# Compte rendu du Colloque sur la journée des données des Plateformes d'Alliance Sorbonne Université

Sophie Bary, Cécile Arènes, Marie-Laure Bachèlerie-Gouverneur, Nicolas Benoit, Jean-François Burgio, Cécile Callou, Larissa de Kochko, Jean-François Dufayard, Mathilde Herrero, Matthieu Lebon, et al.

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Sophie Bary, Cécile Arènes, Marie-Laure Bachèlerie-Gouverneur, Nicolas Benoit, Jean-François Burgio, et al. Compte rendu du Colloque sur la journée des données des Plateformes d'Alliance Sorbonne Université. Journée des données des plateformes d'Alliance Sorbonne Université, Jun 2025, Paris, France. 2026. mnhn-05482143

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# Compte rendu du Colloque

## sur la Journée des Données des Plateformes d'Alliance Sorbonne Université

- Enjeux et outils de la gestion des données des plateformes -

4 juin 2025, Auditorium de la Grande Galerie de l'Evolution, MNHN Paris

Sophie Bary, Cécile Arènes, Marie-Laure Bachèlerie-Gouverneur, Nicolas Benoit, Jean-François Burgio, Cécile Callou, Larissa de kochko, Jean-François Dufayard, Mathilde Herrero, Matthieu Lebon, Sylvain Milanesi, Pauline Saussereau, Michaël Trichet, Oana Vigy, Saliha Zenboudji-Beddek.
Ce document synthétise et développe certaines notions et certains outils, présentés à l'occasion de la « journée des données des plateformes d'Alliance Sorbonne Université », sur la gestion des données de la recherche des plateformes dont les enregistrements sont disponibles sur le lien suivant https://d-videothequepeertube.sorbonne-universite.fr/c/donnees plateformes asu/videos. Le programme de cette journée est présenté en fin de document.

L'objectif de cette journée était d'aborder des notions présentes dans les plans de gestion de données (PGD) et de les adapter au niveau des plateformes.

Dans ce document vous trouverez une définition des plateformes et de leurs rôles, et une présentation sur les enjeux scientifiques liés au PGD plateforme, entité actrice de l'écosystème de la recherche contribuant à la réutilisation et à la pérennisation des données de recherche.

Une autre présentation restitue le cadre réglementaire complexe des plateformes, suivie d'une présentation sur le stockage, la sauvegarde et l'archivage des données des ces dernières. Quelques outils qui aident à la gestion des données de la recherche sont abordés : Collec-Science pour les échantillons, le projet CLE du cahier de laboratoire électronique, OpenIris pour les documents et les équipements, et l'instance IFB de DSW pour aider à la rédaction de PGD.

Sophie Bary, Cécile Arènes, Marie-Laure Bachèlerie-Gouverneur, Nicolas Benoit, Jean-François Burgio, Cécile Callou, Larissa de Locko, Jean-François Dufayard, Mathilde Herrero, Matthieu Lebon, Sylvain Milanesi, Pauline Saussereau, Michaël Trichet, Oana Vigy, Saliha Zenboudji-Beddek. Compte rendu du Colloque sur la Journée des données des plateformes d'Alliance Sorbonne Université, 4 juin 2025, Auditorium de la Grande Galerie de l'Evolution, MNHN, Paris.
## Plateformes :
Définition et rôles

Une
définition

Une plateforme regroupe des équipements, des logiciels ou des moyens humains porteurs d'une expertise technique et/ou scientifique de haut niveau permettant de soutenir des activités de recherche aboutissant à des publications (dont des logiciels, des brevets, etc.) et/ou d'autres types de valorisation (formation, innovation, prestations dans le cadre de partenariats publics ou privés). (CNRS informatique)

Plateau
technique
≠
Plateforme

La différence majeure entre un plateau technique et une plateforme de recherche est que le **plateau technique est ouvert exclusivement aux équipes internes du laboratoire**.

Les
plateformes,
gisements de
métadonnées

Les plateformes sont des producteurs primaires de données de recherche.

Elles stockent les données et les métadonnées, parfois des échantillons, pendant la durée du projet et souvent, informellement, plus longtemps. Les plateformes sont contributrices de métadonnées qui permettent notamment de garantir l'intégrité scientifique et l'authenticité des résultats.

A l'interface entre
les établissements
et la communauté
scientifique

Les plateformes sont à l'interface entre les établissements et la communauté scientifique. Elles jouent un rôle central pour diffuser les bonnes pratiques auprès de la communauté scientifique et pour identifier les besoins (stockage, RH...) pour les établissements.

