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# Rapport de campagnes ACaPELA 2024 et 2025

Julie Salvetat, Anne Mouget, Marine Delesalle, Loic Le Goff, Anthony Acou

► To cite this version:

Julie Salvetat, Anne Mouget, Marine Delesalle, Loic Le Goff, Anthony Acou. Rapport de campagnes ACaPELA 2024 et 2025. Patrinat (OFB-MNHN-CNRS-IRD). 2025. hal-05413324

HAL Id: hal-05413324

https://ofb.hal.science/hal-05413324v1

Submitted on 12 Dec 2025

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# Rapport de campagnes
ACAPELA 2024 et 2025

Julie SALVETAT, Anne MOUGET, Marine DELESALLE, Loïc LE GOFF
& Anthony ACOU

Décembre 2025

<figure><img src="image_2.png" /></figure>
# PATRINAT

## Centre d'expertise et de données
sur le patrimoine naturel

Un service commun
de l'Office français de la biodiversité,
du Muséum national d'Histoire naturelle,
du Centre national de la recherche scientifique
et de l'Institut pour la recherche et le développement

<figure><img src="image_3.png" /></figure>

RÉPUBLIQUE
FRANÇAISE

Liberté
Égalité
Fraternité

OFB
OFFICE FRANÇAIS
DE LA BIODIVERSITÉ

<figure><img src="image_4.png" /></figure>

Tutelles principales

<figure><img src="image_5.png" /></figure>

Tutelles secondaires

IRD
Institut de Recherche
pour le Développement
FRANCE

**Nom du programme/projet** : ACoustique PELAgique (ACaPELA)

**Convention et financeurs** : Convention MTE

**Responsable de l'étude** : Anthony Acou

**Chef.fe de l'équipe en charge du programme** : Anne Souquière

**Auteur.e.s** : Julie SALVETAT, Anne MOUGET, Marine DELESALLE, Loïc LE GOFF et Anthony ACOU

**Référence conseillée du rapport** : Salvetat J., Mouget A., Delesalle M., Le Goff L., Acou A. 2025. Rapport de campagne du dispositif ACaPELA 2024 et 2025. Rapport PatriNat (OFB-MNHN-CNRS-IRD). 31 pp
Unité scientifique portée par l'OFB, le MNHN, le CNRS et l'IRD, PatriNat est un centre national d'expertise et de données qui regroupe des spécialistes de la biodiversité, des experts de la donnée, et des coordinateurs de programmes nationaux.

PatriNat produit des référentiels scientifiques et des standards de données sur la nature, pilote des programmes d'inventaire et de suivi des écosystèmes, des espèces et des aires protégées, et contribue à répertorier les zones clefs pour la conservation de la nature. Ces projets associent de nombreux partenaires nationaux et régionaux et fédèrent les citoyens à travers des observatoires de sciences participatives.

En tant que centre d'expertise, PatriNat réalise des études fondées sur les informations fiables et pertinentes pour accompagner les politiques de biodiversité : indicateurs, chiffres clés, Listes rouges, revues systématiques, rapportages, avis scientifiques CITES<fnref n="1" />, etc. PatriNat développe des méthodes et transfère des technologies innovantes pour accompagner les acteurs de la transition écologique.

En tant que centre de données, PatriNat développe des systèmes d'information permettant d'organiser, diffuser et faire parler les données pour les politiques publiques (SIB, SINP<fnref n="2" />) en coopération avec les infrastructures de recherche. L'ensemble des informations (de la donnée brute à la donnée de synthèse) est rendu accessible à tous dans les portails du service public d'information sur la biodiversité. Des outils et services numériques complètent une offre professionnelle pour les acteurs de la conservation de la nature.

En savoir plus : www.patrinat.fr

Les publications de PatriNat sur HAL : https://hal.science/PATRINAT

## Les portails publics d'information sur la biodiversité :

<table><tr><td><img src="naturefrance Logo.png" alt="naturefrance Logo"></td><td><img src="inpn Logo.png" alt="INPN Logo"></td><td>Inventaire<br/>National du<br/>Patrimoine<br/>Naturel</td><td><img src="compteur Biodiversité Logo.png" alt="COMPTEUR Biodiversité Logo"></td></tr><tr><td>Le portail des indicateurs et des informations sur des politiques de biodiversité</td><td>Le portail dédié aux espèces, aux habitats, aux espaces naturels et au patrimoine géologique</td><td>Le portail des indicateurs, des enjeux et des initiatives sur la biodiversité en Outre-mer</td><td></td></tr><tr><td><a href="https://naturefrance.fr">naturefrance.fr</a></td><td><a href="https://www.inpn.fr">www.inpn.fr</a></td><td><a href="https://biodiversite-outre-mer.fr">biodiversite-outre-mer.fr</a></td><td></td></tr></table>

<footnote n="1">¹ Convention sur le commerce international des espèces de faune et de flore sauvages menacées d'extinction (https://www.patrinat.fr/fr/convention-sur-le-commerce-international-des-especes-sauvages-menacees-dextinction-cites-6062)</footnote>

<footnote n="2">² SIB = Système d'information sur la biodiversité (https://naturefrance.fr/systeme-information-biodiversite);</footnote>

<footnote>SINP = Système d'information de l'inventaire du patrimoine naturel (https://inpn.mnhn.fr/informations/sinp)</footnote>
# SOMMAIRE

<table><tr><td>1.</td><td>Contexte</td><td>6</td></tr><tr><td>2.</td><td>Objectifs</td><td>6</td></tr><tr><td>2.1.</td><td>Genèse du projet ACAPELA</td><td>6</td></tr><tr><td>2.2.</td><td>Phases du développement méthodologique</td><td>7</td></tr><tr><td>3.</td><td>Stratégies d'échantillonnage</td><td>7</td></tr><tr><td>3.1.</td><td>Choix des sites</td><td>7</td></tr><tr><td>3.1.1.</td><td>Rade de Brest et baie de Douarnenez</td><td>8</td></tr><tr><td>3.1.2.</td><td>Baie de Roscoff</td><td>8</td></tr><tr><td>3.1.3.</td><td>Baie de St Malo</td><td>9</td></tr><tr><td>3.2.</td><td>Campagnes menées dans le cadre du programme</td><td>10</td></tr><tr><td>3.2.1.</td><td>Historique des campagnes réalisées</td><td>10</td></tr><tr><td>3.2.2.</td><td>Description des campagnes 2024 et 2025</td><td>11</td></tr><tr><td>3.3.</td><td>Méthodes d'observation</td><td>14</td></tr><tr><td>3.3.1.</td><td>L'échosondeur SIMRAD EK80</td><td>15</td></tr><tr><td>3.3.2.</td><td>Le sonar multi-faisceau SIMRAD M3</td><td>16</td></tr><tr><td>3.3.3.</td><td>ADN environnemental</td><td>17</td></tr><tr><td>3.3.4.</td><td>Les stations CTD et sondes célérité</td><td>19</td></tr><tr><td>3.3.5.</td><td>Thermo-salinomètre</td><td>21</td></tr><tr><td>3.4.</td><td>Paramètres et éléments suivis par thématique</td><td>21</td></tr><tr><td>3.4.1.</td><td>Paramètres collectés par l'EK80</td><td>21</td></tr><tr><td>3.4.2.</td><td>Paramètres collectés par le M3</td><td>24</td></tr><tr><td>3.4.3.</td><td>Paramètres collectés par l'ADNe</td><td>26</td></tr><tr><td>3.4.4.</td><td>Paramètres environnementaux collectés</td><td>27</td></tr><tr><td>3.5.</td><td>Méthodes d'analyses des données</td><td>27</td></tr><tr><td>3.6.</td><td>Bancarisation des données</td><td>27</td></tr><tr><td>4.</td><td>Conclusion</td><td>28</td></tr><tr><td colspan="2">Bibliographie</td><td>29</td></tr></table>
Titre du rapport : Rapport de campagnes ACaPELA 2024 & 2025

Référence de l'action pour le PdS DCSMM :

Programme de surveillance : SP3

Référence de l'action : D1PC_SP3_ACaPELA_1

Intitulé de l'action : Développement méthodologique de la surveillance DCSMM des poissons et céphalopodes des milieux pélagiques côtiers par acoustique

Dispositif de suivi concerné : ACaPELA

Action transversale à un autre PdS

☐ Oui – PdS concerné : xxxx

☑ Non

Diffusion :

☑ libre (internet)

☐ restreinte (intranet) – date de levée d'embargo : AAA/MM/JJ

☐ interdite (confidentielle) – date de levée de confidentialité : AAA/MM/JJ

Experts/relecteurs consultés

Résumé

Ce rapport constitue une synthèse des campagnes d'échantillonnage de 2024 et 2025 du suivi ACaPELA sur 3 sites historiques bretons situés en Mers Celtiques : Baie de St-Malo ; baie de Roscoff ; rade de Brest et baie de Douarnenez

Mots-clés/ Key words : échosondage, M3, EK80, ADNe, ACaPELA, surveillance DCSMM

Comment citer ce document : Salvetat J., Mouget A., Delesalle M., Le Goff L. & Acou A. 2025. Rapport de campagne du dispositif ACaPELA 2024-2025. Rapport PatriNat (OFB-MNHN-CNRS-IRD). 31 pp

Disponibilité des données de la recherche : données publiques de surveillance et de recherche.

