# Plan de Gestion des Données Structure de l'UMR 1114 EMMAH (INRAE - Avignon Université)

Guillaume Pouget, André Chanzy, Franck Tison, Raul Lopez Lozano, Simon

Marcellin, Juliette Goussopoulos

► To cite this version:

Guillaume Pouget, André Chanzy, Franck Tison, Raul Lopez Lozano, Simon Marcellin, et al. Plan de Gestion des Données Structure de l'UMR 1114 EMMAH (INRAE - Avignon Université). INRAE; EMMAH. 2025. hal-05261607

HAL Id: hal-05261607

https://hal.inrae.fr/hal-05261607v1

Submitted on 15 Sep 2025

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Open licence - etalab
# PGD du projet "PGD Structure EMMAH"

Plan de gestion de données créé à l'aide de DMP OPIDOR, basé sur le modèle "INRAE - Modèle Structure" fourni par INRAE - Institut national de recherche pour l'agriculture l'alimentation et l'environnement.

## Renseignements sur le plan

**Titre du plan** PGD du projet "PGD Structure EMMAH"

**Domaines de recherche (selon classification de l'OCDE)**

**Langue** fra

**Date de création** 2024-01-23

**Date de dernière modification** 2025-09-15

## Renseignements sur le projet

**Titre du projet** PGD Structure EMMAH

**Acronyme** UMR EMMAH

**Résumé**

Les recherches menées par l'UMR EMMAH portent sur la compréhension et la modélisation du fonctionnement des agrosystèmes en interaction avec les hydrosystèmes souterrains. Ceci amène l'UMR à considérer le système aquifère-sol-plante-atmosphère à différentes échelles de temps et d'espace. Le fonctionnement de ce système nécessite, pour le comprendre et le modéliser, de prendre en compte de nombreuses interactions entre la dynamique du couvert végétal, les processus physiques, chimiques, biologiques dans les sols, les interactions avec l'atmosphère et les hydrosystèmes ainsi que les modalités de gestion des agrosystèmes. Les travaux menés visent, notamment, à caractériser à différentes échelles spatiales (du millimètre au kilomètre) et temporelles (de la seconde à quelques décennies), les flux de masse entre l'atmosphère, le couvert végétal, le sol et l'aquifère souterrain et les processus intervenant dans la production végétale en relation avec les facteurs du milieu. Ainsi, l'UMR EMMAH contribue à l'évaluation de la durabilité des ressources hydriques souterraines et des systèmes de culture dans un double contexte de changements globaux et de transition agroécologique. Le pourtour méditerranéen reste un terrain d'étude privilégié, région marquée par une évolution rapide du climat et des tensions fortes sur l'eau liées à l'adaptation des systèmes de cultures et une forte pression démographique.

**Date de début** 2024-03-28

**Date de fin** 2099-12-31

## Produits de recherche :

1. Données d'observation et d'expérimentation (Jeu de données)

2. Données de simulation (Modèle)
3. Echantillons (Jeu de données)

4. Codes informatiques (Logiciel)

## Contributeurs

<table><thead><tr><td>Nom</td><td>Affiliation</td><td>Rôles</td></tr></thead><tbody><tr><td>Pouget<br/>Guillaume</td><td></td><td><ul><li>Coordinateur du projet</li><li>Personne contact pour les données (Observation / expé, Simulation, Echantillons, Codes informatiques)</li><li>Responsable du plan</li></ul></td></tr></tbody></table>
# PGD du projet "PGD Structure EMMAH"

## Données d'observation et d'expérimentation

### Informations sur la structure

#### Nom de la structure

Environnement Méditerranéen et Modélisation des Agro-Hydrosystèmes (EMMAH)

#### Type de structure

* Unité de recherche, Unité ou Installation Expérimentale

* Unité de recherche, Unité ou Installation Expérimentale

Les recherches menées par l'UMR EMMAH portent sur la compréhension et la modélisation du fonctionnement des agrosystèmes en interaction avec les hydrosystèmes souterrains. Ceci amène l'UMR à considérer le système aquifère-sol-plante-atmosphère à différentes échelles de temps et d'espace. Le fonctionnement de ce système nécessite, pour le comprendre et le modéliser, de prendre en compte de nombreuses interactions entre la dynamique du couvert végétal, les processus physiques, chimiques, biologiques dans les sols, les interactions avec l'atmosphère et les hydrosystèmes ainsi que les modalités de gestion des agrosystèmes. Les travaux menés visent, notamment, à caractériser à différentes échelles spatiales (du millimètre au kilomètre) et temporelles (de la seconde à quelques décennies), les flux de masse entre l'atmosphère, le couvert végétal, le sol et l'aquifère souterrain et les processus intervenant dans la production végétale en relation avec les facteurs du milieu. Ainsi, l'UMR EMMAH contribue à l'évaluation de la durabilité des ressources hydriques souterraines et des systèmes de culture dans un double contexte de changements globaux et de transition agroécologique. Le pourtour méditerranéen reste un terrain d'étude privilégié, région marquée par une évolution rapide du climat et des tensions fortes sur l'eau liées à l'adaptation des systèmes de cultures et une forte pression démographique.

#### Identifiant de la structure

Préciser le fournisseur de l'identifiant (ISNI, VIAF, FundRef, DataCite...).

Question sans réponse.

#### Responsabilités dans la structure

<table><thead><tr><td>Nom, Prénom</td><td>Courriel</td><td>Rôle</td></tr></thead><tbody><tr><td rowspan="3">CHANZY, André</td><td></td><td>Responsable scientifique</td></tr><tr><td></td><td>Responsable technique</td></tr><tr><td></td><td>Responsable de la conservation à long terme</td></tr></tbody></table>
## Etablissement(s) tutelle(s)

INRAE, Avignon Université

## Département de rattachement INRAE (ou anciens départements Inra)

* AGROECOSYSTEM : Agroécosystèmes

* AQUA : Ecosystèmes aquatiques, ressources en eau et risques

* AGROECOSYSTEM : Agroécosystèmes

* AQUA : Ecosystèmes aquatiques, ressources en eau et risques

## Financeur(s) (permettant l'acquisition des jeux de données - hors projet)

INRAE, Avignon Université

## Informations sur le plan de gestion

### DOI (version publiée du plan de gestion)

Question sans réponse.

### Historique des versions

Question sans réponse.

## Présentation générale des données

### Mode d'obtention des données
* Données générées par la structure

* Données produites par un tiers

- Les données d'expérimentation et d'observation générées par la structure, qui sont issues de terrains expérimentaux ou obtenues en laboratoire sur des échantillons. Elles peuvent être rassemblées en deux groupes:

* les données dont l'acquisition est limitée dans le temps et reliée à un projet de recherche

* les données d'observatoires

- Les données qu'on récupère sur des centres de données (centre de météo, centre de données pédologiques -sol-, infrastructure Data Terra...)

