# Résultats marquants basés sur les services de l'IR
## BioinfOmics

Sophie Schbath

<figure><img src="image_1.png" /></figure>

To cite this version:

Sophie Schbath. Résultats marquants basés sur les services de l'IR BioinfOmics. Journée des Infras- tructures de Recherche d'INRAE, INRAE, Nov 2025, Paris, France. hal-05485713

HAL Id: hal-05485713

https://hal.inrae.fr/hal-05485713v1

Submitted on 30 Jan 2026

HAL is a multi-disciplinary open access
archive for the deposit and dissemination of sci-
entific research documents, whether they are pub-
lished or not. The documents may come from
teaching and research institutions in France or
abroad, or from public or private research centers.

L'archive ouverte pluridisciplinaire HAL, est
destinée au dépôt et à la diffusion de documents
scientifiques de niveau recherche, publiés ou non,
émanant des établissements d'enseignement et de
recherche français ou étrangers, des laboratoires
publics ou privés.

<figure><img src="image_2.png" /></figure>

Distributed under a Creative Commons CC BY-SA 4.0 - Attribution - ShareAlike - International
License
# Résultats marquants basés
sur les services de l'IR
BioinfOmics

Sophie Schbath
et les members du CoDir

Journées des IR INRAE, 6 novembre 2025

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

<figure><img src="image_4.png" /></figure>
# Plan

## Présentation générale

## Quelques grands projets et résultats marquants

<figure><img src="image_5.png" /></figure>
# Carte d'identité de BioinfOmics

IR créée en 2019 à partir de 4 plateformes de bioinformatique :

* 3 ISC plateformes membres de l'IFB : GenoToul-Bioinfo, Migale, URGI

* 1 DisCo : Sigenae

7 départements : **MathNum, BAP, GA, MICA, PHASE, SA, ECODIV**

33,3 ETP permanents au 1/9/25

* 44 agents

* 13 CDD

* 1 apprenti

<figure><img src="image_6.png" /></figure>

Plus d'informations :

* LIRIC https://infra-recherche.intranet.inrae.fr

* Site web: https://bioinfomics.inrae.fr/
# Des complémentarités

pour accompagner les grands programmes structurants pour INRAE

Virtual
environment

<figure><img src="image_7.png" /></figure>

PROXMOX

<figure><img src="image_8.png" /></figure>

ceph

<figure><img src="image_9.png" /></figure>

<figure><img src="image_10.png" /></figure>

<figure><img src="image_11.png" /></figure>

<figure><img src="image_12.png" /></figure>

Data

Tools

Training

<figure><img src="image_13.png" /></figure>

<figure><img src="image_14.png" /></figure>

Tools

Data

Training

<figure><img src="image_15.png" /></figure>

<figure><img src="image_16.png" /></figure>

<figure><img src="image_17.png" /></figure>

<figure><img src="image_18.png" /></figure>

<figure><img src="image_19.png" /></figure>

<figure><img src="image_20.png" /></figure>

Tools

Data

Training

<figure><img src="image_21.png" /></figure>

<figure><img src="image_22.png" /></figure>

GenOToul
Bioinfo

<figure><img src="image_23.png" /></figure>

Tools

Data

Training

<figure><img src="image_24.png" /></figure>

<figure><img src="image_25.png" /></figure>

GenOToul
Bioinfo

* Location: Toulouse

* Compute (PLU): 4224

* Storage (FTB): 4000

* RAM (RGB): 36500

* RAMcore (RGB): 536

* GPU (PCard): 1

Demande de compte

Support communautaire

Documentation

<figure><img src="image_26.png" /></figure>

Galaxy

miggle

* Location: Jeux en Jeux

* Compute (PLU): 1916

* Storage (FTB): 300

* RAM (RGB): 7000

* RAMcore (RGB): 639

* GPU (PCard): 1

Demande de compte

Support communautaire

Documentation

<figure><img src="image_27.png" /></figure>

Galaxy
# Offre de service en quelques chiffres

<figure><img src="image_28.png" /></figure>

Calcul &
stockage

Collaborations
scientifiques

Formation

Publications

2020 utilisateurs - 48% INRAE

Equipements (2022-2027) : 4,5 M€ (PIA3+GDFF+CPER/FEDER)

