L’intestin constitue un écosystème extrêmement complexe etune communauté microbienne dynamique où coexistent bactéries,archées, virus et eucaryotes (Weinstock 2012). Ce microbiote esten contact permanent avec les nutriments et les cellules de l’hôte,responsable d’interactions fortes. Les relations micro-organismeshôte ont cependant longtemps été regardées essentiellement sousl’angle de la pathogénicité, mais aujourd’hui le microbiote commensal est reconnu pour ses interactions bénéfiques l’organismehumain en faisant un véritable partenaire de l’hôte. Ce partenariatdébute à la naissance, la colonisation bactérienne commençantdès la rupture des membranes fœtales. Les bactéries, dont lenombre tout d’abord considéré comme 10 fois supérieur auxcellules eucaryotes, ont été récemment réévaluées à 3,8 1013, soitdans un rapport similaire à celui des eucaryotes de l’organismehumain (Sender et al. 2016). La majorité du microbiote résidedans l’intestin, essentiellement le côlon, où il est caractérisé parson haut niveau et sa large diversité. Le nombre d’espèces bactériennes a été évalué par les techniques de culture classique à 400 à500 espèces par individu. Par des techniques indépendantes de laculture ce nombre est évalué à plus de 1000 espèces par individu(Tap et al. 2009), soit environ 25 fois le génome humain (Qinet al. 2010). Le microbiote intestinal peut ainsi être considérécomme un véritable organe, ouvert, métaboliquement adaptableet rapidement renouvelable.