<figure><img src="image_1.png" /></figure>

# Surveillance des infections invasives à streptocoques du groupe A au Canada, 2020

Alyssa Golden<fnref n="1" />*, Averil Griffith<fnref n="1" />, Walter Demczuk<fnref n="1" />, Gregory Tyrrell<fnref n="2" />, Julianne Kus<fnref n="3" />,<fnref n="4" />, Allison McGeer<fnref n="5" />, Marc-Christian Domingo<fnref n="6" />, Linda Hoang<fnref n="7" />, Jessica Minion<fnref n="8" />, Paul Van Caeselele<fnref n="9" />, Hanan Smadi<fnref n="10" />, David Haldane<fnref n="11" />, George Zahariadis<fnref n="12" />, Kristen Mead<fnref n="13" />, Laura Steven<fnref n="14" />, Lori Strudwick<fnref n="15" />, Anita Li<fnref n="16" />, Michael Mulvey<fnref n="1" />,<fnref n="17" />, Irene Martin<fnref n="1" />

## Résumé

**Contexte** : L'infection invasive à streptocoques du groupe A (IISGA) (causée par *Streptococcus pyogenes*) est une maladie à déclaration obligatoire au Canada depuis 2000. Cet article résume les données démographiques, les types *emm* et la résistance aux antimicrobiens des IISGA au Canada en 2020.

**Méthodes** : Le Laboratoire national de microbiologie de l'Agence de la santé publique du Canada (Winnipeg, Manitoba) collabore avec les laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux pour assurer la surveillance nationale du *S. pyogenes* invasif. Le typage des gènes *emm* a été effectué sur tous les isolats en utilisant le protocole de séquençage du gène *emm* des Centres de contrôle et de prévention des maladies (Centers for Disease Control and Prevention). Les susceptibilités antimicrobiennes ont été déterminées par diffusion sur disque de Kirby-Bauer, conformément aux directives de la Clinical and Laboratory Standards Institute. Les taux d'incidence des IISGA basés sur la population jusqu'en 2019 ont été obtenus par le biais du Système canadien de surveillance des maladies à déclaration obligatoire.

**Résultats** : Dans l'ensemble, l'incidence de l'IISGA au Canada est passée de 4,0 à 8,1 cas pour 100 000 habitants entre 2009 et 2019. L'incidence de 2019 représente une légère baisse par rapport au taux de 2018, qui était de 8,6 cas pour 100 000 habitants. Un total de 2 867 isolats de *S. pyogenes* invasif qui ont été prélevés en 2020 sont inclus dans cet article, ce qui représente une diminution par rapport à 2019 (n = 3 194). Les types *emm* les plus fréquents en 2020 étaient *emm*49 (16,8 %, n = 483) et *emm*76 (15,0 %, n = 429), tous deux augmentant leur prévalence de façon importante depuis 2016 (p < 0,001). L'ancien type le plus répandu, le gène *emm*1, est passé de 15,4 % (n = 325) en 2016 à 7,6 % (n = 217) en 2020. Les taux de résistance aux antimicrobiens en 2020 comprenaient 11,5 % de résistance à l'érythromycine, 3,2 % de résistance à la clindamycine et 1,6 % de non-susceptibilité au chloramphénicol.

**Conclusion** : Bien que le nombre d'isolats de *S. pyogenes* invasif prélevés ait légèrement diminué en 2020 par rapport aux années précédentes, l'IISGA reste un problème de santé publique important. La distribution des gènes *emm* au Canada s'est subtilement modifiée au cours des cinq dernières années, s'éloignant du gène *emm*1, commun et bien connu, pour se rapprocher des gènes *emm*49 et *emm*76. Il est important de poursuivre la surveillance des *S. pyogenes* au Canada afin de suivre l'expansion des types *emm* de remplacement, ainsi que les clones d'éclosion et la résistance aux antimicrobiens.

