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HAL
open science

# Manuel utilisateurs d'atweb

Stéphane Dervaux, Patrice Buche

► To cite this version:

Stéphane Dervaux, Patrice Buche. Manuel utilisateurs d'atweb. INRAE. 2013. hal-05196134

HAL Id: hal-05196134

https://hal.science/hal-05196134v1

Submitted on 1 Aug 2025

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Open licence - etalab
MANUEL UTILISATEUR
D’@WEB

Dervaux Stéphane

10/01/2013
Sommaire

<table><tr><td>Présentation générale</td><td>2</td></tr><tr><td>L'onglet "Ontologie"</td><td>2</td></tr><tr><td>Une Ontologie spéciale : L'ontologie des unités</td><td>3</td></tr><tr><td>Export de l'ontologie des unités</td><td>3</td></tr><tr><td>Mise à jour de l'ontologie des unités</td><td>4</td></tr><tr><td>Insertion d'une ontologie</td><td>5</td></tr><tr><td>Mise à jour d'une ontologie</td><td>6</td></tr><tr><td>Visualisation d'une ontologie</td><td>6</td></tr><tr><td>L'onglet "Documents"</td><td>7</td></tr><tr><td>Les topics</td><td>8</td></tr><tr><td>Les informations disponibles</td><td>8</td></tr><tr><td>Ajout d'un document</td><td>9</td></tr><tr><td>Les documents</td><td>10</td></tr><tr><td>Les informations disponibles</td><td>10</td></tr><tr><td>Ajout d'un tableau</td><td>11</td></tr><tr><td>La copie d'un document</td><td>12</td></tr><tr><td>Les tableaux</td><td>12</td></tr><tr><td>Les informations disponibles</td><td>12</td></tr><tr><td>L'annotation Manuelle</td><td>13</td></tr></table>
Ce manuel a pour but d'aider les utilisateurs d'@Web dans l'utilisation de l'application.

## Présentation générale

Cette application propose un processus complet d'acquisition de données de tableaux, qui contiennent en général une synthèse des données publiées dans les documents scientifiques, pour enrichir des bases de données. Il repose sur une **Ressource Termino-Ontologique** (RTO), qui donne une représentation, formalisée et structurée, du vocabulaire spécifique à un domaine d'application donné. La RTO est composée d'une partie générique contenant les concepts dédiés à la tâche d'annotation sémantique de tableaux de données et d'une partie spécifique ainsi que d'une terminologie, dédiés au domaine d'application étudié.

@Web est une application web accessible depuis cette adresse :
http://ceres.agroparistech.fr/atWeb/

Le logiciel ce décompose en trois grandes catégories accessibles depuis le menu du haut :

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- L'onglet Ontologie qui permet de gérer et visualiser l'ensemble des ontologies présentes dans l'application ;

- L'onglet Documents qui permet de gérer les documents contenant des tableaux et permettant leurs annotations

- L'onglet Query ... En Construction

## L'onglet "Ontologie"
Une Ontologie spéciale : L'ontologie des unités

Afin d'éviter la réécriture des unités de mesures et surtout les conversions entre elles, @Web gère une ontologie spéciale et partagé entre toutes les RTO que l'on appel ontologie des unités.

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A partir de ce menu, il est possible d'exporter l'ontologie des unités aux formats CSV et OWL, de
là mettre à jour ou simplement de visualiser la liste des concepts présents classés par type
(Singular, Multiple or Submultiple, Exponentiation, Division or Multiplication).

Export de l'ontologie des unités

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Contrairement à l'export au format OWL qui contient l'ontologie complète (les concepts unités, les conversions, ...), l'export au format CSV ne contient que la liste des concepts unités organisés par leurs types.

## Mise à jour de l'ontologie des unités

La mise à jour de l'ontologie des unités est possible uniquement au format OWL.

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Il est possible de réaliser deux types de mises à jour :

- Reinit : Ce type de mise à jour écrase complètement l'ancienne ontologie.

- Update : Ce type de mise à jour permet uniquement d'ajouter de nouveaux concepts dans l'ontologie.
Insertion d'une ontologie

@Web possède deux modes de création de RTO.

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- Via un fichier OWL. Il suffit simplement de sélectionner le fichier OWL et de rentrer un nom d'ontologie.

