# Présentation du service d'analyse de données

Olivier Rué

► To cite this version:

Olivier Rué. Présentation du service d'analyse de données. Migale & Vous, May 2024, Jouy-en-Josas (FR), France. hal-04963446

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Submitted on 24 Feb 2025

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# Présentation du service d'analyse de données

## Migale & Vous

Olivier Rué

MaIAGE - Migale

21 mai 2024

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# Un service "au service" de la communauté

* Service construit et mis en place fin 2015 lors de mon recrutement sur la plateforme

* Mission : répondre aux besoins en bioinformatique et biostatistiques de la communauté du département MICA / INRAE / au-delà

* Intégré aux processus de la plateforme (certifiée ISO9001-2015)

* procédures / audits

* exigence (planification, organisation...)

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# Organisation interne

* Centralisation des rapports d'analyse

* Rapports anonymisés

* Continuité de service en cas d'absence

* Base de connaissances

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## Data analysis projects

Trainings, tutorials and other documents to help you to become bioinformatician

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Centre National pour la Recherche

RABATGA

5 min

IN PROGRESS

COLLABORATION

CÉDRIC MIDOUX, VALENTIN LOUX
MAY 16, 2024

5/21/24, 7:43:39 AM

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Microflux4AMR

9 min

IN PROGRESS

COLLABORATION

OLIVIER RUÉ MAY 7, 2024

5/21/24, 8:20:24 AM

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OENOVARDOCC

9 min

IN PROGRESS

COLLABORATION

OLIVIER RUÉ FEB 16, 2024

3/5/24, 9:40:09 AM

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LTMCBW

8 min

IN PROGRESS

COLLABORATION

OLIVIER RUÉ JAN 17, 2024

2/15/24, 11:38:21 AM

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FAMAT

5 min

IN PROGRESS

COLLABORATION

MOUHAMADOU BA
JAN 10, 2024

2/16/24, 11:30:11 AM

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TEMPO

43 min

IN PROGRESS

COLLABORATION

OLIVIER RUÉ, CHRISTELLE HENNEQUET-ANTIER
NOV 22, 2023

3/11/24, 7:28:17 AM

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LEBANESE WHEAT SOURDOUGH

11 min

IN PROGRESS

COLLABORATION

OLIVIER RUÉ OCT 20, 2023

1/4/24, 2:39:33 PM

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NEBULA

37 min

IN PROGRESS

COLLABORATION

OLIVIER RUÉ, MAHENDRA MARIADASSOU
OCT 20, 2023

5/6/24, 1:31:06 PM

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CAVIAR2

12 min

<figure><img src="image_15.png" /></figure>

ICD

6 min

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RESTORBIOME2

6 min

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CAVIAR

14 min

## Categories

All (18)

closed (2)

collaboration (16)

in progress (14)

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# Nos attentes/exigences

* Continuité avec les formations dispensées → vers l'autonomie des biologistes

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* Respect des principes FAIR

* reproductibilité, gestion des données...

* Collaborations basées sur l'échange

* mise à disposition régulière des résultats

* points réguliers

* accompagnement jusqu'à la valorisation des résultats

* Sans contre-partie financière pour les académiques ! (hormis stockage dans la limite de notre disponibilité)

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CC

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BY

SA

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# Comment demander une analyse ?

* https://migale.inrae.fr/ask-data-analysis

* Détails sur le mode souhaité

* Détails sur les données (estimer le temps nécessaire)

* Délivrables souhaités

* Souhait de date limite de réalisation

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Mode 1 : Collaboration

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• Nous nous occupons des analyses

• Nous vous préparons un rapport d'analyse

• Nous nous occupons des données (sauvegarde, intégrité...)

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Mode 2 : Accompagnement

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* Nous vous aidons à réaliser vos analyses

* Nous vous guidons dans le choix des
outils / des paramètres

* Nous nous engageons à vous dédebugger
rapidement

* Nous ne récupérons pas les données et ne préparons pas de rapport d'analyse

* Possibilité de vous accueillir sur la
plateforme pour vous consacrer
pleinement à vos analyses

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# Évolution 2016-2024

## Évolution du service d'analyse

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RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

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INRAO

mispole
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RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Citées
Faites

INRAO

mispole
# Bilan / métriques

<table><caption>Table 1: Number of projects according to its type.</caption><thead><tr><th>Metabarcoding</th><th>Metagenomics</th><th>Metatranscriptomics</th><th>TextMining</th><th>Genomics</th><th>Transcriptomics</th><th>Genome_assembly</th></tr></thead><tbody><tr><td>83</td><td>17</td><td></td><td>8</td><td>4</td><td>12</td><td>8</td></tr></tbody></table>

## Summary of thematics

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## Nombre de projets par année

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RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Citées
Faites

INRAO

mispole
# Bilan / métriques

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RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Citées
États-Unis
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RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Citées
Faites

INRAO

mispole
# Exemple de rapport

## RESTORBIOME2

Code ▼

The aim of this project is to study the transcriptional response of bacteria to complex sugars added to the culture medium. The experiments are carried out on pure culture of microorganisms whose genomes are known.

CLOSED

COLLABORATION

**AUTHORS**

Olivier Rué ✉ iD

Christelle Hennequet-Antier ✉ iD

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**AFFILIATION**

Migale bioinformatics facility

Migale bioinformatics facility

**PUBLISHED**

May 2, 2023

**MODIFIED**

February 19, 2025

**Note**

This document is a report of the analyses performed. You will find all the code used to analyze these data. The version of the tools (maybe in code chunks) and their references are indicated, for questions of reproducibility.

## Aim of the project

The aim of this project is to study the transcriptional response of bacteria to complex sugars added to the culture medium. The experiments are carried out on pure culture of microorganisms whose genomes are known.

## Partners

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Comme Cassandre, n'hésitez
pas à en parler autour de vous
et à nous solliciter

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RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

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INRAO

mispole