# Etude des lésions histologiques liées au virus SARS-CoV-2: une série de prélèvements post-mortem ciblés chez 20 patients décédés de la Covid-19 au CHU d'Amiens

Quentin Doosterlinck

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Quentin Doosterlinck. Etude des lésions histologiques liées au virus SARS-CoV-2: une série de prélèvements post-mortem ciblés chez 20 patients décédés de la Covid-19 au CHU d'Amiens. Anatomie, Histologie, Anatomopathologie [q-bio.TO]. 2023. dumas-04167139

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UNIVERSITE DE PICARDIE JULES VERNE

UFR DE MEDECINE D'AMIENS

Année universitaire : 2022 – 2023

Thèse N°2023-54

THESE POUR LE DIPLÔME D'ETAT DE DOCTEUR EN MEDECINE

ANATOMIE ET CYTOLOGIE PATHOLOGIQUES

ETUDE DES LESIONS HISTOLOGIQUES LIEES AU VIRUS SARS-CoV-2 : UNE
SERIE DE PRELEVEMENTS POST-MORTEM CIBLES CHEZ 20 PATIENTS
DECEDES DE LA COVID-19 AU CHU D'AMIENS

Présentée et soutenue publiquement le 16 juin 2023 à la Faculté de médecine d'Amiens

Par Monsieur Quentin DOOSTERLINCK

Jury de thèse :

Président du jury de thèse – Directeur de thèse :

- Monsieur le Professeur Denis CHATELAIN

Assesseurs :

- Monsieur le Professeur Henri SEVESTRE

- Madame la Professeure Claire ANDREJAK

- Monsieur le Professeur Etienne BROCHOT
A Monsieur le Professeur Denis CHATELAIN

Professeur des Universités – Praticien Hospitalier

(Anatomie et cytologie pathologiques)

Chef de service d'Anatomie et Cytologie pathologiques du CHU d'Amiens Picardie

Merci de m'avoir accompagné, guidé et épaulé dans ce travail de thèse.

Merci pour votre temps et votre patience.

Merci pour tout ce que vous avez fait pour moi, pour votre enseignement et pour tout ce que vous apportez au service.
A Monsieur le Professeur Henri SEVESTRE

Professeur d'Anatomie et Cytologie Pathologiques à l'UFR de Médecine d'Amiens
Ancien chef du service d'Anatomie et Cytologie pathologiques du CHU d'Amiens
Médecin de l'institut de Pathologie des Hauts de France

Lors de notre première rencontre vous m'avez dit que vous connaitrez mes débuts en tant qu'interne mais probablement pas mes débuts en tant que docteur. Aujourd'hui vous me faites l'honneur de juger ce travail.

Soyez assuré de ma reconnaissance.

Je vous remercie pour tout ce que vous m'avez apporté durant mon internat.
A Madame la Professeure Claire ANDREJAK

Professeur des Universités – Praticien Hospitalier
(Pneumologie)
Chevalier dans l'Ordre National du Mérite

Je vous remercie de l'intérêt que vous portez à ce travail en acceptant de le juger.

Veuillez recevoir l'expression de ma haute considération.
A Monsieur le Professeur Etienne BROCHOT

Professeur des Universités – Praticien hospitalier

Pharmacologie

Laboratoire de Virologie

Vous avez accepté d'estimer ce travail.

Recevez ici l'expression de mon profond respect.
## Remerciements

A **Marie**, je te dois une grande partie de ma réussite. Tu es toujours présente à mes côtés. La vie ne serait pas aussi belle sans toi.

### A ma famille,

A **mes parents**, vous n'avez cessé de me soutenir durant toutes ces années, vous m'avez transmis l'amour du travail ainsi que la rigueur.

A **ma sœur et mon frère**, vous avez toujours été là pour moi et je sais que je pourrai toujours compter sur vous.

A **mes grands-parents**, j'espère vous avoir rendus fiers.

A **Franck et Arnaud**, vous êtes des modèles. Vous m'avez transmis la passion du travail et le respect d'autrui.

A **Caroline**, tu as toujours été bienveillante.

A **Cosimo**, tu m'as transmis l'ouverture d'esprit.

A **Timothée et Adrien**, pour n'avoir cessé d'être des enfants.

A **Muriel, Michel et Paul**, pour votre soutien et toutes nos discussions.

A **Nathalie, Gérard et Léo**, pour votre soutien durant toutes ces années. Et remerciement spécial pour Gérard, je te dois mon permis de conduire.

A **Aurélie, Olivier, Élisa et Léo**, pour votre soutien et votre bonne humeur. Les ouvrages médicaux que vous m'avez offerts ont entretenu ma passion pour la médecine.
**A la « Mifa » rémoise**, à toutes nos soirées, nos vacances et à nos rigolades. Votre amitié m'est précieuse.

**A Victor**, pour ton soutien sans limite et ton humour. Je suis heureux d'être venu sur Amiens et d'avoir partagé tant de bons moments avec toi. Ton amitié est importante pour moi et j'espère que l'on aura l'occasion de faire les 400 coups ensemble encore longtemps.

**A Cécile**, tu es une oreille attentive et tes mots sont toujours justes. Merci pour les bons moments que nous avons passés ensemble à la Plagne ou à pédaler sur Ré.

**A Vianney**, pour toutes ces belles vacances à l'île d'Yeu, pour ton soutien durant nos longues années d'études. Tu resteras mon jumeau avec ou sans barbe.

**A Anaïs**, pour ton amitié chaleureuse et toutes les nuits que nous avons passées dans ton palace Parisien. Ta douce voix bercera à jamais mes oreilles.

**A Diane-Flore**, je suis heureux de te compter parmi mes plus proches amis et la plus ancienne. Ton humour caustique est toujours un bonheur à entendre sauf lorsqu'il m'est adressé.

**A Aurélien**, pour ta disponibilité et tes goûts d'esthète. J'espère que l'on aura de nombreuses autres discussions passionnées sur le monde de la finance.

**A Charlotte**, pour ton écoute et ta disponibilité. Toujours à l'affût des potins, il me suffit de t'écouter quelques instants pour être au courant de tout ce qui se passe sur Reims.

**A Marion**, pour tous les moments que l'on a vécus ensemble entre les stages d'externat et les pentes enneigées.

**A Pierre M**, pour ta grande curiosité scientifique et ton énergie, tu es loin d'être ennuyant. J'espère que tu auras un Oscar pour tous les films que tu réalises.

**A Adèle**, tout d'abord pour ta capacité à canaliser Pierre. Ensuite pour ton savoir vivre, ton humour et ton écoute.

**A Pierrick**, pour ta profonde gentillesse, ton écoute et tous les plats que tu as terminés (les lave-vaisselles te remercient également).

**A Marie-Victoire**, pour ta gentillesse et pour toutes les belles chansons turques que tu nous chantes.
A **Julie**, la distance nous a éloignés mais je garde d'excellents souvenirs de nos soirées, de nos stages d'externat et des glaces que nous chapardions à l'internat.

A **Maxime**, pour ta gentillesse et toutes les soirées au Vogue que l'on a passée.

A **Claire**, pour ta gentillesse et ta disponibilité.

A **Anne-Héloïse**, pour toutes nos années d'études et toutes les soirées que nous avons faites. Nous nous sommes quelque peu éloignés, mais j'espère que nous arriverons à rester en contact.

A **Pierre L.**, pour ta gentillesse, ta curiosité et pour toutes les glaces que tu ramèneras cet été.
## A mes chefs,

**A Carole**, pour votre disponibilité et votre gentillesse. Je suis ravi d'avoir publié mon premier cas pour diagnostic avec vous.

**A Jean-Fortuné**, pour votre gentillesse et vos talents de footballeur.

**A Nelly**, pour ta gentillesse et ta disponibilité. J'ai été ravi de te découvrir comme co-interne et avoir appris à te connaître comme chef. Grâce à toi j'ai appris énormément.

**A Jean-René**, pour tes talents que ça soit en anatomopathologie, au football ou encore sur Instagram. Tu es mon mentor, et j'espère que ton intelligence aura su m'inspirer pour le reste de ma vie professionnelle.

**A Estelle**, pour ta bienveillance. Tu maitrises l'art mystique de la fœtopathologie et j'espère pouvoir encore apprendre à tes côtés.

**A Alexandra**, pour ta gentillesse, ton humour et ton intelligence. Je n'ai pas eu l'occasion de t'avoir comme chef au CHU mais les quelques cas que nous avons fait ensemble m'ont appris énormément.