- Via plusieurs fichiers CSV

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Il peut y avoir un ou plusieurs fichiers à insérer par type de concepts. On ajoute successivement les fichiers CSV avec la hiérarchie correspondante (si elle existe) en commençant par les fichiers
décrivant les concepts symboliques, puis les concepts quantité et pour finir, les concepts relation. On termine par rentrer le nom de l'ontologie pour la créer.

NB. Pour plus d'informations sur le format CSV utilisé, veuillez vous référer au document « Les fichiers CSV ».

## Mise à jour d'une ontologie

@Web permet de gérer un « versionning » des ontologies et par conséquent de faire des mises à jour. Il suffit de se rendre dans le menu de l'ontologie concerné, puis de cliquer sur « Update ».

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Il existe 3 façons de mettre à jour une ontologie.

- A partir de fichiers CSV ;

- A partir d'un fichier OWL ;

- A partir d'une version précédente de l'ontologie.

En ce qui concerne les deux premiers modes, merci de vous référer à la partie « Insertion d'une ontologie » qui est identique.

Pour la mise à jour à partir d'une version précédente de l'ontologie, @Web gardant chaque version lors des mises à jour précédentes, il suffit de sélectionner la version sur laquelle on souhaite revenir.

A chaque mise à jour d'une ontologie, son numéro de version est incrémenté.

NB. Lors de la mise à jour d'une ontologie à partir d'une ancienne version, une nouvelle version est créée. Si on est actuellement en version 2 et que l'on souhaite repasser en version 1, alors une troisième version (la copie conforme de la version 1) est créée.

## Visualisation d'une ontologie

@Web permet de visualiser de manière simplifiée la dernière version de chaque ontologie présente dans l'application dans la langue désirée (si celle-ci est présente dans l'ontologie).
Pour visualiser un concept, il suffit de sélectionner le type (symbolique, quantité, relation ou unité), puis de commencer à taper le nom du concept.

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Selon le type de concept sélectionné, les informations affichées sont différentes.

- Symbolique, quantité, unité et relation :

* Les labels préférés

* Les labels alternatifs

* La hiérarchie du concept

- Quantité :

* Les restrictions du concept (intervalle de valeur possible) et de sa hiérarchie

* Les unités utilisables avec le concept

- Unité :

* La dimension du concept

* Les conversions disponibles

- Relation :

* La relation avec le concept résultat et les concepts d'accès (obligatoires et optionnels).

## L'onglet "Documents"

La partie Documents permet de gérer l'ensemble des documents disponibles dans l'application. Les documents sont associés à un topic qui lui-même est associé à une ontologie. Les interactions avec les différents éléments de cette partie se font grâce à un menu contextuel accessible avec le clic droit de la souris.
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## Les topics

Les Topics permettent d'organiser les différents documents. Les documents ne possédant pas de topic sont automatiquement placés dans le dossier « no topic ».

## Les informations disponibles

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Pour chaque topic, il est possible d'obtenir les informations suivantes :

- Le nom du topic

- L'ontologie associée au topic

- Le nombre de documents

- Le nom des documents
## Ajout d'un document

@Web permet d'ajouter des documents à un topic de deux manières différentes.

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### L'ajout de document se fait :

Soit en remplissant toutes les informations possibles ainsi que le document lui-même au format PDF (si disponible) et HTML (obligatoire)

Soit en se connectant à votre compte « Mendeley ». Si vous possédez un compte « Mendeley », alors @Web vous permet de vous identifier et de récupérer la liste des documents présents sur votre compte. Il ne vous reste plus qu'à les ajouter à la liste des documents à importer dans @Web.

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@Web ne permet pas seulement d'ajouter un document. En effet, lors de l'ajout d'un document, il essaye d'extraire les tableaux automatiquement du document. Il existe tout de même une validation manuelle par l'utilisateur permettant de filtrer les tableaux pertinents ou non.

<figure><img src="image_15.png" /></figure>

L'utilisateur a le choix pour chaque tableau détecté de le rejeter ou de l'accepter. Même si un tableau est rejeté, il sera quand même présent dans le logiciel mais pas visible. Il est toutefois possible de revenir sur ce choix plus tard.

