# Gérer ses données de recherches, pourquoi FAIR ?

Pauline Chauvet, Doriane Ibarra, Marianne Alunno-Bruscia

## ► To cite this version:

Pauline Chauvet, Doriane Ibarra, Marianne Alunno-Bruscia. Gérer ses données de recherches, pourquoi FAIR?. Doctorat. DOCTIS-COPE intégrité scientifique - atelier 6, Plouzané (29280), France. 2024, pp.40. hal-04652208

HAL Id: hal-04652208

https://hal.science/hal-04652208v1

Submitted on 18 Jul 2024

HAL is a multi-disciplinary open access
archive for the deposit and dissemination of sci-
entific research documents, whether they are pub-
lished or not. The documents may come from
teaching and research institutions in France or
abroad, or from public or private research centers.

L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est
destinée au dépôt et à la diffusion de documents
scientifiques de niveau recherche, publiés ou non,
émanant des établissements d'enseignement et de
recherche français ou étrangers, des laboratoires
publics ou privés.

<figure><img src="image_1.png" /></figure>

Distributed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License
# Gérer ses données de recherches, pourquoi FAIR ?

Réutiliser les données des autres et rendre les siennes réutilisables... tout un défi
# Tour de table

## Qui êtes-vous et qu'êtes-vous venus chercher dans cet atelier ?
« L'ouverture des données, c'est la clé d'un cercle vertueux, qui renforce l'intégrité en science et la qualité des résultats scientifiques.

Faciliter la reproduction des résultats en permettant un accès simplifié, cela permet de renforcer leur qualité ! »

Hadi Quesneville, INRAE

<figure><img src="image_2.png" /></figure>
# Données de la recherche

« Enregistrements factuels (chiffres, textes, images et sons, ...), utilisés comme sources principales pour la recherche scientifique. Ils sont généralement reconnus par la communauté scientifique comme nécessaires pour valider des résultats de recherche. »

Les données de la recherche peuvent être des enregistrements sonores, des images vidéo, des images satellitaires, des images issues de microscopes, un corpus textuel, des transcriptions, un tableau de résultats d'une enquête ou d'un test, des relevés de température d'une série temporelle ou toute autre mesure sur le terrain, le contenu d'une base de données...

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

<figure><img src="image_11.png" /></figure>

<figure><img src="image_12.png" /></figure>
# Données de la recherche

* **Mode d'obtention** : données produites (ou réutilisées) dans le cadre d'expérimentation ou d'analyse par des instruments, données d'observation, données collectées lors d'une enquête ou d'un prélèvement sur le terrain...

* **Type** : données textuelles, audiovisuelles, données numériques, d'imagerie, d'observation, de séquences génomiques... produites par des instruments de mesure, des analyses ou issues de l'observation.

* **Format** : données avec format ouvert ou propriétaire.

* **Contexte de production** : recherche académique, partenariat industriel, laboratoire en zone à régime restrictif...

* **Régime juridique** : données à caractère personnel (RGPD), couvertes par un secret, soumises à un accord de confidentialité...

* **Criticité** : données sensibles, confidentielles.

<figure><img src="image_13.png" /></figure>

les exemples mentionnés ici ne forment pas une liste exhaustive, il y en a plein d'autres
# Cycle de vie des données de recherche

## Planifier

### Concevoir son projet avec ses données

- Prendre un peu de recul sur le projet en le pensant au travers du prisme de la donnée
- Rédiger un Plan de Gestion de Données en utilisant les modèles à disposition (OPIDOR)
- Anticiper la phase de publication et diffusion

## Créer
Collecter

### Réutiliser ou créer de nouvelles données

- Le protocole d'échantillonnage inclut une section « récolte des métadonnées »
- Ces nouvelles données sont accompagnées et stockées avec leurs métadonnées
- Pour la réutilisation, vérifiez les licences, les limitations d'utilisation et citez correctement les auteurs

## Traiter

### Curer ses données brutes

- C'est le processus visant à vérifier, nettoyer, valider et décrire les données
- Les données peuvent se voir apposer un qualificatif de qualité
- Les biais et erreurs dus à la machine sont corrigés. Les données personnelles peuvent être anonymisées
- Les données sont stockées et échangées de manière sécurisée pour la durée du projet
- Le processus de curation est décrit et vient enrichir le fichier de métadonnées