Plateformes,
contributrices des
données

La plateforme fournit des équipements et apporte une expertise métier. C'est à ce titre, que les plateformes sont des **contributrices des données (réglage et calibration des équipements, protocole, code, analyse)**.
# Plan de gestion de données des plateformes

Les plateformes, **productrices primaires des données de recherche**, occupe une place **stratégique** dans la gestion des données de recherche, à l'interface entre **les établissements et la communauté scientifique**.

Un plan de gestion des données (PGD) de plateforme est une cartographie du processus de production des données. Il permet de **dresser un état des lieux** aux établissements et d'identifier les besoins (ressource humaine, volume de stockage).

Le PGD est aussi un **outil** qui prépare à la **réutilisation** et à la **pérennisation** des données. Pour se faire, il doit s'appuyer sur **une réflexion collective et des expertises métiers diverses** pour faire émerger **les bonnes pratiques et harmoniser les données produites**. Les plateformes occupent une place déterminante pour renforcer la diffusion des pratiques auprès de la communauté scientifique.

Un des **enjeux scientifiques** du PGD concerne les **métadonnées** (des équipements et contextuelles) qui renseignent **la façon dont les données ont été générées**. En effet, **sans métadonnée, les données générées sont non réutilisables et non reproductibles**. Les plateformes, parce qu'elles génèrent des protocoles et disposent des équipements, sont des actrices clé de leur élaboration. Les métadonnées rendent compte de l'intégrité et l'authenticité scientifique de la donnée produite. Elles sont aussi déterminantes pour **repérer les données, référencer les données connexes**, rendre compte de l'existence de données même si elles ne sont pas libres d'accès. Collectivement construites, elles doivent refléter **les standards acceptés** par la communauté scientifique et contribuer à l'**interopérabilité** des systèmes.

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# Cadre réglementaire des données des plateformes

« Gérer les droits au sein des plateformes revient à prendre en compte les droits des financeurs du projet, de l'utilisateur, de la plateforme, de l'établissement, des tutelles et des éventuels droits d'auteur sur les échantillons, sur toute la séquence opératoire. »

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Gestion des droits
sur les expériences :
création de
protocoles partagés

Cadre
éthique et légal
des échantillons

Gestion des droits
sur les résultats :
Stockage,
Conservation/Destruction,
Archivage,
Diffusion.

« Sous la responsabilité d'un établissement public, les plateformes doivent répondre à « un ensemble des règles et valeurs qui doivent régir les activités de recherche pour en garantir le caractère honnête et scientifiquement rigoureux » (Code de la Recherche). Les plateformes ont un rôle de preuve par rapport à la manière dont les données ont été produites en cas de conflit. »

« Toutes les données de la recherche sont considérées comme des documents administratifs et comme des archives scientifiques. Leur suppression est encadrée par la loi (Loi pour une République Numérique, Code du patrimoine). »

Cécile Callou, Cadre réglementaire des données des plateformes, 2025, CC-BY 4.0
# Stockage, Sauvegarde, Diffusion et Archivage

Les archives scientifiques sont les documents et les données produits par une personne physique ou morale dans le cadre des activités de recherche. Toute donnée produite dans le cadre des activités d'un établissement public est une archive publique (Code du Patrimoine art. L211-4).

## Stockage chaud et tiède

**Le stockage concerne des données « actives » .**

Son but est de mettre à disposition et d'échanger les fichiers avec des collaborateurs. Le stockage **chaud** sont des espaces dédiés pour les données volatiles, elles sont rapidement accessibles. Le stockage **tiède** pour les jeux de données scientifiques sur lesquels il y a moins d'intervention (pas trop d'entrée ni de sortie). Ce sont des archives courantes, d'usage constant.

## Sauvegarde
≠
Archivage

La **sauvegarde** consiste à **dupliquer** des documents électroniques, les données peuvent être **actives** ou **inactives**. Le but est de restituer un état antérieur si nécessaire.

**Des données** d'analyse peuvent être **sauvegardées tout en restant non accessibles** et non diffusées (ex: sur l'ordinateur d'un chercheur), elles ont le statut d'archives **intermédiaires**. Ce sont des **données « froides » ou « inactives »**.

**L'archivage numérique** est un processus d'actions qui garantit de rendre accessible sur le très long terme les données et d'assurer leur intégrité.

## Diffusion
ou
Protection

Publier dans un **entrepôt de données** a pour but de les **diffuser** et de les partager à moyen terme. Il s'agit là encore d'archives **intermédiaires**. Ce sont des **données finalisées / achevées (validées par les paires) et froides**. Si les données sont sensibles et non partageables, ces archives intermédiaires doivent être sauvegardées de manière sécurisée.

