# Publier La Science - Numéro 9

Jeanine Martelli, Eric Lichtfouse, Marjolaine Hamelin, Virginie Lelievre

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Jeanine Martelli, Eric Lichtfouse, Marjolaine Hamelin, Virginie Lelievre. Publier La Science - Numéro 9. INRAE., 13 p, 2015, Guy Richard. hal-03864447

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publier
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numéro 09 / septembre 2015

- Une revue française piratée

- Partager les données

- 12 habits of productive writers
# PUBLIER LA SCIENCE

## Numéro 9, septembre 2015

<table><tr><td>EDITORIAL</td><td>3</td></tr><tr><td>REDACTION</td><td>4</td></tr><tr><td>METRIQUES ET IMPACT</td><td>5</td></tr><tr><td>LIBRE ACCES</td><td>6</td></tr><tr><td>EVALUATION</td><td>7</td></tr><tr><td>ETHIQUE</td><td>8</td></tr><tr><td>PROCESSUS DE PUBLICATION</td><td>9</td></tr><tr><td>MODELES DE PUBLICATION</td><td>10</td></tr><tr><td>DONNEES DE LA RECHERCHE</td><td>10</td></tr><tr><td>COMMUNICATION SCIENTIFIQUE</td><td>12</td></tr><tr><td>OUTILS</td><td>12</td></tr><tr><td>HUMOUR</td><td>13</td></tr></table>

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**Directeur de la publication** : Guy Richard

**Editeur-en-chef** : Eric Lichtfouse

**Réalisation** : Jeanine Martelli (responsable de la veille), Eric Lichtfouse (animateur de la CAPS), Marjolaine Hamelin, Virginie Lelièvre

Cellule d'Assistance à la Publication Scientifique (CAPS)
Département Environnement et Agronomie (EA)
Institut National de la Recherche Agronomique

Contact : caps.departea@orleans.inra.fr, http://www.ea.inra.fr

Couverture : Guillaume Decaux – http://www.alcide.fr

ISSN 2269-7314

Publier la Science est une sélection d'informations sur la publication et la rédaction scientifique diffusée trimestriellement. Dans un souci de synthèse et de lisibilité, les informations diffusées sont parfois modifiées par rapport à leurs versions originales sans pour autant en dénaturer le sens. S'il s'avère toutefois que ce n'est pas le cas, les personnes et sources citées dans Publier la Science peuvent à tout moment, demander la rectification voire la suppression des informations diffusées les concernant en nous écrivant à caps.departea@orleans.inra.fr.
L'excellence des revues de l'INRA

Les revues INRA<fnref n="1" /> ont beaucoup évolué depuis leur création. Dans la première moitié du siècle dernier, elles publiaient, pour certaines, quasiment exclusivement en français, leur visibilité internationale était faible. Elles recevaient alors peu de manuscrits. La « culture éditoriale » et les pratiques de publication à l'INRA étaient également différentes de celles d'autres instituts de recherche, en lien notamment avec le caractère appliqué de certains travaux. L'évolution des travaux conduits à l'Inra et la nécessité de publier dans des revues internationales à comité de lecture de bonne notoriété ont amené l'institut à améliorer la qualité de ses revues. Cela s'est traduit en particulier par la création d'un collectif partageant les savoirs éditoriaux et négociant au mieux les contrats avec les maisons d'édition, le cas échéant. Plus récemment, la création du Pôle de Publication et Communication Scientifique du service Information Scientifique et Technique<fnref n="2" /> permet de valoriser l'expérience éditoriale au sein de l'INRA.

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De leur côté, les revues ont su s'adapter aux nombreux bouleversements de l'édition scientifique. Elles ont pour la plupart changé leur langue de publication pour l'anglais, certaines ont mis en place des résumés en chinois, d'autres, des blogs, elles ont développé leur activité sur les réseaux sociaux... Autant de stratégies qui ont amélioré leur visibilité et contribué à les hisser au rang de revues d'excellence. Le dernier Journal Citation Report classe plusieurs revues INRA dans les 3 premières de leur catégorie sur la base de leur facteur d'impact à deux ans. La revue Genetics Selection Evolution est classée 1ère sur 55 revues de la catégorie Agriculture, Dairy and Animal Science; Agronomy for Sustainable Development classée 2e sur 81 en Agronomy et Veterinary Research classée 3e sur 133 en Veterinary Sciences. Ces belles performances sont confirmées par l'indice h5 de Google Scholar qui classe ces 3 revues ainsi que la revue Annals of Forest Science et la revue Animal dans les 10 premières de leur catégorie.

Dans ce microcosme éditorial institutionnel, tous les modèles économiques sont représentés: le modèle traditionnel lecteur-payeur, le modèle auteur-payeur, mais également la gratuité totale et l'autodiffusion. Grâce à ses revues, l'INRA est acteur de l'édition scientifique et peut donc participer à son évolution ; et par elles, l'institut réalise ses missions de production, évaluation et diffusion de la science. Une dizaine de rédacteurs en chef et de secrétaires de rédaction Inra œuvrent chaque jour pour qu'y soient publiés des articles de qualité en cohérence avec leur ligne éditoriale. Enfin il convient de féliciter les 330 scientifiques de l'Inra membres de comités éditoriaux<fnref n="3" /> qui aident les jeunes chercheurs à publier. Véritables chirurgiens de la publication, ces éditeurs prodiguent une aide de proximité dans un contexte où la plupart des revues déclinent plus de 50% des articles à la soumission...