## Analyser

### Produire des résultats

Les méthodes et outils appropriés sont utilisés pour produire des résultats et (éventuellement) des données secondaires. Les étapes d'analyses doivent être tracées et décrites pour enrichir le fichier de métadonnées

## Stocker
Archiver

### Trier, classer, sécuriser et documenter les données

Dans certains cas, il faut supprimer les données brutes à la fin du projet (p.ex. données personnelles non anonymisées)
Réfléchir aux données pertinentes à conserver pendant la période de travail et sur le moyen terme en post-projet (stockage) et long terme (archivage). Cela permet de choisir une infrastructure de stockage (p.ex. serveurs locaux)/archivage(p.ex. CINES) et de structurer et organiser les jeux de données à préserver

## Diffuser

### Valoriser son travail et en faire profiter la communauté

- Selon l'adage « aussi ouvert que possible, aussi fermé que nécessaire », donner accès aux jeux de données communicables au travers d'entrepôts et de catalogues adaptés au type de jeu de données
- Attribuer des identifiants pérennes (DOI) et des licences adaptées
- Fournir les métadonnées les plus précises et complètes possibles
<figure><img src="image_14.png" /></figure>

# LES ÉTAPES-CLÉS POUR L'OUVERTURE DES DONNÉES DE LA RECHERCHE
# Cycle de vie des données de recherche

* Vous trouverez plusieurs propositions de cycle de vie sur internet. La plupart sont justes même si elles diffèrent sur certains points. Choisissez le cycle qui correspond le plus à votre recherche !

<figure><img src="image_15.png" /></figure>

pndb.fr

<figure><img src="image_16.png" /></figure>

pasteur.fr
# LE CYCLE DE VIE DES DONNEES

Un outil pour améliorer la gestion / la mise en qualité / l'ouverture des données

Produire des données Faciles à trouver, Accessibles, Interoperables et Réutilisables (FAIR)

Respecter le droit des personnes pour les Données à Caractère Personnel (DCP)

Ouvrir ses données autant que possible, les fermer autant que nécessaire

<figure><img src="image_17.png" /></figure>

## CONCEVOIR LE PROJET

Réfléchir aux données produites ou réutilisées

Rédiger un Plan de Gestion de Données (POD)

Anticiper la pertinence du recueil des DCP

<figure><img src="image_18.png" /></figure>

## CRÉER LES DONNÉES

Collector/acquérir des données

Créer les lères métadonnées descriptives des données

Si DCP, déclarer le traitement et préparer les formulaires (information / consentement)

Appliquer des processus adaptés pour préparer les données brutes

Vérifier, valider, notifier les données (curation)

Compléter les métadonnées

Stocker et échanger les données de manière sécurisée sur la durée du projet

<figure><img src="image_19.png" /></figure>

## RÉUTILISER LES DONNÉES

Utilisateur

Découvrir, exploiter les données, s'informer sur les licences et contrats associés, citer les données utilisées

Producteur de données évaluer la réutilisation (citations, nombre téléchargements, ...)

<figure><img src="image_20.png" /></figure>

## DIFFUSER DONNÉES / MÉTADONNÉES

Selon le POD, donner accès aux données communicables et aux métadonnées par le moyen le plus adapté (entrepôts, catalogue de données, article, ...)

Restreindre l'accès si nécessaire (exemple: DCP, propriété intellectuelle, ...)

Attribuer des identifiants pérennes (DOI)

Se questionner sur la dimension juridique (licences)

Réfléchir aux données pertinentes à préserver: conservation sur le long terme et périmètre du partage

Structurer et organiser les jeux de données à préserver, accompagnés de leurs métadonnées

Si DCP, adopter la sécurité des données à leur confidentialité

<figure><img src="image_21.png" /></figure>

## CONSERVER/ARCHIVER LES DONNÉES

<figure><img src="image_22.png" /></figure>

## TRAITER LES DONNÉES

<figure><img src="image_23.png" /></figure>

<figure><img src="image_24.png" /></figure>

## ANALYSER LES DONNÉES

Utiliser des méthodes et des outils pour produire des résultats liés à la problématique initiale

Tracer les différentes étapes des analyses

Si DCP et modification de l'analyse initialement envisagée, mettre à jour le dossier de conformité

<figure><img src="image_25.png" /></figure>

## SUPPRIMER LES DONNÉES

Dans certains cas, supprimer les données brutes (exemple: données personnelles non anonymisées) et ne conserver que les résultats des analyses et les métadonnées

Botifol V, Burnel L, Cardona A, Johany F. 2021. Affiche « Cycle de vie des données : un outil pour améliorer la gestion ». la mise en qualité et l'ouverture des données. Réseau Qualincus & Mission RGPD, département ACT - INRAE. DOI: 10.15454/hsc3-b796

<figure><img src="image_26.png" /></figure>
# Données de la recherche

Quelles données créez-vous, réutilisez-vous ou
manipulez-vous pendant votre thèse ?

