., Bult, C. J., 2006. Beyond the data deluge: Data integration and bio-ontologies. Journal of Biomedical Informatics 39, 314-320. http://dx.doi.org/10.1016/j.jbi.2006.01.003</footnote>

<footnote n="5">⁵ Hey, T., Tansley, S., Tolle, K. (dir.), 2009. The fourth paradigm. Data-intensive scientific discovery. Microsoft Corporation, Redmond, WA. http://research.microsoft.com/en-us/collaboration/fourthparadigm/</footnote>

<footnote n="6">⁶ Tenopir, C., Dalton, E. D., Allard, S., Frame, M., Pjesivac, I., Birch, B., Pollock, D., Dorsett, K., Aug. 2015. Changes in data sharing and data reuse practices and perceptions among scientists worldwide. PLoS ONE 10 (8), e0134826+. http://dx.doi.org/10.1371/journal.pone.0134826</footnote>

<footnote n="7">⁷ https://hal.archives-ouvertes.fr/</footnote>
# Rédaction

## Faut-il mieux rédiger pour un meilleur impact?

Ecole de Technologie Supérieure ETS, 14 janvier 2016

"Le fait de « bien » rédiger est-il nécessaire dans le domaine des sciences ?". Certaines études indiquent qu'il existe un lien entre la qualité de la rédaction et l'impact :

- Une rédaction de qualité: clarté, simplicité et précision, augmente l'impact.

- La longueur du titre influe sur le nombre de citations: les titres courts augmentent le nombre de citations sauf en sciences médicales.

- Les articles connus et influents sont significativement plus simples à lire.

- Dans les revues à faible facteur d'impact, on trouve des articles moins clair et respectant moins les règles de grammaire que dans celles à facteur d'impact élevé.

- Un article mal rédigé a moins de chance d'être publié qu'un article bien rédigé: bien rédigé, il sera jugé seulement sur ses mérites scientifiques.

- Il faut se mettre à la place du lecteur: les réviseurs ne prendront pas toujours le temps de décrypter une écriture imprécise ou sans fil conducteur clair.

http://substance.etsmtl.ca/qualite-redaction-scientifique-augmente-impact-recherche/

## Guide de rédaction en anglais

École de technologie supérieure – ETS, Université du Québec

Ce guide est destiné aux scientifiques qui souhaitent faciliter la lecture de leurs articles, en pensant en particulier aux lecteurs éloignés de leur domaine de recherches. Il rappelle les principes élémentaires de composition, les règles grammaticales d'usage et de ponctuation.

http://sara.etsmtl.ca/fr/guide_style/

## Choisir les mots-clés de l'article scientifique

CoopIST - Cirad, septembre 2015

Quelques conseils et astuces à destination des chercheurs pour choisir les mots-clés :

- Sélectionnez les mots indispensables :

* l'expression ou le mot le plus important du titre.

- les expressions et mots importants non utilisés dans le titre mais utilisés dans le résumé.

- les synonymes très utilisés pour ces expressions et mots importants.

- La répétition entre mots-clés, titre et résumé est utile mais n'en abusez pas.

- Combinez des mots qui qualifient votre sujet strict et des mots liés au domaine plus large, pour que l'article soit trouvé par des lecteurs travaillant sur des problématiques transversales ou proches.

- Utilisez des mots-clés d'articles auprès desquels vous aimeriez que votre article soit trouvé sur internet, à condition qu'ils qualifient bien votre article.

- Attention aux expressions : évitez les petits mots de liaison comme of, and, qui nuisent à la recherche sur le web.

