# Le Curathon Nantes-Rennes-Angers

Jennifer Dandrea Palethorpe

► To cite this version:

Jennifer Dandrea Palethorpe. Le Curathon Nantes-Rennes-Angers. Printemps de la Donnée 2025, Mar 2025, Nantes, France. hal-05158850

HAL Id: hal-05158850

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Submitted on 11 Jul 2025

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RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

recherche.data.gouv.fr

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Le Printemps
de la Donnée

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Faites le ménage de printemps
dans vos métadonnées !

Title*:

Date:

Location:

Le Curathon de
Nantes-Rennes-Angers

2025-04-29

BU Sciences,

Nantes Université

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Nantes
Université

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LICENCE OUVERTE
OPEN LICENCE
# Déroulement de la journée

* **Matin** : Rappel des bonnes pratiques et des outils pour l'entrepôt Recherche Data Gouv et Nakala

- Retour sur vos expériences

**Pause déjeuner** avec un **delicious picnic lunch**

* **Après-midi** : Curation de dataset et rédaction du rapport

- Temps de discussion

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N'oubliez pas de remplir le formulaire de 'Consentement à l'enregistrement'!
Présentez-vous

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# Les Objectifs Affichés

## Se conformer aux principes FAIR

## Augmenter la visibilité et la réutilisation

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# Comment le FAIR ?

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<figure><img src="image_17.png" /></figure>

F

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**Entrepôt** : DOI; métadonnées indiquant l'identifiant; entrepôt permettant la recherche

**Déposant** : métadonnées riches et utilisant des vocabulaires

<figure><img src="image_19.png" /></figure>

A

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**Entrepôt** : données accessibles avec le DOI; métadonnées toujours disponibles

**Déposant** : données ouvertes (éventuellement sous conditions)

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I

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**Entrepôt** : métadonnées standardisées et machine readable

**Déposant** : format de fichiers ouverts et machine-readable; vocabulaires avec URI

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R

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**Entrepôt** : licences disponibles

**Déposant** : provenance des données; standards correspondant à la communauté
# Curation...

* Curation = vérification de la complétude et qualité des métadonnées descriptives, de la documentation associée et des fichiers déposés

* ≥ 1 curateur(s) par collection

* Peut-être des admins ou des curateurs spécifiquement

* Curation de chaque nouveau dépôt si possible avant publication ('meilleure réactivité')

* Le curateur échange avec le déposant et propose des améliorations
... et Modération

* 'Modéré' est un badge de qualité, mais ce n'est pas obligatoire

* C'est à la demande du déposant

* Le déposant reste le gestionnaire des données

* Le dataset peut être publié a n'importe quel moment par le déposant

* Réseau national des modérateurs, organisation régionale

* Basé sur des critères dans une [grille de moderation](#)

* Une modification ultérieure des données/métadonnées entraînera une **perte du label**

* Les datasets modérés seront moissonnés par Isidore et le catalogue RechercheDataGouv
# La longue vue des archives

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* 2009 document [Référentiel de gestion des archives de la recherche](https://www.recherche.gouv.fr/) par AURORE

* L'objectif : "Traitement et conservation des archives... de recherche et... des agences sanitaires"

* Contact détails à Nantes: mission.archives@univ-nantes.fr

## Points importants:

* Les documents de recherche proviennent des UMR et donc, malgré les multiples partenaires, les données finalement restèrent la propriété d'une institution/université et sont donc archivés par une seule institution/université
Points importants (cont.)

* Difficile de donner une durée d'utilité administrative (DUA) aux données de recherche.
Lorsqu'une durée est indiquée, elle est ≥ 10 ans

* Les données de recherche sont considérées comme archives publiques et répondent à leur réglementation

* À l'exception des "Programmes d'exploitation/de calcul/d'analyses des bases de données, fichiers de résultats, listings, tables de données, fichiers log" qui n'ont qu'une durée de vie utile de 2 ans...

○ ... mais c'était avant Software Heritage!

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# Avant de déposer...

* Il existe peut-être déjà d'autres bases de données plus adaptées

* Recherche ou discipline spécifique?

* Assortie d'une première liste ?