Eric Lichtfouse et Marjolaine Hamelin

<footnote n="1">¹ https://hal.archives-ouvertes.fr/ARINRA</footnote>

<footnote n="2">² https://intranet.inra.fr/ist/Reseau-IST/Les-Poles/Publication-et-communication-scientifique</footnote>

<footnote n="3">³ https://intranet.inra.fr/ist/Publier-Valoriser/Connaitre-les-publications-de-l-Inra/Les-chercheurs-Inra-membres-de-comites-editoriaux</footnote>
# Rédaction

## More easy ways to reduce word counts

AJE Expert Edge, 24 juin 2015

### 1. Eliminating unnecessary spaces

Extra spaces between numbers and the percentage sign, the degree sign, symbols, or operators and within numerical ranges and fractions can lead to word count inflation. You can delete extra spaces to decrease your manuscript's word count: 5 out of 10: 5/10 (-3 words)

### 2. Eliminating repetition of units

When detailing more than one quantitative value, units often only need to be mentioned once, as in the following two cases: (2 kg vs. 5 kg) : (2 vs. 5 kg) ; Samples were collected at 0.5 h, 1 h, 2 h, 4 h, 8 h, and 16 h : Samples were collected at 0.5, 1, 2, 4, 8, and 16 h

### 3. Eliminating wordy transitions

There are also less wordy substitutes for many common transitional phrases:

* In addition: Additionally, Moreover, Furthermore

* As a result, As a consequence: Thus, Therefore, Consequently

* On the other hand: Additionally, Moreover, Furthermore OR In contrast (depending on the intended meaning)

http://expertedge.aje.com/2014/06/24/editing-tip-of-the-week-more-easy-ways-to-reduce-word-counts/

## How to get your research translated

Enago Blog, 15 juillet 2015

The predominance of English as the global language of science is an easily forgotten blessing for those scientists and researchers with English as their first language. However, when we consider the plight of researchers who do not use English as their first or even a robust second language, a good copyeditor isn't going to be enough.

- The services of an appropriately experienced translation company should be budgeted as a research expense rather than a luxury item.

- Creating a dedicated role for translation, editing, and even co-authorship, would allow your researchers to focus on what they do best.

- Institutions in English-speaking countries should also be examining the potential for translation of their research papers into other languages in order to boost their readership and citation rates.

http://www.enago.com/blog/research-translation/#ixzz3g2a8s600

## Writing scientific articles like a native English speaker

@EricLichtfouse

La revue brésilienne Clinics a publié une liste de 10 conseils à l'attention, au départ, des auteurs de langue portugaise, mais qui peuvent être utiles aux francophones :

1. Eviter de commencer les phrases par "It is..."

2. Utiliser correctement "the"

3. Utiliser correctement les majuscules

4. Supprimer les "that"

5. Placer les adjectifs devant les noms quand cela est possible

6. Utiliser les répétitions pour toujours être clair sur le sujet

7. Utiliser correctement le « we »

8. Mettre les titres des graphiques au singulier

9. Ne pas oublier la virgule après une proposition subordonnée ou un adverbe en début de phrase

10. Si l'article est mal écrit dans la langue d'origine, il restera mal écrit en anglais

Personnellement le titre de cet article ne me convient pas dans le sens où écrire comme un anglais natif n'est pas systématiquement un avantage de par mon expérience d'éditeur. En effet un anglais natif va souvent utiliser des expressions et termes inutilement trop compliqués pour une audience très largement non anglophone. En fait la meilleure langue d'écriture est le 'globish' pour 'global english', qui est une sorte d'anglais simplifié compréhensible par le maximum de scientifiques. Dit d'une autre manière, être anglais natif peut être un vrai défaut en matière de rédaction scientifique ! Rassuré ?

Marlow M. (2014). Clinics (Sao Paulo), 69(3): 153-157.

doi: 10.6061/clinics/2014(03)01

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC3935133/

## Ten simple (Empirical) rules for writing science

PLOS Computational Biology, 30 avril 2015

Many resources recommend the parsimonious use of adjectives and adverbs, the use of present tense, and a consistent style. Here we put this advice to the test, and measure the impact of certain features of academic writing on success, as proxied by citations. We organized the most frequent suggestions into "Ten Simple Rules," and probed them by testing a variety of features from the abstracts. We organized the most frequent suggestions into "Ten Simple Rules," and probed them by testing a variety of features from the abstracts. We have found that, when it comes to abstracts, "more is more" despite clear and abundant advice to the contrary...
## Journée d'étude Affiliations Renatis-Urfist : les vidéos