- Testez vos expressions et mots dans le moteur de recherche du journal où vous souhaitez publier, dans des moteurs de recherche et dans des bases de données.

http://url.cirad.fr/ist/mots-clés

## Pour écrire un bon article scientifique, racontez une histoire

Blog Thesez-vous, 2 février 2016

Un article scientifique contient une question irrésolue et parfois aussi, pour corser l'intrigue, un conflit d'approches théoriques... Vous avez dans un article scientifique tous les éléments requis pour raconter une histoire.

http://www.thesez-vous.com/blogue/-pour-eccrire-un-bon-article-scientifique-racontez-une-histoire

# Réseaux sociaux

## How to build a Twitter following

The Chronicle of Higher Education, Rob Jenkins, 14 février 2016

If you've been wondering lately if maybe you should try using Twitter to increase your impact on your field the answer is that you should, and you can. Here's how.

- Have something to say. You should be tweeting periodically about your own work.

- You also need a blog. You can use your blog posts to share ideas, to promote your books, articles, and lectures.
- Once you've written a blog post, you can then tweet the link. You shouldn't tweet exclusively about your blog or your own work.

- Give some thought to your profile. Let people know who you are and what you do in just a few words.

- You want followers, but not just any followers. Start by following other people. Search for people or organizations with whom you have something in common.

- Interaction is key. You need to interact with people to make connections and even form relationships. One way to interact is to retweet. Another way is via hashtags.

- A final caveat. The point of using Twitter is to attract followers. Being provocative can enhance your appeal, but there's a fine line between that and offending large numbers of people.

http://chronicle.com/article/How-to-Build-a-Twitter/235309?cid=trend_right_a

## Garder les billets importants dans Facebook

@EricLichtfouse

Retrouver un ancien billet est plutôt ardu dans facebook. Une solution simple pour garder les informations importantes consiste à marquer le billet dans le menu localisé en haut à gauche, en activant l'onglet 'Enregistrer le lien'. Les billets ainsi sélectionnés pourront alors être rapidement retrouvés dans la rubrique 'Enregistré' sur la colonne de gauche de la page d'accueil.

## Research impact guides

Blog Fast Track Impact, février 2016

Une série de guides pratiques à l'attention des chercheurs, proposés par l'organisme de formation britannique Fast Track Impact :

- How to create a social media strategy for your research that delivers real impact: step-by-step guide to making a social media strategy

- How to write a winning research impact case study: guide to writing an effective case study about your research impact

- How to tweet with impact: our Top Twitter tips for research impact: guide to using Twitter professionally to drive research impact

- How to track the impact of your research: guide to impact evaluation

- How to write a policy brief that has real impact: guide to writing policy briefs, explaining how to prepare, design, write, disseminate and then use your policy brief to deliver impact.

- Who will benefit from your research and will block it? How to identify stakeholders so you can work together for impact: guide to stakeholder analysis for research impact

http://www.fasttrackimpact.com/#!resources/bt6xl

## Libre Accès

### DATA, un journal pour publier les résultats négatifs

Blog SupBiotech, 18 janvier 2016

Data, The journal for NNI (« negative, null and inconclusive ») results, est un nouveau journal en Open Access. Il permet de publier des résultats négatifs dans tous les domaines scientifiques. Créé fin 2015 par un chercheur français, Damien Parrello, ce journal publie des articles avec une nouvelle structure qui lui est propre, centrée sur la manière dont a été acquis le résultat et non sur son implication. L'article est complètement axé sur une section « matériels & méthodes » complète et détaillée, visant à une compréhension exhaustive du résultat. De plus, l'ensemble des données brutes est exigé afin que celles-ci puissent être re-traitées par la communauté à l'aide d'outils qui n'étaient pas à la disposition des auteurs.

http://www.data-journal.science/
http://blogs.supbiotech.fr/2016/01/journal-scientifique-data-nni-negative-null-inconclusive-results-resultats-projet-ancien.html

## Augmentation des éditeurs prédateurs

Blog Scholarly Open Access, 5 janvier 2016

Les éditeurs prédateurs listés par Jeffrey Beall sont passés de 18 en 2011 à 923 en 2016 ! On comptait 126 revues prédatrices en 2013, contre 882 aujourd'hui. Les revues piratées suivent la même évolution : elles étaient 30 en 2015, et sont déjà 101 en 2016.