* Le bacs à sable sont là pour les chercheurs/nous pour pratiquer

* Pas de DOI payant

* https://demo.recherche.data.gouv.fr vs https://entrepot.recherche.data.gouv.fr

* https://test.nakala.fr vs https://nakala.fr

* À Nantes, je les utilise pour montrer comment je peux créer un espace, ex. pour les UMR

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<figure><img src="image_28.png" /></figure>
# Dataset principes de base

* Chaque dataset dans l'entrepôt = un DOI unique

* Utiliser le bac a sable pour les tests, car on paie pour les DOI

* Meme si on peut depublier et puis republier, **le DOI ne changera pas**

* Les datasets sont décrits par les metadonnés

* Le nombre max des fichiers dans chaque dataset est illimité

* Si des données existent ailleurs déjà, créez les métadonnées dans l'entrepôt et puis y ajouter le lien vers l'autre dataset et l'autre DOI
# Fichiers principes de base

<figure><img src="image_29.png" /></figure>

* Taille max = 50GB (Go)

* Pour Nakala pas de limite de la taille

○ pour les 'gros volumes' (>10GB/fichier), il faut contacter l'équipe NAKALA au préalable

* Chaque fichier dans chaque dataset peut être référencé car il se voit lui aussi attribuer un DOI

* Une MD5 checksum permet de comparer le fichier téléchargé avec l'original

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# Fichiers tabulés principes de base

* R data, Stata, SPSS, csv, txt et xlsx -> ingéré/converti automatiquement

* Pour fichiers tabulés, max taille = 500MB (Mo)

* Il y a une page avec tous les recommandations

* Les fichiers tabulés me causent le plus de problèmes!

○ Surtout les CSV UTF-8 in Notepad and Excel

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## L'admin de l'eRDG

- est créateur de la collection

- choisi les rôles des autres

- : nomme des curateurs

- et en leur absence fait la curation

## Nakala

- Déposant = ROLE_DEPOSITOR

- Gestionnaire = ROLE média

- Administrateur = ROLE_ADMIN

- Editeur = ROLE_EDITOR

- Lecteur = ROLE_READER
# Roles à Nantes

* Pour être curateur, il faut signer la [charte des curateurs](#)

* Pour l'instant, nos chercheurs sont heureux que nous les admins soient les curateurs...

* Lorsqu'un chercheur était (par erreur) administrateur, il publiait direct son dataset (sans les bons métadonnées)

* Nous fixons les règles du dataverse

* Je ne sais pas plus sur Nakala pour l'instant

* Mais nous offrons un README (redirigé en FR ou EN) aux chercheurs en utilisant leur prépub + nos recherches + des questions. Cela n'est possible que si la demande n'est pas trop forte, et surtout si vous faites de la curation **avant** la publication.

<table><tr><td>Anyone with a Dataverse account</td><td>:authenticated-users</td><td>Dataset Creator</td></tr><tr><td>Jennifer Dandrea (Nantes Université)</td><td>@dandrea-j</td><td>Admin</td></tr><tr><td>Simone Le Chercheur (Nantes Université)</td><td>@lechercheur-s</td><td>Contributor</td></tr></table>
# Dataset Versions

<figure><img src="image_34.png" /></figure>

<figure><img src="image_35.png" /></figure>

<figure><img src="image_36.png" /></figure>

<figure><img src="image_37.png" /></figure>
# Restrictions et embargos

* Embargo jusqu'a **18 mois**

* Restrictions d'accès à un fichier

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# Restrictions et embargos

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* URL privé possible

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Recherche Data Gouv > Data Nantes Université >

<figure><img src="image_41.png" /></figure>

URL privée du jeu de données non publié – URL privée du jeu de données non publié — Ce jeu de données non publié est partagé en privé. Vous ne pourrez pas y accéder lorsque connecté à votre compte Dataverse.

