# Plan de gestion de données (PGD) de l'entité
## "Laboratoire d'Ingénierie pour les Systèmes Complexes"

Nicolas Dumoulin, Thierry Faure, Stéphan Bernard

Plan de gestion de données basé sur le modèle "INRAE - Modèle Structure (v2)" fourni par INRAE - Institut national de recherche pour l'agriculture l'alimentation et l'environnement.

## Renseignements sur le plan

**Titre du plan** Plan de l'entité "Laboratoire d'Ingénierie pour les Systèmes Complexes"

**Livrable** 1.1

**Version** Version finale

**Objet/périmètre du plan** PGD général pour l'unité de recherche LISC, qui présente un cadre et servira de référence pour les PGD de projet de l'unité.

**Domaines de recherche** 1.1 Mathematics, 1.2 Computer and information sciences

**Langue** fra

**Date de création** 2024-09-05

**Date de dernière modification** 2025-06-04

**Licence** Etalab Open License 2.0

## Table des matières

**Renseignements sur le plan** 1

**Détails de la Structure** 2

**Informations sur la structure** 2

**Présentation générale des données** 3

**Droits de propriété intellectuelle** 5

**Sensibilité des données** 5

**Partage des données** 6

**Organisation et documentation des données** 8

**Stockage et sécurité des données** 9

**Archivage et conservation des données** 10
# Détails de la Structure

<table><tr><td>Nom de l'entité</td><td>Laboratoire d'Ingénierie pour les Systèmes Complexes</td></tr><tr><td>Acronyme</td><td>LISC</td></tr><tr><td>Identifiant</td><td>https://ror.org/01dfzdy43</td></tr><tr><td>Type d'identifiant</td><td>ROR ID</td></tr><tr><td>Description</td><td>L'unité développe des recherches sur la modélisation des systèmes dynamiques. Ces recherches visent à étudier, comprendre et in fine agir sur la dynamique des systèmes socio-écologiques. Un enjeu fort de cette démarche est de développer des approches quantitatives pour penser, critiquer et accompagner la gestion durable de ces systèmes. Il s'agit en particulier de construire, calibrer et valider des modèles de dynamique des systèmes, et de développer des outils d'aide à la gestion sur la base de ces modèles. Le LISC effectue ainsi des travaux théoriques pour asseoir des concepts associés à la notion de durabilité sur des bases mathématiques solides, des travaux méthodologiques pour analyser et calibrer des modèles complexes, et des travaux plus appliqués sur des cas concrets de systèmes écologiques et sociaux. Ces applications soulèvent des problèmes algorithmiques difficiles sur lesquels le LISC s'est également beaucoup investi.</td></tr><tr><td>Date de création</td><td>1997-01-01</td></tr><tr><td>Tutelle(s) de l'entité</td><td>Institut National de Recherche pour l'Agriculture, l'Alimentation et l'Environnement https://ror.org/003vg9w96</td></tr></table>

## Produits de recherche :

1. Données issues d'expérimentations numériques (Jeu de données)

2. Codes source des logiciels développés (Logiciel)

3. Données à caractère personnel ou issues d'enquête individuelles. (Jeu de données)

## Contributeurs

<table><thead><tr><td>Nom</td><td>ORCID</td><td>Rôles</td></tr></thead><tbody><tr><td>Bernard Stéphan</td><td>0000-0001-9694-1443</td><td>Responsable du plan</td></tr><tr><td>Dumoulin Nicolas</td><td>0000-0002-3803-7744</td><td>Responsable du plan, Personne contact pour les données (Codes source, Données expé, Données personnelles)</td></tr><tr><td>Faure Thierry</td><td>0009-0009-9480-7684</td><td>Responsable du plan</td></tr><tr><td>Mathias Jean-Denis</td><td>0000-0002-6172-9079</td><td>Responsable de l'entité</td></tr></tbody></table>

# Informations sur la structure

## Nom de la structure

LISC

## Type de structure

* Unité de recherche, Unité ou Installation Expérimentale

## Identifiant de la structure

https://ror.org/01dfzdy43
## Département de rattachement INRAE (ou anciens départements Inra)

* MATHNUM : Mathématiques et numérique

# Présentation générale des données

## Données issues d'expérimentations numériques

### Mode d'obtention des données

* Données générées par la structure

Il s'agit des résultats de simulations ou calculs numériques effectués au LISC.

