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HAL
open science

# Suivi dans le temps et l'espace des agents pathogènes d'origine animale

Xavier Bailly

► To cite this version:

Xavier Bailly. Suivi dans le temps et l'espace des agents pathogènes d'origine animale. Les rencontres de l'Inra au salon de l'agriculture, Feb 2019, Paris, France. pp.8 slides. hal-04977247

HAL Id: hal-04977247

https://hal.science/hal-04977247v1

Submitted on 5 Mar 2025

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Distributed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License
Les
Rencontres
de l'Inra

Suivi dans le temps et l'espace des agents
pathogènes d'origine animale

Lundi 25 février 2019

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INRA
SCIENCE & IMPACT

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Édité en États-Unis d'Amérique
REPUBLIQUE FRANÇAISE

MINISTERIE
DE L'AGRICULTURE
DE L'AGROALIMENTAIRE
ET DE LA FORÉT

SIA2019
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# Positionnement des recherches sur le suivi dans le temps et l'espace des agents pathogènes d'origine animale

## Approche systémique de la recherche en appui aux politiques publiques

- Modéliser les données sanitaires et les changements observés

- Identifier des ruptures
- Comprendre les facteurs clefs
- Prédire leur évolution

- Fournir des informations scientifiques et techniques pour définir les politiques publiques

- Des implications dans différents contextes

- Détecter & Anticiper l'émergence

- Evaluer la gestion

- Proposer des modalités de gestion

- Modéliser pour comprendre la diffusion des pathogènes

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INRA
SCIENCE & IMPACT

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# Détecter l'émergence d'un pathogène inattendu

## Identifications de ruptures de l'état sanitaire liée à des épidémies virales chez les bovins par la surveillance syndromique (e.g. fièvre catharale et Schmalenberg)

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### Principe

### Production de lait

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Veldhuis et al. 2016
Preventive Veterinary Medecine : 124, 1, 15-24

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Marceau et al. 2014
Preventive Veterinary Medecine : 97, 10, 6135-6150

### Reproduction

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Perrin et al. 2015
PLOS One, doi : 10.1371/journal.pone.0141273

### Mortalité

## Améliorer la gestion des données et leur flux pour réagir rapidement
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INRA
SCIENCE & IMPACT

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# Anticiper l'arrivée d'un pathogène
## Se préparer à d'éventuelles introductions

### Identifier les dangers sur le web

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Arsevka et al. 2016
Preventive Veterinary Medecine: 124, 1, 15-24

### Mobiliser des ressources techniques
pour modéliser leur avancée

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Picault et al. 2018
BiorXiv, doi: doi.org/10.1101/491605

### Utiliser des outils et concepts de l'IA pour
faire face aux problématiques sanitaires
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INRA
SCIENCE & IMPACT

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# Modéliser pour comprendre la diffusion des pathogènes

## Intégrer de nouvelles sources de données, comme la génétique des pathogènes

### Relations de parentés entre variants de C. burnetii illustrent les voies de transmission

### Quelles informations complémentaires sur des pas de temps court (e.g. influenza aviaire)

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Outbreaks of HPAI-H5N8 in domestic poultry detected by passive surveillance

* Not included within cluster

* Within cluster 1 (28/11/2016-10/12/2016)

* Within cluster 2 (11/12/2016-4/01/2017)

* Within cluster 3 (8/01/2017-17/01/2017)

* Within cluster 4 (13/01/2017-14/01/2017)

* Within cluster 5 (3/02/2017-22/02/2017)
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# Modéliser pour prédire et appuyer les politiques publiques

## Modéliser pour prédire et appuyer les politiques publiques

### Définition de stratégies de lutte optimales (e.g. paratuberculose)

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Beaunée et al. 2017
Journal of Theoretical Biology, doi:
doi.org/10.1016/j.jtbi.2017.09.012

Control measures

Infected adult prevalence

LOW

MODERATE

HIGH

Improving calf
management

Significantly
improving calf
management

Highly improving
calf management

Culling of **moderate** and **high** shedders

Removal of **marked**
**calves**

Early culling of high
shedders

Annual test
frequency

Camanes et al. 2018
Veterinary Research, doi: 10.1186/s13567-018-0557-3

### Evaluation

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Pioz et al. 2014
PLOS One : doi: 10.1371/journal.pone.0085444
Merci

pour votre attention

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INRA
SCIENCE & IMPACT

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REPUBLIQUE FRANÇAISE

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DE L'AGRICULTURE
DE L'AGROALIMENTAIRE
ET DE LA FORÉT

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