## Pour Nakala...

* **Donnée privée** : donnée non accessible qui est en cours de documentation avant d'être rendue publique

* **Donnée publiée (avec ou sans embargo)** : donnée documentée qui est publique et accessible si elle n'est pas sous embargo

* **Donnée supprimée** : donnée qui a été publiée dans NAKALA et dont l'utilisateur a demandé la suppression à l'équipe NAKALA. Une trace de sa présence est conservée dans les métadonnées associées à l'identifiant DOI

* **Donnée préservée au CINES** : donnée publiée dans NAKALA qui a été déposée au CINES après un audit (e.g. vérification du format) et une préparation (e.g. organisation et documentation) préalable au dépôt au CINES

<figure><img src="image_42.png" /></figure>
# Après la curation, le rendre au déposant

<figure><img src="image_43.png" /></figure>

À Nantes, j'ai parfois du mal à me souvenir de cette étape très importante !
# ‘Depublication’ et ‘Suppression’

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* Un jeu de données ne peut pas être supprimé

* Dans l'eRDG les datasets peuvent être “retirées de la diffusion”

* Dans Nakala, les données peuvent être “suppressées” - une trace subsistera dans les métadonnées

* Comment gérer les datasets quand les auteurs ne repondent pas mais ils sont publiés?

* A quel point devrions-nous aller pour *curateur* les datasets?
# The Curation Report

* Il existe un guide appelé '**FICHE CHRONO-DEPOT**'

* Il existe aussi un **modèle de rapport de curation**

* Version 1 du rapport liste les suggestions à apporter aux métadonnées

* Après, versions 2+ sont la base pour les échanges...

* Ils gardent une trace lisible, datée et structuré de la conversation et des changements fait (ou pas - et pourquoi)

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# The Modération Report

<figure><img src="image_46.png" /></figure>

* Il existe un guide pour décrire des données

* Il existe aussi une grille de modération

* Actuellement en format PDF editable

* Le rapport de modération fonctionne comme le rapport de curation

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# Mes rapports personnalisés à Nantes

* Mes propres rapports ont des commentaires pré-remplis (fréquents), des liens utiles, des points importants, différents niveaux d'emphase, et de l'espace pour le README...

* Je ne fais pas la curation/modération quotidiennement, ils servent alors de commentaires, d'aides mémoire particulièrement utiles pour moi

* Je supprime ce que je n'utilise pas (ex. blocs métadonnés)

* Les rapports sont constamment mis à jour en fonction des changements dans l'entrepôt et de mes expériences, ressources trouvées, ou retours des collègues

* Un système personnalisable comme DMPOPIDoR pourrait être intéressant?

* J'ai utilisé docx/odt et en format tabulé parce que c'est carré et je sais comment utiliser les hyperliens pour me référer facilement dans le document

* J'ai eu aussi des difficultés avec la taille des fichiers et l'édition avant
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# Champs de métadonnées clés

1. Description

2. Auteurs / Contributeurs

3. Producers

4. Mots-clés

5. Publications / jeux de données associés

6. Financement

7. Fichiers

8. Licences

9. ...?
# 1. Description

* L'intérêt du dataset

* Les objectifs de la recherche

* Le contexte de production

* Le potentiel de réutilisation

* Possibilité de faire plusieurs (ex. en français et anglais)

* La description est à l'image d'un résumé d'article scientifique

* Développer les TLA* (ou FLA, SLA...etc)

Pour moi à Nantes, important de dire que c'est a propos **des données**, et ne pas de l'étude:

**Description de dataset ≠ l'abstract de l'article**

<figure><img src="image_54.png" /></figure>

Pour mettre en forme,
utiliser les balises html

Description * ?

Ce champ prend en charge uniquement certaines balises HTML.

Texte * ?

<br>Data and R scripts supporting the analysis of both the qualitative and quantitative evolution, through experimental evolution, of fungicides resistances within three different population of distinct composition.

</br>

<br>

The population genetics, population size and resistance phenotypic profiles were considered to bring new insights for the management of resistance (in particular multiple resistance) through selection pressure diversity, in front of various population composition.