**A Lewis**, pour ta disponibilité et ton amitié. Tu as été officiellement, durant une journée, mon premier chef au CHU. Je suis ravi d'être toujours en contact régulier avec toi. J'espère te revoir rapidement.

**A Christophe**, pour ta bienveillance, ta disponibilité et ton intelligence. Tes séances de lames m'ont tant appris. J'espère pouvoir faire tes spécialités avant de terminer mon internat et avoir la chance de rejouer contre toi au football pour te marquer.

**A Rana**, pour votre disponibilité et votre bienveillance.

**A Daniela**, pour votre gentillesse et pour m'avoir formé à la macroscopie lors de mes débuts.

**Au Dr DALI**, pour votre disponibilité et votre bienveillance.

**Au Dr BENDJABALLAH**, pour votre disponibilité et votre bienveillance.

**Au Dr CAMPARO**, pour votre humour et pour avoir pris le temps de me former à l'uropathologie.

**Au Dr PETIT**, pour votre accueil chaleureux et votre bienveillance.

**Au Dr NEUVILLE**, pour votre accueil, votre disponibilité et votre bienveillance.
## A mes co-internes,

**A Clémence**, ça a toujours été évident, on a immédiatement su que l'on était une équipe et qu'il fallait que l'on prenne soin l'un de l'autre. Mon internat aurait été différent sans toi. Tu es une amie.

**A Marion**, pour tout l'amusement que tu me procures, pour ton côté décalé et ta folie. Notre semestre ensemble restera dans ma mémoire comme une grande récréation où le sérieux se mêlait à l'espièglerie. Il me tarde de vivre d'autres moments comme ceux-là.

**A Robin**, pour ce semestre Beauvaisien durant lequel on a passé beaucoup de bons moments et vécu pas mal d'aventures.

**A Amine**, pour ta gentillesse et ton humour acerbe. J'attends toujours un concerto de contrebasse mais je n'espère pas devoir aller à Saint-Quentin pour l'écouter.

**A Amel**, j'aurais tant aimé passer plus de semestres avec toi. C'est toujours un plaisir de te retrouver au Carrefour Pathologie, et sur Paris.

**A Pierre**, pour ton rire qui restera gravé dans ma mémoire et pour ton écoute. Tu as été un super co-interne. J'ai espoir que nos chemins se croiseront tout au long de notre vie.

**A Arnaud**, pour ton incroyable bonté, pour ton humour et ton calme. Tu es un sacré personnage. J'espère te voir jouer au foot plus régulièrement.

**A Benjamin**, pour ta barbe mais aussi pour ta gentillesse et ton sérieux. Je regrette de ne pas t'avoir comme chef au semestre prochain.

**A Guillaume**, pour ta passion pour le rhum et le pastis, ta gentillesse et ton humour. J'espère avoir la chance de te retrouver sur ton bateau dans les îles.

**A Axel**, pour l'évolution de tes cheveux, pour tes talents de pathologiste et de footballeur ainsi que pour ta gentillesse. Je regrette que tu ne fasses pas plus de soirées Amiénoises car c'est toujours un plaisir lorsque tu m'emmènes sur ta trottinette.

**A Marine**, pour tes qualités de correcteur d'orthographe, ton humour acidulé et ta gentillesse. J'ai hâte de faire un semestre avec toi, on s'amusera bien.

**A Olivier**, pour ton amitié et ton humour décalé. Je t'appréciais comme co-interne, mais je t'apprécie aussi comme confrère même si tu fais de la médecine vasculaire.
A Chloé, pour tes yeux de lynx et pour ta douceur. C'est un plaisir de te voir chaque lundi, j'ai hâte de travailler avec toi.

A Diren, pour ta curiosité sans fin et pour ta gentillesse. C'est un plaisir de te présenter des lames et j'ai hâte de faire un semestre avec toi, on risque de bien s'amuser.
**A l'équipe technique du CHU** : Merci de m'avoir accompagné, d'avoir été patient lors de mes débuts en macroscopie, d'avoir fait les centaines de niveaux et d'immunos que je demandais tard le soir et que vous découvriez tôt le matin. Merci au secrétariat pour avoir tapé tous mes comptes rendus et avoir fait tant d'envois. Merci pour toutes ces journées passées à l'antenne Sud, pour toutes les pauses café que nous avons vécues, pour tous les anniversaires et les petits-déjeuners que nous avons savourés.

**A Louis-Victor, Mahé, Ahmed, Chloé, Richard, Valentin**, la fameuse équipe des techniciens footeux. On a passé tant de bons moments ensemble, que ça soit sur la pelouse ou bien autour d'une bière. J'ai hâte de revivre d'autres bons moments comme ceux-là.

**Elodie, Laurelenn, Léa, Marie-Pierre, Cathy, Christine, Florine, Morgan, Mathieu, Sylvie, Elise, Valentine**, pour votre gentillesse et pour tous les bons moments que l'on a vécus ensemble. Que ça soit en dansant le rock, en jouant au tennis de table, ou en partageant de simples moments de vie.

**A Dominique**, le pilier du service. Tu es toujours disponible et à l'écoute. Tes fameux clapping ont ambiancé plus d'une soirée.

**A Isabelle D, Catherine, Sophie, Dorothée, Mathilde, Isabelle T**, pour votre gentillesse, je suis ravi de travailler avec vous.
**A l'équipe de Beauvais** : grâce à vous j'ai passé l'un des meilleurs semestres de mon internat. Durant 6 mois, c'était plein de gaité que je faisais la route pour Beauvais et pour vous retrouver. Merci pour votre accueil.

**A l'équipe de Saint-Quentin** : vous m'avez initié à l'anatomopathologie. Ce fut des débuts rocambolesques avec la Covid-19. Je garde d'agréables souvenirs de tous les moments que nous avons passés ensemble. Merci pour votre accueil.

**A l'équipe d'Ipath** : vous m'avez accueilli à bras ouverts et ce fut un incroyable et agréable semestre que j'ai passé avec vous. Merci.

**A l'équipe de biologie moléculaire** : merci pour votre accueille. Ce semestre qui débute promet d'être très agréable et riche en convivialité.
TABLE DES MATIERES

<table><tr><td>I. INTRODUCTION</td><td>1</td></tr><tr><td>A. Chronologie - Épidémiologie</td><td>1</td></tr><tr><td>B. Symptomatologie - Mortalité</td><td>1</td></tr><tr><td>C. Mode de contamination</td><td>2</td></tr><tr><td>D. But de l'étude</td><td>3</td></tr><tr><td>II. MATERIELS ET METHODES</td><td>4</td></tr><tr><td>A. Structure de l'étude</td><td>4</td></tr><tr><td>B. Collection des données</td><td>4</td></tr><tr><td>C. Procédure des prélèvements chirurgicaux et à l'aiguille</td><td>4</td></tr><tr><td>D. Analyse histologique</td><td>5</td></tr><tr><td>III. RESULTATS</td><td>6</td></tr><tr><td>A. Informations cliniques</td><td>6</td></tr><tr><td>B. Résultats histologiques</td><td>7</td></tr><tr><td>1. Prélèvements pulmonaires</td><td>7</td></tr><tr><td>2. Prélèvements rénaux</td><td>12</td></tr><tr><td>3. Prélèvements myocardiques</td><td>14</td></tr><tr><td>4. Prélèvements hépatiques</td><td>16</td></tr><tr><td>5. Prélèvements musculaires</td><td>18</td></tr><tr><td>6. Prélèvements thyroïdiens</td><td>18</td></tr><tr><td>7. Prélèvements du tissu adipeux</td><td>18</td></tr><tr><td>C. Étude immunohistochimique de l'anticorps anti-SARS-CoV-2</td><td>18</td></tr><tr><td>D. Causes de la mort</td><td>21</td></tr><tr><td>IV. DISCUSSION</td><td>22</td></tr><tr><td>A. Interprétation des résultats</td><td>22</td></tr><tr><td>B. Données complémentaires de la littérature</td><td>25</td></tr><tr><td>C. Étude immunohistochimique et études complémentaires</td><td>29</td></tr><tr><td>D. Facteurs limitants de notre étude</td><td>29</td></tr></table>
V. CONCLUSION..................................................................................................................31

VI. BIBLIOGRAPHIE : ..................................................................................................................32
**INDEX :**

**OMS** : Organisation Mondiale de la Santé

**CHU** : Centre Hospitalo-Universitaire

**SARS / SDRA** : Severe Acute Respiratory Syndrome / Syndrome de Détresse Respiratoire Aigu.

**ARN** : Acide Ribonucléique

**NM** : Nanomètre

**ACE2** : Angiotensine-Converting Enzyme 2

**TMPRSS2** : Protéase transmembranaire à sérine 2

**PCR** : Polymerase Chain Reaction

**PAS** : Periodic Acid Schiff

**IHC** : Immunohistochimie

**CMV** : Cytomégalovirus

**ISH** : Hybridation In Situ

**dd-PCR** : digital droplet Polymerase Chain Reaction
# I. INTRODUCTION

## A. Chronologie - Épidémiologie

En décembre 2019, les premiers cas d'infection à la Covid-19 étaient détectés à Wuhan en Chine, notamment au niveau du marché de fruits de mer de Huanan.