- Toutes ces données peuvent être curées et traitées pour produire des données dérivées

Les données, indépendamment de leur mode d'obtention, se classent selon 5 niveaux de traitement. Les fichiers de données dans leur nomenclature doivent faire apparaître ces niveaux de traitement:

* L0 : signal brut délivré par un capteur (exemple mV), ou signal brut délivré par un appareil de mesure (spectre délivré par un spectromètre), observation brute sur un échantillon (comptage d'individus)

* L1 : le signal brut est transformé dans la grandeur recherchée en utilisant l'étalonnage constructeur donné pour l'appareil de mesure (exemple un capteur de rayonnement qui délivre des mV est converti en W/m² avec l'étalonnage constructeur, ou identification d'une molécule dans un spectre)

* L2 : le signal est filtré et fait l'objet d'une calibration externe adaptée à l'installation du capteur (ex une sonde capacitive qui a fait l'objet d'un étalonnage terrain pour prendre en compte les spécificités environnementales et les conditions d'implantation)

* L3 : les mesures sont gapfillées et agrégées (par exemple moyenne de plusieurs capteurs)

* L4 : synthèse des données avec agrégation spatiale et ou temporelles (par exemple une météo horaire restituée sous forme mensuelle)

## Origine

* Analyse

* Enquête

* Expérimentation

* Observation

* Simulation, modélisation

Les données générées par la structure à partir d'observations (L0-L2) se regroupent principalement en 7 groupes:

* Données optiques (images, nuages de points) produites à partir des capteurs de la proxidétection et du phénotypage de la végétation

* Observations de variables environnementales produites à partir des différents dispositifs de mesure : stations météorologiques, dispositifs de géophysique (méthodes acoustiques, sismiques, électromagnétiques, électriques)

* Observations de l'état du sol à partir des capteurs à proximité ou en contact, ou réalisées en laboratoire sur des échantillons

* Observations de l'état de la ressource en eau (qualité, etc.) à partir des capteurs installées dans les cours d'eau

* L'annotation manuelle in situ par un opérateur (par exemple, données phénologiques de la végétation, état de la faune du sol)

* Analyse physique, chimique, biochimique réalisée par des appareils d'analyse en laboratoire

* La structure produit aussi des données acquises à partir d'enquêtes sur le terrain auprès des agriculteurs.

Les données générées à partir d'expérimentations comprennent des données de différents niveaux (L0-L4).

## Type de données

* Dataset

* Image

* Text

* Dataset

* Image

* Text
## Nature des données

1) caractérisation du climat :

* données environnementales issues de capteurs de terrain (en général des tables temporelles),

* données météorologiques issues des organismes météorologiques (réanalyses, prévisions, scénarios climatiques)

2) sol (physique, chimie, biologie) :

* humidité, température, texture, porosité, résistivité, conductivité et impédance du sol, piézométrie, respirométrie, mesures isotopiques

* abondance, biomasse et mesures d'activité de la macro/mesofaune du sol, activités enzymatiques

* mesures électromagnétiques (données de capteurs, images radar, spectres), mesures mécaniques (acoustique, sismique: enregistrements audio, géophones, données de traitement du signal)

3) couverts végétaux :

* biomasse, conductance stomatique

* données environnementales issues de capteurs de télédétection (bandes spectrales, variables bio géophysiques, indices spectraux), en général des images raster géoréférencées

* annotations des stades phénologiques

* photos des écosystèmes étudiés

4) systèmes de cultures :

* enquêtes terrain sur les pratiques (en général des tables temporelles)

* cartes descriptives des caractéristiques du territoire (sol, parcellaire, occupation de la surfaces, données administratives, ...)

5) eaux :

* mesures isotopiques

6) méthodes :

* méthodes: géophysique, télédétection/proxidétection, enquêtes terrain, destructives

## Format des données

* .txt, .csv, .mat, .py, .m, excel, fichier R

* images raster tiff, jpg, png

* shapefiles (polygones) .shp

* audio : .wav, .mp3

* vectoriel : .svg

* sismique : .seg

* COMSOL : .mph

## Périmètre thématique des données

* Biodiversity and Ecology

* Climate

* Farming Systems and Practices
* Material Science and Engineering

* Soils and soil sciences

* Water resources

* Plant Breeding and Plant Products

* Plant Health and Pathology

* Biodiversity and Ecology

* Climate

* Farming Systems and Practices

* Material Science and Engineering

* Soils and soil sciences

* Water resources

* Plant Breeding and Plant Products

* Plant Health and Pathology

## Droits de propriété intellectuelle

Les données produites dans les organismes de recherche publics doivent être communicables à toute personne qui en fait la demande si elles n'entrent pas dans le cadre des exceptions légales (sécurité défense, sécurité des populations, patrimoine scientifique et technique, données personnelles, données liées au secret, statistique, etc.), et si elles constituent des documents dits achevés. Selon la nature des données, leur communication peut être obligatoire, interdite, ou soumise à conditions. Pour plus d'information, consulter le guide "Ouverture des données de recherche. Guide d'analyse du cadre juridique en France" publié par un collectif de juristes issus de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche.

### Qui détiendra les droits sur les données et les autres informations créées ?

Conformément à la législation nationale (loi Lemaire ... )

Propriété INRAE ou Avignon Université

Sauf cas particulier dans le cas de données issues d'un financement majoritairement privé.

## Sensibilité des données

### Identification du niveau de sensibilité des jeux de données

* Public

* Diffusion limitée

* Confidentiel

* Diffusion restreinte

* Public

* Diffusion limitée

* Confidentiel

* Diffusion restreinte

La norme est d'avoir des données publiques et ouvertes, tout en respectant les principes de la RGPD. (Une attention particulière est portée sur les positions géographiques des observation qui, par croisement avec d'autres informations, pourraient permettre l'identification de personnes physiques, dans le cadre du RGPD.)

Toutefois, dans certains cas particuliers (partenariats avec acteurs privés), une diffusion restreinte ou confidentielle peut s'appliquer.

### Quelles sont les mesures prises et les normes auxquelles il est nécessaire de se conformer pour garantir la sécurité des données sensibles ?
Des droits d'accès sur les systèmes de fichiers utilisés (poste de travail, stockage centralisé de type NAS).
Authentification nécessaire pour accéder aux Systèmes d'Information internes.

S'il y a des données à caractère personnel, quelles sont les mesures envisagées pour les protéger au cours du projet ou
dans le cadre d'une réutilisation ?

Anonymisation de toutes les données diffusées de manière ouverte.
L'accès aux données est soumis à authentification.
Signature d'une charte engageant l'utilisateur.

## Partage des données

Y a t'il une obligation de partage (ou à l'inverse une interdiction ou une restriction) ?

Il n'y a pas de politique spécifique à la structure concernant l'obligation de partage. Nous sommes soumis à la législation française et à la politique institutionnelle et cela invite l'UMR à partager les données au sein de l'UMR en les positionnant sur des espaces de stockage partagés et à ouvrir les données autant que possible vers l'extérieur en publiant les données sur les entrepôts institutionnels.

Quelles sont les réutilisations potentielles de ces données ?

Nouvelles analyses.
Mobilisation dans des modèles de simulations.
Comparaison/Confrontation avec d'autres données du même type pour méta-analyse.

La lecture des données nécessite-t-elle le recours à un logiciel ou un outil spécifique ? Si oui, lequel ?

Les formats sont pris en charge par des logiciels libres ou faisant partie des outils propriétaires adopté par le laboratoire (Matlab, Excel)

* données excel ou csv: excel ou langages de programmation (R, Python ... )

* images raster tiff, png, jpg: visionneuse raster ou langages de programmation (R, Python ... )

Comment les données seront-elles partagées ?

La voie privilégiée pour partager les données est leur publication externe à façon sur la collection EMMAH du portail Data INRAE.

La publication des jeux de données peut porter sur un périmètre restreint. Il est encouragé de rassembler un corpus de données minimal qui ait un intérêt scientifique.

Partage interne aux acteurs de l'unité (répertoirs partagés sur NAS d'unité, Système d'Information).

Avec qui ?
* Tous (open acces)

* Tous (open acces)

La publication des données pour une diffusion pour tous est le stade ultime de la production des données. Néanmoins, pour les phases d'acquisition et de curation il est encouragé de mettre ses données sur le NAS de l'UMR pour en partager l'usage avec les collègue de l'UMR ou les partenaires de projets. Un tel dépôt intermédiaire permet également de bénéficier des services stratégiques telle que la sauvegarde.

## Sous quelle licence ?

* Licence ouverte https://www.etalab.gouv.fr/licence-ouverte-open-licence (compatible CC-BY)

* Licence ouverte https://www.etalab.gouv.fr/licence-ouverte-open-licence (compatible CC-BY)

## Organisation et documentation des données

Quels méthodes et outils sont utilisés pour acquérir et traiter les données, depuis leur acquisition jusqu'à leur mise à disposition, leur archivage ou leur destruction ?