**Citation proposée** : Golden AR, Griffith A, Demczuk WHB, Tyrrell GJ, Kus JV, McGeer A, Domingo M-C, Hoang L, Minion J, Van Caesele P, Smadi H, Haldane D, Zahariadis G, Mead K, Steven L, Strudwick L, Li AY, Mulvey MR, Martin I. Surveillance des maladies invasives à streptocoques du groupe A au Canada, 2020. Relevé des infections transmissibles au Canada 2022;48(9):450-8. https://doi.org/10.14745/ccdr.v48i09a05f

**Mots-clés** : IISGA, *Streptococcus pyogenes*, Canada, *emm*, surveillance, résistance aux antimicrobiens, streptocoque du groupe A

Cette oeuvre est mise à la disposition selon les termes de la licence internationale Creative Commons Attribution 4.0

<figure><img src="image_2.png" /></figure>

## Affiliations

<footnote n="1">¹ Laboratoire national de microbiologie, Agence de la santé publique du Canada, Winnipeg, MB</footnote>

<footnote n="2">² Laboratoire provincial de santé publique (Microbiologie), Edmonton, AB</footnote>

<footnote n="3">³ Santé publique Ontario, Toronto, ON</footnote>

<footnote n="4">⁴ Département médecine de laboratoire et pathobiologie, Université de Toronto, Toronto, ON</footnote>

<footnote n="5">⁵ Toronto Invasive Bacterial Diseases Network (TIBDN), Département de microbiologie, Hôpital Mount Sinai, Toronto, ON</footnote>

<footnote n="6">⁶ Laboratoire de santé publique du Québec, Institut national de santé publique du Québec, Sainte-Anne-de-Bellevue, QC</footnote>

<footnote n="7">⁷ Département médecine de laboratoire et pathologie, Vancouver, BC</footnote>

<footnote n="8">⁸ Laboratoire provincial Roy Romanow, Regina, SK</footnote>

<footnote n="9">⁹ Laboratoire provincial Cadham, Winnipeg, MB</footnote>

<footnote n="10">¹⁰ Ministère de la Santé du Nouveau-Brunswick, Fredericton, NB</footnote>

<footnote n="11">¹¹ Centre des sciences de la santé Queen Elizabeth II, Halifax, NS</footnote>

<footnote n="12">¹² Laboratoire de santé publique de Terre-Neuve et Labrador, St. John's, NL</footnote>

<footnote n="13">¹³ Hôpital Queen Elizabeth, Charlottetown, PE</footnote>

<footnote n="14">¹⁴ Laboratoire de l'Hôpital territorial de Stanton, Yellowknife, NT</footnote>

<footnote n="15">¹⁵ Centre de lutte contre les maladies transmissibles du Yukon, Whitehorse, YT</footnote>

<footnote n="16">¹⁶ Centre de l'immunisation et des maladies respiratoires infectieuses, Agence de la santé publique du Canada, Ottawa, ON</footnote>

<footnote n="17">¹⁷ Département de microbiologie médicale et des maladies infectieuses, Collège de médecine Max Rady, Faculté des sciences de la santé Rady, Université du Manitoba, Winnipeg, MB</footnote>

<footnote>*Correspondance :
alyssa.golden@phac-aspc.gc.ca</footnote>
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## Introduction

Le streptocoque invasif du groupe A (*Streptococcus pyogenes*) est responsable d'un large éventail de maladies humaines, dont les plus graves sont la bactériémie, le syndrome de choc toxique streptococcique, la fasciite nécrosante et l'endocardite (1). Au Canada, l'incidence des infections invasives à streptocoques du groupe A (IISGA) est en hausse; elle a doublé, passant de 4,0 cas pour 100 000 habitants en 2009 à 8,1 cas pour 100 000 habitants en 2019 (2). Bien que l'IISGA soit une cause mondiale de morbidité et de mortalité (3), de nombreuses études ont indiqué que certaines populations sont particulièrement exposées à la maladie, notamment celles qui sont défavorisées ou qui vivent dans des conditions de surpeuplement (4,5).

La protéine M, codée par le gène *emm*, est un facteur de virulence important et un marqueur épidémiologique utilisé pour caractériser les isolats du *S. pyogenes* (1). Une part importante de l'IISGA est causée par un petit nombre de types *emm*. Toutefois, les variations de la prévalence peuvent entraîner une variabilité temporelle et géographique importante. Des études ont noté des fluctuations fréquentes de la prévalence du type *emm* dans ce qu'on appelle le « comportement épidémique », où de nouvelles souches émergentes finissent par remplacer celles qui circulaient auparavant (1,6). En outre, l'accumulation de mutations par l'acquisition d'ADN exogène peut aboutir à des clones plus virulents dont la prévalence augmente ou qui provoquent de nouvelles épidémies dans des populations vulnérables (6).

La propagation clonale rapide et les éclosions de l'IISGA se poursuivant au Canada (4-6), il est devenu de plus en plus important de surveiller les schémas de virulence en constante évolution associés à cet organisme. Cet article fournit un résumé des isolats invasifs de *S. pyogenes* prélevés au Canada en 2020.