DOI ou site d'archivage

Date de publication : AAAA/MM/JJ

Version : 1.0.0

Langue(s) :

Français
<table><tr><td>Descripteur</td><td>D1PC / D4</td></tr><tr><td>Nom de l'action</td><td>Développement méthodologique de la surveillance DCSMM des poissons et céphalopodes des milieux pélagiques côtiers par acoustique</td></tr><tr><td>Période de l'action</td><td>2025</td></tr><tr><td>Nom du dispositif+ opérationnalité</td><td>ACaPELA (programme R&D)</td></tr><tr><td>SRM(s) concernée(s)</td><td>MC</td></tr><tr><td>Indicateurs BEE et OE concernés</td><td>Pas d'indicateurs disponibles (D4 & D1)</td></tr><tr><td>Opérateur(s)</td><td>MNHN (PatriNat & Station Marine de Dinard)</td></tr><tr><td>Financeur(s)</td><td>DEB</td></tr></table>
# 1. Contexte

La Directive Cadre Stratégie pour le Milieu Marin (DCSMM) vise l'atteinte et/ou le maintien du Bon Etat Ecologique (BEE) des écosystèmes marins (Ministère de l'Écologie, du Développement durable et de l'Énergie, 2013). Son application au niveau national repose sur le Document Stratégique de Façade. Celui-ci est composé d'un volet « activités et usages » et d'un volet « environnemental » représenté par les Plans d'Action pour le Milieu Marin (PAMM). Les PAMM sont développés dans chaque Sous-Région Marine (SRM) et sont, par conséquent, au nombre de 4 (Manche Mer du Nord, Mers Celtiques, Golfe de Gascogne et Méditerranée Occidentale). Ils se déclinent en 5 éléments mis en œuvre cycliquement tous les 6 ans, dont le développement et la mise en œuvre des programmes de surveillance (PdS). Les PdS doivent contribuer à terme à la collecte des données nécessaires au développement des indicateurs DCSMM du BEE, évaluer l'atteinte ou non du BEE, évaluer les impacts sur l'état écologique des pressions induites par les activités humaines et enfin contribuer à l'évaluation de la réalisation des objectifs environnementaux et mesures définis dans les PAMM. Pour les « Poissons et Céphalopodes » (PC), le PdS s'articule dans chacune des quatre sous-régions marines françaises en 4 sous-programmes (SP) organisés selon un triple gradient environnemental : distance à la côte (milieux côtiers milieux du plateau continental et du large), position dans la colonne d'eau (espèces benthodémerales vs pélagiques) et nature du fond (substrats meubles vs substrats durs et/ou habitats biogéniques).

<table><caption>Tableau 1. Composition en sous-programmes thématiques du PdS « Poissons-céphalopodes »</caption><thead><tr><td>SP</td><td>Désignation</td><td>Co-pilotage</td></tr></thead><tbody><tr><td>SP1</td><td>Poissons et céphalopodes benthodémeraux sur substrats durs et habitats biogéniques côtiers</td><td>PatriNat</td></tr><tr><td>SP2</td><td>Poissons et céphalopodes benthodémeraux sur substrats meubles côtiers</td><td>-</td></tr><tr><td>SP3</td><td>Poissons et céphalopodes pélagiques en milieux côtiers</td><td>PatriNat</td></tr><tr><td>SP4</td><td>Poissons et céphalopodes pélagiques et benthodémeraux sur le plateau continental et au large.</td><td>-</td></tr></tbody></table>

# 2. Objectifs

## 2.1. Genèse du projet ACaPELA

Les milieux côtiers sont une zone d'importance pour les écosystèmes marins puisqu'ils assurent de nombreuses fonctions biologiques et écologiques pour les espèces pélagiques à différents stades et/ou sur l'ensemble de leur cycle de vie. Par exemple, les panaches estuariens et les zones côtières peuvent constituer des frayères et des nourriceries pour de nombreuses espèces pélagiques et sont notamment qualifiés d'habitat halieutique essentiel (Regimbart et al. 2018). En particulier, les nourriceries assurent une fonction clé dans le cycle biologique des espèces et constituent donc un maillon essentiel du renouvellement des stocks exploitables et de leur pérennisation (Peterson 2003; Rochette et al. 2010). Ainsi, la productivité primaire des zones côtières se répercute sur l'ensemble de l'écosystème marin. De plus, les milieux côtiers constituent des territoires à forts enjeux stratégiques pour l'économie et l'environnement. Ainsi, les estuaires et les zones côtières peuvent subir de fortes pressions anthropiques dues à l'urbanisation des littoraux, les pêcheries, les pollutions diffuses et chroniques des masses d'eau et perturbation physique des habitats par les activités anthropiques tels que dragage, extraction, pêche, mouillage, etc. (Borja et al. 2009).

Ainsi, le projet ACaPELA (ACoustique PELAgique) a pour objectif de développer et valider la méthodologie de surveillance DCSMM pour l'évaluation de l'état écologique des populations et peuplements de poissons et céphalopodes (PC) des milieux pélagiques côtiers, c'est-à-dire les espèces pélagiques ou benthopélagiques
fréquentant la colonne d'eau (le pelagos) dans les zones dont la bathymétrie est comprise entre 0 et 40 m (zones dites côtières). Dans cet objectif, les campagnes pélagiques côtières devront collecter des données permettant de contribuer aux renseignements des descripteurs et critères DCSMM pour évaluer le BEE à l'échelle du peuplement (D4) et, dans la mesure du possible, à l'échelle des populations (D1) ainsi que permettre d'évaluer les effets néfastes des pressions anthropiques sur l'état écologique des PC pélagiques côtiers.

## 2.2. Phases du développement méthodologique

Le développement du dispositif ACaPELA est structuré en 3 phases :

* **Phase 1 : Développement des protocoles à échelle locale (2019-2021)**

* Développement et validation de l'installation des sondeurs et sonars déportés sur une perche ad hoc pour tout type de navires de stations

* Test du protocole sur 4 sites répartis dans 2 sous-régions marines (Mers Celtiques et Méditerranée occidentale)

* Test de différentes méthodes de « vérités terrain » nécessaires pour réaliser les allocations spécifiques

* **Phase 2 : Développement des stratégies d'échantillonnage et des indicateurs (2021-2026)**

* Amélioration et finalisation du process de traitement et analyse de données acoustiques

* Validation de l'opérationnalité du dispositif pour répondre aux critères du D4

* **Phase 3 : Déploiement opérationnel (à partir de 2027)**

Le projet est actuellement dans sa phase 2. Cette phase a déjà permis d'améliorer les protocoles d'acquisition de données et de consolider la chaine de traitement et analyse des données acoustiques acquises. À ce stade, deux pistes complémentaires sont en cours de développement :

* **Approche par peuplements**, sans vérités terrain (**descripteur D4**) : exploitation d'indicateurs fondés sur la réponse acoustique de grands groupes fonctionnels (plancton, poissons, top-prédateurs) et leur position dans la colonne d'eau (pélagique vs. benthо-pélagique). Dans cette approche, les seuils de classification appliqués sur la réponse acoustique des organismes s'appuient sur la littérature (Diogoul et al. 2024) et peuvent être retravaillés et affinés pour rendre compte de la variabilité spécifique à chaque site.

* **Approche par espèces**, avec vérités terrain (**descripteur D1**) : attribution spécifique des échotraces appuyée par des « vérités terrain » pour valider l'identification taxonomique. En 2020 et 2021, un protocole mis en place à Marseille, couplant plongée scientifique, vidéo et acoustique a permis de valider une méthode d'attribution spécifique pour des sites à forte visibilité (David et al. 2024). En 2025, sur les sites bretons à faible visibilité, l'ADN environnemental a été choisi pour être déployé le long des transects comme « vérité terrain » et pour aider l'interprétation des données acoustiques.

Dans le prolongement des acquis de la phase 2, une part importante du temps devra être consacrée à l'analyse des résultats des campagnes et au développement d'indicateurs et de métriques pour l'évaluation du BEE.

# 3. Stratégies d'échantillonnage

## 3.1. Choix des sites

Les zones d'acquisition des données du dispositif ACaPELA ont été diversifiées afin de s'assurer que les méthodes et protocoles déployés soient adaptables à des navires et des écosystèmes variés, dans l'optique d'un déploiement à l'échelle nationale.
### 3.1.1. Rade de Brest et baie de Douarnenez

Le site de Brest a été choisi pour sa rade, avec un port important, et le contraste qu'elle offre avec la mer d'Iroise qui est une mer ouverte. Cette localisation permet également de prospecter dans la même campagne la baie de Douarnenez, située plus au Sud. La baie de Douarnenez est un haut lieu de la pêche de petits pélagiques, notamment par des bolincheurs (e.g., la sardine, etc.) (Coiffec et al. 2006). Enfin, ce site est proche de la radiale la plus au Nord de la campagne PELGAS. Les principales opérations effectuées dans ce site d'étude sont des acquisitions acoustiques le long des radiales, de la pêche à la ligne sur détection, des stations sonde célitéré pour mesurer la stratification de la colonne d'eau et des filtrations d'eau réalisées pendant les transects acoustique en vue de réaliser des analyses d'ADNe.