O. Hologne, IST-Info, 11/09/2015

La problématique des affiliations dans les publications scientifiques se pose de manière de plus en plus aiguë, à l'heure où le paysage qui structure la recherche se complexifie et alors que les enjeux autour de l'évaluation donnent la mesure de l'hétérogénéité croissante dans la construction d'indicateurs fiables pour les établissements de l'ESR. Dans ce contexte, le réseau Renatis (Réseau National en Information Scientifique et Technique) du CNRS et le réseau de l'Urfist de Paris (Unité Régionale de Formation à l'Information Scientifique et Technique) ont joint leurs efforts pour mener une réflexion sur les affiliations dans les publications scientifiques. Vous trouverez ci-dessous les vidéos et les présentations des différents intervenants classés suivant le programme de la journée du 19 juin que vous pourrez également télécharger au format PDF.

http://urfist.enc.sorbonne.fr/veille-et-recherche/rencontres-scientifiques/rencontres-urfist/je-affiliations-dans-les-publications-scientifiques-françaises

## The twelve habits of highly productive writers

Wiley exchanges blog, 25 juin 2015

I started to think about the practices of highly productive writers. What are the personality traits and habits that help people crank out the pages? Here are a few that occur to me:

* They reject the notion of “writer’s block”.

* They don't overtalk their projects

* They believe in themselves and their work

* They know that a lot of important stuff happens when they're not "working"

* They're passionate about their projects

* They know what they're good at

* They read a lot, and widely

* They know how to finish a draft

* They work on more than one thing at once

* They leave off at a point where it will be easy to start again

* They don't let themselves off the hook

* They know there are no shortcuts, magic bullets, special exercises, or incantations

http://exchanges.wiley.com/blog/2015/06/25/the-twelve-habits-of-highly-productive-writers/

## Are scientists boring writers?

The EEB & Flow Blog, 28 mai 2015

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

I was talking with an undergrad who is doing her honours project with me about the papers she's reading, and she mentioned how difficult (or at least slow going) she's found some of them. The papers are mostly reviews or straightforward experimental studies, but I remember feeling the same way as an undergraduate. Academic science writing uses its own language, and until you are familiar with the terms and phrases and article structure, it can be hard going. Some areas, for example theoretical papers, even have their own particular dialects (you don't see the phrase "mean-field approximation" in widespread usage, for example). Grad school has the advantage of providing total immersion into the language, but for many students, lots of time/guidance and patience is necessary to understand the primary literature. But is science necessarily a boring language?

http://evol-eco.blogspot.fr/2015/05/are-scientists-boring-writers.html

## Métriques et impact

### What is citation-stacking?

Enago Blog, 17 juillet 2015

Academic journals are coming under increased scrutiny for the actions they take to manage their rejection rates and their impact factors. When a family of journals owned by one publishing company takes the coercive citation model to the extreme, we meet a relatively new tactic called citation stacking. Since there are often multiple journals in the family, they are able to cite both themselves and each other to aggressively promote their respective impact factors. In Thomson Reuters' (TR's) 2013 Journal Citation Report (JCR), 37 journals were suppressed for questionable citation activity, and 66 journals
were banned completely for citation stacking, after TR's new algorithm flagged the anomaly... As long as we continue to give so much weight to the volume of citations as a measure of impact, the temptation to boost that number will be too tempting to ignore.

http://www.enago.com/blog/citation-stacking/

## How to track the impact of research data with metrics

The Digital Curation Centre (DCC), UK, 29 juin 2015

This guide will help you to track and measure the impact of research data, whether your own or that of your department/institution. It provides an overview of the key impact measurement concepts and the services and tools available for measuring impact. After discussing some of the current issues and challenges, it provides some tips on increasing the impact of your own data:

* Why measure the impact of research data?

* Impact measurement concepts

* Impact measurement services

* Current issues and challenges

* Tips for raising research data impact

Alex Ball, Monica Duke (2015). 'How to Track the Impact of Research Data with Metrics'. DCC How-to Guides. Edinburgh: Digital Curation Centre. Available online: http://www.dcc.ac.uk/resources/how-guides/track-data-impact-metrics

## Taylor & Francis group adds Altmetric

Altmetric, 28 mai 2015

Visitors to Taylor & Francis Online and Cogent OA will be able to click on the Altmetric badge and see the underlying mentions from newspapers, magazines, blogs, social media and policy documents, as well as comments on post publication peer review sites. Altmetric track mentions of over 5,000 research articles a day, with one mention seen on average every two seconds.