On privilégie le stockage autant que possible du code source logiciel et des éléments de reproductibilité (données d'entrées, paramètres, graines des générateurs de nombres pseudo-aléatoires utilisés, ...). Toutefois, il arrive que les temps de calcul soient si importants qu'il est préférable de stocker les données résultats.

Afin de garantir la reproductibilité sur le long terme, on s'efforcera de fournir les paramètres du système d'exécution (système d'exploitation, version des dépendances, ...).

### Origine

* Simulation, modélisation

### Type de données

* Dataset

### Format des données

Le format des données dépend :

* du logiciel ou des bibliothéques logicielles utilisés

* des contraintes de performance ou de stockages choisies par la modélisatrice ou le modélisateur

Les formats les plus utilisées au LISC sont : CSV, JSON, GeoJSON, SQLite, RData, HDF5, Parquet, ...

Les données sont accompagnées d'une description du format utilisé et de sa version.

On s'efforcera autant que possible d'utiliser des formats ouverts.

## Codes source des logiciels développés

### Mode d'obtention des données

* Données générées par la structure

Il s'agit du code source des logiciels développés ou co-développés au LISC.

### Origine

* Analyse

* Code

* Simulation, modélisation

Le code source peut être produit pour modéliser, analyser des données, ou simuler des phénomènes.
## Type de données

* Software

## Nature des données

Code source au format texte, documenté avec des commentaires.

## Format des données

Format texte, de préférence en utf-8, dans différents langages de programmation.

## Périmètre thématique des données

* Computer science

Les logiciels développés couvrent des thématiques très diversifiées, liées aux champs d'application du LISC.

## Données à caractère personnel ou issues d'enquête individuelles.

### Mode d'obtention des données

* Données générées par la structure

* Données produites par un tiers

On ne parle ici que des données produites dans le cadre des travaux de l'unité. Il ne s'agit pas de données acquises pour être utilisées dans les travaux de l'unité, qui ont leur propre plan de gestion de données.

Les données peuvent être produites :

* Par l'unité elle-même dans le cadre de ses travaux

* Par un prestataire dans le cadre d'une commande

### Origine

* Enquête

* Expérimentation

* Observation

* Corpus audiovisuel

* Corpus textuel

Par exemple : jeux sérieux, enquêtes en ligne, entretiens avec des acteurs, extraction de données en ligne pour constituer un corpus, ...

## Type de données

* Audiovisual

* Collection

* Dataset

* Image

* Sound

* Text

Potentiellement, les données collectées peuvent être de type très varié

## Nature des données

Données comportementales, interactions entre acteurs, ...
## Format des données

Format de préférence ouvert, ou tout au moins interoperable sur le long terme.

## Périmètre thématique des données

Les données collectées couvrent des thématiques très diversifiées, liées aux champs d'application du LISC.

## Droits de propriété intellectuelle

Les données produites dans les organismes de recherche publics doivent être communicables à toute personne qui en fait la demande si elles n'entrent pas dans le cadre des exceptions légales (sécurité défense, sécurité des populations, patrimoine scientifique et technique, données personnelles, données liées au secret, statistique, etc.), et si elles constituent des documents dits achevés. Selon la nature des données, leur communication peut être obligatoire, interdite, ou soumise à conditions. Pour plus d'information, consulter le guide "Ouverture des données de recherche. Guide d'analyse du cadre juridique en France" publié par un collectif de juristes issus de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche.

## Données issues d'expérimentations numériques

Qui détiendra les droits sur les données et les autres informations créées ?

## Codes source des logiciels développés

Qui détiendra les droits sur les données et les autres informations créées ?

Dans le cas général, et sauf mention contraire, l'INRAE est le propriétaire des codes sources produits.