<figure><img src="image_27.png" /><figcaption>image réalisée avec une IA</figcaption></figure>
# Métadonnées

Ensemble d'informations structurées qui décrit, explicite, localise une donnée, dans le but d'en faciliter la découverte, l'usage et la gestion.

Il existe plusieurs formats standards de métadonnée en fonction de la discipline :

- INSPIRE

- EML

- ...

<figure><img src="image_28.png" /></figure>

<figure><img src="image_29.png" /></figure>

<figure><img src="image_30.png" /></figure>
DATA

METADATA

<figure><img src="image_31.png" /></figure>

<figure><img src="image_32.png" /></figure>

Dataedo /cartoon

Piotr@Dataedo

DATA

METADATA

<figure><img src="image_33.png" /></figure>

<figure><img src="image_34.png" /></figure>

Dataedo /cartoon

Piotr@Dataedo

DATA

METADATA

<figure><img src="image_35.png" /></figure>

<figure><img src="image_36.png" /></figure>

Dataedo /cartoon

Piotr@Dataedo

DATA

METADATA

11-21

WALL ST

<figure><img src="image_37.png" /></figure>

<figure><img src="image_38.png" /></figure>

Dataedo /cartoon

Piotr@Dataedo

DATA

METADATA

<figure><img src="image_39.png" /></figure>

<figure><img src="image_40.png" /></figure>

Dataedo /cartoon

Piotr@Dataedo

DATA

METADATA

I LOVE YOU

Mom. Today

<figure><img src="image_41.png" /></figure>

Dataedo /cartoon

Piotr@Dataedo

DATA

METADATA

<figure><img src="image_42.png" /></figure>

<figure><img src="image_43.png" /></figure>

Dataedo /cartoon

Piotr@Dataedo
# Jeu de données

Ensemble cohérent d'informations ou de ressources (fichiers de données, fichiers d'explications, API, lien, etc.) et de métadonnées (présentation, date de publication, mots-clefs, couverture géographique et/ou temporelle, etc...)

## Données
## Métadonnées

### Lancement de bouées dérivantes dans le port de St. John (2020-2022)

10.26071/ogsl-6360fffd-4f83

La libération des bouées dérivantes a été amorcée à la limite de la zone d'exclusion de Canaport dans le port de St. John et terminées lorsque tous les bouées dérivantes ont été récupérés à partir de leurs destinations finales. Deux types de bouées dérivantes ont été déployées pour suivre le cours des courants de surface à partir du port de Saint John ; les dérivateurs longs et disque ont été utilisés pour capter les influences relatives du vent et du courant. Des shapefiles sont aussi disponibles.

Ce projet a été financé par le Programme sur les données environnementales cétodes de référence dans le cadre du Plan de protection des oceans (PPO)

### Accès et utilisation

Licence: Licence Creative Commons 4.0 Attribution

Limits: Observational data is temporarily limited. Extraneous variables could not be controlled during the trial. Equipment failures, specifically faulty GPS devices.

### Données et ressources

<figure><img src="image_44.png" /></figure>

ERDDAP Formulaire d'accès aux données
Formulaire d'accès au données sur la plateforme ERDDAP. Les données ont été

<figure><img src="image_45.png" /></figure>

<figure><img src="image_46.png" /></figure>

Données brutes - Bouées dérivantes (2020-2022)
Données brutes en format xlr pour les différents lancement de bouées.