Utiliser éventuellement un lien vers un schéma illustrant les processus

* Acquisition ou téléchargement des données brutes sur les bases de données existantes

* Traitement des données

* Description

* Stockage sur NAS (partage)
<table><thead><tr><th>Etape</th><th>Méthode</th><th>Outil</th></tr></thead><tbody><tr><td>Préparation</td><td>- Rédaction de modes opératoires et protocoles<br>- Mise à disposition à tous les expérimentateurs terrains</td><td>- Traitement de texte pour la rédaction.<br>- Sharepoint unité et répertoires partagés pour mise à disposition ou échange mail.<br>Papier ou carnet de terrain électronique ou centrale d'acquisition ou API</td></tr><tr><td>Acquisition</td><td>Collecte au terrain ou en laboratoire ou téléchargement des données brutes sur les bases de données existantes</td><td>Stockage:<br>- ordinateur individuel (avec processus de sauvegarde automatique) ou<br>- NAS d'unité</td></tr><tr><td>Traitement et curation</td><td>- Stockage des données brutes sous forme de fichiers plats sur support fiable, puis exploration.<br>- Mise au format et insertion de métadonnées associées aux variables (unité, catégorie, définition). Ces informations, lorsqu'elles existent sont intégrées dans l'entête du fichier ou dans un onglet dédié. (Pas systématique)<br>- Traçabilité des actions effectuées sur les données qui peuvent être archivées sur plusieurs supports:<br>  * cahier de traçabilité (papier ou tableur excel)<br>  * script de traitement (R, ...) plus fichiers de paramétrisation des scripts</td><td>Logiciel de traitement: Excel, libre office, R, matlab, python ...</td></tr><tr><td>Description</td><td>- Certains dispositifs ou projets font l'objet de rédaction de fiches descriptives.<br>- Certains dispositifs ou projets font l'objet de rédaction de fiches de métadonnées standardisées (ISO 19115), pointant vers certaines fiches descriptives.</td><td>Traitement de texte et stockage dans répertoire partagé sur le NAS de l'unité ou sur le poste de travail.</td></tr><tr><td>Mise à disposition</td><td>- Mise à disposition restreinte entre partenaires des projets : NAS d'unité, cloud institutionnel (nextcloud), cloud AU, ...<br>- Publication sur le dataverse institutionnel (unité, institut, Data Gouv) pour les jeux de données consolidés et d'intérêt général</td><td>Entrepôt institutionnel Recherche Data Gouv</td></tr><tr><td>Archivage</td><td>- Les données chaudes ont vocation à rester sur le NAS.<br>- Les données froides sont stockées sur des supports capacitifs moins couteux et moins accessibles</td><td></td></tr><tr><td>Destruction</td><td>Les données de base qui pourraient être éventuellement reconstituées sont détruites.</td><td></td></tr></tbody></table>

Quelles métadonnées seront utilisées pour accompagner le jeu de données ? Quels seront les standards, vocabulaires, taxonomies... utilisés pour décrire et représenter les données et éléments de métadonnées ? Comment les métadonnées seront-elles produites et mises à jour ?
<table><thead><tr><th>Métadonnées</th><th>Origine, mode de production des métadonnées (ex : saisie manuelle, annotation automatique...)</th><th>Standard, Vocabulaires associés</th><th>Conditions ou fréquence de la mise à jour (si applicable) (ex : changement de l'accessibilité)</th></tr></thead><tbody><tr><td>A minima: Description de la variable, l'unité, l'opérateur (acquisition, curation, mise en base), le traitement réalisé, l'identification du site, la date d'acquisition, ...</td><td>Saisie manuelle dans l'entête du fichier de données; fichier de métadonnées</td><td>Vocabulaire interne; référentiel sémantiques (Anaee Thes, Agrovoc, Gmet, Envithes, ...)<br>Les URI des termes sont précisées</td><td>en fonction des besoins</td></tr><tr><td>Description projet/dispositif</td><td>Saisie manuelle dans des fiches synthétiques et/ou fichier de métadonnées</td><td>Vocabulaire interne, thesaurus Anaee Thes -<br>liens sur les sites descriptifs des projets/observatoires lorsque cela est pertinent</td><td>en fonction des besoins</td></tr><tr><td>Référence aux protocoles</td><td>Liens sur les documents descriptifs des protocoles (Protocole expérimental, Mode opératoire, Instructions)</td><td>La documentation est rassemblée et structurée sur un espace partagé (XXXX) et accessible depuis l'extérieur. Les documents à caractère générique ont vocation à être publiées avec PID.</td><td>en fonction des besoins</td></tr></tbody></table>

Une documentation complémentaire aux métadonnées est-elle nécessaire pour décrire les données et assurer leur réutilisabilité sur le long terme ?

Le cas échéant des fichiers de documentations peuvent être produits au delà des documents déjà mentionnés ci-dessus. Ils sont déposés dans les dossiers partagés de l'unité ou sur le poste de travail de la personne ayant mené les observations.

Comment les fichiers de données sont-ils gérés et organisés : contrôle des versions, conventions de nommage des fichiers, organisation des fichiers

A minima les fichiers sont stockés dans une banque de données hiérarchisée avec des répertoirs thématiques. Dans certains cas les données pourraient être mises dans des bases de données relationnelles. Un exemple typique d'organisation de ces répertoirs est à chercher sur les sites ateliers. Par exemple pour SFT on retrouve les répertoirs de premier niveau suivants:

Climate

Sol

végétation

télédétection

itinéraires techniques

Modèles

Documentation

Il n'y a pas d'exigence en matière de nommage des fichiers. Toutefois, il est important de faire apparaître dans le nom la nature des variables rassemblées (ex météo), les indications sur l'origine des données et le moment d'acquisition, au minimum l'année. (exemple : SFT_météo_2024.csv)

Pour le versionnage, il est souhaitable de sauvegarder régulièrement les versions des fichiers faisant l'objet d'évolutions fréquentes avec un nommage adapté.

Quel est le processus de contrôle qualité des données ?

* suivi des instruments

* élaboration de modes opératoires et de protocoles pour mise à disposition aux expérimentateurs terrain sur répertoire partagé.
* Identification des experts par mode opératoire ou protocole et encadrement/formation par les personnes compétentes

* analyse des données (gamme de mesures, croisement entre données, confrontation avec des modèles)

Stockage et sécurité des données

Les systèmes d'information de la structure ont-ils fait l'objet d'une analyse de risques ou d'une homologation ?

* Non

* Non

Quels types de supports physiques sont utilisés pour stocker les données ?

* NAS d'unité (données chaudes et partagées au sein de l'UMR (données des sites pilote))

* poste de travail individuel

* cloud :
  - stockage capacitif pour les données froides
  - stockage cloud institutionnel pour les données chaudes

Quelles sont les mesures de sécurité mises en place lors des étapes de transfert des données ?

Pas de mesures actuellement.

Quelle est la volumétrie actuelle et prévisionnelle ?

NAS d'unité: 120 To

L'entité hébergeant physiquement les données a-t-elle une politique de sécurité de l'information et a-t-elle un plan d'assurance sécurité ?

La politique de sécurité est celle en vigueur dans la salle informatique de centre (onduleur, climatisation, surveillance de température -sirius- ... )

* Poste de travail des utilisateurs, avec système de sauvegarde journalière du poste (backuppc)

* NAS d'unité: système RAID (redondances de disques)

Sécurité - Confidentialité : les données font-elles l'objet d'échange ou de partage avec de tiers acteurs et selon quelles modalités ? comment sont déterminés les droits d'accès aux données avant leur publication ?
En fonction des données, des groupes utilisateurs sont définis pour l'accès en lecture/écriture sur les espaces disques du NAS et les clouds institutionnels. Pour AgroDataRing, seul le PRI a le droit d'accès.