## Données à caractère personnel ou issues d'enquête individuelles.

Qui détiendra les droits sur les données et les autres informations créées ?

Les droits sur les données sont liées à leur mode d'obtention, à des questions d'anonymisation (présence ou non d'une déclaration RGPD), aux éventuelles conditions contractuelles des données acquises auprès d'un tiers. De fait, les droits sur les données devront être renseignés avec les données elles-mêmes.

## Sensibilité des données

### Données issues d'expérimentations numériques

#### Identification du niveau de sensibilité des jeux de données

* Public

Par défaut, les données sont publiques. Mais d'autres types de confidentialité peuvent se poser en fonction des contraintes d'un projet de recherche.

## Codes source des logiciels développés

#### Identification du niveau de sensibilité des jeux de données

* Public

Dans le cas général, et sauf mention contraire, les codes sources produits sont publics.
# Données à caractère personnel ou issues d'enquête individuelles.

## Identification du niveau de sensibilité des jeux de données

* Public

* Diffusion limitée

* Confidentiel

* Diffusion restreinte

## Quelles sont les mesures prises et les normes auxquelles il est nécessaire de se conformer pour garantir la sécurité des données sensibles ?

* Anonymisation des données personnelles

* Accès aux données limité (attribution de droits spécifiques d'accès aux répertoires et aux fichiers)

* Consentement éclairé des participants

## S'il y a des données à caractère personnel, quelles sont les mesures envisagées pour les protéger au cours du projet ou dans le cadre d'une réutilisation ?

L'établissement propose un outil d'aide aux formalités (INRAE) pour déterminer les formalités obligatoires à accomplir pour mettre leur projet/traitement en conformité avec la règlementation relative aux données personnelles (RGPD).

# Partage des données

## Données issues d'expérimentations numériques

### Y a t'il une obligation de partage (ou à l'inverse une interdiction ou une restriction) ?

Les obligations de partage des données de simulations produites au LISC s'inscrivent dans la politique générale de partage des données de l'établissement.

### Quelles sont les réutilisations potentielles de ces données ?

Ces données peuvent être réutilisées pour reproduire les analyses publiées ou pour tester d'autres hypothèses.

### La lecture des données nécessite-t-elle le recours à un logiciel ou un outil spécifique ? Si oui, lequel ?

Les données sont stockées dans un format ouvert et accompagnées d'une description du format utilisé et de sa version. Ceci permet à l'utilisateur d'un choix éclairé de l'outil à utiliser. On s'efforcera d'accompagner les données d'exemple de traitement ou d'analyse.

### Comment les données seront-elles partagées ?

Les données sont rendues disponibles sur demande auprès des autrices et auteurs des publications scientifiques ou des codes source.

### Avec qui ?

* Tous (open acces)

Les données peuvent être reproduites par simulation avec le code source ouvert, mais toute personne qui souhaite avoir accès directement aux données peut en faire la demande.
### Sous quelle licence ?

* Licence ouverte https://www.etalab.gouv.fr/licence-ouverte-open-licence (compatible CC-BY)

## Codes source des logiciels développés

### Y a t'il une obligation de partage (ou à l'inverse une interdiction ou une restriction) ?

Il y a une préférence pour le partage du code source, mais ça n'est pas une obligation.

### Quelles sont les réutilisations potentielles de ces données ?

Les codes sources produits par le LISC peuvent potentiellement être repris pour être améliorés ou corrigés dans le respect des licences d'utilisation associées.

### La lecture des données nécessite-t-elle le recours à un logiciel ou un outil spécifique ? Si oui, lequel ?

Non.

### Comment les données seront-elles partagées ?

Les codes sources seront de préférence publiés sur une forge logicielle institutionnelle de l'INRAE.

Actuellement, la plupart des codes sources développés au LISC sont accessibles sur https://forgemia.inra.fr/lisc/

Les versions finalisées peuvent être partagées sur la forge et sur des plateformes de publication spécialisées comme HAL ou Software Heritage.