Enfin, les campagnes en mer sont réalisées dans cette zone avec le navire de l'Albert Lucas<fnref n="3" /> (Figure 1). Ce navire fait partie de la flotte océanographique française. C'est un navire de station de 11,50 m, armé en pêche côtière, généralement mobilisé pour diverses activités d'observation, de recherche et d'enseignement en écologie marine et océanographie. Il opère jusqu'à 20 milles des côtes, principalement dans les zones de la rade de Brest et la mer d'Iroise. Le N/O Albert Lucas (CNRS, IUEM) et son équipage est mis à la disposition de la communauté scientifique nationale par appel d'offre semestriel.

<figure><img src="image_6.png" /><figcaption>Figure 1. Photographie de l'Albert Lucas, navire de station basé à Brest (©Julie Salvetat, Station Marine de Dinard)</figcaption></figure>

### 3.1.2. Baie de Roscoff

Cette zone a été sélectionnée car sa configuration diffère de celle de la rade de Brest qui est une zone très protégée comme la baie semi-fermée de Douarnenez. Cette différence d'organisation permet d'explorer des biocénoses potentiellement différentes. De plus, des comptages plongée type UVC (Underwater Visual Census) sont régulièrement réalisés par le MNHN, dans le cadre du projet POCOROCH (POissons COtiers des ROches et Herbiers) pour la surveillance des poissons côtiers rocheux (Joncour et Thiriet 2023). En effet, l'expertise des plongeurs est un élément essentiel pour connaitre les espèces de poissons pélagiques présents dans cette zone d'étude, même si POCOROCH cible principalement les espèces benthos-pélagiques. De plus, une zone Natura 2000 est présente sur le site de Roscoff, ce qui est intéressant pour comparer l'estimation des niveaux d'abondance des pélagiques et benthos-pélagiques dans des zones protégées ou non. Les principales opérations effectuées dans ce site d'étude

<footnote n="3">³ https://www.flotteoceanographique.fr/Nos-moyens/Navires-engins-et-equipements-mobiles/Navires-de-station/Albert-Lucas</footnote>
sont des acquisitions acoustiques le long des radiales, de la pêche sur détection à la ligne, des stations sonde célitéré
pour mesurer la stratification de la colonne d'eau et des filtrations d'eau réalisées pendant les transects acoustique
pour récupérer l'ADNe. Enfin, les campagnes en mer sont réalisées dans cette zone avec le navire Néomysis<fnref n="4" /> (DT-
INSU) appartenant à la flotte océanographique française (Figure 2). Ce navire, de 11,90 m de long est équipé pour
la pêche et permet, comme l'Albert Lucas, une installation du matériel scientifique et notamment acoustique du
projet. Ce navire appartenant à la flotte océanographique française, les réservations se font selon les mêmes
modalités que pour l'Albert Lucas, via un appel d'offre semestriel.

<figure><img src="image_7.png" /><figcaption>Figure 2. Photographie du navire Néomysis basé à Roscoff (©Wilfried Thomas, Station Biologique de Roscoff)</figcaption></figure>

3.1.3. Baie de St Malo

La baie de St Malo est la zone la plus à l'Est de nos sites en Bretagne. Cette zone est depuis longtemps étudiée par
la station marine du Museum National d'Histoire Naturelle (MNHN) de Dinard ce qui permet une connaissance fine
des espèces présentes et des zones qu'elles fréquentent préférentiellement. Les principales opérations effectuées
dans ce site d'étude sont des acquisitions acoustiques le long des radiales, de la pêche à la ligne sur détection, des
stations sonde célitéré pour mesurer la stratification de la colonne d'eau et des filtrations d'eau réalisées pendant
les transects acoustique en vue de réaliser des analyses de l'ADN environnemental (ADNe).

En 2024 et 2025, la campagne a mobilisé la Korrigane<fnref n="5" /> (Figure 3), navire de la station marine du MNHN : un navire de recherche en aluminium de 15 m. Sa propulsion principalement électrique réduit l'empreinte carbone et limite le bruit et les vibrations, conditions particulièrement favorables à l'acquisition de données acoustiques de qualité.

<footnote n="4">⁴ https://www.flotteoceanographique.fr/Nos-moyens/Navires-engins-et-equipements-mobiles/Navires-de-station/Neomysis</footnote>

<footnote n="5">⁵ https://www.mnhn.fr/fr/actualites/la-korrigane-le-nouveau-bateau-du-museum</footnote>
<figure><img src="image_8.png" /><figcaption>Figure 3. Photographie du navire de recherche du Museum d'Histoire Naturelle, la Korrigane (©Julie Salvetat, Station Marine de Dinard)</figcaption></figure>

## 3.2. Campagnes menées dans le cadre du programme

### 3.2.1. Historique des campagnes réalisées

A ce jour, 26 campagnes acoustiques ont été réalisées (Tableau 2). Elles ont été mises en œuvre principalement en Mers Celtiques au sein des trois sites tests bretons (Baie de St-Malo, baie de Roscoff, rade de Brest et baie de Douarnenez). En 2020 et 2021, des campagnes spécifiques ont été réalisées dans la Parc National des Calanques (Méditerranée occidentale) pour tester une méthode d'allocation spécifique qui couplait insonification des bancs de poissons et identification/dénombrement des bancs par des plongeurs scientifiques (David et al., 2024).

<table><caption>Tableau 2. Liste des campagnes réalisées dans le cadre du programme ACaPELA depuis 2019. SRM = Sous-Région Marine ; MC = Mers Celtique ; MO = Méditerranée occidentale</caption><thead><tr><td>Campagnes</td><td>Zone d'étude</td><td>SRM</td><td>Dates de la campagne</td><td>Types d'opération</td></tr></thead><tbody><tr><td>1</td><td>Rade de Brest</td><td>MC</td><td>02 au 19 décembre 2019</td><td>Premiers tests : mise en place des outils acoustiques</td></tr><tr><td>2</td><td>Roscoff</td><td>MC</td><td>03 au 11 juin 2020</td><td>Prospection acoustique, pêches sur détection, CTD, vidéos</td></tr><tr><td>3</td><td>Brest et Douarnenez</td><td>MC</td><td>17 au 25 juin 2020</td><td>Prospection acoustique, pêches sur détection, CTD, vidéos</td></tr><tr><td>4</td><td>Roscoff</td><td>MC</td><td>02 au 10 juillet 2020</td><td>Prospection acoustique, pêches sur détection, CTD, vidéos</td></tr><tr><td>5</td><td>Marseille</td><td>MO</td><td>17 au 23 août 2020</td><td>Acoustique, plongée, CTD, vidéos, couplage</td></tr><tr><td>6</td><td>Saint-Malo</td><td>MC</td><td>07 au 09 septembre 2020</td><td>Tests acoustiques semi-rigide, CTD</td></tr><tr><td>7</td><td>Brest et Douarnenez</td><td>MC</td><td>14 au 17 septembre 2020</td><td>Prospection acoustique, pêches sur détection, CTD, vidéos</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td>8</td><td>Roscoff</td><td>MC</td><td>01 au 08 octobre 2020</td><td>Prospection acoustique, pêches sur détection, CTD, vidéos</td></tr><tr><td>9</td><td>Saint-Malo</td><td>MC</td><td>15 au 26 mars 2021</td><td>Tests acoustiques semi-rigide, CTD</td></tr><tr><td>10</td><td>Marseille</td><td>MO</td><td>3 au 8 avril 2021</td><td>Acoustique, plongée, CTD, vidéos</td></tr><tr><td>11</td><td>Roscoff</td><td>MC</td><td>03 au 11 juin 2021</td><td>Prospection acoustique, pêches sur détection, CTD, vidéos</td></tr><tr><td>12</td><td>Saint Malo</td><td>MC</td><td>19 au 21 juillet 2021</td><td>Prospection acoustique, CTD</td></tr><tr><td>13</td><td>Brest et Douarnenez</td><td>MC</td><td>22 au 28 juillet 2021</td><td>Prospection acoustique, pêches sur détection, CTD, vidéos</td></tr><tr><td>14</td><td>Roscoff</td><td>MC</td><td>13 au 17 juin 2022</td><td>Prospection acoustique, pêches sur détection, CTD, vidéos</td></tr><tr><td>15</td><td>Brest et Douarnenez</td><td>MC</td><td>20 au 23 juin 2022</td><td>Prospection acoustique, pêches sur détection, sonde célérité, vidéos</td></tr><tr><td>16</td><td>Saint-Malo</td><td>MC</td><td>25 au 27 juillet 2022</td><td>Prospection acoustique, CTD</td></tr><tr><td>17</td><td>Saint-Malo</td><td>MC</td><td>9 au 26 mai 2023</td><td>Prospection acoustique, CTD</td></tr><tr><td>18</td><td>Roscoff</td><td>MC</td><td>5 au 9 juin 2023</td><td>Prospection acoustique, CTD</td></tr><tr><td>19</td><td>Brest</td><td>MC</td><td>22 au 26 juin 2023</td><td>Prospection acoustique, CTD</td></tr><tr><td>20</td><td>Saint-Malo</td><td>MC</td><td>7 au 10 mai 2024</td><td>Prospection acoustique, sonde célérité</td></tr><tr><td>21</td><td>Brest</td><td>MC</td><td>27 au 31 mai 2024</td><td>Prospection acoustique</td></tr><tr><td>22</td><td>Roscoff</td><td>MC</td><td>3 au 6 juin 2024</td><td>Prospection acoustique, sonde célérité</td></tr><tr><td>23</td><td>Saint Malo</td><td>MC</td><td>30 septembre au 7 octobre 2024</td><td>Prospection acoustique, ADCP</td></tr><tr><td>24</td><td>Brest</td><td>MC</td><td>16 au 19 juin 2025</td><td>Prospection acoustique, ADNe, sonde célérité</td></tr><tr><td>25</td><td>Roscoff</td><td>MC</td><td>23 au 27 juin 2025</td><td>Prospection acoustique, ADNe</td></tr><tr><td>26</td><td>Saint-Malo/ Rance</td><td>MC</td><td>9 au 11 juillet 2025<br>29 juillet</td><td>Prospection acoustique, ADNe, sonde célérité</td></tr></table>

### 3.2.2. Description des campagnes 2024 et 2025

Les campagnes 2024 et 2025 ont permis d'assurer la continuité des relevés acoustiques sur les trois sites historiques bretons de la SRM MC (Figure 4).