Coût d'hébergement/an : 200K€ < coût < 500K€

Coût de prestation/an : 100K€

~66 projets en collaboration
dont 10 projets structurants (PEPR, Grand Défi, PIA)

Dans BioinfOmics : 26 modules en formation continue en 2024
43,5 jours - 245 apprenants - 62% INRAE

En externe : EBAII 2024, FAIR data 2024, Genopole Autumn School

49 publications 2024
# Nos thématiques scientifiques

À partir des mots-clés des 167 projets 2021-2024 des 3 ISCs

<figure><img src="image_29.png" /></figure>

Mots-clés « métiers »

<figure><img src="image_30.png" /></figure>

Mots-clés du domaine d'application
# Cartographie de nos compétences/thématiques

Bioinfo / biostat

« omiques »

Gestion de données

Développement
&
Système
# Cartographie de nos compétences/thématiques

## Analyse de séquences

Assemblage

Annotation

Variants

ARNnc

RNAseq

Pangénome

Paléogénomique

E. Transposables

Motifs

## Écosyst. microbiens

MétaG

Métabar

MétaT

Modélisation holobiont

### Biol. Systèmes

Inférence réseau

GSM

Réseaux métabo.

### Statistiques

Multivarié

Intégration

Planif

## Ingénierie connaissance

FAIR

PGD

Ontologies

Modélisation de
connaissance

Text-mining

## Dév

Entrepôt

Services web

Gestionnaire de
workflow

Parallélisation

## Système

Virtualisation

Install. outils &
banques

Locat. Calcul &
stockage

Cluster
# Gouvernance

## Comité de direction (responsables des 4 PFs)

* 1 animatrice-teur (mandat 2 ans renouvelable)

* 1 réunion toutes les 2 semaines,

* Partage d'informations, coordination de réponses aux AO/sollicitations,

* Stratégie d'investissement et de développement (matériel et GPEC)

* Réponses aux questions/sollicitations des départements et DISC
    ===> **Renouvellement de la labellisation ISC en 2025**

* Suivi des actions de l'IR : GT, interactions avec les autres IR et collectifs de recherche, animation

<figure><img src="image_31.png" /></figure>

<figure><img src="image_32.png" /></figure>

<figure><img src="image_33.png" /></figure>

<figure><img src="image_34.png" /></figure>

<figure><img src="image_35.png" /></figure>

<figure><img src="image_36.png" /></figure>

<figure><img src="image_37.png" /></figure>

## Comité des tutelles (CDs + DISC) : 1 réunion annuelle (avril 2025)

## Conseil Scientifique :

* R. Chikhi, E. Corre, F. Sabot, C. Médigue, D. Milan, J. Reveillaud, M.-L. Martin, (E. Maguin)

* Réunions en mars 2024 (visio) et sept 2025 (Paris)

<figure><img src="image_38.png" /></figure>

<figure><img src="image_39.png" /></figure>
# BioinfOmics dans

<figure><img src="image_40.png" /></figure>

IFB

INSTITUT FRANÇAIS DE BIOINFORMATIQUE

## Equipe de direction de l'IFB

* Morgane Thomas-Chollier (ENS-CNRS : Directrice, co-Head of node ELIXIR-FR)

* Jacques Van Helden (AMU-CNRS): directeur adjoint, direction scientifique

* Anne-Françoise Adam-Blondon (INRAE): directrice adjointe, co-Head of node ELIXIR-FR

* Ania Le Fur (CNRS): secrétaire générale

**IFB-Core : unité de coordination multi-tutelles CNRS- INRAE -INSERM-CEA et distribuée**

Coordination des activités transversales de R&D (nationale et européennes) et des services

-> permanents de différents organismes sur lettre de mission sur un % temps + quelques personnels 100% IFB-Core