Le 31 janvier 2020, 9692 cas de pneumopathies causées par le coronavirus étaient confirmés en Chine.

Le 11 mars 2020, l'OMS déclarait l'état de pandémie suite à sa propagation rapide et mondiale.

A ce jour, plus de 688 millions de cas ont été recensés et plus de 6,87 millions de décès sont imputés au SARS-CoV-2 (our world in data).

La Picardie était également très touchée avec 433 hospitalisations, dont 113 patients hospitalisés en réanimation, entre le début de la pandémie et le mois d'avril 2020, au CHU d'Amiens Picardie [1].

## B. Symptomatologie - Mortalité

Les principaux symptômes rapportés en cas de Covid-19 sont la fièvre, la toux, les myalgies, l'asthénie, les céphalées, l'anosmie, les expectorations, la diarrhée, la dyspnée, l'hémoptysie [2,3]. Ces symptômes, non spécifiques, peuvent évoluer vers un syndrome de détresse respiratoire aiguë (SDRA), 3,4% des patients infectés par le SARS-CoV-2 évoluent vers le SDRA et 72% à 93% de ces patients décèdent des complications liées au SDRA [4].

Au CHU d'Amiens Picardie, la mortalité des patients hospitalisés suite à la Covid-19 s'élevait à 20,3% entre le début de la pandémie et le 21 avril 2020 [1].
C. Mode de contamination

La Covid-19 est causée par le SARS-CoV-2. Il s'agit d'un virus dont le diamètre est compris entre 60 et 140 nm. En surface, il est recouvert de péplomères connus sous l'anglicisme « protéine Spike » (figure 1) [5]. Ce virus fait partie de l'ordre des Nidovirales, de la famille des Coronaviridae et du genre bêta-coronavirus [6]. Ce genre regroupe, entre autres, le SARS-CoV-1 et le MERS-CoV, responsables d'épidémies mineures en Asie et au niveau de la région méditerranéenne en 2003 et 2012.

<figure><img src="image_2.png" /><figcaption>Figure 1 : Modèle scientifique du SARS-Cov-2.</figcaption></figure>

Alexey Solodovnikov (Idea, Producer, CG, Editor), Valeria Arkhipova (Scientific Consultant)
— Travail personnel.

Le SARS-CoV-2 est principalement transmis par les microgouttelettes et les aérosols. Il contamine le patient par le système respiratoire mais également par le système digestif. Le virus se lie aux cellules hôtes par le biais de ses péplomères à certains récepteurs cellulaires, l'enzyme de conversion de l'angiotensine 2 (ACE2) et la protéase transmembranaire à sérine 2 (TMPRSS2) [7–11].

Le SARS-CoV-2 fait partie du groupe 3 de la classification du comité consultatif sur les agents pathogènes. Il est ainsi nécessaire, lors des autopsies pour des patients décédés de la Covid-19, qu'elles soient réalisées avec une ventilation adéquate et dans une salle séparée du reste du service mortuaire. Il est recommandé également d'effectuer l'ouverture de la boite crânienne à l'aide d'une scie circulaire munie d'un système d'aspiration [12–14].
D. **But de l'étude**

Notre étude avait pour but d'analyser et de décrire les lésions pulmonaires, rénales, cardiaques, musculaires et hépatiques chez des patients décédés de la Covid-19 ou d'une probable infection au SARS-CoV-2 au Centre Hospitalo-Universitaire (CHU) d'Amiens au début de la pandémie à partir de prélèvements post-mortem ciblés.

Pour compléter cette étude, nous avons testé un anticorps anti-SARS-CoV-2 en étude immunohistochimique afin d'évaluer son utilité en cas de lésion liées au SARS-CoV-2.
## II. MATERIELS ET METHODES

### A. Structure de l'étude

Notre travail était une étude descriptive, prospective, monocentrique, menée au CHU d'Amiens entre mars et mai 2020.

Le critère d'inclusion des patients dans l'étude était d'être décédé au CHU d'Amiens de la Covid-19. Le diagnostic de la Covid-19 était fait par test PCR ou par la présence de lésions scanographiques spécifiques, en accord avec les critères de l'OMS au moment de l'inclusion.

Les prélèvements étaient réalisés après avoir obtenu le consentement oral de la personne de confiance et après avoir consulté le registre national des refus.

Il était réalisé des prélèvements des poumons, du cœur et des muscles ainsi que des ponctions à l'aiguille des reins et du foie. Pour certains patients, il était également prélevé du tissu adipeux et du tissu thyroïdien.

### B. Collection des données

Les renseignements démographiques des patients, incluant l'âge et le genre, les comorbidités, la présentation clinique et les résultats biologiques étaient collectés à partir du logiciel DxCare.

### C. Procédure des prélèvements chirurgicaux et à l'aiguille

Les prélèvements étaient réalisés post-mortem dans le service mortuaire du CHU d'Amiens par un médecin réanimateur.

Pour les prélèvements pulmonaires, une incision de deux centimètres était réalisée au niveau du quatrième espace intercostal au milieu de la ligne axillaire. Le muscle pectoral était prélevé puis écarté. Ensuite une incision de la plèvre et du péricarde était faite afin de réaliser des prélèvements pulmonaire et myocardique. Les prélèvements étaient réalisés au bistouri. Dans le cas où l'aspect pulmonaire était hétérogène, il était choisi de prélever la zone la plus
pathologique macroscopiquement, comme les régions hémorragiques, ou faisant suspecter
une zone suppurée.

Les ponctions rénale et hépatique étaient réalisées avec des aiguilles à biopsie de 14 gauges,
guidées par échographie.

Les prélèvements étaient ensuite envoyés dans le service d'anatomopathologie.

D. Analyse histologique

L'ensemble des échantillons étaient préparés pour permettre l'analyse histologique. Les
prélèvements post-mortem étaient placés dans du formol à 10%.

Les prélèvements post-mortem étaient inclus en bloc de paraffine et coupés au microtome avec une épaisseur de 3 µm par un technicien. Les rubans étaient apposés sur des lames qui étaient colorées par de l'hématoxyline, de l'éosine et du safran.

Les prélèvements hépatiques étaient colorés par la coloration du trichrome de Masson ainsi que par la coloration de Perls. Les prélèvements par ponction rénale étaient colorés par la coloration du trichome de Masson, la coloration de l'acide périodique de Schiff (PAS), la coloration de Gomori et la coloration du rouge Congo. Les prélèvements pulmonaires étaient colorés par la coloration de PAS et la coloration de Grocott.

Une étude immunohistochimique était réalisée systématiquement sur les prélèvements pulmonaires avec les anticorps anti-CD3 (DAKO, 1/50), anti-CD4 (Roche, prédilué), anti-CD163 (Ventana, prédilué), anti-facteur VIII (DAKO, 1/100) afin de marquer certains lymphocytes et les macrophages.

Une étude immunohistochimique était réalisée sur les prélèvements pulmonaires, cardiaques et rénales avec l'anticorps mouse monoclonal SARS-CoV / SARS-CoV-2 anti-Spike (Clone 1A9, GeneTex Inc, Irvine, California, 1/200).

Les lames ont été lues par un anatomopathologiste expérimenté et un interne en anatomopathologie.
### III. **RESULTATS**

#### A. **Informations cliniques**

Durant la période d'inclusion, des prélèvements post-mortem ont été réalisés sur 20 patients.