http://scholarlyoa.com/2016/01/05/bealls-list-of-predatory-publishers-2016/
## Towards an open science publishing platform

F1000 research, 3 février 2016

The way science and research is done is rapidly becoming more open and collaborative. The traditional way of publishing new findings in journals is becoming increasingly outdated and no longer serves the needs of much of science. Whilst preprints can bring significant benefits of removing delay and selection, they do not go far enough if simply implemented alongside the existing journal system. We propose that we need a new approach, an Open Science Platform, that takes the benefits of preprints but adds formal, invited, and transparent post-publication peer review. This bypasses the problems of the current journal system and, in doing so, moves the evaluation of research and researchers away from the journal-based Impact Factor and towards a fairer system of article-based qualitative and quantitative indicators. In the long term, it should be irrelevant where a researcher publishes their findings. What is important is that research is shared and made available without delay within a framework that encourages quality standards and requires all players in the research community to work as collaborators.

Tracz V and Lawrence R. (2016) *Towards an open science publishing platform* [version 1; referees: 1 approved]. F1000Research, 5:130. doi: 10.12688/f1000research.7968.1

http://f1000research.com/articles/5-130/v1

## La ruée vers l'or des publications

Twitter@laurentromary

Dans un article de synthèse paru dans la Gazette des mathématiciens en décembre 2015, Frédéric Hélein, Professeur à l'Université Paris Diderot décrit les modèles de libre accès dans l'édition et les choix possibles pour les auteurs: la voie verte, la voie dorée, le Gold Open Access, version « Far West », le Gold Open Access régulé.

http://webusers.imj-prg.fr/~frederic.helein/Helein-Gazette.pdf

## Les articles en open access seraient-ils plus cités ? En fait, on n'en sait rien

Blog Rédaction Médicale, 21 janvier 2016

Les articles sont peu cités en général... Car la moitié des millions d'articles publiés ne seraient pas cités plus d'une fois, et les travaux sur la question des citations sont de mauvaise qualité. Pour exemple,

PLOS ONE a publié en octobre 2015 un article sur les citations des recherches du NIH déposées dans PMC (PubMedCentral, une archive ouverte). Le résultat du résumé semble montrer que la politique open access (par PMC) a permis d'augmenter les citations. Cependant cet article présente de nombreux problèmes de méthodologie et d'extrapolation qui remettent en cause ses conclusions.

De Groote SL, et al. (2015) *Examining the impact of the National Institutes of Health public access policy on the citation rates of journal articles*. PLoS ONE, 10(10): e0139951. doi:10.1371/journal.pone.0139951

http://www.h2mw.eu/redactionmedicale/2016/01/les-articles-en-open-access-seraient-ils-plus-cit%C3%A9s-en-fait-on-nen-sait-rien.html

## Elsevier offre l'open access aux auteurs néerlandais

Science, 11 décembre 2015

Dans un accord récemment établi avec les universités des Pays-Bas, Elsevier s'engage à ce que « 30% de la recherche publiée par les chercheurs néerlandais dans les journaux d'Elsevier soit en open access d'ici 2018 sans coût additionnel à celui de l'abonnement ».

http://www.sciencemag.org/news/2015/12/unique-deal-elsevier-agrees-make-some-papers-dutch-authors-free

## EDP Sciences propose un juste prix à payer pour publier

Actualités EDP Sciences, 16 février 2016

EDP Sciences lance un nouveau modèle de publication en Open Access: the Liberty APC (article processing charge). Les auteurs pourront choisir le prix, parmi un certain nombre d'options pour publier en libre accès. Ils sont invités au préalable, à étudier les possibilités de financement par leur établissement ou organisation.

http://publications.edpsciences.org/images/stories/news/2016/LibertyAPC_EDPOpen.pdf

## Evaluation

### Peer review quality and transparency

Recent controversies highlighting substandard peer review in Open Access (OA) and traditional (subscription) journals have increased the need for
authors, funders, publishers, and institutions to
assure quality of peer-review in academic journals. I
propose that transparency of the peer-review
process may be seen as an indicator of the quality of
peer-review, and develop and validate a tool
enabling different stakeholders to assess
transparency of the peer-review process.