<figure><img src="image_47.png" /></figure>

<figure><img src="image_48.png" /></figure>

Shapefiles - Bouées dérivantes (2020-2022)
Shapefiles pour les différents lancement de bouées dérivantes à la limite de

<figure><img src="image_49.png" /></figure>

### Citation

Mitchell, L. & Giacomelli, S. (2022). Lancement de bouées dérivantes dans le port de St. John (2020-2022). [Data set]. https://doi.org/10.26071/ogsl-6360fffd-4f83

Style:

APA

<figure><img src="image_50.png" /></figure>

Download Citation

### Mots clés

courant marin

marée

vents

Courants de surface

Niveau de l'eau

Contraintes sur la

### Étendue du jeu de données

<figure><img src="image_51.png" /></figure>

Bullets par © Stadion Maps. © Stadion Design © OpenMapLab © OpenStreetMap contributors

Dates

<figure><img src="image_52.png" /></figure>

Source de métadonnées

<figure><img src="image_53.png" /></figure>

Contacts

<figure><img src="image_54.png" /></figure>

Info additionnelle

<figure><img src="image_55.png" /></figure>

<figure><img src="image_56.png" /></figure>
# FAIR is in the air

## Facile à trouver

Bien décrire sa donnée pour aider les humains à la trouver et y associer un identifiant unique persistant (DOI) pour aider les machines.

## Accessible

Les métadonnées sont en **accès libre et gratuit** et restent disponibles même quand les données ne le sont plus. Données et métadonnées sont accessibles **via des protocoles standardisés** (http, ftp, API).

## Interopérable

Lisibles par **les machines et les humains**, les données de sources différentes peuvent être **combinées** entre elles. Les formats de partage sont **ouverts et standardisés**. Les données complémentaires sont référencées.

## Réutilisable

Les utilisateurs ont assez d'informations pour **décider de réutiliser** ou non les données et connaître les **conditions d'utilisation**.
We should CARE*

Collectivement bénéfique

**Implication** citoyenne accrue, **retombées équitables** pour les communautés locales

Autorité de contrôle

Les **droits et les intérêts** des communautés autochtones sur leurs données sont **reconnus et respectés.**

Responsabilité

Lors d'un travail en collaboration avec les populations locales, il est crucial de **rendre compte des conclusions issues des données de façon compréhensible.**

Ethique

Ne **pas stigmatiser ou dévaloriser** les peuples autochtones, leurs cultures ou leurs savoirs. Les **usages futurs** potentiels sont pris en compte dans la **gouvernance** des données.

<footnote>* Bien que ces principes soient nés au Canada, ils ont un intérêt plus général et rejoignent les principes de l'APA,</footnote>
# FAIR-Réutilisable

Donnée qui peut être utilisée à plusieurs fins différentes par d'autres personnes (pas que des chercheurs) pour répondre à de nouvelles questions de recherche ou pour explorer des domaines connexes.

<figure><img src="image_57.png" /></figure>
# Réutilisable

## Différence entre réutilisable et réplicable

**Réutilisabilité** = capacité à utiliser les données dans différents contextes.

**Réplicabilité** = capacité à reproduire les résultats ou les conditions initiales d'une étude ou d'un processus.

Ces concepts sont liés, mais ils abordent des aspects différents de la gestion et de l'utilisation des données.
Réutilisable

De quoi ai-je besoin pour que mes données soient réutilisables ?

Se poser les bonnes questions :

* qui va les réutiliser ?

* quand ?

* comment ?

* pourquoi ?

A-t-on une réponse à ces questions ? Alors autant anticiper...
# Réutilisable

## Documentation détaillée :

00101011
01101010
101110101
11011000
10100110

<figure><img src="image_58.png" /></figure>

00101011
01101010
101110101
11011000
10100110

<figure><img src="image_59.png" /></figure>
# Réutilisable

## Documentation détaillée

Les données doivent être accompagnées de métadonnées et d'une documentation décrivant leur origine, leur format, leur structure et leur signification. Cela permet aux utilisateurs de comprendre facilement les données et de les interpréter correctement.

<figure><img src="image_60.png" /></figure>
# Réutilisable

## Normes de qualité

Les données doivent être fiables, avec des mesures de contrôle de qualité appropriées. Cela garantit que les utilisateurs peuvent avoir confiance dans l'exactitude et la validité des données.

<figure><img src="image_61.png" /></figure>
# Réutilisable

## Accessibilité

Les données doivent être facilement accessibles, de préférence *via* des entrepôts (de préférence ouverts) ou des référentiels en ligne où elles peuvent être téléchargées et consultées gratuitement (implique aussi des formats ouverts), ou moyennant des frais proportionnels aux coûts réels du service rendu.

<figure><img src="image_62.png" /></figure>

<figure><img src="image_63.png" /></figure>
# Réutilisable

## Entrepôts et catalogues de données

**Entrepôts** : services en ligne permettant le dépôt, la description, la recherche et la diffusion des jeux de données. Ils peuvent être pluridisciplinaires, généralistes ou institutionnels.