La population était composée de 14 hommes et de 6 femmes. L'âge médian était de 75,5 ans (écart interquartile : 66,8 – 84,3 ans). L'indice de masse corporel médian était de 26.4 kg/m² (écart interquartile : 24.5 – 29.4 kg/m²). Les patients présentaient des comorbidités importantes, cinq patients étaient fumeurs, 4 patients présentaient une bronchopathie pulmonaire obstructive chronique, 14 patients souffraient d'hypertension artérielle, 8 patients d'une pathologie cardiaque, 8 patients de diabète, 7 patients présentaient une pathologie rénale chronique et 1 patient une pathologie hépatique chronique, 5 patients avaient un cancer.

Les patients présentaient à l'admission divers symptômes. Quinze présentaient une dyspnée (75%), 6 de la toux (30%), 9 de la fièvre (45%), 3 étaient confus (15%) et 1 était anosmique (5%). Certains présentaient des symptômes gastro-intestinaux, 2 avaient des nausées et des vomissements (10%) et 2 avaient la diarrhée (10%). Deux présentaient des douleurs thoraciques (10%). Huit patients (40%) ont été admis en réanimation et placés sous ventilation mécanique.

Les tests biologiques ont montré une lymphopénie chez 7 patients (35%). Les patients présentaient également un taux de protéine C réactive médian de 150 mg/l (écart interquartile 65,5 – 214,5 mg/l). Treize patients ont un test PCR positif (65%).

Dix patients (50%) ont développé une insuffisance rénale aiguë.

Dix patients (50%) ont été traités par antibiotiques devant une suspicion de surinfection bactérienne.
## B. Résultats histologiques

Les prélèvements post-mortem étaient réalisés pour les organes suivants : cœur (n : 20), poumon (n : 20), foie (n : 20), rein (n : 17), muscle strié (n : 16), thyroïde (n : 8), tissu adipeux (n : 4).

### 1. Prélèvements pulmonaires

Dix-neuf prélèvements pulmonaires étaient informatifs (95%). Un prélèvement n'était pas contributif car il n'intéressait pas le parenchyme pulmonaire.

Les lésions pulmonaires étaient focales dans 11 cas (58%) et diffuses dans 8 cas (42%). Des lésions d'inflammation chronique, définies par un infiltrat inflammatoire lymphocytaire, étaient présentes dans 18 cas (95%) associées à des lésions d'inflammation aiguë, définies par la présence de polynucléaires neutrophiles, dans 12 cas.

Des lésions de pneumopathie par inhalation étaient visualisées dans 2 cas (11%), définies par la présence de fibrine, de polynucléaires neutrophiles et de macrophages (figure 2) associés à la présence de corps étrangers, à type d'élément du bol alimentaire, au sein des bronchioles et des alvéoles.

Une pneumopathie interstitielle était visible dans 18 cas (95%). Elle était composée de septa élargis, infiltrés par quelques éléments inflammatoires mononucléés et des faisceaux de cellules musculaires.

Dans 12 cas (63%), il était décrit du tissu de granulation comportant des fibroblastes et des myofibroblastes.

Quelques dépôts de fibrine (figure 1) au sein des alvéoles étaient visualisés dans 5 cas (26%).
<figure><img src="image_3.png" /><figcaption>**Figure 1** : Prélèvement pulmonaire montrant un infiltrat inflammatoire diffus, associé à la présence d'alvéoles comblées par un matériel éosinophile, coloration HES, x25</figcaption></figure>

<figure><img src="image_4.png" /><figcaption>**Figure 2** : Prélèvement pulmonaire montrant un infiltrat inflammatoire diffus, coloration HES, x300</figcaption></figure>

Il était trouvé des lésions de bronchiolite dans deux cas (11%), définies par la présence d'un infiltrat inflammatoire dense composé de petits lymphocytes T (CD3+) de type auxiliaire (CD4+) ou cytotoxique (CD8+) (figure 3) associé à la présence de macrophages (CD163+) autour des bronchioles.
<figure><img src="image_5.png" /><figcaption>Figure 3 : étude immunohistochimique du CD3 (A) et du CD8 (B), x25</figcaption></figure>

Des macrophages (CD163+) étaient observées dans quelques alvéoles dans tous les prélèvements. Dans 18 cas (95%), il était visualisé quelques macrophages (CD163+) au niveau des septa intra-alvéolaires (figure 4). Il était trouvé des cellules géantes multi-nucléées dans 5 cas (26%) (figure 5).

<figure><img src="image_6.png" /><figcaption>Figure 4 : étude immunohistochimique du CD163 sur un prélèvement pulmonaire, x50</figcaption></figure>
<figure><img src="image_7.png" /><figcaption>Figure 5 : Prélèvement bronchique montrant un infiltrat inflammatoire polymorphe associé à la présence de cellules géantes multinucléées, coloration HES, x100</figcaption></figure>

Il n'était pas visualisé d'argument en faveur de thrombose vasculaire, la recherche de mégacaryocytes par l'anticorps anti-FVIII s'est avérée négative.

Des pneumocytes avec des noyaux élargis étaient vus dans 16 cas (84%). Des inclusions éosinophiles au sein de pneumocytes étaient observées dans 1 cas (5%), la recherche d'une co-infection par le CMV avec l'anticorps anti-CMV était négative.

Des thrombi fibrineux étaient repérés dans les petits vaisseaux dans 12 cas (63%). Un infiltrat inflammatoire autour des vaisseaux était vu dans 8 cas (42%). Des cellules endothéliales en desquamation était vues dans 1 cas (5%), possiblement en lien avec l'autolyse post-mortem. Les vaisseaux dystrophiques montraient une fibrose de l'intima et de la media dans 12 cas (63%).

Des dépôts d'amylose étaient présents dans la paroi des petits vaisseaux des poumons dans 2 cas (11%) et 2 cas (11%) présentaient des embolies graisseuses.

Aucun élément bactérien ou fungique n'a été trouvé.
<table><caption>Tableau 1 : Histopathologie pulmonaire</caption><tr><td>Nombre de prélèvements contributifs : n(%)</td><td>19 (95%)</td></tr><tr><td>Dommages focaux :</td><td>11 (58%)</td></tr><tr><td>Dommages diffus :</td><td>8 (42%)</td></tr><tr><td>Tissu de granulation :</td><td>12 (63%)</td></tr><tr><td>Dépôts de fibrine :</td><td>5 (26%)</td></tr><tr><td>Pneumopathie par inhalation : n(%)</td><td>2 (11%)</td></tr><tr><td>Cellules inflammatoires : n(%)</td><td></td></tr><tr><td>Macrophages au niveau des septas intra-alvéolaires :</td><td>18 (95%)</td></tr><tr><td>Infiltrat dense composé de lymphocytes T autour des bronchioles :</td><td>2 (11%)</td></tr><tr><td>Macrophages au sein des alvéoles :</td><td>19 (100%)</td></tr><tr><td>Cellules géantes multi-nucléées :</td><td>5 (26%)</td></tr><tr><td>Mégacaryocytes :</td><td>0 (0%)</td></tr><tr><td>Pneumocytes : n(%)</td><td></td></tr><tr><td>Pneumocytes au noyau élargi :</td><td>16 (84%)</td></tr><tr><td>Inclusion nucléaire éosinophile dans le noyau des pneumocytes :</td><td>1 (5%)</td></tr><tr><td>Vaisseaux : n(%)</td><td></td></tr><tr><td>Thrombus fibrineux :</td><td>12 (63%)</td></tr><tr><td>Infiltrat inflammatoire péri-vasculaire :</td><td>8 (42%)</td></tr><tr><td>Cellules endothéliales en desquamation :</td><td>1 (5%)</td></tr><tr><td>Vaisseaux dystrophiques avec fibrose de l'intima et de la média :</td><td>12 (63%)</td></tr><tr><td>Dépôts d'amylose :</td><td>2 (11%)</td></tr><tr><td>Embolies graisseuses :</td><td>2 (11%)</td></tr></table>
## 2. Prélèvements rénaux

Treize prélèvements rénaux étaient informatifs (76% des cas). Quatre prélèvements étaient non contributifs car ils n'intéressaient pas le parenchyme rénal.

Les lésions de nécrose post-mortem des cellules épithéliales des tubes proximaux et distaux étaient considérées comme normales car lié à l'autolyse post-mortem.

Dans 5 cas (38%), les artérioles rénales montraient des lésions sévères d'artériosclérose avec un épaississement et une fibrose de l'intima et de la média en lien avec des comorbidités cardiovasculaires.