Wicherts JM (2016) Peer Review Quality and Transparency of the Peer-Review Process in Open Access and Subscription Journals. PLoS ONE 11(1): e0147913. doi:10.1371/journal.pone.0147913

http://journals.plos.org/plosone/article?id=10.1371/journal.pone.0147913

## Les idées germent en liberté

@EricLichtfouse

A écouter ou à lire sur France Culture : Marylène Patou-Mathis dissèque en 6 minutes l'histoire de la publication scientifique et pointe avec une rare acuité les biais de l'évaluation par une métaphore avec la société de consommation : « Nous sommes entrés dans l'ère des commerçants, prédite par Nietzsche, dans la culture de l'évaluation... Toutes les revues scientifiques n'ont pas la même valeur, les anglo-saxonnes, en particulier américaines, sont les mieux cotées... De nombreuses publications parues dans des revues indexées s'avèrent être de pietre qualité, voire des mystifications... Les indices bibliométriques devraient donc être utilisés avec circonspection. Les idées germent en liberté et s'étoffent avec le temps. Elles doivent pouvoir s'exprimer sans contraintes et ne pas forcément suivre les modes qui comme chacun sait sont vouées à se démoder. »

http://www.franceculture.fr/emissions/le-journal-des-idees/le-journal-des-idees-par-marylene-patou-mathis

## Précautions pour réviser l'anglais

Cecile.Fovet-rabot@cirad.fr

Il peut arriver, malheureusement, que votre article révisé par un anglophone soit refusé par la revue au motif de mauvaise qualité de l'anglais ! Souvent, c'est parce que votre texte d'origine n'est pas clair, ou parce que vous avez modifié le texte après révision de l'anglais. La qualité de la révision est rarement en cause, sauf si le réviseur anglophone n'a pas l'habitude de travailler dans votre domaine. Le plus souvent, le manque de clarté de votre texte d'origine ou les modifications apportées après la révision expliquent le retour négatif de la revue. En effet, un texte d'origine mal structuré, peu clair ou imprécis complique le travail du réviseur. Le réviseur corrige

surtout les fautes d'orthographe et de grammaire. Prenez donc le temps de relire votre texte pour améliorer sa structure, sa clarté et sa précision. Après la révision de l'anglais, les modifications apportées par vous-même ou vos co-auteurs doivent être relies par le réviseur.

http://coop-ist.cirad.fr/

## Why scholars decline to review their peer's work

EASE Journal Blog, 23 décembre 2015

The double-blind peer review process is central to publishing in academic journals, but it also relies heavily on the voluntarily efforts of anonymous reviewers. To evaluate the degree to which scholars suffer from the resulting "reviewer fatigue," the authors empirically evaluated the reasons scholars offered when declining to review for the *American Political Science Review*. Just over one-quarter of them declined requests to review. For those who decline, reviewer fatigue is only one of several reasons: scholars are willing to review but they often face many demands on their time and substantial workloads overall.

Breuning M, Backstrom J, Brannon J, et al. (2015) Reviewer fatigue? Why scholars decline to review their peer's work. PS: Political Science & Politics, 48(4):595-600. doi: 10.1017/S1049096515000827

http://journals.cambridge.org/action/displayAbstract?fromPage=online&aid=9995005&fulltextType=NW&fileId=S1049096515000827

## What do reviewers want from peer review?

Wiley Exchanges blog, 20 janvier 2016

Wiley diffuse les résultats d'une enquête menée en juillet 2015 auprès de 3000 reviewers. Les résultats font l'objet d'un numéro spécial dans la revue Learned Publishing, et une infographie synthétise les résultats de l'enquête sur la page du blog Exchange. Au cœur de la motivation des reviewers : la participation active à une communauté scientifique, le besoin de réciprocité du peer-review, et le prestige et la réputation du journal qui les invite à évaluer un article.