## Les documents

### Les informations disponibles

<figure><img src="image_16.png" /></figure>
Pour chaque topic, il est possible d'obtenir les informations suivantes :

- Le nom du document

- Le topic associé

- L'ontologie associée

- Le nombre de tableaux acceptés

- Le nombre de tableaux rejetés

- Le nombre de tableaux non traités (ni accepté ni rejeté)

- La liste des auteurs

- Le journal

- L'année de publication

Il est également possible depuis cette page de télécharger le fichier PDF d'origine (s'il existe) ainsi que le fichier HTML.

Le bouton « Table Management » permet quant à lui de modifier le statut des tableaux, c'est-à-dire s'il est accepté ou rejeté.

## Ajout d'un tableau

Il est possible que lors de l'ajout d'un document @Web ne détecte pas tout les tableaux du document. Dans ce cas, il est possible d'ajouter directement au document un nouveau tableau.

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Pour cela, il suffit de rajouter les informations suivantes :

- Le nom du tableau

- Le tableau au format HTML

- Le numéro de la page PDF (si celui-ci existe)

- Le numéro du tableau dans le PDF
## La copie d'un document

Il se peut que pour certaines raisons, vous voulez qu'un document appartienne à plusieurs topics. @Web ne permet pas cette possibilité. Afin de remédier à cette contrainte, il est tout à fait possible de dupliquer un tableau dans un autre topic.

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Pour dupliquer un document, il suffit de déplacer le ou les topics dans lesquels vous voulez copier le document de la partie de droite (« Available ») dans la partie de gauche (« Selected »).

## Les tableaux

### Les informations disponibles

<figure><img src="image_19.png" /></figure>
<figure><img src="image_20.png" /></figure>

Pour chaque tableau, il est possible d'obtenir les informations suivantes :

- Le nom du tableau

- Le nom de son document

- Son statut (non clos, annoté, ...)

- Le tableau au format HTML

- Le tableau au format PDF (s'il existe)

- Le numéro de page du tableau dans le PDF

- Le numéro du tableau dans le PDF

## L'annotation Manuelle

Lors de l'annotation d'un tableau, celui-ci passe en mode « locked ». C'est-à-dire qu'aucun autre utilisateur ne pourra faire de modification dessus.

La première étape de l'annotation est de sélectionner l'ensemble des relations décrites dans le tableau.
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Lorsque l'on ajoute une relation au tableau, l'ensemble des concepts qui la compose apparaissent. Si deux relations possèdent un même concept, alors celui-ci est partagé dans le tableau d'annotation.

Une fois les relations choisies, un nouveau tableau d'annotations est créé avec certains en-têtes pré-remplis.

<figure><img src="image_22.png" /></figure>

L'interface d'annotation manuelle se décompose en deux parties. La partie du haut représente le tableau d'origine (que l'on souhaite annoter) au format HTML ou PDF s'il est disponible et la partie du bas qui représente le tableau annoté.

Les en-têtes apparaissant en rouge ne sont pas valides. Pour les éditer, il suffit de double-cliquer dessus. Dans la plupart des cas, il s'agit des concepts quantités auxquels il faut spécifier une unité par défaut.
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Il suffit alors de sélectionner l'unité par défaut que l'on souhaite utiliser et de sauvegarder.

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Il est possible lors de l'ajout de ligne à notre tableau d'insérer plusieurs lignes en même temps. Il faut également sélectionner les relations qui vont être disponibles pour notre ou nos nouvelles lignes. En effet, l'ensemble des relations du tableau ne sont pas forcément présentes sur chaque ligne.
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Pour éditer une cellule, il suffit de double-cliquer dessus. On accède alors aux informations qui seront différentes en fonction du type de concept de la colonne.

- Symbolique

o La valeur d'origine de la cellule

o Le concept de la cellule

o Les labels préférés

o Les labels alternatifs

- Quantité

o La valeur d'origine de la cellule

o Les labels préférés

o Les labels alternatifs

o La valeur de la cellule

En ce qui concerne la valeur de la cellule pour les concepts quantités, il peut s'agir d'une valeur simple ou d'un intervalle. Il est également possible de choisir l'unité de la valeur que l'on rentre. Elle sera ensuite convertie automatiquement par @Web dans l'unité par défaut de la colonne correspondante.
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Il est également possible de copier ou supprimer une ligne d'un tableau. Pour cela un menu contextuel est accessible via le numéro de la ligne. Lors de la copie d'une ligne, l'ensemble des informations sont copiés.