<br/>

<br>Also, some additional analysis on mfs1 expression were carried out to potentially explain some resistance phenotypic profile (enhanced efflux)

</br>

<footnote>* TLA = [Three-letter abbreviation](https://en.wikipedia.org/wiki/Three-letter_abbreviation); four, five and six-letter acronyms do not (yet) have their own dictionary entries...</footnote>
Identifiant pérenne ? doi:10.15454/DCVDZN

Date de publication ? 2022-12-15

Titre ? Dataset of an experimental evolution on the effect of fungicide-resistance composition of populations on the durability of anti-resistance strategies on the wheat pathogen Zymoseptoria tritici

Point de contact ?
Utiliser le bouton de courriel ci-dessus pour joindre la personne-contact.
BALLU, Agathe (INRAE)
Walker, Anne-Sophie (INRAE)

Auteur ?
BALLU, Agathe (INRAE) - ORCID: 0000-0001-7104-6493
Anne-Sophie Walker (INRAE) - ORCID: 0000-0002-1246-246X
Florence Carpentier (INRAE) - ORCID: 0000-0001-6204-2220
Anne Dérédec (INRAE)

Description ? The data and the R scripts that support the findings of this study English (2021-11-22)

Language ? English

Data and R scripts supporting the analysis of both the qualitative and quantitative evolution, through experimental evolution, of fungicides resistances within three different population of distinct composition. The population genetics, population size and resistance phenotypic profiles were considered to bring new insights for the management of resistance (in particular multiple resistance) through selection pressure diversity, in front of various population composition. Also, some additional analysis on mfs1 expression were carried out to potentially explain some resistance phenotypic profile (enhanced efflux) English (2021-11-22)

Publication associée ? doi:

Déposant ? BALLU, Agathe

Date de dépôt ? 2022-04-15
## 2. Auteurs et Contributors

* L'auteur est le responsable du jeu de données.

* L'auteur est présent dans la citation du jeu de données.

<figure><img src="image_55.png" /></figure>

Le contributeur n'apparaît pas dans la citation du jeu de données.

* Un(e) contributeur est une personne ou un organisme ayant participé à la collecte, la gestion, la distribution ou toute autre contribution au jeu de données.

* À Nantes: (1) je consulte les remerciements de l'article pour plus des infos et (2) je dis aux auteurs qu'il s'agit d'une personne qui bénéficierait d'un "parcours de travail", eg. un étudiant en projet ou d'un technicien expérimenté (surtout si généraliste)
# Affiliations

Pour chaque auteur et contributeur il est important de préciser :

* L'affiliation correspondant aux structures (au moment de la production des données) ;

* Un identifiant associé à l'auteur/contributeur (s'il existe) – ORCiD est recommandé

**Author ?**

Geoffriau, Emmanuel (Institut Agro, Université d'Angers, INRAE, IRHS, SFR 4207 QUASAV, Angers, France) - ORCID:
0000-0003-4384-3107

Le Clerc, Valerie (Institut Agro, Université d'Angers, INRAE, IRHS, SFR 4207 QUASAV, Angers, France) - ORCID:
0000-0002-0935-2876

Moussa, Sitti Anlati (Institut Agro, Université d'Angers, INRAE, IRHS, SFR 4207 QUASAV, Angers, France)

Suel, Anita (Institut Agro, Université d'Angers, INRAE, IRHS, SFR 4207 QUASAV, Angers, France)

Koutouan, Claude Emmanuel (Institut Agro, Université d'Angers, INRAE, IRHS, SFR 4207 QUASAV, Angers, France) - ORCID:
0000-0002-3140-0897

El Ghaziri, Angelina (Institut Agro, Université d'Angers, INRAE, IRHS, SFR 4207 QUASAV, Angers, France) - ORCID:
0000-0002-7397-8953

Briard, Mathilde (Institut Agro, Université d'Angers, INRAE, IRHS, SFR 4207 QUASAV, Angers, France) - ORCID:
0000-0002-4952-2462

**Contributor ?**

Other : Huet, Sébastien (Institut Agro, Université d'Angers, INRAE, IRHS, SFR 4207 QUASAV, Angers, France)

**Producer ?**

Institut Agro Rennes-Angers https://www.institut-agro-rennes-angers.fr/

<figure><img src="image_56.png" /></figure>

<figure><img src="image_57.png" /></figure>

L'INSTITUT
**agro** Rennes
Angers

Université d'Angers (UA) https://www.univ-angers.fr/
université
angers

Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) https://www.inrae.fr/ INRAE

Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS) https://irhs.angers-nantes.hub.inrae.fr/