## Méthodes

### Programme de surveillance

La surveillance des IISGA au Canada consiste en un système passif, basé sur les laboratoires, dans lequel les isolats invasifs de *S. pyogenes* provenant de tous les laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux (à l'exception de l'Alberta) sont envoyés au Laboratoire national de microbiologie (LNM) à Winnipeg pour des analyses supplémentaires. Au total, 2 867 isolats de *S. pyogenes* invasif ont été signalés en 2020, dont 1) 2 409 isolats soumis directement au LNM par les laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux et 2) les données relatives à 458 autres isolats prélevés et analysés par le Laboratoire provincial de santé publique d'Edmonton, en Alberta (ProvLab Alberta) (tableau 1). Les isolats sont prélevés dans des sites d'isolement clinique stériles, ce qui inclut le sang, le liquide céphalorachidien, les tissus profonds, les échantillons de biopsie et de chirurgie, les os et toute source clinique associée à la fasciite nécrosante ou au syndrome du choc toxique.

<table><caption>Tableau 1 : Nombre d'isolats invasifs de *Streptococcus pyogenes* prélevés par chaque province ou région du Canada, 2020</caption><thead><tr><th rowspan="2">Province</th><th colspan="6">Groupe d'âge (années)</th><th rowspan="2">Non communiqué</th><th rowspan="2">Total</th></tr><tr><th>Moins de 2 ans</th><th>2 à 4</th><th>5 à 14</th><th>15 à 49</th><th>50 à 64</th><th>65 ans et plus</th></tr></thead><tbody><tr><td>Colombie-Britannique</td><td>2</td><td>1</td><td>4</td><td>159</td><td>104</td><td>67</td><td>1</td><td>338</td></tr><tr><td>Alberta</td><td>16</td><td>3</td><td>9</td><td>248</td><td>121</td><td>61</td><td>0</td><td>458</td></tr><tr><td>Saskatchewan</td><td>13</td><td>2</td><td>3</td><td>168</td><td>58</td><td>28</td><td>0</td><td>272</td></tr><tr><td>Manitoba</td><td>12</td><td>10</td><td>4</td><td>114</td><td>70</td><td>58</td><td>0</td><td>268</td></tr><tr><td>Ontario</td><td>10</td><td>6</td><td>18</td><td>458</td><td>274</td><td>294</td><td>3</td><td>1 063</td></tr><tr><td>Québec</td><td>12</td><td>7</td><td>8</td><td>143</td><td>74</td><td>101</td><td>0</td><td>345</td></tr><tr><td>Nouveau-Brunswick</td><td>2</td><td>0</td><td>3</td><td>25</td><td>14</td><td>8</td><td>1</td><td>53</td></tr><tr><td>Atlantique<sup>a</sup></td><td>2</td><td>1</td><td>5</td><td>48</td><td>25</td><td>17</td><td>1</td><td>99</td></tr><tr><td>Nord<sup>b</sup></td><td>0</td><td>1</td><td>0</td><td>11</td><td>11</td><td>1</td><td>0</td><td>24</td></tr><tr><td>Total</td><td>67</td><td>31</td><td>51</td><td>1 349</td><td>737</td><td>627</td><td>5</td><td>2 867</td></tr></tbody></table>

<footnote>a Inclut les isolats du Nouveau-Brunswick, de l'île-du-Prince-Édouard, de la Nouvelle-Écosse et de Terre-Neuve-et-Labrador</footnote>

<footnote>b Comprend les isolats du Yukon, des Territoires du Nord-Ouest et du Nunavut</footnote>
<figure><img src="image_4.png" /></figure>

L'incidence de l'IISGA dans la population jusqu'en 2019 a été obtenue par le Système canadien de surveillance des maladies à déclaration obligatoire (SCSMDO). Les données démographiques pour les taux d'incidence ont été obtenues à partir des estimations démographiques annuelles du 1er juillet de Statistique Canada.

## Analyse des isolats

Les isolats de *Streptococcus pyogenes* ont été confirmés par une réaction PYR (pyrrolidonyl-β-naphthylamide) positive et une sensibilité à la bacitracine (7). Le typage du gène *emm* a été effectué sur tous les isolats d'IISGA soumis au LNM et à ProvLab Alberta en utilisant le protocole de séquençage *emm* des Centres de contrôle et de prévention des maladies (Centers for Disease Control and Prevention [CDC]). Les séquences obtenues ont été comparées à la base de données CDC du gène *emm* et les résultats ont été rapportés au niveau du sous-type. Les sensibilités antimicrobiennes de *S. pyogenes* (n = 2375) ont été déterminées par diffusion sur disque de Kirby-Bauer pour le chloramphénicol (30 µg), l'érythromycine (15 µg), la clindamycine (2 µg), la pénicilline (10 µg), la ceftriaxone (30 µg) et la vancomycine (30 µg) conformément aux directives du *Clinical and Laboratory Standards Institute* (CLSI) (8).