## Sécurité - Intégrité - Tracabilité : Quelles sont les mesures de protection mises en œuvre pour suivre la production et l'analyse des données ?

Archivage des scripts de traitement de données et description de ceux-ci.

## Les agents de la structure ont-ils bénéficié d'une sensibilisation aux bonnes pratiques d'hygiène numérique ?

* Oui

* Oui

# Archivage et conservation des données

## Quelles sont les données à conserver sur le moyen ou le long terme et quelles sont les données à détruire ?

Toutes les données issues de processus d'acquisition sont conservées à long terme.

Compte tenu des thématiques de recherche et du besoin de disposer de suivi sur de grandes périodes de temps, il n'y a pas de règle concernant la destruction de données dans l'unité.

## Sur quelle plateforme d'archivage pérenne seront archivées les données à conserver sur le long terme ? Sinon, quelles procédures seront mises en place pour la conservation à long terme ?

Les données qui doivent être archivées sont copiées dans l'espace AgroDataRing. Leur disponibilité à long terme est garantie.

La publication de données finalisées dans les entrepôts institutionnels a vocation à être pérenne.

## Quelle est la durée de conservation des données ?

Non définie

## Quelles garanties de financements couvriront les coûts associés à la conservation à long terme ?

Stockage dans le NAS local financé par l'unité.

Le choix des technologies est assorti des contrats de maintenance les plus longs possibles.
# Données de simulation

## Informations sur la structure

### Nom de la structure

Environnement Méditerranéen et Modélisation des Agro-Hydrosystèmes (EMMAH)

### Type de structure

* Unité de recherche, Unité ou Installation Expérimentale

* Unité de recherche, Unité ou Installation Expérimentale

Les recherches menées par l'UMR EMMAH portent sur la compréhension et la modélisation du fonctionnement des agrosystèmes en interaction avec les hydrosystèmes souterrains. Ceci amène l'UMR à considérer le système aquifère-sol-plante-atmosphère à différentes échelles de temps et d'espace. Le fonctionnement de ce système nécessite, pour le comprendre et le modéliser, de prendre en compte de nombreuses interactions entre la dynamique du couvert végétal, les processus physiques, chimiques, biologiques dans les sols, les interactions avec l'atmosphère et les hydrosystèmes ainsi que les modalités de gestion des agrosystèmes. Les travaux menés visent, notamment, à caractériser à différentes échelles spatiales (du millimètre au kilomètre) et temporelles (de la seconde à quelques décennies), les flux de masse entre l'atmosphère, le couvert végétal, le sol et l'aquifère souterrain et les processus intervenant dans la production végétale en relation avec les facteurs du milieu. Ainsi, l'UMR EMMAH contribue à l'évaluation de la durabilité des ressources hydriques souterraines et des systèmes de culture dans un double contexte de changements globaux et de transition agroécologique. Le pourtour méditerranéen reste un terrain d'étude privilégié, région marquée par une évolution rapide du climat et des tensions fortes sur l'eau liées à l'adaptation des systèmes de cultures et une forte pression démographique.

### Identifiant de la structure

Préciser le fournisseur de l'identifiant (ISNI, VIAF, FundRef, DataCite...).

Question sans réponse.

### Responsabilités dans la structure

<table><thead><tr><td>Nom, Prénom</td><td>Courriel</td><td>Rôle</td></tr></thead><tbody><tr><td rowspan="3">CHANZY, André</td><td></td><td>Responsable scientifique</td></tr><tr><td></td><td>Responsable technique</td></tr><tr><td></td><td>Responsable de la conservation à long terme</td></tr></tbody></table>
## Etablissement(s) tutelle(s)

INRAE, Avignon Université

## Département de rattachement INRAE (ou anciens départements Inra)

* AGROECOSYSTEM : Agroécosystèmes

* AQUA : Ecosystèmes aquatiques, ressources en eau et risques

* AGROECOSYSTEM : Agroécosystèmes

* AQUA : Ecosystèmes aquatiques, ressources en eau et risques

## Financeur(s) (permettant l'acquisition des jeux de données - hors projet)

INRAE, Avignon Université

## Informations sur le plan de gestion

### DOI (version publiée du plan de gestion)

Question sans réponse.

### Historique des versions

Question sans réponse.

## Présentation générale des données

### Mode d'obtention des données

Il s'agit de données issues de simulations effectuées par des modèles.
## Origine

* Simulation, modélisation

## Type de données

* Dataset

* Image

## Nature des données

Le jeu de données doit contenir:

* l'ensemble des données d'entrée nécessaires à la simulation (paramètres, variables de forçage, conditions aux limites, options de simulation...)

* le nom du modèle, sa version, et si possible un lien vers le code utilisé

* les données simulées

* les données post-traitées et la méthode utilisée pour ce post-traitement

## Format des données

* .txt, .csv, .mat, .py, .m, excel, fichier R

* images raster tiff, jpg, png

* shapefiles (polygones) .shp

* audio : .wav, .mp3

* vectoriel : .svg

* sismique : .seg

* COMSOL : .mph

* fichiers de modèles 3D .obj

* ...

## Périmètre thématique des données

* Climate

* Computer science

* Soils and soil sciences

* Water resources

* Biodiversity and Ecology

* Chemistry and chemical engineering

* Farming Systems and Practices

* Information management

* Microorganisms
* Omics

* Plant Breeding and Plant Products

## Droits de propriété intellectuelle

Les données produites dans les organismes de recherche publics doivent être communicables à toute personne qui en fait la demande si elles n'entrent pas dans le cadre des exceptions légales (sécurité défense, sécurité des populations, patrimoine scientifique et technique, données personnelles, données liées au secret, statistique, etc.), et si elles constituent des documents dits achevés. Selon la nature des données, leur communication peut être obligatoire, interdite, ou soumise à conditions. Pour plus d'information, consulter le guide "Ouverture des données de recherche. Guide d'analyse du cadre juridique en France" publié par un collectif de juristes issus de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche.

### Qui détiendra les droits sur les données et les autres informations créées ?

Conformément à la législation nationale (loi Lemaire ... )

Propriété INRAE ou Avignon Université

Sauf cas particulier dans le cas de données issues d'un financement majoritairement privé.

## Sensibilité des données

### Identification du niveau de sensibilité des jeux de données

* Public

* Diffusion limitée

* Confidentiel

* Diffusion restreinte

La norme est d'avoir des données publiques et ouvertes, tout en respectant les principes de la RGPD. (Une attention particulière est portée sur les positions géographiques des observation qui, par croisement avec d'autres informations, pourraient permettre l'identification de personnes physiques, dans le cadre du RGPD.)

Toutefois, dans certains cas particuliers (partenariats avec acteurs privés), une diffusion restreinte ou confidentielle peut s'appliquer.

### Quelles sont les mesures prises et les normes auxquelles il est nécessaire de se conformer pour garantir la sécurité des données sensibles ?

Des droits d'accès sur les systèmes de fichiers utilisés (poste de travail, stockage centralisé de type NAS).

Authentification nécessaire pour accéder aux Systèmes d'Information internes.

### S'il y a des données à caractère personnel, quelles sont les mesures envisagées pour les protéger au cours du projet ou dans le cadre d'une réutilisation ?

Anonymisation de toutes les données d'entrée nécessaires aux modèles dont les résultats seront diffusés de manière ouverte.

L'accès aux données est soumis à authentification.

Signature d'une charte engageant l'utilisateur.
# Partage des données

## Y a t'il une obligation de partage (ou à l'inverse une interdiction ou une restriction) ?

Il n'y a pas de politique spécifique à la structure concernant l'obligation de partage. Nous sommes soumis à la législation française et à la politique institutionnelle et cela invite l'UMR à partager les données au sein de l'UMR en les positionnant sur des espaces de stockage partagés et à ouvrir les données autant que possible vers l'extérieur en publiant les données sur les entrepôts institutionnels.