**Catalogues** : services en ligne permettant la recherche et la diffusion des jeux de données. Ils peuvent être pluridisciplinaires, généralistes ou institutionnels.

<figure><img src="image_64.png" /></figure>

<figure><img src="image_65.png" /></figure>

<figure><img src="image_66.png" /></figure>

<figure><img src="image_67.png" /></figure>

<figure><img src="image_68.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Légité
Fraternité

recherche.data.gouv.fr
<figure><img src="image_69.png" /></figure>

Thématique

<figure><img src="image_70.png" /></figure>

Académique

<figure><img src="image_71.png" /></figure>

Mer et Océan

<figure><img src="image_72.png" /></figure>

Environnement

<figure><img src="image_73.png" /></figure>

Biodiversité

<figure><img src="image_74.png" /></figure>

Biodiversité Mer et Océan

<figure><img src="image_75.png" /></figure>

Génétique

<figure><img src="image_76.png" /></figure>

Observatoire et mesures in situ

<figure><img src="image_77.png" /></figure>

Pays des Suds

<figure><img src="image_78.png" /></figure>

Ecologie

<figure><img src="image_79.png" /></figure>

Sciences Humaines et Sociales

<figure><img src="image_80.png" /></figure>

Génétique

<figure><img src="image_81.png" /></figure>

Code et logiciel

<figure><img src="image_82.png" /></figure>

Pluridisciplinaire

<figure><img src="image_83.png" /></figure>

Observation satellite, modèles et mesures

<figure><img src="image_84.png" /></figure>

Données géographiques publiques nationales

<figure><img src="image_85.png" /></figure>

Océanographie et Bathymétrie

<figure><img src="image_86.png" /></figure>

Littoral

<figure><img src="image_87.png" /></figure>

<figure><img src="image_88.png" /></figure>
# Réutilisable

## L'importance des formats

En phase de travail (seul ou en groupe restreint ayant accès aux mêmes outils)

* libre de choisir le format (ouvert, fermé, hyper-spécifique...).

En phase de partage (ou en groupe n'ayant pas accès aux mêmes outils)

* transformer au format ouvert adapté au type de données ;

* il existe des formats particulièrement adaptés au partage, qui contiennent les métadonnées en entête (`.nc`, `.ncCSV`...).

<table><thead><tr><th>Format ouvert</th><th>Format Fermé</th></tr></thead><tbody><tr><td>ABW (Abiword)</td><td>DOC (Microsoft Word)</td></tr><tr><td>DOCX (Document Office Open XML)</td><td>PAGES</td></tr><tr><td>ODT (OpenDocument Text)</td><td>WP (WordPerfect)</td></tr><tr><td>RTF (Rich Text Format)</td><td></td></tr><tr><td>TXT (Text)</td><td></td></tr><tr><td>BMP (Windows BitMaP)</td><td>JP2 (Joint Photographic Expert Group 2000)</td></tr><tr><td>GIF (Graphics Interchange Format)</td><td>TIF (Tagged Image File Format)</td></tr><tr><td>JPG (Joint Photographic Expert Group)</td><td></td></tr><tr><td>PNG (Portable Network Graphics)</td><td></td></tr><tr><td>XLSX (Tablet Office Open XML)</td><td>XLS (Microsoft Excel)</td></tr><tr><td>CSV (Comma-separated values)</td><td>NUMBERS</td></tr><tr><td>ODS (OpenDocumentSpreadSheet)</td><td></td></tr><tr><td>ORA (OpenRaster)</td><td>CPT (Corel Photo-Paint)</td></tr><tr><td>XCF (eXperimental Computing Facility)</td><td>PFI (PhotoFiltre)</td></tr><tr><td></td><td>PSD (PhotoShop Document)</td></tr><tr><td>MKV (Matroska)</td><td>AVI (Audio Video Interleave)</td></tr><tr><td>NUT</td><td>FLV (Flash Video)</td></tr><tr><td>OGM (OGG Media)</td><td>MOV (QuickTime Movie)</td></tr><tr><td></td><td>MP4 (MPEG-4 Part 14)</td></tr><tr><td></td><td>QT (QuickTime Movie)</td></tr><tr><td></td><td>RM (Real Media)</td></tr><tr><td></td><td>WMV (Windows Media Video)</td></tr><tr><td>FLAC (Free Lossless Audio Codec)</td><td>AAC (Advanced Audio Coding)</td></tr><tr><td>MPC (Musepack)</td><td>MP3 (MPEG-1/2_Audio_Layer_III)</td></tr><tr><td>OGG</td><td>RAM (Real Audio Metadata)</td></tr><tr><td>OPUS</td><td></td></tr><tr><td>WAV</td><td></td></tr></tbody></table>

<figure><img src="image_89.png" /></figure>

SINCE EVERYONE SENDS STUFF THIS WAY ANYWAY, WE SHOULD JUST FORMALIZE IT AS A STANDARD.
# Réutilisable

## Licences et restrictions

Les conditions d'utilisation des données sont spécifiées :

* licences

* droits d'auteur

* restrictions éventuelles

Définir les limites et les permissions pour la réutilisation des données.