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

http://www.altmetric.com/pressreleases/taylor-and-francis.php
http://www.tandfonline.com/doi/full/10.1080/1369118X.2012.678878

## Beyond the impact factor?

EASE Journal Blog, 16 juin 2015

To investigate the possible differences between the Journal Impact Factor (JIF) and new journal metrics, the authors ranked the top 30 journals in the clinical neurosciences (i.e., psychology, psychiatry, neuroscience and general medicine) based on their JIF and compared their JIF ranking with one that was a composite score of their JIF, h5-index, Impact per Publication (IPP), Source Normalised Impact per Paper (SNIP) and SCImago Journal Rank (SJR) rankings. They recommend researchers and funders should support those journals that aim to increase value and reduce waste and consider a range of impacts, including different journal impact factors, when deciding on journal choice.

http://ese-bookshelf.blogspot.com/2015/06/b-beyond-impact-factor.html
http://ebmh.bmj.com/content/18/2/33.full

## Libre Accès

### Où vont les mégarevues ?

Blog de la Rédaction Médicale et Scientifique, 6 juillet 2015

Une mégarevue est une revue qui publie des articles de recherche en accès libre, après peer-review, et correspond à quelques critères : taux d'acceptation entre 50 et 70 %, publication en 3 à 5 mois, utilisation libre des illustrations, et frais supportés par les auteurs. En 2014, une dizaine de mégarevues a publié plus de 35 000 articles. La terminologie de 'mégarevues' s'est d'abord appliquée à PLOS ONE, et ensuite des compétiteurs sont arrivés... Mais les vrais compétiteurs seront lancés en 2015. Derrière PLOS ONE, ce sont Scientific Reports (groupe Nature) et BMJ Open qui publient le plus d'articles. La compétition sera intense, mais qui va gagner ? La science ou le business...

http://www.h2mw.eu/redactionmedicale/2015/07/

## Agritrop, archive ouverte institutionnelle du CIRAD

CIRAD, 25 juin 2015

La base des publications du Cirad, Agritrop, a récemment été développée en tant qu'archive ouverte institutionnelle. Avec plus de 90 000 références et 12 000 documents en texte intégral,
cette nouvelle version offre un accès libre et gratuit à
la production scientifique écrite du Cirad.

http://www.cirad.fr/actualites/

Facteur d'impact et frais de publication des
journaux en libre accès

INIST CNRS, Libre Accès à l'Information Scientifique, 3 juin 2015

Une récente étude analyse la corrélation entre les frais de publication (ou APC) et le facteur d'impact (FI). Voici quelques-uns des résultats :

* 10% environ des revues du Journal Citation Reports (JCR) sont listées dans le Directory of Open Access Journals (DOAJ) ;

plus de 10 % des revues du DOAJ ont un FI ;

* environ 40% des revues du DOAJ avec FI demandent des frais de publication ;

* la moyenne des frais demandés pour des revues avec FI en 2014 est plus du double de la moyenne générale (1 948 dollars contre 964 dollars) ;

* le coût moyen des frais pour les revues avec FI a augmenté de 16% de 2010 à 2014.

http://openaccess.inist.fr/?Facteur-d-impact-et-frais-de

http://sustainingknowledgecommons.org/2015/06/01/doaj-impact-factor-and-apcs/

An open research culture

EASE Journal Blog, 22 juillet 2015

The Transparency and Openness Promotion (TOP) Committee met in November 2014 and developed guidelines consisting of eight shared standards for open practices across journals. These guidelines could help promote transparency, openness, an reproducibility of scientific research outputs. As the TOP Committee recognized that not all the standards are applicable to all journals or all disciplines, it defined three levels for each standard.

http://ese-bookshelf.blogspot.com/2015/07/b-open-research-culture.html

http://www.sciencemag.org/content/348/6242/1422.full

Une conférence pour la communauté
scientifique pendant l'Open Access Week 2015 :
23 octobre 2015

Nathalie Villemejeanne Agropolis, 08/09/2015

La commission IST Agropolis et Doccitanist vous proposent une conférence sur l'Open Access et l'Open Science dans le cadre de l'Open Access Week et du projet européen FOSTER.

Il sera possible de suivre en streaming cette matinée.
Les vidéos seront également accessibles par la suite
(sur Vimeo ou autre plateforme de partage).

http://www.ist.agropolis.fr/les- formations/ pour-les-etudiants-
enseignants-et-chercheurs/item/open-access-et-open-data-pour-la-
communaute-scientifique-agropolis-projet-european-foster

Evaluation

The R index to improve the peer-review system

LSE Blog, 20 mai 2015

Peer review is flawed. Look no further than the storm of attention over sexist reviewer comments. A new index proposes a simple way to create transparency and quality control mechanisms. Shane Gero and Maurício Cantor believe that giving citable recognition to reviewers can improve the system by encouraging more participation but also higher quality, constructive input, without the need for a loss of anonymity.

The R-index aims to track scientists' efforts as reviewers, accounting not only for the quantity of reviewed manuscripts, but also the length of the manuscripts as a proxy for effort, impact factor (IF) of the journal as a proxy for standing in the field, and, perhaps most importantly, a quality score based on the editor's feedback on the punctuality, utility and impact of the reviews themselves. The quality control built into R-index allows editors to quantify how useful the review was to the decision to publish, but also on how constructive the commentary was for the authors, and what should be the most basic of all courtesies, if it was returned on time.

Cantor M, Gero S. 2015 The missing metric: quantifying contributions of reviewers. R. Soc. open sci. 2: 140540.
http://dx.doi.org/10.1098/rsos.140540

http://blogs.lse.ac.uk/impactofsocialsciences/2015/05/20/pa
ssing-review-r-index-to-improve-peer-review-system/

Reviewer right to reply: dealing with author rebuttals

Wiley Exchanges, 18 juin 2015

The scenario is all too familiar. You patiently read through the paper, you make exhaustive notes, you write up a comprehensive review with point-by-point instructions explaining exactly how the manuscript is to be changed and then, lo and behold, the author has the audacity to disagree! Makes you wonder why you bother.