http://exchanges.wiley.com/blog/2016/01/20/what-do-reviewers-want-from-peer-review/
http://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/leap.v29.1/issuetoc
# Droit d'auteur

## Copyright in Higher Education, un site sur le droit d'auteur

Le site Copyright in Higher Education (SURF, 2015) fournit des informations de fond sur le droit d'auteur dans l'enseignement supérieur et la recherche et suggère des moyens pratiques de traiter des questions de droits d'auteur. Si les problématiques sont traitées dans le contexte néerlandais, les questions de fond sont universelles. Le contenu est disponible en néerlandais et en anglais.

https://auteursrechten.nl/en

# Ethique et fraude

## Sci-Hub le pirate est de retour

Le Monde, 15 février 2016

Sci-Hub, le site qui pirate des articles de recherche scientifique, est de retour. Sa fermeture ordonnée par une cour de justice new yorkaise, suite à la plainte du géant Elsevier, n'aura pas suffi. Sous un nouveau nom de domaine : sci-hub.io et avec un serveur en Russie, le site propose à nouveau des millions d'articles gratuits. Pour se financer, il fait appel aux dons de ses utilisateurs. Il contribue, selon sa créatrice, une chercheuse russe, à « un système de solidarité » qui serait apprécié des scientifiques. La justice américaine va rencontrer des difficultés pour faire cesser cette « Distribution gratuite de la connaissance », le site se trouvant maintenant hors du périmètre d'application de ses lois.

http://www.lemonde.fr/pixels/article/2016/02/15/sci-hub-le-pirate-bay-de-la-recherche-scientifique-est-de-retour_4865611_4408996.html

## Plagiarism, test your understanding

Indiana University, 8 février 2016

L'Université de l'Indiana vient de mettre à jour les pages sur le plagiat de son site internet. Des tests et des tutoriels permettent aux étudiants de tester et approfondir ses connaissances sur ce sujet.

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

https://www.indiana.edu/~academy/firstPrinciples/

## The Top 10 Retractions of 2015 ou Best of retractions 2015 menu

The Scientist - News analysis, 23 décembre 2015

2015 has been another amazing year for retractions of scholarly articles, as explained by The Scientist. My favorites are authors faking email addresses for peer reviewers to give their own paper a green light; a media darling paper suggesting that feeling blue might affect how you see blues and yellows; and a guide on how to detect plagiarism, retracted due to plagiarism (!), found out by Retraction Watch on April Fool's Day (no joke).

http://www.the-scientist.com/?articles.view/articleNo/44895/title/The-Top-10-Retractions-of-2015/#.VnqxcsdAQIU.twitter

## Une affiche des erreurs scientifiques

Rédaction Médicale et Scientifique, 22 janvier 2016

Pratique : pour votre laboratoire voici un poster listant 12 erreurs communes : titres embellis, résultats déformés, corrélations non causales, conclusions spéculatives, résultats irreproductibles, conflits d'intérêt, etc. Concis ET pédagogique ! A télécharger et afficher dans les salles-café !
<figure><img src="image_6.png" /></figure>

http://www.compoundchem.com/2014/04/02/a-rough-guide-to-spotting-bad-science/

http://www.h2mw.eu/redactionmedicale/2016/01/unposter-pour-votre-labo-rep%C3%A9rer-la-mauvaise-science-facile-mais-que-faire-ensuite-.html

## Le SOI, une nouvelle arnarque

### Blog Scholarly Open Access, 21 janvier 2016

Au-delà des bénéfices de la diffusion libre des découvertes, l'Open Access n'en finit pas d'attirer les escrocs profitant du modèle auteur-payeur. Après les éditeurs prédateurs et les faux services de corrections, le blog Scholarly Open Access signale un site russe attribuant un Scientific Objet Identifier (SOI), une contrefaçon du Digital Objet Identifier (DOI), contre financement.