## Archivage

Le versement réglementaire à un service d'archives publiques est effectué après avoir déterminé avec les archivistes ce qui doit être conservé au titre des archives définitives et aboutit à un transfert de responsabilité entre le service producteur et celui des archives. Ce versement garantit l'accessibilité de ces archives dans le respect des règles de communicabilité définies par le Code du patrimoine. Ce versement intervient à la fin de l'usage courant des documents et données et constitue la **mémoire de l'activité scientifique**. Ce service a un coût qui est pris en charge par l'établissement.

Les documents et données sont conservés sur des serveurs sécurisés

Archives courantes

Serveurs dédiés réalisant du **stockage** et **non de l'archivage électronique pérenne**

Archives intermédiaires

* Versement aux archives départementales ou nationales / centre d'archives dédié

* Bordereaux d'élimination

Archives définitives
# Les outils ASU pour la gestion des données plateformes

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## Collec-Science

Outil pour gérer les échantillons

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MNHN-HNHP
ID: FRA-G2019-0425
Coll: PCR-Pigment-HO
Nature:
Lieu-dit: La Peyrière
Commune: Urval
uid:cs_code:2254

Génération de QR Codes pour :

- Assurer la traçabilité (localisation physique + liens entre échantillons)

- Eviter la perte d'information (informations de collecte, de protocole, etc...)

- Gérer les stocks et réaliser les inventaires

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## Open Iris

Outil pour gérer les projets et le calendrier des équipements

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Un point d'entrée unique, interface en ligne, pour une gestion commune:

- Du dépôt du formulaire de demande d'accès,

- De la réservation des équipements et des services,

- Du suivi des projets en regroupant les réservations,

- Du suivi de la qualité des équipements,

- De l'édition de relevés d'utilisation pour la facturation,

- De la signature de la charte,

- Des statistiques d'utilisation de la plateforme.

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## Cahier de Laboratoire électronique elabFTW et l'offre CLE du CNRS

Outil pour gérer la traçabilité, l'intégrité des données et la collaboration entre collègues

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- **elabFTW** est un **outil libre** qui permet notamment le **suivi réglementaire** des équipements, de garantir la **traçabilité** des analyses, la **gestion des analyses** et des images, la **sécurisation** et la **sauvegarde** des données.

- Le CNRS propose une **offre de service** d'accès à un cahier de laboratoire électronique **CLE**, basé sur l'outil libre eLabFTW, à l'ensemble de ses laboratoires avec des **garanties renforcées** notamment sur la **sécurisation des données** et la **traçabilité**.

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## Data Stewardship Wizard DSW@IFB

Outil pour faciliter la rédaction de Plan de Gestion de Données (PGD) Entité.

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- Des modèles de PGD Entité sont basés sur celui de **Science Europe Structuré et développés par l'IFB**.

- **Trames de questionnaire disponibles** en fonction des thématiques (ex : cytométrie / génomique, protéomique, métabolomique / bioimagerie).

- La trame est **adaptable** et il est possible d'élaborer son propre modèle.

- Export possible du PGD en PDF et autres formats (JSON...)
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# Collec-Science

## Outil pour gérer les échantillons

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### Traçabilité des échantillons

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### Informations contextuelles

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Localisation géographique et physique

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Documents administratifs mission terrain

Métadonnées protocole

Métadonnées descriptives

Importation Exportation CSV

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### ID uniques et génération de QR Codes pour :

- Assurer la traçabilité (localisation + liens entre échantillons)

- Eviter la perte d'information

- Gérer les stocks et réaliser les inventaires

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Open Source ; optionnel lecture QR Code + Imprimante à transfert thermique (900 euros)

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En cas de bugs : https://github.com/collec-science/collec-science/issues/new

Accompagnement personnalisé : [collec-science@proton.me](mailto:collec-science@proton.me)

Site : https://www.collec-science.org

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Installation sur un serveur dédié. Chaque établissement pourrait réserver de l'espace sur leur propre serveur.

ou hébergement sur le serveur INRAE après demande
# Logiciel libre Open Iris

## Outil pour gérer les projets et le calendrier des équipements

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### Visibilité des plateformes (service et équipements) pour les utilisateurs à l'échelle d'Alliance Sorbonne Université

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## Suivi projet

**Pour les utilisateurs :**

- Demande accès via Open Iris

- Dépôt de formulaire

- Si autorisé, réservation des équipements en direct

**Pour la plateforme :**

- Notification par mail + Dashboard :

- Etat des demandes

- Devis

- Suivi des dépenses

- Facturation

## Statistiques plateforme : Suivi des équipements & Suivi global utilisation de la plateforme

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## Un point d'entrée unique, interface en ligne, pour une gestion commune :

- Du dépôt du formulaire de demande d'accès,

- De la réservation des équipements et des services,

- Du suivi des projets en regroupant les réservations,

- Du suivi de la qualité des équipements,

- De l'édition de relevés d'utilisation pour la facturation,

- De la signature de la charte,

- Des statistiques d'utilisation de la plateforme.