Dans 6 cas (46%), il existait au sein de l'interstitium des petits focus de lymphocytes. Ces lésions correspondaient à une néphrite interstitielle non spécifique.

Dans 3 cas (23%), il y avait des dépôts de collagène dans quelques glomérules, compatibles avec le diagnostic de hyalinose segmentaire et focale.

Dans 1 cas (8%), il y avait de nombreux micro-abcès avec la présence de polynucléaires neutrophiles au sein de l'interstitium, autour des tubules et des glomérules. Ces lésions ont conduit au diagnostic de pyélonéphrite aiguë (figure 6).

Aucun dépôt amyloïde n'a été visualisé.

<table><caption>Tableau 2 : Histopathologie rénale</caption><tr><td>Nombres de prélèvements contributifs : n (%)</td><td>13 (76%)</td></tr><tr><td>Nombre de prélèvements normaux : n (%)</td><td>5 (38%)</td></tr><tr><td>Nombre de prélèvements avec des lésions : n (%)</td><td>8 (62%)</td></tr><tr><td>- Artériosclérose :</td><td>5 (38%)</td></tr><tr><td>- Néphrite interstitielle :</td><td>6 (46%)</td></tr><tr><td>- Hyalinose segmentaire et focale :</td><td>3 (23%)</td></tr><tr><td>- Pyélonéphrite aiguë :</td><td>1 (8%)</td></tr></table>
<figure><img src="image_8.png" /><figcaption>Figure 6 : Prélèvement rénale en coloration HES (A) et en coloration de Jones (B) montrant des lésions de néphrite interstitielle ainsi que des lésions de pyélonéphrite aiguë</figcaption></figure>
### 3. Prélèvements myocardiques

Tous les prélèvements myocardiques étaient contributifs (100%).

Dans 9 cas (45%), les prélèvements étaient dans les limites de la normale. L'œdème et la dystrophie cytoplasmique post-mortem ou les altérations nucléaires des myocytes étaient considérés comme normales en lien avec l'autolyse post-mortem.

Dans 9 cas (45%), il existait des épaississements fibreux plus ou moins importants au sein du tissu interstitiel associés à la présence de macrophages pour 1 cas. Ces lésions correspondaient à des lésions de cardiopathie ischémique chronique. Dans 1 cas ces lésions étaient associées à la présence de polynucléaires neutrophiles, ce qui permettait de conclure à des lésions de cardiopathie ischémique aiguë (figure 7).

Dans 1 cas (5%), des dépôts amyloïdes éosinophiles étaient trouvés au sein du tissu interstitiel. Ces dépôts étaient colorés par le Rouge Congo et ils étaient marqués par l'anticorps anti-transthyrétine, ce qui correspondait à une amylose sénile.

Dans 1 cas (5%) des petits focus de lymphocytes et de macrophages étaient vus au sein des fibres myocardiques, cela concordait avec le diagnostic de myocardite.

<table><caption>Tableau 3 : Histopathologie myocardique</caption><tr><td>Nombre de prélèvements contributifs : n(%)</td><td>20 (100%)</td></tr><tr><td>Lésions de cardiopathie ischémique : n(%)</td><td>9 (45%)</td></tr><tr><td>- Chronique :</td><td>8 (40%)</td></tr><tr><td>- Aiguë :</td><td>1 (5%)</td></tr><tr><td>Autres lésions : n(%)</td><td></td></tr><tr><td>- Amylose sénile :</td><td>1 (5%)</td></tr><tr><td>- Myocardite :</td><td>1 (5%)</td></tr></table>
<figure><img src="image_9.png" /><figcaption>Figure 7 : prélèvement cardiaque montrant des lésions de myocardite au grossissement x50
(A) et x200 (B)</figcaption></figure>
## 4. Prélèvements hépatiques

Toutes les ponctions hépatiques étaient contributives (100%).

Pour 4 cas (20%), il était diagnostiqué une cirrhose micronodulaire.

Des lésions de foie vasculaire étaient trouvées dans 13 cas (65%) avec une dilatation des veines centro-lobulaires et des sinusoïdes pour les 13 cas, une fibrose de l'espace péri-sinusoïdal pour 4 cas (figure 8).

Une nécrose péri-centrolobulaire était visualisée pour 2 cas (10%).

Une stéatose modérée (< 30%) était vue pour 2 cas (10%).

Une inflammation portale, composée de lymphocytes et de macrophages, était visualisée dans 6 cas (30%).

Dans 1 cas (5%), il était trouvé une inflammation lobulaire associée à la présence de petits granulomes composés de macrophages, lymphocytes et de quelques polynucléaires éosinophiles.

Dans 1 cas, il existait une inflammation au sein des sinusoïdes composée de nombreux lymphocytes (5%).

Des dépôts amyloïdes étaient présents au sein de la paroi de petits vaisseaux hépatiques dans un cas (5%).

<table><caption>Tableau 4 : Histopathologie hépatique</caption><tr><td>Nombre de prélèvements contributifs : n(%)</td><td>20 (100%)</td></tr><tr><td>Cirrhose micronodulaire : n(%)</td><td>4 (20%)</td></tr><tr><td>Lésions de foie vasculaire : n(%)</td><td>13 (65%)</td></tr><tr><td>- Dilatation de veines centrolobulaires et des sinusoïdes :</td><td>13 (65%)</td></tr><tr><td>- Fibrose de l'espace péri-sinusoïdal :</td><td>4 (20%)</td></tr></table>
<table><tr><td>Autres lésions : n(%)</td><td></td></tr><tr><td>- Nécrose péri-centrolobulaire :</td><td>2 (10%)</td></tr><tr><td>- Stéatose modérée :</td><td>2 (10%)</td></tr><tr><td>- Inflammation portale :</td><td>6 (30%)</td></tr><tr><td>- Inflammation lobulaire :</td><td>1 (5%)</td></tr><tr><td>- Dépôts amyloïdes :</td><td>1 (5%)</td></tr></table>

<figure><img src="image_10.png" /><figcaption>Figure 8 : ponctions hépatiques à la coloration HES montrant une inflammation portale associée à la présence de lésions d'hépatite, au grossissement x50 (A) et à la coloration du Trichrome de Masson et au grossissement x100 (B)</figcaption></figure>
## 5. Prélèvements musculaires

Tous les prélèvements étaient informatifs (100%).

Le tissu musculaire était normal, excepté pour un cas (6,25%) qui présentait une atrophie des fibres musculaires.

Aucune lésion de myosite n'était visualisée.

## 6. Prélèvements thyroïdiens

Deux prélèvements étaient contributifs (25%). Ces deux prélèvements étaient normaux. Les autres prélèvements n'étaient pas contributifs par absence de parenchyme thyroïdien.

## 7. Prélèvements du tissu adipeux

Tous les prélèvements étaient contributifs (100%). Ils ne présentaient aucune lésion.

## C. Étude immunohistochimique de l'anticorps anti-SARS-CoV-2

Sur les 20 prélèvements pulmonaires, 19 prélèvements étaient contributifs (95%) lors de l'étude en immunohistochimie. Un prélèvement n'était pas contributif car le bloc d'inclusion n'était pas retrouvé. Cinq prélèvements présentaient un marquage cytoplasmique, focal et hétérogène de l'anticorps anti-SARS-CoV-2 (26%). Ce marquage semblait être exprimé par des macrophages. Sur un prélèvement, les pneumocytes semblaient également exprimer l'anticorps anti-SARS-CoV-2 (figure 9).

Sur les 20 prélèvements cardiaques, 18 étaient contributifs (90%) lors de l'étude en immunohistochimie. Deux prélèvements n'étaient pas contributifs car les blocs n'étaient pas retrouvés. Aucun n'a exprimé l'anticorps (0%). Un bruit de fond, caractérisé par un marquage non spécifique, était souvent observé au niveau du cytoplasme des cellules musculaires cardiaques.
Sur les 17 ponctions rénales, 13 étaient contributives (76%) lors de l'étude en immunohistochimie. Quatre n'étaient pas contributives car les blocs n'étaient pas retrouvés. Cinq présentaient un marquage cytoplasmique d'éléments inflammatoires ou au sein des cellules des glomérules (38,4 %).

