# De quelle épigénétique parle-t-on ?

Matthias Zytnicki

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Matthias Zytnicki. De quelle épigénétique parle-t-on?. Journées bioinformatiques de l'INRA, Mar 2016, Toulouse, France. 23 p. hal-01603922

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Submitted on 5 Jun 2020

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# De quelle épigénétique parle-t-on ?

Matthias Zytnicki
MIAT INRA

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Outline

1 Introduction

2 Petits ARN

3 Méthylation de l'ADN

4 Modification d'histones

5 Application

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# Définitions

## Épigénétique

L'étude des changements dans l'organisme induits par des modifications de l'expression des gènes sans changement génétique.

*Ou bien*

L'étude des changements héritables de la fonction génique sans modification de l'ADN.

## Épigénomique

L'étude du répertoire des modifications épigénétiques d'un matériel génétique donné.

## Un sujet à la mode

Cancer, adaptation à l'environnement, communication intercellulaire, défense aux pathogènes, empreinte parentale, etc.

## Problème

Des définitions négatives...
Outline

1 Introduction

2 Petits ARN

3 Méthylation de l'ADN

4 Modification d'histones

5 Application

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miRNA

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Sur-expression de miR164 chez *A. thaliana*

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# Objectifs

## Questions

* Cartographie des petits ARN

* Expression différentielle

* Recherche de régulateurs

## Outils

* sRNA-Seq

* RNA-Seq

* génomique classique, ontologies, réseaux de régulation

## Mais...

* Le repertoire des petits ARN est en constante augmentation.

* Il n'existe pas de "gènes" de siARN.
RNAi

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Nature Reviews: Molecular Cell Biology
Outline

1 Introduction

2 Petits ARN

3 Méthylation de l'ADN

4 Modification d'histones

5 Application

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Effet

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Exemple

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Dolinoy *et al.*, Environ. Health Perspect., 2006
# Objectifs

## Questions

* Cartographie de la méthylation

* Méthylation différentielle

## Outils

* BS-Seq

* MeDIP-Seq

## Mais...

* Méthodes propres au BS-Seq.

* Les techniques sont différentes.
Pathway

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Outline

1 Introduction

2 Petits ARN

3 Méthylation de l'ADN

4 Modification d'histones

5 Application

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Liste

H2A

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...AVLLPKKTESHHKAKGK-C terminal

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...TKAARKSAP...K...Y...K...K...

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H3

H2B

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...GTKAVTKYTSSK-C terminal

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N terminal -S-GRGKGGKGLGKGGAKRHRKVLRD...K...

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H4
Modifications le long des gènes

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Segmentation

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The ENCODE Project Consortium, Nature, 2012
# Objectifs

## Questions

* Cartographie

* Marques différentielles

* Segmentation du génome

## Outils

* ChIP-Seq

## Mais...

* Méthodes propres au marques larges.
Outline

1 Introduction

2 Petits ARN

3 Méthylation de l'ADN

4 Modification d'histones

5 Application

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ENCODE

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Relations avec le GWAS

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Questions

* Comment acquérir et cultiver les compétences sur toute la bio-informatique de l'épigénétique ?

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