* Rade de Brest et baie de Douarnenez

* Baie de Roscoff et rivière de Morlaix

* Baie de Saint-Malo et Rance
<figure><img src="image_9.png" /><figcaption>Figure 4. Carte de localisation des trois sites d'étude breton : Brest, Roscoff et Saint-Malo</figcaption></figure>

## • Rade de Brest et baie de Douarnenez

Le secteur de Brest a été retenu comme site d'échantillonnage au sein du projet ACaPELA en raison du contraste saisissant qu'il offre : d'un côté, la rade de Brest, bassin semi-fermé et abrité, dominé par un port civil et militaire majeur ; de l'autre, la baie de Douarnenez, large échancrure ouverte sur la mer d'Iroise et haut lieu historique de la pêche à la bolinche sardinière. Cette juxtaposition permet, au cours d'une même campagne, de tester les protocoles ACaPELA sur deux milieux côtiers avec une hydrodynamique et une pression anthropique différentes.

La campagne 2024 a été menée du 27 au 31 mai et la campagne 2025, du 16 au 19 juin. En 2024, les radiales de Brest ont été assurées entièrement mais coté Douarnenez seules les radiales côtières ont été réalisées à cause de mauvaises conditions météos, avec une houle trop forte. En 2025 l'ensemble des radiales prévues ont pu être réalisées (Figure 5). Elles ont mobilisé le capitaine et le second de l'Albert Lucas ainsi que deux agents du MNHN.

<figure><img src="image_10.png" /><figcaption>Figure 5. Radiales acoustiques enregistrées à Brest à bord de l'Albert Lucas lors des campagnes ACaPELA en 2024 (à gauche) et 2025 (à droite)</figcaption></figure>
## Baie de Roscoff

Les radiales de la baie de Roscoff ont été dessinées afin de prendre en compte la variabilité côte-large de la zone mais également d'insonifier les zones d'intérêts et les sites également suivis localement (suivis plongée principalement). Par ailleurs, les radiales telles que dessinées permettent de couvrir de nombreuses zones de gestion telles que :

- le cantonnement de pêche de la Méloine (crustacés et récolte de goémons)

- la zone N2000 de la Baie de Morlaix qui comprend notamment le plateau de la Méloine, zone rocheuse présentant une forte richesse halieutique.

La campagne 2024 a été menée du 3 au 6 juin et la campagne 2025, du 23 au 27 juin. Ces campagnes ont couvert l'ensemble des radiales programmées et sont restées identiques aux années précédentes (Figure 6). Elles ont mobilisé le capitaine et le second du Néomysis, ainsi que deux agents MNHN.

<figure><img src="image_11.png" /><figcaption>Figure 6. Radiales acoustiques enregistrées à Roscoff à bord du Neomysis lors des campagnes ACaPELA en 2024 (à gauche) et 2025 (à droite)</figcaption></figure>

## Baie de Saint-Malo et Rance

Les analyses réalisées sur les années antérieures ayant démontré que les détections de poissons pélagiques étaient plus élevées à la côte qu'au large, les radiales ont été redessinées en 2023 pour mieux couvrir les zones côtières de la baie de St Malo et insonifier des habitats propices à la détection d'espèces pélagiques présentes dans la région (athérines, lançons, etc.). Ce nouveau design adopté en 2024 et 2025, permet de couvrir les zones N2000 de la baie de Lancieux et de l'estuaire de la Rance qui abritent des habitats à enjeux (e.g. herbiers) et présentant des lacunes de connaissances concernant la diversité et la distribution des espèces pélagiques.

La campagne 2024 a été réalisée au cours de deux saisons : au printemps entre le 7 et le 10 mai puis en automne entre le 30 septembre et le 10 octobre. La campagne 2025 a été menée du 9 au 11 juillet (radiales côtières) puis le 29 juillet (radiale en Rance). Les sorties initialement prévues les 7-8 juillet 2025 en Rance ayant été décalées pour cause de vent fort. Toutes les radiales historiques ont pu être réalisées en 2024 et 2025 (Figure 7). En 2025, des
radiales ont été effectuée au cap Fréhel (Figure 7). La calibration annuelle de l'EK80 a été effectuée à quai en bassin
sur la Korrigane en 2025. Les opérations ont mobilisé le capitaine, ainsi que trois agents MNHN.

<figure><img src="image_12.png" /><figcaption>Figure 7. Radiales acoustiques enregistrées lors des campagnes ACaPELA de 2024 (mai et octobre) et 2025 (juillet) à Saint Malo et dans la Rance à bord de la Korrigane</figcaption></figure>

**3.3. Méthodes d'observation**

L'acoustique active est une méthode d'observation du milieu marin utilisant les propriétés de la propagation des
ondes dans l'eau (Benoit-Bird et Lawson, 2016). Le sondeur EK80 et le sonar M3 envoient des ondes acoustiques
dans leur faisceau de détection et réceptionnent tous les échos renvoyés par les objets s'y trouvant. En effet, ces
ondes émises sont réfléchies dès lors qu'il y a un changement de densité dans le milieu, comme lors de la rencontre
avec un obstacle tel que le fond, un poisson, une bulle, des crustacés ou des mammifères marins. Ainsi, l'analyse
des échos renvoyés par ces objets apportent de précieuses informations quant à la nature de l'objet rencontré.
L'intensité acoustique (backscattering strength $S_v$ en dB) varie en fonction des cibles rencontrées. L'intégralité des
échos renvoyés par toutes les cibles présentes dans le faisceau acoustique peut être projetée sur un échogramme
(Figure 8), dont l'axe des abscisses représente l'avancement du bateau et l'axe des ordonnées la profondeur. Le
sondeur à la surface de l'eau étant situé en haut de l'échogramme. L'échelle de couleur représente l'intensité
acoustique, exprimée en décibel (dB). Plus l'objet insonifié répond fortement (fond, important banc de poissons,
bulles), plus la couleur sera rouge voire brune. Les échos plus faibles apparaissent en bleu et vert.

<figure><img src="image_13.png" /><figcaption>Figure 8. Présentation d'un échogramme. La couleur dépend de l'intensité acoustique. Le fond, plusieurs types de bancs de poissons ainsi que des poissons isolés peuvent être observés</figcaption></figure>
La méthode de surveillance des poissons dans le cadre du dispositif ACaPELA est basée sur le couplage de deux outils acoustiques que sont le sondeur EK80 et le sonar multifaisceaux M3 (Figure 9a). Le sondeur EK80 est un outil acoustique largement utilisé dans les campagnes acoustiques. Il existe donc déjà des procédures bien connues (calibration, extraction et traitement des données) mais ce sondeur présente une faible largeur de fauchée (7°) ce qui limite la surface insonifiée à faible profondeur. L'utilisation des sonars multifaisceaux tel que le sonar M3 est plus récente, mais cet outil présente un potentiel important puisqu'il possède une large fauchée (120°) ce qui permet de couvrir une zone plus importante que l'EK80 (Figure 9b) et permet d'insonifier les bancs dans leur totalité. Ainsi, le sonar M3 permet d'obtenir des données sur la structure 3-D des bancs, en revanche il n'utilise qu'une fréquence (500 kHz) alors que le sondeur EK80 a trois fréquences (70, 120 et 200 kHz) ce qui permet de faire des analyses de réponses en fréquence qu'il n'est pas possible de faire avec le sonar M3. Enfin, lorsqu'ils sont équipés d'une centrale inertielle et d'un module bathymétrique, les sonars multifaisceaux sont utiles pour faire des relevés bathymétriques et obtenir des cartographies des fonds. Pour toutes ces raisons, les deux outils acoustiques (EK80 et M3) sont complémentaires et adaptés aux besoins du dispositif ACaPELA (Figure 9).

