# Pratiquer la science ouverte vers une recherche reproductible

Camille Maumet

<figure><img src="image_1.png" /></figure>

## To cite this version:

Camille Maumet. Pratiquer la science ouverte vers une recherche reproductible. PEPR-SanteNum 2025 - Journées annuelles du PEPR Santé Numérique, Oct 2025, Lille, France. 2025. [hal-05316389](https://hal-inria HAL Id: hal-05316389)

Submitted on 15 Oct 2025

HAL is a multi-disciplinary open access archive for the deposit and dissemination of scientific research documents, whether they are published or not. The documents may come from teaching and research institutions in France or abroad, or from public or private research centers.

L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est destinée au dépôt et à la diffusion de documents scientifiques de niveau recherche, publiés ou non, émanant des établissements d'enseignement et de recherche français ou étrangers, des laboratoires publics ou privés.

<figure><img src="image_2.png" /></figure>

Distributed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License
<figure><img src="image_3.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

FRANCE

PROGRAMME
DE RECHERCHE

SANTE
NUMÉRIQUE

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

Inserm

La science pour la santé
From science to health

# PRATIQUER LA SCIENCE OUVERTE VERS
UNE RECHERCHE REPRODUCTIBLE

Camille Maumet

Chargée de recherche - Inria, Univ Rennes, CNRS, Inserm

ShareFAIR

anr®
# Recherche reproductible

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

Données

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

Analyse

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

Résultats
# Recherche reproductible

## Étude initiale

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

Données

Résultats
# Recherche reproductible

## Étude initiale

<figure><img src="image_11.png" /></figure>

<figure><img src="image_12.png" /></figure>
# Recherche reproductible

## Étude initiale

<figure><img src="image_13.png" /></figure>

<figure><img src="image_14.png" /></figure>
# Recherche reproductible

## Étude initiale

<figure><img src="image_15.png" /></figure>

<figure><img src="image_16.png" /></figure>
# Recherche reproductible

<figure><img src="image_17.png" /></figure>
# Recherche reproductible

## Étude initiale

<figure><img src="image_18.png" /></figure>

<figure><img src="image_19.png" /></figure>

<figure><img src="image_20.png" /></figure>
# Recherche reproductible

## Étude initiale

<figure><img src="image_21.png" /></figure>

<figure><img src="image_22.png" /></figure>

Reproductibilité
computationnelle

<figure><img src="image_23.png" /></figure>

Réplicabilité
# Recherche reproductible

<figure><img src="image_24.png" /></figure>

<figure><img src="image_25.png" /></figure>

Reproductibilité
computationnelle

<figure><img src="image_26.png" /></figure>

# données

<figure><img src="image_27.png" /></figure>

Réplicabilité

même analyse ► # analyse
# Recherche reproductible

<figure><img src="image_28.png" /></figure>

<figure><img src="image_29.png" /></figure>

<figure><img src="image_30.png" /></figure>

Reproductibilité
computationnelle

<figure><img src="image_31.png" /></figure>

# données

<figure><img src="image_32.png" /></figure>

<figure><img src="image_33.png" /></figure>

Réplicabilité

même analyse ► # analyse
# Recherche reproductible

<figure><img src="image_34.png" /></figure>

See also (The Turing Way Community, 2025)
# Quand la reproductibilité échoue...

## Faible puissance
statistique

### Power of neuroscience studies

Power = Prob. to correctly find a significant effect when a the alternative hypothesis is true.

<figure><img src="image_35.png" /></figure>

(Button et. al, Nat Rev Neurosci 2013)

Résultats erronés
(faux positifs)

## Généralité et équité

### X-ray: Lung opacity detection

Model trained on male images, tested on female images

<figure><img src="image_36.png" /></figure>

(Larrazabal et. al, PNAS 2020)

Résultats biaisés
# Recherche reproductible

<figure><img src="image_37.png" /></figure>

See also (The Turing Way Community, 2025)
Publier des artefacts de recherche variés
# Publier des artefacts de recherche variés

<figure><img src="image_38.png" /></figure>

Acquisition

<figure><img src="image_39.png" /></figure>

<figure><img src="image_40.png" /></figure>

Pré-traitements

<figure><img src="image_41.png" /></figure>

Données dérivées

<figure><img src="image_42.png" /></figure>

Statistiques

<figure><img src="image_43.png" /></figure>

<figure><img src="image_44.png" /></figure>
# Publier des artefacts de recherche variés