Des analyses supplémentaires ont été effectués sur un sous-ensemble d'isolats du gène *emm*1 afin de déterminer la prévalence de la nouvelle lignée M1<sub>UK</sub>. Les génotypes des isolats M1<sub>UK</sub> ont été déterminés en cartographiant les lectures de séquençage du génome entier par rapport à la souche de référence MGAS5005 et en identifiant 27 variants génomiques mononucléotidiques (SNV) caractéristiques, comme décrit précédemment (9,10).

## Analyse des données

Les données soumises avec les isolats bactériens comprenaient l'âge du patient, le sexe, la source clinique, la province et la date de prélèvement. Les isolats multiples présentant le même type *emm* et prélevés chez le même patient dans les 14 jours ont été comptés une fois, le site d'isolement le plus invasif étant attribué. Les isolats liés à la méningite ont été considérés comme les plus invasifs, suivis par le sang puis par les autres sites stériles. Les données de laboratoire ont été regroupées par âge en groupes de moins de deux ans, de 2 à 4 ans, de 5 à 14 ans, de 15 à 49 ans, de 50 à 64 ans et de 65 ans et plus, et par région en régions de l'Ouest (Colombie-Britannique, Alberta, Saskatchewan, Manitoba), du Centre (Ontario et Québec), de l'Est (Nouveau-Brunswick, Nouvelle-Écosse, Île-du-Prince-Édouard, Terre-Neuve-et-Labrador) et du Nord (Territoires du Yukon, Territoires du Nord-Ouest et Nunavut) du Canada. La signification statistique des tendances a été évaluée à l'aide du test de tendance de Cochran Armitage, une valeur *p* de < 0,05 étant considérée comme significative.

## Résultats

L'incidence globale de l'IISGA au Canada a légèrement diminué en 2019 après des augmentations annuelles successives de 2009 à 2018. Le taux d'incidence global en 2019 était de 8,1 cas pour 100 000 habitants, soit le double du taux observé en 2009 (figure 1, tableau S1 du Matériel supplémentaire). En 2020, 2 867 isolats de *S. pyogenes* invasif ont été prélevés, ce qui représente une diminution par rapport à 2019 (n = 3 194).

<figure><img src="image_5.png" /><figcaption>**Figure 1 :** Taux d'incidence annuelle des cas invasifs de *Streptococcus pyogenes* au Canada par groupe d'âge, 2010 à 2019</figcaption></figure>

* Cas pour 100 000 habitants

Sur les 2 867 isolats de *S. pyogenes* invasif analysés en 2020, 2 862 (99,8 %) avaient l'âge du patient. Les nourrissons de moins de deux ans représentaient 1,7 % (n = 67), les tout-petits de 2 à 4 ans 1,1 % (n = 31), les enfants de 5 à 14 ans 1,8 % (n = 51), les adolescents et adultes de 15 à 49 ans 47,1 % (n = 1 349), les adultes de 50 à 64 ans 25,7 % (n = 737) et les personnes âgées de 65 ans et plus 21,9 % (n = 627). Cinq isolats n'avaient pas d'âge fourni. Les isolats provenant de patients de sexe masculin représentaient 58,1 % (n = 1 635) des isolats pour lesquels l'information sur le sexe était disponible. Le sang était le principal site d'isolement clinique, représentant 67,9 % (n = 1 947) des isolats prélevés. Des informations supplémentaires sur les types *emm* par source de spécimen peuvent être trouvées dans les **figures S1 à S5**.

Les types *emm* les plus prédominants dans l'ensemble en 2020 étaient *emm*49 (16,8 %, n = 483) et *emm*76 (15,0 %, n = 429), dont la prévalence a considérablement augmenté depuis 2016 (de 0,6 %, n = 12 et 0,4 %, n=8, respectivement; *p* < 0,001) (figure 2). Les autres types *emm* qui ont démontré des tendances significativement croissantes de 2016 à 2020 comprennent *emm*53 (1,2 % à 2,1 %, *p* < 0,001), *emm*77 (1,7 % à 2,4 %, *p* = 0,005), *emm*80 (1,0 % à 3,4 %, *p* < 0,001) et *emm*92 (0,1 % à 2,9 %, *p* < 0,001). D'autres types *emm* ont montré des
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tendances significativement décroissantes (voir figure 2), comme *emm1* qui est passé de 15,4 % (n = 325) de tous les isolats invasifs de *S. pyogenes* prélevés en 2016, à seulement 7,6 % (n = 217) en 2020 (p < 0,001). Il convient de noter que 33 % (n = 138) des isolats *emm1* séquencés en 2019 appartenaient à la nouvelle lignée M1<sub>UK</sub>, en comparaison, seuls trois isolats M1<sub>UK</sub> avaient été identifiés en 2015.