https://scholarlyoa.com/2016/01/21/the-growing-parallel-economy-in-scholarly-publishing/

## Comment des chercheurs ont truandé des revues scientifiques ?

### Blog Le Monde "Passeur des sciences", 27 décembre 2015

Il y a quelque chose de pourri au royaume de la science. Coup sur coup, trois noms de l'édition scientifique ont été contraints de retirer plusieurs études qu'ils avaient publiées. Dans les trois cas, la fraude était intervenue au cours du processus de relecture et de validation des articles par les pairs.

Les trois affaires ont été révélées au grand jour par l'excellent site "Retraction Watch". La première date du 16 décembre. L'éditeur Hindawi a été contraint de retirer d'un coup dix articles dont un des co-auteurs, avait frauduleusement soumis lui-même les rapports de relecture. La deuxième affaire touche Nature Publishing Group (NPG) : trois articles, tous rédigés par des équipes chinoises et parus dans les journaux Cancer Gene Therapy et Spinal Cord, ont été retirés. Enfin, "Retraction Watch" a annoncé le 24 décembre que le groupe d'édition SAGE, après avoir mené une enquête sur des études suspectes soumises à une de ses revues, le Journal of the Renin-Angiotensin Aldosterone System (JRAAS), avait retiré 21 articles.

http://passeurdesciences.blog.lemonde.fr/2015/12/27/comm-ent-des-chercheurs-ont-truande-des-revues-scientifiques/

## How to hijack a journal

### EASE Journal Blog, 23 décembre 2015

In the past few years fraudsters are snatching entire web addresses, right out from under academic publishers, erecting fake versions of their sites, and hijacking their journals, along with their web traffic. The usual method is to build a convincing version of a website at a similar address and then drive web traffic to the fake site. Unsuspecting visitors who log into the hijacked journal sites might give away passwords or money as they try to pay subscriptions or article processing fees.

Bohannon J (2015). How to hijack a journal. Science 350(6263):903-905. doi: 10.1126/science.350.6263.903

https://www.sciencemag.org/content/350/6263/903(summary)

## Processus de publication

### L'industrie de l'édition scientifique vue par Jeffrey Beall

### Blog Scholarly open access, 12 janvier 2016

Un des problèmes de l'industrie de l'édition scientifique selon J. Beall, c'est qu'elle serait dirigée par des "scientifiques frustrés" qui n'auraient jamais été formés à l'édition scientifique et qui seraient arrivés dans ce milieu par échec ou par appétit pour de plus gros salaires...

http://scholarlyoa.com/2016/01/12/one-problem-with-the-scholarly-publishing-industry/#more-6523
## Le taux de rejet des revues n'est pas corrélaté au facteur d'impact

Ross Mounce blog, 16 janvier 2016

L'une des croyances les plus répandues dans le monde de la publication scientifique est que les revues doivent être très sélectives pour avoir un facteur d'impact élevé, afin de ne retenir que les articles susceptibles d'attirer un grand nombre de citations. Or, une étude publiée fin 2015 dans la revue *Frontiers* portant sur 570 revues indexées dans le JCR montre qu'il n'existe pas de corrélation entre le facteur d'impact et le taux de rejet de la revue. Le fait de rejeter des articles dont le contenu scientifique est valide ralentit la diffusion des connaissances, est chronophage et coûte cher.

http://rossmounce.co.uk/2016/01/15/why-do-we-rejoice-in-rejecting-perfectly-valid-research/
http://blog.frontiersin.org/2015/12/21/4782/

## Augmentation des publications d'errata

Peer-J, 9 février 2016

Une étude publiée dans Peer J montre une augmentation entre 1993 et 2014 du nombre de corrections publiées par Nature, Science et PNAS. Cette augmentation reflétant l'augmentation des erreurs au cours du peer-review et du processus éditorial est indépendante du facteur d'impact et du nombre d'articles publiés.