## Quelles sont les réutilisations potentielles de ces données ?

- Nouvelles analyses.

- Validation in silico d'algorithmes.

- Mobilisation dans des modèles de simulations.

- Comparaison/Confrontation avec d'autres données du même type pour méta-analyse.

## La lecture des données nécessite-t-elle le recours à un logiciel ou un outil spécifique ? Si oui, lequel ?

Les formats sont pris en charge par des logiciels libres ou faisant partie des outils propriétaires adopté par le laboratoire (Matlab, Excel)

- données excel ou csv: excel ou langages de programmation (R, Python ... )

- images raster tiff, png, jpg: visionneuse raster ou langages de programmation (R, Python ... )

## Comment les données seront-elles partagées ?

La voie privilégiée pour partager les données est leur publication externe à façon sur la collection EMMAH du portail Data INRAE.

Dans le cadre de projets, des espaces partagés pourraient être utilisés pour partager les données.

Partage interne aux acteurs de l'unité (répertoirs partagés sur NAS d'unité, Système d'Information).

## Avec qui ?

- Tous (open acces)

La publication des données pour une diffusion pour tous est le stade ultime de la production des données. Néanmoins, pour les phases d'acquisition et de curation il est encouragé de mettre ses données sur le NAS de l'UMR pour en partager l'usage avec les collègue de l'UMR ou les partenaires de projets. Un tel dépôt intermédiaire permet également de bénéficier des services stratégiques telle que la sauvegarde.

## Sous quelle licence ?
* Licence ouverte https://www.etalab.gouv.fr/licence-ouverte-open-licence (compatible CC-BY)

Il est encouragé de publier ses données sous licence ouverte. Toutefois, dans certains cas, des restrictions peuvent s'imposer.

## Organisation et documentation des données

**Quels méthodes et outils sont utilisés pour acquérir et traiter les données, depuis leur acquisition jusqu'à leur mise à disposition, leur archivage ou leur destruction ?**

*Utiliser éventuellement un lien vers un schéma illustrant les processus*

Les données sont générées par l'exécution d'un modèle. Elles sont ensuite organisées et stockées sur le NAS de l'unité. Pour celles qui sont publiées, elles sont déposées dans un entrepôt (généralement Data Inrae)

**Quelles métadonnées seront utilisées pour accompagner le jeu de données ? Quels seront les standards, vocabulaires, taxonomies... utilisés pour décrire et représenter les données et éléments de métadonnées ? Comment les métadonnées seront-elles produites et mises à jour ?**

<table><thead><tr><th>Métadonnées</th><th>Origine, mode de production des métadonnées (ex : saisie manuelle, annotation automatique...)</th><th>Standard, Vocabulaires associés</th><th>Conditions ou fréquence de la mise à jour (si applicable) (ex : changement de l'accessibilité)</th></tr></thead><tbody><tr><td>A minima: Description de la variable, l'unité, l'opérateur, le traitement réalisé, la date de simulation, ...</td><td>Saisie manuelle dans l'entête du fichier de données; fichier de métadonnées</td><td>Vocabulaire interne; référentiel sémantiques (Anaee Thes, Agrovoc, Gmet, Envithes, ...)</td><td>en fonction des besoins</td></tr><tr><td>Description des simulations (objectifs, hypothèses...)</td><td>Saisie manuelle dans des fiches synthétiques et/ou fichier de métadonnées</td><td>template interne</td><td>en fonction des besoins</td></tr><tr><td>Référence au modèle</td><td>Identification du modèle et de la version utilisée, et lien vers les codes</td><td></td><td>en fonction des besoins</td></tr><tr><td>Procédures de post-traitement</td><td>description et lien vers les outils utilisés</td><td></td><td>en fonction des besoins</td></tr><tr><td>Structure des jeux de donnée</td><td>information sur l'organisation du jeu de données et la nomenclature utilisée</td><td></td><td>en fonction des besoins</td></tr></tbody></table>

**Une documentation complémentaire aux métadonnées est-elle nécessaire pour décrire les données et assurer leur réutilisabilité sur le long terme ?**
Le cas échéant des fichiers de documentations peuvent être produits au delà des documents déjà mentionnés ci-dessus. Ils sont déposés dans les dossiers partagés de l'unité ou sur le poste de travail de la personne ayant mené les simulations.

## Comment les fichiers de données sont-ils gérés et organisés : contrôle des versions, conventions de nommage des fichiers, organisation des fichiers

Bien identifier les données d'entrée, les données simulées et les données post-traitées. Dans le cas où plusieurs sorties sont rassemblées dans un même répertoire, il est nécessaire de pouvoir identifier les données d'entrée associées à chaque jeu de données simulé.

## Quel est le processus de contrôle qualité des données ?

Les données produites par les modèles et destinées à constituer un jeu de données de référence sont évaluées par le scientifique à l'origine du modèle qui a permis de les générer. Il s'assure de la conformité des résultats en accompagnant le jeu d'une analyse des données afin de présenter les hypothèses sur lesquelles est fondé le contrôle de qualité.

## Stockage et sécurité des données

Les systèmes d'information de la structure ont-ils fait l'objet d'une analyse de risques ou d'une homologation ?

* Non

Quels types de supports physiques sont utilisés pour stocker les données ?

* NAS d'unité (données chaudes et partagées au sein de l'UMR)

* poste de travail individuel

* cloud :
  - stockage capacitif pour les données froides
  - stockage cloud institutionnel pour les données chaudes

Quelles sont les mesures de sécurité mises en place lors des étapes de transfert des données ?

Pas de mesures actuellement.

Quelle est la volumétrie actuelle et prévisionnelle ?
NAS d'unité: 120 To

L'entité hébergeant physiquement les données a-t-elle une politique de sécurité de l'information et a-t-elle un plan d'assurance sécurité ?

La politique de sécurité est celle en vigueur dans la salle informatique de centre (onduleur, climatisation, surveillance de température -sirius- ...)

* Poste de travail des utilisateurs, avec système de sauvegarde journalière du poste (backuppc)

* NAS d'unité: système RAID (redondances de disques)

Sécurité - Confidentialité : les données font-elles l'objet d'échange ou de partage avec de tiers acteurs et selon quelles modalités ? comment sont déterminés les droits d'accès aux données avant leur publication ?

En fonction des données, des groupes utilisateurs sont définis pour l'accès en lecture/écriture sur les espaces disques du NAS et les clouds institutionnels.

Sécurité - Intégrité - Tracabilité : Quelles sont les mesures de protection mises en œuvre pour suivre la production et l'analyse des données ?

Archivage des scripts utilisés pour la simulation de données et description de ceux-ci.

Les agents de la structure ont-ils bénéficié d'une sensibilisation aux bonnes pratiques d'hygiène numérique ?

* Oui

## Archivage et conservation des données

Quelles sont les données à conserver sur le moyen ou le long terme et quelles sont les données à détruire ?

Tous les jeux de données simulées et publics sont conservés à long terme.

Pour les autres jeux de données, la persistance de ces jeux sera évaluée au cas par cas.

Sur quelle plateforme d'archivage pérenne seront archivées les données à conserver sur le long terme ? Sinon, quelles procédures seront mises en place pour la conservation à long terme ?
Les données qui doivent être archivées sont copiées dans des infrastructures de stockage "froid" (stockage capacitif, ... ). Leur disponibilité à long terme est garantie.

La publication de données finalisées dans les entrepôts institutionnels a vocation à être pérenne.

Quelle est la durée de conservation des données ?

Non définie

Quelles garanties de financements couvriront les coûts associés à la conservation à long terme ?

Stockage dans le NAS local financé par l'unité.

Le choix des technologies est assorti des contrats de maintenance les plus longs possibles.