The author, however, sees things differently. They conducted the research, they wrote up their findings,
they know their work better than anyone else – of course, they are going to feel protective and likely to disagree if others cannot see the value in what they have done. The author has the right to disagree with criticisms of their paper and the right to disagree with recommended changes. Authors cannot expect to win over their critics but they have the right to try. The post presents some suggestions for reviewers on how to respond when authors disagree with their recommendations.

http://exchanges.wiley.com/blog/2015/06/18/reviewer-right-to-reply-dealing-with-author-rebuttals/

## How to deal with reviewer comments

Wiley Exchanges Blog, 30 juillet 2015

When a manuscript is submitted to a peer reviewed journal, if it is not rejected then it is almost inevitable that the authors will be asked to revise their manuscript before re-submission. Authors often receive this criticism of their manuscript out of proportion to the actual work that is required. On the whole, more experienced authors who have been through the publishing process a few times, take a more measured approach than their less-experienced counterparts. Nevertheless, for any author, a request for revisions should be considered an opportunity and it ought to be taken. The best advice here is to follow the process outlined by Williams (2004) who said:

* answer politely

* answer completely

* answer with evidence

http://exchanges.wiley.com/blog/2015/07/30/how-to-deal-with-reviewer-comments/

# Ethique

## La revue française Fourrages piratée

Blog Rédaction Médicale et Scientifique, 16 juin 2015

Jeffrey Beall tient un registre des revues prédatrices et des revues prises en otage. Il suspectait que la revue Fourrages, publiée par L'Association Française pour la Production Fourragère, avait été piratée, copiée et prise en otage par des prédateurs... Investigation et confirmation : Fourrages a été ajouté le 15 juin 2015 à la liste des Hijacked Journals. Ce n'est pas la première revue française piratée.

http://www.h2mw.eu/redactionmedicale/2015/06/
http://scholarlyoa.com/other-pages/hijacked-journals/

## Transparency and best practice in scholarly publishing

Committee on Publication Ethics (COPE), juin 2015

Une version révisée des 16 principes de transparence que doivent respecter les revues scientifiques pour être considérées comme ayant de "bonnes pratiques", et pour pouvoir faire partie des organisations d'éditeurs. Ces principes ont été définis par le COPE, le Directory of Open Access Journals (DOAJ), l'Open Access Scholarly Publishers Association (OASPA), et la World Association of Medical Editors (WAME).

http://publicationethics.org/resources/guidelines-new/principles-transparency-and-best-practice-scholarly-publishing

## Les jeunes chercheurs plus exposés aux manquements à l'intégrité scientifique

CIRAD Actualités, 11/05/2015

Une étude, publiée dans Nature en 2005, montre que plus de 30 % des chercheurs ont été exposés à ce type de manquements à l'intégrité scientifique ou l'ont observé. Pour un jeune chercheur, un manquement avéré peut sérieusement compromettre son avenir dans la recherche. Face à cette situation, huit organismes de recherche ont signé fin janvier 2015, une charte nationale de la déontologie des métiers de la recherche. Quelles actions peuvent-ils mettre en œuvre ? Les réponses de Philippe Feldmann, un des spécialistes des questions d'intégrité scientifique au Cirad.

Brian C. Martinson, Melissa S. Anderson et Raymond de Vries, « Scientists behaving badly », Nature, vol. 435, 9 juin 2005, p. 737-738 DOI 10.1038/435737a

http://www.cirad.fr/actualites/toutes-les-actualites/artides/2015/questions-a/philippe-feldmann-manquements-a-l-integrite-scientifique

## Soumission simultanée à plusieurs revues

@EricLichtfouse

On savait que certains chercheurs étaient capables de soumettre le même article à plusieurs revues en même temps, soit par ignorance des règles d'éthique de la publication ou, le plus souvent, pour tenter de publier plus vite. Ce comportement est très risqué puisque les communautés scientifiques sont relativement petites au niveau mondial et tous les spécialistes se connaissent bien. Jusqu'à présent les fraudeurs soumettaient de manière discrète et séparée à chaque revue. Nous avons observé pour la première fois qu'un article a été soumis à dix revues, dont la nôtre, Agronomy for Sustainable
Development, avec un seul message adressé aux 10 revues destinataires: Applied Ecology, Green Farming, Crop Research, etc. Nos collègues éditeurs d'Applied Ecology ont informé l'auteur de la violation des règles d'éthique.

