Les poumons ont historiquement été décrits comme un organestérile chez les sujets en bonne santé. La présence de bactériesmise en évidence à partir des prélèvements respiratoires (expectoration, lavage broncho-alvéolaire etc.) a été rapprochée desituations cliniques d’affections respiratoires. Ce sont tout d’abordles caractéristiques anatomiques et histologiques qui ont conduità penser que les voies aériennes respiratoires supérieures étaientexemptes de toute communauté bactérienne ou microbiote. En effet,d’un point de vue anatomique, les voies respiratoires inférieuressont séparées des voies aériennes supérieures (naso-pharynx etoro-pharynx) et du tube digestif, tous les deux septiques, parl’épiglotte. D’un point de vue histologique, la clairance mucociliaire, assurée par les cellules ciliées de l’épithélium bronchiqueet bronchiolaire, permet la mobilisation du mucus, entraînant lesparticules et bactéries qui y sont piégées (Charlson et al., 2012 ;2011; Jeffery, 1983; Morris et al., 2013). Enfin, la méconnaissancedu microbiote des voies aériennes inférieures encore nomméemicrobiote pulmonaire ou flore pulmonaire, résulte en grandepartie de l’approche par culture bactérienne, limitée par la sensibilité de la culture et l’exigence de certaines espèces bactériennesdifficilement cultivables. Ces dernières années de nombreusesétudes ayant recours à de nouvelles approches, essentiellementmoléculaires, ont permis de caractériser la diversité bactériennedes voies respiratoires inférieures. Ceci ouvre la voie à une meilleure connaissance des interactions entre les bactéries et l’hôte,qu’elles soient commensales ou pathogènes.