Echantillons

Informations sur la structure

Nom de la structure

Environnement Méditerranéen et Modélisation des Agro-Hydrosystèmes (EMMAH)

Type de structure

* Unité de recherche, Unité ou Installation Expérimentale

- Unité de recherche, Unité ou Installation Expérimentale

Les recherches menées par l'UMR EMMAH portent sur la compréhension et la modélisation du fonctionnement des agrosystèmes en interaction avec les hydrosystèmes souterrains. Ceci amène l'UMR à considérer le système aquifère-sol-plante-atmosphère à différentes échelles de temps et d'espace. Le fonctionnement de ce système nécessite, pour le comprendre et le modéliser, de prendre en compte de nombreuses interactions entre la dynamique du couvert végétal, les processus physiques, chimiques, biologiques dans les sols, les interactions avec l'atmosphère et les hydrosystèmes ainsi que les modalités de gestion des agrosystèmes. Les travaux menés visent, notamment, à caractériser à différentes échelles spatiales (du millimètre au kilomètre) et temporelles (de la seconde à quelques décennies), les flux de masse entre l'atmosphère, le couvert végétal, le sol et l'aquifère souterrain et les processus intervenant dans la production végétale en relation avec les facteurs du milieu. Ainsi, l'UMR EMMAH contribue à l'évaluation de la durabilité des ressources hydriques souterraines et des systèmes de culture dans un double contexte de changements globaux et de transition agroécologique. Le pourtour méditerranéen reste un terrain d'étude privilégié, région marquée par une évolution rapide du climat et des tensions fortes sur l'eau liées à l'adaptation des systèmes de cultures et une forte pression démographique.

Identifiant de la structure

Préciser le fournisseur de l'identifiant (ISNI, VIAF, FundRef, DataCite...).
Question sans réponse.

Responsabilités dans la structure

<table><thead><tr><td>Nom, Prénom</td><td>Courriel</td><td>Rôle</td></tr></thead><tbody><tr><td>CHANZY, André</td><td></td><td>Responsable scientifique</td></tr><tr><td></td><td></td><td>Responsable technique</td></tr><tr><td></td><td></td><td>Responsable de la conservation à long terme</td></tr></tbody></table>

Etablissement(s) tutelle(s)

INRAE, Avignon Université

Département de rattachement INRAE (ou anciens départements Inra)

* AGROECOSYSTEM : Agroécosystèmes

* AQUA : Ecosystèmes aquatiques, ressources en eau et risques

* AGROECOSYSTEM : Agroécosystèmes

* AQUA : Ecosystèmes aquatiques, ressources en eau et risques

Financeur(s) (permettant l'acquisition des jeux de données - hors projet)

INRAE, Avignon Université

Informations sur le plan de gestion

DOI (version publiée du plan de gestion)

Question sans réponse.
## Historique des versions

Question sans réponse.

# Présentation générale des données

## Mode d'obtention des données

* Données générées par la structure

Les données sont acquises au moment du prélèvement ou en amont et sont actualisées au cours du temps au moyen du logiciel de gestion des échatillons.

## Origine

* Autre : à préciser dans la zone "Informations supplémentaires"

Information renseignée au moment du prélèvement

## Type de données

* Dataset

## Nature des données

C'est un identifiant unique auquel sont rattachées les métadonnées suivantes:

Nature de l'échantillon

Quantité: Poids ou nombre (optionnel)

Lieu de prélèvement

Date de prélèvement

Référent

Statut de l'échantillon (lieu de stockage / durée de vie prévue / destruction)

## Format des données
Format selon la base de données de gestion

## Périmètre thématique des données

* Biodiversity and Ecology

* Chemistry and chemical engineering

* Farming Systems and Practices

* Forests and Forest Products

* Microorganisms

* Omics

* Plant Breeding and Plant Products

* Plant Health and Pathology

* Soils and soil sciences

* Water resources

## Droits de propriété intellectuelle

Les données produites dans les organismes de recherche publics doivent être communicables à toute personne qui en fait la demande si elles n'entrent pas dans le cadre des exceptions légales (sécurité défense, sécurité des populations, patrimoine scientifique et technique, données personnelles, données liées au secret, statistique, etc.), et si elles constituent des documents dits achevés. Selon la nature des données, leur communication peut être obligatoire, interdite, ou soumise à conditions. Pour plus d'information, consulter le guide "Ouverture des données de recherche. Guide d'analyse du cadre juridique en France" publié par un collectif de juristes issus de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche.

## Qui détiendra les droits sur les données et les autres informations créées ?

Conforme à la législation nationale (Loi Lemaire ...)

Propriété INRAE.

Sauf cas particulier dans le cas de données issues d'un financement majoritairement privé.

## Sensibilité des données

### Identification du niveau de sensibilité des jeux de données

* Public

### Quelles sont les mesures prises et les normes auxquelles il est nécessaire de se conformer pour garantir la sécurité des données sensibles ?

sans objet
S'il y a des données à caractère personnel, quelles sont les mesures envisagées pour les protéger au cours du projet ou
dans le cadre d'une réutilisation ?

La localisation géographique des échantillonnages fera l'objet d'une diffusion limitée.

## Partage des données

Y a t'il une obligation de partage (ou à l'inverse une interdiction ou une restriction) ?

Données de traçabilité internes, permettant d'optimiser les processus de gestion des échantillons. Elles peuvent, si besoin, être partagées en dehors de la structure dans la limite des précautions liées à la RGPD.

Quelles sont les réutilisations potentielles de ces données ?

Les données sont principalement remobilisées au sein de la structure en fonction des besoins. Elles permettent de retrouver un échantillon dans les différents lieux de stockage dont la structure est équipée, et de rattacher des observations réalisées sur les échantillons.

La lecture des données nécessite-t-elle le recours à un logiciel ou un outil spécifique ? Si oui, lequel ?

Le logiciel de gestion des bases de données choisi par l'unité est nécessaire pour renseigner et lire les données associées aux échantillons.

Comment les données seront-elles partagées ?

Les données sont partagées à travers le logiciel de gestion des échantillons, des exports sous Excel seront réalisés selon les besoins des utilisateurs.

Avec qui ?

* Autre

Partage au sein de la structure. L'application de gestion des échantillons est a priori accessible aux agents de la structure. Toutefois, selon les besoins des projets de recherche, les données pourront être ouvertes plus largement ou associées aux observations réalisées sur les échantillons qui pourraient être diffusées largement (open access).

Sous quelle licence ?
* Autre (à préciser dans la zone d'Informations supplémentaires)

sans objet. Les données d'échantillons n'ont pas vocation à être diffusées seules. Elles pourront être diffusées à travers les bases de données incluant les observations réalisées sur les échantillons.

## Organisation et documentation des données

Quels méthodes et outils sont utilisés pour acquérir et traiter les données, depuis leur acquisition jusqu'à leur mise à disposition, leur archivage ou leur destruction ?

Utiliser éventuellement un lien vers un schéma illustrant les processus

Génération d'un identifiant unique avant ou pendant le prélèvement

Alimentation des métadonnées au travers du logiciel de gestion des échantillons et au cours de son traitement

Quelles métadonnées seront utilisées pour accompagner le jeu de données ? Quels seront les standards, vocabulaires, taxonomies... utilisés pour décrire et représenter les données et éléments de métadonnées ? Comment les métadonnées seront-elles produites et mises à jour ?

<table><thead><tr><td>Métadonnées</td><td>Origine, mode de production des métadonnées (ex : saisie manuelle, annotation atomatique...)</td><td>Standard, Vocabulaires associés</td><td>Conditions ou fréquence de la mise à jour (si applicable) (ex : changement de l'accessibilité)</td></tr></thead><tbody><tr><td>Description des modalités de collecte (protocole)</td><td>Saisie manuelle sur cahier de laboratoire</td><td></td><td>Au moment de la collecte</td></tr><tr><td>Identification de la nature des échantillons</td><td>Saisie manuelle</td><td></td><td>Jamais</td></tr><tr><td>Conditions de conservation</td><td>A définir selon la nature des échantillons (congélation -80, congélation -20, réfrigération 5, température ambiante, hygrométrie contrôlée)</td><td></td><td>Continue</td></tr></tbody></table>

Une documentation complémentaire aux métadonnées est-elle nécessaire pour décrire les données et assurer leur réutilisabilité sur le long terme ?