<figure><img src="image_14.png" /><figcaption>Figure 9. Photographie du matériel acoustique avec en orange à gauche les 3 fréquences de l'EK80 et en bleu à droite le M3 (a). Représentation schématique des deux systèmes acoustiques, le sonar multifaisceaux M3 (gris clair) avec sa fauchée large (120°) et le sondeur split-beam EK80 (gris foncé) avec sa faible fauchée (7°) (b).</figcaption></figure>

### 3.3.1. L'échosondeur SIMRAD EK80

Le sondeur EK80 est largement utilisé pour l'estimation des stocks de pélagiques (Zwolinski et al. 2014). Il est constitué de trois bases permettant d'enregistrer en trois fréquences en mode CW (Continuous Wave) : 70, 120 et 200 kHz. Ces fréquences sont particulièrement adaptées au travail dans les petits fonds car elles permettent d'acquérir des données d'une grande précision. En comparaison, les mêmes fréquences sont utilisées lors des campagnes PELGAS et PELMED, dont une quatrième fréquence plus faible (38 kHz) qui permet l'acquisition de données à des profondeurs plus importantes et le calcul des estimations de stocks (Doray et al. 2010). De plus, les bases émettant en fréquence faible sont de taille et de poids conséquents, ce qui serait incompatible avec leur installation sur de petits navires côtiers. Il est à noter également que notre sondeur EK80 a un angle d'ouverture faible (7°). Le diamètre observé par l'EK80 est donc de 1,20 m à 10 m de profondeur 3,60 m de diamètre à 30 m de profondeur, ce qui ne permet pas toujours d'échantillonner la totalité du banc. Chaque transducteur de l'EK80 peut être opéré en mode "bande étroite" (CW), qui émet une fréquence fixe ou en en mode "large bande" (FM), qui balaie en continu une plage fréquentielle couvrant près d'une octave.

En mode CW, chaque transducteur n'émet que sur sa fréquence (70, 120 ou 200 kHz ; Figure 10). Largement utilisé dans la grande majorité des estimations de stocks, notamment sur PELGAS et PELMED (Bourdeix 2018; Doray et al. 2018). Ce mode permet l'écho-intégration sur l'ensemble de la colonne d'eau et la dérivation de variables ($S_v$, $S_A$,
TS) mobilisées dans le calcul des biomasses. Il fournit une réponse en fréquence discrète (multi-fréquence) des bancs et des cibles individuelles, utile pour distinguer de grands groupes fonctionnels.

En mode FM (Frequency Modulated), chaque transducteur émet dans une gamme de fréquence continue, autour de sa fréquence initiale. Cela permet d'avoir une réponse en fréquence continue des cibles vues au sondeur. La donnée obtenue est donc plus complète et pourrait permettre plus facilement une identification de l'espèce ou du groupe d'espèces. Mais ce type de données est plus complexe à exploiter car encore peu développé.

Quel que soit le mode utilisé, le sondeur ne donne pas directement accès à l'identification spécifique. Pour obtenir cette information, des vérités terrain sont donc nécessaires.

Durant les campagnes en mer ACaPELA, la triade de sondeurs EK80, 70-120-200 kHz a d'abord été utilisée en mode CW (2019-2023), avant de passer au mode FM large bande en 2024-2025. Les enregistrements FM conservent toute leur compatibilité avec les traitements historiques : en extrayant, pour chaque transducteur, la réponse autour de la fréquence centrale afin d'obtenir l'équivalent d'un signal CW. Cette démarche assure la continuité des routines d'extraction de bancs tout en tirant profit du spectre élargi du FM.

<figure><img src="image_15.png" /><figcaption>Figure 10. Visualisation d'un échogramme renvoyé par le sondeur SIMRAD EK80 en mode CW pour les trois fréquences (de gauche à droite 200, 120 et 70 kHz)</figcaption></figure>

### 3.3.2. Le sonar multi-faisceau SIMRAD M3

Le sonar multi-faisceaux SIMRAD M3 a une fréquence de 500 kHz et un angle de fauchée très large (120°) permettant d'explorer un plus vaste volume d'eau que le sondeur EK80 (dont l'ouverture de chaque echosondeur est limitée à 7°). Le sonar M3 permet la détection et le dénombrement des différents bancs. Il permet également d'estimer la structure 3-D et les caractéristiques morphologiques des bancs (Figure 11). Dans le cas d'une utilisation conjointe avec l'échosondeur EK80, le M3 permet aussi d'évaluer les biais sur l'estimation des densités de l'EK80 en prenant en compte les bancs non échantillonnés par le sondeur EK80. De même que pour le sondeur EK80, le sonar ne donne pas accès à l'information de l'espèce, des vérités terrain sont nécessaires pour cela.

Couplé aux données multifréquences de l'EK80, il enrichit donc la description des peuplements (descripteur D4) et, lorsqu'il est confronté à des vérités terrain (pêche sur détection, vidéo ou ADN environnemental), il contribue à affiner l'attribution spécifique exigée pour le descripteur D1.
Lorsqu'il est associé à une centrale inertielle et à un module bathymétrique, le sonar M3 permet également une caractérisation du profil bathymétrique en 3-D. Néanmoins, le sonar M3 n'est pas un sonar dédié spécifiquement à la bathymétrie, d'autres sonars pouvant être plus adaptés. Il est également possible d'envisager une discrimination des types de substrats (roches, zone peu profondes, nature des fonds, etc..) même si celle-ci est en pratique difficile à réaliser. Le projet « Roches Douvres » porté par la station marine de Dinard a permis l'acquisition au printemps 2022 de la station inertielle (David et al. 2022).

<figure><img src="image_16.png" /><figcaption>Figure 11. Observation 3-D d'un banc enregistré par le sonar multifaisceaux. Les couleurs représentent les différents niveaux d'intensité acoustique (en dB)</figcaption></figure>

De plus, un tilt de 15° a été utilisé, c'est-à-dire une cale permettant d'orienter latéralement de 15° le sonar et donc d'échantillonner toute la colonne d'eau dans cette direction. Cette configuration permet également d'échantillonner des zones (faibles fonds, têtes de roche) peu accessibles par l'EK80 et d'observer les potentiels comportements d'évitement des poissons face au navire (Brehmer et al. 2019). En effet, ces comportements d'évitement ont été suggérés être plus importants en petits fonds (Draštík et Kubečka 2005).

### 3.3.3. ADN environnemental

L'ADN environnemental (ADNe) est une technique non invasive qui révèle la présence d'espèces grâce à l'ADN qu'elles libèrent naturellement dans l'eau (écailles, mucus, excrétions) (Thomsen et Willerslev 2015; Ruppert et al. 2019). Contrairement au chalutage, elle préserve l'écosystème tout en fournissant un inventaire taxonomique précis de la zone insonifiée (Berger et al. 2020; Easson et al. 2020). Un prélèvement d'eau associé à un traitement metabarcoding à haut débit, permet de réaliser un catalogue exhaustif des espèces, validées dans de nombreux milieux aquatiques (Bista et al. 2017; Deiner et al. 2017; Bessey et al. 2020).

En 2025, ACaPELA a incorporé des prélèvements d'ADNe sur certaines radiales acoustique (Tableau 3). Deux pompes placées à bâbord et tribord (Figure 12) ont filtré l'eau (débit = 1 L.min⁻¹) durant trente minutes pendant l'acquisition EK80/M3, le navire avançant à 4,5 nœuds.

<table><caption>Tableau 3. Nombre de filtrations ADNe réalisées au cours de la campagne ACaPELA 2025</caption><thead><tr><td>Station</td><td>Date</td><td>Zone</td><td>Site</td></tr></thead><tbody><tr><td>1</td><td>16/06/25</td><td>Brest</td><td>Cote</td></tr><tr><td>2</td><td>17/06/25</td><td>Brest</td><td>Cote</td></tr><tr><td>3</td><td>17/06/25</td><td>Brest</td><td>Large</td></tr></tbody></table>
<table><tr><td>4</td><td>18/06/25</td><td>Brest</td><td>Cote 1</td></tr><tr><td>5</td><td>18/06/25</td><td>Brest</td><td>Cote 2 (nord de la baie)</td></tr><tr><td>6</td><td>18/06/25</td><td>Brest</td><td>Large</td></tr><tr><td>7</td><td>19/06/25</td><td>Brest</td><td>Cote 1</td></tr><tr><td>8</td><td>19/06/25</td><td>Brest</td><td>Large 1</td></tr><tr><td>9</td><td>19/06/25</td><td>Brest</td><td>Large 2</td></tr><tr><td>10</td><td>19/06/25</td><td>Brest</td><td>Goulet</td></tr><tr><td>11</td><td>24/06/25</td><td>Roscoff</td><td>Cote</td></tr><tr><td>12</td><td>25/06/25</td><td>Roscoff</td><td>Large 1</td></tr><tr><td>13</td><td>25/06/25</td><td>Roscoff</td><td>Large 2</td></tr><tr><td>14</td><td>25/06/25</td><td>Roscoff</td><td>Cote</td></tr><tr><td>15</td><td>26/06/25</td><td>Roscoff</td><td>Rivière</td></tr><tr><td>16</td><td>27/06/25</td><td>Roscoff</td><td>Large</td></tr><tr><td>17</td><td>09/07/25</td><td>Saint Malo</td><td>Cote</td></tr><tr><td>18</td><td>09/07/25</td><td>Saint Malo</td><td>Large 1</td></tr><tr><td>19</td><td>09/07/25</td><td>Saint Malo</td><td>Large 2</td></tr><tr><td>20</td><td>10/07/25</td><td>Saint Malo</td><td>Cote 1</td></tr><tr><td>21</td><td>10/07/25</td><td>Saint Malo</td><td>Cote 2</td></tr><tr><td>22</td><td>10/07/25</td><td>Saint Malo</td><td>Large 1</td></tr><tr><td>23</td><td>29/07/2025</td><td>Rance</td><td>Barrage</td></tr><tr><td>24</td><td>29/07/2025</td><td>Rance</td><td>Pont St Hubert</td></tr></table>

<figure><img src="image_17.png" /><figcaption>Figure 12. Photos de l'installation des deux pompes à bâbord et tribord sur l'Albert Lucas et photo d'une pompe branchée sur batterie en filtration.</figcaption></figure>
<figure><img src="image_18.png" /><figcaption>Figure 13. Radiales acoustiques (en bleu) et stations ADNe co-occurrentes (en rouge) sur les trois site Brest, Roscoff et saint/Rance durant la campagne ACaPELA 2025</figcaption></figure>

### 3.3.4. Les stations CTD et sondes célérité

Des profils CTD (Conductivity Temperature Depth) sont indispensables pour (i) paramétrer le matériel acoustique (la célérité des sons dans l'eau est fonction de la température, la pression et la salinité) et (ii) acquérir des données environnementales susceptibles d'expliquer la variabilité des abondances par espèce ou guilde d'espèces. Plusieurs stations ont ainsi été réalisées sur l'ensemble des campagnes réalisées (Tableau 4). Lors de chaque station, la sonde CTD calibrée est immergée puis descendue proche du fond avant d'être remontée, le tout à vitesse constante (autour de 1 m.s⁻¹). Celle-ci mesure en continu la pression, la température, la salinité, la conductivité, la fluorescence et l'oxygène dissous.

