# 1 Introduction

Les microsporidies sont des parasites eucaryotes obligatoires connus pour parasiter de nombreuses espèces du règne animal. Cependant, leur diversité ainsi que leur impact restent largement sous-estimés chez les hôtes de petite taille en milieu aquatique (i.e. protistes, microzooplancton). Dans ce contexte, une récente étude de métabarcoding en milieu lacustre a révélé une large diversité de microsporidies dans des échantillons inférieurs à 150 µm, dont une partie (20% des OTUs) n'est affiliable à aucune famille ou genre connu.
Quels peuvent être leurs hôtes ?

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# Microsporidies :
jusqu'où s'étend leur
spectre d'hôtes ?

Observations de microsporidies libres (spores) et associées à des hôtes potentiels (cilié, rotifère et chlorophycée coloniale).

Echelle : 20 µm

<figure><img src="image_2.png" /><figcaption>Microsporidies libres</figcaption></figure>

<figure><img src="image_3.png" /><figcaption>Rotifère</figcaption></figure>

<figure><img src="image_4.png" /><figcaption>Chlorophycée
coloniale</figcaption></figure>

<figure><img src="image_5.png" /><figcaption>Cilié tintinnide</figcaption></figure>

# 2 Analyse exploratoire des associations hôtes-parasites

Analyse de co-occurrence : calcul des coefficients de corrélation de spearman entre abondances relatives des phyla eucaryotes et des groupes de microsporidies

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Les résultats indiquent des interactions avec différents phyla eucaryotes :

- connus comme hôtes de microsporidies (arthropodes, rotifères, ciliés et apicomplexes)

- non décrits comme hôtes de microsporidies (Perkinsozoa, Ochrophyta, Dinoflagellata, Cryptophyta et Bacillariophyta)

# 3 Observations d'associations hôtes-parasites potentielles

Utilisation d'une sonde universelle microsporidies pour leur détection en TSA-FISH (Tyramide Signal Amplification – Fluorescent In Situ Hybridization).

Métabarcoding :
Amorces spécifiques microsporidies et générales eucaryotes Séquençage MiSeq

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# 4 Conclusions

A l'heure actuelle, peu de microsporidies (8 espèces en eau douce) sont décrites comme infectant des protistes ou du microzooplancton (1).

La diversité des microsporidies ainsi que leurs rôles dans les écosystèmes d'eau douce sont donc clairement sous-estimés.

Les deux approches utilisées ont révélé des associations très cohérentes avec les relations hôtes-microsporidies connues (mais peu décrites), et indiquent également des associations avec des organismes qui n'ont jamais été décrits comme hôtes de microsporidies (e.g. phytoplancton).

Afin de compléter ces observations préliminaires :

- Une étude de métabarcoding sera réalisée sur une année entière de prélèvements mensuels et les marquages en TSA-FISH seront poursuivis

- Les abondances et la dynamique spatio-temporelle de certains groupes de microsporidies seront analysées par PCR quantitative

- Des tests d'infection de différents hôtes en culture seront réalisés afin d'obtenir *in fine* un couple hôte/parasite en culture

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