<figure><img src="image_45.png" /></figure>

Acquisition

<figure><img src="image_46.png" /></figure>

<figure><img src="image_47.png" /></figure>

Pré-traitements

<figure><img src="image_48.png" /></figure>

Données dérivées

<figure><img src="image_49.png" /></figure>

Statistiques

<figure><img src="image_50.png" /></figure>

<figure><img src="image_51.png" /></figure>
# Publier des artefacts de recherche variés

<figure><img src="image_52.png" /></figure>

Acquisition

<figure><img src="image_53.png" /></figure>

<figure><img src="image_54.png" /></figure>

Pré-traitements

<figure><img src="image_55.png" /></figure>

Données dérivées

<figure><img src="image_56.png" /></figure>

Statistiques

<figure><img src="image_57.png" /></figure>

<figure><img src="image_58.png" /></figure>

Open access
(pre-publications, modèle
diamant, etc.)

<figure><img src="image_59.png" /></figure>
Publier des artefacts de recherche variés

<figure><img src="image_60.png" /></figure>

Acquisition

<figure><img src="image_61.png" /></figure>

<figure><img src="image_62.png" /></figure>

Pré-traitements

<figure><img src="image_63.png" /></figure>

Données dérivées

<figure><img src="image_64.png" /></figure>

Statistiques

<figure><img src="image_65.png" /></figure>

<figure><img src="image_66.png" /></figure>

Open access
(pre-publications, modèle
diamant, etc.)

<figure><img src="image_67.png" /></figure>

<figure><img src="image_68.png" /></figure>
# Partager les données
Les principes ‘FAIR’

<figure><img src="image_69.png" /></figure>
# Les principes ‘FAIR’

<figure><img src="image_70.png" /></figure>

<figure><img src="image_71.png" /></figure>

<figure><img src="image_72.png" /></figure>

OpenNEURO

<figure><img src="image_73.png" /></figure>

LORIS

Donders Repository

<figure><img src="image_74.png" /></figure>

<figure><img src="image_75.png" /></figure>

SHANOIR

<figure><img src="image_76.png" /></figure>

Facile à trouver

... déposées dans un **entrepôt de confiance**.
# Les principes ‘FAIR’

<figure><img src="image_77.png" /></figure>

<figure><img src="image_78.png" /></figure>

<figure><img src="image_79.png" /></figure>

OpenNEURO

<figure><img src="image_80.png" /></figure>

LORIS

Donders Repository

<figure><img src="image_81.png" /></figure>

<figure><img src="image_82.png" /></figure>

SHANOIR

<figure><img src="image_83.png" /></figure>

Facile à trouver

... déposées dans un **entrepôt de confiance**.

<figure><img src="image_84.png" /></figure>
# Ouvrir les données en respectant la vie privée

Est-ce qu'une image de cerveau est
une donnée anonyme?

<figure><img src="image_85.png" /></figure>

(Open Brain Consent, HBM 2021)
# Ouvrir les données en respectant la vie privée

Est-ce qu'une image de cerveau est
une donnée anonyme?

<figure><img src="image_86.png" /></figure>

DICOM
Digital Imaging and Communications in Medicine

Nom : Depont

Prénom : Nathalie

Date de naissance :
10/11/1995

...

(Open Brain Consent, HBM 2021)
# Ouvrir les données en respectant la vie privée

Est-ce qu'une image de cerveau est
une donnée anonyme?

<figure><img src="image_87.png" /></figure>

DICOM
Digital Imaging and Communications in Medicine

Nom : ____________________
Prénom : ____________________

Date de naissance :

...

1. Suppression des infos
directement identifiantes

(Open Brain Consent, HBM 2021)
# Ouvrir les données en respectant la vie privée

Est-ce qu'une image de cerveau est
une donnée anonyme?

<figure><img src="image_88.png" /></figure>

DICOM

Digital Imaging and Communications in Medicine

Nom : _________________________
Prénom : ____________________

Date de naissance :

...

1. Suppression des infos
directement identifiantes

<figure><img src="image_89.png" /></figure>

(Open Brain Consent, HBM 2021)
# Ouvrir les données en respectant la vie privée

Est-ce qu'une image de cerveau est
une donnée anonyme?

<figure><img src="image_90.png" /></figure>

DICOM
Digital Imaging and Communications in Medicine

Nom : _________________________
Prénom : ____________________

Date de naissance :

...