Margalida and Colomer (2016), PeerJ 4:e1670.

https://doi.org/10.7717/peerj.1670

## "Registered reports" : Publier les idées et le protocole avant de conduire l'expérimentation

Science, 15 décembre 2015

Un article de *Science* présente une nouvelle forme de publication, les "Registered reports", qui consiste en la publication des idées et des protocoles avant que l'expérimentation scientifique ne soit conduite. Jusque-là pratiquée dans des domaines très spécifiques tels que la psychologie et les neurosciences, cette forme de publication va être étendue à toutes les disciplines dans la revue *Royal Society Open Science*.

http://rsos.royalsocietypublishing.org/content/registered-reports
http://www.sciencemag.org/careers/2015/12/register-your-study-new-publication-option

## Does it take too long to publish research?

Nature, 10 février 2016

Nature se penche sur les délais entre la première soumission d'un article à une revue et sa publication. En cause : la course au facteur d'impact entrainant des soumissions-rejets en cascade des revues "prestigieuses" vers celles dont le facteur d'impact est plus bas (phénomène de "journal shopping"), et le délai de peer-review. Outre l'augmentation du nombre d'articles soumis entrainant des difficultés à trouver des reviewers, et l'augmentation du nombre de points à contrôler sur chaque article (plagiat, conflits d'intérêts, respect des règles d'éthique...), une autre explication de l'augmentation du délai serait l'exigence croissante des reviewers qui demandent aux auteurs toujours plus de données et d'analyses. Les éditeurs réagissent à ce phénomène en supprimant le 2e round de révisions, ou en limitant le nombre de supplementary materials. D'autres revues choisissent le peer-review post-publication ou demandent aux reviewers de limiter les expériences additionnelles requises. Selon Nature, une solution, pour les auteurs, pour accélérer la publication serait comme dans les sciences physiques d'adopter de façon plus systématique la publication des pre-prints, ou encore de déposer des hypothèses, des données, ou des figures sur GitHub, Zenodo ou Thinklab. Cependant, toutes ces pratiques reposent la question de l'accès à une information fiable et valide, et du rôle des revues et des éditeurs dans la sélection et l'affichage des articles importants.

## THE WAITING GAME

Almost 10% of Nature's readers say their longest wait to get a paper published in a journal has been more than 3 years.

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

Poll question: What is the longest time that you have waited for a research paper to be published?

Kendall Powell (2016) Does it take too long to publish research? *Nature* 530, 148–151. doi:10.1038/530148a

http://www.nature.com/news/does-it-take-too-long-to-publish-research-1.19320
## The end of journals

EASE Journal Blog, 22 décembre 2015

According to the author, there are at least 9 deficiencies in the current publication model that fuel the sense that journals as we have known them are approaching their final act. Among them: the publication process is too long; the expense of publishing is growing rapidly; the configuration of articles prohibits a comprehensive and in-depth approach to a scientific question; peer review and the journal decision-making process occur without much external scrutiny and transparency; and so on.

Krumholz HM (2015). *The end of journals*. Circulation. doi:10.1161/CIRCOUTCOMES.115.002415

http://circoutcomes.ahajournals.org/content/early/2015/11/09/CIRCOUTCOMES.115.002415.full.pdf+html

## La révolution Web 2.0 de l'Édition Scientifique

Twitter @HCochard, 30 décembre 2015

Le système d'édition scientifique actuel est très largement hérité d'un modèle ancestral né avec Gutenberg. Ce modèle a joué un rôle clé dans la diffusion de la connaissance et donc sa progression. Nous faisons le constat que ce modèle arrive aujourd'hui à bout de souffle en raison de certaines dérives éditoriales récentes. Nous analysons ici ces dérives et proposons des solutions pour pérenniser une édition scientifique qui remplisse ses missions aux services de la Science. Les Institutions Scientifiques doivent jouer un rôle pro-actif dans ces (r)évolutions et contribuer au maintien d'un système éditorial efficace, exigent et pérenne.