## IFB services and R&D/innovation

### Transverse actions

**T1. Open science & interoperability**

Frédéric de Lamotte, Nadia Goué, Alban Gaignard

**T2. Relations with INBS network**

Jean-François Dufayard,
Christophe Bruley

<figure><img src="image_41.png" /></figure>

**T3. Orientation & support**

Sylvain Milanesi, Christine Gaspin,
Valérie Cognat

BioinfOmics
INRAE RESEARCH INFRASTRUCTURE

IFB facilities &
associated teams

### Pillar actions

**M1. Compute & storage (NNCR)**

Gildas Le Corguillé, Julien Seiler,
Christophe Blanchet, Anthony Bretaudieu

<figure><img src="image_42.png" /></figure>

INRAE

**M3. Knowledge bases**

Pierre Peyret, Marc Hanauer,
David Lagorce

<figure><img src="image_43.png" /></figure>

### Communities

**C1. Health**

Alban Gaignard,
Richard Redon, Yves Vandenbrouck

<figure><img src="image_44.png" /></figure>

**C3. Biodiversity**

Erwan Corre, Yvan Le Bras

<figure><img src="image_45.png" /></figure>

**M2. Software tools**

Hervé Ménager,
Thomas Denecker, Julien Seiler

<figure><img src="image_46.png" /></figure>

INRAE

**M4. Training**

Hélène Chiapello, Olivier Sand

<figure><img src="image_47.png" /></figure>

INRAE

**C2. Agronomy**

Christine Gaspin, Pierre Larmande

<figure><img src="image_48.png" /></figure>

<figure><img src="image_49.png" /></figure>

**C4. Microbiology**

Claudine Médigue, Valentin Loux,
Nicolas Pons

<figure><img src="image_50.png" /></figure>

BioinfOmics
INRAE RESEARCH INFRASTRUCTURE
# Animations “BioinfOmics”

De l'importance de bien cibler la plus-value du périmètre “BioinfOmics”

## Déjà beaucoup d'animations nationales

* Conférence nationale annuelle JOBIM

* GT IFB : formation, ontologies, intégration données,...

* GT du réseau national MERIT

* GT du GDR BIMMM : StatOmique, LEGO, etc.

* CATIs INRAE et les “inter-CATIS”

* PEPI IBIS, etc.

## → Notre choix :

* **Groupes de travail** sur des activités transverses, avec des livrables précis

* Tous les 2 ans, des **journées scientifiques** sur des thématiques d'intérêt communes, couplées avec une **AG** en présentiel
# GT transverses

## Formation

* ✓ Harmonisation de nos tarifs

* ✓ Réalisation d'un catalogue centralisé sur le site web

## Gestion des données

* ✓ Rédaction des plans de gestion d'entité

## Impact environnemental (depuis mars 2024)

* ✓ Bilans des émissions de gaz à effet de serre des infras GenoToul-Bioinfo et Migale

* • En cours : sensibilisation de nos utilisateurs

<figure><img src="image_51.png" /></figure>

<figure><img src="image_52.png" /></figure>

## Administration de nos infras numériques (depuis sept 2025)

* • Partage de pratiques

<figure><img src="image_53.png" /><figcaption>BGES Infra Migale 2023</figcaption></figure>

<figure><img src="image_54.png" /></figure>
# Journées scientifiques biannuelles

## Holobionte en 2022

* Interne à BioinfOmics

* 4 présentations invitées

## Pangénomique en 2024

* 60 participants (dont 20 en visio)

* ½ journée de présentations scientifiques

* 3 présentations invitées :

* B. Linard : Intro à la pangénomique

* G. Gautreau : Pangénomique des procaryotes

* J. Monlong : Pangénomique en santé

* 11 contributions

* 1 jour atelier pratique

## Graphes de connaissance en 2026

<figure><img src="image_55.png" /></figure>

<figure><img src="image_56.png" /></figure>

<figure><img src="image_57.png" /></figure>

<figure><img src="image_58.png" /></figure>

<figure><img src="image_59.png" /></figure>
# Partie 2

Quelques résultats marquants :

* Métabarcoding et métagénomique

* Assemblage et variants

* Gestion des données de ressources génétiques et phénotypage

Et deux projets scientifiques en cours :

* BREIF (PEPR AgroNum)

* Grand Défi Ferments du Futur

<figure><img src="image_60.png" /></figure>
# Métabarcoding

**44 fromages et laits AOP** : une analyse de grande ampleur révèle leur diversité microbienne (bactéries et champignons) en lien avec les pratiques de production

<figure><img src="image_61.png" /></figure>

Irlinger, Mariadassou, Dugat-Bony, Rué et al (2024)
ISME Communications,
https://doi.org/10.1093/ismeco/ycae095