1. Suppression des infos
directement identifiantes

<figure><img src="image_91.png" /></figure>

2. Defaçage

(Open Brain Consent, HBM 2021)
# Ouvrir les données en respectant la vie privée

Est-ce qu'une image de cerveau est
une donnée anonyme?

<figure><img src="image_92.png" /></figure>

DICOM
Digital Imaging and Communications in Medicine

Nom : ____________________
Prénom : ____________________

Date de naissance :

<figure><img src="image_93.png" /></figure>

1. Suppression des infos
directement identifiantes

<figure><img src="image_94.png" /></figure>

2. Defaçage

<figure><img src="image_95.png" /></figure>

Anonyme (US)

(Open Brain Consent, HBM 2021)
# Ouvrir les données en respectant la vie privée

Est-ce qu'une image de cerveau est
une donnée anonyme?

<figure><img src="image_96.png" /></figure>

DICOM
Digital Imaging and Communications in Medicine

Nom : 
Prénom : 
Date de naissance : 
...

1. Suppression des infos
directement identifiantes

<figure><img src="image_97.png" /></figure>

2. Defaçage

<figure><img src="image_98.png" /></figure>

Anonyme (US)

<figure><img src="image_99.png" /></figure>

Personnelle / non anonyme (EU)
→ Individualisation

(Open Brain Consent, HBM 2021)

Les images cérébrales « brutes » relèvent
du règlement général sur la protection
des données (RGPD)

<figure><img src="image_100.png" /></figure>
# Ouvrir les données en respectant la vie privée

Est-ce qu'une image de cerveau est
une donnée anonyme?

<figure><img src="image_101.png" /></figure>

DICOM
Digital Imaging and Communications in Medicine

Nom : [REDACTORED]
Prénom : [REDACTORED]
Date de naissance : [REDACTORED]
...

<figure><img src="image_102.png" /></figure>

1. Suppression des infos
directement identifiantes

2. Defaçage

<figure><img src="image_103.png" /></figure>

Anonyme (US)

<figure><img src="image_104.png" /></figure>

Personnelle / non anonyme (EU)
→ Individualisation

(Open Brain Consent, HBM 2021)

Les images cérébrales « brutes » relèvent
du règlement général sur la protection
des données (RGPD)

<figure><img src="image_105.png" /></figure>

<figure><img src="image_106.png" /></figure>

FAQ - Are there any restrictions on the uploaded data?

Yes. By uploading this dataset to OpenNeuro you have to agree to the
following conditions: [...]

* This dataset is **not subject to GDPR protections.**
Identifier un entrepôt de confiance

Quel entrepôt utiliser pour mes données ?
# Identifier un entrepôt de confiance

Quel entrepôt utiliser pour mes données ?

Rapports du comité pour la science
ouverte (“CoSO”)

Ouvrir
la science !

Unique
id

EU-
based
server
S

Long-
term

...

* **Entrepôts de confiance**

* **Sélectionner un entrepôt thématique de confiance pour le dépôt de données**
# Identifier un entrepôt de confiance

Quel entrepôt utiliser pour mes données ?

Rapports du comité pour la science
ouverte ("CoSO")

Ouvrir
la science !

Unique
id

EU-
based
server
S

Long-
term

...

* Entrepôts de confiance

* Sélectionner un entrepôt thématique de confiance pour le dépôt de données

Entrepôts pour cérébrales humaines

- Téléchargement ouvert

- Dépôt ouvert ou restreint

-> 9 entrepôts identifiés

<figure><img src="image_107.png" /></figure>

Glimr

<figure><img src="image_108.png" /><figcaption>Jérémy Lefort-
Besnard</figcaption></figure>

<figure><img src="image_109.png" /><figcaption>Alexandre
Pron</figcaption></figure>

https://glimr.eu/

(Lefort-Besnard*, Pron*, Aperture Neuro 2025)
# Les principes ‘FAIR’

<figure><img src="image_110.png" /></figure>

<figure><img src="image_111.png" /></figure>

<figure><img src="image_112.png" /></figure>

OpenNEURO

Donders Repository

<figure><img src="image_113.png" /></figure>

<figure><img src="image_114.png" /></figure>

LORIS

<figure><img src="image_115.png" /></figure>

SHANOIR

<figure><img src="image_116.png" /></figure>

Facile à trouver

... déposées dans un **entrepôt de confiance**.
# Les principes ‘FAIR’

<figure><img src="image_117.png" /></figure>

<figure><img src="image_118.png" /></figure>

<figure><img src="image_119.png" /></figure>

OpenNEURO

<figure><img src="image_120.png" /></figure>

LORIS

Donders Repository

<figure><img src="image_121.png" /></figure>

XNAT

<figure><img src="image_122.png" /></figure>

SHANOIR

<figure><img src="image_123.png" /></figure>

Facile à trouver

... déposées dans un entrepôt de confiance.

