# Données de séquençage numérique - L'exemple des données "sols"

Samuel Mondy, Christian Mougin

► To cite this version:

Samuel Mondy, Christian Mougin. Données de séquençage numérique - L'exemple des données "sols ". Séminaire de restitution de l'Etude "Données de séquençage numérique", Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité, Oct 2018, Paris, France. hal-02788999

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Submitted on 5 Jun 2020

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RARe-BRC4Env

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Analysis and Experimentation on Ecosystems

France

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# Données de séquençage numérique

## L'exemple des données « sols »

Samuel Mondy¹, Christian Mougin²

¹UMR Agroécologie Dijon, ²UMR ECOSYS Versailles
# Les thèmes abordés

* Le contexte

* Les infrastructures de recherche

* La nature et la gestion des données

* Les écueils et difficultés rencontrés
## Le contexte

Les données de séquence numérique de ressources génétiques, des enjeux pour les recherches en agriculture, sciences de l'environnement et de l'alimentation

* De nombreuses applications : biodiversité, étude d'impact...

* Une évolution rapide des outils d'analyse et d'interprétation

* Le contexte de l'Open Science : impact sur les relations, obligations
# Les infrastructures de recherche

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Ressources Agronomiques pour la Recherche (RARe, https://www.agrobc-rare.org/) et son pilier Environnement (BRC4ENv, https://www.brc4env.fr/)

* Fédèrent plusieurs CRBs stockant des ressources et échantillons environnementaux (sols, eau, sédiments)

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Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes – France (AnaEE-F, https://www.anaee-france.fr/)

* Fédèrent plusieurs plateformes de génomiques impliquées dans le séquençage d'échantillons environnementaux

* GenoSol est impliquée dans ces IR

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# Les règles pour l'utilisation des données

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Analyses et Expérimentations sur les Ecosystèmes – France
(AnaEE-F, https://www.anaee-france.fr/)

- **Charte d'accès**

« 6.1.5. Accès aux données

La plateforme est en accord avec les principes de l'Open Science et la politique de l'Infrastructure de Recherche AnaEE-France.

Il respecte également les exigences émanant des agences de financement nationales et internationales concernant l'accessibilité des données. »

- **Plateforme en génomique moléculaire**

GenOuest
E-DNA

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# Les règles pour l'utilisation des données

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Ressources Agronomiques pour la Recherche (RARe, https://www.agrobrc-rare.org/) et son pilier Environnement (BRC4ENv, https://www.brc4env.fr/)

* Accès à la ressource

* Connaissance des métadonnées associées

* Obligation d'un statut de l'échantillon
# Contexte et objectifs

GenoSol
PLATEFORME

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La plateforme GenoSol de l'UMR 1347 Agroécologie est une structure unique en Europe, centrée sur la biologie des sols.

- un Conservatoire des Ressources Génétiques Microbiennes (labellisé ISO9001-2008

- une Plateforme Technique de caractérisation moléculaire du microbiote du sol

- une expertise bioinformatique et statistique sur la diversité microbienne des sols et de l'environnement.

**Objectif : mesure de l'impact de l'homme (agriculture, réchauffement..) sur la capacité des sols à rendre un service écosystémique**

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Plat. Strat. Nat.
(2013)

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C.R.B.
(2013)

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Investissements d'Avenir
(2014)

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Certification ISO 9001
pour le conservatoire
(Septembre 2015)

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# De nouvelles données à acquérir

## De nouveaux types de données

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### GESTAD

Gestion Durable des Adventices

Amplicon : 16S, 18S, gènes de fonction

Stock de graines des adventices

### GEAPSI

Déterminismes Génétiques et Environnementaux de l'Adaptation des Plantes a des Systèmes de Cultures Innovants

Génomes

Transcriptomes

Amplicon : 16S, 18S, gènes de fonction

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### BIOME

Biologie et fonctions écosystémiques des sols

Amplicon : 16S, 18S, gènes de fonction

Métagénome

Métatranscriptome

### IPM

Mécanismes et gestions des Interactions Plantes Microorganismes

Amplicon : 16S, 18S, gènes de fonction

Génomes

Transcriptomes

Métagénome

Métatranscriptome
# Système d'Informations Environnementales

## Mise en place d'une Système d'information environnemental (2009-2014)

- Serveur de calcul permettant les analyses bioinformatiques et statistiques
- Base de données *MicroSol* stockant les informations relatives aux échantillons de sols

- Site Web permettant l'affichage de la plateforme sur l'extérieur

- Stockage des indices et métriques mais pas d'accès aux données brutes

- Gestion des droits d'accès : données non accessibles directement
# Exemple de productions

## Évolution de la biodiversité bactérienne des sols

http://indicateurs-biodiversite.naturefrance.fr/indicateurs/evolution-de-la-biodiversite-bactérienne-des-sols

<figure><img src="image_24.png" /><figcaption>Cartographie nationale de la diversité bactérienne des sols de France
(nombre de taxons bactériens par gramme de sol)</figcaption></figure>

Source : © GIS Sol, UMR Agroécologie – équipe BIOCOM, plateforme GenoSol

Données :
Amplification du gène 16S
ribosomiques (V3-V4) sur ADN
extraits des sols du RMQS

Données publiées et accessibles
https://www.ebi.ac.uk/ena/data/view/PRJEB21351
# Devenir des données de séquençages issues de la plateforme

Données de séquençage : Données brutes ou nettoyées, assemblées

PI : en fonction de la nature de la convention

Charte AnaEE : Embargo (5 ans pour AnaEE-F et 6 mois pour AnaEE-Europe) après publication des données

Editeurs scientifiques : Données accessibles au moment de la publication

SRA ou EBI : stockage des données brutes ou assemblées (fastq, sff, gff, fasta)

Problème : certains scientifiques vont mettre uniquement les séquences assemblées, ou oublier de préciser à SRA ou EBI la fin de l'embargo / Dépendance pour la fourniture du service

Qui met en ligne : la plateforme ou les partenaires scientifiques ?

Utilisation des métadonnées : restriction d'utilisation, anonymisation, RGPD
Réutilisation des données issues de
la plateforme GenoSol

Les données de séquençage deviennent des méta-données associées
aux échantillons de sols

AnaEE-F/RARe – BRC4Env : Mise à disposition des ressources génétiques des sols

Données brutes dans un DataVerse institutionnel?

Affichage des DOI dans moteur de recherche RARe?

Quel statut juridique des données de séquençage issues du sol ?

Intégrer l'APA, Le protocole de Nagoya, l'Open Science
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MERCI POUR VOTRE ATTENTION