### Avec qui ?

* Tous (open acces)

### Sous quelle licence ?

* Licence ouverte https://www.etalab.gouv.fr/licence-ouverte-open-licence (compatible CC-BY)

Par défaut, une licence ouverte est utilisée.

## Données à caractère personnel ou issues d'enquête individuelles.

### Y a t'il une obligation de partage (ou à l'inverse une interdiction ou une restriction) ?

Selon le principe de science ouverte "aussi ouvert que possible et aussi fermé que nécessaire".

### La lecture des données nécessite-t-elle le recours à un logiciel ou un outil spécifique ? Si oui, lequel ?

Non. La procédure d'exploitation des données doit être documentée.

### Comment les données seront-elles partagées ?

Lorsque c'est possible, les données sont rendues publiques en priorité sur le portail Data INRAE

### Avec qui ?

Cela dépend des contraintes de diffusion des données.
## Sous quelle licence ?

* Licence ouverte https://www.etalab.gouv.fr/licence-ouverte-open-licence (compatible CC-BY)

Par défaut, une licence ouverte est utilisée.

# Organisation et documentation des données

## Codes source des logiciels développés

Quels méthodes et outils sont utilisés pour acquérir et traiter les données, depuis leur acquisition jusqu'à leur mise à disposition, leur archivage ou leur destruction ? **Utiliser éventuellement un lien vers un schéma illustrant les processus**

Les codes sources sont produits avec un éditeur de texte, ou un environnement de développement intégré.

Les codes sources sont versionnés avec un gestionnaire de version, tel que GIT, et mis à disposition sur une forge logicielle. Il est préférable d'utiliser la forge logicielle institutionnelle pour éviter qu'un prestataire n'altère les conditions d'accès, d'archivage et plus généralement de pérénité des codes sources.

L'archivage est délégué aux gestionnaires de la forge logicielle institutionnelle. Néanmoins une publication complémentaire pour archivage sur une plateforme de type software heritage est recommandée.

La destruction intentionnelle ne s'applique pas ici.

Une documentation complémentaire aux métadonnées est-elle nécessaire pour décrire les données et assurer leur réutilisabilité sur le long terme ?

Un fichier Readme.md est recommandé pour donner a minima :

* le(s) langage(s) utilisé(s)

* les commandes de compilation et d'exécution

* la description du logiciel

* une documentation d'utilisation ou un lien vers cette documentation

Il est recommandé de préciser la license d'utilisation choisie dans un fichier LICENSE.

Comment les fichiers de données sont-ils gérés et organisés : contrôle des versions, conventions de nommage des fichiers, organisation des fichiers

Le contrôle des versions est assuré par le gestionnaire de version.

Le nommage et l'organisation des fichiers s'efforcent à être conforme à celles des langages de programmation utilisés.

Quel est le processus de contrôle qualité des données ?

Des tests unitaires ou de couvertures sont recommandés. Les outils d'intégration continue du gestionnaire de version peuvent être utilisés pour générer les livrables logiciels et effectuer les tests unitaires.

Données à caractère personnel ou issues d'enquête individuelles.

Quelles métadonnées seront utilisées pour accompagner le jeu de données ? Quels seront les standards, vocabulaires, taxonomies... utilisés pour décrire et représenter les données et éléments de métadonnées ?** **Comment les métadonnées seront-elles produites et mises à jour ?

Les jeux de données seront documentées notamment par les métadonnées suivantes :
* date d'acquisition

* lieu d'acquisition

* contexte

* méthodologie d'acquisition

* unité pour les quantités recueillies

* nature des données

* conditions d'utilisation et éventuelles restrictions de diffusion

* indicateur d'intégrité des fichiers (par exemple somme de contrôle)

L'utilisation d'un standard est recommandé pour décrire ces métadonnées.

**Une documentation complémentaire aux métadonnées est-elle nécessaire pour décrire les données et assurer leur réutilisabilité sur le long terme ?**

Un fichier Readme.md est recommandé pour donner à minima :

* la description des données

* l'origine des données

* une ou des personne(s) contact

* la date ou la période de recueil des données

* les conditions d'utilisation et de diffusion

* les conventions de nommage utilisées pour les fichiers

* une documentation d'utilisation ou un lien vers cette documentation

Il est recommandé de préciser la license d'utilisation choisie dans un fichier LICENSE.