<figure><img src="image_124.png" /></figure>

Accessible

... téléchargeable directement ou après signature d'une **license d'utilisation** (e.g. données de santé)
# Partage de données de santé

<figure><img src="image_125.png" /></figure>

<figure><img src="image_126.png" /></figure>

<figure><img src="image_127.png" /></figure>

<figure><img src="image_128.png" /><figcaption>Cyril Pernet</figcaption></figure>

Copenhagen Uni Hosp
(Denmark)

<caption>Stephan Heunis</caption>

Rsrch Ctr Jülich
(Germany)

## Open Brain Consent édition RGPD

### Formulaire de consentement

Signé par les participant.e.s au
protocole de recherche

"[...] data might also be used for
other future research projects in
the field of medical and cognitive
neuroscience."

### License d'utilisation

Signée par les scientifiques utilisant
les données

"[...] I will not attempt to [...] retrieve
the identity of the study
participants."
# Partage de données de santé

<figure><img src="image_129.png" /></figure>

GIMR

<figure><img src="image_130.png" /><figcaption>Cyril Pernet
Copenhagen Uni Hosp
(Denmark)</figcaption></figure>

<figure><img src="image_131.png" /><figcaption>Stephan Heunis
Rsrch Ctr Jülich
(Germany)</figcaption></figure>

## Open Brain Consent édition RGPD

### Formulaire de consentement

Signé par les participant.e.s au
protocole de recherche

"[...] data might also be used for other future research projects in the field of medical and cognitive neuroscience."

### License d'utilisation

Signée par les scientifiques utilisant
les données

"[...] I will not attempt to [...] retrieve the identity of the study participants."

Traduit en 13 langues

bosniaque, tchèque, allemand, grec, espagnol, finnois, français, italien, néerlandais, norvégien, portugais et turc

<figure><img src="image_132.png" /><figcaption>Anne Hespel
CHU Rennes</figcaption></figure>

<figure><img src="image_133.png" /><figcaption>Elise Bannier
CHU Rennes</figcaption></figure>

VF

(Open Brain Consent, HBM 2021)
# Les principes ‘FAIR’

<figure><img src="image_134.png" /></figure>

<figure><img src="image_135.png" /></figure>

<figure><img src="image_136.png" /></figure>

OpenNEURO

<figure><img src="image_137.png" /></figure>

LORIS

Donders Repository

<figure><img src="image_138.png" /></figure>

<figure><img src="image_139.png" /></figure>

SHANOIR

<figure><img src="image_140.png" /></figure>

Facile à trouver

... déposées dans un entrepôt de confiance.

<figure><img src="image_141.png" /></figure>

Accessible

... téléchargeable directement ou après signature d'une **license d'utilisation** (e.g. données de santé)
# Les principes ‘FAIR’

<figure><img src="image_142.png" /></figure>

<figure><img src="image_143.png" /></figure>

<figure><img src="image_144.png" /></figure>

OpenNEURO

Donders Repository

<figure><img src="image_145.png" /></figure>

<figure><img src="image_146.png" /></figure>

SHANOIR

<figure><img src="image_147.png" /></figure>

LORIS

<figure><img src="image_148.png" /></figure>

Facile à trouver

... déposées dans un entrepôt de confiance.

