# Développement et industrialisation d'un outil de génotypage adapté à la filière porcine et fondé sur l'utilisation des données issues du séquençage du génome

Julie Demars

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Julie Demars. Développement et industrialisation d'un outil de génotypage adapté à la filière porcine et fondé sur l'utilisation des données issues du séquençage du génome. 2025. hal-04995416

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Submitted on 18 Mar 2025

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**Contexte** - Le marché du génotypage chez les porcs est aujourd'hui dépendant de la technologie des puces à SNP. Cette technologie qui a permis une amélioration significative de la précision et de l'efficacité de la sélection porcine, est cependant fondée sur une approche figée et incomplète, dépendant d'un faible nombre de fournisseurs étrangers. Il est donc essentiel de sortir de cette dépendance de marché en développant un nouvel outil répondant aux attentes des acteurs de la filière porcine française. De plus, à terme, cette technologie pourrait être adaptée à d'autres filières animales, avec en premier lieu la filière bovine.

**Objectifs** - Le projet FrenchSeq a pour ambition de développer et d'industrialiser un outil de génotypage adapté à la filière porcine et fondé sur l'utilisation des données issues du séquençage du génome faible couverture en lieu et place des puces SNP. Cette solution contrairement à la technique des puces SNP semblerait plus flexible et plus évolutive. En effet, elle permet dans une même analyse de réaliser à la fois le séquençage du génome de différentes espèces (porc, bovin, végétaux...) et à différentes densités, appelée profondeur de séquençage pour un coût machine constant. L'utilisation des informations issues de cette technique a pour ambition de remplacer les génotypages par puce SNP tout en permettant d'obtenir les mêmes résultats qu'avec la puce SNP et en captant des informations supplémentaires (recherche de gènes d'intérêt, détection d'anomalies chromosomiques de type insertion ou délétion par exemple).

L'objectif clairement affiché de ce projet est qu'un acteur majeur de la région Hauts-de-France associé à un acteur majeur français puissent développer un savoir-faire et une technologie unique permettant de répondre à des enjeux scientifiques et industriels dans l'analyse du génome animal. Les finalités sont de réduire la dépendance des opérateurs de la génétique animale aux fournisseurs nord-américains ainsi que de proposer un outil clé en main aux acteurs de la génétique et de la recherche porcine à un coût équivalent, voire inférieur, à celui du génotypage par puce SNP.

**Structuration et organisation** - GD Biotech AXIOM GenEpi, GenPhySE

WP1: Structuration pour une mise en oeuvre industrielle (GD Biotech)

WP2: Imputation en race pure (GD Biotech)

WP3: Imputation animaux croisés (GenEpi, GenPhySE)

WP4: Phasage et haplotypage (GenEpi, GenPhySE)

WP5 : Développement d'un outil de contrôle des anomalies chromosomiques (AXIOM)