**Comment les fichiers de données sont-ils gérés et organisés : contrôle des versions, conventions de nommage des fichiers, organisation des fichiers**

Dans le cadre d'acquisition de données individuelles, il n'y a pas de versions car son contenu n'a pas vocation à être altéré.

Pour les fichiers correspondant à une acquisition ponctuelle dans le temps, la date d'acquisition sera présente dans le chemin ou le nom du fichier avec l'année sur 4 chiffres. Les fichiers seront regroupées, lorsque cela est possible, par date ou période d'acquisition, par projet, par types d'évènement, ...

# Stockage et sécurité des données

## Codes source des logiciels développés

**L'entité hébergeant physiquement les données a-t-elle une politique de sécurité de l'information et a-t-elle un plan d'assurance sécurité ?**

Charte des infrastructures de recherche à l'Inra

## Données à caractère personnel ou issues d'enquête individuelles.

**Les systèmes d'information de la structure ont-ils fait l'objet d'une analyse de risques ou d'une homologation ?**

* Non

**Quels types de supports physiques sont utilisés pour stocker les données ?**

* Disques durs des ordinateurs de bureau

* Disques durs externes

* Serveurs de stockage de l'unité

* Serveurs de stockage de l'institut

* Dataverse

* Papier
* Armoires fermées à clé

**Quelles sont les mesures de sécurité mises en place lors des étapes de transfert des données ?**

Lorsque c'est nécessaire, les outils institutionnels de partage de données sont utilisées.

Lorsque les données sont accompagnées de sommes de contrôles, ces dernières sont utilisées après un transfert de données.

**Quelle est la volumétrie actuelle et prévisionnelle ?**

Les données actuellement stockées représentent moins d'un To.

**Sécurité - Confidentialité : les données font-elles l'objet d'échange ou de partage avec de tiers acteurs et selon quelles modalités ? comment sont déterminés les droits d'accès aux données avant leur publication ?**

Droits à définir selon la nature des partenaires. Avant publication, les jeux de données déposés sur l'espace de stockage partagé du LISC sont sous la responsabilité du dépositaire des données, et les droits d'accès sont également décidés par ce dernier. Les données sont partagées uniquement avec les ayants droit des projets.

**Les agents de la structure ont-ils bénéficié d'une sensibilisation aux bonnes pratiques d'hygiène numérique ?**

* Oui

# Archivage et conservation des données

## Codes source des logiciels développés

**Sur quelle plateforme d'archivage pérenne seront archivées les données à conserver sur le long terme ? Sinon, quelles procédures seront mises en place pour la conservation à long terme ?**

Les codes sources sont mis à disposition sur une forge logicielle. Il est préférable d'utiliser la forge logicielle institutionnelle pour éviter qu'un prestataire n'altère les conditions d'accès, d'archivage et plus généralement de pérénité des codes sources.

L'archivage est délégué aux gestionnaires de la forge logicielle institutionnelle. Néanmoins une publication complémentaire pour archivage sur une plateforme de type software heritage est recommandée.

## Données à caractère personnel ou issues d'enquête individuelles.

**Quelles sont les données à conserver sur le moyen ou le long terme et quelles sont les données à détruire ?**

Lors d'acquisition, les conditions contractuelles peuvent imposer les modalités de conservation et de destruction.

Sinon, les données brutes personnelles sont conservées sur le long terme pour permettre des analyses et vérification ultérieures.

**Sur quelle plateforme d'archivage pérenne seront archivées les données à conserver sur le long terme ? Sinon, quelles procédures seront mises en place pour la conservation à long terme ?**

L'archivage pérenne repose sur les plateformes et infrastructures mises à disposition par l'institut.
Quelle est la durée de conservation des données ?

Selon la nature des données et la nature des projets. Les données brutes et non reproductibles sont conservées sans limitation de durée.

Quelles garanties de financements couvriront les coûts associés à la conservation à long terme ?