Sur une des ponctions rénales, il a été trouvé des lésions de pyélonéphrite aiguë. Sur ce prélèvement, il existe une expression de l'anticorps anti-SARS-CoV-2. Cette concordance entre signes histologiques et immunohistochimiques peut être un argument en faveur de l'origine virale liée au SARS-CoV-2 de la pyélonéphrite aiguë (figures 10 et 11).

Chez un patient, les prélèvements pulmonaire et rénale étaient tous les deux positives.

Sur les 20 ponctions hépatiques, 18 étaient contributives (95%) lors de l'étude en immunohistochimie. Deux n'étaient pas contributives car les blocs n'étaient pas retrouvés. Quatorze (78%) présentaient un marquage granuleux au sein du cytoplasme des hépatocytes dont l'interprétation est difficile.

Parmi ces quatorze ponction, 3 étaient associées à une expression de l'anticorps anti-SARS-CoV-2 au niveau des prélèvements pulmonaires et 4 étaient associées à l'expression de l'anticorps anti-SARS-CoV-2 au sein des prélèvements rénaux.

<figure><img src="image_11.png" /><figcaption>**Figure 9** : étude immunohistochimique de l'anticorps anti-SARS-CoV-2 sur un prélèvement pulmonaire, au grossissement x400.</figcaption></figure>
<figure><img src="image_12.png" /><figcaption>Figure 10 : étude immunohistochimique de l'anticorps anti-SARS-CoV-2 sur une ponction rénale au grossissement x200.</figcaption></figure>

<figure><img src="image_13.png" /><figcaption>Figure 11 : étude immunohistochimique de l'anticorps anti-SARS-CoV-2 sur une ponction rénale au grossissement x400.</figcaption></figure>
<figure><img src="image_14.png" /><figcaption>Figure 12 : étude immunohistochimique de l'anticorps anti-SARS-CoV-2 sur une ponction hépatique au grossissement x200.</figcaption></figure>

## D. Causes de la mort

En nous basant sur l'analyse histopathologique des prélèvements viscéraux et les données cliniques, la cause de la mort était déterminée pour 19 cas (95%).

La pneumopathie à SARS-CoV-2 était la cause principale. En effet, pour les 19 patients (95%) il s'agissait de la cause du décès. Parmi ces 19 patients, 2 patients (10,5%) présentaient une pneumopathie d'inhalation et 1 patient (5,2%) présentait une bronchopneumopathie d'origine bactérienne.

Onze patients (58%) présentaient une décompensation cardiaque. A l'examen histologique, 9 patients (47%) présentaient une cardiomyopathie ischémique liée à un terrain comorbide, 1 patient (5,2%) une amylose cardiaque liée à un terrain comorbide et 1 patient (5,2%) une myocardite dont l'origine virale n'a pas été confirmée par l'anticorps anti-SARS-CoV-2.

Un patient (5,2%) était suspect de présenter une embolie pulmonaire.
# IV. DISCUSSION

## A. Interprétation des résultats

Dans ce travail, nous avons étudié une série comportant 20 patients décédés de la Covid-19, présentant de nombreuses comorbidités, pour lesquels nous avons réalisé des prélèvements ciblés post-mortem au niveau des poumons, du cœur, des reins, du foie, des muscles, du tissu adipeux et au niveau de la thyroïde.

Dans un premier temps, nous avons rapporté les symptômes cliniques et biologiques des patients qui composent cette cohorte. Les symptômes cliniques et biologiques correspondaient à ceux principalement rapportés dans la littérature. Dans les différents articles, la CRP était très souvent augmentée associée parfois à une leucopénie (< 4 x 10⁹ leucocytes / litre) avec une lymphopénie (< 10 x 10⁹ leucocytes / litre) et à une élévation de la prothrombine et des D-dimères ainsi qu'une élévation de la troponine ultra-sensible [2,3].

Le nombre de prélèvements pulmonaires contributifs était élevé. Les principales lésions pulmonaires que nous avons décrites chez ces patients décédés du SARS-CoV-2, étaient des lésions de pneumopathies focales ou diffuses associées à des alvéoles collabées. Il existait un infiltrat inflammatoire composé de lymphocytes T CD8+ et CD4+ et de quelques macrophages au sein des parois inter-alvéolaires avec des dépôts fibrineux au sein des alvéoles et des bronchioles. Ces lésions concordent avec ce qui a été décrit dans la littérature [15-20].

La présence des lymphocytes T CD8+ et CD4+ est une réaction inflammatoire commune dans la plupart des infections virales. Quelques jours après l'infection, les lymphocytes CD8+ aidés par les lymphocytes CD4+ éliminent le virus [6,21].

Nous avons également décrit la présence de macrophages et de cellules géantes multi-nucléées associés à la présence de pneumocytes en desquamation. Ces lésions ont également été rapportées dans la littérature [22,23].

Nous avons noté la présence de thrombi fibrineux dans la lumière de petits vaisseaux associés parfois à la présence d'un infiltrat inflammatoire au sein de la paroi de vaisseaux. Il est
difficile d'interpréter l'origine de ces lésions mais elles pourraient être la conséquence du contexte inflammatoire, dans ces cas liés au SARS-CoV-2, sans pour autant être spécifiques.

D'autres études ont été réalisées afin de déterminer les causes exactes du décès. Certaines de ces études ont intéressé des autopsies. Ces études rapportent que les poumons étaient généralement volumineux, œdémateux. Certains patients présentaient des lésions hémorragiques au sein du parenchyme pulmonaire. Il existait parfois des épanchements pleuraux ainsi que des signes d'embolie pulmonaire [24]. Les lésions histologiques au niveau pulmonaire étaient des lésions de dommage alvéolaire diffus associées à la présence d'œdème, d'un exsudat de protéines, d'une hyperplasie des pneumocytes, d'un infiltrat inflammatoire chronique interstitiel, à la présence de cellules géantes multi-nucléées et d'une congestion vasculaire [12,18].

<figure><img src="image_15.png" /><figcaption>**Figure 13** : Photographie macroscopique d'un poumon avec présence de thrombi. *Bradeley and al.* [24]</figcaption></figure>

Les prélèvements rénaux étaient moins contributifs que les prélèvements pulmonaires. Les lésions décrites n'étaient pas spécifiques de l'infection au SARS-CoV-2. En effet, la lésion principalement retrouvée était la présence de néphrite interstitielle aspécifique. Il existait également des lésions d'athérosclérose sans doute en lien avec l'âge avancé et les comorbidités des patients. Dans la littérature, les mêmes lésions sont décrites. Certains
articles évoquent également la présence d'une dégénérescence hydropique des tubes en lien avec l'autolyse post-mortem [15,25,26].

Cependant un patient présentait des lésions de pyélonéphrite aiguë. A l'examen immunohistochimique, il existe une expression de l'anticorps anti-SARS-CoV-2 sur ce même prélèvement. Ces données orientent vers l'origine virale de la pyélonéphrite aiguë.

Les lésions hépatiques étaient également contributives. Elles mettaient en évidence la présence de cirrhose hépatique chez 20% des patients ainsi que des lésions de foie vasculaire. Ces lésions peuvent être en lien avec l'âge des patients, mais également avec une infection au SARS-CoV-2, notamment lorsque ces lésions étaient associées à une nécrose péri-centrolobulaire. Ces données concordent avec ce que nous avons retrouvé dans la littérature [24].

Pour certains prélèvements, nous avons décrit des lésions inflammatoires polymorphes au niveau des sinusoïdes associées parfois à la présence de polynucléaires neutrophiles. Ces lésions pouvaient être en lien avec les lésions de foie vasculaire, mais également dues à l'infection au SARS-CoV-2.

Les prélèvements cardiaques étaient contributifs également. Elles mettaient en évidence la présence de lésions de cardiopathie ischémique chronique. Dans seulement un cas, ces lésions étaient associées à la présence de polynucléaires neutrophiles. Un cas présentait également des lésions de myocardite. Ces lésions sont non spécifiques, les lésions de cardiopathie chronique peuvent être en lien avec l'âge des patients. Les cas de cardiopathie ischémique aiguë et de myocardite pourraient être en lien une infection au SARS-CoV-2, cependant l'étude immunohistochimique s'est avérée négative pour chacun des cas. Dans la littérature les mêmes lésions sont décrites [15,27].

