# SK8: Un service institutionnel de gestion et d'hébergement d'applications Shiny

Élise Maigné, Isabelle Sanchez, David Carayon, Joseph Tran, Jean-François

Rey, Cédric Midoux, Marine Marjou

► To cite this version:

Élise Maigné, Isabelle Sanchez, David Carayon, Joseph Tran, Jean-François Rey, et al.. SK8: Un service institutionnel de gestion et d'hébergement d'applications Shiny. Rencontres R 2023 et 2024, Jun 2023, Avignon (FR), France. . hal-04141247v2

HAL Id: hal-04141247

https://hal.inrae.fr/hal-04141247v2

Submitted on 17 Jun 2024

HAL is a multi-disciplinary open access
archive for the deposit and dissemination of sci-
entific research documents, whether they are pub-
lished or not. The documents may come from
teaching and research institutions in France or
abroad, or from public or private research centers.

L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est
destinée au dépôt et à la diffusion de documents
scientifiques de niveau recherche, publiés ou non,
émanant des établissements d'enseignement et de
recherche français ou étrangers, des laboratoires
publics ou privés.

Public Domain
# SK8: Un service institutionnel de gestion et d'hébergement d'applications Shiny

Élise Maigné, Isabelle Sanchez, David Carayon, Joseph Tran, Jean-François

Rey, Cédric Midoux, Marine Marjou

► To cite this version:

Élise Maigné, Isabelle Sanchez, David Carayon, Joseph Tran, Jean-François Rey, et al.. SK8: Un service institutionnel de gestion et d'hébergement d'applications Shiny. Rencontres R 2023 et 2024, Jun 2023, Avignon (FR), France. . hal-04141247v2

HAL Id: hal-04141247

https://hal.inrae.fr/hal-04141247v2

Submitted on 17 Jun 2024

HAL is a multi-disciplinary open access
archive for the deposit and dissemination of sci-
entific research documents, whether they are pub-
lished or not. The documents may come from
teaching and research institutions in France or
abroad, or from public or private research centers.

L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est
destinée au dépôt et à la diffusion de documents
scientifiques de niveau recherche, publiés ou non,
émanant des établissements d'enseignement et de
recherche français ou étrangers, des laboratoires
publics ou privés.

Public Domain
<figure><img src="image_1.png" /></figure>

# Un service institutionnel de gestion et d'hébergement d'applications R Shiny

INRAO

<figure><img src="image_2.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

Élise Maigné¹, Isabelle Sanchez², David Carayon³, Joseph Tran⁴, Jean-François Rey⁵, et le reste de la team SK8⁶

¹ UR MIAT, 31326, Castanet-Tolosan – ² UMR MISTEA 34060 Montpellier – ³ UR ETTIS 33612 Cestas – ⁴ UMR EGFV 33140 Villenave-d'Ornon – ⁵ UR BioSP 84914 Avignon – ⁶ https://sk8.inrae.fr/acteurs.html

## SK8, c'est quoi et pour qui ?

SK8 un projet proposant un service d'hébergement d'applications R Shiny pour
tous les agents INRAE ou tout projet financé par l'institut.

* Répond aux besoins des laboratoires : solution pérenne et évolutive,

* Permet une harmonisation des travaux de l'institut et une meilleure visibilité,

* S'appuie sur des infrastructures et outils open-source mis à disposition par l'institut,

* Facilite la maintenance et reproductibilité,

* Étend la facilité de développement d'applications avec R Shiny en proposant la facilité de déploiement,

* Est accessible : ne nécessite aucune compétence en administration système,

* Est intégré dans une instance GitLab accessible à tous les agents INRAE.

## Sous le capot de SK8

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

Des templates (Gitlab CI/CD) permettent d'automatiser et de gérer :

* la stabilité des applications (utilisation de `{renv}`),

* leur conteneurisation (Docker) et

* leur déploiement dans un cluster Kubernetes sur openstack, le tout géré, développé et maintenu par l'équipe SK8.

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

Pour les développeurs-ses R Shiny, la démarche est simple :

1. déposer son application dans un projet Gitlab dédié à son projet,

2. cliquer sur le bouton de publication pour lancer une mise à jour,

3. rester propriétaire de son code.

## SK8, comment ça roule ?

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

## SK8, c'est qui ?

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

Hackaton SK8 2024 @ Sète

* Deux groupes, une **quinzaine d'ingénieur·e·s** aux compétences diverses (devops, administration système, statistique, bioinformatique...) provenant de multiples unités INRAE.