<figure><img src="image_7.png" /><figcaption>**Figure 2 : Prévalence des types emm invasifs de Streptococcus pyogenes au Canada, 2016 à 2020<sup>a,b,c</sup>**</figcaption></figure>

En 2020, le type emm le plus fréquent chez les enfants de moins de deux ans était emm49 (20,9 %, n = 14), tandis que emm1 prédominait chez les enfants de 2 à 4 ans (41,9 %, n = 13) et de 5 à 14 ans (37,3 %, n = 19) (figure S6). Chez les patients âgés de 15 à 49 ans et de 50 à 64 ans, l'emm49 était le plus fréquent (17,9 %, n = 242; 17,9 %, n = 132, respectivement), suivi de emm76 (16,3 %, n = 220; 14,2 %, n = 105). Chez les adultes de 65 ans et plus, emm76 (14,4 %, n = 90) et emm49 (14,2 %, n = 89) étaient également les plus fréquents, mais emm1 était aussi fréquemment identifié (12,0 %, n = 75) (figure S7). Les types emm associés à l'Ouest canadien (figure 3) comprenaient emm49 (16,2 %, n = 217), emm76 (15,9 %, n = 213), emm74 (11,2 %, n = 150) et emm81 (9,1 %, n = 122). Dans le centre du Canada, emm49 (17,1 %, n = 240) et emm76 (14,8 %, n = 209) étaient prédominants, tandis que emm49 (26,3 %, n = 26) et emm75 (14,1 %, n = 14) étaient les plus courants dans l'est du Canada. Les isolats du Nord du Canada étaient fortement représentés par emm1 à 25,0 % (n = 6), bien que seulement 24 isolats aient été soumis par cette région (figures S8 à S11).

<figure><img src="image_8.png" /><figcaption>**Figure 3 : Distribution régionale des isolats invasifs de Streptococcus pyogenes prélevés en 2020, par type emm<sup>a</sup>**</figcaption></figure>

Sur demande, le LNM fournit une assistance aux laboratoires de santé publique provinciaux et territoriaux pour les enquêtes sur les éclosions de *S. pyogenes*. Au cours de l'année 2020, le LNM a participé à six enquêtes sur des éclosions provenant de diverses juridictions, notamment emm6.4 (n = 224 cas), emm74 (n = 3), emm81 (n = 9), emm92 (n = 5) et deux éclosions de type multi-emm (emm1, emm74, emm76 et emm92, n = 14; emm1, emm76 et emm77, n = 10).

La résistance aux antimicrobiens parmi les isolats de *S. pyogenes* invasif est restée faible en 2020 (figure 4, tableau S2). Après avoir chuté à 8,5 % (n = 235) en 2019, la résistance à l'érythromycine a augmenté à 11,5 % (n = 273) en 2020; toutefois, l'augmentation globale de 2016 à 2020 n'était pas statistiquement significative. La non-susceptibilité au chloramphénicol a diminué de manière significative, passant de 4,7 % en 2016 à 1,6 % en 2020 (p < 0,001), et la résistance à la clindamycine est restée relativement stable au cours des trois années précédentes (3,0 % à 3,4 %). Aucune résistance n'a été observée à la pénicilline ou à la vancomycine. Les types emm associés à la résistance à l'érythromycine et à la clindamycine comprenaient emm11 (88,6 %, n = 39; 79,5 %, n = 35); emm77 (80,8 %. n = 42; 78,8 %, n = 41) emm83 (45,7 %, n = 21; 47,8 %, n = 22) et emm92 (97,4 %, n = 74; 93,4 %, n = 71; respectivement) (figure S12, tableau S3).