<figure><img src="image_149.png" /></figure>

Intéroperable

... avec des formats et standards existants

<figure><img src="image_150.png" /></figure>

Accessible

... téléchargeable directement ou après signature d'une **license d'utilisation** (e.g. données de santé)
# Des standards développés par et pour la communauté

<figure><img src="image_151.png" /></figure>

<figure><img src="image_152.png" /><figcaption>Chris
Gorgolewski
Stanford Uni. (USA)</figcaption></figure>

<figure><img src="image_153.png" /></figure>

BIDS
BRAIN IMAGING DATA STRUCTURE

Brain Imaging Data Structure

Convention de nommage + fichiers JSON

<figure><img src="image_154.png" /></figure>

my_dataset/

<figure><img src="image_155.png" /></figure>

participants.tsv

<figure><img src="image_156.png" /></figure>

sub-01/

<figure><img src="image_157.png" /></figure>

anat/

<figure><img src="image_158.png" /></figure>

sub-01_T1w.nii.gz

<figure><img src="image_159.png" /></figure>

func/

<figure><img src="image_160.png" /></figure>

sub-01_task-rest bold.nii.gz

<figure><img src="image_161.png" /></figure>

sub-01_task-rest bold.json

<figure><img src="image_162.png" /></figure>

dwi/

<figure><img src="image_163.png" /></figure>

sub-01_dwi.nii.gz

<figure><img src="image_164.png" /></figure>

sub-01_dwi.json

<figure><img src="image_165.png" /></figure>

sub-01_dwi.bval

<figure><img src="image_166.png" /></figure>

sub-01_dwi.bvec

<figure><img src="image_167.png" /></figure>

sub-02/

<figure><img src="image_168.png" /></figure>

sub-03/

>1 million données BIDS
en 2024

Source: [MRIQC Api](https://api.mriqc.org)

(Gorgolewski, Sci. Data 2016)
# Des standards développés par et pour la communauté

<figure><img src="image_169.png" /></figure>

BIDS
BRAIN IMAGING DATA STRUCTURE

Brain Imaging Data Structure

Convention de nommage + fichiers JSON

<figure><img src="image_170.png" /></figure>

<figure><img src="image_171.png" /><figcaption>Chris
Gorgolewski
Stanford Uni. (USA)</figcaption></figure>

<figure><img src="image_172.png" /></figure>

my_dataset/

<figure><img src="image_173.png" /></figure>

participants.tsv

<figure><img src="image_174.png" /></figure>

sub-01/

<figure><img src="image_175.png" /></figure>

anat/

<figure><img src="image_176.png" /></figure>

sub-01_T1w.nii.gz

<figure><img src="image_177.png" /></figure>

func/

<figure><img src="image_178.png" /></figure>

sub-01_task-rest bold.nii.gz

<figure><img src="image_179.png" /></figure>

sub-01_task-rest bold.json

<figure><img src="image_180.png" /></figure>

dwi/

<figure><img src="image_181.png" /></figure>

sub-01_dwi.nii.gz

<figure><img src="image_182.png" /></figure>

sub-01_dwi.json

<figure><img src="image_183.png" /></figure>

sub-01_dwi.bval

<figure><img src="image_184.png" /></figure>

sub-01_dwi.bvec

<figure><img src="image_185.png" /></figure>

sub-02/

<figure><img src="image_186.png" /></figure>

sub-03/

>1 million données BIDS
en 2024

Source: [MRIQC Api](https://api.mriqc.org)

(Gorgolewski, Sci. Data 2016)

* Où trouver des standards
adaptés?

FAIR sharing.org
standards, databases, policies
# Les principes ‘FAIR’

<figure><img src="image_187.png" /></figure>

<figure><img src="image_188.png" /></figure>

<figure><img src="image_189.png" /></figure>

<figure><img src="image_190.png" /></figure>

<figure><img src="image_191.png" /></figure>

OpenNEURO

<figure><img src="image_192.png" /></figure>

LORIS

Donders Repository

<figure><img src="image_193.png" /></figure>

<figure><img src="image_194.png" /></figure>

SHANOIR

<figure><img src="image_195.png" /></figure>

Facile à trouver

... déposées dans un entrepôt de confiance.

<figure><img src="image_196.png" /></figure>

Intéroperable

... avec des formats et standards existants

<figure><img src="image_197.png" /></figure>

Accessible

... téléchargeable directement ou après signature d'une **license d'utilisation** (e.g. données de santé)
# Les principes ‘FAIR’

<figure><img src="image_198.png" /></figure>

<figure><img src="image_199.png" /></figure>

<figure><img src="image_200.png" /></figure>

<figure><img src="image_201.png" /></figure>

<figure><img src="image_202.png" /></figure>

OpenNEURO

Donders Repository

<figure><img src="image_203.png" /></figure>

<figure><img src="image_204.png" /></figure>

<figure><img src="image_205.png" /></figure>

LORIS

SHANOIR

<figure><img src="image_206.png" /></figure>

**Facile à trouver**

... déposées dans un entrepôt de confiance.