Quand la sonde CTD était indisponible, les profils ont été assurés par une sonde de célérité, mesurant la vitesse de propagation du son dans la colonne d'eau. Des profils verticaux de célérité acoustique ont été réalisés durant la campagne 2025.
<table><caption>Tableau 4. Nombre de profils CTD et sonde célitérité réalisés au cours des différentes campagnes ACaPELA</caption><thead><tr><th>Campagnes</th><th>Zone d'étude</th><th>Dates de la campagne</th><th>Nombre de profils réalisées</th></tr></thead><tbody><tr><td>1</td><td>Rade de Brest</td><td>02 au 19 décembre 2019</td><td>9</td></tr><tr><td>2</td><td>Roscoff</td><td>03 au 11 juin 2020</td><td>9</td></tr><tr><td>3</td><td>Brest et Douarnenez</td><td>17 au 25 juin 2020</td><td>21</td></tr><tr><td>4</td><td>Roscoff</td><td>02 au 10 juillet 2020</td><td>16</td></tr><tr><td>5</td><td>Marseille</td><td>17 au 23 août 2020</td><td>7</td></tr><tr><td>6</td><td>Saint-Malo</td><td>07 au 09 septembre 2020</td><td>2</td></tr><tr><td>7</td><td>Brest et Douarnenez</td><td>14 au 17 septembre 2020</td><td>14</td></tr><tr><td>8</td><td>Roscoff</td><td>01 au 08 octobre 2020</td><td>14</td></tr><tr><td>9</td><td>Saint-Malo</td><td>15 au 26 mars 2021</td><td>11</td></tr><tr><td>10</td><td>Marseille</td><td>3 au 8 avril 2021</td><td>8</td></tr><tr><td>11</td><td>Roscoff</td><td>03 au 11 juin 2021</td><td>21</td></tr><tr><td>12</td><td>Saint Malo</td><td>19 au 21 juillet 2021</td><td>11</td></tr><tr><td>13</td><td>Brest et Douarnenez</td><td>22 au 28 juillet 2021</td><td>9</td></tr><tr><td>14</td><td>Roscoff</td><td>13 au 17 juin 2022</td><td>12</td></tr><tr><td>15</td><td>Brest et Douarnenez (sonde de célitérité et non CTD)</td><td>20 au 23 juin 2022</td><td>15</td></tr><tr><td>16</td><td>Saint Malo</td><td>25 au 29 juillet 2022</td><td>-</td></tr><tr><td>17</td><td>Saint Malo</td><td>9 au 26 mai 2023</td><td>3</td></tr><tr><td>18</td><td>Roscoff</td><td>6 au 9 juin 2023</td><td>8</td></tr><tr><td>19</td><td>Brest</td><td>13 au 16 juin 2023</td><td>4</td></tr><tr><td>20</td><td>Saint-Malo (sonde de célitérité et non CTD)</td><td>7 au 10 mai 2024</td><td>9</td></tr><tr><td>21</td><td>Roscoff (sonde de célitérité et non CTD)</td><td>3 au 6 juin 2024</td><td>3</td></tr><tr><td>22</td><td>Brest</td><td>27 au 31 mai 2024</td><td>-</td></tr><tr><td>23</td><td>Saint Malo</td><td>30 septembre au 7 octobre 2024</td><td>-</td></tr><tr><td>24</td><td>Brest (sonde de célitérité et non CTD)</td><td>16 au 19 juin 2025</td><td>4</td></tr><tr><td>25</td><td>Roscoff</td><td>23 au 27 juin 2025</td><td>-</td></tr><tr><td>26</td><td>Saint-Malo/ Rance (sonde de célitérité et non CTD)</td><td>9 au 11 juillet 2025</td><td>5</td></tr><tr><td colspan="3">Nombre total de profils réalisés</td><td>215</td></tr></tbody></table>
### 3.3.5. Thermo-salinomètre

Les trois navires mobilisés : l'Albert Lucas, le Néomysis et la Korrigane, sont équipés d'un circuit de prélèvement continu couplé à un thermo-salinomètre de coque. Température, conductivité et salinité sont enregistrées en temps réel à la prise d'eau sous la coque. Ces séries haute fréquence complètent les profils de célérité et permettent de replacer l'échosondage dans son contexte hydrologique. Les données du thermo-salinomètre embarqué sont récupérables en ligne pour les navires de la flotte françaises.

Brest Albert Lucas : https://instru.dt.insu.cnrs.fr/navires/albertlucas/datafiles/

Roscoff Néomysis : https://instru.dt.insu.cnrs.fr/navires/neomysis/datafiles/

## 3.4. Paramètres et éléments suivis par thématique

### 3.4.1. Paramètres collectés par l'EK80

Plusieurs variables quantitatives peuvent être obtenues par le sondeur EK80.

Une première méthode est l'échointégration qui permet d'intégrer l'énergie rétrodiffusée dans ce que l'on appelle une « cellule d'intégration ». Concrètement, cette méthode permet d'homogénéiser horizontalement et verticalement les valeurs d'énergie acoustique reçues. Ainsi, l'écho-intégration permet d'obtenir une valeur quantitative proportionnelle à la densité acoustique moyenne par unité de distance ou de temps (Burczynski 1979). Cette densité estimée des organismes peut être utilisée pour l'évaluation des ressources par exemple ou pour les études comportementales telles que le fonctionnement des migrations nycthémérales, les interactions trophiques, ou la distribution des organismes à différentes échelles spatio-temporelles (Béhagle 2015).

Une autre méthode est l'extraction de banc. Le $S_v$ (coefficient de réflectivité d'un volume) ou le $S_A$ (coefficient de réflectivité d'une aire) sont obtenus pour des entités, tels que les bancs de poissons au sein desquels les individus ne peuvent pas être isolés. En plus des variables quantitatives en lien avec l'énergie acoustique, d'autres variables peuvent être obtenues comme la localisation spatiale et temporelle des cibles ou bancs observés (coordonnées, temps, position dans la colonne d'eau). L'écho-extraction des bancs, c'est-à-dire l'extraction des données des bancs à partir d'une valeur seuil d'énergie choisie (classiquement -60 dB) permet également de renvoyer des données quantitatives quant à la structure 3-D de ces bancs (hauteur, largeur, longueur, surface maximale, volume).

La dernière variable utilisée est la TS (Target Strength ou cibles individuelles en français). Elle représente l'intensité acoustique des cibles individuelles et s'exprime négativement en décibels (dB). Cette mesure n'est effectuée que sur les individus isolés et non regroupés en bancs. Cette mesure de TS est classiquement utilisée en estimation des stocks de poissons (Doray et al., 2010) pour le dénombrement et l'estimation de taille. Ainsi, les résultats acoustiques peuvent être analysés à plusieurs niveaux (Tableau 5). Toutes ces variables quantitatives peuvent apporter des informations crucales sur l'ensemble des composants biotiques du milieu, du zooplancton aux prédateurs supérieurs, quant à leur abondance, biomasse et distribution spatio-temporelle. Le tableau suivant présente la résolution taxonomique de ces métriques brutes, c'est-à-dire le classement des espèces par grandes guildes trophiques ou au niveau de l'espèce.
<table><caption>Tableau 5. Métriques acoustiques issues de l'échosondeur SIMRAD EK80</caption><thead><tr><th rowspan="2">Type de données de l'EK80</th><th rowspan="2">Métriques brutes</th><th colspan="2">Résolution taxonomique</th></tr><tr><th>A l'échelle de la biocénose pélagique</th><th>A l'échelle spécifique</th></tr></thead><tbody><tr><td>Echo-intégration</td><td>Coefficient de réflectivité d'un volume de 1m x 0.1 mille nautique (S<sub>v</sub> en dB) et coefficient de réflectivité d'une aire (S<sub>A</sub> en dB)</td><td>Toujours réalisable</td><td>Seulement avec des vérités terrain</td></tr><tr><td rowspan="10">Extraction bancs de</td><td>Hauteur du banc (min/max) (m)</td><td rowspan="10">Toujours réalisable</td><td rowspan="10">Seulement avec des vérités terrain</td></tr><tr><td>Longueur du banc (m)</td></tr><tr><td>Surface maximum du banc (m²)</td></tr><tr><td>Coefficient de réflectivité du volume, S<sub>v</sub> à 70 kHz (dB)</td></tr><tr><td>Coefficient de réflectivité du volume, S<sub>v</sub> à 120 kHz (dB)</td></tr><tr><td>Coefficient de réflectivité du volume, S<sub>v</sub> à 200 kHz (dB)</td></tr><tr><td>Coefficient de variation du S<sub>v</sub> à 70 kHz</td></tr><tr><td>Coefficient de variation du S<sub>v</sub> à 120 kHz</td></tr><tr><td>Coefficient de variation du S<sub>v</sub> à 200 kHz</td></tr><tr><td>Différence (Δ) entre les S<sub>v</sub> à 70 et 120 (dB)</td></tr><tr><td>Différence (Δ) entre les S<sub>v</sub> à 70 et 200 (dB)</td></tr><tr><td>Différence (Δ) entre les S<sub>v</sub> à 120 et 200 (dB)</td></tr><tr><td>Distance (absolue et relative) banc / fond (m)</td></tr><tr><td>Distance (absolue et relative) banc / surface (m)</td></tr><tr><td>Réponse fréquentielle moyenne continue du mode FM [45 – 260 kHz]</td><td></td><td></td><td></td></tr><tr><td rowspan="3">Cibles individuelles</td><td>Index de réflectivité de l'individu (Target Strength, TS) (dB)</td><td rowspan="3">Toujours réalisable</td><td rowspan="3">Seulement avec des vérités terrain</td></tr><tr><td>Position dans la colonne d'eau (profondeur, altitude) (m)</td></tr><tr><td>Nombre d'individus par cellules de 1m x 0.1 mille nautique</td></tr></tbody></table>