<footnote><sup>a</sup> Nombre d'isolats pour 2016, 2017, 2018, 2019 et 2020, respectivement</footnote>

<footnote><sup>b</sup> L'augmentation des totaux de 2016 et 2017 par rapport aux rapports annuels précédents est due à l'inclusion des données soumises par l'Alberta</footnote>

<footnote><sup>c</sup> Pour les types emm avec un n ≥ 30 global (2016 à 2020) : les flèches vers le haut ou vers le bas indiquent les tendances statistiquement significatives vers une augmentation ou une diminution de la prévalence pour la période de 2016 à 2020, en utilisant le test du khi carré pour la tendance. Les types emm sans flèche n'ont pas démontré une tendance statistiquement significative, ou n'ont pas eu un n ≥ 30 global</footnote>

<footnote><sup>a</sup> Nombre d'isolats dans les régions du Nord, de l'Est, du Centre et de l'Ouest du Canada, respectivement</footnote>
<figure><img src="image_9.png" /><figcaption>**Figure 4 :** Résistance aux antimicrobiens de *Streptococcus pyogenes* invasif au Canada, 2016 à 2020</figcaption></figure>

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

Abbreviation: CHL-NS, chloramphenicol-nonsusceptible (resistant or intermediate); CLI-R, constitutively clindamycin-resistant; ERY-R, erythromycin-resistant

## Discussion

En 2019, 3054 cas d'IISGA ont été signalés au SCSMDO soit un taux d'incidence national de 8,1 cas pour 100000 habitants; plus du double de l'incidence nationale la plus faible enregistrée (2,7 cas pour 100000 habitants en 2004) depuis que l'IISGA est devenue à déclaration obligatoire au Canada en 2000. D'autres pays ont noté des augmentations similaires de l'IISGA au fil du temps (11-14), et ont émis l'hypothèse que l'augmentation globale pourrait être due à une diversité moléculaire croissante de la protéine M, ou à l'expansion de souches particulièrement virulentes de S. pyogenes (13,14). Le transfert horizontal de gènes de grandes régions de matériel génétique a donné naissance à un certain nombre de clones exceptionnellement virulents qui sont devenus dominants dans le monde entier, comme le clone pandémique *emm1* qui résulte de l'acquisition d'une région de 36 kb, entraînant une expression accrue des cytotoxines nga (NADase) et slo (streptolysine O) (15). Il a également été démontré qu'en plus d'une expression accrue de toxines, une production nulle ou faible de capsules peut également favoriser l'expansion de lignées performantes (16); les exemples incluent *emm89*, *emm28* et *emm87* (16,17).

Le nombre d'isolats invasifs de S. pyogenes prélevés par le LNM a diminué, passant de 3194 en 2019 à 2867 en 2020. Bien que les données d'incidence de 2020 pour l'IISGA ne soient pas disponibles au moment de la rédaction de cet article, il est probable qu'il y ait eu une légère diminution entre 2019 et 2020. Cette diminution peut avoir été un effet indirect des mesures de confinement mises en place en 2020 pour empêcher la propagation du virus pandémique du coronavirus du syndrome respiratoire aigu sévère 2 (SRAS-CoV-2). Plusieurs études ont noté une diminution des maladies invasives dues à des agents pathogènes transmis par voie respiratoire en 2020;

entre autres voies, S. pyogenes peut également être transmis par des gouttelettes respiratoires, de sorte que les mêmes mesures de santé publique non pharmaceutiques mises en place pour prévenir la propagation de la maladie à coronavirus 2019 (COVID-19) peuvent avoir empêché une certaine propagation de S. pyogenes, ce qui a entraîné une diminution des cas d'IISGA. L'Initiative de surveillance des infections respiratoires invasives a noté une diminution mondiale des maladies invasives causées par les agents pathogènes respiratoires *Streptococcus pneumoniae*, *Haemophilus influenzae* et *Neisseria meningitidis*, en raison des mesures de confinement et des changements sociaux provoqués par la pandémie (18). Un hôpital de la région de Houston, au Texas, a également déterminé une diminution des infections invasives à pneumocoques et d'IISGA en 2020 grâce aux mesures de confinement liées à la COVID-19 (19).

Le type *emm* le plus répandu au Canada au cours de la dernière décennie était *emm1*, représentant plus de 25 % des cas d'IISGA signalés au début des années 2010 et reflétant les niveaux signalés en Europe et en Amérique du Nord (20). Bien que la prévalence d'*emm1* ait diminué au Canada depuis 2014, un nombre croissant d'isolats séquencés (138 isolats en 2019 par rapport à trois en 2015) correspondent à la nouvelle lignée M1<sub>UK</sub> hypertoxigène décrite initialement par Lynskey et al. (10). Des publications récentes indiquent que la prévalence de cette lignée est variable : 64 % des séquences *emm1* isolées aux Pays-Bas se sont regroupées avec M1<sub>UK</sub>, tandis que les États-Unis n'ont pas connu d'expansion significative (21,22). Il sera primordial de surveiller l'expansion de cette lignée au Canada et de déterminer si elle entraîne une augmentation de la prévalence ou des éclosions de *emm1*.