<figure><img src="image_90.png" /></figure>

partage

<figure><img src="image_91.png" /></figure>

modifier

<figure><img src="image_92.png" /></figure>

commercial

<figure><img src="image_93.png" /></figure>

DP

le plus ouvert

<figure><img src="image_94.png" /></figure>

CC0

<figure><img src="image_95.png" /></figure>

BY

<figure><img src="image_96.png" /></figure>

BY

SA

<figure><img src="image_97.png" /></figure>

partage

<figure><img src="image_98.png" /></figure>

modifier

<figure><img src="image_99.png" /></figure>

BY

NC

<figure><img src="image_100.png" /></figure>

BY

NC

SA

<figure><img src="image_101.png" /></figure>

partage

<figure><img src="image_102.png" /></figure>

BY

ND

<figure><img src="image_103.png" /></figure>

BY

NC

ND

<figure><img src="image_104.png" /></figure>

tous droits
réservés

le moins ouvert

wikipedia
# Réutilisable

## Interopérabilité

Les données doivent être compatibles avec d'autres jeux de données et normes dans la discipline concernée.

Cela facilite leur intégration dans des analyses ou des systèmes existants.

<figure><img src="image_105.png" /></figure>

Image source: Internet meme
Réutilisable

<figure><img src="image_106.png" /></figure>

## Normes et vocabulaire contrôlé

### Normes ISO

ISO 8601: 27 sept 2022, 18h = 2022-09-27 18:00:00.000

### Convention CF (climate forecast)

### Thesaurus

Liste de mots ou expressions ayant valeur de termes*
dans un domaine de la connaissance, discipline, champ d'activités ou dans un environnement institutionnel.

* Terme = représentation verbale d'un concept

## A05 (ATLANTOS ESSENTIAL VARIABLES)

Overview | Export subset of list | Export full list | New query | Found 24 | Current | Previous | Next

<table><thead><tr><td>ConceptID ♦</td><td>Preferred label ♦</td><td>Alt label ♦</td><td>Definition ♦</td><td>Modified ♦</td></tr></thead><tbody><tr><td>EV_13C</td><td>Carbon isotope 13C</td><td>Stable carbon isotopes</td><td>The amount of carbon stable isotope 13C in seawater using water column measurements.</td><td>6/23/2016 16:58:53</td></tr><tr><td>EV_AIRHUM</td><td>Air humidity</td><td>Atmospheric humidity</td><td>The amount of water vapour (relative humidity, dew point temperature) in the atmosphere.</td><td>6/23/2016 16:58:53</td></tr><tr><td>EV_AIRPRESS</td><td>Atmospheric pressure</td><td>Air pressure</td><td>The pressure exerted by the weight of the air in the Earth's atmosphere.</td><td>6/23/2016 16:58:53</td></tr><tr><td>EV_AIRTEMP</td><td>Air temperature</td><td>Atmospheric temperature</td><td>The temperature of the atmosphere expressed against the International Temperature Scale 1990 (ITS-90) standard.</td><td>6/23/2016 16:58:53</td></tr><tr><td>EV_BATHY</td><td>Bottom depth</td><td>Bathymetry</td><td>The depth of the sea floor or bed relative to a reference datum.</td><td>6/23/2016 16:58:53</td></tr><tr><td>EV_CHLA</td><td>Chlorophyll-a and fluorescence</td><td>Chla</td><td>The amount of chlorophyll-a and chlorophyll fluorescence in seawater using water column measurements.</td><td>11/7/2016 00:38:56</td></tr></tbody></table>

seadatanet.org

<figure><img src="image_107.png" /></figure>
FAIR réutilisable

Maintenant que vous savez ce qui se cache derrière une donnée FAIR,

Pause café !