La combinaison des trois fréquences 70-120-200 kHz permet déjà de séparer les grands groupes biologiques (zooplancton, poissons porteurs ou non de vesse natatoire). Lorsque l'on connaît l'espèce insonifiée et sa classe de taille à l'aide de « vérité terrain », il devient alors possible d'estimer la biomasse des bancs ou des cibles individuelles : on applique pour cela les métriques d'écho-intégration et les équations de conversion « target strength-biomasse » établies pour l'espèce considérée (Love 1969). La morphologie des bancs et l'extraction de leurs descripteurs acoustiques (Tableau 5; Figure 14) offrent un niveau de discrimination supplémentaire et peuvent conduire à une caractérisation acoustique empirique des espèces (De Robertis et al. 2010). Cette interprétation exige toutefois des séries d'échantillonnage répétées ainsi qu'une solide expertise acoustique associée à une connaissance précise des espèces locales (Korneliussen et al. 2016).
<figure><img src="image_19.png" /><figcaption>Figure 14. Captures d'écrans de l'EK80 avec des exemples de différents type de banc de poissons enregistrés durant les campagnes ACaPELA 2025</figcaption></figure>

L'approche multi-fréquentielle discrète demeure insuffisante dès qu'il s'agit de distinguer des espèces voisines ou de différentes classes d'âge (De Robertis et al. 2010). Pour dépasser cette limite « groupe fonctionnel », le mode FM fournit une réponse fréquentielle quasi continue (Figure 15) qui augmente fortement le pouvoir de classification (Benoit-Bird et Waluk 2020). Les travaux de Benoit-Bird & Waluk (2020) ainsi que d'autres travaux portant sur des espèces commerciales comme l'anchois, du maquereau (Zakharia et al. 1996), le colin d'Alaska (Lavery et al. 2017), morues polaires et atlantiques (Dunn et al. 2025), ou le lançon (Forland et al. 2014) montrent que l'utilisation du mode large bande affine sensiblement la détection et l'attribution spécifique (Lavery et al., 2017).
<figure><img src="image_20.png" /><figcaption>Figure 15. Extrait adapté de Benoit-Bird & Waluk (2020) illustrant l'identification de trois espèces pélagiques (Euphausides, anchois de Californie, Merlu du Pacifique nord) grâce à la combinaison d'enregistrements vidéo réalisés par ROV et de mesures acoustiques en mode FM</figcaption></figure>

Ces études fournissent des signatures fréquentielles de référence que nous pouvons mobiliser dans ACaPELA, en particulier pour l'espèce clé qu'est le lançon (Figure 16).

<figure><img src="image_21.png" /><figcaption>Figure 16. Signature fréquentielle du lançon mesurée entre 120 et 200 kHz (d'après Førland et al., 2014)</figcaption></figure>

### 3.4.2. Paramètres collectés par le M3

Les métriques acoustiques issues du sonar multi-faisceaux SIMRAD M3 sont présentées dans le Tableau 6. Elles sont complémentaires de celles apportées par l'EK80 dans la mesure où elles permettent notamment de caractériser la forme de l'intégralité du banc de poissons (longueur, volume, forme, etc.), informations indispensables pour discriminer les espèces entre elles (David et al., 2024).
<table><caption>Tableau 6. Métriques acoustiques issues du sonar multi-faisceau SIMRAD M3</caption><thead><tr><th rowspan="2">Type de données du M3</th><th rowspan="2">Métriques brutes</th><th colspan="2">Résolution taxonomique</th></tr><tr><th>A l'échelle de la biocénose pélagique</th><th>A l'échelle spécifique</th></tr></thead><tbody><tr><td rowspan="20">Extraction de bancs</td><td>Hauteur du banc (moyenne, min, max) (m)</td><td rowspan="20">Toujours réalisable</td><td rowspan="20">Seulement avec des vérités terrain</td></tr><tr><td>Largeur du banc (moyenne, min, max) (m)</td></tr><tr><td>Longueur du banc (m)</td></tr><tr><td>Surface maximum du banc (m²)</td></tr><tr><td>Volume du banc (m3)</td></tr><tr><td>Ratio de trous dans le banc</td></tr><tr><td>Coefficient de variation de la hauteur</td></tr><tr><td>Coefficient de variation de la largeur</td></tr><tr><td>Coefficient de variation du ratio de trous</td></tr><tr><td>Elongation (largeur/longueur)</td></tr><tr><td>Elongation (hauteur/longueur)</td></tr><tr><td>Elongation (largeur/hauteur)</td></tr><tr><td>Indice de sphéricité</td></tr><tr><td>Indice de rectangularité</td></tr><tr><td>Indice de rondeur</td></tr><tr><td>Indice de rugosité</td></tr><tr><td>Indice de planéité</td></tr><tr><td>Périmètre le long de la longueur (m)</td></tr><tr><td>Périmètre le long de la largeur (m)</td></tr><tr><td>Périmètre le long de la hauteur (m)</td></tr><tr><td>Symétrie le long de la longueur</td></tr><tr><td>Symétrie le long de la largeur</td></tr><tr><td>Symétrie le long de la hauteur</td></tr><tr><td>Coefficient de réflectivité du volume du banc, Sv du banc (dB)</td></tr><tr><td>Distance (relative et absolue) banc / fond (m)</td></tr><tr><td>Distance (relative et absolue) banc / surface (m)</td></tr><tr><td>Coefficients de variation de la distance</td></tr></tbody></table>
### 3.4.3. Paramètres collectés par l'ADNe

En 2025, l'ADNe vient compléter l'interprétation des données acoustique en fournissant une liste d'espèces potentiellement présentes dans la masse d'eau insonifiée. Pour chaque station, deux filtres sont expédiés à SpyGen pour un traitement metabarcoding réalisé avec l'amorce 12S TELEO, ciblant les Actinopterygii (poissons osseux) et les Chondrichthyes (poissons cartilagineux). Le traitement des échantillons par SpyGen est d'environ 6 mois.

En 2025, l'analyse est qualitative : chaque échantillon renvoie une liste d'espèces détectées, géoréférencées et horodatées (couplage début/fin de filtration, coordonnées), permettant d'associer l'ADNe à la portion de masse d'eau effectivement insonifiée par EK80/M3.

Par principe de précaution, l'ADNe est utilisé comme filtre d'exclusion/réduction, et non comme arbitre unique d'assignation : la persistance de l'ADN dans le milieu, les espèces cryptiques, et les faux positifs/négatifs imposent une interprétation conservatrice. En pratique, nous croiserons l'ADNe avec les descripteurs acoustiques (signatures fréquentielles EK80, morphologie 3-D des bancs M3, position dans la colonne d'eau) et le contexte écologique (saisonnalité, traits d'histoire de vie) pour resserrer la liste d'espèces candidates à attribuer aux bancs insonifiés.

Côté ADNe, la liste brute sera épurée en retirant (i) les espèces rares au regard du site/saison, (ii) les espèces qui ne forment pas de bancs, et (iii) les espèces peu ou non détectables par acoustique dans nos conditions (proximité du fond, poissons plats, etc.).

En parallèle, côté acoustique, nous appliquerons une clustérisation des descripteurs EK80-M3 (spectre fréquentiel, métriques 3-D de bancs, position dans la colonne d'eau) pour faire émerger des types de bancs récurrents et bâtir un catalogue/typologie de bancs. Cette typologie, obtenue par méthodes non supervisées (par exemple par Classification Hiérarchique sur Composantes Principales), sera annotée a posteriori à l'aide des informations ADNe et du contexte écologique.