Question sans réponse.

Comment les fichiers de données sont-ils gérés et organisés : contrôle des versions, conventions de nommage des fichiers, organisation des fichiers

Les données "échantillon" sont organisées dans une base de données gérée par le logiciel dédié.
Quel est le processus de contrôle qualité des données ?

Concernant les données de gestion des échantillons proprement dites, il n'y a pas de contrôle qualité explicite. Le choix de
travailler avec une base de données relationnelle nous garanti une cohérence des données stockées.

Stockage et sécurité des données

Les systèmes d'information de la structure ont-ils fait l'objet d'une analyse de risques ou d'une homologation ?

• Non

Quels types de supports physiques sont utilisés pour stocker les données ?

Stockage sur le serveur qui héberge l'application de gestion d'échantillon.

Quelles sont les mesures de sécurité mises en place lors des étapes de transfert des données ?

Question sans réponse.

Quelle est la volumétrie actuelle et prévisionnelle ?

1 Go

L'entité hébergeant physiquement les données a-t-elle une politique de sécurité de l'information et a-t-elle un plan d'assurance sécurité ?

Oui: politique de sauvegarde du NAS.

Sécurité - Confidentialité : les données font-elles l'objet d'échange ou de partage avec de tiers acteurs et selon quelles modalités ? comment sont déterminés les droits d'accès aux données avant leur publication ?

Voir rubriques précédentes.
**Sécurité - Intégrité - Tracabilité : Quelles sont les mesures de protection mises en œuvre pour suivre la production et l'analyse des données ?**

Les données sur les échantillons ont pour vocation de suivre la traçabilité des observations réalisées sur ces échantillons.

**Les agents de la structure ont-ils bénéficié d'une sensibilisation aux bonnes pratiques d'hygiène numérique ?**

* Oui

## Archivage et conservation des données

**Quelles sont les données à conserver sur le moyen ou le long terme et quelles sont les données à détruire ?**

Toutes les données des échantillons sont conservées à long terme.

**Sur quelle plateforme d'archivage pérenne seront archivées les données à conserver sur le long terme ? Sinon, quelles procédures seront mises en place pour la conservation à long terme ?**

NAS de l'unité.

**Quelle est la durée de conservation des données ?**

non définie

**Quelles garanties de financements couvriront les coûts associés à la conservation à long terme ?**

Adossée au financement de l'unité

## Codes informatiques

### Informations sur la structure
## Nom de la structure

Environnement Méditerranéen et Modélisation des Agro-Hydrosystèmes (EMMAH)

## Type de structure

* Unité de recherche, Unité ou Installation Expérimentale

* Unité de recherche, Unité ou Installation Expérimentale

Les recherches menées par l'UMR EMMAH portent sur la compréhension et la modélisation du fonctionnement des agrosystèmes en interaction avec les hydrosystèmes souterrains. Ceci amène l'UMR à considérer le système aquifère-sol-plante-atmosphère à différentes échelles de temps et d'espace. Le fonctionnement de ce système nécessite, pour le comprendre et le modéliser, de prendre en compte de nombreuses interactions entre la dynamique du couvert végétal, les processus physiques, chimiques, biologiques dans les sols, les interactions avec l'atmosphère et les hydrosystèmes ainsi que les modalités de gestion des agrosystèmes. Les travaux menés visent, notamment, à caractériser à différentes échelles spatiales (du millimètre au kilomètre) et temporelles (de la seconde à quelques décennies), les flux de masse entre l'atmosphère, le couvert végétal, le sol et l'aquifère souterrain et les processus intervenant dans la production végétale en relation avec les facteurs du milieu. Ainsi, l'UMR EMMAH contribue à l'évaluation de la durabilité des ressources hydriques souterraines et des systèmes de culture dans un double contexte de changements globaux et de transition agroécologique. Le pourtour méditerranéen reste un terrain d'étude privilégié, région marquée par une évolution rapide du climat et des tensions fortes sur l'eau liées à l'adaptation des systèmes de cultures et une forte pression démographique.

## Identifiant de la structure

Préciser le fournisseur de l'identifiant (ISNI, VIAF, FundRef, DataCite...).

Question sans réponse.

## Responsabilités dans la structure

<table><thead><tr><td>Nom, Prénom</td><td>Courriel</td><td>Rôle</td></tr></thead><tbody><tr><td rowspan="3">CHANZY, André</td><td></td><td>Responsable scientifique</td></tr><tr><td></td><td>Responsable technique</td></tr><tr><td></td><td>Responsable de la conservation à long terme</td></tr></tbody></table>

## Etablissement(s) tutelle(s)

INRAE, Avignon Université

Département de rattachement INRAE (ou anciens départements Inra)
* AGROECOSYSTEM : Agroécosystèmes

* AQUA : Ecosystèmes aquatiques, ressources en eau et risques

* AGROECOSYSTEM : Agroécosystèmes

* AQUA : Ecosystèmes aquatiques, ressources en eau et risques

Financeur(s) (permettant l'acquisition des jeux de données - hors projet)

INRAE, Avignon Université

## Informations sur le plan de gestion

DOI (version publiée du plan de gestion)

Question sans réponse.

Historique des versions

Question sans réponse.

## Présentation générale des données

Mode d'obtention des données

* Données générées par la structure

Les codes et les logiciels sont développés par les acteurs de l'unité dans le cadre de projets scientifiques ou dans le cadre des outils de gestion développés et utilisés au sein de l'unité.

Les outils utilisés pour leur création/édition peuvent aller du simple éditeur de texte, à l'environnement de développement intégré (interface graphique correspondant au langage utilisé; exemple: RStudio). Ils peuvent aussi être sous forme d'exécutables liés à un système d'exploitation.

Origine
* Code

## Type de données

* Software

* Interactive resource

* Model

* Workflow

La typologie des produits informatiques créés par l'unité est la suivante:

* un code source (chaine d'acquisition, modèle, chaine de traitement...) Ce qui caractérise le code source, c'est d'avoir accès au développement informatique qui permet des modifications.

* un logiciel: ce qui caractérise un logiciel, c'est d'être un exécutable mis à disposition des utilisateurs et non modifiable (CanEye, PopCorn...)

* un site web

* des bases de données

## Nature des données

Codes informatiques, dans différents langages, ou exécutables, intégrés ou non dans des plateformes dédiées à la modélisation et utilisés pour simuler des processus et/ou estimer des paramètres, et/ou traiter des données et/ou le pilotage d'une application (acquisition de données, robot...)

## Format des données

Les fichiers de nos codes sont:

* des codes sources sous forme de fichiers ascii, et la nomenclature des noms de fichiers s'appuie sur extensions liées au langage utilisé: R, C, java, fortran, bash, python, SQL, pgsql.

* des fichiers exécutables sont des codes binaires en langage machine dépendant du système d'exploitation.

* des fichiers binaires propriétaires de configuration de l'application (fichiers Labview...)

## Périmètre thématique des données

* Computer science

* Biodiversity and Ecology

* Climate

* Economics

* Farming Systems and Practices

* Forests and Forest Products

* Material Science and Engineering

* Plant Breeding and Plant Products

* Soils and soil sciences

* Water resources

* Information management
## Droits de propriété intellectuelle

Les données produites dans les organismes de recherche publics doivent être communicables à toute personne qui en fait la demande si elles n'entrent pas dans le cadre des exceptions légales (sécurité défense, sécurité des populations, patrimoine scientifique et technique, données personnelles, données liées au secret, statistique, etc.), et si elles constituent des documents dits achevés. Selon la nature des données, leur communication peut être obligatoire, interdite, ou soumise à conditions. Pour plus d'information, consulter le guide "Ouverture des données de recherche. Guide d'analyse du cadre juridique en France" publié par un collectif de juristes issus de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche.