Les prélèvements musculaires étaient contributifs et n'ont pas mis en évidence de lésions suspectes d'être en lien avec la pathologie. Certaines ont mis en évidence la présence d'une atrophie musculaire, mais ces lésions sont certainement en lien avec l'âge avancé et le manque probable d'activité physique des patients.
Les autres prélèvements réalisés au niveau du tissu thyroïdien et du tissu adipeux étaient peu contributifs et n'ont pas été réalisés systématiquement chez tous les patients.

Dans notre étude, nous avons été marqués par le nombre de prélèvements présentant des dépôts amyloïdes. Certains modèles scientifiques expliquent la défaillance viscérale avec la formation de fibre amyloïdes en lien avec un contexte inflammatoire important [28,29].

## B. Données complémentaires de la littérature

Dans la littérature, des lésions cutanées ont été décrites. Il s'agissait de lésions purpuriques au niveau des mains et des pieds à type d'engelure [30].

<figure><img src="image_16.png" /><figcaption>Figure 14 : Photographies cliniques et histologiques de lésion cutanée. *Calmenero and al.*
[30]</figcaption></figure>

Une étude a mis en évidence la présence d'un infarctus splénique chez un patient atteint de la Covid-19 [24]. Une autre étude a mis en évidence une congestion de la rate associée parfois à une hémorragie. Il existait une diminution significative de la pulpe blanche, ainsi qu'un infiltrat inflammatoire riche en lymphocytes T avec une part importante de CD4+. Il existait également de nombreux sidérophages [15].

Une étude a également réalisé 12 autopsies chez des patients décédés de la Covid-19 et a mis en évidence la présence d'embolie pulmonaire massive pour 4 patients, des thromboses veineuses profondes sans embolie pulmonaire pour 3 patients et la présence de thrombose au niveau du plexus prostatique veineux chez 6 hommes [27].
<figure><img src="image_17.png" /><figcaption>**Figure 15 :** Photographie macroscopique de thrombose au niveau du plexus veineux prostatique. Wichmann and al. [31]</figcaption></figure>

Quelques études ont étudié le cerveau de patients décédés de la Covid-19, elles ont rapporté la présence de foyers micro-hémorragiques associés à la présence de lésions d'hypoxie associées à la présence de nombreux lymphocytes T [15,32,33].

<figure><img src="image_18.png" /><figcaption>**Figure 16 :** Photographie macroscopique d'une tranche de cerveau. Présence d'hémorragies avec une démyélinisation. Bryce and al. [15]</figcaption></figure>

Une étude a également étudié le placenta de patientes atteintes du SARS-CoV-2 au moment de l'accouchement. Cette étude mettait en évidence la présence d'une agglutination des villosités placentaires et de thrombi sous-choriaux chez les patientes positives au virus. Une étude immunohistochimique a été réalisée et était négative sur tous les placentas. Aucun nouveau-né n'était positif au SARS-CoV-2 au moment de la naissance [34].
<table><caption>Tableau 5 : Résumé des résultats d'autopsie de patients décédés de la COVID-19 dans la littérature</caption><thead><tr><th>Article</th><th>Poumon</th><th>Rein</th><th>Foie</th><th>Cœur</th></tr></thead><tbody><tr><td>Post-mortem examination of COVID-19 patients reveals diffuse alveolar damage with severe capillary congestion and variegated findings in lungs and other organs suggesting vascular dysfunction Menter et al. (2020) [35]</td><td>- Broncho-pneumopathie suppurée extensive et diffuse.<br/>- Dommages alvéolaires diffus</td><td>- Infarctus</td><td>- Congestion sinusoidal et extravasation d'hématie<br/>- Steatose</td><td>- Hypertrophie myocardique<br/>- Athérosclérose de l'aorte.</td></tr><tr><td>Post-mortem findings in Italian patients with COVID-19, a description full autopsy study of cases with and without comorbidities Falasca et al. (2020) [36]</td><td>- Poumons lourds, oedemateux.<br/>- Dommages alvéolaires diffus<br/>- Effet cytopathologique virales<br/>- Thrombus<br/>- Infiltrat inflammatoire</td><td>- Fibrose interstitielle<br/>- Cellules endothéliales dilatées</td><td>- Congestion sinusoidal et extravasation d'hématie<br/>- Steatose</td><td>- Hypertrophie myocardique<br/>- Myocardite et péricardite.</td></tr><tr><td>Dying with SARS-CoV-2 infection – an autopsy study of the first consecutive 80 cases in Hamburg, Germany Edler et al. (2020) [37]</td><td>- Abcès<br/>- Dommages alvéolaires diffus<br/>- Exsudat riche en protéine.<br/>- Membranes hyalines<br/>- Cellules géantes avec des mégacaryocytes.</td><td>- Syndrome hépato-réal sur une cirrhose.</td><td>- Infiltrat lymphocytaire péri-portal</td><td>- Infiltrat lymphocytaire myocardique et épicardique</td></tr><tr><td>Post-mortem examination of patients with COVID-19 Schaller et al. (2020) [38]</td><td>- Dommages alvéolaires diffuse</td><td>- Cirrhose</td><td>- Infiltrat lymphocytaire péri-portal</td><td>- Infiltrat lymphocytaire myocardique et épicardique</td></tr><tr><td>COVID-19 Autopsies, Oklahoma, USA Barton et al. (2020) [17]</td><td>- Poumons lourds et oedemateux<br/>- Dommages alvéolaires diffus<br/>- Inflammation</td><td>- Cirrhose</td><td>- Infiltrat lymphocytaire péri-portal</td><td>- Infiltrat lymphocytaire myocardique et épicardique</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td></td><td>chronique des bronches et des bronchioles</td><td></td><td></td></tr><tr><td>Post-mortem kidney pathology findings in patients with COVID-19<br/>Santoriello et al (2020) [39]</td><td></td><td>- Infarctus<br/>- Thrombi<br/>- Protéinurie et hématurie</td><td></td></tr><tr><td>Post-mortem diagnosis and autopsy findings in SARS-CoV-2 infection: forensic case series<br/>Keresztesi et al. (2020) [40]</td><td>- Poumons lourds et oedemateux<br/>- Dommages alvéolaires diffuse<br/>- Membranes hyalines</td><td>- Infarctus<br/>- Nécrose de l'épithélium tubaire</td><td></td></tr><tr><td>Autopsy findings in 32 patients with Covid-19: a single-institution experience<br/>Elsoukkary et al. (2021) [41]</td><td>- Thrombi<br/>- Dommages alvéolaires diffuse<br/>- Hyperplasie des pneumocytes de type 2</td><td>- Thrombi</td><td>- Micro-thrombi<br/>- Infarctus</td></tr><tr><td>A series of COVID-19 autopsies with clinical and pathologic comparisons to both seasonal pandemic influenza<br/>McMullen et al. (2020) [42]</td><td>- Dommages alvéolaires diffuse</td><td>- Infarctus</td><td></td></tr><tr><td>COVID-19 autopsy reports from the Ga-East Municipal and the 37 military Hospitals in Accra, Ghana<br/>Attoh et al. (2020) [43]</td><td>- Poumons lourds<br/>- Dommages alvéolaires diffuse</td><td>- Foie lourds et adipeux</td><td>- Hypertrophie ventriculaire</td></tr></table>
C. Étude immunohistochimique et études complémentaires

L'examen immunohistochimique de l'anticorps anti-SARS-CoV-2 était décevante, malgré un nombre de prélèvements très contributifs, seulement 5 prélèvements pulmonaires, 5 prélèvements rénaux et 14 prélèvements hépatiques ont mis en évidence un marquage de l'anticorps anti-SARS-CoV-2. Aucun des prélèvements cardiaques n'a exprimé l'anticorps anti-SARS-CoV-2.

De plus l'interprétation du marquage était difficile, et nous nous sommes régulièrement demandé si le marquage observé était un marquage positif ou un artefact lié à la technique.

Dans la littérature, la technique de référence pour les prélèvements histologiques afin de détecter le virus est la microscopie électronique, qui permet de visualiser les particules virales. Cependant au vu de la complexité de la technique, des études se sont intéressées à l'étude immunohistochimique (IHC), l'hybridation in situ (ISH) et la digital droplet Polymerase Chain Reaction (dd-PCR). Les résultats de ces études mettaient en évidence une spécificité et une sensibilité de 100% et 96% pour la dd-PCR, une spécificité et une sensibilité de 100% et 36% pour l'ISH et une spécificité et une sensibilité de 100% et 31% pour l'IHC [44,45].

