L’examen bactériologique des prélèvements d’origine animale pose de nombreux problèmes aux laboratoires de diagnostic. La médecine vétérinaire s’intéresse à de nombreusesespèces, domestiques ou sauvages, allant des mollusques (coquillages, escargots) ou des arthropodes (abeilles, vers à soie…)jusqu’aux vertébrés supérieurs (primates non hominiens) en passant par les poissons, les reptiles et les oiseaux. Chacun de cesanimaux peut être infecté par des germes qui lui sont propreset l’éventail des bactéries potentiellement pathogènes est trèslarge. Les élevages intensifs se caractérisent par la rechercheexclusive de hauts rendements chez des animaux de plus enplus jeunes, soumis à une alimentation intensive et élevés engrand nombre sur des espaces de plus en plus confinés. Au seinde ces élevages, les grandes maladies sont bien maîtrisées maislaissent la place à des infections médicalement peu graves maisayant des répercussions économiques importantes telles que desretards de croissance. Ces infections sont généralement plurimicrobiennes et les résultats bactériologiques sont difficiles àinterpréter. La médecine des animaux de sport ou de compagnie,moins astreinte aux contraintes économiques, peut faire appel àtoutes les techniques médicales, chirurgicales et thérapeutiquesy compris les plus modernes. L’animal malade, traumatisé, affaibli, voire immunodéprimé sera soumis à des techniques d’exploration invasives, il fera l’objet de soins intensifs et il pourracontracter des auto-infections ou des exo-infections (dont desinfections nosocomiales et iatrogènes) provoquées par toute unepanoplie de germes plus opportunistes que véritablement pathogènes. Paradoxalement, les propriétaires ne sont pas toujoursconvaincus de l’utilité des examens de laboratoire et ne sont pasprêts à en assumer les coûts ce qui ne permet ni d’approfondirun diagnostic ni de multiplier les analyses sur un même animal(à titre d’exemple, il est exceptionnel de réaliser plusieurs hémocultures consécutives !). La réalisation des prélèvements s’avèredélicate et les pollutions par les flores saprophytes ou les germesdu milieu ambiant sont fréquentes. Il en résulte l’obtention decultures pluri bactériennes au sein desquelles l’agent étiologiquecoexiste avec toute une flore de contamination.