Le croisement répété ADNe-acoustique sur plusieurs transects devrait permettre d'accumuler de l'expérience et d'améliorer progressivement la reconnaissance des bancs et leur assignation spécifique pour quelques espèces clés ; lorsque l'ambiguïté persiste, nous conserverons une liste réduite d'espèces potentielles (Figure 17).

<figure><img src="image_22.png" /><figcaption>Figure 17. l'ADNe restreint la liste d'espèces candidates, l'acoustique caractérise les bancs ; la décision résulte de leur croisement, avec des règles explicites et documentées</figcaption></figure>

À moyen terme, l'exploration d'une analyse quantitative de l'ADNe pourrait renforcer l'assignation spécifique. En effet, une approche de metabarcoding quantitative permettrait d'estimer, par échantillon, le nombre de copies d'ADN par espèce au-delà que d'une simple liste d'espèces présentes. De précédentes études ont montré une corrélation positive entre la concentration d'ADNe et l'abondance des poissons tout en soulignant des variations
selon le choix de la méthode de filtrage et les conditions environnementales, qui doivent être intégrées aux modèles d'abondance (Lacoursière-Roussel et al. 2016; Spear et al. 2021). Plus récemment des études couplant échosondage et ADNe rapportent des résultats convergents entre les deux approches tant sur le niveau des abondances que sur les schémas de distribution spatiales des poissons (Sato et al. 2021; Shelton et al. 2022; Rourke et al. 2025). Le couplage des deux approches est encore à ce stade exploratoire, avec l'émergence de nouvelles méthodes pour réaliser l'assignation spécifique grâce à l'ADNe quantitatif (Kopf et al. 2025). Dans ce contexte, l'ADNe et l'acoustique active, deux méthodes complémentaires et non invasives, montrent un potentiel prometteur pour la construction d'indicateurs D1 à l'échelle spécifique.

### 3.4.4. Paramètres environnementaux collectés

Les profils CTD enregistrent en continu la pression (profondeur), la température, la conductivité (donnant accès à la salinité), ainsi que, selon l'instrumentation, la fluorescence et l'oxygène dissous. Les sondes de célérité mesurent la vitesse de propagation du son dans la colonne d'eau. Comme cette vitesse dépend de la température, de la salinité et de la pression, elle constitue un proxy de la stratification thermohaline.

Au cours des campagnes, des profils CTD et/ou de célérité sont effectués régulièrement afin de caractériser finement la structure de la colonne d'eau et de mettre ces informations en regard des observations acoustiques. Ces paramètres environnementaux sont déterminants pour l'organisation des peuplements, sensibles à la présence de thermoclines, haloclines et oxyclines.

Par ailleurs, un thermosalinographe de coque mesure en continu la température, la conductivité et la salinité de surface à la prise d'eau du navire, fournissant un contexte hydrologique haute fréquence le long des transects.

## 3.5. Méthodes d'analyses des données

Les données collectées en été 2024 et 2025 n'ont pas encore été analysées. Le rapport 2022 (David et al. 2022) présente un aperçu du type d'analyses pouvant être réalisées à partir des données collectées depuis 2020. Les données d'octobre 2024 ont fait l'objet d'une étude sur le secteur de la baie de Saint-Malo et sont traitées dans le Rapport d'étude du programme OPPSMER - Observatoire des Poissons Pélagiques de la baie de Saint Malo et de l'Estuaire de la Rance et campagnes ACaPELA (Mouget et al. 2025).

## 3.6. Bancarisation des données

Les données sont enregistrées sur l'ordinateur de terrain pendant les campagnes et régulièrement transférées sur des disques durs externes afin de limiter le risque de perte des données. Le mode large bande de l'EK80 enregistre des données très volumineuses de l'ordre de 250 Go par campagne. Les volumes générés par le sonar multifaisceaux M3 sont de l'ordre de 500 Go par campagne lorsqu'ils sont enregistrés en format 32-bits et de l'ordre de 30 Go par campagne lorsqu'ils sont enregistrés en 8-bits. Des premières études de faisabilité sont en cours pour établir un système de bancarisation en ligne permettant un stockage des données EK80 en mode large bande et M3.

En 2024, un travail conséquent de bancarisation a été réalisé pour assurer la mise à disposition des jeux de données des campagnes d'échosondage entre 2020 et 2023. Les données (et métadonnées associées) ont été déposées sur l'entrepôt Indores. L'entrepôt Data.InDoRES et le catalogue de métadonnées Cat.InDoRES ont été choisis pour le stockage de la base de données. Le choix d'utiliser les outils InDoRES a été guidé par la garantie de traçabilité et de labellisation des données en respectant les normes descriptives des données ISO 19115 pour le catalogue de métadonnées et pour l'export possible dans différents formats pour l'entrepôt. Ces outils répondent également aux préconisations de mise à disposition des données publiques tout en respectant les principes FAIR. Enfin, InDoRES est un entrepôt recommandé par le MESR et par le MNHN. La publication des jeux de données est sous
licence CC-BY 4.0 qui s'inscrit dans la démarche de Science Ouverte et répond aux obligations légales qui s'y
réfèrent.

Les jeux de données et métadonnées associées sont disponibles au lien suivant :
[https://data.indores.fr/dataverse/acapela](https://data.indores.fr/dataverse/acapela)

L'actualisation de la base de données sera effectuée chaque année à l'issue des campagnes d'échantillonnage. Ce
process n'étant pas automatisé il est nécessaire de prévoir du temps agent pour assurer le nettoyage et le dépôt
des données.

4. Conclusion

Les campagnes 2024 et 2025 auront permis la continuité des séries chronologiques collectées depuis 2020 sur les
sites historiques : Brest, Roscoff et Saint Malo. Les conditions météorologiques particulièrement clémentes en 2025
ont permis de couvrir l'intégralité des radiales prévues. Le déploiement de la campagne a permis, une fois de plus
de confirmer l'opérationnalité du protocole. En 2025, une nouvelle méthode pour assurer des vérités terrain a été
déployée avec l'utilisation de l'ADNe. Cet ajout participe à l'amélioration pour aller vers une allocation spécifique
des échotraces. Cette combinaison de méthodes sera développée dans les années à venir.

L'acquisition conjointe EK80-M3 en mode large bande et la première mise en œuvre opérationnelle du filtrage ADNe se sont déroulées sans incident technique. L'expérience acquise sur la mise en place des prélèvements d'ADNe a permis d'affiner le protocole pour les prochaines campagnes. Les filtres seront analysés par SpyGen, qui fournira une liste d'espèces après traitement. Le délai de traitement est d'environ six mois après réception des échantillons, les analyses ne seront donc pas disponibles avant le 1er semestre 2026.

Ces prélèvements non invasifs fourniront des éléments de validation susceptibles de contribuer au renforcement
de l'assignation des échotraces et, le cas échéant, d'appuyer progressivement la construction d'indicateurs D1, dans
les limites et incertitudes propres à la méthode. Dans cette perspective, l'atteinte d'une attribution spécifique pour
quelques espèces clés suppose de poursuivre les développements méthodologiques et devra être discutée au sein
de l'équipe thématique nationale (ETN) poissons et céphalopodes.
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# RÉSUMÉ

Les campagnes ACaPELA (ACoustique PELAgique) s'inscrivent dans le cadre de la DCSMM pour documenter le bon état écologique des milieux côtiers (0-40 m). Après une phase 1 (2019-2021) dédiée à l'installation d'un dispositif acoustique portable (Simrad EK80 à 70/120/200 kHz et sonar multifaisceaux M3) sur de petits navires, la phase 2 (2021-en cours) actuelle vise à consolider la chaîne de traitement et le développement d'indicateurs. À ce stade, le dispositif est opérationnel pour le descripteur D4 (approche par peuplements) sous réserves d'ultimes développements.
En 2025, l'enjeu est d'amorcer le passage vers le D1 (approche par espèces) au moyen de vérités terrain non invasives via la mise en place de filtration d'ADN environnemental (ADNe).

En 2024 et 2025, trois sites bretons ont été couverts : Rade de Brest/Baie de Douarnenez, Baie de Roscoff, Baie de Saint-Malo/Rance assurant la continuité des acquisitions acoustiques EK80-M3. Les trois sondeurs EK80 exploités en mode CW depuis 2019, sont passés en FM large bande en 2024-2025 offrants plus de détails avec une réponse fréquentielle continue. Ces mesures ont été systématiquement complétées par des profils CTD ou de vitesse du son et un enregistrement continu au thermosalinomètre. En 2025, pour la première fois à l'échelle du programme des filtrations d'ADNe ont été réalisées le long des transects. Les données EK80 fournissent densités (Sv) et biomasse (NASC), TS, tandis que le M3 décrit forme en 3D et la compacité des bancs. L'ADNe collecté le long des transects acoustiques, permettra de dresser une liste d'espèces présentent dans la colonne d'eau insonifiée, ouvrant la voie à l'assignation des échotraces.

La campagne 2025 a confirmé l'opérationnalité du protocole et la faisabilité du couplage acoustique-ADNe. À court terme, la systématisation de l'usage d'ADNe et l'exploitation des réponses fréquentielles FM permettront de consolider l'attribution spécifique des échotraces et de mettre en place des indicateurs pour le descripteur D1. À moyen terme, le programme vise un déploiement côtier modulable et réplicable, en cohérence avec les exigences nationales de surveillance.

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