<figure><img src="image_58.png" /></figure>

INRAE

<figure><img src="image_59.png" /></figure>
**Author ?**

Geoffriau, Emmanuel (Institut Agro, Université d'Angers, INRAE, IRHS, SFR 4207 QUASAV, Angers, France) - ORCID:
0000-0003-4384-3107

Le Clerc, Valerie (Institut Agro, Université d'Angers, INRAE, IRHS, SFR 4207 QUASAV, Angers, France) - ORCID:
0000-0002-0935-2876

Moussa, Sitti Anlati (Institut Agro, Université d'Angers, INRAE, IRHS, SFR 4207 QUASAV, Angers, France)

Suel, Anita (Institut Agro, Université d'Angers, INRAE, IRHS, SFR 4207 QUASAV, Angers, France)

Koutouan, Claude Emmanuel (Institut Agro, Université d'Angers, INRAE, IRHS, SFR 4207 QUASAV, Angers, France) - ORCID:
0000-0002-3140-0897

El Ghaziri, Angelina (Institut Agro, Université d'Angers, INRAE, IRHS, SFR 4207 QUASAV, Angers, France) - ORCID:
0000-0002-7397-8953

Briard, Mathilde (Institut Agro, Université d'Angers, INRAE, IRHS, SFR 4207 QUASAV, Angers, France) - ORCID:
0000-0002-4952-2462

**Contributor ?**

Other : Huet, Sébastien (Institut Agro, Université d'Angers, INRAE, IRHS, SFR 4207 QUASAV, Angers, France)

**Producer ?**

Institut Agro Rennes-Angers https://www.institut-agro-rennes-angers.fr/

<figure><img src="image_60.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

<figure><img src="image_61.png" /></figure>

L'INSTITUT
agro Rennes
Angers

Université d'Angers (UA) https://www.univ-angers.fr/

<figure><img src="image_62.png" /></figure>

université
angers

Institut national de recherche pour l'agriculture, l'alimentation et l'environnement (INRAE) https://www.inrae.fr/ INRAE

Institut de Recherche en Horticulture et Semences (IRHS) https://irhs.angers-nantes.hub.inrae.fr/

<figure><img src="image_63.png" /></figure>

Institut de Recherche en
Horticulture et Semences

INRAE

<figure><img src="image_64.png" /></figure>

L'INSTITUT
agro Rennes
Angers

<figure><img src="image_65.png" /></figure>
## 3. Producers

* Il faut avoir **au moins un** collaborateur affilié à une institution appartenant à la communauté de la recherche publique française pour deposer dans l'entrepôt

* L'affiliation ne correspond pas toujours au producteur (et inversement) mais si les producteurs sont répertoriés en détail, les affiliations des auteurs/contributeurs pourraient être un peu plus courtes car elles sont décrites ailleurs dans les métadonnées (ex. UMRs)

* LOGOS! Si difficile de retrouver parfois... doivent être un URL, et pas blanc sur fond transparent...

* Actuellement, il n'y a pas de lien avec l'identification **Research Organization Registry** (ROR)
## 4. Keywords

* Posent une convention sur l'usage d'un terme

* Créent des ponts sémantiques

* Étonnamment mal compris par les chercheurs

* A Nantes, je trouve que souvent les déposants choisissent 'au hasard' des mots pertinents / répétitifs / personnalisés du titre ou de la description

* Attention la capitalisation, les pluriels, les tirets et les perfides (mots) anglais...
A
BRIEF HISTORY
OF
SEALS

<figure><img src="image_66.png" /></figure>
**Agrifood: seals**

<figure><img src="image_67.png" /></figure>

Animal biology / Zoology, Food industry / Food science, Vertebrata

<figure><img src="image_68.png" /></figure>

phoque (fr)

http://data.loterre.fr/ark:/67375/Q1W-W3J297DZ-D

**Electrical engineering: seal**

<figure><img src="image_69.png" /></figure>

Material / Product / Substance

<figure><img src="image_70.png" /></figure>

joint d'étanchéité (fr), junta de estanqueidad (es)

http://data.loterre.fr/ark:/67375/BJW-HG6TCFTM-P

**Engineering sciences: Seals**

<figure><img src="image_71.png" /></figure>

Joint étanchéité (fr)