## SciDetect: a hoax-detecting software

*EASE Journal Blog, 16 juin 2015*

Springer announced the creation of SciDetect, a freely available programme to automatically detect automatically generated papers. The tool uses a statistical technique similar to those used by email spam filters to automatically detect papers created with SCIgen and similar programmes.

http://ese-bookshelf.blogspot.com/2015/06/b-scidetect-hoax-detecting-software.html
http://www.johnbohannon.org/NewFiles/SciDetect.pdf

# Processus de publication

## Accelerating scientific publication in biology

*bioRxiv, 11 juillet 2015*

Our analysis suggests that publication practices have changed considerably in the life sciences over the past thirty years. Considerably more experimental data is now required for publication, and the average time required for graduate students to publish their first paper has increased and is approaching the desirable duration of Ph.D. training. Since publication is generally a requirement for career progression, schemes to reduce the time of graduate student and postdoctoral training may be difficult to implement without also considering new mechanisms for accelerating communication of their work. The increasing time to publication also delays potential catalytic effects that ensue when many scientists have access to new information. The time has come for the life scientists, funding agencies, and publishers to discuss how to communicate new findings in a way that best serves the interests of the public and scientific community.

Vale R. D. (2015). Accelerating Scientific Publication in Biology. bioRxiv. doi: 10.1101/022368

## Publication delays at PLOS and 3,475 other journals

*Satoshi Village Blog, 29 juin 2015*

Starting in 2011, publications delays at PLOS Computational Biology began regularly breaching 80 days. PLOS One has historically fared well compared to other PLOS journals both in acceptance and publication times. However, delays at PLOS One have

been relentlessly trending upwards. The focus on technical validity rather than article impact at PLOS One likely contributes to quicker review and revision periods.

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

http://blog.dhimmel.com/plos-and-publishing-delays/

## La désexcellence contre la frénésie publicationnelle

*Blog Daily Science, 18 mai 2015*

Les chercheurs sont sous pression. Evaluations, course aux publications scientifiques, quêtes incessantes de budgets, compétitivité, accroissement continu des performances... Leurs journées sont bien remplies. Trop remplies, tonne l'Atelier des Chercheurs de l'Université Libre de Bruxelles (ULB). A qui la faute ? "A l'Excellence"... Lors du récent colloque « Penser la science » organisé à l'ULB sur l'évaluation de la recherche, six chercheurs "désexcellents" ont détaillé leur point de vue sur cette dérive: on parle désormais de frénésie publicationnelle. Pour faire beaucoup, il faut forcément faire vite. La mise en concurrence des chercheurs et ses outils, la mesure de la productivité nous pousse à mal faire notre travail. Au nom de l'excellence, c'est une bouillie de plus en plus insipide et parfois toxique que nous sommes amenés à produire. Le collectif propose dès lors une charte de la désexcellence.

Intervention présentée au colloque Penser la Science, Séminaires Ilya Prigogine à l'ULB

http://lac.ulb.ac.be/LAC/home.html
http://dailyscience.be/2015/05/18/recherche-et-si-on-essayait-la-desexcellence/
## Papiers dorés, un documentaire sur l'édition scientifique

Sciences et Médias, Université Paris Diderot, 21 mai 2015

Dans les laboratoires, les chercheurs produisent du savoir. Très concrètement, ce savoir prend la forme d'un papier, l'article scientifique. Ces publications sont éditées par des organismes majoritairement privés qui proposent aux autres scientifiques d'y accéder contre des sommes colossales : l'abonnement à certains journaux peut atteindre les 60 000€ par an ! Force est de constater que l'argent public sert à racheter des travaux eux-mêmes financés par des fonds publics. Face à l'absurdité apparente du modèle de l'édition scientifique, nous avons souhaité enquêter.

Un documentaire de Gabriel Benet et François Maginiot, de la promotion 2013-2015 du Master *Journalisme, culture et communication scientifiques*.

http://sciences-medias.fr/blogs/blog/papiers-dores/

## La publication scientifique aujourd'hui

DIST-CNRS, juin 2015

Deux études de la Direction Scientifique et Technique du CNRS consacrées à la publication scientifique :

* La publication scientifique aujourd'hui : financement, usages numériques.

* Financer la publication scientifique: le « Lecteur » et/ou « l'Auteur »? Evolutions, Alternatives.

http://www.cnrs.fr/dist/z-outils/documents/Distinfo2/DISTetude3.pdf

http://www.cnrs.fr/dist/z-outils/documents/Distinfo2/DISTetude_4.pdf

## Modèles de publication

### "Living figures" make their debut

EASE Journal Blog, 16 juin 2015

The living figure concept fits within a central tenet of F1000's publishing philosophy, that papers can be continually updated. The online-only open-access site publishes articles immediately with the status 'Avoiding Peer Review', then invites scientists to review them and post their data. Authors can then update their articles with new versions. Living figures may allow systematic reviews to be updated rather than published afresh each time. New contributors' names do appear in the legend of updated figures, and the updated data set and paper get their own DOIs.

Singh Chawla D. "Living figures" make their debut. Nature 2015;521(7550):112.

doi: 10.1038/nature.2015.17382

http://ese-bookshelf.blogspot.com/2015/06/b-living-figures-make-their-debut.html

## Données de la recherche

### New OpenAIRE H2020 factsheets

OpenAIRE Newsletter August, 31st 2015

A new set of targeted factsheets for different stakeholders, guiding you through the EC's H2020 Open Scholarship policies on publications and data: Two factsheets give general advice for specific stakeholders:

* The OpenAIRE Factsheet for Researchers includes advice on adhering to the EC Horizon 2020 Open Access mandate and Open Research Data Pilot, including where, when and how to deposit publications and data.