MétaPDOcheese

<figure><img src="image_62.png" /></figure>

**Easy16S** – Une application pour faciliter l'exploration, la visualisation et l'analyse des données du microbiome

https://shiny.migale.inrae.fr/app/easy16S

<figure><img src="image_63.png" /></figure>

Midoux, Rué et al. (2024)
Journal of Open Source Software
https://doi.org/10.21105/joss.06704

<figure><img src="image_64.png" /></figure>
# Métagénomique

**metagWGS** – Un workflow d'analyse de données métagénomiques (court et long reads)

<figure><img src="image_65.png" /></figure>

Mainguy, Vienne, ..., Hoede (2024)
https://doi.org/10.1101/2024.09.13.612854

<figure><img src="image_66.png" /></figure>

ELSEVIER

<figure><img src="image_67.png" /></figure>

<figure><img src="image_68.png" /></figure>

## Impact of environmental micropollutants and diet composition on the gut microbiota of wild european eels (*Anguilla anguilla*)^*

Anthony Bertucci<sup>a, *,</sup> Claire Hoede<sup>b, c</sup>, Emilie Dassié<sup>d</sup>, Pierre-Yves Gourves<sup>d</sup>, Amandine Suin<sup>a</sup>, Karine Le Menach<sup>d</sup>, Hélène Budzinski<sup>d</sup>, Françoise Daverat<sup>a</sup>

<figure><img src="image_69.png" /></figure>

### ANALYSIS OF SHOTGUN METAGENOMIC DATA

#### ANALYSIS OF SHOTGUN METAGENOMIC DATA (05/05/2025 - 07/05/2025)

This training session is organized by the **Genotoul bioinfo** platform. This course is dedicated to the **analysis of prokaryotic shotgun metagenomic data from Illumina and Pacbio HiFi sequencing technology**.

After an overview of metagenomics and the biases and limitations of analyses, we will look at the main steps involved in analysing metagenomic data and launch independent tools on the genobioinfo cluster.

Learners will then test a workflow to automate processing on a test dataset (*metagWGS*).

On the third day, learners will choose which analysis strategy to start with according to their experimental design and launch the first stage of *metagWGS* on their own data.

By the end of the course, trainees will be familiar with the scope, advantages and limitations of shotgun sequencing data analysis and will have started the analysis on their own data.

<footnote><sup>\*</sup> EABX, INRAE, 50 Avenue de Verdun 33612, Cestas, France</footnote>

<footnote n="1"><sup>1</sup> Université de Toulouse, INRAE, UR MIAT, PF GeneToul Bioinfo, 31320, Castanet-Tolosan, France</footnote>

<footnote n="2"><sup>2</sup> Université Fédérale de Toulouse, INRAE, Bioinformatics, GenoToul Bioinformatics Facility, 31326, Castanet-Tolosan, France</footnote>

<footnote n="3"><sup>3</sup> Univ. Bordeaux, CNRS, EPOC, EPHE, UMR 5805, 33600, Pessac, France</footnote>

<footnote n="4"><sup>4</sup> Genome & Transcriptionome - Plateforme Get-PlaGe, INRAE, 31326, Castanet-Tolosan, France</footnote>
# Assemblage de génome et détection de variants

Sorin et al. *Genetics Selection Evolution* (2025) 57:61

https://doi.org/10.1186/s12711-025-01012-x

Genetics Selection Evolution

RESEARCH ARTICLE

Open Access

## Application of a French cattle pangenome, from structural variant discovery to association studies on key phenotypes

<figure><img src="image_70.png" /></figure>

Valentin Sorin¹*, Maulana Mughitz Naji¹, Clément Birbes², Cécile Grohs¹, Clémentine Escouflaire¹,³, Sébastien Fritz¹,³, Camille Eche⁴, Camille Marcuzzo⁴, Amandine Suin⁴, Cécile Donnadieu⁴, Christine Gaspin², Carole Lampietro⁴, Denis Milan⁴,⁵, Laurence Drouilhet⁵, Gwenola Tosser-Klopp⁵, Didier Boichard¹, Christophe Klopp², Marie-Pierre Sanchez¹ and Mekki Boussaha¹*

bioRxiv preprint doi: https://doi.org/10.1101/2025.02.14.638238; this version posted April 22, 2025. The copyright holder for this preprint (which was not certified by peer review) is the author/funder, who has granted bioRxiv a license to display the preprint in perpetuity. It is made available under a CC-BY 4.0 International license.