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Outil pris en charge si la plateforme fait partie d'Alliance Sorbonne Université.

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Site : https://openiris.io et https://asu.openiris.io/

Accompagnement personnalisé des plateformes : via le groupe OpenIris sur RECAPS

Accompagnement des utilisateurs : guide FR/Eng disponible (sur la plateforme Ast-RX)

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Hébergement sur un serveur Amazon. Il est recommandé de ne pas utiliser OpenIris pour déposer des documents et de faire des liens vers d'autres serveurs, car ils sont hébergés par Amazon et le droit appliqué sur ces derniers est celui de son pays d'hébergement.
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### L'offre CNRS du CLE :

Le CNRS propose une offre de service d'accès à un cahier de laboratoire électronique, basé sur l'outil libre eLabFTW à l'ensemble de ses laboratoires.

**+ simple, + efficace**

**La traçabilité :**
des résultats sauvegardés, horodatés et authentifiés (avec Janus +).

**La gestion des informations :**
centralisation d'images, tableurs, rapports, spectre au sein de mon expérience accessible grâce à un puissant moteur de recherche.

**L'automatisation :** duplication, création de modèles d'expériences et possibilité d'intégrer la gestion des appareils et équipements.

**@Equipe CLE CNRS**

### L'accès à l'offre CLE du CNRS peut se faire de deux manières :

**On Premise :** eLabFTW est installé de manière autonome par les laboratoires (avec assistance et vérification de l'installation au démarrage).

**En SAAS :** eLabFTW est accessible en mode service (Installation et exploitation par le prestataire).

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**La collaboration & l'encadrement :**
partage des expériences au sein de l'équipe et amélioration de la gestion de projet grâce à l'accès distant.

**La sécurité :** sauvegarde numérique des résultats respectant la réglementation autour de la protection des données (code source accessible et sauvegarde sur des serveurs hébergés sur le territoire français).

Le cahier de laboratoire électrique elabFTW est :

- un outil Open Source, compatible avec tous les systèmes d'exploitation (sur Windows, Mac OS, GNU/Linux).

- un outil qui permet de garder une trace des expériences et de collaborer avec son équipe pour :

- le suivi réglementaire des équipements,

- la gestion de la réservation,

- garantir la traçabilité des analyses,

- la gestion des analyses et des images,

- la sécurisation et la sauvegarde des données.

€

Seul l'achat des clés fido est à la charge du laboratoire

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**Accompagnement personnalisé :** cnrs-cle@cnrs.fr
**Formation, documentation :**
https://extra.core-cloud.net/projets/Cahiers_laboratoire_electroniques/SitePage-s/Accueil.aspx

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Pour bénéficier de l'offre CLE (incluant l'accompagnement et la formation d'elabFTW), il faut être une plateforme sous tutelle CNRS
# Outil Data Stewardship Wizard DSW@IFB

Outil pour faciliter la rédaction de Plan de Gestion de Données (PGD) Entité.

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Data Stewardship Wizard, logiciel développé depuis 2016 par ELIXIR-CZ, est un outil d'aide à la rédaction de Plan de Gestion de Données Entité et projet et de création de modèle de connaissance.

L'IFB a développé des **modèles de PGD entité** dans l'instance DSW@IFB. Ce sont des trames de questionnaires qui résultent d'un travail collaboratif regroupant des utilisateurs volontaires pour mettre à plat et cartographier le processus de production des données.

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Oana Vigy, Sylvain Milanesi, Saliha Zenboudji-Beddek, Jean-François Dufayard, Data Stewardship Wizard@IFB, 2025, CC-BY 4.0

Les modèles de PGD entité de DSW@IFB sont **basés sur celui de Science Europe Structuré**.

Ils se présentent sous forme de **trames de questionnaire en fonction de thématique** (cytométrie, génomique, protéomique, métabolomique et bioimagerie). **La trame est adaptable** et il est possible d'élaborer son propre modèle.