<figure><img src="image_108.png" /></figure>
# Place à la pratique

Vous voulez **comparer** les données de température de surface de la bouée MAREL à Plouzané (que vous avez déjà) avec les données de température de surface du port de St John (Terre-Neuve, Canada) sur 3 ans (de 2020 à 2022).

<figure><img src="image_109.png" /></figure>
Coriolis Côtier
OPERATIONAL OCEANOGRAPHY
COASTAL OCEAN OBSERVING SYSTEM

<figure><img src="image_110.png" /></figure>

data.coriolis-cotier.org
## Place à la pratique

* Quelles sont les caractéristiques des données que vous avez déjà ?

* Commencez par chercher les données de St John.

* Vous devez ensuite vérifier si vous pouvez les réutiliser dans le cadre de votre recherche.

* Quelles sont les problématiques locales auxquelles vous devriez faire attention ?

* Les deux jeux de données sont-ils comparables tels quels ?

* Unité

* Précision des instruments de mesure

* Dates et fréquence d'acquisition

* S'il vous manque des informations, que faites-vous ?
# Place à la pratique

## Recherche du jeu de données en ligne des températures de surface du port de St John (Terre-Neuve, Canada)

* Objectif : connaître les bons termes de recherche, identifier les catalogues et entrepôts de confiance

* Matériel : ordinateur + internet

* Durée : 15 minutes maximum
<figure><img src="image_111.png" /></figure>

smartatlantic.ca

<figure><img src="image_112.png" /></figure>

cioos.ca
# Place à la pratique

## Décortiquer le jeu de données

<figure><img src="image_113.png" /></figure>

### Objectifs :

* lister les métadonnées essentielles pour votre travail ;

* trouver et comprendre les métadonnées disponibles pour le jeu de données concerné

* identifier les manques, et comment y palier (e.g. quelle(s) personnes ressources, comment la/les contacter)

* Matériel : papier crayon, ordinateur + internet, interaction avec le contact du jeu de données

* Durée : 30 minutes maximum
# Place à la pratique

## Décortiquer le jeu de données

smartatlantic

<figure><img src="image_114.png" /></figure>

ERDDAP

Easier access to scientific data

ERDDAP > info > SMA_st_johns

<table><thead><tr><th>Grid<br>DAP<br>Data</th><th>Sub-<br>set</th><th>Table<br>DAP<br>Data</th><th>Make<br>A<br>Graph</th><th>W<br>M<br>S</th><th>Source<br>Data<br>Files</th><th>Acces-<br>sible<br>?</th><th>Title</th><th>Sum-<br>mary</th><th>FGDC,<br>ISO,<br>Metadata</th><th>Back-<br>ground<br>Info</th><th>RSS</th><th>E<br>mail</th><th>Institution</th><th>Dataset ID</th></tr></thead><tbody><tr><td></td><td></td><td>data</td><td>graph</td><td></td><td>files</td><td>public</td><td>St. John's Buoy</td><td>?</td><td>F I M</td><td>background</td><td>RSS</td><td>MI</td><td>SMA_st_johns</td><td></td></tr></tbody></table>

### The Dataset's Variables and Attributes

<table><thead><tr><th>Row Type</th><th>Variable Name</th><th>Attribute Name</th><th>Data Type</th><th>Value</th></tr></thead><tbody><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>cdm_data_type</td><td>String</td><td>TimeSeries</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>cdm_timeseries_variables</td><td>String</td><td>station_name,longitude,latitude</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>Conventions</td><td>String</td><td>COARDS, CF-1.6, ACDD-1.3</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>creator_email</td><td>String</td><td>SmartBay at smartbay.ca</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>creator_name</td><td>String</td><td>Marine Institute</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>creator_url</td><td>String</td><td>https://www.mi.mun.ca/departments/centreforappliedoceanotechnology/</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>Easternmost_Easting</td><td>double</td><td>-52.63057833333333</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>featureType</td><td>String</td><td>TimeSeries</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>geospatial_lat_max</td><td>double</td><td>47.56716</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>geospatial_lat_min</td><td>double</td><td>47.56716</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>geospatial_lat_units</td><td>String</td><td>degrees_north</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>geospatial.lon_max</td><td>double</td><td>-52.63057833333333</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>geospatial.lon_min</td><td>double</td><td>-52.63057833333333</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>geospatial.lon_units</td><td>String</td><td>degrees_east</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>infoUrl</td><td>String</td><td>https://www.smartatlantic.ca/station_alt.html?id=stjohns</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>institution</td><td>String</td><td>MI</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>instrument_10_description</td><td>String</td><td>Light</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>instrument_10_id</td><td>String</td><td>1560004849</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>instrument_10_manufacturer</td><td>String</td><td>Carmanah</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>instrument_10_type</td><td>String</td><td>Miscellaneous</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>instrument_10_version</td><td>String</td><td>M850</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>instrument_11_description</td><td>String</td><td>Mooring</td></tr><tr><td>attribute</td><td>NC_GLOBAL</td><td>instrument_11_id</td><td>String</td><td>Mooring-435</td></tr></tbody></table>