Cochard H, Delzon S (2016). *La révolution Web 2.0 de l'Édition Scientifique*. JSPH e006

http://herve.cochard.free.fr/JSPH.htm

## Données de la recherche

### Les datas, quels changements pour la recherche et les chercheurs?

Form@doct, février 2016

En quoi le nouveau régime des données modifie-t-il les modèles scientifiques et les pratiques de

recherche des différentes disciplines ? Comment, pour un chercheur ou un doctorant, gérer et diffuser les données qu'il produit ? Quelles nouvelles compétences seront nécessaires pour les futurs chercheurs ? Ces questions étaient abordées à l'occasion de « la 6ème matinée d'étude des formations doctorales » URFIST et INSA Rennes, le 29 janvier 2016. Les supports des présentations sont disponibles :

* Données de la recherche, recherche guidée par les données ?

* Bien gérer ses données pour (peut-être) les partager.

http://guides-formadoct.ueb.eu/matinee_2016/supports

## Citer un jeu de données scientifiques

CoopIST, Cirad, 15 janvier 2016

Comme pour toute publication, la référence d'un jeu de données et sa citation dans le texte obéissent à des règles. Découvrez comment libeller la référence bibliographique d'un jeu de données et la citer dans une publication, et comment rechercher un jeu de données sur internet à partir des éléments de sa référence.

http://coop-ist.cirad.fr/actualites/citer-un-jeu-de-donnees-scientifiques

## Outils

### Ecrire vite avec Overleaf

@EricLichtfouse

On l'attendait depuis longtemps, le voici : overleaf est un outil qui simplifie la rédaction. Vous insérez du texte et des illustrations sur la page de gauche et la mise en forme finale apparaît instantanément sur la page de droite. La rédaction peut se faire à plusieurs auteurs. L'outil est gratuit jusqu'à 1 GB. Overleaf collabore avec des partenaires innovants comme Figshare, F1000Research; Mendeley, PeerJ et Rubriq. Mes remerciements à Joachim Schoepfel pour l'information.

https://www.overleaf.com
## LA solution aux rejets des articles !

The BMJ, 14 décembre 2015

Cath Chaptam et Tim Slade, chercheurs australiens au département de santé mentale du centre national de recherche sur les drogues et l'alcool, viennent de proposer une solution originale pour éviter le rejet des articles scientifiques, publiée dans le prestigieux British Medical Journal (BMJ). Il s'agit simplement d'envoyer une lettre de rejet du rejet, dont le modèle ci-dessous est utilisable par tous les chercheurs. L'article s'inscrit dans la thématique Noël 2015 : le jeu de la publication...

### Rejection of rejection letter

Dear Editor

Reference: [Insert title of your ground-breaking study here]

Thank you for your rejection of the above manuscript. Unfortunately we are not able to accept rejection at this time. As you are probably aware we receive many rejections each year and are simply not able to accept them all. In fact, with increasing pressure on citation rates and fiercely competitive funding structures we typically accept fewer than 30% of the rejections we receive. Please don't take this as a reflection of your work. The standard of some of the rejections we receive is very high. In terms of the specific factors influencing our decision the failure by Reviewer 1 to realise the brilliance of the study was certainly one of them. Simply stating "this study is neither novel nor interesting and does not extend knowledge in this area" is not reason enough. This, coupled with the use of Latin quotes by Reviewer 2, rendered an acceptance of your rejection extremely unlikely.

We do wish you and your editorial team every success with your rejections in the future and hope they find safe harbour elsewhere. To this end, may we suggest you send a rejection to [name of rival research group] for consideration. They accept rejections from some very influential journals. Please understand that our decision regarding your rejection of your rejection is final. We have uploaded the final manuscript in its original form, along with the signed copyright transfer form. We look forward to receiving the proofs and to working with you in the future.

Yours sincerely

Dr [insert your name here]

http://www.bmj.com/content/351/bmj.h6326