* Le projet est rythmé en réunions mensuelles pour chaque groupe, ponctué par des sessions de travail communes (hackathon, AG).

Envie de participer ?
Rejoignez nous !

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

### Groupe devops

* Administrateur.rice.s systèmes

* Gèrent l'infrastructure SK8 (Gitlab, CI/CD, K8S, ...)

* Veillent sur l'infrastructure (monitoring et logs)

* Mettent en place les solutions

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

### Groupe user

* Développeur.se.s R & Shiny

* Expriment les besoins et retours utilisateur.rice.s

* Accompagnent les utilisateur.rice.s

* Rédigent la documentation

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

## SK8, quand et comment ?

Mars 2021 : lancement du projet

Avril 2022 : ouverture du service

Mai 2023 : ~50 applications hébergées

Mai 2024 : ~90 applications hébergées

https://sk8.inrae.fr

Le poster SK8

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

Le site SK8

<figure><img src="image_11.png" /></figure>

## Remerciements

### CATIs INRAE actifs

* IMOTEP

* GEDEOP

* CODEX

* IUMAN

* Bios4Biol

* SoNet

* Baric

* PROSODie

* CITISES

* BOOM

### Cas d'usage, soutien technique et financier

<figure><img src="image_12.png" /></figure>

Département
MathNum

SPE SA
<figure><img src="image_1.png" /></figure>

# Un service institutionnel de gestion et d'hébergement d'applications R Shiny

INRAO

<figure><img src="image_2.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

Élise Maigné¹, Isabelle Sanchez², David Carayon³, Joseph Tran⁴, Jean-François Rey⁵, et le reste de la team SK8⁶

¹ UR MIAT, 31326, Castanet-Tolosan – ² UMR MISTEA 34060 Montpellier – ³ UR ETTIS 33612 Cestas – ⁴ UMR EGFV 33140 Villenave-d'Ornon – ⁵ UR BioSP 84914 Avignon – ⁶ https://sk8.inrae.fr/acteurs.html

## SK8, c'est quoi et pour qui ?

SK8 un projet proposant un service d'hébergement d'applications R Shiny pour tous les agents INRAE ou tout projet financé par l'institut.

* Répond aux besoins des laboratoires : solution pérenne et évolutive,

* Permet une harmonisation des travaux de l'institut et une meilleure visibilité,

* S'appuie sur des infrastructures et outils open-source mis à disposition par l'institut,

* Facilite la maintenance et reproductibilité,

* Étend la facilité de développement d'applications avec R Shiny en proposant la facilité de déploiement,

* Est accessible : ne nécessite aucune compétence en administration système,

* Est intégré dans une instance GitLab accessible à tous les agents INRAE.

## Sous le capot de SK8

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

Des templates (Gitlab CI/CD) permettent d'automatiser et de gérer :

* la stabilité des applications (utilisation de `{renv}`),

* leur conteneurisation (Docker) et

* leur déploiement dans un cluster Kubernetes sur openstack, le tout géré, développé et maintenu par l'équipe SK8.

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

Pour les développeurs-ses R Shiny, la démarche est simple :

1. déposer son application dans un projet Gitlab dédié à son projet,

2. cliquer sur le bouton de publication pour lancer une mise à jour,

3. rester propriétaire de son code.

## SK8, comment ça roule ?

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

## SK8, c'est qui ?

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

Hackaton SK8 2024 @ Sète

* Deux groupes, une **quinzaine d'ingénieur·e·s** aux compétences diverses (devops, administration système, statistique, bioinformatique...) provenant de multiples unités INRAE.

* Le projet est rythmé en réunions mensuelles pour chaque groupe, ponctué par des sessions de travail communes (hackathon, AG).

Envie de participer ?
Rejoignez nous !

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

### Groupe devops

* Administrateur.rice.s systèmes

* Gèrent l'infrastructure SK8 (Gitlab, CI/CD, K8S, ...)

* Veillent sur l'infrastructure (monitoring et logs)

* Mettent en place les solutions

## SK8, quand et comment ?

Mars 2021 : lancement du projet

Avril 2022 : ouverture du service

Mai 2023 : ~50 applications hébergées

Mai 2024 : ~90 applications hébergées

https://sk8.inrae.fr

Le poster SK8

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

Le site SK8

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

## Remerciements

### CATIs INRAE actifs

* IMOTEP

* GEDEOP

* CODEX

* IUMAN

* Bios4Biol

* SoNet

* Baric

* PROSODie

* CITISES

* BOOM

### Cas d'usage, soutien technique et financier

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

Département
MathNum

SPE SA