Dans notre étude, le marquage au niveau des poumons était visualisé au niveau des pneumocytes et également au niveau au sein de cellules mononucléées et de macrophages. Cela est en adéquation avec les données de la littérature qui ont également mis en évidence un marquage de l'étude immunohistochimique au niveau des prélèvements réalisés sur les poumons, le cœur, le foie, le rein, l'intestin grêle, le tissu adipeux, les os et la peau [46].

D. Facteurs limitants de notre étude

Notre étude présente quelques limites. Le fait que nous ayons fait le choix de réaliser des prélèvements ciblés post-mortem, réaliser des autopsies aurait permis de faire une description macroscopique des organes et nous aurions pu sélectionner des régions susceptibles d'être contributives en étude histologique. De plus, nous aurions pu réaliser des prélèvements sur
d'autres organes, comme le tube digestif et le cerveau. Une étude au niveau des artères pulmonaires aurait permis de rechercher la présence de signes en faveur d'embolie pulmonaire.

Cependant, les conditions de réalisation des autopsies exposent l'opérateur à un risque infectieux important. Le service mortuaire du CHU d'Amiens ne permettant pas d'effectuer cet examen dans des conditions optimales, il était plus raisonnable de ne réaliser que des prélèvements ciblés post-mortem. Cela a permis de mettre en évidence la rentabilité de ces prélèvements pour un confort et un risque de contamination du préleveur modéré. Il serait intéressant de comparer la rentabilité diagnostique des prélèvements ciblés post-mortem face à l'autopsie dans une étude ultérieure.
# V. CONCLUSION

Notre étude a permis une description histologique des lésions provoquées par le SARS-CoV-2 chez des patients décédés des suites de la Covid-19 à partir de prélèvements post-mortem ciblés.

Les patients présentaient de nombreuses co-morbidités.

Le décès des patients était principalement dû à des lésions pulmonaires.

Aucune lésion n'était spécifique d'une infection au SARS-CoV-2.

L'étude immunohistochimique de l'anticorps anti-SARS-CoV-2 s'est avérée peu sensible et difficilement applicable en pratique courante.

Ces données sont en concordance avec l'état actuel de la littérature.
# VI. BIBLIOGRAPHIE :

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## SERIE BIOPSIQUE POST-MORTEM CHEZ DES PATIENTS DECEDES DE LA COVID-19 AU CHU D'AMIENS

### Résumé :

**Introduction** : en décembre 2019 les premiers cas d'infection à la Covid-19 étaient détectés en Chine. En mars 2020, l'OMS déclarait l'état de pandémie. La Picardie était également très touchée. Les principaux symptômes rapportés en cas de Covid-19 sont non spécifiques, mais ils peuvent évoluer vers un syndrome de détresse respiratoire aiguë. Le virus responsable de la Covid-19, le SARS-CoV-2 fait partie du groupe 3 de la classification du comité consultatif sur les agents pathogènes. Les autopsies doivent être réalisées dans des conditions d'hygiène et de sécurité strictes. L'objectif de notre étude est d'analyser et décrire les lésions pulmonaires, rénales, cardiaques, musculaires et hépatiques chez des patients décédés de la Covid-19. Nous avons également étudié l'anticorps anti-SARS-CoV-2 en immunohistochimie.

**Matériels et Méthodes** : notre étude est descriptive, prospective et monocentrique. Elle a inclus des patients décédés au CHU d'Amiens d'une infection à la Covid-19 entre mars et mai 2020. Des prélèvements ciblés des poumons, du cœur et des muscles ainsi que des ponctions à l'aiguille des reins et du foie étaient réalisées. Les prélèvements étaient traités et étudiés dans le service d'anatomopathologie du CHU d'Amiens par un sénior et un interne. Les données cliniques ont été recueillies.

**Résultats** : des prélèvements ont été réalisées sur 20 patients, dont l'âge médian était de 75,5 ans. Les patients présentaient de nombreuses comorbidités. Les symptômes à l'admission étaient non spécifiques. Les prélèvements pulmonaires mettaient en évidence la présence de lésions inflammatoires chroniques pour 18 cas. Les prélèvements rénaux, cardiaques mettaient en évidence des lésions non spécifiques. Les prélèvements hépatiques mettaient en évidence la présence de lésions inflammatoires pour 6 cas et la présence de lésions non spécifiques. Les prélèvements musculaires ne mettaient pas en évidence de lésion. L'étude immunohistochimique de l'anticorps anti-SARS-CoV-2 était positive pour 5 prélèvements pulmonaires, 5 prélèvements rénaux et 14 prélèvements hépatiques. Aucun prélèvement cardiaque ne présentait de marquage. La cause de la mort était la pneumopathie.

**Discussion** : les données cliniques, biologiques et histologiques sont en adéquation avec les données de la littérature. Dans la littérature, d'autres lésions ont été décrites, des lésions cutanées de type engelure, la mise en évidence d'infarctus spléniques et de thromboses veineuses profondes. Au niveau du cerveau, il était rapporté la présence de foyers micro-hémorragiques et la présence de lésions d'hypoxie. Des lésions placentaires ont également été décrites. Notre étude immunohistochimique était décevante, avec un marquage difficilement interprétable et non utilisable en pratique courante. La réalisation de prélèvement post-mortem ciblés s'est avérée être assez rentable.

**Conclusion** : notre étude a permis une description histologique des lésions provoquées par le SARS-CoV-2 chez des patients décédés des suites de la Covid-19 à partir de prélèvements post-mortem ciblés. Le décès des patients était principalement dû à des lésions pulmonaires. Aucune lésion n'était spécifique d'une infection au SARS-CoV-2. L'étude immunohistochimique de l'anticorps anti-SARS-CoV-2 s'est avérée peu sensible et difficilement applicable en pratique courante.

**Mots-clés** : Covid-19 - SARS-CoV-2 - Coronavirus - Histologie - Immunohistochimie

## POST-MORTEM BIOPSY SERIES IN PATIENTS WITH COVID-19 AT THE CHU D'AMIENS

### Abstract:

**Introduction** : in December 2019 the first cases of Covid-19 infection was detected in China. In March 2020, the WHO declared a pandemic status. Picardy was also affected. The main symptoms reported in cases of Covid-19 are non-specific, but they can develop into acute respiratory distress syndrome. The virus responsible for Covid-19, SARS-CoV-2, is classified as Group 3 by the Advisory Committee on Pathogens. Autopsies must be performed under strict hygiene and safety conditions. The aim of our study is to analyse and describe the pulmonary, renal, cardiac, muscular and hepatic lesions in patients who died of Covid-19. We also studied the anti-SARS-CoV-2 antibody by immunohistochemistry.

**Materials and Methods** : Our study is descriptive, prospective and monocentric. It included patients who died in Amiens University Hospital from Covid-19 infection between March and May 2020. Samples of the lungs, heart and muscles as well as needle biopsies of the kidneys and liver were performed. Samples were processed and studied in the anatomopathology department of the CHU of Amiens by a senior and an intern. Clinical data were collected.

**Results** : Samples were performed on 20 patients, whose median age was 75.5 years. The patients had multiple comorbidities. Symptoms on admission were non-specific. Lung samples showed chronic inflammatory lesions in 18 cases. Renal and cardiac samples revealed non-specific lesions. Liver samples showed inflammatory lesions in 6 cases and non-specific lesions. Muscle sample did not reveal any lesions. The immunohistochemical study of the anti-SARS-CoV-2 antibody was positive in 5 lung samples, 5 kidney samples and 14 liver samples. No cardiac samples were labelled. The cause of death was lung disease.

**Discussion** : The clinical, biological and histological data are consistent with the literature. In the literature, other lesions have been described, such as frostbite-like skin lesions, splenic infarcts and deep vein thrombosis. In the brain, microhemorrhagic foci and hypoxic lesions were reported. Placental lesions were also described. Our immunohistochemical study was disappointing, with labelling that was difficult to interpret and not usable in current practice. Post-mortem samples proved to be quite cost-effective.

**Conclusion** : Our study allowed a histological description of SARS-CoV-2-induced lesions in patients who died as a result of Covid-19 from post-mortem samples. The patients' deaths were mainly due to pulmonary lesions. No lesions were specific for SARS-CoV-2 infection. The immunohistochemical study of the anti-SARS-CoV-2 antibody was found to be insensitive and difficult to apply in routine practice.

**Keywords** : Covid-19 - SARS-CoV-2 - Coronavirus - Histology - Immunohistochimery