<figure><img src="image_207.png" /></figure>

**Intéroperable**

... avec des formats et standards existants

<figure><img src="image_208.png" /></figure>

**Accessible**

... téléchargeable directement ou après signature d'une **license d'utilisation** (e.g. données de santé)

<figure><img src="image_209.png" /></figure>

**Ré-utilisable**

... avec suffisamment de **méta-données**
# Les principes ‘FAIR’

<figure><img src="image_210.png" /></figure>

<figure><img src="image_211.png" /></figure>

<figure><img src="image_212.png" /></figure>

<figure><img src="image_213.png" /></figure>

<figure><img src="image_214.png" /></figure>

OpenNEURO

Donders Repository

<figure><img src="image_215.png" /></figure>

<figure><img src="image_216.png" /></figure>

LORIS

<figure><img src="image_217.png" /></figure>

SHANOIR

Faciles à trouver, Accessibles, Intéroperables et Ré-utilisables

<figure><img src="image_218.png" /></figure>

**Facile à trouver**

... déposées dans un **entrepôt de confiance**.

<figure><img src="image_219.png" /></figure>

**Intéroperable**

... avec des **formats et standards existants**

<figure><img src="image_220.png" /></figure>

**Accessible**

... **téléchargeable** directement ou après signature d'une **license d'utilisation** (e.g. données de santé)

<figure><img src="image_221.png" /></figure>

**Ré-utilisable**

... avec suffisamment de **méta-données**
# Publier plus que des articles

<figure><img src="image_222.png" /></figure>

Acquisition

<figure><img src="image_223.png" /></figure>

Données ouvertes

<figure><img src="image_224.png" /></figure>

<figure><img src="image_225.png" /></figure>

OpenNEURO

Radboud Data
Repository

<figure><img src="image_226.png" /></figure>

Pré-traitements

<figure><img src="image_227.png" /></figure>

Données dérivées

<figure><img src="image_228.png" /></figure>

Statistiques

<figure><img src="image_229.png" /></figure>

Public-nEUro

<figure><img src="image_230.png" /></figure>

LORIS

shancir

<figure><img src="image_231.png" /></figure>

Open access
(pre-publications, modèle
diamant, etc.)

<figure><img src="image_232.png" /></figure>
# Publier plus que des articles

<figure><img src="image_233.png" /></figure>

Acquisition

<figure><img src="image_234.png" /></figure>

<figure><img src="image_235.png" /></figure>

Pré-traitements

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Données dérivées

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Statistiques

<figure><img src="image_238.png" /></figure>

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Données ouvertes

<figure><img src="image_240.png" /></figure>

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OpenNEURO

Radboud Data
Repository

Public-nEUro

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LORIS

shancir

Open access
(pré-publications, modèle
Diamant, etc.)

<figure><img src="image_243.png" /></figure>
# Publier plus que des articles

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Acquisition

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Pré-traitements

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Données dérivées

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Statistiques

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CODE

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Données ouvertes

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OpenNEURO

Radboud Data
Repository

Public-nEUro

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LORIS

shancir

Open access
(pré-publications, modèle
Diamant, etc.)

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Ouvrir les codes
# Ouvrir les codes et logiciels

Pourquoi ne pas réutiliser simplement les principes FAIR ?

* Les codes et logiciels

* évoluent au fil du temps.

* dépendent d'une **pile technique** (systèmes d'exploitation, dépendances, etc.).

* Communauté **open source**

* Objectifs variées : d'un **script de quelques lignes** à un **logiciel complet** utilisé par de nombreuses équipes.

MINISTÈRE
DE L'ENSEIGNEMENT
SUPÉRIEUR
ET DE LA RECHERCHE

Johann
Égalis
Fraternité

(Di Cosmo et al, Nature 2025)

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Ouvrir
la science !