http://data.loterre.fr/ark:/67375/QJP-H8WZ2T1J-F

**SH Terminology: Seals**

<figure><img src="image_72.png" /></figure>

Bullas, seals, Eucharistic bread seals, Intaglios, Numin

<figure><img src="image_73.png" /></figure>

Signets

<figure><img src="image_74.png" /></figure>

Sceau (fr)

http://data.loterre.fr/ark:/67375/JLC-D5W400R2-V

**Transfusion: seals**

<figure><img src="image_75.png" /></figure>

blood transfusion safety

<figure><img src="image_76.png" /></figure>

scellés (fr)

http://data.loterre.fr/ark:/67375/W7B-G3SZHRPW-4

<figure><img src="image_77.png" /></figure>

<figure><img src="image_78.png" /></figure>

<figure><img src="image_79.png" /></figure>

<figure><img src="image_80.png" /></figure>

<figure><img src="image_81.png" /></figure>
# 4. Mots-clés

* Posent une convention sur l'usage d'un terme

* Créent des ponts sémantiques

* Permettent d'éviter les problématiques de bruit ou de silence lors de la recherche de contenus

* Pour permettre l'interopérabilité il est recommandé d'utiliser un vocabulaire de référence dans la discipline concernée s'il en existe

* S'applique également au 'Topic Classification' des métadonnées

* Pactols,

* Thésaurus INRAE,

* Loterre,

* PhySH,

* AgroVoc,

* ANAEE,

* GEMET,

* MeSH,

Keyword ?

Alternaria dauci http://a
disease phenotyping http:
resistance gene express
carrot http://aims.fao.or
fungicides http://aims.fa
biopesticides http://aim

Topic Classification ?

agriculture
oxidation http://data.loterre.fr/ark:/67375/37T-PDFDL1P2-1 (Chemistry Loterre)
https://skosmos.loterre.fr/37T/en/
Oxydation pyrolysis http://data.loterre.fr/ark:/67375/37T-J9R0T3W3-9 (Chemistry Loterre)
Pyrolyse https://skosmos.loterre.fr/37T/en/
Acetone acetone http://data.loterre.fr/ark:/67375/37T-Z5VRVHW7-G (Chemistry Loterre)
https://skosmos.loterre.fr/37T/en/
chemical engineering http://data.loterre.fr/ark:/67375/QJP-L5QQJ6XQ-B (Engineering sciences vocabulary Loterre)
https://skosmos.loterre.fr/QJP/en/
flame http://data.loterre.fr/ark:/67375/37T-TQF1V4LK-L (Chemistry Loterre)
https://skosmos.loterre.fr/37T/en/

Electron Spin Resonance Spectroscopy https://meshb.nlm.nih.gov/record/ui?ui=D004578 (MeSH Thesaurus)
https://www.nlm.nih.gov/mesh/meshhome.html
EPR ATP-Binding Cassette Transporters https://meshb.nlm.nih.gov/record/ui?ui=D018528 (MeSH Thesaurus)
https://www.nlm.nih.gov/mesh/meshhome.html
ABC transporter Drug Resistance, Bacterial https://meshb.nlm.nih.gov/record/ui?ui=D024881 (MeSH Thesaurus)
https://www.nlm.nih.gov/mesh/meshhome.html
Multidrug resistance ABC transporter ATP-binding/permease protein BmrA
https://www.uniprot.org/uniprotkb/O06967/entry (UniProt)
https://www.uniprot.org/
# 5. Publications/Datasets associés

<figure><img src="image_82.png" /></figure>

* Ne dupliquer pas les publications ou datasets s'ils sont déjà dans un entrepôt de confiance

* Conseillé de faire les liens avec leur citation complet inc. DOI

* Souvent un élément qui doit être mettre à jour à l'avenir

<figure><img src="image_83.png" /></figure>

INRAO DipSO

Les clés pour bien préparer son jeu de données

Atelier Formation – Valoriser ses données avec un data paper – 12/02/2024
# 6. Financement