smartatlantic.ca

### Dates

<table><tr><td>Date(s) de référence des métadonnées</td><td>mars 15, 2015 (Création)<br>mars 09, 2023 (Revision)</td></tr><tr><td>Fréquence de mise à jour</td><td>Au besoin</td></tr></table>

### Source de métadonnées

<figure><img src="image_115.png" /></figure>

Accédez aux métadonnées complètes ici
Autres documents récoltés à partir de CIOOS Atlantic

### Contacts

<figure><img src="image_116.png" /></figure>

Affiliation: Marine Institute - CTec - SmartAtlantic
Rôle: Contributor

Affiliation: COVE
Rôle: Initiateur

Nom: Centre for Ocean Ventures &amp; Entrepreneurship (COVE)
Rôle: Auteur

Nom: SmartAtlantic
Courrier: SmartBay@smartbay.ca
Rôle: Éditeur

### Info additionnelle

<figure><img src="image_117.png" /></figure>

<table><tr><td>Champ</td><td>Valeur</td></tr><tr><td>Variables océaniques</td><td><ul><li>Niveau marin</li><li>Température de surface</li><li>Courants de surface</li></ul></td></tr><tr><td>Portée</td><td>Jeu de données</td></tr><tr><td>Statut</td><td>En cours</td></tr><tr><td>Étendue spatiale</td><td>1-66.11376666666666, 45.1971666666666671</td></tr><tr><td>Latitude limite Nord</td><td>45.197166666666667</td></tr><tr><td>Latitude limite Sud</td><td>45.197166666666667</td></tr><tr><td>Longitude limite Est</td><td>-66.11376666666666</td></tr><tr><td>Longitude limite Ouest</td><td>-66.11376666666666</td></tr><tr><td>Étendue temporelle</td><td>Debut: 2015-03-15<br>Fin: 2023-03-09</td></tr><tr><td>Langue par défaut</td><td>Anglais</td></tr><tr><td>Projects</td><td>1 SmartAtlantic</td></tr><tr><td>Included in Data Catalogue</td><td><p>Nom: CIOOS/SIOOC<br>URL: https://catalogue.cioos.ca</p><p>Nom: CKAN<br>Description:<br>URL: https://catalogue.cioosatlantic.ca</p></td></tr></table>

cioos.ca
# Décortiquer le/les jeux de données

* Quelles sont les problématiques locales auxquelles vous devriez être attentifs ?

* Déploiement et récupération, glace en hiver, etc... = changement de position

https://data.oceannetworks.ca/DeviceListing?DeviceId=28699#general_tab

* Les deux jeux de données sont-ils comparables tels quels ?

* Unité(s), date(s) et fréquence(s) d'acquisition...

https://www.smartatlantic.ca/erddap/info/SMA_st_johns/index.html

* Précision des instruments de mesure :

https://data.oceannetworks.ca/DeviceListing?DeviceId=28699#general_tab

https://www.smartatlantic.ca/erddap/info/SMA_st_johns/index.html

http://vocab.nerc.ac.uk/collection/L22/current/TOOL0888/
# Place à la pratique

## Décortiquer les données

* Y-a-t-il un système de notation ou une certification permettant de garantir la qualité des données ?

* Est-ce que ce sont des données brutes, nettoyées, transformées ?

<figure><img src="image_118.png" /></figure>
## Place à la pratique

Finalement, pouvez-vous comparer ces données ?
Comment citer cet atelier :

P. Chauvet, D. Ibarra, M. Alunno-Bruscia (2024). Formation DOCTIS-COPE, atelier #6 : Gérer ses données de recherches, pourquoi FAIR ? Plouzané (France), 25 avril 2024

Pour en savoir plus sur la formation DOCTIS-COPE :

https://isblue.fr/actualites/doctis-cope-formation-doctorale-integrite-scientifique-comment-publier-de-maniere-integre/