## Benchmarking long-read genome assemblers for three sequencing protocols and three agricultural species

Clément Birbes¹,², Andreea Dréau¹,², Denis Milan², Carole Lampietro², Christine Gaspin¹, Cécile Donnadieu², Matthias Zytnicki¹ & Christophe Klopp¹

### Objectifs :

1. Impact de la combinaison techno x assembleur

2. Présenter différentes métriques pour comparer des assemblages

SeqOccln
# Gestion des données de ressources génétiques et phénotypage

JOURNAL ARTICLE

## BrAPI v2: real-world applications for data integration and collaboration in the breeding and genetics community ⚡

Peter Selby ✉, Rafael Abbeloos, Anne-Françoise Adam-Blondon, Francisco J Agosto-Pérez, Michael Alaux, Isabelle Alic, Khaled Al-Shamaa, Johan Steven Aparicio, Jan Erik Backlund, Aldrin Batac ... Show more

*Database, Volume 2025, 2025, baaf048, https://doi.org/10.1093/database/baaf048*

Published: 24 September 2025

Article history ▼

« The Breeding Application Programming Interface (BrAPI) project was established as a standardized data model for breeding data. BrAPI is an international, community-driven effort that facilitates interoperability among databases and tools, improving the sharing and interpretation of breeding-related data. »

<figure><img src="image_71.png" /></figure>

## Trends in Plant Science

A Cell Press journal

OPINION I 30TH ANNIVERSARY ISSUE: BIG CONCEPTS – SHAPING THE FUTURE OF PLANT

SCIENCE · Online now, October 01, 2025

## Reassessing data management in increasingly complex phenotypic datasets

Cyril Pommier ⚙️<sup>1</sup>✉️ · Isabelle Alic<sup>2</sup> · Llorenç Cabrera-Bosquet<sup>3</sup> · Xavier Draye<sup>4</sup> ·

Pascal Neveu<sup>2</sup> · Jochen C. Reif<sup>5</sup> · Kelly R. Robbins<sup>6</sup> · Pawel Krajewski<sup>7</sup> ·

François Tardieu ⚙️<sup>3</sup>✉️ Show less
# BReiF au coeur du PEPR Agroécologie & Numérique

## BReiF : e-Infrastructure to boost the use of diversified biological resources

(2023-2027; financement : 1 M€; coût total: 4,86 M€) - 5 institutions partners : INRAE, CIRAD, CNRS, IRD, IPGRI

* Coordination : A-F Adam-Blondon, M. Tixier-Boichard, C. Gaspin

## Activités :

- Services en support à la gestion de données en inter IR (BioinfOmics - INRAE Genomics - RARE)

- Portails de données de ressources génétiques à jour et enrichis avec des données de caractérisation

- Visualisation de données

- Pipeline d'analyse de données de pangénomes

- Assemblage de 2 gros génomes auto-tétraploïdes

- Formations : FAIRData@INRAE, FAIRPheno@INRAE

<figure><img src="image_72.png" /></figure>

EMPHASIS

elizair

<figure><img src="image_73.png" /></figure>

<figure><img src="image_74.png" /></figure>

MIRRI

<figure><img src="image_75.png" /></figure>

<figure><img src="image_76.png" /></figure>

FAANG

<figure><img src="image_77.png" /></figure>
# Siduri, au coeur du Grand Défi
FERMENTS
DU FUTUR >

## Développement de Siduri, l'entrepôt de Ferments du Futur :

* Centralisation des données sur les micro-organismes pouvant intervenir dans la fermentation des aliments

* Valorisation des données du Grand Défi (7 familles identifiées)

* Mise à disposition de pipelines d'analyse standardizés

## Coordination de la stratégie données de Ferments du Futur :

* Stratégie d'ouverture des données (charte) dans un contexte de valorisation

* Accompagnement des projets pré-compétitifs

* NEW : Modèle économique pour valorisation des données et outils

<figure><img src="image_78.png" /></figure>