* Important de donner des éléments de contexte pour la production des données

* Si possible, ajoutez les informations sur la subvention du dataset

* Le nom du projet à l'origine de la production des données

* Pour un projet européen, les informations sont publiées sur le site :

https://cordis.europa.eu/projects/fr

* Saisie facilitée pour un projet financé par l'ANR

* A Nantes, les projets sont parfois “simplement financés par notre laboratoire”

* Cela peut conduire à ce qu'ils ne soient pas attribués à l'université/aux tutelles parce qu'il ne s'agit que de “petits projets”; mais ça rend la metadonné ‘producer’ encore plus importante

Producer

<figure><img src="image_84.png" /></figure>

Nantes Université (NU) https://www.univ-nantes.fr

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Nantes
Université

Société Mycologique de Fontenay-le-Comte (Mycologie Fontenay) https://mycologie85200.wixsite.com/myco85200

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# 7. Fichiers: RGPD

* Vérifier que les fichiers ont vocation à être partagés

* Vérifier qu'il n'y a pas de données sensibles, l'anonymisation des données personnelles

* A Nantes, c'est une question que je pose systématiquement dans le rapport de curation, même s'il est “évident”

* Il incombe au déposant, surtout quand il y a trop de fichiers/dossiers

* En cas de doute, le déposant doit contacter son service juridique / DPO

* Voici les les restrictions éventuelles INRAE sur les données et celles du CNIL
# 7. Fichiers: formatage

* Privilégier les formats ouverts ou largement utilisés

* Par ex, [ce lien vers le DoRANum format quiz](https://www.doitanum.orgFORMAT) est très utile à savoir

* Le titre du fichier :

* Doit être clair et permettre de comprendre le contenu du fichier

* Ne devrait pas contenir de caractères spéciaux ex. & * % $ £ ° { ! @

* Ätténtiôn auχ ačcents, Šurtout dans l'ingestion automatiqu

* Préférer le caractère_souligné ou-le-tiret au lieu du point ou de l'espace

* EVITER LES MAJESCULES

* On verra cet après-midi ;-)
# 7. Fichiers: les .tab

* Certains fichiers tabulés xlsx, csv, tsv, R data, SPSS et Stata sont ingérés automatiquement sous la forme d'un fichier **.tab**

* C'est un format ouvert et compatible avec la préservation à long term

* Attention que le fichier affiché soit le même que le fichier téléchargé

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* Ce traitement d'ingestion permet d'extraire des métadonnées supplémentaires sur les variables du fichier et de proposer des fonctionnalités de prévisualisation et d'exploration
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## 7. Fichiers: tabulés (cont.)

* Privilégier l'encodage UTF-8 pour les fichiers contenant des caractères spéciaux

* Le format csv doit utiliser la virgule comme séparateur

* Si les cellules contiennent des virgules, le texte doit être placé entre guillemets

* Pas de cellules ni manquantes ni fusionnées

* Pas d'en-têtes vides; chaque en-tête de colonne doit avoir un nom différent

* Pas plus de 1024 colonnes, pas des legends

* Chaque fichier ne doit contenir qu'un seul onglet/feuille (seul le premier sera ingéré)

* Pour Nakala il n'y a pas autant des regles, mais il faut vérifier que le fichier est FAIR

○ J'utilise le service FACILE du CINES pour vérifier l'éligibilité des (tous) formats
# 7. Fichiers: le README

* Le README fournit des informations complémentaires et accessibles

* Lisibles par les humains

* Une trame README est disponible

* Privilégier les formats texte plein (`.txt`) ou markdown (`.md`)

* La documentation avec un dataset doit être suffisante pour permettre à **n'importe quel réutilisateur** de le comprendre et de l'évaluer – pas seulement un collègue spécialiste

* Il peut aussi contenir le dictionnaire des variables et la convention de nommage

* A Nantes, nous offrons un service *encourageant* où nous redirigeons un README en anglais ou français en utilisant l'article (souvent une prépub confidentielle)
# Le modèle README

## INFORMATIONS METHODOLOGIQUES

## Conditions environnementales / experimentales :

## Description des sources et méthodes utilisées pour collecter et générer les données :

<Si applicable, décrire les standards, les informations de calibration, les instruments utilisés, etc.>

## Méthodes de traitement des données :

<Si applicable, décrire le traitement des données et inclure tout détail pouvant être important pour réutiliser ou reproduire les données. Commenter chaque étape.