* The OpenAIRE Factsheet for Research Administrators includes similar information for those coordinating research activities, as well as advice on how OpenAIRE can help generate project publication lists.

Two further factsheets give detailed information about specific new elements of EC policy and how OpenAIRE can help researchers and administrators therewith:

* The OpenAIRE Factsheet for FP7 post grant Open Access Pilot advises how researchers can access funds for OA publications once their FP7 grant has expired.

* The OpenAIRE Open Research Data Pilot Factsheet briefs on what the data pilot is, what its advantages are for the research ecology, which funding areas are affected, creating/managing a data management plan and how/where/when to deposit data.

https://blogs.openaire.eu/?p=421

### Rendre publics vos jeux de données

La lettre de CoopIST, juillet 2015

Rendre publics vos jeux de données de recherche assure leur visibilité, permet de les partager et d'être crédité de leur paternité, facilite leur réutilisation et donc une meilleure valorisation. Les données de recherche sont les informations collectées, observées ou créées sous une forme numérique dans un projet de recherche : chiffres, textes, images, sons.
Deux options sont possibles: le dépôt dans un entrepôt de données en ligne ou sur un site web (institutionnel, de projet, etc); la publication sous forme de fichiers associés à un article de recherche ou à un autre type d'article. L'idéal étant de combiner: le dépôt dans un entrepôt et la publication d'un *data paper* décrivant les données et citant le lien vers les données déposés dans l'entrepôt. La gestion des données de recherche est facilitée par la définition d'un plan de gestion établi avant le démarrage d'un projet.

La décision de rendre public tout ou partie des données de recherche d'un projet est stratégique ; elle repose sur des critères scientifiques, juridiques, humains, économiques et techniques.

Quatre fiches CoopIST apportent des conseils en la matière :

* Rendre publics ses jeux de données scientifiques

* Rédiger et publier un data paper

* Découvrir des plans de gestion des données de la recherche

* S'initier en ligne aux données de la recherche et à leur gestion.

http://coop-ist.cirad.fr/a-l-international/la-lettre

## Un espace INRA dans Zenodo pour partager ou publier ses jeux de données

Esther Dzalé Yeumo, Informatique/IST Inra, 20 juillet 2015

En attendant le futur entrepôt de données INRA et pour faciliter le futur référencement des données, un espace communautaire INRA a été créé dans Zenodo. Les personnes qui souhaitent partager ou publier des jeux de données peuvent utiliser cet espace. Tous les résultats de la recherche dans tous les domaines de la science sont les bienvenus.

Pour les déposants qui passent par l'espace INRA, il n'y a pas de limite de taille des fichiers téléchargés, il est néanmoins conseillé de ne pas dépasser 10GB. Il n'y a pas non plus de limite dans le choix des licences attachées aux jeux de données. Les métadonnées elles, sont sous licence CC0, excepté les adresses mails. Le site INRA Open Science en préparation reprendra ces informations pour les diffuser plus largement mais les scientifiques et ingénieurs intéressés peuvent dès à présent utiliser Zenodo.

https://zenodo.org/collection/user-inra

https://creativecommons.org/publicdomain/zero/1.0/deed.fr

## Can data be peer-reviewed?

Elsevier Connect, Research Data, 6 juillet 2015

An increasing number of data repositories enable researchers to share their data with the scientific community. These data can be accessed directly through the data repositories and also via the article. While these data have been publically posted by authors, in many cases they have not been externally validated by peer review, the standard requirement for the publication of other scientific output, such as research articles. There should be a clear distinction between posted and peer-reviewed published data. Two Elsevier data journals are exploring these issues along with members of the research community: Genomics Data and Data in Brief. Authors for both journals are required to follow a journal-standardized data article template that aims to highlight metadata in the Specifications Table, specify the location and value of the data, and provide materials and methods background and analysis. As a result, reviewers can more easily scan the article to see if the data article does a sufficient job of explaining the associated data.

http://www.elsevier.com/connect/can-data-be-peer-reviewed

## Les enjeux éthiques du partage des données scientifiques

Comité d'éthique du CNRS (Comets), 11 juin 2015

Le développement massif d'outils informatiques de collecte, de mesure et de traitement a changé le rôle des données dans la production du travail scientifique... Cependant toutes les communautés scientifiques n'ont pas les mêmes contraintes vis à vis de cette ouverture. Cet avis a pour objet de réaffirmer le partage raisonné des données et d'inclure les nouvelles exigences de mise à disposition des données dans l'évaluation de leur travail.