Bien que sa prévalence ait diminué pendant plusieurs années, *emm1* n'a été dépassé que par *emm76* en 2019 (2), et par *emm49* en 2020, qui représentaient chacun moins de 1 % des cas d'IISGA signalés en 2016. De nombreux foyers d'IISGA au Canada ces dernières années ont été dus à *emm76* et *emm49* (données non publiées). Les remplacements de types *emm* tels que ceux-ci peuvent souvent être motivés par une faible immunité de la population aux types *emm* rares et par une intensification de la transmission de la maladie au sein des populations à risque telles que les personnes sans domicile fixe, les personnes qui s'injectent des drogues et d'autres populations fermées ou semi-fermées. En fait, il a été noté que la distribution des types *emm* varie entre les groupes non à risque et les groupes à risque, voire entre différents groupes à risque (14,23). Valenciano et al. ont observé que la distribution du gène *emm* aux États-Unis variait entre les personnes sans domicile fixe, les personnes qui s'injectent des drogues ainsi que les personnes présentant les deux facteurs de risque (23). L'expansion rapide de types *emm* auparavant peu communs a été constatée récemment dans un certain nombre de pays : *emm74* dans divers groupes défavorisés au Canada; *emm6* dans une population semi-fermée de stagiaires militaires au Canada; *emm26.3* dans
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les personnes sans domicile fixe aux États-Unis; et emm66 chez les personnes sans domicile fixe ou qui s'injectent des drogues en Angleterre (4,5,24,25).

Les *Streptococcus pyogenes* reste sensible à la pénicilline, le traitement antimicrobien le plus couramment choisi pour les IISGA. Cependant, on observe une résistance croissante aux agents de deuxième ligne tels que les macrolides et la clindamycine (1). En 2020, les types emm courants au Canada qui présentaient des niveaux élevés (plus de 40 %) de résistance à l'érythromycine et à la clindamycine comprenaient emm11, emm77, emm83 et emm92, et deux de ces types (emm77, emm92) ont également démontré une prévalence croissante de 2016 à 2020. Ces types emm se sont également révélés être des sources importantes de résistance aux macrolides/ lincosamides dans des pays comme l'Espagne et les États-Unis (26,27), cette dernière étude ayant également noté une augmentation dans le temps des emm11, emm77 et emm92 (27). Il est important de noter que les quatre types emm sont inclus dans un vaccin expérimental à base de protéine M 30-valente qui fait actuellement l'objet d'essais cliniques (28). La poursuite de l'élaboration clinique et l'utilisation éventuelle de ce vaccin dans le monde entier pourraient contribuer à réduire la charge de morbidité associée aux types emm résistants aux antimicrobiens.

## Forces et faiblesses

Il convient d'être prudent dans l'interprétation des données présentées dans cet article, car l'interprétation globale des résultats est limitée aux seuls isolats disponibles pour les analyses. Il se peut que seul un sous-ensemble d'isolats de laboratoire de chaque province ait été soumis à des analyses et, par conséquent, cet article ne reflète pas l'incidence ou les taux réels de la maladie au Canada. La représentativité des proportions d'isolats soumis aux analyses du LNM par rapport à ceux du SCSMDO est présentée dans le tableau S4. Toutes les provinces et tous les territoires ne communiquent pas les données linéaires au SCSMDO et, par conséquent, seules des données agrégées sont disponibles au niveau national. Par conséquent, les données du SCSMDO et les données des laboratoires du LNM sont présentées différemment en termes de groupe d'âge.

## Conclusion

Bien que le nombre d'isolats prélevés ait diminué en 2020 par rapport aux années précédentes, l'IISGA reste un problème de santé publique important. Au cours des cinq dernières années, la distribution des gènes emm au Canada s'est déplacée de l'emm1, commun et bien connu, vers les emm49 et emm76, auparavant peu commun. Il est impératif de poursuivre la surveillance du *S. pyogenes* invasif au Canada pour suivre l'expansion de ces types emm de remplacement, ainsi que les clones d'épidémies et la résistance aux antimicrobiens.