Par exemple, inclure les méthodes de nettoyage et d'analyse ; les codes et/ou algorithmes ; les procédés d'anonymisation ou de pseudonymisation pour les données sensibles concernant les humains ou des espèces menacées>

## Procédures d'assurance-qualité appliquées sur les données :

## Autres informations contextuelles :
# 8. Licenses: Etalab

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* Les licences ouvertes rendent vos données disponibles et équitables

* Recommandé [d'utiliser une licence autorisée](https://www. code.fr/data/data) par le Code des Relations entre le Public et les Administrations (CRPA)

* C'est un champ obliatoire de metadonnés

* Les données publiques dans les dépôts utilisent par défaut la licence **Etalab 2.0**

- Etalab est une licence française qui rend les données librement accessibles

- Y compris l'adaptation et l'exploitation commerciale des données

- Etalab version 2.0 a été publiée en 2017 et c'est l'équivalent de CC-BY

- Le licence CC-BY-SA est plus fort, mais ne pas juridiquement contraignante en France
# 8. Licenses: General Public License v3

* Pour le code et les logiciels

* Idéalement, déposez-les dans [Software Heritage](https://softwareheritage.org/) (ou HAL)

* S'il y a des codes et des scripts dans le dataset considerer la license [GNU GPL v3](https://www.gnu.org/licenses/by-nc-sa/3.0/) (le defaut pour SWH)

* Il faut aussi ajouter un petit fichier texte dans le dataset

* Cela nécessite une clause de non-responsabilité dans le texte de la licence qui _indique que le chercheur est le propriétaire, et non l'institution_

* Même _si les codes issus de la recherche sont considérés comme des documents administratifs..._

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MINISTÈRE
CHARGÉ
DE L'ENSEIGNEMENT
SUPÉRIEUR
ET DE LA RECHERCHE

Liberté
Égalité
Fraternité

Nou

Accé

Here's a brief summary of what you need to do to release a program under one of our licenses:

* Get a copyright disclaimer from your employer or school.

* Give each file the proper copyright notices. Make sure to clearly identify which versions of the license users can use.

* Add a `COPYING` file with a copy of the GNU GPL or GNU AGPL.

* Also add a `COPYING.LESSER` file with a copy of the GNU LGPL, if you use that.

* Put a license notice in each file.

* (Optionally) make the program display a startup notice.

* (If using the AGPL) make the program offer copies of its source code.

## Parler de Recherche Data Gouv

Accéder au kit de communication →

legifrance.gouv.fr

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Sauf mention contraire, tous les contenus de ce site sont sous licence etalab-2.0 ⚙️, le code source est sous licence GNU GPL V3 ⚙️.
# 8. Licenses: **CC BY-NC-ND**

* Les licences CC ne sont pas reconnues officiellement par l'état Français depuis 2016

* Néanmoins, les licences [Creative Commons](https://creativecommons.org/licenses/by/nc-nd/2.0/) sont largement utilisés

* Surtout pour les 'œuvres intellectuels' comme les articles

* Aide pour choisir une licence CC

* https:// chooseer-beta.creativecommons.org

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Thank you!
# Acknowledgements

The bulk of this presentation is based upon the INRAE training presentation for the online class: '**FAIRe de la curation dans Entrepôt Recherche Data Gouv**' and the introduction presentation "Rappels sur les outils et les bonnes pratiques pour une curation documentaire de qualité" created for the Paris Curathon (2025/04/29). Information was also taken from the [HumaNum online Nakala guidance](https://huma Num.org/).

All of the rest, including errors, screenshots and any dodgy French, was by Jennifer Dandrea Palethorpe, Data Steward at the [Nantes Université Atelier de la Donnée (OREADE)](https://universite-atelier-de-la-donnee.org/).

For this presentation, thank you to Cathy Tang, Damien Sans, Erwan Guillou and Sonia Bravo of INRAE, and my OREADE colleagues Violaine Jacq and Tulia Klavzer, for material, support and suggestions.

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Nantes, France, April 2025