**Export possible du PGD en PDF et d'autres formats (JSON, MS-Doc...).**

**Chantier en cours : Interopérabilité entre PGD plateforme sous DSW & PDG projet de DMP Opidor.**

Modèle structuré
personnalisable et
évolutif

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DATA STEWARDSHIP WIZARD

Données
structurées par des
identifiants : UUID

Export
JSON

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<figure><img src="image_41.png" /></figure>

<figure><img src="image_42.png" /></figure>

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Export
JSON

Données structurées
par des classes fixes

Modèle structuré fixe,
adapté aux financeurs
français

@Sylvain Milanesi, Saliha Zenboudji-Beddek, Jean-François Dufayard

€

Logiciel libre et mis à disposition sur l'instance DSW@IFB

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Tutoriel et documentations associées : https://ifb-elixirfr.gitlab.io/fair/dsw-ifb-instance/
Site : https://dsw.france-bioinformatique.fr

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Trame de questionnaire disponible pour les approches Omiques (génomique, protéomique, métabolomique), Cytométrie et Bioimagerie... **A construire pour les autres.**

**Chantier en cours** du « machine-actionable » du PGD plateforme DSW avec les PGD projets DMP Opidor : **pas encore opérationnel.**

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# Journée Données des Plateformes ASU

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ALLIANCE
SORBONNE
UNIVERSITÉ

## MNHN, Auditorium de la Grande Galerie de l'Evolution

Organisateurs : Cécile Arènes, Sophie Bary, Matthieu Lebon

**9h30 : Café de bienvenue**

**10h00 :** Enjeux scientifiques et institutionnels des données de la recherche des plateformes. **Laurent Remusat** (Directeur Recherche, MNHN) & **Stéphane Le Crom** (Conseiller Plateformes SU)

**10h15 :** Rôle des plateformes dans la diffusion des données et réglementation à suivre. **Cécile Callou** (ADAC, MNHN)

**10h30 :** Gestion des données industrielles. **Frédéric Lamarque** (directeur recherche, UTC)

**10h45 :** Gestion des données à caractère personnel. **Equipe INSEAD**

**11h :** Feuille de route pour un appui à la gestion des données des plateformes ASU. **Sophie Bary** (UAR DoHNEE)

**11h30 :** Du stockage à l'archivage des données de la recherche : **Nicolas Benoit** (Plateforme SACADO, SU), **Cécile Arènes** (Bibliothèque SU) & **Mathilde Herrero** (Direction des Bibliothèques du MNHN)

**11h50 :** Présentation et Retour d'expérience sur les outils de gestion des échantillons (Collec-Science). **Matthieu Lebon** (Directeur PAM, MNHN) & **Benoit Caron** (Plateforme ALIPP6 SU)

**12h10 : Pause déjeuner libre**

**13h30 - 17h :** Présentations et retour d'expériences des outils de gestion des plateformes - Cahier de laboratoire numérique, Plateau (Open Iris), PGD.

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ALLIANCE
SORBONNE
UNIVERSITÉ

## Présentations et retour d'expériences des outils de gestion des plateformes

**11h50 - 12h10 : Echantillons**

Présentation de Collec-Science par **Matthieu Lebon** (directeur PAM, MNHN)

Retour d'expérience : Plateforme ALIPP6 (Benoit Caron, SU)

**12h10 - 13h30 : Pause Déjeuner**

**13h30 : Cahier de laboratoire numérique,**

Présentation d'elab-FTW par **Jean-Marie Burgio & Larissa de Locko** (CNRS, équipe CLE)

Retours d'expérience : Laboratoire de Chimie de Clermont Ferrand (Yaël Hersant, ICCF) / Plateforme de Paléogénomique et Génomique Moléculaire (Manon Quiquand, MNHN), Laboratoire de Chimie de la Matière Condensée (Guillaume Laurent, SU)

**14h30 : Pause Café**

**15h : Outil de gestion de Plateau** (Open Iris),

Présentation D'Open Iris par **Michaël Trichet** (Service Microscopie électronique de l'IPBS, SU)

Retours d'expérience : Plateforme CEMIM (Cyril Willig, MNHN) & Plateforme Ast-Rx (Patricia Wills, MNHN) / Plateforme d'imagerie ICM (Sébastien Goud & Jean-Philippe Rabier, ICM)

**16h : Outil de Plan de Gestion de données**

Présentation de l'outil DSW (Jean-François Dufayard, CIRAD)

Retours d'expérience : Plateformes BioCampus Montpellier (Oana Vigy, UAR BIOCAMPUS Montpellier) / Plateforme ICAN-OMICS (Farid Ichou, IHU ICAN)

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SORBONNE
UNIVERSITÉ

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MUSEUM
NATURE
NATURE

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INSEAD

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utc

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SORBONNE
UNIVERSITÉ

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MUSEUM
NATURE
NATURE

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utc