http://www.cnrs.fr/comets/spip.php?article123

## Wiley's new data sharing service using Figshare

Wiley Exchanges, 1er juillet 2015

Figshare is a repository that allows you to upload, store and openly share research data. Wiley's new data sharing service using Figshare lets you upload data within the existing manuscript submission workflow on the ScholarOne Manuscripts system. If your paper is accepted for publication, data files will be transferred automatically and deposited to the figshare data repository without charge or further
work. A link to the data files on figshare appears within the published article on Wiley Online Library. Now you'll have the ability to display and share your data under a CCO license, as well as auto-generating a data accessibility statement for publication in your article. This will both aid overall discoverability of the article, and allow you to comply with funder mandates around open data, simply and quickly. The data is easy for readers to view, download and share, while funders can easily look at and evaluate data from the research that they have funded.

http://exchanges.wiley.com/blog/2015/07/01/using-figshare-to-enable-data-sharing/

## Communication scientifique

### Meilleure reproductibilité avec des vidéos

@EricLichtfouse

Selon l'article 'The Economics of Reproducibility in Preclinical Research' publié dans PLOS Biology, au moins 50% des recherches cliniques ne sont pas reproductibles, un coût estimé à 28 milliards de dollars par an aux Etats-Unis. Ceci s'explique en partie par la difficulté qu'éprouvent les chercheurs à reproduire les travaux à partir des publications traditionnelles sous forme de texte. L'éditeur JoVE propose donc d'associer une vidéo aux articles afin de faciliter la reproduction des protocoles. L'idée est très bonne, mais le coût de la publication de la vidéo de 2400 dollars pour un accès payant ou 4200 dollars pour un accès libre, est plutôt cher...

http://www.jove.com/video/50250/3d-printing-of-preclinical-x-ray-computed-tomographic-data-sets

### Developing an effective poster presentation

EASE Journal Blog, 30 juin 2015

Poster presentations provide an opportunity for researchers to present their work at scientific meetings and are preparatory for publication in a peer-reviewed journal. This brief document gives some advice to help authors in developing an effective poster.

http://ese-bookshelf.blogspot.fr/2015/06/b-effective-poster-presentation.html

http://www.sfedit.net/poster.pdf

## Outils

### The Altmetric Bookmarklet

The Publication Plan, 8 juillet 2015

Reading a paper and want to find out its Altmetric details? You can now install a free "bookmarklet" from Altmetric for Chrome, Firefox and Safari that makes this possible.

1. Add bookmarklet to your bookmarks toolbar

2. Visit any paper

3. Get article level metrics
with a single click

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

http://www.altmetric.com/bookmarklet.php

http://thepublicationplan.com/2015/07/08/

### Bookmetrix pour mesurer l'impact des livres

Springer a mis en place l'outil Bookmetrix pour évaluer l'impact de ses ouvrages. Ce projet est mené en collaboration avec Altmetric, l'outil qui permet de mesurer l'impact social des recherches dans la presse et les réseaux sociaux. Bookmetrix livre sur la page web de chaque ouvrage le nombre de citations, les données sociales d'Altmetric, le lectorat de Mendeley, les critiques du livre et le nombre de téléchargements.

http://www.bookmetrix.com/

### Overview

Fabrica, INRIA, 21 juillet 2015

Overview est un outil open-source initialement utilisé par les journalistes, il permet aux chercheurs d'organiser leurs documents ou données facilement. De nombreux affichages (arbre de dossiers et sous-dossiers, nuage de mots-clés, moteur de recherche, co-occurence de mots, ...) permettent d'explorer et d'étiquer les documents.

https://fabrica.inria.fr/overview/

https://www.overviewdocs.com/
## Knoema. Atlas mondial de données et d'infographies

Knoema est une ressource précieuse qui compile des milliers de datas publiques issues de centaines de sources concernant la plupart des pays du monde pour en proposer des représentations graphiques Knoema fonctionne à la façon d'un moteur de recherche classique. Toutes les infographies et données présentes sur le portail sont téléchargeables, elles peuvent être exportées dans les formats les plus variés (Excel, Powerpoint, Pdf...).

http://knoema.fr/

## Globaleventlist pour trouver une conférence

Un site pratique de recherche de conférences, séminaires et symposia, avec notamment une sélection par date et sujet.

http://www.globaleventslist.elsevier.com

## Humour

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

http://peopleinwhitecoats.blogspot.ca

http://gensenblouseblanche.blogspot.fr

## Reviewer
BINGO

<table><tr><td>Consult a native English speaker</td><td>Flawed</td><td>Arbitrary</td><td>Poorly justified</td><td>Smallish contribution</td></tr><tr><td>Problematic</td><td>Invalid statistics</td><td>Poor diction</td><td>Misleading</td><td>Button-pushing exercise</td></tr><tr><td>Weak writing</td><td>Outright rejection</td><td>★</td><td>So 1970s</td><td>Absurd</td></tr><tr><td>Consult a scientist</td><td>Numerous typos</td><td>Bizarre</td><td>Of little interest</td><td>Riddled with errors</td></tr><tr><td>Fails to cite my paper</td><td>Probably plagiarism</td><td>No hypothesis</td><td>Horrible</td><td>Add male coauthor</td></tr></table>

https://twitter.com/TrevorABranch/status/624020182520893440

<figure><img src="image_11.png" /></figure>

http://xpertarena.com/ask-experts/2015/08/10/condition-of-phd-students-while-writing-manuscriptthesis/