## Qui détiendra les droits sur les données et les autres informations créées ?

Conforme à la législation nationale (Loi Lemaire ...)

Propriété : l'employeur (INRAE, Avignon université, Arvalis)

Les codes peuvent être créés dans un cadre de collaborations, et donc les droits peuvent être partagés selon les termes de l'accord de partenariat.

## Sensibilité des données

### Identification du niveau de sensibilité des jeux de données

* Public

* Diffusion limitée

* Confidentiel

* Diffusion restreinte

La norme est une diffusion publique, mais dans certains cas, la diffusion peut être restreinte voire confidentielle.

### Quelles sont les mesures prises et les normes auxquelles il est nécessaire de se conformer pour garantir la sécurité des données sensibles ?

Accès restreint et stockage sur des espaces de travail institutionnels sécurisés. Les médias mobiles ne doivent pas être utilisés pour le stockage des codes sensibles.

### S'il y a des données à caractère personnel, quelles sont les mesures envisagées pour les protéger au cours du projet ou dans le cadre d'une réutilisation ?

Sans objet car les codes informatiques ne contiennent pas de données personnelles.

## Partage des données

### Y a t'il une obligation de partage (ou à l'inverse une interdiction ou une restriction) ?

Dans le cadre de projets collaboratifs, les codes sont partagés entre partenaires du projet.
Pour les codes développés dans le cadre de projets avec des financements publics, il y a une obligation de diffusion ouverte au public des codes informatiques.

Certains projets peuvent présenter des restrictions qui encadrent le partage de ces codes informatiques.

## Quelles sont les réutilisations potentielles de ces données ?

Dans la mesure du possible, une architecture modulaire est recommandée pour que les codes puissent être réutilisés dans d'autres contextes.

Les codes peuvent être utilisés par des scientifiques pour réaliser des simulations, évaluer le code et les résultats produits.

La stratégie de mutualisation des codes développés est encouragée au sein de l'UMR, facilitée par la mise à disposition de plateformes de modélisation permettant d'intégrer ces codes dans des modèles plus complexes. (Sol Virtuel, 4P, Visual Karst, ...)

## La lecture des données nécessite-t-elle le recours à un logiciel ou un outil spécifique ? Si oui, lequel ?

Editeur de texte ou environnement de développement intégré, compilation des programmes en fonction du langage utilisé.

## Comment les données seront-elles partagées ?

De manière générale, les codes et modèles sont mis à disposition des communautés d'intérêt via des outils de gestion de code (forge INRAE dans un environnement Gitlab). Les codes et les exécutables à caractère générique peuvent être mis à disposition sur le site de l'UMR (lien vers les dépôts Gitlab ou directement sur le site).

## Avec qui ?

* Autre

Par défaut, les projets déposés sur des outils de gestion de code peuvent être rendus publics et accessibles à tous. Dans le cadre de projets spécifiques, des restrictions peuvent être identifiées.

## Sous quelle licence ?

* Autre (à préciser dans la zone d'Informations supplémentaires

De préférence Apache2.0 (licence libre et non contaminante), ou GPL (licence libre et contaminante), cf recommandations INRAE.

## Organisation et documentation des données

Quels méthodes et outils sont utilisés pour acquérir et traiter les données, depuis leur acquisition jusqu'à leur mise à disposition, leur archivage ou leur destruction ?

Utiliser éventuellement un lien vers un schéma illustrant les processus
Codes: ne sont référencés dans ce PGD que les codes développés au sein de l'unité. A ce titre, ils sont généralement créés sur le poste de travail du développeur. Les opérations de mise à disposition, archivage et destruction sont laissées à l'appréciation de chacun. L'unité invite les acteurs à utiliser des outils de gestion de version (forge INRAE avec GitLab) pour gérer au mieux ces opérations.

**Quelles métadonnées seront utilisées pour accompagner le jeu de données ? Quels seront les standards, vocabulaires, taxonomies... utilisés pour décrire et représenter les données et éléments de métadonnées ? Comment les métadonnées seront-elles produites et mises à jour ?**

Description de l'objet du code (ce qu'il fait), la description des principes théoriques des algorithmes (ATBD, Algorithm Theoretical Based Document), des entrées/sorties, des dépendances du code avec d'autres codes, la licence de diffusion, le langage utilisé, les auteurs.

L'unité organise le partage de bonnes pratiques afin que l'ensemble des développeurs soient sensibilisés à ces questions et l'appliquent à chacun de leurs développements. Il est notamment recommandé de produire avec le code une documentation d'accompagnement et d'annoter le code par des commentaires qui permettent rapidement la réutilisation.

**Une documentation complémentaire aux métadonnées est-elle nécessaire pour décrire les données et assurer leur réutilisabilité sur le long terme ?**

Sans objet

**Comment les fichiers de données sont-ils gérés et organisés : contrôle des versions, conventions de nommage des fichiers, organisation des fichiers**

Par convention, nous respectons les extensions usuelles en fonction du langage. Le versionnement est assuré de fait lorsque le code est géré avec un outil de gestion de version. L'organisation (dossier, nommage) des fichiers est laisse à l'appréciation de chacun.

**Quel est le processus de contrôle qualité des données ?**

- Tests de non régression (unitaires, fonctionnels, système)

- Outils d'analyse de code (statique ou dynamique)

**Stockage et sécurité des données**

Les systèmes d'information de la structure ont-ils fait l'objet d'une analyse de risques ou d'une homologation ?

- Non
Quels types de supports physiques sont utilisés pour stocker les données ?

Les codes sont stockés sur le poste de travail et généralement sur un outil de gestion de version institutionnel (forge INRAE). La sauvegarde quotidienne du poste de travail permet de sécuriser le travail.

Quelles sont les mesures de sécurité mises en place lors des étapes de transfert des données ?

Pas de mesures particulières au delà des mesures institutionnelles sécurisant les flux de données par rapport aux attaques extérieures.

Quelle est la volumétrie actuelle et prévisionnelle ?

La volumétrie n'est pas un enjeu.

L'entité hébergeant physiquement les données a-t-elle une politique de sécurité de l'information et a-t-elle un plan d'assurance sécurité ?

Les codes sont hébergés dans des serveurs institutionnels qui ont leur propre politique de sécurité.

Sécurité - Confidentialité : les données font-elles l'objet d'échange ou de partage avec de tiers acteurs et selon quelles modalités ? comment sont déterminés les droits d'accès aux données avant leur publication ?

Une stratégie de science ouverte est encouragée, ce qui engendre le partage des codes vers l'extérieur. Dans le cadre de projets collaboratifs, le partage est géré par la convention du partenariat.

Sécurité - Intégrité - Tracabilité : Quelles sont les mesures de protection mises en œuvre pour suivre la production et l'analyse des données ?

Pas de mesures spécifiques.

Les agents de la structure ont-ils bénéficié d'une sensibilisation aux bonnes pratiques d'hygiène numérique ?

• Oui

Archivage et conservation des données
Quelles sont les données à conserver sur le moyen ou le long terme et quelles sont les données à détruire ?

Les codes sont conservés tant que l'outil développé est utilisé. Il n'y a pas de politique de destruction.

Sur quelle plateforme d'archivage pérenne seront archivées les données à conserver sur le long terme ? Sinon, quelles procédures seront mises en place pour la conservation à long terme ?

Il y a une politique de sauvegarde des postes individuels, et la mise à disposition par l'unité d'outils tels que NAS ou par les établissements proposant des espaces de stockage dédiés (forges institutionnelles).

Quelle est la durée de conservation des données ?

Les codes sont conservés tant que la plateforme qui les héberge est maintenue.

Quelles garanties de financements couvriront les coûts associés à la conservation à long terme ?

Pas de garantie