TEN YEARS REPRODUCIBILITY CHALLENGE

RESCIENCE SPECIAL ISSUE
FREE TO READ - FREE TO PUBLISH

Workshop
June 22, 2020
BORDEAUX

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Would you dare to run the
code from your past self ?
(the one that does not answer mail)

SUBMISSION DEADLINE 01/04/2020

http://rescience.github.io/ten-years/
In association with irina, OMS, Software Heritage, Rescience, Ltdia pour la Rescience, GRC, Bantam Books à Paris, l'agence de la publication et le nombreur pour l'enregistrement, superieur

(see link below)

https://rescience.github.io/ten-years/
# Ouvrir les codes et logiciels

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Collaboratif

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Ouvert

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Documenté

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Exécutable

La feuille de
route **CODE**

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MINISTÈRE
DE L'ENSEIGNEMENT
SUPERIEUR
ET DE LA RECHERCHE

Liberté
Égalité
Fraternité

(Di Cosmo et al. Nature 2025)

Ouvrir
la science !
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Édité
Égalisé
Établi

Ouvrir
la science !
# Ouvrir les codes et logiciels

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Collaboratif

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Ouvert

<figure><img src="image_273.png" /></figure>

Documenté

<figure><img src="image_274.png" /></figure>

Exécutable

La feuille de
route **CODE**

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Niveau 1 : obligatoire

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sur une **forge**
**publique, archivé +**
**licence**

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MINISTÈRE
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Editeur
Egalité
Rechercher

Ouvrir
la science !

(Di Cosmo et al, Rapport & Nature 2025)

Credits: Margaret Hamilton [Wikimedia (CC0)](), peak by Eucalyp [TheNounProject (CC-BY)]()
# Ouvrir les codes et logiciels

Niveau 1 : obligatoire

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sur une forge publique, archivé + licence

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2023

Le rapport porte sur les forges logicielles utilisées dans les établissements de l'Enseignement supérieur et de la Recherche (ESR). Son propos est de faire un premier état des lieux des forges logicielles utilisées dans l'ESR français et d'identifier les moyens de rendre plus visibles les productions logicielles issues de la science ouverte.

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Software Heritage

zenodo

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Software Heritage

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**Software is the key**

to access information and
a fundamental part of
human heritage

We are building the universal software archive

https://www.softwareheritage.org/
# Ouvrir les codes et logiciels

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Collaboratif

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Ouvert

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Documenté

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Exécutable

La feuille de
route **CODE**

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Niveau 1 : obligatoire

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sur une **forge**
**publique, archivé +**
**licence**

<figure><img src="image_291.png" /></figure>

MINISTÈRE
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ET DE LA RECHERCHE

Editeur
Egalité
Rechercher

Ouvrir
la science !
# Ouvrir les codes et logiciels

<figure><img src="image_292.png" /></figure>

Collaboratif

<figure><img src="image_293.png" /></figure>

Ouvert

<figure><img src="image_294.png" /></figure>

Documenté

<figure><img src="image_295.png" /></figure>

Exécutable

La feuille de
route **CODE**

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## Niveau 2 : recommandé

<figure><img src="image_297.png" /></figure>

auteur.ice.s

<figure><img src="image_298.png" /></figure>

nommage
commentaires
et exemples

<figure><img src="image_299.png" /></figure>

avec une liste
de dependances

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## Niveau 1 : obligatoire

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sur une forge
publique, archivé +
licence

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MINISTÈRE
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SUPERIEUR
ET DE LA RECHERCHE

Édité
Égalisé
Établi

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Ouvrir
la science !
# Ouvrir les codes et logiciels

Niveau 2 : recommandé

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lister les auteurs et autrices

<figure><img src="image_305.png" /></figure>

nommage, commentaires et exemples

<figure><img src="image_306.png" /></figure>

avec une liste de dépendances
# Ouvrir les codes et logiciels

<figure><img src="image_307.png" /></figure>

<figure><img src="image_308.png" /></figure>

Collaboratif

<figure><img src="image_309.png" /></figure>

Ouvert

<figure><img src="image_310.png" /></figure>

Documenté

<figure><img src="image_311.png" /></figure>

Exécutable

La feuille de route **CODE**

## Niveau 2 : recommandé

<figure><img src="image_312.png" /></figure>

auteur.ice.s

<figure><img src="image_313.png" /></figure>

nommage
commentaires
et exemples

<figure><img src="image_314.png" /></figure>

avec une liste
de dependances

## Niveau 3 : optionnel

<figure><img src="image_315.png" /></figure>

API

<figure><img src="image_316.png" /></figure>

env. + tests

<figure><img src="image_317.png" /></figure>

code conduite etc.