## Déclaration des auteurs

A. R. G. — Analyse formelle, conservation des données, visualisation, rédaction de la version originale, révision et édition de la version finale

A. G. — Analyse formelle, validation, investigation, conservation des données, visualisation, rédaction-révision et édition

W. H. B. D. — Analyse formelle, validation, investigation, conservation des données, visualisation, rédaction-révision et édition

G. J. T. — Ressources, méthodologie, rédaction-révision et édition

J. V. K. — Ressources, méthodologie, rédaction-révision et édition

A. M. — Ressources, méthodologie, rédaction-révision et édition

M. C. D. — Ressources, méthodologie, rédaction-révision et édition

L. H. — Ressources, méthodologie, rédaction-révision et édition

J. M. — Ressources, méthodologie, rédaction-révision et édition

P. V. C. — Ressources, méthodologie, rédaction-révision et édition

H. S. — Ressources, méthodologie, rédaction-révision et édition

D. H. — Ressources, méthodologie, rédaction-révision et édition

G. Z. — Ressources, méthodologie, rédaction-révision et édition

K. M. — Ressources, méthodologie, rédaction-révision et édition

L. S. — Ressources, méthodologie, rédaction-révision et édition

L. S. — Ressources, méthodologie, rédaction-révision et édition

A. Y. L. — Rédaction-révision et édition

M. R. M. — Méthodologie, rédaction-révision et édition

I. M. — Conceptualisation, validation, méthodologie, supervision, administration du projet, rédaction-révision et édition

## Intérêts concurrents

Aucun.

## Remerciements

Nous remercions A. Yuen, R. Mallari et G. Severini de l'Unité des streptocoques et des maladies sexuellement transmissibles du Laboratoire national de microbiologie pour leur assistance technique en laboratoire, ainsi que le personnel des laboratoires provinciaux et de santé publique du Canada pour leur participation au programme national de surveillance en laboratoire.

## Financement

Ce projet a été soutenu par un financement interne de l'Agence de la santé publique du Canada.
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# Matériel supplémentaire

Ces documents sont accessibles dans le dossier Matériel supplémentaire.

Tableau S1 : Taux d'incidence annuelle des cas du *Streptococcus pyogenes* invasif au Canada par groupe d'âge, 2009 à 2019

Figure S1 : Sites d'isolement clinique du *Streptococcus pyogenes* invasif chez les enfants de moins de 15 ans en 2020 (n = 149)

Figure S2 : Sites d'isolement clinique du *Streptococcus pyogenes* invasif chez les patients âgés de 15 ans et plus en 2020 (n = 2718)

Figure S3 : Pourcentage d'isolats du *Streptococcus pyogenes* invasifs provenant du sang en 2020, par type emm (n = 1947)

Figure S4 : Pourcentage d'isolats du *Streptococcus pyogenes* invasifs provenant d'autres sites stériles en 2020, par type emm (n = 910)

Figure S5 : Pourcentage d'isolats du *Streptococcus pyogenes* invasifs provenant du liquide céphalorachidien en 2020, par type emm (n = 10)

Figure S6 : Prévalence des types emm de *Streptococcus pyogenes* invasif isolés en 2020 chez les moins de deux ans, les 2 à 4 ans et les 5 à 14 ans

Figure S7 : Prévalence des types emm de *Streptococcus pyogenes* invasifs isolés en 2020 chez les 15 à 49 ans, les 50 à 64 ans et les 65 ans et plus

Figure S8 : Prévalence des dix types emm les plus courants de *Streptococcus pyogenes* invasifs prélevés dans l'Ouest canadien en 2020

Figure S9 : Prévalence des dix types emm les plus courants de *Streptococcus pyogenes* invasif prélevés dans le centre du Canada en 2020

Figure S10 : Prévalence des dix types emm les plus courants de *Streptococcus pyogenes* invasifs prélevés dans l'Est du Canada en 2020

Figure S11 : Prévalence des types emm invasifs de *Streptococcus pyogenes* prélevés dans le Nord du Canada en 2020

Tableau S2 : Isolats de *Streptococcus pyogenes* invasif résistants aux antimicrobiens par année, 2016 à 2020

Figure S12 : Pourcentage d'isolats de *Streptococcus pyogenes* invasif résistants aux macrolides et aux lincosamides prélevés en 2020, par type emm

Tableau S3 : Pourcentage d'isolats de *Streptococcus pyogenes* invasif résistants aux macrolides et aux lincosamides prélevés en 2020, par type emm

Tableau S4 : Nombre d'isolats de *Streptococcus pyogenes* invasif typés par le Laboratoire national de microbiologie (LNM) par rapport au nombre total de cas signalés au Système canadien de surveillance des maladies à déclaration obligatoire (SCSND) en 2019, par groupe d'âge des patients

# Références

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