## Niveau 1 : obligatoire

<figure><img src="image_318.png" /></figure>

sur une forge
publique, archivé +
licence

<figure><img src="image_319.png" /></figure>

MINISTÈRE
DE L'ENSEIGNEMENT
SUPERIEUR
ET DE LA RECHERCHE

Édité
Égalisé

<figure><img src="image_320.png" /></figure>

Ouvrir
la science !
# Ouvrir les codes et logiciels

<figure><img src="image_321.png" /></figure>

Collaboratif

<figure><img src="image_322.png" /></figure>

Ouvert

<figure><img src="image_323.png" /></figure>

Documenté

<figure><img src="image_324.png" /></figure>

Exécutable

La feuille de route CODE

<figure><img src="image_325.png" /></figure>

## Hackathon guix

Journée des ingénieurs en Santé Numérique

## Niveau 2 : recommandé

<figure><img src="image_326.png" /></figure>

auteur.ice.s

<figure><img src="image_327.png" /></figure>

nommage commentaires et exemples

<figure><img src="image_328.png" /></figure>

avec une liste de dependances

## Niveau 3 : obligatoire

<figure><img src="image_329.png" /></figure>

API

<figure><img src="image_330.png" /></figure>

env. + tests

<figure><img src="image_331.png" /></figure>

code conduite etc.

<figure><img src="image_332.png" /></figure>

sur une forge publique, archivé + licence

<figure><img src="image_333.png" /></figure>

MINISTÈRE
DE L'ENSEIGNEMENT
SUPERIEUR
ET DE LA RECHERCHE

Édité
Égalisé
Écrit

<figure><img src="image_334.png" /></figure>

Ouvrir
la science !
# Publier plus que des articles

<figure><img src="image_335.png" /></figure>

Acquisition

<figure><img src="image_336.png" /></figure>

<figure><img src="image_337.png" /></figure>

Pré-traitements

<figure><img src="image_338.png" /></figure>

Données dérivées

<figure><img src="image_339.png" /></figure>

Statistiques

<figure><img src="image_340.png" /></figure>

CODE

<figure><img src="image_341.png" /></figure>

<figure><img src="image_342.png" /></figure>

Données ouvertes

<figure><img src="image_343.png" /></figure>

OpenNEURO

<figure><img src="image_344.png" /></figure>

LORIS

Radboud Data
Repository

Public-
neuro

shancir

Open access
(pré-publications, modèle
Diamant, etc.)

<figure><img src="image_345.png" /></figure>
# Publier plus que des articles

<figure><img src="image_346.png" /></figure>

Acquisition

<figure><img src="image_347.png" /></figure>

<figure><img src="image_348.png" /></figure>

Pré-traitements

<figure><img src="image_349.png" /></figure>

Données dérivées

<figure><img src="image_350.png" /></figure>

Statistiques

<figure><img src="image_351.png" /></figure>

CODE

<figure><img src="image_352.png" /></figure>

<figure><img src="image_353.png" /></figure>

Données ouvertes

<figure><img src="image_354.png" /></figure>

OpenNEURO

Radboud Data
Repository

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LORIS

Public-
neUro
shancir

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Code ouvert

<figure><img src="image_357.png" /></figure>

Software Heritage

zenodo

<figure><img src="image_358.png" /></figure>

Open access
(pré-publications, modèle
Diamant, etc.)
# Publier plus que des articles

<figure><img src="image_359.png" /></figure>

Acquisition

<figure><img src="image_360.png" /></figure>

<figure><img src="image_361.png" /></figure>

<figure><img src="image_362.png" /></figure>

Pré-traitements

<figure><img src="image_363.png" /></figure>

Données dérivées

<figure><img src="image_364.png" /></figure>

<figure><img src="image_365.png" /></figure>

Statistiques

<figure><img src="image_366.png" /></figure>

CODE

<figure><img src="image_367.png" /></figure>

<figure><img src="image_368.png" /></figure>

Données ouvertes

<figure><img src="image_369.png" /></figure>

<figure><img src="image_370.png" /></figure>

Code ouvert

<figure><img src="image_371.png" /></figure>

<figure><img src="image_372.png" /></figure>

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OpenNEURO

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LORIS

Radboud Data
Repository

Public-
neUro

shancir

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Software Heritage

zenodo

Open access
(pré-publications, modèle
Diamant, etc.)

<figure><img src="image_376.png" /></figure>

<figure><img src="image_377.png" /></figure>

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Pour aller plus loin avec la science ouverte

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Publier plus
que des
articles

Recherche
collaborative

Inclusivité et
communauté
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# Pratiquer la science ouverte vers une recherche reproductible

Camille Maumet

Merci !

Ma recherche est financée par